Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019168350.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_571, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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Period size: 180 Copynumber: 4.3 Consensus size: 181
* * *
1 ATCTTTTGCTTATTAATTTTTGGAATATTAGTAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTGT
1 ATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTGT
* * * *
66 ATGAACAAAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAGCTATTTGAAATAGATAATTGTT
66 ATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTT
* *
131 CAAATAGTTATAACTATTTGAA--TGTATTCAGAAAATAGATTTATTTTTTAA
131 CAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTA--CAGTAAACAGATTTATTTTTTAA
*
182 AT-TTTTACTTAGTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTA-TTCAAAATAA-TCT
1 ATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGT-T
** *
243 TGTATGAA-TAAAACAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATT
63 TGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATT
* *
307 GTTCAATTAGTTATAACTATTTGAACTTGTACAGTAAATAGATTTATTTTTTAA
128 GTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTACAGTAAACAGATTTATTTTTTAA
* * * *
361 ATCTCTTACTCATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATGAGTTTAT
1 ATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTGT
* ** * * *
426 ATGAACTAATACAATTGTTTTATGATGAAATAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATG
66 ATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTT
*** *** *
491 CAAATAGTTGGGACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACATATTTA-TTTTTAA
131 CAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTACAGTAAACAGATTTATTTTTTAA
* * * ** * * * *
541 ATTATTTTTCTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAACAAGTTTG
1 A-TCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTG
* * * * *
606 TATGAAC-AAAAAAATTGTTTTATGAGAAAACCAAAA-GTCATAATGATTTAAAATAAATAATTG
65 TATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTG
* * * * * *
669 TTCAAACAATCATAACTGTTTGAACTTATTC-GATAAACAGATTTATTTTTTAA
129 TTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTACAG-TAAACAGATTTATTTTTTAA
* * * * *
722 ATCTTTTGCTTATTAATTGTTT-AAATATTAATAAATTTGCATTATTTTATATGAAATAA
1 ATCTTTTACTTATTAATT-TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAA
781 ACCAAAGGTC
Statistics
Matches: 503, Mismatches: 81, Indels: 31
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
179 105 0.21
180 231 0.46
181 167 0.33
ACGTcount: A:0.40, C:0.07, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (181 bp):
ATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTGT
ATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTT
CAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTACAGTAAACAGATTTATTTTTTAA
Found at i:750 original size:361 final size:360
Alignment explanation
Indices: 1--780 Score: 971
Period size: 361 Copynumber: 2.2 Consensus size: 360
* * *
1 ATCTTTTGCTTATTAATTTTTGGAATATTAGTAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTGT
1 ATCTTTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTAT
* * * *
66 ATGAACAAAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAGCTATTTGAAATAGATAATTGTT
66 ATGAACAAAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATG
* *
131 CAAATAGTTATAACTATTTGAATGTATTCAGAAAATAGATTTATTTTTTAAATTTTTACTTAGTA
131 CAAATAGTTAGAACTATTTGAATGTATTCAGAAAACAGATTTATTTTTTAAATTTTTACTTAGTA
* ** * * * * *
196 ATTTTTGAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCAAAATAATCTTGTATGAATAAAACAATC
196 ATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCAAAACAATCTTGTATGAACAAAAAAATC
* * ** * *
261 ATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAATTAGTTATAACTA
261 ATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAAATAATTGTTCAAACAATCATAACTA
* *
326 TTTGAACTTGTACAGTAAATAGATTTATTTTTTAA
326 TTTGAACTTATACAGTAAACAGATTTATTTTTTAA
* * * *
361 ATCTCTTACTCATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATGAGTTTAT
1 ATCTTTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTAT
* * * ** *
426 ATGAACTAATACAATTGTTTTATGATGAAATAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATG
66 ATGAACAAAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATG
* * * * * *
491 CAAATAGTTGGGACTATTTGAACTTGT-TT-GGTAAACATATTTA-TTTTTAAATTATTTTTCTT
131 CAAATAGTTAGAACTATTTGAA--TGTATTCAGAAAACAGATTTATTTTTTAAA-T-TTTTACTT
* *
553 ATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAACAAGT-TTGTATGAACAAAA
192 AGTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCAAAACAA-TCTTGTATGAACAAAA
** *
617 AAATTGTTTTATGAGAAAACCAAAA-GTCATAATGATTTAAAATAAATAATTGTTCAAACAATCA
256 AAATCATTTTATGACAAAA-CAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAAATAATTGTTCAAACAATCA
* *
681 TAACTGTTTGAACTTATTC-GATAAACAGATTTATTTTTTAA
320 TAACTATTTGAACTTATACAG-TAAACAGATTTATTTTTTAA
* * * *
722 ATCTTTTGCTTATTAATTGTTT-AAATATTAATAAATTTGCATTATTTTATATGAAATAA
1 ATCTTTTGCTTATTAATT-TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAA
781 ACCAAAGGTC
Statistics
Matches: 356, Mismatches: 56, Indels: 15
0.83 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
359 8 0.02
360 144 0.40
361 192 0.54
362 12 0.03
ACGTcount: A:0.40, C:0.07, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (360 bp):
ATCTTTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTAT
ATGAACAAAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATG
CAAATAGTTAGAACTATTTGAATGTATTCAGAAAACAGATTTATTTTTTAAATTTTTACTTAGTA
ATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCAAAACAATCTTGTATGAACAAAAAAATC
ATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAAATAATTGTTCAAACAATCATAACTA
TTTGAACTTATACAGTAAACAGATTTATTTTTTAA
Found at i:837 original size:146 final size:146
Alignment explanation
Indices: 633--904 Score: 357
Period size: 146 Copynumber: 1.9 Consensus size: 146
623 TTTTATGAGA
* * *
633 AAACCAAAAGTCATAATGATTTAAAATAAATAATTGTTCAAACAATCATAACTGTTTGAACTTAT
1 AAACCAAAAGTCATAACGATTTAAAATAAATAATTATTCAAACAATCATAACTATTTGAACTTAT
* * * * **
698 TCGA-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTGCTTATTAATTGTTTAAATATTAATAAATTTGC
66 T-GAGTAAACAGATTTATGTTTCAAATCTTCTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTTGC
762 ATTATTTTATATGAAAT
130 ATTATTTTATATGAAAT
* * * * * *
779 AAACCAAAGGTCATAACGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACTTAT
1 AAACCAAAAGTCATAACGATTTAAAATAAATAATTATTCAAACAATCATAACTATTTGAACTTAT
* * * *
844 TTAGTAAGCATATTTATGTTTCAAATCTTCTACTTATTAATTGTCAAAATATTTATAAATT
66 TGAGTAAACAGATTTATGTTTCAAATCTTCTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATT
905 AATATGATTT
Statistics
Matches: 106, Mismatches: 19, Indels: 2
0.83 0.15 0.02
Matches are distributed among these distances:
145 1 0.01
146 105 0.99
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (146 bp):
AAACCAAAAGTCATAACGATTTAAAATAAATAATTATTCAAACAATCATAACTATTTGAACTTAT
TGAGTAAACAGATTTATGTTTCAAATCTTCTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTTGCA
TTATTTTATATGAAAT
Found at i:1962 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 1094--2540 Score: 1258
Period size: 181 Copynumber: 8.1 Consensus size: 180
1084 TGTATTATTT
* * * * * * *
1094 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCGATAAACATATTTCTTTTTTAAATTTAT
1 TAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAGATTT-ATTTTTAAATCTCT
* * * * *
1159 TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATACATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTACGATC
65 TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAAC
* * * *
1224 AAAAACAATTGTTTTATAACCAAAAAAAAAGGTCATAATGATTTCAAATAGA
130 AAAAACAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGA
* * * ** * * ** *
1276 TAATTATTTAAATGGCCATAATTATTTTAACTAATTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCT
1 TAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAGATTTA-TTTTTAAATCTCT
* * *** * *
1341 TACTTATTAATTTTAGAAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTTGTATAAGCTTGTATTAAC
65 TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAAC
* * *
1406 TAAAACAA-TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGA
130 AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGA
* * * * *
1456 CAATTGTTCAAATAG-TACTAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAA-ATC
1 TAATTGTTCAAATAGTTA-TAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAGATTTA-TTTTTAAATCTC
* * * *
1519 -T-CTTATTAATTTTT-AAATATTATTAAATTTA-TATTATTTTAATTT-GAATAAGCTTGTACG
64 TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTT-ATTTCAAATAAACTTGTATG
* * * * *
1579 AACAAAAA-AATTTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGATATTGA
127 AACAAAAACAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGA
* * * * * * * * *
1633 TAATCGTTCATATAG-TATTGACTATTTGAATTGGATCGGCAATA-ACATTTATTTTTAATTTTC
1 TAATTGTTCAAATAGTTA-TAACTATTTGAACTGGTTCGGTAA-ACAGATTTATTTTTAAATCTC
** * ** * * * *
1696 TTGGTTATTAAGTTTCCAAATA-TCATAAA--AGTATTTATTTTA-TTCTGAATAAAATAGTATG
64 TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTA-TTATTTTATTTC-AAATAAACTTGTATG
* * *
1757 AACAGAACCAATTGTTTGATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGA
127 AACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGA
* * * * *
1811 TAATTATTCAAATAGTTAAAACTATTTGAAATGGTTTGGTAAATAGATTTACTTTTTAAATCTCT
1 TAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAGATTTA-TTTTTAAATCTCT
* * * *
1876 TACTAATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAACAAACTTATATGAAC
65 TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAAC
* *
1941 AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAAC-ATTTGAAATAGA
130 AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGA
* * * *
1991 TAATTGTTTAAATAGTTATAATTATTTGAACTGGTTCAGTAAATAGAATTT-TTTTTAAAAATCT
1 TAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAG-ATTTATTTTT--AAATCT
* * * * * * *
2055 CTTCCTTATAAAATTTTGAAATATTAACAAATTAGTTTTATTTTA-TTCTGAATAAACTTGTACG
63 CTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAACTTGTATG
* ** * * * * *
2119 AGCTGAAATAATTGCTTTATGACAAAACAAAAGGTCGTAACAATTTGAAATATA
127 AACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGA
* * * * * * ** ** *
2173 TAACTATACATATAATCT-TAACTGTTTGAACCAGTTCGACAAGCAGATTTATTTTCTAAATCTC
1 TAATTGTTCAAATAGT-TATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAGATTTATTTT-TAAATCTC
* * * * * *
2237 TTAGTTATGAATTTTT-AAGCTATTATTAAATTAGTATTATTTTA-TTCTGAATAAATTTGTATG
64 TTACTTATTAATTTTTGAA-ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAACTTGTATG
* * * * *
2300 AATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGA
127 AACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGA
* * * * *
2354 TAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAGCAAATTTATTTTTTTAAATCTC
1 TAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAGATTTA--TTTTTAAATCTC
* * **
2419 TTAC----TAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGTT
64 TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAA
* **
2480 GAAAAA-AATTTGTTTTATGACAAAATGAAAGGT-AGTAACGATTTGAAATAGA
129 CAAAAACAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA-TAACGATTTGAAATAGA
2532 T-ATTGTTCA
1 TAATTGTTCA
2541 TCTGATTTGG
Statistics
Matches: 1025, Mismatches: 201, Indels: 83
0.78 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
175 2 0.00
176 50 0.05
177 108 0.11
178 184 0.18
179 58 0.06
180 141 0.14
181 301 0.29
182 175 0.17
183 6 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
TAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTAAATCTCTT
ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAACA
AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGA
Found at i:2223 original size:362 final size:359
Alignment explanation
Indices: 1094--4651 Score: 2161
Period size: 362 Copynumber: 10.0 Consensus size: 359
1084 TGTATTATTT
* * * * * * * * *
1094 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCGATAAACATATTTCTTTTTTAAATTTAT
1 TAATTATTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCGATAAATAGATTT-ATTTTTAAATCTCT
* * * *
1159 TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATACATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTACGATC
65 TACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTACGAAC
* * * * * *
1224 AAAAACAATTGTTTTATAACCAAAA-AAAAAGGTCATAATGATTTCAAATAGATAATTATTTAAA
129 AAAAACAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAA-GTTATAATCATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* ** * * * *
1288 TGGCCATAATTATTTTAACTAATTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
192 TAGTTATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATAAATT
* * * * * *
1353 TTAGAAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTTGTATAAGCTTGTATTAACTAAAACAA-TGT
257 TT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAACTTGTATGAACTGAAACAATTGT
*
1417 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGA
321 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGA
* * * *
1456 CAATTGTTCAAATAGTAC-TAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAA-ATC
1 TAATTATTCAAATAGT-CTTAACTATTTGAACTAGTTCGATAAATAGATTTA-TTTTTAAATCTC
* * *
1519 -T-CTTATTAATTTTTAAATATTATTAAATTTA-TATTATTTTAATTT-GAATAAGCTTGTACGA
64 TTACTTATTAATTTTTAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTT-ATTTCAAATAAACTTGTACGA
* * * * * * *
1580 ACAAAAA-AATTTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGATATTGATAATCGTTCAT
127 ACAAAAACAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAATCATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
* * * * * * * * **
1644 ATAG-TATTGACTATTTGAATTGGATCGGCAATA-ACATTTA-TTTTTAATTTTCTTGGTTATTA
191 ATAGTTA-TAACTATTTGAACTAGTTCGGTAA-ACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA-TA
* ** * * * * *
1706 AGTTTCCAAATA-TCATAAA--AGTATTTATTTTATTCTGAATAAAATAGTATGAACAGAACCAA
253 AATTTTGAAATATTAATAAATTAGTA-TTATTTTATTCTGAATAAACTTGTATGAACTGAAACAA
* *
