Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019168354.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_575, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
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Found at i:697 original size:167 final size:165
Alignment explanation
Indices: 93--1542 Score: 758
Period size: 164 Copynumber: 8.5 Consensus size: 165
83 TTTGAATAAT
* * * *
93 TATATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTGT-AAAAATTGTTTCAGTTCA-ATATGCTTATTCG
1 TATATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTGTCAAAAAATGTTTCA-TTCATACAAGCTTATTCG
* * *
156 AAATAAAATAATATTAATTTAATAAT-TTCAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATAATCT
65 -AATAAAATAATACTAATTT-ATAATATTTAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAT-T
*
220 GTTTGTCAACAAGTAGTTGAAA-A-TT-TGATATATGAACAATTA
126 GTTTG--AAC-A--AGTTCAAATAGTTATGATATATGAACAATTA
* * *
262 TCT-TTTCAAATCATTTTGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAATGATTTCATTCATATAAAGCTTAT
1 TATATTTCAAATCATTATGACCTTTTG-TTTGTCA-AAAAATG-TTTCATTCATA-CAAGCTTAT
* *
326 TTGAATAAAATAATACAAATTTATTAATA--TAAAAATTAATAAGTAAA-ATTTAAAAAATAATT
62 TCGAATAAAATAATACTAATTTA-TAATATTTAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAATT
* * *
388 GTTTACCGAACAAGTTCAAAT--TT-TAATACTTTCAACAATTA
126 GTTT---GAACAAGTTCAAATAGTTATGATA-TATGAACAATTA
* * * *
429 T-TA-TTCAAATCATTATTA-CTTTTGTTTGTCATAACAATGTTT-TTGATCATTCAAG-TTATT
1 TATATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTGTCA-AAAAATGTTTCAT--TCATACAAGCTTATT
* *
489 CAAAT-AAATAATACTAATTTATAATATTTCAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAA-AATAT
63 CGAATAAAATAATACTAATTTATAATATTTAAAAATTAATAAGT-AAAGATTTAAAAAATAAT-T
* *
552 GTTT-TACAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
126 GTTTGAACAAGTTCAAATAGTTATGA-TATATGAACAATTA
* * * *
591 TATATTTCAAATTATTAT-ACCTTTTGTTTAAT-AAAACAATTGTTTCTATTCACACAAGTTTAT
1 TATATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT-GTCAAAA-AA-TGTTTC-ATTCATACAAGCTTAT
*
654 TTGAATAAAATAATACTAATTTATAATATTCTAAAAA-TAATAAG---AGATTTAAAAAATAATT
62 TCGAATAAAATAATACTAATTTATAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAA-T
* * *
715 TGTTTGAAACATAGTTCAAATAGTTAAGTTATATGAACAATTC
125 TGTTTG-AACA-AGTTCAAATAGTTATGATATATGAACAATTA
* * * * *
758 TTTATTTCAAA--ATTATGACATTTTGTTT-TGCATAAAAATTTTTCAGTTCTTAGTAA-CTTAT
1 TATATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTGT-CA-AAAAATGTTTCA-TTCATA-CAAGCTTAT
*
819 TC-AATAAAATAA-AATAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAA-ATTT-AAAAATAA
62 TCGAATAAAATAATACT-AATTTA-TAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAA
* * *
880 TTATGTTTGCCAAACTAGTTCAAATAATTAT-ATTATTTGAACAATTA
124 -T-TGTTTG---AACAAGTTCAAATAGTTATGA-TATATGAACAATTA
* * **
927 T-TTTTTCAAATCGTTATGACATAAAACAAATGTTTTGTTCAT-TCATAAAACAAT-TTTTTTTC
1 TATATTTCAAATCATTATGAC------C-----TTTTGTT--TGTC--AAAA-AATGTTTCATTC
* * * * *
989 ATATAAGTTTGTTTGAAATAAAA-AGAT--TAATTTATTAATATTTTGAAAATT-A-AAGTAAAA
50 ATACAAGCTTATTCG-AATAAAATA-ATACTAATTTA-TAATA-TTTAAAAATTAATAAGT-AAA
* * * * *
1049 GATTTAAAAAATAAAATCTATTACTAAAC-AGTTCAATTAGTTATAACTATTTGAACAATTA
110 GATTTAAAAAAT--AAT-TGTT--TGAACAAGTTCAAATAGTTATGA-TATATGAACAATTA
* * * *
1110 TTTATTTCAAATCATTATGACCATTTT-TTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATGCATA-TAGTTT
1 TATATTTCAAATCATTATGACC-TTTTGTTTGTC--AAAA-AA-TGTTTC-ATTCATACAAGCTT
* * *
1173 ATTCGAATAAAATAATGCTAATTTATGAATATTCTAAAAGTTAATAAGT-AAGATTTAAAAAAAA
60 ATTCGAATAAAATAATACTAATTTAT-AATATT-TAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATA
* * * * * *
1237 ATCTATTTCCTG-ACCAGTGCATATAGTTATGATTGTTTGAACTAATTA
123 AT-T-GTT--TGAACAAGTTCAAATAGTTATGA-TATATGAAC-AATTA
* * * * ** *
1285 TCTATTTTAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCACAAAAATAATTGTTTCTATTTGTACAAGCA
1 TATATTTCAAATCATTATGACCTTTTG-TTTGT--C-AAAA-AA-TGTTTC-ATTCATACAAGCT
*
1350 TATTCGAA-ATAAATAAT-TTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA
59 TATTCGAATA-AAATAATACTAATTTA-TAATATTT-AAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAA
* * *
1413 TTAATCTATTT-ATGACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
120 ATAAT-TGTTTGA--ACAAGTTCAAATAGTTATGA-TATATGAACAATTA
* *** * * * * *
1462 TCTATTTCAAATTGCTATCACCTTTTTATTTGTCATAAAACAATTTTTTATTCATGCAAGCTTAT
1 TATATTTCAAATCATTATGACC-TTTTGTTTGTC--AAAA-AATGTTTCATTCATACAAGCTTA-
1527 TTC-AATAAAATTAATA
61 TTCGAATAAAA-TAATA
1543 AGTAAAATAT
Statistics
Matches: 1026, Mismatches: 130, Indels: 243
0.73 0.09 0.17
Matches are distributed among these distances:
159 7 0.01
160 9 0.01
161 17 0.02
162 37 0.04
163 33 0.03
164 83 0.08
165 51 0.05
166 60 0.06
167 78 0.08
168 63 0.06
169 51 0.05
170 13 0.01
171 28 0.03
172 37 0.04
173 28 0.03
174 64 0.06
175 72 0.07
176 13 0.01
177 77 0.08
178 52 0.05
179 16 0.02
180 4 0.00
181 14 0.01
182 45 0.04
183 38 0.04
184 33 0.03
185 2 0.00
186 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (165 bp):
TATATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTGTCAAAAAATGTTTCATTCATACAAGCTTATTCGA
ATAAAATAATACTAATTTATAATATTTAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAATTGTTTG
AACAAGTTCAAATAGTTATGATATATGAACAATTA
Found at i:1687 original size:150 final size:147
Alignment explanation
Indices: 1379--1677 Score: 385
Period size: 149 Copynumber: 2.0 Consensus size: 147
1369 AATTTATTAA
* * *
1379 TATTTC-A-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATTAATCTATTTATGACAAGTTCAAATAGT
1 TATTTCAATAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAATAAATCTATTTATAACAAGTTCAAATAGT
*
1442 TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGCTATCACCTTTTTATTTGTCATAAAACAATT
66 TATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATTGCTATCACCTTTTTATTTGTCATAAAACAATT
* *
1507 TTTTATTCATGCAAGCT
131 TTTTATTCATACAAACT
* *
1524 TATTTCAATAAAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAAATC-ATTTTACGTAATAAGTTCAAA
1 TATTTCAATAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATCTA-TTTA--TAACAAGTTCAAA
* * * *
1588 TAGTTATGACTATTTGAAAAATTAT-TATTTCAAATTGTTATGA-CTTTTTGTTTTTCAT-AAAC
62 TAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATTGCTATCACCTTTTTATTTGTCATAAAAC
*
1650 ATATGTTTTTCTTCATACAAACT
127 A-AT-TTTTTATTCATACAAACT
1673 TATTT
1 TATTT
1678 GGATTAAAAT
Statistics
Matches: 133, Mismatches: 13, Indels: 12
0.84 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
145 6 0.05
146 1 0.01
147 26 0.20
148 29 0.22
149 36 0.27
150 35 0.26
ACGTcount: A:0.39, C:0.10, G:0.07, T:0.43
Consensus pattern (147 bp):
TATTTCAATAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAATAAATCTATTTATAACAAGTTCAAATAGT
TATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATTGCTATCACCTTTTTATTTGTCATAAAACAATT
TTTTATTCATACAAACT
Found at i:3509 original size:181 final size:177
Alignment explanation
Indices: 2686--4935 Score: 1300
Period size: 182 Copynumber: 12.4 Consensus size: 177
2676 TGTCCACTTA
** * * * *
2686 AAACAATTATCTATTTCAAATTGTTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAACAGTTGTTTATGTTT
1 AAACAATTATCTATTTCAAA-TCATTATGATC-TTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTT-T-TGT
* * * * * * *
2750 CATCATAAGAATTATT-TAAAATAAATAATACTGGATTTTATTAATATTTGAAAAATTTATAAG-
62 CAT-ACAAG-CTTATTCGAATA-AAATAATACT--AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
* ** * * *
2813 AGA-ATTTAAAAACTAAATTTGTTTATCT-AACCAGCTCAACTATAGTTATGATTATTTT
122 AGAGATTTAAAAAATAAAGCTATTTA-CTGAACCAGTTCAA--ATAGTTATGACTA-TTT
* * ** * * *
2871 GAATCAATTATCTATCTCAAATTGTTATGA-CTGTTATTTTTGTCATAGAACAGATTGTTTTCTT
1 -AAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCT-TT-GTTTTGTCATAAAATA-ATTG-TTT-TT
* * *
2935 TTCATACAAGC--ATTCAGATTAAAA-AA-A-TAATTGATTAATAAATTTCCAAAAATTAAATAA
60 GTCATACAAGCTTATTC-GAATAAAATAATACTAATTTATTAAT--ATTT-CAAAAATT-AATAA
* * * *
2995 GTAAGAGATTTAAAAAATAAATAC-ATTTGCTGAACCAATTCAAATAGTTAGGACTA-TT
120 GT-AGAGATTTAAAAAATAAA-GCTATTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTT
* * * * ** *
3053 AGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTATTTCAGTTT
1 A-AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATC-TTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTG-TC
* * * * * * **
3118 ATATAAGTTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAA-CTTTCGAAAAGTTAGTAACCAAGA
63 ATACAAGCTTA-TTCGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAA-GTAGA
* * * * ** * *
3182 AATTTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAATAAGTTCAAATAGATAAGACTATTT
125 GA-TTTAAAAAATAAAGCTATTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTT
* * ** ** * * * **
3236 GAACAATTATCTATTTAAAATTGTTAAAACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCAGTTCA
1 AAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATC-TTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTG-TCA
* * * * *
3301 TAAAAACTTACT-GAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTATTAAGTAGA-AT
64 TACAAGCTTATTCG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGAGAT
* * *
3364 TTAAAAACCTAAAGCTATTT-TTTAACCAGTTTCAAATAGTTATGACTATTT
128 TTAAAAA-ATAAAGCTATTTACTGAACCAG-TTCAAATAGTTATGACTATTT
* * ** *
3415 AAACAAATATTCAATCTT-AAATCATTATGATAATTGTTTTGTCATAAAGTAATTGTTTTTTGAT
1 AAACAATTA-TCTAT-TTCAAATCATTATGATCTTTGTTTTGTCATAAAATAATTG-TTTTTG-T
* * * *
3479 CATATAAGCTGATTCGAATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAG
62 CATACAAGCTTATTCGAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGAG
* ** ** * *
3544 ATTTAAAAAATAAAATG-TGTTTACTGAATTAGTTTGAATAGTTAAGGCTA-TT
126 ATTTAAAAAAT-AAA-GCTATTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTT
* * * * * * * **
3596 AGAATAATTATCTATTTCAACTCGTTCTAACCTTT-TATTTAGTTATAAAATAATTGTTTCAGTT
1 A-AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTGT-TTT-GTCATAAAATAATTGTTTTTG-T
* * * * *
3660 CATACAAGCTTATTTGGAAGAAAATAATACTAATTTATTAACT-TTTGAAAAATTCATAAGCAAG
62 CATACAAGCTTA-TTCGAATAAAATAATACTAATTTATTAA-TATTTCAAAAATTAATAAG-TAG
* * * *
3724 AAATTTGAAAAAATAAATCTGTTTACCGAA-CAGGTTCAAATAGTTATGACTATTT
124 AGATTT-AAAAAATAAAGCTATTTACTGAACCA-GTTCAAATAGTTATGACTATTT
