Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019167876.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_144, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
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File 2 of 2
Found at i:55599 original size:16 final size:16
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Indices: 55560--55593 Score: 59
Period size: 16 Copynumber: 2.1 Consensus size: 16
55550 GTTATTCATG
*
55560 ATATTATATTTAATTA
1 ATATTATATTTAAATA
55576 ATATTATATTTAAATA
1 ATATTATATTTAAATA
55592 AT
1 AT
55594 TGTATAGATT
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 1, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
16 17 1.00
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Consensus pattern (16 bp):
ATATTATATTTAAATA
Found at i:55676 original size:14 final size:14
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Indices: 55642--55694 Score: 53
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55632 TTAATTAAAC
55642 TAATAA-AA-TATT
1 TAATAATAATTATT
55654 T-ATAATAATTATT
1 TAATAATAATTATT
*
55667 TAATATTAATTATT
1 TAATAATAATTATT
*
55681 T-ATAA-ATTTATT
1 TAATAATAATTATT
55693 TA
1 TA
55695 TCTTAACAAT
Statistics
Matches: 34, Mismatches: 3, Indels: 7
0.77 0.07 0.16
Matches are distributed among these distances:
11 4 0.12
12 10 0.29
13 8 0.24
14 12 0.35
ACGTcount: A:0.47, C:0.00, G:0.00, T:0.53
Consensus pattern (14 bp):
TAATAATAATTATT
Found at i:56530 original size:177 final size:176
Alignment explanation
Indices: 56134--58617 Score: 1193
Period size: 175 Copynumber: 14.1 Consensus size: 176
56124 CTATTAGAAA
* * * ** * *
56134 AATTATATATTTCAAATCGTTTTGACCAGTT-TTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAATTCATACA
1 AATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-ATTCATACA
* * * * **
56198 AGTTTATTCAAAATAAATTAATACTAATTTATTAACATTTGGAAAATTAATAAGAAAGAGATTTA
65 AGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG--A-A-ATTTA
** * * *
56263 AAAAATAAATCTGTTTGTC-GATCAAGTTCAAATAGTTATTA-TTATTTGAAC
126 AAAAATAAATCTGTTTACCAAAT-AAGTTCAAATAATTA-TAGTCATTTGAAC
* * * *
56314 AATTGTCTATTT-AAAACTGTTATAACCTTTTAATTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTGATAC
1 AATTATCTATTTCAAATC-GTTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCA-TTCATAC
* * **
56378 AATCTTATAT-GGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCCTAAATTAATAAGAAATTTAAA
64 AAGCTTAT-TCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAATTTAAA
* * *
56442 AAATAAATCTGTTTACCAAATTAGTTAAAATAATTATAGTCATTTGAAT
128 AAATAAATCTGTTTACCAAATAAGTTCAAATAATTATAGTCATTTGAAC
* * *
56491 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAATACAAAATT-TTT-A-TCATAC
1 AATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTATTTTGTCATAA-A-ACAATTGTTTCATTCATAC
* * *
56553 AAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTGATTAATATTTCAAAAATAATAGGTAACAAATTTA
64 AAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAT--TA-ATAAGAAATTTA
* ** * *
56618 AACAATAAATCTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAATTAT-GACTATTTTAAC
126 AAAAATAAATCTGTTTACCAAATAAGTTCAAATAATTATAGTC-ATTTGAAC
* * ** * * * **
56669 AATTATCAATCTCAAATCGTTA-AAATTTTTGTTTTGTCATAAAACAACTGTTTCTAATCATTGA
1 AATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-ATTCATACA
* * * *
56733 AGCCTATTC-AATTAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAA
65 AGCTTATTCGAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAATTTAAAA
* * * * * * * ** * *
56797 ATTAAATATGTTTGCTAAA-CAGTTCAAAT-AGTAAAAACAATTAGAAT
129 AATAAATCTGTTTACCAAATAAGTTCAAATAATTATAGTC-ATTTGAAC
* * * * * * * * *
56844 AATTATCCATTTCAAATAGTTCA-AACCTTTTGTTTAGTCATAAAATATTTTTTTCATGTCTTAT
1 AATTATCTATTTCAAATCGTT-ATAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAT-TCATAC
* * * * * * * **
56908 AAGGTTATTTGGAATAAAATAATCCAAATTTATGAACATTTGGAAAATTAATAAGCAAAAGATTT
