Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019168361.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_581, whole genome shotgun sequence
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205 TTTTTATATC
* * *
215 AAATCGTTATTACCTTTCATTTTGTCATAAAAAAATAGTTTTTCAACATGCAAGCTTATTTGAAA
1 AAATCGTTAGTACCTTTCATTTTGTCATAAAAAAATAATTTTTCAACATACAAGCTTATTTGAAA
280 TA
66 TA
* * * * *
282 AAATTGTTAGTACTTTTCATTTTGTCATAAAACAATAATTTTTGAACATACAAGTTTATTTGAAA
1 AAATCGTTAGTACCTTTCATTTTGTCATAAAAAAATAATTTTTCAACATACAAGCTTATTTGAAA
347 TA
66 TA
349 AAAT
1 AAAT
353 AATACTAATT
Statistics
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AAATCGTTAGTACCTTTCATTTTGTCATAAAAAAATAATTTTTCAACATACAAGCTTATTTGAAA
TA
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1472 TTTGAAATAT
*
1482 ATAATTATTCAAAT-AGT-A
1 ATAACTATTCAAATCAGTCA
*
1500 ATAACTATTTAAATCAGTCCA
1 ATAACTATTCAAATCAGT-CA
1521 ATAACTAT
1 ATAACTAT
1529 ATTAATTTTC
Statistics
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0.83 0.07 0.10
Matches are distributed among these distances:
18 12 0.50
19 3 0.12
21 9 0.38
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ATAACTATTCAAATCAGTCA
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1177 TTTTAAATCT
1187 CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTAGAACAAACTTATATGAACAA
1 CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTAGAACAAACTTATATGAACAA
** * * *
1252 AAGTATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGAATCAAAATAGATAATTACTCATATAGC
66 AACAATTTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACGAATCAAAATAGATAATTACTCAAATAGC
* * ** * **
1317 CTTAATTATTAGAATTGGTTCAACAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTGATTTTCA
131 CTTAATTATTAGAACTGATTCAACAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATCAATTTTCA
* * * * * *
1382 TAATATTATTAGATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAAGCTTGAATGAACATAAATAATTGTTTT
196 TAATAGTAATAAAGTAATATTATTTTATTCTAAATAAAGCTTGAATGAACATAAACAATTGTTTT
* * *
1447 ATGACAAACCAAAAGATTATAATGATTTGAAATATATAATTATTCAAATAGTAATAACTATTTAA
261 ATGACAAAACAAAAGATGATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTAATAACTATTTAA
1512 ATCAGTCCAATAACTATATTAATTTTCCTA
326 ATCAGTCCAATAACTATATTAATTTTCCTA
* * * *
1542 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTA-AATAAACTTGTATGATGA
1 CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATT-TAGAACAAACTTATATGA--A
* * * * ** ** *
1606 -AAAACAATTTTTTTTATAACAAAATAAAAGTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAAT
63 CAAAACAATTTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACGAATCAAAATAGATAATTACTCAAAT
* * * ** * *
1670 -GGCTATAATTATTTGAACTGATTCAAGAAATTGATTTATTTTTTAAATTTCCAACTTCTCAATT
128 AGCCT-TAATTATTAGAACTGATTCAACAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATCAA-T
* * ** * * *
1734 TTTGA-AATAGTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGGAT-AAGTTTTATTGAAC-TGAAACAAT
191 TTTCATAATAGTAATAAAGTAATATTATTTTATTCTAAATAAAGCTTGAATGAACAT-AAACAAT
* * * * *
1796 TGTTTTATGATAAAACAAAAGGTGATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
255 TGTTTTATGACAAAACAAAAGATGATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTAATAACT
* * * * * *
1861 ATTTGAATTC--TTCAATAAATAGATTTATTTTTTAAAATTTCTTG
320 ATTT-AAATCAGTCCAATAACT--A--TA----TT-AATTTTCCTA
* * ** * * *
1905 CTTATTAATTTTCT-GAATGTTAATAAAATT-ATATTATTTTATTTCA-AATTAGCTTGTGTGAA
1 CTTATTAATTTT-TAAAATATTAAT-AAATTAATATTATTTTATTT-AGAACAAACTTATATGAA
*** * * * * ** ** * *
1967 CTAAAA-AA--AAATTTATGAC-AGA-AAAAGGTTAGAACGTTTTGAAATAGATAATTATTCTAA
63 C-AAAACAATTTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACGAATCAAAATAGATAATTACTCAAA
* * * * * * ** *
2027 TAGTCTTAACTAGTATAACT-AGTTCAGCAAATACATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
127 TAGCCTTAATTATTAGAACTGA-TTCAACAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATCAAT
* * * *** * * * ** * * * *
2090 TTTTATAATATTATTAGTTTAGTATTATTTTACTT-TTAA-CAAGCTTTCATGAATAGAAATAAC
191 TTTCATAATAGTAATAAAGTAATATTATTTTA-TTCTAAATAAAGCTTGAATGAACATAAACAAT
* * * * * *
2153 TGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCATACT-ATTTGAGATAAATAATTATTGAAATAGTCATAACT
255 TGTTTTATGACAAAACAAAAGATGATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTAATAACT
* ** ** * *
2216 ATTTAAACTCATTTGGTAA-AAAGAT-TTAGTTTTTAAATCT-
320 ATTTAAA-TCA-GT-CCAATAACTATATTA-ATTTT---CCTA
* * * * ** * * *
2256 CTTTTTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAATTTTGTAAGAATAA
1 CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTAGAACAAACTTATATGAACAA
* * * * ** * * *
2321 AACAA-TTGTTTTACAACAAAATAAAATGTCATAA-TAATTTGAAATAGATTA-TAGTTCAAATG
66 AACAATTTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACGAA-TCAAAATAGATAATTA-CTCAAATA
* * *** * *** * * *
2383 GGCATGGCTATTTGAACTTG-TTCGGTAAATATATTTATTTTTTAAATCTTCAACTTATTAATTT
129 GCCTTAATTATTAGAAC-TGATTCAACAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATCAATTT
* * * * * * * * * *
2447 TTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATT-TCGAATAAA-CTTGTATGAATAGAAATAATTA
193 TCATAATAGTAATAAAGTAATATTATTTTATTCT-AAATAAAGCTTGAATGAACATAAACAATTG
* ** * * *
2510 TTTTATGACAAAACAAAAGATCATAGCGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
257 TTTTATGACAAAACAAAAGATGATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTAATAACTAT
2575 TT
322 TT
2577 GAACTCGCTC
Statistics
Matches: 805, Mismatches: 178, Indels: 102
0.74 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
348 1 0.00
349 5 0.01
350 10 0.01
351 46 0.06
352 7 0.01
353 4 0.00
354 66 0.08
355 254 0.32
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364 6 0.01
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Consensus pattern (355 bp):
CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTAGAACAAACTTATATGAACAA
AACAATTTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACGAATCAAAATAGATAATTACTCAAATAGC
CTTAATTATTAGAACTGATTCAACAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATCAATTTTCA
TAATAGTAATAAAGTAATATTATTTTATTCTAAATAAAGCTTGAATGAACATAAACAATTGTTTT
ATGACAAAACAAAAGATGATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTAATAACTATTTAA
ATCAGTCCAATAACTATATTAATTTTCCTA
Found at i:2471 original size:712 final size:706
Alignment explanation
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973 TGGTCAGACC
* * * * *
983 AATAGATTTATTTTTTAAATCCGTTACTTATTAATTTTTTGAATATCAATAAATTAGCATTACTT
1 AATATATTTATTTTTTAAAT-CTTTACTTATTAA-TTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTT
*** * * * * *
1048 TATTCCAAATAAGACTGTATCAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACGAATA-GTCATAATGA
64 TATTTTGAATAAG-TTTTATGAAT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAACGA
* * * * * *
1112 TTTGAAATAAATAATTGTTTAAATTGTTATAACTAGTTGAATTCGTTTGGTAAATAGATTTATTT
126 TTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATT-GTTTGATAAACAGATTTA-TT
* *
1177 TTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTAAAATATTAAT-AAATTAATATTATTTTATTT-AGAAC
189 TTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAAATT-ATATTATTTTATTTCA-AAT
* * * * * **
1236 AAACTTATATGAAC-AAAAGTATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGAATCAAAATAG
251 AAGCTTGTATGAACTAAAA--A-ATATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAG
** * * * * * * ** *
1300 ATAATTACTCATATAGCCTTAATTATTAGAATTGGTTCAACAAATAAATTTATTTTTTAAATCTC
313 ATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTC
* * * * * *
1365 TTAGTTATTGATTTTCATAATATTATTAGATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAAGCTTGAATGA
378 TTACTTATTAATTTTTA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TAAAT-AAGCTT-TATGA
* * * * * *
1430 ACATAAATAATTGTTTTATGACAAACCAAAAGATTATAATGATTTGAAATATATAATTATTCAAA
439 ATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTATTCAAA
* ** * * * *
1495 TAGTAATAACTATTT-AA--A-TCAGTCCAATA-ACTATATTAATTTT---CCTACTTATTAATT
503 TAGTCATAACTATTTGAACTATTTGGT-AAACAGA-TTTATT--TTTTAAATCT-CTTATTAATT
* * *
1552 TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAACTTGTATG-ATGAAAAACAATTT
563 TTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAAT--AAAACAA-TT
* * * * * * * *
1616 TTTTTATAACAAAATAAAAGTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAAT-GGCTATAATT
625 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACT
**
1680 ATTTGAAC-TGATTCAAG-A
689 ATTTGAACTTG-TT-TGGTA
* * * * * *
1698 AAT-TGATTTATTTTTTAAAT-TTCCAACTTCTCAATTTTTGAAATAGTAATAAAGTAATATTAT
1 AATAT-ATTTATTTTTTAAATCTT--TACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * *
1761 TTTATTTTGGATAAGTTTTATTGAACTGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTGATAATG
62 TTTATTTTGAATAAGTTTTA-TGAA-TGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * ** *
1826 ATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTCTTCAATAAATAGATTTATTT
125 ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGTTTGATAAACAGATTTATTT
* * *
1891 TTTAAAATTTCTTGCTTATTAATTTTCTGAATGTTAATAAAATTATATTATTTTATTTCAAATTA
190 TTT-AAATTTCTTACTTATTAATTTT-TGAATATTAATAAAATTATATTATTTTATTTCAAATAA
* * * * * * * *
1956 GCTTGTGTGAACTAAAAAAAAATTTATGAC-AGA-AAAAGGTTAGAACGTTTTGAAATAGATAAT
253 GCTTGTATGAACTAAAAAATATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAAT
* * * * * * *
2019 TATTCTAATAGTCTTAACTAGTAT-AACTAGTTCAGCAAATACATTTA-TTTTTAAATCTCTTAC
318 TGTTCAAATAGTCATAATTA-TTTGAACTAGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
* ** * *
2082 TTATTAATTTTTATAATATTATTAGTTTAGTATTATTTTACTTTTAACAAGCTTTCATGAATAGA
382 TTATTAATTTTTA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTAAATAAGCTTT-ATGAATAGA
* * * * * *
2147 AATAACTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCATACTATTTGAGATAAATAATTATTGAAATAGTCA
444 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA
* * * *
2211 TAACTATTTAAACTCATTTGGTAAAAAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTTTTAATTTTTGAAATAT
509 TAACTATTTGAACT-ATTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATAT
** * **
2276 TAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAATTTTGTAAGAATAAAACAATTGTTTTACAACAAA
573 TAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAATAAAACAATTGTTTTATGACAAA
* * * * * * * ** *
2341 ATAAAATGTCATAATAATTTGAAATAGATTATAGTTCAAATGGGCATGGCTATTTGAACTTGTTC
638 ACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTT
2406 GGTA
703 GGTA
* *
2410 AATATATTTATTTTTTAAATCTTCAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTT
1 AATATATTTATTTTTTAAATCTT-TACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTT
* * * * * * *
2475 TATTTCGAATAAACTTGTATGAATAGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAGCGAT
64 TATTTTGAAT-AAGTTTTATGAAT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGAT
* * * * * *
2540 TTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTCGCTCGTTAAACATATTTACTTT
127 TTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTTGATAAACAGATTTATTTT
* * *
2605 TTAAATCTT-TCACTTATTAATTTTTAAAATTTTAAT-AAATTAATATTATTTT-TATTCTAAAT
191 TTAAAT-TTCTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAAATT-ATATTATTTTAT-TTC-AAAT
* * * * * ** * **
2667 AAGTTTTTATGAACAAAAACAATTAGTTTATGACGAAACAAAAAATCAT-ATAATTCAAAATAGA
251 AAGCTTGTATGAACTAAAA-AA-TATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGA
* * *
2731 TAATTGTTTAAATAATCATAATTATTTGAACGT-GTTCAG--AA-A-A--CA-TTTTT---T-TC
314 TAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAAC-TAGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTC
* * * *
2784 --A--TATTAATTTCTAGAATATTAATAAATTTA-AATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGCATGA
378 TTACTTATTAATTTTTA-AATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATT-TAAATAAGCTT-TATGA
* * * * * * * * * *
2844 ACA-AAACCAATTGTTTTGTGGCAAAACAAAGGGTCATAATATTTTAAAATAGATAACTGTTTAG
439 ATAGAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATA-TTTGAAATAGATAATTATTCAA
* * * **
2908 ATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGATAAACATATTCT-TTTTTTAGTTCTCTTAGTCATTAA
502 ATAGTCATAACTATTTGAAC-TATTTGGTAAACAGATT-TATTTTTTAAATCTC-T--T-ATTAA
* * * ** * *
2972 TTTTTGGTAATATTAATAAATTAATAATGTTTTACTTTCAAATAAACTTATATGAAACTGAAACA
561 TTTTT-GAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TTTTGAATAAACTTGTATG-AA-TAAAACA
* * * * * *
3037 ATTGTTTTATTACAAAAGAAAAGGTCATAATGACTTGCAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGA
622 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* * *
3102 TTATTCGAACTTGTTTGATA
687 CTATTTGAACTTGTTTGGTA
* * * * *
3122 AACATATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTATTGAAATATTAATAAATTAATATTATTT
1 AATATATTTATTTTTTAAA-TCTTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTT
* * * * * *
3187 TAATATGAATAAACTTGTATGAACAT-AAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGG-CATAACA
64 TATTTTGAAT-AAGTTTTATG-A-ATGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAACG
* * * * * * *
3250 AGTTGAAATAAATAATTGCATC-AGTAGTCATAACAAATTGAATTTGTTTGGTAAACAAATTTAT
125 ATTTGAAATAAATAATTG-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTTGATAAACAGATTTAT
* * * * * *
3314 TTTTTAAATTTTTTACATTTTTAACTGTCTT-AATATTAATAAATTTGAT-TTATATTATTTGAA
188 TTTTTAAATTTCTTAC-TTATTAA-T-TTTTGAATATTAATAAAATT-ATATTATTTTATTTCAA
* * * * *
3377 ATAAGATTGTTTGTATGAA-TAGATAAAATTCTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGTGATTTC
249 AT-A-A--GCTTGTATGAACTA-A-AAAA-TATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
* ** * *
3441 AAATAGATAATTGTT-AAACAGTCATAATTATTT-AAGCTTTTTCAGTAAACAGATTCATATTTT
307 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAA-CTAGTTCAGTAAATAGATTTAT-TTTT
* ** * * * * *
3504 TAAATTTCTTTTTTATTAATTTTTGGATTACTAATAAATTAGCATTATTTTATTTTGAATAAGCT
370 TAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTAAATAAGCT
* * * * * *
3569 TATATGAACT-GAAACATTTCTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAACAAT
433 T-TATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAAT-ATTTGAAATAGATAAT
* * * * * * * *
3633 TATTCAAAAAATCATGATTATTTGATCTAGTTTAGTAAACATATTT-TTTTTTAAATTTTACTTA
495 TATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTA-TTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAA-TCT-CTTA
* ** * * ** * * *
3697 TCAATTGCTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCGAATAAGC--ATAT--AT-GAACA
557 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAATAAAACA
* * ** * * *
3757 ATTGTTTTATAACAAAACAAAAAGTTGTAATGATTTGAAAAAAATAATTGTTCAAATAGTCAAAA
622 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* **
3822 CTATTTGAACTAGTTTAATA
687 CTATTTGAACTTGTTTGGTA
* * * *
3842 AATAAATTT-TTTTTTAAATC--T-CTTATTAATATTTGAAATATTAATAGATTAGTATTACTTT
1 AATATATTTATTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTT
* * * ** * *
3903 A-TTTGAACAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATT
65 ATTTTGAA-TAAGTTTTATGAA-TGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATT
* * * * * * * *
3967 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAATTATTTGAACTAGTTAGGTAAATAGAATTATTTTT
128 TGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTTGATAAACAGATTTATTTTT
* * * * * * *
4032 TAAATCTCTTATGTTATTAATTTCTGACAAATATTAA-ATAATTCATTTTATTTTATTCCCAATA
192 TAAATTTCTTA-CTTATTAATTTTTG---AATATTAATAAAATT-ATATTATTTTATTTCAAAT-
*
4096 AAGCTAT-TATG-ATTAAATTATTAA-ACTTATTTATGACAAAACAAAATGGCTCATAAATGA-T
251 AAGCT-TGTATGAACTAAA--A--AATA--T-TTTATGACAAAACAAAA-GG-TCAT-AATGATT
* * * * * *
4157 TGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTCAAATATTTTGAACTAGTTC-GACAAACCAAATTTAT
305 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT-AATTA-TTTGAACTAGTTCAG-TAAA-TAGATTTAT
* *
4221 TTTTT-AA----TT-CTTATTAATTTTTGAAAATATTATTAGATTAGTATTATTTTATTTCAAAA
366 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT--AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT--AAA
* * * * * * *
4280 TAAGCTTGTATGCCACAAAAATAATTGTTTTATGAC-AAACAACAAGATTTTAACACACATTTGA
427 TAAGCTT-TATG-AATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA-AAGA---TCATA-ATATTTGA
* ** * * * * ** ** *
4344 AGTTTACAATTGTTCAAACTCGTTATTGGCTATTTGAACTAGACTAGTAAACAGACTGTTAGTTT
485 AATAGATAATTATTCAAA-TAGTCA-TAACTATTTGAACTA-TTTGGTAAACAGA-T-TTA-TTT
* * * *
4409 TTAAAACTCTTACTTATTAAATTTTGAAAGATTAAT-AATTAGTATTATTGTCTATTTTGAAATA
544 TTTAAA-TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATT-T-TATTTTG-AATA
* * * * *
4473 AAATTGAATG-TTCAAACACAAATTGGTTATACTCGAACAAAA-AAAAGGTAATCACAT-ATTTG
603 AACTTGTATGAAT-AAA-AC-AATT-GTTTTA-T-G-ACAAAACAAAAGGTCAT-A-ATGATTTG
* * * * *
4535 AAAATAGAAAATTGTT-AGACATAGCCATAATTATTTGAAC-TGATTCGATA
659 -AAATAGATAATTGTTCA-A-ATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTTGGTA
* * * * *
4585 AACAGATTCACTTATTAAATAAC-TTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATT
1 AATATATTTATTTTTTAAAT--CTTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * * *
4649 TTA-TTTGAATAAGCTTCTATGAACTGAAACAATTGATTTATGATAAAACAAATGGTCATACCAA
63 TTATTTTGAATAAG-TTTTATGAA-TGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGA
* * * * * * * * ** *
4713 TTTCAAAGAGATAATTATTCATATAGTCTTAACTGTTTGAACTGTTTGGCAAGCAGATTTA-TTT
126 TTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGTTTGATAAACAGATTTATTTT
* * * * *
4777 TTAAATCTCTTAGTTATTAGTTTTTGGAATATT-ATTAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAG
191 TTAAATTTCTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAAATTA-TATTATTTTATTTCAAATAAG
* * ** * * * ** *
4841 CTTATATGAACTGAAACAATAATTTTACAATAGAACAAAAGGTTATAACAATTTAAAATAGATAA
254 CTTGTATGAACT-AAAAAAT-ATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAA
* * * * *
4906 TTG-TC-------CA-AA-TA--GGAAC-CGATTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAGATCTCCTT
317 TTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAG-TTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCT-CTT
* * * *
4958 -CTTATTAATTTTTGAAATTTTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAGGCTTGTATG-ATG
380 ACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TAAATAAGCTT-TATGAAT-
* * * ** * *
5021 AAAAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGCTTGTAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-
441 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAA-TATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* * * * **
5085 GTCCATAATTATTTGAACCA-AT--T---C-GATGTATTTTTTAAATCTCTAATATATCAAAATT
505 GT-CATAACTATTTGAACTATTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCT--TAT-T-AATTTT
* * * * * *
5143 TGAAGTATTAATAAAGTAATATTATTTTATTCT-AGATAAGCTTTTATGAATTGAAACAATTGTT
565 TGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGA-ATAAACTTGTATGAA-TAAAACAATTGTT
* * * *
5207 TTATGATAAAACAAAAGGTCATATTTATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
628 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* **
5272 GAACTTGTTCGAAA
693 GAACTTGTTTGGTA
* * ** * **
5286 AATAAATTTATTTTTTAAAATTTGTTGTTTATTAATTTTCTAAATGCTAATAAATTAGTATTATT
