Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019168355.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_576, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 22581
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.10, T:0.40
Found at i:681 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 11--2495 Score: 1069
Period size: 181 Copynumber: 14.1 Consensus size: 179
1 ATATTAACAA
** * *
11 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAAGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGTGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * ** * * *
76 TTATAATTATTTGAACTAGTTCAGTAAATAGAA-TTATTTTATAAATCT-CTTA-TAAATTTTAG
65 TCATAACTATTTGAACTTGTTTTGTAAACA-AATTTATTTTTTAAATCTACTTATTAATTTTTAG
* * * * * *
138 AAATATTAATAAATTAATTTTATTCTATT-TCAAATAAGC-TTGTATGAGTTG
129 -AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAATAAGCTTTGTATGAATAG
* * *
189 AAA-AATTATTTTATGACAAAACAAAAG-GTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCATATAG
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGTGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * *
252 TCTTAGCTATTTGAAC-TGGTTTGACAAACATATTCATTTTTTAAATCTTAGTTATTAATTTTTA
65 TCATAACTATTTGAACTTGTTTTG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATC-TACTTATTAATTTTTA
* * *
316 GAATATTATTAAATTAGTA-TATTTTATTCTGAATAAGCTTT-TATGAACAT
128 GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTTGTATGAATAG
366 AAACAAATT-TTTTATG--AAAA-AAAGAT-T-AT-A-AATTTG-AATAGATAATTGTTCAAATA
1 AAAC-AATTGTTTTATGACAAAACAAAG-TGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* ** * * * *
422 GTCATAACTATTTGAAATTG--TTCAAAATAGATTT-TTTTTTAAATGT-CTTATTAATTCTT-G
64 GTCATAACTATTTGAACTTGTTTTGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTACTTATTAATTTTTAG
*
482 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAAT-AGTTTTGTATGAATAG
129 -AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTTGTATGAATAG
* * * * * *
533 AAACAATTGTTTGATGATAAAACAAAGTGTCATACCTATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATGGA
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGTGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-
* *
598 T-ATGACTATTTGAACTTGTTTTGTGAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTT
65 TCATAACTATTTGAACTTGTTTTGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCT---ACTTATTAATTTTT
* * * * *
662 AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAAATAA-ATTTGTATTATTGG
127 AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAATAAGCTTTGTATGAATAG
* * * * * *
714 AAACAACTATTTTATGACAAAACAAAATATCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGTGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
** ** * *
779 CATAACTATTTGAAC-TCCTAGGTAAACAGATTT-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTG
66 CATAACTATTTGAACTTGTTTTGTAAACAAATTTATTTTTTAAATC---TACTTATTAATTTTTA
** * * *
841 GTCTTTTAA-GAATTAGTATTATTTT-TTC-GAATAAGCTTT-TATGAACAG
128 GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTTGTATGAATAG
* * * *
889 AAACAATTGATTTATGACAAAACAAA-AGACATAACAATTTGAAGTAGATAATTGTTCAAATAGT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGTGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* **** * * * *
953 CATAACTATTTGAACGTGTTCAAAAAACATACTTATTTTTTAAATTTTTACTTA-TAA-TTTTAA
66 CATAACTATTTGAACTTGTTTTGTAAACAAATTTATTTTTTAAA--TCTACTTATTAATTTTTAG
* *
1016 AAT-TTAATAAATT--TAATATTTTA---TGAA-ATA-C-TTGCAT--A-AG
129 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATA-AGCTTTGTATGAATAG
* * * * *** *
1056 AATCAATTATTTTATGTACAAAACAAA-AGCCATAATGTTTTGAGAATA-ATAATTGTTC-TATA
1 AAACAATTGTTTTATG-ACAAAACAAAGTGTCATAACAATTTGA-AATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * * *
1118 -TCATAACTA-TTAAAATATG-TTGGTTAACAAATATTAACATTGTTTAATTTCTTTACTCATTA
64 GTCATAACTATTTGAACT-TGTTTTGTAAACAAAT-TT---ATTTTTTAA-ATC--TACTTATTA
* * *
1180 A--TTT--AATATTAAT-AATTAGTATTA-TTTATTTCT-AGATAAGC-TTATAT-AGTTG
121 ATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTGA-ATAAGCTTTGTATGAATAG
* ** * * * * * *
1232 AAAC-ATTGTTTTAT-ATCAAAATAAAGACTCATTATAATTTG-CATAAACAATTATTCAAATAG
1 AAACAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAGTGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * ** *
1294 TCATGACTATTTGAATTTATTCAGT--ACATATTTATGTTTTATAAATCTTTTACTTA-TAA-TT
65 TCATAACTATTTGAACTTGTTTTGTAAACAAATTTAT-TTTT-TAAATC---TACTTATTAATTT
* * *
1355 TT-GCAATA-TAAT-AA-TATTA-T-TTTTA-TC-CAATAA----T-TAT-AA-AT
125 TTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTTGTATGAATAG
* * * * *** * * **
1396 TAACAA--GTTTTATGACAAAACAAA-AAAGTCATAACAATTTGAA-AT-AAATA-ATTATT-CA
1 AAACAATTGTTTTAT---GACA-AAACAAAGT-GT--C-ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT
* * ** * *
1454 AATAGT--T-ATAAAAGATTTGAATCTTG-TTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACT
58 CA-AATAGTCAT-AACTATTTGAA-CTTGTTTTG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATC---TACT
* *
1515 TATTAATTGTCTT--AATATTAATAAATTTGTATTATTTTATT-AGAAATAAGC-TTGTATGAAT
116 TATTAATT-T-TTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTG-AATAAGCTTTGTATGAAT
1576 AG
178 AG
* ** * * ** * * * *
1578 AAAAAATCATTGTATGACAAAATAAAAAGTTATAGCAATTTCAAATAGATAATTGTTAAAATAGT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGTGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * ** * * * * *
1643 CACAATTATTT-ACACTTGTTCAGTAAATATATTCATTTTATAAATCTCTTAATTATTAATTTTT
66 CATAACTATTTGA-ACTTGTTTTGTAAACAAATTTATTTTTTAAA--TC-TACTTATTAATTTTT
* * *
1707 -GAAATATTAATAACTTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGC-TTATATGAACT-G
127 AG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTTGTATGAA-TAG
* * * * *
1759 AAATAATT-TTTTATGACAGAACCAAAG-GTCATAACAATTTCAAATAGATATTTATTCAAAATA
1 AAACAATTGTTTTATGACA-AAACAAAGTGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTC-AAATA
* * * *** * ** * *
1822 GTCATGACTATTTGATCTAGTTCAATAAACATATTTACTTTTGAAAATTTTTACTTATTAATTGT
64 GTCATAACTATTTGAACTTGTTTTGTAAACAAATTTA-TTTTTTAAA--TCTACTTATTAATTTT
* * *
1887 T-GAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTAATCTGACTAAG-TTTGTATGAATAG
126 TAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTTGTATGAATAG
** * * * * * *
1940 AAATTATTATTTTATAATAGAAA-AAA--ATCATAACAATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAG
1 AAACAATTGTTTTATGACA-AAACAAAGTGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * *
2002 TCATATCTATTTTGAAC-TGTTTTGGTAAATAGATTTATTTTCTAAATCT-CTTATTAATTTTT-
65 TCATAACTA-TTTGAACTTGTTTT-GTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTACTTATTAATTTTTA
** * * * * * ** * *
2064 GAAATATTAATGGATTAGTATTTTTTTTATTTTGAACAAAC-TTATACAAACAA
128 G-AATATTAATAAATTAGTA-TTATTTTATTCTGAATAAGCTTTGTATGAATAG
* * * * ** *
2117 AAATATTTATTTTATGACAAAATAAAAG-GTCATAATGATTTGAGA-AGATAATTGTTCAAATAG
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAGTGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * ** * * *
2180 TCATAATTATTTGAACTGGTTAGGTAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTACATATTAAATTTT
65 TCATAACTATTTGAACTTGTTTTGTAAACAAATTTATTTTTTAAA--TC-TACTTATTAATTTTT
* * * * *
2245 -GATATATTAATAAATGCA-TTTTATTTTATTCCGAATAAGC-TAGTATGAATTG
127 AGA-ATATTAATAAAT-TAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTTGTATGAATAG
* * *
2297 AAAAAATTGTCTTATGACAAAAC-AA-----A-AACAATTTGAAATAGATAACTGTT-AATATAG
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGTGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAA-ATAG
* * * * **** * *
2354 T-TTAATTATTAGAACTAGTTCAACAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTC
65 TCATAACTATTTGAACTTGTTTTGTAAACAAATTTATTTTTTAAA--TC-TACTTATTAATTTTT
* * * * *
2418 AAAATATTATTATATTAGTATTATTTTATT-TCAAATAAGC-TTGTAGGAATAG
127 AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAATAAGCTTTGTATGAATAG
* * *
2470 AAATAATTGTTTTATGATAGAACAAA
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA
2496 AGGTTATAGT
Statistics
Matches: 1768, Mismatches: 371, Indels: 340
0.71 0.15 0.14
Matches are distributed among these distances:
163 7 0.00
164 3 0.00
165 18 0.01
166 67 0.04
167 75 0.04
168 64 0.04
169 58 0.03
170 36 0.02
171 47 0.03
172 34 0.02
173 153 0.09
174 153 0.09
175 87 0.05
176 137 0.08
177 146 0.08
178 74 0.04
179 79 0.04
180 144 0.08
181 336 0.19
182 42 0.02
183 3 0.00
184 5 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (179 bp):
AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGTGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
CATAACTATTTGAACTTGTTTTGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTACTTATTAATTTTTAGAA
TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTTGTATGAATAG
Found at i:931 original size:355 final size:346
Alignment explanation
Indices: 6--3066 Score: 1204
Period size: 342 Copynumber: 8.7 Consensus size: 346
1 ATATT
* * * * *
6 AACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAAGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCA
1 AACAGAAACAAATATTTTATGACAAAACAAAATA-T-ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * * * *
71 AATAGTTATAATTATTTGAAC-TAGTTCAGTAAATAGAATTATTTTATAAATC-TCTTATAAATT
64 AATAGTCATAACTATTTGAACTTAG----GTAAATAG-ATTTTTTTTTAAATCTTCTTATTAATT
* * * * * *
134 TTAGAAATATTAATAAATTAATTTTATTCTATTTCAAATAAGCTTGTATGAGTTGAAA-AATT-A
124 TT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATT-T-TTTCGAATAAGCTTTTATGAATAGAAACAATTGA
* * * *
197 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCATATAGTCTTAGCTAT
186 -TTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-ATAACTAT
* * * * *
262 TTGAACTGGTTTGACAAACATATTCATTTTTTAAATCTTAGTTATTAATTTTTAGAATATTATTA
248 TTGAACTGTTTTGACAAACAAATTCATTTTTTAAATCTAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATA
* *
327 AATTAGTATATTTTATTCTGAATAAGCTTTTATG
313 AATTAGTATATTTTATTCTAAATAAGATTTTATG
* * *
361 AACATAAACAAATTTTTTATGA-AAAA-AAGAT-TAT-A-AATTTG-AATAGATAATTGTTCAAA
1 AACAGAAACAAATATTTTATGACAAAACAAAATATATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * *
420 TAGTCATAACTATTTGAAATT-GTTCAAAATAGATTTTTTTTTAAAT-GTCTTATTAATTCTTGA
66 TAGTCATAACTATTTGAACTTAGGT--AAATAGATTTTTTTTTAAATCTTCTTATTAATT-TTGA
*
483 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAAT-AGTTTTGTATGAATAGAAACAATTG-TTTG
128 AATATTAATAAATTAGTATTATTTT-TTC-GAATAAGCTTT-TATGAATAGAAACAATTGATTT-
* * * * * * *
546 ATGATAAAACAAAGTGTCATACCTATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATGGATATGACTATTTGA
189 ATGACAAAACAAA-AGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TATAACTATTTGA
** *
611 ACTTGTTTTG-TGAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAA
252 AC-TGTTTTGACAAACAAATTCATTTTTTAAATCT--AACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAA
*
675 ATTAGTATTATTTTATT-TCAAATAA-ATTTGTATT
314 ATTAGTA-TATTTTATTCT-AAATAAGATTT-TATG
*** * * *
709 ATTGGAAACAACTATTTTATGACAAAACAAAATATCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAA
1 AACAGAAACAAATATTTTATGACAAAACAAAATAT-ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
*
774 ATAGTCATAACTATTTGAACTCCTAGGTAAACAGATTTTTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTT
65 ATAGTCATAACTATTTGAACT--TAGGTAAATAGATTTTTTTTTAAATC--TT-CTTATTAATTT
*** * * *
839 TGGTCTTTTAA-GAATTAGTATTATTTTTTCGAATAAGCTTTTATGAACAGAAACAATTGATTTA
125 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTTCGAATAAGCTTTTATGAATAGAAACAATTGATTTA
* *
903 TGACAAAACAAAAGACATAACAATTTGAAGTAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
190 TGACAAAACAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-ATAACTATTTGAAC
** * * * * *
968 -GTGTTCAAAAAACATACTT-ATTTTTTAAATTTTTACTTA-TAA-TTTTAAAAT-TTAATAAAT
254 TGT-TTTGACAAACA-AATTCATTTTTTAAA-TCTAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAAT
* * **
1028 T--TAATATTTTA-T-GAAAT-A-CTTGCAT-
316 TAGT-ATATTTTATTCTAAATAAGATTTTATG
* * *** ***
1053 -A-AGAATCAATTATTTTATGTACAAAACAAAAGCCATAATGTTTTGAGAATA-ATAATTGTTC-
1 AACAGAAACAAATATTTTATG-ACAAAACAAAATATATAACAATTTGA-AATAGATAATTGTTCA
* ** * * * * * * * *
1114 TATA-TCATAACTATTAAAATATGTTGGTTAACAAATATTAACATTGTTTAATTTCTTTACTCAT
64 AATAGTCATAACTATTTGAA-CT-TAGG-TAA-ATAGATT---TTTTTTTAA-ATC-TT-CTTAT
* * * *
1178 TAA-TTT--AATATTAAT-AATTAGTATTATTTATTTCTAGATAAGCTTATAT-AGTTGAAAC-A
119 TAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTT-TTTCGA-ATAAGCTTTTATGAATAGAAACAA
* * * * * * * * * *
1237 TTGTTTTAT-ATCAAAATAAAGACTCATTATAATTTG-CATAAACAATTATTCAAATAGTCATGA
182 TTGATTTATGA-CAAAACAAA-AGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-ATAA
* * * *
1300 CTATTTGAA-T-TTATT--CAGTACATATTTATGTTTTATAAATCTTTTACTTA-TAA-TTTT-G
244 CTATTTGAACTGTT-TTGACA-AACAAATTCAT-TTTT-TAAATC--TAACTTATTAATTTTTAG
* *
1358 CAATA-TAAT-AA-TATTAT-TTTTA-TC-CAAT-A-A--TTAT-
303 -AATATTAATAAATTAGTATATTTTATTCTAAATAAGATTTTATG
** * * * *
1392 AA-ATTAAC-AA-GTTTTATGACAAAACAAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCA
1 AACAGAAACAAATATTTTATGACAAAACAAAATA-T-ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* ** * *
1454 AATAGTTATAAAAGATTTGAATCTT-GTTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTAT
64 AATAGTCAT-AACTATTTGAA-CTTAG---G-TAAATAGATTT-TTTTTTAAATC--TT-CTTAT
* * * *
1518 TAATTGTCT-TAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTAGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-
119 TAATT-T-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-TTCG-AATAAGCTTTTATGAATAGAAAC
* * * * * * * *
1581 AAATCATTGTATGACAAAATAAAAAGTTATAGCAATTTCAAATAGATAATTGTTAAAATAGTCAC
180 AATTGATT-TATGACAAAA-CAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-AT
* * * * * * *
1646 AATTATTT-ACACT-TGTTCAGTAAATATATTCATTTTATAAATCTCTTAA-TTATTAATTTTT-
242 AACTATTTGA-ACTGTTTTGA-CAAACAAATTCATTTTTTAAA--TC-TAACTTATTAATTTTTA
* * * * *
1707 GAAATATTAATAACTTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATG
302 G-AATATTAATAAATTAGTA-TATTTTATTCTAAATAAGATTTTATG
* * * * * ** * * *
1754 AACTGAAA-TAATTTTTTATGACAGAACCAAAGGTCATAACAATTTCAAATAGATATTTATTCAA
1 AACAGAAACAAATATTTTATGACAAAACAAAATAT-ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTC-A
* * * * * * *
1818 AATAGTCATGACTATTTGATC-TAGTTCAATAAACATATTTACTTTTGAAAATTTTTACTTATTA
64 AATAGTCATAACTATTTGAACTTAGGT-AA-ATAGAT-TTT--TTTT-TAAA-TCTT-CTTATTA
* * * **
1882 ATTGTTGAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTAATCTGACTAAG-TTTGTATGAATAGAAATTA
121 ATT-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-TTC-GAATAAGCTTT-TATGAATAGAAACAA
* * * * *
1946 TT-ATTTTATAATAGAAA-AAAA-TCATAACAATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAT
182 TTGA-TTTATGACA-AAACAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-ATAA
** * * * *
2008 CTATTTTGAACTGTTTTGGTAAATAGATTTATTTTCTAAATCT--CTTATTAATTTTT-GAAATA
244 CTA-TTTGAACTGTTTTGACAAACAAATTCATTTTTTAAATCTAACTTATTAATTTTTAG-AATA
** * * * * * **
2070 TTAATGGATTAGTATTTTTTTTATTTTGAACAA-ACTTATACA
307 TTAATAAATTAGTA--TATTTTATTCTAAATAAGA-TTTTATG
* * ** * ** ** *
2112 AACAAAAATATTTATTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAGA-AGATAATTGTTCAA
1 AACAGAAACAAATATTTTATGACAAAACAAAATAT-ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
* * * * *
2176 ATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTAGGTAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTACATATTAAA
65 ATAGTCATAACTATTTGAAC---TTAGGTAAA-TAGATTTTTTTTTAAA--TCTT-CTTATT-AA
* * * ** * *
2241 TTTTGATATATTAATAAATGCA-TTTTATTTTATTCCGAATAAGCTAGTATGAATTGAAAAAATT
122 TTTTGAAATATTAATAAAT-TAGTATTATTTT-TT-CGAATAAGCTTTTATGAATAGAAACAATT
* * *
2305 G-TCTTATGACAAAAC--AA---A-AACAATTTGAAATAGATAACTGTT-AATATAGTTTAATTA
184 GAT-TTATGACAAAACAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAA-ATAGTATAACTA
* ** * * * * *
2362 TTAGAACTAG-TTCAACAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTCAAAATATT
247 TTTGAACT-GTTTTGACAAACAAATTCATTTTTTAAA--TCTAACTTATTAATTTTTAGAATATT
* * * * *
2426 ATTATATTAGTATTATTTTATT-TCAAATAAGCTTGTAGG
309 AATAAATTAGTA-TATTTTATTCT-AAATAAGATTTTATG
* * * * * * *** * * * * *
2465 AATAGAAATAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGGT-TATAGTGATTTGAAGTATACATTTGTTTA
1 AACAGAAACAAATATTTTATGACAAAACAAAA--TATATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * * *
2529 AATAGTCATAATTATTT-AAATT-GGTTCAATA-A---------ACATCTT-TTATTAATTTTTG
64 AATAGTCATAACTATTTGAACTTAGG-TAAATAGATTTTTTTTTAAATCTTCTTATTAA-TTTTG
* * * *
2581 AAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAA-ATTTGTATG-ATCAAAAACAATTG-TT
127 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-TT-CGAATAAGCTTT-TATGAAT-AGAAACAATTGATT
* * ** * * * * * *
2643 ATATGACCAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATACATAATTCTTGAAATGGCCATAATTATTT
188 -TATGACAAAACAAAA-GTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TATAACTATTT
* * * * ** * *
2708 AAATTGATATGGTAAACAAATTCACTTTTTT-AATCT--CTCATTAATTTTTTGAATATTAATAA
250 GAACTGTTTTGACAAACAAATTCA-TTTTTTAAATCTAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAA
* * * *
2770 ATTAGTATCATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATG
314 ATTAGTAT-ATTTTATTCTAAATAAGATTTTATG
* * * * * ** ** ** * *
2804 AACTGAAATAATTATTTTGTAACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTCAATAGACAGTTGTTCAA
1 AACAGAAACAAATATTTTATGACAAAACAAAATAT-ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
* * * * *
2869 ATAGTCGTAACTATTTGAATTTGTTTGGTAAAAAAATTTATTTTTTTAAACTCTTGCTTATTAAT
65 ATAGTCATAACTATTTGAA---CTTAGGTAAATAGA-TT-TTTTTTTAAA-TCTT-CTTATTAA-
* * * *
2934 TTTTGAAATATTAAGAAATTAGTACTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTTATGAACTA-AAACAAT
122 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTT-TTTCGAATAAGC-TTTTATGAA-TAGAAACAAT
* * * ** * *
2998 TGTTTTAT-ATTAAAGCAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGTGATAAC
183 TGATTTATGA-CAAAACAAAA-GTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-ATAAC
3062 TATTT
245 TATTT
3067 AAATTTGTTC
Statistics
Matches: 2075, Mismatches: 417, Indels: 424
0.71 0.14 0.15
Matches are distributed among these distances:
334 7 0.00
335 62 0.03
337 17 0.01
338 13 0.01
339 136 0.07
340 51 0.02
341 35 0.02
342 152 0.07
343 105 0.05
344 94 0.05
345 131 0.06
346 23 0.01
347 93 0.04
348 80 0.04
349 27 0.01
350 57 0.03
351 24 0.01
352 41 0.02
353 69 0.03
354 72 0.03
355 120 0.06
356 69 0.03
357 127 0.06
358 101 0.05
359 114 0.05
360 64 0.03
361 42 0.02
362 75 0.04
363 48 0.02
364 26 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (346 bp):
AACAGAAACAAATATTTTATGACAAAACAAAATATATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
TAGTCATAACTATTTGAACTTAGGTAAATAGATTTTTTTTTAAATCTTCTTATTAATTTTGAAAT
ATTAATAAATTAGTATTATTTTTTCGAATAAGCTTTTATGAATAGAAACAATTGATTTATGACAA
AACAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTATAACTATTTGAACTGTTTTG
ACAAACAAATTCATTTTTTAAATCTAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATATTT
TATTCTAAATAAGATTTTATG
Found at i:1018 original size:21 final size:19
Alignment explanation
Indices: 982--1020 Score: 51
Period size: 21 Copynumber: 1.9 Consensus size: 19
972 TCAAAAAACA
*
982 TACTTATTTTTTAAATTTT
1 TACTTATTTTTAAAATTTT
1001 TACTTATAATTTTAAAATTT
1 TACTTAT--TTTTAAAATTT
1021 AATAAATTTA
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 1, Indels: 2
0.85 0.05 0.10
Matches are distributed among these distances:
19 7 0.41
21 10 0.59
ACGTcount: A:0.33, C:0.05, G:0.00, T:0.62
Consensus pattern (19 bp):
TACTTATTTTTAAAATTTT
Found at i:1580 original size:20 final size:21
Alignment explanation
Indices: 1555--1594 Score: 55
Period size: 20 Copynumber: 2.0 Consensus size: 21
1545 ATTATTTTAT
*
1555 TAGAAATAAGC-TTGTATGAA
1 TAGAAAAAAGCATTGTATGAA
*
1575 TAGAAAAAATCATTGTATGA
1 TAGAAAAAAGCATTGTATGA
1595 CAAAATAAAA
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 2, Indels: 1
0.85 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
20 9 0.53
21 8 0.47
ACGTcount: A:0.47, C:0.05, G:0.17, T:0.30
Consensus pattern (21 bp):
TAGAAAAAAGCATTGTATGAA
Found at i:2254 original size:357 final size:357
Alignment explanation
Indices: 1403--2303 Score: 880
Period size: 357 Copynumber: 2.5 Consensus size: 357
1393 AATTAACAAG
* * * *
1403 TTTTATGACAAAACAAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTTATAAAAG
1 TTTTATGACAAAA-AAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT-AAAT
* * *
1468 ATTTGAATCTTGTTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTTAATAT
64 ATTTGAA-CTAGTTAGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGT-TGAATAT
* * *
1533 TAATAAATTTGTATTATTTTATTAGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATCATTGTATGACAA
127 TAATAAAATAGTATTATTTTATTAGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATCATTGTATAACAA
* * * *
1598 AATAAAAAGTTATAGCAATTTCAAATAGATAATTGTTAAAATAGTCACAATTATTTACACTTGTT
192 AATAAAAAGTCATAACAATTTCAAATAAATAATTGCTAAAATAGTCACAATTATTTACACTTGTT
*
1663 CAGTAAATATATTCATTTTATAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGAAATATTAATAACTTAGTAT
257 CAGTAAATAGATTCATTTTATAAATCTC---ATTATTAATTTTTGAAATATTAATAACTTAGTAT
* * ** **
1728 TATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACTGAAATAATT
319 TATTTTATTTTGAACAAACTTATACAAACAAAAATAATT
* ** * * * *
1767 TTTTATGACAGAACCAAAGGTCATAACAATTTCAAATAGATATTTATTCAAAATAGTCATGACTA
1 TTTTATGACAAAAAAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTC-AAATAGTCATAAATA
* **
1832 TTTGATCTAGTTCA-ATAAACATATTTACTTTTGAAAAT-TTTTACTTATTAATTGTTGAAATAT
65 TTTGAACTAGTT-AGATAAACATATTTA-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTTG-AATAT
* * ** * * *
1895 TAATAAAATAGTATTATTTTAATCT-G-ACTAAGTTTGTATGAATAGAAATTATTATTTTATAAT
127 TAATAAAATAGTATTATTTT-AT-TAGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATCATTGTATAAC
* * * *
1958 AGAA-AAAAA-TCATAACAATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCA-TATCTATTTTGA-AC
190 AAAATAAAAAGTCATAACAATTTCAAATAAATAATTGCTAAAATAGTCACAAT-TA-TTT-ACAC
** * * *
2019 -TGTTTTGGTAAATAGATTTATTTTCTAAATCTC-TTATTAATTTTTGAAATATTAATGGA-TTA
252 TTG-TTCAGTAAATAGATTCATTTTATAAATCTCATTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AACTTA
* *
2081 GTATTTTTTTTATTTTGAACAAACTTATACAAACAAAAATATTT
315 GTA-TTATTTTATTTTGAACAAACTTATACAAACAAAAATAATT
* ** * * *
2125 ATTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAGA-AGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTA
1 -TTTTATGACAAAAAAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAATA
* * * * * *
2189 TTTGAACTGGTTAGGTAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTACATATTAAATT-TTGATATATT
65 TTTGAACTAGTTAGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT-AATTGTTGA-ATATT
* * * *
2253 AAT-AAAT-GCATTTTATTTTATTCCG-AATAAGCTAGTATGAATTGAAAAAAT
128 AATAAAATAG--TATTATTTTATT-AGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAAT
2304 TGTCTTATGA
Statistics
Matches: 440, Mismatches: 76, Indels: 49
0.78 0.13 0.09
Matches are distributed among these distances:
355 2 0.00
356 16 0.04
357 111 0.25
358 47 0.11
359 31 0.07
360 36 0.08
361 36 0.08
362 91 0.21
363 48 0.11
364 22 0.05
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (357 bp):
TTTTATGACAAAAAAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAATAT
TTGAACTAGTTAGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTTGAATATTAAT
AAAATAGTATTATTTTATTAGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATCATTGTATAACAAAATA
AAAAGTCATAACAATTTCAAATAAATAATTGCTAAAATAGTCACAATTATTTACACTTGTTCAGT
AAATAGATTCATTTTATAAATCTCATTATTAATTTTTGAAATATTAATAACTTAGTATTATTTTA
TTTTGAACAAACTTATACAAACAAAAATAATT
Found at i:2673 original size:162 final size:161
Alignment explanation
Indices: 2406--2713 Score: 379
Period size: 162 Copynumber: 1.9 Consensus size: 161
2396 AATCTCTTAG
* * * * * *
2406 TTATTAATTTTCAAAATATTATTATATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTAGGAATAGA
1 TTATTAATTTTCAAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTAGGAATAAA
* * * * * * * *
2471 AATAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAGTGATTTGAAGTATACAT-TTGTTTAAATAGT
66 AACAATTGTTATATGACAGAACAAAAGGTAATAATGATTTGAA--ATACATATTCTTGAAATAGC
2535 CATAATTATTTAAATTGGTTCAATAAACATCTT
129 CATAATTATTTAAATTGGTTCAATAAACATCTT
** * *
2568 TTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAATTTGTATG-ATCAA
1 TTATTAATTTTCAAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTAGGAAT-AA
*
2632 AAACAATTGTTATATGACCA-AACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATACATAATTCTTGAAATGG
65 AAACAATTGTTATATGA-CAGAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATACAT-ATTCTTGAAATAG
2696 CCATAATTATTTAAATTG
128 CCATAATTATTTAAATTG
2714 ATATGGTAAA
Statistics
Matches: 123, Mismatches: 19, Indels: 8
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
160 6 0.05
161 2 0.02
162 114 0.93
163 1 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.06, G:0.11, T:0.42
Consensus pattern (161 bp):
TTATTAATTTTCAAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTAGGAATAAA
AACAATTGTTATATGACAGAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATACATATTCTTGAAATAGCCA
TAATTATTTAAATTGGTTCAATAAACATCTT
Found at i:3064 original size:182 final size:180
Alignment explanation
Indices: 2568--3162 Score: 582
Period size: 177 Copynumber: 3.3 Consensus size: 180
2558 TAAACATCTT
* *** * * *
2568 TTATTAA-TTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAA-ATTTGTATGATCA
1 TTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTTGTATGAACT
* * * * * * * *
2631 AAAACAATTGTTATATGACCAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATACATAATTCTTGAAATGG
65 AAAACAATTGTTTTAT-AACAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAG
** * * * * * *
2696 CCATAATTATTTAAATTGATATGGTAAACAAATTCACTTTTTT-AA-TC-T-C
129 TGATAACTATTTAATTTG-TTTGGTAAAAAAATTTATTTTTTTAAACTCTTGC
* * *
2745 TCATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATCATTTTATTTTGAATAAGC-TTGTATGAACTG
1 TTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTTGTATGAACTA
* * * * * * *
2809 AAATAATTATTTTGTAACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTCAATAGACAGTTGTTCAAATAGT
66 AAACAATTGTTTTATAAC-AAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGT
2874 CG-TAACTATTTGAATTTGTTTGGTAAAAAAATTTATTTTTTTAAACTCTTGC
130 -GATAACTATTT-AATTTGTTTGGTAAAAAAATTTATTTTTTTAAACTCTTGC
* * * *
2926 TTATTAA-TTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTACTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTTATGAACT
1 TTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTTGTATGAACT
**
2990 AAAACAATTGTTTTATATTAAAGCAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAG
65 AAAACAATTGTTTTATAACAAA-CAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAG
** * *
3055 TGATAACTATTTAAATTTGTTCAGTAAATAGATTT-TTTTTTTCAAAC-CTTGAGC
129 TGATAACTATTT-AATTTGTTTGGTAAAAAAATTTATTTTTTT-AAACTCTT--GC
* * * *
3109 TTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTTGGATTATTTTATTATGAATAAGCTT
1 TTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTT
3163 CTAAGATATG
Statistics
Matches: 341, Mismatches: 60, Indels: 28
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
176 2 0.01
177 121 0.35
178 13 0.04
179 2 0.01
180 7 0.02
181 55 0.16
182 93 0.27
183 42 0.12
184 6 0.02
ACGTcount: A:0.38, C:0.08, G:0.11, T:0.43
Consensus pattern (180 bp):
TTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTTGTATGAACTA
AAACAATTGTTTTATAACAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGTG
ATAACTATTTAATTTGTTTGGTAAAAAAATTTATTTTTTTAAACTCTTGC
Found at i:3197 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 3173--3216 Score: 81
Period size: 18 Copynumber: 2.4 Consensus size: 19
3163 CTAAGATATG
3173 AAACAAATATTTTATGACT
1 AAACAAATATTTTATGACT
3192 AAAC-AATATTTTATGACT
1 AAACAAATATTTTATGACT
3210 AAACAAA
1 AAACAAA
3217 AGGTAAAAAA
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 0, Indels: 2
0.92 0.00 0.08
Matches are distributed among these distances:
18 18 0.75
19 6 0.25
ACGTcount: A:0.52, C:0.11, G:0.05, T:0.32
Consensus pattern (19 bp):
AAACAAATATTTTATGACT
Found at i:5184 original size:183 final size:180
Alignment explanation
Indices: 4318--8500 Score: 1130
Period size: 181 Copynumber: 23.2 Consensus size: 180
4308 AGATTGATTG
* * * * * * * *
4318 TTCAAATAGTCA-AATCTATTTAAACTTGTTCGATAAATAGATTTATCTTTTTAAATCTCTTGCT
1 TTCAACTAGTCATAA-CTATTTGAACTTGTT-GATAAACAAATTTAT-GTTTTAAATCTCCTACC
* * * * * *** * *
4382 TATTAATTTTTTA-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTGTTTTGAATAAACTTGTATGAATTGA
63 TATTAA-TTTTTAGAATATGAATAAACTAGCATTATTTTATTCCAAATAAACATGTATGAATAGA
* * ** * * * * * *
4446 AAAAATT-TCTTTATGATTAAACAAAATATTAGAACAATTTGAAATAGATAATTG
127 AATAATTGT-TTTATAACAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATAATTA
** ** * * ** *
4500 TTCTAA-TAGTGTTAACTATTTGAA-TTGGTTCGGCAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACT
1 TTC-AACTAGTCATAACTATTTGAACTT-GTT-GATAAACAAATTTATGTTTTAAATCTCCTACC
* * ** * * ** *** * *
4563 TATTAATTTTT-GTAATATTATTAAGTTAGTATTAATTTAATT-TGAATAAGGTTGTATTAA-AA
63 TATTAATTTTTAG-AATATGAATAAACTAGCATT-ATTTTATTCCAAATAAACATGTATGAATAG
* * * * *
4625 AAACAATTGTTTTATAACAAAA-TAAAGATCATAACGATTTGAGATAGATAA-TA
126 AAATAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATAATTA
* * * * *
4678 GTTCAAATAGTCATAACTATTTTAA-TTATTTCA-AAAAATAGATTTA-GTTTTAAATCT-CT--
1 -TTCAACTAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTGATAAACA-A-ATTTATGTTTTAAATCTCCTAC
* * * * ** * *** * *
4737 -TATTAATTTTCAAAATATTAATAGA-TAAATATTATTTTATTCTAAATAATTTTGCATAAATAG
62 CTATTAATTTTTAGAATATGAATAAACT-AGCATTATTTTATTCCAAATAAACATGTATGAATAG
* * * * * *
4800 AAACAATTGTTTTATTA-AAAACAAAAGGTCATAACAACTTGAAATAGATAATTA
126 AAATAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATAATTA
* * * *
4854 TTCAAATGGACATGACTATTTGAACTTGTTGATAAACAAATTTATGTTTTAAATCTCCTACCTAT
1 TTCAACTAGTCATAACTATTTGAACTTGTTGATAAACAAATTTATGTTTTAAATCTCCTACCTAT
* * * * *
4919 TAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTCTTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAATAGAAATA
66 TAATTTTTAGAATATGAATAAACTAGCATTATTTTATTCCAAATAAACATGTATGAATAGAAATA
* * * *
4984 ATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATACTTG
131 ATTGTTTTATAACAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATAATTA
* * * **
5034 TTCATCTAGTCATAACTATTTGAACTTGCTT-AGTAAAGC-GATTTATTTTTTTAAAATCTTTTA
1 TTCAACTAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTGA-TAAA-CAAATTTA-TGTTTT-AAATCTCCTA
* * * * * *
5097 CTTATTAATTTTTGGAATATGAATAAACTAGCATTATTTTATTTCGAATACACATGTTTGAATAG
61 CCTATTAATTTTTAGAATATGAATAAACTAGCATTATTTTATTCCAAATAAACATGTATGAATAG
*
5162 AAATAATTGGTTTATAACAAAACAAAA-AGTCATAACTATTTGAAATAAATAATTA
126 AAATAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGA-TCATAACTATTTGAAATAAATAATTA
* * * * * * *
5217 TTTAACTAATAATAACTATTTGAA-TGTGTTTTATGATAA-AAATCTTAACTATTTGAACTAGTT
1 TTCAACTAGTCATAACTATTTGAACT-TG-TTGAT-A-AACAAAT-TT-A-TGTTTTAA--A-TC
** * * * * * *** ** * *
5280 TGGCAAACAC-ATTTATTTTTTA-AATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTATT--AAATTA
56 T--CCTAC-CTA-TTAATTTTTAGAA--TATGA---ATAAACTAGCATTATTTTATTCCAAATAA
** * ** * * * ** * * * **
5341 GTAT-TATTTTAATCTAAATAAGCTGGTGTGA-AA-AGAAACAATTGTTTTATGAA-AAAAT-AA
112 ACATGTA--TGAATAGAAATAA--TTGTTTTATAACA-AAACAAAAG-ATCAT-AACTATTTGAA
**
5401 A-AAGCATAACGA
170 ATAA--ATAATTA
* * * *
5413 TTTAAGATAG--ATAATTATTCAAATAGCCATAACTAT-TTGAACTGTTTCAGTA-AATAGATTT
1 TTCAA-CTAGTCATAACTATT----T-G----AACT-TGTTG-A-----T-A-AACAA---ATTT
* * * * * * * ***
5474 A-GTTTTTAAATCT-CT---TATTAATTTTCAAAATATTAGTAGATTAGTATTATTTTATTTTGA
44 ATG-TTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTTAGAATATGAATAAACTAGCATTATTTTATTCCAA
*** * * * * * * *
5534 ATAATTTTGCATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATATCATAACGATTTGAAACA
108 ATAAACATGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAATA
*
5599 GATAATTA
173 AATAATTA
* * * * * * * *
5607 TTCAAATGGACATGATTATTTGAACTTGTTCGGTAAGCAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTA
1 TTCAACTAGTCATAACTATTTGAACTTGTT-GATAAACAAATTTATGTTTTAAATCTCCTACCTA
* * * *** * * * *
5672 TTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATGTGAATAGAAAC
65 TTAATTTTTAGAATATGAATAAACTAGCATTATTTTATTCCAAATAAACATGTATGAATAGAAAT
* * * * *
5737 AATTGCTTTATGACAAAATAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATGATTG
130 AATTGTTTTATAACAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATAATTA
* * * * * * ** *
5788 TTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTACG-CGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTT
1 TTCAACTAGTCATAACTATTTGAACTT--GTTGATAAACAAATTTATGTTTTAAATCTCCTACCT
* * * * * ** * * *
5852 ATTAATTTTTGGAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTCAAATACGCTTGTATGAACAAAAA
64 ATTAATTTTTAGAATATGAATAAACTAGCATTATTTTATTCCAAATAAACATGTATGAATAGAAA
* * * * * * * *
5917 CAATTGGTTTATGATAAAACAAAAGGTCATGACTATTTGAAATAGATAATTG
129 TAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATAATTA
* ** * * ** *
5969 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAAAGTGTTCAGA-AAATAGATTTAT-TTTTAAAT-TTTTACTT
1 TTCAACTAGTCATAACTATTTGAACTTGTT--GATAAACAAATTTATGTTTTAAATCTCCTACCT
* * * * * * * * *
6031 ATTAATTTTTGGAATATTAACAAATTTA-TATTATTTTATT-CAATATAAGCTTGTATGAACAAA
64 ATTAATTTTTAGAATATGAATAAA-CTAGCATTATTTTATTCCAA-ATAAACATGTATGAATAGA
* * * * * *
6094 AACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTT
127 AATAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGATCATAACT-ATTTGAAATAAATAATTA
* * * * * * **
6148 TTCAAATAGTCATAACCATTTGAACTTGTTCGGT-AATAAATTCATTTTTTAAATCT-CTTTCTC
1 TTCAACTAGTCATAACTATTTGAACTTGTT-GATAAACAAATTTATGTTTTAAATCTCCTACCT-
* * * * ** * * * *
6211 ATTAATTTTTAGAGTATTAATAAATTAGTA-TATTTTATTTTAAATAAGCCTATATGAA-ATGAT
64 ATTAATTTTTAGAATATGAATAAACTAGCATTATTTTATTCCAAATAAACATGTATGAATA-GAA
* * ** * * * *
6274 ACAATTG-TTTATGATGAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATTATTA
128 ATAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATAATTA
* * * * * ** *
6326 TTCAAATAATTATAACTATTTAAACTTGTTCGATAAACATATTTAT-TTTTAAAATCTTATACTT
1 TTCAACTAGTCATAACTATTTGAACTTGTT-GATAAACAAATTTATGTTTT-AAATCTCCTACCT
* * * * ** * * ** * * *
6390 ATTAGTTTTCAAAATATTAATAAACTAATATTATTTGAATCTGAATAAGCTTGTATGAA-CGAAA
64 ATTAATTTTTAGAATATGAATAAACTAGCATTATTTTATTCCAAATAAACATGTATGAATAG-AA
* ** * *
6454 ACAATTGTTTTATGGCAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAAATATTTA
128 ATAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGATCATAACT-ATTTGAAATAAATAATTA
* * * ** * *
6507 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTAGTAAACAAATTTAT-TTTTCAAATCTTTTGCTT
1 TTCAACTAGTCATAACTATTTGAACTTGTTGA-TAAACAAATTTATGTTTT-AAATCTCCTACCT
* * * * * * * *
6571 ATTAATTATCT-GAATGAT-AAT-AACTTTGTATTATTTTAATT-GAAATAAGCTTATAAGAATA
64 ATTAATT-TTTAGAAT-ATGAATAAAC-TAGCATTATTTT-ATTCCAAATAAACATGTATGAATA
* * * * * * * ** *
6632 GCAAA-AATTATTTTATGATAAAATAAAAGGTTATGA-TGATTTGAAATAGGTAATTG
125 G-AAATAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGATCATAACT-ATTTGAAATAAATAATTA
* * * * * * **
6688 CTCAAATAGTGATAACTATTTAAACTTGTTTGATAAAC-AATTTCA-GTTTTTAAATATCTTATT
1 TTCAACTAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTGATAAACAAATTT-ATG-TTTTAAATCTCCTACC
* * * * * * *
6751 TATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAA
63 TATTAATTTTTAGAATATGAATAAACTAGCATTATTTTATTCCAAATAAACATGTATGAATAGAA
* * * *
6816 ACAATTGTTTTGTGACAAAACAAAA-AGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTA
128 ATAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGA-TCATAACT-ATTTGAAATAAATAATTA
* * * *** * * ** *
6869 TTCAAAC-AGTCATAACTATTTGCACTGGTCAGGCCAACAGATTCAT-TATTTAAATCTGTTACT
1 TTC-AACTAGTCATAACTATTTGAACTTGT-TGATAAACAAATTTATGT-TTTAAATCTCCTACC
* * * *
6932 TATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTCCAAATAAA-ATTGTATCAATAGA
63 TATTAATTTTTAGAATATGAATAAACTAGCATTATTTTATTCCAAATAAACA-TGTATGAATAGA
* * * * * * *
6996 AATAATTGTTTAATGACAAAACAAATGGTCATAACAATATGAAATAAATAATTG
127 AATAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATAATTA
* * * * * * * *
7050 TTTAAATTGTTATAACTAATTGAACTAGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCT-CT---TA
1 TTCAACTAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTGATAAACAAATTTATGTTTTAAATCTCCTACCTA
* * * ** * * * *
7111 TTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAACAAA-ATTATATGAACA-AAA
65 TTAATTTTTAGAATATGAATAAACTAGCATTATTTTATTCCAAATAAACA-TGTATGAATAGAAA
* * * **
7174 -ACATTCATTTTATGACAAAACAAAAG-TACATAATTATTTGAAATGGATAATTA
129 TA-ATT-GTTTTATAACAAAACAAAAGAT-CATAACTATTTGAAATAAATAATTA
* * * * * * * **
7227 TTCATA-TAG-CTTTAACTATTTGAA-TGGTTCAACAAACAAATTTAT-TTTCAAATGTCATAAT
1 TTCA-ACTAGTC-ATAACTATTTGAACTTGTT-GATAAACAAATTTATGTTTTAAATCTCCTACC
* * * * ** * * * * * *
7288 TATTAATTTTCATAATATTATTAGAA-TAATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACATA
63 TATTAATTTTTAGAATATGAATA-AACTAGCATTATTTTATTCCAAATAAACATGTATGAATAGA
* * * * * * *
7352 AAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAA-TGACTTGAAATATATAATTG
127 AATAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGATCATAACT-ATTTGAAATAAATAATTA
* * * *
7406 TTCAAATAGTCATAATTATTTGAA-TTGGTTCAGTAAAC-AA---A-----T-AATCTCCTACTT
1 TTCAACTAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTGA-TAAACAAATTTATGTTTTAAATCTCCTACCT
* * * * * **** *
7460 ATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTTTTTTATTCTAAATAGGGTTGTATG-ATGAAA
64 ATTAATTTTTAG-AATATGAATAAACTAGCATTATTTTATTCCAAATAAACATGTATGAAT-AGA
* * * * * *
7523 AACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAAGTTCA-AAATGATTTGAAATAGATAA-TA
127 AATAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGATCATAACT-ATTTGAAATAAATAATTA
* * * * *** * **
7576 GTTTAAATGGCCATAACTATTTGAA-TTGATTGAATAAATTGATTTATGTTTTAAATTTCC-AAA
1 -TTCAACTAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTG-ATAAACAAATTTATGTTTTAAATCTCCTACC
* * * ** **** * * *
7639 TTTTCAATTTTT-GAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAA-AT
63 TATT-AATTTTTAG-AATATGAATAAACTAGCATTATTTTATTCCAAATAAACATGTATGAATA-
* * * * * * *
7702 GAAACAATTATTTTATAATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTGAAAT-GATAATTG
125 GAAATAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGATCATAACTA-TTTGAAATAAATAATTA
* * * * * * * * * * *
7758 TTCAAATAGTTATAATTATTTAAACTTGTTTGGTTAATAGATTTATGTTTTTAAAT-TGCTTGCT
1 TTCAACTAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTGATAAACAAATTTATG-TTTTAAATCT-CCTACC
* * * * ** * * ** *
7822 TTTTAATTTCTTA-AATGTTAATAAAATAATATTATTTTATTTCGAATAAGTATGTATGAATTGA
63 TATTAATTT-TTAGAATATGAATAAACTAGCATTATTTTATTCCAAATAAACATGTATGAATAGA
* * * * * * * *
7886 AACAATTATTTTATAACTAAATAAAAGGTCAGAA-TGATTTGAAATAGATAATTG
127 AATAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGATCATAACT-ATTTGAAATAAATAATTA
* * * * * * * *
7940 TTCTAA-TAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCAACAAATATATTTAT-TTTTAAATCTCTTACTT
1 TTC-AACTAGTCATAACTATTTGAACTTGTT-GATAAACAAATTTATGTTTTAAATCTCCTACCT
* * * * *** * * * ***
8003 ATAAATTTTTAAAATATTATTAGTTTAGCAATATTTTACTCCGAATAAGTTTGTAT-AGATAGAA
64 ATTAATTTTTAGAATATGAATAAACTAGCATTATTTTATTCCAAATAAACATGTATGA-ATAGAA
* ** * * * * * *
8067 ACAACCGTTTAATGACAAAAC-AAAGATCATACCAATTTGAGATAGATAATTA
128 ATAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATAATTA
* * * * * *
8119 TTTAAATACTCATAACTATTTAAAC-TGTCTGGTAAACAGATTTA-GTTTTTAAATCT-CT---T
1 TTCAACTAGTCATAACTATTTGAACTTGT-TGATAAACAAATTTATG-TTTTAAATCTCCTACCT
* * * * * ***
8178 ATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAATTTTGTATGAATAGAAA
64 ATTAATTTTTAGAATATGAATAAACTAGCATTATTTTATTCCAAATAAACATGTATGAATAGAAA
* * ** * *
8243 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAAAAATTTAAAACAAATAATTA
129 TAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATAATTA
* * * ** * * * ** *
8295 TTTAAATATTCATAACTATTTGAACTCACTAGTTAAACAAATTTAT-TTTTTAATCTTTTACTTA
1 TTCAACTAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTGATAAACAAATTTATGTTTTAAATCTCCTACCTA
* * * * * * * * * * *
8359 TTTATTTTTGGAATTTTAATAAA-T--TATTATTTTATT-CTAATAAGCTTTTATGAATAAAAAC
65 TTAATTTTTAGAATATGAATAAACTAGCATTATTTTATTCCAAATAAACATGTATGAATAGAAAT
** * * *
8420 AATTGTTTTATGGCAAAACAAAA-AGTCATCA-TGATTTGAAATAGATAATTG
