Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019168366.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_586, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 22256
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Found at i:961 original size:181 final size:181
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Indices: 10--1226 Score: 940
Period size: 181 Copynumber: 6.7 Consensus size: 181
1 TATAAACTT
* * * *** *
10 TTTTGTCATAAAATAGTTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTGGAATAAAATTAATACTAATATT
1 TTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAA-TAATATTAAT-TT
* ** ** * * * * *
75 ATTTATA-TAAATAAAATTAATG-AGTTGCGAGACTT-AAGAATTAATCTATTTACCAAACAAGT
64 ATTAATATTTCA-AAAATTAA-GAAG-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACGAAACTAGT
* * * * **
137 TCAAATAGTTACGTCCATTTGAATTATTATCTATTTCAAATCGTTATG-ACATTTTG
126 TCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAAC-TTTTG
* * * * ** * *
193 TTTTGTCGTAAAAAAATTATTTTTATTCATATAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTCAT
1 TTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTAT
* * * *
258 TAATATTTCAAAAATT---AA-TAAGAGATTTAAAAACTAAATCTATTGACCAAACTAGCTCAAA
66 TAATATTTCAAAAATTAAGAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACGAAACTAGTTCAAA
* * *
319 -ATGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGATC-TTTG
131 TA-GTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAACTTTTG
* * * ** **
369 TTTTATCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAGA-AAAATATTGCTAAACTA
1 TTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCAAA-ATAAAATAATATTAATTTA
* * * * * * * * *
433 ATAATA-TTCTAAAATTAATAAGTAATAGATTTAAAAAGTAAATGTGTTTGTCG-AACCAGTTCA
65 TTAATATTTCAAAAATTAAGAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTT-ACGAAACTAGTTCA
* * * * *
496 AATAGTTAAGAATATTAAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTTTG-ACTTTTTG
129 AATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAAC-TTTTG
* * * ** *
549 TTTAGTTATAAAATAATTG-TTTCAGTTCATA-AATGCTTATTTGAAATAAAATAATATTATTTT
1 TTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTA-TTCATACAA-GCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTT
* * * * * ** * *
612 ATTAACA-TTCAAAAAACTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAAATAAATATGCTTACTG-AACAAAT
64 ATTAATATTTC-AAAAATTAAGAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTAC-GAAACTAGT
* * *
675 TCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTG
126 TCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAACTTTTG
* * * * * *
731 TTTTATAATAAAACAAATG-TTTTAGTTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTACTTTA
1 TTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTA
* * ** * * *
795 TTAATATTTTAAAAATTGAGAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATCAATTTATTGAATC-AGTTCA
65 TTAATATTTCAAAAATTAAGAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-CGAAACTAGTTCA
* * * * * *
859 AATAATTGTGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAACTTTTG
129 AATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAACTTTTG
* * * * *
912 TTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTCA-TCATATAAGCCTATTCGAAATAAAATGATACTAATTTA
1 TTTTGTCATAAAATAATTGTTTTT-ATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTA
* *
976 ATAATATTTCAAAAATTAATG-AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-GCAAACTAGTTC
65 TTAATATTTCAAAAATTAA-GAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACG-AAACTAGTTC
* *
1039 AAATAGTTATGGCTATTTGAACAATTA-CATATTTCAAATCGTTAT-AACCTTTTG
128 AAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATC-TATTTCAAATCGTTATGAA-CTTTTG
* * * * * * * *
1093 TTTTGTCATAAAACATTTATTTATGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATCTAC
1 TTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTAT
* * * * * * * *
1158 TAATATTAT-GAAAATTAATAACTAAGAGATTCAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACCT-GTTCA
66 TAATATT-TCAAAAATTAAGAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACGAAA-CTAGTTCA
1221 AATAGT
129 AATAGT
1227 AATTCAAATC
Statistics
Matches: 826, Mismatches: 171, Indels: 76
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
175 9 0.01
176 66 0.08
177 60 0.07
178 5 0.01
179 73 0.09
180 61 0.07
181 344 0.42
182 162 0.20
183 46 0.06
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.09, T:0.39
Consensus pattern (181 bp):
TTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTAT
TAATATTTCAAAAATTAAGAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACGAAACTAGTTCAAA
TAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAACTTTTG
Found at i:1222 original size:362 final size:359
Alignment explanation
Indices: 134--1224 Score: 1132
Period size: 362 Copynumber: 3.0 Consensus size: 359
124 TTACCAAACA
* * * ** *
134 AGTTCAAATAGTTACGTCCATTTGAATTATTATCTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGT
1 AGTTCAAATAATTAAGACCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACATTTTGTTTTGT
* * * ** * *
199 CGTAAAAAAATTATTTTT-ATTCATATAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTCATTAATA
66 CATAAAATAATTGTTTTTCATTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * *
263 TTTCAAAAATT-A-A-TAAGAGATTTAAAAACTAAATCTATTGACCAAACTAGCTCAAA-ATGTT
131 TTTCAAAAATTAATAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CAAACTAGTTCAAATA-GTT
* * * *
324 ATGACTATTTAAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGATC-TTTGTTTTATCATAAAATAATTG
194 ATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAA-CATTT
* * * * * *
388 TTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAGA-AAAATATTGCTAAACTAATAATATTCTAAAATTAAT
258 TTTATGTTCATACAAGCTTATTCAAA-ATAAAATAATACTAATCTAATAATATTATAAAATTAAT
* * *
452 AAGTAATAGATTTAAAAAGTAAATGTGTTTGTCGAACC
322 AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTGTCGAACC
* ** ** * * *
490 AGTTCAAATAGTTAAGAATATTAAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTTTGACTTTTTGTTTAGT
1 AGTTCAAATAATTAAGACCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACATTTTGTTTTGT
* * * *
555 TATAAAATAATTG--TTTCAGTTCATA-AATGCTTATTTGAAATAAAATAATATTATTTTATTAA
66 CATAAAATAATTGTTTTTCA-TTCATATAA-GCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * * * * *
617 CA-TTCAAAAAACTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAAATAAATATGCTTACTGAACAAATTCAAAT
129 TATTTC-AAAAATTAAT-AGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTAC-AAACTAGTTCAAAT
* *
681 AGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATAATAAAACA
190 AGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAAC-
* * * * * * *
746 AATGTTTTA-GTTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTTAAAAA
254 -ATTTTTTATGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTAT-AAAA
* * ** ** * * *
810 TTGAGAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATCAATTTATTGAATC
317 TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTGTCGAACC
** *
853 AGTTCAAATAATTGTGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA-ACTTTTGTTTTG
1 AGTTCAAATAATTAAGACCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACA-TTTTGTTTTG
* * *
917 TCATAAAATAATTGTTTTTCA-TCATATAAGCCTATTCGAAATAAAATGATACTAATTTAATAAT
65 TCATAAAATAATTGTTTTTCATTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
981 ATTTCAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAGCAAACTAGTTCAAATAGT
130 ATTTCAAAAATTAAT-AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CAAACTAGTTCAAATAGT
* * * * *
1046 TATGGCTATTTGAACAATTA-CATATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACATT
193 TATGACTATTTAAACAATTATC-TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACATT
*
1110 TATTTATGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATCTACTAATATTATGAAAATTA
257 T-TTTATGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTAT-AAAATTA
* * * * *
1175 ATAACTAAGAGATTCAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACC
320 ATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTGTCGAACC
*
1215 TGTTCAAATA
1 AGTTCAAATA
1225 GTAATTCAAA
Statistics
Matches: 588, Mismatches: 122, Indels: 44
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
354 3 0.01
355 6 0.01
356 102 0.17
357 1 0.00
359 1 0.00
360 13 0.02
361 69 0.12
362 223 0.38
363 160 0.27
364 5 0.01
365 5 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (359 bp):
AGTTCAAATAATTAAGACCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACATTTTGTTTTGT
CATAAAATAATTGTTTTTCATTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
TTTCAAAAATTAATAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACAAACTAGTTCAAATAGTTAT
GACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACATTTTTT
ATGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTATAAAATTAATAAGT
AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTGTCGAACC
Found at i:8598 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 8282--10280 Score: 1777
Period size: 181 Copynumber: 11.1 Consensus size: 181
8272 AGGCTAACAT
* * * ** * *
8282 TAAGAGATTTAAAATATAAATATTTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATAACAATTTGAATAAT
1 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAAT
* * * *
8347 TATTTATTTCAAATCGTTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTGATA-TAGT
66 TATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG-
* ** * *
8411 TTTATTTGGAATACAATAATGCTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG
130 CTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG
** * * *
8463 TAACGA-ATTTAAAAAATAAATCTATTGGCTTGAGCAA-TGCAAATAGTTATAACTATTTGAACA
1 TAA-GAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC-TGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATA
* *
8526 ATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCACAAGACAATTGTTTCTATTCATACAA
64 ATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAA
* ** ** * *
8591 GTTTATTTGGAATAGTATAATTCTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTTATAAG
129 GCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAG
* * *
8644 TAAGAGATTTAAAAACTAAATCTATTTA-TCGAACAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAATAA
1 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACT-GAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAA
* * * * * * * *
8708 TTACCTATTTCAAATTGCTATAACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTCTATTCATACATG
65 TTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG
* * * *
8773 CTTATTTCA-ATTAAAATAATACAAATTTATTAATATTC-ATACAATTAATAAA
130 CTTA-TTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTA-AAAATTAATAAG
* * ** * * * *
8825 TAAAAAGATTTAAAAAATAACTAC-ATTTACCAAATAAATTCAAATAGTTCTAACTATTTAAATA
1 T-AAGAGATTTAAAAAATAAAT-CTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATA
* * * * * *
8889 AATATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAA
64 ATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAA
* * * * * *
8954 GCTTATT-TGAATTAAAATAATATTAATTTATTAACATTTTGACAATTAATAAG
129 GCTTATTCAGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG
* * * * * * *
9007 TAACAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATTAAACAAGTTTAAATAGTTATAACTATTTAAATAAT
1 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAAT
* * * * * * * * *
9072 TATCTATTTCAAATTGTTATGATCTTTTATTTCGACATAAAACAATTATATC-AGTTCATATAGG
66 TATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAG
* * * * *
9136 CTTATTCAAAATAAAATAATACTATTTTGTTAATATTCCAAAAATTAATGAG
130 CTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG
* ** * * *
9188 TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACAAGTTTAAATATTTATGACTATTTGAATAAT
