Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019168360.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_580, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 22510
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Found at i:928 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 890--931 Score: 59
Period size: 22 Copynumber: 1.9 Consensus size: 22
880 GAATGTTAAT
*
890 AATTAAAAGTTTTAAATATTTA
1 AATTAAAAGTTTAAAATATTTA
912 AATTAAAA-TATTAAAATATT
1 AATTAAAAGT-TTAAAATATT
932 ATTAGTTAAT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 1, Indels: 2
0.86 0.05 0.10
Matches are distributed among these distances:
21 1 0.06
22 17 0.94
ACGTcount: A:0.55, C:0.00, G:0.02, T:0.43
Consensus pattern (22 bp):
AATTAAAAGTTTAAAATATTTA
Found at i:1640 original size:173 final size:176
Alignment explanation
Indices: 1227--1642 Score: 459
Period size: 173 Copynumber: 2.4 Consensus size: 176
1217 TTTAAAACTG
1227 TTATGACCTTTCG-TTTGTCATAAAACAATTGTTTT-AATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAA
1 TTATGACCTTTCGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTCAA--CATACAAGCTTATT--AAATAAAA
* * * **** *
1290 TAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGTGATTTAAAAAGTTAATTTTTTTAT
62 TAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT-ATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCAGCTTAC
* * * * * *
1355 CGAATCAGTTCAAATAGTTATGTCCATTTGAATAGTTATCTATTTCAAATCG
126 CAAATCAGATCAAATAATTATGGCCA-TTGAATAATTATCTATTTCAAATCA
* * * ** * *
1407 TTATGACCTTTTGTTTTTTCATAAAATAATTG-TTTCAGTATAAAAGCTTATGCAAAATAAAATA
1 TTATGACCTTTCGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTCAACATACAAGCTTAT--TAAATAAAATA
* * *
1471 ATACTATTTTATTAATATTTCAAAAA-T-TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCAGCTTGCCAA
64 AAACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCAGCTTACCAA
* *
1533 ATTAGATCAAATAATTATGGCC-TTGAATAATTATCTATTTCCAATCA
129 ATCAGATCAAATAATTATGGCCATTGAATAATTATCTATTTCAAATCA
*
1580 TTATTACCTTTCGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTCCAACATACAAGCTTATTAAATAAAAT
1 TTATGACCTTTCGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-CAACATACAAGCTTATTAAATAAAAT
1643 TGTTATTACC
Statistics
Matches: 196, Mismatches: 34, Indels: 19
0.79 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
173 59 0.30
174 3 0.02
175 53 0.27
176 3 0.02
178 1 0.01
179 45 0.23
180 15 0.08
181 17 0.09
ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (176 bp):
TTATGACCTTTCGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTCAACATACAAGCTTATTAAATAAAATAAA
ACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCAGCTTACCAAAT
CAGATCAAATAATTATGGCCATTGAATAATTATCTATTTCAAATCA
Found at i:2279 original size:17 final size:18
Alignment explanation
Indices: 2248--2289 Score: 59
Period size: 17 Copynumber: 2.4 Consensus size: 18
2238 CACAGTTATT
*
2248 AATTATTAATTAAAAATA
1 AATTATTAATAAAAAATA
2266 AATTA-TAATAAAAAATA
1 AATTATTAATAAAAAATA
*
2283 AACTATT
1 AATTATT
2290 TGTTATGTGA
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 2, Indels: 2
0.84 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
17 15 0.71
18 6 0.29
ACGTcount: A:0.62, C:0.02, G:0.00, T:0.36
Consensus pattern (18 bp):
AATTATTAATAAAAAATA
Found at i:3213 original size:17 final size:18
Alignment explanation
Indices: 3182--3223 Score: 59
Period size: 17 Copynumber: 2.4 Consensus size: 18
3172 CACAATTATT
*
3182 AATTATTAATTAAAAATA
1 AATTATTAATAAAAAATA
3200 AATTA-TAATAAAAAATA
1 AATTATTAATAAAAAATA
*
3217 AACTATT
1 AATTATT
3224 TGTTATTTGA
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 2, Indels: 2
0.84 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
17 15 0.71
18 6 0.29
ACGTcount: A:0.62, C:0.02, G:0.00, T:0.36
Consensus pattern (18 bp):
AATTATTAATAAAAAATA
Found at i:3320 original size:20 final size:19
Alignment explanation
Indices: 3295--3334 Score: 62
Period size: 19 Copynumber: 2.1 Consensus size: 19
3285 TTCGTAATTA
3295 ATAAATAATTAAAAATTAAT
1 ATAAATAA-TAAAAATTAAT
*
3315 ATAAATCATAAAAATTAAT
1 ATAAATAATAAAAATTAAT
3334 A
1 A
3335 ATTATATTAT
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 1, Indels: 1
0.90 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
19 12 0.63
20 7 0.37
ACGTcount: A:0.65, C:0.03, G:0.00, T:0.33
Consensus pattern (19 bp):
ATAAATAATAAAAATTAAT
Found at i:4430 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 4409--4441 Score: 50
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
4399 TATTGATTTC
4409 AAATAG-ATAATTATTG
1 AAATAGCATAATTATTG
4425 AAATAGCCATAATTATT
1 AAATAG-CATAATTATT
4442 TCAACTAATT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
18 9 0.60
ACGTcount: A:0.48, C:0.06, G:0.09, T:0.36
Consensus pattern (17 bp):
AAATAGCATAATTATTG
Found at i:4726 original size:180 final size:176
Alignment explanation
Indices: 4367--4805 Score: 491
Period size: 180 Copynumber: 2.5 Consensus size: 176
4357 ATGATAAAAA
* * ** * * *
4367 AAACAATTATTATATGACCGAACAAAAGGTAATATTGATTTCAAATAGATAATTATTGAAATAGC
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATATTGATTTTAAATAGATAA-TATTCAAATAGC