130 AATTGTTTTATAACAAAACAAAAGA-TCATAACT-ATTTGAAATAAATAATTA
* * * *
8471 TTCAAATAGCCATAACTATTTAAACGTGTT
1 TTCAACTAGTCATAACTATTTGAACTTGTT
8501 CAAAAAATAT
Statistics
Matches: 3108, Mismatches: 668, Indels: 457
0.73 0.16 0.11
Matches are distributed among these distances:
170 7 0.00
171 124 0.04
172 2 0.00
173 8 0.00
174 46 0.01
175 161 0.05
176 172 0.06
177 150 0.05
178 120 0.04
179 497 0.16
180 288 0.09
181 940 0.30
182 213 0.07
183 148 0.05
184 4 0.00
185 7 0.00
186 11 0.00
187 2 0.00
188 2 0.00
190 6 0.00
191 9 0.00
192 4 0.00
193 10 0.00
194 32 0.01
195 63 0.02
196 29 0.01
197 10 0.00
198 5 0.00
199 9 0.00
200 4 0.00
203 2 0.00
204 3 0.00
205 2 0.00
206 2 0.00
207 1 0.00
209 10 0.00
210 1 0.00
211 2 0.00
212 2 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
TTCAACTAGTCATAACTATTTGAACTTGTTGATAAACAAATTTATGTTTTAAATCTCCTACCTAT
TAATTTTTAGAATATGAATAAACTAGCATTATTTTATTCCAAATAAACATGTATGAATAGAAATA
ATTGTTTTATAACAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATAATTA
Found at i:5737 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 5262--8559 Score: 2761
Period size: 181 Copynumber: 18.4 Consensus size: 181
5252 ATAAAAATCT
* * * * *
5262 TAACTATTTGAACTAGTTTGGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAA
1 TAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGA
* * * * *
5327 ATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCTAAATAAGCTGGTGTGAAAAGAAACAATTGTTTTATG
66 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
* * * * *
5392 AAAAAATAAAAAG-CATAACGATTT-AAGATAGATAATTATTCAAATAGCCA
131 ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA-ATAGATAATTATTCAAATAGTCA
* * * * * *
5442 TAACTATTTGAAC-TGTTTCAGTAAATAGATTTAGTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTCAA
1 TAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG
* * * * ** * *
5502 AATATTAGTAGATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGCATGAACAGAAACAATTGTTTTAT
65 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTAT
** * * * *
5567 GACAAAACAAAATATCATAACGATTTGAAACAGATAATTATTCAAATGGACA
130 GACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA
* * * * *
5619 TGATTATTTGAACTTGTTCGGTAAGCAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTTAGA
1 TAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGA
* * * * * *
5684 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATGTGAATAGAAACAATTGCTTTATG
66 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
* * * * * *
5749 ACAAAATAAAAGATCATAACT-ATTTGAAATAAATGATTGTTCAAATAGTTA
131 ACAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA
*** * * *
5800 TAACTATTTGAACTTACGCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGA
1 TAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGA
* * * * *
5865 ATATTAATAAAATAGTATTATTTTATT-TCAAATACGCTTGTATGAACAAAAACAATTGGTTTAT
66 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTAT
* * *
5929 GATAAAACAAAAGGTCATGACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
130 GACAAAACAAAAGGTCAT-AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA
** * * * * * *
5981 TAACTATTTGAAAGTGTTCAGAAAATAGATTTA-TTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGGA
1 TAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGA
* * * *
6044 ATATTAACAAATTTA-TATTATTTTATTC-AATATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTA
66 ATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCTAA-ATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTA
*
6107 TGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTTTTCAAATAGTCA
129 TGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA
* * * * *
6160 TAACCATTTGAACTTGTTCGGT-AATAAATTCATTTTTTAAATCTCTTTCTCATTAATTTTTAGA
1 TAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGA
* * * * *
6224 GTATTAATAAATTAGTA-TATTTTATTTTAAATAAGCCTATATGAA-ATGATACAATTG-TTTAT
66 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATA-GAAACAATTGTTTTAT
** ** * * *
6286 GATGAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATTATTATTCAAATAATTA
130 GACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA
* * * * * * *
6338 TAACTATTTAAACTTGTTCGATAAACATATTTATTTTTAAAATCT-TATACTTATTAGTTTTCAA
1 TAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCT-TACTTATTAATTTTTAG
* * * * * *
6402 AATATTAATAAACTAATATTATTTGAATCTGAATAAGCTTGTATGAA-CGAAAACAATTGTTTTA
65 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAG-AAACAATTGTTTTA
* * *
6466 TGGCAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATATTTATTCAAATAGTCA
129 TGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA
* ** * * * *
6519 TAACTATTTGAACTTATTTAGTAAACAAATTTATTTTTCAAATCTTTTGCTTATTAATTATCT-G
1 TAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTTAG
* * * * * *
6583 AATGA-TAATAACTTTGTATTATTTTAATT-GAAATAAGCTTATAAGAATAGCAAA-AATTATTT
65 AAT-ATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAG-AAACAATTGTTT
* * * * * ** *
6645 TATGATAAAATAAAAGGTTATGATGATTTGAAATAGGTAATTGCTCAAATAGTGA
127 TATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA
* * * * * *
6700 TAACTATTTAAACTTGTTTGATAAAC-AATTTCAGTTTTTAAATATCTTATTTATTAATTTTTAG
1 TAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTT-ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG
* * *
6764 AATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTGT
65 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTAT
* *
6829 GACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAACAGTCA
130 GACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA
* * ** * * * *
6881 TAACTATTTGCAC-TGGTCAGGCCAACAGATTCATTATTTAAATCTGTTACTTATTAATTTTTAG
1 TAACTATTTGAACTTGTTC-GGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG
* * * ** * * *
6945 AATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTCCAAATAAAATTGTATCAATAGAAATAATTGTTTAAT
65 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTAT
* ** * * * * * *
7010 GACAAAACAAATGGTCATAACAATATGAAATAAATAATTGTTTAAATTGTTA
130 GACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA
* * * *
7062 TAACTAATTGAACTAGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTAAA
1 TAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGA
* * ** * * * *
7123 ATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAACAAAATTATATGAACAAAAAC-ATTCATTTTAT
66 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATT-GTTTTAT
* * * *
7187 GACAAAACAAAA-GTACATAATTATTTGAAATGGATAATTATTCATATAG-CTT
130 GACAAAACAAAAGGT-CATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC-A
* *** * * * * * *
7239 TAACTATTTGAA-TGGTTCAACAAACAAATTTA-TTTTCAAATGTCATAATTATTAATTTTCATA
1 TAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGA
* * * * * *
7302 ATATTATTAGAA-TAATATTATTTTATT-TCGAATAAGCTTGTATGAACATAAAAAATTGTTTTA
66 ATATTAATA-AATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTA
* * * *
7365 TGACAAAACAAAAGGTTATAATGACTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCA
129 TGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA
* * *
7418 TAATTATTTGAA-TTGGTTCAGTAAAC-AA---A-----T-AATCTCCTACTTATTAATTTTT-G
1 TAACTATTTGAACTT-GTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG
* * * *
7471 AAATATTAATAAATTAGTATTTTTTTATTCTAAATAGGGTTGTATG-ATGAAAAACAATTGTTTT
65 -AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTT
* * * * * *
7535 ATGACAAAAAAAAAGTTCAAAATGATTTGAAATAGATAA-TAGTTTAAATGGCCA
128 ATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAATAGTCA
* *** * * ** *
7589 TAACTATTTGAA-TTGATT-GAATAAATTGATTTATGTTTTAAATTTCCAAATT-TTCAATTTTT
1 TAACTATTTGAACTTG-TTCG-GTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT-AATTTTT
* * * ** * *
7651 -GAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAA-ATGAAACAATTATT
63 AG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATA-GAAACAATTGTT
* * * * *
7714 TTATAATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTGAAAT-GATAATTGTTCAAATAGTTA
126 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA
* * * * * * * *
7770 TAATTATTTAAACTTGTTTGGTTAATAGATTTATGTTTTTAAAT-TGCTTGCTTTTTAATTTCTT
1 TAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTAT-TTTTTAAATCT-CTTACTTATTAATTT-TT
* * * * * *
7834 A-AATGTTAATAAAATAATATTATTTTATT-TCGAATAAG-TATGTATGAATTGAAACAATTATT
63 AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCT-TGTATGAATAGAAACAATTGTT
* * * * * * *
7896 TTATAACTAAATAAAAGGTCAGAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCT
126 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA
* *** * * * *
7952 TAACTATTTGAACTGGTTCAACAAATATATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATAAATTTTTAAA
1 TAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGA
* ** * * * ** * ** *
8016 ATATTATTAGTTTAGCAATATTTTACTCCGAATAAGTTTGTAT-AGATAGAAACAACCGTTTAAT
66 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGA-ATAGAAACAATTGTTTTAT
* *** * * *
8080 GACAAAAC-AAAGATCATACCAATTTGAGATAGATAATTATTTAAATACTCA
130 GACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA
* * * *
8131 TAACTATTTAAAC-TG-TCTGGTAAACAGATTTAGTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTAA
1 TAACTATTTGAACTTGTTC-GGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG
**
8190 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAATTTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTAT
65 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTAT
* ** * * * * *
8255 GACAAAACAAAAGATCATAAAAATTTAAAACAAATAATTATTTAAATATTCA
130 GACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA
*** * * * * *
8307 TAACTATTTGAACTCACTAGTTAAACAAATTTATTTTTT-AATCTTTTACTTATTTATTTTTGGA
1 TAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGA
* * *
8371 ATTTTAATAAA-T--TATTATTTTATTCT-AATAAGCTTTTATGAATAAAAACAATTGTTTTATG
66 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
* * * * *
8432 GCAAAACAAAAAGTCATCATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCA
131 ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA
* * *** * * * * * *
8483 TAACTATTTAAACGTGTTCAAAAAATATATTTATTTTTTATAT-TTTTACTTATTAATCTTTGGA
1 TAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGA
*
8547 ATATTAGTAAATT
66 ATATTAATAAATT
8560 TGTTGGATTA
Statistics
Matches: 2500, Mismatches: 517, Indels: 205
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
170 5 0.00
171 126 0.05
172 2 0.00
175 81 0.03
176 276 0.11
177 214 0.09
178 103 0.04
179 397 0.16
180 238 0.10
181 895 0.36
182 159 0.06
183 4 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
TAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGA
ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA
Found at i:6806 original size:900 final size:885
Alignment explanation
Indices: 5262--8500 Score: 2960
Period size: 900 Copynumber: 3.6 Consensus size: 885
5252 ATAAAAATCT
* *
5262 TAACTATTTGAACTAGTTTGGCAA-ACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAA
1 TAACTATTTGAACTAGTTCGGTAATA-A-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAA
* * * * *
5326 AATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCTAAATAAGCTGGTGTGAAAAGAAACAATTGTTTTAT
64 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCT-ATATGAAATGAAACAATTG-TTTAT
* * * * *
5391 GAAAAAATAAAAAG-CATAACGATTT-AAGATAGATAATTATTCAAATAGC-CATAACTATTTGA
127 GACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAA-ATAGATAATTATTCAAATA-CTCATAACTATTTAA
* * *
5453 ACTGTTTC-AGTAAATAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTCAAAATATTAGTAGATTA
190 ACTG-TTCGA-TAAACAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTA
* * * ** * *
5517 GTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGCATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATAT
253 ATATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGAT
* * * * * * * * *
5582 CATAACGATTTGAAACAGATAATTATTCAAATGGACATGATTATTTGAACTTGTTCGGTAAGCAA
318 CATAATGATTTGAAACAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAGTAAACAA
* *
5647 ATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
383 ATTTA-TTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-AT
* * *
5712 TG-AATAAACTTATGTGAATAG-AAACAATTGCTTTATGACAAAAT-AAAAGATCATAACT-ATT
446 TGAAATAAGCTTATATGAATAGAAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAAG-TCATAA-TGATT
* * ** * **** *
5773 TGAAATAAATGATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTACGCGGTAAACAGATTTATTTTT
509 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTAAACTTGTTTGATAAACA-ATTTA-TTTT
* * * * *
5838 TAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTCAAATACGCT
572 TAAATATCTTATTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAAATAGAATTATTTTATTT-AAATAAGCT
* *
5903 TGTATGAACAAAAACAATTGGTTTATGATAAAACAAAAGGTCATGACTATTTGAAATAGATAATT
635 TGTATGAA-AGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCAT-ACTATTTGAAATAGATAATT
* *
5968 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAAGTGTTCAGAAAATAGATTTATTTTTAAATTTTTACTTAT
698 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAACTGTTCAGAAAATAGATTTATTTTTAAATTCTTACTTAT
* * *
6033 TAATTTTTGGAATATTAACAAATTTATATTATTTTATTCAATATAAGCTTGTATGAACAAAAACA
763 TAATTTTT-GAATATTAATAAA-TTATATTATTTTATTCAA-ATAAG-TTGTATGAATAGAAACA
6098 ATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTTTTCAAATAGTCA
824 ATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTTTTCAAATAGTCA
* * * * * * *
6160 TAACCATTTGAACTTGTTCGGTAATAAATTCATTTTTTAAATCTCTTTCTCATTAATTTTTAGAG
1 TAACTATTTGAACTAGTTCGGTAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAA
* * *
6225 TATTAATAAATTAGTA-TATTTTATTTTAAATAAGCCTATATGAAATGATACAATTGTTTATGAT
66 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAG-CTATATGAAATGAAACAATTGTTTATGAC
* * * *
6289 GAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATTATTATTCAAATAATTATAACTATTTAAACTTG
130 AAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATACTCATAACTATTTAAAC-TG
* * *
6354 TTCGATAAACATATTTA-TTTTTAAAATCTTATACTTATTAGTTTTCAAAATATTAATAAACTAA
194 TTCGATAAACAGATTTAGTTTTT-AAATC---T-CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAA
* * *
6418 TATTATTTGAATCTGAATAAGCTTGTATGAAC-GAAAACAATTGTTTTATGGCAAAACAAAAGGT
254 TATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAACAG-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGAT
* * *
6482 CATAATGATTTGAAATAAATATTTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTAGTAAACAA
318 CATAATGATTTGAAACAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAGTAAACAA
** * * * *
6547 ATTTATTTTTCAAATCTTTTGCTTATTAATTATCT-GAATGA-TAATAACTTTGTATTATTTTAA
383 ATTTATTTTT-AAATCTCCTACTTATTAATT-TTTAGAAT-ATTAATAAATTAGTATTATTTTAA
* * * * * * *
6610 TTGAAATAAGCTTATAAGAATAGCAAA-AATTATTTTATGATAAAATAAAAGGTTATGATGATTT
445 TTGAAATAAGCTTATATGAATAGAAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAAGTCATAATGATTT
* * **
6674 GAAATAGGTAATTGCTCAAATAGTGATAACTATTTAAACTTGTTTGATAAACAATTTCAGTTTTT
510 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTAAACTTGTTTGATAAACAATTT-A-TTTTT
* *
6739 AAATATCTTATTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTCTAAATAAGCTT
573 AAATATCTTATTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAAATAGAATTATTTTATT-TAAATAAGCTT
* * * * *
6804 GTATGAATAGAAACAATTGTTTTGTGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTA
636 GTATGAA-AGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATACT-ATTTGAAATAGATAATTG
* * * ** * * *
6869 TTCAAACAGTCATAACTATTTG-CACTGGTCAGGCCAACAGATTCATTATTTAAATCTGTTACTT
699 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAAACTGTTCA-GAAAATAGATTTATT-TTTAAAT-TCTTACTT
* * * *
6933 ATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTCCAAATAAAATTGTATCAATAGAAA
761 ATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTA-TATTATTTTATT-CAAAT-AAGTTGTATGAATAGAAA
* * * * ** * * * *
6998 TAATTGTTTAATGACAAAACAAATGGTCATAACAATATGAAATAAATAATTGTTT-AAATTGTTA
822 CAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATT-TTTCAAATAGTCA
* * *
7062 TAACTAATTGAACTAGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTAAA
1 TAACTATTTGAACTAGTTCGGT-AATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAA
* * ** * *
7123 ATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAACAAAATTATATGAACA-AAAAC-ATTCATTTTA
65 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAA-TAAGCTATATGAA-ATGAAACAATT--GTTTA
** * * * *
7186 TGACAAAACAAAA-GTACATAATTATTTGAAATGGATAATTATTCATATAGCT-TTAACTATTTG
126 TGACAAAACAAAAGGT-CATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA-CTCATAACTATTTA
* * * * * * *
7249 AA-TGGTTCAACAAACAAATTTA-TTTTCAAATGTCATAATTATTAATTTTCATAATATTATTAG
189 AACT-GTTCGATAAACAGATTTAGTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTCAAAATATTAATA-
* * *
7312 AA-TAATATTATTTT-ATTTCGAATAAGCTTGTATGAACATAAAAAATTGTTTTATGACAAAACA
248 AATTAATATTATTTTAATCT-GAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACA
* * * * * * * *
7375 AAAGGTTATAATGACTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAA-TTGGTTCAG
312 AAAGATCATAATGATTTGAAACAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-ATTCAG
7439 TAAAC-AA---A----T-AATCTCCTACTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATT-T
376 TAAACAAATTTATTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * *
7493 TTTTATTCTAAATAGGGTTGTATG-AT-GAAAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAAGTTCAA
440 TTTAATT-GAAATAAGCTTATATGAATAG-AAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAAG-TCAT
* * * * * **
7555 AATGATTTGAAATAGATAATAGTTTAAATGGCCATAACTATTTGAA-TTGATTGAATAAATTGAT
502 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTAAACTTGTTTG-ATAAA-CAAT
* ** * *
7619 TTATGTTTTAAATTTCCAAATTT-TCAATTTTTGAAATATTAATAAAGTA-ATATTATTTTATTT
565 TTAT-TTTTAAATAT-CTTATTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAAATAGA-ATTATTTTA-TT
** * * * *
7682 TGGATAAGCTTTTATGAAATGAAACAATTATTTTATAATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTGA
625 TAAATAAGCTTGTATGAAA-GAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCAT-ACTA-TTTGA
* * ** **
7747 AAT-GATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTT-AAACTTGTTTGGTTAATAGATTTATGTTTTT
687 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAAC-TGTTCAGAAAATAGATTTA--TTTTT
* * * * * *
7810 AAATTGCTTGCTTTTTAATTTCTTAAATGTTAATAAAATAATATTATTTTATTTCGAATAAGTAT
749 AAATT-CTTACTTATTAATTT-TTGAATATTAAT-AAATTATATTATTTTA-TTCAAATAAGT-T
* * * * * *
7875 GTATGAATTGAAACAATTATTTTATAACTAAATAAAAGGTCAGAATGATTTGAAATAGATAATTG
809 GTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTT
* *
7940 TTCTAATAGTCT
874 TTCAAATAGTCA
* *** * *
7952 TAACTATTTGAACTGGTTCAACAAATATATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATAAATTTTTAAA
1 TAACTATTTGAACTAGTTC-GGTAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAA
* ** * * * ** * * * **
8016 ATATTATTAGTTTAGCAATATTTTACTCCGAATAAGTTTGTAT-AGATAGAAACAACCGTTTAAT
65 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAG-CTATATGAAAT-GAAACAATTGTTT-AT
* * * *
8080 GACAAAAC-AAAGATCATACCAATTTGAGATAGATAATTATTTAAATACTCATAACTATTTAAAC
127 GACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATACTCATAACTATTTAAAC
* * *
8144 TG-TCTGGTAAACAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTA
192 TGTTC-GATAAACAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATA
* * ** *
8208 TTATTTTATTCTAAATAATTTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCAT
256 TTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCAT
** * * * * *
8273 AAAAATTTAAAACAAATAATTATTTAAATATTCATAACTATTTGAACTCACT-AGTTAAACAAAT
321 AATGATTTGAAACAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAG-TAAACAAAT
* ** * * * **
8337 TTATTTTTTAATCTTTTACTTATTTATTTTTGGAATTTTAATAAA-T--TATTATTTT-ATTCTA
385 TTATTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTGAA
* * * *
8398 ATAAGCTTTTATGAATA-AAAACAATTGTTTTATGGCAAAACAAAAAGTCATCATGATTTGAAAT
450 ATAAGCTTATATGAATAGAAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAAGTCATAATGATTTGAAAT
*
8462 AGATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTAAACGTGTT
515 AGATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTAAACTTGTT
8501 CAAAAAATAT
Statistics
Matches: 1889, Mismatches: 347, Indels: 213