1768 TTGTTTGATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGA
317 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGA
* * * * *
1811 TAATTATTCAAATAGT-TAAAACTATTTGAAATGGTTTGGTAAATAGATTTACTTTTTAAATCTC
1 TAATTATTCAAATAGTCT-TAACTATTTGAACTAGTTCGATAAATAGATTTA-TTTTTAAATCTC
* * * *
1875 TTACTAATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAACAAACTTATATGAA
64 TTACTTATTAA-TTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTACGAA
* *
1940 CAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAA-CATTTGAAATAGATAATTGTTTAAAT
128 CAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAATCATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * * *
2004 AGTTATAATTATTTGAACTGGTTCAGTAAATAGAATTT-TTTTTAAAAATCTCTTCCTTATAAAA
193 AGTTATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACA-AATTTATTTTT-TAAATCTCTTACTTAT-AAA
* * * * *
2068 TTTTGAAATATTAACAAATTAGTTTTATTTTATTCTGAATAAACTTGTACGAGCTGAAATAATTG
255 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAACTTGTATGAACTGAAACAATTG
* * *
2133 CTTTATGACAAAACAAAAGGTCGTAACAATTTGAAATATA
320 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGA
* * * * * * * **
2173 TAACTATACATATAATCTTAACTGTTTGAACCAGTTCGACAAGCAGATTTATTTTCTAAATCTCT
1 TAATTATTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCGATAAATAGATTTATTTT-TAAATCTCT
* * * * * * *
2238 TAGTTATGAATTTTTAAGCTATTATTAAATTAGTATTATTTTA-TTCTGAATAAATTTGTATGAA
65 TACTTATTAATTTTTAA-ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAACTTGTACGAA
* * * *
2302 TAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAA-CAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
128 CAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAATC-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * *
2366 TAGTAATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAGCAAATTTATTTTTTTAAATCTCTTAC---T-AAT
192 TAGTTATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATAAAT
* * * *
2427 TCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAAATAAGCTTGTATG--TTGAAAAAAAT
256 T-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAATAAACTTGTATGAACTG-AAACAA-
** *
2489 TTGTTTTATGACAAAATGAAAGGT-AGTAACGATTTGAAATAGA
317 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA-TAACAATTTGAAATAGA
* * * *
2532 T-ATTGTTC----A-TC-T---GATTTG-----G-T--A-AACT-GATTCATTTTTTAAA--TC-
1 TAATTATTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCGATAAATAGATTTA-TTTTTAAATCTCT
* * ** * * *
2574 T-CTT-TTAATTTTAAAAGTATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTTTATGAAC
65 TACTTATTAATTTTTAAA-TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTACGAAC
** * * * *
2637 TTAAACAATTGTTTTGTTACAAAAC-AAAAGTTCATAA-CAATTTTAAATAGATAATTATTCAAA
129 AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTT-ATAATC-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * * * * ** * *
2700 TAATCACAACTATTTAAACTTGTTTAGTAAACATATTTATTTTTTCAAATCTCTTACTTATTAAT
192 TAGTTATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATAAAT
* * * ** * *
2765 TTTTAGAATGTTAATAAA-TAGTATTATTTTATTCTAAATAATTTTGCATGAACAT-AAAAAATT
256 TTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAACTTGTATGAAC-TGAAACAATT
**
2828 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGTTTTGAAATAGA
319 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGA
* * * * * * * * * *
2869 TAATTATTTAAATGGAT-ATGACTATTTGAACTAATTCGGTAAACAAATTAACTTTTTAAATCAC
1 TAATTATTCAAATAG-TCTTAACTATTTGAACTAGTTCGATAAATAGATTTA-TTTTTAAATCTC
* * * *
2933 TTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTACTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA
64 TTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTACGAA
** * * * * * *
2998 CTGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAAGGTCATAA-CGATTTTAAAGAAACAGTTGTTCAA
128 CAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAA-GTTATAATC-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
* * * * * * *
3061 ATAGTTGTAACTAATTGAACTTGTTCAGTAAATAAATTTATTTTTTTAAA-CTCTTGCTTATTAA
191 ATAGTTATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATAAA
* * * * * * * * *
3125 TTTTGGAAATATTAAGAAATTAGCATTTTTTTATTTTGGACAAGA-TTTTATAAATTGAAACAAT
255 TTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAA-ACTTGTATGAACTGAAACAAT
* * * ** * *
3189 TCTTTGATGTCAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAAA
318 TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGA
* * * * * * *
3231 CAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAAGAGATTTACTTTTTCAAATCTT
1 TAATTATTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCGATAAATAGATTTA-TTTTT-AAATCTC
* * * * * * * * *
3296 TTGCTTATTAATTTTTCGAATGTTAATAAATTTGGATTATTTGATTCTGAAAT--GCTTGTAAGA
64 TTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAAATAAACTTGTACGA
** * * * * * * * *
3359 TA-TGAAGCAAATATTTT-TGACTAAACAAAAAAGTCAGAA-CAATTTAAAATAGATAATTATTC
127 -ACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAAGTTATAATC-ATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * * * * * * * *
3421 TAATAGTTTTAAGTATTTAAATTGGCTCGGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAATA
189 AAATAGTTATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT-ATA
* ** * * * * * ** *** *
3486 ATTTTTGGGATATTATTAAATTAATATTATTTT-TAACCGAATAAGCTTCAATGATAAAAAAAAA
253 AATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TCTGAATAAACTTGTATGA-ACTGAAACA
* * * * * * *
3550 ATTATTTTATGACAAAA-TAAAGATCTTAACGATTTGAGATTGA
316 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGA
* * * * * *
3593 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGATCTGGTTCAATAAACAGATTTATTTCTTAAATCTCT
1 TAATTATTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCGATAAATAGATTTATTT-TTAAATCTCT
* ** *
3658 TGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGATA
65 TACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTACGA-A
* * * * **
3723 -AAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-CAATTTGAAGTAGATAATCATTCAAA
128 CAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAATC-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* ** * * * * * * *
3786 TGGCCATAATTATTTTAACT-GATTCGGTAAATAGACTTATTTTTTAAAATTTCTTACTTATTAA
192 TAGTTATAACTATTTGAACTAG-TTCGGTAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATAAA
* * * * * *
3850 TTTAGAAAAAATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-ATCTAAGCTTGTATTAATTGAAACAAT
255 TTTTG-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGA-ATAAACTTGTATGAACTGAAACAAT
* * * * *
3914 TGTTTTATGATAAATA-TAAAGGTTACAACAATTTTAAATAGA
318 TGTTTTATGACAAA-ACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGA
* * * ** * * * * * * *
3956 CAATTGTTCGAATAGTAATAATTATTTGAATTTGTTTGGTAAACATATTTAGTTTTTTAAATCTC
1 TAATTATTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCGATAAATAGATTTA--TTTTTAAATCTC
* * * * * * **
4021 TTTCTTCTTAATGTTTTTAAATATTAATAAATTGGTATTAATTTA-TTCTGAATAAGCTTGTATA
64 TTACTTATTAA--TTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAACTTGTACG
* * * *
4085 AACTAAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAAGTTAGAA-CTATTTAAAATAGATAATTGTT-A
126 AACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAATC-ATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * * * *
4148 TAATAGTCT-TAACCATTTGAACT-GATTTGGTAAACATATTT-TTTTTT-AATCTCTTGCTAAT
190 -AATAGT-TATAACTATTTGAACTAG-TTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA-
* * * * * ** * * ** * *
4209 TAATTTTTGAAATGTTATTAAATTAGAATTATTTTAATCCAAATAAGCCTACACGAA-TAAAACA
251 TAAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAACTTGTATGAACTGAAACA
* * * * * * *
4273 GTTCTTTTATGAAAAAACAATAGTTCATAACGATTTAAAATAGA
316 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGA
* * * * * * * * * *
4317 TAATCATTCATATAATCCTAATTATTTGAACTGGCTAGACAATTAGATTTA---TT---T-T-TT
1 TAATTATTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCGATAAATAGATTTATTTTTAAATCTCTT
** * * ** * * *
4374 A---A-T--TTTTT---TGGT--T--ATTA--AGT-TTCTATTTTGAATAAAATAGTATGAACAA
66 ACTTATTAATTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTACGAACAA
* * * * * *
4423 AACCAATTGTTTGATGACAAAAGAAAAAGTTATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGT
131 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAATCATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * *** * ** * *
4488 CATAACTATTTGAAATAGTTTACTAAACAAATTTACTTTTTAAATCTCTTACCAATTAATTTTCT
196 TATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATAAATTTT-G
* * ** *
4553 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCG-ATCAAACTTATATTAACAAAAACAATTTTTT
260 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAAT-AAACTTGTATGAACTGAAACAATTGTTT
* * * *
4616 TATGACGAAA-AAAA-GTAACAACGATTTGAAATAGA
323 TATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGA
4651 T
1 T
4652 TATAGACACT
Statistics
Matches: 2505, Mismatches: 558, Indels: 294
0.75 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
333 108 0.04
334 172 0.07
335 51 0.02
336 23 0.01
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339 9 0.00
340 9 0.00
341 1 0.00
343 6 0.00
344 3 0.00
347 6 0.00
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351 2 0.00
352 2 0.00
353 7 0.00
354 30 0.01
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365 119 0.05
366 5 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (359 bp):
TAATTATTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCGATAAATAGATTTATTTTTAAATCTCTT
ACTTATTAATTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTACGAACAA
AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAATCATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
TATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATAAATTTTGA
AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAACTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTAT
GACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGA
Found at i:2844 original size:877 final size:885
Alignment explanation
Indices: 1158--4651 Score: 2203
Period size: 877 Copynumber: 3.9 Consensus size: 885
1148 TTTAAATTTA
* * * * * * * *
1158 TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATACATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTACGAT
1 TTACTTATAAAATTTTGAAATATTAACAAATTACTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTACGAA
** * * ** * * * ** *
1223 CAAAAACAATTGTTTTATAACCAAAAAAAAAGGTCATAATGATTTCAAATAGATAATTATTTAAA
66 CTGAAACAATTGCTTTATGA-CAAAAAAAAAGGTCATAACAATTTGAAATATATAACTATACATA
*** * * * * * * ** * * * *
1288 TGGCCATAATTATTTTAACTAATTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
130 TAATCTTAACTGTTTGAACCAGTTCGACAAGCAGATTTATTTTCTAAATCTCTTACTTATGAATT
* * * * *
1353 TTAGAAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTTGTATAAGCTTGTATTAACTAAAACAATGTT
195 TTAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAACTTGTATGAACTAAAACAATGTT
* *
1418 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAGTACTAACTATTT
260 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGACAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTT
* * * * * *
1483 GAACTTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAAATCTCTTATTAATTTTTAAATATTATTAAATT
325 GAACTAGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAAATCTCTTACTAATTTTGAAATATTAATAAATT
*
1548 TATATTATTTTAATTTGAATAAGCTTGTACGAACAAAAAAATTTATTTTATGACAAAACAAAAGG
390 TATATTATTTTAATTTAAATAAGCTTGTACGAACAAAAAAATTTATTTTATGACAAAACAAAAGG
* * * *
1613 TTATAATGATTTGATATTGATAATCGTTCATATAGTATTGACTATTTGAATTGGATCGGCAATAA
455 TTATAACGATTTGAAATAGATAATCGTTCATATAGTATTGACTA--T-AACTGGAT-----AT-A
* * * *
1678 CATTTATTTTTAATTTTCTTGGTTATTAAGTTTCCAAATATCATAAAAGTATTTATTTTATTCTG
511 CA-TTATTTTTAA-TATCTTGCTTATTAAGTTTCAAAATATAATAAAAGTATTTATTTTATTCTG
* *
1743 AATAAAATAGTATGAACAGAACCAATTGTTTGATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAAT
574 AATAAAATAGTATGAACAGAAACAATTGTTTGATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAAT
* * * *
1808 AGATAATTATTCAAATAGTTAAAACTATTTGAAATGGTTTGGTAAATAGATTTACTTTTTAAATC
639 AGATAATTATTCAAATAATCAAAACTATTTGAAATGGTTTAGTAAACAGATTTACTTTTTAAATC
*
1873 TCTTACTAATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAACAAACTTATATG
704 TCTTACTAATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAACAAACTTACATG
*
1938 AACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAAC-ATTTGAAATAGATAATTGTTTAA
769 AACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTATTTAA
* * ** * * *
2002 ATAGTTATAATTATTTGAACTGGTTCAGTAAATAGAATT-TTTTTTAAAAATCTC
834 ATAGATATAACTATTTGAACTAATTCAGTAAACA-AATTACTTTTT--AAATCAC
* * * *
2056 TTCCTTATAAAATTTTGAAATATTAACAAATTAGTTTTATTTTA-TTCTGAATAAACTTGTACGA
1 TTACTTATAAAATTTTGAAATATTAACAAATTACTATTATTTTATTTC-AAATAAACTTGTACGA
* * * *
2120 GCTGAAATAATTGCTTTATGACAAAACAAAAGGTCGTAACAATTTGAAATATATAACTATACATA
65 ACTGAAACAATTGCTTTATGACAAAAAAAAAGGTCATAACAATTTGAAATATATAACTATACATA
*
2185 TAATCTTAACTGTTTGAACCAGTTCGACAAGCAGATTTATTTTCTAAATCTCTTAGTTATGAATT
130 TAATCTTAACTGTTTGAACCAGTTCGACAAGCAGATTTATTTTCTAAATCTCTTACTTATGAA-T
** * * *
2250 TTTA-AGCTATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAATTTGTATGAA-TAGAAATAATT
194 TTTAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAACTTGTATGAACTA-AAACAA-T
* *
2313 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAACTA
257 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGACAATTGTTCAAATAGTAATAACTA
* * * *
2378 TTTGAACTAGTTTGGTAAGCAAATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTAATTCTTGAAATATTAATA
322 TTTGAACTAGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAAATCTCTTACTAATT-TTGAAATATTAATA
* *** * *
2443 AA-TTAGTATTATTTT-ATTTCAAATAAGCTTGTATGTTGAAAAAAATTTGTTTTATGACAAAAT
386 AATTTA-TATTATTTTAATTT-AAATAAGCTTGTACGAACAAAAAAATTTATTTTATGACAAAAC
* * * *
2506 GAAAGG-TAGTAACGATTTGAAATAGAT-ATTGTTCATCT-G-ATTTG-GTA-AACT-GAT-T-C
449 AAAAGGTTA-TAACGATTTGAAATAGATAATCGTTCATATAGTA-TTGACTATAACTGGATATAC
* *
2562 A-T-TTTTTAA-ATC-T-CTT-TTAA-TTTTAAAAGTATTAAT-AAAGTAGTATTATTTTATTTT
