Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019168377.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_596, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
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Found at i:680 original size:358 final size:350
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Indices: 64--1346 Score: 1111
Period size: 358 Copynumber: 3.6 Consensus size: 350
54 TTGCCAAACT
* * * * * * * *
64 AGTTCAAATAATTAAGGCTATATGAATAATTATCTCTTTCAGATCATTATGACCTTTTGCTTTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* ** * ** * *
129 CATAAAACAAATGTTTTTGTTTGTATAAGCTTGTTCAG-AACAAATAATATTAATTTATTAATAT
66 CATAAAACAAAT-TTTTTATTCATATAAGCTTATTTGGAAATAAATAATATAAATTTATTAATAT
* * * * *
193 TTTGAAAATTAATGAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAATTCAATTAGTTAT-A
130 TCTGAAAATTAATAAGAGAGTTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAA-CAATTCAAATAGTTATGA
* * * * *
256 ATAATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAATAGTTTTTT
194 CT-ATTTGAATAATTACTT-TTTCAAATCATTATAACC-TTTTTTTTGTCATAAAATA--TTTTT
* * ** * * *
321 TCTATTGATGTAGTCTTATTTGGACTAAAATAATGCTAATTAATTATTATTCTAAAAATTAATAA
254 TCTATTAATATAG-CTTATTTAAAATAAAATAATGCTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAA
* * * ** **
386 GTAACATATTTAAAAATGAATCTGTTGGCTTGACC
317 GTAAAAGATTTAAAAATGAATCTATTTAC-TGAAA
* * * *
421 AGTGCAAATAGTTTTAACTATTTGAACAATTATCGATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* * *
486 CACAAAAC-AATTATTTTATTCCTACAAGCTTATTTGGAAATAACATAATTATAAATTTATTAAT
66 CATAAAACAAATT-TTTTATTCATATAAGCTTATTTGGAAATAA-ATAA-TATAAATTTATTAAT
* *
550 ATTCT-AAAATTAATAAGAGA-TTTAAAAACTGAATCTATTTAATCGAACAAGTTTCAAATAGTT
128 ATTCTGAAAATTAATAAGAGAGTTTAAAAAATAAATCTATTT-ATCGAACAA--TTCAAATAGTT
* * **** *
613 ATGACTATTTGAGTGATTACCTTTTTCAAATTGCGATAACCTTTTATTTTGTTATAAAATATTTT
190 ATGACTATTTGAATAATTA-CTTTTTCAAATCATTATAACCTTTT-TTTTGTCATAAAATATTTT
* * * * *
678 TTCTATTCATACAAGCTTATTTCAATTAAAATAATGCAAATTTATTAATATTCAAACAATTAATA
253 TTCTATTAATA-TAGCTTATTTAAAATAAAATAATGCTAATTTATTAATATTCAAA-AATTAATA
743 AGTAAAAGATTTAAAAAAT-AACTCTATTTACTGAATA
316 AGTAAAAGATTT-AAAAATGAA-TCTATTTACTGAA-A
* *
780 A-TTCAAATAGATATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGA--TTTTGTTTTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* ** * *
842 CA-AAAACAAATTTTTTTGTTCATATAAGCTTATTTGGATTTAAATCATATTAATTTATTAATAT
66 CATAAAACAAA-TTTTTTATTCATATAAGCTTATTTGGAAATAAATAATATAAATTTATTAATAT
* * * * * * * *
906 TTTGATAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATATGTTTAGCGAACAAGTTCAAATAGTCA
130 TCTGAAAATTAATAAG--AGAG-TTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACAA-TTCAAATAGTTA
* * * * *
971 TAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAAACATTTTTGTTTCATCATAAAACAATT
191 TGACTATTTGAATAATTA-CTTTTTCAAATCATTAT-AACCTTTTT-TTT-GTCATAAAA-TATT
* * * *
1036 GTATT-TGTTAATATAGGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTA
251 -TTTTCTATTAATATA-GCTTATTTAAAATAAAATAATGCTAATTTATTAATATT-CAAAAATTA
* * * **
1100 ATGAGCAAGAGATTTAAAAATGAATCTATTTACCAAAA
313 ATAAGTAAAAGATTTAAAAATGAATCTATTTACTGAAA
** * * *
1138 ATGTTTGAATAGTTAATGACTATTTGAACAATTTTCTATTTCAAATTATTATGACATTTTGTTTT
1 A-GTTCAAATAGTT-ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTT
* * * **
1203 GTCATAAAA-TAATTGTTTCTATTCATATAAACTT-GTTCCAAATAAAATAATATAAATTTATTA
64 GTCATAAAACAAATT-TTT-TATTCATATAAGCTTATTTGGAAAT-AAATAATATAAATTTATTA
* * * *
1266 ATATTCCAT-AAAATTAATAATTAAAAGTTTAAAAAATAAATCTATTTTTTGAACAAATTCAAAT
126 ATATT-C-TGAAAATTAATAA--GAGAGTTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAAC-AATTCAAAT
1330 AGTTATGACTATTTGAA
186 AGTTATGACTATTTGAA
1347 CTATTATCTA
Statistics
Matches: 747, Mismatches: 135, Indels: 81
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
354 18 0.02
355 20 0.03
356 60 0.08
357 110 0.15
358 171 0.23
359 80 0.11
360 118 0.16
361 47 0.06
362 2 0.00
363 22 0.03
364 82 0.11
365 16 0.02
366 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (350 bp):
AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
CATAAAACAAATTTTTTATTCATATAAGCTTATTTGGAAATAAATAATATAAATTTATTAATATT
CTGAAAATTAATAAGAGAGTTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACAATTCAAATAGTTATGACT
ATTTGAATAATTACTTTTTCAAATCATTATAACCTTTTTTTTGTCATAAAATATTTTTTCTATTA
ATATAGCTTATTTAAAATAAAATAATGCTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAAAAGAT
TTAAAAATGAATCTATTTACTGAAA
Found at i:1271 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 17--1357 Score: 987
Period size: 181 Copynumber: 7.5 Consensus size: 179
7 TAATATTATG
* * * * * * * * * *
17 AAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACTAGTTCAAATAATTAAGGC
1 AAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATGAATCTATTT-ACGAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
* * * * * * * *
82 TATATGAATAATTATCTCTTTCAGATCATTATGACCTTTTGCTTTGTCATAAAACAAATGTTTTT
64 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT
* ** * * * ***
147 GTTTGTATAAGCTT-GTTCAGAA-CAAATAATATTAATTTATTAATATTTTG
129 ATTCATATAAGCTTATTTCA-AATAAAATAATATAAATTTATTAATATTCCA
* * *
197 AAAATTAAT--G--AGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAA-TTCAATTAGTTAT-A
1 AAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATGAATCTATTTA-CGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * *
256 ATAATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCA-TTTGTTTTGTCATAAAATAGTTTTT
63 CT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CATTTTGTTTTGTCATAAAACA-ATTGT
* * ** * * * * *
320 TTCTATTGATGT-AGTCTTATTTGGACTAAAATAATGCT-AATTAATTATTATTCTA
125 TTCTATTCATATAAG-CTTATTTCAAATAAAATAAT-ATAAATTTATTAATATTCCA
* * * ** * * * *
375 AAAATTAATAAGTAACATATTTAAAAATGAATCTGTTGGCTTG-ACCAGTGCAAATAGTTTTAAC
1 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATGAATCTATTTAC--GAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
* * * *
439 TATTTGAACAATTATCGATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCACAAAACAATTATTT-T
64 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT
* * * * *
503 ATTCCTACAAGCTTATTTGGAAATAACATAATTATAAATTTATTAATATT-CT
129 ATTCATATAAGCTTATTT-CAAATAAAATAA-TATAAATTTATTAATATTCCA
555 AAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAACTGAATCTATTTAATCGAACAAGTTTCAAATAGTTATG
1 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA-TGAATCTATTT-A-CGAACAAG-TTCAAATAGTTATG
*** * * **** * * * * * *
616 ACTATTTGAGTGATTACCTTTTTCAAATTGCGATAACCTTTTATTTTGTTATAAAA-TATTTTTT
62 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * **
680 CTATTCATACAAGCTTATTTCAATTAAAATAATGCAAATTTATTAATATT-CA
127 CTATTCATATAAGCTTATTTCAAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTCCA
* * *
732 AACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT-AACTCTATTTACTGAATAA-TTCAAATAGATATG
1 AA-AATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATGAA-TCTATTTAC-GAACAAGTTCAAATAGTTATG
*
795 ACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATG--ATTTTGTTTTGTCA-AAAACAAATT-TT
62 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTT
* * ** * * * * ***
856 TTTGTTCATATAAGCTTATTTGGATTTAAATCATATTAATTTATTAATATTTTG
126 TCTATTCATATAAGCTTATTTCAAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTCCA
* * * * * * *
910 ATAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATATGTTTAGCGAACAAGTTCAAATAGTCATAAC
1 AAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAATGAATCTATTTA-CGAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
* * **
975 TATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAAACATTTTTGTTTCATCATAAAACAATTGTAT
64 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT-GACA-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT-T
* * *
1040 T-TGTTAATATAGGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCCA
126 TCTATTCATATAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTCCA
* * * * **
1093 AAAATTAATGAGCAAGAGATTTAAAAATGAATCTATTTACCAAAAATGTTTGAATAGTTAATGAC
1 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATGAATCTATTTACGAACAA-GTTCAAATAGTT-ATGAC
* * *
1158 TATTTGAACAATTTTCTATTTCAAATTATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCT
64 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT
* * *
1223 ATTCATATAAACTTGTTCCAAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTCCA
129 ATTCATATAAGCTTATTTCAAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTCCA
* * * ** *
1274 TAAAATTAATAATTAAAAG-TTTAAAAAATAAATCTATTTTTTGAACAAATTCAAATAGTTATGA
1 -AAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATGAATCTA-TTTACGAACAAGTTCAAATAGTTATGA
*
1338 CTATTTGAACTATTATCTAT
63 CTATTTGAACAATTATCTAT
1358 GACAAAACAA
Statistics
Matches: 910, Mismatches: 191, Indels: 119
0.75 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
175 1 0.00
176 101 0.11
177 136 0.15
178 105 0.12
179 124 0.14
180 39 0.04
181 190 0.21
182 108 0.12
183 103 0.11
184 3 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (179 bp):
AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATGAATCTATTTACGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTA
TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAT
TCATATAAGCTTATTTCAAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTCCA
Found at i:2375 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 2354--2390 Score: 58
Period size: 16 Copynumber: 2.2 Consensus size: 17
2344 GGTTATAGCG
2354 ATTCAAATAG-ATAATT
1 ATTCAAATAGCATAATT
2370 ATTCAAATAGTCATAATT
1 ATTCAAATAG-CATAATT
2388 ATT
1 ATT
2391 TAAACTTGTT
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 0, Indels: 2
0.90 0.00 0.10
Matches are distributed among these distances:
16 10 0.53
18 9 0.47
ACGTcount: A:0.46, C:0.08, G:0.05, T:0.41
Consensus pattern (17 bp):
ATTCAAATAGCATAATT
Found at i:2630 original size:356 final size:362
Alignment explanation
Indices: 1997--4598 Score: 939
Period size: 356 Copynumber: 7.3 Consensus size: 362
1987 CAATGATTTA
* * * *
1997 AAATAAATAATTATTCAAATACTTATGACTATTTGAACCTATTTGATAAATATATTTATTTTTTA
1 AAATAAATAATTATTCAAATACTCATAACTATTTAAACCTATTTGATAAATAGATTTATTTTTTA
* * * *
2062 AATCTTTTATTTATTATTTGTCAAAATATTAATGAATTAATATTTTTTTAATTCGAATAAGCTTG
66 AATCTCTTAATTATTATTTGTCAAAATATTAATGAATTAATATTATTTTAATTCGAATAAGCTTA
* *
2127 TATGAATAGAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAAATAATTG
131 TATGAACAGAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAAATAATTA
* * ** * *
2192 TTCAAATAGTCATAAAGATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAGATCTTTTATTTA
196 TTCAAATAGTCATAAAGATTTGAACTAGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAAAATTTAACTTA
* *
2257 TTAATTGTCTTAATATTAATAATTTA-TATTATTTTATTCGAAATAAGCATGCATGAATAGAAAA
261 TTAATTGTCTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCGAAATAAGCATGCATGAATAGAAAA
2321 ATTCATTTATGAACAAAACAAAAGGTTATAGCGATTC
326 ATTCATTTATGAACAAAACAAAAGGTTATAGCGATTC
* * * * * *
2358 AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTTGTTTG-TGAATAGATTTA-TTTTTA
1 AAATAAATAATTATTCAAATACTCATAACTATTTAAACCTATTTGATAAATAGATTTATTTTTTA
* * * * * **
2421 AATCTCTTAATTATTAATTT-TTAGATTATTAAT-AACTTAGTATTATTTTATTTTTAATAAGCT
66 AATCTCTTAATTATT-ATTTGTCAAAATATTAATGAA-TTAATATTATTTTAATTCGAATAAGCT
* * * * * * *
2484 TATATGAACCGCAATAATT-TTTTATGA-GAAAC-AAAGGTCATAACGATTTGAAAT-AGATAAT
129 TATATGAACAGAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAAATAAT
* * * *
2545 TATTCAAATAGTCAT-GAGTATTTGATCTAGTTC-GATAACCATATTTATTTTTTAAAAATTTAA
194 TATTCAAATAGTCATAAAG-ATTTGAACTAGTTCAG-TAAACAGATTTATTTTTTAAAAATTT-A
** * * * *
2608 ACTTATTAATTGT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAAACTAAATAAGCTTGTATGAAC
256 ACTTATTAATTGTCT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCGAAATAAGCATGCATGAAT
* * ** * * * * * *
2672 ATAAACTATTGTTTTAT-AACATAACAAAAAGTCATAACAATTTG
320 AGAAA-AATTCATTTATGAACAAAACAAAAGGTTATAGCGA-TTC
* * * * * * * * *
2716 AAACAAATAATTGTTCCAATAGTCATAACTATTTGAA-CTGGTTTAATAAACAGATTTATTTTAT
1 AAATAAATAATTATTCAAATACTCATAACTATTTAAACCT-ATTTGATAAATAGATTTATTTTTT
* *
2780 AAATATCTT-ATTAATT-TTTG---AAATATTAAT-AGATTAATATTCA-TTT-ATTCTGAACAA
65 AAATCTCTTAATT-ATTATTTGTCAAAATATTAATGA-ATTAATATT-ATTTTAATTC-GAATAA
* * * * * * * * *
2837 ACTTATATAAACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAGCAATTTGGAA-AAGAT
126 GCTTATATGAACAGAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAAAT
* * * * ** * * * **
2901 AATTGTTTAAATAGTTACAATTATTTGAACTA-TTTAGGTAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCT
191 AATTATTCAAATAGTCATAAAGATTTGAACTAGTTCA-GTAAACAGATTTATTTTTTAAAAAT-T
* * * * * *
2965 T-ACATATTAATT-TTTTAATATGAATAAATTCA-T-TGTATTTTATTCTAAATAAGC-TAGTAT
254 TAACTTATTAATTGTCTAAATATTAATAAATT-AGTAT-TATTTTATTCGAAATAAGCAT-GCAT
* * *
3025 GAATTGAAAAAATT-ATTTTATG-AGAAAACAAAA----AT---GATTTG
316 GAATAG-AAAAATTCA-TTTATGAACAAAACAAAAGGTTATAGCGA-TTC
* * * * * * * ** * *
3066 AAATAGATAA-CAGTTCATATAGT-TTAACTATTTGAA-TTAGTTTGGCAAACAAATTTATTTTT
1 AAATAAATAATTA-TTCAAATACTCATAACTATTTAAACCTA-TTTGATAAATAGATTTATTTTT
* *** * * * * *
3128 TAAATCTCTTAGTTATTAATTT-TTGGAATATT-TTTATATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAG
64 TAAATCTCTTAATTATT-ATTTGTCAAAATATTAATGA-ATTAATATTATTTTAATTCGAATAAG
* * * * * * * * *
3191 CTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTA-AGACAAAACAAAAGGTTATAACTATTTGAAGT-ATAC
127 CTTATATGAACAGAAACAATTATTTTATA-ACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAAAT
* ** * ** * * *
3254 AATTATTCAAATCGTCATAACTATTTAAAC-AGGTTTGGTAAATAAATTTATTTTTT-TAAATCT
191 AATTATTCAAATAGTCATAAAGATTTGAACTA-GTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAAAAT-T
** * * * * * * *
3317 CTTGCTTATTAATT-TTTGAGAGATTAATAAATTACTATTATTTTATTCTG-AATAAACTTGTAT
254 -TAACTTATTAATTGTCT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC-GAAATAAGCATGCAT
* * ** *
3380 -AATA-AAAATAGTTGTCA--TAT-AACTAAACAAAAGGTAATAATGATTTG
316 GAATAGAAAA-A--T-TCATTTATGAACAAAACAAAAGGTTATAGCGA-TTC
* * * * * * * * * * *
3427 AAATAGATAATTGTTGAAATGGC-CACAATTATTTGAA-CTGATTTGGTAAACAGATTCACTTTT
1 AAATAAATAATTATTCAAAT-ACTCATAACTATTTAAACCT-ATTTGATAAATAGATTTATTTTT
* ** * * * *
3490 TAAATCAC--AATTA--ATTT-T-GGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCT
64 TAAATCTCTTAATTATTATTTGTCAAAATATTAATGAATTAATATTATTTTAATTCGAATAAGCT
* ** * * ** * * *
3549 TGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAAT-AGACAAT
129 TATATGAACAGAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAAATAAT
* * * ** * * * * *
3613 TACTCAAATAATCGTAACTATTTAAATTTA-TTCGGTAAACTA-ATTTATTTTTTTAAACTCTT-
194 TATTCAAATAGTCATAAAGATTTGAA-CTAGTTCAGTAAAC-AGATTTATTTTTTAAAAAT-TTA
* * * * * **
3675 ACTTATTAATT-T-TGAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTG-GATAGGCTTTTATGAA
256 ACTTATTAATTGTCT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCGAAATAAGCATGCATGAA
** * * ** *
3737 CT-GAAACAATTGTTTTAT-ATCAAAACAAAAGGTCATAATGATTTT
319 -TAGAAA-AATTCATTTATGAACAAAACAAAAGGTTATAGCGA-TTC
* ** * * * * * * *
3782 ACATAAATAATTGCTC-AATAATCATCACTATTTTAACTTGTTGGATAAACAGATTTATTTTTTA
1 AAATAAATAATTATTCAAATACTCATAACTATTTAAACCTATTTGATAAATAGATTTATTTTTT-
* ** * *** * * * * * * * *
3846 AAATCTTTTCCTTATTAATTTTTTTTAATGTAAATAAATTTAGAATATTTT-ATTGCAAATAAGA
65 AAATCTCTTAATTATT-ATTTGTCAAAATATTAATGAATTAATATTATTTTAATT-CGAATAAGC
* * * * * * * * * *
3910 TTGTAAGATA-TGAAACAAATATTTTCTAACTAAACAAAAGGTTAGAACGATTTAAAAT-AAATA
128 TTATATGA-ACAGAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAAATA
** ** * * * *
3973 ATTATTTC-AATAGTTTTAACTATTTGAACTGGTTTAG-CAACACATTTATTTTTT-AAAATCTC
192 ATTA-TTCAAATAGTCATAAAGATTTGAACTAGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAAAAT-T-
* * * * **
4035 TTACTTATTAATT-TTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTAAAC-AAATAAGC-T-CGAT
254 TAACTTATTAATTGTCT-AAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTCGAAATAAGCATGC-AT
* ** ** * *
4096 GAGTAGAAACAATTGTTTTATG-ACAAAACAAATATCTTA-A-CAATTTG
316 GAATAGAAA-AATTCATTTATGAACAAAACAAA-AGGTTATAGCGA-TTC
* ** ** * * * * * * *
4143 AGATTGATAATTGCTCATATAGTCATAATTATTTGAA-CTGGTTTGGTAAGTAGATTTATTTTTT
1 AAATAAATAATTATTCAAATACTCATAACTATTTAAACCT-ATTTGATAAATAGATTTATTTTTT
* * *
4207 AAATCTCTT-ATTAATT-TTTG---AAATATTAATAAATTAAATATTATTTTATTTTGAATAAGC
65 AAATCTCTTAATT-ATTATTTGTCAAAATATTAATGAATT-AATATTATTTTAATTCGAATAAGC
* * * * * * * ** *
4267 TTCTACGATA-AAAAACAATTGTTTCATGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT-AGATA
128 TTATATGA-ACAGAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAAATA
* * * ** * ** ** *** *
4330 ATCATTCATATAGTC-TTACTATTTGAAAT-GCTTCAACAATTAGATTTATTTTTTAATTTTTTT
192 ATTATTCAAATAGTCATAAAGATTTGAACTAG-TTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAAAATTTA
** * * *
4393 GGTTATTAAGTT-T-TGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTCG-AATAA-AATAGTATG
256 ACTTATTAA-TTGTCT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCGAAATAAGCAT-GCATG
* * * ** *
4454 AATAGAACCAATT-GTTTGATG-ACAAAATAAAAGGTTATAATGATTTG
317 AATAGAA-AAATTCATTT-ATGAACAAAACAAAAGGTTATAGCGA-TTC
* * * * * * * * *
4501 AAATAGACAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAAA--TGGTTTGGTAAACAGTTTTAGTTTT
1 AAATAAATAATTATTCAAATACTCATAACTATTT-AAACCT-ATTTGATAAATAGATTTATTTTT
* *
4564 TAAATCTCTTACTTATTAATTT-TCTAAATATTAAT
64 TAAATCTCTTAATTATT-ATTTGTCAAAATATTAAT
4599 AAAAAGTTAG
Statistics
Matches: 1719, Mismatches: 388, Indels: 267
0.72 0.16 0.11
Matches are distributed among these distances:
349 42 0.02
350 23 0.01
351 3 0.00
352 11 0.01
353 116 0.07
354 105 0.06
355 154 0.09
356 299 0.17
357 249 0.14
358 150 0.09
359 149 0.09
360 52 0.03
361 107 0.06
362 221 0.13
363 33 0.02
364 5 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (362 bp):
AAATAAATAATTATTCAAATACTCATAACTATTTAAACCTATTTGATAAATAGATTTATTTTTTA
AATCTCTTAATTATTATTTGTCAAAATATTAATGAATTAATATTATTTTAATTCGAATAAGCTTA
TATGAACAGAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAAATAATTA
TTCAAATAGTCATAAAGATTTGAACTAGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAAAATTTAACTTA
TTAATTGTCTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCGAAATAAGCATGCATGAATAGAAAA
ATTCATTTATGAACAAAACAAAAGGTTATAGCGATTC
Found at i:3652 original size:709 final size:707
Alignment explanation
Indices: 2085--4331 Score: 1671
Period size: 709 Copynumber: 3.1 Consensus size: 707
2075 TTATTTGTCA
* * * * *
2085 AAATATTAATGAATTAATATTTTTTTAATTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTA
1 AAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTA
* * *
2150 TAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAAATAATTGTTCAAATAGTCATAAAGATTTGA
66 TGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAAT-AGATAATTGTTCAAATAGTCATAAATATTTGA
* * * * * * * *
2215 ACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAGATCTTTTATTTATTAATTGTCTTAATATTAATAAT
130 A-TTATTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTTTAATATGAATAAT
*
2280 TTATATTATTTTATTCGAAATAAGCATGCATGAATAGAAAAATTCATTTATGAACAAAACAAAAG
193 TCATATTATTTTATTCGAAATAAGCATGCATGAATAGAAAAATTCATTTATGAACAAAACAAAA-
* * * *
2345 GTTATAGCGATTCAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTTGTTTGTGAATAG
257 G--ATA--GATTCAAATAGATAATCATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTTGTGAACAA
* *
2410 ATTTATTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTAGATTATTAATAACTTAGTATTATTTTATTTT
318 ATTTATTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTAGAATATTAATAACTTAGTATTATTTTATTTC
* *** * *
2475 TAATAAGCTTATATGAACCGCAATAATTTTTTATGAGAAACAAAGGTCATAACGATTTGAAATAG
383 AAATAAGCTTATATGAACAAAAATAATTTTTTAAGAAAAACAAAGGTCATAACGATTTGAAATAG
* * * * * * *
2540 ATAATTATTCAAATAGTCATGAGTATTTGATCTAGTTCGATAACCATATTTATTTTTTAAAAATT
448 ACAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAAAATT
* * *
2605 TAAACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAAACTAAATAAGCTTGTATGA
513 TAAACTTATTAATTGTTGAAAGATTAATAAATTACTATTATTTTAAACTAAATAAACTTGTATGA
* ** * *
2670 ACATAAACTATTGTTTTATAACATAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAACAAATAATTGTTCCAA
578 ACATAAAATATTGTCATATAACATAACAAAAAGTAATAACAATTTGAAACAAATAATTGTTCAAA
* * * * *
2735 TAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTAATAAACAGATTTATTTTATAAATATCTTATTAATTTTTG
643 TAGCCACAACTATTTGAACTGATTTAATAAACAGATTCATTTTATAAATATCTAATTAATTTTTG
* * * * * * * * *
2800 AAATATTAATAGATTAATATTCA-TTTATTCTGAACAAACTTATATAAACAAAAACATTTGTTTT
1 AAATATTAATAAATTAATATT-ATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTT
* * * * *
2864 ATGACAAAACAAAAGGTCATAGCAATTTGGAAA-AGATAATTGTTTAAATAGTTACAATTATTTG
65 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTT-GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAATATTTG
* * * *
2928 AACTATTTAGGTAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTACATATTAATTTTTTAATATGAATAAA
129 AATTA-TTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTAATATGAAT-AA
* * * *
2993 TTCAT-TGTATTTTATTCTAAATAAGC-TAGTATGAATTGAAAAAATT-ATTTTATG-AGAAAAC
192 TTCATAT-TATTTTATTCGAAATAAGCAT-GCATGAATAG-AAAAATTCA-TTTATGAACAAAAC
* * * *