0.77 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
887 1 0.00
888 35 0.02
889 357 0.19
890 148 0.08
891 21 0.01
892 58 0.03
893 67 0.04
894 78 0.04
895 39 0.02
896 94 0.05
897 57 0.03
898 58 0.03
899 194 0.10
900 453 0.24
901 82 0.04
902 122 0.06
903 25 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (885 bp):
TAACTATTTGAACTAGTTCGGTAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAA
TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTATATGAAATGAAACAATTGTTTATGACA
AAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATACTCATAACTATTTAAACTGTT
CGATAAACAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATT
TTAATCTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGA
TTTGAAACAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAGTAAACAAATTTATTT
TTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTGAAATAAGC
TTATATGAATAGAAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAA
TTGTTCAAATAGCCATAACTATTTAAACTTGTTTGATAAACAATTTATTTTTAAATATCTTATTT
ATTAATTTTTGAATATTAATAAAATAGAATTATTTTATTTAAATAAGCTTGTATGAAAGAAACAA
TTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
ATTTGAAACTGTTCAGAAAATAGATTTATTTTTAAATTCTTACTTATTAATTTTTGAATATTAAT
AAATTATATTATTTTATTCAAATAAGTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAA
GGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTTTTCAAATAGTCA
Found at i:10889 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 10473--10903 Score: 513
Period size: 181 Copynumber: 2.4 Consensus size: 179
10463 AAGCTAACAG
* * *
10473 AATTCATATTATTTTATTCGAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGGCAAAACAA
1 AATTAATATTATTTTATTTG-AATAAGCTAGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGGCAAAACAA
* * * * * *
10538 AATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTAAACTTGTTTAATAA
65 AAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAACTATTCAAACAATCATAACTATTAAACTTGTTCAATAA
** *
10603 ACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTGAAATAGTAATA
130 ACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTCAAAATAGTAAAA
* * *** * ***
10653 AATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCCTA-AATGAATTGAGACAATTATTTTATGATGAAACA
1 AATTAATATTATTTTATTT-GAATAAG-CTAGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGGCAAAACA
* * * *
10717 AAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAACTATTCAAACAATTATTACTATTTGAACTTGTTCGAT
64 AAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAACTATTCAAACAATCATAACTA-TTAAACTTGTTCAAT
* * * * * *
10782 AAACATATTTATTTTTTATATCTTTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAAAA
128 AAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTCAAAATAGTAAAA
* *
10834 AATTAATATTATTTTAATTTGAATAAGCTAGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGGCAAAACAA
1 AATTAATATTATTTT-ATTTGAATAAGCTAGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGGCAAAACAA
10899 AAGGT
65 AAGGT
10904 TGAAATAAAA
Statistics
Matches: 204, Mismatches: 42, Indels: 9
0.80 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
180 92 0.45
181 108 0.53
182 4 0.02
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (179 bp):
AATTAATATTATTTTATTTGAATAAGCTAGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGGCAAAACAAA
AGGTCATAATGATTTGAAATAGATAACTATTCAAACAATCATAACTATTAAACTTGTTCAATAAA
CAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTCAAAATAGTAAAA
Found at i:11479 original size:180 final size:179
Alignment explanation
Indices: 10967--11594 Score: 511
Period size: 180 Copynumber: 3.5 Consensus size: 179
10957 TAGATTTGAG
* * * * * * * *** *
10967 ATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTGTTCTATGACAATACAAAAGGTTATAGCAAATTGAAATA
1 ATAAGATTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA
* ** * * *** * *
11032 GATAATTGTTCAAACAGCCATAACTATTTGA-ACTTGTTCA-ATAAACAAATTCATTTTTTAAAT
66 GATAATTGTTCAAATAATCATAA-TAATTGACAC-TGATCAGGCCAACAGATACATTTTTTAAAT
* * * * **
11095 CTC---TTATTAATTTTTGGAATATCAATAAATTCGAATAATGTTATTCCAA
129 CTCTTATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGATTAAT-TTATTCTGA
* * * *
11144 ATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTTGTGACAAAAAAAAAGGTCATTATGATTTGAAAT
1 ATAAGATTGTATGAACAGAAACAATTA-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT
* * * * * *
11209 AGATAATTGTTCAAACAATCATAATTATTTACACTGATCAGGCCAATAGATACAGTTTCTAAATC
65 AGATAATTGTTCAAATAATCATAATAATTGACACTGATCAGGCCAACAGATACATTTTTTAAATC
* *
11274 -CGTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATT-TGA
130 TC-TTA-TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG-ATTAATTTATTCTGA
* * *
11325 ATAAGATTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAATGATCATAATGATTTGAAATA
1 ATAAGATTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA
* * * * ** * **
11390 AATAATTATTCAAATAATTATAACTAATTGA-ACTGGTTTGG-CAAGCAGGTTTATTTTTTAAAT
66 GATAATTGTTCAAATAATCATAA-TAATTGACACTGATCAGGCCAA-CAGATACATTTTTTAAAT
* *
11453 CTCTTATGTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGA
129 CTCTTAT-TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGATTAATTTATTCTGA
* * * * * * * **
11506 ACAA-ACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAGGGTAATAACAATTTGAAAT
1 ATAAGA-TTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT
*
11570 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAAT
65 AGATAATTGTTCAAATAATCATAAT
11595 TATTTGAAAT
Statistics
Matches: 360, Mismatches: 75, Indels: 29
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
177 34 0.09
178 67 0.19
179 4 0.01
180 112 0.31
181 108 0.30
182 31 0.09
183 4 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (179 bp):
ATAAGATTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA
GATAATTGTTCAAATAATCATAATAATTGACACTGATCAGGCCAACAGATACATTTTTTAAATCT
CTTATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGATTAATTTATTCTGA
Found at i:11606 original size:19 final size:18
Alignment explanation
Indices: 11561--11607 Score: 53
Period size: 19 Copynumber: 2.7 Consensus size: 18
11551 GGTAATAACA
11561 ATTTGAAATAG-ATAATT
1 ATTTGAAATAGTATAATT
* *
11578 -GTTCAAATAGTCATAATT
1 ATTTGAAATAGT-ATAATT
11596 ATTTGAAATAGT
1 ATTTGAAATAGT
11608 TTTGCAAACA
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 4, Indels: 4
0.74 0.13 0.13
Matches are distributed among these distances:
16 8 0.35
18 6 0.26
19 9 0.39
ACGTcount: A:0.43, C:0.04, G:0.13, T:0.40
Consensus pattern (18 bp):
ATTTGAAATAGTATAATT
Found at i:12232 original size:313 final size:313
Alignment explanation
Indices: 11633--12243 Score: 647
Period size: 313 Copynumber: 1.9 Consensus size: 313
11623 GCTATGACTT
* * *
11633 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAACTTATTCAGATTAAAATAATATTAAT
1 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTTTGTTCATACAAACTTATTCAGAATAAAATAATATAAAT
* * * * * *
11698 TTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATCAATATGTTTACTGAATAGGTT
66 TTATTAAAATTCTGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATCAATATGTTTACTAAACACGTT
* * * * * **
11763 CAAATAGTCATGATTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTGTGACCTTTTATTTTGTAAAC
131 CAAACAGTCATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACAATTTATTTTGTAAAC
* * * * *
11828 AATTGTTTTAGTTAATATAAGCGTGAGTAAGAGAATTAAAAAAGTGAATTTGTTTACTGAAAAAG
196 AATTGTTTTAGTTAATACAAGCGTGAGTAAGAGAATAAAAAAACTGAATTTATTTACTCAAAAAG
* * * * *
11893 TTTAATTAGTTATGACTATCTAAATAAT-TATCTATTTCAAAACAATATGACCA
261 -TTAATAAATAAAGACTATCTAAATAATAAATCTATTTCAAAACAATATGACCA
* * *
11946 TTTGTTTTGTCATAAAATAATTGGTTTTGTTCATGCAAGCTTATTTC-GAATAAAATAATATAAA
1 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTTTGTTCATACAAACTTA-TTCAGAATAAAATAATATAAA
* *
12010 TTTATTAAAATTCTGAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTAAAACAT-AA-ATGCATTTTCTAAACAC
65 TTTATTAAAATTCTGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATCAATATG--TTTACTAAACAC
*
12072 GTTCAAACAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACAATTTATTTTGTT
128 GTTCAAACAGTCATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACAATTTATTTTG--
* * **
12137 ATAAACCAATTGTTTCTA-TTCATACAAGC-TTA-T-TTAGAATAAAATAATACTG-ATTTATTA
191 -TAAA-CAATTGTTT-TAGTTAATACAAGCGTGAGTAAGAGAATAAAA-AA-ACTGAATTTATT-
* *
12197 ATATTTCTAAAA-TTAATAAATAAAAGA-T-T-TAAATAATAAATCTATTT
250 -TA-CTCAAAAAGTTAATAAAT-AAAGACTATCTAAATAATAAATCTATTT
12244 ATCGAGCAAG
Statistics
Matches: 245, Mismatches: 38, Indels: 29
0.79 0.12 0.09
Matches are distributed among these distances:
310 3 0.01
311 2 0.01
312 73 0.30
313 99 0.40
314 21 0.09
315 17 0.07
316 23 0.09
317 7 0.03
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (313 bp):
TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTTTGTTCATACAAACTTATTCAGAATAAAATAATATAAAT
TTATTAAAATTCTGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATCAATATGTTTACTAAACACGTT
CAAACAGTCATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACAATTTATTTTGTAAAC
AATTGTTTTAGTTAATACAAGCGTGAGTAAGAGAATAAAAAAACTGAATTTATTTACTCAAAAAG
TTAATAAATAAAGACTATCTAAATAATAAATCTATTTCAAAACAATATGACCA
Found at i:12298 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 11853--15672 Score: 2515
Period size: 181 Copynumber: 21.4 Consensus size: 181
11843 TATAAGCGTG
* * * * * * * *
11853 AGTAAGAGAATTAAAAAAGTGAATTTGTTTACTGAAA-AAGTTTAATTAGTTATGACTATCTAAA
1 AGTAAGAGATTTAAAAAA-TAAATCTGTTTA-TCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA
* * * * * * * *
11917 TAATTATCTATTTCAAAACAATATGACCATTTGTTTTGTCATAAAATAATTGGTTT-TGTTCATG
64 CAATTATCTATTTCAAATCATTAT-AACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTCTATTCATA
* *
11981 CAAGCTTATTTCGAATAAAATAATA-TAAATTTATTAA-AATTCTGAAAATTAATA
127 CAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCTGAAAATTAATA
* * * * *
12035 AGTAA-AAATTTAAAACATAAATGC-ATTT-TCTAAACACGTTCAAACAGTTATGACTATTTGAA
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-CTGTTTATC-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA
* * * *
12097 CAATTATCTATTTCAAATCATTATAACAATTTATTTTGTTATAAACCAATTGTTTCTATTCATAC
64 CAATTATCTATTTCAAATCATTATAAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAC
*
12162 AAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTGATTTATTAATATTTCT-AAAATTAATA
128 AAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCTGAAAATTAATA
* * * * * * *
12215 AATAAAAGATTTAAATAATAAATCTATTTATCGAGCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATA
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * * *
12280 GTTATATATTTCAAATCATTTATGATCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTTTATTCATACA
66 ATTATCTATTTCAAATCA-TTAT-AACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACA
* * * * ** *
12345 AGTTTATGTGGAATAAAATAATACTTATTTATTTTTA-TTCTAAAAATTAATA
129 AGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCTGAAAATTAATA
* * * * * * * *
12397 AGTTAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACT
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* ** * * * *
12462 GTTATCTA-TTCAAATTGTTATGACATTTTGTTTTGTCGTAAAATAATTTTTTCTATTCATACAA
66 ATTATCTATTTCAAATCATTATAAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAA
** * * *
12526 AATTATTTAGAATAAAATAATTGC-AATTTATTACTATTT-TGAAAATCAAT-
130 GCTTATTTAGAATAAAATAA-TACTAATTTATTAATATTTCTGAAAATTAATA
* * * * * * * *
12576 -G---GGGATTT-AAAAATAAATGTGCTT-TCTAAACCATTTCAAATAGATAAGACTATTAGAAC
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* ** * * * * * *
12635 AATTATCTATTCCAAAATTGTTTTGATCTTTTGTTTAGTCAAAAAATAATTGTTTCAATTCATAC
65 AATTATCTATTTC-AAATCATTAT-AACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAC
* * * * * **
12700 ATGCTTATTCAAAATATAATAATACTAATTTATTAACA-TTAAGAAAATTAATA
128 AAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCTGAAAATTAATA
* * * * ** *
12753 AG--A-A-ATTT-AAAAA-AAAT-TATTTATCCAATAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTCAAATA
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * * * * * *
12811 ATTATCTATTTAAAATCATTATGACATTTTATTTTATCATAAAATAACTATTTC-AGTACATAAA
66 ATTATCTATTTCAAATCATTATAAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACA
* * * * *
12875 AGTTTATCT-GATATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTC-AAAAATTAATA
129 AGCTTATTTAGA-ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCTGAAAATTAATA
* * * ** * * * *
12927 AGTTAGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTGTCAAATTAGTTTAAATAATTATGGCCATTTGAACA
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* *
12992 ATTATCTATTTCAAATCATTAAGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA-TCATACA
66 ATTATCTATTTCAAATCATT-ATAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACA
* * * ** *
13056 AGCTTA-TTCGAAATAAAAAAAATACTAATTTACTAATATTTCAAAAAATTAATC
129 AGCTTATTTAG-AAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCTGAAAATTAATA
* * * * * * *
13110 AGT-A-AGATTTAAAAAGTTAATATGTTTA-CTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTGTTTGAAT
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* ** * * ** * * *
13172 AATTATATATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTATCTCATAAAATGATTATTTCTGTTCACACA
65 AATTATCTATTTCAAATCATTATAA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACA
* * *
13237 AGTTTATTT-GAAATAAAATAATACTAATGTAATAATA-TTCTGAAAATTAATA
129 AGCTTATTTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCTGAAAATTAATA
* * * * * * * * *
13289 ACTAAGAGACTTAAAAAATAAATTTGTTT-GCTAAACTAGTTCAAACAGTTAAGGCTATATGAAC
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * * * * * * * * *
13353 ATTTCTTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCGTAAAA-ACTTTTTTCAATTCTTAGT
65 AATTATCTATTTCAAATCATTAT-AACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATA-C
* * * *
13417 AA-TTTATTCAAAATAAAATAA-AATAATTTATTAATATTTC---AAATCTCAATA
128 AAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCTGAAAAT-T-AATA
* * ** * * * * * *
13468 AGTAAGAGATTTAAAAAATAATTATGTTTGCCTAACCAGTTCAAATAATTATGGCTATTTAAATA
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * * * * *
13533 ATTATCTATTGCAAATCTTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATATTTTTGTTCATATAA
66 ATTATCTATTTCAAATCATTAT-AACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAA
* * * * * *
13598 GTTTGTTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTT-TGTAAATTAAGA
130 GCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCTGAAAATTAATA
* * * * * *
13649 AGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CTAAACTAGTTTAATTAGTTATAACTATTTCAAC
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * *
13713 AATTA---ATTTC-AATCATTATGACTATTT-TTTTG-CGATAAAAACAATTATTTCTGTTTATA
65 AATTATCTATTTCAAATCATTATAACT-TTTGTTTTGTC-AT-AAAACAATTGTTTCTATTCATA
* * * * **
13772 -TAGTCTTATTAAGAAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATATTT-TGAAAGCTAATA
127 CAAG-CTTATTTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCTGAAAATTAATA
* * ** ** * * * *
13827 AGTAACG-GATTTGAAGAATGAAA-CTG-TTGGCTTGACCAGTGCAAATAGTTATGATTGTTTGA
1 AGTAA-GAGATTTAAAAAAT-AAATCTGTTTATC-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA
* * * * * *
13889 ACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTCGTTTTATCACAAAACAATTGATTCTATTCGTAC
63 ACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAC
* * * *
13954 AAGCTTATTT-GAATAACATAATTCTATTTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATA
128 AAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCTGAAAATTAATA
* * * *
14006 AGTAAGAGATTTAAAAAATGAATTTGTTTACCGAACAAGTAT-AAAT-GATTATGACTATTTGAA
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGT-TCAAATAG-TTATGACTATTTGAA
** ***
14069 CAATTATCTATTTCAAATCGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAAAATTTCTATTCATAC
64 CAATTATCTATTTCAAATCATTATAA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAC
* * * *
14134 AAGCTTATTTCA-AATAAAAT--TACATAAATTTATTAATGTGT-AGACACA-TAATA
128 AAGCTTATTT-AGAATAAAATAATAC-T-AATTTATTAATATTTCTGA-AAATTAATA
* * *
14187 AGTAA-AGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAATAAGTTCAAATAGTT-TGACTATTTGAAAA
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * * *
14250 AGTATTTATTTCAAAT-AGTTATGACTTTT-TGTTTGTCATGAAACAATTGTTTTTCTTCATACA
66 ATTATCTATTTCAAATCA-TTATAACTTTTGT-TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACA
* * * * *
14313 AGCCTATTCAGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTT-TAAAAATTAATA
129 AGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCTGAAAATTAATA
* * * ** * * *
14365 AGTAAAATATTT-TAAAATAAATAC-GTTTATTGAACAAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAT
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-CTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * * * * * *
14428 AATTATTTGTTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTATCAATTCATATA
65 AATTATCTATTTCAAATCATTATAAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACA
* * * *
14493 GGCTTATTCAAAATAAAAT-ATCACTAATTTATTAATATTT-TGAAAATTAATT
129 AGCTTATTTAGAATAAAATAAT-ACTAATTTATTAATATTTCTGAAAATTAATA
* * *
14545 GGTAAGAGATTTAAAAAAATGAATCTGTTTA-CTAAACAAGTTGAAATAGTTATGACTATTTGAA
1 AGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTATC-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA
* * * * *
14609 TAATTATCTATTTCAAA--ATGCTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAGATAATTG-TT-TGTTCAT
64 CAATTATCTATTTCAAATCAT--TAT-AACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT
*
14670 --AA---TA---A-AAT--AAT--TA--AATTTATTAATA-TTC-CAAAATTTAATA
126 ACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCTGAAAA-TTAATA
* * * * *
14710 AGTAA-AAATTTAAAAAATAAATTTATTT-TCTAAACATA-TTCAAATAGTTCTAACTATTTGAA
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-AAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA
* * * *
14772 TAATTATCTATTTCAAAT-AGTTA-AGACTTTT-TGTTTGTGATAAACCAATTGTTTCTATCCAT
64 CAATTATCTATTTCAAATCA-TTATA-ACTTTTGT-TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT
* * *
14834 ACAAGCTTATTT-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAA-AATTC-CAAATATTACTA
126 ACAAGCTTATTTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCTGAAA-ATTAATA
* * * * ** ** * * * * *
14889 AGTAAAAAATTTAAAAACTAAATCTGTTCATTGAGTAAGCTCAAATAAG-TATTAATGTTTAAAC
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAAC
* * * * * *
14953 AATTTTTTATTTCAAAT-AGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATATCTATTCATAC
65 AATTATCTATTTCAAATCA-TTAT-AACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAC
* * * * *
15017 AAGTTTATTCAAAATAAAATAATACT-A---CTTAATATTT-TGCAAATTAATA
128 AAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCTGAAAATTAATA
* * * * * * *
15066 GGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAACTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACA
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * * *
15131 ATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTTGTTCATAC-AG
66 ATTATCTATTTCAAATCATTATAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG
* * * * * *
15195 AATTATTCAAAATAAAATAACACTGATTTATTAATATTT-TAAAAATTAAT-
131 -CTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCTGAAAATTAATA
* * * * *
15245 --T-AGAGATTTAAAAAGTAAATCTATTTACTGAACCAA-TTCATATAGTTATGACTATTTGAAC
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-TCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* ** * * * * * * * *
15306 AATTATCTATCTCAAATTGTAATGA-TCTTTATTTTGACATACAACAATTGTTTCTTTTCACATA
65 AATTATCTATTTCAAATCATTATAACT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACA
* * * * *
15370 AGCTTA-TTCGATTAAAATGATAATAATTTAATAAT-TTT-TGAAAATTAATA
129 AGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCTGAAAATTAATA
* * * ** * *
15420 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGTCAAACTAGTTTTAATAGTTAAGACTATTAGAACA
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * *
15485 ATTATCTATTTCAAATCATTTTAACCTTTT-TTTAGTTATAAAATAATTATTTC-AGTTCATACA
66 ATTATCTATTTCAAATCATTATAA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACA
*
15548 AGCTTATTT-GAA-ATAAATAATACT-A--TATTAACA-TT-TGAAAAATTAATAA