* * * * * *
4432 CATAATTATTTCAACTAATTCAGTAAACAAAATCATTTTTTAAATCACTTATTAATTTTTGAAAT
65 CATAACTATTTAAACTAATTAAATAAACAAAATAATTTTTTAAATCACTCATTAATTTTTGAAAT
* *
4497 ATTAATAAATTACTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTACGAACTG
130 ATTAAAAAATTACTATTATTTTATCTTGAATAAGCTTGTACGAACTG
* *
4544 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTTAAATAGATAATATTCAAATAGCC
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATATTGATTTTAAATAGATAATATTCAAATAGCC
* ** * * *
4609 ATAACTATTTAAATTTGTTAAATAAACAAATTAATTTTTTTAAACTCTTGCTCATTTATTTTTGA
66 ATAACTATTTAAACTAATTAAATAAACAAAATAA-TTTTTTAAA-TC--ACTCATTAATTTTTGA
* * * * *
4674 AATATTAAAAAATTAGTATTATTTTATCTTGGATAAGTTTTTATGAACTG
127 AATATTAAAAAATTACTATTATTTTATCTTGAATAAGCTTGTACGAACTG
* * * * *
4724 AAACAACTGTTTTTTTGTCAAAACAAAAGGTCATATTAATTTTAAATAAATAATAGTTCAAATAG
1 AAACAATTG-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATATTGATTTTAAATAGATAATA-TTCAAATAG
* * *
4789 TCACAACTATTTGAACT
64 CCATAACTATTTAAACT
4806 TGATTGGTAA
Statistics
Matches: 217, Mismatches: 39, Indels: 7
0.83 0.15 0.03
Matches are distributed among these distances:
176 37 0.17
177 53 0.24
178 2 0.01
180 64 0.29
181 39 0.18
182 22 0.10
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (176 bp):
AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATATTGATTTTAAATAGATAATATTCAAATAGCC
ATAACTATTTAAACTAATTAAATAAACAAAATAATTTTTTAAATCACTCATTAATTTTTGAAATA
TTAAAAAATTACTATTATTTTATCTTGAATAAGCTTGTACGAACTG
Found at i:4904 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 4866--4907 Score: 59
Period size: 22 Copynumber: 1.9 Consensus size: 22
4856 GAATGTTAAT
*
4866 AATTAAAAGTTTTAAATATTTA
1 AATTAAAAGTTTAAAATATTTA
4888 AATTAAAA-TATTAAAATATT
1 AATTAAAAGT-TTAAAATATT
4908 ATTAGTTAAT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 1, Indels: 2
0.86 0.05 0.10
Matches are distributed among these distances:
21 1 0.06
22 17 0.94
ACGTcount: A:0.55, C:0.00, G:0.02, T:0.43
Consensus pattern (22 bp):
AATTAAAAGTTTAAAATATTTA
Found at i:6253 original size:17 final size:18
Alignment explanation
Indices: 6222--6263 Score: 59
Period size: 17 Copynumber: 2.4 Consensus size: 18
6212 CACAGTTATT
*
6222 AATTATTAATTAAAAATA
1 AATTATTAATAAAAAATA
6240 AATTA-TAATAAAAAATA
1 AATTATTAATAAAAAATA
*
6257 AACTATT
1 AATTATT
6264 TGTTATGTGA
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 2, Indels: 2
0.84 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
17 15 0.71
18 6 0.29
ACGTcount: A:0.62, C:0.02, G:0.00, T:0.36
Consensus pattern (18 bp):
AATTATTAATAAAAAATA
Found at i:7870 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 7849--7881 Score: 50
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
7839 TATTGATTTC
7849 AAATAG-ATAATTATTG
1 AAATAGCATAATTATTG
7865 AAATAGCCATAATTATT
1 AAATAG-CATAATTATT
7882 TGAACTAATT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
18 9 0.60
ACGTcount: A:0.48, C:0.06, G:0.09, T:0.36
Consensus pattern (17 bp):
AAATAGCATAATTATTG
Found at i:8385 original size:17 final size:18
Alignment explanation
Indices: 8354--8395 Score: 59
Period size: 17 Copynumber: 2.4 Consensus size: 18
8344 CAATTAACAC
*
8354 AATTATTAATTAAAAATA
1 AATTATTAATAAAAAATA
8372 AATT-TTAATAAAAAATA
1 AATTATTAATAAAAAATA
*
8389 AACTATT
1 AATTATT
8396 TGTTATGTGA
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 2, Indels: 2
0.84 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
17 15 0.71
18 6 0.29
ACGTcount: A:0.60, C:0.02, G:0.00, T:0.38
Consensus pattern (18 bp):
AATTATTAATAAAAAATA
Found at i:8695 original size:17 final size:16
Alignment explanation
Indices: 8655--8704 Score: 61
Period size: 14 Copynumber: 3.2 Consensus size: 16
8645 ATCTATACAG
8655 TTATAATTAA-TTTAA
1 TTATAATTAATTTTAA
8670 TTA-AA-TAATTTTAA
1 TTATAATTAATTTTAA
8684 TTATCAATTAATTTATAA
1 TTAT-AATTAATTT-TAA
8702 TTA
1 TTA
8705 ATAAAAACTA
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 0, Indels: 7
0.81 0.00 0.19
Matches are distributed among these distances:
13 3 0.10
14 10 0.33
15 3 0.10
16 2 0.07
17 6 0.20
18 6 0.20
ACGTcount: A:0.46, C:0.02, G:0.00, T:0.52
Consensus pattern (16 bp):
TTATAATTAATTTTAA
Found at i:9611 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 9590--9622 Score: 50
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
9580 TATTGATTTC
9590 AAATAG-ATAATTATTG
1 AAATAGCATAATTATTG
9606 AAATAGCCATAATTATT
1 AAATAG-CATAATTATT
9623 TGAACTAATT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
18 9 0.60
ACGTcount: A:0.48, C:0.06, G:0.09, T:0.36
Consensus pattern (17 bp):
AAATAGCATAATTATTG
Found at i:9773 original size:177 final size:180
Alignment explanation
Indices: 9548--9969 Score: 521
Period size: 180 Copynumber: 2.4 Consensus size: 180
9538 TATGATAAAA
* * ** * * * *
9548 AAACAATTATTATATGACCGAACAAAAGGTAATATTGATTTCAAATAGATAATTATTGAAATAGC
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTATTAAAATAGC
* * * * * *
9613 CATAATTATTTGAACTAATTCAGTAAACAAAAT-CTTTTTTTAAA-TC-ACTTATTAATTTTTGA
66 CATAACTATTTAAACTAATTAAATAAACAAAATAATTTTTTTAAACTCTACTCATTAATTTTTGA
*
9675 AATATTAATAAATTACTATTATTTTAT-TTCGAATAAGCTTTTATGAACCG
