Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019167880.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_148, whole genome shotgun sequence
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3736 TGT- TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA
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1 TT
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128 AACAA-TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATT
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* *
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* * ***
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* * * * * * *
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* *
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* * * ** * * * *
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* * * * * *
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127 AAACAA-TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATT
* * * * * *
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128 AACAA-TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATT
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*
17728 ATA
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* * * * **
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* * *
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* * * * * * *
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* * * * * **
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* * * * * *
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* * * *
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* * **
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* * * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * *** * * *
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* * * * * * * *
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* * * *** * * * *
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* * *
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* * * ** * *
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* * ** * *
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* * *
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* * * * * ** * ** * * *
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1 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCT-TTACTT
* * *
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* * * * * * * * * * * *
19640 ATA-ATTATTTTGTAATAGAACAAAAGGTTTATTTTGTAAATAATTGATTTGAAGTATACAGTT
128 A-ACAATGTTTTATGACAAAACAAAA-G--------GT-CATAA-CGATTTGAAATAGATAATT
* * * * *** * * * *
19703 CTTCAAATAGTCGTAATTATTTAAACAAATTCAGCAAACA-AATT-TTTTTAAAATCTCTTACTT
1 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCT-TTACTT
* * * *
19766 ATTAATTTTT-GAAAGATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGTTTGTATGATA-TAA
65 ATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGA-ACTAA
* * * * *
19829 AACAATTGTTATATGACCAAACAGAAGGTAACAACGATTTGAAATAGATAATT
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* * * * * * * * *
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* * * *
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* * *
20007 GCAATTGTTTTATGACAAAACGAAAGGTCATAACGATTTTAAATAGATAATT
129 ACAA-TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATT
* *
20059 GTTTAAATAGTTATAACTATTT
1 GTTCAAATAGTCATAACTATTT
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Statistics
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* ** ** * * * *
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** * * * * *
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* * * * ** * *
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* *
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* * * * * * * * *
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* * * * * * * * * * * * * *
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*** * * * **
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * ** * * * *
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* * * * * * * * * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * * * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * ** * ** *
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** *
15525 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTCAAATAGATAATT
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* * * * * * ** *
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* * * * *
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* * *
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* ** * * * * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * * *
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* ** * ** *
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* * * *** * * * *
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* * * * * **
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* * * * * *
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* *
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* * **
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* * * * **
16342 CTTATTAA-TTTTAGAATGTTAA-TAAATTAGCATTACTTTATTCTGAATAAAATTGTATGAATA
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* * * * *
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* * ** *
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* * * * * * * **
16533 TCAAAATATTAATAAATTAATAATATTTTATTCCAAATAAACTTATATGAA-CGAAAGC-ATTTT
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* **
16596 TTTATGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATT
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* * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * *
16763 AAAA-AATTGTTTTACGATAAAACAAAAAGTCCTAATGATTTAAAATAAAAAATTGTTCATATAG
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* * ** * * *
16827 TCTTAACTATTTGAA-TTGGTTTGGTAAATACATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTT
189 TCATAACTATTTGAACTT-ATTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * * * * * * * * * *
16891 TAGAATATTATTACATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTTTATGAACAAAAATAATTGTTT
253 TAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGATT
* * * * *
16956 TATGATATAACAAAAGTTTTATAACAATTTGAAATATATAATT
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* * * **
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* * * * *
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* * * ** * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * ** *
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* ** * * *
17315 GTTTTACAATAAAA-ATAAAAGTCATAACAATTTTAAATAGATAATT
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* ** * * *
17361 GTTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTT-TTTGGTAAACAGATTTATTTTTGT-AA-TCTTACTT
1 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTCATTTTT-TAAATTTTTACTT
* * * * *
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* * * * ** *
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125 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGT
* * * *
17550 CTTAATTATTTAAAC-TAGTTCAGTAAACACATTTATTTTTTAAA--TC---CTTATTAATTTTT
190 CATAACTATTTGAACTTA-TTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
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* * * * *
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* * * * *
18158 TTAACTTTTGGAATATTAATTAATTTATATTATTTTGTTCGAAATAAGCTTGGATGAACAAAACC
66 TTAATTTTTAGAATATTAATTAATTTATATTATTTTATTCG-AATAAGCTTGTATGAATAAAA-C
* * * * * *
18223 AATTGTTTTCTGACAAAA-AAAAGGTCATAATGTTTTTAAATAGATAATTGTTTAGATAGTCATA
129 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * * ** * **
18287 ACTCTTTGAACTTATTCAGTAAATAGATTCATTTTTCTAGTTCTCTTACTCATTAATTTTTGGAA
194 ACTATTTGAACTTATTCAGTAAACAAATTTATTTTT-TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAA
* * * * *
18352 TATTAATAAATTAGTATTATTTTGCTT-TAAATAAGCTTATGTTAACT-GAAATAATT-ATTTTA
258 TATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCTAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGA-TTTA
* * ** *
18414 TTACAAAACAAAAGGTCACAATGATTTGAAATGGATAATT
320 TGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATT
* * * ** * * * *
18454 ATTCAAATAGTCATGACTATTTGAAATTGTTTGGTAAACATATTTATGTTTTAAATCTTTTGCTT
1 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTCATTTTTTAAAT-TTTTACTT
* * * * * * * *
18519 ATTAATTGTCAAAATACTAATAAATTAATATTATTTTAATTTGAATAAGCTTGTATGAACATAAA
65 ATTAATTTTTAGAATATTAATTAATTTATATTATTTT-ATTCGAATAAGCTTGTATGAATA-AAA
* * * * *
18584 TAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAATAATTTG----------TTGTTCAAATAGTCAT
128 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * * * * *
18639 AACGATTTGAACTTGTGT-GGTGAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTATCTT-
193 AACTATTTGAACTTAT-TCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-T-TTA
** * * * * * * * *
18702 -GTTAGTAATAAATTTGAATTATTTTA-TCTGAAATAGGCTTGTATAAACAGATGA-AATCT-TT
255 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAATAGA-AACAAT-TGAT
* * **
18763 TTATGACAAAACAAAAGGTTATAGCAATTCCAAATAGATAATT
317 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATT
* * * * * ** * * *
18806 GTTTAAATAGTCATAATTATTTAAACTTGTTCGGTAAATAGTTTTATTTTTTAAATCTCTTAATT
1 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTCATTTTTTAAAT-TTTTACTT
* * * * * *
18871 ATTAATTTTTGGAATATTAA-CAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAACCTTATATGAACTAAA
65 ATTAATTTTTAGAATATTAATTAATTTA-TATTATTTTA-TTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAAA
* * * *
18935 ATAATT-TTCTTATGACAAAACAAAA-GTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC
127 ACAATTGTT-TTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTC
* * ** * * * * * *
18998 ATGACTATTTGATC-TAGTTTGGTAAACATATTTATGTTTTAAAT-TTTTAATTATTAATTGTCA
191 ATAACTATTTGAACTTA-TTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA
* * * *
19061 AAATAATAATAAATTAGTATTATTTTAATCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACTATTGTTTTA
255 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGATTTA
* *** * * * *
19126 TAATGGAACAAAAAGTCAAAACGATTTTAAATA-ATTAATT
320 TGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGA-TAATT
* * * * * *
19166 GCTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTAGTT-TGATAAA-AAGA-TC-TATTTTTAAA-ATCT-C
1 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAACAA-ATTCAT-TTTTTAAATTTTTAC
* * * * * * *
19225 TTATTAATTTTT-GTAATATTAA-TAGATTTGTTTTATTTTATTCCAAACAAACTTATATGAACA
63 TTATTAATTTTTAG-AATATTAATTA-ATTTATATTATTTTATT-CGAATAAGCTTGTATGAATA
* * * * * *
19288 AAA-ACA-TATTTAATGACAAAACAAAAGGTTATAA-CATTTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
125 AAACA-ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA-TTTGAAATAAATAATTGTTCAAATA
** * * *
19350 G--AGGAC----TG--GTGA---GGTAAACACAA-TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
188 GTCATAACTATTTGAACTTATTCAGTAAACA-AATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
*** * * *
19403 TTGCTATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATT-TCAAATAAGCTAGTATGAA-ATGAAAAAATT
252 TTAAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAATA-GAAACAATT
* * *
19465 GTTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATT
314 GATTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATT
* * * * * * * * * * *
19511 GTTTATATAGTCTTAACAAATTGAACTAAT-TTGA-CAAACAAATTTAATTTTTAAATCTCTTAG
1 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT--TGTTCAGTAAACAAATTCATTTTTTAAAT-TTTTAC
* * *
19574 TTATTAATTTTT-GAAATATT-ATTAGA-TTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCATGTATGAAC
63 TTATTAATTTTTAG-AATATTAATTA-ATTTA-TATTATTTTA-TTCGAATAAGCTTGTATGAAT
* * * * * * * * * * *
19636 ATAAATAATTATTTTGTAATAGAACAAAAGGTTTATTTTGTAAATAATTGATTTGAAGTATACAG
124 A-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-G--------GT-CATAA-TGATTTGAAATAAATAA
* * * * ** * *
19701 TTCTTCAAATAGTCGTAATTATTTAAACAAATTCAGCAAACAAA-TT-TTTTTAAAATCTCTTAC
177 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
* * * * *
19764 TTATTAATTTTTGAAAGATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGTTTGTATGATATA-
242 TTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGA-ATAG
* * * * *
19828 AAACAATTG-TTATATGACCAAACAGAAGGTAACAACGATTTGAAATAGATAATT
306 AAACAATTGATT-TATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATT
* * * * * ** * * * *
19882 ATTGAAAT-GACGATAATTATTTGAA-TTAATTTGGAAAACAGATTCACTTTTTAAA---TCACT
1 GTTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTT-GTTCAGTAAACAAATTCATTTTTTAAATTTTTACT
* * * *
19942 TATTAATTTTTAGAATATTAA-TAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATAGGAACTGA
64 TATTAATTTTTAGAATATTAATTAATTTA-TATTATTTTA-TTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAA
* * * * * * *
20006 AGCAATTGTTTTATGACAAAACGAAAGGTCATAACGATTTTAAATAGATAATTGTTTAAATAGTT
126 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTC
* * * *
20071 ATAACTATTTTAAATAAATAATTGTTCATATAATTATAACTATTTGAACTTATTCAGTAAACAGA
191 ATAACTATTTGAACT---T-A---TTCA-GTAA--ACAA--ATTT--A-TT-TT---T-------
* * * * ** * * * * *
20136 TTAATTTTTTCAAATCTTTTGCTTTTTAATTTTCCAAATGTTAATAAATTTGGATTCTGTTATT-
230 TAAATCTCTT---A-------CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
* * * * * * *** ** * *
20200 TCGAATAAGCTTGTAAG-ATATGAAATAAAT-ATTTTTTTATTTAACAAAATATCAAAACAATCT
285 T-AAATAAGCTTGTATGAATA-GAAACAATTGA-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTT
*
20263 GTAATAGATAATT
347 GAAATAGATAATT
* * * ** * * * * * * * * * *
20276 ATTCTAATGGTTTTAATTATTCGAA-TTGGTGCCGCAAGCACATTTAATTTTTAAA--TCT-CTT
1 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCAGTAAACAAATTCATTTTTTAAATTTTTACTT
* * * * *
20337 ATTAATTTTTGGAATATT-ATTAAATTTGTATTATTTTTAATT-GGATAAGCTTCTATGATAAAA
65 ATTAATTTTTAGAATATTAATT-AATTTATATTA-TTTT-ATTCGAATAAGCTTGTATGA-ATAA
* * * * * ** * * *
20400 AAAAATTATTTAATGACAAAAC-AAAGATCTTAACAATTTGAGATTGAA-AGTTGTTCAAATAGT
126 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA-AATAAATAATTGTTCAAATAGT
* ** * *
20463 CGTAACTATTTGAAC-TAGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATGTCGTAAC-TATTTGAACT
190 CATAACTATTTGAACTTA-TTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC-TTACTTA-TT-AA-T
** * * * * **
20526 AGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAATTTTTAAATATTAATAAATTA
250 --TTT--T--A-AAA--TA-TTAATAAA----TTA-GTATT--A-TTTT-ATTCTAAAT-AA-GC
* * * * * * ** * * * ***
20591 TTGTTATTTTATTTTG-AATAA--GCTTGTATGATTAAAAACAATTGTTTTATGACAA-AACAAA
294 TTG-TA--TGA-ATAGAAACAATTGATT-TATGA--CAAAACAAAAG-GTCATAACAATTTGAAA
*
20652 -AGCTCATAA-C
351 TAG---ATAATT
* * * * * * * * * * *
20662 GATTTCAAATAGATAATCATTCAAATGGCCATAATTATTTTTACTAATTCAGTAA-ACAAATTTA
1 G--TTCAAATAG-TCAT-A-ACTATTTG--A-ACTT-GTT-CAGTAA-ACA--AATTC--A--T-
* * * * * * *
20726 TTTTTTAAATTTCTGACTTATTAA-TTTCAAATATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTATT
48 TTTT-TAAATTT-TTACTTATTAATTTTTAGA-ATATTAATTAATTTATATTATTTTATTCGA-A
** * * * ** * ** *
20790 TAAATTTGTACT-AACTGAAACAATTGTTTTATGATAAATCAAGTGGTTATAACAATTTTAAATA
109 TAAGCTTGTA-TGAA-TAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA
* * * * * * ** * *
20854 GACAATTACTT-AAATAGTAATTACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTCTTGAAT
172 AATAATT-GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAGTAAACAAATTTATTTT-TTAAAT
** ** * * * *
20918 CTCTTTTTGTAATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTTTGAATAAGCTTGT
235 CTCTTACT-T-ATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGT
* * * * * * * **
20983 ATGAGCT-GAAAGAATTGTTTTATAACTAAACAAAAGGTTAGAATGATTTGAAATAGATAATT
298 ATGA-ATAGAAACAATTGATTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATT
* * * * * * * *
21045 ATTCTAATAGTCTTAACCATTTGGACTTATTC-GATAAACAAATTTATTTTTTAAA-TCTTACTT
1 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAACAAATTCATTTTTTAAATTTTTACTT
* * * *
21108 ATTAATTTTTAAAACATT-ATTGAA-TTAGTATTA-TTTA----AAT---C----CT-AAT-AAG
65 ATTAATTTTTAGAATATTAATT-AATTTA-TATTATTTTATTCGAATAAGCTTGTATGAATAAAA
* * * ** * * ** ** *
21157 C--TTG---TACGAACAAAAAAAAAGGTTATAACAATTTGACATAAACAATCATTCATGTAGTCT
128 CAATTGTTTTATG-ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCA
* * ** * ** * ** * *
21217 TAAATATTTGAACTCATTCGA-TAATTAGATTTATTTTTTAGTTTTCTTGGTTATTAAATTTTGA
192 TAACTATTTGAACTTATTC-AGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAA
* * * ** * * *
21281 AATATTATTAAATTAATATTATTTTATTCTGAATAAAATAGTATGAATGGAACCAATTG-TTTGA
256 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGATTT-A
* * ** *
21345 TGAC-AAACTAAAATGTTATAATGATTAGAAATAGATAATT
320 TGACAAAAC-AAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATT
* * * * * *
21385 ATTCAAATAGTGAAAACTA--T----TTG---A-TAAGCAAATTTACTTTTT-AATTCTCTTACT
1 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTCATTTTTTAAATT-T-TTACT
* * * * **
21439 GATTAATTGTTTA-AATATTAA-TAAATTAGTGTTATTTTCTT-TTAT-A---T-TA--ACA-AA
64 TATTAATT-TTTAGAATATTAATTAATTTA-TATTATTTTATTCGAATAAGCTTGTATGA-ATAA
* * * *
21493 AA-AATTATTTTATGACAAAACATAAA-GTAACAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGT
126 AACAATTGTTTTATGACAAAACA-AAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGT
* * ** * ** * * *
21556 TATAATTATTCAAACTAATTTGGTAAACAGAA-TTATTTTCTAAATCCCTTACTTATAAATTTTT
190 CATAACTATTTGAACTTATTCAGTAAACA-AATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
* * * * * * * **
21620 GAAATATTAA-AAATTAGTTTTATTCTATT-TCGAATAAGCTTGTGTGAGCTA-AAATAATTTTT
254 AAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGA-ATAGAAACAATTGAT
* * * *
21682 TTATGATAAAACAAATGGTCATAACAATTGGAAATAAATAATT
317 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATT
* ** * * * * * * * *
21725 ATTCATGTAGTCTTAACTGTTTGAACTAGTTTAGCAAACAAATTTATTTTTTAAATATCTTAGTT
1 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTCATTTTTTAAAT-TTTTACTT
* * * *
21790 ATTAATTTTCAGAATATT-ACTAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAA-CTTGTATGGATAGAA
65 ATTAATTTTTAGAATATTAATTAATTTA-TATTATTTTATTC-GAATAAGCTTGTATGAATA-AA
* * * ** * * * * *
21853 ACAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAACAATTTAAAAGAAGTAATTATTCATATAGTCA
127 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCA
** ** * * * *
21918 TAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAGATATA-TTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTCTTGAA
192 TAACTATTTGAACTTATTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAA
* * * *
21978 ATATTAATGAATTAGTATTATTTTATT-TCAAATAAACTTGTATG--TTGAAAACAATTGTTTTA
257 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAATAG-AAACAATTGATTTA
* ** * * *
22040 TGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAACAAATAGTT
320 TGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATT
* * * * * *
22080 GTTCAAATTGCCATAATTATTTGAAC-TGATTCGGTAAACTAATTTATTTTTTAAATCTTTTACT
1 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCAGTAAACAAATTCATTTTTTAAAT-TTTTACT
* ** * * * *
22144 TATTAACTTTT-GAAATATTAA-TAAAGTAGTATTATTTTATTTGGATAAGATTTTATGAACTAA
64 TATTAATTTTTAG-AATATTAATTAATTTA-TATTATTTTATTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAA
* * * * *
22207 AACAACTATTTTATGACAAAACAAATGGTCA-AATGATTTTAAATAAATAATTGTTTAAATAGTC
126 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTC
* * * * * * * * * *
22271 ACAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATATTTTCAAATCTCATGCTGATTAATTTTTT
191 ATAACTATTTGAACTTATTCAGTAAACAAATTTAT-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA
* * * * * **
22336 GAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAGTAAGCTTGTATGAATTGAAGTAATT-ATTGT
255 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGATT-T
* * * *
22400 ATAACTAAACAAAAGGTCAGAGCAATTTGAAATAGATAATT
319 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATT
* * * * * * * *
22441 ATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACACATTAATTTTTTAAA--TCT-CTTA
1 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTCATTTTTTAAATTTTTACTTA
* * * * **
22503 TTAATTTTT-GAAATATT-ATTAAATTAGTATTATTTTTATCCAAATGAGCTCATATG-ATCAAA
66 TTAATTTTTAG-AATATTAATTAATTTA-TATTA-TTTTATTCGAATAAGCTTGTATGAAT--AA
* * * * ** * *
22565 AACAGTTGTTTTATGAGAAAAC-AAAGATCATAATGATTTGAGATTGATATTTCTTCAAATAGTC
126 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTC
* ** * * * * *
22629 TTAACTATTTGAAC-TAGTTTGGAAAACAACTTTAGTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTG
191 ATAACTATTTGAACTTA-TTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA
* * * * * * *
22693 AAATATTAAAAAAGTATTATTATTTTATT-TCAGATAAGTTTTTATGAACT-GAAACAATTGTTT
255 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGATT
* *
22756 TGTGATAAAACAAAAGGTCATAACAACTTT-AAATAGATAATT
318 TATGACAAAACAAAAGGTCATAACAA-TTTGAAATAGATAATT
* * * * * **
22798 GTTCAAATAGTCA-AATCTATTTAAACTTGTTCAATAAATAGATTTATTTTTTTAAATCTCCTAC
1 GTTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTCA-TTTTTTAAAT-TTTTAC
* * * ** * * *
22862 CTATTAATTTTCAAAATATTAA-TAAAATAGTATTATTTTAATCTAAATAAACTTGTATGAATAG
63 TTATTAATTTTTAGAATATTAATTAATTTA-TATTATTTTATTC-GAATAAGCTTGTATGAATA-
*
22926 AAAGAATTGTTTTATGAC-AAA-AAAA--TCATAACT-ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG
125 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG
* ** * * *
22986 TCATAA-TGATATGAACTTGCTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATTT
189 TCATAACT-ATTTGAACTTATTCAGTAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTT
** * *
23049 TTGGAATATTAATAAAATATTATTATTTTATT-TCAAATACA-CTTGTATGAATAGAAACAATTG
252 TTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATA-AGCTTGTATGAATAGAAACAATTG
* * *
23112 GTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATCGATAATT
315 ATTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATT
* * *
23157 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TATGTTTAG-AAAGCAAATTTA-TTTTTAAATTTTTGCT
1 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTCAGTAAA-CAAATTCATTTTTTAAATTTTTACT
* * * ** * *
23219 TATTAATTTTTGGAATATTGATAAATTTAGCTTATTTTATTCGAAATAAGCTTATATGAACATAA
64 TATTAATTTTTAGAATATTAATTAATTTATATTATTTTATTCG-AATAAGCTTGTATGAATA-AA
* * * * * *
23284 ACAATTATTTTATGACACAACAAAAGGTCATAA-CATTTGAAATAGATAATTGTTCGAATAGCCA
127 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * * * ** * **
23348 TAACCATTTGAACTTATCCGGTAAACATATTCACATTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTGGA
192 TAACTATTTGAACTTATTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAA
* * * * * *
23413 ATATTAATAAAATAGTATTATTTTATT-TCAAATAAGCCTATGTGAACTA-AAACAGTTGTTTTA
257 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGATTTA
* *
23476 TGACAAAACAAAAGGTCATAGCAATTTGAAATATATAATT
320 TGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATT
* * * * * * * ** *
23516 ATTCAAATAGTTATGACTATTTAAACTTGTTCAATAAACATATTTATTTTGAAAACCTTTTACTT
1 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTCATTTTTTAAA-TTTTTACTT
* * * * * * * * * * * *
23581 TTTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTGAATCCAAATAAACTTGTGTGAACAAAAT
65 ATTAATTTTTAGAATATTAATTAATTTATATTATTT-TATTCGAATAAGCTTGTATGAATAAAA-
* * * * * *
23646 CAATTGTTTTATGACAAAATAAAAAGTCATAACGATTTGGAATAAGTAATTGTTTAAATAGTCAT
128 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCAT
* ** ** * * * *
23711 AAC----TG-A--T-TTGA-TAAACTGATTTATTTTTTTAAATCTCCAATTTCTCAATTTTTGAA
193 AACTATTTGAACTTATTCAGTAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAA
* ** * ** * * * *
23767 ATATTAATAAAGTAACATTATTTTATTTTGGATAAGATTTTATGAATTGACACAATT-ATTTTAT
257 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGA-TTTAT
** * * * *
23831 GTTAAAAGAAAATGTCATAACGATTTTAAATAGATAATT
321 GACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATT
* * * * * * * *
23870 GTAT-AAAT--TGA-AAC-AATT--A-TTTTATGACTAAACAAATTGTCAAAATGATTTGAAATA
1 GT-TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGT-TCAGTAAACAAA-T-TC---AT-TTTTTAAATT
** * * * * ** * ** *** *
23927 GATAATTATTCTAATAGTCTTA-ACTATTTGAACTGGTTCAGTAAACATATTTAGTTTTTA-AAT
58 TTTACTTA-T-TAAT--TTTTAGAATA-TT-AATTAATTTA-T-ATTAT-TTTA-TTCGAATAAG
* * * * * * * **
23990 CTCT-TACTTATTAATTTTTAGAATAT-TATTAATTTAGCAATATTTTACTTTGAATAAGCTTGT
113 CT-TGTA-TGAATAA----AACAAT-TGT-TTTA-TGA-CAA-A----AC----AA-AAGGTCAT
* * * * * * * * * *
24053 -ATGAATAGAAACAATTACTT-TATGAGAAAAAAAGGATCATAACAATTTTAGATAAATAATTGT
158 AATGATTTGAAATAAATAATTGT-T----CAAATA-G-TCATAACTA-TTT-G----A-ACTTAT
* * * *
24116 TCAAATAGTCATAAC-TATTTGAATTGGTTCGATAAGTAAATTTAGTTTTTTAAATCTCTTCTTA
209 TC----AGT-A-AACAAATTT--ATT--TT---T---T-AA---A-TCTCTT--A---CTTATTA
* * * * **
24180 ATTTTTGAAATATTAATAAATTGGTACTACTTTATTCTAAATAATTTTGTATGAATCA-AAACAA
248 ATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAA
* * **** * **
24244 TTGTTTTACAACGATTTACAATAAAACAAAATAAAATAACAATTTGAAATAGCTAAAA
312 TTGATTT------A-TGAC---AAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATT
* * * * * * * * ***
24302 GTTCGAATAGACTTGACTATTTGAACTTGTTTAGTGAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCAACTT
1 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTCATTTTTTAAAT-TTTTACTT
* * **
24367 ATTAATTTTTAGAATATTAA-TAAATTAGTATTATTCTATTTCGAATAAATTTGTAT-AAGTAGA
65 ATTAATTTTTAGAATATTAATTAATTTA-TATTATTTTA-TTCGAATAAGCTTGTATGAA-TA-A
* * * * *
24430 AACAATTTGTTTTATAAGAAGACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGT
126 AACAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGT
* *** * *
24495 CATAACTATTCGAACTCGCTCAGTAAACATATTTTATTTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTT
190 CATAACTATTTGAACTTATTCAGTAAACA-AATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * * * * * * *
24560 TGAAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATAGC-AAAAAAGCTTTTATGAACAAAAACAATTGGT
253 TAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGAT
* *
24624 TTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATGGATAATT
317 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATT
* * * * * *
24667 GTTCAAATAGAT-ATAATTATTTGAACGTGCAT-AGAAAACAGATTTATTTTTTAAATTTTTACT
1 GTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTTG-TTCAGTAAACAAATTCATTTTTTAAATTTTTACT
* * * *
24730 TATTAATTTTT-GTAATATTAATCAATTTATATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGCATGAACAGA
64 TATTAATTTTTAG-AATATTAATTAATTTATATTATTTTATTCG-AATAAGCTTGTATGAATA-A
* * * * * * * * * * *
24794 ACCAATTGTTTTACGACAAAACAAAAGTTCATAATGTTTTAAAATAGATAACTATTTAGACAGTC
126 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTC
* * * * *
24859 ATAGCTATTTGAGCTTATTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAGTCTCTTACTCATTAA--TTTAA
191 ATAACTATTTGAACTTATTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAA
* * * * *
24922 GTAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAAATAAGCTTATTTGAATTGAAACCATTGTTT
256 --AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGATT
* ** *
24986 TATTACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGTTAATT
318 TATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATT
* * * * * * * * *
25028 ATTCAAATAATCATGATTATTTCAATTTGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTTAAATCTTTTACT
1 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTCA-TTTTTTAAAT-TTTTACT
* * * * * * *
25093 TATTAATTGTCAAAATATTAA-TAA-TTAGTATTGTTTTAATCTGAATAACCTTGTATGAACATA
64 TATTAATTTTTAGAATATTAATTAATTTA-TATTATTTTATTC-GAATAAGCTTGTATGAATA-A
**
25156 AACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGT
126 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-GTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGT
* * *
25220 CATAAC-ATTTGAACTTGTT-TGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT
190 CATAACTATTTGAACTTATTCAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
** * * * *
25283 TTAATATTAATAATTTTGTATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATT-ATTT
254 AAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGA-TT
* * * *** * *
25347 TATGTCAAAACAAAATGTTATAGTGATTTCAAATAAATAATT
318 TATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATT
* * * * *
25389 GTTCAAATAGTCATAA-TCATTTAAACTTATTC-GATAAACAGATTC-TTTTTTAAATCTCTTAA
1 GTTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAACTTGTTCAG-TAAACAAATTCATTTTTTAAAT-TTTTAC
* * * ** * * * *
25451 TTATTAATTTTATGGAATATTAATAAACTGGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATGAACCA
63 TTATTAATTTT-TAGAATATTAATTAATTTATATTATTTTA-TTCGAATAAGCTTGTATGAA-TA
* * * * * * * * *
25516 AAACAAATCTTTTATGATAAAAGAAAGGGTCTTAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAAT
125 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGT
* ** * * * * * *
25581 CATGACCGTTTGATC-TAGTTCAATAAATATATTTATTTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATTGT
190 CATAACTATTTGAACTTA-TTCAGTAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * * * * * *
25644 TGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTAAATAAGCATGTATGAACAAAAACAA--CA--
253 TAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGATT
* * *
25705 -A-GAC---A-AAAA-GTCAGAACGATTTGAAATAAATAATT
318 TATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATT
* * * * * * *
25740 -TGTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTT-TGACAAATAGATTTATTTTTTAAA--TCT-CT
1 GT-TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAACAAATTCATTTTTTAAATTTTTACT
* * * * * *
25800 TATTAATTTTT-GAAATATTAA-TAGA-TTAGTATTACTTTATTATGAACAAACTTATATGAACA
64 TATTAATTTTTAG-AATATTAATTA-ATTTA-TATTATTTTATT-CGAATAAGCTTGTATGAATA
* * * *
25862 AAA-ACATTGGTTTGATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
125 AAACA-ATT-GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATA
* * * * *
25926 GTCATAATTATTTGAA-TTGGTT-AGGTAAACAGAA-ATAGTTTTTAAAAATATCTTACTTATTA
188 GTCATAACTATTTGAACTT-ATTCA-GTAAACA-AATTTA-TTTTT-TAAATCTCTTACTTATTA
** * ** * *
25988 ATTTTTGCAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATT-TCAAATTGGCTAGTATGAATTGAAA-A
248 ATTTTTAAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACA
* * * *
26050 TTTGTTTTATGACAAAGCAAAAGGTCATAACATTTTGAAATAGATAATT
311 ATTGATTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATT
* * * * *
26099 GTTCATATAGTCTTAAATATTTGAA-TTGGTT-TGTCAAACAAATTTA-TTTTT-AATTCTCTTA
1 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCAGT-AAACAAATTCATTTTTTAAATT-T-TTA
* * *
26160 GTTATTAATTTTTAGAATATT-ATTATATTTGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATA
62 CTTATTAATTTTTAGAATATTAATTA-ATTTATATTATTTTA-TTCGAATAAGCTTGTATGAATA
* * * * * ** * * * *
26224 GAAATAATTGTTTTGTGACAAAACAAACGATTATAACAATTTGAAGTATACAATTATTCAAATAG
125 -AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG
* * * * * *
26289 TCATAATTATTTGAACAGT-TTGA-TGAACATATTTATTTTTTAAATCGCTTACTTATTAATTTT
189 TCATAACTATTTGAAC-TTATTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * * * *
26352 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTATATTCTGACTAAGCTTGAATG-ATCA-AAAC--TTG-T
253 TAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGAT
* * *** *
26412 TATATGACCAAACAAAAGGTAATAATGGTTTGAAATAGATAAAT
317 T-TATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATT
* * * * * * * * *
26456 GTTGAAATGGCCATAATTATTTGAA-ATGATTCAGTAAATAGATTCACTTTTTAAA---TCACTT
1 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCAGTAAACAAATTCATTTTTTAAATTTTTACTT
* * * * * *
26517 ATTAATTTTTGGAATGTTAAGTAAATTTGTACTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTAAA
65 ATTAATTTTTAGAATATTAA-TTAATTTATATTATTTTA-TTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAAA
** * * ** *
26582 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATTTCATAATGATTTTGAAATAGATAATTATTCGTATTGTC
127 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA-TTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTC
* * ** * * * * * *
26647 TTAACTATTTAAACTGCTTC-GACAAATAAATTTATTTTTTAAATCCCTTAGTTATTACTTTTCA
191 ATAACTATTTGAACTTATTCAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA
* * * *
26711 TAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACT-GAAATAATT-ATTT
255 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGATTT
* * ** *
26774 A-GA-ATAGAACAAAAAGTTATAATGATTTGAAATAGGTAATT
319 ATGACA-A-AACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATT
* * * * *
26815 ATTCAAATA---A-AA--A-CTG--C---TTC-GATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACT
1 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAACAAATTCATTTTTTAAAT-TTTTACT
* * * *
26867 CATTAATTTTT-GAAATATTAA-TAAATTAGTATTTTTTTTATTCCAA-ACAGCTTGTATG-ATG
64 TATTAATTTTTAG-AATATTAATTAATTTA-TA-TTATTTTATTCGAATA-AGCTTGTATGAAT-
* * * * * *
26928 AAAAACAATTATTTTATGACAAAA-TAATGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTAAAATA
124 -AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATA
* ** * * * * * * * *
26992 G-CTATAATTATTTGAA-TTGATTTGGTAAATAGATTCACTTTTTACAAAATAATGTT-CATAAT
188 GTC-ATAACTATTTGAACTT-ATTCAGTAAACAAATTTA-TTTTT--TAAAT-CTCTTACTTATT
* ** ** * * * * *
27054 GATTTGAAATAGATAATTGTTAAAATAGCGA-TA-ATTATT-TGAAT-TGCTTTGGTA--AATAG
247 AATTTTTAA-A-AT-ATTAATAAATTAG-TATTATTTTATTCTAAATAAGC-TT-GTATGAATAG
** * * ** * * ** * *
27113 ATTCACTT--TTTA-AATCACTTACTTATTAA-TTTTTGAA-ATATTAAT-AAATTATTATTATT
306 AAACAATTGATTTATGA-CA-AAAC--A-AAAGGTCAT-AACA-ATT--TGAAA-TA-GA-TA-A
27172 TT
358 TT
* * * * * * **
27174 ATTTCGAATAAG-CTTTAA-TGAATTGAAACAATTGTTTTATAATAAAACAAAATATCA--TAAT
1 -GTTCAAAT-AGTC-ATAACT-ATTTG-AAC--TTG--TT-CAGT-AAAC-AAAT-TCATTTTTT
* * ** * * * * * * * * * *
27235 -GATTTTAAAATATACAATTGTTCA-AATAGTCA-CAA-CTAT-TTGAATTTATTCAAAAAACAC
53 AAATTTTTACTTAT-TAATT-TTTAGAATATTAATTAATTTATATT-ATTTTATTCGAATAA-GC
*** * ** ** ** * * *
27295 ATT-TATTTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGA-AATAGTAAAAAATTAGT-ATTATTTT
114 -TTGTA--TGAATAAAACAATTG-TT-TT-A----TGACAA-AACAAAAGGTCA-TAATGATTTG
** ** * * * * * **
27357 ATTTTGGATAACCTT-TTACGAACTGAAG-C--AATTGTTTTATGAC-AAAACAAAAGATCATAA
167 A-AATAAATAA--TTGTT-C-AAAT--AGTCATAACTATTTGA--ACTTATTC---AG-T-A-AA
* * ** * ** * * *** * ** *
27417 CGATTTTAAATATT-AATCT-TTCAAATAGTCATAACTACTTGAGCTTATTTGATAAACAAAT-T
217 CAAATTTATTTTTTAAATCTCTT-ACTTA-T--TAA-T-TTTTAAAATA-TTAATAAATTAGTAT
** * * * * *
27479 TATTTT-TTC-AAAT-CTCTTGCTTATTAATTTTTCAAATGTTAATATATTAGGATTGTTTTGTT
275 TATTTTATTCTAAATAAGCTTG--TATGAA----T---A-G-AAACA-ATT--GA-T-TTATG-A
* * ** ** * * *
27541 CTAAAC--AAGCTTGT-ATGATATGAAACAAAT-ATT
323 CAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATT
* * * * * * * * *
27574 -TTACGACTA---A-AAATAGGTTAGAACAAT-TT-A-AAATAGATAATT-A-TTCTTATAGTTT
1 GTT-CAAATAGTCATAACTA--TTTGAAC-TTGTTCAGTAA-ACA-AATTCATTTTTTA-AATTT
* * ** * *
27629 TAAC-TATTTGAACTGGTTT-GACA-AACACATTTATTT-T-TTAAATCTCTTACTT--ATTAA-
59 TTACTTA-TT-AA-T-TTTTAGA-ATATTA-ATTAATTTATATT--AT-T-TTA-TTCGAATAAG
* * * ** *** * ** * *
27686 -TT-TTTGAAATATTAATAAAATTAGTATTAT-TTATTTCGAATAAGCTTGT-ATGA--TAAAAA
113 CTTGTATG-AATA--AA-ACAATT-GTTTTATGACAAAAC-AA-AAGGTCATAATGATTTGAAAT
* * * * * * * * * ***
27745 AAACAATTGTTTTATAACAAAACAAATGGTTATAGCAATTTGAA-ATAGATAATTGTTCAAATTG
171 AAATAATTG---T-T-------CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTA-TTCAGTAAACAAATT-
* * * ** * * * * * * *
27809 TCATAATTATTTAATTAATTTAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATAAATT
223 T-AT--TT-TTT-A--AATCT-CT-TACTTA-TTAATTTTTAAA-ATATTA---ATAAATTAGTA
** * * * * *
27874 TGTATTATTTTATTCTGTATAAACTTGTATTAATTGAAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGG
274 T-T---ATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGATTTATGACAAAACAAAAGG
** * * *
27939 TCATGGCAATTTTAAATAAACAATT
335 TCATAACAATTTGAAATAGATAATT
* * * * * *
27964 GTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTTTTCGGTAAATAGATTTATTTTCTTAAATCTCTTT-C
1 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTCATTTT-TTAAAT-T-TTTAC
* * * * * ** * *
28028 TTCTTAATTTTTTGAATGTTAA-TAAATTAGTATTAATTTATTTCGAGGAAGCTTGTATAAATTG
63 TTATTAATTTTTAGAATATTAATTAATTTA-TATTATTTTA-TTCGAATAAGCTTGTATGAA-TA
* * * * *
28092 AAACAATTGCTTTTATGACAAAACAAAAGATCAAAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAG
125 AAACAATTG-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG
* * ** *
28157 T-ATTAA-TCATATAAACTGGTTCAATAAAC-AA-TT-TTTTTT--ATCTCTTACTTATTAA-TT
189 TCA-TAACT-ATTTGAACTTATTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * * * * * * * *
28214 TTGAAATATTATTAAATTTGTATTATTTTAATTC-CAATAAGCTTGAACGAACA-AAAAAATTGT
252 TTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGA
* * *
28277 TTTATGTCAAAACAAATA-GTCATAACTATTTGAAATAGATAATC
316 TTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATT
* * * * * * * * * **
28321 ATTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTCGTTC-G-ACAATTAGATTTATCTTTTAATTTTCTTGG
1 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTA-AA-CAAATTCATTTTTTAAATTT-TTAC
* * * * * ** * *
28384 TTATTAAGTTTCAAAATATT-ATTAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAAATAGTATGAACAG
63 TTATTAATTTTTAGAATATTAATTAATTTA-TATTATTTTATT-CGAATAAGCTTGTATGAATA-
* **** * * * * * *
28448 AACCAATTGTTTGGCAACAAAACAAAAAGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTGATATAGT
125 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGT
* * * * *
28513 CAAAACTATTTGAAATTGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTGACTAA-TTTT
190 CATAACTATTTGAACTTATTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT-ATTAATTTTT
* * * * * * * *
28576 ATAAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAACAAACTTATATGAACAAAAACAATT-ATT
254 A-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGA-T
* * ** *
28640 TTATGACAAAACAAAAAGTAATAATGATTTGAAATAAATAATT
317 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATT
* * * * * * * *
28683 GTTCAAATAGTTATAATTATTTTATAATTATTTTAACTGATTCGGCAAATAATAGT-ATTTTTTA
1 GTTCAAATAGTCATAACTA--TT-TGA--A--CT---TG-TTCAGTAAACAA-ATTCATTTTTTA
* * * * * * * *
28747 AATCTCTTACTTATAAAATTTT-GAAATATTAA-CAAATTAGTTTTATTTTATTCTAAATAAACT
54 AAT-TTTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATTAATTTA-TATTATTTTATTC-GAATAAGCT
* * * * * * * * * *
28810 TCTATGAGCTGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACGATTTAAAATAGATTATT
115 TGTATGA-ATAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATT
* * * * * * * ** *
28875 GTTTATATAGTCTTAACTTTTTGAA-TTGGTT-TGACAAACGGATTTATTTTTTAAATCTCTTAG
179 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-ATTCAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
* * * * * *
28938 TTATGAATTTTTAGAATATTATTAATTTAGTATTATTTTATTCTAAATAAACTTGTATGAACA-A
242 TTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGA
* ** * * *
29002 AATAATTCTTTTATGACAAAACAAATGGTTATAACAATTTGAAAT-GCATAGTT
307 AACAATTGATTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAG-ATAATT
* * * ** * **
29055 GTTCAAATAGTCATAACTATTT--A-TT-TT-TG-GATC----TC--TTACT-AATTCTTGAAAT
1 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTCATTTTTTAAATT-TTTACTT
** * * * * * * *
29107 ATTAATAAATTAG--TATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGTTGAAAAATAATTG-TTTTAT
65 ATTAAT-TTTTAGAATATTAATTAATTT-ATATTA--TTTTAT-TCG---AATAA--GCTTGTAT
** * * * *** * * * * ** *
29169 G-ATAAAACAAAAG-GTAATAACAATTTATAA-TTTATAAT--TGTTCAAATGGCCATAATTATT
120 GAATAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGAT-TTGAAAT--AAATAATT-GT
* * * * * *
29229 TGAACT-G--AT-TCGA--TAAAC-TA---A---------TTTATTTTTTAAAGCTCTTACTTAT
181 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
* * * * * * ** *
29275 TAATTTATGAAATATTAATAAAGTA-AACTTATCTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACTA-AAA
246 TAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTA-TTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAA
* * * * *
29338 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAATAATTTTAAGTAGATAATT
309 CAATTGATTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATT
* * * ** * * * *
29389 GTTCAAATAATAATAACTATTTGAGCTTGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTCAAATCTCTTGCT
1 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTCATTTTTT-AAAT-TTTTACT
* * * * *
29454 TATTAATTTTTTGAATGTTAA-TAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACTGA
64 TATTAATTTTTAGAATATTAATTAATTTA-TATTATTTTATTC-GAATAAGCTTGTATGAA-TAA
* * * * * * * * *
29518 AACAATTATTTTATGACTAAATAAAAGGTTAGAATGATTTAAAATAGATAATTATTCTAATAGTC
126 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTC
* * * * * * * * * *
29583 TTAACCACTTGAAATGATTCGGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA
191 ATAACTATTTGAACTTATTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAA
* * * ** * * * **
29648 AATATCATTAAATTAGTATTATTTTAATCCGAATAAGCTTATATGACA-AGAAAGAGTTTTTTTA
256 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGA-ATAGAAACAATTGATTTA
* * * * * *
29712 TGACAAAAC-AAAGATCATAGCGATTTGAGATTGATATTT
320 TGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATT
* * ** * * ** * * * *
29751 GTTCAAAT-GATCATAACTATTTGGACTAGTTTGGAAAATAGCTTTAGTTTTTAAATCTCTTGCT
1 GTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTCATTTTTTAAAT-TTTTACT
* * * * * ** * *
29815 TAATAATTTTT-GAAATATTAATGAA-GTAGTATTATTTTATTTTGGATAAATTTTTATGAACTG
64 TATTAATTTTTAG-AATATTAATTAATTTA-TATTATTTTA-TTCGAATAAGCTTGTATGAA-TA
* * * *
29878 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATGGT
125 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * * *
29943 TATATCTATTTAAACTTGTT-AGGTAAACATATTAATTTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTT
190 CATAACTATTTGAACTTATTCA-GTAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
** * *
30007 TTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAAATAAGCTTGTATGAACTA-AAATAATTGT
253 TAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGA
* * **
30070 TTTATGACTAAACAAAAGGTCAGAATGATTTGAAATAGATAATT
316 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATT
* * * * * *