1 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAAT
* ** * * * *
9253 TATCTATCTCAAATAATTATGACATTTTGTTTTATCATAAACCAATTGTTTCTGTTCATACAAGC
66 TATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGC
* * * * *
9318 ATATTCAAAAT-AAATATTACTAGTTTATTAATATT-TCAAAAATTAATATG
131 TTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAG
* * * * * * *
9368 TAAAAGATTTAAAAAATAAAATCTGTTTACCGAGCAAGTTCAAATAATTAT-GCTTGTTTGAATA
1 TAAGAGATTTAAAAAAT-AAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATAAC-TATTTGAATA
* * * * *
9432 ATTATTTATTTCAAATAGTTATGATCC-TTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATGCA
64 ATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACA
* *
9496 A-CTTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATATG
128 AGC-TTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG
* * * ** * *
9550 TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTCATGTCTATATGAACAAT
1 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAAT
* * * * **
9615 TTTCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATGCAAAA
66 TATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGC
* *
9680 TTATTCAAAATAAAATAATACCAATTTATTAATACTT-TAAAAA-T--TAA-
131 TTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAG
* * * * * * * *
9727 TAAGATATTTAAAAACTAAATTTGTTTACCGAAACAACTT-AAATAGTTATTATTATTTGAATAA
1 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTG-AACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAA
* * * * * * *
9791 TTATCTATCTAAAATCGTTAT--CATATTTATTTTGTTATAAAACAATTATTTCTTTTCATACAA
65 TTATCTATTTCAAATCGTTATGACCT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAA
* * *
9854 GCTTATTCAGATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAA-T--TAA-
129 GCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG
* * * * * * * *
9903 TAAGAGCTTTGAAAAATAAATGTGTTTGCTAAACTAGTTTAAATAGTTA-AGACTATTAT-AATA
1 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATA-ACTATT-TGAATA
* * * * *
9966 ATTATCTACTTCAAATTGTTATGACATTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTC-AGTTCATACA
64 ATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACA
* * * * *
10030 ATCTTATTCAGAATAAAATAATAGTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATGAG
128 AGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG
* * * * * *
10084 CAAAAGATTTAAAAAATATAAATCTATTTA-TCAA-ATATGTTCAAATAGATT-TGATTATTTGG
1 TAAGAGATTT-AAAAA-ATAAATCTATTTACTGAACA-A-GTTCAAATAG-TTATAACTATTTGA
* * * * *
10146 ACAATTATCTATTT-AAAGTCATTATGATCTTTTGTTTTGTTATAAAATAATTGTTTC-ATTTCA
61 ATAATTATCTATTTCAAA-TCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCA
* * * * *
10209 TAAAAACTTATT-AGAAATAAAATAACACTACTTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAA
124 TACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAG
* *
10267 CAAGGGATTTAAAA
1 TAAGAGATTTAAAA
10281 CTAAAGTTGT
Statistics
Matches: 1485, Mismatches: 279, Indels: 107
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
175 10 0.01
176 130 0.09
177 136 0.09
178 13 0.01
179 1 0.00
180 64 0.04
181 776 0.52
182 226 0.15
183 127 0.09
184 2 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAAT
TATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGC
TTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG
Found at i:9067 original size:18 final size:16
Alignment explanation
Indices: 9044--9091 Score: 51
Period size: 18 Copynumber: 2.8 Consensus size: 16
9034 ATTAAACAAG
9044 TTTAAATAGTTATAACTA
1 TTTAAATAGTTAT--CTA
*
9062 TTTAAATAATTATCTA
1 TTTAAATAGTTATCTA
*
9078 TTTCAAATTGTTAT
1 TTT-AAATAGTTAT
9092 GATCTTTTAT
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 3, Indels: 3
0.81 0.09 0.09
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.23
17 8 0.31
18 12 0.46
ACGTcount: A:0.40, C:0.06, G:0.04, T:0.50
Consensus pattern (16 bp):
TTTAAATAGTTATCTA
Found at i:9434 original size:362 final size:359
Alignment explanation
Indices: 8286--13808 Score: 2498
Period size: 362 Copynumber: 15.2 Consensus size: 359
8276 TAACATTAAG
* * * * * * * ** *
8286 AGATTTAAAATATAAATATTTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATAACAATTTGAATAATTATT
1 AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAATAATTATC
* * * * *
8351 TATTTCAAATCGTTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTGATA-TAGTTTTA
66 TATTTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-ATTCATACAAG-CTTA
** * * *
8415 TTTGGAATACAATAATGCTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAACGA-ATTTAAAAAA
129 TTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA-GAGATTTAAAAAA
* * ** * * * *
8479 TAAATCTATTGGCTTGAGCAA-TGCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
193 TAAATTTGTTTAC-TAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
* * * * * * *** *
8543 GTTATGACCTTTTGTTTTGTCACAAGACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTGGAATAGTA
257 ATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATA-AA
* * *
8608 TAATTCTAATTTATTAATATTTCAAAAATTTATAAGTAAG
321 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-AGTAAA
* * *
8648 AGATTTAAAAACTAAATCTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAATAATTACC
1 AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAATAATTATC
* * * * * *
8713 TATTTCAAATTGCTAT-AACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTCTATTCATACATGCTTA
66 TATTTCAAATCGTTATGATC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-ATTCATACAAGCTTA
* * * * *
8777 TTTCA-ATTAAAATAATACAAATTTATTAATATT-CATACAATTAATAAATAAAAAGATTTAAAA
129 -TTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCA-AAAATTAATAAGT-AAGAGATTTAAAA
* *** * * * * * * * * *
8840 AATAACTACATTTACCAAATAAATTCAAATAGTTCTAACTATTTAAATAAATATTTATTTCAAAT
191 AATAAATTTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
** * * ** *
8905 TGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGAATTAAA
256 CATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAAT-AA
* * ** * *
8970 ATAATATTAATTTATTAACATTTTGACAATTAATAAGTAAC
320 ATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-AGTAAA
* ** * * * *
9011 AGATTTAAAAAATAAATATGTTTATTAAACAAGTTTAAATAGTTATAACTATTTAAATAATTATC
1 AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAATAATTATC
* * * * * * * *
9076 TATTTCAAATTGTTATGATCTTTTATTTCGACATAAAACAATTATATCAGTTCATATAGGCTTAT
66 TATTTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCA-TTCATACAAGCTTAT
* * * *
9141 TCAAAATAAAATAATACTATTTTGTTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATA
130 TCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA
* * * * * * *
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* * * *
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260 ATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAATAAT
*
9336 ACTAGTTTATTAATATTTCAAAAATTAATATGTAAA
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* * * * *
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* * * * * *
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* * *
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128 ATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA
* * * * *
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* * * * **
9631 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATGCAAAATTATTCAAAATAAAAT
258 TTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAAT-AAAT
* *
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* * * * * *
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1 AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCG-AACAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAATAATTAT
* * * * * * * *
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* * * *
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* * * * * * * **
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* * * * *
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* * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * ** *
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* * * * * * * * * *
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** * * **
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* * * * * * *
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* * * * * * * * * *
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1 AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAATAATTATC
* * * * * * *
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* * *
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* ** * * * *
10622 TAAATGTGTTTACCGAACAAGTTCAAAGAGTTATGACTATTTGAACAATTATCAATTTAAAATTA
193 TAAATTTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * *
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258 TTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-GTTCATACAAGCTTATTCAAAA-TAAA
* * * * * *
10751 TAATACCACTTTATTATTATTTCAAAAGTTAATTATTAAG
321 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA-TAGTAAA
* * *** ** *
10791 AGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTA-CTGAATAAGTTCAAATAATTATGGCCATTTGACCAACTA
1 AGATTTAAAAAATAAATCT-GTTTATC-GAACAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAATAATTA
* * ** * * * * * *** *
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* ** ** * ** * * **
10916 CTGTTTATC-GAACCAGTTCAA-A--AAGTTT-TGT-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAA-A-
125 CT-TAT-TCAGAATAAAAT-AATACTAA-TTTAT-TAATATTCCAAAAATTA-ATAAGT-AAGAG
* * * ** * * * *** **
10973 TTGTTATAACATTTTATTT-TATAATAAAACAATTGTTTC-TATCCATACAAGCTTATTTAGAAT
183 AT-TTA-AAAAATAAATTTGTTTACT-AAACAA--G-TTCAAATAGTTATGA-C-TATTT-G-A-
* * * * * ** * * *
11036 AAAATAATACTAATTT-AGTAAT-ATTCTAAAAATTAATAACTAATAGAT-ATAAAAAATAAATC
237 ACAATTAT-CT-ATTTCA--AATCATTAT-GACATT--T-TGT-TTTG-TCAT--AAAA-CAAT-
* ** ** * * * * * *
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**** ** *
11159 TGACCTTTTGTTTTGTCATAA
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*** * ** * * * * *
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*** * * * * * *
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* * * * ***
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* * * * *
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*
11538 AACACTAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAA
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* * * * * *
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* * * * * * * * * *
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*
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* * * ****
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* *
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* * * * * * * * *
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*** * * * * *
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* * *
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* * * * *
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* * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * ** * *
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* * * *
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* * * * * * *
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* * *
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* *
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Indices: 11301--11336 Score: 56
Period size: 16 Copynumber: 2.2 Consensus size: 17
11291 CAAATAATTA
11301 TATCTATTT-AAACAAT
1 TATCTATTTCAAACAAT
*
11317 TATCTATTTCAAATAAT
1 TATCTATTTCAAACAAT
11334 TAT
1 TAT
11337 TAGTTTTTAT
Statistics
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0.90 0.05 0.05
