Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019168381.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_6, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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tuple sizes 0,4,5,7
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ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.15, T:0.34
Warning! 64000 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 45 of 130
Found at i:10664129 original size:18 final size:18
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Indices: 10664106--10664144 Score: 60
Period size: 18 Copynumber: 2.2 Consensus size: 18
10664096 TCTGAGGTCA
* *
10664106 ATTTTCATTGTTATTATT
1 ATTTTCATTATTATTAGT
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1 ATTTTCATTATTATTAGT
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1 ATT
10664145 ATTACCATAG
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Consensus pattern (18 bp):
ATTTTCATTATTATTAGT
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10664529 TGGATTTGGA
* *
10664539 TTTTTAGGGTTTGATTTTAAG
1 TTTTT-GGGTTAGAATTTAAG
*
10664560 TTTTTGGGTTAGAATTTATG
1 TTTTTGGGTTAGAATTTAAG
* * *
10664580 TTTATGGGATTAGGA-TTAAA
1 TTTTTGGG-TTAGAATTTAAG
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1 TTTTTGGG
10664608 AGATTTTTTA
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Consensus pattern (20 bp):
TTTTTGGGTTAGAATTTAAG
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10664987 CTTTTTCCAC
* *
10664997 TTTAAT TTTAAT TTTAATT TTTGAT TTTAATTT TTTAA- TTTATT TTTATAT
1 TTTAAT TTTAAT TTTAA-T TTTAAT TTTAA--T TTTAAT TTTAAT TTTA-AT
* * *
10665048 TTTGAT TTTGAT TTT-AT TTTATT TTTCAAT TTT
1 TTTAAT TTTAAT TTTAAT TTTAAT TTT-AAT TTT
10665081 TTACTTACTG
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Consensus pattern (6 bp):
TTTAAT
Found at i:10665018 original size:13 final size:13
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Indices: 10664997--10665081 Score: 65
Period size: 13 Copynumber: 6.8 Consensus size: 13
10664987 CTTTTTCCAC
10664997 TTTAA-TTTTAAT
1 TTTAATTTTTAAT
*
10665009 TTTAATTTTTGAT
1 TTTAATTTTTAAT
10665022 TTTAATTTTTTAA-
1 TTTAA-TTTTTAAT
10665035 TTT-ATTTTTATAT
1 TTTAATTTTTA-AT
* *
10665048 TTTGA-TTTTGAT
1 TTTAATTTTTAAT
*
10665060 TTT-A-TTTTATT
1 TTTAATTTTTAAT
10665071 TTTCAATTTTT
1 TTT-AATTTTT
10665082 TACTTACTGA
Statistics
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14 11 0.18
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Consensus pattern (13 bp):
TTTAATTTTTAAT
Found at i:10665023 original size:19 final size:19
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10664991 TTCCACTTTA
10665001 ATTTTAATTTTAATTTTTG
1 ATTTTAATTTTAATTTTTG
*
10665020 ATTTTAATTTTTTAATTTAT-
1 ATTTTAA--TTTTAATTTTTG
*
10665040 -TTTTATATTTTGA-TTTTG
1 ATTTTA-ATTTTAATTTTTG
10665058 ATTTT-ATTTT-ATTTTT
1 ATTTTAATTTTAATTTTT
10665074 CAATTTTTTA
Statistics
Matches: 45, Mismatches: 3, Indels: 14
0.73 0.05 0.23
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16 1 0.02
17 12 0.27
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Consensus pattern (19 bp):
ATTTTAATTTTAATTTTTG
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Indices: 10665185--10665221 Score: 58
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10665175 CAAAAGAAAC
*
10665185 AAAAGAAATATAATAAA
1 AAAAGAAATATAACAAA
10665202 AAAAGAAA-ATAACAAA
1 AAAAGAAATATAACAAA
10665218 AAAA
1 AAAA
10665222 TAAAGAAATC
Statistics
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0.90 0.05 0.05
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16 11 0.58
17 8 0.42
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Consensus pattern (17 bp):
AAAAGAAATATAACAAA
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10670414 TAAGTCTTCA
*
10670424 AAGCCCAAAGGTAAGGGCT
1 AAGCCCAAAGGTAAAGGCT
*
10670443 AAGCCCAAGGGTAAAGGCT
1 AAGCCCAAAGGTAAAGGCT
10670462 TGAGTAGGGG
Statistics
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19 17 1.00
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Consensus pattern (19 bp):
AAGCCCAAAGGTAAAGGCT
Found at i:10678543 original size:21 final size:21
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10678509 GGCTCTATAT
10678519 AGACCAGGCCATGGTATAAGC
1 AGACCAGGCCATGGTATAAGC
* * *
10678540 AGACTAGGGTCA-GGTATAGGC
1 AGACCA-GGCCATGGTATAAGC
*
10678561 ACACCAGGCCAT
1 AGACCAGGCCAT
10678573 AGCAAACCCA
Statistics
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0.71 0.17 0.11
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20 4 0.16
21 17 0.68
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AGACCAGGCCATGGTATAAGC
Found at i:10679992 original size:27 final size:27
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10679952 GCAATGGCAG
10679962 AGACCAACAA-TCCAAGGATGGAGACAA
1 AGACCAA-AAGTCCAAGGATGGAGACAA
*
10679989 AGACCAAAAGTCCAAGGATGGGGACAA
1 AGACCAAAAGTCCAAGGATGGAGACAA
10680016 AG
1 AG
10680018 GTTGACAAAC
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26 2 0.07
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AGACCAAAAGTCCAAGGATGGAGACAA
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Indices: 10691617--10691669 Score: 79
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10691607 GGTGTGGGCA
* *
10691617 CACCAAGCCCCAGTAGACCCAATAGAG
1 CACCAAGCCCAAGTAAACCCAATAGAG
*
10691644 CACCAAGCCTAAGTAAACCCAATAGA
1 CACCAAGCCCAAGTAAACCCAATAGA
10691670 TAGAACTTTC
Statistics
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Consensus pattern (27 bp):
CACCAAGCCCAAGTAAACCCAATAGAG
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Indices: 10711159--10711646 Score: 624
Period size: 248 Copynumber: 2.0 Consensus size: 247
10711149 TGGTATAGGC
* * * *
10711159 AGTGATTAAGACTCTAGAGGCTCAAGCATGGTGTTTAGGTTTGGTATAATTGAGCCAGGCTCAGG
1 AGTGATAAAGACTCTAGAGGCTCAAGCATAGTGTTCAGGTTTGGTATAATTGAGCCAGGCTCAAG
** *
10711224 TGTAGGGCTGGTGAGTGCTTATATGAATTTACAAGCCATAAAAATAACATTGGCATGGCAAAAAT
66 TACAGGGCTGGTAAGTGCTTATATGAATTTACAAGCCATAAAAATAACATTGGCATGGCAAAAAT
* * * * * *
10711289 ATAAAGATGTGCTTGAACCCACCTACTATCTGATCATGGTGCGCATGGTGCATGGCCCCAACTTA
131 ATAAAAATATGCTTGAACCCACCTACTACCTAATCATGGTACGCATGGTGCATGGCCCCAACCTA
* * *
10711354 GGATACCCATGTGTGATGCATGGCCTAGCATGTGCTGATGGTGTTTATGGGT
196 GAATACCCAAGTGTGATGCATGGCCTAGCATGCGCTGATGGTGTTTATGGGT
* * * *
10711406 AGTGATAAAGATTCTAGAGGCTCAGGCATAGTGTTCAGGTTTGGTTTAATTGAGTCAGGC-CTAA
1 AGTGATAAAGACTCTAGAGGCTCAAGCATAGTGTTCAGGTTTGGTATAATTGAGCCAGGCTC-AA
* * **
10711470 GTACA-GGCATTGGTAAGTGCTTATATGAATTTACAAGCTA-AAAAATTAGCATTGGTGTGGCAA
65 GTACAGGGC--TGGTAAGTGCTTATATGAATTTACAAGCCATAAAAA-TAACATTGGCATGGCAA
*** *
10711533 AAATATAAAAATATGCTTGAACCCTTTTACTACCTAATCATGGTATGCATGGTGCATGG-CCCAG
127 AAATATAAAAATATGCTTGAACCCACCTACTACCTAATCATGGTACGCATGGTGCATGGCCCCA-
* * *
10711597 GCCTAGAATACCCAAGTGTGGTGCATGGCCTAGCATGCGTTGATGGTGTT
191 ACCTAGAATACCCAAGTGTGATGCATGGCCTAGCATGCGCTGATGGTGTT
10711647 CAAGGAAACT
Statistics
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0.84 0.13 0.04
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246 4 0.02
247 66 0.32
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Consensus pattern (247 bp):
AGTGATAAAGACTCTAGAGGCTCAAGCATAGTGTTCAGGTTTGGTATAATTGAGCCAGGCTCAAG
TACAGGGCTGGTAAGTGCTTATATGAATTTACAAGCCATAAAAATAACATTGGCATGGCAAAAAT
ATAAAAATATGCTTGAACCCACCTACTACCTAATCATGGTACGCATGGTGCATGGCCCCAACCTA
GAATACCCAAGTGTGATGCATGGCCTAGCATGCGCTGATGGTGTTTATGGGT
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10717679 AGCACAAAGG
10717689 CATGTCAAGATGA
1 CATGTCAAGATGA
10717702 CATGTCAAGATG
1 CATGTCAAGATG
10717714 GCACGTACTG
Statistics
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13 12 1.00
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CATGTCAAGATGA
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Indices: 10719925--10719971 Score: 78
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10719915 GATGTTGTAA
10719925 GAGTATTCTT-ACATCAAGCCATGG
1 GAGTATTCTTAACATCAAGCCATGG
*
10719949 GAGTATTCTTAATATCAAGCCAT
1 GAGTATTCTTAACATCAAGCCAT
10719972 TTCCCAACAT
Statistics
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GAGTATTCTTAACATCAAGCCATGG
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10721088 CATCATCATC
*
10721098 ATT ATT ATT ATT -TT ATT ACT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT
1 ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT
10721142 TATTTACATG
Statistics
Matches: 38, Mismatches: 2, Indels: 2
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2 2 0.05
3 36 0.95
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ATT
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Indices: 10721999--10722030 Score: 57
Period size: 16 Copynumber: 2.1 Consensus size: 16
10721989 TCTTTCATTG
10721999 CCATC-TTCTTTTTCT
1 CCATCTTTCTTTTTCT
10722014 CCATCTTTCTTTTTCT
1 CCATCTTTCTTTTTCT
10722030 C
1 C
10722031 GTCTTGAACT
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 0, Indels: 1
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15 5 0.31
16 11 0.69
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CCATCTTTCTTTTTCT
Found at i:10739981 original size:28 final size:28
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10739931 AGAACTTGAT
* *
10739941 TTCTAGTAAATCATTTTATCAAAATCTA
1 TTCTAGTAAATCATTTCATCAAAACCTA
10739969 TTCTAGTAAATCATTTCATCAAAACCTA
1 TTCTAGTAAATCATTTCATCAAAACCTA
10739997 T
1 T
10739998 GTTGCTAGGA
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28 27 1.00
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TTCTAGTAAATCATTTCATCAAAACCTA
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Indices: 10740406--10740449 Score: 79
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10740396 ATTTTTTATC
*
10740406 CTTAATTCTAGGGATACAAATA
1 CTTAATTCTAGAGATACAAATA
10740428 CTTAATTCTAGAGATACAAATA
1 CTTAATTCTAGAGATACAAATA
10740450 TAAATATACA
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 1, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
22 21 1.00
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CTTAATTCTAGAGATACAAATA
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10744092 GCAATGAAGG