30114 GTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGATT-GGCAAA-ACA--CA---TTT--ATTTTT--TT
1 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCAGTAAACAAATTCATTTTTTAAATTTTTACTT
* * *
30168 ATT-A---TT--AA-ATT-AGT-A-TTATCTTA----A-TCGAAATAAGCTTATATGAA-AAGAA
65 ATTAATTTTTAGAATATTAATTAATTTATATTATTTTATTCG-AATAAGCTTGTATGAATAA-AA
* * * * * *
30217 GCAATTGTTTTATGACAAAA-TAAAGATCATAACGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAGTAGTCA
128 -CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * * *
30281 TAATTATTTGAACTGATTTAGTAAACAGATTTAGTTTTTAAATCTC-TA---ATTAATTTTTAAA
192 TAACTATTTGAACTTATTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAA
* ** * *
30342 ACATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAATTTTGTATGAAGAGAAACAATTGTTTTATG
257 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGATTTATG
* **
30407 ACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATT
322 ACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATT
* ** * * ** * * * *** *
30445 ATTCAAAGGGACATAACTATTTAAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCAACCT
1 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTCATTTTTTAAAT-TTTTACTT
* * * **
30510 ATTAATTTTTATAATATTAA-TAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAAATTGTATGAATAGAA
65 ATTAATTTTTAGAATATTAATTAATTTA-TATTATTTTA-TTCGAATAAGCTTGTATGAATA-AA
* * ** * * *
30574 ACTATTATTTTATGACAAAACAAAATATCATAACT-ATTTGAAACAAATAATTATTCAAA-CGAT
127 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG-T
* * * * *
30637 CATAACTATTT-AAGTT-TGCTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATCAATTTT
190 CATAACTATTTGAACTTAT--TCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
** * * * * * * *
30700 TGGAATACTAATAAATTAGTACTATTTTGTTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGGTT
253 TAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGATT
* *
30765 TATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTG-AAT-G-T-GTT
318 TATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATT
** * * ** * * * **** **
30803 -TAGAAAATAGATTTATTTTTTAC-ATTTCTACTTATTAATTTTTGAAA-T-A-TTAATAAATTT
1 GT-TCAAATAG--TCA----TAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTCATTTTTTAAATTT
* * * * ** * *
30863 ATA-TTATT--TTATTTGGAATAACTGTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTA-T-GACA-AAAC-
59 TTACTTATTAATT-TTTAGAAT-A-T-T-AATTAAT--TTAT-ATTATTTTATTCGA-ATAAGCT
*** * * * * * * *
30921 AAAAAG-GTCAAAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAAGAA-CT-ATTTAAACTTG-
115 TGTATGAAT-AAAACAA-TTG---T--TTTA-TG-ACAAA-A-CAA-AAGGTCA--T-AA--TGA
* * * * *
30982 TTTGGTAAACTAATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAA-T-TTTAGGAAC--ATT-AGTAAA
163 TTT-G-AAA-TAAATAATTGTTCAAA-----TAGTCA-TAACTATTT--GAACTTATTCAGTAAA
* * ** * * * *
31042 TTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCCTATATGAACTAATACAATTATTTTAAAATCA--AACAA
217 -CA--A--A-TTTATTTT--TTAAATCTCT-T--ACTTAT-TAA-T-TTTTAAAAT-ATTAA-TA
* * *
31105 AAGGTCATAGCAATTTGAAATAGATAATTATTC-AAAT-AGTTATGGCTATTTGGATTTTTTAGG
266 AA--T--TAG-TA-TT---AT---T--TTATTCTAAATAAGCT-T-G-TA--T-GA----ATA-G
* * * ** * * ** * *
31168 TAAACATATTTATTT-TTA-AAATC----TTTTACTTATTATTTGAGGAAATA-CTAATAA
306 -AAACA-ATTGATTTATGACAAAACAAAAGGTCA-TAACAATTT---GAAATAGATAAT-T
* ** * * ** *
31222 ATT-AATATTA-TTTTAA-TATGAAT-AAGCTTGTATGAACAAAAACAATT--TTTTTATAAAAG
1 GTTCAA-A-TAGTCATAACTAT--TTGAA-CTTGT-TCAGTAAACA-AATTCATTTTT-T-----
* ** * * ** ** * * * * **
31281 AAAGTCGTAATGATTTAAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTATTCGATA
53 AAATTTTTACTTA-TTAATTTTTAGAA-TATT-AATTAAT--TTA-TA-TT-ATTTTATTCGA-A
* * *** * * * * * * *
31346 AACAGATT-TATTTTTTAAATCTTTTATTTTTTTAATTGTTTAAATATTAATAAATTTGTGTTAT
109 TA-AGCTTGTA-TGAATAAAAC---AATTGTTTT-A-TG---ACA-A--AACAAA--AG-GTCAT
* * ** * * ** *
31410 -TTTATTTGAAAT-AA-GCTTGTAT-GAATAG-CA-AA--AATTG-TTTTATGACA--AAACAAA
158 AATGATTTGAAATAAATAATTGT-TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTAT-TCAGTAAAC-AA
** * * * ** * *
31464 AGGTTATAGCGATTTGAAATAGATAATTGA-TAAATAGTCATAACTGTTTTAACTTGTTCAACAA
220 A--TT-TA--TTTTTTAAAT--CT-CTT-ACT---TA-T--TAA-T-TTTTAAAATATT-AATAA
* ** * ** * *
31528 A-TAG-ATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAGCTAGAAGT-AT
267 ATTAGTATT-A--TTTT--AT-TC-TA---AATAA-GCTT-G--TATGAAT-AGAAACAATTGAT
** *** * * *
31590 GTTATTTCAAATA-AACTTGT-AT--GAA-TAGAAATA-ATTGATTT
317 -TTATGACAAA-ACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGA-T-AATT
* * * * * * * **
31631 GTGATAACACAAAAGATTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAACAATCATAAATATTTGC
1 GT--T--CA-AATAG-TCATAACTATTTGAACTTGTTCA--G-T-AAACAA--ATTCAT-TTT--
** * * * * * **
31696 ACTCGGCAAGCTAACAAATTCA-TTTTTGAAATTCATTAGTTATCTTTTTAGAATATTAATAAAT
51 --T--------TAA-ATTTTTACTTATT--AATT-TTTAG--A--ATATT---A-ATTAATTTA-
* * * *
31760 TAGCATTATTTTATTTTGAATAAGAC-TGTATGACTAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAT
93 T---ATTATTTTA-TTCGAATAAG-CTTGTATGAATA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
* * * * * * *
31824 GGTCATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAGTTA-AACTAATTGAA-TTGGTTTAATAA
152 GGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-ATTCAGTAA
* * *
31887 ACAAATTTATTTTTTTAACTCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTT
216 ACAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTT
* * * * * * * * * * *
31952 TATTTTGAACAAACTTATTTGAAAAAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGA
280 TATTCTAAATAAGCTTGTATG-AATAGAAACAATTGATTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAA
* *
32017 TATGAAATCGATAATT
344 TTTGAAATAGATAATT
* * * *
32033 ATTTAAATAGTCATAA-TTTGTTGAA-TTGGTTCAAG-AAACAAAATT-ATTTTTTAAATCTCTT
1 GTTCAAATAGTCATAACTAT-TTGAACTT-GTTC-AGTAAAC-AAATTCATTTTTTAAAT-TTTT
* * * * * * *
32094 GCTGATT-ATTTTT--AATATCAA-TAGATTTGTTTTATTTTATTTCGAATAAG-TTACTAAGAA
61 ACTTATTAATTTTTAGAATATTAATTA-ATTTATATTATTTTA-TTCGAATAAGCTT-GTATGAA
** * * * *
32154 CTGAAAA-AATTGTTTTACAATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAAGAATTGTTCATA
123 -T-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAA
* * * * *
32218 TAGCCTTAACTATTTGAAC-TAGTTC---AAATAAATTTA---TTGAAATCTCTTAGTTATTAAT
186 TAGTCATAACTATTTGAACTTA-TTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
* * * * * * * * *
32276 TTTCATAATATTATTACATTAGTATTATTTTATTCTAAAAAAGCTTGTACGAACATAAATAATTG
250 TTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTG
* * * * *
32341 TTTTATGACAGAACACAAGGTTATAACAATTTGAAATATATAATT
315 ATTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATT
* * * * **
32386 GCTCAAATTGTCATAACCT-TTTGAA-TTGATTCGGTAAACAAATTTA-TTTTTAAATCTCCTAC
1 GTTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAACTTG-TTCAGTAAACAAATTCATTTTTTAAAT-TTTTAC
* *
32448 TTATTAATTTTT-GAAATATTAA-TAAATTACTATTATTTTATTTCGAAT-AGTTTTGTATG-AT
63 TTATTAATTTTTAG-AATATTAATTAATTTA-TATTATTTTA-TTCGAATAAG-CTTGTATGAAT
* * * * ** * * *
32509 GAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATGA-CAAATAAAATAGATAATTATTCAAAT
124 --AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAAT
* * * * *** ** *
32573 GGCCATAATTATTTGAACTGATTC-GATAAATTGATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATCAATT
187 AGTCATAACTATTTGAACTTATTCAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
* * * ** * *
32637 TTTAAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTTGATAAGCTTTTATGAGCTA-AAACAATTG
251 TTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGA-ATAGAAACAATTG
* * * *
32701 -TATTATGATAAAATAAAAAGGTCATAACAGTTTTAAATAGATAATT
315 AT-TTATGACAAAA-CAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATT
* * * * * * *
32747 GTTCATATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT-TGATAAATAGATTTATTTTTTTAATTTCTTGCT
1 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAACAAATTCATTTTTTAAATTT-TTACT
* * ** * * * * *
32811 TATTAATTTTTTGAATGTTAA-TAAAATAGTATTGTTTTATTTTGAATAAGCATATATGAACTGA
64 TATTAATTTTTAGAATATTAATTAATTTA-TATTATTTTA-TTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAA
* * * * * * *
32875 AATAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAACAGATAATTGTTCTAATAGTC
126 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTC
* * * * * * * *
32940 TTAACTATTTGAA-TTGTTCAGTAGACACATCTATTTTTTAAA--TC---CTTATTAGTTCTTAG
191 ATAACTATTTGAACTTATTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAA
* * * * * * * * *
32999 AATACTATTAATTTAGTAGTATTTTACTT-TGAACAAGCTTCTATGAATAGAAATAAAT-ATTTT
256 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGA-TTT
* * * * * * *
33062 AGGATAAAAC-AAAGATCATACCAATTTTAGATAAATAATT
319 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATT
* * * * * * * *
33102 GTTCAAATAGTTATAACTATTTGAAC-TGATTCGGTAAAGAGATTTAGTTGTTAAA--TCT-CTT
1 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCAGTAAACAAATTCATTTTTTAAATTTTTACTT
* * * *
33163 ATTAATTTTT-GAAATAGTAA-TAAATTAGTATTATTTT-TAT-GAATAA-TTTTTATGAATAAA
65 ATTAATTTTTAG-AATATTAATTAATTTA-TATTATTTTAT-TCGAATAAGCTTGTATGAAT-AA
* * * ** ** * * * *
33223 AATAATTGTTTTACGACAAAATAAAATATCATAACAATTTCAAATAGATAATAGTTCAAATAGAC
126 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTC
* * * * * * *
33288 ATGACTATTTGAACTTGTTCAATAAATAGATTAATTTTTTAAATCT-TCAACTTATTAATTTTTA
191 ATAACTATTTGAACTTATTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCT-TACTTATTAATTTTTA
* * * * * * *
33352 GAACATTAATAAATTAGTATTATTATATTTTGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTA
255 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGATTTA
** *
33417 TGACAAAACAAAAGAG-CATAATGATTTGAAATAAATAATT
320 TGACAAAACAAAAG-GTCATAACAATTTGAAATAGATAATT
* * * *** * *
33457 GTTTAAATAGTCATAACAATTTAAACTCACTCGGTAAACAAATTTA-TTTTTAAATGTTTTACTT
1 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTCATTTTTTAAAT-TTTTACTT
* * * *
33521 ATTAA-TTTTGGAATATTAA--AATATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTTTGAAAAGA
65 ATTAATTTTTAGAATATTAATTAAT-TTA-TATTATTTTATTCG-AATAAGCTTGTATGAATA-A
* ** * *
33583 AATAATTCATTTATGACAAAACAAATGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
126 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTC
* * * * * ** * * * * *
33648 ATAATTATTTAAACATGTTCAGAAAATTGATTTTATTTTTAAAAT-TTTTAATTATTAATTTTTG
191 ATAACTATTTGAACTTATTCAGTAAA-CAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA
* * * *
33712 GAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATT-TGAAATAAGCTTGCATGAACA-AAACCAATTGTT
255 AAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-CAATTGAT
* * * * * *
33774 TTACGAGAAAACAAAATGTCATAATATTTTTAAATAGATAATT
317 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATT
* * * * * *
33817 ATTTAGATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAATAGATTCATTTTTT-AATTCTCTTACA
1 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTCATTTTTTAAATT-T-TTAC-
* * * ** * * * *
33881 CT-TTAATTTTTGGAATATTAA-TAAATTAGTATTATTTTATTTAAAATAGGTTTATATGAACTG
63 TTATTAATTTTTAGAATATTAATTAATTTA-TATTATTTTA-TTCGAATAAGCTTGTATGAA-TA
* * * * * ** * *
33944 AAACAATTATTTTATTACAAAACAAAAGGTCACAATAATTTGAATTCGATAATTATTCAAATAAT
125 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * * *
34009 CATGACTATTTGAACTTTTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACATATT-ATTTATC
190 CATAACTATTTGAACTTATTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT-TT
* * * * *
34073 AAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATT-TGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAGTT-ATT
254 AAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGA-T
*
34136 TTATGACATAA-AAAA--TCATAACAATTTG--A-A-ATAATT
317 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATT
* * * * * *
34172 GTTCAAATAGTCATAACAATTCGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTT
1 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTCATTTTTTAAAT-TTTTACTT
* * * *
34237 ATTAATTGTTT-CAATATTAATAAATTTATATTATTTTATT-GAAAATAAGCTTGTATTAACAGA
65 ATTAATT-TTTAGAATATTAATTAATTTATATTATTTTATTCG--AATAAGCTTGTATGAATA-A
** * * ** ** * * *
34300 AA-AAGTCATTTTATAACAAAACAAAAGGTTATAGCGATTCCAAATAGATAATTGTTTAAATAAT
126 AACAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * * * *
34364 CATAATTATTTAAACTTGTT-TGATAAACAGATTCT-TTTTTGAAATCTCTTAATTATTAATTTC
190 CATAACTATTTGAACTTATTCAG-TAAACAAATT-TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * * * ** * *
34427 CATAATATTAATAACA-TAGTATTATTTTATT-TCAAATAAGTTTATATGAACCGAAATAATTTT
253 TAAAATATTAATAA-ATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAA-TTG
* * * * *
34490 TTTTTTGAGAAAACAAAAGGTCATAATAATTTAAAATAGATAATT
315 ATTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATT
* * * ** *
34535 ATTCAAATAGTCATTACAATTTGATGTGGTTC-GATAAACATAATT-ATTTTTTAAGATTTTTAC
1 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAACA-AATTCATTTTTTAA-ATTTTTAC
* * * * *
34598 TTATTAATTTTTA-AATTTTAATAAATTAATAATATTTTAATCTGAATAAG-TTGTATGAATAGA
63 TTATTAATTTTTAGAATATTAATTAATTTATATTATTTTATTC-GAATAAGCTTGTATGAATA-A
* * * ***
34661 AACTATTGTTTTAT-AGCAAAACAAAA-ATCCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTTTGATAG
126 AACAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAGGT-CATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG
* *
34724 TCATAACTATTTGAACTGCT-TTGA-TAAACATATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTT
189 TCATAACTATTTGAACT--TATTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * * * * * * *
34783 TTGAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTCTAAACAAACTTATATGAACATAAAC--CT--T
252 TTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGAT
* * *
34844 TTACGACAAAACAAAAGTTTATAACAATTTGAAATAGATAATT
317 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATT
* * * * *
34887 GTTCACATAGTCATAATTATTTGAAC-TGATT-AGGTAAATAGAATT-ATTTTTTTAATCTCTTA
1 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCA-GTAAACA-AATTCATTTTTTAAAT-TTTTA
* * * * *
34949 CTTATTAATTTTTTA-AATATTAATAAATTCATTTTATTTTATTCTTAATAAGCTAGTATGAATT
62 CTTATTAA-TTTTTAGAATATTAATTAATTTATATTATTTTATTC-GAATAAGCTTGTATGAA-T
** * ** * *
35013 GAAAATTATTGTTTTATGGCAAGAA-AAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCATAT
124 -AAAACAATTGTTTTATGACAA-AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAAT
* ** * * *
35077 AGTCTTAACTATTT-AA-TGGGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTAAGTTATTAATT
187 AGTCATAACTATTTGAACT-TATTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
** * * * ** * * * *
35140 TTTGGAATATTATTAGATTAGTATTATTTTATTTTGTATAAGCTTGTACGAATATAAATAATTGT
251 TTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGA
* ** * * *
35205 TTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAGTATACAATT
316 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATT
* * * * * *
35249 ATTCAAATAATCATAACTATTTGAA-TTGGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAA--TCT-CTT
1 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCAGTAAACAAATTCATTTTTTAAATTTTTACTT
* * * *
35310 ATTAAATTTT-GAAAGATTAA-TAAATTAGTATTATTTTATTCGGAATAAGCTTGTATGATAAAA
65 ATTAATTTTTAG-AATATTAATTAATTTA-TATTATTTTATTC-GAATAAGCTTGTATG--AATA
* * * * ** * *
35373 AAACAATTGTTATATGACCAAACAAAAGGTAATAATAATTTGAAATGGATAATTGTTGAAAT-GG
125 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * * *
35437 CTATAATTATTT-AAATTGATTTTA-TAAATAGATTCACTTTTTAAA--TC--ACTTATTAATTT
190 C-ATAACTATTTGAACTT-A-TTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TT
* * * * *
35496 TTTGAAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATT-TCAAGTAAGCTTATATGAACT-GAAACAATT
251 TTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATT
* * *
35559 GTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATT
314 GATTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATT
* * * * * *
35605 GTTTAAATAGTCATAACTATTTGAATTTTTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTTAAACTCTTACTT
1 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTCA-TTTTTTAAATTTTTACTT
* * * * *
35670 ATTAATTTTT-GAAATATTAA-GAAATTAGTATTATTTTAATTTGGATAAGCTT-TAATGAATTG
65 ATTAATTTTTAG-AATATTAATTAATTTA-TATTATTTT-ATTCGAATAAGCTTGT-ATGAA-TA
* * * ** ** * * **
35732 GAATAATTGATTTATGTTAAAACAAAAGGTCATAACAATATT-AAATGAATAATTGTCCCCATAG
125 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGAT-TTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * *
35796 TCATAACTATTTGAACTTATTCAATAAGCAGATTTATTTTTCCAAATCTTTTGCTTAGTAATTTT
189 TCATAACTATTTGAACTTATTCAGTAAACAAATTTATTTTT-TAAATCTCTTACTTATTAATTTT
** * * * * * *
35861 TTGAATGTCAATAAATTTAG-ATTATTTTA-TCGAAATAAGCATGTAAGATATA-AAACAAAT-A
253 TAAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGA-ATAGAAACAATTGA
* * * *
35922 TTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAATAATTTGAAATAAATAATT
316 -TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATT
* * ** * * ** * * * **
35967 ATTCTAATAGTTTTAACTATTTGGACTGGTTTGGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTCATACTT
1 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTCATTTTTTAAAT-TTTTACTT
* ** * * *
36032 ATTAATTTTT-GAAATATT-ATTAAATTAGTATTATTTTTAACCAAATAAGCTTCTATGATTAGA
65 ATTAATTTTTAG-AATATTAATTAATTTA-TATTA-TTTTATTCGAATAAGCTTGTATGAATA-A
* * * ** * ** *
36095 AACAACTATTTTATGACAAAA-TAAAGGTTTTAATGATTTGAGATTGACAATTGTTCAAATAGTC
126 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTC
* ** * * * *
36159 ATAACTATTT-AAATCGGTTC-GATAAATAGATTTATTGTTTAAATCTGTTACTTATTAATTTTT
191 ATAACTATTTGAACT-TATTCAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
* * * * *
36222 GAAATATTAATCAATTAGTATTATTTTATTTTTAATAAGCTTGTATG-ATAAAAAACAATT-ATT
254 AAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGA-T
* * *
36285 TTATGATAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATC
317 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATT
* * * * * ** * * * *
36328 ATTCAAATGGCCATAATTATTTTAACTAATTCGGTAAATC-GATTTATTTTTTAAATCTCTTACT
1 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAA-CAAATTCATTTTTTAAAT-TTTTACT
* * * *
36392 TATTAA--TTTAGGAAATATTAA-TAAATTAGTATTATTTTATTCTATCTAAGCTTGTATTAATT
64 TATTAATTTTTA-G-AATATTAATTAATTTA-TATTATTTTATTCGA-ATAAGCTTGTATGAA-T
* * * * * * *
36454 GAAACAATTGTTTTATGACAAATCAAAAGGTTATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTAAAATAA
124 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * * * *
36519 TAATTATTATTTGAACTTATTCAGCAAATAGATTTATTTTTTTAATCTCTTTCTTATTAATTTTC
189 TCATAACTATTTGAACTTATTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
* * * *
36584 CAAATGTTAGTAAATTAGTATTAATTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTG-TT
254 AAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGATT
** * * **
36647 T-TGACTCAATAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATT
318 TATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATT
* ** * * ** * * **
36688 ATTTTAATAGTCTTAACCATTTGAACTAATTC-GATAAACAAGTTTA-TTTTTAAATCTCATACT
1 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAACAAATTCATTTTTTAAAT-TTTTACT
* * * * * ** *
36751 TATTAAATTTTAAAACATT--TTAAAATTAGTATTATTTTAATTTGAATAAGCTTGTACAAACAA
64 TATTAATTTTTAGAATATTAATT-AATTTA-TATTATTTT-ATTCGAATAAGCTTGTATGAATAA
* * * ** *
36814 AACAATTGTTTTACGACAAAAGAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATCATTCATATAGTC
126 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTC
* ** * ** * * * ** * *
36879 TTAACTATTTGAACTGGTT-AGGCAATTAGATTTATTTTTTAATTTTCTTGGTTATTAAGTTTCA
191 ATAACTATTTGAACTTATTCA-GTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA
* * ** * * * *
36943 AAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATT-TCGAATAAAATAGTATAAATAGAACCAATT-TTTT
255 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGATTT
* * **
37006 GCTGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATT
319 -ATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATT
* * * * ** * ** * *
37048 ATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAAATAGTT---T-GGCAAGTAGATTTACTTAAATCTCTTACT
1 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTCATTT-TTTAAAT-TTTTACT
* * ** * ** * * *
37109 GATTAATTTTCTA-AATATTAA-TAAATTAGTACAATTTTATTTCGAACAAATTTATATTAACAA
64 TATTAATTTT-TAGAATATTAATTAATTTA-TATTATTTTA-TTCGAATAAGCTTGTATGAA-TA
* * * *
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* * * **
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* * * * * *
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*
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* * ** * * * ** * *
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* * * *
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* * * * ** *
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* * * * *
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* *
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* *
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* * * * * * *
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* **
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* * * * * *
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* *
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* * * * * * *
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*** * * * * *
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*
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**
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* * * *
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*
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* * *
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* * * *
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* * * *
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* * * * ** * * *
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** * * ** *
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** * * *
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* * * * * * **
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* * * *
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* * * * *
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* * *
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* * * *
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* * * * *
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* ** ** * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * ** * *
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* * ** * * * * *
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* * *
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* * * * * * * *
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* * * *
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* * * *
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* * ** * * * * * *
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** * *
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* * ** *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * * * ** *
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* * * * * * *
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* ** * * ** *
22461 TTGAACTAGTTCGGTAAACACATTAATTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAT
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* * * * **
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* * * ** * *
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* * * * * *
22624 TAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTTGGAAAACA-ACTTTAGTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAAT
61 TAGTCATAA-TATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGA-TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
* * * *
22688 TTTTGAAATATTAA-AAAAGTATTATTATTTTATTTCAGATAAGTTTTTATGAACTGAAACAATT
124 TTTTGAAATATTAATAAAA-TAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATT
*
22752 GTTTTGTGATAAAACAAAAGGTCATAACAACTTT-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA-AATC
188 GTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA-C
* * * ** *
22815 TATTTAAACTTGTTCAATAAATAGATTTATTTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTCAAAATA
251 TATTTGAACTTGTTCAATAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTCAAAATA
*
22880 TTAATAAAATAGTATTATTTTAATCTAAATAAACTTGTATGAAT
315 TTAATAAATTAGTATTATTTTAATCTAAATAAACTTGTATGAAT
*
22924 AGAAAGAATTGTTTTATGACAAA-AAAA-TCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGT
1 A-AAACAATTGTTTTATGACAAACAAAAGTCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGT
* * *
22987 CATAATGATATGAACTTGCTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATTTTT
65 CATAAT-ATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTT
* * *
23051 GGAATATTAATAAAATATTATTATTTTATTTCAAATACA-CTTGTATGAA-TAGAAACAATTGGT
128 GAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTCAAATA-AGCTTGTATGAACT-GAAACAATTGTT
* * *
23114 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATCGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
191 TTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * *** *
23179 GAA-TATGTTTAGA-AAGCAAATTTA-TTTTTAAAT-TTTTGCTTATTAATTTTTGGAATATTGA
256 GAACT-TGTTCA-ATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAA
* * * * * *
23240 TAAATTTAG-CTTATTTTATTCGAAATAAGCTTATATGAAC
319 TAAA-TTAGTATTATTTTAATCTAAATAAACTTGTATGAAT
* * *
23280 ATAAACAATTATTTTATGACACAACAAAAGGTCATAAC-ATTTGAAATAGATAATTGTTCGAATA
1 A-AAACAATTGTTTTATGACA-AACAAAA-GTCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATA
* * * * * * ** *
23344 GCCATAACCATTTGAACTTATCCGGTAAACATATTCACATTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTT
63 GTCATAA-TATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * * * * *
23409 TGGAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCCTATGTGAACTAAAACAGTTGTTT
127 TGAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTT
* * * * * * *
23474 TATGACAAAACAAAAGGTCATAGCAATTTGAAATATATAATTATTCAAATAGTTATGACTATTTA
192 TATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* ** * * *
23539 AACTTGTTCAATAAACATATTTATTTTGAAAACCTTTTACTTTTTAATTGTCAAAATATTAATAA
257 AACTTGTTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAA
* * * * *
23604 ATTAATATTATTTGAATCCAAATAAACTTGTGTGAAC
322 ATTAGTATTATTTTAATCTAAATAAACTTGTATGAAT
* * * * *
23641 AAAATCAATTGTTTTATGACAAAATAAAAAGTCATAACGATTTGGAATAAGTAATTGTTTAAATA
1 AAAA-CAATTGTTTTATGAC-AAA-CAAAAGTCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATA
* * * ** * * *
23706 GTCAT-A-A-CTG-A--T-TT-GATAAACTGATTTATTTTTTTAAATCTCCAATTTCTCAATTTT
63 GTCATAATATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* ** *** * * * * *
23763 TGAAATATTAATAAAGTAACATTATTTTATTTTGGATAAGATTTTATGAATTGACACAATTATTT
127 TGAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTT
* * * * * * *
23828 TATGTTAAAAGAAAATGTCATAACGATTTTAAATAGATAATTGTAT-AAAT--TGA-AAC-AATT
192 TATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGT-TCAAATAGTCATAACTATTT
* * * * * * *
23888 --A-TTTTATGACTAAACAAATTGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAA
256 GAACTTGT-TCAATAAACAAATT-T----AT-TTTTTAAAT--CT--TT-TACT--TA---TTAA
* * * * * * * * *
23950 CTATTT-GAACTGGTTCAGTAAA-CA-TATTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA-G
304 -T-TTTCAAAAT-ATT-AATAAATTAGTA-TTA--TTTT-AA--TC-TA--AATAAACTTGTATG
24011 AATATT
356 -A-A-T
* * *
24017 ATTAATTTAGCAATAT-TTTACTTTGA-ATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTACT-TTATGAG
1 A--AA---A-CAAT-TGTTT--TATGACA-AA-C----A--AA-AG--TC-ATAACTATT-TGA-
* * * * ** ** * *
24079 AA-AAA-AA-GGATCATAACAATTTTAGATAAAT-AA-TTGTTCAAATAGTCATAAC-TATTTGA
43 AATAAATAATTGTTCA-AATAGTCATA-ATATTTGAACTTGTTC----GGT-A-AACAGATTT--
* * * * *
24138 ATTGGTTCGATAAGTAAATTTAGTTTTTTAAATCTCTTCTTAATTTTTGAAATATTAATAAATTG
98 ATT--TT---T---T-AA---A-TCTCTT--A---CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAATA
* * ** * *
24203 GTACTACTTTA-TTCTAAATAATTTTGTATGAA-TCAAAACAATTGTTTTACAACGATTTACAAT
145 GTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTGTTTT------A--T--GAT
**** * ** * * * *
24266 AAAACAAAATAAAATAACAATTTGAAATAGCTAAAAGTTCGAATAGACTTGACTATTTGAACTTG
198 AAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
* * * * *** * *
24331 TTTAGTGAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGT
263 TTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGT
* * * *
24396 ATTATTCT-ATTTCGAATAAATTTGTAT-AAGT
328 ATTATTTTAATCT-AAATAAACTTGTATGAA-T
* * *
24427 AGAAACAATTTGTTTTATAAGAAGACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAAT
1 A-AAACAA-TTGTTTTATGACAA-ACAAAAG-TCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAAT
* * * * * *
24492 AGTCATAACTATTCGAACTCGCTCAGTAAACATATTTTATTTTTTAAAATCTTTTACTTATTAAT
62 AGTCATAA-TATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGA-TTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAAT
* * ** * * **
24557 TTTTGAAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATAGCAAAAAAGCTTTTATGAACAAAAACAATTG
124 TTTTGAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTG
* * * * *
24622 GTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATGGATAATTGTTCAAATAGAT-ATAATTA
189 TTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTA
* * * ***
24686 TTTGAAC--GTGCATAGAAAACAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGTAATAT
253 TTTGAACTTGTTCA-A-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTCAAAATAT
* * * * *
24748 TAATCAATTTA-TATTATTTT-ATTTGAAATAAGCTTGCATGAAC
316 TAAT-AAATTAGTATTATTTTAATCT-AAATAAACTTGTATGAAT
* * * * * * * * * *
24791 AGAACCAATTGTTTTACGACAAAACAAAAGTTCATAA-TGTTTTAAAATAGATAACTATTTAGAC
1 A-AAACAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAG-TCATAACT-ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAAT
* * * ** * * *
24855 AGTCATAGCTATTTGAGCTTATTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAGTCTCTTACTCATTAATTT
62 AGTCATA-ATATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
** * * * * * *
24920 AAGTAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATTTGAATTGAAACCATTGTT
126 TTGAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTT
* * ** * * * * *
24985 TTATTACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGTTAATTATTCAAATAATCATGATTATTT
191 TTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * ** * *
25050 CAATTTGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAAT
256 GAACTTGTTCAATAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAAT
* * * *
25115 -AATTAGTATTGTTTTAATCTGAATAACCTTGTATGAAC
320 AAATTAGTATTATTTTAATCTAAATAAACTTGTATGAAT
*
25153 ATAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATA
1 A-AAACAATTGTTTTATGAC-AAACAAA-AGTCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATA
* * * * *
25218 GTCATAACATTTGAACTTGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT
63 GTCATAATATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
** ** * * *
25283 TTAATATTAATAATTTTGTATTATTTTA-TTCAAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAAAAATTATT
128 GAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTGTT
* * *** * *
25346 TTATG-TCAAAACAAAATGTTATAGTGATTTCAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAA-TCAT
191 TTATGAT-AAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT-AT
* * * * * * * *
25409 TTAAACTTATTCGATAAACAGA-TTCTTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTT-ATGGAATATT
254 TTGAACTTGTTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTCA--AAATATT
* * * * *
25472 AATAAACTGGTATTATTTT-ATTTCAAATAAACTTATATGAACC
317 AATAAATTAGTATTATTTTAATCT-AAATAAACTTGTATGAA-T
* * * * * *
25515 AAAACAAATCTTTTATGATAAA-AGAAAGGGTCTTAA-TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
1 AAAACAATTGTTTTATGACAAACA-AAA--GTCATAACT-ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAAT
* *** * * ** * * *
25578 AATCATGACCGTTTGATCTAGTTCAATAAATATATTTATTTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATT
62 AGTCAT-AATATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATT
* * * * *
25642 GTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-ATCTAAATAAGCATGTATGAAC--AAA-AA---
125 TTTGAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTG
* * * * * * *
25700 ---CA--ACAAGACAAAAAGTCAGAACGATTTGAAATAAATAATT-TGTCAAATAGTCATAACTA
189 TTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGT-TCAAATAGTCATAACTA
* ** * * * **
25759 TTTGAACTAGTTTGACAAATAGATTTATTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTTGAAATATTA
253 TTTGAACTTGTTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTCAAAATATTA
* * * * * * * *
25820 ATAGATTAGTATTACTTTATTATGAACAAACTTATATGAAC
318 ATAAATTAGTATTATTTTAATCTAAATAAACTTGTATGAAT
* * * *
25861 AAAA-ACATTGGTTTGATGACAAAACAAAAGGTTATAA-TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAA
1 AAAACA-ATT-GTTTTATGAC-AAACAAAA-GTCATAACT-ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAA
* ** * *
25924 TAGTCATAATTATTTGAA-TTGGTTAGGTAAACAGAAATAGTTTTTAAAAATATCTTACTTATTA
61 TAGTCATAA-TATTTGAACTT-GTTCGGTAAACAGATTTA-TTTTT-TAAATCTCTTACTTATTA
* * * ** * * *
25988 ATTTTTGCAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTTCAAATTGGCTAGTATGAATTGAAA-AT
122 ATTTTTGAAATATTAATAAAAT-AGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAA
* * * * * *
26051 TTGTTTTATGACAAAGCAAAAGGTCATAACATTTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAAA
186 TTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
** * * * * *
26116 TATTTGAA-TTGGTT-TGTCAAACAAATTTA-TTTTTAATTCTCTTAGTTATTAATTTTTAGAAT
251 TATTTGAACTT-GTTCAAT-AAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTCAAAAT
* * * * *
26178 ATTATTATATTTGTATTATTTT-ATTTCAAATAAGCTTGTATGAAT
314 ATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCT-AAATAAACTTGTATGAAT
* * * * * * * * *
26223 AGAAATAATTGTTTTGTGACAAAACAAACGATTATAACAATTTGAAGTATACAATTATTCAAATA
1 A-AAACAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAG-TCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATA
* * * * * *
26288 GTCATAATTATTTGAAC-AGTTTGATGAACATATTTATTTTTTAAATCGCTTACTTATTAATTTT
63 GTCATAA-TATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * * * * * *
26352 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTATA-TTCTGACTAAGCTTGAATG-A-TCAAA-ACTTGTT
127 TGAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTT
* ** * *** * * * * *
26413 ATATGACCAAACAAAAGGTAATAATGGTTTGAAATAGATAAATGTTGAAATGGCCATAATTATTT
191 TTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * * * * *** *
26478 GAA-ATGATTCAGTAAATAGATTCACTTTTTAAATC----ACTTATTAATTTTTGGAATGTTAAG
256 GAACTTG-TTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAA-
* * * *
26538 TAAATTTGTACTATTTT-ATTTCAAATAAGCTTGTATGAACT
319 TAAATTAGTATTATTTTAATCT-AAATAAACTTGTATGAA-T
* * * **
26579 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATTTCATAA-TGATTTTGAAATAGATAATTATTCGTAT
1 AAAACAATTGTTTTATGAC-AAACAAAA-GTCATAACT-A-TTTGAAATAAATAATTGTTCAAAT
* * * ** * * * * *
26643 TGTCTTAACTATTTAAAC-TGCTTCGACAAATAAATTTATTTTTTAAATCCCTTAGTTATT-ACT
62 AGTCATAA-TATTTGAACTTG-TTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
* * * * *
26706 TTTCATAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACTGAAATAATT-
125 TTTGA-AATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTG
* * * * ** * *
26770 ATTTA-GAATAGAACAAAAAGTTATAATGATTTGAAATAGGTAATTATTCAAATA---A-AA--A
189 TTTTATG-ATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
* * * * * **
26828 -CTG--C---TTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTCATTAATTTTTGAAATATTA
253 TTTGAACTTGTTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTCAAAATATTA
* * * * *
26887 ATAAATTAGTATTTTTTTTATTCCAAA-CAGCTTGTATG-AT
318 ATAAATTAGTA-TTATTTTAATCTAAATAAACTTGTATGAAT
* * * *
26927 GAAAAACAATTATTTTATGACAAA-ATAATGTTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTAAAA
1 --AAAACAATTGTTTTATGACAAACA-AAAG-TCATAACT-ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAA
* * * *
26990 TAG-CTATAATTATTTGAA-TTGATTTGGTAAATAGATTCACTTTTTA
61 TAGTC-ATAA-TATTTGAACTTG-TTCGGTAAACAGATTTATTTTTTA
27036 CAAAATAATG
Statistics
Matches: 4002, Mismatches: 876, Indels: 629
0.73 0.16 0.11
Matches are distributed among these distances:
345 1 0.00
346 9 0.00
347 125 0.03
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350 44 0.01
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354 195 0.05
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360 194 0.05
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362 397 0.10
363 112 0.03
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367 6 0.00
368 3 0.00
369 3 0.00
371 2 0.00
372 1 0.00
373 1 0.00
374 8 0.00
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378 3 0.00
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384 4 0.00
386 1 0.00
387 1 0.00
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389 2 0.00
390 5 0.00
391 10 0.00
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394 9 0.00
395 13 0.00
396 15 0.00
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398 6 0.00
400 1 0.00
402 1 0.00
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419 6 0.00
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ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (358 bp):
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ATAATATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAA
ATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATG
ATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
TGTTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTA
GTATTATTTTAATCTAAATAAACTTGTATGAAT
Found at i:23165 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 21495--27035 Score: 2769
Period size: 180 Copynumber: 30.6 Consensus size: 181
21485 TTAACAAAAA
* * * ** * * *
21495 AATTATTTTATGACAAAACATAAA-GTAACAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTTAT
1 AATTGTTTTATGACAAAACA-AAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* ** ** * * * * *
21559 AATTATTCAAACTAATTTGGTAAACAGAATTATTTTCTAAATCCCTTACTTATAAATTTTTGAAA
65 AACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAA
* * * * * *
21624 TATTAA-AAATTAGTTTTATTCTATTTCGAATAAGCTTGTGTGAGCTA-AAAT
130 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGA-ATAGAAAC
* * * * * * ** *
21675 AATTTTTTTATGATAAAACAAATGGTCATAACAATTGGAAATAAATAATTATTCATGTAGTCTTA
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * ** * * * * *
21740 ACTGTTTGAACTAGTTTAGCAAACAAATTTATTTTTTAAATATCTTAGTTATTAA-TTTTCAGAA
66 ACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AA
* * *
21804 TATTACTAAATTAGTATTATTTTA-TTCTGAATAA-CTTGTATGGATAGAAAC
130 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAAC
* * * * *
21855 AATTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAACAATTT-AAA-AGAAGTAATTATTCATATAGTCA
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAG-A-TAATTGTTCAAATAGTCA
* * * *
21918 TAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAGATATA-TTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTCTTGAA
64 TAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAA
* * *
21978 ATATTAATGAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATG--TTGAAAAC
129 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAG-AAAC
* ** * * * * *
22030 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAACAAATAGTTGTTCAAATTGCCATA
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * *
22095 ATTATTTGAAC-TGATTCGGTAAACTA-ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAACTTTTGAA
66 ACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAAC-AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAA
* ** * *
22158 ATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTT-GGATAAGATTTTATGAACTA-AAAC
129 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAAC
* * * ** * * * *
22210 AACTATTTTATGACAAAACAAATGGTCA-AATGATTTTAAATAAATAATTGTTTAAATAGTCACA
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * * *
22274 ACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATATTTTCAAATCTCATGCTGATTAATTTTTTG-A
66 ACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTAT-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAA
* * * * **
22338 ATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAGTAAGCTTGTATGAATTGAAGT
129 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAC
* * * * * * * * *
22391 AATTATTGTATAACTAAACAAAAGGTCAGAGCAATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTA
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * *
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66 ACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAT
* * * ** *
22517 ATTATTAAATTAGTATTATTTT-TATCCAAATGAGCTCATATG-ATCAAAAAC
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* * * ** * * * * *
22568 AGTTGTTTTATGAGAAAAC-AAAGATCATAATGATTTGAGATTGATATTTCTTCAAATAGTCTTA
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * * *
22632 ACTATTTGAACTAGTTTGGAAAACA-ACTTTAGTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAA
66 ACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGA-TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAA
* * * * * *
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* *
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1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* ** * * * **
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* * * *
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128 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAAC
* *
22930 AATTGTTTTATGAC-AAA-AAAA--TCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATA
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * *
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* *
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* * *
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1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
** * * * *
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* * * * *
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* * * *
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1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * * * ** * *
