Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019167876.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_144, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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File 1 of 2
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Indices: 218--289 Score: 78
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208 TTTTTAAATA
218 ATAAAATATAAATTA-T
1 ATAAAATAT-AATTATT
234 ATAACAATATAATTATT
1 ATAA-AATATAATTATT
* *
251 ATAATATATTATTATT
1 ATAAAATATAATTATT
267 ATATAAA-ATAATT-TT
1 ATA-AAATATAATTATT
282 ATAAAATA
1 ATAAAATA
290 ACTTAATACT
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ATAAAATATAATTATT
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335 AATATTATTG
*
345 TTATT-ATATATTA
1 TTATTAATATATAA
*
358 TAATTAATATAT-A
1 TTATTAATATATAA
*
371 TTA-TAA-ATCT-A
1 TTATTAATATATAA
*
382 -TAATAATATATAA
1 TTATTAATATATAA
**
395 TT-TGTTTTAT-TAA
1 TTAT-TAATATATAA
408 TTATTTAAATATATAA
1 TTA-TT-AATATATAA
424 TTATTAATATATAA
1 TTATTAATATATAA
438 TT-TT-ATAT-TAAA
1 TTATTAATATAT-AA
*
450 TTATTTAT-TAATAA
1 TTATTAATAT-ATAA
464 TTATTA
1 TTATTA
470 TTTAAATAAA
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TTATTAATATATAA
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412 TTAAATATAT
422 AATTATTAA-TATATAATT-TTATATTA
1 AATTATTAATTA-ATAATTATTAT-TTA
*
448 AATTATTTATTAATAATTATTATTTA
1 AATTATTAATTAATAATTATTATTTA
474 AAT
1 AAT
477 AAATTATATA
Statistics
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AATTATTAATTAATAATTATTATTTA
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Indices: 385--469 Score: 115
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375 AAATCTATAA
*
385 TAATATATAATTTGTTTTATTAATTATTTAAATATATAATTAT
1 TAATATATAATTTGTTATATTAATTATTTAAATATATAATTAT
*
428 TAATATATAA-TT-TTATATTAAATTATTT-ATTA-ATAATTAT
1 TAATATATAATTTGTTATATT-AATTATTTAAATATATAATTAT
468 TA
1 TA
470 TTTAAATAAA
Statistics
Matches: 39, Mismatches: 2, Indels: 5
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TAATATATAATTTGTTATATTAATTATTTAAATATATAATTAT
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Indices: 407--483 Score: 75
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397 TGTTTTATTA
* *
407 ATTATTTAAATATA-TAATTATTAATAT
1 ATTATTTAAATAAATTATTTATTAATAT
* *
434 ATAATTTTATATTAAATTATTTATTAATAATT
1 ATTA-TTTA-AATAAATTATTTATTAAT-A-T
466 ATTATTTAAATAAATTAT
1 ATTATTTAAATAAATTAT
484 ATAGATATAC
Statistics
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ATTATTTAAATAAATTATTTATTAATAT
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Indices: 434--483 Score: 66
Period size: 26 Copynumber: 1.9 Consensus size: 26
424 TTATTAATAT
* *
434 ATAATTTTATATTAAATTATTTATTA
1 ATAATTTTATATTAAATAAATTATTA
460 ATAATTATTAT-TTAAATAAATTAT
1 ATAATT-TTATATTAAATAAATTAT
484 ATAGATATAC
Statistics
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26 17 0.81
27 4 0.19
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ATAATTTTATATTAAATAAATTATTA
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Indices: 1118--1214 Score: 60
Period size: 20 Copynumber: 4.8 Consensus size: 20
1108 TATTATTATG
1118 TTATATAAAA-TATA-ATAA
1 TTATATAAAATTATATATAA
**
1136 TTATATTTAATCTATAT-TAAA
1 TTATATAAAAT-TATATAT-AA
1157 TTAGTATAATCTAATTA-AGTAT-A
1 TTA-TATAA---AATTATA-TATAA
1180 TTATATAAAATTATATATAA
1 TTATATAAAATTATATATAA
* *
1200 TTATGTATAATTATA
1 TTATATAAAATTATA
1215 ATTTTCAAAT
Statistics
Matches: 61, Mismatches: 6, Indels: 22
0.69 0.07 0.25
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18 8 0.13
19 8 0.13
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TTATATAAAATTATATATAA
Found at i:1309 original size:22 final size:24
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Indices: 1277--1331 Score: 64
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1267 AATTGTACTA
* *
1277 AATTATAAATTTATATAATT-AAT
1 AATTATTAATTTATAAAATTGAAT
1300 -ATTATTAA-TTATAAAATTGAAT
1 AATTATTAATTTATAAAATTGAAT
1322 AATTA-TAATT
1 AATTATTAATT
1332 AAATTATAAT
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 2, Indels: 6
0.77 0.06 0.17
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22 13 0.48
23 5 0.19
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AATTATTAATTTATAAAATTGAAT
Found at i:1332 original size:29 final size:28
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Indices: 1275--1340 Score: 75
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1265 CAAATTGTAC
*
1275 TAAATTAT-AAATTTATATAATTAATAT
1 TAAATTATAAAATTGATATAATTAATAT
1302 TATTAATTATAAAATTGA-ATAATT-ATAAT
1 TA--AATTATAAAATTGATATAATTAAT-AT
1331 TAAATTATAA
1 TAAATTATAA
1341 TATCTATCTC
Statistics
Matches: 34, Mismatches: 1, Indels: 8
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27 10 0.29
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TAAATTATAAAATTGATATAATTAATAT
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Indices: 1689--2005 Score: 385
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1679 ATTTTTGACT
* * * *
1689 ATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTGTGACCTTATATTTTATCATAAAACAATTGTTTCAG
1 ATTTAAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGAACTTATATTTTATCATAAAACAATTGTTTCAG
* * *
1754 TTCATAAAAGCTTATCTAAAATAAAAAAAAATGACTTTATTAATATTATAAAAATTGATAAGTTA
66 -TCATAAAAGCCTATCTAAAATAAAAAAAAATGAATTTATTAATATTATAAAAATTAATAAG-TA
*
1819 -GAGATTTAAAACATAAATCAATTCAGATAATTATGGCC
129 GGAGATTTAAAAAATAAATCAATTCAGATAATTATGGCC
* *
1857 ATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTT-TAGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTT
1 ATTTAAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGAACTTATA-TTTTATCATAAAACAATTG--TTT
* * * * *
1921 CA-TCATACAAGCCTAT-TCAGAAT-AAAATAATTCTAATTTATTAATATT-TGAAAAATTAATA
63 CAGTCATAAAAGCCTATCT-AAAATAAAAAAAAAT-GAATTTATTAATATTAT-AAAAATTAATA
1982 AGTAGGAGATTTAAAAAATAAATC
125 AGTAGGAGATTTAAAAAATAAATC
2006 TATTTATCGA
Statistics
Matches: 127, Mismatches: 15, Indels: 14
0.81 0.10 0.09
Matches are distributed among these distances:
167 13 0.10
168 109 0.86
170 5 0.04
ACGTcount: A:0.44, C:0.10, G:0.08, T:0.38
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ATTTAAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGAACTTATATTTTATCATAAAACAATTGTTTCAG
TCATAAAAGCCTATCTAAAATAAAAAAAAATGAATTTATTAATATTATAAAAATTAATAAGTAGG
AGATTTAAAAAATAAATCAATTCAGATAATTATGGCC
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Alignment explanation
Indices: 1514--2151 Score: 790
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1504 AGACTATTAG
* * * * *
1514 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTTTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTACTTCAACTCAT
1 AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTAGTTTAGTCATAAAACAATTACTTCAACTCAT
* * *
1579 ACATGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTATTAAGTAAGAAAT
66 ACAAGCCTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAAAT
* * *
1644 TAGAAAAAAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATATTTTTGACTATTTGAACAATTATCTATTT
131 TAGAAAAAAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTT
* * * *
1709 AAAATCGTTGTGACCTTATATTTTATCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATCTAAA
196 AAAATCGTTATAACCTTATATTTTATCATAAAACAATTATTTCACTTCATAAAAGCTTATCTAAA
* * *
1774 ATAAAAAAAAATGACTTTATTAATATTATAAAAATTGATAAGTTAGAGATTTAAAACATAAATCA
261 ATAAAAAAAAATGAATATAGTAATATTATAAAAATTGATAAGTTAGAGATTTAAAACATAAATCA
1839 ATTCAGATAATTATGGCCATTTA
326 ATTCAGATAATTATGGCCATTTA
* **
1862 AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTAGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTC-A-TC
1 AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTAGTTTAGTCATAAAACAA-T-TACTTCAACTC
* * ** *
1925 ATACAAGCCTATTC-AGAATAAAATAATTCTAATTTATTAATATTTGAAAAATTAATAAGTAGGA
64 ATACAAGCCTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGTAAGA
* * *
1989 GATTTA-AAAAATAAATCTATTTATCGAATC-AGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
128 -AATTAGAAAAA-AAATCTATTTACCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
** * * *
2052 ATATTTTCAATCGTTATAACCTCT-TGTTTTGTCATAAAACAATTATTT-ATCTTCATACAAGCT
190 ATATTTAAAATCGTTATAACCT-TATATTTTATCATAAAACAATTATTTCA-CTTCATAAAAGCT
* * *
2115 TAT-TCGAAATAAAATAATACT-AATATAGTAATATTAT
253 TATCT-AAAATAAAA-AAAAATGAATATAGTAATATTAT
2152 GAAATTTAAT
Statistics
Matches: 243, Mismatches: 37, Indels: 19
0.81 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
347 1 0.00
348 108 0.44
349 124 0.51
350 10 0.04
ACGTcount: A:0.42, C:0.11, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (348 bp):
AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTAGTTTAGTCATAAAACAATTACTTCAACTCAT
ACAAGCCTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAAAT
TAGAAAAAAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTT
AAAATCGTTATAACCTTATATTTTATCATAAAACAATTATTTCACTTCATAAAAGCTTATCTAAA
ATAAAAAAAAATGAATATAGTAATATTATAAAAATTGATAAGTTAGAGATTTAAAACATAAATCA
ATTCAGATAATTATGGCCATTTA
Found at i:2179 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 1834--2372 Score: 540
Period size: 181 Copynumber: 3.0 Consensus size: 180
1824 TTAAAACATA
* * * * * * *
1834 AATCAATTCAGATAATTATGGCCATTTAAACAATTATCTA-TTTCAAATCATTATGAACTTTAGT
1 AATCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTTCAAATCGTTATGACCTTT-GT
* * * *
1898 TTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATCATACAAGCCTATTC-AGAATAAAATAATTCTAATTTAT
65 TTTGTCATAAAACAATTGTTTATCTTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTAT
*
1962 TAATATT-TGAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCG
129 TAATATTAT-AAAAATTAATAAGTA-GAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCG
* * * *
2015 AATCAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTTC-AATCGTTATAACCTCTTGT
1 AATCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTTCAAATCGTTATGACCT-TTGT
* * *
2079 TTTGTCATAAAACAATTATTTATCTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATATAGT
65 TTTGTCATAAAACAATTGTTTATCTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATT
* * * * * * *
2144 AATATTATGAAATTTAATAACTGATAGACTTAAAAAATAAATTTGTTTACCG
130 AATATTATAAAAATTAATAAGT-AGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCG
* * * * * * *
2196 AA-CTAATTCAAATAGTTAAGGCTATATGAATAATTATCTA-TTTCAAATTGTTATGACCTTTTT
1 AATC-AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTTCAAATCGTTATGACC--TTT
* * * * * * * *
2259 GTTTTGTCGTAAAACAAATGTTTTTTTTCATATAAGTTTGTTCGAAATAAAATAATATTAATTTA
63 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTATCTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTA
*
2324 TTAATATT-TCAAAAATTAAT-A--AGAGATTTAATAAATAAATCTATTTACC
128 TTAATATTAT-AAAAATTAATAAGTAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACC
2373 ATACTAGTTC
Statistics
Matches: 295, Mismatches: 53, Indels: 23
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
178 23 0.08
180 5 0.02
181 185 0.63
182 81 0.27
183 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (180 bp):
AATCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTTCAAATCGTTATGACCTTTGTT
TTGTCATAAAACAATTGTTTATCTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTA
ATATTATAAAAATTAATAAGTAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCG
Found at i:2331 original size:182 final size:181
Alignment explanation
Indices: 1364--2372 Score: 711
Period size: 180 Copynumber: 5.7 Consensus size: 181
1354 TTGTTATAAT
* * * * * ** * *
1364 TTTTGTTTTGTCCTAAAACATTTAATTTCTGTTCA-ACAAGCTTATTC-AGAGCAAAATATTACT
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTTTCTTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATATT
* * * * * * * * * *
1427 AAATTAATAATATTCT-AAACATTAATAAGTAAG-GATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCTGAATC
64 AATTTATTAATATT-TGAAAAATTAATAACTAGGAGACTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAATC
* * * *
1490 AGTTTAAATAATTAAGACTAT-TAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTTTGACC
128 AATTCAAATAGTTAAGACTATAT-GAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC
* * * *** * *
1544 TTTTGTTTAGTCATAAAATAATTACTTCAAC-TCATACATGCTTATTCGAAATAAAATAATACTA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTTTCTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTA
* ** * * * *
1608 ATTTATTAACATTCAAAAAATTATTAAGTAAGA-AATTAGAAAAA-AAATCTATTTACCGAA-CA
65 ATTTATTAATATTTGAAAAATTAATAACTAGGAGACTTA-AAAAATAAATCTATTTACCGAATCA
* ** * * *
1670 AGTTCAAATATTTTTGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTGTGACC
129 A-TTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC
* * * *** * * * * *
1724 TTATATTTTATCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTA-TCTAAAATAAAAAAAAATGA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCTTCATACAAGCTTATTC-GAAATAAAATAATATTA
* * * * * * *
1788 CTTTATTAATATTAT-AAAAATTGATAAGTTA-GAGATTTAAAACATAAATC-AATT-CAG-AT-
65 ATTTATTAATATT-TGAAAAATTAATAA-CTAGGAGACTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAATC
* * * * *
1847 AATT---AT-G----G-CCATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAAC
128 AATTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC
* * *
1892 TTTAGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATCATACAAGCCTATTC-AGAATAAAATAAT-TCT
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCTTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATAT-T
* * *
1955 AATTTATTAATATTTGAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAATCA
64 AATTTATTAATATTTGAAAAATTAATAACTAGGAGACTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAATCA
* * * * * *
2020 GTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTTC-AATCGTTATAACC
129 ATTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTA-TTTCAAATCGTTATGACC
* * * *
2073 TCTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTATCTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAA
* * * * * *
2138 TATAGTAATATTATG-AAATTTAATAACT-GATAGACTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAA-CT
66 TTTATTAATATT-TGAAAAATTAATAACTAG-GAGACTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAATC-
* * *
2200 AATTCAAATAGTTAAGGCTATATGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACC
128 AATTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC
* * * * * *
2254 TTTTTGTTTTGTCGTAAAACAAATGTTTTTTTTCATATAAGTTTGTTCGAAATAAAATAATATTA
1 -TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTA
* * *
2319 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-A--A-GAGATTTAATAAATAAATCTATTTACC
65 ATTTATTAATATTTGAAAAATTAATAACTAGGAGACTTAAAAAATAAATCTATTTACC
2373 ATACTAGTTC
Statistics
Matches: 652, Mismatches: 135, Indels: 86
0.75 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
167 5 0.01
168 116 0.18
169 6 0.01
170 1 0.00
171 2 0.00
172 3 0.00
174 2 0.00
175 2 0.00
176 1 0.00
177 2 0.00
178 25 0.04
179 12 0.02
180 208 0.32
181 187 0.29
182 80 0.12
ACGTcount: A:0.42, C:0.11, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (181 bp):
TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAA
TTTATTAATATTTGAAAAATTAATAACTAGGAGACTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAATCAAT
TCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC
Found at i:3193 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 2790--3377 Score: 477
Period size: 180 Copynumber: 3.2 Consensus size: 180
2780 ATAAATCTAT
* * * * *** * **
2790 AAGAGATTTAAAAAGA-AAATCTGCTTACCAAACCATTTCAAATAGTTTTGACTATTTCAATAAT
1 AAGAGATTTAAAAA-ATAAATTTGTTTA-CGAACCAATTCAAATAGTTAAAATTATTAGAATAAT
* * * * * * * * *** * **
2854 TATTTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTATTTTATCATCAAACAATTGGTTCTGCTCATACTATT
64 TATCTATTTCAAATCATTATGACCTATTGTTTAATCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGC
* **
2919 TTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAACTTAATAACC
129 TTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGA
* * ** * *
2971 AAGAAAATTAAAAAATAAATCTAATTGT-CGAACCAATTCAAATAGTTAAGACTCTA-T-GAATG
1 AAGAGATTTAAAAAATAAAT-TTGTT-TACGAACCAATTCAAATAGTTAA-AAT-TATTAGAATA
* * * ** * *
3033 ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTCTTTTAAT-GTAAAACAATTGTTT-TGTTCGTGCA
62 ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTATT-GTTTAATCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACA
* * * * *
3096 AGCTTATTTGGATTAAAATAATACTAATTTAACAATATTTTAAAAATTAATAAGT
126 AGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGA
* * *
3151 AAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAATCAGTTCAAATGGTTAAAATTATTAGAATAATT
1 AAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTAC-GAACCAATTCAAATAGTTAAAATTATTAGAATAATT
* * * * *
3216 ATCTATTTCATATCATTTTGATCTATTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAATTCATACAAGCT
65 ATCTATTTCAAATCATTATGACCTATTGTTTAATCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCT
* * * * ** *
3281 TATTCAGAATAAATTAATACTAATTTATTAACATTTGGAAAATTAATATGA
130 TATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGA
* *
3332 AAGAGATTTTAAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAATTCAAATA
1 AAGAGA-TTT-AAAAAATAAATTTGTTTA-CGAACCAATTCAAATA
3378 AGTAAGTGAT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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179 12 0.04
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181 131 0.41
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183 31 0.10
184 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.11, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (180 bp):
AAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACGAACCAATTCAAATAGTTAAAATTATTAGAATAATTA
TCTATTTCAAATCATTATGACCTATTGTTTAATCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTT
ATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGA
Found at i:3693 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 3374--5636 Score: 1608
Period size: 181 Copynumber: 12.7 Consensus size: 180
3364 AACAAATTCA
** * * * * * * * * * *
3374 AATAAGTAAGTGATTTAAAAAATGAATATGATTACCAAATTAGTTCAAATAATTATGGCCATTTC
1 AATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAA-CAATTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * * * ** *
3439 AATAATTATCTATTTCAAATTGTTCTTACCTTTTGTTTGGTCATATGACAATTGTTTTTGA-TCA
65 AACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCA
* ** *
3503 TACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAAATT
129 TATAAGCTTATTTTGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT
* * *
3555 AATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACAAAATCAATTCAAATAGTTATGACTATTAG
1 AATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAA-CAATTCAAATAGTTATGACTATTTG
** * * * * * * * *
3620 AGTAGTTGTATACTTCAAATAGTTATAACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTGTTCAT
65 AACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT
* * * *
3685 ATAAGCTTA-TTTGAAATAAAATAAAACTAATCTAATAATA-TTCTGAAAATT
130 ATAAGCTTATTTTG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATT
* * ** * ** *
3736 AATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAAAT-TGTTTGCCGAACTAGTTCAAATAGTTAAAACTATAT
1 AATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT-AAATCTGTTTACTAAAC-AATTCAAATAGTTATGACTATTT
* * *
3800 GAATAATTATCTATTTCAAATCA-TTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATAT-TTTCAATT
64 GAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT-TGTTTCTATT
* * *
3863 CATACT-AGCTTATTTAGAATAAAATAA-AATAAATTTATTAAAATTTCAAAAATT
127 CATA-TAAGCTTATTTTGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATT
* * * * * *
3917 AATAAG----AGAATTAAAAAATAATTTTGTTTACCTAACCAATTTAAATAATTATGACTATTTG
1 AATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CTAAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * *
3978 AACAATTATCTATTTTAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACTAA-TGTTTTTGA-TC
65 AACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTCT-ATTC
* *
4041 ATATAAG-TT-TGTTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTGATATTTCAAAAATT
128 ATATAAGCTTAT-TTTG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT
* ** *
4094 AAT-A--AAAA-TTTTAAAAAATAAATCTGTTTA-TCAAACTGGTTC-AA-A-TTAAGACTA-TT
1 AATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-AAAC-AATTCAAATAGTTATGACTATTT
* * * * * * * * * * *
4150 CAAGTAATTATTTATTTTAAATCA-TTATAACTTTTTGTTCTGTTATAAGATAATAGTTTCTATT
64 GAA-CAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATT
* * * * ** *
4214 TAT-TCAAGCTTATTTAGATTAAAATAATACAAATTTATTAATATTTTGACAATT
127 CATAT-AAGCTTATTTTGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT
* * * * * *
4268 AATAAGTAAAAAATGTAAAAAATTAAATATGTTTACTGAACTAGA-TCAAAGAGTCATGACTATT
1 AATAAGTAAAAGATTTAAAAAA-TAAATCTGTTTACTAAAC-A-ATTCAAATAGTTATGACTATT
* * * ** * * * * * *
4332 TGAATAGTTATCTATTTCATACCGTTATGACCTTTTCTTCTATCATAAAAAAATTATTTCAATTC
63 TGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTC
* * **
4397 ATATAAGCTTA-TTTGAAATAAAATAATATTAAGTTATTAATATTTTGAAAATT