3054 AAAA-AT-GATTTGAAATAGATAA-CAGTTCATATAGT-TTAACTATTTGAA-TTAGTTTG-GCA
253 AAAAGATAGA-TTCAAATAGATAATCA-TTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTT-GTTTGTG--
* * **
3113 AACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTTTTATA-TTAGTATTATT
313 AACAAATTTA-TTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTAGAATATTAATA-ACTTAGTATTATT
* * *
3177 TTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTAAGACAAAACAAAAGGTTATAACTA
376 TTATTTCAAATAAGCTTATATGAACAAAAATAATT-TTTTAAGA-AAAAC-AAAGGTCATAACGA
* * * * * *
3242 TTTGAAGTATACAATTATTCAAATCGTCATAACTATTTAAAC-AGGTTTGGTAAATAAATTTATT
438 TTTGAAATAGACAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTA-GTTCGATAAACAAATTTATT
* ** * * ** *
3306 TTTT-TAAATCTCT-TGCTTATTAATTTTTGAGAGATTAATAAATTACTATTATTTTATTCTGAA
502 TTTTAAAAAT-T-TAAACTTATTAATTGTTGAAAGATTAATAAATTACTATTATTTTAAACTAAA
* * ** *
3369 TAAACTTGTAT-AATA-AAAATAGTTGTCATATAAC-TAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAAT
565 TAAACTTGTATGAACATAAAATA-TTGTCATATAACAT-AACAAAAAGTAATAACAATTTGAAAC
* * * * **
3431 AGATAATTGTTGAAATGGCCACAATTATTTGAACTGATTTGGTAAACAGATTCACTTTT-TAAAT
628 AAATAATTGTTCAAATAGCCACAACTATTTGAACTGATTTAATAAACAGATTCA-TTTTATAAAT
3495 CA-C-AATTAA-TTTTG
692 -ATCTAATTAATTTTTG
* * *
3509 GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTA
1 AAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTA
** * * ** * * * *
3574 TGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGACAATTACTCAAATAATCGTAACTATTTAAA
66 TGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAATATTTGAA
* ** * *
3639 TTTATTCGGTAAACTAATTTATTTTTTTAAA-CTCTTACTTATTAATTTTGAAATATTAAGAAAT
131 -TTATTCGGTAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTAATATGAA-TAAT
* * * * ** ** *
3703 T-AGTATTATTTTATTTTG-GATAGGCTTTTATGAACT-GAAACAATTGTTTTAT-ATCAAAACA
193 TCA-TATTATTTTA-TTCGAAATAAGCATGCATGAA-TAGAAA-AATTCATTTATGAACAAAACA
* * * *** * * * *
3764 AAAGGTCATAATGATTTTACATAAATAATTGCTC-AATAATCATCACTATTTTAACTTGTTGGAT
254 AAA-G--AT-A-GA-TTCAAATAGATAATCATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTTG-T
* * * ** ** * * * *
3828 AAACAGATTTATTTTTTAAAATCTTTTCCTTATTAATTTTTTTTAATGTAAATAAATTTAG-AAT
312 GAACAAATTTA-TTTTT-AAATCTCTTAATTATTAA-TTTTTAGAATATTAAT-AACTTAGTATT
* * * * ** *
3892 ATTTTATTGCAAATAAGATTGTAAGATATGAA-ACAAAT-ATTTTCTAA-CTAAACAAAAGGTTA
373 ATTTTATTTCAAATAAG-CT-T---ATATGAACAAAAATAATTTTTTAAGAAAAAC-AAAGGTCA
* * * * ** * * * ** *
3954 GAACGATTTAAAATAAATAATTATTTC-AATAGTTTTAACTATTTGAACTGGTT-TAGCAACACA
432 TAACGATTTGAAATAGACAATTA-TTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTCGATAAACAAA
* * * * * *
4017 TTTATTTTTT-AAAATCTCT-TACTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTA
496 TTTATTTTTTAAAAAT-T-TAAACTTATTAATTGTTGAAAGATTAATAAATTACTATTA-TTTTA
* * ** * ** * * * **
4080 AAC-AAATAAGCTCG-ATGAGTAGAAACA-ATTGTTTTATGACAAAACAAATA-TCTTAACAATT
558 AACTAAATAAACTTGTATGAACATAAA-ATATTGTCATATAACATAACAAAAAGTAATAACAATT
* *** * * * * * * ** ** * *
4141 TGAGATTGATAATTGCTCATATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTTGGTAAGTAGATTTATTTTT
622 TGAAACAAATAATTGTTCAAATAGCCACAACTATTTGAACTGATTTAATAAACAGATTCATTTTA
* *
4206 TAAATCTCTTATTAATTTTTG
687 TAAATATCTAATTAATTTTTG
* * *
4227 AAATATTAATAAATTAAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTCTACG-ATAAAAAACAATTGTTT
1 AAATATTAATAAATT-AATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTT
* * **
4291 CATGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAAT
64 TATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAAT
4332 CATTCATATA
Statistics
Matches: 1215, Mismatches: 245, Indels: 140
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
706 3 0.00
707 18 0.01
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709 258 0.21
710 37 0.03
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713 17 0.01
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720 6 0.00
721 3 0.00
722 5 0.00
723 6 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (707 bp):
AAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTA
TGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAATATTTGAA
TTATTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTAATATGAATAATTCA
TATTATTTTATTCGAAATAAGCATGCATGAATAGAAAAATTCATTTATGAACAAAACAAAAGATA
GATTCAAATAGATAATCATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTTGTGAACAAATTTATTT
TTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTAGAATATTAATAACTTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGC
TTATATGAACAAAAATAATTTTTTAAGAAAAACAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGACAATTAT
TCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAAAATTTAAACTTA
TTAATTGTTGAAAGATTAATAAATTACTATTATTTTAAACTAAATAAACTTGTATGAACATAAAA
TATTGTCATATAACATAACAAAAAGTAATAACAATTTGAAACAAATAATTGTTCAAATAGCCACA
ACTATTTGAACTGATTTAATAAACAGATTCATTTTATAAATATCTAATTAATTTTTG
Found at i:3744 original size:180 final size:179
Alignment explanation
Indices: 1959--4601 Score: 1885
Period size: 180 Copynumber: 14.8 Consensus size: 179
1949 CAATTATCTA
* * * * * * * * *
1959 AATTGATTTATTACAAAACAAAAAGTCACAATGATTTAAAATAAATAATTATTCAAATACTTATG
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
* * * * * * * *
2024 ACTATTTGAACCTATTTGATAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTATTTATT-ATTTGTCAAAA
66 ACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT-T-GAAA
* * * * *
2088 TATTAATGAATTAATATTTTTTTAATTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAAC
129 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAT-GAAAC
* * ** * *
2140 AATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAAATAATTGTTCAAATAGTCAT
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT-AGATAATTATTCAAATAGTCAT
** ** * * * *
2205 AAAGATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAGATCTTTTATTTATTAATTGTCT-TA
65 AACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-T-TGAA
* * * *
2269 ATATTAATAATTTA-TATTATTTTA-TTCGAAATAAGCATGCATGAATAGAAA-
128 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG-AATAAGCTTGTATGAAT-GAAAC
** * ** *
2320 AATTCATTTATGAACAAAACAAAAGGTTATAGCGA-TTCAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT
1 AATTGTTTTATG-ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT
* * * * * * *
2384 AATTATTTAAACTTGTTT-GTGAATAGATTTA-TTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTAGAT
65 AACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTGA-AA
* * * * * *
2447 TATTAATAACTTAGTATTATTTTATTTTTAATAAGCTTATATGAACCGCAAT
129 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA-TGAAAC
* * *
2499 AATT-TTTTATGA-GAAAC-AAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATG
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
* * * * * * * **
2561 AGTATTTGATCTAGTTCGATAACCATATTTATTTTTTAAAAAT-TTAAACTTATTAATTGTTGAA
66 ACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTT--ACTTATTAATT-TTGAA
*** *
2625 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTAAACTAAATAAGCTTGTATGAACAT-AAAC
128 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATG-A-ATGAAAC
* * * * ** * * * *
2678 TATTGTTTTATAACATAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAACAAATAATTGTTCCAATAGTCATA
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
* ** * * *
2743 ACTATTTGAACTGGTTTAATAAACAGATTTATTTTATAAATATCTTA-TTA--ATTTTTGAAATA
66 ACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTGAAATA
* * * * * * * **
2805 TTAATAGATTAATATTCA-TTTATTCTGAACAAACTTATATAAACAAAAAC
131 TTAATAAATTAGTATT-ATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA-TGAAAC
* *** * * * *
2855 ATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAGCAATTTGGAAA-AGATAATTGTTTAAATAGTTAC
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTT-GAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT
* * * * * **
2919 AATTATTTGAACTAT-TTAGGTAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTACATATTAATTTTTTAA
65 AACTATTTGAACT-TGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTGAAA
* * * * *
2983 TATGAATAAATTCA-T-TGTATTTTATTCTAAATAAGCTAGTATGAATTGAAAA
129 TATTAATAAATT-AGTAT-TATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA-TGAAAC
* * * * *
3035 AATTATTTTATGAGAAAAC--AA----A-AATGATTTGAAATAGATAA-CAGTTCATATAGT-TT
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAATAGTCAT
* * * *
3091 AACTATTTGAA-TTAGTTTGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGGA
65 AACTATTTGAACTT-GTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTGAA
** * ** ** *
3155 ATATTTTTATATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAAT
128 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA-TGAAAC
* * * * * *
3208 AATTGTTTTAAGACAAAACAAAAGGTTATAACT-ATTTGAAGTATACAATTATTCAAATCGTCAT
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT
* ** * * * *
3272 AACTATTTAAACAGGTTTGGTAAATAAATTTATTTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAG
65 AACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTGAA
* * * *
3337 AGATTAATAAATTACTATTATTTTATTCTGAATAAACTTGTAT-AAT-AAA-
128 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATGAAAC
* * * * * * * *
3386 AATAGTTGTCATATAACTAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATGGCC
1 AATTGTT-T--TATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC
* * * * * *
3451 ACAATTATTTGAAC-TGATTTGGTAAACAGATTCACTTTTTAAA--TC--AC-AATTAATTTTGG
63 ATAACTATTTGAACTTG-TTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTGA
3510 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAAC
127 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA-TGAAAC
* * * * *
3564 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGACAATTACTCAAATAATCGTA
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
* * * *
3629 ACTATTTAAATTTATTCGGTAAACTA-ATTTATTTTTTTAAA-CTCTTACTTATTAATTTTGAAA
66 ACTATTTGAACTTGTTTGGTAAAC-AGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTGAAA
* * * *
3692 TATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTGGATAGGCTTTTATGAACTGAAAC
129 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA-TGAAAC
* * * ** *
3744 AATTGTTTTAT-ATCAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTACATAAATAATTGCTC-AATAATCAT
1 AATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT
* * * * *
3807 CACTATTTTAACTTG-TTGGATAAACAGATTTATTTTTTAAAATCTTTTCCTTATTAATTTTTTT
65 AACTATTTGAACTTGTTTGG-TAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAA--TTTTG
* * * * *** * *
3871 TAATGTAAATAAATTTAG-AATATTTTATTGCAAATAAGATTGTAAGATATGAAAC