10744102 CCTAAATAGGATTCGGCAA
1 CCTAAATAGGATTCGGCAA
10744121 CCTAAATAGGATTCGGCAA
1 CCTAAATAGGATTCGGCAA
10744140 TGAAGGCCTA
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
19 19 1.00
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CCTAAATAGGATTCGGCAA
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Indices: 10744393--10744436 Score: 79
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10744383 ATTTTTTGTC
*
10744393 CTTAATTCTAGGGATACAAATA
1 CTTAATTCTAGAGATACAAATA
10744415 CTTAATTCTAGAGATACAAATA
1 CTTAATTCTAGAGATACAAATA
10744437 TAAATATACA
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 1, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
22 21 1.00
ACGTcount: A:0.43, C:0.14, G:0.11, T:0.32
Consensus pattern (22 bp):
CTTAATTCTAGAGATACAAATA
Found at i:10745618 original size:11 final size:11
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Indices: 10745597--10745631 Score: 52
Period size: 11 Copynumber: 3.2 Consensus size: 11
10745587 GAGGAAAGAT
*
10745597 AAAAGAAGGAA
1 AAAAAAAGGAA
*
10745608 AAGAAAAGGAA
1 AAAAAAAGGAA
10745619 AAAAAAAGGAA
1 AAAAAAAGGAA
10745630 AA
1 AA
10745632 TGGACATTTG
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 3, Indels: 0
0.88 0.12 0.00
Matches are distributed among these distances:
11 21 1.00
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Consensus pattern (11 bp):
AAAAAAAGGAA
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Indices: 10746674--10746805 Score: 237
Period size: 67 Copynumber: 2.0 Consensus size: 67
10746664 AGGGGCGCAT
10746674 GTAGAAAACTTAAAGAACAATTGTCCTTATTTCTTCTTATTCTATATACAATGAAGGAGTACATC
1 GTAGAAAACTTAAAGAACAATTGTCCTTATTTCTTCTTATTCTATATACAATGAAGGAGTACATC
10746739 TA
66 TA
* * *
10746741 GTAGGAAACTTAAAGAACAATTGTCTTTATTTCTTCTTATTCTATCTACAATGAAGGAGTACATC
1 GTAGAAAACTTAAAGAACAATTGTCCTTATTTCTTCTTATTCTATATACAATGAAGGAGTACATC
10746806 CAAATAAATA
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0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
67 62 1.00
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Consensus pattern (67 bp):
GTAGAAAACTTAAAGAACAATTGTCCTTATTTCTTCTTATTCTATATACAATGAAGGAGTACATC
TA
Found at i:10747050 original size:25 final size:25
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Indices: 10746999--10747050 Score: 77
Period size: 25 Copynumber: 2.1 Consensus size: 25
10746989 GGAAATCAAG
* * *
10746999 TTGCACTAATGTAGGAGAATTAGAT
1 TTGCACTAATGTAGAAGAATCAAAT
10747024 TTGCACTAATGTAGAAGAATCAAAT
1 TTGCACTAATGTAGAAGAATCAAAT
10747049 TT
1 TT
10747051 CTACACTTCC
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 3, Indels: 0
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Matches are distributed among these distances:
25 24 1.00
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TTGCACTAATGTAGAAGAATCAAAT
Found at i:10748969 original size:27 final size:27
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Indices: 10748897--10748960 Score: 101
Period size: 27 Copynumber: 2.4 Consensus size: 27
10748887 TGAATAGGTT
* * *
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*
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** * *
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* *
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** * * *
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* *
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* *
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* * * **
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* *
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*
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*
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*
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*
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* *
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*
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*
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* * *
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*
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* * *
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* * * *
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*
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* **
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* ***
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* * * *
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* * *
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*
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** **
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*
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* ** *
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** *
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1 GCT
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* * *
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* *
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*
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* *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* ** **
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* * ** * * * * * ** * *
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* * ** * * ** *
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* * * * *
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* * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * * * *
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1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAA
** * * * *
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* * * * * * *** *
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* * * * *** * **
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1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTAT-TCGAAATAAAATAATACTA
* * * *
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* * * * * ** * *
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* * * * *
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1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGT-TCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTA
* * * * *
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** ** * * * *
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130 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTG-T-TTATGCT
* * * * ** * * * * *
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1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTAT-TTTTGT-TCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACT
* * * * * * *
11096893 AATATATTAACA-TTCAAAATATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAAATAAATATGTTTA-CTAAA
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* * * * *
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* * ** *
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1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACA-AGCTTATTCGAAATAAAATAATACTA
* * *
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* * * * * *
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* * ** * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * **
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130 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTTAT-GCT
* ** *
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**
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* * * ** * *
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* * * ** * * *
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* * * * * *
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* * * ** *
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128 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTTATG--CT
** * ** * *
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1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACT-A
* * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * * * *
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1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAA
* * * * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * * * *
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* * *** ** *
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* * * ** * * *
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* ** * * *
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* * ** *
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128 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTTATGCT
* * * * * *
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1 -TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACT
* * * *
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64 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTATCGAACTA
* * * ** *
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129 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGA-ATAATTATCTATTTCAAATTGTTTATG-CT
** ** * * * *
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1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTAT-TCGAAATAAAATAATACTA
* * * * * * * *
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* *
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* * * ** * *
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** * *
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* * *
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*
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* * * * * *
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* * * * ** *
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* * * * ** *
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* * * * ** * * *
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* ** * *
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* * * *
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* * * * * * **
11096791 AAACTATAAGGATAATTATCTATTTCAAATCGATCTGAAGT
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* * * * * * * * *
11096832 TTT-TTTAGCCATAAAATATTTGCTT-AATATCATGCAAGCTTATTTGGAATAAAATAATCCA-A
