Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019168336.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_559, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 22970
ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.11, T:0.40
Found at i:542 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 185--590 Score: 431
Period size: 171 Copynumber: 2.4 Consensus size: 170
175 GGCTTATCAA
* * * *
185 AAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAAATTGA-GAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAA
1 AAAT-AAATAATACTAATTTATT-ATATTTCAAAAATTAATG-AG-TAGAGATTTAAAAAATAAA
** * * * * * *
249 TCAATCTATCGAATCAGTTCAAATAATTGTGCCATCTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATG
62 T-TGTTTAGCGAATCAGTTCAAATAATTATGCCATCTAAACAATTATATATTTCAAATTGTTATG
* * **
314 ACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTACATTTAAGCCTATTT
126 AATTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTACATACAAGCCTATTT
*
359 --ATAAAGAATACTAATTTATTAGTATTTCAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT
1 AAATAAATAATACTAATTTATTA-TATTTCAAAAATTAATGAGT-AGAGATTTAAAAAATAAATT
* *
422 GTTTAGC-AAT-AGTTCAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATATATTTCAAATTGTTAT-AA
64 GTTTAGCGAATCAGTTCAAATAATTATG-CCATCTAAACAATTATATATTTCAAATTGTTATGAA
* *
484 TTTTTTTTTATCATAAAA-AATTATTTTTTCATACAAG-CTATTT
128 TTTTGTTTTATCATAAAACAATTA--TTTACATACAAGCCTATTT
*
527 GAAATAAATAATACTAATTTA-TATATTT-AAAAATTAATGACTAGAGATTT-AAAAA-AAATTG
1 -AAATAAATAATACTAATTTATTATATTTCAAAAATTAATGAGTAGAGATTTAAAAAATAAATTG
588 TTT
65 TTT
591 GCCAAACAAT
Statistics
Matches: 200, Mismatches: 23, Indels: 27
0.80 0.09 0.11
Matches are distributed among these distances:
165 9 0.05
166 5 0.03
167 13 0.06
168 51 0.25
169 45 0.22
170 8 0.04
171 66 0.33
172 3 0.01
ACGTcount: A:0.43, C:0.08, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (170 bp):
AAATAAATAATACTAATTTATTATATTTCAAAAATTAATGAGTAGAGATTTAAAAAATAAATTGT
TTAGCGAATCAGTTCAAATAATTATGCCATCTAAACAATTATATATTTCAAATTGTTATGAATTT
TGTTTTATCATAAAACAATTATTTACATACAAGCCTATTT
Found at i:564 original size:168 final size:169
Alignment explanation
Indices: 232--590 Score: 414
Period size: 168 Copynumber: 2.1 Consensus size: 169
222 TGAGAAGTTG
** * * * * * *
232 GAGATTTAAAAAATAAATCAATCTATCGAATCAGTTCAAATAATTGTGCCATCTGAATAATTATC
1 GAGATTTAAAAAATAAAT-TGTTTAGCGAATCAGTTCAAATAATTATGCCATCTAAACAATTATA
* * **
297 TATTTCAAATTGTTATGACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTACATTTAAGCCTATTTATA
65 TATTTCAAATTGTTATGAATTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTACATACAAGCCTATTTATA
*
362 AAGAATACTAATTTATTAGTATTTCAAAAATTAATGAGTAA
130 AAGAATACTAATTTATTAGTATTTCAAAAATTAATGACT-A
* *
403 GAGATTTAAAAAATAAATTGTTTAGC-AAT-AGTTCAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATA
1 GAGATTTAAAAAATAAATTGTTTAGCGAATCAGTTCAAATAATTATG-CCATCTAAACAATTATA
* *
466 TATTTCAAATTGTTAT-AATTTTTTTTTATCATAAAA-AATTATTTTTTCATACAAG-CTATTTG
65 TATTTCAAATTGTTATGAATTTTGTTTTATCATAAAACAATTA--TTTACATACAAGCCTATTT-
*
528 AAATAAATAATACTAATTTA-TA-TATTT-AAAAATTAATGACTA
127 --ATAAAGAATACTAATTTATTAGTATTTCAAAAATTAATGACTA
570 GAGATTT-AAAAA-AAATTGTTT
1 GAGATTTAAAAAATAAATTGTTT
591 GCCAAACAAT
Statistics
Matches: 164, Mismatches: 18, Indels: 18
0.82 0.09 0.09
Matches are distributed among these distances:
165 9 0.05
166 5 0.03
167 13 0.08
168 51 0.31
169 45 0.27
170 6 0.04
171 35 0.21
ACGTcount: A:0.43, C:0.08, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (169 bp):
GAGATTTAAAAAATAAATTGTTTAGCGAATCAGTTCAAATAATTATGCCATCTAAACAATTATAT
ATTTCAAATTGTTATGAATTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTACATACAAGCCTATTTATAA
AGAATACTAATTTATTAGTATTTCAAAAATTAATGACTA
Found at i:2116 original size:176 final size:178
Alignment explanation
Indices: 1861--3002 Score: 974
Period size: 179 Copynumber: 6.4 Consensus size: 178
1851 TTGAATAAAT
*
1861 AATTG-TTCTGTTCACTACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAAATA-TAAATTTATCTAATATTCT
1 AATTGTTTCTATTCA-TACAAGCTTA-TTCAAAATAAAAT-AATACT-AATTTAT-TAATATTCT
* * * *
1923 AAAAATTTAATAAGTAAATTTTAAAAATAAATATGTTTTCTGAGCACGTTCAAATAGTTATAACT
61 AAAAA-TTAATAAGTAAATTTTAAAAATAAATATATTTTCCGAACAAGTTCAAATAGTTATAACT
* * ** *
1988 ATTTGAATAATTATCTATTTTAAATAATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACC
125 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC
* * **
2042 AATTGTTTCTATTCATACAAGCGTATTCAAAAT-AAATAATACTAGTTTATTAATATTCCGAAAA
1 AATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAA
* * * * * *
2106 -TAATAAGTAAAAGATTTAAAAATAAATTTATTTGCCGAACAAGTTCAAATAGCTAT-GCTTGTT
66 TTAATAAGT-AAA-TTTTAAAAATAAATATATTTTCCGAACAAGTTCAAATAGTTATAAC-TATT
* *** *
2169 TGAACAATTAT-TGATTTCAAATAGTTATGATGATTTGTTTTAG-CGTAAAAC
128 TGAACAATTATCT-ATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTT-GTCATAAAAC
* *
2220 AATTATTTCTATT-ATTGCAAG-TGTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAA
1 AATTGTTTCTATTCA-TACAAGCT-TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAA
* * * * ** *
2283 AATTAATAGGTAGAAGATTTAAAAA-AAA-ATCATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTCATGTCCA
64 AATTAATAAGTA-AA-TTTTAAAAATAAATAT-ATTTTCCGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTA
*
2346 -TCGAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC
126 TTTG-AACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC
* ** *
2399 AATTGTTTCTATTCATGCAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAA
1 AATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAA
* * * * * * * *
2464 TTAATAAG-AGA-TTTAAAAACTACATCTGTTTACCGATA-TAGTTTAAATAATTATTAA-TATT
66 TTAATAAGTAAATTTTAAAAA-TAAATATATTTTCCGA-ACAAGTTCAAATAGTTA-TAACTATT
* * * * *
2525 TGAACAATTATCTATCTCAAATCGTTGTGA--TATTTATTTTATCATAAAAC
128 TGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCT-TTTGTTTTGTCATAAAAC
* * * ** *
2575 AATTGTTTCTTTTCATACAAGCTTATTCAGATTAAAATAATACTAATTTAACAATATTCCAAAAA
1 AATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAA
*** * * * ** * *
2640 TTAATAAG-CGCTTTGAAAAATAAATGTGTTTGT-TAAACTAGTTCAAATAGTTA-AGACTATTA
66 TTAATAAGTAAATTTTAAAAATAAATATATTT-TCCGAACAAGTTCAAATAGTTATA-ACTATTT
* * * * * * *
2702 AAATAATTATCTATTTCAAATTATTTTGACATTTTGTTTAGTAATAAAAC
129 GAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC
* * * *
2752 AATTATTT-TAATTCATACAAGCTTATT-ACAAATAAAATAATAGTAATTTATTAACATTCAAAA
1 AATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTCA-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAA
* * * *
2815 AATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAT-CAAACAAGTTCAAATAGATT-TAAC
64 AATTAATAAG--TAA-ATTTTAAAAATAAATATATTT-TCCGAACAAGTTCAAATAG-TTATAAC
* * *
2878 TATTTGAATAACTATCTATTT-AAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAT
124 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC
* * ** *
2932 AATTGTTTC-ATTTCATAAAAACTTATTTGAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATT-TCAAA
1 AATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAA
2995 AATTAATA
64 AATTAATA
3003 GTTATGACTA
Statistics
Matches: 785, Mismatches: 130, Indels: 93
0.78 0.13 0.09
Matches are distributed among these distances:
174 1 0.00
175 11 0.01
176 140 0.18
177 135 0.17
178 127 0.16
179 173 0.22
180 116 0.15
181 71 0.09
182 11 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (178 bp):
AATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAA
TTAATAAGTAAATTTTAAAAATAAATATATTTTCCGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGA
ACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC
Found at i:3712 original size:177 final size:177
Alignment explanation
Indices: 3047--4196 Score: 798
Period size: 177 Copynumber: 6.4 Consensus size: 177
3037 CATTATGATA
* * * * *
3047 TTTGTTTTCTCATAAAACAATTGTTTTTTATCATAAAAGCTTATTTGGACA-AAAA-AATACTAA
1 TTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTCAACATACAAGCTTATTT-GAAATAAAATAATACTAA
* * * * * * *
3110 TTTAATAATATTTCAAAAATTAGT--GAGATTTAAAAAAATATATGT-ATTTGCTGAACCAGTTC
65 TTTATTAATATTTAAAAAAATAATAAGAGATTT-AAAAAATAAAT-TCATTTACTAAACCAGTTC
* * * * * * *
3172 AAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTCTAACC-
128 AAATAATTAAGACTATTTGAACAATTATCTGTTTCAAATTGTTATTACCT
* * * * * * *
3221 TTT-CTTTAGTCCTATAATAATTG--TTTCAGTTCATACAAGCTTA-TTCATAATAGAATAATAC
1 TTTGTTTTA-TCATAAAACAATTGTTTTTCA--ACATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATAC
* * * * **
3282 TAATTTATTAACATTCCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAGATAAATTTGTTTACTAAAC
62 TAATTTATTAATATT-TAAAAA--AATAA-TAAGAGATTT-AAAAAATAAATTCATTTACTAAAC
* * * ** * *
3347 AAGTTGCAAA-AAGTTATGACTATTTGAACAATTAT-TGATTTAAAATCATTATGACTT
122 CAGTT-CAAATAA-TTAAGACTATTTGAACAATTATCTG-TTTCAAATTGTTATTACCT
* **** *** * *
3404 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATA-AAGCTTATCCAAAAGAAAATAATACTACT
1 TTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTCAACATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAAT
* * ** * **
3468 TTATTATTATTTCAAAAGTTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTGGTTTACTGAATAAGTT
66 TTATTAATATTT-AAAA--AAATAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTCATTTACTAAACCAGTT
* * *
3533 CAAATAATTATTG-CCATTTGAACAACTATCTGTTTC-AATTAGTTATTACCT
127 CAAATAATTA-AGACTATTTGAACAATTATCTGTTTCAAATT-GTTATTACCT
* * * * *
3584 TTTGTTTTATCACAAAACAATTGTTTTTCAACATATAAGCTTGTTTGAAATGAAATAATATTAAT
1 TTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTCAACATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAAT
* * * * * *
3649 TTACTAATATTTCAAAAAGTAATAAGAGATTTAAAAAATAAA-TCTGTTTACTGAACTAGTTCAA
66 TTATTAATATTTAAAAAAATAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTC-ATTTACTAAACCAGTTCAA
* * * * * *
3713 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCATATTGTTATAACAT
130 ATAATTAAGACTATTTGAACAATTATCTGTTTCAAATTGTTATTACCT
* * * * * *
3761 TTTGTTCTATAATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAACAATACTAA
1 TTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTCA-ACATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAA
* * * ** * *
3825 TTTAGTAATATTTTGAAAATTAATAGGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTCATTCGCCAAACCAAT
65 TTTATTAATA-TTT-AAAA-AAATA-ATAAGAGATTTAAAAAATAAATTCATTTACTAAACCAGT
* * * * *
3890 TCAAATAGTTAAGACTATATAAACAATTAT-TGATCTCAAATTGTTATGACCT
126 TCAAATAATTAAGACTATTTGAACAATTATCTG-TTTCAAATTGTTATTACCT
* * * * * * *
3942 TTTGTTTTGTCATAAAACAA-T-TATTTCAAATCATACAAGCTTATTCGGAATAGAGTAAAACTA
1 TTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTC-AA-CATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTA
* * *
4005 ATTTATTAATATTTAAAAAATTTATAAGAGATTTAGAAAAT-AATTCTATTTACTAAACCAGTTC
64 ATTTATTAATATTTAAAAAAATAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTC-ATTTACTAAACCAGTTC
* ** *
4069 AAATAATTACA-ACTATTTGAACAATTATCTCTTTCAAATCATTATTACTT
128 AAATAATTA-AGACTATTTGAACAATTATCTGTTTCAAATTGTTATTACCT
* * ** * * * *
4119 TTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTA-ATATAAGTTTGTTTAAAATAAAATAATACTAA
1 TTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTT-CAACATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAA
4183 TTTATTAATATTTA
65 TTTATTAATATTTA
4197 TCAAACCAAT
Statistics
Matches: 761, Mismatches: 167, Indels: 93
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
172 5 0.01
173 6 0.01
174 29 0.04
175 18 0.02
176 13 0.02
177 253 0.33
178 18 0.02
179 18 0.02
180 72 0.09
181 217 0.29
182 87 0.11
183 20 0.03
184 3 0.00
185 2 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (177 bp):
TTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTCAACATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAAT
TTATTAATATTTAAAAAAATAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTCATTTACTAAACCAGTTCAAA
TAATTAAGACTATTTGAACAATTATCTGTTTCAAATTGTTATTACCT
Found at i:3944 original size:358 final size:351
Alignment explanation
Indices: 2999--4195 Score: 1093
Period size: 358 Copynumber: 3.4 Consensus size: 351
2989 TTCAAAAATT
* * * * *
2999 AATAGTTATGACTATTTGAACAAATATCAATCTCAAATCATTATGATA-TTTGTTTTCTCATAAA
1 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAA
* * * *
3063 ACAATTGTTTTTTATCATAAAAGCTTATTTGGACA-AAAA-AATACTAATTTAATAATATTTCAA
66 ACAATTGTTTTAT-TCAT-AAAGCTTATTT-AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA
* * *
3126 AA--ATTAGT--GAGATTTAAAAAAATATATGTATTTGCTGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTA
128 AATTAATAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAAT-TATTTGCTGAACCAATTCAAATAGTTAAGACTA
* * * * * *
3187 TTAGAATAATTATCT-ATTTCAAATCGTTCTAACC-TTT-CTTTAGTC-CTATAATAATTG-TTT
191 TTA-AACAATTATCTGATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTA-TCAC-AAAACAATTGTTTT
* * * * *
3247 CAGTTCATACAAGCTTATTCATAATAGAATAATACTAATTTATTAACATTCCAAAAATTAATAAG
253 CA--ACATACAAGCTTTTTGA-AATAGAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT---
* *
3312 CAAGAGATTTGAAAAGATAAATTTGTTTACTAAACAAGTTGCA
312 -AAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACTAAACAAGTT-CA
* * *
3355 AAAAGTTATGACTATTTGAACAATTAT-TGATTTAAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAA
1 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT-ATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAA
** * * *
3419 AACAATTGTTTTAGTTCATAAAGCTTATCCAAAAGAAAATAATACTACTTTATTATTATTTCAAA
65 AACAATTGTTTTA-TTCATAAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA
* * * * *
3484 AGTTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTGGTTTACTGAA-TAAGTTCAAATAATTATTG-C
129 A-TTAAT-AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT-ATTTGCTGAACCAA-TTCAAATAGTTA-AGAC
* * * *
3547 CATTTGAACAACTATCTG-TTTC-AATTAGTTATTACCTTTTGTTTTATCACAAAACAATTGTTT
189 TA-TTAAACAATTATCTGATTTCAAATT-GTTATAACCTTTTGTTTTATCACAAAACAATTG-TT
* * * *
3610 TTCAACATATAAGCTTGTTTGAAAT-GAAATAATATTAATTTACTAATATTTCAAAAAGTAATAA
251 TTCAACATACAAGCTT-TTTGAAATAG-AATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
* *
3674 GAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACTAGTTCA
314 GAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACAAGTTCA
* ** * * * *
3712 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCATATTGTTATAACATTTTGTTCTATAATAAA
1 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAA
** * * *
3777 ACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAACAATACTAATTTAGTAATATTTTGAA
66 ACAATTGTTT-TATTCATA-AAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTCAA
* **
3842 AATTAATAGGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTCATTCGCCAAACCAATTCAAATAGTTAAGACTA
128 AATTAATA-GTAAGAGATTTAAAAAATAAATT-ATTTGCTGAACCAATTCAAATAGTTAAGACTA
* * * * *
3907 TATAAACAATTAT-TGATCTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-ATTTCA
191 T-TAAACAATTATCTGATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTATCACAAAACAATTGTTTTC-
* * * * * *
3970 AATCATACAAGCTTATTCGGAATAGAGTAAAACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTTATAAGAG
254 AA-CATACAAGCTT-TTTGAAATAGAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAG
* * * *
4035 ATTTAGAAAATAATTCTATTTACTAAACCAGTTCA
317 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACAAGTTCA
* ** * * * *
4070 AATAATTACAACTATTTGAACAATTATCTCTTTCAAATCATTATTACTTTTTATTTTGTCATAAA
1 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAA
* * * *
4135 ACAATTGTTTTTGTTAATATAAGTTTGTTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
66 ACAATTG-TTTTATTCATA-AAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
4196 ATCAAACCAA
Statistics
Matches: 681, Mismatches: 122, Indels: 75