126 AAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGA-ATGAAAC
* * * * * * * * * * **
3926 AAATATTTTCTAACTAAACAAAAGGTTAGAACGATTTAAAATAAATAATTATTTC-AATAGTTTT
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAATAGTCAT
* * * * *
3990 AACTATTTGAACTGGTTTAG-CAACACATTTATTTTTTAAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGA
65 AACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAA-TTTTGAA
* **** * *
4054 ATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TAAACAAATAAGCTCG-ATGAGTAGAAAC
128 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTTGAATAAGCTTGTATGAAT-GAAAC
* ** * * ** *
4106 AATTGTTTTATGACAAAACAAATA--TCTTAACAATTTGAGATTGATAATTGCTCATATAGTCAT
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT
* * ** *
4169 AATTATTTGAACTGGTTTGGTAAGTAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTA--ATTTTTGAAAT
65 AACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTGAAAT
* * * **
4231 ATTAATAAATTAAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTCTACGATAAAAAAC
130 ATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGA-ATGAAAC
* * * * *
4283 AATTGTTTCATGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATCATTCATATAGTC-TT
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
* * ** * * * * **
4347 ACTATTTGAA-ATGCTT-CAACAATTAGATTTATTTTTTAATTTTTTTGGTTATTAAGTTTTGAA
66 ACTATTTGAACTTGTTTGGTA-AA-CAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTGAA
* * ** * *
4410 ATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAAATAGTATGAATAGAACC
128 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAT-GAAAC
* * * * *
4463 AATTGTTTGATGACAAAATAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGACAATTATTCAAATAGTCAAA
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
* * * * *
4528 ACTATTTGAAATGGTTTGGTAAACAGTTTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCTAAAT
66 ACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-GAAAT
4593 ATTAATAAA
130 ATTAATAAA
4602 AAGTTAGAAT
Statistics
Matches: 1934, Mismatches: 424, Indels: 208
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
170 1 0.00
171 1 0.00
172 51 0.03
173 78 0.04
174 46 0.02
175 107 0.06
176 82 0.04
177 238 0.12
178 125 0.06
179 188 0.10
180 374 0.19
181 282 0.15
182 324 0.17
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184 5 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (179 bp):
AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
ACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTGAAATA
TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATGAAAC
Found at i:4583 original size:537 final size:533
Alignment explanation
Indices: 1959--4601 Score: 1736
Period size: 537 Copynumber: 4.9 Consensus size: 533
1949 CAATTATCTA
* * * ** * * * * * * *
1959 AATTGATTTATTACAAAACAAAAAGTCACAATGATTTAAAATAAATAATTATTCAAATACTTATG
1 AATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGTCATAACAATTTGAAATAGACAATTACTCAAATAATCATA
* * * * *
2024 ACTATTTGAACCT-ATTTGATAAA-TATATTTATTTTTTAAATCTTTTATTTATTATTTGTCAAA
65 ACTATTT-AAACTGATTCGGTAAACTA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATT-TTTG---AA
* * * * * * * * * *
2087 ATATTAATGAATTAATATTTTTTTAATTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATA
124 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTCTATGAACAAAAACAATTGTTTTATG
** * ** *
2152 ACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAAATAATTGTTCAAATAGTCATAAAGATTTGAAC
189 ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT-AAATAATTATTC-AATAGTCATAACTATTTAAAC
* * * * ** *
2217 TTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAGATCTTTTATTTATTAATTGTCTT--AATATTAATAAT
252 ATGTT--GAAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTGCTTATTAATT-T-TTGAAATATTAATAAA
* * * *
2280 TTA-TATTATTTTA-TTCGAAATAAGCA-TGCATGAATAGAAA-AATTCATTTATGAACAAAACA
313 TTAGTATTATTTTATTTCG-AATAA-AATTGTATGAATAGAAACAATT-GTTTAT-AACTAAACA
** * * * * *
2341 AAAGGTTATAGCGA-TTCAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTTGTTT-GT
374 AAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAACTGGTTTGGT
* * * * * *
2404 GAATAGATTTA-TTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTAGATTATTAATAACTTAGTATTATT
439 AAACAG-TTTACTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATT
**** ** ** * *
2468 TTATTTTTAATAAGCTTATATGAACCGCAAT
503 TTATAACAAATAAGCTCGTATGAATAGAAAC
* * * * * * *
2499 AATT-TTTTATGA-GAAACAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGA
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGACAATTACTCAAATAATCATAA
* * * * * * *
2562 GTATTTGATCT-AGTTCGAT-AACCATATTTATTTTTTAAAAATTTAAACTTATTAATTGTTGAA
66 CTATTTAAACTGA-TTCGGTAAACTA-ATTTATTTTTT--AAATCT---CTTATTAATTTTTGAA
*** * * * * *
2625 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTAAACTAAATAAGCTTGTATGAACATAAACTATTGTTTTATA
124 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTCTATGAACAAAAACAATTGTTTTATG
* * ** * * *
2690 ACATAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAACAAATAATTGTTCCAATAGTCATAACTATTTGAAC-
189 ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATT-CAATAGTCATAACTATTTAAACA
* * * * *
2754 TGGTTTAATAAACAGATTTATTTTATAAA---TAT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATT
253 T-G-TTGA-AAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT
* * * * * * * * * *
2815 AATATTCA-TTTA-TTCTGAACAAACTTATATAAACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAA
315 AGTATT-ATTTTATTTC-GAATAAAATTGTATGAATAGAAACAATTG-TTTATAACTAAACAAAA
* *** * * * * * *
2878 GGTCATAGCAATTTGGAAA-AGATAATTGTTTAAATAGTTACAATTATTTGAACT-ATTTAGGTA
377 GGTTATAATGATTT-GAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAACTGGTTT-GGTA
** * * * *
2941 AACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTACATATTAATTTTT-TAATATGAATAAATTCA-T-TGTAT
440 AAC-AGTTTACTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATT-AGTAT-TAT
* * * *
3003 TTTAT-TCTAAATAAGCTAGTATGAATTGAAAA
502 TTTATAAC-AAATAAGCTCGTATGAATAGAAAC
* * * * * * * * *
3035 AATTATTTTATGAGAAAACAAAA---AT---GATTTGAAATAGATAA-CAGTTCATATAGT-TTA
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGACAATTA-CTCAAATAATCATA
* * * * * *
3092 ACTATTTGAA-TTAGTTTGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAA
65 ACTATTTAAACTGA-TTCGGTAAACTAATTTATTTTTTAAATCTC----TTATTAATTTTTGAAA
** * ** * * *
3156 TATTTTTATATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTAAGA
125 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTCTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGA
* * * * *
3221 CAAAACAAAAGGTTATAACT-ATTTGAAGTATACAATTATTCAAATCGTCATAACTATTTAAACA
190 CAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAAATAATTATTC-AATAGTCATAACTATTTAAACA
* * * * * *
3285 GGTTTGGTAAATAAATTTATTTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAGAGATTAATAAATT
253 TG-TT-GAAAATAGATTTA-TTTTTTAAATCTTTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT
* * * * * *
3350 ACTATTATTTTA-TTCTGAATAAACTTGTAT-AATAAAAATAGTTGTCATATAACTAAACAAAAG
315 AGTATTATTTTATTTC-GAATAAAATTGTATGAATAGAAACAATTGT-TTATAACTAAACAAAAG
* * * * * * * *
3413 GTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATGGCCACAATTATTTGAACTGATTTGGTAAAC
378 GTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAAC
* *
3478 AGATTCACTTTTTAAA--TC--AC-AATTAA-TTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
443 AG-TTTACTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
**** * *
3537 TTTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAAC
507 AACAAATAAGCTCGTATGAATAGAAAC
** * *
3564 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGACAATTACTCAAATAATCGTA
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACAATTTGAAATAGACAATTACTCAAATAATCATA
* *
3629 ACTATTTAAATTTATTCGGTAAACTAATTTATTTTTTTAAACTCTTACTTATTAA-TTTTGAAAT
65 ACTATTTAAACTGATTCGGTAAACTAATTTA-TTTTTTAAA-TC-T-CTTATTAATTTTTGAAAT
* * * * **
3693 ATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTGGATAGGCTTTTATGAACTGAAACAATTGTTTTAT-AT
126 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTCTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGA-
* * ** * * * *
3757 CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTACATAAATAATTGCTCAATAATCATCACTATTTTAACTTG
190 CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAATAGTCATAACTATTTAAACATG
* * ** * *
3822 TTGGATAAACAGATTTATTTTTTAAAATCTTTTCCTTATTAATTTTTTTTAATGTAAATAAATTT
255 TT-GA-AAATAGATTTATTTTTT-AAATCTTTTGCTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAA-TT
* * * * * *
3887 AG-AATATTTTATTGCAAATAAGATTGTAAG-ATATGAAACAAATAT-TTTCTAACTAAACAAAA
315 AGTATTATTTTATTTCGAATAAAATTGTATGAATA-GAAAC-AAT-TGTTTATAACTAAACAAAA
* * * * *** * *
3949 GGTTAGAACGATTTAAAATAAATAATTATTTC-AATAGTTTTAACTATTTGAACTGGTTTAGCAA
377 GGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAATAGTCAAAACTATTTGAACTGGTTTGGTAA
* *
4013 CACA-TTTATTTTTTAAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTT
441 -ACAGTTTACTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTT
*
4077 T-TAAACAAATAAGCTCG-ATGAGTAGAAAC
504 TAT-AACAAATAAGCTCGTATGAATAGAAAC
* * * * * * *
4106 AATTGTTTTATGACAAAACAAATA-TCTTAACAATTTGAGATTGATAATTGCTCATATAGTCATA
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGTCATAACAATTTGAAATAGACAATTACTCAAATAATCATA
* * * * *
4170 ATTATTTGAACTGGTTTGGT-AAGTAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATT
65 ACTATTTAAACTGATTCGGTAAACTA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATT
* * *
4234 AATAAATTAAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTCTACGATA-AAAAACAATTGTTTCATGACA
129 AATAAATT-AGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTCTATGA-ACAAAAACAATTGTTTTATGACA
* * * * *
4298 AAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATCATTCATATAGTC-TTACTATTTGAA-ATGC
192 AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCA-ATAGTCATAACTATTTAAACATG-
* * * * * *
4361 TTCAACAATTAGATTTATTTTTTAATTTTTTTGGTTATTAAGTTTTGAAATATTATTAAATTAGT
255 TTGAA-AA-TAGATTTATTTTTTAAATCTTTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGT
* * * * *
4426 ATTATTTTATTTCGAATAAAATAGTATGAATAGAACCAATTGTTTGATGACAAAATAAAAGGTTA
318 ATTATTTTATTTCGAATAAAATTGTATGAATAGAAACAATTGTTT-ATAACTAAACAAAAGGTTA
* *
4491 TAATGATTTGAAATAGACAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAAATGGTTTGGTAAACAGTT
382 TAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAG-T
* *
4556 TTAGTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCT-AAATATTAATAAA
