Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
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* * * * * ** * *
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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* *** * * *
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** * * *** ** *
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* * * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * *
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* * * * * * ** *
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1 -AAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC
* * * * * *
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* * * *
1413 TGAATATTTAGGA-AATTATTTATTTCAAATCGTTATGA-CTTTTGTTTTGTTAT
128 TGACTATTT-GAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
*** * * *
1466 -AAACAAAAATTTCTATTCATACAACCTTA-TTCATATTAATATAATACTAATTTATTAATATTT
1 AAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TT
** * * * * *
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* * * *
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* * * * **
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1 AAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAAT-TTATTAATA-T
* * * * * * * * * *
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63 TCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTA
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** * * * *
1828 AAAATGATTTTTTCCATTCACACAAGCTTATTTCAAATAACAA-AATACAAATTTATTAATATT-
1 AAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAA-AATAATACTAATTTATTAATATTC
* * *
1891 AAGACAATTAGTAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAAT-TGTTTATTGAACAAGTTCAAATCGTTA
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* * * * *
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* * *
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* * * * *
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* ** * * *
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* *
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* * * *
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* * *
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* * ** ** * *
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* * ** *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* * ** *
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* * * * * * * *
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* * * * * *
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1 AAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * *
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64 CA-AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTA
* * * * * * *
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128 TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * * * * * * * * *
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1 AAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-C
* * * * * * ** *
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* * * * * * * *
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* * * *
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1 AAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAA-TAT
* * * * * *
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* * * * * *
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* * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * ** * * * *
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*
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1 AAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTC
* * * *
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* * * * * * * * *
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* * * *
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* * * *
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** * * * *
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* * *
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* * * * *
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* * * * * *
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** * * * * *
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* ** **
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* * * * *
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* * * * * * * *
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* * *
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* * * * * *
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* *
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127 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * * * ** *
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* * * * * * *
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* * * * * * *
5521 ACTATTTGAATAATTGTTTATTTCAAATTGTTATAATCATTTGTTTTGTCAT
130 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * * *
5573 AAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTA-TTCGAAATAAAACAATAATAATTTATTAATATTT
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* ** * * * * * *
5637 TAAAAATTAATAAGTTGAAGATTTAAAACAT-TAATCTATTTTTTGAACAAGTTCAAATAGTCAT
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* * * * **
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* * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * * * *
6462 ATAAACAATTGTTTTTCA-TCATACATGCCTA-TTCGGAATACAATAATACTAATTTATTAATAT
1 A-AAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-
** * * *
6525 TTCAAAAATT-ATAAGTAGGAGAATTAAAAAAT-AAATTTGTTTATCGAACTAGTTCAAATAGTT
62 TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTT
* * * * * *
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127 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTT
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* * * ** * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * * * * * *
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* * * * * * * **
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* * * * * * * *
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383 ATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTAT-C
* * * *
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* * ** * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * * * * *
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* * * * * * *
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* *** * * * *
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* * * *
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** **
928 CAATTAATTAT
880 CAATTTTTTCC
* * *** ** * *
939 GTTCATACAAGCTTATTGGGAATAAAATAATACTAATGCAATAATATTCTAAAAATTAATAATTA
1 ATTCATACAAGATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTA
* * * * * * *
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* ** * * * * * *
1067 TATTTATTTCCAACCGTTATGACCTTTTGTTTTGTC-T-AAATAATTTTTTTTAGCTCTATATTA
127 TATTTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTA-TTC-ATA-CA
* * * *
1130 A-CTTATTTGGAATGAAATAATA--AATTTATTAATATTTCGAAAATTAATCAGTAATGAGATTT
189 AGCTTATTT-GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AAGATTT
* * * * *
1192 AAAAAAATAATTCTATTTACCGAATC-AGTTCGAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTGAT
252 -AAAACA-AA-T-TATTTACTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCT-AT
** * * * * * *
1256 TTCAAATTGTTAATGACTCCTTCTAT-TTTTGTCGTAAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTT
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* * * * *
1320 TGTTTGGAAT--AATAATACTAATCTATTAATATT-TAAAAAATT--AGTAAGCAGATTT-AAAA
370 TATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAAAATAAG-AGATTTAAAAA
* * * *
1379 ATAAATCTATTTATCAAACCAA-TTCAAATAATTATGAATATTTAGGA-AATTATTTATTTCAAA
433 ATAAATCTA-TTATCAAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTT-GAACAATTATCTATTTCAAA
* * *** * *
1442 TCGTTATGA-CTTTTGTTTTGTTAT-AAACAAAAATTTCTATTCATACAACCTTATTCATATTAA
495 TCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA-AATAA
* *** *
1505 TATAATACTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAATTTTAAAAAAATACATATCTT
559 AATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAA-TTT-AAAAAATA-A-AT-TT
** * * * * *
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* * *
1633 TTTTGTTTTGTCATAAAAAAATT-ATTTCAGTTCATATAAGGTTATTGGAAATAAAATAATACT-
683 TTTTGTTTTATCATAAAAAAATTGATTTCAGTTCATACAAGCTTATT-GAAATAAAATAATACTA
* * * * *
1696 ATGTTATTAATATTTCAAAAGTTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAATATATTTACCGAACAA
747 AT-TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAAT-AATATATTTATCGAACAA
* * * ** * *
1761 TTTTAAATAATTATGA-TCATTTAAACAATTATTGATTTGGAATCGTTGTAACCTTTTAG-TTTG
810 GTTCAAATAGTTATGACT-ATTTAAACAATTATT-ATTTCAAATCGTTATAACCATTT-GTTTTG
* **
1824 TGATAAAATGATTTTTTCC
872 TCATAAAACAATTTTTTCC
* * * *
1843 ATTCACACAAGCTTATTTC-AAATAACAA-AATACAAATTTATTAATATT-AAGACAATTAGTAA
1 ATTCATACAAGATTA-TTCAAAATAA-AATAATACTAATTTATTAATATTCAA-A-AATTAATAA
* * * *
1905 GTAAAAGATTTAAAAAATAAAATTGTTTATTGAACAAGTTCAAATCGTTATGATTATTTGAACAA
62 GTAAAAGATTTAAAAAAT-AAATTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA
** ** * * *
1970 TTATTTATTTCAAATCCTTATGGCTTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TCTATACG
126 TTATTTATTTCAAATTGTTATAAC-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTC-ATACA
* * *
2034 AGTTTATTTGAATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAGATTT-
189 AGCTTATTTGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTA
* * * *
2098 AAA-AAA-TGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTACTTCAAAT
253 AAACAAATTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT
* * * ** * *
2161 CATTGTGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCAATTCATGTAAGCTTATTTGAAGTAAA
318 CATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAA
* * *
2226 ATAATACTAA-TTACTAATATTCCAAAAATTAAAGAGTAAGAGAATTAAAAAAATAAATCTATTA
383 ATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAAA-A-TAAGAG-ATTTAAAAAATAAATCTATTA
* *
2290 TCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAAAT-ATTATGACCTTT
445 TCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC-AAATCATTATGACCTTT
*
2354 TGTTTT-TCCATAAAACAATTGGTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATA-TAAAT
509 TGTTTTGT-CATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATACT-AAT
*
2417 TTATTAATGTTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATCAATTTTTTGAACACA-TT
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* * * ** *
2481 TAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTCTATTTCAAATTGTTATGACCATTTGTTTTATCATA
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* * * * *
2546 AAACCAATTGTTTTTA-TTCA-AAAAGCCTAATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-T
698 AAA-AAATTGATTTCAGTTCATACAAG-CTTATT-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * *
2608 TCCAAAATTAATAAATAAAAGATTTTAAAAATAA-ATCAGTTTA-CCAAGCGAGTTCAAATAGTT
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* * * * *
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822 ATGACTATTTAAACAATTA-TTATTTCAAATCGTTATAA-CCATTTGTTTTGTCATAAAACAATT
* *
2735 GTTTCT
885 TTTTCC
* * * * *
2741 ATTCATACAAGTTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTGTTAATATTCAAAAAATTAATAAGTT
1 ATTCATACAAGATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTA
* * * * * *
2806 GAAGATTTAAAAAATTAATCTATTTATCGAACAAGTTCAAA-AGTCATGTCCATTTGAACTATTA
65 AAAGATTTAAAAAATAAAT-TATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* * * * ** * **
2870 TGTATTTCGAATTGTTATGACATTTTGTTTCATCATAAAACAATTATTTCTATTCATAAAAAATT
129 TTTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTT
* **
2935 A-TTGAAAATAAAATAATACTAATTTATTACTATTTTGAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAA
194 ATTTG--AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAA
* ** * *
2995 CTAAATCTCA-TTACTAAATTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCTATCTCAAAT
256 C-AAAT-T-ATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT
** * * * * * * *
3059 TGTTATGATC-TTTGTTCTATCCTAAAACATTTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAGTAAA
318 CATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAA
* * * * *
3123 ATATTGCTCAA-TTAATAATATTCTAAAAATTAATAATAAG-GATTTAAAAAATAAATGTGTT-T
383 ATAATACT-AATTTATTAATATTCTAAAAATTAA-AATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTAT
* * * ** * *
3185 GCCAAACCAA-TTCAAATAGTTAAGAGTATTAGAAC----A--T-TTTCAAATTGTTCTAACCTT
446 --CAAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTT
* * * * * * *
3242 TTATTTAGTCATAAAATAATTGCTT-TAGCTAATACATGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAAT
508 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAAT
* * ** *** *
3306 TTATTAACATT-CAGAAAATTAATAAG---AAATTAAAAAAATCTA-TTTACCGAACA-ATTTCA
571 TTATTAATATTCCA-AAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATTTTTTTGAACACAGTTCA
* * * * * * * *
3365 AATAGTTTTGACTATTTGAACAATTGTCTACTTAAAATCGTTTTAACCTTTTATTTTATCATAAA
635 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAA
* * * * * * * *
3430 ATAATTG-CTTCAATTCATAAAAGCTT-TTGAAATAAAATAACATTACTGTATTAATATTAT-AA
700 AAAATTGATTTCAGTTCATACAAGCTTATTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAA
* * * * ** *
3492 AAATTGATAAGTTAGAGA-TTTAAAACATAA-ATCAGTTTATCAAATTAGTTCAAATAATTATGA
764 AAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAA-ATAATAT-A-TTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * * *
3555 CCATTTAAACAGTTATCTATTTCAAATCATTATTAA-CTTTTGTTTTATTATAAAACAATTGTTT
826 CTATTTAAACAATTAT-TATTTCAAATCGTTA-TAACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTT
*
3619 TTC
888 TCC
*** * * *
3622 A-TCATACAATCCTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATTTTTCAAAATTTAATAAATA
1 ATTCATACAAGATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAA-TATTCAAAAATTAATAAGTA
* * * * * *
3686 GAAGA-TT------T--ACT-TTTATTGAACTAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAAGTAT
65 AAAGATTTAAAAAATAAATTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * *
3741 ATATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTGACATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTA
130 TTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTA
* * * * *
3806 TTCAT-AATAAAATAATACTAATGTAATAATA-TTCTAAAAAGTAATAACTAAGAG-TTTAAAAA
195 TT--TGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTT--AAA
* ** * * * * * *
3868 AAAAATTTATTTGTTGAACTAGTTCAAATAGTTAAGGCTATATGAATAATTCTTTATTTCAAATC
255 ACAAA-TTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATC
* * * * * * * *
3933 GTTATG-CTTTTTTGTTTTGTCGTAAAATAATTTTTTCAATTCTTACTAA-CTTATTTGAAATAA
319 ATTATGAC-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAC-AAGCTTATTCGAAATAA
* * *
3996 AATAAAACAAATTTATTAATATTTCAAAAAATTAATCAATAAGAGATTTAAAAAAT-AAT-TATG
382 AATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAA--AATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAT-
* * * *
4059 TTTGCCAAACCAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
443 TAT--CAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* * * * * **
4124 TTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGCTTGTTTTGAATAAAATAATACTAA
506 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTT-ATTCAAATAAAATAATACTAA
* * * * *
4189 TCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG---AGATTTAAAAAATAAATTTGTCTATCAA-ACTAGT
570 TTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATTT-T-TTTGAACAC-AGT
* * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * ** *
4375 TTTTAACAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATATGTTTATTGAACTAGAACAAATAGTC
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* * * * ** *
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822 ATGACTATTTAAACAATTAT-TATTTCAAATCGTTATAACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATT-
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885 TTTTCC
* * *
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1 A-TTCATACAAGATTATTCAAAATAAAATAATACTAAT-TTATTAATATT-CAAAAATTAATAAG
** * * * * *
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** * * ** * *
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* *
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* * *
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252 -AAAACAAAT-TATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCA
* * * * * * *
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* * * * * * *
4890 ATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGA-TT-AAAAA-AAATG
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* * * * * *
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* * ** *
5016 CTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCAATTCATGTAAG-TGTATTAGAAATAAAATAATACT
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* * * *
5080 AATTTATTAATATTCCAAAAATTAA-AGAGTAACGAAATTAAAAAAATAAATATGTTAGCCAA-A
568 AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATA-AGTAA--AAATTTAAAAAATAAATTTTTTTG--AACA
* * * * * * *
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628 -CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCATTATGAC-CTTTTGTTT
* * * *
5208 TATCA-AAAAACAATTGGTTT-TGTTCATGCAAGCTTATTTCAAATAAAATAATA-TAAATTTAT
691 TATCATAAAAA-AATTGATTTCAGTTCATACAAGCTTA-TTGAAATAAAATAATACT-AATTTAT
* * * * * *
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* *
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* *
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880 CAATTTTTTCC
* * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * *
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130 TTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTA
* * * * **
5603 TTCGAAATAAAACAATAATAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTTGAAGATTTAAAACAT
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** *
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* * ** * * * *
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* * ** * *
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* * * * * *
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* * ** * * *
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* * * *
6048 TAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTTAAATCATTTTGACCTTTTG-TTTAGTCATAAAA
637 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCATTATGACCTTTTGTTTTA-TCATAAAA
* * * * *
6112 TAATTGCTTT-AGCTCATACATGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACA-TTCAGA
701 AAATTGATTTCAGTTCATACAAGCTTATT-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-A
* * * * * * *
6175 AAATTAATAAG---AA-A-TTAAAAAAAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTTTGACTA
764 AAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAATATATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTA
* * * * * * * *
6235 TTTGAGCAATTATCTATTT-AATATTGTTATGACCTTTTATTTTATCATAAAAC-ATTTGTTTCA
829 TTTAAACAATTAT-TATTTCAA-ATCGTTATAACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTT-TTTCC
* * * * * * *
6298 ATTCATAAAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATT-ATACAATTTGATAAGT
1 ATTCATACAAGATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCA-A-AAATTAATAAGT
* * * * ** ** * * *
6362 TAGAGATTTAAAACATAAATCACGTATCGAATTAGTTCAAATAATTATGACCATTTGAATAATTA
64 AAAAGATTTAAAAAATAAATTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* ** * * *
6427 TCTATTTCAAATCATTATTAA-CTTTTGTTTTGTCA-ATAAACAATTGTTTTTCA-TCATACATG
129 TTTATTTCAAATTGTTA-TAACCTTTTGTTTTGTCATA-AAACAATTATTTCT-ATTCATACAAG
* * * ** *
6489 CCTATTCGGAATACAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT-ATAAGTAGGAGAATTAAA
191 CTTATT-TGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAG-ATT-TA
* * * * * * * *
6553 AAATAAATTTGTTTA-TCGAACTAGTTCAAATAGTTTTGACTAATTGAACAATTATATATTTTAA
253 AAACAAA-TTATTTACT-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAA
** * * * * * **
6617 ATTGTTATAACCTTTTGTTCTATAGT-ATTTAAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCATT
316 ATCATTATGACCTTTTGTT-T-T-GTCA-TAAAAC-A--A-TTGTTTC-TA-T-TCAT-A-CAAG
** * ** * * * * * * *
6681 CGTT-TT-GTCATAAAACAATTGTTTATGTTCATACAATCTTATTCAGAA-TAAAGTAATGCTA-
368 C-TTATTCGAAATAAAATAA-TACTAAT-TT-AT-TAATATT-CTAAAAATTAAAATAA-G--AG
** * * * ** * * *
6742 ATTTATTAATATTTCTCAAAATTTATAAGTAACGGAATTAAAAAATGAATGTATTGGTTTTGACT
424 ATTTA--AA-A--AAT--AAATCTAT---TATC--AA--ACAAGTTCAA---A-TAGTTATGACT
* * * * *
6807 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACTTTTTGTTTTATTATAAATCAATTGTTTCTA
471 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA
* * * * * ** *
6872 TTCATACAACCTTATTCGAAACAATATAATTCTTACATATTAATATTTCAAAAATTAATAAG---
536 TTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA
* * * * *
6934 AGATTTAAAAAATGAATTTGTTCACTGAATA-AGTTCAAATACTTAATGACTATTTGAACAATTA
600 AAATTTAAAAAATAAATTT-TT--TTGAACACAGTTCAAATAGTT-ATGACTATTTGAACAATTA
* * * * * * * ***
6998 TCT-TTTTGAAATCACTATAACTTTTTGTTTTGTCATGAAACAATT-TTTTCTA-TTTGGACAAG
661 TCTATTTT-AAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAAAAATTGATTTC-AGTTCATACAAG
* * * * *
7060 CTTATTCCAAATACAATAACACAAATTTATTAATATTT-AGACAATTAAT-A--AAAA-A---T-
724 CTTATT-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGTAAAAGATTTTA
* * * * * * * *
7116 -AAAT--T-TGTTT-GCTATATAAATTCCAATAGTTATGA-TAATTTGAACAATTATTTATTTTA
787 AAAATAATATATTTATCGA-ACAAGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTAAACAATTA-TTATTTCA
* *** * *
7175 AATCGTTATGATTTTTTGTTTTGTCATAATACAATTGTTTT-T
849 AATCGTTATAACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTCC
* * * * * * * *
7217 GTTCATACAAGCTTATTTAGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGATAAA-TAATAAGT
1 ATTCATACAAGATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA--TTCAAAAATTAATAAGT
** * * * * * *
7281 AAAAGATTTTTAAAATAAATATGTTTATCAAACAAGTCCAAAATAGTCAT-AGCTATTTGAATAG
64 AAAAGATTTAAAAAATAAAT-TATTTATCGAACAAGTTC-AAATAGTTATGA-CTATTTGAACAA
* * ** * * * *
7345 TTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGAAATAAAACAATTGTAT-TAGTTCATATAG
126 TTATTTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTA-TTCATACAA
* * *
7409 GCTGATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAA
190 GCTTATTTG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAA
* * ** *
7474 AAAATGAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