512 ATTATTTTTAATATCTTGCTTATTAAGTTTCAAAA-TA-TAATAAAAGTA-T-TTATTTTATTCT
** ** ** * * *
2619 GAATAAGCTTTTATGAACTTAAACAATTGTTTTG-TTACAAAACAAAAGTTCATAACAATTTTAA
573 GAATAAAATAGTATGAACAGAAACAATTG-TTTGATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAA
* * * *
2683 ATAGATAATTATTCAAATAATCACAACTATTT-AAACTTGTTTAGTAAACATATTTATTTTTTCA
637 ATAGATAATTATTCAAATAATCAAAACTATTTGAAA-TGGTTTAGTAAACAGATTTACTTTTT-A
* * * **
2747 AATCTCTTACTTATTAA-TTTTTAGAATGTTAATAAA-TAGTATTATTTTA-TTCTAAATAATTT
700 AATCTCTTACTAATTAATTTTTTA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAACAAACT
* * * *
2809 TGCATGAACATAAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGTTTTGAAATAGATAAT
763 TACATGAACA-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAACGATTTGAAATAGATAAT
* * *
2873 TATTTAAATGGATATGACTATTTGAACTAATTCGGTAAACAAATTAACTTTTTAAATCAC
827 TATTTAAATAGATATAACTATTTGAACTAATTCAGTAAACAAATT-ACTTTTTAAATCAC
* * * * * *
2933 TTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTACTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA
1 TTACTTATAAAATTTTGAAATATTAACAAATTACTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTACGAA
* * * * * * ** * * *
2998 CTGAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAAGGTCATAACGATTTTAAAGAAACAGTTGTTCAAAT
66 CTGAAACAATTGCTTTATGACAAAAAAAAAGGTCATAACAATTTGAAATATATAACTATACATAT
* ** ** * * * * *
3063 AGT-TGTAACTAATTGAACTTGTTCAGTA-AA-TAAATTTATTTTTTTAAA-CTCTTGCTTATTA
131 AATCT-TAACTGTTTGAACCAGTTC-G-ACAAGCAGATTTA-TTTTCTAAATCTCTTACTTATGA
* * * * * * * * * * *
3124 ATTTTGGAAATATTAAGAAATTAGCATTTTTTTATTTTGGACAAGA-TTTTATAAATTGAAACAA
192 ATTTTAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAA-ACTTGTATGAACTAAAACAA
* ** * * *
3188 T-TCTTTGATGTCAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAAACAATTGTTCAAATAGTCATAA
256 TGT-TTT-ATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGACAATTGTTCAAATAGTAATAA
* * * * * * *
3252 CTATTTGAACTTGTTCAATAAAGAGATTTACTTTTTCAAATCTTTTGCTTATTAATTTTTCG-AA
319 CTATTTGAACTAGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAAATC---T-CTTACTAA-TTTT-GAAA
* ** * * * **
3316 TGTTAATAAATTTGGATTA-TTTGATTCTGAAAT--GCTTGTAAGATATGAAGCAAA--TATTTT
378 TATTAATAAATTTATATTATTTTAATT-T-AAATAAGCTTGTACGA-A-CAAAAAAATTTATTTT
* * * * * * ** * * *
3376 -TGACTAAACAAAAAAGTCAGAACAATTTAAAATAGATAATTATTC-TAATAGTTTTAAGTATTT
439 ATGACAAAAC-AAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATCGTTCAT-ATAGTATTGACTA--T
* * * * * * **** * *
3439 AAATTGGCTCGGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAATAATTTTTGGGATATTATTA
500 -AA----CT-GG-ATATACA-TTA-TTTTT-AATATCTTGCTTATTAAGTTTCAAAATATAATAA
* * * ** *** * * * * *
3504 AATTAATATTATTTT-TAACCGAATAAGCTTCAATGATAAAAAAAAAATTATTTTATGACAAAA-
555 AAGT-AT-TTATTTTAT-TCTGAATAAAATAGTATGA-ACAGAAACAATTGTTTGATGACAAAAC
* * * * * * * * * ** * *
3567 TAAAGATCTTAACGATTTGAGATTGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGATCTGGTTCAA
616 AAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCAAAACTATTTGAAATGGTTTAG
* * *
3632 TAAACAGATTTA-TTTCTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
681 TAAACAGATTTACTTT-TTAAATCTCTTACTAATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTA
** * ** * * *
3696 TTTTATTTTGAATAAACTTGTATGATA-AAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
745 TTTTATTTCAAACAAACTTACATGA-ACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAA
* * * * * ** * * * * * *
3760 CAATTTGAAGTAGATAATCATTCAAATGGCCATAATTATTTTAACTGATTCGGTAAATAGACTTA
809 CGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGATATAACTATTTGAACTAATTCAGTAAACA-AATTA
* **
3825 TTTTTTAAAATTTC
873 CTTTTT-AAATCAC
* * * * * ** * **
3839 TTACTTAT-TAATTTAGAAAAAATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTATCTAAGCTTGTATT
1 TTACTTATAAAATTTTG-AAATATTAACAAATTACTATTATTTTATTTC-AAATAAACTTGTACG
* * * * * * * * * * * * *
3902 AATTGAAACAATTGTTTTATGATAAATATAAAGGTTACAACAATTTTAAATAGACAATTGTTCGA
64 AACTGAAACAATTGCTTTATGACAAAAAAAAAGGTCATAACAATTTGAAATATATAACTATAC-A
* ** * * *** * ** * * * * * *
3967 -ATAGTAATAATTATTTGAATTTGTTTGGTAAACATATTTAGTTTTTTAAATCTCTTTCTTCTTA
128 TATAATCTTAACTGTTTGAACCAGTTCGACAAGCAGATTTA-TTTTCTAAATCTCTTACTTATGA
** * * * *
4031 ATGTTTTTAAATATTAATAAATTGGTATTAATTTATTCTGAATAAGCTTGTATAAACTAAAACAA
192 AT-TTTAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAACTTGTATGAACTAAAACAA
* * * * * * * **
4096 TTGTTTTATGACTAAACAAAAAGTTAGAACTATTTAAAATAGATAATTGTT-ATAATAGTCTTAA
256 -TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGACAATTGTTCA-AATAGTAATAA
* * * * ** * * *
4160 CCATTTGAACT-GATTTGGTAAACATATTT-TTTTTTAATCTCTTGCTAATTAATTTTTGAAATG
319 CTATTTGAACTAG-TTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAAATC-T-CTTACTAA-TTTTGAAATA
* * ** * ** * * * * *
4223 TTATTAAA-TTAGAATTATTTTAATCCAAATAAGCCTACACGAA-TAAAACAGTTCTTTTATGAA
380 TTAATAAATTTA-TATTATTTTAATTTAAATAAGCTTGTACGAACAAAAAAATTTATTTTATGAC
* * * * ** * *
4286 AAAACAATA-GTTCATAACGATTTAAAATAGATAATCATTCATATAATCCTAATTATTTGAACTG
444 AAAACAAAAGGTT-ATAACGATTTGAAATAGATAATCGTTCATATAGTATTGACTA--T-AACTG
* * ** **** *
4350 GCTAGACAATTAGATTT-AT-T-TT--TTAATT---TTT-TTGGT-T-AT-TAAGT-TTCTA---
505 GATATAC-ATTATTTTTAATATCTTGCTT-ATTAAGTTTCAAAATATAATAAAAGTATT-TATTT
* * * **
4399 T-TT-TGAATAAAATAGTATGAACA-AAACCAATTGTTTGATGACAAAAGAAAAAGTTATAATGA
567 TATTCTGAATAAAATAGTATGAACAGAAA-CAATTGTTTGATGACAAAACAAAAGGTCATAACAA
* * * * * *
4461 TTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATAGTTTACTAAACAAATTTACTT
631 TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCAAAACTATTTGAAATGGTTTAGTAAACAGATTTACTT
* * * *
4526 TTTAAATCTCTTACCAATTAATTTTCTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGATCAAA
696 TTTAAATCTCTTACTAATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAACAAA
* * * * *
4591 CTTATATTAACAAAAACAATTTTTTTATGAC-GAA-AAAAAGTAACAACGATTTGAAATAGAT
761 CTTACATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAACGATTTGAAATAGAT
4652 TATAGACACT
Statistics
Matches: 2053, Mismatches: 426, Indels: 255
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
874 6 0.00
875 13 0.01
876 21 0.01
877 465 0.23
878 122 0.06
879 166 0.08
880 47 0.02
881 38 0.02
882 19 0.01
883 6 0.00
884 3 0.00
885 1 0.00
886 3 0.00
887 4 0.00
888 1 0.00
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890 3 0.00
891 5 0.00
892 5 0.00
893 3 0.00
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895 1 0.00
896 9 0.00
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899 85 0.04
900 8 0.00
901 4 0.00
902 2 0.00
903 4 0.00
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909 4 0.00
910 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (885 bp):
TTACTTATAAAATTTTGAAATATTAACAAATTACTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTACGAA
CTGAAACAATTGCTTTATGACAAAAAAAAAGGTCATAACAATTTGAAATATATAACTATACATAT
AATCTTAACTGTTTGAACCAGTTCGACAAGCAGATTTATTTTCTAAATCTCTTACTTATGAATTT
TAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAACTTGTATGAACTAAAACAATGTTT
TATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGACAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTG
AACTAGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAAATCTCTTACTAATTTTGAAATATTAATAAATTT
ATATTATTTTAATTTAAATAAGCTTGTACGAACAAAAAAATTTATTTTATGACAAAACAAAAGGT
TATAACGATTTGAAATAGATAATCGTTCATATAGTATTGACTATAACTGGATATACATTATTTTT
AATATCTTGCTTATTAAGTTTCAAAATATAATAAAAGTATTTATTTTATTCTGAATAAAATAGTA
TGAACAGAAACAATTGTTTGATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTC
AAATAATCAAAACTATTTGAAATGGTTTAGTAAACAGATTTACTTTTTAAATCTCTTACTAATTA
ATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAACAAACTTACATGAACAAAAACAAT
TGTTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGATATAACT
ATTTGAACTAATTCAGTAAACAAATTACTTTTTAAATCAC
Found at i:2913 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 2549--4350 Score: 1230
Period size: 181 Copynumber: 10.0 Consensus size: 179
2539 CATCTGATTT
* * * *
2549 GGTAAACTGATTCATTTTTTAAA--TC-T-CTT-TTAA-TTTTAAAAGTATTAATAAAGTAGTAT
1 GGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAA-TATTAATAAATTAGTAT
* * * * * * * *
2608 TATTTTATTTTGAATAAGCTTTTATGAACTTAAACAATTGTTTTGTTACAAAACAAAAGTTCATA
65 TATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAA-ATAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * * *
2673 ACAATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAATCACAACTATTTAAACTTGTTT
129 AC-GTTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTC
* * *
2725 AGTAAACATATTTATTTTTTCAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATGTTAATAAA-TAGTAT
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** *
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* * *
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* * * *
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* * * * * *
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**
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* * * * *
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1 ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT A-TT ATT ATT ATT ATT
* * * *
4781 ATT -TT ATT A-T ATT A-T ATT ATT ATT AGT ACT A-T AGT A-T AAT ATT
1 ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT
*
4824 -GT ATTT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT
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4869 ATT ATT
1 ATT ATT
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ATT
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* *
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* * *
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*
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* *
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*
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1 T
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* * *
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* * * * *
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* *
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*
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* * * * * * *
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* * * * * * **
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* * * * **
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* * * *
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** *
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* * *
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* * * *
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1 ATT ATT ATT ATT ATT ATT AT--T ATT ATT ATT ATT A-TT ATT ATT ATT
* * * * * *
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*
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ATT
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TTATTATTTATAATA
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12523 TATTATAATA
*
12533 TTATTATT-TATAATATTATTATTAGTATTATGGT
1 TTATTATTGTAT-ATATTATTATTA-TATT-T-TT
* * *
12567 ATAATATTGTATTTATTATTATTATTATTTTT
1 TTATTATTGTATATATTATTATTA-TATTTTT
*
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TTATTATTGTATATATTATTATTATATTTTT
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12492 GCTAATTTTC
* *
12502 ATTATTAATATTCTT-TTATTATAT-TATAATATTATTATTTA-T
1 ATTATTATTATTATTATTATTAT-TGTATAATATTA-TATTTATT
* * *
12544 A--A-TATTATTATTAGTATTATGGTATAATATTGTATTTATT
1 ATTATTATTATTATTATTATTATTGTATAATATTATATTTATT
* * * *
12584 ATTATTATTATTTTTGTTGTTATTGTATGATATTATATTATATT
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* *
12628 -TTTTTATTATTATTATTTTTATT
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12651 TTCCTTCTTT
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*
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13653 AAA
1 AAA
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AAATAAAAAGAATAAT
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14579 CAACTTGTAT
* * * * * * *
14589 AAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAAGTTATTAATATTTTGAAAATTCATAATTAAGAGATTT
1 AAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT
* * * * *
14654 AAAAAATGAA-CATGTTTA-TCGATCAAGTTTAAATAATTATGATTATTTGAACAATTATCTATT
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* * * * * *
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* *
14769 AAGCTTATTTTG-AATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATT-AAGAAAATTAATAAGTAAAAGG
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* *
14831 TTT-AAAAATAAATCTGTTTA-TCGAACAAGTTCAAATTA-TTATGACTATTTGAATAATTATTT
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*
14893 ATTTCAAA---TT-T----TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAC
126 ATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATAC
* * * * * * *
14941 AAGTTTATTTGGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGACAA-T--T---TAAAAGATTT
1 AAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT
* * * * * *
15000 AAAAAATAAATATGTTTACAGAATAAGTTCAAATAGTAATGGCTATTTGAATAATTATCTATTTC
66 AAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * * *
15065 AAATCATTGTGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCTGCTCATAT
131 AAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATAC
* *
15116 AAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAA-AGAGTAAAATAAT
1 AAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATA-AGTAAAA-GAT
* * * * *
15180 TAAAAAAATGAATCTGCTTACTGAACAAGTTGAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATT
64 TTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* * * * *
15245 TCAAAACATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTATTCATGC
129 TCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATAC
* * *
15298 AAGCTTATTTCAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAA-TTT
1 AAGCTTATTTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATT
* * * ** * * * **
15361 TAGAAAATAAAGCTATTTTTTGAGCACGTTCAAATAGTTTTTTCTATTTGAACAATTATCTATTT
65 TAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