64 AAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG---AA-ATTT
* * * * *
56973 GAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTTAAA-AAGTTAT-GACTATTTGATC
125 -AAAAAATAAATCTGTTTACCAAATAAGTTCAAATAA-TTATAGTC-ATTTGAAC
* * * * * * * *
57026 AATTAT-T-CTTAAAATTCGTTATGACATTTTGTTTTGACATAAAATAATTATTTCAATTCATAA
1 AATTATCTATTTCAAA-TCGTTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-ATTCAT-A
* * * * ** *
57089 AAAGCTTA-TCCAAAT--AA-AA-A-GAATTTA-T-A-A--GCAGGGAGTT--T-A-AAA---AA
63 CAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGAAATTTAA
* * * * *** * * * * *
57136 TAAAT--TTGT-TTTATCGATGCAA-TTTATTATAGTTA-CGACTATTTGAAC
127 AAAATAAATCTGTTTA-CCAAATAAGTTCA-AATAATTATAGTC-ATTTGAAC
* * * * * *
57184 AATTGTCTATTTAAAATCATTATGA---TGT-TTTT-TCATAAAATAA-TGTTTCAGTTCATACA
1 AATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCA-TTCATACA
* * * * * *
57243 AGCTTATTCAAAATAAAATAATTCTAGTTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTTAGTGATTAA
65 AGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-AAAT--TTAA
* * ** * * * * *
57308 AAAGTGAATC-CATTGCGAAATTAGTTTCAAATAATTATGGTCATTTCAAC
127 AAAATAAATCTGTTTACCAAATAAG-TTCAAATAATTATAGTCATTTGAAC
* * * * *
57358 AATTATCTATTTCAAATCGTTATCACC-TTTGTTTGGTCATATAACAATTGATTT-TTATCATAC
1 AATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCAT-TCATAC
* * * * * *
57421 ATGATTAATT-GAAATAAAATAATAATAGTTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAA
64 AAGCTT-ATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAATTTAAA
* * ** ** * *
57485 AAATGAATATGTTTACTGAACCAGTTC-AATAGTTAT-GACTATTTGAAC
128 AAATAAATCTGTTTACCAAATAAGTTCAAATAATTATAGTC-ATTTGAAC
* * * * * * * *
57533 AATTCTATACTTC-AATCATTATAACC-TTTGTTATGTCATAGAAACAATTATTTCTGTTCATAC
1 AATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTATTTTGTCATA-AAACAATTGTTTC-ATTCATAC
* * * * *
57596 AAGCTTATTC-AAATAAAACAATAGCTAATCTAAT-ATATTCCAAAAATTAATAACTAAGGGATT
64 AAGCTTATTCGAAATAAAATAATA-CTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-GAA---ATT
* * ** * * *
57659 TAAAAAATAAATTTGTTTGCCGAACCAA-TTC-AATAGTTA-AGACTATATGAA-
124 TAAAAAATAAATCTGTTTACC-AAATAAGTTCAAATAATTATAGTC-ATTTGAAC
* * *
57710 ACATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTT-GTCTGTCATAAAACAATT-TTCTCAATTCATA
1 A-ATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTT-TC-ATTCATA
* *
57773 CTAGCTTATTCGAAAT-AAATAA-A-TGAATTTATTAATATTTCAAAAAATAATAAGTAAGATTT
63 CAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-AA-ATTT
* * *** * * *
57835 AAAAAATAATTTTGTTTACCTAAGCCAGTTTAAAAAAATTATACT-ATTT-AAC
125 AAAAAATAAATCTGTTTACC-AAATAAG-TTCAAATAATTATAGTCATTTGAAC
* * * * * * * ** *
57887 AATTATATA-TTCAAATCATTATTACTTTTTGTTTTGTCATACAACAAATGTTTTTGTTCATATA
1 AATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCATTCATACA
* * * ** ***
57951 AGTTTATTC-AAATAAAGTAATACTAATCTATTAATATTTC-AAAATTAATAAGTGATTTAGGCA
65 AGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAATTTAAAAA
* * * * * *
58014 ATAAATCTATGTATCAAACT-AGTTCAAATAGTTAT-GACTATTTGAGC
130 ATAAATCTGTTTACCAAA-TAAGTTCAAATAATTATAGTC-ATTTGAAC
* * * * **
58061 AATTAT-TATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTTGTAAAACAATTGTTTCTATTCATACA
1 AATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-ATTCATACA
* * * *** * *
58125 AGCTTATTTGCATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGGAAATTAGTAAGTAAAAATTTTA
65 AGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG---AAATTTAA
* * * * * *
58190 AAAAT--A--TGTTTACTACACT-AGATCAAATAATCAT-GACAATTTGAAT
127 AAAATAAATCTGTTTACCA-AATAAGTTCAAATAATTATAGTC-ATTTGAAC
* * * * ** *
58236 AATTATCTATTTCGAATCGTTATGACCTTTTGA-TTTGTCATAAAAGAGTTGTTTGGTTCATATA
1 AATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTT-ATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCATTCATACA
* * *