131 AATATTAAGAAATTACTATTATTTTATCTT-GAATAAGCTTTTATGAACCG
* * *
9725 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTTAAATAGATAA-TATTCAATTAGC
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTATTAAAATAGC
* ** *
9789 CATAACTATTTAAATTTCTTAAATAAACAAATTAATTTTTTTAAACTCTTACTCATTAATTTTTG
66 CATAACTATTTAAACTAATTAAATAAACAAAATAATTTTTTTAAACTC-TACTCATTAATTTTTG
* * *
9854 AAATATTAAGAAATTATTATTATTTTATCTTGGATAAGCTTTTATGAACTG
130 AAATATTAAGAAATTACTATTATTTTATCTTGAATAAGCTTTTATGAACCG
* * * *
9905 AAACAATTGTTTTTTTGTCAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAAATAATTGTTAAAATAG
1 AAACAATTG-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTATTAAAATAG
9970 TCACAACTGT
Statistics
Matches: 207, Mismatches: 31, Indels: 9
0.84 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
176 35 0.17
177 54 0.26
178 2 0.01
180 67 0.32
181 41 0.20
182 8 0.04
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (180 bp):
AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTATTAAAATAGC
CATAACTATTTAAACTAATTAAATAAACAAAATAATTTTTTTAAACTCTACTCATTAATTTTTGA
AATATTAAGAAATTACTATTATTTTATCTTGAATAAGCTTTTATGAACCG
Found at i:10085 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 10047--10088 Score: 59
Period size: 22 Copynumber: 1.9 Consensus size: 22
10037 GAATGTTAAT
*
10047 AATTAAAAGTTTTAAATATTTA
1 AATTAAAAGTTTAAAATATTTA
10069 AATTAAAA-TATTAAAATATT
1 AATTAAAAGT-TTAAAATATT
10089 ATTAGTTAAT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 1, Indels: 2
0.86 0.05 0.10
Matches are distributed among these distances:
21 1 0.06
22 17 0.94
ACGTcount: A:0.55, C:0.00, G:0.02, T:0.43
Consensus pattern (22 bp):
AATTAAAAGTTTAAAATATTTA
Found at i:11436 original size:17 final size:18
Alignment explanation
Indices: 11405--11446 Score: 59
Period size: 17 Copynumber: 2.4 Consensus size: 18
11395 CACAGTTATT
*
11405 AATTATTAATTAAAAATA
1 AATTATTAATAAAAAATA
11423 AATTA-TAATAAAAAATA
1 AATTATTAATAAAAAATA
*
11440 AACTATT
1 AATTATT
11447 TGTTATGTGA
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 2, Indels: 2
0.84 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
17 15 0.71
18 6 0.29
ACGTcount: A:0.62, C:0.02, G:0.00, T:0.36
Consensus pattern (18 bp):
AATTATTAATAAAAAATA
Found at i:11844 original size:15 final size:17
Alignment explanation
Indices: 11805--11844 Score: 50
Period size: 15 Copynumber: 2.5 Consensus size: 17
11795 AACAAAATAG
11805 TTATTACTATTTGAACAA
1 TTATTA-TATTTGAACAA
11823 TTA-TATATTT-AA-AA
1 TTATTATATTTGAACAA
11837 TTATTATA
1 TTATTATA
11845 AATAAAAAAA
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 0, Indels: 5
0.81 0.00 0.19
Matches are distributed among these distances:
14 5 0.24
15 6 0.29
16 5 0.24
17 2 0.10
18 3 0.14
ACGTcount: A:0.42, C:0.05, G:0.03, T:0.50
Consensus pattern (17 bp):
TTATTATATTTGAACAA
Found at i:13048 original size:17 final size:18
Alignment explanation
Indices: 13017--13058 Score: 59
Period size: 17 Copynumber: 2.4 Consensus size: 18
13007 CACAATTATT
*
13017 AATTATTAATTAAAAATA
1 AATTATTAATAAAAAATA
13035 AATTA-TAATAAAAAATA
1 AATTATTAATAAAAAATA
*
13052 AACTATT
1 AATTATT
13059 TGTTATGTGA
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 2, Indels: 2
0.84 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
17 15 0.71
18 6 0.29
ACGTcount: A:0.62, C:0.02, G:0.00, T:0.36
Consensus pattern (18 bp):
AATTATTAATAAAAAATA
Found at i:13155 original size:20 final size:19
Alignment explanation
Indices: 13130--13169 Score: 53
Period size: 19 Copynumber: 2.1 Consensus size: 19
13120 TTCATAATTA
*
13130 ATAAATAATTGAAAATTAAT
1 ATAAATAA-TAAAAATTAAT
*
13150 ATAAATCATAAAAATTAAT
1 ATAAATAATAAAAATTAAT
13169 A
1 A
13170 ATTATATTAT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 2, Indels: 1
0.86 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
19 11 0.61
20 7 0.39
ACGTcount: A:0.62, C:0.03, G:0.03, T:0.33
Consensus pattern (19 bp):
ATAAATAATAAAAATTAAT
Found at i:13347 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 13324--13368 Score: 56
Period size: 18 Copynumber: 2.5 Consensus size: 18
13314 ACAATTATAA
*
13324 TTAATTAATTAAATAATT
1 TTAATTAATCAAATAATT
*
13342 TTAATT-ATCAATTAATT
1 TTAATTAATCAAATAATT
13359 TATAATTAAT
1 T-TAATTAAT
13369 AAAAACTAGA
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 2, Indels: 3
0.82 0.07 0.11
Matches are distributed among these distances:
17 10 0.43
18 11 0.48
19 2 0.09
ACGTcount: A:0.47, C:0.02, G:0.00, T:0.51
Consensus pattern (18 bp):
TTAATTAATCAAATAATT
Found at i:14831 original size:20 final size:19
Alignment explanation
Indices: 14806--14845 Score: 53
Period size: 19 Copynumber: 2.1 Consensus size: 19
14796 TTCCTAATTA
14806 ATAAATAATTAAAAAGTAAT
1 ATAAATAA-TAAAAAGTAAT
* *
14826 ATAAATCATAAAAATTAAT
1 ATAAATAATAAAAAGTAAT
14845 A
1 A
14846 ATTATATTAT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 2, Indels: 1
0.86 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
19 11 0.61
20 7 0.39
ACGTcount: A:0.65, C:0.03, G:0.03, T:0.30
Consensus pattern (19 bp):
ATAAATAATAAAAAGTAAT
Found at i:15034 original size:17 final size:16