128 ATATAAGCTTATTTTG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT
* * * * * * *
4450 AATAATTAAAAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTACTAAACAAGTTTAAATAATTATAATTATCTG
1 AATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTG
** * * * * ** * *
4515 AACAATTATCTATTGAAAATCGCTATAACCTTTTGCTTTGTCATAAAATGATTTTTTCTGTTCAT
65 AACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT
* *
4580 ACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATACAAATTTATTAA-A-TT-AAGACAATT
130 ATAAGCTTATTTTGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA-A-AATT
* * *
4630 AATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATCGTTATAACTATTTG
1 AATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * * *
4694 AACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA-CTTTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTTAT
65 AACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT
** * * ** *
4757 ACT-AGCTTATTCAGAATAAAATGATATTAATTTATTAATATTTTGACAATT
130 A-TAAGCTTATTTTGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT
* * * * *
4808 TATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAAA-AAGTTCAAATAATCATGACTATTT
1 AATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CTAAACAA-TTCAAATAGTTATGACTATTT
* * ** * * * * * *
4872 GAATAATAATCTATTTCAAATCA-TCGTAATCTTTTGTTTTGTAATAAAATAATTGCTTCAATTC
64 GAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTC
* ** * * *
4936 ATATAAGCCTA-TTTGAGATAAAATAATA-T--TCCA--AA-AATT-AAAGAGT
128 ATATAAGCTTATTTTGA-ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT
* * * * * * *
4982 AACAAAATTAAA-A---AAAAAATGAAT-TTTCTTA-TCAATCAAGTTGAAATAGTTATGACTAT
1 AA-TAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGT-TTACT-AAACAA-TTCAAATAGTTATGACTAT
* * * * * *
5041 CTAAACAATTATCTATTTCAAA-ACATTATGACATTTTGTTTTATCATAAAACAATTGGTTCTAT
62 TTGAACAATTATCTATTTCAAATA-GTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAT
** * *
5105 TCATGCAAGCATATTTTGAATAAAATAAGA-TAAATTTATTAATA-TTCAAAAAATT
126 TCATATAAGCTTATTTTGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTC-AAAAATT
* * * * * * * *
5160 AATAAGTATAA-TTTTAGAAAATAAAGCTATTTTCTGAACACATTCAAATATTTATGACTATTTG
1 AATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACA-ATTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * *
5224 AACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCATTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTGTTCA
65 AACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCA
* * * * *
5288 AACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATTCTAATTAATTAATA-TTC-AAAATT
129 TATAAGCTTATTTTGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT
* * *** * * *
5338 AATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATTGAGTGAGTTCAAATAGTTATGATTGTTTG
1 AATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-AAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * * *
5403 AACAATTATTTATCTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCTATTCAT
65 AACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT
* * * * *
5468 ACAAGTTTATTTTTAATAAAATAATACTAATATATTAA-CTTTCTAAAAATT
130 ATAAGCTTATTTTGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATT
** * * * * * * *
5519 AATAAGTTGAAGATTTAAAAAATTAAT-TAGTTTATCGAACCAGTTCAAATAGTCATGTCCATTT
1 AATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCT-GTTTA-CTAAACAATTCAAATAGTTATGACTATTT
* * * *
5583 GAACTATTATCTATTTCAAATTA-TTATGACATTTTATTTTGTTATAAAACAATT
64 GAACAATTATCTATTTCAAA-TAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
5637 ATTTTTTATC
Statistics
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0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.00
170 4 0.00
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172 5 0.00
173 8 0.00
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ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (180 bp):
AATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGA
ACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATA
TAAGCTTATTTTGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT
Found at i:4581 original size:714 final size:712
Alignment explanation
Indices: 3505--5523 Score: 1657
Period size: 714 Copynumber: 2.8 Consensus size: 712
3495 TTTGATCATA
* * * * *
3505 CAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
1 CAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAAATG
* * * * *
3570 TAAAAAATAAATCTGTTTACAAAATCAATTCAAATAGTTATGACTATTAGAGTAGTTGTATACTT
66 TAAAAAATAAATATGTTTACAAAATCAATTCAAAGAGTCATGACTATTAGAATAGTTATATACTT
* * * * * * **
3635 CAAATAGTTATAACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTGTTCATATAAGCTTATTTGAA
131 CAAACAGTTATAACCTTTTCTTCTATCATAAAAAAATTATTTCAATTCATATAAGCTTATTTGAA
3700 ATAAAATAAAACTAATCTAATAATATTCTGAAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAAATT
196 ATAAAATAAAACTAATCTAATAATATTCTGAAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAAATT
* * * * * ** *
3765 GTTTGCCGAACTAGTTCAAATAGTTAAAACTATATGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAAC
261 GTTTACCAAACAAGTTCAAATAATTAAAACTATATGAACAATTATCTATTGAAAATCACTATAAC
* * *
3830 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATATTTTCAATTCATACTAGCTTATTTAGAATAAAATAAAATAA
326 CTTTTGCTTTGTCATAAAACAATATTTTCAATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAAAACAA
* * *
3895 ATTTATTAAAATTTCAA-A-AATTAATAAG-AGA-ATTAAAAAATAATTTTGTTTACCT-AACCA
391 ATTTATT-AAA-TT-AAGACAATTAATAAGAAAAGATTAAAAAATAAATCTGTTTA-CTGAA-CA
* * *
3955 A-TTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGT
451 AGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA-CTTTT-TTTTGT
* * *
4019 CATAAAACTAA-TGTTTTTGATCATA-TAAGTTTGTTC-GAAATAAAATAATACTAATTTATTGA
514 CATAAAAC-AATTGTTTTTGATCATACT-AGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAA
4081 TATTTCAAAAATTAATAAAAATTTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACTGGTTCAAATTAAGAC
576 TATTTCAAAAATTAATAAAAATTTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACTGGTTCAAATTAAGAC
4146 TATTCAAGTAATTATTTATTTTAAATCATTATAACTTTTTGTTCTGTTATAAGATAATAGTTTCT
641 TATTCAAGTAATTATTTATTTTAAATCATTATAACTTTTTGTTCTGTTATAAGATAATAGTTTCT
4211 ATTTATT
706 ATTTATT
* * ** *
4218 CAAGCTTATTTAGATTAAAATAATACAAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAAATG
1 CAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAAATG
** * *
4283 TAAAAAATTAAATATGTTTACTGAA-CTAGA-TCAAAGAGTCATGACTATTTGAATAGTTATCTA
66 TAAAAAA-TAAATATGTTTACAAAATC-A-ATTCAAAGAGTCATGACTATTAGAATAGTTATATA
* * * *
4346 TTTCATACCGTTATGACCTTTTCTTCTATCATAAAAAAATTATTTCAATTCATATAAGCTTATTT
128 CTTCAAACAGTTATAACCTTTTCTTCTATCATAAAAAAATTATTTCAATTCATATAAGCTTATTT
* * * * * *
4411 GAAATAAAATAATATTAAGT-TATTAATATTTTGAAAATTAATAATTAAAAGATTTAAAAAAT-G
193 GAAATAAAATAAAACTAA-TCTAATAATATTCTGAAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAA
* * * * * *
4474 AATCTGTTTACTAAACAAGTTTAAATAATTATAATTATCTGAACAATTATCTATTGAAAATCGCT
257 AAT-TGTTTACCAAACAAGTTCAAATAATTAAAACTATATGAACAATTATCTATTGAAAATCACT
** * ** *
4539 ATAACCTTTTGCTTTGTCATAAAATGATTTTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAA
321 ATAACCTTTTGCTTTGTCATAAAACAATATTTTCAATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAA
* *
4604 TACAAATTTATTAAATTAAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAATAAATCTGTTTACTGAAC
386 AACAAATTTATTAAATTAAGACAATTAATAAG-AAAAGATTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAAC
** *
4669 AAGTTCAAATCGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTTTTGTC
450 AAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTTTTGTC
* * * *
4734 ATAAAACAATTGTTTTTGTTTATACTAGCTTATTCAGAATAAAATGATATTAATTTATTAATATT
515 ATAAAACAATTGTTTTTGATCATACTAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-T
* ** * * **
4799 TTGACAATTTATAAGTAAAAGA-TTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAAA-AAGTTCAAATAATC
579 TTCA-AAAAT-TAA-TAAAA-ATTTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-AAACTGGTTCAAAT--T-
* * * * * ** * * *
4862 ATGACTATTTGAA-TAATAATCTATTTCAAATCATCGTAA-TCTTTTGTTTTGTAATAAAATAAT
636 AAGACTA-TTCAAGTAATTATTTATTTTAAATCATTATAACT-TTTTGTTCTGTTATAAGATAAT
* * * *
4925 TGCTTCAATTCATAT
699 AGTTTCTATTTAT-T
* * * *
4940 -AAGCCTATT-----T--GA-GAT--AAA---A-TAATATTCCAAAAATTAA-AGAGTAACAAAA
1 CAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA-AGTAA-AAAA
* * * * * * *
4989 T-TAAAAAA-AAA-ATGAATTTTCTTATCAATCAAGTTGAAATAGTTATGACTATCTA-AACAAT
64 TGTAAAAAATAAATATG--TTTAC--A-AAATCAA-TTCAAAGAGTCATGACTAT-TAGAATAGT
* * * * * * * ** * **
5050 TATCTATTTCAAAACA-TTATGACATTTTGTTTTATCATAAAACAATTGGTTCTATTCATGCAAG
122 TATATACTTC-AAACAGTTATAACCTTTTCTTCTATCATAAAAAAATTATTTCAATTCATATAAG
* * * * ** * * *
5114 CATATTTTG-AATAAAATAAGA-TAAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTATAA-TTTTA
186 CTTA-TTTGAAATAAAATAAAACT-AATCTAATAATATTCTGAAAATTAATAACTAAAAGATTTA
* ** * * ** * ** * **
5176 GAAAATAAAGCTATTTTCTGAACACA-TTCAAATATTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
249 AAAAATAAAATTGTTTACCAAACA-AGTTCAAATAATTAAAACTATATGAACAATTATCTATTGA
* * * * * ** * *
5240 AAATCATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAACCAAT-TGTTTCTGTTCAAACAAGCTTATTTGGA
313 AAATCACTATAACCTTTTGCTTTGTCATAAAACAATAT-TTTCAATTCATACAAGCTTATTTAGA
** * * * *
5304 ATAAAATAATTCTAATTAATTAATATTCA-A-AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTT
377 ATAAAATAAAACAAATTTATTAA-ATTAAGACAATTAATAAG-AAAAGA-TTAAAAAATAAATCT
* *** * * * * * * *
5367 GTTTATTGAGTGAGTTCAAATAGTTATGATTGTTTGAACAATTATTTATCTCAAATCGTTATGAT
439 GTTTACTGAACAAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA-
* * * * ***
5432 CTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGTTTATTTTTAATAAAATAATACT
503 CTTTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGA-TCATACTAGCTTATTCAGAATAAAATAATACT
* *
5496 AATATATTAA-CTTTCTAAAAATTAATAA
566 AATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAA
5524 GTTGAAGATT
Statistics
Matches: 1065, Mismatches: 190, Indels: 108
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
704 3 0.00
705 3 0.00
706 5 0.00
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708 28 0.03
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ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (712 bp):
CAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAAATG
TAAAAAATAAATATGTTTACAAAATCAATTCAAAGAGTCATGACTATTAGAATAGTTATATACTT
CAAACAGTTATAACCTTTTCTTCTATCATAAAAAAATTATTTCAATTCATATAAGCTTATTTGAA
ATAAAATAAAACTAATCTAATAATATTCTGAAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAAATT
GTTTACCAAACAAGTTCAAATAATTAAAACTATATGAACAATTATCTATTGAAAATCACTATAAC
CTTTTGCTTTGTCATAAAACAATATTTTCAATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAAAACAA
ATTTATTAAATTAAGACAATTAATAAGAAAAGATTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTC
AAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTTTTGTCATAAAA
CAATTGTTTTTGATCATACTAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAA
ATTAATAAAAATTTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACTGGTTCAAATTAAGACTATTCAAGTA
ATTATTTATTTTAAATCATTATAACTTTTTGTTCTGTTATAAGATAATAGTTTCTATTTATT
Found at i:4824 original size:358 final size:361
Alignment explanation
Indices: 3374--5636 Score: 1815
Period size: 358 Copynumber: 6.3 Consensus size: 361
3364 AACAAATTCA
** * * * * ** ** * *
3374 AATAAGTAAGTGATTTAAAAAATGAATATGATTACCAAATTAGTTCAAATAATTATGGCCATTTC
1 AATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAATTATAACTATTTG
** * * * ** * *
3439 AATAATTATCTATTTCAAATTGTTCTTACCTTTTGTTTGGTCATATGACAATTGTTTTTGA-TCA
66 AATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCT-ATTCA
* * * *
3503 TACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA
130 TACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACAAATTTATTAAT-ATTCAAAAATTAATAAGTAAAAGA
** * ** * * *
3568 TTTAAAAAATAAATCTGTTTACAAAATCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTAGAGTAGTTGTATA
194 TTT-AAAAATAAATCTGTTTACTGAATCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* * * * *
3632 CTTCAAATAGTTATAACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTGTTCATATAAGCTTATTT
258 TTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATATAAGCTTATTT
* * * * *
3697 GAAATAAAATAAAACTAATCTAATAATATTCTGAAAATT
323 GAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAATT
* * ** * * * *
3736 AATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAAAT-TGTTTGCCGAACTAGTTCAAATAGTTAAAACTATAT
1 AATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT-AAATCTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAATTATAACTATTT
* *
3800 GAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATAT-TTTCAATTC
65 GAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAT-TGTTTCTATTC
* * * * *
3864 ATACTAGCTTATTTAGAATAAAATAAAATAAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAG--AGA-
129 ATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACAAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAAG
* * * * * *
3926 ATTAAAAAATAATTTTGTTTACCT-AACCAA-TTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCT
193 ATTTAAAAATAAATCTGTTTA-CTGAATCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * * * *
3989 ATTTTAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACTAA-TGTTTTTGATCATATAAGTTTGT
257 ATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTCTGTTCATATAAGCTTAT
* * * **
4053 TCGAAATAAAATAATACTAATTTATTGATATTTCAAAAATT
321 TTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAATT
* **
4094 AAT-A--AAAA-TTTTAAAAAATAAATCTGTTTA-TCAAACTGGTTC--A-AATTA-AGACTA-T
1 AATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-AAACAAGTTCAAATAATTATA-ACTATT
* * * * * * * *
4149 TCAAGTAATTATTTATTTTAAATCATTATAACTTTTTGTTCTGTTATAAGATAATAGTTTCTATT
64 TGAA-TAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATT
* * * ** *
4214 TATTCAAGCTTATTTAGATTAAAATAATACAAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAA
128 CATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACAAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAA
* * * * * * * * *
4279 AATGTAAAAAATTAAATATGTTTACTGAA-CTAGATCAAAGAGTCATGACTATTTGAATAGTTAT
192 GAT-TTAAAAA-TAAATCTGTTTACTGAATCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * * * * * **
4343 CTATTTCATACCGTTATGACCTTTTCTTCTATCATAAAAAAATTATTTCAATTCATATAAGCTTA
255 CTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATATAAGCTTA
*
4408 TTTGAAATAAAATAATATTAAGTTATTAATATTTTGAAAATT
320 TTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAATT
* * * * *
4450 AATAATTAAAAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTACTAAACAAGTTTAAATAATTATAATTATCTG
1 AATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAATTATAACTATTTG
* ** ** * * * *
4515 AACAATTATCTATTGAAAATCGCTATAACCTTTTGCTTTGTCATAAAATGATTTTTTCTGTTCAT
66 AATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCAT
*
4580 ACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATACAAATTTATTAA-ATT-AAGACAATTAATAAGTAAAAGA
131 ACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTCAA-A-AATTAATAAGTAAAAGA
* * *
4643 TTTAAAAATAAATCTGTTTACTGAA-CAAGTTCAAATCGTTATAACTATTTGAACAATTATTTAT
194 TTTAAAAATAAATCTGTTTACTGAATCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * *
4707 TTCAAATTGTTATGA-CTTTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTTATACT-AGCTTA-TT
259 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATA-TAAGCTTATTT
* * *
4768 CAGAATAAAATGATATTAATTTATTAATATTTTGACAATT
323 GA-AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAATT
* * * * *
4808 TATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAAA-AAGTTCAAATAATCATGACTATTT
1 AATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CTAAACAAGTTCAAATAATTATAACTATTT
* ** * * * *
4872 GAATAATAATCTATTTCAAATCATCGTAATCTTTTGTTTTGTAATAAAATAATTGCTTCAATTCA
65 GAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCA
* * * * * *
4937 TATAAGCCTATTT-GAGATAAAATAATATTCCAAA--AATTAAAGAGT-AACAA--AAT---TAA
130 TACAAGCTTATTTAGA-ATAAAATAATA---CAAATTTATT-AATATTCAAAAATTAATAAGTAA
* * * * * *
4993 AA-A---AAAAATGAAT-TTTCTTA-TCAATCAAGTTGAAATAGTTATGACTATCTAAACAATTA
190 AAGATTTAAAAATAAATCTGT-TTACTGAATCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* * * * * * ** *
5052 TCTATTTCAAAACATTATGACATTTTGTTTTATCATAAAACAATTGGTTCTATTCATGCAAGCAT
254 TCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATATAAGCTT
* * ***
5117 ATTTTG-AATAAAATAAGATAAATTTATTAATATTCAAAAAATT
319 A-TTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAATT
* * * * * * * * *
5160 AATAAGTATAA-TTTTAGAAAATAAAGCTATTTTCTGAACACA-TTCAAATATTTATGACTATTT
1 AATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACA-AGTTCAAATAATTATAACTATTT
* * * ** *
5223 GAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTGTTCA
65 GAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCA
* * * * *
5288 AACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATTCTAATTAATTAATATTC-AAAATTAATAAGTAAAAGAT
130 TACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAAAAGAT
* * * * * * *
5352 TTAAAAAATAAATTTGTTTATTGAGT-GAGTTCAAATAGTTATGATTGTTTGAACAATTATTTAT
195 TT-AAAAATAAATCTGTTTACTGAATCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * * *
5416 CTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTT
259 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATATAAGCTTATTTG
* * * * *
5481 TAATAAAATAATACTAATATATTAACT-TTCTAAAAATT
324 AAATAAAATAATATTAATTTATTAA-TATTTTGAAAATT
** * * * * * ** *
5519 AATAAGTTGAAGATTTAAAAAATTAAT-TAGTTTA-TCGAACCAGTTCAAATAGTCATGTCCATT
1 AATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCT-GTTTACT-AAACAAGTTCAAATAATTATAACTATT
* * * * * *
5582 TGAACT-ATTATCTATTTCAAATTATTATGACATTTTATTTTGTTATAAAACAATT
64 TGAA-TAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT
5637 ATTTTTTATC
Statistics
Matches: 1511, Mismatches: 318, Indels: 146
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
348 3 0.00
349 12 0.01
350 68 0.05
351 223 0.15
352 73 0.05
353 7 0.00
354 37 0.02
355 18 0.01
356 122 0.08
357 10 0.01
358 318 0.21
359 160 0.11
360 178 0.12
361 18 0.01
362 166 0.11
363 94 0.06
364 4 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (361 bp):
AATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAATTATAACTATTTG
AATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCAT
ACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATT
TAAAAATAAATCTGTTTACTGAATCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
CAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATATAAGCTTATTTGAA
ATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAATT
Found at i:5250 original size:180 final size:179
Alignment explanation
Indices: 5025--5636 Score: 638
Period size: 179 Copynumber: 3.4 Consensus size: 179
5015 AATCAAGTTG
* * * *
5025 AAATAGTTATGACTATCTAAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGA-CATTTTGTTTTATCATA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCATTTTGTTTTGTCATA
* * *
5089 AAACAATTGGTTCTATTCATGCAAGCATATTTTGAATAAAATAAGATAAATTTATTAATATTCAA
66 AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAA-AT-AATTTATTAATATTC-A
* * *
5154 AAAATTAATAAGTATAA-TTTTAGAAAATAAAGCTATTT-TCTGAACACATTC
128 AAAATTAATAAGTATAAGATTTAAAAAATAAA-TTATTTATCTGAACACATTC
*
5205 AAATATTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCA-TTTGTTTTGTCATA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCATTTTGTTTTGTCATA
* * * * * *
5269 AACCAATTGTTTCTGTTCAAACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATTCTAATTAATTAATATTC-A
66 AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAA--ATAATTTATTAATATTCAA
* * ** *
5333 AAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTAT-TGAGTGA-GTTC
129 AAATTAATAAGTATAAGATTTAAAAAATAAA-TTATTTATCTGA-ACACATTC
* * * * * * *
5384 AAATAGTTATGATTGTTTGAACAATTATTTATCTCAAATCGTTATGATC-TTTTGTTTTGTTATA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCATTTTGTTTTGTCATA
* * *
5448 AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTTTAATAAAATAATACTAATATATTAACT-TTCT
66 AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAA-A-TAATTTATTAA-TATTC-
*
5512 AAAAATTAATAAGT-TGAAGATTTAAAAAATTAATTAGTTTATC-GAAC-CAGTTC
127 AAAAATTAATAAGTAT-AAGATTTAAAAAATAAATTA-TTTATCTGAACACA-TTC
* * * * * * *
5565 AAATAGTCATGTCCATTTGAACTATTATCTATTTCAAATTATTATGA-CATTTTATTTTGTTATA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCATTTTGTTTTGTCATA
5629 AAACAATT
66 AAACAATT
5637 ATTTTTTATC
Statistics
Matches: 358, Mismatches: 58, Indels: 31
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
178 17 0.05
179 127 0.35
180 113 0.32
181 101 0.28
ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (179 bp):
AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCATTTTGTTTTGTCATA
AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAAATAATTTATTAATATTCAAAA
ATTAATAAGTATAAGATTTAAAAAATAAATTATTTATCTGAACACATTC
Found at i:6055 original size:452 final size:452
Alignment explanation