23350 ACCATTTGAACTTATCCGGTAAACATATTCACATTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTGGAAT
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* * * *
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* * * * * *
23466 AGTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAGCAATTTGAAATATATAATTATTCAAATAGTTATG
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* ** * ** * * * * **
23531 ACTATTTAAACTTGTTCAATAAACATATTTATTTTGAAAACCTTTTACTTTTTAATTGTCAAAAT
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* * * * * * *
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* * * * *
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1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGA-TAATTGTTCAAATAGTCAT
* * ** * * *
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65 AACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAA
* ** *** * * * *
23767 ATATTAATAAAGTAACATTATTTTATTTTGGATAAGATTTTATGAATTGACAC
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* ** * * * * * ** *
23820 AATTATTTTATGTTAAAAGAAAATGTCATAACGATTTTAAATAGATAATTGTAT-AAATTGAAAC
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGT-TCAAATAGTCAT
* * * * * * *** *
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65 AACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATT-T----AT-TTTTTAAATCTCTTACTTA-T-TAAT
* * ** ** * ** * *
23942 AGTCTT-AACTATTTGAACT-GGTTCAGTAAACATATTTAGTTTTTAAAT-CTCTTACTTATTAA
122 --TTTTGAAATA-TT-AA-TAAATT-AGT-ATTAT-TTTA--TTTCAAATAAGCTT--GTATGAA
*
24004 TTTTTAGAATAT
175 ----TAGAA-AC
* ** * ** ** * * *
24016 TATTAATTTA-G-CAATATTTTACTTTGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACA-ATTACTT-TAT
1 AATTGTTTTATGACAA-A----AC----AA-AAGGTCATAACAATTTGAAATAGA-TAATTGT-T
* * * * ** * * * * *
24076 GAGAAAAAAAGGATCATAACAATTTTAGATAAATAATT-GTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAA
54 ----CAAATA-G-TCATAACTA-TTT-G--AACTTGTTCGGT-AAACAGAT--TTA-TTTTTTAA
* * * * * * * * ** * ** * * *
24139 TTGGTTCGATAAGTAAATTTAGTTTTTTAAATCTCTTCTTAATTTTTGA-AATATTA-AT-AAAT
105 AT--CTC--TTACT-TA-TTAATTTTTGAAATAT-TAATAAATTAGT-ATTATTTTATTTCAAAT
* * ** * * ** *
24201 -TGGTACTACTTTATTCTAAAT
162 AAGCTTGTA--TGAATAGAAAC
* ** * * * *
24222 AATT-TTGTATGAATCAAAACAATTGTTTTACAACGATTT-ACAATA-A-AA-----CAAAATA-
1 AATTGTTTTATG-A-CAAAACAAAAG-GTCATAACAATTTGA-AATAGATAATTGTTC-AAATAG
** * * * * *
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** * * * * ** * ** *
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* ** ** * *
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* * * * * *
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1 AA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * * * *
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* ** * * * *
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* * *
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1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCAT
* * * * * * *
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* * * ** * * * ** *
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* * *
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* * * * * * **
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** * * ** * * * *
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* * * * * *
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* * ** *
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* * ** * *
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* * ** * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * * *
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* * * *** * * * *
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* * * * * * *
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** * * * ** * *
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* ** * * * * * *
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65 AACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-
* * *
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128 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAAC
* * * ** * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * * ** *
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* * * * *
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* *
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* * * ** * * ** * *
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* * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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* ** * *
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* *
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*** * * * * *
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* * * * ** *
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66 ATAGTCATAATTATTTGAAATTATTCAATAAAC-AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA
* * * ** * * * * *
22150 CTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTT-GGATAAGATTTTATGAACTAAAACAACT
130 TTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATTGAAACAATT
* * * * * * * *
22214 ATTTTATGACAAAACAAATGGTCA-AATGATTTTAAATAAATAATTGTTTAAATAGTCACAACTA
195 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCATAACTA
* * * * * * ** * * * ** *
22278 TTTGAACTT-GTTCGGTAAATAGATTTATATTTTCAAATCTCATGCTGATTAATTTTTTGAATGT
260 TTTCAA-TTAGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTGTTAAAATAT
* * * ** ** * * * *
22342 TAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAGTAAGCTTGTATGAATTGAAGTAATTATTGTATAACTA
324 TAATAAATTAGTATTATTTTAATCTAAATAAGCTTGTATGAA-CAAAACAATTGTTTTATGACAA
* * * * * * *
22407 AACAAA-AGGTCAGAGCAATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAAC-T-A
388 AACAAAGA-GTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACGTGA
** * * * *
22469 GTTCGGTAAACACATTAATTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAG
452 -TT-GACAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAATTTAG
* * **
22530 TATTA-TTT-TTATCCAAATGAGCTCATATG
515 TATTATTTTATTAT-GAAATAAGCTTGTATG
* * * * * * * * * *
22559 ATCAAAAACAGTTGTTTTATGAGAAAAC-AAAGATCATAATGATTTGAGATTGATATTTCTTCAA
1 AACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAA
* * * ** * *
22623 ATAGTCTTAACTATTTG-AACTAGTTTGGA-AAACA-ACTTTAGTTTTTAAATCTCTTGCTTATT
66 ATAGTCATAATTATTTGAAATTA--TTCAATAAACAGA-TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
* * * * * * * *
22685 AATTTTTGAAATATTAAAAAAGTATTATTATTTTATTTCAGATAAGTTTTTATGAACTGAAACAA
128 AATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATTGAAACAA
* * ** * *
22750 TTGTTTTGTGATAAAACAAAAGGTCATAACAACTTT-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA-AA
193 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCATAA
* * * * * ** *
22813 TCTATTTAAACTT-GTTCAATAAATAGATTTATTTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATT-TTCAA
257 -CTATTTCAA-TTAGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTGTT-AA
* * * *
22876 AATATTAATAAAATAGTATTATTTTAATCTAAATAAACTTGTATGAATAGAAAGAATTGTTTTAT
319 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCTAAATAAGCTTGTATGAACA-AAACAATTGTTTTAT
* * *
22941 GAC-AAA-AAA-A-TCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAATGATATGAAC
383 GACAAAACAAAGAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAAC
* * * ** * **
23002 TTGCTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAAA
448 GTGATTGACAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAATT
* *
23066 TATTATTATTTTATT-TCAAATACA-CTTGTATG
512 TAGTATTATTTTATTATGAAATA-AGCTTGTATG
* * * * *
23098 AATAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATCGATAATTGTTCA
1 AACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAA-TGATTTGAAATAGATAATTATTCA
* * * * *
23162 AATAGTCATAACTATTTGAATATGT-TT-AGA-AAGCAAATTTA-TTTTTAAAT-TTTTGCTTAT
65 AATAGTCATAATTATTTGAA-AT-TATTCA-ATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
* * *
23222 TAATTTTTGGAATATTGATAAATTTAG-CTTATTTTA-TTCGAAATAAGCTTATATGAACAT-AA
127 TAATTTTTGGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTATATGAA-TTGAA
* * * * * **
23284 ACAATTATTTTATGACACAACAAAAGGTCATAA-CATTTGAAATAGATAATTGTTCGAATAGCCA
189 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCA
* * * * * ** * * * *
23348 TAACCATTTGAACTTA-TCCGGTAAACATATTCACATTTT-AAATCTCTTACTCATTAATTTTTG
254 TAACTATTTCAA-TTAGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTGTTA
* * * * * * *
23411 GAATATTAATAAAATAGTATTATTTT-ATTTCAAATAAGCCTATGTGAACTAAAACAGTTGTTTT
318 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCT-AAATAAGCTTGTATGAAC-AAAACAATTGTTTT
* * * * * * *
23475 ATGACAAAACAAA-AGGTCATAGCAATTTGAAATATATAATTATTCAAATAGTTATGACTATTTA
381 ATGACAAAACAAAGA-GTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTG
* * * * ** * * * **
23539 AACTTG-TTCAATAAACATATTTATTTTGAAAACCTTTTACTTTTTAATTGTCAAAATATTAATA
445 AACGTGATT-GACAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATA
* * * * * *
23603 AATTAATATTATTTGA--ATCCAAATAAACTTGTGTG
509 ATTTAGTATTATTTTATTAT-GAAATAAGCTTGTATG
* * * * * * *
23638 AACA-AAATCAATTGTTTTATGACAAAATAAAAAGTCATAACGATTTGGAATA-AGTAATTGTTT
1 AACAGAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGA-TAATTATTC
* * * ** * * *
23701 AAATAGTCAT-A--A-CTG--A-T-TT-GATAAACTGATTTATTTTTTTAAATCTCCAATTTCTC
64 AAATAGTCATAATTATTTGAAATTATTCAATAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATT
* * ** *** * * *
23757 AATTTTTGAAATATTAATAAAGTAACATTATTTTATTTTGGATAAGATTTTATGAATTGACACAA
128 AATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATTGAAACAA
* ** * * * * * *
23822 TTATTTTATGTTAAAAGAAAATGTCATAACGATTTTAAATAGATAATTGTAT-AAAT--TGA-AA
193 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTAT-TCAAATAATCATAA
* * * * * ** * *** * *
23883 C-AATT--ATT-TTATGACTAAACAAATTGTCAAAATGATTTGAAAT-AGATAATTATTCTAATA
257 CTATTTCAATTAGT-TCAGTAAACATATT-T----ATTTTTTAAAATCTTTTACTTA-T-TAATT
* * ** ** * * ** * * ** **
23943 GTCTTAACTATTTGAACT-GGTTCAGTAAACATATTTAGTTTTTA-AATC-TCT-T--ACTTATT
314 GT-TAAAATA-TT-AA-TAAATT-AGT-ATTAT-TTTAATCTAAATAAGCTTGTATGAACAAAAC
* ** * * * * ** * *
24002 AA-T-TTTTA-GA-ATATTATTA-A-T-TTAGCAATATTTTACTTTGAATAAGCTTGTAT-GAAT
372 AATTGTTTTATGACAAAACA-AAGAGTCATAAC-A-ATTTGA-AATAAATAA--TTGT-TCAAAT
** * **** **
24059 AGAAACAATTACTTTATGAGAAAAAAAGGATCATAACA-ATTTTAGATAAATAATTGTTCAAATA
430 AGTCATAATTA--TT-TGA-ACGTGATTGA-CA-AACAGA-TTT--AT---T--TT-TT-AAAT-
* * * * * ** * * *
24123 GTCATAAC-TATTTGAATTGGTTCGATAAGTAAATTTAGTTTTTTA-AATCTCTTCTTAATTTTT
478 CT-TTTACTTA-TT-AATT--TTTGA-AA-T--A-TTAATAATTTAGTAT-TATT-TT-A-TTAT
**
24186 GAAATATTAATAAATTGGTACT-
529 G-AA-A-T-A-AGCTT-GTA-TG
* * * ** * * *
24208 -ACTTTATTCTAAATAATT-TTGTATGAATCAAAACAATTGTTTTACAACGATTT-ACAATAAAA
1 AAC---A---GAAACAATTGTTTTATG-A-CAAAACAAAAG-GTTATAATGATTTGA-AAT----
* * * * * *
24270 CAAAATAAAATAACAATTTGAAATAG-CTAAAAGTTCGAATAGACTTGACTATTTGAACTTGTTT
52 --AGAT--AAT---TA-TTCAAATAGTC-ATAA-TT---AT----TTGA--A-----A-TTATTC
* * ** *
24334 AGTGAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATT
92 AATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATT
* * ** * * * * * *
24399 ATTCTATTTCGAATAAATTTGTAT-AAGTAGAAACAATTTGTTTTATAAGAAGACAAAAGATCAT
157 ATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAA-TTGAAACAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * * * * *
24463 AACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA-TTCGAACTCGCTCAGTAAACATAT
220 AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTC-AATTAGTTCAGTAAACATA-
* * * *
24527 TTTATTTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATAG
283 TTTATTTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTGTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-AT
* * *
24592 C-AAAAAAGCTTTTATGAACAAAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAA-AGATCATAACAATTTG
347 CTAAATAAGCTTGTATGAAC-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGAG-TCATAACAATTTG
** *
24655 AAATGGATAATTGTTCAAATAGAT-ATAATTATTTGAACGTGCATAGA-AAACAGATTTATTTTT
410 AAATAAATAATTGTTCAAATAG-TCATAATTATTTGAACGTG-ATTGACAAACAGATTTATTTTT
*
24718 TAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGTAATATTAATCAATTTA-TATTATTTTATT-TGAAATAAG
473 TAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AATTTAGTATTATTTTATTATGAAATAAG
*
24780 CTTGCATG
537 CTTGTATG
* * * * * *
24788 AACAGAACCAATTGTTTTACGACAAAACAAAA-GTTCATAATGTTTTAAAATAGATAACTATTTA
1 AACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTT-ATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCA
* * ** ** * * *
24852 GACAGTCATAGCTATTTGAGCTTATTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAGTCTCTTACTCATTAA
65 AATAGTCATAATTATTTGAAATTATTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA
** * * *
24917 TTTAAGTAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATTTGAATTGAAACCATT
130 TTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATTGAAACAATT
* * * *
24982 GTTTTATTACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGTTAATTATTCAAATAATCATGATTA
195 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCATAACTA
* * * *
25047 TTTCAATTTGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATT
260 TTTCAATTAGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTGTTAAAATATT
* * *
25112 AAT-AATTAGTATTGTTTTAATCTGAATAACCTTGTATGAACATAAACAATTGTTTTATGACAAA
325 AATAAATTAGTATTATTTTAATCTAAATAAGCTTGTATGAACA-AAACAATTGTTTTATGACAAA
* * *
25176 ACAAAGAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAA-CATTTGAACTTGTTT
389 ACAAAGAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACGTGATT
* * ** *
25240 GATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTTTAATATTAATAATTTTGTATT
454 GACAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAATTTAGTATT
25305 ATTTTATTCA--AAATAAGCTTGTATG
519 ATTTTATT-ATGAAATAAGCTTGTATG
* * * * * * * * *
25330 AATAGAAAAAATTATTTTATGTCAAAACAAAATGTTATAGTGATTTCAAATAAATAATTGTTCAA
1 AACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAA
* * * *
25395 ATAGTCATAATCATTT-AAACTTATTCGATAAACAGA-TTCTTTTTTAAATCTCTTAATTATTAA
66 ATAGTCATAATTATTTGAAA-TTATTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA
* * * *** *
25458 TTTTATGGAATATTAATAAACTGGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATGAACCAAAACAAA
130 TTTT-TGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATTGAAACAAT
* * * * * * *
25523 TCTTTTATGATAAAAGAAAGGGTCTTAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCATGACC
194 TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCATAACT
* * * * *
25588 GTTT-GATCTAGTTCAATAAATATATTTATTTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATTGTTGAAATA
259 ATTTCAAT-TAGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTGTTAAAATA
* * *
25651 TTAATAAATTAATATTATTTTAATCTAAATAAGCATGTATGAAC-AAA-AA------CA--ACAA
323 TTAATAAATTAGTATTATTTTAATCTAAATAAGCTTGTATGAACAAAACAATTGTTTTATGACAA
* * * * *
25706 GACAAAAAGTCAGAACGATTTGAAATAAATAATT-TGTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TAG
388 AACAAAGAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGT-TCAAATAGTCATAATTATTTGAACGT-G
* *
25769 TTTGACAAATAGATTTATTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGA-TTAG
451 ATTGACAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATA-ATTTAG
* *
25829 TATTACTTTATTATGAACA-AA-CTTATATG
515 TATTATTTTATTATGAA-ATAAGCTTGTATG
* *
25858 AACAAAAAC-ATTGGTTTGATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCA
1 AACAGAAACAATT-GTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCA
* * ** * *
25922 AATAGTCATAATTATTTG-AATTGGTT-AGGTAAACAGAAATAGTTTTTAAAAATATCTTACTTA
65 AATAGTCATAATTATTTGAAATT-ATTCA-ATAAACAGATTTA-TTTTT-TAAATCTCTTACTTA
* * **
25985 TTAATTTTTGCAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTTCAAATTGGC-TAGTATGAATTGAA
126 TTAATTTTTGGAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTA-TATGAATTGAA
* * * * * *
26048 A-ATTTGTTTTATGACAAAGCAAAAGGTCATAA-CATTTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTC
189 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATC
* * * * * * * * * *
26111 TTAAATATTTGAATTGGTT-TGTCAAACAAATTTA-TTTTT-AATTCTCTTAGTTATTAATTTTT
253 ATAACTATTTCAATTAGTTCAGT-AAACATATTTATTTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTGTT
* * * * * * *
26173 AGAATATTATTATATTTGTATTATTTT-ATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTGTTT
317 AAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCT-AAATAAGCTTGTATGAACA-AAACAATTGTTT
* * * * * *
26237 TGTGACAAAACAAACGA-TTATAACAATTTGAAGTATACAATTATTCAAATAGTCATAATTATTT
380 TATGACAAAACAAA-GAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTT
** * **
26301 GAACAGT--TTGATGAACATATTTATTTTTTAAATCGCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT
444 GAAC-GTGATTGACAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT
* * * * *
26364 AAATTAGTATTATTATATTCTG-ACTAAGCTTGAATG
508 AATTTAGTATTATTTTATTATGAAATAAGCTTGTATG
* * * * * * * *
26400 ATCA-AAAC--TTGTTATATGACCAAACAAAAGGTAATAATGGTTTGAAATAGATAAATGTTGAA
1 AACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAA
* * * * * * *
26462 ATGGCCATAATTATTTGAAATGATTCAGTAAATAGATTCACTTTTTAAA--TC--ACTTATTAAT
66 ATAGTCATAATTATTTGAAATTATTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
* * * * * *
26523 TTTTGGAATGTTAAGTAAATTTGTACTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATT
131 TTTTGGAATATTAA-TAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATTGAAACAATT
** ** ** *
26588 GTTTTATGACAAAACAAAATTTCATAATGATTTTGAAATAGATAATTATTCGTATTGTCTTAACT
195 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCATAACT
* * * * * ** * * *
26653 ATTTAAACT-GCTTC-GACAAATAAATTTATTTTTT-AAATCCCTTAGTTATTACTT-TTCATAA
259 ATTTCAATTAG-TTCAG-TAAACATATTTATTTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTGTT-AAAA
* * * * * *
26714 TATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACTGAAATAATT-ATTTA-GA
321 TATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCTAAATAAGCTTGTATGAAC-AAAACAATTGTTTTATGA
* * ** ** * *
26777 -ATAGAACAAAAAGTTATAATGATTTGAAATAGGTAATTATTCAAATA---A-AA--A-CTG--C
385 CA-A-AACAAAGAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAAC
* * * * *
26832 -T--TCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTCATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT
448 GTGATTGACAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAATTT
* *
26894 AGTATT-TTTT-TTATTCCAAA-CAGCTTGTATG
513 AGTATTATTTTATTA-T-GAAATAAGCTTGTATG
** * * * * * *
26925 ATGAAAAACAATTATTTTATGAC-AAA-ATAATGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTAA
1 AACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTT-ATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCA
26988 AATAG-CTATAATTATTTGAA
65 AATAGTC-ATAATTATTTGAA
27008 TTGATTTGGT
Statistics
Matches: 3855, Mismatches: 818, Indels: 634
0.73 0.15 0.12
Matches are distributed among these distances:
523 2 0.00
524 4 0.00
525 73 0.02
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546 3 0.00
548 2 0.00
550 3 0.00
551 2 0.00
552 5 0.00
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571 1 0.00
572 3 0.00
573 10 0.00
574 15 0.00
575 12 0.00
576 15 0.00
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578 1 0.00
579 1 0.00
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584 2 0.00
585 5 0.00
586 2 0.00
587 2 0.00
588 2 0.00
589 11 0.00
590 8 0.00
591 7 0.00
593 1 0.00
594 2 0.00
595 3 0.00
596 1 0.00
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598 5 0.00
599 3 0.00
601 6 0.00
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618 11 0.00
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620 14 0.00
621 5 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (544 bp):
AACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAA
ATAGTCATAATTATTTGAAATTATTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
TTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATTGAAACAATTG
TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCATAACTAT
TTCAATTAGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTGTTAAAATATTA
ATAAATTAGTATTATTTTAATCTAAATAAGCTTGTATGAACAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
AAAGAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACGTGATTGA
CAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAATTTAGTATTAT
TTTATTATGAAATAAGCTTGTATG
Found at i:25861 original size:166 final size:169
Alignment explanation
Indices: 25552--25867 Score: 388
Period size: 166 Copynumber: 1.9 Consensus size: 169
25542 GGGTCTTAAT
* * * * * *
25552 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCATGACCGTTTGATCTAGTTCAATAAATATATTTAT
1 GATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAATCATAACCATTTGAACTAGTTCAACAAATAGATTTAT
* * * *
25617 TTTTTAAAATTTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTAAATA
66 TTTTTAAAA-TTCTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAATATTACTTTAATATAAACA
* *
25682 AGCATGTATGAACAAAAACAACAAGACAAAAAGTCAGAAC
130 AACATATATGAACAAAAACAACAAGACAAAAAGTCAGAAC
* * **
25722 GATTTGAAATAAATAATT-TGTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGACAAATAGATTTA
1 GATTTGAAATAAATAATTAT-TCAAATAATCATAACCATTTGAACTAGTTCAACAAATAGATTTA
* * * * *
25786 TTTTTT-AAA-TCT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTACTTTATTATGAACA
65 TTTTTTAAAATTCTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAATATTACTTTAATATAAACA
*
25848 AACTTATATGAACAAAAACA
130 AACATATATGAACAAAAACA
25868 TTGGTTTGAT
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GATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAATCATAACCATTTGAACTAGTTCAACAAATAGATTTAT
TTTTTAAAATTCTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAATATTACTTTAATATAAACAA
ACATATATGAACAAAAACAACAAGACAAAAAGTCAGAAC
Found at i:25926 original size:16 final size:17
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1 AAATAG-CATAATTATT
25938 TGAATTGGTT
Statistics
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AAATAGCATAATTATTC
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26647 TTAACTATTT
* * *
26657 AAACTGCTTCGACAAATAAATTTATTTTTTAAATCCCTTAGTTATTACTTTTCATAATATTATTA
1 AAACTGCTTCGACAAATAAATTTATTTTTTAAATCCCTTACTCATTACTTTTCATAATATTAATA
** *
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* *
26786 A-AA-GTT-ATAATGATTTGAAATAGGTAATTATTCAAATAA
127 ATAATGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTAAAATAA
* * ** * *
26825 AAACTGCTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTCATTAATTTTTGA-AATATTAAT
1 AAACTGCTTCGACAAATAAATTTATTTTTTAAATCCCTTACTCATT-ACTTTTCATAATATTAAT
* * *
26889 AAATTAGTATTTTTTTTATTCCAAA-CAGCTTGTATG-A-TGAAAAACAATTATTTTATGACAAA
65 AAATTAGTA-TTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACTG--AAACAATTATTTAATGACAAA
*
26951 ATAATGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTAAAATA
127 ATAATGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTAAAATA
26992 GCTATAATTA
Statistics
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165 5 0.04
166 7 0.05
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AAACTGCTTCGACAAATAAATTTATTTTTTAAATCCCTTACTCATTACTTTTCATAATATTAATA
AATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTAATGACAAAATAA
TGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTAAAATAA
Found at i:26999 original size:44 final size:43
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26941 TTATGACAAA
26951 ATAATGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTAAAATAGC
1 ATAATGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTAAAATAGC
* * * *
26994 TATAAT-TAT-TTGAATTGATTTGGTAAATAGATTCACTTTTTACAA-A--
1 -ATAATGT-TCAT-AA-TGATTT-G-AAATAGA-T-AATTGTTAAAATAGC
27040 ATAATGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTAAAATAGC
1 ATAATGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTAAAATAGC
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1 -ATAAT
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ATAATGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTAAAATAGC
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26954 ATGTTCATAA
26964 TGATTTGAAATAGATAATTGTTAAAATAGCTATAATTATTTGAAT
1 TGATTTGAAATAGATAATTGTTAAAATAGC-ATAATTATTTGAAT
* * * *
27009 TGATTTGGTAAATAGATTCACTTTTTACAA-A--ATAATGT-TCAT-AA-
1 TGATTT-G-AAATAGA-T-AATTGTTAAAATAGCATAAT-TAT-TTGAAT
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1 TGATTTGAAATAGATAATTGTTAAAATAGC-ATAATTATTTGAAT
*
27098 TGCTTTGGTAAATAGAT
1 TGATTT-G-AAATAGAT
27115 TCACTTTTTA
Statistics
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TGATTTGAAATAGATAATTGTTAAAATAGCATAATTATTTGAAT
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26936 TTATTTTATG
*
26946 ACAAAATAATGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTAAAATAGCTATAATTATTTGAATTG
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66 ATTTGGTAAATAGATTCACTTTTT
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*
27100 CTTTGGTAAATAGATTCACTTTTT
66 ATTTGGTAAATAGATTCACTTTTT
27124 A
1 A
27125 AATCACTTAC
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
89 88 1.00
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ACAAAATAATGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTAAAATAGCGATAATTATTTGAATTG
ATTTGGTAAATAGATTCACTTTTT
Found at i:27323 original size:183 final size:180
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27037 AAAATAATGT
* * ***
27047 TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTAAAATAG-CGATAATTATTTGAA-TTGCTTTGGTAAA
1 TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTTG-TTCAATAAA
* * * * * *
27110 TAGATTCACTTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTATTATTATTTTA
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*
27175 TTTCGAATAAGCTTTAATGAATTGAAACAATTGTTTTATAATAAAACAAAATA
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* * * * * * *
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1 TCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAAC
* * * *
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* * * * * * * *
27358 TTTTGGATAACCTTTTACGAACTGAAGCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGA
129 TTTCGAATAAGC-TTTATGAATTGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAATA
* * * * * * **
27411 TCATAACGATTTTAAATA-TTAATCT-TTCAAATAGTCATAACTACTTGAGCTTATTTGATAAAC
1 TCATAATGATTTGAAATAGATAAT-TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAAC
* * * * * *
27474 AAATTTATTTTTTCAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTCAAATGTTAATATATTAGGATTGTTTT-
65 AAATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * * * * ** * * **
27538 GTTCTAAACAAGCTTGTATG-ATATGAAACAAATATTTTACGACTAAA-AATAGG
129 TTTC-GAATAAGCTT-TATGAAT-TGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAATA
* * ** * * ** ** * ** *
27591 TTAGAACAATTTAAAATAGATAATTATTCTTATAGTTTTAACTATTTGAACTGGTTTGACAAACA
1 TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACA
*
27656 CATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAATTAGTATTA-TTTAT
66 AATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTAT
*** *
27720 TTCGAATAAGCTTGTATGATAAAAAAAACAATTGTTTTATAACAAAAC-AAATGG
130 TTCGAATAAGCTT-TATG--AATTGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAT-A
* *** * * * *
27774 TTATAGCAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATTGTCATAATTATTT-AA-TTAATTTAATAAAC
1 TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCAATAAAC
27837 AAATTTATTTTTTAAATCTCTTAC---TT-A---TT--AATA--AAT---TT-GTATTATTTTA-
65 AAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * **
27886 TTCTGTATAAACTTGTATTAATTGAAACAATTGTTTTATGAA-AAAACAAAAGG
130 TTC-GAATAAGCTT-TATGAATTGAAACAATTGTTTTAT-AACAAAACAAAATA
**** * * * * * ** *
27939 TCATGGCAATTTTAAATAAACAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTTTTCGGTAAATA
1 TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACA
* * * * *
28004 GATTTATTTTCTTAAATCTCTTTCTTCTTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTAATTTA
66 AATTTATTTT-TTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
** * * *
28068 TTTCGAGGAAGCTTGTATAAATTGAAACAATTGCTTTTATGACAAAACAAAAGA
129 TTTCGAATAAGCTT-TATGAATTGAAACAATTG-TTTTATAACAAAACAAAATA
* * * * * *
28122 TCAAAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGT-ATTAA-TCATATAAACTGGTTCAATAAA
1 TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA-TAACT-ATTTGAACTTGTTCAATAAA
* *
28185 C-AA-TT-TTTTTT--ATCTCTTACTTATTAA-TTTTGAAATATTATTAAATTTGTATTATTTTA
64 CAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * * * ** * **
28244 ATTCCAATAAGCTTGAACGAA-CAAAAAAATTGTTTTATGTCAAAAC-AAATA
129 TTTCGAATAAGCTT-TATGAATTGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAATA
** * * * * * *
28295 GTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATCATTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTCGTTCGACAAT
1 -TCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAA
* * * * * ** * ** *
28359 TAGATTTATCTTTTAATTTTCTTGGTTATTAAGTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTA
64 CAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * ** * ** * ***
28424 TTCCAAATAAAATAGTATGAACAGAACCAATTGTTTGGCAACAAAACAAAA-A
129 TTTCGAATAAGCT-TTATGAATTGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAATA
* * * * * * * *
28476 GTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTGATATAGTCAAAACTATTTGAAATTGTTTAGTAAAC
1 -TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAAC
* *
28541 AAATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTGACTAATTTTAT-AAATTTTAATAAATTAGTATTATTTT
65 AAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT-ATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
* * * *** * *
28604 ATTTTGAACAAACTTATATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAA-A
128 ATTTCGAATAAGCTT-TATGAATTGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAATA
* * * * * * * *
28657 GTAATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTTATAATTATTTTAACTG
1 -TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA-ACTT-GTTCAA-T-
** * * *
28722 ATTCGGCAAATAATAGTATTTTTTAAATCTCTTACTTATAAAATTTTGAAATATTAACAAATTAG
61 A---AACAAAT--T--TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG
* * * ** * * * *
28787 TTTTATTTTA-TTCTAAATAAACTTCTATGAGCTGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAATG
119 TATTATTTTATTTC-GAATAAGCTT-TATGAATTGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAATA
* * * * * * * ** *
28850 TCATAACGATTTAAAATAGATTATTGTTTATATAGTCTTAACTTTTTGAA-TTGGTTTGACAAAC
1 TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCAATAAAC
** * * * *
28914 GGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATGAATTTTT-AGAATATTATTAATTTAGTATTATTTTA
65 AAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * ** * * * *
28978 -TTCTAAATAAACTTGTATGAA-CAAAATAATTCTTTTATGACAAAAC-AAATGG
129 TTTC-GAATAAGCTT-TATGAATTGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAT-A
* ** *
29030 TTATAACAATTTGAAAT-GCATAGTTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
1 TCATAATGATTTGAAATAG-ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
29077 ATTTTTGGAT
Statistics
Matches: 1444, Mismatches: 322, Indels: 167
0.75 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
165 62 0.04
166 32 0.02
167 32 0.02
170 2 0.00
171 4 0.00
173 8 0.01
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178 4 0.00
179 21 0.01
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184 4 0.00
185 4 0.00
188 6 0.00
190 7 0.00
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Consensus pattern (180 bp):
TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACA
AATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
TCGAATAAGCTTTATGAATTGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAATA
Found at i:28227 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 28205--28246 Score: 50
Period size: 17 Copynumber: 2.5 Consensus size: 17
28195 TATCTCTTAC
28205 TTATTAATTTTGAAATA
1 TTATTAATTTTGAAATA
* * *
28222 TTATTAAATTTGTATTA
1 TTATTAATTTTGAAATA
28239 TT-TTAATT
1 TTATTAATT
28247 CCAATAAGCT
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 4, Indels: 1
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (17 bp):
TTATTAATTTTGAAATA
Found at i:28709 original size:11 final size:11
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Indices: 28693--28717 Score: 50
Period size: 11 Copynumber: 2.3 Consensus size: 11
28683 GTTCAAATAG
28693 TTATAATTATT
1 TTATAATTATT
28704 TTATAATTATT
1 TTATAATTATT
28715 TTA
1 TTA
28718 ACTGATTCGG
Statistics
Matches: 14, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
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TTATAATTATT
Found at i:29210 original size:153 final size:152
Alignment explanation
Indices: 28952--29229 Score: 373
Period size: 153 Copynumber: 1.8 Consensus size: 152
28942 GAATTTTTAG
* *
28952 AATATTATTAATTTAGTATTATTTTATTCTAAATAAACTTGTATGAACAAAATAATTCTTTTATG
1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAACTTGTATGAACAAAATAATTCTTTTATG
* * * *
29017 ACAAAACAAATGGTTATAACAATTTGAAATGCATAGTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTATTTT
66 ACAAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATGCATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTATTTT
29082 TGGATCTCTTACTAATTCTTGA
131 TGGATCTCTTACTAATTCTTGA
* * *
29104 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAAATAAGCTTGTATGTTGA-AAAATAATTGTTTT
1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAACTTGTATG--AACAAAATAATTCTTTT
* ** * *
29167 ATGATAAAACAAAAGGTAATAACAATTT-ATAATTTATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTT
63 ATGACAAAACAAAAGGTAATAACAATTTGA-AATGCATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTT
29230 GAACTGATTC
Statistics
Matches: 108, Mismatches: 14, Indels: 7
0.84 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
151 1 0.01
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ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (152 bp):
AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAACTTGTATGAACAAAATAATTCTTTTATG
ACAAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATGCATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTATTTT
TGGATCTCTTACTAATTCTTGA
Found at i:29532 original size:182 final size:180
Alignment explanation
Indices: 29089--30166 Score: 1005
Period size: 182 Copynumber: 5.9 Consensus size: 180
29079 TTTTGGATCT
* * *
29089 CTTACTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATG--TTG
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-AAATAAGCTTGTATGAACTG
* * * * **
29152 AAAAATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTAATAAC-AATTTATAATTTATAATTGTTCAAAT
65 --AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTA-AATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * * * *
29216 GGCCATAATTATTTGAAC-TGATTCGATAAAC-TAATTTATTTTTTAAAGCTCTTA
127 AGTCATAACTATTTGAACTTG-TTTGGTAAACAT-ATTTATTTTTTAAATCTCTTG
* * * * ** *
29270 CTTATTAATTTATGAAATATTAATAAAGTA-AACTTATCTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACT
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTA-TTATTTTA-TTTAAATAAGCTTGTATGAACT
* * ** * *
29334 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAATAATTTTAAGTAGATAATTGTTCAAATAA
64 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* *
29399 TAATAACTATTTGAGCTTGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTCAAATCTCTTG
129 TCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACATATTTATTTTTT-AAATCTCTTG
*
29452 CTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACT
1 CTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TAAATAAGCTTGTATGAACT
* * * * * * * * *
29516 GAAACAATTATTTTATGACTAAATAAAAGGTTAGAATGATTTAAAATAGATAATTATTCTAATAG
64 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * * * *
29581 TCTTAACCACTTGAA-ATGATTCGGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTTTTA
129 TCATAACTATTTGAACTTG-TTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTG
* * *** * *
29633 CTTATTAATTTTTGAAATATCATTAAATTAGTATTATTTTAATCCGAATAAGCTTATATG-ACAA
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTAAATAAGCTTGTATGAAC-T
* * * * * * * * *
29697 GAAAGAGTTTTTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAGCGATTTGAGATTGATATTTGTTCAAAT-G
64 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * *
29760 ATCATAACTATTTGGACTAGTTTGG-AAA-ATAGCTTTAGTTTTTAAATCTCTTG
129 -TCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACATA--TTTATTTTTTAAATCTCTTG
* * * ** ** *
29813 CTTAATAATTTTTGAAATATTAATGAAGTAGTATTATTTTATTTTGGATAAATTTTTATGAACTG
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTAAATAAGCTTGTATGAACTG
*
29878 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATGGT
65 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * *
29943 TATATCTATTTAAACTTGTTAGGTAAACATATTAATTTTTTTAAATCTCTTG
130 CATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACATATTTA-TTTTTTAAATCTCTTG
29995 CTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACT
1 CTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-AAATAAGCTTGTATGAACT
* * * * * * *
30059 AAAATAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCAGAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAG
64 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * *
30124 TCTTAACTATTTGAACTAGATTGGCAAAACACATTTATTTTTT
129 TCATAACTATTTGAACTTGTTTGG-TAAACATATTTATTTTTT
30167 TATTATTAAA
Statistics
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0.77 0.16 0.06
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179 5 0.01
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ACGTcount: A:0.38, C:0.08, G:0.11, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAAATAAGCTTGTATGAACTGA
AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
ATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTG
Found at i:30542 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 30167--30796 Score: 666
Period size: 181 Copynumber: 3.5 Consensus size: 179
30157 TTTATTTTTT
* * * * * *
30167 TATTATTAAATTAGTATTATCTTAATCGAAATAAGCTTATATGAAAAGAAGCAATTGTTTTATGA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTTATGA
* * * * * * *
30232 CAAAA-TAAA-GATCATAACGATTTGAGATAGATAATTGTTC-AAGTAGTCATAATTATTTGAAC
66 CAAAACAAAATG-TCATAACTATTTGAAATAGATAATTATTCAAAG-AGACATAACTATTTAAAC
*
30294 -TGATTTAGTAAACAGATTTAGTTTTTAAATCTCTA--ATTAATTTTTAAAA
129 TTG-TTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTACTATTAATTTTTAAAA
* ** *
30343 CATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAATTTTGTATGAAGAGAAACAATTGTTTTATGA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTTATGA
*
30408 CAAAACAAAATGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAGGGACATAACTATTTAAACT
66 CAAAACAAAATGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTATTCAAAGAGACATAACTATTTAAACT
* * * *
30472 TGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCAACCTATTAATTTTTATAA
130 TGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCT-CTA-CTATTAATTTTTAAAA
** * * *
30524 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAAATAAAATTGTATGAATAGAAACTATTATTTTATG
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTTATG
* * * * **
30588 ACAAAACAAAATATCATAACTATTTGAAACAAATAATTATTCAAACGA-TCATAACTATTTAAGT
65 ACAAAACAAAATGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTATTCAAA-GAGACATAACTATTTAAAC
* * * * * **
30652 TTGCTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATCAATTTTTGGAA
129 TTGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATC-TCTAC-TATTAATTTTTAAAA
* * * * * * *
30705 TACTAATAAATTAGTACTATTTTGTTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGGTTTATGA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTTATGA
*
30770 CAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAA
66 CAAAACAAAATGTCATAACTATTTGAA
30797 TGTGTTTAGA
Statistics
Matches: 381, Mismatches: 58, Indels: 25
0.82 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
176 60 0.16
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ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (179 bp):
TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTTATGA
CAAAACAAAATGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTATTCAAAGAGACATAACTATTTAAACTT
GTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTACTATTAATTTTTAAAA
Found at i:30900 original size:145 final size:147
Alignment explanation
Indices: 30665--30942 Score: 393
Period size: 145 Copynumber: 1.9 Consensus size: 147
30655 CTCAATAAAC
* * *
30665 AGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATCAATTTTTGGAATACTAATAAATTAGTACTATTTTGT
1 AGATTTATTTTTTAAATCTTCTACTTATCAATTTTTGAAATACTAATAAATTAGTACTATTTTAT
* * *
30730 TTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGGTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAACTATTT
66 TTGGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAAGGTCAAAACAATTT
30794 GAATGTGTTTAGAAAAT
131 GAATGTGTTTAGAAAAT
* * * *
30811 AGATTTATTTTTTACAT-TTCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTA
1 AGATTTATTTTTTAAATCTTCTACTTATCAATTTTTGAAATACTAATAAA-TTAGTACTATTTTA
* * *
30874 TTTGGAATAA-CTGTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGGTCAAAACAAT
65 TTTGGAATAAGCT-TGTATGAACAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAAGGTCAAAACAAT
30938 TTGAA
129 TTGAA
30943 ATAGATAATT
Statistics
Matches: 116, Mismatches: 13, Indels: 6
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Matches are distributed among these distances:
144 2 0.02
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ACGTcount: A:0.39, C:0.07, G:0.12, T:0.42
Consensus pattern (147 bp):
AGATTTATTTTTTAAATCTTCTACTTATCAATTTTTGAAATACTAATAAATTAGTACTATTTTAT
TTGGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAAGGTCAAAACAATTT
GAATGTGTTTAGAAAAT
Found at i:31121 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 30781--37700 Score: 4689
Period size: 181 Copynumber: 38.6 Consensus size: 181
30771 AAAACAAAAG