254 AACA--AAT-TATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAA
* * * * * ** * *
7539 ATCATTTTGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATGCAAATTTATTCCAAAAA
316 ATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATA
* * *
7604 AAATAATA-TAAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGAAGA-AATT-CAAAA-AAATCTAT
381 AAATAATACT-AATTTATTAATATTCT-AAAAATTAA-AATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAT
* * * * * * *
7664 TTTCTGAACACA-TTCAAATAGTTATAACT-TTT----TATT-T-TGTTGT-AAACCAAT-TG--
443 TATC-AAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT-TCAAATCATTATGAC
* * * ** * * * ** *
7717 -TTTCTG---T-TCAT---ACAA--G-CT-TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-T
505 CTTT-TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTC-ATACAAGCTTATTCAAATAAAATAATACT
* * * * * * * *
7769 --TTCA--AAAATT--AATAAGTAAATAA-T-T-----TAAAAAATAAATCTGTTT-ACCAAGCA
568 AATTTATTAATATTCCAA-AAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATTTTTTTGAAC-A-C-
* * * * *** * ** * * *
7820 AGCTCTAATAGTTATGACTTTTTGAATAATT-ATTTATTTTAAATAGTTATGATC-TTTTG---T
629 AGTTC-AA-A--TA-G---TTATGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTTA-AATCATTATGACCT
* *** ** * *** *
7880 TTTG--TGATCA-AATAATTGTTTCTATTCA-TAC--A-AGTTTAT-TTGAAATAAAATAATACC
684 TTTGTTTTATCATAA-AAAAATTGAT-TTCAGTTCATACAAGCT-TATTGAAATAAAATAATACT
* ** * *
7937 AATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAGGTAGGAGA-TTTAAAAATTAAATCTATTTA-CAAAA
746 AATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAA-T-AATATATTTATC-GAA
* * * * * * * * *
7999 CAAATTCAAATAGTTATGTCCATTTGAATAATTATCTAGTTT-AAACCATTATGACCTTTTGTTT
807 CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTAT-TA-TTTCAAATCGTTATAACCATTTGTTT
** *
8063 TGTTGTAAAACAATTGTTTT-T
870 TGTCATAAAACAATT-TTTTCC
* * * *
8084 GTTCATACAA-ATTATTCAAAATAAAATAATAGTAATTTATTAAAATTTTAAAAATTAATAAG--
1 ATTCATACAAGATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTA
* * * * * *
8146 --AGATTTAAAAACTAAATTTGTTTACCCAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTA
65 AAAGATTTAAAAAATAAA-TTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* * ** * * * * * **
8209 TCTATCTCAAATCATTACAATC-TTTGTTTTGTCATAGAACAATTGTTTCTTTTCATATTAGCTT
129 TTTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTT
** * *
8273 ATTCAAATTAAGATAATACTAATTTAATAATA----AAAAA-T-A-AA-T----G---T------
194 ATTTGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAACA
* * * * * ** *
8317 -A-T-TTTGCTGAACCAGTTCAAAT-GTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTT
258 AATTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTA
* * * * * *
8378 TGACCTTTTGATTAGTCATAAAATAATTATTTCAATCCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAAT
323 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAAT
* * * * * *
8443 ATTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAAATAATTATGT-TTACCA
388 ACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAA-AA-TAAGAGATTT-AAAAAATAA--ATCTATTATCA
* * * * ** *
8507 AACAAGCTCAAATAGATATGACTATTTAAATAATTATCTATTAAAAATCGTTATGACCTTTTGTT
448 AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
* ** * * *
8572 TTGTCATAAAATAATTGTTTCGGTTCATAAAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTACTTTATTA
513 TTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTA
* * * * * * * * *
8637 ATATTTCAAAAATTATTAGGCAAGAGATTTAAAAATTAAAGCTGATTTTCGAAC-CAATT-AAAT
577 ATATTCCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAA--T-TTTTTTGAACACAGTTCAAAT
* * * * * * ** *** * * *
8700 AGTTATAACCATTTGAACAAATATCAATCTCAGTTTGCTATGATC-TTCG--TTGTCATAAAAAA
638 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAAAA
* * * *
8762 ATTGTTTTTCA--TCATACAAGCTTATTTAGATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAA
703 ATTG-ATTTCAGTTCATACAAGCTTATTGAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAA
* * * * * * ** * * *
8825 A-T--T-AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGTTGAATTAGTTCAAATGGTTAAGACT-G
766 ATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAAT-AATATATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTAT
* * * * ** * * *
8885 CTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCT-AGGATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCA
830 TTA-AACAATTAT-TATTTCAAATCGTTATAACCA-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCC
* * *
8948 ATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAATAAATAAGTAA
1 ATTCATACAAGATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAA
* * * * *
9013 GAGATTTGAAAAAAATAAATCTATTTATTGAACAAGTTTAAATAGTTATGATTATTTCAACAATT
66 AAGATTT--AAAAAATAAAT-TATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
* * ** * *
9078 ATCTATTTAAAATCATTATGAA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATAAAAG
128 ATTTATTTCAAATTGTTAT-AACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTA-TTCATACAAG
*** * * * *
9141 CTTATCCAAAATAAAATAGTACTACTTTATTAATATTTCAAATATTAATAAGTAAGAGATTTAAA
191 CTTAT-TTGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT--A
* ** * * * * *
9206 AAATAAATTAGTTTACCAAATC-AGTTCAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTATATATTTCAA
253 AAACAAATTA-TTTACTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAA
* * * * *
9270 ATCATTAT-TCCTTTTATTTTATCAGAAAACAATTGTTTCTCA-ACATACAAGCTTATT-G----
316 ATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTCGAAAT
* * ** * *
9328 GAAA-AATACTAATTTATTAATATT-TCAAGAATT-GGA-AAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTT
380 AAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCT-AT
* * * ** * *
9389 TACCAAACTAA-TTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAGATTGTTATAAGCT
443 TATCAAAC-AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCT
* * * * *
9453 TTTGTTTTGTCATAAATCAATTATTTATGTTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAAT
507 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAAT
* *** * * * * *** *
9518 TTAATAATATTATGAAAATTCATAACTATGAGATTTAAAAAA-AAATCCATTTCCCGAA-TCAGT
571 TTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTA-AAAATTTAAAAAATAAAT---TTTTTTGAACACAGT
* * *
9581 TCAAATAGTTAAGACAATATGAACAATTATCTA--TT---TC---A--A-----------ATCAT
632 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCAT
* * * *
9625 ------ATT-ATTTCA-TCTCATACAAGTTTATTCGGAATAAAATAAAACTAATTTGTTAATATT
697 AAAAAAATTGATTTCAGT-TCATACAAGCTTATT-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * * * * * *
9682 TCAAAATTTTATAGGTAAGAGGTTTAAAAAATAATTCTATTTA-CTGAACCAA-TTCAAATAATT
760 TCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAA-TATATTTATC-GAA-CAAGTTCAAATAGTT
* * * * * *** * *
9745 ATAAGTATTTGAAA-AA-TA-TATGTCAAATTGTTATTAGTTTTTCTTTTGTCATAAAATAATTG
822 ATGACTATTT-AAACAATTATTATTTCAAATCGTTATAACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATT-
*
9807 TTTT-T
885 TTTTCC
* * * * * * * *
9812 GTTTATATAAGTTTGTTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTTATATTTAGAAAA-TAATCAGTA
1 ATTCATACAAGATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCA-AAAATTAATAAGTA
* * ** * * * * * * * *
9876 AGAGAATTAAAAGGTAAATATGTTTACCAAACAATTTCAAAAAGTT-TTATTATTTGAATAATTA
65 AAAGATTTAAAAAATAAAT-TATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* * ** * * * ** * * *
9940 TCTATTTTAAATCATTATAACTTTTTGTTTTGTCATCAAACTATTGGTTCTATTTATACTA-TTT
129 TTTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTT
* * ** * ** *
10004 ATTTGAAATAAAATAATGCTAATTTAATAATATTTTGAAACTTAATAACCAAAAAAATTTAAAAA
194 ATTTG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-GTAAAAGATTT--AAA
* * ** ** * *
10069 ATAAATTTAATTGTTGAACGGGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAACT-ATTATCTATTTCAAAT
255 ACAAA-TTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-TAATTATCTATTTCAAAT
* * * * * * *
10133 CATTATGACCTTTTGTTTTATCTTAAAAAAATT-TTTTTGTTCGTACAAGCTTATTC-AGATTAA
318 CATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGA-AATAA
* * *
10196 AA-AATACAAATTTAATAATATT-TATAAAATTAATAAGTACA-AGATTTAAAAAATAAATTTAT
382 AATAATACTAATTTATTAATATTCTA-AAAATTAA-AA-TA-AGAGATTTAAAAAATAAATCTA-
* * * * * ** * * * * *
10258 TTTTTGAATCAA-TTCATATAGTTAAGACTATTAAAACAATTATCCATTTGAAATCTTTCTTACC
442 -TTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* * * * *
10322 TTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATATAAGTTTACTTGAAATAAATTAATACTA
506 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATACTA
* * *
10386 ATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAG-AAAGATATTTAAAAAAATAAATCTATTTATAGAACA
569 ATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAA-A-ATTT-AAAAAATAAAT-T-TTT-TTGAACA
* * * * *
10450 -AGTTCAACTAGTTTTTACTATTTGAACAATTGTCT-TTTTAAAATCATTATGATCTTTTGTTTT
628 CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTT-AAATCATTATGACCTTTTGTTTT
* * * * *
10513 GTCATAAAAAAATTG-TTTCAGAT-AGTACAAGCTTATTCAAAATAAAATCATACAAATTTATTA
692 ATCATAAAAAAATTGATTTCAGTTCA-TACAAGCTTATT-GAAATAAAATAATACTAATTTATTA
* * * *
10576 ATATTCCAAAAATTAATAAGT----GA-TTTAAAAAGTGAATCTATTTATTGAATC-ATTTCAAA
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* * * * * * * * * *
10635 TAATTAT-AGCCATTTTAACAATTATCTATTTTAAATCGCTATTACCTTTTGTTTGGTCTTATAA
817 TAGTTATGA-CTATTTAAACAATTAT-TATTTCAAATCGTTATAACCATTTGTTTTGTCATAAAA
*
10699 CAAATGTTTTT-G
880 C-AAT-TTTTTCC
** * * * * * *
10711 A-TCATTTAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATTTTTCAAAAATTGATAAATA
1 ATTCATACAAGATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAA-TATTCAAAAATTAATAAGTA
* * * * * *
10775 AGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTG
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* * * * * * * *
10840 TATACTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATCACAAAACAATTGTTTCTATTAATACAAACTT
129 TTTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTT
* * ** * * ** * *
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194 ATT-TGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAG-ATTTAAAAC
* ** * ** * * *
10970 AAATTTGTTTACCAAACTAGCACAAATATTTAAGACTATATGAATAATTAT-TCATTTCAAAAT-
257 AAA-TTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCT-ATTTC-AAATC
* * * * * * *
11033 GTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATT-TTT-TAGTTTATACTAGCTTATTTGGAATAAA
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* * *
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383 ATAATACT-AATTTATTAATATTCT-AAAAATTAA-AA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA--
* * * *
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442 -TTATC-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC-AAATCATTATGA
* * * * * * * * *
11222 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAGTGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTTAGAATAAAGTAATACC
504 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA-AATAAAATAATACT
* * * * * *
11287 AATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAA--AATATTTTAAAAAATAAATATATTTATCAA-ACCA
568 AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAAT-T-TTTTTGAACA-CA
* *
11349 GTTTAAATAGTTATGACTATTTGATA-AATTAT-TTTTTTCAAA-CTATTATGACCTTTTGTCCT
630 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGA-ACAATTATCTATTTT-AAATC-ATTATGACCTTTTG----
* * * *
11411 AATATTTTGTCCTAATATAAGACAATTG-TTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAGATTAAAATAA
688 ----TTTTAT-C--ATA-AA-AAAATTGATTTC-AGTTCATACAAGCTTATTGA-AATAAAATAA
* ** * * * *
11474 TACCAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTCAAAAAAATTAAAAAATAA-ATATGTT-T-G
742 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-AAAAGATTTTAAAAATAATATAT-TTATCG
* * * * * * *
11536 --CTA-TATCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATCACCTTTTGT
805 AACAAGT-TCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTAT-TATTTCAAATCGTTATAACCATTTGT
* ** * *
11598 TTTGACATAAAGGAATTATTT-A
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** * * * * *
11620 AGTTCATATTAGTTTATTCAAAACAAAATAATACCAATTTATTAATATTTCAAAATTTAATAATT
1 A-TTCATACAAGATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGT
*
11685 AAGAGATTTTAAAAAAT
64 AAAAGA-TTTAAAAAAT
11702 TTGTTTATCG
Statistics
Matches: 8285, Mismatches: 1777, Indels: 1382
0.72 0.16 0.12
Matches are distributed among these distances:
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AAGATTTAAAAAATAAATTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATT
TATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTAT
TTGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAACAAAT
TATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACT
AATTTATTAATATTCTAAAAATTAAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTATCAAACAAGTT
CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAA
AAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATTTTTTTGAACACAGTTCAAATAGTTATGACTATT
TGAACAATTATCTATTTTAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAAAAATTGATTTCAGTT
CATACAAGCTTATTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAG
ATTTTAAAAATAATATATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATTATT
TCAAATCGTTATAACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCC
Found at i:4808 original size:360 final size:361
Alignment explanation
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3693 TACTTTTATT
* * * * *
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* * *
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* * * * * * * *
3831 ATAATATTCTAAAAAGTAATAACTA-AGAGTTTAAAAAAAAAATTTATTTGTTGAACTAGTTCAA
129 TTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAGAGA-TTTTAAAAATAAATTTATTTATCGAACAAGTTCAA
* * * * * * * * *
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193 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC-CTTTTGTTTTGTCATAAA
* * * * * *
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* * *
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* * * * *
4065 AAACCAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT
1 GAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGT
* * * * * * *
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66 TTTGTCATAAAACAATTATTTTAGTTCATACAAGCTT-ATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * * *
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130 TAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAGAGATTTTAAAAATAAATTTATTTATCGAACAAGTTCAAA
* * * * * * * *
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194 TAGTTATGACTATTTGAAC--AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * * * * * *
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257 ATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA
* * **
4382 AATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATATGTTTATT
322 AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACC
** * * * * *
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1 GAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGT
* * *
4487 TTTGTCATAAAA-AATTATTTTAGTTCATATAAGATTATTCAAAATAAAATAATACT-ATGTTAT
66 TTTGTCATAAAACAATTATTTTAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAAT-TTAT
* * * * * *
4550 TAGTATTCCAAAAATTAATAATTAGGAGATTTTAAAAATGAATCTATTTATCGAACAAGTTTAAA
130 TAATATTCTAAAAATTAATAAGTA-GAGATTTTAAAAATAAATTTATTTATCGAACAAGTTCAAA
* * * *** * *
4615 TAATTATGACCATTTGAACAATTATCGATTT-AGAATTGCTATAACCTTTTGATTTGTCATAAAA
194 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA-AATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
* * * *
4679 TGATT-TTTTTGTTCATACAAGCTTATTTC-GAATAAAATAATACAAATTTATTAATA-TT-AAG
258 TAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA-
* * *
4740 ACAATTAATAAGGAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACC
321 A-AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACC
* * * * * *
4782 GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTCTTATGACTTTCTTA
1 GAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTT-TTG
* * * * * * *
4847 TTTTATCATAAAA-AAATATTTTTGTCCATACGAGCTTATTCGAATTAAAATAATATTAATTTAT
65 TTTTGTCATAAAACAATTATTTTAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * * * * * *
4911 TAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGA--TTAAAAA-AAA--TGTTTACCAAACAAATTCAAA
130 TAATATTCTAAAAATTAATAAGT-AGAGATTTTAAAAATAAATTTATTTATCGAACAAGTTCAAA
* * * * * *
4971 TAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTACTTCAAATCATTGTGACCTTTTGTTTTGTAATAAAAC
194 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAT
* ** *
5036 AATTGTTTCAATTCATGTAAG-TGTATT-AGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAA
259 AATTGTTTCTATTCATACAAGCT-TATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA
*
5099 AATTAA-AGAGTAACGAA-ATTAAAAAAATAAATATG-TTAGCC
322 AATTAATA-AGTAA--AAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA-CC
* * * * ** *
5140 -AAATAAGTTCAAATAGTTATAACTATCTAAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGACTTTTTT
1 GAACT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGAC-CTTTT
* * * *
5204 GTTTTATCAAAAAACAATTGGTTTT-GTTCATGCAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATA-TAAAT
64 GTTTTGTCATAAAACAATT-ATTTTAGTTCATACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACT-AAT
* * * * * * *
5266 TTATTAATGTTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTTAAAAATAAATTTATTTTTTGATA-ACGTT
126 TTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAGAGATTTTAAAAATAAATTTATTTATCGA-ACAAGTT
* * *
5330 CAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCATTTGTTTTGTCATA
190 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
** * * * ** * * *
5395 AACCAATTGTTTCTGTTCAAAAAATATTATTCAAAATAAAATAATACTCATTTATTAATA-TTCC
255 AAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA
* * *
5459 AAAATTAATAAGTAAAATATTTTAAAAAT-AATATGTTTATC
320 AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACC
* * * * * * * * * *
5500 GAGCGAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTGTTTATTTCAAATTGTTATAATCATTTGT
1 GAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGT
* * * * *
5565 TTTGTCATAAAATAATTGTTTCTA-TTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAACAATAATAATTTAT
66 TTTGTCATAAAACAATTATTT-TAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * * * *
5629 TAATATTTTAAAAATTAATAAGTTGAAGA-TTTAAAACATTAATCTATTTTTTGAACAAGTTCAA
130 TAATATTCTAAAAATTAATAAGTAG-AGATTTTAAAA-ATAAATTTATTTATCGAACAAGTTCAA
* * * * ** *
5693 ATAGTCAT-ATCTATTTGAACTATTAT-TATTTCAAATCATTATGACATTTTATTTTGTTGTAAG
193 ATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * *
5756 ATAATTGTTTCTATTCATACAAAG-TTATTCAAAATACAATAATACTAATTTATTACTATTT-AA
257 ATAATTGTTTCTATTCATAC-AAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA
** * *
5819 AAA-T--TAA-TAAAAGATTTAAAACCTAAATCTTTTTACC
321 AAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACC
* * * * * *
5856 TAACTAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTA-CATATCTCAAATCATTACGATC-TTTG
1 GAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC-TATTTCAAATTATTATGACCTTTTG
* * ** * * * * * *
5919 TTTTGTCCTAAAACATTTATTTCTA-TTTTTACAAGTTTATTCGGAGTAAAATATTGCTAAATTA
65 TTTTGTCATAAAACAATTATTT-TAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACT-AATTT
* * * * * * *
5983 ATT-ATATTCTAAACATTAATAAGTA-AGGACTTAAAAAATAAATTTGTTT-GCCAAAACAGTTC
128 ATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAGA-GATTTTAAAAATAAATTTATTTATCGAACA-AGTTC
* * * * * *
6045 AAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTTAAATCATTTTGACCTTTTGTTTAGTCATAA
191 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * *
6110 AATAATTGCTT-TAGCTCATACATGCTTATTC-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAACA-TTC
256 AATAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC
*
6172 AGAAAATTAATAAG---AA-A-TTAAAAAA-AAATCTGTTTACC
319 A-AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACC
* * * * * *
6210 AAACAAGTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAGCAATTATCTATTT-AATATTGTTATGACCTTTTA
1 GAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA-ATTATTATGACCTTTTG
* * * * * * * *
6274 TTTTATCATAAAACATTTGTTTCAATTCATAAAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTACTTTAT
65 TTTTGTCATAAAACAATTATTTTAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * * * ** **
6339 TAATATTATACAATTTGATAAGTTAGAGA-TTTAAAACATAAA-TCACGTATCGAATTAGTTCAA
130 TAATATTCTAAAAATTAATAAG-TAGAGATTTTAAAA-ATAAATTTATTTATCGAACAAGTTCAA
* * * * *
6402 ATAATTATGACCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATTAACTTTTGTTTTGTCA-ATAA
193 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATA-AA
* * * * * *
6466 ACAATTGTTTTTCA-TCATACATGCCTATTCGGAATACAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA
257 ATAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA
** * * *
6530 AAATT-ATAAGTAGGAGAATTAAAAAATAAATTTGTTTATC
321 AAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACC
* * * * * *
6570 GAACTAGTTCAAATAGTTTTGACTAATTGAACAATTATATATTTTAAATTGTTATAACCTTTTGT
1 GAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGT
* * * * *** *** *
6635 TCTATAGT-ATTTAAACAATTA-TTTATTTCA-A-ATTGTTATGACCATTCGTTTTGTCATAAAA
66 T-T-T-GTCA-TAAAACAATTATTTTAGTTCATACA-AGCT-T----ATTCGAAATAAAATAATA
* ** * * * ** ** *
6696 C-AATTGT-TT-ATGTTCATACAATCTTATTCAGAATAAAGTAATGCTAATTTATTAA--TATTT
121 CTAATT-TATTAATATTC-TA-AAAATTAAT-A-AGTAGAG--ATTTTAA-AAATAAATTTATTT
* * * * * * * * * ***
6756 CTC-AA-AA-TTTATA-AG-TA--ACGGAATTAAAAAATGAATGTATTGGTTTTGA-CTATT-TG
178 ATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGAC-TATTTGAACAAT-TATCTA-T--TTCAAATC-ATTATG
* * ** * ** *
6812 AACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACTTTTTGTTT-TATT-ATAAATCAATTGTTTCTATTC
237 -AC-CTT-T-TGTTT--TGTCA-TA-AAATAATTGTTTCTATTCAT--A-CAA--G-CT-TATTC
* *
6875 ATACAACCTTATTCGAAACAATA-TAATTCTTACATATTAATATTTCAAAAATTAATAAG----A
287 --AGAA---TA----AAATAATACTAA---TT---TATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAA
* * * *
6935 GATTTAAAAAATGAATTTGTTCACT
337 GATTTAAAAAATAAATATGTTTACC
* * * * * * *
6960 GAA-TAAGTTCAAATACTTAATGACTATTTGAACAATTATCTTTTTGAAATCACTATAACTTTTT
1 GAACT-AGTTCAAATAGTT-ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTT
* * *** * * * *
7024 GTTTTGTCATGAAACAATTTTTTCTA-TTTGGACAAGCTTATTCCAAATACAATAACACAAATTT
64 GTTTTGTCATAAAACAATTATTT-TAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTT
* * * * * *
7088 ATTAATATT-TAGACAA-T--TAA-T----A----AAAAATAAATTTGTTT-GCTATATAAATTC
128 ATTAATATTCTA-AAAATTAATAAGTAGAGATTTTAAAAATAAATTTATTTATCGA-ACAAGTTC
* * * * **