* * * * *
3779 GAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGATCTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTTTTCAT
1 AAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTT-TTGTCAT
* * * * * *
3844 ACAAGCATATGTGGATTAAAATAATATTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGAT
65 ACAAGCTTAT-TCGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-AGAGAT
* * ** * *
3909 TT-AGAATTAAA--TATGTTTGTCGAACCAGTTCAAATAGTTAGGACTA-TA
128 TTAAAAAATAAAGCTAT-TTACT-GAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTT
* * * * *
3957 AGAATAATTATCTATTTCAAATCATTTTGATCTTTCATTTAGTCATAAAATAATTATTTCAGTT-
1 A-AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTT-GTTTTGTCATAAAATAATTGTTT---TTG
* * * *
4021 TCATACAAGCTTATTTGGAATAAAAT-ATACTAACTTATTAA-CTTTCAAAAAAATTAATAAGCA
61 TCATACAAGCTTA-TTCGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC--AAAAATTAATAAGTA
* * * * * ** *
4084 AAAATTTTAAAAAATTAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAAATATAACTATTT
123 GAGA-TTTAAAAAA-TAAAGCTATTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTT
* ** * * **
4141 AAACAATTATCTATTTAAAATCGCTATGACTCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAGTTC
1 AAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-TC-TTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTG-TC
* * * * * *
4206 ATA-AAACTTATTCAAAATAAAATAATAGTACTTTATTAAATATTTCAAAAATTATTAAGCAAGA
63 ATACAAGCTTATTC-GAATAAAATAATACTAATTTATT-AATATTTCAAAAATTAATAAG-TAGA
* ** *
4270 GATTTAAAAACTAAAGCTATTTTTTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTT
125 GATTTAAAAAATAAAGCTATTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTT
* * * * * *
4323 AAATAAATATCAATCTCACATGATTATGATCTTTGTTTTGTCATAAAATAATTG-TTTTGATCAT
1 AAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTG-TCAT
* * * **
4387 ACAAGCTGATTCG-ATAAAATAATACTAATTTAATATTATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATT
65 ACAAGCTTATTCGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-AGAGATT
* ** ** **
4451 TAAAAAATAAATG-TGTTTACCAAATTAGTTCAAATAGTTAACACTA-TT
129 TAAAAAATAAA-GCTATTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTT
* * * * *
4499 AGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCATT-T
1 A-AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATC-TTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTT--TTGT
* * * * *
4563 CGA-ACAAGCTTATTTGAA-GAAATAATACTAATTTATTAACT-TTTGAAAAATTAATATGCAAG
62 C-ATACAAGCTTATTCGAATAAAATAATACTAATTTATTAA-TATTTCAAAAATTAATAAG-TAG
*
4625 AGATTTGAAAAAATAAATC-ATTTA-TCGAA-CAGGTTCAAATAGTTTATGACTATTT
124 AGATTT-AAAAAATAAAGCTATTTACT-GAACCA-GTTCAAATAG-TTATGACTATTT
* * * * * **
4680 GAACAATTATCTATTTAAAATCATTTATGAACTTTTGTTTTATCAATAAAACAATTGTTTCAGTT
1 AAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGATC-TTTGTTTTGTC-ATAAAATAATTGTTTTTG-T
* ** * * * * * * * *
4745 CATAAAAATTTA-TCCAAAATAAATAATATTACTTTATTAATATTTTAAAGATCAATAAGTAAAA
62 CATACAAGCTTATTCGAATA-AAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-AGA
* * * * *
4809 GATTTAAAAAATAAAAC-AGTTTA-TCGAATCACTTCAAATA-ATATAACTATTT
125 GATTTAAAAAATAAAGCTA-TTTACT-GAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTT
* * * * * * * **
4861 GAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATTACCTTTCTTTTGTCAT-AAACAATTGTTTTTCAACAT
1 AAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTT-GTCAT
4925 ACAAGCTTATT
65 ACAAGCTTATT
4936 TTAAATAAAA
Statistics
Matches: 1596, Mismatches: 352, Indels: 240
0.73 0.16 0.11
Matches are distributed among these distances:
176 3 0.00
177 104 0.07
178 61 0.04
179 213 0.13
180 161 0.10
181 335 0.21
182 389 0.24
183 173 0.11
184 51 0.03
185 42 0.03
186 51 0.03
187 9 0.01
188 4 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (177 bp):
AAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGTCATA
CAAGCTTATTCGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGAGATTTA
AAAAATAAAGCTATTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTT
Found at i:3867 original size:362 final size:359
Alignment explanation
Indices: 2772--7574 Score: 1515
Period size: 362 Copynumber: 13.2 Consensus size: 359
2762 TATTTAAAAT
* * * * *
2772 AAATAATACTGGATTTTATTAATATTTGAAAAATTTATAAG--AGA-ATTTAAAAACT-AAATTT
1 AAATAATACT--AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAAATGT
* * * * * * *
2833 GTTTATCT-AACCAGCTCAACTATAGTTATGATTATTTTGAATCAATTATCTATCTCAAATTGTT
64 GTTTA-CTGAACTAGTTCAA--ATAGTTAAGACTA-TTAGAAT-AATTATCTATTTCAAATCGTT
* * * * * ** * *
2897 ATGA-CTGTTATTTTTGTCATAGAACAGATTGTTTTCTTTTCATACAAGC--ATTCAGATTAAAA
124 ATAACCTTTTA-TTTAGTCATAAAATA-ATTG-TTTCAGTTCATACAAGCTTATT-GGAATAAAA
* * * * * ** * * *
2959 AAATAATTGATTAATAAATTTCCAAAAATTAAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATAC-ATTT
185 TAAT-ACTAATTTATTAATTTTGAAAAATT-AATAAGCAAGAAATTTAAAAAATAAAT-CTGTTT
* * * * * * *
3023 GCTGAACCA-ATTCAAATAGTTAGGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTT
247 ACCGAACCAGGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTT
* * *
3087 TTGTTTAGTCATAAAATAATTATTTCAGTTT-ATATAAGTTTATTTGGAATA
312 TT-TTT-GTCATAAAATAATTGTTTCA-TTTCATACAAGCTTA-TTGGAATA
* * * * * *
3138 AAATAATACTAATTTATTAA-CTTTCGAAAAGTTAGTAACCAAGAAATTTTAAAAAAT-AAATCT
1 AAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGCAAGAGA-TTTAAAAAATAAAATGT
* * * * * * *
3201 GTTTACT-AAATAAGTTCAAATAGATAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTAAAA
64 GTTTACTGAACT-AGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAA
* * * * * * * *
3265 CCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAACTTACTGAAATAAAATAATACTA
128 CCTTTTATTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTGGAATAAAATAATACTA
* * * * * * * ***
3330 CTTTATTAATATTTCAAAAATTATTAAG-TAG-AATTTAAAAACCTAAAGCTATTT-TTTAACCA
193 ATTTATTAAT-TTTGAAAAATTAATAAGCAAGAAATTTAAAAA-ATAAATCTGTTTACCGAACCA
* * * * * *
3392 GTTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAAATATTCAATCTT-AAATCATTATGATAATTGTTTTG
256 GGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA-TCTAT-TTCAAATCATTATGAT-CTTTTTTTG
* * * * *
3456 TCATAAAGTAATTGTTT-TTTGATCATATAAGCTGATTCGAATAA
318 TCATAAAATAATTGTTTCATT--TCATACAAGCTTATTGGAAT-A
* *
3500 AAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAAATGTGT
1 AAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAAATGTGT
* ** * * *
3564 TTACTGAATTAGTTTGAATAGTTAAGGCTATTAGAATAATTATCTATTTCAACTCGTTCTAACCT
66 TTACTGAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCT
* *
3629 TTTATTTAGTTATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGGAAGAAAATAATACTAAT
131 TTTATTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTA-TTGGAATAAAATAATACTAAT
*
3694 TTATTAACTTTTGAAAAATTCATAAGCAAGAAATTTGAAAAAATAAATCTGTTTACCGAA-CAGG
195 TTATTAA-TTTTGAAAAATTAATAAGCAAGAAATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACCGAACCAGG
*
3758 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGATCTTTATTTTGTCAT
258 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTT-TTTTGTCAT
* * * *
3823 AAAACAATTGTTTCTTTTCATACAAGCATATGTGGATTA
322 AAAATAATTGTTTCATTTCATACAAGCTTAT-TGGAATA
* * * * * *
3862 AAATAATATTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AGAATTAAATATGT-
1 AAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAA-ATGTG
* * * * * * *
3925 TTGT-C-GAACCAGTTCAAATAGTTAGGACTATAAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTTTGAT
65 TT-TACTGAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAAC
* *
3988 CTTTCATTTAGTCATAAAATAATTATTTCAGTTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAAT-ATACT
129 CTTTTATTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAG-TTCATACAAGCTTA-TTGGAATAAAATAATACT
* ** *
4052 AACTTATTAACTTTCAAAAAAATTAATAAGCAA-AAATTTTAAAAAATTAAATCTGTTTACTGAA
192 AATTTATTAA-TTT-TGAAAAATTAATAAGCAAGAAA-TTTAAAAAA-TAAATCTGTTTACCGAA
* ** * * * **
4116 -CAAGTTCAAATAAATATAACTATTTAAACAATTATCTATTTAAAATCGCTATGACTCTTTTGTT
253 CCAGGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-TC-TTT-TT
* * * * **
4180 TTATCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATA-AAACTTATTCAAAATA
315 TTGTCATAAAATAATTGTTTCATTTCATACAAGCTTATT-GGAATA
* * * *
4225 AAATAATAGTACTTTATTAAATATTTCAAAAATTATTAAGCAAGAGATTTAAAAACT-AAA-GCT
1 AAATAATACTAATTTATT-AATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAAATG-T
* ** * * * * * *
4288 ATTTTTTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTA-AATAAATATCAATCTCACAT-GATTATG
64 GTTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTA-TTAGAATAATTATCTATTTCAAATCG-TTATA
* * * * *
4351 ATCTTTGT-TTT-GTCATAAAATAATTGTTT-TGATCATACAAGCTGATTCG-ATAAAATAATAC
127 ACCTTT-TATTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTGGAATAAAATAATAC
* * * * * *
4412 TAATTTAATATTATTTTG-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTACCAAAT
191 TAATTT-AT-TAATTTTGAAAAATTAATAAGCAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAAC
* ** * * * * *
4476 TA-GTTCAAATAGTTAACACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTTTGTTTA
254 CAGGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTT-TTT-
* *
4540 GTCATAAAATAATTGTTTCATTTCGA-ACAAGCTTATTTGAA-G
317 GTCATAAAATAATTGTTTCATTTC-ATACAAGCTTATTGGAATA
* * *
4582 AAATAATACTAATTTATTAACT-TTTGAAAAATTAATATGCAAGAGATTTGAAAAAAT-AAAT-C
1 AAATAATACTAATTTATTAA-TATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTT-AAAAAATAAAATGT
* * * * * *
4644 ATTTA-TCGAAC-AGGTTCAAATAGTTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTTA
64 GTTTACT-GAACTA-GTTCAAATAG-TTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATC-GTTA
* * * ** ** *
4707 TGAA-CTTTTGTTTTA-TCAATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAATTTA-TCCAAAATAAAT
125 T-AACCTTTT-ATTTAGTC-ATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTGGAATA-AAAT
* * * * * * * * *
4769 AATATTACTTTATTAATATTTTAAAGATCAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAAACAGTTTAT
186 AATACTAATTTATTAAT-TTTGAAAAATTAATAAGCAAGAA-ATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC
* * * * * * * *
4833 CGAATCA-CTTCAAATA-ATATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATTACCTTTC
249 CGAACCAGGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTT-
* * **
4896 TTTTGTCAT-AAACAATTGTTT--TTCAACATACAAGCTTATTTTAAATA
313 TTTTGTCATAAAATAATTGTTTCATT--TCATACAAGCTTA-TTGGAATA
* * ** * * **
4943 AAATCAT--T-ATTTCCTTTCGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTGAACATA-CAAGCTTATTTT
1 AAATAATACTAATTT--ATTAATATT-TC---AAA-AA-----TT-AATA-AGCAAG-AGA-TTT
* ** * * * * *
5004 ATATAAAATAATACT-AATTTA-TTAA-TATTTCAAGAATTAGTATGAGA-T-TCA-AA-AATAA
50 A-A-AAAATAA-AATGTGTTTACTGAACTAGTTC-A-AA-TAGT-TAAGACTATTAGAATAAT-T
* * ** * * * *
5062 ATCTGTTTACTAAACCAGTTCA-AATAGTTATGACTATTT-G--A-ACAATTATCTATTTCAAAT
107 ATCTATTT-C-AAATC-GTT-ATAA-CCTT-T---TATTTAGTCATAAAATAAT-TGTTTC-AGT
** * * * * **
5122 TGTTTATAATCTT-TTGTTCTGTCATAAAATAATTATTTCTTTCATATAAGTTTATTCGAAATAA
161 T-CATACAAGCTTATTG----G-AATAAAATAA-TACTAATTT-AT-TAA--TT-TT-G-AA-AA
* ** * * *** ** *
5186 AGTAATACAAAATTAAAAATATTCTAAAAATCATAA-CTAAGAGATTTAAAAAATAAATTAGTTT
211 ATTAATA-AGCA--AGAAAT-TT-AAAAAAT-A-AATCT----G-TTT----ACCGAACCAGGTT
** ** * ** * *** ** * * * *
5250 GCCGAAGCAGTTAAAACAATTAAAACTATATGAAGAATTATCTATTTTAAATTGTTATTACCTTT
260 --C-AAATAGTTATGACTATTTGAAC-A-ATTATCTATT-TC-A-AAT-CATTATGA-T-CTTTT
* * * * * ** * * *
5315 TGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTTAGCTCATCCAAGTTTATTCGTAATA
314 TTTG---TCATAAAATAATTGTTTCATTTCATACAAGCTTATT-GGAATA
* * * ** *
5365 AAATAAAACTAATTTTTTAATATTTCAAAATTTTAA-AAGTTAGAGATTTAAAAAA-AAAAT-TA
1 AAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAA-ATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAAATGTG
* * * * * *
5427 TTTACTGAACCAGTTCAAATAATTATA-ACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTATAAC
65 TTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTA-AGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAAC
* *** *
5491 CTTTT-TTT-GTCATAAAATAATTATTTTTTTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTA
129 CTTTTATTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTA-TTGGAATAAAATAATACTA
* * * * * * * ** *
5554 ATCTAATAAGATTCTG-ACAATTAATAA-CTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTTTTTGGCAAACC
193 AT-TTATTA-ATTTTGAAAAATTAATAAGC-AAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACC
* * * * * ** **
5617 A-CTTCAAATAGTTAAGGA-TGTATGAACAATTATCTATTGCAAATTGTTATGGCCTTTTAGTTT
255 AGGTTCAAATAGTT-ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTT--TTT
* * * * * *
5680 GGTCGTAAAACAAGTT-TTT-AGTGCTTACTAA-CCTAGTTTGGGAATA
317 -GTCATAAAATAA-TTGTTTCATTTCATAC-AAGCTTA--TT-GGAATA
* * * * * * * *
5726 AACA-ACA-ACAAGATTTACTAAATGTTTCAAAAATTATTACGTAGAGAGATTTAAAATAT-AAT
1 AA-ATA-ATACTA-ATTTA-TTAATATTTCAAAAATTAATAAGCA-AGAGATTTAAAAAATAAAA
* ** * * * * * * *
5788 TATGTTTGTTGAACCAGTTC-AATAATTATGATTAATTTCG-ACAATTATCATATTTCAAATCAT
61 TGTGTTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTAAGACT-A-TTAGAATAATTATC-TATTTCAAATCGT
* * * * * * * * * **
5851 TATTACCTTTTGTTTTTGTCATAAAACAAATGTTT-TGTTCATGATAAGTTTGTCTGGAA-CGAA
123 TATAACCTTTT-ATTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCAT-ACAAGCTTAT-TGGAATAAAA
* * * *
5914 TAATATTAATTTATGAATATTTTGAAAAATTAATAAG--AG--ATCTAAAAAAATAAATTTGGTT
185 TAATACTAATTTAT-TA-ATTTTGAAAAATTAATAAGCAAGAAAT-TTAAAAAATAAATCT-GTT
* * * *
5975 TATCAAACCA-GTTCAATTAGGTTAT-ACCTATTTGCAAC-ATTATTTA-TTCGAAATCAATTAT
246 TACCGAACCAGGTTCAAATA-GTTATGA-CTATTTG-AACAATTATCTATTTC-AAATC-ATTAT
* * * *
6036 GACCATTTGTTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTTATTCCATA-TAGTCCTTATTCGAAT-
306 GATC--TT-TTTTTGTCATAAAATAATTGTTTC--ATTTCATACAAG--CTTATTGGAATA
* * * ** **
6095 AAATAATGCT-ATTTATTAATATTT-TAAAATTAATAAGTAA-AGGATTTAGGAAAT-GTAT-T-
1 AAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGA-GATTTAAAAAATAAAATGTG
* * * * * * * * * * *
6154 TTTGGGCTGAAC-AATGCAAATAATTATGCCTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
65 TTT--ACTGAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAA
* * * * * * *
6218 CCTTTGT-TTTTGTCACAAAACAATTGTTTCTA-TTCGTACAAGCTTATTCAGAATAATATAATT
128 CCTTT-TATTTAGTCATAAAATAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATT-GGAATAAAATAATA
* ** * * * * * *
6281 CTAATTTATTAATATTCCAAAATTAAATGAGTAAGAGATTT-AAAAATGAATCTATTTATCGAA-
190 CTAATTTATTAATTTTGAAAAATT-AATAAGCAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAAC
* * *
6344 CAAGTTCAAATAGTTTAT-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATCATGACCTTTTGTTT
254 CAGGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATC-TTT-TTT
* * * *
6408 TGTTATAAAACAATT-TGTTCCTATTCATTACAAGCTTATTCTGAATA
316 TGTCATAAAATAATTGT-TTCAT-TTCA-TACAAGCTTATT-GGAATA
* * * * * * * * * *
6455 AAATAATA-TAAACTGACTAATAATCCAACAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAAT-AAATCTA
1 AAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAAATGTG
* ** * *
6517 TTTTCTGAAC-ACGTTCAAATAGTTCTGACTATT-GAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-
65 TTTACTGAACTA-GTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAAC
** ** * ** *
6579 CTTTTAGTTT-GTCATAAACCAA-TGTTTTTGTTCATAAAAGCTTACTCAGAATAAAATAATATT
129 CTTTTA-TTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTA-TTGGAATAAAATAATACT
* ** * * ***
6642 AATTTATTAAATTTCCAAAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAGTGA
192 AATTTATTAATTTTGAAAAATTAATAAGCAAGAA-ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACCA
* * * * **
6706 -GTCCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGAATCTTTTGTTTTG
256 GGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG-ATC-TTT-TTTTG
* * * *
6770 TCATAAAACAATTATTTC-TATTCATACAAGTTTATTTGAA-A
318 TCATAAAATAATTGTTTCAT-TTCATACAAGCTTATTGGAATA
* * * * * *
6811 TAAATAATA-TAATTTATTAATA-TTCAAAAAATTAGT-TG-GA-AG-TTTTAAAAATAAATTCT
1 -AAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAAATGT
** * * * * * * * * * * *
6870 GTTTACCCAACAAGTT-AAATAATCATGTCCATTTGAACT-ATTA-CAATTTTAAATCATTATGA
64 GTTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAA-TAATTATCTATTTCAAATCGTTATAA
* ** * * ** *
6932 CATTTGT-TTTTCTCGTAAAACAATT-TTTCTA-TTCATACAAAATTATT-TAGATAAAATAATA
128 CCTTT-TATTTAGTCATAAAATAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTGGA-ATAAAATAATA
* * * ** * *
6993 CTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGC-------TTAAAAATTAAATCTATTTATTGGAT
190 CTAATTTATTAAT-TTTGAAAAATTAATAAGCAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAAC
* * * *** * * *
7051 C-GGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATTGGTATGAGCTTGTTTTAT
254 CAGGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTTTTTGT
* * * * *
7115 C-TGAAA-CATTGTTTC-TATCATACAAACTTATTTGGAGT-
319 CATAAAATAATTGTTTCATTTCATACAAGCTTA-TTGGAATA
* * ** * * *
7153 AAATATTGCTAAACTAATAATATTCTAAAAAATTAAATAAGTAAGAAGATTT-AAAAAT-AAATG
1 AAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATT-AATAAGCAAG-AGATTTAAAAAATAAAATG
* * ** * *
7216 T-TTGAC-GAACTAGTTTAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATTATTCTGA
63 TGTTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAA
* * * * * *
7279 CTTTTTGTTTAGTTATAAAATAATTATTTCAGTTCATACATGCTTATTGAAATAAAATAATACTA
128 CCTTTTATTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTGGAATAAAATAATACTA
* * * * * * * *
7344 TTTTATTAACATCTAAAAAATTAATTAAGCAAGGAATTTAAAAAA-AAATCTG-CTGCCGAAACA
193 ATTTATTAA-TTTTGAAAAATTAA-TAAGCAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCG-AACC
* ** **
7407 AGTTTACAAATAGTTACTGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAATTGTTATGGCCTTTTGCTT
255 AGGTT-CAAATAGTTA-TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTT--TT
* * * * ***
7471 TATCATAAAACAATTG-TTCAGTTCATAAAAGCTTAATCCAAAATA
316 TGTCATAAAATAATTGTTTCATTTCATACAAGCTT-AT-TGGAATA
* * * * * ***
7516 AAAT-ATAATACTTTAATTAATATTTCAAAATTTTAGAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAA
1 AAATAATACTAATTT-ATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAA
7575 TTAGTTTATC
Statistics
Matches: 3353, Mismatches: 737, Indels: 698
0.70 0.15 0.15
Matches are distributed among these distances:
341 17 0.01
342 22 0.01
343 12 0.00
344 9 0.00
345 11 0.00
346 27 0.01
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349 9 0.00
352 1 0.00
353 63 0.02
354 68 0.02
355 15 0.00
356 75 0.02
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358 98 0.03
359 249 0.07
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362 506 0.15
363 180 0.05
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371 13 0.00
372 13 0.00
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385 2 0.00
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388 4 0.00
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391 7 0.00
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394 10 0.00
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401 7 0.00
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411 12 0.00
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ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (359 bp):
AAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAAATGTGT
TTACTGAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCT
TTTATTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTGGAATAAAATAATACTAATT
TATTAATTTTGAAAAATTAATAAGCAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACCAGGTTC
AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTTTTTGTCATAAAA
TAATTGTTTCATTTCATACAAGCTTATTGGAATA
Found at i:3943 original size:543 final size:533
Alignment explanation
Indices: 2969--4916 Score: 1549
Period size: 543 Copynumber: 3.6 Consensus size: 533
2959 AAATAATTGA
** *
2969 TTAATAAATTTCCAAAAATTAAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATACATTTGCTGAACCAA-
1 TTAATAAATTT-CAAAAATT-AATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAA-CAAG
* *
3033 TTCAAATAGTT-AGGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAA-CTTTTGTTTAGT
62 TTCAAATAGTTAAGG-CTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTAT-AACCTTTTATTTAGT
* * *
3096 CATAAAATAATTATTTCAGTTTATATAAGTTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAACTT
125 CATAAAATAATTGTTTCAGTTCATA-AAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAACTT
* * * * * *
3161 TCGAAAAGTTAGTAACCAAGAAATTTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAATAAGTTCAAATAGAT
189 TTGAAAAATTAGTAAGCAAGAAA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAA-CAGTTCAAATAGTT
* * * ** ** * *
3226 AAGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTAAAACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTG
252 ATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGATC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
* * * * * * * *
3291 TTTCAGTTCATAAAAACTTACTGAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTATTA
316 TTTCTGTTCATACAAGC-TATTG-GATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATA
* * *
3356 AGT-AGA-ATTTAAAAACCTAAAGCTATTTTTTAACCAGTTTCAAATAGTTATGACTATTTA-AA
379 AGTAAGAGATTT-AAAACCTAAA-CTATTTTTGAACCAGTTTCAAATAGTTAGGACTA-TAAGAA
* * * * *
3418 CAAATATTCAATCTT-AAATCATTATGATAATT-GTTTTGTCATAAAGTAATTGTTT-TTTGATC
441 CAAATA-TCAAT-TTCAAATCATTATGATAATTCATTTAGTCATAAAATAATTATTTAGTT--TC
* *
3480 ATATAAGCTGA-TTCGAATAAAAATAATACTAAT
502 ATACAAGCTGATTTCGAAT-AAAAT-ATACTAAC
* **
3513 TTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAAATGTGTTTACTGAATTAGTT
1 TTAATAA-ATTTCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAAT-AAATATGTTTACTGAACAAGTT
** * * *
3578 TGAATAGTTAAGGCTATTAGAATAATTATCTATTTCAACTCGTTCTAACCTTTTATTTAGTTATA
64 CAAATAGTTAAGGCTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTATTTAGTCATA
*
3643 AAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGGAAGAAAATAATACTAATTTATTAACTTTTGA
129 AAATAATTGTTTCAGTTCATA-AAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAACTTTTGA
*
3708 AAAATTCA-TAAGCAAGAAATTTGAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAGGTTCAAATAGTTATG
193 AAAATT-AGTAAGCAAGAAATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACTGAACA-GTTCAAATAGTTATG
*
3772 ACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGATCTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
255 ACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGATCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * *
3837 TTTTCATACAAGCATATGTGGATTAAAATAATATTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGT
320 TGTTCATACAAGC-TAT-TGGA-TAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGT
* * *
3902 AAGAGATTTAGAA-TTAAA-TATGTTTGTCGAACCAG-TTCAAATAGTTAGGACTATAAGAATAA
382 AAGAGATTTAAAACCTAAACTAT-TTT-T-GAACCAGTTTCAAATAGTTAGGACTATAAGAACAA
* * * **
3964 TTATCTATTTCAAATCATTTTGATCTTTCATTTAGTCATAAAATAATTATTTCAGTTTCATACAA
444 ATATCAATTTCAAATCATTATGATAATTCATTTAGTCATAAAATAATTATTT-AGTTTCATACAA
* *
4029 GCTTATTTGGAATAAAATATACTAAC
508 GCTGATTTCGAATAAAATATACTAAC
* * * * *
4055 TTATTAACTTTCAAAAAAATTAATAAGCAAAAATTTTAAAAAATTAAATCTGTTTACTGAACAAG
1 TTAATAAATTTC--AAAAATTAATAAGTAAAGA-TTTAAAAAA-TAAATATGTTTACTGAACAAG
* * * * * *
4120 TTCAAATAAATATAA--CTATTTA-AACAATTATCTATTTAAAATCGCTATGACTCTTTTGTTTT
62 TTCAAAT-AGT-TAAGGCTA-TTAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAAC-CTTTT-ATTT
* * *** * * *
4182 A-TCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAACTTATTCAAAATAAAATAATAGTACTTTATTAAA
122 AGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATAAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAAC
* * * * * * **
4246 TATTTCAAAAATTATTAAGCAAGAGATTTAAAAACTAAAGCTATTTTTTGAACTAGTTCAAATAG
187 T-TTTGAAAAATTAGTAAGCAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAAC-AGTTCAAATAG
* * * * * * *
4311 TTATGACTATTTAAATAAATATCAATCTCACATGATTATGATCTTTGTTTTGTCATAAAATAATT
250 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGATCTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
* * * **
4376 GTTT-TGATCATACAAGCTGATTCGATAAAATAATACTAATTTAATATTATTTTGAAAATTAATA
315 GTTTCTGTTCATACAAGCT-ATTGGATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATA
** * * * ** *
4440 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAA-TGTGTTT--ACCAAATTAGTTCAAATAGTTAACACTATTAGA
379 AGTAAGAGATTTAAAACCTAAACTATTTTTGAACC--AGT--TTCAAATAGTTAGGACTATAAGA
* * * * * *** ** *
4502 ATAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCA-TTTCGA
440 ACAAATATCAATTTCAAATCATTATGATAATTCATTTAGTCATAAAATAATTATTT-AGTTTC-A
* * *
4566 -ACAAGCTTATTT-GAA-GAAATAATACTAAT
503 TACAAGCTGATTTCGAATAAAAT-ATACTAAC
* * * * * *
4595 TTATTAACTTTTGAAAAATTAATATGCAAGAGATTTGAAAAAATAAATCA--TTTA-TCGAACAG
1 TTAATAA-ATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AGATTT-AAAAAATAAAT-ATGTTTACT-GAACAA
* * * * * * *
4657 GTTCAAATAGTTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTTATGAA-CTTTTGTTTT
61 GTTCAAATAG-TTAAGGCTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATC-GTTAT-AACCTTTT-ATTT
* ** * ** * * *
4721 A-TCAATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAATT-TATCCAAAATAAATAATATTACTTTATTA
122 AGTC-ATAAAATAATTGTTTCAGTTCATAAAGCTTATTTGGAATA-AAATAATACTAATTTATTA
* * * * * * * *
4784 A-TATTTTAAAGATCAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAAACAGTTTA-TCGAATCACTTCAA
185 ACT-TTTGAAAAATTAGTAAGCAAGAA-ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-GAA-CAGTTCAA
* * * * * * * *
4846 ATA-ATATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATTACCTTTCTTTTGTCAT-AAAC
246 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGATCTTTGTTTTGTCATAAAAC
4909 AATTGTTT
311 AATTGTTT
4917 TTCAACATAC
Statistics
Matches: 1168, Mismatches: 178, Indels: 123
0.80 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
537 18 0.02
538 66 0.06
539 115 0.10
540 78 0.07
541 80 0.07
542 176 0.15
543 345 0.30
544 214 0.18
545 69 0.06
546 7 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.09, T:0.39
Consensus pattern (533 bp):
TTAATAAATTTCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCA
AATAGTTAAGGCTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTATTTAGTCATAAA
ATAATTGTTTCAGTTCATAAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAACTTTTGAAAA
ATTAGTAAGCAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAGTTCAAATAGTTATGACTATT
TGAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGATCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCA
TACAAGCTATTGGATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
AAAACCTAAACTATTTTTGAACCAGTTTCAAATAGTTAGGACTATAAGAACAAATATCAATTTCA
AATCATTATGATAATTCATTTAGTCATAAAATAATTATTTAGTTTCATACAAGCTGATTTCGAAT
AAAATATACTAAC
Found at i:4990 original size:66 final size:65
Alignment explanation
Indices: 4878--5012 Score: 209
Period size: 66 Copynumber: 2.1 Consensus size: 65
4868 TATCTATTTC
*
4878 AAATCGTTATTACCTTTCTTTTGTCATAAACAATTGTTTTTCAACATACAAGCTTATTTTAAATA
1 AAATCATTATTACCTTTCTTTTGTCATAAACAATTGTTTTTCAACATACAAGCTTATTTTAAATA
* * *
4943 AAATCATTATTTCCTTTCGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTGAACATACAAGCTTATTTTATA
1 AAATCATTATTACCTTTC-TTTTGTCAT-AAACAATTGTTTTTCAACATACAAGCTTATTTTAAA
5007 TA
64 TA
5009 AAAT
1 AAAT
5013 AATACTAATT
Statistics
Matches: 64, Mismatches: 4, Indels: 3
0.90 0.06 0.04
Matches are distributed among these distances:
65 16 0.25
66 39 0.61
67 9 0.14
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.07, T:0.44
Consensus pattern (65 bp):
AAATCATTATTACCTTTCTTTTGTCATAAACAATTGTTTTTCAACATACAAGCTTATTTTAAATA
Found at i:5536 original size:600 final size:601
Alignment explanation
Indices: 4353--5546 Score: 1309
Period size: 600 Copynumber: 2.0 Consensus size: 601
4343 TGATTATGAT
* * *
4353 CTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTGATCATACAAGCTGATTCGATAAAATAATACTAATTT
1 CTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTGAACATACAAGCTGATTAGATAAAATAATACTAATTT
* * * **
4418 AATATTATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTACCAAATTAGTTCA
66 AATAATATTTTCAAAATT-ATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAGTTCA
* *
4483 AATAGTTAACACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAA
130 AATAGTTAACACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTAGTCATAAA
* * * * * *
4548 ATAATTGTTTCATTTCGAACAAGCTTATTTGAAGAAATAATACTAATTTATTAACTTTTGAAAAA
195 ATAATTATTTCATTTCGAACAAGCTTATTCGAAGAAATAATACAAAATTATAAAATTTTGAAAAA
* * * * * **
4613 TTAATATGCAAGAGATTTGAAAAAATAAATCATTTATCGAACAGGTTCAAATAGTTTATGACTAT
260 TTAATATACAAGAGATTTGAAAAAATAAATCATTTACCGAACAGGTTAAAACAGATTAAAACTAT
* * *
4678 TTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTTATGAACTTTTGTTTTATCAATAAAACAATTGTTTCAG
325 ATGAACAATTATCTATTTAAAAT-ATTTATGAACTTTTGTTTTATCAATAAAAAAATTATTTCAG
* * * * *
4743 TTCATAAAAATTTATCCAAAATAAATAATATTACTTTATTAATATTTTAAAGATCAATAAGTAAA
389 CTCATAAAAATTTATCCAAAATAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAGATCAATAAGTAAA
* * *
4808 AGATTTAAAAAATAAAACAGTTTATCGAATCACTTCAAATAATATAACTATTTGAATAATTATCT
454 AGATTTAAAAAATAAAACAGTTTATCGAACCACTTCAAATAATATAACTATTTGAACAATTATAT
* * * *
4873 ATTTCAAATCGTTATTACCTTTCTTTTGTCATAAACAATTGTTTTTCAACATACAAGCTTATTTT
519 ATTTCAAATCATTATAACCTTTCTTTTGTCATAAACAATTATTTTTCAACATACAAGCTTATTTG
4938 AAATAAAATCATTATTTC
584 AAATAAAATCATTATTTC
* *
4956 CTTTCGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTGAACATACAAGCTTATTTTATATAAAATAATACTAA
1 CTTT-GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTGAACATACAAGCTGA--TTAGATAAAATAATACTAA
* * * *
5021 TTTATTAATA-TTTCAAGAA-T-T-AGTATGAGA-TTCAAAAATAAATCTGTTTACTAAACCAGT
63 TTTAATAATATTTTCAA-AATTATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAGT
** * ** *
5081 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTTATAATCTTTTGTTCT-GTC
127 TCAAATAGTTAACACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAA-TCATTATAACCTTTTGTT-TAGTC
* * *
5145 ATAAAATAATTATTTC-TTTC-ATATAAGTTTATTCGAAATAAAGTAATACAAAATTA-AAAATA
190 ATAAAATAATTATTTCATTTCGA-ACAAGCTTATTCG-AAGAAA-TAATACAAAATTATAAAAT-
* * *
5207 TTCT-AAAAA-TCATA-ACTAAGAGATTT-AAAAAATAAATTAGTTTGCCGAAGCA-GTTAAAAC
251 TT-TGAAAAATTAATATAC-AAGAGATTTGAAAAAATAAATCA-TTTACCGAA-CAGGTTAAAAC
* * * * *
5267 A-ATTAAAACTATATGAAGAATTATCTATTTTAAAT-TGTTATTACCTTTTGTTTTGTC-ATAAA
312 AGATTAAAACTATATGAACAATTATCTATTTAAAATAT-TTATGAACTTTTGTTTTATCAATAAA
* ** * * ** *
5329 AAAATTATTTTAGCTCATCCAAGTTTATTCGTAATAAAATAAAACTAATTTTTTAATATTTCAAA