** * * * *
15426 CAAATCAATATGACCATTTGTTTTGTGATAAACCAATTGTTTC---T--T--
130 CAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATAC
* *
15471 --G----TCTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-CAAAATTAATAAGTAAAAGATTT
1 AAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT
* *** *
15529 AAAAAATAAATTTGTTTA-TCGAGTGAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTT
66 AAAAAATAAATCTGTTTACT-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* * * *
15593 CAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAC
130 CAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATAC
* **
15645 AAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTGAAGATTT
1 AAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT
* * * * * *
15710 AAAAAATTAATTTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGTCCATTTGAACTATTATCTATTTC
66 AAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * *
15775 AAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCGTAAAACAATTGTTTCTATTCATAC
131 AAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATAC
** * *
15826 AAAATTATTT-AGAATAAAATAACACTAATTTATTACTATT-TCAAAAATTAATAAG----AGAT
1 AAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAAAGAT
* * * * * *
15885 TTAAAAACTAAATCTCTTTA-TCAAACCAGTTCAAATAGATATGACTATTTAAACAATTATCTAT
64 TTAAAAAATAAATCTGTTTACT-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * *
15949 CTCAAATTGTTATGA--TATTTGTTTTGTCCTAAAACATTTGTTTTTGTTCATAC
128 TTCAAATCGTTATAACCT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATAC
* * * * * *
16002 AAGCTTATTTGGAGTAAAATATTGCTAAATTAATAATATTCTAAAAATTAATAAG-----GATTT
1 AAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT
* * * * * * *
16062 AAAAAATAAATGTATTTGCT-AATCCAGTTCAAAT-GATTAAGATTATTAGAACAATTATCTATT
66 AAAAAATAAATCTGTTTACTGAA-CAAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* * * * * *
16125 TCAAATTGTTCTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTATTT-TAGTTCATAC
129 TCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-GTTCATAC
* * ** * * *
16178 ATGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAA-ATT
1 AAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAA-AAGATT
* * ** * * *
16242 AAAAAAAATAAATTTGTTTACCAAATAAGTTGAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATT
65 -TAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* * * * * * * *
16307 TAAAATCGATATGACCTTTTATTTTATCATACAATAATTGTTT-TAGTTCATAA
129 TCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-GTTCATAC
* * * * * * * * *
16360 AAACTTATCTGAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTTAAAATTTGATAAGTTAGAGATTT
1 AAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT
* ** * * * *
16425 AAAACATAAAT-TAGTTTA-TCGAATTAGCTT-AAATAATTATGGCAATTTAAACAATTATCTAT
66 AAAAAATAAATCT-GTTTACT-GAACAAG-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * **
16487 TTTAAATCATTATGAA-TTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATCATAC
128 TTCAAATCGTTAT-AACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATAC
* * * **
16541 TAA-CCTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTGTTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAGGAGAT
1 -AAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAAAGAT
* * *
16604 TTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACCAA-TTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAA-TA--TAT
64 TTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * *
16665 TTCAATTTC-TTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAGCAATTATTT-TTTTCAATAC
128 TTCAA-ATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTC-ATAC
* * * * * * * * *
16719 AAGTTTATTCGAAATAAAATAATATTAATGTAATAATATTATGAAAATTAATAACTAAGAGATTT
1 AAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT
* ** * * * * * * * *
16784 AAAAAATAAATTTGTTTGTTGAACCAGTTCAAATAGTTAAGGCAATATGAACAATTCTTTATTTT
66 AAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * * * *
16849 AAATTGTTATGACATTTAGTTTTATCATAAAATAAATT-TTT-TAGTTCTTAC
131 AAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-CAATTGTTTCT-GTTCATAC
* ** * * * * *
16900 TAA-CTTGTTCAAAATAAAATAAAACAAATTTAATAATATT-TCAAAAATTAATTAGTAAGAGAT
1 -AAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAAAGAT
* * * * * * *
16963 TT-AAAAATAATTCTGTTTGCTGAACCAGTTTAAATAATTATGATTATTTGAATAATTATCTATT
64 TTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* * * * * * * * *
17027 TTAAGTCGTTATGAGCTTTTTATTTTGTCATAAAAGAAATGTTTTTGTTCATAT
129 TCAAATCGTTAT-AACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATAC
** * * * * * * **
17081 AAATTTGTTTGGAATAAAATAATATTATTTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGAACT
1 AAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT
* * * * * * * *
17146 AAAAAACAAATCTGCTTACTAAACCAA-TTTAATTAGTTATAATTATTTGAACAATTATTTATTT
66 AAAAAATAAATCTGTTTACTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* * * *
17210 CAAATCATTATAACCATTTGTTTTGTCATAAAAAAAATTGTTTTTGTTCATAC
130 CAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCAT-AAAACAATTGTTTCTGTTCATAC
* * * * * **
17263 CATCTTATTTGGAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAATGGATTT
1 AAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT
* * ** * * * *
17328 AAAAAATGAATATGTTGGCCTG-ACTAA-TGCAAATAGTTATGATTGTTTAAACAATTATCTATT
66 AAAAAATAAATCTGTT-TACTGAAC-AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* * * * * * * * **
17391 TTAAATTC-TTATAACATATTGTTTTATCACAAAATAAGTATTTCTGTTTGTAC
129 TCAAA-TCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATAC
** * * * *
17444 AAGCTTATTCAAAATAACATAATTCTAATTTATTAACAATTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATT
1 AAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAA-TATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATT
* **
17508 TAAAAAATAAA-CTTGTTCACCAAACAAGTTCAAATA-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
65 TAAAAAATAAATC-TGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* * * ** * * *
17571 TCAAATCGCTATGACCTTTTATTTAATCATAAAATAATTTTTTCTATTCATAC
129 TCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATAC
* * * * *
17624 AAGCTTATTTTAAATAAAATAATACAAATTTGTTAATATTC-AAACAATTAATAAATAAAAAATT
1 AAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAA-AATTAATAAGTAAAAGATT
* * * * * * * *
17688 TTAAAAATAAATCTGTTTACT-AGATAAGTTCAAATAATTATAACTATCTAAATAATTATTTATT
65 TAAAAAATAAATCTGTTTACTGA-ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* * * * *
17752 TTAAATCGTTA-AGACTTTTTGTTTGGTCATAAAACAATTGATTT-AGTTCATAA
129 TCAAATCGTTATA-ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCTGTTCATAC
* * * *
17805 AAGCTTATTT-AGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATT-TAGACAATTAACAAGTAAAAGAT
1 AAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTA-AAAATTAATAAGTAAAAGAT
** ** * * * * * * *
17868 TTTGAAAATAAAAATGTTTAC-GAAACATGTCCAGATAGTCATAACTATTTGAATAATTATTTAT
64 TTAAAAAATAAATCTGTTTACTG-AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* ** * ** ** *
17932 TTCAAATAGTTATGAA-CTTTTGTTTCATTATAAAACAATTGTACCAATTCATAT
128 TTCAAATCGTTAT-AACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATAC
* * * * * **
17986 AGGCTTATTCTG-AATAAAATGATA-TAGATTTATTAATGTTCCAAAAACTAATAAG--ATTGAT
1 AAGCTTATT-TGAAATAAAATAATACTA-ATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGAT
* ** * *
18047 TTAAAAAATGAATCAATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGAATATTTGAATAATTATCTATT
64 TTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* * *
18112 TCAAATTGTTATGACCTTTCGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-TTCATAC
129 TCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATAC
** * *
18164 AAGCTTATTCCAAAAAAAATAATA-TATATTTATTAATATTCCAAAAATT--T-A--AAAA-A--
1 AAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTA-ATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATT
** * *
18220 T-----A-AAAT-TGTTTTTTGAACATGTTCAAAT-GTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTT
65 TAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* * * *
18277 CAAATCGCTATGAA-CTTTTATTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTATTCAT--
130 CAAATCGTTAT-AACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATAC
* * *
18327 -A----ATTCGAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT
1 AAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT
* * * * * ** *
18387 AAAAAATAAATTTATTTAC-CAAGCAAGCTCAAATAGTTATGATTGCTTGAACAATTATTTATTT
66 AAAAAATAAATCTGTTTACTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* * ** * *
18451 CAAATAGTTATGATATTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAC
130 CAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATAC
* * * * * * **
18503 GAGTTTA-TTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAGGTAGGAGATTT
1 AAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT
** * * *
18567 -AAAAATAAATCTGTTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTAAT-ATCCATTTGAATAATTAT-TATT
66 AAAAAATAAATCTG-TTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATT
* ** * *
18629 TCAAATCGTTA-AGACCTTTTGTTTAGTTGTAAAACAATTATTTCTATTCATA-
129 TCAAATCGTTATA-ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATAC
* * ** * *
18681 TAGAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TGAAAATTAAT-A--AAGAGATT
1 AAG-CTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATT
* * *
18742 TAAAAAACTAAATCTATTTACTGAACCAA-TTCAAATAGTTATGATTATTTGAAAAATTATCTAT
65 TAAAAAA-TAAATCTGTTTACTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
18806 CTCTAATCAT
Statistics
Matches: 3245, Mismatches: 620, Indels: 346
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
158 36 0.01
159 2 0.00
160 1 0.00
161 1 0.00
162 1 0.00
163 4 0.00
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168 1 0.00
169 1 0.00
170 3 0.00
171 28 0.01
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ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
AAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT
AAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
AAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATAC
Found at i:16050 original size:176 final size:177
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Indices: 15476--19923 Score: 2264
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15466 TTCTTGTCTG
*
15476 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-CAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG---AAGATTTAAAAAATAAAT
* * *** *
15540 TTGTTTATCGAGTGAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATG
63 TTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* *
15605 ATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTG
128 AT-ATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTA
*
15656 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTGAAGATTTAAAAAATTAAT
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAA---GAAGATTTAAAAAATAAAT
* * * *
15721 TTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGTCCATTTGAACTATTATCTATTTCAAATCATTATG
63 TTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * **
15786 ACATTTTGTTTTGTCGTAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTTA
128 ATA-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTA
* * * * *
15837 GAATAAAATAACACTAATTTATTACTATT-TCAAAAATTAATAAG-AGATTTAAAAACTAAATCT
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGAAGATTTAAAAAATAAATTT
* * * * * * **
15900 CTTTATCAAACCAGTTCAAATAGATATGACTATTTAAACAATTATCTATCTCAAATTGTTATGAT
65 GTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAT
* * * * * *
15965 ATTTGTTTTGTCCTAAAACATTTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTG
130 ATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTA
* * * * * * * *
16013 GAGTAAAATATTGCTAAATTAATAATATTCTAAAAATTAATAAG--GATTTAAAAAATAAATGTA
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGAAGATTTAAAAAATAAATTTG
* * * * * * * ** *
16076 TTTGCTAATCCAGTTCAAAT-GATTAAGATTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTCTGAC
66 TTTACCAAACAAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-
* * * * *
16140 CT-TTTGTTTAGTCATAAAATAATTATTT-TAGTTCATACATGTTTATTCA
129 -TATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGTTTATTTA
* * *
16189 AAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAAATTAAAAAAAATAAA
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG-AAG--ATT-TAAAAAATAAA
* * * *
16254 TTTGTTTACCAAATAAGTTGAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCGA-TA
62 TTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC-ATTA
* * * * * ** * *
16318 TGACCT-TTTATTTTATCATACAATAATTGTTT-TAGTTCATAAAAACTTATCTG
126 TGA--TATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGTTTATTTA
* * * * * *
16371 AAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTTAAAATTTGATAAGTTAGAGATTTAAAACATAAAT
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG--A-AGATTTAAAAAATAAAT
* * * ** * * * * *
16436 TAGTTTATCGAATTAGCTT-AAATAATTATGGCAATTTAAACAATTATCTATTTTAAATCATTAT
63 TTGTTTACCAAACAAG-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT
* * * ** **
16500 GAATTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA-TCATACTAA-CCTATTCG
127 G-ATATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATAC-AAGTTTATTTA
*
16552 AAATAAAATAATACTAATTTGTTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAA
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAG-A--AGATTTAAAAAATAAA
* * *
16616 TTTGTTTACCGAACCAA-TTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAA-TA--TATTTCAATTTC-TT
62 TTTGTTTACC-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA-ATCATT
* * * * * * **
16676 ATAACCT-TTTGTTCTATCATAAAGCAATTATTT-TTTTCAATACAAGTTTATTCG
125 ATGA--TATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTC-ATACAAGTTTATTTA
* * * * * *
16730 AAATAAAATAATATTAATGTAATAATATTATGAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAA--GA-AGATTTAAAAAATAAAT
**** * * * * * * * * **
16795 TTGTTTGTTGAACCAGTTCAAATAGTTAAGGCAATATGAACAATTCTTTATTTTAAATTGTTATG