7139 CAATAGTTATGA-TAATTTGAACAATTATTTATTTTAAATCGTTATGATTTTTTGTTTTGTCATA
191 AAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
* * * * * * * *
7203 ATACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTAGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTG
255 AAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTC
* ** *
7268 ATAAA-TAATAAGTAAAAGATTTTTAAAATAAATATGTTTATC
319 AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACC
* * * * * * *
7310 AAACAAGTCCAAAATAGTCAT-AGCTATTTGAATAGTTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTT
1 GAACTAGTTC-AAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTT
** * * * * * *
7374 GTTTTGAAATAAAACAATTGTATTAGTTCATATAGGCTGATTTGAAATAAAATAATACTAATTTA
64 GTTTTGTCATAAAACAATTATTTTAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTA
* * * * * * *
7439 TTAATATT-TCAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTACCAAACAAGTTCA
129 TTAATATTCT-AAAAATTAATAAGT-AGAGATTTTAAAAATAAATTTATTTATCGAACAAGTTCA
*
7503 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
192 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * * * * ** *
7568 ACAATTATTTTTGTTCATGCAAATTTATTCCA-AAAAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTCA
257 ATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATT-CAGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCA
7631 AAAATTAATAAG
320 AAAATTAATAAG
7643 AAGAAATTCA
Statistics
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Consensus pattern (361 bp):
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GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAA
TTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT
AATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACC
Found at i:7569 original size:181 final size:180
Alignment explanation
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7130 TATAAATTCC
* * **
7140 AATAGTTATGA-TAATTTGAACAATTATTTATTTTAAATCGTTATGATTTTTTGTTTTGTCATAA
1 AATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * *
7204 TACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTAGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGA
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* * ** *
7269 TAAA-TAATAAGTAAAAGATTTTTAAAATAAATATGTTTATCAAACAAGTCCAA
127 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTCCAA
* * * * **
7322 AATAGTCAT-AGCTATTTGAATAGTTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGAAATAA
1 AATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * * *
7386 AACAATTGTATTAGTTCATATAGGCTGATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA
65 AACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTT-AAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTCAA
* * * *
7451 AAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTACCAAACAAGTTC-A
128 AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTCCAA
* *
7503 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
1 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * ** * *
7568 ACAATTATTTTTGTTCATGCAAATTTATTCCAAAAAAAATAATATAAATTTATTAATATTTCAAA
66 ACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATT-TAAATAAAATAATAT-AATTTATTAATATTTCAAA
* *
7633 AATTAATAAG-AAGAAATTCAAAAAA
129 AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA
7658 ATCTATTTTC
Statistics
Matches: 279, Mismatches: 50, Indels: 16
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
ACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTAAATAAAATAATATAATTTATTAATATTTCAAAAA
TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTCCAA
Found at i:7988 original size:181 final size:175
Alignment explanation
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Period size: 181 Copynumber: 3.4 Consensus size: 175
7683 AGTTATAACT
* *
7693 TTTTATTTTGTTG-TAAACCAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTA
1 TTTTGTTTTG-TGATAAA-CAATTGTTTCTGTTCATACAAGATTATTCAAAATAAAATAATACTA
* *
7757 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAATAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAGCAAG
64 ATTTATTAATATTT-AAAAATTAAT-AGTAGA-GATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAA-CAAG
* * * *
7822 CTCTAATAGTTATGACTTTTTGAATAATTATTTATTTTAAATAGTTATGATC
125 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATA-TTATGATC
* * * ** *
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* * * *
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65 TTTATTAATATT-TAAAAATTAATA-GTA-GAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC-CAACAAGT
* * * * *
8004 TCAAATAGTTATGTCCATTTGAATAATTATCTAGTTTAAACCATTATGACC
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* *
8055 TTTTGTTTTGTTG-TAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAA-ATTATTCAAAATAAAATAATAGTA
1 TTTTGTTTTG-TGAT-AAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGATTATTCAAAATAAAATAATACTA
* * * *
8118 ATTTATTAAAATTTTAAAAATTAATA--AGAGATTTAAAAACTAAATTTGTTTACCCAACTAGTT
64 ATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAGTAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CCAACAAGTT
* * **
8181 CAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATCTCAAATCATTACAATC
127 CAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTTAAAT-ATTATGATC
* * ** * * *
8231 -TTTGTTTTGTCATAGAACAATTGTTTCTTTTCATATTAGCTTATTCAAATTAAGATAATACTAA
1 TTTTGTTTTGTGATA-AACAATTGTTTCTGTTCATACAAGATTATTCAAAATAAAATAATACTAA
*
8295 TTTAATAATA
65 TTTATTAATA
8305 AAAAATAAAT
Statistics
Matches: 359, Mismatches: 58, Indels: 33
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
174 2 0.01
175 29 0.08
176 97 0.27
177 2 0.01
180 44 0.12
181 175 0.49
182 10 0.03
ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (175 bp):
TTTTGTTTTGTGATAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGATTATTCAAAATAAAATAATACTAAT
TTATTAATATTTAAAAATTAATAGTAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAACAAGTTCAAA
TAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATATTATGATC
Found at i:8544 original size:182 final size:181
Alignment explanation
Indices: 8330--9622 Score: 1035
Period size: 182 Copynumber: 7.2 Consensus size: 181
8320 TTGCTGAACC
* * * * * *
8330 AGTTCAAAT-GTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTTTGACCTTTTGATTAGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * *
8394 CATAAAATAATTATTTCAATCCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAACA-
66 CATAAAATAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
*
8458 TTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAAATAATTATGTTTACCAAACA
131 TTC-AAAAATTAATAAGCAAGAGATTT-AAAAAATAAATATGTTTACCAAACA
* * * * **
8511 AGCTCAAATAGATATGACTATTTAAATAATTATCTATTAAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
** * * *
8576 CATAAAATAATTGTTTCGGTTCATAAAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATAT
66 CATAAAATAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * ** * * *
8641 TTCAAAAATTATTAGGCAAGAGATTTAAAAATTAAAGCTGATTTTCGAACCA
131 TTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATATG-TTTACCAAACA
* * * * * ** * * * *
8693 A-TT-AAATAGTTATAACCATTTGAACAAATATCAATCTCAGTTTGCTATGATC-TTCG--TTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * *
8753 CATAAAAAAATTGTTTTTC-A-TCATACAAGCTTATT-TAGATAAAAATAATACTAATTTAATAA
66 CATAAAATAATTG--TTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAA
* * **** **
8815 TATTTCAAAAA-T--T-AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGTTGAATT
128 TATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACA
* * ** * * * *
8865 AGTTCAAATGGTTAAGACTGCTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTAGGA--TTTTGTTTT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC-GT-TATGACCTTTTGTTTT
*
8928 GTCATAAAATAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAC
64 GTCATAAAATAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * ***
8993 A-TTCAAAAATAAATAAGTAAGAGATTTGAAAAAAATAAATCTATTTATTGAACA
129 ATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTT--AAAAAATAAATATGTTTACCAAACA
* * * * * *
9047 AGTTTAAATAGTTATGATTATTTCAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * * * *
9112 CATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAGTACTACTTTATTAATAT
66 CATAAAATAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* *
9177 TTCAAATATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTACCAAATC-
131 TTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATAT-GTTTACCAAA-CA
* * * * * * * *
9228 AGTTCAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTAT-TCCTTTTATTTTAT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * **
9292 CAGAAAACAATTGTTTCTCAA--CATACAAGCTTATT-----GGAAA-AATACTAATTTATTAAT
66 CATAAAATAATTG-TT-TCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * *
9349 ATTTCAAGAA-T--T-GGAAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACTA
129 ATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAAC-A
* * * * *
9399 A-TTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAGATTGTTATAAGCTTTTGTTTTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * *
9463 CAT-AAATCAATTATTT-ATGTTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAATAAT
66 CATAAAAT-AATTGTTTCA-ATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * *** * *
9526 ATTAT-GAAAATTCATAA-CTATGAGATTTAAAAAA-AAATCCATTTCCCGAATC-
129 ATT-TCAAAAATTAATAAGC-AAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACC-AAACA
* * *
9578 AGTTCAAATAGTTAAGACAATATGAACAATTATCTATTTCAAATC
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
9623 ATATTATTTC
Statistics
Matches: 877, Mismatches: 184, Indels: 103
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 2 0.00
170 76 0.09
171 32 0.04
172 5 0.01
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174 50 0.06
175 10 0.01
176 20 0.02
177 133 0.15
178 5 0.01
179 9 0.01
180 132 0.15
181 98 0.11
182 253 0.29
183 27 0.03
ACGTcount: A:0.42, C:0.11, G:0.09, T:0.38
Consensus pattern (181 bp):
AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
CATAAAATAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
TTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACA
Found at i:8619 original size:691 final size:686
Alignment explanation
Indices: 7725--8987 Score: 1596
Period size: 691 Copynumber: 1.8 Consensus size: 686
7715 TGTTTCTGTT
* *
7725 CATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAT
1 CATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTCAAAAATTAATAAGCAAAT
* * * * * * *
7790 AATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAGCAAGCTCTAATAGTTATGACTTTTTGAATAATTATTT
66 AATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGCTCAAATAGATATGACTATTTAAATAATTATCT
** * * * * * **
7855 ATTTTAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGTGATCAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATT
131 ATTAAAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCGATTCATAAAAACTTATT
** * *
7920 TGAAATAAAATAATACCAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAATTA
196 CAAAATAAAATAATACCAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAGGCAAGAGATTTAAAAATTA
* ** *
7984 AATCT-ATTTACAAAACAAATTCAAATAGTTATGTCCATTTGAA-TAAT-T-ATCT-AGTTTAAA
260 AAGCTGATTTAC-AAACAAATT-AAATAGTTATAACCATTTGAACAAATATAATCTCAGTTT---
* ** * **
8044 CCATTATGACCTTTTGTTTTGTTGTAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAA-ATTATTCAAAAT-A
320 CC--TATGACC-TTCG--TTGTCATAAAAAAATTGTTTTTCATCATACAAGATTATT-AAAATAA
* * * * *
8107 AAATAATAGTAATTTATTAAAATTTTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAACTAAATTTGTTTACC
379 AAATAATACTAATTTAATAAAATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTACC
* * *
8172 CAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATCTCAAATCATTAC-A-ATCTTTG
444 CAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTACTAGAATAATTATCTATCTCAAATCATT-CTAGAT-TTTG
* ** ** * *
8235 TTTTGTCATAGAACAATTGTTTCTTTTCATATTAGCTTATTCAAATTAAGATAATACTAATTTAA
507 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAA
8300 TAATAAAAAATAAATGTATTTTGCTGAACCAGTTCAAATGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTA
572 TAATAAAAAATAAATGTATTTTGCTGAACCAGTTCAAATGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTA
8365 TTTCAAATTGTTTTGACCTTTTGATTAGTCATAAAATAATTATTTCAATC
637 TTTCAAATTGTTTTGACCTTTTGATTAGTCATAAAATAATTATTTCAATC
* *
8415 CATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGCAAG
1 CATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTC-AAAAATTAATAAGCAA-
* *
8479 A-GATTTAAAAAAATAATTATGTTTACCAAACAAGCTCAAATAGATATGACTATTTAAATAATTA
64 ATAATTT-AAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGCTCAAATAGATATGACTATTTAAATAATTA
* *
8543 TCTATTAAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCGGTTCATAAAAACTT
128 TCTATTAAAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCGATTCATAAAAACTT
* * *
8608 ATTCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTATTAGGCAAGAGATTTAAAAAT
193 ATTCAAAATAAAATAATACCAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAGGCAAGAGATTTAAAAAT
* * * *
8673 TAAAGCTGATTTTCGAACCAATTAAATAGTTATAACCATTTGAACAAATATCAATCTCAGTTTGC
258 TAAAGCTGATTTACAAACAAATTAAATAGTTATAACCATTTGAACAAATAT-AATCTCAGTTTCC
* * * *
8738 TATGATCTTCGTTGTCATAAAAAAATTGTTTTTCATCATACAAGCTTATTTAGATAAAAATAATA
322 TATGACCTTCGTTGTCATAAAAAAATTGTTTTTCATCATACAAGATTATTAAAATAAAAATAATA
* * **** *
8803 CTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGTTGAATTAGT
387 CTAATTTAATAAAATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTACCCAACTAGT
* * *
8868 TCAAATGGTTAAGACTGCTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTAGGATTTTGTTTTGTCAT
452 TCAAATAGTTAAGACTACTAGAATAATTATCTATCTCAAATCATTCTA-GATTTTGTTTTGTCAT
*
8933 AAAATAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTA
516 AAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTA
8988 TTAACATTCA
Statistics
Matches: 483, Mismatches: 75, Indels: 31
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
687 31 0.06
688 107 0.22
689 66 0.14
690 86 0.18
691 174 0.36
692 10 0.02
694 4 0.01
695 5 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.09, T:0.39
Consensus pattern (686 bp):
CATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTCAAAAATTAATAAGCAAAT
AATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGCTCAAATAGATATGACTATTTAAATAATTATCT
ATTAAAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCGATTCATAAAAACTTATT
CAAAATAAAATAATACCAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAGGCAAGAGATTTAAAAATTAA
AGCTGATTTACAAACAAATTAAATAGTTATAACCATTTGAACAAATATAATCTCAGTTTCCTATG
ACCTTCGTTGTCATAAAAAAATTGTTTTTCATCATACAAGATTATTAAAATAAAAATAATACTAA
TTTAATAAAATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTACCCAACTAGTTCAA
ATAGTTAAGACTACTAGAATAATTATCTATCTCAAATCATTCTAGATTTTGTTTTGTCATAAAAC
AATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATAAAAAATAAA
TGTATTTTGCTGAACCAGTTCAAATGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTTT
GACCTTTTGATTAGTCATAAAATAATTATTTCAATC
Found at i:9335 original size:536 final size:531
Alignment explanation
Indices: 8303--9520 Score: 1412
Period size: 536 Copynumber: 2.3 Consensus size: 531
8293 AATTTAATAA
* *
8303 TAAAAAATAAATGTATTTTGCTGAACCAGTTCAAATGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTT
1 TAAAAAATAAATGT-GTTTGCTGAACTAGTTCAAATGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTT
* * * *
8368 CAAATTGTTT-TGACCTTTTGATTAGTCATAAAATAATTATTTCAATCCATACAAGCTTATTCGA
65 CAAATTGTTTAAGA--TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTCGA
* * *
8432 AATAAAATAATATTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAAATAATT
128 AATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATAAATAAGCAAGAGATTTAAAAAAATAAAT
* * *
8497 ATGTTTACCAAACAAGCTCAAATAGATATGACTATTTAAATAATTATCTATTAAAAATCGTTATG
193 ATATTTACCAAACAAGCTCAAATAGATATGACTATTTAAACAATTATCTATTAAAAATCATTATG
* * * *
8562 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCGGTTCATAAAAACTTATTCAAAATAAAATAATAC
258 AACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAACTTATCCAAAATAAAATAATAC
* * * * *
8627 TACTTTATTAATATTTCAAAAATTATTAGGCAAGAGATTTAAAAATTAAAGCTGATTTTCGAACC
323 TACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAAGCTGATTTCCAAACC
* ** ** * * *
8692 AATTAAATAGTTATAACCATTTGAACAAATATCAATCTCAGTTTGCTATGATCTTCGTTGTCATA
388 AATTAAATAATTATAACCATTTGAACAAATATCAATCTCAAATCACTATCATCTTCGTTATCAGA
* * *
8757 AAAAAATTGTTTTTCATCATACAAGCTTATTTAGATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCA
453 AAAAAATTGTTTCTCAACATACAAGCTTATTTAG--AGAAA-AATACTAATTTAATAATATTTCA
*
8822 AAAATTAGTAAGAGATT
515 AAAATTAGAAAGAGATT
* * ** *
8839 TAAAAAATAAATGTGTTTGTTGAATTAGTTCAAATGGTTAAGACTGCTAGAATAATTATCTATTT
1 TAAAAAATAAATGTGTTTGCTGAACTAGTTCAAAT-GTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTT
** * * *
8904 CAAATCATTCTAGGATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAA
65 CAAATTGTT-TAAGATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTCGAA
*
8969 ATAAAATAATACTAATTTATTAACATTC-AAAAATAAATAAGTAAGAGATTTGAAAAAAATAAAT
129 ATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATAAATAAGCAAGAGATTT-AAAAAAATAAAT
* *** * * * * * *
9033 CTATTTATTGAACAAGTTTAAATAGTTATGATTATTTCAACAATTATCTATTTAAAATCATTATG
193 ATATTTACCAAACAAGCTCAAATAGATATGACTATTTAAACAATTATCTATTAAAAATCATTATG
* * *
9098 AACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAGTAC
258 AACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAACTTATCCAAAATAAAATAATAC
* * *
9163 TACTTTATTAATATTTCAAATATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA--TTAGTTTACCAAA
323 TACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAAGCTGA-TTT-CCAAA
* * ** * * * * * **
9226 TCAGTTCAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTAT-ATATTTCAAATCATTATTCCTTTTATTTT
386 CCAATT-AAATAATTATAACCATTTGAACAAATATCA-ATCTCAAATCACTA-TCATCTT-CGTT
* *
9290 ATCAGAAAACAATTGTTTCTCAACATACAAGCTTA-TT-G-GAAAAATACTAATTTATTAATATT
447 ATCAGAAAAAAATTGTTTCTCAACATACAAGCTTATTTAGAGAAAAATACTAATTTAATAATATT
* *
9352 TCAAGAATTGGAAAGAGATT
512 TCAAAAATTAGAAAGAGATT
* * ** * * * *
9372 TAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACTAATTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
1 TAAAAAATAAATGTGTTTGCTGAACTAGTTCAAAT-GTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTT
* * * *
9437 CAGATTGTTATAAGCTTTTGTTTTGTCAT-AAATCAATTATTT-ATGTTCATACAAGTTTATTCG
65 CAAATTGTT-TAAGATTTTGTTTTGTCATAAAAT-AATTATTTCA-ATTCATACAAGCTTATTCG
9500 AAATAAAATAATACTAATTTA
127 AAATAAAATAATACTAATTTA
9521 ATAATATTAT
Statistics
Matches: 572, Mismatches: 98, Indels: 27
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
532 5 0.01
533 154 0.27
534 5 0.01
535 41 0.07
536 293 0.51
537 34 0.06
538 8 0.01
539 32 0.06
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.09, T:0.39
Consensus pattern (531 bp):
TAAAAAATAAATGTGTTTGCTGAACTAGTTCAAATGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTC
AAATTGTTTAAGATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTCGAAAT
AAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATAAATAAGCAAGAGATTTAAAAAAATAAATATA
TTTACCAAACAAGCTCAAATAGATATGACTATTTAAACAATTATCTATTAAAAATCATTATGAAC
TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAACTTATCCAAAATAAAATAATACTAC
TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAAGCTGATTTCCAAACCAAT
TAAATAATTATAACCATTTGAACAAATATCAATCTCAAATCACTATCATCTTCGTTATCAGAAAA
AAATTGTTTCTCAACATACAAGCTTATTTAGAGAAAAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATT
AGAAAGAGATT
Found at i:10882 original size:540 final size:536
Alignment explanation
Indices: 10111--11380 Score: 1228
Period size: 540 Copynumber: 2.4 Consensus size: 536
10101 TAAGACTATA
* * * * * *
10111 TGAACTATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCTTAAAAAAATTTTTTTGTTCG
1 TGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCTTAAACAAATGTTTTTGTTCA
* * * * *
10176 TACAAGCTTATTCAGATTAAAA-AATACAAATTTAATAATATTT-ATAAAATTAATAAGTACAAG
66 TATAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAATA-AAG
* * ** * * * * ** *
10239 ATTTAAAAAATAAATTTATTTTTTGAATCAATTCATATAGTTAAGACTATTAAAACAATTATCCA
129 ATTTAAAAAATAAATATATTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATACA
* * * * * * * **
10304 TTTGAAATCTTTCTTACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATATAAGTTTACT
194 CTTCAAATCTTTATAACCTTTTGTTTAGTCACAAAACAATTGTTTCTA-TTAATACAAACTTA-T
* * * * *
10368 T-GAAATAAATTAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGAAAGATATTTAAAAAAAT
257 TCGAAATAAAATAATACTAATCTATTAACATTCAAAAAATTAATAACAAAGAGAATT--AAAAAT
* ** * ** * * *
10432 AAATCTATTTA-TAGAACAAGTTCAACTAGTTT-TTACTATTTGAACAATT-GTCTTTTTAAAAT
320 AAATCTATTTACCA-AACAAGCACAAATA-TTTAAGACTATATGAACAATTAGTCATTTCAAAAT
* *
10494 CATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTCAG-ATAGTACAAGCTTATTCAAAATAA
383 -ATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAAAAATT-TTTCAGTATA-TACAAGCTTATTCAAAATAA
* * *
10558 AATCATACAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGT-GATTT-AAAAAGTGAATCTA-TTTA
445 AATAAAACAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAGATTTAAAAAAAT--ATCTAGTTTA
* *
10620 -TTGAATC-ATTTCAAATAATTAT-AGCCATT
508 CCT-AACCAATTT-AAATAATTATGA-CCATT
* * ** * * *
10649 TTAACAATTATCTATTTTAAATCGCTATTACCTTTTGTTTGGTCTTATAACAAATGTTTTTGATC
1 TGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCTTA-AACAAATGTTTTTGTTC
* * * *
10714 ATTTAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATTTTTCAAAAATTGATAAATAAGAG
65 ATATAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAA-AG
* * * * *
10779 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTATA
129 ATTTAAAAAATAAATATATTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATACA
10844 CTTCAAAT-TGTTATAACCTTTTGTTCTA-TCACAAAACAATTGTTTCTATTAATACAAACTTAT
194 CTTCAAATCT-TTATAACCTTTTGTT-TAGTCACAAAACAATTGTTTCTATTAATACAAACTTAT
* * *** * * *
10907 TCGGAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTTGATAATTAATAACTAGGAGAATTAAAAATAA
257 TCGAAATAAAATAATACTAATCTATTAACATTCAAAAAATTAATAACAAAGAGAATTAAAAATAA
* * * * * *
10972 ATTTGTTTACCAAACTAGCACAAATATTTAAGACTATATGAATAATTATTCATTTCAAAATGTTA
322 ATCTATTTACCAAACAAGCACAAATATTTAAGACTATATGAACAATTAGTCATTTCAAAATATTA
* * * * ***
11037 TGACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTTTTTAGTTTATACTAGCTTATTTGGAATAAAATAAAA
387 TGACCTTTTGTTTTATCATAAAAAAATTTTTCAGTATATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAAAA
** * *
11102 TGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAATATTTATGTTTACCTAA
452 CAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGT---AGATTTAAAAAAATATCTA-GTTTACCTAA
*
11167 CCAATTTAAATAATTATGACTATT
513 CCAATTTAAATAATTATGACCATT
* *
11191 TGAACAATTATCTATTTCAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAGTGTTTTTGTT
1 TGAACAATTATCTATTT-AAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC-TTAAACAAATGTTTTTGTT
* * * * * *
11256 CATATAAGTTTGTTTAGAATAAAGTAATACCAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAA-ATA-
64 CATATAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAAG
* *
11319 TTTTAAAAAATAAATATATTTATCAAACCAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGATA-AATTAT
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TATAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAAGAT
TTAAAAAATAAATATATTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATACACT
TCAAATCTTTATAACCTTTTGTTTAGTCACAAAACAATTGTTTCTATTAATACAAACTTATTCGA
AATAAAATAATACTAATCTATTAACATTCAAAAAATTAATAACAAAGAGAATTAAAAATAAATCT
ATTTACCAAACAAGCACAAATATTTAAGACTATATGAACAATTAGTCATTTCAAAATATTATGAC
CTTTTGTTTTATCATAAAAAAATTTTTCAGTATATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAAAACAAA
TTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAGATTTAAAAAAATATCTAGTTTACCTAACCAATTTA
AATAATTATGACCATT
Found at i:10916 original size:181 final size:181
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* * * * * * **
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* * ** * * * * *
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* ** * ** * * *
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131 TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTAT
* * * * * * * *
9814 TTATATAAGTTTGTTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTTATATTT-AGAAAA-TAATCAGTAA
1 TCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAATAA
* ** * * * * * * * *
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65 GAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * * * * *
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130 CTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTAT
* * * * * * ** *
9993 TTATACTA-TTTATT-TGAAATAAAATAATGCTAATTTAATAATATTTTGAAACTTAATAACCA-
1 TCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA--AT
* * * * **** ** * * *
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* * * *
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128 ATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTAT
* * * * *
10173 TCGTACAAGCTTATTCAGATTAAAA-AATACAAATTTAATAATATTT-ATAAAATTAATAAGTAC
1 TCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAATA-
* **** * * * * **
10236 A-AGATTTAAAAAATAAATTTATTTTTTGAATCAATTCATATAGTTAAGACTATTAAAACAATTA
64 AGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* * * * * *
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* * * * *
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1 TCATACAAGCTTA-TTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAA-AT
* * * * * *
10415 AAGATATTTAAAAAAATAAATCTATTTA-TAGAACAAGTTCAACTAGTTTTTACTATTTGAACAA
63 AAGAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTACCA-AACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA
* * * * * * *
10479 TTGTCTTTTTAAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTG-TTTCAGA
126 TTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-T
* * * *
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1 TCA-TACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAA
* * * *** * * * * *
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65 GAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTA
* ** * * * * *
10659 TCTATTTTAAATCGCTATTACCTTTTGTTTGGTCTTATAACAAATGTTTTTGA-
129 TCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTT-AT
** * * *
10712 TCATTTAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATTTTTCAAAAATTGATAAATAAG
1 TCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAG
* * *
10777 AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTA
66 AGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* ** * * * * *
10842 TACTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATCACAAAACAATTGTTTCTAT
131 TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTAT
* * * * ** * * *
10893 TAATACAAACTTATTCGGAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTTGATAATTAATAACTAGG
1 TCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAG
* * * * ** * * * *
10958 AGAATT-AAAAATAAATTTGTTTACCAAACTAGCACAAATATTTAAGACTATATGAATAATTAT-
66 AGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * *
11021 TCATTTCAAAAT-GTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAATAA-T-TTTTTAGT
131 T-ATTTC-AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-T
* * ** * *
11072 TTATACTAGCTTATTTGGAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
1 TCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAA
* * * * * *
11136 GAGATTTAAAAAA-ATATTTATGTTTACCTAACCAATTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATT
65 GAGATTTAAAAAATAAATCTA--TTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
* *
11200 ATCTATTTCAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAGTGTTTTTGT
128 ATCTATTTC-AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTAT
* * * * * * * *
11255 TCATATAAGTTTGTTTAGAATAAAGTAATACCAATCTATTAATATTTCAAAAATTAAT-AA-AAT
1 TCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAG
* * * *
11318 A-TTTTAAAAAATAAATATATTTATCAAACCAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGATA-AATTAT
66 AGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA-ACAATTAT
* * *
11381 TTTTTTCAAA-CTATTATGACCTTTTGTCCTAATATTTTGTCCTAATATAAGACAATTGTTTCTA
130 CTATTTCAAATC-ATTATGACCTTTTG--------TTTTGT-C--ATA-AA-ACAATTGTTTTTA
11445 T
181 T
* * ** * *
11446 TCATACAAGCTTATTCAGATTAAAATAATACCAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTCAA
1 TCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAAT-AA
* * * * * * * * * *
11511 AAAAATTAAAAAATAAATATGTTT-GC-TA-TA--TCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTAT
65 GAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * ** * *
11571 CTATTTCAAATCATTATCACCTTTTGTTTTGACATAAAGGAATT-ATTTAAGT
130 CTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-T
** * * * * * *
11623 TCATATTAGTTTATTCAAAACAAAATAATACCAATTTATTAATATTTCAAAATTTAATAATTAAG
1 TCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAG
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66 AGA-TTTAAAAAAT
11702 TTGTTTATCG
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAG
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TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTAT
Found at i:11329 original size:21 final size:20
Alignment explanation
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Period size: 21 Copynumber: 1.9 Consensus size: 20
11285 CCAATCTATT
* *
11295 AATATTTCAAAAATTAATAA
1 AATATTTAAAAAATAAATAA
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1 AATA-TTTAAAAAATAAATA
11335 TATTTATCAA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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AATATTTAAAAAATAAATAA
Found at i:11420 original size:13 final size:13
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11392 TATTATGACC
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1 TTTTGTCCTAATA
11428 T
1 T
11429 AAGACAATTG
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TTTTGTCCTAATA
Found at i:11949 original size:267 final size:264
Alignment explanation
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11456 TTATTCAGAT
* * **
11466 TAAAATAATACCAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTCAAAAAAATTAAAAAATAAATAT
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*
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* ** *
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* * *
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11725 CAAA
261 CAAA
* * * * *
11729 TAAAATAATATAAAATTATTAATATTAGGATAATTAGTAAGT-AAAAGATTTAAAAAATAAATAT
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* * * * ** *
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66 GTTTACT--AT-A--TCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATCAC
* * * * * ** ** *
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* * *
11921 TAATTTATTAATATTTTGATAA-TTAATAAGTAAAAAATTTTAAAATAATT
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11971 ATATTTGTTC
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TAAAATAATACAAAATTATTAATATTAGGACAATTAATAAGTCAAAAAAATTAAAAAATAAATAT
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GTTTTGACATAAAAGAATTATTTAAGTTCATACAAGGTTATTCAAAACAAAATAATACCAATTTA
TTAATATTTCAAAATTTAATAAGTAAAAAATTTTAAAATAATTTGTTTATCGAACATGCTTATTT
CAAA
Found at i:12239 original size:179 final size:177
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11702 TTGTTTATCG
* * * * * * *
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* * * ** * * * *
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** * * *
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* * * * * ** * *
11893 TACAAGGTTGTTCGGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGATAATTAATAAGTAA-AAA
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** * * ** * * * * * * * *
11957 ATTTTAAAATAATTATATTTGTTC-AACAAGCTGAAATAATAATGATTATTTGAATAATTAACTA
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* * *
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* * *
12073 AATAAGCCTTTTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTAAAAAATTAATGAGTAAGAGAA
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* ** *
12138 TT-AAAAATTAATCTATTTACCGAATATGTTTGAATAGTTATGACTATATGAACAATTATCTATT
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* * *** *
12202 TCAAAAT-ATTATGGCCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGGTTTTCTTCT
129 TC-AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTCAGTTCA
** * * *
12252 TGCAAGCTTATTTCAAATAAAATAATATAAATTGATTAATATTACAAAATTAATAAGTAA-A-AA
1 AACAAGCTT-TTTCAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTAAAAAATTAATAAGTAAGAGAA
* * * * * * * *
12315 TTTAAAAAATAAAATTTATTTTCGGAACACATTCAAATAGTTATAACTATTTCAACAATTATCCA
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* * **
12380 TTTCAAATCATTATGATCTTTTCTTTTGTCAT-AAACTAATTGTTTTGTTCA
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* * * *
12431 TAA-AAGCTTATTCAGAATAAAATAATATTAATTTTTTAGA-ATTTCAAAAATTAATAAAT-AGA
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* * * * *
12493 -ATATGAAAATAATAAATCTGTTTACTGAGTGAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
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* * * *
12557 TTATTTCAAAT-ATTATGATCTTTTGTCTTGTCATAAAACAATTATTTCTA-TTCA
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* * * **
12611 TACAAG-TTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTGGAG
1 AACAAGCTTT-TTC-AAATAAAATAATATTAATTTATTAATATT-AAAAAATTAATAAGTAAGAG
* * * * * * **
12675 ATTTAAAAAATAAATCTATTCA-CGAATAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTCGAATTATTATCTA
63 AATTAAAAAATAAATCTATTTACCGAAT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* * *
12739 TTTCAAATCTTTATAACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
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12783 TTAGTCTAAA
Statistics
Matches: 702, Mismatches: 150, Indels: 78
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Matches are distributed among these distances:
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TAAAAAATAAATCTATTTACCGAATAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTCAGTTCA
Found at i:12501 original size:22 final size:20
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12457 ATTAATTTTT
*
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*
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1 T
12510 CTGTTTACTG
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 2, Indels: 2
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TAGAATATCAAAATAATAAA
Found at i:12711 original size:359 final size:350
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11708 ATCGAACATG
* * * * * * * *
11718 CTTATTTCAAATAAAATAATATAAAATTATTAATATTAGGATAATTAGTAAGTAAAAGATTTAAA
1 CTTA-TTCAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTA-AAAAATTAATGAG-AAGAGAATT-AA
* * ** * * * * *
11783 AAATAAATATGTTTATTGAATAAGGTCAAATTGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAA
62 AAATAAATCTATTTACCGAATATGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAA
* * * * * * * *
11848 TTGTTATGACTTTTTGTTTTGTAATAAAATAATTGTTTCTAGTCATACAAGGTTGTTCGGATTAA
127 -TATTATGAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC-AAATAA
* * * * *
11913 AATAATATTAATTTATTAATATTTTGATAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAATAATTATATTTG
189 AATAATA-TAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTTAAAAA-TTTAAAA-AA-TAAATTTA
* * * * * * * *
11978 TTC-AACAAGCTGAAATAATAATGATTATTTGAATAATTAACTATTTCAACTCATT-TGACTTTT
249 TTCGAACAAGTTCAAATAGTAATGACTATTTCAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-TCTT
* **
12041 TTGTTTTGTAATAAAACAATTGCTTCAGTTCAAATAAGC
313 TTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTGTTCAAATAAGC
* *
12080 CTTTTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTAAAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAA
1 CTTATTCAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTAAAAAATTAATGAG-AAGAGAATTAAAAA
* * * *
12145 TTAATCTATTTACCGAATATGTTTGAATAGTTATGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAAATA
65 TAAATCTATTTACCGAATATGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTC-AAATA
* * * * *
12210 TTATGGCCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGGTTT-TCTTCTTGCAAGCTTATTTCAAATAAAA
129 TTAT-GACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAA
*
12274 TAATATAAATTGATTAATA-TTACAAAATTAATAAG-TAAAAATTTAAAAAATAAAATTTATTTT
191 TAATAT-AATTTATTAATATTTA-AAAATTAATAAGTTAAAAATTTAAAAAAT-AAATTTA--TT
* * * *
12337 CGGAACACA-TTCAAATAGTTATAACTATTTCAACAATTATCCATTTCAAATCATTATGATCTTT
251 C-GAACA-AGTTCAAATAGTAATGACTATTTCAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTT
*
12401 TCTTTTGTCAT-AAACTAATTGTTTTGTTCATAA-AAG-
314 TGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTTGTTCA-AATAAGC
* * *
12437 CTTATTCAGAATAAAATAATATTAATTTTTTAGA-ATTTCAAAAATTAAT-A-AATAGAATATGA
1 CTTATTCA-AATAAAATAATATTAATTTATTA-ATA-TTAAAAAATTAATGAGAAGAGAAT-T--
* * *
12499 AAATAATAAATCTGTTTACTGAGTGA-GTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTT
60 AAA-AATAAATCTATTTACCGAAT-ATGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTT
* * *
12563 CAAATATTATGATCTTTTGTCTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGTTTATTCAAAA
123 CAAATATTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC-AAA
** * *
12628 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATCTA
186 TAAAATAATA-TAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTTAAAAATTTAAAAAATAAATTTA
* * * * * * *
12693 TTCACGAATAAGTTCAAATAGTCATGTCCA-TTCGAATTATTATCTATTTCAAATCTTTAT-AAC
249 TT--CGAACAAGTTCAAATAGTAATGACTATTTC-AATAATTATCTATTTCAAATCATTATGATC
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311 -TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT
12785 AGTCTAAAAT
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CTTATTCAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTAAAAAATTAATGAGAAGAGAATTAAAAAT
AAATCTATTTACCGAATATGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATATT
ATGACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAATAAAATAATA
TAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGTTAAAAATTTAAAAAATAAATTTATTCGAACAAGTT
CAAATAGTAATGACTATTTCAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATA
AAACAATTGTTTTGTTCAAATAAGC
Found at i:12852 original size:21 final size:22
Alignment explanation
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12808 TAACATTCAA
* *
12818 AAAATTAATAAGCAAGAAATTT
1 AAAATTAAAAAGCAAGAAAATT
12840 AAAA-TAAAAAGCAAGAAAATT
1 AAAATTAAAAAGCAAGAAAATT
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1 AAAA
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Statistics
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AAAATTAAAAAGCAAGAAAATT
Found at i:12859 original size:22 final size:22
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12807 TTAACATTCA
*
12817 AAAAATTAATAAGCAAGAAATT
1 AAAAATTAAAAAGCAAGAAATT
*
12839 TAAAA-TAAAAAGCAAGAAAATT
1 AAAAATTAAAAAGCAAG-AAATT
12861 AAAAA
1 AAAAA
12866 AATTATTCAA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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AAAAATTAAAAAGCAAGAAATT
Found at i:13343 original size:182 final size:178
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12865 AAATTATTCA
* ** * *
12875 AAATAAATTAATACTAATTTATTAGCATTCAAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAAATAAA
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTTAAAAAATAAA
** * * * * *
12940 TCAGTTTA-CCAACCAATTTTAAATAATTATTATTATTTGAACAATTGCCTA-TTTAAATCGTTA
66 TTTGTTTATAC-A-CTATTTCAAATAATTATTACTATTTGAACAATTG-TTATTTTAAATCGTTA
* * * ** * **
13003 TAACCTTTTGATTTGTCATAAAACAATTATTTTATTTAATACAAGCTTAGATG
128 TGATC-TTTG-TTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGATCATACAAGCTTATTTG
* * *** * *
13056 GAATAAAATAATACTAGTTTATTAATATTTTTTAAATTAATAAGTAAGAAATTTTAAAAAATAAA
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTTAAAAAATAAA
* * * ** * ** * *
13121 TTTGTTTACTAAATTAGTTCATAA-AATTATGGCCATTTGAATGATTATGTATTTTAAATTGTTA
66 TTTGTTTA-TACACTATTTCA-AATAATTATTACTATTTGAACAATTGT-TATTTTAAATCGTTA
*
13185 TGATCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGATCATACAAGTTTATTTG
128 TGATC-TTTG-TTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGATCATACAAGCTTATTTG
* *
13238 AAATAAAATATTACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTTAAAAAATAAA
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTTAAAAAATAAA
* * * * *
13303 TTTGTTTATTGCACTATTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTGTTAATCTCAAATCGTTAA
66 TTTGTTTA-TACACTATTTCAAATAATTATTACTATTTGAACAATTGTT-ATTTTAAATCGTTAT
13368 GATCTTTG-TTGTCATAAAACAATTGTTTCT-GATCATA-AAGCTTATTCT-
129 GATCTTTGTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGATCATACAAGCTTATT-TG
* * *
13416 -ATTAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGA
1 AAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGA
13461 GATTAAAAAA
Statistics
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AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTTAAAAAATAAA
TTTGTTTATACACTATTTCAAATAATTATTACTATTTGAACAATTGTTATTTTAAATCGTTATGA
TCTTTGTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGATCATACAAGCTTATTTG
Found at i:14110 original size:462 final size:456
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Indices: 13238--14120 Score: 986
Period size: 462 Copynumber: 1.9 Consensus size: 456
13228 AGTTTATTTG
* * *
13238 AAATAAAATATTACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTTAAAAAATAAA
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATAGTTAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAAATAAA
* ** * * * ** *
13303 TTTGTTTATTGCACTATTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTGTTAATCTCAAATCGTTAA
66 CTTGTTTACCGAACAAATTCAAATAGTTACGACTATTTGAACAATTGTTAATCTAAAATCGTTAA
* * *
13368 GATCTTTGTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGATCATAAAGCTTATTCTATTAAAAATAATACTAA
131 GATCTTTGTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAATCATAAAGCTTATTCAAATAAAAATAATACTAA
*** * *
13433 TTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTAAAAAAATAAATGTGCTTGTAGAACTAGTTCAA
196 TTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTAAAAAAATAAATGCAATTGTACAAATAGTTCAA
*** * *
13498 AAAGTTAAAACCATTAGAAAATTATCTATTTTGGATTGTTTTGATTTGTTGTTTAGTCATAAATA
261 AAAGTTAAAACCATTAGAAAATTATCTATTTCAAATTGTTTTGACTTGTTGTTTAGTCATAAACA
* * * *
13563 TTTGTTTCATATCTTGCTTATTCGAAACAAAATAATCCAAATTTATTAACATTCAAAAAATTAAT
326 ATTGTTTCATATCATGCTTATTCAAAACAAAATAATACAAATTTATTAACATTCAAAAAATTAAT
13628 AAGTAAAAGATTTGAAAAAATAAATCTATTTAACATTCACAATTGTTTCAGTTCGTAAAAGCTTA
391 AAG---AAGATTTGAAAAAATAAATCTATTTAACATTCACAATTGTTTCAGTTCGTAAAAGCTTA
13693 TCCA
453 TCCA
* * * *
13697 AAATAAAATAATACTAATTTCTTAATAGTTCAAAAATTAATACGCAAGAG-TTTAAAAAAATTAA
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATAGTTAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAAATAAA
* * *
13761 CTTGTTTACCGAACAAATTCAAATAGTTACGACTATTTGAATAATTGTCT-ATTTAAAATTGTTA
66 CTTGTTTACCGAACAAATTCAAATAGTTACGACTATTTGAACAATTGT-TAATCTAAAATCGTTA
* *
13825 TGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AATTCATACAAGCTTATTCGAAAT-AAAATA
130 AGA-TCTTTG--TTGTCATAAAACAATTGTTTCTAA-TCATA-AAGCTTATTC-AAATAAAAATA
* * * *
13888 ATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-ATGATTTAAAAAGTGAAT-CAATT-TACCAA
189 ATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGA-GATTAAAAAAATAAATGCAATTGTA-CAA
** *
13950 ATCAGTTCAAATAA-TTATCACCATCTTA-ATAATTATCTATTTCAAATTGTTATT-ACCTT-TT
252 AT-AGTTCAAA-AAGTTAAAACCA--TTAGAAAATTATCTATTTCAAATTGTT-TTGA-CTTGTT
* * * *
14011 GTTTAGTCATATAACAATTGTTT-TTATCATGCAAGGTTGTTCAAAATAAAATAATACTAATTTA
311 GTTTAGTCATA-AACAATTGTTTCATATCATGC----TTATTCAAAACAAAATAATACAAATTTA
* *
14075 TTAATCTTTC-AAAAATTAATAAG-ATATTT-AAAAAATAAATCTATTT
371 TTAA-CATTCAAAAAATTAATAAGAAGATTTGAAAAAATAAATCTATTT
14121 GCTGAATCAA
Statistics
Matches: 352, Mismatches: 51, Indels: 39
0.80 0.12 0.09
Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (456 bp):
AAATAAAATAATACTAATTTATTAATAGTTAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAAATAAA
CTTGTTTACCGAACAAATTCAAATAGTTACGACTATTTGAACAATTGTTAATCTAAAATCGTTAA
GATCTTTGTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAATCATAAAGCTTATTCAAATAAAAATAATACTAA
TTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTAAAAAAATAAATGCAATTGTACAAATAGTTCAA
AAAGTTAAAACCATTAGAAAATTATCTATTTCAAATTGTTTTGACTTGTTGTTTAGTCATAAACA
ATTGTTTCATATCATGCTTATTCAAAACAAAATAATACAAATTTATTAACATTCAAAAAATTAAT
AAGAAGATTTGAAAAAATAAATCTATTTAACATTCACAATTGTTTCAGTTCGTAAAAGCTTATCC
A
Found at i:14137 original size:176 final size:178
Alignment explanation
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13656 TTTAACATTC
* * * * * *
13666 ACAATTGTTTCAGTTCGTAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTCTTAATAGTTCAAA
1 ACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA
* * * *
13731 AATTAATACGCAAGAGTTTAAAAAAATTAA-CTTGTTTACCGAA-CAAATTCAAATAGTTA-CGA