58300 AGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCTAAAATTAATAAGTAAAAGATTTA
65 AGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG---AA-ATTTA
* * * ** * *
58365 AATAATAAAT-TCGTTTATCGAGCAAGTTCAAATAGTTATTACT-ATTTGAAC
126 AAAAATAAATCT-GTTTACCAAATAAGTTCAAATAATTA-TAGTCATTTGAAC
* * ** * *
58416 AATTATATAATTCAAAT--TTATGGCTCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCACAC
1 AATTATCTATTTCAAATCGTTATAAC-CTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-ATTCATAC
* * * * *
58479 AAGTTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTATTA-TTCTAAAATTAATAAGTTAGAGATTT
64 AAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG--A-A-ATTT
* * * * *
58543 AAAAAATAAATCTGTTTACTGAAACAA-TTTAAATAGTCAT-GTCCATTTGAAC
125 AAAAAATAAATCTGTTTAC-CAAATAAGTTCAAATAATTATAGT-CATTTGAAC
* *
58595 TATTATTTATTTCAAATCGTTAT
1 AATTATCTATTTCAAATCGTTAT
58618 GACATTTTGT
Statistics
Matches: 1762, Mismatches: 400, Indels: 283
0.72 0.16 0.12
Matches are distributed among these distances:
152 9 0.01
153 16 0.01
154 10 0.01
155 6 0.00
156 4 0.00
157 8 0.00
158 32 0.02
159 11 0.01
160 13 0.01
161 1 0.00
162 3 0.00
163 2 0.00
164 2 0.00
165 3 0.00
167 1 0.00
169 1 0.00
170 1 0.00
172 18 0.01
173 18 0.01
174 176 0.10
175 308 0.17
176 242 0.14
177 158 0.09
178 197 0.11
179 238 0.14
180 120 0.07
181 131 0.07
182 31 0.02
183 2 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (176 bp):
AATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCATTCATACAA
GCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAATTTAAAAAA
TAAATCTGTTTACCAAATAAGTTCAAATAATTATAGTCATTTGAAC
Found at i:56653 original size:178 final size:177
Alignment explanation
Indices: 56134--57002 Score: 572
Period size: 177 Copynumber: 4.9 Consensus size: 177
56124 CTATTAGAAA
* * * ** * *
56134 AATTATATATTTCAAATCGTTTTGACCAGTT-TTTAGTCATAAA-ATAATTGTTTCAATTCATAC
1 AATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTATTTTGTCATAAACAAAATT-TTT-AA-TCATAC
* * * * * * * *
56197 AAGTTTATTCAAAATAAATTAATACTAATTTATTAACATTTGGAAAATTAATAAGAAAGAGATTT
63 AAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-CAAAAATAAT-AGTAAGAAATTT
** * * * *
56262 AAAAAATAAATCTGTTTGTCGATCAAGTTCAAATAGTTATTA-TTATTTGAAC
126 AAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAATTA-TAGTCATTTGAAC
* * * * * *
56314 AATTGTCTATTT-AAAACTGTTATAACCTTTTAATTTGTCATAAA-ACAATTGTTTCAGTTGATA
1 AATTATCTATTTCAAATC-GTTATAACCTTTTATTTTGTCATAAACAAAATT-TTT-A-ATCATA
* * ** *
56377 CAATCTTATAT-GGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCCTAAAT--TAATAAGAAATTT
62 CAAGCTTAT-TCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATAATAGTAAGAAATTT
** * *
56439 AAAAAATAAATCTGTTTACCAAATTAGTTAAAATAATTATAGTCATTTGAAT
126 AAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAATTATAGTCATTTGAAC
* *
56491 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAATACAAAATTTTT-ATCATACAA
1 AATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTATTTTGTCATAA-ACAAAATTTTTAATCATACAA
* *
56555 GCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTGATTAATATTTCAAAAATAATAGGTAACAAATTTAAA
65 GCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATAATA-GTAAGAAATTTAAA
* * * *
56620 CAATAAATCTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAATTAT-GACTATTTTAAC
129 AAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAATTATAGTC-ATTTGAAC
* * ** * * **
56669 AATTATCAATCTCAAATCGTTA-AAATTTTTGTTTTGTCATAAA-ACAACTGTTTCTAATCATTG
1 AATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTATTTTGTCATAAACA-AAAT-TTT-TAATCATAC
* * * * *
56732 AAGCCTATTC-AATTAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAAT--TAATAAGAGATTTA
63 AAGCTTATTCGAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATAATAGTAAGAAATTTA
* * * * * * ** * *
56794 AAAATTAAATATGTTTGCTAAAC-AGTTCAAAT-AGTAAAAACAATTAGAAT
127 AAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAATTATAGTC-ATTTGAAC