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16 9 0.50
17 9 0.50
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TATCTATTTCAAACAAT
Found at i:11336 original size:17 final size:17
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Indices: 11289--11336 Score: 62
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11279 ACTGAACTAG
11289 TTCAAATAATTATATCTAT
1 TTCAAATAA-T-TATCTAT
*
11308 TT-AAACAATTATCTAT
1 TTCAAATAATTATCTAT
11324 TTCAAATAATTAT
1 TTCAAATAATTAT
11337 TAGTTTTTAT
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 2, Indels: 4
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16 9 0.35
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19 2 0.08
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Consensus pattern (17 bp):
TTCAAATAATTATCTAT
Found at i:11536 original size:140 final size:140
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11273 TTATTTACTG
* * *
11283 AACTAGTTCAAATAATTATATCTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATAATTATTAGTTTTTATT
1 AACTAGTTCAAATAATTATAACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATAATTATGACTTTTTATT
* * * * * **
11348 TTGTAATAAAACAATATTGTTTGTTAATATAAGTTTGTTCAAAATAAAATAGTACTAATTTATTA
66 CTATAATAAAACAATATTGTTTGTTAATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAACACTAATTTATTA
11413 ATATTTATCA
131 ATATTTATCA
* * * * ** *
11423 AACTAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTT
1 AACTAGTTCAAATAATTATAACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATAATTATGACTTTTTATT
* * * ** *
11488 CTATTATAAAGCAATAGTT-TTTGTTCATACAAGCTTATTCGGATTAAAATAACACTAATTTATT
66 CTATAATAAAACAATA-TTGTTTGTTAATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAACACTAATTTATT
11552 AATATTT
130 AATATTT
11559 CAACAATTAA
Statistics
Matches: 112, Mismatches: 23, Indels: 2
0.82 0.17 0.01
Matches are distributed among these distances:
140 110 0.98
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AACTAGTTCAAATAATTATAACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATAATTATGACTTTTTATT
CTATAATAAAACAATATTGTTTGTTAATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAACACTAATTTATTA
ATATTTATCA
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12504 TCTGAACACA
12514 TTCAAATAGTTATGACTAT
1 TTCAAATAGTTAT-ACTAT
*
12533 TT-AAATAATTAT-CTAT
1 TTCAAATAGTTATACTAT
*
12549 TTCAAATTGTTATA
1 TTCAAATAGTTATA
12563 ACCTTTTGTT
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 3, Indels: 5
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Matches are distributed among these distances:
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19 2 0.08
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.06, T:0.47
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TTCAAATAGTTATACTAT
Found at i:12672 original size:361 final size:361
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Indices: 11427--13821 Score: 2021
Period size: 361 Copynumber: 6.7 Consensus size: 361
11417 TTATCAAACT
* ** * ** * * *
11427 AGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTCTAT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * * ** * *
11492 TATAAAGCAATAGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGGATTAAAATAACACTAATTTATTAATAT
66 CATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * * * ** * * *
11557 TTCAACAATTAATAAGTAAAATATTTAAAACATAAATATGCTTATCGAACTAGATT-AAATAGTT
131 TTCAAAAAATAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAG-TTCAAATAGTT
* ** * * **
11621 ATGACTATTTGAATAATTATCTA-TTCAAATTGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAAAAATCA
195 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
* * * * * * *
11685 TTTCGATTCATATAAGCTCATTCAAAATAAAATAATACTAAGTTATCAATA-TTCTGAAAATTAA
260 GTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAA
* * * *
11749 TAATTAAGAGATTTAAAAAATGAATATGTTTAATGAATA
324 TAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATATGTTTTATGAACA
* * * ** * *
11788 AATTTAAATTA-TTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTGAAATCGCTATAACTTTTTGTTTTG
1 AGTTCAAA-TAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
** * * *
11852 TCATAAAATGATT-TTT-T-TTCTATTCATA--TTATTTTGAATAAAATAATACAAATTTATTAA
65 TCATAAAACAATTGTTTCTATTC-ATACA-AGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * *
11912 TA-TT-AAGACAATTAATAAGTAAAAGATCTAACAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAAT
128 TATTTCAA-A-AAATAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAAT
** * * ** *
11975 CTTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCTAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAGCA
191 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA
* * * * * * ***
12040 ATTGTTTCTATTAATACAAGCTTATTCAGATTAAAAAAATATTAATTTATTAATATTTTGGCAAA
256 ATTGGTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTCAAAAA
*
12105 -TAATAAGTAAAGATTTAAAAATATATATATATATATTTATCGAACA
320 TTAATAAGTAAAGATTTAAAAA-ATA-A-ATATGT-TTTAT-GAACA
* * * * * * * *
12151 AGTTCCAATGGTCATGACTATTTGAGTAATTAAT-TATTTTAAATCAATGTGACCTTTTTTTTTG
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATT-ATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
* * *
12215 TAATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATATAAGCTTATTT-GAAATAAAATAATACTAATTTATTGA
65 TCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * * * * *
12278 TA-TTCTAAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAAATTAATCTCTTTACCAAACATGTTTAAAT
128 TATTTC-AAAAAATAATAAGTAAAAG-ATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAAT
* * ** * * *
12342 AGTTATG-CTATCTGAATAATTATCTATTTCAAAAAATTATGACTTTTTTATTTTGTCATAAAAT
191 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC-CTTTTGTTTTGTCATAAAAC
* * * *
12406 AGTTGGTT-TATTCATGCAAGCTTATTTC-GAATAAAATAATA-TAAATTTATTTATATTTCAAA
255 AATTGGTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAA
* *
12468 AATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTTCTGAACA
318 AATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTTATGAACA
* ** *
12512 CA-TTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTG
1 -AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * * *
12576 TCATAAACCAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAAAA
65 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * *
12641 TTTCAAAAAATAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAGCAAGTTCGAATAGTT
130 TTTCAAAAAATAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTT
** * * * * * *
12706 ATGACCCTTCGAATAATTATTTATTTCAAATCATTTTGATCTTTTGTTTTCTCATAAAACAATTG
195 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
* ** *** *
12771 TTTCTATTCATACAATTTTATTTGCAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAATTAAT
260 GTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
** * ** *
12835 AAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATCT-AATTACTGAATA
325 AAG-TAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTTA-TGAACA
** ** * *
12873 AGTTCAAATAGTTATGTTTATTTGAATTGTTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTG-TTTCT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* ** ** *
12937 CGTAAAATGATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTAAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
66 CATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * * *
13002 TTC-AAAAAT--TAA-TAAGAGATTTAAGAATTAAATCTATTTATCAAACCAA-TTCAAATACTT
131 TTCAAAAAATAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAA-CAAGTTCAAATAGTT
* * * *
13062 ACGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGATC-TTTGTTTTGTAATAAAACAATTG
195 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
* * * * * * * *
13126 CTTCTATTCATACAAACTTATTCAAATTAAAATATTGCTAAATTAATAATATTCCAAAAATTAAT
260 GTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
* * ** * *
13191 AAG---AGCTTTGAAAAATAAATGCG-TTAATTGAACC
325 AAGTAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTTA-TGAACA
* * * * * * *
13225 AGTTCAAATAATTAAGACTATTAGAACAATTATCAATTTCAAATTATTCCT-ACCTTTT-TTTTA
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATT-ATGACCTTTTGTTTT-
* *
13288 GTCATAAAACAATTATTT-TAGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATAGTAATTTATTAA
64 GTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * **
13352 -CTTTCAAAAAATTAATGAGCAAAAGATTTAAATAAAATAAATCTATTTGTCAAACAAGTTCAAA
128 TATTTCAAAAAA-TAATAAGTAAAAGATTT-AA-AAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAA
** *
13416 TAGATT-TGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAAGTTGTCATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
190 TAG-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * *
13479 ACAATTGTTTC-ATTTCATA-AAACTTATTCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAA
253 ACAATTGGTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA
* * * * *
13542 AAATTAATACGCAAGAGATTT-AAAACTAAAGT-TGTTTTTTGAACT
317 AAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAA-TATGTTTTATGAACA
* * * * * *
13587 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATCAATTTCAAATCAATATGATC-TTTGTTTTCT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* ** * *
13651 TATAAAATTATTGTTTTCTGA-TCATACAAGCTTATTT-GAATAAAAATAATATTAATTTAATAA
66 CATAAAACAATTG-TTTCT-ATTCATACAAGCTTATTTAGAAT-AAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * * **
13714 TA-TTC-CAAAA-AAT-AGTGAAAGATTTAAAAAATAAATGTATTTGCTAAATGAGTTCAAATAG
128 TATTTCAAAAAATAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAG
* * *
13775 TTATGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTTT
193 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
13822 ATTAATATTC
Statistics
Matches: 1637, Mismatches: 322, Indels: 155
0.77 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
352 74 0.05
353 58 0.04
354 1 0.00
355 63 0.04
356 148 0.09
357 23 0.01
358 125 0.08
359 205 0.13
360 183 0.11
361 341 0.21
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363 74 0.05
364 9 0.01
365 14 0.01
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367 62 0.04
368 2 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (361 bp):
AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
CATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
TTCAAAAAATAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTA
TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGG
TTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
AGTAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTTATGAACA
Found at i:12705 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 11413--13821 Score: 1882
Period size: 180 Copynumber: 13.4 Consensus size: 180
11403 TAATTTATTA
* * * * * **
11413 ATATTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATTGTTATG
1 ATATTTA-CTAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * * * * * * ** * *
11478 ACTTTTTGTTCTATTATAAAGCAATAGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGGATTAAAATAACAC
65 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAC
* * *
11543 TAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAATATTTAAAACATAAAT
130 TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
** * * * **
11594 ATGCTTATCGAACTAGATT-AAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTA-TTCAAATTGTTAT
1 ATATTTA-CTAACAAG-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT
* * ** * * *
11657 GACCTTTTATTTTGTCATAAAAAAATCATTTCGATTCATATAAGCTCATTCAAAATAAAATAATA
64 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATA
* * * * * *
11722 CTAAGTTATCAATA-TTCTGAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAAT
129 CTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * * **
11774 ATGTTTAATGAATAAATTTAAATTA-TTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTGAAATCGCTAT
1 ATATTTACT-AACAAGTTCAAA-TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT
* * ** * ***
11838 AACTTTTTGTTTTGTCATAAAATGATT-TTT-T-TTCTATTCATA--TTATTTTGAATAAAATAA
64 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTC-ATACA-AGCTTATTCAAAATAAAATAA
* * *
11898 TACAAATTTATTAATA-TT-AAGACAATTAATAAGTAAAAGATCTAACAAATAAAT
127 TACTAATTTATTAATATTTCAA-A-AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
* * ** * * **
11952 CTATTTACCAAACAAGTTCAAATCTTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCTAATTGTTATG
1 ATATTTA-CTAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * * * *
12017 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAGCAATTGTTTCTATTAATACAAGCTTATTCAGATTAAAAAAATAT
65 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAC
***
12082 TAATTTATTAATATTTTGGCAAA-TAATAAGT-AAAGATTTAAAAATATATATATAT
130 TAATTTATTAATA-TTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAA-A-ATA-A-AT
* * * * ** * * *
12137 ATATTTATCGAACAAGTTCCAATGGTCATGACTATTTGAGTAATTAAT-TATTTTAAATCAATGT
1 ATATTTA-CTAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT-ATCTATTTCAAATCATTAT
* * * **
12201 GACCTTTTTTTTTGTAATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAAT
64 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAAT
* * * * *
12265 ACTAATTTATTGATA-TTCTAAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAAATTAAT
128 ACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAG-ATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * * **
12319 CTCTTTACCAAACATGTTTAAATAGTTATG-CTATCTGAATAATTATCTATTTCAAAAAATTATG
1 ATATTTA-CTAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * * * * *
12383 ACTTTTTTATTTTGTCATAAAATAGTTGGTT-TATTCATGCAAGCTTATTTC-GAATAAAATAAT
65 AC-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAAT
*
12446 A-TAAATTTATTTATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAATAAAT
128 ACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * **
12498 ATGTTTTCTGAACACA-TTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATTGTTAT
1 ATATTTACT-AACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT
* * *
12562 AACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATA
64 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATA
* * *
12627 TTAATTTATTAAAATTTCAAAAAATAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
129 CTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
* * ** * * * *
12679 ATGTTTACTAAGCAAGTTCGAATAGTTATGACCCTTCGAATAATTATTTATTTCAAATCATTTTG
1 ATATTTACTAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * ** ***
12744 ATCTTTTGTTTTCTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAATTTTATTTGCAATAAAATAATAC
65 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAC
* ***
12809 TAATTTATTAATA-TTCTAAAATTAATAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAAT
130 TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
* * * ** ***
12859 CTAATTACTGAATAAGTTCAAATAGTTATGTTTATTTGAATTGTTATCTATTTCAAATCATTATG
1 ATATTTACT-AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * ** **
12924 ACATTTTG-TTTCTCGTAAAATGATTGTTTCTATTCATACAAAATTATT-AAGAATAAAATAATA
65 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAA-AATAAAATAATA
* *
12987 CTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG----AGATTTAAGAATTAAAT
129 CTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * *
13035 CTATTTATCAAACCAA-TTCAAATACTTACGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTAT
1 ATATTTA-CTAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT
* * * * * * *
13099 GATC-TTTGTTTTGTAATAAAACAATTGCTTCTATTCATACAAACTTATTCAAATTAAAATATTG
64 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATA
* * * * *
13163 CTAAATTAATAATATTCCAAAAATTAATAAG----AGCTTTGAAAAATAAAT
129 CTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
*** * * * * * * * * *
13211 GCGTTAATTGAACCAGTTCAAATAATTAAGACTATTAGAACAATTATCAATTTCAAATTATTCCT
1 ATATTTACT-AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATT-AT
* * *
13276 -ACCTTTT-TTTTAGTCATAAAACAATTATTT-TAGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAA
64 GACCTTTTGTTTT-GTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAA
* * * *
13338 TAGTAATTTATTAA-CTTTCAAAAAATTAATGAGCAAAAGATTTAAATAAAATAAAT
127 TACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AA-AAAATAAAT
* * * ** *
13394 CTATTTGTCAAACAAGTTCAAATAGATT-TGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAAGTTGTCA
1 ATATTT-ACTAACAAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCATTA
*
13457 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-ATTTCATA-AAACTTATTCAAAATAAAATAA
63 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAA
* * * * *
13520 TACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATACGCAAGAGATTT-AAAACTAAAGT
127 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA-T
* ** * * * *
13574 -TGTTTTTTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATCAATTTCAAATCAATATG
1 ATATTTACT-AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * ** **
13638 ATC-TTTGTTTTCTTATAAAATTATTGTTTTCTGA-TCATACAAGCTTATT-TGAATAAAAATAA
65 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCT-ATTCATACAAGCTTATTCAAAAT-AAAATAA
* * * *
13700 TATTAATTTAATAATA-TTCCAAAA--AAT-AGTGAAAGATTTAAAAAATAAAT
127 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
* * * *
13750 GTATTTGCTAA-ATGAGTTCAAATAGTTATGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTCT
1 ATATTTACTAACA--AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT
*
13814 AACCTTTT
64 GACCTTTT
13822 ATTAATATTC
Statistics
Matches: 1777, Mismatches: 365, Indels: 175
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Matches are distributed among these distances:
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* * * * * *** * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * *
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* * * * *
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** * *
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* * *
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* * * *
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* * * * * ** *
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* * * * * *
15030 TCATATAACAATTGTTTTTTA-TT-ATACAAGTTTATTCAGAATAAAATAATAGTAT
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* * * *
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1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG-TTTAAAAAATAAAT-TAGTTTACCAAACAAG
* * * * * * * *
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* * *
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* ** * * * * * * * * *
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15565 CATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTCGGAATAAAAGAATACTAA
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* * * *
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* ** * * * * *
15743 ATAAAACAATAGTTTTTGTTCATACACGCTTATTC-GATTAAAATAATACCAT
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* ** *
15923 ATAAAAAAATCATTTCAGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
128 ATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
* * * * * * ** *
15976 GTTATCAATA-TTCTAAAACTTAATAATTAAGATATTTAAAAAATAAATCTA-TTCAATAAATAA
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16104 ATAAAATGATTTTTTTCTA-TTCATACAAACTTATTTTGAATAAAATAATA-TAAA
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* *
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16461 AATAAAACAATTGTTTCAGTTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAA
127 CATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
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16515 TTTATTAATATTAT-TAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAATTAATTTA-TTTA-TAGAACA
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16577 TGTTCAAATAATTATGACTATCTGAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGACCTTTTGTTTTAT
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16642 CGTAAAAAAATTGGTTT-TGTTCATGCAAGTTTATTTC-AAATAAAATAATA-TAAA
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65 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * * *
16825 AAACCAATTGTTTCTA-TTCATAAAAGCTTATAT-AGAATAAAATAAAACTAA
130 AAAACAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTAT-TCAAAATAAAATAATACTAA
* * * * * * * *
16876 TTTATTAAAATTCCAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAATATATCTA-TTTACCGAGCGAG
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG-TTTAAAAAATAAAT-TAGTTTACCAAACAAG
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16940 TTTAAATAGTTATGACCCTTTGAACAATTATTTATTTTAAATC------A--TTTTGTTTTGTCA
64 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* ** **
16997 TAAAATAATTGTTTCTA-TTCATACAATTTTATTTGAAAT-AAATAATACTAA
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* * ** * ***
17048 TTTATTAATA-TTCTAATAATTAATAGGTTGGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTAATGAACAAG
1 TTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAG-TTTAAAAAATAAATTAGTTTACCAAACAAG
* * ** **
17112 TTCAAATAGTCATGTCTATTTGAATTATTATCTATTTCAAATCATTATGATATTTTGTTTTGTCA
64 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
** * * * ** * *
17177 TAAAATGATTGTTCCTA-TTTACACAAAATTATTTAGAATAAAATAATACTAA
129 TAAAACAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
* * ** *
17229 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG--AGA-TTTAAGAATTAAATCTA-TTTATTAAACTAGT
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGTTTAAAAAATAAAT-TAGTTTACCAAACAAGT
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17354 AAAAAAACTGCTTCTAG-TGATACAAACTTATTCAGAGTAAAATATTGCTAA
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* * * * * *
17405 ATTAATAATA-TTCTAAAA--AA-AAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACTAA-
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG-TTTAAAAAATAAATTAGTTTACCAAAC-AAG
* * * * * * * *
17465 TTCATATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTCTTATCTTTTGTTTAGTCA
64 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * *
17530 TAAAATAATTGTTTTAGTTCATACATGCTTATTCAAAATAAAATAACACTAA
129 TAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
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17645 ATTTCAAATTGTGATAACTATTTAAACAATTATCTATTT-AGAATAAATATGACCTTTTGTTTTA
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* * * *
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1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-TAAGAG-TTTAAAAAATAAATTAGTTTACCAAACAAG
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17828 TTTAAATAATTATG-GTCACTTGAATAATTAACTATTTCAAATTGTTACAAACTTTTGTTCT-T-
64 TTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * *
17890 ATAAAACAATTATTTTTCA--TCATACAAGCCTATT-AAAATAAAACAATACTAA
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17998 -TGAAGTAGTT-T--CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTCTGTTA
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18059 TAAAATAATTGTTTTAGTTCATATAATCTTATTTGGAATAAAATAATACTAA
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* * * * * * * * * *
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18236 TAGTCATATAACAATTGTTT-TTTATCATTCTAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAA
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* ** * * *
18417 AAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGTTTATTCAGAATAAAATAATGCTAA