66 AATTAATAAG--ATA-TTT-AAAAAATAAATC-TATTTACCGAATC-AATTCAAATAGTTATCGA
* * * *
13793 CTATTTGAATAATTGTCTATTTAAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAA
125 CCATTTGAATAATTATCTATTTAAAATTGTTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAA
*
13847 ACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA
1 ACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA
* * * * * *
13912 AATTAATAA-ATGATTTAAAAAGTGAATCAATTTACCAAATCAGTTCAAATAATTATC-ACCATC
66 AATTAATAAGAT-ATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAATCAATTCAAATAGTTATCGACCAT-
* * *
13975 TT-AATAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTGTTTAGTCATATA
129 TTGAATAATTATCTATTTAAAATTGTTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAA
** * * * *
14024 ACAATTGTTTTTA-TCATGCAAGGTTGTTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATCTTTCAAA
1 ACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA
* * *
14088 AATTAATAAGATATTTAAAAAATAAATCTATTTGCTGAATCAATTCAAATAGTTAT-GACTATTT
66 AATTAATAAGATATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAATCAATTCAAATAGTTATCGACCATTT
* * ** * *
14152 AAATATTGTATACT-TCAAATAATTATTTAAAAAATAAACCTTTTGTTCTA-TCATAAA
131 GAATAAT-TAT-CTATTTAA-AATT-GTT-----AT-GACCTTTTGTT-TAGTCATAAA
* *** ** * * * *
14209 A-AATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAGTAATCTAATAATATTTTAAA
1 ACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTCAA
* * * * * * * * * *
14273 AATTATTAACTAAGAGATTTAAAAATTAAATTTGTTTACCAAACCAGTTGAAATAGTTA-AGACT
65 AA--ATTAA-TAAGATATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAATCAATTCAAATAGTTATCGACC
* * * * * ** * *
14337 ATATAAACAGTTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTCTTTTA-TTATAAA
127 ATTTGAATAATTATCTATTTAAAATTGTTATGACCTTTT-GTTTAGTCATAAA
* * * *
14389 ACAAAAT-TTTCAGTTCATACTAGCTTATTCAAAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTCA
1 AC-AATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCA
* * * * * * ** *
14452 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTCTATTTATC-TACCAGTTTTAATAATTAT-GA
64 AAAA-T--TAA-TAAGATATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAATCAATTCAAATAGTTATCGA
* * * * * **
14515 CTATTTGAATGATAATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTACTTT-GT--T---
125 CCATTTGAATAATTATCTATTTAAAATTGTTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAA
* *
14563 --TA-T-TTTCAATTCAT--AAGCTT-TTCAGAA-AAAATAA-A-TGAATTTA--AATATTTCAA
1 ACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAA
* * * * *
14616 AATTAATAATAAGA-ATTT-AAAAAT-AATATATTT-CC---TCAATT-TAATAATTAT-GA-TA
65 AA--ATTAATAAGATATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAATCAATTCAAATAGTTATCGACCA
* * * * *
14671 TTTG-ACAATAGAT-TATTTTAAA-TCTTAT-ACCTTTAT-TTT-TTCAATATTAA
128 TTTGAATAAT-TATCTATTTAAAATTGTTATGACCTTT-TGTTTAGTC-ATA--AA
* *** * * * * *
14721 AAAATTAGTTTTTGTTCATATAA-TTTGTT--GAAT-AAATAATA-TAATCTTATT-AT-TTTTA
1 ACAATT-GTTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAT-TTATTAATATTTCA
* * * * *
14779 AAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTTTTTATCC--ATGCAGTTAAAATAGTTAT-GACT
64 AAAATTAATAAGATATTTAAAAAATAAATCTATTTA-CCGAAT-CAATTCAAATAGTTATCGACC
** * * *
14841 ATTTGCGTAA-TATTTA-TTATAAATTGTTAT-ACTTTTTGTTCTA-TTATAAA
127 ATTTGAATAATTATCTATTTA-AAATTGTTATGACCTTTTGTT-TAGTCATAAA
* * * * * * **
14891 ACAATAGTATCTATTCCATACAAGCTGTATTCAAATTAAAATAATA-TTATTTACTAATATTTTG
1 ACAATTGTTTCAATT-CATACAAGCT-TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA
* * * * * * * *
14955 ATAATGAA-AA-A-AATTAAAAAATTAAGCATGTTTACC-AAACTAGA-TCAAATAGTCAT-GAC
64 AAAATTAATAAGATATTTAAAAAATAAATC-TATTTACCGAATC-A-ATTCAAATAGTTATCGAC
* * * * *
15014 TATTTGAATGATTATCTATTTCAAATTGTTAT-AACTTTTGTTTTGTCATAAA
126 CATTTGAATAATTATCTATTTAAAATTGTTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAA
* * * * * * *
15066 A-AATTATTTTAGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATGCTAAGTTATTAATA-TCCAAA
1 ACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA
* * * * **
15129 AATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTATCGAA-CAAGTTCAAATAAATAT-GAC
66 AA-T--TAA-TAAGATATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAATCAA-TTCAAATAGTTATCGAC
* * * * * * *
15192 TATTTTGAACAATTATCTATTTGAAATTGCTATAACATTTTTGTTTTGTCATAAA
126 CA-TTTGAATAATTATCTATTTAAAATTGTTATGAC-CTTTTGTTTAGTCATAAA
* * *** * * *
15247 A-AGATAT-CTTCTATTCATACAAG-TGTATTTTGAATAAAATAATACAAATATATTTATA-TT-
1 ACA-AT-TGTTTCAATTCATACAAGCT-TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC
* * * *
15307 AAGATAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACC-AAACAAAGTTTAAATCA-T
63 AA-A-AATTAATAAG----ATATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAATC-AA-TTCAAAT-AGT
** * * *
15370 TAT-GATTATTTGAAT-A--A-C------AAATTGTTATAACTTTTTGTTTTGTCATAAA
119 TATCGACCATTTGAATAATTATCTATTTAAAATTGTTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAA
* * * * * * * *
15419 ATAATTATTTCAATTCA-ACAAGCTCATTCTAATTAAAATAATAATAATTTATTAATATTTCCAC
1 ACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA
* * ** *
15483 AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT-TTTTTACTTAA-CAAATTCAAATTA-TCAT-GA
66 AATTAATAAG----ATATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAATC-AATTCAAA-TAGTTATCGA
** * ** * * *
15544 TTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATCATTGTGACCTTTTGTTTTGTAATAAA
125 CCATTTGAATAATTATCTATTTAAAATTGTTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAA
* * * * * **
15598 ACAATTGTTTCAGTTAATATATGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA
1 ACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA
* * * ** *
15663 AATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAAAATGAATCTATTTATTGAA-AAAGTTCAAATAGTTAT-G
66 AATT-A--A-TAAGA-TATT-TAAAAAATAAATCTATTTACCGAATCAA-TTCAAATAGTTATCG
* * * * ** * * *
15726 ACTATCTGAACATTTATCTATTT-AAATACATTATGACTTTTTCTTTTGTCA-AAA
124 ACCATTTGAATAATTATCTATTTAAAAT-TGTTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAA
** * * *** *
15780 AGCAATTGGATCTATTCACGA-AAGCTTATTTTGAATAAAATAACA-TAAATTTATTAATATTTC
1 A-CAATTGTTTCAATTCA-TACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTC
* * * *** * *
15843 AAAAATTAATAAATAATAATTTAAACAATAAATTTATTTTTTTGAA-CACGTTTAAATAGTTAT-
63 AAAAATTAAT-AA-GAT-ATTTAAAAAATAAATCTA-TTTACCGAATCA-ATTCAAATAGTTATC
* * * * * * *
15906 GACTATTTAAAAAAATT-T-TATTTCAAATTGTTATGACCATTTGTTTTGTGATAAA
123 GACCATTT-GAATAATTATCTATTTAAAATTGTTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAA
* ** * * *
15961 TCAATTGCTTT-TGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAACAATACTAATTTATTAAAATTCCAA
1 ACAATTG-TTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA
* * * * * *** * * *
16025 AAATTAATAAGTAAAACATTTAAAAAATAATTTTGTTTATCGAGGGAGTTTAAATAATTAT-GAC
65 AAATTAATAAG----ATATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAATCAATTCAAATAGTTATCGAC
* * * * * * * * * *
16089 TATTTCAACAAATATTTATTTCAAA---TCATGATCTTTTCTTT-GTTCGTAAA
126 CATTTGAATAATTATCTATTTAAAATTGTTATGACCTTTTGTTTAG-TCATAAA
* * * * * *
16139 ACAATTGTTTCTATTCAGAAAAGTTTATTCAGAAA-AAAATAAAACTAATTTATTAATA-TTCTG
1 ACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCA-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-A
* * * * *
16202 AAAATTAATAAATTGGAGATTTAAAAAATAAATCTTTTTACCGAA-CAAGTTTAAATAATCAT-G
64 AAAATTAAT-AA---GATATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAATCAA-TTCAAATAGTTATCG
**** * * ** * *
16265 TTTGTTTGAGCT-ATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCGTAAAATAATA
124 ACCATTTGA-ATAATTATCTATTTAAAATTGTTATGACCTTTTGTTTAGTC-----ATAA-A
* ** ** * *
16326 CCAATTATTCAGAATAATTGGTATTCATACAAAATTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTA
1 AC-A--ATT--G--T--TT-CAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTA
* ** * * * * * * * ** *
16391 CTATTTTGAAAATTAATAAG-GATTCAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACCTGTTTAAATAG-TA
56 ATATTTCAAAAATTAATAAGATATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAATCAATTCAAATAGTTA
** * * * * * * ** * * * * * *
16454 AAGACTATTAGAACAATT-TTTTTTTCAAATCATTCTAACTTTTTGTTTAATTATAGA
121 TCGACCATTTGAATAATTATCTATTTAAAATTGTTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAA
* * ** * * *
16511 ATAATTGTTTTAGCTCATACATG-TCTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTT-AG
1 ACAATTGTTTCAATTCATACAAGCT-TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-
* * * * * *
16574 GAAATTACTAAGCAAGAAATTAAAAAAATAAATC-AGTTACC-AAGCAAGTTCAAATAGTTAT-G
64 -AAA--ATTAA-TAAGATATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAATCAA-TTCAAATAGTTATCG
* * * ** * *
16636 ACTATTTGAACAATTATATATTTAAAATCATTATGACATTTTATTTTA-TCATAAA
124 ACCATTTGAATAATTATCTATTTAAAATTGTTATGACCTTTT-GTTTAGTCATAAA
* * * * * * * * *
16691 ATAATTGTTTCAGTCCATAAAATCTTATTCTAAATAAATTAATA-TTACTTATTAATATTTCAAA
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* * * * * * * * *
16755 AATTGATAAGTTAGAGATTTAAAAAACAAAT-TAGTTTATCAAATTAGTTCAAATAATTAT-GGC
66 AA-T--TAA-TAAGATATTTAAAAAATAAATCTA-TTTACCGAATCAATTCAAATAGTTATCGAC
* * * * ** * * *
16818 CATCTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACATTTGTTTTGTCATAAA
126 CATTTGAATAATTATCTATTTAAAATTGTTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAA
* * * *
16871 ACAATTGTTTTTC-A-TCATACAAGCCTATTCAGAATAAAATAAAACTAATTTACTAATATTTCA
1 ACAATTG--TTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA
* * **
16934 AAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAATCAGCTCAAATAGTTAT-GA
64 AAAATTAAT-A--A-GATATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAATCAATTCAAATAGTTATCGA
* ** * * * * *
16998 CTATTTGAGCAATTATATTTTTCAAATTGTTATAACTTTTTG-TTATGTCATAAA
125 CCATTTGAATAATTATCTATTTAAAATTGTTATGACCTTTTGTTTA-GTCATAAA
* * * * * *
17052 ATAATTATTTCTATTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAACACT-ATTGTAATAATA-TTCTA
1 ACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATT-TATTAATATTTC-A
* * * * * * *
17115 AAAATTTATAACTAAGAGATTCAAAAAATAAATTTATTTGCTGAATCAATTCAAATAGTTA-AGG
64 AAAA--T-TAA-TAAGATATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAATCAATTCAAATAGTTATCGA
* * * * * * * *
17179 CTATGTCAACAATTCTTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTGTT-GTCATAAA
125 CCATTTGAATAATTATCTATTTAAAATTGTTATGACCTTTTGT-TTAGTCATAAA
* * * * * *
17233 ATAATT-TATTCAGTTCTTAGTAA-CTTATTCAGAATAAAATAA-AATAAATTTATTAATATTTC
1 ACAATTGT-TTCAATTCATA-CAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTC
* * * *
17295 AAAAATTAATAAGTAAGACATTTAAAAAA-AAAT-TATTTATCGAA-CTAGTTCAAATAATTAT-
63 AAAAA-T--TAA-TAAGATATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAATC-AATTCAAATAGTTATC
* * * * *
17356 GACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAAA-CGTTATGACCTTTTCTTTTGTCATAAA
123 GACCATTTGAATAATTATCTATTT-AAAATTGTTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAA
* *** * * * * * *
17412 ACAAATGTTTTTGTTCATAAAAGTTTGTTCGAAATAAAATAATATTAATTTATT-ATATTTTAAA
1 ACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA
* * * * ** * * * *
17476 AATTAAGAAGTAAGAGATTTAAAAGATAAATATGTTTACTAAACCAATTCAATTAGTTAT-AACT
66 AATT---AA-TAAGATATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAATCAATTCAAATAGTTATCGACC
* * * * * ** *
17540 ATTTGAACAATTCTTTATTTCAAATCGTTATGACCAATTGTTTTGTCATAAA
127 ATTTGAATAATTATCTATTTAAAATTGTTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAA
* * * * * * *
17592 AAAATTGTTT-ATGTTCATAC-AGTCTTATTCAGAATAAAGTAATGCTAATTTATTGATATTTTA
1 ACAATTGTTTCA-ATTCATACAAG-CTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA
* * * * ** * * * * * *
17655 AAAATAAATAAATAACGGAT-TTAAAAAAATGAACCT-GTTGGCTAACCAGTGCAAATAATTA-A
64 AAAAT---T-AATAA--GATATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAATCAATTCAAATAGTTATC
** * * ** * * *
17717 GACTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTTATTTTA-TCA-CAA
123 GACCATTTGAATAATTATCTATTTAAAATTGTTATGACCTTTT-GTTTAGTCATAAA
* ** * * * * * * *
17772 GCAATTGTTTCTGTTCGTAAAAGTTTATTCAAAATAACATAA-ATTTAGTTTATTAATATTAT-T
1 ACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATA-CTAATTTATTAATATT-TCA
* * *
17835 AAAATTAATATGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTACCGAAT-AAGTTCAAATAGTTAT-G
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* * * * *** * *
17898 ACCATTTAAAAAATTCTCTATTTCAAATCACTATAACATTTTGTTTTA-TCATAAA
124 ACCATTTGAATAATTATCTATTTAAAATTGTTATGACCTTTTG-TTTAGTCATAAA
* * * * *
17953 ACAATT-TTTCTATTCATATAAGCTTATTTC-AAATAAAATTATACAAAGTTATTAATATTT-AG
1 ACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-
* * * * * * ** *
18015 AATATTAACAAGTAAAAAATATAAAAAATAAATTTGTTTACAAAAT-AAGTTCAAATAGTTAT-A
64 AAAATT---AA-TAAGATATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAATCAA-TTCAAATAGTTATCG
* * * * ** * * *
18078 ACTATTTGAATAATTA-CATAATTCAAATCGTTATGATATTTTGTTTTGTTAGAAA
124 ACCATTTGAATAATTATC-TATTTAAAATTGTTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAA
* *** * * *
18133 ACAATTGGTTTTC--TCCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATATTAATTT-TTAATATTTCG
1 ACAATT-G-TTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA
* * * * * * * * *
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64 AAAATTAATAAG----ATATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAATCAA-TTCAAATAGTTATCG
* * *
18258 ACTATTTGAGTAATTATCTATTT-AAATCGTTATGACCTTTTGTTTCA-TCATAAA
124 ACCATTTGAATAATTATCTATTTAAAATTGTTATGACCTTTTGTTT-AGTCATAAA
* * * * * *
18312 ACAATTGTATCAATTCATATAGGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTGATATTCCAAA
1 ACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AA
* * * * *
18377 AAATAATGAGTAAGAGT-TTTAAAAAA-ACGAAACAATTTTCC-AAACAAGTTCAAATAGTTAT-
65 AAAT--T-AATAAGA-TATTTAAAAAATA--AATCTATTTACCGAATCAA-TTCAAATAGTTATC
* * * ** *
18438 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
123 GACCATTTGAATAATTATCTATTTAAAATTGTTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAA
* * *** *
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1 ACAATTGTTTC-AATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCA
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GAATAATTATCTATTTAAAATTGTTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAA
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15205 TATCTATTTG
* * *
15215 AAATTGCTATAACATTTTTGTTTTGTCATAAAAAGATATCTTCTATTCATACAAGTGTATTTTGA
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* * *
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* *
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*
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* **
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* ** *
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Matches are distributed among these distances:
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14989 CCAAACTAGA
* ** ** *
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* * * ** * * *
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* * *
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** * *** * *
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* * * *
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* * **
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* * ** * *
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* * * * * *
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65 TAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATT-TGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * * *
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* * * * * *
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1 TCAAA-TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * *
15594 TAAAACAATTGTTTCAGTTAATATATGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
65 TAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * * * * *
15659 CAAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAAAATGAATCTATTTATTGAAAAAGT
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* * * *
15713 TCAAATAGTTATGACTATCTGAACATTTATCTATTT-AAATACATTATGACTTTTTCTTTTGTCA
1 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-CATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
** * *
15777 -AAAAGCAATTGGATCTA-TTCACGA-AAGCTTATTTTG-AATAAAATAACA-TAAATTTATTAA
65 TAAAA-CAATTGTTTC-AGTTCA-TACAAGCTTA-TTTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAA
* * * ** *
15837 TATTTCAAAAATTAATAAATAATA-ATTTAAACAATAAATTTATTTTTTTGAACACGT
125 TATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA-TT-TTTTACTGAACAAGT
* * * ** * *
15894 TTAAATAGTTATGACTATTTAAAAAAATT-T-TATTTCAAATTGTTATGACCATTTGTTTTGTGA
1 TCAAATAGTTATGACTATTT-GAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * ** * *
15957 TAAATCAATTGCTTT-TGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAACAATACTAATTTATTAAAATT
65 TAAAACAATTG-TTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * * ***
16021 CCAAAAATTAATAAGTAAAACATTTAAAAAATAATTTTGTTTA-TCGAGGGAGT
129 TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTT-TTTACT-GAACAAGT
* * * * * * * *
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1 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG-TCA
* * * * *
16135 TAAAACAATTGTTTCTA-TTCAGAAAAGTTTATTCAGAAA-AAAATAAAACTAATTTATTAATA-
65 TAAAACAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATT-TGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * ** *
16197 TTCTGAAAATTAATAAATTGGAGATTTAAAAAATAAATCTTTTTACCGAACAAGT
128 TTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TTTTTACTGAACAAGT
* * * ** * * * *
16252 TTAAATAATCATGTTTGTTTGAGCTATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCGT
1 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC--
* * * **
16317 AAAATAATACCAATTATTCAGAATAATTGGTATTCATACAAAATTATTT-AGAATAAAATAATAC
64 ---ATAA-AACAATTGTT-----TCA---G--TTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATAC
* ** * * ** *
16381 TAATTTATTACTATTTTGAAAA-T--TAA-TAAG-GATTCAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACC
114 TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTT-TTTACTGAACA
*
16441 TGT
178 AGT
* * * * * * * * * ** *
16444 TTAAATAGTAAAGACTATTAGAACAATT-TTTTTTTCAAATCATTCTAACTTTTTGTTTAATTAT
1 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * * * * * *
16508 AGAATAATTGTTTTAGCTCATACATG-TCTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTT
66 AAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCT-TATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * * * * *** *
16572 -AGGAAATTACTAAGCAAGAAATTAAAAAAATAAATCAGTTAC-CAAGCAAGT
130 CA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTTTTACTGAA-CAAGT
* * * * *
16623 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTAAAATCATTATGACATTTTATTTTATCAT
1 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * * * * * *
16688 AAAATAATTGTTTCAGTCCATAAAATCTTATTCT-AAATAAATTAATA-TTACTTATTAATATTT
66 AAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATT-TGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * * * *
16751 CAAAAATTGATAAGTTAGAGATTTAAAAAACAAATTAGTTTA-TCAA-ATTAGT
130 CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT-TTTTACTGAACA--AGT
* * * * * * *
16803 TCAAATAATTATGGCCATCTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACATTTGTTTTGTCAT
1 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * * *
16868 AAAACAATTGTTTTTCA--TCATACAAGCCTA-TTCAGAATAAAATAAAACTAATTTACTAATAT
66 AAAACAATTG--TTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * *
16930 TTCAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAATC-AGC
128 TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TTTTTACTGAA-CAAGT
* * * ** * * *
16984 TCAAATAGTTATGACTATTTGAGCAATTATATTTTTCAAATTGTTATAACTTTTTGTTATGTCAT
1 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * * ** * *
17049 AAAATAATTATTTCTA-TTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAACACT-ATTGTAATAATA-T
66 AAAACAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATT-TATTAATATT
* * * *
17111 TCTAAAAATTTATAACTAAGAGATTCAAAAAATAAATTTATTTGCTGAATCAA-T
129 TC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTT-TTTACTGAA-CAAGT
* * * * * * * *
17165 TCAAATAGTTAAGGCTATGTCAACAATTCTTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTGTTGTCAT
1 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * * * *
17230 AAAATAATT-TATTCAGTTCTTAGTAA-CTTA-TTCAGAATAAAATAA-AATAAATTTATTAATA
66 AAAACAATTGT-TTCAGTTCATA-CAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACT-AATTTATTAATA
* * *
17291 TTTCAAAAATTAATAAGTAAGACATTTAAAAAA-AAATTATTTA-TCGAACTAGT
127 TTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTTTTACT-GAACAAGT
* * * * * *
17344 TCAAATAATTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAAACGTTATGACCTTTTCTTTTGTCAT
1 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* ** * * * * * *
17409 AAAACAAATGTTTTTGTTCATAAAAGTTTGTTCGAAATAAAATAATATTAATTTATT-ATATTTT
66 AAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC
* * * *
17473 AAAAATTAAGAAGTAAGAGATTTAAAAGATAAATATGTTTACTAAACCAA-T
131 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TTTTTACTGAA-CAAGT
* * * * * **
17524 TCAATTAGTTATAACTATTTGAACAATTCTTTATTTCAAATCGTTATGACCAATTGTTTTGTCAT
1 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * * * *
17589 AAAAAAATTGTTT-ATGTTCATAC-AGTCTTA-TTCAGAATAAAGTAATGCTAATTTATTGATAT
66 AAAACAATTGTTTCA-GTTCATACAAG-CTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * ** * ** *
17651 TTTAAAAATAAATAAATAACG-GATTTAAAAAAATGAACCTGTTGGCT-AACCAGT
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* * * * * * *
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1 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * * * * * ** * * *
17769 CAAGCAATTGTTTCTGTTCGTAAAAGTTTATTCAAAATAACATAA-ATTTAGTTTATTAATATTA
66 AAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATA-CTAATTTATTAATATT-
* * * * * *
17833 T-TAAAATTAATATGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTACCGAATAAGT
129 TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TTTTTACTGAACAAGT
* * * * * * * *
17885 TCAAATAGTTATGACCATTTAAAAAATTCTCTATTTCAAATCACTATAACATTTTGTTTTATCAT
1 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * * * *
17950 AAAACAATT-TTTCTA-TTCATATAAGCTTATTTCAAATAAAATTATACAAAGTTATTAATATTT
66 AAAACAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * * * * ** *
18013 -AGAATATTAACAAGTAAAAAATATAAAAAATAAATTTGTTTACAAAATAAGT
130 CA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTT-TTTACTGAACAAGT