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* * * * * * **
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* * * * * **
11096958 AGCTCAAATAGTTATGACTATTTGGACAATTA-CT-TATTAAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTG
127 AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAATTGTTATAAATTTTTGTTTTG
* ** * * *
11097021 TCATAAAACAATTATTTTAGTTTATAATAGCTTACCCAAAATAAAATAATACTAACTTGTTAATA
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* *
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* * * *
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* * * * * *
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1 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAATAAT
* * * * * *
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* * * * * * *
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***
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* ** *
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* * * * * *
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324 TATATGAATAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACCT
* * * * * * * *
11097543 TGTGTTTTGTTATAAAATAATTTTTTCAATTTATACAAGCTTATTCGGAATAAAAAAAATACTAA
1 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCGAAAT-AAAATAATAATAA
* * * * * *
11097608 TTTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGATATTTAAAAAATAAATCTATTT-GTCGAAGCAG
65 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACT-GAACCAG
* * * * ** *
11097672 TTTAAACAGTTAAGACTACATGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAACTTTTT-TTTTGTC
129 TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTAT-AAATTTTTGTTTTGTC
** * * * *
11097736 ATAAAACAATCGTGTCAGTTCATACAAGCTTATTAGAAATGAAATAATA-TAAATTTATTAATA-
193 ATAAAACAATTATTTTAGTTCATA-AAGCTTATTCGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATAT
* * * * * *
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256 TTC-AAAAATTAATAAGTAAG-AGATTTAAAAAAT-AATCTATTT-TCTGAATAAATTCAAATAG
* * * * * * *
11097862 TTATGGCTATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATTACCT
317 TTAAGACTATATGAATAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACCT
* * * * ** * * *
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1 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCAATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAATAA
* * * *
11097970 TTTATTAATCTTTCAAAAATTAATATGTATGTGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-TCGAACCAG
65 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACT-GAACCAG
* * * *
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* * * * *
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193 AT--AAAACAATTATTTTA-GTTCATA-AAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * * *
11098161 A-TTCTAAAAATTAATAACTAAGAGAATTAAAAAAAAAATTTGTTTAT-TGAACT-AGTTCAAAT
254 ATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAG-ATTTAAAAAATAATCTATTT-TCTGAA-TAAATTCAAAT
* ** *
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315 AGTTAAGACTATATGAATAATTATCTATTT-AAAATCGTTATGACCT
* * ** * *
11098268 ATTTGTTTTGTGATAAAACAATT-TTTCATTTCATACTTGCTTATTCAAAATAAAATAA-AACGA
1 -TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAA-TA
* ** * * *
11098331 ATTTGTTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAATATTTTTGTTTACTTAACCA
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** * *
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128 GTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAAAT-TTTTGTTTTGT
* * * * *
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192 CATAAAACAATTATTTTAGTTCATA-AAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * ** *
11098523 TTTCAAAAA-T--TAA-TAAGACATTTAAAAAATAAATCTATTTATC-AAACCAGTTCAAATAGT
255 TTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATCTATTT-TCTGAATAAATTCAAATAGT
* * * * *
11098583 TATGATTACT-TGACA-AATTATTTATTTCAAATCATTATGACCT
318 TAAGACTA-TATGA-ATAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACCT
** ** * * * *
11098626 CCTGTCCTGTTATAAAACAATTAG-TT-ATGTTCATACAAGCTTATAT-GAATTAAAATAATACT
1 TTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTCA-ATTCATACAAGCTTAT-TCGAAATAAAATAATAAT
* * * * * * * *
11098688 AATTTATTAATATTTCGACAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACTA
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** * * * * *
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128 GTTCAAATAAT-TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAAATTTTTGTTTTGT
* * * * *
11098817 CATAAAAGATTTGTTTCAGTTCATATAAG-TATATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
192 CATAAAACAATTATTTTAGTTCATA-AAGCT-TATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
** * * * * * * *
11098881 TTT-AAAAATTAATATTTAAGATATTTAAAAAAAGAATTTATTTATC-GAACAAGTTTAAATAAT
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*
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TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACCAGTT
CAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAAATTTTTGTTTTGTCATA
AAACAATTATTTTAGTTCATAAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA
AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATCTATTTTCTGAATAAATTCAAATAGTTAAGACTA
TATGAATAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACCT
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*
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1 CTATTTCAAATAATTAT
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CTATTTCAAATAATTAT
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11097329 AATTATGGCC
* * * *
11097339 ATTTCAATAGTTATCTATTTCAAATTATTATAAATTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTATTTTTC
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* * * * *
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* *
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* *
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* *
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ATCATACAAGCTTATTCGAAATAAAAAAAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTA
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11095573 TTGATTTGAC
* * * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * ** * ** * ** * *
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** * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * * * *
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311 TT-CCTATTTAAAAAATTAT-ATATTTCAAATCATTATAACATTCTGTTTTG-TTAT-AAAAAAT
* ** * * *
11095968 TGGTTT-TGTTCATA-ATATTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAACT
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* * * * * ** * * * * *
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**
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499 GAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA
* ** * * * * *
11096114 CATTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTTGTTCATACAAGTTTATTCGGATTAAAATAATACAA
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* * * * *
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* * * * ** * * * * * *
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* * * * * * * * * * **
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* * *
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258 TTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTAC----CAAA--T--A-AG-
** * * * * * * * * * *
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311 --TTCCTATTTAAAAAATTATATATTTCAAATCATTATAACATTCTGTTTTGT--TATAAAAAAT
* * * * ** * * * *
11096497 TGTTCA-ATTAATACAATTTTATATGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCTAAAATTA
372 TATTTATGTTCATACAAGCTTAT-TGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTA
* * * * * * * * * *
11096561 AT-A--AA-AGATTTAAAAAATAAATTTTTTTACCGAATTAGA-T-AAATAATTATGGCCATTTA
436 ATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACTA-ATTCAAATAGTTAAGACTATATG
* * *
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500 AATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA
* * *** * *
11096648 CTTTTTGTTTTGTTATAAAATAATT-TTTTTTTATCATACAAGCTTAATCGAAATAAAATAATA-
1 C-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGT-TCATACAAGCTTATTAGAAATAAAATAATAT
** * *
11096711 ATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATATGTTT-CTCAAA
64 A-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGTGATTTAAAAAGTAAATCTGTTTACT-AAA
* *** **** * * *
11096775 -CTAGTTCAAATAGTTAAAACTATAAGGATAATTATCTATTTCAAATCGATCT-GAAGTTTT-TT
127 TC-AGTTCAAATAATTATGGCTATTTCAACAATTATCTATTTCAAATC-AT-TATAATTTTTGTT
* * * ** * ** ** * * * * *
11096837 TAGCCATAAAATATTTGCTTAAT-ATCATGCAAGCTTATTTGGAATAAAATAATCCAAATATATT
189 TTGTCATAAAACAAAT-ATTTTTGATCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATT
* * * * * *
11096901 AACA-TTCAAAATATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAAATAAATATGTTTACTAAATAAGCTCAA
253 AATATTTCAAAA-ATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTACCAAATAAGTTC--
* * * ** * * * *
11096965 ATAGTTATGACTATTTGGACAATTACT-TA-TTAAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
314 CTA-TT-T-A--A-----AAAATTA-TATATTTCAAATCATTATAACATTCTGTTTTGTTATAAA
* **** * ** *
11097028 ACAATTATTT-TAGTTTATA-ATAGCTTACCCAAAATAAAATAATACTAACTTGTTAATATTTCA
368 A-AATTATTTAT-GTTCATACA-AGCTTA-TTGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCA
* *
11097091 AAAATTAATAAGC-AAGAGATTTTAAAAAATAATTCTATTT-TCTGAA-TAAATTCAAATACTTA
429 AAAATTAATAA-CTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTATTTATC-GAACT-AATTCAAATAGTTA
* * * *
11097153 CGACTATATGAATAATTATATATTTAAAATTGTTATGA
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* * * * *
11097191 GCTTTTGCTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTTATAAAAGGTTATTCGAAATAAAATAATA-A
1 -CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTAGAAATAAAATAATATA
* * *
11097255 TAGTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGTGATTTAAAGAGTAAATCTATTTACTAAATC
65 -AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGTGATTTAAAAAGTAAATCTGTTTACTAAATC
* * * * *