376 AAAATTATTTCAGCTCATAAAAATTTATCCAAAAT-AAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAA
* * * * *
5394 -ATTTTAA-AAGTTAGAGATTTAAAAAA-AAAATTA-TTTA-CTGAACCAGTTCAAATAATTATA
440 GA--TCAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAA-CAGTTTATC-GAACCACTTCAAATAA-TATA
*
5454 ACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTATAACCTTT-TTTTGTCATAAAATAATTATTTT
500 ACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTATAACCTTTCTTTTGTCAT-AAACAATTATTTT
***
5518 TTTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAAT
564 TCAACATACAAGCTTATTTGAAATAAAAT
5547 AATACTAATC
Statistics
Matches: 491, Mismatches: 78, Indels: 47
0.80 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
598 1 0.00
599 63 0.13
600 137 0.28
601 119 0.24
602 75 0.15
603 26 0.05
604 37 0.08
605 6 0.01
606 27 0.05
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (601 bp):
CTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTGAACATACAAGCTGATTAGATAAAATAATACTAATTT
AATAATATTTTCAAAATTATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAGTTCAA
ATAGTTAACACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTAGTCATAAAA
TAATTATTTCATTTCGAACAAGCTTATTCGAAGAAATAATACAAAATTATAAAATTTTGAAAAAT
TAATATACAAGAGATTTGAAAAAATAAATCATTTACCGAACAGGTTAAAACAGATTAAAACTATA
TGAACAATTATCTATTTAAAATATTTATGAACTTTTGTTTTATCAATAAAAAAATTATTTCAGCT
CATAAAAATTTATCCAAAATAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAGATCAATAAGTAAAAG
ATTTAAAAAATAAAACAGTTTATCGAACCACTTCAAATAATATAACTATTTGAACAATTATATAT
TTCAAATCATTATAACCTTTCTTTTGTCATAAACAATTATTTTTCAACATACAAGCTTATTTGAA
ATAAAATCATTATTTC
Found at i:5663 original size:359 final size:355
Alignment explanation
Indices: 4949--5689 Score: 843
Period size: 359 Copynumber: 2.1 Consensus size: 355
4939 AATAAAATCA
* * * * *
4949 TTATTTCCTTTCGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTGAACATACAAGCTTATTTTATATAAAATA
1 TTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTTGAACATACAAGCTTATTGTATATAAAATA
* * * *
5014 ATACTAATTTATTAATATTTCAAGAATTAGTATGAGATTCAAAAATAAATCTGTTTACTAAACCA
66 AAACTAATTTATTAATATTTCAAGAATTAGTATGAGATTAAAAAAAAAATCTATTTACTAAACCA
* * * ** *
5079 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTTATAATCTTTTGTTCTGT
131 GTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATTCATTATAACCTTTTGTTCTGT
* * * *
5144 CATAAAATAATTATTTCTTTCATATAAGTTTATTCGAAATAAAGTAATACAAAATTAAAAATATT
196 CATAAAATAATTATTTCTTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACAAAATTAAAAAGATT
* * * *
5209 CTAAAAATCATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTAGTTTGCCGAAGCAGTTAAAACAATTAAA
261 CTAAAAATAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTAGTTTGCCAAACCACTTAAAACAATTAAA
* **
5274 ACTATATGAAGAATTATCTATTTTAAATTG
326 ACTATATGAACAATTATCTATTGCAAATTG
** * *
5304 TTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTTAGCTCATCCAAGTTTATTCGTA-ATAAAA
1 TTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTT-GAACATACAAGCTTATT-GTATATAAAA
*
5368 TAAAACTAATTTTTTAATATTTCAA-AATTTTAAAAGT-TAGAGATTTAAAAAAAAAAT-TATTT
64 TAAAACTAATTTATTAATATTTCAAGAA--TT---AGTAT-GAGA-TTAAAAAAAAAATCTATTT
*
5430 ACTGAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATATATTTCAAA-TCATTATAACCTT
122 ACTAAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATTCATTATAACCTT
* * *
5494 TT-TT-TGTCATAAAATAATTATTTTTTTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAC-TAAT
187 TTGTTCTGTCATAAAATAATTA-TTTCTTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACAAAAT
* * * ** *
5556 CTAATAAGATTCTGACAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTTTTTGGCAAACCACTT
251 -TAAAAAGATTCT-AAAAATAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTAGTTTGCCAAACCACTT
* * * * *
5621 CAAATAGTTAAGGA-TGTATGAACAATTATCTATTGCAAATTG
314 AAAACAATTAA-AACTATATGAACAATTATCTATTGCAAATTG
** * *
5663 TTATGGCCTTTTAGTTTGGTCGTAAAA
1 TTATTACCTTTT-GTTTTGTCATAAAA
5690 CAAGTTTTTA
Statistics
Matches: 322, Mismatches: 50, Indels: 23
0.82 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
355 34 0.11
356 42 0.13
357 23 0.07
358 44 0.14
359 97 0.30
360 71 0.22
361 11 0.03
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (355 bp):
TTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTTGAACATACAAGCTTATTGTATATAAAATA
AAACTAATTTATTAATATTTCAAGAATTAGTATGAGATTAAAAAAAAAATCTATTTACTAAACCA
GTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATTCATTATAACCTTTTGTTCTGT
CATAAAATAATTATTTCTTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACAAAATTAAAAAGATT
CTAAAAATAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTAGTTTGCCAAACCACTTAAAACAATTAAA
ACTATATGAACAATTATCTATTGCAAATTG
Found at i:6564 original size:181 final size:175
Alignment explanation
Indices: 4943--7664 Score: 1086
Period size: 180 Copynumber: 15.2 Consensus size: 175
4933 ATTTTAAATA
** * * *
4943 AAATCATTATTTCCTTTCGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TGA-ACATACAAGCTTATTTTA-
1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTCT-ATTCATACAAGCTTA-TTCAG
* * * * * *
5005 TATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAGAATTAGT-A-T-GAGA-TTCAAAAATAAATC
63 AATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTCCAA-AATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATC
* * *
5065 TGTTTACTAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
126 TATTTTC-GAA-CAGTTCAAATAGTT-TGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
** * * * * * *
5118 AAATTGTTTATAATCTTTTGTTCTGTCATAAAATAATTATTTCT-TTCATATAAGTTTATTC-GA
1 AAA-TCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTCTATTCATACAAGCTTATTCAG-
* * * ** * * * * *
5181 AATAAAGTAATACAAAATTAAAAATATTCTAAAAATCATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-T
63 AATAAAATAATATAAATTTATTAATATTCCAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATCT
* * * * ** * * *
5245 AGTTTGCCGAAGCAGTTAAAACAATTAAAACTATATGAAGAATTATCTATTTT
127 A-TTT-TCGAA-CAGTTCAAATAGTT-TGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
** * * * * *
5298 AAATTGTTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTT-TAGCTCATCCAAGTTTATTC-GT
1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAG-
* * * * * *
5361 AATAAAATAAAACT-AATTTTTTAATATTTCAAAATTTTAA-AAGTTAGAGATTTAAAAAAAAAA
63 AATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTCCAAAA--TTAATAAG-TAAAAATTTAAAAAATAAA
* * * *
5424 T-TATTTACTGAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATATATTTC
124 TCTATTTTC-GAA-CAGTTCAAATAGTT-TGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * *
5478 AAATCATTATAACC-TTT-TTTTGTCATAAAATAATTATTTTTTTTCATACAAGCTTATT-TGAA
1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTCTATTCATACAAGCTTATTCAG-A
* * * * * * *
5540 ATAAAATAATACT-AATCTAATAAGATTCTGACAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-
64 ATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTC-CAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATC
* * * * * * *
5603 TTTTTTGGCAAACCACTTCAAATAGTTAAGGA-TGTATGAACAATTATCTATTGC
126 TATTTT--CGAA-CAGTTCAAATAGTT--TGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
** * * * * * * * *
5657 AAATTGTTATGGCCTTTTAGTTTGGTCGTAAAACAAGTTTT-TAGTGCTTACTAA-CCTAGTTTG
1 AAATCATTATGACCTTTT-GTTTTGTCATAAAACAATTTTTCTA-TTCATAC-AAGCTTA--TTC
* * * * * * * * *
5720 GGAATAAACA-ACA-ACAAGATTTACTAAATGTTTCAAAAATTATTACGTAGAGAGATTTAAAAT
61 AGAATAAA-ATA-ATATAA-ATTTA-TTAAT-ATTCCAAAATTAATAAGTA-A-AAATTTAAAAA
* * * * * *
5783 ATAATTATGTTTGTTGAACCAGTTC-AATAATTATGATTAATTTCG-ACAATTATCATATTTC
119 ATAAATCTATTT-TCGAA-CAGTTCAAATAGTT-TGACT-ATTT-GAACAATTATC-TATTTC
* * * *
5844 AAATCATTATTACCTTTTGTTTTTGTCATAAAACAAATGTTT-TGTTCATGATAAG-TT-TGTCT
1 AAATCATTATGACCTTTTG-TTTTGTCATAAAAC-AATTTTTCTATTCAT-ACAAGCTTAT-TC-
* ** * * ** * *
5906 GGAA-CGAATAATATTAATTTATGAATATTTTGAAAAATTAATAAG---AGATCTAAAAAAATAA
61 AGAATAAAATAATATAAATTTATTAATA--TTCCAAAATTAATAAGTAAAAAT-TTAAAAAATAA
* * * * *
5967 ATTTGGTTTATCAAACCAGTTCAATTAGGTTAT-ACCTATTTGCAAC-ATTATTTA-TTC
123 ATCT-ATTT-TCGAA-CAGTTCAAATA-GTT-TGA-CTATTTG-AACAATTATCTATTTC
* * *
6024 GAAATCAATTATGACCATTTGTTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTTATTCCATA-TAGTCCTTA
1 -AAATC-ATTATGACCTTTTG-TTTTGTCATAAAACAATT-TTTC-TATT-CATACAAG--CTTA
* ** * **
6088 TTC-GAAT-AAATAATGCT--ATTTATTAATATTTTAAAATTAATAAGTAAAGGATTTAGGAAAT
58 TTCAGAATAAAATAAT-ATAAATTTATTAATATTCCAAAATTAATAAGTAAA-AATTTAAAAAAT
** * * * * * *
6149 GTAT-T-TTTGGGCTGAACAATGCAAATAATTATGCCTGTTTGAACAATTATCTATTTC
121 AAATCTATTT--TC-GAACAGTTCAAATAGTT-TGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* *
6206 AAATCATTATGACC-TTTGTTTTTGTCACAAAACAATTGTTTCTATTCGTACAAGCTTATTCAGA
1 AAATCATTATGACCTTTTG-TTTTGTCATAAAACAATT-TTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGA
* * * * *
6270 ATAATATAAT-TCTAATTTATTAATATTCCAAAATTAAATGAGTAAGAGATTT-AAAAATGAATC
64 ATAAAATAATAT-AAATTTATTAATATTCCAAAATT-AATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATC
*
6333 TATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTTATACTATTTGAACAATTATCTATTTC
126 TATTT-TCGAAC-AGTTCAAATAGTTT-GACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * *
6386 AAATCATCATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTTGTTCCTATTCATTACAAGCTTATTCTG
1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTT-TT-CTATTCA-TACAAGCTTATTCAG
* * * *
6451 AATAAAATAATATAAACTGACTAATAATCCAACAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATCT
63 AATAAAATAATATAAATTTATTAATATTCCAA-AATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATCT
6516 ATTTTCTGAACACGTTCAAATAGTTCTGACTA-TTGAACAATTATCTATTTC
127 ATTTTC-GAACA-GTTCAAATAGTT-TGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * *
6567 AAATCGTTATGA-CTTTTAG-TTTGTCATAAACCAATGTTTT-TGTTCATAAAAGCTTACTCAGA
1 AAATCATTATGACCTTTT-GTTTTGTCATAAAACAAT-TTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGA
*
6629 ATAAAATAATATTAATTTATTAA-ATTTCCAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCT
64 ATAAAATAATATAAATTTATTAATA-TTCCAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAATAAATCT
* ** * * * *
6693 ATTTACCGAGTGAGTCCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATTTATTTC
127 ATTT-TCGA-ACAGTTCAAATAGTT-TGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