0.78 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
355 2 0.00
356 57 0.08
357 134 0.20
358 321 0.47
359 26 0.04
360 2 0.00
361 8 0.01
362 52 0.08
363 66 0.10
364 8 0.01
365 5 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.11, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (351 bp):
AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAA
ACAATTGTTTTATTCATAAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAT
TAATAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTATTTGCTGAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATTAAA
CAATTATCTGATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTATCACAAAACAATTGTTTTCAACATAC
AAGCTTTTTGAAATAGAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAA
ATAAATCTGTTTACTAAACAAGTTCA
Found at i:4227 original size:140 final size:140
Alignment explanation
Indices: 4080--4335 Score: 341
Period size: 140 Copynumber: 1.8 Consensus size: 140
4070 AATAATTACA
* * * * *
4080 ACTATTTGAACAATTATCTCTTTCAAATCATTATTACTTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACTTTTTATTCTATCATAAAACAATAGTTT
* * * *
4145 TTGTTAATATAAGTTTGTTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTATCAAACCAATAAA
66 TTGTTAATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACCAATTTATTAATATTTATCAAACCAATAAA
4210 AAATGTTATG
131 AAATGTTATG
* ** * *
4220 ACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATAACTTTTTGTTCTATTATAAAACAATAGTTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACTTTTTATTCTATCATAAAACAATAGTTT
* ** * *
4285 TTGTTCATACAAGCTTATTTGGATTAAATTAATACCAATTTATTAATATTT
66 TTGTTAATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACCAATTTATTAATATTT
4336 CAACAATGAA
Statistics
Matches: 97, Mismatches: 19, Indels: 0
0.84 0.16 0.00
Matches are distributed among these distances:
140 97 1.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.09, G:0.06, T:0.46
Consensus pattern (140 bp):
ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACTTTTTATTCTATCATAAAACAATAGTTT
TTGTTAATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACCAATTTATTAATATTTATCAAACCAATAAA
AAATGTTATG
Found at i:5294 original size:179 final size:179
Alignment explanation
Indices: 4210--7485 Score: 2482
Period size: 181 Copynumber: 18.3 Consensus size: 179
4200 AACCAATAAA
* ** * * * * *
4210 AAAT-GTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATAACTTTTTGTTCTATTATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * * * * *
4274 AACAATAGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGGATTAAATTAATACCAATTTATTAATATTTCAA
66 AACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA
* * * * * * * * *
4339 CAATGAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATATGCTTACCAAACTAGATC
130 AAATTAATAAGT-AAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTC
* * * * * *
4390 AAATAGTCATGATTGTTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTCTCATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* ** * * ** * * **
4455 AAAAATCATTT-TGGTTCAAATGAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAGTTATTAATATTTTG
66 AACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTC-GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA
* * * * * * *
4519 AAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTAACAAACAAATTT
129 AAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTC
* * * * *** * * * *
4571 AAATAATGATGATTATTTGAACAATTATCTATTTGAAATTGCTATAACCTTCTGTTTAGTTATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * * * *
4636 AATGATTTTTTTCTATTCATAGAAGTTTATTTCAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATA-TT-
66 AA-CAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTC
* * * **
4698 AAGACAATTAATAAGTAAAAGATCTAACAAATAAATCTATTTACTAAACAAGTTC
128 AA-A-AATTAATAAGT-AAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTC
** * ** *
4753 AAATCTTTATGA-TAATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATA
1 AAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
* * * * * *
4817 AAACAATTGTTTATGTTTATACAAGCTTATTCAGATTAAAAAAATATTAATTTATTAATATTTCA
65 AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC-GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA
* ***
4882 AAAAATAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA-CATGTTTATTAAACAAGTTC
129 AAAATTAATAAGT-AAAGATTTAAAAAATAAATC-TGTTTACCGAACAAGTTC
* * * * * * *
4934 AAATGGTCATGAGTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTGTGACCTTTTGTTTTGTAATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * *
4999 AACAATTGTTTTTGTTCATATAAG-TTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTA
66 AACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-A
* * * * *
5062 AAAATTAATAAGTAAGAGAATT-AAAAATTAATCTATTTATC-AACGATGTTC
129 AAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAAC-AAGTTC
* * * ** *
5113 AAATAATTATGACTATCTAAACAATTATCTATTTCAAAAGATTATGA-TTGTTTGTTTTGTCATA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCT-TTTGTTTTGTCAT-
* * *
5177 AAAAAAATTGGTTCTATTCATGCAAGCTTATTTCGAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTT
64 AAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTT
* *** *
5241 CAAAAATTAATAAGTAAA-ATTT-AAAAATAAATATGTTTTTTGAACACGTTC
127 CAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTC
* * ** * *
5292 AAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTGAAATTGTTATGAGCTTTTGTTTCGTCATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * * * * *
5357 ACCAATTGTTTCTGTTCATAAAAGCTTATTTGGAATAAAATGATACTAATTTATTAAAATTCCAA
66 AACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA
* * *
5422 AAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAGCGAGTTC
130 AAATTAATAAGT-AAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTC
* ** ** * * * *
5473 GAATAGTTATGACCCTTCAAATAATTATTTATTTCAAATCATTTTGATCTTTTGTTTT-TCAT-A
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * *
5536 AACAATTGTTTCTATTCATACAA--TTTTTTGAAATAAAATAAATACTAATTTATGAATA-TTCT
66 AACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCG-AATAAAAT-AATACTAATTTATTAATATTTCA
** * *
5598 AAAATTAATAAGTTGGAGATTTTGAAAAAATAAATCTGTCTACCGAACAAGTTT
129 AAAATTAATAAG-TAAAGA-TTT-AAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTC
* * * *
5652 AAATAGTCATGTCTATTTG---AATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTT-TTTTATCATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
** * * ** **
5713 AATGATTGCTTCTATTAATACAAAATTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-GT
66 AACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC-GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA
** * * * *
5777 AAATTAATAAG---AGATTTAAGGATTAAATCTATTTATCGACCAA-TTC
130 AAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTC
* * * * *
5823 AAATACTTATGACTATTTGAATAATTATCTATCTCAAATCATTATGATC-TTTGTTTTGTAATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * * *
5887 AACAATTGCTTT-T-TTCATACAAGCTTATTCAAAGTAAAATATTACTAAATTAATACTA-TTCT
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* * **
5949 AAAAAATAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATGAGTTTACCGAACCAA-TTC
128 AAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAA-CAAGTTC
* * * * * *
6002 AAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTTACCTTTTATTTAGTCATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * * *
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66 AACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTC-GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-
* * * * *
6130 AAAAATTAATGAGCAAGAGATTTAAATAAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTC
128 AAAAATTAATAAGTAA-AGATTT-AA-AAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTC
* * * *
6185 AAATA-TATTTGACTATTTGAACAATTATTTATTT-AAAGTCGTTATGACCTTTTATTTTGTCAT
1 AAATAGT-TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * *
6248 AAAACAATTGTTTC-ATTTCATA-AAGTCTTATTCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAACATT
64 AAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAG-CTTATTC-GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * * *
6311 TCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTT-AAAACTAAAGT-TGTTTTCTGAACTAGTTC
126 TCAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAA-TCTGTTTACCGAACAAGTTC
* * * * *
6365 AAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATCAATCTCAAATCATTATGATC-TTTGTTTTCTCATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * * * * *
6429 AATAATTATTTCTAATCATATAAGCTTATTCGGATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAA
66 AACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA
* * * * * * * *
6494 CAATTAGT--G-AAAGATTTTAAAAATAAATGTATTTGCCAAACCAGTTC
130 AAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTC
* * * * * * * * * *
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1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * *
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66 AACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTA-TTCGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA
* * * **
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* * * * *
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1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * * * * * * * *
6788 AACAATTATTT-TAGTTCACAAAAGCTTATTCAAAAGAAAATAGTGCTACTTTATTATTATTTCG
66 AACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTC-GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA
* * ** *
6852 AAAGTTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTACTAAATAAGTTC
129 AAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTC
* * * * * ** * * * *
6904 AAATAATTATGGCCATTTGAACAACTATCTATTTCATATTGTTATTATCTTTTGTTATGTAATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * * **
6969 AACAATTGTTTTTCA-ACATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTACAAATATTTCA
66 AACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTC-GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA
** * * * *
7033 AAGTTTAATAAG---AGGTTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAA-ATC
129 AAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAA-CAAGTTC
* * ** * * * * * *
7081 AAATAGTTATGACTATTTGAGCAATTATCTATTTGAAATTGTTATAACATTTTATTCTATAATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * *
7146 AACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAGTAATA-TTCTG
66 AACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC-GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-A
* ** ** *
7210 AAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCCATTTGTCAAACCAA-TTC
129 AAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAA-CAAGTTC
* * * * * * ** *
7262 AAACAATTATGACTATATGAATAATTATTTATCTCAAATTTTTATGACCTTTTGTTTTATCATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* ** * * * *
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66 AACAATTGTTTCTA--TTCATACAAGCTTATTCG-AATAAAATA-ATACTAATTTATTAATATTT
* * * * * * *
7389 CAAAAATTTATAAG---AGATTT-AGAAATAATTTTATTTATCGAACTAGTTC
127 CAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTC
* * *
7438 AAATAATTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
7486 ACCAGAGTGT
Statistics
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Consensus pattern (179 bp):
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AACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA
AATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTC
Found at i:5432 original size:539 final size:539
Alignment explanation
Indices: 4210--7476 Score: 2725
Period size: 539 Copynumber: 6.1 Consensus size: 539
4200 AACCAATAAA
* * * *
4210 AAAT-GTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTAT-AACTTTT-TGTTCTATTAT
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGATCTTTTGT-TTC-GTCAT
* * * * * * *
4272 AAAACAATAGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGGATTAAATTAATACCAATTTATTAATATTTC
64 AAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCC
* * * * * * *
4337 AACAATGAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATATGCTTACCAAACTAGATCAAATAGTCATGA
129 AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGA
* * * * * *
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* ** ** * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * * * ** *
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388 TATCTATTTCAAA-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-CAATTGCTTCTAGTTCATACAA
* *
4660 GTTTATTTC-AAATAAAATAATATAAATTTATTAATA-TT-AAGACAATTAATAAGTAAAAGATC
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* *
4722 TAACAAATAAATCTATTTACTAAACAAGTTC
511 TAA-AAATAAATATATTTACTGAAC-AGTTC
** * * * *
4753 AAATCTTTATGA-TAATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATA
1 AAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGATCTTTTGTTTCGTCATA
* * * * * * *
4817 AAACAATTGTTTATGTTTATACAAGCTTATTCAGATTAAAAAAATATTAATTTATTAATATTTCA
65 AAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCA
* * ** * *
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130 AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGAC
* * * * *
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195 TATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCT
*
5012 GTTCATATAAG-TTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTA
260 GTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTA
* * * * *
5076 AGAGAATT-AAAAATTAATCTATTTATC-AACGATGTTCAAATAATTATGACTATCTAAACAATT
325 AGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAAC-AAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATT
* * * *
5139 ATCTATTTCAAAAGATTATGA-TTGTTTGTTTTGTCATAAAAAAAATTGGTTCTA-TTCATGCAA
389 ATCTATTTCAAAAG-TTATGACCT-TTTGTTTTGTCAT-AAAACAATTGCTTCTAGTTCATACAA
*
5202 GCTTATTTC-GAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAA-ATTTAA
451 GCTTA-TTCAAAATAAAATAATAT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAA
* **
5265 AAATAAATATGTTTTTTGAACACGTTC
514 AAATAAATATATTTACTGAACA-GTTC
* * *
5292 AAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTGAAATTGTTATGAGCTTTTGTTTCGTCATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGATCTTTTGTTTCGTCATAA
* * * * *
5357 ACCAATTGTTTCTGTTCATAAAAGCTTATTTGGAATAAAATGATACTAATTTATTAAAATTCCAA
66 AACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAA
* * * * * * * *
5422 AAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAGCGAGTTCGAATAGTTATGACC
131 AAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGACT
* ** * * * * *
5487 CTTCAAATAATTATTTATTTCAAATCATTTTGATCTTTTGTTTT-TCAT-AAACAATTGTTTCTA
196 ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTG
* * *
5550 TTCATACAA--TTTTTTGAAATAAAATAAATACTAATTTATGAATATTCT-AAAATTAATAAGTT
261 TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAAT-AATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTA
* * * * * * * * *
5612 GGAGATTTTGAAAAAATAAATCTGTCTACCGAACAAGTTTAAATAGTCATGTCTATTTG---AAT
325 AGAGA-TTT-AAAAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAAT
* * ** *
5674 TATCTATTTCAAATCA-TTATGACATTTT-TTTTATCATAAAATGATTGCTTCTA-TTAATACAA
388 TATCTATTTCAAA--AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGCTTCTAGTTCATACAA
** * **
5736 AATTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-GTAAATTAATAAG---AGATTTAAG
451 GCTTATTCAAAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAA-
* * * * *
5797 GATTAAATCTATTTA-TCGACCAATTC
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* * * ** * *
5823 AAATACTTATGACTATTTGAATAATTATCTATCTCAAATCATTATGATC-TTTGTTTTGTAATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGATCTTTTGTTTCGTCATAA
* * * * * *
5887 AACAATTGCTTT-T-TTCATACAAGCTTATTC-AAAGTAAAATATTACTAAATTAATACTATTCT
66 AACAATTG-TTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCC
* * *
5949 AAAAAATAATAAG-AAAGAGATTTAAAAAATAAATGA-GTTTACCGAACCAA-TTCAAATAGTTA
129 AAAAATTAATAAGTAAA-AGATTTAAAAAATAAAT-ATGTTTACC-AAACAAGTTCAAATAGTCA
* * * * * * *
6011 AGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTTACCTTTTATTTAGTCATAAAACAATTAT
191 TGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTAT
* * ** * *
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256 TTCTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAA-TATTCTAAAAATTAAT
* *
6140 GAGCAAGAGATTTAAATAAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTCAAATATATT-TGACTATTTG
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* * * * *
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* * *
6267 ATA-AAGTCTTATTCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAACATTTCAAAAATTAATAAGCAAGA
445 ATACAAG-CTTATTCAAAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-A
* * *
6331 GATTTAAAACTAAAGT-TGTTTTCTGAACTAGTTC
507 GATTTAAAAATAAA-TATATTTACTGAAC-AGTTC
* * * **
6365 AAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATCAATCTCAAATCATTATGATC-TTTGTTTTC-TCATA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGATCTTTTG-TTTCGTCATA
* * ** * *
6428 AAATAATTATTTCTAATCATATAAGCTTATTCGG-ATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCC
65 AAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGGAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTCC
* * * * * * * *
6492 AACAA-T--T-AGTGAAAGATTTTAAAAATAAATGTATTTGCCAAACCAGTTCAAATAG-CTAAG
129 AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTC-ATG
* * * * * * * * *
6552 ACTATTAGAATAATTATATATTTCAAATCATTCTAACCTTTTGTTTAGTCCTATAATAATTGTTT
193 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT
* * * *
6617 CAGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCCAAAAATTAATAAG
258 CTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG
* * * * * * *
6682 CAAGAGATTTGAAAATATAAATTTGTTTA-CTAAACAAGTTCAAAGAGTTATTACTATTTGAACA
323 TAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTATC-AAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACA
* * * * *
6746 ATTATCGATTT-AAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-ATTTTAGTTCACAA
386 ATTATCTATTTCAAAA--GTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGCTTCTAGTTCATAC
* * * * * * *
6809 AAGCTTATTCAAAAGAAAATAGTGCTACTTTATTATTATTTCGAAAGTTAATAAGTAAGAGATTT
449 AAGCTTATTCAAAATAAAATAAT-ATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AGATTT
* * *
6874 AAAAAATAAATCA-GTTTACTAAATAAGTTC
512 -AAAAATAAAT-ATATTTACTGAA-CAGTTC
* * * * * * *
6904 AAATAATTATGGCCATTTGAACAACTATCTATTTCATATTGTTATTATCTTTTGTTAT-GTAATA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGATCTTTTGTT-TCGTCATA
* *** ** * ** *
6968 AAACAATTGTTTTTCAACATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTACAAATATTTC-
65 AAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCA
* * * * * *
7032 AAAGTT--TAA-TAAGAGGTTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAA-ATCAAATAGTTATGA
130 AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAA-CAAGTTCAAATAGTCATGA
** * ** * * * * * *
7093 CTATTTGAGCAATTATCTATTTGAAATTGTTATAACATTTTATTCTATAATAAAACAATTATTTC
194 CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTC
* * * * *
7158 TATTCATACAAGCTTA-TTCAGAATAAAATAATACTAATTTAGTAATATTCTGAAAATTAATAAC
259 TGTTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG
* * * * *
7222 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCCATTTGTCAAACCAA-TTCAAACAATTATGACTATATGAATAA
323 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAA-CAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAA
* * ** * * *
7286 TTATTTATCTCAAATTTTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTACTTC-AGCTT-ATACA
387 TTATCTATTTCAAA-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGCTTCTAG-TTCATACA
* * * * * * *
7349 AGCTTATTCGAAATAGAGTAGAAATAGTTTATTAATATTTCAAAAATTTATAAG---AGATTTAG
450 AGCTTATTCAAAATAAAATA-ATATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAA
* *
7411 AAATAATTTTATTTA-TCGAACTAGTTC
514 AAATAAATATATTTACT-GAAC-AGTTC
* * *
7438 AAATAATTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
7477 CATTATGACA
Statistics
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ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTG
TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAA
GAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTAT
CTATTTCAAAAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGCTTCTAGTTCATACAAGCTTA
TTCAAAATAAAATAATATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAATAAA
TATATTTACTGAACAGTTC
Found at i:7272 original size:358 final size:358
Alignment explanation
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4200 AACCAATAAA
* ** * *
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* * ** * * * *
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* * * * * ** * * * *
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129 AA-AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACCA-ATTCAAATAATTATG
* * * * * * **
4401 ATTGTTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CTTTTTGTTTTCTCATAAAAAAATCATT
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** * ** * **
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* * * * * *
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* * * * *** * *
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1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTA-TCATAA
* * * * * *
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65 AA-CAATTATTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTC
* * * * * **
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* * * *
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* * * * * * * *
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* ** **
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* * * * * * * * *
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1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTG-TTTATCATAA
* * * * * *
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65 AACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTG
* * * *
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* * * * *
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193 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCG-TTATGATCT-TTTGTTTTGTCAT-AAAACAATTGT
* * *
5188 TTCTATTCATGCAAGCTTATTTC-GAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA
255 TTTTATTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAA
* * **** *
5251 TAAGTAA-AATTT-AAAAATAAATATGTTTTTTGAACACGTTC
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* * ** * * *
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1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTT-ATCATAA
* * * * ** * * **
5357 ACCAATTGTTTCTGTTCATAAAAGCTTATTTGGAATAAAATGATACTAATTTATTAAAATTCCAA
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* * * * * * * * *
5422 AAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAGCGAGTTCGAATAGTTATGACC
130 AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACCAATTCAAATAATTATGACT
* ** * * * * *
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195 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA
* ** * *
5550 TTCATACAA--TTTTTTGAAATAAAATAAATACTAATTTATGAATA-TTCTAAAATTAATAAGTT
260 TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAAT-AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA---
* * * * * *
5612 GGAGATTTTGAAAAAATAAATCTGTCTACCGAACAAGTTT
321 GAAGAGTTT-AAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAA-TTC
* * * * *
5652 AAATAGTCATGTCTATTTG---AATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTTTTTATCATAAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTATCATAAA
** ** * ** *
5714 ATGATTGCTTCTATTAATACAAAATTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TGTA
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** * * *
5778 AA-T--TAA-TAAGAGATTTAAGGATTAAATCTATTTATC-GACCAATTCAAATACTTATGACTA
131 AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACCAATTCAAATAATTATGACTA
* * * * *
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196 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTAT
* * * * * *
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261 TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAG-AA
** *
5965 GAGATTTAAAAAATAAATGAGTTTACCGAACCAATTC
324 GAG-TTTAAAAAATAAATTTGTTTACC-AAACAATTC
* * * * *
6002 AAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTTACCTTTTATTTAGTCATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTA-TCATAA
* * * *
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65 AACAATTATTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAA-TATTCT
* * *
6130 AAAAATTAATGAGCAAGAGATTTAAATAAAATAAATCTATTTATCAAA-CAAGTTCAAATATATT
128 GAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AA-AAAATAAATCTATTTATCAAACCAA-TTCAAATA-ATT
* * *
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* * *
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253 GTTTTTA-TTCATACAAG-CTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT
* * * ** *
6320 AATAAGCAAGAGATTT-AAAACTAAAGTTGTTTTCTGAACTAGTTC
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* * * * * *
6365 AAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATCAATCTCAAATCATTATGATC-TTTGTTTTCTCATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTG-TTTATCATAA
* * * * * *
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65 AACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTCTG
* * * ** * ** *
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129 AA-AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACCAATTCAAATAATTATGA
* * * * * * * * * * *
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193 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT
* *** * *
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258 TA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
* *
6682 CAAGAGATTTGAAAATATAAATTTGTTTACTAAACAAGTTC
322 -AAGAG-TTT-AAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAA-TTC
* * * * * * *
6723 AAAGAGTTATTACTATTTGAACAATTATCGATTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTG-TTTATCATAA
* * * * * * * *
6788 AACAATTATTT-TAGTTCACAAAAGCTTATTCAAAAGAAAATAGTGCTACTTTATTATTATT-TC
65 AACAATTATTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-
* *
6851 GAAAGTTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC-AGTTTA-CTAAA-TAAGTTCAAATAATTA
128 GAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA-TTTATC-AAACCAA-TTCAAATAATTA
* * * * * * * *
6913 TGGCCATTTGAACAACTATCTATTTCATATTGTTATTATCTTTTGTTATGTAATAAAACAATTGT
190 TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT
* * ** **
6978 TTTTCA-ACATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTACAAATATTTCAAAGTTTAAT
255 TTTT-ATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
*
7042 AAG-AG-GTTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAAATC
319 AAGAAGAGTTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAA-CAATTC
* * ** * * *
7081 AAATAGTTATGACTATTTGAGCAATTATCTATTTGAAATTGTTATAACATTTTATTCTATAATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTT-TATCATAA
*
7146 AACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAGTAATATTCTGA
65 AACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTGA
* * * *
7211 AAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCCATTTGTCAAACCAATTCAAACAATTATGACT
130 AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACCAATTCAAATAATTATGACT
* * * * ** * * * ** *
7276 ATATGAATAATTATTTATCTCAAATTTTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATT-ACTTCA
195 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA
* * * * * *
7340 GCTT-ATACAAGCTTATTCGAAATAGAGTAGA-AATAGTTTATTAATATTTCAAAAATTTATAAG
260 --TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATA-ATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
* * * * * *
7403 -AGA-TTT-AGAAATAATTTTATTTATCGAACTAGTTC
322 AAGAGTTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAAC-AATTC
* * *
7438 AAATAATTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTAT
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT
7483 GACACCAGAG
Statistics
Matches: 2320, Mismatches: 477, Indels: 234
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Matches are distributed among these distances:
349 9 0.00
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Consensus pattern (358 bp):
AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTATCATAAA
ACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTGAA
AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACCAATTCAAATAATTATGACTA
TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTAT
TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAGA
GTTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAATTC
Found at i:7471 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 7439--7471 Score: 50
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7429 AACTAGTTCA
7439 AATAATTATAACTATTTG
1 AATAATTAT-ACTATTTG
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7472 CAAATCATTA
Statistics
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AATAATTATACTATTTG
Found at i:8050 original size:15 final size:17
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8020 CATTATTAAA
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Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
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Matches are distributed among these distances:
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CTTCTTTGTGAGCTTTT
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9354 CTACCCAACA
* * * ** * * *
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1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAA-AGATTTATT
* * * ***
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* * *** * *
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* * * * * * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * ** * ** *
9722 ATTTTCAAATAAATACTT-CTCAAATAGTCCATGACTATTTGATTTTGTTCAATAAACATATTTA
1 A-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-CATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAA-AGATTTA
*** * ** * * *
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* * * ** * * * *
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125 AAACTTATATGAA-CAAAAACAATTGTTTTATGACA-AAACAAAAGGTCATAACG
* * * *
9901 AATTTGAAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAACT-TTTGAACTGGTTTGTTAAAACGGATTT
1 -ATTTG-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAAA--GATTT
* *
9965 ATTTTTTAAATC-TATTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTTTGAACAA
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* * *
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* * * *
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1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAA-AGATTTATT
* * **
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* * ** * ****
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** * * * *
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* * *
10310 TTTTAAATCTCTTACATATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCAAT-TTATTTT-TTTTCCAAA