11097320 GGTTCAAATAATTATGGCCATTTCAATAGTTATCTATTTCAAATTATTATAAATTTTTGTTTTGT
129 AGTTCAAATAATTATGGCTATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT-AATTTTTGTTTTGT
* * *
11097385 AATAAAACAATTATTTTTCATCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
193 CATAAAACAAATATTTTTGATCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* *
11097450 TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAACCTATTTACCAAATTAGTTCCTATTTAAA
258 TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAATAAGTTCCTATTTAAA
* * * *
11097514 TAATTATCTATTTCAAATCATTATAACATTGTGTTTTGTTATAAAATAATTTTTTCAAT-TT-AT
323 AAATTATATATTTCAAATCATTATAACATTCTGTTTTGTTATAAAA-AATTATTT--ATGTTCAT
* *
11097577 ACAAGCTTATTCGGAATAAAAAAAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGATA
385 ACAAGCTTATT-GGAAT-AAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGA
* * * * * *
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*
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* * * *
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* * *
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* * * ** * *
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129 AGTTCAAATAATTATGGCTATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCATTA-TAATTTTTGTTTTGT
* * * *
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193 CATAAAACAAATATTTTTGATCATAT-AAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * *
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* * * * * ** * * **
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312 -T-CCTATTTAAAAAATTATATATTTCAAATCATTATAAC-ATTCTGTTTTGT-TATAAAAAATT
* * * * *
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373 ATTTATGTTCATACAAGCTTA-TTGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAA
* * * * * * * **
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* *
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* * ** * *
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* * * * ** * * *
11098329 GAATTTGTTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAATATTTTTGTTTACTTAAC
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* * *
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128 CAGTTCAAATAATTATGGCTATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAAT-TTTTGTTTTG
* * * *
11098458 TCATAAAACAAATATTTTTGTTCGTATAAGTTTATTTCGAAA-AAAGTAATACTAATTTATTAAT
192 TCATAAAACAAATATTTTTGATCATATAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * ** *
11098522 ATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGACATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACCAGTTCAAATAGT
256 ATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAATAAGTTC--CTA-T
* * * * **
11098583 TATGATTACTTGACAAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTCCTGTCCTGTTATAAAACAATT
318 T-T-A--A----A-AAATTATATATTTCAAATCATTATAACATTCTGTTTTGTTATAAAA-AATT
* * * * *
11098648 AGTTATGTTCATACAAGCTTATAT-GAATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCGACAATTA
373 ATTTATGTTCATACAAGCTTAT-TGGAA-TAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTA
* * * * * * * * *
11098712 ATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACTAAATCAAATAGTCT-TGACTATTTG
436 ATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACTAATTCAAATAGT-TAAGACTATATG
11098776 AATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA
500 AATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA
* * * *
11098804 CTTTTTGTTTTGTCATAAAAGATTTGTTTCAGTTCATATAAG-TATATTTGAAATAAAATAATAC
1 C-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCT-TATTAGAAATAAAATAATA-
**
11098868 T-AATTTATTAATATTT-AAAAATTAATATTTAAGAT-ATTTAAAAA
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Statistics
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AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAATAAGTTCCTATTTAAAAAA
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ATAAATCTATTTATCGAACTAATTCAAATAGTTAAGACTATATGAATAATTATCTATTTCAAATC
GTTATGA
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* ** * * *
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* * * * * * * *
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** * *
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* * * *
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* * * * **
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* * * * * *
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* * * *
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*** *
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* ** *
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* * * *
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** * * * *
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* * **
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* * * * * * * *
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1 GTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
* * * * * *
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* * * *
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* ** * ** *
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** * ** * * * *
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***
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* *
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* * * *
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*
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* * * * * * * *
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* *
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* * * *
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* * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * * * ** * *
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** * * ** * * * *
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* *
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* * * **
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* * * * * * *
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* * ** * *
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* * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * *
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* *** * * * *
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* * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * *
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*** * * * *
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* * *
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Statistics
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* * * * * *
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* ** * *
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253 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTCTATTTAT
* * * * * * *
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* * * * * * **
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* * * *** * ** * ***
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* * * * *
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* * * * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
11099751 AAAGGTCATAAAT-ATTTGAAATTGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTAAACGT-GTTGA
760 AAAGGTCAT-AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TAGTTCA
* * * * * **
11099814 A-AAAAATTATTTA-TTTTTAAAATTTTTACTTGTT-ATATTTTGGAGTATTGTTAAATTTA-TA
823 ATAAACA-TATTTATTTTTTAAATTTTTTACTTATTAAT-TTTTAGAATATTAATAAA-TTAGTA
*
11099875 TTATTTT-ATTTA
885 TTATTTTAATTCA
* * *
11099887 GAATAAACTTGTTTGAATAGAAACGATTATTTTATGAGAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAA
1 -AATAAACTTGTTTGAATAGAAACAATTATTTTATAAGAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA
* * * *
11099952 TAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTACTTGAACCT-G-TTCAGCAAATAGATTCATATTTTAA
65 TAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTAGTTTGA-CAAATAAATTTAT-TTTTAA
* * *
11100015 ATCTCTTACTCATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACCTAT
127 A--TC-TACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAAT-AACTTAT
* * * * * *
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188 ATGAACTGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTTTA
* * ** * * *
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253 C--AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTCT-ATTT
* *
11100207 ATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAATGTTATTTTAAT-TAGAATAAGCTTGTATGAATAAAA
315 ATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTA-AATAAG-TTGTATGAATAAAA
* * * **
11100271 ACAATTGTTTTATGATAAAACAAATAGTTATAACGA-TTG---T--ATAATTGTTTAAATAACCA
378 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * * *
11100330 TAACTATTTGAACTGTTTCAATAAACATATTTATTTTTTAAATCACCTACTTATTATTTTTTGAA
442 TAAATATTTGAACTGGTTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTG-A
* *
11100395 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG-AATAGGCTTATATG-AT-GAAAACAATTATTTTA
506 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAAATAAGCTTGTATGAATAG-AAACAATTATTTTA
** * * ** * * * *
11100457 CGACAAAACAAAAGTTTAAAATTTTTTGAAATCGAGAATTATTCAAATGGTTATAATTATTTGAA
569 TAACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAA
* ** * ** * *
11100522 CTGATTCAATAATTTGATTTAATTTTTAAAT-CACCAACTTCTCAATTTTTAAAA-TATTAATAA
634 CTGATTCAATAAATAAATTT-ATTTTTAAATATACTTACTTATTAATTTTTAAAATTATTAATAA
* * * * * * * * *
11100585 AGTAATATTATTTTACTT-TGGATAAGCTTTTATGATCTGAAGCAGTTGTTTTAGGATAAAACAA
698 ATTAGTATTATTTTA-TTCTGAATAAGCTTATATGAACAGAAACAATTGTTTTATGAT-AAACAA
* * * **
11100649 AAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTA
761 AAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAATA
* * * * * *
11100714 AACATATTT-TTTTTAAAAATTTCTTACCTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAAATAGTATTATT
826 AACATATTTATTTTT-TAAATTTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATT
*
11100778 TTATTTCA
890 TTAATTCA
* * * ** *
11100786 AATAAGCATGTTTGAACT-GAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAGAACGATTTGAAA
1 AATAAACTTGTTTGAA-TAGAAACAATTATTTTATAAGAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA
* * * * * *
11100850 TAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTCGTTTGGCAAACACATTTATTTTTTTAAA
65 TAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGACAAATAAATTTA--TTTTTAAA
* ** * * *
11100915 TTTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTATTAGTTTAGCAATATTTTACTCTGAATAAGCTTATA
128 --TC-TACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAA-CTTATA
* * * * * * *
11100980 AGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGATAAAAC-AAAGATTATAACAATTTGAGATAGATAATTTTT
189 TGAACT-GAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTTTA
* * * * *
11101043 CAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGATTTAGTAAATAGATTTAGTTTTTAAAT-GTC---TTAT
253 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTCTATTTAT
* * * * *
11101103 TAATTTTTGAAATATTAATAAACTAGTATTATTTTATTCTGAATAATTTTGTATGAATAAAAACA
317 TAATTGTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAATAA-GTTGTATGAATAAAAACA
** * ** *
11101168 ATTGTTTTACAACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATAGTTTGAATAGACA-AG
381 ATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA-
* * * *** * * *
11101232 ACTTTTTTGAACTTGTTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTTATAA
444 A-ATATTTGAACTGGTTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTT-GAA
* * * *
11101297 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTG-AAGAAATAGAAACAATCATTTTATA
507 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATG-AATAGAAACAATTATTTTATA
* * * * * * *
11101361 ACAAAACAAAAGATCATAACGATTTAAAATAAATAATTGTTTAAATAGTCATAATTATTTGAACT
571 ACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAACT
* ** * * *
11101426 CGCTT-GGTAAATGAATTTATTTTTCAAATAT-TTTACTTATTAATTTTTGAAATT-TTAATAAA
636 -GATTCAATAAATAAATTTATTTTT-AAATATACTTACTTATTAATTTTTAAAATTATTAATAAA
* ** * * *
11101488 TTAGTATTATTTTATTCTAAATATTCTTTTATGCACAGAAACAATTAG-TTTATGACAGAACAAA
699 TTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTATATGAACAGAAACAATT-GTTTTATGATA-AACAAA
* * *
11101552 AGGTCATAATAATTTGAAATATATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-ATGTTCAAAA
762 AGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTA-GTTCAATA
* * * *
11101616 AATATATTTATTTTTTAAAATTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTA-AATTATT
826 AACATATTTATTTTTTAAATTTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAA-TTAGTATTATT
11101680 TT-ATTCAA
890 TTAATTC-A
* * * * * * *
11101688 AATAAACTTGCTTGAATAGAACCAATTGTTTTATGAGAAAATAAAAGGTCATAATGTTTTGAAAT
1 AATAAACTTGTTTGAATAGAAACAATTATTTTATAAGAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAAT
* * * * * * *
11101753 AGATAATTATTCAAATAGTTATAGCTGTTTAAACTTA-TTCAGA-ACATAAATTCTCTTTTTAAT
66 AGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TAGTT-TGACAAATAAATT-TATTTTTAA-
* * * * * * * * *
11101816 TTTGTTACTCATTAGTTTTTGGAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATT-TCAAATAGGCTTAT
127 -AT-CTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAATA-ACTTAT
* * * * *
11101880 ATGAACT-AAAACAATTATTTTATTACAAAAGAAAAGGTCATAATAATTTGAAATTGATAATTAT
188 ATGAACTGAAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATT-T
* * *
11101944 T-CAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTATTTGTTTAAATCTTTTACTT
251 TACAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTATTT-TTTAAATCTTCTATTT
* * * * * * *
11102008 ATTAATTGTCGAAATATTAATAAATTAATATT-TTTTAATCTGAATAAACTTGTATCAACAAATA
315 ATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAAT-AAGTTGTATGAATAAAAA
* * * * * *
11102072 CAATTGTTTTATGTCAAAACAAAAAAGTAATAACAAGTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCA
379 CAATTGTTTTATGACAAAAC--AAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * ** * ** *
11102137 T-AATGATTTAAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAAATCTTTTACTTATTAACTATCT
442 TAAAT-ATTTGAACTGGTTCAATAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTCCTACTTATTAA-T-TTT
* * * *
11102201 T-AATATTAATAAATTTGTGTTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTGTGAATAGAAAAAATTATTTT
503 TGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTT
* * * *
11102265 ATAACAAAACAAAAGGTTATAGTGATTCT-AAATAGATAATTGTTCAAACAGTTATAATTAGTTA
568 ATAACAAAACAAAAGGTTATAATGATT-TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTG
* * * * * *
11102329 AACTTG-TTCAATAAATAGATTCATTTTTTAAATCTATTTA-TTATTAATTTTT-AGATTATT-G
632 AAC-TGATTCAATAAATAAATTTA-TTTTTAAATATACTTACTTATTAATTTTTAAAATTATTAA
* * * *
11102390 TAAATTAGTATTATTTTATTTTGAACAAGCTTATATGAACTGAAACAATTCTTTTATGATGAAAC
695 TAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTATATGAACAGAAACAATTGTTTTATGAT-AAAC
* * * * * * * * *
11102455 AAAAGATTATAATTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATATTCATGATTACTTGATCTAATTCAA
759 AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAA
* ** * *
11102520 TAAACATATTTATTTTTTAAATTTTTTACTTATTAAGTGTCAAAAATATTAACAAATTAGTATTA
824 TAAACATATTTATTTTTTAAATTTTTTACTTATTAA-TTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTA
*
11102585 TTTTAATTCG
888 TTTTAATTCA
* * * * * * * *
11102595 AATAAGCTTGTATGTATAGAAACAATTATTTTAAAATAGAACAAAAAGTCATAACGATTTAAAAT
1 AATAAACTTGTTTGAATAGAAACAATTATTTTATAAGAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAAT
* * * * *
11102660 AAATAATTACTCGAATAGGCATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAATAAATTTATTTTTAAATCT
66 AGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGACAAATAAATTTATTTTTAAATCT
* ** *
11102725 -CTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAGATTAGTATTACCTTATTCTGAACCAACTTATATGAA-
131 ACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAA-TAACTTATATGAAC
* **
11102787 TGAAAAAATTTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTAC-AA
194 TGAAAAAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATT-TTACAAA
* * * * *
11102851 TAGTCGTAATTATTTGAA-TTGGTT-AGGTAAACATAATTATTTTTTAAATCTCCTATTTATTAG
257 TAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCA-GTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTCTATTTATTAA
* * * * *
11102914 TTTTTGAAATATTAATAAATTCATTTTATTTTATTCCAAATAAGTTAGTATGAATTCAAAAAAAA
320 TTGTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAATAAGTT-GTATGAA-T-AAAAACAA
* * *
11102979 CTTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAA
382 -TTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* * * *
11103044 ATATTTGAACTGGTTCAACAAACAAATTTATTTTTTAATTCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATA
445 ATATTTGAACTGGTTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTT-GAATA
* ** * * * * * *
11103109 TTATTAGCTTAGTTTTATTTTATTTGGAATAAGCTTGTATGTATA-AAAGTAATTATTTTTTGAC
509 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-CAATTATTTTATAAC
* * ** * * *
11103173 AGAA-AAAAGGTTATAATGATTTGAAGTTTACAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAA-TTA
573 AAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAACTGA
* * * * *
11103236 GTTCGATAAACAAATTTATTCTTTAAAT-TGCTTACTTATTAATTTTTGAAA-GATTAATAAATT
638 -TTCAATAAATAAATTTATT-TTTAAATATACTTACTTATTAATTTTTAAAATTATTAATAAA-T
* ** * *
11103299 TA-TCATTATTTTATTCTGAATAAGGTTGA-ATGTTCAAAAACAATTGTTATATGACTAAACAAA
700 TAGT-ATTATTTTATTCTGAATAAGCTT-ATATGAACAGAAACAATTGTTTTATGA-TAAACAAA
* * * * * * * * *
11103362 AGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTGATAGAGTTATAATTCTTTGAACT-GATTTAGT-
762 AGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTCAATA
* * * * *
11103425 AA-ATA--GA----TT-CACTTTTTA---A-T--TTTTGA-AATATTAGTAAATTAGTATTATTT
826 AACATATTTATTTTTTAAATTTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTT
* **
11103475 TACTTTG
891 TAATTCA
* * * * * * * *
11103482 AATAAGCTTGTATGTACTA-AAACAATTATTTTATGACAAAAGAAAAAGTCATAACTATTTGAAA
1 AATAAACTTGTTTG-AATAGAAACAATTATTTTATAAGAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA
* * * * * * * *
11103546 TAGATAGTTGTTCATATAATCTTAACTATTTGAACT-GCTTCAGCAAATAGATTTATTTTTTAAA
65 TAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGA-CAAATAAATTTA-TTTTTAAA
* * * **
11103610 TCTCTTACTTATAAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATA
128 --TC-TACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAA-CTTATA
* * * * * * * *
11103675 TGAACTGAAATAATTTGTTTATAAT-AGAATA-AAAAGTTTATAATAGTTTAAAATAGATAATTG
189 TGAACTGAAA-AAATTGTTT-T-ATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATT-
* * * * *
11103738 TT-CAAATAGGAACTGGTTCAATAAGCT-TTTGAATAAACTTGTAT-ATATAAAAAAAATTGTTA
250 TTACAAAT----A---G-TC-ATAA-CTATTTG----AACTTGT-TCA-GTAAACATATTTATT-
* * *** ** * * * * *
11103800 TTTGACCAAAC-AAAAGGTAATAA-TGATTTCAAATAGATAAT-TATTGAA-ATGGCTATAATTA
298 TTTTA--AATCTTCTATTTATTAATTG--TTGAAATA-TTAATAAATT-AATAT---TAT-TTTA
* * * * ** * * ***
11103861 TTCCAATTGA-TTCGGTAT--ATAGATTC-A---TTTT-TGA-AATCACTAACA-T-ATAAATTT
353 TTCTAAATAAGTT--GTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAA-AAC-AAAAGTCATAACGAT
* ** ** * *
11103915 TTGAAATA-TTAA----T-AAATTAGT-ATTATTTTATTTTGAAAAGATTGAATAAACTGAAACA
414 TTGAAATAGATAATTGTTCAAA-TAGTCA-TA-AATA-TTTGAACTGGTTCAATAAAC---AA-A
* * * ****** * * * * * *
11103973 ATTGTTTTCTGACAAAAAAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
471 TTTATTTT-TTA-AATCTCCTA-CTTATTA--ATTTT---T-G--AA-TATT--AATA--AATTA
* * * * * ** *** * *
11104038 CTATTGAATTTGTTTGGTAAACAA-ATT-TAT-TTTTTTAACTTATAGTTATTAATTTTCAAAAT
520 GTATT-ATTTTATTT-G-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAAC--A-A-TTATT--TTAT-AACA-
* * * * * * * *
11104100 ATTAAGAAATTAGTATTATTTTATAAGATATGAAACAAAT-ATTTTATGACTAAATAAAAGGTCA
574 A--AACAAA--AG-GTTA---TA-ATGATTTGAAATAGATAATTGT-T--C-AAAT---A-GTTA
* * * ** * * * * * **
11104164 -AACTATTGGAAAT-ATAT-AATTATTTTAATAGTTTTACCTATTTGATATGTTCGGTAAACACA
622 TAATTATTTGAACTGAT-TCAA-TA----AATAAATTTA--T-TTTTAAATATAC--T-TACTTA
* * * * * ** * * *
11104226 TTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTAAAATATTATAAAATTAGTT-TTATTTTTAA-CTAA
675 -TTAATTTTTAAA---ATTATTAA----TAAATTAGTATTATTTTA-TTCTGA---ATAAGCT-T
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11104289 ATAAGCTTCTATGATAAAAAACAATTGATTGACAAA-ACAAAGATCTTAATGATTTGAGATTA-A