130 AAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
* * * ** * *** *
18468 TCTAATAATA-TTCAAAAAATTAATAACTAAGAAAATTAAAAAATAAATTTGTTTGGTAAACTAG
1 TTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAG-AGTTTAAAAAATAAATTAGTTTACCAAACAAG
* * * * * * *
18532 TTTAAATATTTAAAGACTATATGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTCGTT
64 TTCAAATAGTT-ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * * * * * *
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* * *
18650 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA-CAATTATGTTTACCTAACCAG
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG-TTTAAAAAATAAATTA-GTTTACCAAACAAG
* * *
18714 TTCAAGTAATTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
64 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * ** * * * * *
18779 TAAAATAAATGTTTTTGTTCATATACG-TGTGTTCAAAATAAAGTAATATTAA
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* *
18831 TATATTAATATCTCAAAAATTAATAAG--AGA-TTTAAAAAATAAATCTA-TTTATCAAACAAGT
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGTTTAAAAAATAAAT-TAGTTTA-C---CAA--
* * * * * * *
18892 TTAAATAGTTCAAATAGTTTTGATTATTTGAGCAACTATTTA-TTCAAATCATTATGACTTTTTG
59 --ACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
* * * * ***
18956 TTCTGTTATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACTAA-TTTATT---AAT--ATTTCGAC-AA
121 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATAC-AAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
* * * * * * * * * *
19010 TTGATAAATAATT---AATTTAAAAAGTAAATATGTTT----ACTAAACTAG---ATCAAA-TAG
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-AAGA-GTTTAAAAAATAAATTAGTTTACCAAACAAG
* * * * ** *
19064 -TCATGACTA-TT-TGGAATAATT-ATC---TA--T-TTT-AAATTGTTATGACATTTTGTTTTG
64 TTCA--AATAGTTAT-GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
* * * ** * *
19118 TCTTAAAA-AATTATTTCAATTCATGTAAGTTTATTCAAAATAAAATAATATTAA
126 TCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
* * * * ****
19172 GTTATTAATATTAT-GAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAATCT-GTTTGTTGAACAA
1 TTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAAGAG-TTTAAAAAATAAAT-TAGTTTACCAAACAA
* * * * * * *
19235 GTTTAAATAATTTTGACTATTTCG-ACAATTATTTA-TTCAAAATTACTATAACCTTTTGTTTTG
63 GTTCAAATAGTTATGACTATTT-GAACAATTATCTATTTC-AAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
** * ***
19298 TCATAAAATGATT-TTTCTA-TTCATACAAGTTTATTTTGAATAAAATAATAC-AA
126 TCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
* *
19351 CTTTATTAATA-TT-AAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTA-TTTATCAAAC
1 -TTTATTAATATTTCAA-A-AATTAATAAGTAAGAG-TTTAAAAAATAAAT-TAGTTTACCAAAC
* ** * * *** *
19413 AATTTCAAATCTTTATGACTATTTGAA-AATTATTTATTTGAAATTGGTATGACTTTTTGTTTTG
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* * * * * * * * * * * *
19477 TCGTAAAATAATTATTTCTG-CCATACATGTTTATTTC-GATTCACAA-AATATTTA
126 TCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTA-TTCAAAAT-AAAATAATACTAA
* * * *
19531 TTTTTTAATATTTCAACAATTAAT-AGT-AGAACATTTAAAAAATAAA-TATGTTTTCCAAACAA
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG-A-GTTTAAAAAATAAATTA-GTTTACCAAACAA
* * * * * * * * *
19593 GTTCAACTAGTCATAAGTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTATTGTGACCTTATGTTTTGTA
63 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * * *
19658 ATAAAACAATCGTTTCAGTTCATATAAGCTTATTTAAAATAAAATAGTATTAA
128 ATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
* * * * * * *
19711 TTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGAAAGAGAATTAAAAAA-AGAATCTTG-TTAGCAAACAT
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG-TTTAAAAAATA-AAT-TAGTTTACCAAACAA
* ** * *
19774 GTTCAAATAGTTATGACTATATGAATTATTATCTATTTCAAATCATTGTGACCTTTTGTTTTGTA
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* * * * **
19839 ATAAAACAACTGTTTTAGTTCATATAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAA
128 ATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
* * * * * * ** *
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* * * **** **
20073 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATGAGTAAAAATTT-AAAAATAAATATA-TTTTTTGAACACTT
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGTTTAAAAAATAAAT-TAGTTTACCAAACAAGT
* ** *
20136 TCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTGGTCAT
65 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* ** * ** *
20201 AAACCAATCATTTCTA-TTCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAA
130 AAAACAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
* * * * *** * *
20252 CTTATTAAAATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTA-TTTATTGAGCGAG
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG-TTTAAAAAATAAAT-TAGTTTACCAAACAAG
* * * * * *
20316 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATAATCTTCTGTTTTATTA
64 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* **
20381 TAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAA
129 TAAAACAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
** * *
20433 TTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAG
1 TTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAG-TTTAAAAAATAAATTAGTTTACCAAACAAG
* * * * * ** *
20497 CTCAAATAGTCAT-ATCCATTTGAACTATTATCTATATCAAATTGTTATGACATTTTGTTTTGTC
64 TTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
* ** * *
20561 GTAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAAATTATTCAGAATAAAATAATTCTAA
128 ATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
* * * * *
20614 TTTATTAGTATTTCAAAAATTAATAA--AAGA-TTTAAAAACTTAATCT-GTATATCAAACCAA-
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGTTTAAAAAATAAAT-TAGTTTACCAAA-CAAG
* * * *
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64 TTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCT-TTTGTTTTGT
* ** *** * *
20737 CATAAAGCAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGGAGTAAAATATTGA-TAA
127 CATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAAT-ACTAA
* * *
20791 ATTAATAATA-TTCTAAAAATTAATAAG--AGA-TTTAAAAAATAAATGT-GTTTGCCAAACCAA
1 TTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGTTTAAAAAATAAAT-TAGTTTACCAAA-CAA
* * * * ** * *
20851 -TTCAAATAGTTAAGAATATTAGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTTTGACCTTTTG-CTTGTC
63 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
* *
20914 ATAAAATAGTATT-TTT-AGTTCATACATGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
128 ATAAAACA--ATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
** ** * * ****
20967 TTTATTAGCATTT-AGAAAATTAATAAACAACAAATTTTAAAAAATAAATT--TTTTTTGAACAA
1 TTTATTAATATTTCA-AAAATTAAT-AAGTA-AGAGTTTAAAAAATAAATTAGTTTACCAAACAA
* * * *
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63 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * * *
21092 ATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTA-TCTAGAATAAAATAATATTAC
128 ATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTC-AAAATAAAATAATACTAA
* ** * * * * ***
21145 TTTATTAATACTTCAAATTTTGATATA-TTAGAGATTTAAAAAAT--A-CA---T--CGAATTGG
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATA-AGTAAGAG-TTTAAAAAATAAATTAGTTTACCAAACAAG
* * * * ** * *
21201 TTCAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTACAAGCTTTT-TTTTTTCA
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* * *** *
21265 TAAAACAATTTTTTTCA--TCATACAAGCCTATTTGGAATAAAATAATATTAA
129 TAAAACAA-TTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
* *
21316 TTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAG-AAGGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTT-----AC---
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-GAG-TTTAAAAAATAAATTAGTTTACCAAACAAG
* * * * * ** * * * *
21372 -T-GAATCGGT-T-CCTATTTGGACAATTATCTATTTTC-AATTGTTATAACCTTTTGTTCTATT
64 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
* ** * ***
21432 GTAAAATTATTGTTTCAGTTCATATAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAA
128 ATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
* * * *
21485 TTTAATAATATTTCAAAAACTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT-GTTTGCCAAAGC-A
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG-TTTAAAAAATAAAT-TAGTTTACCAAA-CAA
* * * * * * *
21548 GTTCAAATAGTTAAGACTA--T-AATAATTATCTCTTTAAAATCGTTATGACCATTTGTTTTATC
63 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
*
21610 ATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAGAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAA
128 ATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
* * * * *
21662 TTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGT-A-AGTTATAACAAGTGAATCT-GTTTATCGAATC-
1 TTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGTT-TAAAAAATAAAT-TAGTTTA-CCAAACA
* * * * ** *
21722 AGTTCAAATAATTATGGCTATGTCAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTGTTTTGT
62 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* * ** * * *
21787 CATATAACAATTGTGTT-TGAACATTCAA-TTTTTTCAAAATAAAATAATACTAA
127 CATAAAACAATTGT-TTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
* * ** * *
21840 TTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGATCCAGT
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG-TTTAAAAAATAAATTAGTTTACCAAACAAGT
** * * ** * ** * *
21905 TCAAATAGCAATAACTATTTGAACAATTGTAAACTTCAAATTGTTATAATCTTTTG-TTTGTCAT
65 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* ** **
21969 AAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAA
130 AAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
* * * * * * * *
22020 TCTAATAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGAATTAAAAAATAAATTTGTTTGCCGAACTAGT
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG-TTTAAAAAATAAATTAGTTTACCAAACAAGT
* * * *
22085 TCAAATATTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
65 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * * * ***
22150 AAAATAAGTTTTTTTTAATTCATA-ATAGCTTATTTGGAATAAAATGAA-A-TGAA
130 AAAACAA--TTGTTTCAGTTCATACA-AGCTTATTCAAAATAAAAT-AATACT-AA
*
22203 TTTATTAATATTTCAGAAATTAAT-A-TAAGAGATTTAAAAAATAA
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG-TTTAAAAAATAA
22247 TTCTATTTAC
Statistics
Matches: 6441, Mismatches: 1397, Indels: 817
0.74 0.16 0.09
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155 3 0.00
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* * * * ** * *
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* * * * * * *
13948 TCAAACAATTAGTTCTATTCGTACTA-TTTTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATAT
128 TAAAACAATT-GTTTTGTTCATACAAGTTTAT-TTCA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * * * * * * ***
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* ** * * *
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* * * * *
14141 TTTTGA-TCATACATGCTTACTCAAAAAAAAATAATA-TCAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA
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* * * * *
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* * * * * * *
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** *
14331 AGAGCTTATTTG-GTTAAAAATACTACTAA
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* * * * *
14360 TTTAATAATATTCCAAAAAGTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGTCA-AACCAG
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* * ** * * * * * * * * *
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63 TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * ** * ** * * *
14489 GAAAATATTTGTTTCATATCTTACAA-TCTTATTTGGAATAAAATAATCCAAATTTATTAACATT