446 TTACTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TGGAATATTAATAAA
4602 AAGTTAGAAT
Statistics
Matches: 1671, Mismatches: 324, Indels: 219
0.75 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
526 1 0.00
528 5 0.00
529 75 0.04
530 134 0.08
531 36 0.02
532 32 0.02
533 30 0.02
534 143 0.09
535 147 0.09
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538 169 0.10
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540 25 0.01
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542 46 0.03
543 40 0.02
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (533 bp):
AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGACAATTACTCAAATAATCATAA
CTATTTAAACTGATTCGGTAAACTAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAA
TAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTCTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAATAGTCATAACTATTTAAACATGTTGAAA
ATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
ATTTCGAATAAAATTGTATGAATAGAAACAATTGTTTATAACTAAACAAAAGGTTATAATGATTT
GAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAGTTTACTTTTTA
AATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATAACAAATAAGCTCG
TATGAATAGAAAC
Found at i:4917 original size:179 final size:176
Alignment explanation
Indices: 4609--5893 Score: 450
Period size: 181 Copynumber: 7.3 Consensus size: 176
4599 AAAAAGTTAG
* * * * * *
4609 AATGATTTGAAATAAATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTAAACTAATTCAGCAAATACATT
1 AATGATTTG-AATTAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAACTCAGCAAATACATT
* * *
4674 TATTTTTTAAATCTTTCACTAATTTTTAGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTATCCGAATAA
65 TATGTTTTAAATCTTTCACTAATTTTTAGAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTTATCCGAATAA
* * * *
4739 ACTTGCATGATAA-AAAATAATTTTTTTATGAGAAAAC-GAAGATCAT
130 ACTTGCATGA-AATAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCAT
* *
4785 AATGATTTGAGATTAATATTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGCTCAG-AAA-ACAAC
1 AATGATTTGA-ATTAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAACTCAGCAAATAC-A-
*
4848 TTTA-GTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAAGTAGTATTA-TTTTATT
63 TTTATGTTTTAAATCT-TT-C--ACTAATTTTTAG-AATATTAATAAAGTAGTATTATTTTTA-T
* ** *** * *
4910 TCGAATAAGTTTTTGTGAAATGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
122 CCGAATAAACTTGCATGAAATAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCAT
* *** * * *
4965 AATGACTTT-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA-AATCTATTTGAACTTGTTTTA-TAAATAG
1 AATGA-TTTGAATTA-ATAATTGTTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAAC-TAACTCAGCAAATAC
* * * * * * *
5027 ATTTATTTTATTTAAATCTCTTACTCATGAATTTTTTGAATGTTAATAAATTACTATTA-ATTTA
62 ATTTA-TGT-TTTAAATCT-TT-CAC-T-AATTTTTAGAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTTA
* * * * * * * *
5091 TTCTGAA-AAGCTTGTATGAACTGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT-AGG
121 -TCCGAATAAACTTGCATGAAATAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCA-T
* * * *
5147 AATGATTTAAAATAGATAATTGTTC---TA---AT---T-TTT-AGAC-AA---AACAAA-AGAT
1 AATGATTTGAATTA-ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA-ACTAACTCAGCAAATACAT
* * * * * *
5196 TCATTTTTTAATTCGCTACTT-ATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTA-TTTTATTCC
64 TTATGTTTTAAAT--CT--TTCACTAATTTTTAGAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTTA-TCC
* * * * * * * * *
5259 AAATAAAATTGTAT-CAATAGAAACAATTATTTCATGACAAAATAAATGGTCAT
124 GAATAAACTTGCATGAAATA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCAT
** * * * * *** * ** *
5312 CAA-GATTTGAAACAAATAATT-TTCAAATTGTTATAACTAATTAAACTGGGT-TGGTAATCAGA
1 -AATGATTTG-AATTAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAACTCAGCAAAT-ACA
* * * * *
5374 TTTAT-ATTTAAATCTCTT-AATAATTTTTA-AATATTAATAAATTAATATTA-TTTTATTCCAA
63 TTTATGTTTTAAATCT-TTCACTAATTTTTAGAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTTA-TCCGA
** * *
5435 ATAAACTTATATG-AATGAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
126 ATAAACTTGCATGAAAT-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCAT
** * * * * * * *** ** * * *
5486 AACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATCGCCTTTACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAAATT
1 AATGATTTGAATTA-ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAACTCAGCAAATACATT
* * * * * * * * *
5551 TATCTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTCATAATATTATTAGATTAGTATTA-TTTTATTTCG
65 TATGTTTTAAA--TCTT--TCACTAATTTTTAGAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTTA-TCCG
* ** * * *
5615 AATAAGCTTTTATGAACAT-AAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTAT
125 AATAAACTTGCATGAA-ATAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCAT
** * ** *
5667 AACAATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTC-GCTAAATAGAT
1 AATGATTTGAATTA-ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAACTCAGC-AAATACAT
* * * * *
5731 TTATTTTTTAAATC-TCCTACTAATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTT
64 TTATGTTTTAAATCTTTC-ACTAA-T--TTTTAG-AATATTAATAAAGTAGTATTATTTTTA-TC
* ** ** * * * **
5794 TGAATAGGCTTATATG--ATGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAATTTCAT
123 CGAATAAACTTGCATGAAATAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCAT
** * * * * *
5846 AACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGCCATAATTATTTGAACT
1 AATGATTTGAATTA-ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
5894 GATTCGATAA
Statistics
Matches: 880, Mismatches: 155, Indels: 145
0.75 0.13 0.12
Matches are distributed among these distances:
164 41 0.05
165 51 0.06
166 9 0.01
167 10 0.01
168 6 0.01
170 2 0.00
171 1 0.00
172 5 0.01
173 7 0.01
174 90 0.10
175 59 0.07
176 63 0.07
177 8 0.01
178 21 0.02
179 148 0.17
180 58 0.07
181 184 0.21
182 66 0.08
183 50 0.06
184 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (176 bp):
AATGATTTGAATTAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAACTCAGCAAATACATTT
ATGTTTTAAATCTTTCACTAATTTTTAGAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTTATCCGAATAAA
CTTGCATGAAATAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCAT
Found at i:5646 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 5198--7660 Score: 1537
Period size: 181 Copynumber: 13.6 Consensus size: 180
5188 CAAAAGATTC
* * * * * *
5198 ATTTTTTAATTCGC-TACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAA
1 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAA
** * * * * * * * * *
5262 TAAAATTGTATCAATAGAAACAATTATTTCATGACAAAATAAATGGTCATCAA-GATTTGAAACA
65 TAAGCTTGTATGAACATAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT-AATAATTTGAAATA
* * * * * * * *
5326 AATAATT-TTCAAATTGTTATAACTAATTAAACTGGGTT-GGTAATCAGATTT
129 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GATTCGGTAAACAAATTT
* * * * *
5377 A-TATTTAAATCTCTTA---A-TAATTTTTAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAAT
1 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAAT
* * * * *
5437 AAACTTATATGAATGA-AAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAG
66 AAGCTTGTATGAA-CATAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAG
* * * * * * *
5501 ATAATTATTCAAATCGCCTTTACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAAATTT
130 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCGGTAAACAAATTT
* * * * *
5552 ATCTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTCATAATATTATTAGATTAGTATTATTTTATTTCGAA
1 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAA
* * * * *
5617 TAAGCTTTTATGAACATAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAT
65 TAAGCTTGTATGAACATAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAG
* * *
5682 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-AGTTCGCTAAATAGATTT
130 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGA-TTCGGTAAACAAATTT
* * *
5733 ATTTTTTAAATCTCCTACTAATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAA
1 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAA
* * * * ** *
5798 TAGGCTTATATG---ATGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAATTTCATAACAATTTGAAATA
65 TAAGCTTGTATGAACAT-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATA
* * * * * ***
5860 GATAATTATTCAAATGGCCATAATTATTTGAACTGATTCGATAAATTGATTT
129 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCGGTAAACAAATTT
** * * * * * *
5912 A-TTTTTAAATCTCCAACTTCTCAAATTTTGAAATATTAATAAAGTAATGTTATTTTATTTTGAA
1 ATTTTTTAAATCTCTTACTTAT-TAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAA
* * *** * ** * * **
5976 TAAGCTTTTATTTTTTTATTTTGAACAA-ACTTATATGAATAAAAACATTTATTTTATAGCAACA
65 TAAGCTTGTA-----TGAACATAAACAATTGTTTTATG-A-CAAAACA---A----A-AG-GTCA
* ** * * * * * *
6040 CAA-AAGGTCATAATGATTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAATTGGTTAG
114 TAATAA--T--T--TGAAATAGAT----AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCG
* *
6104 GCAAATAGAA-TT
169 GTAAACA-AATTT
* * *
6116 ATTTTTTAAATCTCTTACATATTAATTTTTGAAATATGAATAAATTCA-TATTATTTTA-TTCTT
1 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTC-G
* * *
6179 AATAAG-TTAGTATGAA-TTGAAA-AATTGTTTTATGGCAAAAC--AA----A-AATGATTT-AC
63 AATAAGCTT-GTATGAACAT-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGA-
* ** * * * *
6233 AATAGATAACTGTTCGTATAGTCTTAACTATTTGAACT-AGTTTGGTAGATAAATTT
125 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGA-TTCGGTAAACAAATTT
* * * *
6289 ATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTATTTATATTAGTATTATTTTATTTCGA
1 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTGAAATATTA-ATAAATTAGTATTATTTTATTTCGA
* ** * * * * * * * *
6354 ATAAACTTACATGCATATAAATAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAGTA
64 ATAAGCTTGTATGAACATAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATA
* * * * * * * * * *
6419 TACAGTTATTCAAATAATTATAACTATTTAAACTAATTCAG-AAACATATTT
129 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCGGTAAACAAATTT
* * * *
6470 ATTTTGTAAATCTCTTACATATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAA
1 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAA
* * * * * *
6535 TAAACTTGTATGATA-AAAAACAATTGTTATATGACCAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATA
65 TAAGCTTGTATGA-ACATAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATA
* * * * * * *
6599 GATAATTATTGAAAT-GACCATAATTATTTGAACTAATAT-GGTAAACAGATTC
129 GATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTGAT-TCGGTAAACAAATTT
