Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019168346.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_568, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
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Found at i:328 original size:181 final size:181
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Period size: 181 Copynumber: 22.8 Consensus size: 181
1 TTTTAAATCTCTTAC-TATT--TTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTC-AA-AA
1 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAA
* * * ** *
59 ACTTATATTAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAA--TAATAACGATTTGAAATAGATA
66 GCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATA
* * * * *
121 ATTGTGCAAATAGTTATAATTATTTGAACTGGTTTTGTAAATAGAATTATT
131 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAATAGATTTATT
* * * * * *
172 TTCTAAATCCCTTACTTATAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATTTTATTCTATTTCGAATAA
1 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAA
* * * * * *
237 GCTTGTATGAGCTGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTTATAACAATTTGAAATAAATA
66 GCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATA
* * * * **
302 ATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTGGATCGACAAAT-GAATTTATT
131 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAATAG-ATTTATT
* * * *
353 TTTTAAATCT-TATAGTTATTAATTTTT-AGAATATTACTAAATTATTATT-GTTTA-TTCTGAA
1 TTTTAAATCTCT-TACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAA
* * * * * * * **
414 TAAGCTTGTATGAGC-AAAAAAATTGTTTTATGATAGAA-TAAAGGTTATAAAAATTTGAAATAG
63 TAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAG
* * *** * *
477 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTGGTTTAACAAATTGATTTGTT
128 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAATAGATTTATT
* * *
531 TTTTAAA--T-TT-CTTATTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAGAAAAA
1 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAA
* * * * * *
592 GCTTGTATG--TTGAAAACAATTTTTTTATGATAAAACAAAAGGTAATAATGATTTAAAATAGAT
66 GCTTGTATGAACTG-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGAT
* * * * * * * * * *
655 AGTTATTTAAATGGCCATGATTATTTGAA-TGATTCGATAAACT-GATTTATT
130 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAA-TAGATTTATT
* * * * *
706 TTTTAAATTTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGGATAA
1 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAA
* * * * * *
771 GCTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAATGGTCATAATGATTTTAAATAGATA
66 GCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATA
* * * *
836 ATTGTTGAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACATATTTATT
131 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAATAGATTTATT
* * * * *
887 TTCTCAAATCTCATGCCTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTGAA
1 TT-TTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAA
* * ** * * ** * *
950 TAAACTTGTATGAATTGAAATGATTATTATAT-A-ACTA-AAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAG
63 TAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAG
* * * * * * * *
1012 ATAACTATTCTACTAGTCATAACTATTTGAACTGATTTGGCAAACACATTTATT
128 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAATAGATTTATT
* * *
1066 TTTTAAA--AC-T-CTTATTAATTTTAG-AATATTATTAAATTAGTATTATTTTTATTT-GAATA
1 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTCGAATA
* * * * * * *
1125 AGCTTGTATGATCAT-AAACAATTGTTTTATGAGAAAAAAGAAAGATCATAATGATTTGAGATTG
65 AGCTTGTATGAAC-TGAAACAATTGTTTTATGACAAAACA-AAAGGTCATAACGATTTGAAATAG
* * * * * * **** * * *
1189 ATATTTATTCAAATAATCACAACTATTTGAAGTAGTTCAAAAAATAGCTTCAGT
128 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAATAGATTTATT
* * * *
1243 TTTTAAATCTCTTGCTTATT-ACTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTGTTATTTTATTTC-AGATA
1 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGA-ATA
* * * * *
1306 AGTTTTTATGTACTTAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGACTTT-AAACAGA
65 AGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGA-TTTGAAATAGA
* * *
1370 TAATTATTCAAATAGTCA-AATCTATTTCAACTTGG-TTGGCAAATAGATTTATTT
129 TAATTGTTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAAC-TGGTTTGGTAAATAGATTTA-TT
* * * * * * * *
1424 TTTTAAATGTATT-GTTCATTACTTTTTCG-AATGTTAAAAAATTAATATTATTTTATTTTGAAT
1 TTTTAAATCTCTTACTT-ATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAAT
* * * * * *
1487 AAGCTTATATGAACTGAAATAATTGTTTTATGACTAAACAAAAAGTTAAAACGATTTGAAATAGA
64 AAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGA
** * * * * * ** *
1552 TCGTTATTCTAATAGTCCTAACTACTTGAACTAGTTTGACAAATACATTTATT
129 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAATAGATTTATT
* * * * * * * *
1605 TTTTAAATTTCTTACTTACTAATTTTTGGAATATTATTTAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAA
1 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAA
** * * * * * *
1670 GCTTGTATGAAAGGAAACAATTGTTTTTTGAC-AAA-ATAAGATCATAAAGATTTTAGATAGATA
66 GCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATA
* * *
1733 ATTGTTCAAATAGTCATAAATATTTGAATTGTTTTGGTAAATAGATTT-TGT
131 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAATAGATTTAT-T
* ** * * *
1784 TTTTAAATCTC-T--TT-TTAATTATCAAAATCTTAATATATAAGTATTATTTT-TTT-GAATAA
1 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAA
** * * * * * * * *
1843 TTTTGCATAAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAATATGTCATTATGATTTGAAATAGATA
66 GCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATA
* * * * * *
1908 ATAGTTCAAATGGACATGACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATT
131 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAATAGATTTATT
** * * *
1959 TTTTAAATCTCAAACTTA-TAATTTTT-AGAATACTAATAAATTAGTTTTATTTTATTTCAAATA
1 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATA
** * * * *
2022 AAATTGT-TGGAA-TAGAAACAATTGTTTTATG----AA-AAAAGATCATAATGATTTAAAATAA
65 AGCTTGTAT-GAACT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAG
* * *
2080 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGCTTGGTAAATAAATTTATT
128 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAATAGATTTATT
* * * * * * * * * *
2134 TTTTAAATCTTTTGCTTACTAATTTTTGGAATTTTAATAAATTTGCATTATTTTATGTCAAAAAA
1 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATA
* * * * * * * *
2199 AGGTTTTA-CAAATAGAAATAATTGGTTTATGACCAAAA-AAAATGTCATAACAATTTGAAATAG
65 AGCTTGTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAG
* **** * *
2262 ATAATTCTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-GTGTTCAAAAAACATATTTATT
128 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTG-GTTTGGTAAATAGATTTATT
* * * * *
2316 TTTTAAAAT-T-TTACTTATTAGTTTTTGGACTATTAATAAAGTTA-AAATATTTTATTT-GAAA
1 TTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCG-AA
* * * * *
2377 TAAGCTTGCATGAA-TAGAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGGTTATAATGTTTTGAAAT
63 TAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAACGATTTGAAAT
* * * * ** * * *
2441 AGATAATTGTTTAGATAATCATAGCTATTTGAACTTATTCGGTAAACATATATT-TT
126 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAATAGAT-TTATT
* * * * * * * *
2497 ATTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTAGGAATATTAATAAATTAGTATTATCTTACTTCAAATAA
1 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAA
* * * * *
2562 GCTTATATGAACTGAAACAAGTGTTTTATTG-CAAAAGAAACGGTCATAATGATTTGAAATAGAT
66 GCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTA-TGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGAT
* * * * ** ** *
2626 AATTATTCAAATAGCCATGACTATTTGAAATTATTCAGTAAATATATTTATT
130 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAATAGATTTATT
* * ** * * * * *
2678 TTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTTACAAATTAATATTATTTTAATCCGAATAA
1 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAA
* * * * * * * *
2743 ACTTGTATGAACAT-AAATAATTGTTCTATAACAAAACAAAA-ATCATAACAAGTTGAAATAAAT
66 GCTTGTATGAAC-TGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGAT
** * ** * *
2806 AATTACT-AAATAGTCATAACGATTTGAACTTATTTAGTAAACAGATTTATT
130 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAATAGATTTATT
* *
2857 TTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTT--AATATTAAAAAATTTA-TATTATTTTATTT-GAA
1 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-T-TTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCG-A
* * * * * * * *
2918 ATAAGCTTGGATGAACAGAAAAAATT-TTTT-TTACAAAACAAAAGGTTAT-GCTATTTCAAATA
62 ATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATA
* ** * * * * *
2980 GATAATTATTCAAAT-GATCATAGTTATTT-AAATATGTTTAGTAAACAGATTCATT
127 GATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACT-GGTTTGGTAAATAGATTTATT
* * * *
3035 TTTTAAATCTCTTTA-TTATTAATTTTTGGATTATTAATATATTAGTATTATTTTATTTTGAATA
1 TTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATA
* * * * * * *
3099 AGCTTATATGAATTGGAATAATTCTTTTATGACAAGACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGAT
65 AGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGAT
* * * ** * *** * *
3164 AATTATTCAAATAGTCATGATTATTTGGTCTAGTTCAATAAACATATTTATT
130 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAATAGATTTATT
* * ** * * *
3216 TTTAAAAT-T-TTAGACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCAAAT
1 TTTTAAATCTCTT--ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAAT
* * * * * *
3279 AAACTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATAACAGAACAAAAAGTCATAATGATTT-AAATAA
64 AAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAG
* * * *
3342 ATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTTGATAAATAGATTTATT
128 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAATAGATTTATT
* * * *
3396 TTTTAAA--TC--ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGACTATTATTACTTTA-TTC---TGA
1 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAAT-A
** ** * * * *
3453 A-C----A--AACCAAAATGATTAG--GTA-AACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATATA
65 AGCTTGTATGAACTGAAACAATT-GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGA
** * * * * *
3508 TAATACTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAAACTAGTTAGGTAAATAGAATAAGT
129 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG--AACTGGTTTGGTAAATAGATTTATT
* * * * * * *
3563 TTTTAAATATCTTATTTATTATTTTTTGAAATATTAGTAAATTCA-TTTTATTTTATTCCAAATA
1 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTCGAATA
* * * * * * * *
3627 GGCTAGTATGAATTCAAACAAACCTCTTTTATGACAAAATAAAA-GTCATAACGATTTGAAATAA
65 AGCTTGTATGAACTGAAAC-AA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAG
* ** * * * * *
3691 ATAATTGTTCATATAGTTTTAAATATTTGAACTGGCTTGGCAAACAAATTTATT
128 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAATAGATTTATT
* * * * *
3745 TTTTAATTCTCTTAGTTATTAACTTTTGGAATA-T--T--ATTAG----A---T-TTTCAAATAA
1 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAA
* ** * * * * * ** *
3797 ACTTGTATGAACAAAAATAATTATTTTATGACAAACCAAAAGGTTATAACGATTTGAAGTTTACA
66 GCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATA
* * * *
3862 ATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAATTAGTTTGGTAAATAAATTTATT
131 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAATAGATTTATT
* *
3913 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTTTTATTTTATTTCGAATAA
1 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAA
* * * * *
3978 GCTTGTATGAACTAAAATC-ATTTTTTTATGATAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATATAT
66 GCTTGTATGAACTGAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGAT
4042 AATTGTT
130 AATTGTT
4049 TTGAACCACT
Statistics
Matches: 3040, Mismatches: 668, Indels: 328
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
164 24 0.01
165 32 0.01
166 8 0.00
167 45 0.01
168 90 0.03
169 23 0.01
170 1 0.00
171 47 0.02
172 8 0.00
173 87 0.03
174 53 0.02
175 271 0.09
176 130 0.04
177 133 0.04
178 242 0.08
179 343 0.11
180 322 0.11
181 737 0.24
182 373 0.12
183 18 0.01
184 43 0.01
185 10 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (181 bp):
TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAA
GCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATA
ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAATAGATTTATT
Found at i:3056 original size:357 final size:361
Alignment explanation
Indices: 2526--3412 Score: 861
Period size: 357 Copynumber: 2.5 Consensus size: 361
2516 TAATTTTAGG
* * * * * ** * * *
2526 AATATTAATAAATTAGTATTATCTTACTTCAAATAAGCTTATATGAACTGAAACAAGTGTTTTAT
1 AATATTAAAAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAACTTGGATGAACAGAAAAAATTGTTTTAT
** * ** *
2591 TGCAAAAGAAACGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGCCAT-GACTATTTGAA
66 AACAAAACAAAAAGTCATAATGATTT-AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAG-CTATTT-AA
* * * *
2655 AT-TATTCAGTAAATATATTTATTTTTTAAATCT-TTTACTTATTAATTGTCAAAATATTTACAA
128 ATATGTTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTTA-TTATTAATTGTCAAAATATTAACAA
* *
2718 ATTAATATTATTTTAATCCGAATAAACTTGTATGAACAT-AAATAATTGTTCTATAACAAAACAA
192 ATTAATATTATTTTAATCCGAATAAACTTATATGAA-ATGAAATAATTCTTCTATAACAAAACAA
* *
2782 AAA-TCATAACAAGTTGAAATAAATAATTACT-AAATAGTCATAACGATTTGAACTTA-TTTAGT
256 AAAGTCATAACAAGTTGAAATAAATAATTACTCAAATAGTCATAACGATTTGAAC-TAGTTCAAT
* * **
2844 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTTT-TACTTATTAATTGTCTT
320 AAACAGATTTATTTTTAAAAT-TTTAGACTTATTAATTGTCAA
* ** *
2886 AATATTAAAAAATTTA-TATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGGATGAACAGAAAAAATT-TTTT-
1 AATATTAAAAAA-TTAGTATTATTTTAATCCAAATAAACTTGGATGAACAGAAAAAATTGTTTTA
* * * ** *
2948 TTACAAAACAAAAGGTTATGCT-ATTTCAAATAGATAATTATTCAAAT-GATCATAGTTATTTAA
65 TAACAAAACAAAAAGTCATAATGATTT-AAATAGATAATTATTCAAATAG-TCATAGCTATTTAA
* * * *** * * *
3011 ATATGTTTAGTAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTTATTATTAATTTTTGGATTATTAATATA
128 ATATGTTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTTATTATTAATTGTCAAAATATTAACAAA
* * ** * * * * * *
3076 TTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAATTGGAATAATTCTTTTATGACAAGACAAAA
193 TTAATATTATTTTAATCCGAATAAACTTATATGAAATGAAATAATTCTTCTATAACAAAACAAAA
* * * * * ** **
3141 AGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGATTATTTGGTCTAGTTCAATAAA
258 AGTCATAACAAGTTGAAATAAATAATTACTCAAATAGTCATAACGATTTGAACTAGTTCAATAAA
*
3206 CATATTTATTTTTAAAATTTTAGACTTATTAATTGTCAA
323 CAGATTTATTTTTAAAATTTTAGACTTATTAATTGTCAA
* * * *
3245 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTAT
1 AATATTAAAAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAACTTGGATGAACAGAAAAAATTGTTTTAT
* * * * *
3310 AACAGAACAAAAAGTCATAATGATTTAAATAAATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTAAACT
66 AACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAGCTATTTAAA-T
*
3375 A-GTTT-GATAAATAGATTTATTTTTTAAATCAC-TTATTA
130 ATGTTTAG-TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTTATTA
3413 ATTTTTGAAA
Statistics
Matches: 429, Mismatches: 81, Indels: 34
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
356 6 0.01
357 128 0.30
358 53 0.12
359 104 0.24
360 56 0.13
361 75 0.17
362 7 0.02
ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (361 bp):
AATATTAAAAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAACTTGGATGAACAGAAAAAATTGTTTTAT
AACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAGCTATTTAAATA
TGTTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTTATTATTAATTGTCAAAATATTAACAAATTA
ATATTATTTTAATCCGAATAAACTTATATGAAATGAAATAATTCTTCTATAACAAAACAAAAAGT
CATAACAAGTTGAAATAAATAATTACTCAAATAGTCATAACGATTTGAACTAGTTCAATAAACAG
ATTTATTTTTAAAATTTTAGACTTATTAATTGTCAA
Found at i:3107 original size:538 final size:536
Alignment explanation
Indices: 25--6286 Score: 2337
Period size: 536 Copynumber: 11.8 Consensus size: 536
15 CTATTTTTTT
* * * * * *
25 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTC-AA-AAACTTATATTAACAAAAACAATTGTTTTA
1 AAATATTTATAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTA
* * * * * * *
87 TGAC-AAAAAAAATAATAACGATTTGAAATAGATAATTGTGCAAATAGTTATAATTATTTGAACT
66 TAACAAAAAAAAATCATAACAATTTGAAATAAATAATTCT-CAAATAGTCATAACTATTTGAACT
** * * * * ** *
151 GGTTTTGTAAATAGAATTATTTTCTAAATCCCTTACTTATAAATTT-TTGAAATATTAATAAATT
130 TATTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTCTT--AATATTAATAAATT
* * * * * * *
215 AATTTTATTCTATTTCG-AATAAGCTTGTATGAGCTGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
193 -ATATTATTTTATTT-GAAATAAGCTTGCATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAG
* ** * * * * * * * * **
279 TTTATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCATAT-AGTCTTAACTATTTGAACTGGATCGACAAA
256 GTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGA-TCATAGCTATTTGAACTTGTTTGGTAAA
* * * * * * *
343 -TGAATTTATTTTTTAAATCT-TATAGTTATTAATTTTTAGAATATTACTAAATTATTATT-GTT
320 CAG-A-TTATTTTTTAAATCTCTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTT
* * * * * * * * * * **
405 TA-TTCTGAATAAGCTTGTATGAGC-AAAAAAATTGTTTTATGATAGAA-TAAAGGTTATAAAAA
383 TATTTC-AAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGA
* * * * ** *
467 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTGGTTTAACAAAT-TGATTTGTT
447 TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAACTATTTGAATTAG-TTAGTAAATAT-ATTTATT
* * **
531 TTTTAAA--TTT-CTTATTAATTCTTG
510 TTTTAAATTTTTACTTACTAATTGTCA
* ** * *
555 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTAGAA-AAAGCTTGTATG--TTGAAAACAATTTTT
1 AAATATTTATAAATTAGTATTATTTTAATCCA-AATAAA-CTTGTATGAATAG-AAACAATTGTT
* * * * ** * * * * * * * * *
616 TTATGATAAAACAAAAGGTAATAATGATTTAAAATAGATAGTTATTTAAATGGCCATGATTATTT
63 TTATAACAAAA-AAAA-ATCATAACAATTTGAAATAAATAATT-CTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * *
681 GAA-TGA-TTCGATAAACTGATTTATTTTTTAAAT-TTCTTGCTTATTAATTT-TTGAAATATTA
125 GAACTTATTTAG-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAATTTCTT--AATATTA
* * ** * *
742 ATAAAGTAGTATTATTTTATTTTG-GATAAGCTTTTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGATAA
186 ATAAATTA-TATTATTTTA-TTTGAAATAAGCTTGCATGAAC-AGAAACAATTATTTTATGACAA
* * * * * *
805 AACAAATGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTGAAAT-AGTCATAACTATTTGAACTTGT
248 AACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGA-TCATAGCTATTTGAACTTGT
* * * * * * *
869 TTGGTAAACATATTTATTTTCTCAAATCTC-ATGCCTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAG
312 TTGGTAAACAGA-TTATTTT-TTAAATCTCTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAG
* * * * ** * * ** *
933 TATTATTTTA-TTCTGAATAAACTTGTATGAATTGAAATGATTATTATAT-A-ACTA-AAAAGGT
375 TATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGT
* * * * * * * * * * * *
994 CAAAATGATTTGAAATAGATAACTATTCTACTAGTCATAACTATTTGAACTGATTTGGCAAACAC
439 CATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAACTATTTGAA-TTAGTTAGTAAATAT
** * *
1059 ATTTATTTTTTAAA--ACT-CTTATTAATT-TTA
503 ATTTATTTTTTAAATTTTTACTTACTAATTGTCA
* * *** * *
1089 GAATA-TTATTAAATTAGTATTATTTTTATTTGAATAAGCTTGTATG-ATCATAAACAATTGTTT
1 AAATATTTA-TAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAACTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTT
** * ** * * * *
1152 TATGAGA-AAAAAGAAAGATCATAATGATTTGAGATTGATATTTATTCAAATAATCACAACTATT
64 TAT-A-ACAAAAA-AAA-ATCATAACAATTTGAAATAAATAATT-CTCAAATAGTCATAACTATT
* * ** * * * * * * * *
1216 TGAA-GTAGTTCAAAAAATAGCTTCAGTTTTTAAATCTCTTGCTTATTACTTT-TGAAATATTAA
124 TGAACTTA-TTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTCT-TAATATTAA
* * * * * ** * ** *