63 TTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * * * * *
16860 ACATTTAGTTTTATCATAAAATAAATT-TTT-TAGTTCTTACTAA-CTTGTTCA
128 ATATTT-GTTTTGTCATAAAA-CAATTGTTTCTA-TTCATAC-AAGTTTATTTA
* * * *
16911 AAATAAAATAAAACAAATTTAATAATATT-TCAAAAATTAATTAGTAAGAGATTT-AAAAAT-AA
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAG--A-AGATTTAAAAAATAAA
* ** * * * * * * * *
16973 TTCTGTTTGCTGAACCAGTTTAAATAATTATGATTATTTGAATAATTATCTATTTTAAGTCGTTA
62 TT-TGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA
* * * * * * * * * *
17038 TGAGCTTTTTATTTTGTCATAAAAGAAATGTTTTTGTTCATATAAATTTGTTTG
126 TGA--TATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTA
* * * * ** *
17092 GAATAAAATAATATTATTTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGAACTAAAAAACAAAT
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG--A-AGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * * *
17157 CTGCTTACTAAACCAA-TTTAATTAGTTATAATTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTAT
63 TTGTTTACCAAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT
* * * * * * *
17221 AACCATTTGTTTTGTCATAAAAAAAATTGTTTTTGTTCATACCA-TCTTATTTG
127 GA-TATTTGTTTTGTCAT-AAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGT-TTATTTA
* * * *
17274 GAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAATGGATTTAAAAAATGAAT
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG-AA--GATTTAAAAAATAAAT
* ** ** * * * * *
17339 ATGTTGGCCTGACTAA-TGCAAATAGTTATGATTGTTTAAACAATTATCTATTTTAAATTC-TTA
63 TTGTTTACCAAAC-AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCATTA
* * * * * * * * ** * *
17402 TAACATATTGTTTTATCACAAAATAAGTATTTCTGTTTGTACAAGCTTATTCA
126 TGATAT-TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTA
* * *
17455 AAATAACATAATTCTAATTTATTAACAATTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAA-TATTCTAAAAATTAATAAG--A-AGATTTAAAAAATAAA
* * **
17519 CTTGTTCACCAAACAAGTTCAAATA-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGCTAT
62 TTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT
* ** * * * *
17583 GACCT-TTTATTTAATCATAAAATAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTT
127 GA--TATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTA
* * * * *
17635 AAATAAAATAATACAAATTTGTTAATATTC-AAACAATTAATAAATAAAAAATTTTAAAAATAAA
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAA-AATTAAT--A-AGAAGATTTAAAAAATAAA
* * * * * * * * * * * * *
17699 TCTGTTTACTAGATAAGTTCAAATAATTATAACTATCTAAATAATTATTTATTTTAAATCGTTAA
62 TTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT
* * * * *
17764 GACTTTTTGTTTGGTCATAAAACAATTGATT-TAGTTCATAAAAGCTTATTTA
127 GA-TATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGTTTATTTA
* * * * * **
17816 GATTAAAATAATATTAATTTATTAATATT-TAGACAATTAACAAGTAAAAGATTTTGAAAATAAA
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTA-AAAATTAATAAG---AAGATTTAAAAAATAAA
** * * * * * * * *
17880 AATGTTTACGAAACATGTCCAGATAGTCATAACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAAT-AGTTA
62 TTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTA
** * ** * * * *
17944 TGA-ACTTTTGTTTCATTATAAAACAATTGTACCAATTCATATAGGCTTATTCT-
126 TGATA--TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATT-TA
* * * * * * * *
17997 GAATAAAATGATA-TAGATTTATTAATGTTCCAAAAACTAATAAGATTGATTTAAAAAATGAATC
1 AAATAAAATAATACTA-ATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGA-AGATTTAAAAAATAAATT
** ** * * **
18061 AATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGAATATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA
64 TGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
** * *
18126 CCTTTCGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-TTCATACAAGCTTATTCCA
129 TATTT-GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATT-TA
* * **
18176 AAA-AAAATAATA-TATATTTATTAATATTCCAAAAATT--TAA-AA-A---ATAAAAT-TGTTT
1 AAATAAAATAATACTA-ATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGAAGATTTAAAAAATAAATTT
* * * **
18231 -TTT---GAACATGTTCAAAT-GTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGCTATGA-
65 GTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAT
* * **
18290 ACTTTTATTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTATTCAT---A----ATTCG
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* *
18333 AAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG---AAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * ** *
18398 TTATTTACCAAGCAAGCTCAAATAGTTATGATTGCTTGAACAATTATTTATTTCAAAT-AGTTAT
63 TTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTAT
* *
18462 GATATTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACGAGTTTA-TTA
127 GATA-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTA
* * *
18513 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAGGTAGGAGATTT-AAAAATAAAT
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATA---AGAAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * *
18577 CTGTTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTAAT-ATCCATTTGAATAATTAT-TATTTCAAATCGTTA
63 TTG-TTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA
* * ** * * * *
18640 AGACCT-TTTGTTTAGTTGTAAAACAATTATTTCTATTCATA-TAGAATTATTCA
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* *
18693 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TGAAAATTAATAA-AGAGATTTAAAAAACTAAATC
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGA-AGATTTAAAAAA-TAAATT
* * * * * * * *
18756 TATTTACTGAACCAA-TTCAAATAGTTATGATTATTTGAAAAATTATCTATCTCTAATCATCATG
64 TGTTTAC-CAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * * * * * * *
18820 AT-CTTATTTTGTCATAGAACAAATT-TTTTTTTTCATATAAGCTTAATTG
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* * * * * * * ** **
18869 GATTAAGATAATATTAA--T-TTAATA--ATAAAAA-TAA-AAG-TGTTTTAGTAAACCAA----
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGAAGATTTAAAAAATAAATTTG
* * * * ** *
18922 -TT--CAAA-TAGTTAAAACTA-TTA-GAAC-AATT-ATC-------TATTTCAAATTGTTCTGA
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** * * * * * *
18972 CCTTT-TTGTGT-AGTCAAAACAATTATTTC-AGTTCATATAAGCTTATGTG
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* * * **
19021 GAATAAAATAATACTTATTTATTAACCATTAGAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAACAAAAATA
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAA-TATTCTAAAAATTAATAAG--A-AGATTT-A-AAAAATA
**** * * *
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** *
19147 TTATGA-ATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATA-AAACTTATCTA
123 TTATGATA-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGTTTATTTA
* * *
19201 AAAT-AAATAATACTACTTTATTAATATT-TCAAAAATTATTAAGCAAGAGTTT-AAAACTAAAG
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAG-AAGA-TTTAAAAAATAAA-
**** * * * * * * * *
19263 CCAATTTTCGAAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTAAACAAATATCAATCTTCAAGTCATTG
62 TTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAATCATT-
* * * * *
19328 TTGATCTTTGCTTTGGTCATAACAA-AATCTGTTTTTTAATCATAC-AGTTT-TTTA
125 ATGATATTTG-TTTTGTCATAA-AACAAT-TG-TTTCTATTCATACAAGTTTATTTA
** * *
19382 GGATAAATATAATCACTAATTTA-T-ATATT-TCAAAAATTAATAAGTAAAATATTTAAAGAATA
1 AAATAAA-ATAAT-ACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAG---AAGATTTAAAAAATA
* *** * * * * *
19444 AATAGTGTTTGGTTTGAATC-AGTTCAAAT-GATTAAGACTATTGGAATAATTACCTATTTCAAA
60 AAT-TTG-TT--TACCAAACAAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA
* * * * * * * **
19507 TTATTCTAACTTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTT-TAGTTCATTCAAGTTTATTCG
120 TCATTATGA-TATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGTTTATTTA
* * * * *
19566 AAATAAAATAATACTAATTTATTAACAGTCAAAAAATTAAT---AAG---TGAAAAATAAATCTG
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGAAGATTTAAAAAATAAATTTG
* * * * * * * *
19625 TTTATCGAACAAATTCATATAGTTATGATTATTTCAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGA-A
66 TTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATA
* * * **
19689 CTTTTGATTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATAAAAGCTTATCCA
131 --TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGTTTATTTA
* * *
19738 AAATAAAATACTACTACTTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAG-AGATTTAAAAAATAAATTA
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGAAGATTTAAAAAATAAATTT
** * * * * * * * * *
19801 GTTTATTGAATC-AGTTCAAATACTTAAGGCCATTTGAACAAATATCTATTTTAAGTCATTATTA
65 GTTTA-CCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
* * * * * *
19865 CT-TTTCATTTTGTCATAAAACAATTATTTTTCA-ACATACAAGCTTATTCA
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19924 CATTATTACC
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TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTA
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*
16028 AAATTAATAATATTCTAA
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1 AAA
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Statistics
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AAATTAATAAGATTCTAA
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18225 TTGTTTTTTG
* * * *
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* ** * *
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* * *
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* * * *
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*
18538 TATTTTGAAAATTAATAGGTAGGAGATTT-AAAAATAAATCTGTTTTACCA
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* * * * * * *
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* ** *
18651 TTAGTTGTAAAACAATTATTTCTATTCATATAGAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATT
64 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATA-AG--TTATT-AAAATAAAATAATACTAATTTATT
* *
18716 AATA-TTTGAAAATTAATA--AAGAGATTTAAAAAACTAAATCTATTTACTGA
125 AATATTTTGAAAATTAATAGTAAGAGATTTAAAAAA-TAAATCTTTTTAC-CA
* * * * * * * * *
18766 ACCAA-TTCAAATAGTTATGATTATTTGAAAAATTATCTATCTCTAATCATCATG-ATCTTATTT
1 AACAAGTTCAAATAGTTATGATTACTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGAATTTTATTT
*
18829 TGTCATAGAACAA
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Statistics
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AACAAGTTCAAATAGTTATGATTACTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGAATTTTATTT
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TTGAAAATTAATAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTTTTTACCA
Found at i:19176 original size:21 final size:21
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19146 ATTATGAATT
19156 TTGTTTT-G-TCATAAAACAA
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Statistics
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TTGTTTTAGTTCATAAAACAA
Found at i:20462 original size:17 final size:17
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20408 ACTGAACCAG
*
20418 TTCAAATAAATATAACTAT
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*
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20466 TACTTTTTAT
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 3, Indels: 4
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Matches are distributed among these distances:
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TTCAAATAATTATCTAT
Found at i:20604 original size:180 final size:176
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Indices: 19982--22677 Score: 976
Period size: 180 Copynumber: 15.2 Consensus size: 176
19972 GCTTATTCAA
* * * *
19982 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAGAA-T--T-AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT
1 AATAAAACAATACTAATTTATTAATATTTAAA-AATTAATAACTAAGAGATTT-AAAAATTAATC
* * * * * * *
20043 TGTTTA-TCGAACTAGTTCAAATGGTTTTGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATA
64 TCTTTACT-AAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAA-TATTATA
* * * * * *
20107 ACCTTTTGTTCTATCATAAAATAATTATTTCTGTTCATATAAGTTTATTTGG
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* * * * *
20159 AATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTTAAAATTCATAACTAAGAGATTTAAAAAAATAAAT
1 AATAAAACAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAACTAAGAGATTT--AAAAATTAAT
* * *
20224 CTGCTTGT-C-AAACCAGTTCAAACAGTTA-AGACTATATGAATAATTATCTATTTCAAATGTTA
63 CT-CTT-TACTAAACCAGTTCAAATAGTTATA-ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATATTA
* * *
20286 TGA-TCTTTTATTTTGTCAT--AACAATTATTTTAGCTCATACAAGTTGATTTGG
125 TAACT-TTTTATTTTGTCATCAAACAATTATTTT-GTTCATATAAGTT-ATTTGG
* * * * *
20338 AATAAAACAAAACTAATTTGTTAATATTTCAAAATTTTATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAT-T
1 AATAAAACAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAATTAATCT
* ** *
20402 CGATTTACTGAACCAGTTCAAATAAATATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATAATTATT
65 C--TTTACTAAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT-ATTATA
*
20467 ACTTTTTATTTTGTCATCAAACAATT-TTTTGTTTCATATAAGTCTATTTGA
127 ACTTTTTATTTTGTCATCAAACAATTATTTTG-TTCATATAAGT-TATTTGG
*
20518 AATAAAACAATGCTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATCAA-TAAGAGATTTAAAAAGTTAAT
1 AATAAAACAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAAT-AACTAAGAGATTTAAAAA-TTAAT
* * * *
20582 CTCTTTACTAAACCATTTCAAATAGTTTTAGCTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTGTA
63 CTCTTTACTAAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT-ATTATA
* * * * ** * ** *
20647 AC-ATTTGTTTTGTCATCAAATAGTTGGCTTTGTCCATACTATTTTATTTTG
127 ACTTTTTATTTTGTCATCAAACAATT-ATTTTGTTCATA-TAAGTTATTTGG
* * * * * * * * *
20698 AATAAAACAACACTAATTTAATAATATTATGAAACTTAATAACCAAGAAAATAAAAAATAAATCT
1 AATAAAACAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAATTAATCT
** * * * * ** * * *
20763 AATTGCTGAACTAGTTCAAATAGTTA-AGACTATAT-AAGCGATTATCAATGTCAAATCATTATG
65 CTTTACTAAACCAGTTCAAATAGTTATA-ACTATTTGAA-TAATTATCTATTTCAAAT-ATTATA
* * * * * * **
20826 ACCTATTGTTTTGTCATCAAATAA-T-TTTTGTTCGTACAAGCTTACGTGG