Indices: 5205--6092 Score: 1105
Period size: 452 Copynumber: 2.0 Consensus size: 452
5195 GAACACATTC
* * *
5205 AAATATTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCATTTGTTTTGTCATAA
1 AAATAGTTATGACTATCTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCATTTGTTTTGTCATAA
* * * * *
5270 ACCAATTGTTTCTGTTCAAACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATTCTAATTAATTAATATTCAAA
66 AACAATTGGTTCTATTCAAACAAGCGTATTTGGAATAAAATAATTCAAATTAATTAATATTCAAA
** * ** * * *
5335 ATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATTGAGTGAGTTCAAATAGTTATGATTGT
131 ATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAGCTATTTATTGAGACAATTCAAATAGTTATGACTAT
* * * * *
5400 TTGAACAATTATTTATCTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCTATT
196 TTGAACAATTATTTATCTCAAATCATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTATATT
* * ** **
5465 CATACAAGTTTATTTTTAATAAAATAATACTAATATATTAACTTTCTAAAAATTAATAAGTTGAA
261 CAAACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATATATTAACTTTCTAAAAATTAATAAGTAAAA
* * *
5530 GATTTAAAAAATTAATTAGTTTATCGAACCAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACTATTATCT
326 GATTTAAAAAATAAATTAGTTTACCGAACCAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACAATTATCT
5595 ATTTCAAATTATTATGACATTTTATTTTGTTATAAAACAATTATTTTTTATCGATCAAGTTG
391 ATTTCAAATTATTATGACATTTTATTTTGTTATAAAACAATTATTTTTTATCGATCAAGTTG
5657 AAATAGTTATGACTATCTAAACAATTATCTATTTCAAAAT-ATTATGA-CATTTTGTTTTGTCAT
1 AAATAGTTATGACTATCTAAACAATTATCTATTTC-AAATCATTATGACCA-TTTGTTTTGTCAT
* ** * *
5720 AAAACAATTGGTTCTATTTATGCAAGCGTATTTTGAATAAAATAATAT-AAATTTATTAATATTC
64 AAAACAATTGGTTCTATTCAAACAAGCGTATTTGGAATAAAATAAT-TCAAATTAATTAATATT-
* * *
5784 CAAAAATTAATAAGTAAAA-TTTTAGAAAATAAAGCTATTTTTTGA-ACACATTCAAATAGTTAT
127 C-AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAGCTATTTATTGAGACA-ATTCAAATAGTTAT
5847 GACTATTTGAACAATTATTTAT-TCAAATCATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAATA-AATTGT
190 GACTATTTGAACAATTATTTATCTCAAATCATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAA-ACAATTGT
* * * * *
5910 TTATGTTTAAATAAGCTTATTTGGAATAAAATAATTCTAAT-TAATTAA-TATTC-CAAAATTAA
254 TTATATTCAAACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATAT-ATTAACT-TTCTAAAAATTAA
* *** * **
5972 TAAGTAAAAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTACCGAGTGAGTTCAAATAGTTATGAT-TGTTTG
317 TAAGTAAAAGATTT-AAAAAATAAATTAGTTTACCGAACCAGTTCAAATAGTCATG-TCCATTTG
* * ** *
6036 AACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGATTTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTATTT
380 AACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACATTTTATTTTGTTATAAAACAATTATTT
6093 CTATTCATAC
Statistics
Matches: 370, Mismatches: 55, Indels: 22
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
451 24 0.06
452 268 0.72
453 61 0.16
454 17 0.05
ACGTcount: A:0.39, C:0.09, G:0.09, T:0.43
Consensus pattern (452 bp):
AAATAGTTATGACTATCTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCATTTGTTTTGTCATAA
AACAATTGGTTCTATTCAAACAAGCGTATTTGGAATAAAATAATTCAAATTAATTAATATTCAAA
ATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAGCTATTTATTGAGACAATTCAAATAGTTATGACTAT
TTGAACAATTATTTATCTCAAATCATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTATATT
CAAACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATATATTAACTTTCTAAAAATTAATAAGTAAAA
GATTTAAAAAATAAATTAGTTTACCGAACCAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACAATTATCT
ATTTCAAATTATTATGACATTTTATTTTGTTATAAAACAATTATTTTTTATCGATCAAGTTG
Found at i:6199 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 5641--7477 Score: 1251
Period size: 181 Copynumber: 10.2 Consensus size: 180
5631 ACAATTATTT
* * * * *
5641 TTTATCGATCAAGTTGAAATAGTTATGACTATCTAAACAATTATCTATTTCAAAAT-ATTATGAC
1 TTTATCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC-AAATCATTATGAC
* * * * * **
5705 ATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTATTTATGCAAGCGTATTTTGAATAAAATAATA-TA
65 TTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACT-
* * * *
5769 AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG-T-AAAATTTTAGAAAATAAAGCTA-
129 AA-TTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTGAAGA-TTTAAAAAATAAA-TTAG
* * *
5821 TTTTTTGAACACA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTA-TTCAAATCATTATGAC
1 TTTATCGAAC-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
** * * * * * ** *
5884 CATTTGTTTTGTCATAAATA-AATTGTTTATGTTTAAATAAGCTTATTTGGAATAAAATAATTCT
65 TTTTTGTTTTGTCATAAA-ACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACT
* ** *
5948 AATTAATTAATATTC-CAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAATAAATTTG
129 AATT-ATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTGAAGATTT-AAAAAATAAATTAG
* *** * * * ** *
6001 TTTACCGAGTGAGTTCAAATAGTTATGATTGTTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGATT
1 TTTATCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACT
* * * ** *
6066 TTTTGTTTTGTTATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGTTTATTTGGAATAAACTAATACTAA
66 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAA
* *
6131 TATATTAACATTCTAAAAATTAATAAGTTGAAGATTTAAAAAATTAATTAG
131 T-TATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTGAAGATTTAAAAAATAAATTAG
* * * * * **
6182 TTTATCAAACCAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACTATTATCTATTTCAAATTGTTATGACA
1 TTTATCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC-
* ** * * * *
6247 TTTTTTTTTTGTTGTAAAAAAATTGTTTCTATTCATACACA-ATTATTTATAATAAAATAATACT
65 TTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACA-AGCTTATTCAGAATAAAATAATACT
* *
6311 AATTTATTACTATATC-AAAAATTAAT-A--TG-AGATTTAAAAACTAAATCTA-
129 AA-TTATTAATAT-TCTAAAAATTAATAAGTTGAAGATTTAAAAAATAAAT-TAG
* ** * * * *
6360 TTTATCGAACTAGTTTGAATAGTTATAACTATTTAAACAATTATCTATCTCAAATCGTTATGA-T
1 TTTATCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACT
* * * * * ** * *
6424 CTTTGTTTTGTCTTAAAACATTTGTTTATGTTCATACAAGCTTATTCAGAGCAAAATATTGCTAA
66 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAA
*
6489 GTTAATAATATTCTAAAAATTAATAAG-T-AAGGATTTAAAAAATAAATGT-G
131 -TTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTGAA-GATTTAAAAAATAAAT-TAG
* * * * * * * *
6539 TTTGTTGATCCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACC
1 TTTATCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACT
* * * *
6604 TTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTC-AGTTCATACACGCTTATTCAAAATAAAATAATACTA
66 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTA
* * **
6668 ATTATTAACATT-TAAAAAATTAATTAGCAAGAA-ATTTAAAAAAATAAATTTA-
130 ATTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAG-TTGAAGATTT-AAAAAATAAA-TTAG
* * * * * * *
6720 TTTACCAAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATCTAAAATCATTATGACC
1 TTTATCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-C
* * * * * * *
6785 TTTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTT-TAGATCATAAAAGCTTGTCCCA-AATAAAATAATAT
65 TTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTAT-TCAGAATAAAATAATAC
* * * * *
6848 TACTTTATTAATATTTTAAAAATTGATAAGTTGAAGATTTAAAACATAAATCAG
128 TA-ATTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTGAAGATTTAAAAAATAAATTAG
* * * * * * * *
6902 TTTATCGAATCAATTAAAATAATTATGGCCATTTGAATATTTATCTATTTCAAATCATTATGAAC
1 TTTATCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG-AC
* * * * *
6967 -TTTTGTTTTGACATAAAATAATTGTTTTTCA-TCATACTAGCTTATTC-GTAATAAAATAATAT
65 TTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATAC
* *
7029 TAACTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCT-G
128 TAA-TTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTTGAAGATTTAAAAAATAAAT-TAG
* * * * * *
7083 TTTATCGAACCAATTCAAATAGTTATGACGATTT--A-TATT-T-TAATT----TC-TTATAACC
1 TTTATCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACT
* * * *
7138 TTTCGTTCTT-TCATAAAACAATTATTTTTATTCATACAAGTTTATTC-GAAATAAAATAATACT
66 TTTTGTT-TTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACT
* * * * * *
7201 AATGTAATAATATTTTGAAAATTAATAA-CTAATAGATTTAAAAAATAAATT-T
129 AAT-TATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTGA-AGATTTAAAAAATAAATTAG
** * * * * * ** * * * **
7253 TTTGCCTAAATCAGTTCAAATAATTAAGGCTATAGGAACAATTCTTTATTTTAAATTGTTATGAC
1 TTTATC-GAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* * * * * *
7318 ATTTTGTTTTATCATAAAATAAAAT-TTTC-AGTTCTTACTAA-CTTATTCAAAATAAAAT-ATA
65 TTTTTGTTTTGTCATAAAA-CAATTGTTTCTA-TTCATAC-AAGCTTATTCAGAATAAAATAAT-
** * * * * *
7379 AAAAATTTATTAATATT-TCAAAAGTTAATCAA--TAAGAGATTTAATAAATAATTTTG
126 ACTAA-TTATTAATATTCT-AAAAATTAAT-AAGTTGA-AGATTTAAAAAATAAATTAG
* * * *
7435 TTT-GCTGAACCAGTTGAAATAATTATGACTATTTGAATAATTA
1 TTTATC-GAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
7478 AAATAAATTA
Statistics
Matches: 1312, Mismatches: 268, Indels: 153
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
170 9 0.01
171 112 0.09
172 5 0.00
173 1 0.00
174 3 0.00
175 4 0.00
176 75 0.06
177 2 0.00
178 89 0.07
179 168 0.13
180 153 0.12
181 434 0.33
182 223 0.17
183 33 0.03
184 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
TTTATCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACT
TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAA
TTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTGAAGATTTAAAAAATAAATTAG
Found at i:6247 original size:633 final size:634
Alignment explanation
Indices: 4994--6270 Score: 2218
Period size: 633 Copynumber: 2.0 Consensus size: 634
4984 CAAAATTAAA
*
4994 AAAAAAATGAATTTTCTTATCAATCAAGTTGAAATAGTTATGACTATCTAAACAATTATCTATTT
1 AAAAAAAT-TATTTTCTTATCAATCAAGTTGAAATAGTTATGACTATCTAAACAATTATCTATTT
5059 CAAAACATTATGACATTTTGTTTTATCATAAAACAATTGGTTCTATTCATGCAAGCATATTTTGA
65 CAAAACATTATGACATTTTGTTTTATCATAAAACAATTGGTTCTATTCATGCAAGCATATTTTGA
*
5124 ATAAAATAAGATAAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTATAATTTTAGAAAATAAAGCTA
130 ATAAAATAAGATAAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAAATTTTAGAAAATAAAGCTA
*
5189 TTTTCTGAACACATTCAAATATTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
195 TTTTCTGAACACATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* *
5254 ATTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTGTTCAAACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATTCTAA
260 ATTTGTTTTGTCATAAACAAATTGTTTATGTTCAAACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATTCTAA
**
5319 TTAATTAATATTCAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATTGAGTGAGTTC
325 TTAATTAATATTCAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAGTGAGTTC
5384 AAATAGTTATGATTGTTTGAACAATTATTTATCTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTTATAA
390 AAATAGTTATGATTGTTTGAACAATTATTTATCTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTTATAA
* ** *
5449 AACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTTTAATAAAATAATACTAATATATTAACTTTCTAA
455 AACAATTATTTCTATTCATACAAGTTTATTTGGAATAAAATAATACTAATATATTAACATTCTAA
*
5514 AAATTAATAAGTTGAAGATTTAAAAAATTAATTAGTTTATCGAACCAGTTCAAATAGTCATGTCC
520 AAATTAATAAGTTGAAGATTTAAAAAATTAATTAGTTTATCAAACCAGTTCAAATAGTCATGTCC
5579 ATTTGAACTATTATCTATTTCAAATTATTATGACA-TTTTATTTTGTTAT
585 ATTTGAACTATTATCTATTTCAAATTATTATGACATTTTTATTTTGTTAT
* *
5628 AAAACAATTATTTT-TTATCGATCAAGTTGAAATAGTTATGACTATCTAAACAATTATCTATTTC
1 AAAAAAATTATTTTCTTATCAATCAAGTTGAAATAGTTATGACTATCTAAACAATTATCTATTTC
* * * *
5692 AAAATATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTATTTATGCAAGCGTATTTTGAA
66 AAAACATTATGACATTTTGTTTTATCATAAAACAATTGGTTCTATTCATGCAAGCATATTTTGAA
* *
5757 TAAAATAATATAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAATTTTAGAAAATAAAGCTAT
131 TAAAATAAGATAAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAAATTTTAGAAAATAAAGCTAT
* *
5822 TTTTTGAACACATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTA-TTCAAATCATTATGACCA
196 TTTCTGAACACATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCA
* * *
5886 TTTGTTTTGTCATAAATAAATTGTTTATGTTTAAATAAGCTTATTTGGAATAAAATAATTCTAAT
261 TTTGTTTTGTCATAAACAAATTGTTTATGTTCAAACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATTCTAAT
5951 TAATTAATATTCCAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTACCGAGTGAGTT
326 TAATTAATATT-CAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAAATAAATTTGTTTACCGAGTGAGTT
* * *
6016 CAAATAGTTATGATTGTTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGATTTTTTGTTTTGTTATA
389 CAAATAGTTATGATTGTTTGAACAATTATTTATCTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTTATA
*
6081 AAACAATTATTTCTATTCATACAAGTTTATTTGGAATAAACTAATACTAATATATTAACATTCTA
454 AAACAATTATTTCTATTCATACAAGTTTATTTGGAATAAAATAATACTAATATATTAACATTCTA
6146 AAAATTAATAAGTTGAAGATTTAAAAAATTAATTAGTTTATCAAACCAGTTCAAATAGTCATGTC
519 AAAATTAATAAGTTGAAGATTTAAAAAATTAATTAGTTTATCAAACCAGTTCAAATAGTCATGTC
* * *
6211 CATTTGAACTATTATCTATTTCAAATTGTTATGACATTTTTTTTTTGTTGT
584 CATTTGAACTATTATCTATTTCAAATTATTATGACATTTTTATTTTGTTAT
6262 AAAAAAATT
1 AAAAAAATT
6271 GTTTCTATTC
Statistics
Matches: 607, Mismatches: 33, Indels: 6
0.94 0.05 0.01
Matches are distributed among these distances:
631 89 0.15
632 238 0.39
633 253 0.42
634 27 0.04
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (634 bp):
AAAAAAATTATTTTCTTATCAATCAAGTTGAAATAGTTATGACTATCTAAACAATTATCTATTTC
AAAACATTATGACATTTTGTTTTATCATAAAACAATTGGTTCTATTCATGCAAGCATATTTTGAA
TAAAATAAGATAAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAAATTTTAGAAAATAAAGCTAT
TTTCTGAACACATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCA
TTTGTTTTGTCATAAACAAATTGTTTATGTTCAAACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATTCTAAT
TAATTAATATTCAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAGTGAGTTCA
AATAGTTATGATTGTTTGAACAATTATTTATCTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTTATAAA
ACAATTATTTCTATTCATACAAGTTTATTTGGAATAAAATAATACTAATATATTAACATTCTAAA
AATTAATAAGTTGAAGATTTAAAAAATTAATTAGTTTATCAAACCAGTTCAAATAGTCATGTCCA
TTTGAACTATTATCTATTTCAAATTATTATGACATTTTTATTTTGTTAT
Found at i:6712 original size:538 final size:542
Alignment explanation
Indices: 5650--7274 Score: 1337
Period size: 538 Copynumber: 3.0 Consensus size: 542
5640 TTTTATCGAT
* * * * * * * *
5650 CAAGTTGAAATAGTTATGACTATCTAAACAATTATCTATTTCAAAATATTATGACA-TTTTGTTT
1 CAAGTTCAAATAGTCATGACCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTATTATGACATTTTTATTT
* * * *
5714 TGTCATAAAACAATTGGTTCTATTTATGCAAGCGTATTTTGAATAAAATAATATAAATTTATTAA
66 TGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGAGTATTTTGAATAAAATAATATAAATTTATTAA
* *
5779 TATTCCAAAAATTAATAAGTAAAATTTTAGAAAATAAAGCTATTTTTTGAACACATTCAAATAGT
131 TATTCCAAAAATTAATAAGTAAAATTTTAGAAAATAAAGCTATTTATCGAACACATTCAAATAGT
* * *
5844 TATGACTATTTGAACAATTATTTATTCAAATCATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAATAAATTG
196 TATAACTATTTAAACAATTATCTATTCAAATCATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAATAAATTG
* * ** * *
5909 TTTATGTTTAAATAAGCTTATTTGGAATAAAATAATTCTAATTAATTAATATTCCAAAATTAATA
261 TTTATGTTCAAACAAGCTTATTCAGAACAAAATAATTCTAATTAATTAATATTCAAAAATTAATA
* * * * * *
5974 AGTAAAAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTACCGAGTGAGTTCAAATAGTTATGATTGTTTGAAC
326 AGTAAAAGATTTAAAAAAATAAATGTGTTTACCGAGTCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAAC
* ** * ** * *
6039 AATTATTTATTTCAAATTGTTATGATTTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTATTTCTATTCATACA
391 AATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACA
* *** * **
6104 AGTTTATTTGGAATAAACTAATACTAATATATTAACATTCTAAAAATTAATAAGTTGAAGATTTA
456 AGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATATATTAACATTCTAAAAATTAATAAGAAGAAGATTTA
* *
6169 AAAAATTAA-TTAGTTTATCAAA
521 AAAAATAAATTTA-TTTACCAAA
* * * *
6191 CCAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACT-ATTATCTATTTCAAATTGTTATGACATTTTTTTT
1 CAAGTTCAAATAGTCATGACCATTTGAA-TAATTATCTATTTCAAATTATTATGACATTTTTATT
** * *
6255 TTGTTGTAAAAAAATTGTTTCTATTCATACACA-ATTATTTAT-AATAAAATAATACT-AATTTA
65 TTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACA-AGAGTATTT-TGAATAAAATAATA-TAAATTTA
* * * * * *
6317 TTACTATAT-CAAAAATTAAT-A-TGAGA-TTTA-AAAACTAAATCTATTTATCGAACTA-GTTT
127 TTAATAT-TCCAAAAATTAATAAGTAAAATTTTAGAAAA-TAAAGCTATTTATCGAAC-ACATTC
* * * *
6376 GAATAGTTATAACTATTTAAACAATTATCTATCTCAAATCGTTATGATC-TTTGTTTTGTCTTAA
189 AAATAGTTATAACTATTTAAACAATTATCTAT-TCAAATCATTATGACCATTTGTTTTGTCATAA
* * *
6440 A-ACATTTGTTTATGTTCATACAAGCTTATTCAGAGCAAAAT-ATTGCTAAGTTAA-TAATATTC
253 ATA-AATTGTTTATGTTCAAACAAGCTTATTCAGAACAAAATAATT-CTAA-TTAATTAATATTC
* ***
6502 TAAAAATTAATAAGT-AAGGATTT-AAAAAATAAATGTGTTTGTTGA-TCCAGTTCAAATAGTTA
315 -AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAATAAATGTGTTTACCGAGT-CAGTTCAAATAGTTA
* * *
6564 AGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGT
378 AGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTAT
*
6629 TTC-AGTTCATACACGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAT-TATTAACATT-TAAAAAATTAA
443 TTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATATATTAACATTCT-AAAAATTAA
*
6691 TTAGCAAGAA-ATTTAAAAAAATAAATTTATTTACCAAA
506 TAAG-AAGAAGATTT-AAAAAATAAATTTATTTACCAAA
* * * * * * *
6729 CAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATCTAAAATCATTATGACCTTTTTATTT
1 CAAGTTCAAATAGTCATGACCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTATTATGACATTTTTATTT
* * * ** * **** * *
6794 TATCATAAAACAATTGTTT-TAGATCATAAAAGCTTGTCCCAAATAAAATAATATTACTTTATTA
66 TGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGAGTATTTTGAATAAAATAATATAAATTTATTA
** * * * *
6858 ATATTTTAAAAATTGATAAGTTGAAGA-TTTA-AAACATAAATC-AGTTTATCGAATCA-ATTAA
130 ATATTCCAAAAATTAATAAG-T-AAAATTTTAGAAA-ATAAAGCTA-TTTATCGAA-CACATTCA
* ** * * * * * * *
6919 AATAATTATGGCCATTTGAATATTTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGACATAAA
190 AATAGTTATAACTATTTAAACAATTATCTA-TTCAAATCATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAA
* ** * * *
6984 -ATAATTGTTTTTCATCATACTAGCTTATTC-GTAATAAAATAATAT-TAACTT-ATTAATATTT
254 TA-AATTGTTTATGTTCAAACAAGCTTATTCAG-AACAAAATAAT-TCTAA-TTAATTAATA-TT
** * * ** * *
7045 CAAAAATTAATAAGTAGGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTATCGAACCAATTCAAATAGTTAT
314 CAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAATAAATGTGTTTACCGAGTCAGTTCAAATAGTTAA
* * * * * *
7109 GACGATT--TA-TATT-T-TAATT----TC-TTATAACCTTTCGTTCT-TTCATAAAACAATTAT
379 GACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTT-TAGTCATAAAACAATTAT
* * * * * * * *
7163 TTTTATTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATGTAATAATATTTTGAAAATTAATA
443 TTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATATATTAACATTCTAAAAATTAATA
* * *
7228 ACTAA-TAGATTTAAAAAATAAATTT-TTTGCCTAAA
508 A-GAAGAAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACC-AAA
7263 TC-AGTTCAAATA
1 -CAAGTTCAAATA
7275 ATTAAGGCTA
Statistics
Matches: 880, Mismatches: 155, Indels: 105
0.77 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
533 5 0.01
534 87 0.10
535 29 0.03
536 2 0.00
537 34 0.04
538 251 0.29
539 121 0.14
540 36 0.04
541 51 0.06
542 139 0.16
543 75 0.09
544 49 0.06
545 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (542 bp):
CAAGTTCAAATAGTCATGACCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTATTATGACATTTTTATTT
TGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGAGTATTTTGAATAAAATAATATAAATTTATTAA
TATTCCAAAAATTAATAAGTAAAATTTTAGAAAATAAAGCTATTTATCGAACACATTCAAATAGT
TATAACTATTTAAACAATTATCTATTCAAATCATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAATAAATTG
TTTATGTTCAAACAAGCTTATTCAGAACAAAATAATTCTAATTAATTAATATTCAAAAATTAATA
AGTAAAAGATTTAAAAAAATAAATGTGTTTACCGAGTCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAAC
AATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACA
AGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATATATTAACATTCTAAAAATTAATAAGAAGAAGATTTA
AAAAATAAATTTATTTACCAAA
Found at i:7021 original size:719 final size:720
Alignment explanation
Indices: 5641--7108 Score: 1612
Period size: 719 Copynumber: 2.0 Consensus size: 720
5631 ACAATTATTT
* * *
5641 TTTATCGATCAAGTTGAAATAGTTATGACTATCTAAACAATTATCTATTTCAAAATATTATGACA
1 TTTATCGAACAAGTTGAAATAGTTATAACTATCTAAACAATTATCTATCTCAAAATATTATGACA
* ** *
5706 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTATTTATGCAAGCGTATTTTGAATAAAATAATATAAA
66 -TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTATTTATACAAGCGTATTCAGAACAAAATAATATAAA
* * * *
5771 TTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAATTTTAGAAAATAAAGCTATTTTTTGAACACATT
130 GTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAATTTTAAAAAATAAAGCTATTTGTTGAACACATT
* * * * *
5836 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTCAAATCATTATGACCATTTGTTTTGTCATAA
195 CAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTCAAATCATTATAACCATTTGTTTAGTCATAA
* * *** * * **
5901 ATAAATTGTTTATGTTTAAATAAGCTTATTTGGAATAAAATAATTCTAATTAATTAATATTCCAA
260 ATAAATTGTTTATGTTCAAACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTAATTAACATTAAAA
* * * *** *
