Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019167877.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_145, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
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ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Warning! 1000 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:2017 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 1527--3260 Score: 716
Period size: 181 Copynumber: 9.8 Consensus size: 180
1517 TAGTTAAAGT
* * ** * * * * *
1527 TATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTTTTTACCTTTTGTTTAGTCATAAAATATTTGTTTC
1 TATTTGAACAATTATCTATTGAAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAATAATTGTTTC
* * * * * *
1592 A-TAT-ATTACAAACTTATTCAGAATAAAATAATCCAAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAA
65 AGT-TCA-TACAAGCTTATTCAAAATAAAAT-ATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAA
* * * *
1655 GCTAAAGGTTTGAAAAAATAAATCTATTTACTGAATAAGTTTAAATAGCTATGAC
127 G-TAAAGGTTTAAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAATTCAAATAGCTATGAC
* * ** *
1710 TATTTGAACAATTATTTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTAATATAAAACAATTGTTTTC
1 TATTTGAACAATTATCTATTGAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAATAATTG-TTTC
* * * *
1775 AGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAGTACTAATTTCTTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
65 AGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATA-TACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGT
* * * *
1840 -AAGAGTTTAAAAAAATAATTTTTTTTACCT-AACAAATTCAAATAGTTATGAC
129 AAAG-GTTTAAAAAAATAAATCTATTTA-CTGAACAAATTCAAATAGCTATGAC
* **
1892 TATTTGAACAATTGTCTATTGAAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAATAATTGTTTCA
1 TATTTGAACAATTATCTATTGAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAATAATTGTTTCA
1957 GTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATGATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGT-
66 GTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAAT-ATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTA
* * * * * * ** *
2021 --GATTT-AAAAAGTGAATTTGTTTACT-ATATC-AATTTAAATAATTATGGC
130 AAGGTTTAAAAAAATAAATCTATTTACTGA-A-CAAATTCAAATAGCTATGAC
* * * * *** * * * * *
2069 CATTTCAATAATTATGTATTTCGAATCATTATTACCTTTTGTTTGGTTTTATAACAATTGTTT-A
1 TATTTGAACAATTATCTATTGAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAATAATTGTTTCA
* * *** * *
2133 TGGTCATACAA-TTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAAT-A--
66 -GTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAAT-ATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGT
* * * * **
2194 AAA----T------AT--GT-T-TAT--TGAACCAATTTAAATAATTATGAC
129 AAAGGTTTAAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAATTCAAATAGCTATGAC
* * * * * * * * * *
2230 TATTTAAATAATTGTATACTT-CAAATAATTATAACCTTTTGTTCTGTGAT-AAA-AATTATTTC
1 TATTTGAACAATTATCTA-TTGAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAATAATTGTTTC
** * * *** *
2292 TA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATATAATAATATT-TTGAAATTAATAAC
65 -AGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAAT-ATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG
* * * * * * * * ** *
2355 TAAGAGATTT-AAAAAATAAATTTGTTT-GTTAACTAGTTCTAATAATTAAGAC
128 TAA-AGGTTTAAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAATTCAAATAGCTATGAC
* * * *
2407 TATATT-AATAATTATCTATT-----TCAATT-TG--TTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTT
1 TAT-TTGAACAATTATCTATTGAAAATC-ATTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAATAATTGTTT
* * * * * * * * *
2462 TAATTCATACTAGCTTATTCAGAAT-AAATAAAATAAATTTATTAATATTTCAAAATTTAATATG
64 CAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATATACT-AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG
* * * * ** * **
2526 TAAGAGATTTTAAAAAATAATTTTGGTTACCT-AATC-AGTTCAAATAATTATGAC
128 TAA-AGGTTTAAAAAAATAAATCTATTTA-CTGAA-CAAATTCAAATAGCTATGAC
** * ** *
2580 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCCATTATGA-CTTTTATTTCATTAAATAAAT-ATT-TTT
1 TATTTGAACAATTATCTATTGAAAAT-CATTATGACCTTTTGTTTTGTTATA-AAATAATTGTTT
* * * * * * *
2642 --GTTTAT-TAAGTTTGTTCCGAATAA-AAAAAATACTAATGCTATTAATATTTC-AAAATTAAT
64 CAGTTCATACAAGCTTATT-C-AA-AATAAAATATACTAAT-TTATTAATATTCCAAAAATTAAT
* * * *
2702 AAG---AGATTT-AGAAAATAAATCTATTTAC-CAA-AACAGTTCAAATAGTTTATGGAC
125 AAGTAAAGGTTTAAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAA-A-TTCAAATAG-CTAT-GAC
* * ** * * *
2756 TA-TTGAGCAATTATTTATTTCAAATTATTATGA--TTTT-TTTCGATTATAAAATAATAGTTTC
1 TATTTGAACAATTATCTATTGAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG-TTATAAAATAATTGTTTC
* * * * *
2817 TA-TTCACACAA-CTTATTCAAATTAAAATAATAGTAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAG
65 -AGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAAT-ATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG
** ** * * * * * *
2880 TAAAAATTTTCAAAAGTAAATATGTTTTATTGAACTAGA-TCAAATA-ATCATGAC
128 TAAAGGTTTAAAAAAATAAATCT-ATTTACTGAAC-AAATTCAAATAGCT-ATGAC
* * * * * * *
2934 TATTTGAATAAATATCTATTTG-AAAT-GTTATAACCTTTGGTTTTGTCATAAAA-AATTATTTC
1 TATTTGAACAATTATCTA-TTGAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAATAATTGTTTC
* * * *
2996 AGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAGTACTAAGTTATTAATATTTCAAAAATTAATAATT
65 AGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATA-TACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGT
* * * * * ** *
3061 AAAAGATTT-AAAAAATGAATATATTTACTGAACAAGTTTAAATAATTGTGAC
129 -AAAGGTTTAAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAATTCAAATAGCTATGAC
* * ** * * * * *
3113 TATTTTAATAATTATCTATTTG-AAATTGTTATAACCTTTTGTTTTCTCATAAAATGATTTTTTC
1 TATTTGAACAATTATCTA-TTGAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAATAATTGTTTC
* * * * *
3177 TGTTCATACAAGCTTTTTTC-TAATAAAATAATACAAATTTATTAATATT--AAGACGATTAATA
65 AGTTCATACAAGC-TTATTCAAAATAAAAT-ATACTAATTTATTAATATTCCAA-A-AATTAATA
*
3239 AGTAAAAGATTT-AAAAAATAAA
126 AGT-AAAGGTTTAAAAAAATAAA
3261 CAATTGGTTC
Statistics
Matches: 1213, Mismatches: 233, Indels: 212
0.73 0.14 0.13
Matches are distributed among these distances:
159 23 0.02
160 36 0.03
161 56 0.05
162 5 0.00
163 3 0.00
164 1 0.00
165 1 0.00
167 2 0.00
169 3 0.00
170 29 0.02
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175 52 0.04
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184 2 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
TATTTGAACAATTATCTATTGAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAATAATTGTTTCA
GTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA
AGGTTTAAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAATTCAAATAGCTATGAC
Found at i:2188 original size:176 final size:180
Alignment explanation
Indices: 1536--2194 Score: 548
Period size: 182 Copynumber: 3.7 Consensus size: 180
1526 TTATTAGAAT
** * * * * * * **
1536 AATTATCTATTTCAAATCATTTTTTACCTTTTGTTTAGTCATAAAATATTTGTTTCATAT-ATTA
1 AATTATCTATTGAAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTGGTTATAAAACAATTGTTTCAGGTCA-TA
* * * * * *
1600 CAAACTTATTCAGAATAAAATAATCCAAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGCTAAAGGT
64 CAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAG-TAGA-GT
* * * * * * * ** * *
1664 TTGAAAAAATAAATCTATTTA-CTGAATAAGTTTAAATAGCTATGACTATTTGAAC
126 TTAAAAAAATAATTTTGTTTACCT-AACAAATTCAAATAATTATGACCATTTCAAC
* * *** * *
1719 AATTATTTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTAATATAAAACAATTGTTTTCAGTTCATAA
1 AATTATCTATTGAAAATCATTATGACCTTTTGTTTGGTTATAAAACAATTG-TTTCAGGTCATAC
* * *
1784 AAGCTTATCCAAAATAAAATAGTACTAATTTCTTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGTTTA
65 AAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-AGAGTTTA
* * * *
1849 AAAAAATAATTTTTTTTACCTAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
129 AAAAAATAATTTTGTTTACCTAACAAATTCAAATAATTATGACCATTTCAAC
* ** * * *
1901 AATTGTCTATTGAAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACA
1 AATTATCTATTGAAAATCATTATGACCTTTTGTTTGGTTATAAAACAATTGTTTCAGGTCATACA
* *
1966 AGCTTATTCAAAATAAAATGATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGT-GA-TTT-AA
66 AGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGAGTTTAAA
* * * *
2028 AAAGTGAA-TTTGTTTA-CTATATC-AATTTAAATAATTATGGCCATTTCAAT
131 AAAAT-AATTTTGTTTACCTA-A-CAAATTCAAATAATTATGACCATTTCAAC
* *** * * *
2078 AATTATGTATTTCGAATCATTATTACCTTTTGTTTGGTTTTATAACAATTGTTT-ATGGTCATAC
1 AATTATCTATTGAAAATCATTATGACCTTTTGTTTGGTTATAAAACAATTGTTTCA-GGTCATAC
* *** *
2142 AA-TTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAA
65 AAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
2195 AATATGTTTA
Statistics
Matches: 395, Mismatches: 72, Indels: 25
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
176 48 0.12
177 86 0.22
178 6 0.02
179 2 0.01
181 63 0.16
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183 72 0.18
184 4 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
AATTATCTATTGAAAATCATTATGACCTTTTGTTTGGTTATAAAACAATTGTTTCAGGTCATACA
AGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGAGTTTAAA
AAAATAATTTTGTTTACCTAACAAATTCAAATAATTATGACCATTTCAAC
Found at i:3025 original size:180 final size:182
Alignment explanation
Indices: 2217--3260 Score: 580
Period size: 180 Copynumber: 5.9 Consensus size: 182
2207 GAACCAATTT
* * * * * * * ** * * * *
2217 AAATAATTATGACTATTTAAATAATTGTATACTTCAAATAATTATAACCTTTTGTTCTGTGAT-A
1 AAATAATCATGACTATTTGAATAAATATCTATTTGAAATTGTTATAACCTTTGGTTTTCTCATAA
** * * **
2281 AA-AATTATTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATATAATAATATTTTG
66 AATAATTATTTC-AGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA
* * * * * * * *
2344 A-AATTAATAACTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATTTGTTT-GTTAACTAGTTC
130 ACAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAAATAAATATATTTACTGAACAAGATC
* * * * * * *
2394 TAATAATTAAGACTATATT-AATAATTATCTATTTCAATTTG-T-T----TTT-GTTTTGTCATA
1 AAATAATCATGACTAT-TTGAATAAATATCTATTTGAAATTGTTATAACCTTTGGTTTTCTCATA
* * * * * *
2451 AAACAATT-TTTTAATTCATACTAGCTTATTCAGAAT-AAATAA-AATAAATTTATTAATATTTC
65 AAATAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTC
* * * * ** *
2513 AA-AATTTAATATGTAAGAGATTTTAAAAAATAATTTTGGTTACCT-AATC-AGTTC
129 AACAA-TTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAAATAAATATATTTA-CTGAA-CAAGATC
* * * * ** * * *
2567 AAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCCATTATGA-CTTT--TATT-TCATT
1 AAATAATCATGACTATTTGAATAAATATCTATTTGAAAT-TGTTATAACCTTTGGTTTTCTCATA
* ** * * * * ** * *
2628 AAATAAATATTTTTGTTTAT-TAAGTTTGTTCCGAATAAAAAAAATACTAATGCTATTAATATTT
65 AAATAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAAT-AAAATAATACTAAT-TTATTAATATTT
* * * * *
2692 CAA-AATTAATAAG----AGA-TTTAGAAAATAAATCTATTTAC-CAAAACAGTTC
128 CAACAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAAATAAATATATTTACTGAACA-AGATC
* * ** * * * * * *
2741 AAATAGTTTATGGACTA-TTGAGCAATTATTTATTTCAAATTATTATGA--TTT--TTTTCGATT
1 AAATA-ATCAT-GACTATTTGAATAAATATCTATTTGAAATTGTTATAACCTTTGGTTTTC--TC
* * *
2801 ATAAAATAA-TAGTTTCTA-TTCACACAA-CTTATTCAAATTAAAATAATAGTAATTTATTAATA
62 ATAAAATAATTA-TTTC-AGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * *
2863 TTTCAACAATTAATAAGTAAAA-ATTTTCAAAAGTAAATATGTTTTATTGAACTAGATC
125 TTTCAACAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAAATAAATAT-ATTTACTGAACAAGATC
*
2921 AAATAATCATGACTATTTGAATAAATATCTATTTGAAA-TGTTATAACCTTTGGTTTTGTCATAA
1 AAATAATCATGACTATTTGAATAAATATCTATTTGAAATTGTTATAACCTTTGGTTTTCTCATAA
* * *
2985 AA-AATTATTTCAGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAGTACTAAGTTATTAATATTTCAA
66 AATAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA
* * * * *
3049 AAATTAATAATTAAAAGA-TTTAAAAAATGAATATATTTACTGAACAAGTTT
131 CAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAAATAAATATATTTACTGAACAAGATC
** * * *
3100 AAATAATTGTGACTATTTTAATAATTATCTATTTGAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTCTCATAA
1 AAATAATCATGACTATTTGAATAAATATCTATTTGAAATTGTTATAACCTTTGGTTTTCTCATAA
* * * * * * *
3165 AATGATTTTTTCTGTTCATACAAGCTTTTTTC-TAATAAAATAATACAAATTTATTAATA-TTAA
66 AATAATTATTTCAGTTCATACAAGC-TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA
*
3228 GACGATTAATAAGTAAAAGA-TTTAAAAAATAAA
130 -ACAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAAATAAA
3261 CAATTGGTTC
Statistics
Matches: 683, Mismatches: 130, Indels: 104
0.74 0.14 0.11
Matches are distributed among these distances:
169 2 0.00
170 31 0.05
171 40 0.06
172 24 0.04
173 48 0.07
174 49 0.07
175 54 0.08
176 29 0.04
177 53 0.08
178 26 0.04
179 110 0.16
180 136 0.20
181 72 0.11
182 9 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.07, T:0.42
Consensus pattern (182 bp):
AAATAATCATGACTATTTGAATAAATATCTATTTGAAATTGTTATAACCTTTGGTTTTCTCATAA
AATAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA
CAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAAATAAATATATTTACTGAACAAGATC
Found at i:3183 original size:21 final size:20
Alignment explanation
Indices: 3159--3197 Score: 51
Period size: 20 Copynumber: 1.9 Consensus size: 20
3149 TTTTGTTTTC
3159 TCATAAAATGATTTTTTCTGT
1 TCATAAAA-GATTTTTTCTGT
* *
3180 TCATACAAGCTTTTTTCT
1 TCATAAAAGATTTTTTCT
3198 AATAAAATAA
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 2, Indels: 1
0.84 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
20 9 0.56
21 7 0.44
ACGTcount: A:0.26, C:0.15, G:0.08, T:0.51
Consensus pattern (20 bp):
TCATAAAAGATTTTTTCTGT
Found at i:3334 original size:93 final size:93
Alignment explanation
Indices: 3174--3351 Score: 254
Period size: 93 Copynumber: 1.9 Consensus size: 93
3164 AAATGATTTT
* * *
3174 TTCTGTTCATACAAGCTTTTTTCTAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTAAGACGATTAATA
1 TTCTGTTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTAAGACAATTAATA
3239 AGTAAAAGATTTAAAAAATAAACAATTGG
66 AGTAAAA-ATTTAAAAAATAAACAATTGG
* *
3268 TTCTGTTCATGCAAGCTTATTTCAAAT-AAATAATATAAATTTATTAATATTTCAA-A-AATTAA
1 TTCTGTTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACAAATTTATTAATA-TT-AAGACAATTAA
*
3330 TAAGTAAAAATTTAAACAATAA
64 TAAGTAAAAATTTAAAAAATAA
3352 GTATGTTTTT
Statistics
Matches: 76, Mismatches: 6, Indels: 6
0.86 0.07 0.07
Matches are distributed among these distances:
92 12 0.16
93 35 0.46
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95 2 0.03
ACGTcount: A:0.48, C:0.08, G:0.07, T:0.37
Consensus pattern (93 bp):
TTCTGTTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTAAGACAATTAATA
AGTAAAAATTTAAAAAATAAACAATTGG
Found at i:3569 original size:180 final size:179
Alignment explanation
Indices: 3256--5734 Score: 1431
Period size: 181 Copynumber: 13.9 Consensus size: 179
3246 GATTTAAAAA
* *
3256 ATAAA-CAATTGGTTCTGTTCAT-GCAAGCTTATTTCA-AAT-AAATAATA-TAAATTTATTAAT
1 ATAAATCAATTGTTTCTGTTCATAAC-AGCTTA-TTCAGAATAAAATAATACT-AATTTATTAAT
* * * * *** * *
3316 ATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAACAATAAGTATGTTTTTTGAACACGGTCAAATAGT
63 ATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTG-TTTACCAACAAGTTCAAATAGT
*
3380 TATGACTATTTGAACAATTATCTACTTCAAATTC-TTATATCCTTTTGTTTTGTC
127 TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCATTATA-CCTTTTGTTTTGTC
* * **
3434 ATAAATCAATTGTTTCTGTTCATAACAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTCTTAAAAGA
1 ATAAATCAATTGTTTCTGTTCATAACAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * ** *
3499 CCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCTAGGAGTTTAAATAGTTATG
66 TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * ** **
3564 ACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGATATTTTGTTTTGTC
131 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT-ACCTTTTGTTTTGTC
* * * *** * * *
3614 ATAAAACAGTTCTTTCCAATAATACAAAG-TTATT-TGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
1 ATAAATCAATTGTTTCTGTTCATA-ACAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATA
** * * *
3677 -TTCTAAAAATTAATAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTCACAAAACAAGTTCAAATGGT
64 TTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTAC-CAACAAGTTCAAATAGT
* * * *
3741 CAT-ATCCATTTGAACTATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACAC-TTTGTTTTATC
127 TATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTAT-AC-CTTTTGTTTTGTC
* * * *
3795 ATCAAA-CAATTGTTTCTATTCATACAAAAC-TATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
1 AT-AAATCAATTGTTTCTGTTCATA-ACAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * *
3858 TTTC-AAAA-T--TAA-TAAGACATTTAAAAACA-AAATCTATTTATCGAACAAATTCAAATAGT
64 TTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA-ATAAATTTGTTTA-CCAACAAGTTCAAATAGT
* * * * ** *
3917 TATGAGTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATTATTATGATC-TTCATTTGGTC
127 TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT-ACCTTTTGTTTTGTC
* * * * * * * * *
3970 ATAAAACAATTGTTTCTATTCA-CACTAGCTTATTCGGAGTAAAATATTGCTAAATTAATAATA-
1 ATAAATCAATTGTTTCTGTTCATAAC-AGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* *
4033 TTCTAAAAA-T--T-AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGCTTATA-GAATC-AGTTCAAATAG
65 TTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTG-TT-TACCAA-CAAGTTCAAATAG
* * * * * *
4092 TTAAGACTATTAGATCAATTATCTATTTCAAACCATTCTAACCTTTTGTTTAGTC
126 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT-ACCTTTTGTTTTGTC
* * * *
4147 ATAAAAT-AATT-TTTTTAGCTCAT-ACATGCTTATT-TGAAATAAAATGATACTAATTTATTAA
1 AT-AAATCAATTGTTTCT-GTTCATAACA-GCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * * * * * * *
4208 CATGT-AGAACATCAA-AAGACAAGAAATTTTAAAAGATAAATCTATTTACCAAACAAGTTTAAA
62 TATTTCA-AAAATTAATAAG-TAAGAGA-TTTAAAAAATAAATTTGTTTACC-AACAAGTTCAAA
* * * * ** * * * *
4271 TATTTAT-AATGATTTAAAGAATTATCTATTGAAAATAAATATAACCTTTTGCTTTATC
123 TAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT-ACCTTTTGTTTTGTC
* * * * * * *
4329 ATAAAACAATTGTTTCAGTTTGAAAAC-GCTTATTC-GAGATAAAATAATATTATTTTATTAAAA
1 ATAAATCAATTGTTTCTG-TTCATAACAGCTTATTCAGA-ATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * * * ** * * *
4392 TTTCAAAAATTGATGAGTTAGATATTTAAAAATTAAGTCAGTTTATCAA-ATTGATTCAAATAAT
64 TTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAACA-AG-TTCAAATAGT
* * * * * *
4456 TGTAACCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTCTTTTGTC
127 TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT-ACCTTTTGTTTTGTC
* * * * *
4510 ATAAAACAATTGTTT-TTTATCATATA-AGCCTATTCGGGATAAAATAATACTAATTTATTAATA
1 ATAAATCAATTGTTTCTGT-TCATA-ACAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * *
4573 TTTCAAAAATTAATAAATAGGAGATTTAAAAAATAAATTCGTTTA-CTA-AA--TC----AGTT-
64 TTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAACAAGTTCAAATAGTTA
* * * * * *
4629 T--CTATTTTAACAATTATCTATTTCAATTGC--TATAACTATTGTTATGTT
129 TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-CATTATACCTTTTGTTTTGTC
* * * *
4677 ATAAAAT-AA-TGTTT-TAGTTTATATA-AGCATATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAAT
1 AT-AAATCAATTGTTTCT-GTTCATA-ACAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * ** * * *
4738 A-TTCTAAAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCTGAAGTAGTTCTAACAA
63 ATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTAC-CAACAAGTTCAAATAG
* * * *
4802 TTAAGACTATATGAACAATTATCTGTTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
126 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT-ACCTTTTGTTTTGTC
* * * *
4857 ATAGAA-CAATCGTTTCAGTTCGT-ACAAGCTTATTC-GAAATAAAATAAAACTAATTTATTAAT
1 ATA-AATCAATTGTTTCTGTTCATAAC-AGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* ** * * * * * *
4919 ATTTCAAAATTTAATAAGTAAGTTATTTAAAAAGTGAATTTGTTTGTCGAATCTA-TTCAAATAA
63 ATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTT-ACCAA-CAAGTTCAAATAG
* * * * * * * **
4983 TTATGGCCATGTCAATAATAATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTTGCTTCATC
126 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA-TACCTTTTGTTTTGTC
* * * *
5038 ATATAA-CAA-T-TTTAT-TTCA-AAGTTCAATCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTACTA
1 ATA-AATCAATTGTTTCTGTTCATAA---C-AGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTA
* * *
5098 ATCTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAACTTAGTTCAAATA
61 ATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAC-AAGTTCAAATA
* ** * * * * *
5163 GTTTTGACTATTTGAACAATTATAAACTTGAAATCGTTATAACATTTTGTTTTGCC
125 GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT-ACCTTTTGTTTTGTC
* * * * ** * * * *
5219 ATAAAAT-AATTATTTTTATTCAT-ACAAGTTTATTTGGAATAAAATAACACTGATCTAATAATA
1 AT-AAATCAATTGTTTCTGTTCATAAC-AGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * * * * *
5282 TTCCAAAAATTAATAACTAAGAGAATTAAAAAA-AACTTTCTTTGTCGAACCAA-TTCAAATATT
64 TTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTT-ACCAA-CAAGTTCAAATAGT
* * *
5345 TAAGACTA-TAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
127 TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT-ACCTTTTGTTTTGTC
* * * ** *
5398 ATAAAAT-AAGTTTTTTTTGAATTCAT-ACTAGATTATTTGGAATAAAATAA-AATGAATTTATT
1 AT-AAATCAA-TTGTTTCTG--TTCATAAC-AGCTTATTCAGAATAAAATAATACT-AATTTATT
* * *
5460 AATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATTCGATTTACATAACTAGTTCAAA
60 AATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTG-TTTAC-CAACAAGTTCAAA
* * * * *
5524 TAATTATGACTAATTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATTAACTTTTGTTTTGTC
123 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA-TACCTTTTGTTTTGTC
* * * * * *
5582 ATAAAAT-AAATGTTTTTGTTCATATA-AGTTTGTTC-GAAATAAAGTAATACTAATATATTAAT
1 AT-AAATCAATTGTTTCTGTTCATA-ACAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * *
5644 ATTTCAAAAATTAATAAGT----GATTTAAAAATTAAATCTATTTATCAAACTAGTTCAAATAGT
63 ATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-CCAACAAGTTCAAATAGT
*
5705 TAT-ACATATTTGAACAATTATTTATTTCAA
127 TATGAC-TATTTGAACAATTATCTATTTCAA
5735 CATACAAGAT
Statistics
Matches: 1791, Mismatches: 381, Indels: 259
0.74 0.16 0.11
Matches are distributed among these distances:
165 3 0.00
166 80 0.04
167 16 0.01
168 7 0.00
169 24 0.01
170 1 0.00
171 3 0.00
172 3 0.00
173 1 0.00
174 8 0.00
175 57 0.03
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182 203 0.11
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184 56 0.03
185 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (179 bp):
ATAAATCAATTGTTTCTGTTCATAACAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAACAAGTTCAAATAGTTATG
ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATACCTTTTGTTTTGTC
Found at i:3691 original size:453 final size:454
Alignment explanation
Indices: 2828--3713 Score: 1087
Period size: 453 Copynumber: 2.0 Consensus size: 454
2818 ATTCACACAA
*
2828 CTTATTCAAATTAAAATAATAGTAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAATTTTCAA
1 CTTATTCAAATTAAAATAATAGTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTTCAA
* * * *
2893 AAGTAAATATGTTTTATTGAACTAGATCAAATAATCATGACTATTTGAATAAATATCTATTTGAA
66 AAATAAATATGTTTTATTGAACTAGATCAAATAATCATGACTATTTGAACAAATATCTACTTCAA
*
2958 ATGTTATAACCTTTGGTTTTGTCATAAAAAATTATTTCAGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAA
131 ATCTTATAACCTTTGGTTTTGTCATAAAAAATTATTTCAGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAA
* * *** * *
3023 ATAGTACTAAGTTATTAATATTTCAAAAATTAATAATTAAAAGATTTAAAAAATGAATATATTTA
196 ATAATACTAAGTTATTAAAAGACCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTA
* * * *
3088 CTGAACAAGTTTAAATAATTGTGACTATTTTAATAATTATCTATTTGAAATTGTTATAACCTTTT
261 CT-AACAAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACATTTT
* * *** * * *
3153 GTTTTCTCATAAAATGATTTTTTCTGTTCATACAAGCTTTTTTCTAATAAAATAATACAAATTTA
325 GTTTTCTCATAAAAAGATTCTTTCCAATAATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACAAATTTA
*
3218 TTAATATTAAGACGATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAACAATTGGTTCTGTTCATGCAAG
390 TTAATATTAAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAACAATTGGTTCTGTTCATGCAAG
3283 CTTATTTCAAA-T-AAATAATA-TAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAA-TTT-
1 CTTA-TTCAAATTAAAATAATAGT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTTC
* * * * *
3343 AAACAATAAGTATGTTTT-TTGAAC-ACGGTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTACT
64 AAA-AATAAATATGTTTTATTGAACTA-GATCAAATAATCATGACTATTTGAACAAATATCTACT
* * * * *
3406 TCAAATTCTTATATCCTTTTGTTTTGTCATAAATCAATTGTTTCTGTTCATA-ACAGCTTATTCA
127 TCAAA-TCTTATAACCTTTGGTTTTGTCATAAA-AAATTATTTCAGTTCATATA-AGCTTATTCA
* * *
3470 GAATAAAATAATACTAATTTCTTAAAAGACCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
189 AAATAAAATAATACTAAGTTATTAAAAGACCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
* * ** * * *
3535 TTGTTTACCT-AGGAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATG
254 ATATTTA-CTAACAAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATA
* * *
3599 ATATTTTGTTTTGTCATAAAACAG-TTCTTTCCAATAATACAAAG-TTATTTGAAATAAAATAAT
318 ACATTTTGTTTTCTCATAAAA-AGATTCTTTCCAATAATAC-AAGCTTATTTCAAATAAAATAAT
* ***
3662 ACTAATTTATTAATATTCTAA-A-AATTAATAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAA
381 ACAAATTTATTAATA-T-TAAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA
3714 TTTGTTCACA
Statistics
Matches: 366, Mismatches: 53, Indels: 26
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
451 1 0.00
452 44 0.12
453 172 0.47
454 133 0.36
455 10 0.03
456 6 0.02
ACGTcount: A:0.43, C:0.09, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (454 bp):
CTTATTCAAATTAAAATAATAGTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTTCAA
AAATAAATATGTTTTATTGAACTAGATCAAATAATCATGACTATTTGAACAAATATCTACTTCAA
ATCTTATAACCTTTGGTTTTGTCATAAAAAATTATTTCAGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAA
ATAATACTAAGTTATTAAAAGACCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTA
CTAACAAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACATTTTG
TTTTCTCATAAAAAGATTCTTTCCAATAATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACAAATTTAT
TAATATTAAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAACAATTGGTTCTGTTCATGCAAG
Found at i:4034 original size:175 final size:177
Alignment explanation
Indices: 3371--4123 Score: 428
Period size: 180 Copynumber: 4.2 Consensus size: 177
3361 TTGAACACGG
* * ** **
3371 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTACTTCAAATTCTTAT-ATC-CTTTTGTTTTG-T
1 TCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGA-CAC--TTCATTTGAT
* * * * * * ** *
3433 CATAAATCAATTGTTTCTGTTCATA-ACAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTCTTAAAA
63 CATAAAACAATTGTTTCTATTCACACAAAAC-TATTCAGAATAAAATAATACTAAATTAATAATA
** * * * ** *
3497 GACCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCTAGGAGT---T
127 TTCTAAAAATTAATAAG----ACATTTAAAAAATAAATATACTTA--TA-GAATCAAT
* * * * * * **
3552 T-AAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGATATTTTGTTTTG-TCA
1 TCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACA-CTTCATTTGATCA
* * * * * * ** * * *
3615 TAAAACAGTTCTTTCCAATAATACAAAGTTATT-TGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
65 TAAAACAATTGTTTCTATTCACACAAAACTATTCAG-AATAAAATAATACTAAATTAATAATATT
* ** * *
3679 CTAAAAATTAATAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAAT-TTGTTCACA-AAACAAGT
129 CTAAAAATTAATAA----GACATTTAAAAAATAAATATACTT-ATAGAATCAA-T
* * * * * ** *
3732 TCAAATGGTCATA-TCCATTTGAACTATTATCTATTTCAAATAGTTATGACACTTTGTTTTATCA
1 TCAAATAGTTA-AGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACACTTCATTTGATCA
* * * * *
3796 TCAAACAATTGTTTCTATTCATACAAAACTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-
65 TAAAACAATTGTTTCTATTCACACAAAACTATTCAGAATAAAATAATACTAAATTAATAATATTC
* * * *
3860 TCAAAATTAATAAGACATTTAAAAACA-AAATCTATTTATCGAA-CAAAT
130 TAAAAATTAATAAGACATTTAAAAA-ATAAATATACTTATAGAATC-AAT
* * * * *
3908 TCAAATAGTTATGAGTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATTA-TTATGA-TCTTCATTTGGTCA
1 TCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TAGTTATGACACTTCATTTGATCA
* * * * * *
3971 TAAAACAATTGTTTCTATTCACAC-TAGCTTATTCGGAGTAAAATATTGCTAAATTAATAATATT
65 TAAAACAATTGTTTCTATTCACACAAAAC-TATTCAGAATAAAATAATACTAAATTAATAATATT
* * * *
4035 CTAAAAATTAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGCTTATAGAATCAGT
129 CTAAAAATTAATAAGACATTTAAAAAATAAATATACTTATAGAATCAAT
* *
4084 TCAAATAGTTAAGACTATTAGATCAATTATCTATTTCAAA
1 TCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA
4124 CCATTCTAAC
Statistics
Matches: 452, Mismatches: 92, Indels: 61
0.75 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
174 2 0.00
175 60 0.13
176 127 0.28
177 11 0.02
178 1 0.00
179 4 0.01
180 146 0.32
181 99 0.22
182 1 0.00
184 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.11, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (177 bp):
TCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACACTTCATTTGATCAT
AAAACAATTGTTTCTATTCACACAAAACTATTCAGAATAAAATAATACTAAATTAATAATATTCT
AAAAATTAATAAGACATTTAAAAAATAAATATACTTATAGAATCAAT
Found at i:4044 original size:176 final size:176
Alignment explanation
Indices: 3553--4123 Score: 415
Period size: 176 Copynumber: 3.2 Consensus size: 176
3543 CTAGGAGTTT
* * * * * * **
3553 AAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGATATTTTGTTTTG-TCATA
1 AAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACA-CTTCATTTGATCATA
* * * * * * ** * * *
3617 AAACAGTTCTTTCCAATAATACAAAGTTATT-TGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT
65 AAACAATTGTTTCTATTCACACAAAACTATTCAG-AATAAAATAATACTAAATTAATAATATT-T
* ** * *
3681 AAAAATTAATAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAAT-TTGTTCACA-AAACAAGTTC
128 AAAAATTAATAA----GACATTTAAAAAATAAATATACTT-ATAGAATCAA-TTC
* * * * * ** * *
3734 AAATGGTCATA-TCCATTTGAACTATTATCTATTTCAAATAGTTATGACACTTTGTTTTATCATC
1 AAATAGTTA-AGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACACTTCATTTGATCATA
* * * * *
3798 AAACAATTGTTTCTATTCATACAAAACTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA
65 AAACAATTGTTTCTATTCACACAAAACTATTCAGAATAAAATAATACTAAATTAATAATATTTAA
* * *
3863 AAATTAATAAGACATTTAAAAACA-AAATCTATTTATCGAA-CAAATTC
130 AAATTAATAAGACATTTAAAAA-ATAAATATACTTATAGAATC-AATTC
* * * * *
3910 AAATAGTTATGAGTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATTA-TTATGA-TCTTCATTTGGTCATA
1 AAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TAGTTATGACACTTCATTTGATCATA
* * * * * *
3973 AAACAATTGTTTCTATTCACAC-TAGCTTATTCGGAGTAAAATATTGCTAAATTAATAATATTCT
65 AAACAATTGTTTCTATTCACACAAAAC-TATTCAGAATAAAATAATACTAAATTAATAATATT-T
* * * *
4037 AAAAATTAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGCTTATAGAATCAGTTC
128 AAAAATTAATAAGACATTTAAAAAATAAATATACTTATAGAATCAATTC
* *
4086 AAATAGTTAAGACTATTAGATCAATTATCTATTTCAAA
1 AAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA
4124 CCATTCTAAC
Statistics
Matches: 311, Mismatches: 66, Indels: 31
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
174 2 0.01
175 60 0.19
176 126 0.41
177 11 0.04
180 17 0.05
181 94 0.30
182 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.11, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (176 bp):
AAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACACTTCATTTGATCATAA
AACAATTGTTTCTATTCACACAAAACTATTCAGAATAAAATAATACTAAATTAATAATATTTAAA
AATTAATAAGACATTTAAAAAATAAATATACTTATAGAATCAATTC
Found at i:4901 original size:528 final size:529
Alignment explanation
Indices: 4290--12623 Score: 1391
Period size: 536 Copynumber: 15.6 Consensus size: 529
4280 TGATTTAAAG
** * * * * * * *
4290 AATTATCTATTGAAAATAAATATAACCTTTTGCTTTATCATAAAACAATTGTTTCAGTTTG-AAA
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCGTACA
* * * * * * *
4354 ACGCTTATTCGAGATAAAATAATATTATTTTATTAAAATTTCAAAAATTGATGAGTTAGATATTT
66 A-GCTTATTCGAAATAAAATAAAATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGATATTT
* *
4419 AAAAATTAAGTCAGTTTATCAAATTGATTCAAATAATTGTAACCATTTGAATAATTATCTATTTC
130 AAAAATTAA-TC-GTTTATCAAATT-ATTCAAATAATTATGACCATTTGAATAATTATCTATTTC
* * *
4484 AAATCATTATGAACTTTTCTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTTATCATATAAGCCTATTCGGGA
192 AAATCATTATTAACTTTTCTTTTGTCATAAAACAA-TGTTTTTT-TCATATAAGCTTATTCGGAA
*
4549 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAGGAGATTTAAAAAATAAATTCG
255 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTCG
* ** ** *
4614 TTTACTAA-A-TC-AG-TTT-CTATTTTAACAATTATCTA-TTTCAATTGCTATAAC-TATTGTT
320 TTTACTAATAGTCAAGTTTTACTATTTGAACAATTATAAACTTGAAATCGCTATAACATATTGTT
** * * * *
4672 ATGTTATAAAATAA-T-GTTTTAGTTTATATAAGCATATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAAT
385 ATGCCATAAAATAATTAGTTTTA-TTCATACAAGCATATTCAAAATAAAATAACACTAATCTAAT
* * * ** * *
4735 AATATTCTAAAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTG-CTGAAGTAGTTCTAA
449 AATATTCCAAAAATTAATAACTAAAAGAATTAAAAAA-AAATTTCTTTGTC-GAACCAATTCAAA
4799 CAATTAAGACTATATGAAC
512 CAATTAAGACTATA-GAAC
* * * *
4818 AATTATCTGTTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAGAACAATCGTTTCAGTTCGTACA
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCGTACA
* * *
4883 AGCTTATTCGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAATTTAATAAGTAAGTTATTTA
66 AGCTTATTCGAAATAAAATAAAATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGATATTTA
* * * * * * * *
4948 AAAAGTGAATTTGTTTGTCGAATCTATTCAAATAATTATGGCCATGTCAATAATAATCTATTTCA
131 AAAA-TTAA-TCGTTTATCAAAT-TATTCAAATAATTATGACCATTTGAATAATTATCTATTTCA
* ** * * * * **
5013 AATCATTATTACCTTTTGC-TTCATCATATAACAAT-TTTATTTCAAAGTTCAATCTTATTTAGA
193 AATCATTATTAACTTTT-CTTTTGTCATAAAACAATGTTTTTTTCATA--T-AAGCTTATTCGGA
* * * *
5076 ATAAAATAATACTAATTTACTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTT
254 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTC
*
5141 GTTTACTAACTTAGTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAACAATTATAAACTTGAAATCGTTATAAC
319 GTTTACTAA--TAG-TC--A-AGTTTT-ACTATTTGAACAATTATAAACTTGAAATCGCTATAAC
* * * ** *** *
5206 ATTTTGTTTTGCCATAAAATAATTATTTTTATTCATACAAGTTTATTTGGAATAAAATAACACTG
377 ATATTGTTATGCCATAAAATAATTAGTTTTATTCATACAAGCATATTCAAAATAAAATAACACTA
* *
5271 ATCTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGAATTAAAAAAAACTTTCTTTGTCGAACCAAT
442 ATCTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAAAGAATTAAAAAAAAATTTCTTTGTCGAACCAAT
* * *
5336 TCAAATATTTAAGACTATAGAAT
507 TCAAACAATTAAGACTATAGAAC
* * * * *
5359 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAGTTTTTTTTGAATTCAT
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA---TTGTTTCAGTTCGT
* * * * * *
5424 ACTAGATTATTTGGAATAAAATAAAATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAT
63 ACAAGCTTATTCGAAATAAAATAAAATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGATAT
* * * *
5489 TTAAAAAATAATTCGATTTA-CATAACTAGTTCAAATAATTATGACTAATTGAATAATTATCTAT
128 TTAAAAATTAA-TCG-TTTATCA-AATTA-TTCAAATAATTATGACCATTTGAATAATTATCTAT
* * * * *
5553 TTCAAATCGTTATTAACTTTTGTTTTGTCATAAAATAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTCG
189 TTCAAATCATTATTAACTTTTCTTTTGTCATAAAA-CAATGTTTTT-TTCATATAAGCTTATTCG
* * * * *
5618 AAATAAAGTAATACTAATATATTAATATTTCAAAAA-T--T-AATAAGTGATTTAAAAATTAAA-
252 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * ** ** * *
5678 TCTATTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTATACATATTTGAACAATTATTTA-TTTCAA-C-ATAC
317 TC-GTTTA-CTAA-TAG-TC--A-AGTTTTAC-TATTTGAACAATTATAAACTTGAAATCGCTAT
* ** * * * * * * * *
5740 AAGAT-TT-TT-TGAAATAAAATAA-TA--CTAATTTAT-TAA-TAT-TTCAAGAAT-TAATGAG
374 AACATATTGTTATGCCATAAAATAATTAGTTTTATTCATACAAGCATATTCAA-AATAAAATAAC
* * ** ** ** * * *** **
5795 AC--ATTTAA-AA-A----ATAAATCTGTTTGCTAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATT-T-G
438 ACTAATCTAATAATATTCCAAAAAT-TAATAACTAAAAGAATT-AAAAAAAAATTTCT-TTGTCG
* * * * *
5850 AA-CAATT--ATCTATTTGAA-ATTGTTATAAC
500 AACCAATTCAAAC-AATT-AAGACT-ATAGAAC
** * * * ** * * * **
5879 TCTT-T-T-TTTC-TATTATGA--AAATTTGT-TTATGTTCATAAAAGC--TT-ATTCAGAATAA
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTT-TGTTTTG-TCATAAAA-CAATTGTTTCAG-TTCG
* * * * * * * * * *
5934 AATAATCCTAATT--TAATAATATTCTAAA--AA----TTAATA--ACTAAGATT--TAA--AA-
62 TACAA-GCTTATTCGAAATAA-AAT-AAAATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG
* * ** ** * * * * *
5984 A-A--T--GAA-T-AT-GTTTGTCAAACCAGTTCAAATAGCTAAGACTATATGAACAATTATTTA
124 ATATTTAAAAATTAATCGTTTATCAAATTA-TTCAAATAATTATGACCATTTGAATAATTATCTA
** * * * * ** * * * *** * *** *
6041 TTTCAAATTGTTATGACCTT--TTGTTT-TGTCATAAAATAATTGTTTTAACT-CATACAAGCTT
188 TTTC--A-AATCATTA--TTAACT-TTTCTTTTGTCATAAAACAATGTTTTTTTCATATAAGCTT
* * * * * * *
6102 ATTTGAAATAGAATAAAATTAATTTATTAATATTTCTAAAATT--T--ATAAGAGATTTAGAAAA
247 ATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAA
* * ** * *
6163 T-AATTCTATTTACTGAACTAGTTCAAATAATTGTAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
312 TAAATTC-GTTTACT-AA-TAG-TCAAGT--TT-T-ACTATTTGAACAATTATAAACTTGAAATC
** * * * * * * * * * *** * **
6227 ATTATTACTTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTTTGTTAATATAAATTTGTTTGAAATAA
369 GCTATAAC-ATATTGTTATGCCATAAAATAATTAG-TTTTATTCATACAAGCATATTCAAAATAA
*** * * * * * * * ** *
6291 AATTGTACTAATTTATTAATATT-TAGAAAATTAATCAGTAAGAG-ATT-TAAGTAAATCTGC-T
432 AATAACACTAATCTAATAATATTCCA-AAAATTAATAACTAAAAGAATTAAAAAAAAAT-TTCTT
* * * * * * ** * *
6352 TGCCAAACTATTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAAT
495 TGTCGAACCAATTCAAACAATTAAGACTA-TAGAAC
* * ** * **
6388 AATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTATTTTGTCAGCAAACAATTGGTTCTA-TTTATAC
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCGTAC
* ** * * * ** * ** *
6452 TATTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTGAAACTTAATAACCAAGAAAATT
65 AAGCTTATTCGAAATAAAATAAAATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG-ATATT
* * * * * * * * *
6517 AAAAAATAAATC-TAATTGTCCAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAACT-ATTATCTATT
129 TAAAAATTAATCGT--TTATCAAATTA-TTCAAATAATTATGACCATTTGAA-TAATTATCTATT
* * * * *
6580 TCAAATCATTATGACCTTTTCTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTGTTT-GTACAAGCTTATTC-A
190 TCAAATCATTATTAACTTTTCTTTTGTCATAAAACAA-TGTTTT-TTTCATATAAGCTTATTCGG
* * ** * * * *
6643 AATTAAAATAATAATCATTTAAAAATATTT-TAAAATTATTAAGTACGAGATTT-AAAAATAAAC
253 AA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAA-
* * ** * ** * * * *
6706 TT-GTTTATCGAATTAGTTCAAATGGTTATGACTATTAAAATAATTATCTATTTCAAATCGTTTT
316 TTCGTTTA-CTAA-TAG-TC-AA--GTT-TTACTATTTGAACAATTATAAACTTGAAATCGCTAT
* * * * * * * *
6770 GAC--CTT-TTATTGAC-TCAAAACAATT-GTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAATTA
374 AACATATTGTTA-TGCCAT-AAAATAATTAGTTTTA-TTCATACAAGCATATTCAAAATAAAATA
* * * * *** * * *
6830 ATACTAATTTATTAACATTTGGAAAATTAATAAGT----G-ATTAAAAAAATAAATCTATTTG-C
436 ACACTAATCTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAAAGAATT-AAAAAA-AAATTTCTTTGTC
* * * ** * ** *
6889 TGAA-TAAGTTTAAATAATTATTATTATTTTAAG
499 -GAACCAA-TTCAAACAATTAAGACTA-TAGAAC
* * * * * **
6922 AATTATCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTGATTTGTCATAAAAGAATTGTTTCAATTAATACA
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCGTACA
* * * * ** * *
6987 AGCTTAGATAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCCTAAATTAATAAGCAAGAAATTT
66 AGCTTA-TTCGAAATAAAATAAAATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGATATTT
* * * * * *
7051 AAAAAATAAACCGGTTTATCGAATTAGTTAAAATAATTATGGCCATTTGAATGATTATCTATTTC
130 -AAAAATTAATC-GTTTATCAAATTA-TTCAAATAATTATGACCATTTGAATAATTATCTATTTC
* * * * * * **
7116 AAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGATCATACAAGCTTATTCAAAA
192 AAATCATTATTAACTTTTCTTTTGTCATAAAACAA-TGTTTTT-TTCATATAAGCTTATTCGGAA
* * * *
7181 TAAAATAATACTAATTGATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAACAGATTTAAACAATAAA-TCT
255 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTC-
* * * * * * * * * ** *
7245 ATTTATCGAACCGACTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTCAA-TCTCAAATCATTAAAA
319 GTTTA-CTAA--TA-GT-CA-AGTT-TTACTATTTGAACAATTATAAACT-TGAAATCGCTATAA
* * * * * * * * * **** *
7309 CCT-TTATTTTGTCATAAAATAGTT-GTTTCTAATCATAGATGCTTATT-TGGTTAAAAATAATA
376 CATATTGTTATGCCATAAAATAATTAGTTT-TATTCATACAAGCATATTCAAAAT-AAAATAACA
* * * * * * * *
7371 CTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGC-TTGCCAAA
439 CTAATCTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAAAGAATTAAAAAA-AAAT-TTCTTTGTCGAA
* * * * * *
7435 CTAGTTCAAATAGTTAAAACTATTAGAAT
502 CCAATTCAAACAATTAAGACTA-TAGAAC
* * * * * * *
7464 AATTAT-TGATTTCAAATTATTTTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATATTTGTTTTA-TATCTTA
1 AATTATCT-ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGT-TCGTA
* * ** * * * * * * * *
7527 CAAGCTTATTTGGAATAAAATAATCTAAATTTATTGACATTT-AAAAAATACTAAGCAAAAGATT
64 CAAGCTTATTCGAAATAAAATAAAATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGATATT
* * * * * * * * *
7591 TGAAAAAATAAATC-TACTTATCGAATAAGTTCAAATAGTTATAACTACTT-AGACAATTATTTA
129 T--AAAAATTAATCGT--TTATCAAATTA-TTCAAATAATTATGACCATTTGA-ATAATTATCTA
* ** * * * * *
7654 TTTAAAATTGTTATGACCTTTTATTTTGACATAAAACAAT-TATTTCAGTTCAT-TAAAGCTTA-
188 TTTCAAATCATTATTAACTTTTCTTTTGTCATAAAACAATGT-TTT--TTTCATAT-AAGCTTAT
** * * *
7716 TCCAAATTAAAATAATACTAATTTCTTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG-TTAAAAAAAT
249 TCGGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAAT
* * * * * ** * * *
7780 AAATTTGTTTATCGAAAAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGC
313 AAATTCGTTTA-C--TAATAGTC--A-AGTT-TTACTATTTGAACAATTATAAACTTGAAATCGC
* * * * * * * * * * *
7845 TATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATT-GTTTTAGTTCATATAAGCTTACTT-GAAATAAAG
371 TATAACATATTGTTATGCCATAAAATAATTAGTTTTA-TTCATACAAGCATA-TTCAAAATAAAA
** * * * * ** * * *
7908 TAATGCTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGT----GATTTAAAAAGTGAATCTATTTAT
434 TAACACTAATCTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAAAGAATTAAAAA-AAAATTTCTTTGT
** * * * * * * * ** *
7969 AAAATCAGTTTAAATAATTATGGCCATTTCAAT
498 CGAACCAATTCAAACAATTAAGACTA-TAGAAC
* ** * * * * *** *
8002 AATTATCCATTTCAAATTGTTATTACCTTTTGTTTGGTCATATAACAATTATTTTTTTATCATAC
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGT-TCGTAC
* * * *
8067 AAGCTTATTCTG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAATTTAATAAG--AGAT-TT
65 AAGCTTATTC-GAAATAAAATAAAATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGATATT
* * * * * * ** * * *
8128 AAAAAATAAATATGTTTACCGAACA-AATTCAAATAGTTATGATTATTTGAATAATTGTATACTT
129 TAAAAATTAAT-CGTTTATC-AA-ATTATTCAAATAATTATGACCATTTGAATAATTATCTATTT
** * * * * * *
8192 CAAATTGTTA-TAACATTTTGTTCTATCATAAAACAAT-TATTTATATTCATACAAGCTTATGCA
191 CAAATCATTATTAAC-TTTTCTTTTGTCATAAAACAATGT-TTT-T-TTCATATAAGCTTATTCG
* * * * * *
8255 AAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTTAGAGATTTAAAAAATAAAT
252 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * ** * ** * * * * *
8320 TTGTTTACCAAACCCATTAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA
317 TCGTTTA-CTAA--TAGT-CA-AGTT-TTACTATTTGAACAATTATAAACTTGAAATCGCTATAA
* * * * * ** *
8385 CCTTTTGTCT-TGTCATAAAACAA-TAATTTTCAATTCATACTTGCTTATT-AAGAATAAAATAA
376 CATATTGT-TATGCCATAAAATAATTAGTTTT--ATTCATACAAGCATATTCAA-AATAAAATAA
* * * ** * * * * * ** *
8447 -AATGAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTCTATTTACCT
437 CACT-AATCTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAAAGAATTAAAAAAAAATT-TCTTTGTCG
* * * * *
8511 AATCAGTTCAAATAATTATGACTATGTGAAC
500 AACCAATTCAAACAATTAAGACTAT-AGAAC
* ** * * * * **
8542 AATTATTTATTTCAAATTTTTATAAACTTTTGTATTGTCATAAAATAAAGGTTT-ATGTT--TAA
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCA-GTTCGT-A
* * * * * *
8604 TAAGTTTGTTC-AGAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG--AGAT-T
64 CAAGCTTATTCGA-AATAAAATAAAATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGATAT
* * * ** * * * * * *
8665 TAAAAAATAAATCTATTTATCAAAGCAGTTCAAATAGTTATGACTATCTAAACAATTATTTATTT
128 TTAAAAATTAATC-GTTTATCAAATTA-TTCAAATAATTATGACCATTTGAATAATTATCTATTT
** * * * * * *
8730 CAAATCATTATGGACTCTTGTTTTG-CTATAAAATAATAGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAG
191 CAAATCATTATTAACTTTTCTTTTGTC-ATAAAACAAT-GTTT-TTTTCATATAAGCTTATTCGG
* * * * *
8794 ATTAAAATAATATTAATTTATTAAAATTTTAAAAATTAATAAGTAA-A-ATCTTAAAAAATAAAT
253 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGAGAT-TTAAAAAATAAAT
* * * * ** * * **
8857 AT-GTTTATCGAACTACATCAAATTGTAATGACTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATCATTAT
317 -TCGTTTA-CTAA-TA-GTCAAGTT-T--T-ACTATTTGAACAATTATAAACTTGAAATCGCTAT
* * * * * * * * * * * ** *
8921 GACCTTTTGTTTTGTCA-AAAAAAATTA-TTTCAGTTCATATAAACTTTTTTGAAATAAAATAAT
374 AACATATTGTTATGCCATAAAATAATTAGTTTTA-TTCATACAAGCATATTCAAAATAAAATAAC
* * *** * * * * * * *
8984 ACT-ATGTTATTAATATTATGAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTATCGA
438 ACTAAT-CTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAAAGAATTAAAAAA-AAATTTCTTTGTCGA
* * * * *
9048 A-CAAGTTTAAATAATTATGATTATTTA-AAT
501 ACCAA-TTCAAACAATTAAGACTA--TAGAAC
* * * * *
9078 AATTATGACTATTT-AAATAATTAT--CTATTTGGAATCGCTATTTTGTTATAAAATGACTT-TT
1 AATTAT--CTATTTCAAATCATTATGAC-CTTT----T-G---TTTTGTCATAAAA-CAATTGTT
** * * * * * *
9139 TTTGTTCATACAAGCTTATTTTG-AATAAAATAATATAAATTTATTAATA-TTGAAACAATTAAC
54 TCAGTTCGTACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAAAATTAATTTATTAATATTTCAAA-AATTAAT
* * * * * * ** * ** * *
9202 AGGTAAAAGATTTAAAAATAAATCTATTTATCGAACAAGTTCGAATCGTTATGACTATTTGAACA
117 AAGTAAGATATTTAAAAATTAATC-GTTTATCAAATTA-TTCAAATAATTATGACCATTTGAATA
* ** * * ** * *
9267 ATTAT-TTTTTCAAATTGTTGTGATTTTCTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACA
180 ATTATCTATTTCAAATCATTATTAACTT-TTCTTTTGTCATAAAACAA-TGTTTTT-TTCATATA
* * *
9331 AGCTTATTC-GAATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAACAAA-TAATAAGTAAAAGATT
242 AGCTTATTCGGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA-AAATTAATAAATAAGAGATT
* * * * * * *
9394 TAAAAAATAAATAT-GTTTACTGAAGAAGTTCAAATAGTCATGATTATTTGAATAATTATCAATT
305 TAAAAAATAAAT-TCGTTTACT-AA-TAG-TC--A-AGT-TTTACTATTTGAACAATTATAAACT
* ** * * * * * ** * * * * **
9458 TCAAATCATTGTGACTTTTTGTTTTGTAATAAAATAATT-GTTTCAGTTCATATAAACTTATTTT
362 TGAAATCGCTATAACATATTGTTATGCCATAAAATAATTAGTTTTA-TTCATACAAGCATATTCA
* * * * * * *
9522 AAATAAAATAATACTGATTTATTAATATTCCAAAAATCAA-AGAGTAAGAGAATTAAAAAAATGA
426 AAATAAAATAACACTAATCTAATAATATTCCAAAAATTAATA-ACTAAAAGAATTAAAAAAA--A
* * * * * * * * *
9586 ATCTATTT-ACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGATTATCTA-AAC
488 ATTTCTTTGTCGAACCAA-TTCAAACAATTAAGACTA--TAGAAC
* * * * * *
9629 AATTATCTATTTTAAAAT-ATTATGACATTTTGTTTTGTCGTAAAACAATTGGTTT-TGTTCATG
1 AATTATCTA-TTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTCAGTTCGTA
* * * * * *
9692 CAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTCCAAAAACTAATAATTAA-AAAT
64 CAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAAAATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGATA-
* * * *
9755 TTTAAAAATAAATCAATTT-TCTGAACATGT-TT-AAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCT
127 TTTAAAAATTAATC-GTTTATC--AA-AT-TATTCAAATAATTATGACCATTTGAATAATTATCT
* * * * * * ** * * *
9817 ATTTTAAATCATTATGACCATTTGTTTTCTCATAAATGAATTATTTCTTTTCAAACAAGCTTATT
187 ATTTCAAATCATTATTAACTTTTCTTTTGTCATAAAACAA-TGTTT-TTTTCATATAAGCTTATT
** * * * *
9882 TTGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCCAAAATTAATAAGTAAAACATTT-AAAAATAA
250 CGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAA
* * * * * ** * * **
9945 ATTTC-TTTACCGAGTCAGTTTAAATTGTTATGACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATCATT
315 A-TTCGTTTA-CTAAT-AG--TCAA--GTT-TTACTATTTGAACAATTATAAACTTGAAATCGCT
* * * * * * ** * * *
10009 AT-GCTCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTA-TTTCTATTCATACAAGTTTATTTAGAATATAAT
372 ATAAC-ATATTGTTATGCCATAAAATAATTAGTTT-TATTCATACAAGCATATTCAAAATAAAAT
* * * * ** * ** * * * * *
10072 AATACTAATTTATTAATGTTTTAAAAATTAATAAGTTGAAGATTTAAAAAATTAATCTATTT-AC
435 AACACTAATCTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAAAGAATTAAAAAA-AAATTTCTTTGTC
* * * * * *
10136 TGAA-CAAGTTCAAATAGTCAAGTCTATTTGGAC
499 -GAACCAA-TTCAAACAATTAAGACTA-TAGAAC
* * ** ** * ** * * *
10169 TATTATCTATTTGAAATTGTTATGATATTTTATTTTGTTGTAAAACAATTATTTTTA-TTCATAC
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTCAGTTCGTAC
** * * *
10233 AAAATTATTC-ATAAAAAAATAATATTAATTTATTACTATTTCAAAAATTAATAAG--AG--ATT
65 AAGCTTATTCGA-AATAAAATAAAATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGATATT
* * * * * * * * * * *
10293 TAAAAACTAAATCTTTTTACCGAATCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATCT
129 TAAAAA-TTAATC-GTTTATCAAATTA-TTCAAATAATTATGACCATTTGAATAATTATCTATTT
* *** * * * * * * * *
10358 AAAATTGGTATGATC-TTTGTTTTATCCTAAAAC-ATTTATTTCTATTCATAGAAGCTTATTC-A
191 CAAATCATTATTAACTTTTCTTTTGTCATAAAACAATGT-TTT-T-TTCATATAAGCTTATTCGG
* * * * *
10420 AAGTAAAATACTACTAAATTAATAGTA-TTCTAAAAA-T--T-AATAAG-GATTTAAAAAATAGA
253 AA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * ** * **** * * *
10479 TGT-GTTTGCCGAACAATTCAAATAGTTAGGACTATTAGAACAATTATTTGTTTCAAATCGTTCT
316 T-TCGTTT-ACTAA-TAGTC--A-AGTT-TTACTATTTGAACAATTATAAACTTGAAATCGCTAT
* * * * * * * * * *
10543 AACCTTTTGTTAAGTCATAAAATAATTA-TTTCAGTTCATATATGCTTATTCCAAATAAAATAAT
374 AACATATTGTTATGCCATAAAATAATTAGTTTTA-TTCATACAAGCATATTCAAAATAAAATAAC
* * * * * * * * *
10607 ACTATTTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGC-AAGA-AATTAAAAAAATAAATCTGTTTATC-
438 ACTAATCTAATAATATTCCAAAAATTAATAA-CTAAAAGAATT-AAAAAA-AAATTTCTTTGTCG
* * * *
10669 AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATATGAAC
500 AACCAA-TTCAAACAATTAAGACTATA-GAAC
* ** * * * * *
10701 AATTATCTATTTAAAATTGTTATGACCTTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTTAGCTT-ATAA
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAG-TTCGTAC
* * * * * * * *
10765 AAGCTTATCCAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTTAAAAATTGATAAGTTAGAGATTT
65 AAGCTTATTCGAAATAAAATAAAATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGATATTT
* * * *
10830 AAAAAATAAATCAATTTATCGAATTAGTTCAAATAATTATGGCCATTTGAATAATTATCTATTT-
130 -AAAAATTAATC-GTTTATCAAATTA-TTCAAATAATTATGACCATTTGAATAATTATCTATTTC
* * * * * * * **
10894 AAAT-GTTATAAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATCATACAAACCTATTCAAAA
192 AAATCATTATTAACTTTTCTTTTGTCATAAAACAA-TGTTTTT-TTCATATAAGCTTATTCGGAA
* * * *
10958 TAAAATAATAGTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGGAGATTT-AAAAATAAATTTG
255 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTCG
** * * * * * *
11022 TTTGTTGAATTAGTTCAAAAGGTTATGACTATTT-AAGTAATTATATACTTCAAATTGTTATAAC
320 TTTACT-AA-TAG-TC--AA-GTT-TTACTATTTGAA-CAATTATAAACTTGAAATCGCTATAAC
* * * * * * * * * *
11086 CT-TGTGTTCTGTCACAAAACAATTA-TTGCTATTCGTACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATAC
377 ATAT-TGTTATGCCATAAAATAATTAGTT-TTATTCATACAAGCATATTCAAAATAAAATAACAC
* *** * ** *
11149 TAATGTAATAATATTATGAAAATTAATAACTAAGAG-ATT-CCAATAAA-----TT-T-GAACCA
440 TAATCTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAAAGAATTAAAAAAAAATTTCTTTGTCGAACCA
* * * * *
11205 GTTCAAATAGTTAAGGCCATAGGAAC
505 ATTCAAACAATTAAGACTATA-GAAC
* * * * ** * * *
11231 AATTCTTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATTGTAAAACAATTTTTTCAGTTCTTAGT
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCGTA-C
* * ** *
11296 AA-CTTATTCGAAATAAAATAAAATAAATCTATTAATATTTCAAAAA-TAATCGGTAAGAGATTT
65 AAGCTTATTCGAAATAAAATAAAATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGATATTT
* * * * ** * * * * *
11359 AAAAAATAATTTTGTTTGTCGAACCAGTTCAAAAAATTATGACTATTTAAATAATTATCGATTTT
130 AAAAATTAA--TCGTTTATCAAATTA-TTCAAATAATTATGACCATTTGAATAATTATCTATTTC
** * * * * * * * * * **
11424 TTATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAAAAATATTTTTTTTCAAATAAGTTTGTTCAAAAT
192 AAATCATTATTAACTTTTCTTTTGTCATAAAACAAT-GTTTTTTTCATATAAGCTTATTCGGAAT
* ** ** *
11489 -AAATAATATTAATTTATTAATATTTTTAAAATTAATAAGCAAGAGAGTTAAAAAA-AAATT-GT
256 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTCGT
* * * ** * * *** * *
11551 TTATTAAACTAGTTCAATTAGTTTAACTATTTGAAAAATTATTTATTTCAAATTATTTTGACCAT
321 TTACT-AA-TAG-TC-A--AGTTTTACTATTTGAACAATTATAAACTTGAAATCGCTAT-AACAT
* ** * * * * **
11616 -TTGTTTTATCATAAAACAACT-GTTTCTAGTCATAC-AGTCTTATTCAAAATAAAATAATGCTA
379 ATTGTTATGCCATAAAATAATTAGTTT-TATTCATACAAG-CATATTCAAAATAAAATAACACTA
* * * * ** * * * *
11678 ATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAACTAATAA-ATTTCAAAAATGAATTTGTTAGCTTG-CCC
442 ATCTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAA-AAGAATT-AAAAAAAAATTTCTTTG-TCGAACC
* * * * * * * *
11741 AGTGCAAATATTTATGATTGTTTGAAC
504 AATTCAAACAATTAAGACT-ATAGAAC
* * * * * * * * * *
11768 AGTTATCTATTTCAAATCGTTATAATCTTTTGTGTTATCACAAATA-AAATATTTC-GATTCATA
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA-ACAATTGTTTCAG-TTCGTA
* * * * ** * *
11831 CAAGTTTATTTGAAATAACAT-AATTCTAGCTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGAT
64 CAAGCTTATTCGAAATAAAATAAAAT-TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGATAT
* * * ** ** * * *
11895 TTAAAAAATGAATCTATTTGTTGAACAAGTTAAAATAGTTATGACTATTT--ATCAATTATCTAT
128 TT-AAAAATTAATC-GTTTATCAAATTA-TTCAAATAATTATGACCATTTGAAT-AATTATCTAT
** * * * *
11958 TTCAAATCGCTA-TAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAT-TTTTGCTATTCATACAATCTTATT
189 TTCAAATCATTATTAA-CTTTTCTTTTGTCATAAAACAATGTTTT--T-TTCATATAAGCTTA-T
* * * * * *
12021 TC-AAATAAAATAACACAAATTTATTAATATTTAAAAAATTAAAAAATAAAAGATTTAAAAAATA
249 TCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATA
* * * ** * * **
12085 AA-TCTGTTTACTAAATAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTTAAATCAT
314 AATTC-GTTTACT-AAT-AG--T-CA-AGTT-TTACTATTTGAACAATTATAAACTTGAAATCGC
** * * * * * *
12149 TACGACAT-TT-TT-T--TATAAAA-AATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAGATTAAAATA
371 TATAACATATTGTTATGCCATAAAATAATTAGTTTTATTCATACAAGCATATTCAAAATAAAATA
* * * * ** * * * * * **
12208 ATATTAATTTACTAATATTTCCTCAAA-TAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATATGTTTACC
436 ACACTAATCTAATAATA-TTCCAAAAATTAATAACTAAAAGA-ATTAAAAAAAAATTTCTTTGTC
* * * * *** * *
12272 CAA-AAAGTCCAAATAGCCATA-ACTATTTGAAT
499 GAACCAA-TTCAAACAATTA-AGACTA-TAGAAC
** ** * * * *
12304 AATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTG-TTTGATTTTAAAATAATTGTATCAGTTCATAT
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG-TCATAAAACAATTGTTTCAGTTCGTAC
* * * * * * * *
12368 AGGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATGTTCCTAAAATTAATGAGTAAGAAATTT
65 AAGCTTATTCGAAATAAAATAAAATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGATATTT
* * * * ** * * * * * * * *
12433 AAAAAATGAATTAGTTTACCGAACAAGTTTAAATAGTTCTTACTATTTGAACAATTATCTTTTTT
130 -AAAAATTAA-TCGTTTATCAAATTA-TTCAAATAATTATGACCATTTGAATAATTATCTATTTC
** * * * * * * **
12498 AAATTGTT-TTGACCTTTTGTTTTATCATAAAAAAAT-TATTTCTGTTCATATACGGTTATTCCA
192 AAATCATTATT-AACTTTTCTTTTGTCATAAAACAATGT-TTT-T-TTCATATAAGCTTATTCGG
* *
12561 AATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-AGAAATTTAAAAAATAAAT
253 AATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAAT
12624 CTATTTTCTA
Statistics
Matches: 5981, Mismatches: 1349, Indels: 943
0.72 0.16 0.11
Matches are distributed among these distances:
486 2 0.00
487 1 0.00
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491 6 0.00
492 15 0.00
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551 50 0.01
552 4 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (529 bp):
AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCGTACA
AGCTTATTCGAAATAAAATAAAATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGATATTTA
AAAATTAATCGTTTATCAAATTATTCAAATAATTATGACCATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT
CATTATTAACTTTTCTTTTGTCATAAAACAATGTTTTTTTCATATAAGCTTATTCGGAATAAAAT
AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTCGTTTACT
AATAGTCAAGTTTTACTATTTGAACAATTATAAACTTGAAATCGCTATAACATATTGTTATGCCA
TAAAATAATTAGTTTTATTCATACAAGCATATTCAAAATAAAATAACACTAATCTAATAATATTC
CAAAAATTAATAACTAAAAGAATTAAAAAAAAATTTCTTTGTCGAACCAATTCAAACAATTAAGA
CTATAGAAC
Found at i:5562 original size:363 final size:357
Alignment explanation
Indices: 4713--5660 Score: 1030
Period size: 363 Copynumber: 2.6 Consensus size: 357
4703 GCATATTCAA
* *
4713 AATAAAATAATACTAATTTAATAATA-TTCTAAAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
1 AATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * *
4777 TTGTTTGCTGAAGTAGTTCTAACAATTAAGACT-ATATGAACAATTATCTGTTTCAAATCGTTAT
65 TTGTTTACT-AACTAGTTCAAATAATTATGACTAAT-TGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT
* * * ** * * *
4841 GACCTTTTGTTTTGTCATAGAACAATCGTTTCAGTTCGTACAAGCTTATTCGAAATAAAATAAAA
128 -AACTTTTGTTTTGTCATAAAATAATATTTTTA-TTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAAAA
* * * ** * * * *
4906 CTAATTTATTAATATTTCAAAATTTAATAAGTAAGTTATTTAAAAAGTGAATTTGTTTGTCGAAT
191 CTAATATATTAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGAATTAAAAAG-AAATTTCTTTGTCGAAC
* * * *
4971 CTATTCAAATAATTATGGCCATGTCAATAATAATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTTGCTTCA
255 CAATTCAAATAATTAAGACCATG-CAATAATAATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGCTTCA
* *
5036 TCATATAACAATTTTATTTCAAAGTTCAATCTTATTTAG
319 TCATAAAACAATTTTATTTCAAAGTTCAATATTATTTAG
* *
5075 AATAAAATAATACTAATTTACTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT
1 AATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT
* * * ** * *
5140 TGTTTACTAACTTAGTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAACAATTATAAACTTGAAATCGTTATAA
66 TGTTTACTAAC-TAGTTCAAATAATTATGACTAATTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAA
* * * *
5205 CATTTTGTTTTGCCATAAAATAATTATTTTTATTCATACAAGTTTATTTGGAATAAAATAACACT
130 C-TTTTGTTTTGTCATAAAATAA-TATTTTTATTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAAAACT
* * * *
5270 GATCTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGAATTAAAAA-AAACTTTCTTTGTCGAACCA
193 AATATATTAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGAATTAAAAAGAAA-TTTCTTTGTCGAACCA
* * * * **
5334 ATTCAAATATTTAAGACTATAG-AATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
257 ATTCAAATAATTAAGACCAT-GCAATAATAATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGCTTCATC
* ** *
5398 ATAAAATAAGTTTT-TTTTGAA-TTCATACTAGATTATTTGG
321 ATAAAACAA-TTTTATTTCAAAGTTCA-A-T--ATTATTTAG
* *
5438 AATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AAT
1 AATAAAATAATACT-AATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* *
5501 TCGATTTACATAACTAGTTCAAATAATTATGACTAATTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTAT
65 TTG-TTTAC-TAACTAGTTCAAATAATTATGACTAATTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA-
* * * * * *
5566 TAACTTTTGTTTTGTCATAAAATAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTCGAAATAAAGTAATA
127 TAACTTTTGTTTTGTCATAAAAT-AATATTTTTATTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAAAA
5631 CTAATATATTAATATTTCAAAAATTAATAA
191 CTAATATATTAATATTTCAAAAATTAATAA
5661 GTGATTTAAA
Statistics
Matches: 487, Mismatches: 82, Indels: 33
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
359 4 0.01
360 52 0.11
361 38 0.08
362 191 0.39
363 192 0.39
364 10 0.02
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (357 bp):
AATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT
TGTTTACTAACTAGTTCAAATAATTATGACTAATTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAAC
TTTTGTTTTGTCATAAAATAATATTTTTATTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAAAACTAAT
ATATTAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGAATTAAAAAGAAATTTCTTTGTCGAACCAATTC
AAATAATTAAGACCATGCAATAATAATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGCTTCATCATAAA
ACAATTTTATTTCAAAGTTCAATATTATTTAG
Found at i:5766 original size:133 final size:133
Alignment explanation
Indices: 5617--5864 Score: 374
Period size: 133 Copynumber: 1.9 Consensus size: 133
5607 AAGTTTGTTC
* ** *
5617 GAAATAAAGTAATACTAATATATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTGATTTAAAAATTAAATCTA
1 GAAATAAAATAATACTAATATATTAATATTTCAAAAATTAATAAGACATTTAAAAAATAAATCTA
* *
5682 TTT-ATCAAACTAGTTCAAATAGTTAT-ACATATTTGAACAATTATTTATTTCAACATACAAGAT
66 TTTGCT-AAACTAGTTCAAATAGTTATGAC-TATTTGAACAATTATCTATTTCAACATACAAGAT
5745 TTTTT
129 TTTTT
* * * *
5750 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAGAATTAATGAGACATTTAAAAAATAAATCTG
1 GAAATAAAATAATACTAATATATTAATATTTCAAAAATTAATAAGACATTTAAAAAATAAATCTA
5815 TTTGCTAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
66 TTTGCTAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
5865 GAAATTGTTA
Statistics
Matches: 103, Mismatches: 10, Indels: 4
0.88 0.09 0.03
Matches are distributed among these distances:
133 100 0.97
134 3 0.03
ACGTcount: A:0.45, C:0.08, G:0.07, T:0.39
Consensus pattern (133 bp):
GAAATAAAATAATACTAATATATTAATATTTCAAAAATTAATAAGACATTTAAAAAATAAATCTA
TTTGCTAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAACATACAAGATTT
TTT
Found at i:5956 original size:310 final size:312
Alignment explanation
Indices: 5421--6046 Score: 743
Period size: 310 Copynumber: 2.0 Consensus size: 312
5411 TTTTTGAATT
* *
5421 CATACTAGATTATTTGGAATAAAATAAAATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA
1 CATACAAGATTATTTGAAATAAAATAAAATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-AG-AAGA
* * *
5486 GATTTAAAAAATAATTCGATTTACATAACTAGTTCAAATAATTATGACTAATTGAATAATTATCT
64 CATTTAAAAAATAAATCGATTTACATAACTAGTTCAAATAATTATGACTAATTGAACAATTATCT
* * * * *
5551 ATTTCAAATCGTTATTAACTTTTGTTTTGTCATAAAATAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTT
129 ATTTCAAATCGTTATTAACTTTTGTTTTATCATAAAAT-AATGTTTATGTTCATAAAAGCTTATT
* * * *
5616 CGAAATAAAGTAATACTAATATATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGT-GATTTAAAAATTAAAT
193 CGAAATAAAATAATACTAATATAATAATATTCT-AAAAATTAATAACTAGATTTAAAAAATAAAT
* * * *
5679 CTATTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTATACA-TATTTGAACAATTATTTATTTCAA
257 ATATTTATCAAACCAGTTCAAATAGCTA-ACACTATATGAACAATTATTTATTTCAA
* * *
5735 CATACAAGATTTTTTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAGAATTAAT-G-AGAC
1 CATACAAGATTATTTGAAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAGAAGAC
* * *
5797 ATTTAAAAAATAAATCTG-TTTGC-TAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
65 ATTTAAAAAATAAATC-GATTTACAT-AACTAGTTCAAATAATTATGACTAATTGAACAATTATC
* * * * *
5860 TATTTGAAATTGTTA-TAACTCTTTTTTTCTATTATGAAAAT-TTGTTTATGTTCATAAAAGCTT
128 TATTTCAAATCGTTATTAACT-TTTGTTT-TATCAT-AAAATAATGTTTATGTTCATAAAAGCTT
* *
5923 ATTC-AGAATAAAATAATCCTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAATAACTAAGATTTAAAAAAT
190 ATTCGA-AATAAAATAATACTAATATAATAATATTCTAAAAATTAATAACT-AGATTTAAAAAAT
* * * *
5987 GAATATGTTTGTCAAACCAGTTCAAATAGCTAAGACTATATGAACAATTATTTATTTCAA
253 AAATATATTTATCAAACCAGTTCAAATAGCTAACACTATATGAACAATTATTTATTTCAA
6047 ATTGTTATGA
Statistics
Matches: 266, Mismatches: 35, Indels: 24
0.82 0.11 0.07
Matches are distributed among these distances:
309 7 0.03
310 134 0.50
311 8 0.03
312 66 0.25
314 49 0.18
315 2 0.01
ACGTcount: A:0.43, C:0.09, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (312 bp):
CATACAAGATTATTTGAAATAAAATAAAATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAGAAGACA
TTTAAAAAATAAATCGATTTACATAACTAGTTCAAATAATTATGACTAATTGAACAATTATCTAT
TTCAAATCGTTATTAACTTTTGTTTTATCATAAAATAATGTTTATGTTCATAAAAGCTTATTCGA
AATAAAATAATACTAATATAATAATATTCTAAAAATTAATAACTAGATTTAAAAAATAAATATAT
TTATCAAACCAGTTCAAATAGCTAACACTATATGAACAATTATTTATTTCAA
Found at i:6057 original size:673 final size:668
Alignment explanation
Indices: 5075--6325 Score: 1686
Period size: 673 Copynumber: 1.9 Consensus size: 668
5065 TCTTATTTAG
* * *
5075 AATAAAATAATACTAATTTACTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT
1 AATAAAATAATACTAATTTACTAATATTTCAAAAATTAAT-AG-AAGACATTTAAAAAATAAATC
*
5140 TGTTTACTAACTTAGTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAACAATTATAAACTTGAAATCGTTATAA
64 TGTTTACTAACTTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATAAACTTGAAATCGTTATAA
* * **
5205 CATTTTGTTTTGCCATAAAATAATTATTTTTATTCATACAAGTTTATTTGGAATAAAATAACACT
129 CATTTTGTTTTGCCATAAAATAATTATTTTTATTCATAAAAGCTTATTCAGAATAAAATAACACT
* * *
5270 GATCTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGAATTAAAAAAAACTTTCTTTGTCGAACCAA
194 AATCTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGAATTAAAAAAAACTATCTTTGTCAAACCAA
** *
5335 TTCAAATATTTAAGACTATAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
259 TTCAAATAGCTAAGACTATAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * * *
5400 AAAATAAGTTTTTTTTGAATTCATACTAGATTATTTGGAATAAAATAAAATGAATTTATTAATAT
324 AAAATAA--TTGTTTT-AACTCATACAAGATTATTTGAAATAAAATAAAATGAATTTATTAATAT
5465 TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTCGATTTACAT-AACTAGTTCAAATAATT
386 TTCAAAAATT--T-A-TAAGAGATTTAAAAAATAATTCGATTTAC-TGAACTAGTTCAAATAATT
* * * *
5529 ATGACTAATTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATTAAC-TTTTGTTTTGTCATAAAATAAAT
446 ATAACTAATTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATT-ACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAAAT
* * *
5593 GTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTCGAAATAAAGTAATACTAATATATTAATATTTCA-AAAATTA
510 GTTTTTGTTAATATAAATTTGTTCGAAATAAAATAATACTAATATATTAATATTT-AGAAAATTA
5657 ATAAGTGATTTAAAAATTAAATCTATTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTATACATATTTGAACAA
574 ATAAGTGATTTAAAAATTAAATCTATTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTATACATATTTGAACAA
5722 TTATTTATTTCAACATACAAGATTTTTTGA
639 TTATTTATTTCAACATACAAGATTTTTTGA
* *
5752 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAGAATTAAT-G-AGACATTTAAAAAATAAATCTG
1 AATAAAATAATACTAATTTACTAATATTTCAAAAATTAATAGAAGACATTTAAAAAATAAATCTG
* ** * *
5815 TTTGCTAAAC-TAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTGAAATTGTTATAAC
66 TTTACT-AACTTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATAAACTTGAAATCGTTATAAC
* * *
5879 -TCTTT-TTTT-CTATTATGAA-AATT-TGTTTATGTTCATAAAAGCTTATTCAGAATAAAATAA
130 AT-TTTGTTTTGCCA-TA-AAATAATTAT-TTT-TATTCATAAAAGCTTATTCAGAATAAAATAA
* * * *
5939 TC-CTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAATAACT-A-AGATTTAAAAAATGAA-TATGTTTGTC
190 -CACTAATCTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGAATTAAAAAA--AACTATCTTTGTC
* * **
6000 AAACCAGTTCAAATAGCTAAGACTATATGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGT
252 AAACCAATTCAAATAGCTAAGACTATA-GAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT
* * *
6065 TTTGTCATAAAATAATTGTTTTAACTCATACAAGCTTATTTGAAATAGAATAAAATTAATTTATT
316 TTTGTCATAAAATAATTGTTTTAACTCATACAAGATTATTTGAAATAAAATAAAATGAATTTATT
* * *
6130 AATATTTCTAAAATTTATAAGAGATTTAGAAAATAATTCTATTTACTGAACTAGTTCAAATAATT
381 AATATTTCAAAAATTTATAAGAGATTTAAAAAATAATTCGATTTACTGAACTAGTTCAAATAATT
* * *
6195 GTAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTACTTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
446 ATAACTAATTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTAC-TTTTTGTTTTGTCATAAAACAAAT
* ** *
6260 GTTTTTGTTAATATAAATTTGTTTGAAATAAAATTGTACTAATTTATTAATATTTAGAAAATTAA
510 GTTTTTGTTAATATAAATTTGTTCGAAATAAAATAATACTAATATATTAATATTTAGAAAATTAA
6325 T
575 T
6326 CAGTAAGAGA