** * * *
6745 AAATTGTTATGAATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGTTTATT-TGA
1 AAATCATTATG-ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGA
* ** * *
6809 A-ATAAATAATAT-AATTTATTAATATT-CAAAA--AATTAGTTGGAAGTTTTAAAAATAAATTC
64 ATA-AAATAATATAAATTTATTAATATTCCAAAATTAATAAG-TAAAAATTTAAAAAATAAA-TC
* * * * * * * * * *
6869 TGTTTACCCAACAAGTT-AAATAATCATGTCCATTTGAACTATTA-CAATTTT
126 TATTT-TCGAAC-AGTTCAAATAGT-TTGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * ** *
6920 AAATCATTATGA-CATTTGTTTTTCTCGTAAAACAATTTTTCTATTCATACAAAATTATTTAG-A
1 AAATCATTATGACCTTTTG-TTTTGTCATAAAACAATTTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAA
* * *
6983 TAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG------CTTAAAAATTAAATCTA
65 TAAAATAATA-TAAATTTATTAATA-TTCCAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATCTA
* * * * * *
7041 TTTATTGGATCGGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAACAATTATCTATCTC
128 -TT-TTCGAACAGTTCAAATAGTT-TGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
*** * * * * ** *
7092 AAATTGGTATGAGC--TTGTTTTATC-TGAAAC-ATTGTTTCTA-TCATACAAACTTATTTGGAG
1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAA
* * * * *
7152 T-AAATATTGCTAAA-CTAATAATATTCTAAAAAATTAAATAAGTAAGAAGATTT-AAAAATAAA
65 TAAAATAAT-ATAAATTTATTAATATTC--CAAAATT-AATAAGTAA-AA-ATTTAAAAAATAAA
* ** * * * *
7214 TGT-TTGACGAACTAGTTTAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTC
124 TCTATTTTCGAAC-AGTTCAAATAGTT-TGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * * * * *
7267 AAATTATTCTGACTTTTTGTTTAGTTATAAAATAATTATTTC-AGTTCATACATGCTTATTGA-A
1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAGA
* * ** * *
7330 ATAAAATAATACT-ATTTTATTAACATCTAAAAAATTAATTAAGCAAGGAATTTAAAAAA-AAAT
64 ATAAAATAATA-TAAATTTATTAATAT-TCCAAAATTAA-TAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAAT
** **
7393 CTGCTGCCGAAACAAGTTTACAAATAGTTACTGACTATTTGAACAATTATCTATTT-
125 CTATTTTCG-AAC-AG-TT-CAAATAGTT--TGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
** * * * * * * *
7449 AAATTGTTATGGCCTTTTGCTTTATCATAAAACAATTGTTC-AGTTCATAAAAGCTTAATCCAAA
1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTCTA-TTCATACAAGCTT-ATTCAGA
* * * * ** *
7513 ATAAAAT-ATA-ATACTTTAATTAATATTTCAAAATTTTAGAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAAT
64 ATAAAATAATATA-AATTT-ATTAATATTCCAAAA-TTAATAAG-TAAAAATTTAAAAAATAAAT
* * * *
7576 -TAGTTTATCGAATCAACTT-AAATAGTTATGGCTGTTTGAACAATTATCTAATTC
125 CTA-TTT-TCGAA-C-AGTTCAAATAGTT-TGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * *
7630 AAATCATTATGAACTTTTCTTTTGGCATCAAACAA
1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA
7665 GCCTATTTGA
Statistics
Matches: 1949, Mismatches: 412, Indels: 366
0.71 0.15 0.13
Matches are distributed among these distances:
167 3 0.00
168 33 0.02
169 21 0.01
170 18 0.01
171 36 0.02
172 14 0.01
173 35 0.02
174 35 0.02
175 67 0.03
176 127 0.07
177 125 0.06
178 154 0.08
179 199 0.10
180 365 0.19
181 217 0.11
182 220 0.11
183 92 0.05
184 58 0.03
185 31 0.02
186 48 0.02
187 43 0.02
188 8 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.11, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (175 bp):
AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAAT
AAAATAATATAAATTTATTAATATTCCAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTT
TCGAACAGTTCAAATAGTTTGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
Found at i:7517 original size:183 final size:179
Alignment explanation
Indices: 7176--7520 Score: 392
Period size: 182 Copynumber: 1.9 Consensus size: 179
7166 CTAATAATAT
* * * * *
7176 TCTAAAAAATTAAATAAGTAAGAAGATTTAAAAATAAATGTTTGACGAACTAGTTTAAATAGTTA
1 TCTAAAAAATTAAATAAGCAAGAAGATTTAAAAAAAAATCTCTGACGAACAAGTTTAAATAGTTA
* * * * * *
7241 AGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATTATTCTGACTTTTTGTTTAGTTATAAAATAATTAT
66 AGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTAG
* * **
7306 TTCAGTTCATACATGCTTATTGAAATAAAATAATACTATTTTATTAACA
131 TTCAGTTCATAAAAGCTTATCAAAATAAAATAATACTATTTTATTAACA
* * *
7355 TCTAAAAAATTAATTAAGCAAGGA-ATTTAAAAAAAAATCTGCTGCCGAAACAAGTTTACAAATA
1 TCTAAAAAATTAAATAAGCAAGAAGATTTAAAAAAAAATCT-CTGACG-AACAAGTTT--AAATA
* * * *
7419 GTTACTGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAATTGTTATGGCCTTTTGCTTTA-TCATAAAAC
62 GTTA-AGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTG-TTTAGTCATAAAAC
7482 AATT-GTTCAGTTCATAAAAGCTTAATCCAAAATAAAATA
125 AATTAGTTCAGTTCATAAAAGCTT-AT-CAAAATAAAATA
7521 TAATACTTTA
Statistics
Matches: 136, Mismatches: 22, Indels: 12
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
178 14 0.10
179 25 0.18
180 8 0.06
181 16 0.12
182 37 0.27
183 36 0.26
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.10, T:0.37
Consensus pattern (179 bp):
TCTAAAAAATTAAATAAGCAAGAAGATTTAAAAAAAAATCTCTGACGAACAAGTTTAAATAGTTA
AGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTAG
TTCAGTTCATAAAAGCTTATCAAAATAAAATAATACTATTTTATTAACA
Found at i:8729 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 8176--9462 Score: 1153
Period size: 181 Copynumber: 7.1 Consensus size: 181
8166 TATTAATTTT
** * * * * * * *
8176 CTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAATAAGAGAGTTAAAAATTGAATCTGTTTATCGAAC
1 CTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAAC
** * * * * *
8240 AAGTTGTAATAGTTATGACTATTTGAATAATT-TCCCTATTTCAAATCGCTATAACCTTTTGTTT
66 AAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTAT--CTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTT
* * ** * * * *
8304 TGTCATTAAATTATTTTTTCTATTCATACAAGCCTATTTC-AATTAAAATATTA
129 TATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATA
* ** ** * * * * *
8357 CAAATTTATTAATATTCAGATGACTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAAT
1 CTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAAC
* * * * *
8422 AAGTTTAAAT-GGCATTGACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA-CTTTT-TTTT
66 AAGTTCAAATAGTCA-TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTT
* * * * ** *
8484 TTCATAAAACAATTGTTTTTGTTTATACAAGCTTATTCGGATTAAAATAATA
130 ATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATA
* * * * *
8536 TTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGACTTT-TAAAATAAATATGTTTACCGAA
1 CTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAAAGA-TTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAA
* * * * * * *
8600 CAAGTTCAAATAGGCATAACTATTTGAATAATTATCCATTTCAAATCGTTGTGACCTTTTGTTTC
65 CAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTT
* * * *
8665 ATAATAAAACAATTGTATC-AGTTCATATAGGCTTATTCAAAATAAAATAATA
130 ATCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATA
* * * * * * ** *
8717 CTAATTTATTAATATTCTGAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAATTGATTCTATTTTTCGATC
1 CTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAAC
* * *
8782 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTAGTTTTT
66 AAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTG-TTTT
* * * *
8847 ATCATAAAATAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTAGTCTAAATAAAATAATA
130 ATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATA
* ***
8899 -TAAATTTATTAATATTCT-AGAAATTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAATAAATCTATTTTTTGA
1 CT-AATTTATTAATATTTTGA-AAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGA
* * *
8961 ACACA-TTCAAATAGTTATGA-TAATTTGAATAATTATCTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTGT
64 ACA-AGTTCAAATAGTCATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGT
* ** * * * **
9024 TTTGTCATAATCCAATTATTTTTTATTCATACAAGCATATTTGAAATAAAATAATA
127 TTTATCATAAAACAATT-GTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATA
*** * * *
9080 CTAATTTATTAATATTCCAAAAATAAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAGC
1 CTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAAC
* * * * * * *
9145 AAGTTCAAATAGTTATCACTGTTTGAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATTATCTTTTGTTTTG
66 AAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTA
* * * *
9210 TTATAAAATAATTGTTTCTATTCATATAAGTTTATTCAAAATAAAATAATA
131 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATA
* * * * ** * * * *
9261 TTGATTTATAAATATTTTGAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAACTAAATATGTTTGCCGAAC
1 CTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAAC
* * * ** *
9326 AAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACAATTATCTAGTTCAAATCA-TTATGACCTCCTATTTT
66 AAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTT
* * * ** * *
9390 GTCATAAAACAATTATTTCTATTCATGCAAAATTATTTAGAATAAAATAATA
130 ATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATA
*
9442 CTAATATATTAATATTTTGAA
1 CTAATTTATTAATATTTTGAA
9463 GATTCAGCTT
Statistics
Matches: 902, Mismatches: 181, Indels: 46
0.80 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
178 3 0.00
179 130 0.14
180 35 0.04
181 501 0.56
182 230 0.25
183 3 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
CTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAAC
AAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTA
TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATA
Found at i:9013 original size:17 final size:19
Alignment explanation
Indices: 8966--9016 Score: 54
Period size: 17 Copynumber: 2.8 Consensus size: 19
8956 TTTGAACACA
8966 TTCAAATAGTTATGATAAT
1 TTCAAATAGTTATGATAAT
* * *
8985 TT-GAATAATTAT-CT-AT
1 TTCAAATAGTTATGATAAT
9001 TTCAAATAGTTATGAT
1 TTCAAATAGTTATGAT
9017 CTTTTGTTTT
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 6, Indels: 5
0.69 0.17 0.14
Matches are distributed among these distances:
16 4 0.17
17 9 0.38
18 9 0.38
19 2 0.08
ACGTcount: A:0.39, C:0.06, G:0.10, T:0.45
Consensus pattern (19 bp):
TTCAAATAGTTATGATAAT
Found at i:9073 original size:363 final size:359
Alignment explanation
Indices: 8177--9462 Score: 1226
Period size: 363 Copynumber: 3.6 Consensus size: 359
8167 ATTAATTTTC
* * * * * * * * *
8177 TAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAATAAGAGAGTTAAAAATTGAATCTGTTTATCGAACAA
1 TAATTTATTAATATTTAGAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACAA
** * * * *
8242 GTTGTAATAGTTATGACTATTTGAATAATT-TCCCTATTTCAAATCGCTATAACCTTTTGTTTTG
65 GTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTAT--CTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTG
* * * *
8306 TCAT--T-AAATTATTTTTTCTATTCATACAAGCCTATTTCAATTAAAATATTACAAATTTATTA
128 TCATAATAAAATTA-TTTTT-TATTCATACAAGCATATTT-AAATAAAATAATACTAATTTATTA
* ** * * * * *
8368 ATATTCAGATGACTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATCT-GTTTACCAAAT-AAGTTTAAA
190 ATATTCTGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTTA-CAGATCAAGTTCAAA
** * * *
8431 T-GGCATTGACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTTTTTTCATAAAACA
254 TAGTTA-TGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTGTTTTTTCATAAAATA
* * * * ** *
8495 ATTGTTTTTGTTTATACAAGCTTATTCGGATTAAAATAATAT
318 ATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAT
* *
8537 TAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGACTTT-TAAAATAAATATGTTTACCGAAC
1 TAATTTATTAATATTTAGA-AATTAATAAGTAAAA-A-TTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAAC
* * * * *
8601 AAGTTCAAATAGGCATAACTATTTGAATAATTATCCATTTCAAATCGTTGTGACCTTTTG--TT-
63 AAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTG
** * * * * * *
8663 TCATAATAAAACAATTGTATCAGTTCATATAGGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTA
128 TCATAATAAAATTATT-TTTTA-TTCATACAAGCATATT-TAAATAAAATAATACTAATTTATTA
* * * * * *
8728 ATATTCTGAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAATTGATTCTATTTTTC-GATCAAGTTCAAAT
190 ATATTCTGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTTACAGATCAAGTTCAAAT
*
8792 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTAGTTTTTATCATAAAAT
255 AGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA-CTTT-GTTTTT-TCATAAAAT
* *
8857 AATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTAGTCTAAATAAAATAATAT
317 AATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAT
* * * ***
8900 AAATTTATTAATATTCTAGAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTTTTGAACAC
1 TAATTTATTAATATT-TAGAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACA-
* *
8965 A-TTCAAATAGTTATGA-TAATTTGAATAATTATCTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTG
64 AGTTCAAATAGTCATGACT-ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTG
**
9028 TCATAATCCAATTATTTTTTATTCATACAAGCATATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
128 TCATAATAAAATTATTTTTTATTCATACAAGCATATTT-AAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
** * * *
9093 ATTCCAAAAATAAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTA-TTTACTGAGCAAGTTCAAATAG
192 ATTCTGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTTACAGATCAAGTTCAAATAG
* * * *
9157 TTATCACTGTTTGAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATTATCTTTTGTTTTGTT-ATAAAATAA
257 TTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA-C-TTTGTTTT-TTCATAAAATAA
* *
9221 TTGTTTCTATTCATATAAGTTTATTCAAAATAAAATAATAT
319 TTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAT
* * * * * * * *
9262 TGATTTATAAATATTTTGAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAACTAAATATGTTTGCCGAACA
1 TAATTTATTAATATTTAG-AAATTAATAAGTA-AAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACA
* * * * ** *
9327 AGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACAATTATCTAGTTCAAATCA-TTATGACCTCCTATTTTG
64 AGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTG
* * * *
9391 TCATAA-AACAATTA-TTTCTATTCATGCAA-AATTATTTAGAATAAAATAATACTAATATATTA
128 TCATAATAA-AATTATTTTTTATTCATACAAGCA-TATTTA-AATAAAATAATACTAATTTATTA
*
9453 ATATTTTGAA
190 ATATTCTGAA
9463 GATTCAGCTT
Statistics
Matches: 756, Mismatches: 135, Indels: 68
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
357 4 0.01
358 2 0.00
359 6 0.01
360 158 0.21
361 75 0.10
362 197 0.26
363 289 0.38
364 13 0.02
365 12 0.02
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (359 bp):
TAATTTATTAATATTTAGAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAG
TTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
TAATAAAATTATTTTTTATTCATACAAGCATATTTAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC
TGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTTACAGATCAAGTTCAAATAGTTAT
GACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTGTTTTTTCATAAAATAATTGTTTC
TATTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAT
Found at i:9236 original size:544 final size:539
Alignment explanation
Indices: 8176--9457 Score: 1395
Period size: 544 Copynumber: 2.4 Consensus size: 539
8166 TATTAATTTT
* * *
8176 CTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAATAAGAGAGTTAAAAATTGAATCTGTTTATCGAAC
1 CTAATTTATTAATATTCTGAAAATTAAT-AGTAAGAGATTTAAAAATTGAATCTGTTTATCGAAC
** * * * *
8240 AAGTTGTAATAGTTATGACTATTTGAATAATT-TCCCTATTTCAAATCGCTATAACCTTTTGTTT
65 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT--CTATTTCAAATCGTTATGACCTTTAGTTT
* * * * * * * *
8304 TGTCATTAAATTATTTTTTCTATTCATACAAGCCTATTTCAATTAAAATATTACAAATTTATTAA
128 TGTCATAAAATAATTATTTCTATTCATAAAAGCTTATTT-AAATAAAATAATATAAATTTATTAA
* * * *
8369 TATTCAGATGACTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAATAAGTTTAAATGG
192 TATTCAGATAACTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATGG
* * * *
8434 CATTGACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTTTTTTCATAAAACAATTG
257 CATTGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACTTTTTTTTGTCATAAAACAATTA
* * * * *** * *
8499 TTTTTGTTTATACAAGCTTATTCGGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGACAATTAAT
322 TTTTTGTTTATACAAGCATATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATAAAT
* * *
8564 AAGTAAAAGACTTTTAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGGCATAACTATTTGAAT
387 AAGTAAAAGACTTTAAAAATAAATATATTTACCGAACAAGTTCAAATAGGCATAACTATTTGAAC
* *
8629 AATTATCCATTTCAAATCGTTGTGACCTTTTGTTTCATAATAAAACAATTGTATCAGTTCATATA
452 AATTATCCATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTCATAATAAAACAATTGTATCAGTTCATATA
*
8694 GGCTTATTCAAAATAAAATAATA
517 AGCTTATTCAAAATAAAATAATA
* * * *
8717 CTAATTTATTAATATTCTGAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAATTGATTCTATTTTTCGATC
1 CTAATTTATTAATATTCTGAAAATTAAT-AGTAAGAGATTTAAAAATTGAATCTGTTTATCGAAC
*
8782 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTAGTTTTT
65 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTAG-TTTT
* * *
8847 ATCATAAAATAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTAGTCTAAATAAAATAATATAAATTTATTAAT
129 GTCATAAAATAATTATTTCTATTCATAAAAGCTTA-TTTAAATAAAATAATATAAATTTATTAAT
* * **** *
8912 ATTCTAGA-AATTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAATAAATCTATTTTTTGAACACA-TTCAAATA
193 ATTC-AGATAACTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACA-AGTTCAAATG
* * * **
8974 G-TTATGA-TAATTTGAATAATTATCTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAATCC
256 GCAT-TGACT-ATTTAAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGA-CTTTT-TTTTGTCATAAAAC
*
9037 AATTATTTTT-TATTCATACAAGCATATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAA
317 AATTATTTTTGT-TT-ATACAAGCATATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAA
* * * ** *
9101 AATAAATAAGTAAAAGA-TTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAGCAAGTTCAAATAGTTATCACT
380 AATAAATAAGTAAAAGACTTT-AAAAATAAATATATTTACCGAACAAGTTCAAATAGGCATAACT
* ** * * ** * * *
9165 GTTTGAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATTATCTTTTGTTTTGTTATAAAATAATTGTTTCTA
444 ATTTGAACAATTATCCATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTCATAATAAAACAATTGTATC-A
*
9230 -TTCATATAAGTTTATTCAAAATAAAATAATA
508 GTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATA
* * * * * * * * **
9261 TTGATTTATAAATATTTTGAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAACTAAATATGTTTGCCGAAC
1 CTAATTTATTAATATTCTGAAAATTAATA-GTAAGAGATTTAAAAATTGAATCTGTTTATCGAAC
* * * * * *
9326 AAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACAATTATCTAGTTCAAATCATTATGACCTCCTA-TTTT
65 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCT-TTAGTTTT
* *
9390 GTCATAAAACAATTATTTCTATTCATGCAAAA--TTATTTAGAATAAAATAATACT-AATATATT
129 GTCATAAAATAATTATTTCTATTCAT--AAAAGCTTATTTA-AATAAAATAATA-TAAATTTATT
9452 AATATT
190 AATATT
9458 TTGAAGATTC
Statistics
Matches: 618, Mismatches: 103, Indels: 38
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
540 2 0.00
541 101 0.16
542 150 0.24
543 87 0.14
544 271 0.44
545 7 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (539 bp):
CTAATTTATTAATATTCTGAAAATTAATAGTAAGAGATTTAAAAATTGAATCTGTTTATCGAACA
AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTAGTTTTGT
CATAAAATAATTATTTCTATTCATAAAAGCTTATTTAAATAAAATAATATAAATTTATTAATATT
CAGATAACTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATGGCATT
GACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACTTTTTTTTGTCATAAAACAATTATTTT
TGTTTATACAAGCATATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATAAATAAGT
AAAAGACTTTAAAAATAAATATATTTACCGAACAAGTTCAAATAGGCATAACTATTTGAACAATT
ATCCATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTCATAATAAAACAATTGTATCAGTTCATATAAGCT
TATTCAAAATAAAATAATA
Found at i:10750 original size:179 final size:179
Alignment explanation
Indices: 10047--10873 Score: 681
Period size: 179 Copynumber: 4.6 Consensus size: 179
10037 TATAATGATT
** * * * ** *
10047 TTATCTATTTCAAATTGTTATTACTTTTTCTTTTATCATAAACTAATTGTTTCTATTCATAAAAG
1 TTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTT-GTTTGTCATAAAAAAATTGTTTCTATTCATACAAG
* * * * *
10112 CTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAAATTAAAA
65 CTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAA-TAAGAGATTTAAA
* * * * *
10177 AAATAAAATCTATTTTTCCT-AGCAAGTTAAAATAATTATGACTATTTAAACAA
129 AAAT-AAA--TATGTTTACTGAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTAAACAA
* * * **
10230 TTTATTTATTTCAAATCGTTATGA-TCTATTGTTTGTCAT-AAAGCATATGTTTCTATTCATACA
1 -TTATCTATTTCAAATCATTATGACT-TTTTGTTTGTCATAAAAAAAT-TGTTTCTATTCATACA
* * *
10293 AGTTTATT-TGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTGAA-A-AT