1 AATATATTTATTTTTT-AAATCT-TTACTTATTAATTTT-TGAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * * * * * **
5351 TTATTTTAAATAAGCATGTATAAACTGAAA-ATACTATTTTATGAC-AAGCAAAAGGTCAAAAAA
63 TTATTTTGAATAAG-TTTTATGAA-TGAAACA-ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * ** *
5414 ATTTGAAATAAATAATTGTTCTAATATTCTTAACTATTTGAATTGGTTTGGCAAACACATTTATT
125 ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATT-GTTTGATAAACAGATTTATT
* * * * *
5479 TTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTAGAATATT-ATTAATTTATCAATATTTTACTCCAAATA
189 TTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAAATTAT-ATTATTTTATTTCAAATA
* ** *
5539 AGCTTGTATGAACAAAAACAAT-TGCTTTATGACAAAACAAATA--TCATAACAATTTGAGATAG
252 AGCTTGTATGAACTAAAA-AATAT--TTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAATGATTTGAAATAG
* * * * * * * * *
5601 ATAATTGTTCAAAAAATCATAATTATTTGAATTGGTTC-GATATACAGATTCAGTTTTTAAA--A
313 ATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAGTTCAG-TAAATAGATTTATTTTTTAAATCT
* * * **
5663 CTT--TTATTAATTTTTGAAATACTAATAAATTAGAATTATTTTATTTGAATAATTTTGTATGAA
377 CTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAAATAAGCTT-TATGAA
* * * *
5726 TAGAAACAATTGTTTTACGATAAAAC-AAA-ATCATAACAATTTGATATAGATAA-TAGTTCAAA
440 TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAA-TATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAA
* * * *
5788 TGGAT-ATGACTATTTGAGCT-TGTTCGG-AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCAACTTATTAAT
503 TAG-TCATAACTATTTGAACTAT-TT-GGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCT---CTTATTAAT
* **
5850 TTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATT
562 TTTTGA-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAATA-AAACAATT
* * * * * * * * *
5914 GCTTTATAATAAAACAGAAGATTATAATGATTTGAAATAAATAGTTGTTTAAATAGTCATAACTA
625 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
**
5979 TTTGAA-TTCGTTCAGTA
690 TTTGAACTT-GTTTGGTA
* * *
5996 AATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATTTTAATAAGTTAGTATTATTT
1 AATATATTTATTTTTTAAATC-TTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTT
** * * *
6061 TATTTCAAATAAGCTTTTATGAATAGAAAC-ATTGGTTTATGACCAAACAAAAGGTCATAACAAT
64 TATTTTGAATAAG-TTTTATGAAT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGAT
* ** * * *
6125 TTGAAATAGAA-AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAAGTGTTCAAAAAATATATTTA-TT
127 TTGAAATA-AATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG-AATTGTTTGATAAACAGATTTATTT
* * * *
6188 TTTAAATTT-TTACTTATTAATTTTTGAAATATCAATAAATTTTTATTATTTTA-TACGAAATAA
190 TTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAAATTATATTATTTTATTTC-AAATAA
* * * * * * * *
6251 GCTTGCATG-AGTAGAACCAAATGTTTTATGAGAAAACAAAATGTCATAATGTTTTAAAACAGAT
253 GCTTGTATGAACTA-AA--AAATATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGAT
* * * * *
6315 AATTGTTCAGATAGTCATAACTATTTGAAC-ATGTTCGGTAACA-AGATTCATTTTTTAATTCTC
315 AATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTA-GTTCAGTAA-ATAGATTTATTTTTTAAATCTC
* * ** *
6378 TTTCTCATTAATTTCTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATAAA
378 TTACTTATTAATTT-TTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-AAATAAGCTT-TATGAA
* * * * *
6443 CTA-AAACAATTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTCACAATGATTTGAAATAGATAATAATTCATA
440 -TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTATTCAAA
* *
6507 TAGTCATAACTTTTTGAAC-ATGTTCGGT-AACAAGATTCT-TTTTTTAATTCTCTTTCTCATTA
503 TAGTCATAACTATTTGAACTAT-TT-GGTAAAC-AGATT-TATTTTTTAAATCTC--T-T-ATTA
* ** ** * *
6569 ATTTTTGGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGTTTATATGAACTGAAACAAT
560 ATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAA-TAAAACAAT
* * * * * *
6634 TGTTTTATTACAAAACAAAAGGTTACAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATGACT
624 TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* *
6699 AGTTGAACTTGTTTGGGA
689 ATTTGAACTTGTTTGGTA
* * *** * * *
6717 AACATATATTATTTTTTAAATGTTCTAC-TATTAATTGTCAAAATATTAAAAAAATAAATATT-T
1 AATATAT-TTATTTTTTAAATCTT-TACTTATTAATT-TTTGAATATT-AATAAATTAGTATTAT
* * ** ** * * * *
6780 TGTGAATCAGAATAAACATGTATG-ATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATACC
62 T-TTATTTTGAAT-AAGTTTTATGAAT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
* * * ** *
6844 AATTTCAAATAAATAATTTTTCAAATAGTCATAAAGATTTGAAATTGTTCGAT-AACTAGATTTA
124 GATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG-AATTGTTTGATAAAC-AGATTTA
* *
6908 TTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAATTGTCTT-AATATTAATAAATTTGTATTATTTTA-TTCAA
187 TTTTTTAAAT-TTCTTACTTATTAATT-T-TTGAATATTAATAAAATTATATTATTTTATTTC-A
* ** * *
6970 AATAAACTTGTATGAAC-AGAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTTTTAGTAATTTCG-AA
248 AATAAGCTTGTATGAACTA-AAAAAT-ATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTT-GAAA
** * * * * ** * *
7033 TAGATAATTGTAGAAATAGTCAAAATTATTTAAACTTGTTTAACAAACAGATTCATTTTTTAAAT
310 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAAT
* * * * * * *
7098 CTCTTAATTATTAATTTTCATAATATTAATAACTTAATATTATTTTATTTTGAATAAACTTACAT
375 CTCTTACTTATTAATTTTTA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTAAATAAGCTT-TAT
* * *
7163 GAATTGAAATAATT-TTTTAAGACAAAACAAAATG-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTC
437 GAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GATCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTATT-
* * * ** * * * *
7226 CAAATAGTTATGACTATTTGATCTAGTTCAGTAAACATATTTACTTTTTAAA--T-TAATT-ACT
499 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTA-TTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATT
* * * * * * * ** * *
7287 TATCAATTGTCAA-AATATTAATA--A-ATTAGTTTGAATAAACTTACATGAATTGAAATAATT-
563 TTTGAAATATTAATAA-ATTAATATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAA-TAAAACAATTG
* * * * *
7347 TTTTAAGATAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCCAAATAGTCATGACTA
626 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTT-CAAATAGTCATAACTA
* * *
7412 TTTGATCTAGTTTAGTA
690 TTTGAACTTGTTTGGTA
* * * *
7429 AACATATTTACTTTTTAAAT-TAATTACTTATCAATTGTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
1 AATATATTTATTTTTTAAATCT--TTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATT
** * * * * * *
7493 TTAACTGGAATAAGCTTGTACGAATAGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAAAGA
63 TTATTTTGAATAAG-TTTTATGAAT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGA
* *
7558 TTTG-AATAAATAATTGCTCAAATAGTCAAAACTATTTGAACTATTTGAACTTGTTTGATAAATA
126 TTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGT-----C-A--T-AACTATTTGAA-TTGTTTGATAAACA
* * *
7622 GATTTAATTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAGATATT-ATTAAATTAATATTACTTTAT
181 GATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTGA-ATATTAATAAAATT-ATATTATTTTAT
** * * * *
7682 TTTGAACACA-CTTATATGAACAAAAAAATTTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTT
244 TTCAAATA-AGCTTGTATGAACTAAAAAA--TATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTT
* * * *
7746 GAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAATTATTTGAACTGGTT-AGGTAAACA-ACATTATTTT
306 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAGTTCA-GTAAATAGA-TTTATTTT
* *
7809 TTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCA-TTTTTTTTTATTTCAAATAAG
369 TTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTT-AAATAAG
* ** * * * *
7873 CTAGTATGAATTCAAAAAACTTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATA
431 CT-TTATGAATAGAAACAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAA-TATTTGAAATAGATA
* * * * ** * * * * *
7938 ATT-TTCATATAGTCTTTAAATATTTAAACTAGTTCAGCAAA-AAATTTATTTTTTAATTTTTAG
493 ATTATTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTA-TTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAA-ATCT-C
* * * * * *
8001 TTATTAATTTTTGGAATATTATTAGATTAGTATTATTTTATTCT-AA-AAACTTGTATGAACAAA
554 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAATAAA
* * * * ** * * *
8064 ATAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAGT-TACAATTGTT-AAATAGTCA
619 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* **
8127 T-A-TATTTGAACTAGTTCAGTA
684 TAACTATTTGAACTTGTTTGGTA
* * * *
8148 AACAAATTTATTTTTTAAATC--T-CTTGTTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTT
1 AATATATTTATTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTT
* * ** * * * **
8210 A-TTCGAATAAGCTGAATG-ATGAAAAACAATTGTTATATGAC--TACAAAAGGCCATAA-TTTT
65 ATTTTGAATAAGTTTTATGAATG--AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATT
* * * * * * * * * *
8270 TAGTAAACAAATAATTGTTCATATAGTCTTAATTGTTTGAACTGTTTTAGCAAA-TGGTTT-TTT
128 T-G-AAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGTTTGA-TAAACAGATTTATTT
* * * * * * * *
8333 TTTGAATCTCCT-GTTATCAA-TTTTCAA-AATAATATTAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATA
190 TTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTGAATATTAATA--AAATTA-TATTATTTTATTTCAAATA
* * *
8395 AGCTTATATGAACTAAAACAATTATTTTAT-A-ATGAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGA
252 AGCTTGTATGAACTAAAA-AA-TATTTTATGACA-AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGA
* * * * *
8458 TAATTGTTCAAATAG--------A----AACTAGTTCAGTAAACAAAATTATTTTTTAAACCTCC
314 TAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCT
* * * *
8511 TACTTATTAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTGTTTTATTTTGAATAGGCTTGTATG-ATG
379 TACTTATTAATTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTAAATAAGCTT-TATGAAT-
* * * ** * *
8575 AAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTTGTAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAGTA
441 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAA-TATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
** * * * * * * **
8640 ACCATAATTATTTAAACCAATTTGATAAACTGACTTTTTTTTTTTAAATCTTTAACTTATTGGTT
505 GTCATAACTATTTGAA-CTATTTGGTAAACAGA--TTTATTTTTTAAATC--T--CTTATTAATT
* * * * * *
8705 TTTGAAATATTAA-AAAGTAATATTATTTTA-TTTCAGATAAGCTTTTATGAATAAGACTATTG-
563 TTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGA-ATAAACTTGTATGAATAAAACAATTGT
* * * * * * *
8767 -TTATGATAAAACAAAAGGTCATATTTATTCT-AAATAGATAATTGTTTAAATAGTTATGACAAT
627 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATT-TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
**
8830 TTGAACTTGTTTAATA
691 TTGAACTTGTTTGGTA
* * ** *
8846 AACATATTTATTTTTTTAAATTTCTTGTTTATTAATTTTTTGAATGTTAA-AAATTAGTATTATT
1 AATATATTTA-TTTTTTAAATCT-TTACTTATTAA-TTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * * * *
8910 TTATTTTGAATAAGCATGTATGAACTAAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGAT-A-AGACA
63 TTATTTTGAATAAG-TTTTATGAA-TGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA-ACG
* * * *
8973 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTGAATTAGTTCGATAAACAAATTTATT
125 ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATT-GTTTGATAAACAGATTTATT
** * * * * * * * *
9038 TTTTAAATCCCTTTCTT-TT--TTTTAGAATATT-ATTAATTTAGCAATATTTTA-CTCTGAATA
189 TTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTGAATATTAATAAAATTA-TATTATTTTATTTC-AAATA
* * * * * * * *
9098 AGTTTGTATGAA-TAGAAGCAATTGTTTTATTACAAAA-TAAAGATCATAACGATTTGAGATAGA
252 AGCTTGTATGAACTA-AA--AAATATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGA
* * * * * *
9161 TAATTGTTCAAATAGCCATAAGTATTTGAACTGGTTCAATAAATAGATTTAATTCTTAAA--TC-
314 TAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCT
**
9223 T-CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAATTTTGTATGAAT
379 TACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TAAATAAGCTT-TATGAAT
** *
9287 AGAAACAATCATTTTATGACAAAACAAAATG-TCATAATGATTTGAAATAGATAATAATTCAAAT
441 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GATCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
* * * *
9351 AGACATGACTATTTGAACT-TGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCAACCTATTAATT
504 AGTCATAACTATTTGAACTAT-TT-GGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCT----CTTATTAATT
* ** *
9415 TTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAAATTGTATGAATAGAAACAATTG
563 TTTGA-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAATA-AAACAATTG
* **
9479 TTTTATGACAAAAC---A----A-AATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAAGGGTCATAACTAT
626 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* * *
9536 TTGAACTCGCTGGGTA
691 TTGAACTTGTTTGGTA
* * *
9552 AATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATTTTAATAAATTCGTATTATTT
1 AATATATTTATTTTTTAAATC-TTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTT
* * * *
9617 T-TTTCT-ATATAAGCTTTTATGAATAGAAACAATTGGTTTATGACAAAATAAAACGTCATAACA
64 TATTT-TGA-ATAAG-TTTTATGAAT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * *
9680 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACGTGTTTAGA-AAACATATTTAT
125 ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTT-GATAAACAGATTTAT
* * * * *
9744 TTTTAAAATTT-TTACTTATTAACTATTAGAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTTGAAATA
188 TTTTTAAATTTCTTACTTATTAA-TTTTTGAATATTAATAAAATTATATTATTTTATTTCAAATA
* * * * *
9808 AACTTGCATGAAC-AAAACCAATTTTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGTTTTGAAATAGA
252 AGCTTGTATGAACTAAAA--AA-TATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGA
* * * * *
9872 TAATTATTCAGATAGTCATAACTATTTGAA-TATGTTTC-GTAAATAGATTAATTTTTTAATTCT
314 TAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTA-G-TTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCT
*
9935 CTTACTCATTAATTTTTATAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGA
377 CTTACTTATTAATTTTTA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-AAATAAGCTT-TATGA
* * * *
10000 ACT-GAAAAACATT-TTTTAT---TAAA-AAAAGGTCACAATGATTTGAAATA-ATTAATTATTC
439 A-TAGAAACA-ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAAT-ATTTGAAATAGA-TAATTATTC
* * * * * ** * * * *
10058 AAATACTTATGACTAATTAAACT-TGTTCAATAAAAATATTTATTTTTTCAATCTTTTACTT-AT
500 AAATAGTCATAACTATTTGAACTAT-TT-GGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTAAT
*** *
10121 TATTTGTCAAAATATTAATAAATTAATATT-TTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACA
562 T-TTTG---AAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAATA-AAACA
** *
10185 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAA
622 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
**
10250 AGATTTGAACTTGTTTGGTA
687 CTATTTGAACTTGTTTGGTA
* * * *
10270 AACAGATTTATTTTTCAGATCTTTTACTTATTAATTGTCTT-AATATTAATAAATTTA-TATTAT
1 AATATATTTATTTTTTAAATC-TTTACTTATTAATT-T-TTGAATATTAATAAA-TTAGTATTAT
*** * ** * * *
10333 TTTATTCAAAATAAGTTTGTATGAATAGAAAAAAATCATTTTATGACAAAAAAAAAGGTAATAGC
62 TTTATTTTGAATAAGTTT-TATGAAT-G-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
* * * * * * * *
10398 GATTTCAAATAGATTATT-TTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTT-ATTCATTAAATAGATTTA
124 GATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTTGA-TAAACAGATTTA
* * * *
10461 TTTTTTAAATATCTTAATTATTAATTTTTAGAATATTAAT-AACTTAGTATTA-TTTATTTCGAA
187 TTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAAATTA-TATTATTTTATTTCAAA
* * * * *
10524 TAAGCTTATATGAACTGAAATGATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAG
250 TAAGCTTGTATGAACT-AAA-AAATATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAG
* * * * ** * * *
10589 ATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGATCTAGTTTC-GATAAGCATATTTATTTTTAAAATT
313 ATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAG-TTCAG-TAAATAGATTTATTTTTTAAATC
* * * * * * * ** *
10653 TTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAAATGGAATTTTTTTAATCGAATAAGCGTGTATGA
376 TCTTACTTATTAATT-TTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAAATAAGC-TTTATGA
* * * * * * * *
10718 A-AAAAACTATTGTTTTATAATAGAAAAAAAAG-TCATAACATTTGAAATAAATAATT-CTCAAA
439 ATAGAAACAATTGTTTTATGACA-AAACAAAAGATCATAATATTTGAAATAGATAATTATTCAAA
* * *
10780 TAGTCATAACTATTTAAACTGATTTGATGAACAGATTTATTTTTTAAATCT-TTATTAATTTTTG
503 TAGTCATAACTATTTGAACT-ATTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTG
* * * * * * *
10844 AAATATTAATAGATTAGTATTCTTTTA-TTTGAACAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTA
567 AAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAA-TAAAACAATTGTTTTA
* * * *
10908 TGACAAAACAGAAGG-CATAGCT-ATTTGAAAAAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGA
631 TGACAAAACAAAAGGTCATA-ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* *
10971 AC-TATTAGGTA
695 ACTTGTTTGGTA
* * * * * * * *
10982 AATAGAATTATTTTTTAAACCTCTTACATATTAATTTTTTAGTATGAATAAATTCA-TTTTATTT
1 AATATATTTATTTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATT-AGTATTATTT
* * *
11046 TATTTTGAATAAGTTATGTGAATTGAAA-ATTTTGTTTTATGAC--AA-AAAA----AT---GAT
64 TATTTTGAATAAGTTTTATGAA-TGAAACA-ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGAT
** * * * * * * *
11100 TTGAAATAAATAACGGTTCATATAGTCTTAACTATTTAAACTATTT-AGCAAACAAATTTATTTT
127 TTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGTTTGA-TAAACAGATTTA-TTT
* * * * * **
11164 TTTAAATCTC-TAGTTATTAATTTTTGGAATATT-TTTATATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA
190 TTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAAATTA-TATTATTTTATTTCAAATAA
* * *
11227 GCTTGTATGAAC-AGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACT-ATTTGAAGTATA
253 GCTTGTATGAACTA-AAA-AA-TATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGA
* * * * * * *
11290 CAACTATTCAAATAGTCATAATTATTTAAATTGGTTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCT
314 TAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCT
* * * * * *
11355 TACTTATTAATTTTTGAGAGATTAATAAAATACTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTAT-AAT
379 TACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTAAATAAGCTT-TATGAAT
* * * * * * *
11419 AAAAAACAATTGTTATATGACCAAACAAAAGGT-AGTAACAATTTGAAATAGATAATTGTTGAAA
441 -AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCA-TAA-TATTTGAAATAGATAATTATTCAAA
* * * * * * *
11483 TGGCCACAATTATTTGAGCTGATTTGGTAAACCGATTTACTTTTTAAATCACTTACTTATTAATT
503 TAGTCATAACTATTTGAACT-ATTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAAT--C-T-CTTATTAATT
* * *
11548 TTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTG
563 TTTGA-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAA-TAAAACAATTG
* * * **
11612 TTTTATGAC-AAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGACAATTGTTTAAATAGTTGTAACTAT
626 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
*
11676 TTGAATTTGTTTGGTA
691 TTGAACTTGTTTGGTA
* *
11692 AACTA-ATTTATTTTTTTAAA-CTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTATTAT
1 AA-TATATTTA-TTTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTAT
* *
11755 TTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACTGAAACAATTGTTTTAT-ATCAAAACAAAAGATCATAAC
