Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019168365.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_585, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 22273
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.11, T:0.39
Found at i:708 original size:309 final size:309
Alignment explanation
Indices: 129--711 Score: 668
Period size: 309 Copynumber: 1.9 Consensus size: 309
119 ATTTGAATTT
* * *
129 GTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTTAAACTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAG
1 GTTCGATAAACAAATTTATTTGTTTAAACTATTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAG
* ** * *
194 TATTATTTTAATTTGGATAAGCTTTAATGAACTGGAATAATTGTTTTATGTCAAAACAAAAGGTC
66 TATTATTTTAATTTGAATAAGCTTTAATGAACTAAAACAATTGTTTTATGTAAAAACAAAAGGTC
* * * * * * * *
259 ATACCAATTTTAAATAAATAATTGTCTAAGTAGTCATAACTATTTGAATTTATTCGATAAGCAGA
131 ATAACAATTTGAAATAAATAATTGTCTAAGTAGCCATAACTATTTAAACTAATTCGAAAACCAGA
* ** *
324 TTTATTTTTTCAAATCTTTTGCTTAGTAATTTTCTGAATGTCAATAAATTTAGATTATTTTATTC
196 TTTATTTTTTCAAATCTTCTGCTTAGTAATTTTAGGAATATCAATAAATTTAGATTATTTTATTC
389 CAAATAAGCTTGTAAGATATAAAACAAATATTTTATGACTAAACAAAAG
261 CAAATAAGCTTGTAAGATATAAAACAAATATTTTATGACTAAACAAAAG
* **
438 GTTCGATAAATAAATTTA-TTGTTTAAATCTATTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATCAATT-
1 GTTCGATAAACAAATTTATTTGTTTAAA-CTATTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTA
*
501 GTATTATTTTATTTTGAATAAGC-TTATATG-A-TAAAACAATTGTTTTTATG-AAAAACACAAA
65 GTATTATTTTAATTTGAATAAGCTTTA-ATGAACTAAAACAATTG-TTTTATGTAAAAACA-AAA
* * * *
562 GGTCATAATAATTTGAAATAGATAATCAT-TC-AAGTGGCCATAATTATTTTAAACTAATTCGGT
127 GGTCATAACAATTTGAAATAAATAAT--TGTCTAAGTAGCCATAACTA-TTTAAACTAATTC-G-
* * *
625 AAAACCAGTTTTTATTTTTT-AAAT-TTCTGACTTATTAA-TTTAGGAATATTAATAAA-TTAGT
187 AAAACCAG-ATTTATTTTTTCAAATCTTCTG-CTTAGTAATTTTAGGAATATCAATAAATTTAG-
* **
686 ATTATTTTATTCTATCTAAGCTTGTA
249 ATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTA
712 TTAATTGAAA
Statistics
Matches: 228, Mismatches: 34, Indels: 24
0.80 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
306 14 0.06
307 48 0.21
308 48 0.21
309 91 0.40
310 17 0.07
311 10 0.04
ACGTcount: A:0.38, C:0.09, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (309 bp):
GTTCGATAAACAAATTTATTTGTTTAAACTATTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAG
TATTATTTTAATTTGAATAAGCTTTAATGAACTAAAACAATTGTTTTATGTAAAAACAAAAGGTC
ATAACAATTTGAAATAAATAATTGTCTAAGTAGCCATAACTATTTAAACTAATTCGAAAACCAGA
TTTATTTTTTCAAATCTTCTGCTTAGTAATTTTAGGAATATCAATAAATTTAGATTATTTTATTC
CAAATAAGCTTGTAAGATATAAAACAAATATTTTATGACTAAACAAAAG
Found at i:1388 original size:179 final size:173
Alignment explanation
Indices: 459--1922 Score: 703
Period size: 178 Copynumber: 8.3 Consensus size: 173
449 AAATTTATTG
* * *
459 TTTAAATCTATTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATCAATT-GTATTATTTTATTTTG-AATAA
1 TTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTATTTTGAAATAA
* * * * * *
522 GCTTATAT-GATAAAACAATTGTTTTTATGAAAAACACAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATA
64 GCTTGTATAAATAGAACAATTG--TTT-TGACAAATA-AAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATA
* * * * * * * * *
586 ATCATTCAAGTGGCCATAATTATTTTAAACTAATTCGGTAAAACCAGTTTTTATTT
125 ATTATTCAAATAGTC-TAACTA-TTTGAACTAGTTCGG-CAAA-CAG-ATTTA--T
* * * * **
642 TTTAAATTTCTGACTTATTAA-TTTAGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-ATCTAA
1 TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTA-AAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTATTTTGAAATAA
* * * *
705 GCTTGTATTAATTGAAACAATTGTTTTTGACAAATTAAAGGTTATAATGATTT-AAATAGATAAT
64 GCTTGTATAAATAG-AACAATTG-TTTTGACAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAAT
* * * * * * *
769 TCTTTAAATAATAATAATTATTTGAACTTA-TTCAGCAAATAGATTTATTT
127 TATTCAAATAGT-CTAACTATTTGAAC-TAGTTCGGCAAACAGATTTA--T
* * * * * *
819 TTTTAATCACTTTCTTATTAATTTTCCAAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTCT-AAATAA
1 TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-AAAATATTAATAAATTAGTATT-ATTTATTTTGAAATAA
* * *
883 GCTTGTATGAACT-GAA-ACATTGTTTTGACTCAATAAAAGGTCA-AACGATTTGAAAATAGATA
64 GCTTGTAT-AAATAGAACA-ATTGTTTTGAC-AAATAAAAGGTCATAATGATTTG-AAATAGATA
** * **
945 ATTATTTTAATAGTCTTAA-TCATTTGAACTAATTCGATAAACAG-TTTAT
125 ATTATTCAAATAGTC-TAACT-ATTTGAACTAGTTCGGCAAACAGATTTAT
* * ** *
994 TTTAAATCT-GTACTTAATAATTTTAAAATATTTTTAAATTAGTATTATTTTAATTTG-AATAAG
1 TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTATTTTGAAATAAG
* * * *
1057 CTTGTACAAACA-AACAATTCTTTTATGACAAA-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATC
65 CTTGTATAAATAGAACAATT-GTTT-TGACAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATT
* * * **
1120 ATTCATATAGTCTTACTA-TTGAACTAGTTGGGCAATTAGATTTATTT
128 ATTCAAATAGTCTAACTATTTGAACTAGTTCGGCAAACAGATTTA--T
* * ** ** * *
1167 TTTAATTTTCTTGGTTATTAAGTTTCGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTATTTTGAAATAAA
1 TTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTATTTTGAAATAAG
* * *
1232 ATAGTATAAATAGAACCAATTGTTTGCTGACAAAATAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAA
65 CTTGTATAAATAGAA-CAATTGTTT--TGAC-AAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAA
* * * *
1297 TTAATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAAATAGTTTGGCAAGCAGATTTA-
126 TT-ATTCAAATAGTC-TAACTATTTGAACTAGTTCGGCAAACAGATTTAT
* * * ** * *
1346 CTTAAATCTCTTACTGATTAATTTTATAAATGTTAATAAATTAGTACAATTT-TATTTCAAACAA
1 TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTA-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTAT-TTTGAAATAA
** * * * * * * * *
1410 ATTTATATTAACAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAAGTAATAACGATTTG-AATAG---
64 GCTTGTATAAATAGAACAATTG-TTT-TGAC-AAA-TAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATA
* * * * * * *
1471 A--ATTC-AATAGTTATAATTATTTGAACTAGTTCAGTAAATAAAATTATT
125 ATTATTCAAATAG-TCTAACTATTTGAACTAGTTCGGCAAACAGATTTA-T
* * *
1519 TTCTAAATCTCTTA--TA--AATTTTAGAAATATTAATAAATTAATTTTATTCTA-TTTCAAATA
1 TT-TAAATCTCTTACTTATTAATTTTA-AAATATTAATAAATTAGTATTATT-TATTTTGAAATA
* * * * * ** *
1579 AGCTTGTATAAGTTGAAAGAATTATTTTATGACAAA-ACAA-GTCATAACAATTTGAAATAAATA
63 AGCTTGTATAAATAG-AACAATT-GTTT-TGACAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATA
* * ** * * * * *
1642 ATTGTTCATATAGTCTTAGTTATTTGAACTGGTTTGACAAACATATTCATTT
125 ATTATTCAAATAGTC-TAACTATTTGAACTAGTTCGGCAAACAGATT--TAT
* * * *
1694 TTTAAA--TCTTAGTTATTAATTTTTAGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCTG-AATAA
1 TTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTATTTTGAAATAA
* * * * * * * * * **
1756 GCTTTTATGAACAGAAACAAATT-TTATAATAGAAAAAATAAGTTATAACAATTTGAAATAGATA
64 GCTTGTATAAATAG-AAC-AATTGTTTTGACA-AATAAA-AGGTCATAATGATTTGAAATAGATA
* * ** *
1820 ATTGTTCAAATAGTCATAACTCTTTG-ACTAAGTTTAGCAAACAAATTTATTT
125 ATTATTCAAATAGTC-TAACTATTTGAACT-AGTTCGGCAAACAGATTTA--T
* *
1872 TTTAAA--T-GT-CTTATTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTA-TATTTATTT
1 TTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTATTT
1923 CAAAAAAGCT
Statistics
Matches: 988, Mismatches: 215, Indels: 165
0.72 0.16 0.12
Matches are distributed among these distances:
167 12 0.01
168 7 0.01
170 59 0.06
171 51 0.05
172 49 0.05
173 63 0.06
174 83 0.08
175 57 0.06
176 89 0.09
177 73 0.07
178 173 0.18
179 108 0.11
180 21 0.02
181 31 0.03
182 50 0.05
183 48 0.05
184 6 0.01
185 8 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (173 bp):
TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTATTTTGAAATAAGC
TTGTATAAATAGAACAATTGTTTTGACAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATT
CAAATAGTCTAACTATTTGAACTAGTTCGGCAAACAGATTTAT
Found at i:2030 original size:130 final size:133
Alignment explanation
Indices: 1808--2055 Score: 328
Period size: 130 Copynumber: 1.9 Consensus size: 133
1798 TTATAACAAT
* * * *
1808 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTCTTTGACTAAGTTTAGCAAACAAATTTATTTT
1 TTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTGACTAAGTTTAGCAAACAAATTTAATTT
**
1873 TTAAATGTCTTATTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTA-TA-TTTATTTCAAAAAAGCTTGC
66 TTAAATCACTTATTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTACTTTATTTCAAAAAAGCTTGC
1936 ATG
131 ATG
* * *
1939 TTGAAATAAATAATTGCTCAAATACGGT-ATAACTATTTGAACT-AG-TTA-TAAATAGATTTAA
1 TTGAAATAAATAATTGCTCAAATA--GTCATAACTATTTG-ACTAAGTTTAGCAAACAAATTTAA
* *
2000 TTTTTAAATCACTTATTAATTTTTGAAATATTAATATATTAGTATTACTTTATTTC
63 TTTTTAAATCACTTATTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTACTTTATTTC
2056 GAACAAACTT
Statistics
Matches: 101, Mismatches: 11, Indels: 9
0.83 0.09 0.07
Matches are distributed among these distances:
130 49 0.49
131 27 0.27
132 20 0.20
133 5 0.05
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.09, T:0.44
Consensus pattern (133 bp):
TTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTGACTAAGTTTAGCAAACAAATTTAATTT
TTAAATCACTTATTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTACTTTATTTCAAAAAAGCTTGC
ATG
Found at i:2455 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 2010--2606 Score: 536
Period size: 182 Copynumber: 3.3 Consensus size: 180
2000 TTTTTAAATC
* * * * * * * *
2010 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATATATT-AGTATTACTTTATTTCGAACAAACTTATATGAAC
1 ACTTATTAATTTTTGAAATA-TAATAAATTCA-TGTTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAAT
* * *
2074 AAAAACCATTTATTTTATGACAAAACAAAAGTTAATAACGATTTGAAAATAGATAAGTATTCAAT
64 AAAAA-AAATTATTTTATGACAAAAC-AAAGGTAATAACGATTTGAAAATAGATAAGTATTCAAT
* *
2139 TAGTCATAATTATTTGAACTGGTTATGTAAAAAGAATTATTTTTTAAATCTGTT
127 TAGTCATAAATATTTGAACTGGTTATGTAAAAAGAATTATTTTTTAAATCTCTT
* * *
2193 ACTTATTAATTTTTGAAATATAATAAATTCATTTTATTTTATTCCAAATAATCTAGTATGAATTA
1 ACTTATTAATTTTTGAAATATAATAAATTCATGTTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAA-T-
* * * * *
2258 AAAAAAAACTTATTTTATGAC-AAACAAAGGTCATAATGATTTG-AAGTAGATAATTATTCTA-T
64 AAAAAAAA-TTATTTTATGACAAAACAAAGGTAATAACGATTTGAAAATAGATAAGTATTCAATT
* * * *
2320 AGTCTTAAATATTTGAACTGGTTTTG-ACAAAGAAATT-TTTTTTAATTCTCTT
128 AGTCATAAATATTTGAACTGGTTATGTAAAAAG-AATTATTTTTTAAATCTCTT
* * *
2372 AGTTATTAATTTTTTGGAATTATTATTAAA-TCAGTGTTATTTTATTCCAAAATAAACTTGTATG
1 ACTTATTAA-TTTTT-GAAATA-TAATAAATTCA-TGTTATTTTATTCC-AAATAAACTTGTATG
* * * * * ** * *
2436 AATAAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTTA-AACGATTT-CAAGTTCATAATTGTTCA
61 AATAAAAAAAATTATTTTATGACAAAAC-AAAGGTAATAACGATTTGAAAATAGATAAGTATTCA
* * *
2499 AATAGTCA-AAACTATTTGAACTAAGTTA-GTAAACAA-ATTTATTTTTTAAATCTCTT
125 ATTAGTCATAAA-TATTTGAACT-GGTTATGTAAA-AAGAATTATTTTTTAAATCTCTT
* * * *
2555 ACTTATTAATTTTTGAAAGATTAGTAAATT-AGTATTATTTTATTCTAAATAA
1 ACTTATTAATTTTTGAAATA-TAATAAATTCA-TGTTATTTTATTCCAAATAA
2607 GATTGAACTT
Statistics
Matches: 344, Mismatches: 50, Indels: 43
0.79 0.11 0.10
Matches are distributed among these distances:
179 26 0.08
180 51 0.15
181 83 0.24
182 97 0.28
183 68 0.20
184 19 0.06
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
ACTTATTAATTTTTGAAATATAATAAATTCATGTTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAATAA
AAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAGGTAATAACGATTTGAAAATAGATAAGTATTCAATTAGT
CATAAATATTTGAACTGGTTATGTAAAAAGAATTATTTTTTAAATCTCTT
Found at i:2677 original size:362 final size:354
Alignment explanation
Indices: 1994--2956 Score: 915
Period size: 358 Copynumber: 2.7 Consensus size: 354
1984 TTATAAATAG
** * * * * * *
1994 ATTTAATTTTTAAATCACTTATTAATTTTTGAAATATTAATATATTAGTATTACTTTATTTCGAA
1 ATTT-ATTTTTAAATCACTTATTAAAATTTGAAATATTAATAAATCAGTGTTATTTTATTCCAAA
* * * *
2059 CAAACTTATATGAACAAAAACCATTTATTTTATGACAAAACAAAAGTTAATAACGATTTGAAAAT
65 TAAACTTGTATGAATAAAAA-CAATTATTTTATGACAAAACAAAAGTT-ATAACGATTT-AAAAT
* * * * * *
2124 AGATAAGTATTCAATTAGTCATAATTATTTGAACTGGTTATGTAAA-AAGAATTATTTTTTAAAT
127 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTA-GTAAACAA-ATTTATTTTTTAAAT
* * *
2188 CTGTTACTTATTAATTTTTGAAATA-TAATAAATTCA-TTTTATTTTATTCCAAATAATCTAGTA
190 CTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTCCAAATAA-CGAGTA
* * * *
2251 TGAATTAAAAAAAAACTTATTTTATGACAAACAAAGGTCATAATGATTTGAAGTAGATAATTATT
253 TGAATTAAAAAAAAACTTATTATATGACAAACAAAGGTAATAATGACTTGAAATAGATAATTATT
* * * * * *
2316 -CTATAGTCTTAAATATTTGAACTGGTTTTGACAAAGAA
318 AC-ATAGCCATAAATATTTGAA-TAGATTCGACAAACAA
* * * * *
2354 ATTT-TTTTTAATTCTCTTAGTTATTAATTTTTTGGAATTATTATTAAATCAGTGTTATTTTATT
1 ATTTATTTTTAAATCACTTA-TTA--AA--ATTT-GAAATATTAATAAATCAGTGTTATTTTATT
* *
2418 CCAAAATAAACTTGTATGAATAAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTTA-AACGATTTC
60 CC-AAATAAACTTGTATGAATAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAA-GTTATAACGATTTA
* ** *
2482 AAGTTCATAATTGTTCAAATAGTCAAAACTATTTGAACTAAGTTAGTAAACAAATTTATTTTTTA
123 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-AGTTAGTAAACAAATTTATTTTTTA
* * *
2547 AATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAGTAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAA-GA-T
187 AATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAACGAGT
* * * * *
2610 -TGAACTTTCAAATAAAA-TTGTTATATGATGAAGCAAAAGGTAATAATGACTTGAAATAGATAA
252 ATGAA--TTAAAAAAAAACTTATTATATGA-CAAAC-AAAGGTAATAATGACTTGAAATAGATAA
* *
2673 TTATTGACATGGCCATAATTATTTGAATAGATTCGACAAACAA
313 TTATT-ACATAGCCATAAATATTTGAATAGATTCGACAAACAA
* * * *
2716 ATTTACTTTTTAAATCACTTATTAAAATTTGAAATATTAATAAATTAGTTTTATTTTATTTCGAA
1 ATTTA-TTTTTAAATCACTTATTAAAATTTGAAATATTAATAAATCAGTGTTATTTTATTCCAAA
* * * * * * * * *
2781 TAAGCTTGTACGAACT-GAAACGATTGTTCTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAACA
65 TAAACTTGTATGAA-TAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAA-GTTATAACGATTTAAAATA
* * * * * *
2845 GATAATTGTTCATATAGTCTTAACTGTTAGAACTACTTCAGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCT
128 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTT-AGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCT
* * *
2910 TTTAGTTATTAATTTTT-AGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATT
192 CTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
2957 TTGAATATGC
Statistics
Matches: 495, Mismatches: 84, Indels: 50
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
357 44 0.09
358 145 0.29
359 10 0.02
360 14 0.03
361 16 0.03
362 120 0.24
363 62 0.13
364 62 0.13
365 22 0.04
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (354 bp):
ATTTATTTTTAAATCACTTATTAAAATTTGAAATATTAATAAATCAGTGTTATTTTATTCCAAAT
AAACTTGTATGAATAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGTTATAACGATTTAAAATAGAT
AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA
CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAACGAGTATGAATTAA
AAAAAAACTTATTATATGACAAACAAAGGTAATAATGACTTGAAATAGATAATTATTACATAGCC
ATAAATATTTGAATAGATTCGACAAACAA
Found at i:2717 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 2010--2957 Score: 487
Period size: 181 Copynumber: 5.2 Consensus size: 180
2000 TTTTTAAATC
* * *
2010 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATATATTAGTATTACTTTATTTCGAACA-AACTTATATGAA-
1 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AA-ATAA--GAT-TGAAC
* * * * * * *
2073 CAAA--AACCATTTATTTTATGACAAAACAAAAGTTAATAACGATTTGAAAATAGATAAGTATTC
61 CAAATGAAACA-TTGTTATATGACAAAACAAAAGGTAATAACGACTTG-AAACAGATAATTATTC
* * * ** * * *
2136 A-ATTAGTCATAATTATTTGAACTGGTT-ATGTAAA-AAGAATTATTTTTTAAATCTGTT
124 ACA-TAGCCATAACTATTAGAACTAATTCA-GCAAACAA-ATTTATTTTTTAAATCTCTT
* * * *
2193 ACTTATTAATTTTTGAAATA-TAATAAATTCA-TTTTATTTTATTCCAAATAATCTAGTATGAAT
1 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTCAAATAA--GA-T-TGAAC
* * * * * * * * **
2256 TAAA-AAAAAACTTATTTTATGAC-AAAC-AAAGGTCATAATGATTTGAAGTAGATAATTATTC-
61 CAAATGAAACA-TTGTTATATGACAAAACAAAAGGTAATAACGACTTGAAACAGATAATTATTCA
* * * * * ** ** * *
2317 TATAGTCTTAAATATTTGAACTGGTTTTGACAAAGAAA-TT-TTTTTTAATTCTCTT
125 CATAGCCATAACTATTAGAACTAATTCAG-CAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTT
* * * * * * * *
2372 AGTTATTAATTTTTTGGAATTATTATTAAATCAGTGTTATTTTATTCCAAAATAA-ACTTGTA-T
1 ACTTATTAA-TTTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGA-TTGAACC
* * * * * * * * * **** *
2435 GAATAAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTTA-AACGATTTCAAGTTCATAATTGTTCA
62 AAAT-GAAA-CATTGTTATATGACAAAACAAAAGGTAATAACGACTTGAAACAGATAATTATTCA
* * * * *
2499 AATAGTCAAAACTATTTGAACTAAGTT-AGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTT
125 CATAGCCATAACTATTAGAACTAA-TTCAGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTT
* *
2555 ACTTATTAATTTTTGAAAGATTAGTAAATTAGTATTATTTTA-TTCTAAATAAGATTGAACTTTC
1 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGATTGAAC---C
** * * * *
2619 AAAT-AAA-ATTGTTATATGATGAAGCAAAAGGTAATAATGACTTGAAATAGATAATTATTGACA
62 AAATGAAACATTGTTATATGACAAAACAAAAGGTAATAACGACTTGAAACAGATAATTATTCACA
* * * *
2682 TGGCCATAATTATTTGAA-TAGATTC-GACAAACAAATTTACTTTTTAAA--TC--
127 TAGCCATAACTATTAGAACTA-ATTCAG-CAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTT
** * * * * * *
2732 ACTTATTAAAATTTGAAATATTAATAAATTAGTTTTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTACGAACT
1 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGATTGAACCAAAT
* * * * *
2797 GAAACGATTGTTCTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAACAGATAATTGTTCATATAG
66 GAAAC-ATTGTTATATGACAAAACAAAAGGTAATAACGACTTGAAACAGATAATTATTCACATAG
* * * * *
2862 TCTTAACTGTTAGAACTACTTCAGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTT
130 CCATAACTATTAGAACTAATTCAGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTT
* *
2913 AGTTATTAATTTTT-AGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTT
1 ACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
2958 TGAATATGCT
Statistics
Matches: 608, Mismatches: 114, Indels: 88
0.75 0.14 0.11
Matches are distributed among these distances:
174 3 0.00
175 3 0.00
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178 9 0.01
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181 178 0.29
182 97 0.16
183 58 0.10
184 18 0.03
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGATTGAACCAAAT
GAAACATTGTTATATGACAAAACAAAAGGTAATAACGACTTGAAACAGATAATTATTCACATAGC
CATAACTATTAGAACTAATTCAGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTT
Found at i:2921 original size:358 final size:355
Alignment explanation
Indices: 1994--5763 Score: 1036
Period size: 348 Copynumber: 10.7 Consensus size: 355
1984 TTATAAATAG
* * *
1994 ATTTAATTTTTAAATCACTTATTAATTTTTGAAATATTAATATATTAGTATTACTTTATTTCGAA
1 ATTT-ATTTTTAAATCACTTATTAAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAA
* * * * *
2059 CAAACTTATATGAACAAAAACCATTTATTTTATGACAAAACAAAAGTTAATAACGATTTGAAAAT
65 TAAACTTGTATGAACTAAAA-CAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACGATTTG-AAAT
* * * * *
2124 AGATAAGTATTCAATTAGTCATAATTATTTGAACTGGTTATGTAAA-AAGAATTATTTTTTAAAT
128 AGATAATTGTTCAA-TAGTCATAACTATTTGAACTAGTTA-GTAAACAA-ATTTATTTTTTAAAT
* * *
2188 CTGTTACTTATTAATTTTTGAAATA-TAATAAATTCA-TTTTATTTTATTCCAAATAATCTAGTA
190 CTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTCCAAATAA-CGAGTA
* * * *
2251 TGAATTAAAAAAAAACTTATTTTATGACAAACAAAGGTCATAATGATTTGAAGTAGATAATTATT
253 TGAATTAAAAAAAAACTTATTATATGACAAACAAAGGTAATAATGACTTGAAATAGATAATTATT
* * * * * *
2316 CTATAGTCTTAAATATTTGAACTGGTTTTGACAAAGAA
318 CTATAGCCATAAATATTTGAACTAGATTCGACAAACAA
* * * * * *
2354 ATTT-TTTTTAATTCTCTTAGTTATTAATTTTTTGGAATTATTATTAAATCAGTGTTATTTTATT
1 ATTTATTTTTAAATCACTTA-TTA--AA--TTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * *
2418 CCAAAATAAACTTGTATGAA-TAAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTTA-AACGATTT
60 TC-GAATAAACTTGTATGAACT-AAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACGATTT
* * ** *
2481 CAAGTTCATAATTGTTCAAATAGTCAAAACTATTTGAACTAAGTTAGTAAACAAATTTATTTTTT
123 GAAATAGATAATTGTTC-AATAGTCATAACTATTTGAACT-AGTTAGTAAACAAATTTATTTTTT
* * *
2546 AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAGTAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAA-GA-
186 AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAACGAG
* * * * *
2609 T-TGAACTTTCAAATAAAA-TTGTTATATGATGAAGCAAAAGGTAATAATGACTTGAAATAGATA
251 TATGAA--TTAAAAAAAAACTTATTATATGA-CAAAC-AAAGGTAATAATGACTTGAAATAGATA
* *
2672 ATTATTGAC-ATGGCCATAATTATTTGAA-TAGATTCGACAAACAA
312 ATTATT--CTATAGCCATAAATATTTGAACTAGATTCGACAAACAA
* *
2716 ATTTACTTTTTAAATCACTTATTAAAATTTGAAATATTAATAAATTAGTTTTATTTTATTTCGAA
1 ATTTA-TTTTTAAATCACTTATTAAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAA
* * * * * * * *
2781 TAAGCTTGTACGAACTGAAACGATTGTTCTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAACAG
65 TAAACTTGTATGAACTAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAG
* * * * * *
2846 ATAATTGTTCATATAGTCTTAACTGTTAGAACTACTTCAGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTT
130 ATAATTGTTCA-ATAGTCATAACTATTTGAACTAGTT-AGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC
* * *** * **
2911 TTAGTTATTAATTTTT-AGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAT-ATGCTTAT--A
193 TTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAACGAGTATGAA
** * * * * * * *
2972 -TAAACTAAAACATTATTTTATAACTTAATAATAGGTTAT-A-GCAATTGAAATAGATAATTGTT
257 TTAAAAAAAAAC-TTATTATATGAC-AAACAA-AGGTAATAATG-ACTTGAAATAGATAATTATT
* * * * **
3034 C-A-A---AT--AGA----AACCA-ATT-TAGTAAATGA
318 CTATAGCCATAAATATTTGAACTAGATTCGA-CAAACAA
* * **
3060 ATTTATTTTTTAAATCTCCTATTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATCC
1 ATTTA-TTTTTAAA--T-C-ACTTATTAAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
** * *** * * * *
3125 CGAATAGGCTTATATGATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAGAAAAGTTCATAACGATTTGAA
61 CGAATAAACTTGTATGAACTAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACGATTTGAA
* * * * * * ** * *
3190 ATAGATAATTATTCAA-ATGGCTACAATTATTTGAA-TCAATTTGATAAACTGACTTAATTTTTA
126 ATAGATAATTGTTCAATA-GTC-ATAACTATTTGAACT-AGTTAG-TAAACAAATTTATTTTTTA
* * * * * * * * *
3253 AATATCTAACTCATCAATTTTTGAAATTTTAATAAAATAATATTATTTTA-TCTCGAATAA-G-C
187 AATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC-CAAATAACGAG
* * * * * * * * * *
3315 T-T--TTTCAAACTGAAACAA-TTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTTATATTTATTTTAAATAGA
251 TATGAATT-AAA---AAAAAACTTATTATATGA-CAAAC-AAAGGTAATAATGACTTGAAATAGA
* * * * * ** * **
3376 TAATTGTT-TAAATCATCATAACTATTTAAACT-TTTTTGGTAAACAA
310 TAATTATTCTATAGC--CATAAATATTTGAACTAGATTCGACAAACAA
** ** * * *
3422 ATTTATTTTTTAAAATTTCTTATGTTTTGATGTTCT-ACATGTTAATAAATTAGTATCATTTTAT
1 ATTTA-TTTTT-AAATCACTTA---TTAAAT-TT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * * * * * * * *
3486 TTCAAATAAGCATGTATGAGCTAAAAAAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTTAGAATGGTTTG
59 TTCGAATAAACTTGTATGAACTAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACGATTTG
* * * *
3551 AAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCTA-TAAGCATATTTATTTTTT
124 AAATAGATAATTGTTC-AATAGTCATAACTATTTGAACTAG-T-TAGTAAACAAATTTATTTTTT
* * * * *
3615 AAA--TC-T-CTTATTAATTTTT-AGAATATTATTAATTTAGCAATATTTTACTT-CGAATAAGC
186 AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCCAAATAA-C
* * * * ** * * * *
3674 TAGTGTGAA-T-AAAAACAA-TTATTTTATGACCAAATGAAGATCATAATGATTTGAGATAGATA
248 GAGTATGAATTAAAAAAAAACTTATTATATGA-CAAACAAAGGTAATAATGACTTGAAATAGATA
* * * * * * * *
3736 ATTGTTCAAATCA-TCATAACTATTTGAA-TTGGTTCGATAAATAGA
312 ATTATTC-TAT-AGCCATAAATATTTGAACTAGATTCGACAAACA-A
* * * *
3781 TTTTGTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTT-TTTCTGAA
1 ATTTATTTTTAAATCACTTATTAAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAA
** * * * * * *
3844 TAATTTTGTATGAA-TAGAAAACAA-TATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATGG-ATATGACCAT
65 TAAACTTGTATGAACT--AAAACAATTATTT--TAT-GACAA-A--ACAAAAGGTA-ATAACGAT
* * * * * * * * ** *
3906 TTGAACTTG-T-TTTGTGAACAA-A-T--TTA-TTTTTTAA--A-TCT-CT-AACTTA-TTAATT
121 TTGAAATAGATAATTGT--TCAATAGTCATAACTATTTGAACTAGT-TAGTAAACAAATTTATTT
* * * * * * * **
3958 TTTAGAA--TATTAATAAATTAGTATTATTT--TATTTCGAATAAATTTGTATT-----ATTGGA
183 TTTA-AATCTCTTACT-TATTA--ATT-TTTGAAATAT-TAATAAATTAGTATTATTTTATTCCA
* * ** * * * *
4014 AACAAC---TAT--TTTATGACAAAAC--A--A-A--A-TATC--A--TAACAAT---TTGAAAT
242 AATAACGAGTATGAATTAAAAAAAAACTTATTATATGACAAACAAAGGTAATAATGACTTGAAAT
* * * * ** * **
4059 AAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT--CCTAGGTAAACAA
307 AGATAATTATTC-TATAGCCATAAATATTTGAACTAGATTCGACAAACAA
* *** * * *
4107 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGTCTTTTAAGAAATTAGTATTCTTTTATTT
1 ATTTA-TTTTTAAATC----ACTTATTAAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * * *
4172 CGAATAAGCTTTTATGAACAAAAACAATTGA-TTTATGATAAAACAAAAGG-ACATAACAATTTG
61 CGAATAAACTTGTATGAACTAAAACAATT-ATTTTATGACAAAACAAAAGGTA-ATAACGATTTG
* ** * *
4235 AAGTAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACGT-GTTCAAAAAACATACTTATTTTTT
124 AAATAGATAATTGTTC-AATAGTCATAACTATTTGAAC-TAGTT-AGTAAACAAATTTATTTTTT
* ** *
4299 AAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTGAAATAAGCT
186 AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCCAAATAA-CG
* * * ** * * ** **
4362 TGCATGAA-T-AGAACCAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGCCATAATGTTTTTGAAATAGAT
249 AGTATGAATTAAAAAAAAACTTATTATATGAC-AAAC-AAAGGTAATAATG-ACTTGAAATAGAT
* * * * * ** *
4424 AATTGTTCTAATAGTCATAACTATTTAAAC-ATG-TTTGGTAAACAT
311 AATTATTCT-ATAGCCATAAATATTTGAACTA-GATTCGACAAACAA
* * * * *
4469 ATTCATTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC
1 ATTTA-TTTTTAAATCACTTA-T--TAAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC
* * ** * ** * * ** *
4534 -AGATAAGCTTATATGAGTTGAAACAATCGTTTTACT-ACAAAACAAAAGGTCACAATAATTTAA
62 GA-ATAAACTTGTATGAACTAAAACAATTATTTTA-TGACAAAACAAAAGGTAATAACGATTTGA
* * * * * * * *
4597 AATAAACAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTAAATTTA-TTCAGAAAACATATTTATTTTTTA
125 AATAGATAATTGTTC-AATAGTCATAACTATTTGAA-CTAGTT-AGTAAACAAATTTATTTTTTA
* * * * * **
4661 AATATTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAA-GCTT
187 AATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAACGAGT
* * * * * * * * ** * *
4725 GTGTAAAT-AGAAACAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAAT
252 ATG-AATTAAAAAAAAACTTATTATATGAC-AAAC-AAAGGTAATAATGACTTGAAATAGATAAT
* ** * * * *** *
4788 TATTCAAATAGTTATAAAGATTTGAAGTTG-TTCGGTGAACAT
314 TATTC-TATAGCCATAAATATTTGAACTAGATTCGACAAACAA
* *
4830 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT-AATTGTCT-TAATATTAATAAATTTGTATTATTTTA-
1 ATTTA-TTTTTAAATC----ACTTATTAAATT-T-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * * * *
4892 TTAGAA-AAAGGCTTGTATG----AGAA-AATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGCAATT
59 TTCGAATAAA--CTTGTATGAACTAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACGATT
* * * * * * * * * *
4951 T-CAATAGATAATTTTTAAAATAGTCACAATTATTTAAACTTGTTCAGTAAATATATTCATTTTT
122 TGAAATAGATAATTGTT-CAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTT-AGTAAACAAATTTATTTTT
* * * *** *
5015 TAAATCTCTTAATAATTAATTTTTGAAATATTAATAACTTAGTATTATTTTATTTTGAATAA-GC
185 TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAACGA
* * * * * * * *
5079 TTAT--A-TAAATGAAATAA-TTTTTTTATGACAAAAAAAGGTCATAA--ATTTCAAAATA-AT-
250 GTATGAATTAAA--AAAAAACTTATTATATGACAAACAAAGGTAATAATGACTT-GAAATAGATA
* * * * * * * * *
5136 TTTATTCAAATAGTCATGACTATTTGATCTAG-TTCAATAAACAT
312 ATTATTC-TATAGCCATAAATATTTGAACTAGATTCGACAAACAA
* * * *
5180 ATTTACTTTTGAAAATTTTATTTATT-AATTGTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-AT
1 ATTTA-TTTT-TAAA--TCACTTATTAAATT-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
** * * **
5243 CTGAATAAGTTTGTATGAA-TAGAAACTATTATTTTAT-A-AAAA-AAAA--TTATAATAATTTG
61 C-GAATAAACTTGTATGAACTA-AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACGATTTG
* * * * * *
5302 AAATA-ATAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTTTGTAAATAGATTTATTTTCTA
124 AAATAGATAATTGTTC-AATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTAGTAAACAAATTTATTTTTTA
** *
5365 AA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT-TTTT-TTATGAACA-AACCT
187 AATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-CCAA-ATAA-CG
* * * * * * *
5423 A-TATG-A--ACAAAAATATTTATTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATA
249 AGTATGAATTAAAAAAAAACTTATTATATGAC-AAA-CAAAGGTAATAATGACTTGAAATAGATA
* * * * * **
5484 ATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTA-ATTAGGTAAACAA
312 ATTATTC-TATAGCCATAAATATTTGAACTAGATTCGACAAACAA
* * *
5528 AATTATTTTTTAAATCTCTTACATATTAAATTTTG-AATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATT
1 ATTTA-TTTTTAAA--TC--ACTTATTAAATTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATT
* * * * * * *
5591 CCGAATAAGCTAGTATGAATTGAAAA-AATTGTTTTATG-----GCAAAA---AA-AACAATTTG
60 TCGAATAAACTTGTATGAACT-AAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACGATTTG
* * * **
5646 AAATAGATAATTGTT-AATATGGTCTTAATTATTAGAACTAGTTCAACAAACAAATTTATTTTTT
124 AAATAGATAATTGTTCAATA--GTCATAACTATTTGAACTAGTT-AGTAAACAAATTTATTTTTT
* ** * *
5710 AAATCTCTTAGTTATTAATTTTCAAAATATTATTGATATTAGTATTATTTTATT
186 AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATT
5764 TCAATAAGAC
Statistics
Matches: 2572, Mismatches: 572, Indels: 539
0.70 0.16 0.15
Matches are distributed among these distances:
326 25 0.01
327 21 0.01
328 41 0.02
329 7 0.00
330 2 0.00
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334 4 0.00
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341 1 0.00
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365 24 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (355 bp):
ATTTATTTTTAAATCACTTATTAAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAAT
AAACTTGTATGAACTAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGA
TAATTGTTCAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA
CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAACGAGTATGAATTAA
AAAAAAACTTATTATATGACAAACAAAGGTAATAATGACTTGAAATAGATAATTATTCTATAGCC
ATAAATATTTGAACTAGATTCGACAAACAA
Found at i:3760 original size:176 final size:176
Alignment explanation
Indices: 3082--3836 Score: 435
Period size: 181 Copynumber: 4.2 Consensus size: 176
3072 AATCTCCTAT
* * * * *
3082 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TCCCGAATAGGCTTA-TATG-ATG
1 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGCAATATTTTACT-TCGAATAAGC-TAGTGTGAAT-
* * * * * * *
3144 AAAAACAATTGTTTTATGACAAAAGAAAAGTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT-
63 AAAAA-AATTATTTTATGACCAAACAAAAGATCAGAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * ** * * * **
3208 GGCTACAATTATTTGAA-TCAATTTGATAAACTGACTTAATTTTTAAATATCTAAC
127 GTC-ATAACTATTTGAACT-GGTTCGATAAACAGATTTTGTTTTT-AA-ATCT--C
* * * * ** * * * *
3263 TCATCAATTTTTGAAATTTTAATAAAATAATATTATTTTA-TCTCGAATAAGCT-TTTTCAAACT
1 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGCAATATTTTACT-TCGAATAAGCTAGTGT-GAA-T
* * * ** * * * * * * *
3326 GAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTTATATTTATTTTAAATAGATAATTGTTTAAATCA
63 AAAAAAATTATTTTATGACCAAACAAAAGATCAGAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-A
* ** * * * *
3391 -TCATAACTATTTAAACTTTTTTGGTAAACAAATTTAT-TTTTTAAAATTTC
127 GTCATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAACAGATTT-TGTTTTT-AAATCTC
* * * * * * * *
3441 TTATGT-TTTGATGTTCTACATGTTAATAAATTAG-TATCATTTTATTTCAAATAAGC-ATGTAT
1 TTAT-TAATT--T-TT-GAAATATTAATAAATTAGCAAT-ATTTTACTTCGAATAAGCTA-GTGT
* * * * * *
3503 GAGCTAAAAAAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTTAGAATGGTTTGAAATAGATAATTGTTCT
59 GA-ATAAAAAAATTATTTTATGACCAAACAAAAGATCAGAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * * *
3568 AATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCTATAAGCATATTTAT-TTTTTAAATCTC
123 AATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAACAGATTT-TGTTTTTAAATCTC
* *
3622 TTATTAATTTTT-AGAATATTATTAATTTAGCAATATTTTACTTCGAATAAGCTAGTGTGAATAA
1 TTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGCAATATTTTACTTCGAATAAGCTAGTGTGAATAA
** * *
3686 AAACAATTATTTTATGACCAAA-TGAAGATCATAATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATCA-
65 AAA-AATTATTTTATGACCAAACAAAAGATCAGAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-AG
* *
3749 TCATAACTATTTGAATTGGTTCGATAAATAGATTTTGTTTTTAAATCTC
128 TCATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAACAGATTTTGTTTTTAAATCTC
* *
3798 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
1 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGCAATATTTT
3837 TTCTGAATAA
Statistics
Matches: 448, Mismatches: 99, Indels: 59
0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
175 1 0.00
176 112 0.25
177 52 0.12
178 11 0.02
179 1 0.00
180 8 0.02
181 139 0.31
182 120 0.27
183 4 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (176 bp):
TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGCAATATTTTACTTCGAATAAGCTAGTGTGAATAAA
AAAATTATTTTATGACCAAACAAAAGATCAGAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
TAACTATTTGAACTGGTTCGATAAACAGATTTTGTTTTTAAATCTC
Found at i:3867 original size:176 final size:174
Alignment explanation
Indices: 3364--5719 Score: 479
Period size: 181 Copynumber: 13.5 Consensus size: 174
3354 GGTTATATTT
* * * ** * * *
3364 ATTTTAAATAGATAATTGTTTAAATCA-TCATAACTATTTAAACTTTTTTGGTAAACAAATTTAT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-AGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAACAGATTTAT
* * * * * * *
3428 TTTTTAAAATTTCTTATGTTTTGATGTTCTA-CATGTTAATAAATTAG-TATCATTTTATTTCAA
65 TTTTT-AAATCTCTTA----TTAAT-TTTTAGAATATTAATAAATTAGCAAT-ATTTTA-TTCGA
* * ** * * *
3491 ATAAGC-ATGTATGAGCTAAAAA-AATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTTAGAATG
122 ATAAGCTA-GTATGA-ATAAAAACAA-TATTTTATGACCAAA-TGAAGATCATAATG
* * * * * *
3546 GTTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCTATAAGCATATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAACAGATTTATT
* *
3611 TTTTAAATCTCTTATTAATTTTTAGAATATTATTAATTTAGCAATATTTTACTTCGAATAAGCTA
66 TTTTAAATCTCTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGCAATATTTTA-TTCGAATAAGCTA
*
3676 GTGTGAATAAAAACAATTATTTTATGACCAAATGAAGATCATAATG
130 GTATGAATAAAAACAA-TATTTTATGACCAAATGAAGATCATAATG
* * *
3722 ATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATCA-TCATAACTATTTGAATTGGTTCGATAAATAGATTT-T
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-AGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAACAGATTTAT
* * *
3785 GTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-TTCTGAATAAT
65 -TTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGCAATATTTTATTC-GAATAAG
* * * ** * * *
3848 TTTGTATGAATAGAAAACAATATTTGA--AATAGATAATAGTTCA-AATGG
127 CTAGTATGAATA-AAAACAATATTTTATGACCAAATGA-AGATCATAAT-G
* * * * *** * * * * * **
3896 ATATGACCATTTGA-ACTTGTT-TTGT-GAACA-AATTTATTTTTTAAAT--CTC--T-AACTTA
1 ATTTGA--AATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAA-CTA--TTTGAACTGGTTCGATAAACAGA
* * * * *** *
3952 -TTAATTTTTAGAATAT-TAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAATTTG---TA--TTAT
60 TTTATTTTTTA-AATCTCTTATTAATT--T-TTAGAATA-TT--AATAAATTAGCAATATTTTAT
* * * * *
4010 TGGAA-ACAACTATTTTATG-A-CAAAACAA-A----AT-ATC--AT--A-A-C--AAT-
118 TCGAATA-AGCTA--GTATGAATAAAAACAATATTTTATGACCAAATGAAGATCATAATG
** * * ** * * *
4052 -TTGAAA-TAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-CCTAGGTAAACAAATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAACAGATTTATT
* ** * * * * *
4114 TTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGTCTTTTAAGAAATTAGTATTCTTTTATTTCGAATAA
66 TTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGCAATATTTTA-TTCGAATAA
** * ** ** **
4179 GCTTTTATGAACAAAAACAAT-TGATTTATGATAAAACAAAAGGA-CATAACA
126 GCTAGTATGAATAAAAACAATAT--TTTATGACCAAA-TGAA-GATCATAATG
* * * * *
4230 ATTTGAAGTAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-GTGTTCAAAAAACATACTTAT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTG-GTTCGATAAACAGATTTAT
* * * *
4294 TTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTGAAAT
65 TTTTTAAA--TCT-CTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAA-TTAGCAATATTTTATTCG-AAT
* * * * * * ** **
4357 AAGCTTGCATGAATAGAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGCCATAATG
124 AAGCTAGTATGAATAAAAACAA-TATTTTATGACCAAA-TGAAGATCATAATG
* * * * * * *
4410 TTTTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCATAACTATTTAAACAT-GTTTGGTAAACATATTCA
1 -ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGGTTCGATAAACAGATTTA
* * * *
4474 TTTTTTAATTCTCTTACTCATTAA-TTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AGA
64 TTTTTTAAATCTC-T--T-ATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGCAATATTTTA-TTCGA-A
* ** * * ** * * *
4537 TAAGCTTA-TATGAGTTGAAACAATCGTTTTACT-ACAAAACAAAAGGTCACAATA
123 TAAGC-TAGTATGAATAAAAACAAT-ATTTTA-TGACCAAA-TGAAGATCATAATG
* * * * * * * ** *
4591 ATTTAAAATAAACAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTAAATTTATTCAGA-AAACATATTTAT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTC-GATAAACAGATTTAT
* * ** * * *
4655 TTTTTAAATATTTTACTTATTAATTGTT-GAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAAT
65 TTTTT-AA-A-TCT-CTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGCAATATTTT-ATTCGAAT
* * * * * * ** * **
4719 AAGCTTGTGTAAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACA
124 AAGCTAGTATGAATAAAAACAA-TATTTTATGACCAAATGAAGA-TCATAATG
* * * ** * * * * *
4772 ATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTTATAAAGATTTGAAGTTGTTCGGTGAACATATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAACAGATTTATT
* * * * *
4837 TTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTT--AATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTAGAAAA
66 TTTTAAATC---T-CTTATTAATT-T-TTAGAATATTAATAAATTAGCAATATTTTATTCGAATA
* * * * ** * * ***
4900 AGGCTTGTATG-AGAAAATC---ATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGCA
125 A-GCTAGTATGAATAAAAACAATATTTTATGACCAAA-TGAAGATCATAATG
* * * * * * * * * *
4948 ATTT-CAATAGATAATTTTTAAAATAGTCACAATTATTTAAACTTGTTC-AGTAAATATATTCAT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGA-TAAACAGATTTAT
* * * *
5011 TTTTTAAATCTCTTAATAATTAATTTTT-GAAATATTAATAACTTAGTATTATTTTATTTTGAAT
65 TTTTTAAATCTC-T--T-ATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGCAATATTTTA-TTCGAAT
* * * * ** *
5075 AAGCTTA-TATAAATGAAATA-ATTTTTTTATGA-CAAAAAAAGGTCATAA--
124 AAGC-TAGTATGAAT-AAAAACAATATTTTATGACCAAATGAAGATCATAATG
* * * * * * * *
5123 ATTTCAAAATA-AT-TTTATTCAAATAGTCATGACTATTTGATCTAGTTCAATAAACATATTTAC
1 ATTT-GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAACAGATTTA-
** * * * * * *
5186 TTTTGAAAATTTTATTTATTAATTGTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCTGAATA
64 TTTTTTAAA-TCT-CTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGCAATATTTTATTC-GAATA
* * * * * * * *
5250 AGTTTGTATGAATAGAAACTATTATTTTAT-A--AAA-AAAAATTATAATA
125 AGCTAGTATGAATAAAAAC-AATATTTTATGACCAAATGAAGATCATAATG
* * * * *
5297 ATTTGAAATA-ATAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGTTTTG-TAAATAGATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAACAGATTTATT
* * * * * *