* * * * * * *
6651 ACTTTTTGAATCACTTAATTACTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAA
1 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAA
* * ** * ** *
6716 TAAACTTGTATGAAC-TGAAACAATTGTTTTGTGACAAAACAAAAAATCATAATGATTTTCAATG
65 TAAGCTTGTATGAACAT-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATA
* *
6780 GACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTTG-TTCGGT-AA-AAA--T
129 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTGATTCGGTAAACAAATTT
* ** * * * *
6828 ATTTTTTAAAACTCTTGTTTATTAATTTTTGAAATATTAAAAAATTAGTATTCTTTTATTTTGGA
1 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAA
* * * * *
6893 TAAGCTTTTATGAAC-TAAAACAATTATTTTATGTCAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATT
65 TAAGCTTGTATGAACAT-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAA-T
** * * * ** **
6957 ATTTAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAATTTATTCAATAAACGGATTT
128 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCGGTAAACAAATTT
* * * * * *
7010 ATTTTTTCAAATCTTTTACTTATTAATTTTTTAAATGTTAATATATTTAG-ATTATTTTATTCCA
1 ATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATA-AATTAGTATTATTTTATTTCG
* * * * * * * * **
7074 AATAAGCATGTAAG-ATATGAAACAAATATTTTATGACTAAACAAAAGGTTAGAACCATTTGAAA
63 AATAAGCTTGTATGAACAT-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAA
* * * ** * ** *
7138 TAGATAGTTGTTCTAATAATTTTAACTATTTGAACTAATTCGACAAATAAATTT
127 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCGGTAAACAAATTT
* * * * ** *
7192 CTTTTTTGAATCTCTTA-TTA--ATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TAACTAAA
1 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAA
** * * * * * * **
7253 TAAGCTCCTATGATA-AGAAATAATTGTTTGATGATAAAAC-AAAGATCTTAATAATTTGAGGCT
65 TAAGCTTGTATGA-ACATAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGA-AAT
***
7316 -GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTTAATAAACATATATTT
128 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCGGTAAACA-A-ATTT
* * *
7370 -TTTTTCAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAA-AAAATAGTATTATTTTATTTTGAA
1 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAA
* * * * *
7433 TATGCTTGTATGATCAAAAACAATTATTTTATGACAAAACGAAAGGTCATAATAATTTGAAATAG
65 TAAGCTTGTATGAACATAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAG
* * * * *
7498 ATAATCGTTCAAATGGTCATAATTATTTTAATTGATTCGGTAAA-AAATTTT
130 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCGGTAAACAAA-TTT
* * * *
7549 ATTTTTTTAATTTCTTACTTATTATTTTTGGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCCAT
1 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGA-
* * * * * *
7613 CTAAGCTTGTATTAACTTAAATAATTATTTTATGACAAATCAAAAGGT
64 ATAAGCTTGTATGAACATAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
7661 AAACAAATTT
Statistics
Matches: 1784, Mismatches: 389, Indels: 220
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
172 2 0.00
173 72 0.04
174 118 0.07
175 63 0.04
176 72 0.04
177 181 0.10
178 115 0.06
179 105 0.06
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182 100 0.06
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189 2 0.00
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194 3 0.00
195 4 0.00
196 1 0.00
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206 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.09, T:0.43
Consensus pattern (180 bp):
ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAAT
AAGCTTGTATGAACATAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGA
TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCGGTAAACAAATTT
Found at i:5871 original size:360 final size:360
Alignment explanation
Indices: 5212--7660 Score: 1759
Period size: 360 Copynumber: 6.8 Consensus size: 360
5202 TTTAATTCGC
* * * ** * *
5212 TACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAAATTGTATCAAT
1 TACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAC
* * * * * *
5277 AGAAACAATTATTTCATGACAAAATAAATGGTCATCAA-GATTTGAAACAAATAATT-TTCAAAT
66 ATAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT-AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * * *
5340 TGTTATAACTAATTAAACTGGGTT-GGT-AATCAGATTTA-TATTTAAATCTC-T--TAA-TAAT
130 AGTCATAACTATTTAAACT-AGTTCGCTAAAT-AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTAATTAAT
* ** * *
5398 TTTT-AAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAACTTATATGAATGAAAACATTTG
193 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTATATGAATG-AAACAATTG
* * * *
5462 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATCGCCTTTACTAT
257 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAACTAT
* *
5527 TTGAACTGGTTTGGTAAACAAATTTATCTTTTAAATCTCT
322 TTGAACTGATTTGATAAACAAATTTAT-TTTTAAATCTCT
* * * * * *
5567 TAGTTATTAATTTTCATAATATTATTAGATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTTTATGAAC
1 TACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAC
* * * ** *
5632 ATAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATATATAATTGTTCAAATA
66 ATAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* *
5697 GTCATAACTATTTGAACTAGTTCGCTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACTAATTAATTTT
131 GTCATAACTATTTAAACTAGTTCGCTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTAATTAATTTT
* * *
5762 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAGGCTTATATG-ATGAAACAATTATTTT
196 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTATATGAATGAAACAATTGTTTT
* ** * * *
5826 ATGATAAAACAAAATTTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGCCATAATTATTTGA
261 ATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAACTATTTGA
* *** *
5891 ACTGATTCGATAAATTGATTTATTTTTAAATCTCC
326 ACTGATTTGATAAACAAATTTATTTTTAAATCTCT
* * * * * * * *
5926 AACTTCTCAAATTTT-GAAATATTAATAAAGTAATGTTATTTTATTTTGAATAAGCTTTTATTTT
1 TACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGC--------T
* * *
5990 TTTATTTTGAACAAACTTATATGAATAAAAACATTTATTTTAT-AGCAACACAAAAGGTCATAAT
57 TGTA---TG----AAC--------AT--AAACAATTATTTTATGA-CAAAACAAAAGGTCATAAT
* * * * *
6054 GATTT-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAATTGGTTAGGC-AAATAGAATTA
104 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTT-CGCTAAATAGATTTA
*
6117 TTTTTTAAATCTCTTAC-ATATTAATTTTTGAAATATGAATAAATTCA-TATTATTTTATTCTT-
168 TTTTTTAAATCTCTTACTA-ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATT-TTA
* *
6179 AATAAG-TTAGTATGAATTGAAA-AATTGTTTTATGGCAAAAC--AA----A-AATGATTT-ACA
230 AATAAGCTTA-TATGAA-TGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGA-A
* * ** * * * * *
6234 ATAGATAACTGTTCGTATAGTCTTAACTATTTGAACT-AGTTTGGTAGATAAATTTATTTTTTAA
292 ATAGATAATTATTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTGA-TTTGATAAACAAATTTA-TTTTTAA
6298 ATCTCT
355 ATCTCT
* * * * * ** *
6304 TAGTTATTAATTTTTGGAATATTATTTATATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTACATGCA
1 TACTTATTAATTTTTAGAATATTA-ATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA
* * * * * * * * * * *
6369 TATAAATAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAGTATACAGTTATTCAAAT
65 CATAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * * *
6434 AATTATAACTATTTAAACTAATTCAG--AAACATATTTATTTTGTAAATCTCTTAC-ATATTAAT
130 AGTCATAACTATTTAAACTAGTTC-GCTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTA-ATTAAT
* * * * **
6496 TTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGATAAAAAACAATTG
193 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTATATGA-ATGAAACAATTG
* * * * * *
6561 TTATATGACCAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTGAAAT-GACCATAATTA
257 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG-CCATAACTA
* * * * * * *
6625 TTTGAACTAATATGGTAAACAGATTCACTTTTTGAATCACT
321 TTTGAACTGATTTGATAAACAAATTTA-TTTTTAAATCTCT
* * * * *
6666 TAATTACTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAAC
1 TACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAC
* * ** ** * *
6731 -TGAAACAATTGTTTTGTGACAAAACAAAAAATCATAATGATTTTCAATGGACAATTGTTCAAAT
66 AT-AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * * ** *
6795 AGTCATAACTATTTGAATTTGTTCGGTAAA-A-A--TATTTTTTAAAACTCTTGTTTATTAATTT
130 AGTCATAACTATTTAAACTAGTTCGCTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTAATTAATTT
* * ** * * *
6856 TTGAAATATTAAAAAATTAGTATTCTTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATTATT
195 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTATATGAA-TGAAACAATTGTT
* * * ** * * *
6921 TTATGTCAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATTATTTAATTGTTCAAATAGTCATAATTATT
259 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAA-TAGATAATTATTCAAATAGCCATAACTATT
* * ** ** *
6986 TGAATTTATTCAATAAACGGATTTATTTTTTCAAATCTTT
323 TGAACTGATTTGATAAACAAATTTA-TTTTT-AAATCTCT
* * * * * *
7026 TACTTATTAATTTTTTA-AATGTTAATATATTTAG-ATTATTTTATTCCAAATAAGCATGTAAG-
1 TACTTATTAA-TTTTTAGAATATTAATA-AATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGA
* * * * * ** * *
7088 ATATGAAACAAATATTTTATGACTAAACAAAAGGTTAGAACCATTTGAAATAGATAGTTGTTCTA
64 ACAT-AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
* ** * * * * *
7153 ATAATTTTAACTATTTGAACTAATTCGAC-AAATAAATTTCTTTTTTGAATCTC-T--T-ATTAA
128 ATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTCG-CTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTAATTAA
* ** ** * *
7213 TTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TAACTAAATAAGCTCCTATGATAAGAAATAAT
192 TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTTAAATAAGCTTATATGA-ATGAAACAAT
* * * * ** * *
7277 TGTTTGATGATAAAAC-AAAGATCTTAATAATTTGAGGCT-GATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
255 TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGA-AATAGATAATTATTCAAATAGCCATAAC
*
7340 TATTTGAACTGATTTAATAAACATATATTT-TTTTTCAAATCTCT
319 TATTTGAACTGATTTGATAAACA-A-ATTTATTTTT-AAATCTCT
* * * *
7384 TACTTATTAATTTTT-GAAATATTAA-AAAATAGTATTATTTTATTTTGAATATGCTTGTATGAT
1 TACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA
* * * *
7447 CAAAAACAATTATTTTATGACAAAACGAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATCGTTCAAAT
65 CATAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * * * * * *
7512 GGTCATAATTATTTTAA-TTGATTCGGTAAA-AAATTTTATTTTTTTAATTTCTTACTTATT-AT
130 AGTCATAACTATTTAAACTAG-TTCGCTAAATAGA-TTTATTTTTTAAATCTCTTACTAATTAAT
** ** * * * *
7574 TTTTGGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCATCTAAGCTTGTATTAACTTAAATAATT
193 TTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTATATGAA-TGAAACAATT