62 TTTATTTTGAATAAG-TTTTATGAA-TGAAACAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAGGTCATAAC
* *
11819 GATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATCACTATTTGAATT-TTTCGATAAACAGATTTAT
124 GATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGTTT-GATAAACAGATTTAT
* * * * ** *
11883 TTTTTCAAATCTT-TTCCTTATTAATTTTTCAAAATTAAT-AATTTGGATTATTTTATTTCGAAT
188 TTTTT-AAAT-TTCTTACTTATTAATTTTTGAATATTAATAAAATTATATTATTTTATTTCAAAT
* * * * * * * * *
11946 AAGATTGTAAGATA-TGAAACAAATATTTTCTAACTAGACAAAAGGTCAAAATGATTTAAAATAT
251 AAGCTTGTATGA-ACT-AAA-AAATATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAG
* * ** * * * * * *
12010 ATAATTATTCTAATAGTTTTAACTATTTAAACTAGTTC-GACAAACATATATATTTTTTTAAATC
313 ATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAGTTCAG-TAAATAGATTTA-TTTTTTAAATC
* * * * *** *
12074 TTTTACTTATTAATTTTTGAATATTATTAAATTAGTAGTATTTTTAACCAAATAAGCTCTATG-A
376 TCTTACTTATTAATTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTAAATAAGCTTTATGAA
* * * * *
12138 TCAGAAACAATTG-TTTATGACAAAAC-AAAGATCTTAATGATTTGAGATTGATAACTACTCAAA
440 T-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTATTCAAA
* **
12201 TAGTCATAA-TTTTTGAACTGGTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
503 TAGTCATAACTATTTGAACTATTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTT
* * * *
12265 TTGAAATATTAATAAATTGATATTATTTTATTTTGAATAAGCATGTATGATAAAAAACAATTGTT
564 TTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGA-ATAAAACAATTGTT
** *
12330 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCATGTAGTC-TTACTATTT
628 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * ***
12394 GAA-ATGGTTAACA
693 GAACTTGTTTGGTA
* * * * * * * *
12407 ATTAGATTTA-TTTTTAATTTTCTTAGTTATTAAGTGTTGGAATATTATTAAATTA-TATTATTT
1 AATATATTTATTTTTTAAATCT-TTACTTATTAA-TTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTT
* * ** * * * * *
12470 TATTCTGAATAAAATAGTACGAAT-AGAACTAATTGTTTGATGACAAAATAAAA-GTTATAACAA
64 TATTTTGAAT-AAGTTTTATGAATGA-AAC-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGA
* * * * * *
12533 ATTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT-AAAACTATTTGAAATGGTTTGGTAAACA-ATTT-TTT
126 TTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG-AATTGTTTGATAAACAGATTTATTT
* * *
12595 TTTAAATCTCTTACTGATTAATTTTCTAAATATTAATAAAA
190 TTTAAATTTCTTACTTATTAATTTT-TGAATATTAATAAAA
12636 GGTTAGAATG
Statistics
Matches: 8636, Mismatches: 1654, Indels: 1300
0.75 0.14 0.11
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (706 bp):
AATATATTTATTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
TTTTGAATAAGTTTTATGAATGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGA
AATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAA
TTTCTTACTTATTAATTTTTGAATATTAATAAAATTATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTAT
GAACTAAAAAATATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
TAGTCATAATTATTTGAACTAGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
TTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAAATAAGCTTTATGAATAGAAACAATTGTTTT
ATGACAAAACAAAAGATCATAATATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
CTATTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATA
TTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAATAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTA
Found at i:2608 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 1539--12634 Score: 7058
Period size: 181 Copynumber: 62.2 Consensus size: 180
1529 ATTAATTTTC
* *
1539 CTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTAAATAAACTTGTATG-
1 CTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGA
* * * * * *
1602 ATGAAAAACAATTTTTTTTATAACAAAATAAAAGTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTTA
64 AT-AGAAACAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * * * **
1667 AAT-GGCTATAATTATTTGAAC-TGATTCAAGAAATTGATTTATTTTTTAAAT-TT
127 AATAGTC-ATAACTATTTGAACTTG-TTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTT
* * * * * * * * *
1720 CCAACTTCTCAATTTTTGAAATAGTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGGATAAG-TTTTATTG
1 -CTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTA-TG
* * * *
1784 AACT-GAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTGATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCA
63 AA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * *
1848 AATAGTCATAACTATTTGAA-TTCTTCAATAAATAGATTTATTTTTTAAAAT-TT
127 AATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTT
* * * * *
1901 CTTGCTTATTAATTTTCTGAATGTTAATAAAATTA-TATTATTTTATTTCAAATTAGCTTGTGTG
1 C-TACTTATTAATTTT-TGAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATG
*** * * * * * *
1965 AACTA-AAA-AA-AAATTTATGAC-AGA-AAAAGGTTAGAACGTTTTGAAATAGATAATTATTCT
63 AA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * * * * *
2025 AATAGTCTTAACTAGTAT-AACTAGTTC-AGCAAATACATTTA-TTTTTAAATC-T
127 AATAGTCATAACTA-TTTGAACTTGTTCGA-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTT
* * ** * *
2077 CTTACTTATTAATTTTTATAATATTATTAGTTTAGTATTATTTTACTTT-TAACAAGCTT-TCAT
1 C-TACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTCGAATAAGCTTGT-AT
* * * * * * * *
2140 GAATAGAAATAACTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCAT-ACTATTTGAGATAAATAATTATTGA
62 GAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* ** * * * *
2203 AATAGTCATAACTATTTAAACTCATTTGGTAAAAAGATTTAGTTTTTAAATC-T
127 AATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTT
* * ** *
2256 CT--TT-TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAATTTTGTAAGAA
1 CTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA
** * * ** * *
2318 TA-AAACAATTGTTTTACAACAAAATAAAATGTCATAATAATTTGAAATAGATTATAGTTCAAAT
65 TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * ** * * *
2382 GGGCATGGCTATTTGAACTTGTTCGGTAAATATATTTATTTTTTAAATCTT
130 AGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTT
* * *
2433 CAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAA
1 CTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA
* * * * *
2498 TAGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAGCGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAAT
65 TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * *
2563 AGTCATAACTATTTGAACTCGCTCGTTAAACATATTTACTTTTTAAATCTT
130 AGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTT
* * * * * *
2614 -TCACTTATTAATTTTTAAAATTTTAATAAATTAATATTATTTT-TATTCTAAATAAGTTTTTAT
1 CT-ACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTC-GAATAAGCTTGTAT
* * * ** **
2677 GAACAAAAACAATTAG-TTTATGACGAAACAAAAAATCATATA--ATTCAAAATAGATAATTGTT
62 GAATAGAAACAATT-GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA-ACGATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * *
2739 TAAATAATCATAATTATTTGAACGTGTTCAGA-AAAC------A--TTTT---T-TT
125 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC-GATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTT
* * * *
2783 C-A--TATTAATTTCTAGAATATTAATAAATTTA-AATTATTTTA-TTCAAAATAAGCTTGCATG
1 CTACTTATTAATTT-TTGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATG
* * * * * * * *
2843 AACA-AAACCAATTGTTTTGTGGCAAAACAAAGGGTCATAA-TATTTTAAAATAGATAACTGTTT
63 AATAGAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGA-TTTGAAATAGATAATTGTTC
* * * **
2906 AGATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGATAAACATATTCT-TTTTTTAGTTC-T
126 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATT-TATTTTTTAAATCTT
* * * * * * * *
2960 CTTAGTCATTAATTTTTGGTAATATTAATAAATTAATAATGTTTTACTTTCAAATAAACTTATAT
1 C-TACTTATTAATTTTT-G-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTCGAATAAGCTTGTAT
* * * * * *
3025 GAA-ACTGAAACAATTGTTTTATTACAAAAGAAAAGGTCATAATGACTTGCAATAGATAATTATT
62 GAATA--GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * * * * *
3089 CAAATAGTCATGATTATTCGAACTTGTTTGATAAACATATTTATTTTTAAAATTTT
125 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTT
* * * * *
3145 TTACTTATTAATTATTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATAT-GAATAAACTTGTATGA
1 CTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTCGAATAAGCTTGTATGA
* * * * * * *
3209 ACATAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGG-CATAACAAGTTGAAATAAATAATTGCATC-
64 ATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTG-TTCA
* * * * * * * *
3272 AGTAGTCATAACAAATTGAATTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATTTT
127 AATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTT
* * * * * *
3326 TTACATTTTTAACTGTCTT-AATATTAATAAATTTG-ATTTATATTATTT-GAAATAAGATTGTT
1 CTAC-TTATTAA-T-TTTTGAATATTAATAAATTAGTA-TTATTTTATTTCG-AAT-A-A--GCT
* * ** *
3388 TGTATGAATAGATAA-AATTCTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGTGATTTCAAATAGATAAT
57 TGTATGAATAGA-AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAAT
* * * *
3452 TGTT-AAACAGTCATAATTATTT-AAGCTTTTTC-AGTAAACAGATTCATATTTTTAAAT-TT
121 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTTGTTCGA-TAAACAGATTTAT-TTTTTAAATCTT
** * * * * *
3511 CTTTTTTATTAATTTTTGGATTACTAATAAATTAGCATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGA
1 C-TACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGA
* * * * * * *
3576 ACT-GAAACATTTCTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAACAATTATTCAA
64 A-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
* * * * * * * *
3640 AAAATCATGATTATTTGATCTAGTT-TAGTAAACATATTT-TTTTTTAAAT-TT
128 ATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTT
* ** * * *
3691 -TACTTATCAATTGCTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCGAATAAGC--ATAT--A
1 CTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA
* * ** * * *
3751 T-G-AACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAAGTTGTAATGATTTGAAAAAAATAATTGTTCAAAT
65 TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * ** * *
3814 AGTCAAAACTATTTGAACTAGTTTAATAAATAAATTT-TTTTTTAAA---T
130 AGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTT
* * * * * *
3861 CT-CTTATTAATATTTGAAATATTAATAGATTAGTATTACTTTATTT-GAACAAACTTATATGAA
1 CTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA
* * * *
3924 CAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
65 TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * * * *
3989 AATCATAATTATTTGAACTAGTTAGGTAAATAGAATTATTTTTTAAATC-T
130 AGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTT
* * * * *
4039 CTTATGTTATTAATTTCTGACAAATATTAA-ATAATTCA-TTTTATTTTATTCCCAATAAAGCTA
1 C-TA-CTTATTAATTTTTG---AATATTAATA-AATT-AGTATTATTTTATTTCGAAT-AAGCT-
* * * *
4102 T-TATGATTA-AATTATTAAACTT-ATTTATGACAAAACAAAATGGCTCATAAATGA-TTGAAAT
57 TGTATGAATAGAA--A--CAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAA-GG-TCAT-AACGATTTGAAAT
* * * * * *
4163 AGATAATTGTTCATATAGTCTTCAAATATTTTGAACTAGTTCGACAAACCAAATTTATTTTTT-A
114 AGATAATTGTTCAAATAGTCAT-AACTA-TTTGAACTTGTTCGATAAA-CAGATTTATTTTTTAA
4227 A---T
176 ATCTT
* * *
4229 -T-CTTATTAATTTTTGAAAATATTATTAGATTAGTATTATTTTATTTCAAAATAAGCTTGTATG
1 CTACTTATTAATTTTTG--AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATG
* * * * * ** * * ** *
4292 CCACAAAAATAATTGTTTTATGAC-AAACAACAAGATTTTAACACACATTTGAAGTTTACAATTG
63 -AATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA-AAGGTCAT-A-AC-GATTTGAAATAGATAATTG
* * ** * * * * *
4356 TTCAAACTCGTTATTGGCTATTTGAACTAG-ACTAGTAAACAGACTGTTAGTTTTTAAAAC-T
123 TTCAAA-TAGTCA-TAACTATTTGAACTTGTTCGA-TAAACAGA-T-TTATTTTTTAAATCTT
* * * ** *
4417 CTTACTTATTAAATTTTGAAAGATTAAT-AATTAGTATTATTGTCTATTTTGAAATAAAATTGAA
1 C-TACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATT-T-TATTTCG-AATAAGCTTGTA
* * * * *
4481 TG-TTCA-AACACAAATTGGTTATACTCGAACAAAA-AAAAGGTAATCACATATTTGAAAATAGA
61 TGAAT-AGAA-AC-AATT-GTTTTA-T-G-ACAAAACAAAAGGTCATAAC-GATTTG-AAATAGA
* * * * * *
4543 AAATTGTT-AGACATAGCCATAATTATTTGAAC-TGATTCGATAAACAGATTCACTTATTAAATA
117 TAATTGTTCA-A-ATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAAT-
4606 AC-T
178 -CTT
*
4609 -TACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAATAAGCTTCTATGAA
1 CTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA
* * * * * * * * *
4672 CT-GAAACAATTGATTTATGATAAAACAAATGGTCATACCAATTTCAAAGAGATAATTATTCATA
65 -TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * * ** *
4736 TAGTCTTAACTGTTTGAAC-TGTTTGGCAAGCAGATTTA-TTTTTAAATC-T
129 TAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTT
* * * * * *
4785 CTTAGTTATTAGTTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGA
1 C-TACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGA
** ** * * * * * *
4850 ACT-GAAACAATAATTTTACAATAGAACAAAAGGTTATAACAATTTAAAATAGATAATTGTCCAA
64 A-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
* * * * *
4914 ATAG---GAAC----CG-A----TTC-AGTAAACAAATTTATTTTTTAGATCTC
128 ATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTT
* * * * * *
4955 CTTCTTATTAATTTTTGAAATTTTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAGGCTTGTATG-A
1 CTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA
* * * ** *
5019 TGAAAAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGCTTGTAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
65 T-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* ** *
5084 T-GTCCATAATTATTTGAAC-----C-A-ATTC-GATGTATTTTTTAAATC-T
129 TAGT-CATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTT
* * ** * * * *
5127 CTAATATATCAAAATTTGAAGTATTAATAAAGTAATATTATTTTA-TTCTAGATAAGCTTTTATG
1 CTACT-TATTAATTTTTGAA-TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGA-ATAAGCTTGTATG
* * *** *
5191 AATTGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATATTTATTTTAAATAGATAATTGTTCAA
63 AATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
* * *
5256 ATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGAAAAATAAATTTATTTTTTAAAAT-TT
128 ATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTT
* ** * ** ** * *
5309 GTTGTTTATTAATTTTCTAAATGCTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCATGTATAA
1 -CTACTTATTAATTTT-TGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGA
* * * * ** * *
5374 ACT-GAAA-ATACTATTTTATGAC-AAGCAAAAGGTCAAAAAAATTTGAAATAAATAATTGTTCT
64 A-TAGAAACA-ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * * ** *
5436 AATATTCTTAACTATTTGAA-TTGGTTTGGCAAACACATTTATTTTTTAAA---T
127 AATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTT
* * * * * *
5487 CT-CTTATTAATTTTTAGAATATTATTAATTTA-TCAATATTTTACTCCAAATAAGCTTGTATGA
1 CTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGT-ATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGA
* * * * *
5550 ACAAAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAATA--TCATAACAATTTGAGATAGATAATTGTTCAA
64 ATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
* * * * * * *
5613 AAAATCATAATTATTTGAA-TTGGTTCGATATACAGATTCAGTTTTTAAAAC-T
128 ATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTT
* * **
5665 -T--TTATTAATTTTTGAAATACTAATAAATTAGAATTATTTTATTT-GAATAATTTTGTATGAA
1 CTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA
* * * * *
5726 TAGAAACAATTGTTTTACGATAAAACAAAA--TCATAACAATTTGATATAGATAATAGTTCAAAT
65 TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * *
5789 GGAT-ATGACTATTTGAGCTTGTTCG-GAAACAAATTTATTTTTTAAATC-T
130 AG-TCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTT
* * *
5838 CAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAA
1 CTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA
* * * * * * * * * *
5903 TAGAAACAATTGCTTTATAATAAAACAGAAGATTATAATGATTTGAAATAAATAGTTGTTTAAAT
65 TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
*
5968 AGTCATAACTATTTGAA-TTCGTTC-AGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTT
130 AGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCGA-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTT
* * * * *
6019 TTACTTATTAATTTTTGGAATTTTAATAAGTTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTTTATGAA
1 CTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA
* * * *
6084 TAGAAAC-ATTGGTTTATGACCAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGAAAATTGTTCAAAT
65 TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
** * * * *
6148 AGTCATAACTATTTGAAAGTGTTCAAAAAATATATTTA-TTTTTAAAT-TT
130 AGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTT
* * ** * *
6197 TTACTTATTAATTTTTGAAATATCAATAAATTTTTATTATTTTA-TACGAAATAAGCTTGCATGA
1 CTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTGTATGA
* * * * * * * * * *
6261 GTAGAACCAAATGTTTTATGAGAAAACAAAATGTCATAATGTTTTAAAACAGATAATTGTTCAGA
64 ATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * * *
6326 TAGTCATAACTATTTGAACATGTTCGGT-AACAAGATTCATTTTTTAATTC-T
129 TAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAAC-AGATTTATTTTTTAAATCTT
* * * * * *
6377 CTTTCTCATTAATTTCTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATAA
1 C-TACTTATTAATTT-TTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGA
* * * ** *
6442 ACTA-AAACAATTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTCACAATGATTTGAAATAGATAATAATTCAT
64 A-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
* * * *
6506 ATAGTCATAACTTTTTGAACATGTTCGGT-AACAAGATTCT-TTTTTTAATTC-T
128 ATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAAC-AGATT-TATTTTTTAAATCTT
* * * * * *
6558 CTTTCTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGTTTATATGA
1 C-TACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGA
* * * * *
6623 ACT-GAAACAATTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTTACAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAA
64 A-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
* * * * ** * *
6687 ATAGTTATGACTAGTTGAACTTGTTTGGGAAACATATATTATTTTTTAAATGTT
128 ATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGAT-TTATTTTTTAAATCTT
*** * * * * * * *
6741 CTAC-TATTAATTGTCAAAATATTAAAAAAATA--AATATTTTGTGAATCAGAATAAACATGTAT
1 CTACTTATTAATT-TTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT--TTC-GAATAAGCTTGTAT
* * * * * * *
6803 G-ATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATACCAATTTCAAATAAATAATTTTTCA
62 GAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCA
** *
6867 AATAGTCATAAAGATTTGAAATTGTTCGAT-AACTAGATTTATTTTTTAAATCTT
127 AATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAAC-AGATTTATTTTTTAAATCTT
* * * *
6921 TTACTTATTAATTGTCTT-AATATTAATAAATTTGTATTATTTTA-TTCAAAATAAACTTGTATG
1 CTACTTATTAATT-T-TTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATG
* ** ** *** **
6984 AACAGAAA-AATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTTTTAGTAATTTCG-AATAGATAATTGTAGA
63 AATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTT-GAAATAGATAATTGTTCA
* * * ** * *
7047 AATAGTCAAAATTATTTAAACTTGTTTAACAAACAGATTCATTTTTTAAATC-T
127 AATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTT
* * * * * **
7100 CTTAATTATTAATTTTCAT-AATATTAATAACTTAATATTATTTTATTTTGAATAAACTTACATG
1 C-TACTTATTAATTTT--TGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATG
* * * * * *
7164 AATTGAAATAATT-TTTTAAGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCCA
63 AATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTT-CA
* * * * * *
7228 AATAGTTATGACTATTTGATCTAGTTC-AGTAAACATATTTACTTTTTAAAT-TAAT
127 AATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCT--T
* *** * **
7283 -TACTTATCAATTGTCAAAATATTAATAAATTAG----------TTT-GAATAAACTTACATGAA
1 CTACTTATTAATT-TTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA
* * * * * * *
7336 TTGAAATAATT-TTTTAAGATAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCCAAA
65 TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTT-CAAA
* * * * * *
7400 TAGTCATGACTATTTGATCTAGTT-TAGTAAACATATTTACTTTTTAAAT-TAAT
129 TAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCT--T
* * ** * *
7453 -TACTTATCAATTGTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAACTGGAATAAGCTTGTACGAA
1 CTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA
* * * * *
7517 TAGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAAAGATTTG-AATAAATAATTGCTCAAAT
65 TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * *
7581 AGTCAAAACTATTTGAACTATTTGAACTTGTTTGATAAATAGATTTAATTTTTAAA---T
130 AGT-----C-A--T-AACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTT
* * * * * *
7638 CT-CTTATTAATTTTTGAGATATTATTAAATTAATATTACTTTATTTTGAACACA-CTTATATGA
1 CTACTTATTAATTTTTGA-ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATA-AGCTTGTATGA
* * * * *
7701 ACA-AAAAAATTTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
64 ATAGAAACAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
* * * * * *
7765 ATAATCATAATTATTTGAACTGGTTAGGTAAACA-ACATTATTTTTTAAATC-T
128 ATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGA-TTTATTTTTTAAATCTT
* * * *
7817 CTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCA-TTTTTTTTTATTTCAAATAAGCTAGTATG
1 C-TACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATG
** * *
7881 AATTCAAAAAACTTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATT-TTCA
63 AATAGAAACAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * * * *
7945 TATAGTCTTTAAATATTTAAACTAGTTCAGCA-AAA-A-ATTTATTTTTT-AAT-TT
127 AATAGTC-ATAACTATTTGAACTTGTTC-G-ATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTT
* * * * * *
7997 TTAGTTATTAATTTTTGGAATATTATTAGATTAGTATTATTTTA-TTCTAA-AAACTTGTATGAA
1 CTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA
* * * * * * * * *
8060 CA-AAATAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAGT-TACAATTGTT-AAAT
65 TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* *
8122 AGTCAT-A-TATTTGAACTAGTTC-AGTAAACAAATTTATTTTTTAAA---T
130 AGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTT
* * *
8168 CT-CTTGTTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCGAATAAGC-TGAATG-A
1 CTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA
* * * * ** * *
8229 TGAAAAACAATTGTTATATGAC--TACAAAAGGCCATAA-TTTTTAGTAAACAAATAATTGTTCA
65 T-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTT-G-AAATAGATAATTGTTCA
* * * * ** * * * * *
8291 TATAGTCTTAATTGTTTGAAC-TGTTTTAGCAAA-TGGTTT-TTTTTTGAATCTC
127 AATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTT
* * ** * * * * *
8343 CT-GTTATCAATTTTCAAAATAATATTAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAA
1 CTACTTATTAATTTT-TGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA
* * * *
8407 CTA-AAACAATTATTTTAT-A-ATGAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
65 -TAGAAACAATTGTTTTATGACA-AAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
* * * *
8469 ATAG--A-AAC----T--A---GTTC-AGTAAACAAAATTATTTTTTAAACCTC
128 ATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTT
* * *
8510 CTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTGTTTTATTTTGAATAGGCTTGTATG-A
1 CTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA
* * * ** * * *
8573 TGAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTTGTAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAG
65 T-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
** * * *** * * *
8638 TAACCATAATTATTTAAACCAATTTGATAAACTGACTTTTTTTTTTTAAATCTT
129 TAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGA--TTTATTTTTTAAATCTT
** * * *
8692 -TAACTTATTGGTTTTTGAAATATTAA-AAAGTAATATTATTTTATTTC-AGATAAGCTTTTATG
1 CT-ACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGA-ATAAGCTTGTATG
* * * *** *
8754 AATA-AGACTATTG--TTATGATAAAACAAAAGGTCATATTTATTCT-AAATAGATAATTGTTTA
63 AATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATT-TGAAATAGATAATTGTTCA
* * * ** *
8815 AATAGTTATGACAATTTGAACTTGTTTAATAAACATATTTATTTTTTTAAAT-TT
127 AATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTT
** * * *
8869 CTTGTTTATTAATTTTTTGAATGTTAA-AAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCATGTATGA
1 C-TACTTATTAA-TTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGA
* * * *
8933 ACTA-AAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGAT-A-AGACAATTTGAAATAGATAATTGTTCA
64 A-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA-ACGATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* *
8995 AATAGTCTTAACTATTTGAA-TTAGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCCCTT
127 AATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAAT--CTT
* * * * * * *
9051 -T-CTT-TT--TTTTAGAATATTATTAATTTAGCAATATTTTA-CTCTGAATAAGTTTGTATGAA
1 CTACTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAA
* * * * *
9110 TAGAAGCAATTGTTTTATTACAAAA-TAAAGATCATAACGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAAT
65 TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * * * *
9174 AGCCATAAGTATTTGAACTGGTTCAATAAATAGATTTAATTCTTAAA---T
130 AGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTT
* * **
9222 CT-CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTAAATAATTTTGTATGA
1 CTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGA
** * * **
9285 ATAGAAACAATCATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATAATTCAAA
64 ATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * * * *
9350 TAGACATGACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC
129 TAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTT
* * * **
9402 CAACCTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAAATTGTATGAA
1 CTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA
* *
9467 TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAA----AT---GATTTGAAATAAATAATTGTTCAAAG
65 TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * * *
9524 GGTCATAACTATTTGAACTCGCTGGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTT
130 AGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTT
* * * * *
9575 TTACTTATTAATTTTTGGAATTTTAATAAATTCGTATTATTTT-TTTCTATATAAGCTTTTATGA
1 CTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGA-ATAAGCTTGTATGA
* * * *
9639 ATAGAAACAATTGGTTTATGACAAAATAAAACGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
64 ATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * * * *
9704 TAGTTATAACTATTTGAACGTGTTTAGA-AAACATATTTATTTTTAAAAT-TT
129 TAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTT
* * * * *
9755 TTACTTATTAACTATTAGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTT-GAAATAAACTTGCATG
1 CTACTTATTAA-TTTTTGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTGTATG
* * * * * *
9818 AACA-AAACCAATTTTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGTTTTGAAATAGATAATTATTCA
63 AATAGAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * * *
9882 GATAGTCATAACTATTTGAA-TATGTTTCG-TAAATAGATTAATTTTTTAATTC-T
127 AATAGTCATAACTATTTGAACT-TG-TTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTT
* * * *
9935 CTTACTCATTAATTTTTATAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGA
1 C-TACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGA
* * * * *
10000 ACT-GAAAAACATT-TTTTAT---TAAA-AAAAGGTCACAATGATTTGAAATA-ATTAATTATTC
64 A-TAGAAACA-ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGA-TAATTGTTC
* * * * * * * * *
10058 AAATACTTATGACTAATTAAACTTGTTCAATAAAAATATTTATTTTTTCAATCTT
126 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTT
* ** * * *
10113 TTACTTATT-ATTTGTCAAAATATTAATAAATTAATATT-TTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGA
1 CTACTTATTAATTT-T-TGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGA
** *
10176 ATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAA
64 ATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
** * * * *
10241 TAGTCATAAAGATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTCAGATCTT
129 TAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTT
* * *
10293 TTACTTATTAATTGTCTT-AATATTAATAAATTTA-TATTATTTTA-TTCAAAATAAGTTTGTAT
1 CTACTTATTAATT-T-TTGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTAT
* ** * * * * *
10355 GAATAGAAAAAAATCATTTTATGACAAAAAAAAAGGTAATAGCGATTTCAAATAGATTATT-TTC
62 GAATAG-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * * * *
10419 AAATAGTCATAATTATTTAAACTTATTC-ATTAAATAGATTTATTTTTTAAAT-AT
126 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTT
* * *
10473 CTTAATTATTAATTTTTAGAATATTAATAACTTAGTATTA-TTTATTTCGAATAAGCTTATATGA
1 C-TACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGA
** * *
10537 ACT-GAAATGATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAA
64 A-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
* * * * * * *
10601 ATAGTCATGACTATTTGATCTAGTTTCGATAAGCATATTTATTTTTAAAATTTT
128 ATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTT
* * * * * * * *
10655 TTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAAATGGAATTTTTTTA-ATCGAATAAGCGTGTATGAA
1 CTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA
* * * * * * *
10719 -AAAAACTATTGTTTTATAATAGAAA-AAAAAGTCATAAC-ATTTGAAATAAATAATT-CTCAAA
65 TAGAAACAATTGTTTTATGACA-AAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * *
10780 TAGTCATAACTATTTAAAC-TGATTTGATGAACAGATTTATTTTTTAAA---T
129 TAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTT
* * * * *
10829 CT--TTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTCTTTTATTT-GAACAAACTTATATGAA
1 CTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA
* * * * * * *
10891 CAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAGAAGG-CATAGCTATTTGAAAAAGATAATTGTTCAAAT
65 TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * * * *
10955 AGTCATAATTATTTGAAC-TATTAGGTAAATAGAATTATTTTTTAAA-CCT
130 AGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTT
* * * * * * * *
11004 CTTACATATTAATTTTTTAGTATGAATAAATTCA-TTTTATTTTATTTTGAATAAG-TTATGTGA
1 C-TACTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGA
* * * ** *
11067 ATTGAAA-ATTTTGTTTTATGAC--AA-AAAA----AT---GATTTGAAATAAATAACGGTTCAT
64 ATAGAAACA-ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
* * * * *
11121 ATAGTCTTAACTATTTAAACTAT-TTAG-CAAACAAATTTATTTTTTTAAATC-T
128 ATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTCGATAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTT
* ** * *
11173 CTAGTTATTAATTTTTGGAATATTTTTATATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA
1 CTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA
* * * * * * * * * *
11238 CAGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACTATTTGAAGTATACAACTATTCAAAT
65 TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * *
11303 AGTCATAATTATTT-AAATTGGTT-TAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATC-T
130 AGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCGA-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTT
* * * * *
11353 CTTACTTATTAATTTTTGAGAGATTAATAAAATACTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTAT-A
1 C-TACTTATTAATTTTTGA-ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGA
* * * * *
11417 ATAAAAAACAATTGTTATATGACCAAACAAAAGGT-AGTAACAATTTGAAATAGATAATTGTTGA
64 AT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA-TAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * * * * * * * * *
11481 AATGGCCACAATTATTTGAGC-TGATTTGGTAAACCGATTTACTTTTTAAATC-A
127 AATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTT
*
11534 CTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGA
1 C-TACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGA
* * * * *
11599 ATTGAAACAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGACAATTGTTTAAA
64 ATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
** * * *
11663 TAGTTGTAACTATTTGAATTTGTTTGGTAAACTA-ATTTATTTTTTTAAA-C-T
129 TAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAAC-AGATTTA-TTTTTTAAATCTT
* * * * *
11714 CTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGA
1 C-TACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGA
* * *
11779 ACT-GAAACAATTGTTTTAT-ATCAAAACAAAAGATCATAACGATTTTAAATAAATAATTGTTCA
64 A-TAGAAACAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* *
11842 AATAGTCATCACTATTTGAA-TTTTTCGATAAACAGATTTATTTTTTCAAATCTT
127 AATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTT
* * * * * * * *
11896 TTCCTTATTAATTTTTCAAAATTAAT-AATTTGGATTATTTTATTTCGAATAAGATTGTAAG-AT
1 CTACTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAT
* * * * * * * * * * * *
11959 ATGAAACAAATATTTTCTAACTAGACAAAAGGTCAAAATGATTTAAAATATATAATTATTCTAAT
66 A-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
** * * * * *
12024 AGTTTTAACTATTTAAACTAGTTCGACAAACATATATATTTTTTTAAATCTT
130 AGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTT
* * * ** * *
12076 TTACTTATTAATTTTTGAATATTATTAAATTAGTAGTATTTT-TAACCAAATAAGC-TCTATG-A
1 CTACTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTCGAATAAGCTTGTATGAA
* * * * * * **
12138 TCAGAAACAATTG-TTTATGACAAAAC-AAAGATCTTAATGATTTGAGATTGATAACTACTCAAA
65 T-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * *
12201 TAGTCATAA-TTTTTGAACTGGTT-GGTAAACAGATTTATTTTTTAAATC-T
129 TAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTT
* *
12250 CTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-GATATTATTTTATTTTGAATAAGCATGTATG
1 C-TACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAG-TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATG
* *
12314 -ATAAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCA
63 AAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCA
** * * * * * ** *
12378 TGTAGTC-TTACTATTTGAAATGGTT-AACAATTAGATTTA-TTTTT-AATTTT
127 AATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTT
* * * * ** * *
12428 CTTAGTTATTAAGTGTTGGAATATTATTAAATTA-TATTATTTTA-TTCTGAATAAAATAGTACG
1 C-TACTTATTAA-TTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATG
* * * * * *
12491 AATAG-AACTAATTGTTTGATGACAAAATAAAA-GTTATAACAAATTGAAATAGATAATTATTCA
63 AATAGAAAC-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * * * *
12554 AATAGT-AAAACTATTTGAAATGGTTTGGTAAACA-ATTT-TTTTTTAAATC-T
127 AATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTT
* *
12604 CTTACTGATTAATTTTCTAAATATTAATAAA
1 C-TACTTATTAATTTT-TGAATATTAATAAA
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AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
GTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTT
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2609 ATCTTTCACT
* * * * **
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* *
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*
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*
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* * * *** * * * *
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129 TCATAACTATTTGAAC
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AACAATTAGTTTATGACAAAACAAAAAATCATAATAATTCAAAATAGATAACTGTTTAAATAATC
ATAACTATTTGAACGTGTTCAGAAAACATTTTTTTCA
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2775 ATTTTTTTCA
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* * * * * * * *
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* * * ** * * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * * * *
3150 TATTAATTATTGA-AATATTAATAAATTAATATTATTTTAATATGAATAAACTTGTATGAACAT-
1 TATTAATT-TTGATAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA-TTG
* * * * * *
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* * * * * * * *
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127 GTCATAACTATTTGAAATTGTTCGAT-AACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTAC-TTATTAA-T-
* * * * * *
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188 TTTTGAATATTAATAAATTAGTA-TTATTTTA-TTCAAAT-A-A--GCTTGTATGAACAGA-AAC
* * * * *
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246 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * **
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* * * *
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* * * * * * * * *
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64 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * ** * * * * **
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129 CATAACTATTTGAAATTGTTCGA-T-AACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT
* * * *
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192 G-AATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTT
* * ** * * *
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255 ATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * *
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320 ACTTGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACT
* * * * * * ***
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1 TATTAATTTTGATAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTGAA
* * *
3929 ACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCA
66 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * * * * * * * *
3994 TAATTATTTGAACTAGTTAGGTAAATAGAATTATTTTTTAAATCTCTTATGTTATTAATTTCTGA
131 TAACTATTTGAAATTGTTCGAT-AACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTA-CTTATTAATTTTTG-
* * * *
4059 CAAATATTAA-ATAATTCA-TTTTATTTTATTCCCAATAAAGCTAT-TATGATTAAATTATTAA-
193 --AATATTAATA-AATT-AGTATTATTTTATT-CAAAT-AAGCT-TGTATGA--ACA-GA--AAC
* * *
4120 ACTT-ATTTATGACAAAACAAAATGGCTCATAAATGA-TTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTC
246 AATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GG-TCAT-AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * * * *
4183 TTCAAATATTTTGAACTAG-TTCGACAAACCAAATTTATTTTTT-AAT-TCTTA-T
308 AT-AACTA-TTTGAACTTGTTTAG-TAAA-CAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACT
* * * * ** * ***
4235 TA--ATTTTTGAAAATATTATTAGATTAGTATTATTTTATTTCAAAATAAGCTTGTATGCCACAA
1 TATTAATTTTGATAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-TGAATAAGCTTGTATG-AATTG
* * ** * * ** *
4298 AAATAATTGTTTTATGAC-AAACAACAAGATTTTAACACACATTTGAAGTTTACAATTGTTCAAA
64 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAA-AAGGTCAT-A-AC-GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * ** * * * * * * *
4362 CTCGTTATTGGCTATTTGAACTAG-ACTAGTAAACAGACTGTTAGTTTTTAAAACTCTTACTTAT
125 -TAGTCA-TAACTATTTGAAATTGTTCGA-T-AACAGA-T-TTATTTTTTAAATCTTTTACTTAT