* * * * ** * *
56844 AATTATCCATTTCAAATAGTTCA-AACCTTTTGTTTAGTCATAAA-ATATTTTTTTCATGTCTTA
1 AATTATCTATTTCAAATCGTT-ATAACCTTTTATTTTGTCATAAACA-AAATTTTT-A-ATCATA
* * * * * * * * * * *
56907 TAAGGTTATTTGGAATAAAATAATCCAAATTTATGAACATTTGGAAAATTAATAAGCAA-AAGAT
62 CAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-CAAAAATAAT-AGTAAGAA-AT
*
56971 TTGAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTT
124 TT-AAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTT
57003 TAAAAAGTTA
Statistics
Matches: 541, Mismatches: 118, Indels: 58
0.75 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
174 5 0.01
175 85 0.16
176 86 0.16
177 113 0.21
178 83 0.15
179 56 0.10
180 29 0.05
181 79 0.15
182 5 0.01
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (177 bp):
AATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTATTTTGTCATAAACAAAATTTTTAATCATACAAG
CTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATAATAGTAAGAAATTTAAAAA
ATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAATTATAGTCATTTGAAC
Found at i:57979 original size:353 final size:352
Alignment explanation
Indices: 57359--58001 Score: 785
Period size: 353 Copynumber: 1.8 Consensus size: 352
57349 CATTTCAACA
* * **
57359 ATTATCTATTTCAAATCGTTATCACCTTTGTTTGGTCATATAACAATTGATTTTTATCATACATG
1 ATTATCTATTTCAAATCGTTATCACCTTTGTCTGGTCATAAAACAATT-ATTTCAATCATACATG
* * *
57424 ATTAATTGAAATAAAATAATAATAGTTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAAT
65 ATTAATTGAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTCAAAAAATAATAAGAGATTTAAAAAAT
* * * *
57489 GAATATGTTTACTGAACCAGTTCAATAGTTATGACTATTTGAACAATTCTATACTTCAATCATTA
130 GAATATGTTTACTGAACCAGTTAAAAAATTATGACTATTTGAACAATTATATACTTCAATCATTA
*
57554 TAACCTTTGTTATGTCATAGAAACAATTATTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAATAAAACAATA
195 TAACCTTTGTTATGTCATAGAAACAAATATTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAATAAAACAATA
57619 GCTAATCTAAT-ATATTCCAAAAATTAATAACTAAGGGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCGAA
260 GCTAATCTAATAATATTCC-AAAATTAATAACTAAGGGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCGAA
57683 CCAATTCAATAGTTAAGACTATATGAAAC
324 CCAATTCAATAGTTAAGACTATATGAAAC
*
57712 ATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTCT-GTCATAAAACAATT-TTCTCAATTCATAC-
1 ATTATCTATTTCAAATCGTTATCACC-TTTGTCTGGTCATAAAACAATTATT-TCAA-TCATACA
*
57774 TAGCTT-ATTCGAAAT-AAAT-A-AATGAATTTATTAATATTTCAAAAAATAATAAGTAAGATTT
63 T-GATTAATT-GAAATAAAATAATAAT-AATTTATTAATATTTCAAAAAATAATAAG--AGATTT
*
57835 AAAAAAT-AATTTTGTTTACCT-AAGCCAGTTTAAAAAAATTAT-ACTATTT-AACAATTATATA
123 AAAAAATGAA-TATGTTTA-CTGAA-CCAG-TT-AAAAAATTATGACTATTTGAACAATTATATA
* * * * * * * *
57896 -TTCAAATCATTATTACTTTTTGTTTTGTCATA-CAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTATT
183 CTTC-AATCATTATAAC-CTTTGTTATGTCATAGAAACAAATATTTCTGTTCATACAAGCTTATT
** * *
57959 CAAATAAAGTAATA-CTAATCTATTAATATTTCAAAATTAATAA
246 CAAATAAAACAATAGCTAATCTAATAATATTCCAAAATTAATAA
58002 GTGATTTAGG
Statistics
Matches: 247, Mismatches: 27, Indels: 32
0.81 0.09 0.10
Matches are distributed among these distances:
350 3 0.01
351 29 0.12
352 12 0.05
353 97 0.39
354 77 0.31
355 22 0.09
356 7 0.03
ACGTcount: A:0.41, C:0.12, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (352 bp):
ATTATCTATTTCAAATCGTTATCACCTTTGTCTGGTCATAAAACAATTATTTCAATCATACATGA
TTAATTGAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTCAAAAAATAATAAGAGATTTAAAAAATG
AATATGTTTACTGAACCAGTTAAAAAATTATGACTATTTGAACAATTATATACTTCAATCATTAT
AACCTTTGTTATGTCATAGAAACAAATATTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAATAAAACAATAG
CTAATCTAATAATATTCCAAAATTAATAACTAAGGGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCGAACC
AATTCAATAGTTAAGACTATATGAAAC
Found at i:58667 original size:355 final size:348
Alignment explanation
Indices: 57587--58626 Score: 782
Period size: 355 Copynumber: 2.9 Consensus size: 348
