Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019168340.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_562, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 22952
ACGTcount: A:0.33, C:0.18, G:0.18, T:0.31
Found at i:17553 original size:143 final size:143
Alignment explanation
Indices: 17294--17584 Score: 385
Period size: 143 Copynumber: 2.0 Consensus size: 143
17284 CTTATTCAAA
* * * *
17294 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCTAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCT
1 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCT
* * *
17359 ATTTACCGTACAAGTTCAAATAGTTATAATTAATTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTAAGA
66 ATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTAATTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGCTAAGA
*
17423 CCTTTTGTTTTTGTC
130 CATTTTG-TTTTGTC
* *
17438 ATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTCAAAAATTACTAAGT-AGAAATTTAAAAAATAAATC
1 ATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATC
* * *
17501 TATTTTA-TGAACACA-TTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGCTAT
65 TA-TTTACCGAACA-AGTTCAAATAGTTATAACTAATTGAACAATTATCTATTTCAAATAGCTAA
17564 GACATTTTGTTTTGTC
128 GACATTTTGTTTTGTC
17580 ATAAA
1 ATAAA
17585 CCAATTGTTT
Statistics
Matches: 130, Mismatches: 13, Indels: 10
0.85 0.08 0.07
Matches are distributed among these distances:
142 13 0.10
143 75 0.58
144 42 0.32
ACGTcount: A:0.44, C:0.10, G:0.07, T:0.40
Consensus pattern (143 bp):
ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCT
ATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTAATTGAACAATTATCTATTTCAAATAGCTAAGAC
ATTTTGTTTTGTC
Found at i:17773 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 17725--17776 Score: 56
Period size: 17 Copynumber: 3.0 Consensus size: 18
17715 TTTGACAAAA
*
17725 CAAA-AGTCATAACGATT
1 CAAATAGTCATAACTATT
*
17742 TAAATTA-T-ATAACTATT
1 CAAA-TAGTCATAACTATT
17759 CAAATAGTCATAACTATT
1 CAAATAGTCATAACTATT
17777 TAAACTTATT
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 3, Indels: 7
0.74 0.08 0.18
Matches are distributed among these distances:
16 2 0.07
17 15 0.54
18 10 0.36
19 1 0.04
ACGTcount: A:0.46, C:0.13, G:0.06, T:0.35
Consensus pattern (18 bp):
CAAATAGTCATAACTATT
Found at i:20760 original size:181 final size:176
Alignment explanation
Indices: 20149--20870 Score: 623
Period size: 181 Copynumber: 4.1 Consensus size: 176
20139 ATTGGACTTC
* * * * * * * * * * *
20149 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTAAAGTAGTTCACCAAACATATTTAAT
1 ATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGCT-ACAAAATAGATTT-AT
* * * ** * * *
20214 TTTTAAA-TCTCTTAGTTATTAATTTTTAAAATATTATTATTTTAGCAATATTTTACTCT-AATA
64 TTTTAAATTTTC-TACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATA
* * * * *
20277 AGCTTGTATAAACAGAAACAATTTTTTTATGACAAACAA-AATCATAATG
128 AGCTTGTATGAATAGAAACAA-TTGTTTATGACAAACAATAGTCATAACG
* * * * *
20326 ATTTGAGATAAATAATTGTTTAAATAGTCCATAACTATTTGAA-TTGGTTCAATAAGCAGATTTA
1 ATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAGT-CATAATTATTTGAACTTGCTACAA-AA-TAGATTTA
* *
20390 GTTTTTAAA---TCT-CTTATTAATTTTTGAAATATGAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAAT
63 -TTTTTAAATTTTCTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAAT
** * * *
20451 AATTTTGTATGAATAAAAACAATT-TGTA--AC-AA-AAT-GTCATAATG
127 AAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTATGACAAACAATAGTCATAACG
* * ** * * * *
20495 ATTTGAAATAGATAATAGTTCCAATAGACATGATTATTTGAACTT-ATTCATTAAATAGATTTAT
1 ATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGCTACA--AAATAGATTTA-
* * *
20559 TTTTTAAATTTTCAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAAAT
63 TTTTTAAATTTTCTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAAT
*
20623 AAACTTGTATGAATAGAAAC-ATATGCTTTATGACAAACAATAGATCATAACG
127 AAGCTTGTATGAATAGAAACAAT-TG-TTTATGACAAACAATAG-TCATAACG
* *
20675 ATTTGAAATAAATAAATTGTTTAAATAGTCATAATTATTTTAACTTGCTAGGAAAATAGATTTAT
1 ATTTGAAATAAAT-AATTGTTTAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGCTA-CAAAATAGATTTAT
* *
20740 TTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTTTTAAAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATA
64 TTTT-AAATTTTCTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATA
* * * * *
20805 AGCTTTTATGAATAGAAACAATTAGTTTATGATAAAACAAAAGTAATAACA
128 AGCTTGTATGAATAGAAACAATT-GTTTATGA-CAAACAATAGTCATAACG
*
20856 ATTTGAAATAGATAA
1 ATTTGAAATAAATAA
20871 AATCATTATA
Statistics
Matches: 445, Mismatches: 69, Indels: 59
0.78 0.12 0.10
Matches are distributed among these distances:
168 31 0.07
169 36 0.08
170 3 0.01
171 7 0.02
172 61 0.14
173 3 0.01
174 41 0.09
175 21 0.05
176 6 0.01
177 33 0.07
178 29 0.07
179 1 0.00
180 26 0.06
181 133 0.30
182 13 0.03
183 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.07, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (176 bp):
ATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGCTACAAAATAGATTTATTT
TTAAATTTTCTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGC
TTGTATGAATAGAAACAATTGTTTATGACAAACAATAGTCATAACG
Found at i:21847 original size:182 final size:183
Alignment explanation
Indices: 21451--22930 Score: 822
Period size: 182 Copynumber: 8.1 Consensus size: 183
21441 AAGCTAAATC
* * ** ** *
21451 TTCAAAATATTAATATATTAGTATTATTTTATTC-T-AATAATTTTGCATGAAGTAGAAATAATT
1 TTCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTTGAATAAGCTTATATGAA-TAGAAACAATT
* * ** * *** * * * * * *
21514 G-TTTTATGACAAAATAGGAGGTCATAGTGATTTGAACTAGATAATTGTTCGAATGGACATGACT
65 GATTTTATAACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACT
* * * ** *
21578 ATTTGAACTTG-TTC-GTCCAAACATATTTAGTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATT
130 ATTTGAACTTGATCCAGT--AAATAGATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT
* * * * * *
21633 TTCAAAATATTTATAAATCAATATTATTTTATTCTTGAGTAAACTTATATGAATAGAAACAATT-
1 TTCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTTGAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTG
* * * * *
21697 ATTTTATAACAAAACAAAAGATAAT-ACTATTTGAAATAAAATAATTATTCAAACAGTGATAACT
66 ATTTTATAACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAAT-AGATAATTATTCAAATAGTCATAACT
* * *
21761 ATTTAAACTTGCTCCAGTAAATAGATTTATTTTTAAATCTTTTACTTATTTATT
130 ATTTGAACTTGATCCAGTAAATAGATTTATTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT
** ** * * *
21815 TTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAAATATGCTTGTATGGAATCA-AAATAAT