128 TAAAACAATTGTTTTGT-TCATACAAGT-TTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * * *
14553 TGAAAAATTAATAAGCAAAATATTTGAAAAAATAAA-TATGTTTATCGAACAAATTCAAATAGTG
191 TCAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTT-AAAAAATAAATTA-GTTT-TCAAACAAGTTCAAATAGTT
* * * *
14617 ATGACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGGT-ATAAAACAATT
252 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTT-GTCATAAAACAATT
* * * * * *
14681 ATTTC-AGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTTTTAATATTTTAAAAATTA
316 GTTTCTA-TTCATACAAGCTTAT-TAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTA
* * * * * **
14745 ATAAGCAAGAG-TTTAAAAAAATAAAT-TAGTTTACCGAACAAATTCAAATAGTTACAACTATTT
379 ATAAGTAAAAGATTT-AAAAAATAAATCT-GTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTT
* * * *
14808 GAACAATTGTCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAATTCA
442 GAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC-TTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCA
* ** *
14873 TACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAA
505 TATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAA
* * * ** *
14904 TTTATTAATATTCTGAAAATTAATAAGTAAGTGATTTAAAAAGTAAATCAGTTTACCA-AATCAG
1 TTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-TAGAA-CAG
* * * * ** *
14968 CTT-AAATAATTGTGGCCATTTCAACAATTATCTATTTCAAATTGTTACT-ACCTTTTGTTTGGT
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* * * * * *
15031 CATATAACAATTGTTTTTTATTATACAAGTTTA-TTCAGAATAAAATAATAGTATTTTATTAATC
126 CATAAAACAATTGTTTTGT-TCATACAAGTTTATTTCA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * * *
15095 TCTCAACAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA-TTTACTAAACAA-TTTAAATAAT
189 TTTCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTTC-AAACAAGTTCAAATAGT
* * * * * * * *
15158 TATGACTATTTGAATACTTGTATACTTCAAATAGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAGT
251 TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
* * * * ** * *
15223 ATTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATATAAAAATATTCCAAAAATTTA
316 GTTTCTATTCATACAAGCTTATT-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA
* * * * * * * * * *
15288 TAACTGAGAGATTCAAAAAAATAAATTTGTTTGCTAAACTAGTTTAAATAGTTAAGACTATATGA
380 TAAGTAAAAGATT-TAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA
** * * * *
15353 ACCGTTATTTATTTCAAATCA-T-T-A----TTTTGGTCATAAAACAAAAT-TTTCAGTTCACAC
444 ACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTCAGTTCATA-
* ** *
15410 TAA-CTTAGTCAAAATAAAATAA-AATGAA
507 TAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACT-AA
* ** * * * *
15438 TTTATTCATACTAAAAAAATTAATATGTAAGAGGTTTAAAAAAT-AATTCTGTTTGCCTA-ACCA
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* * * **
15501 ATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTTTTTCAAAT-AGCTATGACCTTTCATTTTGT
62 GTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * * * *
15565 CATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTT-GTTCGGAATAAAAGAATACTAATCTATTAGTA
126 CATAAAACAATTG-TTTTGTTCATACAAGTTTATTTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * *
15629 TTTCAAAAATTAATAAG---AGATTTAAAAAATAAATCT-GTTCATCAAATC-AGTTTAAATAGT
189 TTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAAT-TAGTT-TTCAAA-CAAGTTCAAATAGT
* * * * * *
15689 TATGACTATTTGAGCAATTATTTATTTTAAATTGTTATGACCTTTT-TTTCTATTATAAAACAAT
251 TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTT-TGTCATAAAACAAT
* * * * * * * * *
15753 AGTTTTTGTTCATACACGCTTATTCGATTAAAATAATACCATTTTATTAATATTTCAACAATTAA
315 TGTTTCTATTCATACAAGCTTATTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA
** * ** * * *
15818 TAAGTAAAA-ATTTTTTAAAATAAATATCCTTAACAAACTAGATCAAATAGTCATGACTATTTGA
380 TAAGTAAAAGA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA
* * **
15882 ATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATCATTTCAGTTCATA
444 ACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC-TTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATA
**
15947 TAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
507 TAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAA
* * * * * * * * *
15976 GTTATCAATATTCTAAAACTTAATAATTAAGATATTTAAAAAATAAATCTATTCAATA-AATAAG
1 TTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTT-TATAGAA-CAG
* * * ** * *
16040 TTTAAATAATTATGACTATTTGAGCAATTATCTATTTGAAATCGCTATTACCTTTTGTTTTTTCA
63 TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * ** **
16105 TAAAATGATTTTTTTCTATTCATACAAACTTATTTTGAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATA-
128 TAAAA-CAATTGTTT-TGTTCATACAAGTTTATTTCAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATAT
* * **
16168 TT-AATACAATTAATAAGTAAAAGATCT-AAAAATAAATCT-GTTTACCAAACAAGTTCAAATCT
190 TTCAA-A-AATTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAATAAAT-TAGTTT-TCAAACAAGTTCAAATAG
* * ** * *
16230 TTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTTTTAAGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAAT
250 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
* * * * *
16295 TGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAA-AATATTAATTTATTAATATTTTGACAAA-T
315 TGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTCAAAAATT
* * * * * * *
16358 AATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTCATGAATATTTG
378 AATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * *
16423 AATAATTAAT-TATTTCAAATCATTGTGACCTTTTTTT-TAATAAAACAATTGTTTCAGTTCATA
443 AACAATT-ATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATA
16486 TAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAA
507 TAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAA
* * * * *
16515 TTTATTAATATTATTAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAATTAATTTATTTATAGAACATGT
1 TTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATAGAACA-GT
* * * *
16580 TCAAATAATTATGACTATCTGAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGACCTTTTGTTTTATCGT
64 TCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* *
16645 AAAAAAATTGGTTTTGTTCATGCAAGTTTATTTCAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATA-TT
129 AAAACAATT-GTTTTGTTCATACAAGTTTATTTCAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTT
* * * * *
16708 CTAATAGTTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATAAGTTTTCTAAACACGTTCAAATAGTTATA
192 C-AAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATTAGTTTTC-AAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * *
16773 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTT
255 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * *
16838 CTATTCATAAAAGCTTATATAGAATAAAATAAAACTAATTTATTAAAATTCCAAAAATTAATAAG
320 CTATTCATACAAGCTTAT-TAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
* * * * * * * **
16903 CAAAAGATTTAAAAAATATATCTATTTACCGAGCGAGTTTAAATAGTTATGACCCTTTGAACAAT
384 TAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
* * * * * **
16968 TATTTATTTTAAATCA-T-T----TTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTA-TTCATACAATTT
449 TATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATATAAGCT
17026 TATTTGAAAT-AAATAATACTAA
513 TATTTGAAATAAAATAATACTAA
* * **
17048 TTTATTAATATTCTAATAATTAATAGGTTGGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-ATGAACAAG
1 TTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATA-GAAC-AG
* * * ** **
17112 TTCAAATAGTCATGTCTATTTGAATTATTATCTATTTCAAATCATTATGATATTTTGTTTTGTCA
63 TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
** * * * * **
17177 TAAAATGATTGTTCCTATTTACACAAAATTATTT-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
128 TAAAACAATTGTT-TTGTTCATACAAGTTTATTTCA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * * * * *
17241 TCAAAAATTAATAAG---AGATTTAAGAATTAAATCTA-TTTATTAAACTAGTTTAAATACTTAT
191 TCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAAT-TAGTTT-TCAAACAAGTTCAAATAGTTAT
* * * * * * * * * * *
17302 GGCTATTTGAGCAATTATCTATCTCAAATTGTTATGATC-TTTATTTTGTAAGAAAAAAACTGCT
254 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * * * * * * * *
17366 TCTAGTGATACAAACTTATTCAGAGTAAAATATTGCTAAATTAATAATA-TTCTAAAA--AA-AA
319 TCTATTCATACAAGCTTATT-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
* * * * * *
17427 G-AAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACTAATTCATATAGTTAAGACTATTAGAACA
383 GTAAA-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * * * * *
17491 ATTATCTATTTCAAATCGTTCTTATCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTTAGTTCATACAT
447 ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT-TTT-GTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATATAA
** *
17556 GCTTATTCAAAATAAAATAACACTAA
510 GCTTATTTGAAATAAAATAATACTAA
* * ** * * * * *
17582 TTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAACAAGAAATTTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAATAAT
1 TTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATTTGTTTATAGAA-CAG
** * * * * * *
17647 TTCAAATTGTGATAACTATTTAAACAATTATCTATTT-AGAATAAATATGACCTTTTGTTTTATC
63 TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA-AATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * * * * *
17711 ATAAAACAATTGTCTTAGTTCATAAAAGCTTATCTGAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATT
127 ATAAAACAATTGT-TTTGTTCATACAAGTTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
** * * * *** * *
17776 TCAAAAACCAATAAGTTAAAGATTTAAAAAATAAGTCAGTTTATCAAATTGGTTTAAATAATTAT
191 TCAAAAATTAATAAG-TAAAAATTTAAAAAATAAATTAGTTT-TCAAACAAGTTCAAATAGTTAT
* * * * * ** * * *
17841 G-GTCACTTGAATAATTAACTATTTCAAATTGTTACAAACTTTTGTTCT-T-ATAAAACAATTAT
254 GACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT
* * * *
17903 TTTTCA-TCATACAAGCCTATTAAAATAAAACAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
318 TTCT-ATTCATACAAGCTTATTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
** * * *
17967 AGTAGGAGGTTTAAAAAAT-AAT-T-TTGT--C-TACT-G---AAGTAGTT-T--CTATTTGAAC
382 AGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTT-TACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * *
18019 AATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTCTGTTATAAAATAATTGTTTTAGTTCATATA
446 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT-TT-TGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATATA
* *
18084 ATCTTATTTGGAATAAAATAATACTAA
509 AGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAA
* * * * * * * ** * * *
18111 TTTAATATTACTTTGAAATTTGATAA-CAAGGAGATTCAAAAAAATAAACCTATTTGCTAAAACA
1 TTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAA-GAGATT-TAAAAAATAAATTTGTTT-ATAGAACA
* * * * * * * * *
18175 ATTCAAACAATTAAGACTATATGAATAATTATTTATTTACTAAA-AATTATGGCCTTTTGTTTAG
62 GTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-C-AAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * *
18239 TCATATAACAATTGTTTTTTATCATTCTAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
125 TCATAAAACAATTGTTTTGT-TCATACAAGTTTATTTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * * * *
18303 CTTTCAAAAATTAA-CA--AAATATTTAAAAAATAAATTTA-TTTACTGAACCAGTTTAAATA--
188 ATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAA-TTAGTTTTC-AAACAAGTTCAAATAGT
* * * * * *
18362 TATGACTATTTGAACAATTGT-AACTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATT
251 TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
* * * * * * *
18426 ATTTTTGTTCATACAAGTTTATTCAGAATAAAATAATGCTAATCTAATAATA-TTCAAAAAATTA
316 GTTTCTATTCATACAAGCTTATT-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTA
* * * *** * * * *
18490 ATAACTAAGAA-AATTAAAAAATAAATTTGTTTGGTAAACTAGTTTAAATATTTAAAGACTATAT