57577 CAATTATTTC
* * * * *
57587 TGTTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAACAATAGCTAATCTAAT-ATATTCCAAAAATTAATAAC
1 TGTTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATA-CTAATCTATTAATATTTC-AAAA-T--TAA-
* * * * * *
57650 TAAGGGATTTAAAAAATAAAT-T-TGTTTGCCGAACCAA-TTC-AATAGTTAAGACTATATGAA-
60 TAAGTGATTTAAACAATAAATCTATGTAT--C-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * * * *
57710 ACATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTG-TCTGTCATAAAACAATT-TTCTCAATTCATA
122 A-ATTAT-TAATTCAAAT-ATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT-TCTATTCACA
* * * * * *
57773 CTAGCTTATTCGAAAT-AAATAA-A-TGAATTTATTAATATT-TCAAAAAATAATAAGT-AAGAT
183 CAAGCTTATTTGCAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCT-GAAAATTAATAAGTAAAAAT
* * * * * * * * *
57833 TTAAAAAATAATTTTGTTTACCTAAGCCAGTTTAAAAAAATTAT-ACTATTT-AACAATTATATA
246 TTAAAAAAT-A---TGTTTA-CTAAACTAG-ATCAAATAATCATGACAATTTGAATAATTATCTA
* * * * ****
57896 -TTCAAATCATTATTACTTTTTGTTTTGTCATACAACA-AATGTTTT
305 TTTCAAATCGTTATGACATTTTGATTTGTCATA-AA-AGAAT-CCAA
* * *
57941 TGTTCATATAAGTTTA-TTCAAATAAAGTAATACTAATCTATTAATATTTCAAAATTAATAAGTG
1 TGTTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTCAAAATTAATAAGTG
** * * *
58005 ATTTAGGCAATAAATCTATGTATCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAGCAATTATTAT
66 ATTTAAACAATAAATCTATGTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTAA
** *
58070 TTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTTGTAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTG
131 TTCAAAT-ATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCACACAAGCTTATTTG
* * * * *
58135 CATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGGAAATTAGTAAGTAAAAATTTTAAAAATATGTT
195 CAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTGAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATATGTT
* * *
58200 TACTACACTAGATCAAATAATCATGACAATTTGAATAATTATCTATTTCGAATCGTTATGACCTT
260 TACTAAACTAGATCAAATAATCATGACAATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACATT
* ****
58265 TTGATTTGTCATAAAAGAGTTGTT
325 TTGATTTGTCATAAAAGAATCCAA
* *
58289 TGGTTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCTAAAATTAATAAG
1 T-GTTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTC-AAAATTAATAAG
* * * *
58354 TAAAAGATTTAAATAATAAATTCGT-T-TATCGAGCAAGTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACA
64 T----GATTTAAACAATAAA-TC-TATGTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
*
58417 ATTATATAATTCAAAT-TTATGGCTCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCACACAA
123 ATTAT-TAATTCAAATATTATGACT-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCACACAA
* * * * *
58481 GTTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTATTATTCT-AAAATTAATAAGTTAGAGATTTAA
186 GCTTATTTGCAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTGAAAATTAATAAG-TAAAAATTTAA
* * * * *
58545 AAAATAAATCTGTTTACTGAAAC-A-ATTTAAATAGTCATGTCCATTTGAACT-ATTATTTATTT
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Statistics
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TTCAAATATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCACACAAGCTTATTTGC
AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTGAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATATGTTT
ACTAAACTAGATCAAATAATCATGACAATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACATTT
TGATTTGTCATAAAAGAATCCAA
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* * * * * * *
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* ** * * * * * * * *
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** * * * * *
58856 TTT-TTAAAAAATCTATTT-ACCGAA-TAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATCATCTA
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* * * * *
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** * ** *