5966 AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTACCGAGTGAGTTCAAATAGTTATGATT
325 AATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAAATAAATTTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACT
* * * * ** * * * *
6031 GTTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGATTTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTATTTCTA
390 ATTTGAACAATTATCTATCTAAAATCATTATGACTTTTTATTTTATCATAAAACAATTATTTCTA
* * * **** *
6096 TTCATACAAGTTTATTTGGAATAAACTAATACTAATATATTAACATTCTAAAAATTAATAAGTTG
455 ATCATAAAAGCTTATCCCAAATAAAATAATACTAATATATTAACATTCTAAAAATTAATAAGTTG
* * * * * *
6161 AAGATTTAAAAAATTAATTAGTTTATCAAACCAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACTATTAT
520 AAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTATCAAACCAATTAAAATAATCATGGCCATTTGAACTATTAT
** * * ***
6226 CTATTTCAAATTGTTATGACATTTTTTTTTTGTTGTAAAAAAATTGTTTCTATTCATACACAATT
585 CTATTTCAAATCATTATGACACTTTTGTTTTGACATAAAAAAATTGTTTCTATTCATACAC-ATT
* * * *
6291 ATTTATAATAAAATAATACTAATTTATTACTATATCAAAAATTAAT-A-T-GAGATTTAAAAACT
649 ATTCATAATAAAATAATACTAACTTATTAATATATCAAAAATTAATAAGTAGAGATTTAAAAAAT
6353 AAATCTA
714 AAATCTA
* * *
6360 TTTATCGAACTAGTTTG-AATAGTTATAACTATTTAAACAATTATCTATCTC-AAATCGTTATGA
1 TTTATCGAACAAG-TTGAAATAGTTATAACTATCTAAACAATTATCTATCTCAAAAT-ATTATGA
* * * * *
6423 TC-TTTGTTTTGTCTTAAAAC-ATTTGTT-TATGTTCATACAAGCTTATTCAGAGCAAAATATTG
64 -CATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTAT-TT-ATACAAGCGTATTCAGAACAAAATAAT-
* * * *
6485 CT-AAGTTAATAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGGA-TTTAAAAAATAAATG-TGTTTGTTGA
125 ATAAAGTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA-AATTTTAAAAAATAAA-GCTATTTGTTGA
* * *
6547 TC-CAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTTTGTT
188 ACACA-TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTA-TTCAAATCATTATAACCATTTGTT
* *
6611 TAGTCATAAA-ATAATTGTTTCA-GTTCATACACGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATT-AT
251 TAGTCATAAATA-AATTGTTT-ATGTTCAAACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTAAT
* *
6673 TAACATTTAAAAAATTAATTAGCAAGAA-ATTTAAAAAAATAAATTTATTTACCAAACAAGTTTA
314 TAACA-TTAAAAAATTAATAAGCAA-AAGATTTAAAAAAATAAATTTATTTACCAAACAAGTTCA
*
6737 AATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATCTAAAATCATTATGACCTTTTTATTTTATCATAA
377 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTAAAATCATTATGA-CTTTTTATTTTATCATAA
* * * * * * *
6802 AACAATTGTTT-TAGATCATAAAAGCTTGTCCCAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTTA
441 AACAATTATTTCTA-ATCATAAAAGCTTATCCCAAATAAAATAATACTAATATATTAACATTCTA
* * * * *
6866 AAAATTGATAAGTTGAAGATTTAAAACATAAATCAGTTTATCGAATCAATTAAAATAATTATGGC
505 AAAATTAATAAGTTGAAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTATCAAACCAATTAAAATAATCATGGC
*
6931 CATTTGAA-TATTTATCTATTTCAAATCATTATGA-ACTTTTGTTTTGACATAAAATAATTGTTT
570 CATTTGAACTA-TTATCTATTTCAAATCATTATGACACTTTTGTTTTGACATAAAAAAATTGTTT
* * * *
6994 TTCA-TCATACTAGC-TTATTCGTAATAAAATAATATTAACTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
634 CT-ATTCATAC-A-CATTATTCATAATAAAATAATACTAACTTATTAATATATCAAAAATTAATA
*
7057 AGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTG
696 AGTA-GAGATTTAAAAAATAAATCTA
*
7083 TTTATCGAACCAA-TTCAAATAGTTAT
1 TTTATCGAA-CAAGTTGAAATAGTTAT
7109 GACGATTTAT
Statistics
Matches: 616, Mismatches: 107, Indels: 48
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
716 3 0.00
717 10 0.02
718 129 0.21
719 278 0.45
720 153 0.25
721 2 0.00
722 2 0.00
723 37 0.06
724 2 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (720 bp):
TTTATCGAACAAGTTGAAATAGTTATAACTATCTAAACAATTATCTATCTCAAAATATTATGACA
TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTATTTATACAAGCGTATTCAGAACAAAATAATATAAAG
TTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAATTTTAAAAAATAAAGCTATTTGTTGAACACATTC
AAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTCAAATCATTATAACCATTTGTTTAGTCATAAA
TAAATTGTTTATGTTCAAACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTAATTAACATTAAAAA
ATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAAATAAATTTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTA
TTTGAACAATTATCTATCTAAAATCATTATGACTTTTTATTTTATCATAAAACAATTATTTCTAA
TCATAAAAGCTTATCCCAAATAAAATAATACTAATATATTAACATTCTAAAAATTAATAAGTTGA
AGATTTAAAAAATAAATCAGTTTATCAAACCAATTAAAATAATCATGGCCATTTGAACTATTATC
TATTTCAAATCATTATGACACTTTTGTTTTGACATAAAAAAATTGTTTCTATTCATACACATTAT
TCATAATAAAATAATACTAACTTATTAATATATCAAAAATTAATAAGTAGAGATTTAAAAAATAA
ATCTA
Found at i:7463 original size:715 final size:715
Alignment explanation
Indices: 5707--7477 Score: 1528
Period size: 719 Copynumber: 2.5 Consensus size: 715
5697 ATTATGACAT
** * * * * ** *
5707 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTATTTATGCAAGCGTATTTTGAATAAAATAATA-TAAA
1 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTATATTCATACAAGCTTATTCAGAACAAAATAATACT-AA
* * * * * * * *
5771 TTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAA-ATTTTAGAAAATAAA-GCTATTTTTTGAA-CAC
65 GTTAATAATATTCTAAAAATTAATAACTAAAGA-TTTAAAAAATAAATG-T-GTTTGTAAATC-C
* * * * * *
5833 A-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTA-TTCAAATCATTATGACCA-TTTGTTTTG
126 AGTTCAAATAATTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT-AACATTTTGTTTAG
* * * *** ***
5895 TCAT-AAATAAATTGTTT-ATGTTTAAATA-AGCTTATTTGGAATAAAATAATTCTAATTAATTA
190 TCATAAAATAAA-TGTTTCA-GTTCATACACA-CTTATTCAAAATAAAATAATAAAAATT-ATTA
* ** * * * *** *
5957 ATA-TTCCAAAATTAAT-AAGTAA-AAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTACCGAGTGAGTTCAA
251 ACATTTAAAAAATTAATCAA-CAAGAA-ATTTAAAAAAATAAATTTATTTACCAAACAAGTTGAA
* * * * * * * ** * * * *
6019 ATAGTTATGATTGTTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA-TTTTTTGTTTTGTTATAAA
314 ATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATCTAAAATCATTATGACCTTTTTATTTTATCATAAA
* * * * * **** *
6083 ACAATTATTTCTA-TTCATACAAGTTTATTTGGAATAAACTAATACTAATATATTAACATTCTAA
379 ACAATTGTTT-TAGATCATAAAAGCTTGTCCCAAATAAAATAATACTAATATATTAACATTCTAA
* * * * * *
6147 AAATTAATAAGTTGAAGATTTAAAAAATTAATTAGTTTATCAAACCAGTTCAAATAGTCATGTCC
443 AAATTAATAAGTTGAAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTATCAAACCAATTAAAATAATCATGGCC
** * * ***
6212 ATTTGAACTATTATCTATTTCAAATTGTTATGACATTTTTTTTTTGTTGTAAAAAAATTGTTTCT
508 ATTTGAACTATTATCTATTTCAAATCATTATGACACTTTTGTTTTGACATAAAAAAATTGTTTCT
* * *
6277 ATTCATACACAATTATTTATAATAAAATAATACTAATTTATTACTATATCAAAAATTAATATGAG
573 ATTCATACAC-ATTATTCATAATAAAATAATACTAACTTATTAATATATCAAAAATTAATATGAG
* * * ** *
6342 ATTTAAAAACTAAATCTATTTATCGAACTAGTTTGAATAGTTATAACTATTTAAACAATTATCTA
637 ATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACCAATTCAAATAGTTATAACGATTT----AATTATCTA
* *
6407 TCTCAAATCGTTATGATC
698 TCTCAAATCGTTATAACC
* * * * * * *
6425 TTTGTTTTGTCTTAAAACATTTGTTTATGTTCATACAAGCTTATTCAGAGCAAAATATTGCTAAG
1 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTATATTCATACAAGCTTATTCAGAACAAAATAATACTAAG
* * **
6490 TTAATAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGTTGATCCAGTTC
66 TTAATAATATTCTAAAAATTAATAACTAAAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGTAAATCCAGTTC
* * *
6555 AAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAA
131 AAATAATTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACATTTTGTTTAGTCATAA
* * **
6620 AATAATTGTTTCAGTTCATACACGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTATTAACATTTAAAA
196 AATAAATGTTTCAGTTCATACACACTTATTCAAAATAAAATAATAAAAATTATTAACATTTAAAA
* * * *
6685 AATTAATTAGCAAGAAATTTAAAAAAATAAATTTATTTACCAAACAAGTTTAAATAGTTATGACT
261 AATTAATCAACAAGAAATTTAAAAAAATAAATTTATTTACCAAACAAGTTGAAATAATTATGACT
6750 ATTTGAATAATTATCTATCTAAAATCATTATGACCTTTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTTA
326 ATTTGAATAATTATCTATCTAAAATCATTATGACCTTTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTTA
* * * * * *
6815 GATCATAAAAGCTTGTCCCAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTTAAAAATTGATAAGTT
391 GATCATAAAAGCTTGTCCCAAATAAAATAATACTAATATATTAACATTCTAAAAATTAATAAGTT
* * * *
6880 GAAGATTTAAAACATAAATCAGTTTATCGAATCAATTAAAATAATTATGGCCATTTGAA-TATTT
456 GAAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTATCAAACCAATTAAAATAATCATGGCCATTTGAACTA-TT
* *
6944 ATCTATTTCAAATCATTATGA-ACTTTTGTTTTGACATAAAATAATTGTTTTTCA-TCATACTAG
520 ATCTATTTCAAATCATTATGACACTTTTGTTTTGACATAAAAAAATTGTTTCT-ATTCATAC-A-
* * *
7007 C-TTATTCGTAATAAAATAATATTAACTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAA
582 CATTATTCATAATAAAATAATACTAACTTATTAATATATCAAAAATTAAT-A-T--GAGATTTAA
* * *
7071 AAAATAAATCTGTTTATCGAACCAATTCAAATAGTTATGACGATTT-A-TAT-T-T-T-AATTTC
643 AAAATAAATCTATTTATCGAACCAATTCAAATAGTTATAACGATTTAATTATCTATCTCAA-ATC
7130 -TTATAACC
707 GTTATAACC
* * *
7138 TTTCGTTCTT-TCATAAAACAATTATTTTTATTCATACAAGTTTATTC-GAAATAAAATAATACT
1 TTT-GTT-TTGTCATAAAACAATTATTTATATTCATACAAGCTTATTCAG-AACAAAATAATACT
* * *
7201 AA-TGTAATAATATTTTGAAAATTAATAACTAATAGATTTAAAAAATAAAT-TTTTTGCCTAAAT
63 AAGT-TAATAATATTCTAAAAATTAATAACTAA-AGATTTAAAAAATAAATGTGTTTG--TAAAT
* * * * ** *
7264 -CAGTTCAAATAATTAAGGCTA-TAGGAACAATTCTTTATTTTAAATTGTTATGACATTTTGTTT
124 CCAGTTCAAATAATTAAGACTATTA-GAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACATTTTG-TT
*
7327 TA-TCATAAAATAAAAT-TTTCAGTTCTTACTA-ACTTATTCAAAATAAAAT-ATAAAAAATTTA
187 TAGTCATAAAAT-AAATGTTTCAGTTCATAC-ACACTTATTCAAAATAAAATAAT-AAAAA-TTA
* * * * * * * * * ** *
7388 TTAATATTTCAAAAGTTAATCAATAAGAGATTT-AATAAATAATTTTGTTTGCTGAACCAGTTGA
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TTAATAATATTCTAAAAATTAATAACTAAAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGTAAATCCAGTTC
AAATAATTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACATTTTGTTTAGTCATAA
AATAAATGTTTCAGTTCATACACACTTATTCAAAATAAAATAATAAAAATTATTAACATTTAAAA
AATTAATCAACAAGAAATTTAAAAAAATAAATTTATTTACCAAACAAGTTGAAATAATTATGACT
ATTTGAATAATTATCTATCTAAAATCATTATGACCTTTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTTA
GATCATAAAAGCTTGTCCCAAATAAAATAATACTAATATATTAACATTCTAAAAATTAATAAGTT
GAAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTATCAAACCAATTAAAATAATCATGGCCATTTGAACTATTA
TCTATTTCAAATCATTATGACACTTTTGTTTTGACATAAAAAAATTGTTTCTATTCATACACATT
ATTCATAATAAAATAATACTAACTTATTAATATATCAAAAATTAATATGAGATTTAAAAAATAAA
TCTATTTATCGAACCAATTCAAATAGTTATAACGATTTAATTATCTATCTCAAATCGTTATAACC
Found at i:16322 original size:181 final size:181
Alignment explanation
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15463 ATCTTAGTAA
** * * * *
15473 CTTATTTGGAATAAAATAA-AATAAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTATGGGATTTAA
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* * ** * * * * * *
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65 AAAATAAATTTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
* * * * * * *
15601 ATCGTTATGACTTTTTCTTTTGTCATAAAACAAATGTTTT-TGTTCATATAAG
130 ATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAAC-AATTTTTTCTATTCATACAAG
* * ** * * * * *
15653 TTTGTTTGGAATAAAATAATATTAATCTATTCATATTTTGAAAATTAAGAAGTAAGAGATTTAAA
1 CTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAA
* * * ** * * *
15718 AAATAAATCTATTTACTAAACCAGTTCAGTTAGTTATAACTATTTAAACAATTCTTTATTTCAAA
66 AAATAAATTTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA
* * * *
15783 TCATTATGACCATTT-TTTTGTCATAAAATAATTGTTTT-TGTTCATAC-AG
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* * * * * *
15832 TCTT-TTTCAGAATAAAGTAATGCTAATGTATTAATATTTTGAAAATTCATAAGTAACAGATTTA
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* * ** ** * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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1 CTTATTTCAAATAAAATAATA-CTAATTTATTAATATT-TAGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA
* ** *
16075 AAAAATGAAA-CTATTTTTCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
64 AAAAAT-AAATTTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * *
16139 AAATCATTAGGACCTTTTATTTTATCATAAAACAATTTTTTCTACTCATACAAG
128 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTTTTTCTATTCATACAAG
* * * * *
16193 CTTATTTCAAATAAAATTATACAAATTTATTAATATTTAGACATTTAATAAGTAAAAGATTTAAA
1 CTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAA
* * * * * * * *
16258 AAATAATTTTTTTTACCAAATAAGTTTAAATAGTTATAACTGTTTGAATACTTATTTATTTCAAA
66 AAATAAATTTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA
* * * * *
16323 CCATTATGACATTTTGTTTTATCATAAAACAGTTGTTTT-TCTCCATACAAG
131 TCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATT-TTTTCTATTCATACAAG
** * * * * * * *
16374 CTTATTTGGATTAAAATAATACTAATTTTTTACTATTTTGATAATTAATAAGTAAAAGATTTTAA
1 CTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAA
* * * * ** *
16439 AAATAAATATATTTACCTAACAAGTTCAAATAGTCATAAGTATTTGAGTAATTATCTATTTAAAA
66 AAATAAATTTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA
* * * * * * * *
16504 TCATTTTGACCTTTTGTTTCATCCTAAAACAATTGTATCAATTCATATAGG
131 TCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTTTTTCTATTCATACAAG
* * *
16555 CTTA-TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCA-AAAAATAATGAGTAAGAGATTTA
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CTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAA
AAATAAATTTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA
TCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTTTTTCTATTCATACAAG
Found at i:16715 original size:41 final size:42
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16648 TTGTAAGCGA
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Statistics
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TTATTAATATTAAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAT
Found at i:17195 original size:181 final size:179
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16686 AAGATTTAAA
*
16696 AATTTATTAATA-TT-AAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAAT
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* * * * * * *
16759 AAATTCAAATCGTTATGACTATCTGAATAATTATTTATTTCAAATTC-TTATGACTTTTTTATTT
64 AAGTTCAAATAGTTATGACTATCTTAATAATTATCTATTTCAAA-TCATTATAAC-ATTTTGTTT
* * * * *
16823 TGTCATAAAACAATTGTTTCCATCCA-TACGAGCTTATTCGGATTAAAATAATATT
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* * * * *
16878 GATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAGATTTTTAAAAAATAAGTTTA-CTA---AAC
1 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGA--TTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAAC
* * * *
16939 AAGTTCAAATAGTCATTACTAT-TTGAATAATTATCTACTTCAAATCATTGTAACATTTTGTTTT
64 AAGTTCAAATAGTTATGACTATCTT-AATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACATTTTGTTTT
* * *
17003 GTAACAAAACAATTGTTTCAATTCATGTTAGCTTATTTGAAATAAAATAATACT
128 GTCATAAAACAATTGTTTCAATTCAT-TAAGCTTATTTGAAATAAAATAATA-T
* * *
17057 AATTTACTAATATTTCAAAAATTAAAAAGTAAGAA-ATTAAAAAAATAAATCTATTTATCGAACA
1 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACA
* * *
17121 AGTTCAAATAATTATGACTATCTTAATAATTATCTATTTCAAAACATTACAACATTTTGTTTTGT
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* * *
17186 CATAAAACAATTGGTTCTATTCATTCAAGCTTATTTCAAATAAAATAATAT
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* * * *
17237 AAATTTATTGATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTTAAAAATAAATTTATTTA
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GTTCAAATAGTTATGACTATCTTAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACATTTTGTTTTGTC
ATAAAACAATTGTTTCAATTCATTAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAT
Found at i:17999 original size:17 final size:18
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*
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Found at i:18261 original size:181 final size:179
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17298 TTAATGTTCC
* * * ** * * *
17308 AAAACCAATTGTTTCTATTTATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATAATATTTTATTACTATTT
1 AAAA-CAATTGTTTATCTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TT
* * * * *
17373 TGAAAATTAATAA-CA-A-ATTTAAAAACTAAATCTCTTTACTGAACCAATTCAAATAGTTATGA
64 TAAAAATTAATAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAATCAATTCAAATAGTTATGA
* * *
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* * * * * * * * * * * *
17485 AAAATATTTAATTTTTGTTCA-ACAAGCTTATTCAGAGTAAAATATTGCTAAATTAATAATAGTC
1 AAAACAATT-GTTTATCTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TT
* * * * *
17549 TAAACA-T--TAATAAG-GATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCTGAATCAGTTCAAATAGTTAAGA
64 TAAAAATTAATAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAATCAATTCAAATAGTTATGA
* * * * ** * *
17610 CTACTAGAACAATTGTTTATTTCAAATTATTTTGACCTTTTGTTTAGTCAT
129 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * * * *
17661 AAAATAATTGCTTCAAC-TCATACATGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA-TTATTAACATTC
1 AAAACAATTG-TTTATCTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-
* * * * * * * * * *
17724 AAAAAATTATTAAGTAA-AAAATTAGAAAAA-ATATCTATTTACCGAA-AAATTCAAAT-TTTTT
64 TAAAAATTAATAA-TAAGAGATTTA-AAAAATAAATCTGTTTACTGAATCAATTCAAATAGTTAT
* * * *
17785 GACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACCTTATATTTTATCAT
127 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * * * * *
17838 AAAACAATTGTTTCA-GTTCATAAAAGGTTA-TCTGAAATCAAATAATA-TCAGTTTATTAATAT
1 AAAACAATTGTTT-ATCTTCATACAAGCTTATTC-AAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATAT
* * * * * *
17900 TATAAAAATTGATAAGTTAGAGATTTAAAACATAAAT-TAGTTTA-TCAAATCAGTTCAAATAAT
63 T-TAAAAATTAATAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCT-GTTTACT-GAATCAATTCAAATAGT
* * * * *
17963 TAT-AGCTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTG-TTTGCCAT
124 TATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * *
18018 AAAACAATTGTTTTTCATCATACAAGCCTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTG
1 AAAACAATTGTTTATCTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-
18083 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-TCGAATCAATTCAAATAGTTATG
65 AAAAATTAATAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-GAATCAATTCAAATAGTTATG
* * * *
18147 ACTATTTGAATAATTATATATTTCCAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCAT
128 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * *
18199 AAAACAATTATTTATCTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATCTAGTAATATTAT
1 AAAACAATTGTTTATCTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-T
* * * * * * *
18264 GAAATTTAATAACTGATAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACCAATTCAAATAGTTA-AA
65 AAAAATTAATAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAATCAATTCAAATAGTTATGA
* * * * **
18328 GCTATATAAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTTGT
129 -CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * * * * * * *
18380 AAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTC
1 AAAACAATTGTTTATCTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTA
*
18445 AAAATT--TAATAAGAGATTTAATAAATAAATCT
66 AAAATTAATAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCT
18477 ATCTACCATA
Statistics
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Consensus pattern (179 bp):
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AAAATTAATAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAATCAATTCAAATAGTTATGACT
ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
Found at i:18287 original size:361 final size:351
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Indices: 17336--18535 Score: 1076
Period size: 361 Copynumber: 3.4 Consensus size: 351
17326 TTATACAAAA
* * * *
17336 TTATTCAAAATAAAATAATAATATTTTATTACTATTTTG-AAAATTAATAA-CAA-ATTTAAAAA
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* * *
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* * * * * * *
17463 GTTATGA-TTTTTGTTTTGTCCTAAAATATTTAATTTTTGTTCA-ACAAGCTTATTCAGAGTAAA
127 GTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-ATTTATGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAA
* * * * *
17526 ATATTGCTAAATTAATAATAGTCTAAACATTAATAA-G--GATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCT
191 ATAATACTAAATTAATAATATTATAAA-ATTAATAATGAAGATTTAAAAAATAAAT-TGTTTACT
* * * * *
17588 GAATCAGTTCAAATAGTTAAGACTACTA-GAACAATTGTTTATTTCAAATTATTTTGACCTTTTG
254 GAATCAGTTCAAATAGTTAAG-CTA-TATAAATAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTG
* * *
17652 TTTAGTCATAAAATAATTG--CTTCAACTCATACATGC
317 TTT-GTCATAAAACAATTGTTTTTC-A-TCATACAAGC
* ** * * *
17688 TTATTCAAAATAAAATAATACTAA-TTATTAACATTCAAAAAATTATTAAGTAAAAAATTAGAAA
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* * * * *
17752 AA-ATATCTATTTACCGAAAAATTCAAAT-TTTTTGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATC
64 AATAAATCTATTTA-CGAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-CAATC
* * * * * * * *
17815 GTTATGACCTTATATTTTATCATAAAACAATTGTTTCA-GTTCATAAAAGGTTA-TCTGAAATCA
127 GTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT-ATGTTCATACAAGCTTATTC-AAAATAA