Statistics
Matches: 504, Mismatches: 56, Indels: 38
0.84 0.09 0.06
Matches are distributed among these distances:
665 3 0.01
666 78 0.15
667 79 0.16
668 1 0.00
670 51 0.10
671 20 0.04
672 46 0.09
673 184 0.37
674 4 0.01
675 1 0.00
677 37 0.07
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (668 bp):
AATAAAATAATACTAATTTACTAATATTTCAAAAATTAATAGAAGACATTTAAAAAATAAATCTG
TTTACTAACTTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATAAACTTGAAATCGTTATAACA
TTTTGTTTTGCCATAAAATAATTATTTTTATTCATAAAAGCTTATTCAGAATAAAATAACACTAA
TCTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGAATTAAAAAAAACTATCTTTGTCAAACCAATT
CAAATAGCTAAGACTATAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
AATAATTGTTTTAACTCATACAAGATTATTTGAAATAAAATAAAATGAATTTATTAATATTTCAA
AAATTTATAAGAGATTTAAAAAATAATTCGATTTACTGAACTAGTTCAAATAATTATAACTAATT
GAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTAA
TATAAATTTGTTCGAAATAAAATAATACTAATATATTAATATTTAGAAAATTAATAAGTGATTTA
AAAATTAAATCTATTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTATACATATTTGAACAATTATTTATTTCA
ACATACAAGATTTTTTGA
Found at i:7448 original size:180 final size:179
Alignment explanation
Indices: 5735--12738 Score: 4585
Period size: 181 Copynumber: 39.1 Consensus size: 179
5725 TTTATTTCAA
* * *
5735 CATACAAGATT-TTTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAGAATTAAT--G--AG
1 CATACAAGCTTATTTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG
* * *
5795 ACATTTAAAAAATAAATCTGTTTGCTAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
65 AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * * * * *
5860 TATTTGAAATTGTTATAACTCTTTTTTTCT-ATTATGAAA-ATTTGTTTATGTT
130 TATTTCAAATTATTATGAC-CTTTTTTTGTCA-TA--AAACAATTGTTTCTATT
* * * * *
5912 CATAAAAGCTTATTCAGAATAAAATAATCCTAATTTAATAATA-TTCTAAAAATTAATAACT-A-
1 CATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAG
* * ** * * * * *
5974 AGATTTAAAAAATGAATATGTTTGTCAAACCAGTTCAAATAGCTAAGACTATATGAACAATTATT
65 AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * *
6039 TATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTT-TAACT
130 TATTTCAAATTATTATGACC-TTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATT
* * * *
6091 CATACAAGCTTATTT-GAAATAGAATAAAATTAATTTATTAATATTTCTAAAATT--T-A-TAAG
1 CATACAAGCTTATTTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG
* * * ** * * *
6151 AGATTTAGAAAATAATTCTATTTACTGAACTAGTTCAAATAATTGTAACTATTTGAACAATTATC
65 AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * * *
6216 TATTTCAAATCATTATTACTTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTT
130 TATTTCAAATTATTATGAC--CTTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATT
* * ** * ** *
6269 AATATAAATTTGTTT-GAAATAAAATTGTACTAATTTATTAATATTT-AGAAAATTAATCAGTAA
1 CATACAAGCTTATTTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGTAA
* * * * * *
6332 GAGATTT---AAGTAAATCTGCTTGCCAAACTATTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTAT
64 GAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * ** *
6394 CTATTTCAAATCATTATAACCTTTTATTTTGTCAGCAAACAATTGGTTCTATT
129 CTATTTCAAATTATTATGACC-TTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATT
* * ** * * ** * **
6447 TATACTATTTTA-TTCGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTGAAACTTAATAACCAAG
1 CATACAAGCTTATTTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG
* * * * * *
6511 AAAATTAAAAAATAAATCTAATTGT-CC-AACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAACTATTA
65 AGATTTAAAAAATAAATCT-GTT-TACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* *
6574 TCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTCTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TGTT
128 TCTATTTCAAATTATTATGACC-TTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATT
** * * * ** * * *
6627 TGTACAAGCTTATTCA-AATTAAAATAATAATCATTTAAAAATATTT-TAAAATTATTAAGTACG
1 CATACAAGCTTATTTAGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG
* * * * ** *
6690 AGATTT-AAAAATAAA-CTTGTTTATCGAATTAGTTCAAATGGTTATGACTATTAAAATAATTAT
65 AGATTTAAAAAATAAATC-TGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
** * * *
6753 CTATTTCAAATCGTTTTGACCTTTTATTGAC-TCAAAACAATTGTTT-TAGTT
129 CTATTTCAAATTATTATGACCTTTTTTTGTCAT-AAAACAATTGTTTCTA-TT
* * **
6804 CATACAAGCTTATTTAGAATAAATTAATACTAATTTATTAACATTTGGAAAATTAATAAGT----
1 CATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA
* * * ** * * * * * *
6865 GATTAAAAAAATAAATCTATTTGCTGAA-TAAGTTTAAATAATTATTATTATTTTAAGAATTATC
66 GATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * * *
6929 TATTTAAAATCATTATAACCTTTTGATTTGTCATAAAAGAATTGTTTCAATT
130 TATTTCAAATTATTATGACCTTTT--TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATT
* ** ** *
6981 AATACAAGCTTAGATAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCCTAAATTAATAAGCAAGA
1 CATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA
* * * * * * * * * * **
7046 AATTTAAAAAATAAACCGGTTTATCGAATTAGTTAAAATAATTATGGCCATTTGAATGATTATCT
66 GATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
*
7111 ATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGA-T
131 ATTTCAAATTATTATGACC-TTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATT
* * * *
7162 CATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTGATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAACA
1 CATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA
* * * * * * *
7227 GATTTAAACAATAAATCTATTTATCGAACCGACTT-AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTC
66 GATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * ** * * *
7291 AATCTCAAATCATTAAAACCTTTATTTTGTCATAAAATAGTTGTTTCTAAT
130 TATTTCAAATTATTATGACCTTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATT
* * ** *
7342 CATAGATGCTTATTT-GGTTAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG
1 CATACAAGCTTATTTAGAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG
* * * ** * *
7406 AGATTTAAAAAATAAATGTGCTTGCCAAACTAGTTCAAATAGTTAAAACTATTAGAATAATTAT-
65 AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * *
7470 TGATTTCAAATTATTTTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATATTTGTTT-TATAT
130 T-ATTTCAAATTATTATGACCTTTT-TTT-GTCATAAAACAATTGTTTCTAT-T
* * * * * * * *
7523 CTTACAAGCTTATTTGGAATAAAATAAT-CTAAATTTATTGACATTT-AAAAAATACTAAGCAAA
1 CATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG
** * * * *
7586 AGATTTGAAAAAATAAATCTACTTATCGAA-TAAGTTCAAATAGTTATAACTACTT-AGACAATT
65 AGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACCAAACT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA-ACAATT
* * * * *
7649 ATTTATTTAAAATTGTTATGACCTTTTATTTTGACATAAAACAATTATTTC-AGTT
127 ATCTATTTCAAATTATTATGACC-TTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TT
** *
7704 CATTA-AAGCTTATCCA-AATTAAAATAATACTAATTTCTTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
1 CA-TACAAGCTTATTTAGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
* * * * *
7767 GAG-TTAAAAAAATAAATTTGTTTATCGAAA-AAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
64 GAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* **
7830 TCTATTTAAAATTGCTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTT
128 TCTATTTCAAATTATTATGACC-TTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TT
* * * * *
7884 CATATAAGCTTACTT-GAAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGT---
1 CATACAAGCTTATTTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG
* * * * * * * * * * *
7945 -GATTTAAAAAGTGAATCTATTTA-TAAAATCAGTTTAAATAATTATGGCCATTTCAATAATTAT
65 AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * * * * *
8008 CCATTTCAAATTGTTATTACCTTTTGTTTGGTCATATAACAATTATTTTTTTAT
129 CTATTTCAAATTATTATGACCTTTT-TTT-GTCATAAAACAATTGTTTCTAT-T
*
8062 CATACAAGCTTATTCT-GAATAAAATAATACTAATTTATTAATCTTTC-AAAATT--TAA-TAAG
1 CATACAAGCTTATT-TAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG
* * * * * * * *
8122 AGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAATTCAAATAGTTATGATTATTTGAATAATTGTA
65 AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * * * * *
8187 TACTTCAAATTGTTATAACATTTTGTTCTATCATAAAACAATTATTTATATT
130 TATTTCAAATTATTATGACCTTTT-TT-TGTCATAAAACAATTGTTTCTATT
** * * * * * *
8239 CATACAAGCTTATGCAAAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTTAGA
1 CATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA
* * * *
8304 GATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCCA-TT-AAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATC
66 GATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAA-CTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* *
8367 TATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTCTTGTCATAAAACAATAAT-TTTCAATT
130 TATTTCAAATTATTATGACCTTTT-T-TTGTCATAAAACAAT--TGTTTCTATT
** * * *
8420 CATACTTGCTTATTAAGAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAG
1 CATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG
* * * * *
8484 AGATTTAAAAAATAATTCTATTTACCTAA-TCAGTTCAAATAATTATGACTATGTGAACAATTAT
65 AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * * * ** * *
8548 TTATTTCAAATTTTTATAAACTTTTGTATTGTCATAAAATAAAGGTTTATGTT
129 CTATTTCAAATTATTATGACCTTTT-T-TTGTCATAAAACAATTGTTTCTATT
* * * * * *
8601 TA-ATAAGTTTGTTCAGAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGA
1 CATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA
* * * * *
8661 GATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAAGC-AGTTCAAATAGTTATGACTATCTAAACAATTATT
66 GATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAA-CTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * *
8725 TATTTCAAATCATTATGGACTCTTGTTTTG-CTATAAAATAATAGTTTCTATT
130 TATTTCAAATTATTAT-GAC-CTTTTTTTGTC-ATAAAACAATTGTTTCTATT
* * * * *
8777 CATACAAGCTTATTCAGATTAAAATAATATTAATTTATTAAAATTTTAAAAATTAATAAGTAA-A
1 CATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA
* * * ** * * *
8841 -ATCTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACTACATCAAATTGTAATGACTATTTGAATAATTATC
66 GAT-TTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * *
8905 TATTTTAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA-AAAAAAATTATTTC-AGTT
130 TATTTCAAATTATTATGACC-TTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TT
* * * * *
8956 CATATAAACTT-TTTTGAAATAAAATAATACT-ATGTTATTAATATTAT-GAAAATTAATAATTA
1 CATACAAGCTTATTTAG-AATAAAATAATACTAAT-TTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTA
* * * * * * * * *
9018 AGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTATCGAACAAGTTTAAATAATTATGATTATTTAAATAATTA
63 AGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* * * * * * *
9083 TGACTATTTAAATAATTATCTATTTGGAATCGC-TATTTTGTTATAAAATGACTT-TTTTTGTT
128 T--CTATTT-CA-AATTAT-TA--T-G-A-C-CTTTTTTTGTCATAAAA-CAATTGTTTCTATT
* * * *
9145 CATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATA-TTGAAACAATTAACAGGTAA
1 CATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAA-AATTAATAAGTAA
* * * * * * *
9208 AAGATTT-AAAAATAAATCTATTTATCGAACAAGTTCGAATCGTTATGACTATTTGAACAATTAT
64 GAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * * * * *
9272 -TTTTTCAAATTGTTGTGATTTTCTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTT
129 CTATTTCAAATTATTATGA---CCTTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATT
* *
9325 CATACAAGCTTA-TTCGAATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAACAAA-TAATAAGTAA
1 CATACAAGCTTATTTAGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA-AAATTAATAAGTAA
* * ** ** * * *
9388 AAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAAGAAGTTCAAATAGTCATGATTATTTGAATAATTAT
64 GAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * * * *
9453 CAATTTCAAATCATTGTGACTTTTTGTTTTGTAATAAAATAATTGTTTC-AGTT
129 CTATTTCAAATTATTATGAC-CTTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TT
* * * * *
9506 CATATAAACTTATTTTA-AATAAAATAATACTGATTTATTAATATTCCAAAAATCAA-AGAGTAA
1 CATACAAGCTTA-TTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA-AGTAA
* * * * * * * *
9569 GAGAATTAAAAAAATGAATCTATTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGATTATCTAAACAATTA
64 GAG-ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* * * * *
9634 TCTATTTTAAAATATTATGACATTTTGTTTTGTCGTAAAACAATTGGTTT-TGTT
128 TCTATTTCAAATTATTATGAC-CTTT-TTTTGTCATAAAACAATT-GTTTCTATT
* * * *
9688 CATGCAAGCTTATTTCA-AATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTCCAAAAACTAATAATTAA
1 CATACAAGCTTATTT-AGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
* * ** * ** * *
9751 -AAATTTTAAAAATAAATCAATTTTCTGAAC-ATGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTA
64 GAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACTA-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* * * ** * *
9814 TCTATTTTAAATCATTATGACCATTTGTTTTCTCATAAATGAATTATTTCTTTT
128 TCTATTTCAAATTATTATGACC-TTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATT
* * * *
9868 CAAACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCCAAAATTAATAAGTAAAA
1 CATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA
* * * * * * * * *
9932 CATTT-AAAAATAAATTTCTTTACC-GAGTCAGTTTAAATTGTTATGACTATTTAAACAATTATT
66 GATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* *
9995 TATTTCAAATCATTATG-CTCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATT
130 TATTTCAAATTATTATGAC-C-TTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATT
* * * * *
10047 CATACAAGTTTATTTAGAATATAATAATACTAATTTATTAATGTTTTAAAAATTAATAAGT-TGA
1 CATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG-
* * ** * * * * * *
10111 AGATTTAAAAAATTAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTCAAGTCTATTTGGACTATTATC
65 AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * ** ** * *
10176 TATTTGAAATTGTTATGATATTTTATTTTGTTGTAAAACAATTATTTTTATT
130 TATTTCAAATTATTATGA-CCTTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATT
** * * * * *
10228 CATACAAAATTATTCATAAAAAAATAATATTAATTTATTACTATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGA
1 CATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA
* * * * *
10289 GATTTAAAAACTAAATCTTTTTACCGAA-TCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATT
66 GATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * ** * * * * *
10353 TATCTAAAATTGGTATGATCTTTGTTTTATCCTAAAACATTTATTTCTATT
130 TATTTCAAATTATTATGACCTTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATT
* * * * * *
10404 CATAGAAGCTTATTCA-AAGTAAAATACTACTAAATTAATAGTA-TTCTAAAAA-T--TAA-TAA
1 CATACAAGCTTATTTAGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAA
* * * * * * *
10463 G-GATTTAAAAAATAGATGTGTTTGCCGAAC-AATTCAAATAGTTAGGACTATTAGAACAATTAT
64 GAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * ** * * * * *
10526 TTGTTTCAAATCGTTCTAACCTTTTGTTAAGTCATAAAATAATTATTTC-AGTT
129 CTATTTCAAATTATTATGACCTTTT-TT-TGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TT
* * * * * *
10579 CATATATGCTTATTCCA-AATAAAATAATACTATTTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGCAA
1 CATACAAGCTTATT-TAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAA
* * * * *
10642 GAAATTAAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATATGAACAATTAT
64 GAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * *
10707 CTATTTAAAATTGTTATGACCTTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTT-TAGCTT
129 CTATTTCAAATTATTATGACC-TTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA--TT
* ** * * * * * *
10761 -ATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTTAAAAATTGATAAGTTAGA
1 CATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA
** * * * * * * *
10825 GATTTAAAAAATAAATCAATTTATCGAATTAGTTCAAATAATTATGGCCATTTGAATAATTATCT
66 GATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * *
10890 ATTT-AAA-TGTTATAAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA-T
131 ATTTCAAATTATTAT-GACCTTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATT
* * * * * *
10939 CATACAAACCTATTCAAAATAAAATAATAGTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGGA
1 CATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA
* **** * *
11004 GATTT-AAAAATAAATTTGTTTGTTGAATTAGTTCAAA-AGGTTATGACTATTT-AAGTAATTAT
66 GATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACTAGTTCAAATA-GTTATGACTATTTGAA-CAATTAT
* * * * * * * *
11066 ATACTTCAAATTGTTATAACCTTGTGTTCTGTCACAAAACAATTATTGCTATT
129 CTATTTCAAATTATTATGACCTT-T-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATT
* * * * * *
11119 CGTACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATGTAATAATATTAT-GAAAATTAATAACTAAG
1 CATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAAG
** * * * * * ** * *
11183 AGA-TT--CCAATAAA----TTT---GAACCAGTTCAAATAGTTAAGGCCATAGGAACAATTCTT
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** * ** *
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* * * * * **
11290 CTTAGTAA-CTTA-TTCGAAATAAAATAA-AATAAATCTATTAATATTTCAAAAA-TAATCGGTA
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* * ** * * * * * *
11351 AGAGATTTAAAAAATAATTTTGTTTGTCGAACCAGTTCAAAAAATTATGACTATTTAAATAATTA
63 AGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* *** * * * *
11416 TCGATTTTTTATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAAAAATAT-TTT-TTTT
128 TCTATTTCAAATTATTATGACC-TTT-TTTTGTCATAAAACAAT-TGTTTCTATT
* * * * * * * ** *
11469 CAAATAAGTTTGTTCAAAAT-AAATAATATTAATTTATTAATATTTTTAAAATTAATAAGCAAGA
1 CATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA
* ** * * * *
11533 GAGTTAAAAAA-AAAT-TGTTTATTAAACTAGTTCAATTAGTT-TAACTATTTGAAAAATTATTT
66 GATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * *
11595 ATTTCAAATTATTTTGACCATTTGTTTTATCATAAAACAACTGTTTCTAGT
131 ATTTCAAATTATTATGACC-TTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATT
* * * *
11646 CATAC-AGTCTTATTCAAAATAAAATAATGCTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAACTAA
1 CATACAAG-CTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAA
* * * * * **** * * * * * *
11709 TAAATTTCAAAAATGAATTTG-TTAGCTTGCCCAGTGCAAATATTTATGATTGTTTGAACAGTTA
64 GAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
** * * * * * * *
11773 TCTATTTCAAATCGTTATAATCTTTTGTGTTATCACAAATA-AAATATTTCGATT
128 TCTATTTCAAATTATTATGACCTTTT-T-TTGTCATAAA-ACAATTGTTTCTATT
* * * ** *
11827 CATACAAGTTTATTT-GAAATAACATAATTCTAGCTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAG
1 CATACAAGCTTATTTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG
* * **** * * *
11891 AGATTTAAAAAATGAATCTATTTGTTGAACAAGTTAAAATAGTTATGACTATTT-ATCAATTATC
65 AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
*** * *
11955 TATTTCAAATCGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-TTTGCTATT
130 TATTTCAAATTATTATGACC-TTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTT-CTATT
* * * * * * *
12007 CATACAATCTTATTTCA-AATAAAATAACACAAATTTATTAATATTTAAAAAATTAAAAAATAAA
1 CATACAAGCTTATTT-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG
* * *
12071 AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAA-TAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTAT
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* * * * * * * *
12135 TTATTTTAAATCATTACGA-CATTTTTT-T-ATAAAA-AATTATTTTTGTT
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* * * * ** *
12182 CATACAAGCTTATTCAGATTAAAATAATATTAATTTACTAATATTTCCTCAAA-TAATAAGTAAA
1 CATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-CAAAAATTAATAAGTAAG
* * * * ** * *
12246 AGATTTTAAAAATAAATATGTTTACCCAAA-AAGTCCAAATAGCCATAACTATTTGAATAATTAT
65 AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* ** * *
12310 CTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTGATTTTAAAATAATTGTATC-AGTT
129 CTATTTCAAATTATTATGACCTTTT-TTTG-TCATAAAACAATTGTTTCTA-TT
* * * * * * *
12363 CATATAGGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATGTTCCTAAAATTAATGAGTAAG
1 CATACAAGCTTATTTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG
* * * * * * *
12427 AAATTTAAAAAATGAAT-TAGTTTACCGAACAAGTTTAAATAGTTCTTACTATTTGAACAATTAT
65 AGATTTAAAAAATAAATCT-GTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * * * * * *
12491 CTTTTTTAAATTGTTTTGACCTTTTGTTTTATCATAAAAAAATTATTTCTGTT
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* * * *
12544 CATATACGGTTATTCCA-AATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-A
1 CATACAAGCTTATT-TAGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
* * * *
12606 GAAATTTAAAAAATAAATCTATTTTCTAAAC-ACGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
64 GAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACTA-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* * * *
12670 TTTATTTCAAA-TAGTTATGACATTTTATTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTGTT
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12724 CATACAAGCTTATTT
1 CATACAAGCTTATTT
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Statistics
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Indices: 5751--12738 Score: 5032
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5741 AGATTTTTTG
* *
5751 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAGAATTAAT--G--AGACATTTAAAAAATAAAT
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * *
5812 CTGTTT-GCTAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTGAAATTGTTAT
66 CTATTTATC-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT
* * * * * * * * *
5876 AACTCTTTTTTTCTATTATGAAA-ATTTGTTTATGTTCATAAAAGCTTA-TTC-AGAATAAAATA
130 GAC-CTTTGTTT-TGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCGA-AATAAAATA
* * * * * **
5938 ATCCTAATTTAATAATA-TTCTAAAAATTAATAACT-A-AGATTTAAAAAATGAATATGTTTGTC
192 ATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACC
* * * * * *
6000 AAACCAGTTCAAATAGCTAAGACTATATGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGT
256 GAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGT
* * **
6065 TTTGTCATAAAATAATTG-TTTTAACTCATACAAGCTTATTTG
321 TTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGA-TCATACAAGCTTATTCA
* * * * * *
6107 AAATAGAATAAAATTAATTTATTAATATTTCTAAAATT--T-A-TAAGAGATTTAGAAAATAATT
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * *
6168 CTATTTA-CTGAACTAGTTCAAATAATTGTAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT
66 CTATTTATC-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT
* * * * * * ** * **
6232 TACTTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTAATATAAATTTGTTT-GAAATAAAATTG
130 GAC--CTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCGAAATAAAATAA
* * * * *
6296 TACTAATTTATTAATATTT-AGAAAATTAATCAGTAAGAGATTT---AAGTAAATCTGCTTGCCA
193 TACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCG
* * * ** * *
6357 AACTATTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTATT
257 AACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTT
** * * * * ** *
6422 TTGTCAGCAAACAATTGGTTCT-ATTTATACTATTTTATTCG
322 TTGTCATAAAACAATTGTTTTTGA-TCATACAAGCTTATTCA
* ** * ** * *
6463 AAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTGAAACTTAATAACCAAGAAAATTAAAAAATAAAT
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * * *
6528 CTAATTGTCCAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAACTATTATCTATTTCAAATCATTATG
66 CTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATG
* * **
6593 ACCTTTTCTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TGTTTGTACAAGCTTA-TTC-AAATTAAAATAAT
131 ACC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCGAAA-TAAAATAAT
* * ** * * * *
6655 AATCATTTAAAAATATTT-TAAAATTATTAAGTACGAGATTT-AAAAATAAA-CTTGTTTATCGA
194 ACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC-TGTTTACCGA
* * ** * * * *
6717 ATTAGTTCAAATGGTTATGACTATTAAAATAATTATCTATTTCAAATCGTTTTGACC-TTT-TAT
258 ACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTT
* * * *
6780 TGAC-TCAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTA
323 TGTCAT-AAAACAATTGTTTTTGATCATACAAGCTTATTCA
* * * ** *
6820 GAATAAATTAATACTAATTTATTAACATTTGGAAAATTAATAAGT----GATTAAAAAAATAAAT
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * * * * *
6881 CTATTT-GCTGAATAAGTTTAAATAATTATTATTATTTTAAGAATTATCTATTTAAAATCATTAT
66 CTATTTATC-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT
* * * * * ** *
6945 AACCTTTTGATTTGTCATAAAAGAATTGTTTCAATTAATACAAGCTTAGATAG-AATAAAATAAT
130 GACC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCGAAATAAAATAAT
** * * * * *
7009 ACTAATTTATTAATATTTCCTAAATTAATAAGCAAGAAATTTAAAAAATAAACCGGTTTATCGAA
194 ACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAA
* * * * * ** *
7074 TTAGTTAAAATAATTATGGCCATTTGAATGATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTT
259 CTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTT
7139 GTCATAAAACAATTGTTTTTGATCATACAAGCTTATTCA
324 GTCATAAAACAATTGTTTTTGATCATACAAGCTTATTCA
* * *
7178 AAATAAAATAATACTAATTGATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAACAGATTTAAACAATAAAT
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * *
7243 CTATTTATCGAACCGACTT-AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTCAATCTCAAATCATTAA
66 CTATTTATCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT
* * * * * * * * **
7307 AACCTTTATTTTGTCATAAAATAGTTGTTTCTAATCATAGATGCTTATTTGGTTA-AAAATAATA
130 GACCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCGAAATAAAATAATA
* * * * *
7371 CTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGCTTGCCAAAC
195 CTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAAC
** * * * * *
7436 TAGTTCAAATAGTTAAAACTATTAGAATAATTAT-TGATTTCAAATTATTTTGACCTTTTGTTTA
260 TAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT-ATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTT
* * * **
7500 GTCATAAAATATTTGTTTTAT-ATCTTACAAGCTTATTTG
324 GTCATAAAACAATTGTTTT-TGATCATACAAGCTTATTCA
* * * * * * *
7539 GAATAAAATAAT-CTAAATTTATTGACATTT-AAAAAATACTAAGCAAAAGATTTGAAAAAATAA
1 AAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAA
* * * * * * *
7602 ATCTACTTATCGAATAAGTTCAAATAGTTATAACTACTT-AGACAATTATTTATTTAAAATTGTT
64 ATCTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA-ACAATTATCTATTTCAAATCGTT
* * * *
7666 ATGACCTTTTATTTTGACATAAAACAATTATTTC-AGTTCATTA-AAGCTTA--TCCAAATTAAA
128 ATGACC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCA-TACAAGCTTATTTCGAAA-TAAA
* * *
7727 ATAATACTAATTTCTTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG-TTAAAAAAATAAATTTGTTTA
189 ATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA
* ** * * *
7791 TCGAAAAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGCTATGACCTTTT
254 CCGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTT
* * * * *
7856 ATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATATAAGCTTACTT-G
319 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGATCATACAAGCTTA-TTCA
* * * * *
7900 AAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGT----GATTTAAAAAGTGAAT
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
** * * * * * * * *
7961 CTATTTATAAAATC-AGTTTAAATAATTATGGCCATTTCAATAATTATCCATTTCAAATTGTTAT
66 CTATTTATCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT
* * * * * *
8025 TACCTTTTGTTTGGTCATATAACAATTATTTTTTTATCATACAAGCTTA-TTCTG-AATAAAATA
130 GACC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAT-TCATACAAGCTTATTTC-GAAATAAAATA
* *
8088 ATACTAATTTATTAATCTTTC-AAAATT--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCG
192 ATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCG
* * * * * * * * *
8149 AACAAATTCAAATAGTTATGATTATTTGAATAATTGTATACTTCAAATTGTTATAACATTTTGTT
257 AACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTT
* * * * *
8214 CTATCATAAAACAATTATTTAT-ATTCATACAAGCTTATGCA
322 TTGTCATAAAACAATTGTTTTTGA-TCATACAAGCTTATTCA
* * * * *
8255 AAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTTAGAGATTTAAAAAATAAAT
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * * *
8320 TTGTTTACCAAACCCA-TT-AAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTAT
66 CTATTTATCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT
* * ** **
8383 GACCTTTTGTCTTGTCATAAAACAATAAT-TTTCAATTCATACTTGCTTATTAAG-AATAAAATA
130 GACC-TTTGTTTTGTCATAAAACAAT--TGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCGAAATAAAATA
* * * *
8446 A-AATGAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTCTATTTACC
192 ATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACC
* * * * * * *
8510 TAA-TCAGTTCAAATAATTATGACTATGTGAACAATTATTTATTTCAAATTTTTATAAACTTTTG
256 GAACT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTG
* * ** * * * * * *
8574 TATTGTCATAAAATAAAGGTTTATGTTTA-ATAAGTTTGTTCA
320 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGATCATACAAGCTTATTCA
* *
8616 GAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAAT
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * *
8677 CTATTTATCAAAGC-AGTTCAAATAGTTATGACTATCTAAACAATTATTTATTTCAAATCATTAT
66 CTATTTATCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT
* * *
8741 GGA-CTCTTGTTTTG-CTATAAAATAATAGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTC-AGATTAAAAT
130 -GACCT-TTGTTTTGTC-ATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCGA-AATAAAAT
* * * * *
8802 AATATTAATTTATTAAAATTTTAAAAATTAATAAGTAA-A-ATCTTAAAAAATAAATATGTTTAT
191 AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAT-TTAAAAAATAAATCTGTTTAC
** * * * * **
8865 CGAACTACATCAAATTGTAATGACTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATCATTATGACCTTTTG
255 CGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTG
* * ** * * * * **
8930 TTTTGTCA-AAAAAAATTATTTCAGTTCATATAAACTTTTTTG
320 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGATCATACAAGCTTATTCA
* * *
8972 AAATAAAATAATACT-ATGTTATTAATATTAT-GAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGA
1 AAATAAAATAATACTAAT-TTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
* * * * * * * *
9035 ATCTGTTTATCGAACAAGTTTAAATAATTATGATTATTTAAATAATTATGACTATTTAAATAATT
64 ATCTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT--CTATTT-CA-AATC
* * ** * * * * * * *
9100 ATCTATTTGGAATCGCTATTTTGTTATAAAATGACTT-TTTTTGTTCATACAAGCTTATTTTG-A
125 GT-TA--T-G-ACCTTTGTTTTGTCATAAAA-CAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCGAA
* * * *
9163 ATAAAATAATA-TAAATTTATTAATA-TTGAAACAATTAACAGGTAAAAGATTT-AAAAATAAAT
184 ATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAA-AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * *
9225 CTATTTATCGAACAAGTTCGAATCGTTATGACTATTTGAACAATTAT-TTTTTCAAATTGTTGTG
247 CTGTTTACCGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATG
** * *
9289 ATTTTCTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCG
312 ACCTT-TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGATCATACAAGCTTATTCA
* * *
9341 AATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAACAAA-TAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA-AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * * * * * *
9405 TATGTTTA-CTGAAGAAGTTCAAATAGTCATGATTATTTGAATAATTATCAATTTCAAATCATTG
65 TCTATTTATC-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA
* * * * * *
9469 TGACTTTTTGTTTTGTAATAAAATAATTGTTTC-AGTTCATATAAACTTATTT-TAAATAAAATA
129 TGAC-CTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTCGAAATAAAATA
* * * * * *
9532 ATACTGATTTATTAATATTCCAAAAATCAA-AGAGTAAGAGAATTAAAAAAATGAATCTATTTAC
192 ATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA-AGTAAGAG-ATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC
** * * * * * * * *
9596 TAAACAAGTTCAAATAGTTATGATTATCTAAACAATTATCTATTTTAAAATATTATGACATTTTG
255 CGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTG
* * * *
9661 TTTTGTCGTAAAACAATTGGTTTTGTTCATGCAAGCTTATTTC-
320 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGATCATACAAGCTTA-TTCA
* * * * *
9704 AAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTCCAAAAACTAATAATTAA-AAATTTTAAAAATAAA
1 AAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * * *
9767 TCAATTT-TCTGAACATGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCATTA
65 TCTATTTATC-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA
* ** * * * *
9831 TGACCATTTGTTTTCTCATAAATGAATTATTTCTTTTCAAACAAGCTTATTTTG-AATAAAATAA
129 TGACC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCGAAATAAAATAA
* * * * *
9895 TACTAATTTATTAATA-TTCCAAAATTAATAAGTAAAACATTT-AAAAATAAATTTCTTTACCG-
193 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGA
* * * * * **
9957 AGTCAGTTTAAATTGTTATGACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATCATTATG-CTCTTTTGT
258 ACT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAC-CTTTTGT
* * * *
10021 TTTGTCATAAAACAATTATTTCT-ATTCATACAAGTTTATTTA
321 TTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGA-TCATACAAGCTTATTCA
* * * * * *
10063 GAATATAATAATACTAATTTATTAATGTTTTAAAAATTAATAAGT-TGAAGATTTAAAAAATTAA
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG-AGATTTAAAAAATAAA
* * * * * * *
10127 TCTATTTA-CTGAACAAGTTCAAATAGTCAAGTCTATTTGGACTATTATCTATTTGAAATTGTTA
65 TCTATTTATC-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA
** * ** * * ** *
10191 TGATATTTTATTTTGTTGTAAAACAATTATTTTTATTCATACAAAATTA-TTC-ATAAAAAAATA
129 TGA-CCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCGA-AATAAAATA
* * * *
10254 ATATTAATTTATTACTATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAACTAAATCTTTTTACCG
192 ATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCG
* * * * * *
10315 AA-TCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATCTAAAATTGGTATGATC-TTTGT
257 AACT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGT
* * * * * *
10378 TTTATCCTAAAACATTTATTTCT-ATTCATAGAAGCTTATTCA
321 TTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGA-TCATACAAGCTTATTCA
* * * * * *
10420 AAGTAAAATACTACTAAATTAATAGTA-TTCTAAAAA-T--TAA-TAAG-GATTTAAAAAATAGA
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * ** * * * * *
10479 TGTGTTTGCCGAACAA-TTCAAATAGTTAGGACTATTAGAACAATTATTTGTTTCAAATCGTTCT
65 TCTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT
* ** * * * * *
10543 AACCTTTTGTTAAGTCATAAAATAATTATTTC-AGTTCATATATGCTTA-TTCCAAATAAAATAA
130 GACC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTCGAAATAAAATAA
* * * * * * *
10606 TACTATTTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGCAAGAAATTAAAAAAATAAATCTGTTTATCA
193 TACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCG
* * * *
10670 AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATATGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATGACCTTTTATT
257 AACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTT
* * * * * *
10735 TTATCATAAAACAATTGTTTTAGCTTATAAAAGCTTATCCA
322 TTGTCATAAAACAATTGTTTTTGATCATACAAGCTTATTCA
* * * * *
10776 AAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTTAAAAATTGATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAAT
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* ** * * * *
10841 CAATTTATCGAATTAGTTCAAATAATTATGGCCATTTGAATAATTATCTATTT-AAAT-GTTATA
66 CTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT-
* * * * * *
10904 AACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA-TCATACAAACCTA-TTCAAAATAAAATAAT
130 GACCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTTCGAAATAAAATAAT
* * * ***
10967 AGTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGGAGATTT-AAAAATAAATTTGTTTGTTGAA
194 ACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAA
* * * * * *
11031 TTAGTTCAAA-AGGTTATGACTATTT-AAGTAATTATATACTTCAAATTGTTATAACCTTGTGTT
259 CTAGTTCAAATA-GTTATGACTATTTGAA-CAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTT
* * * ** *
11094 CTGTCACAAAACAATTATTGCT-ATTCGTACAAGCTTATTCA
322 TTGTCATAAAACAATTGTTTTTGA-TCATACAAGCTTATTCA
* * * * * **
11135 GAATAAAATAATACTAATGTAATAATATTAT-GAAAATTAATAACTAAGAGA-TT--CCAAT-AA
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * ** * *
11195 ---A-TT-T-GAACCAGTTCAAATAGTTAAGGCCATAGGAACAATTCTTTATTTCAAATCGTTAT
65 TCTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT
* ** * * *
11254 GACCTTTTGTTTTATTGTAAAACAATTTTTTC-AGTTCTTAGTAA-CTTA-TTCGAAATAAAATA
130 GACC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATA-CAAGCTTATTTCGAAATAAAATA
* * ** * * **
11316 A-AATAAATCTATTAATATTTCAAAAA-TAATCGGTAAGAGATTTAAAAAATAATTTTGTTTGTC
192 ATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACC
* * * * * * *** **
11379 GAACCAGTTCAAAAAATTATGACTATTTAAATAATTATCGATTTTTTATCATTATGACCTTTTGT
256 GAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGT
* * * * * * *
11444 TTTATCATAAAAAAATAT-TTTTT-TTCAAATAAGTTTGTTCA
321 TTTGTCATAAAACAAT-TGTTTTTGATCATACAAGCTTATTCA
* ** * *
11485 AAAT-AAATAATATTAATTTATTAATATTTTTAAAATTAATAAGCAAGAGAGTTAAAAAA-AAAT
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* ** * * * * * ** *
11548 -TGTTTATTAAACTAGTTCAATTAGTT-TAACTATTTGAAAAATTATTTATTTCAAATTATTTTG
66 CTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATG
* * * *
11611 ACCATTTGTTTTATCATAAAACAACTGTTTCTAGTCATAC-AGTCTTA-TTCAAAATAAAATAAT
131 ACC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG-CTTATTTCGAAATAAAATAAT
* * * * * * * *
11674 GCTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAACTAATAAATTTCAAAAATGAATTTG-TTAGCTT
194 ACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-C-C
* * * * * * * * * *
11737 G-CCCAGTGCAAATATTTATGATTGTTTGAACAGTTATCTATTTCAAATCGTTATAATCTTTTGT
256 GAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGT
* * * * * * * **
11801 GTTATCACAAATA-AAAT-ATTTCGATTCATACAAGTTTATTTG
321 TTTGTCATAAA-ACAATTGTTTTTGA-TCATACAAGCTTATTCA
* * ** * *
11843 AAATAACATAATTCTAGCTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAAT
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * *
11908 CTATTTGTTGAACAAGTTAAAATAGTTATGACTATTT-ATCAATTATCTATTTCAAATCGCTATA
66 CTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATG
* * *
11972 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-TTTGCTATTCATACAATCTTATTTC-AAATAAAATAAC
131 ACC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-CTATTCATACAAGCTTATTTCGAAATAAAATAAT
* * * * * *
12035 ACAAATTTATTAATATTTAAAAAATTAAAAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CTAA
194 ACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAA
* * * * * ** * *
12099 ATAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTTAAATCATTACGA-C-ATT-TTT
259 CT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTT
* *
12161 T-T-ATAAAA-AATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTCA
323 TGTCATAAAACAATTGTTTTTGATCATACAAGCTTATTCA
* * * * ** * *
12198 GATTAAAATAATATTAATTTACTAATATTTCCTCAAA-TAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAA
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* * * * * * ** * * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * * *
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*
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* * * *
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* * * *
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* * ** * *
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** * * * * * *
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* *
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* * *
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* * * * * * * *
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* ** * ** * * * *
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** * * *
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* * * * * * *
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* *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * * ** * * * *
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* ** * ***
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* * * * * *
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* * * * * * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * ** **
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* * * ** * *
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* ** ** *
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* * *
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* * ** * * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * *
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* * * * * *
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* * * * **
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* * * * *
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** * * * * * *
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* *
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* * * * ** * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* ** * * **
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* ** * * * * * *
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65 TGTTTACCCAAAAAGTTCAAATAGTTATA-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATG
** * * ** ** ** *
10193 ATATTTTATTTTGTTGTAAAACAATTATTTTTATTCATACAAAATTATTC-ATAAAAAAATAATA
129 ACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCGATTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATA
* * * * *
10257 TTAATTTATTACTATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAACTAAATCTTTTTACCGAAT
193 TTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAA-
* * * * * * *
10318 C-AGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATCTAAAATTGGTATGATC-TTTGTTTT
257 CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCGTTATGACCTTTTGTTTT
* * * * * * * *
10381 ATCCTAAAACATTTATTTCTATTCATAGAAGCTTATTCAAAGTAAAATACTACTAAATTAATAGT
322 ATCATAAAAAAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAA-TAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * *
10446 A-TTCTAAAAATTAATAAG-----GATTTAAAAAATAGATGTGTTTGCCGAACAA-TTCAAATAG
386 ATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAATAAGTTCAAATAG
* * * * * * * *
10504 TTAGGACTATTAGAACAATTATTTGTTTCAAATCGTTCTAACCTT-TTGTTAAGTCATAAAATAA
450 TTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACATTGTT-TT--GTCATAAAACAA
* * *
10568 TTATTTCAGTTCATATATGCTTATTCCA-
512 TTATTTCTGTTCATACAAGCTTATT-CAG
* * * * *
10596 AATAAAATAATACTATTTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAA-ATTAAAAAAATAAAT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-TAAAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAAT
* * * *
10660 CTGTTTA-TCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATATGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTAT
64 CTGTTTACCCAAA-AAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTAT
* * * * * * *
10724 GACCTTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTTAGCTT-ATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAAT
128 GACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATT-ATTTCGATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAAT
* ** * * *
10788 ATTACTTTATTAATATTTTAAAAATTGATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATCAATTTATCGAA
192 ATTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAA
** * * * * * *
10853 TTAGTTCAAATAATTATGGCCATTTGAATAATTATCTA-TTTAAAT-GTTATAAACTTTTGTTTT
257 CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCGTTATGACCTTTTGTTTT
* * * * * * *
10916 GTCATAAAACAATTGTTTTTCA-TCATACAAACCTATTCAAAATAAAATAATAGTAATTTATTAA
322 ATCATAAAAAAATTATTTCT-ATTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAA
** * ** *
10980 TATTTCAAAAATTAATAAGTAGGAGATTT-AAAAATAAATTTGTTTGTTGAATTAGTTCAAA-AG
385 TATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAATAAGTTCAAATA-
* * * ** * * *
11043 GTTATGACTATTT-AAGTAATTATATACTTCAAATTGTTATAACCTTGTGTTCTGTCACAAAACA
449 GTTATGACTATTTGAA-CAATTATTTATTTCAAATCATTATGACATTGT-TT-TGTCATAAAACA
* * *
11107 ATTATTGCTATTCGTACAAGCTTATTCAG
511 ATTATTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAG
* * * * * **
11136 AATAAAATAATACTAATGTAATAATATTATGAAAATTAATAACTAAGAGA-TT--CCAATAAA--
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATC
* * * * ** * * *
11196 T-TTGAACC----AGTTCAAATAGTTA-AGGCCATAGGAACAATTCTTTATTTCAAATCGTTATG
65 TGTTTACCCAAAAAGTTCAAATAGTTATA-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATG
** * * * *
11255 ACCTTTTGTTTTATTGTAAAACAATTTTTTC-AGTTCTTAGTAA-CTTATTCGAAATAAAATAAA
129 ACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCGA-TTCATA-CAAGCTTATTCGAAATAAAATAAT
* * * ** * * * *
11318 ATAAATCTATTAATATTTCAAAAA-TAATCGGTAAGAGATTTAAAAAATAATTTTGTTTGTCGAA
192 ATTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAA
* * * * * * ** *
11382 CCAGTTCAAAAAATTATGACTATTTAAATAATTATCGATTTTTTATCATTATGACCTTTTGTTTT
257 CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCGTTATGACCTTTTGTTTT
* * * * * * *
11447 ATCATAAAAAAA-TATTTTTTTTCAAATAAGTTTGTTCAAA-ATAAATAATATTAATTTATTAAT
322 ATCATAAAAAAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAATA-AAATAATACTAATTTATTAAT
** * * * * * *
11510 ATTTTTAAAATTAATAAGCAAGAGAGTTAAAAAA-AAAT-TGTTTATTAAACT-AGTTCAATTAG
386 ATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAA-TAAGTTCAAATAG
* * * * * *
11572 TT-TAACTATTTGAAAAATTATTTATTTCAAATTATTTTGACCATTTGTTTTATCATAAAACAAC
450 TTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGA-CA-TTGTTTTGTCATAAAACAAT
* *
11636 TGTTTCTAG-TCATAC-AGTCTTATTCAA
513 TATTTCT-GTTCATACAAG-CTTATTCAG
* * * *
11663 AATAAAATAATGCTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAACTAATAA-ATTTCAAAAATGAAT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAAT
* ****** * * * * * * *
11727 TTG-TTAGCTTGCCCAGTGCAAATATTTATGATTGTTTGAACAGTTATCTATTTCAAATCGTTAT
64 CTGTTTA-CCCAAAAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTAT
* * * * * * * *
11791 AATCTTTTGTGTTATCACAAATA-AAATATTTCGATTCATACAAGTTTATTTGAAATAACATAAT
128 GACCTTTTGTTTTATCATAAA-ACAATTATTTCGATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAAT
** * * *
11855 -TCTAGCTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTGTTGA
192 AT-TAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGA
* * * * *
11919 ACAAGTTAAAATAGTTATGACTATTT-ATCAATTATCTATTTCAAATCGCTATAACCTTTTGTTT
256 ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCGTTATGACCTTTTGTTT
* * * * *
11983 TGTCATAAAATAATT-TTTGCTATTCATACAATCTTATTTCAAATAAAATAACACAAATTTATTA
321 TATCATAAAAAAATTATTT-CTATTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATACTAATTTATTA
* * * * *
12047 ATATTTAAAAAATTAAAAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAATAAGTTTAAATA
384 ATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAATAAGTTCAAATA
* * *
12112 GTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTTAAATCATTACGACATT-TTTT-T-ATAAAA-AATT
449 GTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACATTGTTTTGTCATAAAACAATT
*
12173 ATTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAG
514 ATTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAG
* * * * *
12199 ATTAAAATAATATTAATTTACTAATATTTCCTCAAA-TAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAAT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TT-CTAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
* * ** *
12263 ATGTTTACCCAAAAAGTCCAAATAGCCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATG
64 CTGTTTACCCAAAAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATG
* ** * * * * *
12328 ACCTTTTGTTTGATTTTAAAATAATTGTATC-AGTTCATATAGGCTTATTCGAAATAAAATAATA
129 ACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCGA-TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATA
* * * * * * *
12392 CTAATTTATTAATGTTCCTAAAATTAATGAGTAAGAAATTTAAAAAATGAAT-TAGTTTACCGAA
193 TTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA-TTTATCGAA
* * * * * *
12456 CAAGTTTAAATAGTTCTTACTATTTGAACAATTATCTTTTTTAAATTGTTTTGACCTTTTGTTTT
257 CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCGTTATGACCTTTTGTTTT
* * * *
12521 ATCATAAAAAAATTATTTCTGTTCATATACGGTTATTCCAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAA
322 ATCATAAAAAAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATT-CAAATAAAATAATACT-AATTTATTAA
* * * * * *
12585 TATTTCAAAAATTAATAAGTAGAA-ATTTAAAAAATAAATCTATTTTCTAAACACGTTCAAATAG
385 TATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAATAAGTTCAAATAG
* *
12649 TTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAAT-AGTTATGACATTTTATTTTGTCATAAACCAA
450 TTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCA-TTATGACA--TTGTTTTGTCATAAAACAA
*
12713 TTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATT
512 TTATTTCTGTTCATACAAGCTTATT
12738 TTAAGTAAAA
Statistics
Matches: 5125, Mismatches: 1051, Indels: 544
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (539 bp):
AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCT
GTTTACCCAAAAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAC
CTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCGATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTA
ATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACAAG
TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCA
TAAAAAAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC
AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAATAAGTTCAAATAGTTATGA
CTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACATTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTG
TTCATACAAGCTTATTCAG
Found at i:13382 original size:154 final size:151
Alignment explanation
Indices: 13120--13397 Score: 362
Period size: 154 Copynumber: 1.8 Consensus size: 151
13110 ACTGGATCAA
* * * *
13120 TTCAAATAGTTATGACTACTTGAAATTTATCTATCTCAAATGTTATGATCTTTATTTTGTCATAA
1 TTCAAATAGTTAAGACTACTTGAAAATTATCTATCTCAAATATTATGATCTTTATTTAGTCATAA
* ** * **
13185 AACAATTGTTTCTTTTTATATAAGCTTATTCCGATTAGGATAATACTAATTTAATAATAAAAAAT
66 AACAATTATTTCAATTTATATAAGCTTATTCCGAATAAAATAATACTAATTTAATAATAAAAAAT
13250 AAATGTGTTTTGCCGATGTAG
131 AAATGTGTTTTGCCGATGTAG
* *
13271 TTCAAATAGTTAAGACTA-TTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTGATCTTTTATTTAGTC
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* * *
13335 ATAAAATAATTATTTCAATTTATATAAGCTTATT-TGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
62 ATAAAACAATTATTTCAATTTATATAAGCTTATTCCG-AATAAAATAATACTAATTTAATAATA
13398 TTCAAAAAAT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
150 2 0.02
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TTCAAATAGTTAAGACTACTTGAAAATTATCTATCTCAAATATTATGATCTTTATTTAGTCATAA
AACAATTATTTCAATTTATATAAGCTTATTCCGAATAAAATAATACTAATTTAATAATAAAAAAT
AAATGTGTTTTGCCGATGTAG
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Alignment explanation
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13232 AATTTAATAA
**
13242 TAAAAAATAAATGTGTTTTGCCG-ATGTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTAT
1 TAAAAAATAAATGTG-TTTGCCGAATCAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTAT
* * *
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130 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATT
* * * * * * * *
13424 TAAAAAAATTAATATGTTTACCTAA-CAAGTTTAAATAGATATA-ACCATTTGAACAATTATCTA
1 T-AAAAAATAAATGTGTTTGCCGAATCAAGTTCAAATAGTTA-AGACTATTAGAACAATTATCTA
* * * * * * * ** *
13487 TTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAATTTA-TC
64 TTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTAGTCATAAAATAATTATTTCAATTCATATAAGCTTATTT
* * *
13551 CGAAATAAAATAATACT-A--CATTAATATTTC-AAAAATTATTAAGCAAGAGATT
129 AGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATT
* * * * * * * * *
13603 TAAAAACTAAA-GCTATTTTCC-AAACTAGTTCAAATAGTTATGA-TCATTTGAACAAATATCAA
1 TAAAAAATAAATG-TGTTTGCCGAATCAAGTTCAAATAGTTAAGACT-ATTAGAACAATTATCTA
* * * * * *
13665 TCTCAAATCACTATGATCTTTGT-TTT-GTCATAAAAAAACTATTTC-TTATCATATAAGCTTAT
64 TTTCAAATCATTATGACCTTT-TATTTAGTCATAAAATAATTATTTCAAT-TCATATAAGCTTAT
* * * *
13727 TTAG-ATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATT
127 TTAGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATT
* * * *
13783 TAAAAAATAAATGTGTTTGCCGAATC-ATTTCAAGTGGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATT
1 TAAAAAATAAATGTGTTTGCCGAATCAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATT
* * * * *
13847 TCAAATCATTCTAACCTTTTATTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTAG
66 TCAAATCATTATGACCTTTTATTTAGTCATAAAATAATTATTTCAATTCATATAAGCTTATTTAG
*
13912 -AATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATT
131 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATT
* * * * * ** * *
13964 TGAAAAATAAATATGTTTACC-AAACAAGCTCAAATAGTTATTATTATTTGAACAATTATCTA
1 TAAAAAATAAATGTGTTTGCCGAATCAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTA
14026 AACTTTTGTT
Statistics
Matches: 482, Mismatches: 97, Indels: 47
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.43, C:0.11, G:0.08, T:0.38
Consensus pattern (183 bp):
TAAAAAATAAATGTGTTTGCCGAATCAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATT
TCAAATCATTATGACCTTTTATTTAGTCATAAAATAATTATTTCAATTCATATAAGCTTATTTAG
AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATT
Found at i:14622 original size:181 final size:181
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Indices: 14289--17237 Score: 1529
Period size: 181 Copynumber: 16.4 Consensus size: 181
14279 ATCTAAAAAT
* * * * **
14289 AAATAGTTATGACTATTTGAACAACTATGTATTTCAAATTGTTATAACCA-TTTGTTTTGTCATA
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*
14353 AAACAATTATTTTTGTTCATACAAGTTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATA-TTCT
65 AAACAATTATTTTTGTTCATACAAGTTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-
* *
14417 AAAAATTCATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTGTTAAACTAATTC
129 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTGTTAAACTAATTC
* *
14470 AAACT-GTTAAGACTATATAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATA
1 AAA-TAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACATTTTGTTTTGTCATA
* * * * *
14534 AAATAATTATTTTAGCTCATACAAGTTTATTTAGAATAAAATAAAACTAATTTGTTAATATTTCA
65 AAACAATTATTTTTGTTCATACAAGTTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA
* * ** * *
14599 AAATTTTATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATACTATTTACTGAATCGGTTAAAATAATTATA
130 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-A-A--A--T-CTG--TTTGTTAAACTAA-T-TC
* * * * *
14662 AAATAATTATA-ACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTATTACTTTTTGTTTTGTCATA
1 AAATAGTTA-AGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACATTTTGTTTTGTCATA
* * * * *
14726 AAACAATTTTTTTTTGTTCATATAAGTTT-GTTCGAAATAACATAATACTAATTTATTAATATTT
65 AAACAA-TTATTTTTGTTCATACAAGTTTATTTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * * ** *
14790 -AGAAAATTAATTAGTGAA-AGATTTAAAAAATAAATTTATTTACTAAACTATTTC
128 CA-AAAATTAATAAGT-AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTGTTAAACTAATTC
** *
14844 AAATAGTTTTGACTATATGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACTTTATCATTATAACTTT
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* ** * * * * *
14909 TTGTTTTGTCATCAAACAATTGGTTCTGTTCATACTATTTTACTTGGAATAAAATAATACTAATT
52 TTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGTTTATTTAGAATAAAATAATACTAATT
* ** * ** * * * ** * *
14974 TAATAATATTTTGAAACTTAATAACCAAGAAAATTAAAAGATAAATCTAATTGTCAAA-TGAGTT
117 TATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTGTTAAACT-AATT
15038 C
181 C
** * *
15039 AAATAGTTAAGACTATATGAATGATTATCTATATCAAAT-AGTTATGACCA-TTTGTTTTGTCAT
1 AAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTAT-AACATTTTGTTTTGTCAT
* ** * * * *
15102 AAAATAATT-TTTTTGTTTGTACAAGCTTA-TTCGAATTAAAATAATACAAATTTAATAATATTT
64 AAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGTTTATTTAGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* ** * *
15165 C-AAAATTAATAAGTAAGAGA--TCAAAAA-AAAT-TGTTTGTCGAACTAGTTT
128 CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTGTTAAACTAATTC
* * * ** * *
15214 ATAT-GATTAATACTAT-TAGATCAATTATCTAGTTT-AAATTGTTTTGATC-TTTTGTTTTGTC
1 AAATAG-TTAAGACTATAT-GAACAATTATCTA-TTTCAAATCATTAT-AACATTTTGTTTTGTC
* ** * * * * * * *
15275 ATAAAAGCAATTGTTTCAGTTTATACAAGCTTACTCAAAATAAATTAATACTAATTTATTAACA-
62 ATAAAA-CAATTATTTTTGTTCATACAAGTTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * ***
15339 TTCAAAAAATTAAGAAGAAAGAGATTTAAGAAAATAAATCTATTTACCGAAA--AAGTTC
126 TTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAA-AAAATAAATCTGTTT-GTTAAACTAA-TTC
* * * * *** * * *
15397 AAATAGTTATA-ACTATTTGTACAATTGTCTATTTAAAATTGCTATGACCTTTTGTTTTTTCATA
1 AAATAGTTA-AGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACATTTTGTTTTGTCATA
* ** * * * *
15461 AAACAATTGTTTCAGTTAATACAAGTTTA--T---ACAAAATAA-AATAA--TA-CAA-ATTT--
65 AAACAATTATTTTTGTTCATACAAGTTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA
* * * ** * *
15514 ---ATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT--ATTTTTTTATCGAATTAGTT-
130 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTGTTAAACTAATTC
* * * * * *** *
15560 AAATAATTATGGCAATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGCTATAACCA-TTTGTTTTGTTATA
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* * * * *
15624 AAACAATTGTTTTTTTTATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
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* * * ***
15689 CAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTATCAAACCGGTTC
128 CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTGTTAAACTAATTC
* * * * ** * * * * *
15739 AAATAGTTAAAACTATAAGAATAATTATCTATTTTAAATTGTTCTAGCCTATT-TTTAGTCATAA
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* ** * * * * * *
15803 AA-TATT-TGTTTCATATCATACAAGCTTATTTAGAACAAAATAATCCTAATATATTAACATTTG
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* * * **** *
15866 AAGAATTACTAAGTAAGAGATTTGAAAAAATAAATTTGTTTACCGAA-TAAGCTC
129 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTGTTAAACTAA-TTC
* * * * * ** *
15920 AAGTAGTTATGACTATTTGAA-AGATTA-ATATTTAAAATTGTTATGATC-TTTTGTTTTGTCAT
1 AAATAGTTAAGACTATATGAACA-ATTATCTATTTCAAATCATTAT-AACATTTTGTTTTGTCAT
* ** ** * * ** * *
15982 AAAAAAATTGCTTCAGTTCATAAAAGGTTATCCAAAATAAAATAATACCT-ATTTTTTAATATTT
64 AAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGTTTATTTAGAATAAAATAATA-CTAATTTATTAATATTT
* *
16046 CAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAAATAAATGTGTTT-TCTAAA-TAAATTC
128 CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTGT-TAAACT-AATTC
* ** * * * * * * *
16101 AAATAATTGTGACTATTTGAACAATTGTATATTTAAAATCATTATGATATTTTGTTTTATCATAA
1 AAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACATTTTGTTTTGTCATAA
* *** * * * * *
16166 AACAATTGTTTCAATTCATTA-ATGCTTATTT-GAAATAAAATAACAATAATTTATTAACATTTC
66 AACAATTATTTTTGTTCA-TACAAGTTTATTTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC
* * * *** *
16229 AAAAATTAATAAGTAAGTGATTTAAAAAGTGAATCTGTTTACCAAA-TCAATTT
129 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTGTTAAACT-AATTC
* * * * *
16282 AAATAATTATGGCTATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACA-TTT-TTTTGTCATA
1 AAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT-AACATTTTGTTTTGTCATA
* ** ** * *
16345 AAACAATTGTTTTTCATCATACAAGCCTGTTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA
65 AAACAATTATTTTTGTTCATACAAGTTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA
* * * * *
16410 AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATC--TAT-TT-ATCGAA-GC
130 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTGTTAAACTAATTC
** * * * * *
16457 AGCT-CTT---A-T-T-TGAATAATTACCTATTTCAAATCATTATAACTTTTTATTCTAT-TC-T
1 AAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACATTTTGTT-T-TGTCAT
* * * *
16513 -AAATAATT-TTTCTAGTTCATACAAGCTTATTT-GAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATT
64 AAAACAATTATTT-TTGTTCATACAAGTTTATTTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * * * * *
16575 AT-GAAAATTAATAACTATG-GTATTTAAAAAATAAAAT-TCGTTTGTCGAAGC-AGTTT
127 -TCAAAAATTAATAAGTAAGAG-ATTTAAAAAAT-AAATCT-GTTTGT-TAAACTAATTC
* * **
16631 AAATAGTTAAGACAATATGAATAATTATCTATTT-AGAATTGTTATGAA-ATTTTGTTTTGTCAT
1 AAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCA-AATCATTAT-AACATTTTGTTTTGTCAT
* * * * *
16694 AAAATAATT-TTTTTAGTTCATAGAAGCTTATTT-GAAATAAAATAATACAAATTTATTAACATT
64 AAAACAATTATTTTT-GTTCATACAAGTTTATTTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * * * ** * * *
16757 CCAAAAATTAATAAGT----GATCTAAAAAGTGAATCTATTTACTGATC-ATTTC
127 TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTGTTAAACTAATTC
* * * * * * * * * * * * *
16807 AAATAATTATGGCCATTTCAACATTTATCTATTTCAAACCATTATTACCTTTTGTGTGGTCATAT
1 AAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACATTTTGTTTTGTCATAA
* * * * * *
16872 AACAAATGTTTTT-TATCATTCAAGCTTATTTAGAATACAATAATACTAATTTATTAATCTTTCA
66 AACAATTATTTTTGT-TCATACAAGTTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA
* * ** * *
16936 AAAATTAATAAGTAAGCGATTTAAAAAATAAATTTGTTCATCAAACTAGTTC
130 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTGTTAAACTAATTC
* * * ** * * * ** *
16988 AAATAATTATGACTATTTGAATGATTGTATACTTCAAATTGTTATAACATTTTGTTTTGTCAGAA
1 AAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACATTTTGTTTTGTCATAA
* * * * * * *
17053 AACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACAAATATAATAATA-TTCTA
66 AACAATTATTTTTGTTCATACAAGTTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-A
* * * ** ** *
17117 AAAATTAATAACTAAGAGAATT-AAAAATAAATTTGTTTGACATTCTAGTTC
130 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTGTTAAACTAATTC
* * * * *
17168 AAATATTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAAAT-GTTATGACCTTTTGCTTTGTCATA
1 AAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTC-AAATCATTATAACATTTTGTTTTGTCATA
17232 AAACAA
65 AAACAA
17238 ATTTTCAATT
Statistics
Matches: 2148, Mismatches: 460, Indels: 321
0.73 0.16 0.11
Matches are distributed among these distances:
163 60 0.03
164 13 0.01
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166 5 0.00
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173 7 0.00
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186 1 0.00
187 3 0.00
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189 1 0.00
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196 23 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (181 bp):
AAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACATTTTGTTTTGTCATAA
AACAATTATTTTTGTTCATACAAGTTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA
AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTGTTAAACTAATTC
Found at i:14665 original size:11 final size:11
Alignment explanation
Indices: 14649--14673 Score: 50
Period size: 11 Copynumber: 2.3 Consensus size: 11
14639 CTGAATCGGT
14649 TAAAATAATTA
1 TAAAATAATTA
14660 TAAAATAATTA
1 TAAAATAATTA
14671 TAA
1 TAA
14674 CTATTTGAAC
Statistics
Matches: 14, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
11 14 1.00
ACGTcount: A:0.64, C:0.00, G:0.00, T:0.36
Consensus pattern (11 bp):
TAAAATAATTA
Found at i:14900 original size:14 final size:14
Alignment explanation
Indices: 14881--14908 Score: 56
Period size: 14 Copynumber: 2.0 Consensus size: 14
14871 TCTATTTCAA
14881 ATCATTATAACTTT
1 ATCATTATAACTTT
14895 ATCATTATAACTTT
1 ATCATTATAACTTT
14909 TTGTTTTGTC
Statistics
Matches: 14, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
14 14 1.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.00, T:0.50
Consensus pattern (14 bp):
ATCATTATAACTTT
Found at i:15042 original size:195 final size:196
Alignment explanation
Indices: 14699--15077 Score: 441
Period size: 195 Copynumber: 1.9 Consensus size: 196
14689 TATATTTCAA
* ** * *
14699 ATCATTATTACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTCGAAAT
1 ATCATTATAACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTGGTTCTGTTCATATAAGTTTCTTCGAAAT
* * * ** *
14764 AACATAATACTAATTTATTAATATTTAGAAAATTAATTAGTGAAAGATTTAAAAAATAAATTTAT
66 AAAATAATACTAATTTAATAATATTTAGAAAATTAATAAAAGAAAGATTTAAAAAATAAATTAAT
* ** *
14829 TTACTAAACTATTTCAAATAGTTTTGACTATATGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACTT
131 TTACTAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAATAATTATCTATATCAAATCATTATAACTT
14894 T
196 T
* * *
14895 ATCATTATAACTTTTTGTTTTGTCATCAAACAA-TTGGTTCTGTTCATACT-ATTTTACTT-GGA
1 ATCATTATAACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTGGTTCTGTTCATA-TAAGTTT-CTTCGAA
* * *
14957 ATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTGAAACTTAATAACCAAGAAA-A-TTAAAAGATAAAT
64 ATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTAGAAAATTAATAA--AAGAAAGATTTAAAAAATAAAT
*
15020 CTAATTGT-C-AAA-TGAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAATGATTATCTATATCAAAT
127 -TAATT-TACTAAACT-AGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAATAATTATCTATATCAAAT
15078 AGTTATGACC
Statistics
Matches: 154, Mismatches: 22, Indels: 15
0.81 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
194 1 0.01
195 108 0.70
196 40 0.26
197 5 0.03
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (196 bp):
ATCATTATAACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTGGTTCTGTTCATATAAGTTTCTTCGAAAT
AAAATAATACTAATTTAATAATATTTAGAAAATTAATAAAAGAAAGATTTAAAAAATAAATTAAT
TTACTAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAATAATTATCTATATCAAATCATTATAACTT
T
Found at i:15929 original size:523 final size:519
Alignment explanation
Indices: 15062--16029 Score: 1189
Period size: 523 Copynumber: 1.9 Consensus size: 519
15052 TATATGAATG
* * * *
15062 ATTATCTATATCAAATAGTTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTTGTTTGTACAAG
1 ATTATCTATATCAAATAGCTATAACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTGTTTATACAAG
* * *
15127 CTTATTCGAATTAAAATAATACAAATTTAATAATATTTCAAAATTAATAAGTAAGAGATCAAAAA
66 CTTATTCAAAATAAAATAATACAAATTTAATAATATTTCAAAATTAATAAG-AAGAGATAAAAAA
* * * * * * *
15192 AAATTGTTTGTCGAACTAGTTTATATGATTAATACTATTAGATCAATTATCTAGTTTAAATTGTT
130 AAATTGTTTATCAAACCAGTTCAAATGATTAAAACTATAAGATCAATTATCTAGTTTAAATTGTT
* * * * * * *
15257 TTGATCTTTTGTTTTGTCATAAAAGCAATTGTTTCAGTTTATACAAGCTTACTCAAAATAAATTA
195 TAGACCTATTGTTTAGTCATAAAAGCAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTACTCAAAACAAAATA
*
15322 ATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAAGAAGAAAGAGATTTAAGAAAATAAATCTATTTACC
260 ATACTAATATATTAACATTCAAAAAATTAAGAAGAAAGAGATTTAAGAAAATAAATCTATTTACC
* * **
15387 GAAAAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGTACA-ATTGTCTATTTAAAATTGCTATGACCTTTTG
325 GAAAAAGCTCAAATAGTTATAACTATTTG-AAAGATT-AATATTTAAAATTGCTATGACCTTTTG
* * * * *
15451 TTTTTTCATAAAACAATTGTTTCAGTTAATACAAGTTTATACAAAATAAAATAATACAAATTTAT
388 TTTTGTCATAAAAAAATTGCTTCAGTTAATAAAAGGTTATACAAAATAAAATAATACAAATTTAT
15516 TAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATATTTTTTTATCGAATTAGTTAAATAATTATGGCAATTTGAA
453 TAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATATTTTTTTATCGAATTAGTTAAATAATTATGGCAATTTGAA
15581 CA
518 CA
* * * *
15583 ATTATCTATTTCAAATTGCTATAACCATTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTTTTTTATCATAC
1 ATTATCTATATCAAATAGCTATAACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTTGTT-T-ATAC
* * **
15648 AAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-AGATTTAAA
63 AAGCTTATTCAAAATAAAATAATACAAATTTAATAATATTTC-AAAATTAATAAGAAGAGATAAA
* *
15712 AAATAAATGTGTTTATCAAACCGGTTCAAAT-AGTTAAAACTATAAGAAT-AATTATCTATTTTA
127 AAA-AAAT-TGTTTATCAAACCAGTTCAAATGA-TTAAAACTATAAG-ATCAATTATCTAGTTTA
* * * * *
15775 AATTGTTCTAG-CCTATT-TTTAGTCATAAAA-TATTTGTTTCA-TATCATACAAGCTTATTTAG
188 AATTGTT-TAGACCTATTGTTTAGTCATAAAAGCAATTGTTTCAGT-TCATACAAGCTTACTCAA
* ** * ** *
15836 AACAAAATAATCCTAATATATTAACATTTGAAGAATTACTAAGTAAGAGATTTGAA-AAAATAAA
251 AACAAAATAATACTAATATATTAACATTCAAAAAATTAAGAAGAAAGAGATTT-AAGAAAATAAA
* * * * * *