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* *
10373 TAAGC-TAGTATGAGTTGCAAAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAA----AT---G
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* * * * * * *
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* * * * *
10487 TTTTAAATCTCTTAATTATTAA-TTTTAAGAATATT-TTCATATTGGTATTGTTTTATTTTGAAT
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* * * * * * * *
10550 AAGCTTGTATGAACATAAATAATTGTTTTATGGCAAACCAAAAGGTTATAATG
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* * * * * * * *
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* *
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* * ** * * *
10730 ACATATATGATA-AAAATCAATTGTTACATGACCAAACAAGAGGTAATAACG
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* * * * * ** * **
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** * ** * * *
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* *** *
10910 TGTATGAATTCAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC-
130 TATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * * * * * * *
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1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAA-AGATTTATT
* * * * * * * *
11021 TTTCAACTCTTGGTTATTAATTTTTGTATTATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGC
65 TTTTAAATCTT-ATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAAC
* ** ** **
11086 TTTTTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGTTAAAACAAAAGGTCATAATA
129 -TTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * * * * *
11136 ATTTTAAATAAATAATTATTTAAATAGTCATCACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAA-AGATTTATT
* *
11201 TTTTCAAATCATTTCCTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTTAG-ATTATTTTATTCT-AA
65 TTTT-AAATC--TT-ATTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTGAA
* * * * * * * * * * *
11263 AAAAGCTTGTA-AAATATGAAACAAATATTTTATGACTAAATAAAAGGTCAAAATG
124 TAAA-CTTATATGAACA-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * * * ** * *
11318 ATTTGAAATAGATATTTATTCTAATAGTTC-TAACTATTTAAATTGACTCGGCAAACACATTTAT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAA-AGATTTAT
* * **
11382 TTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTT-AGAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TAATCAAA
64 TTTTT-AA-ATCTTA-TTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTTGAA
* * * * * * * * * *
11445 TAAGCTTCTATGATCAGAAACAATTATTTTATGATAAAA-TAAAGATCTTAACA
124 TAAACTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * * * * *
11498 ATTTGAGATTGATAATTGTTCAAACAATCATAACTATTTGAATTGATTCGGTAAACATATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAA-AGATTTATT
*
11563 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAGATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA
65 TTTTAAA--TCTTA-TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA
** * ** * * *
11628 GTTTGTATGATGAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACA
127 ACTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * * ** * *
11679 ATTTGTAATAGATAATCGTTCAAAT-GGCTATAATTATTCT-AACTAATTCGATAAACAAATTTA
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATT-TGAACTGGTTCGGTAAA-AGATTTA
* * *
11742 TTTTTTAAGTTTCTTACTTATT-ATTTTAGTAAGTATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCTT-
63 TTTTTTAA--ATCTTA-TTATTAATTTTTG-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT--TTG
* * * * ** * ** * *
11805 -CTAAGCTTGTATTAACTGAAACAATTGTTTTGTGACAAATTAAAAGGTTATAATG
122 AATAAACTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * * * * *
11860 ATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAAATTT-TT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAA-AGATTTATT
** ** * * * * *
11924 TTAGATCTCTTTCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTCTGAATAAG
65 TTTTAAATC-TTATTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAA
* * ** * * * *
11988 CTTGTATAAACTGAAACAATTTTTTTATGACTAAACAAATGGTCAGAA-G
128 CTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * * * * * ** * *
12037 ATTTCAAATAGATAATTATTCTAATAATCTTAACCATTTAAACTAATTCGATAAACAAATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAA-AGATTTATT
* * * * * * ** *
12102 TTTTAAAT-ATCTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGAATTACTTTAATCAGAATAAGCT
65 TTTTAAATCTTATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACT
* * * * *
12166 TGTATGAA-TAAAAC-ATTGTTTTATGATAAAAGAAAAAGGTCATAATG
130 TATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAAGGTCATAACG
* ** * * * ** *
12213 ATTTGAAATAGAGAATCATTCACATAGTCTTAACTATTTGAATTGGTTTAGTAATTAGATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAA-AAGATTTATT
* * * ** *
12278 TTTTAAATTTTTTGACTATTAAGTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA
65 TTTTAAA--TCTT-ATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA
* * ** * * * * * * *
12343 A-GTAGTATGAATAGGACCAATTGTCTGATGACAAAATAAAAAGTTATAATG
127 ACTTA-TATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * * **
12394 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTAAAATGGTTTAGTAAATAGATTTACT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAA-AGATTTA-T
* * * **
12459 TTTTAAAATCCTCTTATTGATTATTTTTTGAAAATATTACTAAATTAGTATTATTTTATTCCGAA
64 TTTTTAAA---TCTTATT-ATTAATTTTTG-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAA
* * * * *
12524 TAAAACTTATATGAATAGAAAA-AATTG-TTTATGATAGAACAAAAGGTTATAAACA
124 T-AAACTTATATGAACA-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT-AACG
* *
12579 ATATGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAATACAGATTTAT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAA-A-AGATTTAT
* * * * *
12644 TTTTTAAAATC-TCTTATTAATTCTTGAAATATTAGTAAATTAAATATTATTTTA-TTTCAATAA
64 TTTTT-AAATCTTATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTTGAATAA
* * ** * * * * *
12707 AGATTCTAT-ATTGAAAAGCAATTGTTTTGTGAGAAAACAAAAGGTAATAACA
127 A-CTTATATGA-ACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * * * * *** *
12759 ATTTGAAAATAGATAGTTATTTAAATGGCCATAATTATTTGAACTAACAT-AGTAAACTA-ATTT
1 ATTTG-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GGTTCGGTAAA--AGATTT
* * * * *
12822 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAACTTTTGAAATGTTCAT-AAGTAGTATTATTTTTATTTTGG
62 ATTTTTTAAA--TCTTA-TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTTGA
* * * * *
12886 ATAAATTTTTGTGAACTAAAACAATTG-TTTATGAACAAAA-AAACAGGTCGTAACG
123 ATAAACTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATG-ACAAAACAAA-AGGTCATAACG
* * * * * ** *
12941 ATTTAAAATTG-TAAATTATTCAGATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAACAA-AGTTAT
1 ATTTGAAATAGAT-AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAA-AAGATTTAT
* * * * * * *
13004 TTTTTCAATC-TCTTATTAATTTTTTG-AAT-TTATTAAATTTGTTTTATTTTA-TTCGAATAAG
64 TTTTTAAATCTTATTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAA
* * *** * * * * **
13065 TTTGTATGAATTGAAACAATTATTATATGACTAAAC-AAAGGTCAGAATA
128 CTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
13114 ATTTGAAAT
1 ATTTGAAAT
13123 TAAAAATTAT
Statistics
Matches: 2764, Mismatches: 641, Indels: 356
0.73 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
163 12 0.00
164 39 0.01
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167 2 0.00
168 7 0.00
169 2 0.00
171 6 0.00
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ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (177 bp):
ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAAAGATTTATTT
TTTAAATCTTATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTT
ATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
Found at i:10343 original size:165 final size:164
Alignment explanation
Indices: 10071--10401 Score: 626
Period size: 165 Copynumber: 2.0 Consensus size: 164
10061 AAAACAAAAG
*
10071 GTCATAGCGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAATTATTTGAACTGGTTAGGTAAAT
1 GTCATAGAGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAATTATTTGAACTGGTTAGGTAAAT
10136 AGAATTATTTTTTAAATCTCTTACATATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCAATATATATTTT
66 AGAATTATTTTTTAAATCTCTTACATATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCAATATAT-TTTT
10201 TTTCCAAATAAGCTAGTATGAGTTGCAAAAAAATT
130 TTTCCAAATAAGCTAGTATGAGTTGCAAAAAAATT
*
10236 GTCATAGAGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTAGGTAAAT
1 GTCATAGAGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAATTATTTGAACTGGTTAGGTAAAT
*
10301 AGAATTATTTTTTAAATCTCTTACATATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCAATTTATTTTTT
66 AGAATTATTTTTTAAATCTCTTACATATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCAATATATTTTTT
10366 TTCCAAATAAGCTAGTATGAGTTGCAAAAAAATT
131 TTCCAAATAAGCTAGTATGAGTTGCAAAAAAATT
10400 GT
1 GT
10402 TTTATGACAA
Statistics
Matches: 163, Mismatches: 3, Indels: 1
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.39, C:0.07, G:0.12, T:0.42
Consensus pattern (164 bp):
GTCATAGAGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAATTATTTGAACTGGTTAGGTAAAT
AGAATTATTTTTTAAATCTCTTACATATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCAATATATTTTTT
TTCCAAATAAGCTAGTATGAGTTGCAAAAAAATT
Found at i:10443 original size:342 final size:337
Alignment explanation
Indices: 9894--10512 Score: 765
Period size: 342 Copynumber: 1.8 Consensus size: 337
9884 ATAAAAAAAA
* *
9894 TCATAAGAATTTGAAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAACTTTTGAACTGGTTTGTTAAAAC
1 TCATAAGAATTTGAAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAACTTTTGAACTGGTTAGGTAAAAC
* * * * *
9959 GGATTTATTTTTTAAATCTATTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTTTG
66 -GAATTATTTTTTAAATCTAATATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTC
* *
10024 AACAAACTTATGTGAACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAGCGATTTGAAAT
130 AACAAACTTATGAGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-G--ATA--GATTTGAAAT
* * * *
10089 AGATAATTGTTCAAATAGTAATAATTATTTGAACTGGTTAGGTAAATAGAA-TTATTTTTTAAAT
190 AGATAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTAGTTAGGCAAATA-AATTTATATTTTAAAT
10153 CTCTTACA-TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCAATATATATTTTTTTCCAAATAAGCTAG
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318 TATGAGTTGCAAAAAAATTG
* * *
10237 TCAT-AGAGATTTG-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTAGGTAAA
1 TCATAAGA-ATTTGAAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAACT-TTTGAACTGGTTAGGTAAA
10300 TA-GAATTATTTTTTAAATCTCTTACATATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCAAT-TTATTT
64 -ACGAATTATTTTTTAAA--TC-TA-ATATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AATATTATTT
**
10363 T-TTTTCCAA-ATAAGCTAGTATGAGTTGCAAAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAA-AT-GA
123 TATTTT-CAACA-AA-CT--TATGAG-AACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATAGA
* ** *
10423 TTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTTGGCAAATAAATTTATAT
182 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTAGTTAGGCAAATAAATTTATAT
10488 TTTAAATCTCTTAATTATTAATTTT
247 TTTAAATCTCTTAATTATTAATTTT
10513 AAGAATATTT
Statistics
Matches: 238, Mismatches: 22, Indels: 33
0.81 0.08 0.11
Matches are distributed among these distances:
341 3 0.01
342 123 0.52
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350 6 0.03
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.11, T:0.42
Consensus pattern (337 bp):
TCATAAGAATTTGAAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAACTTTTGAACTGGTTAGGTAAAAC
GAATTATTTTTTAAATCTAATATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTCA
ACAAACTTATGAGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATAGATTTGAAATAGATAA
TTGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTAGTTAGGCAAATAAATTTATATTTTAAATCTCTTAA
TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCAATATATATTTTTTTCCAAATAAGCTAGTATGAGTT
GCAAAAAAATTG
Found at i:12140 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 12099--12137 Score: 53
Period size: 20 Copynumber: 2.1 Consensus size: 19
12089 AAACAAATTT
*
12099 ATTTTTTAAATATCTTATTA
1 ATTTTTGAAATA-CTTATTA
12119 ATTTTTGAAATA-TTATTA
1 ATTTTTGAAATACTTATTA
12137 A
1 A
12138 ATTAGAATTA
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 1, Indels: 2
0.86 0.05 0.10
Matches are distributed among these distances:
18 7 0.39
20 11 0.61
ACGTcount: A:0.38, C:0.03, G:0.03, T:0.56
Consensus pattern (19 bp):
ATTTTTGAAATACTTATTA
Found at i:12464 original size:715 final size:724
Alignment explanation
Indices: 10859--12654 Score: 1663
Period size: 715 Copynumber: 2.5 Consensus size: 724
10849 TAAATTGCTC
* * * **
10859 ATTAATTTTCAAAATAGTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGACTAAGCTT-GTATGAAT-TCA
1 ATTAAGTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAG-TTAGTATG-ATGAAA
* * * * ***
10922 AACAATTG-CTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC-ATTTTAAATAGACAATTGCTCAAATGG-
64 AACAATTGTC-TGATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATCATTCAAATGGC
* ** * *
10984 TCATAACTATT-TGAA-TTTGTGCGATAAACAAATTTA--TTTT-CAA--CTCTTGGTT-ATTAA
128 T-AAAACTATTCT-AACAAT-T-CGATAAACAAATTTACTTTTTAAAATCCTCTT-ATTGATT-A
* * * *
11041 TTTTT-G-TATTATTAAGAAATTAGTATTATTTTATT--TTGGATAAGCTTTTTATGAACTGAAA
187 TTTTTAGAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCTT-GATAAGCTTTGTATGAACTGAAA
** * * *
11102 CAATTGTTTTATGTTAAAACAAAAGGTCATAATAATTTTAAATAAATAATTATTTAAATAGTCAT
251 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTTAAATAAACAATTATTCAAATAGTAAT
* * *
11167 CACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTCAAATCATTTCCTTATTAATTTTTTGA
316 AACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAGA--TATTTTTTCAAATCATTTCCTTATTAATTTTTTGA
*
11232 ATATTAATAAATTTAGATTATTTTATTCTAAAAAAGCTTGTAAAATATGAAACAAATATTTTATG
379 ATATTAATAAATTTAGATTAATTTATTCTAAAAAAGCTTGTAAAATATGAAACAAATATTTTATG
* * * * * *
11297 ACTAAATAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATATTTATTCTAATAGTTCTAACTATTTAAATT
444 ACTAAACAAAAGGTCAAAATGATTTCAAATAGATAATTATTCTAATAATTCTAACCATTTAAACT
* * *
11362 GACTCGGCAAACACATTTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTATTAAATTA
509 AACTCGACAAACAAATTTATTTTTTAAATA--TTACTTATTAATTTTTAGAATATTATTAAATTA
* * *
11427 GTATTATTTTTAATCAAATAAGCTTCTATGATCAGAAACAATTATTTTATGATAAAATAAAGATC
572 GAATTATCTTTAATCAAATAAGCTTCTATGATCAGAAACAATTATTTTATGATAAAAAAAAGATC
* * * * ** * *
11492 TTAACAATTTGAGATTGATAATTGTTCAAACAATCATAACTATTTGAATTGATTCGGTAAACATA
637 ATAACAATTTGAAATAGAGAATCATTCAAACAATCATAACTATTTGAATTGATTCAGTAAACAGA
11557 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTT
702 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTT
* ** * *
11580 ATTAATTTTTGAGATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGTTTGTATGATGAAAAA
1 ATTAAGTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGTTAGTATGATGAAAAA
* * * * * *
11645 TAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGTAATAGATAATCGTTCAAATGGCTAT
66 CAATTGTCTGATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATCATTCAAATGGCTAA
* * * *
11710 AATTATTCTAACTAATTCGATAAACAAATTTA-TTTTTTAAGT-TTCTTACTT-ATTA-TTTTAG
131 AACTATTCTAAC-AATTCGATAAACAAATTTACTTTTTAAAATCCTCTTA-TTGATTATTTTTAG
* * * *
11771 TAAGTATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCTT-CTAAGC-TTGTATTAACTGAAACAATTGTT
194 AAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCTTGATAAGCTTTGTATGAACTGAAACAATTGTT
* ** * * * *
11834 TTGTGACAAATTAAAAGGTTATAATGATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTT
259 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTTAAATAAACAATTATTCAAATAGTAATAACTATTT
* * * *
11899 GAACTTGTTTGATAAACA-A-ATTTTTTTAGATC-TCTTTCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATA
324 GAACTTGTTTGATAAACAGATATTTTTTCAAATCAT-TTCCTTATTAATTTTTTGAATATTAATA
* * * * *
11961 AA-TTAGTATTAATTTATTCTGAATAAGCTTGTATAAA-CTGAAACAATTTTTTTATGACTAAAC
388 AATTTAG-ATTAATTTATTCTAAAAAAGCTTGTA-AAATATGAAACAAATATTTTATGACTAAAC
* * *
12024 AAATGGTCAGAA-GATTTCAAATAGATAATTATTCTAATAA-TCTTAACCATTTAAACTAATTCG
451 AAAAGGTCAAAATGATTTCAAATAGATAATTATTCTAATAATTC-TAACCATTTAAACTAACTCG
*
12087 ATAAACAAATTTATTTTTTAAATA-T-CTTATTAATTTTT-GAAATATTATTAAATTAGAATTA-
515 ACAAACAAATTTATTTTTTAAATATTACTTATTAATTTTTAG-AATATTATTAAATTAGAATTAT
* * *
12148 CTTTAATCAGAATAAGCTTGTATGAAT-A-AAAC-ATTGTTTTATGATAAAAGAAAAAGGTCATA
579 CTTTAATCA-AATAAGCTTCTATG-ATCAGAAACAATTATTTTATGAT-AAA-AAAAAGATCATA
** * * * * * * **
12210 ATGATTTGAAATAGAGAATCATTCACATAGTCTTAACTATTTGAATTGGTTTAGTAATTAGATTT
640 ACAATTTGAAATAGAGAATCATTCAAACAATCATAACTATTTGAATTGATTCAGTAAACAGATTT
* *
12275 ATTTTTTAAATTTTTTGAC-T
705 ATTTTTTAAATCTCTT-ACTT
* **
12295 ATTAAGTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAAG-TAGTATGAAT-AGG
1 ATTAAGTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAT-AAGTTAGTATG-ATGAAA
* * * ** * *
12358 ACCAATTGTCTGATGACAAAATAAAAAGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG-T
64 AACAATTGTCTGATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATCATTCAAATGGCT
** * *
12422 CAAAACTATT-TAA-AATGGTTTAGTAAATAGATTTACTTTTTAAAATCCTCTTATTGATTATTT
129 -AAAACTATTCTAACAAT--TCGA-TAAACAAATTTACTTTTTAAAATCCTCTTATTGATTATTT
* * * * *
12485 TTTGAAAATATTACTAAATTAGTATTATTTTATTCC--GAATAAAAC-TTATATGAA-TAGAAAA
190 TTAGAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCTTG-AT-AAGCTTTGTATGAACT-GAAAC
* * * * * * * * * * *
12546 AATTG-TTTATGATAGAACAAAAGGTTATAAACAATATGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCAT
252 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT-AATAATTTTAAATAAACAATTATTCAAATAGTAAT
* * * *
12610 AACTATTTGAACTGGTTCGGTAATACAGATTTATTTTTTAAAATC
316 AACTATTTGAACTTGTTTGATAA-ACAGA--TATTTTTTCAAATC
12655 TCTTATTAAT
Statistics
Matches: 882, Mismatches: 147, Indels: 89
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
712 3 0.00
713 12 0.01
714 22 0.02
715 235 0.27
716 20 0.02
717 9 0.01
718 56 0.06
719 134 0.15
720 101 0.11
721 85 0.10
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723 12 0.01
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725 40 0.05
727 2 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (724 bp):
ATTAAGTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGTTAGTATGATGAAAAA
CAATTGTCTGATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATCATTCAAATGGCTAA
AACTATTCTAACAATTCGATAAACAAATTTACTTTTTAAAATCCTCTTATTGATTATTTTTAGAA
AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCTTGATAAGCTTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTT
ATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTTAAATAAACAATTATTCAAATAGTAATAACTATTTGA
ACTTGTTTGATAAACAGATATTTTTTCAAATCATTTCCTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAAT
TTAGATTAATTTATTCTAAAAAAGCTTGTAAAATATGAAACAAATATTTTATGACTAAACAAAAG
GTCAAAATGATTTCAAATAGATAATTATTCTAATAATTCTAACCATTTAAACTAACTCGACAAAC
AAATTTATTTTTTAAATATTACTTATTAATTTTTAGAATATTATTAAATTAGAATTATCTTTAAT
CAAATAAGCTTCTATGATCAGAAACAATTATTTTATGATAAAAAAAAGATCATAACAATTTGAAA
TAGAGAATCATTCAAACAATCATAACTATTTGAATTGATTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAAT
CTCTTACTT
Found at i:16242 original size:180 final size:178
Alignment explanation
Indices: 14210--17774 Score: 1514
Period size: 178 Copynumber: 20.0 Consensus size: 178
14200 TTACCCAACA
* * * * ** * * *
14210 ATTTGAAATAAATAATCGTTCAATTAGCCATAAAGATTTGAACTTG-TTTGGTAAACAAATTTAT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TCGATTCGGTAAACAGATTTAT
* * * * *
14274 TTTTTAAATCTTTTAAC-TATTAATTGTCTT--ATTATTAATAAAGTA-TATTATTTTATTCAAA
65 TTTTTAAATATCTT-ACTTATTAATT-T-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC-GA
* * ** *
14335 ATAAACTTGTATGAATAGAAAAAATCT-TTTGGTGAC-AAACAAAAGGT-TATAGCG
126 ATAAGCTTGTATG-ATAGAAACAAT-TGTTTTATGACAAAAC-AAAGGTCT-TAACG
* * * * * * * * * *
14389 ATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATACTTATAATTATTT-AAACTTATTTGGTAAATATATTCAT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATC-GATTCGGTAAACAGATTTAT
* * * * * *
14453 TTTTTAAATTTCTTAATCATTAA-TTTTCAGAATATTAATAACTTAGTAATA-TTTATTTC--A-
65 TTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCGAAT
* * * * * * *
14513 AA-CTAGT-TAATATG-AACTGAAATATTTTATGATAAAATAAAAGGTCTTAACA
128 AAGCTTGTATGATA-GAAAC--AATTGTTTTATGACAAAA-CAAAGGTCTTAACG
* * ** * * * ** *
14565 ATTTTCAAATA-ATACTTACTCAAATAGTCATGACTATTTGATTTG-TTCAATAAAC-TATTT-T
1 A-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATCGATTCGGTAAACAGATTTAT
* * * * * * *
14626 ATTTTAAAAAATTTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAAATAGTATTA-TTTAATCTGAT
65 -TTTTTAAATA-TCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC-GAA
* * * * * * * * * *
14690 TAAACTTTTA-CA-AGCAAA-ATTATTGTTTTGTAATATAACAAA-ATCAT-ATG
127 TAAGCTTGTATGATAG-AAACA--ATTGTTTTATGACAAAACAAAGGTCTTAACG
* * * * * *
14740 AATTTCAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATACACGT-TTT-AAACTGATTTGTTAAACAGATT
1 -ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA-AC-TATTTGAATC-GATTCGGTAAACAGATT
* * *
14803 TAATTTTTATTAA-ATC-TA-TTATTAA-TTTTGAAATATTAATAGATTAGTATATCTTTTATTT
62 T-ATTTTT-TAAATATCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT-TATTTTA-TT
* * * * * * * *
14864 TGAACAAACTTATGTGACA-AAACATTTGTTTTAATGAACAAAACAAAAGGGTC-TAGC-
123 CGAATAAGCTTGTATGATAGAAACAATTGTTTT-ATG-ACAAAAC-AAA-GGTCTTAACG
* * * * *
14921 ATTTGAAAT-GATAATTGTTC-AATAGATCATAATTATTTGAA-CGGTTAGGTAAATAGAATTAT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAATCGATTCGGTAAACAGATTTA-
* * *
14983 TTTTTTAAATCTCTTACATATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCA--ATT-TTTT-TTCCAAA
64 TTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATT-CGAA
* * * * *
15044 TAAGCTAGTATGAGTTGCAAAAAAATTGTTTTACGACAAAAC-AA------AATG
127 TAAGCTTGTATGA-TAG--AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGGTCTTAACG
* * * * * * *
15092 ATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCCTTAACTATTTGAA-CTAGTTTGGCAAATAAATTTA
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-CATAACTATTTGAATCGA-TTCGGTAAACAGATTTA
* * * * * * * *
15156 TATTTTAAATCTCTTAATTATTAA-TTTTAAGAATATT-TTCATATTAGTATTGTTTTATTTTGA
64 TTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTA-TTCGA
* * * * *
15219 ATAAGCTTGTATGAACATAAATAATTGTTTTATGGCAAAACAAAAGGT-TATAATG
126 ATAAGCTTGTATG-ATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGGTCT-TAACG
* * * * * * *
15274 ATTTGAATTATACAATTGCTCAAATAGTTATAACTATTT-AAACTAGTTCGGTATAA-AGA-TT-
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATCGA-TTCGGTA-AACAGATTTA
* ** * * *
15335 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTGTTTTTTGAAAGATTAATAAATTACTATTATTTTATTTTGAAT
64 TTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCGAAT
* * * * ** * **
15400 AAACATATATGATAAAAATCAATTGTTACATGACCAAACAAGAGGTAATAACG
128 AAGCTTGTATGATAGAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAA-AGGTCTTAACG
* * * * * * * * * *
15453 ATTTGAAACAGATAATTGTT-GAATGGCCATAATTATTT-AAACTGAATCGGTAAATAGATTCAC
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATC-GATTCGGTAAACAGATTTAT
* ** * * * *
15516 CTTTTAAAT-TGC-T-C--ATTAATTTTCAAAATAGTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGACT
65 TTTTTAAATAT-CTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCGAAT
** * *
15576 AAGCTTGTATGAATTCAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC-
128 AAGCTTGTATG-ATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGGTCTTAACG
* * * * * * * * *
15628 ATTTTAAATAGACAATTGCTCACATGGTCATAACTATTTGAATTTG-TGCGATAAACAAATTTA-
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TCGATTCGGTAAACAGATTTAT
* * ** ** * * * *
15691 -TTTTCAA-CTCTTGGTTATTAATTTTTCTATTATTAA-GAATTAGTATTA-TTTATTTTGGATA
65 TTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCGAATA
* ** * **
15752 AGCCTTTTTATGA-ACTGAAACAATTGTTTTATGTTAAAACAAAAGGTCATAATA
129 AG-C-TTGTATGATA--GAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGGTCTTAACG
* * * * * * * *
15806 ATTTTAAATAAATAATTATTTAAATAGTCATCACTATTTGAACTTG-TTTGGTAAAATAGATTTA
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TCGATTCGGT-AAACAGATTTA
* *
15870 TTTTTTCAAA-ATCATTTCCTTATTAATTTTTTG-AATAGTAATAAATTAG-ATTATTTTATTCT
64 TTTTTT-AAATATC--TTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC-
* * * * * ** *
15932 AAAAAAAGCTTGTA-AATATGAAACAAATATTTTATGACTAAATA-AAAGGTCAAAAATG
124 -GAATAAGCTTGTATGATA-GAAACAATTGTTTTATGAC-AAA-ACAAAGGTC-TTAACG
* * * * * * * *
15990 ATTTGAAATAGATATTTATTCTAATAGTTC-TAACTATTTAAATTGACTCGGCAAACACATTTAT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAATCGATTCGGTAAACAGATTTAT
* * *
16054 TTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTT-AGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTAATCAAAT
65 TTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTCGAAT
* * *
16118 AAGCTTCTATGATCAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGATCTTAACA
128 AAGCTTGTATGAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGGTCTTAACG
* * * * *
16170 ATTTGAGATTGATAATTGTTCAAACAATCATAACTATTTGAATCGATTCGGTAAACATATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATCGATTCGGTAAACAGATTTATT
* * *
16235 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAGATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAATAAG
66 TTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCGAATAAG
* * * * * *
16300 TTTGTATGATTAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACA
131 CTTGTATGA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGGTCTTAACG
* * * * * * * *
16350 ATTTGTAATAGATAATCGCTCAAAT-GGCTATAATTATTCT-AA-CTAATTCGATAAACAAATTT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATT-TGAATC-GATTCGGTAAACAGATTT
* * * * **
16412 ATTTTTTAAGTTTCTTACTTATT-ATTTTAGTAAGTATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCTT
63 ATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTG-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-CGA
* * * *
16476 CTAAGCTTGTATTA-ACTGAAACAATTGTTTTGTGACAAATTA-AAAGGT-TATAATG
126 ATAAGCTTGTATGATA--GAAACAATTGTTTTATGACAAA--ACAAAGGTCT-TAACG
* * * * * *
16531 ATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTTG-TTTGATAAACAGA--T-T
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TCGATTCGGTAAACAGATTTAT
* * * * *
16592 TTTTTAGATCTCTTTCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTCTGAAT
65 TTTTTAAATATCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC-GAAT
* * * **
16656 AAGCTTGTAT-AAACTGAAACAATTTTTTTATGACTAAACAAATGGTCAAAAACG
128 AAGCTTGTATGATA--GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-GGTC-TTAACG
* * * * * * * * * * * *
16710 ATTTCAATTAGATAACTATTCTAATAATCTTAACCATTT-AAACTAATTCGATAAACAAATTTAT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATC-GATTCGGTAAACAGATTTAT
* * * *
16774 TTTTTAAATA---T-CTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGAATTACTTTAATCAGAATA
65 TTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC-GAATA
* * * * *
16835 AGCATGTATGAATA-AAAC-ATTGTTTTATGATAAAAGAAAAAGGTCATAAGG
129 AGCTTGTATG-ATAGAAACAATTGTTTTATGA-CAAA-ACAAAGGTCTTAACG
** * * * * * **
16886 ATTTGAAAAATAGATAATCATTCACATAGTCTTAACTATTTGAATTGGTTCAGTAATTAGATTTA
1 ATTTG--AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATCGATTCGGTAAACAGATTTA
* * * ** * *
16951 TTTTTTAAATTTTTTTGAC-TATTAAGTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTTGA
64 TTTTTTAAA-TATCTT-ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCGA
* * * * * * * *
17015 ATAAAG-TAGTATGAATAGGACCAATTGTCTGATGACAAAATAAAAAGT-TATAATG
126 AT-AAGCTTGTATG-ATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAGGTCT-TAACG
* * * * ** * *
17070 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTAAAAT-GGTTTAGTAAATAGATTTAC
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-GAATCGATTCGGTAAACAGATTTAT
* *
17134 TTTTTAAATCTCTTA-TTGATTAATTTTTTGAAATATTACTAAATTAGTATTATTTTATTCCGAA
65 TTTTTAAATATCTTACTT-ATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-CGAA
* * * * * * * *
17198 TAAACTTATGTGAATAGAAAAAATTGTCTTATGATAGAACAAAAGGT-TATAACA
127 TAAGCTTGTATG-ATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGGTCT-TAACG
* ** *
17252 ATATGAAATAGATAATTGTTC-AATAGTCATAACTATTTGAA-CTGGCTCGGTATACAGATTTAT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATC-GATTCGGTAAACAGATTTAT
* * * *
17315 TTTTT-AA-ATC-T-CTTATTAATTCTTGAAATATTAGTAAATTAATATTATTTTATTTCAAATA
65 TTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCGAATA
* * * * ** *
17376 AGCTTCTAT-ATTGAAAAGCAATTGTTTTGTGAGAAAACAAAAGGTAATAACA
129 AGCTTGTATGATAG-AAA-CAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGGTCTTAACG
* * * * * * * *
17428 ATTTGAAATAGATAGTTATTTAAATGGCCATAATTATTTGAACTAAC-A-T-AGTAAAGTA-ATT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-T--CGATTCGGTAAA-CAGATT
* * * * * * *
17489 TATTTTTCAAATCTCTTACTTATTAACTTTTGAAATATTAATACAGTAGTATTA-TTTATTTTGG
62 TATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCGA
* * * * * *
17553 ATAAGTTTTTGTGA-ACTAAACAATTG-TTTATGATAAAACAAAAGGTCGTAACG
126 ATAAGCTTGTATGATA-GAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGGTCTTAACG
* * * * * * ** * *
17606 ATTTTAAATTGATAATTATTTAGATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTTAGTAAACAAAGTTAT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TCGATTCGGTAAACAGATTTAT
* * * * ** *
17670 TTTTTCAA-ATC-T-CTTATTAATTTTTTG-AATTTTATTAATTTTTTTTTATTTTATTCCGAAT
65 TTTTTAAATATCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-CGAAT
* * * *
17731 AAGCTTGTATGAATTGAAACAATTATTATATGACTAAACAAAGG
128 AAGCTTGTATG-ATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGG
17775 GTCAGAATAA
Statistics
Matches: 2574, Mismatches: 586, Indels: 454
0.71 0.16 0.13
Matches are distributed among these distances:
170 1 0.00
171 9 0.00
172 19 0.01
173 55 0.02
174 63 0.02
175 121 0.05
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180 313 0.12
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185 29 0.01
186 4 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.09, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (178 bp):
ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATCGATTCGGTAAACAGATTTATT
TTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCGAATAAG
CTTGTATGATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGGTCTTAACG
Found at i:16432 original size:360 final size:361
Alignment explanation
Indices: 14261--17792 Score: 1568
Period size: 360 Copynumber: 9.9 Consensus size: 361
14251 ACTTGTTTGG
* * * *
14261 TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTAAC-TATTAATTGTCTT--ATTATTAATAAAGTA-TAT
1 TAAACAAATTTATTTTTTAAATATCTT-ACTTATTAATT-T-TTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* * * * ** *
14322 TATTTTATTCAAAATAAACTTGTATGAATAGAAAAAATCT-TTTGGTGACAAACA-AAAGGTTAT
63 TATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAAT-TGTTTTATGACAAATACAAAGGTTAT
* * * * * * * ** * * *
14385 AGCGATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATACTTATAATTATTT-AAACTTATTTGGTAAATATAT
127 AACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATC-GGTTCGGTAAACAGAT
* * * * * * *