727 ATATG-AAC-A-GA-AACAATTGTTTTA-TGATAAACA-AAAGGTCATAATGATTTGA-AATAGA
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11104352 TAATTGTTCAAATAGCCTTAATTATATGAACTGGTTCAGTAAATAGATTTA-TTTTTAAATATCT
785 TAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAATAAACATATTTATTTTTTAAATTTTT
* * *
11104416 TATTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCA
850 TACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCA
** * ** * * * * * *
11104464 AATAAGTTTGTGTGACCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAAT
1 AATAAACTTGTTTGAATAGAAACAATTATTTTATAAGAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAAT
* * * * * * *
11104529 AGATAATCATTCAAATGGGCATAA-TATTTTAACTAATTCGATAAA-AAACTTTTATTTTTTAAA
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* * * *
11104592 TTTCTTACTTATTAA--ATAAGGAAATATTAATAAATCTA-TATTATTTTATTC-CATCTAAGCT
128 --TC-TACTTATTAATTTTTA-G-AATATTAATAAAT-TAGTATTATTTTATTCTGA-ATAA-CT
* * ** * * ** * *** * *
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185 TATATGAACTGA-AAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAAT
* * * * * *
11104705 TTT-C--TTA-T--TAATTTTTTGAA--TGTT-AATAAATTATTATTAATTATTATT-AA--TT-
249 TTTACAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAA-CA-TATTTATT-TT-TTAAATCTTC
* * * * ** * *
11104757 TATTCTGATTAAGCTTGTATGAACTGA--AGT-AATT-AT-TT-TTTGACTAGACAAAAAGTCAG
310 TATT-T-ATTAA--TTGT-TGAAAT-ATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTA-AATAAGT-TG
* * * * * ** * * * * * *
11104816 AATGATTTAAAATAAAT-AATTAT-TC----TAATAGTCTTAACCATTTG-AAT---TGA---TT
367 TATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTT
* * ** * ** ** * * *
11104868 C-AGTAG--AT-AA-ATTT--ATTTTTTAAAT-CTCTTATTAATTTTTGAAATAT--TA-TTA--
432 CAAATAGTCATAAATATTTGAACTGGTTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATT
** * * * * *** * * *
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* * ** * * * ** * ** * **
11104966 TGTCTTACGACAAAAGAAAAAGTCATAACAATTTCAAATAGATAATCATTCATATAGTCT-TAGC
562 TATTTTATAACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-TATAAT
* * * * ** * * ** * *
11105030 TATTTGAACTGGTT-AGGTAATTAGATTTATTTTTTTATTTTCTTGGTTATTAAATTTTAGAA-T
626 TATTTGAACTGATTCA-ATAAATAAATTTATTTTTAAATATACTTACTTATTAATTTTTAAAATT
* * * * ** * *
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690 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTA-TATGAACAGAAAC-AATTGTTTTATG
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753 A-TAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAA-TAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* ** *** * * *
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816 TAGTTCAATAAACATATTTATTTTTTAAATTTTTTACTT-ATTAATTTT-TAGAATATTAATAAA
* *
11105281 TTAGTATTATTTTATTTCG
879 TTAGTATTATTTTAATTCA
* * * * * * * * * * * *
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1 AATAAACTTGT-TTGAATAGAAACAATTATTTTATAAGAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA
* * * * * * ** *
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* * * *
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128 --TC-TACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAA-CTTAT
* * *
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188 ATGAACTGAAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATT-T
* * * * * * * *
11105551 T-CATATAGTCTTAATTGTTTGAA-TTGGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATGTAT-TAGT
251 TACAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCT-TCTATT
* * *
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314 TATTAATTGTTGA-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCT-AAATAAG-TTGTATGAA-TA
* * * * * * *
11105675 GAAACAATTATTTTATAATAGAACAAAAAGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
375 AAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * *
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439 TCATAAATATTTGAACTGGTTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATT-TT
** * ** * *
11105801 AAAATTTTAGCAAATTAGTATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTGTATGTTGAA-A-AAAAAAAT-
503 TGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAAATAAGCTTGTA---TGAATAGAAACAATTA
* * * * * * * ** *
11105862 TTTTATCACAAAACAAAAGGTAATAACGATTTAAAATAGATAGTTGTTTAAATGGCCATAATTGT
564 TTTTATAACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAATTAT
* * ** * * * *
11105927 TTGAACTGATTCAGTAAGTTGATTTATTTTTTAAATCT-CTTTCTTATTAACTTTCAAAA-TATT
629 TTGAACTGATTCAATAAATAAATTTA-TTTTTAAATATACTTACTTATTAATTTTTAAAATTATT
* * * * * *
11105990 GATAAAGTAGTATTATTTT-TTATGGAA-AAGCTTTTATGAACTA-CAATAATTGTTTTATGATA
693 AATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAATAAGCTTATATGAAC-AGAAACAATTGTTTTATGAT-
* *
11106052 AAACAGAAAGGTCATAAAGAGTTT---A-A-A-AA-TA-T--AATTGT--TAACTATTTGAACTT
755 AAACA-AAAGGTCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-T
* * * * * * *
11106105 A-TTCAGTAAACAAATTTATTTTTTCAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATT
817 AGTTCAATAAACATATTTATTTTTT-AAATTTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATT
* * **
11106169 AATATTATTTTATTTTG
881 AGTATTATTTTAATTCA
* * * * * ** * * * *
11106186 AATAAGCTTGTAT-AACT-GAAAACAGTTATTATATGACTAAACAATAGGTTAGAACAATTTGAA
1 AATAAACTTGTTTGAA-TAG-AAACAATTATTTTATAAGAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAA
* ** * * * * *
11106249 ATAGATAGTTATTTTAATAGTCTTAACTATTTTAATTAGTTTGACAAACACATTTATTTTTTAAA
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* * * ** *
11106314 TCT-CTTATTAATTATCAGAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TATCCAAATAAGCTTGTATG
128 TCTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TCTGAATAA-CTTATATG
* * ** * * *
11106377 -A-TAAAAAAAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGGTCGTAACGGTTTGAGATTGAT-ATTTATTC
191 AACT-GAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTT-TAC
* * * * * *
11106438 AAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTT-TGAAAAACA-ACTTTAATTTATAAAT-TTCTTTCTTA
254 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAACATA-TTTATTTTTTAAATCTTCTAT-TTA
* * * * * *** *
11106500 TTAATTTTTAAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTTGGGTAAGTTTTTATGAACT-AAAA
316 TTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAATAAG-TTGTATGAA-TAAAAA
* *
11106564 TAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGGTCATAACGACTTT-AAATAGATAATTGTTCACATAGTC
379 CAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAA-GTCATAACGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * **** * * * ** *
11106628 A-AATCTATTTGAACTTGTTGGGCAAATAGATTCACATTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA
441 ATAA-ATATTTGAACTGGTTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTT-
* * * * * * **
11106692 TAATGTTAAGAAATTAGTATTATTCTT-TTTCG-AATAAGCCTATATGAACT-GATACAATTGCT
504 GAATATTAATAAATTAGTATTATT-TTATTT-GAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTATT
* ** * * * * * *
11106754 TTATGATTAAA-AAAAGGTCATAATGGTTTGAAATAGATAATTATTCAAGTAGTTATGACTATTT
566 TTATAACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTT
* * * * * ** *** *
11106818 AAACTTGTTTTC-ATAGACATATTTATTTTTAAA-ATTTTTTACTTATTAATTGCCAGAA-TATT
631 GAAC-TG-ATTCAATAAATAAATTTATTTTTAAATA-TACTTACTTATTAATTTTTAAAATTATT
* * * ** * * *
11106880 AATACATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATAAACAAAAAAAACAATTGTTTTATGAT
693 AATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTATATGAAC---AGAAACAATTGTTTTATGAT
* * * ** * * * * * *
11106945 AGAATAAAAAGTCGTAACAATTTAAAATAAATAATTATTTAAATAATTATAACTATTTAAACTTA
755 A-AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TA
* * ** * * *
11107010 -TTCAATAAATAGATTTATTTTTTAAATCGTTAACTTATTAATTGTTT-GAATATTGATAAATTT
818 GTTCAATAAACATATTTATTTTTTAAATTTTTTACTTATTAATT-TTTAGAATATTAATAAATTA
* *
11107073 GTTTTATTTTAATTGA
882 GTATTATTTTAATTCA
* * * * * * * * *
11107089 AATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGCGATCTAAAAT
1 AATAAACTTGTTTGAATAGAAACAATTATTTTATAAGAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAAT
* * * * * *
11107154 AGATAATTTTTCAAATAATCATAATTATTTGAACTTA-TTCGATAAATAAATTCAGTTTTTAAAT
66 AGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TAGTTTGACAAATAAATTTA-TTTTT-AA-
* * * * * * * * * *
11107218 ATCTACCTTATTAATTTTTGGAATTTTAATAAGTTAGAATTATATTATTGTAAATAAGCCTGTAC
127 ATCTA-CTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAA-CTTATAT
* * * * ** * *
11107283 GAACAGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAGAGGTCATAATGATTTGAAATAAAAAATTATT-C
190 GAACTGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATT-TTAC
* * * ** * *
11107347 AACCT-GTCATAATTATTTGCA-TTAGTT-AGGCT-AACCGATTTATTTTCTAAATCCAT-TATT
254 AA-ATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCA-G-TAAACATATTTATTTTTTAAAT-CTTCTATT
* ** * * * *
11107407 TATTAATT-TTTAGAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTCTAAATAAGACTGTATCAATAGA
314 TATTAATTGTTGA-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAATAAG-TTGTATGAATAAA
* * ** * ** * * *
11107471 AATAATTGTTTTATGACAAAACAAATGAAAAAAATTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATTGTT
377 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-TCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * * * * * **
11107536 ATAACTAATTGAGCTAGTTTAGTAAATAAATTTA-TTTTTAAA--T-CT-CTTATTAATTTTCAA
441 ATAAATATTTGAACTGGTTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTT-TG
* ** * * ** * * *
11107596 AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAACAAAC-TCAATTGAACAAAAACATTTATTTTA
505 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTA-TGAATAGAAACAATTATTTTA
** * * * * * * ** ** *
11107660 CGATAAAATAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAAGTATTCGTATAACCT-TAACTATTTGA
569 TAACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-AGTTATAATTATTTGA
* **** * * * * *
11107724 ACTGGTTTGGCAAACAAATTTATTTTTTAA-AT-CTTGAAGTTATT-ATTTTTCATAA-TATTAT
633 ACTGATTCAATAAATAAATTTATTTTTAAATATACTT--ACTTATTAATTTTT-AAAATTATTAA
* * * * * * * * * *
11107785 TAGAGTAATATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATTAACATAAATATTTGTTTTATGACAAAAC