* * * * ** *
18065 TCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTA-CATAATTCAAATCGTTATGATATTTTGTTTTGTTA
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* * * * *
18129 GAAAACAATTGGTTTTC--TCCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATATTAATTT-TTAATAT
65 TAAAACAATT-G-TTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * * * * * *
18191 TTCGACAATTAATAAGCAAAAGATTTTAAAAATAGATATGTTTACTGAACAAGA
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* ** * **
18245 TCAAATAGTTATAACTATTTGAGTAATTATCTATTT-AAATCGTTATGACCTTTTGTTTCATCAT
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* * * * ** **
18374 AAAAAATAATGAGTAAGAGTTTTAAAAAAACGAAACAATTTT-CCAAACAAGT
131 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAA-TAAA-TTTTTTACTGAACAAGT
18426 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
1 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * *
18491 AAAACAATTGTTCTTA-TTTATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATT
66 AAAACAATTGTT-TCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATT
* * * * *
18554 CCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTAAAAAAATAAATATGTTTT-TTGAACATGT
129 TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-T-TTTTACTGAACAAGT
* **
18606 TCAAATAGTTATGACCT-TTT------TT-T-T-TGTC--AT-A--A--ACCAATTGTTTTTGTT
1 TCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG-TTTTG-T
* *** *** * * * **
18654 CATACAAGCATATTCAAAAT-AAAACAGTACTAA-TTTATTAT-AATTCCAAAAATTGATAAGGA
63 CATA-AAACA-ATT--GTTTCAGTTCA-TAC-AAGCTTATT-TGAAAT---AAAA-TAAT-ACTA
** * ****** * * ** **
18716 AAATAGTTAAAAACTTATTTTTGTTTATTAAGT-A-AG-TTCAAATAGTTATAATTGCTTGAACA
116 ATTTA-TT-AATA-TT-TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAA-AAATA-AATT--TTTTAC-
* *** *
18778 ATTATTTATT
172 -TGAACAAGT
* * *** ** *
18788 TCAAATAGTTATGATCT-TTTG-TC--TTGTCATAAAGCAATTATTTCTATTCAT-ACAAGTTTA
1 TCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATC-TATTTCAA--A--TC-ATT-ATGAC-CTTTTG
* * * * * ** * *
18848 TTTAGAAT-AAAATGATACTAATT-TTTTAATATTATA-AAAATTAATAGATAGGAGATTTAAAA
57 TTTTG--TCATAA--A-AC-AATTGTTTCAGT-TCATACAAGCTT-AT---T-TGA-A-ATAAAA
* * * * * * * *
18910 -AATAAATATGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAA-TAATTATCTATTTGAA
108 TAAT-ACTA-ATTTA-TTAA-TATTTCAAA-A---AT-T--A-AT-AAGTAA-GA--GATTT-AA
* * * *
18973 ATCATTAAGACCTTTTGTT-TTG-TC-A--
156 A-AAATAA-A--TTTT-TTACTGAACAAGT
* * * * * * ** * ** * * **
18998 TAAAACA-ATATG-TTCATGT-AA-AATTATTTAGAATAAAAT-AACACTGATCTATT-AATT-T
1 TCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATCATTA-TGACCTTTTGTTTTGT
** ** * * * * * ** *
19056 CGA-AAATTAA-TG--AGAGAT-ATAAAAACTAAATCT-ATTTAAAA-AATAGTTTAAATAGTT-
63 C-ATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCT-TATTTGAAATAAAATAATA--CT-AAT--TTA
* * * * **
19113 TTAAACAGTTCAAACAAACTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAATATATGTGTTTGTTG
121 TT-AATA-TT---T----C-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAAT-TTTTTACTG
*
19178 AACTAGT
174 AACAAGT
* * * * * * *
19185 TCAAATAGCTAAGACTATTAGAACAATTATTTATTTCAAATCATTCTGGCCTTTTGTTTAGTCAT
1 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * * * *
19250 AAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTGACATTTG
66 AAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC
* * * * * *
19315 AAAAATCAATGAGTAAGAGATTTTAAAAAATAAATCTGTTTATTAAACTAGT
131 AAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAAT-TTTTTACTGAACAAGT
* * *
19367 TTAAATAGATT-TGACTATTTGAACAAATT-TCTA-TT-AATGTCATTATGACCTTTTATTTTGT
1 TCAAATAG-TTATGACTATTTGAAC-AATTATCTATTTCAA-ATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * * * * **
19428 CATAAAATAATTGCTTCAGTTCATAAAAACTTATCTAAAATAAAATAATACTACTTTACCAATAT
63 CATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * * *
19493 TTCAAAAATTAATAAG---G-GATTCAAAAACTAAAGCTGTTTT-C-AAACCAGT
128 TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA--TTTTTTACTGAACAAGT
* * * *
19542 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATAT-TAATCTCAAAT-ATTTATGATC-TTTGTTTTCTC
1 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT-ATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * * *
19604 ATAAAATAATTGTTTCTGATCATACAAGCTTATTTG-GATAAAAATAATACTAATTTAATAATAT
64 ATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATAT
* ** * *
19668 TTCAAAAA-T--TAAG-AAGAGATTTAAAAAATAAATGTATTTGTTAAACCAGT
128 TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TTTTTACTGAACAAGT
* * * * * * *
19718 TCAAATAGTTAAGACTATTAGAATATTTATCTATTTCAAATTATTCTGACCTTTTGTTTAGAT-A
1 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG-TCA
* * ** * * * *
19782 TATAATAATTGTTTCAAATCATACAAGCTTATTCGGACTAAAATAATACTAATTTATTAACA-TT
65 TAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * * * **
19846 CAAAAAATTAATACGCATGAGATTTGAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGT
130 C-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAAT-TTTTTACTGAACAAGT
* * **
19900 TCAAAT-GCTTATGACTATTTGAACAATTATCCATTTAAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
1 TCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * *** * ** *
19964 TAAAATAATTATTTTAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATGCTACCTCATTAATATTT
65 TAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * * * * ** **
20029 CGAAAGTTAATAAGTAAGAGATATAAAAAATAAATTAGTTGACCAAATTAGT
130 CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT-TTTTACTGAACAAGT
* * ** * ** *
20081 TCAAAT-GATTAT-AGCCATTTGAACAACTGCCTATTTCAAATTATTATTTCTTTTTGTTTTGTC
1 TCAAATAG-TTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * ** * *
20144 ATACAACAATTGTTTTTA-AACATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAACACTAATTTATTAATAT
64 ATAAAACAATTG-TTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * *
20208 TTCAAGAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAGTAAATCTATTTT-CTAAAACTAGT
128 TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-T-TTTTACT-GAACAAGT
* ** * * * *
20259 TCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACATTTTGTTCTATCAT
1 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* ** ** * * * *
20324 AGAACAATTGTTTTTGTTCATATGATCTTATTAGGAATAAAATAATACTAATTTAGTAATA-TTC
66 AAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC
* ** * ** **
20388 TAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCCATTTGCCAAACTGGT
131 -AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TTTTTACTGAACAAGT
** * * * * * * *
20440 TCAAGCAATTAAGACTATATGAACAATTATATATTTGC-AATTATTA-CAACTTATT-TTTTGTC
1 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-CAAATCATTATGACCTT-TTGTTTTGTC
* * * * * *
20502 ATAAAATAA-TGATTTGAGCTCATACAAGCTTATTCGAAAATATAATAAAACTAATTTATTAATA
64 ATAAAACAATTG-TTTCAGTTCATACAAGCTTATTTG-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * *
20566 TTTCAAAAAATT--T---TAAGAGATTTAGAAAAT-AATTCTATTTACTAAACCAGT
127 TTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT-T-TTTACTGAACAAGT
* * ** * * *
20617 TCAAATAATTAT-ATCTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACTTTTTGATTCT-TC
1 TCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG-TTTTGTC
* ** * * * * * *
20680 ATAAAATAATTGTTTTTGTTAATATAAG--TATGTTCAAAATAAATTAATTCTAATATATTAATA
64 ATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTAT-TT-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * ** * *
20743 TTT-AGAAAATTAATCAA-TAAGAGATTTAGAAAGTAAATCTATTTACCAAACGATT
127 TTTCA-AAAATTAAT-AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TTTTTACTGAACAAGT
* * * * * * *
20798 TTAAATAGTTTTGGCTATTTGAATAATTAT-TGATATCAAATCATTATAACCTTTTATTTTGTCA
1 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT-ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * ** * *
20862 TGAAACAATTGGTTT-TGTTCATACTATTTTATTTGTAAT-AAATAATACTAATTTAATAATATT
65 TAAAACAATT-GTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * ** * * * ** * ** *
20925 TGAAAACTTAATAACCAAAAAAATTAAAAAATAAATCTAATTGCCAAACAGGT
129 TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TTTTTACTGAACAAGT
* * * * ** * * * * *
20978 TCAAATTGTTAAGATTATATGAATGATTATTTATTTCAAATCGTAATGACCTTTTGTTTTATCGT
1 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * * * * * * * * *
21043 AAAACAATTATTT-TGTTCGTATAAGCTTATTCGAATTAAAGTAATAATAATTTAATAATATTTA
66 AAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC
*
21107 AAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAATCAA-T
131 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTT-TTTACTGAA-CAAGT
* * * * * * * *
21158 ACAAACAGTTAGGACTATTAGAACAATTATCTATTTTAAATTATTTTGACCTTTTGTTTAGTCAT
1 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * ** * * * *
21223 AAAACAATTATTTTAGTGT-ATACGTGCTTA-TTCAGAATAAATTAATACTAATTTAATAAAATT
66 AAAACAATTGTTTCAGT-TCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * * * *
21286 CCAAAAATTAATAAGAAAGTGATTTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAATAAGT
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* * * *
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1 TCAAATAGTTATG-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * *** * ** **
21388 TAAAAAATTTGTTTCAGTTAAT-ACA-ATC-TTAGATGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
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* * * *
21450 TTTTC-TAAATTAATAAGTAAGAAATTTTTAAAAA-AAA---TTTACCGAATC-AGT
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* * * * * * *
21501 TAAAATAATTTTGGCCATTTGAACAATTA--T-TTTGAAATCTTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
1 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* ** * * * *
21563 AAAACAATTATTT-TTTATCGTACAAGTTTATTTGAAATAAAATAAT-TTAATTTATTAGTATTT
66 AAAACAATTGTTTCAGT-TCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* *
21626 CAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTA-TCGAA-ACAGT
130 CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TTTTTACT-GAACA-AGT
* * * * *
21678 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCAATCTCAAATCGCTGA-GATCTTTT-TTTTGTCA
1 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC-ATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * ** *
21741 TAAAACAATTGTTTCTGCTCATAAAAGCTTA-TTCAGTTAAAAATAATACTAATTTAATAATATT
65 TAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * * *
21805 CCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTGAAAGAATAAATGTGTTTGT-C-AAACCAGT
129 TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-T-TTT-TACTGAACAAGT
* ** * * * * * *
21858 TTAAATAGTTAAAACTATTAGAATAATTATTTATTTCAAATCGTT-T-ACCTTTTATTTAGTCAT
1 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * * * * * * * * *
21921 AAAATATTTGTTTCA-TATCTTACAGGTTTA-TTCAGAATAAAATAATCCAAATTTAGTAA-CTT
66 AAAACAATTGTTTCAGT-TCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * * * *
21983 TGAAAAATTAATAA-CAAAAGATTTAAAAAAAATAAATCTGTTTATTGAGCAAGT
129 TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT--AAAAAATAAAT-TTTTTACTGAACAAGT
* * * * *
22037 T-AAATAGTTATGACTAATTGAATAATTATTTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGACAT
1 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * ***
22101 AAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTT
66 AAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTT
22155 CTT
Statistics
Matches: 5263, Mismatches: 1257, Indels: 914
0.71 0.17 0.12
Matches are distributed among these distances:
161 22 0.00
162 1 0.00
164 8 0.00
165 10 0.00
166 82 0.02
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168 8 0.00
169 27 0.01
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Consensus pattern (180 bp):
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AAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC
AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTTTTACTGAACAAGT
Found at i:17346 original size:541 final size:539
Alignment explanation
Indices: 13698--18620 Score: 2970
Period size: 541 Copynumber: 9.2 Consensus size: 539
13688 GCTTATCCAA
* * * * * * *
13698 AATAAAATAATACTAATTTCTTAATAGTTCAAAAATTAATACGCAAGAG-TTTAAAAAAATTAAC
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAAATAAAT
* * * * * * * * * *
13762 TTGTTTACCGAACAAATTCAAATAGTTACGACTATTTGAATAATTGTCTATTTAAAATTGTTATG
65 TTGTTTACCAAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATTTTTCAAATCGTTATA
* * *
13827 ACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAC
129 ACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTT-TATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAC
* * * *** **
13892 TAATTTATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAATGATTTAAAAAGTGAATCAATTTACCAAATC
193 TAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAA-C
* * ** * * ** * *
13953 AGTTCAAATAATTATCACCATCTT-AATAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTGTTTAG
256 AATTCAAATAGTTAAGACTAT-TTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
* * ** * * * *
14017 TCATATAACAATTGTTT--TTATCATGCAAGGTTGTTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
320 TCATAAAACAATTGTTTCAGT-TCATATAAGCTTATTCAGAATAAAATAA-AATAATTTATTAAT
* * *
14080 CTTTCAAAAA-T--TAA-TAAGATATTTAAAAAATAAATCTATTT-GCTGAATCAA-TTCAAATA
383 ATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATC-GAA-CAAGTTCAAATA
* * * * * * * * *
14139 GTTATGACTATTT-AA-ATATTGTATACTTCAAATAATTATTTAAAAAATAAACCTTTTGTTCTA
446 ATTATGACTATTTGAACA-ATTATCTATTTC--A-AATCA-TT-----ATGAA-CATTTGTTTTG
* *
14202 TCATAAAA-AATTATTTTT-GTTCATACAAGCTTATTT-G
500 TCATAAAACAATTGTTTTTCATTCATACAAGCTTATTTAG
* * * * * * * *
14239 AAATAAAATAATAGTAATCTAATAATATTTTAAAAATTATTAACTAAGAGATTTAAAAATTAAAT
1 -AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * * * *
14304 TTGTTTACCAAACCAGTTGAAATAGTTAAGACTATATAAACAGTTATCTATTTCAAATCATTATG
65 TTGTTTACCAAA-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATTTTTCAAATCGTTATA
* * * * * * * *
14369 ACCTTTTCTTTTATTATAAAACAAAAT-TTTCAGTTCATACTAGCTTATTCAAAATAAAATAA-A
129 ACTTTTTGTTTTGTCATAAAA-TAATTGTTTTA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATA
* * * *
14432 ATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATTCTATTTATCT-
192 CT-AATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATT-TGTTTA-CTG
* * ** * * ** * **
14495 ACCAGTTTTAATAATTATGACTATTTGAATGATAATCTATTTCAAAT-AGTTATGACC-TTTACT
253 AACAATTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTT
* *
14558 TTGT--T-----TA-T-TTTCAATTC--ATAAGCTT-TTCAGAA-AAAAT-AAATGAATTTA--A
317 TTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATATAAGCTTATTCAGAATAAAATAAAAT-AATTTATTA
* ** *
14607 ATATTTC-AAAATTAATAA-TAAGA-ATTT-AAAAAT-AATATA-TT-TC-CTCAA-TT-TAATA
381 ATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACAAGTTCAAATA
* * * * *
14662 ATTATGA-TATTTG-ACAATAGAT-TATTTTAAATC-TTAT--ACCTTTATTTTTTCAATATTAA
446 ATTATGACTATTTGAACAAT-TATCTATTTCAAATCATTATGAACATTTGTTTTGTC-ATA--AA
* * *
14721 AAAATTAGTTTTT-GTTCATATAA--TT-TGTT-G
507 ACAATT-GTTTTTCATTCATACAAGCTTAT-TTAG
*
14751 AAT-AAATAATA-TAATCTTATT-AT-TTTTAAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAATAAAT
1 AATAAAATAATACTAAT-TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
** * * * * *
14808 CTT-TTTATCCATGCAGTTAAAATAGTTATGACTATTTG--C-GTAATATTTATTATAAATTGTT
65 -TTGTTTA-CCAAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATTT-TT-CAAATCGTT
* * * * * * *
14869 AT-ACTTTTTGTTCTATTATAAAACAATAGTATCTATTCCATACAAGCTGTATTCAAATTAAAAT
126 ATAACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGT-TTTATT-CATACAAGCT-TATTCAAAATAAAAT
* * ** ***
14933 AATA-TTATTTACTAATATTT--TGA-TAATGAA--AAAA-A-TTAAAAAATTAAGCATGTTTAC
188 AATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAAT-AACTAAAAGATTTAAAAAA-TAAATTTGTTTAC
** * * ** ** *
14990 CAAACTAGA-TCAAATAGTCATGACTATTTGAATGATTATCTATTTCAAATTGTTAT-AACTTTT
251 TGAAC-A-ATTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
* * * ** *
15053 GTTTTGTCATAAAA-AATTATTTTAGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATGCTAAGTTA
314 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATATAAGCTTATTCAGAATAAAATAA-AATAATTTA
* * * *
15117 TTAATA-TCCAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAA
378 TTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACAAGTTCAA
* * ***
15181 ATAAATATGACTATTTTGAACAATTATCTATTTGAAATTGCTAT-AACATTTTTGTTTTGTCATA
443 ATAATTATGACTA-TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACA--TTTGTTTTGTCATA
* * *
15245 AAA-AGA-T-ATCTTCTATTCATACAAG-TGTATTTTG
505 AAACA-ATTGTTTTTC-ATTCATACAAGCT-TATTTAG
* * *
15279 AATAAAATAATACAAATATATTTATA-TT-AAGATAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA-A-AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA
* * * *
15342 TCTGTTTACCAAACAAAGTTTAAATCA-TTATGATTATTTG---AA-TA-A-----CAAATTGTT
64 TTTGTTTACCAAAC--AGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAATTATATTTTTCAAATCGTT
* * * * *
15396 ATAACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCAATTCA-ACAAGCTCATTCTAATTAAAATAA
126 ATAACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTT-TATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAA
* * * * *
15460 TAATAATTTATTAATATTTCCACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTT-TTTACTTA
190 TACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGA
* * * * * *
15524 ACAAATTCAAATTA-TCATGATTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATCATTGTGACCTTTTGTT
254 AC-AATTCAAA-TAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
* * * * * *
15588 TTGTAATAAAACAATTGTTTCAGTTAATATATGTTTATT-TGAAATAAAATAATACTAATTTATT
317 TTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATATAAGCTTATTCAG-AATAAAATAA-AATAATTTATT
* * * * *
15652 AATATTTCAAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAAAATGAATCTATTTATTGAAAAAGTTCAA
380 AATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG-ATT-TAAAAAATAAATCTATTTATCGAACAAGTTCAA
* * * * *
15717 ATAGTTATGACTATCTGAACATTTATCTATTT-AAATACATTATG-ACTTTTTCTTTTGTCA-AA
443 ATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-CATTATGAAC-ATTTGTTTTGTCATAA
** * * *
15779 AAGCAATTGGATCT-ATTCACGA-AAGCTTATTTTG
506 AA-CAATTGTTTTTCATTCA-TACAAGCTTATTTAG
* * * *
15813 AATAAAATAACA-TAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAATA-ATTTAAACAATAAAT
1 AATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
* **** * * * * *
15876 TTATTTTTTTGAACACGTTTAAATAGTTATGACTATTTAAAAAAATT-T-TATTTCAAATTGTTA
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* ** * * *
15939 TGACCATTTGTTTTGTGAT-AAATCAATTGCTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAACAA
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* * * * *
16003 TACTAATTTATTAAAATTCCAAAAATTAATAAGTAAAACATTTAAAAAATAATTTTGTTTA-TCG
190 TACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACT-G
** * * * * * * * * *
16067 AGGGAGTTTAAATAATTATGACTATTTCAACAAATATTTATTTCAAATC---ATGATCTTTT-CT
253 A-ACAATTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
* * * * *
16128 TTGTTCGTAAAACAATTGTTTCTA-TTCAGAAAAGTTTATTCAGAAAAAAATAAAACTAATTTAT
317 TTG-TCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATATAAGCTTATTCAGAATAAAATAAAA-TAATTTAT
* * ** * * *
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* ** * * *
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443 ATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACA-TTTGTTTTGTC-----
* * * **
16320 ATAATACCAATTATTCAGAATAATTGGTATTCATACAAAATTATTTAG
502 ATAA-AACAATTGTT-----T--TT--CATTCATACAAGCTTATTTAG
* ** *
16368 AATAAAATAATACTAATTTATTACTATTTTGAAAATTAATAAG-----GATTCAAAAAATAAATT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATT
* * * * * * * * *
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** * * * * *
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130 CTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTA-TTCATACAAGCT-TATTCAAAATAAAATAATAC
* * * * ** *
16556 TAATTTATTAACATTTAGGAAATTACTAAGC-AAGAA-ATTAAAAAAATAAATCAG-TTAC-CAA
193 TAATTTATTAATATTTA-AAAATTAATAA-CTAA-AAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAA
* * * * *
16617 GCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTAAAATCATTATGACATTTTATTT
255 -CAA-TTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT
* * * * * * * * *
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* * * * **
16746 TATTTCAAAAATTGATAAGTTAGAGATTTAAAAAACAAAT-TAGTTTATCAAATTAGTTCAAATA
382 TATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA-TTTATCGAACAAGTTCAAATA
* * * *
16810 ATTATGGCCATCTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACATTTGTTTTGTCATAAAACAA
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* *
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* * ** *
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* * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* *
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* *
17290 ATTTCAAAAATTAATAAGTAAGACATTTAAAAAA-AAAT-TATTTATCGAACTAGTTCAAATAAT
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* * * * * * * *
17353 TATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAAACGTTATGACCTTTTCTTTTGTCATAAAACAAAT
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* * *
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513 GTTTTTCATTCATACAAGCTTAT-TTAG
* * * * *
17443 AAATAAAATAATATTAATTTATT-ATATTTTAAAAATTAAGAAGTAAGAGATTTAAAAGATAAAT
1 -AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * *
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* *** * * * *
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* * * * ** * ** **
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* * * * * *
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* * * * * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* *
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* * * * * * *
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* * * * * ** *
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* * * * * *** *
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* * * * * *
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* ** *
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** * * * * *
18303 CATCATAAAACAATTGTATCAATTCATATAGGCTTATTC-GAAATAAAATAATACTAATTTATTG
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* * * * * * *
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* * *
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* * *
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508 CAATTGTTTTTCATTCATACAAGCTTATTTAG
* *
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* ****