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256 AAA-TAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAGAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * *
59048 TCAGTTTATC-AAATTA-TTCAAACAATCATGGCCATTT
320 TCAGTTTATCTAAACTAGTTCAAACAATCAAGGCCATAT
* *
59085 GAATAATTATCTATTTCAAATCATTGTGAACTTTTG-TTTTGTCAT-AAACAATTTTTTTTCA-T
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* * *
59147 CATA-CAAGCCTATTTGGAATAAA-TAATACTAATTTACTAATA-TTCAAAAATTAAT-AAAAGA
65 CATAGCAA-CCTATTCGGAATAAATTAAAACAAATTTACTAATATTTCAAAAATTAATAAAAAGA
* * *
59208 TTTAAAAAAGTAAATTT-TTT-ACTGAACCCAGTTTCACAT-TTTATGACTATTTGAACAATTAT
129 TTTAAAAAA--AAATTTATTTGACT-AA-CCA-ATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * * * * * * * *
59270 ATAATTTCAAAT-GTTATAACCTTTTGTTATCTCATAAAACAATTATTTCTATTCACACAAGTTA
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* * * * *
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253 TTC-AAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAAGAAGTAAGAGATTTAAAAAA
*** * * * * *
59398 TAAATTTTTTTATCTGAACTAGTTCAAATATTTAAGGCTATAT
316 TAAATCAGTTTATCTAAACTAGTTCAAACAATCAAGGCCATAT
* * * *
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1 GAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTCA-TT
* * * * *
59506 CTTAGTAACTTATTCGGAATAAATTAAAACAAATTTATTAATATTTCAAAACTTAATAAGCAAAA
65 CATAGCAACCTATTCGGAATAAATTAAAACAAATTTACTAATATTTCAAAAATTAAT-A--AAAA
* *
59571 GATTTAAAAAACAATTTCAGTTTGCCTAACCAATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATC
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** ** * *
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* * *
59700 TTCAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTT-GAAAATTAAGAAGTAAGAAATTTAAAAAGT
253 TTCA-AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAGAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* * *
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TAAAAAAAAATTTATTTGACTAACCAATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
AAATCGTTATAACCTTTTATTTTATCATAAAACAAATGTTTCTATACATAAAAGTTTTTCAAATA
AAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAGAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCAGTT
TATCTAAACTAGTTCAAACAATCAAGGCCATAT
Found at i:59581 original size:184 final size:180
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59086 AATAATTATC
* * *
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* *
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* * *
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* * * * * * * *
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1 TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTCAT-TTCATACAACTTA
** * *
59334 TTCAAAATAAAATAATACTAATATAATAATATTCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAA-
65 TTCGGAAT-AAATAATACTAATTTAATAATATTC-AAAAATTAATAAC-AAAAGATTTAAAAAAG
* * *
59398 TAAATTTTTTTATCTGAA-CTAG-TTCAAATATTTAAGGCTATATGAACAATTCT-T
127 TAAA-TTTTTTA-CTGAACCCAGTTTCAAAT-TTTAAGACTATATGAACAATTATAT
* * *
59452 TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTTGTCGTAAAACAATTTTTTTCATTTCTTAGTAACTT
1 TATTTCAAATCATTATGACCTTTTG-TTTTGTCATAAAACAATTTTTTTCATTTCATA-CAACTT
* * * *
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59582 CAATTTCAGT
Statistics
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TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTCATTTCATACAACTTAT
TCGGAATAAATAATACTAATTTAATAATATTCAAAAATTAATAACAAAAGATTTAAAAAAGTAAA
TTTTTTACTGAACCCAGTTTCAAATTTTAAGACTATATGAACAATTATAT
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*
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*
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59829 AA
1 AA
59831 TTAGTTATAA
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*
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*