1279 TAAAGTAGTGTTATTTTATTTCAGATAAGTTTTTATGTACTTAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
187 TAAATTA-TATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGCATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAAC
* * * * * * *
1344 AAAAGGTCATAACGACTTT-AAACAGATAATTATTCAAAT-AGTCAAATCTATTTCAACTTGGTT
251 AAAAGGTTATAATGA-TTTGAAATAGATAATTATTCAAATGA-TCATAGCTATTTGAACTTGTTT
* * * * * * * * * *
1407 GGCAAATAGATTTATTTTTTTAAATGTATTGT--TCATTACTTTTTCGAATGTTAAAAAATTAAT
314 GGTAAACAGA-TTA-TTTTTTAAATCTCTT-TACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGT
** * * *
1470 ATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACTGAAATAATTGTTTTATGACTAAACAAAAAGTTA
376 ATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCA
* ** * * * * * *
1535 AAACGATTTGAAATAGATCGTTATTCTAATAGTCC-TAACTACTTGAACTAGTTTGACAAATACA
441 TAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG-CCATAACTATTTGAATTAGTTAG-TAAATATA
* **
1599 TTTATTTTTTAAATTTCTTACTTACTAATTTTTG
504 TTTATTTTTTAAATTT-TTACTTACTAATTGTCA
* * *
1633 GAATA-TTATTTAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAA-AGGAAACAATTGTTT
1 AAATATTTA-TAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAACTTGTATGAATA-GAAACAATTGTTT
* * * * * * * * *
1696 TTTGACAAAATAAGATCATAA-AGATTTTAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAATATTTGA
64 TATAACAAAAAAAAATCATAACA-ATTTGAAATAAATAATT-CTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * * ** *
1760 A-TTGTTTTGGTAAATAGATTT-TGTTTTTAAATC---T-CTTTTTAATTATCAAAATCTTAATA
127 ACTT-ATTTAGTAAACAGATTTAT-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-TCTTAATATTAATA
* * ** *
1819 TATAAGTATTATTTT-TTTG-AATAATTTTGCATAAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAA
189 AATTA-TATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGCATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAA
* * * *
1882 TATGTCATTATGATTTGAAATAGATAA-TAGTTCAAATGGA-CAT-GACTATTTGAACTTGTTTG
253 AAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAAT-GATCATAG-CTATTTGAACTTGTTTG
** * * *
1944 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTC-AAACTTA-TAATTTTTAGAATACTAATAAATTAGTTTT
315 GTAAACAGA-TTATTTTTTAAATCTCTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATT
** * *
2007 ATTTTATTTCAAATAAAATTGT-TGGAA-TAGAAACAATTGTTTTATG---AAA-AAAGA-TCAT
379 ATTTTATTTCAAATAAGCTTATAT-GAACT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCAT
* * * * * * *
2065 AATGATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GCTTGGTAAATAAAT
442 AACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAACTATTTGAA-TTAG-TTAGTAAATATAT
* * **
2129 TTATTTTTTAAATCTTTTGCTTACTAATTTTTG
505 TTATTTTTTAAAT-TTTTACTTACTAATTGTCA
* * * * * * * ** * *
2162 GAAT-TTTAATAAATTTGCATTATTTT-ATGTCAAAAAAAGGTTTTACAAATAGAAATAATTGGT
1 AAATATTT-ATAAATTAGTATTATTTTAAT-CCAAATAAA-CTTGTATGAATAGAAACAATTGTT
* * *
2225 TTATGACCAAAAAAAATGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTCTTCAAATAGTCATAACTATTT
63 TTAT-AACAAAAAAAA-ATCATAACAATTTGAAATAAATAATTC-TCAAATAGTCATAACTATTT
* * * ** * * * *
2290 GAACGTGTTCAAAAAACATATTTATTTTTTAAA-ATTTTACTTATTAGTTT-TTGGACTATTAAT
125 GAACTTATTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTCTT--AATATTAAT
* * * * *
2353 AAAGTTAAAATATTTTATTTGAAATAAGCTTGCATGAATAGAACCAATTGTTTTATGACAAAACA
188 AAA-TTATATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGCATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAAC-
* * * * * * *
2418 AAAAGGTTATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTTAGATAATCATAGCTATTTGAACTTATTCGG
251 AAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGATCATAGCTATTTGAACTTGTTTGG
* * * *
2483 TAAACATA-TATTTTATTTAAT-TCTCTTACTCATTAATTTTAGGAATATTAATAAATTAGTATT
316 TAAACAGATTATTTT-TTAAATCTCT-TTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * **
2546 ATCTTACTTCAAATAAGCTTATATGAACTGAAACAAGTGTTTTATTG-CAAAAGAAACGGTCATA
379 ATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTGTTTTA-TGACAAAACAAAAAGTCATA
* *
2610 ATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATGACTATTTGAAATTA-TTCAGTAAATATATT
443 ACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAACTATTTG-AATTAGTT-AGTAAATATATT
*
2674 TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCA
506 TATTTTTTAAAT-TTTTACTTACTAATTGTCA
* * * * * * *
2706 AAATATTTACAAATTAATATTATTTTAATCCGAATAAACTTGTATGAACATAAATAATTGTTCTA
1 AAATATTTATAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTA
* *
2771 TAACAAAACAAAAATCATAACAAGTTGAAATAAATAATTACT-AAATAGTCATAACGATTTGAAC
66 TAACAAAA-AAAAATCATAACAATTTGAAATAAATAATT-CTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
*
2835 TTATTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTTAATATTAAAAAATT
129 TTATTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-TCTTAATATTAATAAA-T
* * *
2900 TATATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGGATGAACAGAAAAAATT-TTTT-TTACAAAACAAAAGG
192 TATATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGCATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGG
** * * * *
2963 TTATGCT-ATTTCAAATAGATAATTATTCAAATGATCATAGTTATTT-AAATATGTTTAGTAAAC
257 TTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGATCATAGCTATTTGAACT-TGTTTGGTAAAC
* *
3026 AGATTCATTTTTTAAATCTCTTTA-TTATTAATTTTTGGATTATTAATATATTAGTATTATTTTA
321 AGATT-ATTTTTTAAATCTCTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
** * * * * *
3090 TTTTGAATAAGCTTATATGAATTGGAATAATTCTTTTATGACAAGACAAAAAGTCATAACGATTT
385 TTTCAAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTT
* * * * * *
3155 GAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGATTATTTG-GTCTAGTTCAATAAACATATTTATTTTT
450 GAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAACTATTTGAAT-TAGTT-AGTAAATATATTTATTTTT
* * *
3219 AAAATTTTAGACTTATTAATTGTCA
513 TAAATTTT-TACTTACTAATTGTCA
*
3244 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTA
1 AAATATTTATAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTA
* ** * * *
3309 TAACAGAACAAAAAGTCATAATGATTT-AAATAAATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTAAA
66 TAACA-AA-AAAAAATCATAACAATTTGAAATAAATAATT-CTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
*
3373 C-TAGTTT-GATAAATAGATTTATTTTTTAAATC----ACTTATTAATTT-TTGAAATATTAATA
128 CTTA-TTTAG-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTCTT--AATATTAATA
* * * ** *
3431 GACTATTATTACTTTATTCTGAACA-AA-C---CA--AA-ATG-----ATTA-GGTA-AACAAAA
189 AATTA-TATTATTTTATT-TGAA-ATAAGCTTGCATGAACA-GAAACAATTATTTTATGACAAAA
* * * *
3481 CAAAAGGTCATAATGATTTGAAATATATAA-TACTTCAAAT-AGTCATAACTATTTGAAAACTAG
250 CAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAATGA-TCATAGCTATTTG--AACTTG
* * * * * * * * *
3544 TTAGGTAAATAGAATAAGTTTTTAAATATC-TTATTTATTATTTTTTGAAATATTAGTAAATTCA
311 TTTGGTAAACAG-ATTATTTTTTAAATCTCTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATT-A
* * * * * * * *
3608 -TTTTATTTTATTCCAAATAGGC-TAGTATGAATTCAAACAAACCTCTTTTATGACAAAA-TAAA
374 GTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTA-TATGAACTGAAAC-AA-TTGTTTTATGACAAAACAAAA
* * * *** * * * * *
3670 AGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCATATAGTTTTAAATATTTGAACTGGCTTGGCAAA
436 AGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAACTATTTGAATTAG-TTAGTAAA
* * * * *
3735 CAAATTTATTTTTT-AA-TTCT-CTTAGTTA-T-T--
500 TATATTTATTTTTTAAATTTTTACTTACTAATTGTCA
* ** * * * * * *
3765 AACT-TTT-GGAA-TATTATTAGATTT--T-CAAATAAACTTGTATGAACAAAAATAATTATTTT
1 AAATATTTATAAATTAGTATTA-TTTTAATCCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTT
* ** * * * ** * * *
3824 ATGACAAACCAAAAGGTTATAACGATTTGAAGTTTACAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGA
65 ATAACAAA--AAAAAATCATAACAATTTGAAATAAATAATT-CTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * * *
3889 A-TTAGTTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT-TTGAAAGATTAATA
127 ACTTA-TTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTCTT--AATATTAATA
* * * *
3952 AATTAGTTTTATTTTATTTCG-AATAAGCTTGTATGAACTA-AAATC-ATTTTTTTATGATAAAA
189 AATTA-TATTATTTTATTT-GAAATAAGCTTGCATGAAC-AGAAA-CAATTATTTTATGACAAAA
* * * *** **
4014 CAAAAAGTCATAACGATTTG--A-A-AT-A-TA-T---A--AT--T-G-T-TTTGAACCACTTCA
250 CAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGATCATAGCTATTTGAACTTGTTTG
* * * * * *
4062 GCAAACAGATTTATTTCTTAAATCTC-TCAGTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATGAGTATT
315 GTAAACAGA-TTATTTTTTAAATCTCTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * * * * * * *
4126 ATTTTA-TTCTGAGTAAGCTTATATGAACTGAAATAATTATTTTATAATAGAGCGAAAGGTTC-T
379 ATTTTATTTC-AAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAG-TCAT
* * * * * * * *
4189 AACAATTTGAATTAGATAATTGTTC-AA-A-CAAGAAC----TG-GTTCG--A-TAAATAGATTT
442 AACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAACTATTTGAATTAGTTAGTAAATATATTT
* * **
4243 ATTTTTTAAATCTCTTACTTA-TAAATGTTTG
507 ATTTTTTAAAT-TTTTACTTACTAATTG-TCA
* * * ** * * *
4274 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAGGCATGTATG-ATAAAAAAAATTGTTTTA
1 AAATATTTATAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTA
* * * * * * *
4338 TGACAAAACAAAATTTCATAGCAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAA
66 TAACAAAA-AAAA-ATCATAACAATTTGAAATAAATAATT-CTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * * * * * *
4403 C-CAATTAGATAAATTA-ACTTATTTTGTAAATCTCTAACTTATCAATTT-TTGAAATATTAATA
128 CTTATTTAG-TAAA-CAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTCTT--AATATTAATA
* * ** ** * * ** *
4465 AAGTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTTTATGAATTGGAATAATGGTTTTATGATAAAACAA
189 AA-TTATATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGCATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAAC-A
* * * * * ** * * * * *
4530 AAAGGTCATATTTATTTTAAATAGATAATTGTTCAAACAATCATAACTATTTGAGCTTATTCGAT
252 AAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGATCATAGCTATTTGAACTTGTTTGGT
* * * * *
4595 AAACAAATTTATTTTTTTTAATTTC-TTA-TGTATTAATTTTCT-AAATGTTAATAAATTAGTAT
317 AAACAGA-TTA-TTTTTTAAATCTCTTTACT-TATTAATTTT-TGGAATATTAATAAATTAGTAT
* * * * * * * *
4657 TATTTTATTTCAAATAAGCATATATGAACTGAAAAAATTATTTTATGACTAAATAAAAGGTTAGA
378 TATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATA
* ** * * * * * * *
4722 ACAATTTGAAATAGATAATTATTCTGATAGTCTTAACTCTTTGAATTGGTTTGTCAAACACATTT
443 ACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAACTATTTGAATTAGTTAGT-AAATATATTT
* * * * *
4787 ATATTTTAAA--TCT-CTTATTAATTTTTA
507 ATTTTTTAAATTTTTACTTACTAATTGTCA
* ** * * * * * *
4814 AAATA-TTATTAATTTACCAATATTTTACTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGCTTT
1 AAATATTTA-TAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTT
* * * * *** *** * ** *
4878 ATGACAAAACAAAGATCATAATAATTTGAATTGGTTTAATAAACAGATTAGTTTTTGAATCTCTT
65 ATAACAAAA-AAAAATCATAACAATTTGAAAT-AAATAATTCTCA-AATAG-TCAT-AA-CTATT
* * * * * *
4943 ATTAAATT-TTGAAATATTAAA-AAATTAGTATTATTTT--AT-TTTGA---A-TAA-TT-TT-G
124 -TGAACTTATT----TAGTAAACAGATT--TATT-TTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTCTTAA
* * * * *** * * * *
4996 TATGAATCAA-CA-ATTGTTTTA--TGACAA-AA-C-AAAATG-TCA-TAA-AA--ATTTGA-AA
181 TATTAATAAATTATATTATTTTATTTGA-AATAAGCTTGCATGAACAGAAACAATTATTTTATGA
** * * * * * * *
5048 C-AAATGATA-GTTCA-AATGGATATGACTATTTGA-ACTTATTC-GAT--TAATAG--ATTT--
245 CAAAACAAAAGGTT-ATAAT-GATTTGA--AATAGATAATTATTCAAATGATCATAGCTATTTGA
** * ** * * * * * *
5102 A-TT-TTTCAATCTCCAACTTATTAATTTTTAGAATAT-TAATAAATTAGT-ATTATTT--TAT-
306 ACTTGTTT---GGT-AAACAGATTATTTTTTA-AATCTCT--TTACTTATTAATT-TTTGGAATA
* * ** ** * * * ** * *
5160 TTCGAATAAAATT-GTATGAGTAGA-AAC-AAT-TG-TTTTATG-AC--AAAAAAAAG-ATTATA
363 TT--AAT-AAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTGTTTTATG
**** * * * * *
5216 ACAATTTGAAAA-TAAATAACTA-TTCAAATAG-------------T---CATAACTATTTAAAC
425 ACAAAACAAAAAGT-CATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAACTATTTGAAT
** * * * * * **
5263 TCTTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTATTTAATAATTTTTG
489 TAGTT-AGTAAATATATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTACTAATTGTCA
* * * ** * * *
5313 GAAT-TTTAATAAATTAGTATAATTTTATTCCAAATAAGTTTTTATGAATAAAAACAATTGATTT
1 AAATATTT-ATAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTT
* ** ** * * *
5377 ATGACAAAGCAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTCTTCAAATAGTTATAATTATTTGA
65 ATAACAAA--AAAAAATCATAACAATTTGAAATAAATAATTC-TCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * ** * *
5442 ACCTGTTCAAAAAACATATTTATTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATTT-TTGAAATATTAATAA
127 ACTTATTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTCTT--AATATTAATAA
** * *
5505 ATTTATATTA-TTTATTCAAAATAAGCTTGCATGAACATAACCAATTATTTTATGGA-AAAACAA
190 A-TTATATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGCATGAACAGAAACAATTATTTTAT-GACAAAACAA
* * * * * * * *
5568 AAGGTAATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTCAGAT-AGTCATAACTATTTGAACATATTTGAT
253 AAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGA-TCATAGCTATTTGAACTTGTTTGGT
* * * * *
5632 AAATAAATTCATTTTTT-AAT-TCTCTACTCATTAATTTTTGGAATATTTATAAATTAGTATTAT
317 AAACAGATT-ATTTTTTAAATCTCTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * * * *
5695 TTTATTTCAAATAAACTTATATGAACTGAAACAAATT-ATTTATTATAAAACAAAAGGTTACAAT
381 TTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTGAAAC-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAAC
* ** * * *
5759 GATTTGAAATACATAATTATTCAAATAATCATGACTATTTGAAATT-GTTTGAAAAATATATTTA
445 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAACTATTTG-AATTAGTTAG-TAAATATATTTA
* **
5823 TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTTG
508 TTTTTTAAAT-TTTTACTTACTAATTGTCA
* * * * * * * *
5853 AAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTA
1 AAATATTTATAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTA
* * * **
5918 TGACAAAACAAAGAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAAAGATTTGAA
66 TAACAAAA-AAA-AATCATAACAATTTGAAATAAATAATT-CTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * *
5983 CTTGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTGCTTATTAATTGTCTTAATATTAATAAAT
128 CTTATTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-TCTTAATATTAATAAAT
** * * * * *
6048 TAGTATTATTTTATTCAAAATAAGCTT-CTATGAATAGAAAAAATCATTTTACGAC-AAA-AAAT
192 TA-TATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGC-ATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAA
* * * * ** * **
6110 GGTTATAGT-AGTTTCAAATAGATAAATTATTGAAAT-AGTTATAATTATTTAAACTTGTTCAGT
255 GGTTATAATGA-TTTGAAATAGAT-AATTATTCAAATGA-TCATAGCTATTTGAACTTGTTTGGT
* * *
6173 AAACA-ATTCATTTTTTTAAATCT-TTTAATTATTAA-TTTTGGAATATTAATAACTTAATATTA
317 AAACAGATT-A-TTTTTTAAATCTCTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTA
** * *
6235 TTTTATTTTGAATAA-C-TATATGAACTGAAATAATTTTTTTATGACAAAACAA
380 TTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA
6287 GATCATAGTT
Statistics
Matches: 4353, Mismatches: 998, Indels: 753
0.71 0.16 0.12
Matches are distributed among these distances:
490 3 0.00
491 4 0.00
492 10 0.00
493 4 0.00
495 37 0.01
496 10 0.00
497 6 0.00
498 6 0.00
499 75 0.02
500 30 0.01
501 16 0.00
502 7 0.00
503 5 0.00
504 7 0.00
505 8 0.00
506 5 0.00
507 3 0.00
508 1 0.00
509 5 0.00
510 4 0.00
511 25 0.01
512 46 0.01
513 209 0.05
514 124 0.03
515 23 0.01
516 70 0.02
517 78 0.02
518 27 0.01
519 26 0.01
520 32 0.01
521 60 0.01
522 9 0.00
523 22 0.01
524 19 0.00
525 39 0.01
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527 11 0.00
528 82 0.02
529 176 0.04
530 82 0.02
531 36 0.01
532 194 0.04
533 51 0.01
534 262 0.06
535 263 0.06
536 382 0.09
537 118 0.03
538 374 0.09
539 250 0.06
540 286 0.07
541 267 0.06
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544 185 0.04
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546 1 0.00
547 5 0.00
548 6 0.00
549 6 0.00
550 3 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (536 bp):
AAATATTTATAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTA
TAACAAAAAAAAATCATAACAATTTGAAATAAATAATTCTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
ATTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTCTTAATATTAATAAATTATA
TTATTTTATTTGAAATAAGCTTGCATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTAT
AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGATCATAGCTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATT
ATTTTTTAAATCTCTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAA
ATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATA
GATAATTATTCAAATAGCCATAACTATTTGAATTAGTTAGTAAATATATTTATTTTTTAAATTTT
TACTTACTAATTGTCA
Found at i:4295 original size:169 final size:164
Alignment explanation
Indices: 3898--4569 Score: 480
Period size: 164 Copynumber: 4.0 Consensus size: 164
3888 AATTAGTTTG
* * *
3898 GTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTTTTA
1 GTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * *
3963 TTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTAAAATCATTTTTTTATGATAAAACAAAAAGTCATAAC
66 TTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAACTAAAATAATTATTTTATAATAAAACAAAAAGTCATAAC
* * ** *
4028 GATTTGAAATATATAATTGTTTTGAACCACTTCA
131 AATTTGAAATAGATAATTGTTTCAAACAACTTCA
* * * * * * * *
4062 GCAAACAGATTTATTTCTTAAATCTCTCAGTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATGAGTATTA
1 GTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * *
4127 TTTTA-TTCTGAGTAAGCTTATATGAACTGAAATAATTATTTTATAATAGAGCGAAAGGTTC-TA
66 TTTTATTTC-GAATAAGCTTATATGAACTAAAATAATTATTTTATAATAAAACAAAAAG-TCATA
*
4190 ACAATTTGAATTAGATAATTG-TTCAAACAAGAACTGGTTC-
129 ACAATTTGAAATAGATAATTGTTTCAAAC---AAC---TTCA
* *
4230 GATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATAAATGTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
1 G-TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * * * * * **
4295 ATTTTATTTCAAATAGGCATGTATG-A-TAAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAATTTCATA
65 ATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAACT-AAAATAATTATTTTATAATAAAACAAAAAGTCATA
* * *
4358 GCAATTTGAAATAAATAATTG-TTCAAATGGCCATAATT-A
129 ACAATTTGAAATAGATAATTGTTTCAAA----CA-ACTTCA
* * *
4397 TTTGAACCAATTAGATAAATTAACTTATTTTGTAAATCTCTAACTTATCAATTTTTGAAATATTA
1 ---GTA--AA-TAGAT---TT-A--T-TTTT-TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTA
* * * * * ** ** *
4462 ATAAAGTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTTTATGAATTGGAATAATGGTTTTATGATAAAA
52 ATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAACTAAAATAATTATTTTATAATAAAA
*** *
4527 CAAAAAGGTCATATTTATTTTAAATAGATAATTG-TTCAAACAA
117 CAAAAA-GTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTCAAACAA
4570 TCATAACTAT
Statistics
Matches: 396, Mismatches: 77, Indels: 57
0.75 0.15 0.11
Matches are distributed among these distances:
163 8 0.02
164 118 0.30
165 2 0.01
166 2 0.01
167 5 0.01
168 48 0.12
169 74 0.19
170 5 0.01
171 2 0.01
172 6 0.02
175 2 0.01
176 1 0.00
177 1 0.00
178 3 0.01
179 4 0.01
180 63 0.16
181 24 0.06
182 28 0.07
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (164 bp):
GTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
TTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAACTAAAATAATTATTTTATAATAAAACAAAAAGTCATAAC
AATTTGAAATAGATAATTGTTTCAAACAACTTCA
Found at i:4736 original size:182 final size:179
Alignment explanation
Indices: 4227--4741 Score: 509
Period size: 182 Copynumber: 2.8 Consensus size: 179
4217 CAAGAACTGG
* *
4227 TTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATAAATGTTTGAAATATTAATAAATTAGT
1 TTCGATAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATAAAT-TTTTAAATATTAATAAATTAGT