* *
7639 ATTTTATGACAAATCAAAAGGT
256 GTTTTATGACAAAACAAAAGGT
7661 AAACAAATTT
Statistics
Matches: 1641, Mismatches: 350, Indels: 199
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
353 2 0.00
354 109 0.07
355 151 0.09
356 41 0.02
357 129 0.08
358 178 0.11
359 115 0.07
360 284 0.17
361 187 0.11
362 131 0.08
363 3 0.00
364 13 0.01
367 5 0.00
368 2 0.00
370 2 0.00
371 3 0.00
374 3 0.00
376 2 0.00
377 48 0.03
378 30 0.02
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383 111 0.07
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385 5 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (360 bp):
TACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAC
ATAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
GTCATAACTATTTAAACTAGTTCGCTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTAATTAATTTT
TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTATATGAATGAAACAATTGTTTT
ATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAACTATTTGA
ACTGATTTGATAAACAAATTTATTTTTAAATCTCT
Found at i:6096 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 6046--6096 Score: 61
Period size: 16 Copynumber: 2.9 Consensus size: 18
6036 AACACAAAAG
*
6046 GTCATAATGATTTAAATA
1 GTCATAATTATTTAAATA
* *
6064 G--ATAATTGTTCAAATA
1 GTCATAATTATTTAAATA
6080 GTCATAATTATTTAAAT
1 GTCATAATTATTTAAAT
6097 TGGTTAGGCA
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 5, Indels: 4
0.74 0.14 0.11
Matches are distributed among these distances:
16 13 0.50
18 13 0.50
ACGTcount: A:0.43, C:0.06, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (18 bp):
GTCATAATTATTTAAATA
Found at i:6172 original size:205 final size:203
Alignment explanation
Indices: 5781--6184 Score: 445
Period size: 205 Copynumber: 2.0 Consensus size: 203
5771 AATAAATTAG
* ** * * **
5781 TATTATTTTATTTTGAATAGGCTTATATGATGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAATTTCAT
1 TATTATTTTATTTTGAACAAACTTATATGATAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * * * *
5846 AACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGCCATAATTATTTGAACTGATTCGATAAATTGATT
66 AACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAATTATTTAAACTGATTAGACAAATAGAAT
* * * *
5911 TATTTTTAAATCTCCAACTTCTCAAATTTTGAAATATTAATAAAGTAATGTTATTTTATT-TTGA
131 TATTTTTAAATCTCCAACATATCAAATTTTGAAATATGAATAAAGTAATATTATTTTATTCTT-A
5975 ATAAGCTTT
195 ATAAGCTTT
* * *
5984 TATTTTTTTATTTTGAACAAACTTATATGAATAAAAACATTTATTTTAT-AGCAACACAAAAGGT
1 TATTATTTTATTTTGAACAAACTTATATG-AT-AAAACAATTATTTTATGA-CAAAACAAAAGGT
** * * * * *
6048 CATAATGATTT-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAATTGGTTAGGCAAATAG
63 CATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAATTATTTAAACTGATTAGACAAATAG
** * * * *
6112 AATTATTTTTTAAATCTCTTACATATTAATTTTTGAAATATGAATAAATTCATATTATTTTATTC
128 AATTA-TTTTTAAATCTCCAACATATCAAATTTTGAAATATGAATAAAGTAATATTATTTTATTC
6177 TTAATAAG
192 TTAATAAG
6185 TTAGTATGAA
Statistics
Matches: 163, Mismatches: 33, Indels: 8
0.80 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
203 25 0.15
204 50 0.31
205 86 0.53
206 2 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.09, T:0.43
Consensus pattern (203 bp):
TATTATTTTATTTTGAACAAACTTATATGATAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
AACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAATTATTTAAACTGATTAGACAAATAGAAT
TATTTTTAAATCTCCAACATATCAAATTTTGAAATATGAATAAAGTAATATTATTTTATTCTTAA
TAAGCTTT
Found at i:7493 original size:898 final size:889
Alignment explanation
Indices: 5984--7608 Score: 1942
Period size: 898 Copynumber: 1.8 Consensus size: 889
5974 AATAAGCTTT
* * *
5984 TATTTTTTTATTTTGAACAAACTTATATGAATAAAAACATTTATTTTATAGCAACACAAAAGGTC
1 TATTCTTTTATTTTGAACAAACTTATATGAATAAAAACAATTATTTTATAGCAAAACAAAAGGTC
* * *
6049 ATAATGATTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAATTGGTTAGGCAAATAGAA
66 ATAATGATTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAATTGATTAGACAAACAGAA
* **
6114 TTATTTTTTAAATCTCTTACATATTAATTTTTGAAATATGAATAAATTCATATTATTTTATTCTT
131 TTATTTTTTAAATCTCTTACATATTAATTTTTGAAATATGAATAAATTCAGATTATTTTATTCCA
* * * * *
6179 AATAAGTTAGTATGAATTGAAAAATTGTTTTATGGCAAAACAAAAATGATTTACAATAGATAACT
196 AATAAGATAGTAAGAATTGAAAAAATATTTTATGACAAAACAAAAATGATTTACAATAGATAACT
* * * ** *
6244 GTTCGTATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTTGGTAGATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTT
261 GTTCGTATAATCTTAACTATTTGAACTAATTCGACAAATAAATTTATTTTTTAAATCTC-T--TT
* * ** * *
6309 ATTAATTTTTGGAATATTATTTATATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTACATGCATATAA
323 ATTAATTTTTGAAATATTATTTAAATTAGTATTATTTTAACTCAAATAAACTTACATGCATAGAA
* * * * *
6374 ATAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAGTATACAGTTATTCAAATAATTA
388 ATAATTGTTTGATGATAAAACAAAAGATTATAATAATTTGAAGTATACAGTTATTCAAATAATCA
*
6439 TAACTATTTAAACTAATTCAGAAACATATTTATTTTGTAAATCTCTTACATATTAATTTTTGAAA
453 TAACTATTTAAACTAATTAAGAAACATATTTATTTTGTAAATCTCTTACATATTAATTTTTGAAA
* *
6504 GATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGATAAAAAACAATTGTTATATGA
518 GATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGATAAAAAACAATTATTATATGA
* * * *
6569 CCAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTGAAATGACCATAATTATTTGAACTA
583 CAAAACAAAAGGTAATAATAATTTGAAATAGATAATCATTCAAATGACCATAATTATTTGAACTA
*
6634 ATAT-GGTAAACAGA-TTCACTTTTTGAATCACTTAATTACTAATTTTTGG-AATATTAATAAAT
648 AT-TCGGTAAA-AAATTTCACTTTTTGAATCACTTAATTA-TAATTTTTGGAAATATTAATAAAT
6696 TAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTGTGACAAAACAAAAA
710 TAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTGTGACAAAACAAAAA
6761 ATCATAATGATTTTCAATGGACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTTGTTCGGTAAAA
775 ATCATAATGATTTTCAATGGACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTTGTTCGGTAAAA
6826 ATATTTTTTAAAACTCTTGTTTATTAATTTTTGAAATATTAAAAAATTAG
840 ATATTTTTTAAAACTCTTGTTTATTAATTTTTGAAATATTAAAAAATTAG
* * * *
6876 TATTCTTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACT-AAAACAATTATTTTAT-GTCAAAACAAAAGG
1 TATTCTTTTATTTTGAACAAACTTATATGAA-TAAAAACAATTATTTTATAG-CAAAACAAAAGG
** * * *
6939 TCATAATGATTTTAAATTATTTAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAATTTATTCA-ATAAA
64 TCATAATGA-TTTAAA-TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAATTGATT-AGACAAA
* * * * * * * * *
7003 CGGATTTATTTTTTCAAATCTTTTACTTATTAATTTTTTAAATGTTAATATATTTAGATTATTTT
126 CAGAATTATTTTTT-AAATCTCTTACATATTAATTTTTGAAATATGAATAAATTCAGATTATTTT
* *
7068 ATTCCAAATAAGCAT-GTAAG-ATATGAAACAAATATTTTATGACTAAACAAAAGGTTAGAACCA
190 ATTCCAAATAAG-ATAGTAAGAAT-TGAAA-AAATATTTTATGACAAAACAAAA--AT-G----A
** * *
7131 TTTGA-AATAGATAGTTGTTC-TAATAATTTTAACTATTTGAACTAATTCGACAAATAAATTTCT
245 TTT-ACAATAGATAACTGTTCGT-ATAATCTTAACTATTTGAACTAATTCGACAAATAAATTTAT
*
7194 TTTTTGAATCTC-TTATTAATTTTTGAAATATTA-TTAAATTAGTATTATTTTTAACT-AAATAA
308 TTTTTAAATCTCTTTATTAATTTTTGAAATATTATTTAAATTAGTATTA-TTTTAACTCAAATAA
* * *
7256 GC-TCCTATG-ATAAGAAATAATTGTTTGATGATAAAAC-AAAGATCT-TAATAATTTGAGGCTG
372 ACTTAC-ATGCAT-AGAAATAATTGTTTGATGATAAAACAAAAGAT-TATAATAATTTGAAG-T-
* * * * * *
7317 ATA-A-TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTTAATAAACATATATT-TTTTTTCAAA
432 ATACAGTTATTCAAATAATCATAACTATTTAAACT-AATTAAGAAACATAT-TTATTTTGT-AAA
* * ** **
7379 TCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAA-AAAATAGTATTATTTTATTTTGAATATGCTTGTA
494 TCTCTTACATATTAATTTTTGAAAGATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTA
* * * * *
7443 TGATCAAAAACAATTATTTTATGACAAAACGAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATCGTTC
559 TGATAAAAAACAATTATTATATGACAAAACAAAAGGTAATAATAATTTGAAATAGATAATCATTC
** * * * * * * ** * *
7508 AAATGGTCATAATTATTTTAATTGATTCGGTAAAAAATTTTATTTTTTTAATTTCTTACTTATTA
624 AAATGACCATAATTATTTGAACTAATTCGGTAAAAAATTTCACTTTTTGAATCACTTAATTATAA
7573 TTTTTGGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
689 TTTTTGGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
7609 CCATCTAAGC
Statistics
Matches: 607, Mismatches: 96, Indels: 54
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
891 1 0.00
892 61 0.10
893 7 0.01
894 51 0.08
895 62 0.10
896 20 0.03
897 57 0.09
898 222 0.37
899 63 0.10
902 1 0.00
903 61 0.10
904 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (889 bp):
TATTCTTTTATTTTGAACAAACTTATATGAATAAAAACAATTATTTTATAGCAAAACAAAAGGTC
ATAATGATTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAATTGATTAGACAAACAGAA
TTATTTTTTAAATCTCTTACATATTAATTTTTGAAATATGAATAAATTCAGATTATTTTATTCCA
AATAAGATAGTAAGAATTGAAAAAATATTTTATGACAAAACAAAAATGATTTACAATAGATAACT
GTTCGTATAATCTTAACTATTTGAACTAATTCGACAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTTATT
AATTTTTGAAATATTATTTAAATTAGTATTATTTTAACTCAAATAAACTTACATGCATAGAAATA
ATTGTTTGATGATAAAACAAAAGATTATAATAATTTGAAGTATACAGTTATTCAAATAATCATAA
CTATTTAAACTAATTAAGAAACATATTTATTTTGTAAATCTCTTACATATTAATTTTTGAAAGAT
TAATAAAATAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGATAAAAAACAATTATTATATGACAA
AACAAAAGGTAATAATAATTTGAAATAGATAATCATTCAAATGACCATAATTATTTGAACTAATT
CGGTAAAAAATTTCACTTTTTGAATCACTTAATTATAATTTTTGGAAATATTAATAAATTAGTAT
TATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTGTGACAAAACAAAAAATCATA
ATGATTTTCAATGGACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTTGTTCGGTAAAAATATTT
TTTAAAACTCTTGTTTATTAATTTTTGAAATATTAAAAAATTAG
Found at i:7766 original size:122 final size:122
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7526 TAATTGATTC
* * * * * *
7536 GGTAAAAAATTTTATTTTTTTAATTTCTTACTTATTATTTTTGGAAATATTAATAAATTAGTATT
1 GGTAAAAAATTTTATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTCGAAATACTAATAAATTAGTATT
* ** * * *
7601 ATTTTATTCCATCTAAGCTTGTATTAACTTAAATAATTATTTTATGAC-AAATCAAAA
66 AATTTATTCCAAATAAACTTGTATGAACTTAAATAATTATTTTATAACTAAA-CAAAA
* * * *
7658 GGTAAACAAA-TTTATTTTTTAAATCTCTTTCTCATTAATTTTCTAAATGCTAATAAATTATTAT
1 GGTAAA-AAATTTTATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTCGAAATACTAATAAATTAGTAT
* * *
7722 TAATTTATTCTAAATAAACTTGTATGAAC-TAGAATAGTTTTTTTATAACTAAACAAAA
65 TAATTTATTCCAAATAAACTTGTATGAACTTA-AATAATTATTTTATAACTAAACAAAA
7780 GGT
1 GGT
7783 CAGAATGATT
Statistics
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122 95 0.92
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GGTAAAAAATTTTATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTCGAAATACTAATAAATTAGTATT
AATTTATTCCAAATAAACTTGTATGAACTTAAATAATTATTTTATAACTAAACAAAA
Found at i:8184 original size:182 final size:182
Alignment explanation