Alignment explanation
Indices: 14994--15043 Score: 61
Period size: 14 Copynumber: 3.2 Consensus size: 16
14984 ATCTATACAG
14994 TTATAATTAA-TTTAA
1 TTATAATTAATTTTAA
15009 TTA-AA-TAATTTTAA
1 TTATAATTAATTTTAA
15023 TTATCAATTAATTTATAA
1 TTAT-AATTAATTT-TAA
15041 TTA
1 TTA
15044 ATAAAAACTA
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 0, Indels: 7
0.81 0.00 0.19
Matches are distributed among these distances:
13 3 0.10
14 10 0.33
15 3 0.10
16 2 0.07
17 6 0.20
18 6 0.20
ACGTcount: A:0.46, C:0.02, G:0.00, T:0.52
Consensus pattern (16 bp):
TTATAATTAATTTTAA
Found at i:16424 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 16386--16427 Score: 59
Period size: 22 Copynumber: 1.9 Consensus size: 22
16376 GAATGTTAAT
*
16386 AATTAAAAGTTTTAAATATTTA
1 AATTAAAAGTTTAAAATATTTA
16408 AATTAAAA-TATTAAAATATT
1 AATTAAAAGT-TTAAAATATT
16428 ATTATTTAAT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 1, Indels: 2
0.86 0.05 0.10
Matches are distributed among these distances:
21 1 0.06
22 17 0.94
ACGTcount: A:0.55, C:0.00, G:0.02, T:0.43
Consensus pattern (22 bp):
AATTAAAAGTTTAAAATATTTA
Found at i:17778 original size:17 final size:18
Alignment explanation
Indices: 17747--17785 Score: 62
Period size: 17 Copynumber: 2.2 Consensus size: 18
17737 CACAGTTATT
*
17747 AATTATTAATTAAAAATA
1 AATTATTAATAAAAAATA
17765 AATTA-TAATAAAAAATA
1 AATTATTAATAAAAAATA
17782 AATT
1 AATT
17786 CTTTGTTATG
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 1, Indels: 1
0.91 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
17 15 0.75
18 5 0.25
ACGTcount: A:0.64, C:0.00, G:0.00, T:0.36
Consensus pattern (18 bp):
AATTATTAATAAAAAATA
Found at i:18713 original size:17 final size:18
Alignment explanation
Indices: 18682--18723 Score: 59
Period size: 17 Copynumber: 2.4 Consensus size: 18
18672 CACAGTTATT
*
18682 AATTATTAATTAAAAATA
1 AATTATTAATAAAAAATA
18700 AATTA-TAATAAAAAATA
1 AATTATTAATAAAAAATA
*
18717 AACTATT
1 AATTATT
18724 TGTTATGTGA
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 2, Indels: 2
0.84 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
17 15 0.71
18 6 0.29
ACGTcount: A:0.62, C:0.02, G:0.00, T:0.36
Consensus pattern (18 bp):
AATTATTAATAAAAAATA
Found at i:19063 original size:916 final size:918
Alignment explanation
Indices: 17165--19931 Score: 4605
Period size: 916 Copynumber: 3.0 Consensus size: 918
17155 CATTTTGTCA
*
17165 TAAAACAATTGATTTTCAACTTATAAACTTATTTGAAACAAAATAATACTAATTTTTTAATACTT
1 TAAAACAATTGATTTTCAACTTATAAGCTTATTTGAAACAAAATAATACTAATTTTTTAATACTT
* * * *
17230 AAAGAATTAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACTGGTTTAAATAATTATGACCA
66 CAAGAATTAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTGATTTACCAAACTGGTTTAAATAATTATAACCA
* *
17295 CTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAAATAAAAAAAGGCAT
131 GTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAAATAAAAAAAGCCAT
* * * *
17360 ATAGATAATAATTATGATTAAAAACGTCAGATTTTGTTTCTGAACAATTTTGGGCTTAAAAACCA
196 ATAGATAATAATTATGATTTAAAACATCAGACTTTGTTTCTGAACAATTCTGGGCTTAAAAACCA
*
17425 TTAGCACAATTATTGCACGATTTTAATTTTTCATTGTATTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACA
261 TTCGCACAATTATTGCACGATTTTAATTTTTCATTGTATTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACA
* * **
17490 TTTTTAGGTGCTCTAAGAATGTTGAGAATAAATAATAATTATCAAATGATGGAACTTTTAAAAAT
326 TTTTTAGGTGCTCTAAGAATGTTGAGAATAAATAATAATTATCCAATGATGGAATTTTTTGAAAT
* * *
17555 TTCAAATATTAATATCTTATTATTTAAAATTAAACAAATTAAAACTTAAATTAGAATAATATTTA
391 TTCAAATATTAGTATCTTGTTATTTAAAATTAAACAAATTGAAACTTAAATTAGAATAATATTTA
* * * *
17620 AATAGTTATGAATATTTGAATGCATTAACATAACCATAATTATTATTATAAACAATTTTTAATTA
456 AATAGTTATGAATATTT-AATGCATTAACATAACTATATTTATTGTTATAAATAATTTTTAATTA
17685 GCTACTTAATAAATCAAATAATATATATATTTAACAAAATAGCTACAATTAACACAGTTATTAAT
520 GCTACTTAATAAATCAAATAATATATATATTTAACAAAATAGCTACAATTAACACAGTTATTAAT
* *
17750 TATTAATTAAAAATAAATTATAATAAAAAATAAATTCTTTGTTATGTGATATAATTATATTACAT
585 TATTAATTAAAAATAAATTATAATAAAAAATAAACTATTTGTTATGTGATATAATTATATTACAT
17815 AATTATATAAATTTATACGCTATCCAATAAATTTATTCATAATTAAATATTAATATAAATCTTAA
650 AATTATATAAATTTATACGCTATCCAATAAATTTATTC---A-T--A-ATT-A-ATAAA--TT--
*
17880 AAATTAATATTTAAATATGTTTACCAATTAATAATTATATTCTAAATAAAAGCTTTAATTTTGTC
702 -AA-T-ATA--TAAATATGTTTACCAATTAATAATTATATTCTGAATAAAAGCTTTAATTTTGTC
*
17945 CTGAGATCTTATATCTACTATTATCTAATTTATCATAAATAAATTTAATTCAAATTGAATTATCT
762 CTGAGATCTTATATCTACTATTATCTAATTTATCATAAATAAATTTAATTCAAATTTAATTATCT
18010 AATAAAATATATATAATAATAATTAAATAAGAATATTAAATTCTTAGTTATAATCTATACAGTTA
827 AATAAAATATATATAATAATAATTAAATAAGAATATTAAATTCTTAGTTATAATCTATACAGTTA
18075 TAATTAATTTAATTAAATAATTTTAAT
892 TAATTAATTTAATTAAATAATTTTAAT
18102 TAAAACAATTGATTTTCAACTTATAAGCTTATTTGAAACAAAATAATACTAATTTTTTAATACTT
1 TAAAACAATTGATTTTCAACTTATAAGCTTATTTGAAACAAAATAATACTAATTTTTTAATACTT
18167 CAAGAATTAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTGATTTACCAAACTGGTTTAAATAATTATAACCA
66 CAAGAATTAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTGATTTACCAAACTGGTTTAAATAATTATAACCA
* *
18232 GTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATTTATTTTAAAATTATTATAAATAAAAAAAGCCA