* * * *
4292 ATTATTTTATTTCAAATAGGCATGTATG-ATAAAAAAAATTGTTTTATGAC-AAAACAAAA-TTT
65 ATTATTTTATTTCAAATAAGCATATATGAAT-GAAAAAATTGTTTTATGACTAAAA-AAAAGGTT
* * *** *
4354 CATAGCAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAACCAA
128 -ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAACAACCATAACTATTTGAACCAA
* * * * * * * *
4407 TTAGATAAATTAACTTATTTTGTAAATCTCTAACTTATCAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAAT
1 TTCGATAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATAAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGT
* * * * *
4472 ATTATTTTATTTCAAATAAGCTTTTATGAATTGGAATAATGGTTTTATGA-TAAAACAAAAAGGT
65 ATTATTTTATTTCAAATAAGCATATATGAA-TGAAAAAATTGTTTTATGACT-AAA-AAAAAGGT
* *** * * * **
4536 CATATTTATTTTAAATAGATAATTGTTCAAACAATCATAACTATTTGAGCTTA
127 TATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAACAACCATAACTATTTGAACCAA
* * * * *
4589 TTCGATAAACAAATTTATTTTTTTTAATTTCTTA-TGTATTAATTTTCTAAATGTTAATAAATTA
1 TTCGATAAATAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACT-TATAAATTTT-TAAATATTAATAAATTA
* *
4653 GTATTATTTTATTTCAAATAAGCATATATGAACTGAAAAAATTATTTTATGACTAAATAAAAGGT
63 GTATTATTTTATTTCAAATAAGCATATATGAA-TGAAAAAATTGTTTTATGACTAAAAAAAAGGT
*
4718 TAGAACAATTTGAAATAGATAATT
127 TATAACAATTTGAAATAGATAATT
4742 ATTCTGATAG
Statistics
Matches: 266, Mismatches: 58, Indels: 20
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
179 3 0.01
180 76 0.29
181 15 0.06
182 86 0.32
183 84 0.32
184 2 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.07, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (179 bp):
TTCGATAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATAAATTTTTAAATATTAATAAATTAGTA
TTATTTTATTTCAAATAAGCATATATGAATGAAAAAATTGTTTTATGACTAAAAAAAAGGTTATA
ACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAACAACCATAACTATTTGAACCAA
Found at i:4989 original size:140 final size:138
Alignment explanation
Indices: 4790--5046 Score: 327
Period size: 140 Copynumber: 1.8 Consensus size: 138
4780 CACATTTATA
* ** *
4790 TTTTAAATCTCTTATTAATTTTTAAAATATTATTAATTTACCAATATTTTACTTCGAATAAGCTT
1 TTTTAAATCTCTTATTAAATTTTAAAATATTAAAAAATTACCAATATTTTACTTCGAATAAGCTT
*
4855 GTATGAATAGAAACAATTGCTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAATAATTTGAATTGGTTTAATA
66 GTATGAAT--AAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAAG-TCATAAAAATTTGAATTGGTTTAATA
4919 AACAGATTAGT
128 AACAGATTAGT
* * ** * * * **
4930 TTTTGAATCTCTTATTAAATTTTGAAATATTAAAAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTT
1 TTTTAAATCTCTTATTAAATTTTAAAATATTAAAAAATTACCAATATTTTACTTCGAATAAGCTT
* *
4995 GTATGAATCAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAAAAATTTGAA
66 GTATGAATAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAAAAATTTGAA
5047 ACAAATGATA
Statistics
Matches: 99, Mismatches: 16, Indels: 5
0.82 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
138 21 0.21
139 17 0.17
140 61 0.62
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (138 bp):
TTTTAAATCTCTTATTAAATTTTAAAATATTAAAAAATTACCAATATTTTACTTCGAATAAGCTT
GTATGAATAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAAGTCATAAAAATTTGAATTGGTTTAATAAAC
AGATTAGT
Found at i:5286 original size:180 final size:178
Alignment explanation
Indices: 4940--6283 Score: 1111
Period size: 181 Copynumber: 7.5 Consensus size: 178
4930 TTTTGAATCT
* * ** **
4940 CTTATTAAATTTTGAAATATTAAAAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGTATGAAT--
1 CTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAG
* * * * * * *
5003 CAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAAAAATTTGAAACAAATGA-TAGTTCAAATGG
65 AAACAATTATTTTATGACAAAA-AAAAGGTCATAATAATTTGAAATAAATAATTA-TTCAAATAG
* * * * * * ***
5067 AT-ATGACTATTTGAACTTATTC-GATTAATAGATTTATTTTTCAATCTCCAA
128 -TCATAACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAACAAATTTATTTTTAAATCTTTTA
* ** *
5118 CTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAAATTGTATGAGTAG
1 CTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAG
* * * * *
5183 AAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAGATTATAACAATTTGAAAATAAATAACTATTCAAATAGT
65 AAACAATTATTTTATGACAAAAAAAAGGTCATAATAATTTG-AAATAAATAATTATTCAAATAGT
*
5248 CATAACTATTTAAACTCT-TTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTA
129 CATAACTATTTGAACT-TGTTCAGTAAACAAATTTA-TTTTTAAATCTTTTA
* * * * * * * *
5299 TTTAATAATTTTTGGAATTTTAATAAATTAGTATAATTTTATTCCAAATAAGTTTTTATGAATAA
1 CTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAG
* * * *
5364 AAACAATTGA-TTTATGACAAAGCAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTCTTCAAATAG
65 AAACAATT-ATTTTATGACAAA-AAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAG
* * * ** *
5428 TTATAATTATTTGAACCTGTTCAAAAAACATATTTATTTTTAAAAT-TTTTA
128 TCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTT-AAATCTTTTA
* *
5479 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTA-TTTA-TTCAAAATAAGCTTGCATGAAC
1 CTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAAT
* * * ** * * *
5541 ATAACCAATTATTTTATGGA-AAAACAAAAGGTAATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTCAGAT
63 AGAAACAATTATTTTAT-GACAAAA-AAAAGGTCATAATAATTTGAAATAAATAATTATTCAAAT
* * * * *
5605 AGTCATAACTATTTGAACATAT-TTGA-TAAATAAATTCATTTTTTAAT-TCTCTA
126 AGTCATAACTATTTGAAC-T-TGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTAAATCT-TTTA
* * * *
5658 CTCATTAATTTTTGGAATATTTATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATGAACT-
1 CTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TA
* * * * * *
5722 GAAACAAATTA-TTTATTATAAAACAAAAGGTTACAATGATTTGAAATACATAATTATTCAAATA
64 GAAAC-AATTATTTTATGACAAAA-AAAAGGTCATAATAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATA
* * * * *
5786 ATCATGACTATTTGAAATTGTT-TG-AAAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTA
127 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACA-A-ATTTA-TTTTTAAATCTTTTA
* * * *
5839 CTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAA
1 CTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAG
* * *
5904 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAGAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGT
65 AAACAATTATTTTATGACAAAAAAAAG-GTCATAATAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGT
** ** * *
5969 CATAAAGATTTGAACTTGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTG
129 CATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTA-TTTTTAAATCTTTTA
*
6020 CTTATTAATTGTCTT-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCAAAATAAGCTTCTATGAAT
1 CTTATTAATT-T-TTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAAT
* * * * * * * * * *
6083 AGAAAAAATCATTTTACGAC-AAAAAATGGTTATAGTAGTTTCAAATAGATAAATTATTGAAATA
63 AGAAACAATTATTTTATGACAAAAAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAAAT-AATTATTCAAATA
* * * *
6147 GTTATAATTATTTAAACTTGTTCAGTAAAC-AATTCATTTTTTTAAATCTTTTA
127 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATT--TATTTTTAAATCTTTTA
* * * * ** *
6200 ATTATTAATTTTGGAATATTAATAACTTAATATTATTTTATTTTGAATAA-C-TATATGAACT-G
1 CTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAG
* *
6262 AAATAATTTTTTTATGACAAAA
65 AAACAATTATTTTATGACAAAA
6284 CAAGATCATA
Statistics
Matches: 951, Mismatches: 164, Indels: 102
0.78 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
177 22 0.02
178 76 0.08
179 201 0.21
180 267 0.28
181 362 0.38
182 17 0.02
183 6 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (178 bp):
CTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGA
AACAATTATTTTATGACAAAAAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCA
TAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTAAATCTTTTA
Found at i:6131 original size:540 final size:538
Alignment explanation
Indices: 5072--6283 Score: 1344
Period size: 540 Copynumber: 2.2 Consensus size: 538
5062 AATGGATATG
* * * * * * *
5072 ACTATTTGAACTTATTCGATTAATAGATTTATTTTTCAATCTCCAACTTATTAATTTTTAGAATA
1 ACTATTTGAAC-TATTTGATAAATAAATTCATTTTTTAATCT-CTACTTATTAATTTTTGGAATA
* * * *
5137 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAAATTGTATG-AGTAGAAACAATTGTTTTATGAC
64 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTATATGAACT-GAAACAATTGATTTATGAC
* *
5201 AAAAAAAAGATTATAACAATTTGAAAATAAATAACTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTCT
128 AAAAAAAAGATTACAACAATTTGAAAATAAATAACTATTCAAATAATCATAACTATTTAAACTCT
* * * * * *
5266 TTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTATTTAATAATTTTTGGAATTTTAATAAATTAGT
193 TTCAGAAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTAATAATTGTTGAAATATTAATAAATTAAT
* * * *
5331 ATAATTTTATTCCAAATAAGTTTTTATGAATAAAAACAATTGATTTATGACAAAGCAAAAGGTCA
258 ATAATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGATTTATGACAAAACAAAAGGTCA
** * * **
5396 TAATGATTTGAAATAGATAATTCTTCAAATAGTTATAATTATTTGAACCTGTTCAAAAAACATAT
323 TAACAATTTGAAATAAATAATTCTTCAAATAGTCATAAAGATTTGAACCTGTTCAAAAAACATAT
5461 TTATTTTTAAAATTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTATATTATTTATTCAAAA
388 TTATTTTTAAAATTTTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTTATATTATTTATTCAAAA
* ** * * *
5526 TAAGCTTGCATGAACATAACCAATTATTTTATGGAAAAACAAAAGGTAATAATGTTTTGAAATAG
452 TAAGCTTGCATGAACAGAAAAAATCATTTTATCGAAAAACAAAAGGTAATAATGTTTTCAAATAG
* *
5591 AT-AATTGTTCAGATAGTCATA
517 ATAAATTATTCAAATAGTCATA
*
5612 ACTATTTGAACATATTTGATAAATAAATTCATTTTTTAATTCTCTACTCATTAATTTTTGGAATA
1 ACTATTTGAAC-TATTTGATAAATAAATTCATTTTTTAA-TCTCTACTTATTAATTTTTGGAATA
* * * *
5677 TTTATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATGAACTGAAACAAATT-ATTTATTAT
64 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTATATGAACTGAAAC-AATTGATTTATGAC
* ** * * * *
5741 AAAACAAAAGGTTACAATGATTTG-AAATACATAATTATTCAAATAATCATGACTATTTGAAATT
128 AAAA-AAAAGATTACAACAATTTGAAAATAAATAACTATTCAAATAATCATAACTATTT-AAACT
* * * * *
5805 GTTTGA-AAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTA
191 CTTTCAGAAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTAATAATTGTTGAAATATTAATAAATTA
* *
5869 ATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATT-ATTTTATGACAAAAC-AAAGA
256 ATATAATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGA-TTTATGACAAAACAAAAG-
* * ****
5932 GTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAAAGATTTGAACTTGTTTGGTAAAC
319 GTCATAACAATTTGAAATAAATAATTCTTCAAATAGTCATAAAGATTTGAACCTGTTCAAAAAAC
* *
5997 ATATTTATTTTTTAAATCTTTTGCTTATTAATTGTCTT-AATATTAATAAA-TTAGTATTATTTT
384 ATATTTATTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATT-T-TTAAATATTAATAAATTTA-TATTA-TTT
* * * * *
6060 ATTCAAAATAAGCTT-CTATGAATAGAAAAAATCATTTTA-CGACAAA-AAATGGTTATAGTAG-
444 ATTCAAAATAAGCTTGC-ATGAACAGAAAAAATCATTTTATCGAAAAACAAAAGGTAATAAT-GT
* *
6121 TTTCAAATAGATAAATTATTGAAATAGTTATA
507 TTTCAAATAGATAAATTATTCAAATAGTCATA
* * * * * *
6153 ATTATTTAAACT-TGTTCAGTAAA-CAATTCATTTTTTTAAATCTTTTAATTATTAA-TTTTGGA
1 ACTATTTGAACTAT-TTGA-TAAATAAATTCA-TTTTTT-AATC-TCTACTTATTAATTTTTGGA
* * * * **
6215 ATATTAATAACTTAATATTATTTTATTTTGAAT-AAC-TATATGAACTGAAATAATTTTTTTATG
61 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTATATGAACTGAAACAATTGATTTATG
6278 ACAAAA
126 ACAAAA
6284 CAAGATCATA
Statistics
Matches: 563, Mismatches: 88, Indels: 43
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
538 4 0.01
539 30 0.05
540 339 0.60
541 141 0.25
542 47 0.08
543 2 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (538 bp):
ACTATTTGAACTATTTGATAAATAAATTCATTTTTTAATCTCTACTTATTAATTTTTGGAATATT
AATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTATATGAACTGAAACAATTGATTTATGACAAA
AAAAAGATTACAACAATTTGAAAATAAATAACTATTCAAATAATCATAACTATTTAAACTCTTTC
AGAAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTAATAATTGTTGAAATATTAATAAATTAATATA
ATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGATTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
CAATTTGAAATAAATAATTCTTCAAATAGTCATAAAGATTTGAACCTGTTCAAAAAACATATTTA
TTTTTAAAATTTTTACTTATTAATTTTTAAATATTAATAAATTTATATTATTTATTCAAAATAAG
CTTGCATGAACAGAAAAAATCATTTTATCGAAAAACAAAAGGTAATAATGTTTTCAAATAGATAA
ATTATTCAAATAGTCATA
Found at i:6147 original size:17 final size:18
Alignment explanation
Indices: 6125--6158 Score: 52
Period size: 17 Copynumber: 1.9 Consensus size: 18
6115 TAGTAGTTTC
6125 AAATAGATA-AATTATTG
1 AAATAGATATAATTATTG
*
6142 AAATAGTTATAATTATT
1 AAATAGATATAATTATT
6159 TAAACTTGTT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 1, Indels: 1
0.88 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
17 8 0.53
18 7 0.47
ACGTcount: A:0.50, C:0.00, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (18 bp):
AAATAGATATAATTATTG
Found at i:7222 original size:102 final size:101
Alignment explanation
Indices: 7116--7305 Score: 249
Period size: 102 Copynumber: 1.9 Consensus size: 101
7106 TCAAATAGTT
* * * *
7116 ATAATTATTTAAACTTATTTGATAAATAGATTTACTTGTTAAATC-TTATACTTATTAAATTTTT
1 ATAATTATTTAAACTGATTTGATAAACAGATTTACTTGTTAAATCACT-TACTTATT-AATTTTC
7180 A-AAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGATGGCC
64 AGAAGATTAAT-AATTAGTATTATTTTATTCTGATGGCC
* * * * *
7218 ATAATTATTTGAACTGATTTGGTAAACGGATTTATTTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTCAG
1 ATAATTATTTAAACTGATTTGATAAACAGATTTACTTGTTAAATCACTTACTTATTAATTTTCAG
*
7283 AATATTAATAATTAGTATTATTT
66 AAGATTAATAATTAGTATTATTT
7306 AATTTTGAAC
Statistics
Matches: 76, Mismatches: 10, Indels: 5
0.84 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
101 21 0.28
102 54 0.71
103 1 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.07, G:0.08, T:0.48
Consensus pattern (101 bp):
ATAATTATTTAAACTGATTTGATAAACAGATTTACTTGTTAAATCACTTACTTATTAATTTTCAG
AAGATTAATAATTAGTATTATTTTATTCTGATGGCC
Found at i:7477 original size:282 final size:281
Alignment explanation
Indices: 6966--7494 Score: 665
Period size: 282 Copynumber: 1.9 Consensus size: 281
6956 CGGCAAACAA
* * * *
6966 ATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTAGAATATTATTATATTAGTATTATTTATTTG
1 ATTTATTTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTCAGAATATTAATATATTAGTATTATTTATTTG
* * * * * * *
7031 AATAAACTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATCATAGAACACAAGGTTAGAATGATTTGAAGT
66 AACAAACTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATCACAAAACAAAAAGTCAGAATGATTTGAAAT
* * *
7096 ATACAATTATTCAAATAGTTATAATTATTTAAACTTATTTGATAAATAGATTTACTTGTTAAATC
131 ATACAATTAGTCAAATAGTTATAATTATTTAAACTTATTCGACAAATAGATTTACTTGTTAAATC
7161 TTATACTTATTAAATTTTTAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGATGGCCATAATTAT
196 TTATACTTATTAAATTTTTAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGATGGCCATAATTAT
7226 TTGAACTGATTTGGTAAACGG
261 TTGAACTGATTTGGTAAACGG
7247 ATTTATTTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTCAGAATATTAATA-ATTAGTATTATTTAATTT
1 ATTTATTTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTCAGAATATTAATATATTAGTATTATTT-A-TT
* ** * * * *
7311 TGAACAACCTTGTATGAACTGAAATAATTGTTTTATGACAAAATAAAAAGTCATAATGTTTTGAA
64 TGAACAAACTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATCACAAAACAAAAAGTCAGAATGATTTGAA
* * * * * * * *
7376 AT-TGATAATTGGTCATATGGTCT-TAATTGTTTAAA-TTGCTTCGACAAATAGATTTATTTTTT
129 ATAT-ACAATTAGTCAAATAGT-TATAATTATTTAAACTT-ATTCGACAAATAGATTTACTTGTT
* * *
7438 AAATCTCT-TAGTTATT-AATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCTGA
191 AAATCT-TATACTTATTAAATTTTT-AAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGA
7495 ATATGCTTAT
Statistics
Matches: 209, Mismatches: 32, Indels: 13
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
280 13 0.06
281 53 0.25
282 141 0.67
283 2 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.07, G:0.10, T:0.46
Consensus pattern (281 bp):
ATTTATTTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTCAGAATATTAATATATTAGTATTATTTATTTG
AACAAACTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATCACAAAACAAAAAGTCAGAATGATTTGAAAT
ATACAATTAGTCAAATAGTTATAATTATTTAAACTTATTCGACAAATAGATTTACTTGTTAAATC
TTATACTTATTAAATTTTTAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGATGGCCATAATTAT
TTGAACTGATTTGGTAAACGG
Found at i:7720 original size:165 final size:165
Alignment explanation
Indices: 7427--7728 Score: 423
Period size: 165 Copynumber: 1.8 Consensus size: 165
7417 CGACAAATAG
* *** *
7427 ATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTC
1 ATTTATTTTTTAAATCTCCTACAAATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
* * * *
7492 TGAATATGCTTATATGAACTGAAAATTATTTTATAATAAAATAAAAGGTTATAATGATTTGAAAT
66 TAAATAGGCTTATATGAACTGAAAATAATTTTATAATAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAAT
7557 AGATAATGTTCAAATGGAACTAATACAGTAAACAA
131 AGATAATGTTCAAATGGAACTAATACAGTAAACAA
*
7592 ATTTATTTTTTAAATCTCCTACAAATTACTTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
1 ATTTATTTTTTAAATCTCCTACAAATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
* * *
7656 TAAATAGGCTTATATG-A-TGAAAACTAATTGTT-TTATGACAAACAAAAGTTTGTAATGATTTG
66 TAAATAGGCTTATATGAACTGAAAA-TAATT-TTATAAT-A-AAACAAAAGGTTATAATGATTTG
7718 AAATAGATAAT
127 AAATAGATAAT
7729 TATTTGAAAG
Statistics
Matches: 120, Mismatches: 13, Indels: 8
0.85 0.09 0.06
Matches are distributed among these distances:
162 6 0.05
163 8 0.07
164 45 0.38
165 61 0.51
ACGTcount: A:0.41, C:0.06, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (165 bp):
ATTTATTTTTTAAATCTCCTACAAATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
TAAATAGGCTTATATGAACTGAAAATAATTTTATAATAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAAT
AGATAATGTTCAAATGGAACTAATACAGTAAACAA
Found at i:8164 original size:182 final size:178
Alignment explanation
Indices: 7586--8245 Score: 455
Period size: 182 Copynumber: 3.7 Consensus size: 178
7576 CTAATACAGT
* * * ** *
7586 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACAAATTACTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTT
1 AAACAGATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTGAAT-TTAATAAATTAGTATTATTT
* * * * * *
7651 TA-TTCTAAATAGGCTTATATG-A-TGAAAACTAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAGTTTGTAAT
65 TATTTC-AAATAAGCTTGTATGAACT-AAAA-AAATTGTTTTATGACTAAACAAAAG-GTATAAC
* *** * ** * * * *
7712 GATTTGAAATAGATAATTA-TTTGAAAGGCAATAGTTATTTGAA-TCGA-TTTGAT
126 GATTTAAAATAGATAATTACTCAAAAAGTC-ATAACTATTTAAACT-TACTTAG-C
** * * * * *
7765 AAATTGACTTGTTTTTTAAATTTCTCACTTATCAATTTTTGAACTATTAATAAAGTAGTATTATT
1 AAACAGATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTGAA-T-TTAATAAATTAGTATTATT
* * * * * * ***
7830 TTATTTCAGATAAACTTTTATGTACTGAAACAATTGTTTTATGA-TAAAAACAAAAGGTATATTT
64 TTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTAAAAAAATTGTTTTATGACT--AAACAAAAGGTATAACG
* * * *
7894 ATTTTAAATAGATAATTATTCAAAAAGTCATAACTATTTAAACTTACTTTGT
127 ATTTAAAATAGATAATTACTCAAAAAGTCATAACTATTTAAACTTACTTAGC
* *
7946 AAATAGATTTATTTTTTAAAATTTCTT-GTGTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTA
1 AAACAGATTTATTTTTT-AAATTTCTTACT-TATTAA-TTTTTGAAT-TTAATAAATTAGTATTA
*
8010 TTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTAAAAGAAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAA
62 TTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTAAAA-AAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGT-ATAA
* * * * **
8075 CGATTTAAAATAGATAATTGCTCTAATAA-TCTTAACTATTTGAA-TTGGTTAAGC
125 CGATTTAAAATAGATAATTACTC-AAAAAGTCATAACTATTTAAACTTACTT-AGC
* * * * * * * *
8129 AAACATATTT-TATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAGAATATATTAATTTAGCAATATTT
1 AAACAGATTTAT-TTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTGAATTTAATAAATTAGTATTATTT
* * * *