15900 TTTGTTTACCGAATAAGCTCAAGTAGTTATGACTATTTGAAAGATTAATATTTAAAATTGTTATG
315 TCTATTTACCGAAAAAGCTCAAATAGTTATAACTATTTGAAAGATTAATATTTAAAATTGCTATG
* * *
15965 ATCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGCTTCAGTTCATAAAAGGTTATCCAAAATAAAATAATAC
380 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGCTTCAGTTAATAAAAGGTTATACAAAATAAAATAATAC
16030 CTATTTTTTA
Statistics
Matches: 373, Mismatches: 62, Indels: 23
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
521 43 0.12
522 83 0.22
523 120 0.32
524 60 0.16
525 63 0.17
526 4 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (519 bp):
ATTATCTATATCAAATAGCTATAACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTGTTTATACAAG
CTTATTCAAAATAAAATAATACAAATTTAATAATATTTCAAAATTAATAAGAAGAGATAAAAAAA
AATTGTTTATCAAACCAGTTCAAATGATTAAAACTATAAGATCAATTATCTAGTTTAAATTGTTT
AGACCTATTGTTTAGTCATAAAAGCAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTACTCAAAACAAAATAA
TACTAATATATTAACATTCAAAAAATTAAGAAGAAAGAGATTTAAGAAAATAAATCTATTTACCG
AAAAAGCTCAAATAGTTATAACTATTTGAAAGATTAATATTTAAAATTGCTATGACCTTTTGTTT
TGTCATAAAAAAATTGCTTCAGTTAATAAAAGGTTATACAAAATAAAATAATACAAATTTATTAA
TAAGTAAGAGATTTAAAAAATATTTTTTTATCGAATTAGTTAAATAATTATGGCAATTTGAACA
Found at i:16344 original size:362 final size:361
Alignment explanation
Indices: 15514--17207 Score: 991
Period size: 357 Copynumber: 4.7 Consensus size: 361
15504 ATACAAATTT
* * * * * *
15514 ATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAAT--ATTTTTTTATCGAATTAG-TTAAATAATTATGGCAA
1 ATTAATAAGTAAGAGATTTGAAAAAATAAATCTGTTTACCAAATAAGCTTAAATAATTATGGCTA
* * *
15575 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGCTAT-AACCATTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTTTT
66 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAA-CATTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTC
*
15639 TTATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT---A
129 AT-TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGA
*** * *
15701 AGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTATCAAACCGGTTCAAATAGTTAAAACTATAAGAATAATTA
193 AGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTATCAAACAAATTCAAATAATTAAAACTATAAGAACAATTA
* * ** * * * *
15766 TCTATTTTAAATTGTTCTAGCCTATTTTTAGTCATAAAATATTTGTTTCATATCATACAAGCTTA
258 TATATTTAAAATCATTATAGACTATTTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCATATCATACAAGCTTA
* * *
15831 TTTAGAACAAAATAATCCTAATATATTAACATTTGAAGA
323 TTTAGAACAAAATAATCATAATATATTAACATTTCAAAA
* * * * * * *
15870 ATTACTAAGTAAGAGATTTGAAAAAATAAATTTGTTTACCGAATAAGCTCAAGTAGTTATGACTA
1 ATTAATAAGTAAGAGATTTGAAAAAATAAATCTGTTTACCAAATAAGCTTAAATAATTATGGCTA
* * * * * *
15935 TTTGAA-AGATTA-ATATTTAAAATTGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTG-CTTCA
66 TTTGAACA-ATTATCTATTTCAAATTGTTATGAACATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTCA
* * * *
15997 GTTCATAAAAGGTTATCCAAAATAAAATAATACCT-ATTTTTTAATATTTCAAAAATTAATAAGC
130 -TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATA-CTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-
* *** **
16061 AAGAGATTTAAAAAAATAAATGTGTTT-TCTAAATAAATTCAAATAATTGTGACTATTTGAACAA
192 AAGAGATTT-AAAAAATAAATGTGTTTATC-AAACAAATTCAAATAATTAAAACTATAAGAACAA
* * * *
16125 TTGTATATTTAAAATCATTATGATATTTTGTTTTA-TCATAAAACAATTGTTTCA-ATTCATTA-
255 TTATATATTTAAAATCATTAT-AGACTAT-TTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCATA-TCA-TAC
* * *
16187 ATGCTTATTT-GAAATAAAATAA-CAATAATTTATTAACATTTCAAAA
316 AAGCTTATTTAG-AACAAAATAATC-ATAATATATTAACATTTCAAAA
* * * *
16233 ATTAATAAGTAAGTGATTT-AAAAAGTGAATCTGTTTACCAAATCAA-TTTAAATAATTATGGCT
1 ATTAATAAGTAAGAGATTTGAAAAAATAAATCTGTTTACCAAAT-AAGCTTAAATAATTATGGCT
* **
16296 ATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACATTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTC
65 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAACATTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTC
* * ***
16360 A-TCATACAAGCCTGTTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
129 ATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-A
* * * * * * * *
16424 AAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAAGC--A-GC---T-CTT---A-T-T-TGAATAATT
193 AGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTATC-AAACAAATTCAAATAATTAAAACTATAAGAACAATT
** * * * *
16476 ACCTATTTCAAATCATTATA-AC--TTTTTATTCTATTCTAAATAATT-TTTC-TAGTTCATACA
257 ATATATTTAAAATCATTATAGACTATTTTTAGTC-A-T-AAAACAATTGTTTCATA--TCATACA
* * * * *
16536 AGCTTATTT-GAAATAAAATAAT-ACTAATTTAATAATATTAT-GAAA
317 AGCTTATTTAG-AACAAAATAATCA-TAATATATTAACATT-TCAAAA
* * ** * ** * * * *
16581 ATTAATAACTATG-GTATTT-AAAAAATAAAAT-TCGTTTGTCGAAGCAGTTTAAATAGTTAAGA
1 ATTAATAAGTAAGAG-ATTTGAAAAAAT-AAATCT-GTTTACCAAATAAGCTTAAATAATTATGG
* * * *
16643 CAATATGAATAATTATCTATTT-AGAATTGTTATGAA-ATTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-TT
63 CTATTTGAACAATTATCTATTTCA-AATTGTTATGAACA-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * ** * * *
16705 TTTAGTTCATAGAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACAAATTTATTAACATTCCAAAAATTAAT-
126 TTCA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
* * * * * * * * * *** * ***
16769 --AAGTGATCTAAAAAGTGAATCTATTTA-CTGATC-ATTTCAAATAATTATGGCCATTTCAACA
190 AGAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTATC-AAACAAATTCAAATAATTAAAACTATAAGAACA
* * * * * * * * ** *
16830 TTTATCTATTTCAAACCATTATTA-CCT-TTTGTGTGGTCATATAACAAATGTTTTTTATCATTC
254 ATTATATATTTAAAATCATTA-TAGACTATTT-T-TAGTCATAAAACAATTGTTTCATATCATAC
* * *
16893 AAGCTTATTTAGAATACAATAAT-ACTAATTTATTAATC-TTTCAAAA
316 AAGCTTATTTAGAACAAAATAATCA-TAATATATTAA-CATTTCAAAA
* * * * *
16939 ATTAATAAGTAAGCGATTT-AAAAAATAAATTTGTTCATCAAACT-AG-TTCAAATAATTATGAC
1 ATTAATAAGTAAGAGATTTGAAAAAATAAATCTGTTTACCAAA-TAAGCTT-AAATAATTATGGC
** * * * * *
17001 TATTTGAATGATTGTATACTTCAAATTGTTAT-AACATTTTGTTTTGTCAGAAAACAATT-ATTT
64 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAACA-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT
*** * * *
17064 CTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACAAATATAATAATA-TTCTAAAAATTAATAA
128 C-ATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAA
* * * ** * * * * *
17128 CTAAGAGAATT-AAAAATAAATTTGTTTGA-CATTCTAGTTCAAATATTTAAGACTATATGAACA
191 -GAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTT-ATCAAACAAATTCAAATAATTAAAACTATAAGAACA
*
17191 ATTATCTATTTCAAAAT
254 ATTATATATTT-AAAAT
17208 GTTATGACCT
Statistics
Matches: 1053, Mismatches: 203, Indels: 158
0.74 0.14 0.11
Matches are distributed among these distances:
344 5 0.00
345 6 0.01
346 23 0.02
347 12 0.01
348 79 0.08
349 77 0.07
350 70 0.07
351 3 0.00
352 1 0.00
355 2 0.00
356 26 0.02
357 206 0.20
358 78 0.07
359 62 0.06
360 42 0.04
361 70 0.07
362 182 0.17
363 98 0.09
364 11 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (361 bp):
ATTAATAAGTAAGAGATTTGAAAAAATAAATCTGTTTACCAAATAAGCTTAAATAATTATGGCTA
TTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAACATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTCAT
TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAGA
GATTTAAAAAATAAATGTGTTTATCAAACAAATTCAAATAATTAAAACTATAAGAACAATTATAT
ATTTAAAATCATTATAGACTATTTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCATATCATACAAGCTTATTT
AGAACAAAATAATCATAATATATTAACATTTCAAAA
Found at i:16604 original size:530 final size:526
Alignment explanation
Indices: 16016--17286 Score: 1245
Period size: 530 Copynumber: 2.4 Consensus size: 526
16006 AGGTTATCCA
**
16016 AAATAAAATAATACCTATTTTTTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAA-ATAA
1 AAATAAAATAATACCTATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATA-AA
* ** * * *
16080 ATGT-GTTT-TCTAAATAAATTCAAATAATTGTGACTATTTGAACAATTGTATATTTAAAATCAT
65 AT-TCGTTTGTC-AAAGAAATTCAAATAATTAAGACAATATGAACAATTATATATTTAAAATCAT
* *
16143 TATGATATTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAATTCATTA-ATGCTTATTTGAAATAAAAT
128 TATGAAATTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAATTCA-TAGAAGCTTATTTGAAATAAAAT
* * *
16207 AACA-ATAATTTATTAACATTTCAAAAATTAATAAGTAAGTGATTTAAAAAGTGAATCTGTTTAC
192 AACACA-AATTTATTAACATTCCAAAAA-T--TAA-TAAGTGATCTAAAAAGTGAATCTATTTA-
* *
16271 CAAATCAATTT-AAATAATTATGGCTATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACATTT
251 CAAATC-ATTTCAAATAATTATGGCCATTTCAACAATTATCTATTTCAAACCATTAT-AACATTT
* * * *
16335 T-T-TTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATCATACAAGCCTGTTTGGAATAAAATAATACTAATTT
314 TGTGTGGTCATAAAACAAATGTTTTTCATCATACAAGCCTATTTAGAATAAAATAATACTAATTT
16398 ATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAAGCAGCTCT
379 ATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAAGCAGCTCT
16463 TATTTGAATAATTACCTATTTCAAATCATTATAACTTTTTATTCTATTCTAAATAATTTTTCTAG
444 TATTTGAATAATTACCTATTTCAAATCATTATAACTTTTTATTCTATTCTAAATAATTTTTCTAG
16528 TTCATACAAGCTTATTTG
509 TTCATACAAGCTTATTTG
* *
16546 AAATAAAATAATA-CTAATTTAATAATATTAT-GAAAATTAATAA-CTATG-GTATTTAAAAAAT
1 AAATAAAATAATACCT-ATTTAATAATATT-TCAAAAATTAATAAGC-AAGAG-ATTTAAAAAAT
* * * * * * * * **
16607 AAAATTCGTTTGTCGAAGCAGTTTAAATAGTTAAGACAATATGAATAATTATCTATTTAGAATTG
62 AAAATTCGTTTGTCAAAGAAATTCAAATAATTAAGACAATATGAACAATTATATATTTAAAATCA
* * * * *
16672 TTATGAAATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTTAGTTCATAGAAGCTTATTTGAAATAAAAT
127 TTATGAAATTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAATTCATAGAAGCTTATTTGAAATAAAAT
* **
16737 AATACAAATTTATTAACATTCCAAAAATTAATAAGTGATCTAAAAAGTGAATCTATTTACTGATC
192 AACACAAATTTATTAACATTCCAAAAATTAATAAGTGATCTAAAAAGTGAATCTATTTACAAATC
* * *
16802 ATTTCAAATAATTATGGCCATTTCAACATTTATCTATTTCAAACCATTATTACCTTTTGTGTGGT
257 ATTTCAAATAATTATGGCCATTTCAACAATTATCTATTTCAAACCATTATAACATTTTGTGTGGT
* * * * * *
16867 CATATAACAAATGTTTTTTATCATTCAAGCTTATTTAGAATACAATAATACTAATTTATTAATCT
322 CATAAAACAAATGTTTTTCATCATACAAGCCTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
** * * * * * *
16932 TTCAAAAATTAATAAGTAAGCGATTTAAAAAATAAATTTGTTCATC-AAACTAGTTCAAATAATT
387 TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAAGC-AGCTC---TTATT
* ** ** * * * *
16996 ATGACTATTTGAATGATTGTATACTTCAAATTGTTATAACATTTTGTT-T-TGTCAGAAAACAAT
448 -TGA--A--T-AATTA-CCTAT--TTCAAATCATTATAACTTTTTATTCTAT-TC--TAAATAAT
17059 TATTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTG
501 T-TTTCTAGTTCATACAAGCTTATTTG
* ** * *
17085 GAATAAAATAATACAAATATAATAATA-TTCTAAAAATTAATAA-CTAAGAGAATT-AAAAAT-A
1 AAATAAAATAATACCTATTTAATAATATTTC-AAAAATTAATAAGC-AAGAGATTTAAAAAATAA
* * **** * * * * *
17146 AATTTGTTTGACATTCTAGTTCAAATATTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAAAT-GT
64 AATTCGTTTGTCAAAGAAATTCAAATAATTAAGACAATATGAACAATTATATATTT-AAAATCAT
** * * * ** *
17210 TATGACCTTTTGCTTTGTCATAAAACAAAT-TTTCAATTCATACTAGCTGATTTGAAATAAAATA
128 TATGAAATTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAATTCATAGAAGCTTATTTGAAATAAAATA
* *
17274 AAATAAATTTATT
193 ACACAAATTTATT
17287 TATTTCAAAT
Statistics
Matches: 611, Mismatches: 96, Indels: 62
0.79 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
524 10 0.02
525 50 0.08
526 130 0.21
527 3 0.00
529 12 0.02
530 171 0.28
531 5 0.01
532 1 0.00
534 1 0.00
535 4 0.01
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537 77 0.13
538 31 0.05
539 65 0.11
540 7 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (526 bp):
AAATAAAATAATACCTATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAAA
TTCGTTTGTCAAAGAAATTCAAATAATTAAGACAATATGAACAATTATATATTTAAAATCATTAT
GAAATTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAATTCATAGAAGCTTATTTGAAATAAAATAACA
CAAATTTATTAACATTCCAAAAATTAATAAGTGATCTAAAAAGTGAATCTATTTACAAATCATTT
CAAATAATTATGGCCATTTCAACAATTATCTATTTCAAACCATTATAACATTTTGTGTGGTCATA
AAACAAATGTTTTTCATCATACAAGCCTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA
AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAAGCAGCTCTTATTTGAATAAT
TACCTATTTCAAATCATTATAACTTTTTATTCTATTCTAAATAATTTTTCTAGTTCATACAAGCT
TATTTG
Found at i:17594 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 17282--18896 Score: 1190
Period size: 181 Copynumber: 8.9 Consensus size: 180
17272 TAAAATAAAT
* * * * ** * * * *
17282 TTATTTATTTCAAATCATTCTGACTTTTTGTCCTATTATAAAACATTTGTTTCTGTTCATACACG
1 TTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAG
* * *
17347 CTTATTC-AGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAA-ATTTTA
66 CTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGA-TTTA
* * * * *
17410 AAAAATAAATATATTTATCGAACTAGATTAAATGGTCATGATTATTTGAATAA
129 AAAAATAAATATGTTTATCGAAC-AGATTAAATAGTTATGACTATTTGAACAA
* * * * * * *
17463 TTATCTATTTCAAATCATTATGACCCTTTCTTTTGTCATAAAATATTTGTTTCGGTTCATATAAG
1 TTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAG
* * * * * * *
17528 TTTATTCGAAATAAAATAATACCAATTTATTAATATTCCAAAAATTCATAATTAAGAGACTTAAA
66 CTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAA
* * * * *
17593 AAA-GAATCTGTTTATCAAATAAGTTTAAAT-GATTATGACTATTTGAACAA
131 AAATAAATATGTTTATCGAA-CAGATTAAATAG-TTATGACTATTTGAACAA
* * * * * * * * * *
17643 TTATTTATTTGAAATCGCTATAACATTTTATTTTGACATAAAATAATTTTTTCTATTCATA-ACA
1 TTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACA-A
** * * *
17707 TTTTATTTTG-AATAAAATAATACAAAATTATTAATA-TT-AAGACAATTAATAAGTAAAAGATT
65 GCTTA-TTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA-A-AATTAATAAGTAAAAGATT
* * * * *
17769 TAAAAAATAAATATGTTTATCAAACAAGCTCAAAT-GTTATGACTACTTGAACAT
127 TAAAAAATAAATATGTTTATCGAAC-AGATTAAATAGTTATGACTATTTGAACAA
* * *
17823 TTATTTATTTCAAAATTGTTATGA-CTCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTATG-TCATACA
1 TTATCTATTTC-AAATCGTTATGACCT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACA
* * ** *
17886 AGGTTATTCG-ATTAAAATAATACTAA-TTATTAATATTTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTT
64 AGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT
* * * * *
17949 AAAAAATAAAATATGTTTA-CGAACAAATTGAAATAATCATGATTATTTGAATAA
128 AAAAAAT-AAATATGTTTATCGAACAGATT-AAATAGTTATGACTATTTGAACAA
* * * * ** * *
18003 TTAACTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATGGTTTCAATTCAAATAAG
1 TTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAG
* * ** * * *
18068 CTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTACTTAAATTAATGAGTAAGAGACTTAAA
66 CTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAA
* * * * * * * * *
18133 AAATAAATTTGTTTACCGAATAAGCTCAAATAGCTT-TGACTATCTAAATAG
131 AAATAAATATGTTTATCGAA-CAGATTAAATAG-TTATGACTATTTGAACAA
* * * * * * *
18184 TTATCTATTTTGAAA-CATTATGAACTTTTGTTTTGTCAAAAAACAATTGGTTCTATTCATGCAA
1 TTATCTA-TTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAA
* *
18248 GCTTATTTC-AAATAAAATAATA-TAAATTGATTAATATTACAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTT
65 GCTTA-TTCGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT
* * * * * *
18310 TAAAAATAAATCTATTT-TCTATACACATTCAAATAATTAT-ATCTATTTGAACAA
128 AAAAAATAAATATGTTTATCGA-ACAGATT-AAATAGTTATGA-CTATTTGAACAA
* * * * * * *
18364 TTATCCACTTCAAATTGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTTTGTTCATAAAAA
1 TTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCAT-ACAA
* ** * *
18429 GCTTATTTGCTACAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTA
65 GCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGA-TTTA
* * *
18494 AAAAATAAAATATGTTTA-CTGAGCAGGTTTGAATAGTTATGAC-ATTTGAACAA
129 AAAAAT-AAATATGTTTATC-GAACA-GATTAAATAGTTATGACTATTTGAACAA
* * * * * *
18547 TTATTTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTGTGTTCTTATAAAACAATTGTTTCTACTT-ATACAA
1 TTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-GTTCATACAA
** * * ***
18611 ATTTATTCAAAATAGAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTTGGAGATTTA
65 GCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTA
* * * * * ** * *
18675 AAAAATAAATCTGTTCA-CTAAACA-AGTTCAAATAGTCAAGTTTATTCGAACTA
129 AAAAATAAATATGTTTATC-GAACAGA-TT-AAATAGTTATGACTATTTGAACAA
* * **** ** * *
18728 TTAGCTATTTCAAATTGTTATTTTATTTTGTTTTGTTGTAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAA
1 TTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAG
* * * * * *
18793 ATTATT-TAGAATAAAGTAGTACCAATTTATTAATATTTCAAAAA-T--TAAG-AAGAGATTTAA
66 CTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAA
* *
18853 AAAACTAAATTTATTTATCGAACTAG-TTCAAATAGTTATGACTA
130 AAAA-TAAATATGTTTATCGAAC-AGATT-AAATAGTTATGACTA
18897 ATTTAATAAT
Statistics
Matches: 1134, Mismatches: 244, Indels: 115
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
177 13 0.01
178 43 0.04
179 106 0.09
180 334 0.29
181 472 0.42
182 74 0.07
183 66 0.06
184 22 0.02
185 4 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
TTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAG
CTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAA
AAATAAATATGTTTATCGAACAGATTAAATAGTTATGACTATTTGAACAA
Found at i:18317 original size:540 final size:542
Alignment explanation
Indices: 17319--18707 Score: 1535
Period size: 540 Copynumber: 2.6 Consensus size: 542
17309 TTGTCCTATT
* * * *
17319 ATAAAACATTTGTTTCTGTTCATACACGCTTATTCAGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATT
1 ATAAAACAATTGTTTATGTTCATACAAGCTTATTC-GATTAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* *
17384 TCAACAATTAATAAGTAAAA-ATTTTAAAAAAT-AAATATATTTATCGAACTAGATT-AAATGGT
65 TCAACAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAAATAAAATATGTTTA-CGAAC-AGATTGAAATAGT
* * * * *
17446 CATGATTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCCTTTCTTTTGTCATAAAATATTT
128 CATGATTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATT
** * * *
17511 GTTTCGGTTCATATAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACCAATTTATTAATATTCCAAAAATTCA
193 GTTTCAATTCATATAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-CTAAAATTAA
* * * * * * *
17576 TAATTAAGAGACTTAAAAAA-GAATCTGTTTATCAAATAAGTTTAAATGATTATGACTATTTGAA
257 TAAGTAAGAGACTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAATAAGCTCAAATGATTATGACTATCTAAA
* * * * **
17640 CAATTATTTATTTGAAATCGCTATAACATTTTATTTTGACATAAAATAATTTTTTCTATTCATAA
322 CAATTATCTATTTGAAATCACTATAACATTTTATTTTGACAAAAAACAATTGGTTCTATTCATAA
** ** *
17705 CATTTTATTTTGAATAAAATAATACAAAATTATTAATATTAAGACAATTAATAAGTAAAAGATTT
387 CAGCTTATTTCAAATAAAATAATACAAAATTATTAATATTAAGAAAATTAATAAGTAAAAGATTT
* * * ** *
17770 AAAAAATAAATATGTTTATC-AAACA-AGCTCAAAT-GTTATGA-CTACTTGAACATTTATTTAT
452 AAAAAATAAATATATTT-TCTAAACACA-CTCAAATAATTAT-ATCTACTTGAACAATTATCCAC
17831 TTCAAAATTGTTATGA-CTCTTTGTTTTGTC
514 TTC-AAATTGTTATGATCT-TTTGTTTTGTC
*
17861 ATAAAACAATTGTTTATG-TCATACAAGGTTATTCGATTAAAATAATACTAA-TTATTAATATTT
1 ATAAAACAATTGTTTATGTTCATACAAGCTTATTCGATTAAAATAATACTAATTTATTAATA-TT
** * *
17924 TTGACAATTAATAAGTAAAAGA-TTTAAAAAATAAAATATGTTTACGAACAAATTGAAATAATCA
65 TCAACAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAAATAAAATATGTTTACGAACAGATTGAAATAGTCA
* *
17988 TGATTATTTGAATAATTAACTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATGGT
130 TGATTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGT
* * * * *
18053 TTCAATTCAAATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTACTTAAATTAATG
195 TTCAATTCATATAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-CTAAAATTAATA
* * * *
18118 AGTAAGAGACTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAATAAGCTCAAATAGCTT-TGACTATCTAAAT
259 AGTAAGAGACTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAATAAGCTCAAAT-GATTATGACTATCTAAAC
* * * *
18182 AGTTATCTATTTTGAAA-CATTATGAAC-TTTTGTTTTGTCAAAAAACAATTGGTTCTATTCAT-
323 AATTATCTA-TTTGAAATCACTAT-AACATTTTATTTTGACAAAAAACAATTGGTTCTATTCATA
* *
18244 GCAAGCTTATTTCAAATAAAATAATA-TAAATTGATTAATATTACA-AAAATTAATAAGTAAAA-
386 AC-AGCTTATTTCAAATAAAATAATACAAAATT-ATTAATATTA-AGAAAATTAATAAGTAAAAG
* * * * *
18306 ATTTTAAAAATAAATCTATTTTCTATACACATTCAAATAATTATATCTATTTGAACAATTATCCA
448 ATTTAAAAAATAAATATATTTTCTAAACACACTCAAATAATTATATCTACTTGAACAATTATCCA
18371 CTTCAAATTGTTATGATCTTTTGTTTTGTC
513 CTTCAAATTGTTATGATCTTTTGTTTTGTC
* * * * * * *
18401 ATAAACCAATTGTTTTTGTTCATAAAAAGCTTATTTGCTACAAAATAATACTAATTTATTAAAAT
1 ATAAAACAATTGTTTATGTTCAT-ACAAGCTTATTCGAT-TAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * *
18466 TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAAATAAAATATGTTTACTGAGCAGGTTTG-AATAG
64 TTCAACAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAAATAAAATATGTTTAC-GAACA-GATTGAAATAG
* * * * * * * * *
18530 TTATGA-CATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTGTGTTCTTATAAAACAAT
127 TCATGATTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAAT
* * * * *
18594 TGTTTCTACTT-ATACAAATTTATTCAAAATAGAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATT
192 TGTTTC-AATTCATATAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAATT
** * * * * *
18658 AATAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTCACTAAACAAGTTCAAAT
255 AATAAGTAAGAGACTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAATAAGCTCAAAT
18708 AGTCAAGTTT
Statistics
Matches: 709, Mismatches: 113, Indels: 48
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
539 15 0.02
540 261 0.37
541 170 0.24
542 41 0.06
543 36 0.05
544 167 0.24
545 16 0.02
546 3 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (542 bp):
ATAAAACAATTGTTTATGTTCATACAAGCTTATTCGATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
CAACAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAAATAAAATATGTTTACGAACAGATTGAAATAGTCAT
GATTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTT
TCAATTCATATAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAATTAATAAG
TAAGAGACTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAATAAGCTCAAATGATTATGACTATCTAAACAAT
TATCTATTTGAAATCACTATAACATTTTATTTTGACAAAAAACAATTGGTTCTATTCATAACAGC
TTATTTCAAATAAAATAATACAAAATTATTAATATTAAGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAA
AATAAATATATTTTCTAAACACACTCAAATAATTATATCTACTTGAACAATTATCCACTTCAAAT
TGTTATGATCTTTTGTTTTGTC
Found at i:19549 original size:177 final size:176
Alignment explanation
Indices: 19040--20545 Score: 934
Period size: 181 Copynumber: 8.3 Consensus size: 176
19030 CATATCTTAC
* * * ** * *
19040 AAGCTTATTTGAAATAACAA-AATCCAAATTTATTAACATTTGGAAAATTAAAAAGCAAAAGATT
1 AAGCTTATTTGAAATAA-AATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG----TGATT
* ** * * * *
19104 TGAAAAAATAAATCTGTTTACTGAA-TAAGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAACAATTTTTTAT
61 T--AAAAATAAATATGTTTACCAAACT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* ** * * * * * * *
19168 TTAAAATTGTTATGACCTTTCGTTTTGACATATAACAATTGTTTCAATTGATAA
123 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAT
* *** * * *
19222 AAGCATATCCAAAATAAAATAATAATAATTTCTTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGTTTA
1 AAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT--GA-TTT-
* * * * *
19287 AAAAAATAAATTTGTTTA-CAGAACAAATTCAAATAGTTTTGACTATTTAAACAATTATCTATTT
62 -AAAAATAAATATGTTTACCA-AACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* * * *
19351 AAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGCTTTAGTTCCTAT
125 CAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAT
* * *
19403 GAGCTTATTTGAAGTAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTGATTTAAAA
1 AAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTGATTTAAAA
* * * * * *
19468 AGTGAATATGTTTACCAAATTAGTTCAAATAATTATCG-CCATTTCAATAATTATCTATTTCAAA
66 A-TAAATATGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTAT-GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA
* * * * * *
19532 TCATTGTTACCTTTTGTTTGGTCATATAACAATTGTTTCA-TATCATAC
129 TCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGT-TCATAT
* * *
19580 AAGCTTA-TTCAGAATAAAATAATACTAATTTCTTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATT
1 AAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT----GATT
* * ** * * * *
19644 TAAAAA-AAATTTGTCTACTGAA-TCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAGAATTGTATACTT
61 TAAAAATAAATATGTTTACCAAACT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* * * * * * *
19707 CAAATCAATTATTTACGAAATAAACCTTTTGTTCTATTATAAGATAATT-ATTTATGTTCATAC
125 CAAATC-ATTA--T--G------ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTA-GTTCATAT
* ** * * *
19770 ATGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTT
1 AAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGTGATTT
* ** * * * * * *
19835 AAAAATTAAATTTGTTTGTCAAACTAGTTCAATTTGATAAGACTATATAAACAATTATCTATTTC
62 AAAAA-TAAATATGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
** * * *
19900 AAATGGTTATGACATTTTGTTTTGTTATAAAACAATT-TTTTCAATTCATACT
126 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-AGTTCATA-T
* * *
19952 -AGCTTATTTGAAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTGCAAAAATTAATAAGAGATTTTAA
1 AAGCTTATTTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTGA-TTTAA
* * * * * *
20015 AAA-AAATTATGTTTACCTAACCAGTTCTAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTGAA
64 AAATAAA-TATGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-CA
* * * *
20079 AAT-GTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-TA-TGTTTTTGTTCATAT
127 AATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAT
* * * * * * *
20126 AAGTTTGTTT-AGAATAAAATAATACAAATCTATTAATATTACAAAAATTCATAAGAGATTTTAA
1 AAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTGA-TTTAA
* * * * *
20190 AAATAAATCTTTTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTATAACTATTATAACTATTTGAGCAATTAAT
64 AAATAAATATGTTTACCAAACTAGTTCAAATAG---------TTATGACTATTTGAACAATT-AT
* * * * *** * * * *
20255 -TATTTCAAATCGTTTTCACTTTTTGTTCCATTATAAAAACAATAGTTTCTA-TTCGTAC
119 CTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAAACAATTGTTT-TAGTTCATAT
* * ** * * *
20313 AAG-TTATTT-AGATTAAAATAATACTAATTTATTATTATTTTGACAATTAATAATTAAAAAATT
1 AAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT----GATT
* * *
20376 TAAAACATAAATATGTTTACCAAACTAGATCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTT
61 TAAAA-ATAAATATGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* * *
20441 CAAATTATTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAGAA-AATTATTTCAGTTCATAT
125 CAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA-AACAATTGTTTTAGTTCATAT
* * * *
20492 AAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAAGTTGTTAATATTCCAAAAATTAATAA
1 AAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
20546 TTAAGAGATT
Statistics
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194 4 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
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AAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTGATTTAAAA
ATAAATATGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAT
Found at i:20075 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 20043--20078 Score: 56
Period size: 16 Copynumber: 2.1 Consensus size: 17
20033 AACCAGTTCT
20043 AATAATTATGACTATTTG
1 AATAATTAT-ACTATTTG
20061 AATAATTAT-CTATTTG
1 AATAATTATACTATTTG
20077 AA
1 AA
20079 AATGTTATAA
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 0, Indels: 2
0.90 0.00 0.10
Matches are distributed among these distances:
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18 9 0.50
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Consensus pattern (17 bp):
AATAATTATACTATTTG
Found at i:21499 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 20763--22232 Score: 1126
Period size: 181 Copynumber: 8.1 Consensus size: 180
20753 ATTTGAACAA
* * * * * * * * **
20763 CAAATTATTATAACTTTTTATTTTGTCATAAAATAATTATTTATGTTCATACAAGCTTA-TTCAA
1 CAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGA
* * * * *
20827 ATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGCAAAAGA-TTAAAACATAAATA
66 A-TAAAATAATATTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAATAAATC
* * *
20891 TGTTTACTAAACAATTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTT
130 TGTTTAC-CAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTT
* * * * * *
20943 CAAATCATTGTGACCTTTTGTTTTGTAATAAAATAATTGTTT-TAGTTAACATAAGCTTATTT-G
1 CAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGG
* * * * * **
21006 AAGTAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAGAGAACTAGAAAAATAAA
65 AA-TAAAATAATATTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTA-AAAAATAAA
* ** * * *
21071 TCGGTTTAGTAAACAAGTTCAAAGAGTTATGACTATCTGAACAATTATCTATTT
128 TCTGTTTA-CCAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTT
* * * * * *
21125 AAAAAT-ATTATGACCTTTTGTTTTGTCAAAAAACAATTG-GTCTTGTTCATCCAAGCTTATTTC
1 -CAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-TATTCATACAAGCTTATTTG
* * * * * * *
21188 AAATAAAATAATATAAATTAATTAATATTCCAAAAGTTAATAAGCAAAA-ATTTGAAAAATGAAT
64 GAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAATAAAT
* * ** * * *
21252 TTTTTTATTGAACACGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAGTTATTTATTT
129 CTGTTTA-CCAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTT
* * * * *
21305 CAAATCGTTATGATCATTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTATTCATGCAAGCTTATTTGGA
1 CAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGA
* *
21370 ATAAAATAATATTAATTTATTAAAATTCTAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAAGAAATCT
66 ATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAATAAATCT
* * *
21435 TTTTACCAAGCGAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTT
131 GTTTACCAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTT
* *
21486 CAAATCATTATGATCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATGA-AAG-TATATTTG
1 CAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT-ACAAGCT-TATTTG
** * *
21549 GAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAGAATAAAT
64 GAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * *
21614 TTGTTTACCGAAAAAGTTCAAATAGTCATGTCTATTTGAACT-ATCATCTATTT
129 CTGTTTACC-AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-TAATTATCTATTT
* * * * *
21667 CGAA-CTATTATGACATTTTGTTTTATCATAAAATAATACCAATTATTCAAAATAATTGTTATTC
1 CAAATC-ATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT---A-AA-A-C-A--ATT----GT--TT-CTATTC
** * ** **
21731 ATACAAAATTATTTAGAATAAAATAATACCAATTTATTGCTATT-TCAAAAATTAATAAG-----
49 ATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGCAAAA
* * * * * * ** *
21790 GATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACTAGTTCAAATAATTAAGCCTATGAGAACAATTATCT
113 GATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC-CAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCT
21855 ATTT
177 ATTT
* * * * *
21859 CAAATCGTTCA-GACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTT-TAATGT-ATACATGCTTATTC
1 CAAATCATT-ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-AT-TCATACAAGCTTATTT
* * * *
21921 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATT-TAGAAAATTAATAAGCAAGAA-ATTAAAAAAATA
63 GGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCTA-AAAATTAATAAGCAA-AAGATTTAAAAAATA
* *
21984 AATCTGTTTACCAAAAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
126 AATCTGTTTACCAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTT
* * * * * *
22039 AAAATTATTATGACCTTTTATTTT-T-ATTGAAAAACAATTGTTTC-AGTACATAAAAGCTTATC
1 CAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA-T--AAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATT
*** * * * ** *
22101 CAAAATAAAATAATATT-ACTTATTAATATT-TCAAAATTTGATAAGTTAGAGATTTAAAAAATA
62 TGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAATA
** * * * *
22164 AAT-TAGTTTATAGAATCAA-TTCAAATAATTTTGGCCATTTGAATAATTATCTATTT
126 AATCT-GTTTA-CCAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTT
* *
22220 TAAACCATTATGA
1 CAAATCATTATGA
22233 ATTTTTATTG
Statistics
Matches: 1037, Mismatches: 191, Indels: 123
0.77 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
175 2 0.00
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178 1 0.00
179 11 0.01
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184 1 0.00
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ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.09, T:0.39
Consensus pattern (180 bp):
CAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGA
ATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAATAAATCT
GTTTACCAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTT
Found at i:22480 original size:259 final size:259
Alignment explanation
Indices: 22000--22497 Score: 601
Period size: 259 Copynumber: 1.9 Consensus size: 259
21990 TTTACCAAAA
* * * *
22000 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTATTATGACCTTTTATTTTTA
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTAAAATTATTATAACCTTTTAGTTATA
* * * * *
22065 TTGAAAAACAATTGTTTCAGTACATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATATTACTTATTAATAT
66 TTCAAAAACAATTATTTCAGTACATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTAATAATAT
* * * * * * *
22130 TTCAAAATTTGATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATTAGTTTATAGAATCAATTCAAATAATTT
131 TTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTAGTTTACAGAACCAATTCAAATAATTA
* * * * *
22195 TGGCCATTTGAATAATTATCTATTTTAAACCATTATGAATTTTTATTGATCTGTTTACTGAACC
196 AGACCATATGAACAATTATCTATTTTAAACCATTAGGAATTTTTATTGATCTGTTTACTGAACC
* * *
22259 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATTGTTATAAGCTTTT-GTTATA
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTAAAATTATTATAACCTTTTAGTTATA
** * * *
22323 -TCATAAAACAATTATTTTTGTTCATAAAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATGTAATAAT
66 TTCA-AAAACAATTATTTCAGTACATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAAT-TAATAAT
*
22387 A-TTCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTA-TTTACCA-AACCAGTTCAAAT
129 ATTTC-AAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTA-CAGAACCAATTCAAAT
* * * * *
22449 AGTTAAGACTATATGAACAATTATTTATTTTAAATCATTAGGACTTTTT
191 AATTAAGACCATATGAACAATTATCTATTTTAAACCATTAGGAATTTTT
22498 GCTTTATCGT
Statistics
Matches: 199, Mismatches: 35, Indels: 10
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
257 2 0.01
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ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (259 bp):
AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTAAAATTATTATAACCTTTTAGTTATA
TTCAAAAACAATTATTTCAGTACATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTAATAATAT
TTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTAGTTTACAGAACCAATTCAAATAATTA
AGACCATATGAACAATTATCTATTTTAAACCATTAGGAATTTTTATTGATCTGTTTACTGAACC
Found at i:22862 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 22246--26055 Score: 2369
Period size: 177 Copynumber: 21.3 Consensus size: 180
22236 TTTATTGATC
* * * *
22246 TGTTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATTGTTATAA
1 TGTTTACT-AAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA
* * * * * * * * * **
22311 GCTTTTGTTATATCATAAAACAATTATTTTTGTTCATAAAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACT
65 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACT
* * * *
22376 AATGTAATAATATTCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATG
130 AATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT
* * * * * * * *
22427 TATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATTTATTTTAAATCATTAGGA
1 TGTTTACTAAA-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA
* * * * * * ** * * *
22492 CTTTTTGCTTTATCGTAAAACAATTTTTTC-AGTTTTTAGTAA-CTTA-TTCAGAGTAAAAATAA
65 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTCTA-TTCATA-CAAGCTTATTTGA-AAT-AAAATAA
* *
22554 -A-TACATTTATTAATGTT-TCAAAATT--T-AGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATT
126 TACTA-ATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT
* * * * * * * * *
22603 ATGTTTGTCGAATCAATTCAAAAAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATT
1 -TGTTT-ACTAAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATG
* * *
22668 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGCTTT-TGTTCATATAAGTTTATTTGAAATAAAATAATA
64 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATG-TTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATA
* * * *
22732 TTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAAGAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT
128 CTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT
* * * * * *
22785 TGTTTACTAAACAGTTCCATTAGTTATTACTATTTGAACCATTATTTACTTT-AAATCGTGATGA
1 TGTTTACTAAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATCGTTATGA
* * *
22849 -CTATTTGTTTTGTCATAAAA-AAATTGTTTCTATTCATA-TAGTCTTATTTGGAATAAAGTAAT
65 CCT-TTTGTTTTGTCATAAAACAAA-TGTTTCTATTCATACAAG-CTTATTTGAAATAAAATAAT
* * * *
22911 GCTAATTTATTAACATTCTAAAAATTAAAAAGTAACG-GATTTAAAAAATGAATT
127 ACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAA-GAGATTTAAAAAATAAATT
* ** * * * *
22965 TG-TTAGCCTGATGAGTGCAAATAGTTATGACTGTCTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATG
1 TGTTTA--CTAAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATG
* * *** * * * * * *
23029 ACCATTTGTTTTATTGCAAAACAATTGTTTCTATTCGTACAAGCTTATCTAAAATAAGATAATTC
64 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAC
* *
23094 TAATTTATTAATATTC-AAAAATTTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATGAATT
129 TAATTTATTAATATTCTAAAAA-TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT
* * * * * *
23146 TGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGATTGTTTGAACAATTATCTATATCAAATTGCTATAA
1 TGTTTACTAAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA
* * * * * *
23211 CTTTTTGTTTTGTTATAAAAC-AATTTTTTTATTCATACAAGCTTATTTTAAATAAAATAATACA
65 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACT
* * * *
23275 AATTTTTTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAA-A-AATTAAAAAA-AAAGTT
130 AATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA-TT
* * *
23324 T-TTTGA--ACACA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGATCAATTATCTATTTCAAATAGTTATGA
1 TGTTT-ACTAAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA
* * * * * *
23385 CCTTTTATTTTGTCAGAAACCAATTGTTTCTGTTCATACAAGCCTATTTGAAATAAAATAATACT
65 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACT
* * *
23450 AGTTTATTAATATT-TCAAAAATTGATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATT
130 AATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT
** * * * * * *
23501 CATTTA--AAGAGCAACTTCAAATAGTTATGACTGTTTGAACAATTGTTTATTTAAAATAGTTAT
1 TGTTTACTAA-A-C-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT
* * * * * * * *
23564 GATCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGTTTATTGGGAATAAAAAAATA
63 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATA
* * *
23629 CTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAGGTAGGATATTTAAAAAATAAA-T
128 CTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT
** * ** * * * * *
23681 CATTTATTGGACATGATCAAATAGTTATG-TTCATTTGAACAATTATCCATTTAAAATCGTTACG
1 TGTTTACTAAACA-GTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATG
* * * ** * **
23745 ATCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTTGTGCAAAATTATTT-AGAATAAAATAATA
64 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATA
* * * * *
23809 CTAATCTATTAATATTTTGAAAA-T--TAA-TAAGAGATTT-AAAAACAAATA
128 CTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT
* * * **
23857 TGTTTA-TGAAAACAGTTCAAACTA-TTATGATTATTTAAACAATTATTTATCTT-AAATAATTA
1 TGTTTACT--AAACAGTTCAAA-TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAATCGTTA
* * * ** * * * *
23919 TGATC-TTTATTTTGTCATAAAATAGTTTGTTTCTTTTTATACAAGCTTA-TTCATATTAAAATA
62 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA-AATGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATA
* * * * *
23982 ATATTAAATTAATAATATTCCAAAAATTAAT-A--AA-AGATTT-AAAAATAAATG
125 ATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT
* * * * * * * * * *
24033 TGTTTGTCGAATCAATTCAAATAGTTAAGACTATTAGAGCAATTATTTATTTCAAATTGTT-TTA
1 TGTTT-ACTAAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA
* * * * ** *
24097 TCCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTATTTC-AGTTCATACAAGCTTATTCAAAACAAAATAATA
65 -CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATA
* *
24161 GC-AATTTATTAACATT-TGAAAAATTAATGAGTAAGAGA-TT-AAAAA-AAA--
128 -CTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT
* * * * * *
24209 TGTTTA-TCAAACAAGTTGAAATAGAT-TGACTATTTAAACAATTATATATTT-AAAGTCATTAC
1 TGTTTACT-AAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCGTTAT
* ** * * * * ** *
24271 GACCTTTTATTTTGTCAT-AAACATTTGTTTC-AGTTTAAAAAAACTTATCCGAAATCAAATAAT
63 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAAT
* * * * * * * *
24334 ACTACTTCACTAATATTTTGAAAATTAGTAAGTAAGAGATTTAAAAACTAAAGT
127 ACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT
* ** * * * * * * *
24388 CGTTTTTTGCACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTTAACAAATATCAATCTT-AAATAGTTATG
1 TGTTTACT-AAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAATCGTTATG
* * * * * *
24452 ATCC--TTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAATCATACAAGGTT-TTTTAGATAAAAATAAT
64 A-CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAAT-AAAATAAT
* * * *
24514 ATTAATTTAATAATATTCCAAAAA-T--T-AGTAAGAGATTTAAAAAA-AAATA
127 ACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT
* * * * * * *
24563 TGTTT-GTCAAACCAGTTCAAATAG-TAAGACTACTAGAATAATTATTTATTTCAAATCGTTTTG
1 TGTTTACT-AAA-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATG
* * * * * * * * *
24626 ACCTTTGGTTTAGTCATATAATAATTGCTTC-AGTTTATACAAGCTTAATCGAAATAAAATAATA
64 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATA
* * * *
24690 CTAATTTATTAATATT-TGAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTGAAAAATTAAATC
128 CTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATT
* * * *
24744 TATTTACTAAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTACTTAAAATCGTTATGA
1 TGTTTACTAAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA
* * * * *** *
24809 CATTTTATTTTGTCATAAAAC-CATGGTTT-TAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAACA
65 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAAT-GTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATA
** * * *
24872 CTCTTTTATTAATATT-TCAAAACT--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATC
128 CTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT
** * * * * * * ** * *
24921 AATTAACCAAAATAGTTCAAATAATTATGGCCATTTGAACAGCTACCTATTTCAAATTGTTATTG
1 TGTTTA-CTAAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA-TG
** * * * * * * * *
24986 -TTTTTTATTTTGTCTTAAAACAATTGTTTTTCAAT-ATTCAATCTTATTTGAAATAAAATAAAA
64 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATA
* * *
25049 CTAATTTATTAATATT-T---CACTAATTAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATC
128 CTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAA-TAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT
* ** * * * *
25098 TATTTACCGAACTAGTTTAAATAGCTATTACTATTTGAACAATTATCTATTTC-AAT-GTTATAA
1 TGTTTACTAAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA
* * * * * * * *
25161 CCTATTATTTTATCATAAAATAATTATTTCTGTTTATACATA-CTTATTT-AGAATAAAATAATA
65 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTCTATTCATACA-AGCTTATTTGA-AATAAAATAATA
* *
25224 CTAATTTAGTAATATTC-ATAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATC
128 CTAATTTATTAATATTCTA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT
** * * * * * * *
25276 TGTTTACCTAATTAGTTCAAACAATTAAGACTATATAAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA
1 TGTTTA-CTAAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA
* * * * * * * * ***
25341 CCTTTTGCTTTATTATAAAATAATTATTTC-AGCTCATATAAGCTTATCCCCAAA-AAAATAATA
65 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTCTA-TTCATACAAGCTTAT-TTGAAATAAAATAATA
* * * *
25404 TTACTTTATTAATATT-TCAAAAGTTAATAAG---G-GATTTAAAAAATAAATC
128 CTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT
* * * * * * * *
25453 AGTTTACTGAAATAGTTCAAATAAG-TATGGCCATTTGAACAACTACCTATTTCGAATCGTTATT
1 TGTTTACT-AAACAGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATG
* * * * * * *
25517 ACCTTTTGTTTTATCTTAAAATAATTGATTT-TCA-ACAATTCAAGCTTATTCGAAATAAAATAA
64 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATG-TTTCT-ATTC-ATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAA
* * * *
25580 AACTAATTTATTAATATT-TCAAGAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAACTAAATC
126 TACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT
* * * * *
25631 TATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAA
1 TGTTTACTAAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA
* * * * * * * * * * * *
25696 CCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTATTTTTGTTCCTATAGGCTTCTTCGAAATAAAATAACACT
65 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACT
* * * *
25761 AATTTAGTAGTAGTATTCTAAAAATTAATAACTAAGAAATTTTAAAAAATAAATC
130 AATTTA-T--TAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATT
* * * * * * * * * *
25816 TATTTGCCAAACTAGTTCAAACATTTAAGACTATATGTACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA
1 TGTTTACTAAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA
* * * * * * *
25881 CCTTTTGTTTTGTCATAAAGCAATTATTTC-AGCTT-ATATAAGCTTA-TTCAATATAGAATAAA
65 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTCTA--TTCATACAAGCTTATTTGAA-ATAAAATAAT
* * * * *
25943 ACTAATTTATTAAT-TTTTCAAAATT--TTA-TAAGAGATTTAGAAAATAATTT
127 ACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT
* * * * *
25993 TATTTACTGAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCAATTTCAAATCATTAT
1 TGTTTACT-AAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT
26056 TACTAATTTA
Statistics
Matches: 2838, Mismatches: 619, Indels: 348
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
173 5 0.00
174 160 0.06
175 282 0.10
176 276 0.10
177 518 0.18
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179 96 0.03
180 497 0.18
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183 3 0.00
184 10 0.00
185 118 0.04
186 2 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (180 bp):
TGTTTACTAAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAC
CTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTA
ATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT
Found at i:23011 original size:797 final size:803
Alignment explanation
Indices: 21447--23016 Score: 1648
Period size: 797 Copynumber: 2.0 Consensus size: 803
21437 TTACCAAGCG
* * * * *
21447 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTAT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTATAAGCTTTTGTTATAT
* * *** * * *
21512 CATAAAACAATTGTTTCTATTCATGAAAGTATATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATAT
66 CATAAAACAATTATTTCTATTCATAAAAGTATATTCAAAATAAAATAATACTAATGTAATAATAT
* * * * *
21577 TCTAAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAGAATAAATTTGTTTACCGAAAAAGTTCAAATAGTCA
131 TCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTATTTACCGAAAAAGTTCAAATAGTCA
* * * * * * * *
21642 TGTCTATTTGAACTATCATCTATTTCGAACTATTATGACATTTTGTTTTATCATAAAATAATACC
196 AGACTATATGAACAATCATCTATTTCAAACTATTAGGACATTTTGCTTTATCATAAAACAAT---
* * **
21707 AATTATTCAAAATAATTGTTATTCATACAAAATTATTTAGAATAAAATAATACCAATTTATTGCT
258 -ATTATTC-AAAT-ATTGTTAGTCATAC---ATTATTCAGAATAAAATAATACCAATTTATTAAT
* * *
21772 ATTTCAAAAATTAATAAGGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACTAGTTCAAATAATTAAGC
317 ATTTCAAAAATTAATAAGGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACTAATTCAAAAAATTAAGA
* * *
21837 CTATGAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTCAGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTT
382 CTATGAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTCAGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAAATGTTTT
* *
21902 AATGTATACATGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTAGAAAATTAATAAGC
447 AATGTATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTAGAAAATTAAGAAGC
21967 AAGAAATTAAAAAAATAAATCTGTTTACCAAAAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
512 AAGAAATTAAAAAAATAAATCTGTTTACCAAAAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* *
22032 TCTATTTAAAATTATTATGACCTTTTATTTTTATTGAAAAACAATTGTTTCAGTACATAAAAGCT
577 TCTATTTAAAATCATGATGACCTTTTATTTTTATTGAAAAACAATTGTTTCAGTACATAAAAGCT
* * * * * *
22097 TATCCAAAATAAAATAATATTACTTATTAATATTTCAAAATTTGATAAGTTAGAGATTTAAAAAA
642 TATCCAAAATAAAATAATATAACTTATTAACATTTCAAAAATTAAAAAGTAAGAGATTTAAAAAA
* * * * *
22162 TAAATTAGTTTATAGAATCAATTCAAATAATTTTGGCCATTTGAATAATTATCTATTTTAAACCA
707 TAAATTAGTTTATAGAATCAATGCAAATAATTATGACCATCTGAACAATTATCTATTTTAAACCA
22227 TTATGAATTTTTATTGATCTGTTTACTGAACC
772 TTATGAATTTTTATTGATCTGTTTACTGAACC
**
22259 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATTGTTATAAGCTTTTGTTATAT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTATAAGCTTTTGTTATAT
* * *
22324 CATAAAACAATTATTTTTGTTCATAAAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATGTAATAATAT
66 CATAAAACAATTATTTCTATTCATAAAAGTATATTCAAAATAAAATAATACTAATGTAATAATAT
* *
22389 TCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTATTTACC-AAACCAGTTCAAATAGTT
131 TCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTATTTACCGAAA-AAGTTCAAATAGTC
* * * * *
22453 AAGACTATATGAACAATTATTTATTTTAAA-TCATTAGGACTTTTTGCTTTATCGTAAAACAAT-
195 AAGACTATATGAACAATCATCTATTTCAAACT-ATTAGGACATTTTGCTTTATCATAAAACAATA
* * * *
22516 TTTTTC-AGT-TT-TTAGT-A-AC-TTATTCAGAGTAAAAATAAATA-C-ATTTATTAATGTTTC
259 TTATTCAAATATTGTTAGTCATACATTATTCAGAAT-AAAAT-AATACCAATTTATTAATATTTC
* * * * *
22573 AAAATTTAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTATGTTT-GTCGAA-TCAATTCAAAAAATTATGACT
322 AAAAATTAATAAG-GATTTAAAAAATAAATATGTTTACT-GAACT-AATTCAAAAAATTAAGACT
** * * * *
22636 ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATT-ATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGCTTT-
384 ATGAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTCA-GACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAAATGTTTTA
* * * * * *
22699 -TGTTCATATAAGTTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAAGAAG
448 ATG-T-ATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTAGAAAATTAAGAAG
* * * * * * * * * *
22763 TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACAGTTCCATTAGTTATTACTATTTGAACCATT
511 CAAGAAATTAAAAAAATAAATCTGTTTACCAAAAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
* * * *
22828 ATTTACTTT-AAATCGTGATGA-CTATTTGTTTTGTCA-T-AAAAA-AATTGTTTCTA-TTCAT-
576 ATCTA-TTTAAAATCATGATGACCT-TTTATTTT-T-ATTGAAAAACAATTGTTTC-AGTACATA
* **** * * *
22886 ATAGTCTTATTTGGAATAAAGTAATGCTAATTTATTAACA-TTCTAAAAATTAAAAAGTAACG-G
636 AAAG-CTTATCCAAAATAAAATAAT-ATAACTTATTAACATTTC-AAAAATTAAAAAGTAA-GAG
* * * * * **
22949 ATTTAAAAAATGAATTTG-TTAGCCT-G-ATGAGTGCAAATAGTTATGACTGTCTGAACAATTAT
697 ATTTAAAAAATAAATTAGTTTA---TAGAATCAATGCAAATAATTATGACCATCTGAACAATTAT
23011 CTATTT
759 CTATTT
23017 CAAATTGTTA
Statistics
Matches: 623, Mismatches: 113, Indels: 59
0.78 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
795 5 0.01
796 72 0.12
797 300 0.48
798 11 0.02
799 2 0.00
800 2 0.00
801 1 0.00
802 4 0.01
803 2 0.00
805 2 0.00
807 5 0.01
811 4 0.01
812 213 0.34
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (803 bp):
AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTATAAGCTTTTGTTATAT
CATAAAACAATTATTTCTATTCATAAAAGTATATTCAAAATAAAATAATACTAATGTAATAATAT
TCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTATTTACCGAAAAAGTTCAAATAGTCA
AGACTATATGAACAATCATCTATTTCAAACTATTAGGACATTTTGCTTTATCATAAAACAATATT
ATTCAAATATTGTTAGTCATACATTATTCAGAATAAAATAATACCAATTTATTAATATTTCAAAA
ATTAATAAGGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACTAATTCAAAAAATTAAGACTATGAGAA
CAATTATCTATTTCAAATCATTCAGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAAATGTTTTAATGTATAC
AAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTAGAAAATTAAGAAGCAAGAAATTA
AAAAAATAAATCTGTTTACCAAAAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAA
AATCATGATGACCTTTTATTTTTATTGAAAAACAATTGTTTCAGTACATAAAAGCTTATCCAAAA
TAAAATAATATAACTTATTAACATTTCAAAAATTAAAAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTAGT
TTATAGAATCAATGCAAATAATTATGACCATCTGAACAATTATCTATTTTAAACCATTATGAATT
TTTATTGATCTGTTTACTGAACC
Found at i:23101 original size:181 final size:178
Alignment explanation
Indices: 22259--26049 Score: 1995
Period size: 180 Copynumber: 21.2 Consensus size: 178
22249 TTACTGAACC
* * * * * *
22259 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATTGTTATAAGCTTTTGTTATAT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * * * ** * *
22324 CATAAAACAATTATTTTTGTTCATAAAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATGTAATAATAT
66 TATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * **
22389 TCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTAT-TTACCAAACC
131 TCTAAAAATTAATAAGTAAG-GATTTAAAAAATAAAT-T-TGTTA-CTAATG
* * * * * * * *
22440 AGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATTTATTTTAAATCA-TTAGGACTTTTTGCTTTA
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTG
** * ** * * *
22504 TCGTAAAACAATTTTTTC-AGTTTTTAGTAA-CTTA-TTCAGAGTAAAAATAA-A-TACATTTAT
65 TTATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATA-CAAGCTTATTTGA-AAT-AAAATAATACTA-ATTTAT
* * * * *
22564 TAATGTT-TCAAAATT--T-AGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATTATGTTTGTCGAATC
125 TAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAG-GATTTAAAAAATAAATT-TG-TT-ACTAATG
* * * * *
22617 AATTCAAAAAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA-TTATTACCTTTTGTTTTG
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * * *
22681 TCATAAAACAAATGCTTT-TGTTCATATAAGTTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAAT
65 TTATAAAACAATTG-TTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * **
22745 ATTTTGAAAATTAAGAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAAC
129 ATTCTAAAAATTAATAAGTAAG-GATTTAAAAAATAAATTTG-TTACTAATG
* * * * * * *
22797 AGTTCCATTAGTTATTACTATTTGAACCATTATTTACTTT-AAATCGTGATGA-CTATTTGTTTT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATAGTTATGACCT-TTTGTTTT
* * * * * *
22860 GTCATAAAAAAATTGTTTCTATTCATA-TAGTCTTATTTGGAATAAAGTAATGCTAATTTATTAA
64 GTTATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG-CTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * *
22924 CATTCTAAAAATTAAAAAGTAACGGATTTAAAAAATGAATTTGTTAGCCTGATG
128 TATTCTAAAAATTAATAAGTAA-GGATTTAAAAAATAAATTTGTTA--CTAATG
* * * * * *
22978 AGTGCAAATAGTTATGACTGTCTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCATTTGTTTTAT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGT
** * * * * *
23043 TGCAAAACAATTGTTTCTATTCGTACAAGCTTATCTAAAATAAGATAATTCTAATTTATTAATAT
66 TATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * **
23108 TC-AAAAATTTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATGAATTTGTTTACTAAACA
131 TCTAAAAA-TTAATAAGTAAG-GATTTAAAAAATAAATTTG-TTACT-AATG
* * * * * * *
23159 AGTTCAAATAGTTATGATTGTTTGAACAATTATCTATATCAAATTGCTATAACTTTTTGTTTTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * *
23224 TATAAAACAATT-TTTTTATTCATACAAGCTTATTTTAAATAAAATAATACAAATTTTTTAATAT
66 TATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * * *
23288 TCCAAAAATTAATGAGTAA-AAATTAAAAAA-AAAGTTT-TT--TGAA-C
131 TCTAAAAATTAATAAGTAAGGATTTAAAAAATAAA-TTTGTTACT-AATG
* * *
23332 ACATTCAAATAGTTATGACTATTTGATCAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTATTTTG
1 A-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * * *
23397 TCAGAAACCAATTGTTTCTGTTCATACAAGCCTATTTGAAATAAAATAATACTAGTTTATTAATA
65 TTATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * ** *
23462 TT-TCAAAAATTGATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTCATT--TAAAG
130 TTCT-AAAAATTAATAAGT-AAGGATTTAAAAAATAAATTTGTTACTAATG
* * * * *
23510 AGCAACTTCAAATAGTTATGACTGTTTGAACAATTGTTTATTTAAAATAGTTATGATCTTTTGTT
1 AG----TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTT
* * * * *
23575 TTGTTATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGTTTATTGGGAATAAAAAAATACTAATTTATTA
62 TTGTTATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTA
* * *
23640 ATATTCTAAAAATTAATAGGT-AGGATATTTAAAAAATAAATCAT-TTATTGGACATG
127 ATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGG--ATTTAAAAAATAAAT-TTGTTACT--A-ATG
* * * * * * *
23696 A--TCAAATAGTTATG-TTCATTTGAACAATTATCCATTTAAAATCGTTACGATCTTTTGTTTTA
1 AGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTG
* ** * ** *
23758 TCATAAAACAATTGTTTCTATTTGTGCAAAATTATTT-AGAATAAAATAATACTAATCTATTAAT
65 TTATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * **
23822 ATTTTGAAAATTAATAAG--A-GATTT-AAAAACAAATATGTTTA-TGAAAAC
129 ATTCTAAAAATTAATAAGTAAGGATTTAAAAAATAAATTTG-TTACT--AATG
* * * * * *
23870 AGTTCAAACTA-TTATGATTATTTAAACAATTATTTATCTT-AAATAATTATGATC-TTTATTTT
1 AGTTCAAA-TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTT
* * * * * * * * * *
23932 GTCATAAAATAGTTTGTTTCTTTTTATACAAGCTTA-TTCATATTAAAATAATATTAAATTAATA
64 GTTATAAAACA-ATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTA
* * * * *
23996 ATATTCCAAAAATTAATAA--AA-GATTT-AAAAATAAATGTGTTTGTCGAATC
127 ATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGGATTTAAAAAATAAATTTG-TT-ACTAATG
* * * * * * * *
24046 AATTCAAATAGTTAAGACTATTAGAGCAATTATTTATTTCAAATTGTT-TTATCCTTTTGTTTAG
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGA-CCTTTTGTTTTG
* * * ** *
24110 TCATAAAATAATTATTTC-AGTTCATACAAGCTTATTCAAAACAAAATAATAGC-AATTTATTAA
65 TTATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATA-CTAATTTATTAA
* * * * **
24173 CATT-TGAAAAATTAATGAGTAAGAGA-TT-AAAAA-AAATGT-TTATCAAACA
128 TATTCT-AAAAATTAATAAGTAAG-GATTTAAAAAATAAATTTGTTA-CTAATG
* * * * * *
24222 AGTTGAAATAGAT-TGACTATTTAAACAATTATATATTT-AAAGTCA-TTACGACCTTTTATTTT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-T-AGTTATGACCTTTTGTTTT
* * * * * * ** * * * *
24284 GTCAT-AAACATTTGTTTC-AGTTTAAAAAAACTTATCCGAAATCAAATAATACTACTTCACTAA
64 GTTATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * * * ** * **
24347 TATTTTGAAAATTAGTAAGTAAGAGATTTAAAAACTAAAGTCGTTTTTTGCACC
128 TATTCTAAAAATTAATAAGTAAG-GATTTAAAAAATAAATTTG-TTACT-AATG
* * * * *
24401 AATTCAAATAGTTATGACTATTTTAACAAATATCAATCTT-AAATAGTTATGATCC--TTATTTT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAATAGTTATGA-CCTTTTGTTTT
* * * * * * *
24463 GTCATAAAACAATTGTTTCTAATCATACAAGGTT-TTTTAGATAAAAATAATATTAATTTAATAA
64 GTTATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * * **
24527 TATTCCAAAAATTAGTAAG--A-GATTTAAAAAA-AAATATGTTTGTCAAACC
128 TATTCTAAAAATTAATAAGTAAGGATTTAAAAAATAAATTTG-TT-ACTAATG
* * * * * * * * *
24576 AGTTCAAATAG-TAAGACTACTAGAATAATTATTTATTTCAAATCGTTTTGACCTTTGGTTTAGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * * * *
24640 CATATAATAATTGCTTC-AGTTTATACAAGCTTAATCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
66 TATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * **
24704 TT-TGAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTGAAAAATTAAATCTAT-TTACTAAACA
130 TTCT-AAAAATTAATAAG-TAAGGATTT-AAAAAATAAAT-T-TGTTACT-AATG
* * * * * *
24757 AGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTACTTAAAATCGTTATGACATTTTATTTTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * *** * **
24822 CATAAAACCATGGTTT-TAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAACACTCTTTTATTAATA
66 TATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* *** *
24886 TT-TCAAAACTTAATAAG--A-GATTTAAAAAATAAATCAATTAACCAAAAT-
130 TTCT-AAAAATTAATAAGTAAGGATTTAAAAAATAAATTTGTT-A-C-TAATG
* * * ** * * ** *
24934 AGTTCAAATAATTATGGCCATTTGAACAGCTACCTATTTCAAATTGTTATTG-TTTTTTATTTTG
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTA-TGACCTTTTGTTTTG
* * * * *
24998 TCT-TAAAACAATTGTTTTTCAAT-ATTCAATCTTATTTGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAA
65 T-TATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
** *
25061 TATT-TCACTAATTAATAAG--A-GATTTAAAAAATAAATCTAT-TTACCGAACT-
128 TATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGGATTTAAAAAATAAAT-T-TGTTA-CTAA-TG
* * * * * * *
25111 AGTTTAAATAGCTATTACTATTTGAACAATTATCTATTTC-AAT-GTTATAACCTATTATTTTAT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * * *
25174 CATAAAATAATTATTTCTGTTTATACATA-CTTATTT-AGAATAAAATAATACTAATTTAGTAAT
66 TATAAAACAATTGTTTCTATTCATACA-AGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* *
25237 ATTC-ATAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATCTGTTTACCTAATT
129 ATTCTA-AAAATTAATAAGTAAG-GATTTAAAAAATAAATTTG-TTA-CTAATG
* * * * * * * * *
25289 AGTTCAAACAATTAAGACTATATAAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGCTTTAT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * *** * *
25354 TATAAAATAATTATTTC-AGCTCATATAAGCTTATCCCCAAA-AAAATAATATTACTTTATTAAT
66 TATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTAT-TTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* **
25417 ATT-TCAAAAGTTAATAAG---GGATTTAAAAAATAAATCAGTTTACTGAAAT-
129 ATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGGATTTAAAAAATAAATTTG-TTACT--AATG
* * * * * * * *
25466 AGTTCAAATAAG-TATGGCCATTTGAACAACTACCTATTTCGAATCGTTATTACCTTTTGTTTTA
1 AGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * *
25530 TCT-TAAAATAATTGATTT-TCA-ACAATTCAAGCTTATTCGAAATAAAATAAAACTAATTTATT
65 T-TATAAAACAATTG-TTTCT-ATTC-ATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATT
* * * **
25592 AATATT-TCAAGAATTAATAAG--A-GATTTAAAAACTAAATCTAT-TTACCAAACA
126 AATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGGATTTAAAAAATAAAT-T-TGTTA-CTAATG
* * * * * *
25644 AGTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTCTAT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * * * * * * * *
25709 CATAAAACAATTATTTTTGTTCCTATAGGCTTCTTCGAAATAAAATAACACTAATTTAGTAGTAG
66 TATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTA-T--TAA
* * * *
25774 TATTCTAAAAATTAATAACTAAGAAATTTTAAAAAATAAATCTAT-TTGCCAAACT-
128 TATTCTAAAAATTAATAAGTAAG-GA-TTTAAAAAATAAAT-T-TGTT-ACTAA-TG
* * * * * * *
25829 AGTTCAAACATTTAAGACTATATGTACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * * * *
25894 CATAAAGCAATTATTTC-AGCTT-ATATAAGCTTA-TTCAATATAGAATAAAACTAATTTATTAA
66 TATAAAACAATTGTTTCTA--TTCATACAAGCTTATTTGAA-ATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * * * **
25956 T-TTTTCAAAATT--TTA-TAAGAGATTTAGAAAATAATTTTATTTACTGAACC
128 TATTCTAAAAATTAATAAGTAAG-GATTTAAAAAATAAATTT-GTTACT-AATG
* *
26006 AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCAATTTCAAAT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
26050 CATTATTACT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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186 5 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (178 bp):
AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGT
TATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
TCTAAAAATTAATAAGTAAGGATTTAAAAAATAAATTTGTTACTAATG
Found at i:23463 original size:355 final size:355
Alignment explanation
Indices: 22253--26055 Score: 2525
Period size: 355 Copynumber: 10.7 Consensus size: 355
22243 ATCTGTTTAC
* * *
22253 TGAAC-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATTGTTATAAGCTTTT
1 TGAACACA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTT
* * * * * * * *
22317 GTTATATCATAAAACAATTATTTTTGTTCATAAAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATGTA
65 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTA
* * * * * *
22382 ATAATA-TTCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTATTTACCAAACCAGTTCA
130 TTAATATTTC-AAAAATTAAT-AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACAAGTTCA
* * * * * * * *
22446 AATAGTTAAGACTATATGAACAATTATTTATTTTAAATCATTAGGACTTTTTGCTTTATCGTAAA
193 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAA
* ** * * * * *
22511 ACAATTTTTTCAGTTTTTAGTAA-CTTA-TTCAGAGTAAAAATAA-A-TACATTTATTAATGTTT
258 ACAATTTTTTTA-TTCATA-CAAGCTTATTTGA-AAT-AAAATAATACTA-ATTTATTAATATTC
* * * *
22572 CAAAATTTAGTAAG--AGATTTAAAAAATAATTATGTTTGT
318 CAAAAATTAATAAGTAAAATTTAAAAAATAA--ATCTTT-T
* * * * ** *
22611 CGAATCA-ATTCAAAAAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTT
1 TGAA-CACATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTT
* * * * *
22675 GTTTTGTCATAAAACAAATGCTTT-TGTTCATATAAGTTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTT
65 GTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTT
** * *
22739 ATTAATATTTTGAAAATTAAGAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAAC-AGTTCC
129 ATTAATATTTCAAAAATTAA-TAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACAAGTTCA
* * * * *
22803 ATTAGTTATTACTATTTGAACCATTATTTACTTT-AAATCGTGATGACTATTTGTTTTGTCATAA
193 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTA-TTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAA
* * * * * * * *
22867 AAAAATTGTTTCTATTCATA-TAGTCTTATTTGGAATAAAGTAATGCTAATTTATTAACATTCTA
257 AACAATT-TTTTTATTCATACAAG-CTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCA
* * * *
22931 AAAATTAAAAAGTAACGGATTTAAAAAATGAAT-TTGT
320 AAAATTAATAAGTAA--AATTTAAAAAATAAATCTTTT
* * *
22968 T-AGC-CTGATGAGTGCAAATAGTTATGACTGTCTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAC
1 TGAACAC--AT---T-CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAC
* * *** * * * * *
23031 CATTTGTTTTATTGCAAAACAATTGTTTCTATTCGTACAAGCTTATCTAAAATAAGATAATTCTA
60 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTA
* *
23096 ATTTATTAATA-TTCAAAAATTTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATGAATTTGTTTACTAAACAA
125 ATTTATTAATATTTCAAAAA-TTAAT-AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACAA
* * * * * * * *
23160 GTTCAAATAGTTATGATTGTTTGAACAATTATCTATATCAAATTGCTATAACTTTTTGTTTTGTT
188 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTGTC
* * *
23225 ATAAAACAATTTTTTTATTCATACAAGCTTATTTTAAATAAAATAATACAAATTTTTTAATATTC
253 ATAAAACAATTTTTTTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC
* *
23290 CAAAAATTAATGAGTAAAAATTAAAAAA-AAAGT-TTTT
318 CAAAAATTAATAAGTAAAATTTAAAAAATAAA-TCTTTT
* * *
23327 TGAACACATTCAAATAGTTATGACTATTTGATCAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTA
1 TGAACACATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTG
* * * * *
23392 TTTTGTCAGAAACCAATTGTTTCTGTTCATACAAGCCTATTTGAAATAAAATAATACTAGTTTAT
66 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTAT
* * ** *
23457 TAATATTTCAAAAATTGATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTCATTTA--AAGAGCAACTTCA
131 TAATATTTCAAAAATTAAT-AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAA-A-CAAGTTCA
* * * * *
23520 AATAGTTATGACTGTTTGAACAATTGTTTATTTAAAATAGTTATGA-TCTTTTGTTTTGTTATAA
193 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACT-TTTTGTTTTGTCATAA
* * * * * *
23584 AACAATTATTTCTATTCATACAAGTTTATTGGGAATAAAAAAATACTAATTTATTAATATTCTAA
257 AACAATT-TTTTTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAA
* *
23649 AAATTAATAGGTAGGATATTTAAAAAATAAATCATTTAT
321 AAATTAATAAGTA--AAATTTAAAAAATAAATC-TTT-T
* * * * * * * *
23688 TGGACATGA-TCAAATAGTTATG-TTCATTTGAACAATTATCCATTTAAAATCGTTACGATCTTT
1 TGAACA-CATTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTT
* * ** * ** * *
23751 TGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTTGTGCAAAATTATTTAGAATAAAATAATACTAATCT
64 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTT
** * *
23816 ATTAATATTTTGAAAATT-A-A-TAAGAGATTT-AAAAACAAATATGTTTA-TGAAA-ACAGTTC
129 ATTAATATTTCAAAAATTAATAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACT-AAACA-AGTTC
* * ** * *
23875 AAACTA-TTATGATTATTTAAACAATTATTTATCTT-AAATAATTATGA-TCTTTATTTTGTCAT
192 AAA-TAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTAT-TTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTGTCAT
* * * * * * * * *
23937 AAAATAGTTTGTTTCTTTTTATACAAGCTTA-TTCATATTAAAATAATATTAAATTAATAATATT
255 AAAACAATTT-TTT-TATTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* *
24001 CCAAAAATTAATAA--AAGATTT-AAAAATAAATGTGTTT
317 CCAAAAATTAATAAGTAAAATTTAAAAAATAAATCT-TTT
* * * * *
24038 GTCGAATCA-ATTCAAATAGTTAAGACTATTAGAGCAATTATTTATTTCAAATTGTT-TTATCCT
1 -T-GAA-CACATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA-CCT
* * * * * *
24101 TTTGTTTAGTCATAAAATAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAACAAAATAATAGC-AA
62 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATA-CTAA
* *
24165 TTTATTAACATTTGAAAAATTAATGAGTAAGAGA-TT-AAAAA-AAA--TGTTTA-TCAAACAAG
126 TTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACT-AAACAAG
* * * * * * * *
24224 TTGAAATAGAT-TGACTATTTAAACAATTATATATTT-AAAGTCATTACGACCTTTTATTTTGTC
189 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAA-TCGTTATGACTTTTTGTTTTGTC
* * * * * ** * * * *
24287 AT-AAAC-ATTTGTTTCAGTTTAAAAAAACTTATCCGAAATCAAATAATACTACTTCACTAATAT
253 ATAAAACAATTT-TTTTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
*** * *
24350 TTTGAAAATTAGTAAGTAAGAGATTTAAAAACTAAAGTCGTTTTT
316 TCCAAAAATTAATAAGTAA-A-ATTTAAAAAATAAA-TC--TTTT
* * * * *
24395 TGCAC-CAATTCAAATAGTTATGACTATTTTAACAAATATCAATCTT-AAATAGTTATGATCC--
1 TGAACAC-ATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAATTGTTATGA-CCTT
* ** * * * *
24456 TTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAATCATACAAGGTT-TTTTAGATAAAAATAATATTAAT
63 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAAAAT-AAAATAATACTAAT
* * * * *
24520 TTAATAATATTCCAAAAA-T--TAGTAAGAGATTTAAAAAA-AAATATGTTT-GTCAAACCAGTT
127 TTATTAATATTTCAAAAATTAATAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACT-AAACAAGTT
* * * * * * * *
24580 CAAATAG-TAAGACTACTAGAATAATTATTTATTTCAAATCGTTTTGACCTTTGGTTTAGTCATA
191 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATA
* * ** * * * * **
24644 TAATAATTGCTTCAGTTTATACAAGCTTAATCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTGA
256 AAACAATTTTTTTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCA
* *
24709 AAAATTAATAAGCAAAAGATTTGAAAAATTAAATCTATTT
320 AAAATTAATAAG-TAAA-ATTT-AAAAAATAAATCT-TTT
* * * * * *
24749 ACTAAACA-AGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTACTTAAAATCGTTATGACATT
1 --TGAACACA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTT
* * * * ** * **
24813 TTATTTTGTCATAAAACCATGGTTT-TAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAACACTCTT
63 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-GTTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAAT
* *** * *
24877 TTATTAATATTTCAAAACTT-A-A-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCAATTAACCAAA-ATAGTT
127 TTATTAATATTTCAAAAATTAATAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACA-AGTT
* * * ** ** * * * *
24938 CAAATAATTATGGCCATTTGAACAGCTACCTATTTCAAATTGTTATTG-TTTTTTATTTTGTCTT
191 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTA-TGACTTTTTGTTTTGTCAT
* * * * *
25002 AAAACAATTGTTTTTCAAT-ATTCAATCTTATTTGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTT
255 AAAACAATT-TTTTT-ATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC
** *
25066 CACTAATTAATAAG--AGATTTAAAAAATAAATCTATTT
318 CAAAAATTAATAAGTAAAATTTAAAAAATAAATCT-TTT
* * * * * * *
25103 ACCGAACTA-GTTTAAATAGCTATTACTATTTGAACAATTATCTATTTC-AA-TGTTATAACCTA
1 --TGAAC-ACATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTT
* * * * * *
25165 TTATTTTATCATAAAATAATTATTTCTGTTTATACATA-CTTATTTAGAATAAAATAATACTAAT
63 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACA-AGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAAT
* * **
25229 TTAGTAATA-TTCATAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATCTGTTTACCT-AATTAG
127 TTATTAATATTTCA-AAAATTAAT-AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-CTAAACAAG
* * * * * * * * * *
25291 TTCAAACAATTAAGACTATATAAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGCTTTATTA
189 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTGTCA
* * * * * *** * *
25356 TAAAATAATTATTTCAGCTCATATAAGCTTATCCCCAAA-AAAATAATATTACTTTATTAATATT
254 TAAAACAATTTTTTTA-TTCATACAAGCTTAT-TTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * ** *
25420 TCAAAAGTTAATAAG--GGATTTAAAAAATAAATCAGTTTAC
317 CCAAAAATTAATAAGTAAAATTTAAAAAATAAATC--TTT-T
* * * * * * * *
25460 TGAA-ATAGTTCAAATAAG-TATGGCCATTTGAACAACTACCTATTTCGAATCGTTATTACCTTT
1 TGAACACA-TTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTT
* * * *** * ** *
25523 TGTTTTATCTTAAAATAATTGATTT-TCAACAATTCAAGCTTATTCGAAATAAAATAAAACTAAT
64 TGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCTGTTC-ATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAAT
* * * * *
25587 TTATTAATATTTCAAGAATT-A-A-TAAGAGATTTAAAAACTAAATCTATTTACCAAACAAGTTC
127 TTATTAATATTTCAAAAATTAATAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACAAGTTC
* * * * * * *
25649 AAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTCTATCATAA
192 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAA
* * * * * * * *
25714 AACAATTATTTTTGTTCCTATAGGCTTCTTCGAAATAAAATAACACTAATTTAGTAGTAGTATTC
257 AACAATT-TTTTTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTA-T--TAATATTC
* * *
25779 TAAAAATTAATAACTAAGAAATTTTAAAAAATAAATCTATT
318 CAAAAATTAATAAGT-A-AAA-TTTAAAAAATAAATCTTTT
* * * * * *
25820 TGCCAA-ACTAGTTCAAACATTTAAGACTATATGTACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCT
1 TG--AACAC-A-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCT
* * * * * * * *
25884 TTTGTTTTGTCATAAAGCAATTATTTCAGCTT-ATATAAGCTTATTCAATATAGAATAAAACTAA
62 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTG-TTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAA
* * * * * * *
25948 TTTATTAATTTTTC-AAAATT-TTA-TAAGAGATTTAGAAAATAATTTTATTTACTGAACCAGTT
126 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACAAGTT
* ** *
26010 CAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCAATTTCAAATCATTAT
191 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTAT
26056 TACTAATTTA
Statistics
Matches: 2695, Mismatches: 590, Indels: 316
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
350 65 0.02
351 56 0.02
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353 22 0.01
354 209 0.08
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357 216 0.08
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ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (355 bp):
TGAACACATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTG
TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTAT
TAATATTTCAAAAATTAATAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACAAGTTCAAAT
AGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACA
ATTTTTTTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATT
AATAAGTAAAATTTAAAAAATAAATCTTTT
Found at i:23494 original size:536 final size:534
Alignment explanation
Indices: 22253--26049 Score: 2326
Period size: 536 Copynumber: 7.1 Consensus size: 534
22243 ATCTGTTTAC
* * * *
22253 TGAAC-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATTGTTATAAGCTTTT
1 TGAACACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAATAGTTATGACCTTTT
* * * * * * * * ** *
22317 GTTATATCATAAAACAATTATTTTTGTTCATAAAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATGTA
65 ATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTA
* * *
22382 ATAATA-TTCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTAT-TTA-CCAAACCAGTT
130 ATAATATTTC-AAAAATT-ATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT-T-TGTTAGCCAGACCAGTT
* * * * * *
22444 CAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATTTATTTTAAATCATTAGGACTTTTTGCTTTA-TCGT
191 CAAATAGTTAAGACTATCTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATTC--
* ** * * * *
22508 AAAACAATTTTTTCAGTTTTTAGTAA-CTTATTCAGAGTAAAAATAA-A-TACATTTATTAATGT
254 AAAACAATTATTTCAGTTCATA-CAAGCTTATTCAAAAT-AAAATAATACTA-ATTTATTAAT-A
* * * * *
22570 TTC-AAAATT--T-AGTAAGAGATTTAAAAAATAATTATGTTTGTCGAATCAA-TTCAAAAAATT
315 TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATT-TGTTT-ACTAAACAAGTTCAAATAGTT
* * * * *
22630 ATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATG
378 ATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTAAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATT
* * * * * *
22695 CTTTTGTTCATATAAGTTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAAG
441 TTTTTATTCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAAT
22760 AAGTAAGAGATTTAAAAA-ATAA-ATTTGTT
506 AAGTAAGAGATTTAAAAACA-AATATTT-TT
* * * * * * * *
22789 T-ACTAAACAGTTCCATTAGTTATTACTATTTGAACCATTATTTACTTTAAATCGTGATGA-CTA
1 TGA--ACACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTTAAATAGTTATGACCT-
* * * * * *
22852 TTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTCTATTCATA-TAGTCTTATTTGGAATAAAGTAATGCTAA
62 TTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG-CTTATTTGAAATAAAATAATACTAA
* * * ** * * **
22916 TTTATTAACA-TTCTAAAAATTAAAAAGTAACGGATTTAAAAAATGAATTTGTTAGCCTGATGAG
126 TTTAATAATATTTC-AAAAATT-ATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTAGCCAGACCAG
* * * * * *
22980 TGCAAATAGTTATGACTGTCTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCATTTGTTTTATTG
189 TTCAAATAGTTAAGACTATCTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATT-
* * * *
23045 CAAAACAATTGTTTCTA-TTCGTACAAGCTTA-TCTAAAATAAGATAATTCTAATTTATTAATAT
253 CAAAACAATTATTTC-AGTTCATACAAGCTTATTC-AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
*
23108 TCAAAAATTTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATGAATTTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTA
316 TCAAAAA-TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATTTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTA
* * * * * * *
23173 TGATTGTTTGAACAATTATCTATATCAAATTGCTATAACTTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTTT
379 TGACTATTTGAACAATTATCTAT-TAAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTT
* * * * *** *
23238 TTTATTCATACAAGCTTATTTTAAATAAAATAATACAAATTTTTTAATATTCCAAAAATTAATGA
443 TTTATTCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAA
*
23303 GTAA-A-AATTAAAAA-AAA-AGTTTTT
508 GTAAGAGATTTAAAAACAAATA-TTTTT
*
23327 TGAACACA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGATCAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTT
1 TGAACACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAATAGTTATGACCTTTT
* * * * *
23391 ATTTTGTCAGAAACCAATTGTTTCTGTTCATACAAGCCTATTTGAAATAAAATAATACTAGTTTA
65 ATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTA
* * * *
23456 TTAATATTTCAAAAATTGATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTCAT-TTA--AAGAGCAACTT
130 ATAATATTTCAAAAATT-ATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATT--TGTTAGCCAGA-CCAGTT
* * * * * * * * *
23518 CAAATAGTTATGACTGTTTGAACAATTGTTTATTTAAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGTTATA
191 CAAATAGTTAAGACTATCTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATT-CA
* *** *
23583 AAACAATTATTTCTA-TTCATACAAGTTTATTGGGAATAAAAAAATACTAATTTATTAATATTCT
255 AAACAATTATTTC-AGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-
* * * * ** * ** * * *
23647 AAAAATTAATAGGTAGGATATTTAAAAAATAAATCATTTATTGGACATGATCAAATAGTTATG-T
318 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
* ** * * *
23711 TCATTTGAACAATTATCCATTTAAAATCGTTACGATCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTC
383 T-ATTTGAACAATTATCTA-TTAAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTT
** *
23776 TATTTGTGCAAAA--TTATTT-AGAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTTGAAAA-T--TA
445 TATTCAT--AAAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATA
*
23835 A-TAAGAGATTTAAAAACAAATATGTTTA
507 AGTAAGAGATTTAAAAACAAATAT-TTTT
* * * * * *
23863 TGAAAACAGTTCAAACTA-TTATGATTATTTAAACAATTATTTATCTTAAATAATTATGATC-TT
1 TGAACACAGTTCAAA-TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTAAATAGTTATGACCTTT
* * * * * * * *
23926 TATTTTGTCATAAAATAGTTTGTTTCTTTTTATACAAGCTTA-TTCATATTAAAATAATATTAAA
64 TATTTTGTCATAAAACA-ATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAAT
* * * * * *
23990 TTAATAATATTCCAAAAA-T-TAA-TAAAAGATTT-AAAAATAAATGTGTTTGTC-GAATCAATT
127 TTAATAATATTTCAAAAATTATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTAGCCAG-ACCAGTT
* * * *
24050 CAAATAGTTAAGACTAT-TAGAGCAATTATTTATTTCAAATTGTT-TTATCCTTTTG-TTTAGTC
191 CAAATAGTTAAGACTATCT-GAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGA-CCTTTTGTTTTATTC
* * *
24112 ATAAAATAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAACAAAATAATAGC-AATTTATTAACAT
254 --AAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATA-CTAATTTATTAATA-
* * * *
24176 TTGAAAAATTAATGAGTAAGAGA-TTAAAAAA-AA--TGTTTA-TCAAACAAGTTGAAATAGAT-
315 TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTTGTTTACT-AAACAAGTTCAAATAGTTA
* * * * ** *
24235 TGACTATTTAAACAATTATATATTTAAAGTCATTACGACCTTTTATTTTGTCAT-AAAC-ATTTG
379 TGACTATTTGAACAATTATCTA-TTAAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTT-
* * * * ** * * * * *
24298 TTTCAGTTTAAAAAAACTTATCCGAAATCAAATAATACTACTTCACTAATATTTTGAAAATTAGT
442 TTTTA-TTCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAAT
*
24363 AAGTAAGAGATTTAAAAACTAAAGTCGTTTTT
506 AAGTAAGAGATTTAAAAAC-AAA-T-ATTTTT
* * * * *
24395 TGCAC-CAATTCAAATAGTTATGACTATTTTAACAAATATCAATCTTAAATAGTTATGATCC--T
1 TGAACACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTAAATAGTTATGA-CCTTT
* * * * *
24457 TATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAATCATACAAGGTT-TTTTAGATAAAAATAATATTAATT
64 TATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAAT-AAAATAATACTAATT
* * * * * *
24521 TAATAATATTCCAAAAA-T-T-AGTAAGAGATTTAAAAAA-AAATATGTTTGTCAAACCAGTTCA
128 TAATAATATTTCAAAAATTATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTAGCCAGACCAGTTCA
* * * *
24582 AATAG-TAAGACTA-CTAGAATAATTATTTATTTCAAATCGTTTTGACC-TTTGGTTTAGTCATA
193 AATAGTTAAGACTATCT-GAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATTCA-A
* ** * * * *
24644 TAATAATTGCTTCAGTTTATACAAGCTTAATCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTGA
256 -AACAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCA
* * * * * *
24709 AAAATTAATAAGCAAAAGATTTGAAAAATTAAATCTATTTACTAAACAAGTTTAAATAGTTATGA
319 AAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAAT-AATTTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * **
24774 CTATTTGAACAATTATCTACTTAAAATCGTTATGACATTTTATTTTGTCATAAAACCATGGTTTT
382 CTATTTGAACAATTATCTA-TTAAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTT
*** * ** * *
24839 AGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAACACTCTTTTATTAATA-TTTCAAAACT--TAA-T
446 A-TTCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGT
* * **
24900 AAGAGATTTAAAAAATAAATCAATTAA
510 AAGAGATTT-AAAAACAAAT-ATTTTT
** * * * * * ** * * **
24927 CCAAAATAGTTCAAATAATTATGGCCATTTGAACAGCTACCTATTTCAAATTGTTATTG-TTTTT
1 TGAACACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAATAGTTA-TGACCTTT
* * * * * *
24991 TATTTTGTCTTAAAACAATTGTTTTTCAAT-ATTCAATCTTATTTGAAATAAAATAAAACTAATT
64 TATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATT
* ** * *
25055 TATTAATATTTCACTAA-T-TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAT-TTA-CC-GAACTAGT
128 TAATAATATTTCAAAAATTATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT-T-TGTTAGCCAG-ACCAGT
* * ** * * * * *
25114 TTAAATAGCTATTACTATTTGAACAATTATCTATTTC-AAT-GTTATAACCTATTATTTTA-TCA
190 TCAAATAGTTAAGACTATCTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATTC-
* * * * * *
25176 TAAAATAATTATTTCTGTTTATACATA-CTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAGTAATATT
254 -AAAACAATTATTTCAGTTCATACA-AGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* ** * *
25240 CATAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATCTGTTTACCT-AATTAGTTCAAACAATTA
317 CA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATTTGTTTA-CTAAACAAGTTCAAATAGTTA
* * * * * * * * * * * *
25303 AGACTATATAAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGCTTTATTATAAAATAATTAT
379 TGACTATTTGAACAATTATCTA-TTAAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTT
* * * *** * * *
25368 TTCAGCTCATATAAGCTTATCCCCAAA-AAAATAATATTACTTTATTAATA-TTTCAAAAGTTAA
443 TTTA-TTCATAAAAGCTTAT-TTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAA-TTAA
* **
25431 TAAG---G-GATTTAAAAAATAAATCAGTTTAC
505 TAAGTAAGAGATTT-AAAAACAAAT-A-TTTTT
* * * * * * * *
25460 TGAA-ATAGTTCAAATAAG-TATGGCCATTTGAACAACTACCTATTTCGAATCGTTATTACCTTT
1 TGAACACAGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAATAGTTATGACCTTT
* * * * * * * *
25523 TGTTTTATCTTAAAATAATTGATTT-TCA-ACAATTCAAGCTTATTCGAAATAAAATAAAACTAA
64 TATTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCT-ATTC-ATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAA
* * * * * *
25586 TTTATTAATATTTCAAGAA-T-TAA-TAAGAGATTTAAAAACTAAATCTAT-TTA-CCAAACAAG
126 TTTAATAATATTTCAAAAATTATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT-T-TGTTAGCCAGACCAG
** * * * * *
25646 TTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTCTA-TC
189 TTCAAATAGTTAAGACTATCTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATTC
** * * * * * * *
25710 ATAAAACAATTATTTTTGTTCCTATAGGCTTCTTCGAAATAAAATAACACTAATTTAGTAGTAGT
254 --AAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTA-T--TAAT
* * * * * * * * *
25775 ATTCTAAAAATTAATAACTAAGAAATTTTAAAAAATAAATCTATTTGCCAAACTAGTTCAAACAT
314 ATTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAAT-AATTTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAG
* * * * * * * *
25840 TTAAGACTATATGTACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAGCAAT
376 TTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTAAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
* * * * * * *
25905 TATTTCAGCTT-ATATAAGCTTA-TTCAATATAGAATAAAACTAATTTATTAAT-TTTTCAAAAT
440 TTTTTTA--TTCATAAAAGCTTATTTGAA-ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAAT
* * *
25967 T--TTA-TAAGAGATTTAGAAAA-TAATTTTATTT
502 TAATAAGTAAGAGATTTA-AAAACAAATATT-TTT
* *
25998 ACTGAAC-CAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCAATTTCAAAT
1 --TGAACACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAAT
26050 CATTATTACT
Statistics
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AGTTAAGACTATCTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATTCAAAACAA
TTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTA
ATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA
CAATTATCTATTAAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTATTCATAAAA
GCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAA
AAACAAATATTTTT
Found at i:24854 original size:887 final size:885
Alignment explanation
Indices: 22982--24919 Score: 1909
Period size: 887 Copynumber: 2.2 Consensus size: 885
22972 CTGATGAGTG
* * * * *
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* *
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62 ATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC-AAAATAAAATAATAT-TAATTTATTAATA
* * *
23107 TTCAAAAATTTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATGAATTTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTT
125 TTCAAAAA-TTAAT-A--AA-AGATTTAAAAAATAAATGTGTTTACGAAACAAGTTCAAATAGTT
* * * * * * * *
23172 ATGATTGTTTGAACAATTATCTATATCAAATTGCTATAACTTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTT
185 AAGACTATTAGAACAATTATCTATATCAAATTGCTATAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTA
* ** * * *
23237 TTTTATTCATACAAGCTTATTTTAAATAAAATAATACAAATTTTTTAATATTCCAAAAATTAATG
250 TTTCATTCATACAAGCTTATTCAAAACAAAATAATACAAATTTATTAACATTCCAAAAATTAATG
* ** * * * *
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* * * * *
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380 TATTTCAAATAGTTACGACCTTTTATTTTGTCAGAAACCAATTGTTTCAGTTCAAAAAAACCTAT
** * * *
23432 TTGAAATAAAATAATACTAGTTTATTAATATTTCAAAAATTGATAAGTAAAAGATTTAAAAAATA
445 CCGAAATAAAATAATACTACTTCACTAATATTTCAAAAATTGATAAGTAAAAGATTTAAAAAATA
* * * * * **
23497 AATTCATTTAAAGAGCAACTTCAAATAGTTATGACTGTTTGAACAATTGTTTATTTAAAATAGTT
510 AAGTCATTTAAAGACCAACTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATCAATTTAAAATAGTT
* * * * *
23562 ATGATCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGTTTATTGGGAATAAAAAAA
575 ATGATCTCTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTCTAATCATACAAGTTTATTGAGAATAAAAAAA
* * * * **
23627 TACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAGGTAGGATATTTAAAAAATAAATCATTTATTGGA
640 TACTAATTTAATAATATTCCAAAAATT-ATAGGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCATTTATTAAA
* * * * * *
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704 CATGATCAAATAGTTAAGCTCACTAGAACAATTATCCATTTAAAATCGTTACGATCCTTTGGTTT
* * * **
23757 ATCATAAAACAATTGTTTCTATTTGTGCAAAATTATTTAGAATAAAATAATACTAATCTATTAAT
769 ATCATAAAACAATTGCTTCTATTTATACAAAATTATCGAGAATAAAATAATACTAATCTATTAAT
*
23822 ATTTTGAAAATTAATAAGAGATTTAAAAACAAATATGTTTATGAAAACAGTT
834 ATTTTGAAAATTAATAAGAGATTTAAAAACAAATATATTTATGAAAACAGTT
* * * *
23874 CAAACTA-TTATGATTATTTAAACAATTATTTATCTTAAATAATTATG--ATCTTTATTTTGTCA
1 CAAA-TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA-CTTAAATAGTTATGACAT-TTTATTTTGTCA
* * * * * * * *
23936 TAAAATAGTTTGTTTCTTTTTATACAAGCTTATTCATATTAAAATAATATTAAATTAATAATATT
63 TAAAACA-ATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATT
* *
24001 CCAAAAATTAATAAAAGATTT-AAAAATAAATGTGTTTGTCGAATCAA-TTCAAATAGTTAAGAC
127 -CAAAAATTAATAAAAGATTTAAAAAATAAATGTGTTT-ACGAAACAAGTTCAAATAGTTAAGAC
* * * * * * *
24064 TATTAGAGCAATTATTTATTTCAAATTGTTTTATCCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTATTTCA
190 TATTAGAACAATTATCTATATCAAATTGCTATAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCA
**
24129 GTTCATACAAGCTTATTCAAAACAAAATAATAGC-AATTTATTAACATTTGAAAAATTAATGAGT
255 -TTCATACAAGCTTATTCAAAACAAAATAATA-CAAATTTATTAACATTCCAAAAATTAATGAGT
* * *
24193 AAGAGATTAAAAAAAATGTTTATCAAACA-AGTTGAAATAGAT-TGACTATTTAAACAATTATAT
318 AA-AAATTAAAAAAAAAGTTTATCAAACACA-TTCAAATAGATATGACTATTTAAACAATTATAT
* * * *
24256 ATTT-AAAGTCA-TTACGACCTTTTATTTTGTCATAAA-CATTTGTTTCAGTTTAAAAAAACTTA
381 ATTTCAAA-T-AGTTACGACCTTTTATTTTGTCAGAAACCAATTGTTTCAGTTCAAAAAAACCTA
* ** * *
24318 TCCGAAATCAAATAATACTACTTCACTAATATTTTGAAAATT-AGTAAGTAAGAGATTTAAAAAC
444 TCCGAAATAAAATAATACTACTTCACTAATATTTCAAAAATTGA-TAAGTAAAAGATTTAAAAAA
* *** *
24382 TAAAGTCGTTTTTTGCACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTTAACAAATATCAATCTT-AAAT
508 TAAAGTCATTTAAAG-ACCAACTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATCAAT-TTAAAAT
* *
24445 AGTTATGATC-CTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAATCATACAAGGTTT-TTTAG-ATAA
571 AGTTATGATCTCTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTCTAATCATACAA-GTTTATTGAGAATAA
*
24507 AAATAATATTAATTTAATAATATTCCAAAAA-T-TA-GTAAGAGATTTAAAAAA-AAAT-ATGTT
635 AAA-AATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTATAGGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCAT-TT
* * ** * **
24567 -TGTCAAACCA-GTTCAAATAG-TAAGACT-ACTAGAATAATTATTTATTTCAAATCGTTTTGA-
698 AT-T-AAA-CATGATCAAATAGTTAAG-CTCACTAGAACAATTATCCATTTAAAATCGTTACGAT
* * **
24627 CCTTTGGTTTAGTCATATAATAATTGCTTC-AGTTTATACAAGCTTAATCGA-AATAAAATAATA
759 CCTTTGGTTTA-TCATAAAACAATTGCTTCTA-TTTATACAAAATT-ATCGAGAATAAAATAATA
* * *
24690 CTAATTTATTAATA-TTTGAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTGAAAAATTAAATCTATTTACT--
821 CTAATCTATTAATATTTTG-AAAATTAATAAG----AGATTT-AAAAA-CAAATATATTTA-TGA
24752 AAACAAGTT
878 AAAC-AGTT
* *
24761 TAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTACTTAAAATCGTTATGACATTTTATTTTGTCATA
1 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTACTT-AAATAGTTATGACATTTTATTTTGTCATA
* * * * * * **
24826 AAACCATGGTTT-TAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAACACTCTTTTATTAATATTTC
65 AAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATA-TTC
* *
24890 AAAACTTAATAAGAGATTTAAAAAATAAAT
128 AAAAATTAATAAAAGATTTAAAAAATAAAT
24920 CAATTAACCA
Statistics
Matches: 848, Mismatches: 152, Indels: 96
0.77 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (885 bp):
CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTACTTAAATAGTTATGACATTTTATTTTGTCATAA
AACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCAAA
AATTAATAAAAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTACGAAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAG
AACAATTATCTATATCAAATTGCTATAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCATTCATA
CAAGCTTATTCAAAACAAAATAATACAAATTTATTAACATTCCAAAAATTAATGAGTAAAAATTA
AAAAAAAAGTTTATCAAACACATTCAAATAGATATGACTATTTAAACAATTATATATTTCAAATA
GTTACGACCTTTTATTTTGTCAGAAACCAATTGTTTCAGTTCAAAAAAACCTATCCGAAATAAAA
TAATACTACTTCACTAATATTTCAAAAATTGATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAGTCATTTAA
AGACCAACTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATCAATTTAAAATAGTTATGATCTCTTA
TTTTGTCATAAAACAATTATTTCTAATCATACAAGTTTATTGAGAATAAAAAAATACTAATTTAA
TAATATTCCAAAAATTATAGGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCATTTATTAAACATGATCAAATA
GTTAAGCTCACTAGAACAATTATCCATTTAAAATCGTTACGATCCTTTGGTTTATCATAAAACAA
TTGCTTCTATTTATACAAAATTATCGAGAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTTGAAAATT
AATAAGAGATTTAAAAACAAATATATTTATGAAAACAGTT
Found at i:27341 original size:361 final size:358
Alignment explanation
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Period size: 361 Copynumber: 15.7 Consensus size: 358
26046 AAATCATTAT
* * *
26056 TACTAATTTATTAATATTT-AGAAAATTAATCAA-TAAGAGATTTAAAAAGTAAATCTATTTACC
1 TACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAAT-AAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACC
** * * * * * * * * * *
26119 AAACCATTTTAAATAGTTTTAACTATTTGAATAATTATTTATTCCAAATCATTATAAACTTTTAT
64 AAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT
* * ** * ** * *
26184 TTTGTCA-ACAAACAATTGGTTCTGTTGGTACTATTTTATTTGAAATAAAATAATAATAATTTAA
129 TTTGTCATA-AAACAATT-GTTTTATTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAAT-ATAATTTAT
** * * * *
26248 TAATATTTT-GAAACTTAATAACCAAGA-AATTAAAAAATAAAT-TG--AATAG-TCAAGTTCAA
190 TAATATTTTAGAAA-TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAA
* * ** * * * * *
26307 ATAGTTAAGCCTAAATGAATGATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGGTTTCTCGTAAAA
254 ATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
* * ** *
26372 TAATTATTTT-GTTTGTACAAGCTTATTCAGATTAAAATAA
319 CAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTC-GAATAAAATAA
* * * *
26412 TACTAATTTAATAATAGTTCAAAAA-T-A-AA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAA
1 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAA
* * * * * * ** *
26473 ATCAGCTCAAATGGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTTTGACCTTTTGTTT
66 ATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT
* ** * * *
26538 AGTCATAAAACAATTGTTACAGTTCGTATAAGCTTATTCAAAATAAATTAATACTAATTTATTAA
131 TGTCATAAAACAATTGTTTTA-TTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATA-TAATTTATTAA
* ** * * * * *
26603 CATTCAAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTCAAATG
193 TATTTTAGAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATA
* * * ** * * ** ** * *
26668 GTTATTACAATTTGAACAATTGCCTATTT-AGAAGCTTTAAAACCTTTTGACTTGCCATAAAATA
257 GTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCA-AATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA
* ** *
26732 ATT-TTTCAGTGAATACAAACTTATTCGAATAAAATAA
321 ATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCGAATAAAATAA
* * *
26769 TA-TAAATTTATTAATA-TT-AAGATAATTAATTAGTCAA-AGATTTAAAAAATAAATATGTTTA
1 TACT-AATTTATTAATATTTCAA-A-AATTAATAAGT-AAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTA
* * * * * * * *
26830 CCGAATAAGTTCAAATCGTTATGACTATTTGAGCAATT-TTTATTTTAACTTATTATGACTTTTT
62 CCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
* * * * * * *
26894 GTTTTATCATAAAATAATTGTTTCTGTTCATTCAAACTTATTCAGATTAAAATAATTTTAATTTA
127 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAGCTTATTCA-AATAAAATAA-TATAATTTA
* *
26959 TTAATATTTT-GACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTCA
189 TTAATATTTTAGA-AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCA
* * * *
27023 AATAGTCATGACTACTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTCTTTTGT-AAAAA
253 AATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* ** * *
27087 ATAATTGTTTTAGTTCATATGAGCTTATTTGAAGTAAAACAA
318 ACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCGAA-TAAAATAA
* * * * * * ** *
27129 TACTGATTTCTTAATATTTTAAAAATTAATGAGTAAGAAAATTGAAAAAGGAATCTGTTTATCAA
1 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAA
* * * *
27194 ATAAGTTCAAATAGTTATGACTATATAAACAATTACCTATTTCAAAACATTATGACCTTTTGTTT
66 ATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT
* * * * **
27259 TATCTTAAAACAATTGGTTAAGTTCATGTAAGCTTATTTCAAATAAAATAATATAAATTTATTAA
131 TGTCATAAAACAATTGTTTTA-TTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATAT-AATTTATTAA
* * ** * *
27324 TATTTTAGAAATTAATAAGTTAA-A-ATTTAAAAAATAAATCTATTT-TCTTAACTTGTTTAAAA
193 TATTTTAGAAATTAATAAG-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-GAACAAGTTCAAAT
* * * * * * *
27386 ATTTATGACTTTTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCCTTTGTTTTGTCATAAACCA
256 AGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA
*
27451 ATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCATAATAAAATAA
321 ATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATTC-GAATAAAATAA
* * ** * * * *
27490 TATTAATTTATTAAAATTTCAAAAGGTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATTTGTTTACCAG
1 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAA
* * * * * * *
27555 ACAAGTTTAAATAGTTAT-ACTATTTGAACAACTATTTATTTTAAATCATTATAAACTTTTGTTT
66 ATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG-TT
* *
27619 TTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTA
130 TTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATA-TAATTTATTA
** * ** * * *
27684 ATATAATA-AAATTAATGAGTTGGAGACTTAAAAAATTAATCTGTTTA-CTGAATAAGTTCAAAT
192 ATATTTTAGAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-GAACAAGTTCAAAT
* * * * * * **
27747 AATCA-CATCCATTTGAACT-ATTATCTATTTCAAATCATTATGAAAC-TTTGTTTGGTTGTAAA
256 AGTTATGA-CTATTTGAA-TAATTATCTATTTCAAATCATTATG-ACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* **
27809 AAAATTGTTTTTA-TTCATACAATATTATTCAGAATAAAATAA
318 ACAATTG-TTTTAGTTCATACAAGCTTATTC-GAATAAAATAA
* *
27851 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA-AAG--AG--ATTTAAAAACTAAATCTGTTAACCAA
1 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAA
* * * *
27911 ACT-AGTTCAAATTA-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAACCATTATGATC-TTTGC
66 A-TAAGTTCAAA-TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT
* * * * * ** *
27973 TTTGTTATAAAACAATTGTTTCTATCCATACAAGCTTATTCGAAGTAAAATATTGTTAAACTAAT
129 TTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAAT-ATAATTTATT
* ** * * * * * * *
28038 AATATTCTA-AAATTAATAAACAATAGATTCAAAAAGTAAATGTGTTTGTTGAACCAGTTCAAAT
191 AATATTTTAGAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAAT
* * * * * *
28102 AGTTAAGGA-TATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAAT
256 AGTT-ATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC
*
28166 AATTGTTTTAGTTCATACATGCTTATTCGAAGTAAAATAA
320 AATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCGAA-TAAAATAA
* * * * *
28206 TATTATTTTATTAACA-TTCAAAAAGTTAATAAGCAA-AAACTTTTAAAAAATAAATATGTTTAC
1 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAA-TTAATAAGTAAGAAA--TTTAAAAAATAAATCTGTTTAC
* * * *
28269 CAAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCAATTTAAAATCATTATGACCTTTTT
63 CAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC-TTTT
* * * * * * *
28334 GTTTTATAATAAAACATTTGTTTCAATTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATATTACTTTA
127 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATA-TAATTTA
* * * ** ** *
28399 TTAATATTTTAAAAATTGAGAAGTTGGAGATTTAAAAAA-AAATCAATTTATCAAATC-AGTTCA
189 TTAATATTTTAGAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAA-CAAGTTCA
* * * * ** * * *
28462 AATAATTATGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAACTTTTATGTTGTCATAAA
253 AATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
*** * * *
28527 ACAATTGTTTTTCATCATATAAGCCTATTCGGAATGAAATAA
318 ACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTC-GAATAAAATAA
* * * * *
28569 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATGAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTAAGCGA
1 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CCA
* * * * * * *
28634 ACT-AGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCGTTATAAACTTTTCTT
65 AATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
* * * * * *
28698 TTGTTATATAACAATTATTTATGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATCTAATA
130 TTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATA-TAATTTATTA
* * * ** * *
28763 ATATTAT-GAAAATTAATAACTAAGAGATTTTAAAAAA-AAATTTGTTTGCCAAACCAGTTCAAA
192 ATATTTTAG-AAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAA
* * * * * * *
28826 TAGTAAAGGCTGTATGAATAATTATCTATTTCGAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC
255 TAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC
* * * * * *
28891 AAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTTGGAATAAAATAA
320 AATTGTTTTAGTTCATACAAGCTT-ATTCGAATAAAATAA
* * ** * * *
28931 TATTAATTTATTAACATTTTGAAAATT-AT---TAAGAGATTTAAAATATAAATTTGTTTACCAA
1 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAA
* * * * * * *
28992 ACT-AGTTCAATTAGTTATAACAATTTGAATAATTATTTATTTTAAATCATTATGACCATTTGTT
66 A-TAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
* * ** ** *
29056 TTGTCATAAAACAATTATTTCTATTGATACAATTTTATTTGGAATAAAATAATGCTAATTTATTA
130 TTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAAT-ATAATTTATTA
* * * ** * * *
29121 ATATTCTAAAAATTAATAAGTAACG-GATTTAAAAAATGAATCTGTTGGCTTGACCAA-TGCAAA
192 ATATTTTAGAAATTAATAAGTAA-GAGATTTAAAAAATAAATCTGTT-TATCGAACAAGTTCAAA
* * * * *
29184 TAGTTAT-ATCTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTGTCACAAAA
255 TAGTTATGA-CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
**
29248 CAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAGAATAGCATAA
319 CAATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATTC-GAATAAAATAA
* * * ***
29289 TTCTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAACTAAATCTGTTTATTGA
1 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAA
* * * * * * * * ** *
29354 ACAAGTTCAAACAATTACGATTACTTAAACAATTACCTATTTCAAATCGCTATAACCTTTTGTTT
66 ATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT
* * * * * * *
29419 TGTCACAAAATAATTTTTTCTATTGATACAACCTTATTTCAATTAAAATAATACAAATTTATTAA
131 TGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATA-TAATTTATTAA
* * * * * * * *
29484 TA-TTGAGATAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAACTATGTTTACCGAATAAATTCAAATA
193 TATTTTAGA-AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATA
* * * * *
29548 GTTGTGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACTTTTTTGTTTTGTCATAAAATA
257 GTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC-CTTTTGTTTTGTCATAAAACA
*
29613 ATT-TTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGAATTAAAATAA
321 ATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCGAA-TAAAATAA
* ** * * * * * ***
29651 TATTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAACAGATTTTAAAAATAAATATGTTTATTGA
1 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAA
* * * * ** *
29716 A-AAGTTTC-GATAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTATT
66 ATAAG-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
** * * * * * *
29779 TCATCATAAAACAATTATATCAGTTCATATAGGCTAATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTA
130 TTGTCATAAAACAATTGTTTTA-TTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATA-TAATTTATTA
* * * * * * * *
29844 ATATTTCAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACAAGTTCCAATA
192 ATATTTTAGAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATA
* * * * ** * * * *
29909 GTTATGGCTATATAAATAATTTTCTATTTCAAATCATTATGATATTTTGTTTTATTATCAAATAA
257 GTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA
* * *
29974 TTATTTCT-GTTCATATAAGCTTATTTCAAATAAAATAA
322 TTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTA-TTCGAATAAAATAA
* * * * *
30012 TA-TAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA-AATTTTAAAAAATAAAATATGTTTTCT
1 TACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAAT-AAATCTGTTTACC
* * * * * *
30075 GAATACA-TTCAAATAGTTATGATTATCTGAATAATTATCTATTTTAAATAATTATGACCTTTTG
64 AAATA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
* * * *
30139 TTTTGTCATAAACCAATTGTTTATATTCATACAAG-TGTATTCAAA-ATAAGTAATGCTAGTTTA
128 TTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAGCT-TATTCAAATA-AAATAAT-ATAATTTA
** * * * * * *
30202 TTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATCTATTTACCGAGCAAGTTTAA
189 TTAATATTTTAGAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAA
* * * * *
30266 ATAGTTATG-CTTGTTTGAACAATTATTTATTTCAAAT-AGTTATGATCTTTTGTTTTATCATAA
254 ATAGTTATGAC-TATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * *
30329 AACAATTGTTTCTA-TTCATGCAAGTTTATTCAAACTAAAATAA
317 AACAATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATTCGAA-TAAAATAA
** * * * *
30372 TACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTGCTTACCAA
1 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAA
* * * *
30437 ATAAGTTCAAATAGTCAT-ATCTATATGAATAATTATCTATTTCAAAACATTATGACCTTTTTTG
66 ATAAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC--TTTTG
* *
30501 TTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATGCAA-CATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTA
128 TTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAGC-TTATTC-AAATAAAATAATA-TAATTTA
* * * * * *
30565 TTAATATTTT-GAAA--ATTAA-TAAGAGATCTAAATACTAAATCTATTTATCGAA-ATAGTTTA
189 TTAATATTTTAGAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACA-AGTTCA
* * * * ** *
30625 AATAGTTATTACTATTTGAATGATTATCTATCTCAAATCGTTATGA-AGTTTATTTTGTCATAAA
253 AATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * * * *
30689 ACAATTGTTTCT-TTTGAAAGAAGCTTATTCAAATTAAAATAA
318 ACAATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATTCGAA-TAAAATAA
* * * * ****
30731 TACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAG--AG--CTTTGAAAAATAAA-CGTGTTTGTTG
1 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATC-TGTTTACCA
** * * *
30791 AACCAGTTTAAATAGTTAAGACTATTAT-AACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGT
65 AATAAGTTCAAATAGTTATGACTATT-TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT
* * * * * *
30855 TTAGTTATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAACTTATTCAGAATAAAATAATTGTAATTTATT
129 TTTGTCATAAAACAATTGTTTTA-TTCATACAAGCTTATTCA-AATAAAATAA-TATAATTTATT
* * * * * * * * *
30920 AACATTTGAAAAATTAATGAGCAAGAGATTTAAAAAATATAAATTTATTTATCGAACAAATTGAA
191 AATATTTTAGAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAA-ATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAA
* ** *
30985 ATAGATT-TGACTATTTGAATGATTATCTATTT-AAAGTTGTCATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
254 ATAG-TTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAA-TCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * *
31048 AACAATTGTTTCATTTCATAAAAACTTATTCGAAATAAAATAA
317 AACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCG-AATAAAATAA
* * ** * *
31091 TACTACTTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAACAA-AAGATTT-AAAACTAAAGT-TGTTTTTT
1 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAA-ATTTAAAAAATAAA-TCTG--TTTA
** * * * * *
31153 TGAACT-AGTTCAAATAGTTATGAATATTTGAACAAATATCAATCTCAAATCATTATGACCTTTT
62 CCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
* * * ** * *
31217 -TTTTCTCATAAAACAATCT-TTTTTTATCATACAAACTTATAT-GGACAAAGTAATACTAATTT
127 GTTTTGTCATAAAACAAT-TGTTTTAT-TCATACAAGCTTAT-TCAAATAAAATAATA-TAATTT
* ** * * * ** *
31279 AATAATATTCCA-AACA-T--T-AGTGAGAGATTTAAAAAATAAATAT-ATTCGCTGAACCAGTT
188 ATTAATATTTTAGAA-ATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-GAACAAGTT
* * * * * * *
31338 CAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTTTATTTAGTCCTA
251 CAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
* * * * * ** *
31403 TAATAATTGTTTCAGTTTATACACGCACACTTGGAATAAAATAA
316 AAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTA-TTCGAATAAAATAA
* * * * * * * * *
31447 TACTAATTTATTAACATTCCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTCGAAAAGATAAATGTGTTTATCG
1 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATT-TAAAAAATAAATCTGTTTACCA
* *
31512 AATAAGTTCAAAGAGTTATGACTATTTGAACAATTATC-AGTTTAAAATCATTATGACCTTTTGT
65 AATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATCATTATGACCTTTTGT
* * *
31576 TTTGTCAT-AAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATCCAAA-AGGAAATAATACTACTTTAT
129 TTTGTCATAAAACAATTGTTTTA-TTCATACAAGCTTATTCAAATA--AAATAATA-TAATTTAT
* *
31639 TATTATTTT-GAAAGTTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTT
190 TAATATTTTAGAAA-TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTT
31687 GACTAAATAA
Statistics
Matches: 4171, Mismatches: 899, Indels: 403
0.76 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
351 6 0.00
352 137 0.03
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354 36 0.01
355 258 0.06
356 204 0.05
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358 403 0.10
359 259 0.06
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362 685 0.16
363 273 0.07
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365 5 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (358 bp):
TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAA
ATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT
TGTCATAAAACAATTGTTTTATTCATACAAGCTTATTCAAATAAAATAATATAATTTATTAATAT
TTTAGAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTA
TGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT
TTTAGTTCATACAAGCTTATTCGAATAAAATAA
Found at i:27649 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 26056--31774 Score: 4067
Period size: 181 Copynumber: 31.8 Consensus size: 179
26046 AAATCATTAT
* * *
26056 TACTAATTTATTAATATTTAGAAAATTAATCAA-TAAGAGATTTAAAAAGTAAATCTATTTACCA
1 TACTAATTTATTAATATTT-CAAAATTAAT-AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCA
* * * * * * * * * * * *
26120 AACCATTTTAAATAGTTTTAACTATTTGAATAATTATTTATTCCAAATCATTATAAACTTTTATT
64 GACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
* * ** * ** *
26185 TTGTCA-ACAAACAATTGGTTCTGTTGGTACTATTTTATTTGAAATAAAATAA
129 TTGTCATA-AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAA
* * * * ** * **
26237 TAATAATTTAATAATATTTTGAAACTTAATAACCAAGA-AATTAAAAAATAAAT-TG---AATAG
1 TACTAATTTATTAATA-TTTCAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAG
* * * ** ** * *
26297 TCAAGTTCAAATAGTTAAGCCTAAATGAATGATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGGTT
65 ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT
* * * * * ** *
26362 TCTCGTAAAATAATTATTT-TGTTTGTACAAGCTTATTCAGATTAAAATAA
130 TGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA-AATAAAATAA
* * * * *
26412 TACTAATTTAATAATAGTTC-AAA--AATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAA
1 TACTAATTTATTAATATTTCAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAGA
* * * * * ** *
26474 TC-AGCTCAAATGGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTTTGACCTTTTGTTT
66 -CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT
* * * * *
26538 AGTCATAAAACAATTGTTAC-AGTTCGTATAAGCTTATTCAAAATAAATTAA
130 TGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAA
* * * *
26589 TACTAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTATC
1 TACTAATTTATTAATATTTC--AAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACC
* * * * ** * * **
26653 AAACAAGTTCAAATGGTTATTACAATTTGAACAATTGCCTATTT-AGAAGCTTTAAAACCTTTTG
63 AGACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA-AATCATTATGACCTTTTG
** * * ** * *
26717 ACTTGCCATAAAATAATT-TTTC-AGTGAATACAAACTTATTCGAATAAAATAA
127 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAAATAAAATAA
* * *
26769 TA-TAAATTTATTAATA-TTAAGATAATTAATTAGTCAA-AGATTTAAAAAATAAATATGTTTAC
1 TACT-AATTTATTAATATTTCA-A-AATTAATAAGT-AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC
* * * * * * * *
26831 C-GAATAAGTTCAAATCGTTATGACTATTTGAGCAATT-TTTATTTTAACTTATTATGACTTTTT
62 CAG-ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
* * * * * *
26894 GTTTTATCATAAAATAATTGTTTCTGTTCATTCAAACTTATTCAGATTAAAATAA
126 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA-AATAAAATAA
** * * * * *
26949 TTTTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATC-G
1 TACTAATTTATTAATA-TTTCAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAG
* * * *
27013 AACAAGTTCAAATAGTCATGACTACTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTCTT
65 -ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
* * ** * * *
27078 TTGT-AAAAAATAATTGTTT-TAGTTCATATGAGCTTATTTGAAGTAAAACAA
129 TTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAA
* * * * * * * ** * *
27129 TACTGATTTCTTAATATTTTAAAAATTAATGAGTAAGAAAATTGAAAAAGGAATCTGTTTATCAA
1 TACTAATTTATTAATA-TTTCAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAG
* * * * *
27194 ATAAGTTCAAATAGTTATGACTATATAAACAATTACCTATTTCAAAACATTATGACCTTTTGTTT
65 ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT
* * * * **
27259 TATCTTAAAACAATTGGTT-AAGTTCATGTAAGCTTATTTCAAATAAAATAA
130 TGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAA
* * *
27310 TA-TAAATTTATTAATATTTTAGAAATTAATAAGTTAA-A-ATTTAAAAAATAAATCTATTTTCT
1 TACT-AATTTATTAATATTTCA-AAATTAATAAG-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC-
* ** * * * * * * *
27372 TA-ACTTGTTTAAAAATTTATGACTTTTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCCTTTG
62 CAGACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
*
27436 TTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCATAATAAAATAA
127 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA-AATAAAATAA
* * * * * * *
27490 TATTAATTTATTAAAATTTCAAAAGGTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATTTGTTTACCAG
1 TACTAATTTATTAATATTTCAAAA-TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAG
* * * * * *
27555 ACAAGTTTAAATAGTTAT-ACTATTTGAACAACTATTTATTTTAAATCATTATAAACTTTTGTTT
65 ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG-TT
* *
27619 TTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAA
129 TTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAA
* * ** * * *
27671 TACTAATTTATTAATATAAT-AAAATTAATGAGTTGGAGACTTAAAAAATTAATCTGTTTA-CTG
1 TACTAATTTATTAATAT-TTCAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAG
* * * * * * *
27734 AATAAGTTCAAATAATCA-CATCCATTTGAACTATTATCTATTTCAAATCATTATGAAAC-TTTG
65 -ACAAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG-ACCTTTTG
* ** * * **
27797 TTTGGTTGTAAAAAAATTGTTTTTATTCATACAATATTATTCAGAATAAAATAA
127 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA-AATAAAATAA
* * * *
27851 TACTAATTTATTAATATTTCAAAA--ATTAA--AAGAGATTTAAAAACTAAATCTGTTAACCAAA
1 TACTAATTTATTAATATTTCAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAGA
* * * * *
27912 CTAGTTCAAATTA-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAACCATTATGATC-TTTGCTT
66 CAAGTTCAAA-TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT
* * * *
27975 TGTTATAAAACAATTGTTTCTATCCATACAAGCTTATTCGAAGTAAAATAT
130 TGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAA
** ** * ** * * * * ***
28026 TGTTAAACTAATAATA-TTCTAAAATTAATAAACAATAGATTCAAAAAGTAAATGTGTTT-GTTG
1 TACTAATTTATTAATATTTC-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAG
* * * *
28089 AACCAGTTCAAATAGTTAAGGA-TATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTGACCTTTTGT
65 -ACAAGTTCAAATAGTT-ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT
* * * *
28153 TTAGTCATAAAATAATTGTTT-TAGTTCATACATGCTTATTCGAAGTAAAATAA
128 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAA
* * * * * *
28206 TATTATTTTATTAACA-TTCAAAAAGTTAATAAGCAA-AAACTTTTAAAAAATAAATATGTTTAC
1 TACTAATTTATTAATATTTC-AAAA-TTAATAAGTAAGAGA--TTTAAAAAATAAATCTGTTTAC
* * * *
28269 CAAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCAATTTAAAATCATTATGACCTTTTT
62 CAGACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC-TTTT
* * * * * *
28334 GTTTTATAATAAAACATTTGTTTCAATTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAA
126 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAA
* * * * * ** ** * *
28389 TATTACTTTATTAATATTTTAAAAATTGAGAAGTTGGAGATTTAAAAAA-AAATCAATTTATCAA
1 TACTAATTTATTAATA-TTTCAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAG
* * * ** * * *
28453 ATC-AGTTCAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAACTTTTATG
65 A-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
* * * * *
28517 TTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA-TCATATAAGCCTATTCGGAATGAAATAA
129 TTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAA
* * * *
28569 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATGAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTAAGC-G
1 TACTAATTTATTAATATTTC-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAG
* * * * * * *
28633 AACTAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCGTTATAAACTTTTCTT
65 -ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
* * * * *
28698 TTGTTATATAACAATTATTTATGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAA
129 TTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAA
* * * * * *
28750 TACTAATCTAATAATATTATGAAAATTAATAACTAAGAGATTTTAAAAAA-AAATTTGTTTGCCA
1 TACTAATTTATTAATATT-TCAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTACCA
* * * * * * * * * *
28814 AACCAGTTCAAATAGTAAAGGCTGTATGAATAATTATCTATTTCGAATCGTTATGACCTTTTGTT
64 GACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
* * * * * * **
28879 TTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTTGGAATAAAATAA
129 TTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTT-ATTCAAATAAAATAA
* * * * * *
28931 TATTAATTTATTAACATTTTGAAAATT-AT---TAAGAGATTTAAAATATAAATTTGTTTACCAA
1 TACTAATTTATTAATA-TTTCAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAG
* * * * * * * *
28992 ACTAGTTCAATTAGTTATAACAATTTGAATAATTATTTATTTTAAATCATTATGACCATTTGTTT
65 ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT
* * ** **
29057 TGTCATAAAACAATTATTTCTATTGATACAATTTTATTTGGAATAAAATAA
130 TGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAA
* * * ** **
29108 TGCTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAACG-GATTTAAAAAATGAATCTGTTGGCTT
1 TACTAATTTATTAATATT-TCAAAATTAATAAGTAA-GAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCA
* * * *
29172 GACCAA-TGCAAATAGTTAT-ATCTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTA
64 GA-CAAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
* **
29235 TTTTGTCACAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAGCATAA
127 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA-AATAAAATAA
* * **
29289 TTCTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAACTAAATCTGTTTA-TTG
1 TACTAATTTATTAATATTTC-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAG
* * * * * * * ** *
29353 AACAAGTTCAAACAATTACGATTACTTAAACAATTACCTATTTCAAATCGCTATAACCTTTTGTT
65 -ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
* * * * * *
29418 TTGTCACAAAATAATTTTTTCTATTGATACAACCTTATTTCAATTAAAATAA
129 TTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAA
* * * * * *
29470 TACAAATTTATTAATA-TTGAGATAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAACTATGTTTACC-
1 TACTAATTTATTAATATTTCA-A-AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCA
* * * * *
29533 GAATAAATTCAAATAGTTGTGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACTTTTTTG
64 G-ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC-CTTTTG
* * * *
29598 TTTTGTCATAAAATAATT-TTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGAATTAAAATAA
127 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAA
* * * * * * **
29651 TATTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAACAGATTTTAAAAATAAATATGTTTA-TTG
1 TACTAATTTATTAATA-TTTCAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAG
* * * * * ** *
29715 AAAAGTTTC-GATAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTATT
65 ACAAG-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
** * * * * *
29779 TCATCATAAAACAATTATATC-AGTTCATATAGGCTAATTCAAAATAAAATAA
129 TTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAA
* * * *
29831 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAA
1 TACTAATTTATTAATATTTC-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAG
* * * * * * **
29896 ACAAGTTCCAATAGTTATGGCTATATAAATAATTTTCTATTTCAAATCATTATGATATTTTGTTT
65 ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT
* * * * * * *
29961 TATTATCAAATAATTATTTCTGTTCATATAAGCTTATTTCAAATAAAATAA
130 TGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAA
* * *
30012 TA-TAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA-A-ATTTTAAAAAATAAAATATGTTT-T
1 TACT-AATTTATTAATATTTC-AAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAAT-AAATCTGTTTAC
* * * * * * *
30073 CTGA-ATACATTCAAATAGTTATGATTATCTGAATAATTATCTATTTTAAATAATTATGACCTTT
62 CAGACA-A-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTT
* * *
30137 TGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTATATTCATACAAG-TGTATTCAAA-ATAAGTAA
125 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCT-TATTCAAATA-AAATAA
* * * * *
30192 TGCTAGTTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATCTATTTACC-G
1 TACTAATTTATTAATATTTC-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAG
* * * *
30255 AGCAAGTTTAAATAGTTATG-CTTGTTTGAACAATTATTTATTTCAAAT-AGTTATGATCTTTTG
65 A-CAAGTTCAAATAGTTATGAC-TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTG
* * *
30318 TTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATGCAAGTTTATTCAAACTAAAATAA
127 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAA-TAAAATAA
* * * * *
30372 TACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTGCTTACCAA
1 TACTAATTTATTAATA-TTTCAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAG
* * * * *
30437 ATAAGTTCAAATAGTCAT-ATCTATATGAATAATTATCTATTTCAAAACATTATGACCTTTTTTG
65 ACAAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC--TTTTG
* *
30501 TTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATGCAA-CATTATTCAAAATAAAATAA
127 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGC-TTATTC-AAATAAAATAA
* * * * * *
30555 TACTAATTTATTAATATTTTGAAAA-T--TAA-TAAGAGATCTAAATACTAAATCTATTTATC-G
1 TACTAATTTATTAATA-TTTCAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAG
* * * ** * * ** *
30615 AAATAGTTTAAATAGTTATTACTATTTGAATGATTATCTATCTCAAATCGTTATGA-AGTTTATT
65 ACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
* * * *
30679 TTGTCATAAAACAATTGTTTCTTTTGAAAGAAGCTTATTCAAATTAAAATAA
129 TTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAA-TAAAATAA
* * * * * ***
30731 TACTAATTTAATAATATTCCAAAA--ATTAA-TAAGAGCTTTGAAAAATAAA-CGTGTTT-GTTG
1 TACTAATTTATTAATATTTCAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC-TGTTTACCAG
* * * *
30791 AACCAGTTTAAATAGTTAAGACTATTAT-AACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGT
65 -ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATT-TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT
* * * *
30855 TTAGTTATAAAACAATTATTTC-AGTTCATACAAACTTATTCAGAATAAAATAA
128 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCA-AATAAAATAA
** * * * * * * *
30908 TTGTAATTTATTAACATTTGAAAAATTAATGAGCAAGAGATTTAAAAAATATAAATTTATTTATC
1 TACTAATTTATTAATATTT-CAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAA-ATAAATCTGTTTACC
* * ** ** *
30973 -GAACAAATTGAAATAGATT-TGACTATTTGAATGATTATCTATTT-AAAGTTGTCATGACCTTT
63 AG-ACAAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCATTATGACCTTT
* *
31035 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-ATTTCATAAAAACTTATTCGAAATAAAATAA
125 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAA
* * ** * * ****
31091 TACTACTTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAACAAAAGATTT-AAAACTAAAGT-TGTTTTTTT
1 TACTAATTTATTAATATTT-CAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA-TCTGTTTACCA
* * * * *
31154 GAACTAGTTCAAATAGTTATGAATATTTGAACAAATATCAATCTCAAATCATTATGACCTTTT-T
64 G-ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT
* * * * ** * *
31218 TTTCTCATAAAACAATCTTTTTTTA-TCATACAAACTTATAT-GGACAAAGTAA
128 TTTGTCATAAAACAAT-TGTTTCTATTCATACAAGCTTAT-TCAAATAAAATAA
* * * * * *
31270 TACTAATTTAATAATATTCCAAACA-T--T-AGTGAGAGATTTAAAAAATAAATAT-ATT-CGCT
1 TACTAATTTATTAATATTTCAAA-ATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC-CA
* * * * * * *
31329 GAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTTTAT
64 G-ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT
* * * * * * ** **
31394 TTAGTCCTATAATAATTGTTTC-AGTTTATACACGCACACTTGGAATAAAATAA
128 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAA
* * * * * * *
31447 TACTAATTTATTAACATTCCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTCGAAAAGATAAATGTGTTTATC-
1 TACTAATTTATTAATATTTC-AAAATTAATAAGTAAGAGATT-TAAAAAATAAATCTGTTTACCA
* * *
31511 GAATAAGTTCAAAGAGTTATGACTATTTGAACAATTATC-AGTTTAAAATCATTATGACCTTTTG
64 G-ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATCATTATGACCTTTTG
* *
31575 TTTTGTCAT-AAACAATTGTTT-TAGTTCATAAAAGCTTATCCAAA-AGGAAATAA
127 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAAATA--AAATAA
* * * * * * * *
31628 TACTACTTTATTATTATTTTGAAAGTTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTGACTAA
1 TACTAATTTATTAATA-TTTCAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAG
* * * * * * *
31693 ATAAGTTCAAATAATTATGGCCA-TTGAAACAACTATTTATTTCAAATTA-TATTG-CCTTTTG-
65 ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG-AACAATTATCTATTTCAAATCATTA-TGACCTTTTGT
* * *
31754 TCTATCATAAAACCATTGTTT
128 TTTGTCATAAAACAATTGTTT
31775 TTAAAAAATA
Statistics
Matches: 4386, Mismatches: 937, Indels: 432
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
171 9 0.00
172 14 0.00
173 4 0.00
174 9 0.00
175 178 0.04
176 361 0.08
177 271 0.06
178 62 0.01
179 392 0.09
180 1057 0.24
181 1430 0.33
182 299 0.07
183 285 0.06
184 13 0.00
185 2 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (179 bp):
TACTAATTTATTAATATTTCAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAGA
CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTT
GTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAATAAAATAA
Found at i:31444 original size:539 final size:535
Alignment explanation
Indices: 26056--37367 Score: 4019
Period size: 539 Copynumber: 20.8 Consensus size: 535
26046 AAATCATTAT
* * * *
26056 TACTAATTTATTAATATTT-AGAAAATTAATCAA-TAAGAGATTTAAAAAGTAAATCTATTTACC
1 TACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAAT-AAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACC
* * * * * * * * * *
26119 AAACCATTTTAAATAGTTTTAACTATTTGAATAATTATTTATTCCAAATCATTATAAACTTTTAT
64 AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT
* * ** ** ** ** * *
26184 TTTGTCA-ACAAACAATTGGTTCTGTTGGTACTATTTTATTTGAAATAAAATAATAATAATTTAA
129 TTTGTCATA-AAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAT
* ** * * ** *
26248 TAATATTTTGAAACTTAATAACCAAGA-AATTAAAAAATAAAT-TGAATA--GTCA-AGTTCAAA
193 TAATATTTTGAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAATA-AAATATGTTTACCG-AATAGTTCAAA
* * ** ** * * * * *
26308 TAGTTAAGCCTAAATGAATGATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGGTTTCTCGTAAAAT
256 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC
* * *
26373 AATTATTTTGTT-T-GTACAAGCTTATTCAGATTAAAATAATACTAATTTAATAATAGTT-CAAA
321 AATT-TTTT-TTATCATACAAGCTTATTC-GAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCCAAA
* * * * ** * * * *
26435 AATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAATCAGCTCAAATGGTTAAGACTATTAG
382 AATTAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTGCTGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTG
* ** * * * *
26500 AATAATTATCTATTTCAAATTGTTTTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTACAGTTCGT
447 AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCAT
* * *
26565 ATAAGCTTATTCAAAATAAATTAA
512 ACAAGCTTATTCAGAATAAAATAA
* * * * *
26589 TACTAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTATC
1 TACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGCAAGAGATTT-AAAAAATAAATTTGTTTACC
* * * * ** * * **
26653 AAACAAGTTCAAATGGTTATTACAATTTGAACAATTGCCTATTT-AGAAGCTTTAAAACCTTTTG
64 AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCA-AATCATTATGACCTTTTG
** * * ** *
26717 ACTTGCCATAAAATAATT-TTTC-AGTGAATACAAA-CTTATTC-GAATAAAATAATA-TAAATT
128 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATA-AAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATT
** * * * *
26777 TATTAATATTAAGATAATTAATTAGTCAA-AGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAATAAGTT
190 TATTAATATTTTGAAAATTAATAAAT-AAGAGATTTAAAATA-AAATATGTTTACCGAAT-AGTT
* * * * * * * *
26841 CAAATCGTTATGACTATTTGAGCAATT-TTTATTTTAACTTATTATGACTTTTTGTTTTATCATA
252 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
* * * * * **
26905 AAATAATTGTTTCTGT-TCATTCAAACTTATTCAGATTAAAATAATTTTAATTTATTAATATTTT
317 AAACAATT-TTT-TTTATCATACAAGCTTATTC-GAATAAAATAATACTAATTTATTAATA--TT
* * * * * * * * *
26969 GACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTT-ATCGAACAAGTTCAAATAGTCATG
377 -CCAA-AAATTAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTGCT-GAACCAGTTCAAATAGTTAAG
* * * * * *
27033 ACTACTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTCTTTTGT-AAAAAATAATTGTTT
439 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTAGTCATAAAACAATTGTTT
* ** * *
27097 TAGTTCATATGAGCTTATT-TGAAGTAAAACAA
504 CAGTTCATACAAGCTTATTCAGAA-TAAAATAA
* * * * * * * * ** * *
27129 TACTGATTTCTTAATATTTTAAAAATTAATGAGTAAGAAAATTGAAAAAGGAATCTGTTTATCAA
1 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAA
* * * * * *
27194 ATAAGTTCAAATAGTTATGACTATATAAACAATTACCTATTTCAAAACATTATGACCTTTTGTTT
66 ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT
* * * * **
27259 TATCTTAAAACAATTGGTT-AAGTTCATGTAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATA-TAAATTTAT
131 TGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATAAAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACT-AATTTAT
* * * * * ** * *
27321 TAATATTTT-AGAAATTAATAAGTTAA-A-ATTTAAAAAATAAATCTATTTTCTTAACTTGTTTA
193 TAATATTTTGA-AAATTAATAA-ATAAGAGATTTAAAATA-AAATATGTTTACCGAA-TAGTTCA
* * * * * *
27383 AAAATTTATGACTTTTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCCTTTGTTTTGTCATAAA
254 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * * * * * *
27448 CCAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCATAATAAAATAATATTAATTTATTAAAATTTCAAA
319 ACAATTTTTTTTA-TCATACAAGCTTATTC-GAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCCAA
* * * * * * * * * *
27513 AGGTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATTTGTTTAC-CAGACAAGTTTAAATAGTT-ATACT
381 A---AATTAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTGCTGA-ACCAGTTCAAATAGTTAAGACT
* * * * * * * *
27576 ATTTGAACAACTATTTATTTTAAATCATTATAAACTTTTGTTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCT
442 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT-ATTTAGTCATAAAACAATTGTTTC-
*
27641 A-TTCATACAAGTTTATTC-GAAATAAAATAA
505 AGTTCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAA
* * *** * * * **
27671 TACTAATTTATTAATA--TAATAAAATTAATGAGTTGGAGACTTAAAAAATTAATCTGTTTACTG
1 TACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCA
* * * * * *
27734 AATAAGTTCAAATAATCA-CATCCATTTGAACT-ATTATCTATTTCAAATCATTATGAAAC-TTT
65 AACAAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAA-TAATTATCTATTTCAAATCATTATG-ACCTTTT
* ** * * * ** *
27796 GTTTGGTTGTAAAAAAATTGTTTTTATTCATACAATATTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTA
127 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTA
* * * * *
27861 TTAATA-TTT-CAAA--AATTAA-AAGAGATTTAAAA-ACTAAATCTGTTAACCAAACTAGTTCA
192 TTAATATTTTGAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAATA--AAATATGTTTACCGAA-TAGTTCA
* * * * *
27920 AATTA-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAACCATTATGATC-TTTGCTTTGTTATAA
254 AA-TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * ** ** * *
27983 AACAATTGTTTCTATCCATACAAGCTTATTCGAAGTAAAATATTGTTAAACTAATAATATT-CTA
318 AACAATTTTTTTTAT-CATACAAGCTTATTCGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAA
* * * * * *
28047 AAATTAATAAACAATAGATTCAAAAAGTAAATGTGTTTGTTGAACCAGTTCAAATAGTTAAGGA-
381 AAATTAGT----AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTGCTGAACCAGTTCAAATAGTTAA-GAC
* * * * *
28111 TATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTTA
441 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTAGTCATAAAACAATTGTTTCA
*
28176 GTTCATACATGCTTATTC-GAAGTAAAATAA
506 GTTCATACAAGCTTATTCAGAA-TAAAATAA
* * * * *
28206 TATTATTTTATTAACA-TTCAAAAAGTTAATAAGCAA-AAACTTTTAAAAAATAAATATGTTTAC
1 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAA-TTAATAAGCAAGAGA--TTTAAAAAATAAATTTGTTTAC
* * * *
28269 CAAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCAATTTAAAATCATTATGACCTTTTT
63 CAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC-TTTT
* * * * * * *
28334 GTTTTATAATAAAACATTTGTTTCAATTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATATTACTTTA
127 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTA
* * * * ** * * * *
28399 TTAATATTTTAAAAATTGAGAAGTTGGAGATTTAAAAAAAAATCA-ATTTATCAAATCAGTTCAA
192 TTAATATTTTGAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAATAAAAT-ATGTTTACCGAAT-AGTTCAA
* * * ** * * *
28463 ATAATTATGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAACTTTTATGTTGTCATAAAA
255 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
* * * * *
28528 CAATTGTTTTTCATCATATAAGCCTATTCGGAATGAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAA
320 CAATT-TTTTTTATCATACAAGCTTATTC-GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAA
* * *
28593 ATTAATGAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTAAGC-GAACTAGTTCAAATAGTTATA-ACT
383 A-T--T-AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTT-TGCTGAACCAGTTCAAATAGTTA-AGACT
* * * * * * * * *
28656 ATTTGAACAATTATATATTTCAAATCGTTATAAACTTTTCTTTTGTTATATAACAATTATTT-AT
442 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTAGTCATAAAACAATTGTTTCA-
*
28720 GTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAA
506 GTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAA
* * * *
28750 TACTAATCTAATAATATTAT-GAAAATTAATAA-CTAAGAGATTTTAAAAAA-AAATTTGTTTGC
1 TACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGC-AAGAGA-TTTAAAAAATAAATTTGTTTAC
* * * * * * * *
28812 CAAACCAGTTCAAATAGTAAAGGCTGTATGAATAATTATCTATTTCGAATCGTTATGACCTTTTG