** * * * *
17878 AATAATA-TCAGTTTATTAATATTATAAAAATTGATAAGTTAGAGATTTAAAACATAAATTAGTT
190 AATAATACT-AAATTAATAATATTAT-AAAATTAATAA-TGA-AGATTTAAAAAATAAATT-GTT
* * * * *
17942 TA-TCAAATCAGTTCAAATAATTATAGCTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACT
250 TACT-GAATCAGTTCAAATAGTTA-AGCTATATAAATAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCT
*
18006 TTTGTTTGCCATAAAACAATTGTTTTTCATCATACAAGC
313 TTTGTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATCATACAAGC
*
18045 CTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTGAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
1 TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTGAAAAATTAATAA-TAA-AGATTTAAAA
* * *
18110 AATAAATCTGTTTATCGAATCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATATATTTCCAAT
64 AATAAATCTATTTA-CGAA-CAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-CAAT
* *
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* *
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* * *
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** * ** * *
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* * * *
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1 TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTGAAAAATTAATAATAA-AGATTTAAAAA
* * * * * * ** *
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Indices: 31031--31080 Score: 57
Period size: 10 Copynumber: 4.9 Consensus size: 10
31021 ATTATTAGTT
31031 TATTTAATTAA
1 TATTTAATT-A
31042 TATTTAATTA
1 TATTTAATTA
* *
31052 TAGTTAAATA
1 TATTTAATTA
31062 TATTCTAATT-
1 TATT-TAATTA
31072 TATTTAATT
1 TATTTAATT
31081 TTTAAATCTC
Statistics
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Consensus pattern (10 bp):
TATTTAATTA
Found at i:32138 original size:555 final size:554
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Indices: 31354--32836 Score: 1285
Period size: 555 Copynumber: 2.7 Consensus size: 554
31344 AAACAATTGG
* * * * *
31354 TTTATAACGAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATGGTTGAAATTATT
1 TTTACAACAAAACAAAAGTTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGTTG-AACTATT
31419 TGAACTGATTCGATAAACTAATTTATTTTTTAAATATCTAACTTATAAATTTTTGAAATATTAAT
65 TGAACTGATTCGATAAACTAATTTATTTTTTAAATATCTAACTTATAAATTTTTGAAATATTAAT
* * * * * *
31484 AAATAATATTATTTTTATTTCGAATAAGCTTTTACGCACTGAAATAATTGTTTTATGATAAAATA
130 AAATAATATTATTTTTATTTCGAATAAACTTTTACGCAATGAAACAATTGTTTTATAACAAAAGA
* * * *
31549 AAAGGTCATAATGATTTTAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAA-TAATTTTAACTT-ATTCA
195 AAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAACTTGATT-A
* * *
31612 GTAAACTGATTTATGTTTTTTTAAT-TTCTTGCTTATTAATTTTT-TAAATGTTAATAAATTAAT
258 GTAAAC--A--AAT-TTTTTTTAATCTT-TTACTTATTAATTTTTGAAAAT-TTAATAAATTAAT
** * * *
31675 ATTATTATATT-TCAAATTGGCATGTATGAGCTA-AAACAATT-ATTTTATGACTAAACAAAAAG
316 ATTATTATATTCT-AAATAAGCATGTATGA-ATAGAAACAATTGA-TTTATCACAAAACAAAAAG
* * * *
31737 TCAAAACAAGTTGAAATAGATAATTGTTCT-AATAGTCTTAACTATTTGAAC-TGATTC-GATAA
378 TCAAAACAAGTTGAAATAGATAAATGTT-TAAATAGTCATAACTATTTAAACGTG-TTCAGAAAA
* *
31799 ACACATTTATT-TTT-AA-A-TCCTTATT-ATTTTTTGAAATAGTAATAAA-TTAGTATTATTTT
441 ACAAATTTATTGTTTAAATATTACTTATTAATTTTTTG-AATAGTAATAAATTTA-TATTATTTT
31858 ATTTTGAATAATTTTGTATGGATACCAATTATTCTAAATCATTGGTATTAT
504 ATTTTGAATAATTTTGTATGGATACCAATTATTCTAAATCATTGGTATTAT
31909 TTTACAACAAAACAAAA-TGTCATAATAATTTGAAATAGATAA-TAGTTCAAATGGATATG-ACT
1 TTTACAACAAAACAAAAGT-TCATAATAATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAATGG-T-TGAACT
* * * *
31971 ATTTGAACTTG-TTTGCTAAA-TAGATTTATTTTTTAAATCTCCT-ACTTATTAATTTTT-AGAA
62 ATTTGAAC-TGATTCGATAAACTA-ATTTATTTTTTAAATAT-CTAACTTATAAATTTTTGA-AA
* * *
32032 TGTTAATAAATTAATATTA-TTTTATTTTGAATAAACTTTTATG-AATAGAAACAATTGTTTTAT
123 TATTAATAAA-TAATATTATTTTTATTTCGAATAAACTTTTACGCAAT-GAAACAATTGTTTTAT
* * *
32095 AACCAAAGAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATATTTGTTCAAATGGTCATAACTATTTGAAC
186 AACAAAAGAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* *
32160 TTGCTTGGTAAACAAATTTTTTTTAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAAATTTAATAAATTAAT
251 TTGATTAGTAAACAAATTTTTTTTAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAAATTTAATAAATTAAT
* * *
32225 ATTATTTTATTCTGAATAAGCATGTATGAATAGAAACAATTGATTTATCACAAAACAAATAGTCA
316 ATTATTATATTCTAAATAAGCATGTATGAATAGAAACAATTGATTTATCACAAAACAAAAAGTCA
* * * *
32290 TAATAATTTGAAATAGATAAATGTTTAAATAGTCATAACTATTTAAACGTGTTCAGAAAAATAAA
381 AAACAAGTTGAAATAGATAAATGTTTAAATAGTCATAACTATTTAAACGTGTTCAGAAAAACAAA
* * ***
32355 TTTATTGTTTAAATTATTATTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCAA
446 TTTATTGTTTAAA-TATTACTTATTAATTTTTTGAATAGTAATAAATTTATATTATTTTATTTTG
* * * *
32420 AATAAGCTTT-CATGGAT----A-GA-TC-----CA-----ATTAC
510 AATAA-TTTTGTATGGATACCAATTATTCTAAATCATTGGTATTAT
* * * * * * *
32449 TTT-CTAACAAAATAAAAAG-CCATAAT-GTGTTGAAATAGATAATTGTTTAGATAGTCAT-AAC
1 TTTAC-AACAAAA-CAAAAGTTCATAATAAT-TTGAAATAGATAATTATTCAAATGGT--TGAAC
** * * * * * * **
32510 TATTTGAACTTTTTC-AGTAAACAAATTCATTTTTTTAATTCTCTTACTCATTCATTTTTGAAAT
61 TATTTGAACTGATTCGA-TAAACTAATTTA-TTTTTTAAATATCTAACTTATAAATTTTTGAAAT
* ** ** * *
32574 ATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTTTAAT-AA-TTTATA-TTAACTAAAAAAATTGTTTTAT
124 ATTAATAAA-TAATATTATTTTTATTTCGAATAAACTTT-TACGCAA-TGAAACAATTGTTTTAT
* * * * * * *
32635 TACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA-AACTACTGGAAC
186 AACAAAAGAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * * *
32699 TT-ATTCAGTAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTATCAAAATATTAATAAA
251 TTGATT-AGTAAACA-AATT-TTTTTT-AATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAAAT-TTAATAAA
* * * * * * *
32762 TTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGT-TGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACCAAA
311 TTAATATTATTATATTCTAAATAAGCATGTATGAATAGAAACAATTGATTTATCACAAAACAAAA
*
32826 AGTCATAACAA
376 AGTCAAAACAA
32837 TTATCTATGT
Statistics
Matches: 776, Mismatches: 103, Indels: 112
0.78 0.10 0.11
Matches are distributed among these distances:
538 2 0.00
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550 133 0.17
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ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (554 bp):
TTTACAACAAAACAAAAGTTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGTTGAACTATTT
GAACTGATTCGATAAACTAATTTATTTTTTAAATATCTAACTTATAAATTTTTGAAATATTAATA
AATAATATTATTTTTATTTCGAATAAACTTTTACGCAATGAAACAATTGTTTTATAACAAAAGAA
AAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGATTAGTA
AACAAATTTTTTTTAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAAATTTAATAAATTAATATTATTATAT
TCTAAATAAGCATGTATGAATAGAAACAATTGATTTATCACAAAACAAAAAGTCAAAACAAGTTG
AAATAGATAAATGTTTAAATAGTCATAACTATTTAAACGTGTTCAGAAAAACAAATTTATTGTTT
AAATATTACTTATTAATTTTTTGAATAGTAATAAATTTATATTATTTTATTTTGAATAATTTTGT
ATGGATACCAATTATTCTAAATCATTGGTATTAT
Found at i:32243 original size:178 final size:181
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Indices: 31079--32833 Score: 1162
Period size: 181 Copynumber: 9.6 Consensus size: 181
31069 ATTTATTTAA
* * * * * * *
31079 TTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTAGAATATATT-A-CAA-TAGTATTGTTTTATTTTTAA
1 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAA
* * * * * * * * * * *
31141 TAAACTTGTATAAATAGAAATAGTTGTTTTATGACATAACAAAAGGTTATAATAATTTGAAATAT
65 TAAGCTTTTATGAATAGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAG
* * *
31206 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGGTTCGGTAAACATATTTAT
130 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTCGGTAAATA-AATT-T
* * * * * *
31259 TTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTG-AAATATTAGTAAATTAGTTTTATTTTAATCTGAAT
1 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAAT
* * * * * * *
31323 AGGCTTATATGATAAAAAAAAAAACAATTGGTTTATAACGAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAA
66 AAGCTT-T-T-AT--GAATAGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAA
* * * * * * * *
31388 ATAGATAATTATTTAAATGGTTGA-AATTATTTGAAC-TGATTCGATAAACTAATTTAT
126 ATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTTGTTTCGGTAAA-TAAATT-T
* * * *
31445 TTTTTAAATATCTAACTTATAAATTTTTG-AAATATTAATAAA-TAATATTATTTTTATT-TCGA
1 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAATATTAATAAATTAATATTA-TTTTATTCT-AA
* * * * * * * *
31507 ATAAGCTTTTACGCACT-GAAATAATTGTTTTATGATAAAATAAAAGGTCATAATGATTTTAAAT
64 ATAAGCTTTTATG-AATAGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAAT
* * * * *
31571 ATATAATTGTTCAAATAGTCATAA-TAATTTTAACTT-ATTCAGTAAACTGATTTATGTT
128 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAACTTGTTTCGGTAAA-T-A--AAT-TT
* * * * *
31629 TTTTT-AATTTCTTGCTTATTAATTTTT-TAAATGTTAATAAATTAATATTATTATATT-TCAAA
1 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCT-AAA
** * * * * * * * ** *
31691 TTGGCATGTATGAGCTA-AAACAATTATTTTATGACTAAACAAAA-AGTCAAAACAAGTTGAAAT
65 TAAGCTTTTATGA-ATAGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGA-TCATAATGATTTGAAAT
* * * * * *
31754 AGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAAC-TGATTCGATAAACACATTT
128 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTCGGTAAATAAATTT
* * * *
31807 ATTTTTAAATC-CTTA-TTA-T--TTTTTG-AAATAGTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAA
1 -TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAA
* * * *
31866 TAA-TTTTGTATGGATACCAATTATTCTAAATCATTGGTATTATTTTACAACAAAACAAAATG-T
65 TAAGCTTT-TAT-G-----AA-TA---GAAA-CA-----ATTGTTTTATAACAAAACAAAA-GAT
* * * * *
31929 CATAATAATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATGGAT-ATGACTATTTGAACTTGTTT-GCTAAAT
112 CATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTTGTTTCGGTAAAT
*
31992 AGATTTAT
176 A-AATT-T
* * * * *
32000 TTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTT-AGAATGTTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAAT
1 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAAT
* * * *
32064 AAACTTTTATGAATAGAAACAATTGTTTTATAACCAAAGAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAA
66 AAGCTTTTATGAATAGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGA
* * * *
32129 TATTTGTTCAAATGGTCATAACTATTTGAACTTGCTT-GGTAAACAAATTT
131 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTCGGTAAATAAATTT
* *
32179 TTTTT-AATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAAAT-TTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAAT
1 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAAT
* * * * *
32242 AAGCATGTATGAATAGAAACAATTGATTTATCACAAAACAAATAG-TCATAATAATTTGAAATAG
66 AAGCTTTTATGAATAGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAA-AGATCATAATGATTTGAAATAG
* * * * **
32306 ATAAATGTTTAAATAGTCATAACTATTTAAACGTG-TTCAGAAAAATAAATTT
130 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTC-GGTAAATAAATTT
* * * *
32358 ATTGTTTAAAT-TATTATTTATTAATTTTTTG--AATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCAA
1 -TT-TTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTA
* * ** ** * * *
32420 AATAAGCTTTCATGGATAGATCCAATTACTTTCTAACAAAATAAAA-AGCCATAATG-TGTTGAA
63 AATAAGCTTTTATGAATAGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGA-TCATAATGAT-TTGAA
* * * *
32483 ATAGATAATTGTTTAGATAGTCATAACTATTTGAACTT-TTTCAGTAAACAAATTCATT
126 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTCGGTAAATAAA-T--TT
* * * * * *
32541 TTTTTAATTCTCTTACTCATTCATTTTTG-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTTAAT
1 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAAT
* * * *
32605 AA--TTTATATTAACTA-AAAAAATTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA
66 AAGCTTT-TATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATA
* * * * * *
32667 GATAATTATTCAAATAGTCA-AACTACTGGAACTT-ATTCAGTAAATATATTTAT
129 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTCGGTAAATA-AATT-T
* * * * *
32720 TTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTATCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAAT
1 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAAT
* *
32784 AAGCTTGT-TGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACCAAAAG-TCATAA
66 AAGCTTTTATGAATAGAAACAATTGTTTTATAACAAAA-CAAAAGATCATAA
32834 CAATTATCTA
Statistics
Matches: 1243, Mismatches: 239, Indels: 187
0.74 0.14 0.11
Matches are distributed among these distances:
174 1 0.00
175 36 0.03
176 2 0.00
177 3 0.00
178 147 0.12
179 114 0.09
180 85 0.07
181 358 0.29
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184 19 0.02
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190 2 0.00
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195 1 0.00
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Consensus pattern (181 bp):
TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAAT
AAGCTTTTATGAATAGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGA
TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTCGGTAAATAAATTT
Found at i:32334 original size:18 final size:17
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Indices: 32281--32336 Score: 53
Period size: 18 Copynumber: 3.2 Consensus size: 17
32271 ATCACAAAAC
32281 AAATAGTCATAATAATTT
1 AAATAGTCATAAT-ATTT
*
32299 GAAATAG--ATAAATGTTT
1 -AAATAGTCAT-AATATTT
32316 AAATAGTCATAACTATTT
1 AAATAGTCATAA-TATTT
32334 AAA
1 AAA
32337 CGTGTTCAGA
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 2, Indels: 9
0.74 0.05 0.21
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.19
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Consensus pattern (17 bp):
AAATAGTCATAATATTT
Found at i:32399 original size:359 final size:361
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Indices: 31168--32820 Score: 1180
Period size: 359 Copynumber: 4.5 Consensus size: 361
31158 AAATAGTTGT
* * * * *
31168 TTTATGACATAACAAAAGGTTATAATAATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
1 TTTATCACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAAATGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * * * ** *
31233 TGAACTGGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTT-GAAATATTAG
66 TGAACTTGTTCAGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTATTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAA
* * * ** * * * * *
31297 TAAATTAGTTTTATTTTAATCTGAATAGGCTTATATGATAAAAAAAAAAACAATTGGTTTATAAC
130 TAAATTAATATTATTTTATTCAAAATAAGCTT-T-T-AT--GAATAGAAACAATTGTTTTATAAC
* * * * * * * * *
31362 GAAA-CAAAAGTTCATAATGAT-TTGAAATAGATAATTATTTAAATGGTTGA-AATTATTTGAAC
190 AAAAGAAAAAG-CCATAATG-TGTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAAC
** * * * * * *
31424 TGATTC-GATAAACTAATT-TATTTTTTAAATATCTAACTTATAAATTTTTGAAATATTAATAAA
252 TTCTTCAG-TAAACAAATTAT-TTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTGAAATATTAATAAA
* * * * * * *
31487 -TAATATTATTTTTATT-TCGAATAAGCTTTTACGCACTGAAATAATTGT
315 TTAATATTA-TTTTATTCT-GAATAA-CATATATGAACTAAAAAAATTGA
* * * * * * *
31535 TTTATGATAAAATAAAAGGTCATAATGATTTTAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAA-TAAT
1 TTTATCACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAAATGTTCAAATAGTCATAACT-AT
* * * * * * * *
31599 TTTAACTTATTCAGTAAACT-GATTTATGTTTTTTTAATTTCTTGCTTATTAATTTTTTA-AATG
65 TTGAACTTGTTCAGTAAA-TAAATTTA--TTTTTTAAATCTATTACTTATTAA-TTTTTAGAATA
* ** * * * * *
31662 TTAATAAATTAATATTATTATATTTC-AAATTGGCATGTATGAGCTA-AAACAATTATTTTATGA
126 TTAATAAATTAATATTATTTTA-TTCAAAATAAGCTTTTATGA-ATAGAAACAATTGTTTTATAA
* * * * *** * * * *
31725 CTAAACAAAAAGTCAAAACAAGTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTG
189 CAAAAGAAAAAGCCATAATGTGTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* * * * * *
31790 ATTC-GATAAACACATT-TATTTTTAAATC-C-T--T-ATTATTTTTTGAAATAGTAATAAATTA
254 CTTCAG-TAAACAAATTATTTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA
* * ** * *
31848 GTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGTATGGATACCAATTATTCTAAATCATTGGTA
318 ATATTATTTTATTCTGAATAA-CATATAT-GA-ACTAA--A----AAA--ATT-G-A
* * * *
31905 TTATTTTACAACAAAACAAAATGTCATAATAATTTGAAATAGAT-AATAGTTCAAATGGAT-ATG
1 -T-TTAT-C-ACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAAAT-GTTCAAATAG-TCATA
* * **
31968 ACTATTTGAACTTGTT-TGCTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTAGAA
60 ACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAATAAATTTATTTTTTAAATCTATTACTTATTAATTTTTAGAA
* *** *
32032 TGTTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAACTTTTATGAATAGAAACAATTGTTTTATAA
124 TATTAATAAATTAATATTATTTTATTCAAAATAAGCTTTTATGAATAGAAACAATTGTTTTATAA
* * * *
32097 CCAAAG-AAAAGATCATAATGAT-TTGAAATAAATATTTGTTCAAATGGTCATAACTATTTGAAC
189 CAAAAGAAAAAG-CCATAATG-TGTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * *
32160 TTGCTT-GGTAAACAAA-T-TTTTTTTAA-TCTTTTACTTATTAATTTTTGAAA-ATTTAATAAA
252 TT-CTTCAGTAAACAAATTATTTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTGAAATA-TTAATAAA
* *
32220 TTAATATTATTTTATTCTGAATAAGCATGTATGAA-TAGAAACAATTGA
315 TTAATATTATTTTATTCTGAATAA-CATATATGAACTA-AAAAAATTGA
*
32268 TTTATCACAAAACAAATA-GTCATAATAATTTGAAATAGATAAATGTTTAAATAGTCATAACTAT
1 TTTATCACAAAACAAA-AGGTCATAATAATTTGAAATAGATAAATGTTCAAATAGTCATAACTAT
* * * * * *
32332 TTAAACGTGTTCAGAAAAATAAATTTATTGTTTAAAT-TATTATTTATTAATTTTTTGAATATTA
65 TTGAACTTGTTCAG-TAAATAAATTTATTTTTTAAATCTATTACTTATTAATTTTTAGAATATTA
* * * ** ** *
32396 ATAAATTTATATTATTTTATTCAAAATAAGCTTTCATGGATAGATCCAATTACTTTCTAACAAAA
129 ATAAATTAATATTATTTTATTCAAAATAAGCTTTTATGAATAGAAACAATTGTTTTATAACAAAA
* * * * *
32461 TAAAAAGCCATAATGTGTTGAAATAGATAATTGTTTAGATAGTCATAACTATTTGAACTTTTTCA
194 GAAAAAGCCATAATGTGTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTCTTCA
* *
32526 GTAAACAAATTCATTTTTTTAATTCTCTTACTCATTCATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
259 GTAAACAAATT-ATTTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATT
* * ** * *
32591 ATTTTATTTTTAATAATTTATATTAACTAAAAAAATTGT
323 ATTTTATTCTGAATAACATATATGAACTAAAAAAATTGA
* * * * *
32630 TTTATTACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA-AACTACT
1 TTTATCACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAAATGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * * * * * *
32694 GGAACTTATTCAGTAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTATCAAAATATTAAT
66 TGAACTTGTTCAGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTATTACTTATTAATTTTTAGAATATTAAT
* * * *
32759 AAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGT-TGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA
131 AAATTAATATTATTTTATTCAAAATAAGCTTTTATGAATAGAAACAATTGTTTTATAACAAAA
32821 CCAAAAGTCA
Statistics
Matches: 1025, Mismatches: 198, Indels: 133
0.76 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
358 42 0.04
359 194 0.19
360 75 0.07
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ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.09, T:0.43
Consensus pattern (361 bp):
TTTATCACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAAATGTTCAAATAGTCATAACTATT
TGAACTTGTTCAGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTATTACTTATTAATTTTTAGAATATTAAT
AAATTAATATTATTTTATTCAAAATAAGCTTTTATGAATAGAAACAATTGTTTTATAACAAAAGA
AAAAGCCATAATGTGTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTCTTCAGT
AAACAAATTATTTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATT
TTATTCTGAATAACATATATGAACTAAAAAAATTGA
Found at i:33100 original size:14 final size:14
Alignment explanation
Indices: 33079--33113 Score: 54
Period size: 14 Copynumber: 2.6 Consensus size: 14
33069 CACAATCAAC
*
33079 TCTTTTTTT-TTTA
1 TCTTTTTTTCTCTA
33092 TCTTTTTTTCTCTA
1 TCTTTTTTTCTCTA
33106 TCTTTTTT
1 TCTTTTTT
33114 ATATTCATGT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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14 11 0.55
ACGTcount: A:0.06, C:0.14, G:0.00, T:0.80
Consensus pattern (14 bp):
TCTTTTTTTCTCTA
Found at i:34458 original size:65 final size:66
Alignment explanation
Indices: 34352--34481 Score: 185
Period size: 65 Copynumber: 2.0 Consensus size: 66
34342 AATTAGTATT
* * *
34352 ATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGTTGAAAAGCAATTGTTTTATGATAGAAA-GAAAGGTAATA
1 ATTTTATTT-AAATAAGCTTGTATGTTGAAAAGCAATTGTTTCATGACA-AAACAAAAGGTAATA
34416 ACA
64 ACA
34419 ATTTTATTT-AATAAGCTTGTATGTTGGAAAA-CAATTGTTTCATGACAAAACAAAAGGTAATAA
1 ATTTTATTTAAATAAGCTTGTATGTT-GAAAAGCAATTGTTTCATGACAAAACAAAAGGTAATAA
34482 TGATTTGAAA
Statistics
Matches: 58, Mismatches: 3, Indels: 6
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.42, C:0.07, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (66 bp):
ATTTTATTTAAATAAGCTTGTATGTTGAAAAGCAATTGTTTCATGACAAAACAAAAGGTAATAAC
A
Found at i:34878 original size:181 final size:182
Alignment explanation
Indices: 34447--35044 Score: 508
Period size: 181 Copynumber: 3.3 Consensus size: 182
34437 GTATGTTGGA
* * * * * * ***
34447 AAACAATTGTTTCATGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTC-AA-GGC
1 AAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAAATAATTATTCAAATAAT
* * * * *** * * * * **
34510 CATAATTATTTGATCTAATTTGGTAAGCTAATTTATTTTTTATAT--C-T-TTTATTAATTTTTG
66 CATAACTATTTGAACTGATTTGATAAAAAAATTAACTTTTTAAATCACATACTTATTAATTTTCA
* * ** *
34571 AAATATTAATAAAGT-AGTATTATTTTATTTTGCATAAGCTTTTAT--A-TTG
131 AAATATTAATAAA-TCAGTATTATTTTATATTGAATAAGCTTGCATGAACTAG
* * * * * *
34620 AAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGTTCATATCAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAAT
1 AAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAAATAATTATTCAAATAAT
* * * * *
34685 CATAATTATTTGAATTTG-TTT-AGTAAAAAAATTTATTTTTTCAAATCTCATACTTATTAATTT
66 CATAACTATTTGAA-CTGATTTGA-TAAAAAAATTAACTTTTT-AAATCACATACTTATTAATTT
* **
34748 TCAAAATGTTAATAAATCAGTATT-TTTTATATTGAATAATTTTGCATGAAC-AG
128 TCAAAATATTAATAAATCAGTATTATTTTATATTGAATAAGCTTGCATGAACTAG
* * * * *
34801 AAAGAATTGTTTTATGAAAAAATAAAAGGTCATAACGATTTGAAATATATAATTATTCAAATGGA
1 AAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAAATAATTATTCAAAT-AA
* * * * *
34866 T-ATGACTATTTGAACTGATTTGATAAATAAATTAACTTTTTAAATCACTTAGTTATTAATTTTT
65 TCATAACTATTTGAACTGATTTGATAAAAAAATTAACTTTTTAAATCACATACTTATTAATTTTC
** * * * *
34930 GGAATATTAATAAATTAGTTTTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTA-
130 AAAATATTAATAAATCAGTATTATTTTATATTGAATAAGCTTGCATGAACTAG
* *
34982 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAAACAATTATTCAAATA
1 AAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAAATAATTATTCAAATA
35045 GTCGTAGCTA
Statistics
Matches: 340, Mismatches: 67, Indels: 29
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (182 bp):
AAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAAATAATTATTCAAATAAT
CATAACTATTTGAACTGATTTGATAAAAAAATTAACTTTTTAAATCACATACTTATTAATTTTCA
AAATATTAATAAATCAGTATTATTTTATATTGAATAAGCTTGCATGAACTAG
Found at i:34926 original size:180 final size:183
Alignment explanation
Indices: 34558--35044 Score: 510
Period size: 181 Copynumber: 2.7 Consensus size: 183
34548 TTTATATCTT
** * * ** *
34558 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGT-AGTATTATTTTATTTTGCATAAGCTTTTAT--A-TT
1 TTATTAATTTTCAAAATATTAATAAA-TCAGTATTATTTTATATTGAATAAGCTTGCATGAACTA
* * * * * *
34619 GAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGTTCATATCAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAA
65 GAAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAAATAATTATTCAAATAA
* * * * *
34684 TCATAATTATTTGAATTTGTTTAGTAAAAAAATTTATTTTTTCAAATCTCATAC
130 TCATAACTATTTGAATCTGTTTAGTAAAAAAATTAACTTTTTCAAATCACATAC
* **
34738 TTATTAATTTTCAAAATGTTAATAAATCAGTATT-TTTTATATTGAATAATTTTGCATGAAC-AG
1 TTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATCAGTATTATTTTATATTGAATAAGCTTGCATGAACTAG
* * * * *
34801 AAAGAATTGTTTTATGAAAAAATAAAAGGTCATAACGATTTGAAATATATAATTATTCAAATGGA
66 AAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAAATAATTATTCAAAT-AA
* * * *
34866 T-ATGACTATTTGAA-CTGATTT-GATAAATAAATTAACTTTTT-AAATCACTTAG
130 TCATAACTATTTGAATCTG-TTTAG-TAAAAAAATTAACTTTTTCAAATCACATAC
*** * * * *
34918 TTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTTTTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTA-
1 TTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATCAGTATTATTTTATATTGAATAAGCTTGCATGAACTAG
* *
34982 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAAACAATTATTCAAATA
66 AAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAAATAATTATTCAAATA
35045 GTCGTAGCTA
Statistics
Matches: 252, Mismatches: 46, Indels: 18
0.80 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
179 18 0.07
180 68 0.27
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182 3 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.07, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (183 bp):
TTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATCAGTATTATTTTATATTGAATAAGCTTGCATGAACTAG
AAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAAATAATTATTCAAATAAT
CATAACTATTTGAATCTGTTTAGTAAAAAAATTAACTTTTTCAAATCACATAC
Found at i:35685 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 35406--36458 Score: 800
Period size: 177 Copynumber: 5.8 Consensus size: 180
35396 TTATCGATCA
* * * * * *
35406 AGTTCAAAAAGTTATAACTATTGGAACAATTATTTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGA
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGT
* * * * *
35471 CAAAAAATAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTCTTAATAT
66 CATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
*
35536 TTCAAAAATTAATAAGCAAGAGTTTAAAAAAATTAATTTTTTTACTGAACA
131 TTCAAAAATTAATAAGCAAGAGTTT-AAAAAATTAATTTTTTTACTGAACC
* * *
35587 AATTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGT
* ** *
35652 CATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAAT-ATAGTAATTTATTAATAT
66 CATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * * * **
35716 TCCAAAAATTAATAAGTAAGTGATTTAAAAAA-TGATTTTGTTTACCGAATT
131 TTCAAAAATTAATAAGCAAGAG-TTTAAAAAATTAATTTT-TTTACTGAACC
* * * * * * * *
35767 AGTTCAAATAATTATGGCTATTTCAACAATTATCTATTTGAAATCAATATTACCTTTTGTTTGGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGT
* * * * * * *
35832 TATATAACAATTGCTTTTA--TCATACAAAC-T-TT-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAGTC
66 CATAAAACAATTG-TTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * * *
35892 TTTCAAAAGTTAATAAGTAAGAAATTTTAAAAATAAATTTATTTA-TCGAACCC
130 TTTCAAAAATTAATAAGCAAG-AGTTTAAAAAATTAATTTTTTTACT-GAA-CC
* * * * * *
35945 A-TTTAAATAGTTATGACTATTTAAACAAATGTTTAGTTT-AAATCAGTTATTTAAAAAATAAAC
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTTAAAATCA-TTA--T----GAT----
* * * *
36008 CTTTTTTGTTCTATCA-AAAACAATT-ATTCATGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATA
54 C--TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCA-GTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATA
* * * * * * * *
36071 ATAATATAATAATACTAT-AAAAATTAATAA-CTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCTAA
116 CTAATTTATTAATA-TTTCAAAAATTAATAAGC-AAGAG-TTTAAAAAATTAATTTTTTTACTGA
*
36134 ACT
178 ACC
* * * * *
36137 AGTTTAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTTAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGT
* * * * *
36202 CATAAAATAAAAT-TTTCAATTCATACTAGCTTATTCAAAATAAAATAA-AATAAATTTATTAAT
66 CATAAAA-CAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAAT
* *
36265 ATTTCAAAAATTAATAAG--AGA-TTTAACAAA-TAATTTTGCTTACCT-AACC
129 ATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGTTTAAAAAATTAATTTT-TTTA-CTGAACC
* * * * * * *
36314 AGTTCAAATAATTATGATTATTTGAAGAATTATTTATTTCAAATAATTATGA-CTTTTTATTTTG
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGATC-TTTTGTTTTG
* ** * * * * * * * *
36378 TCATAAAACAAATGTTTTTGTCCATATAAGTTTGTTCAGAATAAATTAATACTACTCTATTAATA
65 TCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* *
36443 TTTTAAAACTTAATAA
130 TTTCAAAAATTAATAA
36459 TAGATCTAAA
Statistics
Matches: 687, Mismatches: 141, Indels: 92
0.75 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
176 18 0.03
177 204 0.30
178 15 0.02
179 18 0.03
180 131 0.19
181 156 0.23
182 8 0.01
184 1 0.00
186 2 0.00
187 3 0.00
188 1 0.00
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190 19 0.03
191 1 0.00
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193 88 0.13
194 3 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGT
CATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
TTCAAAAATTAATAAGCAAGAGTTTAAAAAATTAATTTTTTTACTGAACC
Found at i:37040 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 37001--37042 Score: 59
Period size: 17 Copynumber: 2.4 Consensus size: 18
36991 TTACATAACA
* *
37001 AATAGTTTATTTTTTATT
1 AATAATTTATTTTTAATT
37019 -ATAATTTATTTTTAATT
1 AATAATTTATTTTTAATT
37036 AATAATT
1 AATAATT
37043 AATATTTGTG
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 2, Indels: 2
0.84 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
17 15 0.71
18 6 0.29
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Consensus pattern (18 bp):
AATAATTTATTTTTAATT
Found at i:37652 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 37631--37663 Score: 50
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
37621 CAACAATTAG
37631 AAATAG-ATAATTATTC
1 AAATAGCATAATTATTC
37647 AAATAGTCATAATTATT
1 AAATAG-CATAATTATT
37664 TGTACTTGTT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
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Consensus pattern (17 bp):
AAATAGCATAATTATTC
Found at i:38169 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 37422--40134 Score: 1899
Period size: 181 Copynumber: 15.1 Consensus size: 181
37412 AAATTGTGTC
* * * ** * * * * *
37422 ATGAGAAAATAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAACAGTCATAATTATTTTA
1 ATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * * * *
37487 ACT--TATTCGATAAATAGATTTATTTTTTGAATCTT-TTATTTATTAGTTGTTT-GAATATTAA
66 ACTAGT-TTAG-TAAACAGATTTATTTTTTAAAT-TTCTTACTTATTAATT-TTTAAAATATTAA
* * * * * * *
37548 TAAATTTGTATAATTTTATT-TGAAATAAGCTTGTATGAATGAAAA-ATTTGTTTT
127 TAAATTAGTATTATTTTATTCCG-AATAAACTTGTATGAATAAAAACAATTATTTT
* * * ** * * * *
37602 AGGACAAAACAAAAGGTTACAACAATTAGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGT
1 ATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * *
37667 ACTTG-TTCGATAAACATATTCATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAA
66 ACTAGTTTAG-TAAACAGATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAA
* * * * * * * * *
37727 AATAGAATTATATTATTCCAAATAATCTAGTA-CAGACAGAAACAATTATTTT
130 ATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAACTTGTATGA-ATAAAAACAATTATTTT
* * * * * *
37779 GTGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAGATAGATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGC
1 ATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * ** * * * * *
37844 ACTAG-TCAGGCAAATTGATCTATTTTTTAAATCTATTACTTATTAA-TTTCAAAATATTGATAA
66 ACTAGTTTA-GTAAACAGATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAA
* * * *
37907 ATTAGTATTACTTTATTCCAAATAAGAC-TGTATGAATAGAAATAATTATTTT
130 ATTAGTATTATTTTATTCCGAATAA-ACTTGTATGAATAAAAACAATTATTTT
* * * * * *
37959 ATGACAATACAAATGGTCATAAAGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAACTAATTGA
1 ATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * *
38024 ACTAGTTTAGTAAACAGTTTTACTTTTTAAATTTCTTACTTCTTAATTTTCAAAATATTAATAAA
66 ACTAGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAA
* * * * * * *
38089 TTAATATTGTTTTATTCCGAACAAACTTATATGTACAAAAACATTTATTTT
131 TTAGTATTATTTTATTCCGAATAAACTTGTATGAATAAAAACAATTATTTT
* ** *
38140 ATGACAAAATAAAAGAACATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGA
1 ATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * * * * * *
38205 ACT-GGTTAGGTAAACTGAATTCTTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAAGTTTTGAAATATTAATAA
66 ACTAGTTTA-GTAAACAGATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAA
* ** ** * * * *
38269 ATTTGT-TTAACATTATTTTGAAT-AAGTTACTAGGAAATGAAAAA-AATTGTTTT
130 ATTAGTATT-ATTTTATTCCGAATAAACTT-GTATG-AAT-AAAAACAATTATTTT
** * * * * * * *
38322 ACAACAAAACAAAAGGTCATAA-CATTTGAAATAAAGAATTGTTCATATAGCCTTAAATATTTGA
1 ATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * * * * * **
38386 ACTAGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTATTAGTTATTAATTTTTAGAATATTATTATT
66 ACTAGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAA
* * * * * *
38451 TTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTATGTGAATAGAAATAATTGTTTT
131 TTAGTATTATTTTATTCCGAATAAACTTGTATGAATAAAAACAATTATTTT
* * * * * ** *
38502 ATGAGATAATAAAATGTTATAACAATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
1 ATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
** * * * * *
38567 ACCGGTTCAATAAACAGATTAACTTTTTAAA--TCTT--TTATTAA-TTTTAGAAATATTAGTAA
66 ACTAGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTA-AAATATTAATAA
* * ** *
38627 ATTAGTATTATTTTATTCCAAACAGGCTTGTATG-ATGAAAAACAATTGTTTT
130 ATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAACTTGTATGAAT-AAAAACAATTATTTT
* * * * * * *
38679 ATGACAAAAAAAAAGTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGCCATAATTATTTGA
1 ATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * ** ** * * *
38744 A-TAATTT-GATAAACTGATTTATTTTTTAAAACTCCAACTTCTTAATGTTTGAAATATTAATAA
66 ACTAGTTTAG-TAAACAGATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAA
** * * ** * ** * *
38807 AGCAATACTATTTTATTTTGGAA-AAACTTTTAT-ATATTGAAACAGTTTTTTT
130 ATTAGTATTATTTTA-TTCCGAATAAACTTGTATGA-ATAAAAACAATTATTTT
* * * *
38859 ATGATAAAATAAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTG
1 ATGACAAAA-CAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
** * * ** * *
38924 AACTTA-TTCGGTAAATAG----ATTTTTAAAAAAT-TT-CTTATTAATTTTTTAAATTTTAATA
65 AAC-TAGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATA
* * * * * ***
38982 AATTAGTATTACTATATTTCGAATAAGCATGTATGAACCGAAACAATTATTTT
129 AATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAACTTGTATGAATAAAAACAATTATTTT
* * * * * * *
39035 TTGACTAAACAAAAGATCATAATAATTT-AGAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTCACTATTTA
1 ATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA-AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * *
39099 AACT-GCTTT-GAAAAACACA--TA-TTTTTAAA--TC---CTTATTAATTTTTAAAATAGTAAT
65 AACTAG-TTTAG-TAAACAGATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAAT
* * ** *
39154 AAATTGGTATTATTTTATTCTGAATAATTTTGTATGAATAAAAATAATTATTTT
128 AAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAACTTGTATGAATAAAAACAATTATTTT
* * * * ** * * * * * *
39208 ATAATAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAAATAACAGTTTAAATGGACATGATTATTTAA
1 ATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* ** * * * * *
39273 ACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTTAGAATAATAATAAA
66 ACTAGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAA
* * * *
39338 TTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTGTGAATAGAAACAATTGTTTT
131 TTAGTATTATTTTATTCCGAATAAACTTGTATGAATAAAAACAATTATTTT
* * *
39389 ATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTGA
1 ATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * * *
39454 ACTTGCTTGGTAAACAAATTTATTATTTAAATCTT-TTACTTATTAA-TTTTAGAAATATTAATA
66 ACTAGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAAT-TTCTTACTTATTAATTTTTA-AAATATTAATA
* ** * * * **
39517 AATTAATATTATTTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTGGTTT
129 AATTAGTATTA-TTTTATTCCGAATAAACTTGTATGAATAAAAACAATTATTTT
* * ** *
39571 ATAACAAAATAAATTGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA-TTGA
1 ATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
** * * ** * *
39635 A-T-GTGTTGAAAAAACATATTTATTTTTTAAATTT-TTATTTATTAATTTTTGGAGTTTTAATA
66 ACTAGT-TT-AGTAAACAGATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATA
* * ** * * * *
39697 CATTTA-TATTATTTTATGCAAAATAAGCTTGCATGAA-CAAGACTAATTATTTT
129 -AATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAACTTGTATGAATAAAAAC-AATTATTTT
* * * * * *
39750 ATGACAAAACAAATGGTCATAATGTTTTGAAATAGATAATTATTTAGATAATCATAACTATTTGA
1 ATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* ** * * * **
39815 ACTTGTTCGGTAAACAGATTCATTTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTAGTATATTAATAA
66 ACTAGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATT-TCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAA
* * * * * * *
39880 ATTAG-AGCTATTTTATTTCAAATAAGCTTATGTTAACT-AAAACAATTATTTT
130 ATTAGTA-TTATTTTATTCCGAATAAACTTGTATGAA-TAAAAACAATTATTTT
* * * * * * * *
39932 ATTACAAAATAGAAGGTCACAATTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCTTGACTATTTGA
1 ATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * * * *
39997 ACTTGTTTAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTT-TCACTTGTTAATTGTCAAAATATTAATAA
66 ACTAGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAAT-TTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAA
* * * * *
40061 ATTAATATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATTAATAGAAACAATTATTTT
130 ATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAACTTGTATGAATAAAAACAATTATTTT
* *
40113 ATTACAAAACAAAAAGTCATAA
1 ATGACAAAACAAAAGGTCATAA
40135 CAATTCTATT
Statistics
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0.76 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
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183 13 0.01
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Consensus pattern (181 bp):
ATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
ACTAGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAA
TTAGTATTATTTTATTCCGAATAAACTTGTATGAATAAAAACAATTATTTT
Found at i:39201 original size:20 final size:20
Alignment explanation
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39166 TTTTATTCTG
39176 AATAATT-TTGTATGAATAAA
1 AATAATTATTGTAT-AATAAA
*
39196 AATAATTATTTTATAATAAA
1 AATAATTATTGTATAATAAA
39216 A
1 A
39217 CAAAATGTCA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (20 bp):
AATAATTATTGTATAATAAA
Found at i:40175 original size:19 final size:18
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40141 TATTTACAAA
40151 ACTATTTCAAATAATTAT
1 ACTATTTCAAATAATTAT
*
40169 GACTATTT-GAATAATTAT
1 -ACTATTTCAAATAATTAT
40187 -CTATTTCAAAT
1 ACTATTTCAAAT
40198 TGTTATTACT
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 2, Indels: 4
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.40, C:0.11, G:0.04, T:0.45
Consensus pattern (18 bp):
ACTATTTCAAATAATTAT
Found at i:40553 original size:16 final size:17
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Indices: 40521--40553 Score: 50
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40511 GACCAGTGCA
40521 AACAATTATGACTATTTG
1 AACAATTAT-ACTATTTG
40539 AACAATTAT-CTATTT
1 AACAATTATACTATTT
40554 CAAATCATTA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
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AACAATTATACTATTTG
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40146 ACAAAACTAT
* ** * * *
40156 TTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACTTTTTG-CTTGTCA
1 TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * *
40220 TAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTT
66 CAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTGTTCGGAAT-AAATAAT-TTAATTTATTAATATTT
* * * * * * * *
40285 CAAAAATTAGTACGTAAGATATTTAAAAAATAAATATGTTTGCCACACTAG
129 CAAAAATTAATAAGT-AGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTACCAAACAAG
* * * * * * * * *
40336 TTCAATTAGTTTTAACTATTTGACCAAATATTTATTTCAAATCATTATGACCATTTGTTTTATCA
1 TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * *
40401 CAAAACAATTGTTTCTT-TTCATATAATCTTATTCGGAATAAAGTAATGGTAATTTATTAATATT
66 CAAAACAATTGTTT-TTGTTCATACAAGCTTGTTCGGAATAAA-TAAT-TTAATTTATTAATATT
** * * * *** *
40465 TTGAAAATTAATAAGTAGTGGATTTAGAAAATGTATCT-TTTAGCTTGACCAG
128 TCAAAAATTAATAAGTAG-AGATTTAAAAAATGAATCTGTTTA-CCAAACAAG
* * *
40517 TGCAAACAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTCTCA
1 TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* ** *
40582 CAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTGTTCATAATAACATAATTCTAATTTATTAATATTC
66 CAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTGTTCGGAATAA-ATAATT-TAATTTATTAATATTT
40647 CAAAAATTAATAAGTGAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTACCAAACAAG
129 CAAAAATTAATAAGT-AGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTACCAAACAAG
* * *** * *
40698 TTCAAATAATTATGGCTATTTGAACAATTATCTAGATT-AAATTGCTATAACCTTTTGTATTGTC
1 TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * *
40762 ATAAAATAATT-TTTTCTATTCATACAAGCTT
65 ACAAAACAATTGTTTT-TGTTCATACAAGCTT
40793 ATTTCAAATC
Statistics
Matches: 366, Mismatches: 79, Indels: 23
0.78 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
180 58 0.16
181 297 0.81
182 11 0.03
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (178 bp):
TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
CAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTGTTCGGAATAAATAATTTAATTTATTAATATTTCA
AAAATTAATAAGTAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTACCAAACAAG
Found at i:41045 original size:147 final size:147
Alignment explanation
Indices: 40871--41160 Score: 341
Period size: 147 Copynumber: 2.0 Consensus size: 147
40861 AAATCATTAT
* * * * *** *
40871 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAGCAATTATTTTTGTTCATATTA-GCTAATTC-ATATTAAAATAA
1 GACCTTTTGTTTCGCCATAAAACAATTATATCAATTCATA-TAGGCTAATTCGA-AATAAAATAA
* * * * * *
40934 TATTAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGA
64 TACTAACTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATATATTTACCAA
* *
40999 ATAAGTTCAAATAGTAATA
129 ACAAGCTCAAATAGTAATA
*
41018 GACCTTTTGTTTCGCCATAAAACAATTATATCAATTCATATAGGCTTATTCGAAATAAAATAATA
1 GACCTTTTGTTTCGCCATAAAACAATTATATCAATTCATATAGGCTAATTCGAAATAAAATAATA
* * * * * *
41083 CTAACTTATTACTATTCCAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTACCAAAC
66 CTAACTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAAC
41148 AAGCTCAAATAGT
131 AAGCTCAAATAGT
41161 TATGACTATT
Statistics
Matches: 118, Mismatches: 23, Indels: 4
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Matches are distributed among these distances:
146 2 0.02
147 115 0.97
148 1 0.01
ACGTcount: A:0.43, C:0.11, G:0.08, T:0.37
Consensus pattern (147 bp):
GACCTTTTGTTTCGCCATAAAACAATTATATCAATTCATATAGGCTAATTCGAAATAAAATAATA
CTAACTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAAC
AAGCTCAAATAGTAATA
Found at i:41347 original size:181 final size:178
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Indices: 41018--42181 Score: 983
Period size: 181 Copynumber: 6.5 Consensus size: 178
41008 AATAGTAATA
* * * * ** * *
41018 GACCTTTTGTTTCGCCATAAAACAATTATATCAATTCATATAGGCTTATTCGAAATAAAATAATA
1 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATA
* * * * * * * **
41083 CTAACTTATTACTATTCCAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTACCAAA-
65 CTAATTTATTAATATTCC-AAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATTTGTTTATTAAAC
* * * **
41147 CAAGCTCAAATAGTTATGACTATTTGGACAATTATCTATTTCAAATTGTTAT
128 CAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTAT
41199 GACCTTTTGTTTTG-CTATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAAT
1 GACCTTTTGTTTTGTC-ATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAAT
* * * * *
41263 A-TAAATTTACTAATATTCCAAAGATTAATAAGTAAAAATATATAAAATAAATTTGTTTTTTGAA
64 ACT-AATTTATTAATATTCCAAA-ATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTATTAAA
* * * *
41327 CACATTTAAAATAATTATGACCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTAT
127 C-CAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTAT
* * * * *
41380 AACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTATTCATAGAAGCTTATTTGAAATAAAATAATA
1 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATA
* * * * ** **
41445 CTAATTTATTAAATTTTCAAAAATTAATGATTAAAATATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAGT
65 CTAATTTATT-AATATTCCAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAATAAATTTGTTTATTAAAC
* * * * * *
41510 GAGTTCAAATAATTATAACTATTTAAATAATTATTTATTTCAAATCATTAT
128 CAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTAT
* * * * ** *
41561 GATCC-TTTATTTTGTAATAAAGCAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATCCAAATAAAATAATA
1 GA-CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAATAAAATAATA
** * * * * **
41625 CTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAG---AGATTTAAAAACTATATCTGTTTATTGGACC
65 CTAATTTATTAATA-TTCCAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTATTAAACC
* * *
41687 AATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATGTATCTCAAAT-AGATAT
129 AATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA-TTAT
* * * ** * *
41737 GATC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTCCATACAAACTTATTCAGTGTAAAATATTG
1 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCA-AATAAAATAATA
** * * * * * *
41801 CTAAACTAATAATATTCTAAAAGTTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTATTTGTTAAAC
65 CTAATTTATTAATATTCCAAAA-TTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATTTGTTTATTAAAC
* * *
41866 CAATTCAAATAGTTAAGACTATTAT-AATAATTATCTATTTTAAATCATTCT
128 CAATTCAAATAGTTATGACTATT-TGAATAATTATCTATTTCAAATCATTAT
* * * * *
41917 GACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTG-TTCAGTTCATACATGTTTATTCGAAATAAAATAATA
1 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATA
* * * * * * **
41981 CTATTTTATTAACATTCAGAAAATTAATAAGCAAGGAA-TT-CAAAATAAATTTGTTTACCAAA-
65 CTAATTTATTAATATTC-CAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATTTGTTTATTAAAC
* * * * *
42043 CAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATC-ATTTTAAAATCGTTAT
128 CAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTA-TTTCAAATCATTAT
* * *
42095 GACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAT-TTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAAT
1 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-TGTTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAAT
* * * *
42159 ATTACTTTATCAATATTTCAAAA
64 ACTAATTTATTAATATTCCAAAA
42182 ATTTAGAAAT
Statistics
Matches: 789, Mismatches: 165, Indels: 61
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
175 48 0.06
176 89 0.11
177 6 0.01
178 83 0.11
179 46 0.06
180 176 0.22
181 303 0.38
182 38 0.05
ACGTcount: A:0.42, C:0.11, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (178 bp):
GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAATAAAATAATAC
TAATTTATTAATATTCCAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTATTAAACCAA
TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTAT
Found at i:41472 original size:23 final size:25
Alignment explanation
Indices: 41446--41498 Score: 58
Period size: 24 Copynumber: 2.2 Consensus size: 25
41436 AAAATAATAC
*
41446 TAATTTATT-AAAT-TTTCAAAAAT
1 TAATTTATTAAAATATTTAAAAAAT
*
41469 TAA-TGATTAAAATATTTAAAAAAT
1 TAATTTATTAAAATATTTAAAAAAT
*
41493 AAATTT
1 TAATTT
41499 GTTTACCAAG
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 4, Indels: 4
0.74 0.13 0.13
Matches are distributed among these distances:
22 4 0.17
23 7 0.30
24 11 0.48
25 1 0.04
ACGTcount: A:0.53, C:0.02, G:0.02, T:0.43
Consensus pattern (25 bp):
TAATTTATTAAAATATTTAAAAAAT
Found at i:41875 original size:356 final size:356
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Indices: 41019--42159 Score: 924
Period size: 356 Copynumber: 3.2 Consensus size: 356
41009 ATAGTAATAG
* * * * * * * ** *
41019 ACCTTTTGTTTCGCCATAAAACAATTATATCAATTCATATAGGCTTATTCGAAATAAAATAATAC
1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATCCATACAAACTTATTAGAAATAAAATAATAC
* * * *
41084 T-AACTTATTACTATTCCAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTACCAAAC
66 TAAAC-TAATAATATTCTAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAAC
* * ** * **
41148 AAGCTCAAATAGTTATGACTATTTGGACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTG
130 AA-TTCAAATAGTTATAACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC-TTT-TTTTG
* * * *
41213 CTATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATA-TAAATTTACTAAT
192 -TATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGATTATTCCAAATAAAATAATACT-AATTTATTAAT
* * * * *
41277 ATTCCA-AAGATTAATAAGTAAAAATATATAAAATAAATTTGTTTTTTGAACACATTTAAAATAA
255 ATT-TAGAAAATTAATAAG--AAAATATATAAAATAAATCTGTTTATTGAACACAATTAAAATAA
* *
41341 TTATGACCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATA
317 TTATGACCATTTGAATAATTATCTATCTCAAATCAATATA
* * * * *
41381 ACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTATTCATAGAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAC
1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATCCATACAAACTTATTAGAAATAAAATAATAC
** * * * * * * * *
41446 TAATTTATTAA-ATTTTCAAAAATTAATGATTAAAATATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAGT
66 TAAACTAATAATATTCT-AAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAA-A
* * * *
41510 GAGTTCAAATAATTATAACTATTTAAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGATCCTTTATTTTG
129 CAATTCAAATAGTTATAACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CCTTT-TTTTG
* *
41575 TAATAAAGCAATTGTTTCTATTCATACAAAATTA-TCCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
192 T-ATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGATTATTCCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * * * *
41639 TTTTGAAAATTAATAAG-AGATTTA-AAAACTATATCTGTTTATTGGAC-CAATTCAAATAGTTA
256 TTTAGAAAATTAATAAGAAAATATATAAAA-TAAATCTGTTTATTGAACACAATTAAAATAATTA
* * *
41701 TGACTATTTGAATAATTATGTATCTCAAAT-AGATATG
320 TGACCATTTGAATAATTATCTATCTCAAATCA-ATATA
* * ** * *
41738 ATC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTCCATACAAACTTATTCAG-TGTAAAATATTG
1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATCCATACAAACTTATT-AGAAATAAAATAATA
* * * ***
41801 CTAAACTAATAATATTCTAAAAGTTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTATTTGTTAAAC
65 CTAAACTAATAATATTCTAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAA-
* *
41866 CAATTCAAATAGTTA-AGACTA-TTATAATAATTATCTATTTTAAATCATTCTGACCTTTTGTTT
129 CAATTCAAATAGTTATA-ACTATTTA-AATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT-TTT
* * * * *
41929 AGTCATAAAATAATTG-TTC-AGTTCATACATGTTTATTCGAAATAAAATAATACTATTTTATTA
191 -GT-ATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGATTATTCCAAATAAAATAATACTAATTTATTA
* * * * ** *
41992 ACATTCAGAAAATTAATAAGCAAGGAAT-T-CAAAATAAATTTGTTTA-CCAA-ACAAGTTTAAA
253 ATATTTAGAAAATTAATAAG-AA--AATATATAAAATAAATCTGTTTATTGAACACAA-TTAAAA
* * * * * * ** *
42053 TAGTTATGACTATTTAAACAATTATC-ATTTTAAAATCGTTATG
314 TAATTATGACCATTTGAATAATTATCTA-TCTCAAATCAATATA
* * *
42096 ACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTC-ATTTCATA-AAAGCTTATCCA-AAATAAAATAA
1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TCCATACAAA-CTTAT-TAGAAATAAAATAA
42158 TA
63 TA
42160 TTACTTTATC
Statistics
Matches: 625, Mismatches: 122, Indels: 67
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
354 2 0.00
355 26 0.04
356 188 0.30
357 58 0.09
358 73 0.12
359 50 0.08
360 2 0.00
361 43 0.07
362 179 0.29
363 4 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.11, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (356 bp):
ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATCCATACAAACTTATTAGAAATAAAATAATAC
TAAACTAATAATATTCTAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACA
ATTCAAATAGTTATAACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTTTTGTATA
AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGATTATTCCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAG
AAAATTAATAAGAAAATATATAAAATAAATCTGTTTATTGAACACAATTAAAATAATTATGACCA
TTTGAATAATTATCTATCTCAAATCAATATA
Found at i:42192 original size:36 final size:35
Alignment explanation
Indices: 42152--42221 Score: 122
Period size: 36 Copynumber: 2.0 Consensus size: 35
42142 ATCCAAAATA
42152 AAATAATATTACTTTATCAATATTTCAAAAATTTAG
1 AAATAATATTACTTTATCAATATTTC-AAAATTTAG
*
42188 AAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAATTTA
1 AAATAATATTACTTTATCAATATTTCAAAATTTA
42222 AGAAGTTGGA
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 1, Indels: 1
0.94 0.03 0.03
Matches are distributed among these distances:
35 8 0.24
36 25 0.76
ACGTcount: A:0.47, C:0.07, G:0.01, T:0.44
Consensus pattern (35 bp):
AAATAATATTACTTTATCAATATTTCAAAATTTAG
Found at i:42910 original size:176 final size:177
Alignment explanation
Indices: 42261--42933 Score: 455
Period size: 170 Copynumber: 3.8 Consensus size: 177
42251 TTTATTGAAT
* * * ** * *
42261 CAGTTCAAATAGTTATGACCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTTTGA-ACTTTTGTTTT
1 CAGTTCAAATAGTTAAGACAATATGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTAT-ACTCTTTTGTTTT
* * ** * * * * * *
42325 GTCATAAAACAATTGTTTTTCATCATACAAGCCTAATTAG-AATAAAAT-ATACTAGTTTATTAA
65 GTCATAAAACAATTATTTATGTTAATA-TAGTCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* ** * * * * **
42388 TATT-TCAAAAATTAAT-A-AG---TAGGAGAT-TATCTGTTTACTGAAC
129 TATTAT-GAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAAC
* * * * * * * * **
42431 TAGTTCAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATATATTTCAAGTCATTATAAC-CTTTTGTTTT
1 CAGTTCAAATAGTTAAGACAATATGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTAT-ACTCTTTTGTTTT
* * * * *
42495 GTCATAAAACAATTATTTATGTTCATACAAG-CTTATTCGAAAGAAAATAATACTAATCTAATAA
65 GTCATAAAACAATTATTTATGTTAATA-TAGTCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* ***
42559 TATTATGAAAATTAATAATTAAGAGATTTGAAAAATAAATTTATTTATTGAAC
129 TATTATGAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAAC
* * * * *
42612 CAGTTTAAATAGTTAAGACTATATGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATATTCTTTTATTTTG
1 CAGTTCAAATAGTTAAGACAATATGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATACTCTTTTGTTTTG
* * * * * * * *
42677 TCATAAAACAAATGTTTTTGTTAATATAATTTTTTTAG-AATAAAATAATATTAATTTATTAATA
66 TCATAAAACAATTATTTATGTTAATATAGTCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* *
42741 TTTTGAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAAC
131 TTATGAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAAC
* * * * *
42788 TAGTTCAATTAGTTATA-ACAAT-TTAACAATTA-CTTATTTCATATTGTTGTAACTC-TTTGTT
1 CAGTTCAAATAGTTA-AGACAATATGAACAATTATC-TATTTCAAATTGTTAT-ACTCTTTTGTT
* * * * * *
42849 TTGTTATAAAACAATTATTTCTATTGATATAGTCTTATTCGAAATAAAGTAATGCTAATTTATTA
63 TTGTCATAAAACAATTATTTATGTTAATATAGTCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTA
*
42914 ATATTCT-AACAATTAATAAG
128 ATATTATGAA-AATTAATAAG
42934 TAACGAATTT
Statistics
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CAGTTCAAATAGTTAAGACAATATGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATACTCTTTTGTTTTG
TCATAAAACAATTATTTATGTTAATATAGTCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
TTATGAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAAC
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43804 ATAATAATTC
43814 AATATTATTA
1 AATATTATTA
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1 -AATATTATTA
*
43835 AATATTATTT
1 AATATTATTA
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1 AATAT
43850 ATAATAAGAA
Statistics
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AATATTATTA
Found at i:43911 original size:16 final size:16
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43882 TAAAAAAGAT
43892 AATAATAATTTATTTA
1 AATAATAATTTATTTA
*
43908 AATAATAATTCATGATT-
1 AATAATAATTTAT--TTA
*
43925 AATAAATTATTTATTTTA
1 AAT-AATAATTTA-TTTA
* *
43943 AATATTATTTTATTTA
1 AATAATAATTTATTTA
43959 A
1 A
43960 TTTTACTAAT
Statistics
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AATAATAATTTATTTA
Found at i:44318 original size:21 final size:20
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44261 CATAATACTA
*
44271 ATTTTAATCTATTATAATTT
1 ATTTTAATCAATTATAATTT
44291 A-TTTAAT-AATTATAATTAAT
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1 ATTTTAATC
44320 TTTATTAAAT
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ATTTTAATCAATTATAATTT
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44503 ATAATTAATT
*
44513 ATTAATATTTATTATAATTATAATGGAAA
1 ATTAATATATATTATAATTATAATGGAAA
* * **
44542 ATTAATATATGTTA-AATTTTAATTGGATT
1 ATTAATATATATTATAATTATAA-TGGAAA
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1 ATTAATATATATT-ATAAT
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ATTAATATATATTATAATTATAATGGAAA
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44565 TGGATTATTA
*
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1 AATATTATTAATAATATTAAT
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Statistics
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AATATTATTAATAATATTAATTT
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Alignment explanation
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Period size: 181 Copynumber: 3.5 Consensus size: 177
44909 TTACTATCTC
* * * * * *
44919 GAATAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAACAAATAACTATTCA
1 GAAT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCA
* * *
44984 AATAGTCATAACTATTTAAACTTGCTCAGTAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA
65 AATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAA-ATTTTACTTATTAA
* * * *
45049 TTTTTGAAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTCTTTCGAAA-AAGCTTTTAT
129 TTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTA-TTT-ATTC-AAATAAGCTTATAT
* * * ** *
45100 GATTGAAAACAATTGGTTTATGACAAAATAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTCTTCA
1 GAATG-AAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCA
* *
45165 AATAGTCATAACTATTTAAACGTGTTCAGAAAACATATTTATTTTTTAAAATTTTACTTATTAAT
65 AATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAAATTTTACTTATTAAT
* * *
45230 TCTTGGAATATTAATAAATTTA-AATTATTGTATTCAAAATAAGCTTGTAT
130 TTTTGGAATATTAATAAA-TTAGTATTATT-TATTC-AAATAAGCTTATAT
* * * * *
45280 GAAT-AAAGCCAATTGTTTTATGATAAAATAAAAGGTCAAAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTT
1 GAATGAAA--CAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTC
* * * * * *
45344 AGATAATCATAACTATTTGAACTTATTCGGTAAACATATTCT-TTTTTT--AATTCTCTCACTCA
64 AAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCAGTAAACATATT-TATTTTTTAAAATT-T-T-ACTTA
45406 TTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATCTTACTTCAAATAAGCTTATAT
125 TTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTAT-TTA-TTCAAATAAGCTTATAT
* * * * *
45461 GAATTGAAACAAGTGTTTTATTAGAAAAGAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTAA
1 GAA-TGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCA
* * * *
45526 AATATTAATGACTATTTGAACTTGTT
65 AATAGTCATAACTATTTAAACTTGTT
45552 TGGTAAATAA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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179 9 0.02
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183 3 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (177 bp):
GAATGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAA
ATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAAATTTTACTTATTAATT
TTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTATTCAAATAAGCTTATAT
Found at i:45995 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 45563--47059 Score: 1079
Period size: 181 Copynumber: 8.4 Consensus size: 180
45553 GGTAAATAAT
* ** * * * * *
45563 AATTGTTTTATGATAAAACAAAAAATTATAA-CATGTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGCCAT
1 AATTGTTTTATGA-CAAACAAAAGGTCATAATGAT-TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * ** * *
45627 AATGA-TTAGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTT-
64 AATTATTTA-AACTAGTTTACTAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-T-TTG
* *** * *
45689 -AATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTCAAAATAAGCTTAGATGAA-TAGAAAA
126 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACTA-AAAC
* * * * * * * * * *
45743 AATTCTTTTTTTACAAAGAAAAATGTTATAACT-ATTTCAAATAGATAATTATTCAAACAGTCCT
1 AATTGTTTTATGACAAA-CAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * *
45807 AATTATTTAAATTTGTTTACTAAACAAAGTCATTTTTTAAATCTCTTTA-TTATTAATTTTTGGA
64 AATTATTTAAACTAGTTTACTAAACAAATTCATTTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTTTTGAA
* *
45871 TTATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTAATATGAACTAAAAC
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* * *
45924 AACTCTTTTATGACAAATCAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATTA-TCAT
1 AATTGTTTTATGACAAA-CAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA-TAGTCAT
* * * * ** * * * * * **
45988 GATTATTTGATCTAGTGTGGTAAAC--A-T-ATTTTTAAAATTTTTTACTTACTAATTGTCAAAA
64 AATTATTTAAACTAGTTTACTAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAA
* *** * *
46049 TATTAATAAATTAGTATTATTTTAATGCAAATAAGCTTGTATG-AGTAGAAAC
129 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACTA-AAAC
* ** * *
46101 ATTTGTTTTACAACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGCTT-AAATAGTCAT
1 AATTGTTTTATGAC-AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTG-TTCAAATAGTCAT
* * * * *
46165 AACTATTTGAACTAGTTTGA-T--ACATACTT-ATTGTCTAAA--TC--ACTTATTAATTTTTGA
64 AATTATTTAAACTAGTTT-ACTAAACA-AATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA
* * * *
46222 AATATTAATAGATTAGTATTACTTTATTTTGAATAAACTTATATGAACAAAAAC
127 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACTAAAAC
* * * * * *
46276 ATTTCTTGTATGACAAAACAAAAAGTAATAATGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAG-CATA
1 AATTGTTTTATGAC-AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * *
46340 ATTTTTTAAACT-GCTTAGGTAAACAGAAATT-ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTATTTTTTGA
65 ATTATTTAAACTAGTTTA-CTAAAC--AAATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA
* * * * *
46403 AATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTTCGAATAAGCTAATATGAATTGAGAA-
127 AATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACT-AAAAC
* * * * *
46457 AATTGTTTTATGATAAGATAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTA
1 AATTGTTTTATGACAA-ACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * ** * * * *
46522 ACTATTTAAATTGGTTCGGC-AAACAAATTTATTTTTTAAATCCCTTAGTTATTAATTTTTGGAA
65 ATTATTTAAACTAGTT-TACTAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAA
* * * * * * *
46586 TATTATTAGATTAGTATTGTTTTATTCTGAGTAAGCTTGTATGAAC-AGAAAT
129 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACTA-AAAC
* * * *
46638 AATTGTTTTATGACATAACAAAAAGGTTATAATGATTTGAAGTATAGAATTGTTCAAATAGTCAT
1 AATTGTTTTATGACA-AAC-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * ** *
46703 AATTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTCATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAA
64 AATTATTTAAACTAGTTTACTAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAA
* * * ** * * * *
46764 GATTAATAAACTATTATTATTTTATTTCAAATAATCATGTATGATA-AAAAAC
129 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGA-ACTAAAAC
* * * * * *
46816 AATTGTTATATGACCAAACAAAAGGTGATAACGATTTGAAATAGATAAATGTTGAAAT-GACCAT
1 AATTGTTTTATGA-CAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCAT
* * * * *
46880 AATTATTTGAACTAATTT-CGTAAATAGATTCACTTTTTAAA--TC--ACTTATTAATTTTTTG-
64 AATTATTTAAACTAGTTTAC-TAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGA
* * *
46939 AATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAAC
127 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACTAAAAC
* * * *
46993 AATTATTTTATGAC-AA-AACA--TCATAATGATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAGTCATAA
1 AATTGTTTTATGACAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
*
47054 CTATTT
66 TTATTT
47060 GAATTTGCTC
Statistics
Matches: 1044, Mismatches: 218, Indels: 118
0.76 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
172 38 0.04
173 4 0.00
174 19 0.02
175 108 0.10
176 15 0.01
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178 78 0.07
179 22 0.02
180 77 0.07
181 316 0.30
182 97 0.09
183 2 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
AATTGTTTTATGACAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
TTATTTAAACTAGTTTACTAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATA
TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACTAAAAC
Found at i:46174 original size:177 final size:174
Alignment explanation
Indices: 45872--47062 Score: 595
Period size: 177 Copynumber: 6.7 Consensus size: 174
45862 ATTTTTGGAT
* **
45872 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTAATATGAACTAAAACAACTCTTTTATGA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAA-TAAAACATTTCTTTTATGA
* * * * * * *
45937 CAAATCAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATTA-TCATGATTATTTGATCT
65 CAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAA-TAGTCATAACTATTTGAACT
* * *
46001 AGTGTGGTA-A-ACATATT-TTTAAAATTTTTTACTTACTAATTGTCAAAA
129 AGTGTGATACATACATATTGTCT-AAA----TCACTTACTAATTGTCAAAA
* *** * * * **
46049 TATTAATAAATTAGTATTATTTTAATGCAAATAAGCTTGTATGAGTAGAAACATTTGTTTTACAA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAATA-AAACATTTCTTTTATGA
46114 CAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGCTT-AAATAGTCATAACTATTTGAACT
65 CAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTG-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * * **
46178 AGTTTGATACATACTTATTGTCTAAATCACTTATTAATTTTTGAAA
129 AGTGTGATACATACATATTGTCTAAATCACTTACTAATTGTCAAAA
* * * * *
46224 TATTAATAGATTAGTATTACTTTATTTTGAATAAACTTATATGAACAAAAACATTTCTTGTATGA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAA-TAAAACATTTCTTTTATGA
* * * * *
46289 CAAAACAAAAAGTAATAATGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAG-CATAATTTTTTAAACT-
65 CAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTA
* * * * * * * **
46352 GCT-TAGGTAAACAGAAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTATTTTTTGAAA
130 G-TGT--G-ATACATACA-TATTGTCTAAATCACTTAC-TA--A-TTGTCAAAA
* * * *
46405 TATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTTCGAATAAGCTAATATGAATTGAGAAA-A-TTGTTTTA
1 TATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAA-T-A-AAACATTTCTTTTA
* * * * * * * * *
46467 TGATAAGATAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTAAA
62 TGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * * ** * * * * * ***
46532 TTGGT-TCGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCCCTTAGTTATTAATTTTTGGAA
127 CTAGTGT--G-ATACATACATATTGTCTAAAT--C--ACTTACTAATTGTCAAAA
* * * * * * * * * *
46586 TATTATTAGATTAGTATTGTTTTATTCTGAGTAAGCTTGTATGAACAGAAATAATTGTTTTATGA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAATA-AAACATTTCTTTTATGA
* * * * * *
46651 CATAACAAAAAGGTTATAATGATTTGAAGTATAGAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACT
65 CAAAACAAAAA-GTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * * * * * * * * * **
46716 GGTTTGGTAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAA
129 AGTGTGATACATACA-T-ATTGTCTAAATCACTTACTAATTGTCAAAA
* * * ** * * * * * * *
46764 GATTAATAAACTATTATTATTTTATTTCAAATAATCATGTATGATAAAAAACAATTGTTATATGA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGA-ATAAAACATTTCTTTTATGA
* * * * * * * * *
46829 CCAAACAAAAGGTGATAACGATTTGAAATAGATAAATGTTGAAAT-GACCATAATTATTTGAACT
65 CAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACT
* * * * * * * ***
46893 AATTTCG-TAAATAGATTCACTT-TTTAAATCACTTATTAATTTTTTGAA
129 AGTGT-GATACATACA-T-A-TTGTCTAAATCACTTACTAATTGTCAAAA
* * * * *
46941 TATTAATAAATTAGAATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAA-TAAAACATTTCTTTTATGA
* * *
47006 CAAAAC----A-TCATAATGATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
65 CAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
47063 TTTGCTCGAT
Statistics
Matches: 801, Mismatches: 174, Indels: 83
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
172 40 0.05
173 3 0.00
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175 107 0.13
176 12 0.01
177 259 0.32
178 78 0.10
179 16 0.02
180 9 0.01
181 167 0.21
182 83 0.10
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184 2 0.00
185 3 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.11, T:0.41
Consensus pattern (174 bp):
TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAATAAAACATTTCTTTTATGAC
AAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG
TGTGATACATACATATTGTCTAAATCACTTACTAATTGTCAAAA
Found at i:47124 original size:540 final size:534
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Indices: 46080--47089 Score: 1209
Period size: 540 Copynumber: 1.9 Consensus size: 534
46070 TTAATGCAAA
** *
46080 TAAGCTTGTATGAGTAGAAACATTTGTTTTACAACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAA
1 TAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTACAACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAA
* * *
46145 ATAATTGCTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGATACATACTTATTGTCTAAATCACTT
66 AGAATTGCTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGAAACAGACTTATTGTCTAAATCACTT
* * * ** *
46210 ATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTACTTTATTTTGAATAAACTTATATGAACAAAAA
131 ATTAATTTTTGAAAGATTAATAAACTAGTATTACTTTATTTCAAATAAACATATATGAACAAAAA
* * * * * *
46275 CATTTCTTGTATGACAAAACAAAAAGTAATAATGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGCATA
196 CAATTCTTATATGACAAAACAAAAAGTAATAACGATTTGAAATAGATAAATGTTCAAATACCATA
* ** * * *
46340 ATTTTTTAAACTGCTTAGGTAAACAGAAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTATTTTTTGAAA
261 ATTATTTAAACTAATTACGTAAACAG-AATTACTTTTTAAATCACTTACTTA-TATTTTTTGAAA
** * *
46405 TATTAATAAATTCATTTTATTTTATTTCGAATAAGCTAATATGAATTGAGAAAATTGTTTTATGA
324 TATTAATAAATTCAAATTATTTTATTTCGAATAAGCTAATATGAACTGAGAAAATTATTTTATGA
* * *
46470 TAAGATAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTAAATTG
389 TAAGATAAAA-GTCATAACGATTTGAAATAGACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTG
* *
46535 GTTCGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCCCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTATTAGATTAG
453 GCTCGACAAACAAATTTATTTTTTAAATCCCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTATTAGATTAG
46600 TATTGTTTTATTCTGAG
518 TATTGTTTTATTCTGAG
* ** * * *
46617 TAAGCTTGTATGAACAGAAATAATTGTTTTATGACATAACAAAAAGGTTATAATGATTTGAAGTA
1 TAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTACAACAAAACAAAAA-GTCATAATGATTTGAAATA
* * * * *
46682 TAGAATTG-TTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAGA-TTCATTTTTTAAAT
65 AAGAATTGCTT-AAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTT-G-AAACAGACTT-ATTGTCTAAAT
* * * * *
46745 CTCTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAACTATTATTATTTTATTTCAAATAATCATGTATGATA
126 CACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAACTAGTATTACTTTATTTCAAATAAACATATATGA-A
* * * * *
46810 -AAAAACAATTGTTATATGACCAAACAAAAGGTGATAACGATTTGAAATAGATAAATGTTGAAAT
190 CAAAAACAATTCTTATATGACAAAACAAAAAGTAATAACGATTTGAAATAGATAAATGTTCAAAT
* * *
46874 GACCATAATTATTTGAACTAATTTCGTAAATAG-ATTCACTTTTTAAATCACTTA-TTA-ATTTT
255 -ACCATAATTATTTAAACTAATTACGTAAACAGAATT-ACTTTTTAAATCACTTACTTATATTTT
* **
46936 TTG-AATATTAATAAATT-AGAATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGA-AACAATTA
318 TTGAAATATTAATAAATTCA-AATTATTTTATTTCGAATAAGCTAATATGAACTGAGAA-AATTA
* * * *
46998 TTTTATGA-CA-A-AACA-TCATAATGATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
381 TTTTATGATAAGATAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * *
47059 TGAATTTGCTCGATAAACAAATTTATTTTTT
446 TAAATTGGCTCGACAAACAAATTTATTTTTT
47090 TAAACTCCTG
Statistics
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0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.11, T:0.41
Consensus pattern (534 bp):
TAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTACAACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAA
AGAATTGCTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGAAACAGACTTATTGTCTAAATCACTT
ATTAATTTTTGAAAGATTAATAAACTAGTATTACTTTATTTCAAATAAACATATATGAACAAAAA
CAATTCTTATATGACAAAACAAAAAGTAATAACGATTTGAAATAGATAAATGTTCAAATACCATA
ATTATTTAAACTAATTACGTAAACAGAATTACTTTTTAAATCACTTACTTATATTTTTTGAAATA
TTAATAAATTCAAATTATTTTATTTCGAATAAGCTAATATGAACTGAGAAAATTATTTTATGATA
AGATAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTGGCT
CGACAAACAAATTTATTTTTTAAATCCCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTATTAGATTAGTAT
TGTTTTATTCTGAG
Found at i:47128 original size:153 final size:155
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46950 ATTAGAATTA
*
46960 TTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAAC-A-TCATAATGAT
1 TTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAGTCATAACGAT
* * * *
47023 TTTA-AATAGACAATTGTTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAATTTGCTCGATAAACAAATTTATT
66 TTTATAA-AAACAATTGATCAAATAGTCATAACCT-TTTAAACTTGCTCGATAAACAAATTTATT
47086 TTTTTAAACTCCTGCTTATTAAATTCT
129 TTTTTAAACTCCTGCTTATTAAATTCT
* * * * * *
47113 TTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAATTGAAATAATTGTTTTATGTCAAAACAAAAGGTCATAAC
1 TTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAAC--AA-GTCATAAC
* * * *
47178 GATTTTATAAAAATAATTGATCAAATAGTCATAACCTTTTAAACTTGTTTGGTAAACAAATTTAT
63 GATTTTATAAAAACAATTGATCAAATAGTCATAACCTTTTAAACTTGCTCGATAAACAAATTTAT
47243 TTTTT
128 TTTTT
47248 CAAATATTTG
Statistics
Matches: 113, Mismatches: 15, Indels: 9
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.38, C:0.10, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (155 bp):
TTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAGTCATAACGAT
TTTATAAAAACAATTGATCAAATAGTCATAACCTTTTAAACTTGCTCGATAAACAAATTTATTTT
TTTAAACTCCTGCTTATTAAATTCT
Found at i:47609 original size:176 final size:176
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Period size: 180 Copynumber: 2.5 Consensus size: 176
47385 TTGTTTTTAC
* * * *
47395 TATTTGAACTGGTTTAGCAAACATATTTAATTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTATT
1 TATTTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTT-ATTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAAT
* * * * **
47460 AAATTAGTATTATTTTTAACT-G-AATAGGCTTCTATGATTAGAAATAATTGTTTTATGACAAAA
65 AAATTAGTATTATTTTTAACTCGAAATAAGCTTCTATGATAAAAAACAATTGCATTATGACAAAA
** * *
47523 CAACAA-TTTTAATGATTT-AAGAT-TGATAATTGTTCAAATAGTAATAAT
130 CAA-AAGTCATAATGATTTGAA-ATAT-ATAATTATTC-AATAGCAATAAT
* *
47571 TATTTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTTATTGTTTAAATCTGTTACCTATTATTTTTGAAATATT
1 TATTTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTTATT-TTTAAATCTCTTA--T-TAATTTTTGAAATATT
* ** *
47636 AATCAATTAGTATTA-TTTTATTTCGAAATAAGCTTGTATGATAAAAAACAATTGCATTATGACA
62 AATAAATTAGTATTATTTTTAACTCGAAATAAGCTTCTATGATAAAAAACAATTGCATTATGACA
* * *
47700 AAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATATATAATTATTCAATGGCCATAAT
127 AAACAAAA-GTCATAATGATTTGAAATATATAATTATTCAATAGCAATAAT
* * * * * **
47751 TATTTTAATTGATTTGCTAAACAGATTTATTTTTAAATTTTCTTATTAATTTAGGAAATATTAAT
1 TATTTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTAAA-TCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAAT
47816 AAATTAGTATTATTTT
65 AAATTAGTATTATTTT
47832 ATTCTATCTA
Statistics
Matches: 216, Mismatches: 33, Indels: 22
0.80 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
175 3 0.01
176 37 0.17
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179 37 0.17
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182 3 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.07, G:0.11, T:0.44
Consensus pattern (176 bp):
TATTTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATA
AATTAGTATTATTTTTAACTCGAAATAAGCTTCTATGATAAAAAACAATTGCATTATGACAAAAC
AAAAGTCATAATGATTTGAAATATATAATTATTCAATAGCAATAAT
Found at i:47885 original size:176 final size:179
Alignment explanation
Indices: 47566--47891 Score: 423
Period size: 176 Copynumber: 1.8 Consensus size: 179
47556 TCAAATAGTA
* * **
47566 ATAATTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTTATTGTTTAAATCTGTTACCTATTATTTTTGAA
1 ATAATTATTTGAACTGATTTGCTAAACAGATTTATTGTTTAAATCTGTTACCTATTATTTAGGAA
*
47631 ATATTAATCAATTAGTATTATTTTATTTCGAAATAAGCTTGTATGATAAAAAACAATTGCATTAT
66 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAAATAAGCTTGTAT-ATAAAAAACAATTGCATTAT
47696 GACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATATATAATTATTCAATGGCC
130 GACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATATATAATTATTCAATGGCC
* * *
47746 ATAATTATTTTAATTGATTTGCTAAACAGATTTATT-TTTAAAT-T-TT-CTTATTAATTTAGGA
1 ATAATTATTTGAACTGATTTGCTAAACAGATTTATTGTTTAAATCTGTTACCTATT-ATTTAGGA
* ** * *
47807 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTATCTAAGCTTGTAT-TAACTGAAACAATTG-TTG
65 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAAATAAGCTTGTATATAA--AAAACAATTGCAT-
* *
47869 TATGACAAATTAAAAGGTTATAA
127 TATGACAAAATAAAAGGTCATAA
47892 CGTTTTTAAA
Statistics
Matches: 127, Mismatches: 15, Indels: 12
0.82 0.10 0.08
Matches are distributed among these distances:
174 3 0.02
175 1 0.01
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178 1 0.01
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ACGTcount: A:0.39, C:0.07, G:0.11, T:0.43
Consensus pattern (179 bp):
ATAATTATTTGAACTGATTTGCTAAACAGATTTATTGTTTAAATCTGTTACCTATTATTTAGGAA
ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAAATAAGCTTGTATATAAAAAACAATTGCATTATG
ACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATATATAATTATTCAATGGCC
Found at i:48328 original size:22 final size:22
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Period size: 22 Copynumber: 3.0 Consensus size: 22
48254 TATTGATTTC
* *
48264 AAAT-ATAATTAATTTATATATA
1 AAATAATAATCAATATATAT-TA
* * *
48286 AAATAGT-TTCATTATATTATTA
1 AAATAATAATCAATATA-TATTA
48308 AAATAATAATCAATATATATT
1 AAATAATAATCAATATATATT
48329 CTTAAATTAT
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 8, Indels: 6
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Matches are distributed among these distances:
22 21 0.66
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Consensus pattern (22 bp):
AAATAATAATCAATATATATTA
Found at i:48395 original size:60 final size:57
Alignment explanation
Indices: 48266--48407 Score: 137
Period size: 58 Copynumber: 2.4 Consensus size: 57
48256 TTGATTTCAA
* * * *
48266 ATATAATTAATTTATATATAAAATAGTTTCATTATATTATTAAAATAATAATCAATAT
1 ATATTATTAAATTATATAT-AAATAATTTCATTATATTATTAAAATAATAATAAATAT
* * *
48324 ATATTCTTAAATTATATATATAATAATTT-ATTATATTA-TAAATTAAGTTATAAATATT
1 ATATTATTAAATTATATATA-AATAATTTCATTATATTATTAAAATAA-TAATAAATA-T
*
48382 AGTTTTTATTAAATTATA-ATAAATAA
1 A--TATTATTAAATTATATATAAATAA
48408 GAATTATATA
Statistics
Matches: 70, Mismatches: 9, Indels: 10
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Matches are distributed among these distances:
56 7 0.10
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Consensus pattern (57 bp):
ATATTATTAAATTATATATAAATAATTTCATTATATTATTAAAATAATAATAAATAT
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Indices: 48460--48517 Score: 50
Period size: 17 Copynumber: 3.4 Consensus size: 17
48450 TTTTACTTAT
48460 TATAATATTATAATTAA
1 TATAATATTATAATTAA
* *
48477 TATAAT-TATATATTTAT
1 TATAATAT-TATAATTAA
48494 TATATATAATTATAA-T-A
1 TATA-AT-ATTATAATTAA
48511 TATAATA
1 TATAATA
48518 AATATAATAT
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 4, Indels: 10
0.70 0.09 0.21
Matches are distributed among these distances:
15 1 0.03
16 3 0.09
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ACGTcount: A:0.50, C:0.00, G:0.00, T:0.50
Consensus pattern (17 bp):
TATAATATTATAATTAA
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Indices: 48465--48514 Score: 68
Period size: 26 Copynumber: 1.9 Consensus size: 26
48455 CTTATTATAA
48465 TATTATA-ATTAA-TATAATTATATATT
1 TATTATATA-TAATTATAA-TATATATT
48491 TATTATATATAATTATAATATATA
1 TATTATATATAATTATAATATATA
48515 ATAAATATAA
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 0, Indels: 4
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Matches are distributed among these distances:
26 16 0.73
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Consensus pattern (26 bp):
TATTATATATAATTATAATATATATT
Found at i:48501 original size:13 final size:13
Alignment explanation
Indices: 48458--48538 Score: 56
Period size: 13 Copynumber: 5.6 Consensus size: 13
48448 ATTTTTACTT
48458 ATTATAATATTATA
1 ATTATAATA-TATA
48472 ATTAATATAATTATATA
1 A-T--TATAA-TATATA
* *
48489 TTTATTATATATA
1 ATTATAATATATA
48502 ATTATAATATATA
1 ATTATAATATATA
48515 ATAAATATAATAT-TA
1 AT---TATAATATATA
48530 ATTAATAAT
1 ATT-ATAAT
48539 TGTATAGATT
Statistics
Matches: 55, Mismatches: 4, Indels: 17
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (13 bp):
ATTATAATATATA
Found at i:48531 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 48462--48531 Score: 56
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48452 TTACTTATTA
*
48462 TAATATTATAATTAATAT-A-AT
1 TAATA-TATAATAAATATAATAT
* * *
48483 TATATATTTATTATATATAAT-T
1 TA-ATATATAATAAATATAATAT
48505 ATAATATATAATAAATATAATAT
1 -TAATATATAATAAATATAATAT
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1 TAAT
48532 TAATAATTGT
Statistics
Matches: 37, Mismatches: 7, Indels: 9
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Matches are distributed among these distances:
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TAATATATAATAAATATAATAT
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Alignment explanation
Indices: 48642--48748 Score: 141
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48632 AATATTAACT
*
48642 ATAATAATTA-TTATAA-ATATTAT-TAAATATTTAATATTTAA-TATTCAATATATATA
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1 ATAATATTAGTTATAATATTTATATAAATATTAATAATTAAGTATTAATAT
48749 TCAATTTATA
Statistics
Matches: 46, Mismatches: 1, Indels: 8
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Matches are distributed among these distances:
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Found at i:48744 original size:7 final size:6
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Indices: 48631--48780 Score: 64
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48621 TTATTTCAAA
* * *
48631 TAATAT TAACTA- TAATAAT TATTAT AAATAT T-AT-T AAATATT TAATATT
1 TAATAT TAA-TAT TAAT-AT TAATAT TAATAT TAATAT TAATA-T TAATA-T
* * * *
48680 TAATAT TCAATA- TATATAA TAATAT TAGT-T ATAATAT TTATAT AAATAT
1 TAATAT T-AATAT TA-ATAT TAATAT TAATAT -TAATAT TAATAT TAATAT
* *
48729 TAATAAT TAAGTAT TAATAT TCAAT-T TATAAAT TAATAA TAA-A- TAATAT
1 TAAT-AT TAA-TAT TAATAT T-AATAT TA-ATAT TAATAT TAATAT TAATAT
48778 TAA
1 TAA
48781 GATTTCATAT
Statistics
Matches: 110, Mismatches: 16, Indels: 36
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Matches are distributed among these distances:
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TAATAT
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1 TTTATATTTTAATAA
49153 T
1 T
49154 AAATAATGTC
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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*
49631 CAATTATTTATTTAATAATTAATATA
1 -AATTACTTA-TTAATAATTAATATA
49657 AATT
1 AATT
49661 TATATTTTAT
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 1, Indels: 5
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AATTACTTATTAATAATTAATATA
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50237 TAGTATAAAT
50247 ATTAATTATTAGT-A
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1 ATTAATTATTATA
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Statistics
Matches: 25, Mismatches: 0, Indels: 3
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Matches are distributed among these distances:
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Done.