129 AGCTTATTTAGAATA-AAATAATACTAATTTATTAATATTTCTG-AAAATTAAT-A
* * * ** * * *
15597 AGCAACAGATTTAAAAAAAATAAATCTATTTATTGAACAATTTCAATTAGATATGACTATTTGAA
1 AGTAAGAGATTT--AAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA
*
15662 TAATTATCTAT
64 CAATTATCTAT
15673 AAATTTTTTT
Statistics
Matches: 2840, Mismatches: 620, Indels: 359
0.74 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
161 2 0.00
162 19 0.01
163 63 0.02
164 18 0.01
165 22 0.01
166 2 0.00
167 1 0.00
168 1 0.00
169 5 0.00
171 3 0.00
172 1 0.00
173 8 0.00
174 129 0.05
175 90 0.03
176 257 0.09
177 156 0.05
178 303 0.11
179 390 0.14
180 523 0.18
181 545 0.19
182 280 0.10
183 22 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (181 bp):
AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
ATTATCTATTTCAAATCATTATAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG
CTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCTGAAAATTAATA
Found at i:14500 original size:538 final size:533
Alignment explanation
Indices: 11853--22566 Score: 3656
Period size: 538 Copynumber: 20.0 Consensus size: 533
11843 TATAAGCGTG
* * * * * * *
11853 AGTAAGAGAATTAAAAAAGTGAATTTGTTTACTGAAA-AAGTTTAATTAGTTATGACTATCTAAA
1 AGTAAGAGATTTAAAAAA-TAAATTTGTTTAC-CAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA
* * ** * * ** *
11917 TAATTATCTATTTCAAAACAATATGACCATTTGTTTTGTCATAAAATAATTGGTTTTGTTCATGC
64 CAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATAC
* * *
11982 AAGCTTATTTCGAATAAAATAATATAAATTTATTAAAATTCT-GAAAATTAATAAGTAAAAATTT
129 AAGCTTATTTCAAATAAAATAA-ATAAATTTATTAATATT-TAG-AAA-TAATAAGTAAAGATTT
* * *
12046 AAAACATAAATGC-ATTT-TCTAAACACGTTCAAACAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
190 AAAAAATAAAT-CTATTTATCTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* * * *
12109 TCAAATCA-TTATAACAATTTAT-TTTGTTATAAACCAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTT
254 TCAAAT-AGTTATGAC--TTTTTGTTTGTCATAAA-CAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC
* *
12172 AGAATAAAATAATACTGATTTATTAATATTTCT-AAAATTAATAAATAAAAGATTTAAATAATAA
315 AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-TAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAA-AATAA
* * * * * * *
12236 AT-CTATTTATCGAGCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAGTTATATATTTCAAATCATT
378 ATAC-GTTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-T
* * ** *
12300 TATGATCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTTTATTCATACAAGTTTATGTGGAATAAAATA
441 TATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCAATTCATACAAGTTTAT-TAGAATAAAATA
**
12365 ATACTTATTTATTTTTATTCTAAAAATTAATA
504 ATAC-TATTTATTAATATT-TAAAAATTAATA
* * * * * * * *
12397 AGTTAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACT
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * * *
12462 GTTATCTA-TTCAAATTGTTATGACATTTTGTTTTGTCGTAAAATAATT-TTTTCTATTCATACA
66 ATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTT-TGTTCATACA
** * * * * ***
12525 AAATTATTT-AGAATAAAATAATTGCAATTTATTACTATTTTG-AA-AATCAA-TGGGGATTT-A
130 AGCTTATTTCA-AATAAAATAAAT-AAATTTATTAATATTTAGAAATAAT-AAGTAAAGATTTAA
* ** * * * * * *
12585 AAAATAAATGTGCTT-TCTAAACCATTTCAAATAGATAAGACTATTAGAACAATTATCTATTCCA
192 AAAATAAATCTATTTATCTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC-
* * * * * * *
12649 AAATTGTTTTGA-TCTTTTGTTTAGTCAAAAAATAATTGTTTCAATTCATACATGCTTATTCAAA
256 AAATAGTTATGACT-TTTTGTTT-GTC-ATAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGA
* * *
12713 ATATAATAATACTAATTTATTAACA-TTAAGAAAATTAATAAG---AA-ATTTAAAAA-AAATTA
318 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTA-AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAATAAA-TA
** * ** * *
12772 --TTTATCCAATAAGTTCAAATAGTTA-AGACTATTCAAATAATTATCTATTTAAAATCATTATG
381 CGTTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATA-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * * * *
12834 ACATTTTATTTTATCATAAAATAACTATTTCAGTACATAAAAGTTTATCT-GATATAAAATAATA
445 AC-TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCAATTCATACAAGTTTAT-TAGA-ATAAAATAATA
*
12898 TTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
507 CTA-TTTATTAATATTT-AAAAATTAATA
* ** ** ** * * * *
12927 AGTTAGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTGTCAAATTAGTTTAAATAATTATGGCCATTTGAACA
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * **
12992 ATTATCTATTTCAAATCATTAAGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATCATACAA
66 ATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAA
* * * *
13057 GCTTA-TTCGAAATAAAAAAAATACTAATTTACTAATATTTCAAAAAATTAATCAGT-AAGATTT
131 GCTTATTTC-AAATAAAATAAATA--AATTTATTAATATTT--AGAAA-TAATAAGTAAAGATTT
* * * * * * * * *
13120 AAAAAGTTAATATGTTTA-CTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTGTTTGAATAATTATATATTT
190 AAAAAATAAATCTATTTATCTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* * * * * * * * *
13184 CAAATTGTTATAACCTTTTGTTATCTCATAAA-ATGATTATTTCTGTTCACACAAGTTTATT-TG
255 CAAATAGTTATGACTTTTTGTT-TGTCATAAACA--ATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAG
* * * * * * *
13247 AAATAAAATAATACTAATGTAATAATATTCTGAAAATTAATAACTAAGAGACTTAAAAAATAAAT
317 -AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGA-TTTAAAAATAAAT
** ** * * * * * * * *
13312 TTGTTTGCTAAACTAGTTCAAACAGTTA-AGGCTATATGAACATTTCTTTATTTCAAATCATTAT
380 ACGTTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATA-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT
* * * * * * *
13376 GACCTTTTATTTTGTCGTAAAA-ACTTTTTTCAATTCTTAGTAA-TTTATTCAAAATAAAATAA-
444 GA-CTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCAATTCATA-CAAGTTTATT-AGAATAAAATAAT
* *
13438 AATAATTTATTAATATTT-CAAATCTCAATA
506 ACT-ATTTATTAATATTTAAAAAT-T-AATA
* * * * * * *
13468 AGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATTATGTTTGCCTAACCAGTTCAAATAATTATGGCTATTTAAAT
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT-TGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * *
13532 AATTATCTATTGCAAATCTTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATATTTTTGTTCATATA
65 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACA
* * ** * * * *
13597 AGTTTGTTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGTAAATTAAGAAGTAAGAAATTTA
130 AGCTTATTTCAAATAAAATAA-ATAAATTTATTAATATTTAG-AAA-TAATAAGTAA-AGATTTA
* * * * * *
13662 AAAAATAAATCTGTTTA-CTAAACTAGTTTAATTAGTTATAACTATTTCAACAATTA---ATTTC
191 AAAAATAAATCTATTTATCTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * *
13723 -AATCA-TTATGACTATTTT-TTTG-CGATAAAAACAATTATTTCTGTTTATA-TAGTCTTATTA
256 AAAT-AGTTATGACT-TTTTGTTTGTC-AT--AAACAATTGTTTCTATTCATACAAG-CTTATTC
* * * ** ** * *
13783 AGAAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATATTTTGAAAGCTAATAAGTAACGGATTTGAAGAATGA
315 AG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAA
** * * * * *
13848 A-ACTGTTGGCTTG-ACCAGTGCAAATAGTTATGATTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
378 ATAC-GTT-TATTGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* * * * * * * * * * *
13911 TATAACCTTCGTTTTATCACAAAACAATTGA-TTCTATTCGTACAAGCTTATTTGAATAACATAA
441 TATGACTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-ATTTCAATTCATACAAGTTTATTAGAATAAAATAA
*
13975 TTCTATTTTATTAATATTCTAAAAATTAATA
505 TACTA-TTTATTAATATT-TAAAAATTAATA
* *
14006 AGTAAGAGATTTAAAAAATGAATTTGTTTACCGAACAAGTAT-AAAT-GATTATGACTATTTGAA
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGT-TCAAATAG-TTATGACTATTTGAA
* * ** * *
14069 CAATTATCTATTTCAAATCGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAAAATTTCTATTCATAC
64 CAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATAC
* * *
14134 AAGCTTATTTCAAATAAAATTACATAAATTTATTAATGTGTAGACACATAATAAGTAAAGATTTA
129 AAGCTTATTTCAAATAAAA-TAAATAAATTTATTAATATTTAGA-A-ATAATAAGTAAAGATTTA
* * * *
14199 AAAAATAAATCTATTTATC-AAATAAGTTCAAATAGTT-TGACTATTTGAAAAAGTATTTATTTC
191 AAAAATAAATCTATTTATCTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * *
14262 AAATAGTTATGACTTTTTGTTTGTCATGAAACAATTGTTTTTCTTCATACAAGCCTATTCAGATT
256 AAATAGTTATGACTTTTTGTTTGTCAT-AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAAT
* * *
14327 AAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAATATTTTAAAATAAATACGTT
320 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAATAAATACGTT
* * * * *
14392 TATTGAACAAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATAATTATTTGTTTCAAATCGTTATGACATT
385 TATTGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC-TT
* * * * * *
14457 TTGTTTTGTCATAAAATAATTGTATCAATTCATATAGGCTTATTCAAAATAAAAT-ATCACTAAT
449 TTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCAATTCATACAAGTTTATT-AGAATAAAATAAT-ACT-AT
* *
14521 TTATTAATATTTTGAAAATTAATT
511 TTATTAATA-TTTAAAAATTAATA
* * * * * *
14545 GGTAAGAGATTTAAAAAAATGAATCTGTTTACTAAACAAGTTGAAATAGTTATGACTATTTGAAT
1 AGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * *
14610 AATTATCTATTTCAAAAT-GCTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAGATAA-T-TGTTTGTTCAT--
65 AATTATCTATTTC-AAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATAC
* *
14670 AA---TA----AAAT--AAT---TAAATTTATTAATATTCCA-AAATTTAATAAGTAAAAATTTA
129 AAGCTTATTTCAAATAAAATAAATAAATTTATTAATATT-TAGAAA--TAATAAGTAAAGATTTA
* * * *
14722 AAAAATAAATTTATTT-TCTAAACATA-TTCAAATAGTTCTAACTATTTGAATAATTATCTATTT
191 AAAAATAAATCTATTTATCTAAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* * * *
14785 CAAATAGTTAAGACTTTTTGTTTGTGATAAACCAATTGTTTCTATCCATACAAGCTTATT-TGAA
255 CAAATAGTTATGACTTTTTGTTTGTCATAAA-CAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAG-A
* ** * * *
14849 ATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCCAAATATTACTAAGTAAAAAATTTAAAAACTAAAT-C
318 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAA-TAAATAC
* ** * * * * *
14913 TGTTCATTGAGTAAGCTCAAATAAG-TATTAA-TGTTTAAACAATTTTTTATTTCAAAT-AGTTA
382 -GTTTATTGAACAAGTTCAAAT-AGTTA-TAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTA
* * *
14975 TGATCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATATCTATTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAAT
443 TGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCAATTCATACAAGTTTATT-AGAATAAAATAAT
* * **
15040 ACTACTTAAT-AT-TTTGCAAATTAATA
506 ACTATTTATTAATATTTAAAAATTAATA
* * * * * * *
15066 GGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAACTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACA
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
*
15131 ATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTTGTTCATAC-A
66 ATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAA
* * * * *
15194 GAATTA-TTCAAAATAAAATAACACT-GATTTATTAATATTTTA-AAA-ATTAATTAGAGATTTA
131 G-CTTATTTC-AAATAAAATAA-A-TAAATTTATTAATA-TTTAGAAATAATAAGTAAAGATTTA
* * * *
15255 AAAAGTAAATCTATTTA-CTGAACCAA-TTCATATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCT
191 AAAAATAAATCTATTTATCT-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* * * * * * *
15318 CAAATTGTAATGATCTTTAT-TTTGACATACAACAATTGTTTCTTTTCACATAAGCTTATTC-GA
255 CAAATAGTTATGA-CTTTTTGTTTGTCATA-AACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGA
* * * * * * *
15381 TTAAAATGATAATAATTTAATAAT-TTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATAT
318 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATAC
* ** * ** * * *
15445 GTTTGTCAAACTAGTTTTAATAGTTA-AGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTTTAA
382 GTTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATA-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
* * * * *
15509 CCTTTT-TTTAGTTATAAAATAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAA-ATAAATAATACT
446 -CTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCAATTCATACAAGTTTATTAGAATA-AAATAATACT
*
15572 A--TATTAACATTTGAAAAATTAATAA
509 ATTTATTAATATTT-AAAAATTAAT-A
* * * * *** * * *
15597 AGCAACAGATTTAAAAAAAATAAATCTATTTATTGAACAATTTCAATTAGATATGACTATTTGAA
1 AGTAAGAGATTT--AAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA
* ** * * * ****
15662 TAATTATCTA--T-AAATTTTTTTTAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATGTATTTGCTAAACC
64 CAATTATCTATTTCAAA-TCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT-TATTT--TTGTTC
* ** * *
15724 AATCAAATAG-TTAAGACTGTT-AGAATAATTATATATTTCAAATCGTTCTAACCTT-TTGTTTA
125 -AT-ACA-AGCTT---A-T-TTCA-AATAA--A-ATAAAT-AAA---TT-T-A--TTAATATTTA
* * * * * * * ** *
15786 GTCATAA-AATAA-TAATA-TTTTATTAACATTTAGAAATTTAATAAGC-AAGGAATTTACAAAA
170 G--A-AATAATAAGTAA-AGATTTA--AA-A--AATAAATCTATTTATCTAAACAAGTT-C--AA
* * ** ** * *
15847 ATAAATT-TGTTTACCGAATAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTA-TCTATTTAAAA
223 AT-AGTTATG---A-C-TATTTGAAC----AATTAT--CTATTT-CA-AA-TAGT-TA--T--GA
* * * ** *
15910 TCATTATGAACTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTC-ATTTCATAAAAGTTTACCCAAAATA
268 -C----T----TTTTG-TTTGTCAT-AAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAGAATA
* * * * * ***
15974 AAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAAATTGAGAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAA-ACAGT
321 AAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATAC-GT
** * ** * * *
16038 TTATTGAATTAGTTCAAATAGTTTTGGCCATTTAAACAATCATCTATTTCAAATCATTATGAACT
384 TTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG-ACT
* * * ** *** * *
16103 TTTGTTCTATCATAAAACAATTATTT-TTTGTCATACAAGCCAATTCAAAATAAAATAATAGTAA
448 TTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCAAT-TCATACAAGTTTATT-AGAATAAAATAATACT-A
*
16167 TTTATAAATATTTCAAAAATTAATA
510 TTTATTAATATTT-AAAAATTAATA
** * * *
16192 AGT-AGAAGA--T------T--ATTTGTTTATTGAACCAA-TTCAAATAATTATGACTATTCGAA
1 AGTAAG-AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-CCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA
* * * * * *
16245 CAATTATATATTTCAAGTTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTATATTCATAC
64 CAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATAC
* * * * * *
16310 AAGCTTA-TTCGAAATAAAAT-AATGCTAATCTAATAATA-TCATGAAAATCAATAACTTAGAGA
129 AAGCTTATTTC-AAATAAAATAAAT--AAATTTATTAATATTTA-G-AAAT-AATAA-GTAAAGA
* * * * * * * * * * *
16372 TTTAAAAAATAAATTTGTTTGTC-GAACCAGTTCAAATAGTTAAGGCTATATAAATAATTATTTA
187 TTTAAAAAATAAATCTATTTATCTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* * * **
16436 TTTCAAATCA-TTATG-TTCTTTTGTTTTGTCATAATCTA-T-TAAC-ATTTCA-A-AA--TTAA
252 TTTCAAAT-AGTTATGACT-TTTTG-TTTGTCATAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTT-A
* * * * * * *
16492 TACAAGATTTAAA-AAT--TAAATTTGTT--TA--TTAAACCAGTTGAA-ATAGT-TATGACTAT
312 TTC-AGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTTAAA--AATT-AATA-AGTAAAAGA-T-T
** * * * * * ** * * *
16548 T-TGAGTAATTA--TTTATTTTAA-ATTGTT-ATGACTTTTTGT-TCTGTTAT-AA-AATAATAG
369 TAAAAATAAATACGTTTA-TTGAACA-AGTTCA--AATAGTTATAACTATT-TGAACAAT--TA-
* * * * * ** * *** * * ** *
16605 TTTATGTTCATATAAGT-TCA-TTCAG-ATTAAAATTATACTAATTTATTAAAATTTCA-A-TAG
426 TCTAT-TTCAAATCATTATGACTTTTGTTTTGTCA-TAAAATAA-TTATTTCAA-TTCATACAAG
* ** *** * * *
16665 -TTAATA-AATAAAA-AATTTTAAAAATAAATATGTTTACCAAATTAGATC
487 TTTATTAGAATAAAATAATACTATTTATTAATA--TTTA-AAAATTA-ATA
* ** * * ** * *
16713 A--AATAG--TT-AGGACT--TTTTGAATA--AATATCTATTTCAAATCA-TTATGACCT-TTTG
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAA-A-CAAGTTCAAAT-AGTTATGA-CTATTTG
** ** *** * ** ** ** **** *
16767 ---TTTTATC-A-TAAAAAAAATTAT----TTTAG-TTAAT-ATAAAATTATTCAAAATAAAATA
62 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT--ATTTTTGTTC
* **
16821 ATACTAAGC-TA-TT--AAT--ATTCCA-AAA---ATT-A-A--T---AAT--TAAG---AGATT
125 ATAC-AAGCTTATTTCAAATAAAATAAATAAATTTATTAATATTTAGAAATAATAAGTAAAGATT
* * ** * *
16864 TAAAAAATGAATCTGTTTA-CCGAACAAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
189 TAAAAAATAAATCTATTTATCTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* * * * * ** * * **
16928 TGAAATTGCTAT-AATGTTCTGTTTTGTCAATAAATGATT-TTTTTGTTCATACAAGCTTATTTT
254 TCAAATAGTTATGACT-TTTTG-TTTGTC-ATAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA
* * * *
16991 GATTAAAATAATA-TAAATATATTAATA--TTAAGACACTTAATAAGTAAAGGATTTAAAAAATA
316 GAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTTAA-A-AATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATA
** ** * ** * * * **
17053 AATATTTTTATCAAATAAGTTCAAATCTTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTTAAATTGTT
377 AATACGTTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATT
* ** * * * * *
17118 ATGACTTTTTATTTTGTCATAAAGCAATTGTTTCTATTCAAACAAGCTTATTCAG-ATTAAATAA
442 ATGAC-TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCAATTCATACAAGTTTATT-AGAATAAAATAA
** * * *
17182 TTTTAATTGATTAATATTTCTACAAA-TAATG
505 TACT-ATTTATTAATA-TT-TAAAAATTAATA
* * * * * *
17213 AGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAATAAGTTCAAATAGTCATGACTATCTGAACA
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * *
17278 ATTATCTATTTCAAAACATTGTGACCTTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTTCATTCATAAA
66 ATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAA-----TT-ATT--T---
* * * *
17343 ACAATTGGTTCTATTCAACAAGCTTATTTCGAATAAAACAATATAAATTTATTAATATTCCAAAA
119 ----TT-GTTC-A-T--ACAAGCTTATTTCAAATAAAATAA-ATAAATTTATTAATATT-TAGAA
* * * * *
17408 ATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTT-TTTAAACACGTTCAAATAGTTATGACTAT
173 A-TAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTAT
* * * * * *
17472 TTGAACAATTATATATTTTAGATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTGTT
237 TTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACTTTTTG-TTTGTCATAAA-CAATTGTTTCTATT
** * * ** * *
17537 CATAACAA-CTTATTTGGAA-AAAATAATAGTAATTTATTAAAATTCCAAACATTAATTAGTAAA
300 CAT-ACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAA
* ** * * * * *
17600 AGATTTAAAAAATAAAT-CTATTTACCGAGCGAGTTTAAATAGTTATAACTATTTAAATAATTAT
364 AGATTT-AAAAATAAATAC-GTTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTAT
* * * * * * * *
17664 TTATGTCAAATCGTTATGATCTTTTG-TTTGTTCATAAAACAATTGTTTCTATTAATACAATTTT
427 CTATTTCAAATCATTATGA-CTTTTGTTTTG-TCATAAAATAATTATTTCAATTCATACAAGTTT
* * *
17728 ATTCAAAATAAAATAATACTAACTTATTAATATTAAAAAAGTTAATA
490 ATT-AGAATAAAATAATACT-ATTTATTAATATTTAAAAA-TTAATA
** * * * * * * *
17775 AGTTGGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACT
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * * * * * *
17840 ATTATCTATTTTAAATCGTTTTGACTTTTTCTTTTATCATAAAATAATTGTTTCTATT-ACTGA-
66 ATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCA-T-AC
** * ** * * *
17903 AAAATTA-TTCATATTAAAATAATATTGATCTATTAATACTTT-GAAA-ATTAA-TAAGACATTT
129 AAGCTTATTTCA-AATAAAATAA-ATAAATTTATTAATA-TTTAGAAATAATAAGTAA-AGATTT
* * * * * *
17964 AAAAACTAAATCTGTTT-T-TAAA-ATAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAATAATTATCTATC
190 AAAAAATAAATCTATTTATCTAAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* * ** * * *
18026 TCAAA-ATGTTATGATCTTTAT-ATCATCATAAAACAATTGTTCCTTTTCATACAAGTTTATTCA
254 TCAAATA-GTTATGA-CTTTTTGTTTGTCAT-AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA
* * ** *
18089 GATTAAAATAATA-TCAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
316 GAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAA
** *** * * * * * * *
18153 TGTGTTTGCGGAGCTAGTTTAAATAGTTA-AGACTGTTAGAACAATTATTTATTTCAAATCATTC
379 TACGTTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATA-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA
* * * * *
18217 TAACCTTTTGTTTAGAT-ATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAA
443 TGA-CTTTTGTTTTG-TCATAAAATAATTATTTCAATTCATACAAGTTTATT-AGAATAAAATAA
* * *
18281 TACTAATTTATTAACATTTGAAACATTAACGA
505 TACT-ATTTATTAATATTT-AAAAATTAA-TA
* ** * * *
18313 A-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAAA-AAGTTAAAAAATA-TT-TGACTTTTTAA
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-CCAAACAAGTT--CAAATAGTTATGACTATTTGA
* * * ** * * **
18374 ACAATCATTCTAATTACTTAAAGTCGTTATGAGC-TTCATTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAGT
63 ACAATTA-TCT-ATT--TCAAA-TCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGT
* * * * * * * *
18438 TCATAAAAACTTATCTGAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTTGAAA-ATTAAG-AAGAG
123 TCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAA-ATAAATTTATTAATATTTAGAAATAATAAGTAA-AG
* * * * * * * *
18501 ATTTAAAAACTAAAACTATTTTTCGAACCTA-TTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAAATAT-T
186 ATTTAAAAAATAAATCTATTTATCTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * * *
18564 AATCTCAAATCA-TTATGA--TTTTGTTTTCTCATAAAAAAATTGTTTTTGA-TCATCCAAGCTT
251 -ATTTCAAAT-AGTTATGACTTTTTG-TTTGTCAT-AAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTT
* * **
18625 ATGCAG-ATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAA
311 ATTCAGAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAA
* ** * * * * *
18685 ATAAATATGTTTGCTAAACCAA-TTCAAATAGTTAAAAGTATTAGAATAATTATCTATCTT-AAA
374 ATAAATACGTTTATTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAA
** * * * * * * * *
18748 TTGTTTTTGACCTATTGTTTAT-TCATATAATAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAAT
437 -TCATTATGA-CTTTTGTTT-TGTCATAAAATAATTATTTCAATTCATACAAGTTTATT-AGAAT
18812 AAAATAATACTAATTTATTAATATTT----ATT--TA
498 AAAATAATACT-ATTTATTAATATTTAAAAATTAATA
** * * ** ** *
18843 TTTCA-A-ATTGT-TATGA-CCATTTG-TT--CAAACAA--T----TA---A-GACTATATGAAC
1 AGTAAGAGATT-TAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * * * * * * * * *
18891 AGTTATTTATTTCAAATTGTTAAGACTTTTTGTTTTGGCATAAAACAATTGTTTTGGTTAAGATA
65 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACA
* **
18956 AGTTTA-TTCAAAATAAAAT-AATACTAATTTATTAATATTTAGCAAATTAATTCGTAAGAGATT
130 AGCTTATTTC-AAATAAAATAAATA--AATTTATTAATATTTAG-AAA-TAATAAGTAA-AGATT
* * * * *
19019 TAAAAAATAAATCTATTTA-CTATATAATTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATCTATT
189 TAAAAAATAAATCTATTTATCTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* * * * * * * ** *
19083 TCAAATCGTTATAACTTTTTATTTCGTAATCAAACAATTGGTTCTGTTCATACTATTTTATT-TG
254 TCAAATAGTTATGACTTTTTGTTT-GTCAT-AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAG
* * * * ** * *
19147 AAATATAATAATGCTAATTTGA-TAATATTTTGAAACTTAATAACCAAGAA-AATTAAAAAAAAA
317 -AATAAAATAATACTAATTT-ATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAATAAA
* * * * ** *
19210 T-C--TAATTGTCTAACTAGTTCAAATAGTTA-AGACTATATAAATGATTATCTATGTT-AAATT
379 TACGTTTATTG---AACAAGTTCAAATAGTTATA-ACTATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAATC
* ** * * ** ** * * * *
19270 GTTATGACCTTTCCTTTTGTCGTAAAATAATTGTTT-TGTTTGTATAAGCTTATTCTGATTAAAA
439 ATTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCAATTCATACAAGTTTATT-AGAATAAAA
*
19334 TAATACTAATTTAATAATATTTTAAAAATTAATA
502 TAATACT-ATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATA
* ** ** * * *
19368 ACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTG-TTACTGAA-TTGTTTCAAATGGTTAAGACTATTAGAAC
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAG-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * * **
19431 AATTATCTATTTGAAATCGTTTTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATT-GTTCAGTTCATACA
65 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACA
* * * * *
19495 AGCTTATTT-AGAAT-AAATTAAT-AA-TAATT--TA-TTAG-CAT--TCA--AAA-ATTT-AAT
130 AGCTTATTTCA-AATAAAATAAATAAATTTATTAATATTTAGAAATAATAAGTAAAGATTTAAAA
* * ** *** * * * * * *
19546 GAGAAAGATATTTAAAAAAATAAGTT----T-GTT-T-ACCATTAGAATAATTGTCTATTTAAAA
194 AATAAATCTATTTATCTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA
* * * * * *
19604 TTGTTATAACTTTTTGATTTGTCATAAAATAATTGTTT-AAGTTAATACAAGCTTAGTTGA-AAT
259 TAGTTATGACTTTTTG-TTTGTCAT-AAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTA-TTCAGAAT
* * * * **
19667 AAAATAATATTAATTTATTGATATCTCCT-AAAA-TAATAAG-AAAAAATTTTAAAAATAAATTT
320 AAAATAATACTAATTTATTAATAT-T-TTAAAAATTAATAAGTAAAAGA-TTTAAAAATAAATAC
** * ** ** * *
19729 GTTTACCGAATCAA-TT-AAAGTAATTAT-GGTCATTTGAATGATTATCTATTTCAAATCGTTAA
382 GTTTATTGAA-CAAGTTCAAA-TAGTTATAACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT
* ** * * * *
19791 GACCTTTT-TTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGA-CCATACAAGCTTATTCA-AA-AAAAAAAA
444 GA-CTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-ATTTCAATTCATACAAGTTTATT-AGAATAAAATAAT
19852 ACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
506 ACT-ATTTATTAATATTT-AAAAATTAATA
* * * *
19882 AGTAAGAGATTT-AAAAACAACTATGTTTATCAAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * * * * *
19945 AATTAT-TAGTCTCAAATTGTTA--A------GATCT-T-ATAAAACAATTATTTCTGATCATAG
65 AATTATCTA-TTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATAC
* * * * *
19999 AAGCTTA-TTCGATTAAAAATAATATTAATTTAATAATATTTCA-AAA-ATTAA-TAAGAGATTT
129 AAGCTTATTTCAAAT-AAAATAA-ATAAATTTATTAATATTT-AGAAATAATAAGTAA-AGATTT
* * * * * ** * *
20060 AAAAAAGAAATTTATTTATC-GAACCAGTTCAAAGAGTTAAAACTATTAGAATAATTATCTATTT
190 AAAAAATAAATCTATTTATCTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* * * * * * *
20124 TAAATCA-TTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAA-ATATTTGTTTC-ATATCTTACATGCTTATTT
255 CAAAT-AGTTATGACTTTTTGTTT-GTCATAAACA-A-TTGTTTCTAT-TCATACAAGCTTATTC
* * * * *
20186 GGAATAAAATAAT-CTCAATTTATTAAAATTTGAAAAATTAATAAGCAAAATATTTGAAAAAATA
315 AGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT--AAAAATA
* * * * * * * * * *
20250 AATTCATTTATCGGACAAATTCAAATAGTTATGACGATTTGAAGAATTAACTATTTAAAATCATT
377 AATACGTTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATT
* * * * * * * *
20315 ATGACCTTTTGTTTTGACAT-AAACAATTGTTTTAGTTCATA-ATAGCTTATCCAAAATAAAATA
442 ATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCAATTCATACA-AGTTTAT-TAGAATAAAATA
*
20378 ATACTAATTTCTTAATATTTCAAAAATTAATA
504 ATACT-ATTTATTAATATTT-AAAAATTAATA
** * * *
20410 AACAAGAG-TTTAAAAAAATAAATAT-TTTACCAAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTAAAC
1 AGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* *** ** * ** **
20473 AATTGTCTATCGAAAATCGTTATGACCTTTCATTTTGTCACAAAAC-ATCGTTTCAGTTCATACA
65 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACA
* * * *
20537 AGTTTA-TTCAAAATAAAAT-AATACTAATTTATTAATATTTCGAAAACTAATAATTAAGTGATT
130 AGCTTATTTC-AAATAAAATAAATA--AATTTATTAATATTTAG-AAA-TAATAAGTAA-AGATT
* * * * * * * * *
20600 T-AAAAGTCAATCTATTTA-CCAAGTC-AGTTCAAATAATTATGGCCATTTCAATAATTATCTAT
189 TAAAAAATAAATCTATTTATCTAA-ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * *
20662 TTCAAATCA-TTATTACCTTTTTGTTTGGTCATATAATAATTGTTT-TGATT-GTATAAGTTTAT
253 TTCAAAT-AGTTATGA-CTTTTTGTTT-GTCATA-AACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTAT
* * *
20724 TCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTACAAAATA
313 TCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTA-AAAATA
* *** ** * * * * * *
20789 AATATGTTTACCAAATTAGTTAAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTATACTTCAAATTATT
377 AATACGTTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATT
* * * * **
20854 ATAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTATTTTTATTCAT-CTAAGCTATT-TT-GAAATAAAA
442 ATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCAATTCATAC-AAG-T-TTATTAG-AATAAAA
* * *
20916 TAATACTAATATAATAATATTCCAAAAATTAATA
502 TAATACT-ATTTATTAATATT-TAAAAATTAATA
* * * * * * * *
20950 ACTATGAGATTTAAAAAATAAAATTGTCTGCCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAACA
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * ***
21015 ATTAACTATTTTAAA----T-TG--TTTTTGTTTTGCCATAAAACAATT-TTTACAATTCATA-A
66 ATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT-TTGTTCATACA
* * *
21071 TAGCTTATTT-AGAATAAAATAAAATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATATGTAAGAGATT
130 -AGCTTATTTCA-AATAAAAT-AAATAAATTTATTAATATTT-AGAAA-TAATAAGTAA-AGATT
** * * * * * *
21135 TAAAAAGCAATTATGTTTACCTAACCAA-TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
189 TAAAAAATAAATCTATTTATCTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
** * ** * * * * * * * * * *
21199 TCAAATCCTTATGACCTTTTGTTTTGTTGTAAAATAAATATTTTTGTTTATATAAGTTTGTTCAA
254 TCAAATAGTTATGACTTTTTG-TTTGTCAT-AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAG
* * *
21264 AATAAAAAAATACTAATCTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAATAAATT
317 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATA
** ** * ** * **
21325 TATTTATCAAACCAGTTC-AATAGTTATAACTATTTGAGGAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA
381 CGTTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
* * * * * * *
21389 CCTTTT-ATCTATCA-AATAATAA-TAGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATA
446 -CTTTTGTTTTGTCATAA-AATAATTA-TTTCAATTCATACAAGTTTA-TTAGAATAAAATAATA
* *
21451 CTAATTTATTAATATTTTGATAATTAATA
507 CT-ATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATA
* ** * * ** * * * *
21480 AGTAA-AAATTTTTTAAAATAAATATATTTACCAAACTTGATCAAATAGTCATGACTATGTGAAT
1 AGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * * * * * *
21544 AAATATCAATTTCAAACCATTATGATCTTTTCTTTTGTCATAAAA-AAATATGTTTTAGTTCAGA
65 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTAT-TTTT-GTTCATA
* ** * * * * *
21608 TAAATTTA-TCCGAAATAAAGT-AATACTATGTTATTAATATTTTAAAAATTAATAATTAATAGA
128 CAAGCTTATTTC-AAATAAAATAAATA-AAT-TTATTAATA-TTTAGAAA-TAATAAGTAA-AGA
* * ** * * * * *
21671 TTTAAAAAATGAATATATTTA-CCGAACAAG-TCTAAATAATTATAATTATTTCAATAATTATCT
187 TTTAAAAAATAAATCTATTTATCTAAACAAGTTC-AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * * * * * *
21734 GTTTGAAATCA-CTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAA-AAGTTTTTTTTTTATATTTATACAAGC
251 ATTTCAAAT-AGTTATGACTTTTTG-TTTGTCATAAACAA-----TTGTTTCTATTCATACAAGC
*
21797 TTATTTCA-AATAAAATAATAC---------AA-A-TTT-ACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAA
309 TTA-TTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AA
** ** * * * *
21849 AAATAAATTTGTTTATTGAACAAGTTCAAATTTTTATGACTATTTGAACAATTTTTTATTTTAAA
372 AAATAAATACGTTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA
** * * * * * *
21914 TTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAATGAA-ACATTGTTTTAATT-ATATAAGCTTAGTATAAT
437 TCATTATGAC-TTTTGTTTTGTCATAA--AATA-ATTATTTCAATTCATACAAGTTTATTAGAA-
* *
21977 TTTAAAAAATAATTAATTCATTTATTTTTTTAATATTCAATAAA-TAATA
497 --T--AAAATAA-T-A--C---TA-TTTATTAATATTTAA-AAATTAATA
* * * *** * ** *
22026 AGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGCTTATTGAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTCAAATA
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * ** * *** * *
22091 TTTATCTATTTTAAATCATTGTGACCATTTT-TTTTG-CAATAAAATGATTGTTTCAATTTATAT
66 ATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC-TTTTGTTTTGTC-ATAAAACAATTATTTTTGTTCATAC
* * *
22154 AAG-TT-TCTTCAAAATAAAAT-AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAGTGAGTAAGAGA
129 AAGCTTAT-TTC-AAATAAAATAAATA--AATTTATTAATATTT-AGAAA-TAATAAGTAA-AGA
* * * * * * * * * *
22216 ATTAAAAAATGAATATGTTTAAC-GAACATGTTCAAATAGTTATTACTATCTAAACAATTATCTA
187 TTTAAAAAATAAATCTATTTATCTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* * *
22280 TTTCAAATTA-TTATGAAC-TTTTGTTTTGTGATAAAACAATTAGTTT-TGTTCATGCAAGCTTA
252 TTTCAAA-TAGTTATG-ACTTTTTG-TTTGTCAT-AAACAATT-GTTTCTATTCATACAAGCTTA
* * *
22342 TT-TGAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTCAAAATTTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAA
312 TTCAG-AATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAA
* * * * * *
22404 ATAAATATGTTT-TCTAAACACGTTCAAATAGTTATAACTATCTGAAGAATTATCTATTTCAAGT
374 ATAAATACGTTTAT-TGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
* * * * **
22468 CATTATGACCTTTTTGTTTTGTCATAAATTAATTGTTTCTATTCATAAAAGCCTATTCAGAATAA
438 CATTATGA-C-TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCAATTCATACAAGTTTATT-AGAAT-A
* *
22533 AAATAATACTAATTTATTAAAATTCCAAAAATTA
499 AAATAATACT-ATTTATTAATATT-TAAAAATTA
22567 TTATATAAGA
Statistics
Matches: 7671, Mismatches: 1739, Indels: 1520
0.70 0.16 0.14
Matches are distributed among these distances:
489 1 0.00
490 75 0.01
491 5 0.00
492 6 0.00
493 1 0.00
494 12 0.00
495 5 0.00
496 18 0.00
497 20 0.00
498 35 0.00
499 22 0.00
500 19 0.00
501 8 0.00
502 16 0.00
503 10 0.00
504 18 0.00
505 22 0.00
506 10 0.00
507 23 0.00
508 5 0.00
509 7 0.00
510 16 0.00
511 64 0.01
512 18 0.00
513 29 0.00
514 99 0.01
515 123 0.02
516 164 0.02
517 89 0.01
518 71 0.01
519 85 0.01
520 126 0.02
521 47 0.01
522 38 0.00
523 123 0.02
524 273 0.04
525 145 0.02
526 110 0.01
527 37 0.00
528 111 0.01
529 63 0.01
530 324 0.04
531 237 0.03
532 110 0.01
533 217 0.03
534 84 0.01
535 107 0.01
536 301 0.04
537 678 0.09
538 711 0.09
539 216 0.03
540 391 0.05
541 510 0.07
542 207 0.03
543 130 0.02
544 35 0.00
545 125 0.02
546 105 0.01
547 30 0.00
548 5 0.00
549 8 0.00
550 13 0.00
551 10 0.00
552 15 0.00
553 86 0.01
554 43 0.01
555 9 0.00
556 5 0.00
557 4 0.00
558 14 0.00
559 5 0.00
560 18 0.00
561 236 0.03
562 125 0.02
563 19 0.00
564 3 0.00
565 6 0.00
566 13 0.00
567 2 0.00
568 7 0.00
569 1 0.00
570 6 0.00
571 1 0.00
572 10 0.00
573 2 0.00
574 5 0.00
575 7 0.00
576 1 0.00
577 2 0.00
579 5 0.00
580 4 0.00
581 2 0.00
582 2 0.00
583 36 0.00
584 10 0.00
585 32 0.00
586 2 0.00
587 3 0.00
589 30 0.00
590 22 0.00
591 84 0.01
592 31 0.00
593 12 0.00
594 3 0.00
595 6 0.00
596 19 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (533 bp):
AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
ATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAA
GCTTATTTCAAATAAAATAAATAAATTTATTAATATTTAGAAATAATAAGTAAAGATTTAAAAAA
TAAATCTATTTATCTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATA
GTTATGACTTTTTGTTTGTCATAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATA
ATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAATAAATACGTTTATTGA
ACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTGTTTT
GTCATAAAATAATTATTTCAATTCATACAAGTTTATTAGAATAAAATAATACTATTTATTAATAT
TTAAAAATTAATA
Found at i:15204 original size:176 final size:175
Alignment explanation
Indices: 14699--15672 Score: 642
Period size: 176 Copynumber: 5.5 Consensus size: 175
14689 TTAATATTCC
* * * * * * * *
14699 AAAATTTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATTTATTTTCTAAACATATTCAAATAGTTCTAAC
1 AAAA-TTAAT-AGTAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACA-ATTCAAATAGTTATGAC
* * * * * ** *
14764 TATTTGAATAATTATCTATTTCAAATAGTTAAGACTTTTTG-TTTGTGATAAACCAATTGTTTCT
63 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCT
* * ** * **
14828 ATCCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAA-AATTCC
128 GTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA---ATTAATATTTTG
* * * * * *** ** * *
14878 AAATATTACTAAGTAAAAAATTTAAAAACTAAATCTGTTCATTGAGTAAGCTCAAATAAG-TATT
1 AAA-ATTAAT-AGT-AGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAA-TTCAAAT-AGTTATG
* * * * * * * *
14942 AATGTTTAAACAATTTTTTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATAT
61 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTT
* * *
15007 CTATTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACT-ACTTAATATTTTG
126 CTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAATTAATATTTTG
* * *
15056 CAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAACTTCAAATAGTCATGTC
1 AAAATTAATA-GTA-GAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAA-TTCAAATAGTTATGAC
* *
15121 CATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTT
63 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCT
* * * *
15185 GTTCATAC-AGAATTATTCAAAATAAAATAACACTGATTTATTAATATTTTA
128 GTTCATACAAG-CTTATTCAAAATAAAATAATACT-A--AATTAATATTTTG
* * * * *
15236 AAAATTAAT--TAGAGATTTAAAAAGTAAATCTATTTACTGAACCAATTCATATAGTTATGACTA
1 AAAATTAATAGTAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC-CAAACAATTCAAATAGTTATGACTA
* * * * * * * * * *
15299 TTTGAACAATTATCTATCTCAAATTGTAATGATC-TTTATTTTGACATACAACAATTGTTTCTTT
65 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTGT
* * * * * * *
15363 TCACATAAGCTTATTC-GATTAAAATGATAATAATTTAATAATTTTTG
130 TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAATTAAT-A-TTTTG
* ** * ** *
15410 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGTCAAACTAGTTTTAATAGTTAAGAC
1 AAAATTAAT-AGT-AGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAAC-AATTCAAATAGTTATGAC
* * * * * * *
15475 TATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTTTAACCTTTT-TTTAGTTATAAAATAATTATTTCA
63 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCT
** * *
15539 GTTCATACAAGCTTATTTGAAAT-AAATAATACTATATTAACA-TTTG
128 GTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAATTAATATTTTG
* * * *** * *
15585 AAAAATTAATAAAGCAACAGATTTAAAAAAAATAAATCTATTTATTGAACAATTTCAATTAGATA
1 -AAAATTAAT--AG-TAGAGATTT--AAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAA-TTCAAATAGTTA
*
15650 TGACTATTTGAATAATTATCTAT
59 TGACTATTTGAACAATTATCTAT
15673 AAATTTTTTT
Statistics
Matches: 614, Mismatches: 149, Indels: 64
0.74 0.18 0.08
Matches are distributed among these distances:
172 5 0.01
173 1 0.00
174 14 0.02
175 16 0.03
176 169 0.28
177 96 0.16
178 113 0.18
179 64 0.10
180 86 0.14
181 50 0.08
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (175 bp):
AAAATTAATAGTAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAATTCAAATAGTTATGACTAT
TTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTGTT
CATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAATTAATATTTTG
Found at i:15905 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 15873--15905 Score: 50
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
15863 AATAAGTTCA
15873 AATAATTATGACTATTTG
1 AATAATTAT-ACTATTTG
15891 AATAATTAT-CTATTT
1 AATAATTATACTATTT
15906 AAAATCATTA
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
18 9 0.60
ACGTcount: A:0.39, C:0.06, G:0.06, T:0.48
Consensus pattern (17 bp):
AATAATTATACTATTTG
Found at i:16094 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 15862--16187 Score: 447
Period size: 181 Copynumber: 1.8 Consensus size: 181
15852 TTTGTTTACC
* * * *
15862 GAATAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCATTATGAACTTTTGT
1 GAATAAGTTCAAATAATTATGACCATTTAAACAATCATCTATTTAAAATCATTATGAACTTTTGT
* * *** * *
15927 TTTATCATAAAACAATTGTTTCATT-TCATAAAAGTTTACCCAAAATAAAATAATATTACTTTAT
66 TCTATCATAAAACAATTATTT-ATTGTCATAAAAGCCAACCCAAAATAAAATAATAGTAATTTAT
*
15991 TAATATTTCAAAAATTGAGAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAAACAGTTTATT
130 AAATATTTCAAAAATTGAGAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAAACAGTTTATT
* * * * *
16043 GAATTAGTTCAAATAGTTTTGGCCATTTAAACAATCATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGT
1 GAATAAGTTCAAATAATTATGACCATTTAAACAATCATCTATTTAAAATCATTATGAACTTTTGT
* * **
16108 TCTATCATAAAACAATTATTTTTTGTCATACAAGCCAATTCAAAATAAAATAATAGTAATTTATA
66 TCTATCATAAAACAATTATTTATTGTCATAAAAGCCAACCCAAAATAAAATAATAGTAATTTATA
16173 AATATTTCAAAAATT
131 AATATTTCAAAAATT
16188 AATAAGTAGA
Statistics
Matches: 123, Mismatches: 21, Indels: 2
0.84 0.14 0.01
Matches are distributed among these distances:
180 2 0.02
181 121 0.98
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (181 bp):
GAATAAGTTCAAATAATTATGACCATTTAAACAATCATCTATTTAAAATCATTATGAACTTTTGT
TCTATCATAAAACAATTATTTATTGTCATAAAAGCCAACCCAAAATAAAATAATAGTAATTTATA
AATATTTCAAAAATTGAGAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAAACAGTTTATT
Found at i:17033 original size:180 final size:178
Alignment explanation
Indices: 16845--18159 Score: 561
Period size: 180 Copynumber: 7.2 Consensus size: 178
16835 ATATTCCAAA
* * * * * *
16845 AATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTACCGAACAAGTTTAAATAATTATGACTA
1 AATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAATAAGTTCAAATAATTATGACTA
* *
16910 TTTGAACAATTATCTATTTGAAATTGCTAT-AATGTTCTGTTTTGTCAATAAATG-ATT-TTTTT
65 TTTGAACAATTATCTATTTGAAATTGCTATGAAT-TTCTATTTTGTC-ATAAA-GAATTGTTTCT
* * **
16972 GTTCATACAAGCTTATTTTGATTAAAATAATATAAATAT-ATTAATATTAAGAC
127 ATTCAAACAAGCTTATTCAGATT-AAATAATATAAAT-TGATTAATATTAAGAC
* * * **
17025 ACTTAATAAGTAAAGGATTTAAAAAATAAATATTTTTATCAAATAAGTTCAAATCTTTATGACTA
1 AATTAATAAGTAAA-GATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAATAAGTTCAAATAATTATGACTA
* * * * *
17090 TTTGAACAATTATTTATTTTAAATTGTTATGACTTTTTATTTTGTCATAAAGCAATTGTTTCTAT
65 TTTGAACAATTATCTATTTGAAATTGCTATGAATTTCTATTTTGTCATAAAG-AATTGTTTCTAT
* * ***
17155 TCAAACAAGCTTATTCAGATTAAATAATTTTAATTGATTAATATTTCTAC
129 TCAAACAAGCTTATTCAGATTAAATAATATAAATTGATTAATATTAAGAC
* * * * *
17205 AAATAATGAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAATAAGTTCAAATAGTCATGACTA
1 AATTAATAAGT-AAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAATAAGTTCAAATAATTATGACTA
* * **** * * * * * *
17270 TCTGAACAATTATCTATTTCAAAACATTGTGACCTTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTT-TC
65 TTTGAACAATTATCTATTTGAAATTGCTATGA-ATTTCTATTTTGTCAT-AAAGAATTGTTTCT-
* * *
17334 ATTCATAAAACAATTGGTTCTATTCAACAAGCTTATTTCGAATAAAACAATATAAATTTATTAAT
127 ATTC---AAACAA---GCT-TATT---C-AG---A--T----T-AAATAATATAAATTGATTAAT
17399 ATTCCAA-A-
171 ATT--AAGAC
* *** * * *
17407 AATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTTTTAAACACGTTCAAATAGTTATGACTAT
1 AATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAATAAGTTCAAATAATTATGACTAT
* * * * * * * * *
17472 TTGAACAATTATATATTTTAGATCGTTATGACCTTT-TGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTGT
66 TTGAACAATTATCTATTTGAAATTGCTATGA-ATTTCTATTTTGTCATAAA-GAATTGTTTCTAT
** ** * *
17536 TCATAACAA-CTTATTTGGAAAAAATAATAGT-AATTTATTAAAATTCCAA-AC
129 TCA-AACAAGCTTATTCAGATTAAATAATA-TAAATTGATTAATATT--AAGAC
* * * * *** * * *
17587 -ATTAATTAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAGCGAGTTTAAATAGTTATAACTA
1 AATTAATAAGT-AAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAATAAGTTCAAATAATTATGACTA
* * * * * * * *
17651 TTTAAATAATTATTTATGTCAAATCGTTATG-ATCTT-T-TGTTTGTTCATAAAACAATTGTTTC
65 TTTGAACAATTATCTATTTGAAATTGCTATGAAT-TTCTAT-TTTG-TCAT-AAAGAATTGTTTC
** * * * *
17713 TATT-AATACAATTTTATTCAAAATAAAATAATACTAACTT-ATTAATATTAA-AA
126 TATTCAA-ACAAGCTTATTC-AGATTAAATAATA-TAAATTGATTAATATTAAGAC
* * * * * * *
17766 AAGTTAATAAGTTGGAA-ATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGTC
1 AA-TTAATAAG-T-AAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAATAAGTTCAAATAATTATGAC
* * * * * * * * * * *
17830 CATTTGAACTATTATCTATTTTAAATCGTTTTGACTTTTTCTTTTATCATAAAATAATTGTTTCT
63 TATTTGAACAATTATCTATTTGAAATTGCTATGAATTTCTATTTTGTCAT-AAAGAATTGTTTCT
* ** * *
17895 ATTACTGAAA-AA--TTATTCATATTAAAATAATATTGATCT-ATTAATACTT-TGAA
127 ATT-C--AAACAAGCTTATTCAGATT-AAATAATATAAAT-TGATTAATA-TTAAGAC
* * * *** *
17948 AATTAATAAG---ACATTTAAAAACTAAATCTGTTTTTAAAAT-AGTTCAAATAATTATAACTAT
1 AATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAATAAGTTCAAATAATTATGACTAT
* * * * * * ** * * *
18009 TTGAATAATTATCTATCTCAAAATGTTATG-ATCTT-TATATCATCATAAAACAATTGTTCCTTT
66 TTGAACAATTATCTATTTGAAATTGCTATGAAT-TTCTATTTTGTCAT-AAAGAATTGTTTCTAT
* * * * *
18072 TCATACAAGTTTATTCAGATTAAAATAATATCAATTTAATAATATTCCAA-A-
129 TCAAACAAGCTTATTCAGATT-AAATAATATAAATTGATTAATATT--AAGAC
*
18123 AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTT
1 AATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATATGTTT
18160 GCGGAGCTAG
Statistics
Matches: 893, Mismatches: 168, Indels: 149
0.74 0.14 0.12
Matches are distributed among these distances:
172 2 0.00
173 2 0.00
174 4 0.00
175 62 0.07
176 43 0.05
177 22 0.02
178 4 0.00
179 76 0.09
180 287 0.32
181 201 0.23
182 20 0.02
183 3 0.00
184 7 0.01
185 2 0.00
186 1 0.00
187 2 0.00
188 4 0.00
189 1 0.00
191 1 0.00
192 2 0.00
193 4 0.00
194 1 0.00
195 1 0.00
197 2 0.00
198 5 0.01
199 3 0.00
200 22 0.02
201 79 0.09
202 29 0.03
203 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (178 bp):
AATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAATAAGTTCAAATAATTATGACTAT
TTGAACAATTATCTATTTGAAATTGCTATGAATTTCTATTTTGTCATAAAGAATTGTTTCTATTC
AAACAAGCTTATTCAGATTAAATAATATAAATTGATTAATATTAAGAC
Found at i:17358 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 17317--17359 Score: 61
Period size: 21 Copynumber: 2.0 Consensus size: 21
17307 TTGTTTTGTA
*
17317 ATAAAACAATTGTTTTCATTC
1 ATAAAACAATTGTTCTCATTC
17338 ATAAAACAATTGGTTCT-ATTC
1 ATAAAACAATT-GTTCTCATTC
17359 A
1 A
17360 ACAAGCTTAT
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 1, Indels: 2
0.87 0.04 0.09
Matches are distributed among these distances:
21 16 0.80
22 4 0.20
ACGTcount: A:0.40, C:0.14, G:0.07, T:0.40
Consensus pattern (21 bp):
ATAAAACAATTGTTCTCATTC
Found at i:17480 original size:201 final size:201
Alignment explanation
Indices: 17134--17531 Score: 516
Period size: 201 Copynumber: 2.0 Consensus size: 201
17124 TTTTATTTTG
* * * * * *
17134 TCATAAAGCAATTGTTTCTATTCAAACAAGCTTATTCAGATTAAATAATTTTAATTGATTAATAT
1 TCATAAAACAATTGGTTCTATTCAAACAAGCTTATTCAGATAAAACAATATAAATTGATTAATAT
* * * *
17199 TTCTACAAATAATGAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAATAAGTTCAAATAGTCA
66 TTCCAAAAATAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTCA
* *
17264 TGACTATCTGAACAATTATCTATTTCAAAACATTGTGACCTTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTG
131 TGACTATCTGAACAATTATATATTTCAAAACATTATGACC-TTTTGTTTTGTAATAAAACAATTG
17329 TTTTCAT
195 TTTTCAT
*
17336 TCATAAAACAATTGGTTCTATTC-AACAAGCTTATTTC-GAATAAAACAATATAAATTTATTAAT
1 TCATAAAACAATTGGTTCTATTCAAACAAGCTTA-TTCAG-ATAAAACAATATAAATTGATTAAT
** *
17399 A-TTCCAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAATAAATATGTTTTTTAAACACGTTCAAATAG
64 ATTTCCAAAAA-TAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACAAGTTCAAATAG
* * * * * * * *
17462 TTATGACTATTTGAACAATTATATATTTTAGATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAAT
128 TCATGACTATCTGAACAATTATATATTTCAAAACATTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAAT
17527 TGTTT
193 TGTTT
17532 CTGTTCATAA
Statistics
Matches: 169, Mismatches: 24, Indels: 8
0.84 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
200 25 0.15
201 89 0.53
202 55 0.33
ACGTcount: A:0.41, C:0.11, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (201 bp):
TCATAAAACAATTGGTTCTATTCAAACAAGCTTATTCAGATAAAACAATATAAATTGATTAATAT
TTCCAAAAATAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTCA
TGACTATCTGAACAATTATATATTTCAAAACATTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGT
TTTCAT
Found at i:17732 original size:561 final size:561
Alignment explanation
Indices: 16830--17892 Score: 1227
Period size: 561 Copynumber: 1.9 Consensus size: 561
16820 AATACTAAGC
* * * * * *
16830 TATTAATATTCCAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTACCGAACAAGTTT
1 TATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTC
* * **
16895 AAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTGAAATTGCTATAATGTTCTGTTTTGTCAATA
66 AAATAATTATGACTATTTGAACAATTATATATTTGAAATCGCTATAACCTTCTGTTTTGTCAATA
** * * * *
16960 AATGATTTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTTGATTAAAATAATATAAATATATTAATATTAAGAC
131 AACAATTTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGGATAAAAATAATATAAATATATTAAAATTAAGAC
* * * * ** *
17025 ACTTAATAAGTAAAGGATTTAAAAAATAAATATTTTTATCAAATAAGTTCAAATCTTTATGACTA
196 ACTTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTA
* * * * * *
17090 TTTGAACAATTATTTATTTTAAATTGTTATGACTTTTTATTTTGTCATAAAGCAATTGTTTCTAT
261 TTTAAACAATTATTTATGTCAAATCGTTATGACTTTTTATTGTGTCATAAAACAATTGTTTCTAT
* * ** * * *
17155 TCAAACAAGCTTATTC-AGATTAAATAATTTTAA-TTGATTAATATTTCTACAAA-TAATGAG-T
326 TCAAACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAACTT-ATTAATA-TT-AAAAAAGTAATAAGTT
* * * *
17216 AAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAATAAGTTCAAATAGTCATGACTATCTGAACAATT
388 AAAA-ATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGACCATCTGAACAATT
* *
17281 ATCTATTTCAAAACATTGTGACCTTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTTCATTCATAAAACA
452 ATCTATTTCAAAACATTGTGA-CTTTTTCTTTTATAATAAAACAATTGTTTTCATTCATAAAACA
17346 ATTGGTTCTATTCAACAAGCTTATTTCGAATAAAACAATATAAATT
516 ATTGGTTCTATTCAACAAGCTTATTTCGAATAAAACAATATAAATT
*** *
17392 TATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATATGTTTTTTAAACACGTTC
1 TATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTC
* * * * * *
17456 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTTAGATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTC-ATA
66 AAATAATTATGACTATTTGAACAATTATATATTTGAAATCGCTATAACCTTCTGTTTTGTCAATA
*
17520 AACCAATTGTTTCTGTTCATAACAA-CTTATTTGGA-AAAAATAATAGT-AATTTATTAAAATTC
131 AA-CAATT-TTTCTGTTCAT-ACAAGCTTATTTGGATAAAAATAATA-TAAATATATTAAAATT-
* * * * * *
17582 CAA-ACA-TTAATTAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAGCGAGTTTAAATAGTTA
191 -AAGACACTTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTA
*
17645 TAACTATTTAAATAATTATTTATGTCAAATCGTTATGATCTTTTGT-TTGT-TCATAAAACAATT
255 TAACTATTTAAACAATTATTTATGTCAAATCGTTATGA-CTTTT-TATTGTGTCATAAAACAATT
**
17708 GTTTCTATT-AATACAATTTTATTCAAAATAAAATAATACTAACTTATTAATATTAAAAAAGTTA
318 GTTTCTATTCAA-ACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAACTTATTAATATTAAAAAAG-TA
** * * *
17772 ATAAGTTGGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGA
381 ATAAGTTAAAAATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGACCATCTGA
* * * * * * *
17837 ACTATTATCTATTTTAAATCGTTTTGACTTTTTCTTTTATCATAAAATAATTGTTT
446 ACAATTATCTATTTCAAAACATTGTGACTTTTTCTTTTATAATAAAACAATTGTTT
17893 CTATTACTGA
Statistics
Matches: 413, Mismatches: 74, Indels: 29
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
560 11 0.03
561 237 0.57
562 153 0.37
563 12 0.03
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (561 bp):
TATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTC
AAATAATTATGACTATTTGAACAATTATATATTTGAAATCGCTATAACCTTCTGTTTTGTCAATA
AACAATTTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGGATAAAAATAATATAAATATATTAAAATTAAGAC
ACTTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTA
TTTAAACAATTATTTATGTCAAATCGTTATGACTTTTTATTGTGTCATAAAACAATTGTTTCTAT
TCAAACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAACTTATTAATATTAAAAAAGTAATAAGTTAAA
AATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGACCATCTGAACAATTATCT
ATTTCAAAACATTGTGACTTTTTCTTTTATAATAAAACAATTGTTTTCATTCATAAAACAATTGG
TTCTATTCAACAAGCTTATTTCGAATAAAACAATATAAATT
Found at i:17882 original size:181 final size:175
Alignment explanation
Indices: 17335--18836 Score: 718
Period size: 181 Copynumber: 8.4 Consensus size: 175
17325 ATTGTTTTCA
* * *
17335 TTCATAAAACAATTGGTTCTATTCA-ACAAGCTTATTTCGAATAAAACAATATAAATTTATTAAT
1 TTCATAAAACAATTGTTTCTATTAATACAA-CTTA-TTCGAATAAAATAATAT-AATTTATTAAT
* * *** *
17399 ATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTTTTAAACACGTTCAAATAGTT
63 ATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTT
* *
17464 ATGACTATTTGAACAATTATATATTTTAGATCGTTATGACCTTTTGTTTT
128 ATGACTATTTGAACTATTATATATTTTAAATCGTTATGA-CTTTT-TTTT
* * * * * *
17514 GTCATAAACCAATTGTTTCTGTTCATAACAACTTATTTGGAA-AAAATAATAGTAATTTATTAAA
1 TTCATAAAACAATTGTTTCTATTAAT-ACAACTTA-TTCGAATAAAATAATA-TAATTTATTAAT
* * * * * *
17578 ATTCCAAACATTAATTAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAGCGAGTTTAAATAGT
63 ATTCCAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGT
* * * * * *
17643 TATAACTATTT-AAATAATTATTTATGTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTG
127 TATGACTATTTGAACT-ATTATATATTTTAAATCGTTATGA-CTTTT-TTTT
* * *
17694 TTCATAAAACAATTGTTTCTATTAATACAATTTTATTCAAAATAAAATAATACTAACTTATTAAT
1 TTCATAAAACAATTGTTTCTATTAATACAA-CTTATTC-GAATAAAATAATA-TAATTTATTAAT
* **
17759 ATT-AAAAAAGTTAATAAGTTGGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAG
63 ATTCCAAAAA-TTAATAAG-TAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAG
* * * * *
17823 TCATGTCCATTTGAACTATTATCTATTTTAAATCGTTTTGACTTTTTCTTT
126 TTATGACTATTTGAACTATTATATATTTTAAATCGTTATGACTTTTT-TTT
* * * * * *
17874 TATCATAAAATAATTGTTTCTATTACTGAAAAATTATTC-ATATTAAAATAATATTGATCTATTA
1 T-TCATAAAACAATTGTTTCTATTAAT-ACAACTTATTCGA-A-TAAAATAATA-TAATTTATTA
** * * * **
17938 ATACTT-TGAAAATTAATAAG---ACATTTAAAAACTAAATCTGTTT-TTAAA-ATAGTTCAAAT
61 ATA-TTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACA-AGTTCAAAT
* * * ** * * *
17997 AATTATAACTATTTGAA-TAATTATCTATCTCAAAAT-GTTATGATCTTTATATC
124 AGTTATGACTATTTGAACT-ATTATATAT-TTTAAATCGTTATGA-CTTTTTTTT
* * * * * * *
18050 ATCATAAAACAATTGTTCCTTTTCATACAAGTTTATTCAGATTAAAATAATATCAATTTAATAAT
1 TTCATAAAACAATTGTTTCTATTAATACAA-CTTATTC-GAATAAAATAATAT-AATTTATTAAT
* * * * ** * * *
18115 ATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCGGAGCTAGTTTAAATAGT
63 ATTCCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGT
* * * * * * * * * *
18180 TAAGACTGTTAGAACAATTATTTATTTCAAATCATTCTAACCTTTTGTTTAG
127 TATGACTATTTGAACTATTATATATTTTAAATCGTTATGA-CTTTT-TTT-T
* * *
18232 AT-ATAAAACAATTATTTC-AGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAA
1 TTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTAATACAA-CTTATTC-GAATAAAATAATA-TAATTTATTAA
* ** * * * * ** *
18295 CATTTGAAACATTAACGAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAAA-AAGTTAAAAA
62 TATTCCAAAAATTAA-TAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATCTATTTA-CCAAACAAGTT--CAA
* * * **
18358 ATA-TT-TGACTTTTTAAACAATCATTCTA-ATTACTTAAAGTCGTTATGAGCTTCATTTT
122 ATAGTTATGACTATTTGAAC--T-ATTATATATT--TTAAA-TCGTTATGA-CTTTTTTTT
* * * * *
18416 GTCATAAAATAATTGTTTC-AGTTCATAAAAACTTA-TCTGAAATAAAATAATATTACTTTATTA
1 TTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTAAT-ACAACTTATTC-G-AATAAAATAATA-TAATTTATTA
*** * * * * * * * *
18479 ATATTTTGAAAATTAAGAAG---AGATTTAAAAACTAAAACTATTTTTCGAACCTA-TTCAAATA
61 ATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATCTA-TTTACCAAACAAGTTCAAATA
* * * * * *
18540 GTTAAGACTATTTGAACAAATAT-TAATCTCAAATCATTATGA-TTTTGTTTT
125 GTTATGACTATTTGAACTATTATAT-ATTTTAAATCGTTATGACTTTT-TTTT
* * * * * * *
18591 CTCATAAAAAAATTGTTTTTGA-TCATCCAAGCTTATGC-AGATAAAAATAATACTAATTTAATA
1 TTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTAATACAA-CTTATTCGA-AT-AAAATAATA-TAATTTATTA
* * * * *
18654 ATATTCCAAAAATTAATAAG---AGATTTAAAAAATAAATATGTTTGCTAAACCAA-TTCAAATA
61 ATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAA-CAAGTTCAAATA
** * * * * * * * *
18715 GTTAAAAGTATTAGAA-TAATTATCTATCTTAAATTGTTTTTGACCTATTGTTTA
125 GTTATGACTATTTGAACT-ATTATATATTTTAAATCG-TTATGA-CT-TTTTTTT
* * * *
18769 TTCATATAATAATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
1 TTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTAATACAA-CTTATTC-GAATAAAATAATA-TAATTTATTAA
18833 TATT
62 TATT
18837 TATTTATTTC
Statistics
Matches: 1024, Mismatches: 223, Indels: 153
0.73 0.16 0.11
Matches are distributed among these distances:
173 1 0.00
174 18 0.02
175 171 0.17
176 56 0.05
177 37 0.04
178 60 0.06
179 106 0.10
180 161 0.16
181 290 0.28
182 28 0.03
183 8 0.01
184 11 0.01
185 65 0.06
186 12 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (175 bp):
TTCATAAAACAATTGTTTCTATTAATACAACTTATTCGAATAAAATAATATAATTTATTAATATT
CCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATG
ACTATTTGAACTATTATATATTTTAAATCGTTATGACTTTTTTTT
Found at i:18240 original size:537 final size:536
Alignment explanation
Indices: 17422--18836 Score: 1361
Period size: 537 Copynumber: 2.6 Consensus size: 536
17412 ATAAGTAAAA
* * * * *
17422 ATTTAAAAAATAAATATGTTTTTTAAACACGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATA
1 ATTTAAAAACTAAATCTGTTTTTAAAATA-GTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTAT-TA
* * * * * * * *
17487 TTTTAGATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTGTTCATAACAA-CTTATT
64 TCTCAAATCGTTATGATC-TTT-ATTTCTCATAAAACAATTG-TTCTTTTCAT-ACAAGCTTATT
** * * * * *
17551 TGGA-AAAAATAATAGT-AATTTATTAAAATTCCAAACATTAATTAGTAAAAGATTTAAAAAATA
125 CAGATAAAAATAATA-TCAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA
* * * * * *
17614 AATCTATTTACCGAGCGAGTTTAAATAGTTATAACTATTTA-AATAATTATTTATGTCAAATCGT
189 AATATGTTTGCCGAGCCAGTTTAAATAGTTA-AACTA-TTAGAATAATTATTTATTTCAAATCAT
* * **
17678 TATGATCTTTTGTTT-GTTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTAATACAATTTTATTCAAAATAAAA
252 TATGACCTTTTGTTTAGTTCATAAAACAATTGTTTCTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAA
* * **
17741 TAATACTAACTTATTAATATTAAAAAAGTTAA-TAAGTTGGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTA
317 TAATACTAATTTATTAATATTAAAAAA-TTAACGAA-TAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTA
* * * * * *
17805 -CCAAACAAGTT-CAAATAGTCATGTCCATTTGAACTATTA-TCT-ATT-TTAAA-TCGTTTTGA
380 TCCAAA-AAGTTAAAAATA-T-ATGACCATTTAAACAATCATTCTAATTATTAAAGTCGTTATGA
*
17864 -CTTTTTC-TTTTATCATAAAATAATTGTTTCTA-TT-ACTGAAAAA-TTAT-TCATATTAAAAT
442 GC---TTCATTTTATCATAAAATAATTGTTTC-AGTTCA-T-AAAAACTTATCTCA-AATAAAAT
*
17923 AATATTGA-TCTATTAATACTTTGAAAATTAATAAGAC
500 AATATT-ACTCTATTAATACTTTGAAAATTAAGAAGAC
* *
17960 ATTTAAAAACTAAATCTGTTTTTAAAATAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAATAATTATCTAT
1 ATTTAAAAACTAAATCTGTTTTTAAAATAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTAT-TAT
* *
18025 CTCAAAAT-GTTATGATCTTTATATCATCATAAAACAATTGTTCCTTTTCATACAAGTTTATTCA
65 CTC-AAATCGTTATGATCTTTATTTC-TCATAAAACAATTGTT-CTTTTCATACAAGCTTATTCA
*
18089 GATTAAAATAATATCAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
127 GATAAAAATAATATCAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * *
18154 GTGTTTGCGGAGCTAGTTTAAATAGTTAAGACTGTTAGAACAATTATTTATTTCAAATCATTCTA
192 ATGTTTGCCGAGCCAGTTTAAATAGTTAA-ACTATTAGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATG
* * *
18219 ACCTTTTGTTTAGAT-ATAAAACAATTATTTC-AGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAAT
256 ACCTTTTGTTTAGTTCATAAAACAATTGTTTCTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAAT
* * * * * **
18282 ACTAATTTATTAACATTTGAAACATTAACGAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAA
321 ACTAATTTATTAATA-TTAAAAAATTAACGAATAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTATCCAA
* **
18347 AAAGTTAAAAAATATTTGACTTTTTAAACAATCATTCTAATTACTTAAAGTCGTTATGAGCTTCA
385 AAAGTT-AAAAATATATGACCATTTAAACAATCATTCTAATTA-TTAAAGTCGTTATGAGCTTCA
* * *
18412 TTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATAAAAACTTATCTGAAATAAAATAATATTACTTTAT
448 TTTTATCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATAAAAACTTATCTCAAATAAAATAATATTACTCTAT
* *
18477 TAATATTTTGAAAATTAAGAAGAG
513 TAATACTTTGAAAATTAAGAAGAC
* * ** *
18501 ATTTAAAAACTAAAACTATTTTTCGAACCTA-TTCAAATAGTTA-AGACTATTTGAACAAATATT
1 ATTTAAAAACTAAATCTGTTTTT--AAAATAGTTCAAATAGTTATA-ACTATTTGAACAATTATT
* * * *
18564 AATCTCAAATCATTATGAT-TTTGTTTTCTCATAAAAAAATTGTT-TTTGATCATCCAAGCTTAT
63 -ATCTCAAATCGTTATGATCTTT-ATTTCTCATAAAACAATTGTTCTTT--TCATACAAGCTTAT
*
18627 GCAGATAAAAATAATA-CTAATTTAATAATATTCCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAAT
124 TCAGATAAAAATAATATC-AATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
** * * * * * *
18687 AAATATGTTTGCTAAACCAATTCAAATAGTTAAAAGTATTAGAATAATTATCTATCTT-AAATTG
188 AAATATGTTTGCCGAGCCAGTTTAAATAGTT-AAACTATTAGAATAATTATTTAT-TTCAAA-TC
* * * * *
18751 TTTTTGACCTATTGTTTA-TTCATATAATAATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAA
250 ATTATGACCTTTTGTTTAGTTCATAAAACAATTGTTTCTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAA
18814 AATAATACTAATTTATTAATATT
315 AATAATACTAATTTATTAATATT
18837 TATTTATTTC
Statistics
Matches: 728, Mismatches: 108, Indels: 83
0.79 0.12 0.09
Matches are distributed among these distances:
535 8 0.01
536 36 0.05
537 316 0.43
538 124 0.17
539 11 0.02
540 12 0.02
541 164 0.23
542 52 0.07
543 5 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (536 bp):
ATTTAAAAACTAAATCTGTTTTTAAAATAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATTATC
TCAAATCGTTATGATCTTTATTTCTCATAAAACAATTGTTCTTTTCATACAAGCTTATTCAGATA
AAAATAATATCAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGT
TTGCCGAGCCAGTTTAAATAGTTAAACTATTAGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTT
TTGTTTAGTTCATAAAACAATTGTTTCTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
TTTATTAATATTAAAAAATTAACGAATAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTATCCAAAAAGTT
AAAAATATATGACCATTTAAACAATCATTCTAATTATTAAAGTCGTTATGAGCTTCATTTTATCA
TAAAATAATTGTTTCAGTTCATAAAAACTTATCTCAAATAAAATAATATTACTCTATTAATACTT
TGAAAATTAAGAAGAC
Found at i:19500 original size:179 final size:177