Indices: 7944--8273 Score: 396
Period size: 182 Copynumber: 1.8 Consensus size: 182
7934 ATTGTTTACA
* * * ** * *
7944 ACAAAAGAAAAGGTCATAACGATTTAAAATAGATAATCATTCATATCATCCTAACTATTCTAATT
1 ACAAAAGAAAAGGTCAAAACAATTTAAAATAGATAATCATTCAAATCATCAAAACTATTCGAAAT
** * * ** * *
8009 GG-TTTG-ACATTAGATTTATTTTTTAATTTTCTTGGTTATTAAGTTTCAAAATAGTATTAAATT
66 GGTTTTGTA-AACAGATTTACTTTTTAAATTTCTTACTAATTAAGTTTCAAAATAGTAATAAATT
8072 AGTAATTATTTTATTCTGAATAAAATAATACGAACAAAACCAATTTTTTTGATG
130 AGT-ATTATTTTATTCTGAATAAAATAATACGAACAAAACCAATTTTTTTGATG
* * * *
8126 ACAAAATAAAAGGTTAAAACAATTTAAAATAGATAATTATTTAAAT-AGTCAAAACTATTCGAAA
1 ACAAAAGAAAAGGTCAAAACAATTTAAAATAGATAATCATTCAAATCA-TCAAAACTATTCGAAA
* ** *
8190 TGGTTTTGTAAACAGATTTACTTTTTAAATTTCTTACTAATTAATTTTTTAAATATTAATAAATT
65 TGGTTTTGTAAACAGATTTACTTTTTAAATTTCTTACTAATTAAGTTTCAAAATAGTAATAAATT
*
8255 AGTATTATTTTATTTTGAA
130 AGTATTATTTTATTCTGAA
8274 CAAACTTATC
Statistics
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Consensus pattern (182 bp):
ACAAAAGAAAAGGTCAAAACAATTTAAAATAGATAATCATTCAAATCATCAAAACTATTCGAAAT
GGTTTTGTAAACAGATTTACTTTTTAAATTTCTTACTAATTAAGTTTCAAAATAGTAATAAATTA
GTATTATTTTATTCTGAATAAAATAATACGAACAAAACCAATTTTTTTGATG
Found at i:8576 original size:55 final size:56
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8480 ATGATAAACA
*
8490 AAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGCTCATATAGTCTTAACTGTTTGAAC
1 AAAAGGTC-TAACAATTTGAAATAAATAATTGCTCATATAGTCTTAACTATTTGAAC
*
8547 AAAAGGTCTAATAATTTGAAA-AAATAATTGCTCATATAGTCTTAACTATTTGAAC
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* *
8602 AAAAGATCAAACAATTTGAAATAAATAA
1 AAAAGGTCTAACAATTTGAAATAAATAA
8630 ATATTAATAA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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AAAAGGTCTAACAATTTGAAATAAATAATTGCTCATATAGTCTTAACTATTTGAAC
Found at i:9768 original size:37 final size:37
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9717 TAAACAATGC
*
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1 ATGGCAAAACTCCCCTCAATTTATGCATCCTAATC
9799 TAACACTACT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (37 bp):
ATGGCAAAACTCCCCTCAATTTATGCATCCTAATCCA
Found at i:15955 original size:182 final size:182
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Period size: 181 Copynumber: 6.4 Consensus size: 182
14851 TTAAATCTCC
* * *
14861 TATTAATTTTT-GAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTATTT-GAATAAGCTTGGAT-AATCA
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* * * * * * * * *
14923 AAAACAATTTTTTTATGAGAAAAC-AAAGATCACAAT-GATTT-AAGTTTGATATTTGTTCAAAT
63 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATCAATTTGAA-ATAGATAATTATTCAAAT
* * * * ** * *
14985 AATTATAGCTATTTGAA-TTAG-TTCG-AAA-AGCTATTTTAAGTTTTAAATCTCTTGCT
127 AGTCATAACTATTTGAACTT-GTTTGGTAAATAG--A-TTTATTTTTTAAATCTTTTACT
* * * * *
15041 TATTAACTTTCAAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCAAATAAG-TTCGTATGAATTGA
1 TATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTT-GTATGAATAGA
* * * * * *
15105 AACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGCTCATAATGACTTT-AAATAGTTAGAACGATTATTAAA
65 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATCAATTTGAAATAG--A-TA--ATTATTCAA
* * * * * *
15169 AAAGTCA-AATCTTTTTTAACTTTTTTGGTAAACAGATTTATTGTTTTAAATCTTTTGCT
125 ATAGTCATAA-CTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATT-TTTTAAATCTTTTACT
* * * * *
15228 TATTAATTTTTCGAATGTTAATAAATTATTATTATTTTA-TTCTAAATAAGTTTGTATGAATTGA
1 TATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATAGA
* * ** * * * * ** * *
15292 AATAATTGTCTTATGATTAAATAAAAGGTCAGAA-CGATTCAAAATAGATAATTGTTCTAATAGT
65 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATCAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
* * * * * *
15356 CTTAACTATTTGAACTAGTTTGGCAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACT
130 CATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACT
* * * * * *
15409 TAGTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTATGAAAATAA
1 TATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAA
* * * ** * * *
15474 GCAATTGTTTTATGACAAAATACAA-ATCATAA-CGTTTTGAGATTAGATAATTGTTCAAATATT
66 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATCAATTTGA-AATAGATAATTATTCAAATAGT
* * * * *
15537 CATGACTATTTGAAC-TGTTTTAGAAAATAAATTTAGTTTTTAAATC---TA-T
130 CATAACTATTTGAACTTG-TTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACT
* * * * * ** * *
15586 TATTAATTATCAAAATATTAATAGATTTA-TATTATTTTAATTT-GAATAATTTTGCATGAACAG
1 TATTAATTTTTAGAATATTAATA-AATTAGTATTATTTT-ATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAG
*
15649 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATG-TCATAAT-AATTTGAAATAGATAA-TAGTTCAAAT
64 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GATCATAATCAATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAAT
* * * ** **
15711 GGACA-AGACTATTTGAACTTATTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTCAACT
127 AGTCATA-ACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACT
**
15767 TATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAAATTGTATGAATAGAA
1 TATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAA
* *
15832 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATAAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTC
66 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATCAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC
* * *
15897 ATAACTATTTAAACTCGTTTGGTAAATAGATTTATATTTTAAATCTTTTACT
131 ATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACT
* * * ** *
15949 TATTAATTTTTAGAATTTTAATAAATCAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTCT-TATGAGTAGA
1 TATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCT-TGTATGAATAGA
*
16013 AACAATTGGTTTATGA
65 AACAATTGTTTTATGA
16029 AATGATCTGA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (182 bp):
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ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATCAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC
ATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACT
Found at i:16475 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 16226--16544 Score: 408
Period size: 171 Copynumber: 1.9 Consensus size: 170
16216 AATTGTTTAG
** *
16226 ATAGTCATAACTATTTGAACATATTCGGTAAACAGATTCATTTTTTAATTCTCTTACACATTAAT
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* * *
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* * *
16355 GTTTTATTACAAAATAAAAGGTCACTATAGATAATTATTCAA
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* * * * * * **
16397 ATAGTCATGACTATTTGAACTTATTTAATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT-TT
1 ATAGTCATAACTATTTGAACATATTCAATAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACACATTATT
* * *
16461 TTGTAGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATT
66 TT-T-GAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTTAAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATT
16526 GTTGTATAACAAAACAAAA
129 GTTGTATAACAAAACAAAA
16545 ATTCATAATA
Statistics
Matches: 125, Mismatches: 20, Indels: 6
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.09, T:0.43
Consensus pattern (170 bp):
ATAGTCATAACTATTTGAACATATTCAATAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACACATTATT
TTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTTAAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTGT
TGTATAACAAAACAAAAGGTCACTATAGATAATTATTCAA
Found at i:16721 original size:181 final size:180
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Indices: 16385--16808 Score: 451
Period size: 181 Copynumber: 2.3 Consensus size: 180
16375 GTCACTATAG
* * *
16385 ATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTTATTT-AATAAACATATTTATTTTTTAAATCT
1 ATAATTGTTCAAATAGTCAT-AATATTTGAACTT-TTTCAATAAACATATTTATTTTTTAAATAT
** * * * *
16449 TTTACTTATTTTTTGTAGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTTGAATAAGCTTGTATGA
64 TTTACTTATTAATTATAGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTCGAATAAGATAGTATGA
* * ** * *
16514 ATAGAAATAATTGTTGTATAACAAAACAAAAA-TTCATAATAGTTTAAAATAA
129 ACAGAAAAAATCATTGTATAACAAAACAAAAAGTT-ATAACAATTTAAAATAA
*
16566 ATAATTGTTCAAATAGTCATAATGATTTGAACTTTTTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATATT
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAAT-ATTTGAACTTTTTCAATAAACATATTTATTTTTTAAATATT
* *** * *
16631 TTATTTATTAATTATCTTAATATTAATAAAATTTATATTATTTT-ATTCGAAATAATATAGTATG
65 TTACTTATTAATTATAGAAATATTAAT-AAATTAATATTATTTTAATTCG-AATAAGATAGTATG
* * * * * *
16695 AACA-AAAAAATCATTTTGTGACAAAACAAAAAGTTATAGCAATTTCAAATAG
128 AACAGAAAAAATCATTGTATAACAAAACAAAAAGTTATAACAATTTAAAATAA
* * * * * *
16747 ATAATTGTTCAAATAATCATAATTATTTAAACTTGTTCCATAAACAAATTCATTTTTTAAAT
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAA-TATTTGAACTTTTTCAATAAACATATTTATTTTTTAAAT
16809 CTCTTAATTG
Statistics
Matches: 203, Mismatches: 34, Indels: 12
0.82 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
180 5 0.02
181 166 0.82
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ACGTcount: A:0.43, C:0.07, G:0.07, T:0.43
Consensus pattern (180 bp):
ATAATTGTTCAAATAGTCATAATATTTGAACTTTTTCAATAAACATATTTATTTTTTAAATATTT
TACTTATTAATTATAGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTCGAATAAGATAGTATGAAC
AGAAAAAATCATTGTATAACAAAACAAAAAGTTATAACAATTTAAAATAA
Found at i:16942 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 16902--16944 Score: 68
Period size: 16 Copynumber: 2.7 Consensus size: 16
16892 TAACGATTTG
*
16902 AAATAGATATTTATTC
1 AAATAGTTATTTATTC
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1 AAATAGTTATTTATTC
*
16934 AAATCGTTATT
1 AAATAGTTATT
16945 ACTATTTGAT
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 2, Indels: 0
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Matches are distributed among these distances:
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Found at i:19511 original size:16 final size:16
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Indices: 19490--19524 Score: 61
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19480 ATACAAGCTC
*
19490 ATACCAATTGTTAAGG
1 ATACCAATTGTTAAAG
19506 ATACCAATTGTTAAAG
1 ATACCAATTGTTAAAG
19522 ATA
1 ATA
19525 TGTCATCAAG
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 1, Indels: 0
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Consensus pattern (16 bp):
ATACCAATTGTTAAAG
Done.