131 GTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATTATTATAAATAAAAAAAGCCA
* *
18297 TATAGATAATAATTATAATTTAAAACATCAGACTTTGTTTCTGAAAAATTCTGGGCTTAAAAACC
195 TATAGATAATAATTATGATTTAAAACATCAGACTTTGTTTCTGAACAATTCTGGGCTTAAAAACC
*
18362 ATTCGCACAATTATTGCACGATTTTAATTTTTCATTGCATTTCATACTTATTTGCTTTTAGATAC
260 ATTCGCACAATTATTGCACGATTTTAATTTTTCATTGTATTTCATACTTATTTGCTTTTAGATAC
18427 ATTTTTAGGTGCTCTAAGAATGTTGAGAATAAATAATAATTATCCAATGATGGAATTTTTTGAAA
325 ATTTTTAGGTGCTCTAAGAATGTTGAGAATAAATAATAATTATCCAATGATGGAATTTTTTGAAA
18492 TTTCAAATATTAGTATCTTGTTATTTAAAATTAAACAAATTGAAACTTAAATTAGAATAATATTT
390 TTTCAAATATTAGTATCTTGTTATTTAAAATTAAACAAATTGAAACTTAAATTAGAATAATATTT
*
18557 AAATAGTTATGAATATTTAATGCATTAACATAACTATATTTATTGTCATAAATAATTTTTAATTA
455 AAATAGTTATGAATATTTAATGCATTAACATAACTATATTTATTGTTATAAATAATTTTTAATTA
*
18622 GCTACTTAATAAATCAAAT-A-ATATATATTTAACAAAATAGCTAAAATTAACACAGTTATTAAT
520 GCTACTTAATAAATCAAATAATATATATATTTAACAAAATAGCTACAATTAACACAGTTATTAAT
*
18685 TATTAATTAAAAATAAATTATAATAAAAAATAAACTATTTGTTATGTGATATAATAATATTACAT
585 TATTAATTAAAAATAAATTATAATAAAAAATAAACTATTTGTTATGTGATATAATTATATTACAT
18750 AATTATATAAATTTATACGCTATCCAATAAATTTATTCATAATTAA-AAATTAATATATAAATAT
650 AATTATATAAATTTATACGCTATCCAATAAATTTATTCATAATTAATAAATTAATATATAAATAT
*
18814 GTTTACCAATTAATAATTATATTCTGAATAAAAGCTTTAATTTTGTCCTGAGATCTTATATCTAG
715 GTTTACCAATTAATAATTATATTCTGAATAAAAGCTTTAATTTTGTCCTGAGATCTTATATCTAC
*
18879 TATTATCTAATTTATCATAAATAAATTTAATTCAAATTTAATTATCTAATAAAATATATATAACA
780 TATTATCTAATTTATCATAAATAAATTTAATTCAAATTTAATTATCTAATAAAATATATATAATA
18944 ATAATTAAATAAGAATATTAAATTCTTAGTTATAATCTATACAGTTATAATTAATTTAATTAAAT
845 ATAATTAAATAAGAATATTAAATTCTTAGTTATAATCTATACAGTTATAATTAATTTAATTAAAT
19009 AATTTTAAT
910 AATTTTAAT
*
19018 TAAAACAATTGATTTTCAACTTATAAGCTTATTTGAAAGAAAATAATACTAATTTTTTAATACTT
1 TAAAACAATTGATTTTCAACTTATAAGCTTATTTGAAACAAAATAATACTAATTTTTTAATACTT
19083 CAAGAATTAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTGATTTACCAAACCT-GTTTAAATAATTATAACC
66 CAAGAATTAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTGATTTACCAAA-CTGGTTTAAATAATTATAACC
* * *
19147 GGTCCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAAATAAAAAAATCCA
130 AGTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAAATAAAAAAAGCCA
*
19212 TATAGATAATAATTATGATTTAAACCATCAGACTTTGTTTCTGAACAATTCTGGGCTTAAAAACC
195 TATAGATAATAATTATGATTTAAAACATCAGACTTTGTTTCTGAACAATTCTGGGCTTAAAAACC
* *
19277 ATTCGCACAATTATTGCACGATTTTAATTTTTCATTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATAA
260 ATTCGCACAATTATTGCACGATTTTAATTTTTCATTGTATTTCATACTTATTTGCTTTTAGATAC
*
19342 ATTTTTAGGTGCTCTAAGGATGTTGAGAATAAATAATAATTATCCAATGATGGAATTTTTTGAAA
325 ATTTTTAGGTGCTCTAAGAATGTTGAGAATAAATAATAATTATCCAATGATGGAATTTTTTGAAA
* * *
19407 TTTCAATTGTTAGTATCTTGTTATTTAAAATTAAACAAATTGAAACTTAAATTAGAATAATATTC
390 TTTCAAATATTAGTATCTTGTTATTTAAAATTAAACAAATTGAAACTTAAATTAGAATAATATTT
*
19472 AAATAGTTATGAATATTTAATGCATTGACATAACTATATTTATTGTTATAAATAATTTTTAATTA
455 AAATAGTTATGAATATTTAATGCATTAACATAACTATATTTATTGTTATAAATAATTTTTAATTA
*
19537 GCTACTTAATAAATCAAATAATATATATATTTAACAAAATAGCTACAATTAACACAATTATTAAT
520 GCTACTTAATAAATCAAATAATATATATATTTAACAAAATAGCTACAATTAACACAGTTATTAAT
* * *
19602 TATTAATTAAAAATAAATTATAATAAAAAATAAACTAATTGTTATTTGATATAATTATATTACGT
585 TATTAATTAAAAATAAATTATAATAAAAAATAAACTATTTGTTATGTGATATAATTATATTACAT
* * *
19667 AATTATATAAATTTATAAGCAATCCAATAAATTTATTCATAATTAATAAA-TAAT-TAAAAATTA
650 AATTATATAAATTTATACGCTATCCAATAAATTTATTCATAATTAATAAATTAATATATAAA-T-
* ** * * *
19730 ATATAAATCATAAAAATTAATAATTATATTATGAATAAAAGCTTTAAATTTGTCTTGAGATCTTA
713 ATGT---T--TACCAATTAATAATTATATTCTGAATAAAAGCTTTAATTTTGTCCTGAGATCTTA
19795 TATCTACTATTATCTAATTTAT--T--AT--A---AA-T-AAATTTAATTATCTAATAAAATATA
773 TATCTACTATTATCTAATTTATCATAAATAAATTTAATTCAAATTTAATTATCTAATAAAATATA
19849 TATAATAATAATTAAATAAGAATATTAAATTCTTAGTTATAATCTATACAGTTATAATTAATTTA
838 TATAATAATAATTAAATAAGAATATTAAATTCTTAGTTATAATCTATACAGTTATAATTAATTTA
19914 ATTAAATAATTTTAAT
903 ATTAAATAATTTTAAT
19930 TA
1 TA
19932 TCAATTAATT
Statistics
Matches: 1746, Mismatches: 72, Indels: 49
0.94 0.04 0.03
Matches are distributed among these distances:
912 107 0.06
913 1 0.00
914 2 0.00
915 359 0.21
916 371 0.21
917 154 0.09
918 9 0.01
919 3 0.00
920 2 0.00
921 2 0.00
923 73 0.04
925 3 0.00
926 1 0.00
927 1 0.00
928 3 0.00
929 1 0.00
931 1 0.00
932 1 0.00
935 142 0.08
936 1 0.00
937 219 0.13
938 290 0.17
ACGTcount: A:0.44, C:0.09, G:0.07, T:0.41
Consensus pattern (918 bp):
TAAAACAATTGATTTTCAACTTATAAGCTTATTTGAAACAAAATAATACTAATTTTTTAATACTT
CAAGAATTAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTGATTTACCAAACTGGTTTAAATAATTATAACCA
GTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAAATAAAAAAAGCCAT
ATAGATAATAATTATGATTTAAAACATCAGACTTTGTTTCTGAACAATTCTGGGCTTAAAAACCA
TTCGCACAATTATTGCACGATTTTAATTTTTCATTGTATTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACA
TTTTTAGGTGCTCTAAGAATGTTGAGAATAAATAATAATTATCCAATGATGGAATTTTTTGAAAT
TTCAAATATTAGTATCTTGTTATTTAAAATTAAACAAATTGAAACTTAAATTAGAATAATATTTA
AATAGTTATGAATATTTAATGCATTAACATAACTATATTTATTGTTATAAATAATTTTTAATTAG