1 TTCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTTGAATAAGCTTATAT-GAAT-AGAAACAAT
* * *
21878 TGA--TTATGACAAAACAAAATATCATAACTATTTTGAAATAGATAATTATTCAAATTA-TCATA
64 TGATTTTATAACAAAACAAAAGATCATAAC-AATTTGAAATAGATAATTATTCAAA-TAGTCATA
* ** *
21940 ACTATTTGAA-TGTG-TTCAAAAAATAGATTTATTTTTAAA-ATTTTACTTATTAA-T
127 ACTATTTGAACT-TGATCCAGTAAATAGATTTATTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT
* * * *
21994 TTCATAATATTAATAAATT--TATATATTTTATTC-AG-A-AACCTTTTATGAATAGAAACAATT
1 TTCAGAATATTAATAAATTAGTAT-TATTTTATTCTTGAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATT
* * * *
22054 -ATTTTATGATA-AAAACTAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCGAATAGTAATAA
65 GATTTTAT-A-ACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAA
* * ** * * *
22117 CTATTTGAACTTGAT-CGGAAAATAGAATCAATTTTAAAATCTCTTACTCATTAATT
128 CTATTTGAACTTGATCCAGTAAATAG-ATTTATTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT
* *
22173 TTCAGAATATTAAT-AATTAGTATTATTTTTATT-TTGAATAAGCCTATATGAACT-GATACAAT
1 TTCAGAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTCTTGAATAAGCTTATATGAA-TAGAAACAAT
* * ** * * * * * *
22235 TGTTTTTATTATGAAACATAAG-TCAACAACGATTTGAAATGGATAATTATTCAAATAGTTATGC
64 TGATTTTATAACAAAACAAAAGATC-ATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT-A
* * * * * *
22299 GCTATTTGAAGCTTGTTCGA-TAAACATATTTATTTTTAAAATCTTTT-CTTATTAATA
127 ACTATTTGAA-CTTGATCCAGTAAATAGATTTATTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATT
* * * * * * *
22356 GTCAAAATATTAATAAATTAATATTAATTTAATC-TGAATAAGCTTGTAT-AAGCA-AAACAATT
1 TTCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTTGAATAAGCTTATATGAA-TAGAAACAATT
* * * * * * *
22418 GTTTTTATGACAAAACAAAAAGGTCATAAGAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAGC
65 GATTTTATAACAAAAC-AAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAC
* * * * *
22483 TATTTGAACTT-ATTCGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTTTTATTTATTAGTCAT
129 TATTTGAACTTGATCCAGTAAATAGATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAAT--T
* * * * *
22540 TT--GAATATTAATAAATTTGTAATATTTTA--ATTGAAATAGGCTTGTATGAATAGAAA-AA-T
1 TTCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTTG-AATAAGCTTATATGAATAGAAACAATT
* * * * * * * **
22599 -AATTAATGACAAAAAAAAAG-TTATAGCGA-TTGAAATAGGGAATTATTCAAATAGTCATAACT
65 GATTTTATAACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACT
** * * * * **
22661 ATTACAACTT-ATTC-GATAAACAGATTCAATTTTTAACTCACTTA-TTATTAATT
130 ATTTGAACTTGATCCAG-TAAATAGATT-TATTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT
**
22714 TTTTGAATATTAATAAATTAGAAAAATTAAAAATTAGAGTTATGTTATT-TTGAATAAGCTTATA
1 TTCAGAATATTAATAAATTAG------T----ATT--A--T-T-TTATTCTTGAATAAGCTTATA
* * * * * * *
22778 -CAAAAGAAACAATTG-TTTT-TAATAAAAC-AAAGGTCATAATAATTTGCAATAAATAATGT-T
50 TGAATAGAAACAATTGATTTTATAACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAAT-TAT
* * * ** * ** *
22838 TCAAATAGTCATAACAATTTGTA-TTG-TCAAGCCAA-AGATTCAATTTTTAAATCCGTTATTTA
114 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGATCCAGTAAATAGATT-TATTTTTAAATCTTTTACTTA
22900 TTAATT
178 TTAATT
*
22906 TT-AGAATATTAATAAATTAGCATTA
1 TTCAGAATATTAATAAATTAGTATTA
22931 ATTTGTTCCA
Statistics
Matches: 1002, Mismatches: 211, Indels: 173
0.72 0.15 0.12
Matches are distributed among these distances:
174 5 0.00
175 13 0.01
176 82 0.08
177 91 0.09
178 31 0.03
179 39 0.04
180 35 0.03
181 84 0.08
182 267 0.27
183 177 0.18
184 43 0.04
185 2 0.00
186 2 0.00
188 1 0.00
190 1 0.00
191 49 0.05
192 42 0.04
193 37 0.04
194 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (183 bp):
TTCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTTGAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTG
ATTTTATAACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTA
TTTGAACTTGATCCAGTAAATAGATTTATTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT
Found at i:22282 original size:358 final size:360
Alignment explanation
Indices: 21544--22493 Score: 865
Period size: 358 Copynumber: 2.6 Consensus size: 360
21534 GTCATAGTGA
* * * * * *** *
21544 TTTGAACTAGATAATTGTTCGAATGGACATG-ACTATTTGAA-CTTGTTCGTCCAAACATATTTA
1 TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGAACTATTTGAAGC-TGTTC-AAAAAACAGATTTA
* * * *
21607 GTTTTT-AAATCTCCTACCTATTAATTTTCAAAATATTTATAAATCAATATTATTTTATTCTTGA
64 -TTTTTAAAATCT-TTACTTATTAA-TTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTC---A
* * * *
21671 GTAAACTTATATGAATAGAAACAATTATTTTAT-AACAAAACAAAAGATAAT-ACTATTTGAAAT
123 GAAAACTTATATGAATAGAAACAATTATTTTATGAA-AAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAAT
* * * * * ** *
21734 AAAATAATTATTCAAACAGTGATAACTATTTAAACTTGCTCCAGTAAATAGATTTATTTTTAAAT
187 -AAATAATTATTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTTGATCCAGAAAATAGATCAATTTTAAAAT
* * * ** * * *
21799 CTTTTACTTATTTATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATATGCTTGTAT
251 CTCTTACTCATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCCTATAT
* *
21864 GGAATCAAAATAATTGATTATGACAAAACAAAATATCATAACTAT
316 GGAATCAAAATAATTGATTATGACAAAACAAAATATCACAACGAT
*
21909 TTTGAAATAGATAATTATTCAAATTA-TCAT-AACTATTTGAATG-TGTTCAAAAAATAGATTTA
1 TTTGAAATAGATAATTATTCAAA-TAGTCATGAACTATTTGAA-GCTGTTCAAAAAACAGATTTA
* * *
21971 TTTTTAAAAT-TTTACTTATTAATTTCATAATATTAATAAATTTATA-TATTTTATTCAGAAACC
64 TTTTTAAAATCTTTACTTATTAATTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCAGAAAAC
* * *
22034 TTTTATGAATAGAAACAATTATTTTATGATAAAAACTAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAA
129 TTATATGAATAGAAACAATTATTTTATGA-AAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAA
* *
22099 TTATTCGAATAGTAATAACTATTTGAACTTGAT-CGGAAAATAGAATCAATTTTAAAATCTCTTA
193 TTATTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTTGATCCAGAAAATAG-ATCAATTTTAAAATCTCTTA
**
22163 CTCATTAATTTTCAGAATATTAAT-AATTAGTATTATTTTTATTTTGAATAAGCCTATAT-GAA-
257 CTCATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTCAAATAAGCCTATATGGAAT
* * * * * ** * *
22225 CTGATACAATTGTTTTTATTATGAAACATAA-GTCAACAACGA-
321 C-AAAATAATTG--ATTATGACAAAACAAAATATC-ACAACGAT
* * ** * * *
22267 TTTGAAATGGATAATTATTCAAATAGTTATGCGCTATTTGAAGCTTGTTCGATAAACATATTTAT
1 TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGAACTATTTGAAGC-TGTTCAAAAAACAGATTTAT
* * * * *
22332 TTTTAAAATCTTTTCTTATTAATAGTCAAAATATTAATAAATTAATATTAATTTAATCTGAATAA
65 TTTTAAAATCTTTACTTATTAAT-TTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCAGAA-AA
* * * * *
22397 GCTTGTAT-AAGCA-AAACAATTGTTTTTATGACAAAACAAAAAGGTCATAAGAATTTGAAATAA
128 -CTTATATGAA-TAGAAACAATT-ATTTTATGAAAAAAC-AAAAGGTCATAACAATTTGAAATAA
* * *