Alignment explanation
Indices: 18866--19525 Score: 546
Period size: 179 Copynumber: 3.7 Consensus size: 177
18856 TGACCATTTG
* * * * * * * *
18866 TTCAAACAATTAAGACTA-TATGAACAGTTATTTATTTCAAATTGTTAAGACTTTTTGTTTTGGC
1 TTCAAATAGTTAAGACTATTA-GAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * * * ** *
18930 ATAAAACAATTGTTTTGGTTAAGATAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-T
65 ATAAAACAATTGTTCT-GTTCATACAAGCTTATT-TGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATT
* * *
18994 TTAGCAAATTAAT-TCGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTATATAAT
128 TTA-AAAATTAATAAC-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCT-TTTACTA-ATAGT
** * * * * * * *
19047 TTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACTTTTTATTTCGTAA
1 TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * ** * * *
19112 TCAAACAATTGGTTCTGTTCATACTATTTTATTTGAAATATAATAATGCTAATTTGATAATATTT
66 TAAAACAATT-GTTCTGTTCATACAAGCTTATTTG-AATAAAATAATACTAATTTAATAATATTT
* * * * *
19177 TGAAACTTAATAACCAAGAAAATTAAAAAA-AAATCTAATTGT-CTAACTAG-
129 TAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT--TT-TACTAA-TAGT
** * **
19227 TTCAAATAGTTAAGACTATATA-AATGATTATCTATGTT-AAATTGTTATGACCTTTCCTTTTGT
1 TTCAAATAGTTAAGACTAT-TAGAACAATTATCTAT-TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * ** * *
19290 CGTAAAATAATTGTTTTGTTTGTATAAGCTTATTCTGATTAAAATAATACTAATTTAATAATATT
64 CATAAAACAATTGTTCTGTTCATACAAGCTTATT-TGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATT
*
19355 TTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TTGTTACTGAATTGT
128 TTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTT-TTACT-AATAGT
* * * *
19406 TTCAAATGGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTGAAATCGTTTTGACCTTTTGTTTAGTCA
1 TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * *
19471 TAAAACAATTGTTCAGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAATTAATAATAATTTA
66 TAAAACAATTGTTCTGTTCATACAAGCTTATTT-GAATAAAATAATACTAATTTA
19526 TTAGCATTCA
Statistics
Matches: 375, Mismatches: 85, Indels: 40
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
177 2 0.01
178 10 0.03
179 162 0.43
180 69 0.18
181 122 0.33
182 10 0.03
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (177 bp):
TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
TAAAACAATTGTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTA
AAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTTTTACTAATAGT
Found at i:19718 original size:158 final size:155
Alignment explanation
Indices: 19423--19735 Score: 341
Period size: 157 Copynumber: 2.0 Consensus size: 155
19413 GGTTAAGACT
* * * *
19423 ATTAGAACAATTATCTATTTGAAATCGTTTTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTCAGT
1 ATTAGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTAAGT
* * * * *
19488 TCATACAAGCTTATTTAGAATAAATTAATAATAATTTATTAGCATTCAAAAATTTAATGAGAAAG
66 TAATACAAGCTTATTGAGAATAAAATAATAATAATTTATTAGCATTCAAAAATATAATGAGAAAA
*
19553 ATATTTAAAAAAATAAGTTTGTTTACC
131 ATATTT--AAAAATAAATTTGTTTACC
* * * * *
19580 ATTAGAATAATTGTCTATTTAAAATTGTTATAACTTTTTGATTT-GTCATAAAATAATTGTTTAA
1 ATTAGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATAACCTTTTG-TTTAGTCATAAAACAATTG-TTAA
* * *
19644 GTTAATACAAGCTTAGTTGA-AATAAAATAATATTAATTTATT-GATATCTCCTAAAATAATAA-
64 GTTAATACAAGCTTA-TTGAGAATAAAATAATAATAATTTATTAG-CAT-T-CAAAAAT-ATAAT
19706 GA-AAAAAT-TTTAAAAATAAATTTGTTTACC
124 GAGAAAAATATTTAAAAATAAATTTGTTTACC
19736 GAATCAATTA
Statistics
Matches: 131, Mismatches: 18, Indels: 15
0.80 0.11 0.09
Matches are distributed among these distances:
156 18 0.14
157 48 0.37
158 45 0.34
159 9 0.07
160 8 0.06
161 3 0.02
ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (155 bp):
ATTAGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTAAGT
TAATACAAGCTTATTGAGAATAAAATAATAATAATTTATTAGCATTCAAAAATATAATGAGAAAA
ATATTTAAAAATAAATTTGTTTACC
Found at i:20918 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 20014--22566 Score: 1651
Period size: 181 Copynumber: 14.2 Consensus size: 180
20004 TATTCGATTA
* * * * *
20014 AAAATAATATTAATTTAATAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAAGAAATTTAT
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGT
* * * * ** * * * * *
20075 TTATCGAACCAGTTCAAAGAGTTAAAACTATTAGAATAATTATCTATTTTAAATCATTCTAACCT
66 TTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCT
* * * * * *
20140 TTTGTTTAGTCATAAAAT-ATT-TGTTTCATATCTTACATGCTTATTTGGAAT
131 TTTGTTTTGTCATAAAATAATTAT-TTTTAT-TCATATAAGCTT-TTTGAAAT
* * * * *
20191 AAAATAAT-CTCAATTTATTAAAATTTGAAAAATTAATAAGCAAAATATTTGAAAAAATAAAT-T
1 AAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATAT
* * ** * * * * *
20254 CATTTATCGGACAAATTCAAATAGTTATGACGATTTGAAGAATTAACTATTTAAAATCATTATGA
64 -GTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
* * * ***
20319 CCTTTTGTTTTGACAT-AAACAATT-GTTTTAGTTCATA-ATAGCTTATCCAAAAT
128 CCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTTA-TTCATATA-AGCTT-TTTGAAAT
* **
20372 AAAATAATACTAATTTCTTAATATTTCAAAAATTAATAAACAAGAG-TTTAAAAAAATAAATAT-
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATATG
* * * *** *
20435 TTTACCAAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTGTCTATCGAAAATCGTTATGACC
65 TTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
** * * ** * * *
20500 TTTCATTTTGTCACAAAA-CA-TCGTTTCAGTTCATACAAG-TTTATTCAAAAT
130 TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTTA-TTCATATAAGCTTT-TT-GAAAT
* * * * * * * *
20551 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCGAAAACTAATAATTAAGTGATTT-AAAAGTCAATCTAT
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGT
* * * * * * *
20615 TTACCAAGTC-AGTTCAAATAATTATGGCCATTTCAATAATTATCTATTTCAAATCATTATTACC
66 TTACCAA-ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* * * * * *
20679 TTTTTGTTTGGTCATATAATAATTGTTTTGATT-GTATAAG-TTTATTCAGAAT
130 -TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTTATTCATATAAGCTTT-TTGA-AAT
* *
20731 AAAATAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTACAAAATAAATATGT
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGT
** * * * * * *
20796 TTACCAAATTAGTTAAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTATACTTCAAATTATTATAACCT
66 TTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCT
* * * *
20861 TTTGTTCTATCATAAAACAATTATTTTTATTCATCTAAGCTATTTTGAAAT
131 TTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTTATTCATATAAGCT-TTTTGAAAT
* * * * *
20912 AAAATAATACTAATATAATAATATTCCAAAAATTAATAACTATGAGATTTAAAAAATAAA-ATTG
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATA-TG
* * * * * * * *
20976 TCTGCCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTAACTATTT-TAA--A-T-TG--T
65 TTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* * **
21034 TTTTGTTTTGCCATAAAACAATT-TTTACAATTCATA-ATAGCTTATTT-AGAAT
130 TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTT-TTATTCATATA-AGCTT-TTTGA-AAT
* * ** *
21086 AAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATATGTAAGAGATTTAAAAAGCAATTATG
1 AAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATG
* * *
21150 TTTACCTAACCAA-TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCCTTATGAC
65 TTTACC-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
** * * * *
21214 CTTTTGTTTTGTTGTAAAATAAATATTTTTGTTTATATAAG-TTTGTTCAAAAT
129 CTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTTATTCATATAAGCTTT-TT-GAAAT
* * * * *
21267 AAAAAAATACTAATCTATTAATATTTTAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTAT
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGT
* * * ** * **
21328 TTATCAAACCAGTTC-AATAGTTATAACTATTTGAGGAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCT
66 TTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCT
* * * * * * *
21392 TTT-ATCTATCA-AATAATAA-TAGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGATT
131 TTTGTTTTGTCATAA-AATAATTA-TTTTTATTCATATAAGCTT-TTTGAAAT
** * * ** *
21442 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGATAATTAATAAGTAA-AAATTTTTTAAAATAAATATA
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATATG
** * * * * * * * *
21506 TTTACCAAACTTGATCAAATAGTCATGACTATGTGAATAAATATCAATTTCAAACCATTATGATC
65 TTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* * * * *
21571 TTTTCTTTTGTCATAAAA-AAATATGTTTTAGTTCAGATAA-ATTTATCCGAAAT
130 TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTAT-TTTTA-TTCATATAAGCTTT-T-TGAAAT
* * * * * *
21624 AAAGTAATACT-ATGTTATTAATATTTTAAAAATTAATAATTAATAGATTTAAAAAATGAATATA
1 AAAATAATACTAAT-TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATG
* * * * * * * * * *
21688 TTTACCGAACAAG-TCTAAATAATTATAATTATTTCAATAATTATCTGTTTGAAATCACTATAAC
65 TTTACCAAACAAGTTC-AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
** * * * *
21752 CTTTTGTTTTGTCATAAAAAGTTTTTTTTTTATATTTATACAAGCTTATTTCAAAT
129 CTTTTGTTTTGTCAT-AAAA-TAATTATTTT-TATTCATATAAGCTT-TTTGAAAT
* *
21808 AAAATAATAC-AA---ATT--TA---C---AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGT
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGT
*** ** * * * ** *
21861 TTATTGAACAAGTTCAAATTTTTATGACTATTTGAACAATTTTTTATTTTAAATTGTTATGACTT
66 TTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCT
* * * *
21926 TTTGTTTTGTCATAATGAA-ACATTGTTTTAATT-ATATAAGCTTAGTATAATTTTAAAA
131 TTTGTTTTGTCATAA--AATA-ATTATTTTTATTCATATAAGC----T-T--TTTGAAAT
* * * *
21984 AATAATTAATTCATTTATTTTTTTAATA-TTCAATAAA-TAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAA
1 AA-AA-TAA-T-A-CTAATTTATTAATATTTCAA-AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
* *** * ** * * * *
22047 ATATGCTTATTGAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTCAAATATTTATCTATTTTAAATCATTG
60 ATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA
* * ** * *
22112 TGACCATTTT-TTTTG-CAATAAAATGATTGTTTCAATTTATATAAG-TTTCTTCAAAAT
125 TGACC-TTTTGTTTTGTC-ATAAAATAATTATTTTTATTCATATAAGCTTT-TT-GAAAT
* * * *
22169 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAGTGAGTAAGAGAATTAAAAAATGAATATGT
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGT
* * * * * * * *
22234 TTAACGAACATGTTCAAATAGTTATTACTATCTAAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGAACT
66 TTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCT
* * * * **
22299 TTTGTTTTGTGATAAAACAATTAGTTTTGTTCATGCAAGCTTATTTGAAAT
131 TTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTTATTCATATAAGCTT-TTTGAAAT
* *
22350 AAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTCAAAATTTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATATG
1 AAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATG
* * * * * * *
22413 TTTTCTAAACACGTTCAAATAGTTATAACTATCTGAAGAATTATCTATTTCAAGTCATTATGACC
65 TTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* * * * * * *
22478 TTTTTGTTTTGTCATAAATTAATTGTTTCTATTCATAAAAGCCTATTCAGAAT
130 -TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTTATTCATATAAGCTTTTTGA-AAT
* *
22531 AAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCCAAAAATTA
1 -AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTA
22567 TTATATAAGA
Statistics
Matches: 1852, Mismatches: 402, Indels: 239
0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
170 7 0.00
171 5 0.00
172 94 0.05
173 12 0.01
174 127 0.07
175 58 0.03
176 65 0.04
177 58 0.03
178 27 0.01
179 208 0.11
180 272 0.15
181 488 0.26
182 253 0.14
183 14 0.01
184 27 0.01
185 15 0.01
186 2 0.00
187 2 0.00
189 1 0.00
190 13 0.01
191 8 0.00
192 90 0.05
193 6 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGT
TTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCT
TTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTTATTCATATAAGCTTTTTGAAAT
Found at i:22401 original size:361 final size:358
Alignment explanation
Indices: 19993--22566 Score: 1736
Period size: 361 Copynumber: 7.2 Consensus size: 358
19983 TTATTTCTGA
* * *
19993 TCATAGAAGCTTATTC-GATTAAAAATAATATTAATTTAATAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAA
1 TCATA-AAGCTTATTCAGAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
* * * * * ** * *
20053 GAGATTTAAAAAAGAAATTTATTTATCGAACCA-GTTCAAAGAGTTAAAACTATTAGAATAATTA
64 GAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAA-CATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* * * * * ** * *
20117 TCTATTTTAAATCATTCT-AACCTTTTGTTTAGTCATAAAATATTTGTTTCATATCTTACATGCT
128 TCTATTTCAAATCATTATGAA-CTTTTGTTTTGTCATAAAAAATTAGTTTTGT-TCATACAAGCT
* * * * *
20181 TATTTGGAATAAAATAAT-CTCAATTTATTAAAATTTGAAAAATTAATAAGCAAAATATTTGAAA
191 TATTTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-TAAAGATTT-AAA
** * * ** * * *
20245 AAATAAAT-TCATTTATCGGACAAATTCAAATAGTTATGACGATTTGAAGAATTAACTATTTAAA
253 AAATAAATAT-ATTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTCAAATAATTATCTATTTCAA
* * *
20309 ATCATTATGACCTTTTGTTTTGACAT-AAACAATTGTTTTAGT
317 ATCATTATGACCTTTTGTTTTG-CATAAAATAATTGTTTCAAT
* * * **
20351 TCATAATAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTCTTAATATTTCAAAAATTAATAAACAAG
1 TCATAA-AGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG
* ** * *
20416 AG-TTTAAAAAAATAAATAT-TTTACCAAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTGT
65 AGATTT-AAAAAATAAATATGTTTACCGAACATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
*** * * ** * * * * *
20479 CTATCGAAAATCGTTATGACCTTTCATTTTGTCACAAAACA-TCGTTTCAGTTCATACAAGTTTA
129 CTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAAAATTAGTTT-TGTTCATACAAGCTTA
** * * * * *
20543 TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCGAAAACTAATAATTAAGTGATTT-AAAAGT
193 TTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAAT
* * * * * * *
20607 CAATCTATTTACCAAGTC-AGTTCAAATAATTATGGCCATTTC-AATAATTATCTATTTCAAATC
257 AAATATATTTATCAA-ACAAGTTCAAATAGTTATGACTA-TTCAAATAATTATCTATTTCAAATC
* * * **
20670 ATTATTACCTTTTTGTTTGGTCATATAATAATTGTTTTGAT
320 ATTATGACC-TTTTGTTTTG-CATAAAATAATTGTTTCAAT
* * *
20711 T-GTATAAGTTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTAAG
1 TCATA-AAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG
* * *
20775 AGATTTACAAAATAAATATGTTTACC-AA-ATTAGTTAAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTG
65 AGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACA-T-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* * * * * * *
20838 TATACTTCAAATTATTAT-AACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTATTTTTATTCAT-CTAAGC
128 TCTATTTCAAATCATTATGAA-CTTTTGTTTTGTCATAAAA-AATTAGTTTTGTTCATAC-AAGC
* * * * *
20901 -TATTTTGAAATAAAATAATACTAATATAATAATATTCCAAAAATTAATAACTATGAGATTTAAA
190 TTA-TTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA-AAGATTTAAA
** * * * * *
20965 AAATAAA-AT-TGTCTGCCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATAT-GAACAATTAACTATTT-
253 AAATAAATATAT-T-TATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTAT-TCAAATAATTATCTATTTC
* * *
21026 TAA--A-T-TG--TTTTTGTTTTGCCATAAAACAATT-TTTACAAT
315 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTG-CATAAAATAATTGTTT-CAAT
* * *
21065 TCATAATAGCTTATTTAGAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATATGTAA
1 TCATAA-AGCTTATTCAGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
** * * * *
21129 GAGATTTAAAAAGCAATTATGTTTACCTAACCA-ATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTA
64 GAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAA-CATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* * ** * * * * *
21193 TCTATTTCAAATCCTTATGACCTTTTGTTTTGTTGTAAAATAAATATTTTTGTTTATATAAGTTT
128 TCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAA-AATTAGTTTTGTTCATACAAGCTT
* ** * * *
21258 GTTCAAAATAAAAAAATACTAATCTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG---AGATTTAAAAAAT
192 ATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAAT
* * * ** ** * **
21320 AAATTTATTTATCAAACCAGTTC-AATAGTTATAACTATTTGAGGAATTATTTATTTCAAATTGT
257 AAATATATTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTCAAATAATTATCTATTTCAAATCAT
* * * *
21384 TATGACCTTTTATCTAT-CA-AATAATAATAGTTTCTAT
322 TATGACCTTTTGT-TTTGCATAA-AATAATTGTTTCAAT
** * ** *
21421 TCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGATAATTAATAAGTAA-
1 TCATA-AAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG
* ** * * * * * * * *
21485 AAATTTTTTAAAATAAATATATTTACCAAACTTGATCAAATAGTCATGACTATGTGAATAAATAT
65 AGA-TTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * * * * * **
21550 CAATTTCAAACCATTATGATCTTTTCTTTTGTCATAAAAAAATATGTTTTAGTTCAGATAAATTT
129 CTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAAAATTA-GTTTT-GTTCATACAAGCTT
** * * *
21615 ATCCGAAATAAAGTAATACT-ATGTTATTAATATTTTAAAAATTAATAATTAATAGATTTAAAAA
192 ATTTGAAATAAAATAATACTAAT-TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAA
* * * * * * * *
21679 ATGAATATATTTACCGAACAAG-TCTAAATAATTATAATTATTTC-AATAATTATCTGTTTGAAA
255 ATAAATATATTTATCAAACAAGTTC-AAATAGTTATGACTA-TTCAAATAATTATCTATTTCAAA
* * ** * *
21742 TCACTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAGTTTTTTTTTTATAT
318 TCATTATGACCTTTTGTTTTG-CAT-AAAA-TAATTGTTTCA-AT
*
21787 TTATACAAGCTTATTTCA-AATAAAATAATAC-AA---ATT--TA---C---AATTAATAAGTAA
1 TCATA-AAGCTTA-TTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
* * ** * ** *
21839 AAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATTGAACAAGTTCAAATTTTTATGACTATTTGAACAATTTT
64 GAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * ** * *
21904 TTATTTTAAATTGTTATG-ACTTTTTGTTTTGTCATAATGAAACATT-GTTTTAATT-ATATAAG
129 CTATTTCAAATCATTATGAAC-TTTTGTTTTGTCATAA--AAA-ATTAGTTTT-GTTCATACAAG
* * * * *
21966 CTTAGTATAATTTTAAAAAATAATTAATTCATTTATTTTTTTAATA-TTCAATAAA-TAATAAGT
189 C----T-T-ATTTGAAATAA-AA-TAA-T-A-CTAATTTATTAATATTTCAA-AAATTAATAAGT
** ** * *
22029 AAAAGATTTAAAAAATAAATATGCTTATTGAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTCAAATATTT
242 -AAAGATTTAAAAAATAAATATATTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTCAAATAATT
* * *
22094 ATCTATTTTAAATCATTGTGACCATTTT-TTTTGCAATAAAATGATTGTTTCAAT
306 ATCTATTTCAAATCATTATGACC-TTTTGTTTTGC-ATAAAATAATTGTTTCAAT
* * * * * *
22148 TTATATAAGTTTCTTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAGTGAGTAAG
1 TCATA-AAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG
* * * * * *
22213 AGAATTAAAAAATGAATATGTTTAACGAACATGTTCAAATAGTTATTACTATCTAAACAATTATC
65 AGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * *
22278 TATTTCAAATTATTATGAACTTTTGTTTTGTGATAAAACAATTAGTTTTGTTCATGCAAGCTTAT
130 TATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAA-AATTAGTTTTGTTCATACAAGCTTAT
* *
22343 TTGAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTCAAAATTTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATA
194 TTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATA
* * * * * *
22407 AATATGTTT-TCTAAACACGTTCAAATAGTTATAACTA-TCTGAAGAATTATCTATTTCAAGTCA
258 AATATATTTATC-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTC-AAATAATTATCTATTTCAAATCA
* *
22470 TTATGACCTTTTTGTTTTGTCATAAATTAATTGTTTCTAT
321 TTATGACC-TTTTGTTTTG-CATAAAATAATTGTTTCAAT
* * *
22510 TCATAAAAGCCTATTCAGAATAAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCCAAAAATTA
1 TCAT-AAAGCTTATTCAGAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTA
22567 TTATATAAGA
Statistics
Matches: 1718, Mismatches: 371, Indels: 249
0.73 0.16 0.11
Matches are distributed among these distances:
349 1 0.00
350 25 0.01
351 29 0.02
352 2 0.00
353 5 0.00
354 115 0.07
355 208 0.12
356 151 0.09
357 65 0.04
358 104 0.06
359 93 0.05
360 157 0.09
361 271 0.16
362 165 0.10
363 49 0.03
364 87 0.05
365 34 0.02
366 36 0.02
367 5 0.00
368 1 0.00
370 1 0.00
371 7 0.00
372 12 0.01
373 93 0.05
374 2 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (358 bp):
TCATAAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA
GATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
ATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAAAATTAGTTTTGTTCATACAAGCTTATTT
GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAAT
ATATTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTCAAATAATTATCTATTTCAAATCATTATG
ACCTTTTGTTTTGCATAAAATAATTGTTTCAAT
Done.