CTACTTAATAAATCAAATAATATATATATTTAACAAAATAGCTACAATTAACACAGTTATTAATT
ATTAATTAAAAATAAATTATAATAAAAAATAAACTATTTGTTATGTGATATAATTATATTACATA
ATTATATAAATTTATACGCTATCCAATAAATTTATTCATAATTAATAAATTAATATATAAATATG
TTTACCAATTAATAATTATATTCTGAATAAAAGCTTTAATTTTGTCCTGAGATCTTATATCTACT
ATTATCTAATTTATCATAAATAAATTTAATTCAAATTTAATTATCTAATAAAATATATATAATAA
TAATTAAATAAGAATATTAAATTCTTAGTTATAATCTATACAGTTATAATTAATTTAATTAAATA
ATTTTAAT
Found at i:19630 original size:17 final size:18
Alignment explanation
Indices: 19599--19635 Score: 58
Period size: 17 Copynumber: 2.1 Consensus size: 18
19589 CACAATTATT
*
19599 AATTATTAATTAAAAATA
1 AATTATTAATAAAAAATA
19617 AATTA-TAATAAAAAATA
1 AATTATTAATAAAAAATA
19634 AA
1 AA
19636 CTAATTGTTA
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 1, Indels: 1
0.90 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
17 13 0.72
18 5 0.28
ACGTcount: A:0.68, C:0.00, G:0.00, T:0.32
Consensus pattern (18 bp):
AATTATTAATAAAAAATA
Found at i:19737 original size:20 final size:19
Alignment explanation
Indices: 19712--19751 Score: 62
Period size: 19 Copynumber: 2.1 Consensus size: 19
19702 TTCATAATTA
19712 ATAAATAATTAAAAATTAAT
1 ATAAATAA-TAAAAATTAAT
*
19732 ATAAATCATAAAAATTAAT
1 ATAAATAATAAAAATTAAT
19751 A
1 A
19752 ATTATATTAT
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 1, Indels: 1
0.90 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
19 12 0.63
20 7 0.37
ACGTcount: A:0.65, C:0.03, G:0.00, T:0.33
Consensus pattern (19 bp):
ATAAATAATAAAAATTAAT
Found at i:19940 original size:17 final size:16
Alignment explanation
Indices: 19900--19949 Score: 61
Period size: 14 Copynumber: 3.2 Consensus size: 16
19890 ATCTATACAG
19900 TTATAATTAA-TTTAA
1 TTATAATTAATTTTAA
19915 TTA-AA-TAATTTTAA
1 TTATAATTAATTTTAA
19929 TTATCAATTAATTTATAA
1 TTAT-AATTAATTT-TAA
19947 TTA
1 TTA
19950 ATAAAAACTA
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 0, Indels: 7
0.81 0.00 0.19
Matches are distributed among these distances:
13 3 0.10
14 10 0.33
15 3 0.10
16 2 0.07
17 6 0.20
18 6 0.20
ACGTcount: A:0.46, C:0.02, G:0.00, T:0.52
Consensus pattern (16 bp):
TTATAATTAATTTTAA
Found at i:20096 original size:915 final size:910
Alignment explanation
Indices: 17201--19968 Score: 4109
Period size: 915 Copynumber: 3.0 Consensus size: 910
17191 ACTTATTTGA
* * *
17201 AACA-AAATAATACTAATTTTTTAATACTTAAAGAATTAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTAT
1 AACAGAAATAATACTAATTTTTTAATACTTCAAGAATTAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTGAT
*
17265 TTACCAAACTGGTT-TAAATAATTATGACCACTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCT
66 TTA-C---CTGGTTAT-AATTATTAT-A--ACTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCT
* * * *
17329 ATTTCAAATTATTATAAATAAAAAAAGGCATATAGATAATAATTATGATTAAAAACGTCAGATTT
123 ATTTCAAATTATTATAAATAAAAAAAGCCATATAGATAATAATTATGATTTAAAACATCAGACTT
* *
17394 TGTTTCTGAACAATTTTGGGCTTAAAAACCATTAGCACAATTATTGCACGATTTTAATTTTTCAT
188 TGTTTCTGAACAATTCTGGGCTTAAAAACCATTCGCACAATTATTGCACGATTTTAATTTTTCAT
17459 TGTATTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTAAGAATGTTGAGAATAAATA
253 TGTATTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTAAGAATGTTGAGAATAAATA
* * ** * *
17524 ATAATTATCAAATGATGGAACTTTTAAAAATTTCAAATATTAATATCTTATTATTTAAAATTAAA
318 ATAATTATCCAATGATGGAATTTTTTGAAATTTCAAATATTAGTATCTTGTTATTTAAAATTAAA
*
17589 CAAATTAAAACTTAAATTAGAATAATATTTAAATAGTTATGAATATTTGAATGCATTAACATAAC
383 CAAATTGAAACTTAAATTAGAATAATATTTAAATAGTTATGAATATTT-AATGCATTAACATAAC
* * * *
17654 CATAATTATTATTATAAACAATTTTTAATTAGCTACTTAATAAATCAAATAATATATATATTTAA
447 TATATTTATTGTTATAAATAATTTTTAATTAGCTACTTAATAAATCAAATAATATATATATTTAA
17719 CAAAATAGCTACAATTAACACAGTTATTAATTATTAATTAAAAATAAATTATAATAAAAAATAAA
512 CAAAATAGCTACAATTAACACAGTTATTAATTATTAATTAAAAATAAATTATAATAAAAAATAAA
* *
17784 TTCTTTGTTATGTGATATAATTATATTACATAATTATATAAATTTATACGCTATCCAATAAATTT
577 CTATTTGTTATGTGATATAATTATATTACATAATTATATAAATTTATACGCTATCCAATAAATTT
17849 ATTCATAATTAAATATTAATATAAATCTTAAAAATTAATATTTAAATATGTTTACCAATTAATAA
642 ATTCATAATT--A-A-TAA-AT-AA--TTAAAAATTAATA--TAAATA----TACCAATTAATAA
*
17914 TTATATTCTAAATAAAAGCTTTAATTTTGTCCTGAGATCTTATATCTACTATTATCTAATTTATC
693 TTATATTCTGAATAAAAGCTTTAATTTTGTCCTGAGATCTTATATCTACTATTATCTAATTTAT-
*
17979 ATAAATAAATTTAATTCAAATTGAATTATCTAATAAAATATATATAATAATAATTAAATAAGAAT
757 AT-AAT-AA--TAATTCAAATTTAATTATCTAATAAAATATATATAATAATAATTAAATAAGAAT
**
18044 ATTAAATTCTTAGTTATAATCTATACAGTTATAATTAATTTAATTAAATAATTTTAATTA-AAAC
818 ATTAAATTCTTAGTTATAATCTATACAGTTATAATTAATTTAATTAAATAATTTTAATTACAATT
* *
18108 AATTGAT--TT-TCAACTTATAAGCTTATTT
883 AATTTATAATTATAAAC-TAT-AGC-TATTT
18136 GAAACA-AAATAATACTAATTTTTTAATACTTCAAGAATTAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTG
1 --AACAGAAATAATACTAATTTTTTAATACTTCAAGAATTAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTG
*
18200 ATTTACCAAACTGGTT-TAAATAATTATAACCAGTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTAT
64 ATTTA-C---CTGGTTAT-AATTATTATAA-C--TTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTAT
* * *
18264 TTATTTTAAAATTATTATAAATAAAAAAAGCCATATAGATAATAATTATAATTTAAAACATCAGA