5360 TTCTAAATCTCTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTAG-TAT-TTTTTTTATGAACAAACC
66 TTTTAAATCTCTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGCAATATTTTATT-CGAA-TAAGC
* * * * * *
5422 TA-TATGAACAAAAATATTTATTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATG
128 TAGTATGAATAAAAACA-ATATTTTATGACCAAAT-GAAGATCATAATG
* ** * * * *
5470 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAATTAGGTAAACAAAATTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAACAGATTTATT
* *
5535 TTTTAAATCTCTTACATATTAAATTTT-GAATATTAATAAATT--CATTTTATTTTATTCCGAAT
66 TTTTAAATCTC-T---TATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGCA--ATATTTTATT-CGAAT
* * *
5597 AAGCTAGTATGAATTGAAAAA-ATTGTTTTATG-GCAAA--AA-A--A-ACA--
124 AAGCTAGTATGAA-T-AAAAACAATATTTTATGACCAAATGAAGATCATA-ATG
* * * * * * * *
5641 ATTTGAAATAGATAATTGTT-AATATGGTCTTAATTATTAGAACTAGTTCAACAAACAAATTTAT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAA-ATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAACAGATTTAT
5705 TTTTTAAATCTCTTA
65 TTTTTAAATCTCTTA
5720 GTTATTAATT
Statistics
Matches: 1652, Mismatches: 350, Indels: 359
0.70 0.15 0.15
Matches are distributed among these distances:
152 8 0.00
153 8 0.00
154 5 0.00
155 14 0.01
156 7 0.00
157 11 0.01
158 8 0.00
159 8 0.00
160 4 0.00
161 23 0.01
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164 2 0.00
165 1 0.00
166 1 0.00
167 5 0.00
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169 6 0.00
170 56 0.03
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184 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (174 bp):
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TTTTAAATCTCTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGCAATATTTTATTCGAATAAGCTAG
TATGAATAAAAACAATATTTTATGACCAAATGAAGATCATAATG
Found at i:3908 original size:147 final size:150
Alignment explanation
Indices: 3722--4006 Score: 352
Period size: 147 Copynumber: 1.9 Consensus size: 150
3712 GATCATAATG
* * * * *
3722 ATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATCATCATAACTATTTGAA-TTGGTTCGATAAATAGATTT-T
1 ATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATCATCATAACCATTTGAACTTGGTTCG-TAAACAAATTTAT
3785 GTTTTTAAA-TCT-CTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTT-TTTCTGAAT
65 -TTTTTAAACTCTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAAT
*
3845 AATTTTGTATGAATAGAAAACAAT
127 AAATTTGTATGAATAGAAAACAAT
* * * * *
3869 ATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATGGAT-ATGACCATTTGAACTTGTTTTGTGAACAAATTTAT
1 ATTTGAAATAGATAATAGTTCAAAT-CATCATAACCATTTGAACTTGGTTCGTAAACAAATTTAT
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65 TTTTTAAA-CTCT-ACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATA
3998 AATTTGTAT
128 AATTTGTAT
4007 TATTGGAAAC
Statistics
Matches: 117, Mismatches: 11, Indels: 15
0.82 0.08 0.10
Matches are distributed among these distances:
147 50 0.43
148 9 0.08
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152 17 0.15
153 4 0.03
ACGTcount: A:0.37, C:0.06, G:0.11, T:0.46
Consensus pattern (150 bp):
ATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATCATCATAACCATTTGAACTTGGTTCGTAAACAAATTTATT
TTTTAAACTCTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAAT
TTGTATGAATAGAAAACAAT
Found at i:4469 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 3869--5879 Score: 1646
Period size: 181 Copynumber: 11.3 Consensus size: 179
3859 AGAAAACAAT
* * * * ** * *
3869 ATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATGGAT-ATGACCATTTGAACTTGTTTTGTGAACAAATTTAT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTAT
* *
3933 TTTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAAT
65 TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAAT
** * * * * * **
3997 AAATTTGTATTATTGGAAACAACTATTTTATGACAAAACAAAATATCATAACA
128 AAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-A
* * ** *
4050 ATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TCCT-AGGTAAACAAATTTAT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCA-GTAAACATATTTAT
*** * * *
4113 TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGTCTTTTAAGAAATTAGTATTCTTTTATTTCGAATA
65 TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAATA
* * * * * *
4178 AGCTTTTATGAACAAAAACAATTGATTTATGATAAAACAAAAGGACATAACA
129 AGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-A
* * ** *
4230 ATTTGAAGTAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACGTGTTCAAAAAACATACTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTATT
4295 TTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTGAAATA
66 TTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTG-AATA
* * * *
4358 AGCTTGCATGAATAGAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGCCATAATGT
129 AGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA--A
* * * * ** *
4411 TTTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCATAACTATTTAAACATGTTTGGTAAACATATTCATT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTATT
* * * * *
4476 TTTTAATTCTCTTACTCATTAA-TTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAGATAA
66 TTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGA-ATAA
* * * * *
4540 GCTTATATGAGTTGAAACAATCGTTTTACT-ACAAAACAAAAGGTCACAATA
130 GCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTA-TGACAAAACAAAAGGTCATAA-A
* * * * * * * * *
4591 ATTTAAAATAAACAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTAAATTTATTCAGAAAACATATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTATT
* * * ***
4656 TTTTAAATATTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAA
66 TTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTGAATAA
* * *
4721 GCTTGTGTAAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACA
130 GCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-A
* * * ** * * *
4772 ATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTTATAAAGATTTGAAGTTGTTCGGTGAACATATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTATT
* * *
4837 TTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTT--AATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTAGAAAA
66 TTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-T-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAATA
** * *
4900 AGGCTTGTATG---AG-AA-AATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGCA
129 A-GCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA-AA
* * * * * * * *
4948 ATTT-CAATAGATAATTTTTAAAATAGTCACAATTATTTAAACTTGTTCAGTAAATATATTCATT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTATT
* * * *
5012 TTTTAAATCTCTTAATAATTAATTTTTGAAATATTAATAACTTAGTATTATTTTATTTTGAATAA
66 TTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAATAA
* * * *
5077 GCTTATATAAAT-GAAATAATTTTTTTATGAC-AAA-AAAAGGTCAT-AA
130 GCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAA
* * * * * * * *
5123 ATTTCAAAATA-AT-TTTATTCAAATAGTCATGACTATTTGATCTAGTTCAATAAACATATTTAC
1 ATTT-GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTAT
* * * * *
5186 TTTTGAAA-ATTTTATTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCTGAATA
65 TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTGAATA
* * * *
5250 AGTTTGTATGAATAGAAACTATTATTTTAT-A-AAAA-AAAA--TTATAATA
129 AGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-A
* ** * *
5297 ATTTGAAATA-ATAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTTTGTAAATAGATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTATT
* *
5360 TTCTAAATC---T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT-TTTT-TTATGAACAA
66 TTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAATAA
* * * * * * * * * *
5419 ACCTATATGAACAAAAATATTTATTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATG
130 GCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-A
* ** * *
5470 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAATT-AGGTAAACAAAATTAT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCA-GTAAACATATTTAT
* * * * *
5534 TTTTTAAATCTCTTACATATTAAATTTTG-AATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTCCGAAT
65 TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATT-TGAAT
* * * *
5597 AAGCTAGTATGAATTGAAAAAATTGTTTTATGGCAAAA-AAAA---C----A
128 AAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAA
* * * * * ** *
5641 ATTTGAAATAGATAATTGTT-AATATGGTCTTAATTATTAGAACTAGTTCAACAAACAAATTTAT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAA-ATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTAT
* * ** * * *
5705 TTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTCAAAATATTATTGATATTAGTATTATTTTATTTCAATA
65 TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTTGAATA
* * * * * *
5770 AGACTTGTATG-ACAGAGAATAATTGTTTT-TGATAGAACAAAATGGTTATAATG
129 AG-CTTGTATGAATAGA-AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GGTCATAA-A
* * * *
5823 ATTTG-AA-AGTATCAGTT-TTTAAATAGTCATAACTATTTTAA-TTGGTTTAGTAAACAT
1 ATTTGAAATAG-AT-AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCAGTAAACAT
5880 CTTTTATTAA
Statistics
Matches: 1462, Mismatches: 295, Indels: 146
0.77 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
167 1 0.00
168 26 0.02
169 5 0.00
170 39 0.03
171 81 0.06
172 27 0.02
173 83 0.06
174 123 0.08
175 184 0.13
176 41 0.03
177 16 0.01
178 25 0.02
179 34 0.02
180 349 0.24
181 400 0.27
182 26 0.02
183 2 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (179 bp):
ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTATT
TTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAATAAG
CTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAA
Found at i:4533 original size:361 final size:357
Alignment explanation
Indices: 3869--12376 Score: 3149
Period size: 361 Copynumber: 23.6 Consensus size: 357
3859 AGAAAACAAT
* * * * * ** ** *
3869 ATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATGGAT-ATGACCATTTGAACTTGTTTTGTGAACAAATTTAT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTAAACTTGTTCAGAAAACATA-TTAT
* *
3933 TTTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCGAA
64 TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTTAGTATTATTTTATTT-GAA
** * * * * ** * *
3996 TAAATTTGTATTATTGGAAACAACTATTTTATGACAAAACAAAATATCATAACAATTTGAAATAA
127 TAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAGAATTTGAAATAG
** * *
4061 ATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTCCTAGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTT
192 ATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCT
*** * * * *
4126 TACTTATTAATTTTTGGTCTTTTAAGAAATTAGTATTCTTTTATTTCGAATAAGCTTTTATGAAC
257 TACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTTTATGAAT
*
4191 AAAAACAATTGATTTATGATAAAACAAAAGGACATAACA
321 AAAAACAATTG-TTTAT-ATAAAACAAAAGGACATAATA
* * * *
4230 ATTTGAAGTAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACGTGTTCAAAAAACATACTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCAGAAAACATA-TTATT
4295 TTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTGAAATA
65 TTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTAGTATTATTTTATTTG-AATA
* * * * **
4358 AGCTTGCATGAATAGAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGCCATAATGTTTTTGAAATAGA
129 AGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-GAATTTGAAATAGA
* * * * * *
4423 TAATTGTTCTAATAGTCATAACTATTTAAACATGTTTGGTAAACATATTCATTTTTTAATTCTCT
193 TAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCT
* * * *
4488 TACTCATTAATTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AGATAAGCTTATATGAGT
257 TACTTATTAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGA-ATAAGCTTTTATGAAT
** * * * *
4552 TGAAACAATCGTTTTACTACAAAACAAAAGGTCACAATA
321 AAAAACAATTG-TTTA-TATAAAACAAAAGGACATAATA
* * * * * * *
4591 ATTTAAAATAAACAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTAAATTTATTCAGAAAACATATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCAGAAAACATA-TTATT
* * * ***
4656 TTTTAAATATTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAA-TTAATATTATTTTAATCCAAATA
65 TTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTAGTATTATTTT-ATTTGAATA
* * * * * *
4720 AGCTTGTGTAAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAAT
129 AGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAGAATTTGAAATAGAT
* ** * * * * *
4785 AATTATTCAAATAGTTATAAAGATTTGAAGTTGTTCGGTGAACATATTTATTTTTTAAATCTTTT
194 AATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTT
* * * * *
4850 ACTTATTAATTGTCT-TAATATTAATAAATTTGTATTATTTTA-TTAGAAAAAGGCTTGTATG-A
258 ACTTATTAATT-T-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAA-GCTTTTATGAA
* * * ** **
4912 GAAAATC-A-T-TTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGCA
320 TAAAAACAATTGTTTAT-ATAAAACAAAAGGACATAATA
* * * * * * *
4948 ATTT-CAATAGATAATTTTTAAAATAGTCACAATTATTTAAACTTGTTCAGTAAATATATTCATT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCAGAAAACATATT-ATT
* * * *
5012 TTTTAAATCTCTTAATAATTAATTTTTGAAATATTAAT-AACTTAGTATTATTTTATTTTGAATA
65 TTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTAGTATTATTTTA-TTTGAATA
* * * * *
5076 AGCTTATATAAAT-GAAATAATTTTTTTATGAC-AAA-AAAAGGTCAT-A-AATTTCAAAATA-A
129 AGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAGAATTT-GAAATAGA
* * * *** * **
5135 T-TTTATTCAAATAGTCATGACTATTTGATCTAGTTCAATAAACATATTTACTTTTGAAAAT-T-
193 TAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTTGGTAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTC
* *
5197 TTATTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-ATCTGAATAAG-TTTGTATG
256 TTACTTATTAATT-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTT-TATG
* * * *
5260 AATAGAAACTATTATTT-TATAAAA-AAAA--ATTATAATA
318 AATAAAAACAATTGTTTATATAAAACAAAAGGA-CATAATA
* * ** *
5297 ATTTGAAATA-ATAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTTTGTAAATAGAT-TTAT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCAG-AAA-ACATATTAT
* *
5359 TTTCTAAATC---T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATT-TTTT-TTATGAAC
64 TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTAGTATTATTTTATT-TGAAT
* * * * * * * *
5417 AAACCTATATGAACAAAAATATTTATTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATG-ATTTGAAATAG
128 AAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-GAATTTGAAATAG
* * * * *
5481 ATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAATTAGGTAAACAAAATTATTTTTTAAATCTC
192 ATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC
* * * **
5546 TTACATATTAAATTTTG-AATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTCCGAATAAGCTAGTATGA
256 TTACTTATT-AATTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTTTATGA
* ** *
5609 ATTGAAAA-AATTGTTT-TAT--GGCAAAA--A-A-AACA
319 A-TAAAAACAATTGTTTATATAAAACAAAAGGACATAATA
* * * * *
5641 ATTTGAAATAGATAATTGTT-AATATGGTCTTAATTA-TTAGAACTAGTTCA-ACAAACAAATTT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAA-ATAGTCATAACTATTTA-AACTTGTTCAGA-AAACATA-TT
* * ** ** *
5703 ATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTCAAAATATT-ATTGATATTAGTATTATTTTATTTCA
62 ATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAT-TTAGTATTATTTTATTTGA
* * * * * *
5767 ATAAGACTTGTATG-ACAGAGAATAATTGTTTT-TGATAGAACAAAATGGTTATAATG-ATTTG-
126 ATAAG-CTTGTATGAATAGA-AACAATTATTTTATGACAAAACAAAA-GGTCATAA-GAATTTGA
* * * *
5828 AA-AGTATCAGTT-TTTAAATAGTCATAACTATTTTAA----TTGG--------TTTA----GTA
187 AATAG-AT-AATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTA
* * * *
5875 AA-CATCTT--TTATTAATTTTGAAAGATGAATAAATTAGTATTATTTTA-TCCAAATATA--TT
250 AATC-TCTTACTTATTAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATA-AGCTT
*
5934 TGTATG-ATAAAAAACAATTG-TTATATAACCAAACAAAAGGTA-AT-ATG
313 T-TATGAAT-AAAAACAATTGTTTATAT-A--AAACAAAAGG-ACATAATA
* * * * * * * * * * *
5981 ATTCGAAATACATAATTATT-GAATGGCCATAATTATTTAAA-ATGATAT-GGTAAACAGATTCA
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTG-T-TCAGAAAACATATT-A
* * *
6043 CTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTTAGAATTAATTAATAAA-TTAGTATCATTTTATTTTG
63 TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-GAAAT-ATTAATAAATTTAGTATTATTTTA-TTTG
* * **
6103 AATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTATTTTGTAACAAAACAAAAGGTCATAACG-ATTTTCA
125 AATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-GAATTTGAA
* * * *
6166 ATAGACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTTGTTTGGTAAA-AAAATTATTTTTTAAA
188 ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAA
* * * * *
6230 -CTCTTACTTATT-TTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTACTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTAT
252 TCTCTTACTTATTAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTTTAT
* * * *
6293 GAACT-GAAACAATTGTTTTATATTAAAATAAAAGGTCATAATG
317 GAA-TAAAAACAATTG-TTTATA-TAAAACAAAAGGACATAATA
* * * * * *
6336 ATTTTAAAAAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTGTTTAAACTTTTTCAGTAAATAGAT-TTAT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCAG-AAA-ACATATTAT
* * * *
6400 TTTTTCAAA-CCTTTAGCTTATTAATTTTTTG-AATGTCAATAAATTT-GGATTATTTTATTTTG
64 TTTTT-AAATCTTTTA-CTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTTAGTATTATTTTA-TTTG
* * * * * *
6462 AATAAGCTTGTAAG-ATATGAAACAAATATTTTATGACTAAACGAAAGGT-AAAAAATGATTTGA
125 AATAAGCTTGTATGAATA-GAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAGA--ATTTGA
* * * * * ** * * * * *
6525 AATAGATAATTAATCTAATA-ACTTTAATTATTTGAACTGGTTCAGCAAATACATTTATATTATA
187 AATAGATAATTATTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACT-GTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTA
* * * * *
6589 AATCTCTTACTTAATAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGCATTATATTTAATT-GAATAACCTT
250 AATCTCTTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT-TTTATTTCGAATAAGCTT
* * * * * **
6653 CTATG-ATAAAATCAATTATTTTATTACAAAAC-AAA-GATCTTAACG
313 TTATGAATAAAAACAATT-GTTTA-TATAAAACAAAAGGA-CATAATA
* * * * * * * * * * * **
6698 ATTTGATATTGATAACT-TTC--TTGGTTATTAAGT-TTCAAA-ATATT-ATTAAATTAGTATTA
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA-TAACTATTTAAACTTGTTCA-GAAAACA-TATTA
* * * ** * * * *
6757 TTTTATTCCAAATAAAATAGTATGAACATAACCAATTGTTTGATGACA-AAATAAA---AG-GTT
63 TTTT-TT--AAAT---CT--T-T-TAC-TTATTAATT-TTTGA-AATATTAATAAATTTAGTATT
*** * * * * * *******
6817 ATAACGATTTGAA-ATAGATAAT-TATCCAAATAGTCAA-AACTATTTGAAATGGTTTGGTAAAC
115 AT-TTTATTTGAATA-AGCT--TGTAT--GAATAG-AAACAATTATTT--TATGACAAAACAAA-
* * * * * * *
6879 AGATTCACTTTTTA-AATCTCT-TACTA-ATTAATT-TTCTAAATATTAATAA--ATTAGTATTA
170 AG-GTCA----TAAGAAT-T-TGAAATAGA-TAATTATTC-AAATAGTCATAACTATTTG-A--A
* ** * **** * ** ** * ****
6938 -TTTTATTTTGAACAAACTTATATTAACAAAAACAATTGTTTTATGACA-AAAAAAAGTATTAAT
223 CTGTT-TGGTAAACAAA-TT-TATTTTTTAAATCTCTT-ACTTATTA-ATTTTGAAA-TATTAAT
* * * * ** * * * **** *
7001 -GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-AG---TTAT-AATTATTTGAATTGGTTTGGTAATAGA
282 AAATTAGTATTATTTTA-T-TTCGAATAAGCTTTTATGAATAAAAACAATT-GTTT-AT-ATA-A
* ***
7060 ATTATTTTCTAAATCTCTTATAA-A
341 A--A----CAAAAGGAC--ATAATA
* ** * * ** * * * *
7084 TTTTTGAAATATTAGATAAATTCGTTTTATTTGTTC-TGAATGCGCTTGT--A-TGAGCTAAAAT
1 -ATTTG-AA-A-TAGAT-AATT-GTTCAAATAG-TCAT-AA--CTATT-TAAACT-TGTTCAGA-
** ** * * *
7145 AAAGTCATAACACTTTGAATAAATAATTGTT-CATATAGTCTTAACTATTTGAATAAAAGTT-AT
53 AAA--CATATTA-TTT-TTTAAAT-CTT-TTAC-T-TA---TTAA-TTTTTG-A-AATA-TTAAT
* *
7208 AAAATTTGAAATAATAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTATTTAGAATAAGTTTGTACGAACTA
103 -AAA--T----T--T--A-G----T--A-T--TA-T-TTTATTT-GAATAAGCTTGTATGAA-TA
* ** * * * * *
7273 -AAACAATTATTATATGATTAAACAAATGATTAAAATG-ATTTGAAATAGATAATTATTCTAATA