8193 TACTCCAAATGAGCTTGTATGAAC-AAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
65 TATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTAAAAA-AATTGTTTTATGACTAAACAAAA
8246 ATCTTAATGA
Statistics
Matches: 385, Mismatches: 75, Indels: 42
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
178 1 0.00
179 56 0.15
180 83 0.22
181 63 0.16
182 108 0.28
183 69 0.18
184 5 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (178 bp):
AAACAGATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTGAATTTAATAAATTAGTATTATTTT
ATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTAAAAAAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTATAACGATTT
AAAATAGATAATTACTCAAAAAGTCATAACTATTTAAACTTACTTAGC
Found at i:8563 original size:320 final size:320
Alignment explanation
Indices: 7984--8565 Score: 696
Period size: 320 Copynumber: 1.8 Consensus size: 320
7974 TGTATTAATT
* *
7984 TTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTAAAAGAAATTA
1 TTTTGAATATTAAAAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTAAAAGAAATTA
* * * *
8049 TTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAACGATTTAAAATAGATAATTGCTCTAATAATCTTAACTAT
66 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTAAAATAGATAATAGCTCAAATAATCATAACTAT
* ** *
8114 TTGAATTGGTTAAGCAAACATATTTTATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAGAATATATTA
131 TTGAATTGGTTAAGCAAACATAATTTATTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTAGAATATAATA
* **
8179 ATTTAGCAATATTTTACTCCAAATGAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAA
196 ATTTAGCAATATTTTACTCCAAATAAAATTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAA
8244 AAATCTTAATGATTTAAATTGGTTTGATAAATAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTATTAAA
261 AAATCTTAATGATTTAAATTGGTTTGATAAATAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTATTAAA
* ** *
8304 TTTTGAAATATTAAAAAATTAGTATTATTTTA-TTCTTAATAATTTTGTATGAA-TAGAAA-CAA
1 TTTTG-AATATTAAAAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAACTA-AAAGAAA
* ** * * * * * *
8366 TTGTTTTATGACAAAACAAAATTTCATAATGATTTGAAATAGGTGATAGTTCAAATGAA-CATGA
63 TTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTAAAATAGATAATAGCTCAAAT-AATCATAA
* * *
8430 CTATTTGAACTTGTTTGA-TAAACA-AATTTATTTCTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTTAGAA
127 CTATTTGAA-TTGGTTAAGCAAACATAATTTATTT-TTAAATCTCCAACTTATTAA-TTTTAGAA
* * ** * * *
8493 TATTAAT-ATATTAGTATTATTTTGTTTCAAATAAAATTGTATGAA-TAGAATAATTGTTTTATG
189 TA-TAATAAT-TTAGCAATATTTTACTCCAAATAAAATTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATG
8556 A-AAAACAAAA
252 ACAAAACAAAA
8566 GATAATAACA
Statistics
Matches: 217, Mismatches: 36, Indels: 18
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
319 8 0.04
320 101 0.47
321 78 0.36
322 30 0.14
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (320 bp):
TTTTGAATATTAAAAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTAAAAGAAATTA
TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTAAAATAGATAATAGCTCAAATAATCATAACTAT
TTGAATTGGTTAAGCAAACATAATTTATTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTAGAATATAATA
ATTTAGCAATATTTTACTCCAAATAAAATTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAA
AAATCTTAATGATTTAAATTGGTTTGATAAATAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTATTAAA
Found at i:8771 original size:682 final size:682
Alignment explanation
Indices: 7622--8928 Score: 1537
Period size: 682 Copynumber: 1.9 Consensus size: 682
7612 ACAAATTACT
* *
7622 TTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAGGCTTATATGATGAAAACTAATTGT
1 TTTTGAATATTAAAAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTATATGATGAAAACTAATTGT
* * * * *
7687 TTTATGACAAACAAAAGTTTGTAATGATTTGAAATAGATAATTATTTGAAAGGCAATAGTTATTT
66 TTTATGACAAACAAAAGTTTATAATGATTTGAAATAGATAATTAGTTCAAAGGAAATAGCTATTT
*** * * *
7752 GAATCGATTTGATAAATTGACTTGTTTTTTAAATTTCTCACTTATCAATTTTTGAACTATTAATA
131 GAATCGATTTGATAAACAAACTTATTTCTTAAATCTCTCACTTATCAATTTTTGAACTATTAATA
* * * *
7817 AAGTAGTATTATTTTATTTCAGATAAACTTTTATGTACTGAAACAATTGTTTTATGATAAAAACA
196 AAGTAGTATTATTTTATTTCAAATAAAATTGTATGTAATGAAACAATTGTTTTATGA-AAAAACA
* *** * * *
7882 AAAGGTATATTTATTTTAAATAGATAATTATTCAAAAAGTCATAACTATTTAAACTTACTTTGTA
260 AAAGATATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAAAAGTCATAACTATTTAAACTTACTTCGTA
* * * *
7947 AATAGATTTATTTTTTAAAATTTCTTGTGTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATT
325 AATAAATTTATTTTTTAAAATTTCTTATGTAATAATTTTTGGAATGTTAATAAATTAGTATTATT
* *
8012 TTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTAAAAGAAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAACG
390 TTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTAAAAGAAATTAATTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * * *
8077 ATTTAAAATAGATAATTGC-TCTAATAATCT-TAACTATTTG-AATTGGTTAAGCAAACATATTT
455 ACTTAAAATAGATAATT-CTTCAAATAAT-TATAACTATTCGAAAAT-GTTAAGAAAACATA-TT
* *
8139 TATTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTAG-AATA-T-ATTAATTTAGCAATATTTTACTCCA
516 TATTTTTAAAAT-TCTTACCTATTAATTTTAGAAATATTAATAAATTTA-CAATATTTTACTCCA
* * * *
8200 AATGAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAATCTTAATGATTTAAATTG
579 AATAAGCTTGCATGAACAAAAACAATTGTTTTATCACAAAACAAAAATCTTAATGATTTAAATTG
8265 GTTTGATAAATAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTATTAAA
644 GTTTGATAAATAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTATTAAA
* ** *
8304 TTTTGAAATATTAAAAAATTAGTATTATTTTATTCTTAATAATTTTGTATGAAT-AGAAAC-AAT
1 TTTTG-AATATTAAAAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTATATG-ATGA-AAACTAAT
* * *
8367 TGTTTTATGACAAAACAAAA-TTTCATAATGATTTGAAATAGGTGA-TAGTTCAAATGAACAT-G
63 TGTTTTATGAC-AAACAAAAGTTT-ATAATGATTTGAAATAGATAATTAGTTCAAAGGAA-ATAG
* * *
8429 ACTATTTGAACTTG-TTTGATAAACAAATTTATTTCTTAAATCTC-CAACTTATTAATTTTTAGA
125 -CTATTTGAA-TCGATTTGATAAACAAACTTATTTCTTAAATCTCTC-ACTTATCAATTTTT-GA
* * * *
8492 A-TATTAATATATTAGTATTATTTTGTTTCAAATAAAATTGTATG-AAT-AGAATAATTGTTTTA
186 ACTATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCAAATAAAATTGTATGTAATGA-AACAATTGTTTTA
* *
8554 TG-AAAAACAAAAGATAATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAA
250 TGAAAAAACAAAAGAT-ATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAAAAGTCATAACTATTTAAA
* * *
8618 CTTGC-TCGATAAATAAATTTATTTTTT-AAATCTT-TTATTTAATAATTTTTGGAATTTTAATA
314 CTTACTTCG-TAAATAAATTTATTTTTTAAAAT-TTCTTATGTAATAATTTTTGGAATGTTAATA
* * * * *
8680 AATTAGTATTATTTT-TATTCTGAATAGGTTTTTATGAA-TAGAAA-CAATTAATTTATGACAAA
377 AATTAGTATTATTTTAT-TTC-AAATAAGCTTGTATGAACTA-AAAGAAATTAATTTATGACAAA
* * *
8742 ACAAAAAGGTCATAATGACTTGAAATAGATAATTCTTCAAATAGTTATAACTATTCGAAAATGTT
439 AC-AAAAGGTCATAACGACTTAAAATAGATAATTCTTCAAATAATTATAACTATTCGAAAATGTT
* * * * *
8807 TAGAAAACATATTTATTTTTAAAATTTTTACCTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTATATT
503 AAGAAAACATATTTATTTTTAAAATTCTTACCTATTAATTTTAGAAATATTAATAAATTTACAAT
* * *
8872 ATTTTATTTCAAATAAGCTTGCATGAACAAAACCAATTGTTTTATCACAAAACAAAA
568 ATTTTACTCCAAATAAGCTTGCATGAACAAAAACAATTGTTTTATCACAAAACAAAA
8929 GTTCATAATA
Statistics
Matches: 524, Mismatches: 76, Indels: 49
0.81 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
680 1 0.00
681 105 0.20
682 150 0.29
683 140 0.27
684 123 0.23
685 5 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.07, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (682 bp):
TTTTGAATATTAAAAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTATATGATGAAAACTAATTGT
TTTATGACAAACAAAAGTTTATAATGATTTGAAATAGATAATTAGTTCAAAGGAAATAGCTATTT
GAATCGATTTGATAAACAAACTTATTTCTTAAATCTCTCACTTATCAATTTTTGAACTATTAATA
AAGTAGTATTATTTTATTTCAAATAAAATTGTATGTAATGAAACAATTGTTTTATGAAAAAACAA
AAGATATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAAAAGTCATAACTATTTAAACTTACTTCGTAA
ATAAATTTATTTTTTAAAATTTCTTATGTAATAATTTTTGGAATGTTAATAAATTAGTATTATTT
TATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTAAAAGAAATTAATTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGA
CTTAAAATAGATAATTCTTCAAATAATTATAACTATTCGAAAATGTTAAGAAAACATATTTATTT
TTAAAATTCTTACCTATTAATTTTAGAAATATTAATAAATTTACAATATTTTACTCCAAATAAGC
TTGCATGAACAAAAACAATTGTTTTATCACAAAACAAAAATCTTAATGATTTAAATTGGTTTGAT
AAATAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTATTAAA
Found at i:8997 original size:180 final size:181
Alignment explanation
Indices: 8265--9061 Score: 779
Period size: 181 Copynumber: 4.4 Consensus size: 181
8255 ATTTAAATTG
* * * * *
8265 GTTTGATAAATAGATTTAGTTTTTAAATC---T-CTTATTAAATTTTGAAATATTAAAAAATTAG
1 GTTTGATAAACAAATTTA-TTTTTAAATCTTTTACCTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG
* * *
8326 TATTATTTTA-TTCTTAATAATTTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATTT
65 TATTATTTTATTTCTAAATAAGTTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTT
* * * * * *
8390 CATAATGATTTGAAATAGGTGATAGTTCAAAT-GAACATGACTATTTGAACTT
130 CATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACAT
*** * *
8442 GTTTGATAAACAAATTTATTTCTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTT-AGAATATTAATATATTA
1 GTTTGATAAACAAATTTATTT-TTAAATCTTTTACCTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTA
* ** * *
8506 GTATTATTTTGTTTC-AAATAAAATTGTATGAATAG-AATAATTGTTTTATGA-AAAACAAAAGA
64 GTATTATTTTATTTCTAAATAAGTTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGT
* ** * * *
8568 TAATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTT
129 TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACAT
* * * ** * * *
8621 GCTCGATAAATAAATTTATTTTTTAAATCTTTTATTTAATAATTTTTGGAATTTTAATAAATTAG
1 GTTTGATAAACAAATTTA-TTTTTAAATCTTTTACCTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG
* * * **
8686 TATTATTTT-TATTCTGAATAGGTTTTTATGAATAGAAACAATTAATTTATGACAAAACAAAAAG
65 TATTATTTTAT-TTCTAAATAAGTTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAG
* * * * * *
8750 GTCATAATGACTTGAAATAGATAATTCTTCAAATAGTTATAACTATTCGAAAAT
128 TTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACAT
*
8804 GTTTAGA-AAACATATTTATTTTTAAAAT-TTTTACCTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTT
1 GTTT-GATAAACAAATTTATTTTT-AAATCTTTTACCTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TT
* * * *
8867 A-TATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGCATGAACA-AAACCAATTGTTTTATCACAAAACAAAA
63 AGTATTATTTTATTTCTAAATAAGTTTGTATGAATAGAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
*
8929 GTTCATAAT-ATTTTGAAATAGATAATTGTTCAGATAGTCATAACTATTTGAACAT
127 GTTCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACAT
* * * *
8984 GTTCTG-TAAACATATTCATCTTTT-AATTTTCTTA-CTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAAT
1 GTT-TGATAAACAAATTTAT-TTTTAAATCTT-TTACCT-ATTAATTTTTGAAATATTAATAAAT
9046 TAGTATTATTTTATTT
62 TAGTATTATTTTATTT
9062 TGAATAAACT
Statistics
Matches: 511, Mismatches: 81, Indels: 52
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
176 3 0.01
177 23 0.05
178 1 0.00
179 115 0.23
180 110 0.22
181 139 0.27
182 52 0.10
183 66 0.13
184 2 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.09, T:0.43
Consensus pattern (181 bp):
GTTTGATAAACAAATTTATTTTTAAATCTTTTACCTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGT
ATTATTTTATTTCTAAATAAGTTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTC
ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACAT
Found at i:9725 original size:183 final size:186
Alignment explanation
Indices: 9423--9757 Score: 430
Period size: 183 Copynumber: 1.8 Consensus size: 186
9413 AAAAAAATCA
* * * *
9423 TTTTAATGACAAAACAAAAGGTTATAAGCGATTTCAAATAGATAATTGTTTGAAATAGTTATAAT
1 TTTTAATGACAAAACAAAAGATTATAAGCGATTTCAAATAGATAATTGTTTCAAATAGTCATAAC
** ** *
9488 TATTTAGACTTGTTTGGTAAAATATATTCATTTTTTAAATCTCTCAATTATTAATTTTCAAAATA
66 TATTTAGACAAGTTTGGTAAAATATATTCATTTTAAAAATCTCTCAATTATTAATTGTCAAAATA
9553 TTAATAACA-TAGTATTACTTTATTTCGAATAATTTTATATGAATTGAAATATATAT
131 TTAATAA-ATTAGTATTACTTTATTTCGAATAATTTTATATGAATTGAAATATATAT
* * * *
9609 TTTTTATGACAAAAGAAAAGATTATAA-CGGTTTGAAATAGAT-ATT-TATTCAAATAGTCATAA
1 TTTTAATGACAAAACAAAAGATTATAAGCGATTTCAAATAGATAATTGT-TTCAAATAGTCATAA
* * * * *
9671 CTATTT-GATCAAGTTTGGT-AAATATATTTATTTTAAAAATTTTTTACTTATTAATTGTCAAAA
65 CTATTTAGA-CAAGTTTGGTAAAATATATTCATTTTAAAAATCTCTCAATTATTAATTGTCAAAA
*
9734 TATTAATAAATTAGTATTATTTTA
129 TATTAATAAATTAGTATTACTTTA
9758 ATCCAAATAA
Statistics
Matches: 127, Mismatches: 19, Indels: 9
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
182 1 0.01
183 60 0.47
184 29 0.23
185 13 0.10
186 24 0.19
ACGTcount: A:0.41, C:0.06, G:0.09, T:0.44
Consensus pattern (186 bp):
TTTTAATGACAAAACAAAAGATTATAAGCGATTTCAAATAGATAATTGTTTCAAATAGTCATAAC
TATTTAGACAAGTTTGGTAAAATATATTCATTTTAAAAATCTCTCAATTATTAATTGTCAAAATA
TTAATAAATTAGTATTACTTTATTTCGAATAATTTTATATGAATTGAAATATATAT
Found at i:9890 original size:183 final size:183
Alignment explanation
Indices: 9535--9885 Score: 406
Period size: 181 Copynumber: 1.9 Consensus size: 183
9525 AATCTCTCAA
* * * * ** *
9535 TTATTAATTTTCAAAATATTAATAACATAGTATTACTTTATTTCGAATAATTTTATATGAATTGA
1 TTATTAATTGTCAAAATATTAATAACATAGTATTACTTTAATCCAAATAAGCTTATATGAATAGA
* * ** * * *
9600 AATATATATTTTTTATGACAAAAGAAAAGATTATAACGGTTTGAAATAGATATTTATTCAAATAG
66 AATATATATATTTTATGACAAAAGAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTACTCAAATAG
* * * *
9665 TCATAACTATTTGATCAAGTTTGGTAAATATATTTATTTTAAAAATTTTTTAC
131 TCATAACTATTTGAACAAGTTAGATAAATAAATTTATTTTAAAAATTTTTTAC
* *
9718 TTATTAATTGTCAAAATATTAATAA-ATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAATAG
1 TTATTAATTGTCAAAATATTAATAACA-TAGTATTACTTTAATCCAAATAAGCTTATATGAATAG
* * *
9782 AAA-ACTAT-TATTTTATGATAGATA-AAAAG-TCATAACAATTTGAAATAAATAATTCCTCAAA
65 AAATA-TATATATTTTATGACA-AAAGAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTACTCAAA
* **
9843 TAGTTATAACTATTTGAACTGGTTAGATAAATAAATTTATTTT
128 TAGTCATAACTATTTGAACAAGTTAGATAAATAAATTTATTTT
9886 TTAAATCTCT
Statistics
Matches: 139, Mismatches: 26, Indels: 8
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
181 61 0.44
182 17 0.12
183 61 0.44
ACGTcount: A:0.42, C:0.07, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (183 bp):
TTATTAATTGTCAAAATATTAATAACATAGTATTACTTTAATCCAAATAAGCTTATATGAATAGA
AATATATATATTTTATGACAAAAGAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTACTCAAATAG
TCATAACTATTTGAACAAGTTAGATAAATAAATTTATTTTAAAAATTTTTTAC
Found at i:10447 original size:357 final size:356
Alignment explanation
Indices: 9617--11590 Score: 1001
Period size: 349 Copynumber: 5.5 Consensus size: 356
9607 ATTTTTTATG
* * * * * * * *
9617 ACAAAAGAAAAGATTATAACGG-TTTGAAATAGATATTTATTCAAATAGTCATAACTATTTGATC
1 ACAAAACAAAAGGTCATAA-GGATTTGAAATAGACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTCAAC
* * * * * **
9681 -AAGTTTGGTAAATATATTTATTTTAAAAATTTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAAT
65 TAA-TTTGGTAAACATATTTATTTT-TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAT
* * * *
9745 TAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAACTATTATTTTATGATAGATAAAAA
128 TAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAACAATTATTTTATGACAGATAAAAA
* * * *
9810 GTCATAACAATTTGAAATAAATAATTCCTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTGGTTAGATAAAT
193 --CATAACAATTTAAAATAAATAATTACTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTAGTTAGACAAAT
* *
9875 AAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTTTTTTGTATCT
256 AAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTA-TTTATTCTATCT
* *
9940 TGAACAAACTTATATAAACAAAAATATTTATTTTACA
320 TCAACAAACTTATATAAACAAAAATAATTATTTTACA
** *
9977 ACAAAACAAAAGGTCATAAGGATTTGAAATAGGTAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTCAACT
1 ACAAAACAAAAGGTCATAAGGATTTGAAATAGACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTCAACT
* * * * *
10042 AGTTAGGTAAACATAATTACTTTTTAAATCTCTTGCATATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTC
66 AATTTGGTAAACATATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-
* * * * *
10107 A-TTTTATTTTATTCTACATAAGCTAT-TATGAATTGAAAA-AATTATTTTATGGCA-A-AACAA
129 AGTATTATTTTATTCTAAATAAGCT-TGTATGAATAGAAAACAATTATTTTATGACAGATAAAAA
* ** * * *
10167 -A-AACAATTTAAAATAAATAATTATTCATGTAGTCT-TAACTATTTGAACTAGTTTGGCAGATA
193 CATAACAATTTAAAATAAATAATTACTCAAATAGT-TATAACTATTTGAACTAGTTAGACAAATA
* * *
10229 AATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTATTATATTAGTA-TTATTCTAT
257 AATTTATTTTTTAAATCTC----TTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTTATTCTAT
* * * **
10293 -TTCAA-AACAGCTT-TGGATGAATAAAAATAATTGTTTTATT
318 CTTCAACAA-A-CTTAT--ATAAACAAAAATAATTATTTTACA
* * * * * * *
10333 ATAGAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAGTATACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTTAACT
1 ACAAAACAAAAGGTCATAAGGATTTGAAATAGACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTCAACT
* *
10398 AATTTGGTAAACAGATTTTATTTTGTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATT
66 AATTTGGTAAACATA-TTTATTTT-TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT
* * * * *
10463 AGTATTATTTTATTCTGAATAAACTTATATG-AT-CAAAACAATTATTATATGAC---T--AAAC
129 AGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAACAATTATTTTATGACAGATAAAAAC
** * * * * ** * * ** * *
10521 --AA-AAGGT--AAT-AATGATTATTGAAATGGCCATAATTATTTGAACTGACTT-GGTAAACAT
194 ATAACAATTTAAAATAAATAATTACTCAAATAGTTATAACTATTTGAACT-AGTTAGACAAATAA
* * * * * * *
10579 ATTGACTTTTTAAATCACTTAATTATTAGTTTTCGAAATATTAATAAATTAGT-TTTATTTTATT
258 ATTTATTTTTTAAATCTCTT-ATTA--A-TTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTTATTCTATC
* * * * * * * **
10643 TTGAATAAACTTGTATGAACTGAAAACAATTGTTTTATG
319 TTCAACAAACTTATATAAAC-AAAAATAATTATTTTACA
* * * *** * * *
10682 ACAAAACGAAAGGTCAGAACGATTTTCCATAGACAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAATT
1 ACAAAACAAAAGGTCATAAGGATTTGAAATAGACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTCAACT
** * * ** *
10747 TGTTTGGTAAAAAAATTTATTTTTTTAAA-CTCTTGTTTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATT
66 AATTTGGTAAACATATTTA--TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT
* ** * * *
10811 AGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTAT-TATGAACT-G-AAACAATTGTTTTATGTCA-AAACAA
129 AGTATTATTTTATTCTAAATAAGCT-TGTATGAA-TAGAAAACAATTATTTTATGACAGATA-AA
** * * * * *
10872 AAGGTCATAATGATTTTAAATAATTAATT-CTTC-AATAGTCCATAACTATTTGAATTTGTCT-G
191 AA---CATAACAATTTAAAATAAATAATTAC-TCAAATAGT-TATAACTATTTGAACTAGT-TAG
* ** * * * *
10934 ATAAATGGATTTATTTTTTCAAATATTTTGCTTATTAATTTTTCAAATTTTAATAAATTGAG-A-
250 ACAAATAAATTTATTTTTT--AA-A-TCT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATT-AGTAT
* * * * * * * **
10997 TTATTTTAT-TCCAA-ATAAGC--ATGTAAGATAGGAAACAAATATTTTATG
309 TTATTCTATCTTCAACA-AA-CTTATATAA-ACA-AAAATAATTATTTTACA
* * * * * ** * * ** *
11045 ACTAAACAAAAGGTTAGAATGATTTAAAATAGGTAATTATTCTAATAGTTTTAACTATTTGAACT
1 ACAAAACAAAAGGTCATAAGGATTTGAAATAGACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTCAACT
** * * * * * *
11110 GGTTTGGCAAATAAATTTTTTTTTAAA--TCTT--TTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAA
66 AATTTGGTAAACATATTTATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG
* * * * * * * *
11171 TATTATTTT-TAACTGAATAAGCTTCTATG-ATCA-TAAATAATTGTTTTATGA-AAAAACAAAG
131 TATTATTTTAT-TCTAAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAAACAATTATTTTATGACAGATA-AAA-
* * * ** * * * * *
11232 ATCTTAACAATTTGAGACT-AATAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAATTGGTTTGATAAA
192 A-CATAACAATTT-AAAATAAATAATTACTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTAGTTAGACAAA
* * * * *
11296 CATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTACTAACTTTTGAAATATTAATAAATTAGTA-TTATTTT