121 CTA-TTTCAAATTATTATAAATAAAAAAAGCCATATAGATAATAATTATGATTTAAAACATCAGA
*
18329 CTTTGTTTCTGAAAAATTCTGGGCTTAAAAACCATTCGCACAATTATTGCACGATTTTAATTTTT
185 CTTTGTTTCTGAACAATTCTGGGCTTAAAAACCATTCGCACAATTATTGCACGATTTTAATTTTT
*
18394 CATTGCATTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTAAGAATGTTGAGAATAA
250 CATTGTATTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTAAGAATGTTGAGAATAA
18459 ATAATAATTATCCAATGATGGAATTTTTTGAAATTTCAAATATTAGTATCTTGTTATTTAAAATT
315 ATAATAATTATCCAATGATGGAATTTTTTGAAATTTCAAATATTAGTATCTTGTTATTTAAAATT
18524 AAACAAATTGAAACTTAAATTAGAATAATATTTAAATAGTTATGAATATTTAATGCATTAACATA
380 AAACAAATTGAAACTTAAATTAGAATAATATTTAAATAGTTATGAATATTTAATGCATTAACATA
*
18589 ACTATATTTATTGTCATAAATAATTTTTAATTAGCTACTTAATAAATCAAAT-A-ATATATATTT
445 ACTATATTTATTGTTATAAATAATTTTTAATTAGCTACTTAATAAATCAAATAATATATATATTT
*
18652 AACAAAATAGCTAAAATTAACACAGTTATTAATTATTAATTAAAAATAAATTATAATAAAAAATA
510 AACAAAATAGCTACAATTAACACAGTTATTAATTATTAATTAAAAATAAATTATAATAAAAAATA
*
18717 AACTATTTGTTATGTGATATAATAATATTACATAATTATATAAATTTATACGCTATCCAATAAAT
575 AACTATTTGTTATGTGATATAATTATATTACATAATTATATAAATTTATACGCTATCCAATAAAT
* *
18782 TTATTCATAATTAA-AAATTAATATATAAA-T-ATGT---T-TACCAATTAATAATTATATTCTG
640 TTATTCATAATTAATAAA-TAAT-TAAAAATTAATATAAATATACCAATTAATAATTATATTCTG
*
18840 AATAAAAGCTTTAATTTTGTCCTGAGATCTTATATCTAGTATTATCTAATTTATCATAAATAAAT
703 AATAAAAGCTTTAATTTTGTCCTGAGATCTTATATCTACTATTATCTAATTTAT-AT-AAT-AA-
*
18905 TTAATTCAAATTTAATTATCTAATAAAATATATATAACAATAATTAAATAAGAATATTAAATTCT
764 -TAATTCAAATTTAATTATCTAATAAAATATATATAATAATAATTAAATAAGAATATTAAATTCT
** *
18970 TAGTTATAATCTATACAGTTATAATTAATTTAATTAAATAATTTTAATTA-AAACAATTGAT--T
828 TAGTTATAATCTATACAGTTATAATTAATTTAATTAAATAATTTTAATTACAATTAATTTATAAT
*
19032 T-TCAACTTATAAGCTTATTT
893 TATAAAC-TAT-AGC-TATTT
19052 GAA-AGAAAATAATACTAATTTTTTAATACTTCAAGAATTAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTG
1 -AACAG-AAATAATACTAATTTTTTAATACTTCAAGAATTAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTG
* * *
19116 ATTTACCAAACCTGTTTA-AATAATTATAACCGGTCCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTAT
64 ATTT-----ACCTGGTTATAATTATTATAA-C--TTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTAT
* *
19180 CTATTTCAAATTATTATAAATAAAAAAATCCATATAGATAATAATTATGATTTAAACCATCAGAC
121 CTATTTCAAATTATTATAAATAAAAAAAGCCATATAGATAATAATTATGATTTAAAACATCAGAC
19245 TTTGTTTCTGAACAATTCTGGGCTTAAAAACCATTCGCACAATTATTGCACGATTTTAATTTTTC
186 TTTGTTTCTGAACAATTCTGGGCTTAAAAACCATTCGCACAATTATTGCACGATTTTAATTTTTC
* * *
19310 ATTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATAAATTTTTAGGTGCTCTAAGGATGTTGAGAATAAA
251 ATTGTATTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTAAGAATGTTGAGAATAAA
* *
19375 TAATAATTATCCAATGATGGAATTTTTTGAAATTTCAATTGTTAGTATCTTGTTATTTAAAATTA
316 TAATAATTATCCAATGATGGAATTTTTTGAAATTTCAAATATTAGTATCTTGTTATTTAAAATTA
* *
19440 AACAAATTGAAACTTAAATTAGAATAATATTCAAATAGTTATGAATATTTAATGCATTGACATAA
381 AACAAATTGAAACTTAAATTAGAATAATATTTAAATAGTTATGAATATTTAATGCATTAACATAA
19505 CTATATTTATTGTTATAAATAATTTTTAATTAGCTACTTAATAAATCAAATAATATATATATTTA
446 CTATATTTATTGTTATAAATAATTTTTAATTAGCTACTTAATAAATCAAATAATATATATATTTA
*
19570 ACAAAATAGCTACAATTAACACAATTATTAATTATTAATTAAAAATAAATTATAATAAAAAATAA
511 ACAAAATAGCTACAATTAACACAGTTATTAATTATTAATTAAAAATAAATTATAATAAAAAATAA
* * * * *
19635 ACTAATTGTTATTTGATATAATTATATTACGTAATTATATAAATTTATAAGCAATCCAATAAATT
576 ACTATTTGTTATGTGATATAATTATATTACATAATTATATAAATTTATACGCTATCCAATAAATT
** *
19700 TATTCATAATTAATAAATAATTAAAAATTAATATAAATCATAAAAATTAATAATTATATTATGAA
641 TATTCATAATTAATAAATAATTAAAAATTAATATAAAT-ATACCAATTAATAATTATATTCTGAA
* *
19765 TAAAAGCTTTAAATTTGTCTTGAGATCTTATATCTACTATTATCTAATTTAT-T-AT-A-AA-T-
705 TAAAAGCTTTAATTTTGTCCTGAGATCTTATATCTACTATTATCTAATTTATATAATAATAATTC
19824 AAATTTAATTATCTAATAAAATATATATAATAATAATTAAATAAGAATATTAAATTCTTAGTTAT
770 AAATTTAATTATCTAATAAAATATATATAATAATAATTAAATAAGAATATTAAATTCTTAGTTAT
19889 AATCTATACAGTTATAATTAATTTAATTAAATAATTTTAATTATCAATTAATTTATAATTAATAA
835 AATCTATACAGTTATAATTAATTTAATTAAATAATTTTAATTA-CAATTAATTTATAATT-AT--
19954 AAACTATAGCTATTT
896 AAACTATAGCTATTT
19969 CTACAGTTTA
Statistics
Matches: 1723, Mismatches: 76, Indels: 84
0.92 0.04 0.04
Matches are distributed among these distances:
912 107 0.06
913 1 0.00
914 11 0.01
915 361 0.21
916 347 0.20
917 162 0.09
918 10 0.01
919 5 0.00
920 4 0.00
921 4 0.00
923 71 0.04
924 1 0.00
926 2 0.00
927 2 0.00
928 5 0.00
929 3 0.00
930 3 0.00
932 1 0.00
933 1 0.00
934 1 0.00
935 149 0.09
936 2 0.00
937 180 0.10
938 290 0.17
ACGTcount: A:0.44, C:0.08, G:0.07, T:0.41
Consensus pattern (910 bp):
AACAGAAATAATACTAATTTTTTAATACTTCAAGAATTAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTGAT
TTACCTGGTTATAATTATTATAACTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA
TTATTATAAATAAAAAAAGCCATATAGATAATAATTATGATTTAAAACATCAGACTTTGTTTCTG
AACAATTCTGGGCTTAAAAACCATTCGCACAATTATTGCACGATTTTAATTTTTCATTGTATTTC
ATACTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTAAGAATGTTGAGAATAAATAATAATTAT
CCAATGATGGAATTTTTTGAAATTTCAAATATTAGTATCTTGTTATTTAAAATTAAACAAATTGA
AACTTAAATTAGAATAATATTTAAATAGTTATGAATATTTAATGCATTAACATAACTATATTTAT