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* * * * * * *
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* * * *
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* * * * * * * *
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*
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* * * * *
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* *** *
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** * * * * * *
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** * * * * ** **
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* *
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* ** * *
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* * * * *
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* * *
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15435 A-ACAAGCTCATTCTA-ATTAAAATAATAATAATTTATTAATATTTCCACAATTAATAAGTAAAA
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** * * * *
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436 GATTTAAAAAATAAATCTTTTTACCGAATC-AGTTCAAA-TAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * * * * * *
15560 CTATTTTAAATCATTGTGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTC-AGTTAATATATGTTT
499 CTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTA-TTCATACAAGTTT
* * *
15624 ATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAA
563 ATTTAAAATAAAATAATACT-ATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAG-ATT-AAAAA
* * * ** * * * *
15689 AATGAATCTATTTATTGAA-AAAGTTCAAATAGTTATGACTATCTGAACATTTATCTATTT-AAA
625 AATAAATTTGTTTACCGAACCAA-TTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA
* * *
15752 TACATTATGACTTTTTCTTTTGTCA-AAA
689 T-CATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAA
** * *** *
15780 AGCAATTGGATCTA-TTCACGA-AAGCTTATTTTGAATAAAATAACATAAATTTATTAATATTTC
1 A-CAATT-TTTC-AGTTCA-TATAAGCTTATTCAAAATAAAATAAAAT-AATTTATTAATATTTC
* * * * * * *
15843 AAAAATTAATAAATAATAATTTAAACAATAAATTTATTTTTTTGAACACGTTTAAATAGTTATGA
61 AAAAATTAATAAGTAAGAATTTAAAAAATAAA-TTA-TTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGA
* * ** * * *
15908 CTATTTAAAAAAATT-T-TATTTCAAATTGTTATGACCATTTGTTTTGTGATAAATCAATTGCTT
124 CTATTT-GAATAATTATCTATTTCAAAACGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TT
* * * * * *
15971 T-TGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAACAATACTAATTTATTAAAATTCCAAAAATTAATAA
187 TCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
* * * * *** * * *
16035 GTAAAACATTTAAAAAATAATTTTGTTTATCGAGGGAGTTTAAATAATTATGACTATTTCAACAA
252 GTAAAAGATTT-AAAAATAAATATGTTTA-CTAAACAATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAA
* * * * * * * *
16100 ATATTTATTTCAAATC---ATGATCTTTT-CTTTGTTCGTAAAACAATTGTTTCT-ATTCAGAAA
315 TTATCTATTTCAAATCGTTATGAACTTTTGTTTTG-TCATAAAACAATTGTTTTTCA-TCATACA
* * * * * *
16160 AGTTTATTCAGAAAAAAATAAAACTAATTTATTAATA-TTCTGAAAATTAATAAATTGGAGATTT
378 AGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAAT-AAGTAGAGATTT
* * * ** * * *
16224 AAAAAATAAATCTTTTTACCGAA-CAAGTTTAAATAATCATGTTTGTTTGAGCTATTATCTATTT
441 AAAAAATAAATCTTTTTACCGAATC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* * * *
16288 CAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCGTAAAATAATACCAATTATTCAGAATAATTGGTATTCA
505 CAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTC-----ATAA-AAC-A--ATT----AT--TT-CTATTCA
** * * *
16353 TACAAAATTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTACTATTTTGAAAA-T--TAA-TAAG-GA
554 TACAAGTTTATTTAAAATAAAATAATACT-ATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGA
* * * ** * * * * *
16413 TTCAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACCTGTTTAAATAGTAAAGACTATTAGAACAATT-TTTTT
618 TTAAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * *
16477 TTCAAATCATTCTAACTTTTTGTTTAATTATAGA
683 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAA
* * * * * * * *
16511 ATAATTGTTTTAGCTCATACATG-TCTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTT-AG
1 ACAATT-TTTCAGTTCATATAAGCT-TATTCAAAATAAAATAA-AATAATTTATTAATATTTCA-
* * * * * * *
16574 GAAATTACTAAGCAAGAAATTAAAAAAATAAATCAGTTA-CCAAGCAAGTTCAAATAGTTATGAC
62 AAAATTAATAAGTAAG-AATTTAAAAAATAAATTATTTATCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGAC
* * * * * * *
16638 TATTTGAACAATTATATATTT-AAAATCATTATGACATTTTATTTTATCATAAAATAATTGTTTC
125 TATTTGAATAATTATCTATTTCAAAA-CGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * * * * * *
16702 -AGTCCATAAAATCTTATTCTAAATAAATTAATATT-ACTTATTAATATTTCAAAAATTGATAAG
189 TA-TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
* * * * * * * * *
16765 TTAGAGATTTAAAAAACAAAT-TAGTTTA-TCAAATTAGTTCAAATAATTATGGCCATCTAAACA
253 TAAAAGATTT-AAAAATAAATAT-GTTTACT-AAA-CAATTCAAATAATTATGACTATTTGAACA
* *
16828 ATTATCTATTTCAAATCATTATGAACATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATCATACAA
314 ATTATCTATTTCAAATCGTTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATCATACAA
* * *
16893 GCCTATTCAGAATAAAATAAAACTAATTTACTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAA
379 GCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA-GAGATTTAA
* * * * *
16958 AAAATAAATCTGTTTACCGAATCAGCTCAAATAGTTATGACTATTTGAGCAATTATATTTTTCAA
443 AAAATAAATCTTTTTACCGAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
** * * * *
17023 ATTGTTATAACTTTTTGTTATGTCATAAAATAATTATTTCTATTCATACAAGTTTATTCAAAATA
508 ATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGTTTATTTAAAATA
* * * * * * *
17088 AAATAACACTATTGTAATAATATTCTAAAAATTTATAACTAAGAGATTCAAAAAATAAATTTATT
573 AAATAATACTATT-TATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTAAAAAAATAAATTTGTT
* * * * * * * * *
17153 TGCTGAATCAATTCAAATAGTTAAGGCTATGTCAACAATTCTTTATTTCAAATCGTTATGACCTT
637 TACCGAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTT
* *
17218 TTGTGTTGTCATAAA
702 TTGTTTTATCATAAA
* * *
17233 ATAATTTATTCAGTTCTTAGTAA-CTTATTCAGAATAAAATAAAATAAATTTATTAATATTTCAA
1 ACAATTT-TTCAGTTCATA-TAAGCTTATTCAAAATAAAATAAAAT-AATTTATTAATATTTCAA
* *
17297 AAATTAATAAGTAAGACATTTAAAAAA-AAATTATTTATCGAACTAGTTCAAATAATTATGACTA
63 AAATTAATAAGTAAGA-ATTTAAAAAATAAATTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTA
* * * * *
17361 TTTAAATAATTATCTATTTCAAAACGTTATGACCTTTTCTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGT
127 TTTGAATAATTATCTATTTCAAAACGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAT
* * * * * *
17426 TCATAAAAGTTTGTTCGAAATAAAATAATATTAATTTATT-ATATTTTAAAAATTAAGAAGTAAG
192 TCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAA
* * * * *
17490 AGATTTAAAAGATAAATATGTTTACTAAACCAATTCAATTAGTTATAACTATTTGAACAATTCTT
257 AGATTTAAAA-ATAAATATGTTTACTAAA-CAATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATC
* ** * * **
17555 TATTTCAAATCGTTATGACCAATTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTATGTTCATAC-AGTCTTA
320 TATTTCAAATCGTTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATCATACAAG-CTTA
* * * * * *
17619 TTCAGAATAAAGTAATGCTAATTTATTGATATTTTAAAAATAAATAAATA-ACGGATTTAAAAAA
384 TTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGA--GATTT-AAAAA
* * * ** * * * * * *
17683 ATGAA-CCTGTTGGCTAACCAGTGCAAATAATTAAGACTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
446 ATAAATCTTTTTACCGAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
* * * * * * * * * * * *
17747 ATTATGATCTTTTATTTTATCA-CAAGCAATTGTTTCTGTTCGTAAAAGTTTATTCAAAATAACA
511 ATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGTTTATTTAAAATAAAA
* * * * *
17811 TAA-ATTTAGTTTATTAATATTATT-AAAATTAATATGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTT
576 TAATA-CTA-TTTATTAATATT-TTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTAAAAAAATAAATTTGTTT
* * * * * * * * *
17874 ACCGAA-TAAGTTCAAATAGTTATGACCATTTAAAAAATTCTCTATTTCAAATCACTATAACATT
638 ACCGAACCAA-TTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTT
17938 TTGTTTTATCATAAA
702 TTGTTTTATCATAAA
* *
17953 ACAATTTTTCTA-TTCATATAAGCTTATTTC-AAATAAAATTATACA-AAGTTATTAATATTT-A
1 ACAATTTTTC-AGTTCATATAAGCTTA-TTCAAAATAAAA-TA-AAATAATTTATTAATATTTCA
* * * * * * * *
18014 GAATATTAACAAGTAAAAAATATAAAAAATAAATTTGTTTA-CAAAATAAGTTCAAATAGTTATA
62 -AAAATTAATAAGT-AAGAATTTAAAAAATAAA-TTATTTATC-GAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * ** * *
18078 ACTATTTGAATAATTA-CATAATTCAAATCGTTATGATATTTTGTTTTGTTAGAAAACAATTGGT
123 ACTATTTGAATAATTATC-TATTTCAAAACGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GT
* * * * * * *
18142 TT-TCTCCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATATTAATTT-TTAATATTTCGACAATTAATA
186 TTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
* * * * * * **
18205 AGCAAAAGATTTTAAAAATAGATATGTTTACTGAACAAGATCAAATAGTTATAACTATTTGAGTA
251 AGTAAAAGA-TTTAAAAATAAATATGTTTACTAAACAA-TTCAAATAATTATGACTATTTGAACA
* ** * *
18270 ATTATCTATTT-AAATCGTTATGACCTTTTGTTTCATCATAAAACAATTG--TATCAATTCATAT
314 ATTATCTATTTCAAATCGTTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTC-A-TCATAC
* * * * * *
18332 AGGCTTATTC-GAAATAAAATAATACTAATTTATTGATATTCCAAAAAATAATGAGTAAGAGTTT
377 AAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-AGAGATT
* * *
18396 TAAAAAA-ACGAAACAATTTT-CC-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
440 TAAAAAATA--AATC-TTTTTACCGAATC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * *
18458 ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTCTTATTTATACAAGCTTAT
501 ATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTC-TATTCATACAAGTTTAT
** ** *
18522 TTGGAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA-AAATT---AAAA-
565 TTAAAATAAAATAATACT--ATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTAAAAAAAT
*
18581 AAA------T-----A--AA-T---AT-GTT-----T-TTTGAAC----A--T-GTTCAAAT-AG
628 AAATTTGTTTACCGAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-
* *
18614 TTATGACCTTTTTTTTTGTCATAAA
692 TTATGACCTTTTGTTTTATCATAAA
* ** * * * * * *
18639 CCAATTGTTTTTGTTCATACAAGCATATTCAAAATAAAACAGTACTAATTTATT-ATAATTCCAA
1 ACAATT-TTTCAGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATA-AAATAATTTATTAAT-ATTTCAA
* * * ** * * * *
18703 AAATTGATAAGGAA-AATAGTTAAAAACTTATTTTTGTTTAT-TAAGTAAGTTCAAATAGTTATA
63 AAATTAATAAGTAAGAAT--TTAAAAA-ATA-AATTATTTATCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATG
* ** * * * * * *
18766 ATTGCTTGAACAATTATTTATTTCAAATA-GTTATGATCTTTTGTCTTGTCATAAAGCAATTATT
123 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAA-ACGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * * * *
18830 TCTATTCATACAAGTTTATT-TAGAATAAAATGATACTAATTTTTTAATATTAT-AAAAATTAAT
187 TCTATTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATATTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAAT
** * * * *
18893 -AGATAGGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAA
250 AAG-TAAAAGATTT-AAAAATAAATATGTTTACTAAACAA-TTCAAATAATTATGACTATTTGAA
* * * * * *
18957 TAATTATCTATTTGAAATCATTAAGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATATG---TTCAT-GTA
312 CAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT-TGTTTTTCATCATA
* * * * * * *
19018 -AA-ATTATTTAGAATAAAATAACACTGATCTATT-A-ATTTCGAAAATTAAT--G-AGAGATAT
376 CAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGAGATTT
* * *** * * * ** * ***
19076 AAAAACTAAATCTATTTAAAAAAT-AGTTTAAATAGTTTTAAAC-AGTTCAAACAAACTAAAAAT
441 AAAAAATAAATCTTTTTACCGAATCAGTTCAAATAGTTAT-GACTA-TTTGAAC-AATTATCTAT
* ** * ** * * * ** ***
19139 TAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAATATATGTGTTTGTTGAACTAGTTCAAATAGCTAAGACTATT
503 T--TCA--AA-TCA-TT-ATAACCT-T-T-TG-TT-TTG-TC-A--TAAAACAATTATTTCTATT
* ** * * * * * * * *
19204 -AGAACAA--TTATTT-ATTTCAAATCATTCTGGCCTTT-TGT-TTAGTCATAAAACAATTATTT
552 CA-TACAAGTTTATTTAAAATAAAATAATACT---ATTTAT-TAATA-T-TTTAAA-AATTA-AT
* * * *
19263 CAGTTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATT-TATTGACATTTGAA--AAATC-AA
608 AAG-T-A-A-GAG---A-TT-AAA-AAAATAA-A-T--TTGT-TT-AC---CGAACCAATTCAAA
* * * * * * **
19324 TGAG-TAAGA-GATTTTAAAAAATAAATCTGTTT-ATTAAACTAGTTTAAATAGA---TTTG-AC
654 T-AGTTAAGACTA-TTTGAACAAT-TATCTATTTCA--AATC-A--TT--AT-GACCTTTTGTTT
**
19382 TAT--TTGA
708 TATCATAAA
* * * * **** ** * * *
19389 ACAAATTTCTATTAATGTCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAATAATTGCTTCAGTTCATAA
1 AC-AATTT-T-TCAGT-TCA-TATAAGC--TTA-TTCAAAATAAAATAA---AAT-AATTTATTA
* * * * * * *** *
19454 AAACTTATCTAAAATAAAATAATACTACTTTACCA-ATATTTCAAAAATTAATAAGGGATTCAAA
54 ATA-TT-TC---AA-AAATTAATA--A--GTA--AGA-ATTTAAAAAATAAATTATTTA-TC--G
* * * * *
19518 AACTAAAGCTGTTTTCAAACCAGTTCA--AATAGTTATGACTATTTGAACAAATATTAATCTCAA
103 AAC--AA---G--TTCAAA-TAGTT-ATGACTA-TT-TGAATAATT-ATC---TA-T--T-TCAA
* * * * * *
19581 ATA-TTTATGATC-TTTGTTTTCTCATAAAATAATTGTTTCTGA-TCATACAAGCTTATTTG-GA
149 A-ACGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTCGAAA
* * * *
19642 TAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAA-T--TAAG-AAGAGATTTAAAAAATAAATGT
212 T-AAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATAT
* ** * * * * * * ** * *
19703 ATTTGTTAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATATTTATCTATTTCAAATTATTCTGAC
275 GTTTACTAAA-CAATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAA
* * * *** * *
19768 CTTTTGTTTAGAT-ATATAATAATTGTTTCAAATCATACAAGCTTATTCGGACTAAAATAATACT
339 CTTTTGTTTTG-TCATAAAACAATTGTTTTTCATCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACT
* * * * *
19832 AATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATACGCATGAGATTTGAAAAAATAAATCTATTTACC-AAA
403 AATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTA-GAGATTT-AAAAAATAAATCTTTTTACCGAAT
* * ** *
19895 CAAGTTCAAAT-GCTTATGACTATTTGAACAATTATCCATTTAAAATTGTTATGACCTTTTGTTT
465 C-AGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTT
* * * ** * * *
19959 TGTCATAAAATAATTATTT-TAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATGCTACCTCATTA
528 TGTCATAAAACAATTATTTCTA-TTCATACAAGTTTATTTAAAATAAAATAATACTA-TTTATTA
** * * * * ** *
20023 ATATTTCGAAAGTTAATAAGTAAGAGA-TATAAAAAATAAATTAGTTGACCAAATTAGTTCAAAT
591 ATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTA-AAAAAATAAATTTGTTTACCGAACCAATTCAAAT
* * ** * ** * * *
20087 -GATTATAG-CCATTTGAACAACTGCCTATTTCAAATTATTATTTCTTTTTGTTTTGTCATACA
655 AG-TTA-AGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAA
* ** * * *
20149 ACAATTGTTTTTA-AACATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAACACTAATTTATTAATATTTCAA
1 ACAA-T-TTTTCAGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAA-AATAATTTATTAATATTTCAA
* * * *
20213 GAATTAATAAG--AG-ATTTAAAAAGTAAATCTATTT-TCTAAAACTAGTTCAAATAGTTATGAC
63 AAATTAATAAGTAAGAATTTAAAAAATAAAT-TATTTATC--GAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
* * ** * * * * * *
20274 TATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACATTTTGTTCTATCATAGAACAATTGTTTTT
125 TATTTGAATAATTATCTATTTCAAAACGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT
* ** * * * * * *
20339 GTTCATATGATCTTATTAGGAATAAAATAATACTAATTTAGTAATA-TTCTAAAAATTAATAACT
190 ATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGT
* *** * * ** ** * *
20403 AAGAGATTTAAAAAATAAATCCATTTGCCAAACTGGTTCAAGCAATTAAGACTATATGAACAATT
254 AAAAGATTT-AAAAATAAATATGTTTACTAAAC-AATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATT
* ** * * * *
20468 ATATATTTGC-AATTATTA-CAACTTATT-TTTTGTCATAAAATAA-TG-ATTTGAGCTCATACA
317 ATCTATTT-CAAATCGTTATGAACTT-TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA--TCATACA
* * * *
20528 AGCTTATTCGAAAATATAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAAAATT--TTA--AGAGATTT
378 AGCTTATTC-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAGAGATTT
* * * ** * * *
20589 AGAAAATAATTCTATTTACTAAACCAGTTCAAATAATTAT-ATCTATTTAAACAATTATCTATTT
441 AAAAAATAAATCTTTTTACCGAATCAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTT
** * * * * * * * * * * * *
20653 CAAATTGTTATTACTTTTTGATTCT-TCATAAAATAATTGTTTTTGTTAATATAAGTATGTTCAA
505 CAAATCATTATAACCTTTTG-TTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGTTTATTTAA
* * * * * *
20717 AATAAATTAATTCTAATATATTAATA-TTTAGAAAATTAATCAA-TAAGAGATTTAGAAAGTAAA
569 AATAAAATAATACT-ATTTATTAATATTTTA-AAAATTAAT-AAGTAAGAGATTAAAAAAATAAA
* * * * * * ** * * *
20780 TCTATTTACCAAACGATTTTAAATAGTTTTGGCTATTTGAATAATTAT-TGATATCAAATCATTA
631 TTTGTTTACCGAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCT-ATTTCAAATCATTA
* * * *
20844 TAACCTTTTATTTTGTCATGAA
695 TGACCTTTTGTTTTATCATAAA
* ** *** * * *
20866 ACAATTGGTTT-TGTTCATACT-ATTTTATTTGTAAT-AAATAATACTAATTTAATAATATTTGA
1 ACAATT--TTTCAGTTCATA-TAAGCTTATTCAAAATAAAATAA-AATAATTTATTAATATTTCA
* ** * * * ** * * * * *
20928 AAACTTAATAACCAAAAAAATTAAAAAATAAATCTAATTGCCAAACAGGTTCAAATTGTTAAGAT
62 AAAATTAATAA-GTAAGAATTTAAAAAATAAAT-TATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
* * * * * * * *
20993 TATATGAATGATTATTTATTTCAAATCGTAATGACCTTTTGTTTTATCGTAAAACAATTATTT-T
125 TATTTGAATAATTATCTATTTCAAAACGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT
* * * * * * * * *
21057 GTTCGTATAAGCTTATTCGAATTAAAGTAATAATAATTTAATAATATTTAAAAAATTAATAAGTT
190 ATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
* * * * * * * *
21122 AGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAATCAATACAAACAGTTAGGACTATTAGAACAATTA
255 AAAGATTT-AAAAATAAATATGTTTACT-AAACAATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTA
* ** * * * * * **
21187 TCTATTTTAAATTATTTTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATT-ATTTT-AGTGTATACGTGC
318 TCTATTTCAAATCGTTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA-T-CATACAAGC
* * * * * *
21250 TTATTCAGAATAAATTAATACTAATTTAATAAAATTCCAAAAATTAATAAGAAAGTGATTTTAAA
381 TTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-TAGAGA-TTTAAA
* ** * * *
21315 AAATAAATCTGTTTATTGAATAAGTTCCAATAGTTA-GTACTAGTTG---AA-TA---A-TT---
444 AAATAAATCTTTTTACCGAATCAGTTCAAATAGTTATG-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
* * * * ** *
21368 ATC----T-ACCTTTTGATTTGTTATAAAA-AATTTGTTTC-AGTTAATACAA-TCTTAGATGAA
508 ATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTATTTCTA-TTCATACAAGT-TTATTTAAA
** * **
21425 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTCTAAATTAATAAGTAAGAAATTTTTAAAAA-AAA--
570 ATAAAATAATACT-ATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTAAAAAAATAAATT
* * * * ** * * * *
21487 --TTTACCGAATCAGTTAAAATAATTTTGGCCATTTGAACAATTA--T-TTTGAAATCTTTATGA
633 TGTTTACCGAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
*
21547 CCTTTTGTTTTGTCATAAA
698 CCTTTTGTTTTATCATAAA
** * * * ** ** *
21566 ACAATTATTT-TTTATCGTACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATTTAATTTATTAGTATTTCAAA
1 ACAATT-TTTCAGT-TCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAAAATAATTTATTAATATTTCAAA
21630 AATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAA-ACAGTTCAAATAGTTATGACT
64 AATTAATAAGTAAG-AATTTAAAAAATAAAT-TATTTATCGAACA-AGTTCAAATAGTTATGACT
* * * * * *
21694 ATTTGAACAATTATCAATCTCAAATCGCTGA-GATCTTTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT
126 ATTTGAATAATTATCTATTTCAAAACG-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT
** * ** * * *
21757 GCTCATAAAAGCTTATTC-AGTTAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGT
190 ATTCATACAAGCTTATTCGAAAT-AAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
* * * * * * * ** * *
21821 AAGAGATTGAAAGAATAAATGTGTTT-GTCAAACCAGTTTAAATAGTTAAAACTATTAGAATAAT
254 AAAAGATTTAAA-AATAAATATGTTTACT-AAA-CAATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAAT
* * * * * * * * *
21885 TATTTATTTCAAATCGTT-T-ACCTTTTATTTAGTCATAAAATATTTGTTTCAT-ATCTTACAGG
316 TATCTATTTCAAATCGTTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TTCATCATACAAG
* * * * * * ** *
21947 TTTATTCAGAATAAAATAATCCAAATTTAGTAA-CTTTGAAAAATTAATAACAAAAGATTTAAAA
380 CTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGAGATTT--AA
* ** * * * * *
22011 AAAATAAATCTGTTTATTG-AGCAAGTT-AAATAGTTATGACTAATTGAATAATTATTTATTTAA
443 AAAATAAATCTTTTTACCGAATC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA
* * * * * **
22074 AATCATTATGACCTTTTGTTTTGACATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAA
507 AATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTA-TTCATACAAGTTTATTTAAAA
22138 TAAAATAATACTA
571 TAAAATAATACTA
22151 ATTTCTT
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Consensus pattern (716 bp):
ACAATTTTTCAGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAAAATAATTTATTAATATTTCAAAAA
TTAATAAGTAAGAATTTAAAAAATAAATTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
AATAATTATCTATTTCAAAACGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT
ACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGAT
TTAAAAATAAATATGTTTACTAAACAATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
AAATCGTTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATCATACAAGCTTATTCAGAA
TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGAGATTTAAAAAATAAATCTTT
TTACCGAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCT
TTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGTTTATTTAAAATAAAATAATACTATT
TATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTAAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACCAATTC
AAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAA
A
Found at i:18647 original size:145 final size:147
Alignment explanation
Indices: 18460--18728 Score: 359
Period size: 145 Copynumber: 1.8 Consensus size: 147
18450 AATTATCTAT
* * **
18460 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTCTTATTTATACAAGCTTATTTG
1 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTCTTATTCATACAAGCATATTCA
* * *
18525 GAATAAAATAATA-TAAATTTATTA-ATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAA-A-TTAAAAAAATA
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18586 AATATGTTTTTTGAACATG
129 AATATGTTTTTTGAACATG
* * * *
18605 TTCAAAT-AGTTATGACCTTTTTTTTTGTCATAAACCAATTGTTTTTGTTCATACAAGCATATTC
1 TTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTCTTATTCATACAAGCATATTC
* *
18669 AAAATAAAACAGTACTAATTTATTATAATTCCAAAAATTGATAAGGAAAATAGTTAAAAA
65 AAAATAAAACAATACTAATTTATTATAATTCCAAAAATTAATAAGGAAAATAGTTAAAAA
18729 CTTATTTTTG
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.08, T:0.39
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TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTCTTATTCATACAAGCATATTCA
AAATAAAACAATACTAATTTATTATAATTCCAAAAATTAATAAGGAAAATAGTTAAAAAAATAAA
TATGTTTTTTGAACATG
Found at i:20206 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 19133--22154 Score: 1362
Period size: 181 Copynumber: 16.9 Consensus size: 181