* * * ** * **
4426 TAAATTTTGAAAGATTAAT-AATTAGTATTATTGTCTATTTTGAAATAAAATTGAATGTTCA-AA
184 TAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATT-T-TA--TTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAA
* * *
4489 CACAAATTGGTTATACTCGAACAAAA-AAAAGGTAATCACAT-ATTTGAAAATAGAAAATTGTT-
244 -AC-AATT-GTTTTA-T-G-ACAAAACAAAAGGTCAT-A-ATGATTTG-AAATAGATAATTGTTC
* * * * * * * **
4551 AGACATAGCCATAATTATTTGAAC-TGATTCGATAAACAGATTCACTTATTAAATAACTTACT
300 A-A-ATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAG-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACT
* * * *
4613 TATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTCTATGAACTGAA
1 TATTAATTTTGATAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTGAA
* * * * * * * * * *
4677 ACAATTGATTTATGATAAAACAAATGGTCATACCAATTTCAAAGAGATAATTATTCATATAGTCT
66 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * ** * * *
4742 TAACTGTTTG-AACTGTTTGGCAAGCAGATTTA-TTTTTAAATCTCTTAGTTATTAGTTTTTGGA
131 TAACTATTTGAAATTGTTCGATAA-CAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-GA
* * * ** **
4805 ATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATAATTTTACA
194 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-CAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATG
* * * ** * * * *
4870 ATAGAACAAAAGGTTATAACAATTTAAAATAGATAATTGTCCAAATAG---GAAC----CG-A--
258 ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * *
4925 --TTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAGATCTCCTT-CT
323 TGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCT-CTTACT
* * *** *
4960 TATTAATTTTTGA-AATTTTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAGGCTTGTATG-A-TGA
1 TATTAA-TTTTGATAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTG-
* * ** *
5022 AAAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGCTTGTAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-G
64 -AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * * * **
5086 TCCATAATTATTTG-AA----CCAAT-TC-GATGTATTTTTTAAATC-TCTAATATATCAAAATT
128 T-CATAACTATTTGAAATTGTTCGATAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACT-TATTAATTTT
* * * * **
5143 TGAAGTATTAATAAAGTAATATTATTTTATTCTAGATAAGCTTTTATGAATTGAAACAATTGTTT
191 TGAA-TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC-AAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTT
* * * *
5208 TATGATAAAACAAAAGGTCATATTTATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
254 TATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * * * * * **
5273 AACTTG-TTCGAAAAATAAATTTATTTTTTAAAATTTGTTGTT
319 AACTTGTTTAG-TAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACT
* * * * *
5315 TATTAATTTT-CTAA-ATGCTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCATGTATAAACTG
1 TATTAATTTTGATAATAT--TAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTG
* * * * ** * * *
5378 AAA-ATACTATTTTATGAC-AAGCAAAAGGTCAAAAAAATTTGAAATAAATAATTGTTCTAATAT
64 AAACA-ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * *
5441 TCTTAACTATTTG-AATTGGTTTGGCA-AACACATTTATTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTT
128 TCATAACTATTTGAAATT-G-TTCG-ATAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTT
* * * * * *
5500 TTAGAATATTATTAATTTA-TCAATATTTTACTCCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGC
190 TT-GAATATTAATAAATTAGT-ATTATTTTA-TTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGT
** * * * *
5564 TTTATGACAAAACAAATA--TCATAACAATTTGAGATAGATAATTGTTCAAAAAATCATAATTAT
252 TTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* * * * * *
5627 TTGAA-TTGGTTCGATATACAGATTCAGTTTTTAAA--ACTT--T
316 TTGAACTTGTTTAG-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACT
* * ** *
5667 TATTAATTTTTGA-AATACTAATAAATTAGAATTATTTTA-TTTGAATAATTTTGTATGAATAGA
1 TATTAA-TTTTGATAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTGA
* * * * * *
5730 AACAATTGTTTTACGATAAAACAAAA--TCATAACAATTTGATATAGATAATAGTTCAAATGGAT
65 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-T
* ** * **
5793 -ATGACTATTTGAGCTTGTTCGGA-AACAAATTTATTTTTTAAATC-TCAACTTATTAATTTTTA
129 CATAACTATTTGAAATTGTTC-GATAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-
* * *
5855 GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGCTTTA
192 GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTA
* * * * * * * *
5920 TAATAAAACAGAAGATTATAATGATTTGAAATAAATAGTTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAA
256 TGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * *
5985 -TTCGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACT
321 CTT-GTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACT
* * * ** * *
6024 TATTAATTTTTG-GAATTTTAATAAGTTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTTTATGAATAGA
1 TATTAA-TTTTGATAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTGA
* * * *
6088 AAC-ATTGGTTTATGACCAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGAAAATTGTTCAAATAGTC
65 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * * *
6152 ATAACTATTTGAAAGTGTTCAAAAAATATATTTA-TTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGA
130 ATAACTATTTGAAATTGTTC-GATAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG-
* ** * * ** * *
6215 AATATCAATAAATTTTTATTATTTTATACGAAATAAGCTTGCATGAGTAGAACCAAATGTTTTAT
193 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC-AAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTAT
* * * * * *
6280 GAGAAAACAAAATGTCATAATGTTTTAAAACAGATAATTGTTCAGATAGTCATAACTATTTGAAC
257 GACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* ** * * *
6345 ATGTTCGGT-AACAAGATTCATTTTTTAATTCTCTTTCT
322 TTGTTTAGTAAAC-AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACT
* * ** * * * *
6383 CATTAATTTCTG-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATAAACTAA
1 TATTAATTT-TGATAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTGA
* * * ** *
6447 AACAATTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTCACAATGATTTGAAATAGATAATAATTCATATAGTC
65 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * *
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* * * *
6574 TGGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGTTTATATGAACTGAAACAATTGTTT
191 T-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTT
* * * * * * *
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254 TATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * * *
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319 AACTTGTTTAGTAAACAGAT-TTATTTTTTAAATCTCT-TACT
* * * * * * * * ** * * *
6745 TATTAATTGTCAAAATATTAAAAAAATAAATATT-TTGTGAATCAGAATAAACATGTATG-ATAG
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* * * * * * *
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**
6873 CATAAAGATTTGAAATTGTTCGATAACTAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCT
129 CATAACTATTTGAAATTGTTCGATAAC-AGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-T-T
* * **
6938 T-AATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTCAAAATAAACTTGTATGAACAGAAA-AATCATTTT
191 TGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC-AAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTT
** * * ** * * *
7001 ATGACAAAACAAAAGGTTTTAGTAATTTCG-AATAGATAATTGTAGAAATAGTCAAAATTATTTA
255 ATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTT-GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
** * *
7065 AACTTGTTTAACAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTAAT
319 AACTTGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACT
* * * * **
7106 TATTAATTTTCATAATATTAATAACTTAATATTATTTTATTTTGAATAAACTTACATGAATTGAA
1 TATTAATTTTGATAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTGAA
* * * * * *
7171 ATAATT-TTTTAAGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCCAAATAGTT
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* ** * * * * * *
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** ** ** *
7298 AAAATATTAATAAATTAGT-TTGA----A-T---A-AA-CTTACATGAATTGAAATAATT-TTTT
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* * * * *
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* * * * *
7416 ATCTAGTTTAGTAAACATATTTACTTTTTAAAT-TAATTACT
319 AACTTGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCT-CTTACT
* ** * * *
7457 TATCAATTGTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAACTGGAATAAGCTTGTACGAATAGA
1 TATTAATT-TTGATAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTGA
* * * * *
7521 AACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAAAGATTTG-AATAAATAATTGCTCAAATAGTC
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* * * *
7585 AAAACTATTTGAACTATTTGAACTTGTTTGATAAATAGATTTAATTTTTAAATC---T-CTTATT
129 ----C-A--T-AACTATTTGAAATTGTTCGAT-AACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT
* * * ** * * *
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* * *
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* * *
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* * ** * *
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* * * * *
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* * *
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189 TTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC-AAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGT
* * * ** * * *
8072 TTTATGATAGAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAGT-TACAATTGTT-AAATAGTCAT-A-TATT
252 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * * *
8133 TGAACTAGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTT-GT
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* * * *
8175 TA--ATTTTTGA-AAGATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCGAATAAGC-TGAATG-A-TGAA
1 TATTAATTTTGATAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTG--
* * * ** * * *
8233 AAACAATTGTTATATGAC--TACAAAAGGCCATAA-TTTTTAGTAAACAAATAATTGTTCATATA
64 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTT-G-AAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * * * * * ** * *
8295 GTCTTAATTGTTTG-AACTGTT--TTAGCAAATGGTTTTTTTTTGAATCTCCT-GTTATCAATTT
127 GTCATAACTATTTGAAATTGTTCGATAACAGAT--TTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTT
** * * * *
8356 TCAAAATAATATTAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAACTA-AAACAATTAT
190 T-TGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-CAAATAAGCTTGTATGAAC-AGAAACAATTGT
* *
8420 TTTAT-A-ATGAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG--A-AAC---
252 TTTATGACA-AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* * * * *
8477 -T--A---GTTCAGTAAACAAAATTATTTTTTAAACCTCCTACT
316 TTGAACTTGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACT
* *
8515 TATTAATTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTGTTTTATTTTGAATAGGCTTGTATG-A-TGAA
1 TATTAATTTTGATAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTG--
* * ** * * * **
8577 AAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTTGTAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAGTAAC
64 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * * **
8642 CATAATTATTTAAACCAAT-TT-GATAAACTGACTTTTTTTTTTTAAATCTTTAACTTATTGGTT
129 CATAACTATTTGAA--ATTGTTCGAT-AACAGA--TTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT
* * * * * * *
8705 TTTGAAATATTAA-AAAGTAATATTATTTTATTTCAGATAAGCTTTTATGAATA-AGACTATTG-
189 TTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGT
* * * * * * *
8767 -TTATGATAAAACAAAAGGTCATATTTATTCT-AAATAGATAATTGTTTAAATAGTTATGACAAT
252 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATT-TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* * * **
8830 TTGAACTTGTTTAATAAACATATTTATTTTTTTAAATTTCTTGTT
316 TTGAACTTGTTTAGTAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACT
* * * * *
8875 TATTAATTTT-TTGAATGTTAA-AAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCATGTATGAACTAA
1 TATTAATTTTGAT-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTGA
* * * *
8938 AACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGAT-A-AGACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
65 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA-ACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * *
9001 CTTAACTATTTG-AATTAGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCCCTTT-CTT-TT--TTTT
129 CATAACTATTTGAAATT-GTTCGAT-AACAGATTTATTTTTTAAAT-CTTTTACTTATTAATTTT
* * * * * * * * * *
9061 AGAATATTATTAATTTAGCAATATTTTACTCTGAATAAGTTTGTATGAATAGAAGCAATTGTTTT
191 TGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC-AAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTT
* * * * * * *
9126 ATTACAAAA-TAAAGATCATAACGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAAGTATTTGA
255 ATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * * * *
9190 ACTGGTTCAATAAATAGATTTAATTCTTAAA--TC-T-CT
320 ACTTGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACT
* * * * ** *
9226 TATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAATTTTGTATGAATAGAA
1 TATTAATTTTGATAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTGAA
** * * ** *
9291 ACAATCATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATAATTCAAATAGACA
66 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * * *** *
9356 TGACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCAACCTATTAATTTTTAGA
131 TAACTATTTGAAATTGTTCGAT-AACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-GA
** *
9421 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAAATTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
194 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATG
* **
9486 ACAAAAC---A----A-AATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAAGGGTCATAACTATTTGAACT
258 ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * ** * *
9543 CGCTGGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACT
323 TGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACT
* * * * *
9580 TATTAATTTTTG-GAATTTTAATAAATTCGTATTATTTT-TTTCT-ATATAAGCTTTTATGAATA
1 TATTAA-TTTTGATAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-TGA-ATAAGCTTGTATGAATT
* * * *
9642 GAAACAATTGGTTTATGACAAAATAAAACGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
63 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* ** * * * * *
9707 TTATAACTATTTGAACGTGTTTAGAAAACATATTTATTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAACTATT
128 TCATAACTATTTGAAATTG-TTCGATAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTT
* * * * *
9771 AGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTGAAATAAACTTGCATGAACA-AAACCAATTTTT
191 TGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTA-TTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAA-CAATTGTT
* * * *
9834 TTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGTTTTGAAATAGATAATTATTCAGATAGTCATAACTATTT
253 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * *
9899 GAA-TATGTTTCGTAAATAGATTAATTTTTTAATTCTCTTACT
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* * ** * *
9941 CATTAATTTTTATAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTGAA
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* * * * * *
10006 AAACATT-TTTTAT---TAAA-AAAAGGTCACAATGATTTGAAATA-ATTAATTATTCAAATACT
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* * * * * * *
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** * *
10128 CAAAATATTAATAAATTAATATT-TTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTT
191 -TGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-CAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTT
** * **
10192 TATGACAAAACAAAAGGTCATAAAAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAAAGATTTG
254 TATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * * *
10257 AACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTCAGATCTTTTACT
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* ** *** * *
10298 TATTAATTGTCTTAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTCAAAATAAGTTTGTATGAATAGA
1 TATTAATTTTGATAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTG-
* ** * * * * *
10362 AAAAAATCATTTTATGACAAAAAAAAAGGTAATAGCGATTTCAAATAGATTATT-TTCAAATAGT
64 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * *
10426 CATAATTATTT-AAACTTATTC-ATTAAATAGATTTATTTTTTAAATATCTTAATTATTAATTTT
129 CATAACTATTTGAAA-TTGTTCGA-T-AACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT
* * * * ** *
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* * *
10553 TATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTG
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* * * * * * * *
10618 ATCTAGTTTCGATAAGCATATTTATTTTTAAAATTTTTTACT
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* * * * * * * **
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* * * * * *
10722 AACTATTGTTTTATAATAGAAA-AAAAAGTCATAAC-ATTTGAAATAAATAATT-CTCAAATAGT
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* *
10784 CATAACTATTT-AAACTGATTTGATGAACAGATTTATTTTTTAAATC---T--TTATTAATTTTT
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* * ** * * * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * ** *
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* * * * *
11126 CTTAACTATTT-AAACTAT-TTAGCA-AACAAATTTATTTTTTTAAATC-TCTAGTTATTAATTT
129 CATAACTATTTGAAA-T-TGTTCG-ATAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTT
** * ** * *
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* * * * * * *
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* *
11316 T-AAATTGGTTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACT
317 TGAACTT-GTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACT
* * * * * **
11359 TATTAATTTTTGA-GAGATTAATAAAATACTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTAT-AATAAA
1 TATTAA-TTTTGATAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAT-TG
* * * * *
11422 AAACAATTGTTATATGACCAAACAAAAGGT-AGTAACAATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATGG
64 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA-TAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * ** * * * * **
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** **
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191 T-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTT
* * * **
11615 TATGAC-AAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGACAATTGTTTAAATAGTTGTAACTATTTG
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* * *
11679 AATTTGTTTGGTAAACTA-ATTTATTTTTTTAAA-CTCTTGCT
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* * * *
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* * *
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* * *
11848 CATCACTATTTG-AATTTTTCGATAAACAGATTTATTTTTTCAAATCTTTTCCTTATTAATTTTT
129 CATAACTATTTGAAATTGTTCGAT-AACAGATTTATTTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATTTTT
* * * * * * * * * *
11912 CAAAATTAAT-AATTTGGATTATTTTATTTCGAATAAGATTGTAAGATA-TGAAACAAATATTTT