TGTTATAAATAATTTTTAATTAGCTACTTAATAAATCAAATAATATATATATTTAACAAAATAGC
TACAATTAACACAGTTATTAATTATTAATTAAAAATAAATTATAATAAAAAATAAACTATTTGTT
ATGTGATATAATTATATTACATAATTATATAAATTTATACGCTATCCAATAAATTTATTCATAAT
TAATAAATAATTAAAAATTAATATAAATATACCAATTAATAATTATATTCTGAATAAAAGCTTTA
ATTTTGTCCTGAGATCTTATATCTACTATTATCTAATTTATATAATAATAATTCAAATTTAATTA
TCTAATAAAATATATATAATAATAATTAAATAAGAATATTAAATTCTTAGTTATAATCTATACAG
TTATAATTAATTTAATTAAATAATTTTAATTACAATTAATTTATAATTATAAACTATAGCTATTT
Found at i:20855 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 20834--20866 Score: 50
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
20824 TATTGATTTC
20834 AAATAG-ATAATTATTG
1 AAATAGCATAATTATTG
20850 AAATAGCCATAATTATT
1 AAATAG-CATAATTATT
20867 TGAACTAATT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
18 9 0.60
ACGTcount: A:0.48, C:0.06, G:0.09, T:0.36
Consensus pattern (17 bp):
AAATAGCATAATTATTG
Found at i:21121 original size:179 final size:176
Alignment explanation
Indices: 20181--21229 Score: 572
Period size: 179 Copynumber: 5.8 Consensus size: 176
20171 TAGATCTATT
* * * * * * * * * * **
20181 ATTAATTTTTAAAATATTAATAGAGTAGTATTAATTTATTCCAAACAAACTTATATGGACAAAAA
1 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GATAAGCTTGTATGAACTGAAA
* * * * * * ***
20246 CATTTGTTTTACGACAAAA-AAAAGGTCATAATTATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAATTAT
65 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGCCAT
* * ** ** * * * ** *
20310 AATTATTTGAACTGGTTAGGTAAGCAAAATTATTTGTTAAATTTCTT
130 AACTATTTAAACTAATTAAATAAACAAAATAATTTTTTAAATCACTC
* * * * *
20357 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTA-TTCTGAATAAGCTAGCATAAATTGA
1 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTC-G-ATAAGCTTGTATGAACTGA
* * * * * * * * * *
20420 AAAAATTATTTTACGATAAAACAAAAGATCATAACGATTTAAAATAGATAATTGTTCATATAGTC
63 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGCC
* ** * ** ** * * *
20485 TTAACTATTTAAACTGGTTCAGCAAACATATTTTATTTTTTAAATCTCTT
128 ATAACTATTTAAACTAATTAAATAAACA-AAATAATTTTTTAAATCACTC
* * * * * *
20535 AGTTATTAATTTTCAGAGTATTATTAGACTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACA
1 A-TTA--ATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG-ATAAGCTTGTATGAAC-
* * *
20600 TG-CATAATTGTTTTATGACAGAAAAAAAAGGTTTACTTTTTAAATAACTGA-TTTAAACT--AT
60 TGAAACAATTGTTTTATGACA-AAACAAAAGG--T-C-------ATAA-TGATTTTAAA-TAGAT
* * * *** ** * * *
20661 ACATTCGTTCGAATAGTCATAACTATTTAAACGGGTTCGATAAATAAATTTATTTTTTAACGAAC
112 A-ATT-ATTCAAATAGCCATAACTATTTAAACTAATTAAATAAACAAAATAATTTTTT-A--AA-
* *
20726 TTACTT
171 TCACTC
* * ** * * ***
20732 ACTAACTTTTGAAAGGTTAATAAATTAGTGTTATTTTA-TTC-AGAAGCTTGTATGATAAAAAAA
1 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGATAAGCTTGTATGA-ACTGAAA
* * * * * * *
20795 CAATTATTATATGATC-GAACAAAAGGTAATATTGATTTCAAATAGATAATTATTGAAATAGCCA
65 CAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGCCA
* * * * * *
20859 TAATTATTTGAACTAATTCAGTAAACAAAATCATTTTTTAAATCACTT
129 TAACTATTTAAACTAATTAAATAAACAAAATAATTTTTTAAATCACTC
*
20907 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTACTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAA
1 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG-ATAAGCTTGTATGAACTGAAA
* *
20972 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTTAAATAGATAA-TATTCAAATAGCCCT
65 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGCCAT
* ** * *
21036 AACTATTTAAATTTGTTAAATAAACAAATTAATTTTTTAAACTCTTGCTC
130 AACTATTTAAACTAATTAAATAAACAAAATAATTTTTTAAA-TC--ACTC
* * * *
21086 ATTAATTTTTTAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATCTTGGATAAGCTTTTATGAACTGAAA
1 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTCGATAAGCTTGTATGAACTGAAA
* * * * * *
21151 CAATTGTTTTTTTGTCAAAATAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCA
65 CAATTG-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGCCA
* *
21216 CAACTATTTGAACT
129 TAACTATTTAAACT
21230 TTGATTGGTA
Statistics
Matches: 669, Mismatches: 158, Indels: 87
0.73 0.17 0.10
Matches are distributed among these distances:
175 39 0.06
176 108 0.16
177 101 0.15
178 32 0.05
179 109 0.16
180 52 0.08
181 32 0.05
182 46 0.07
183 13 0.02
185 1 0.00
186 1 0.00
188 1 0.00
190 21 0.03
191 13 0.02
192 7 0.01
193 42 0.06
194 42 0.06
196 4 0.01
197 5 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (176 bp):
ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGATAAGCTTGTATGAACTGAAAC
AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATA
ACTATTTAAACTAATTAAATAAACAAAATAATTTTTTAAATCACTC
Found at i:21328 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 21290--21331 Score: 59
Period size: 21 Copynumber: 2.0 Consensus size: 21
21280 TGAATGTTAA
*
21290 TAATTAAAAGTTTTAAATATT
1 TAATTAAAAGTTTAAAATATT
21311 TAATTAAAA-TATTAAAATATT
1 TAATTAAAAGT-TTAAAATATT
21332 ATTAGTTAAT
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 1, Indels: 2
0.86 0.05 0.09
Matches are distributed among these distances:
20 1 0.05
21 18 0.95
ACGTcount: A:0.52, C:0.00, G:0.02, T:0.45
Consensus pattern (21 bp):
TAATTAAAAGTTTAAAATATT
Done.