695 TAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTATATGAACAGAAACAATTGTTTTATGA-TAAAC
* * ** * * **
11107850 AAATGGTTATAACAATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGT-ATAACTATTTGAACT-GATTTG
759 AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTCA
* * * * * *
11107913 GTAAGCAGATTTATTTTTTAAATTTTCTACTCATTAATTTTT-GAAATATTAA-AAGTTAGTATT
823 ATAAACATATTTATTTTTTAAATTTTTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATT
* **
11107976 ATTTTATTTTG
887 ATTTTAATTCA
** * ** * * * * ** *
11107987 AATAGGCTTATACG-ATGAAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAATTCATAATGATTTGAAA
1 AATAAACTTGTTTGAAT-AGAAACAATTATTTTATAAGAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA
* * * * * ** * *
11108051 TAGATAATTATTGAAATGGCCATAATTA-TTGAA-TTGATTCAATAAACT-GATTTATTTTTTAA
65 TAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTTGACAAA-TAAATTTA-TTTTTAA
** * * * * * * *
11108113 ATCTCCAACTT-TTCAAAATAT-GAAATATCAATGAAGTAATATTATTTTATTTTGCATAAGCTT
127 ATCT---ACTTATT-AATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAA-CTT
* * * * * * **
11108176 TTATGAATTGAAACAATTGTTTTATTATAAAACAAAAGGTCATAATAATCTT-AGGTAGATAATT
186 ATATGAACTGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAAT-TTGAAATAGATAATT
* * * *
11108240 GTTCAATTGTTCAAATAGACTTAACTATTTGAATTTGTTCAGTAAACAGATTTATGTTTTTTAAA
250 -TT--A-----CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTA--TTTTTTAAA
* * * * * *
11108305 T-TTCT-TGCTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAAATAGTAATATTTTATT-TCAGATAAGCA
305 TCTTCTAT--TTATTAA-TTGTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCT-AAATAAG-T
* * * * * * * *
11108366 TGTATAAAGT-GAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAATGTTAGAACAATTTAAAATAGATAAT
365 TGTATGAA-TAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACGATTTGAAATAGATAAT
* ** * * * ** * *
11108430 TGTTCTAATAGTTTTAACTATTTGAACTAGTTTAGCAAATACATTTATTTTTT-AATC-CCTTAC
428 TGTTCAAATAGTCATAAATATTTGAACTGGTTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCC-TAC
* * ** * * *
11108493 TTATTAATTTTAGAATATTATTAGTTTAGCAATATTTTACTTTG-AATAAGCTTGTATGAACAGA
492 TTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGA
** * * * * *
11108557 AACAATTA-TTTATGTCAAAAC-AAAGATTATAACGATTTGAGATAGATAATTATTCAAATAGTC
556 AACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTT
* * * ** * *
11108620 ATAACTATTTAAACT-AGTCTAGGAAATATATATAGTTTTT-AA-ATA--T-CTTATTAATTTTT
621 ATAATTATTTGAACTGATTC-AATAAATAAATTTA-TTTTTAAATATACTTACTTATTAATTTTT
* * * ** * * *
11108679 GAAA-TGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAATTTTGA-ATGAATAAAAATAATTGTT
684 AAAATTATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTT-ATATGAACAGAAACAATTGTT
* * * * * *
11108742 TTACGATAAAACAAAATGTTATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATGGTCATAACTATTT
748 TTATGAT-AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT
* *
11108807 GAACTTA-TTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-GAAATATTAA
812 GAAC-TAGTTCAATAAACATATTTATTTTTTAAATTTTTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAA
* *
11108870 TAAATTTA-TATTATTTTATTTGA
875 TAAA-TTAGTATTATTTTAATTCA
* ** * * * * * * * * * *
11108893 AATAAGCTTGCATCAATAGAACCAATTCTTTTATGACAAAACCAAAGGCCATTATGTTTTGAAAT
1 AATAAACTTGTTTGAATAGAAACAATTATTTTATAAGAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAAT
* *** * * * * *
11108958 AGATAATTGTTTGGATAGTCATAACTATTTGAACTTA-TTCT-ATAAACAGATTCTTTTTTTAAT
66 AGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TAGTT-TGACAAATAAATT-TATTTTTAAA
* * * *
11109021 TCTTTTACTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAGATC-AAATAAGCTTAT
128 TC---TACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTGAATAA-CTTAT
* * * * * *
11109085 ATGAACTGAAACAATTGTTTTATTACAAAAGAAAAGGTCAAAATAATTTTAAATAGATAA--TTA
188 ATGAACTGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTTTA
* * * * *
11109148 CTCAA-A-T-ATGACTATTTGAACTTGTTC-GATAAACATATATATTTTTTAAATCTTTTACTTA
253 C-AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAACATATTTATTTTTTAAATCTTCTATTTA
* * * * * *
11109209 TTAATTGTAGAAATATTAATAATTTAATATTATTTTAATCTAAATATGCTTGTATAAATAGAAAC
316 TTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAATAAG-TTGTATGAATAAAAAC
* * * **
11109274 TATTGTTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAA-GAATTTGAAATAAATAATTACTCAAATAGTCAT
380 AATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGTCATAACG-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * ** * **
11109338 AACTATTTAAATTGGTTTGATATACAGGTTTATTTTTTAAA--T-CT-CTTATTAATTTTTGACA
443 AAATATTTGAACTGGTTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGA-A
* * ** * * * * *
11109399 TATTAGTAGATTAGTATTATTTTATTCCAAACAAACGTT-TATG-A-AGAAAAAATTGTTTTATG
507 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGC-TTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATA
* ** * * * *
11109461 ACAAAA-AAGATGGCCATAATGATTTAAAATAGATAATTATTCATATAGCCT-TAATTATTTGAA
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* **** * * * * * * *
11109524 TTG-TT-TGGCAACAAATTTATTTTTTAGATAT-CTTAGTTATTAATTTTCATAA-TATTATTAG
634 CTGATTCAATAAATAAATTTA-TTTTTAAATATACTTACTTATTAATTTTTAAAATTATTAATAA
* * * * * *
11109585 ATTCA-TATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACATAGATACTTGTTTTATGATAAAACAA
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* * * * ***
11109649 AAGGTTATAAT-ATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGCTA
761 AAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAATA
* * ** * ** *
11109713 AATAGATTCGTTTTTTAAATCTCCTACTCATTAATTTTT-GAAATATTAA-AAATTAGTATTATT
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*
11109776 TT-ATTCTG
890 TTAATTC-A
* ** * ** * * * * * *
11109784 AACAGGCTT-ATACAATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAA
1 AATAAACTTGTTTGAAT-AGAAACAATTATTTTATAAGAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA
* * * * * * *
11109848 TAGATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAACT-GATTCGATAAACT-GATTTATTTTTAAA
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* * * * * * * * *
11109911 ATCTCCAACTTCTTAATTTCT-GAAATATGAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGCATATGCTTT
127 ATCT---ACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATA-ACTTA
* * * * *** *
11109975 TATGAACT-AAAACAATTGTTTTATTATAAAATAAATA-GCCATAGTGATTTTAAATAGATAATT
187 TATGAACTGAAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATT
* * * * *
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* * * * ** *
11110101 -TGCTTATTAAGTTTTTG-AATGTTAATAGAA-TAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCATGTATG
311 AT--TTATTAA-TTGTTGAAATATTAATA-AATTAATATTATTTTATTCTAAATAAG-TTGTATG
* * * * * * *
11110163 AACT-GAAACAATTATTTTATGACTAAACAAATGGTCAAAACGATTTGAAATAAATAATTGTT-T
371 AA-TAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * * ** * * ** *
11110226 AATAGTCTTAACTATTTGAATTGGTGT-AGCAAACACATTT-TTTTTAAAAAAT-CT-CTTACT-
434 AATAGTCATAAATATTTGAACTGGT-TCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTA
* * * * *
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* * * * * ** * *
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* ** * * * * * *
11110401 CTATTTGAACTTG-CCCAGTAAAGAGATTTAGCTTTT-AA-AT-C-T-CCTATTAA-TTTTGAAA
625 TTATTTGAAC-TGATTCAATAAATAAATTTA-TTTTTAAATATACTTACTTATTAATTTTTAAAA
* * ** * * * * *
11110459 -TATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAATTTTGTATAAATAAAAAC-ATTTTTTTATG
688 TTATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTATATGAACAGAAACAATTGTTTTATG
* * * * *
11110522 ACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
753 A-TAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
** * * *
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*
11110650 TTA-AATTATTTT-ATTCGA
879 TTAGTATTATTTTAATTC-A
** ** * * * * * * * * *
11110668 AATAAGTTTGCATCAACATAACCAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATTATGTTTTGAAAT
1 AATAAACTTGTTTGAATAGAAACAATTATTTTATAAGAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAAT
* * * * * * ** *
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66 AGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TAGTTTGACAAATAAATT-TATTTTTAA--
* * *
11110796 CTCTTACTCATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA--CATCAATTAAGCTTAT
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* ** * * * * **
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188 ATGAACTGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTT-T
* ** * *
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252 ACAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTCTATTTAT
* * ** * * *
11110985 TAATTATTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTAAATATACATGTATGAACATAAACT
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* * *
11111050 ATTGTTTTATAACAGAACAAAAAGTCATAACTATTTGAA
381 ATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGTCATAACGATTTGAA
11111089 CTATTTTGAT
Statistics
Matches: 8453, Mismatches: 2026, Indels: 1468
0.71 0.17 0.12
Matches are distributed among these distances:
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*** * * ** *
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* * * * * * *
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* * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * ** * *
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65 AAAGGTCATAAAGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGGTTTGG
* * * * * ***
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* * * * * * * *
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** * * *
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* * * * *
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* ** * * * * * ** * *
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* * * * * * *
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129 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATA
* * * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * **
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* * * * * ** * * * * *