** * * *
30781 GTCATAACTATTTGAA-TGTGTTTAG-AAAATAGATTTATTTTTTACATTTC-TACTTATTAATT
1 GTCATAACTATTTGAACT-TGTTCGGTAAACTAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
* * *
30843 TTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTGGAATAA-CTGTGTATGAA-TAGAAATAAT
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*
30905 TGTTTTATGACAAAACAAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
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* * * * * *
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1 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACTAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * * * * * *
31026 TAGGAACATTAGTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCCTATATGAACTAATACAATTATT
66 TAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTT
** * *
31091 TTAAAATCAAACAAAAGGTCATAGCAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
131 TTATGA-CAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* ** * * * * * * *
31143 GTTATGGCTATTTGGATTTTTTAGGTAAAC-ATATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATT-ATTT
1 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACTAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * * * * * *
31206 GAGGAAATACTAATAAATTAATATTATTTTAATATGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTTT
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* * ** * * *
31271 TTTAT-A-AAA-GAAA-GTCGTAATGATTTAAAATAAATAATTATTCAAATA
130 TTTATGACAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * *
31319 GTCATAACTATTTAAACTTATTCGATAAAC-AGATTTATTTTTTAAATCTTTTATTTTTTTAATT
1 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACTAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA-CTTATTAATT
* * *
31383 GTT-TAAATATTAATAAATTTGTGTTATTTTA-TTTGAAATAAGCTTGTATGAA-TAGCAAA-AA
65 -TTAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG-AATAAGCTTGTATGAACTA--AAACAA
* * * *
31444 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGCGATTTGAAATAGATAATTGAT-AAATA
126 TTGTTTTATGAC-AAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * *** *
31500 GTCATAACTGTTTTAACTTGTTCAACAAA-TAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
1 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACTAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * ** * * * ** * * *
31564 TTGGAATATTAATAAGCTAGAAGTATGTTATTTCAAATAAACTTGTATGAA-TAGAAATAATTGA
66 TAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTGT
* * * * * *
31628 TTTGTGATAACACAAAAGATTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAACA
130 TTTATGACAA-ACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * * * * * *
31681 ATCATAAATATTTGCACTCG-GCAAGCT-AAC-AAATTCATTTTTGAAAT-TCATTAGTTATCT-
1 GTCATAACTATTTGAACTTGTTC--GGTAAACTAGATTTATTTTTTAAATCTC-TTACTTAT-TA
*
31741 -TTTTAG-AATATTAATAAATTAGCATTATTTTATTTTGAATAAGAC-TGTATG-ACTAGAAACA
62 ATTTTAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAG-CTTGTATGAACTA-AAACA
* * * * *
31802 ATTGTTTTATGATAAAACAAATGGTCATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATA
125 ATTGTTTTATGA-CAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * *** * *
31860 GTTA-AACTAATTGAA-TTGGTTTAATAAAC-AAATTTATTTTTTTAACTCTCTTACTTATTAAT
1 GTCATAACTATTTGAACTT-GTTCGGTAAACTAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
* * * * * ** *
31922 TTTCA-AAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAACAAACTTATTTGAAAAAAAAACATT
64 TTT-AGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATG-AACTAAAACAAT
* * * * *
31986 TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATATGAAATCGATAATTATTTAAATA
127 TGTTTTATGAC-AAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * *
32042 GTCATAA-TTTGTTGAA-TTGGTTCAAG-AAAC-AAAATTATTTTTTAAATCTCTTGCTGATT-A
1 GTCATAACTAT-TTGAACTT-GTTC-GGTAAACTAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA
* * * * * * * *
32102 TTTT--TAATATCAATAGATTTGTTTTATTTTATTTCGAATAAG-TTACTAAGAACTGAAAA-AA
63 TTTTAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTT-GTATGAACT-AAAACAA
** * * * * *
32163 TTGTTTTACAATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAAGAATTGTTCATATA
126 TTGTTTTATGA-CAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * *
32220 GCCTTAACTATTTGAACTAGTTC---AAA-TAAATTTA---TTGAAATCTCTTAGTTATTAATTT
1 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACTAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * * * * * * *
32278 TCA-TAATATTATTACATTAGTATTATTTTATTCTAAAAAAGCTTGTACGAAC-ATAAATAATTG
66 T-AGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTG
* * * * *
32341 TTTTATGACAGAACACAAGGTTATAACAATTTGAAATATATAATTGCTCAAATT
129 TTTTATGACA-AACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* *
32395 GTCATAACCT-TTTGAA-TTGATTCGGTAAAC-AAATTTA-TTTTTAAATCTCCTACTTATTAAT
1 GTCATAA-CTATTTGAACTTG-TTCGGTAAACTAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
* * * * *** *
32456 TTTTGAAATATTAATAAATTACTATTATTTTATTTCGAAT-AGTTTTGTATGATGAAAAATAATT
64 TTTAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAG-CTTGTATGAACTAAAACAATT
* * * * * *
32520 GTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATGACAA-ATAAAATAGATAATTATTCAAATG
128 GTTTTATGAC-AAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * ** *
32574 GCCATAATTATTTGAAC-TGATTCGATAAA-TTGATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATCAATT
1 GTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAACTAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-T
* * * *
32637 TTTA-AAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTTG-ATAAGCTTTTATGAGCTAAAACAATT
64 TTTAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATT
* * * * * *
32700 GTATTATGATAAAATAAAAAGGTCATAACAGTTTTAAATAGATAATTGTTCATATA
128 GTTTTATGA-CAAA-CAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * *
32756 GTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAA-TAGATTTATTTTTTTAATTTCTTGCTTATTAATTT
1 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACTAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TT
* * * * * * * * *
32820 TTTG-AATGTTAATAAAATAGTATTGTTTTATTTTGAATAAGCATATATGAACTGAAATAATTAT
65 TTAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGT
* ** * *
32884 TTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAACAGATAATTGTTCTAATA
130 TTTATGAC-AAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * * *
32937 GTCTTAACTATTTGAA-TTGTTCAGTAGAC-ACATCTATTTTTTAAATC-CTTA-TTAGT--TCT
1 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACTAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * * * * * * * * *
32996 TAG-AATACTATTAATTTAGTAGTATTTTACTTTGAACAAGCTTCTATGAA-TAGAAATAAATAT
66 TAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTGT
* * * * * * *
33059 TTTAGGATAAA-ACAAAGATCATACCAATTTTAGATAAATAATTGTTCAAATA
130 TTTATGACAAACA-AAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * *
33111 GTTATAACTATTTGAAC-TGATTCGGTAAA-GAGATTTAGTTGTTAAA--TC-T-CTTATTAATT
1 GTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAACTAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
* * * * * *
33170 TTTGAAATAGTAATAAATTAGTATTA-TTT-TTATGAATAA-TTTTTATGAA-TAAAAATAATTG
65 TTAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACT-AAAACAATTG
* * ** * *
33231 TTTTACGACAAAATAAAATATCATAACAATTTCAAATAGATAATAGTTCAAATA
129 TTTTATGAC-AAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * ** * *
33285 GACATGACTATTTGAACTTGTTCAATAAA-TAGATTAATTTTTTAAATCT-TCAACTTATTAATT
1 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACTAGATTTATTTTTTAAATCTCT-TACTTATTAA-T
* * *
33348 TTTAG-AACATTAATAAATTAGTATTATTATATTTTGAATAAACTTGTATGAA-TAGAAACAATT
64 TTTAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATT
** * *
33411 GTTTTATGACAAAACAAAAGAG-CATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATA
128 GTTTTATGAC-AAACAAAAG-GTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * *** * * *
33466 GTCATAACAATTTAAACTCACTCGGTAAAC-AAATTTA-TTTTTAAATGTTTTACTTATTAATTT
1 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACTAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * * *
33529 T-GGAATATTAA-AATATTAGTATTATTTTA-TTTGAAATAAGCTTGTTTGAA-AAGAAATAATT
66 TAGAAATATTAATAA-ATTAGTATTATTTTATTTTG-AATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATT
** * **
33590 CATTTATGACAAAACAAATGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
128 GTTTTATGAC-AAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * * * * *
33645 GTCATAATTATTTAAACATGTTCAG-AAAATTGATTTTATTTTTAAAAT-TTTTAATTATTAATT
1 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACTAGA-TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
* * *
33708 TTTGGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTA-TTTGAAATAAGCTTGCATGAAC-AAAACCAAT
65 TTAGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTG-AATAAGCTTGTATGAACTAAAA-CAAT
* * * * * * * * *
33770 TGTTTTACGAGAAAACAAAATGTCATAATATTTTTAAATAGATAATTATTTAGATA
127 TGTTTTATGA-CAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
** * * *
33826 GTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAA-TAGATTCATTTTTTAATTCTCTTACACT-TTAATT
1 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACTAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAC-TTATTAATT
* * ** * * * * *
33889 TTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAAAATAGGTTTATATGAACTGAAACAATTAT
65 TTAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGT
* * * * * *
33954 TTTATTACAAAACAAAAGGTCACAATAATTTGAATTCGATAATTATTCAAATA
130 TTTATGAC-AAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * *
34007 ATCATGACTATTTGAACTTTTTCGGTAAAC-ATATTTATTTTTTAAATCTTTTACATATT-ATTT
1 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACTAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * * * *
34070 ATCA-AAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAGTTA
66 -T-AGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTG
34134 TTTTATGACATAA-AAAA--TCATAACAATTTG--A-A-ATAATTGTTCAAATA
129 TTTTATGACA-AACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * *
34181 GTCATAACAATTCGAACTTGTTCGGTAAA-TAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTG
1 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACTAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-
** *** *
34245 TT-TCAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTGAAAATAAGCTTGTATTAAC-AGAAA-AAGT
65 TTAGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAA-T
** * * * * ** *
34306 CATTTTATAACAAAACAAAAGGTTATAGCGATTCCAAATAGATAATTGTTTAAATA
127 TGTTTTATGAC-AAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * * *
34362 ATCATAATTATTTAAACTTGTTTGATAAAC-AGATTCT-TTTTTGAAATCTCTTAATTATTAATT
1 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACTAGATT-TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
* * ** * * ** *
34425 TCCA-TAATATTAATAACA-TAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTATATGAACCGAAATAATT
65 T-TAGAAATATTAATAA-ATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAA-T
* * * * * *
34488 TTTTTTTTGAGAAAACAAAAGGTCATAATAATTTAAAATAGATAATTATTCAAATA
127 TGTTTTATGA-CAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * ** * * *
34544 GTCATTACAATTTGATGTGGTTCGATAAACATA-A-TTATTTTTTAAGAT-TTTTACTTATTAAT
1 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAAC-TAGATTTATTTTTTAA-ATCTCTTACTTATTAAT
* * * * * * *
34606 TTT-TAAATTTTAATAAATTAATAATATTTTAATCTGAATAAG-TTGTATGAA-TAGAAACTATT
64 TTTAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATT
* ** * * ***
34668 GTTTTAT-AGCAAAACAAAA-ATCCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTTTGATA
128 GTTTTATGA-C-AAACAAAAGGT-CATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * *
34723 GTCATAACTATTTGAAC-TGCTTTGATAAAC-ATATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATT
1 GTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAACTAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
* * * * * * * *
34782 TTTGAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTCTAAACAAACTTATATGAAC-ATAAAC----C
65 TTAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTG
* * * *
34842 TTTTACGACAAAACAAAAGTTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCACATA
129 TTTTATGAC-AAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * *
34896 GTCATAATTATTTGAAC-TGATTAGGTAAA-TAGAATTATTTTTTTAATCTCTTACTTATTAATT
1 GTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAACTAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
** * * * **
34959 TTTTAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTCTT-AATAAGCTAGTATGAATTGAAAATTAT
65 TTAGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATT-TTGAATAAGCTTGTATGAACT-AAAACAAT
* * *
35022 TGTTTTATGGCAAGAAAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCATATA
127 TGTTTTATGACAA-ACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * *
35078 GTCTTAACTATTT-AA-TGGGTTCGGTAAAC-AAATTTATTTTTTAAATCTCTAAGTTATTAATT
1 GTCATAACTATTTGAACT-TGTTCGGTAAACTAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
* * * * * * *
35140 TTTGGAATATTATTAGATTAGTATTATTTTATTTTGTATAAGCTTGTACGAA-TATAAATAATTG
65 TTAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTG
* ** * * * *
35204 TTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAGTATACAATTATTCAAATA
129 TTTTATGAC-AAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* *
35258 ATCATAACTATTTGAA-TTGGTTCGGTAAAC-ATATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTA--AATT
1 GTCATAACTATTTGAACTT-GTTCGGTAAACTAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
* ** **
35318 TT-GAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCGGAATAAGCTTGTATGATAAAAAAACAATTG
65 TTAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGA-ACTAAAACAATTG
* * * * *
35382 TTATATGACCAAACAAAAGGTAATAATAATTTGAAATGGATAATTGTTGAAAT-
129 TTTTATGA-CAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * *** * *
35435 GGCTATAATTATTT-AAATTGATTTTATAAA-TAGATTCACTTTTTAAA--TC--ACTTATTAAT
1 GTC-ATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAACTAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-
* * * * * *
35494 TTTTTGAAATATTAATAAATTAGCATTACTTTA-TTTCAAGTAAGCTTATATGAACTGAAACAAT
63 TTTTAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAA-TAAGCTTGTATGAACTAAAACAAT
* * *
35558 TGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTTAAATA
127 TGTTTTATGAC-AAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * *
35614 GTCATAACTATTTGAATTTTTTCAGTAAAC-AAATTTATTTTTTTAAA-CTCTTACTTATTAATT
1 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACTAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
* * * * * ** *
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65 TTAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGT-ATGAACTAAAACAATTG
* * **
35741 ATTTATGTTA-AAACAAAAGGTCATAACAATATT-AAAT-GAATAATTGTCCCCATA
129 TTTTATG--ACAAACAAAAGGTCATAACAAT-TTGAAATAG-ATAATTGTTCAAATA
* ** * * * * *
35795 GTCATAACTATTTGAACTTATTCAATAAGC-AGATTTATTTTTCCAAATCTTTTGCTTAGTAATT
1 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACTAGATTTATTTTT-TAAATCTCTTACTTATTAA-T
* * * * * *
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* * * * * * *
35919 ATATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAATAATTTGAAATAAATAATTATTCTAATA
126 TTGTTTTATGAC-AAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
** * * * * * *
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1 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACTAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * **** * * * *
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66 TAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTTGAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTG
** ** * * *
36103 TTTTATGACAAA-ATAAAGGTTTTAATGATTTGAGATTGACAATTGTTCAAATA
129 TTTTATGACAAACA-AAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * *
36156 GTCATAACTATTT-AAATCGGTTCGATAAA-TAGATTTATTGTTTAAATCTGTTACTTATTAATT
1 GTCATAACTATTTGAACT-TGTTCGGTAAACTAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
* * * * *
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65 TTAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGA-ACTAAAACAATTG
* * ** *
36283 TTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATCATTCAAATG
129 TTTTATGA-CAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * ** *
36337 GCCATAATTATTTTAACTAATTCGGTAAA-TCGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TT
1 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACTAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * * * *
36400 TAGGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-ATCTAAGCTTGTATTAATTGAAACAATTG
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* ** * *
36464 TTTTATGACAAATCAAAAGGTTATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTAAAATA
129 TTTTATGACAAA-CAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * * * * *
36518 ATAATTATTATTTGAACTTATTCAGCAAA-TAGATTTATTTTTTTAATCTCTTTCTTATTAATTT
1 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACTAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
** * * * * * *
36582 TCCAAATGTTAGTAAATTAGTATTAATTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTG-T
66 TAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTT
* * * ** * **
36646 TT-TGACTCAATAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTATTTTAATA
131 TTATGAC-AAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * ** * * *
36697 GTCTTAACCATTTGAACTAATTCGATAAACAAG-TTTA-TTTTTAAATCTCATACTTATTAAATT
1 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACTAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT-AATT
* * * **
36760 TTA-AAACATT-TTAAAATTAGTATTATTTTAATTTGAATAAGCTTGTACAAAC-AAAACAATTG
65 TTAGAAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTG
* * ** ** *
36822 TTTTACGACAAAAGAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATCATTCATATA
129 TTTTATGAC-AAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * * * **
36876 GTCTTAACTATTTGAACTGGTTAGG-CAATTAGATTTATTTTTTAATTTTCTTGGTTATTAAGTT
1 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACTAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TT
* * * ** * * *
36940 TCA-AAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAAATAGTAT-AAATAGAACCAATT-
65 TTAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTG
* * ** *
37002 TTTTGCTGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
129 TTTT-ATGAC-AAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * * * *
37057 GTCAAAACTATTTGAAATAGTTTGG-CAAGTAGATTTA---CTTAAATCTCTTACTGATTAATTT
1 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACTAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
** ** * * ** * * *
37118 TCTAAATATTAATAAATTAGTACAATTTTATTTCGAACAAATTTATATTAACAAAAACAATTGTT
66 TAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTT
* * ** *
37183 TTATGACAAAACAAAAAAGTAATAATGATTTGAAATAGACAATTGTTCAAATA
131 TTATGAC-AAAC-AAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * **
37236 GTTATAATTATTTGAACTAGTTCAGTAAA-TAGAATTATTTTCGAAATCTCTTA--TA--AATTT
1 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACTAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * * ** ** * * *
37296 TAGAAATATTAATAAATTAATTTTATTCTATTTCAAATAAGCTTGTATGAGTTGAAATAATTATT
66 TAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTT
* *
37361 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCATATA
131 TTATGAC-AAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* ** * * ** * *
37413 GTCTTAGTTATTTGAACTGGTTTGACAAAC--GTATTCATTTTTTAAA--TCTTAGTTATTAATT
1 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACTAG-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-T
* * *
37474 TTTAG-AATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTTTATGAAC-ATAAACAAAT
64 TTTAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATT
* * * *
37537 -TTTTATAATAGAAAAAAAGAGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
128 GTTTTATGACA-AACAAAAG-GTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* ** * * *
37592 GTCATAACTATTTGAACTAGTTTAGCAAAC-ATATTTATTTTTTAAA--T-GT-CTTATTAATTC
1 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACTAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-
** *
37652 TT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAAAAGCTTGTATG
65 TTAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATG
37701 TTCAAATAAA
Statistics
Matches: 5331, Mismatches: 1108, Indels: 604
0.76 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
172 15 0.00
173 115 0.02
174 256 0.05
175 222 0.04
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Consensus pattern (181 bp):
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TAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTT
TTATGACAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
Found at i:32851 original size:362 final size:357
Alignment explanation
Indices: 30781--37684 Score: 4250
Period size: 360 Copynumber: 19.3 Consensus size: 357
30771 AAAACAAAAG
* * * * *
30781 GTCATAACTATTTGAATGTGTTTAGA-AAATAGATTTATTTTTTACATTTCTACTTATTAATTTT
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* * *
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* * * *
30907 TTTTATGACAAAACAAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAAGAACTA
125 TTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
* * * * * * *
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* * * * * * * **
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* *
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* ** ** * * * * * * **
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* * * * * *
31206 GAGGAAATACTAATAAATTAATATTATTTTAATATGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATT-T
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* * * ** * * *
31270 TTT-T-ATAAAA-GAAA-GTCGTAATGATTTAAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATT
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* * * * * *
31331 TAAACTTATTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTT-TTATTTTTTTAATTGTTTAAATATTA
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* * *
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* * * *
31457 AAACAAAAGGTTATAGCGATTTGAAATAGATAATTGAT-AAATA
315 AAACAAAAGGTCATAAC-AATTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * *
31500 GTCATAACTGTTTTAACTTGTTCAACAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
1 GTCATAACTATTTGAAC-TGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTC-AACTTATTAATTTT
** ** * * * ** * * *
31565 TGGAATATTAATAAGCTAGAAGTATGTTATTTCAAATAAACTTGTATGAA-TAGAAATAATTGAT
64 TAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-TGATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTGTT
* * * * * * * * * *
31629 TTGTGATAACACAAAAGATTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAACAATCATAAATATTT
127 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * * * * * * * *
31694 GCACTCG-GCAAGCT-AACAAATTCATTTTTGAAATTCATTAGTTATCT--TTTTAGAATATTAA
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* * * * * *
31755 TAAATTAGCATTATTTTATTTTGAATAAGAC-TGTATGACT-AGAAACAATTGTTTTATGATAAA
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* * * *
31818 ACAAATGGTCATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATA
317 ACAAAAGGTCATAACAA-TTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * ** * * * *
31860 GTTA-AACTAATTGAATTGGTTTAATAAACAAATTTATTTTTTTAACTCTCTTACTTATTAATTT
1 GTCATAACTATTTGAACT-GTTCGATAAATAGATTTA-TTTTTTAAATCTC-AACTTATTAATTT
* * * * * * ** *
31924 TCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAACAAACTTATTTGAAAAAAAAACATTTGT
63 TTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG-ATAAGCTTGTATG-AACTAAAACAATTGT
* * * * * * *
31989 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATATGAAATCGATAATTATTTAAATAGTCATAA-TTTG
126 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT-
* * * * * * *
32053 TTGAA-TTGGTTCAAG-AAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTGCTGATT-ATTTTT-AATATCA
190 TTGAACTT-GTTC-GGTAAACAGATTTATTTTTT-AATTTCTTACTTATTAATTTTTGAATATTA
* * * * * ** *
32114 ATAGATTTGTTTTATTTTATTTCGAATAAG-TTACTAAGAACTG-AAAA-AATTGTTTTACAATA
252 ATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTT-GTATGAA-TGAAAAATAATTGTTTTATGACA
* * * *
32176 AAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAAGAATTGTTCATATA
315 AAACAAAAGGTCATAAC-AATTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * *
32220 GCCTTAACTATTTGAACTAGTTC---AAATAAATTTA---TTGAAATCTCTTAGTTATTAATTTT
1 GTCATAACTATTTGAACT-GTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTC-AACTTATTAATTTT
* * * * ** * * *
32279 CATAATATTATTACATTAGTATTATTTTATTCTAAAAAAGCTTGTACGAAC-ATAAATAATTGTT
64 TAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TTGATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTGTT
* * * * * * *
32343 TTATGACAGAACACAAGGTTATAACAATTTGAAATATATAATTGCTCAAATTGTCATAACCT-TT
127 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA-CTATT
* * * *
32407 TGAA-TTGATTCGGTAAACAAATTTATTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT
191 TGAACTTG-TTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAATTTCTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAAT
* *
32471 AAATTACTATTATTTTATTTCGAAT-AGTTTTGTATG-ATGAAAAATAATTGTTTTATGACAAAA
254 AAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAG-CTTGTATGAATGAAAAATAATTGTTTTATGACAAAA
* * * * * *
32534 CAAAAGTTCATGACAAATAAAATAGATAATTATTCAAATG
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* * * *
32574 GCCATAATTATTTGAACTGATTCGATAAATTGATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATCAATTTT
1 GTCATAACTATTTGAACTG-TTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCT-CAACTTATTAATTTT
* * * * *
32639 TAAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTTGATAAGCTTTTATGAGCTAAAACAATTGTAT
64 TAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTTGATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTT
* * * *
32704 TATGATAAAATAAAAAGGTCATAACAGTTTTAAATAGATAATTGTTCATATAGTCATAACTATTT
128 TATGACAAAA-CAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * * *
32769 GAACTTGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTTAATTTCTTGCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATA
192 GAACTTGTTCGGTAAACAGATTTA-TTTTTTAATTTCTTACTTATTAA-TTTTTGAATATTAATA
* * * * * * *
32834 AAATAGTATTGTTTTATTTTGAATAAGCATATATGAACTG--AAATAATTATTTTATGACTAAAC
255 AATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-TGAAAAATAATTGTTTTATGACAAAAC
* * * * *
32897 AAAAGGTCAAAATGATTTGAAACAGATAATTGTTCTAATA
319 AAAAGGTCATAA-CAATTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * * * *
32937 GTCTTAACTATTTGAATTGTTC-AGTAGACACATCTATTTTTTAAA--TC--CTTATTAGTTCTT
1 GTCATAACTATTTGAACTGTTCGA-TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCAACTTATTAATTTTT
* * * * * * * * * * *
32997 AGAATACTATTAATTTAGTAGTATTTTACTTTGAACAAGCTTCTATGAA-TAGAAATAAATATTT
65 AAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG-ATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTGTTT
* * * * * * *
33061 TAGGATAAAAC-AAAGATCATACCAATTTTAGATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTG
128 TATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * * * *
33125 AAC-TGATTCGGTAAAGAGATTTAGTTGTTAA-ATC-T-CTTATTAATTTTTGAAATAGTAATAA
193 AACTTG-TTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAATTTCTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAA
* * * * *
33186 ATTAGTATTATTTT-TAT-GAATAA-TTTTTATGAAT-AAAAATAATTGTTTTACGACAAAATAA
256 ATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATGAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAA
** * *
33247 AATATCATAACAATTTCAAATAGATAATAGTTCAAATA
321 AAGGTCATAACAA-TTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * *
33285 GACATGACTATTTGAACTTGTTCAATAAATAGATTAATTTTTTAAATCTTCAACTTATTAATTTT
1 GTCATAACTATTTGAAC-TGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATC-TCAACTTATTAATTTT
* * * *
33350 TAGAACATTAATAAATTAGTATTATTATATTTTGAATAAACTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTT
64 TAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG-ATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTGTT
** * * * *
33414 TTATGACAAAACAAAAGAG-CATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAGTCATAACAATT
127 TTATGACAAAACAAAAG-GTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* *** * * *
33478 TAAACTCACTCGGTAAACAAATTTATTTTTAAATGTT-TTACTTATTAATTTTGGAATATTAA-A
191 TGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAT-TTCTTACTTATTAATTTTTGAATATTAATA
* **
33541 ATATTAGTATTATTTTATTT-GAAATAAGCTTGTTTGAA--AAGAAATAATTCATTTATGACAAA
255 A-ATTAGTATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTGTATGAATGAA-AAATAATTGTTTTATGACAAA
* * *
33603 ACAAATGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
317 ACAAAAGGTCATAA-CAATTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * *
33645 GTCATAATTATTTAAACATGTTCAGA-AAATTGATTTTATTTTTAAAATTTTTAA-TTATTAATT
1 GTCATAACTATTTGAAC-TGTTC-GATAAATAGA-TTTATTTTTTAAA-TCTCAACTTATTAATT
** *
33708 TTTGGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTA-TTTGAAATAAGCTTGCATGAAC-AAAACCAAT
62 TTTAAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTG--ATAAGCTTGTATGAACTAAAA-CAAT
* * * * * * * *
33770 TGTTTTACGAGAAAACAAAATGTCATAATATTTTTAAATAGATAATTATTTAGATAGTCATAACT
123 TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
** * * *
33835 ATTTGAACTTGTTTAGTAAATAGATTCATTTTTTAATTCTCTTACACT-TTAATTTTTGGAATAT
188 ATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAATT-TCTTAC-TTATTAATTTTT-GAATAT
** * * * * * *
33899 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTAAAATAGGTTTATATGAACTG--AAACAATTATTTTATTAC
250 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-TGAAAAATAATTGTTTTATGAC
* * * * *
33962 AAAACAAAAGGTCACAATAATTTGAATTCGATAATTATTCAAATA
314 AAAACAAAAGGTCATAACAA-TTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * * ** *
34007 ATCATGACTATTTGAACTTTTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACATATT-ATTTA
1 GTCATAACTATTTGAAC-TGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATC-TCAACTTATTAATTT-
* * * * * *
34071 TCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAGTTATT
63 TTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG-ATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTT
* * * *
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127 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* *
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*** * * * *
34258 AAATTTA-TATTATTTTATTGAAAATAAGCTTGTATTAACAGAAAAAGTCA---TTTTATAACAA
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* * * * *
34319 AACAAAAGGTTATAGCGATTCCAAATAGATAATTGTTTAAATA
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* * * * * *
34362 ATCATAATTATTTAAACTTGTTTGATAAACAGATTCT-TTTTTGAAATCTCTTAA-TTATTAATT
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** * ** * * ** *
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* * * * * * * *
34489 TTTTTTTGAGAAAACAAAAGGTCATAATAATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATTACAA
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** * * * * * *
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* * * *
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252 ATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAATGA-AAAATAATTGTTTTATGA-C
* * * * * ***
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* * *
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* * ** * * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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*
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* * * * *
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** * * * *
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* * * *
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* * * *
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* * * *
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* * * * ** * *
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* * * ** * *
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* *
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* * * **
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* * * *
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* * * * * * * *
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*
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* * * * * *
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* * *** * ** * * * *
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65 AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATCAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTT
* * ** **
39963 -TAATGAACAAAAACAAT-TGATTTATGACAAAACAAAAGGACATAACAATTTG
130 GT-ATGAATAAAAAAAATAT--TTTATGACAAAACAAAA-GTTATAATGATTTG
* * * * * * *
40015 AAGTAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACGT-GTTCA-AAAAACATACTTGTTTTT
1 AAATAGATAATTATTCAAATAGT-AAAACTATTTGAAC-TAGTTCAGATAAACAGATTTATTTTT
* * * * ** *
40078 TAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTTA-TAATATTTTATTTGAAATAAGC
64 TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TCAGTATTATTTTATTCCAAATAAAC
* * ** * ** *
40141 TTGCATGAACGAAATCAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGCCATAATGTTTTG
128 TTGTATGAA-TAAAAAAAATATTTTATGACAAAACAAAA-GTTATAATGATTTG
* * * * * *
40195 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAAC-ATGTTC-GGTAAACATATTCATTTTT
1 AAATAGATAATTATTCAAATAGT-AAAACTATTTGAACTA-GTTCAGATAAACAGATTTATTTTT
* * * * * * * *
40258 TAATTCTCTTACTCATTAA-TTCTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAGATAAGCT
64 TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATCAGTATTATTTTATTCCAAATAAACT
* * * * * * * * * * *
40322 TATATGAGTTGAAACAATTGTTTTACT-ATAAAACAAAAGCTCACAATAATTTA
129 TGTATGA-ATAAAAAAAATATTTTA-TGACAAAACAAAAG-TTATAATGATTTG
* * ** * *
40375 AAATAAACAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAATTTA-TTCAGA-AAACATATTTATTTTT
1 AAATAGATAATTATTCAAATAGT-AAAACTATTTGAA-CTAGTTCAGATAAACAGATTTATTTTT
* * * * * * * *
40438 TAAATCTTTTACTTATTAATTGTTGCAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCTAATAAGCT
64 TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATCAGTATTATTTTATTCCAAATAAACT
* * * * * * **
40503 TTTATAAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTG
129 TGTATGAATA-AAAAAAATATTTTATGACAAAAC-AAAAGTTATAATGATTTG
* * * * *
40556 AAATAAATAATTATTCAAATAGTTATAAA-GATTTGATCTTGTTC-GATAAACATATTTATTTTT
1 AAATAGATAATTATTCAAATAG-TA-AAACTATTTGAACTAGTTCAGATAAACAGATTTATTTTT
* ** ** *
40619 TAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTT--AATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTAGAAATAAG
64 TAAATCTCTTACTTATTAATT-T-TTGAAATATTAATAAATCAGTATTATTTTATTCCAAATAAA
* * * *** *
40682 CTTGTATGAATAGAAAAAATCATTGTATGACAAAATAAAAAGTTATAGCAATTTC
127 CTTGTATGAATAAAAAAAAT-ATTTTATGACAAAA-CAAAAGTTATAATGATTTG
* * * * * * * * *
40737 AAATAGATAATTGTTAAAATAGTCACAATTATTT-ACACTTGTTCAG-TAAATATATTCATTTTA
1 AAATAGATAATTATTCAAATAGT-AAAACTATTTGA-ACTAGTTCAGATAAACAGATTTATTTTT
* * * *** *
40800 TAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGAAATATTAATAACTTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCT
64 TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATCAGTATTATTTTATTCCAAATAAACT
* * * * * * * * ** *
40865 TATATGAACTGAAATAATTTTTTTATGACAGAACCAAAGGTCATAACAATTTC
129 TGTATGAA-TAAAAAAAATATTTTATGACA-AAACAAAAGTTATAATGATTTG
* ** * *
40918 AAATAGATATTTATTCAAAATAGTCATGACTATTTGATCTAGTTCA-ATAAACATATTTACTTTT
1 AAATAGATAATTATTC-AAATAGT-AAAACTATTTGAACTAGTTCAGATAAACAGATTTA-TTTT
** * * * * ** * **
40982 GAAAAT-TTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCTGACTAAGT
63 TTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATCAGTATTATTTTATTCCAAATAAAC
** * * * * * **
41046 TTGTATGAATAGAAATTATTATTTTATAATAGAAA-AAAAATCATAACAATTTG
128 TTGTATGAATA-AAAAAAATATTTTATGACA-AAACAAAAGTTATAATGATTTG
* ** * ** * * *
41099 AAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTTGAACT-GTTTTGGTAAATAGATTTATTTTC
1 AAATAGATAATTATTCAAATAGT-AAAACTA-TTTGAACTAGTTCAGATAAACAGATTTATTTTT
* * * *** *
41163 TAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTTTTTTATTTTGAACAAACT
64 TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATCAGTATTATTTTATTCCAAATAAACT
* ** * ** * *
41224 TATACAAACAAAAATATTTATTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTG
129 TGTATGAATAAAAA-AAATATTTTATGACAAAACAAAA-GTTATAATGATTTG
* * * * * * *
41277 AAA-AGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTT-AGGTAAACAAAATTATTTTTT
1 AAATAGATAATTATTCAAATAGT-AAAACTATTTGAACTAGTTCAGATAAACAGATTTATTTTTT
* * * * * *
41340 AAATCTCTTACATATTAAATTTTGATATATTAATAAATGCA-TTTTATTTTATTCCGAATAAGCT
65 AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAT-CAGTATTATTTTATTCCAAATAAACT
* ** *
41404 AGTATGAATTGAAAAAAT-TGTCTTATGACAAAACAAAA---A-CA--ATTTG
129 TGTATGAATAAAAAAAATAT-T-TTATGACAAAACAAAAGTTATAATGATTTG
* * ** * * * *
41450 AAATAGATAACTGTT-AATATAGTTTAATTATTAGAACTAGTTCA-ACAAACAAATTTATTTTTT
1 AAATAGATAATTATTCAA-ATAGTAAAACTATTTGAACTAGTTCAGATAAACAGATTTATTTTTT
* ** * * * * *
41513 AAATCTCTTAGTTATTAATTTTCAAAATATTATTATATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTT
65 AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATCAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTT
* * * * * * *
41578 GTAGGAATAGAAATAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAGTGATTTG
130 GTATGAATA-AAAAAAATATTTTATGACAAAACAAAA-GTTATAATGATTTG
41630 AA
1 AA
41632 GTATACATTT
Statistics
Matches: 2924, Mismatches: 626, Indels: 399
0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
151 2 0.00
152 2 0.00
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184 2 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (179 bp):
AAATAGATAATTATTCAAATAGTAAAACTATTTGAACTAGTTCAGATAAACAGATTTATTTTTTA
AATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATCAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTG
TATGAATAAAAAAAATATTTTATGACAAAACAAAAGTTATAATGATTTG
Found at i:39510 original size:175 final size:174
Alignment explanation
Indices: 38898--42308 Score: 1432
Period size: 181 Copynumber: 19.1 Consensus size: 174
38888 ATATGATGAA
* * *
38898 AAACAATTGTTTTATGACAAAAGAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATTG-
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * * * * *
38962 CTACAATTATTTAAATCGATTTGATAAACTAACTTAAT-TTTTAAATATCTAACTCATCAAATTT
65 C-ATAACTATTTAAATTGGTTTG-T-AAC-AAATTTATGTTTT-AA-ATCT--CTTATTAATTTT
* * * ** *
39026 TAAAATTTTAATAAAATAATATTATTTTA-TCTCGAATAAGCTTT-T-TCAA-ACTG
122 TAGAATATTAATAAATTAGCATTATTTTATTCT-GAATAAG-TTTGTATGAATA--G
* * * * * * * *
39079 AAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTTAGATTTATTTTAAATAGATAATTGTTTAAATCA-
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-AG
* * * *
39143 TCATAACTATTTAAACTT-GTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAAATTTCTTGTGTATTGATGT
64 TCATAACTATTTAAA-TTGGTTT-GT-AACAAATTTATGTTTT-AAA--TC-TCT-TATTAAT-T
* * * * * * ** *
39207 TCTA-AATGTTAATAAATTAGTATCATTTTATTTTAAATAAGCATGTATGAGCTA-
120 TTTAGAATATTAATAAATTAGCATTATTTTATTCTGAATAAGTTTGTATGA-ATAG
* * * * * * * *
39261 AAAAAATTATTTTATGACTAAACAAAAGTTTAGAATGGTTTGAAATAGATAATTGTTCGAATAGT
1 AAACAATTGTTTTATGAC-AAAAAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * *
39326 CTTAACTATTTGAATTGGTTCTGTAAGCATATTTAT-TTTTAAATCTTTTATTAATTTTTAGAAT
65 CATAACTATTTAAATTGGTT-TGTAA-CAAATTTATGTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTAGAAT
* * * * * * * *
39390 ATTATTAATTTAGCAATATTTTACTCCGAATAAGCTAGTGTGAATAG
128 ATTAATAAATTAGCATTATTTTATTCTGAATAAGTTTGTATGAATAG
*** * *
39437 AAACAATTGTTTTATGACAAAGTGAAGATCATAATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATACTC
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
*
39502 ATAACTATTTAAATTGGTTTGATAA-ATAGATTT-TGTTTTGAATCTCTTATTAATTTTT-GAAA
66 ATAACTATTTAAATTGGTTTG-TAACA-A-ATTTATGTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTAG-AA
*
39564 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAAT-AGTTTTGTATGAATAG
127 TATTAATAAATTAGCATTATTTTATTCTGAATAAG-TTTGTATGAATAG
* * * * * * *
39612 AAACAATTGTTTGACGATAAAACAAAGTGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATGG
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAG-ATCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * *
39676 AT-ATGACCATTTAAACTTGTTTTGTGAACAAATTTATGTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTT
64 -TCATAACTATTTAAA-TTGGTTTGT-AACAAATTTATGTTTTAAATCT----CTTATTAATTTT
* * *
39740 TAGAATATTAATAAATTAGCATTATTTTATTTTGAATAAATTTGTATGAATGG
122 TAGAATATTAATAAATTAGCATTATTTTATTCTGAATAAGTTTGTATGAATAG
* * * ** * *
39793 AAACAACTATTTTATGACAAAACAAAATATCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * ** ** * * * *
39858 CATAACTATTTGAACTCCTAGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAAATTTTGG
65 CATAACTATTTAAATTGGTTTGT-AACAAATTTATGTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTTAG
** * ** * * * * * *
39923 TCTTTTAAGGAATTAGTATTATTTTGTTCCGAATAAGCTTT-AATGAACAA
125 AATATTAATAAATTAGCATTATTTTATTCTGAATAAG-TTTGTATGAATAG
* ** *
39973 AAACAATTGATTTATGACAAAACAAAAGGA-CATAACAATTTGAAGTAGATAATTGTTCAAATAG
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAA-GATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * ** * * * *
40037 TCATAACTATTTGAA--CGTGTTCAAAAAACATACTTGTTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTT
64 TCATAACTATTTAAATTGGT-TTGTAACAA-AT--TTATGTTTTAAA--TCT-CTTATTAATTTT
* * * * * *
40100 TAAAATATTAATAAATTTA-TAATATTTTATT-TGAAATAAGCTTGCATGAA-CG
122 TAGAATATTAATAAA-TTAGCATTATTTTATTCTG-AATAAGTTTGTATGAATAG
* ** *
40152 AAATCAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGCCATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
1 AAA-CAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * * *
40217 TCATAACTATTTAAACAT-GTTCGGTAAACATATTCATTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTCT
64 TCATAACTATTTAAA-TTGGTT-TGT-AACAAATTTATGTTTTAAATCTCTTATTAATT--TT-T
* * * * * * *
40281 GGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAGATAAGCTTATATGAGTTG
123 AGAATATTAATAAATTAGCATTATTTTATTCTGA-ATAAGTTTGTATGAATAG
* * * * * * * *
40333 AAACAATTGTTTTACT-ATAAAACAAAAGCTCACAATAATTTAAAATAAACAATTATTCAAATAG
1 AAACAATTGTTTTA-TGACAAAA-AAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * ** * * * * *
40397 TCATGACTATTTGAATTTATTCAGAAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTT
64 TCATAACTATTTAAATTGGTT-TG-TAACAAATTTATGTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTT
** * *
40462 -GCAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCT-AATAAGCTTT-TATAAATAG
123 AG-AATATTAATAAATTAGCATTATTTT-ATTCTGAATAAG-TTTGTATGAATAG
** * *
40514 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-AGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAG
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGA-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* ** * * * * *
40578 TTATAAAGATTT-GATCTTGTTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGT
64 TCATAACTATTTAAAT-TGGTTTG-T-AACAAATTTATGTTTTAAATC---T-CTTATTAATT-T
* * * *
40642 CTT--AATATTAATAAATTTGTATTATTTTATT-AGAAATAAGCTTGTATGAATAG
121 -TTAGAATATTAATAAATTAGCATTATTTTATTCTG-AATAAGTTTGTATGAATAG
* ** * * *** * *
40695 AAAAAATCATTGTATGACAAAATAAAA-AGTTATAGCAATTTCAAATAGATAATTGTTAAAATAG
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGA-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * *
40759 TCACAATTATTTACACTT-GTTCAGTAA-ATATATTCAT-TTTATAAATCTCTTAATTATTAATT
64 TCATAACTATTTA-AATTGGTT-TGTAACA-A-ATTTATGTTT-TAAATCTC----TTATTAATT
* * * * *
40821 TTT-GAAATATTAATAACTTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACT-G
120 TTTAG-AATATTAATAAATTAGCATTATTTTATTCTGAATAAGTTTGTATGAA-TAG
* * ** * ** * * *
40876 AAATAATTTTTTTATGACAGAACCAAAGGTCATAACAATTTCAAATAGATATTTATTCAAAATAG
1 AAACAATTGTTTTATGACA-AAAAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTC-AAATAG
* * * ** * * * *
40941 TCATGACTATTT-GATCTAGTTCAATAAACATATTTACT-TTTGAAAATTTTTACTTATTAATTG
64 TCATAACTATTTAAAT-TGGTT-TGT-AACAAATTTA-TGTTT-TAAA--TCT-CTTATTAATTT
* * *
41004 TT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCTGACTAAGTTTGTATGAATAG
121 TTAG-AATATTAATAAATTAGCATTATTTTATTCTGAATAAGTTTGTATGAATAG
** * * * ** * *
41058 AAATTATTATTTTATAATAGAAAAAAA-ATCATAACAATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGT
1 AAACAATTGTTTTATGACA-AAAAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * *
41122 CATAACTATTTTGAACTGTTTTGGTAA-ATAGATTTAT-TTTCTAAATCTCTTATTAATTTTT-G
65 CATAACTA-TTTAAATTGGTTT-GTAACA-A-ATTTATGTTT-TAAATCTCTTATTAATTTTTAG
* * * * * ** * ** * *
41184 AAATATTAATAGATTAGTATTTTTTTATTTTGAACAAACTTATACAAACAA
125 -AATATTAATAAATTAGCATTATTTTATTCTGAATAAGTTTGTATGAATAG
* * * *
41235 AAATATTTATTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAA-AGATAATTGTTCAAATAGT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * * *
41299 CATAATTATTTGAACTGGTTAGGTAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTACATATTAAATTTT-
65 CATAACTATTTAAATTGGTT-TGT-AACAAATTTATGTTTTAAATCTC-T---TATTAATTTTTA
* * * *
41363 GATATATTAATAAA-T-GCATTTTATTTTATTCCGAATAAGCTAGTATGAATTG
124 GA-ATATTAATAAATTAGCA--TTATTTTATTCTGAATAAGTTTGTATGAATAG
* * *
41415 AAAAAATTGTCTTATGACAAAACAAAA-A-C---A--ATTTGAAATAGATAACTGTT-AATATAG
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAA-ATAG
* * * * *** *
41472 T-TTAATTA-TTAGAACTAGTTCAACAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTT
64 TCATAACTATTTA-AATTGGTT--TGTAACAAATTTATGTTTTAAATCTC----TTATTAATTTT
* * * * * * * *
41535 CAAAATATTATTATATTAGTATTATTTTATT-TCAAATAAGCTTGTAGGAATAG
122 TAGAATATTAATAAATTAGCATTATTTTATTCT-GAATAAGTTTGTATGAATAG
* * * * * * * * * * *
41588 AAATAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAGTGATTTGAAGTATACATTTGTTTAAATAGT
1 AAACAATTGTTTTATGACA-AAAAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * *
41653 CATAATTATTTAAATTGG--T-T--C-AA--TA------AACATCTTTTATTAATTTTT-GAAAG
65 CATAACTATTTAAATTGGTTTGTAACAAATTTATGTTTTAA-ATCTCTTATTAATTTTTAG-AAT
* ** * *
41703 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAATTTGTATG-ATCAA
128 ATTAATAAATTAGCATTATTTTATTCTGAATAAGTTTGTATGAAT-AG
* * * * * * * * *
41750 AAACAATTGTTATATGACCAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATACATAATTCTTGAAATGGC
1 AAACAATTGTTTTATGA-CAAAAAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * *
41815 CATAATTATTTAAATTGATATGGTAAACAAATTCACT-TTTTTAATCTCTTATTAATTTTTTGAA
65 CATAACTATTTAAATTGGT-TTGT-AACAAATTTA-TGTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTAGAA
* * * *
41879 TATTAATAAATTAGTATCATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACT-G
127 TATTAATAAATTAGCATTATTTTATTCTGAATAAGTTTGTATGAA-TAG
* * * * * ** * *
41927 AAATAATTATTTTGTAACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTCAATAGACAGTTGTTCAAATAGT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * *
41992 CGTAACTATTTGAATTTGTTTGGTAAAAAAATTTATTTTTTTAAACTCTTGCTTATTAATTTTT-
65 CATAACTATTTAAATTGGTTT-GT-AACAAATTTA-TGTTTTAAA-TC-T-CTTATTAATTTTTA
* * * * * *
42056 GAAATATTAAGAAATTAGTACTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTTATGAACT-G
124 G-AATATTAATAAATTAGCATTATTTTATTCTGAATAAG-TTTGTATGAA-TAG
* * * * *
42109 AAACAATTGTTTTAT-ATTAAAGCAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAG
1 AAACAATTGTTTTATGA-CAAA-AAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * *
42173 TGATAACTATTTAAATTTGTTCAGTAA-ATAGATTTATTTTTTCAAACCTTGAGCTTATTAATTT
64 TCATAACTATTTAAATTGGTT-TGTAACA-A-ATTTATGTTTT-AAATC-T---CTTATTAATTT
* * * * * * * *
42237 TTTGAATGTTAATAAATTTGGATTATTTTATTATGAATAAGCTTCTAAG-ATATG
121 TTAGAATATTAATAAATTAGCATTATTTTATTCTGAATAAGTTTGTATGAATA-G
* *
42291 AAACAAATATTTTATGAC
1 AAACAATTGTTTTATGAC
42309 TAAACAATAT
Statistics
Matches: 2515, Mismatches: 514, Indels: 401
0.73 0.15 0.12
Matches are distributed among these distances:
161 2 0.00
162 116 0.05
163 1 0.00
165 2 0.00
166 5 0.00
169 1 0.00
170 2 0.00
171 2 0.00
172 3 0.00
173 112 0.04
174 27 0.01
175 150 0.06
176 135 0.05
177 259 0.10
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179 25 0.01
180 514 0.20
181 681 0.27
182 347 0.14
183 77 0.03
184 10 0.00
185 3 0.00
186 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (174 bp):
AAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
ATAACTATTTAAATTGGTTTGTAACAAATTTATGTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTAGAATATT
AATAAATTAGCATTATTTTATTCTGAATAAGTTTGTATGAATAG
Found at i:40441 original size:721 final size:708
Alignment explanation
Indices: 37704--42315 Score: 2468
Period size: 721 Copynumber: 6.5 Consensus size: 708
37694 TTGTATGTTC
** * * * * * *
37704 AAATAAATAATTGCTCAAATAGGT-ATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAATAGATTTAGTTTTT
1 AAATAAATAATTATTCAAATA-GTCATAAATATTTGAACT-GTTAGGTAAACAAATTTATTTTTT
* * * * * * *
37768 AAATC----ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATATATTAGTATTACTTTATTTCGAACAAACTT
64 AAATCTTTTACTTATTAAATTTTGATATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTT
* * * * ** *
37829 ATACGAACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTAATAATGATTTGAAATAGATAATTA
129 -TATGAATAAAAA-AATTGATTTATGACAAAACAAAAG--AATAACAATTTGAAATAGATAATTG
* * *
37894 TTCAATTAGTCATAATTATTTGAAC-TAGTT-ACATAAACAGAATTATTTTTTAAATCTCTTACT
190 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTAGTTCA-ATAAACA-TATTATTTTTTAAATCTCTTA-T
* * ** ** * *
37957 TATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTA-TTCCAAATAATCTAGTATGAATTC
252 TATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTTAGTAATATTTTACTT-TGAATAAGCTTGTATGAA-T-
* * * * *
38019 AAAAAAAACTTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTC-TAT
314 AGAAATAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * * * * *
38083 AGT-ATTAAATATTTGAACTGGTTCGACAAAGAAATTTATTTTTTAATTCTCTTAGTTATTAATT
378 AGTCA-TAACTATTTAAACTAGTTCGATAAACATA-TTATTTTTTAATTCTCTTACTAATTAA--
* * * * * ** ** * * * *
38147 TTTGGAATATTATTAGATCAGTGTTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAATAAAAATAAATAT
439 TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-CTGATAAGTTTGTATGAATAGAAACAATTGT
* * * * * ** * **
38212 TTTA-TGACAAAATAAAATG-TTATAA-AGATTTCAAGTTTATAATTGTTCAAATAGTCAAAACT
503 TTTACT-ATAAAACAAAA-GATCATAATA-ATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATGACT
** * * *
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565 ATTTGAA-T-TTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAA--TC-TACTTATTAATTTTTGAAATATT
* * *
38339 AGTAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGATTGAACTT-TCAAATA-AAATC-ATTA---TAT
625 AATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA-ATT----TTAT-AAATAGAAA-CAATTATTTTAT
** * * * *
38398 GATGAAGCAAAAGGTAATAACGATTTG
683 GACAAAACAAAA-ATCATAACAATTTG
* * * * * * * ** * * * *
38425 AAATAGATAATTATTGACATCGCCATAATTATTTGAA-TAGATTTGACAAACAGAGTCACTTTTT
1 AAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAAATATTTGAACT-G-TTAGGTAAACAAATTTATTTTTT
** * * **
38489 AAATCACTTACTTATTAAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTTTTATTTTATTTTGAATAAGCTT
64 AAATCTTTTACTTATTAAATTTTGATATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTT
* ** * * * *
38554 GTATGAACTGAAACGATT-ATTCTATGACAAAAAAAAAGGTCATAACGATTTGAAACAGATAATT
129 -TATGAA-TAAAAAAATTGATT-TATGACAAAACAAAA-G-AATAACAATTTGAAATAGATAATT
* * * * * ** * *
38618 GTTCATATAGTCTTAACTGTTAGAAC-TACTTTC-GGAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTAG
189 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTA-GTTCAATAAACATA-TTATTTTTTAAATCTCTTA-
* ** * * * * * *
38681 TTATTAATTTTTAGAATATTTTTAAA-TTAGTATTATTTTATTTTCAATATGCTTATATAAACTA
251 TTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTTAGTAATATTTTACTTTGAATAAGCTTGTATGAA-TA
* * * * * * *
38745 -AAA-CATTATTTTATAACATAATAATAGGTTAT-A-GCATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
315 GAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * ** * * *
38806 G--A-AACCAATT----TAG-TAAAT-GA-AT-TTATTTTTTAAATCTC---CT-ATTTA-TT--
379 GTCATAACTATTTAAACTAGTTCGATAAACATATTATTTTTTAATTCTCTTACTAATTAATTTGA
* * * * *
38853 AATA--AAT-AAGTA-T-TTTTTTTA-TCTCGA-ACAGGCTTATATG-ATGAAAAACAATTGTTT
444 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GATA-A-GTTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTT
* * * * * * *
38910 TA-TGACAAAAGAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATTGCTACA--ATTAT
505 TACT-ATAAAACAAAAGATCATAATAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAG-T-CATGACTAT
* * * * * * * * * *
38972 TTAAATCGATTT-GATAAACTAACTTAATTTTTAAATATCTAACTCATCAAATTTTAAAATTTTA
567 TTGAAT--TTTTAG-TAAAC-AAATTTATTTTTTAA-ATCT-ACTTATTAATTTTTGAAATATTA
* * * * * * *
39036 ATAAAATAATATTATTTTATCTCGAATAAGCTTTT-TCAAACT-GAAACAATTGTTTTATGATAA
626 ATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA-ATTTTAT-AAA-TAGAAACAATTATTTTATGACAA
* * * *** *
39099 AACAAAAGGTTAGATTTATTTT
688 AACAAAA-ATCATAACAATTTG
* * * * * * *
39121 AAATAGATAATTGTTTAAATCA-TCATAACTATTTAAACTTGTTTGGTAAACATATTTATTTTTT
1 AAATAAATAATTATTCAAAT-AGTCATAAATATTTGAAC-TGTTAGGTAAACAAATTTATTTTTT
* * * * * ***
39185 AAAAT-TTCTT-GTGTATT-GATGTTCT-AAATGTTAATAAATTAGTATCATTTTATTTTAAATA
64 -AAATCTT-TTACT-TATTAAAT-TT-TGATATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATA
* * * ** *
39246 AGCATGTATGAGCTAAAAAAATT-ATTTTATGACTAAACAAAAGTTTAGA-ATGGTTTGAAATAG
124 AGC-TTTATGA-ATAAAAAAATTGA-TTTATGACAAAACAAAAGAATA-ACA--ATTTGAAATAG
* * * ** *
39309 ATAATTGTTCGAATAGTCTTAACTATTTGAA-TTGGTTCTGTAAGCATATT-TATTTTTAAA--T
183 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTAGTTCAATAAACATATTAT-TTTTTAAATCT
* * * ** * *
39370 CTT-TTATTAATTTTTAGAATATT-ATTAATTTAGCAATATTTTACTCCGAATAAGCTAGTGTGA
247 CTTATTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTTAGTAATATTTTACTTTGAATAAGCTTGTATGA
* *** * *
39433 ATAGAAACAATTGTTTTATGAC-AAAGTGAAGATCATAATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAA
312 ATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * * * * * *
39497 TACTCATAACTATTTAAATTGGTTTGATAAATAGATT-TTGTTTTGAA-TCTCTTATTAATT--T
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* * * * *
39622 TTGACGATAAAAC-AAAGTGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAA-TAGTTCAAATGGAT-ATGAC
503 TTTACTATAAAACAAAAG-ATCATAA-TAATTTGAAATAAATAATTA-TTCAAATAG-TCATGAC
* * * * *
39683 CATTTAAACTTGTTTTGTGAACAAATTTATGTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTT-AGAATA
564 TATTTGAA-TT-TTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCT---ACTTATTAATTTTTGA-AATA
* * * *
39747 TTAATAAATTAGCATTATTTTATTTTGAATAAATTTGTATGAATGGAAACAACTATTTTATGACA
623 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAATTT-TATAAATAGAAACAATTATTTTATGACA
39812 AAACAAAATATCATAACAATTTG
687 AAACAAAA-ATCATAACAATTTG
* ** *
39835 AAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTCCTAGGTAAACAGATTTATTTTTTAA
1 AAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAAATATTTGAACTGTTAGGTAAACAAATTTATTTTTTAA
* * * ** *
39900 ATCTTTTACTTATTAAATTTTGGTCTTTTAAGGAATTAGTATTATTTTGTTCCGAATAAGCTTTA
66 ATCTTTTACTTATTAAATTTTGATATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTT-
* *
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130 ATGAATAAAAA-AATTGATTTATGACAAAACAAAA-GA-ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * *
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* *
40093 TAATTTTTAAAATATTAATAAATTTA-TAATATTTTA-TTTGAAATAAGCTTGCATGAA-CGAAA
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* * *
40155 TCAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGCCATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
319 T-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * *
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574 T-TT-AGTAAACAAATTTATTTTTTAAATC---TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA
* ** * *
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* * * * * *
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1 AAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAAATATTTGAAC-TGTTAGGTAAACAAATTTATTTTTTA
* * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * ** * * *
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* * * * ** *
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* **
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* * ** *
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* * * *
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564 TA-TTTGAA-T-TTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTACTTATTAATTTTTGAAATATTA
* * * * * * * * *
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626 ATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAA-TTTTATAAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAA
* * **
41257 TAAAAGGTCATAATGATTTG
690 CAAAA-ATCATAACAATTTG
* * * *
41277 AAA-AGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTAGGTAAACAAAATTATTTTTTA
1 AAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAAATATTTGAACT-GTTAGGTAAACAAATTTATTTTTTA
* * * *
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* * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * *
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** * * *
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** * * * * * * * * * * *
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509 ATAAAACAAAAGATCATAATAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAATT
* * *
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* * * * * * * *
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** *
41957 CATAATGATTTT
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* * * * * * * * * *
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1 AAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAAATATTTGAA-CTGTTAGGTAAACAAATTTA-TTTTTT
* * * * * * ** *
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* * * * * * ** * *
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127 TTTATGAA-TAAAAAAATTGATTTATGA-CAAAACAAAA-G-AATAACAATTTGAAATAGATAAT
* * * * * *
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188 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTAGTTCAATAAACATA-TTATTTTTT-AAATCTCTT-
** * * * * *
42224 AGCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTT-GGATTATTTTA-TTATGAATAAGCTTCTAAG-
250 A--TTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTTAGTAATATTTTACTT-TGAATAAGCTTGTATGA
* * * *
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TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
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Found at i:40697 original size:20 final size:21
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Found at i:42182 original size:182 final size:180
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* * * * * * * * *
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*
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* * * *
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**
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* * * *
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Statistics
Matches: 344, Mismatches: 58, Indels: 26
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Matches are distributed among these distances:
176 2 0.01
177 122 0.35
178 13 0.04
179 2 0.01
180 7 0.02
181 49 0.14
182 101 0.29
183 42 0.12
184 6 0.02
ACGTcount: A:0.38, C:0.07, G:0.11, T:0.43
Consensus pattern (180 bp):
TTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTTGTATGAACTG
AAACAATTGTTTTATAACAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGTG
ATAACTATTTAATTTGTTTGGTAAAAAAATTTATTTTTTTAAACTCTTGC
Found at i:42295 original size:182 final size:181
Alignment explanation
Indices: 41686--42315 Score: 573
Period size: 182 Copynumber: 3.5 Consensus size: 181
41676 TAAACATCTT
* *** ** * * **
41686 TTATTAA-TTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAATTTGTATGATCAA
1 TTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTCTATGAACTG
* * * * * * * * * * * *
41750 AAACAATTGTTATATGACCAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATACATAATTCTTGAAATGGC
65 AAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAAACAATTGTTCAAATAGT
* * * * *
41815 CATAATTATTTAAA-TTGATAT-GGTAAACAAATTCACTTTTTT--AA-TC-T-C
130 CGTAACTATTTAAATTTG-T-TCAGTAAAAAAATTTA-TTTTTTCAAACTCTTGC
* *
41863 TTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATCATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGA
1 TTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTCTATGAACTGA
* * * * *
41928 AATAATTATTTTGTAACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTCAATAGACAGTTGTTCAAATAGTC
66 AACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAAACAATTGTTCAAATAGTC
* ** *
41993 GTAACTATTTGAATTTGTTTGGTAAAAAAATTTATTTTTTTAAACTCTTGC
131 GTAACTATTTAAATTTGTTCAGTAAAAAAATTTATTTTTTCAAACTCTTGC
* * * *
42044 TTATTAA-TTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTACTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTTATGAACT
1 TTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGC-TTCTATGAACT
* ** * *
42108 GAAACAATTGTTTTATATTAAAGCAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAG
64 GAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAAACAATTGTTCAAATAG
* *
42173 T-GATAACTATTTAAATTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTCAAAC-CTTGAGC
129 TCG-TAACTATTTAAATTTGTTCAGTAAAAAAATTTATTTTTTCAAACTCTT--GC
* * * * *
42227 TTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTTGGATTATTTTATTATGAATAAGCTTCTAAGATA-TG
1 TTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTCTATGA-ACTG
* * *
42291 AAACAAATATTTTATGACTAAACAA
65 AAACAATTATTTTATAACAAAACAA
42316 TATTTTATGA
Statistics
Matches: 370, Mismatches: 68, Indels: 25
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
176 7 0.02
177 120 0.32
178 11 0.03
179 2 0.01
180 7 0.02
181 46 0.12
182 130 0.35
183 41 0.11
184 6 0.02
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.11, T:0.42
Consensus pattern (181 bp):
TTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTCTATGAACTGA
AACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAAACAATTGTTCAAATAGTC
GTAACTATTTAAATTTGTTCAGTAAAAAAATTTATTTTTTCAAACTCTTGC
Found at i:42315 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 42291--42334 Score: 81
Period size: 18 Copynumber: 2.4 Consensus size: 19
42281 CTAAGATATG
42291 AAACAAATATTTTATGACT
1 AAACAAATATTTTATGACT
42310 AAAC-AATATTTTATGACT
1 AAACAAATATTTTATGACT
42328 AAACAAA
1 AAACAAA
42335 AGGTAAAAAA
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 0, Indels: 2
0.92 0.00 0.08
Matches are distributed among these distances:
18 18 0.75
19 6 0.25
ACGTcount: A:0.52, C:0.11, G:0.05, T:0.32
Consensus pattern (19 bp):
AAACAAATATTTTATGACT
Found at i:42504 original size:200 final size:202
Alignment explanation
Indices: 42097--42505 Score: 426
Period size: 201 Copynumber: 2.0 Consensus size: 202
42087 TGGATAAGCT
* * * * *
42097 TTTTATGAACTGAAACAATTGTTTTATATTAAAGCAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAAATAAT
1 TTTTATGAACTGAAACAATTATTTTATACTAAAGCAAAAGGTAAAAATGATTTGAAATAAATAAT
* * * * * * *
42162 TGTTCAAATAGTGATAACTATTTAAATTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTCAAACCTTGAGC
66 TATTCAAATAGTGATAACTATTTAAACTGGTTCAGCAAATACATTTATATTATCAAACCTTGAGC
* * * * * *
42227 TTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTTGGATTATTTTATTATGAATAAGCTTCTAAGATATGA
131 TTAATAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGCATTATTTTAATATGAATAACCTTCTAAGATA-GA
42292 AACAAATA
195 AACAAATA
*
42300 TTTTATG-ACT-AAACAA-TATTTTATGACTAAA-CAAAAGGTAAAAAATGATTTGAAATAGATA
1 TTTTATGAACTGAAACAATTATTTTAT-ACTAAAGCAAAAGGT-AAAAATGATTTGAAATAAATA
* * *
42361 ATTATTCTAATAGCT-TTAACTATTTGAACTGGTTCAGCAAATACATTTATATTAT-AAATCTCT
64 ATTATTCAAATAG-TGATAACTATTTAAACTGGTTCAGCAAATACATTTATATTATCAAA-C-CT
* *
42424 T-A-CTTAATAA-TTTTTGAAATATTATTAAATTAGCATTATATTTAAT-TGAATAACCTTCTAT
126 TGAGCTTAATAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAGCATTAT-TTTAATATGAATAACCTTCTAA
*
42485 GATCA-AAATCAATTA
189 GAT-AGAAA-CAAATA
42500 TTTTAT
1 TTTTAT
42506 TGCAAAACAA
Statistics
Matches: 172, Mismatches: 25, Indels: 21
0.79 0.11 0.10
Matches are distributed among these distances:
199 9 0.05
200 70 0.41
201 79 0.46
202 7 0.04
203 7 0.04
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (202 bp):
TTTTATGAACTGAAACAATTATTTTATACTAAAGCAAAAGGTAAAAATGATTTGAAATAAATAAT
TATTCAAATAGTGATAACTATTTAAACTGGTTCAGCAAATACATTTATATTATCAAACCTTGAGC
TTAATAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGCATTATTTTAATATGAATAACCTTCTAAGATAGAA
ACAAATA
Found at i:43952 original size:174 final size:177
Alignment explanation
Indices: 43436--46010 Score: 653
Period size: 181 Copynumber: 14.1 Consensus size: 177
43426 TAGATTGATT
* * * * * *
43436 GTTCAAATAGTCA-AATCTATTTAAACTTGTTCGATAAATAGATTTATCTTTTTAAATCTCTTGC
1 GTTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAACTTGTTC-AAAAACAAATTTAT-GTTTTAAATCTCCT-C
** * * * * *** * * *
43500 TTATTAATTTTTTAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTGTTTTGAATAAACTTGTATGAATTGA
62 -TATTAATTTTCAAAATATTAATAAATAAATATTATTTTATTCCAAATAAACTTGCATAAATAGA
* * * * * * *
43565 AAAAATT-TCTTTATGATTAAACAAAATATTAGAACAATTTGAAATAGATAATT
126 AACAATTGT-TTTATTA-AAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATA
* ** ** * * **
43618 GTTCTAATAGTGTTAACTATTTGAA-TTGGTTCGGCAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACT
1 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTC-AAAAACAAATTTATGTTTTAAATCTCCT-C-
*** * * * * * ** ** *
43682 TATTAATTTTTGTAATATTATTAAGTTAGTATTAATTTAATT-TGAATAAGGTTGTATTAAA-A-
62 TATTAATTTTCAAAATATTAATAAATAAATATT-ATTTTATTCCAAATAAACTTGCA-TAAATAG
* *
43744 AAACAATTGTTTTA-TAACAAA-ATAAAGATCATAACGATTTGAGATAGATAATA
125 AAACAATTGTTTTATTAA-AAACA-AAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATA
* * * *
43797 GTTCAAATAGTCATAACTATTTTAA-TTATTTCAAAAATAGATTTA-GTTTTAAATCT-CT-TAT
1 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCAAAAACAAATTTATGTTTTAAATCTCCTCTAT
* * **
43858 TAATTTTCAAAATATTAATAGATAAATATTATTTTATTCTAAATAATTTTGCATAAATAGAAACA
65 TAATTTTCAAAATATTAATAAATAAATATTATTTTATTCCAAATAAACTTGCATAAATAGAAACA
* *
43923 ATTGTTTTATTAAAAACAAAAGGTCATAACAACTTGAAATAGATAATTA
130 ATTGTTTTATTAAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAA-TA
* * * * *
43972 -TTCAAATGGACATGACTATTTGAACTTGTTGATAAACAAATTTATGTTTTAAATCTCCTACCTA
1 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAAAAACAAATTTATGTTTTAAATCTCCT--CTA
* * * * * * * *
44036 TTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTCTTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAATAGAAAT
64 TTAATTTTCAAAATATTAATAAATAAATATTATTTTATTCCAAATAAACTTGCATAAATAGAAAC
* * * * * *
44101 AATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATACTT
129 AATTGTTTTATTA-AAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATA
** * * * * **
44151 GTTCATCTAGTCATAACTATTTGAACTTGCTT-AGTAAAGAGATTTATTTTTTTAAAATCTTTTA
1 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCA-AAAACAAATTTA-TGTTTT-AAATCTCCT-
*** * ** * * * * ** *
44215 CTTATTAATTTTTGGAATATGAATAAACT-AGCATTA-TTTATTTCGAATACACATGTTTGAATA
61 C-TATTAATTTTCAAAATATTAATAAA-TAAATATTATTTTATTCCAAATAAACTTGCATAAATA
* * * * * *
44278 GAAATAATTGGTTTATAACAAAACAAAA-AGTCATAACTATTTGAAATAAATAATT
124 GAAACAATTGTTTTATTA-AAAACAAAAGA-TCATAACAATTTGAAATAGATAATA
* * * *
44333 GTTTAACTAATAATAACTATTTGAA-TGTGTTTTATGACAAAAATCTTAACTATTTGAACTAGTT
1 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TG---T-T--CAAAAA-C--AA--ATTT--A-T-GTT
* * * * * * * * * * * *
44397 TGGCAAA-CACATTTATT--TTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATT--AAAT
50 T--TAAATCTCCTCTATTAATTTTCAAA-ATATTAATAAATAAATATT---ATTTTATTCCAAA-
* *** * ** * * * * * *
44456 TAGTA-TTATTTTAATCTAAATAAGCTGGTGTGA-AAAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAA
108 TA-AACTTGCATAAATAGAAACAA--TTGTTTTATTAA-AAACAA------------AAGAT---
*
44519 AAGCATAACGATTT-AAGATAGATAATTA
154 ---CATAACAATTTGAA-ATAGATAA-TA
* * * *
44547 -TTCAAATAGCCATAACTATTTGAAC-TGTTTCAGTAAATAGATTTA-GTTTTTAAATCT-CT-T
1 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCA-AAAACAAATTTATG-TTTTAAATCTCCTCT
* * * * *** ** * *
44607 ATTAATTTTCAAAATATTAGTAGATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGCATGAACAGAAA
63 ATTAATTTTCAAAATATTAATAAATAAATATTATTTTATTCCAAATAAACTTGCATAAATAGAAA
* * ** *
44672 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAATATCATAATGATTTGAAACAGATAATTA
128 CAATTGTTTTATTA-AAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAA-TA
* * * * ** * *
44724 -TTCAAATGGACATGATTATTTGAACTTGTTCGGTAAGCAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACCT
1 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC-AAAAACAAATTTATGTTTTAAATCTCCT--CT
* * * * *** *** *
44788 ATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATGTGAATAGAAA
63 ATTAATTTTCAAAATATTAATAAATAAATATTATTTTATTCCAAATAAACTTGCATAAATAGAAA
* * * * * * *
44853 CAATTGCTTTATGACAAAATAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATGATT
128 CAATTGTTTTATTA-AAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATA
* *** ** * * **
44904 GTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTACGCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTT
1 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC-AAAAACAAATTTATGTTTTAAATCTCCT-C-T
*** * * ** * *
44969 ATTAATTTTTTGGAATATTAATAAA-ATAGTATTATTTTATTTCAAATACGCTTGTATGAAA-AA
63 ATTAA-TTTTCAAAATATTAATAAATA-AATATTATTTTATTCCAAATAAACTTGCAT-AAATAG
* * * * * *
45032 AAACAATTGGTTTATGATAAAACAAAAGGTCATGACTATTTGAAATAGATAATT
125 AAACAATTGTTTTATTA-AAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATA
** * * **
45086 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAAGTGTTCAGAAAATAGATTTAT-TTTTAAAAT-TTTTACT
1 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCA-AAAACAAATTTATGTTTT-AAATCTCCT-C-
*** * ** * * * * *
45149 TATTAATTTTTGGAATATTAACAAATTTATATTATTTTATT-CAATATAAGCTTGTATGAACAAA
62 TATTAATTTTCAAAATATTAATAAATAAATATTATTTTATTCCAA-ATAAACTTGCATAAATAGA
* * * ** *
45213 AACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATT
126 AACAATTGTTTTATTA-AAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATA
* * *** * * * *
45266 TTTCAAATAGTCATAACCATTTGAACTTGTTCGGTTAATAAATTCATTTTTTAAATCTCTTTCTC
1 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC-AAAAACAAATTTATGTTTTAAATCTC-CTCT-
* * * * * ** *
45331 ATTAATTTTTAGAGTATTAATAAATTAGTA-TATTTTATTTTAAATAAGCCTATG--TGAAAT-G
63 ATTAATTTTCAAAATATTAATAAATAAATATTATTTTATTCCAAATAA-ACT-TGCAT-AAATAG
* * * * * *
45392 ATACAATTG-TTTATGATGAAACAAAAGGTCATAACAAATTGAAATAGATTATTA
125 AAACAATTGTTTTATTA-AAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGA-TAATA
* * * * * **
45446 -TTCAAATAATTATAACTATTTAAACTTGTTCGATAAACATATTTAT-TTTTAAAATCTTATACT
1 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC-AAAAACAAATTTATGTTTT-AAATCTCCT-C-
* ** ** * * * *
45509 TATTAGTTTTCAAAATATTAATAAACT-AATATTATTTTAAACTGAATAAGCTTGTATGAA-CGA
62 TATTAATTTTCAAAATATTAATAAA-TAAATATTATTTTATTCCAAATAAACTTGCATAAATAG-
** * ** * *
45572 AAACAATTGTTTTATGGCAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATATTTA
125 AAACAATTGTTTTAT-TAAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATA-ATA
* * * **
45627 -TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTAGTAAACAAATTTAT-TTTTCAAATCTTTTGCT
1 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCA-AAAACAAATTTATGTTTT-AAATCTCCT-C-
* ** * *** * *
45690 TATTAATTATCTGAATGA-TAATAACTTTGTATTATTTTAATT-GAAATAAGCTT--ATAAGAAT
62 TATTAATTTTCAAAAT-ATTAATAAATAAATATTATTTT-ATTCCAAATAAACTTGCAT-A-AAT
* * * * * * ** * *
45751 AGCAAA-AATTATTTTATGATAAAATAAAAGGTTATGATGATTTGAAATAGGTAATT
123 AG-AAACAATTGTTTTATTA-AAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATA
* * * * **
45807 GCTCAAATAGTGATAACTATTT-ATACTTGTTTGATAAAC-AATTTCA-GTTTTTAAATATCTTA
1 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGA-ACTTG-TTCAAAAACAAATTT-ATG-TTTT-AA-ATCTCC
* * * * * * * * *
45869 TTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGA-ATTATGTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATA
60 TCTATTAATTTTCAAAATATTAATAAA-TAAATATTATTTTATTCCAAATAAACTTGCATAAATA
* * **
45933 GAAACAATTGTTTTGTGACAAAACAAAA-AGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTA
124 GAAACAATTGTTTTATTA-AAAACAAAAGA-TCATAACAATTTGAAATAGATAA-TA
*
45989 -TTCAAACAGTCATAACTATTTG
1 GTTCAAATAGTCATAACTATTTG
46011 CACTGGTCAG
Statistics
Matches: 1850, Mismatches: 390, Indels: 306
0.73 0.15 0.12
Matches are distributed among these distances:
172 11 0.01
173 36 0.02
174 73 0.04
175 19 0.01
176 3 0.00
177 73 0.04
178 23 0.01
179 234 0.13
180 266 0.14
181 566 0.31
182 295 0.16
183 51 0.03
184 2 0.00
185 1 0.00
187 3 0.00
188 1 0.00
190 3 0.00
191 12 0.01
192 4 0.00
193 6 0.00
194 24 0.01
195 33 0.02
196 24 0.01
197 6 0.00
198 16 0.01
199 6 0.00
201 1 0.00
203 4 0.00
205 1 0.00
207 5 0.00
208 4 0.00
209 1 0.00
210 2 0.00
212 4 0.00
213 36 0.02
214 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (177 bp):
GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAAAAACAAATTTATGTTTTAAATCTCCTCTATT
AATTTTCAAAATATTAATAAATAAATATTATTTTATTCCAAATAAACTTGCATAAATAGAAACAA
TTGTTTTATTAAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATA
Found at i:44304 original size:182 final size:180
Alignment explanation
Indices: 43433--46549 Score: 577
Period size: 181 Copynumber: 17.2 Consensus size: 180
43423 AGTTAGATTG
* * * * * *
43433 ATTGTTCAAATAGTCA-AATCTATTTAAACTTGTTCGATAAATAGATTTATCTTTTTAAATCTCT
1 ATTGTTCAACTAGTCATAA-CTATTTGAACTTGTT-GATAAACAAATTTAT-GTTTTAAATCTCC
* * * * * * * *** *
43497 TGCTTATTAATTTTTTA-AATGTTAATAAATTAGTATT-ATTTTGTTTTGAATAAACTTGTATGA
63 TACCTATTAA-TTTTTAGAATATGAATAAACTAGCATTCA-TTTATTCCAAATAAACATGTATGA
* * * ** * * * * *
43560 ATTGAAAAAATT-TCTTTATGATTAAACAAAATATTAGAACAATTTGAAATAGATA
126 ATAGAAATAATTGT-TTTATAACAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATA
** ** * * **
43615 ATTGTTCTAA-TAGTGTTAACTATTTGAA-TTGGTTCGGCAAACATATTTATTTTTTAAATCTTT
1 ATTGTTC-AACTAGTCATAACTATTTGAACTT-GTT-GATAAACAAATTTATGTTTTAAATCTCC
* * * ** * * ** *** *
43678 TACTTATTAATTTTT-GTAATATTATTAAGTTAGTATTAATTTAATT-TGAATAAGGTTGTATTA
63 TACCTATTAATTTTTAG-AATATGAATAAACTAGCATTCATTT-ATTCCAAATAAACATGTATGA
* * * * * *
43741 A-AAAAACAATTGTTTTATAACAAAA-TAAAGATCATAACGATTTGAGATAGATA
126 ATAGAAATAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATA
* * * * * * * *
43794 ATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTTAA-TTATTTCAAAAATAGATTTA-GTTTTAAATCT-CT-
1 ATTGTTCAACTAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTGATAAACAAATTTATGTTTTAAATCTCCTA
* * * * * * * *** * *
43855 --TATTAATTTTCAAAATATTAATAGA-TA-AATATTATTTTATTCTAAATAATTTTGCATAAAT
65 CCTATTAATTTTTAGAATATGAATAAACTAGCAT-TCA-TTTATTCCAAATAAACATGTATGAAT
* * * * * *
43916 AGAAACAATTGTTTTATTA-AAAACAAAAGGTCATAACAACTTGAAATAGATA
128 AGAAATAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATA
* * * * *
43968 ATTATTCAAATGGACATGACTATTTGAACTTGTTGATAAACAAATTTATGTTTTAAATCTCCTAC
1 ATTGTTCAACTAGTCATAACTATTTGAACTTGTTGATAAACAAATTTATGTTTTAAATCTCCTAC
* * * * *
44033 CTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTCTTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAATAGA
66 CTATTAATTTTTAGAATATGAATAAACTAGCATTCATTTATTCCAAATAAACATGTATGAATAGA
* *
44098 AATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATA
131 AATAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATA
* * * * * *
44148 CTTGTTCATCTAGTCATAACTATTTGAACTTGCTT-AGTAAAGAGATTTATTTTTTTAAAATCTT
1 ATTGTTCAACTAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTGA-TAAACAAATTTA-TGTTTT-AAATCTC
* * * * * * *
44212 TTACTTATTAATTTTTGGAATATGAATAAACTAGCATT-ATTTATTTCGAATACACATGTTTGAA
62 CTACCTATTAATTTTTAGAATATGAATAAACTAGCATTCATTTATTCCAAATAAACATGTATGAA
*
44276 TAGAAATAATTGGTTTATAACAAAACAAAA-AGTCATAACTATTTGAAATAAATA
127 TAGAAATAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGA-TCATAACTATTTGAAATAAATA
* * * * * *
44330 ATTGTTTAACTAATAATAACTATTTGAA-TGTGTTTTATGACAA-AAATCTTAACTATTTGAACT
1 ATTGTTCAACTAGTCATAACTATTTGAACT-TG-TTGAT-A-AACAAAT-TT-A-TGTTTTAA--
* ** * * * ** * * *
44393 AGTTTGGCAAACAC-ATTTATTTTTTA-AATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAT-A-TTATT--
57 A-TCT--CCTAC-CTA-TTAATTTTTAGAA-----TA-TGAATAA-ACTAGCATTCATTTATTCC
* ** * ** * * * ** * * * * *
44452 AAATTAGTAT-TATTTTAATCTAAATAAGCTGGTGTGA-AA-AGAAACAATTGTTTTATGACAAA
110 AAATAAACATGTA--TGAATAGAAATAA--TTGTTTTATAACA-AAACAAAAG-ATCATAACTAT
*
44514 AT-AAA-AAGCATA
169 TTGAAATAA--ATA
* * * * *
44526 A-CGATTTAAGATAG--ATAATTATTCAAATAGCCATAACTAT-TTGAACTGTTTCAGTA-AATA
1 ATTG-TTCAA-CTAGTCATAACTATT----T-G----AACT-TGTTG-A-----T-A-AACAA--
* * * * * * *
44586 GATTTA-GTTTTTAAATCT-CT---TATTAATTTTCAAAATATTAGTAGATTAGTATT-ATTTTA
44 -ATTTATG-TTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTTAGAATATGAATAAACTAGCATTCA-TTTA
*** *** * * * * *
44645 TTTTGAATAATTTTGCATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATATCATAA-TGATT
106 TTCCAAATAAACATGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGATCATAACT-ATT
* *
44709 TGAAACAGATA
170 TGAAATAAATA
* * * * * * * * *
44720 ATTATTCAAATGGACATGATTATTTGAACTTGTTCGGTAAGCAAATTTATTTTTTAAATCTCCTA
1 ATTGTTCAACTAGTCATAACTATTTGAACTTGTT-GATAAACAAATTTATGTTTTAAATCTCCTA
* * * *** * * *
44785 CCTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATT-ATTTTATTTTGAATAAACTTATGTGAATA
65 CCTATTAATTTTTAGAATATGAATAAACTAGCATTCA-TTTATTCCAAATAAACATGTATGAATA
* * * * *
44849 GAAACAATTGCTTTATGACAAAATAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATG
129 GAAATAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATA
* * * * * * **
44901 ATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTACG-CGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTT
1 ATTGTTCAACTAGTCATAACTATTTGAACTT--GTTGATAAACAAATTTATGTTTTAAATCTCCT
* * * * * * ** *
44965 ACTTATTAATTTTTTGGAATATTAATAAAATAGTATT-ATTTTATTTCAAATACGCTTGTATGAA
64 ACCTATTAA-TTTTTAGAATATGAATAAACTAGCATTCA-TTTATTCCAAATAAACATGTATGAA
* * * * * * * * *
45029 AAAAAACAATTGGTTTATGATAAAACAAAAGGTCATGACTATTTGAAATAGATA
127 TAGAAATAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATA
* ** * * **
45083 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAAGTGTTCAGA-AAATAGATTTAT-TTTTAAAAT-TTT
1 ATTGTTCAACTAGTCATAACTATTTGAACTTGTT--GATAAACAAATTTATGTTTT-AAATCTCC
* * * * * * * *
45145 TACTTATTAATTTTTGGAATATTAACAAATTTA-TATT-ATTTTATT-CAATATAAGCTTGTATG
63 TACCTATTAATTTTTAGAATATGAATAAA-CTAGCATTCA-TTTATTCCAA-ATAAACATGTATG
* * * * * * *
45207 AACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATA
125 AATAGAAATAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGATCATAACT-ATTTGAAATAAATA
* * * * * * * * *
45263 ATTTTTCAAATAGTCATAACCATTTGAACTTGTTCGGTTAATAAATTCATTTTTTAAATCT-CTT
1 ATTGTTCAACTAGTCATAACTATTTGAACTTGTT-GATAAACAAATTTATGTTTTAAATCTCCTA
* * * * * ** * * * *
45327 TCTCATTAATTTTTAGAGTATTAATAAATTAGTA-T-ATTTTATTTTAAATAAGCCTATGTGAA-
65 CCT-ATTAATTTTTAGAATATGAATAAACTAGCATTCA-TTTATTCCAAATAAACATGTATGAAT
* * * ** * * * * *
45389 ATGATACAATTG-TTTATGATGAAACAAAAGGTCATAACAAATTGAAATAGATT
128 A-GAAATAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATA
* * * * * * **
45442 ATTATTCAAATAATTATAACTATTTAAACTTGTTCGATAAACATATTTAT-TTTTAAAATCTTAT
1 ATTGTTCAACTAGTCATAACTATTTGAACTTGTT-GATAAACAAATTTATGTTTT-AAATCTCCT
* * * * * ** ** ** * *
45506 ACTTATTAGTTTTCAAAATATTAATAAACTAATATT-ATTTTAAACTGAATAAGCTTGTATGAA-
64 ACCTATTAATTTTTAGAATATGAATAAACTAGCATTCA-TTTATTCCAAATAAACATGTATGAAT
* * ** *
45569 CGAAAACAATTGTTTTATGGCAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAAATA
128 AG-AAATAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGATCATAACT-ATTTGAAATAAATA
* * * * * **
45623 TTTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTAGTAAACAAATTTAT-TTTTCAAATCTTTT
1 ATTGTTCAACTAGTCATAACTATTTGAACTTGTTGA-TAAACAAATTTATGTTTT-AAATCTCCT
* * * * * * * * * *
45687 GCTTATTAATTATCT-GAATGAT-AAT-AACTTTGTATT-ATTTTAATT-GAAATAAGCTTATAA
64 ACCTATTAATT-TTTAGAAT-ATGAATAAAC-TAGCATTCA-TTT-ATTCCAAATAAACATGTAT
* * * * * * * **
45747 GAATAGCAAA-AATTATTTTATGATAAAATAAAAGGTTATGA-TGATTTGAAATAGGTA
124 GAATAG-AAATAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGATCATAACT-ATTTGAAATAAATA
* * * *
45804 ATTGCTCAAATAGTGATAACTATTT-ATACTTGTTTGATAAAC-AATTTCA-GTTTTTAAATATC
1 ATTGTTCAACTAGTCATAACTATTTGA-ACTTG-TTGATAAACAAATTT-ATG-TTTTAAATCTC
* ** * * * * * *
45866 TTATTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGAATT-ATGTTATTCTAAATAAGCTTGTATGA
62 CTACCTATTAATTTTTAGAATATGAATAAACTAGCATTCAT-TTATTCCAAATAAACATGTATGA
* * * *
45930 ATAGAAACAATTGTTTTGTGACAAAACAAAA-AGTCATAA-TGATTTGAAATAGATA
126 ATAGAAATAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGA-TCATAACT-ATTTGAAATAAATA
* * * * *** * *
45985 ATTATTCAAAC-AGTCATAACTATTTGCACTGGTCAGGCCAACAGATTCAT-TATTTAAA--T-C
1 ATTGTTC-AACTAGTCATAACTATTTGAACTTGT-TGATAAACAAATTTATGT-TTTAAATCTCC
* *
46045 T--GTA-T-A---TT--AATA--AAT----TAGCATT-ACTTTATTCCAAATAAA-ACTGTATCA
63 TACCTATTAATTTTTAGAATATGAATAAACTAGCATTCA-TTTATTCCAAATAAACA-TGTATGA
* * * * ** *
46093 ATAGAAATAATTGTTTAATGACAAAACAAATGGTCATAAAAATATGAAATAAATA
126 ATAGAAATAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATA
* * * * * * * *
46148 ATTGTTTAAATTGTTATAACTAATTGAACTAGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCT-CT-
1 ATTGTTCAACTAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTGATAAACAAATTTATGTTTTAAATCTCCTA
* * * ** * * * *
46211 --TATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATT-ATTTTATTCTAAACAAA-ATTATATGAAC
65 CCTATTAATTTTTAGAATATGAATAAACTAGCATTCA-TTTATTCCAAATAAACA-TGTATGAAT
* * * **
46272 A-AAA-ACATTCATTTTATGACAAAACAAAAG-TACATAATTATTTGAAATGGATA
128 AGAAATA-ATT-GTTTTATAACAAAACAAAAGAT-CATAACTATTTGAAATAAATA
* * * * * * *
46325 ATTATTCATA-TAG-CTTTAACTATTTGAAC-GGTTCAACAAACAAATTTAT-TTTCAAATCTCA
1 ATTGTTCA-ACTAGTC-ATAACTATTTGAACTTGTT-GATAAACAAATTTATGTTTTAAATCTCC
** * * * * ** *** * *
46386 TAATTATTAATTTTCATAATATTATTAGAA-TAATATT-ATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGA
63 TACCTATTAATTTTTAGAATATGAATA-AACTAGCATTCA-TTTATTCCAAATAAACATGTATGA
* * * * * * *
46449 ATATAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAA-TGACTTGAAATATATA
126 ATAGAAATAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGATCATAACT-ATTTGAAATAAATA
* * *
46504 ATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAA-TTGGTTCAGTAAACAAAT
1 ATTGTTCAACTAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTGA-TAAACAAAT
46550 AATCTCCTAC
Statistics
Matches: 2255, Mismatches: 485, Indels: 392
0.72 0.15 0.13
Matches are distributed among these distances:
162 2 0.00
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AATAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATA
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Alignment explanation
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43427 AGATTGATTG
* * * *
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* * * * * *
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62 TTATTAA-TTTTTAGAATATTAATAAACTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAG
* ** * ** * * * * *
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126 AAACAATTGGTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT-GA
** ** * * **
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* * * * * * *
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* * * * *
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* ** * * *
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1 -TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGCTT-AGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTCTT
* * * * * ** * *
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* * *
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* *
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191 ATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATGTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTAG
* * * * *
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256 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTAT
* *
44112 GACAAAACAAAAGATCATAACT-ATTTGAAATAAATACTTG
321 GACAAAACAAAAGATCATAA-TGATTTGAAATAAATAATTA
** *
44152 TTCATCTAGTCATAACTATTTGAACTTGCTTAGTAAAGAGATTTATTTTTTTAAAATCTTTTACT
1 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGCTTAGTAAACAGATTTA-TTTTTT-AAATCTTTT-CT
* * * * *
44217 TATTAATTTTTGGAATATGAATAAACTAGCATTA-TTTATTTCGAATACA-CATGTTTGAATAGA
63 TATTAATTTTTAGAATATTAATAAACTAGTATTATTTTATTTCGAATA-AGCTTGTATGAATAGA
* * * * * * * * * * *
44280 AATAATTGGTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTTAACTAATA
127 AACAATTGGTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGA-C
* * *
44345 ATAACTATTTGAA-TGTGTTTTATGACAAAAATCTTAACTATTTGAACTAGTTTGGCAAACACAT
191 ATAACTATTTGAACT-TG--TT-CG--ATAAA-C--AA--ATTT--A-T-GTTT------TA-A-
* * *
44409 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCT
233 --A-TCT------C-C-TACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT
* * * * * *
44473 AAATAAGCTGGTGTGAAAAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAA-AGCATAACGATTT-AAG
286 AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAA-
*
44536 ATAGATAATTA
350 ATAAATAATTA
* * * *
44547 TTCAAATAGCCATAACTATTTGAAC-TGTTTCAGTAAATAGATTTAGTTTTTAAATC---TCTTA
1 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGCTT-AGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTCTTA
* * * * * * ** * *
44608 TTAATTTTCAAAATATTAGTAGATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGCATGAACAGAAAC
65 TTAATTTTTAGAATATTAATAAACTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAAC
* * ** ** * *
44673 AATTGTTTTATGACAAAACAAAATATCATAATGATTTGAAACAGATAATTATTCAAATGGACATG
130 AATTGGTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT-GACATA
* * * * *
44738 ATTATTTGAACTTGTTCGGTAAGCAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTTAGAAT
194 ACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATGTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTAGAAT
* * * * * *
44803 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATGTGAATAGAAACAATTGCTTTATGAC
259 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * *
44868 AAAATAAAAGATCATAACT-ATTTGAAATAAATGATTG
324 AAAACAAAAGATCATAA-TGATTTGAAATAAATAATTA
* * ***
44905 TTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTACGCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTA
1 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGCTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTT-CTTA
* * * * * *
44970 TTAATTTTTTGGAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTCAAATACGCTTGTATGAAAAAAAA
65 TTAA-TTTTTAGAATATTAATAAACTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAA
* * * *
45035 CAATTGGTTTATGATAAAACAAAAGGTCATGACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
129 CAATTGGTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT-GACAT
** * * ** *
45100 AACTATTTGAAAGTGTTCAGA-AAATAGATTTAT-TTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGG
193 AACTATTTGAACTTGTTC-GATAAACAAATTTATGTTTT-AAATCTCCTACTTATTAATTTTTAG
* * * *
45162 AATATTAACAAATTTA-TATTATTTTATTC-AATATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTT
256 AATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCTAA-ATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTT
* * *
45225 ATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTT
319 ATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTA
* * * * * * *
45267 TTCAAATAGTCATAACCATTTGAACTTG-TTCGGTTAATAAATTCATTTTTTAAATCTCTTTCTC
1 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGCTT-AGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCT-TTTCTT
* * ** * * * *
45331 ATTAATTTTTAGAGTATTAATAAATTAGTA-TATTTTATTTTAAATAAGCCTATGTGAA-ATGAT
64 ATTAATTTTTAGAATATTAATAAACTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATA-GAA
* * * * *
45394 ACAATT-GTTTATGATGAAACAAAAGGTCATAACAAATTGAAATAGATTATTATTCAAATAATTA
128 ACAATTGGTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGA-CA
* * ** * * *
45458 TAACTATTTAAACTTGTTCGATAAACATATTTAT-TTTTAAAATCTTATACTTATTAGTTTTCAA
192 TAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATGTTTT-AAATCTCCTACTTATTAATTTTTAG
* * ** * *
45522 AATATTAATAAACTAATATTATTTTAAACTGAATAAGCTTGTATGAA-CGAAAACAATTGTTTTA
256 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAG-AAACAATTGTTTTA
* * *
45586 TGGCAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATATTTA
320 TGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTA
** * *
45627 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTAGTAAACAAATTTATTTTTCAAATCTTTTGCTTA
1 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGCTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTT-CTTA
* * * * *
45692 TTAATTATCT-GAATGA-TAAT-AACTTTGTATTATTTTAATT-GAAATAAGCTTATAAGAATAG
65 TTAATT-TTTAGAAT-ATTAATAAAC-TAGTATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTGTATGAATAG
** * * * ** * **
45753 CAAA-AATTATTTTATGATAAAATAAAAGGTTATGATGATTTGAAATAGGTAATTGCTCAAATAG
126 -AAACAATTGGTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT-G
** * * * *
45817 TGATAACTATTT-ATACTTGTTTGATAAAC-AATTTCA-GTTTTTAAATATCTTATTTATTAATT
189 ACATAACTATTTGA-ACTTGTTCGATAAACAAATTT-ATG-TTTTAAATCTCCTACTTATTAATT
* *
45879 TTTAGAATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGT
251 TTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGT
* *
45944 TTTGTGACAAAACAAAA-AGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTA
316 TTTATGACAAAACAAAAGA-TCATAATGATTTGAAATAAATAATTA
* * * * ** * * *
45989 TTCAAACAGTCATAACTATTTGCAC-TGGTCAGGCCAACAGATTCATTATTTAAATC---T-GTA
1 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGCTTA-GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTCTTA
* * * * * *
46049 -T-A---TT--AATA--AAT----TAGCATTACTTTATTCCAAATAAAAC-TGTATCAATAGAAA
65 TTAATTTTTAGAATATTAATAAACTAGTATTATTTTATTTCGAAT-AAGCTTGTATGAATAGAAA
* * * * * * * * **
46100 TAATT-GTTTAATGACAAAACAAATGGTCATAAAAATATGAAATAAATAATTGTTTAAATTGTTA
129 CAATTGGTTT-ATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAA-TGACA
* * * * * *
46164 TAACTAATTGAACTAGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAA--T-CT-CTTATTAATTTTTAAA
192 TAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATGTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTAGA
* * ** * * * *
46225 ATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAACAAAATTATATGAACAAAAAC-ATTCATTTTAT
257 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATT-GTTTTAT
* **
46289 GACAAAACAAAAG-TACATAATTATTTGAAATGGATAATTA
321 GACAAAACAAAAGAT-CATAATGATTTGAAATAAATAATTA
* * * ** * * * **
46329 TTCATATAG-CTTTAACTATTTGAAC--GGTTCAACAAACAAATTTA-TTTTCAAATCTCATAAT
1 TTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTTGCTT-AGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCT-TTTCT
* * * * * *
46390 TATTAATTTTCATAATATTATTAGAA-TAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATATA
63 TATTAATTTTTAGAATATTAATA-AACTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGA
* * * * ** * * * *
46454 AAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGACTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTC
127 AACAATTGGTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT-GAC
*
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* * * *
46572 -GAAATATTAATAAATTAGTATTTTTTTATTCTAAATAGGGTTGTATG-ATGAAAAACAATTGTT
254 AG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTT
* * * * * **
46635 TTATGACAAAAAAAAAGTTCAAAATGATTTGATATGACAAAAAAAAA
317 TTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGA-A--ATAAATAATTA
* * * * *
46682 GTTCAAAATGATTTGAAATAGATAA-TAGTTT-AAATGGC-CA-T-AAC-TATTTGAATTGATTG
1 -TTC-AAAT-A---G---T-CATAACTA-TTTGAACTTGCTTAGTAAACAGATTT--ATT--TT-
* * * ** * *
46741 AATAAAT-TGATTTATGTTTTAAATTTCCA-AATTTTCAATTTTTGAAA-TATTAATAAAGTAAT
50 -TTAAATCT--TTTCT-TATT-AATTTTTAGAATATT-AA----T-AAACTAGT-AT----T-AT
* * * * ** *
46803 ATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAA-ATGAAACAATTATTTTATAATAAAACAAAAGGTC
98 TTTA-TT----TCGAATAAGCTTGTATGAATA-GAAACAATTGGTTTATGATAAAACAAAAGGTC
* * * ** * * * * * * *
46867 ATAACGATTTTAAA-ATGATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTAAACTTGTTTGGTTAATAG
157 ATAACAATTTGAAATA-GATAATTATTCAAAT-GACATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAA
* * * * * * *
46931 ATTTATGTTTTTAAAT-TGCTTGCTTTTTAATTTCCTA-AATGTTAATAAAATAATATTATTTTA
220 ATTTATG-TTTTAAATCT-CCTACTTATTAATTT-TTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * * * * * * *
46994 TT-TCGAATAAG-TATGTATGAATTGAAACAATTATTTTATAACTAAATAAAAGGTCAGAATGAT
282 TTCT-AAATAAGCT-TGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGAT
* *
47057 TTGAAATAGATAATTG
345 TTGAAATAAATAATTA
* * * ** * * *
47073 TTCCAATAGTCTTAACTATTTGAAC-TGGTTCAACAAATATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT
1 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGCTT-AGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCT-TTTCTT
* * * *** * * * * *
47137 ATAAATTTTTAAAATATTATTAGTTTAGCAATATTTTACTCCGAATAAGTTTGTAT-AGATAGAA
64 ATTAATTTTTAGAATATTAATAAACTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGA-ATAGAA
* * * * *
47201 ACAATT-GTTTAATGACAAAAC-AAAGATCATACCAATTTGAGATAGATAATTATTTAAAT-ACT
128 ACAATTGGTTT-ATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGA--
* * *
47263 CATAACTATTTAAAC-TG-TCTGGTAAACAGATTTA-GTTTTTAAA--T-CT-CTTATTAATTTT
190 CATAACTATTTGAACTTGTTC-GATAAACAAATTTATG-TTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTT
* **
47321 TAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAATTTTGTATGAATAGAAACAATTGTTT
253 TAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTT
** * *
47386 TATGACAAAACAAAAGATCATAAAAATTTAAAACAAATAATTA
318 TATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTA
* * ** *
47429 TTTAAATATTCATAACTATTTGAACTCAC-TAGTTAAACAAATTTATTTTTT-AATCTTTTACTT
1 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGCTTAG-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTT-CTT
* * * * * *
47492 ATTTATTTTTGGAATTTTAATAAA-T--TATTATTTTA-TTCTAATAAGCTTTTATGAATAAAAA
64 ATTAATTTTTAGAATATTAATAAACTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAA
* ** * * ** * *
47553 CAATTGTTTTATGGCAAAACAAAAAGTCATCATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCAT
129 CAATTGGTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT-GACAT
* * * * * * * * ** * *
47618 AACTATTTAAACGTGTTCAAAAAATATATTTATTTTTTATAT-TTTTACTTATTAATCTTTGGAA
193 AACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATGTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTAGAA
*
47682 TATTAGTAAATT
258 TATTAATAAATT
47694 TGTTGGATTA
Statistics
Matches: 3004, Mismatches: 637, Indels: 515
0.72 0.15 0.12
Matches are distributed among these distances:
338 8 0.00
339 17 0.01
340 118 0.04
341 1 0.00
342 1 0.00
343 8 0.00
344 95 0.03
345 11 0.00
346 2 0.00
347 1 0.00
348 5 0.00
349 4 0.00
350 93 0.03
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354 111 0.04
355 54 0.02
356 249 0.08
357 94 0.03
358 81 0.03
359 102 0.03
360 225 0.07
361 136 0.05
362 517 0.17
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364 7 0.00
365 3 0.00
366 9 0.00
367 9 0.00
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373 9 0.00
374 3 0.00
375 1 0.00
376 4 0.00
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378 13 0.00
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381 8 0.00
382 11 0.00
383 91 0.03
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385 5 0.00
386 5 0.00
387 3 0.00
388 5 0.00
389 32 0.01
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393 10 0.00
394 99 0.03
395 58 0.02
396 80 0.03
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (360 bp):
TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGCTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTCTTAT
TAATTTTTAGAATATTAATAAACTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACA
ATTGGTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGACATAAC
TATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATGTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTAGAATAT
TAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAA
AACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTA
Found at i:44564 original size:213 final size:215
Alignment explanation
Indices: 44164--44570 Score: 468
Period size: 213 Copynumber: 1.9 Consensus size: 215
44154 CATCTAGTCA
* * * * *
44164 TAACTATTTGAACTTGCTTAGTAAAGAGATTTATTTTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG
1 TAACTATTTGAACTAGCTTAGCAAACACATTTATTTTTTTAAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
* * * * * *
44229 GAATATGAATAAACTAGCATTATTTATTTCGAATACACATGTTTGAATAGAAATAATTGGTTTAT
66 AAATATGAATAAACTAGCATTATTTATCTCAAATACACATGTGTGAAAAGAAACAATTGGTTTAT
* * * * *
44294 AACAAAACAAAAAGTCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTTAACTAATAATAACTATTTGAAT
131 AACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAACAATAACTATTTGAAT
44359 GTGTTTTATGACAAAAATCT
196 GTGTTTTATGACAAAAATCT
* *
44379 TAACTATTTGAACTAGTTTGGCAAACACATTTA-TTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
1 TAACTATTTGAACTAGCTTAGCAAACACATTTATTTTTTTAAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
* * * * *
44442 AAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCT-AAATA-AGC-TGGTGTGAAAAGAAACAATTGTT
66 AAATATGAATAAACTAGCATTA-TTT-ATCTCAAATACA-CAT-GTGTGAAAAGAAACAATTGGT
* * * * *
44504 TTATGACAAAATAAAAAG-CATAACGATTT-AAGATAGATAATTATTCAAATAGCCATAACTATT
127 TTATAACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAA-ATAAATAATTATTCAAATAACAATAACTATT
44567 TGAA
191 TGAA
44571 CTGTTTCAGT
Statistics
Matches: 159, Mismatches: 28, Indels: 12
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
212 2 0.01
213 80 0.50
214 47 0.30
215 30 0.19
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (215 bp):
TAACTATTTGAACTAGCTTAGCAAACACATTTATTTTTTTAAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
AAATATGAATAAACTAGCATTATTTATCTCAAATACACATGTGTGAAAAGAAACAATTGGTTTAT
AACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAACAATAACTATTTGAAT
GTGTTTTATGACAAAAATCT
Found at i:44817 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 44379--46010 Score: 1636
Period size: 181 Copynumber: 9.1 Consensus size: 181
44369 ACAAAAATCT
* * * * *
44379 TAACTATTTGAACTAGTTTGGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GA
1 TAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAG-
* * * * * *
44443 AATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCTAAATAAGCTGGTGTGAAAAGAAACAATTGTTTTAT
65 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTAT
* * * *
44508 GACAAAATAAAAAG-CATAACGATTT-AAGATAGATAATTATTCAAATAGCCA
130 GACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA-ATAGATAATTATTCAAATAGTCA
* * * * * *
44559 TAACTATTTGAAC-TGTTTCAGTAAATAGATTTAGTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTCAA
1 TAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAG
* * * ** *
44619 AATATTAGTAGATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGCATGAACAGAAACAATTGTTTTAT
65 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTAT
** * * *
44684 GACAAAACAAAATATCATAATGATTTGAAACAGATAATTATTCAAATGGACA
130 GACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA
* * * ** *
44736 TGATTATTTGAACTTGTTCGGTAAGCAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTTAGA
1 TAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGA
* * * * * *
44801 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATGTGAATAGAAACAATTGCTTTATG
66 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATG
* * * * * *
44866 ACAAAATAAAAGATCATAACT-ATTTGAAATAAATGATTGTTCAAATAGTTA
131 ACAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA
*** * *
44917 TAACTATTTGAACTTACGCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTTGG
1 TAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTTAG
* * * * * *
44982 AATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTCAAATACGCTTGTATGAAAAAAAACAATTGGTTTAT
65 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTAT
* * *
45047 GATAAAACAAAAGGTCATGACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
130 GACAAAACAAAAGGTCAT-AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA
** * * * * * *
45099 TAACTATTTGAAAGTGTTCAGAAAATAGATTTATTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGGA
1 TAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGA
* * * *
45163 ATATTAACAAATTTA-TATTATTTTA-TTCAATATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTA
66 ATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTAA-ATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTA
*
45226 TGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTTTTCAAATAGTCA
129 TGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA
* * * * *
45279 TAACCATTTGAACTTGTTCGGTTAATAAATTCATTTTTTAAATCTCTTT-CTCATTAATTTTTAG
1 TAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCT-TTTACTTATTAATTTTTAG
* * * * *
45343 AGTATTAATAAATTAGTA-TATTTTATTTTAAATAAGCCTATGTGAA-ATGATACAATTG-TTTA
65 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACA-GAAACAATTGTTTTA
** ** * * * *
45405 TGATGAAACAAAAGGTCATAACAAATTGAAATAGATTATTATTCAAATAATTA
129 TGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA
* * * * * * * *
45458 TAACTATTTAAACTTGTTCGATAAACATATTTATTTTTAAAATCTTATACTTATTAGTTTTCAAA
1 TAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGA
* * *** *
45523 ATATTAATAAACTAATATTATTTTAAACTGAATAAGCTTGTATGAAC-GAAAACAATTGTTTTAT
66 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACAG-AAACAATTGTTTTAT
* * *
45587 GGCAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATATTTATTCAAATAGTCA
130 GACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA
* ** * * *
45639 TAACTATTTGAACTTATTTAGTAAACAAATTTATTTTTCAAATCTTTTGCTTATTAATTATCT-G
1 TAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-TTTAG
* * * * * * * *
45703 AATGA-TAATAACTTTGTATTATTTTAATTGAAATAAGCTTATAAGAATAGCAAA-AATTATTTT
65 AAT-ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACAG-AAACAATTGTTTT
* * * * * ** *
45766 ATGATAAAATAAAAGGTTATGATGATTTGAAATAGGTAATTGCTCAAATAGTGA
128 ATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA
* * * * * *
45820 TAACTATTT-ATACTTGTTTGATAAAC-AATTTCAGTTTTTAAATATCTTATTTATTAATTTTTA
1 TAACTATTTGA-ACTTGTTCGGTAAACAAATTT-ATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTA
* * * * *
45883 GAATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTG
64 GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTA
* *
45948 TGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAACAGTCA
129 TGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA
46001 TAACTATTTG
1 TAACTATTTG
46011 CACTGGTCAG
Statistics
Matches: 1185, Mismatches: 233, Indels: 66
0.80 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
176 77 0.06
177 65 0.05
178 6 0.01
179 121 0.10
180 243 0.21
181 524 0.44
182 148 0.12
183 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
TAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGA
ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATG
ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA
Found at i:45860 original size:722 final size:718
Alignment explanation
Indices: 44401--46666 Score: 1986
Period size: 722 Copynumber: 3.2 Consensus size: 718
44391 CTAGTTTGGC
* * * *
44401 AAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATT
1 AAACAGATTTA-TTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * *
44466 TTAATCTAAATAAGCTGGTGTGAAAAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAAG-CATAACGA
65 TTATTCTAAATAAGCTTGTATGAAAA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGA
* * *
44530 TTT-AAGATAGATAATTATTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTGTTTCAGTAAATAGATTTAGT
129 TTTGAA-ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTTCAGTAAATAAATTCAGT
* * * * *
44594 TTTTAAATCTCTTATTAATTTTCAAAATATTAGTAGATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTT
193 TTTTAAATCTCTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAACTAT
* ** *
44659 GCATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATATCATAATGATTTGAAACAGATAATTA
258 G-ATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAAATTGAAACAGATAATTA
* * * * * * * *
44724 TTCAAATGGACATGATTATTTGAACTTGTTCGGTAAGCAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTA
322 TTCAAATGAACATAACTATTTAAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTAAAATCTCATACCTA
* * * * *** * *
44789 TTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATGTGAATAGAAAC
387 TTAATTTTCAAAATATTAATAAACTAATATTATTTTAAACTGAATAAACTTATATGAAGAGAAAC
* * *
44854 AATTGCTTTATGACAAAATAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATGATTGTTCAAATAGTTATA
452 AATTGCTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATGATTATTCAAATAGTCATA
* * * * *
44919 ACTATTTGAACTTACGCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTTGGAA
517 ACTATTTGAACTTACGCAGTAAACAAATTTATTTTTCAAATCTTTTACTTATTAATTATCTGGAA
* * * * *
44984 TATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTCAAATACGCTTGTATGAAAAAAAACAATTGGTTTATGA
582 TATTAATAAAATAGTATTATTTTAATTCAAATAAGCTTATAAGAAAAAAAACAATTAGTTTATGA
*
45049 TAAAACAAAAGGTCATGACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAAGT
647 TAAAACAAAAGGTCATGACTATTTGAAATAGATAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTGAAAGT
45114 GTTCAGA
712 GTTCAGA
* * *
45121 AAATAGATTTATTTTTAAA-ATTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAACAAATTTA-TATTAT
1 AAACAGATTTATTTTTAAATA-TCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAA-TTAGTATTAT
* *
45184 TTTATTC-AATATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT
64 TTTATTCTAA-ATAAGCTTGTATGAA-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAAT
* * * *
45248 GATTTGAAATAGATAATTTTTCAAATAGTCATAACCATTTGAACT-TGTTCGGTTAATAAATTCA
127 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGT-TTCAGTAAATAAATTCA
* * * *
45312 TTTTTTAAATCTCTTTCTCATTAATTTTTAGAGTATTAATAAATTAGTA-TATTTTATTTTAAAT
191 GTTTTTAAATCTC--T-T-ATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAAT
* ** * *
45376 AAGCCTATG-TGAA-ATGATACAATTG-TTTATGATGAAACAAAAGGTCATAACAAATTGAAATA
252 AA--CTATGATGAACA-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAAATTGAAACA
* * *
45438 GATTATTATTCAAAT-AATTATAACTATTTAAACTTGTTCGATAAACATATTTATTTTTAAAATC
314 GATAATTATTCAAATGAA-CATAACTATTTAAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTAAAATC
* * * * *
45502 TTATACTTATTAGTTTTCAAAATATTAATAAACTAATATTATTTTAAACTGAATAAGCTTGTATG
378 TCATACCTATTAATTTTCAAAATATTAATAAACTAATATTATTTTAAACTGAATAAACTTATATG
* * *
45567 AACGA-AAACAATTGTTTTATGGCAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAAAT-ATTTATT
443 AA-GAGAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACT-ATTTGAAATAAATGA-TTATT
*** *
45629 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTAGTAAACAAATTTATTTTTCAAATCTTTTGCTTATT
505 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTACGCAGTAAACAAATTTATTTTTCAAATCTTTTACTTATT
** * * **
45694 AATTATCT-GAATGA-TAATAACTTTGTATTATTTTAATTGAAATAAGCTTATAAGAATAGCAAA
570 AATTATCTGGAAT-ATTAATAAAATAGTATTATTTTAATTCAAATAAGCTTATAAGAA-AAAAAA
* * * * *
45757 -AATTATTTTATGATAAAATAAAAGGTTATGA-TGATTTGAAATAGGTAATTGCTCAAATAGTGA
633 CAATTAGTTTATGATAAAACAAAAGGTCATGACT-ATTTGAAATAGATAATTGCTCAAATAGTCA
** *
45820 TAACTATTT-ATACTTGTT-TGA
697 TAACTATTTGA-AAGTGTTCAGA
* * *
45841 TAAACA-ATTTCAGTTTTTAAATATCTTATTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGAATTA
1 -AAACAGATTT-A-TTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTA
* * *
45905 TGTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTGTGACAAAACAAAAAGTCATAAT
63 TTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAA-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAAT
* * * ** * *
45970 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAACAGTCATAACTATTTGCACTG-GTCAGGCCAACAGATTCA
127 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTTCA-GTAAATAAATTCA
* * * **
46034 ----TT--A--T-TTA--AATCTGT----ATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTCCAAATAA-
191 GTTTTTAAATCTCTTATTAAT-TTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAC
* * * * * * * * *
46083 AACTGTATCAATAGAAATAATTGTTTAATGACAAAACAAATGGTCATAA-AAATATGAAATAAAT
255 TA-TG-ATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAAAT-TGAAACAGAT
* * ** * * * * * *
46147 AATTGTTTAAATTG-TTATAACTAATTGAACTAGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC-
317 AATTATTCAAA-TGAACATAACTATTTAAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTAAAATCTCA
* * ** * * * *
46210 T---TATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAACAAAATTATATGAAC
381 TACCTATTAATTTTCAAAATATTAATAAACTAATATTATTTTAAACTGAATAAACTTATATGAAG
* * ** * *
46272 AAAAAC-ATT-CATTTTATGACAAAACAAAAG-TACATAATTATTTGAAATGGATAATTATTCAT
446 AGAAACAATTGC--TTTATGACAAAACAAAAGAT-CATAACTATTTGAAATAAATGATTATTCAA
* ** ** *
46334 ATAG-CTTTAACTATTTGAACGGTT---CAACAAACAAATTTA-TTTTCAAATCTCATAATTATT
508 ATAGTC-ATAACTATTTGAAC--TTACGCAGTAAACAAATTTATTTTTCAAATCTTTTACTTATT
* * * * * ** * * *
46394 AATTTTCAT--AATATTATTAGAATAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATATAAAA
570 AATTATC-TGGAATATTAATAAAATAGTATTATTTTAATTCAAATAAGCTTATAAGAA-AAAAAA
* * * * * *
46457 -AATT-GTTTTATGACAAAACAAAAGGTTAT-AATGACTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTC
633 CAATTAG-TTTATGATAAAACAAAAGGTCATGACT-ATTTGAAATAGATAATTGCTCAAATAGTC
* * *
46519 ATAATTATTTG-AATTGGTTCAGT
696 ATAACTATTTGAAAGT-GTTCAGA
* * * *
46542 AAACA-A---A----T-AATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTTTTT
1 AAACAGATTTATTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTT
* * * *
46598 TATTCTAAATAGGGTTGTATGATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAAGTTCAAAATGA
66 TATTCTAAATAAGCTTGTATGA-AAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAG-TCATAATGA
46662 TTTGA
129 TTTGA
46667 TATGACAAAA
Statistics
Matches: 1276, Mismatches: 212, Indels: 146
0.78 0.13 0.09
Matches are distributed among these distances:
689 6 0.00
690 95 0.07
691 1 0.00
696 1 0.00
699 5 0.00
700 131 0.10
701 20 0.02
702 112 0.09
703 4 0.00
704 17 0.01
705 30 0.02
706 79 0.06
707 4 0.00
708 2 0.00
709 1 0.00
710 1 0.00
711 1 0.00
714 1 0.00
716 1 0.00
718 4 0.00
719 88 0.07
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721 121 0.09
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725 3 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (718 bp):
AAACAGATTTATTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTT
TATTCTAAATAAGCTTGTATGAAAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATT
TGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTTCAGTAAATAAATTCAGTTTT
TAAATCTCTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAACTATGAT
GAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAAATTGAAACAGATAATTATTCA
AATGAACATAACTATTTAAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTAAAATCTCATACCTATTAA
TTTTCAAAATATTAATAAACTAATATTATTTTAAACTGAATAAACTTATATGAAGAGAAACAATT
GCTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATGATTATTCAAATAGTCATAACTA
TTTGAACTTACGCAGTAAACAAATTTATTTTTCAAATCTTTTACTTATTAATTATCTGGAATATT
AATAAAATAGTATTATTTTAATTCAAATAAGCTTATAAGAAAAAAAACAATTAGTTTATGATAAA
ACAAAAGGTCATGACTATTTGAAATAGATAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTGAAAGTGTTC
AGA
Found at i:46206 original size:163 final size:163
Alignment explanation
Indices: 45885--46217 Score: 366
Period size: 163 Copynumber: 2.0 Consensus size: 163
45875 AATTTTTAGA
* * * **
45885 ATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTGTG
1 ATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTCCAAATAAACTTGTATCAATAGAAACAATTGTTTAATG
** * * * *
45950 ACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAACAGTCATAACTATTTGCACT
66 ACAAAACAAAAAGTCATAAAAATATGAAATAAATAATTATTCAAACAGTCATAACTAATTGAACT
* * * *
46015 GGTCAGGCCAACAGATTCATTATTTAAATCTGT
131 AGTCAGGCAAACAAATTCATTATTTAAATCTCT
* *
46048 ATATTAATAAATTAGCATTACT-TTATTCCAAATAAAAC-TGTATCAATAGAAATAATTGTTTAA
1 ATATTAATAAATTAGAATTA-TGTTATTCCAAAT-AAACTTGTATCAATAGAAACAATTGTTTAA
** * * ** *
46111 TGACAAAACAAATGGTCATAAAAATATGAAATAAATAATTGTTTAAATTGTTATAACTAATTGAA
64 TGACAAAACAAAAAGTCATAAAAATATGAAATAAATAATTATTCAAACAGTCATAACTAATTGAA
** * * *
46176 CTAGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCT
129 CTAGTCAGGCAAACAAATTCATTATTTAAATCTCT
46211 -TATTAAT
1 ATATTAAT
46218 TTTTAAAATA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (163 bp):
ATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTCCAAATAAACTTGTATCAATAGAAACAATTGTTTAATG
ACAAAACAAAAAGTCATAAAAATATGAAATAAATAATTATTCAAACAGTCATAACTAATTGAACT
AGTCAGGCAAACAAATTCATTATTTAAATCTCT
Found at i:46530 original size:179 final size:175
Alignment explanation
Indices: 46048--46651 Score: 469
Period size: 179 Copynumber: 3.4 Consensus size: 175
46038 TTAAATCTGT
** * * * * * * *
46048 ATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTCCAAATAAAACTGTATCAATAGAAATAATTGTTTAATG
1 ATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAACAAAATTGTATGAATA-AAAAAATTGTTTTATG
* * * * *
46113 ACAAAACAAATGGTCATAA-AAATATGAAATAAATAATTGTTTAAATTGTTATAACTAATTGAAC
65 ACAAAACAAAAGGTCATAATAAAT-TGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* ** * *
46177 TAGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTAAA
129 -GGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTCAAATCTCTTATTAATTTTCAAA
* * * *
46225 ATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAACAAAATTATATGAACAAAAACATTCATTTTATG
1 ATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAACAAAATTGTATGAATAAAAAAATT-GTTTTATG
* * ** * * *
46290 ACAAAACAAAA-GTACATAATTATTTGAAATGGATAATTATTCATATAG-CTTTAACTATTTGAA
65 ACAAAACAAAAGGT-CATAATAAATTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAA
** *
46353 CGGTTCAACAAACAAATTTA-TTTTCAAATCTCATAATTATTAATTTTCATA
128 CGGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTCAAATCTC----TTATTAATTTTCAAA
* * * * **
46404 ATATTATTAGAA-TAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATATAAAAAATTGTTTTAT
1 ATATTAATA-AATTAATATTATTTTATTCTAAACAAAATTGTATGAATA-AAAAAATTGTTTTAT
* * * * *
46468 GACAAAACAAAAGGTTATAATGACTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAAT
64 GACAAAACAAAAGGTCATAATAAATTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-
* * * **
46533 TGGTTCAGTAAACAAA--TA-ATCTC----CTACTTATTAATTTTTGAA
128 CGGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTCAAATCT-CTTATTAATTTTCAAA
* * * ***
46575 ATATTAATAAATTAGTATTTTTTTATTCTAAATAGGGTTGTATG-ATGAAAAACAATTGTTTTAT
1 ATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAACAAAATTGTATGAAT-AAAAA-AATTGTTTTAT
*
46639 GACAAAAAAAAAG
64 GACAAAACAAAAG
46652 TTCAAAATGA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.44, C:0.08, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (175 bp):
ATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAACAAAATTGTATGAATAAAAAAATTGTTTTATGA
CAAAACAAAAGGTCATAATAAATTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACGG
TTCAGTAAACAAATTTATTTTTCAAATCTCTTATTAATTTTCAAA
Found at i:46674 original size:31 final size:31
Alignment explanation
Indices: 46636--46697 Score: 124
Period size: 31 Copynumber: 2.0 Consensus size: 31
46626 ACAATTGTTT
46636 TATGACAAAAAAAAAGTTCAAAATGATTTGA
1 TATGACAAAAAAAAAGTTCAAAATGATTTGA
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1 TATGACAAAAAAAAAGTTCAAAATGATTTGA
46698 AATAGATAAT
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
31 31 1.00
ACGTcount: A:0.55, C:0.06, G:0.13, T:0.26
Consensus pattern (31 bp):
TATGACAAAAAAAAAGTTCAAAATGATTTGA
Found at i:47651 original size:176 final size:177
Alignment explanation
Indices: 46667--47693 Score: 611
Period size: 176 Copynumber: 5.7 Consensus size: 177
46657 AATGATTTGA
* * *
46667 TATGACAAAA-AAAAAGTTCAAAATGATTTGAAATAGATAA-TAGTTTAAATGGCCATAACTATT
1 TATGACAAAACAAAAAG-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAATAGCCATAACTATT
* * * * * ** * *
46730 TGAA-TTGATTGAATAAAT-TGATTTATGTTTTAAAT-TTCCAAATT-TTCAATTTTTGAAATAT
64 TAAACTAG-TTCAAAAAATAT-ATTTAT-TTTTTAATCTT-TTACTTATT-AATTTTTAAAATAT
* * * *
46791 TAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGGATAAGCTTT-TATGAA-ATGAAACAATTATTT
124 TAATAAA-T--TATTATTTTACTTCGAATAAG-TTTGTATGAATA-GAAACAATTGTTT
* * * * * * ** *
46848 TATAATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAA-ATGATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTT
1 TATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATA-GATAATTATTCAAATAGCCATAACTATTT
* ***** * * * * * *
46912 AAACTTGTTTGGTTAATAGATTTATGTTTTTAAAT-TGCTTGCTTTTTAATTTCCT-AAATGTTA
65 AAACTAGTTCAAAAAATATATTTAT-TTTTT-AATCT-TTTACTTATTAATTT-TTAAAATATTA
* * * *
46975 ATAAAATAATATTATTTTATTTCGAATAAGTATGTATGAATTGAAACAATTATTT
126 AT-AAAT--TATTATTTTACTTCGAATAAGTTTGTATGAATAGAAACAATTGTTT
* * * * * * * * * *
47030 TATAACTAAATAAAAGGTCAGAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCCAATAGTCTTAACTATTTG
1 TATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAACTATTTA
* * * * * *
47095 AACTGGTTCAACAAATATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATAAATTTTTAAAATATTATTAG
66 AACTAGTTCAAAAAATATATTTATTTTTT-AATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAA
* * *
47160 TTTAGCAATATTTTACTCCGAATAAGTTTGTAT-AGATAGAAACAATTGTTT
130 ATT---ATTATTTTACTTCGAATAAGTTTGTATGA-ATAGAAACAATTGTTT
* * *** * *
47211 AATGACAAAACAAAGA-TCATACCAATTTGAGATAGATAATTATTTAAATA-CTCATAACTATTT
1 TATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGC-CATAACTATTT
*** * * *
47274 AAACT-G-TCTGGTAAACAGATTTAGTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTTAAAATATTAAT
65 AAACTAGTTC-AAAAAATATATTTA-TTTTTTAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAAT
* *
47333 AAATTAGTATTATTTTA-TTCTAAATAATTTTGTATGAATAGAAACAATTGTTT
128 AAA-T--TATTATTTTACTTC-GAATAAGTTTGTATGAATAGAAACAATTGTTT
** * * * * **
47386 TATGACAAAAC-AAAAGATCATAAAAATTTAAAACAAATAATTATTTAAATATTCATAACTATTT
1 TATGACAAAACAAAAAG-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAACTATTT
* * ** *
47450 GAACTCACTAGTT--AAACA-A-ATTTATTTTTTAATCTTTTACTTATTTATTTTTGGAATTTTA
65 -AA---ACTAGTTCAAAAAATATATTTATTTTTTAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTA
* *
47511 ATAAATTATTATTTTA-TTCTAATAAGCTTT-TATGAATAAAAACAATTGTTT
126 ATAAATTATTATTTTACTTCGAATAAG-TTTGTATGAATAGAAACAATTGTTT
* * *
47562 TATGGCAAAACAAAAAGTCATCATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTA
1 TATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAACTATTTA
* ** *
47627 AACGT-GTTCAAAAAATATATTTATTTTTTATAT-TTTTACTTATTAATCTTTGGAATATTAGTA
66 AAC-TAGTTCAAAAAATATATTTATTTTTTA-ATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATA
47690 AATT
129 AATT
47694 TGTTGGATTA
Statistics
Matches: 669, Mismatches: 129, Indels: 101
0.74 0.14 0.11
Matches are distributed among these distances:
172 5 0.01
173 1 0.00
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183 7 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (177 bp):
TATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAACTATTTA
AACTAGTTCAAAAAATATATTTATTTTTTAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAA
TTATTATTTTACTTCGAATAAGTTTGTATGAATAGAAACAATTGTTT
Found at i:50029 original size:180 final size:179
Alignment explanation
Indices: 49599--50073 Score: 493
Period size: 180 Copynumber: 2.7 Consensus size: 179
49589 CCTATAAAGC
* * * *
49599 TAACAAAATTCATATTATTTTATTCGAAATAAGCTTGTATGAACAAAAAAAATTATTTTATGGCA
1 TAAC-AAATTAATATTATTTTATTTG-AATAAGCTAGTATGAACAAAAAAAATTATTTTATTGCA
* * * * *
49664 AAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCGTAACTATTAAACTTGTT
64 AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAACAATCATAACTATTAAACTTGTT
* **
49729 TAATAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTGAAATAG
129 CAATAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTCAAAATAG
* * * *** * *
49780 TAATAAATTAGTA-TATTTTATTTCGAATAAGCCTA-AATGAATTGAGACAATTATTTTA-TG-A
1 TAACAAATTAATATTATTTTATTT-GAATAAG-CTAGTATGAACAAAAAAAATTATTTTATTGCA
* * *
49841 TGAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAACAATTATTACTATTTGAACTT
64 --AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAACAATCATAACTA-TTAAACTT
* * * * * * *
49906 GTTCGATAAACATATTTATTTTTTATATCTTTTACTTATTAATTTTCAAAATAT
126 GTTCAATAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTCAAAATAG
* *
49960 TAACAAATTAATATTATTTTATTTGAATAAGCTAGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATTGCAAA
1 TAACAAATTAATATTATTTTATTTGAATAAGCTAGTATGAACAAAAAAAATTATTTTATTGCAAA
* * *
50025 ACAAAAGG-----AT-ATTTGAAATAAAATAATTGTTCAAATAATCATAACTATT
66 ACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT-AGATAATTATTCAAACAATCATAACTATT
50074 TGAAATTATT
Statistics
Matches: 240, Mismatches: 44, Indels: 27
0.77 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
174 11 0.05
175 24 0.10
177 1 0.00
178 1 0.00
179 82 0.34
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181 15 0.06
182 1 0.00
ACGTcount: A:0.43, C:0.09, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (179 bp):
TAACAAATTAATATTATTTTATTTGAATAAGCTAGTATGAACAAAAAAAATTATTTTATTGCAAA
ACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAACAATCATAACTATTAAACTTGTTCA
ATAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTCAAAATAG
Found at i:50721 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 50700--50732 Score: 50
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
50690 TAACAATTTG
50700 AAATAG-ATAATTGTTC
1 AAATAGCATAATTGTTC
50716 AAATAGTCATAATTGTT
1 AAATAG-CATAATTGTT
50733 TGAAATAGTT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
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AAATAGCATAATTGTTC
Found at i:50740 original size:19 final size:18
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Indices: 50696--50741 Score: 60
Period size: 19 Copynumber: 2.6 Consensus size: 18
50686 GTAATAACAA
50696 TTTGAAATAG-ATAATTG
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*
50713 -TTCAAATAGTCATAATTG
1 TTTGAAATAGT-ATAATTG
50731 TTTGAAATAGT
1 TTTGAAATAGT
50742 TTTGCAAACA
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 2, Indels: 4
0.80 0.07 0.13
Matches are distributed among these distances:
16 8 0.33
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Consensus pattern (18 bp):
TTTGAAATAGTATAATTG
Found at i:53226 original size:179 final size:179
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Indices: 50986--54816 Score: 2486
Period size: 179 Copynumber: 21.4 Consensus size: 179
50976 TATAAGCGTG
* * * * * * * * *
50986 AGTAAGAGAATTAAAAAATGAATTTGTTTACTGAAAAAGTTTAATTAGTTATGACTATCTAAATA
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* ** * * * * *
51051 ATTATCTATTTCAAAACAATATGACCATTTGTTTTGTCATAAAATAATTGGTTTTGTTCATGCAA
66 ATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGATTCTATTCATACAA
* *
51116 GCTTATTTCGAATAAAATAATA-TAAATTTATTAAAATTCTGAAAATTAATA
130 GCTTATTT-GAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCTAAAAATTAATA
* * *
51167 AGTAA-A-ATTTAAAACATAAATGCAT-TTT-CTAAACACGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-C-TGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA
* * * * * * *
51228 CAATTATCTATTTCAAATCATTATAACAATTTATTTTGTTATAAACCAATTGTTTCTATTCATAC
64 CAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAC-CTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGATTCTATTCATAC
51293 AAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCTAAAAATTAATA
128 AAGCTTATTT-GAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATA
* * * * * *
51347 AATAAAAGATTTAAATAATAAATCTATTTA-TCGAGCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAT
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * * * *
51411 AGTTATATATTTCAAATCATTTATGATCTTTTGTTTTATCATAAAACAATT-ATTTTTATTCATA
65 AATTATCTATTTCAAATC-GTTATGA-CCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGA-TTCTATTCATA
* * * **
51475 CAAGTTTATGTGGAATAAAATAATACTTATTTATTTTTATTCTAAAAATTAATA
127 CAAGCTTAT-TTGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATA
* * * * * *
51529 AGTTAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTA-TCGAACAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAAC
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
** * * * * **
51593 TGTTATCTA-TTCAAATTGTTATGACATTTTGTTTTGTCGTAAAATAATTTTTTCTATTCATACA
65 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGAC-CTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGATTCTATTCATACA
** * * * * *
51657 AAATTATTTAGAATAAAATAATTGC-AATTTATTACTATTTTGAAAATCAAT-
129 AGCTTATTT-GAATAAAATAA-TACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATA
* * * * * * * *
51708 -G--GGA-ATTT-AAAAATAAATGTGCTTT-CTAAACCATTTCAAATAGATAAGACTATTAGAAC
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTG-TTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * * * * * * *
51767 AATTATCTATTCCAAAATTGTTTTGATCTTTTGTTTAGTCAAAAAATAATTGTTTCAATTCATAC
65 AATTATCTATTTC-AAATCGTTATGA-CCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGATTCTATTCATAC
* ** * * *
51832 ATGCTTATTCAAAATATAATAATACTAATTTATTAACATT-AAGAAAATTAATA
128 AAGCTTATT-TGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTA-AAAATTAATA
* * * * * *
51885 AG--A-A-ATTT--AAAA-AAATTTATTTA-TCGAATAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTAAAT
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * * * * * * * *
51942 AATTATATATTTAAAATCATTATGACATTTTATTTTATCATAAAATAACT-ATT-TCAGTACACA
65 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGAC-CTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGATTCT-A-TTCATA
* * * * *
52005 AAAGTTTATCTGATATAAAATAATATTACTTTATTAATATT-TCAAAAATTAATA
127 CAAGCTTATTTGA-ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATA
* * * * * * * * *
52059 AGTTAGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTT-GTCAA-ATTAGTTTAAATAATTATGGCCATTTAAA
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACA--AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA
* * * * * *
52122 CAATTATCTATTTCAAATCATTAAGAACTTTTCTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA-TCATA
64 CAATTATCTATTTCAAATCGTTATG-ACCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGATTCT-ATTCATA
* * * * *
52186 CAA-CTTATTCGAAATAAAAAAAATACTAATTTACTAATATTTCAAAAAATTAATC
127 CAAGCTTATTTG-AAT-AAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATA
* * * * * *
52241 AGT-A-AGATTTAAAAAGTTAATATGTTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTGTTTGAATA
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * * * ** * *
52304 ATTATATATTTCAAATTGGTATAACCTTTTGTTATCTCATAAAATGATT-ATTTCTGTTCACACA
66 ATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGA-TTCTATTCATACA
* * * *
52368 AGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATGTAATAATATTCTGAAAATTAATA
129 AGCTTATTTG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATA
* * * * * * * * * * *
52420 ACTAAGAGACTTAAAAAATAAATTTGTTTGCTAAACTAGTTCAAACAGTTAAGGCTATATGACCA
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * * * ** *
52485 TTTCTTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAA-ACTTTTTTCAATTC-T-CAG
66 ATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGATTCTATTCATACA-
** ** * *
52547 TAATTTATTCAAAATAAAATAA-AATAATTTATTAATATT-T-CAAATCTCAATA
129 -AGCTTATT-TGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAAT-T-AATA
* * * * * * * *
52599 AGTAAGAGATTTAAAAAATAATTATGTTTGCCT-AACCAGTTCAAATAATTATGGCTATTTAAAT
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT-ACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * * * *
52663 AATTATCTATTGCAAATCTTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAAT-ATTTTTGTTCATAT
65 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGA-TTCTATTCATAC
* * * * ** *
52727 AAGTTTGTTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGTAAATTAAGA
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * *
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* * *
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*
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* * * * * * *
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*
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * * * *
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54806 TAATTATCTAT
63 CAATTATCTAT
54817 AAATTTTTTT
Statistics
Matches: 2839, Mismatches: 642, Indels: 340
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Matches are distributed among these distances:
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TTATCTATTTCAAATAGTTATGACTTTTTGTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGC
TTATTCAGATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATA
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* * * * * * * * * *
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* *
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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250 TTATTTCAAAT-AGTTATGAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTATTCATACAAG---
* * * *
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310 -TTTAG-ATAAAATAATATTAATTTATTAATATTT-TGAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAA
* * * * * * * *
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371 ATAAATATGTTTACT-AAACAAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACAATTAT-TATTTCAAAT
* * * * * * * **
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434 C-GTTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTGTTCATATAGA-CTTAT-TCAAAAT
* ** * * * * * *
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495 AAAAT-ATCACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATTAG-TAGAGATTTAAAAAATGAATCTG
* * * * ** * * *
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* * * ** * * **
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* * * * *
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683 AAATTAATAATATTCTGAAAATTAATA
* * * * * * * *
51708 -G--GGA-ATTT-AAAAATAAATGTGCTTTCTAAACCATTTCAAATAGATAAGACTATTAGAACA
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTTCTAAACTAGTTCAAATAGTTTA-ACTATTTGAACA
* * * * * * * * * * *
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65 ATTATCTATTTC-AAATCAG--TTAAACTTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTCTAGTCCATA
* ** * * * *
51831 CATGCTTATTCAAAATATAATAATACTAATTTATTAACA-TTAAGAAAATTAATAAG---AA-AT
127 CAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AATATTAATAAGTAAAAGAT
* * ** *
51891 TT--AAAA-AAATTTATTTATCGAATAAGTTCAAAT-AGTTAAGACTATTTAAATAATTATATAT
191 TTAAAAAATAAATCTATTTATTGAATAAGTTCAAATAAG-TATTACTATTTAAA-AATTATTTAT
* * * * * * * * *
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254 TTCAAAT-AGTTATGAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTA-TTCATACAAGTTTA--
* ** * *
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314 -G--ATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAG-TAAAAATTTAAAAAATAA
* ** * * * ** * * *
52080 ATCA-GTTT-GTCAAATTAGTTTAAATAATTATGGCCATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCAT
375 AT-ATGTTTACT-AAACAAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACAATTAT-TATTTCAAATCGT
* * * * * ** * *
52143 TAAGAACTTTTCTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATCATACA-ACTTATTCGAAATAAAAAA
437 TATG-ACTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTGTTCATATAGACTTATTC-AAA-ATAAAA
* * ** * * * *
52207 AAT-ACTAATTTACTAATATTTCAAAAAATTAATCAGTA-AGATTTAAAAAGTTAATATGTTTAC
499 TATCACTAATTTATTAATATTT-TGAAAATTAATTAGTAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTAC
* * * * * * *
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* * ** * *
52335 TTATCTCATAAAATGATT-ATTTCTGTTCACACAAGTTTATTTGAAATAAAATAA-TACTAATGT
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52398 AATAATATTCTGAAAATTAATA
688 AATAATATTCTGAAAATTAATA
* * * * * *
52420 ACTAAGAGACTTAAAAAATAAATTTGTTTGCTAAACTAGTTCAAACAG-TTAAGGCTATATGACC
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTTCTAAACTAGTTCAAATAGTTTAA--CTATTTGAAC
* * * * * * * *
52484 ATTTCTTTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAA-ACTTTTTTCAATTCTCAG
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* ** * * * *
52547 T--AA-TTTATTCAAAATAAAATAA-AATAATTTATTAATATTTCAAATCTCAATAAGTAAGAGA
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* ** * ** *
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* ** * * *
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251 TATTTCAAATAGTTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTATTCATACAA----GT
* * *
52735 TTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGTAAATTAAGAAGTAAGAAATTTAAAAAATA
311 TTAG-ATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATA
* * * * * * *
52800 AATCTGTTTACTAAACTAGTTTAATTAGTTATAACTATTTCAACAATTA--ATTTC-AATCATTA
374 AATATGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACAATTATTATTTCAAATCGTTA
* * * * *
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* ** * * * * **
52925 AT-GCTAATTTATTAATATTTTGAAAGCTAATAAGTA-ACGGATTTGAATAATGAAACTGTTGGC
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** * * * * *
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* * * * * * * *
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*
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* * ** * *
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* * **
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* * * * *
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122 CCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAC-T-AATTTATTAATATTTCA-A-ATATTAATAAG
** *
53321 T-AAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAATAAGTTCAAAT-AGTTTTGACTATTTGAAAAA
183 TAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAATAAGTTCAAATAAGTATT-ACTATTT-AAAAA
* * *
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* * * * *
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310 --T-TT-AGATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAA
* * * *
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* * ** *
53577 GTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTATCAATTCATATAGGCTTATTCAAAATAAAA
435 GTTATGAC-TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTGTTCATATAGACTTATTCAAAATAAAA
*
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* * *
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562 CTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAATGCTATAACC-TTT
* * * *
53772 GTTTTGTCATAAGATAATTG-TT-TGTTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATTAAATTATT
626 GTTTTGTCATAAAACAATTGATTCTGTTCACACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATTAAATTAAT
53835 AATATTCT-AAAATTTAATA
691 AATATTCTGAAAA-TTAATA
* * *
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1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTTCTAAAC-TAGTTCAAATAGTT-TAACTATTTGAAC
* * *
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* * *
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127 CAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAATATTAATAAGTAAAAGATT
* * * * * *
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192 TAAAAAATAAATCTATTTATTGAATAAGTTCAAATAAGTATTACTATTTAAA-AATTATTTATTT
* * * *
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* * * * * * *
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* * ** *
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382 TACTAAACAAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACAATTAT-TATTTCAAATCGTTATGA-CTT
* * * * *
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445 TTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTGTTCATATAGACTTATTCAAAATAAAATATCACTAATT
* * * *
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510 TATTAATATTTTGAAAATTAATTAGTAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTACT-AAACAAGTTC
* * * * * * * *
54428 ATATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATTG-TAATGATCTTTATTTTGACATAC
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* * * * * * * *
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701 AAATTAATA
* ** * *
54564 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGTC-AAACTAGTTTTAATAGTTAAGACTATTAGAAC
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTT-TCTAAACTAGTTCAAATAGTTTA-ACTATTTGAAC
* * * * * *
54628 AATTATCTATTTCAAATCATTTTAACCTTTT-TTTAGTTATAAAATAATTATTTC-AGTTCATAC
64 AATTATCTATTTCAAATCA-GTTAAACTTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTCTAGTCCATAC
* * * * *
54691 AAGCTTATTTGAAAT-AAATAATACT-A--TATTAACATTTGAAAAATTAATAAAGCAACAGATT
128 AAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAATATTAAT-AAGTAAAAGATT
* * * * *
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192 T--AAAAAATAAATCTATTTATTGAATAAGTTCAAATAAG-TATTACTATTT-AAAAATTAT
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TTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACA
AGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACAATTATTATTTCAAATCGTTATGACTTTTGTTTTGTCA
TAAAATAATTATTTCTGTTCATATAGACTTATTCAAAATAAAATATCACTAATTTATTAATATTT
TGAAAATTAATTAGTAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGA
CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAATGCTATAACCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGATTCT
GTTCACACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATTAAATTAATAATATTCTGAAAATTAATA
Found at i:55048 original size:16 final size:17
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*
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* * ** ** * **
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* * * * * *
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* * * * *
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** * * * * * * **
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* * ** * * *
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* * * * * * *
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* * * * * ** * *
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* * *
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* * * **
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* * * * * * * *
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** * * * *
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* * *
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1 AAGATTT-AAAAAATAAATATGTTTACCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
*** * * * *
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* ** * * * *
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* *
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* * * *** * *
56555 TAAG--TAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTTTTAAACACGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA
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122 ACAAGCTTATTCAGATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAACA-ATTAATAAGTAA
* * * *** * * *
56741 AAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAGCGAGTTCAAATAGTTATAACTATTTAAATAATTAT
1 AAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * * * * * **
56806 TTATGTCAAATCGTTATGA-TCTTTTG-TTTGTTCATAAAACAATTGTTTCTATTAATACAATTT
66 CTATTTCAAATTGTTATGACT-TTTTGTTTTG-TCATAAAACAATAGTTTATGTTCATACAAGCT
* * * * * **
56869 TATTCAAAATAAAATAATACTAACTTATTAATA-TTAAAAAAGTTAATAAGTTGG
129 TATTCAGATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAACAA-TTAATAAG-TAA
* * * * * * *
56923 AA-ATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACTATTAT
1 AAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* ** * * * * * * * * **
56987 CTATTTTAAATCATTTTGACTTTTTCTTTTATCATAAAATAATTGTTTTTGTTGATGCAAAATTA
66 CTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATAGTTTATGTTCATACAAGCTTA
* * * * *
57052 TTCATATTAAAATAATATTGATCTATTAATACTTTGAA-AATTAATAAG---
131 TTCAGATTAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTCAACAATTAATAAGTAA
* * * *** * * * *
57100 -ACATTTAAAAACTAAATCTGTTTTTTAAA-ACAGTTTAAATAATTATAACTATTTGAATAATTA
1 AAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAATA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* * * * * ** * ** * *
57163 TCTATCTCAAAATGTTATGA-TCTTTATATCATCATAAAACAATTGTTCCTTTTCATACAAGTTT
65 TCTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATAGTTTATGTTCATACAAGCTT
* * *
57227 ATTCAGATTAAAATAATA-TCAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA
130 ATTCAGATTAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAA
* * * * ** * * *
57279 GAGATTTAAAAAAT-AATGTGTTTGCGGAGCT-AGTTTAAATAGTTAAGACT-GTTGAACAATTA
1 AAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAC-CAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* ** * * * *
57341 TTTATTTCAAATCATTCTAACCTTTTGTTTAGAT-ATAAAACAATTA-TTTCA-GTTCATACAAG
65 TCTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTG-TCATAAAACAA-TAGTTT-ATGTTCATACAAG
* * * *
57403 CTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTGAA-ACATTAACGAA-TAA
127 CTTATTCAGATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAACA-ATTAA-TAAGTAA
* * ** * * * * * *
57458 GAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAAA-AAGTTAAAAAAATATTTGACT-TTTAAACAATC
1 AAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA-CCAAATAAGTTCAAATAGT-TATGACTATTTGAACAATT
* * ** * *
57521 ATTCTAATTACTTAAAGTCGTTATGAGC--TTCATTTTGTCATAAAATAATTGTTTCA-GTTCAT
64 A-TCT-ATT--TCAAA-TTGTTATGA-CTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATAGTTT-ATGTTCAT
* * * * * * *
57583 AAAAACTTA-TCTGAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTTGAA-AA-T--TAAG-AA
122 ACAAGCTTATTCAG-ATTAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTCAACAATTAATAAGTAA
* * * * * * *
57639 GAGATTTAAAAACTAAAACTAT-TTTTCGAACCT-A-TTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAAA
1 AAGATTTAAAAAAT-AAA-TATGTTTACCAA-ATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
* ** * * * * * *
57701 TAT-TAATCTCAAATCATTATGA--TTTTGTTTTCTCATAAAAAAATTGTTTTTGATCATCCAAG
63 TATCT-ATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATAGTTTATGTTCATACAAG
* * * * *
57763 CTTATGCAGATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAG---
127 CTTATTCAGATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAA
* * * * * * * *
57815 -AGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCTAAACCAA-TTCAAATAGTTAAGAGTATTAGAATAATTA
1 AAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAA-TAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* * * * * * *
57878 TCTATTTTAAATTGTTCTGACCTATTGTTTAT-TCATATAATAATTGTTT-TAGTTCATACAAGC
65 TCTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTT-TGTCATAAAACAATAGTTTAT-GTTCATACAAGC
* * *
57941 TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTT
128 TTATTCAGATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
57978 ATTTATTTCA
Statistics
Matches: 1640, Mismatches: 405, Indels: 234
0.72 0.18 0.10
Matches are distributed among these distances:
173 2 0.00
174 13 0.01
175 113 0.07
176 83 0.05
177 126 0.08
178 29 0.02
179 124 0.08
180 298 0.18
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189 1 0.00
191 1 0.00
192 2 0.00
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198 5 0.00
199 6 0.00
200 76 0.05
201 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (181 bp):
AAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
CTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATAGTTTATGTTCATACAAGCTTA
TTCAGATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAA
Found at i:56188 original size:180 final size:179
Alignment explanation
Indices: 55807--56431 Score: 487
Period size: 180 Copynumber: 3.5 Consensus size: 179
55797 ATTTCAATAG
* ** * * * * *
55807 TTAATAAATAAAAAATTTTAAAAATAAATATGTTTACCAAATTAGATCAAATAGTTATGACTTTT
1 TTAATAAGTAAAGGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAATAAGTTCAAATAATTATGACTATT
* * * *** * * * * * * *
55872 TGAATAAATATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAAAAAATTATTT-TAGT
66 TGAACAATTATCTATTTGAAATTGCTATAACGTTCTATTTTGTCAT--AAAGAATTGTTTCTA-T
* ** * * **
55936 T-AATATAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAAGCT-ATTAATATTCCAA-A-AA
128 TCAA-ACAAGCTTATTC-AGATTAAATAATA-TAAATTGATTAATATT--AAGACAA
* * * * * *
55989 TTAATAA-TTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTACCGAACAAGTTTAAATAATTATGACTAT
1 TTAATAAGTAAAG-GATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAATAAGTTCAAATAATTATGACTAT
* * *
56053 TTGAACAATTATCTATTTGAAATTGCTATAACGTTCTGTTTTGTCAATAAATG-ATT-TTTTTGT
65 TTGAACAATTATCTATTTGAAATTGCTATAACGTTCTATTTTGTC-ATAAA-GAATTGTTTCTAT
* *
56116 TCATACAAGCTTATTTC-GATTAAAATAATATAAATAT-ATTAATATTAAGACAC
128 TCAAACAAGCTTA-TTCAGATT-AAATAATATAAAT-TGATTAATATTAAGACAA
* * **
56169 TTAATAAGTAAAGGATTTAAAAAATAAATATTTTTATCAAATAAGTTCAAATTTTTATGACTATT
1 TTAATAAGTAAAGGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAATAAGTTCAAATAATTATGACTATT
* * * * * *
56234 TGAACAATTATTTATTTTAAATTGTTATGACTTTTTATTTTGTCATAAAGCAATTGTTTCTATTC
66 TGAACAATTATCTATTTGAAATTGCTATAACGTTCTATTTTGTCATAAAG-AATTGTTTCTATTC
* * ***
56299 AAACAAGCTTATTCAGATTAAATAATTTTAATTGATTAATATTTCTACAA
130 AAACAAGCTTATTCAGATTAAATAATATAAATTGATTAATATTAAGACAA
* * * * * *
56349 ATAATGAGTAAAAGATTTAAAAAAATAAATATGTTTACTAAATAAGTTCAAATAGTCATGACTAT
1 TTAATAAGTAAAGGATTT-AAAAAATAAATATGTTTACCAAATAAGTTCAAATAATTATGACTAT
*
56414 CTGAACAATTATCTATTT
65 TTGAACAATTATCTATTT
56432 CAAAACATTG
Statistics
Matches: 355, Mismatches: 71, Indels: 35
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
178 3 0.01
179 12 0.03
180 161 0.45
181 95 0.27
182 82 0.23
183 2 0.01
ACGTcount: A:0.43, C:0.08, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (179 bp):
TTAATAAGTAAAGGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAATAAGTTCAAATAATTATGACTATT
TGAACAATTATCTATTTGAAATTGCTATAACGTTCTATTTTGTCATAAAGAATTGTTTCTATTCA
AACAAGCTTATTCAGATTAAATAATATAAATTGATTAATATTAAGACAA
Found at i:56500 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 56459--56501 Score: 61
Period size: 21 Copynumber: 2.0 Consensus size: 21
56449 TTTGTTTGTA
*
56459 ATAAAACAATTGTTTTCATTC
1 ATAAAACAATTGTTCTCATTC
56480 ATAAAACAATTGGTTCT-ATTC
1 ATAAAACAATT-GTTCTCATTC
56501 A
1 A
56502 ACAAGCTTAT
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 1, Indels: 2
0.87 0.04 0.09
Matches are distributed among these distances:
21 16 0.80
22 4 0.20
ACGTcount: A:0.40, C:0.14, G:0.07, T:0.40
Consensus pattern (21 bp):
ATAAAACAATTGTTCTCATTC
Found at i:56683 original size:200 final size:202
Alignment explanation
Indices: 56276--56673 Score: 502
Period size: 200 Copynumber: 2.0 Consensus size: 202
56266 TTTTATTTTG
* * * * * *
56276 TCATAAAGCAATTGTTTCTATTCAAACAAGCTTATTCAGATTAAATAATTTTAATTGATTAATAT
1 TCATAAAACAATTGGTTCTATTCAAACAAGCTTATTCAGATAAAACAATATAAATTGATTAATAT
* * * *
56341 TTCTACAAATAATGAGTAAAAGATTTAAAAAAATAAATATGTTTACTAAATAAGTTCAAATAGTC
66 TTCCAAAAATAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAATAAATATGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTC
* *
56406 ATGACTATCTGAACAATTATCTATTTCAAAACATTGTGACCTTTTTGTTTGTAATAAAACAATTG
131 ATGACTATCTGAACAATTATATATTTCAAAACATTATGACCTTTTTGTTTGTAATAAAACAATTG
56471 TTTTCAT
196 TTTTCAT
*
56478 TCATAAAACAATTGGTTCTATTC-AACAAGCTTATTTC-GAATAAAACAATATAAATTTATTAAT
1 TCATAAAACAATTGGTTCTATTCAAACAAGCTTA-TTCAG-ATAAAACAATATAAATTGATTAAT
** *
56541 A-TTCCAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTT-AAAAAATAAATATGTTTTTTAAACACGTTCAAATA
64 ATTTCCAAAAA-TAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAATAAATATGTTTACTAAACAAGTTCAAATA
* * * * * * * *
56603 GTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTTAGATCGTTATGACC-TTTTGTTTTGTCATAAACCA
128 GTCATGACTATCTGAACAATTATATATTTCAAAACATTATGACCTTTTTG-TTTGTAATAAAACA
56667 ATTGTTT
192 ATTGTTT
56674 CTGTTCATAA
Statistics
Matches: 168, Mismatches: 24, Indels: 10
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
199 5 0.03
200 86 0.51
201 22 0.13
202 55 0.33
ACGTcount: A:0.41, C:0.11, G:0.09, T:0.39
Consensus pattern (202 bp):
TCATAAAACAATTGGTTCTATTCAAACAAGCTTATTCAGATAAAACAATATAAATTGATTAATAT
TTCCAAAAATAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAATAAATATGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTC
ATGACTATCTGAACAATTATATATTTCAAAACATTATGACCTTTTTGTTTGTAATAAAACAATTG
TTTTCAT
Found at i:56969 original size:561 final size:561
Alignment explanation
Indices: 55972--57035 Score: 1242
Period size: 561 Copynumber: 1.9 Consensus size: 561
55962 AATACTAAGC
* * * * * *
55972 TATTAATATTCCAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTACCGAACAAGTTT
1 TATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTC
* * *
56037 AAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTGAAATTGCTATAACGTTCTGTTTTGTCAATA
66 AAATAATTATGACTATTTGAACAATTATATATTTGAAATCGCTATAACCTTCTGTTTTGTCAATA
** * * *
56102 AATGATTTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTCGATTAAAATAATATAAATATATTAATATTAAGAC
131 AACAATTTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTCGATAAAAATAATATAAATATATTAAAATTAAGAC
* * * * ** *
56167 ACTTAATAAGTAAAGGATTTAAAAAATAAATATTTTTATCAAATAAGTTCAAATTTTTATGACTA
196 ACTTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTA
* * * * * *
56232 TTTGAACAATTATTTATTTTAAATTGTTATGACTTTTTATTTTGTCATAAAGCAATTGTTTCTAT
261 TTTAAACAATTATTTATGTCAAATCGTTATGACTTTTTATTGTGTCATAAAACAATTGTTTCTAT
* * ** * * *
56297 TCAAACAAGCTTATTCAGATTAAATAATTTTAATTGATTAATATTTCTACAAATAATGAGTAAAA
326 TCAAACAAGCTTATTCAAATAAAATAATACTAATTGATTAATATTTCAAAAAATAATAAGTAAAA
* * * *
56362 GATTTAAAAAAATAAATATGTTTACTAAATAAGTTCAAATAGTCATGACTATCTGAACAATTATC
391 GATTTAAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGACCATCTGAACAATTATC
*
56427 TATTTCAAAACATTGTGACCTTTTTGTTTGTA-ATAAAACAATTGTTTTCATTCATAAAACAATT
456 TATTTCAAAACATTGTGA-CTTTTTCTTT-TACATAAAACAATTGTTTTCATTCATAAAACAATT
56491 GGTTCTATTCAACAAGCTTATTTCGAATAAAACAATATAAATT
519 GGTTCTATTCAACAAGCTTATTTCGAATAAAACAATATAAATT
*** *
56534 TATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATATGTTTTTTAAACACGTTC
1 TATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTC
* * * * * *
56598 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTTAGATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTC-ATA
66 AAATAATTATGACTATTTGAACAATTATATATTTGAAATCGCTATAACCTTCTGTTTTGTCAATA
* *
56662 AACCAATTGTTTCTGTTCATAACAA-CTTATTTGGA-AAAAATAATAGT-AATTTATTAAAATTC
131 AA-CAATT-TTTCTGTTCAT-ACAAGCTTATTTCGATAAAAATAATA-TAAATATATTAAAATT-
* * * * *
56724 CAA-ACA-TTAATTAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAGCGAGTTCAAATAGTTA
191 -AAGACACTTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTA
*
56787 TAACTATTTAAATAATTATTTATGTCAAATCGTTATGATCTTTTGT-TTGT-TCATAAAACAATT
255 TAACTATTTAAACAATTATTTATGTCAAATCGTTATGA-CTTTT-TATTGTGTCATAAAACAATT
**
56850 GTTTCTATT-AATACAATTTTATTCAAAATAAAATAATACTAACTT-ATTAATA-TT-AAAAAAG
318 GTTTCTATTCAA-ACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAA-TTGATTAATATTTCAAAAAA-
** * *
56911 TTAATAAGTTGGAA-ATTT-AAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGTCCA
379 -TAATAAG-TAAAAGATTTAAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGACCA
* * * * * *
56974 TTTGAACTATTATCTATTTTAAATCATTTTGACTTTTTCTTTTATCATAAAATAATTGTTTT
442 TCTGAACAATTATCTATTTCAAAACATTGTGACTTTTTCTTTTA-CATAAAACAATTGTTTT
57036 TGTTGATGCA
Statistics
Matches: 417, Mismatches: 69, Indels: 33
0.80 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
559 2 0.00
560 20 0.05
561 295 0.71
562 88 0.21
563 12 0.03
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (561 bp):
TATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTC
AAATAATTATGACTATTTGAACAATTATATATTTGAAATCGCTATAACCTTCTGTTTTGTCAATA
AACAATTTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTCGATAAAAATAATATAAATATATTAAAATTAAGAC
ACTTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTA
TTTAAACAATTATTTATGTCAAATCGTTATGACTTTTTATTGTGTCATAAAACAATTGTTTCTAT
TCAAACAAGCTTATTCAAATAAAATAATACTAATTGATTAATATTTCAAAAAATAATAAGTAAAA
GATTTAAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGACCATCTGAACAATTATC
TATTTCAAAACATTGTGACTTTTTCTTTTACATAAAACAATTGTTTTCATTCATAAAACAATTGG
TTCTATTCAACAAGCTTATTTCGAATAAAACAATATAAATT
Found at i:58601 original size:179 final size:180
Alignment explanation
Indices: 58005--58624 Score: 422
Period size: 181 Copynumber: 3.4 Consensus size: 180
57995 ATGACCATTT
* * * * * * * * * *
58005 GTTCAAACAATTAAGACTATATGAACAGTTATTTAT-TTCAAATTGTTAAGACTTTTTGTTTTGG
1 GTTCAAATAGTTAAGACTATATAAACAATTATCTATGTT-AAATTGTTATGACCTTTTCTTTAGT
* * ** * **
58069 CATAAAACAATTGTTTTGGTTAAG-ATAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTCTTAATA
65 CATAAAACAATTGTTTT-GTT-TGTATAAGCTTATTCTGATTAAAATAATACTAATTTAATAATA
* * * * * * *
58133 -TTTAGCAAATTAAT-TCGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT-ATTTACTATA-TCA
128 TTTTA-AAAATTAATAAC-CAAGAAAATTAAAAAAAAAATCTAATTGACTA-ACT-A
* ** * * * ** * * * *
58186 TTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATCTAT-TTCAAATCATTATAACTTTTTATTTCGT
1 GTTCAAATAGTTAAGACTATATAAACAATTATCTATGTT-AAATTGTTATGACCTTTTCTTTAGT
* * * ** ** * * * *
58250 AATCAAACAATTGGTTCTGTTCATACT-ATTTTATT-TGAAATATAATAATGCTAATTTGATAAT
65 CATAAAACAATT-GTTTTGTTTGTA-TAAGCTTATTCTG-ATTAAAATAATACTAATTTAATAAT
* * *
58313 ATTTTGAAACTTAATAACCAAGAAAATTAAAAAAAAAATCTAATTGTCTAACTA
127 ATTTTAAAAATTAATAACCAAGAAAATTAAAAAAAAAATCTAATTGACTAACTA
** *
58367 GTTCAAATAGTTAAGACTATATAAATGATTATCTATGTTAAATTGTTATGACCTTTTCTTTTGTC
1 GTTCAAATAGTTAAGACTATATAAACAATTATCTATGTTAAATTGTTATGACCTTTTCTTTAGTC
* *
58432 GTAAAATAATTGTTTTGTTTGTATAAGCTTATTCTGATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTT
66 ATAAAACAATTGTTTTGTTTGTATAAGCTTATTCTGATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTT
* * * * ** *
58497 TAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TTGTT-ACTGAA-TT
131 TAAAAATTAATAACCAAGAAAATTAAAAAAAAAATCTAATTGACT-AACTA
* * *
58545 GTTTCAAATGGTTAAGACTAT-TAGAACAATTATCTAT-TTGAAATTGTTTTGACCTTTTGTTTA
1 G-TTCAAATAGTTAAGACTATATA-AACAATTATCTATGTT-AAATTGTTATGACCTTTTCTTTA
58608 GTCATAAAACAATTGTT
63 GTCATAAAACAATTGTT
58625 CCAGTTCATA
Statistics
Matches: 343, Mismatches: 81, Indels: 32
0.75 0.18 0.07
Matches are distributed among these distances:
178 8 0.02
179 70 0.20
180 69 0.20
181 178 0.52
182 18 0.05
ACGTcount: A:0.39, C:0.09, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
GTTCAAATAGTTAAGACTATATAAACAATTATCTATGTTAAATTGTTATGACCTTTTCTTTAGTC
ATAAAACAATTGTTTTGTTTGTATAAGCTTATTCTGATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTT
TAAAAATTAATAACCAAGAAAATTAAAAAAAAAATCTAATTGACTAACTA
Found at i:58683 original size:179 final size:180
Alignment explanation
Indices: 58006--58716 Score: 412
Period size: 181 Copynumber: 3.9 Consensus size: 180
57996 TGACCATTTG
* * * * * * * * * *
58006 TTCAAACAATTAAGACTATATGAACAGTTATTTAT-TTCAAATTGTTAAGACTTTTTGTTTTGGC
1 TTCAAATAGTTAAGACTATATAAACAATTATCTATGTT-AAATTGTTATGACCTTTTCTTTAGTC
** * * * * ** ** *
58070 ATAAAACAATTGTTTTGGTTAAGATAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTCTTAATATT
65 ATAAAACAATTG-TTCAGTTCATACAAGCTTATTCTGAATAAAATAATACTAATTTAATAACATT
* * * **
58135 T-AGCAAATTAAT-TCGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTAT-TTACT-ATATCAT
129 TCA-AAAATTAATAAC-AAAGAGATTTAAAAAAATAAAT-T-TGTTACTGA-ATTGT
** * * * ** * * * * *
58187 TTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATCTAT-TTCAAATCATTATAACTTTTTATTTCGTA
1 TTCAAATAGTTAAGACTATATAAACAATTATCTATGTT-AAATTGTTATGACCTTTTCTTTAGTC
* * * ** * * * *
58251 ATCAAACAATTGGTTCTGTTCATACTATTTTATT-TGAAATATAATAATGCTAATTTGATAATAT
65 ATAAAACAATT-GTTCAGTTCATACAAGCTTATTCTG-AATAAAATAATACTAATTTAATAACAT
** * * * * ** * *
58315 TTTGAAACTTAATAACCAAGAAAATTAAAAAAA-AAATCTAATTGTCT-AACTAG-
128 TTCAAAAATTAATAACAAAGAGATTTAAAAAAATAAAT-TTGTT-ACTGAA-TTGT
** * *
58368 TTCAAATAGTTAAGACTATATAAATGATTATCTATGTTAAATTGTTATGACCTTTTCTTTTGTCG
1 TTCAAATAGTTAAGACTATATAAACAATTATCTATGTTAAATTGTTATGACCTTTTCTTTAGTCA
* ** ** * * * *
58433 TAAAATAATTGTTTTGTTTGTATAAGCTTATTCTGATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTT
66 TAAAACAATTGTTCAGTTCATACAAGCTTATTCTGAATAAAATAATACTAATTTAATAACATTTC
*
58498 AAAAATTAATAACTAAGAGATTT-AAAAAATAAATTTGTTACTGAATTGT
131 AAAAATTAATAACAAAGAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTACTGAATTGT
* * *
58547 TTCAAATGGTTAAGACTAT-TAGAACAATTATCTAT-TTGAAATTGTTTTGACCTTTTGTTTAGT
1 TTCAAATAGTTAAGACTATATA-AACAATTATCTATGTT-AAATTGTTATGACCTTTTCTTTAGT
* * *
58610 CATAAAACAATTGTTCCAGTTCATACAAGCTTATT-TAGAATAAATTAATAAC-AATTTATTAGC
64 CATAAAACAATTGTT-CAGTTCATACAAGCTTATTCT-GAATAAAATAAT-ACTAATTTAATAAC
* * * *
58673 A-TTCAAAAATTAATGAGAAAGATATTTAAAAAAATAAGTTTGTT
126 ATTTCAAAAATTAATAACAAAGAGATTTAAAAAAATAAATTTGTT
58717 TACCATTAGA
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TTCAAATAGTTAAGACTATATAAACAATTATCTATGTTAAATTGTTATGACCTTTTCTTTAGTCA
TAAAACAATTGTTCAGTTCATACAAGCTTATTCTGAATAAAATAATACTAATTTAATAACATTTC
AAAAATTAATAACAAAGAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTACTGAATTGT
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58554 GGTTAAGACT
* * * *
58564 ATTAGAACAATTATCTATTTGAAATTGTTTTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTCCAG
1 ATTAGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTCAAG
* * * * *
58629 TTCATACAAGCTTATTTAGAATAAATTAATAACAATTTATTAGCATTCAAAAATTAATGAGAAAG
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*
58694 ATATTTAAAAAAATAAGTTTGTTTACC
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* * * * *
58721 ATTAGAATAATTGTCTATTTAAAAATTGTTATAACTTTTTGATTT-GTCATAAAATAATTGTTTA
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** * *
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64 AGTTAATACAAGCTTA-TTGAGAATAAAATAATAACAATTTATTAG-CAT-T-CAAAAATTAATA
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125 AGAAAAATATTTAAAAATAAATTTGTTTA
58875 TCGAATCAAT
Statistics
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159 18 0.14
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ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.09, T:0.41
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ATTAGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTCAAG
TTAATACAAGCTTATTGAGAATAAAATAATAACAATTTATTAGCATTCAAAAATTAATAAGAAAA
ATATTTAAAAATAAATTTGTTTACC
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Indices: 58758--65117 Score: 3347
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58748 GTTATAACTT
* * ** * * *
58758 TTTGATTTGTCATAAAATAATTGTTTAAGTTAATACA-AGCTTAGTT-GAAATAAAATAATATTA
1 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATA-ATAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACTA
* * * * * * *
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* * * ** *
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* * * ** * *
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1 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATA-ATAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
* * * * *
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* ** * *
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* * *** *
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1 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATA-ATAGCTTATTCAAAAT-AAAATAATACTA
* * * *
59176 ATTTAATAATATTTCAAAAA-T--T-AATAAGAGATTTAAAAAAGAAAT-TTATTTATCGAACCA
64 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATATT-TTTACCAAACCA
* ** * * * * *
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* * * * * ***
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1 -TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-TGTTCATA-ATAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT
* * ** * * * * **
59351 CAATTTATTAAAATTTGAAAAATTAATAAGCAAAATATTTGAAAAAATAAAT-TCATTTATCGGA
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* * * * * *
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* * *
59471 TTTTGTTTTGACATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAATAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAA
1 -TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATAATAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
* * * *
59536 TTTCTTAATATTTCAAAAATTAATAAACAAGAG-TTTAAAAAAATAAATATTTTTACCAAACAAA
65 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGAGATTT-AAAAAATAAATATTTTTACCAAACCAG
* * *** *
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129 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* * * *
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1 TTT-GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATA-ATAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTA
* * * * * * * * **
59716 ATTTATTAATATTTCGAAAACTAATAATTAAGTGATTTAAAAAGTCAATCTATTTACCAAGTCAG
64 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATATTTTTACCAAACCAG
* * * * * *
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129 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* * * * * *
59833 TTTTTGTTTGGTCATATAATAATTGTTT-TGATT-GT-ATAAGTTTATTCAGAATAAAATAATAC
1 --TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTG-TTCATAAT-AGCTTATTCAAAATAAAATAATAC
* * * * **
59895 TAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTACAAAATAAATATGTTTACCAAATT
62 TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATATTTTTACCAAACC
* * * * * *
59960 AGTTAAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTATACTTCAAATTATTATAACC
127 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* * * * * **
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1 -TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATAAT-AGCT-TATTCAAAATAAAATAATACT
* * * * * * * *
60077 AATATAATAATATTCCAAAAATTAATAACTATGAGATTTAAAAAATAAA-ATTGTCTGCCAAACT
63 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATATT-TTTACCAAACC
* * * *
60141 AGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTAACTATTTTAAAT--TGT-T----
127 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT-TATGACC
* ** * * *
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1 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-CTGTTCATAATAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT-A
** * * * * *
60252 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATATGTAAGAGATTTAAAAAGTAATTATGTTTACCTAACCAA
64 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATATTTTTACCAAACCAG
* *
60317 TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCCTTATGACC
129 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
** * * * * * * * *
60369 TTTTGTTTTGTTGTAAAATAAATATTTTTGTTTAT-ATAAGTTTGTTCAAAATAAAAAAAATACT
1 -TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATAAT-AGCTTATTCAAAAT-AAAATAATACT
* *
60433 AATCTATTAATATTTCAAAAA-T--T-AATAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TTATTTATCAAACC
63 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATATT-TTTACCAAACC
* ** * **
60493 AGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAGGAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACC
127 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* * * * * *** * *
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1 TTTGT-TTTGTCATAA-AACAATTGTTTCTGTTCATA-ATAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT
** * * * * * ** *
60609 AATTTATTAAATATTTTGGACAATTCATAAGTAAAAAAATTTTTAAAATAAATATATTT-CCAAA
63 AATTTATT-AATA-TTTCAAAAATTAATAAAT-AAGAGATTTAAAAAATAAATATTTTTACCAAA
** * * * * * * * * * *
60673 CTTGATCAAATCGTCATGGACTATGTGAATAAATATCAATTTCAAAACCTTAATGATCT
125 CCAGTTCAAATAGTTAT-GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATT-ATGA-CC
* * * * ** * * *
60732 TTTCTTTTGTCAGTAAAAAAATATGTTTCAG-TCATATAAAATTTATCCGAAATAAAGTAATAAC
1 TTTGTTTTGTCA-TAAAACAAT-TGTTTCTGTTCATA-ATAGCTTATTCAAAATAAAATAAT-AC
** * * * *
60796 T-ATGTTATTAAATGATTT-TGAAATTAATAATTAATAGATTTAAAAAAT-GATATATTTA-CAA
62 TAAT-TTATT-AAT-ATTTCAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATATTTTTACCAA
* * * * * * * * *
60857 ACAAG-TCTAAATAATTATTAATTATTTCAAACAATTATCTGTTTGAAATCACTATAAACC
124 ACCAGTTC-AAATAGTTA-TGACTATTT-GAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT-GACC
* *
60917 TTT-TGTTTGTCATAAAA-AGATT-TTT-TTTTTATATTTATACAAGCTTATTTTC-AAATAAAA
1 TTTGT-TTTGTCATAAAACA-ATTGTTTCTGTTCATA---AT---AGCTTA--TTCAAAATAAAA
* * * *
60977 TAATAC--A---ATT--TA---C----ATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT-CTTTTAT
56 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATATTTTTAC
* * ** * * * * ** *
61027 CGAACAAGTTCAAATTTTTATGAATATTTGAACAATTTTTTATTTTAAATTGTTATGACTT
121 CAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC-C
* * * * *
61088 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTAATT-AT-ATAAGCTTATAT-AGATTAAAATAATATT
1 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-GTTCATAAT-AGCTTAT-TCAAAATAAAATAATACT
* * ** *** *
61150 AATTTATTAATATTTCAATAAA-TAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGCTTATTGAACA
63 AATTTATTAATATTTCAA-AAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATATTTTTACCAAACC
* ** * * *
61214 AGTTCAAATAGTCATGACTATTCAAATAATTATCTATTTTAAATCATTGTGACC
127 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* ** ** * * *
61268 ATTTTTTTTG-CAATAAAATGATTGTTTCAATTTAT-ATAAGTTTCTTCAAAATAAAATAATACT
1 -TTTGTTTTGTC-ATAAAACAATTGTTTCTGTTCATAAT-AGCTTATTCAAAATAAAATAATACT
* * * * * * * *
61331 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAGTGAGTAAGAGAATTAAAAAATGAATATGTTTAACGAA-CA
63 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATATTTTTACCAAACCA
* *
61395 TGTTCAAATAGTTATGACTATCTGAACAATTATCTATTTCAAAAT-ATTATGAACT
128 -GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC-AAATCATTATG-ACC
* * **
61450 TTTGTTTTGTGATAAAACAATTAGTTT-TGTTCATGCA-AGCTTATTTGAAATAAAATAATA-TA
1 TTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTCTGTTCAT-AATAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT-
* * * *
61512 AATTTATTAATATTTCAAAATTTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATATGTTTT-CTAAA-C
63 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATAT-TTTTACCAAACC
* * * *
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127 A-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
** * * * *
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1 --TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATAATAGCTTATTCAAAAT-AAAATAATACT
* * * * * ** * *
61694 AATTTATTAAAATTCCAAAAATTATTATATAAAAGATTTAAAAAATAAAT-TTATTTACTGAGCA
63 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATATT-TTTACCAAACC
* * ** * *
61758 AGTT-TAA-A--TA-GACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATTATCT
127 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CC
** ** * *
61808 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTCCATTCATACA-ATTTTATTCGAAACAAAATAATACTAA
1 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATA-ATAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
* * ** * * * *
61871 TATATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAAT-TTGTTGATCGAACAA
65 TTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATATT-TTTACCAAACCA
* ** * * **
61934 GTTCAAATAGTCATGTTTATTTGAACTATCATCTATTTCAAATCATTATGATAT
128 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CC
* **
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1 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATA-ATAGCTTATTCAA-AATAAAATAATACTA