192 GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCAAATAAGCTTGTATGA-ACAGAAACAATTGTTTT
* * * * * * * * * ** *
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255 ATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * * * *
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320 ACTTGTTTAG-TAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACT
* * **** * *
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1 TATTAATTTTGAT-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTTGAATAAGCTTGTATGAAT-T
* * * * * * **
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* * * * *
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128 TCATAACTATTTGAAATTGTTCGAT-AACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT
** * *
12267 GAAATATTAATAAATT-GATATTATTTTATTTTGAATAAGCATGTATGATA-AAAAACAATTGTT
192 G-AATATTAATAAATTAG-TATTATTTTA-TTCAAATAAGCTTGTATGA-ACAGAAACAATTGTT
** *
12330 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCATGTAGTC-TTACTATTT
253 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * ** ** * * *
12394 GAA-ATGGTTAACAATTAGATTTA-TTTTTAATTTTCTTAGT
318 GAACTTGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACT
* * * * ** * * *
12434 TATTAAGTGTTG-GAATATTATTAAATTA-TATTATTTTATTCTGAATAAAATAGTACGAATAG-
1 TATTAA-TTTTGATAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTGA
* * * * * *
12496 AACTAATTGTTTGATGACAAAATAAAA-GTTATAACAAATTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
65 AAC-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * *
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*
12622 AAATATTAATAAA
192 GAATATTAATAAA
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TTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACT
Found at i:7389 original size:170 final size:170
Alignment explanation
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7136 ATTATTTTAT
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*
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*
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*
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**
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7486 T
1 T
7487 ATTATTTTAA
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Matches are distributed among these distances:
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Found at i:13040 original size:180 final size:178
Alignment explanation
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12636 GGTTAGAATG
* * ** * *
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* * * * * *
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* * * * * * ***
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* * * * *
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* * *
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* * * *
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** * *
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* * * *
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* * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * *
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66 TTTTAAATTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCAAATAA
* * * * * **
13306 GTTTATATGAAT-AGAATCAATTGTTTTATTACAAAAC-AAAGATCACAATG
129 GCTTGTATGAATGA-AAT-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA
* * *
13356 ATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAATTATTCATAAGTCATAACTATTCGAACTTGCTT-AGTA
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTC-----A--A---AT-AGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCAATA
* * * *
13420 AATAGATTTATTTTTAAAATT-TTACTTATTATTTTTTGAAA-ATTAATAAATTAGTATTATTTT
54 AACATATTTATTTTTTAAATTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
* * * *
13483 ATTCTAATAAGCTTTTATGAATAGAAACAATT-TTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACA
119 ATTCAAATAAGCTTGTATGAAT-GAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA
*
13543 ATTTGAAATAGATAA--ATT-AAATAGTCATAACTATTTGAA-TGTGTTC---AAACATATTTAT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTCAATAAACATATTTAT
*
13601 TTTTTAAA---TTACTTATTAA-TTTTG-AATATAAATAAATTTA-TATTATTTTATTCGAAATA
65 TTTTTAAATTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTC-AAATA
* ** * **
13660 AGCTTGCATGAATAGAACCAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAAGTCATAATG
128 AGCTTGTATGAAT-GAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA
* * * * **** * *
13711 ATTTGAAATA-A-AAATATTCAGATAG-CATAACTATTTGAACATGTTTGGCAAATATATTAATT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACATATTTATT
* *
13773 TTTTAATTCTCTTACTCATT-ATTTTT-AGAA-ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAAATAA
66 TTTTAAAT-TCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAAATAA
* * * * *
13835 GCTTATATGAATTAAAACAATTGTTTTAT--TAAAA-AAAAGGTCAT--TA
129 GCTTGTATGAA-TGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA
* * * *
13881 ATTTGAAATA-ATTAATTATTCAAATAGTCATGAC-A-TTGAACTTGTTCGA-AAATATA-TT-T
1 ATTTGAAATAGA-TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACATATTTAT
* ** * * *
13940 TTTTTAAATTTTTACTTATT-ATTTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTTTTTTAATCAAATAA
65 TTTTTAAATTCTTACTTATTAATTT-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAAATAA
* * *
14004 GCTTGTATGAAT-AGAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATA
129 GCTTGTATGAATGA-AATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA
* * ** *** * *
14054 ATTAGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAAAGATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACATATTTATT
* * * * * *
14119 TGTTAGATCTTTTACTTATTGATTGTTT-TAATATTAATAAATTTGTATTA-TTTATTCGAAATA
66 TTTTAAAT-TCTTACTTATTAATT-TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC-AAATA
* * * *
14182 AGCTTGTATGAATAGAAAAAAAAATATTTTATGACAAAAC---A----AT---G
128 AGCTTGTATGAAT-G--AAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA
* * * * * *
14226 ATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA-TAATTTAAATTTATTCATTAAACATATTCAT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAACTTGTTCAATAAACATATTTAT
* * * * *
14290 TTTTTAAATATCTTAATTATTAA-TTTTCAGAATATTGATAACTTAGTATTATTTTATTTTAAAT
65 TTTTTAAAT-TCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCAAAT
* * * **
14354 AAGCTTATATGAATCGAAATGATTTTTTTATGACAAAATGAAAGGTCATAACA
127 AAGCTTGTATGAAT-GAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA
* * * * * * *
14407 ATTTG-AATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGATCTAGTTCGATAAGCATATTTATA
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACATATTTATT
* * * * * *
14471 TTTTAAATATTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTACTGTTATTTTAATCTGAATAA
66 TTTTAAAT-TCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC-AAATAA
** * * * * *
14536 GCTTGTATGAACAAAAAATATTATTTTATAATAAAACAAAAAGTCATAACA
129 GCTTGTATGAATGAAATA-ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA
* * *
14587 ATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTTATAACTATTTGAACT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
14631 GGTTTGATAA
Statistics
Matches: 1446, Mismatches: 247, Indels: 229
0.75 0.13 0.12
Matches are distributed among these distances:
166 4 0.00
167 41 0.03
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186 48 0.03
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188 20 0.01
189 2 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (178 bp):
ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACATATTTATT
TTTTAAATTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAAATAAGC
TTGTATGAATGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA
Found at i:14436 original size:352 final size:338
Alignment explanation
Indices: 13378--14574 Score: 1024
Period size: 352 Copynumber: 3.5 Consensus size: 338
13368 TAATTGTTCA
* * * * *
13378 AATAATTATTCATA-AGTCATAACTATTCGAACTTGCTTAGTAAATAGATTTATTTTTAAAATTT
1 AATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTAATATTT
* *
13442 TACTTATTATTTTTTGAAAATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAATAAGCTTTTATGAATAG
66 TACTTATTATTTTTT-AAAATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAAATAAGCTTGTATGAATAG
* *
13507 --AAACAATTTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATAGATAA--ATT-AAATAG
130 AAAAAAAATATTTTATGACAAAAC--AATG--------ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
*
13567 TCATAACTATTTGAATGTGTTC-AAACATATTTATTTTTT-AA-A-TTACTTATTAATTTT--GA
185 TCATAA-TATTTGAATTTGTTCAAAACATA-TTATTTTTTAAATATTTACTTATTAATTTTCAGA
* *
13626 ATATAAATAAATTTATATTATTTTA-TTCGAAATAAGCTTGCATGAATAGAACCAATTGTTTTAT
248 ATATTAATAAA-TTATATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATAGAA--AATTGTTTTAT
* *
13690 GACAAAAAAAAAGTCATAATGATTTGAAAT
309 GACAAAAAAAAGGTCATAATAATTTGAAAT
* * * * * *
13720 AA-AAATATTCAGATAG-CATAACTATTTGAACATGTTTGGCAAATATATTAATTTTTTAAT-TC
1 AATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTA-TTTTTAATAT-
* *
13782 TCTTACTCATTA-TTTTTAGAAATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAAATAAGCTTATATGAA
64 T-TTACTTATTATTTTTTA-AAATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAAATAAGCTTGTATGAA
* * * * * * * *
13846 T-TAAAACAATTGTTTTATTAAAAAAAAGGTCATTAATTTGAAATA-ATTAATTATTCAAATAGT
127 TAGAAAAAAAATATTTTA-T-GACAAAA---CAATGATTTGAAATAGA-TAATTATTCAAATAGT
* * * * * *
13909 CATGACA-TTGAACTTGTTCGAAAATATATT-TTTTTTAAATTTTTACTTATT-ATTTGTCAAAA
186 CATAATATTTGAATTTGTTC-AAAACATATTATTTTTTAAATATTTACTTATTAATTT-TCAGAA
* * *
13971 TATTAATAAATTAATATTTTTTTA-ATCAAATAAGCTTGTATGAATAGAACAATTGCTTTATGAC
249 TATTAATAAATT-ATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAA-AATTGTTTTATGAC
*
14035 AAAACAAAAGGTCATAATAATTAGAAAT
312 AAAA-AAAAGGTCATAATAATTTGAAAT
* ** *
14063 ATATAATTGTTCAAATAGTCATAAAGATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTGTTAGATC
1 A-ATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTT-TTA-ATA
* *
14128 TTTTACTTATTGATTGTTTTAATATTAATAAATTTGTATTA-TTTATTCGAAATAAGCTTGTATG
63 TTTTACTTATT-ATT-TTTTAAAATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC-AAATAAGCTTGTATG
* *
14192 AATAGAAAAAAAAATATTTTATGACAAAACAATGATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
125 AATAG-AAAAAAAATATTTTATGACAAAACAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT
* * *
14257 AATAATTTAAATTTATTCATTAAACATATTCATTTTTTAAATATCTTAATTATTAATTTTCAGAA
189 AAT-ATTTGAATTTGTTCA--AAACATATT-ATTTTTTAAATAT-TTACTTATTAATTTTCAGAA
* * * * * *
14322 TATTGATAACTTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTATATGAATCGAAATGATTTTTTTATGA
249 TATTAATAAATTA-TATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAA--ATTGTTTTATGA
* *
14387 CAAAATGAAAGGTCATAACAATTTG-AAT
311 CAAAA-AAAAGGTCATAATAATTTGAAAT
* * * * * ** *
14415 AGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGATCTAGTTCGATAAGCATATTTATATTTTAAATA
1 A-ATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTAT-TTTT-AATA
* * * * * *
14480 TTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTACTGTTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATG
63 TTTTACTTATT-ATTTTTTAAA-ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC-AAATAAGCTTGTATG
* * * * *
14545 AACA-AAAAATATTATTTTATAATAAAACAA
125 AATAGAAAAAAAATATTTTATGACAAAACAA
14575 AAAGTCATAA
Statistics
Matches: 690, Mismatches: 110, Indels: 101
0.77 0.12 0.11
Matches are distributed among these distances:
337 1 0.00
338 13 0.02
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353 57 0.08
ACGTcount: A:0.41, C:0.07, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (338 bp):
AATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTAATATTT
TACTTATTATTTTTTAAAATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAAATAAGCTTGTATGAATAGA
AAAAAAATATTTTATGACAAAACAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATATTT
GAATTTGTTCAAAACATATTATTTTTTAAATATTTACTTATTAATTTTCAGAATATTAATAAATT
ATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAATTGTTTTATGACAAAAAAAAGGTCAT
AATAATTTGAAAT
Found at i:14663 original size:140 final size:140
Alignment explanation
Indices: 14499--14770 Score: 337
Period size: 140 Copynumber: 1.9 Consensus size: 140
14489 TTAATTGTTG
** * * *
14499 AAATATTAATAAATTACTGTTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAAATATTATTTTA
1 AAATATTAATAAATTACTACTATTTTAATCTGAACAAACTTATATGAACAAAAAATATTATTTTA
* * * *
14564 TAATAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTTATAACTATTTGAA
66 TAACAAAACAAAAACTAATAACAATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGATATAACTATTTGAA
14629 CTGGTTTGAT
131 CTGGTTTGAT
* * * * * *
14639 AAATATTAATAAATTAGTACTATTTTATTTTGAACAAACTTATATTAACAAACAATATTGTTTTA
1 AAATATTAATAAATTACTACTATTTTAATCTGAACAAACTTATATGAACAAAAAATATTATTTTA
* * ** * * * *
14704 TTACAAAATAAAAACTAATAATTATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGATATAATTATTTGAA
66 TAACAAAACAAAAACTAATAACAATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGATATAACTATTTGAA
14769 CT
131 CT
14771 AGTTCAGTAA
Statistics
Matches: 109, Mismatches: 23, Indels: 0
0.83 0.17 0.00
Matches are distributed among these distances:
140 109 1.00
ACGTcount: A:0.46, C:0.07, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (140 bp):
AAATATTAATAAATTACTACTATTTTAATCTGAACAAACTTATATGAACAAAAAATATTATTTTA
TAACAAAACAAAAACTAATAACAATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGATATAACTATTTGAA
CTGGTTTGAT
Found at i:14743 original size:17 final size:18
Alignment explanation
Indices: 14720--14768 Score: 66
Period size: 17 Copynumber: 2.8 Consensus size: 18
14710 AATAAAAACT
14720 AATAATTATTTGAAATAG
1 AATAATTATTTGAAATAG
*
14738 -ATAATTGTTT-AAATAG
1 AATAATTATTTGAAATAG
14754 ATATAATTATTTGAA
1 A-ATAATTATTTGAA
14769 CTAGTTCAGT
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 2, Indels: 5
0.79 0.06 0.15
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.23
17 9 0.35
18 9 0.35
19 2 0.08
ACGTcount: A:0.47, C:0.00, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (18 bp):
AATAATTATTTGAAATAG
Found at i:15925 original size:356 final size:359
Alignment explanation
Indices: 15350--16298 Score: 901
Period size: 356 Copynumber: 2.6 Consensus size: 359
15340 AAACAATTTT
* * * * * * *
15350 TTTATGA-AAAACAAAAGGTCTTAACAATTTTAAATCGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTCTT
1 TTTATGACGAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAGTAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * * * * *
15414 TGAACTTGTTCGGTAAACACATTTATCTTTTCAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGGAATACTAA
66 TAAACTAGTTCAGAAAACACATTTA-CTTTTCAAATCTCCTG-TTATTAATTTTTGGAATATTAA
* * * *
15479 TAAATTAGTATTATTTTATTT-TGAATAAGCGTGTATGAATTGAAACAATTATTATA-AGACTAA
129 TAAATTAGTATTATTTTATTTCT-AATAAGCTTGTATGAAATGAAACAATTATTTTATA-ACAAA
* * * * *
15542 ACAAAAGGTTAGAACTATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAA-CTATTTGAAC-TGGT
192 ACAAAAGATCATAA-TATTT-AAATAGATAATTATTCAAATAGTC-AAATCTATTTGAACAT-GT
* * *
15605 TCGGCAAATACA-TT-TATTTTTTAAA-TATT-TCACTAAGTTTTGGAATATTATTAAATTAGTA
253 TCGACAAATACATTTATATTTTTTAAACTATTCTCACTAAGTTTTGGAATATTAATAAATTACTA
* * *
15666 TTATTTT-TGTCCAAATAAGCTTGTATGATCAGAAATGATTGC
318 TTATTTTAT-TCCAAATAAGATTGTATGAACAGAAATAATTGC
* * ** * * * *
15708 TTTATGAGGAAAC-AAAGTTCATAATTATTTG-AGATTGATATTTGTTCCAGTAGTCATAACTAT
1 TTTATGACGAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAG-TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* *
15771 TTAAACTAGTTCAGAAAACA-ACTTTAGTTTT-AAATCTCCTGTTTATTAATTTTTGAAATATTA
65 TTAAACTAGTTCAGAAAACACA-TTTACTTTTCAAATCTCCTG-TTATTAATTTTTGGAATATTA
* * * * *
15834 ATAAAGTAATGTTATTTTATTTCTAATAAGTTTTTATGAAATGAAACAATTATTTTATAACAAAA
128 ATAAATTAGTATTATTTTATTTCTAATAAGCTTGTATGAAATGAAACAATTATTTTATAACAAAA
* * *
15899 CAAAAGATCATAATGACTTTAAATAGATAATTGTTCAAATATTCAAATCTATTTGAACATGTTTG
193 CAAAAGATCATAAT-A-TTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAATCTATTTGAACATGTTCG
* * * * * * *
15964 ATAAATAGATTTATATTTTTTAAATCTTTTGCTCATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTACTAT
256 ACAAATACATTTATATTTTTTAAA-CTATT-CTCACTAAGTTTTGGAATATTAATAAATTACTAT
*** * *
16029 TATTTTATTTTGAATAAGATTGTATGAACTGAAATAATTGT
319 TATTTTATTCCAAATAAGATTGTATGAACAGAAATAATTGC
* * ** *
16070 TTTATGACTAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAGTAGATAATTATTGTAATAGTCTTAACTATT
1 TTTATGACGAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAGTAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * * * *
16135 TAAACTGGTTTA-ACAAACACATTTATTTTTCAAAGCT-C--TTATTAATTTTTGGAATATTATT
66 TAAACTAGTTCAGA-AAACACATTTACTTTTCAAATCTCCTGTTATTAATTTTTGGAATATTAAT
* * * * * *
16196 AAATTAGTATTATTTTAATTCGAATAAGCTTGTATGAAAAGAAATAATTGTTTTATAACAAAATA
130 AAATTAGTATTATTTTATTTCTAATAAGCTTGTATGAAATGAAACAATTATTTTATAACAAAACA
* * *
16261 AATATGATAACAAT-TTTAGATAGATAATTATTCAAATA
195 AA-A-GATCATAATATTTAAATAGATAATTATTCAAATA
16299 ATAATAACTA
Statistics
Matches: 479, Mismatches: 89, Indels: 45
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
355 3 0.01
356 132 0.28
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358 75 0.16
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360 80 0.17
361 1 0.00
362 77 0.16
363 63 0.13
364 8 0.02
ACGTcount: A:0.39, C:0.09, G:0.11, T:0.42
Consensus pattern (359 bp):
TTTATGACGAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAGTAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
TAAACTAGTTCAGAAAACACATTTACTTTTCAAATCTCCTGTTATTAATTTTTGGAATATTAATA
AATTAGTATTATTTTATTTCTAATAAGCTTGTATGAAATGAAACAATTATTTTATAACAAAACAA
AAGATCATAATATTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAATCTATTTGAACATGTTCGACAAA
TACATTTATATTTTTTAAACTATTCTCACTAAGTTTTGGAATATTAATAAATTACTATTATTTTA
TTCCAAATAAGATTGTATGAACAGAAATAATTGC
Found at i:16187 original size:539 final size:534
Alignment explanation
Indices: 15276--16487 Score: 1398
Period size: 539 Copynumber: 2.3 Consensus size: 534
15266 AATCTTTTAA
* * * * * * *
15276 TTATTAACTTTTGAAATAATAATAAAGTAGTATTATTTTCTTTTGAATAAGCTTTTCTGAACTAA
1 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGTTTTTATGAAATGA
* * * *
15341 AACAATTTTTTTATGA-AAAACAAAAGGTCTTAACAATTTTAAATCGATAATTGTTCAAATAGTC
66 AACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAA-TTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * *
15405 ATAACTCTTTGAACTTGTTCGGTAAACACATTTATCTTTTCAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTG
130 ATAACTATTTGAACATGTTCGATAAACACATTTATCTTTTCAAATCTCTTGCTCATTAATTTTTG
* * *
15470 GAATACTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCGTGTATGAATTGAAACAATTATTATA
195 GAATACTAATAAATTACTATTATTTTATTTTGAATAAGAGTGTATGAACTGAAACAATTATTATA
* * *
15535 AGACTAAACAAAAGGTTAGAACTATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAA
260 AGACTAAACAAAAGGTCAGAACGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTAAA
** * * *
15600 CTGGTTCGGCAAATACATTTATTTTTTAAATATTTCACTAAGTTTTGGAATATTATTAAATTAGT
325 CTGGTTCAACAAACACATTTATTTTTCAAAGATTTCACTAAGTTTTGGAATATTATTAAATTAGT
** ** * * **
15665 ATTATTTTTGTCCAAATAAGCTTGTATGATCAGAAATGATTGCTTTATGAGGAAACAAAGT-TCA
390 ATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAAAAGAAATAATTGCTTTATAACAAAACAAA-TATCA
** * * * * * * *
15729 TAATTATTTGAGATTGATATTTGTTCCAGTAGTCATAACTATTTAAACTAGTTCAGAAAACA-AC
454 TAACAATTTGAGATAGATAATTATTCAAATAATAATAACTATTTAAACTAGTTCAGAAAACAGA-
15793 TTTAGTTT-TAAATCTCC
518 TTTAGTTTGTAAATCT-C
* *
15810 TGTTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAATGTTATTTTATTTCT-AATAAGTTTTTATGAA
1 ---TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTT-TGAATAAGTTTTTATGAA
* * *
15874 ATGAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGATCATAATGACTTTAAATAGATAATTGTTCAAAT
62 ATGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT-AATTTAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * * * *
15939 ATTCA-AATCTATTTGAACATGTTTGATAAATAGATTTATATTTTTTAAATCTTTTGCTCATTAA
126 AGTCATAA-CTATTTGAACATGTTCGATAAACACATTTAT-CTTTTCAAATCTCTTGCTCATTAA
* ** * *
16003 TTTTTTGAATGTTAATAAATTACTATTATTTTATTTTGAATAAGATTGTATGAACTGAAATAATT
189 TTTTTGGAATACTAATAAATTACTATTATTTTATTTTGAATAAGAGTGTATGAACTGAAACAATT
* * * * * *
16068 GTTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAGTAGATAATTATTGTAATAGTCTTAACTA
254 ATTATAAGACTAAACAAAAGGTCAGAACGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTA
* * * *
16133 TTTAAACTGGTTTAACAAACACATTTATTTTTCAAAGCTCTT-ATTAATTTTTGGAATATTATTA
319 TTTAAACTGGTTCAACAAACACATTTATTTTTCAAAGAT-TTCACTAAGTTTTGGAATATTATTA
* * * *
16197 AATTAGTATTATTTTAATTCGAATAAGCTTGTATGAAAAGAAATAATTGTTTTATAACAAAATAA
383 AATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAAAAGAAATAATTGCTTTATAACAAAACAA
* * * * ** *
16262 ATATGATAACAATTTTAGATAGATAATTATTCAAATAATAATAACTATTTAATCTATTTTGGTAA
448 ATATCATAACAATTTGAGATAGATAATTATTCAAATAATAATAACTATTTAAACTAGTTCAGAAA
16327 ACAGATTTAGTTTGTAAATCTC
513 ACAGATTTAGTTTGTAAATCTC
** * * * *
16349 TTATTAATTTTCAAAATGTTAATAAATTGGTATTATTTTATTTTGAATAA-TTTTGCATG-AATA
1 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGTTTT-TATGAAAT-
* * *
16412 GAAACAATTATTTTATGACAAAACAGAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCATATAG
64 GAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTT-AAATAGATAATTGTTCAAATAG
* *
16477 ACATGACTATT
128 TCATAACTATT
16488 GTTTTCTTAT
Statistics
Matches: 563, Mismatches: 98, Indels: 29
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Matches are distributed among these distances:
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536 104 0.18
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538 68 0.12
539 298 0.53
540 10 0.02
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.11, T:0.42
Consensus pattern (534 bp):
TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGTTTTTATGAAATGA
AACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
TAACTATTTGAACATGTTCGATAAACACATTTATCTTTTCAAATCTCTTGCTCATTAATTTTTGG
AATACTAATAAATTACTATTATTTTATTTTGAATAAGAGTGTATGAACTGAAACAATTATTATAA
GACTAAACAAAAGGTCAGAACGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTAAAC
TGGTTCAACAAACACATTTATTTTTCAAAGATTTCACTAAGTTTTGGAATATTATTAAATTAGTA
TTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAAAAGAAATAATTGCTTTATAACAAAACAAATATCATA
ACAATTTGAGATAGATAATTATTCAAATAATAATAACTATTTAAACTAGTTCAGAAAACAGATTT
AGTTTGTAAATCTC
Found at i:16242 original size:177 final size:177
Alignment explanation
Indices: 15276--16487 Score: 923
Period size: 176 Copynumber: 6.8 Consensus size: 177
15266 AATCTTTTAA
* * * * * * *
15276 TTATTAACTTTTGAAATAATAATAAAGTAGTATTATTTTCTTTTGAATAAGCTTTTCTGAACTA-
1 TTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA-TAG
* * * * *
15340 AAACAATTTTTTTATGA-AAAACAAAAGGTCTTAACAATTTTAAATCGATAATTGTTCAAATAGT
65 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
* * * *
15404 CATAACTCTTTGAACTTGTTCGGTAAACACATTTATCTTTTCAAATCTCTTGC
130 CATAACTATTTAAACTAGTTCGATAAACACATTTAT-TTTT-AAA--TC-TGC
* * *
15457 TTATTAATTTTTGGAATACTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCGTGTATGAATTGA
1 TTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGA
* * * * * * *
15522 AACAATTATTATAAGACTAAACAAAAGGTTAGAACTATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTC
66 AACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC
* * * ** * *
15587 TTAACTATTTGAACTGGTTCGGCAAATACATTTATTTTTTAAATAT--
131 ATAACTATTTAAACTAGTTCGATAAACACATTTA-TTTTTAAATCTGC
* * * ***
15633 TTCACTAAGTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TGTCCAAATAAGCTTGTATG-ATC
1 TT-ATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTTGAATAAGCTTGTATGAAT-
** ** ** * ** * * * * * *
15696 AGAAATGATTGCTTTATGAGGAAAC-AAAGTTCATAATTATTTGAGATTGATATTTGTTCCAGTA
63 AGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* *
15760 GTCATAACTATTTAAACTAGTTCAGA-AAACA-ACTTTAGTTTTAAATCTCCTGT
128 GTCATAACTATTTAAACTAGTTC-GATAAACACA-TTTATTTTTAAA--T-CTGC
* * * * * *
15813 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAATGTTATTTTATTTCT-AATAAGTTTTTATGAA-AT
1 TTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-TGAATAAGCTTGTATGAATA-
* * * * *
15876 GAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGATCATAATGACTTT-AAATAGATAATTGTTCAAATA
64 GAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-CAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* * * * *
15940 TTCA-AATCTATTTGAAC-ATGTTTGATAAATAGATTTATATTTTTTAAATCTTTTGC
128 GTCATAA-CTATTTAAACTA-GTTCGATAAACACA-TT-TA-TTTTTAAATC---TGC
* * * * *
15996 TCATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTACTATTATTTTATTTTGAATAAGATTGTATGAACT-G
1 TTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA-TAG
* * * * * **
16060 AAATAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAGTAGATAATTATTGTAATAGT
65 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
* * ** * *
16125 CTTAACTATTTAAACTGGTTTAACAAACACATTTATTTTTCAAAGCT-C
130 CATAACTATTTAAACTAGTTCGATAAACACATTTATTTTT-AAATCTGC
* * * *
16173 TTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATTCGAATAAGCTTGTATGAAAAGA
1 TTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGA
* * * * * * * *
16238 AATAATTGTTTTATAACAAAATAAATA--TGATAACAATTTTAGATAGATAATTATTCAAATAAT
66 AACAATTATTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
* * * * * * *
16301 AATAACTATTTAATCTATTTTGGTAAACAGATTTAGTTTGTAAATCT-C
130 CATAACTATTTAAACTAGTTCGATAAACACATTTA-TTTTTAAATCTGC
*** * * ** *
16349 TTATTAATTTTCAAAATGTTAATAAATTGGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGCATGAATAGA
1 TTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGA
* * * *
16414 AACAATTATTTTATGACAAAACAGAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGAC
66 AACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC
*
16479 ATGACTATT
131 ATAACTATT
16488 GTTTTCTTAT
Statistics
Matches: 809, Mismatches: 182, Indels: 84
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
175 9 0.01
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184 2 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.11, T:0.42
Consensus pattern (177 bp):
TTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGA
AACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC
ATAACTATTTAAACTAGTTCGATAAACACATTTATTTTTAAATCTGC
Found at i:16910 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 16604--17046 Score: 433
Period size: 180 Copynumber: 2.5 Consensus size: 180
16594 TTGCTGAACT
* * * * * * * *
16604 AGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACTTTTTATTTAGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACAATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGT
* * * * * * ** *
16669 CCTATAATAATTGTTTCAGTTTATACACGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAACA-
66 CATA-AATAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAAGAAAATAATACTAATTTATTAACAT
* ** * *
16733 TTCTAAAAATTAATAAGC-AAGAGATTCGAAAAGATAAATGTGTTTATCGAATA
130 TTC-AAAAATTAATAA-CTAAGAGATT-GAAAAAATAAATCAGTTGATCAAATA
* * * *
16786 AGTTCAAAGAGTTATGACAATTTGAACAATTATCAATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACAATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGT
* * **
16851 CATAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAAGAAAATAATACTACTTTATTATTATT
66 CATAAATAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAAGAAAATAATACTAATTTATTAACATT
* * * *
16916 TCGAAAGTTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTGATTAAATA
131 TCAAAAATTAATAACTAAGAGATTGAAAAAATAAATCAGTTGATCAAATA
* * * * * * * * *
16966 AATTCAAATAATTATGGCCATTTAAACAACTATTTATTTCAAATTATTATTACCTTTTG-TTTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACAATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGT
17030 CATAAAATAATTGTTTT
66 CAT-AAATAATTGTTTT
17047 TAAAAAATAA
Statistics
Matches: 211, Mismatches: 47, Indels: 8
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Matches are distributed among these distances:
179 8 0.04
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ACGTcount: A:0.41, C:0.11, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (180 bp):
AGTTCAAATAGTTATGACAATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGT
CATAAATAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAAGAAAATAATACTAATTTATTAACATT
TCAAAAATTAATAACTAAGAGATTGAAAAAATAAATCAGTTGATCAAATA
Found at i:17479 original size:17 final size:16
Alignment explanation
Indices: 17433--17485 Score: 63
Period size: 18 Copynumber: 3.2 Consensus size: 16
17423 ACAAAACCAG
17433 TTTAAATAATTATAACTA
1 TTTAAATAATTAT--CTA
17451 TTTAAATAATTATCTA
1 TTTAAATAATTATCTA
*
17467 TTTCAAATCATTAT-TA
1 TTT-AAATAATTATCTA
17483 TTT
1 TTT
17486 TTTATTTTGT
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 1, Indels: 4
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Matches are distributed among these distances:
16 11 0.33
17 9 0.27
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ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.00, T:0.51
Consensus pattern (16 bp):
TTTAAATAATTATCTA
Found at i:17881 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 17574--19952 Score: 1862
Period size: 180 Copynumber: 13.3 Consensus size: 180
17564 TTATCAAACC
* ** * * ** * * *
17574 AGTTAAAATAGTTATGACTATTTGAGCATTTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTATTGTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * * * *
17639 TATAAAACAATAGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATACCAATTTATTAATAT
66 CATAAAAAAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * *
17704 TTCAACAATTAATAACTAAAAATTTAAAACATAAATAT-TCTTACCGAACT
131 TTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATATGT-TTACTGAACT
* * * *
17754 AGATCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTAT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
** * * * * *
17819 CATAAAAAAATCATTTCAGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAAGTTATTAATA-
66 CATAAAAAAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * * * *
17883 TTCTGAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAATTTGTTTAATGAA-T
131 TTC-AAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACT
* * * * * * *
17934 AAGTTTAAATAATTATGACTGTTTAAACAATTATCTATTTGAAATCATTATAACCTTTTGTTTTG
1 -AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
** * * *
17999 TCATAAAATGATTTTTTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATACAAATTTATTA
65 TCATAAAA--AAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTA
* * * *
18063 ATA-TT-AAGACAATTAATAAGTAAAAGATCT----AAT-AA-A--TCTACCCGAACA
127 ATATTTCAA-A-AATTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAATAAATATGTTTA-CTGAACT
* ** * ** *
18111 AGTTTAAATCTTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGATCTTTTGTTTTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * * *
18176 CATAAAACAATTCTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAA-AATATTAATTTATTAATAT
66 CATAAAAAAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
** * *
18240 TTTGAAAAGTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA-TCGAACA
131 TTCAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAATAAATATGTTTACT-GAACT
* * * * *
18291 AGTTCAAATGGTCATGAGTATTTGAATAATTAAT-TATTTCAAATCATTGTGACCTTTTATTTTG
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATT-ATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
* * * *
18355 TAATAAAATAATTGTTTCAGTTTATATAAGCTTATTT-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
65 TCATAAAAAAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * *
18419 A-TTCTAAAAATTAATGAGTAAGAGAA-TTAAAAAATTAATCTATTTAC-CAA-T
129 ATTTC-AAAAATTAATAAGTAA-A-AATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACT
*
18470 CATGTTCAAATAGTTATGACTATCTGAATAATTATCTATTTCAAA-CATTATGACCTTTTGTTTT
1 -A-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTT
* * * * *
18534 GTCATAAAACAATTGGTTCTGTTCATGCAAGCTTATTTTGAATAAAATAATA-TAAATTTATTAA
64 GTCATAAAAAAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACT-AATTTATTAA
* **
18598 TA-TTCTAAAAATTAATAAGTAAAAATTTTAAAAATAAATATGTTTTTTGAAC-
128 TATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACT
* * *
18650 ACGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTAGTTTTG
1 A-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
*** *
18715 TCATAAGCCAATTGTTTCA-TTCATAAAAGCTTA-TTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAA-A
65 TCATAAAAAAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * *
18777 ATTCTAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACG
130 TTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACT
* * * ** * * * * *
18828 AGATCGAATAGTTATGACCATTCAAATAATTATTTATTTCAAATAATTTTGATCTTTAGTTTTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * ** *
18893 CATAAAACAATTGTTCCTA-TTCATATAATTTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
66 CATAAAAAAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* ** * * *
18957 -TTC-TAAATTAATAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATATGCTTACTGAACA
130 TTTCAAAAATTAATAAG-TAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACT
* * * * *
19007 AGTTCAAAT-GTCATGTCTATTTGAATTATTATCTGTTTCAAAT-ATTTATGACATTTTGTTTTG
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTG
*** ** * * *
19070 TCATAAAGTGATTGTTTCTA-TTCATACAAAATTA-TTAAAATAAAATAATATTAGTTTATTAAT
65 TCATAAAAAAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * *
19133 ATTTCAAAAATTAATAAG---AAATTTAAGAATTAAATCTGTTTA-TCAAACC
129 ATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACT-GAACT
* * * * * * *
19182 AATTCAAATACTTATGGCTATTTGAACAATTATTTATCTCAAATTATTATGA--TATTTGTTTTG
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCT-TTTGTTTTG
* * * * * * * * *
19245 TAATAAAACAAA-TGCTTCTGTTCATACAAACTTA-TTATGAGTAAAATATTGCTAAATTAATAA
65 TCATAAAA-AAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTA-GAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * ** * * * * *
19308 TATTCCAAAAATGAATAAG---AGCTTTGAAAAATAAATGTGTTAATTGAACC
128 TATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACT
* * * * * * *
19358 AATTCAAATAGTTAAGGCTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTTACCTTTTGTTTAT-
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT-TG
* * * * **
19422 TCATAAAAAAATTATTTCAGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATTGTAATTTATTAATA
65 TCATAAAAAAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * * * *
19487 TTTAAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAATAAAATAAATCTATTTA-TCAAACA
130 TTTCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTT-AA-AAAATAAATATGTTTACT-GAACT
* * ** *
19541 AGTTCAAATAAATT-TGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAAGTTGTTATAACCTTTTGTTTT
1 AGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAA-TCATTATGACCTTTTGTTTT
* * * * * *
19604 GTCATAAAATAATTGTTTCATTTCATAGAAACTTA-TTCGAAATAAAATAAT-CTACTTTATTAA
64 GTCATAAAAAAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * *
19667 TATTTCAAAAATTAAT-AGCAAGAGATTT-AAAACTAAAGTTAT-TTT-CTGAACT
128 TATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAA--TATGTTTACTGAACT
* * * * *
19719 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAAATATC-ATTCTCAAATCTTTATGA-TTTTTGTTTTT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATT-TCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * *
19782 TCATAAAACAATTGTTTCTA-ATCATACAAGCTTA-TTCGAATAAAAATAATATTAATTTAATAA
65 TCATAAAAAAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTTAGAAT-AAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * * *
19845 TATTCCAAAAATTAGT--G-AAATATTTAAAAAATAAATGTATTTGCTGAACT
128 TATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACT
* * ** * *
19895 AGTTCAAATAGTTAAGACCATTAAAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTTT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
19953 ATTAATACTT
Statistics
Matches: 1779, Mismatches: 332, Indels: 179
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
173 34 0.02
174 37 0.02
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176 258 0.15
177 270 0.15
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180 347 0.20
181 187 0.11
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183 163 0.09
184 4 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
CATAAAAAAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
TTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACT
Found at i:18636 original size:537 final size:537
Alignment explanation
Indices: 17574--19955 Score: 2185
Period size: 537 Copynumber: 4.5 Consensus size: 537
17564 TTATCAAACC
* * * *
17574 AGTTAAAATAGTTATGACTATTTGAGCATTTATTTATTTCAAATTGTTATGA-CTTTT-TATTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTATTATGATCTTTTGT-TT-T
* * **
17637 GTTATAAAACAATAGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATACCAATTTATTAAT
64 GTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATATTAATTTATTAAT
* * * *
17702 A-TTTCAACAATTAATAACTAAAA-ATTTAAAACATAAATAT-TCTTACCGAACTAGATCAAATA
129 ATTTTCAA-AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGT-TTATCGAACAAGATCAAATA
* * *
17764 GTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAAAAA
192 GTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAAAAA
* * * *
17829 TCATTTCAGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAAGTTATTAATATTCTGAAAATT
257 TTATTTCAGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATT
* * * * ** * *
17894 AATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAATTTGTTTAATGAAT-AAGTTTAAATAATTATGACTGTTT
322 AATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTT-ACCAATCAAGTTCAAATAATTATGACTATTT
* * * *
17958 AAACAATTATCTATTTGAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATGATTTTTTTTCTATT
386 GAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAT-A-ATTGTTTCTATT
* *