14449 TCATTTTTTAAATTTCTTAATCATTAA-TTTTCAGAATATTAATAACTTAGTAATA-TTTATTT-
191 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTG
* * * ** * * * * * * *
14511 CA-AA-CTAGT-T-AATATGAACTGAAATATTTTATGATAAAATAAAAGGTCTTAACAATTTTCA
255 AATAAGCTTGTATGATTAAAAAC--AATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAA-TTTGA
* * * * * ** *
14572 AATA-ATACTTACTCAAATAG-TCATGACTATTT-GATTTGTTCAA
317 AATAGATAATTACTCAAATGGCT-ATAACTATTTAAACTAATTCGA
* * * * * * *
14615 TAAACTATTTTA-TTTTAAAAAATTTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAAATAGTATTA
1 TAAACAAATTTATTTTTTAAATA-TCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
** * * * * * ** * * * *
14679 -TTTAATCTGATTAAACTTTTA-CAAGCA-AAATTATTGTTTTGT-A-ATATAACAAA-ATCATA
65 TTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAT-ACAAAGGTTATA
** * * * * * * *
14738 TGAATTTCAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATACACGT-TTT-AAACTGATTTGTTAAACAGA
128 ACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA-AC-TATTTGAATC-GGTTCGGTAAACAGA
* *
14801 TTTAATTTTTATTAAA--TC-TA-TTATTAA-TTTTGAAATATTAATAGATTAGTATATCTTTTA
190 TTT-A-TTTT-TTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT-TATTTTA
* * * * * *
14861 TTTTGAACAAAC-T-TATG-TGACAAAACATTTGTTTTAATGAACAAAACAAAAGGGTC-TAGC-
251 -TTTGAATAAGCTTGTATGATTA-AAAACAATTGTTTT-ATG-ACAAAACAAAA-AGTCATAACA
** * * * * ** * *
14921 ATTTGAAAT-GATAATTGTTC-AATAGATCATAATTATTTGAAC-GGTTAGG
311 ATTTGAAATAGATAATTACTCAAATGGCT-ATAACTATTTAAACTAATTCGA
* * *
14970 TAAATAGAA-TTATTTTTTTAAATCTCTTACATATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCA--AT
1 TAAACA-AATTTA-TTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTAT
* * * * * *
15032 T-TTTT-TTCCAAATAAGCTAGTATGAGTTGCAAAAAAATTGTTTTACGACAAA-ACAAA----A
63 TATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAATAG--AAACAATTGTTTTATGACAAATACAAAGGTTA
* * * * * * * *
15090 T---GATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCCTTAACTATTTGAA-CTAGTTTGGCAAATAA
126 TAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-CATAACTATTTGAATC-GGTTCGGTAAACAG
* * * * * *
15151 ATTTATATTTTAAATCTCTTAATTATTAA-TTTTAAGAATATT-TTCATATTAGTATTGTTTTAT
189 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTA-
** * * * * * **
15214 TTTGAATAAGCTTGTATGAACATAAATAATTGTTTTATGGCAAAACAAAAGGTTATAATGATTTG
251 TTTGAATAAGCTTGTATGATTAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTG
* * * * * * * *
15279 AATTATACAATTGCTCAAATAGTTATAACTATTTAAACTAGTTCGG
316 AAATAGATAATTACTCAAATGGCTATAACTATTTAAACTAATTCGA
* * ** * *
15325 TATAA-AGA-TT-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTGTTTTTTGAAAGATTAATAAATTACTATTA
1 TA-AACAAATTTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* *** * * * * ** * *
15387 TTTTATTTTGAATAAACATATATG-ATAAAAATCAATTGTTACATGACCAA-ACAAGAGGTAATA
65 TTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-CAATTGTTTTATGACAAATACAA-AGGTTATA
* * * * * * * ** *
15450 ACGATTTGAAACAGATAATTGTT-GAATGGCCATAATTATTT-AAACTGAATCGGTAAATAGATT
128 ACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATC-GGTTCGGTAAACAGATT
* ** ** * *
15513 CACCTTTTAAAT-TGC-T-C--ATTAATTTTCAAAATAGTAATAAATTAATATTATTTTATTTTG
192 TATTTTTTAAATCT-CTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTG
* * * * *
15573 ACTAAGCTTGTATGAATT-CAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC-ATTTTAAA
255 AATAAGCTTGTATG-ATTAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAA
* * * * * ** *
15636 TAGACAATTGCTCACATGG-TCATAACTATTTGAATTTGTGCGA
319 TAGATAATTACTCAAATGGCT-ATAACTATTTAAACTAATTCGA
* * ** ** * *
15679 TAAACAAATTTA--TTTTCAA-CTCTTGGTTATTAATTTTTCTATTATTAA-GAATTAGTATTA-
1 TAAACAAATTTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* **** * ** *
15739 TTTATTTTGGATAAGCCTTTTTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGTTAAA-ACAAAAGGTCAT
66 TTTAATCCAAATAAG-C-TTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAATAC-AAAGGTTAT
* * * * * * * * *
15802 AATAATTTTAAATAAATAATTATTTAAATAGTCATCACTATTTGAA-CTTGTTTGGTAAAATAGA
127 AACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATC-GGTTCGGT-AAACAGA
* *
15866 TTTATTTTTTCAAAATCAT-TTCCTTATTAATTTTTTG-AATAGTAATAAATTAG-ATTATTTTA
190 TTTATTTTTT--AAATC-TCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * * * * * * * * *
15928 TTCTAAAAAAAGCTTGTA--AATATGAAACAAATATTTTATGACTAAATAAAAGGTCA-AAAATG
251 TT-T-GAATAAGCTTGTATGATTA-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACA--
* * * * * * * * * *
15990 ATTTGAAATAGATATTTATTCTAATAGTTCTAACTATTTAAATTGACTCGG
311 ATTTGAAATAGATAATTACTCAAATGGCTATAACTATTTAAACTAATTCGA
* * *
16041 CAAACACATTTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTT-AGAATATTATTAAATTAGTATTA
1 TAAACAAATTTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTA
* *
16105 TTTTTAAT-CAAATAAGCTTCTATG-ATCAGAAACAATTGTTTTATGACAAA-ACAAAGATCT-T
65 -TTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAATACAAAGGT-TAT
* * * * * *
16166 AACAATTTGAGATTGATAATTGTTCAAACAATCATAACTATTTGAATCGATTCGGTAAACATATT
127 AACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATCGGTTCGGTAAACAGATT
*
16231 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAGATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAA
192 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAA
* * *
16296 TAAGTTTGTATGATTAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGTAATAG
257 TAAGCTTGTATGATTAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAG
** *
16361 ATAATCGCTCAAATGGCTATAATTATTCT-AACTAATTCGA
322 ATAATTACTCAAATGGCTATAACTATT-TAAACTAATTCGA
* * * *
16401 TAAACAAATTTATTTTTTAAGTTTCTTACTTATT-ATTTTAGTAAGTATTAATAAATTAGTATTA
1 TAAACAAATTTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTG-AAATATTAATAAATTAGTATTA
* *** * *
16465 TTTTATTCCTTCTAAGCTTGTATTAACT-GAAACAATTGTTTTGTGACAAATTA-AAAGGTTATA
65 TTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAA-TACAAAGGTTATA
** * * * * * *
16528 ATGATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAA-CTTGTTTGATAAACAGA--
128 ACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATC-GGTTCGGTAAACAGATT
* * * *
16590 T-TTTTTTAGATCTCTTTCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTCTG
192 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TG
* * * * * ** * * *
16653 AATAAGCTTGTATAAACT-GAAACAATTTTTTTATGACTAAACAAATGGTCAAAAACGATTTCAA
255 AATAAGCTTGTAT-GATTAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTC-ATAACAATTTGAA
* * * * ** *
16717 TTAGATAACTATTCTAATAATCT-TAACCATTTAAACTAATTCGA
318 ATAGATAATTACTCAAAT-GGCTATAACTATTTAAACTAATTCGA
* * *
16761 TAAACAAATTTATTTTTTAAATA---T-CTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGAATTAC
1 TAAACAAATTTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * *
16822 TTTAAT-CAGAATAAGCATGTATGAATA-AAAC-ATTGTTTTATGATAAAAGAAAAAGGTCATAA
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** ** * * * * **
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129 CAATTTG--AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATCGGTTCGGTAAACAGATT
* * * ** *
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* * ** * * * * * **
17013 GAATAAAG-TAGTATGAATAGGACCAATTGTCTGATGACAAAATAAAAAGTTATAATGATTTGAA
254 GAAT-AAGCTTGTATGATTAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAA
* * * * ** *
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318 ATAGATAATTACTCAAATGGCT-ATAACTATTTAAACTAATTCGA
* * * * *
17120 GTAAATAGATTTACTTTTTAAATCTCTTA-TTGATTAATTTTTTGAAATATTACTAAATTAGTAT
1 -TAAACAAATTTATTTTTTAAATATCTTACTT-ATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* * * * * * * * *
17184 TATTTTATTCCGAATAAACTTATGTGAATAGAAAAAATTGTCTTATGATAGA-ACAAAAGGTTAT
63 TATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAATAC-AAAGGTTAT
* * *
17248 AACAATATGAAATAGATAATTGTTC-AATAGTCATAACTATTTGAA-CTGGCTCGGTATACAGAT
127 AACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATC-GGTTCGGTAAACAGAT
* * * *
17311 TTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTCTTGAAATATTAGTAAATTAATATTATTTTATTTCA
191 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-G
* * * * * *
17372 AATAAGCTTCTAT-ATTGAAAAGCAATTGTTTTGTGAGAAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAA
255 AATAAGCTTGTATGATT-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAA
* * * * * * * *
17436 TAGATAGTTATTTAAATGGCCATAATTATTTGAACTAACATAG-
319 TAGATAATTACTCAAATGGCTATAACTATTTAAACTAA-TTCGA
** * * * * *
17479 TAAAGTAATTTATTTTTCAAATCTCTTACTTATTAACTTTTGAAATATTAATACAGTAGTATTA-
1 TAAACAAATTTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* **** * * * * **
17543 TTTATTTTGGATAAGTTTTTGTGAACT--AAACAATTG-TTTATGATAAA-ACAAAAGGTCGTAA
66 TTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAATAC-AAAGGTTATAA
* * * * * * * ** * *
17604 CGATTTTAAATTGATAATTATTTAGATAGTCATAACTATTTGAA-CTTGTTTAGTAAACAAAGTT
129 CAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATC-GGTTCGGTAAACAGATTT
* * * * ** * *
17668 ATTTTTTCAAATCTCTTA-TTA--ATTTTTTG-AATTTTATTAATTTTTTTTTATTTTATTCCGA
193 ATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGA
* * * * ** * *
17729 ATAAGCTTGTATGAATT-GAAACAATTATTATATGACTAAACAAAGGGTCAGAATAATTTGAAAT
256 ATAAGCTTGTATG-ATTAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAAT
17793 TAAAAATTAT
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TAAACAAATTTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
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ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATCGGTTCGGTAAACAGATTTATT
TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAATAAG
CTTGTATGATTAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAA
TTACTCAAATGGCTATAACTATTTAAACTAATTCGA
Found at i:16813 original size:19 final size:19
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*
16772 ATTTTTTAAATATCTTATTA
1 ATTTTTGAAATA-CTTATTA
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16810 A
1 A
16811 ATTAGAATTA
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ATTTTTGAAATACTTATTA
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17658 AAACAAAGTT
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*
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ATTTTTTAAATTTTATTA
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * * *
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* * * *
15407 TATG-ATAAAAATCAATTGTTACATGACCAAACAAGAGGTAATAACGATTTGAAACAGATAATTG
319 TATGAATAAAAAT-AATTGTT-TATGA-CAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTG
* * * * ** *
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* ** *
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* * * * *
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507 GTTTTGTGACAAAACAAAAGGTAATAACATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATGGTCATAACTAT
** * ** * *
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572 TTGAACTTCAT-AGATAAA-AAATTTATTTTTCAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GAATATTA
* *
15726 AGAATTAGTATTATTTATTTTGGATAAGCCTTTTTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGTTAAAA
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** ** * *
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* * * *
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* * *
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15983 A
881 A
* * * ** * *
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1 AAAAGGATTTGAAATAGATAATTATTC-AATAGTCT-TAACTATTTGAATTGGTTCGGCAAATAA
* **
16048 ATTTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TAA
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* * * **
16112 TCAA-ATAAGCTTCTATG-ATCAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGA-TCT-TAACAATT
127 TGAATA-AAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGT-TATAATGATT
* * * * * * *
16173 TGAGATTGATAATTGTTCAAACAATCATAACTATTT-GAATCGATTCGGTAAACATATTTATTTT
189 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAAAT-GGTTCGGTAAA-AGATTTA-TTT
* **
16237 TTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAGATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAATAAGT
251 TTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAATAAAC
* * * * *
16301 TTGTATGATTAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGTAATAGATAAT
316 TTATATGAATAAAAATAATTG-TTTATGAC-AAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAAT
* * * * * * *
16366 CGCTCAAATGGCTATAATTATTCTAACT-AATTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAGTTTCTTAC
379 TGTTC-AATAGCCATAATTATT-TAACTGAA-TCGGTAAACAGATTTATTTTTTAA-ATTCTTA-
* * * ** *
16430 TTATTATTTTAGTAAGTATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCTTCTAAGCTTGTATTAACTGA
439 TTA--ATTTTAG-AAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAACTAAGCTTGTA-TAATTGA
** * * * *
16495 AACAATTGTTTTGTGACAAATTAAAAGGTTATAATGATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAGTA
500 AACAATTGTTTTGTGACAAAACAAAAGGTAATAA-CATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATGGTC
** * * * *
16560 ATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAGA-TT-TTTTT-AGATCTCTTTCTTATTAATTTTTTG
564 ATAACTATTTGAACTTCATAGATAAA-AAATTTATTTTTCAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTG
* * * * * * *
16622 AATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTCTGAATAAGCTTGTATAAACTGAAACAATTTTTTTAT
627 AATATTAAT-AATTAGTATT-ATTTATTTTGGATAAGTTTTTATGAACTGAAACAA-TTGTTTAT
* * * * * * * *
16687 GACT-AAACAAATGGTCAAAAACGA-TTTCAATTAGATAACTATTCTAATAATCTTAACCATTTA
689 GA-TAAAACAAAAGGTC-ATAACGATTTTAAATT-GATAATTATT-TAATAGTCATAACTATTTG
** * * *
16750 AAC-TAATTCGATAAACAAATTTATTTTTT-AAATATCTTATTAA-TTTTTGAAATATTATTAAA
750 AACTTGTTTAG-TAAACAAATTTATTTTTTCAAATCTCTTATTAATTTTTTG-AATATTATTAAT
* * * * *
16812 TTAGAATTACTTTAATCAGAATAAGCATGTATGAATA-AAAC-ATTGTTTTATGA-TAAAAGAAA
813 TTA-AATTATTTTATTCAGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAAATATTTTATGACT-AAA-AAA
16874 AAGGTC-
875 AAGGTCA
* * * * *
16880 ATAAGGATTTGAAAAATAGATAATCATTCACATAGTCTTAACTATTTGAATTGGTTCAGTAATTA
1 AAAAGGATTTG--AAATAGATAATTATTCA-ATAGTCTTAACTATTTGAATTGGTTCGGCAAATA
* * * *
16945 GATTTATTTTTTAAATTTTTTTGACTATTAAGTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAT
63 AATTTATTTTTTAAA-TATCTT-ACTATTAA-TTTTAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAT
* * * * * *
17010 TTTGAATAAAG-TAGTATGAATAGGACCAATTGTCTGATGACAAAATAAAAAGTTATAATGATTT
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* * **
17074 GAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTAAAATGGTTTAGTAAATAGATTTACTTTTT
190 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAAATGGTTCGGTAAA-AGATTTA-TTTTT
* *
17139 AAATCTCTTA-TTGATTAATTTTTTGAAATATTACTAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAAC
253 AAATCTCTTACTT-ATTAATTTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAATAAAC
* * * *
17203 TTATGTGAATAGAAAA-AATTGTCTTATGATAGAACAAAAGGTTATAACAATATGAAATAGATAA
316 TTATATGAATA-AAAATAATTGT-TTATGACA-AACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAA
* * ** *
17267 TTGTTCAATAGTCATAACTATTTGAACTGGCTCGGTATACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATT
378 TTGTTCAATAGCCATAATTATTT-AACTGAATCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAAT-TCTTATT
* * *
17332 AATTCTT-GAAATATTAGTAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTCTAT-ATTGAAAAGC
441 AATT-TTAGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAACTAAGCTTGTATAATTG-AAA-C
* * * * * * *
17395 AATTGTTTTGTGAGAAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAGTTATTTAAATGGCCATA
503 AATTGTTTTGTGACAAAACAAAAGGTAATAAC-ATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATGGTCATA
* * * *
17460 ATTATTTGAACTAACATAG-TAAAGTAATTTATTTTTCAAATCTCTTACTTATTAACTTTTGAAA
567 ACTATTTGAACT-TCATAGATAAA-AAATTTATTTTTCAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG-AA
* *
17524 TATTAATACAGTAGTATTATTTATTTTGGATAAGTTTTTGTGAACT-AAACAATTGTTTATGATA
629 TATTAATA-ATTAGTATTATTTATTTTGGATAAGTTTTTATGAACTGAAACAATTGTTTATGATA
*
17588 AAACAAAAGGTCGTAACGATTTTAAATTGATAATTATTTAGATAGTCATAACTATTTGAACTTGT
693 AAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAATTGATAATTATTTA-ATAGTCATAACTATTTGAACTTGT
* * ***
17653 TTAGTAAACAAAGTTATTTTTTCAAATCTCTTATTAATTTTTTGAATTTTATTAATTTTTTTTTA
757 TTAGTAAACAAATTTATTTTTTCAAATCTCTTATTAATTTTTTGAATATTATTAA-TTTAAATTA
* * * * * *
17718 TTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTATTATATGACTAAACAAAGGGTCA
821 TTTTATTCAGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAAATATTTTATGACTAAAAAAAAGGTCA
* * *
17779 GAATA--ATTTGAAATTA-AAAATTATTCTAATAGTCTTAAATATTTGAA
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17826 CTAGTTAAGC
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TTATTTTTTAAATATCTTACTATTAATTTTAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAA
TAAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAATGATTTGAAATA
GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAAATGGTTCGGTAAAAGATTTATTTTTAAATCTCT
TACTTATTAATTTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAATAAACTTATATGAAT
AAAAATAATTGTTTATGACAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAATAGCC
ATAATTATTTAACTGAATCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATTCTTATTAATTTTAGAAATATT
AATAAATTAATATTATTTTATTTCAACTAAGCTTGTATAATTGAAACAATTGTTTTGTGACAAAA
CAAAAGGTAATAACATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATGGTCATAACTATTTGAACTTCATAGA
TAAAAAATTTATTTTTCAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAATATTAATAATTAGTATTATTTA
TTTTGGATAAGTTTTTATGAACTGAAACAATTGTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTT
AAATTGATAATTATTTAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTCA
AATCTCTTATTAATTTTTTGAATATTATTAATTTAAATTATTTTATTCAGAATAAGCTTGTATGA
ATAGAAACAAATATTTTATGACTAAAAAAAAGGTCA
Found at i:19433 original size:178 final size:178
Alignment explanation
Indices: 19179--19566 Score: 430
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19169 AAAATTTTAC
* *
19179 TTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCTGAATAAACTTTTACAAGCAAA
1 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCTGAACAAACTTTTACAAGCAAA
* * *
19244 AATTATTGTTTTGTA-ATATAACAAAAAATCATAAG-AATTTCAAATAAATAATTGCTCAAATAG
66 AAATATTGTTTT-TAGACAAAACAAAAAATCAT-AGCAATTTCAAATAAATAATTGCTCAAATAG
* * * * *
19307 TCATAACTT-TTTGAATTGGTTTGTTAAACGGATTTATTTTTTTAAATCT-G
129 TCATAA-TTATTTGAACTGGTTAGGTAAACAGAATTA-TTTTTTAAATCTCG
* * * * *
19357 TTATTAATTTTTGAAATGTTAATAGATTAGTATTATTTTATTTTGAACAAACTTATGT-GAA-CA
1 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCTGAACAAACTT-T-TACAAGCA
** * * *
19420 AAAACAT-TTGTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAGCAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
64 AAAA-ATATTGTTTTTA-GACAAAACAAAAAATCATAGCAATTTCAAATAAATAATTGCTCAAAT
* *
19484 AGTCATAATTATTTGAACTGGTTAGGTAAATAGAATTATTTTTTAAATCTCT
127 AGTCATAATTATTTGAACTGGTTAGGTAAACAGAATTATTTTTTAAATCTCG
19536 TACATATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT
1 T---TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT
19567 CAATTTATTT
Statistics
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AAATATTGTTTTTAGACAAAACAAAAAATCATAGCAATTTCAAATAAATAATTGCTCAAATAGTC
ATAATTATTTGAACTGGTTAGGTAAACAGAATTATTTTTTAAATCTCG
Found at i:20358 original size:14 final size:15
Alignment explanation
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Period size: 14 Copynumber: 2.0 Consensus size: 15
20329 CAAAGGTCAT
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1 AATAATTATTAAATA
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Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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AATAATTATTAAATA
Found at i:21325 original size:177 final size:175
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Indices: 19178--22360 Score: 1271
Period size: 181 Copynumber: 17.8 Consensus size: 175
19168 AAAAATTTTA
* * *
19178 CTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCTGAATAAACTT-T-TACAA-G
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* * * ** * * **
19240 CAAA-AATTATTGTTTTGTAATATAACAAAAAATCATAA-GAATTTCAAATAAATAATTGCTCAA
64 -AAACAATTGTT-TTATG-ACTA-AACAAAAGGTCATAACG-ATTTGAAATAGATAATTATTCAA
* ** * * ** * * ** *
19303 ATAGTCATAACTTTTTGAATTGGTTTGTTAAACGGATTTATTTTTTTAAATCT
124 ATAATGTTAACTATTTGAACTAATTCGATAAACAAATTTA-TTTTTTAAATAT
* * * * * * * *
19356 GTTATTAATTTTTGAAATGTTAATAGATTAGTATTATTTTATTTTGAACAAACTTATGTGAACA-
1 CTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTAT-AA-AT
* * * * * *
19420 AAAACATTTGTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAGCAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
63 GAAACAATTG-TTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* ** * ** * * * *
19485 GTCATAATTATTTGAACTGGTTAGGTAAATAGAA-TTATTTTTTAAATCT
127 ATGTTAACTATTTGAACTAATTCGATAAACA-AATTTATTTTTTAAATAT
* * ** *
19534 CTTACATATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCAAT-TTATTTTTTTTCCAAATAAGCTAGTAT
1 C-T---TATTAATTTTTG-AATATTAATAAATT-AGTATTA-TTTTATTCTGAATAAGCTTGTAT
** * *
19598 GAGTTGCAAAAAAATTGTTTTATGAC-AAACAAAA----AT---GATTTGAAATAGATAATTGTT
59 -AAATG--AAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATT
* * * * * ** * * *
19655 CATATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTTGGCAAATAAATTTATATTTTAAATCT
121 CAAATAATGTTAACTATTTGAACTAATTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATAT
* * * * *
19710 CTTAATTATTAATTTTAAGAATATT-TTCATATTAGTATTGTTTTATTTTGAATAAGCTTGTATG
1 C----TTATTAATTTT-TGAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTAT-
* * * * ** * * * **
19774 AACAT-AAATAATT-TTTTATGGCAAAACAAAAGGTTATAATAATTTGAATTATACAATTGCTCA
59 AA-ATGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCA
* * * * * * *
19837 AATAGT-TATAACTATTTAAACTAGTTAGGTATAA-AGA--T-TTTTTTAAATCT
123 AATAATGT-TAACTATTTGAACTAATTCGATA-AACAAATTTATTTTTTAAATAT
* * * * * *
19887 CTTATTATTTTTTGAAAGATTAATAAATTACTATTATTTTATTTTGAATAAACATATATGATAAA
1 CTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGC-T-TGT-ATAAA
* ** * * * *
19952 --AATCAATTGTTACATGACCAAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATA
62 TGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
**** * * * * * * **
20015 GCCATAATTATTTAAACTGAA-TCGGTAAATAGATTCACCTTTTAAAT-T
127 ATGTTAACTATTTGAACT-AATTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATAT
* ** * * * *
20063 GCTCATTAATTTTCAAAATAGTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGACTAAGCTTGTATGAATT
1 -CTTATTAATTTT-TGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTAT-AAAT
* * * * * ** **
20128 CAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC-ATTTTAAATAGACAATTGCTCAAATGG
63 GAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAA
** * * * *
20192 TCATAACTATTTGAATTTATTCGATAAACAAATTTA-TTTTCAAACTCTT
128 TGTTAACTATTTGAACTAATTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAA-T-AT
* * * * * * * *
20241 GGTTATTAATTTTGTTATTATTAAGAAATTAG--TTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTTATGAAC
1 -CTTATTAATTTT-TGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGC-TTGTAT-AAA
* * * ** * *
20304 TGAAACAATTTTTTTATG-TTAAAACCAAAGGTCATAATAATTTTAAATAAATAATTATT-AAAT
62 TGAAACAATTGTTTTATGACT-AAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
* ** * ** * * * *
20367 AGTCATCACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTCAAATCATTT
126 AATGTTAACTATTTGAACTAATTCGATAAACAAATTTATTTTTT-AAAT-A--T
* *
20421 CCTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTTAG-ATTATTTTATTCT-AAGAAAGCTTGTAAAAT
1 -CTTATTAA-TTTTTGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCTGAA-TAAGCTTGTATAA-
* * * * * * * *
20484 ATGAAACAAATATTTTATGACTAAATAAAAGGTCAAAATGATTTGAACTAGATATTTATTCTAAT
61 ATGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
* * * * * * * ** *
20549 AGT-TCTAAATATTTAAATTGACTGGGCAAACACATTTATTTTTTAAATATCTT
126 AATGT-TAACTATTTGAACTAATTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATA---T
* * * * *
20602 ACTTATTAATTTTTAGAATGTTATTAAATTAGTATTATTTTTAATC-AAATAAGCTTCTATGATA
1 -CTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTCTGAATAAGCTTGTAT-A-A
* * * * * * * *
20666 A-GAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCTTAACAATTTGAGATTGATAATTGTTCAAAC
61 ATGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
** * * * * *
20729 AATCATAACTATTTGAATTGATTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTT
126 AATGTTAACTATTTGAACTAATTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAA--T-AT
* * *
20782 ACTTATTAATTTTTGAGATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGTTTGTAT-GATG
1 -CTTATTAATTTTTGA-ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATAAATG
* * * * * **
20846 AAAAATAATTTTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATCGTTCAAAT-
64 --AAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* * * *
20910 -GGCTATAATTATTCT-AACTAATTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAGTTT
127 ATG-T-TAACTATT-TGAACTAATTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATAT
* **
20960 CTTACTTATTATTTTAGTAAGTATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCT-TCTAAGCTTGTATT
1 CTTA-TTA--ATTTTTG-AA-TATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-CTGAATAAGCTTGTA-T
* * * * * * * * *
21024 AACTGAAACAATTGTTTTGTGAC-AAATTAAAAAGTTATAATGATTTTAAATAGACAATTGTTCA
59 AAATGAAACAATTGTTTTATGACTAAA-CAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCA
* ** * * * * * *
21088 AATAGTAATAACTATTTGAACT-TTTTGATAAATAGA--T-TTTTTTAGATCT
123 AATAATGTTAACTATTTGAACTAATTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATAT
* *
21137 CTTTATTATTAAGTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTCTGAATAAGCTTGTATAA
1 C----TTATTAA-TTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATAA
* * * * *
21202 ACTGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAATGGTCAGAACGATTTCAAATAGATAACTATTCTAA
61 A-TGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAA
* *
21267 TAATGTTAACCATTTAAACTAATTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATAT
125 TAATGTTAACTATTTGAACTAATTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATAT
* * * * * * *
21318 CTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGAATTACTTTAATCAGAATAAGCTTGTATGAATAA
1 CTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATAAATGA
* * * * *
21383 AAC-ATTGTTTTATGA-TAAAAGAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATCATTCATATAG
65 AACAATTGTTTTATGACT-AAA-CAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAA
* * * ** ** * * *
21446 TCTTAACTATTTAAATTGGTTC-AGTAATTAGATTTATTTTTTAATTTTT
128 TGTTAACTATTTGAACTAATTCGA-TAAACAAATTTATTTTTTAA-ATAT
* * *** ** * * *
21495 TTGACTATTAAGTTCAAAATATTTTTAAATTAGTATTATTTTAATTTTGAATAATG-TAGTATGA
1 CT---TATTAATTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCTGAATAA-GCTTGTATAA
* * * * * * * * *
21559 ATAGGACCAATTGTCTGATGACAAAATAAAAAGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAA
61 AT-GAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAA
* *** * * ** * * * *
21624 TAGTCAAAACTATTTAAAATGGTT-TAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCT
125 TAATGTTAACTATTTGAACTAATTCGA-TAAACAAATTTATTTTTTAAATAT
** * * * * *
21675 CTTATTGATTAATTTTCTGAAATATTACCAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAACTTATGTG
1 C---TT-ATTAATTTT-TG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATA
* * * * *
21740 AATAGAAAAAATTGTCTTATGA-TAGAACAAAAGGTTATAACAATATGAAATAGATAATTATTC-
60 AAT-GAAACAATTGTTTTATGACTA-AACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCA
* ** ** * * * *
21803 AATAGTCATAACTA-TTGAACTGGTTCGGTATACAGATTTATTTTTTAAATCT
123 AATAATGTTAACTATTTGAACTAATTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATAT
* * * * * *
21855 CTTATTAATTCTTGAAATATTAGTAAATTAATATTATTTTATAT-TCAAATAAGCTTCTAT-ATT
1 CTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TCT-GAATAAGCTTGTATAAAT
* * ** * * * *
21918 GAAAAGCAATTGTCTTGTGAGAAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAGTTATTTAAAT
63 G-AAA-CAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
***** * * * *
21983 GGCCATAATTATTTGAACTACCA-TAG-TAAACTAATTTA-TTTTTAAATCTCTT
126 AATGTTAACTATTTGAACTA--ATTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAA--T-AT
* * * * * * * * *
22035 ACTTATTAACTTTTGAAATATTAATACAGTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGTTTTTGTGAACT
1 -CTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTAT-AAAT
* * * * * *
22100 AAAACAATT-TTTTATGA-TAAAACAAAAGGTCGTAACAATTTTAAATTGATAATTATTTCAGAT
63 GAAACAATTGTTTTATGACT-AAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAAT
* ** ** * * *
22163 AGTCATAACTATTTGAACTTGTT-TAGTAAACAAAGTTATTTTTTCAAATCT
126 AATGTTAACTATTTGAACTAATTCGA-TAAACAAATTTATTTTTT-AAATAT
* * ** * * *
22214 CTTATTAATTTTTTGAATTTTATTAAATTTTTCTTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAATTG
1 CTTATTAA-TTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTAT-AAATG
* * * * ** * * *
22279 AAACAATTATTATATGACTAAACAAAGGGTCAGAATAATTTGAAATTA-AAAATTATTCTAATAG
64 AAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA-TAGATAATTATTCAAATAA
* *
22343 TCTTAAATATTTGAACTA
128 TGTTAACTATTTGAACTA
22361 GTTAAGCAAA
Statistics
Matches: 2336, Mismatches: 504, Indels: 330
0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
172 9 0.00
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ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (175 bp):
CTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATAAATGAA
ACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATGT
TAACTATTTGAACTAATTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATAT
Found at i:21346 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 21305--21343 Score: 53
Period size: 20 Copynumber: 2.1 Consensus size: 19
21295 AAACAAATTT
*
21305 ATTTTTTAAATATCTTATTA
1 ATTTTTGAAATA-CTTATTA
21325 ATTTTTGAAATA-TTATTA
1 ATTTTTGAAATACTTATTA
21343 A
1 A
21344 ATTAGAATTA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
18 7 0.39
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ACGTcount: A:0.38, C:0.03, G:0.03, T:0.56
Consensus pattern (19 bp):
ATTTTTGAAATACTTATTA
Found at i:21816 original size:715 final size:719
Alignment explanation
Indices: 20067--21823 Score: 1603
Period size: 715 Copynumber: 2.4 Consensus size: 719
20057 TAAATTGCTC
* * * **
20067 ATTAATTTTCAAAATAGTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGACTAAGCTT-GTATGAAT-TCA
1 ATTAATGTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAG-TTAGTATG-ATGAAA
* * * * ***
20130 AACAATTG-CTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC-ATTTTAAATAGACAATTGCTCAAATGG-
64 AACAATTGTC-TGATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATCATTCAAATGGC
* ** * **
20192 TCATAACTATT-TGAATTTATTCGATAAACAAATTTA-TTTTCAAA-CTCTTGGTTATTAATTTT
128 T-AAAACTATTCT-AA-CAATTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT-ATTTT
* * * ** * * * * *
20254 -GTTATTATTAAGAAATTAG--TTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTTATGAACTGAAACAATTTT
189 AGTAAATATTAACAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAAC-TTATATGAACTGAAAAAATTGT
* ** * * * * * *