255 TAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA--T--TAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTTATTCT
* * * * * *** * **
11360 ATTTTGAATAAGCTTGTATGGTCAAAAACAATTATTTTATG
316 ATCTTCAACAAACTTATATAAACAAAAATAATTATTTTACA
* * * ** * *
11401 ACAAAA-AAAAGGACATAATGATTTGAAATAGATAATCATTCAAAT-GACCATAATTACTTT-AA
1 ACAAAACAAAAGGTCATAAGGATTTGAAATAGACAATTGTTCAAATAG-TCATAACTA-TTTCAA
* * * * * * * *
11463 TTGATTCGGTAAACAAATTTATTTTTCAAATTTTTTA-TTATT-ATTTTAGGAGATATTAATAAA
64 CTAATTTGGTAAACATATTTATTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAA
* * * * *
11526 TTAATATTATTTTATT-TCAACTAAGCTTGTATTAACT--TAAACAATTATTTTATGACAAATAA
127 TTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAAACAATTATTTTATGACAGATAA
11588 AAA
190 AAA
11591 AGTTATAACA
Statistics
Matches: 1263, Mismatches: 254, Indels: 196
0.74 0.15 0.11
Matches are distributed among these distances:
345 2 0.00
346 4 0.00
348 67 0.05
349 174 0.14
350 17 0.01
351 2 0.00
352 7 0.01
353 76 0.06
354 14 0.01
355 77 0.06
356 165 0.13
357 157 0.12
358 93 0.07
359 77 0.06
360 141 0.11
361 16 0.01
362 12 0.01
363 120 0.10
364 28 0.02
365 5 0.00
366 1 0.00
367 5 0.00
368 3 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (356 bp):
ACAAAACAAAAGGTCATAAGGATTTGAAATAGACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTCAACT
AATTTGGTAAACATATTTATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG
TATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAACAATTATTTTATGACAGATAAAAACAT
AACAATTTAAAATAAATAATTACTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTAGTTAGACAAATAAATT
TATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTTATTCTATCTTCAACA
AACTTATATAAACAAAAATAATTATTTTACA
Found at i:10639 original size:166 final size:169
Alignment explanation
Indices: 10382--10695 Score: 420
Period size: 166 Copynumber: 1.9 Consensus size: 169
10372 TTCAAATAGT
* * * * * *
10382 CATAACTATTTTAACTAATTTGGTAAACAGATTTTATTTTGTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
1 CATAACTATTTGAACTAACTTGGTAAACAGATTTGATTTTGTAAATCACTTAATTATTAATTTTC
10447 GAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAACTTATATG-A-TCAAAACAATTATTA
66 GAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAACTTATATGAACTCAAAACAATTATTA
*
10510 TATGACTAAACAAAAGGTAATAATGATTATTGAAATGGC
131 TATGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTATTGAAATGGC
* * * *
10549 CATAATTATTTGAACTGACTTGGTAAACATA-TTGACTTTT-TAAATCACTTAATTATTAGTTTT
1 CATAACTATTTGAACTAACTTGGTAAACAGATTTGA-TTTTGTAAATCACTTAATTATTAATTTT
* * * * * *
10612 CGAAATATTAATAAATTAGTTTTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAACTGAAAACAATTGTT
65 CGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAACTTATATGAACTCAAAACAATTATT
* *
10677 TTATGACAAAACGAAAGGT
130 ATATGACAAAACAAAAGGT
10696 CAGAACGATT
Statistics
Matches: 125, Mismatches: 19, Indels: 5
0.84 0.13 0.03
Matches are distributed among these distances:
166 66 0.53
167 31 0.25
168 28 0.22
ACGTcount: A:0.39, C:0.09, G:0.11, T:0.41
Consensus pattern (169 bp):
CATAACTATTTGAACTAACTTGGTAAACAGATTTGATTTTGTAAATCACTTAATTATTAATTTTC
GAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAACTTATATGAACTCAAAACAATTATTA
TATGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTATTGAAATGGC
Found at i:11445 original size:180 final size:179
Alignment explanation
Indices: 10550--11631 Score: 832
Period size: 182 Copynumber: 6.0 Consensus size: 179
10540 TGAAATGGCC
* * ** * * * * * *
10550 ATAATTATTTGAACTGACTTGGTAAACATATTGACTTTTTAAATCACTTAATTATTAGTTTTCGA
1 ATAACTATTTGAATTGGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTT-ATTATTAATTTTTGA
* * * *
10615 AATATTAATAAATTAGTTTTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAACTGAAAACAATTGTTTTA
65 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAC-AAAAACAATTATTTTA
* * * *** * * * *
10680 TGACAAAACGAAAGGTCAGAACGATTTTCCATAGACAATTGTTTAAATAGTC
129 TGACAAAA-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTA
* * *
10732 ATAACTATTTGAATTTGTTTGGTAAAAAAATTTATTTTTTTAAA-CTCTTGTTTATTAATTTTTG
1 ATAACTATTTGAATTGGTTTGGTAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTT-ATTATTAATTTTTG
* * ** *
10796 AAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTAT-TATGAACTGAAACAATTGTTTT
64 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCT-TGTATGAACAAAAACAATTATTTT
* * * *
10860 ATGTCAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATA-ATTAATTCTTC-AATAGTCC
128 ATGACAAAA-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGA-TAATTATTCAAATAGT-A
* * * *** * * * *
10913 ATAACTATTTGAATTTGTCTGATAAATGGATTTATTTTTTCAAATATTTTGCTTATTAATTTTTC
1 ATAACTATTTGAATTGGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTCTT-ATTATTAATTTTTG
* *** * * ** *
10978 AAATTTTAATAAATTGAG-ATTATTTTATTCCAAATAAGCATGTAAGATA-GGAAACAAATATTT
64 AAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGA-ACAAAAACAATTATTT
* * * * * * *
11041 TATGACTAAACAAAAGGTTAGAATGATTTAAAATAGGTAATTATTCTAATAGTT
127 TATGAC-AAAAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTA
* * * *
11095 TTAACTATTTGAACTGGTTTGGCAAATAAATTT-TTTTTTAAA--TCTT-TTATTAATTTTTGAA
1 ATAACTATTTGAATTGGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTATTAATTTTTGAA
* * ** * * * * *
11156 ATATTATTAAATTAATATTATTTT-TAACTGAATAAGCTTCTATGATCATAAATAATTGTTTTAT
66 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTAT
* * ** * *
11220 GA-AAAAACAAAGATCTTAACAATTTGAGACTA-ATAATTGTTCAAATAGTA
130 GACAAAAA-AAAGGTCATAATGATTTGA-AATAGATAATTATTCAAATAGTA
* * * *
11270 ATAACTATTTGAATTGGTTTGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTACTAACTTTTGA
1 ATAACTATTTGAATTGGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTATTAATTTTTGA
**
11335 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGGTCAAAAACAATTATTTTAT
65 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTAT
* *
11400 GACAAAAAAAAGGACATAATGATTTGAAATAGATAATCATTCAAAT-G-A
130 GACAAAAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTA
* * * * * *
11448 CCATAATTACTTT-AATTGATTCGGTAAACAAATTTATTTTTCAAATTTTTTATTATT-ATTTTA
1 --ATAACTA-TTTGAATTGGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTATTAATTTT-
* * * * * **
11511 GGAGATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TTTCAACTAAGCTTGTATTAACTTAAACAATTATT
62 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAA-TAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATT
* * ** * * * *
11575 TTATGACAAATAAAAAAGTTATAACAATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATGGTA
126 TTATGACAAA-AAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTA
11630 AT
1 AT
11632 TAGACTTATT
Statistics
Matches: 719, Mismatches: 148, Indels: 68
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
174 4 0.01
175 55 0.08
176 72 0.10
178 17 0.02
179 67 0.09
180 181 0.25
181 97 0.13
182 205 0.29
183 21 0.03
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (179 bp):
ATAACTATTTGAATTGGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTATTAATTTTTGAA
ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATG
ACAAAAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTA
Found at i:12272 original size:181 final size:178
Alignment explanation
Indices: 11677--12340 Score: 531
Period size: 180 Copynumber: 3.7 Consensus size: 178
11667 TTTTGGATGC
* * * * * *** *
11677 TAATAAATTATTATTAATTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGGAACAATTGTTTTATGACTA
1 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATTAACCAAAACAATTGTTTTATGACAA
* * * * *
11742 AACAAAAGGTCAAAACGATTTCAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACCATTTGAACTAATT
66 AACAAAAGGTCATAACGATTT-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTGAAATGATT
11807 TAGTAAGAA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACT-TATTAATTTTTAAAATAT
130 TAGTAA-AAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TGTATTAATTTTT-AAATAT
* * ** * * * * * *
11857 TATTAAATTAGTATTATTTTAATCAGAATAAGCTAATA-CAAACAAAACAATTATTTTACGACAA
1 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATTAACCAAAACAATTGTTTTATGACAA
* * * * * * *
11921 AAGAAAAGGTCATAACAATTTAAATAGATAATCGTTTATATAGTCTTAACTATTTGAATTG-GTT
66 AACAAAAGGTCATAACGATTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTGAAATGATTT
* * ** * * *
11985 CGATAATTAGATTT-TTTTAAAAAATTTTCTT-GGTTATTAAGTTTTATAATAT
131 AG-TAA-AAGATTTATTTT-TTAAA-TCTCTTATG-TATTAATTTTTA-AATAT
* ** * * * * *
12037 T-ATCAAATTAGCATTATTTTATTTCAAATAAA-ATAGTATTAA-TAGAACCAATTGTTTGATTA
1 TAAT-AAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTA-TATTAACCA-AAACAATTGTTTTATGA
* * * * **
12099 CAAAATAAAAAGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACT-TATTGAAAT
63 CAAAACAAAAGGTCATAACGATTT-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTAT-TTGAAAT
*
12163 GATTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATGAATTAATTTTCTAAATAT
126 GATTTAGTAAA-AGATTTATTTTTTAAATCTCTTATGTATTAATTTT-TAAATAT
* *
12218 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATCTTAACCAAAACAATTGTTTTATG-CCA
1 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATTAACCAAAACAATTGTTTTATGACAA
* * * * * * *
12282 AACAAAAGATCTTAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCATATAGTCTTAATTGTTTGAA
66 AACAAAAGGTCATAACGATTT-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTGAA
12341 CAAAAGGTCA
Statistics
Matches: 369, Mismatches: 93, Indels: 44
0.73 0.18 0.09
Matches are distributed among these distances:
177 3 0.01
178 41 0.11
179 46 0.12
180 123 0.33
181 98 0.27
182 51 0.14
183 7 0.02
ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (178 bp):
TAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATTAACCAAAACAATTGTTTTATGACAA
AACAAAAGGTCATAACGATTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTGAAATGATTT
AGTAAAAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATGTATTAATTTTTAAATAT
Found at i:13724 original size:360 final size:354
Alignment explanation
Indices: 12700--14629 Score: 1268
Period size: 360 Copynumber: 5.4 Consensus size: 354
12690 AGTTTTAGTT
* ** * * *
12700 GAAACAATTGTTTTATGACAATATGAAGCTCATAACGACTTT-AAGTTATTAGAATGATTATTTA
1 GAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAGATCATAACGA-TTTGAA---A-TAG-ATAATTATTCA
* * * * *
12764 AAAAGTCA-AATCT-TTT-AACTTTTTCAATAAACAGATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTCATT
60 AATAGTCATAA-CTATTTGAAC-TGTTCAAAAAACATATTTA-TTTTTTAAAT-T-TTACTTATT
* * * * ** * * *
12826 AATGTTTCAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGAATGAACT-GAAATA
120 AAT-TTTGAAATATTAATAAATTAATATT-TTTTAATCAGAATAAGCTTGCAT-AAATAGAAACA
* * * * * * * *
12890 ATTTTTTTAT-ATCTAAACAAAAGATTAGAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCTAACAGTCTTA
182 ATTGTTTTATGA-C-AAAAAAAAG-TCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * * ** *
12954 ACTATTTGAAC-TAGCTCGACAAACACATTTATTTTTTAAATCTGTTACTTATTAATTTTTGGAA
244 ACTATTTGAACTTA-TTCGATAAATATATTTATTTTTTAAATCCCTTACTTATTAATTTTTTGAA
* * * * * *
13018 TATTATTAAATTGGTATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAAAA
308 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATTAATA
* ** * * *
13065 GGAACAATTGTTTTATGA-TGAATAAAGATCATAAC-ATTTTGAGATAGATAATTATTCAAATGG
1 GAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAGATCATAACGA-TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
* * * * * *
13128 TTATAACTATTTGAACTGTTTCAAAAAATAGATTTAGTTTTTAAA-TGT-CTTATTAATTTTCAA
65 TCATAACTATTTGAACTG-TTCAAAAAACATATTTATTTTTTAAATTTTACTTATTAATTTTGAA
* * ** * * *
13191 ATATTAATAGATCAATATTATTTTAAT-ATGAATAATTTTGCATCAACAGAAACAATTATTTTAT
129 ATATTAATAAATTAATATT-TTTTAATCA-GAATAAGCTTGCATAAATAGAAACAATTGTTTTAT
* * * *
13255 GACAAAACAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATGGACATGACTATTTGAACT
192 GACAAAA-AAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * * * *
13320 TGTTTGGTAAATATATTTATTTTTTAAATCTCC-AACTTATTAATTTTTTTAATATTAATAAGTT
256 TATTCGATAAATATATTTATTTTTTAAATC-CCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATT
**
13384 AGTATTATTTTATTTTGAATAAAATTGTATTAATA
320 AGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATTAATA
* * *
13419 GAAACAATTGTTTTATGAACAAAAAAAAGATGATAACGATTTGACATAAATAATTATTCAAATAG
1 GAAACAATTGTTTTATG-ACAAAAAAAAGATCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
*
13484 TCATAACTATTTGAACGTGTTCAAAAAACATATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTGG
65 TCATAACTATTTGAAC-TGTTCAAAAAACATATTTATTTTTTAAA-TTTTACTTATTAATTTTGA
* * * *
13549 AATATTAATAAATTTATATTGTTTTATTCAAAATAAGCTTGCATAAATAGAACCAATTGTTTTAT
128 AATATTAATAAATTAATATT-TTTTAATCAGAATAAGCTTGCATAAATAGAAACAATTGTTTTAT
*** *
13614 GACAAAAGAAAAGGTCATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCATAACTATTTGAAC
192 GACAAAA-AAAA-GTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * * * * * * *
13679 ATATTTGGTAAATAGATTCATTTTTTAATTCCCTTACTCATTAATTTTTAGAATATTAATAAATT
255 TTATTCGATAAATATATTTATTTTTTAAATCCCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATT
** *
13744 AGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATA-TAACT-
320 AGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATTAA-TA
* * *
13778 GAAAACAATTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
1 G-AAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGATCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* * * *
13843 GTCCATGACTATTTGAACTTGTTTAGTAAAACATATTTATTTTTTTAAATCTTTACTCATT-ATT
64 GT-CATAACTATTTGAAC-TGTTCA-AAAAACATATTTA-TTTTTTAAAT-TTTACTTATTAATT
* * * ** * *
13907 TGTAGAAATATTAATCAATTAATATTATTTAATCCGAATAAGCTTGTTTGAATAGAAACAATTGC
124 T-T-GAAATATTAATAAATTAATATTTTTTAATCAGAATAAGCTTGCATAAATAGAAACAATTGT
* * **
13972 TTTATGACAAATAAAAAGTCATAACAATTTAAAATA-ATAATTATTCAAATAGTCATAAAGATTT
187 TTTATGACAAA-AAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * *
14036 GAACTTCTTCGATAAAAATATTTA-TTTTTAAATCCTTTACTTATTAATTGTCTT-AATATTAAT
251 GAACTTATTCGATAAATATATTTATTTTTTAAATCCCTTACTTATTAATT-TTTTGAATATTAAT
* * *** * * *
14099 ATATTTA-TATTATTTTAATCAAAATAAGTTTGTATGAACCA
315 A-AATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATTAA-TA
** * * * * *
14140 -AAA-AA-TCATTTATTGACAAACAAAAAG-TTATACCAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATA
1 GAAACAATTGTTTTA-TGACAAA-AAAAAGATCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* * *** * * * *
14201 GTCATAATTATTTAAACTTGTTCGGTAAATAGATTCA-TTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTT
64 GTCATAACTATTTGAAC-TGTTCAAAAAACATATTTATTTTTTAAAT-T-TTACTTATTAATTTT
* ** * * ** * * *
14265 TAGAATATTAATAGCTTAGTATTATTTTATTTTGAACAATTCTAT--ATTAAACTA-AATA-ATT
126 GA-AATATTAATAAATTAATATT-TTTTAATCAGAATAA-GCT-TGCA-TAAA-TAGAA-ACAAT
* * ** * * * *
14326 TTTTTTATGACAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATATTTATTCAAAAAGTCATAA-TA
184 TGTTTTATGACAAA-AAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
* * * * * *** * * * *
14390 TTTGATC-TAGTTTGGTAAACATATTTATTTTTAAAATTTTTTATTTATTAA-CTATTGAAATTT
248 TTTGAACTTA-TTCGATAAATATATTTATTTTTTAAATCCCTTACTTATTAATTTTTTG-AATAT
* * *** * * * *
14453 TAATAAATTAGTATAATTTTAATCCAAATGAGCTTATATGAAGA
311 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATTAATA
* * * * * * *
14497 TAAACTATT-TTTTGATAACAGAACAAAAAG-TCATAACAATTTAAAATAAAATAATTACTCAAA
1 GAAACAATTGTTTT-ATGACA-AA-AAAAAGATCATAACGATTTGAAAT-AGATAATTATTCAAA
* * * * * * ** *
14560 TAGTCATAACTATTTAAACTGGTTTAATAAACAGATTGAATTTTTAAA-ACT-CATATTAATTTT
62 TAGTCATAACTATTTGAACT-GTTCAAAAAACATATTTATTTTTTAAATTTTACTTATTAATTTT
14623 GAAATAT
126 GAAATAT
14630 CAATTTATTA
Statistics
Matches: 1254, Mismatches: 251, Indels: 128
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
354 149 0.12
355 85 0.07
356 109 0.09
357 93 0.07
358 130 0.10
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360 275 0.22
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362 40 0.03
363 68 0.05
364 33 0.03
365 17 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (354 bp):
GAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAGATCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
CATAACTATTTGAACTGTTCAAAAAACATATTTATTTTTTAAATTTTACTTATTAATTTTGAAAT
ATTAATAAATTAATATTTTTTAATCAGAATAAGCTTGCATAAATAGAAACAATTGTTTTATGACA
AAAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTC
GATAAATATATTTATTTTTTAAATCCCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATT
ATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATTAATA
Found at i:13793 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 12798--14584 Score: 1263
Period size: 181 Copynumber: 9.9 Consensus size: 180
12788 CAATAAACAG
* * * *
12798 ATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATGTTTCA-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTAT
1 ATTTA-TTTTTTAAATCCCTTACTTATTAAT-TTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * * * * * * *
12862 TTTGAATAAGCTTGAATGAACTGAAATAATTTTTTTAT-ATCTAAACAAAAGATTAGAACAATTT
64 TTCGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGA-C-AAAAAAAAGGTCATAACAATTT
* * * * * * * * ** * *
12926 GAAATAAATAATTGTTCTAACAGTCTTAACTATTTGAACTAGCTCGACAAACAC
127 GAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAT
** * * * *
12980 ATTTATTTTTTAAATCTGTTACTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTGGTATTATTTTA-AT
1 ATTTATTTTTTAAATCCCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
** * * *
13044 CTGAATAAGCTTGTATGAA--AAGGAACAATTGTTTTATGA-TGAATAAAGATCATAACATTTTG
66 C-GAATAAGCTTGTATGAACTAA--AACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAGGTCATAACAATTTG
* * * *** *
13106 AGATAGATAATTATTCAAATGGTTATAACTATTTGAAC-TGTTTCAAAAAATAG
128 AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTT-GGTAAATAT
* * * * * * *
13159 ATTTAGTTTTTAAAT---GT-CTTATTAATTTTCA-AATATTAATAGATCAATATTATTTTAATA
1 ATTTATTTTTTAAATCCCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATT
** * * *
13219 T-GAATAATTTTGCATCAAC-AGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACAATTTG
65 TCGAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGGTCATAACAATTTG
* * *
13281 AAATAGATAA-TAGTTCAAATGGACATGACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAT
128 AAATAGATAATTA-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAT
* ** *
13334 ATTTATTTTTTAAATCTCC-AACTTATTAATTTTTTTAATATTAATAAGTTAGTATTATTTTATT
1 ATTTATTTTTTAAATC-CCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* ** * * * *
13398 TTGAATAAAATTGTATTAA-TAGAAACAATTGTTTTATGAACAAAAAAAAGATGATAACGATTTG
65 TCGAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATG-ACAAAAAAAAGGTCATAACAATTTG
* * * **** *
13462 ACATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACGTGTTCAAAAAACAT
128 AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAT
** * *
13515 ATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAA-TTTTGGAATATTAATAAATTTA-TATTGTTTTA-T
1 ATTTATTTTTTAAATCCCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATT
* * * * ***
13576 TCAAAATAAGCTTGCAT-AAATAGAACCAATTGTTTTATGACAAAAGAAAAGGTCATAATGTTTT
65 TC-GAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGGTCATAACAATTT
* * * * *
13640 GAAATAGATAATTGTTCATATAGTCATAACTATTTGAACATATTTGGTAAATAG
127 GAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAT
* * *
13694 ATTCATTTTTTAATTCCCTTACTCATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
1 ATTTATTTTTTAAATCCCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * **
13759 CAAATAAGCTTATAT-AACTGAAAACAATTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA
66 CGAATAAGCTTGTATGAACT-AAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGGTCATAACAATTTGA
* * *
13823 AATAGATAATTATTCAAATAGTCCATGACTATTTGAACTTGTTTAGTAAAACAT