63 CAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
* * * * * * *** *
28877 TTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTTGGAATAAAATAATATTAATTTAT
128 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * *
28942 TAACATTTTGAAAATT-AT---TAAGAGATTTAAAATATAAATTTGTTTACCAAACTAGTTCAAT
193 TAATATTTTGAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAATA-AAATATGTTTACCGAA-TAGTTCAAA
* * * * * *
29003 TAGTTATAACAATTTGAATAATTATTTATTTTAAATCATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAAC
256 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC
* * * ** * * *
29068 AATTATTTCTATTGATACAATTTTATTTGGAATAAAATAATGCTAATTTATTAATATTCTAAAAA
321 AATTTTTTTTA-TCATACAAGCTTA-TTCGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAA
* * * * * * *
29133 TTAATAAGTAACGGATTTAAAAAATGAATCTGTTGGCTTG-ACCAATGCAAATAGTTATA-TCTG
384 TTAGTAAG--A--GATTTAAAAAATAAATCTGTTTGC-TGAACCAGTTCAAATAGTTA-AGACTA
* * *
29196 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTGTCACAAAACAATTGTTTCTA-
443 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTAGTCATAAAACAATTGTTTC-AG
**
29260 TTCATACAAGCTTATTCAGAATAGCATAA
507 TTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAA
* * * * ***
29289 TTCTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAACTAAATCTGTTTATTGA
1 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAA
* * * * * * * * ** *
29354 ACAAGTTCAAACAATTACGATTACTTAAACAATTACCTATTTCAAATCGCTATAACCTTTTGTTT
66 ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT
* * * * * * * *
29419 TGTCACAAAATAATTTTTTCTATTGATACAACCTTATTTC-AATTAAAATAATACAAATTTATTA
131 TGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTA
** * * *
29483 ATATTGAGATAATTAATAAATAAAAGATTTAAAA-AATAACTATGTTTACCGAATAAATTCAAAT
195 ATATTTTGAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAATAA-AA-TATGTTTACCGAAT-AGTTCAAAT
* * * *
29547 AGTTGTGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACTTTTTTGTTTTGTCATAAAAT
257 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC-CTTTTGTTTTGTCATAAAAC
* *
29612 AATTTTTTTGT-TCATACAAGCTTATTCGAATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGACAA
321 AATTTTTTT-TATCATACAAGCTTATTCGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATA--TT-CCAA
* * * * * ** * * *
29676 TTAATAAGTAACAGATTTTAAAAATAAATATGTTTATTGAA-AAGTTTC-GATAGTCATA-ACTA
381 -AAATTAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTGCTGAACCAG-TTCAAATAGTTA-AGACTA
* ** * *
29738 TTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTATTTCA-TCATAAAACAATTATATCAG
443 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTT-AGTCATAAAACAATTGTTTCAG
* * * *
29802 TTCATATAGGCTAATTCAAAATAAAATAA
507 TTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAA
* * *
29831 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAA
1 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAA
* * * * * **
29896 ACAAGTTCCAATAGTTATGGCTATATAAATAATTTTCTATTTCAAATCATTATGATATTTTGTTT
66 ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT
* * * * * * *
29961 TATTATCAAATAATTATTTCTGTTCATATAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATA-TAAATTTATT
131 TGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATT
*** * * * *
30024 AATATTCCAAAAATTAATAAGTAA-A-ATTTTAAAAAATAAAATATGTTTTCTGAATACATTCAA
194 AATATTTTGAAAATTAATAAATAAGAGA-TTT--AAAATAAAATATGTTTACCGAATA-GTTCAA
* * * * * *
30087 ATAGTTATGATTATCTGAATAATTATCTATTTTAAATAATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAC
255 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
* * * *
30152 CAATTGTTTATATTCATACAAG-TGTATTC-AA-AATAAGTAATGCTAGTTTATTAATATTCCAA
320 CAATTTTTTTTA-TCATACAAGCT-TATTCGAATAA-AA-TAATACTAATTTATTAATATTCCAA
* * * * * * * *
30214 AAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATCTATTTACCGAGCAAGTTTAAATAGTTATG-CT
381 AAA-T--T-AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTGCTGAACCAGTTCAAATAGTTAAGAC-
* * * *
30277 TGTTTGAACAATTATTTATTTCAAAT-AGTTATGATCTTTTGTTTTA-TCATAAAACAATTGTTT
441 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTT-ATTTAGTCATAAAACAATTGTTT
* *
30340 CTA-TTCATGCAAGTTTATTCA-AACTAAAATAA
504 C-AGTTCATACAAGCTTATTCAGAA-TAAAATAA
** * * * * *
30372 TACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTGCTTACCAA
1 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAA
* * * *
30437 ATAAGTTCAAATAGTCAT-ATCTATATGAATAATTATCTATTTCAAAACATTATGACCTTTTTTG
66 ACAAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC--TTTTG
* **
30501 TTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATGCAA-CATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTA
128 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGC-TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTA
* * * * *
30565 TTAATATTTTGAAAA-T--T-AATAAGAGATCT-AAATACTAAATCTATTTATCGAAATAGTTTA
192 TTAATATTTTGAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAATA--AAATATGTTTACCG-AATAGTTCA
* ** * * ** *
30625 AATAGTTATTACTATTTGAATGATTATCTATCTCAAATCGTTATGA-AGTTTATTTTGTCATAAA
254 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * * * *
30689 ACAATTGTTTCTTT-TGAAAGAAGCTTATTCAAATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAA
319 ACAATT-TTT-TTTATCATACAAGCTTATTCGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAA
* * * * *
30753 AAATTAATAAGAGCTTTGAAAAATAAA-CGTGTTTGTTGAACCAGTTTAAATAGTTAAGACTATT
381 AAATTAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC-TGTTTGCTGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATT
* * * *
30817 AT-AACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTAGTTATAAAACAATTATTTCAGTT
445 -TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAGTT
*
30881 CATACAAACTTATTCAGAATAAAATAA
509 CATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAA
** * * * * *
30908 TTGTAATTTATTAACATTTGAAAAATTAATGAGCAAGAGATTTAAAAAATATAAATTTATTTATC
1 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTT-AAAAA-ATAAATTTGTTTACC
* * * * ** *
30973 GAACAAATTGAAATAGATT-TGACTATTTGAATGATTATCTATTT-AAAGTTGTCATGACCTTTT
64 AAACAAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAA-TCATTATGACCTTTT
* * *
31036 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-ATTTCATAAAAACTTATTCGAAATAAAATAATACTACTTT
127 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTT
** * * * ***
31100 ATTAATATTTAAAAAATTAATAAACAAAAGATTTAAAACTAAAGT-TGTTTTTTTGAACTAGTTC
191 ATTAATATTTTGAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAA-TAAAATATG-TTTACCGAA-TAGTTC
* * * * *
31164 AAATAGTTATGAATATTTGAACAAATATCAATCTCAAATCATTATGACCTTTT-TTTTCTCATAA
253 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * * *
31228 AACAATCTTTTTTTATCATACAAACTTATAT-GGACAAAGTAATACTAATTTAATAATATTCCAA
318 AACAAT-TTTTTTTATCATACAAGCTTAT-TCGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAA
* * * * * *
31292 ACATTAGTGAGAGATTTAAAAAATAAATATATTCGCTGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTA
381 AAATTAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTGCTGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTT
* * * * * * *
31357 GAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTTTATTTAGTCCTATAATAATTGTTTCAGTTTA
446 GAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCA
* ** *
31422 TACACGCACACTT-GGAATAAAATAA
511 TACAAGCTTA-TTCAGAATAAAATAA
* * * * * * *
31447 TACTAATTTATTAACATTCCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTCGAAAAGATAAATGTGTTTATCG
1 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATT-TAAAAAATAAATTTGTTTACCA
* * * *
31512 AATAAGTTCAAAGAGTTATGACTATTTGAACAATTATC-AGTTTAAAATCATTATGACCTTTTGT
65 AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTA-TTTCAAATCATTATGACCTTTTGT
* ** *
31576 TTTGTCAT-AAACAATTGTTT-TAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAAGGAAATAATACTACTTTAT
129 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * * * * **
31639 TATTATTTTGAAAGTTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTGACTAAATAAGTTCAAA
193 TAATATTTTGAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAATA-AAATATGTTTACCGAAT-AGTTCAAA
* * * * * * * *
31704 TAATTATGGCCA-TTGAAACAACTATTTATTTCAAATTA-TATTG-CCTTTTG-TCTATCATAAA
256 TAGTTATGACTATTTG-AACAATTATCTATTTCAAATCATTA-TGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * ** * * *
31765 ACCATTGTTTTTAAAAAATA-AATCTTTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATAACT-ATTTGAA
319 ACAATT-TTTTT-TATCATACAAGCTTATT--CGAA-TA----AAATA---AT-ACTAATTT---
* * ** * * *
31828 CAATTATCTATTTCATATTATTA-TAACATTTTATTCTATAATAAA-AAAT-TGTTT-CTATTCA
368 --ATTA-ATATTCCA-AAAATTAGTAAGA---GATT-TA-AA-AAATAAATCTGTTTGC---TGA
* ** * * ** * * * *
31889 TACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAGTAA-TATTATGAAAATT--AATAACTAAG
420 -ACCAG----TTC-AAAT-AGTTAAGACT-ATTT-G-AACAATTAT-CTATTTCAAATCATTATG
** ** * * **** * *
31951 AAATTTAAAAAATAAATATGTTTGC-TGAACCAATTCAAACAGTTAAGACTATATGAACAATTAT
474 ACCTTT------TATTTA-G--T-CATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAC-A-A-G--C--TTAT
* * * **
32015 TTA-ACTCAAATTGT
522 TCAGAAT-AAAATAA
** * * * *
32029 TA-TGACCTT-TT-GTTTTGTCATAAAA-TAATTATTTTAGCTTGTAGAAATTTATTCAGAATAT
1 TACT-AATTTATTAATATT-TCA-AAAATTAA-TA----AGC---AAGAGATTTA---A-AA-A-
** * ** * * * * ** *
32090 AGTAAAACTAATTTA-TTAA-TATTTCAAAAATTTA-GAAGAGATTTAGAA-AATAATTCTATTT
49 A-TAAATTTG-TTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATG-A-CTATTT-GAATAATTA-TCTATTT
* ** * ** * * * **
32151 ACAGAATCAGTTCAAAT-A-ATTATAACTATT-T-A-AACAATTATCTATTTCAAATCATTATTA
108 -CA-AATCA-TT---ATGACCTT-T-TGTTTTGTCATAA-AACAAT-TGTTTCTATTCA-TAAAA
*** * * ** * *
32211 -CTTTTTATTTTGTAATAAAACAATATTTTTTTTGTTAATATAAGTTTGTTCAAAA-TAAAATAA
162 GC---TTA-TTCAAAATAAAATAATA-CTAATTTATTAATAT---TTTG---AAAATTAATA-AA
** * * * * * * *
32274 TACTA-ATTT---CT-TAATA--TTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAGCATTT
215 TAAGAGATTTAAAATAAAATATGTTTACCGAA-TAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
* ** * * * * *
32332 ATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTGTGTTATAAAACAATGGTTTTTGT-TCATACAAGT
279 ATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT--TTTTTTTATCATACAAGC
* * * * * * * * *
32396 TTATTTGGATTAAAATAATACCAATTTATCAATATTTCAACAATTAATAACCAAAAAATTTAAAA
342 TTA-TTCGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAGT----AAGAGATTTAAAA
* * ** ** * * * *
32461 CATAAATAT-TCTCACCAAACTAGATT-AAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAA
402 AATAAATCTGT-TTGCTGAACCAG-TTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
* * * ** * * *
32524 ATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATCATTTCGGTTCATATAAGCTTATTCAAAATA
465 ATCATTATGACCTTTTATTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATA
32589 AAATAA
530 AAATAA
* * * * ** * * * * *
32595 TATTAAGTTATCAATATTT-GAAAATTAATAATTAAGAGATTCAAACAATGAATTTGTTTAACGA
1 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAA
* * * * * * *
32659 ACAAGTTTAAATAATTATGACTGTTTGAAACAATTATCTATTTGAAATCGTTATAACCTTTTGTT
66 ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG-AATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
* * * * * * * *
32724 TTGTCATAAAATGATTTTTTTTCTATTCATACAATCTTATT-ATGAATAAAATAAGACAAATTTA
130 TTGTCATAAAA-CA-ATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTCA-AAATAAAATAATACTAATTTA
** * * * * *
32788 TTAATATTAAGACAATTAATAAGTAAAAGATCT--AAT--AA-A--TCTACCCGACCA-AGTTCA
192 TTAATATTTTGAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAATAAAATATGTTTA-CCGA--ATAGTTCA
** * ** *
32845 AATCTTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAA
254 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * * * * * *
32910 ACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGATTAAA-AATATTAATTTATTAACATTTCTACA
319 ACAATTTTTTTTA-TCATACAAGCTTATTCGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTC--CA
* * * * * * * * * *
32974 AGTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTT-ATCGAACAAGTTCAAATGGTCATGAGTA
380 A-AAATTAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTGCT-GAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTA
* * * * *
33038 TTTGAATAATTAAT-TATTTCAAATCATTGTGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCAG
443 TTTGAACAATT-ATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAG
* * *
33102 TTTATATAAGCTTATT-TGAAATAAAATAA
507 TTCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAA
* * * * * *
33131 TACTAATTTATTAATA-TCCTAAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATTAATCTATTTACCA
1 TACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCA
* * * * * *
33195 ATCATGTTCAAATAGTTATGACTATCTGAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGACATTTTGTT
65 AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
* * ** ***
33260 TTGTCATAAAACAATTGGTTCTGTTCATGCAAGCTTATTTTGAATAAAATAATA-TAAATTTATT
130 TTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATT
* * ** * * * *
33324 AATATTCTAAAAATTAATAAGCAA-AAATTTTAAAA-ATAAATATGTTTTCTGAACACGTTCAAA
194 AATATTTTGAAAATTAATAAATAAGAGA-TTTAAAATA-AAATATGTTTACCGAATA-GTTCAAA
** * *
33387 TAGTTATGACTATTTGAACAATTAT-TCATTTCAAATTGTTATGACCTTTAGTTTTGTCAT-AAG
256 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT-ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
* * * * * *
33450 CCATTGTTTTCATTCATAAAAAATTGAC-TATTTTGACAATTATCTGTTTGAAATCACTA-TAAC
320 CAATTTTTTTTA-TCAT--ACAA--G-CTTA-TTCG--AA-TA--------AAAT-AATACTAA-
** * * * *
33513 TTT-TTGTTTTGTCATAAAATGATTTTTTTATTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAAT-AATACA
365 TTTATTAATAT-TC-CAAAA--A-----TTAGT-A-A-GAG---A-TTT-AA-AAAATAAAT-C-
** * * * * * ** * * *
33576 AATTT-ATTAA-TA-TTCTAAAAATTAATAAGTAAAAATTTTAAAAATAAATATGT-TTTCTGAA
410 TGTTTGCTGAACCAGTTC-AAATAGT--TAAG--ACTATTTGAACAAT---TATCTATTTC--AA
* * * * * * * * ** **
33637 CA-CGTTCA-AATCTTTATCACTATT--TGA-AAAATTATTTATTTCAAATTGGTATGA-CTT-T
465 -ATCATT-ATGACCTTT-T-A-T-TTAGTCATAAAA-CAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTAT
* ** **
33695 T-TGTTTTATCATAA
522 TCAG-AATAAAATAA
* * * * * * * ** *
33709 -AATAA-TTGTT--TCTGTCATACATGT-TTATTTC----GA-TTAACAAAATAATAATTTATTA
1 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAAT-TAATA-AGCAAGAGATTTAA-AAAAT-A-AATTTGTT-
**** * * * * *
33764 ATATTTTGACAA-TT--AATAAG-TA-GAATATTTAAAAAATAAATATGCTTTTTGAACAAGTTC
60 -TA-CCAAACAAGTTCAAAT-AGTTATGACTATTT---GAATAATTAT-CTATTT---CAA-ATC
* * * * * * * * * *
33824 AACTA-GTCATAATT-ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTGTGACCTTTTGTTTTGTAAT
114 -ATTATGACCT-TTTGTTTTG--TCA-----TA----AAA-CAAT-TG----TTT-CTAT-TCAT
* * * *
33887 AAAA-CAATTATTTTAGCTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTTTTAATATTC
158 AAAAGC--TTA---T---TCA-A-AA---TA---AAAT------AATACTAATTTATTAATATTT
** * * * * *
33951 CAAAAATTAATGAGA-AAGAGAATTAAAA-AAGGAATCT-TGTTACCTAACATGTTCAAATAGTT
201 TGAAAATTAAT-AAATAAGAGATTTAAAATAA--AATATGT-TTACCGAATA-GTTCAAATAGTT
** * *
34013 ATGACTATTTGAATTATTATCTATTTCAAATCATTGTGACC-TTTGTTTTGTAAT-AAACAA-TT
261 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTT
* * * *
34075 GTTTTAGTTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAGAAATTAA
326 TTTTTA--TCATACAAGCTTATTCG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC--CAAA--AA
* * * * * * *
34140 TGAGAAAGAGAATT-AAAAATAAATCT-TGTTAC-CAAACATGTTCAAAATAGTTATGACTATTT
384 TTAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGT-TTGCTGAACCA-GTTC-AAATAGTTAAGACTATTT
* * * * ** *
34202 GAACAATTATCTTTTTAAAAT-ATTATGACATTTTGTTTTCTTATAAAACAATTGCTTTCTA-TT
446 GAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTAGTCATAAAACAATTG-TTTC-AGTT
* *
34265 CATGCAAGCATATTTC-GAATAAAATAA
509 CATACAAGCTTA-TTCAGAATAAAATAA
* * * * * * * * *
34292 TA-AACATTTATTAATGTTTCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAACAAATATATTTTCTA
1 TACTA-ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCA
* * * * * ** *
34355 AAC-ATTTCCAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATGACATTTTGTT
65 AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
* * * ** * *
34419 TTGTCATAAACCAATTGTTTCTGTTCATAAAAGCTTCTTTGAAATGAAATAATACTAACTTATTA
130 TTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTA
* *** * * * * **
34484 AAATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATTGAGCA-AGTTCAAAT
195 ATATTTTGAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAATA-AAATATGTTTACCGA--ATAGTTCAAAT
* * *
34548 AGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAAAA
257 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA
* * * * ***
34613 ATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTGAA-ATAAATAATACTAATTTATTAATATTTTTAAAAT
322 ATTTTTTTTA-TCATACAAGCTTATTCGAATA-AAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAAT
* * * ** ** * * *
34677 TAATAAGTTGAAAATTTAAAAAATAAATTTGTTCACCAAACAAGCTT-AAATAG-TAATGTCCAT
385 TAGTAA---G-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTGCTGAACCAG-TTCAAATAGTTAA-GACTAT
* * * * ** * * * *
34740 TTGAACTATTATCTATATCAAAAT-GTTATTATATTTTGTTTTGTAATAAAATAATTGTTTCTA-
444 TTGAACAATTATCTATTTC-AAATCATTATGACCTTTTATTTAGTCATAAAACAATTGTTTC-AG
* ** * *
34803 TTCATAAAAAATTATTCAAAAGAAAATAA
507 TTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAA
* * **
34832 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-A--AA-AGATTTAAAAACTAAATCTT-TATATTG
1 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TTGTTTA-CC
* * * * * * *
34892 AACCAA-TTCAAATAATTATGATTTTTTGAACAATTATCTATCTCAAATAATTATGA--TATTT-
64 AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCT-TTTG
* * * * ** *** * *
34953 TTTTGTTATAAAGCAATTGTTTTTGTTCATACGAGCTTATTTGGAGTAAAATATTGA-TAA---A
128 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAAT-ACTAATTTA
* * * * * * *
35014 TT-A-A---T-AATATT-CT-AATAAAAGATTTAAAA-AGTAAATGTGTTTGCCAAACTAATTCA
192 TTAATATTTTGAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAATA--AAATATGTTTACCGAA-TAGTTCA
* * ** * * * * * *
35070 AATAGATAAGAAAATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTTTGACCTTTTG-CTTGCCATAAG
254 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * * ** * * * **
35134 ATAGTATTTTCAATTCATGCATGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAGCATT-CAGA
319 ACAATTTTTTTTA-TCATACAAGCTTATTC-GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCA-A
* * * * * * * * * *
35198 AAATTAATAAACAACAAATTTTAAAAAATAAATTTCTTT-ATCAAACAAGTTAAAATAGTTATGA
381 AAATTAGT----AAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTGCT-GAACCAGTTCAAATAGTTAAGA
* * * * * *
35262 CTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATAAATATGACCATTTGTTGTA-TCATAAAACAATTTTTT
440 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATT-TAGTCATAAAACAATTGTTT
* * * *
35326 CAATTTATAAAAGCTTA-TCTGAAATAAAATAA
504 CAGTTCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAA
* * * * * * *
35358 TATTACTTTATTAATACTTCAAAAATTGATATAG-TAGAGATTTAAAAAAT--A-----CT--CG
1 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA-AGCAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCA
* * * * * *
35413 AACTAGTTCAAATAATTATTG-CCATTTGAATAATTATATATTTCAAATCATTA-CAAC-TTT-T
65 AACAAGTTCAAATAGTTA-TGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT
** * * * * *** * *
35474 TTT-TCATAAATTAATTATTTTTCA-TCATACAAGCCTATTTGGAATAAAATAGTA-TTATTTAT
129 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAT
* ** ** * * * * *
35536 TAAAATTTCAAAAATTAATTGGA-AGGAGATTTAAAA-AATATATCTATCTACTGAACAGTTC--
193 TAATATTTTGAAAATTAA-TAAATAAGAGATTTAAAATAAAATATGT-T-TACCGAATAGTTCAA
* * * ** * * * ** * *
35597 CTA-TT-T-A--A----AATAATTATCTATTTTAAATTGTTGTAACATTTTGTTCTACTCGTGAA
255 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT-TTGTCATAAA
* * ** * * *
35653 ATAATTGTTTCAATTCATATAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCCAA
319 ACAATTTTTTTTA-TCATACAAGCTTA-TTCGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-CC-A
* * ** * *
35718 AATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTGCTGAAGTATGGTT-AAACAATTAAGAC
380 AA--AATTAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTGCTGAACCA--GTTCAAATAGTTAAGAC
* * *
35782 TATATGAACAAATTATCTATTTGAAATCATTATGACCGTTTGTTTTTA-TCATAAAACAATTGTT
441 TATTTGAAC-AATTATCTATTTCAAATCATTATGACC-TTT-TATTTAGTCATAAAACAATTGTT
* * *
35846 T-AGGTCATAGAAGCTTATTCAAAATAAAATAA
503 TCAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAA
** * * *
35878 TACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAAT----AAGTTATTTAAAAAGTGAATTTGTTTATCGA
1 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-CCA
* * * * ** *
35938 ATCCA-TTTAAATAATTATGA-TCATGTT--ATCAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTT
65 AACAAGTTCAAATAGTTATGACT-AT-TTGAAT-AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
* * ** ** ** *
35999 GTTTTGTCATATAACAATTGTATT-TGA-GCATTCAATTTTATTCGGAATACAATAATACT-ATT
127 GTTTTGTCATAAAACAATTGT-TTCT-ATTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATT
* * * * * ** *
36061 TATTAATCTTTT--AAA--AATTAATAAGAGATTAAAAAATAAAATCTATTTATTGAACTAGTTT
190 TATTAATATTTTGAAAATTAATAAATAAGAGATT-TAAAATAAAATATGTTTACCGAA-TAGTTC
* ** ** * * ** *
36122 AAACAGCAATGACTATTTGAACAATTATAAACTTGAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCAT-A
253 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * ***
36186 AACAATTATTTTGT-TCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATATAATAATATTATGA
318 AACAATT-TTTTTTATCATACAAGCTTATTCG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAA
* * * * * * *
36250 AAATTAAAAGCTAAGAGAATTAAAAAATAAATTTATTTGCCGAATCAGTTTC-GATATTTAAGAC
381 AAATT---AG-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTGCTGAACCAG-TTCAAATAGTTAAGAC
* * * *
36314 TAATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTGT-TTT-GTCATAAAATAAGGTTTT
441 T-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTT-TATTTAGTCATAAAACAA--TTGT
* * *
36377 TTGAATTCATA-ATAGCTTACTT-GGAATAAAATAA
502 TTCAGTTCATACA-AGCTTA-TTCAGAATAAAATAA
* * *
36411 -AATGAATTTATTAATATTTTCAAAAA-TATATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATTCTATTTA
1 TACT-AATTTATTAATA-TTTCAAAAATTA-ATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATT-TGTTTA
* * * * * *
36473 CCTATCCAGTTCAAATAATTATGATTATTTG-ATCAATTATCTATTCCAAATCATTATGACCTTT
62 CCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAT-AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTT
* * * * ** *
36537 T-TTTTGTCATAAAACAAATGCTTT-TGTTCATATAAA-TTTGTTCGGAATAAAGTAATACTAAT
126 TGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCTATTCATA-AAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAT
* * * * * * *
36599 CTATTAATA-TTT-CAAA-TACT-AATAAGAGATTTAAAA-AATAATCTATTTATCGAACTATTT
189 TTATTAATATTTTGAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAATAA-AATATGTTTACCGAA-TAGTT
* ** * * * *
36659 CAAATAGTTTTGACTATTTGAGTAATTATTTATTT-AAATC-TTATGACTTTTTTGTTCTGTTAT
252 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC-CTTTTGTTTTGTCAT
* * * * * * **
36722 AAAATAATTGTTTCTATTCATACATGCTTATTTGGACTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTT
316 AAAACAATTTTTTTTA-TCATACAAGCTTA-TTCGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCC
** * * * * * * * * *
36787 AGCAATT-GATAAGTAACATATAAAAAATAAATATGTTTACTGAACTAGATCAAATAATCATGA-
379 AAAAATTAG-TAAG--AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTGCTGAACCAGTTCAAATAGTTAAGAC
* * * *
36850 TTTTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACGCTTTGT-TTT-GTCATAAAAGAAATGTTT
441 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC-CTTT-TATTTAGTCATAAAACAATTGTTT
* *
36913 CAGTTCATATAAGCTTATTC-GAAATAAAA-CA
504 CAGTTCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAA
* * * * * *
36944 TACTAATTTATTAGTAATT-AAAAATTAATAA-TAA-AAATTTTAAAAAGATGAATCTGTTTACT
1 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGA-TTTAAAAA-ATAAATTTGTTTAC-
* * * * * *** * *
37006 GAAA-AAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTGAAATTGCTGTAACCTTTTG
63 CAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
* * * * * * * *
37070 TTTTGTTACAAAAGAATT-TTATCTATTCATACAATCTTATTTC-AAATAATATAATTCAAATTT
128 TTTTGTCATAAAACAATTGTT-TCTATTCATAAAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACTAATTT
** * * * * * * *
37133 ATTAATATTAAGACAATTAA-AAATGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTCTACCAAACAAGTT
191 ATTAATATTTTGAAAATTAATAAA--TAAGAGATTTAAAATA-AAATATGTTTACCGAA-TAGTT
* *** * * ** * * *
37197 CAAATCGTTATGACTATTTGTTTAATTATTTATTTCAACTTGTTATGGCTTTTTGTTTTATCATA
252 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
* * * * * *
37262 AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTAGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTG
317 AAACAATTTTTTTTA-TCATACAAGCTTA-TTCGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA--TT-
* * * * *
37327 ACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGC
377 CCAA-AAATTAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTGC
37368 CAAATAAGTT
Statistics
Matches: 8130, Mismatches: 1888, Indels: 1514
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (535 bp):
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ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT
TGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
TATTTTGAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAATAAAATATGTTTACCGAATAGTTCAAATAGTT
ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTT
TTTTTATCATACAAGCTTATTCGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAGTAA
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CTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTA
TTCAGAATAAAATAA
Found at i:32534 original size:181 final size:177
Alignment explanation
Indices: 32286--33448 Score: 984
Period size: 181 Copynumber: 6.5 Consensus size: 177
32276 CTAATTTCTT
* * * * * * **
32286 AATATTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAGCATTTATTTATTTCAAATTGTTAT
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* * * * * * *
32351 GACTTTTTGTTGTGTTATAAAACAATGGTTTTTGTTCATACAAGTTTATTTGGATTAAAATAATA
66 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATA
* * **
32416 CCAATTTATCAATATTTCAACAATTAATAACCAAAAAATTTAAAACATA
131 CTAATTTATTAATA-TTCAACAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAA-ATA
* * *
32465 AATATTCTCACCAAACTAGATT-AAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCAT
1 AATATT-T-ACCAAACAAG-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* ** * * ***
32529 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATCATTTCGGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATA
63 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATA
* * * * * * * *
32594 ATATTAAGTTATCAATATTTGAA-AATTAATAATTAAGAGATTCAAACAATGA
128 ATACTAATTTATTAATA-TTCAACAATTAATAAGTAAAAAATTTAAA-AAT-A
* * * * * * * * *
32646 ATTTGTTTAACGAACAAGTTTAAATAATTATGACTGTTTGAAACAATTATCTATTTGAAATCGTT
1 A-ATATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG-AACAATTATCTATTTCAAATCATT
* * * * * *
32711 ATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATGATTTTTTTTCTATTCATACAATCTTATTAT-GAATAAAA
64 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-CA-ATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATT-TGGAATAAAA
* * * * *
32775 TAAGACAAATTTATTAATATTAAGACAATTAATAAGTAAAAGATCT---AAT-
126 TAATACTAATTTATTAATATTCA-ACAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAATA
* * * ** * **
32824 AA-ATCTACCCGACCAAGTTCAAATCTTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTA
1 AATATTTA-CCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA
* * * *
32888 TGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTGG-ATTAAA-AAT
65 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAAT
* * * * *
32951 ATTAATTTATTAACATTTCTACAAGTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATA
130 ACTAATTTATTAATA-TTCAACAATTAATAAGTAAAAAATTT-AAAAATA
* * * * * *
33001 AATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATGGTCATGAGTATTTGAATAATTAAT-TATTTCAAATCAT
1 AATA--TTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT-ATCTATTTCAAATCAT
* * * * * *
33065 TGTGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCAGTTTATATAAGCTTATTTGAAATAAAATA
63 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATA
* * * *
33130 ATACTAATTTATTAATATCCTAAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATTA
128 ATACTAATTTATTAATATTC-AACAATTAATAAGTAA-AAAATTTAAAAA-TA
* * * * *
33183 ATCTATTTACCAATCATGTTCAAATAGTTATGACTATCTGAACAATTATCTATTTCAAAACATTA
1 A-ATATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA
* * * *
33248 TGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTGTTCATGCAAGCTTATTTTGAATAAAATAAT
65 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAAT
* * *
33313 A-TAAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGCAAAAATTTTAAAAATA
130 ACT-AATTTATTAATATTC-AACAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAATA
* ** * **
33362 AATATGTTTTCTGAACACGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT-TCATTTCAAATTGT
1 AATA--TTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT-ATTTCAAATCAT
*
33426 TATGACCTTTAGTTTTGTCATAA
63 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
33449 GCCATTGTTT
Statistics
Matches: 790, Mismatches: 158, Indels: 71
0.78 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
172 34 0.04
173 8 0.01
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ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (177 bp):
AATATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT
GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATA
CTAATTTATTAATATTCAACAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAATA
Found at i:33126 original size:536 final size:539
Alignment explanation
Indices: 32301--33448 Score: 1345
Period size: 536 Copynumber: 2.1 Consensus size: 539
32291 TTATCAAACT
* * * *
32301 AGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAGCATTTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTGTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGAC-TTTTGTTTTGT
* * * * * *
32366 TATAAAACAATGGTTTTTGTTCATACAAGTTTATTTGGATTAAAATAATACCAATTTATCAATAT
65 CATAAAACAATGATTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATACCAATTTATCAACAT
* * *
32431 TTCAACAATTAATAACCAAAAAATTTAAAACATAAATATTCTCACCAAACTAGATTAAATAGTCA
130 TTCAACAAGTAATAACCAAAAAATTTAAAAAATAAATATTCTCACCAAACAAGATTAAATAGTCA
*
32496 TGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATCAT
195 TGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAAAAATCAT
* * * *
32561 TTCGGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAAGTTATCAATAT-TTGAAAATTAATA
260 TTCAGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAGTTATCAATATCCTAAAAATTAATA
* * * * * * * *
32625 ATTAAGAG-ATTCAAACAATGAATTTGTTTAACGAA-CAAGTTTAAATAATTATGACTGTTTGAA
325 AGTAAGAGAATT-AAAAAATGAATCTATTT-ACCAATCAAGTTCAAATAATTATGACTATCTG-A
* * * * * * **
32688 ACAATTATCTATTTGAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATGATTTTTTTTCTATTCA
387 ACAATTATCTATTTCAAAACATTATAACATTTTGTTTTGTCATAAAA-CA-ATTGGTTCTATTCA
* *
32753 TACAATCTTATTATGAATAAAATAAGACAAATTTATTAATA-T-TAAGACAATTAATAAGTAAAA
450 TACAAGCTTATTATGAATAAAATAAGACAAATTTATTAATATTCTAA-A-AATTAATAAGCAAAA
*
32816 GA-TCT-AAT-AA-AT-CTACCCGACCA
513 -ATTCTAAATAAATATGCTACCCGAACA
**
32839 AGTTCAAATCTTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGATCTTTTGTTTTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA-CTTTTGTTTTGT
* ** *
32904 CATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGATT-AAA-AATATTAATTTATTAACAT
65 CATAAAACAATGATTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATACCAATTTATCAACAT
* ** * * * * *
32967 TTCTACAAGTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGT-TTATCGAACAAG-TTCAAATGGT
130 TTCAACAAGTAATAACCAAAAAATTTAAAAAATAAATAT-TCTCACCAAACAAGATT-AAATAGT
* * *
33030 CATGAGTATTTGAATAATTAAT-TATTTCAAATCATTGTGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAAT
193 CATGACTATTTGAATAATT-ATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAAAAAT
** * ** * *
33094 TGTTTCAGTTTATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATCCTAAAAATTA
257 CATTTCAGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAGTTATCAATATCCTAAAAATTA
* * *
33159 ATAAGTAAGAGAATTAAAAAATTAATCTATTTACCAATCATGTTCAAATAGTTATGACTATCTGA
322 ATAAGTAAGAGAATTAAAAAATGAATCTATTTACCAATCAAGTTCAAATAATTATGACTATCTGA
* * *
33224 ACAATTATCTATTTCAAAACATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTGTTCATG
387 ACAATTATCTATTTCAAAACATTATAACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTATTCATA
* * * *
33289 CAAGCTTATTTTGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGCAAAAATTT
452 CAAGCTTATTATGAATAAAATAAGACAAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGCAAAAATTC
* ** *
33354 TAAAAATAAATATGTTTTCTGAACA
517 T--AAATAAATATGCTACCCGAACA
* * *
33379 CGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTCATTTCAAATTGTTATGACCTTTAGTTTTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA-CTTTTGTTTTGT
33444 CATAA
65 CATAA
33449 GCCATTGTTT
Statistics
Matches: 513, Mismatches: 81, Indels: 30
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
533 1 0.00
534 62 0.12
535 5 0.01
536 214 0.42
537 61 0.12
538 97 0.19
539 3 0.01
540 70 0.14
ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (539 bp):
AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTGTTTTGTC
ATAAAACAATGATTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATACCAATTTATCAACATT
TCAACAAGTAATAACCAAAAAATTTAAAAAATAAATATTCTCACCAAACAAGATTAAATAGTCAT
GACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAAAAATCATT
TCAGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAGTTATCAATATCCTAAAAATTAATAA
GTAAGAGAATTAAAAAATGAATCTATTTACCAATCAAGTTCAAATAATTATGACTATCTGAACAA
TTATCTATTTCAAAACATTATAACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTATTCATACAAG
CTTATTATGAATAAAATAAGACAAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGCAAAAATTCTAAA
TAAATATGCTACCCGAACA
Found at i:33680 original size:260 final size:261
Alignment explanation
Indices: 33224--33708 Score: 756
Period size: 260 Copynumber: 1.9 Consensus size: 261
33214 GACTATCTGA
* * * *
33224 ACAATTATCTATTTCAAAACATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTGTTCATG
1 ACAATTATCTATTTCAAAACACTATAACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTATTCATA
*
33289 CAAGCTTATTTTGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGCAAAAATTT
66 CAAGCTTATTTTGAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGCAAAAATTT
* *
33354 TAAAAATAAATATGTTTTCTGAACACGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTCATTTC
131 TAAAAATAAATATGTTTTCTGAACACGTTCAAATAGTTATCACTATTTGAAAAATTATTCATTTC
* *
33419 AAATTGTTATGACCTTTAGTTTTGTCATAAGCCATTGTTTTCATTCATAAAAAATTGACTATTTT
196 AAATTGGTATGACCTTTAGTTTTATCATAAGCCATTGTTTTCATTCATAAAAAATTGACTATTTT
33484 G
261 G
* * * * ** * *
33485 ACAATTATCTGTTTGAAATCACTATAACTTTTTGTTTTGTCATAAAATGATT-TTTTTATTCATA
1 ACAATTATCTATTTCAAAACACTATAACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTATTCATA
*
33549 CAAGCTTATTTTGAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAATTT
66 CAAGCTTATTTTGAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGCAAAAATTT
** *
33614 TAAAAATAAATATGTTTTCTGAACACGTTCAAATCTTTATCACTATTTGAAAAATTATTTATTTC
131 TAAAAATAAATATGTTTTCTGAACACGTTCAAATAGTTATCACTATTTGAAAAATTATTCATTTC
* *
33679 AAATTGGTATGACTTTTTGTTTTATCATAA
196 AAATTGGTATGACCTTTAGTTTTATCATAA
33709 AATAATTGTT
Statistics
Matches: 201, Mismatches: 23, Indels: 1
0.89 0.10 0.00
Matches are distributed among these distances:
260 157 0.78
261 44 0.22
ACGTcount: A:0.38, C:0.10, G:0.08, T:0.43
Consensus pattern (261 bp):
ACAATTATCTATTTCAAAACACTATAACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTATTCATA
CAAGCTTATTTTGAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGCAAAAATTT
TAAAAATAAATATGTTTTCTGAACACGTTCAAATAGTTATCACTATTTGAAAAATTATTCATTTC
AAATTGGTATGACCTTTAGTTTTATCATAAGCCATTGTTTTCATTCATAAAAAATTGACTATTTT
G
Found at i:33780 original size:179 final size:180
Alignment explanation
Indices: 33474--37383 Score: 2170
Period size: 181 Copynumber: 22.0 Consensus size: 180
33464 CATAAAAAAT
* * * * * **
33474 TGACTATTTTG-ACAATTATCTGTTTGAAATCACTATAACTTTTTGTTTTGTCATAAAATGATT-
1 TGACTA-TTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
* * *
33537 TTTTTATTCATACAAGCTTATTTTG-AATAAAATAATACAAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTA
65 TTTCTAGTCATACAAGCTTA-TTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTA
* * **
33600 ATAAGTAAAAATTTTAAAAATAAATATGTTTTCTGAACACGTTCAAATCTTTA
128 ATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTTCTGAACAAGTTCAAATAGTTA
* * *** * *
33653 TCACTATTTGAAAAATTATTTATTTCAAATTGGTATGACTTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGT
1 TGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT
* * * * ** *
33718 TTCT-GTCATACATGTTTATTTCG-ATTAACAA-AATAATAATTTATTAATATTTTGACAATTAA
66 TTCTAGTCATACAAGCTTATTT-GAAATAA-AATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA
* * *
33780 TAAGTAGAATATTTAAAAAATAAATATGCTTTT-TGAACAAGTTCAACTAGTCA
129 TAAGTA-AAAATTTAAAAAATAAATATG-TTTTCTGAACAAGTTCAAATAGTTA
* * * * * * *
33833 TAATTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTGTGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTAT
1 TGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT
* * *
33898 TT-TAGCTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTTTTAATATTCCAAAAATTAAT
66 TTCTAG-TCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
* * ** * ** *
33962 GAG-AAAGAGAATTAAAAAAGGAATCTTGTTACCT-AACATGTTCAAATAGTTA
130 AAGTAAA-A-ATTTAAAAAATAAAT-ATGTTTTCTGAACAAGTTCAAATAGTTA
** * * *
34014 TGACTATTTGAATTATTATCTATTTCAAATCATTGTGAC-CTTTGTTTTGTAAT-AAACAATTGT
1 TGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT
* *
34077 TT-TAGTTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAGAAATTAA
66 TTCTAG-TCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAA
* * * * ** *
34140 TGAG-AAAGAGAATT-AAAAATAAATCT-TGTTACCAAACATGTTCAAAATAGTTA
129 TAAGTAAA-A-ATTTAAAAAATAAATATGT-TTTCTGAACAAGTTC-AAATAGTTA
* * * * * *
34193 TGACTATTTGAACAATTATCTTTTTAAAAT-ATTATGACATTTTGTTTTCTTATAAAACAATTGC
1 TGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-
* * * * *
34257 TTTCTATTCATGCAAGCATATTTCG-AATAAAATAATA-AACATTTATTAATGTTTCAAAAATTA
65 TTTCTAGTCATACAAGCTTATTT-GAAATAAAATAATACTA-ATTTATTAATATTTCAAAAATTA
* * * * *
34320 ATAAGTAAAAATTTAAAAAACAAATATATTTTCTAAAC-ATTTCCAATAGTTA
128 ATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTTCTGAACAAGTTCAAATAGTTA
* ** * *
34372 TGACTATTT-AAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAACCAATTG
1 TGACTATTTGAAA-AATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
* * * * * *
34436 TTTCT-GTTCATAAAAGCTTCTTTGAAATGAAATAATACTAACTTATTAAAATTCCAAAAATTAA
65 TTTCTAG-TCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA
* *
34500 TAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTAT-TGAGCAAGTTCAAATAGTTA
129 TAAGTAAAA-ATTTAAAAAATAAATATGTTT-TCTGAACAAGTTCAAATAGTTA
* * *
34553 TGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGA-TCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTG
1 TGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCATTATGACT-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
* * **
34617 TTTCTATTCATACAAGTTTATTTGAAAT-AAATAATACTAATTTATTAATATTTTTAAAATTAAT
65 TTTCTAGTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
* * ** ** *
34681 AAGTTGAAAATTTAAAAAATAAATTTGTTCACCAAACAAGCTT-AAATAGTAA
130 AAG-TAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTTCTGAACAAG-TTCAAATAGTTA
* * ** * * * * *
34733 TGTCCATTTGAACTATTATCTATATCAAAAT-GTTATTA-TATTTTGTTTTGTAATAAAATAATT
1 TGACTATTTGAAAAATTATCTATTTC-AAATCATTATGACT-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
* * ** ** *
34796 GTTTCTATTCATAAAAAATTATTCAAAAGAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA
64 GTTTCTAGTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA
* * * *
34861 T-A--AAAGATTTAAAAACTAAATCT-TTATAT-TGAACCAA-TTCAAATAATTA
129 TAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATATGTT-T-TCTGAA-CAAGTTCAAATAGTTA
* * * * * * * *
34910 TGATTTTTTGAACAATTATCTATCTCAAATAATTATGA-TATTT-TTTTGTTATAAAGCAATTGT
1 TGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT
* * * * * * *
34973 TT-TTGTTCATACGAGCTTATTTGGAGTAAAATATTGA-TAAATTAATAATA-TTC------TAA
66 TTCTAG-TCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAAT-ACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA
* * * * ** *
35029 T-A--AAAGATTTAAAAAGTAAATGTGTTTGCCAAACTAA-TTCAAATAGATA
129 TAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTTCTGAAC-AAGTTCAAATAGTTA
* ** * * * * * * * * * *
35078 AGAAAATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTTTGACCTTTTG-CTTGCCATAAGATAGTAT-
1 TGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT-TG
* * * * ** **
35141 TTTCAATTCATGCATGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAGCA-TTCAGAAAATTAA
65 TTTCTAGTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAA
** * * * *
35205 TAAACAACAAATTTTAAAAAATAAATTTCTTTATC-AAACAAGTTAAAATAGTTA
129 TAAGTAA-AAA-TTTAAAAAATAAATATGTTT-TCTGAACAAGTTCAAATAGTTA
* * * * ** * * *
35259 TGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATAAATATGACCATTTGTTGTATCATAAAACAATTTT
1 TGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT
* * * * * * * * *
35324 TTCAATTTATAAAAGCTTATCTGAAATAAAATAATATTACTTTATTAATACTTCAAAAATTGATA
66 TTCTAGTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
* * * * *
35389 TAGTAGAGATTT---AAA-AAATA----CTC-GAACTAGTTCAAATAATTA
131 -AGTAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTTCTGAACAAGTTCAAATAGTTA
* * * ** ** *
35431 TTG-CCATTTGAATAATTATATATTTCAAATCATTACAAC--TTT-TTTT-TCATAAATTAATTA
1 -TGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
* * * * * *
35491 TTTTTCA-TCATACAAGCCTATTTGGAATAAAATAGTA-TTATTTATTAAAATTTCAAAAATTAA
65 TTTCT-AGTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA
* * * * * * * * *
35554 T-TGGAAGGAGATTTAAAAAATATATCTATCTACTGAAC-AGTTC--CTA-TT-
129 TAAGTAA--AAATTTAAAAAATAAATATGTTTTCTGAACAAGTTCAAATAGTTA
* * ** * * * ** * * *
35602 T-A--A----AATAATTATCTATTTTAAATTGTTGTAACATTTTGTTCTACTCGTGAAATAATTG
1 TGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTT-TTGTCATAAAACAATTG
* * * * * * *
35660 TTTCAATTCATATAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCCAAAATTAAT
65 TTTCTAGTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
* * * * * * * *
35725 AACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTGCTGAAGTATGGTT-AAACAATTA
130 AAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATATGTTTTCTGAA-CA-AGTTCAAATAGTTA
* * * ** *
35778 AGACTATATGAACAAATTATCTATTTGAAATCATTATGACCGTTTGTTTTTATCATAAAACAATT
1 TGACTATTTGAA-AAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTG-TTTTGTCATAAAACAATT
* **
35843 G-TT-TAGGTCATAGAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTA
64 GTTTCTA-GTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTA
* * * * * * *
35905 ATAAGT---TATTTAAAAAGTGAATTTGTTTATC-GAATCCA-TTTAAATAATTA
128 ATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTT-TCTGAA-CAAGTTCAAATAGTTA
** ** * * *
35955 TGA-TCATGTT-ATCAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTGTTTTGTCATATAACAATT
1 TGACT-AT-TTGAAAAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
* ** * * * * *
36018 GTATT-TGAG-CATTCAATTTTATTCGGAATACAATAATACT-ATTTATTAATCTTTTAAAAATT
64 GT-TTCT-AGTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT
* * * * * * **
36080 AATAAG---AGA-TTAAAAAATAAA-ATCTATTTATTGAACTAGTTTAAACAGCAA
127 AATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATATGT-TTT-CTGAACAAGTTCAAATAGTTA
* ** * * ** * * *
36131 TGACTATTTGAACAATTATAAACTTGAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCAT-AAACAATTAT
1 TGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT
* * * *
36195 TT-T-GTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATATAATAATATTAT-GAAAATTAA
66 TTCTAG-TCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAA
* * * * * *
36257 -AAGCTAAGAGAA-TTAAAAAATAAATTTATTTGCCGAATC-AGTTTC-GATATTTA
129 TAAG-TAA-A-AATTTAAAAAATAAATATGTTTTCTGAA-CAAG-TTCAAATAGTTA
* * * * * *
36310 AGACTAATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAC-CTTTGTTTTGTCATAAAATAAGGT
1 TGACT-ATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAA--T
* ** * * * *
36374 TTTTTGAATTCATA-ATAGCTTACTTGGAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTTCAAAAA
63 TGTTTCTAGTCATACA-AGCTTATTTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATA-TTTCAAAAA
* * * * * * * *
36437 -TATATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTCTATTTACCT-ATCCAGTTCAAATAATTA
125 TTA-ATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATATGTTT-TCTGAACAAGTTCAAATAGTTA
* ** * * *
36494 TGATTATTTGATCAATTATCTATTCCAAATCATTATGACCTTTT-TTTTGTCATAAAACAAATGC
1 TGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-
* ** * * * * * * *
36558 TTT-T-GTTCATATAAATTTGTTCGGAATAAAGTAATACTAATCTATTAATATTTCAAATACTAA
65 TTTCTAG-TCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA
* * * * * *
36621 TAAG---AGATTTAAAAAATAATCTAT-TTATC-GAACTATTTCAAATAGTTT
129 TAAGTAAAAATTTAAAAAATAA-ATATGTTTTCTGAACAAGTTCAAATAGTTA
** * * * *
36669 TGACTATTTGAGTAATTATTTATTT-AAATC-TTATGACTTTTTTGTTCTGTTATAAAATAATTG
1 TGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC-TTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
* * * * * ** *
36732 TTTCTATTCATACATGCTTATTTGGACTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAGCAATTGAT
65 TTTCTAGTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
* * * * * * *
36797 AAGT-AACATATAAAAAATAAATATGTTTACTGAACTAGATCAAATAATCA
130 AAGTAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTTCTGAACAAGTTCAAATAGTTA
* * ** * *
36847 TGA-TTTTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACGCTTTGTTTTGTCATAAAAGAAATGT
1 TGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT
* * * * *
36911 TTC-AGTTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAA-CATACTAATTTATTAGTAATT-AAAAATTAAT
66 TTCTAG-TCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
* * * * * *
36973 AA-TAAAAATTTTAAAAAGATGAATCTGTTTACTGAAAAAGTTTAAATAATTA
130 AAGTAAAAA-TTTAAAAA-ATAAATATGTTTTCTGAACAAGTTCAAATAGTTA
* * *** * * * * * *
37025 TGACTATTTGAACAATTATCTATTTGAAATTGCTGTAACCTTTTGTTTTGTTACAAAAGAATT-T
1 TGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT
* * * * * *
37089 TATCTATTCATACAATCTTATTTCAAATAATATAATTCAAATTTATTAATA-TT-AAGACAATTA
66 T-TCTAGTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA-A-AATTA
* * * * ** *
37152 AAAATGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTCTACCAAACAAGTTCAAATCGTTA
128 ATAA-GTAAAA-ATTTAAAAAATAAATATGTTTTCTGAACAAGTTCAAATAGTTA
*** * * ** * *
37207 TGACTATTTGTTTAATTATTTATTTCAACTTGTTATGGCTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGT
1 TGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT
* * * * ** *
37272 TTCTATTCATACAAGTTTATTT-AGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGACAATTAAT
66 TTCTAGTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
* ** *
37336 AAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGCCAAATAAGTTCAAATA
130 AAGTAAAA-ATTTAAAAAATAAATATGTTTTCTGAACAAGTTCAAATA
37384 TTCAAAATAA
Statistics
Matches: 2900, Mismatches: 635, Indels: 390
0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
164 23 0.01
165 2 0.00
166 3 0.00
167 31 0.01
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170 56 0.02
171 5 0.00
172 48 0.02
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174 52 0.02
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ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
TGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT
TTCTAGTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
AGTAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTTCTGAACAAGTTCAAATAGTTA
Found at i:34063 original size:620 final size:621
Alignment explanation
Indices: 32893--34087 Score: 1400
Period size: 620 Copynumber: 1.9 Consensus size: 621
32883 TGTTATGATC
* * **
32893 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAAATATTAATT
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAATAAAAAATACAAATT
*
32958 TATTAACATTTCTACAAGTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTC
66 TATTAACATTTCTAAAAGTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTC
* * * * * * *
33023 AAATGGTCATGAGTATTTGAATAATTAATTATTTCAAATCATTGTGACCTTTTGTTTTGTAATAA
131 AAATCGTCATCACTATTTGAAAAATTAATTATTTCAAATCAGTATGACCTTTTGTTTTATAATAA
* * *
33088 AACAATTGTTTCAGTTTATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATCCTAA
196 AACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATCCTAA
* * * * *
33153 AAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATTAATCTATTTACCAATCATGTTCAAATAGTTATGACT
261 AAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAATATATTTACCAATCAAGTTCAAATAGTCATAACT
* *
33218 ATCTGAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTG
326 ATCTGAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGACATTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGATTCTG
* * *
33283 TTCATGCAAGCTTATTTTGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGCAA
391 CTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGCAA
* * * **
33348 AAATTTTAAAAATAAATATGTTTTCTGAACACGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATT
456 AAAATTAAAAAAGAAATATGTTACCTGAACACGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATT
** * * *
33413 CATTTCAAATTGTTATGACCTTTAGTTTTGTCATAAGCCATTGTTTTCA-TTCATAAAAAATTGA
521 CATTTCAAATCATTATGACCTTTAGTTTTGTAATAAACAATTGTTTT-AGTTCATAAAAAATTGA
33477 CTATTTTGACAATTATCTGTTTGAAATCACTATAACT
585 CTATTTTGACAATTATCTGTTTGAAATCACTATAACT
** *
33514 TTTTGTTTTGTCATAAAATGATT-TTTTTATTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATACAAA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTA-TTTGAATAAAA-AATACAAA
* * * *
33578 TTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTTAAAAATAAATATGTTT-TCTGAACAC
64 TTTATTAACATTTCT-AAAAGTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATC-GAACAA
* * * ** * *
33640 GTTCAAATCTTTATCACTATTTGAAAAATTATTTATTTCAAATTGGTATGACTTTTTGTTTTATC
127 GTTCAAATCGTCATCACTATTTGAAAAATTAATTATTTCAAATCAGTATGACCTTTTGTTTTATA
* * * * *
33705 ATAAAATAATTGTTTCTG-TCATACATGTTTATTTCG-ATTAACAA-AATAATAATTTATTAATA
192 ATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTT-GAAATAA-AATAATAATAATTTATTAATA
** * * * *** *
33767 TTTTGACAATTAATAAGT-AGA-ATATTTAAAAAATAAATATGCTTTTTGAA-CAAGTTCAACTA
255 TCCTAAAAATTAATAAGTAAGAGA-A-TTAAAAAATAAATAT-ATTTACCAATCAAGTTCAAATA
* * * * * *
33829 GTCATAATTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTGTGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAA
317 GTCATAACTATCTGAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGACATTTTGTTTTGTAATAAAACAA
* * *
33894 TT-ATTTTAGCTCATATAAGCTTA-TTTGAAATAAAATAATACT-AATTTTTTAATATTCCAAAA
382 TTGATTCT-GCTCATACAAGCTTATTTTG-AATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTCCAAAA
* * * *
33956 ATTAATGAG-AAAGAGAATTAAAAAAGGAATCTTGTTACCT-AACATGTTCAAATAGTTATGACT
444 ATTAATAAGCAAA-A-AATTAAAAAAGAAAT-ATGTTACCTGAACACGTTCAAATAGTTATGACT
** *
34019 ATTTGAATTATTA-TCTATTTCAAATCATTGTGACCTTT-GTTTTGTAATAAACAATTGTTTTAG
506 ATTTGAACAATTATTC-ATTTCAAATCATTATGACCTTTAGTTTTGTAATAAACAATTGTTTTAG
34082 TTCATA
570 TTCATA
34088 TAAGCTTATT
Statistics
Matches: 478, Mismatches: 79, Indels: 35
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
618 1 0.00
619 15 0.03
620 228 0.48
621 198 0.41
622 36 0.08
ACGTcount: A:0.39, C:0.10, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (621 bp):
TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAATAAAAAATACAAATT
TATTAACATTTCTAAAAGTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTC
AAATCGTCATCACTATTTGAAAAATTAATTATTTCAAATCAGTATGACCTTTTGTTTTATAATAA
AACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATCCTAA
AAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAATATATTTACCAATCAAGTTCAAATAGTCATAACT
ATCTGAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGACATTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGATTCTG
CTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGCAA
AAAATTAAAAAAGAAATATGTTACCTGAACACGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATT
CATTTCAAATCATTATGACCTTTAGTTTTGTAATAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAAATTGAC
TATTTTGACAATTATCTGTTTGAAATCACTATAACT
Found at i:36532 original size:183 final size:177
Alignment explanation
Indices: 35651--37357 Score: 682
Period size: 176 Copynumber: 9.5 Consensus size: 177
35641 TCTACTCGTG
** * * **
35651 AAATAATTGTTTCAATTCAT-ATAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCC
1 AAATAATT-TTTTGATTCATAAT-AGCTTACTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTT
* * * * *
35715 CAAAAT-TAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTGCTGAAGTATGGTT-AAACAATTA
64 CAAAATAT-ATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATCTATTTACT-AACTA--GTTCAAATAATTA
* * * * * *
35778 AGACTATATGAACAAATTATCTATTTGAAATCATTATGAC-CGTTTGTTTTTATCATA
124 TGATTATTTG-A-TAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTC-TTTG-TTTTGTCATA
* * * **
35835 AAACAATTGTTT-AGGTCATAGA-AGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA--T
1 AAATAATTTTTTGA-TTCATA-ATAGCTTACTT-GGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
** * * * * * *
35895 TCAAAA-AT-TAA-TAAGTTATTTAAAAAGTGAATTTGTTTATCGAATCCA-TTTAAATAATTAT
63 TCAAAATATATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATCTATTTA-CTAA-CTAGTTCAAATAATTAT
* ** *
35956 GATCATGTT-ATCAATTATCTATTTCAAATTGTTATTAC-CTTTTGTTTTGTCATA
125 GATTAT-TTGAT-AATTATCTATTTCAAATCATTATGACTC-TTTGTTTTGTCATA
* * * * * *
36010 TAACAATTGTATTTGA-GCATTCAAT--TTTA-TTCGGAATACAATAATACT-ATTTATTAATCT
1 AAATAATT-T-TTTGATTCA-T-AATAGCTTACTT-GGAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * ***
36070 TTT-AAAA-AT-TAA-TAAGAGA-TTAAAAAATAAAATCTATTTATTGAACTAGTTTAAACAGCA
61 TTTCAAAATATATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT--AATCTATTTACT-AACTAGTTCAAATAATT
* * ** * * ** *
36130 ATGACTATTTGAACAATTATAAACTTGAAATTGTTATAAC-CTTTTGTTTTGTCAT-
123 ATGATTATTTG-ATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTC-TTTGTTTTGTCATA
* * * * *
36185 AAACAATTATTTTG-TTCATACA-AGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACTAATATAATAATATTA
1 AAATAATT-TTTTGATTCATA-ATAGCTTACTT-GGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * * * * * * *
36247 TGAAAAT-TAAAAGCTAAGAGAATTAAAAAATAAATTTATTTGCCGAA-TCAGTTTC-GATATTT
63 TCAAAATATATAAG-TAAGAGATTTAAAAAAT-AATCTATTT-ACTAACT-AG-TTCAAATAATT
* * * * *
36309 AAGACTAATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAC-CTTTGTTTTGTCATA
123 ATGA-TTATTTG-ATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTCTTTGTTTTGTCATA
*
36365 AAATAAGGTTTTTTGAATTCATAATAGCTTACTTGGAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATT
1 AAATAA--TTTTTTG-ATTCATAATAGCTTACTTGGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATT
* *
36429 TTCAAAAATATATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTCTATTTACCTATCCAGTTCAAATAATTA
62 TTC-AAAATATATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA-TCTATTTA-CTAACTAGTTCAAATAATTA
* *
36494 TGATTATTTGATCAATTATCTATTCCAAATCATTATGAC-CTTTTTTTTGTCATA
124 TGATTATTTGAT-AATTATCTATTTCAAATCATTATGACTCTTTGTTTTGTCATA
* * ** ** * *
36548 AAACAAATGCTTTTG-TTCAT-ATAAATTTGTTCGGAATAAAGTAATACTAATCTATTAATA-TT
1 AAA-TAAT-TTTTTGATTCATAATAGCTTACTT-GGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * * * *
36610 TC-AAATA-CTAA-TAAGAGATTTAAAAAATAATCTATTTATCGAACTATTTCAAATAGTTTTGA
63 TCAAAATATATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATCTATTTA-CTAACTAGTTCAAATAATTATGA
* * * * *
36672 CTATTTGAGTAATTATTTATTT-AAATC-TTATGACTTTTTTGTTCTGTTATA
127 TTATTTGA-TAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC-TCTTTGTTTTGTCATA
* *
36723 AAATAATTGTTTCT-ATTCATACAT-GCTTATTTGGACTAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
1 AAATAATT-TTT-TGATTCATA-ATAGCTTACTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * * * * * *
36786 T-AGCAAT-TGATAAGT-A-ACATATAAAAAATAAATATGTTTACTGAACTAGATCAAATAATCA
63 TCA-AAATAT-ATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATCTATTTACT-AACTAGTTCAAATAATTA
*
36847 TGATT-TTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACGCTTTGTTTTGTCATA
124 TGATTATTTG-ATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTCTTTGTTTTGTCATA
* * * * * * * *
36901 AAAGAAATGTTTCAGTTCAT-ATAAGCTTA-TTCGAAATAAAA-CATACTAATTTATTAGTA-AT
1 AAATAATTTTTTGA-TTCATAAT-AGCTTACTT-GGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * * ** *
36962 TAAAAAT-TAATAA-TAA-AAATTTTAAAAAGATGAATCTGTTTACTGAAAAAGTTTAAATAATT
63 TCAAAATAT-ATAAGTAAGAGA-TTTAAAAA-AT-AATCTATTTACT-AACTAGTTCAAATAATT
* * * *** * * * *
37024 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTGAAATTGCTGTAAC-CTTTTGTTTTGTTACA
123 ATGATTATTTG-ATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTC-TTTGTTTTGTCATA
* * * ** * * * *
37080 AAAGAATTTTATCT-ATTCATACA-ATCTTATTTCAAATAATATAATTCAAATTTATTAATATTA
1 AAATAATTTT-T-TGATTCATA-ATAGCTTACTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
** * * * * * * * * **
37143 AGACAAT-TAAAAATGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTCTACCAAACAAGTTCAAATCGTTA
63 TCAAAATAT-ATAA-GTAAGAGATTTAAAAAAT-AATCTATTTA-CTAACTAGTTCAAATAATTA
* * * * ** * * *
37207 TGACTATTTGTTTAATTATTTATTTCAACTTGTTATGGCTTTTTGTTTTATCATA
124 TGATTATTTG-ATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTCTTTGTTTTGTCATA
* * * * * *
37262 AAACAATTGTTTCT-ATTCATACA-AGTTTATTTAGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTT
1 AAATAATT-TTT-TGATTCATA-ATAGCTTACTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * *
37325 TGACAAT-TAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAA
63 TCAAAATAT-ATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
37358 ATATGTTTGC
Statistics
Matches: 1179, Mismatches: 244, Indels: 204
0.72 0.15 0.13
Matches are distributed among these distances:
172 1 0.00
173 9 0.01
174 37 0.03
175 145 0.12
176 172 0.15
177 87 0.07
178 135 0.11
179 114 0.10
180 75 0.06
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182 136 0.12
183 143 0.12
184 52 0.04
185 6 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (177 bp):
AAATAATTTTTTGATTCATAATAGCTTACTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTCA
AAATATATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATCTATTTACTAACTAGTTCAAATAATTATGATTAT
TTGATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTCTTTGTTTTGTCATA
Found at i:37332 original size:182 final size:181
Alignment explanation
Indices: 35605--37383 Score: 962
Period size: 175 Copynumber: 9.9 Consensus size: 181
35595 TCCTATTTAA
* * * * ** * * * *
35605 AATAATTATCTATTTTAAATTGTTGTAACATTTTGTTCTACTCGTGAAATAATTGTTTCAATTCA
1 AATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTT-TTGTCATAAAAGAATTGTTTCTATTCA
* * * *** * * *
35670 TATAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCCAAAATTAATAACTAAGAGA
65 TACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGA
* * * ** * * * *
35735 TTTAAAAAATAAATCTGTTTGCTGAAGTATGGTT-AAACAATTAAGACTATATG
130 TTTAAAAAATAAATATGTTTAC-CAAACA-AGTTCAAATAATTATGACTATTTG
* * ** ** * * *
35788 AACAAATTATCTATTTGAAATCATTATGACCGTTTGTTTTTATCATAAAACAATTG-TT-TAGGT
1 AA-TAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTG-TTTTGTCATAAAAGAATTGTTTCTA-TT
* * * ** *
35851 CATAGAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGT----
63 CATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAA
* * * * * * * *
35911 TATTTAAAAAGTGAATTTGTTTATCGAATCCA-TTTAAATAATTATGA-TCATGTT-
128 GATTTAAAAAATAAATATGTTTA-CCAAACAAGTTCAAATAATTATGACT-AT-TTG
* * * * *
35965 -ATCAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTGTTTTGTCATATAACAATTGTATT-TGA-G
1 AAT-AATTATCTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAAGAATTGT-TTCT-ATT
* ** ** * * * *
36027 CATTCAATTTTATTCGGAATACAATAATACT-ATTTATTAATCTTTTAAAAATTAATAAG----A
63 CATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAA
* * *** * * * ***
36087 GA-TTAAAAAATAAAATCTATTTATTGAACTAGTTTAAACAGCAATGACTATTTG
128 GATTTAAAAAAT-AAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTG
* ** * * * * * * *
36141 AACAATTATAAACTTGAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCAT-AAACAATTATTT-TGTTCAT
1 AATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAAGAATTGTTTCTATTCAT
* * * * * *
36204 ACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACTAATATAATAATATTATGAAAATTAA-AAGCTAAGAG
66 ACAAGCTTATTTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAG-TAAAAG
* * * * * * * * *
36267 AATTAAAAAATAAATTTATTTGCCGAATC-AGTTTC-GATATTTAAGACTAATATG
129 ATTTAAAAAATAAATATGTTTACC-AAACAAG-TTCAAATAATTATGACT-ATTTG
* * * * * **
36321 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAC-CTTTGTTTTGTCATAAAATAAGGTTTTTTGAATTC
1 AATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAAGAA--TTGTTTCTATTC
* * * * * *
36385 ATA-ATAGCTTACTTGGAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTTCAAAAATATATAAGTAA
64 ATACA-AGCTTATTTAGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTTGACAATTA-ATAAGTAA
* * * * * * * *
36448 GAGATTTAAAAAATAATTCTATTTACCTATCCAGTTCAAATAATTATGATTATTTG
126 AAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTG
* ** * * * *
36504 -ATCAATTATCTATTCCAAATCATTATGACCTTTT-TTTTGTCATAAAACAAATGCTTT-TGTTC
1 AAT-AATTATCTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAAGAATTG-TTTCTATTC
* ** * ** * * * * *
36566 ATATAAATTTGTTCGGAATAAAGTAATACTAATCTATTAATA-TTT--CAAATACTAA-TAAGAG
64 ATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAG
* * * * * * * *
36627 ATTTAAAAAAT-AATCTATTTATCGAACTATTTCAAATAGTTTTGACTATTTG
129 ATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTG
* * * * * *
36679 AGTAATTATTTATTT-AAA-TCTTATGACTTTTTTGTTCTGTTATAAAATAATTGTTTCTATTCA
1 AATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAC-TTTTTGTTTTGTCATAAAAGAATTGTTTCTATTCA
* * * * *
36742 TACATGCTTATTTGGACTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTT-AGCAATTGATAAGT--AAC
65 TACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGA-CAATTAATAAGTAAAAG
* ** * * * *
36804 ATATAAAAAATAAATATGTTTACTGAACTAGATCAAATAATCATGA-TTTTTG
129 ATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTG
** ** *
36856 AATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACGCTTTGTTTTGTCATAAAAGAAATGTTTC-AGTTCA
1 AATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAAGAATTGTTTCTA-TTCA
* * * * * * *
36920 TATAAGCTTA-TTCGAAATAAAA-CATACTAATTTATTAGTA-ATTAAAAATTAATAA-TAAAA-
65 TACAAGCTTATTTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAG
* * * *
36980 ATTTTAAAAAGATGAATCTGTTTACTGAAA-AAGTTTAAATAATTATGACTATTTG
129 A-TTTAAAAA-ATAAATATGTTTAC-CAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTG
* * * * * * * *
37035 AACAATTATCTATTTGAAATTGCTGTAACCTTTTGTTTTGTTACAAAAGAATT-TTATCTATTCA
1 AATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAAGAATTGTT-TCTATTCA
* * * * ** *
37099 TACAATCTTATTTCA-AATAATATAATTCAAATTTATTAATATTAAGACAATTAAAAATGTAAAA
65 TACAAGCTTATTT-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAA-GTAAAA
* * **
37163 GATTTAAAAAATAAATTTGTCTACCAAACAAGTTCAAATCGTTATGACTATTTG
128 GATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTG
** * * * * *
37217 TTTAATTATTTATTTCAACTTGTTATGGCTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT
1 AATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAAGAATTGTTTCTATTCAT
* * *
37282 ACAAGTTTATTTAGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGAT
66 ACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGAT
* *
37347 TTAAAAAATAAATATGTTTGCCAAATAAGTTCAAATA
131 TTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATA
37384 TTCAAAATAA
Statistics
Matches: 1232, Mismatches: 286, Indels: 158
0.74 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
173 9 0.01
174 38 0.03
175 162 0.13
176 160 0.13
177 79 0.06
178 132 0.11
179 111 0.09
180 65 0.05
181 87 0.07
182 154 0.12
183 148 0.12
184 82 0.07
185 5 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
AATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAAGAATTGTTTCTATTCAT
ACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGAT
TTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTG
Found at i:37762 original size:176 final size:177
Alignment explanation
Indices: 37382--37804 Score: 435
Period size: 176 Copynumber: 2.4 Consensus size: 177
37372 TAAGTTCAAA
* ** ** * *
37382 TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTTATTTAAAAAGTGA
1 TATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAA
* * ** * * ** * *
37447 ATCTGTTTGTCAAATCAATTCAAATAATTATGATCATGTTATCAATTATCTATTTCAAATTGTTA
66 ATCTATTTATCAAATCAATTCAAATAACAATGACCATGTTAACAATTATAAACTTCAAATTATTA
* * * *
37512 TTACCTTTTGTTTTGTCATATAACAATTGTATTTGAGCATTCAATTT
131 TAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTATTTGAGCATTCAACTT
* * *
37559 TATTCAGAATATAATAATA-TTATTTATTAATCTTTTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAA
1 TATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAA
* * * *
37623 ATCTATTTATCGAA-CTAGTTTAAATAGCAATGACCAT-TTGAACAATTATAAACTTC-AATTAT
66 ATCTATTTATCAAATC-AATTCAAATAACAATGACCATGTT-AACAATTATAAACTTCAAATTAT
**
37685 TATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGCT-TTTGTTCATAT-AACTT
129 TATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATG-TATTTGAGCAT-TCAACTT
** *
37734 TATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAAGAAGTAAGAGATTTAAAAA
1 TATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATT---AA-TAAGAGATTTAAAAA
37799 ATAAAT
62 ATAAAT
37805 TTGTTTACTA
Statistics
Matches: 201, Mismatches: 36, Indels: 15
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
175 63 0.31
176 98 0.49
177 17 0.08
179 2 0.01
180 21 0.10
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (177 bp):
TATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAA
ATCTATTTATCAAATCAATTCAAATAACAATGACCATGTTAACAATTATAAACTTCAAATTATTA
TAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTATTTGAGCATTCAACTT
Found at i:38125 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 37382--39811 Score: 1442
Period size: 180 Copynumber: 13.7 Consensus size: 179
37372 TAAGTTCAAA
* * *
37382 TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGT----TATTTAAAAA
1 TATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA
* * * * ** * *
37443 GTGAATCTGTTTGTCAAATCAA-TTCAAATAATTATGA-TCATGTT-ATCAATTATCTATTTCAA
66 ATAAATTTGTTT-ACTGA-CAAGTTCAAATAGTTATGACT-AT-TTGAACAATTATCTATTT-AA
* * * * * * **
37505 ATTGTTATTACCTTTTGTTTTGTCATATAACAATTGTATT-TGA-GCATTCAATTT
126 ATTATTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGT-TTCT-ATTCATACAAGCT
* * * * * *
37559 TATTCAGAATATAATAATA-TTATTTATTAATCTTTTAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAA
1 TATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA
* * * * ** * ** * *
37619 ATAAATCTATTTA-TCGAACTAGTTTAAATAGCAATGACCATTTGAACAATTATAAACTTCAATT
66 ATAAATTTGTTTACT-G-ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAATT
* * * * *
37683 ATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGCTTT-TGTTCATATAA-CTT
129 ATTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTG-TTTCTATTCATACAAGC-T