63 AGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAA--T-AAGAGAT
* * * * * ** *
10355 TT-AAAAATAAATCTATTTAATGAA-TAAGTTCAAATAATCATGTCTATTGGAACTA
124 TTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACT-AGTTCAAATAATTATGACTATTTAAACAA
* * * **
10410 TTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTG--T-T--T--ACAAATTGTTTTTATTCATACAAAA
1 TTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTGTCATAAAAAAATTGTTTCTATTCATACAAGC
* *
10468 TTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTCATATTTCAAAAA-T--TAATAAGAGATTTAAAAA
66 TTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAATAAGAGATTTAAAAA
* * * * * * *
10530 CTAAATCTGCTTATTGAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAA
131 ATAAATATGTTTACTGAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTAAACAA
* * * *
10579 TTATTTATCTCAAATCATTATGA-TTTTTGTTTGTCATAAAAAAATTGTTTCTGTTTATACAAGC
1 TTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTGTCATAAAAAAATTGTTTCTATTCATACAAGC
* * * * ** *
10643 TTATTTAGAGTAAAATATTGCTAAAATAATAATATTTTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAA
66 TTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAA-TAAGAGATTTAAAA
* * * * *
10708 AATAAATATGTTTGCTGAACTAGTTTAAATAGTTAAGACTATTTGAACAA
130 AATAAATATGTTTACTGAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTAAACAA
* * * *
10758 TTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTT-TAGTTCATATAT
1 TTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTT-GTCATAAAAAAATTGTTTCTA-TTCATACA-
* * * **
10822 A-CTTATT-TGAAATAAAATAATACTATTTTATTAACATTCAAAAAATTAATAA
63 AGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAA
10874 GCAAGAAATT
Statistics
Matches: 512, Mismatches: 102, Indels: 61
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
166 2 0.00
167 2 0.00
168 9 0.02
169 64 0.12
170 1 0.00
171 2 0.00
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173 5 0.01
174 1 0.00
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176 2 0.00
177 1 0.00
178 3 0.01
179 105 0.21
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184 25 0.05
185 2 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.07, T:0.42
Consensus pattern (179 bp):
TTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTGTCATAAAAAAATTGTTTCTATTCATACAAGC
TTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAATAAGAGATTTAAAAA
ATAAATATGTTTACTGAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTAAACAA
Found at i:10790 original size:348 final size:352
Alignment explanation
Indices: 10091--10791 Score: 814
Period size: 348 Copynumber: 2.0 Consensus size: 352
10081 ATCATAAACT
* *
10091 AATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTTAAAAA
1 AATTGTTTCTATTCATAAAAGATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTCAAAAA
* * *
10156 TTAATAAGTAAAAAATTAAAAAAATAAAATCTATTTTTCCTAGCAAGTTAAAATAATTATGACTA
66 TTAATAAG---AAAATTAAAAAAATAAAATCTATTATTCCAACCAAGTTAAAATAATTATGACTA
* * **
10221 TTTAAACAATTTATTTATTTCAAATCGTTATGATCTATTGTTTGTCATAAAGCATATGTTTCTAT
128 TTTAAACAATTTATTTATCTCAAATCATTATGATCTATTGTTTGTCATAAAAAATATGTTTCTAT
* ** * *
10286 TCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTGA
193 TCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAAAATAATAATATTCTAAAAATTAATAAGCTGA
* * * *
10351 AAATTTAAAAATAAATCTATTTAATGAATAAGTTCAAATAATCATGTCTATTGGAACTATTATCT
258 AAATTTAAAAATAAATATATTTAATGAATAAGTTCAAATAATCAAGACTATTGGAACAATTATCT
10416 ATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTACA
323 ATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTACA
* * * *
10446 AATTGTTTTTATTCATACAAA-ATTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTCATATTTCAAAA
1 AATTGTTTCTATTCATA-AAAGATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTCAAAA
* * * * * * *
10510 ATTAATAAG-AGATTTAAAAACT-AAATCTGCTTATT-GAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTAT
65 ATTAATAAGAAAATTAAAAAAATAAAATCT-ATTATTCCAACCAAGTTAAAATAATTATGACTAT
* *
10571 TTAAACAA-TTATTTATCTCAAATCATTATGAT-TTTTGTTTGTCATAAAAAA-ATTGTTTCTGT
129 TTAAACAATTTATTTATCTCAAATCATTATGATCTATTGTTTGTCATAAAAAATA-TGTTTCTAT
* * * * *
10633 TTATACAAGCTTATTT-AGAGTAAAATATTGCTAAAATAATAATATTTTAAAAATTAATAA-CT-
193 TCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAAAATAATAATATTCTAAAAATTAATAAGCTG
* ** * * * *
10695 AAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGCTGAACT-AGTTTAAATAGTTAAGACTATTTGAACAAT
257 AA-A-ATTT-AAAAATAAATATATTTAATGAA-TAAGTTCAAATAATCAAGACTATTGGAACAAT
* *
10759 TATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTA
318 TATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTA
10792 GTCATAAAAT
Statistics
Matches: 293, Mismatches: 45, Indels: 23
0.81 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
345 2 0.01
346 4 0.01
347 77 0.26
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349 26 0.09
350 10 0.03
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355 63 0.22
356 3 0.01
ACGTcount: A:0.43, C:0.09, G:0.07, T:0.41
Consensus pattern (352 bp):
AATTGTTTCTATTCATAAAAGATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTCAAAAA
TTAATAAGAAAATTAAAAAAATAAAATCTATTATTCCAACCAAGTTAAAATAATTATGACTATTT
AAACAATTTATTTATCTCAAATCATTATGATCTATTGTTTGTCATAAAAAATATGTTTCTATTCA
TACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAAAATAATAATATTCTAAAAATTAATAAGCTGAAAA
TTTAAAAATAAATATATTTAATGAATAAGTTCAAATAATCAAGACTATTGGAACAATTATCTATT
TCAAATCATTATGACATTTTGTTTACA
Found at i:13468 original size:180 final size:177
Alignment explanation
Indices: 12945--13705 Score: 530
Period size: 180 Copynumber: 4.3 Consensus size: 177
12935 AATGGCTATG
* * **
12945 TGAACAATTCTCTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTAATTC
1 TGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTC
* * ** * * ** *
13010 GTATAAGTTTGTTTA-TAATAAAATAATATGAATTTATTAATATTTTGATAAT--TAATAAGAGA
66 ATATAA-TCTAATTAGGAAT-AAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATAATAATAAGAGA
* * * *
13072 TTTAAAAAATAAATCTGTATA-AAACTAGTTCAATTAGTTATAATAATT
129 TTTAAAAAATAAATCTGTTTATAAACAAGTTCAAATAGTTATAATTATT
* * * *
13120 TGAACAATTATTTATTTCAAA-CTGTTATGACCATTTGTTTTGTTATAAAACAAAT-TTTCTGTT
1 TGAACAATTATCTATTTCAAATC-GTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTT
* * **
13183 GATATAATCCTACTT-GGAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAATAA
65 CATATAAT-CTAATTAGGAATAAA-TAATATTAATTTATTAATATTTC-AAAAA-TAAT-AATAA
* * * * * * *
13246 TG-GATTTAAAAAATGAATCTATTGGCATGACCAA-TACAAATAGTTATAATTGTT
125 -GAGATTTAAAAAATAAATCTGTT--TATAAACAAGTTCAAATAGTTATAATTATT
* ** *
13300 TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTCATCATAAAACAATTGTTTTTGTTC
1 TGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTC
* *
13365 ATACAA-CTAATTAGGAATAACATAATTTTAATTTATTAATATTTCAAAAACTAATAAGTAAGAG
66 ATATAATCTAATTAGGAATAA-ATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAA-TAATAA-TAAGAG
* * * *
13429 ATTTAAAAACTAAATATGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATT
128 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTAT-AAACAAGTTCAAATAGTTATAATTATT
* * * * * * * * * *
13480 TGAACAGTTACCTATTTCAAATTGCTATAACTTTTTGTTTTGTTATAAAA-TATTTTTTTTGTAT
1 TGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTG--T
* ** * ** * *
13544 TCATA-AAGGCTTGTTCA--ATTAAAATAATACAAATTTATTAATATTTTTAACAACTAATAAGT
64 TCATATAA-TCTAATT-AGGAAT-AAATAATATTAATTTATTAATA-TTTCAA-AAATAATAA-T
* * * * * * **
13606 AA-ATGATTTAAAAAATGAATTTGTTTACCAAATAAGTTTAAATAGTTATGACCATT
123 AAGA-GATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-TAAACAAGTTCAAATAGTTATAATTATT
* * * *
13662 TGAATAGTTATATAATTCAAATCGTTATGA-CTTTTGTTTTGTCA
1 TGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
13706 ACAGTCATGA
Statistics
Matches: 462, Mismatches: 92, Indels: 58
0.75 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
173 6 0.01
174 36 0.08
175 49 0.11
177 1 0.00
178 25 0.05
179 22 0.05
180 174 0.38
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182 88 0.19
183 3 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (177 bp):
TGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTC
ATATAATCTAATTAGGAATAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATAATAATAAGAGATT
TAAAAAATAAATCTGTTTATAAACAAGTTCAAATAGTTATAATTATT
Found at i:14011 original size:140 final size:142
Alignment explanation
Indices: 13863--14122 Score: 368
Period size: 140 Copynumber: 1.8 Consensus size: 142
13853 TGTCATAGCT
* *
13863 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAA-TGTGTTC-AAAAATAGATTTA-
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACT-TGTACGAAAAATAGATTCAT
* * *
13925 TTTTTAAATTTC-TACTTAGTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATGACAAAA
65 TTTTTAAATCTCTTACTCAGTAATTTTAGAAATATTAATAAA--TAGTATTATTTTATGACAAAA
13988 CAAATGGTCTTAATG
128 CAAATGGTCTTAATG
* **
14003 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAATTAGTTATAACTATTTGAACTTGTACGGTAAATAGATTCATT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTACGAAAAATAGATTCATT
* *
14068 TTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTAGGAATATTAATAAATAGTATTATTTTAT
66 TTTTAAATCTCTTACTCAGTAATTTTAGAAATATTAATAAATAGTATTATTTTAT
14123 TTTGAATAAG
Statistics
Matches: 105, Mismatches: 10, Indels: 8
0.85 0.08 0.07
Matches are distributed among these distances:
140 45 0.43
141 13 0.12
142 22 0.21
143 25 0.24
ACGTcount: A:0.38, C:0.07, G:0.10, T:0.45
Consensus pattern (142 bp):
ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTACGAAAAATAGATTCATT
TTTTAAATCTCTTACTCAGTAATTTTAGAAATATTAATAAATAGTATTATTTTATGACAAAACAA
ATGGTCTTAATG
Found at i:20711 original size:10 final size:9
Alignment explanation
Indices: 20685--20714 Score: 51
Period size: 9 Copynumber: 3.2 Consensus size: 9
20675 GATATTTTAT
20685 TAATTAAAA
1 TAATTAAAA
20694 TAATTAAAA
1 TAATTAAAA
20703 TACATTAAAA
1 TA-ATTAAAA
20713 TA
1 TA
20715 TAAAAAGGTC
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 0, Indels: 1
0.95 0.00 0.05
Matches are distributed among these distances:
9 11 0.55
10 9 0.45
ACGTcount: A:0.63, C:0.03, G:0.00, T:0.33
Consensus pattern (9 bp):
TAATTAAAA
Done.