129 AATAGATAATTATTCAAATAGT-CATAACTATTTGAACTTGTTTGGT-AAATAT
* * * * * *
13877 ATTTATTTTTTTAAAT-CTTTACTCATT-ATTTGTAGAAATATTAATCAATTAATATTA-TTTAA
1 ATTTA-TTTTTTAAATCCCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * *
13939 TCCGAATAAGCTTGTTTGAA-TAGAAACAATTGCTTTATGACAAATAAAAA-GTCATAACAATTT
64 TTCGAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAA-AAAAAGGTCATAACAATTT
* ** * * * *
14002 AAAATA-ATAATTATTCAAATAGTCATAAAGATTTGAACTTCTTCGATAAAAAT
127 GAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAT
* *
14055 ATTTA-TTTTTAAATCCTTTACTTATTAATTGTCTT--AATATTAATATATTTA-TATTATTTTA
1 ATTTATTTTTTAAATCCCTTACTTATTAATT-T-TTAGAATATTAATA-AATTAGTATTATTTTA
* * * * ** * *
14116 -ATCAAAATAAGTTTGTATGAACCAAAA-AA-TCATTTATTGACAAACAAAAA-GTTATACCAAT
63 TTTC-GAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTA-TGACAAA-AAAAAGGTCATAACAAT
* * * * * *
14177 TTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTTGTTCGGTAAATAG
125 TTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAT
* * * **
14233 ATTCA-TTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTAGAATATTAATAGCTTAGTATTATTTTATTT
1 ATTTATTTTTTAAATCCCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * * * * * * **
14297 TGAACAA-TTCTATATTAAACTAAATA-ATTTTTTTTATGACAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
66 CGAATAAGCT-TGTA-TGAACTAAA-ACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAGGTCATAACAATTTG
* * * * * *
14360 AAATAAATATTTATTCAAAAAGTCATAA-TATTTGATCTAGTTTGGTAAACAT
128 AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAT
* *** * * * * * *
14412 ATTTATTTTTAAAATTTTTTATTTATTAACTATT-GAAATTTTAATAAATTAGTATAATTTTAAT
1 ATTTATTTTTTAAATCCCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * * * *
14476 CCAAATGAGCTTATATGAA-GATAAACTATT-TTTTGATAACAGAACAAAAA-GTCATAACAATT
65 TCGAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTGTTTT-ATGACA-AA-AAAAAGGTCATAACAATT
* * * * *
14538 TAAAATAAAATAATTACTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGGTTT
126 TGAAAT-AGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTT
14585 AATAAACAGA
Statistics
Matches: 1280, Mismatches: 254, Indels: 142
0.76 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
174 50 0.04
175 78 0.06
176 28 0.02
177 61 0.05
178 148 0.12
179 268 0.21
180 213 0.17
181 293 0.23
182 92 0.07
183 40 0.03
184 9 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
ATTTATTTTTTAAATCCCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
CGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAGGTCATAACAATTTGAAA
TAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAT
Found at i:14899 original size:308 final size:307
Alignment explanation
Indices: 14330--14900 Score: 657
Period size: 309 Copynumber: 1.9 Consensus size: 307
14320 ATAATTTTTT
** * *
14330 TTATGACAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATATTTATTCAAAAAGTCATAATATTTGA
1 TTATGACAAACAAAAGAACATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAAAAGCCATAATATTTGA
* ** * * * * * * *
14395 TCTAGTTTGGTAAACATATTTATTTTTAAAATTTTTTATTTATTAACTATTGAAATTTTAATAAA
66 ACTAGTTTGACAAACAAATTTATTTTTAAAATCTCTAAGTTATTAACTATTCAAATATTAATAAA
* * *
14460 TTAGTATAATTTTAATCCAAATGAGCTTATATGAAGATAAACTATTTTTTGATAACAGAACAAAA
131 TTAGCATAATTTTAATCCAAATAAGCTTATATGAACATAAACTATTTTTTGATAACAGAACAAAA
* *
14525 AGTCATAACAATTTAAAATAAAATAATTACTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGGTTTAATAA
196 AGTCATAACAACTTAAAATAAAATAATTACTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGGTTCAATAA
14590 ACAGATTGAATTTTTAAAACTCATATTAATTTTGAAATATCAATTTA
261 ACAGATTGAATTTTTAAAACTCATATTAATTTTGAAATATCAATTTA
* * * *
14637 TTATGACAAAACAAAAGAACATAATGATTTGAAATAAATAATTATTTACATAGCCTTAACTATTT
1 TTATGAC-AAACAAAAGAACATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAAAAGCCATAA-TATTT
* * * * *
14702 GAACTAGTTTGACAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTAAGTTATTGA-TTTTCATGATATTATT
64 GAACTAGTTTGACAAACAAATTTATTTTTAAAATCTCTAAGTTATTAACTATTCA-AATATTAAT
* * * * * * *
14766 AGATTAGCATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACATAAA-TAATTGTTTT-ATGAC-GAA
128 AAATTAGCATAATTTTAATCCAAATAAGCTTATATGAACATAAACT-ATT-TTTTGATAACAG-A
* * * * ** * * *
14828 ACAAAAGGTTATAACAACTTGAAAT-ATATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAATTGGTT
190 ACAAAAAGTCATAACAACTTAAAATAAAATAATTACTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGGTT
14892 CAATAAACA
255 CAATAAACA
14901 AACAATCTTC
Statistics
Matches: 214, Mismatches: 44, Indels: 11
0.80 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
307 7 0.03
308 90 0.42
309 113 0.53
310 4 0.02
ACGTcount: A:0.43, C:0.09, G:0.09, T:0.39
Consensus pattern (307 bp):
TTATGACAAACAAAAGAACATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAAAAGCCATAATATTTGA
ACTAGTTTGACAAACAAATTTATTTTTAAAATCTCTAAGTTATTAACTATTCAAATATTAATAAA
TTAGCATAATTTTAATCCAAATAAGCTTATATGAACATAAACTATTTTTTGATAACAGAACAAAA
AGTCATAACAACTTAAAATAAAATAATTACTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGGTTCAATAA
ACAGATTGAATTTTTAAAACTCATATTAATTTTGAAATATCAATTTA
Found at i:15196 original size:181 final size:182
Alignment explanation
Indices: 14912--15399 Score: 506
Period size: 182 Copynumber: 2.7 Consensus size: 182
14902 ACAATCTTCT
* * * * ***
14912 ACTTATT-AGTTTTTGAAATATTAATAAATTACTATTATTTTTATTTTGAATTGGCTTGTATG--
1 ACTTATTAAATTTTTGAAATATTAATAAAATAATATTA-TTTTATTTTAAATAAACTTGTATGAA
* * * * *
14974 GTGAAAAACAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAA
65 ATG--AAACAATTATTTTATGATA-AACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAA
* * ***
15039 ATGGCCATCACTATTTGAACTAATTCAATAAACTGGTTTATTTTT-TAAATCTCC-A
127 ATAGCCATAACTATTTGAACTAATTCAATAAACAAATTTATTTTTGTAAAT-TCCTA
* * * *
15094 ACTT-TTCAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTTAATAAACTTTTATGAAA
1 ACTTATTAAATTTTTGAAATATTAATAAAATAATATTATTTTATTTTAAATAAACTTGTATGAAA
* *
15158 TGAAACAATTATTTTATGATAAAGCAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATA
66 TGAAACAATTATTTTATGATAAA-CAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* * * * *
15223 GCTATAATTATTTGAACTTATTCAGTAAACAAATTTATTTTTGTAAATTCCTT
130 GCCATAACTATTTGAACTAATTCAATAAACAAATTTATTTTTGTAAATTCCTA
* * * * *
15276 GCTTATTAAATTTCT-AAATGTTAATAAAATATTATTATTTTATTTCAAATAAA-TATGTATGAA
1 ACTTATTAAATTTTTGAAATATTAATAAAATAATATTATTTTATTTTAAATAAACT-TGTATGAA
* * * * *
15339 CTAAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAATATTAGAATGATTTGAAATAGATAATTATTC
65 ATGAAACAATTATTTTATGA-TAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTC
15400 TAACGATCTT
Statistics
Matches: 257, Mismatches: 40, Indels: 18
0.82 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
180 2 0.01
181 113 0.44
182 128 0.50
183 14 0.05
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.09, T:0.43
Consensus pattern (182 bp):
ACTTATTAAATTTTTGAAATATTAATAAAATAATATTATTTTATTTTAAATAAACTTGTATGAAA
TGAAACAATTATTTTATGATAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
CCATAACTATTTGAACTAATTCAATAAACAAATTTATTTTTGTAAATTCCTA
Found at i:15223 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 15202--15234 Score: 50
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
15192 TAATGATTTT
15202 AAATAG-ATAATTATTC
1 AAATAGCATAATTATTC
15218 AAATAGCTATAATTATT
1 AAATAGC-ATAATTATT
15235 TGAACTTATT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
18 9 0.60
ACGTcount: A:0.48, C:0.06, G:0.06, T:0.39
Consensus pattern (17 bp):
AAATAGCATAATTATTC
Found at i:15775 original size:178 final size:177
Alignment explanation
Indices: 15440--19324 Score: 1816
Period size: 178 Copynumber: 21.6 Consensus size: 177
15430 AAATACATTG
* * * * * * *
15440 TTTTATGACAAAATAAAAGGTCAAAACAATTTTATATAGATAATTATTCAAATAGTCATATCTAA
1 TTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
* * ** * * * * ** **
15505 TTGAAATTGTTCAATAAATAGATTT-TTTTTTAAAAATCTATTGCTTTATTAATTTTTTGAATGT
65 TTGAACTAGTTTGATAAACATATTTATTTTTT--AAATCTCTTAC-TTATTAA-TTTTCAAAAAT
* * *
15569 TAAT--A-TAATATTA-TTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAATAATTA
126 TAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCGAATAAGCTTGTATGAA-TGAAACAATTA
* * * * *
15619 TTTTATGACTAAAA-AAAAGTTAAAACGATTTGAAATAGATAATCATTCTAATAGTCTTAACTAT
1 TTTTATGAC-AAAACAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
* *
15683 TTGAACTAGTTTGACAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAAATTATT
65 TTGAACTAGTTTGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAAATTAAT
* * * * * *
15748 AAATTAGTATCATTTTAATCGAATAAGCTTATGTGAAAAGAAACAATTG
130 AAATTAGTATTATTTTATTCGAATAAGCTTGTATG-AATGAAACAATTA
* * * * * *
15797 TTGTATGACAAAA-TAAAGATCATTACGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTAT
1 TTTTATGACAAAACAAAAG-TCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
* * * * * * * *
15861 ATGAA-TTGGTTCAGTAAATAGATTTAGTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTCAAAATATCA
65 TTGAACTAGTTTGA-TAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAA-ATTA
* * * *
15921 ATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA-TTCTGTATGAA-CAGAATAATTA
128 ATAAATTAGTATTATTTTA-TTCGAATAAGCT-TGTATGAATGA-AACAATTA
* * * * *
15972 -TTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGACATGACTAT
1 TTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
* * * * * * *
16036 TTGAAGTTGTTT-AGT-AATAGATTTATTTTTTAAATCTCCTAAC-TATTAATTTGCAAATATTA
65 TTGAACTAGTTTGA-TAAACATATTTATTTTTTAAATCT-CTTACTTATTAATTTTCAAAAATTA
* * * * * *
16098 ATAAAGTAATATTATTTTATTTTGAATAAACTTAATATGAATAGAAACAATTG
128 ATAAATTAGTATTATTTTA-TTCGAATAAGCTT-GTATGAAT-GAAACAATTA
** * * * * * *
16151 TTTTATGACAAAATGAAAGATCATAACTATTCG-AATA-AAAATTATTTAAACAGTAAT-ACTTA
1 TTTTATGACAAAACAAAAG-TCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAC-TA
* ** * * * * * ** **
16213 TTTGAGCTTAACTCGATAAAC-GATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTAGTAATATTTGGAATTTT
64 TTTGAAC-TAGTTTGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT-TTTCAAAAATT
* *
16277 AATAAATTAGTATTA-TTTATTTCAAATAAGCTTGTATGGATAGAAACAATTA
127 AATAAATTAGTATTATTTTA-TTCGAATAAGCTTGTATGAAT-GAAACAATTA
* * * * * *
16329 GTTTATCAC-GAACAAAAAGTCAATAACTATTTG-AATAGATAATTATTCAAATAGTTAGAACTA
1 TTTTATGACAAAAC-AAAAGTC-ATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTA
* * * * ** *
16392 TTTGAA-T-GTATTTAGAAA-ATAATTATTTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAAATTTTGGAATAT
64 TTTGAACTAGT-TTGATAAACATATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATT-AATTTTCAAAAAT
*
16453 TAATAAATT--TAATTATTTTATTCGAAATAAGCTTGTATGAA-CAAACAATTA
126 TAATAAATTAGT-ATTATTTTATTCG-AATAAGCTTGTATGAATGAAACAATTA
* * * * * *
16504 TCTTATGAC-AAACAACAGGTCATAGCAATTTGAAATCGAT-ATTATTCAAAATAGGTCAT-ACC
1 TTTTATGACAAAACAA-AAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTC-AAATA-GTCATAACT
* * * *
16566 ATTTGAACTTG-TTCAGTAAACAGACTCATTT-TTTATTAAATCTCTTAC-CATTAATATTTCAA
63 ATTTGAACTAGTTTGA-TAAAC--A-T-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT-TTTCAA
* * * * * *
16628 AATATT--T-AGTGA-TATT-TTATATTCAAATGAAGCCT-TATGAATTGATACAATTA
122 AA-ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCGAAT-AAGCTTGTATGAA-TGAAACAATTA
* *
16681 TTTTAGTGACAAAAACAAAATGGTCATAACGATTTGAAATAGATTAATTATTCAAATAGTTATGA
1 TTTTA-TGAC-AAAACAAAA--GTCATAACGATTTGAAATAGA-TAATTATTCAAATAGTCATAA
* * * * * *
16746 CTATGTGAACTTG-TTCAGTAAACATATTTA--TTTTAAATATTTTACTTAATTAATTTTTAAAA
61 CTATTTGAACTAGTTTGA-TAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT-ATTAATTTTCAAAA
* * *
16808 TATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCGAATAGGCTTGTATGAA-GAAAAACAATTA
124 -ATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCGAATAAGCTTGTATGAATG--AAACAATTA
* * * * * *
16865 TTTCATGACAAAAAAAAAGTCATAACTATTTGAAATAAAT-ATATGTTCAAATAGTCAAAACTAT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAAT-TATTCAAATAGTCATAACTAT
* * * * * *
16929 TTGGAACTTA-TTTCAT-AACA-A-TTA-TTTTTAAATCTTTTACTTA-TGATGTGTCTACATAT
65 TT-GAAC-TAGTTTGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT-TTTC-AAAAAT
* * *
16988 TAATAAATT--TATGTAATTTTATTTGCAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-ATTTG
126 TAATAAATTAGTAT-T-ATTTTATTCG-AATAAGCTTGTATGAAT-GAAACAATTA
** * * * *
17041 TTTTATGACAAAACAAAAGGTTGTAGCTATTTGAAATAGATAATTGTTCCAAATAGTCATAATTA
1 TTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATT-CAAATAGTCATAACTA
* * * * * *
17106 TTT-ATACTTGTTCGGTAAACAAATTCATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTAGAATAA-
64 TTTGA-ACTAGTTTGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCA-AA-AAT
* * * * * * * * *
17165 TAA-AAAATA-AATTATGTTATTCAAATAAGCTTGTACGATTAGCATCAATTG
126 TAATAAATTAGTATTATTTTATTCGAATAAGCTTGTATGAAT-GAAACAATTA
* * * * * * *
17216 TTTTGTGATAAAAACATAAGGTTATAATGATTTGAAAT-GATAATTGTTCAAACAGTCATAACTA
1 TTTTATGA-CAAAACA-AAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTA
* * ** ** * * * * * **
17280 TTTGCACT-GGTCAAGCCAACAGT-TTCATTCTTCAAATCTGTTATTTATTAGCTTTCAAAATTA
64 TTTGAACTAGTTTGA-TAAACA-TATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAA--A
* * * * * * *
17343 TTAAT-AATTAGCATTACTTTATTTGTAATAAGAC-TATATAAACAGAAA-ATAGTTGT
125 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCG-AATAAG-CTTGTATGAA-TGAAACA-A-TT-A
* * * * * * *
17399 TTTTATTCACAAAACAAAATGGTCATAATGA-TTGAAATAAATAATTGTTGAAAATAGTTATAGC
1 TTTTA-TGACAAAACAAAA--GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATT-CAAATAGTCATAAC
* * * * * * * * *
17463 TAATTAAACTGGTTT-AGTAAATAGATTTATTTTTTAAATTTCTCACTTCTTAATTTACAAAATA
62 TATTTGAACTAGTTTGA-TAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAA-A
* * ** * ** * *
17527 TTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAATAAAATTATAATGAACAAAAACATTTG
125 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTC-GAATAAGCTTGT-ATGAA-TGAAACAATTA
* * *
17583 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGATAATAGATAATTATTTAAATAGTCATAATTA
1 TTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACGATTTGA-AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTA
* ** * * * *
17648 TTTGAACTAGTTAGGCAAACATAATTGTTTTTT-AATCTCTTACTTATTGAGA-TTTGAAATATT
64 TTTGAACTAGTTTGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT-A-ATTTTCAAAAATT
* * * * * **
17711 AAT-AATTATTTTTATTTTATTTTGAATATA--TTACTAAGAATTGAAA-AAAAA
127 AATAAATTAGTATTATTTTA-TTCGAATA-AGCTT-GTATGAA-TGAAACAATTA
* * * * * *
17762 TTTTATGACAAAATAAAAAGGTCATAATGA-TTGAAAATAGA-AAATGTTCATAATAGCCTTAAC
1 TTTTATGACAAAA-CAAAA-GTCATAACGATTTG-AAATAGATAATTATTCA-AATAGTCATAAC
* * * *
17825 TATTTGAATGCTAGTTT-AGCAAACAAATTTATTTTTTAAGATCTCTTAGTTATTAATTTTTAGA
62 TATTTGAA--CTAGTTTGA-TAAACATATTTATTTTTTAA-ATCTCTTACTTATTAA-TTTT-CA
* * * * * * *
17889 AATAATCTATTACATTAGTATTATTTTTATTTCAAATAA-CTTGGTGCTGAAAGAAAATAATCCA
121 AA-AAT-TAATAAATTAGTATTA-TTTTA-TTCGAATAAGCTT-GT-ATGAATG-AAACAAT-TA
* * * * *
17953 TTTTAGTGAGATTAAAAAAAAAGTGGTTATAACAATTTGAAAT-TATAATTA-TCAAAATAGTCA
1 TTTTA-T--GA-CAAAACAAAA---GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTC-AAATAGTCA
* * * * * * * * *
18016 TAACTAATTTAAATTGGTTCGGTAAACAGAATTAAGTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
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* * * *
18081 AAATATTAGTAAATTAGTATTA-TTTATTTCGAATAAGCTTGTATG-ATGAAAAACAACTG
120 AAAAATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCGAATAAGCTTGTATGAATG--AAACAATTA
* * * * * *
18140 TTTTCTAACAAAACAAAAGTTCTTAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTAT
1 TTTTATGACAAAACAAAAG-TCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
* * * * * * *
18205 TTAAATTAATTTGAT-AAC-TGATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATCAATTTTTGAAATATTA
65 TTGAACTAGTTTGATAAACAT-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTCAAAAATTA
* * * * * * * *
18268 ATAAAGTAATATTATTTTATATCG-ATAAACTTTTTTGTACTGAAATAGTTA
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* * * * * *
18319 TTTTATGATAAAATAAATGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTATTTAAATAGT-ATTAACTAT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA-TAACTAT
* * * * **
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* * *
18440 ATAAATTAGTATTATTATATTTTGAATAAGCATGTATGAATTGAAACAATTA
128 ATAAATTAGTATTATTTTA-TTCGAATAAGCTTGTATGAA-TGAAACAATTA
* * * * * * * * *
18492 TTTTTTGACTAAACAAAAGATCAAAACAATTTGGAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTATCTAA
1 TTTTATGACAAAACAAAAG-TCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACT-A
* * * * * * *
18557 TTTGAAATGGTTTGGA-AAGCACATTTA-TTTTTAAATC-C---C-CATTGATTTTCAAAATAGT
64 TTTGAACTAGTTT-GATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAA-ATT
** *
18615 AATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAATTTTGTATGAAATAGAAAAAATTA
127 AATAAATTAGTATTATTTTATTC-GAATAAGCTTGTATG-AAT-GAAACAATTA
* * * * * * *
18669 TTTTATAACAAAACGAAATGTCATAACAATTTGAAATAGATAA-CAGTTCAAATGGACATGACTA
1 TTTTATGACAAAAC-AAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAATAGTCATAACTA
* * * * *
18733 TTTGAACTTGTTCGATACA-ATAAATTATTTTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTT-AGAATAA-
64 TTTGAACTAGTTTGATAAACAT-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCA-AA-AAT
* *
18795 TAATAAATTAGTATTATTTTATTCCACATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGA
126 TAATAAATTAGTATTATTTTATTCGA-ATAAGCTTGTATGAAT-GAAACAATT-A
* * * *
18850 TTTTATGA-TAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAAATATATAACTATTCAAAATAGTCATAACT
1 TTTTATGACAAAACAAAAG-TCATAACGATTTG-AAATAGATAATTATTC-AAATAGTCATAACT
* * ** * * * * * *
18914 ATTTGAACTTGCTCAATAAATAGATTTATTATCTAAATCTTTTATTTATTAATTTT-AGAAATAT
63 ATTTGAACTAGTTTGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCA-AAA-AT
* * *
18978 TAATAAATTAGCATTATTTTATTCTAAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTA
126 TAATAAATTAGTATTATTTTATTC-GAATAAGCTTGTATGAAT-GAAACAATTA
* * * * * ** *
19032 GTTTATAATAAAATAAATTGTTTTAAACGATTTGAAATAGATAATTGTTTCAAATAGTCATAACT
1 TTTTATGACAAAACAAA-AGTCAT-AACGATTTGAAATAGATAATT-ATTCAAATAGTCATAACT
** * * * **
19097 ATTTGAACGT-GTTTAGA-AAATGTATTTATGTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTAGAATT
63 ATTTGAAC-TAGTTT-GATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCA-AAAA
* * **
19159 TTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGCATGAACAAAACTAATTA
125 TTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCG-AATAAGCTTGTATGAATGAAAC-AATTA
* ** * ***
19214 TTTTATGACAAAACAAATGGTCCATATTGTTTTGAAATAGATAATTATTTTGATAGTCATAACTA
1 TTTTATGACAAAACAAA-AGT-CATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTA
* * * *
19279 ATTGAACT--TTCTCGGTAAACAAATTTATTTTTTTAATTCTCTTACT
64 TTTGAACTAGTT-T-GATAAACATATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACT
19325 CATGCTTATA
Statistics
Matches: 2843, Mismatches: 613, Indels: 496
0.72 0.16 0.13
Matches are distributed among these distances:
171 4 0.00
172 32 0.01
173 37 0.01
174 152 0.05
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176 171 0.06
177 301 0.11
178 398 0.14
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180 174 0.06
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182 273 0.10
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197 3 0.00
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Consensus pattern (177 bp):
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Found at i:17076 original size:357 final size:354
Alignment explanation
Indices: 15582--19262 Score: 1369
Period size: 357 Copynumber: 10.2 Consensus size: 354
15572 TATAATATTA