** * * *
37734 TATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAAGAAGTAAGAGATTTAAAAA
1 TATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA
* * * * * *
37799 ATAAATTTGTTTACT-AAACAGTTCAATTAGTTATAACTATTTGAACCATTATTTACTTTAAATC
66 ATAAATTTGTTTACTGACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTTAAATT
* *
37863 ATGATGA-CTATTTGTTTTGTCATAAAA-AATTGTTTCTATTCATAC-AGTCT
129 ATTATGACCT-TTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG-CT
* * * * *
37913 TATTCAAAATAAAGTAATGCCTAATTTATTAACATTCTAAAAATTAAAAAGTAACG-GATTTAAA
1 TATTTAAAATAAAATAAT-ACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAA-GAGATTTAAA
* ** * * *
37977 AAATGAATTTG-TTAGCCTGATGAGTGCAAATAGTTATGACTGTCTGAACAATTATCTATTTCAA
64 AAATAAATTTGTTTA--CTGACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AA
* * ** *
38041 ATTATTATGACCATTTGTTTTATTGCAAAACAATTGTTTCTATTCGTACAAGCT
126 ATTATTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCT
* * * * *
38095 TATCTAAAATAAGATAATTCTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAA
1 TATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA
* * * * *
38160 ATGAATTTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGATTGTTTGAACAATTATCTATATCAAATT
66 ATAAATTTGTTTACT-GACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTAAATT
** * * *
38225 GCTATAACTTTTTGTTTTGTTATAAAACAATT-TTTTTATTCATACAAGCT
129 ATTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCT
* * * *
38275 TATTTTAAATAAAATAATAC-AATTTTTTTAATATTC-CAAAATTAATAAGTAA-A-AATTAAAA
1 TATTTAAAATAAAATAATACTAA-TTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
* * *
38336 AA-AAAGTT-TTT--TGAACATA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGATCAATTATCTATTTCCAA
65 AATAAATTTGTTTACTG-ACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAA
* * * *
38396 -TAGTTTATGACCTTTTATTTTGTTAGAAACCAATTGTTTCTATTCATACAAGCC
127 TTA--TTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCT
* * * * *
38450 TATTTGAAATAAAATAATACTAGTTTATT-ATATTC-CAAAATTGATAAGTAAAAGATTT-AAAA
1 TATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA
* * * * * * *
38512 ATAAATTCGTTTAGC-GAGCAACTTTAAATAGTTATGACT-GTTGAACAATTGTTTATTTAAAAT
66 ATAAATTTGTTTA-CTGA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAATT
* * * *
38575 AGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGTT
129 A-TTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCT
*** * * * *
38627 TATTGGGAATAAAAAAATACTAATTTATTAGTATTCTAAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAA
1 TATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA
* * * * * * *
38692 CTAAATCTATTTACTGAACAAGATCAAATAGTTATGTCAATTTGAACAATTATCTATTTAAATCA
66 ATAAATTTGTTTACTG-ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAATTA
* * * ** * **
38757 TTATGATCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTTGTGCAAAAT
130 TTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCT
* * **
38807 TATTTAGAATAAAATAATACTAATCTATTAATATT-TTGAAATT--T-A-TAAGAGATTT-AAAA
1 TATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA
* * * * * *
38866 CTAAATATGTTTA-TGAAAACAGTTCAAACTA-TTATGATTATTTAAACAATTATTTATCTTAAA
66 ATAAATTTGTTTACTG-ACA-AGTTCAAA-TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTAAA
* * * * * * *
38929 TAATTATGATC-TTTATTTTGTCATAAAATAGTTTGTTTCT-TTTATAC-AGCT
127 TTATTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAACA-ATTGTTTCTATTCATACAAGCT
* * * * * * * *
38980 TATTCAGATTAAAATAATATTAAATTAATAATATTCCAAAAATTAAT-A--AA-AGATTTTAAAA
1 TATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA
* * * * * *
39041 ATAAATGTGTTT-GTCA-AATCGATTCCAAATAGTTAAG-CTATTAGAA-AATTATTTATTTCAA
66 ATAAATTTGTTTACTGACAA--G-TT-CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AA
* * * * * * * *
39102 ATTGTTCTGACCTTTAGTTTAGTCATACGAA-TATTATTTC-AGTTCATACAAGCT
126 ATTATTATGACCTTTTGTTTTGTTATA-AAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCT
* * * * * *
39156 TATTCAAAACAAAATAATAGC-AATTTATTAACATAT-GAAAAATTAATGAGTAGGAGA-TT--A
1 TATTTAAAATAAAATAATA-CTAATTTATTAATAT-TCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAA
* * * * *
39216 AAA-AAA-TTGTTTA-TCAACAAGTTGAAATAGAT-TGACTATTTAAAAAATTATCTATTTAAAG
64 AAATAAATTTGTTTACT-GACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAA-
* * * * * * *
39277 TCATTACGACCCTTTTGTTTTGTCATAAAACATTTGTTT-TAGTTCAAAAAAACT
127 TTATTATGA-CCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCT
*** * * * * * * * *
39331 TATCCGAAATCAAATAATACTACTTCACTAAATATTTTGAAAATTAGTAATGCAAGAGATTTAAA
1 TATTTAAAATAAAATAATACTAATTTA-TTAATATTCTAAAAATTAATAA-GTAAGAGATTTAAA
* * * * *
39396 AACT-AAGTTGTTT-TTGGCACCAA-TTC-AATAAGTTATGACTATTTGAACAAATATCAATCTT
64 AAATAAATTTGTTTACT-G-A-CAAGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT-TT
* * * * * *
39457 CAA-TAGTTATGATCC--TTATTTTGTCATAAAAAAATTGTTTCTAATCATACAAGGT
124 AAATTA-TTATGA-CCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCT
* * * *
39512 T-TTTTAGATAAAAATAATATTAATTTAATAATATTCTAAAAA-T--TAA-TAAGAGA-TTAAAA
1 TATTTAAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
* * * * * * *
39571 AAGAAA--TGTTT-GTCGAACCAGTTCAAATAGTTAAG-CTACTAGAATAATTATCTATTTCAAA
65 AATAAATTTGTTTACT-G-ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAA
** * * * * * * * *
39632 TCGTTTTGACCTTTGGTTTAGTCATATAATAA-TGCTTC-AGTTTATACAAGCT
127 TTATTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCT
* * * *
39684 TAATCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TGAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTGAAA
1 TATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAA
* * *
39748 AATTAAATCTT-TTTACTAAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAA
64 AAATAAAT-TTGTTTACT-GACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAA
39812 ATCGTTACGA
Statistics
Matches: 1749, Mismatches: 369, Indels: 267
0.73 0.15 0.11
Matches are distributed among these distances:
171 6 0.00
172 72 0.04
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Consensus pattern (179 bp):
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ATAAATTTGTTTACTGACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAATTAT
TATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCT
Found at i:41334 original size:176 final size:174
Alignment explanation
Indices: 40844--43367 Score: 1378
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40834 NNNNNNNNCT
* * * * * * *
40844 TTCAAATAGTTATGATTGTTTGAACAATTGTTTATTTAAAAT-AGTTATGATCTTTGTTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTGTTTTGTCA
* * * **
40908 TAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGTTTATTGGGAATAAAA-AATACTAATTTATTAATATTT
65 TAAAACAATTGTTTATATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* *
40972 CTAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAA-T-CTTACTG-AACAA
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* * * * *
41019 GTTCAAATAGTTATGTCCATTTGAACAATTATCTATTTGAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTC
1 -TTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CCTTTGTTTTGTC
* ** * ** * *
41084 AATAAAACAATTGTTTCTATTTGTGCAAAATTATTTAGAATAAAATAATACTAATCTATTAATAT
64 -ATAAAACAATTGTTTATATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* *
41149 TTTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAACTAAATTTGTTTATGGAAACAA
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* * * * * * *
41198 TTCAAACAGTTATGATTATTTAAACAATTATTTATCTCAAATAATTATGATCTTTATTTTGTCAT
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTGTTTTGTCAT
* * * * * * *
41263 AAAATAATTGTTTATTTTTATACAAGCTTATTCAGATTAAAATAATATTAATTTAATAATATTCC
66 AAAACAATTGTTTATATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC
* * *
41328 AAAAATTAATAAAAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGTCGAACCAA
131 AAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TGTTTAT-GAAACAA
* * * ** * *
41374 TTCAAATAGTTAAGACTA-TTAGAGCAATTATTTATTTCAAATTGTTCTGACCTTTTGTTTAGTC
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTA-AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC-TTTGTTTTGTC
* * * * *
41438 ATAAAATAATTATTTCA-GTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAGC-AATTTATTAACA
64 ATAAAACAATTGTTT-ATATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATA-CTAATTTATTAATA
* *
41501 TTTGAAAAATTAATGAGTAAGAGA-TT-AAAAA-AAA-TGTTTATCAAACAA
127 TTTCAAAAATT-A--A-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTGTTTATGAAACAA
*
41549 GTTGAAATAGATT-TGACTATTTAAACAATTATCTATTT-AAAGTCATTATGACCTTTTGTTTTG
1 -TTCAAATAG-TTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAA-TCATTATGACC-TTTGTTTTG
* * * * * * * * * *
41612 TCATAAAACATTTGTTTCA-GTTCAAAAAAAACTTA-TCCGAAATCAAATAATACTACTTCACTA
62 TCATAAAACAATTGTTT-ATATTC-ATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTA
* * * * * *
41675 ATATTTTGAAAATTAGTAAGCAAGAGATTTAAAAACTAAAGCTT-TTT-TGCACCAA
124 ATA-TTTCAAAA--ATTAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAA--TTGTTTATGAAACAA
* * * *
41730 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATCAATCTT-AAAT-AGTTATGATCC-TTATTTTGT
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTAT-TTCAAATCA-TTATGA-CCTTTGTTTTGT
* * * * *
41792 CATAAAACAATTGTTTCTAATCATAC-A----A-T-AG-ATAAAAAAATATTAATTTAATAATAT
63 CATAAAACAATTGTTTATATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * *
41849 TCCAAAAATTAATAAGAGATTT-AAAAA-AAATATG-TTGTGAACCAG
128 TTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TGTTTATGAAACAA
* * * * *
41894 TTCAAATAGTTAAGACTA-CTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTGGTTTAGTC
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTA-AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTT-GTTTTGTC
* * * * *
41958 ATATAATAA--CTTCAGT-TT-ATACAAGC-TAATCA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-
64 ATAAAACAATTGTTTA-TATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* *
42016 TTCAAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTGAAAATTAAATCTGTTTACT-AAACAA
128 TTC-AAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAATAAAT-TGTTTA-TGAAACAA
* * * * *
42069 GTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTATTTTTTG
1 -TTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC--TT-TGTTTTG
* * * * * *
42134 TCATAAAACCATTGTTT-TAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAACACTATTTTATTAAT
62 TCATAAAACAATTGTTTATA-TTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* ** **
42198 ATTTCAAAAGTTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCAATTTACCAAA-ATA
126 ATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TGTTTATGAAACA-A
* * * * ** * * * *
42248 GTTCAAATAATTATGGCCATTTGAACAGCTACCTATTTCAAATCGTTATTG-CTTTTTATTTTGT
1 -TTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTA-TGAC-CTTTGTTTTGT
* * * *
42312 CTTAAAAACAATT-TTT-TAAT-ATACAATCTTATT-TGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
63 CAT-AAAACAATTGTTTATATTCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAAT
** * * ** *
42373 ATTTCATTAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAATTAG
126 ATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TGTTTA-TGAAACAA
* * * * ** * * * *
42424 TTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAACTATCTATTTCAAATTGTTATAACTTATTGTTCTATCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCT-TTGTTTTGTCA
* * * * * * * *
42489 TAAAATAATTATTTTTGTTTATAC-AGAATTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAGTAATA-T
65 TAAAACAATTGTTTATATTCATACAAG-CTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* ** *
42552 TCATAAAATTAATAATAAGAGATTT-AAAAATAAATATGTTT-TCCCAATTAG
129 TCA-AAAA-T--TAATAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TGTTTAT--GAAACAA
** * * * ** * * *
42603 TTCAAATAGTTAAAACTATATAAAGAATTATTTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGCTTTGTTA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC-TTTGTTTTGTCA
* * * * * * *
42668 TAAAATAATTATTTCA-A-CCATATAAGCTTATCCCA-AA-AAAATAAATATTACTTTATTAATA
65 TAAAACAATTGTTT-ATATTCATACAAGCTTAT-TCAGAATAAAAT-AATACTAATTTATTAATA
* * * * * *
42729 TTTCAAAAGTTAATAAGGGATTTAAAAAATAAATCAGTTTACCGAAATAG
127 TTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TGTTTA-TGAAACAA
* * * * * * * * *
42779 TTCAAATAAG-TATGGCCATTTGAACAATTACCTATTTCGAATCATTATTACTTTTTTTTTTTAT
1 TTCAAAT-AGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC--CTTTGTTTTGT
* * * * *
42843 CTTAAAACAATTTTTTTTCA-ACATTCAAGCTTATTC-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
63 CATAAAACAATTGTTTAT-ATTCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * **
42906 ATTTCAAAATTTTATAAGAGATTTAAAAAGTAAATCTATTTACCAAACAA
126 ATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TGTTTATGAAACAA
* * * ** * *
42956 GTTCAAAATAGTTTTTGACCTATTTGAATAATTATCTATTTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTC
1 -TTC-AAATAG-TTATGA-CTATTTAAACAATTATCTA-TTTCAAATCATTATGACC-TTTGTTT
* * * * * * * * * * * *
43021 TATCATGAAATAATTATTTCTGTTCCTACAGGCTTTTTCGGAATAAAATAATACTAATTTAGTAG
60 TGTCATAAAACAATTGTTTATATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * *** *
43086 TA-TTCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTTGAAAAATAAATCTATTTGCCAAACTAG
125 TATTTC-AAAAA-T--TAA-TAAGAGA-TTTAAAAAATAAAT-TGTTTATGAAAC-AA
* * * * ** * ** *
43143 TTGAAACAGTTAAGACTATATGTACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGCTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC-TTTGTTTTGTCA
** * ** * *
43208 TAAAGTAATTATTTCA-GCTCATACAAGCTTATTC-GAAATAGAATAAAACTAATTTATTAAT-T
65 TAAAACAATTGTTT-ATATTCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * * * *
43270 GTTTAAAAATTTATAAGAGATTTAGAAAATAATTTTATTTACTGAACCAA
128 -TTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAA-ATTGTTTA-TGAAACAA
* *
43320 TTCAAAT-GATTATGACTATTTGAACAATTATCAATTTCAAATCATTAT
1 TTCAAATAG-TTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT
43368 TACTAATTTA
Statistics
Matches: 1836, Mismatches: 374, Indels: 275
0.74 0.15 0.11
Matches are distributed among these distances:
162 5 0.00
163 12 0.01
164 48 0.03
165 18 0.01
166 10 0.01
167 7 0.00
168 36 0.02
169 6 0.00
170 19 0.01
172 7 0.00
173 6 0.00
174 17 0.01
175 168 0.09
176 354 0.19
177 273 0.15
178 234 0.13
179 241 0.13
180 69 0.04
181 103 0.06
182 101 0.06
183 54 0.03
184 9 0.00
185 12 0.01
186 26 0.01
187 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (174 bp):
TTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTGTTTTGTCAT
AAAACAATTGTTTATATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC
AAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTGTTTATGAAACAA
Found at i:42088 original size:520 final size:523
Alignment explanation
Indices: 40944--43367 Score: 1422
Period size: 530 Copynumber: 4.6 Consensus size: 523
40934 GTTTATTGGG
* * *
40944 AATAAAA-AATACTAATTTATTAATATTTCTAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATC
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT--AAAATAAATC
* * *
41008 ---TTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGTCCATTTGAACAATTATCTATTTGAAATCATTATGA
63 TGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAATCATTATGA
* * **** ** *
41070 TCTTTTGTTTTGTCAATAAAACAATTGTTTCTATTTGTGCAAAA-TTATTTAGAATAAAATAATA
127 CCTTTTGTTTTGTC-ATAAAAC-ATTGTTTC-AGTTCAAAAAAACTTATCCAAAATAAAATAATA
* * * *
41134 CTAATCTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAACTAAATTTGTTTATGGAAACAAT
189 CTATTC-ATTAATATTTTAAAAAGTAACAAGAGATTTAAAAACTAAACTTGTTTATGGAAACAAT
* * ** *
41199 TCAAACAGTTATGATTATTTAAACAATTATTTATCTCAAATAATTATGATCTTTATTTTGTCATA
253 TCAAACAGTTATGACTATTTAAACAAATATCAATCTCAAATAATTATGATCCTTATTTTGTCATA
* ** * *
41264 AAATAATTGTTTATTTTTATACAAGCTTATTCAGATTAAAATAATATTAATTTAATAATATTCCA
318 AAACAATTGTTTATAATCATACAA---TATTCAGATTAAAAAAATATTAATTTAATAATATTCCA
* *
41329 AAAATTAATAAAAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGTCGAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATT
380 AAAATTAATAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGTCGAACCAATTCAAATAGTTAAGACTACT
* * ** * * *
41394 AGAGCAATTATTTATTTCAAATTGTTCTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTATTTCAGTTC
445 AGAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTGACCTTTGGTTTAGTCAT--AATAATAACTTCAGTTC
*
41459 ATACAAGCTTATTCAA
508 ATACAAGCTTAATCAA
* * * *
41475 AATAAAATAATAGC-AATTTATTAACATTTGAAAAATTAATGAGTAAGAGA-TTAAAA-AAA-AT
1 AATAAAATAATA-CTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAATAAATCT
* *
41536 GTTTA-TCAAACAAGTTGAAATAGATT-TGACTATTTAAACAATTATCTATTTAAAGTCATTATG
64 GTTTACT-AAACAAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAA-TCATTATG
* *
41599 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACATTTGTTTCAGTTCAAAAAAAACTTATCCGAAATCAAATAATA
126 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA-TTGTTTCAGTTC-AAAAAAACTTATCCAAAATAAAATAATA
* *
41664 CTACTTCACTAATATTTTGAAAATTAGTAAGCAAGAGATTTAAAAACTAAAGCTT-TTT-T-GCA
189 CTA-TTCATTAATATTTT-AAAA--AGTAA-CAAGAGATTTAAAAACTAAA-CTTGTTTATGGAA
* * * * *
41726 CCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATCAATCTTAAATAGTTATGATCCTTATTTTG
248 ACAATTCAAACAGTTATGACTATTTAAACAAATATCAATCTCAAATAATTATGATCCTTATTTTG
*
41791 TCATAAAACAATTGTTTCTAATCATAC-A-A-T-AGA-TAAAAAAATATTAATTTAATAATATTC
313 TCATAAAACAATTGTTTATAATCATACAATATTCAGATTAAAAAAATATTAATTTAATAATATTC
* *
41851 CAAAAATTAATAAGAGATTT-AAAAA-AAATATG-TTGT-GAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTA
378 CAAAAATTAATAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGTCGAACCAATTCAAATAGTTAAGACTA
* * *
41912 CTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTGGTTTAGTCAT-ATAATAACTTCAGTTT
443 CTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTGACCTTTGGTTTAGTCATAATAATAACTTCAGTTC
41976 ATACAAGC-TAATC-A
508 ATACAAGCTTAATCAA
* *
41990 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTGAAAATTAAATC
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAA-TAAATC
* *
42055 TGTTTACTAAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGA
63 TGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAATCATTATGA
* * * * *
42120 CCTTTTATTTTTTGTCATAAAACCATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAACA
127 CC-TTT-TGTTTTGTCATAAAA-CATTGTTTCAGTTCAAAAAAACTTATCCAAAATAAAATAATA
* * * * ** *** *
42185 CTATTTTATTAATA-TTTCAAAAGTTAATAAGAGATTTAAAAAATAAA-TCAATTTACCAAAATA
189 CTA-TTCATTAATATTTTAAAAAG-TAACAAGAGATTTAAAAACTAAACT-TGTTTATGGAAACA
* * * * * * ** * * * ** * **
42248 GTTCAAATAATTATGGCCATTTGAACAGCTACCTATTTCAAATCGTTATTGCTTTTTATTTTGTC
251 ATTCAAACAGTTATGACTATTTAAACAAATATCAATCTCAAATAATTA-TGATCCTTATTTTGTC
* * * *
42313 TTAAAAACAATT-TTT-TAAT-ATACAATCTT-A-TTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
315 AT-AAAACAATTGTTTATAATCATACAATATTCAGATT-AAA-AAAAT-AT--TAATTTAATAAT
* ** * * * ** ** * * *
42373 ATTTCATTAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAATTAGTTTAAATAGTTATG
374 ATTCCAAAAATTAATAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGTCGAACCAATTCAAATAGTTAAG
* * * * ** * * * * *
42438 ACTATTTGAATAACTATCTATTTCAAATTGTTAT-AACTTATTGTTCTA-TCATAAAATAATTAT
439 ACTACTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTGACCTT-TGGTT-TAGTCAT--AATAATAAC
** * * * * *
42501 TTTTGTTTATAC-AGAATTATTTAG
500 TTCAGTTCATACAAG-CTTAATCAA
* *
42525 AATAAAATAATACTAATTTAGTAATATTCATAAAATTAATAA-TAAGAGATTTAAAAATAAATAT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAATAAATCT
* ** ** ** * * * * ** *
42589 GTTTTCCCAATTAGTTCAAATAGTTAAAACTATATAAAGAATTATTTATTTCAAATTGTTATAAC
64 GTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAATCATTATGAC
* * * * ** * * * * *
42654 CTTTTGCTTTGTTATAAAATAATTATTTCA-ACCATATAAGCTTATCCCAAA-AAAATAAATATT
128 CTTTTGTTTTGTCATAAAA-CATTGTTTCAGTTCAAAAAAACTTATCCAAAATAAAAT-AATACT
* * * * * * ** * *
42717 ACTTTATTAATA-TTTCAAAAGTTAATAAGGGATTTAAAAAATAAA-TCAGTTTACCGAAATAGT
191 A-TTCATTAATATTTTAAAAAG-TAACAAGAGATTTAAAAACTAAACT-TGTTTATGGAAACAAT
* * * * * * * * * * * ** * *
42780 TCAAATAAG-TATGGCCATTTGAACAATTACCTATTTCGAATCATTATTACTTTTTTTTTTTATC
253 TCAAA-CAGTTATGACTATTTAAACAAATATCAATCTCAAATAATTATGA--TCCTTATTTTGTC
* * * * * * * *
42844 TTAAAACAATTTTTTTTCAA-CATTCAAGCTTATTC-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
315 ATAAAACAATTGTTTAT-AATCATACAA---TATTCAG-ATTAAAAAAATATTAATTTAATAATA
* * * * * * * * * * *
42907 TTTCAAAATTTTATAAGAGATTTAAAAAGTAAATCTATTT-ACCAAACAAGTTCAAAATAGTTTT
375 TTCCAAAAATTAATAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGTCGAACCAA-TTC-AAATAG-TTA
* * * * ** * * *
42971 TGACCTATTTGAATAATTATCTATTTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTA-TCATGAAATAAT
437 AGA-CTACTAGAACAATTATCTA-TTTCAAATCATTCTGACCTTTGGTT-TAGTCAT--AATAAT
* * * * * ** **
43035 TATTTCTGTTCCTACAGGCTTTTTCGG
497 AACTTCAGTTCATACAAGCTTAATCAA
* * *
43062 AATAAAATAATACTAATTTAGTAGTATTCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTTGAAAAATAAAT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTT--AAAATAAAT
* * * * * * * * * * **
43127 CTATTTGCCAAACTAGTTGAAACAGTTAAGACTATATGTACAATTATTTATTTCAAATTGTTATG
62 CTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAATCATTATG
* * * * * * * * * *
43192 ACCTTTTGCTTTGTCATAAAGTA-ATTATTTCAGCTCATACAAGCTTATTCGAAATAGAATAAAA
126 ACCTTTTGTTTTGTCATAAA--ACATTGTTTCAGTTCAAAAAAACTTATCCAAAATAAAATAATA
* * * * ** * *
43256 CTAATTTATTAAT-TGTTTAAAAATTTATAAGAGATTTAGAAAA-TAATTTTATTTACT-GAACC
189 CT-ATTCATTAATAT-TTTAAAAAGTAACAAGAGATTTA-AAAACTAAACTTGTTTA-TGGAAAC
* * * * *
43318 AATTCAAA-TGATTATGACTATTTGAACAATTATCAATTTCAAATCATTAT
250 AATTCAAACAG-TTATGACTATTTAAACAAATATCAATCTCAAATAATTAT
43368 TACTAATTTA
Statistics
Matches: 1549, Mismatches: 248, Indels: 182
0.78 0.13 0.09
Matches are distributed among these distances:
514 3 0.00
515 42 0.03
516 6 0.00
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541 91 0.06
542 18 0.01
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Consensus pattern (523 bp):
AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAATAAATCTGT
TTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAATCATTATGACCTT
TTGTTTTGTCATAAAACATTGTTTCAGTTCAAAAAAACTTATCCAAAATAAAATAATACTATTCA
TTAATATTTTAAAAAGTAACAAGAGATTTAAAAACTAAACTTGTTTATGGAAACAATTCAAACAG
TTATGACTATTTAAACAAATATCAATCTCAAATAATTATGATCCTTATTTTGTCATAAAACAATT
GTTTATAATCATACAATATTCAGATTAAAAAAATATTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAA
AAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGTCGAACCAATTCAAATAGTTAAGACTACTAGAACAATTAT
CTATTTCAAATCATTCTGACCTTTGGTTTAGTCATAATAATAACTTCAGTTCATACAAGCTTAAT
CAA
Found at i:42967 original size:355 final size:349
Alignment explanation
Indices: 40844--43361 Score: 1031
Period size: 354 Copynumber: 7.1 Consensus size: 349
40834 NNNNNNNNCT
** * * * * * * * * *
40844 TTCAAATAGTTATGATTGTTTGAACAATTGTTTATTTAAAATAGTTATGATC-TTTGTTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTAAAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTG-TTTGTTA
* * * ****
40908 TAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGTTTATTGGGAATAAAA-AATACTAATTTATTAATATTT
65 TAAAATAATTATTTC-A-ACATACAAGCTTATCCCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
*
40972 C-TAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATC---TTACTGAACA-AGTTCAAATAGTTA
128 CAT-AAATTAATA---A-GAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAA-ATAGTTCAAATAGTTA
* * * * * * *
41032 TGTCCATTTGAACAATTATCTATTTGAAATCATTATGATCTT-TTGTTTTGTCAATAAAACAATT
187 TGACCATTTGAACAACTACCTATTTCAAATCATTAT-AACTTATTGTTCTATC-ATAAAACAATT
* * *** * ** * * * * *
41096 GTTTCT-ATTTGTGCAAAATTATTTAGAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTTAAAAATTA
250 ATTTTTCA-ACATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAATTTA
* * **
41160 ATAAGAGATTTAAAAACTAAATTTGTTTATGGAAACAA-
314 ATAAGAGATTTAAAAA-TAAATCTATTTA-CCAAA-AAG
* ** * * * * ** * * *
41198 TTCAAACAGTTATGATTATTTAAACAATTATTTATCTCAAATAATTATGATCTTTAT-TTTGTCA
1 TTCAAATAGTTAAAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTT-TGTTTGTTA
* ** * * * *
41262 TAAAATAATTGTTT-ATTTTTATACAAGCTTAT-TCAGATTAAAATAATATTAATTTAATAATAT
65 TAAAATAATTATTTCA---ACATACAAGCTTATCCCA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * * * ** ** * *
41325 TCCAAAAATTAATAAAAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGTCGAACCAATTCAAATAGTTAAGAC
126 TTCATAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAAATAGTTCAAATAGTTATGAC
* * * * ** ** * * *
41390 TATTAGAGCAATTATTTATTTCAAATTGTTCTGACCTT-TTGTT-TAGTCATAAAATAATTA--T
191 CATTTGAACAACTACCTATTTCAAATCATTAT-AACTTATTGTTCTA-TCATAAAACAATTATTT
* * *
41451 TTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAGC-AATTTATTAACATTTGAAAAATTAAT
254 TTCA--ACATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATA-CTAATTTATTAATATTT-CAAAATT--T
* * *
41515 GAGTAAGAGA-TTAAAAA-AAA--TGTTTATCAAACAAG
313 -AATAAGAGATTTAAAAATAAATCTATTTACCAAA-AAG
* ** * ** *
41550 TTGAAATAGATT-TGACTATTTAAACAATTATCTATTT-AAAGTCATTATGACCTTTTGTTTTGT
1 TTCAAATAG-TTAAAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TTGTTATAACCTTTTG-TTTGT
* * * * * * * * * * * * *
41613 CATAAAACATTTGTTTCAGTTCAAAAAAAACTTATCCGAAATCAAATAATACTACTTCACTAATA
63 TATAAAATAATTATTTCA--AC-ATACAAGCTTATCCCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * * ** *
41678 TTTTGA-AAATTAGTAAGCAAGAGATTTAAAAACTAAAGCTTTTTTGC-ACCA-A-TTCAAATAG
125 -TTTCATAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGA-AATAGTTCAAATAG
* * * * * *
41739 TTATGACTATTTGAACAAATATCAATCTT-AAAT-AGTTATGATCCTTA-T-TT-TGTCATAAAA
184 TTATGACCATTTGAACAACTACCTAT-TTCAAATCA-TTAT-A-ACTTATTGTTCTATCATAAAA
* * * * *
41799 CAATTGTTTCT-AATCATACAA---TA--GATAAA-AAAAT-AT--TAATTTAATAATATTCCAA
245 CAATTATTTTTCAA-CATACAAGCTTATTCA-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA
* *** **
41854 AAATTAATAAGAGATTTAAAAA-AAA--TATGTTGTGAACCAG
308 AATTTAATAAGAGATTTAAAAATAAATCTAT-TTACCAAAAAG
* * * * ** * * * *
41894 TTCAAATAGTTAAGACTACTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTGGTTTAGTCA
1 TTCAAATAGTTAAAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTT-GTTA
* *
41959 TATAATAACTTCAGTTT----ATACAAGCTAAT--CAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-T
65 TAAAATAA-TT-A-TTTCAACATACAAGCTTATCCCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * * * * *
42017 TCAAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTGAAAATTAAATCTGTTTA-CTAAACAAGTTTAAATAGTT
127 TC-ATAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAAA-TAGTTCAAATAGTT
* * * * * * * * *
42081 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTATT-TTTTGTCATAAAACCA
186 ATGACCATTTGAACAACTACCTATTTCAAATCATTAT-AAC--TTATTGTTCTATCATAAAACAA
* **** * * * * *
42145 TTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAACACTATTTTATTAATATTTCAAAAGTT
248 TTATTTTTCAACATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAATTT
*
42210 AATAAGAGATTTAAAAAATAAATCAATTTACCAAAATAG
313 AATAAGAGATTT-AAAAATAAATCTATTTACCAAAA-AG
* *** * ** * * ** * *
42249 TTCAAATAATTATGGCCATTTGAACAGCTACCTATTTCAAATCGTTATTGCTTTTTATTTTGTCT
1 TTCAAATAGTTAAAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTT-GTTTGT-T
* * * * ***
42314 -TAAAAACAATT-TTTTAATATACAATCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
64 AT-AAAATAATTATTTCAACATACAAGCTTATCCCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * * *
42377 CATTAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAATTAGTTTAAATAGTTATGACTA
128 CATAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAAATAGTTCAAATAGTTATGACCA
* * ** * **
42442 TTTGAATAACTATCTATTTCAAATTGTTATAACTTATTGTTCTATCATAAAATAATTATTTTTGT
193 TTTGAACAACTACCTATTTCAAATCATTATAACTTATTGTTCTATCATAAAACAATTATTTTTCA
** * * * *
42507 TTATAC-AGAATTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAGTAATA-TTCATAAAATTAATAATAA
258 ACATACAAG-CTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC--AAAATT--TAATAA
* * * **
42570 GAGATTTAAAAATAAATATGTTTTCCCAATTAG
318 GAGATTTAAAAATAAATCT-ATTTACCAAAAAG
* * * *
42603 TTCAAATAGTTAAAACTATATAAAGAATTATTTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGCTTTGTTA
1 TTCAAATAGTTAAAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTG-TTTGTTA
* * *
42668 TAAAATAATTATTTCAACCATATAAGCTTATCCCAAA-AAAATAAATATTACTTTATTAATATTT
65 TAAAATAATTATTTCAA-CATACAAGCTTATCCCAAATAAAAT-AATACTAATTTATTAATATTT
* *
42732 CA-AAAGTTAATAAGGGATTTAAAAAATAAATC-AGTTTACCGAAATAGTTCAAATAAG-TATGG
128 CATAAA-TTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA-TTTACCGAAATAGTTCAAAT-AGTTATGA
* * * * * * * *
42794 CCATTTGAACAATTACCTATTTCGAATCATTATTACTTTTTTTTTTTATCTTAAAACAATTTTTT
190 CCATTTGAACAACTACCTATTTCAAATCATTATAAC-TTATTGTTCTATCATAAAACAATTATTT
* * *
42859 TTCAACATTCAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAATTTTATAAG
254 TTCAACATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAATTTAATAAG
42924 AGATTTAAAAAGTAAATCTATTTACCAAACAAG
319 AGATTTAAAAA-TAAATCTATTTACCAAA-AAG
** * *
42957 TTCAAAATAGTTTTTGACCTATTTGAATAATTATCTATTTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCT
1 TTC-AAATAG--TTAAAACTATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTT-T
* * * ** * * * * ** * *
43022 ATCATGAAATAATTATTTCTGTTCCTACAGGCTTTTTCGGAATAAAATAATACTAATTTAGTAGT
61 GTTATAAAATAATTATTTC--AACATACAAGCTTATCCCAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * *
43087 A-TTCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTTGAAAAATAAATCTATTTGCC-AAACTAGTTGAAAC
124 ATTTC-ATAAA-T--TAA-TAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAAA-TAGTTCAAAT
* * * * * ** ** * * *
43150 AGTTAAGACTATATGTACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTT-TTGCTT-TGTCATAAAG
182 AGTTATGACCATTTGAACAACTACCTATTTCAAATCATTAT-AACTTATTG-TTCTATCATAAAA
* * * * * * *
43213 TAATTA--TTTCAGCTCATACAAGCTTATTCGAAATAGAATAAAACTAATTTATTAATTGTTTAA
245 CAATTATTTTTCA--ACATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAA-TATTTCA
* * * *
43276 AAATTT-ATAAGAGATTTAGAAAATAATTTTATTTACTGAACCAA-
307 AAATTTAATAAGAGATTTA-AAAATAAATCTATTTAC-CAA-AAAG
** *
43320 TTCAAAT-GATTATGACTATTTGAACAATTATCAATTTCAAAT
1 TTCAAATAG-TTAAAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
43362 CATTATTACT
Statistics
Matches: 1678, Mismatches: 349, Indels: 269
0.73 0.15 0.12
Matches are distributed among these distances:
334 3 0.00
335 3 0.00
336 2 0.00
337 4 0.00
338 46 0.03
339 5 0.00
340 50 0.03
341 3 0.00
342 3 0.00
343 37 0.02
344 66 0.04
345 10 0.01
346 7 0.00
347 18 0.01
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349 3 0.00
350 6 0.00
351 74 0.04
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353 114 0.07
354 334 0.20
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362 7 0.00
363 88 0.05
364 78 0.05
365 2 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (349 bp):
TTCAAATAGTTAAAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTGTTAT
AAAATAATTATTTCAACATACAAGCTTATCCCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAT
AAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAAATAGTTCAAATAGTTATGACCATTT
GAACAACTACCTATTTCAAATCATTATAACTTATTGTTCTATCATAAAACAATTATTTTTCAACA
TACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAATTTAATAAGAGATTTA
AAAATAAATCTATTTACCAAAAAG
Found at i:43436 original size:118 final size:114
Alignment explanation
Indices: 43255--43485 Score: 270
Period size: 118 Copynumber: 2.0 Consensus size: 114
43245 ATAGAATAAA
* * * **
43255 ACTAATTTATTAATTGTTTAAAAATTTATAAGAGATTTAGAAAATAATTTTATTTACTGAACCAA
1 ACTAATTTATTAATTATTTAAAAATTTATAAGAGATTTAGAAAATAAATCTATTTACCAAACCAA
* *
43320 TTCAAAT-GATTATGACTATTTGAACAATTATCAATTTCAAATCATTATT
66 TTCAAATAG-TTATAACTATTTGAACAATTATCAATTCCAAATCATTATT
43369 ACTAATTTATTAA-TATTTATAAAATTAATCAATAAGAGATTTA-AAAAGTAAATCTATTTACCA
1 ACTAATTTATTAATTATTTA-AAAATT--T--ATAAGAGATTTAGAAAA-TAAATCTATTTACCA
* * * * *
43432 AACCATTTTAAATAGTTTTAACTATTTGAATAATTATCTATTCCAAATCATTAT
60 AACCAATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCAATTCCAAATCATTAT
43486 AACTTTTTAT
Statistics
Matches: 98, Mismatches: 12, Indels: 10
0.82 0.10 0.08
Matches are distributed among these distances:
113 5 0.05
114 19 0.19
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117 4 0.04
118 68 0.69
119 1 0.01
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.06, T:0.42
Consensus pattern (114 bp):
ACTAATTTATTAATTATTTAAAAATTTATAAGAGATTTAGAAAATAAATCTATTTACCAAACCAA
TTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCAATTCCAAATCATTATT
Found at i:43834 original size:475 final size:476
Alignment explanation
Indices: 42891--43836 Score: 1114
Period size: 475 Copynumber: 2.0 Consensus size: 476
42881 AATAAAATAA
*
42891 TACTAATTTATTAATATTTCAAAATTTTATAAGAGATTTAAAAAGTAAATCTATTTACCAAACAA
1 TACTAATTTATTAATATTTCAAAATTTAATAAGAGATTTAAAAAGTAAATCTATTTACCAAACAA
* * ** *
42956 GTTCAAAATAGTTTTTGACCTATTTGAATAATTATCTATTTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTC
66 GTTCAAAATAGTTTTTGAACTATTTGAATAATTATCTATTTCCAAATCATTATAACCTTTTATTC
* * * * * * *
43021 TATCATGAAATAATTATTTCTGTTCCTACAGGCTTTTTCGGAATAAAATAATACTAATTTAGTAG
131 TATCATCAAACAATTAGTTCTGTTCATACA-GCTTTTTCGAAATAAAATAATACTAATTTAATAA
* ** * * * * *
43086 TATTCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTTGAAAAATAAATCTATTTGCCAAACTAGTTGAAACA
195 TATTCTAAAAATTAATAACCAAGAGAAATTAAAAAATAAATCTAATAGCCAAACAAGTTCAAACA
* * ** * *
43151 GTTAAGACTATATGTACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGCTTTGTCATAAAGTAA
260 GTTAAGACTAAATGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGCTTTCTCATAAAATAA
* * * * *
43216 TTATTTCAGCTCATACAAGCTTATTCGAAATAGAATAAAACTAATTTATTAATTGTTTAAAAATT
325 TTATTTCAGCTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAAAACTAATTTAATAATAGTTCAAAAATA
* * * ** * * *
43281 TATAAGAGATTTAGAAAATAATTTTATTTACTGAACCAATTCAAATGATTATGACTATTTGAACA
390 AATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACCAACTCAAATGATTAAGACTATTAGAACA
43346 ATTATCAATTTCAAATCATTAT
455 ATTATCAATTTCAAATCATTAT
*
43368 TACTAATTTATTAATATTTATAAAATTAATCAATAAGAGATTTAAAAAGTAAATCTATTTACCAA
1 TACTAATTTATTAATATTT-CAAAATT--T-AATAAGAGATTTAAAAAGTAAATCTATTTACCAA
* ** *
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* * * * * * *
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* * *
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* ** * * *
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* * ** * * *
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* * * *
43751 AAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAATCAGCTCAAATGGTTAAGACTATTA
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* *
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* * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * ** *
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* * * * ** * * *
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* * * * * *
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* * * ** * * *
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* * * * **
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* * * * * ** *
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* * * * *
44756 TTTGTTATAAACCAATTGTGTCTATTCATACAAGCTTATTCATAATAAAATAA
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* * * * * *
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** * * * * * * **
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* * *
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* * ** * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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*
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* * ** * *
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* * * * *
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* * * * * * * * **
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** * * * * * *
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* * *
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* * * *
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* * *
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* * * * *
45630 TTTATTAATAAAA-AATTTGTTT-AATTTCATAAAAGCTT-TATCA-AAT-AAATAA
127 TTT-GTCATAAAACAA-TTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTAT-TTAGAATAAAATAA
* * * ***
45682 TATTACTTTATTAATATTTTAAAAATT-AGAAGTTGGCAGATTTAAAAAAATAAAT-T-TATT--
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* * * ** *
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* * ** *
45803 -TTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TCA-TCATATAAGGCCTATTCGGAAT-GAATAAA
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* * * * **
45857 TATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATGAGT-AGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTAGTGA
1 TACTAATTTATTAATA-TT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGA
* * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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1 TACTAATTTATTAATA-T-TAAAAATTAATAAGTAAAAGA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTACCG
* * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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1 TACTAATTTATTAATA-TTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAA
* * * * * * * *
46274 CT-AGTTCAATTAGTTATAACAATTTGAATAATTATTTATTTTAAATCGTTATGACCATTTGTTT
65 -TAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT
* * * ** *
46338 TATCATAAAACAATTATTTCTATTGATACAATTTTATTTGGAATAAAATAA
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* * * * ** *
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1 TACTAATTTATTAATA-T-TAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC-CG
** * * * * *
46454 ACCAA-TGCAAATAGTTAT-ATCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGCCCTTCTAT
63 AATAAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT
* * ** **
46517 TTTGTCACAAAACAAATGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGGAATAGCATAA
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* * * *
46570 TTCTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAACTAAATCTGTTTATCGA
1 TACTAATTTATTAATA-TT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGA
* * * * * * ** *
46635 ACAAGTTCAAACAATTACGATTATTTGAACAATTACCTATTTCAAATCGCTATAACCTTTTGTTT
64 ATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT
* * * *
46700 TGTCATAAAATAATTTTTTCTATTCATACAACCTTATTTCA-ATTAAAATAA
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* * * * *
46751 TACAAATTTATTAATATTCAGATAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAACTATGTTTACCGA
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* * * *
46816 ATAAATTCAAATAGTTGTGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACTTTTTTGTT
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* * * * *
46881 TTGTCATAAAATAATT-TTTTTGTTCATACAAGCTTAATTCGAATTAAAATAA
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* * * * * * **
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1 TACTAATTTATTAATA--TTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGA
* * * * * ** *
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64 ATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC-AAATCATTATGACCTTTTGTT
** * * * * * * * *
47059 TCATCAT-AAACAATTATATCAATTCATATAGGCTAATTCAAAAT-AAATAA
128 TTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAA
* * * * * *
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* * * * * **
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* * * * * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * *
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** * * * *
47528 AGCAAGTTTAAATAGTTATG-CTTGTTTGAAACAATTATTTATTTCAAAT-AGTTATGATCTTTT
63 AATAAGTTCAAATAGTTATGAC-TATTTG-AACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTT
* * * *
47591 G-TTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATGCAAGTTTATTCA-AACTAAAATAA
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* * ** * *
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* * * *
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* * * *
47774 GTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATGCAA-CATTATTCAAAATAAAATAA
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* * * * * *
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* * ** * * ** *
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* * * * *
47953 TTGTCATAAAACAATTGTTTCTTTTGAAAGAAGCTTATTCA-AATTAAAATAA
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* * * ***
48005 TACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAG----AGCTTTGAAAAATAAA-CGTGTTTGTTG
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* * *
48065 AACT-AGTTTAAATAGTTAAGACTATTAT-AACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTG
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* * * * *
48128 TTTAGTTATAAAACAATTATTTC-AGTTCATACAAACTTATTCAGAATAAAATAA
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** * * * * * * *
48182 TTGTAATTTATTAACATTTGAAAAATTAATGAGCAAGAGATTTAAAAAATATAAATTTATTTATC
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* * ** *
48247 GAACAAGTTTAAATAGATT-TGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAAGTTGTCATGACCTTTT
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* * *
48310 GTTTTATCATAAAACAATTGTTTC-ATTTCATAAAAACTTA-TTAGAAATAAAATAA
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* ** * ***
48365 TACTACTTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAACAAAAGATTT-AAAACTAAAGT-TGTTATTTT
1 TACTAATTTATTAATA-TT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA-TCTGTT-TACC
* * * * * *
48428 GAACT-AGTTCAAATAGTTATGAATATTTGAACAAATATCAATCTCAAATCATTATGATC-TTTC
62 GAA-TAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
* * * * * * **
48491 TTTTCTCATAAAACAATCTTTTTTTATCATACAAACAATCTTTTTTTATCATACAAACTTATA
126 TTTTGTCATAAAACAAT-TGTTTCTAT--T-CATACAAGC-TTATTTAGAATA-AAA--TA-A
* * * * * * *
48554 TGGACAAAGTAATACTAAT-TTAATAATATTCCAAACATTAGTGAGAGATTTAAAAAATAAATAT
1 T--ACTAA-T-TTATTAATATTAA-AA-ATT----A-ATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCT
* ** * ** * * * * *
48618 ATTCGCTGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTAAC
55 GTTTACCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* * * * * * *
48683 CTTTTATTTAGTCCTATAATAATTGTTTC-AGTTTATACATGCTTATTT-GAAATAAAATAA
120 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTAG-AATAAAATAA
* * * * * * *
48743 TACTAATTTATTAACATTCCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTCGAAAAGATAAATGTGTTTATCG
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* *
48808 AATAAGTTCAAAGAGTTATGACTATTTGAACAATTATC-AGTTTAAAATCATTATGACCTTTTGT
63 AATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATCATTATGACCTTTTGT
* ** * **
48872 TTTGTCAT-AAACAATTGTTT-TAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAAGGAAATAA
127 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAA
* * * * * * * **
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*
48989 ATAAGTTCAAATAATTATG
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49008 GCCATTGAAA
Statistics
Matches: 4253, Mismatches: 920, Indels: 573
0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
161 4 0.00
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* * ** * * ** ** * *
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** * ** * * * *
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** * * * * * *
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* * * ** * * * *
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312 AACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATATTAATTTATTAATA-TTCCA
* * * * *
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375 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAA-CAAGTTCAAATAGTT-AGA
* * ** * * * *
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* * * * *
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503 -TATTCATACAA-CTTATTCA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-AGAAAATTAATAAG
* * * * * *
43939 AAAAAGATTCAAAAAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATTG-CAATTTGAACA
564 TAAAAGATT-TAAAAAATAAATATATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTA-TGACTATTTGAACA
** ** * ** ** ** * * * *
44003 ATTGCCGTATTT--AGGCTTTAAAACCTTTTGACTTGCCACAAAACAAAT-TTTTAGTTAATACA
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691 AGCTTA-TTCGAATAAAATAA
** * * * *
44086 TA-TAAATTTATTAATATTAAGATAATTAATTAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCG
1 TACT-AATTTATTAATATTTTGAAAATTAA-TAGTAAGAGATTTTAAAAATAAATATGTTTA--A
* * * * ** * * ** * *
44150 AATAAGTTCAAATCGTTATGACTATTTGAGCAATTATTTATTTC-AACTTATTATGACTTTTTCT
62 AAAAAGTTC-AATAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAATCGTTATGACCTTTTGT
* * * * * * ** *
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126 TTTATCATAAAACAATTATTTCTATTCATAC-AACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATT
** * * * * * *
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190 AATATTTCAAAAATTAAT-AGTAAGAGATTTAAAAAA-AAATTTATTTACCAAACAAGTTCAAAT
* * * * * * *
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253 AGTTATAACTATTTGAAT-ATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-ATTTTAT--TTTGTCATCAAA
* * ** * * * * **
44408 TAATTATTT-TAGTTCATATTACCTTATTTGAAGTAAAATAATATTGATTTATTAATATTTTAAA
314 CAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCCAAA
* * * ** * * *
44472 AATTAATGAGTAAGAAATTTGAAAAAGGAATTTGTTTATCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTA
377 AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTA-GACTA
* * * * ** * * * ** *
44537 TCTAAACAATTACCTATTTCAAAACATTATGGCCTTTCG-TTTATCTTAAAACAATTGGTTCTAT
441 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTATAT
** * * * *
44601 TCATGTAAGCTTATTTCGAACAAAACAATA-TAAATTTATTAATATTTTAG-AAATTAATAAGTT
506 TCATACAA-CTTA-TTCAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATA--TTAGAAAATTAATAAGTA
* * ** ** * * *
44664 AAA-ATTTAAAAAATAAATCTATTTTCTTAACTTGTTTAAAAATTTATGACTATTTGAACAATTA
566 AAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* ** * * * * * * *
44728 TTTATTTCAAATTGTTATGACCCTTTGTTTTGTTATAAACCAATTGTGTCTATTCATACAAGCTT
631 TCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTT
*
44793 ATTCATAATAAAATAA
696 ATTC-GAATAAAATAA
* * * * * *
44809 TATTAATTTATTAA-AATTTCAAAAGTTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATTTGTTTACCA
1 TACTAATTTATTAATATTTTGAAAA-TTAAT-AGTAAGAGATTTTAAAAATAAATATGTTTA--A
* ** * * * * * * * **
44873 GACGAGTTTAAATAGTTATAACTATTTGAACAGTTATTTATTTCAAAA-CATTATAAAATTTTGT
62 AAAAAG-TTCAATAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAATCGTTATGACCTTTTG-
* * * * *
44937 TTTTGTCATAAAATTAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTTATTC-GAATAAAATAATACT-ATTT
125 TTTTATCATAAAA-CAATTATTTCTATTCATACAA--CTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTT
* * ** * * * * ** * *
45000 ATTAA-ATATAATAAAATTAATGAGTTGGAAGACTTAAAAAAATTATCTGTTTA-CTGATATGTT
187 ATTAATATTTCA-AAAATTAAT-AGTAAG-AGATTTAAAAAAA-AATTTATTTACCAAACAAGTT
* * * * * * * * * * *
45063 GAAATAGTCACATCCATTTGACTATTATCT-TTTGAAAT-ATTATGACACTTTATTTGGTCGT-A
248 CAAATAGTTATAACTATTTGAATATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-ATTTTATTTTGTCATCA
* * * ** *
45125 AAAAAATGTTTTTATTCATACAATATT-TT-AGAA-AAAAT-AT-CTAATTTATTAATATT-CAA
312 AACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA-AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCCAA
* * *
45184 AAA-T--TAA-TAAGAGATTT-AAAACT-AATCTG-TTA-C-AACTAGTTCAAATTA-TTATG-T
376 AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAA-TAGTTA-GAC
* ** * * * * * * *
45238 TATTTAAACCGTTATCTATCTCAAATCA-TATGATC-TTTGTTTTGTTATAAATCATTTGTTTTT
439 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA-AT-TATTT
* * * * * * ** *
45301 CTATCCATACAAGCTTATTCGAAGTAAAAT-ATTCTAA-CTAATAATATTCTAAAATTAATAAGC
502 ATATTCATACAA-CTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTAGAAAATTAATAAGT
* * * * ** * * * *
45364 AATAGATTTAAAAAGTAAATGTGTTTGTCGAACCAGTTCAAATAGTTAAGAATATTAGAACAATT
565 AAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
* * * * *
45429 ATCTATTTCAAATCGTTCTGACCTTTTG-TTTAGTCATAAAATAATTGTTTTAGTTCATACATGC
630 ATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTA-TCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGC
*
45493 TTATTTTGAATAAAATAA
694 TTA-TTCGAATAAAATAA
* * * ** * * *
45511 T--TATTATTATTTAACA--TTCAAAATTAA-AACAA-AAATTTAAAAAATAAACAT-TTTACCG
1 TACTAAT-TTA-TTAATATTTTGAAAATTAATAGTAAGAGATTTTAAAAATAAATATGTTTA---
* * * * * *
45569 AACAAA-TTCAATAGTTATGACTA-TTGAACAATTATC--TTTCAAAATCATTATGACCTTTTTT
61 AAAAAAGTTCAATAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAATCGTTATGACCTTTTGT
* * * *
45630 TTTATTAATAAAA-AATT-TGTT-TAATTTCATAAAAGCTT-TATC-AAAT-AAATAATATTACT
126 TTTA-TCATAAAACAATTAT-TTCT-A-TTCATACAA-CTTAT-TCAAAATAAAATAATACTAAT
* ** * *
45689 TTATTAATATTTTAAAAATTAGA-AGTTGGCAGATTTAAAAAAATAAATTTA-TT--GAATCAA-
185 TTATTAATATTTCAAAAATTA-ATAGTAAG-AGATTT-AAAAAA-AAATTTATTTACCAAACAAG
* ** * * *
45749 TTC-AATA-TTGTGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAACTTTT-TTTTGTCA
246 TTCAAATAGTTATAACTATTTGAA-TATTATCTATTTCAAATCGTTATGAA-TTTTATTTTGTCA
* * * * *
45811 TAAAACAATTGTTT-TCA-TCATATAAGGCCTATTCGGAAT-GAATAAATATTAATTTATTAATA
309 TCAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAA-GCTTATTC-AAATAAAAT-AATATTAATTTATTAATA
* * * *
45873 TTTCAAAAATTAATGAGT-AGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTAGT-GAACTAGTTCCAAATAG
370 TTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-TCGAACAAGTT-CAAATAG
* * * * * *
45936 TTATACTA-TTGAACAATTATATATTTCAAATCATTATAACC-TTTCTTTTGTTATATAATAATT
433 TTAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
* * *
45999 ATTTATGTTCATTACAAGCTTATTCAAA-AAAATAATACTAATCTA-TAATATTATAAAAATTAA
498 ATTTATATTCA-TACAA-CTTATTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTA-GAAAATTAA
* * * * * * * * * * *
46062 TAACTAAGAGATTTTAAAAAAAAAAT-TGTTTGCCAAAC-AGTTCAAATAGTAAAGGCTGTATGA
560 TAAGTAAAAGA-TTTAAAAAATAAATATATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA
* * * *
46125 ATAATTATCTATTTTCGAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCAT
624 ACAATTATCTA-TTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTGTTCAT
* * * *
46190 ATAAGTTTGTTTGGAATAAAA-AA
688 ACAAGCTT-ATTCGAATAAAATAA
* *
46213 TATTAATTTATTAATATTTT-AAAATT-AT--TAAGAGA-TTTAAAATATAAATTTGTTTACCAA
1 TACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAGTAAGAGATTTTAAAA-ATAAATATGTTTA--AA
** * * * * *
46273 ACTAGTTCAATTAGTTATAACAATTTGAATAATTATTTATTT-TAAATCGTTATGACCATTTGTT
63 AAAAGTTCAA-TAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAATCGTTATGACCTTTTGTT
* * *** *
46337 TTATCATAAAACAATTATTTCTATTGATACAATTTTATTTGGAATAAAATAATGCTAATTTATTA
127 TTATCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAA-CTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTA
* * * ** ** * *
46402 ATA-TTCTAAAAATTAATAAGTAACAGATTTAAAAAATGAATTTGTTGGCTTGACCAA-TGCAAA
191 ATATTTC-AAAAATTAAT-AGTAAGAGATTTAAAAAA-AAATTTATTTAC-CAAACAAGTTCAAA
* * ** *
46465 TAGTTATATCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGCCCTTCTATTTTGTCA-CAAAA
252 TAGTTATAACTATTTGAA-TATTATCTATTTCAAATCGTTATG-AATTTTATTTTGTCATC-AAA
* * ** *
46529 CAAATGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGGAATAGCATAAT-TCTAATTTATTAATATTTCAAA
314 CAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATAT-TAATTTATTAATATTCCAAA
* * * *
46593 AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAACTAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAACAATTACGATTA
377 AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTA-GACTA
* ** * * *
46658 TTTGAACAATTACCTATTTCAAATCGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTCTAT
441 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTATAT
* * * *
46723 TCATACAACCTTATTTCAATTAAAATAATACAAATTTATTAATATTCAGATAATTAATAAATAAA
506 TCATACAA-CTTA-TTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-AGAAAATTAATAAGTAAA
* * * * * *
46788 AGATTTAAAAAATAACTATGTTTACCGAATAAATTCAAATAGTTGTGACTATTTGAACAATTATT
568 AGATTTAAAAAATAAATATATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * *
46853 TATTTCAAATCATTATGACTTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-TTTTTGTTCATACAAGCTTA
633 TATTTCAAATCATTATGAC-CTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTT-
46917 ATTCGAATTAAAATAA
696 ATTCGAA-TAAAATAA
* * * **
46933 TATTAATTTA-TAATATTTTGACAATTAATAAGTAACAGATTTTAAAAATAAATATGTTTATTGA
1 TACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAAT-AGTAAGAGATTTTAAAAATAAATATGTTTA-AAA
* * * * *
46997 AAACTTCGATAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAATTGTTATG-CCTTTTATTTC
64 AAAGTTCAATAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTT
* * * * * *
47061 ATCAT-AAACAATTATATCAATTCATATAGGCTAATTCAAAAT-AAATAATACTAATTTATTAAC
129 ATCATAAAACAATTATTTCTATTCATACA-ACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
*
47124 ATTTCAAAAATTAATGAGTAAGGAGATTTAAAAAAAAATTTATTTACCAAACAAGTTCCAATAGT
193 ATTTCAAAAATTAAT-AGTAA-GAGATTTAAAAAAAAATTTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGT
** * * * * * * *
47189 TATGGCT-TAT-AATATT-TCTATTTCAAATCATTATGATATTTTGTTTTATTATCAAATAATTA
256 TATAACTATTTGAATATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-ATTTTATTTTGTCATCAAACAATTG
* * *
47251 TTTCTGTTCATATAAGCTTATTTCAAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAAT
320 TTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAAT
* * * *
47316 AAAGTAA-A-ATTTTAAAAAATAAATATGTTT-TCTGAATACA-TTCAAATAGTTATGATTATCT
384 -AAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-GAACA-AGTTCAAATAGTTA-GACTATTT
* * * * * *
47377 GAATAATTAT-TATTTTAAATAATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTATATTCA
444 GAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTATATTCA
* * * *
47441 TACAAGTGTATTCAAAT-AAGTAATGCTAGTTTATTAATATTCCA-AAAATTAATAAGTAAAAGA
509 TACAACT-TATTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT--AGAAAATTAATAAGTAAAAGA
* * * * *
47504 TTT-AAAAATAAATCTAATTTACCGAGCAAGTTTAAATAGTTATG-CTTGTTTGAAACAATTATT
571 TTTAAAAAATAAATAT-ATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGAC-TATTTG-AACAATTATC
* * * * *
47567 TATTTCAAAT-AGTTATGATCTTTTG-TTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATGCAAGTTTA
633 TATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTA
*
47630 TTCAAACTAAAATAA
697 TTCGAA-TAAAATAA
* * * *
47645 TACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTGCTTACCAA
1 TACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATA-GTAAGAGATTTTAAAAATAAATATGTTTA--AA
* * *
47710 AATAAGTTCAAATAGTCATATCTATATGAATAATTATCTATTTCAAAA-CATTATGACCTTTTTT
63 AA-AAGTTC-AATAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAATCGTTATGACC--TTTT
* * * *
47774 GTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATGCAACATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTA
124 GTTTTATCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAC-TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTA
** * ** * * * *
47839 TTAATATTTTGAAAATT-A-A-TAAGAGATCTAAATACTAAATCTATTTATCGAAA-TAGTTTAA
188 TTAATATTTCAAAAATTAATAGTAAGAGATTTAAA-AAAAAATTTATTTA-CCAAACAAGTTCAA
* * * *
47900 ATAGTTATTACTATTTGAATGATTATCTATCTCAAATCGTTATGAAGTTTATTTTGTCATAAAAC
251 ATAGTTATAACTATTTGAAT-ATTATCTATTTCAAATCGTTATGAATTTTATTTTGTCATCAAAC
* * * * * *
47965 AATTGTTTCTTTTGAAAGAAGCTTATTCAAATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAA
315 AATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAA-TAAAATAATATTAATTTATTAATATTCCAAAAA
* * * * * *
48030 -T--TAA-TAAGAGCTTTGAAAAATAAA-CGTGTTTGTTGAACTAGTTTAAATAGTTAAGACTAT
379 TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC-TGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTT-AGACTAT
* * *
48090 TAT-AACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTAGTTATAAAACAATTATTTCA-G
442 T-TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT-ATA
** * * * *
48153 TTCATACAAACTTATTCAGAATAAAATAATTGTAATTTATTAACATTTGAAAAATTAATGAGCAA
505 TTCATAC-AACTTATTCA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTAG-AAAATTAATAAGTAA
* * * *
48218 GAGATTTAAAAAATATAAATTTATTTATCGAACAAGTTTAAATAGATT-TGACTATTTGAACAAT
567 AAGATTT-AAAAA-ATAAATATATTTACCGAACAAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAAT
** * * *
48282 TATCTATTT-AAAGTTGTCATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAT-TTCATAAAA
629 TATCTATTTCAAA-TCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTT-TTGTTCATACAA
* *
48345 ACTTATTAGAAATAAAATAA
692 GCTTATTCG-AATAAAATAA
* ** ** * * *
48365 TACTACTTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAACAAAAGA-TTTAAAACTAAAGT-TGTTATTTT
1 TACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAAT-AGTAAGAGATTTTAAAAATAAA-TATG---TTTA
* ** * * * * * * *
48428 GAACTAGTTCAAATAGTTATGAA-TATTTGAACAAATATCAATCTC-AAATCATTATGATC-TTT
61 AAAAAAGTTC-AATAGTCAT-AACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAATCGTTATGACCTTTT
* * * * *
48490 CTTTTCTCATAAAACAATCTTTTTTTATCATACAAACAATCTTTTTTTATCATACAAACTTATAT
124 GTTTTATCATAAAACAAT-TATTTCTAT--T-CATACAA-C-----TTAT--T-C-AA---A-AT
* * * * *
48555 GGACAAAGTAATACTAATTTAATAATATTCCAAACA-T--TAGTGAGAGATTTAAAAAATAAATA
171 --A-AAA-TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAGTAAGAGATTTAAAAAA-AAATT
** ** * * * *
48617 TATTCGCTGAACCAGTTCAAATAGTTA-AGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCT-
231 TATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATA-ACTATTTGAAT-ATTATCTATTTCAAATCGTTATG
* * * * * *
48680 AACCTTTTATTTAGTCCT-ATAATAATTGTTTC-AGTTTATACATGCTTATTTGAAATAAAATAA
294 AA--TTTTATTTTGTCATCA-AACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAA
* * * * * *
48743 TACTAATTTATTAACATTCCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTCGAAAAGATAAATGTGTTTATCG
354 TATTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATT-TAAAAAATAAATCTGTTTATCG
* * * *
48808 AATAAGTTCAAAGAGTTATGACTATTTGAACAATTATC-AGTTTAAAATCATTATGACCTTTTGT
418 AACAAGTTCAAATAGTTA-GACTATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATCATTATAACCTTTTGT
* * * *
48872 TTTGTCAT-AAACAATTGTTT-TAGTTCATAAAAGCTTATCCAAA-AGGAAATAATACTACTTTA
481 TTTGTCATAAAACAATTATTTATA-TTCATACAA-CTTATTCAAATA--AAATAATACTAATTTA
* * * * * * * * ** *
48934 TTATTATTTTGAAAGTTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTGACTAAATAAGTTCAA
542 TTAATA-TTAGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCGAACAAGTTCAA
* * * * * * *
48999 ATAATTATGGCCA-TTGAAACAACTATTTATTTCCAAATTA-TATTG-CCTTTTG-TCTATCAT-
606 ATAGTTATGACTATTTG-AACAATTATCTATTT-CAAATCATTA-TGACCTTTTGTTTTATCATA
* **** * * ** * *
49059 AAACCATTGTTTTTAAAAAATA-AATCTT-TT-TACCAAACTAG
668 AAACAATTGTTTTT-GTTCATACAAGCTTATTCGAATAAAATAA
* * * *** * * **
49100 TTCAAATAGTTA-TAACTA-TTTGAACAATTATCTA-TTTCATATTATTATAACAT-TTTAT-TC
1 TACTAAT--TTATTAA-TATTTTGAA-AATTA-ATAGTAAGAGATT-TTA-AAAATAAATATGT-
* * * *
49160 TATAATAAAAAATTGTTTC--TATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTT-AGT
58 T-T-A-AAAAAA--G-TTCAATAGTCAT--AA-C-TATTTG-AAT--AATTAT-CT-ATTTCA-A
* ** * * * ** *
49222 AAT-ATTATGAAAAATTAATAACTAAGAAATTTA--A-AAAATAAATATGTTTGCTGAACCAATT
107 AATCGTTATG--ACCTT--T---T--G--TTTTATCATAAAA-CAAT-TATTT-CT-ATTC-ATA
** ** * ** *
49283 CAAACAGTTAAGACTACTATGAACAATTATTTAACTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
156 C-AAC--TT-ATTC-AAAAT-AA-AA-TA-AT-ACT--AA---TT-T-A---TTAATATT-TC--
* * * * * ** * *
49348 AAAATAATTATTTTAGCTTGTAGAAATTTATTCAGAATATAGTAAAACTAATTTA-TTAA-TATT
198 -AAA-AATTA--ATAG--T-AAGAGA--T-TT-A-AA-A-A--AAAATTTATTTACCAAACAAGT
* * ** * * * *
49411 TCAAAAATTTATAAGAGATTTAGAAAATAATTCTATTTACAGAACCAGTTCAAAT-AATTATAAC
247 TCAAATAGTTATAA-CTATTT-GAATATTA-TCTATTT-CA-AATC-GTT---ATGAATT-TTA-
* * * ** * * * ** ** * *
49475 TATT-TAAAC-AATTATCTATTTCAAATCATTATTA-CTTTTTATTTTGTAATAAAACAATATTT
301 TTTTGTCATCAAACAAT-TGTTTCTATTCA-TACAAGC---TTA--TTCAAATAAAATAATATTA
* * *** * ** * *** * * *
49537 TTTTGTTAATA-T--AAGTTTGTTCAA-AA-TAA-A-ATAATACTAATTTCTTAATATTTATCAA
359 ATTTATTAATATTCCAA--AAATT-AATAAGTAAGAGAT-TTAAAAAATAAAT-CTGTTTATCGA
* * * * ** * * *
49595 ACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAGCATTTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTG
419 ACAAGTTCAAATAGTTA-GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTT
* ** * * * ** * * *
49660 TGTTATAAAACAATGGTTTTTGTTCATACAAGTTTATTTGGATTAAAATAATACCAATTTATCAA
483 TGTCATAAAACAATTATTTATATTCATACAA-CTTA-TTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
** ** * * * * *
49725 TATTTCAACAATTAATAACCAAAAAATTTAAAACATAAATAT-TCTCACCAAACTAGATT-AAAT
546 TATTAGAA-AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATAT-TTACCGAACAAG-TTCAAAT
* * * *
49788 AGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAA
608 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACA
** ** * *
49853 ATCATTTCGGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAA
673 ATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTC-GAATAAAATAA
* * * * * * *
49892 TATTAAGTTATCAATATTTTGAAAATTAATAATTAAGAGA-TTCAAACAATGAATTTGTTTAACG
1 TACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAAT-AGTAAGAGATTTTAAA-AATAAATATGTTTAA--
* * * * * * * * *
49956 AACAAGTTTAAATAATTATGACTGTTTGAACAATTATCTATTT-GAAATCGTTATAACCTTTTGT
62 AAAAAG-TTCAATAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAATCGTTATGACCTTTTGT
* * * * * * * *
50020 TTTGTCATAAAATGATTTTTTTTTCTATTCATTCAAGCTTATT-ATGAATAAAATAAGACAAATT
126 TTTATCATAAAA-CA--ATTATTTCTATTCATACAA-CTTATTCA-AAATAAAATAATACTAATT
* * * * * * *
50084 TATTAATA-TT-AAGACAATTAATAAGTAAAAGATCT---AATAAATCTA---CCCGACCAAGTT
186 TATTAATATTTCAA-A-AATTAAT-AGTAAGAGATTTAAAAAAAAATTTATTTACCAAACAAGTT
** * * * * * * *
50141 CAAATCTTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATA
248 CAAATAGTTATAACTATTTGAA-TATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-ATTTTATTTTGTCATC
* *** * * * *
50206 AAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGATTAAA-AATATTAATTTATTAACATTTCTA
311 AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCCAA
* * * * * * *
50270 CAAGTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATGGTCATGAGT
376 AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTA-GACT
* * * * *
50335 ATTTGAATAATTAAT-TATTTCAAATCATTGTGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCA
440 ATTTGAACAATT-ATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT-A
* *
50399 GT-TT-ATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATCCTA-AAAATTAATAA
503 -TATTCATACAA-CTTA-TTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT--TAGAAAATTAATAA
* * * * * *
50461 GTAAGAGAATTAAAAAATTAATCTATTTACC-AATCATGTTCAAATAGTTATGACTATCTGAACA
563 GTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * * *
50525 ATTATCTATTTCAAAACATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTGTTCATGCAA
627 ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAA
*
50590 GCTTATTTTGAATAAAATAA
692 GCTTA-TTCGAATAAAATAA
* * * * **
50610 TA-TAAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGCAA-AAATTTTAAAAATAAATATGTTTTCTG
1 TACT-AATTTATTAATATTTTGAAAATTAAT-AGTAAGAGATTTTAAAAATAAATATG-TTT-AA
* * * * * * *
50673 AACACGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT-TCATTTC-AAATTGTTATGACCTTTAG
62 AAAAAGTTC-AATAGTCATAACTATTTGAATAATTATCT-ATTTCAAAATCGTTATGACCTTTTG
* ** * * ** **
50736 TTTTGTCATAAGCCAATTGTTTC-ATTCATA-AA---A---AAATTGACTATTTTGAC-AA-TTA
125 TTTTATCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAACTTATTCAAAAT-AAAATAAT-ACTAATTTA
* * * * * ** ** * ** * * *
50791 -T-CTGTTTGAAATCACTATAACT-TTTTG-TTTTGTCATAAAATGATTTTTTTATTCATACAAG
188 TTAATATTTCAAA--AAT-TAA-TAGTAAGAGATT-T-AAAAAAAAATTTATTTA-CCAAACAAG
** * * * * ** ** *** *
50852 CTT-ATTTTG-AATAAAATAATACAA-ATTTAT-TAATATTCTAAA-AATTAAT-AAGTAAAAAT
246 -TTCAAATAGTTAT-AACTATTTGAATA-TTATCT-AT-TTC-AAATCGTT-ATGAA-TTTTATT
* * * * * * *
50911 TT-T-A-AAAATAAATATGTTTTCTGA-ACACGTTCAAATCTT-TATCACTATTTGAAAA-ATTA
303 TTGTCATCAAA-CAAT-TG-TTTCT-ATTCA--TAC-AAGCTTAT-TCA--A-AT-AAAATAATA
* * ****** * ** ***** *
50970 TTTATTTCAAATTGGTATGACTT-TTTGTTTTATCATAAAATAATTG-TTTCTGTCATACA--TG
356 TTAATTT---ATT--AAT-A-TTCCAAAAATTA--AT-AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTG
** * * **
51031 TTTATTTCGATTAACAAAATAATAATTTA-TTA-A-TATTTTG-ACAATTA-ATAAGT-AGAAT-
411 TTTA--TCG---AACAAGTTCA-AA--TAGTTAGACTA-TTTGAACAATTATCTATTTCA-AATC
* ** * * ** * * * *
51089 ATTTAAAAAATAAATATGCTTTTTGAACAAGTTCAACTAGTCATAATTAT-TTGA-ATAA-TTA-
466 A-TTATAACCT---TTTG--TTTTG-TC-A-TAAAAC-AAT--TATTTATATTCATACAACTTAT
** * * ** * * ** * * * *
51150 TCTATTTCAAATCATTGTGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTATTTTAGCTCATATAAGCTT
519 TC-AAATAAAATAATACT-A--ATTT-ATTAATATTAGAA-AATTA-ATAAG-T-A-A-AAG---
* * * *
51215 ATTTGAAATAAAATAATACTAATTTTTTAATATTCCAAAAATTAATGAGAAAGAGAATTAAAAAA
570 ATTT--AA-AAAATAA-A-T-A--TATT--TA--CC----------GA-ACA-AG--TTCAAATA
51280 GGAATCT-TGTTACCTAACATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATTATTATCTATTTCAAATC
609 -G--T-TATG--A-CT---A--TT----T-G--A--AC-------A--ATTATCTATTTCAAATC
* * * * * *
51344 ATTGTGACCTTTTGTTTTGTAAT-AAACAATTGTTTTAGTTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAA
644 ATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCG-AATAAAA
51408 TAA
708 TAA
* * * *
51411 TACTAATTTATTAATATTCT-AGAAATTAATGAGAAAGAGA-ATTAAAAATAAATCT-TGTTACC
1 TACTAATTTATTAATATTTTGA-AAATTAAT-AGTAAGAGATTTTAAAAATAAATATGT-TTA--
* * * * * * * * *
51473 AAACATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTTTTTTAAAAT-ATTATGACATTTTG
61 AAAAAAGTTC-AATAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAATCGTTATGACCTTTTG
* * ** * * * *
51537 TTTTCTTATAAAACAATTGCTTCTATTCATGCAAGCATATTTC-GAATAAAATAATA-AACATTT
125 TTTTATCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAA-CTTA-TTCAAAATAAAATAATACTA-ATTT
* * * * * * ** *
51600 ATTAATGTTTCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAACAAATATATTTTCTAAACATTTTCCA
187 ATTAATATTTCAAAAATTAAT-AGTAAGAGATTTAAAAAAAAATTTATTTACCAAACAAGTTCAA
* * * * * *
51664 ATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATGACATTTTGTTTTGTCAT-AAA
251 ATAGTTATAACTATTTGAA-TATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-ATTTTATTTTGTCATCAAA
* * * * * * * *
51728 CCAATTGTTTCTGTTCATAAAAGCTTCTTTGAAATGAAATAATACTAACTTATTAAAATTCCAAA
314 -CAATTGTTTCTATTCATACAAGCTT-ATTCAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCCAAA
* * * *
51793 AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATTGAGCAAGTTCAAATAGTTATGACTA
377 AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTA-GACTA
* *
51858 TTTGAACAAATTAT-TATTTCAAATCATTATGA--TTTTGTTTTGTCAT--AATAATTAGCTTTA
441 TTTGAAC-AATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTA--TTTA
* * * *
51918 TATTCATACAAGTTATTGAAAT-AGATAATA-T--TTTATT-ATATT-TAAAA-T--T---T---
503 TATTCATACAACTTATTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTAGAAAATTAATAAGTAAA
* ** * * * *
51968 -G-TTT-----GT---TATA-TTA--G--TTA--T-AAATAGTAATGTCCATTTGAACTATTATC
568 AGATTTAAAAAATAAATATATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * * * *
52015 TATAT-AAATGTTATTTAT-A-C-TTTGTTTGTA--ATAAAAAAATTGTTTTCTATTCATAAAAA
633 TATTTCAAA--TCA-TTATGACCTTTTGTTT-TATCATAAAACAATTGTTTT-TGTTCATACAAG
* * *
52074 ATTATTCAAACGAAAATAA
693 CTTATTCGAA-TAAAATAA
* *