379 ATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTT-ATGACTATTT
* * * * * *
18554 GAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTCGTTATAAAATAAGTTTTTTGAATTC
442 GAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT-TTT-GTCATAAAACAA-TTGTTTCAGTTC
*
18619 ATACT-AGGTTATTTGAAATTAAAA-AA-A-TGAA
504 ATA-TAAGCTTATTTGAAA-TAAAATAATACT-AA
* *
18650 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA-CAATTATGTTTACCTA-ACCA
1 TTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT-TGTTTA--TAGAACA
* *
18713 GTTCAAGTAATTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
62 GTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * * * * * * *
18778 ATAAAATAAATGTTTTTGTTCATATACGTGT-GTTCAAAATAAAGTAATATTAATATATTAATAT
127 ATAAAACAATTG-TTTTGTTCATACAAGTTTATTTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* *
18842 CTCAAAAATTAATAAG---AGATTTAAAAAATAAATCTA-TTTATCAAACAAGTTTAAATAGTTC
190 TTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAAT-TAGTTT-TCAAAC--------A-AGTTC
* * * * * * * * *
18903 AAATAGTTTTGATTATTTGAGCAACTATTTA-TTCAAATCATTATGACTTTTTGTTCTGTTATAA
244 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* *
18967 AACAATTGTTTCTA-T--T-----C----------------ATACTAATTTATTAATATTTCGAC
309 AACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA
* * * * * * * *
19008 AATTGATAAATAATTA-ATTTAAAAAGTAAATATGTTTACTAAACTAGATCAAATAGTCATGACT
374 AATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACT
* * ** * * *
19072 ATTTGGAATAATTATCTATTTTAAATTGTTATGACATTTTGTTTTGTCTTAAAA-AATTATTTCA
438 ATTT-GAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC-CTTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCA
* * * ** *
19136 ATTCATGTAAGTTTATTCAAAATAAAATAATATTAA
500 GTTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAA
* * * * * * *
19172 GTTATTAATATTATGAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTGTTGAACAAGT
1 TTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATAGAAC-AGT
* * * * * *
19237 TTAAATAATTTTGACTATTTCG-ACAATTATTTA-TTCAAAATTACTATAACCTTTTGTTTTGTC
64 TCAAATAATTATGACTATTT-GAACAATTATCTATTTC-AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
** * **
19300 ATAAAATGATT-TTTCTATTCATACAAGTTTATTTTGAATAAAATAATAC-AACTTTATTAATA-
127 ATAAAACAATTGTTT-TGTTCATACAAGTTTATTTCAAATAAAATAATACTAA-TTTATTAATAT
* **
19362 TT-AAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTA-TTTATCAAACAATTTCAAATCT
190 TTCAA-A-AATTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAATAAAT-TAGTTT-TCAAACAAGTTCAAATAG
* * * * * * *
19425 TTATGACTATTTGAA-AATTATTTATTTGAAATTGGTATGACTTTTTGTTTTGTCGTAAAATAAT
250 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
* ** * * * * * * * * *
19489 TATTTCT-GCCATACATGTTTATTTCGATTCACAA-AATATTTATTTTTTAATATTTCAACAATT
315 TGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTAGAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT
* * * * * * * * *
19552 AAT-AGTAGAACATTTAAAAAATAAATATGTTTTCCAAACAAGTTCAACTAGTCATAAGTATTTG
378 AATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * * *
19616 AATAATTATCTATTTCAAATTATTGTGACCTTATGTTTTGTAATAAAACAATCGTTTCAGTTCAT
443 AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTT-T-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCAT
* * *
19681 ATAAGCTTATTTAAAATAAAATAGTATTAA
506 ATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAA
* * * * *
19711 TTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGAAAGAGAATTAAAAAA-AGAATCTTG-TTAGCA-AACA
1 TTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA-AAT-TTGTTTA-TAGAACA
* * ** *
19773 TGTTCAAATAGTTATGACTATATGAATTATTATCTATTTCAAATCATTGTGACCTTTTGTTTTGT
62 -GTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * *
19838 AATAAAACAACTGTTTTAGTTCATATAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
126 CATAAAACAATTGTTTT-GTTCATACAAGTTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * * * * * *
19903 TCCAGAAATTAATGAG-AAAGAGAATTAAAAAATGAATCT--TATTACTGAACATGTTCAAATAG
190 TTCAAAAATTAATAAGTAAA-A-ATTTAAAAAATAAAT-TAGT-TTTC-AAACAAGTTCAAATAG
* * * * * *
19965 TTATGACTATCTGAACAATTATCTATTTTAAAACATTATGACATTTTGTTTTCTCATAAAAC-AT
250 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
* * * **
20029 CTGGTTCTACTCATGCAAGCTTATTTCA-AATAAAATAATAAAAATTTATTAATATTTCAAAAAT
315 -TGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TT-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAT
* * * ***
20093 TAATGAGTAAAA-ATTT-AAAAATAAATATATTTTTTGAACACT--TTCAAATAGTTATGACTAT
377 TAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCT-GTTTACCAA-ACTAGTTCAAATAGTTATGACTAT
* ** * **
20154 TTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTGGTCATAAACCAATCATTTCTA-T
440 TTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT-TTT-GTCATAAAACAATTGTTTC-AGT
* *
20218 TCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAA
502 TCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAA
* * * * * * * *
20252 CTTATTAAAATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAGCGAGT
1 TTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATAGAAC-AGT
* * * * * * *
20317 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATAATCTTCTGTTTTATTAT
64 TCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* *
20382 AAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTC
129 AAAACAATTGTTT-TGTTCATACAAGTTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC
** * * * * * *
20446 TAAAAATTAATAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAGCTCAAATAGTCAT-
193 -AAAAATTAATAAG-TAAAAATTTAAAAAATAAATTAGTTT-TCAAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * *
20510 ATCCATTTGAACTATTATCTATATCAAATTGTTATGACATTTTGTTTTGTCGTAAAACAATTGTT
255 A-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
** * *
20575 TCTATTCATACAAAATTATTCAGAATAAAATAATTCTAATTTATTAGTATTTCAAAAA-T--TAA
319 TCTATTCATACAAGCTTATT-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
* * * * * * * * *
20637 -TAAAAGATTTAAAAACTTAATCTGTATATCAAACCAATTCAAATAATTATGATTTTTTTGAACA
383 GTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACA
* ** * ** *
20701 ATTATCTATCTCAAATCATTATGATATTTGTTTTGTCATAAAGCAATTGTTTTTGTTCATACAAG
447 ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATATAAG
* * *
20766 CTTATTTGGAGTAAAATATTGA-TAA
511 CTTATTTGAAATAAAATAAT-ACTAA
* * * ** *
20791 ATTAATAATATTCTAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCA-AACCAA
1 TTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTT-ATAGAA-CAG
* * * * * ** * *
20851 TTCAAATAGTTAAGAATATTAGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTTTGACCTTTTG-CTTGTCA
63 TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * **
20915 TAAAATAGTATT-TTTAGTTCATACATGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAGCAT
128 TAAAACA--ATTGTTTTGTTCATACAAGTTTATTTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
** * **
20978 TT-AGAAAATTAATAAACAACAAATTTTAAAAAATAAATT-TTTTTTGAACAAGTTCAAATAGTT
190 TTCA-AAAATTAATAAGTAA-AAA-TTTAAAAAATAAATTAGTTTTCAAACAAGTTCAAATAGTT
* *** *
21041 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATAAATATG--CTTTTGTTTTATCATAAAACAATTG
252 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
* * * * * ** *
21104 TTTCAATTCATAAAAGCTTATCTAGAATAAAATAATATTACTTTATTAATACTTCAAATTTTGAT
317 TTTCTATTCATACAAGCTTAT-TAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
* * * * * * * *
21169 ATA-TTAGAGATTTAAAAAATACATC-G-------AATTGGTTCAAATAATTATGGCCATTTGAA
381 A-AGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA
* ** * * * *
21225 CAATTATCTATTTCAAATCGTTACAAGCTTTTTTTTTTCATAAAACAATTTTTTTCA--TCATAC
445 CAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CCTTTTTTTGTCATAAAACAA-TTGTTTCAGTTCATAT
* * *
21288 AAGCCTATTTGGAATAAAATAATATTAA
508 AAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAA
* *
21316 TTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAG-AAGGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACT-GAATCG
1 TTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAA-GAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-TAGAA-CA
* ** * * *
21379 GTTC------------CTATTTGGACAATTATCTATTTTC-AATTGTTATAACCTTTTGTTCTAT
62 GTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
** ** * * * ** *
21431 TGTAAAATTATTGTTTCAGTTCATATAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATAT
126 CATAAAACAATTGTTT-TGTTCATACAAGTTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * *
21496 TTCAAAAACTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT-GTTTGCCAAAGC-AGTTCAAATAGT
190 TTCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAAT-TAGTTT-TCAAA-CAAGTTCAAATAGT
* * * * * *
21559 TAAGACTA--T-AATAATTATCTCTTTAAAATCGTTATGACCATTTGTTTTATCATAAAACAATT
251 TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
*
21621 GTTTC-AGTTCATAGAAGCTTATTCA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATT
316 GTTTCTA-TTCATACAAGCTTATT-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATT
* * * * * * * *
21683 AATAAGT--AAG-TTATAACAAGTGAATCTGTTTATCGAA-TCAGTTCAAATAATTATGGCTATG
378 AATAAGTAAAAGATT-TAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACT-AGTTCAAATAGTTATGACTATT
* ** * * * **
21744 TCAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTGTTTTGTCATATAACAATTGTGTT-TGAA
441 TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC-TTT-TTTTGTCATAAAACAATTGT-TTCAGTT
* *
21808 CAT-TCAA--TTTTTTCAAAATAAAATAATACTAA
503 CATAT-AAGCTTATTT-GAAATAAAATAATACTAA
* *
21840 TTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACT-GATCCAG
1 TTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-TAGA-ACAG
*** * * ** * ** * *
21904 TTCAAATAGCAATAACTATTTGAACAATTGTAAACTTCAAATTGTTATAATCTTTTG-TTTGTCA
63 TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * *
21968 TAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTT
128 TAAAACAATT-GTTTTGTTCATACAAGTTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * * * * * *
22033 CAAAAATTAATAACTAAGAGAA-TTAAAAAATAAATTTGTTTGCCGAACTAGTTCAAATATTTAA
192 CAAAAATTAATAAGTAA-A-AATTTAAAAAATAAATTAGTTT-TCAAACAAGTTCAAATAGTTAT
* * *
22097 GACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAGTTTT
254 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTGT
* * *
22162 TTTTAATTCATA-ATAGCTTATTTGGAATAAAATGAA-A-TGAATTTATTAATATTTCAGAAATT
318 TTCT-ATTCATACA-AGCTTA-TTAGAATAAAAT-AATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATT
* * *
22224 AAT-A-TAAGAGATTTAAAAAATAATTCTATTTAC
378 AATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC
Statistics
Matches: 6237, Mismatches: 1265, Indels: 790
0.75 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
514 2 0.00
515 19 0.00
516 87 0.01
517 85 0.01
518 114 0.02
519 26 0.00
520 15 0.00
521 70 0.01
522 121 0.02
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546 13 0.00
547 1 0.00
548 55 0.01
549 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (535 bp):
TTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATAGAACAGTTC
AAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
AACAATTGTTTTGTTCATACAAGTTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA
AATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATTAGTTTTCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATT
TGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTC
ATACAAGCTTATTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGA
TTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
TTCAAATCATTATGACCTTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATATAAGCTTATTTGAA
ATAAAATAATACTAA
Found at i:20437 original size:360 final size:360
Alignment explanation
Indices: 18984--22246 Score: 2454