20316 TTTATGTTAAAACCAAAGGTCATAATAATTTTAAATAAATAATTATTAAATAGTCATCACTATTT
253 CTTATGACAAATCAAAAGGTTATAATAATTTTAAATAGATAATTATTCAATAGTCATAACTATTT
* * *
20381 GAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTCAAATCATTTCCTTATTAATTTTTTGAATATTAAT
318 GAACTTGTTTGATAAATAGA-TTATTTTTTCAAATCATTTCATTATTAAGTTTTTGAATATTAAT
* *
20446 AAATTTAGATTATTTTATTCTAAGAAAGCTTGTAAAATATGAAACAAATATTTTATGACTAAATA
382 AAATTTAGATTAATTTATTCTAAGAAAGCTTGTAAAATATGAAACAAATATTTTATGACTAAACA
* * * ** * * * * * *
20511 AAAGGTCAAAATGATTTGAACTAGATATTTATTCTAATAGTTCTAAATATTTAAATTGACTGGGC
447 AAAGGTCAAAACGATTTCAAATAGATAACTATTCTAATAATTCTAAACATTTAAACTAACTCGAC
* * * *
20576 AAACACATTTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTAGAATGTTATTAAATTAGTATTATT
512 AAACAAATTTATTTTTTAAATA--TTACTTATTAATTTTTAGAATATTATTAAATTAGAATTATC
* * *
20641 TTTAATCAAATAAGCTTCTATGATAAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGATCTTAACAAT
575 TTTAATCAAATAAGCTTCTATGATAAGAAACAATTGTTTTATGAAAAAAAAAAGATCATAACAAT
* * ** * * *
20706 TTGAGATTGATAATTGTTCAAACAATCATAACTATTTGAATTGATTCGGTAAACATATTTATTTT
640 TTGAAATAGATAATCATTCAAACAATCATAACTATTTAAATTGATTCAGTAAACAGATTTATTTT
20771 TTAAATCTCTTACTT
705 TTAAATCTCTTACTT
* ** * *
20786 ATTAATTTTTGAGATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGTTTGTATGATGAAAAA
1 ATTAATGTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGTTAGTATGATGAAAAA
* * * * * *
20851 TAATTTTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATCGTTCAAATGGCTAT
66 CAATTGTCTGATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATCATTCAAATGGCTAA
* * * *
20916 AATTATTCTAACTAATTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAGTTTCTTACTTATTATTTTAGTAAG
131 AACTATTCTAAC-AATTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTATTTTAGTAAA
* *** * * * * * *
20981 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCTTCTAAGCTTGTATTAACTGAAACAATTGTTTTGTGA
195 TATTAACAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAACTTATATGAACTGAAAAAATTGTCTTATGA
* * * * * *
21046 CAAATTAAAAAGTTATAATGATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTT
260 CAAATCAAAAGGTTATAATAATTTTAAATAGATAATTATTC-AATAGTCATAACTATTTGAACTT
* * *
21111 -TTTGATAAATAGA-T-TTTTTT-AGATC-TCTTTATTATTAAGTTTTTGAATGTTAATAAA-TT
324 GTTTGATAAATAGATTATTTTTTCAAATCAT-TTCATTATTAAGTTTTTGAATATTAATAAATTT
* * * * *
21170 AGTATTAATTTATTCTGAA-TAAGCTTGTATAAA-CTGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAT
388 AG-ATTAATTTATTCT-AAGAAAGCTTGTA-AAATATGAAACAAATATTTTATGACTAAACAAAA
* * * *
21233 GGTCAGAACGATTTCAAATAGATAACTATTCTAATAATGT-TAACCATTTAAACTAATTCGATAA
450 GGTCAAAACGATTTCAAATAGATAACTATTCTAATAAT-TCTAAACATTTAAACTAACTCGACAA
21297 ACAAATTTATTTTTTAAATA-T-CTTATTAATTTTT-GAAATATTATTAAATTAGAATTA-CTTT
514 ACAAATTTATTTTTTAAATATTACTTATTAATTTTTAG-AATATTATTAAATTAGAATTATCTTT
* * **
21358 AATCAGAATAAGCTTGTATGA-ATA-AAAC-ATTGTTTTATGATAAAAGAAAAAGGTCATAATGA
578 AATCA-AATAAGCTTCTATGATA-AGAAACAATTGTTTTATGA-AAAA-AAAAAGATCATAACAA
* * * * * **
21420 TTTGAAATAGATAATCATTCATATAGTCTTAACTATTTAAATTGGTTCAGTAATTAGATTTATTT
639 TTTGAAATAGATAATCATTCAAACAATCATAACTATTTAAATTGATTCAGTAAACAGATTTATTT
* * *
21485 TTTAATTTTTTTGAC-T
704 TTTAAATCTCTT-ACTT
** *
21501 ATTAA-GTTCAAAATATTTTTAAATTAGTATTATTTTAATTTTGAATAA-TGTAGTATGAAT-AG
1 ATTAATGTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTTGAATAAGT-TAGTATG-ATGAA
* * * * ** * *
21563 GACCAATTGTCTGATGACAAAATAAAAAGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG-
63 AAACAATTGTCTGATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATCATTCAAATGGC
** * *
21627 TCAAAACTATT-TAA-AATGGTTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTGATTAATT
128 T-AAAACTATTCTAACAAT--TCGA-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT-ATT-ATT
* * *
21689 TT-CTGAAATATTACCAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAACTTATGTGAA-TAGAAAAAAT
187 TTAGT-AAATATTAACAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAACTTATATGAACT-GAAAAAAT
* * * *
21752 TGTCTTATGATAGAA-CAAAAGGTTATAACAATATGAAATAGATAATTATTCAATAGTCATAACT
250 TGTCTTATGACA-AATCAAAAGGTTATAATAATTTTAAATAGATAATTATTCAATAGTCATAACT
21816 A-TTGAACT
314 ATTTGAACT
21824 GGTTCGGTAT
Statistics
Matches: 844, Mismatches: 158, Indels: 77
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
712 3 0.00
713 12 0.01
714 58 0.07
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717 2 0.00
718 9 0.01
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ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (719 bp):
ATTAATGTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGTTAGTATGATGAAAAA
CAATTGTCTGATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATCATTCAAATGGCTAA
AACTATTCTAACAATTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTATTTTAGTAAAT
ATTAACAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAACTTATATGAACTGAAAAAATTGTCTTATGAC
AAATCAAAAGGTTATAATAATTTTAAATAGATAATTATTCAATAGTCATAACTATTTGAACTTGT
TTGATAAATAGATTATTTTTTCAAATCATTTCATTATTAAGTTTTTGAATATTAATAAATTTAGA
TTAATTTATTCTAAGAAAGCTTGTAAAATATGAAACAAATATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAA
AACGATTTCAAATAGATAACTATTCTAATAATTCTAAACATTTAAACTAACTCGACAAACAAATT
TATTTTTTAAATATTACTTATTAATTTTTAGAATATTATTAAATTAGAATTATCTTTAATCAAAT
AAGCTTCTATGATAAGAAACAATTGTTTTATGAAAAAAAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGAT
AATCATTCAAACAATCATAACTATTTAAATTGATTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTT
ACTT
Found at i:22304 original size:358 final size:353
Alignment explanation
Indices: 19175--22360 Score: 2060
Period size: 358 Copynumber: 8.9 Consensus size: 353
19165 AAAAAAAATT
* * * * *
19175 TTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCTGAATAAACTTTTA-CAA
1 TTACTTATTAATT-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA
* * * * ** * * * **
19239 GCAAAA-ATTATTGTTTTGTAATATAACAAAAAATCATAAGAATTTCAAATAAATAATTGCTCAA
65 -TAAAACA--ATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAA
* * * * *
19303 ATAGTCATAACTTTTTGAA-TTGGTTTGTTAAACGGATTTATTTTTTTAAATCTGTTATTAATTT
127 ATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCGGTAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTATTAATTT
* * * * * * *** *
19367 TTGAAATGTTAATAGATTAGTATTATTTTATTTTGAACAAACTTATGTGAACAAAAACATTTGTT
190 TTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTG--
* * * *
19432 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAGCAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATT
252 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGTCATAACTATT
* ** * * *
19497 TGAACTGGTTAGGTAAATAGAA-TTATTTTTTAAATCTC
317 TAAACT-AATCGATAAACA-AATTTATTTTTTAAATCTC
* * * *
19535 TTACATATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCAAT-TTATTTT-TTTTCCAAATAAGCTAGTAT
1 TTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTT--GAATAAGCTTGTAT
* * * * *
19598 GAGTTGCAAAAAAATTGTTTTATGA-CAAACAAAA----AT---GATTTGAAATAGATAATTGTT
62 GA-AT--AAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATT
* * * * * * * *
19655 CATATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTTGGCAAATAAATTTATATTTTAAATCTCTTAATTATT
124 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTC----TTATT
* * * * * *
19720 AATTTTAAGAATATT-TTCATATTAGTATTGTTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAT-AAAT
185 AATTTT-TGAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA-TTGAAAC
* * * * * * * ** * *
19783 AATTTTTTATGGCAAAACAAAAGGTTATAATAATTTGAATTATACAATTGCTCAAATAGTTATAA
247 AATTGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGTCATAA
* * * *
19848 CTATTTAAACTAGTTAGGTATAA-AGA--T-TTTTTTAAATCTC
312 CTATTTAAACTA-ATCGATA-AACAAATTTATTTTTTAAATCTC
* * * * *
19888 TTA-TTATT--TTTTGAAAGATTAATAAATTACTATTATTTTATTTTGAATAAACATATATG-AT
1 TTACTTATTAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAT
** ** * * * *
19949 AAAAATCAATTGTTACATGACCAAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTGAAAT
66 -AAAA-CAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
* * * * * * ** *
20014 AGCCATAATTATTTAAAC-TGAATCGGTAAATAGATTCACCTTTTAAAT-TGCTCATTAATTTTC
129 AGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCT-CTTATTAATTTT-
** * * *
20077 AAAATAGTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGACTAAGCTTGTATGAATTCAAACAATTGCTTT
191 TGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTG-TTT
* * **
20142 ATGACAAAACAAAAGGTCATAAC-ATTTTAAATAGACAATTGCTCAAATGGTCATAACTATTTGA
255 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGTCATAACTATTT-A
** * *
20206 ATTTATTCGATAAACAAATTTA-TTTTCAAA-CTC
319 AACTAATCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC
** * * * * *
20239 TTGGTTATTAATTTTGTTATTATTAAGAAATTAG--TTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTTATGA
1 TTACTTATTAATTTTG-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGC-TTGTATGA
* * * * * * *
20302 ACTGAAACAATTTTTTTATGTTAAAACCAAAGGTCATAATAATTTTAAATAAATAATTATT-AAA
64 A-TAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAA
* * *
20366 TAGTCATCACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTCAAATCATTTCCTTATTAAT
128 TAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTT-AAATC---T-CTTATTAA-
* * *
20431 TTTTTGAATATTAATAAATTTAG-ATTATTTTATTCT-AAGAAAGCTTGTA-AAATATGAAACAA
187 TTTTTGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTGAA-TAAGCTTGTATGAAT-TGAAAC-A
* * * ** * * * *
20493 ATAT-TTTATGACTAAATAAAAGGTCAAAATGATTTGAACTAGATATTTATTCTAATAGTTC-TA
248 AT-TGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT-GGTCATA
* * * * ** * *
20556 AATATTTAAATTGACTGGGCAAACACATTTATTTTTTAAATATC
311 ACTATTTAAACT-AATCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC
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20600 TTACTTATTAATTTTTAGAATGTTATTAAATTAGTATTATTTT-TAATCAAATAAGCTTCTATG-
1 TTACTTATTAATTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTTGAATAAGCTTGTATGA
* * * * * *
20663 ATAAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCTTAACAATTTGAGATTGATAATTGTTCAA
64 AT-A-AAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAA
* * *
20727 ACAATCATAACTATTTGAA-TTGATTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA
127 ATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAA
* *
20791 TTTTTGAGATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGTTTGTATG-A-TGAAAAATAA
187 TTTTTGA-ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTG--AAACAA
* * **
20854 TTTTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATCGTTCAAATGG-CTATAA
249 -TTGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGTC-ATAA
* * *
20918 TTATTCT-AACTAATTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAGTTTC
312 CTATT-TAAACTAA-TCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC
* *
20961 TTACTTATT-ATTTTAGTAAGTATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCTT--CTAAGCTTGTAT
1 TTACTTATTAATTTT-G-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT--TTGAATAAGCTTGTAT
* * * * ** * * ** * * *
21023 TAACTGAAACAATTGTTTTGTGACAAATTAAAAAGTTATAATGATTTTAAATAGACAATTGTTCA
62 GAA-TAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCA
* * * * *
21088 AATAGTAATAACTATTTGAACTT-TTTGATAAATAGA--T-TTTTTTAGATCTCTTTATTATTAA
126 AATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTC----TTATTAA
* * * * *
21149 GTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTCTGAATAAGCTTGTATAAACTGAAACAATT
187 -TTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATT
* * * * * * * ** ** *
21214 GTTTTATGACTAAACAAATGGTCAGAACGATTTCAAATAGATAACTATTCTAATAATGTTAACCA
251 G-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGTCATAACTA
*
21279 TTTAAACTAATTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATATC
315 TTTAAACTAA-TCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC
* * * * * **
21319 TTA-TTA--ATTTTTGAAATATTATTAAATTAGAATTACTTTAATCAGAATAAGCTTGTATGAAT
1 TTACTTATTAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAT
* ** * *
21381 AAAAC-ATTGTTTTATGATAAAAGAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATCATTCATATA
66 AAAACAATTGTTTTATGATAAAA-CAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* * * ** * * * *
21445 GTCTTAACTATTT-AAATTGGTTCAGTAATTAGATTTATTTTTTAATTTTTTTGACTATTAAGTT
130 GTCATAACTATTTGAACTT-GTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAA-ATCTCT---TATTAATTT
*** ** * * * *
21509 CAAAATATTTTTAAATTAGTATTATTTTAATTTTGAATAATG-TAGTATGAATAGGACCAATTGT
190 TTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTTGAATAA-GCTTGTATGAATTGAAACAATTGT
* * * * ** * *
21573 CTGATGACAAAATAAAAAGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATT
253 -TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGTCATAACTATT
* ** ** * *
21638 TAAAATGGTTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTC
317 TAAACTAATCGA-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC
** ** * * *
21676 TTA-TTGATTAATTTTCTGAAATATTACCAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAACTTATGTG
1 TTACTT-ATTAA-TTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATG
* * * * *
21740 AATAGAAAAAATTGTCTTATGATAGAACAAAAGGTTATAACAATATGAAATAGATAATTATTC-A
63 AATA-AAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAA
* * *
21804 ATAGTCATAACTA-TTGAACTGGTTCGGTATACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTCTT
127 ATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTT
* * ** *
21868 GAAATATTAGTAAATTAATATTATTTTATATTCAAATAAGCTTCTAT--ATTGAAAAGCAATTGT
192 G-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTTGAATAAGCTTGTATGAATTG-AAA-CAATTGT
* * * * * * *
21931 CTTGTGAGAAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAGTTATTTAAATGGCCATAATTATT
253 -TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGTCATAACTATT
* * *
21996 TGAACTACCATAG-TAAACTAATTTA-TTTTTAAATCTC
317 TAAACTA--ATCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC
* * * * * *
22033 TTACTTATTAACTTTTGAAATATTAATACAGTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGTTTTTGTGAA
1 TTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA
* * * *
22098 CTAAAACAATT-TTTTATGATAAAACAAAAGGTCGTAACAATTTTAAATTGATAATTATTTCAGA
65 -TAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAA
** * *
22162 TAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAAAGTTATTTTTTCAAATCTCTTATTAATTTTT
128 TAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTATTAA-TTTT
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22227 TGAATTTTATTAAATTTTTCTTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTATTAT
191 TGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTT-T
* * * * * * * * * *
22292 ATGACTAAACAAAGGGTCAGAATAATTTGAAATTA-AAAATTATTCTAATAGTCTTAAATATTTG
255 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAA-TAGATAATTATTCAAATGGTCATAACTATTTA
22356 AACTA
319 AACTA
22361 GTTAAGCAAA
Statistics
Matches: 2200, Mismatches: 478, Indels: 298
0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
345 4 0.00
346 12 0.01
347 9 0.00
348 12 0.01
349 29 0.01
350 103 0.05
351 35 0.02
352 35 0.02
353 121 0.05
354 176 0.08
355 107 0.05
356 156 0.07
357 181 0.08
358 479 0.22
359 106 0.05
360 84 0.04
361 289 0.13
362 179 0.08
363 63 0.03
364 19 0.01
365 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (353 bp):
TTACTTATTAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAT
AAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
TCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAT
ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTATGACA
AAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGTCATAACTATTTAAACTAAT
CGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC
Done.