52093 TACTAATTTATTAA-ATATTTCAACCCAATTAATA--AA-AGA--TTAAAAACTAAA-ATCTTTA
1 TACTAATTTATTAATAT-TTTGAA---AATTAATAGTAAGAGATTTTAAAAA-TAAATATGTTTA
* * * * * * **
52151 ATATTCGAACCAA-TTCAAATA-TTATGATTTTTTGAACAATTATCTATCTC-AAATAATTATGA
61 A-A----AA--AAGTTC-AATAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAATCGTTATGA
* * * * * * * * *** * *
52213 --TATT-TTTTGTTATAAAGCAATTGTTTTTGTTCATACGAGCTTAATTTGGAGTAAAATATTGA
118 CCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCTATTCATAC-AACTT-ATTCAAAATAAAATAAT-A
* * * * * *
52275 -TAAATTAATAATA-TTC------TAATA--AA-AGATTTAAAAAGTAAATGTGTTTGCCAAACT
180 CTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAGTAAGAGATTTAAAAA-AAAATTTATTTACCAAAC-
* ** * * * * **
52329 AA-TTCAAATAGATA-AGAAAATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTTTGACCTTTT-GCTT
243 AAGTTCAAATAGTTATA-ACTATTTGAA-TATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-ATTTTATTTT
* * * * * * *
52391 GCCAT-AAGATAGTAT-TTTCAATTCATGCATGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTA
305 GTCATCAA-ACAAT-TGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATATTAATTTATTA
** ** * * * * * *
52454 GCATT-CAGAAAATTAATAAACAACAAATTTTAAAAAATAAATTTCTTTATCAAACAAGTTAAAA
367 ATATTCCA-AAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAA
* * * * * * *
52518 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATAAATATGACCATTTGTTGTATCATAAAAC
430 TAGTTA-GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC
* * * * * *
52583 AATTTTTTCA-ATTTATAAAAGCTTATCTGAAATAAAATAATATTACTTTATTAATACTTCA-AA
494 AATTATTT-ATATTCATACAA-CTTAT-TCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TT-AGAA
* * * * *
52646 AATTGATATAGT-AGAGATTT---AAA-AAATACA--T--CGAACTAGTTCAAATAATTATTG-C
554 AATTAATA-AGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTA-TGAC
* * * ** * ** *
52701 CATTTGAATAATTATATATTTCAAATCATTACAAAC-TTT-TTTT-TCATAAATTAATTATTTTT
617 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTT
** * * *
52763 CATCATACAAGCCTATTTGGAATAAAATAG
682 GTTCATACAAGCTTA-TTCGAATAAAATAA
* * ** * * * * **
52793 TATTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATTGGAAGGAGA-TTT--AAA-AAATATATCT--ATC
1 TACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAGTAA-GAGATTTTAAAAATAAATATGTTTAAAAA
* * * * * * * * * * * *
52852 TA-CTGAACAGT--T-CCTATTTAAATAATTATCTATTT-TAAATTGTTGTAACATTTTGTTCTA
65 AAGTTCAATAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTA
* * * * * * *** *
52912 TCGTGAAATAATTGTTTCAATTCATATAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATA
130 TCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAA-CTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * * * * ** * * *
52977 TTCCCAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTGCTGAAGTAGGTT-AAACAAT
194 TTTCAAAAATTAAT-AGTAAGAGATTTAAAAAA-AAATTTATTTAC-CAAACAAGTTCAAATAGT
* * * * ** * * *
53041 TA-AGACTATATGAACAATTATCTATTTGAAATCATTATGACCGTTTGTTTTATCATAAAACAAT
256 TATA-ACTATTTGAA-TATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-ATTTTATTTTGTCATCAAACAAT
* * *
53105 TGTTT-TAGGTCATAGAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATT
318 TGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCCAAAAATT
* * * * * * *
53169 AATAAGT----TATTTAAAAAGTGAATTTGTTTATCGAATCCA-TTTAAATAATTATGA-TCATG
381 AATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAA-CAAGTTCAAATAGTTA-GACT-AT-
* ** * * *
53228 TT-ATCAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTGTTTTGTCATATAACAATTGTATTT-GA
442 TTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-T-TATTTATA
* * * ** * *
53291 -GCATTCAATTTTATTTGGAATACAATAATACT-ATTTATTAATCTTTTA-AAAATTAATAAGTA
505 TTCATACAA-CTTA-TTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAA--TATTAGAAAATTAATAAGTA
* * * * * * **
53353 AGAGA-TTAAAAAATAAAATCTATTTATCGAACTAGTTTAAACAGCAATGACTATTTGAACAATT
566 AAAGATTTAAAAAAT-AAATATATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
** * * ** * * *
53417 ATAAACTTGAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGCT
630 ATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCT
53482 TATTCGAAATAAAATAA
695 TATTCG-AATAAAATAA
* * * * * * * * * **
53499 TACTAATATAATAATATTATGAAAATTAAAAGCTAAGAGAATTAAAAAATAATTTTATTTGCCGA
1 TACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAG-TAAGAGATTTTAAAAATAAATATGTTT--AAA
** * * * * *
53564 ATCAGTTTCGATATTTA-AGACTATATGAACAATTATCTATTTC-AAATCGTTATGACCTTTTGT
63 AAAAG-TTCAATAGTCATA-ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAATCGTTATGACCTTTTGT
* * * ** ** *
53627 TTTGTCATAAAATAAGGTTTTTTGAATTCATA-ATAGCTTACTT-GGAATAAAATAA-AATGAAT
126 TTTATCATAAAACAA--TTATTTCTATTCATACA-A-CTTA-TTCAAAATAAAATAATACT-AAT
* * * *
53689 TTATTAATATTTCAAAAA-TATATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTCTATTTACCTATCCAGT
185 TTATTAATATTTCAAAAATTA-AT-AGTAAGAGATTTAAAAAAAAATT-TATTTACCAAACAAGT
* * * * * * * *
53753 TCAAATAATTATGATTATTTGAACAATTATCTATTCCAAATCATTATGACCTTTTTTTTTGTCAT
247 TCAAATAGTTATAACTATTTGAA-TATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-ATTTTATTTTGTCAT
* * * * ** * * * * * *
53818 AAAACAAATGCTTT-TGTTCATATAAATTTGTTCGGAATAAAGTAATACTAATCTATTAATATTT
310 CAAACAATTG-TTTCTATTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTC
* * * * *
53882 C--AAA-TACTAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACTATTTCAAATAGTTTTG
373 CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAG-TTAG
** * * * * * * * *
53943 ACTATTTGAGTAATTATTTATTTTAAATC-TTATGACTTTTTTGTTCTGTTATAAAATAATTGTT
437 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAAC-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATT
* * ** * * *
54007 TCTATTCATACATGCTTATTTGGACTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAG-CAATTGATA
501 TATATTCATACA-ACTTA-TTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA--TTAGAAAATTAATA
* * * * * * * * * *
54071 AGT-AAA-ATATAAAAAATAAATATGTTTACTGAACTAGATCAAATAATCATGATTTTTTGAATA
562 AGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * ** *
54134 ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAGAAATGTTTCAGTTCATATAA
627 ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAA
*
54199 GCTTATTCGAAATAAAACAA
692 GCTTATTCG-AATAAAATAA
* * * * * * * * *
54219 TACTAATTTATTAGTA-ATTAAAAATTAATAATAAAAAATTTTAAAAAGATGAATCTGTTTACTG
1 TACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAGTAAGAGATTTT-AAAA-ATAAATATGTTTA--A
* * * * * * * * * *
54283 AAAAAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-GAAATTGCTGTAACCTTTTGT
62 AAAAAG-TTCAATAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAATCGTTATGACCTTTTGT
* * * * * * *
54347 TTTGTTACAAAAGAATT-TTATCTATTCATACAATCTTATTTC-AAATAATATAATTCAAATTTA
126 TTTATCATAAAACAATTATT-TCTATTCATACAA-CTTA-TTCAAAATAAAATAATACTAATTTA
* * * *
54410 TTAATA-TT-AAGACAATTAAAAATGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTCTACCAAACAAGTT
188 TTAATATTTCAA-A-AATT-AATA-GTAAGAGATTTAAAAAA-AAATTTATTTACCAAACAAGTT
* * ** * * * ** * * *
54473 CAAATCGTTATGACTATTTGTTTAATTATTTATTTCAACTTGTTATGGCTTTTTGTTTTATCATA
248 CAAATAGTTATAACTATTTGAAT-ATTATCTATTTCAAATCGTTAT-GAATTTTATTTTGTCATC
* * * ***
54538 AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTAGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTG
311 AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA-AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCCA
* * * ** * * * *
54603 ACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGCCAAATAAGTTCAAATA-TTCAAAA
375 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTT-AGAC
** * * **
54667 TAAAATAATACTAATTTAT-TAATATTCCAAA-AATTAATAAGTTATTTAAAAAGTGAATCTGTT
439 T-ATTTGA-AC-AA-TTATCT-AT-TT-CAAATCATT-ATAA--CCTTT------TG----T-TT
* * * *** *
54730 TGTCA-AATCAATTCAAATAATTATGA-TCATGTTATCAATTATCTATTTCAAAT-TGTTATTAC
483 TGTCATAA--AA--CAATTATTTAT-ATTCA---TA-CAA--CT-TA-TTCAAATAAAATAATA-
** * * * * * ** * *
54792 CTTTTGTTTTGTCATA-TA-ACAATTGTATTTGAGCATTCAA-TTTTATTCAGAATATAATAATA
534 CTAAT-TTAT-TAATATTAGA-AAAT-TA-ATAAG--TAAAAGATTTA---A-AAAAT-A-AATA
** * * * * * * *
54854 TTATTTA-TTAATC--TTTTAAA-AATTAATAAGA-GATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAAC
586 -TATTTACCGAA-CAAGTTCAAATAGTT-AT--GACTATTTGAACAAT-TATCTA-TT-TC-AA-
* * * * * *
54914 TAGTTTAAATAGCAATGACCATTTGAACAATTATAAACTTCAAATTATTATAAC-CTTTTGTTTT
641 -A---T-CAT---TATGACCTTTTG-----TT-T-TA--TC--A-TA--A-AACAATTGT-TTTT
54978 G-TCATAAAACAAATGCTTTTGTTCATATAACTTTATTTGGAATAAAATAA
682 GTTCAT---AC-AA-GC-----TT-AT-T--C--------GAATAAAATAA
* * * *
55028 TACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAAGAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAA
1 TACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAA-TAGTAAGAGATTTTAAAAATAAATATGTTTA-AAA
* * ** * * *
55093 ACAGTTCAATTAGTTATAACTATTTGAACCATTATTTACTTT--AAATCATGATGA-CTATTTGT
64 AAAGTTCAA-TAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTA-TTTCAAAATCGTTATGACCT-TTTGT
* * * * * *
55155 TTTGTCATAAAAAAATTGTTTCTATTCATACAGTCTTATTCAAAATAAAGTAATGCTAATTTATT
126 TTTATCATAAAACAATTATTTCTATTCATACA-ACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATT
* * * * ** ** *
55220 AACA-TTCTAAAAATTAAAAAGTAACG-GATTTAAAAAATGAATTT-GTTAGCCTGATGAGTGCA
190 AATATTTC-AAAAATT-AATAGTAA-GAGATTTAAAAAA-AAATTTATTTA-CCAAACAAGTTCA
* * * * ** *
55282 AATAGTTATGACTGTCTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGATCATTTGTTTTATTG-CA-
250 AATAGTTATAACTATTTGAA-TATTATCTATTTCAAATCGTTATGA--ATTT-TATT-TTGTCAT
* *
55345 -AAACAATTGTTTCTATTCGA-ACAAGCTTATCTAAAATAAGATAAT-TCTAATTTATTAATATT
310 CAAACAATTGTTTCTATTC-ATACAAGCTTAT-TCAAATAAAATAATAT-TAATTTATTAATATT
* * * *
55407 CCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATGAATTTGTTTA-CTAAACAAGTTCAAATAGTTA
372 CCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-GAACAAGTTCAAATAGTTA
* * * *** * * *
55471 TGATTGTTTGAACAATTATCTATATCAAATTGCTATAACTTTTTGTTTTGTTATAAAACAGTT-T
436 -GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTAT
* * * * *
55535 TTTTATTCATACAAGCTTATTTTAAATAAAATAGTACAAATTTTTTAATATTCCA-AAAATTAAT
500 TTATATTCATACAA-CTTA-TTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT--AGAAAATTAAT
** ** *
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* * * * * * * *
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* *
55722 CAAGCCTATTTGAAATAAAATAA
689 CAAGCTTATTCG-AATAAAATAA
* *** * * * * *
55745 TACTAGTTTATTAATATTCCAAAAATTGATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT-TCATTTAGCG
1 TACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAAT-AGTAAGAGATTTTAAAAATAAATAT-GTTTA--A
** * * * * * * * * *
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62 AAAAAGTTC-AATAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAATCGTTATGACCTTTTGT
* * *** *
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* * ** *
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** * * * * * * *
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252 TAGTTATAACTATTTGAA-TATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-ATTTTATTTTGTCATCAAAC
** * ** * * ** ***
56065 AATTGTTTCTATTTGTGCAAAATTATTTAGAATAAAATAATACTAACCTATTAATATTTTGAAAA
315 AATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA-AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCCAAAAA
* * * *
56130 TT--T-A-TAAGAGATTTAAAAACTAAATATGTTTATGGAA-ACAGTTCAAACTA-TTATGATTA
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* * * * * * * * * *
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441 TTTGAACAATTATCTAT-TTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA-ATTATTTAT
* * * * * * ** *
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* * ** * * * * *
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* ** * * * * * **
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* *
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695 TATTC-GAATAAAATAA
* * *
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1 TA-CTAATTTATTAATATTTTG-AAAATTAAT-AGTAAGAGATTTTAAAAATAAATATGTTTA--
* * * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * ** * * * * ** *
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * *
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* * * * * * * * * * *
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* * *
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* * * * ** *
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* * * * * *
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* * *
57149 AAAGCTTATCCAAAATAAAATAA
689 CAAGCTTATTC-GAATAAAATAA
* * * * *
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1 TACTAATTTATTAATATTTTGAAAA-TTAATAGTAAGAGATTTTAAAAATAAAT-ATGTTTA--A
** * * ** * * ** * ** * *
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62 AAAAAGTTC-AATAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAATCGTTA-TGACCTTTTG
* * * * * ** *
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125 TTTTATCATAAAACAATTATTTCT-ATTCATACAA-CTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTA
** * * *
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188 TTAATATTTCAAAAATTAATAGTAAGAGATTTAAAAAA-AAATTTATTTACCAAACAAGTTCAAA
* * * * * * *
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252 TAGTTATAACTATTTGAA-TATTATCTATTTCAAATCGTTATGAA--TTTTATTTTGTCATCAAA
* * * * * *
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314 CAATTGTTTCTATTCATACAAG-CTTATTCA-AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCCA-A
* * ** * *
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376 AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTT-AGACT
* * * * * * * * *
57612 ATATAAACAATTATTTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGCTTTATTATAAAATAATTATTTCA-
440 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT-AT
** * * * * * * **
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504 ATTCATACAA-CTTAT-TC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTAGAAAA-TTAATAAGT
* * * * *
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565 AAAAGATTTAAAAAATAAAT-ATATTTACCGAACA-AGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACA
* * * * * * *** *
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627 ATTATCTA-TTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACA
57864 AGCTTATTCGAAATAAAATAA
691 AGCTTATTCG-AATAAAATAA
* * * * *
57885 AACTAATTTATTAATA-TTTCAAGAATT-A-A-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAA
1 TACTAATTTATTAATATTTTGAA-AATTAATAGTAAGAGATTTTAAAAATAAATATGTTTA--AA
* * ** * * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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252 TAGTTATA-ACTATTTG-A-ATATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-ATTTTATTTTGTCATCAA
* * * * * *
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* * * * * * *
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373 CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-GAACAAGTTCAAATAGTTA-
*
58323 GACTATTTGAACAATTATCAATTTCAAATCATTAT
436 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT
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*
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* * * * * *
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** * *
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* * *
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* ** * * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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** * * *
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* * * * * *
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* * * *
50263 ATTTCTACAAGTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAA
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * *
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1 -CA-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTT
* * *
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* * * * *
50623 ATATTCTAAAAATTAATAAGCAAAAATTTTAAAAATAAATATGTTTTCTGAA
128 ATATTC-AACAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAATAAATAT-TTTACCGAA
* *
50675 CACGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT-TCATTTCAAATTGTTATGACCTTTAGTTT
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**
50739 TGTCATAAGCCAATTGTTTC
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Statistics
Matches: 790, Mismatches: 157, Indels: 70
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Matches are distributed among these distances:
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183 3 0.00
184 54 0.07
ACGTcount: A:0.40, C:0.11, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (177 bp):
CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
TCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
TTCAACAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAATAAATATTTTACCGAA
Found at i:50409 original size:537 final size:539
Alignment explanation
Indices: 49598--50765 Score: 1376
Period size: 537 Copynumber: 2.2 Consensus size: 539
49588 TTATCAAACC
* * *
49598 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAGCATTTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTGTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGAC-TTTTGTTTTGT
* * * * * *
49663 TATAAAACAATGGTTTTTGTTCATACAAGTTTATTTGGATTAAAATAATACCAATTTATCAATAT
65 CATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATACCAATTTATCAACAT
* * *
49728 TTCAACAATTAATAACCAAAAAATTTAAAACATAAATATTCTCACCAAACTAGATTAAATAGTCA
130 TTCAACAAGTAATAACCAAAAAATTTAAAAAATAAATATTCTCACCAAACAAGATTAAATAGTCA
*
49793 TGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATCAT
195 TGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAAAAATCAT
* * ** *
49858 TTCGGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAAGTTATCAATATTTTGAAAATTAATA
260 TTCAGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAGTTATCAATATCCTAAAAATTAATA
* * * * * * * *
49923 ATTAAGAG-ATTCAAACAATGAATTTGTTTAACGAA-CAAGTTTAAATAATTATGACTGTTTGAA
325 AGTAAGAGAATT-AAAAAATGAATCTATTT-ACCAATCAAGTTCAAATAATTATGACTATCTGAA
* * * * * * **
49986 CAATTATCTATTTGAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATGATTTTTTTTTCTATTCA
388 CAATTATCTATTTCAAAACATTATAACATTTTGTTTTGTCATAAAA-CA--ATTGGTTCTATTCA
* *
50051 TTCAAGCTTATTATGAATAAAATAAGACAAATTTATTAATA-T-TAAGACAATTAATAAGTAAAA
450 TGCAAGCTTATTATGAATAAAATAAGACAAATTTATTAATATTCTAA-A-AATTAATAAGCAAAA
*
50114 GA-TCT-AAT-AA-AT-CTACCCGACCA
513 -ATTCTAAATAAATATGCTACCCGAACA
**
50137 AGTTCAAATCTTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGATCTTTTGTTTTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA-CTTTTGTTTTGT
* ** *
50202 CATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGATT-AAA-AATATTAATTTATTAACAT
65 CATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATACCAATTTATCAACAT
* ** * * * * *
50265 TTCTACAAGTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGT-TTATCGAACAAG-TTCAAATGGT
130 TTCAACAAGTAATAACCAAAAAATTTAAAAAATAAATAT-TCTCACCAAACAAGATT-AAATAGT
* * *
50328 CATGAGTATTTGAATAATTAAT-TATTTCAAATCATTGTGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAAT
193 CATGACTATTTGAATAATT-ATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAAAAAT
** * ** * *
50392 TGTTTCAGTTTATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATCCTAAAAATTA
257 CATTTCAGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAGTTATCAATATCCTAAAAATTA
* * *
50457 ATAAGTAAGAGAATTAAAAAATTAATCTATTTACCAATCATGTTCAAATAGTTATGACTATCTGA
322 ATAAGTAAGAGAATTAAAAAATGAATCTATTTACCAATCAAGTTCAAATAATTATGACTATCTGA
* *
50522 ACAATTATCTATTTCAAAACATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTGTTCATG
387 ACAATTATCTATTTCAAAACATTATAACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTATTCATG
* * * *
50587 CAAGCTTATTTTGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGCAAAAATTT
452 CAAGCTTATTATGAATAAAATAAGACAAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGCAAAAATTC
* ** *
50652 TAAAAATAAATATGTTTTCTGAACA
517 T--AAATAAATATGCTACCCGAACA
* * *
50677 CGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTCATTTCAAATTGTTATGACCTTTAGTTTTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA-CTTTTGTTTTGT
**
50742 CATAAGCCAATTGTTTC-ATTCATA
65 CATAAAACAATTGTTTCTATTCATA
50766 AAAAAATTGA
Statistics
Matches: 531, Mismatches: 83, Indels: 30
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
533 1 0.00
534 63 0.12
535 2 0.00
536 10 0.02
537 262 0.49
538 11 0.02
539 102 0.19
540 80 0.15
ACGTcount: A:0.40, C:0.11, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (539 bp):
AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTGTTTTGTC
ATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATACCAATTTATCAACATT
TCAACAAGTAATAACCAAAAAATTTAAAAAATAAATATTCTCACCAAACAAGATTAAATAGTCAT
GACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAAAAATCATT
TCAGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAGTTATCAATATCCTAAAAATTAATAA
GTAAGAGAATTAAAAAATGAATCTATTTACCAATCAAGTTCAAATAATTATGACTATCTGAACAA
TTATCTATTTCAAAACATTATAACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTATTCATGCAAG
CTTATTATGAATAAAATAAGACAAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGCAAAAATTCTAAA
TAAATATGCTACCCGAACA
Found at i:50979 original size:261 final size:262
Alignment explanation
Indices: 50522--51007 Score: 758
Period size: 261 Copynumber: 1.9 Consensus size: 262
50512 GACTATCTGA
* * * *
50522 ACAATTATCTATTTCAAAACATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTGTTCATG
1 ACAATTATCTATTTCAAAACACTATAACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTATTCATA
*
50587 CAAGCTTATTTTGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGCAAAAATTT
66 CAAGCTTATTTTGAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGCAAAAATTT
* *
50652 TAAAAATAAATATGTTTTCTGAACACGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTCATTTC
131 TAAAAATAAATATGTTTTCTGAACACGTTCAAATAGTTATCACTATTTGAAAAATTATTCATTTC
* *
50717 AAATTGTTATGACCTTTAGTTTTGTCATAAGCCAATTGTTTCATTCATAAAAAAATTGACTATTT
196 AAATTGGTATGACCTTTAGTTTTATCATAAGCCAATTGTTTCATTCATAAAAAAATTGACTATTT
50782 TG
261 TG
* * * * ** * *
50784 ACAATTATCTGTTTGAAATCACTATAACTTTTTGTTTTGTCATAAAATGATT-TTTTTATTCATA
1 ACAATTATCTATTTCAAAACACTATAACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTATTCATA
*
50848 CAAGCTTATTTTGAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAATTT
66 CAAGCTTATTTTGAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGCAAAAATTT
** *
50913 TAAAAATAAATATGTTTTCTGAACACGTTCAAATCTTTATCACTATTTGAAAAATTATTTATTTC
131 TAAAAATAAATATGTTTTCTGAACACGTTCAAATAGTTATCACTATTTGAAAAATTATTCATTTC
* *
50978 AAATTGGTATGACTTTTTGTTTTATCATAA
196 AAATTGGTATGACCTTTAGTTTTATCATAA
51008 AATAATTGTT
Statistics
Matches: 201, Mismatches: 23, Indels: 1
0.89 0.10 0.00
Matches are distributed among these distances:
261 157 0.78
262 44 0.22
ACGTcount: A:0.39, C:0.10, G:0.08, T:0.43
Consensus pattern (262 bp):
ACAATTATCTATTTCAAAACACTATAACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTATTCATA
CAAGCTTATTTTGAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGCAAAAATTT
TAAAAATAAATATGTTTTCTGAACACGTTCAAATAGTTATCACTATTTGAAAAATTATTCATTTC
AAATTGGTATGACCTTTAGTTTTATCATAAGCCAATTGTTTCATTCATAAAAAAATTGACTATTT
TG
Found at i:51079 original size:179 final size:182
Alignment explanation
Indices: 50773--51905 Score: 1039
Period size: 179 Copynumber: 6.3 Consensus size: 182
50763 ATAAAAAAAT
* * * * * * * **
50773 TGACTATTTTG-ACAATTATCTGTTTGAAATCACTATAACTTTTTGTTTTGTCATAAAATGATT-
1 TGACTA-TTTGAAAAATTATCTATTTCAAATTATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
* *
50836 TTTTTA-TTCATACAAGCTTATTTTG-AATAAAATAATACA-AATTTATTAATATTCTAAAAATT
65 TTTCTAGTTCATACAAGCTTA-TTTGAAATAAAATAATA-ATAATTTATTAATATTCCAAAAATT
* * **
50898 AATAAGTAAAA-ATTTTAAAAATAAATATGTTTTCTGAACACGTTCAAATCTTTA
128 AATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTTCTGAACATGTTCAAATAGTTA
* * ** * * *
50952 TCACTATTTGAAAAATTATTTATTTCAAATTGGTATGACTTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGT
1 TGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATTATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT
* * * *** *
51017 TTCT-G-TCATACATGTTTATTTCG-ATTAACAA-AATAATAATTTATTAATATTTTGACAATTA
66 TTCTAGTTCATACAAGCTTATTT-GAAATAA-AATAATAATAATTTATTAATATTCCAAAAATTA
* * * * *
51078 ATAAGTAGAATATTTAAAAAATAAATATGCTTTT-TGAACAAGTTCAACTAGTCA
129 ATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATG-TTTTCTGAACATGTTCAAATAGTTA
* * * * * * * *
51132 TAATTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTGTGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTAT
1 TGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATTATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT
* * * *
51197 TT-TAGCTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTTTTAATATTCCAAAAATTAAT
66 TTCTAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTCCAAAAATTAAT
* * ** * **
51261 GAG-AAAGAGAATTAAAAAAGGAATCTTGTTACCT-AACATGTTCAAATAGTTA
131 AAGTAAA-AGATTTAAAAAATAAAT-ATGTTTTCTGAACATGTTCAAATAGTTA
** * * * *
51313 TGACTATTTGAATTATTATCTATTTCAAATCATTGTGACCTTTTGTTTTGTAAT-AAACAATTGT
1 TGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATTATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT
* * * *
51377 TT-TAGTTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAGAAATTAAT
66 TTCTAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTCCAAAAATTAAT
* * * * **
51441 GAG-AAAGAGAATT-AAAAATAAATCT-TGTTACCAAACATGTTCAAATAGTTA
131 AAGTAAA-AGATTTAAAAAATAAATATGT-TTTCTGAACATGTTCAAATAGTTA
* * * * * * *
51492 TGACTATTTGAACAATTATCTTTTTTAAAATATTATGACATTTTGTTTTCTTATAAAACAATTGC
1 TGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATTATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT
* * * *
51557 TTCTA-TTCATGCAAGCATATTTCG-AATAAAATAATAA-ACATTTATTAATGTTTCAAAAATTA
66 TTCTAGTTCATACAAGCTTATTT-GAAATAAAATAATAATA-ATTTATTAATATTCCAAAAATTA
* * * * *
51619 ATAAGTAAAA-ATTT-AAAAACAAATATATTTTCTAAACATTTTCCAATAGTTA
129 ATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTTCTGAACATGTTCAAATAGTTA
* * *
51671 TGACTATTT-AAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAACCAATTG
1 TGACTATTTGAAA-AATTATCTATTTCAAATTATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
* * * * * *
51735 TTTCT-GTTCATAAAAGCTTCTTTGAAATGAAATAATACTAACTTATTAAAATTCCAAAAATTAA
65 TTTCTAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTCCAAAAATTAA
* * *
51799 TAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTAT-TGAGCAAGTTCAAATAGTTA
130 TAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTT-TCTGAACATGTTCAAATAGTTA
*
51852 TGACTATTTGAACAAATTAT-TATTTCAAATCATTATG--ATTTTGTTTTGTCATAA
1 TGACTATTTGAA-AAATTATCTATTTCAAATTATTATGACATTTTGTTTTGTCATAA
51906 TAATTAGCTT
Statistics
Matches: 791, Mismatches: 131, Indels: 64
0.80 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
177 1 0.00
178 14 0.02
179 329 0.42
180 247 0.31
181 187 0.24
182 12 0.02
183 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (182 bp):
TGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATTATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT
TTCTAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTCCAAAAATTAAT
AAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTTCTGAACATGTTCAAATAGTTA
Found at i:51376 original size:621 final size:623
Alignment explanation
Indices: 50191--51387 Score: 1404
Period size: 622 Copynumber: 1.9 Consensus size: 623
50181 TGTTATGATC
* * **
50191 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAAATATTAATT
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAATAAAAAATACAAATT
*
50256 TATTAACATTTCTACAAGTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTC
66 TATTAACATTTCTAAAAGTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTC
* * * * * * *
50321 AAATGGTCATGAGTATTTGAATAATTAATTATTTCAAATCATTGTGACCTTTTGTTTTGTAATAA
131 AAATCGTCATCACTATTTGAAAAATTAATTATTTCAAATCAGTATGACCTTTTGTTTTATAATAA
* * *
50386 AACAATTGTTTCAGTTTATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATCCTAA
196 AACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATCCTAA
* * * * *
50451 AAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATTAATCTATTTACCAATCATGTTCAAATAGTTATGACT
261 AAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAATATATTTACCAATCAAGTTCAAATAGTCATAACT
* *
50516 ATCTGAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTG
326 ATCTGAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGACATTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGATTCTG
* * *
50581 TTCATGCAAGCTTATTTTGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGCAA
391 CTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGCAA
* * * **
50646 AAATTTTAAAAATAAATATGTTTTCTGAACACGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATT
456 AAAATTAAAAAAGAAATATGTTACCTGAACACGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATT
** * *
50711 CATTTCAAATTGTTATGACCTTTAGTTTTGTCATAAGCCAATTGTTTCA-TTCATAAAAAAATTG
521 CATTTCAAATCATTATGACCTTTAGTTTTGTAATAAGACAATTGTTTCAGTTCATAAAAAAATTG
50775 ACTATTTTGACAATTATCTGTTTGAAATCACTATAACT
586 ACTATTTTGACAATTATCTGTTTGAAATCACTATAACT
** *
50813 TTTTGTTTTGTCATAAAATGATT-TTTTTATTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATACAAA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTA-TTTGAATAAAA-AATACAAA
* * * *
50877 TTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTTAAAAATAAATATGTTT-TCTGAACAC
64 TTTATTAACATTTCT-AAAAGTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATC-GAACAA
* * * ** * *
50939 GTTCAAATCTTTATCACTATTTGAAAAATTATTTATTTCAAATTGGTATGACTTTTTGTTTTATC
127 GTTCAAATCGTCATCACTATTTGAAAAATTAATTATTTCAAATCAGTATGACCTTTTGTTTTATA
* * * * *
51004 ATAAAATAATTGTTTCTG-TCATACATGTTTATTTCG-ATTAACAA-AATAATAATTTATTAATA
192 ATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTT-GAAATAA-AATAATAATAATTTATTAATA
** * * * *** *
51066 TTTTGACAATTAATAAGT-AGA-ATATTTAAAAAATAAATATGCTTTTTGAA-CAAGTTCAACTA
255 TCCTAAAAATTAATAAGTAAGAGA-A-TTAAAAAATAAATAT-ATTTACCAATCAAGTTCAAATA
* * * * * *
51128 GTCATAATTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTGTGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAA
317 GTCATAACTATCTGAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGACATTTTGTTTTGTAATAAAACAA
* * *
51193 TT-ATTTTAGCTCATATAAGCTTA-TTTGAAATAAAATAATACT-AATTTTTTAATATTCCAAAA
382 TTGATTCT-GCTCATACAAGCTTATTTTG-AATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTCCAAAA
* * * *
51255 ATTAATGAG-AAAGAGAATTAAAAAAGGAATCTTGTTACCT-AACATGTTCAAATAGTTATGACT
444 ATTAATAAGCAAA-A-AATTAAAAAAGAAAT-ATGTTACCTGAACACGTTCAAATAGTTATGACT
** * * *
51318 ATTTGAATTATTA-TCTATTTCAAATCATTGTGACCTTTTGTTTTGTAATAA-ACAATTGTTTTA
506 ATTTGAACAATTATTC-ATTTCAAATCATTATGACCTTTAGTTTTGTAATAAGACAATTGTTTCA
51381 GTTCATA
570 GTTCATA
51388 TAAGCTTATT
Statistics
Matches: 478, Mismatches: 80, Indels: 34
0.81 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
619 1 0.00
620 14 0.03
621 212 0.44
622 215 0.45
623 36 0.08
ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (623 bp):
TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAATAAAAAATACAAATT
TATTAACATTTCTAAAAGTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTC
AAATCGTCATCACTATTTGAAAAATTAATTATTTCAAATCAGTATGACCTTTTGTTTTATAATAA
AACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATCCTAA
AAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAATATATTTACCAATCAAGTTCAAATAGTCATAACT
ATCTGAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGACATTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGATTCTG
CTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGCAA
AAAATTAAAAAAGAAATATGTTACCTGAACACGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATT
CATTTCAAATCATTATGACCTTTAGTTTTGTAATAAGACAATTGTTTCAGTTCATAAAAAAATTG
ACTATTTTGACAATTATCTGTTTGAAATCACTATAACT
Found at i:51511 original size:360 final size:355
Alignment explanation
Indices: 50773--54635 Score: 1394
Period size: 360 Copynumber: 10.9 Consensus size: 355
50763 ATAAAAAAAT
* * * * ** *
50773 TGACTATTTTG-ACAATTATCTGTTTGAAATCACTATAACTTTTTGTTTTGTCATAAAATGATTT
1 TGACTA-TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTA
*
50837 TTTTATTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATA
64 TTTTATTCATACAAGCTTA-TTTGAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATA
* * * * * ** *
50902 AGTAAAAATTTTAAAAATAAATATGTTTTCTGAACACGTTCAAATCTTTATCACTATTTGAAAAA
128 AG-AAAAAATTTAAAAACAAATTTG-TTTCTAAACATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAA
* * * * * * *
50967 TTATTTATTTCAAATTGGTATGACTTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTCTG-TCATACATG
191 TTATCTATTTCAAATTGTTATGACATTTTGTTTTGTCAT-AAACAATTGTTTCTGTTCATAAAAG
* * * * *
51031 TTTATTTCG-ATTAACAA-AATAATAATTTATTAATATT-TTGACAATTAATAAG-TAGA-ATAT
255 CTTATTT-GAAATAA-AATAATACTAATTTATTAATATTCTAGA-AATTAATAAGAAAGAGA-A-
* * * *
51091 TTAAAAAATAAATATGCTTTTTGAACAAGTTCAACTAGTCA
315 TTAAAAAATAAATTTGCTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTA
* * * * *
51132 TAATTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTGTGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTAT
1 TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTAT
* * * * *
51197 TTTAGCTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTTTTAATATTCCAAAAATTAATG
65 TTTA-TTCATACAAGCTTATTTG-AATAAAATAATACAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATA
* ** * *
51262 AGAAAGAGAATTAAAAAAGGAATCTTGTTACCT-AACATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAT
128 AGAAA-A-AATTTAAAAACAAAT-TTGTT-TCTAAACATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAA
* ** * * * *
51326 TATTATCTATTTCAAATCATTGTGACCTTTTGTTTTGTAATAAACAATTGTTT-TAGTTCATATA
189 AATTATCTATTTCAAATTGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAACAATTGTTTCT-GTTCATAAA
*
51390 AGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAGAAATTAATGAGAAAGAGAATT-
253 AGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAGAAATTAATAAGAAAGAGAATTA
*** *
51454 AAAAATAAATCTTG-TTACCAAACATGTTCAAATAGTTA
318 AAAAATAAAT-TTGCTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTA
* * * *
51492 TGACTATTTGAACAATTATCTTTTTTAAAAT-ATTATGACATTTTGTTTTCTTATAAAACAATTG
1 TGACTATTTGAACAATTATC-TATTTCAAATCATTATGAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-
* * * * * *
51556 CTTCTATTCATGCAAGCATATTTCGAATAAAATAATA-AACATTTATTAATGTTTCAAAAATTAA
63 ATTTTATTCATACAAGCTTATTT-GAATAAAATAATACAA-ATTTATTAATATTCCAAAAATTAA
* * *
51620 TAAGTAAAAATTTAAAAACAAATATAT-TTTCTAAACATTTTCCAATAGTTATGACTATTT-AAA
126 TAAGAAAAAATTTAAAAACAAAT-T-TGTTTCTAAACATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAA
*
51683 CAATTATCTATTTAAAATTGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTGTTCATAA
189 -AATTATCTATTTCAAATTGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAA-CAATTGTTTCTGTTCATAA
* * * * * * *
51748 AAGCTTCTTTGAAATGAAATAATACTAACTTATTAAAATTCCAAAAATTAATAAGTAAA-AGATT
252 AAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAGAAATTAATAAG-AAAGAGAAT
* *
51812 TAAAAAATAAATTTGTTTATTGAGCAAGTTCAAATAGTTA
316 TAAAAAATAAATTTGCTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTA
*
51852 TGACTATTTGAACAAATTAT-TATTTCAAATCATTATGA-TTTTGTTTTGTCAT--AATAATTAG
1 TGACTATTTGAAC-AATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTA-
* * * **
51913 CTTTATATTCATACAAG-TTA-TTGAA-ATAGATAAT---ATTTTATT-ATATT--TAAAATTTG
64 -TTT-TATTCATACAAGCTTATTTGAATA-AAATAATACAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAA
** ** * *** * * * * * * * * *
51969 TTTG-TTATA-TTAGTTATAAA-TAGTAATGT--CCAT-TTGAACTA-TTAT--CTATAT-AAAT
126 TAAGAAAAAATTTAAAAACAAATTTGT-TTCTAAACATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAA
* * *** * * * ** * * *
52024 GTTATTTATACTT-TGTTTGTAATAAAAAAATTGTTTTCTATTCATAAA-AA----AT-TATTC-
190 ATTATCTAT--TTCAAATTGTTAT-GACATTTTG-TTT-T-GTCATAAACAATTGTTTCTGTTCA
* **
52081 --AAA-C------G----AAAATAATACTAATTTATTAAATATTTCAACCCAATTAAT---AAA-
249 TAAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATT-AATA-TTCTA-GAAATTAATAAGAAAG
* ***
52129 AG-ATTAAAAACTAAAATCTTTAATATTCGAACCAA-TTCAAATA-TTA
311 AGAATTAAAAAAT-AAAT-TTGCTTATT-GAA-CAAGTTCAAATAGTTA
* * * * * * * *
52175 TGATTTTTTGAACAATTATCTATCTCAAATAATTATGA-TATT-TTTTGTTATAAAGCAATTGTT
1 TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-AT
* * * * * *
52238 TTTGTTCATACGAGCTTAATTTGGAGTAAAATATTGATAAA-TTAATAATATT-C------TAAT
65 TTTATTCATACAAGCTT-ATTT-GAATAAAATAAT-ACAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAAT
* * * * * * * ** * *
52295 ---AAAAGATTTAAAAAGTAAATGTGTTTGCCAAAC-TAATTCAAATAGATAAGAAAATTAGAAC
127 AAGAAAAAATTTAAAAA-CAAATTTGTTT-CTAAACAT-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAA
* * * * * * * ** **
52356 AATTATCTATTTCAAATCGTTTTGACCTTTTG-CTTGCCATAAGATAGTAT-TTTCAATTCATGC
189 AATTATCTATTTCAAATTGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAA-ACAAT-TGTTTCTGTTCATAA
* ** ** *
52419 ATGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAGCATTC-AGAAAATTAATAA-ACAACA-AA
252 AAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAG-AAATTAATAAGA-AAGAGAA
** *
52481 TTTTAAAAAATAAATTT-CTTTATCAAACAAGTTAAAATAGTTA
315 --TTAAAAAATAAATTTGC-TTATTGAACAAGTTCAAATAGTTA
* * * * * *
52524 TGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATAAATATGACCATTTGTTGTATCATAAAACAATT-T
1 TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTAT
* * * ** * *
52588 TTTCAATTTATAAAAGCTTATCTGAAATAAAATAATATTACTTTATTAATACTT-CAAAAATTGA
65 TTT--ATTCATACAAGCTTATTTG-AATAAAATAATACAAATTTATTAATA-TTCCAAAAATTAA
* * * *** * * *
52652 TATAGTAGAGATTT--AAA-AAA--TACATC-GAAC-TAGTTCAAATAATTATTG-CCATTTGAA
126 TA-AGAAAAAATTTAAAAACAAATTTGTTTCTAAACAT-GTTCAAATAGTTA-TGACTATTTGAA
* * ** * * * * * * ** *
52709 TAATTATATATTTCAAATCATTA-CAAACTTT-TTTT-TCATAAATTAATTATTTTTCATCATAC
188 AAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAA-CAATTGTTTCTGTTCATAA
* * * * * * ** * *
52771 AAGCCTATTTGGAATAAAATAGTATTAATTTATTAAAATT-TCAAAAATTAATTGGAAGGAGATT
252 AAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AGAAATTAATAAGAAAGAGAAT
* *
52835 TAAAAAATATATCTAT-C-TACTGAAC-AGTTC---------
316 TAAAAAATAAAT-T-TGCTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTA
* * * ** * * * * * * * *
52865 ---CTATTTAAATAATTATCTATTTTAAATTGTTGTAACATTTTGTTCTATCGTGAAATAATTGT
1 TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTAT
* * * * *
52927 TTCAATTCATATAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCCAAAATTAATA
65 TT-TATTCATACAAGCTTATTT-GAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATA
* * * * * ** * * * * * *
52992 ACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTGCTGAAGTAGGTT-AAACAATTAAGACTATATGAAC
128 A-GAAAAAATTT-AAAAACAAATTTGTTT-CT-AAACATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAA
* ** ** * * *
53056 AATTATCTATTTGAAATCATTATGACCGTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTT-TAGGTCATAG
189 AATTATCTATTTCAAATTGTTATGACATTTTGTTTTGTCAT-AAACAATTGTTTCT-GTTCATAA
** * * ** *
53120 AAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAAT----AAGTTATTT
252 AAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAGAAATTAATAAGAAAGAGAATT
* * * * * * *
53181 AAAAAGTGAATTTGTTTATCGAATCCA-TTTAAATAATTA
317 AAAAAATAAATTTGCTTATTGAA-CAAGTTCAAATAGTTA
* ** * *
53220 TGA-TCATGTT-ATCAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTGTTTTGTCATATAACAATT
1 TGACT-AT-TTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-T
* * * ** * * * **
53283 GTATTTGA-GCATTCAATTTTATTTGGAATACAATAATAC-TATTTATTAATCTTTTAAAAATTA
62 -TATTTTATTCATACAAGCTTATTT-GAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTCCAAAAATTA
* * * * * * * * * * **
53346 ATAAGTAAGAGATTAAAAAATAAAATCTATTTATCGAAC-TAGTTTAAACAGCAATGACTATTTG
125 ATAAG-AAAAAATTTAAAAA-CAAATTTGTTTCT-AAACAT-GTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* ** * * * * * *
53410 AACAATTATAAACTTGAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCAT
186 AAAAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACATTTTGTTTTGTCAT-AAACAATTGTTTCTGTTCAT
* * * * * *
53475 ACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATATAATAATATTAT-GAAAATTAA-AAGCTAAGAG
250 AAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAG-AAATTAATAAG-AAAGAG
* ** *** * *
53538 AATTAAAAAATAATTTTATTTGCCGAATC-AGTTTC-GATATTTA
313 AATTAAAAAATAAATTTGCTTATTGAA-CAAG-TTCAAATAGTTA
* * * *
53581 AGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAGGTT
1 TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAA--TT
* * ** *
53646 -TTTTGAATTCATA-ATAGCTTACTTGGAATAAAATAAAATGAATTTATTAATATTTCAAAAA-T
63 ATTTT--ATTCATACA-AGCTTA-TTTGAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTCCAAAAATT
* * * ** * *
53708 ATATAAGTAAGAGATTTAAAAA-ATAATTCTATTTACCTATCCA-GTTCAAATAATTATGATTAT
124 A-ATAAG-AAAAAATTTAAAAACA-AATT-TGTTT--CTAAACATGTTCAAATAGTTATGACTAT
* * ** * * *
53771 TTGAACAATTATCTATTCCAAATCATTATGACCTTTTTTTTTGTCATAAAACAAATGCTTT-TGT
183 TTGAAAAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACATTTTGTTTTGTCAT-AAACAATTG-TTTCTGT
* * * * * * * * *
53835 TCATATAAA-TTTGTTCGGAATAAAGTAATACTAATCTATTAATATT-T-CAAA-TACTAA-TAA
246 TCATA-AAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAGAAATTAATAAGAAA
* * ** * * * *
53895 GAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACTATTTCAAATAGTTT
310 GAGAATTAAAAAATAAATTTGCTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTA
** * * * * * *
53941 TGACTATTTGAGTAATTATTTATTTTAAATC-TTATGACTTTTTTGTTCTGTTATAAAATAATTG
1 TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC--TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTA
* * * ** ** *
54005 TTTCTATTCATACATGCTTATTTGGACTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAGCAATTGAT
64 TTT-TATTCATACAAGCTTATTT-GAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAAT
* * * * * * * * * * *
54070 AAG-TAAAATATAAAAAATAAATATGTTTACTGAAC-TAGATCAAATAATCATGATTTTTTGAAT
127 AAGAAAAAAT-TTAAAAACAAATTTGTTT-CTAAACAT-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAA
** * * * * *
54133 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAGAAATGTTTCAGTTCATATA
189 AATTATCTATTTCAAATTGTTATGACATTTTGTTTTGTCAT-AAACAATTGTTTCTGTTCATAAA
* * * * * *
54198 AGCTTATTCGAAATAAAACAATACTAATTTATTAGTAAT-TAAAAATTAATAATAAA-A-AATTT
253 AGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAGAAATTAATAAGAAAGAGAA--T
* * * * * * *
54260 TAAAAAGATGAATCTGTTTACTGAAAAAGTTTAAATAATTA
316 TAAAAA-ATAAATTTGCTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTA
* *** * * * * *
54301 TGACTATTTGAACAATTATCTATTTGAAATTGCTGTAACCTTTTGTTTTGTTACAAAAGAATT-T
1 TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTAT
* * * *
54365 TATCTATTCATACAATCTTATTTCAAATAATATAATTCAAATTTATTAATATT--AAGACAATTA
65 T-T-TATTCATACAAGCTTATTT-GAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTCCAA-A-AATTA
* * * * * * *
54428 AAAATGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTCTACCAAACAAGTTCAAATCGTTATGACTATTTG
125 ATAA-G-AAAAAATTT-AAAAACAAATTTGT-TTCTAAACATGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
*** * * * * * *
54493 TTTAATTATTTATTTCAACTTGTTATGGCTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT
186 AAAAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACATTTTGTTTTGTCAT-AAACAATTGTTTCTGTTCAT
* * * * *
54558 ACAAGTTTATTT-AGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATT-TTGACAATTAATAAGTAAA-A
250 AAAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAGA-AATTAATAAG-AAAGA
*
54620 GATTTAAAAAATAAAT
312 GAATTAAAAAATAAAT
54636 ATGTTTGCCA
Statistics
Matches: 2632, Mismatches: 622, Indels: 496
0.70 0.17 0.13
Matches are distributed among these distances:
321 8 0.00
322 33 0.01
323 63 0.02
324 23 0.01
325 16 0.01
326 16 0.01
327 8 0.00
328 3 0.00
329 12 0.00
330 8 0.00
331 6 0.00
332 6 0.00
333 11 0.00
334 7 0.00
337 9 0.00
338 103 0.04
339 11 0.00
340 14 0.01
341 10 0.00
342 12 0.00
343 7 0.00
344 13 0.00
345 31 0.01
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347 22 0.01
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349 110 0.04
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359 173 0.07
360 454 0.17
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364 160 0.06
365 10 0.00
366 2 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (355 bp):
TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATT
TTATTCATACAAGCTTATTTGAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGA
AAAAATTTAAAAACAAATTTGTTTCTAAACATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATC
TATTTCAAATTGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAACAATTGTTTCTGTTCATAAAAGCTTATT
TGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAGAAATTAATAAGAAAGAGAATTAAAAAATAA
ATTTGCTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTA
Found at i:53951 original size:177 final size:178
Alignment explanation
Indices: 52932--54635 Score: 1221
Period size: 181 Copynumber: 9.5 Consensus size: 178
52922 ATTGTTTCAA
* * * *
52932 TTCATATAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCCAAAATTAATAACTAA
1 TTCATATAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TC-AAATTAATAAGTAA
* * * * * * *
52997 GAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT-GCTGAAGTAGGTTAAACAATTAAGACTATATGAACAATTA
64 GAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATC-GAACTAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTA
* * *
53061 TCTATTTGAAATCATTATGACCGTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTAG
128 TCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-G
* * ** *
53113 GTCATAGAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAA--AATTAA-TAAG
1 TTCATATAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAATTAA-TAAGTAAG
** * * * * * *
53175 TTATTTAAAAAGTGAATTTGTTTATCGAATCCA-TTTAAATAATTATGA-TCATGTT-ATCAATT
65 AGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAA-CTAGTTTAAATAATTATGACT-AT-TTGAACAATT
** * *
53237 ATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTGTTTTGTCATATAACAATTGTATTTG
127 ATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT-TTTG
** ** * * * *
53290 AGCAT-TCAATTTTATTTGGAATACAATAATACT-ATTTATTAATCTTTTAAAAATTAATAAGTA
1 TTCATAT-AAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-ATTT-CAAATTAATAAGTA
* ***
53353 AGAGA-TTAAAAAATAAAATCTATTTATCGAACTAGTTTAAACAGCAATGACTATTTGAACAATT
63 AGAGATTTAAAAAAT-AAATCTATTTATCGAACTAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATT
** * * ** * *
53417 ATAAACTTGAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTG
127 ATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTTG
* * * * *
53470 TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATATAATAATATTATGAAAATTAA-AAGCTA
1 TTCATATAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-T-CAAATTAATAAG-TA
* * * ** ** * * *
53534 AGAGAATTAAAAAATAATTTTATTTGCCGAA-TCAGTTTCGATATTTAAGACTATATGAACAATT
63 AGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACT-AGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATT
* *
53598 ATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAGGTT-TTTTG
127 ATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA--TTGTTTTG
* *
53651 AATTCATA-ATAGCTTACTT-GGAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTCAAAAATATATA
1 --TTCATATA-AGCTTA-TTCGGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTC-AAATTA-ATA
* * * * * * *
53713 AGTAAGAGATTTAAAAAATAATTCTATTTACCTATCCAGTTCAAATAATTATGATTATTTGAACA
59 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACTAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACA
* * *
53778 ATTATCTATTCCAAATCATTATGACCTTTTTTTTTGTCATAAAACAAATGCTTTTG
124 ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTG
** * * * *
53834 TTCATATAAATTTGTTCGGAATAAAGTAATACTAATCTATTAATATTTCAAA-TACTAA-TAAGA
1 TTCATATAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAATTAATAAGTAAGA
* * ** *
53897 GATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACTA-TTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAGTAATTATT
66 GATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACTAGTTT-AAATAATTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * * * *
53961 TATTTTAAATC-TTATGACTTTTTTGTTCTGTTATAAAATAATTGTTTCTA
130 TATTTCAAATCATTATGAC-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TG
* * * * * *
54011 TTCATACATGCTTATTTGGACTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAGCAATTGATAAGTAA
1 TTCATATAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA--AATTAATAAGTAA
* * * * * * * * *
54076 -A-ATATAAAAAATAAATATGTTTA-CTGAACTAGATCAAATAATCATGATTTTTTGAATAATTA
64 GAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATC-GAACTAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTA
* * *
54138 TCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAGAAATGTTTCAG
128 TCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TG
* * * ** *
54190 TTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAACAATACTAATTTATTAGTAATTAAAAATTAATAA-TAAA
1 TTCATATAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-ATTTCAAATTAATAAGTAAG
* * * **
54254 AAATTTTAAAAAGATGAATCTGTTTA-CTGAAAAAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATT
65 AGA-TTTAAAAA-ATAAATCTATTTATC-GAACTAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATT
* *** * * * * * *
54318 ATCTATTTGAAATTGCTGTAACCTTTTGTTTTGTTACAAAAGAATT-TTATCTA
127 ATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT-T-TG
* * * * * * ** *
54371 TTCATACAATCTTATTTC-AAATAATATAATTCAAATTTATTAATATTAAGACAATTAAAAATGT
1 TTCATATAAGCTTA-TTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCA-AATTAATAA-GT
* * * * * * * * ** ***
54435 AAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTCTACCAAACAAGTTCAAATCGTTATGACTATTTGTTTAATT
62 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACTAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATT
* * ** * * * *
54500 ATTTATTTCAACTTGTTATGGCTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTA
127 ATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TG
* * ** * * *
54553 TTCATACAAGTTTATTTAGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAA
1 TTCATATAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTCA-AATTAATAAGTAA
*
54618 AAGATTTAAAAAATAAAT
64 GAGATTTAAAAAATAAAT
54636 ATGTTTGCCA
Statistics
Matches: 1211, Mismatches: 248, Indels: 128
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
176 23 0.02
177 240 0.20
178 25 0.02
179 141 0.12
180 149 0.12
181 322 0.27
182 152 0.13
183 148 0.12
184 11 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (178 bp):
TTCATATAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAATTAATAAGTAAGA
GATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACTAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCT
ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTG
Found at i:55162 original size:180 final size:179
Alignment explanation
Indices: 54658--58357 Score: 2273
Period size: 180 Copynumber: 20.7 Consensus size: 179
54648 TAAGTTCAAA
* * ** *
54658 TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATT--AA-TAAGTTATTTAAAAAG
1 TATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAAAAGTAAGAGATTTAAAAAA
* * * * * *
54720 TGAATCTGTTT-GTCAAATCAATTCAAATAATTATGA-TCATGTT-ATCAATTATCTATTTCAAA
66 TAAATTTGTTTACT-AAA-CAGTTCAAATAGTTATGACT-AT-TTGAACAATTATCTATTTCAAA
** * * * * * **
54782 TTGTTATTACCTTTTGTTTTGTCATATAACAATTGTATT-TGA-GCATTCAATTT
127 TCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGT-TTCT-ATTCATACAAGCT
* * * * * *
54835 TATTCAGAATATAATAATA-TTATTTATTAATCTTTTAAAAATT--AA-TAAGAGATTTAAAAAA
1 TATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAAAAGTAAGAGATTTAAAAAA
* * * * ** * ** * *
54896 TAAATCTATTTA-TCGAACTAGTTTAAATAGCAATGACCATTTGAACAATTATAAACTTCAAATT
66 TAAATTTGTTTACT-AAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
* * *
54960 ATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGCTTT-TGTTCATATAA-CTT
129 ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATG-TTTCTATTCATACAAGC-T
** * *
55011 TATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAAGAAGTAAGAGATTTAAAAA
1 TATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAA-AAGTAAGAGATTTAAAAA
* * * *
55076 ATAAATTTGTTTACTAAACAGTTCAATTAGTTATAACTATTTGAACCATTATTTACTTT-AAATC
65 ATAAATTTGTTTACTAAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATC
*
55140 ATGATGA-CTATTTGTTTTGTCATAAAA-AAATTGTTTCTATTCATAC-AGTCT
129 ATTATGACCT-TTTGTTTTGTCATAAAACAAA-TGTTTCTATTCATACAAG-CT
* * * *
55191 TATTCAAAATAAAGTAATGCTAATTTATTAACATTCTAAAAATTAAAAAGTAACG-GATTTAAAA
1 TATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATT-AAAAGTAA-GAGATTTAAAA
* * ** * * *
55255 AATGAATTTG-TTAGCCTGATGAGTGCAAATAGTTATGACTGTCTGAACAATTATCTATTTCAAA
64 AATAAATTTGTTTA--CTAAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA
* * * * *** *
55319 TTATTATGATCATTTGTTTTATTGCAAAACAATTGTTTCTATTCGA-ACAAGCT
127 TCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTCTATTC-ATACAAGCT
* * * * *
55372 TATCTAAAATAAGATAATTCTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAA
1 TATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAA-AAGTAAGAGATTTAAAAA
* * * * *
55437 ATGAATTTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGATTGTTTGAACAATTATCTATATCAAATT
65 ATAAATTTGTTTACTAAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
** * * * * * *
55502 GCTATAACTTTTTGTTTTGTTATAAAAC-AGTTTTTTTATTCATACAAGCT
129 ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTCTATTCATACAAGCT
* * * * * *
55552 TATTTTAAATAAAATAGTACAAATTTTTTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA-A-AATTAAAAA
1 TATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAA-AAGTAAGAGATTTAAAAA
* * * * *
55615 A-AAAGGTT-TTT--TGAACATATTCAAATAGTTATGACTATTTGATCAATTATCTATTTCCAAT
65 ATAAA-TTTGTTTACTAAACA-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
* * * * * *
55676 -AGTTATGACCTTTTATTTTGTTAGAAACCAATTGTTTCTATTCATACAAGCC
128 CA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTCTATTCATACAAGCT
* * * * *
55728 TATTTGAAATAAAATAATACTAGTTTATTAATATTCCAAAAATTGATAAGTAAAAGATTTAAAAA
1 TATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATT-AAAAGTAAGAGATTTAAAAA
** * * * * *
55793 ATAAATTCATTTAGCGAGCAAC--TTCAAATAGTTATGACT-GTTGAACAATTGTTTATTTAAAA
65 ATAAATTTGTTTA-CTA--AACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA
* * * *
55855 T-AGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGTT
127 TCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTCTATTCATACAAGCT
*** * * *
55908 TATTGGGAATAAAAAAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAA
1 TATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAA-AAGTAAGAGATTTAAAAA
* * * * * *
55973 ATAAATCTATTTACTGAACAAGATCAAATAGTTATGTCAATTTGAACAATTATCTATTT-AAATC
65 ATAAATTTGTTTACTAAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
* * * ** * **
56037 ATTATGATCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTTGTGCAAAAT
129 ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTCTATTCATACAAGCT
* ** * * * *
56088 TATTTAGAATAAAATAATACTAACCTATTAATATTTTGAAAATT--TA-TAAGAGATTTAAAAAC
1 TATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAAAAGTAAGAGATTTAAAAAA
* * * *
56150 TAAATATGTTTA-TGGAAACAGTTCAAACTA-TTATGATTATTTAAACAATTATTTATCTT-AAA
66 TAAATTTGTTTACT--AAACAGTTCAAA-TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAA
* * * * ** * *
56212 TAATTATGATC-TTTATTTTGTCATAAAATAGTTTGTTTCTTTTTATACAAGCT
127 TCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA-AATGTTTCTATTCATACAAGCT
* * * * * * * *
56265 TATTCAGATTAAAATAATATTAAATTAATAATATTCCAAAAATT--AA-TAAAAGATTT-AAAAA
1 TATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAAAAGTAAGAGATTTAAAAAA
* * * * * *
56326 TAAATGTGTTT-GTCAAATC-GATTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATTTATTTCAAAT
66 TAAATTTGTTTACT-AAA-CAG-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
** * * * * * * *
56389 TGTTCTGACCTTTAGTTTAGTCATGAAATAATTATTTC-AGTTCATACAAGCT
128 CATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTCTA-TTCATACAAGCT
* * * * * *
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1 TATTTAAAATAAAATAATA-CTAATTTATTAATAT-TCTAAAAATTAA-AAGTAAGAGATTTAAA
* * *
56502 AAA-AAA-TTGTTTA-TCAAACAAGTTGAAATAGAT-TGACTATTTAAACAATTATCTATTT-AA
63 AAATAAATTTGTTTACT-AAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
* ** * * *
56562 AGTCATTACGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACATTTGTTT-TAGTTCAAAAAAACT
126 A-TCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTCTA-TTCATACAAGCT
* * * * * * * * * *
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1 TATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTA-AAAGTAAGAGATTTAAAAA
* * ** * * * * *
56682 CTAAAGTTGTTTTTTGCACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATCAATCTT-AAAT
65 ATAAATTTGTTTACT-AAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAAT
* * *
56746 -AGTTATGATCC--TTATTTTGTCATAAAA-AAATTGTTTCTAATCATACAAGGT
128 CA-TTATGA-CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAA-TGTTTCTATTCATACAAGCT
* * * *
56797 T-TTTTAGATAAAAATAATATTAATTTAATAATATTCTAAAAATT--AA-TAAGAGATTTAAAAA
1 TATTTAAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAAAAGTAAGAGATTTAAAAA
* * * * * * * *
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* * * * * * * * *
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129 ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTCTA-TTCATACAAGCT
* * * *
56972 TAATCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TGAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTGAAA
1 TATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAA-AAGTAAGAGATTT-AAA
* * *
57036 AATTAAATCTT-TTTACTAAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAA
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* * * * * * *
57100 ATCGTTACGACCTTTTTATTTTGTCATAAAAC-CATTTTTTTAGTTCATAAAAGCT
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** * * *
57155 TATCCAAAATAAAATAACACTATTTTATTAATATT-TCAAAAGTT--AA-TAAGAGATTTAAAAA
1 TATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAAAAGTAAGAGATTTAAAAA
*** * * * * * ** * *
57216 ATAAATCAATTTACCAAATTAGTTCAAATAATTATGGCCATTTGAACAGCTACCTATTTCAAATT
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* * * * * * * *
57281 ATTATTG-CTTTTTATTTTTTCTTAAAACAATTGTTTTTCAAT-ATACAATCT
129 ATTA-TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTCT-ATTCATACAAGCT
* * **
57332 TATTTGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATT-TCACTAATT--AA-TAAGAGATTTAAAAA
1 TATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAAAAGTAAGAGATTTAAAAA
* * * * * *
57393 ATAAATCTATTTACCAAACTAGTTTAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATT
65 ATAAATTTGTTTACTAAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
* * * * * * * *
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* *
57509 TATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAGTAATATTC-ATAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAA
1 TATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTA-AAAATTAA-AAGTAAGAGATTTAAAA
* * ** * * * * * *
57572 AATAAATCTGTTTACCCAATTAGTTCAAACAATTAAGACTATATAAACAATTATTTATTTCAAAT
64 AATAAATTTGTTTA-CTAAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
* * * * * * * * *
57637 TATTATGACCTTTTGCTTTATTATAAAATAATTATTTC-AGCTCATATAAGCT
128 CATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTCTA-TTCATACAAGCT
** * * * * * *
57689 TATCCCAAAAAAAAATAATATTACTTCATTAATATT-TCAAAAGTT--AA-TAAGGGATTTAAAA
1 TAT-TTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAAAAGTAAGAGATTTAAAA
** * * * * * *
57750 AATAAATCAGTTTACTGAAATAGTTCAAATAAG-TATGCCCATTTGAACAACTACCTATTTTCGA
64 AATAAATTTGTTTACT-AAACAGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTTCAA
* * * * * *
57814 ATCATTATTACCTTTTGTTTTATCTTAAAACAATTGATTT-TCA-ACATTCAAGCT
126 ATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATG-TTTCT-ATTCATACAAGCT
** * *
57868 TATTCGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATT-TCAAGAATT--AA-TAAGAGATTTAAAAA
1 TATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAAAAGTAAGAGATTTAAAAA
* * * * * * * * *
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65 ATAAATTTGTTTACTAAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
* * ** * * * * * * * *
57994 GTTATAACCTTTTGTCCTATCATAAAACAATTATTTTTGTTCTTATAGGCT
129 ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTCTATTCATACAAGCT
* ** * * *
58045 TCTTCGAAATAAAATAATACTAATTTAGTAGTATTCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTTAAAA
1 TATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAA-AAGTAAGAGA-TTTAAAA
* * * * * * * *
58110 AATAAATCTATTTGCCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGTACAATTATTTATTTCAAAT
64 AATAAATTTGTTTACTAAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
** * * * *
58175 TGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAGCAATTATTTC-AGCTT-ATATAAGCT
128 CATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTCTA--TTCATACAAGCT
* * * * ** *
58227 TATTCAAAATAGAATAAAACTAATTTATTAAT-TGT-TCAAAATT--TTGTAAGAGATTTAGAAA
1 TATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT-TCTAAAAATTAAAAGTAAGAGATTTAAAAA
* * * * *
58288 ATAATTTTATTTACTGAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCAATTTCAAATC
65 ATAAATTTGTTTACT-AAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
58353 ATTAT
129 ATTAT
58358 TACTAATTTA
Statistics
Matches: 2779, Mismatches: 591, Indels: 306
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Matches are distributed among these distances:
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174 50 0.02
175 137 0.05
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184 3 0.00
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Consensus pattern (179 bp):
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TAAATTTGTTTACTAAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
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Found at i:55788 original size:356 final size:357
Alignment explanation
Indices: 54658--58351 Score: 2306
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* *
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* * * * * *
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* * * * * * ** *
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* * * **
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* * ** * ** * *
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* * * * *
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** *** *
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1 TATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA
* * * *
55076 ATAAATTTGTTTACTAAAC-AGTTCAATTAGTTATAACTATTTGAACCATTATTTACTTT-AAAT
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** * * * * **
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * *
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1 TATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA
* * * *
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66 ATAAATTTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATT
* * * * *
55502 GCTATAACTTTTTGTTTTGTTATAAAACAGTTTTTTTATTCATACAAGCTTATTTTAAATAAAAT
131 GTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAAT
* * * * * **
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* *
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* * *
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326 TCAGAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCT
* * * *
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1 TATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA
** * * * * * * *
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66 ATAAATTTGTTTA-CTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
* * * * *
55856 AGTTATGA-TCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGTTTATTGGGAATAA
130 TGTTATGACT-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAA
* * *
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193 AATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTA--AGATTTAAAAAA-AAATCT-TTT
* * * * *
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* * * ** * **
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317 TTTATTTTGTCAGAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCT
* ** ***
56088 TATTTAGAATAAAATAATACTAACCTATTAATATTTTGAAAATT--T-A-TAAGAGATTTAAAAA
1 TATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA
* * * * *
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** * * * * * * *
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* * * * * *
56273 TTAAAATAATATTAAATTAATAATATTCCAAAAATTAATAA--AAGATTTAAAAATAAATGTGTT
189 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGATTTAAAAAAAAATCT-TT
* * * * * * * * *
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253 TTTGAACATAG-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCT
* * *
56399 TTTAGTTTAGTCATG-AAATAATTATTTC-AGTTCATACAAGCT
317 TTTA-TTTTGTCA-GAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCT
* * * * * *
56441 TATTCAAAACAAAATAATAGC-AATTTATTAACATAT-GAAAAATTAATGAGTAGGAGA-TT-AA
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* * *
56502 AAA-AAA-TTGTTTA-TCAAACAAGTTGAAATAGAT-TGACTATTTAAACAATTATCTATTT-AA
64 AAATAAATTTGTTTACT-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
** * * * * * *
56562 AGTCATTACGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-ATTTGTTTTAGTTCAAAAAAACTTATCTGAAA
128 A-TTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTT-TTTTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAA
* * * * *** * * * *
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190 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG-TA-AGATTTAAAAA--AAA-ATC
* * *
56691 TTTTTTGCACCA-A-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATCAATCTT-AAATAGTTATG
250 TTTTTTG-AACATAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAATAGTTATG
* * * *
56753 ATCC--TTATTTTGTCATAAAAAAATTGTTTCTAATCATACAAGGT
313 A-CCTTTTATTTTGTCAGAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCT
* * * * *
56797 T-TTTTAGATAAAAATAATATTAATTTAATAATATTCTAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAA
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* * * * * * * *
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* * * * * * * ** * * * **
56919 TCGTTTTGACCTTTGGTTTAGTCATATAATAATTGCTTCAGTTTATACAAGCTTAATCAAAATAA
129 TTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAA
** * *
56984 AATAATACTAATTTATTAATATTTGAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTGAAAAATTAAATCTTTT
193 AATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG--TAAGATTT-AAAAA-AAAATCTTTT
* * * * *
57049 TACTAAACA-AGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTACGACCT
254 T--TGAACATAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACC-
* * * *
57113 TTTTATTTTGTCATAAAACCATT-TTTTTAGTTCATAAAAGCT
316 TTTTATTTTGTCAGAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCT
** * * * *
57155 TATCCAAAATAAAATAACACTATTTTATTAATATTTC-AAAAGT--TAA-TAAGAGATTTAAAAA
1 TATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA
*** * ** * * * ** *
57216 ATAAATCAATTTACCAAATTAGTTCAAATAATTATGGCCATTTGAACAGCTACCTATTTCAAATT
66 ATAAATTTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATT
* * * * * *
57281 ATTATTG-CTTTTTATTTTTTCTTAAAACAATTGTTTTTCAAT-ATACAATCTTATTTGAAATAA