143 GAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-GAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* * *** ** * * *
7336 -TCTTAATTA-TTCCCCTGGTTCAGCAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTA--ATTTTT
207 GTCATAACTATTTGAACT-GTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * * * * * * *
7396 AAAATATT-ATAAAATATTATTATTTTA-TCCAAATAGGC----ATG-ATCAGAAACAATTATTT
271 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTTTATGAAT-AAAAACAATT-GTT
* * *
7454 TAAGAGAAAAC-AAA-GATCAATAATG
334 T-ATATAAAACAAAAGGA-C-ATAATA
* * * *
7479 ATTTGAGAAT-GATATTTGTTTAAATAGTCATAACTATTTAAA-TTGATTTCA-AAAATAGTTTT
1 ATTTGA-AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTG--TTCAGAAAACA-TATT
* * * * *
7541 AGTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAGTAAA-GTAGTATTATTTTATTTCGG
62 ATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTAGTATTATTTTATTT-GA
* * * * *** * *
7605 ATAAGTTTCTATGAGCT-GAAAC-ATTATTTTATAATGGAAGAAAAGGTCATAATGACTTT-AAA
126 ATAAGCTTGTATGA-ATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-GAATTTGAAA
* * * *** *
7667 TAGTTAGATTGATTGTTCAAATAGTCCA-ATCTATTTAAACTTGTTCAATAAACAGATTTATCTT
189 TAGATA-ATT-A---TTCAAATAGT-CATAACTATTTGAAC-TGTTTGGTAAACAAATTTAT-TT
* * * *
7731 TTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTTG-AAT-GT--T-AATTAGTGTTATTTT-GTTCTGAATA
246 TTTAAATCTCTTACTTATTAA--TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATA
* ** * * *
7790 A-ATTTGTATGAATTGAAATAATTGCTTTATGATTAAACAAAAGGTCATAATA
308 AGCTTT-TATGAATAAAAACAATTG-TTTAT-ATAAAACAAAAGGACATAATA
* *** * *
7842 ATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGGGTTAACTATTTGAA-TTGGTTCAGCAAACATATTTAT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTT-GTTCAGAAAACATA-TTAT
* *
7906 TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGTAATATTATTAAA-TTAGTATTATTTTAATTTGAAT
64 TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTAGTATTATTTT-ATTTGAAT
* * * * * * *
7970 AAGGTTGTATTAAAAGAAACAATTGTTTTAT-A-AAAAAATAAAGATCATAATG-ATTTGAGATA
128 AAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACA-AAAGGTCATAA-GAATTTGAAATA
* ** * *
8032 GATAA-TAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGTTT-CAAAAAATAGATTTA-GTTTTAAA-
191 GATAATTA-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTTGGTAAACA-A-ATTTATTTTTTAAAT
* * * * *
8093 -TC-T-CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAGATAAATATTATTTTATTGT-AAATAA--TTTTG
253 CTCTTACTTATTAATTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCGAATAAGCTTTT-
* * * *
8152 CATAAATAGAAAACAATTGTTT-TATAACAAAAAAAGGTCATAACA
315 -ATGAATA-AAAACAATTGTTTATATAA-AACAAAAGGACATAATA
* * * * * * *
8197 ACTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGACATGACTATTTGAACTTGTT-TGATAAACAAATTTAT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCAGA-AAACATA-TTAT
** * * * **
8261 TTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTTAAAATATTAATAAA-TTAGTATTCTTTTATTCCAAAT
64 TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTAGTATTATTTTATT-TGAAT
* * * * * ** *
8325 AAACTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCTTAACTATTTGAAATAAA
128 AAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAGAATTTGAAATAGA
* * *** ** * * * *
8390 TACTTGTTCATCCAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTTAGATCTT
193 TAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGTTTGGTAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTC
* * * * *
8455 TTACTTATTAATTTTTGGAATATGAATAAACTAGCATTATTTTATTTCGAATACA-CATGTT-TG
256 TTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATA-AGC-TTTTATG
* *
8518 AA-ACAGAAAC-ATTAGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACT-
318 AATA-A-AAACAATT-GTTTAT-ATAAAACAAAAGGACATAA-TA
* * * * * * *
8560 ATTTGAAATAAATAATTGTTTAACTAATAATAACTATTTGAA-TGTGTTGTATGACAAA-ATAGT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACT-TGTT-CA-GA-AAACATA--
*
8623 CTTAACTATTTGACCTAGTTTGACAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
60 --T---TA-TT----T--TTT-----A-A-A---------T--CT-T-TTACTTATTAATTTTTG
* * * * * *
8688 AAATATTATTAAA-TTAGTATTATTTTAATCTAAATAAGCTGGTACGAAAAGAAACAATTATTTT
93 AAATATTAATAAATTTAGTATTATTTT-ATTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTT
* * *
8752 GTGACAAAATGAAAAAG-CATAACG-ATTT-AAGATAGATAATTATTCAAATAGTCCATAACTAT
157 ATGACAAAA-CAAAAGGTCATAA-GAATTTGAA-ATAGATAATTATTCAAATAGT-CATAACTAT
* * * * *
8814 TTGAACTGTTTTCAGTAAATAGATTTAGTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTCAAAATATTA
218 TTGAACTG-TTT-GGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-GAAATATTA
* * * * *
8875 GTAAGATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA--TTTTGCATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACA
280 ATAA-ATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTTT--ATGAATAAAAACAATTG-TTTAT-ATA
*
8938 AAACAAAA-GATCATAACA
340 AAACAAAAGGA-CATAATA
* * * * * * * * * * *
8956 ATTTGAAACAGATAATTATTCAAATGGACATGATTATTTGAACTTG-TCGGTAAGCAAATT-TAT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCAGAAAACATATTAT-T
** *
9019 TTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTT-AGAATATTAAT-AA-TTAGTATTATTTTATTTTGAAT
65 TTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTTAGTATTATTTTA-TTTGAAT
* * * ** * ** *
9081 AAACTTATGTGAATAGAAACAATTGCTTTATG-C-AAAC-AAAGATCATAACTATTTGAAATAAA
128 AAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAGAATTTGAAATAGA
* * * **
9143 TGATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAAACT-TACCGGTAAACAAATTTA-TTTTTAAATGCT
193 TAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTG-AACTGT-TTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAAT-CT
* * * * *
9206 TTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAA-TAGTATTATTTTATTTCAAATACGCTTGTATGA
255 CTTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTTTATGA
* * * * *
9270 AT-AAAATAATTGGTTTACGATAAAAC-AAAGGTCATGACA
319 ATAAAAACAATT-GTTTA-TATAAAACAAAAGGACATAATA
* * *
9309 ATTTGAAATAGATAATTATTC-AATAGTCATAACTATTTGAAA-TGTGTTCAGAAAATAGATTTA
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-AAACT-TGTTCAGAAAACATA-TTA
* * * * ***
9372 TTATTTAAA--TTTTACTTATTAAATTGTTTGGAATCATAAATAAATTT-CTATTA-TTTATCAA
63 TTTTTTAAATCTTTTACTTATT-AATT-TTTGAAAT-ATTAATAAATTTAGTATTATTTTATTTG
* * *
9433 ATATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACCAAAAGGTCATATG-A-TT-AA
125 A-ATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAA-CAAAAGGTCATAAGAATTTGAA
*** * *
9495 ATAGATAAATT-TTCAAATAGTCATAACTATTT----T-TGAAGTAAATAAATTCATTTTTTAAA
188 ATAGAT-AATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAA
* * * * ** * *
9554 TCTCTTTCTCATTAATTTTTAGAGTATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCCTATA
252 TCTCTTACTTATTAATTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTTTA
* * * * **
9619 TGAA-ATGATACAATTGTTTATGAT-------GAGGTCATAGCA
316 TGAATA-AAAACAATTGTTTAT-ATAAAACAAAAGGACATAATA
* * * * * *
9655 ATTTGAAATAGATTATTATTCAAATAATTATAACTATTTAAACTTGTTCAGTAAACATTTTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCAGAAAACA-TATTATT
* * * * ** * * **
9720 TTTAAAATCTTATACTTATTAACTATCAAAATATTAATAAA-CTAATATTATTTTAATCCGAATA
65 TTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTAGTATTATTTT-ATTTGAATA
* * * * * * *
9784 AGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGGCAAAACAAAAGGCCATAATG-ATTTGAAA-AAA
129 AGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-GAATTTGAAATAGA
* * * * *
9847 T-ATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TATTTGTAAACAGATTTATTTTTCAAATATTT
193 TAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGT-TTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCT
* * * * * *
9910 TGCTTATTAATTATCT-AAATGA-TAATAACTTTGTATTATTTTAATT-GAAATAAGCTTATAAG
257 TACTTATTAATT-T-TGAAAT-ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTTTATG
* * * ** ****
9972 AATAGCAAA-AATTATTTTATGATAAAATAAAAGGTTATGGCG
318 AATA-AAAACAATT-GTTTAT-ATAAAACAAAAGGACATAATA
* *
10014 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTC-GATAAACAAATTTAG
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCAGA-AAACATA-TTAT
* * * * **
10078 TTTTTAAATCTCTTATTTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAA-TTAGAATTATGTTATTCCAAA
64 TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTTAGTATTATTTTATT-TGAA
* * * * *
10141 TAAGTTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTGTGACAAAATAAAAGGTCATAATG-ATTTGAAATA
127 TAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-GAATTTGAAATA
* * ** ** * * *
10205 GATAATTATTCAAACAGTCATAACTATTTGCACTGGTCAGGCGAACAGATTCATTATTTAAATCT
191 GATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCT
* * * * * * * *
10270 GTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTCCAAATAAGAC-TGTATC
255 CTTACTTATTAATTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAG-CTTTTATG
* * * * * * *
10334 AATAGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAATGGTCATAATG
318 AATAAAAACAATT-GTTTAT-ATAAAACAAAAGGACATAATA
* * * * * * * * * ** * *
10376 ATATGAAATAAATAATTATTTAAATTGTTATAACTAATTGAACTAGTTTGGTAAACAAATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCAGAAAACATA-TTATT
** * * *
10441 TTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAA-TTAATATTATTTTATTCTAAACA
65 TTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTAGTATTATTTTATT-TGAATA
* * * * * ** *
10501 AACTTATATGAACA-AAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTACATAATTATTTGAAATGGA
129 AGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGT-CATAAGAATTTGAAATAGA
* * **** *
10564 TAATTATTCATATAG-CTTTAACTATTTGAACTGGTTCAACAAACAAATTTA-TTTTCAAATCTC
193 TAATTATTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACT-GTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC
* * * * ** * *
10627 ATAATTATTAATTTTCATAAATATTATTAGTTTAATATTATTTTATTTC-AATAAGCTTGTATGA
256 TTACTTATTAATTTT--GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTTTATGA
* * * ** *
10691 ACATTAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATG
319 ATA-AAAACAATTG-TTTAT-ATAAAACAAAAGGACATAATA
* * * * * *
10732 ACTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAA-TTGGTTCAGTAAAC-----A--
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTT-GTTCAGAAAACATATTATT
* ** * *
10789 --GT-AATCTCCTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTTTTTTTATTCTAAAT
65 TTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTAGTA-TTATTTTATT-TGAAT
* * * * *
10849 AGGCTTGTATG-ATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGTTCAAAATG-ATTTGAAATA
128 AAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-GAATTTGAAATA
* * * * * * *** * *
10911 GATAATTGTTCAAATGGCCATAACTATTTGAATTGATTGAATAAATTGATTTATGTTTTAAATTT
191 GATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTTG-GTAAACAAATTTATTTTTTAAATCT
** * * * * * *
10976 CCAAATT-TTCAATTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTA-TTTATTT-GGATAAGGTTTTCTGA
255 CTTACTTATT-AATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTTTATGA
* * * * **
11038 A-AGAAACAATTATCTTTATGATAAAACACAAGGTCATAACG
319 ATAAAAACAA-T-TGTTTAT-ATAAAACAAAAGGACATAATA
* * * ** **
11079 ATTTTAAA-ATGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAATTTGTTTGGTTAACATATTTAT
1 ATTTGAAATA-GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCAGAAAACATA-TTAT
* * * * *
11143 GTTTTTAAAT-TGCTTGCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAA-ATAATATTATTTTTATTTA
64 -TTTTTAAATCT-TTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTTAGTATTA-TTTTATTT-
* * * * * *
11205 GAATAAG-TATGTACGAATTGAAACAATTATTTTATAACTAAACAAAAGGTTAGAACG-ATTTGA
124 GAATAAGCT-TGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-GAATTTGA
* * * * *
11268 AATAGATAATTGTTCTAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTTGATAAATATATTTATTTTTTAA
187 AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTG-TTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAA
* * ** * * * *
11333 ATCTCTTA--TA--AATTTTTAAAATATTATTAGTTTAGCAATATTTTA-CTCTAAATAAG-TTT
251 ATCTCTTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTT
* * **
11392 GTAT-AGACAAAAACAATTGTTTTAATGACAAAAC-AAA-GATCATACCA
314 -TATGA-ATAAAAACAATTG-TTT-AT-ATAAAACAAAAGGA-CATAATA
* * * * *
11439 ATTTGAGATAGATAATTATTCAAATACTCATAACTATTTGAA-TTG-TCTAGTAAATAGAT-TTA
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTC-AG-AAA-ACATATTA
* *
11501 GTTTTTAAATC---T-CTTATTAA-TTTTCAAACTATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCTGA
63 TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAA-TATTAATAAATTTAGTATTATTTTATT-TGA
** * * *
11560 ATAATTTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACG-ATTTAAAAT
126 ATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-GAATTTGAAAT
* * * * * * *
11624 AAATAATTATTTAAAAATTCATAACTATTTGAACT-TACTAGTTAAACAAAATTATTTTTT-AAT
190 AGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGT--TTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAAT
* * *
11687 CTTTTACTTATTAATTTTTGGAAT-TGTAATAAA-T--TATCATTTTA-TTCTG-ATAAGCTTTT
253 CTCTTACTTATTAA-TTTTGAAATAT-TAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTTT
* * * * * *
11746 ATGAATAAAAACAATTTTTTTATGGTAAAACAAAAAGTCATCATG
315 ATGAATAAAAACAA-TTGTTTAT-ATAAAACAAAAGGACATAATA
* * * * *
11791 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTGAACGTGTTCAAAAAATATATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCAGAAAACATA-TTATT
* * * * * *
11856 TTTTATAT-TTTTACTTATTAATCTTTGGAATATTAGTAAATTCA-TATTATTTTATTCGAAATA
65 TTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTAGTATTATTTTATTTG-AATA
* *
11919 AGCTTGTATGAATAGCAACAATTATTTTATGGCAAAACAAAAGGTCATAATG-ATTTGAAATAGA
129 AGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-GAATTTGAAATAGA
* * * * ** *
11983 TAATTGTTCAAATAATCATAACTA-TTGAACTTGTTTAGTAAACAGATTCGTTTTTTAAATTTTC
193 TAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAA-TCTC
* * * * * *
12047 TTACTCATTAATTTTTGAAATAGTAATAAGTTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCCTATATGAA
256 TTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTTTATGAA
** * * * * *
12112 TTGATACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
320 TAAAAACAATT-GTTTAT-ATAAAACAAAAGGACATAATA
* * * * * * *
12152 ATTTGAAATAGATAATTTATTCAAATAGTTATTACAATTTGAACTTGTTCGGTAAACATATTTAT
1 ATTTGAAATAGATAA-TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCAGAAAACATA-TTA-
* ** * *
12217 TTTTTTATATCTTTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAACAAA-TTAATATTATTTTAATTTGAA
63 TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTAGTATTATTTT-ATTTGAA
* * * * *
12281 TAAGCTAGTATGAACA-AAATTAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATA
127 TAAGCTTGTATGAATAGAAA-CAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAGAATTTGAAATA
* * *
12345 AATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAA
191 GATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
12377 ATTATTCAGT
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ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (357 bp):
ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCAGAAAACATATTATTT
TTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTAGTATTATTTTATTTGAATAAG
CTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAGAATTTGAAATAGATAA
TTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACT
TATTAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTTTATGAATAAAAA
CAATTGTTTATATAAAACAAAAGGACATAATA
Found at i:6264 original size:177 final size:178
Alignment explanation
Indices: 6044--6510 Score: 498
Period size: 177 Copynumber: 2.6 Consensus size: 178
6034 ACAGATTCAC
* * *
6044 TTTTTAAATCTCTTA-TTAATTTTTAGAATTAATTAATAAATTAGTATCATTTTATTTTGAATAA
1 TTTTTAAA-CTCTTACTTATTTTTTTGAAAT-ATTAATAAATTAGTATCATTTTATTTTGAATAA
* * * *
6108 GCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTGTAACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTCAATAGACA
64 GCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAAAAAACA
* **
6173 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTTGTTTGGTAAA-AAAATTAT
129 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTT-TTCAGTAAATAAAATTAT
* *
6222 TTTTTAAACTCTTACTTATTTTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTA-CTATTTTATTTTGGATAAG
1 TTTTTAAACTCTTACTTATTTTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATC-ATTTTATTTTGAATAAG
* * ** * * *
6286 CTTTTATGAACTGAAACAATTGTTTTATATTAAAATAAAAGGTCATAATGATTTTAAAAAAATAA
65 CTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAAAAAACAA
* * *
6351 TTGTTCAAATAGTCATAACTGTTTAAACTTTTTCAGTAAATAGATTTAT
130 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTTTTCAGTAAATAAAATTAT
* * * * *
6400 TTTTTCAAAC-CTTTAGCTTATTAATTTTTTG-AATGTCAATAAATTTGGATTATTTTATTTTGA
1 TTTTT-AAACTC-TTA-CTTA-T--TTTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATCATTTTATTTTGA
* * * * *
6463 ATAAGCTTGTAAGATA-TGAAACAAATATTTTATGACTAAACGAAAGGT
60 ATAAGCTTGTATGA-ACTGAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGT
6511 AAAAAATGAT
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Consensus pattern (178 bp):
TTTTTAAACTCTTACTTATTTTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATCATTTTATTTTGAATAAGC
TTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAAAAAACAAT
TGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTTTTCAGTAAATAAAATTAT
Found at i:8210 original size:175 final size:176
Alignment explanation
Indices: 7366--8601 Score: 719
Period size: 182 Copynumber: 6.9 Consensus size: 176
7356 CAGCAAACAT
* * **
7366 ATTTATTTTTTAAATCT-CTTATTAATTTTTAAAATATT-ATAAAATATTATTATTTTATCCAAA
1 ATTTATTTTTTAAATCTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAAA
** * * * * **
7429 TAGGCATG-AT---CAGAAACAATTATTTTA-AGAGAAAACAAAGATCAATAATGATTTGAGAAT
66 TAAACTTGTATAAATAGAAACAATTGTTTTATA-ACAAAA-AAAGATC-ATAACAATTTGA-AAT
* * *
7489 -GATATTTGTTTAAATAGTCATAACTATTT-AAATTGATTTC-AAAAATAG
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* * * * *
7537 TTTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAGTAAAGTAGTATTATTTTATTT
1 ATTTATTTTTTAAA--TC-TACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
** ** * ** * * * * * * *
7602 CGGATAAGTTTCTATGAGCT-GAAAC-ATTATTTTATAATGGAAGAAAAGGTCATAATGACTTTA
63 -AAATAAACTTGTAT-AAATAGAAACAATTGTTTTATAA--CAAAAAAAGATCATAA-CAATTTG
* * * * *
7665 AATAGTTAGATTGATTGTTCAAATAGTCCA-ATCTATTTAAACTTG-TTCAATAAACAG
123 AA-A--TAGA-TAATTGTTCAAATAGT-CATAACTATTTGAACTTGTTTCAAAAAATAG
* ** * * *
7722 ATTTATCTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTTGAAT-GT--T-AATTAGTGTTATTTTGTT
1 ATTTAT-TTTTTAAA--TC-TACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * * * ** * *
7783 CTGAATAAATTTGTATGAATTGAAATAATTGCTTTATGATTAAACAAAAGGTCATAATAATTTGA
62 -TAAATAAACTTGTATAAATAGAAACAATTGTTTTAT-AACAAA-AAAAGATCATAACAATTTGA
* *** * ** * *
7848 AATAGATAATTGTTCTAATAGGGTTAACTATTTGAA-TTGGTTCAGCAAACAT
124 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTCAAAAAATAG
** *
7900 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGTAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATT
1 ATTTATTTTTTAAATC---TACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATT
* ** * ** *
7965 TGAATAAGGTTGTATTAAA-AGAAACAATTGTTTTATAAAAAAATAAAGATCATAATGATTTGAG
62 TAAATAAACTTGTA-TAAATAGAAACAATTGTTTTATAACAAAA-AAAGATCATAACAATTTGAA
*
8029 ATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTTCAAAAAATAG
125 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTCAAAAAATAG
* * * * *
8080 ATTTA-GTTTTAAATCT-CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAGATAAATATTATTTTATTGTAA
1 ATTTATTTTTTAAATCTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TAA
** * * *
8143 ATAATTTTGCATAAATAGAAAACAATTGTTTTATAACAAAAAAAGGTCATAACAACTTGAAATAG
65 ATAAACTTGTATAAATAG-AAACAATTGTTTTATAACAAAAAAAGATCATAACAATTTGAAATAG
* * * * *
8208 ATAATTGTTCAAATGGACATGACTATTTGAACTTGTTTGATAAACA-A-
129 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTCA-AAAAATAG
* *
8255 ATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTCTTTTATTC
1 ATTTATTTTTTAAA--T-CTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-
* * * * * *
8320 CAAATAAACTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCTTAACTATTTGAA
62 TAAATAAACTTGTATAAATAGAAACAATTGTTTTATAAC-AAA-AAAAGATCATAACAATTTGAA
* * *** **
8385 ATAAATACTTGTTCATCCAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCAGTAAATAG
125 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTCAAAAAATAG
* ** * * *
8436 ATTTATTTTTTTAGATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATGAATAAACTAGCATTATTTTATT
1 ATTTA-TTTTTTAAATC---TACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * * * * *
8501 TCGAATACACATGTTTGAAACAGAAAC-ATTAG-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTT
62 T-AAATAAACTTGTAT-AAATAGAAACAATT-GTTTTATAAC-AAA-AAAAGATCATAACAATTT
* * * * *
8564 GAAATAAATAATTGTTTAACTAATAATAACTATTTGAA
122 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
8602 TGTGTTGTAT
Statistics
Matches: 836, Mismatches: 168, Indels: 111
0.75 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
171 12 0.01
173 2 0.00
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186 37 0.04
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (176 bp):
ATTTATTTTTTAAATCTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAAA
TAAACTTGTATAAATAGAAACAATTGTTTTATAACAAAAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGAT
AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTCAAAAAATAG
Found at i:8442 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 7223--12396 Score: 3030
Period size: 181 Copynumber: 28.8 Consensus size: 181
7213 TTGAAATAAT
* * * * *
7223 AAATGTTAATAAATTAGTATTA-TTTATT-TAGAATAAGTTTGTACGAACTA-AAACAATTATTA
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTA-AATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTT
** * * * * * * * *
7285 TATGATTAAACAAATGATTA-AAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATA-TCTTAATTA-TT
64 TATGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
*** * * *
7347 CCCCTGGTTCAGCAAACATATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTA
128 GAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA
* * * * *
7397 AAATATT-ATAAAATATTATTATTTTA-TCCAAAT-AG---GCATG-ATCAGAAACAATTATTTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTT
* * * * *
7455 AAGAGAAAAC-AAAGATCAATAA-TGATTTGAGAAT-GATATTTGTTTAAATAGTCATAACTATT
65 ATGACAAAACAAAAGGTC-ATAACT-ATTTGA-AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * * * * *
7517 T-AAATTGATTTCA-AAAATAGTTTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
127 TGAACTTG--TTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA
* * ** * * * *
7572 AAATATTAGTAAAGTAGTATTATTTTATT-TCGGATAAGTTTCTATGAGCT-GAAAC-ATTATTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGA-ATAGAAACAATTGTTT
* *** * * * *
7634 TATAATGGAAGAAAAGGTCATAA-TGACTTTAAATAGTTAGATTGATTGTTCAAATAGTCCA-AT
64 TATGACAAAACAAAAGGTCATAACT-A-TTTGAA-A--TAGA-TAATTGTTCAAATAGT-CATAA
* * * *
7697 CTATTTAAACTTGTTCAATAAACAGATTTATCTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTT
122 CTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTAT-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA
* * * * * ** * * *
7758 GAAT-GT--T-AATTAGTGTTATTTTGTTCTGAATAAATTTGTATGAATTGAAATAATTGCTTTA
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTA
** * ***
7819 TGATTAAACAAAAGGTCATAA-TAATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGGGTTAACTATTTGA
66 TGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * *
7883 A-TTGGTTCAGCAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG
130 ACTT-GTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA
* * * * * *
7935 TAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATT-TGAATAAGGTTGTATTAAAAGAAACAATTGTTTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTT
* * * *
7999 AT-A-AAAAAATAAAGATCATAA-TGATTTGAGATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTT
65 ATGACAAAACA-AAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
** * * *
8061 GAA-TTGTTTCAAAAAATAGATTTA-GTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTCA
128 GAACTTG-TTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA
* * * * ** * *
8110 AAATATTAATAGATAAATATTATTTTATTGTAAATAATTTTGCATAAATAGAAAACAATTGTTTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAG-AAACAATTGTTTT
* * * * * *
8175 ATAAC-AAA-AAAAGGTCATAACAACTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGACATGACTATTTGA
65 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * *
8238 ACTTGTT-TGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTTA
130 ACTTGTTCAG-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA
* * * *
8290 AAATATTAATAAATTAGTATTCTTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTA
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTA
* * * * ***
8355 TGACAAAACAAAAGATCTTAACTATTTGAAATAAATACTTGTTCATCCAGTCATAACTATTTGAA
66 TGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * *
8420 CTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTTAGATCTTTTACTTATTAATTTTTG
131 CTTGTTCAGTAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA
* * * * * * * *
8472 GAATATGAATAAACTAGCATTATTTTATT-TCGAATACA-CATGTTTGAAACAGAAAC-ATTAG-
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATA-AGCTTGTATG-AATAGAAACAATT-GT
* * * * *
8533 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTTAACTAATAATAACTATT
62 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * * * * * * ** ** *
8598 TGAA-TGTGTTGTA-TGACAAAATAGTCTTAACTATTTGACCTAGTTTGACAAACACATTTATTT
127 TGAACT-TGTT-CAGT-A-AACAGA-T-TT-A-TTTTTTA---AATCT--CTTACTTATTAATTT
*
8661 TTT
179 TTA
* * * * * * * * * ** *
8664 AAATCTCT--T-ACTTATTAATT-TTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCTAAATAA
1 AAATAT-TAATAAATTAGT-ATTATTT----TATT-CTAAATAAG-CTTGTATGAATAGAAACAA
** * * * ** ** * * ** * * *
8725 --GCTGGTACGAAAAGAAACAATTATTTTGTGACAAAATGAAAAAGCATAA-CGATTTAAGATAG
58 TTG-TTTTATG-ACA-AAACAA-AAGGTCATAACTATTTGAAATAG-ATAATTG-TTCAA-ATAG
* * * * * *
8787 --ATAATTATTCAAATAGTCCATAACTAT-TTGAACTGTTTTCAGTAAATAGATTTAGTTTTTAA
116 TCATAACTATT----T-G-----AACT-TGTT---CAG---T-A-AACAG--ATTTATTTTTTAA
*
8849 A--TC-T-CTTATTAATTTTCA
160 ATCTCTTACTTATTAATTTTTA
* * * ** * *
8867 AAATATTAGTAAGATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGCATGAACAGAAACAATTGTTTT
1 AAATATTAATAA-ATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTT
* * * * * * * *
8932 ATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAACAGATAATTATTCAAATGGACATGATTATTTGA
65 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * * *
8997 ACTTG-TCGGTAAGCAAATTTA-TTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTTA
130 ACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA
* * * * * * *
9047 GAATATTAAT-AATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATGTGAATAGAAACAATTGCTTTA
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTA
* * * *
9111 TG-C-AAAC-AAAGATCATAACTATTTGAAATAAATGATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAA
66 TGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG-A
** * * * *
9173 ACTT-ACCGGTAAACAAATTTA-TTTTTAAATGCTTTTACTTATTAATTTTTG
130 ACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAAT-CTCTTACTTATTAATTTTTA
* * * *
9224 GAATATTAATAAA-TAGTATTATTTTATT-TCAAATACGCTTGTATGAATA-AAATAATTGGTTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTT
* * * * *
9286 ACGATAAAAC-AAAGGTCATGACAATTTGAAATAGATAATTATTC-AATAGTCATAACTATTTGA
65 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * * *
9349 AATGTGTTCAGAAAATAGATTTATTATTTAAAT-T-TTACTTATTAAATTGTTTG
130 ACT-TGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT-AATT-TTTA
* * ** * * * *
9402 GAATCATAAATAAATTTCTATTA-TTTA-TCAAATATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTT
1 AAAT-ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAA-ATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTT
9465 TATGACAAAACCAAAAGGTCAT-A-TGA-TT-AAATAGATAAATT-TTCAAATAGTCATAACTAT
64 TATGACAAAA-CAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGAT-AATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* * * * * *
9525 TT----TTG--AAGTAAATAAATTCATTTTTTAAATCTCTTTCTCATTAATTTTTA
126 TTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA
* * * * * *
9575 GAGTATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCCTATATGAA-ATGATACAATTG-TTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATA-GAAACAATTGTTTT
** * * * * * * *
9638 ATG-------ATGAGGTCATAGCAATTTGAAATAGATTATTATTCAAATAATTATAACTATTTAA
65 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
** * * * *
9696 ACTTGTTCAGTAAACATTTTTATTTTTAAAATCT-TATACTTATTAACTATCA
130 ACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCT-TACTTATTAATTTTTA
* * * ** * * *
9748 AAATATTAATAAACTAATATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTA
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTA
* * * *
9813 TGGCAAAACAAAAGGCCATAA-TGATTTGAAA-AAAT-ATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGA
66 TGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * * * * *
9875 ACTTATT-TGTAAACAGATTTATTTTTCAAATATTTTGCTTATTAATTATCT-
130 ACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTTA
* * * * * *
9926 AAATGA-TAATAACTTTGTATTATTTTAATT-GAAATAAGCTTATAAGAATAGCAAA-AATTATT
1 AAAT-ATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAG-AAACAATTGTT
* * * ** *
9988 TTATGATAAAATAAAAGGTTATGGCGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
63 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * *
10053 AAACTTGTTC-GATAAACAAATTTAGTTTTTAAATCTCTTATTTATTAATTTTTA
128 GAACTTGTTCAG-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA
* * * * * * *
10107 GAATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTCCAAATAAGTTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTG
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTA
* * * *
10172 TGACAAAATAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAACAGTCATAACTATTTGC
66 TGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* ** * * *
10236 AC-TGGTCAGGCGAACAGATTCATTATTTAAATCTGTTACTTATTAATTTTTA
130 ACTTGTTCA-GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA
* * * * * * *
10288 GAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTCCAAATAAGAC-TGTATCAATAGAAATAATTATTTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAG-CTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTT
* * * * * * * *
10352 ATGACAAAACAAATGGTCATAA-TGATATGAAATAAATAATTATTTAAATTGTTATAACTAATTG
65 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* ** * *
10416 AACTAGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTCA
129 AACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA
* * * * * *
10465 AAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAACAAACTTATATGAACA-AAACATTTGTTTTA
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTA
* * * * *
10529 TGACAAAACAAAA-GTACATAATTATTTGAAATGGATAATTATTCATATAG-CTTTAACTATTTG
66 TGACAAAACAAAAGGT-CATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTG
* ** * * * * *
10592 AACTGGTTCAACAAACAAATTTA-TTTTCAAATCTCATAATTATTAATTTTCA
129 AACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA
* ** * * * *
10644 TAAATATTATTAGTTTAATATTATTTTATT-TCAATAAGCTTGTATGAACATTAAA-AATTGTTT
1 -AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATA-GAAACAATTGTTT
* * * * *
10707 TATGACAAAACAAAAGGTTATAA-TGACTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTT
64 TATGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* *
10771 GAA-TTGGTTCAGTAAACAG----------T-AATCTCCTACTTATTAA-TTTTG
128 GAACTT-GTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA
* * *
10813 AAATATTAATAAATTAGTATTTTTTTTATTCTAAATAGGCTTGTATG-ATGAAAAACAATTGTTT
1 AAATATTAATAAATTAGTA-TTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTT
* * * *
10877 TATGACAAAAC-AAAGTTCA-AAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCATAACTATTT
64 TATGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * ** * * ** * *
10940 GAA-TTGATTGAATAAATTGATTTATGTTTTAAATTTCCAAATT-TTCAA-TTTTG
128 GAACTTG-TTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT-AATTTTTA
* * ** * * * *
10993 AAATATTAATAAAGTAATATTA-TTTATT-TGGATAAGGTTTTCTGAA-AGAAACAATTATCTTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGT-TTT
* * * * * *
11055 ATGATAAAACACAAGGTCATAACGATTTTAAA-ATGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTA
65 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATA-GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* ** * * * *
11119 AATTTGTTTGGTTAACATATTTATGTTTTTAAAT-TGCTTGCTTATTAATTTTTT
129 AACTTGTTCAGTAAACAGATTTAT-TTTTTAAATCT-CTTACTTATTAATTTTTA
* * * * * * *
11173 GAATGTTAATAAAATAATATTATTTTTATT-TAGAATAAG-TATGTACGAATTGAAACAATTATT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTCTA-AATAAGCT-TGTATGAATAGAAACAATTGTT
* * * * * *
11236 TTATAACTAAACAAAAGGTTAGAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCATAACTATTT
63 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * *
11301 GAAC-TGATT-TGATAAATATATTTATTTTTTAAATCTCTTA--TA--AATTTTTA
128 GAACTTG-TTCAG-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA
* ** * * * *
11351 AAATATTATTAGTTTAGCAATATTTTACTCTAAATAAGTTTGTATAGACA-A-AAACAATTGTTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTAT-GA-ATAGAAACAATTGTTT
* * * * * *
11414 TAATGACAAAAC-AAAGATCATACCAATTTGAGATAGATAATTATTCAAATACTCATAACTATTT
64 T-ATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * *
11478 GAA-TTG-TCTAGTAAATAGATTTAGTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTCA
128 GAACTTGTTC-AGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA
* * **
11527 AACTATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAATTTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTA
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTA
* * * * * * * *
11592 TGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTAAAATAAATAATTATTTAAAAATTCATAACTATTTGAA
66 TGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
** * * * *
11657 CTTACT-AGTTAAACAAAATTATTTTTT-AATCTTTTACTTATTAATTTTTG
131 CTTGTTCAG-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA
* * * * * *
11707 GAAT-TGTAATAAA-T--TATCATTTTATTCT-GATAAGCTTTTATGAATAAAAACAATTTTTTT
1 AAATAT-TAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTT
** * * *
11767 ATGGTAAAACAAAAAGTCATCA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTG
65 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* ** * * * * * *
11831 AACGTGTTCAAAAAATATATTTATTTTTTATAT-TTTTACTTATTAATCTTTG
129 AACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA
* * * * *
11883 GAATATTAGTAAATTCA-TATTATTTTATTCGAAATAAGCTTGTATGAATAGCAACAATTATTTT
1 AAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTT
* *
11947 ATGGCAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTA-TTG
65 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* ** * * *
12010 AACTTGTTTAGTAAACAGATTCGTTTTTTAAATTTTCTTACTCATTAATTTTTG
129 AACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAA-TCTCTTACTTATTAATTTTTA
* * * * * * * * *
12064 AAATAGTAATAAGTTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCCTATATGAATTGATACAATTATTTTA
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTA
* * * *
12129 TGACAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTTATTCAAATAGTTATTACAATTTG
66 TGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAA-TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * * * *
12193 AACTTGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTTATATCTTTTACTTATTAATTTTCA
129 AACTTGTTCAGTAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA
* * * * * * *
12247 AAATATTAACAAATTAATATTATTTTAATT-TGAATAAGCTAGTATGAACA-AAATTAATTATTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-CAATTGTTT
* * * *
12310 TATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTG
64 TATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * *
12375 AAATTATTCAGTAAATAGATTT
129 AACTTGTTCAGTAAACAGATTT
12397 GAGATAAGCT
Statistics
Matches: 3880, Mismatches: 828, Indels: 576
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ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTA
TGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
CTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA
Found at i:8549 original size:182 final size:181
Alignment explanation
Indices: 7794--8579 Score: 482
Period size: 180 Copynumber: 4.4 Consensus size: 181
7784 TGAATAAATT
** * ** * *
7794 TGTATGAATTGAAATAATTGCTTTATGATTAAACAAAAGGTCATAA-TAATTTGAAATAGATAAT
1 TGTATGAACAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACT-ATTTGAAATAAATAAT
*** * * **
7858 TGTTCTAAT--AGGGTTAACTATTTGAA-TTGGTTCAG-CAAACATATTTATTTTTTAAATCTTT
65 TGTTC--ATCCAGTCATAACTATTTGAACTT-GTT-AGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCC
* ** * * * * ** ***
7919 TACTTATTAATTTTTGTAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATT-TGAATAAGGT
126 TACCTATTAATTTTTAAAATATGAATAAACTAGCATTATTTT-ATTCCAAATAAACA
* * * * * *
7975 TGTATTAAAAGAAACAATTGTTTTAT-A-AAAAAATAAAGATCATAA-TGATTTGAGATAGATAA
1 TGTATGAACAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACA-AAAGATCATAACT-ATTTGAAATAAATAA
* *** * * * *
8037 TAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTTCA-AAAAATAGATTTA-GTTTTAAATCT-CT
64 TTGTTCATCCAGTCATAACTATTTGAACTTG-TT-AGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCT
* * * ** ** ***
8098 ---TATTAATTTTCAAAATATTAATAGA-TAAATATTATTTTATTGTAAATAATTT
127 ACCTATTAATTTTTAAAATATGAATAAACT-AGCATTATTTTATTCCAAATAAACA
* * * * * * * * *
8150 TGCATAAATAGAAAACAATTGTTTTATAAC-AAA-AAAAGGTCATAACAACTTGAAATAGATAAT
1 TGTATGAACAG-AAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATAAT
**** * * *
8213 TGTTCAAATGGACATGACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACC
65 TGTTCATCCAGTCATAACTATTTGAACTTGTTAGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACC
* * * * *
8278 TATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTCTTTTATTCCAAATAAACT
130 TATTAATTTTTAAAATATGAATAAACTAGCATTATTTTATTCCAAATAAACA
* * *
8330 TGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCTTAACTATTTGAAATAAATACTT
1 TGTATGAACAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATAATT
* * * **
8395 GTTCATCCAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAATAGATTTATTTTTTTAGATCTTTTAC
66 GTTCATCCAGTCATAACTATTTGAACTTGTT-AGATAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTCCTAC
* ** * * *
8459 TTATTAATTTTTGGAATATGAATAAACTAGCATTATTTTATTTCGAATACACA
129 CTATTAATTTTTAAAATATGAATAAACTAGCATTATTTTATTCCAAATAAACA
* * *
8512 TGTTTGAAACAGAAA-CATTAG-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAAATAA
1 TGTATG-AACAGAAATAATT-GTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATAA
8575 TTGTT
64 TTGTT
8580 TAACTAATAA
Statistics
Matches: 488, Mismatches: 92, Indels: 49
0.78 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
174 4 0.01
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ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
TGTATGAACAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATAATT
GTTCATCCAGTCATAACTATTTGAACTTGTTAGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACCT
ATTAATTTTTAAAATATGAATAAACTAGCATTATTTTATTCCAAATAAACA
Found at i:8923 original size:180 final size:177
Alignment explanation
Indices: 8616--12396 Score: 2521
Period size: 180 Copynumber: 21.2 Consensus size: 177
8606 TTGTATGACA
* * * * * *
8616 AAATAGTCTTAACTATTTGACCTAGTTTGA-CAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACT-TTTTCAGTAAACAGATTTA-TTTTTAAA--TC-TACTTATT
* * * * * * * *
8680 AATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCTAAATAAGCTGGTACGAAAAGAAACAA
61 AATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAA
* * * *
8745 TTATTTTGTGACAAAATGAAAAAG-CATAACGATTT-AAGATAGATAATTATTC
126 TTGTTTTATGACAAAA-CAAAAGGTCATAACGATTTGAA-ATAGATAATTATTC
*
8797 AAATAGTCCATAACTATTTGAACTGTTTTCAGTAAATAGATTTAGTTTTTAAATCT-CTTATTAA
1 AAATAGT-CATAACTATTTGAACT-TTTTCAGTAAACAGATTTA-TTTTTAAATCTACTTATTAA
* * ** * *
8861 TTTTCAAAATATTAGTAAGATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGCATGAACAGAAACAAT
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* * *
8926 TGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAACAGATAATTATTC
127 TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTC
* * * * * * * * *
8977 AAATGGACATGATTATTTGAAC-TTGTCGGTAAGCAAATTTATTTTTAAATCTCCTACCTATTAA
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTTTTCAGTAAACAGATTTATTTTTAAA--T-CTACTTATTAA
* * * *
9041 TTTTTAGAATATTAAT-AATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATGTGAATAGAAACAATT
63 TTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATT
* * * * * *
9105 GCTTTATG-C-AAAC-AAAGATCATAACTATTTGAAATAAATGATTGTTC
128 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTC
* ** * *
9152 AAATAGTTATAACTATTTGAAAC-TTACCGGTAAACAAATTTATTTTTAAATGCTTTTACTTATT
1 AAATAGTCATAACTATTTG-AACTTTTTCAGTAAACAGATTTATTTTTAAAT-C---TACTTATT
** ** * *
9216 AATTTTTGGAATATTAATAAA-TAGTATTATTTTATTTCAAATACGCTTGTATGAATA-AAATAA
61 AATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAA
* * * * *
9279 TTGGTTTACGATAAAAC-AAAGGTCATGACAATTTGAAATAGATAATTATTC
126 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTC
* * * * *
9330 -AATAGTCATAACTATTTGAAATGTGTTCAGAAAATAGATTTATTATTTAAATTTTACTTATTAA
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACT-TTTTCAGTAAACAGATTTATT-TTTAAA-TCTACTTATT-A
** * ** *** * *
9394 ATTGTTTGGAATCATAAATAAATTTCTATTA-TTTA-TCAAATATAAGCTTGTATGAACAAAAAC
62 ATT-TTTAAAAT-ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGA-ATAAGCTTGTATGAATAGAAAC
* *
9457 AATTATTTTATGACAAAACCAAAAGGTCAT-ATGA-TT-AAATAGATAAATT-TTC
124 AATTGTTTTATGACAAAA-CAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGAT-AATTATTC
** * * *
9509 AAATAGTCATAACTA--T----TTTTGAAGTAAATAAATTCATTTTTTAAATCT-CTTTCTCATT
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTTTTCAGTAAACAGATTTA-TTTTTAAATCTAC--T-T-ATT
* * * * * *
9567 AATTTTTAGAGTATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCCTATATGAA-ATGATACA
61 AATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATA-GAAACA
** * * *
9631 ATTG-TTTATG-------ATGAGGTCATAGCAATTTGAAATAGATTATTATTC
125 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTC
* * * * **
9676 AAATAATTATAACTATTTAAACTTGTTCAGTAAACATTTTTATTTTTAAAATCTTATACTTATTA
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTTTTCAGTAAACAGATTTATTTTT-AAATC---TACTTATTA
* * * * * * ** * * *
9741 ACTATCAAAATATTAATAAACTAATATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAAT
62 ATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAAT
* * * *
9806 TGTTTTATGGCAAAACAAAAGGCCATAATGATTTGAAA-AAAT-ATTATTC
127 TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTC
* *
9855 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTT--GTAAACAGATTTATTTTTCAAATATTTTGCTTATT
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTT-TTTCAGTAAACAGATTTATTTTT--AA-A-TCTACTTATT
* * * * * *
9918 AATTATCT-AAATGA-TAATAACTTTGTATTATTTTA-ATTGAAATAAGCTTATAAGAATAGCAA
61 AATT-TTTAAAAT-ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG-AATAAGCTTGTATGAATAG-AA
* * * * ** *
9980 A-AATTATTTTATGATAAAATAAAAGGTTATGGCGATTTGAAATAGATAATTGTTC
122 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTC
* * * *
10035 AAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTC-GATAAACAAATTTAGTTTTTAAATCTCTTATTTATT
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTTTTCAG-TAAACAGATTTA-TTTTTAAA--TC-TACTTATT
* * * *** * *
10099 AATTTTTAGAATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTCCAAATAAGTTTGTATGAACAGAAACAA
61 AATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAA
* * *
10164 TTGTTTTGTGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTC
126 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTC
* * ** ** *
10216 AAACAGTCATAACTATTTGCAC-TGGTCAGGCGAACAGATTCATTATTTAAATCTGTTACTTATT
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTTTTCA-GTAAACAGATTTATT-TTTAAATC---TACTTATT
* * * *** * *
10280 AATTTTTAGAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTCCAAATAAGAC-TGTATCAATAGAAATA
61 AATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAG-CTTGTATGAATAGAAACA
* * * * * *
10344 ATTATTTTATGACAAAACAAATGGTCATAATGATATGAAATAAATAATTATTT
125 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTC
* * * * * *
10397 AAATTGTTATAACTAATTGAACTAGTTT-GGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCT-CTTATTAAT
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACT-TTTTCAGTAAACAGATTTA-TTTTTAAATCTACTTATTAAT
* * * * * * * * *
10460 TTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAACAAACTTATATGAACA-AAACATTTG
64 TTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTG
** *
10524 TTTTATGACAAAACAAAA-GTACATAATTATTTGAAATGGATAATTATTC
129 TTTTATGACAAAACAAAAGGT-CATAACGATTTGAAATAGATAATTATTC
* * ** ** * * *
10573 ATATAG-CTTTAACTATTTGAACTGGTTCAACAAACAAATTTATTTTCAAATCTCATAATTATTA
1 AAATAGTC-ATAACTATTTGAACTTTTTCAGTAAACAGATTTATTTTTAAA--TC-TACTTATTA
* * ** * * * *
10637 ATTTTCATAAATATTATTAGTTTAATATTATTTTA-TTTCAATAAGCTTGTATGAACATTAAA-A
62 ATTTTTA-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATA-GAAACA
* * * * *
10700 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGACTTGAAATATATAATTGTTC
125 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTC
* * * * * *
10753 AAATAGTTATAATTATTTGAA-TTGGTTCAGTAAACAG---TA-ATCT---CCTACTTATTAA-T
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTT-TTTCAGTAAACAGATTTATTTTTAAATCTACTTATTAATT
* * * * * *
10809 TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTTTTTTTATTCTAAATAGGCTTGTATG-ATGAAAAACAATT
65 TTTAAAATATTAATAAATTAGTA-TTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATT
* * * *
10873 GTTTTATGACAAAAC-AAAGTTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTC
128 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTC
* * * * * ** * *
10922 AAATGGCCATAACTATTTGAA-TTGATTGAATAAATTGATTTATGTTTTAAATTTCCAAATT-TT
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTT-TTTCAGTAAACAGATTTAT-TTTTAAA--T-CTACTTATT
* * * * * * *
10985 CAA-TTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTA-TTTA-TTTGGATAAGGTTTTCTGAA-AGAAACA
61 -AATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACA
* * * * *
11046 ATTATCTTTATGATAAAACACAAGGTCATAACGATTTTAAA-ATGATAATTGTTC
125 ATTGT-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATA-GATAATTATTC
* * ** * * *
11100 AAATAGTCATAATTATTT-AAATTTGTTTGGTTAACATATTTATGTTTTTAAATTGCTTGCTTAT
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTT-TTCAGTAAACAGATTTA--TTTTTAAA-T-C-TACTTAT
** * * * * * *
11164 TAATTTTTTGAATGTTAATAAAATAATATTATTTTTATTTAGAATAAG-TATGTACGAATTGAAA
60 TAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTTGAATAAGCT-TGTATGAATAGAAA
* * * * * *
11228 CAATTATTTTATAACTAAACAAAAGGTTAGAACGATTTGAAATAGATAATTGTTC
123 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTC
* * * * * *
11283 TAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTTGA-TAAATATATTTATTTTTTAAATCT-CTTATAAAT
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACT-TTTTCAGTAAACAGATTTA-TTTTTAAATCTACTTATTAAT
* ** * * * * * *
11346 TTTTAAAATATTATTAGTTTAGCAATATTTTACTCTAAATAAGTTTGTATAGACA-A-AAACAAT
64 TTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTAT-GA-ATAGAAACAAT
* * * *
11409 TGTTTTAATGACAAAAC-AAAGATCATACCAATTTGAGATAGATAATTATTC
127 TGTTTT-ATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTC
* * *
11460 AAATACTCATAACTATTTGAA--TTGTCTAGTAAATAGATTTAGTTTTTAAATCT-CTTATTAAT
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTTTTC-AGTAAACAGATTTA-TTTTTAAATCTACTTATTAAT
* * * **
11522 TTTCAAACTATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAATTTTGTATGAATAGAAACAATTG
64 TTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTG
* * * *
11587 TTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTAAAATAAATAATTATTT
129 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTC
* * ** * * *
11636 AAAAATTCATAACTATTTGAACTTACT-AGTTAAACAAAATTATTTTTTAATCTTTTACTTATTA
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTTTTCAG-TAAACAGATTTATTTTTAAATC---TACTTATTA
** * * * *
11700 ATTTTTGGAAT-TGTAATAAA-T--TATCATTTTATTCTG-ATAAGCTTTTATGAATAAAAACAA
62 ATTTTTAAAATAT-TAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAA
* ** * * * *
11760 TTTTTTTATGGTAAAACAAAAAGTCATCATGATTTGAAATAGATAATTGTTC
126 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTC
* * * ** * * * *
11812 AAATAGCCATAACTATTTGAACGTGTTCAAAAAATATATTTATTTTTTATATTTTTACTTATTAA
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTTTTCAGTAAACAGATTTA-TTTTTA-A-ATCTACTTATTAA
* ** * * *
11877 TCTTTGGAATATTAGTAAATTCA-TATTATTTTA-TTCGAAATAAGCTTGTATGAATAGCAACAA
63 TTTTTAAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTTG-AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAA
* * * *
11940 TTATTTTATGGCAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTC
126 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTC
* *
11992 AAATAATCATAACTA-TTGAACTTGTTT-AGTAAACAGATTCGT-TTTTTAAATTTTCTTACTCA
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTT-TTTCAGTAAACAGATT--TATTTTTAAA---TC-TACTTA
* * * * * * *
12054 TTAATTTTTGAAATAGTAATAAGTTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCCTATATGAATTGATAC
59 TTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAAC
* *
12119 AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTTATTC
124 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAA-TTATTC
* * * * * * *
12174 AAATAGTTATTACAATTTGAACTTGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTTATATCTTTTACTTATT
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTTTTCAGTAAACAGATTTA--TTTTTAAATC---TACTTATT
* * * * * * *
12239 AATTTTCAAAATATTAACAAATTAATATTATTTTAATTTGAATAAGCTAGTATGAACA-AAATTA
61 AATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-CA
* * * * *
12303 ATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTC
125 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTC
* * * *
12356 AAATAATCATAACTATTTGAAATTATTCAGTAAATAGATTT
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTTTTCAGTAAACAGATTT
12397 GAGATAAGCT
Statistics
Matches: 2841, Mismatches: 575, Indels: 367
0.75 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
164 8 0.00
165 1 0.00
166 5 0.00
167 24 0.01
168 15 0.01
169 72 0.03
170 44 0.02
171 2 0.00
172 31 0.01
173 121 0.04
174 26 0.01
175 73 0.03
176 405 0.14
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182 108 0.04
183 212 0.07
184 24 0.01
185 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (177 bp):
AAATAGTCATAACTATTTGAACTTTTTCAGTAAACAGATTTATTTTTAAATCTACTTATTAATTT
TTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTT
TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTC
Found at i:9124 original size:753 final size:749
Alignment explanation
Indices: 7893--9356 Score: 2020
Period size: 753 Copynumber: 1.9 Consensus size: 749
7883 ATTGGTTCAG
* * *
7893 CAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGTAATATTATTAAATTAGTATTAT
1 CAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTAT
* * * * ** * * * *
7958 TTTAATTTGAATAAGGTTGTATTAAAAGAAACAATTGTTTTATAAAAAAATAAAGATCATAATGA
66 TTTAATCTAAATAAGCTGGTACGAAAAGAAACAATTATTTTATAAAAAAATAAAAAGCATAACGA
* *
8023 TTTGAGATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGTTTCAAAAAATAGATTTAGTT
131 TTTAAGATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTTCAAAAAATAGATTTAGTT
8088 TTAAATCTCTTATTAATTTTCAAAATATTAATAGATAAATATTATTTTATTGTAAATAATTTTGC
196 TTAAATCTCTTATTAATTTTCAAAATATTAATAGATAAATATTATTTTATTGTAAATAATTTTGC
* * * *
8153 ATAAATAGAAAACAATTGTTTTATAACAAAAAAAGGTCATAACAACTTGAAATAGATAATTGTTC
261 ATAAACAGAAAACAATTGTTTTATAACAAAAAAAGATCATAACAACTTGAAACAGATAATTATTC
*
8218 AAATGGACATGACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTA
326 AAATGGACATGACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTA
* * *
8283 ATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTCTTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAATAGAAATAAT
391 ATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTATATGAATAGAAACAAT
* * **
8348 TGTTTTATGACAAAACAAAAGATCTTAACTATTTGAAATAAAT-ACTTGTTCATCCAGTCATAAC
456 TGCTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATGA-TTGTTCAAACAGTCATAAC
** * * *
8412 TATTTG-AACTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTTAGAT-CTTTTACTTATTAATTTTTGGAA
520 TATTTGAAACTT-ACCAGTAAACAAATTTA--TTTTTAAATGCTTTTACTTATTAATTTTTGGAA
* * *
8475 TATGAATAAACTAGCATTATTTTATTTCGAATACACATGTTTGAA-ACAGAA-ACATTAGTTTAT
582 TATGAATAAA-TAGCATTATTTTATTTCAAATACACATGTATGAATA-A-AATA-ATTAGTTTAC
* * *
8538 GACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTTAACTAATAATAACTATTTG-AA
643 GACAAAAC-AAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAA-TAATAATAACTATTTGAAA
8602 TGTGTTGTATGACAAAATAGTCTTAACTATTTGACCTAGTTTGA
706 TGTGTTGTATGACAAAATAGTCTTAACTATTTGACCTAGTTTGA
8646 CAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTAT
1 CAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTAT
* * *
8711 TTTAATCTAAATAAGCTGGTACGAAAAGAAACAATTATTTTGTGACAAAATGAAAAAGCATAACG
66 TTTAATCTAAATAAGCTGGTACGAAAAGAAACAATTATTTTATAAAAAAAT-AAAAAGCATAACG
**
8776 ATTTAAGATAGATAATTA-TTCAAATAGTCCATAACTATTTGAACTGTTTTCAGTAAATAGATTT
130 ATTTAAGATAGATAA-TAGTTCAAATAGT-CATAACTATTTGAACTG-TTTCAAAAAATAGATTT
* * * * *
8840 AGTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTCAAAATATTAGTAAGATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA
192 AG-TTTTAAATCTCTTATTAATTTTCAAAATATTAAT-AGATAAATATTATTTTATTGTAAATAA
* * *
8905 TTTTGCATGAACAG-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAACAGAT
255 TTTTGCATAAACAGAAAACAATTGTTTTATAAC-AAA-AAAAGATCATAACAACTTGAAACAGAT
* * *
8969 AATTATTCAAATGGACATGATTATTTGAACTTG-TCGGTAAGCAAATTTA-TTTTTAAATCTCCT
318 AATTATTCAAATGGACATGACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCT
* *** *
9032 ACCTATTAATTTTTAGAATATTAAT-AATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATGTGAATA
383 ACCTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTATATGAATA
*
9096 GAAACAATTGCTTTATG-C-AAAC-AAAGATCATAACTATTTGAAATAAATGATTGTTCAAATAG
448 GAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATGATTGTTCAAACAG
* *
9158 TTATAACTATTTGAAACTTACCGGTAAACAAATTTATTTTTAAATGCTTTTACTTATTAATTTTT
513 TCATAACTATTTGAAACTTACCAGTAAACAAATTTATTTTTAAATGCTTTTACTTATTAATTTTT
* * * * *
9223 GGAATATTAATAAATAGTATTATTTTATTTCAAATACGCTTGTATGAATAAAATAATTGGTTTAC
578 GGAATATGAATAAATAGCATTATTTTATTTCAAATACACATGTATGAATAAAATAATTAGTTTAC
* * * * *
9288 GATAAAACAAAGGTCATGACAATTTGAAATAGATAATTATTCAATAGTCATAACTATTTGAAATG
643 GACAAAACAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAATAATAATAACTATTTGAAATG
9353 TGTT
708 TGTT
9357 CAGAAAATAG
Statistics
Matches: 625, Mismatches: 72, Indels: 32
0.86 0.10 0.04
Matches are distributed among these distances:
748 14 0.02
749 39 0.06
750 17 0.03
751 39 0.06
752 33 0.05
753 161 0.26
754 44 0.07
755 19 0.03
756 65 0.10
757 88 0.14
758 51 0.08
759 55 0.09
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (749 bp):
CAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTAT
TTTAATCTAAATAAGCTGGTACGAAAAGAAACAATTATTTTATAAAAAAATAAAAAGCATAACGA
TTTAAGATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTTCAAAAAATAGATTTAGTT
TTAAATCTCTTATTAATTTTCAAAATATTAATAGATAAATATTATTTTATTGTAAATAATTTTGC
ATAAACAGAAAACAATTGTTTTATAACAAAAAAAGATCATAACAACTTGAAACAGATAATTATTC
AAATGGACATGACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTA
ATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTATATGAATAGAAACAAT
TGCTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATGATTGTTCAAACAGTCATAACT
ATTTGAAACTTACCAGTAAACAAATTTATTTTTAAATGCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATG
AATAAATAGCATTATTTTATTTCAAATACACATGTATGAATAAAATAATTAGTTTACGACAAAAC
AAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAATAATAATAACTATTTGAAATGTGTTGTAT
GACAAAATAGTCTTAACTATTTGACCTAGTTTGA
Found at i:12315 original size:183 final size:179
Alignment explanation
Indices: 10798--12376 Score: 1297
Period size: 176 Copynumber: 8.8 Consensus size: 179
10788 AGTAATCTCC
* * * *
10798 TACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTTTTTTTATTCTAAATAGGCTTGTATG-A
1 TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATA-TTATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAA
* * * *
10861 TGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGTTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
64 T--AAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * * * * *
10925 TGGCCATAACTATTTGAA-TTGATT-GAATAAA-TTGATTTATGTTTTAAAT-TTCC
127 TAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCG-GTAAACAT-ATTTATTTTTTAAATCTT-T
* * * * * * *
10978 AAATT-TTCAA-TTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTA-TTTATTTGGATAAGGTTTTCTGAA-
1 TACTTATT-AATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTGAATAAGCTTGTATGAAT
* * *
11039 AGAAACAATTATCTTTATGATAAAACACAAGGTCATAACGATTTTAAA-ATGATAATTGTTCAAA
65 A-AAACAATTAT-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATA-GATAATTGTTCAAA
* * * * * *
11103 TAGTCATAATTATTTAAATTTGTTTGGTTAACATATTTATGTTTTTAAAT-TGCT
127 TAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACATATTTAT-TTTTTAAATCT-TT
* * * *
11157 TGCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAAATAATATTATTTTTATTTAGAATAAG-TATGTACG
1 TACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTA-TTTTATTT-GAATAAGCT-TGTATG
* * * * * *
11220 AATTGAAACAATTATTTTATAACTAAACAAAAGGTTAGAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCTA
62 AA-TAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
* * *
11285 ATAGTCATAACTATTTGAAC-TGATTTGATAAATATATTTATTTTTTAAATC---
126 ATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTT
* * * ** ** * * * *
11336 T-CTTATAAATTTTTAAAATATTATTAGTTTAGCAATATTTTACTCTAAATAAGTTTGTATAGAC
1 TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTAT-GA-
* * * * * *
11400 A-AAAACAATTGTTTTAATGACAAAAC-AAAGATCATACCAATTTGAGATAGATAATTATTCAAA
63 ATAAAACAATTATTTT-ATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * * * *
11463 TACTCATAACTATTTGAA-TTG-TCTAGTAAATAGATTTAGTTTTTAAATC---
127 TAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC-GGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTT
* * **
11512 T-CTTATTAA-TTTTCAAACTATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAATTTTGTATGAA
1 TACTTATTAATTTTTGAAA-TATTAATAAATTAATATTATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAA
* * * * * * *
11575 TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTAAAATAAATAATTATTTAAAA
64 TA-AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* ** * * * *
11640 ATTCATAACTATTTGAACTTACTAGTTAAACAAAATTATTTTTT-AATCTTT
128 AGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTT
* * *
11691 TACTTATTAATTTTTGGAAT-TGTAATAAA-T--TATCATTTTATTCTG-ATAAGCTTTTATGAA
1 TACTTATTAATTTTTGAAATAT-TAATAAATTAATATTATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAA
* ** * * *
11751 TAAAAACAATTTTTTTATGGTAAAACAAAAAGTCATCATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
64 T-AAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * *** * *
11816 AGCCATAACTATTTGAACGTGTTCAAAAAATATATTTATTTTTTATAT-TTT
128 AGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTT
* * * * *
11867 TACTTATTAATCTTTGGAATATTAGTAAATTCATATTATTTTATTCGAAATAAGCTTGTATGAAT
1 TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTG-AATAAGCTTGTATGAAT
* * *
11932 AGCAACAATTATTTTATGGCAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
65 A-AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* ** * ** *
11997 ATCATAACTA-TTGAACTTGTTTAGTAAACAGATTCGTTTTTTAAATTTTCT
129 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTT-T
* * * * * *
12048 TACTCATTAATTTTTGAAATAGTAATAAGTTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCCTATATGAAT
1 TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAA-
* * * *
12113 TGATACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTTATTCAAAT
64 TAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAA-TTGTTCAAAT
* * * *
12178 AGTTATTACAATTTGAACTTGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTTATATCTTT
128 AGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACATATTTA-TTTTTTAAATCTTT
** * * *
12231 TACTTATTAATTTTCAAAATATTAACAAATTAATATTATTTTAATTTGAATAAGCTAGTATGAAC
1 TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTT-ATTTGAATAAGCTTGTATGAAT
* * * *
12296 AAAATTAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATA
65 AAAA-CAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
*
12361 ATCATAACTATTTGAA
129 GTCATAACTATTTGAA
12377 ATTATTCAGT
Statistics
Matches: 1126, Mismatches: 211, Indels: 122
0.77 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
174 1 0.00
175 23 0.02
176 257 0.23
177 138 0.12
178 97 0.09
179 66 0.06
180 147 0.13
181 110 0.10
182 63 0.06
183 201 0.18
184 23 0.02
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (179 bp):
TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTGAATAAGCTTGTATGAATA
AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
CATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTT
Found at i:12493 original size:120 final size:119
Alignment explanation
Indices: 12274--12496 Score: 322
Period size: 120 Copynumber: 1.9 Consensus size: 119
12264 TATTATTTTA
* *
12274 ATTTGAATAAGCTAGTATGAACAAAATTAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTT
1 ATTTGAATAAGCTAGTATGAACAAAATAAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAAATT
*
12339 GAAATAAATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAAATTATTCAGTAAATAG
66 GAAATAAATAATTGTTCAAATAACCATAACTATTTGAAATTATTCAGTAAATAG
* * * * * *
12393 ATTTGAGATAAGCTTGTATGAATAGAAA-AAATTATTTTATGACAATACAAAAGGTTATAGCAAA
1 ATTTGA-ATAAGCTAGTATGAACA-AAATAAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAAA
* *
12457 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTGAA
64 TTGAAATAAATAATTGTTCAAATAACCATAACTATTTGAA
12497 CTTGTTTAAT
Statistics
Matches: 91, Mismatches: 11, Indels: 3
0.87 0.10 0.03
Matches are distributed among these distances:
119 6 0.07
120 82 0.90
121 3 0.03
ACGTcount: A:0.47, C:0.08, G:0.12, T:0.33
Consensus pattern (119 bp):
ATTTGAATAAGCTAGTATGAACAAAATAAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAAATT
GAAATAAATAATTGTTCAAATAACCATAACTATTTGAAATTATTCAGTAAATAG
Found at i:12663 original size:297 final size:299
Alignment explanation
Indices: 12092--12670 Score: 677
Period size: 297 Copynumber: 1.9 Consensus size: 299
12082 ATTATTTTAT
* * * ** *
12092 TTTGAATAAGCCTATATGAATTGATACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
1 TTTGAATAAGCCTATATGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAAATTG
** * ** *
12157 AAATAGATAATTTATTCAAATAGTTATTACAATTTGAACTTGTTCGGTAAACATATTTATTTTTT
66 AAATAGATAATTTATTCAAATAGCCATAACAATTTGAACTTGTTCAATAAACATATTCATTTTTT
* * **
12222 TATATCTTTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAACAAATTAATATTATTTTAATTTGAATAAGCT
131 TAAATC--TTACTTATTAATTTTCAAAATATTAACAAATTAATA-TATGTTAATTCAAATAAGCT
*
12287 AGTATGAACAAAATTAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATT
193 AGTATGAACAAAATCAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATT
** *
12352 GTTCAAATAATCATAACTATTTGAAATTATTCAGTAAATAGA
258 ACTCAAACAATCATAACTATTTGAAATTATTCAGTAAATAGA
* * * * *
12394 TTTGAGATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAATACAAAAGGTTATAGCAAATT
1 TTTGA-ATAAGCCTATATGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAAATT
* * *
12459 GAAATAGATAA-TTGTTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTTGTTTAATAAACATATTCA-TTTT
65 GAAATAGATAATTTATTCAAATAGCCATAACAATTTGAACTTGTTCAATAAACATATTCATTTTT
*** *
12522 TTAAATC-T-CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTCGAATA-ATGTT-ATTCCAAATAAGC
130 TTAAATCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAACAAATT--AATATATGTTAATT-CAAATAAGC
* * * * ** *
12583 TTGTATGAACAGAAA-CAATTATTTTGTGACAAAACAAAAGGTCATTATGATTTGAAATAGATAA
192 TAGTATGAACA-AAATCAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAA
*
12647 TTACTCAAACAATCATAATTATTT
256 TTACTCAAACAATCATAACTATTT
12671 ACACTGGTCA
Statistics
Matches: 232, Mismatches: 40, Indels: 15
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
296 3 0.01
297 108 0.47
298 4 0.02
299 4 0.02
301 10 0.04
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303 59 0.25
ACGTcount: A:0.43, C:0.09, G:0.10, T:0.39
Consensus pattern (299 bp):
TTTGAATAAGCCTATATGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAAATTG
AAATAGATAATTTATTCAAATAGCCATAACAATTTGAACTTGTTCAATAAACATATTCATTTTTT
TAAATCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAACAAATTAATATATGTTAATTCAAATAAGCTAGT
ATGAACAAAATCAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTACT
CAAACAATCATAACTATTTGAAATTATTCAGTAAATAGA
Found at i:12842 original size:472 final size:479
Alignment explanation
Indices: 11916--12848 Score: 1118
Period size: 472 Copynumber: 2.0 Consensus size: 479
11906 TTTATTCGAA
* * * ** *
11916 ATAAGCTTGTATGAATAGCAACAATTATTTTATGGCAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA
1 ATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAAATTGAAATA
* * *
11981 GATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTGAACTTGTTTAGTAAACAGATTCGTTTTTTAAATTTT
66 GATAATTGTTCAAATAACCATAACTATTGAACTTGTTTAATAAACAGATTCATTTTTTAAA--TT
* * * * ***
12046 CTTACTCATTAATTTTTGAAATAGTAATAAGTTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCCTATATGA
129 CTTACTCATTAATTTTTGAAATAGTAATAAATTAGAATAATGTTATTCCAAATAAGCCTATATGA
** * *
12111 ATTGATACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTTATTCAA
194 ACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTTACTCAA
* * * * * * * ** *
12176 ATAGTTATTACAATTTGAACTTGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTTATATCTTTTACTTATTAA
259 ACAATCATAACAATTTGAACTTGGTCGGCAAACAGA-TTA--TCATTATATCTGTTACTTATTAA
* * **
12241 TTTTCAAAATATTAACAAATTAATATTATTTTAATTTGAATAAGCTAGTATGAACAAAATTAATT
321 TTTTCAAAATATTAACAAATTAACATTACTTTAATTTGAATAAGCTAGTATGAACAAAAACAATT
*
12306 ATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAATCATAACTA
386 ATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAATCATAACTA
*
12371 TTTGAAATTATTCAGTAAATAGATTTGAG
451 ATTGAAATTATTCAGTAAATAGATTTGAG
* * *
12400 ATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAATACAAAAGGTTATAGCAAATTGAAATA
1 ATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAAATTGAAATA
* *
12465 GATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTTGTTTAATAAACATATTCATTTTTTAAA-TC
66 GATAATTGTTCAAATAACCATAACTA-TTGAACTTGTTTAATAAACAGATTCATTTTTTAAATTC
* * * * * *
12529 -T-CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTCGAATAATGTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAA
130 TTACTCATTAATTTTTGAAATAGTAATAAATTAGAATAATGTTATTCCAAATAAGCCTATATGAA
* *
12592 CAGAAACAATTATTTTGTGACAAAACAAAAGGTCATTATGATTTGAAATAGATAA-TTACTCAAA
195 CAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTTACTCAAA
** *
12656 CAATCATAATTATTT-ACAC-TGGTCAGGCCAACAGA-TA-CATT-T-TCTGTTACTTATTAATT
260 CAATCATAACAATTTGA-ACTTGGTC-GGCAAACAGATTATCATTATATCTGTTACTTATTAATT
* * *
12715 TTCAAAATATTAATAAATTAGCATTACTTT-ATTTGAATAAGACT-GTATGAATAGAAAACAATT
323 TTCAAAATATTAACAAATTAACATTACTTTAATTTGAATAAG-CTAGTATGAACA-AAAACAATT
* * * * * * *
12778 GTTTTATGATAAAA-TAAATGATCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTTATAACT
386 ATTTTATGACAAAACAAAAAG-TCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAATCATAACT
12842 AATTGAA
450 AATTGAA
12849 TGGTTTGGCA
Statistics
Matches: 381, Mismatches: 62, Indels: 24
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
471 23 0.06
472 108 0.28
473 1 0.00
474 2 0.01
477 2 0.01
478 5 0.01
479 26 0.07
480 99 0.26
481 1 0.00
482 2 0.01
484 80 0.21
485 32 0.08
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.10, T:0.39
Consensus pattern (479 bp):
ATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAAATTGAAATA
GATAATTGTTCAAATAACCATAACTATTGAACTTGTTTAATAAACAGATTCATTTTTTAAATTCT
TACTCATTAATTTTTGAAATAGTAATAAATTAGAATAATGTTATTCCAAATAAGCCTATATGAAC
AGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTTACTCAAAC
AATCATAACAATTTGAACTTGGTCGGCAAACAGATTATCATTATATCTGTTACTTATTAATTTTC
AAAATATTAACAAATTAACATTACTTTAATTTGAATAAGCTAGTATGAACAAAAACAATTATTTT
ATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAATCATAACTAATTGA
AATTATTCAGTAAATAGATTTGAG
Found at i:13029 original size:19 final size:18
Alignment explanation
Indices: 12984--13030 Score: 53
Period size: 19 Copynumber: 2.7 Consensus size: 18
12974 GGTAACAACG
12984 ATTTGAAATAG-ATAATT
1 ATTTGAAATAGTATAATT
* *
13001 -GTTCAAATAGTCATAATT
1 ATTTGAAATAGT-ATAATT
13019 ATTTGAAATAGT
1 ATTTGAAATAGT
13031 TCTACAAAAG
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 4, Indels: 4
0.74 0.13 0.13
Matches are distributed among these distances:
16 8 0.35
18 6 0.26
19 9 0.39
ACGTcount: A:0.43, C:0.04, G:0.13, T:0.40
Consensus pattern (18 bp):
ATTTGAAATAGTATAATT
Found at i:13788 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 13280--17146 Score: 2889
Period size: 181 Copynumber: 21.6 Consensus size: 181
13270 TATAAGCATG
* * * * * * *** *
13280 AGTAAGAGAATCAAAAAATGAATTTGTTTACCGAA-AAGTTCAATTAGTTATGACTATCAAAATA
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* ** * * * *
13344 ATTATCTATTTCAAAACAATATGACCATTTGTTTTGTCATAAAATAATTGGTTT-TGTTCATGCA
66 ATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTCTATTCATACA
* * *
13408 AGCTTATTTCGAATAAAATAATA-TAAATTTATTAA-AATTCTAAAAATTAATA
130 AGCTTA-TTAGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCTGAAAATTAATA
* * * * *
13460 AGTAA-AAATTTAAAACATAAATAC-ATTT-TCTAAACACGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-CTGTTTATC-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA
** ** * * * *
13522 CAATTATCTATTTC-AATCGTTAAAACAATTTATTTAGTTATAAACCAATTGTTTCTATTCATAC
64 CAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAC
*
13586 AAGCTTATTTAGAATAAAATAATGCTAATTTATTAATATTTCT-AAAATTAATA
129 AAGCTTA-TTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCTGAAAATTAATA
* * * * * * *
13639 AATAAAAGATTTAAATAATAAATCTATTTATCGAGCAAGTTCAAATAGTTATGACTTTTTGAATA
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * *
13704 GTTATATATTTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAA
66 ATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAA
* * * *
13769 GTTTATGTGGAATAAAATAATACTAATTTATTATTA-TTCTAAAAATTAATA
131 GCTTAT-TAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCTGAAAATTAATA
* * * * * * * * *
13820 AGTTAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTATCGAACAAGTTCAAATAATCACGTCCATTTGAACT
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * * *
13885 GTTATCTATTTCAAATTGTTATGACATTTTGTTTTGTCGTAAAATAATTTTTTCTATTCATACAA
66 ATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAA
** * *
13950 AATTATTCAGAATAAAATAATA-TGAATTTATTACTATTT-TGAAAATCAAT-
131 GCTTATT-AGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCTGAAAATTAATA
* * * * * * * * *
14000 -G---GGGATTT-AAAAATAAATGTGCTTT-CCAAACCATTTCAAATAGATAAGACTATTAGAAC
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTG-TTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * * * * * * *
14059 AATTATCTATTCCAAATTGTTTTAATCTTTTGTTTAGTCAAAAAATAATTGTTTCAATTCATACA
65 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACA
* * * * **
14124 TGCTTATTCAAAATATAATAATACTAATTTATTAACA-TTAAGAAAATTAATA
130 AGCTTATT-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCTGAAAATTAATA
* * * * * *
14176 AG-AA-A-TTTTAAAAAAT---T-TATTTATCGAATAAGTGCAAATAGTTAAGACTATTT-ACAT
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA-AC
* * * * * * * *
14233 AATTATCTATTTAAAATCGTTATGACATTTTGTTTTATCATAAAATAACTATTTC-AGT-AGACA
65 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAC-
* ** * * *
14296 AAAGTTTATCCGATATAAAATAATTACT--TTAATTAATATTTC-AAAAATTGATA
129 -AAGCTTATTAGA-ATAAAATAA-TACTAATTTATTAATATTTCTGAAAATTAATA
* * * ** * * * *
14349 AGTTAGAGATTTAAAAAATAAAT-AGTTTATCAAATTAGTTTAAATAATTATGGCCATTTGAACA
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * * *
14413 ATTATCTATTTCAAATCATTAAGAACTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTTTCA-TCATACA
66 ATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACA
** *
14477 AGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTGCTAATATTTC-AAAAATTAATA
130 AGCTTATT-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCTGAAAATTAATA
* * * *
14529 AGTAAGAGATTTAAAAAGTTAATCTGTTTA-CTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAT
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * * * * ** * * * *
14593 AATTATATATTTCATATTGTTATAACCTTTTGTTATCTCATAAAATGATTATTTTTGTTCACACA
65 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACA
* * * *
14658 AGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATGTAATAATA-TTCTGAAAATTAATA
130 AGCTTATTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCTGAAAATTAATA
* * * * * * * * * *
14710 ACTAAGAGACTTAAAAAATAAATTTGTTT-GCTAAACTAGTTCAAACAGTTAAGGCTATATGAAC
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * * * * *** * * * *
14774 ATTTCTTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCGT-AAATTTTTTTTTCAATTCTTAGT
65 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATA-C
* * *
14838 AA-TTTATTCAAAATAAAATAA-AATAATTTATTAATATTTC---AAATCTCAATA
129 AAGCTTATT-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCTGAAAAT-T-AATA
* * * * ** * * * *
14889 CGTAAGAGATTTAAAAAACAATTATGTTTGCCTAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTAAACA
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * *
14954 ATTATCTATTTCAAATCTTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAA
66 ATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAA
* * * * * *
15019 GTTTGTTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTT-TGTAAATTAAAA
131 GCTT-ATTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCTGAAAATTAATA
* * * * * * * * * *
15070 AGCAAGAAATTAAAAAAATAAATCTATTTA-CTAAACCAGTTTAATTAGTTATAACTATTTCAAC
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * * * * * * *
15134 AATTATTTATTTCAAATCATTATGACCATTTGTTTTATGATAAAACAATTATTTCTGTTTATA-T
65 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACA
* * **
15198 AGTCTTATTAGAAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATATTT-TGAAAGCTAATA
130 AG-CTTATTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCTGAAAATTAATA
* * * ** * * *
15251 AGTAATAGATTTGAAGAATGAAA-CTGTTGGCTTGACCAA-TGCAAATAGTTATGACTATTTGAA
1 AGTAAGAGATTTAAAAAAT-AAATCTGTT-TATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA
* * * * * * * * * * *
15314 TAATTAACTATTTTAAATCATTATAACCTTCTGTTTTATCACAAAACAATTGATTATATTCGTAC
64 CAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAC
* * * * *
15379 AAGCTTATTTGAATAACATAATTCTATTTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATA
129 AAGCTTATTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCTGAAAATTAATA
* * *
15431 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAA-CTTTTTTACCGAACAAGTAT-AAATAATTATGACTATTTGAA
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC-TGTTTATCGAACAAGT-TCAAATAGTTATGACTATTTGAA
* * * *
15494 CAATTATCTATTTCAAATTGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAAAT-TTTCTATTCATA
64 CAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTCTATTCATA
* * *
15558 CAAGCTTATTTCA-AATAAAAT--TACATAAATTTATTAATATGT-AGACACA-TAATA
128 CAAGCTTA-TT-AGAATAAAATAATAC-T-AATTTATTAATATTTCTGA-AAATTAATA
* * * *
15612 AGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAATAAGTTTAAATAGTT-TGACTATTTGAACA
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * * * *
15676 ATTATTTATTTCAAATAGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATGAAACAATTGTTTTTCTTCATGCAA
66 ATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAA
* * * *
15741 GCCTATTCAGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTT-TAAAAATTAATA
131 GCTTATT-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCTGAAAATTAATA
* * * * * *
15792 AGTAAAAGATTT-TAAAATAAATATGTTTA-CTGAACAAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAT
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * *
15855 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTATCAATTCATATA
65 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACA
* * * * *
15920 GGCTTAGTCGAAATAAAATATTACTAATTTATTAATATTT-TGAAAATTAATT
130 AGCTTATTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCTGAAAATTAATA
* * * * *
15972 AGTAAAAGATTTAAAAAAATGAATATGTTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAT
1 AGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * * * *
16037 AATTATCTATTTCAAATTGCTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAGATAATTG-TT-TGTGCATACA
65 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACA
* * *
16100 AGCTTATTTCGAATAAAACAAT--TAAATTTATTAATA-TTC-CAAAATTTAATA
130 AGCTTA-TTAGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCTGAAAA-TTAATA
* * * * * * *
16151 AGTAA-AAATTTTAAAAATAAATTTATTT-TCTAAACACA-TTCAAATAGTTCTAACTATTTGAA
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-GAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA
* * * * * *
16213 TAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACTTTTTG-TTTGTGAT-AAACCATTGTTTCTATCCATAC
64 CAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAC
* * ** * *
16276 AATCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTA-T-CGAGTTC---AAA--AGTA
129 AAGCTTATTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCTGAAAATTAATA
* ** * * * * *
16323 A--AAGAG--TTCAAAAATAAATCTGTTTATCGAGTAAGCTCAAATAGGTATTACTGTTTAAACA
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * *
16384 ATT-TTTTTTTCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAA
66 ATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAA
* *
16448 GTTTATTCAGAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTT-T-ACAAATTAATA
131 GCTTATT-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCTGA-AAATTAATA
* * * * ** * *
16499 GGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAACCTCAAATAGTCT-TGTCCATTTGAAC