18023 CATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATACAAATTTATTAATA-TT-AAGACAATTAATAAGTAA
449 CATACAAACTTA-TTTGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTCAA-A-AATTAATAAGTAA
* *
18086 AAGATCT---AATAAATCTACCCGAACA
511 AA-ATTTAAAAATAAATCTATCCGAACA
* ** * *
18111 AGTTTAAATCTTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGATCTTTTGTTTTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTATTATGATCTTTTGTTTTGT
*
18176 CATAAAACAATTCTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAA-AATATTAATTTATTAATAT
66 CATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATATTAATTTATTAATAT
* * * *
18240 TTTGAAAAGTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATGGTCA
131 TTTCAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGATCAAATAGTCA
* * * * *
18305 TGAGTATTTGAATAATTAAT-TATTTCAAATCATTGTGACCTTTTATTTTGTAATAAAATAATTG
196 TGACTATTTGAATAATT-ATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAAAAATTA
* **
18369 TTTCAGTTTATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAAT
260 TTTCAGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAAT
* * * * * * *
18434 GAGTAAGAGAATTAAAAAATTAATCTATTTACCAATCATGTTCAAATAGTTATGACTATCTGAAT
325 AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAATCAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAAC
* * * * *
18499 AATTATCTATTTCAAA-CATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTGTTCATGCA
390 AATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACA
*
18563 AGCTTATTTTGAATAAAATAATATAAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTAAAAATTTT
455 AACTTA-TTTGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAA-TTT
* * **
18627 AAAAATAAATATGTTTTTTGAACA
517 AAAAAT-AA-AT-CTATCCGAACA
* * * *
18651 CGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTAGTTTTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTATTATGATCTTTTGTTTTGT
** * * * * * *
18716 CATAAGCCAATTGTTTC-ATTCATAAAAGCTTA-TTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAAAAT
66 CATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATATTAATTTATTAATAT
* * * * *
18779 TCT-AAAATTAATAAGT-AAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-CTGAACGAGATCGAATAGTT
131 TTTCAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATC-GAACAAGATCAAATAGTC
* ** * * * * *
18841 ATGACCATTCAAATAATTATTTATTTCAAATAATTTTGATC-TTTAGTTTTGTCATAAAACAATT
195 ATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTA-TTTTGTCATAAAAAAATT
* * ** *
18905 GTTCCTA-TTCATATAATTTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT--AAATTA
259 ATTTC-AGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTA
** * ** * * * *
18967 ATAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATATGCTTACTGAA-CAAGTTCAAAT-GTCATGTCTATTTG
323 ATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC-CAATCAAGTTCAAATAATTATGACTATTTG
** * * * * *
19030 AATTATTATCTGTTTCAAAT-ATTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAGTGATTGTTTCTATTCA
387 AACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCA
* ** * *
19094 TACAAAATTATTAAAATAAAATAATATTAGTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG---AAATT
451 TACAAACTTATTTGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATT
* *
19156 TAAGAATTAAATCTGTTTAT-CAAACCA
516 TAA-AAATAAATC----TATCCGAA-CA
* * * *
19183 A-TTCAAATACTTATGGCTATTTGAACAATTATTTATCTCAAATTATTATGAT-ATTTGTTTTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTATTATGATCTTTTGTTTTGT
* * * * * * ** * *
19246 AATAAAACAAATGCTTCTGTTCATACAAACTTATTAT-GAGTAAAATATTGCTAAATTAATAATA
66 CATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATT-TGGATTAAAATAATATTAATTTATTAATA
* * * * * * * *
19310 --TTCCAAA--AATGAA-TAAGAGCTTTGAAAAATAAATGTGTTAATTGAACCAA-TTCAAATAG
130 TTTTCAAAATTAAT-AAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAA-CAAGATCAAATAG
* * * * * * * *
19369 TTAAGGCTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTTACCTTTTGTTTAT-TCATAAAAAAA
193 TCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTT-TGTCATAAAAAAA
**
19433 TTATTTCAGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATTGTAATTTATTAATATT-TAAAAAAT
257 TTATTTCAGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAAT
* * *
19497 TAATGAGTAAGAGATTTAAATAAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTCAAATAAATT-TGACTA
321 TAATAAGTAAGAGATTT-AA-AAAATAAATCTATTTACCAATCAAGTTCAAAT-AATTATGACTA
**
19561 TTTGAACAATTATCTATTT-AAAGTTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTC-A
383 TTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTA
* * * * *
19624 TTTCATAGAAACTTATTCGAAATAAAATAATCT-ACTTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-AGCA
447 -TTCATACAAACTTATTTG-AATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
* * * *
19687 AGAGATTTAAAACTAAAGT-TATTTTCTGAACT
510 A-AAATTTAAAAATAAA-TCTA---TCCGAACA
* * *
19719 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAAATA-TCATTCTCAAATCT-TTATGAT-TTTTGTTTT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATT-TCAAAT-TATTATGATCTTTTGTTTT
* ** * * * *
19781 TTCATAAAACAATTGTTTCTAATCATACAAGCTTATTCGAATAAAAATAATATTAATTTAATAAT
64 GTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATATTAATTTATTAAT
* * * * * * * * *
19846 A--TTCCAAA--AATTAGTGAAATATTTAAAAAATAAATGTATTT-GCTGAACTAGTTCAAATAG
129 ATTTTCAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATC-GAACAAGATCAAATAG
* * * ** * *
19906 TTAAGACCATTAAAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTTTATT
193 TCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATT
19956 AATACTTGGA
Statistics
Matches: 1516, Mismatches: 259, Indels: 140
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
529 8 0.01
530 154 0.10
531 75 0.05
532 44 0.03
533 8 0.01
534 166 0.11
535 183 0.12
536 93 0.06
537 631 0.42
538 43 0.03
539 35 0.02
540 76 0.05
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (537 bp):
AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTATTATGATCTTTTGTTTTGT
CATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATATTAATTTATTAATAT
TTTCAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGATCAAATAGTCA
TGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAAAAATTAT
TTCAGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATA
AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAATCAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACA
ATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAA
ACTTATTTGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAA
ATAAATCTATCCGAACA
Found at i:20698 original size:366 final size:357
Alignment explanation
Indices: 20219--21286 Score: 962
Period size: 366 Copynumber: 2.9 Consensus size: 357
20209 TATATGAATG
* * * * *
20219 ATTATTTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTG-TCATAACATAATTGTTTTTTATCATACA
1 ATTATTTATTTAAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGAT-ATAAAACAATTGTTTTTTAT-ACA-A
** *
20283 AGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTA
63 AGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-AAG-AATTTA
* * * * *
20348 AAAAAATAAATGTGTTT-GCGAACCAGTTCAAATAGTTAAAACTATTAGAATAATTATATATTTT
126 AAAAAATAAAT-TGTTTACCGAACCAGTTTAAATAGTTAAAACTATTTGAATAATTGTATATTTA
* * * * * * * *
20412 AAATCATTCTAACCTTTTGTTTAGTTAGAAAATATTTGTTTC-ATATCTTACAATCTTATTCGAA
190 AAATCATTATAACCTTTTGTTTAGTCAGAAAACAATTGTTTCAAT-TCATAAAAGCTTATTCAAA
* * *
20476 ATAAAATAATCCAAATTTATTAACATTTGAAAAATTAATAAGGAA-AAGTTTGAAAAAAAATAAA
254 ATAAAATAATACAAATTTACTAACATTTCAAAAATTAATAAGGAACAA-TTT---AAAAAATAAA
* * * * *
20540 TCT-GTTTATCAAAACAAGTTCAAATAGTGATTACTATTTGAACA
315 T-TGGTTTACCAAAAC-AGTTCAAATAATGATGACCATTTCAACA
* *
20584 ATTATTTATTTAAAATCATTATGACCTTTTTCTTTTGATATAAAACAATTGTTTCAGTTTATA-A
1 ATTATTTATTTAAAATCATTATGAAC-TTTTGTTTTGATATAAAACAATTGTTT---TTTATACA
* * * * *
20648 AAGCTTATCCAAAATAAAAGAATACTAATTTCTTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAATAGTTTA
62 AAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-AAGAATTTA
* ** * * * *
20713 AAAAAATAAATTAGTTTACCAAATAAATTTAAATAGTT-ATACTTATTTGAACAATTGTCTATTT
126 AAAAAATAAATT-GTTTACCGAACCAGTTTAAATAGTTAAAAC-TATTTGAATAATTGTATATTT
* * *
20777 AAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTATTCAAA
189 AAAATCATTATAACCTTTTGTTTAGTCAGAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTATTCAAA
* * * *
20842 ATAAAATAATACTAATTTACTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGCAATTTAAAAAGTAAATTG
254 ATAAAATAATACAAATTTACTAACATTTCAAAAATTAATAAGGAA-CAATTTAAAAAATAAATTG
* * *
20907 GTTTACCAAATCAGTTCAAATAATTATGGCCATTTCAACA
318 GTTTACCAAAACAGTTCAAATAATGATGACCATTTCAACA
* * * * * * *
20947 ATTATCTATTTTAAATCGTTATAAACATTTTGTTTGGATATATAGCAATTGTTTTTTATTATACA
1 ATTATTTATTTAAAATCATTATGAAC-TTTTGTTTTGATATAAAACAATTG--TTTT-TTATACA
* * *
21012 AAGTTTATTCAAAATAAAATAATAGTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAG-AG-ATTT-A
62 AAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAGAATTTAA
* * ** * *
21074 AAAAATAAATTTATTTACCGAACGCGGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTGTATACTTC
127 AAAAATAAA-TTGTTTACCGAAC-CAGTTTAAATAGTTAAAACTATTTGAATAATTGTATATTTA
* * * * *
21139 AAAT-AGTTATAACCTTTTGTTCT-GTCATAAAA-AATTATTTCTATTTATACAAGCTTATTCAA
190 AAATCA-TTATAACCTTTTGTT-TAGTCAGAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTATTCAA
* * * ** * * * *
21201 TAT-AAATAATACTAATATAAAAATATTCCAAAAATTAATAACTGAGA-GATTTAAAAAATAAAT
253 AATAAAATAATACAAATTTACTAACATTTCAAAAATTAATAA-GGA-ACAATTTAAAAAATAAAT
* * *
21264 TTGTTT-GCTAAACTAGTTCAAAT
316 TGGTTTACCAAAAC-AGTTCAAAT
21287 GTTAAGACTA
Statistics
Matches: 579, Mismatches: 100, Indels: 54
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
358 4 0.01
359 62 0.11
360 48 0.08
361 62 0.11
362 5 0.01
363 69 0.12
364 71 0.12
365 50 0.09
366 193 0.33
367 7 0.01
368 3 0.01
369 5 0.01
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (357 bp):
ATTATTTATTTAAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGATATAAAACAATTGTTTTTTATACAAAGC
TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAGAATTTAAAAAA
ATAAATTGTTTACCGAACCAGTTTAAATAGTTAAAACTATTTGAATAATTGTATATTTAAAATCA
TTATAACCTTTTGTTTAGTCAGAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAAT
AATACAAATTTACTAACATTTCAAAAATTAATAAGGAACAATTTAAAAAATAAATTGGTTTACCA
AAACAGTTCAAATAATGATGACCATTTCAACA
Found at i:20780 original size:182 final size:177
Alignment explanation
Indices: 19950--22483 Score: 990
Period size: 180 Copynumber: 14.2 Consensus size: 177
19940 ATTCTAACCT
* ** * * * * **
19950 TTTATTAATACTTGGAAAATTAATCAGTAAGAGATTT-AAAAAGTAAAACTGTTTACCAAA-CCT
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAAAT-AAATTGTTTACCAAATCAG
* * * ** * *
20013 TTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATCTATTCCAATTCATTATAACCTTTTATTTTGTCA
64 TTCAAATAGTTAT-ACTATTTGAACAATTATATATTTAAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGT-A
* * ** **
20078 -ACAAACAATTGGTTCTATTCATACTATTTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
127 TA-AAACAATTGTTTC-ATTTATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
* * * * ** * *** * * *
20130 TTTAATAATACTTT-GACACTTAATAACCAAGAAAATT-AAAAAATAAATCAAAATGA-TAAACC
1 TTTATTAATA-TTTCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAAATAAAT--TGTTTACCAAATC
* * * * ** * * * *
20192 ATTTCAAATAGTAAGACTATATGAATGATTATTTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTC
62 AGTTCAAATAGTTATACTATTTGAACAATTATATATTTAAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGT-
* * **
20257 ATAACATAATTGTTT--TTTATCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAA
126 ATAAAACAATTGTTTCATTTAT-A-A-AAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
* * * *
20310 TTTATTAACATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAAATAAATGTGTTT-GCGAACCAG
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAAATAAAT-TGTTTACCAAATCAG
* * * * * *
20374 TTCAAATAGTTAAAACTATTAGAATAATTATATATTTTAAATCATTCTAACCTTTTGTTTAGTTA
64 TTCAAATAGTT-ATACTATTTGAACAATTATATATTTAAAATCATTATAACCTTTTGTTTTG-TA
* * * * * * * *
20439 GAAAATATTTGTTTCATATCT-TACAATCTTATTCGAAATAAAATAATCCAAA
127 TAAAACAATTGTTTCAT-T-TATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
* * * * * *
20491 TTTATTAACATTTGAAAAATTAATAAGGAAAAGTTTGAAAAAAAATAAATCTGTTTATCAAAACA
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTT--AAAAAAATAAAT-TGTTTACCAAATC-
* * * *
20556 AGTTCAAATAGTGATTACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATCATTATGACCTTTTTCTTTTG
62 AGTTCAAATAGTTA-TACTATTTGAACAATTATATATTTAAAATCATTATAACC-TTTTGTTTTG
* *
20621 ATATAAAACAATTGTTTCAGTTTATAAAAGCTTATCCAAAATAAAAGAATACTAA
125 -TATAAAACAATTGTTTCA-TTTATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
* * * * * *
20676 TTTCTTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAATAGTTTAAAAAAATAAATTAGTTTACCAAATAAAT
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAAATAAATT-GTTTACCAAATCAGT
* * * *
20741 TTAAATAGTTATACTTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
65 TCAAATAGTTATAC-TATTTGAACAATTATATATTTAAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGT-AT
*
20806 AAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
128 AAAACAATTGTTTC-ATTTATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
* * *
20857 TTTACTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGCAATTT-AAAAAGTAAATTGGTTTACCAAATCAG
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAAATAAATT-GTTTACCAAATCAG
* * * * * * * * *
20921 TTCAAATAATTATGGCCATTTCAACAATTATCTATTTTAAATCGTTATAAACATTTTGTTTGGAT
64 TTCAAATAGTTAT-ACTATTTGAACAATTATATATTTAAAATCATTAT-AACCTTTTGTTTTG-T
* * ** * *
20986 ATATAGCAATTGTTTTTTATTATACAAAGTTTATTCAAAATAAAATAATAGTAA
126 ATAAAACAATTGTTTCAT-TTATA-AAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
* * * ** *
21040 TTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAG---AGATTT-AAAAAATAAATTTATTTACCGAACGCGG
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAAATAAA-TTGTTTACC-AAATCAG
* * * * * *
21101 TTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTGTATACTTCAAAT-AGTTATAACCTTTTGTTCTGTC
64 TTCAAATAGTTAT-ACTATTTGAACAATTATATATTTAAAATCA-TTATAACCTTTTGTTTTGT-
* * *
21165 ATAAAA-AATTATTTCTATTTATACAAGCTTATTCAATAT-AAATAATACTAA
126 ATAAAACAATTGTTTC-ATTTATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
* ** * * * * * *
21216 TATAAAAATATTCCAAAAATTAATAACTGAGAGATTT-AAAAAATAAATTTGTTTGCTAAA-CTA
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-AAAAATTTAAAAAAATAAA-TTGTTTACCAAATC-A
* * ** * *
21279 GTTCAAAT-GTTAAGACTATATGAACCTTTATCTATTTCAAATC------A--TTTT-TTTTGTC
63 GTTCAAATAGTT-ATACTATTTGAACAATTATATATTTAAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGT-
* * * * ** * *
21334 ATAAAACAATTTTTTCAATTCACACTAA-CTTAGTT-GGAATAAAATAA-AATGCA
126 ATAAAACAATTGTTTC-ATTTATA-AAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACT-AA
* * * * * * * * ** *
21387 TTTATTCATA-CTAAAAAATTAATATGCAAGAGATTT-AAAAAGT-AATTCTATTACCTAACGCC
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAAATAAATTGT-TTACC-AAATCA
* * * * *** * *
21449 GTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCT-TTTCAAATGGCTATGACCTTTTGTTATGTC
63 GTTCAAATAGTTAT-ACTATTTGAACAATTATATATTTAAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGT-
* * ** * **
21513 ATAAAACAAATGTTTTTCATTCATGTAAGTTTGCTC-AAATAAAAT-ATACTAA
126 ATAAAAC-AAT-TGTTTCATTTATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
* * * *
21565 TCTATTAATATTTCAAAAATTAATAACG----GATTT-AAAAAATAAATCTTTTTATCAAA-CTA
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-GTAAAAATTTAAAAAAATAAAT-TGTTTACCAAATC-A
* * * * ** * *
21624 GTTCAAATAGTTATGATTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTCTAT-
63 GTTCAAATAGTTAT-ACTATTTGAACAATTATATATTTAAAATCATTATAACCTTTTGTT-T-TG
* * * *** * *
21688 TATAAAACAATAGTTT-TTGTTCATACAAGCTTATT-TGGATTAAATAATACCAA
125 TATAAAACAATTGTTTCAT-TT-ATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
* * * ***
21741 TTTATTAATATTTCAACAATTAATAGGTAAAAAATTT-AAAAAATAAATATGCTTATTGAA-CTA
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-AAAAATTTAAAAAAATAAAT-TGTTTACCAAATC-A
* * * * * **
21804 GATCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCAT-TTTCAAATCGTTATGGCCTTTTGTTTTGT
63 GTTCAAATAGTTAT-ACTATTTGAACAATTAT-ATATTTAAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGT
* ** * * * ** *
21868 CATAAAAAAATCATTTCGGTTCATATAAGCTTATTTGAAAT-GAATAATACTAA
126 -ATAAAACAATTGTTTC-ATTTATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
** * * * * *
21921 GCTATTAATATTT-TAAAATTAATAATTAAGAGATTT-AAAAAATGAATCTATTTA--AGAA--A
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAAATAAAT-TGTTTACCA-AATCA
* * * * *
21980 ---C--A-AG-T-TACTATTTGAACAGTTATCTATTGAAATTGC--TATAACCTTTTTGTTTTAT
63 GTTCAAATAGTTATACTATTTGAACAATTATATATTTAAAAT-CATTATAACC-TTTTGTTTTGT
* * *
22035 CATAAAA-ATGATTTTTTTCTATTCATACAAA-CTTATTTC-GAATAAAATAATAC-AA
126 -ATAAAACA--A-TTGTTTC-ATTTATA-AAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACTAA
* *
22090 ---A--AA-A---C---AATTAACAAGTAAAAAATTTAAAAAAATAAATTTGTTTACCGAA-CAA
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-AAAAATTTAAAAAAATAAA-TTGTTTACCAAATC-A
* ** * * ** * *
22142 GTTCAAATCGTTATGACTATTTGTGCAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTTTTTTTGT
63 GTTCAAATAGTTAT-ACTATTTGAACAATTATATATTTAAAATCATTATAACC-TTTTGTTTTG-
* * * * **
22207 TATAAGACAATAGTTT-TTGTTCATATAAGCTTATTC-GGATGAAAATAATAC-AA
125 TATAAAACAATTGTTTCAT-TT-ATAAAAGCTTATTCAAAAT-AAAATAATACTAA
* * * *
22260 TTTATTAATA-TTCTAACAATTAATAAGTAAAAAATTT-AAAAAATAAATATGCTTACTAACT-A
1 TTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGT-AAAAATTTAAAAAAATAAAT-TGTTTACCAAATCA
* * * * * ** * * **
22322 GATCAAATAGTCATGACTATTTGACCAATTATCA-ACTTCAAATGGTTATGACATTTTCCTTTGT
63 GTTCAAATAGTTAT-ACTATTTGAACAATTAT-ATATTTAAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGT
* * * * ** *
22386 CATAAAAAAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTTTGAAATAAAATAATGCTAA
126 -ATAAAACAATTGTTTC-ATTTATAAAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACTAA
* * * *
22441 GTTATTAATATTAT-GAAAATTAATAACTAAGAGA-TTAAAAAAA
1 TTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAAA
Statistics
Matches: 1809, Mismatches: 389, Indels: 311
0.72 0.16 0.12
Matches are distributed among these distances:
158 14 0.01
159 16 0.01
160 3 0.00
162 1 0.00
163 1 0.00
164 2 0.00
165 1 0.00
166 8 0.00
167 38 0.02
168 8 0.00
169 48 0.03
170 104 0.06
171 59 0.03
172 21 0.01
173 5 0.00
174 5 0.00
175 62 0.03
176 100 0.06
177 20 0.01
178 61 0.03
179 150 0.08
180 412 0.23
181 341 0.19
182 119 0.07
183 82 0.05
184 47 0.03
185 80 0.04
186 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (177 bp):
TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAAATAAATTGTTTACCAAATCAGTT
CAAATAGTTATACTATTTGAACAATTATATATTTAAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTATAAA
ACAATTGTTTCATTTATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
Done.