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Statistics
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CAAATAATTATGACTATTT
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60836 AATTATTAATTAAAAATA
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1 AATTATTAATTAAAAATA
*
60870 AACTATT
1 AATTATT
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Statistics
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AATTATTAATTAAAAATA
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61162 ATACAGTTAG
61172 AATTAA-TTTAATTA
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61186 AA-TAATTTTAATTA
1 AATTAATTTTAATTA
61200 TCAATTAATTTATAATTA
1 --AATTAATTT-TAATTA
61218 A
1 A
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Statistics
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AATTAATTTTAATTA
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1 AATATTATTTTATTTTG
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AATATTATTTTATTTTG
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* * *
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AATTAAATAAATTAGAATAGT
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*
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*
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195 TAATATTATATCTAAAAATTATTTAA----TA-TTTAATATTAATAATTTAATAAGTTTATTATA
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255 CAAGCACATAATTGTTTGT
64256 ATAATTCTTTATGAGCAGTTTTTCAATATACATTTAGTTTTACTCTTAGTTTTTCGCAT-AGTTT
1 ATAATTCTTTATGAGCAGTTTTTCAATATACATTTAGTTTTACTCTTAG-TTTTC-CATAAGTTT
* * *
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** * * *
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129 GTCACATGAAAGGCTTCTTTCATCTTCACCTACACGTGATGGGGGCCTATTAAAAGTTTAAATAA
*
64450 TTAATATTATATCTAAAAATTATTTAATATTTAATATTAATAATTTAA
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AATATTATATCTAAAAATTATTTAATATTTAATATTAATAATTTAATAAGTTTATTATACAAGCA
CATAATTGTTTGT
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* *
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Statistics
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ATAAAT
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* * ** * *
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* * ** ** * * *
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* * * * *
65503 ACCTTTTGTTCTGTCATAAAATATTTGTTTTTGATCTTACAAGCTTATTCGA
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* **
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* * * * *
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* *
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** *
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Statistics
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Found at i:66077 original size:25 final size:26
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*
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*
66069 T-AATAATTAATATTGATATTAATAA
1 TAAATAATTAATATAGATATTAATAA
66094 TAAATAAT
1 TAAATAAT
66102 ATTAATATTA
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 2, Indels: 4
0.83 0.06 0.11
Matches are distributed among these distances:
25 17 0.59
26 12 0.41
ACGTcount: A:0.54, C:0.00, G:0.03, T:0.42
Consensus pattern (26 bp):
TAAATAATTAATATAGATATTAATAA
Found at i:66092 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 66064--66111 Score: 78
Period size: 22 Copynumber: 2.2 Consensus size: 22
66054 TATAGAATTA
* *
66064 ATTAATAATAATTAATATTGAT
1 ATTAATAATAAATAATATTAAT
66086 ATTAATAATAAATAATATTAAT
1 ATTAATAATAAATAATATTAAT
66108 ATTA
1 ATTA
66112 TTATTAGGTA
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 2, Indels: 0
0.92 0.08 0.00
Matches are distributed among these distances:
22 24 1.00
ACGTcount: A:0.54, C:0.00, G:0.02, T:0.44
Consensus pattern (22 bp):
ATTAATAATAAATAATATTAAT
Done.