* * * * *
62050 ATTTTTTAATATTTCAAAAA-T--T-AATAAGAGATTTAAAAACTAAATCTGTTTATCAAACCAG
64 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATATTTTTACCAAACCAG
* * * ** * *
62111 TTCAAATCGTTAAGA-TTTTTG---TTTTGTC-A--T-AGAA-CAAT-TG---
129 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA-AATCATTATGACC
* * ** * * * * *
62151 TTT-TTTTTTCATACAAGC--TCATTT-GGAGT-AAAATA--TTACT-AAATTAATAAT-AT---
1 TTTGTTTTGTCATA-AAACAATTGTTTCTG-TTCATAATAGCTTATTCAAAATAA-AATAATACT
* * * ** *
62204 ------------TCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGTCGAACCA
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* * * * * * *
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128 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* * * **
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1 -TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-GTTCATA-ATAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT
* * * * * ** **
62373 AATTTATTAACATTT-AGAAAATTAATACACAAGAAATTTTAAAAAATAAATATGTTTACGGAGT
63 AATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAATAAGAGA-TTTAAAAAATAAATATTTTTACCAAAC
* * * * * *
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* * * * * *
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1 -TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATAATAGCTTATTC-AAAATAAAATAATACTA
* * * * * * * * *
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64 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-ATAAGAGATTTAAAAAATAAAT-ATTTTTACCAAACC
* ** * ** * ** *
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127 AGTTCAAATAGTTA-TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
** *
62672 TTT-TGTTTGTCATAAAACAATTCGTTT-TCATCAT-ATAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACT
1 TTTGT-TTTGTCATAAAACAATT-GTTTCTGTTCATAAT-AGCTTATTCAAAATAAAATAATACT
* *** * * * *
62734 AATTTATTAATA-TTCAAAAAGTAATTTGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTATTT-----ACTA
63 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATATTTTTACCAAACCA
* * * * *
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128 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* * * * * * *
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1 TTTGT-TT-TGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATAAT-AGCTTATTCAAAATAAAATAATACT
* * * * **** *
62901 AATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTGTTGAAGCA
63 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATATTTTTACCAAACCA
* * * * * *
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128 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC-C
* * * *
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1 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATAATAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAT
* * *** *
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* * * * ** * **
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130 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC--AAATCATTATGACC
** * * * *
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1 TTTGT-TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGT-TCATA-ATAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT
* * * * * * *
63262 AATTTATTAATCTTT-AAAAATTTAATAAGTATA-AGATTTAACAAATAAATCTATTTATCAAAT
63 AATTTATTAATATTTCAAAAA-TTAATAAATA-AGAGATTTAAAAAATAAATATTTTTACCAAAC
* * * * * * * *
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126 CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* * * * *
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1 TT-TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATA-ATAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTA
* * * * * * *
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* * * * * *
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* * ** * * *
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1 TTTGTTTTGTCATAAAAC--A--AT-TGTTTCTGTTCATAATAGCTTATTCAAAATAAAATAATA
* * * ** * * **
63618 ATGAATTTATTAATATTTTAGAAATTAATATGTAA-AGGATTTAAACAAT-AATTTTGTTTACTT
61 CT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGA-GATTTAAAAAATAAATATT-TTTACCA
* * * *
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* * * * * * *
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1 -TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATAAT-AGCTT-ATT-CAAAATAAAATAATAC
* * * * * * *
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62 TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAA-AAATAAATATTTTTACCAAAC
* * * * **
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126 CAGTTCAAATAGTTATGACTA-TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* * * * * * *
63914 TTT-TTTTG-CTATAAAATAATAGTTTTTATTCATACA-AGCTTGTTCGAATTAAAATAATACTA
1 TTTGTTTTGTC-ATAAAACAATTGTTTCTGTTCATA-ATAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTA
* * * * * * * * *
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* * ** * * *
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* * * * *
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* * * * * * * ** *
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1 -TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATA-ATAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACT
** * * *
64336 AATTTATTAATA-TT-AAGATAATTAATAAGCAAAAGATTTCAAAAATAAATATGTTTACCAAAC
63 AATTTATTAATATTTCAA-A-AATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATATTTTTACCAAAC
* ** * * * **
64399 AAGTTCAAATCTTTATGACTATTCGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTC
126 CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC-C
* * *
64455 TTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGTTCATACA-AGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAA
1 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATA-ATAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
* * * * *
64519 TTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTT-TCAAACAAG
65 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATAT-TTTTACCAAACCAG
* * * * *
64583 TTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATGTATTTCAAATCATTGTAACC
129 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* * * ** * **
64635 TTTTGTTTTATAATAAAACATTTGTTTGAGTTCAT-ATAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTA
1 -TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATAAT-AGCTTATTCAAAATAAAATAATACTA
* * * * * ** * *
64699 ATTTATAAATATTCCAAAAATTAATGAGTAGGAGAGCT-AAAAATGAAT-TTATTTATCGAATA-
64 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATATT-TTTA-CCAA-AC
* * * * *
64761 TA-TTCAAATAGTTATGACCATCTGAACAATTATCTATTTCAAAACATTATTACC
126 CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* * * * *** *
64815 TTTTGTTTT-TCCATAAAATAATTGGTTATGTTCATGCA-AGCTTATTTTGAATGAAATAATA-T
1 -TTTGTTTTGT-CATAAAACAATTGTTTCTGTTCAT-AATAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT
* * **
64877 AAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATATGTTTT-CTGAAC
63 -AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATAT-TTTTACCAAAC
* * *
64940 ACA-TTCAAATAATTACGACTATTTGAAGAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
126 -CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* * * * * *
64995 TTTTGTTTTGTCATAAATCAATTGTTTTTGTTCATAAAAACCTTATTCGAAATAAAATTATACTA
1 -TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCAT-AATAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTA
* * * *
65060 ATTTATTAAAATTCCAAAAATTATTAAATAAAAGATTTTAAAAAATAAAT-TTGTTTAC
64 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGAGA-TTTAAAAAATAAATATT-TTTAC
65118 TGAGAGAGTT
Statistics
Matches: 4783, Mismatches: 1048, Indels: 698
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Consensus pattern (180 bp):
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TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATATTTTTACCAAACCAGTT
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Found at i:60034 original size:362 final size:361
Alignment explanation
Indices: 58755--65117 Score: 3787
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58745 ATTGTTATAA
* * * *
58755 CTTTTTGATTTGTCATAAAATAATTGTTT-AAGTTAATACAAGCTTAGTTGA-AATAAAATAATA
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* * * * * * * *
58818 TTAATTTATTGATATCTCCTAAAA-TAATAAG-AA-AAATTTTAAAAATAAATTTGTTTATCGAA
63 CTAATTTATTAATAT-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA-CCAA
* * * ** *
58880 TCAA-TT-AAAGTAATTATG-GTCATTTGAATGATTATCTATTTC-AATCGTTATGACCTTTT-T
126 ACAAGTTCAAA-TAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGT
* ** ** * * * *
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* * *
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254 AATATTTC-AAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAA-CAAGTTCAAA
* * ** *
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* * * * * ** *
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1 CTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCT-ATTATATAAGCTTATTCAGAAT-AAAATAATAC
* * * * * * *
59174 TAATTTAATAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAAGAAATTTATTTATCGAACC
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* ** * * * ** * * *
59235 AGTTCAAAGAGTTAAAACTATTAGAATAATTATCTATTTTAAATCATTCTAACCTTTTGTTTAGT
129 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * * * * *
59300 CATAAAATATTTGTTTCA-TATCTTACATGCTTATTTGGAATAAAATAAT-CTCAATTTATTAAA
194 CATAAAACAATTGTTTCAGT-TCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAAT
* ** * * * * ** *
59363 ATTTGAAAAATTAATAAGCAAAATATTTGAAAAAATAAAT-TCATTTATCGGACAAATTCAAATA
257 ATTT-CAAAATTAATAATTAAGAGATTT-AAAAAATAAATAT-GTTTACCAAACAAGTTCAAATA
* * *
59427 GTTATGACGATTTGAAGAATTAACTATTTAAAATCATTATGAC
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* * * *
59470 C-TTTTGTTTTGACATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATA-ATAGCTTATCCAAAATAAAATAATA
1 CTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTA-TT-ATATA-AGCTTATTCAGAATAAAATAATA
* ** *
59532 CTAATTTCTTAATATTTCAAAAATTAATAAACAAGAG-TTTAAAAAAATAAATATTTTTACCAAA
63 CTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATATGTTTACCAAA
* * * *** * **
59596 CAAATTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTGTCTATCAAAAATCGTTATGACCTTTCATTTT
127 CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTT
* *
59661 GTCACAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
192 GTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * * * * *
59726 ATTTCGAAAACTAATAATTAAGTGATTTAAAAAGTCAATCTATTTACCAAGTC-AGTTCAAATAA
257 ATTTC-AAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAA-ACAAGTTCAAATAG
* * * * *
59790 TTATGGCCATTTCAATAATTATCTATTTCAAATCATTATTAC
320 TTATGACTATTTGAAGAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* * * *
59832 CTTTTTGTTTGGTCATATAATAATTGTTT-TGATTGTATAAGTTTATTCAGAATAAAATAATACT
1 CTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCT-ATTATATAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACT
* * **
59896 AATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTACAAAATAAATATGTTTACCAAATTA
65 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAA
* * * * * * * *
59961 GTTAAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTATACTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTCTATC
130 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
* ** * *
60026 ATAAAACAATTATTTTTGTTCAT-CTAAGCTGTT-TT-GAAATAAAATAATACTAATATAATAAT
195 ATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAC-AAG-T-TTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * * *
60088 ATTCCAAAAATTAATAACTATGAGATTTAAAAAATAAA-ATTGTCTGCCAAACTAGTTCAAATAG
257 ATTTC-AAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATAAATA-TGTTTACCAAACAAGTTCAAATAG
* * * * *
60152 TTAAGACTATATGAACAATTAACTATTT-TAA--A-T-TG--
320 TTATGACTATTTGAAGAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* * * *
60187 -TTTTTGTTTTGCCATAAAACAATT-TTTACAATTCATA-ATAGCTTATTTAGAATAAAATAA-A
1 CTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTT-CTATT-ATATA-AGCTTATTCAGAATAAAATAATA
* * * *
60248 ATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATATGTAAGAGATTTAAAAAGTAATTATGTTTACCTAA
63 CT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACC-AA
* * **
60313 CCAA-TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCCTTATGACCTTTTGTTT
126 ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTT
** * * * ** * * * * * *
60377 TGTTGTAAAATAAATATTTTTGTTTATATAAGTTTGTTCAAAATAAAAAAAATACTAATCTATTA
191 TGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGTTTATTCGAAAT-AAAATAATACTAATTTATTA
* * * * *
60442 ATATTTCAAAA--ATTAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTATCAAACCAGTTCAAATAG
255 ATATTTCAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAG
* * * **
60504 TTATAACTATTTGAGGAATTATTTATTTCAAATTGTTATGAC
320 TTATGACTATTTGAAGAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* * * * * ** * *
60546 C-TTTT-ATCTATCA-AATAATAATAGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGATTGAAATAATAC
1 CTTTTTGTTTTGTCATAA-AATAATTGTTTCTATT-ATATAAGCTTATTCAGAATAAAATAATAC
** * * * * ** *
60608 TAATTTATTAAATATTTTGGACAATTCATAAGTAAAAAAATTTTTAAAATAAATATATTT-CCAA
64 TAATTTATT-AATA-TTTCAAAAATTAATAAGT-AAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAA
** * * * * * * * *** * *
60672 ACTTGATCAAATCGTCATGGACTATGTGAATAAATATCAATTTCAAAACCTTAATGATCTTTTCT
126 ACAAGTTCAAATAGTTAT-GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTT-ATGACCTTTTGT
* * * * *
60737 TTTGTCAGTAAAAAAATATGTTTCAG-TCATATAAAATTTATCCGAAATAAAGTAATAACT-ATG
189 TTTGTCA-TAAAACAAT-TGTTTCAGTTCATA-CAAGTTTATTCGAAATAAAATAAT-ACTAAT-
** * * *
60800 TTATTAAATGATTTTGAAATTAATAATTAATAGATTTAAAAAAT-GATATATTTA-CAAACAAG-
249 TTATT-AAT-ATTTCAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGT
* * * * * * * * *
60862 TCTAAATAATTATTAATTATTTCAAACAATTATCTGTTTGAAATCACTATAAAC
312 TC-AAATAGTTA-TGACTATTT-GAAGAATTATCTATTTCAAATCATTAT-GAC
* * *
60916 C-TTTTG-TTTGTCATAAAA-AGATTTTTTTTTTATATTTATACAAGCTTATTTTCA-AATAAAA
1 CTTTTTGTTTTGTCATAAAATA-A----TTGTTTCTA-TTATATAAGCTTA--TTCAGAATAAAA
* * *
60977 TAATAC--A---ATT--TA---C----ATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCT-TTTAT
58 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAC
* ** * * * * *
61027 CGAACAAGTTCAAATTTTTATGAATATTTGAACAATTTTTTATTTTAAATTGTTATGACTTTTTG
123 CAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTG
* * * * * * *
61092 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTAATT-ATATAAGCTTATATAG-ATTAAAATAATATTAATTT
188 TTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCAGTTCATACAAGTTTAT-TCGAAATAAAATAATACTAATTT
* * * * ***
61155 ATTAATATTTCAATAAATAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGCTTATTGAACAAGTTCA
251 ATTAATATTTCAA-AATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCA
* ** * * *
61220 AATAGTCATGACTATTCAAATAATTATCTATTTTAAATCATTGTGAC
315 AATAGTTATGACTATTTGAAGAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* * * * * *
61267 CATTTT-TTTTG-CAATAAAATGATTGTTTCAATTTATATAAGTTTCTTCAAAATAAAATAATAC
1 CTTTTTGTTTTGTC-ATAAAATAATTGTTTCTA-TTATATAAGCTTATTCAGAATAAAATAATAC
* * * * * *
61330 TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAGTGAGTAAGAGAATTAAAAAATGAATATGTTTAACGAACA
64 TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACA
* * * * *
61395 TGTTCAAATAGTTATGACTATCTGAACAATTATCTATTTCAAAATATTATGAACTTTTGTTTTGT
129 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * *
61460 GATAAAACAATTAGTTT-TGTTCATGCAAGCTTATTTGAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAAT
194 CATAAAACAATT-GTTTCAGTTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAAT
* * * * *
61523 ATTTCAAAATTTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATATGTTTTCTAAACACGTTCAAATAGT
257 ATTTCAAAA-TTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGT
* * *
61587 TATAACTATCTGAAGAATTATCTATTTCAAGTCATTATGAC
321 TATGACTATTTGAAGAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* * *
61628 CTTTTTGTTTTGTCATAAATTAATTGTTTCTATTCATAAAAGCCTATTCAGAATAAAAATAATAC
1 CTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATT-ATATAAGCTTATTCAGAAT-AAAATAATAC
* * * * * * ** *
61693 TAATTTATTAAAATTCCAAAAATTATTATA-TAAAAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACTGAGC
64 TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA-AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAAC
* * * *
61757 AAGTT-TAA-A--TA-GACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATTATCTTTTGTTTTG
128 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTG
* * * *
61817 TCATAAAACAATTGTTCCA-TTCATACAATTTTATTCGAAACAAAATAATACTAATATATTAATA
193 TCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * * *
61881 TTCTAAAAATTAATAAGTT-GGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTGATCGAACAAGTTCAAATAGT
258 TT-TCAAAATTAATAA-TTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGT
* ** ** *
61945 CATGTTTATTTGAACTATCATCTATTTCAAATCATTATGA-
321 TATGACTATTTGAAGAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* * ** *
61985 -TATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTAAGAAT-AAATAATAC
1 CT-TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATT-ATATAAGCTTATTCAGAATAAAATAATAC
* * * * *
62048 TAATTTTTTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAACTAAATCTGTTTATCAAACC
64 TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACA
* * * ** * ***
62109 AGTTCAAATCGTTAAGA-TTTTTG---TTTTGTC-A--T-AGAA-CAAT-TG---TTTT-TTTT-
129 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA-AATTGTTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * * *
62159 TCAT---ACAA--G-CTCATTTGGAGTA-AA--ATATTACTAAATTAATAAT-ATTCTAA---A-
193 TCATAAAACAATTGTTTCAGTT-CA-TACAAGTTTATT-CGAAA-TAA-AATAATACTAATTTAT
* * * *
62210 -----------AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGTCGAACCAA-TTCAAA
253 TAATATTTCAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTT-ACCAAACAAGTTCAAA
* * * * *
62263 TAGTTAAGATTATTAG-AGCAATTATCTATTTTAAATCGTTATGAC
317 TAGTTATGACTATTTGAAG-AATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* * * *
62308 C-TTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTTTAGTTCATACAAGCTTATT-TGAAATAAAATAATA
1 CTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTA-TT-ATATAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATA
* * * **
62371 CTAATTTATTAACATTT-AGAAAATTAATACA-CAAGAAATTTTAAAAAATAAATATGTTTACGG
63 CTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATA-AGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATATGTTTACCA
** * * * * ** * *
62434 AGTAAGTTTAAATAGTTATGACTTTTTGAATAATTATCTATTT-AAAAT-AAATGTACCATTTGG
125 AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATG-ACCTTTTGT
* * *
62497 TTTATCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGTTTA-TCTGAAATAAAATAATACTATTTTAT
189 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGTTTATTC-GAAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * * * * *
62561 TAATAGTTCAAAAATTGATAAGCT-AGAAATTTAAAAAATAAGTCA-ATTTATCAAATCAA-TTC
253 TAATATTTC-AAAATTAATAA-TTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-ATGTTTACCAAA-CAAGTTC
** * ** * ** *
62623 AAATAACTATTGCCT-TTCAAATAATTATCTATTTCAAATCATTACAAA
314 AAATAGTTA-TGACTATTTGAAGAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* *
62671 C-TTTTG-TTTGTCATAAAACAATTCGTTT-TCATCATATAAGCTTATTCAGAATAAAATAATAC
1 CTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-GTTTCT-ATTATATAAGCTTATTCAGAATAAAATAATAC
* ** * * * *
62733 TAATTTATTAATA-TTCAAAAAGTAATTTGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTATTT-----ACT
64 TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACA
* * * * * * * *
62792 A--T--ATTAG-T-T-CCTATTTGAAC-ATTATCTACTTCAAATCGTTATAACCTTTTATTCTAT
129 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * ** *
62849 TATAAAATAATTTTTTCAGTTCATATAAGCATATTC-AGAATAAAATAATACTAATTTAATAATA
194 CATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGTTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * *** * * * *
62913 TTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTGTTGAAGC-AGTTTAAACAAT
258 TTTC-AAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTT-ACCAAACAAGTTCAAATAGT
* * *
62977 TAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-
321 TATGACTATTTGAAGAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* * * * * *
63017 CTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATA-ATGCTTGTTCAAAATTAAATAATAT
1 CTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTA-TT-ATATAAGCTTATTCAGAATAAAATAATAC
* **
63080 TAA-TTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTAAGTGATTTAAAAAATAAATCCGTTTACCAAAT
64 TAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAA-
* * * * * **
63143 C-AGTTCAAATAATTATGGCCATTTCAACAATTATCTATTTCAAAAATTGTTATTATGTTTTG-T
127 CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC--AAATTGTTATGACCTTTTGTT
** * **
63206 TTGTCATGTAACAATTATTT-TTTATCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATT
190 TTGTCATAAAACAATTGTTTCAGT-TCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATT
* * * * * * * ** *
63270 AATCTTTAAAAATTTAATAAGTATA-AGATTTAACAAATAAATCTATTTATCAAATTAGTTTAAA
254 AATATTTCAAAA-TTAATAATTA-AGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAA
* * * * * *
63334 TAATTATAACTATTTGAATAATTATATACTTCAAATCATTATAAC
317 TAGTTATGACTATTTGAAGAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* * * * * * * * *
63379 C-TTGTGTTATGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGTTTATTCA-AATAAAATAATAGT
1 CTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATT-ATATAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACT
* * * * * * * *
63442 AATATAATAATA-TTCTAAAAATTAATGACTGAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTGCCAAACT
65 AATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAAC-
* * * * * *
63506 AA-TTCCAGTAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAA----T-CG--CTTTTATTTTG
128 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTG
* * * ** *
63563 TCATAAAACAAATTATCTATTTCAATTCATACTAGCGTATTC-AGAATAAAATAA-AATGAATTT
193 TCATAAAAC--A--AT-TGTTTCAGTTCATACAAGTTTATTCGA-AATAAAATAATACT-AATTT
* * * * ** *
63626 ATTAATATTTTAGAAATTAAT-ATGTAA-AGGATTTAAACAATAATTTTGTTTACTTAACTAGTT
251 ATTAATATTTCA-AAATTAATAAT-TAAGA-GATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTT
* * * *
63689 CAAATAATTATGAATATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAC
313 CAAATAGTTATGACTATTTGAAGAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* * * * * * ** * *
63738 C-TTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTATTCGTATAAGTTTGTTTGGAA-AAAAAAAAACT
1 CTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATT-ATATAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACT
* * * * * * *
63801 AATCTACTAATA-TTCAAAAATTAATAAG--AG-G-TTTAAAGAAATAAATCTATTTATCGAACC
65 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAA-AAATAAATATGTTTACCAAACA
* * * *
63861 ACTTCAAATAGTTATGAC-ATTTTGAGCAATTATTTCTTTCAAATTGTTATGA-C-TTT-TTTTG
129 AGTTCAAATAGTTATGACTA-TTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * * *
63922 -CTATAAAATAATAGTTTTTA-TTCATACAAGCTTGTTCGAATTAAAATAATACTAATTTATTAA
193 TC-ATAAAACAATTG-TTTCAGTTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * * * * * * * *
63985 TATTTCAATAATTAATGACTAAAAAATTTTAAAAATAAATATTTTTATCGAACTAGATCAAACAG
256 TATTTCAA-AATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAG
** * * *
64050 TCGTGATTATTTGAATACA-TATCTATTTCAAATCGTTATGAC
320 TTATGACTATTTGAAGA-ATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* * * * *
64092 C-TTTTGTTTTTTCATAAAAAAATTATTTC-AGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAT
1 CTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTA-TT-ATATAAGCTTATTCAGAATAAAATAATAC
* * * * * * **
64155 TAAGTTATTAATATTCCAAAAATTAATAATTAAAAGATTAAAAAAATGAAT-TGTTTACTGAACA
64 TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACA
* * * * * * * ** * *
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129 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA-TTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTG
* ** * * * *
64283 TCGTAAAATGATTTTTTCTA-TTCATAGAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATATTAATTTATTAA
193 TCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATACAAGTTTA-TTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* ** * * *
64346 TA-TTAAGATAATTAATAAGCAAAAGATTTCAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATC
256 TATTTCA-A-AATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATA
* * * * **
64410 TTTATGACTATTCGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA-
319 GTTATGACTATTTGAAGAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* * * * * *
64452 CTCTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATT
1 CTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATT-ATATAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACT
* * * **
64517 AATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTTTCAAACAA
65 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAA
* * * ** * * * *
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130 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * * *
64647 ATAAAACATTTGTTTGAGTTCATATAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATAAATATT
195 ATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * * ** * * * * * *
64712 CCAAAAATTAATGAGTAGGAGAGCT-AAAAATGAATTTATTTATCGAATATA-TTCAAATAGTTA
260 TC-AAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACA-AGTTCAAATAGTTA
* * * * *
64775 TGACCATCTGAACAATTATCTATTTCAAAACATTATTAC
323 TGACTATTTGAAGAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* * * ** ** *
64814 C-TTTTGTTTT-TCCATAAAATAATTGGTTATGTTCATGCAAGCTTATTTTGAATGAAATAATA-
1 CTTTTTGTTTTGT-CATAAAATAATTGTTTCTATT-ATATAAGCTTATTCAGAATAAAATAATAC
* * **
64876 TAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATATGTTTTCTGAAC
64 T-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAAC
* * * **
64940 ACA-TTCAAATAATTACGACTATTTGAAGAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTT
128 A-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTT
* ** * ** *
65004 GTCATAAATCAATTGTTTTTGTTCATAAAAACCTTATTCGAAATAAAATTATACTAATTTATTAA
192 GTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCAT-ACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * * *
65069 AATTCCAAAAATTATTAAATAAAAGATTTTAAAAAATAAATTTGTTTAC
256 TATTTC-AAAATTAATAATTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATATGTTTAC
65118 TGAGAGAGTT
Statistics
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ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAG
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TAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
CAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGA
CTATTTGAAGAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
Found at i:60099 original size:543 final size:530
Alignment explanation
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58715 TTTACCATTA
* * ** * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* ** * * * ** **
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* * * **
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247 AGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAACAAGAGATTTA
* * * * *
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* * * **
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376 AAATTGTTATGA-CTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTCAGTTCATA-AAGCTTATTCAGAAT
* * * *
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* * * ** *
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* * *
59258 GAATAATTATCTATTTTAAATCATTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAATATTTGTTTCAT-ATC
1 GAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTT--TGAT-
* * * ** * * * *
59322 TTACATGCTTATTTGGAATAAAATAAT-CTCAATTTATTAAAATTTGAAAAATTAATAAGCAAAA
63 TTATAAGTTTATTCAGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA
* ** * * *
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127 GATTT-AAAAAATAAATT-ATTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAGAATTTA-
* * * *
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*
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253 TCCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAACAAGAGATTT-AAAAAA
* * * *
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* * * *
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382 TTATGA-CTTT-GTTTTGTCATAAAACAATT-TTTCAGTTCATA-AAGCTTATTCAGAATAAAAT
* *
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* * *
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* * * *
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1 GAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACC-TTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTTGATT-
*
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* * * ** * * *
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129 TTTAAAAAATAAAT-TATTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAGAATT-TATAT
* ** * *
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192 TTCAAATTATTATGACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTATTTCAGTTCATAAT-AGCT-TATC
** * * * *
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255 CAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAAC-AAGAGATTTAAAAAATA
* * * * * * * * *
60124 AA-ATTGTCTGCCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTAACTATTTTAAATTG-
319 AATATT-TTTACCAAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTAAAATTGT
* * *
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383 TATGACTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTT-CAGTTCATAA-AGCTTATTCAGAATAAAATAAT
60247 AATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-ATGTAAGAGATTTAAAAAGTAATTATGTTTACCT
446 AAT-AATTTATTAATATTTC-AAAA-TAATAAT-TAAGAGATTTAAAAAGTAATTA--TTTACC-
*
60311 AACCAATTCAAATAATTATGACTATTT
504 AACCAGTTCAAATAATTATGACTATTT
* * * * ** *
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1 GAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTAGTCATAAAAT-AAT-TGTTTTGATT
* * * *
60402 ATATAAGTTTGTTCAAAATAAAAAAAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGA
64 -TATAAGTTTATTCAGAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA
* * * *
60463 GATTTAAAAAATAAATTTATTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAGGAATTATTT
127 GATTTAAAAAATAAA-TTATTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAGAATT-TAT
* * *
60528 ATTTCAAATTGTTATGACCTTTT-ATCTATCA-AATAATAA-TAGTTTCTA-TTCATACA-AGCT
190 ATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTCTATCATAA-AACAATTA-TTTC-AGTTCATA-ATAGCT
**** * * ** * * * * *
60588 TATTTGGATTGAAATAATACTAATTTATTAAATATTTTGGACAATTCATAAGTA-AAAAAATTTT
251 TATCCAAAATAAAATAATACTAATTTATT-AATA-TTTCAAAAATTAATAA--ACAAGAGATTTA
* * ** * * * * * * *
60652 TAAAATAAATATATTT-CCAAACTTGA-TCAAATCGTCATGGACTATGTGAATAAATATCAATTT
312 AAAAATAAATATTTTTACCAAAC-AAATTCAAATAGTTAT-GACTATTTGAACAATTATCTATCT
* * * * **
60715 CAAAACCT-TAATGATCTTTTCTTTTGTCAGTAAAAAAATATGTTTCAG-TCATATAAAATT-TA
375 -AAAA-TTGTTATGA-C-TTTGTTTTGTCA-TAAAACAAT-T-TTTCAGTTCATA-AAGCTTAT-
* * * * *
60777 TCCGAAATAAAGTAATAACT-ATGTTATTAAATGATTTTGAAATTAATAATTAATAGATTTAAAA
431 TCAG-AATAAAATAATAA-TAAT-TTATT-AAT-A-TTTCAAAATAATAATTAAGAGATTTAAAA
* * * * * *
60841 AATGATATATTTACAAACAAG-TCTAAATAATTATTAATTATTT
490 AGTAAT-TATTTACCAACCAGTTC-AAATAATTA-TGACTATTT
* * * * * *
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1 -GAATAATTATCTATTTCAAATCATTAT-AACCTTTTGTTTAGTCATAAAATA-ATTGTTTTGAT
* ** *** ** * *
60945 TTAT-A-TTTATACAAGCTTATTTTCAA-A-TAAAATAATACA-ATTT---ACATTAATAAGTAA
63 TTATAAGTTTATTC-AGAATAAAAT-AATACTAATTTATTA-ATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
* * ** * *
61002 AAGATTTAAAAAATAAATCT-TTTATCGAACAAGTTCAAATTTTTATGAATATTTGAACAATTTT
125 GAGATTTAAAAAATAAAT-TATTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAGAA-TTT
* * * * * * * * *
61066 TTATTTTAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTAATT-AT-ATAAGCT
188 ATATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATT-ATTTCAGTTCATAAT-AGCT
** * * * ** *
61129 TATATAGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAATAAA-TAATAAGTAAAAGATTTAAAA
251 TATCCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA-AAATTAATAAACAAGAGATTTAAAA
** *** * * ** * * *
61193 AATAAATATGCTTATTGAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTCAAATAATTATCTATTTTAAAT
315 AATAAATATTTTTACCAAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTAAAAT
** * * ** * * * * *
61258 CATTGTGACCATTTTTTTTG-CAATAAAATGATTGTTTCAATTTATATAAGTTTCTTCAAAATAA
380 TGTTATGA-C-TTTGTTTTGTC-ATAAAACAATT-TTTCAGTTCATA-AAGCTTATTCAGAATAA
* * * * * * *
61322 AATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAGTGAGTAAGAGAATTAAAAAATGAATATGTTT
440 AATAATAATAATTTATTAATATTTC-AAAA-TAATAATTAAGAGATTTAAAAAGT-AAT-TATTT
* * *
61387 AACGAA-CATGTTCAAATAGTTATGACTATCT
501 -ACCAACCA-GTTCAAATAATTATGACTATTT
* * * *
61418 GAACAATTATCTATTTCAAAAT-ATTATGAA-CTTTTGTTTTGTGATAAAACAATTAGTTTTG-T
1 GAATAATTATCTATTTC-AAATCATTAT-AACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATT-GTTTTGAT
* * * *
61480 TCATGCAAGCTTATT-TGAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTCAAAATTTAATAAGTA
63 TTAT--AAGTTTATTCAG-AATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
* * * * *
61543 A-AAATTTAAAAAATAAA-TATGTTTTCTAAACACGTTCAAATAGTTATAACTATCTGAAGAATT
124 AGAGATTTAAAAAATAAATTAT-TTATC-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAGAATT
* * * * * ** * *
61606 ATCTATTTCAAGTCATTATGACCTTTTTGTTTTGTCATAAATTAATTGTTTCTA-TTCATAAAAG
187 -TATATTTCAAATTATTATGACC-TTTTGTTCTATCATAAAACAATTATTTC-AGTTCATAATAG
* * * * * * * * *
61670 CCTATTCAGAATAAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCCAAAAATTATTATATAAAAGATTTAA
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** * * * * * *
61735 AAAATAAAT-TTATTTACTGAGCAAGTT-TAA-A--TA-GACTATTTGAACAATTATTTATTTCA
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* * **
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* * * * * *
61857 CAAAATAATACTAATATATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTT-GGAGATTTAAAAAATAAATT-
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* * * * **
61920 TGTTGATCGAACAAGTTCAAATAGTCATGTTTATTT
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* * ** * *
61956 GAACT-ATCATCTATTTCAAATCATTATGATATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATT
1 GAA-TAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTT-TGATT
* ** * *
62019 CATACAAAATTATTAAGAAT-AAATAATACTAATTTTTTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGA
64 --TATAAGTTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA
* * * * * *
62079 GATTTAAAAACTAAATCTGTTTATCAAACCAGTTCAAATCGTTAAGA-T-TTT--TG---TT-T-
127 GATTTAAAAAATAAAT-TATTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAGAATTTATA
* ** * * * * * *
62135 TGTCATAGAACAAT-TG---TTTT-TT-TTTCATACAAGC--TCATTTGGAG-T-AAAATA--TT
191 TTTCA-A-ATTATTATGACCTTTTGTTCTATCATA-AAACAATTATTT-CAGTTCATAATAGCTT
* * **
62188 A--C----T---A-AAT--TAA--TAAT-AT-TCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA
252 ATCCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAACAAGAGATTTAAAAAA
* ** * * * * * * * * *
62236 TAAATATGTTTGTCGAACCAATTCAAATAGTTAAGATTATTAGAGCAATTATCTATTTTAAATCG
317 TAAATATTTTTACCAAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTAAAATTG
* * * *
62301 TTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTTTAGTTCATACAAGCTTATT-TGAAATAAA
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* * * * * * *
62365 ATAATACTAATTTATTAACATTTAGAAAATTAATACA-CAAGAAATTTTAAAAAATAAATATGTT
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* *** * * *
62429 TACGGAGTAAGTTTAAATAGTTATGACTTTTT
500 TAC-CAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTT
* * * * * * *
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* * * * *
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* * * ** * ** *
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125 GAGATTTAAAAAATAAAT-TATTTATCAAA-CAAGTTCAAATAGTTA-TGACTATTTGAAGAATT
* * ** * * *
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* * * **** *
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*** * * * * *
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* * * * * * *
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1 GAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTTGA-TTT
* * * * * *
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65 ATAA-GTTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAG
** * * * * * * *
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128 ATTTAAAAAATAAAT-TATTTATCAAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAGAATT-TAT
* * ** * ** ** *
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* * * ** *
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* * * ** * * * * * * *
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** * * ** *
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* * * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * * * **
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* ** * * * *
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* * * * * * * *
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* ** * * *
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187 -TATATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTCTATCATAAAAC-AAT-TATTTCAGTTC--ATAA-
* ** * * *
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246 -TAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAACAAGAGATT
* * * * * * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * * * ** *
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* * ** * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * * ** *
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* * * * *
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* * ** * * * * *
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* ** *
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* * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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** * * * * * *
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* ** * * * ** *
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**** * ** *
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** * * * * * *
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** * ** *
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ATGACTATTT
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*
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* ** * * *
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* * * *
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* * * * * * * **
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* * * * * *
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* *** * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * ** *
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* * * * *
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* * * * * *
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* ** * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * **
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* * * * *
64338 TTTATTAATA-TT-AAGATAATTAATAAGCAAAAGATTTCAAAAATAAATATGTTTACCAAACAA
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** * * * ** *
64401 GTTCAAATCTTTATGACTATTCGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA-C
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* ***
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* *
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* * * *
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* * * *
64762 ATTCAAATAGTTATGACCATCTGAACAATTATCTATTTCAAAACATTATTACC
125 ATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACC
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64815 TTTTGTTTT-TCCATAAAATAATTGGTTATGTTCATGCAAGCTTATTTTGAATGAAATAATATAA
1 TTTTGTTTTGT-CATAAAATAATTGTTTATGTTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATAT-A
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64879 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTTCTGAACACAT
64 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTTC-GAACA-AT
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64944 TCAAATAATTACGACTATTTGAAGAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
127 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACC
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64995 TTTTGTTTTGTCAT-AAATCAATTGTTTTTGTTCATAAAAACCTTA-TTCGAAATAAAATTATAC
1 TTTTGTTTTGTCATAAAAT-AATTGTTTATGTTCAT-ACAAGCTTATTTTG-AATAAAATAATA-
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65058 TAATTTATTAAAATTCCAAAAATTATTAAATAAAAGATTTTAAAAAATAAAT
62 TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-AAAGA-TTTAAAAAATAAAT
65110 TTGTTTACTG
Statistics
Matches: 2201, Mismatches: 463, Indels: 273
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
166 32 0.01
167 60 0.03
168 33 0.01
169 3 0.00
170 4 0.00
172 7 0.00
173 49 0.02
174 30 0.01
175 24 0.01
176 59 0.03
177 6 0.00
178 83 0.04
179 247 0.11
180 635 0.29
181 627 0.28
182 195 0.09
183 84 0.04
184 1 0.00
185 4 0.00
186 18 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (177 bp):
TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTATGTTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATATAAT
TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTTCGAACAATTCAA
ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACC
Done.