Period size: 360 Copynumber: 9.1 Consensus size: 360
18974 GTTTCTATTC
* * * * * *
18984 ATACTAATTTATTAATATTTCGACAATTGATAAATAATTA-ATTTAAAAAGTAAATATGTTTACT
1 ATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA--AGATTTAAAAAATAAATATGTTTACC
* * * * *
19048 AAACTA-GATCAAATAGTCATGACTATTTGGAATAATTATCTATTTTAAATTGTTATGACATTTT
64 GAAC-ACGTTCAAATAGTTATGACTATTT-GAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTT
* * ** * ** *
19112 GTTTTGTCTTAAAA-AATTATTTCAATTCATGTAAGTTTATTCAAAATAAAATAATATTAAGTTA
127 GTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTA
* * * * * *
19176 TTAATATTAT-GAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTGTTGAACAAGTTTA
192 TTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAAC-AGTTCA
* * * * *
19240 AATAATTTTGACTATTTCG-ACAATTATTTA-TTCAAAATTACTATAACCTTTTGTTTTGTCATA
255 AATAGTTATGACTATTT-GAACAATTATCTATTTC-AAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATA
** *
19303 AAATGATT-TTTCTATTCATACAAGTTTATTTTG-AATAAAATA
318 AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTTGAAATAAAATA
* *
19345 ATAC-AACTTTATTAATA-TT-AAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA
1 ATACTAA-TTTATTAATATTTCAA-A-AATTAATAAGT-AAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA
* * ** ** * * * *
19407 TCAAACAATTTCAAATCTTTATGACTATTTGAA-AATTATTTATTTGAAATTGGTATGACTTTTT
62 CCGAACACGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTT
* * ** * * * * *
19471 GTTTTGTCGTAAAATAATTATTTCT-GCCATACATGTTTATTTCG-ATTCACAA-AATATTTATT
127 GTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTT-GAAAT-AAAATAATATTAATT
* * * * * **
19533 TTTTAATATTTCAACAATTAAT-AGTAGAACATTTAAAAAATAAATATGTTT-TCCAAACAAGTT
190 TATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAT-TGAAC-AGTT
* * * * * * * * * *
19596 CAACTAGTCATAAGTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTATTGTGACCTTATGTTTTGTAATA
253 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATA
* * *
19661 AAACAATCGTTTC-AGTTCATATAAGCTTATTTAAAATAAAATA
318 AAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATA
* * * * * * * *
19704 GTATTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGAAAGAGAATTAAAAAA-AGAATCT-TGTTAG
1 ATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATA-AATATGT-TTAC
* * * * ** *
19767 CAAACATGTTCAAATAGTTATGACTATATGAATTATTATCTATTTCAAATCATTGTGACCTTTTG
63 CGAACACGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTG
* * * * * *
19832 TTTTGTAATAAAACAACTGTTT-TAGTTCATATAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTA
128 TTTTGTCATAAAACAATTATTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTA
* * * * * *
19896 TTAATATTCCAGAAATTAATGAG-AAAGAGAATTAAAAAATGAATCT-TATTACTGAACATGTTC
192 TTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAA-AGATTTAAAAAATAAATCTGT-TTATTGAACA-GTTC
* * * * * *
19959 AAATAGTTATGACTATCTGAACAATTATCTATTTTAAAACATTATGACATTTTGTTTTCTCATAA
254 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * *
20024 AAC-ATCTGGTTCTACTCATGCAAGCTTATTTCAAATAAAATA
319 AACAAT-TGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATA
** * * * ***
20066 ATAAAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATGAGTAAAAATTT-AAAAATAAATATATTTTTTGA
1 ATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGA
*
20130 ACACTTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTT
66 ACACGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTT
* * * * *
20195 GGTCATAAACCAATCATTTCTATTCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAACTTATTAA
131 TGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAA
* * * *
20260 AATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAGCGAGTTCAAATAG
196 TATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAAC-AGTTCAAATAG
* * * * *
20325 TTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATAATCTTCTGTTTTATTATAAAACAAT
260 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
*
20390 TGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATA
325 TGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATA
** *
20426 ATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACC
1 ATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAG-TAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACC
* * * * * *
20490 GAACAAGCTCAAATAGTCAT-ATCCATTTGAACT-ATTATCTATATCAAATTGTTATGACATTTT
64 GAACACGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAA-TAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTT
* * ** *
20553 GTTTTGTCGTAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAAATTA-TTCAGAATAAAATAAT-TCTAATT
127 GTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATAT-TAATT
* * * * ** *
20616 TATTAGTATTTCAAAAA-T--TAA-TAAAAGATTTAAAAACTTAATCTGTATATCAAACCAATTC
190 TATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAA-CAGTTC
* * * * *
20677 AAATAATTATGATTTTTTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGA--TATTTGTTTTGTCAT
254 AAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCT-TTTGTTTTGTCAT
* * * * *
20740 AAAGCAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGGAGTAAAATA
317 AAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATA
* * * * *
20784 TTGA-TAAATTAATAATA-TTCTAAAAATTAATAAG---AGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCC
1 AT-ACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACC
* * * * * * * *
20844 AAAC-CAATTCAAATAGTTAAGAATATTAGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTTTGACCTTTTG
64 GAACAC-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTG
* * * * * ** *
20908 -CTTGTCATAAAA-TAGTATTTTTAGTTCATACATGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTA
128 TTTTGTCATAAAACAATTATTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTA
** ** *
20971 TTAGCATTT-AGAAAATTAATAAACAACAA-ATTTTAAAAAATAAAT-T-TTTTTTGAACAAGTT
192 TTAATATTTCA-AAAATTAATAAGTAA-AAGA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAAC-AGTT
* * ** *
21032 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAAT-A-AATATGCTTTTGTTTTATCATA
253 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATA
* * *
21095 AAACAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTATCT-AGAATAAAATA
318 AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATA
* * * ** * * * *
21138 ATATTACTTTATTAATACTTCAAATTTTGATATATTAGAGATTTAAAAAAT--ACA----T--CG
1 ATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA-AGTAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCG
*** * * * * * ** *
21195 AATTGGTTCAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTACAAGCTTTT-TT
65 AACACGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTT
* * * *
21259 TTTTCATAAAACAATT-TTTTTCA-TCATACAAGCCTATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATT
130 TTGTCATAAAACAATTATTTCT-ATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATT
* * * *
21322 AAAATTTCAAAAATTAATAAG-AAGGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTG-A-A--TC----
194 AATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAACAGTTCAAAT
* * * ** * * ** *
21378 -GGT-T-CCTATTTGGACAATTATCTATTTTC-AATTGTTATAACCTTTTGTTCTATTGTAAAAT
258 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC
* * *
21439 TATTGTTTC-AGTTCATATAAGCTTATTTGGAATAAAATA
322 AATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATA
* * * * * *
21478 ATACTAATTTAATAATATTTCAAAAACTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTGCCA
1 ATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCG
* * * * *
21543 AAGCA-GTTCAAATAGTTAAGACTA--T-AATAATTATCTCTTTAAAATCGTTATGACCATTTGT
65 AA-CACGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGT
* * * * *
21604 TTTATCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATAGAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATACTAATTTAT
129 TTTGTCATAAAACAATTATTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTAT
* * * *
21667 TAATA-TTCTAAAAATTAATAAGT--AAG-TTATAACAAGTGAATCTGTTTATCGAATCAGTTCA
193 TAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATT-TAAAAAATAAATCTGTTTATTGAA-CAGTTCA
* * * * ** * *
21728 AATAATTATGGCTATGTCAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTGTTTTGTCATATA
255 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * * *
21793 ACAATTGTGTT-TGA-ACATTCAA--TTTTTTCAAAATAAAATA
320 ACAATTGT-TTCT-ATTCATACAAGCTTATTT-GAAATAAAATA
* * *
21833 ATACTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTG
1 ATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCG
* ** * * * ** * * *
21898 ATC-CAGTTCAAATAGCAATAACTATTTGAACAATTGTAAACTTCAAATTGTTATAATCTTTTG-
65 AACAC-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGT
* * * * *
21961 TTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATCTAAT
129 TTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATT
* * * * ***
22026 AATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGAATTAAAAAATAAATTTGTTTGCCGAACTAGTTCAAAT
194 AATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAAC-AGTTCAAAT
* * * * * *
22091 ATTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATA
258 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA
* * *
22156 AGTTTTTTTTAATTCATA-ATAGCTTATTTGGAATAAAATGA
323 A-TTGTTTCT-ATTCATACA-AGCTTATTTGAAATAAAAT-A
*
22197 A-A-TGAATTTATTAATATTTCAGAAATTAAT-A-TAAGAGATTTAAAAAATAA
1 ATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAA
22247 TTCTATTTAC
Statistics
Matches: 2292, Mismatches: 468, Indels: 284
0.75 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
338 21 0.01
339 8 0.00
340 90 0.04
342 1 0.00
343 2 0.00
344 18 0.01
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352 9 0.00
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357 42 0.02
358 300 0.13
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364 7 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (360 bp):
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ACACGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTT
TGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAA
TATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAACAGTTCAAATAGT
TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
GTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATA
Found at i:21352 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 21029--21360 Score: 402
Period size: 171 Copynumber: 1.9 Consensus size: 171
21019 TTTTGAACAA
* * * *
21029 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATAAATATGCTTTTGTTTTATCAT
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* * *
21094 AAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTATCTAGAATAAAATAATATTACTTTATTAATACTTC
66 AAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAGCCTATCTAGAATAAAATAATATTAATTTATTAAAACTTC
** * **
21159 AAATTTTGATATATTAGAGATTTAAAAAATACATCGAATTG
131 AAAAATTAATATAGAAGAGATTTAAAAAATACATCGAATTG
* * ** *
21200 GTTCAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTACAAGCTTTT-TTTTTTC
1 GTTCAAATAATTATGACCATTTGAACAATTATCTATTTAAAAT--AAACAAGCTTTTGTTTTATC
* * * * *
21264 ATAAAACAATTTTTTTC-A-TCATACAAGCCTATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAAAAT
64 ATAAAACAA-TTGTTTCAATTCATAAAAGCCTATCTAGAATAAAATAATATTAATTTATTAAAAC
21327 TTCAAAAATTAATA-AGAAGGAGATTTAAAAAATA
128 TTCAAAAATTAATATAGAA-GAGATTTAAAAAATA
21361 AATTTGTTTA
Statistics
Matches: 135, Mismatches: 22, Indels: 8
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
170 2 0.01
171 103 0.76
172 16 0.12
173 14 0.10
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (171 bp):
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AAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAGCCTATCTAGAATAAAATAATATTAATTTATTAAAACTTC
AAAAATTAATATAGAAGAGATTTAAAAAATACATCGAATTG
Done.