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGT-TATGACTATTTGAAC
* *
16563 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACA
65 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACA
** * *
16628 AAATTATTCAAAATAAAATAATACTGATTTATTAATATTT-TGAAAA-T--TA
130 AGCTTATT-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCTGAAAATTAATA
* *
16677 A-TAAGAGATTTAAAAAGTAAATCTGTTTA-CAGAACCAA-TTCATATAGTTATGACTATTTGAA
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-GAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA
* * * * * *
16739 CAATTATCTATCTCAAATC-ATAGTGATCTTTATG--TTGTCATATAACAATTGTTTCTTTTCAC
64 CAATTATCTATTTCAAATCGTTA-TGACCTTT-TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT
* * * * *
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* * * * * * *
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* * ** * *
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* * *
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* * * * * * *
17031 AGCAACATATTTTAAAAAAAATAAATCTGTTTATTGAACAATTTCAATTAGATATGACTATTTGA
1 AGTAAGAGA-TTT--AAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA
* * * * * *
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*
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* ** ** * * * * * *
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* *
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* * * * * * * * * *
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** * *
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* * * * * * * * **
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* * *
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* * * * * * *
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* * * *
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* * * ** * * *
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* * * * * * * ** ** * * * *
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* * *
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* * **
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* * *
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* * * * ** * * *
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* *
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* * * * * * *
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* ** *
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130 ATTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAT-AATAAGTAAGAGATTTAA
* * * *
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* * * * *
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* * * *
15030 ATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGTAAATTAAAA
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* * * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * ** *
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* ** * * * *
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* ** * * * * * * * * *
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* * * *
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** * *
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*** * *
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* * * * *
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* ** * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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** * * * * * * *
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* * * * *
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* * * *
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* *
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* * * * *
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* * * * * *
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* ** ** * * *
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*** * * * * * * *
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* * * * * *
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* *
16460 TAAAATAATACTACTTTATTAATATT-TTACAAATTAATA
320 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTGA-AAATTAATA
* * * * ** * * *
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1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGT-TAAGACTATTTGAAC
*
16563 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACA
65 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATA-T
* * **
16628 AAATTATTCAAAATAAAATAATACTGATTTATTAATATTTTGAAAAT--TAA-TAAGAGATTTAA
129 AATTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATAATAAGTAAGAGATTTAA
* * * *
16690 AAAGTAAATCTGTTTACAGAACCAATTCATATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAA
194 AAA-TAAATCTGTTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
** * * * * *
16755 A-TCATAGTGATCTTTATG--TTGTCATATAACAATTGTTTCTT-TTCACATAAGCTTATTCGAT
258 ATTGTTA-TGACCTTT-TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TTGTTCATACAAGCTTATTCGAA
* * *
16816 TAAAATGATACTAATTTAATAAT-TTTTGAAAATTAATA
320 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTGAAAATTAATA
* * * * *
16854 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTT-GTCAAACTAGTTTAAATAGTTAAGACTATTAGAAC
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACT-AAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAAC
* * * ** * *
16918 AATTATCTATTTCAAATCGTTTTAACCTTTT-TTTAATCATAAAATAATTATTTC-AGTTCATAC
65 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTA-TTCATAT
* ** * * * * *
16981 AAGCTTATTTGAAAT-AAATAATACT-A--CATTAACA-TTCGAAAAATTAATAAAGCAACATAT
129 AA-TTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAA-TAAT-AAGTAAGAGA-
* * * * * *
17041 TTTAAAAAAAATAAATCTGTTTATTGAACAATTTCAATTAGATATGACTATTTGAATAATTATCT
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* * * *
17106 ATATAAAATTGTTTTGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAAT
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17147 GTATTTGCTA
Statistics
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0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
345 41 0.01
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Consensus pattern (358 bp):
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Found at i:14987 original size:541 final size:540
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Indices: 13280--17152 Score: 2708
Period size: 541 Copynumber: 7.2 Consensus size: 540
13270 TATAAGCATG
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13344 ATTATCTATTTCAAAACAATATGACCATTTGTTTTGTCATAAAATAATTGGTTTTGT-TCATGCA
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* *
13408 AGCTTATTTC-GAATAAAATAATA-TAAATTTATTAA-AATTCTAAAAATTAATAAGTAA-AAAT
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*
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* ** ** * ** * * * * *
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* * * * *
13595 -TAGAATAAAATAATGCTAATTTATTAATATTTCT-AAAATTAATAAATAAAAGATTTAAATAAT
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* * * * * **
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* *
13786 TAATACTAATTTATTATTATTCTAAAAATTAAT
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** * * *
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** * ** * *
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* * * * * *
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190 TTAAAAAATAAATCTG-TTTACTAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * ** * * *** * * *
14069 TCCAAATTGTTTTAATCTTTTGTTTAGTCAAAAAATAATTGTTTCAATTCATACATGCTTATTCA
254 TTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTCTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGTTTATTCG
* * * ** * *
14134 AAATATAATAATACTAATTTATTAACATTAAGAAAATTAATAAG--AAA-TTTTAAAAAAT--TT
319 AAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * *
14194 AT-TTAT-C-GAA-TAAGTGCAAATAGTTAAGACTATTT-ACATAATTATCTATTTAAAATCGTT
384 ATGTT-TGCTAAACT-AGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGA-ACAATTATCTATTTCAAATCATT
* * * * * ** * * * * * *
14254 ATGACATTTTGTTTTATCATAAAATAACTATTTCAGTAGACAAAAGTTTATCCGATATAAAATAA
446 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAA
* * *
14319 TTACT--TTAATTAATATTTCAAAAATTGAT
511 -TACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAAT
* * * ** * * *
14348 AAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATA-GTTTATCAAATTAGTTTAAATAATTATGGCCATTTGAAC
1 -AGTAAGAGATTTAAAAAA-AAATATGTTTACCTAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAAC
* * *
14412 AATTATCTATTTCAAATCATTAAGAACTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTTTCATCATACA
64 AATTATCTATTTCAAATCTTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTTT-ATCATACA
**
14477 AGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTGCTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA
128 AGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA
* * * * *
14542 AAAAGTTAATCTGTTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATATATTTCA
193 AAAAATAAATCTGTTTACTAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA
* * * * ** * *
14607 TATTGTTATAACCTTTTGTTATCTCATAAAATGATTATTTTTGTTCACACAAGTTTATTCGAAAT
258 AATAGTTATGACCTTTTGTTTTCTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGTTTATTCGAAAT
* * * * * *
14672 AAAATAATACTAATGTAATAATATTCTGAAAATTAATAACTAAGAGACTTAAAAAATAAATTTGT
323 AAAATAATACTAATTTAATAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGT
* * * * * *
14737 TTGCTAAACTAGTTCAAACAGTTAAGGCTATATGAACATTTCTTTATTTCAAATCATTATGACCT
388 TTGCTAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCT
* * ** * * * * *
14802 TTTATTTTGTCGT-AAATTTTTTTTTCAATTCTTAGTAA-TTTATTCAAAATAAAATAA-AATAA
453 TTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAATTCATA-CAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
* ** *
14864 TTTATTAATATTTCAAATCTCAAT
517 TTTATTAATATTTTAAAAATTAAT
* * * *
14888 ACGTAAGAGATTTAAAAAACAATTATGTTTGCCTAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTAAAC
1 A-GTAAGAGATTTAAAAAA-AAATATGTTTACCTAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAAC
14953 AATTATCTATTTCAAATCTTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGT-TTTTGT-TCATA
64 AATTATCTATTTCAAATCTTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-AAAT-TATTTT-TATCATA
* * * ** * *** * * *
15016 TAAGTTTGTTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGTAAATTAAAAAGCAAGAAATT
126 CAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
* * * * * * *
15081 AAAAAAATAAATCTATTTACTAAACCAGTTTAATTAGTTATAACTATTTCAACAATTATTTATTT
191 TAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* * * * * * * *
15146 CAAATCA-TTATGACCATTTGTTTTATGATAAAACAATTATTTCTGTTTATA-TAGTCTTATTAG
256 CAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTCTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGT-TTATTCG
* * * ** * * *
15209 AAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATATTTTGAAAGCTAATAAGTAATAGATTTGAAGAATGAAA
319 AAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT-AAA
* * ** * * * * * * *
15274 -CTGTTGGCTTGACCAATGCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTAACTATTTTAAATCATTAT
383 TATGTTTGCTAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT
* * * * * * * ** *
15338 AACCTTCTGTTTTATCACAAAACAATTGATT-ATATTCGTACAAGCTTATT-TGAATAACATAAT
448 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCA-ATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAAT
* * *
15401 TCTATTTTATTAATATTCTAAAAATTAAT
512 ACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAAT
* *
15430 AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAACT-TTTTTACCGAACAAGTAT-AAATAATTATGACTATTTGA
1 -AGTAAGAGATTTAAAAAA-AAA-TATGTTTACCTAACAAGT-TCAAATAATTATGACTATTTGA
* *
15493 ACAATTATCTATTTCAAAT-TGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAA--ATTTTCTATTC
62 ACAATTATCTATTTCAAATCT-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-AAATTATTTT-TA-TC
* *
15555 ATACAAGCTTATTTCA-AATAAAAT--TACATAAATTTATTAATATGT-AGACACA-TAATAAGT
123 ATACAAGCTTA-TTCAGAATAAAATAATAC-T-AATTTATTAATATTTCA-A-AAATTAATAAGT
* ** *
15615 AAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-TCAAATAAGTTTAAATAGTT-TGACTATTTGAACAAT
183 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-AAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
* * * * * * *
15678 TATTTATTTCAAATAGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATGAAACAATTGTTTTTCTTCATGCAAGC
247 TATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTCTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGT
* * * * * *
15743 CTATTC-AGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-TA
312 TTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAA
* * * * *
15806 AAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTCATA-ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAA
376 AAATAAATATGTTTGCTAAACTAGTTCAAATAGTTA-AGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
* * * * * *
15870 ATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTATCAATTCATATAGGCTTAGTCGAAATA
440 ATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATA
* *
15935 AAATATTACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATT
505 AAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAA-T
* * *
15972 AGTAAAAGATTTAAAAAAATGAATATGTTTA-TTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA
1 AGTAAGAGATTTAAAAAAA--AATATGTTTACCT-AACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAA
* * * * * * *
16036 TAATTATCTATTTCAAAT-TGCTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAGATAATTGTTTGT-GCATAC
63 CAATTATCTATTTCAAATCT-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTTTATCATAC
* * * *
16099 AAGCTTATTTC-GAATAAAACAAT--TAAATTTATTAATATTCCAAAATTTAATAAGTAA-AAAT
127 AAGCTTA-TTCAGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAT
* * * * * * *
16160 TTTAAAAATAAATTTATTTTCTAAACACA-TTCAAATAGTTCTAACTATTTGAATAATTATCTAT
190 TTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAAC-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * * * *
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* * * *
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* * ** * * * ** * * * *
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* * * *
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* *
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* * * ** * * *
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1 A-GTAAGAGATTTAAAAAA-AAATATGTTTACCTAACAAGTTCAAATAAT-TATGACTATTTGAA
* * *
16562 CAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATAC
63 CAATTATCTATTTCAAATCTTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTTTA-TCATAC
** * * **
16627 AAAATTATTCAAAATAAAATAATACTGATTTATTAATATTTTGAAAA-T--TAA-TAAGAGATTT
127 AAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
* * * *
16688 AAAAAGTAAATCTGTTTAC-AGAACCAATTCATATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCT
192 AAAAAATAAATCTGTTTACTA-AACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* * * * * *
16752 CAAATCA--TAGTGATCTTTATG--TTGTCATATAACAATTGTTTCTT-TTCACATAAGCTTATT
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* * *
16812 CG-ATTAAAATGATACTAATTTAATAAT-TTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
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* * *
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* * ** * * **
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446 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAA
* * **
17002 TACT-A--CATTAACATTCGAAAAATTAAT
511 TACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAAT
* * * * * * *
17029 AAAGCAACATATTTTAAAAAAAATAAATCTGTTTA-TTGAACAATTTCAATTAGA-TATGACTAT
1 --AGTAAGAGA-TTT--AAAAAA-AAATATGTTTACCT-AACAAGTTCAAATA-ATTATGACTAT
* * * * * *
17092 TTGAATAATTATCTATATAAAAT-TGTTTTGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATGTATTT
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AGTTATGACCTTTTGTTTTCTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGTTTATTCGAAATAAA
ATAATACTAATTTAATAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTG
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GTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTA
TTAATATTTTAAAAATTAAT
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*
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GAGTTCAAAAATAAAA
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*
16896 AAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTTTAACCTTTTTTTAATCATAAA
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* *
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66 ATAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAATAATAATACATTAACATTAGAAAAATT
* * * *
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** * *
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* * * *
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* * * **
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* * * * *
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* *
17353 TTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAAT
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17418 TGTTTCATTT
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AATAAAGCAACATATTTTAAAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGATATGACTA
TTTGAATAATTATCTATATAAAATCATTATGACCTTTTATTTTATCATAAAACAATGTATTTGCT
AAACCAATC
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AATAATTATACTATTTG
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17153 GCTAAACCAA
* * * * *
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* * * ** * * *
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* * ***
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* * *
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* * *
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* ** * *
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* * * *
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* *** *
17590 TAAAACAATTGTTT-TTCGTCATACAAGCCAATTCAAAATAAAATAATAGTAATTTATTAATATT
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128 TCAAAAATTAA
17665 TAAGTAGAAG
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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AAAATTAAGAAGCAAGGAATTTACAAAAATAAAACCATTTACTGAATAAGT
Found at i:17591 original size:181 final size:181
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17321 AATAAATTTA
* * * *
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* *** *
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*
17460 CTTTATTAATATTTCAAAAATTGAGAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAAACCAG
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* * * *
17513 TTTATTGAATTAGTTCAAATAGTTAT-AGCCATTTAAACAA-TATCTATTTCAAATCATTATGAA
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* *
17576 CTTTTGTTGTATCATAAAACAATTGTTTTTCGTCATACAAGCCAATTCAAAATAAAATAATAGTA
65 CTTTTGTTGTATCATAAAACAATTGTTTTTC-TCATAAAAGCCAATCCAAAATAAAATAATAGTA
17641 ATTTATTAATATTTCAAAAATT
129 ATTTATTAATATTTCAAAAATT
17663 AATAAGTAGA
Statistics
Matches: 131, Mismatches: 16, Indels: 7
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Matches are distributed among these distances:
179 2 0.02
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Consensus pattern (181 bp):
TTTACTGAATAAGTTCAAATAATTATGACCATTTAAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGAAC
TTTTGTTGTATCATAAAACAATTGTTTTTCTCATAAAAGCCAATCCAAAATAAAATAATAGTAAT
TTATTAATATTTCAAAAATTGAGAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAAACCAG
Done.