131 GTTA-TGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTT-ATTCATACAAGCTTATTTGAAATAA
* * ** **
57344 AATAAAACTAATTTATTAATATTTCACTAATTAATAAG--AGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC
193 AATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGATTTAAAAAA-AAATCT-TTTTT
* * * * * *
57407 CAA-ACTAGTTTAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTATT
256 GAACA-TAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTT
* * * * * *
57471 GTTTTATCATAAAATAATTATTTCTATTTATAC-AGACT
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* *
57509 TATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAGTAATATT-CATAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAA
1 TATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
* ** ** * * * * * *
57572 AATAAATCTGTTTACCCAATTAGTTCAAACAATTAAGACTATATAAACAATTATTTATTTCAAAT
65 AATAAATTTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
* * * * * * * * * * *** *
57637 TATTATGACCTTTTGCTTTATTATAAAATAATTATTTCAGCTCATATAAGCTTATCCCAAAAAAA
130 TGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTA-TTCATACAAGCTTAT-TTGAAATAA
* * * * * * **
57702 AATAATATTACTTCATTAATATTTCAAAAGTTAATAAG--GGATTTAAAAAATAAATCAGTTTAC
193 AATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGATTTAAAAAA-AAATC--TTTTT
* * * * * *
57765 TGAA-ATAGTTCAAATAAG-TATGCCCATTTGAACAACTACCTATTTTCGAATCA-TTATTACCT
255 TGAACATAGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAAT-AGTTATGACCT
* * ** * *
57827 TTTGTTTTATCTTAAAACAATTGATTT-TCA-ACATTCAAGCT
317 TTTATTTTGTCAGAAAACAATTG-TTTCT-ATTCATACAAGCT
** * * *
57868 TATTCGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAGAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAA
1 TATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA
* * * * * * * *
57929 ATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAACAGTTTTGACTATTTGAATAATTATATGTTTCAAATT
66 ATAAATTTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATT
* * ** * * * * * * *
57994 GTTATAACCTTTTGTCCTATCATAAAACAATTATTTTTGTTCTTATAGGCTTCTTCGAAATAAAA
131 GTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAA
* * * * *
58059 TAATACTAATTTAGTAGTATTCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTTAAAAAATAAATC-TATTT
195 TAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGT-A-AGA-TTTAAAAAA-AAATCTTTTTT
* * * * *
58123 GCCAA-ACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGTACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTT
256 G--AACA-TAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTT
* * * * *
58187 TTGTTTTGTCATAAAGCAATTATTTC-AGCTT-ATATAAGCT
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* * * * * *
58227 TATTCAAAATAGAATAAAACTAATTTATTAAT-TGTTC-AAAATT--T-TGTAAGAGATTTAGAA
1 TATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT-TCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
* * * * * *
58287 AATAATTTTATTTACTGAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCAATTTCAAAT
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GTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAAT
AATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGATTTAAAAAAAAATCTTTTTTGAACA
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* ** * *
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* * * * * ** * * *
54784 GTTATTACCTTTTGTTTTGTCATATAACAATTGTATTT-GA-GCATTCA-ATTTTATTCAGAATA
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* * * * * *
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188 AAATAATACTAATTTAGTAATATTCATAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATT
* * * * * * ** * * *
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253 TACCAAACTAGTTCAAATAGTTAA-GACTATATGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCT
** * * **** *
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* ** *
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* * * * * * ** * * *
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* * * *
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* * ** * *
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* ** ** * * * * *
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* * * *** * * * *
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* * * * * *
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185 ATAAAATAATACTAATTTAGTAATATT-CATAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* * * * * * * * * * *
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* * * * * * * *** ** *
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314 CCTTTTGATTT-TTATAAAACAATTATTTCAGCTCATATAAGCTTATCCAAAATAAAATAAAACT
* * * * * ** **
55573 AATTTTTTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTAAAAAA-AAA-GGTTTTTTGAACATA-T
378 AATTTATTAATATTTCAAAAGTTAATAAG--AGATTTAAAAAATAAATCATTTACTGAA-ATAGT
* * * * * * * *
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* *
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* * * * *
55728 TATTTGAAATAAAATAATACTAGTTTATTAATATTCCAAAAATTGATAAGTAAAAGATTTAAAAA
1 TATTCGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAA
* * * * * * * * * *
55793 ATAAAT-TCATTTAGCGAGCAACTTCAAATAGTTATGACT-GTTGAACAATTGTTTATTTAAAAT
62 ATAAATCT-ATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT
* * * * * * * * *
55856 AGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACA-AGTTTATTGGGAATAA
126 TGTTAT-AACCTTTGTTTTATCATAAAATAATTATTTCTATTTATACAGACTTAATT-AGAATAA
* * * *
55920 AAAAATACTAATTTATTAATATTC-TAAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTATT
189 AATAATACTAATTTAGTAATATTCAT-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATT
** * * * * * * * ** *
55984 TACTGAACAAGATCAAATAGTTATGTCAATTTGAACAATTATCTATTT-AAATCATTATGATCTT
253 TACCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTT
* * ** ** ** ** * *
56048 TTG-TTTTATCATAAAACAATTGTTTCTA-TTTGTGCAAAATTATTTAGAATAAAATAATACTAA
318 TTGATTTT-T-ATAAAACAATTATTTC-AGCTCATATAAGCTTATCCAAAATAAAATAAAACTAA
** * * * *
56111 CCTATTAATATTTTGAAAA-TTTATAAGAGATTTAAAAACTAAAT-ATGTTTA-TGGAAACAGTT
380 TTTATTAATA-TTTCAAAAGTTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCA--TTTACT-GAAATAGTT
** * * ** * * * * *
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441 CAAA-TAATTATGACCATTTGAACAACTACCTAT-TTCAAATCATTATTACCTTTTATTTTATCT
* * ****
56235 TAAAATAGTTTG-TTTCTTTTTATACAAGCT
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* * * * * * *
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1 TATTCGA-AATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATA
* * ** * ** * *
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65 AATCTATTTACCAAA-CAAGTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGT
* * * * * *
56392 TCTGACCTTTAG-TTTAGTCATGAAATAATTATTTC-AGTTCATACA-AGCTT-ATTCAAAACAA
129 TATAACCTTT-GTTTTA-TCATAAAATAATTATTTCTA-TTTATACAGA-CTTAATT-AGAATAA
* * * * * *
56453 AATAATAGC-AATTTATTAACATATGA-AAAATTAATGAGTAGGAGA-TT-AAAAA-AAAT-TGT
189 AATAATA-CTAATTTAGTAATAT-TCATAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAT
* * * * * * ** *
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* * * * * * * ** * *
56574 CTTTTG-TTTTGTCATAAAACATTTGTTTTAGTTCAAAAAAACTTATCTGAAATCAAATAATACT
315 CTTTTGATTTT-T-ATAAAACAATTATTTCAGCTCATATAAGCTTATCCAAAATAAAATAAAACT
* * * * * * * ** ** * **
56638 ACTTCACTAATATTTTGAAAATTAGTAAGCAAGAGATTTAAAAACTAAAGTTGTTTTTTGCACCA
378 AATTTATTAATA-TTTCAAAAGT--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAA-TCATTTACTGAAATA
* * * * * * *
56703 ATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATCAATCTT-AAAT-AGTTATGATCC--TTATTTT
438 GTTCAAATAATTATGACCATTTGAACAACTACCTAT-TTCAAATCA-TTATTA-CCTTTTATTTT
* * * *
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500 ATCTTAAAACAATTGATTTTC-AA-CATACAAGCT
** * * * * *
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1 TATTCGAAAT-AAAATAAAACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAAT
* * * ** * * *
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* * * * ** * *
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* * * * * *
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* * * * * * * * *
57049 TACTAAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTACGACCTT
253 TACCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTT
* * * * * * * *
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*
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* * * * * *
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* * *
57308 CAATTGTTTTTCAATATACAATCT
509 CAATTGATTTTCAACATACAAGCT
* **
57332 TATTTGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCACTAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAA
1 TATTCGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAA
* * *
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*
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130 ATAACCT-TTGTTTTATCATAAAATAATTATTTCTATTTATACAGACTTAATTAGAATAAAATAA
* *
57526 TACTAATTTAGTAATATTCATAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATCTGTTTACCCA
194 TACTAATTTAGTAATATTCATAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAA
* * * * * *
57590 ATTAGTTCAAACAATTAAGACTATATAAACAATTATTTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGCTT
259 ACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGATT
* * * * * *
57655 TATTATAAAATAATTATTTCAGCTCATATAAGCTTATCCCAAAAAAAAATAATATTACTTCATTA
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* *
57720 ATATTTCAAAAGTTAATAAGGGATTTAAAAAATAAATCAGTTTACTGAAATAGTTCAAATAAGTA
387 ATATTTCAAAAGTTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCA-TTTACTGAAATAGTTCAAATAATTA
* * *
57785 TGCCCATTTGAACAACTACCTATTTTCGAATCATTATTACCTTTTGTTTTATCTTAAAACAATTG
451 TGACCATTTGAACAACTACCTA-TTTCAAATCATTATTACCTTTTATTTTATCTTAAAACAATTG
*
57850 ATTTTCAACATTCAAGCT
515 ATTTTCAACATACAAGCT
*
57868 TATTCGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAGAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAA
1 TATTCGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAA
* * *
57933 ATCTATTTACCAAACAAGTTCAAACAGTTTTGACTATTTGAATAATTATATGTTTCAAATTGTTA
66 ATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTA
** * * * * * * *
57998 TAACCTTTTGTCCTATCATAAAACAATTATTTTTGTTCT-TATAGGCTT-CTTCGAAATAAAATA
131 TAACC-TTTGTTTTATCATAAAATAATTATTTCTATT-TATACAGACTTAATTAG-AATAAAATA
* * *
58061 ATACTAATTTAGTAGTATTC-TAAAAATTAATAACTAAGAGATTTTAAAAAATAAATCTATTTGC
193 ATACTAATTTAGTAATATTCAT-AAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTATTTAC
*
58125 CAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGTACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTG
256 CAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTG
* * * *
58190 -TTTTGTCATAAAGCAATTATTTCAGCTTATATAAGCTTATTCAAAATAGAATAAAACTAATTTA
321 ATTTT-T-ATAAAACAATTATTTCAGCTCATATAAGCTTATCCAAAATAAAATAAAACTAATTTA
* ** * * * **
58254 TTAAT-TGTTCAAAATTTTGTAAGAGATTTAGAAAATAATTTTATTTACTGAACCAGTTCAAATA
384 TTAATAT-TTCAAAAGTTAATAAGAGATTTAAAAAATAA-ATCATTTACTGAAATAGTTCAAATA
* * * *
58318 ATTATGACTATTTGAACAATTATCAATTTCAAATCATTATTAC
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58361 TAATTTATTA
Statistics
Matches: 2542, Mismatches: 480, Indels: 293
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (532 bp):
TATTCGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAA
ATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTA
TAACCTTTGTTTTATCATAAAATAATTATTTCTATTTATACAGACTTAATTAGAATAAAATAATA
CTAATTTAGTAATATTCATAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAAC
TAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGATTTT
TATAAAACAATTATTTCAGCTCATATAAGCTTATCCAAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATAT
TTCAAAAGTTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCATTTACTGAAATAGTTCAAATAATTATGACC
ATTTGAACAACTACCTATTTCAAATCATTATTACCTTTTATTTTATCTTAAAACAATTGATTTTC
AACATACAAGCT
Found at i:59273 original size:181 final size:178
Alignment explanation
Indices: 58358--64069 Score: 3931
Period size: 181 Copynumber: 31.8 Consensus size: 178
58348 AAATCATTAT
* * *
58358 TACTAATTTATTAATATTTAGAAAATTAATCAA-TAAGAGATTTAAAAAGTAAATCTATTTACCA
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** * * * * * * * * * *
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* * ** * ** *
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* * * * ** * ** *
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1 TACTAATTTATTAATA--TTAAAAATTAATAAGTAAAG-ATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CCG
* * ** ** * *
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62 AATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
* * * * * ** * *
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* * * *
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1 TACTAATTTATTAATA-TT-AAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGA-
* * * * * ** * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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1 TACTAATTTATTAATATT--AAAAATTAATAAGTAA-AGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACCG
* * * ** * * ** *
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** * *
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* * * *
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* * * * * * *
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* * ** * *
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** * * * * * *
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1 TACTAATTTATTAATA--TTAAAAATTAATAAGT-AAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGA
* * *
59322 ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTCTTT
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* * ** *
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* * * * * * * *
59438 TATTGATTTATTAATATTTTAAAAATTAATGAGTATAAAAATTGAAAAAA-GAATCTGTTTATCA
1 TACTAATTTATTAATA--TTAAAAATTAATAAG--TAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCG
* * * * * * *
59502 AATAAGTTCAAATAGTTATGACTATCTAAATAATTACCTATTTCAAAACATTATGGCTTTTTGTT
62 AATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
* * ** *
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* * **
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1 TACT-AATTTATTAATA--TTAAAAATTAATAAG-TAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCG
* * * * * *
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* *
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* * * * * *
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* * * * * * *
59863 GACAAGTTTAAATAGTTAT-ACTATTTGAACAACTATTTATTTCAAATCATTATAAACTTTTTTT
63 -ATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
* * * *
59927 TTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCGGAATGAAATAA
127 TTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAA
* * * * * * *
59979 TACTAATTTATTAATATAATAAAATTAATTAGTTAGAA-ACTTAAAAAATTAATTTATTTACTGA
1 TACTAATTTATTAATATTA-AAAATTAATAAG-TA-AAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGA
* * * * * *
60043 AT-AGATTCAAATAATCA-CATCCATTTGAACTATTATCTATTTCAAATCATCATGACAC-TTTG
63 ATAAG-TTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC-CTTTTG
* ** * * ** *
60105 TTTGGTTGTAAAAAAATTGTTTTTATTCATACAATATTATTCATAATAAAATAA
125 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAA
* * * *
60159 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG---AGATTTAAAAACTAAATCTATTAACCAAA
1 TACTAATTTATTAATA-TT-AAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAA
* * * *
60221 CTAA-TTCAAATTA-TTATGACTATTTAAACAATTATTTATCTCAAACCATTATGACC-TTTGTT
64 -TAAGTTCAAA-TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
* * *
60283 TTGTTATAAAACAATTGTTTCTATCCATACAAGCTTATTC-GAAGTAAAATAT
127 TTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAA-TAAAATAA
** ** * * * * * ***
60335 TGTTAAACTAATAATATTCCAAAATTAATAAGAAATAGATTTAAAAAGTAAATGTGTTTGTTGAA
1 TACTAATTTATTAATATT-AAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAA
* * * * * *
60400 CCAA-TTCAAATAGTTAAGAATATTAGAACAACTATCTATTTCAAATCATTCTGACCTTTTGTTT
64 -TAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT
* *
60464 GGTCATAAAATAATTGTTT-TAGTTCATA-AATGCTTATTC-GAAGTAAAATAA
128 TGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAA-GCTTATTCAGAA-TAAAATAA
* * * * * *
60515 TATTATTTTATTAACATTCAAAAAGTTAATAAGCAAAAAATTTTAAAAAATAAATATGTTTACC-
1 TACTAATTTATTAATATT-AAAAA-TTAATAAG-TAAAGA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTACCG
* * *
60579 AATCAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCAATTTAAAATCATTATGACCTTTTGT
62 AAT-AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT
* * * * * * * *
60644 TTTATAATAAAACATTTGTTTCAATTCAGAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAA
126 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAA
* * * * ** *
60697 TATTACTTTATTAATATTTTAAAATT--T--G--GAGATTTAAAAAA-AAATCAATTTATCGAAT
1 TACTAATTTATTAATA-TTAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAAT
* * * * * ** * *
60755 CAGTTCAAATAATTGTGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAACTTTTATTTTG
65 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * * *
60820 TCATAAAACAATTGTTTTTCA-TCACATAAGCCTATTCGGAATGAAATAA
130 TCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAA
* * * * *
60869 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATGAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTCTTAAGCGA
1 TACTAATTTATTAATA-TT-AAAAATTAATAAGTA-AAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGA
* * * * *
60934 ACT-AGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCGTTATAACCTTTTCTT
63 A-TAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
* * * * * *
60998 TTGTTATATAACAATTATTTATGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAA
127 TTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAA
* * * * * * *
61050 TACTAATCTAATAATATTATGAAAATTAATAACTAAGAGATTTTAAAAAGAAAT-TGGTTTGCCA
1 TACTAATTTATTAATATTA--AAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATCT-GTTTACCG
** * * * * * * **
61114 AACCAGTTCAAATAGTAAAGGCTATATGAATAATTATCTATTTCGAATTGTTATGACCTTTTGTT
62 AATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
* * * * * * **
61179 TTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTTGGAATAAAATAA
127 TTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAA
* * * * *
61231 TATTAATTTATTAATATTTTGAAAATTATTAAG---AGATTTAAAATATAAATCTGTTTACCAAA
1 TACTAATTTATTAATA--TTAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAA
* * * * * * * *
61293 CT-AGTTCAATTAGTTATAACAATTTGAATAATTATTTATTTTAAATCGTTATGACCATTTGTTT
64 -TAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT
* * * ** **
61357 TGTCATAAAACAATTATTTCTACTGATACAATTTTATTTGGAATAAAATAA
128 TGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAA
** * * ** *
61408 TGGTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAACGGATTTAAAAAATGAATCTGTTGGCTTG
1 TACTAATTTATTAATA-T-TAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC-CG
** * * * * *
61473 ACCAA-TGCAAATAGTTAT-ATCTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTCTAT
62 AATAAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT
* * ***
61536 TTTGTCACAAAACAATTGTTTCTATTCGTACAAGCTTATTCAGAATAGCGTAA
126 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAA
* * * * **
61589 TTCTAATTTATTAATATTTCAAAAATTTATAAGTAAGAGATTTAAAAACTAAATCTATTTATTGA
1 TACTAATTTATTAATA-TT-AAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGA
** * * * * * * * *** *
61654 GCAAGTTCAAACAATTACGATTACTTGAACAATTACCTATGTCAAATTGCTATAACCTTTTGTTT
63 ATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT
* * * * * * *
61719 TGTCACAAAATAATTTTTTCTATTGATACTACCTTATTTCA-ATTAAAATAA
128 TGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAGAATAAAATAA
* * * * *
61770 TACAAATTTATTAATATTGAGATAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAACTATGTTTACCGA
1 TACTAATTTATTAATATT-A-AAAATTAATAAGT-AAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGA
* * * *
61835 ATAAATTCAAATAGTTGTGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGA-CTTTTTTTT
63 ATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT
* * * *
61899 TGTCATAAAATAATT-TTTTTGTTCATACAAGCTTATTC-GAATTAAAATAG
128 TGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAA-TAAAATAA
* * * * * * **
61949 TATTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAGCAGATTTTAAAAATAAATATGTTTATTGA
1 TACTAATTTATTAATA--TTAAAAATTAATAAGTA-AAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGA
* * * * ** *
62014 A-AAGTTTC-GATAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTATT
63 ATAAG-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
** * * * * * *
62077 TCATCATAAAACAATTATATC-AGTTCATATAGGCTAATTCAAAATAAAATAA
127 TTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAA
* * * *
62129 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAA
1 TACTAATTTATTAATA-TT-AAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGA
* * * * * * * * **
62194 ACAAGTTCCAATTGTTATGGCTATATAAATAATTTTCTATTTCAAATCATTATGATATTTTGTTT
63 ATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT
* * * * * *
62259 TATTATAAAATAATTATTTCTGTTCATATAAGCTTATTTCA-AATAAAATAA
128 TGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAGAATAAAATAA
* * * * *
62310 TA-TAAATTTATTAATCTTTCAAAAATCAATAAGTAAA-ATTTTAAAAAATAAAATATGTTTTCT
1 TACT-AATTTATTAAT-ATT-AAAAATTAATAAGTAAAGA-TTTAAAAAAT-AAATCTGTTTACC
* * * * * * * *
62373 GAATACGTTCAAATAGTTATGATTATCTAAATAATTATTTATTTTAAATAATTATGACCTTTTGT
61 GAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT
* * * *
62438 TTTGTCATAAACCAATTGTTTATATTCATACAAG-TGTATTCAAAAT-AAGTAA
126 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCT-TATTCAGAATAAAATAA
* * *
62490 TGCTAGTTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATCTATTTACCGA
1 TACTAATTTATTAATATT--AAAAATTAATAAGT-AAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGA
** * * *
62554 GCAAGTTCAAATAGTTATG-CTTGTTTGAACAATTATTTATTTCAAAT-AGTTATGATCTTTTGT
63 ATAAGTTCAAATAGTTATGAC-TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGT
* * *
62617 TTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATGCAAGTTTATTCA-AACTAAAATAA
126 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAA-TAAAATAA
* * * *
62670 TACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGA
1 TACTAATTTATTAATA--TTAAAAATTAATAAGTA-AAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGA
* * * *
62735 ATAAGTTCAAATAGTAAT-ATCTATATGAATAATTATCTATTTCAAAAT-GTTATGACCTTTTGT
63 ATAAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTC-AAATCATTATGACCTTTTGT
* * ** *
62798 TTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATGCAAAATTATTCAAAATAAAATAA
126 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAA
* * * *
62851 TACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG---AGGTTTAAATACTAAATCTATTTACCGAA
1 TACTAATTTATTAATA--TTAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAA
* * ** * *
62913 -ATAGTTTAAATAGTTATTACTATTTGAATGATTATCTATCTCAAATCATTATGA--TGTTTATT
64 TA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCT-TTTGTT
*
62975 TTGTCATAAAACAATTGTTT-TTTTCATACAAGCTTATTCA-AATTAAAATAA
127 TTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAA-TAAAATAA
* * * * * ***
63026 TACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAGTAAG--AA-CTTTGAAAAATAAATGTGTTTGTTGAA
1 TACTAATTTATTAATATT--AAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAA
** * * * *
63088 CCAGTTTAAATAGTTAAGACTATTAT-AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTT
64 TAAGTTCAAATAGTTATGACTATT-TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT
* * * *
63152 AGTTATAAAACAATTATTTC-AGTTCATACAAACTTATTCAGAATAAAATAA
128 TGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAA
** * * * * * *
63203 TTGTAATTTATTAACATTTGAAAAATTAATGAGCAAGAGATTTAAAAAATATAAATTTATTTATC
1 TACTAATTTATTAATA-TT-AAAAATTAATAAGTAA-AGATTT-AAAAA-ATAAATCTGTTTACC
* * * * *
63268 AAACAAGTTCAAATAGATT-TGACTATTTGAACAACTATCTA-ATCAAAGTCGTTATGACCTTTT
61 GAATAAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCATTATGACCTTTT
* * * *
63331 GTTTTATCATAAAACAATTGTTTC-ATTTCATAAAAACTTATTCAAAATAAAATAA
124 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAA
* ** * ***
63386 TACTACTTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAACAAAAGATTT-AAAACTAAAGT-TGTTTTTTT
1 TACTAATTTATTAATA-TT-AAAAATTAAT-AAGTAAAGATTTAAAAAATAAA-TCTG-TTTACC
* * * * *
63449 GAACT-AGTTCAAATAGTTATGAATATTTGAACAAATATCAATCTCAAATCATTATGATC-TTTG
61 GAA-TAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
* * * * *
63512 TTTTCTCATAAAACAATCT-TTTTTGA-TCATACAAACTTA-T-ATGGACAAAATAA
125 TTTTGTCATAAAACAAT-TGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTCA-GAATAAAATAA
* * ** * * * * * *
63565 TAGTAATTTAATAATATTCCAAA-T-ATTAGTGAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTACTGAAC
1 TACTAATTTATTAATATTAAAAATTAATAAGT-AAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAAT
* * * * * * * *
63628 CAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTTTATTTAG
65 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * * **
63693 TCCTATAATAATTTTTTC-AGTTTATACACA-CTTATTTGGAATAAAATAA
130 TCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACA-AGCTTATTCAGAATAAAATAA
* * * ** * * *
63742 TACTAGTTTATTAACATTCCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTCGAAAGATAAATGTGTTTATCGA
1 TACTAATTTATTAATATT--AAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGA
* * * *
63807 ATAAGTTCAAAGAGTTATGACTATTTGAATAATTATCAATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTT
63 ATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT
* * * * *
63872 CGTCAT-AAACAATTGTTT-TAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAAGAAAATAA
128 TGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAA
* * * * * * * **
63922 TACTACTTTATTATTATTTTGAAAGTTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTGACTAA
1 TACTAATTTATTA--ATATTAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGA
* * * * * * * * * *
63987 ATAAGTTCAAATAATTATGGCCATTTAAACAACTATTTGTTTCAAATTATTATTACCTTTTG-TC
63 ATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT
64051 TGTCATAAAACAATTGTTT
128 TGTCATAAAACAATTGTTT
64070 TTAAAAAATA
Statistics
Matches: 4374, Mismatches: 937, Indels: 441
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
172 114 0.03
173 21 0.00
174 6 0.00
175 195 0.04
176 231 0.05
177 395 0.09
178 68 0.02
179 417 0.10
180 958 0.22
181 1547 0.35
182 268 0.06
183 149 0.03
184 5 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (178 bp):
TACTAATTTATTAATATTAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAATA
AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
CATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAA
Found at i:60513 original size:716 final size:716
Alignment explanation
Indices: 58361--66083 Score: 3892
Period size: 716 Copynumber: 10.7 Consensus size: 716
58351 TCATTATTAC
* * * *
58361 TAATTTATTAAT-ATTTAGAAAATTAATCAA-TAAGAGA-TTTAAAAAGTAAATCTATTTACCAA
1 TAATTTATTAATAATTT-GAAAATTAAT-AAGTAAAAGATTTTAAAAA-TAAATTTGTTTACCAG
* * * * * * * * * *
58423 ACCATTTTAAATAGTTTTAACTATTTGAATAATTATTTATTCCAAATCATTATAAACTTTTATTT
63 ACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT
* * ** * ** ** * *
58488 TGTCA-ACAAACAATTGGTTCTGTTGGTACTATTTTATTTGAAATAAAATAATAATAATTTAATA
128 TGTCATA-AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTA
* * * ** * * * * *
58552 ATATTTTGAAACTTAATAACCAAGA-AATTAAAAAATAAATCTA-ATAGCCAAACA-AGTTCAAA
192 ATATTTTAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTA-CCGAATAGA-TTCAAA
* ** * * * *
58614 TAGTTA-AGACTAAATGAA-TGATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTT-TGGTTTCTCGTAA
255 TAGTTATA-TCTATTTGAACT-ATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTAT--TTTGTCATAA
* * * * * * *
58676 AATAATTATTTTGT-TT-GTACAAGCTTATTCGGATTAAAATAATACTAATTTAATAATAGTTCA
316 AACAATTGTTTT-TATTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA
* * * * * * *
58739 AAAATAAATAAGAGATTTAAAAAATACATTTGTTTAC-CATA-TCAGCTT-AAATGGTTAAGACT
379 AAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGA-ACT-AG-TTCAAATAGTTATGACT
* * * * * * * * *
58801 A-TTAGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTTTAACCTTTTATTTAGTCATAAAACAATTGTTAC-
441 ATTTA-AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTATTTCT
* * * * * * * *
58864 AGTTCGTATAAGCTTATTCAGAATAAATTAATACTAATCTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGA
505 A-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATGCTAATTTATTAATATTC-CAAAATTAATAAGA
* * * * *
58929 AAGAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTATC-AAACAAGTTCAAATAATTATTA-TAATTTGAACA
568 AAGAGATTT-AAAAAATAAAT-TGTTTACCGAACCAA-TTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACA
** * * ** * ** * * *
58992 ATTGCCTATTT-AGAAGCTTTAAAACATTTTGACTTGCCATAAAACAATT-TTTCAGTTAATACA
629 ATTATCTATTTCA-AATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACA
59055 AGCTTATTTCG-AATAAAATAATAT
693 AGCTTA-TTCGAAATAAAATAATAT
* * * * * * * * *
59079 AAATTTCTTAAT-ATTAAGATAATTACTTAGTCAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACC-GAA
1 TAATTTATTAATAATT-TGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATTTGTTTACCAG-A
* * * * * * * * *
59142 TAAGTTCAAATCGTTATGACTATTTGAGCAATTATTTATTTTAACTTATTATGACTTTTTGTTTT
64 CAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTT
* * ** * * * **
59207 ATCATAAAATAATTGTTTCTGCTCATTA-AAACTTATTCAGATTAAAATAATTTTAATTTATTAA
129 GTCATAAAACAATTGTTTCTATTCA-TACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * * * * *
59271 TATTTTGACAATTAAT-ATGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTCATCGAACA-AGTTCAAAT
193 TATTTTAAAAATTAATGA-GTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCGAATAGA-TTCAAAT
* * *
59334 AGTTATGA-CTATTTGAA-TAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTCTTTTGTAATAAAA
256 AGTTAT-ATCTATTTGAACT-ATTATCTATTTCAAATCATTATGAAC-TTTATTTTGTCATAAAA
* ** * * * * *
59397 TAATTG-TTTTAGTTCATATGAGCTTATTTGAAGTAAAATAATATTGATTTATTAATATTTTAAA
318 CAATTGTTTTTA-TTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA
* * * * * * *
59461 AATTAATGAGTATAAAAATTGAAAAAA-GAATCTGTTTA-TCAAATAAGTTCAAATAGTTATGAC
381 AATT-A--A-TA-AGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACT-AGTTCAAATAGTTATGAC
* * * * * * * * *
59524 TATCTAAATAATTACCTATTTCAAAACATTATGGCTTTTTGTTTTATCT-TAAAACAATTAGTTC
440 TATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT-TATAAAACAATTATTTC
** * * **
59588 TATTCATGTAAGCTTATTTC-AAATAACATAAT-ATAAATTTATTAATATTTTAGAAATTAATAA
504 TATTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATGCT-AATTTATTAATATTCCA-AAATTAATAA
* * ** *** * * * *
59651 GTTAA-A-ATTTAAAAAATAAATCTGTTTTCTTAACTTGTTTAAAAATTTATGACTTTTTGAACA
566 G-AAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TGTTTACCGAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* *
59714 ATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTA-TTCATACA
629 ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATACA
59778 AGCTTATTC-ATAATAAAATAATAT
693 AGCTTATTCGA-AATAAAATAATAT
* *
59802 TAATTTATTAA-AATTTCAAAAGTTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATTTGTTTACCAGAC
1 TAATTTATTAATAATTTGAAAA-TTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATTTGTTTACCAGAC
* * * * * *
59866 AAGTTTAAATAGTTAT-ACTATTTGAACAACTATTTATTTCAAATCATTATAAACTTTTTTTTTG
65 AAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
* * ** *
59930 TCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCGGAATGAAATAATACTAATTTATTAATA
130 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
** * * * * * * * *
59995 TAAT-AAAATTAATTAGTTAGAAACTTAAAAAATTAATTTATTTACTGAATAGATTCAAATAATC
195 TTTTAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCGAATAGATTCAAATAGTT
* * * * * ** *
60059 ACATCCATTTGAACTATTATCTATTTCAAATCATCATGACACTTTGTTTGGTTGTAAAAAAATTG
260 ATATCTATTTGAACTATTATCTATTTCAAATCATTATGA-ACTTTATTTTGTCATAAAACAATTG
**
60124 TTTTTATTCATACAATATTATTCATAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
324 TTTTTATTCATACAAGCTTATTCA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
* * ** *
60189 AAGAGATTTAAAAACTAAATCTATTAACCAAACTAATTCAAATTA-TTATGACTATTTAAACAAT
388 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACTAGTTCAAA-TAGTTATGACTATTTAAACAAT
* * * * * *
60253 TATTTATCTCAAACCATTATGACC-TTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCTATCCATACAAGC
452 TATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGC
* * * * ** * *
60317 TTATTCGAAGTAAAATATTGTTAAACTAATAATATTCCAAAATTAATAAGAAATAGATTTAAAAA
517 TTATTCAAAATAAAATAATGCTAATTTATTAATATTCCAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAA
* *** * * * *
60382 GTAAATGTGTTTGTTGAACCAATTCAAATAGTTAAGAATATTAGAACAACTATCTATTTCAAATC
582 ATAAAT-TGTTTACCGAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
* * * *
60447 ATTCTGACCTTTTGTTTGGTCATAAAATAATTGTTTTAGTTCATA-AATGCTTATTCGAAGTAAA
646 ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAA-GCTTATTCGAAATAAA
60511 ATAATAT
710 ATAATAT
* * ** * * *
60518 TATTTTATTAA-CATTCAAAAAGTTAATAAGCAAAAAATTTTAAAAAATAAATATGTTTACCA-A
1 TAATTTATTAATAATTTGAAAA-TTAATAAGTAAAAGATTTT-AAAAATAAATTTGTTTACCAGA
* * * *
60581 TCAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCAATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTT
64 -CAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT
* * * * * * * * *
60646 TATAATAAAACATTTGTTTCAATTCAGAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATATTACTTTATTAA
128 TGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
** *
60711 TATTTT-AAAATT--T--G---GAGATTTAAAAAA-AAATCAATTTATCGAATCAG-TTCAAATA
193 TATTTTAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCGAAT-AGATTCAAATA
* * ** * * **
60766 ATTGTGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAACTTTTATTTTGTCATAAAACAA
257 GTTATATCTATTTGAACTATTATCTATTTCAAATCATTATGAAC-TTTATTTTGTCATAAAACAA
* * * * *
60831 TTGTTTTTCA-TCACATAAGCCTATTCGGAATGAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAT
321 TTGTTTTT-ATTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAT
* * *
60895 TAATGAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTCTTAAGC-GAACTAGTTCAAATAGTTATAACTATT
384 TAAT-A--A-GAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-CTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATT
* * * * * * *
60959 TGAACAATTATATATTTCAAATCGTTATAACCTTTTCTTTTGTTATATAACAATTATTTATGTTC
444 TAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTATTTCTATTC
* * * ** **
61024 ATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTATGAAAATTAATAACTAAGAG
509 ATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATGCTAATTTATTAATATT-CCAAAATTAATAAGAAAGAG
* * * * * * * * * *
61089 ATTTTAAAAAGAAATTGGTTTGCCAAACCAGTTCAAATAGTAAAGGCTATATGAATAATTATCTA
573 ATTTAAAAAATAAATT-GTTTACCGAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* ** * * * * * *
61154 TTTCGAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTT
637 TTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTC
*
61219 GGAATAAAATAATAT
702 GAAATAAAATAATAT
* * * *
61234 TAATTTATTAATATTTTGAAAATT-AT---TAAGAGA-TTTAAAATATAAATCTGTTTACCAAAC
1 TAATTTATTAATAATTTGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAA-ATAAATTTGTTTACCAGAC
* * * * * * * *
61294 TAGTTCAATTAGTTATAACAATTTGAATAATTATTTATTTTAAATCGTTATGACCATTTGTTTTG
65 AAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
* * * ** *** **
61359 TCATAAAACAATTATTTCTACTGATACAATTTTATTTGGAATAAAATAATGGTAATTTATTAATA
130 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * * ** * ** *
61424 TTCTAAAAATTAATAAGTAACG-GATTTAAAAAATGAATCTGTTGGCTTGACCA-ATGCAAATAG
195 TTTTAAAAATTAATGAGTAA-GAGATTTAAAAAATAAATTTATTTAC-CGAATAGATTCAAATAG
* * * * *
61487 TTATATCTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTCTATTTTGTCACAAAACAAT
258 TTATATCTATTTGAACTATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTT-TATTTTGTCATAAAACAAT
* * *** *
61552 TGTTTCTATTCGTACAAGCTTATTCAGAATAGCGTAATTCTAATTTATTAATATTTCAAAAATTT
322 TGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA--T
* * * * * * * * * *
61617 ATAAGTAAGAGATTTAAAAACTAAATCTATTTATTGAGCAAGTTCAAACAATTACGATTACTTGA
384 -TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAA
* * * * * * * * * *
61682 ACAATTACCTATGTCAAATTGCTATAACCTTTTGTTTTGTCACAAAATAATTTTTTCTATTGATA
447 ACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTATTTCTATTCATA
* * * * * * *
61747 CTACCTTATTTC-AATTAAAATAATACAAATTTATTAATATT-GAGATAATTAATAA-ATAAAAG
512 CAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATGCTAATTTATTAATATTCCA-A-AATTAATAAGA-AAGAG
* ** * *
61809 ATTTAAAAAATAACTATGTTTACCGAATAAATTCAAATAGTTGTGACTATTTGAACAATTATTTA
573 ATTTAAAAAATAAAT-TGTTTACCGAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* * *
61874 TTTCAAATCATTATGA-CTTTTTTTTTGTCATAAAATAATT-TTTTTGTTCATACAAGCTTATTC
637 TTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTC
* *
61937 GAATTAAAATAGTAT
702 GAAATAAAATAATAT
* * ** * ** *
61952 TAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAGCAGATTTTAAAAATAAATATGTTTA-TTGAAA
1 TAATTTATTAATAATTTGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATTTGTTTACCAGACA
* * * ** * **
62016 AGTTTC-GATAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTATTTCA
66 AG-TTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * *
62080 TCATAAAACAATTATATC-AGTTCATATAGGCTAATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
130 TCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * *
62144 ATTTCAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACA-AGTTCCAATTG
194 ATTTTAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCGAATAGA-TTCAAATAG
** * * * * * * * *
62208 TTATGGCTATAT-AAATAATTTTCTATTTCAAATCATTATGATATTTTGTTTTATTATAAAATAA
258 TTATATCTATTTGAACT-ATTATCTATTTCAAATCATTATGA-ACTTTATTTTGTCATAAAACAA
* * * * *
62272 TTATTTCTGTTCATATAAGCTTATTTCAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATCTTTCAAAAAT
321 TTGTTTTTATTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAAT
* * * * * * *
62336 CAATAAGTAAAATTTTAAAAAATAAAATATGTTTTCTGAA-TACGTTCAAATAGTTATGATTATC
384 TAATAAG--AGA-TTTAAAAAAT-AAATCTATTTACTGAACTA-GTTCAAATAGTTATGACTATT
* * * ** * * * *
62400 TAAATAATTATTTATTTTAAATAATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTATATTC
444 TAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTATTTCTATTC
* *
62465 ATACAAG-TGTATTCAAAAT-AAGTAATGCTAGTTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAA-
509 ATACAAGCT-TATTCAAAATAAAATAATGCTAATTTATTAATATTCC-AAAATTAATAAG-AAAG
* * *
62527 AGATTT-AAAAATAAATCTATTTACCG-AGCAAGTTCAAATAGTTATG-CTTGTTTGAACAATTA
571 AGATTTAAAAAATAAAT-TGTTTACCGAACCAA-TTCAAATAGTTATGAC-TATTTGAACAATTA
* * * * *
62589 TTTATTTCAAAT-AGTTATGATCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATGCAAGT
633 TCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATACAAGC
*
62652 TTATTC-AAACTAAAATAATAC
696 TTATTCGAAA-TAAAATAATAT
* * ** * *
62673 TAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACC-GAAT
1 TAATTTATTAATAATTTGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATTTGTTTACCAG-AC
* * * * *
62737 AAGTTCAAATAGTAATATCTATATGAATAATTATCTATTTCAAAAT-GTTATGACCTTTTGTTTT
65 AAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTC-AAATCATTATGACCTTTTGTTTT
* * **
62801 GTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATGCAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
129 GTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * *
62866 ATTTTAAAAATT-A--A-TAAGAGGTTTAAATACTAAATCTATTTACCGAAATAG-TTTAAATAG
194 ATTTTAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCG-AATAGATTCAAATAG
* **
62926 TTAT-TACTATTTGAA-TGATTATCTATCTCAAATCATTATGATGTTTATTTTGTCATAAAACAA
258 TTATAT-CTATTTGAACT-ATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTATTTTGTCATAAAACAA
* *
62989 TTGTTTTT-TTCATACAAGCTTATTCAAATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATT
321 TTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCAAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT
* * * * ** * * *
63053 AGTAAGA-ACTTTGAAAAATAAATGTGTTTGTTGAACCAGTTTAAATAGTTAAGACTA-TTATAA
385 AATAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTA-AA
* *
63116 CAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTAGTTATAAAACAATTATTTC-AGTTCATA
448 CAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTATTTCTA-TTCATA
* * * ** * *
63180 CAAACTTATTCAGAATAAAATAATTG-TAATTTATTAACATTTGAAAAATTAATGAGCAAGAGAT
512 CAAGCTTATTCAAAATAAAATAA-TGCTAATTTATTAATA-TTCCAAAATTAATAAGAAAGAGAT
* * * *
63244 TTAAAAAATATAAATTTATTTATC-AAACAAGTTCAAATAGATT-TGACTATTTGAACAACTATC
575 TT-AAAAA-ATAAA-TTGTTTACCGAACCAA-TTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * * * * *
63307 TA-ATCAAAGTCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCATTTCATAAAAACTTA
635 TATTTCAAA-TCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTA
* *
63371 TTCAAAATAAAATAATAC
699 TTCGAAATAAAATAATAT
* * ** * * ****
63389 TACTTTATTAAT-ATTTAAAAAATTAATAAACAAAAGA-TTTAAAACTAAAGTTGTTTTTTTGAA
1 TAATTTATTAATAATTT-GAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATTTGTTTACCAG-A
* * * * *
63452 CTAGTTCAAATAGTTATGAA-TATTTGAACAAATATCAATCTCAAATCATTATGATC-TTTGTTT
64 CAAGTTCAAATAGTTAT-AACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT
* * * ** * * *
63515 TCTCATAAAACAATCT-TTTTTGA-TCATACAAACTTA-T-ATGGACAAAATAATAGTAATTTAA
128 TGTCATAAAACAAT-TGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTCA-AAATAAAATAATACTAATTTAT
** * * * * *
63576 TAATA--TTCCAAA-T-ATTAGTGAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTACTGAACCAG-TTCAA
190 TAATATTTTAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCGAA-TAGATTCAA
* * * * *
63636 ATAGTTA-AGACTATTAGAA-TAATTATCTATTTCAAATCATTCT-AACCTTTTATTTAGTCCTA
254 ATAGTTATA-TCTATTTGAACT-ATTATCTATTTCAAATCATTATGAA-C-TTTATTTTGTCATA
* * * * ** * * *
63698 TAATAATT-TTTTCAGTTTATACACA-CTTATTTGGAATAAAATAATACTAGTTTATTAACATTC
315 AAACAATTGTTTTTA-TTCATACA-AGCTTA-TTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
** * * * *
63761 CAAAAATTAATAAGCAAGAGATTCGAAAGATAAATGTGTTTA-TCGAA-TAAGTTCAAAGAGTTA
377 CAAAAATTAAT----AAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACT-GAACT-AGTTCAAATAGTTA
* * * * * * * *
63824 TGACTATTTGAATAATTATCAATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTCGTCAT-AAACAATTGT
436 TGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTAT
* * * * * * ** *
63888 TT-TAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAAGAAAATAATACTACTTTATTATTATTTTGAAAGTTAAT
501 TTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATGCTAATTTATTAATA-TTCCAAAATTAAT
** * * * ** * * * *
63952 AACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTGA-CTAAATAAGTTCAAATAATTATGGCCATTTAAA
564 AAGAAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TGTTTACCGAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAA
* * * * * * ****
64016 CAACTATTTGTTTCAAATTATTATTACCTTTTG-TCTGTCATAAAACAATTGTTTTTAAAAAATA
627 CAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTAGTTCATA
* * * ** **
64080 -AATCTTTTTACTAAACCAGTTCAAATAGT
691 CAAGCTTATT-CGAAATAAAAT--AATA-T
** * ** * * * * *
64109 TATAACTATTTGAACAATTAT-CTATTTTATATTGTTATAACATTTTATTCTATAATAAAAAAAT
1 TA-ATTTA-TT-AATAATT-TGAAAATTAATA-AG-TA-AA-A---GATT-T-TAA-AAATAAAT
* * * ** ** * *
64173 TGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCGAAATA-AAATAATACTAATTT-AGTAA-TA--T-TGTGA
52 T-TGTTTA-CCAGACAAG----TTC-AAATAGTTAT-A-ACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCA
* ** * * ** * *
64232 AA--ATTAAT-AAC-TAAGAAATTT-T-A-AAAATAAATATGTTTGCTAAACCAATTCAAACAGT
107 AATCATT-ATGACCTTTTG--TTTTGTCATAAAA-CAAT-TGTTT-CT-ATTC-ATACAAGC--T
** * * * ** *
64290 TAAGACTATATGAATAATTATTTAACTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACTAATT
162 T-ATTCAAAAT-AA-AA-TA-AT-ACT--AA---TT-T-A---TTAATATT-T--TAAA--AATT
* * * * * * ** * * *
64355 ATTTTAGCTTATAGAAATTTATTCGGAATATAGTAAAACTAATTTA-TTAATA-TTTCAAAAATT
206 A-ATGAG--TA-AGAGATTTA-----AA-A-AAT-AAATTTATTTACCGAATAGATTCAAATAGT
*** * * *
64418 TATAAGAGATTTAGAA-AATAATTCTATTTACAGAATCAGTTCAAAT-AA-TTATAACTTT-T--
259 TAT-ATCTATTT-GAACTATTA-TCTATTT-CA-AATCA-TT---ATGAACTT-T-ATTTTGTCA
* * ** ** * * **
64477 T-AAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTA-CTTTTTATTTTGTAATAAAACAATATTTTTTTT
313 TAAAACAATTGT-T-TTT--ATTCA-TACAAGC---TTA--TTCAAATAAAATAATA----CTAA
* * * *** * * *
64540 TGTTAATATAAGTTTGTTC-AAAA-TAA-AATA-ATACTAATTTATTAA--TATTTA-TCAAACC
364 T-TT-AT-TAA-TAT-TTCAAAAATTAATAAGAGAT-TTAAAAAATAAATCTATTTACT-GAACT
* * * * * * *
64598 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAGCATTTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTGTGT
422 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
** * * *** * * *
64663 TATAAAACAATGGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATACCAATTTATTAATAT
487 TATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATGCTAATTTATTAATAT
* * * * * *
64728 TTCAACAATTAATAACTAAA-AAATTTAAAACATAAATATTTTTACCGAACTAGA-TCAAATAGT
552 TCCAA-AATTAATAA-GAAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TGTTTACCGAACCA-ATTCAAATAGT
* * * * * * *
64791 CATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAAAAATC
613 TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
* ** * *
64856 ATTTCGGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAT
678 GTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAT
* * ** * * ** * *
64895 TAAGTTATCAAT-ATTCCAAAAATTAATAATTAAGAGATTCAAAAAATGAATTTGTTTAAC-GAA
1 TAATTTATTAATAATT-TGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATTTGTTTACCAG-A
* * * * * * * * *
64958 CAAGTTTAAATAATTATGATTGTTTGAACAATTATTTATTTGAAATCGTTATAACCTTTTGTTTT
64 CAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTT
** * * * *
65023 GTCATAAATGATTTTTTTTCTATTCATACAAGCTTATT-ATTAATAAAATAAGAC-AATTTATTA
129 GTCATAAAACA-ATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA-AAATAAAATAATACTAATTTATTA
* * * * * * **
65086 ATA-TTAAAGACAATTAATAAGTAAAAGATCT----AATAAATCTA---CCCGACCA-ACTTCAA
192 ATATTTTAA-A-AATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCGAATAGA-TTCAA
** * * ** * *
65142 ATCTTTATGA-CTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAA
254 ATAGTTAT-ATCTATTTGAACTATTATCTATTTCAAATCATTATGAAC-TTTATTTTGTCATAAA
* * * * ** * *
65206 ATAATTATTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAA-AA-ATTAATTTATTAATATTTCTAC
317 ACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-A-
* * * * * * *
65269 AAGTAA-TAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA-TCGAACAAGTTCAAATGGTCATGAG
379 AA--AATTAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACT-GAACTAGTTCAAATAGTTATGAC
* * * * *
65332 TATTTGAATA-AATTAAT-TATTTCCAAATCATTGTGACCTTTTCTTTTGTAATAAAACAATT-G
440 TATTT-AA-ACAATT-ATCTATTT-CAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTAT
* * ** * **
65394 TTC-AGTTTATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAAT
501 TTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATGCTAATTTATTAATA-TTCCAAAATTAAT
* * * * * * *
65458 GGAGTAAGAGAATTAAAAAATTAAATCTATTTACC-AATCATGTTCAAATAGTTATGACTATCTG
564 -AAGAAAGAGATTTAAAAAA-TAAAT-TGTTTACCGAACCA-ATTCAAATAGTTATGACTATTTG
* *
65522 AACAATTATCTATTTCAAAACATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCT-GTTCA
625 AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTTAGTTCA
* *
65586 TGCAAGCTTATTTTG-AATAAAATAATAT
689 TACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATAT
* * * * *
65614 AAATTTATTAAT-ATTCTAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTTAAAAATAAATATGTTT-TCTGAA
1 TAATTTATTAATAATT-TGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATTTGTTTACCAG-A
* * ** *
65676 CATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTAGTTTT
64 CAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTT
** * *
65741 GTCATAAGCCAATTGTTTC-ATTCATAAAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAA-
129 GTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * * * * *
65804 AATTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAA-CGAGTTCGAATAG
194 ATTTTAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCGAATAGA-TTCAAATAG
* * * * * *
65868 TTATGA-CCA-TTCAAATAATTATTTATTTCAAATCATTTTGATCTTTAGTTTTGTCATAAAACA
258 TTAT-ATCTATTTGAACT-ATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTA-TTTTGTCATAAAACA
* * ** * *
65931 A-T-TTTCTATTCATTCAATTTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAT
320 ATTGTTTTTATTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAT
* ** * * *
65993 TAATAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATATGCTTACTGAACAAGTTCAAATAGTCATGTCTATTT
384 TAATAA----GAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTT
* ** *
66058 GAATTATTATCT-TTTCAAATCTTTAT
445 AAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT
Statistics
Matches: 5370, Mismatches: 1238, Indels: 794
0.73 0.17 0.11
Matches are distributed among these distances:
707 3 0.00
708 2 0.00
709 5 0.00
710 134 0.02
711 145 0.03
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714 183 0.03
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747 2 0.00
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749 1 0.00
750 5 0.00
753 3 0.00
754 2 0.00
755 3 0.00
758 4 0.00
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777 12 0.00
778 11 0.00
779 20 0.00
780 9 0.00
781 9 0.00
782 8 0.00
783 12 0.00
784 8 0.00
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797 2 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (716 bp):
TAATTTATTAATAATTTGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATTTGTTTACCAGACA
AGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
CATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
TTTAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCGAATAGATTCAAATAGTTA
TATCTATTTGAACTATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTT
TTTATTCATACAAGCTTATTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
AGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATC
TATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTAT
TCAAAATAAAATAATGCTAATTTATTAATATTCCAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAA
ATTGTTTACCGAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT
GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATA
T
Found at i:64506 original size:468 final size:467
Alignment explanation
Indices: 63601--64530 Score: 972
Period size: 468 Copynumber: 2.0 Consensus size: 467
63591 TAGTGAGAGA
* *
63601 TTTAAAAAATAAATATATTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTAT
1 TTTAAAAAATAAATATATTTACTAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTAT
* * ** * * * *
63666 TTCAAATCATTCTAACCTTTTATTTAGTCCTATAATAATTTTTTCAGTTTATACACACTTATTTG
66 TTCAAATCATTATAACATTTTATTTAGTAATAAAAAAATTTTTTCAGTTCATACACACTTATTCG
* * * * *
63731 GAATAAAATAATACTAGTTTATTAACATTCCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTCGAAAGATAAAT
131 AAATAAAATAATACTAATTTAGTAACATTCCAAAAATTAATAAGCAAGAAATTCGAAAAATAAAT
* * * * * * *
63796 GTGTTTATCGAATAAGTTCAAAGAGTTATGACTATTTGAATAATTATCAATTTAAAATCATTATG
196 ATGTTTAGCGAATAAATTCAAACAGTTAAGACTATATGAATAATTATCAATCTAAAATCATTATG
* *
63861 ACCTTTTGTTTCGTCATAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAAGAAAATAATACT
261 ACCTTTTGTTTCGTCATAAACAATTATTTTAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAAGAAAATAAAACT
* * ** *
63926 ACTTTATTATTATTTTGAAAGTTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTGACTAAATAA
326 AATTTATTAATATTTCAAAAATT-ATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTGACTAAATAA
** * *
63991 GTTCAAATAATTATGGCCATTTAAACAACTATTTGTTTCAAATTATTATTACCTTTTGTCTGTCA
390 GTTCAAATAATTATAACCATTTAAACAACTATCTATTTCAAATTATTATTACCTTTTGTCTGTCA
64056 TAAAACAATTGTT
455 TAAAACAATTGTT
* * *
64069 TTTAAAAAATAAATCTTTTTACTAAACCAGTTCAAATAGTTATA-ACTATTTGAACAATTATCTA
1 TTTAAAAAATAAATATATTTACTAAACCAGTTCAAATAGTTA-AGACTATTAGAACAATTATCTA
* * ** *
64133 TTTTATATTGTTATAACATTTTATTCTA-TAATAAAAAAATTGTTTTTA-TTCATACA-AGCTTA
65 TTTCAAATCATTATAACATTTTATT-TAGTAATAAAAAAATT-TTTTCAGTTCATACACA-CTTA
* *** **
64195 TTCGAAATAAAATAATACTAATTTAGTAATATTGTGAAAATTAATAA-CTAAGAAATTTTAAAAA
127 TTCGAAATAAAATAATACTAATTTAGTAACATTCCAAAAATTAATAAGC-AAGAAATTCGAAAAA
* * *
64259 TAAATATGTTT-GCTAA-ACCAATTCAAACAGTTAAGACTATATGAATAATTATTTAA-CTCAAA
191 TAAATATGTTTAGCGAATA--AATTCAAACAGTTAAGACTATATGAATAATTA-TCAATCTAAAA
** * * * ** *
64321 TTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACTAATTATTTTAGCTT-ATAGAAA-TTTATTCGGAAT
253 TCATTATGACCTTTTGTTTCGTCATAAAC-AATTATTTTAG-TTCATA-AAAGCTTATCCAAAAG
* * * *
64384 ATAGTAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT-T-A-TAAGAGATTTAGAAAATAATTCTA-T
315 AAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATC-AGT
* * ** * * *
64445 TTAC-AGAATCAGTTCAAATAATTATAACTTTTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTACT
379 TGACTA-AATAAGTTCAAATAATTATAACCATTTAAACAACTATCTATTTCAAATTATTATTACC
* * *
64509 TTTTATTTTGTAATAAAACAAT
443 TTTT-GTCTGTCATAAAACAAT
64531 ATTTTTTTTT
Statistics
Matches: 376, Mismatches: 72, Indels: 30
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
464 1 0.00
465 76 0.20
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467 6 0.02
468 214 0.57
469 57 0.15
470 5 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (467 bp):
TTTAAAAAATAAATATATTTACTAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTAT
TTCAAATCATTATAACATTTTATTTAGTAATAAAAAAATTTTTTCAGTTCATACACACTTATTCG
AAATAAAATAATACTAATTTAGTAACATTCCAAAAATTAATAAGCAAGAAATTCGAAAAATAAAT
ATGTTTAGCGAATAAATTCAAACAGTTAAGACTATATGAATAATTATCAATCTAAAATCATTATG
ACCTTTTGTTTCGTCATAAACAATTATTTTAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAAGAAAATAAAACT
AATTTATTAATATTTCAAAAATTATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTGACTAAATAAG
TTCAAATAATTATAACCATTTAAACAACTATCTATTTCAAATTATTATTACCTTTTGTCTGTCAT
AAAACAATTGTT
Found at i:64814 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 64598--66083 Score: 1417
Period size: 181 Copynumber: 8.3 Consensus size: 181
64588 TTATCAAACC
* * * * *
64598 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAGCATTTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTGTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * * *
64663 TATAAAACAATGGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATACCAATTTATTAATAT
66 CATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * * *
64728 TTCAACAATTAATAACTAAAAAATTTAAAACATAAATATTTTTACCGAACT
131 TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATTTTTACCGAACA
* * * *
64779 AGATCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* ** * * * * * * *
64844 CATAAAAAAATCATTTCGGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAAGTTATCAATAT
66 CATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * * * *
64909 TCCAAAAATTAATAATTAAGAGATTCAAAAAATGAAT-TTGTTTAACGAACA
131 TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATT-TTTACCGAACA
* * * * * *
64960 AGTTTAAATAATTATGATTGTTTGAACAATTATTTATTTGAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
** * * * * *
65025 CATAAATGATTTTTTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTATTAATAAAATAAGAC-AATTTATTAAT
66 CATAAAACA-ATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTA-GAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * *
65088 A-TTAAAGACAATTAATAAGTAAAAGATCT----AAT-AA-A--TCTACCCGACCA
129 ATTTCAA-A-AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATTTTTA-CCGAACA
* ** * *
65135 ACTTCAAATCTTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGATCTTTTGTTTTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * *
65200 CATAAAATAATTATTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAA-AA-ATTAATTTATTAATAT
66 CATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * * *
65263 TTCTACAAGTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACA
131 TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATTTTTACCGAACA
* * * * * * * *
65314 AGTTCAAATGGTCATGAGTATTTGAATAAATTAATTATTTCCAAATCATTGTGACCTTTTCTTTT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-CAATTATTTATTT-CAAATCGTTATGACCTTTTGTTTT
* * * *
65379 GTAATAAAACAATTG-TTCAGTTTATATAAGCTTATTT-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
64 GTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * * *
65442 TATTTTAAAAATTAATGGAGTAAGAGAATTAAAAAATTAAATCTATTTACC-AATCA
128 TATTTCAAAAATTAAT-AAGTAAAAGATTTAAAAAA-TAAATATTTTTACCGAA-CA
* * * * *
65498 TGTTCAAATAGTTATGACTATCTGAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGACCTTTTGTTTTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * *
65563 CATAAAACAATTGGTTCTGTTCATGCAAGCTTATTTTGAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATA
66 CATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATA
* *
65627 -TTCTAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTTAAAAATAAATATGTTTT-CTGAACA
130 TTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATAT-TTTTACCGAACA
* * * *
65678 TGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTAGTTTTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
** * * * *
65743 CATAAGCCAATTGTTTC-ATTCATAAAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAA-AA
66 CATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* *
65806 TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT-TTGTTTACTGAACG
131 TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATT-TTTACCGAACA
* * ** * * * * *
65857 AGTTCGAATAGTTATGACCATTCAAATAATTATTTATTTCAAATCATTTTGATCTTTAGTTTTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * ** *
65922 CATAAAACAA-T-TTTCTATTCATTCAATTTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-
66 CATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* *** ** *
65984 TTCTAAAATTAATAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATATGCTTACTGAACA
131 TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATTTTTACCGAACA
* * ** * *
66035 AGTTCAAATAGTCATGTCTATTTGAATTATTATCT-TTTCAAATCTTTAT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTAT
Statistics
Matches: 1067, Mismatches: 198, Indels: 84
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
172 19 0.02
173 14 0.01
174 33 0.03
175 69 0.06
176 3 0.00
177 21 0.02
178 135 0.13
179 151 0.14
180 128 0.12
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182 113 0.11
183 80 0.07
184 35 0.03
ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
CATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATTTTTACCGAACA
Found at i:65040 original size:501 final size:499
Alignment explanation
Indices: 64092--65090 Score: 1113
Period size: 501 Copynumber: 2.0 Consensus size: 499
64082 TCTTTTTACT
* *
64092 AAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTTATATTGTTATAACATTTTAT
1 AAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACATTTTAT
* *
64157 TCTATAATAAAAAAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAGT
66 TCTATAATAAAAAAATGGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACCAATTTAGT
* * * *
64222 AATATTGTGAAAATTAATAACTAAGAAATTTTAAAAATAAATATGTTTGCTAAACCAATTCAAAC
131 AATATTGTCAAAATTAATAACTAAGAAAATTTAAAAATAAATATGTTTACCAAACCAATTCAAAC
* * * **
64287 AGTTAAGACTATATGAATAATTATTTAACTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACTA
196 AGTCAAGACTATATGAATAATTATTTAACTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAAAA
* * ** * * * * *
64352 ATTATTTTAGCTTATAGAAATTTATTCGGAATATAGTAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAAAT
261 ATCATTTTAGCTTATAGAAACTTATTCAAAATAAAATAAAACTAAGTTATCAATATTCCAAAAAT
* *
64417 TTATAAGAGATTTAGAAAATAATTCTATTTACAGAATCAGTTCAAATAATTATAACTTTTTAAAC
326 TTATAAGAGATTCAAAAAATAATTCTATTTACAGAATCAGTTCAAATAATTATAACTTTTTAAAC
* *
64482 AATTATCTATTTCAAATCATTATTACTTTTTATTTTGTAATAAAACAATATTTTTTTTTGTTAAT
391 AATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTATTTTGTAAT--AACAATATTTTTTTTTGTTAAT
64547 ATAAGTTTGTTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTATC
454 ATAAGTTTGTTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTATC
* * * * * * *
64593 AAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAGCATTTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGT
1 AAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACATTTTAT
* * * * * * * * *
64658 TGTGTTATAAAACAATGGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATACCAATTTATT
66 TCTATAATAAAAAAATGGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACCAATTTAGT
* * *
64723 AATATT-TCAACAATTAATAACTAA-AAAATTTAAAACATAAATATTTTTACCGAACTAGA-TCA
131 AATATTGTCAA-AATTAATAACTAAGAAAATTTAAAA-ATAAATATGTTTACCAAACCA-ATTCA
* * * **
64785 AATAGTCATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAA
193 AACAGTCAAGACTATATGAATAATTATTTAACTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAA
* * * * * *
64850 AAAATCA-TTTCGGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAAGTTATCAATATTCCAA
258 AAAATCATTTTAGCTT-ATAGAAACTTATTCAAAATAAAATAAAACTAAGTTATCAATATTCCAA
* * *
64914 AAATTAATAATTAAGAGATTCAAAAAATGAATT-TGTTTA-ACGAA-CAAGTTTAAATAATTATG
322 AAATT--T-A-TAAGAGATTCAAAAAAT-AATTCTATTTACA-GAATC-AGTTCAAATAATTATA
* * * * * *
64976 A-TTGTTTGAACAATTATTTATTTGAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCAT-A-AATGATTTT
380 ACTT-TTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTATTTTGTAATAACAAT-ATTTT
* * * * * * *
65038 TTTTCTATTCATACAAGCTTATT-ATTAATAAAATAAGAC-AATTTATTAATATT
443 TTTT-TGTTAATATAAGTTTGTTCA-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
65091 AAAGACAATT
Statistics
Matches: 411, Mismatches: 72, Indels: 29
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
500 19 0.05
501 253 0.62
502 26 0.06
503 26 0.06
504 5 0.01
505 78 0.19
506 4 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (499 bp):
AAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACATTTTAT
TCTATAATAAAAAAATGGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACCAATTTAGT
AATATTGTCAAAATTAATAACTAAGAAAATTTAAAAATAAATATGTTTACCAAACCAATTCAAAC
AGTCAAGACTATATGAATAATTATTTAACTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAAAA
ATCATTTTAGCTTATAGAAACTTATTCAAAATAAAATAAAACTAAGTTATCAATATTCCAAAAAT
TTATAAGAGATTCAAAAAATAATTCTATTTACAGAATCAGTTCAAATAATTATAACTTTTTAAAC
AATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTATTTTGTAATAACAATATTTTTTTTTGTTAATAT
AAGTTTGTTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTATC
Found at i:65640 original size:537 final size:537
Alignment explanation
Indices: 64600--66020 Score: 1618
Period size: 537 Copynumber: 2.6 Consensus size: 537
64590 ATCAAACCAG
* * * *
64600 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAGCATTTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTGTGTTA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGAC-TTTTGTTTTGTCA
* * *
64665 TAAAACAATGGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATACCAATTTATTAATATTT
65 TAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * * * * *
64730 CAACAATTAATAACTAAAAAATTTAAAACATAAATATTTTTACCGAACTAGATCAAATAGTCATG
130 CAACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA-CGAACAAGTTCAAATAGTCATG
* * *
64795 ACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAAAAATCATTT
194 ACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT--TTT
* * * * * * *
64860 CGGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAAGTTATCAATATTCCAAAAATTAATAAT
257 CAGTTCATATAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG
* * * * * * * *
64925 TAAGAGATTCAAAAAATGAATTTGTTTAACGAACAAGTTTAAATAATTATGATTGTTTGAACAAT
322 TAAGAGATTCAAAAAATAAATCTATTTAACCAACAAGTTCAAATAATTATGACTATCTGAACAAT
* * * * ** * **
64990 TATTTATTTGAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAATGATTTTTTTTCTATTCATACAAG
387 TATCTATTTCAAAACATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACATATTGGTTCTATTCATACAAG
*
65055 CTTATTATTAATAAAATAAGACAATTTATTAATATTAAAGACAATTAATAAGTAAAAGA-TCT-A
452 CTTATTATTAATAAAATAAGAAAATTTATTAATATTAAAGACAATTAATAAGTAAAA-ATTCTAA
*
65118 AT-AA-AT-CTACCCGACCAAC
516 ATAAATATGCTACCCGAACAAC
**
65137 TTCAAATCTTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGATCTTTTGTTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA-CTTTTGTTTTGTCA
* * *
65202 TAAAATAATTATTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAA-AA-ATTAATTTATTAATATTT
65 TAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * *
65265 CTACAAGTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATGGTCATG
130 CAACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA-CGAACAAGTTCAAATAGTCATG
* * * * *
65330 AGTATTTGAATAAATTAATTATTTCCAAATCATTGTGACCTTTTCTTTTGTAATAAAACAATTGT
194 ACTATTTGAAT-AATTATTTATTT-CAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-T
* * * *
65395 TCAGTTTATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATGG
256 TCAGTTCATATAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAAT-A
* *
65460 AGTAAGAGAATT-AAAAAATTAAATCTATTT-ACCAATCATGTTCAAATAGTTATGACTATCTGA
320 AGTAAGAG-ATTCAAAAAA-TAAATCTATTTAACCAA-CAAGTTCAAATAATTATGACTATCTGA
* *
65523 ACAATTATCTATTTCAAAACATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA-ATTGGTTCTGTTCAT
382 ACAATTATCTATTTCAAAACATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACATATTGGTTCTATTCAT
* * *
65587 GCAAGCTTATT-TTGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTCTAA-A-AATTAATAAGTAAAA
447 ACAAGCTTATTATT-AATAAAATAAGA-AAATTTATTAATATT-AAAGACAATTAATAAGTAAAA
* * ** * **
65649 ATTTTAAAAATAAATATGTTTTCTGAACATG
509 ATTCT--AAATAAATATGCTACCCGAACAAC
* *
65680 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTAGTTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA-CTTTTGTTTTGTCA
** * * ** * *
65745 TAAGCCAATTGTTTC-ATTCATAAAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAA-AATT
65 TAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * * * *
65808 CAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACGAGTTCGAATAGTTATG
130 CAACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAC-GAACAAGTTCAAATAGTCATG
* ** * * *
65873 ACCATTCAAATAATTATTTATTTCAAATCATTTTGATCTTTAGTTTTGTCATAAAACAATTTTCT
194 ACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTC-
**
65938 A-TTCAT-TCAATTTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAATTAATAAG
258 AGTTCATAT-AAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG
** *
66000 TTGGAGATTTAAAAAATAAAT
322 TAAGAGATTCAAAAAATAAAT
66021 ATGCTTACTG
Statistics
Matches: 744, Mismatches: 116, Indels: 48
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
535 82 0.11
536 71 0.10
537 201 0.27
538 102 0.14
539 12 0.02
540 48 0.06
541 36 0.05
542 36 0.05
543 144 0.19
544 12 0.02
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (537 bp):
TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTGTTTTGTCAT
AAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC
AACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACGAACAAGTTCAAATAGTCATGAC
TATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTCAGT
TCATATAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAG
AGATTCAAAAAATAAATCTATTTAACCAACAAGTTCAAATAATTATGACTATCTGAACAATTATC
TATTTCAAAACATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACATATTGGTTCTATTCATACAAGCTTA
TTATTAATAAAATAAGAAAATTTATTAATATTAAAGACAATTAATAAGTAAAAATTCTAAATAAA
TATGCTACCCGAACAAC
Done.