22460 ATAATTGTTCAAATAGTCATAGCTATTTGAACTT
189 ATAATTATTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTT
22494 ATTCGGTAAA
Statistics
Matches: 477, Mismatches: 82, Indels: 52
0.78 0.13 0.09
Matches are distributed among these distances:
356 1 0.00
357 62 0.13
358 128 0.27
359 38 0.08
360 35 0.07
361 32 0.07
362 29 0.06
363 17 0.04
364 29 0.06
365 105 0.22
366 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (360 bp):
TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGAACTATTTGAAGCTGTTCAAAAAACAGATTTATT
TTTAAAATCTTTACTTATTAATTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCAGAAAACTT
ATATGAATAGAAACAATTATTTTATGAAAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTA
TTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTTGATCCAGAAAATAGATCAATTTTAAAATCTCTTACTCA
TTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCCTATATGGAATCAAAA
TAATTGATTATGACAAAACAAAATATCACAACGAT
Found at i:22371 original size:183 final size:181
Alignment explanation
Indices: 21909--22526 Score: 437
Period size: 183 Copynumber: 3.4 Consensus size: 181
21899 TCATAACTAT
* * * * * * *
21909 TTTGAAATAGATAATTATTCAAATTA-TCATAACTATTTGAA-TGTGTTCAAAAAATAGATTTAT
1 TTTGAAATAAATAATTATTCAAA-TAGTCATAGCTATTTGAACT-TATTCGATAAACAAATTTAT
* * * * * * * *
21972 TTTTAAAAT-TTTACTTATTAAT-TTCATAATATTAATAAATTTATA-TATTTTATTCAG-A-AA
64 TTTTAAAATCTTTTCTCATTAATAGTCAAAATATTAATAAATTAATATTAATTTAATCTGAATAA
* * * * * * *
22032 -CCTTTTATGAA-TAGAAACAATT-ATTTTATGATAAAA-ACTAAAGGTCATAACAA
129 GCC-TATAT-AAGCA-AAACAATTGTTTTTATGACAAAACA-AAAAGGTCACAAGAA
* * * * * *
22085 TTTGAAATAGATAATTATTCGAATAGTAATAACTATTTGAACTTGA-TCGGA-AAATAGAA-TCA
1 TTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAGCTATTTGAACTT-ATTC-GATAAACA-AATTTA
* * ** * * * * *
22147 ATTTTAAAATCTCTTACTCATTAATTTTCAGAATATTAAT-AATTAGTATTATTTTTATTTTGAA
63 TTTTTAAAATCT-TTTCTCATTAATAGTCAAAATATTAATAAATTAATATTA-ATTTAATCTGAA
* * * ** *
22211 TAAGCCTATATGAA-CTGATACAATTGTTTTTATTATGAAAC-ATAA-GTCAACAACG-A
126 TAAGCCTATAT-AAGC-AAAACAATTGTTTTTATGACAAAACAAAAAGGTC-ACAA-GAA
** * * * *
22267 TTTGAAATGGATAATTATTCAAATAGTTATGCGCTATTTGAAGCTTGTTCGATAAACATATTTAT
1 TTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCAT-AGCTATTTGAA-CTTATTCGATAAACAAATTTAT
*
22332 TTTTAAAATCTTTTCTTATTAATAGTCAAAATATTAATAAATTAATATTAATTTAATCTGAATAA
64 TTTTAAAATCTTTTCTCATTAATAGTCAAAATATTAATAAATTAATATTAATTTAATCTGAATAA
* * *
22397 GCTTGTATAAGCAAAACAATTGTTTTTATGACAAAACAAAAAGGTCATAAGAA
129 GCCTATATAAGCAAAACAATTGTTTTTATGACAAAACAAAAAGGTCACAAGAA
* * *
22450 TTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAGCTATTTGAACTTATTCGGTAAATAAATTTATTT
1 TTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAGCTATTTGAACTTATTCGATAAACAAATTTATTT
*
22515 TTTAAATCTTTT
66 TTAAAATCTTTT
22527 ATTTATTAGT
Statistics
Matches: 352, Mismatches: 62, Indels: 51
0.76 0.13 0.11
Matches are distributed among these distances:
175 2 0.01
176 55 0.16
177 4 0.01
178 17 0.05
179 15 0.04
180 8 0.02
181 35 0.10
182 82 0.23
183 99 0.28
184 35 0.10
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
TTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAGCTATTTGAACTTATTCGATAAACAAATTTATTT
TTAAAATCTTTTCTCATTAATAGTCAAAATATTAATAAATTAATATTAATTTAATCTGAATAAGC
CTATATAAGCAAAACAATTGTTTTTATGACAAAACAAAAAGGTCACAAGAA
Done.