19123 CAAACAAACT
* * * **** * *
19133 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAATATATGTGTTTGTTGAACTAGTTCAAAT-AGCTAA
1 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTACCAAACTAGTTCAAATGA-TTAT
* ** * * * * *
19197 GACTATTAGAACAATTATTTATTTCAAATCATTCTGGCCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATT-AT
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* ** ** * * **
19261 TTCAGTTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTGACATTTG
129 TTTA-AACATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCA
* * * ** *
19315 AAAAATCAATGAGTAAGAGATTTTAAAAAATAAATCTGTTTATTAAACTAGTTTAAATAGATT-T
1 AAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACTAGTTCAAAT-GATTAT
* * *
19379 GACTATTTGAACAAATT-TCTA-TT--AATGTCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAATAATT
64 GACTATTTGAAC-AATTACCTATTTCAAAT-T-ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
* * ** * * * * **
19440 G-CTTCAGTTCATAAAAACTTA-TCTAAAATAAAATAATACTACTTTACCAATATTTC-
126 GTTTTTA-AACATACAAGCTTATTC-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCA
* * * * * *
19496 AAAAATTAATAAG---G-GATTCAAAAACTAAAGCTGTTT-TCAAACCAGTTCAAAT-AGTTATG
1 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACTAGTTCAAATGA-TTATG
* * * * * *
19555 ACTATTTGAACAAATA-TTAATCTCAAA-TATTTATGATC-TTTGTTTTCTCATAAAATAATTGT
65 ACTATTTGAACAATTACCT-ATTTCAAATTA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT
* * * * * *
19617 TTCTGATCATACAAGCTTATTTG-GATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTC-
128 TTTTAAACATACAAGCTTATTCGAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCA
* *** * *
19671 AAAAA-T--TAAG-AAGAGATTTAAAAAATAAATGTATTTGTTAAACCAGTTCAAAT-AGTTAAG
1 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACTAGTTCAAATGA-TTATG
* * * * * * * *
19731 ACTATTAGAATATTTATCTATTTCAAATTATTCTGACCTTTTGTTTAGAT-ATATAATAATTG-T
65 ACTATTTGAACAATTACCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTG-TCATAAAACAATTGTT
* * * *
19794 TTCAAATCATACAAGCTTATTCGGACTAAAATAATACTAATTTATTAACATTCA
129 TTTAAA-CATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCA
* * * * *
19848 AAAAATTAATACGCATGAGATTTGAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATGCTTATG
1 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTACCAAACTAGTTCAAATGATTATG
* * * *
19913 ACTATTTGAACAATTATCC-ATTTAAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-AT
65 ACTATTTGAACAATTA-CCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
** * * * * ** *
19976 TTTAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATGCTACCTCATTAATATTTC-
129 TTTA-AACATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCA
* * * * *
20030 GAAAGTTAATAAGTAAGAGATATAAAAAATAAAT-TAGTTGACCAAATTAGTTCAAATGATTAT-
1 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA-TTTACCAAACTAGTTCAAATGATTATG
* * * ** * *
20093 AGCCATTTGAACAACTGCCTATTTCAAATTATTATTTCTTTTTGTTTTGTCATACAACAATTGTT
65 A-CTATTTGAACAATTACCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
*
20158 TTTAAACATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAACACTAATTTATTAATATTTC-
129 TTTAAACATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCA
* * * *
20211 AAGAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAGTAAATCTATTTTCTAAAACTAGTTCAAAT-AGTTAT
1 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC-CAAACTAGTTCAAATGA-TTAT
* * * * * * * *
20271 GACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACATTTTGTTCTATCATAGAACAATTGTT
64 GACTATTTGAACAATTACCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
*** ** * * * * *
20336 TTTGTTCATATGATCTTATTAGGAATAAAATAATACTAATTTAGTAATATTCT
129 TTTAAACATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCA
* * * * *** *
20389 AAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCCATTTGCCAAACTGGTTCAAGCAATTAAGA
1 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACTAGTTCAAATGATTATGA
* ** * * * *
20454 CTATATGAACAATTATATATTTGC-AATTATTA-CAACTTATT-TTTTGTCATAAAATAA-TGAT
66 CTATTTGAACAATTACCTATTT-CAAATTATTATGACCTT-TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* ** * *
20515 TTGAGCTCATACAAGCTTATTCGAAAATATAATAAAACTAATTTATTAATATTTCA
129 TTTA-AACATACAAGCTTATTCG-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCA
* * * * *
20571 AAAAATT--T---TAAGAGATTTAGAAAATAATTCTATTTACTAAACCAGTTCAAATAATTAT-A
1 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACTAGTTCAAATGATTATGA
* * * * * * *
20630 TCTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACTTTTTGATTCT-TCATAAAATAATTGTT
66 -CTATTTGAACAATTACCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTG-TTTTGTCATAAAACAATTGTT
** * * * * * * *
20694 TTTGTTA-ATATAAG-TATGTTCAAAATAAATTAATTCTAATATATTAATATTTA
129 TTT-AAACATACAAGCT-TATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCA
* * * * * * *
20747 GAAAATTAATCAA-TAAGAGATTTAGAAAGTAAATCTATTTACCAAACGATTTTAAAT-AGTTTT
1 AAAAATTAAT-AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACTAGTTCAAATGA-TTAT
* * * * * * * * *
20810 GGCTATTTGAATAATTA-TTGATATCAAATCATTATAACCTTTTATTTTGTCATGAAACAATTGG
64 GACTATTTGAACAATTACCT-ATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT
*** * ** * * * **
20874 TTTTGTTCATACTATTTTATTTGTAAT-AAATAATACTAATTTAATAATATTTG
128 TTTTAAACATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCA
* ** * * * * * *
20927 AAAACTTAATAACCAAAAAAATTAAAAAATAAATCTAATTGCCAAAC-AGGTTCAAATTG-TTAA
1 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACTA-GTTCAAA-TGATTAT
* * ** ** ** * * * *
20990 GATTATATGAATGATTATTTATTTCAAATCGTAATGACCTTTTGTTTTATCGTAAAACAATTATT
64 GACTATTTGAACAATTACCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * * * * * * *
21055 TTGT--TCGTATAAGCTTATTCGAATTAAAGTAATAATAATTTAATAATATTTA
129 TT-TAAACATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCA
* * * ** * * * *
21107 AAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAA-TCAATACAAA-CAGTTAG
1 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACT-AGTTCAAATGA-TTAT
* * * * * *
21170 GACTATTAGAACAATTATCTATTTTAAATTATTTTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATT-AT
64 GACTATTTGAACAATTACCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
*** ** * * * *
21234 TTTAGTGTATACGTGCTTATTC-AGAATAAATTAATACTAATTTAATAAAATTCC
129 TTTA-AACATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCA
* * * *** *
21288 AAAAATTAATAAGAAAGTGATTTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAA-TAAGTTCCAAT-AGTTA
1 AAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACT-AGTTCAAATGA-TTA
* * * * * *
21351 -GTACTAGTTG-------A---A--T--AATTA-TCT-ACCTTTTGATTTGTTATAAAAAATTTG
63 TG-ACTATTTGAACAATTACCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
* **
21399 TTTCAGTTAATACA-ATC----TTAGAT-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTT
127 TTT---TTAA-ACATA-CAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCA
** * ** * * * *
21454 CTAAATTAATAAGTAAGAAATTTTTAAAA-AAA---ATTTACCGAA-TCAGTTAAAATAATTTTG
1 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACT-AGTTCAAATGATTATG
* * * *
21514 GCCATTTGAACAATTA--T-TTTGAAATCT-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATT
65 ACTATTTGAACAATTACCTATTTCAAAT-TATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * * * * * *
21575 TTTTATCGTACAAGTTTATTTGAAATAAAATAAT-TTAATTTATTAGTATTTC-
129 TTTAAACATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCA
* *
21627 AAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAAAC-AGTTCAAAT-AGTTAT
1 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-CCAAACTAGTTCAAATGA-TTAT
* * * ** * *
21690 GACTATTTGAACAATTATCAATCTCAAATCGCTGA-GATCTTTT-TTTTGTCATAAAACAATTGT
64 GACTATTTGAACAATTACCTATTTCAAAT-TATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT
* *** * ** * *
21753 TTCTGCTCATAAAAGCTTATTC-AGTTAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCC
128 TTTTAAACATACAAGCTTATTCGAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTCA
* * * * ** * * **
21807 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTGAAAGAATAAATGTGTTTGTCAAACCAGTTTAAAT-AGTTAAA
1 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACTAGTTCAAATGA-TTATG
* * ** ** * * * *
21871 ACTATTAGAATAATTATTTATTTCAAATCGTT-T-ACCTTTTATTTAGTCATAAAATATTTG-TT
65 ACTATTTGAACAATTACCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * * * * * * *
21933 TCATATCTTACAGGTTTATTC-AGAATAAAATAATCCAAATTTAGTAACT-TT-G
130 TTA-AACATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAA-TATTCA
* * * *** * *
21985 AAAAATTAATAA-CAAAAGATTTAAAAAAAATAAATCTGTTTATTGAGCAAGTT-AAAT-AGTTA
1 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT--AAAAAATAAATCTATTTACCAAACTAGTTCAAATGA-TTA
* * ** * * *
22047 TGACTAATTGAATAATTATTTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGACATAAAACAATTG-
63 TGACTATTTGAACAATTACCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT
** * * *
22111 TTTTAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTT
128 TTTTA-AACATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTT
22155 CTT
Statistics
Matches: 2173, Mismatches: 512, Indels: 312
0.73 0.17 0.10
Matches are distributed among these distances:
161 22 0.01
162 2 0.00
164 3 0.00
165 7 0.00
166 64 0.03
167 6 0.00
168 6 0.00
169 1 0.00
170 9 0.00
171 4 0.00
172 8 0.00
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174 56 0.03
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184 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.09, T:0.39
Consensus pattern (181 bp):
AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACTAGTTCAAATGATTATGA
CTATTTGAACAATTACCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT
TAAACATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCA
Found at i:20417 original size:359 final size:352
Alignment explanation
Indices: 19182--22154 Score: 1461
Period size: 359 Copynumber: 8.3 Consensus size: 352
19172 TTGTTGAACT
* * * ** * * *
19182 AGTTCAAATAGCTAAGACTA-TTAGAACAATTATTTATTTCAAATCATTCTGGCCTTTTGTT-TA
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTA-AACAATTATCTATTTCAAATTGTTAT-ACATTTTGTTCT-
* * ** * * * *
19245 GTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTTA-AAATAAAATAATACTAATTTATTGA
63 -TCATAAAATAATTGTTTTTGTTCATATAAGCTTA-TTAGGAATAAAATAATACTAATTTAATAA
* * * * * *** *
19309 CATTTGAAAAATCAATGAGTAAGAGATTTTAAAAAATAAATCTGTTTATTAAACTAGTTTAAATA
126 TATTTCAAAAATTAAT-AATAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTATTTGCCAAACTAGTTCAAAT-
* * * *
19374 GATT-TGACTATTTGAACAAATT-TCTA-TT--AATGTCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAA
188 -ATTAAGACTATTTGAAC-AATTATCTATTTCAAAT-T-ATTATAACTTTTTGTTTTGTCATAAA
* ** * * * * **
19434 ATAATTGCTTCAGTTCATAAAAACTTA-TCTAAAATAAAATAATACTACTTTACCAATATTTC-A
249 ATAATTGTTTCA-AACATACAAGCTTATTC-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA
* * * * *
19497 AAAATTAATAAGGGATTCAAAAACTAAAGCTGTTTTCAAACC
312 AAAATTAATAAGAGATTTAAAAA-TAAATCTATTTACAAACC
* * * * *
19539 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATAT-TAATCTCAAATAT-TTAT-GATCTTTGTTTT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCT-ATTTCAAAT-TGTTATACAT-TTTGTTCT
* * * *
19601 CTCATAAAATAATTGTTTCTGATCATACAAGCTTATTTGG-ATAAAAATAATACTAATTTAATAA
63 -TCATAAAATAATTGTTTTTGTTCATATAAGCTTATTAGGAAT-AAAATAATACTAATTTAATAA
* * ** *
19665 TATTTCAAAAA-T--TAAGAAGAGATTTAAAAAATAAATGTATTTGTTAAACCAGTTCAAATAGT
126 TATTTCAAAAATTAATAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTGCCAAACTAGTTCAAATA-T
* * * * * * * *
19727 TAAGACTATTAGAATATTTATCTATTTCAAATTATTCTGACCTTTTGTTTAGAT-ATATAATAAT
190 TAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAACTTTTTGTTTTG-TCATAAAATAAT
* * *
19791 TGTTTCAAATCATACAAGCTTATTCGGACTAAAATAATACTAATTTATTAACA-TTCAAAAAATT
254 TGTTTCAAA-CATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAATT
*
19855 AATACGCATGAGATTTGAAAAAATAAATCTATTTACCAAACA
318 AATA---A-GAGATTT--AAAAATAAATCTATTTA-CAAACC
* * * * *
19897 AGTTCAAAT-GCTTATGACTATTTGAACAATTATCCATTTAAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTG
1 AGTTCAAATAG-TTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTAT-ACATTTTGTTCT-
* * * * * * ** * *
19961 TCATAAAATAATTATTTTAGTTCATAAAAGCTTATCCA-AAATAAAATAATGCTACCTCATTAAT
63 TCATAAAATAATTGTTTTTGTTCATATAAGCTTAT-TAGGAATAAAATAATACTAATTTAATAAT
* * * * *
20025 ATTTCGAAAGTTAATAAGTAAGAGATATAAAAAATAAAT-TAGTTGACCAAATTAGTTCAAATGA
127 ATTTCAAAAATTAATAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTG-CCAAACTAGTTCAAAT-A
* * ** ** * *
20089 TTATAG-CCATTTGAACAACTGCCTATTTCAAATTATTATTTCTTTTTGTTTTGTCATACAACAA
189 TTA-AGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAA
* * *
20153 TTGTTTTTAAACATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAACACTAATTTATTAATATTTC-AAGAAT
253 TTG-TTTCAAACATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAAT
* *
20217 TAATAAGAGATTTAAAAAGTAAATCTATTTTCTAAAACT
317 TAATAAGAGATTTAAAAA-TAAATCTATTTAC--AAACC
20256 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACATTTTGTTCTAT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTAT-ACATTTTGTTCT-T
* * * * *
20321 CATAGAACAATTGTTTTTGTTCATATGATCTTATTAGGAATAAAATAATACTAATTTAGTAATA-
64 CATAAAATAATTGTTTTTGTTCATATAAGCTTATTAGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATAT
* *
20385 TTCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCCATTTGCCAAACTGGTTCAAGCA-AT
129 TTC-AAAAATTAATAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTGCCAAACTAGTTCAA--ATAT
* * * *
20449 TAAGACTATATGAACAATTATATATTTGC-AATTATTACAACTTATT-TTTTGTCATAAAATAA-
190 TAAGACTATTTGAACAATTATCTATTT-CAAATTATTATAACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAAT
* ** * *
20511 TGATTTGAGCTCATACAAGCTTATTCGAAAATATAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAAAA
254 TG-TTTCA-AACATACAAGCTTATTCG-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAA
* *
20576 TT-TTAAGAGATTTAGAAAATAATTCTATTTACTAAACC
316 TTAATAAGAGATTTA-AAAATAAATCTATTTAC-AAACC
* *
20614 AGTTCAAATAATTAT-ATCTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACTTTTTGATTCT
1 AGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTA-TACATTTTG-TTCT
* * * * * * *
20678 TCATAAAATAATTGTTTTTGTTAATATAAG-TATGTTCA-AAATAAATTAATTCTAATATATTAA
63 TCATAAAATAATTGTTTTTGTTCATATAAGCT-TATT-AGGAATAAAATAATACTAATTTAATAA
* * * * * *
20741 TATTT-AGAAAATTAATCAATAAGAGATTTAGAAAGTAAATCTATTTACCAAACGATTTTAAATA
126 TATTTCA-AAAATTAAT-AATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTGCCAAACTAGTTCAAATA
** * * * * * * * *
20805 GTTTTGGCTATTTGAATAATTAT-TGATATCAAATCATTATAACCTTTTATTTTGTCATGAAACA
189 -TTAAGACTATTTGAACAATTATCT-ATTTCAAATTATTATAACTTTTTGTTTTGTCATAAAATA
**** * ** * * * *
20869 ATTGGTTTTGTTCATACTATTTTATTTGTAAT-AAATAATACTAATTTAATAATATTTGAAAACT
252 ATT-GTTTCAAACATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAA--
* * * * **
20933 TAA-TAACCAAAAAAATTAAAAAATAAATCTAATTGCCAAA-C
314 -AATTAA--TAAGAGATTTAAAAATAAATCT-ATTTACAAACC
* * * * * ** * * * * *
20974 AGGTTCAAATTGTTAAGATTATATGAATGATTATTTATTTCAAATCGTAATGACCTTTTGTTTTA
1 A-GTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTAT-ACATTTTGTTCT-
* * * * * * *
21039 TCGTAAAACAATT-ATTTTGTTCGTATAAGCTTATT-CGAATTAAAGTAATAATAATTTAATAAT
63 TCATAAAATAATTGTTTTTGTTCATATAAGCTTATTAGGAA-TAAAATAATACTAATTTAATAAT
* * * * * ** * * *
21102 ATTTAAAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAA-TCAATACAAACAG
127 ATTTCAAAAATTAATAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTGCCAAACT-AGTTCAAATA-
* * * * * * * *
21166 TTAGGACTATTAGAACAATTATCTATTTTAAATTATTTTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAAT
189 TTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAAT
* * *** ** * * * *
21231 TATTTTAGTGTATACGTGCTTATTC-AGAATAAATTAATACTAATTTAATAA-AATTCCAAAAAT
254 TGTTTCA-AACATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAAT
* ** **
21294 TAATAAGAAAGTGATTTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAATA
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* * * * * *
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1 AGTTCAAATAGTTATG-ACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATACATTTTGTTCTTC
** * * * * * *
21387 ATAAAA-AATTTGTTTCAGTTAATACAATCTTA-GATGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
65 ATAAAATAA-TTGTTTTTGTTCATATAAGCTTATTA-GGAATAAAATAATACTAATTTAATAATA
* * ** * * *
21450 TTTTC-TAAATTAATAAGTAAGAAATTTTTAAAA-AAA---ATTTACCGAA-TCAGTTAAAATAA
128 -TTTCAAAAATTAATAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTGCCAAACT-AGTTCAAAT-A
** * * * * * *
21509 TTTTGGCCATTTGAACAATTA--T-TTTGAAATCT-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA
189 TTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-TATTATAACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAA
* ** * * * * * *
21570 TTATTTTTTATCGTACAAGTTTATTTGAAATAAAATAAT-TTAATTTATTAGTATTTC-AAAAAT
253 TT-GTTTCAAACATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAAT
21633 TAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAAA-C
317 TAATAAG--AG--ATTT-AAAAATAAATCTATTTA-C-AAACC
* * * * * * *
21675 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCAATCTCAAATCGCTGAGATC-TTTT-TTTTG
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTG-TTATA-CATTTTGTTCT-
* * * * **
21738 TCATAAAACAATTGTTTCTGCTCATAAAAGCTTATTCAGTTA-AAAATAATACTAATTTAATAAT
63 TCATAAAATAATTGTTTTTGTTCATATAAGCTTATT-AGGAATAAAATAATACTAATTTAATAAT
* * * * * * * *
21802 ATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTGAAAGAATAAATGTGTTTGTCAAACCAGTTTAAATAGT
127 ATTTCAAAAATTAATAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTGCCAAACTAGTTCAAATA-T
* * * * ** * * * *
21867 TAAAACTATTAGAATAATTATTTATTTCAAATCGTT-T-ACCTTTTATTTAGTCATAAAATATTT
190 TAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT
* * * * * * * * *
21930 GTTTCATATCTTACAGGTTTATTC-AGAATAAAATAATCCAAATTTAGTAA-CTTT-GAAAAATT
255 GTTTCA-AACATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAATT
* * ** * *
21992 AATAACAAAAGATTTAAAAAAAATAAATCTGTTTATTGAGCA
318 AAT---AAGAGATTT---AAAAATAAATCTATTTA-CAAACC
* * * * * ** *
22034 AGTT-AAATAGTTATGACTAATTGAATAATTATTTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTT-TTG
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTAT-ACATTTTGTTCTT-
* * * * *
22097 ACATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATCCA-AAATAAAATAATACTAATTT
64 -CATAAAATAATTGTTTTTGTTCATATAAGCTTAT-TAGGAATAAAATAATACTAATTT
22155 CTT
Statistics
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0.73 0.15 0.12
Matches are distributed among these distances:
337 1 0.00
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Consensus pattern (352 bp):
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TAAAATAATTGTTTTTGTTCATATAAGCTTATTAGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTT
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TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCA
AACATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAATTAATAAGAG
ATTTAAAAATAAATCTATTTACAAACC
Found at i:21719 original size:700 final size:697
Alignment explanation
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20790 AAACGATTTT
* * * *
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* * * * *
20865 AACAATTGGTTTTGTTCATACTATTTTATTTGTAATAAATAATACTAATTTAATAATATTTGAAA
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* * *
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** ** * *
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* * * * * *
21058 TTCGTATAAGCTTATTCGAATT-AAAGTAATAATAATTTAATAATATTTAAAAAATTAATAAGTT
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* * * * **
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* * * *
21186 ATCTATTTTAAATTATTTTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTT-TAGTGTATAC-GTG
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* * * * *
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* * *
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509 AAAAATAAATCTGTTTATTGAACAAGTT-AAATAGTTATG-ACTAATTGAATAATTATCTACCTT
21377 TTGATTTGTTATAAAAAATTTGTTTCAGTTAATACAATCTTAGATGAAATAAAATAATACTAATT
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* * * *
21503 AAATAATTTTGGCCATTTGAACAATTATT-T-TGAAATCTTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
1 AAATAATTTTGGCCATTTGAACAATTATTATATCAAATCATTATAACCTTTTATTTTGTCATAAA
* * * * *
21566 ACAATT-ATTTTTTATCGTACAAGTTTATTTGAAATAAAATAAT-TTAATTTATTAGTATTTCAA
66 ACAATTGATTTTGT-TCATACAAGTTTATTTGAAAT-AAATAATACTAATTTAATAATATTTCAA
** * * * * * *
21629 AAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAAACA-GTTCAAATAGTTATGAC
129 AAATTAATAACCAAAAAAATTAAAAAATAAATCTAATT-GCCAAACAGGTTCAAATAGTTAAGAC
* * * * *
21693 TATTTGAACAATTATCAATCTCAAATCGCTGAGATCTTTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTG
193 TATATGAACAATTATCAATCTCAAATCGCTAAGACCTTTTTTTTATCATAAAACAATTATTTCTG
* * *
21758 CTCATAAAAGCTTATTCAGTTAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA
258 CTCATAAAAGCTTATTCAATTAAAAATAATAATAATTTAATAATATTCAAAAAATTAATAAGTAA
* * * ** * *
21823 GAGATTGAAAGAATAAATGTGTTTGTCAAACCAGTTTAAATAGTTAAAACTATTAGAATAATTAT
323 GAGATTGAAAAAATAAATGTGTTTCTCAAACCAATACAAACAGTTAAAACTATTAGAACAATTAT
* * * * * *
21888 TTATTTCAAATCGTTTACCTTTTATTTAGTCATAAAATATTTGTTTCATATCTTACAGGTTTATT
388 CTATTTCAAATAGTTTACCTTTTATTTAGTCATAAAACAATTATTT-ATATCTTACAGGCTTATT
* * * **
21953 CAGAATAAAATAATCCAAATTTAGTAACTTTGAAAAATTAATAACAAAAGATTTAAAAAAAATAA
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*
22018 ATCTGTTTATTGAGCAAGTTAAATAGTTATGACTAATTGAATAATTAT
517 ATCTGTTTATTGAACAAGTTAAATAGTTATGACTAATTGAATAATTAT
22066 TTATTTAAAA
Statistics
Matches: 465, Mismatches: 86, Indels: 31
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (697 bp):
AAATAATTTTGGCCATTTGAACAATTATTATATCAAATCATTATAACCTTTTATTTTGTCATAAA
ACAATTGATTTTGTTCATACAAGTTTATTTGAAATAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAA
ATTAATAACCAAAAAAATTAAAAAATAAATCTAATTGCCAAACAGGTTCAAATAGTTAAGACTAT
ATGAACAATTATCAATCTCAAATCGCTAAGACCTTTTTTTTATCATAAAACAATTATTTCTGCTC
ATAAAAGCTTATTCAATTAAAAATAATAATAATTTAATAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAG
ATTGAAAAAATAAATGTGTTTCTCAAACCAATACAAACAGTTAAAACTATTAGAACAATTATCTA
TTTCAAATAGTTTACCTTTTATTTAGTCATAAAACAATTATTTATATCTTACAGGCTTATTCAGA
ATAAAATAATACAAATTTAATAAATTCCAAAAATTAATAACAAAAGATTTAAAAAAAATAAATCT
GTTTATTGAACAAGTTAAATAGTTATGACTAATTGAATAATTATCTACCTTTTGATTTGTTATAA
AAAATTTGTTTCAGTTAATACAATCTTAGATGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTCT
AAATTAATAAGTAAGAAATTTTTAAAAAAAATTTACCGAATCAGTTA
Done.