127 ACTTTTTATTTTGTCATCAAACAATTATTTTGTTCATATAAG-TTATTTGG
* * * * * * *
20875 ATTAAAATAATA-TAGATTTAATAATATTTCAAAAAGTAATAAGTAGGAGATTTGAAAAATAAAT
1 AATAAAACAATACTA-ATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAACTAAGAGATTT-AAAAATTAAT
* * * ** * *
20939 -T-TGTTATTGAACCAATTCTTAT-GCTTA-AGACTACTAT-AACAATTATCTATTTCAAATCAT
63 CTCT-TTACTAAACCAGTTCAAATAG-TTATA-ACTA-TTTGAATAATTATCTATTTCAAAT-AT
* * * * * * * * * **
20999 TCTGACCTTTTGTTTAT-TCATAAAATAATTGTTTAAGTTCATACAAGCTTATTCAG
123 TATAACTTTTTATTT-TGTCATCAAACAATTATTT-TGTTCATATAAG-TTATTTGG
** * * * ** *
21055 AATAAATTAATACTAATTTATTAACATTCGAAAATTTAATAAGAAAGAGATTTTAAAAAATAAAT
1 AATAAAACAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAACTAAGAGA-TTT-AAAAATTAAT
** * * * * *
21120 CAATTTATCGAATA--AATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTGTCTATTT-AAATTCGTT
63 CTCTTTA-CTAA-ACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAA-T-ATT
* * * * * * * * *
21182 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTT-AGTACAAGCTTATATAG
124 ATAACTTTTTATTTTGTCATCAAACAATTATTT-TGTTCA-TATAAG-TTATTTGG
* * * ** *
21237 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCTAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAAAATTT
1 AATAAAACAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAATTAATCT
* * ** * * * * * *
21302 TTTTACAAAATTAGTTGAAATAATTATGGACCATTTGAACAATTATCTATTTCAAAATCGTTTAT
65 CTTTACTAAACCAGTTCAAATAGTTAT-AACTATTTGAATAATTATCTATTTC-AAAT--ATTAT
* * * * * * * ***
21367 GAC-CTTCATTTTGTTATTAAACAATTATTTTTTATCATATAATCTTATTCAA
126 AACTTTTTATTTTGTCATCAAACAATTATTTTGT-TCATATAA-GTTATTTGG
* * * *
21419 AATAAAATAATATTAATTCATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATC
1 AATAAAACAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAACTAAGAGATTT-AAAAATTAATC
* ** * * * * *
21480 TGTTTA-TCAAACCAGTTTGAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCAATCTCAAATCATTATG
64 TCTTTACT-AAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT-ATTATA
* * * * * *
21544 A-TCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTAGATCATAAAAGCTTATTTGG
127 ACTTTTTATTTTGTCATCAAACAATTATTTT-GTTCATATAAG-TTATTTGG
* * * *
21595 -TTAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAAT
1 AAT-AAAACAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAACTAAGAGATTT-AAAAATTAAT
* * * * ** * *
21655 GTGTTTA-TCAAACTAGTTCAAATAGTTAAAACTATAAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTTT
63 CTCTTTACT-AAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT-ATTAT
* * * * * * * ** * * **
21719 GAC-CTTT-TTTAGTCATAAAATATTTGTTTCATATCATACAAACTTATTTAA
126 AACTTTTTATTTTGTCATCAAACAATTATTTTGT-TCATA-TAAGTTATTTGG
* * * * * *
21770 AATAAAATAATCCTAATATATTAACATTCAAAAAATTAATAAGC-AAGAGATTTGAAAAAATAAA
1 AATAAAACAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAA-CTAAGAGATTT--AAAAATTAA
* * * * * *
21834 TTTGTTTAGC-AAACAAGCTCAAATAGTTATGACTATTTG-ATCAATTA-CTTATTT-AGAATTG
62 TCTCTTTA-CTAAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAAT-AATTATC-TATTTCA-AA-TA
* ** * * ** * ****
21895 TTATGACCTTGGT-TTTT-TCATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTATCCAA
122 TTAT-AACTTTTTATTTTGTCATCAAACAATTATTT-TGTTCATATAAG-TTATTTGG
* * * * *
21951 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTATTAAGTAAAAGATTTAAAAATAAAT-T
1 AATAAAACAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAATTAATCT
* ** * * ** * * * * *
22015 TTTTTTTAAACAAATTCAAATAGTTACGACTA-TTGAATAATTGTATATTTAAAATTGTTATGAC
65 CTTTACTAAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAA-TATTATAAC
* * * * * ** * *
22079 CTATTATTTTGTCATTAAATAATTGCTTCAGTTC--ACAAGTTTATTTGA
129 TTTTTATTTTGTCATCAAACAATT-ATTTTGTTCATATAAG-TTATTTGG
* * * * * *
22127 AATAAAATAATAATAATAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGCGATTTAAAAGTGAA
1 AAT--AA-AACAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAATTAA
* * * * * ** * * * *
22192 TCTATTTACCAAATCAGTTTAAATAATTAT-GGTCATTTCAACAATTATTTATTTCAAATGTTAT
62 TCTCTTTACTAAACCAGTTCAAATAGTTATAACT-ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATATTAT
* * ** ** * **
22256 GAAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAA-T-TTTTCATCATGCAAGCTTA-CTCA
126 -AACTTTTTATTTTGTCATCAAACAATTATTTTGTTCATATAAG-TTATTTGG
* * * * * * *
22305 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATGTCAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATAT
1 AATAAAACAATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAACTAAGAGATTT-AAAAATTAATCT
* * * * * *
22370 GTTTA-T----CA----AACTAG-T-T-CCTATTTGAGTAATTACCTATTTCAAATCTTATAA--
65 CTTTACTAAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATATTATAACT
* * * * * * *
22421 ---TATTAT-T-ATAAAATAATTATTTAGTTTATACAAGCTTA-TT-A
130 TTTTATTTTGTCATCAAACAATTATTTTGTTCATATAAG-TTATTTGG
* * * *
22462 AATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAAT-
1 AATAAAACAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAACTAAGAGATTT-AAAAATTAATC
* * ** * * *
22526 TC-TTGCCAAA--AGTTCAAATAGTTA-AGACTACATGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATG
64 TCTTTACTAAACCAGTTCAAATAGTTATA-ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAA-TATTATA
* * * * ** * *
22587 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTGA
127 ACTTTTTATTTTGTCATCAAACAATTATTT-TGTTCATATAAG-TTATTTGG
** **
22639 AATAAAATGATAAAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA
1 AATAAAACAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAA
22678 ATAAGTGCTT
Statistics
Matches: 1981, Mismatches: 395, Indels: 286
0.74 0.15 0.11
Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (176 bp):
AATAAAACAATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAATTAATCTC
TTTACTAAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATATTATAACTT
TTTATTTTGTCATCAAACAATTATTTTGTTCATATAAGTTATTTGG
Found at i:21114 original size:359 final size:350
Alignment explanation
Indices: 19973--22683 Score: 1259
Period size: 359 Copynumber: 7.7 Consensus size: 350
19963 AACCCATAAG
* * *
19973 CTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAGAATTAGT---AAGAGA-TTTAAA
1 CTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAA-AATTAATAAGAAGAGATTTTAAA
** * ** * *
20034 AAATAAAT-TTGTTTATCGAACTAGTTCAAATGGTTTTGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAA
65 AAATAAATCTAATTTATCGAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATC-AATTCAA
** * * * * * * * * * *
20098 ATTGTTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAATAATTATTTCTGTTCATATAAGTTTATTTGGAATA
129 ATCATTATGACC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTT-AGTTCGTACAAGCTTATATGGATTA
* * * * *
20163 AAATAATACTAATTTAATAATATTCTTAAAATTCATAACTAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTGC
191 AAATAATACTAATTTAATAATATT-TCAAAAATAATAAGTAAGAGATTT--AAAAATAAATTTG-
* * * * ** * * * *
20228 TTGTCAAACCAGTTCAAACAGTTAAGACTATATGAATAATTATCTATTTCAAAT-GTTATGATCT
252 TTAT-TAACAAATTCTTA-TGTTAAGACTATAT-AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCT
* **
20292 TTTATTT-TGTCATAACAATTA-T-TTTAGCTCATAC-AA
314 TTT-TTTAT-TCATAA-AATAATTGTTTAATTCATACAAA
* *** * * * * * * *
20328 GTTGATTTGGAATAAAACAAAACTAATTTGTTAATATTTCAAAATTTTATAACTAAGAGA-TTTA
1 CTT-ATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACA-TTCAAAAATTAATAA-GAAGAGATTTTA
* * * ** * *
20392 AAAAATAATTC-GATTTA-CTGAACCAGTTCAAATAAATATA-ACTATTTGAATAATTATCTATT
63 AAAAATAAATCTAATTTATC-GAACTAGTTCAAATAGTTA-AGACTATTTGAACAATTATC-AAT
* * * * * * * * * *
20454 TCAAATAATTATTACTTTTTATTTTGTCATCAAACAATTTTTTGTTTCATATAAG-TCTATTTGA
125 TCAAATCATTATGAC-CTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTAG-TTCGTACAAGCT-TATATGG
* * * * * *
20518 AATAAAACAATGCTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATCAA-TAAGAGATTTAAAAAGTTAAT
187 ATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAA-TAAT-AAGTAAGAGATTTAAAAA-TAAAT
* * * ** * * * *
20582 CTCT-TTACTAAACCATTTCAAATAGTTTTAG-CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTG
249 -T-TGTTA-TTAACAAATTCTTAT-G-TTAAGACTATAT-AACAATTATCTATTTCAAATCATTA
* * * * * * * * *
20645 TAACATTTGTTTT-GTCATCAAATAGTTGGCTTT-GTCCATACTAT
308 TGACCTTT-TTTTATTCATAAAATAATT-G-TTTAATTCATACAAA
* *** * * * * * * **
20689 TTTATTTTGAATAAAACAACACTAATTTAATAATATT-ATGAAACTTAATAACCAAGA-A-AATA
1 CTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCA--AAAATTAATAA-GAAGAGATTTTA
** * *
20751 AAAAATAAATCTAATTGCT-GAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATAT-AAGCGATTATCAATGT
63 AAAAATAAATCTAATTTATCGAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAA-CAATTATCAAT-T
* * **
20814 CAAATCATTATGACCTATTGTTTTGTCATCAAATAATTTTT-GTTCGTACAAGCTTACGTGGATT
126 CAAATCATTATGACCT-TTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTAGTTCGTACAAGCTTATATGGATT
*
20878 AAAATAATA-TAGATTTAATAATATTTCAAAAAGTAATAAGTAGGAGATTTGAAAAATAAATTTG
190 AAAATAATACTA-ATTTAATAATATTTCAAAAA-TAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATTTG
* *
20942 TTATTGAACCAATTCTTATGCTTAAGACTACTATAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTGACCT
252 TTATT-AACAAATTCTTATG-TTAAGACTA-TATAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCT
*
21007 TTTGTTTATTCATAAAATAATTGTTTAAGTTCATACAAG
314 TTT-TTTATTCATAAAATAATTGTTTAA-TTCATACAAA
* * *
21046 CTTATTCAGAATAAATTAATACTAATTTATTAACATTCGAAAATTTAATAAGAAAGAGATTTTAA
1 CTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTC-AAAAATTAATAAG-AAGAGATTTTAA
* * * *
21111 AAAATAAATC-AATTTATCGAA-TAAATTCAAATAGTTATA-ACTATTTGAACAATTGTCTATTT
64 AAAATAAATCTAATTTATCGAACT-AGTTCAAATAGTTA-AGACTATTTGAACAATTATCAATTC
* * *
21173 AAATTCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTAGTACAAGCTTATATAGA
127 AAA-TCATTATGACC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTT-AGTTCGTACAAGCTTATATGGA
* * * *
21238 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCTAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAAAATTT-
188 TTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTC-AAAAATAATAAGTAAGAGATTTAAAAATAAATTTG
* * * * * *
21302 TT-TT-ACAAAATTAGTTGAAATAATTATGGACCATTTGAACAATTATCTATTTCAAAATCGTTT
252 TTATTAAC-AAATT-CTT---AT-GTTA-AGACTATAT-AACAATTATCTATTTC-AAATC-ATT
* * * * * ** * *
21365 ATGACCTTCATTTTGTT-ATTAAACAATTATTTTTTATCATATAAT
307 ATGACCTT-TTTTTATTCATAAAATAATTGTTTAAT-TCATACAAA
* * *
21410 CTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTCATTAATATTTCAAAAATTAAT---AAGAGA-TTTAAA
1 CTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACA-TTCAAAAATTAATAAGAAGAGATTTTAAA
* * * ** * *
21471 AAATAAATCT-GTTTATCAAACCAGTTTGAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCAATCTCAA
65 AAATAAATCTAATTTATCGAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCAAT-TCAA
* * * * *
21535 ATCATTATGATCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTAGATCATAAAAGCTTATTTGG-TTAA
129 ATCATTATGACCTTTGTTTTGTCATAAAACAA--TTTTTAGTTCGTACAAGCTTATATGGATT-A
*
21599 AAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAAT--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTT
191 AAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATTTG-TT
* * * ** * * * * *
21661 ATCAAACTAGTTCAAATAGTTAAAACTATAAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTTTGACC-TT
254 AT-TAACAAATTCTTAT-GTTAAGACTAT-ATAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTT
* * *
21725 TTTTAGTCATAAAATATTTGTTTCATATCATACAAA
316 TTTTATTCATAAAATAATTGTTTAAT-TCATACAAA
* * * *
21761 CTTATTTAAAATAAAATAATCCTAATATATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAA
1 CTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTC-AAAAATTAATAAG-AAGAGATTTTAA
** * * * * * * * *
21826 AAAATAAAT-TTGTTTAGCAAACAAGCTCAAATAGTTATGACTATTTGATCAATTA-CTTATTTA
64 AAAATAAATCTAATTTATCGAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATC-AATTCA
** * * * * * **** *
21889 GAATTGTTATGACCTTGGTTTTTTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTATCCAAAAT
128 -AATCATTATGACCTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTT-AGTTCGTACAAGCTTATATGGATT
* * * *
21954 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTATTAAGTAAAAGATTTAAAAATAAATTTTTT
190 AAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAA-TAATAAGTAAGAGATTTAAAAATAAATTTGTT
* ** * * * * * **
22019 TTTAAACAAATTCAAATAGTTACGACTAT-TGAATAATTGTATATTTAAAATTGTTATGACCTAT
254 ATT-AACAAATTCTTAT-GTTAAGACTATAT-AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCT-T
* * * * *
22083 TATTTT-GTCATTAAATAATTGCTTCAGTTC--ACAAG
315 T-TTTTATTCATAAAATAATTG-TTTAATTCATACAAA
* * * * * *
22118 TTTATTTGAAATAAAATAATAATAATAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGCGA-TT
1 CTTA-TTCAAA-ATAA-AATAATACTAATTTATTAACATTC-AAAAATTAATAAG-AAGAGATTT
* * * * * * * * * *
22182 T-AAAAGTGAATCT-ATTTA-CCAAATCAGTTTAAATAATTATG-GTCATTTCAACAATTATTTA
61 TAAAAAATAAATCTAATTTATCGAACT-AGTTCAAATAGTTAAGACT-ATTTGAACAATTA-TCA
* * * * * * *
22243 TTTCAAAT-GTTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTCA--TCATGCAAGCTTA-CTC
123 ATTCAAATCATTATG-ACCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTT-AGTTCGTACAAGCTTATATG
* * * * * * *
22304 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATGTCAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATA
186 GATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATT
* * * ** *
22369 TG-T-TTATCAAA--C-TA-GTT---CCTATTTGAGTAATTACCTATTTCAAATC-TTAT-A---
250 TGTTATTAACAAATTCTTATGTTAAGACTATAT-AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCT
* * * * * *
22420 -ATATTATT-ATAAAATAATTATTTAGTTTATACAAG
314 TTTTTTATTCATAAAATAATTGTTTAATTCATACAAA
* * * *
22455 CTTATT--AAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAACTAAAAGA-TTTAA
1 CTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACA-TTCAAAAATTAATAA-GAAGAGATTTTAA
* * * * ** *
22517 AAAATAAAT-T--CTT-GCCAA-AAGTTCAAATAGTTAAGACTACATGAACAATTATCTATTTCA
64 AAAATAAATCTAATTTATCGAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATC-AATTCA
** * * * * *
22577 AATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTGAAAT
128 AATCATTATGACC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTT-AGTTCGTACAAGCTTATATGGATT
* ** *
22642 AAAATGATAAAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAATAAGT
190 AAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAA-T-AATAAGT
22684 GCTTTAAAAA
Statistics
Matches: 1863, Mismatches: 352, Indels: 301
0.74 0.14 0.12
Matches are distributed among these distances:
328 1 0.00
329 34 0.02
330 29 0.02
331 11 0.01
332 39 0.02
333 26 0.01
334 34 0.02
335 7 0.00
336 22 0.01
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342 1 0.00
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344 17 0.01
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348 1 0.00
349 1 0.00
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ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (350 bp):
CTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAATTAATAAGAAGAGATTTTAAAA
AATAAATCTAATTTATCGAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCAATTCAAAT
CATTATGACCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTAGTTCGTACAAGCTTATATGGATTAAAATA
ATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATAATAAGTAAGAGATTTAAAAATAAATTTGTTATTAACA
AATTCTTATGTTAAGACTATATAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTTTTATTCAT
AAAATAATTGTTTAATTCATACAAA
Found at i:21192 original size:182 final size:180
Alignment explanation
Indices: 19920--22379 Score: 1673
Period size: 180 Copynumber: 13.8 Consensus size: 180
19910 ATTCAAAATA
* * * * ** * *
19920 AAATCATTATTACCTTTCGTTTTGTCATAAAACAATTCTTT--TTAACCCATAAGCTTATTCAAA
1 AAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCATT--CATACAAGCTTATTCAGA
*
19983 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAGAA-T--T-AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT
64 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA-AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* * * *
20043 TGTTTATCGAACT-AGTTCAAATGGTTTTGACTATTTGAATAATTATCTATTTC
128 TGTTTATC-AAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * * * * * * **
20096 AAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAATAATTATTTCTGTTCATATAAGTTTATTTGGAA
1 AAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-ATTCATACAAGCTTATTCAGAA
* * * *
20161 TAAAATAATACTAATTTAATAATA-TTCTTAAAATTCATAACTAAGAGATTTAAAAAAATAAATC
65 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATC
* * ** * * * *
20225 TGCTTGTCAAACCAGTTCAAACAGTTAAGACTATATGAATAATTATCTATTTC
128 TGTTTATCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * * **
20278 AAAT-GTTATGATCTTTTATTTTGTCAT--AACAATTATTTTAGCTCATACAAG-TTGATTTGGA
1 AAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCA-TTCATACAAGCTT-ATTCAGA
* * * * * * *
20339 ATAAAACAAAACTAATTTGTTAATATTTCAAAATTTTATAACTAAGAGATTTAAAAAATAATTC-
64 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT
* ** ** * *
20403 GATTTA-CTGAACCAGTTCAAATAAATATAACTATTTGAATAATTATCTATTTC
129 G-TTTATC-AAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
** * * * * * ** * *
20456 AAATAATTATTACTTTTTATTTTGTCATCAAACAATTTTTTGTTTCATATAAG-TCTATT-TGAA
1 AAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCATTCATACAAGCT-TATTCAG-A
* * * * *
20519 ATAAAACAATGCTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATCAA-TAAGAGATTTAAAAAGTTAATC
64 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* ** * * *
20583 TCTTTA-CTAAACCATTTCAAATAGTT-TTAGCTATTTGAATAATTATCTATTTC
128 TGTTTATC-AAATAAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * * * * * * * ** **
20636 AAATCATTGT-AACATTTGTTTTGTCATCAAATAGTTGGCTTT-GTCCATACTATTTTATTTTGA
1 AAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-G-TTTCATTCATACAAGCTTATTCAGA
* * * * * ** **
20699 ATAAAACAACACTAATTTAATAATATTAT-GAAACTTAATAACCAAGA-AAATAAAAAATAAATC
64 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* ** * * * * * * *
20762 TAATTGCTGAACT-AGTTCAAATAGTTAAGACTATAT-AAGCGATTATCAATGTC
128 T-GTTTATCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-CAATTATCTATTTC
* * * * * * * * *
20815 AAATCATTATGACCTATTGTTTTGTCATCAAATAATT-TTT-GTTCGTACAAGCTTACGT-GGAT
1 AAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCATTCATACAAGCTTA-TTCAGAA
* * * * *
20877 TAAAATAATA-TAGATTTAATAATATTTCAAAAAGTAATAAGTAGGAGATTTGAAAAATAAATTT
65 TAAAATAATACTA-ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT
* ** ** * *
20941 G-TTATTGAACCAA-TTCTTAT-GCTTAAGACTACTAT-AACAATTATCTATTTC
129 GTTTA-TCAAATAAGTTCAAATAG-TTATGACTA-TTTGAACAATTATCTATTTC
* * * *
20992 AAATCATTCTGACCTTTTGTTTAT-TCATAAAATAATTGTTTAAGTTCATACAAGCTTATTCAGA
1 AAATCGTTATGACCTTTTGTTT-TGTCATAAAACAATTGTTTCA-TTCATACAAGCTTATTCAGA
* * * *
21056 ATAAATTAATACTAATTTATTAACA-TTCGAAAATTTAATAAGAAAGAGATTTTAAAAAATAAAT
64 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAAT
** * * * *
21120 CAATTTATCGAATAAATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTGTCTATTT-
127 CTGTTTATCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
21173 AAATTCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTT-AGTACAAGCTTATAT-A
1 AAA-TCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCA-TTCA-TACAAGCTTAT-TCA
*
21236 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCTAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA-AAAT
62 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * *
21300 TTTTTTA-CAAAATTAGTTGAAATAATTATGGACCATTTGAACAATTATCTATTTC
127 CTGTTTATC-AAATAAGTTCAAATAGTTAT-GACTATTTGAACAATTATCTATTTC
** * * * ** * * *
21355 AAAATCGTTTATGACC-TTCATTTTGTTATTAAACAATTATTTTTTATCATATAATCTTATTCAA
1 -AAATCG-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAT-TCATACAAGCTTATTCAG
* *
21419 AATAAAATAATATTAATTCATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATC
63 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
** ** * * *
21480 TGTTTATCAAACCAGTTTGAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCAATCTC
128 TGTTTATCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * * * * **
21533 AAATCATTATGATC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTAGATCATAAAAGCTTATT-TGGT
1 AAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCA-TTCATACAAGCTTATTCAGAA
* *
21596 TAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATGT
65 T-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT
** ** *
21657 GTTTATCAAACT-AGTTCAAATAGTTAAAACTATAAGAATAATTATCTATTTC
129 GTTTATCAAA-TAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * * * *
21709 AAATCGTTTTGACC-TTT-TTTAGTCATAAAATATTTGTTTCATATCATACAAACTTATTTAAAA
1 AAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAT-TCATACAAGCTTATTCAGAA
* * * * *
21772 TAAAATAATCCTAATATATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAAATAAATT
65 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATC
* * * *
21836 TGTTTAGCAAACAAGCTCAAATAGTTATGACTATTTGATCAATTA-CTTATTT-
128 TGTTTATCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC-TATTTC
* * * * * *
21888 AGAATTGTTATGACC-TTGGTTTTTTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTATCCAAA
1 A-AATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-ATTCATACAAGCTTATTCAGA
* *
21952 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTATTAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAAT-T
64 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT
* * * * * * * * * *
22015 TTTTTTTAAACAAATTCAAATAGTTACGACTA-TTGAATAATTGTATATTTA
129 GTTTATCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * * * * *
22066 AAATTGTTATGACCTATTATTTTGTCATTAAATAATTGCTTCAGTTC--ACAAGTTTATT-TGAA
1 AAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCA-TTCATACAAGCTTATTCAG-A
* * * *
22128 ATAAAATAATAATAATAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTAAGCGATTT-AAAAGTGA
64 AT--AA-AATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
* * * * * * * *
22191 ATCTATTTACCAAATCAGTTTAAATAATTATG-GTCATTTCAACAATTATTTATTTC
125 ATCTGTTTATCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTC
* * *
22247 AAAT-GTTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTCA-TCATGCAAGCTTACTCA-AAT
1 AAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCATTCATACAAGCTTATTCAGAAT
* * *
22308 AAAATAATACTAATTTATTAATATGTC-AAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATATGT
66 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGT
22372 TTATCAAA
131 TTATCAAA
22380 CTAGTTCCTA
Statistics
Matches: 1816, Mismatches: 364, Indels: 209
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
174 23 0.01
175 94 0.05
176 209 0.12
177 184 0.10
178 184 0.10
179 275 0.15
180 378 0.21
181 204 0.11
182 248 0.14
183 17 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (180 bp):
AAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCATTCATACAAGCTTATTCAGAAT
AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGT
TTATCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
Found at i:22157 original size:535 final size:526
Alignment explanation
Indices: 19987--22693 Score: 1577
Period size: 540 Copynumber: 5.1 Consensus size: 526
19977 TTCAAAATAA
* * * *
19987 AATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAGAATTAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATC
1 AATAATAATAATTTATTAATATTTCAAA-AATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATC
* * *** * * *
20051 GAACT-AGTTCAAATGGTTTTGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTG
65 -AAATAAGTTCAAATAGTTAAAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC-TTTG
* * * * * * * * **
20115 TTCTATCATAAAATAATTATTTC-TGTTCATATAAGTTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTA
128 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAT-ATCATACAAGCTTATATAAAATAAAATAATACTAATTTA
* * * * *
20179 ATAATATTCTTAAAATTCATAACTAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTGCTTGT-CAAACCAGTTC
192 TTAATATTC--AAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATTTG-TT-TACAAA-AAG-TC
* * * * * *
20243 AAACAGTTAAGACTATATGAAT-AATTA-TCTATTTCAAA-TGTTATGATCTTTTATTTTGTCAT
250 AAATAGTTATGACTATTTG-ATCAATTACT-TATTTCAAATTGTTATGACCTTTT-TTTTAT-AA
** * *** * * *
20305 AACAATTATTTTAGCTCATACAAG-TTGATTTGGAATAAAACAAAACTAATTTGTTAATATTTC-
311 AACAATTA-TTTAATTCATAAAAGCTT-A-TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA
* * ** * * * **
20368 AAAATTTTATAACTAAGAGATTTAAAAAAT-AATTCGATTTACTGAACCAGTTCAAATAAATATA
373 AAAATTAT-TAA-TAAAAGATTTAAAAAATAAATT-TTTTTTC-AAACAAGTTCAAATAGTTA-A
* * * ** * * * *
20432 -ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATAATTATTACTTTTTATTTTGTCATCAAACAATT-TT
433 GACTACTTGAAAAATTATATATTTCAAATTGTTATGAC-CTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* *
20495 T-TGTTTCATATAAG-TCTATTTGAAAT--AA-
497 TCAG-TTCA-ACAAGCT-TATTTGAAATAAAAT
* ** * * * *
20523 AACAATGCTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATCAATAAGAGATTTAAAAAGTTAATCTCTTT
1 AATAATAATAATTTATTAATATTTCAAAAA-T--T-AATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTT
** * ** * * * * * *
20588 A-CTAAACCATTTCAAATAGTTTTAGCTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTGTAACATT
62 ATC-AAATAAGTTCAAATAGTTAAAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTT
* * * * * * ** * ** * *
20652 TGTTTTGTCATCAAATAGTTGGCTTT-GT-CCATACTATTTTATTTTGAATAAAACAACACTAAT
126 TGTTTTGTCATAAAACAATT-G-TTTCATATCATACAAGCTTATATAAAATAAAATAATACTAAT
* ** ** * ** * **
20715 TTAATAATATT-ATGAAACTTAATAACCAAGA-AAATAAAAAATAAATCTAATTGCTGAACTAGT
189 TTATTAATATTCA--AAA-TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTAC--AAAAAG-
* * * * * * * **
20778 TCAAATAGTTAAGACTATATAAGCGATTA-TCAATGTCAAATCATTATGACCTATTGTTTTGTCA
248 TCAAATAGTTATGACTATTTGATCAATTACT-TATTTCAAATTGTTATGACCT-TT-TTTT-T-A
* * * * * ** * *
20842 TCAAATAATT-TTT-GTTCGTACAAGCTTA-CGTGGATTAAAATAATA-TAGATTTAATAATATT
308 TAAAACAATTATTTAATTCATAAAAGCTTATC--AAAATAAAATAATACTA-ATTTATTAATATT
* * ** * * * * **
20903 TCAAAAAGTAATAAGTAGGAGATTTGAAAAATAAATTTGTTATTGAACCAA-TTCTTAT-GCTTA
370 TCAAAAATTATTAA-TAAAAGATTTAAAAAATAAATTT-TTTTTCAAACAAGTTCAAATAG-TTA
* * ** * *
20966 AGACTACTAT-AACAATTATCTATTTCAAATCATTCTGACCTTTTGTTTAT-TCATAAAATAATT
432 AGACTACT-TGAAAAATTATATATTTCAAATTGTTATGACC-TTTGTTT-TGTCATAAAACAATT
* *
21029 GTTTAAGTTCATACAAGCTTA-TTCAGAAT-AAAT
494 GTTTCAGTTCA-ACAAGCTTATTTGA-AATAAAAT
* * * *
21062 --TAATACTAATTTATTAACA-TTCGAAAATTTAATAAGAAAGAGATTTTAAAAAATAAATCAAT
1 AATAATAATAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAAT----AAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTAT
* * * *
21124 TTATCGAATAAATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTGTCTATTT-AAATTCGTTATGACC
60 TTATCAAATAAGTTCAAATAGTTAAAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCGTTATGACC
*
21188 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGT-T-AGTACAAGCTTATATAGAATAAAATAATACT
124 -TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCA-TATCA-TACAAGCTTATATAAAATAAAATAATACT
*
21251 AATTTATTAATATTTCTAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA-AAATTTTTTTACAAAATTA
186 AATTTATTAATA-TTC-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACAAAA--A
* * * * *
21315 GTTGAAATAATTATGGACCATTTGAACAATTA-TCTATTTCAAAATCGTTTATGACCTTCATTTT
247 G-TCAAATAGTTAT-GACTATTTGATCAATTACT-TATTTC-AAATTG-TTATGACCTT--TTTT
* ** * * * *
21379 GTTATTAAACAATTATTTTTTATCATATAATCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTCATTAAT
305 -TTATAAAACAATTATTTAAT-TCATAAAAGCTTA-TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * **
21444 ATTTC-AAAA--ATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACCAGTTTGAATAGTT
367 ATTTCAAAAATTATTAATAAAAGATTTAAAAAATAAAT-TTTTTTTCAAACAAGTTCAAATAGTT
* * * ** * *
21506 ATGACTATTTGAAAAATTATCA-ATCTCAAATCATTATGATCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTT
431 AAGACTACTTGAAAAATTAT-ATATTTCAAATTGTTATGACCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
* * * * *
21570 TTTTAGATCATAAAAGCTTATTTG--GTTAAA-
495 TTTCAGTTCA-ACAAGCTTATTTGAAATAAAAT
* * * *
21600 AATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTATCA
1 AATAATAATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCA
** * *
21665 AACT-AGTTCAAATAGTTAAAACTATAAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTTTGACCTTT-TT
66 AA-TAAGTTCAAATAGTTAAAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTGTT
* * * * * * *
21728 TAGTCATAAAATATTTGTTTCATATCATACAAACTTATTTAAAATAAAATAATCCTAATATATTA
130 TTGTCATAAAACAATTGTTTCATATCATACAAGCTTATATAAAATAAAATAATACTAATTTATTA
* *
21793 ACATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAAATAAATTTGTTTAGCAAACAAGCTCAAAT
195 ATATTC--AAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATTTGTTTA-CAAA-AAG-TCAAAT
21858 AGTTATGACTATTTGATCAATTACTTATTT-AGAATTGTTATGACCTTGGTTTTTTCATAAAACA
254 AGTTATGACTATTTGATCAATTACTTATTTCA-AATTGTTATGACCTT--TTTTTT-ATAAAACA
*
21922 ATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAT
315 ATTATTT-AATTCATAAAAGCTTAT-CAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAT
* * *
21987 TATTAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATTTTTTTTTAAACAAATTCAAATAGTTACGACTA-TTG
378 TATTAA-TAAAAGATTTAAAAAATAAATTTTTTTTCAAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTACTTG
* * * * * * *
22050 AATAATTGTATATTTAAAATTGTTATGACCTATTATTTTGTCATTAAATAATTGCTTCAGTTC-A
442 AAAAATTATATATTTCAAATTGTTATGACCT-TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCAA
*
22114 CAAGTTTATTTGAAATAAAAT
506 CAAGCTTATTTGAAATAAAAT
* *
22135 AATAATAATAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTAAGCGATTT-AAAAGTGAATCTATT
1 AATAATAATAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAG--A--GATTTAAAAAATAAATCTATT
* * * * *** * * *
22198 TACCAAATCAGTTTAAATAATT-ATGGTCATTTCAACAATTATTTATTTCAAAT-GTTATGAACT
61 TATCAAATAAGTTCAAATAGTTAAAACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATG-ACC
* * *
22261 TTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTC--ATCATGCAAGCTTA-CTCAAATAAAATAATACTAAT
124 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCATATCATACAAGCTTATATAAAATAAAATAATACTAAT
* *
22322 TTATTAATATGTCAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATATGTTT------A-TCAAA
189 TTATTAATAT-TCAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACAAAAAGTCAAA
* * * * * * *
22380 CTAG-T-T-CCTATTTGAGT-AATTACCTATTTCAAA-TCTTAT-A--ATATTATTATAAAATAA
253 -TAGTTATGACTATTTGA-TCAATTACTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTTTTTATAAAACAA
* * * * * *
22437 TTATTTAGTTTATACAAGCTTAT-TAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAA
316 TTATTTAATTCATAAAAGCTTATCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAT
* * * * *
22501 TAACTAAAAGATTTAAAAAATAAA--TTCTTGCCAA-AAGTTCAAATAGTTAAGACTACATGAAC
381 TAA-TAAAAGATTTAAAAAATAAATTTTTTTTCAAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTACTTGAAA
* *
22563 AATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACA
445 AATTATATATTTCAAATTGTTATGACC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCA-ACA
22628 AGCTTATTTGAAATAAAAT
508 AGCTTATTTGAAATAAAAT
* * *
22647 GAT-A-AA-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAAATAAGTGCTTTAAAAA
1 AATAATAATAATTTATTAATATTTCAAAAATT-AATAAGAGATTTAAAAA
22694 GTGA
Statistics
Matches: 1730, Mismatches: 317, Indels: 277
0.74 0.14 0.12
Matches are distributed among these distances:
506 4 0.00
507 4 0.00
509 38 0.02
510 71 0.04
511 53 0.03
512 32 0.02
513 14 0.01
514 13 0.01
515 4 0.00
517 1 0.00
519 1 0.00
520 5 0.00
521 21 0.01
522 3 0.00
523 6 0.00
524 3 0.00
525 1 0.00
531 3 0.00
532 86 0.05
533 131 0.08
534 107 0.06
535 163 0.09
536 127 0.07
537 170 0.10
538 155 0.09
539 186 0.11
540 199 0.12
541 67 0.04
542 18 0.01
543 7 0.00
544 34 0.02
545 2 0.00
546 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (526 bp):
AATAATAATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCA
AATAAGTTCAAATAGTTAAAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTGTTT
TGTCATAAAACAATTGTTTCATATCATACAAGCTTATATAAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
TATTCAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACAAAAAGTCAAATAGTTATG
ACTATTTGATCAATTACTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTTTTTATAAAACAATTATTTAATT
CATAAAAGCTTATCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTATTAATAAAAGA
TTTAAAAAATAAATTTTTTTTCAAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTACTTGAAAAATTATATATT
TCAAATTGTTATGACCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCAACAAGCTTATTTGAAA
TAAAAT
Found at i:22267 original size:714 final size:698
Alignment explanation
Indices: 19967--22683 Score: 1946
Period size: 714 Copynumber: 3.8 Consensus size: 698
19957 CTTTTTAACC
* * * *
19967 CATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAGAATTAGTAAGAGATTT
1 CATAATCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTCATTAATATTTCAAA-AATTAATAAGAGATTT
* * * * * * ** * * * * *
20031 AAAAAATAAATTTGTTTATCGAACTAGTTCAAATGGTTTTGACTATTTGAATAATTATCTATTTC
65 AAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAGTTTAAATAATTATGACTATTTCAAAAATTATCAATCTC
** * * * * * * * **
20096 AAATTGTTAT-AACCTTTTGTTCTATCATAAAATAATTATTTCTGTTCATATAAGTTTATTTGGA
130 AAATCATTATGAA-C-TTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTC--ATCATAAAAGCTTA-CTCAA
* * *
20160 ATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTTAAAATTCATAACTAAGAGATTTAAAAAAATAAATC
189 ATAAAATAATACTAATTTAATAATATT-TCAAAAAT--TAA-TAAGAGATTT-AAAAAATAAATA
* * * * *
20225 TGCTTGTCAAACCAGTTCAAACAGTTAAGACTATATGAATAATTATCTATTTCAAATGTTATGAT
249 TGTTTATCAAACTAGTTC--ATAGTTAA-ACTATA-GAATAATTATCTATTTCAAATCTTATGA-
* * * * ** * *
20290 CTTTTATTTTGTCATAACAATTA-T-TTTAGCTCATACAAG-TTGATTTGGAATAAAACAAAACT
309 C-CTT-TTTTATCATAA-AATAATTGTTTAGTTCATACAAGCTT-ATTTAAAATAAAATAATACT
* * * * *
20352 AATTTGTTAATATTTCAAAATTTTATAA-CTAAGAGATTTAAAAAAT-AATTCGATTTA-CTGAA
370 AATTTATTAACA-TTCAAAAATTAATAAGC-AAGAGATTTAAAAAATAAATT--TTTTAGC--AA
** ** * * ** * * *
20414 CCAGTTCAAATAAATATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATAATTATTACTTTTTATTTT
429 AAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAATTGTTATGACCTTTTGTTTT
* *** * * * * *
20479 GTCATCAAACAATT-TTTTGTTTCATATAAG-TCTATTTGAAATAAAACAATGCTAATTTATTAA
493 GTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCT-TATATAAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * ** * * ** *
20542 TATTTAAAAAATTAATCAA-TAAGAGATTTAAAAAGTTAATCTCTTTACTAAACCATTTCAAATA
557 TATTTCAAAAATTAAT-AAGTAAAAGATTTAAAAA-AAAATTTTTTTAC-AAAATAATTCAAATA
* * * * * * * * ** *
20606 GTTTTAG-CTATTTGAATAATTATCTATTTC-AAATCATTGTA--ACATTTGTTTTGTCATCAAA
619 ATTATCGACCATTTGAACAATTATATATTTCAAAATCGTT-TATGACCTTCATTTTGTCATTAAA
* * ** ** *
20667 TAGTT-GGCTTTGTC-
683 CAATTATTCAGTATCA
* *** * * * * * * * *
20681 CATACTATTTTATTTTGAATAAAACAACACTAATTTAATAATATTAT-GAAACTTAATAACCAAG
1 CATA--ATCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTCATTAATATT-TCAAAAATTAATAA--GAG
** * * ** * * * * * **
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61 -ATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAGTTTAAATAATTATGACTATTTCAA-AAATTATC
* * * * ** * * *
20809 AATGTCAAATCATTATGACCTATTGTTTTGTCATCAAATAATTTTTGTTCGTACAAGCTTACGTG
124 AATCTCAAATCATTATGAACT-TTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTCATCATAAAAGCTTAC-TC
* * * *
20874 GATTAAAATAATA-TAGATTTAATAATATTTCAAAAAGTAATAAGTAGGAGATTTGAAAAATAAA
187 AAATAAAATAATACTA-ATTTAATAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAA
* ** * * * * * *
20938 TTTG-TTATTGAACCAATTCTTATGCTTAAGACTACTATAACAATTATCTATTTCAAATCATTCT
247 TATGTTTATCAAACTAGTTCATA-G-TTAA-ACTA-TAGAATAATTATCTATTTCAAATC-TTAT
* * *
21002 GACCTTTTGTTTATTCATAAAATAATTGTTTAAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAATTAATA
307 GACC-TTT-TTTA-TCATAAAATAATTGTTT-AGTTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATA
* * ** *
21067 CTAATTTATTAACATTCGAAAATTTAATAAGAAAGAGATTTTAAAAAATAAATCAATTTATCGAA
368 CTAATTTATTAACATTC-AAAAATTAATAAGCAAGAGA-TTTAAAAAATAAAT-TTTTTAGC-AA
* *
21132 TAAA-TTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTGTCTATTTAAATTCGTTATGACCTTTTGTTT
429 -AAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAATT-GTTATGACCTTTTGTTT
* *
21196 TGTCATAAAACAATTGTTTCAGTT-AGTACAAGCTTATATAGAATAAAATAATACTAATTTATTA
492 TGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCA-TACAAGCTTATATAAAATAAAATAATACTAATTTATTA
* * * *
21260 ATATTTCTAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAAAATTTTTTTACAAAATTAGTTGAAATAA
556 ATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAAAATTTTTTTACAAAA-TAATTCAAATAA
* * *
21325 TTATGGACCATTTGAACAATTATCTATTTCAAAATCGTTTATGACCTTCATTTTGTTATTAAACA
620 TTATCGACCATTTGAACAATTATATATTTCAAAATCGTTTATGACCTTCATTTTGTCATTAAACA
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21390 ATTATTTTTTATCA
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*
21404 TATAATCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTCATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTA
1 CATAATCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTCATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTA
* * * * *
21469 AAAAATAAATCTGTTTATCAAACCAGTTTGAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCAATCTCA
66 AAAAATAAATCTATTTACCAAACCAGTTTAAATAATTATGACTATTTCAAAAATTATCAATCTCA
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21534 AATCATTATGATCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTAGATCATAAAAGCTTATTTGGTTAA
131 AATCATTATGAACTTTGTTTTGTCATAAAACAA--TTTTT-CATCATAAAAGCTTACTCAAAT-A
*
21599 AAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTATC
192 AAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATC
*
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257 AAACTAGTTC--ATAGTT-AAACTAT-AGAATAATTATCTATTTCAAATC-TTATGACCTTTTTT
* * * *
21729 AGTCATAAAATATTTGTTTCA-TATCATACAAACTTATTTAAAATAAAATAATCCTAATATATTA
317 A-TCATAAAATAATTGTTT-AGT-TCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTA
*
21793 ACATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAAATAAATTTGTTTAGCAAACAAGCTCAAAT
379 ACATTC-AAAAATTAATAAGCAAGAGATTT-AAAAAATAAATTT-TTTAGCAAA-AAGTTCAAAT
* * *
21858 AGTTATGACTATTTGATCAATTA-CTTATTTAGAATTGTTATGACC-TTGGTTTTTTCATAAAAC
440 AGTTATGACTATTTGAACAATTATC-TATTTA-AATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC
* **
21921 AATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA
503 AATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATATAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA
* * ** * *
21986 TTATTAAGTAAAAGATTTAAAAATAAATTTTTTTTTAAACA-AATTCAAATAGTTA-CGACTA-T
568 TTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAAAATTTTTTTACAAA-ATAATTCAAATAATTATCGACCATT
* * * * * *
22048 TGAATAATTGTATATTT-AAAATTG-TTATGACCTATTATTTTGTCATTAAATAATTGCTTCAGT
632 TGAACAATTATATATTTCAAAATCGTTTATGACCT-TCATTTTGTCATTAAACAATT-ATTCAGT
22111 -TCA
695 ATCA
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22114 CA-AGT-TTATTTGAAATAAAATAATAATAATAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTAA
1 CATAATCTTATTCAAAATAAAATAAT-AT--TAATTCATTAATATTTC-AAAAATTAATAAG--A
* * * * *
22176 GCGATTT-AAAAGTGAATCTATTTACCAAATCAGTTTAAATAATTATG-GTCATTTCAACAATTA
60 --GATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAGTTTAAATAATTATGACT-ATTTCAAAAATTA
** * * **
22239 TTTATTTCAAAT-GTTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTCATCATGCAAGCTTACT
122 TCAATCTCAAATCATTATGAAC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTCATCATAAAAGCTTACT
* *
22303 CAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATGTC-AAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAA
186 CAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAAT-A--A-GAGATTTAAAAAATAAA
* * *
22367 TATGTTTATCAAACTAGTTCCTA--T----T-T-GAGTAATTACCTATTTCAAATCTTAT-A---
247 TATGTTTATCAAACTAGTTCATAGTTAAACTATAGAATAATTATCTATTTCAAATCTTATGACCT
* * * * * *
22420 ATATTATTATAAAATAATTATTTAGTTTATACAAGCTTA-TT-AAATAAAATAATACTAATTTAA
312 TTTTTATCATAAAATAATTGTTTAGTTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * *
22483 TAATATTTCAAAAATTAATAA-CTAAAAGATTTAAAAAATAAA-TTCTT-GCCAAAAGTTCAAAT
377 TAACA-TTCAAAAATTAATAAGC-AAGAGATTTAAAAAATAAATTTTTTAGCAAAAAGTTCAAAT
* **
22545 AGTTAAGACTACATGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA
440 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA
* * * **
22610 ATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATGATAAAAATTTATTAATATTTCAAAAAT
504 ATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATATAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAT
22675 TAAATAAGT
569 T-AATAAGT
22684 GCTTTAAAAA
Statistics
Matches: 1636, Mismatches: 281, Indels: 197
0.77 0.13 0.09
Matches are distributed among these distances:
687 46 0.03
688 82 0.05
689 8 0.00
690 2 0.00
691 11 0.01
692 43 0.03
693 5 0.00
694 12 0.01
695 15 0.01
696 4 0.00
699 1 0.00
700 3 0.00
701 20 0.01
703 1 0.00
704 1 0.00
708 17 0.01
709 23 0.01
710 57 0.03
711 59 0.04
712 11 0.01
713 59 0.04
714 242 0.15
715 177 0.11
716 125 0.08
717 128 0.08
718 179 0.11
719 186 0.11
720 51 0.03
721 60 0.04
722 5 0.00
723 3 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (698 bp):
CATAATCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTCATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTA
AAAAATAAATCTATTTACCAAACCAGTTTAAATAATTATGACTATTTCAAAAATTATCAATCTCA
AATCATTATGAACTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTCATCATAAAAGCTTACTCAAATAAAAT
AATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAAC
TAGTTCATAGTTAAACTATAGAATAATTATCTATTTCAAATCTTATGACCTTTTTTATCATAAAA
TAATTGTTTAGTTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAT
TAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATTTTTTAGCAAAAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA
ACAATTATCTATTTAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATAC
AAGCTTATATAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT
AAAAAAAAATTTTTTTACAAAATAATTCAAATAATTATCGACCATTTGAACAATTATATATTTCA
AAATCGTTTATGACCTTCATTTTGTCATTAAACAATTATTCAGTATCA
Done.