* *
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* * * * *
15644 CGATTTGAAATAGATAATCATTCTAATAGTCT-TAACTATTTGAACTAGTTT-GACAAACATATT
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* * * *
15707 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAA-ATTATTAAATTAGTATCATTTTAA-TCGA
126 TA--TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTCGA
* * * * * *
15770 ATAAGCTTATGTGAAAAGAAACAATTGTTGTATGAC-AAAATAAAGATCATTACGATTTGAGATA
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* * * * * * *
15834 GATA-ATTGTTCAAATAGTCATAATTATATGAA-TTGGTTCAGTAAATAGA-TTTAGTTTTTAAA
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* * *
15896 TCTCTTA-TTAAT-TTTCAAAATATCAATAAATTAGTATTAT
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** * * *
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* * ** * * *
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65 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACTTGTTTAGTAA-ACATATT-TA
* ** * * *
16063 TTTTAAATCTCCTAAC-TATTAA-TTTGCAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGAATA
128 TTTTAAATCT-CTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTCGAATA
* * * ** *
16126 AACTTAATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATGAAAGATCATAACTATTCG-AATAAA
192 AGCTT-ATATGAA-AAAAACAATT-ATTTATGACAAAAAAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAA
* * * * ** *
16190 AATTAT-TT-AAACAGT-AATACTTATTTGAGCTTAACTC-GATAAACGA-TTTATTTTTAAAAT
254 TA-TATGTTCAAATAGTCAAAAC-TATTTGAACTTAGTTCAG-TAAACGACATTATTTTT-AAAT
* ** *
16250 CTTTTACTTAGTAATATTTGGA-ATTTTAATAAATTAGTAT-T
315 CTCTTAC-T--TAATATTTCTACATATTAATAAATTAGTATAT
* * * * * *
16291 ATTTATTTCAAATAAGCTTGTATGGATAGAAACAATTAGTTTATCAC-GAACAAAAAGTCAATAA
1 -TTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAG-AACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGT-TATAA
* * * *
16355 CTATTTG-AATAGATAATTATTCAAATAGTTA-GAACTATTTGAA-TGTATTTAGAAAATAATTA
63 CGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATG-ACTATTTGAACT-TGTTTAGTAAA-CA-TA
* * ** *
16417 TTT-TTTTAAAT-TTTTACTTATTAAATTTTGGAATATTAATAAATTTA-ATTATTTT-ATTCGA
124 TTTATTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTCG-
* * * * * * * *
16478 AATAAGCTTGTATG-AACAAACAATTATCTTATGAC-AAACAACAGGTCATAGCAATTTGAAATC
188 AATAAGCTTATATGAAAAAAACAATTAT-TTATGACAAAAAAAAAGATCATAACTATTTGAAATA
* * * * *
16541 GATAT-TATTCAAAATAGGTC-ATACCATTTGAACTT-GTTCAGTAAACAGACTCATTTTTTATT
252 AATATATGTTC-AAATA-GTCAAAACTATTTGAACTTAGTTCAGTAAAC-GA--CATTATTT-TT
*
16603 AAATCTCTTACCATTAATA-TT-T-CA-A--AAT-ATTTAGTGATAT
311 AAATCTCTTA-C-TTAATATTTCTACATATTAATAAATTAGT-ATAT
* * *
16643 TTTATATTCAAATGAAGCCT-TATGAATTGATACAATTATTTTAGTGACAAAAACAAAATGGTCA
1 TTTAT-TTCAAAT-AAGCTTGTATGAATAGA-ACAATTATTTTA-TGAC-AAAACAAAA-GGTTA
* *
16707 TAACGATTTGAAATAGATTAATTATTCAAATAGTTATGACTATGTGAACTTGTTCAGTAAACATA
60 TAACGATTTGAAATAGA-TAATTATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACATA
* * *
16772 TTTATTTTAAATATTTTACTTAATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCG
124 TTTATTTTAAATCTCTTACTT-ATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTCG
* *
16837 AATAGGCTTGTATGAAGAAAAACAATTATTTCATGACAAAAAAAAAG-TCATAACTATTTGAAAT
188 AATAAGCTTATATGAA-AAAAACAATTATTT-ATGACAAAAAAAAAGATCATAACTATTTGAAAT
*
16901 AAATATATGTTCAAATAGTCAAAACTATTTGGAACTTATTTCA-T-AAC-A-ATTATTTTTAAAT
251 AAATATATGTTCAAATAGTCAAAACTATTT-GAACTTAGTTCAGTAAACGACATTATTTTTAAAT
*
16962 CTTTTACTT-ATGATGTGTCTACATATTAATAAATTTATGTA-AT
315 CTCTTACTTAAT-AT-T-TCTACATATTAATAAA-TTA-GTATAT
* * *
17005 TTTATTTGC-AATAAGCTTGTATGAATAGAA-AATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTGTAGC
1 TTTATTT-CAAATAAGCTTGTATGAATAGAACAA-TTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAAC
* * * * * ** *
17068 TATTTGAAATAGATAATTGTTCCAAATAGTCATAATTATTT-ATACTTGTTCGGTAAACAAATTC
64 GATTTGAAATAGATAATTATT-CAAATAGTTATGACTATTTGA-ACTTGTTTAGTAAACATATT-
* * * * * *
17132 ATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTAGAATAATAA-AAAATAA-ATTATGTT-ATTCAAA
126 -TATTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTCGAA
* * * ** * * * * * * *
17190 TAAGCTTGTACGATTAGCATCAATTGTTTTGTGATAAAAACATAAGGTTATAA-TGATTTGAAAT
190 TAAGCTTATATGA-AAAAAACAATT-ATTTATGACAAAAA-AAAAGATCATAACT-ATTTGAAAT
* * * * * ** ** *
17254 -GATA-ATTGTTCAAACAGTCATAACTATTTGCAC-T-GGTCAAGCCAAC-AGTTTCATTCTTCA
251 AAATATA-TGTTCAAATAGTCAAAACTATTTGAACTTAGTTC-AGTAAACGACATT-ATT-TTTA
* * * * * * *
17314 AATCTGTTATTTATTAGCTTTCAAAATTATTAAT-AATTAGCATTAC
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** * * * * * * *
17360 TTTATTTGTAATAAGAC-TATATAAACAGAAAATAGTTGTTTTTATTCACAAAACAAAATGGTCA
1 TTTATTTCAAATAAG-CTTGTATGAATAGAACA-A-TT-ATTTTA-TGACAAAACAAAA-GGTTA
* * * * * * * * *
17424 TAATGA-TTGAAATAAATAATTGTTGAAAATAGTTAT-AGCTAATTAAACTGGTTTAGTAAATAG
60 TAACGATTTGAAATAGATAATTATT-CAAATAGTTATGA-CTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAT
* * * **
17487 ATTTATTTTTTAAATTTCTCACTTCTTAATTTACAAAATATTAATAAATTAATATTATTTT-ATT
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* ** * * * * **
17551 CTAAATAAAATTATAATGAACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTG
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* * * * * *
17616 ATAATAGATAATTAT-TT-AAATAGTCATAATTATTTGAAC-TAGTT-AGGCAAAC-ATAATTGT
247 A-AATAAAT-A-TATGTTCAAATAGTCAAAACTATTTGAACTTAGTTCA-GTAAACGA-CATTAT
* * * * * *
17676 TTTTTAATCTCTTACTTATTGAGATTT-GAAATATTAAT-AATTATTTTTAT
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** * * * * ** * *
17726 TTTATTTTGAATATA--TTACTAAGAATTGAAAAAAAATTTTATGACAAAATAAAAAGGTCATAA
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* * * * *
17789 TGA-TTGAAAATAGA-AAATGTTCATAATAGCCTTA--ACTATTTGAATGCTAGTTTAGCAAACA
63 CGATTTG-AAATAGATAATTATTCA-AATAG--TTATGACTATTTGAA--CTTGTTTAGTAAACA
* * * * *
17850 AATTTATTTTTTAAGATCTCTTAGTTATTAATTTTTAGAAATAATCTATTACATTAGTATTATTT
122 TATTTA--TTTTAA-ATCTCTTACTTATTAATTTTTA-AAAT-AT-TAATAAATTAATATTA-TT
* * * * * * * *
17915 TTATTTCAAATAA-CTTGGTGCTGAAAGAAAATAATCCATTTTAGTGAGATTAAAAAAAAAGTGG
180 TTAATTCGAATAAGCTT-AT-ATGAAA-AAAACAAT-TA-TTTA-T--GA-CAAAAAAAAA--GA
* * * * * * *
17979 TTATAACAATTTGAAAT-TATA-AT-TATCAAAATAGTCATAACTAATTT-AAATTGGTTCGGTA
234 TCATAACTATTTGAAATAAATATATGT-TC-AAATAGTCAAAACT-ATTTGAACTTAGTTCAGTA
* * * *
18040 AACAGA-ATTAAGTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAGTAAATTAGTAT-T
296 AAC-GACATT-A-TTTTTAAATCTCTTACTTAAT-ATTTCT-ACATATTAATAAATTAGTATAT
* * * * * * *
18102 ATTTATTTCGAATAAGCTTGTATG-ATGAAAAACAACTGTTTTCTAACAAAACAAAA-GTTCTTA
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* * * * * * *
18165 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTT-AAATTAATTT-G-ATAAC-TGA
62 ACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACTT-GTTTAGTA-AACAT-A
* * * *
18226 TTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATCAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTT-ATAT
124 TTTA--TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAAT-T
* * * *** * * * * * *
18290 CG-ATAAACTTTTTTGTACTGAAATAGTTATTTTATGATAAAATAAATG-TCATAA-TGATTTTA
186 CGAATAAGCTTATATG-AAAAAAACAATTA-TTTATGACAAAAAAAAAGATCATAACT-ATTTGA
* * *
18352 AATAGATAATTAT-TT-AAATAGT-ATTAACTATTTGAACTTA-TTC-GATAAA-TA-ATT-TTT
248 AATAAAT-A-TATGTTCAAATAGTCA-AAACTATTTGAACTTAGTTCAG-TAAACGACATTATTT
* *
18409 TTAAAATTTCTTA-TTAAT-TTTCTTA-ATGTTAATAAATTAGTATTAT
309 TT-AAATCTCTTACTTAATATTTC-TACATATTAATAAATTAGTA-TAT
* ** * * * * * * * *
18455 TATATTTTGAATAAGCATGTATGAATTGAAACAATTATTTTTTGACTAAACAAAAGATCAAAACA
1 TTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAG-AACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACG
* * * * * * *
18520 ATTTGGAATAGATAATTGTTCTAATAGTCT-T-ATCTAATTTGAAATGGTTT-GGAAAGCACATT
65 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT-TATGA-CT-ATTTGAACTTGTTTAGTAAA-CATATT
* * * * *
18582 TATTTTTAAATC-C---C-CATTGATTTTCAAAATAGTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCTGA
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** * * * * * *
18641 ATAATTTTGTATGAAATAGAAAAAATTATTTTATAACAAAACGAAATG-TCATAACAATTTGAAA
189 ATAAGCTTATATGAAA-A-AAACAATTA-TTTATGACAAAA-AAAAAGATCATAACTATTTGAAA
* * * * ** * *
18705 TAGATA-ACAGTTCAAATGGACATGACTATTTGAACTT-GTTC-GATACAA-TAAATTATTTTTT
250 TAAATATA-TGTTCAAATAGTCAAAACTATTTGAACTTAGTTCAG-TA-AACGACATTA-TTTTT
* * * *
18766 AAATCTCTAACTTATTAATTT-TAGAATAATAATAAATTAGTATTAT
311 AAATCTCTTACTTAAT-ATTTCTA-CATATTAATAAATTAGTA-TAT
* * * * * * *
18812 TTTATTCCACATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGATTTTATGA-TAAACAAAAGATCATAAT
1 TTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAG-AACAATT-ATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAAC
* * * * * * * * *
18876 GATTTGAAAATATATAACTATTCAAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGCTCAATAAATAGATTT
64 GATTTG-AAATAGATAATTATTC-AAATAGTTATGACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACATATTT
* * ** *
18941 ATTATCTAAATCTTTTATTTATTAA-TTTTAGAAATATTAATAAATTAGCATTATTTT-ATTCTA
127 ATT-T-TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA-AAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTC-G
* * * ** ** *
19004 AATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTAGTTTATAATAAAATAAATTG-TTTTAAACGATTTGAA
188 AATAAGCTTATATGAA-AAAAACAATTA-TTTATGACAAAA-AAAAAGATCAT-AACTATTTGAA
* * * * * * *
19068 ATAGATA-ATTGTTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACGT-GTTTAGAAAATGTA-TTTATGTTT
249 ATAAATATA-TG-TTCAAATAGTCAAAACTATTTGAACTTAGTTCAGTAAACG-ACATTAT-TTT
* * * * *
19130 TAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTAGAATTTTAATAAATTTA-TATTAT
310 TAAATCTCTTACTTAAT-ATTTCTA-CATATTAATAAA-TTAGTA-TAT
* * * * * * **
19177 TTTATTTGAAATAAGCTTGCATGAACAAAACTAATTATTTTATGACAAAACAAATGGTCCATATT
1 TTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAC-AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGT-TATAAC
*
19242 GTTTTGAAATAGATAATTATT
64 GATTTGAAATAGATAATTATT
19263 TTGATAGTCA
Statistics
Matches: 2559, Mismatches: 494, Indels: 537
0.71 0.14 0.15
Matches are distributed among these distances:
347 2 0.00
348 35 0.01
349 12 0.00
350 29 0.01
351 122 0.05
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354 132 0.05
355 143 0.06
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371 7 0.00
372 5 0.00
373 22 0.01
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375 28 0.01
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377 73 0.03
378 33 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (354 bp):
TTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGA
TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACATATTTATTT
TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTCGAATAAGCT
TATATGAAAAAAACAATTATTTATGACAAAAAAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATATATGT
TCAAATAGTCAAAACTATTTGAACTTAGTTCAGTAAACGACATTATTTTTAAATCTCTTACTTAA
TATTTCTACATATTAATAAATTAGTATAT
Found at i:17632 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 17611--17653 Score: 54
Period size: 18 Copynumber: 2.4 Consensus size: 18
17601 GGTCATAAAG
17611 ATTTGATAATAG-ATAATT
1 ATTTGA-AATAGCATAATT
17629 ATTT-AAATAGTCATAATT
1 ATTTGAAATAG-CATAATT
17647 ATTTGAA
1 ATTTGAA
17654 CTAGTTAGGC
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 0, Indels: 5
0.81 0.00 0.19
Matches are distributed among these distances:
16 5 0.23
17 1 0.05
18 14 0.64
19 2 0.09
ACGTcount: A:0.44, C:0.02, G:0.09, T:0.44
Consensus pattern (18 bp):
ATTTGAAATAGCATAATT
Found at i:19286 original size:364 final size:364
Alignment explanation
Indices: 18608--19287 Score: 804
Period size: 364 Copynumber: 1.9 Consensus size: 364
18598 TTGATTTTCA
* * ** * *
18608 AAATAGTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAATTTTGTATGAAATAGAAAAAATTATTTT
1 AAATAGTAATAAATTAGCATTATTTTATTCTAAATAAGCTTATATGAAATAGAAAAAATTAGTTT
* *
18673 ATAACAAAACGAAATGTCATAACAATTTGAAATAGATAACAGTTCAAATGGACATGACTATTTGA
66 ATAACAAAACGAAATGTCATAACAATTTGAAATAGATAACAGTTCAAATAGACATAACTATTTGA
* * *
18738 ACTTGTTCGATACAATAAATTATTTTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTAGAATAATAATAAAT
131 ACGTGTTAGATACAATAAATTATGTTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTAGAATAATAATAAAT
* * * *
18803 TAGTATTATTTTATTCCACATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGATTTTATGATAAACAAAAG
196 TAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTGCATGAACAGAAACAATTGATTTTATGAAAAACAAAAG
* *
18868 ATCATAATGATTTGAAAATATATAACTATTCAAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGCTCAATAA
261 ATCATAATGATTTGAAAATAGATAACTATTCAAAATAGTCATAACTAATTGAACTTGCTCAATAA
18933 ATAGATTTATTATCTAAATCTTTTATTTATTAATTTTAG
326 ATAGATTTATTATCTAAATCTTTTATTTATTAATTTTAG
* *
18972 AAATATTAATAAATTAGCATTATTTTATTCTAAATAAGCTTATATG-AATAGAAACAATTAGTTT
1 AAATAGTAATAAATTAGCATTATTTTATTCTAAATAAGCTTATATGAAATAGAAAAAATTAGTTT
* * ** * ** *
19036 ATAATAAAA-TAAATTGTTTTAAACGATTTGAAATAGATAATTGTTTCAAATAGTCATAACTATT
66 ATAACAAAACGAAA-TGTCAT-AACAATTTGAAATAGATAACAG-TTCAAATAGACATAACTATT
* * * * **
19100 TGAACGTGTTTAGA-A-AATGTATTTATGTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTAGAATTTTA
128 TGAACGTG-TTAGATACAAT-AAATTATGTTTTAAATCTCTAACTTATTAA-TTTTAGAATAATA
** *
19162 ATAAATTTA-TATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGCATGAACA-AAACTAATT-ATTTTATGACA
190 ATAAA-TTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTGCATGAACAGAAAC-AATTGATTTTATGA-A
* * * * * ***
19224 AAACAAATGGTCCATATTGTTTTG-AAATAGATAATTATT-TTGATAGTCATAACTAATTGAACT
252 AAACAAAAGAT-CATAATGATTTGAAAATAGATAACTATTCAAAATAGTCATAACTAATTGAACT
19287 T
316 T
19288 TCTCGGTAAA
Statistics
Matches: 262, Mismatches: 44, Indels: 20
0.80 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
362 3 0.01
363 28 0.11
364 107 0.41
365 107 0.41
366 17 0.06
ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (364 bp):
AAATAGTAATAAATTAGCATTATTTTATTCTAAATAAGCTTATATGAAATAGAAAAAATTAGTTT
ATAACAAAACGAAATGTCATAACAATTTGAAATAGATAACAGTTCAAATAGACATAACTATTTGA
ACGTGTTAGATACAATAAATTATGTTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTAGAATAATAATAAAT
TAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTGCATGAACAGAAACAATTGATTTTATGAAAAACAAAAG
ATCATAATGATTTGAAAATAGATAACTATTCAAAATAGTCATAACTAATTGAACTTGCTCAATAA
ATAGATTTATTATCTAAATCTTTTATTTATTAATTTTAG
Found at i:20891 original size:180 final size:178
Alignment explanation
Indices: 20577--22778 Score: 1725
Period size: 181 Copynumber: 12.3 Consensus size: 178
20567 AATAAAATAC
* * * * * *
20577 AAAATAATACTAACTTATTACTATTTCAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGT
1 AAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATATGT
* * * *
20642 TTACTAAACAAGTTC-AATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCT
65 TTATTGAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCT
* * *
20706 TTTGTTTTGCCATAAAATAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTCGAAT
129 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCGAAT
* * * * * * *
20757 AAAATAATATGAATTTACTAATATTCCAAAGATTAATAAGTAAAAATATAAAAAATAAATATATT
1 AAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATATGTT
* * * * *
20822 TTTTGAACACGTTGAAATAGTTATGGCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTGATGACTTT
66 TATTGAACA-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTT
** * *
20887 TTGTTTTACCATAAAACAATTGTTTTTATTCATAAAAGCTTA-TCAGAAT
130 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC-GAAT
* * *
20936 AAAAT-A-A-TAATTTATTAAAATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGA-TTAAAAAATAAATTTGT
1 AAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-AAAGATTTAAAAAATAAATATGT
* ** * * * * * *
20997 TTAACT-AGTGAGTTCAAATAGTTATGAATATTTAAATAATTATTTATTTTAAATCGTTATGATC
65 TT-ATTGA-ACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC
**
21061 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTCAGAAT
128 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC-GAAT
* ** * *
21113 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAG---AGATTTAAAAACTAAATCTGTT
1 AAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATATGTT
* * * * * * * *
21175 TACT-AGACAATTCAAATAGTTATGAGTATTTGAATAATTATCTATCTCAAATTGGTATGATC-T
66 TATTGA-ACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTT
* *
21238 TTGTTTTGTCATTAAACAATTGTTTCTA-TCTATACAAACTTATTCGAAGT
130 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTC-ATACAAGCTTATTCGAA-T
* ** ** * * * *
21288 AAAATATTGCTAAACTAATAATATTTTAAAAATTTATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATAT
1 AAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATATGT
* * * * ** * * *
21353 TTGTCGAATCAATTCAAATAGTTAAGACTATTAAAACAATTATCTATTTTAAATTGTTCTGACCT
65 TTATTGAA-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCT
* * * * *
21418 TTTGTTTAGTTATAAAATAATTGTTCCAATTCATACATA-CTTATTCGAAAT
129 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACA-AGCTTATTCG-AAT
* * * *
21469 AAAATAATATTATTTTATTAACA-TTCAAAAATTAATAAG-CAAGCAATTTAAAAACATAAATCT
1 AAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAG--ATTTAAAAA-ATAAATAT
* *** * * * *
21532 GTTAACCAAACAAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATC-ATTTTAAAATCGTTATGA
63 GTTTATTGAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATCGTTATGA
* * * * *
21596 CCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTC-ATTTCATAAAAGCTTATCCAAAAT
126 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTC-GAAT
* * * *
21650 AAAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAAATTGAA-AATTTGGAA-ATTTAAAACATAAATCA
1 AAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATT-AATAA-GT-AAAGATTTAAAAAATAAAT-A
* * * * * * *
21713 -ATTTATTCAATCAATTCAAATAGTTATGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTTTGA
62 TGTTTATTGAA-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA
* * * *
21777 ACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA-TCATACAAGCCTATTTAGAAT
126 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTA-TTCGAAT
* * *
21831 AAAAAAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGGAGA-TT-----AT---T-TGT
1 AAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA-AAGATTTAAAAAATAAATATGT
* * * * *
21886 TTACTGAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAGTCGTTAT-AACT
65 TTATTGAA-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCT
* * *
21950 TTTGTTTTGTCA-AAAA-AATTTTTTATGTTCATACAAGCTTATTCGAAAT
129 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCG-AAT
* * * * * * *
21999 AAAATAATATTAATCTAATAATATTAT-GAAAATTAATAATTATGAGATTT-GAAAATAAATTTG
1 AAAATAATATTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTA-AAGATTTAAAAAATAAATATG
* * * * * **
22062 TTTGTTGAACCAGTTCAAATAGTTA-AAGCTATATGAATAATTATCCATTTCAAATAATTATGTA
64 TTTATTGAA-CAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATG-A
** * * * * * * *
22126 -CTTTTGTTTTGTTGTAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTTAGAAT
126 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTT-ATTCGAAT
** *
22179 AAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAG---AGATTTAAAAAATAAATTTGTT
1 AAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATATGTT
*** * * * * * * * *
22241 TACCAAACTAGTTCAATTAGTTATAACAATTTAAACAATTATTTATTTCATATCATTATGACCAT
66 TATTGAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTT
* * *
22306 TTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTGATAC-AGTCTTATTTGGAAT
130 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG-CTTA-TTCGAAT
* ** * * *
22356 AAAGTAATGCTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTAATGGATTTAAAAAATGAATCTG
1 AAAATAATATTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATATG
*** * * * *
22420 TTGGCCTG-ACTAGTGCAAATAGTTATGACTGTTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
64 TT-TATTGAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAC
* * *
22484 CTTTTATTTTGTCACAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAGAAT
127 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC-GAAT
* * * *
22537 AACATAAT-TCTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAACTAAATTT
1 AAAATAATAT-TAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATAT
* * * ** *
22600 GTTTATCGAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTACCTATTTCAAATCGCCATAAC
63 GTTTATTGAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAC
* * * * *
22665 CTTTTATTTTATCATAAAATAATT-TTTGCTATTCTTATAAGCTTATTTC-AATT
127 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-CTATTCATACAAGCTTA-TTCGAA-T
* ** * * *
22718 AACATAATACAAAGTTATT-ATCATTTCAGACAATTAATAAG-AAAAATTTGAAAAAATAAAT
1 AAAATAATATTAATTTATTAAT-ATTTCA-AAAATTAATAAGTAAAGATTT-AAAAAATAAAT
Statistics
Matches: 1625, Mismatches: 308, Indels: 177
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
167 3 0.00
168 61 0.04
169 7 0.00
170 16 0.01
171 50 0.03
172 1 0.00
173 2 0.00
174 5 0.00
175 77 0.05
176 193 0.12
177 211 0.13
178 21 0.01
179 63 0.04
180 294 0.18
181 569 0.35
182 47 0.03
183 3 0.00
185 2 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (178 bp):
AAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATATGTT
TATTGAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTT
TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAT
Found at i:22033 original size:168 final size:171
Alignment explanation
Indices: 21727--22585 Score: 441
Period size: 177 Copynumber: 4.9 Consensus size: 171
21717 ATTCAATCAA
* * * *
21727 TTCAAATAGTTATGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTTTGAACTTTTGTTTTGTCA
1 TTCAAATAATTATGACCATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCA
* * *
21792 TAAAACAATTGTTTTTCATCATACAAGCCTATTTAGAATAAAAAAATACTAATTTATTAATATTT
66 TAAAACAATTGTTTTTCATCATACAAGCCTATTGAGAATAAAAAAATACTAATCTAATAATATTT
21857 CAAAAATTAATAAGTAGGAGATTATTTGTTTACTGAACCAG
131 CAAAAATTAATAAGTAGGAGATTATTTGTTTACTGAACCAG
* * *
21898 TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAGTCGTTAT-AACTTTTGTTTTGTCA
1 TTCAAATAATTATGACCATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCA
** * * *
21962 -AAAA-AATT-TTTTATGTTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATATTAATCTAATAATAT
66 TAAAACAATTGTTTT-TCATCATACAAGCCTATT-GAGAATAAAAAAATACTAATCTAATAATAT
* * * **
22023 TAT-GAAAATTAATAATTATGAGATTTGAAAATAAATTTGTTTGTTGAACCAG
129 T-TCAAAAATTAATAAGTA-G-GA---G---AT-TATTTGTTTACTGAACCAG
* * * * * ** * * *
22075 TTCAAATAGTTA-AAGCTATATGAATAATTATCCATTTCAAATAATTATGTACTTTTGTTTTGTT
1 TTCAAATAATTATGA-CCATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTC
* * ** * ** * * * * * *
22139 GTAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTTAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATT
65 ATAAAACAATTGTTTTTCATCATACAAGCCTATTGAGAATAAAAAAATACTAATCTAATAATATT
** ** * * ** *
22204 TTGAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACTAG
130 TCAAAAATTAAT-A-AG---TAGGAGAT-TATTTGTTTACTGAACCAG
* * * * * * * * *
22252 TTCAATTAGTTATAACAATTTAAACAATTATTTATTTCATATCATTATGACCATTTGTTTTGTCA
1 TTCAAATAATTATGACCATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCA
* * * * ** * * *
22317 TAAAACAATTATTTCT-ATTGATAC-AGTCTTATTTG-GAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATA
66 TAAAACAATTGTTTTTCA-TCATACAAG-CCTA-TTGAGAATAAAAAAATACTAATCTAATAATA
* ** *
22379 -TTCTAAAAATTAATAAGTAATGGA-TTTAAAAAATGAATCTGTTGGCCTG-ACTAG
128 TTTC-AAAAATTAATAAGT-A-GGAGATT-----AT---T-TGTT-TACTGAACCAG
* * ** * * * *
22433 TGCAAATAGTTATGACTGTTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCA
1 TTCAAATAATTATGACCATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCA
* * ** * * * * * * *
22498 CAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAACATAATTCTAATTTATTAATA-TT
66 TAAAACAATTGTTTTTCATCATACAAGCCTATTGAGAATAAAAAAATACTAATCTAATAATATTT
* *
22562 CTAAAAATTAATAAATAAGAGATT
131 C-AAAAATTAATAAGTAGGAGATT
22586 TAAAAACTAA
Statistics
Matches: 537, Mismatches: 106, Indels: 81
0.74 0.15 0.11
Matches are distributed among these distances:
167 4 0.01
168 56 0.10
169 7 0.01
170 18 0.03
171 41 0.08
172 1 0.00
173 3 0.01
174 1 0.00
175 2 0.00
176 8 0.01
177 172 0.32
178 17 0.03
179 8 0.01
180 60 0.11
181 132 0.25
182 4 0.01
183 1 0.00
185 2 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.09, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (171 bp):
TTCAAATAATTATGACCATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCA
TAAAACAATTGTTTTTCATCATACAAGCCTATTGAGAATAAAAAAATACTAATCTAATAATATTT
CAAAAATTAATAAGTAGGAGATTATTTGTTTACTGAACCAG
Found at i:22462 original size:887 final size:882
Alignment explanation
Indices: 20577--22656 Score: 2169
Period size: 887 Copynumber: 2.3 Consensus size: 882
20567 AATAAAATAC
* * *
20577 AAAATAATACTAACTTATTACTATT-TCAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTG
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTG
*
20641 TTTA-CTAAACAAGTTC-AATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
65 -TTACCT-AACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* *
20704 CTTTTGTTTTGCCATAAAATAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTC-GAATAAAATAATATG
128 CTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTA-TTCAGAATAAAATAATATT
* * * * * * * * *
20768 AATTTACTAATATTCCAAAGATTAATAAGTAAAAATATAAAAAATAAATATATTTTTTGAACACG
192 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAATTAGAAAT-TTAAAAATAAATA-ATTTATTCAACA-A
* *
20833 TTGAAATAGTTATGGCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTGATGACTTTTTGTTTTACCA
254 TTCAAATAGTTATGGCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATGATGACTTTTTGTTTTACCA
*
20898 TAAAACAATTGTTTTTATTCATAAAAGCTTATCAGAATAAAATAATAATTTATTAAAATTCCAAA
319 TAAAACAATTGTTTTTATTCATAAAAGCCTATCAGAATAAAATAATAATTTATTAAAATTCCAAA
*** *
20963 AATTAATAAGTAAAAGATTAAAAAATAAATTTGTTTAACTAGTGAGTTCAAATAGTTATGAATAT
384 AATTAATAAGTAAAAGATT-----AT-AATTTGTTTAACTAACCAGTTCAAATAATTATGAATAT
* * * * *
21028 TTAAATAATTATTTATTTTAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATT
443 TTAAACAATTATATATTTCAAATCGTTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTATATT
* * *
21093 CATACAAAATTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGAGATT
508 CATACAAAATTATTCAGAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTATGAAAATTAATAAGAGATT
* * *
21158 TAAAAACTAAATCTGTTTACTAGACAATTCAAATAGTTATGAGTATTTGAATAATTATCTATCTC
573 TAAAAACTAAATCTGTTTACTAGACAATTCAAATAGTTATAAGTATATGAATAATTATCCATCTC
** * * *
21223 AAATTGGTATGATCTTTGTTTTGTCATTAAACAATTGTTTCTATCTATACAAACTTATTCGAAGT
638 AAATAAGTATGATCTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTCTATCTATACAAACTTATTAGAAGT
* *
21288 AAAATATTGCTAAACTAATAATATTTTAAAAATTTATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATAT
703 AAAATAATACTAAACTAATAATATTTTAAAAA-TTATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATAT
** * * * ** * *
21353 TTGTCGAATCAATTCAAATAGTTAAGACTATTAAAACAATTATCTATTTTAAATTGTTCTGACCT
767 TTACCAAATCAATTCAAATAGTTAAGACAATTAAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCA
* * *
21418 TTTGTTTAGTTATAAAATAATTGTTCCAATTCATACATACTTATTCGAAAT
832 TTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTCCAATTCATACATACTTATTCGAAAT
* * * * *
21469 AAAATAATATTATTTTATTAACATTC-AAAAATTAATAAGCAAGCA-ATTTAAAAACATAAATCT
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAG-AGATTTAAAAA-ATGAATCT
* * * *
21532 GTTAACCAAACAAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATC-ATTTTAAAATCGTTATGA
64 GTT-ACCTAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTA-TTTCAAATCATTATGA
* * * *
21596 CCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTCAT-TTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATAT
127 CCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTC-TGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATAT
* *
21660 TACTTTATTAATATTTCAAAAATTGAA-AATTTGGAAATTTAAAACATAAATCAATTTATTCAAT
191 TAATTTATTAATATTTCAAAAATT-AATAA-TTAGAAATTTAAAA-ATAAAT-AATTTATTCAA-
* **
21724 CAATTCAAATAGTTATGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTTTGAAC-TTTTGTTTT
251 CAATTCAAATAGTTATGGCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATGATG-ACTTTTTGTTTT
** * * *
21788 GTCATAAAACAATTGTTTTTCA-TCATACAAGCCTATTTAGAATAAAAAAATACTAATTTATTAA
315 ACCATAAAACAATTGTTTTT-ATTCATAAAAGCCTA-TCAGAAT---AAAATAATAATTTATTAA
* * **
21852 TATTTCAAAAATTAATAAGTAGGAGA-T-T-ATTTGTTT-ACTGAACCAGTTCAAATAATTATGA
375 AATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTATAATTTGTTTAACT-AACCAGTTCAAATAATTATGA
* * * *
21913 CTATTTGAACAATTATATATTTCAAGTCGTTAT-AACTTTTGTTTTGTCA-AAAA-AATTTTTTA
439 ATATTTAAACAATTATATATTTCAAATCGTTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTA
* ** *
21975 TGTTCATACAAGCTTATTC-GAAATAAAATAATATTAATCTAATAATATTATGAAAATTAATAAT
504 TATTCATACAAAATTATTCAG-AATAAAATAATACTAATCTAATAATATTATGAAAATTAAT-A-
* * * * *
22039 TATGAGATTTGAAAA-TAAATTTGTTT-GTTGAACCAGTTCAAATAGTTA-AAGCTATATGAATA
566 -A-GAGATTTAAAAACTAAATCTGTTTACTAG-A-CAATTCAAATAGTTATAAG-TATATGAATA
* * ** * * *
22101 ATTATCCATTTCAAATAATTATG-TACTTTTGTTTTGTTGTAAAACAAATGTTTTTGT-TCATAT
626 ATTATCCATCTCAAATAAGTATGAT-C-TTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTCTATCT-ATAC
** * * ** * *
22164 AAGTTTGTTTAGAA-TAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAA-T-TAA-TAAGAGATTT
688 AAACTT-ATTAGAAGTAAAATAATACTAAACTAATAATATTTTAAAAATTATAAGTAAGAGATTT
* * * * * *
22225 AAAAAATAAATTTGTTTACCAAA-CTAGTTCAATTAGTTATA-ACAATTTAAACAATTATTTATT
752 AAAAAATAAATATATTTACCAAATC-AATTCAAATAGTTA-AGACAATTAAAACAATTATCTATT
* * * * * *
22288 TCATATCATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTGATACAGT-CTTATTTG
815 TCAAATCATTATGACCATTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTCCAATTCATACA-TACTTATTCG
*
22352 GAAT
879 AAAT
* *
22356 AAAGTAATGCTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAATG-GATTTAAAAAATGAATCTG
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAA-GAGATTTAAAAAATGAATCTG
* * * * * *
22420 TTGGCCTGACTAGTGCAAATAGTTATGACTGTTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
65 TT-ACCTAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* * * *
22485 TTTTATTTTGTCACAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAACATAAT-TCTA
129 TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATAT-TA
* * **
22549 ATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAACTAAATTTGTTTA-TCGAACA
193 ATTTATTAATATTTC-AAAAATTAAT-AATTAGAAATTTAAAAA-TAAA-TAATTTATTC-AACA
* * *
22612 AGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTACCTATTTCAAATC
253 A-TTCAAATAGTTATGGCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
22657 GCCATAACCT
Statistics
Matches: 983, Mismatches: 156, Indels: 103
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
885 1 0.00
886 73 0.07
887 325 0.33
888 53 0.05
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892 46 0.05
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894 104 0.11
895 12 0.01
897 1 0.00
898 39 0.04
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Consensus pattern (882 bp):
AAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGT
TACCTAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTT
TTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATATTAATT
TATTAATATTTCAAAAATTAATAATTAGAAATTTAAAAATAAATAATTTATTCAACAATTCAAAT
AGTTATGGCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATGATGACTTTTTGTTTTACCATAAAACA
ATTGTTTTTATTCATAAAAGCCTATCAGAATAAAATAATAATTTATTAAAATTCCAAAAATTAAT
AAGTAAAAGATTATAATTTGTTTAACTAACCAGTTCAAATAATTATGAATATTTAAACAATTATA
TATTTCAAATCGTTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTATATTCATACAAAATTAT
TCAGAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTATGAAAATTAATAAGAGATTTAAAAACTAAATC
TGTTTACTAGACAATTCAAATAGTTATAAGTATATGAATAATTATCCATCTCAAATAAGTATGAT
CTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTCTATCTATACAAACTTATTAGAAGTAAAATAATACTAA
ACTAATAATATTTTAAAAATTATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAATCAATT
CAAATAGTTAAGACAATTAAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCATTTGTTTAGTCATA
AAACAATTATTCCAATTCATACATACTTATTCGAAAT
Found at i:22465 original size:706 final size:700
Alignment explanation
Indices: 20577--22585 Score: 1903
Period size: 706 Copynumber: 2.8 Consensus size: 700
20567 AATAAAATAC
* * * * *
20577 AAAATAATACT-AACTTATTACTATT-TCAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCT
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* * * * * * *
20640 GTTT-ACTAAACAAGTTC-AATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
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** *
20703 CCTTTTGTTTTGCCATAAAATAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTCGAATAAAATAATATG
127 CCTTTTGTTTTGTTATAAAATAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTT-TTTCGAATAAAATAATATT
* * * * * ****
20768 AATTTACTAATATTCCAAAGATTAATAAGTAAAAATATAAAAAATAAATATATTTTTTGAACACG
191 AATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAG--AAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACA-G
* * * * * *
20833 TTGAAATAGTTATGGCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTGATGACTTTTTGTTTTACCA
252 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCA
* * *
20898 TAAAACAATTGTTTTTATTCATAAAAGCTTA-TCAGAATAAAATAA-TAATTTATTAAAATTCCA
317 TAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTCAGAATAAAATAATTAATTTATTAATATTCTA
** * * * *
20961 AAAATTAATAAGTAAAAGA-TTAAAAAATAAATTTGTTTAACTAGTGAGTTCAAATAGTTATGAA
382 AAAATTAATAAGTAATGGATTTAAAAAATAAATCTG-TTAACTAATCAGTTCAAATAGTTATGAC
* * * * *
21025 TATTTAAATAATTATTTATTTTAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT
446 TATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT
** **
21090 ATTCATACAAAATTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAG-A
511 A-TCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
* * * * * * *
21154 GATTTAAAAACTAAATCTGTTTACTAGACAATTCAAATAGTTATGAGTATTTGAATAATTATCTA
575 G-----GAGA-T-TATCTGTTTACTAGACAATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATATA
* * *
21219 TCTCAAATTGGTATGATCTTTGTTTTGTCATTAAACAATTGTTTCTATCTATACAAACTTATTCG
633 TCTCAAATCGGTATAATCTTTGTTTTGTCA-TAAAAAATTGTTTCTATCTATACAAACTTATTCG
*
21284 AAGT
697 AAAT
* * * *
21288 AAAATATTGCTAAACTAATAATATTTTAAAAATTTATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATAT
1 AAAATAATACTAAACTAATAATATTATAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATAT
* * * ** *
21353 TTGTCGAATCAATTCAAATAGTTAAGACTATTAAAACAATTATCTATTTTAAATTGTTCTGACCT
66 TTGTCGAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATT-GAACAATTATCTATTTCAAATAATTATGACCT
* * ** * *
21418 TTTGTTTAGTTATAAAATAATTGTTCCAATTCATACATA-CTTATTCGAAATAAAATAATATTAT
130 TTTGTTTTGTTATAAAATAATTGTTTCTGTTCATACA-AGCTTTTTCG-AATAAAATAATATTAA
* * *
21482 TTTATTAACATTCAAAAATTAATAAGCAAGCAATTTAAAAACATAAATCTGTTAACCAAACAAGT
193 TTTATTAATATTCAAAAATTAATAAG-AAG--ATTTAAAAA-ATAAATATGTTTACCAAAC-AGT
* * * * *
21547 TTAAATAATTATGACTATTTGAATAATTA-TCATTTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCA
253 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTA-TTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCA
* * * *
21611 TAAAATAATTGTTTC-ATTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATT
317 TAAAACAATTGTTTCTA-TTCATAAAAGCTTATTCAGAATAAAAT-A-ATTAATTTATTAATATT
* * ** * * *
21675 -TCAAAAATTGAA-AA-T-TTGGAAATTTAAAACATAAATCAATTTATTCAATCAATTCAAATAG
379 CT-AAAAATT-AATAAGTAATGG--ATTTAAAAAATAAATCTGTTAACT-AATCAGTTCAAATAG
* * * *
21736 TTATGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTTTGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
439 TTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
* * * *
21801 TGTTTTTCATCATACAAGCCTATTTAGAATAAAAAAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTA
504 TGTTTCT-ATCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTA
* *
21866 ATAAGTAGGAGATTATTTGTTTACT-GAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATA
568 ATAAGTAGGAGATTATCTGTTTACTAG-A-CAATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATA
* * * * *
21930 TATTTCAAGTCGTTATAA-CTTTTGTTTTGTCA-AAAAAATT-TTT-TATGTTCATACAAGCTTA
631 TATCTCAAATCGGTATAATC-TTTGTTTTGTCATAAAAAATTGTTTCTAT-CT-ATACAAACTTA
21991 TTCGAAAT
693 TTCGAAAT
* * * * * * * *
21999 AAAATAATATTAATCTAATAATATTATGAAAATTAATAATTATGAGATTT-GAAAATAAATTTGT
1 AAAATAATACTAAACTAATAATATTATAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATAT
* * * *
22063 TTGTTGAACCAGTTCAAATAGTTAA-AGCTATATGAATAATTATCCATTTCAAATAATTATGTA-
66 TTGTCGAACCAATTCAAATAGTTAAGA-CTAT-TGAACAATTATCTATTTCAAATAATTATG-AC
* * * * * * *
22126 CTTTTGTTTTGTTGTAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTTAGAATAAAATAATATTA
128 CTTTTGTTTTGTTATAAAATAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTT-TTTCGAATAAAATAATATTA
** *
22191 ATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAG-AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACTAGTTC
192 ATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAAC-AGTTC
* * * * * * * *
22255 AATTAGTTATAACAATTTAAACAATTATTTATTTCATATCATTATGACCATTTGTTTTGTCATAA
255 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAA
* * * ** *
22320 AACAATTATTTCTATTGAT-ACAGTCTTATTTGGAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATATTCTA
320 AACAATTGTTTCTATTCATAAAAG-CTTATTCAGAATAAAATAAT--TAATTTATTAATATTCTA
* ** * *
22384 AAAATTAATAAGTAATGGATTTAAAAAATGAATCTGTTGGCCTGA-CTAGTGCAAATAGTTATGA
382 AAAATTAATAAGTAATGGATTTAAAAAATAAATCTGTT-AACTAATC-AGTTCAAATAGTTATGA
* * * *
22448 CTGTTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCACAAAACAATTGTTTC
445 CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * * *
22513 TGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAACATAATTCTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAA
510 T-ATCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAG
*
22577 TAAGAGATT
573 TAGGAGATT
22586 TAAAAACTAA
Statistics
Matches: 1051, Mismatches: 199, Indels: 101
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
704 2 0.00
705 10 0.01
706 268 0.25
707 15 0.01
708 3 0.00
709 7 0.01
710 120 0.11
711 159 0.15
712 129 0.12
713 150 0.14
714 13 0.01
715 2 0.00
716 2 0.00
717 27 0.03
718 141 0.13
719 3 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (700 bp):
AAAATAATACTAAACTAATAATATTATAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATAT
TTGTCGAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATTGAACAATTATCTATTTCAAATAATTATGACCTT
TTGTTTTGTTATAAAATAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTTTTCGAATAAAATAATATTAATTT
ATTAATATTCAAAAATTAATAAGAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAGTTCAAATAG
TTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAAT
TGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTCAGAATAAAATAATTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAAT
AAGTAATGGATTTAAAAAATAAATCTGTTAACTAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATA
ATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATCATACAAG
CTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGGAGATTATCT
GTTTACTAGACAATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATATATCTCAAATCGGTATAATC
TTTGTTTTGTCATAAAAAATTGTTTCTATCTATACAAACTTATTCGAAAT
Done.