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* * * ** ** * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * *
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* * * * * ** * *
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** * * * * * * * ***
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* ** ** * * *
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* * * * * *** * *
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1 AATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA
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* ** * *
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* * * * *** * *
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* * * * * *
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** * * * * *
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* * * * * * *
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65 AAAGGTCATAAAGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGT-TTGG
* * * * * *
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129 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATA
* ** * * * * *
11108691 AATTAGTATTATTTTA-TTCTAAATAATTTTGAATGAATAAAAATAATTGTTTTACGATAAAACA
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* * * * * ** * *
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* *
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* * * * * *
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* * * * *
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** * * ** * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * **
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* *
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319 T-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACT
* * * * * * *
11109840 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAACTGATTCGATAAACTGATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCTTAATTATTTGAATTG-TTCAATAAACAGATTTATT
* ** * * * * * * *
11109905 TTTAAAATCTCCAACTTCTTAA-TTTCTGAAATATGAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGCATA
65 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATA
* * * * * * ** *
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129 AGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAAAGATTTGAAATAG
* * * * * * * * *
11110032 ATAATTGTTCAAATAGACTTGACTATTTGAATTTG-TTCAGTAAATATATTTATTTTTTAAAAAA
192 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGA-TAAACAGAATTATTTTTT---AAA
* * * * ** *
11110096 TTTCTTGCTTATTAAGTTTTTG-AATGTTAATAGAA-TAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCATG
253 TCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATA-AATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTG
* * * * *
11110159 TA-TGAACTGAAACAATTATTTTATGACTAAACAAATGGTCAAAACG
316 TACT-AA---AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACT
* * * * ** *
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* ** * * *
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* * * * * *
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* * *** * * **
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190 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGA-TAAACAGAATTATTTTTTAAAT
* * * **
11110441 CTC---C-TATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAATTTTGTA-
254 CTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTAC
* * * *
11110500 TAAATAAAAACATTTTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACG
319 T-AA-AAACA-ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACT
* * * * ** ** * *
11110543 ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTCATTCGGTAAACAAAATTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCTTAATTATTTGAA-TTGTTCAATAAACAGATTTATT
* * *
11110608 TTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTTA-AATTATTTTA-TTCGAAA
65 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAG-AATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCG-AA
* * * * * * * * * *
11110670 TAAGTTTGCATCAACATAACCAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATTATGTTTTGAAATAG
127 TAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAG
** * * * * ** * * * *
11110735 ATAATCATTTAGATAGTCGTAACTATTTAAACTTATTCGGTAAACA-AATTCTTTTTTAATTCTC
192 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGATAAACAGAATTATTTTTTAAATCTC
* * * *
11110799 TTACTCATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTACATC-AATTAAGCTTATA-T
257 TTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTAAATAAGCTTGTACT
* * * * *
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320 -AA---AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACT
* *** *
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1 -ATTTGAAATAGATAATTAT-TCAAATAGTC-TTAATTATTTGAA-TTGTTCAATAAACAGATTT
* * * * *
11110964 -TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTATTGA-AATATTAATAAATTAATATTATTTTA-ATCTA
62 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-G
* * * * * * * **
11111026 AATATA-CATGTATGAACATAAACTATTGTTTTATAACAGAACAAAAAGTCATAACTATTTGAA
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11111089 CTATTTTGAT
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ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCTTAATTATTTGAATTGTTCAATAAACAGATTTATTT
TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAG
CTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAGATAA
TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGATAAACAGAATTATTTTTTAAATCTCTTAC
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AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACT
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11108035 TCATAATGAT
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*
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11108079 TTGAA
1 TTGAA
11108084 TTGATTCAAT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TTGAAATAGCATAATTA
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* * * * *
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** *** * * *
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* *
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** * ** * * * *
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* * *
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127 T-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAATAT
* * * * * *
11110656 TATTTTA-TTCGAAATAAGTTTGCATCAACATAACCAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCAT
1 TATTTTACATCGAAATAAGCTTGTATGAA-ATAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAAGTCAT
* * * * *
11110720 TATGTTTTGAAATAGATAATCATTTAGATAGTCGTAACTATTTAAACTTATTCGGTAAACAAATT
65 AATGATTTGAAATAGATAAT--TTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGGTAAACAAATT
* * * *
11110785 CTTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTAT
128 -TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAATAT
* * * * * * *
11110836 TATTTTACATC-AATTAAGCTTATATGAATTGAAACGATTGTTTTATTACAAAAGAAAAAGTCAA
1 TATTTTACATCGAAATAAGCTTGTATGAAAT-AAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAAGTCAT
* * * *
11110900 AATGATTTGAAATAGATAATTTCTCAAATAGTCATTACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACATA-T
65 AATGATTTGAAATAGATAATTT-T-AAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGGTAAACAAATT
*
11110964 TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTATTGAAATATTAATAAATTAATAT
128 TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATAT
* * * *
11111014 TATTTTA-ATCTAAATATA-CATGTATGAACATAAACTATTGTTTTATAACAGAACAAAAAGTCA
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64 TAA-TGATTTGAA
11111089 CTATTTTGAT
Statistics
Matches: 504, Mismatches: 77, Indels: 60
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (177 bp):
TATTTTACATCGAAATAAGCTTGTATGAAATAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAAGTCATA
ATGATTTGAAATAGATAATTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGGTAAACAAATTTTT
TTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATAT
Found at i:11113132 original size:357 final size:357
Alignment explanation
Indices: 11111102--11113396 Score: 996
Period size: 357 Copynumber: 6.4 Consensus size: 357
11111092 TTTTGATAAA
* ** * * *
11111102 CAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAGCATATTGGTATTATTTTATTTC
1 CAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCC
* * * * * ** * * *
11111167 GAACAAACTTTTATGAATAAAAACTTTTATTTTGTGACAAAAC-AAAGGTCATAATGATTTG-AA
66 GAATAAGC-TTGATTAA-CAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAA
* * * * ** * ** *
11111230 TAGATAATTGTTCAAATAATCA-TAATTATTTGATCTAATTAGGTAAATAGAATTATTTTTT-AA
129 TAGATAATCGTTCAAATAAT-AGTAACTATTTAAACTGGTTCGACAAATAGACTTATTTTTTAAA
* * * * * **
11111293 ATCT-TTTACTAATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTCCT-AAT-AAGC
193 ATCTCTTT-CTTATTAATTTTCGAAATATTAATAAATT-AGTATTAATTTATT-TTGAATAAAAT
** * * * * *
11111354 TAGTATGAATTGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTC-ATA-GCATTTTGAAATAGA-T
255 TA-TATGAACAGAAACAATTATTTGATAACAAAACAAAAAGTCAAAATG-A-TTTGAAATA-ATT
* * * * * ** ** *
11111416 AATTATTCATATAAT-ATTAACTATTTGAACTTGTTCGACAAA
316 AATTATTCAAATAGTCA-AAACCATTTGAAATAATTCGGTAAG
* * * * * * *
11111458 TAAAATTATTTTTTAAATATGTTAATTATTAATTTTTGAAATATTATTAGATTAGTATTATTTTA
1 CAAATTTATTTTTT-AA-AT-CT-CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
** * * * * * * * **
11111523 TTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTTTTTTTATGATAGAATAAAAGGTTATAACAATT
62 TTCCGAATAAGCTTG-ATTAACA-AAACAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATT
* * * * * *
11111588 TG--ATATATAATTGTTAAAATAATCA-TAACTATTTAAACCGGTTCGATAAAT-GAATTTATTT
124 TGAAATAGATAATCGTTCAAATAAT-AGTAACTATTTAAACTGGTTCGACAAATAG-ACTTATTT
* * *
11111649 TTT-AAA--TC--TCTTATTAATATTT-GAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAA-A
187 TTTAAAATCTCTTTCTTATTAAT-TTTCGAAATATTAATAAATTAGTATTAATTTATTTTGAATA
* * * * * * * **
11111707 CAACTTGTATGATA-AAAAACAATTGTTAT-ATGACCAAACAAAAGGT-AATAACAATTTGAAAT
251 -AAATTATATGA-ACAGAAACAATTATT-TGATAACAAAACAAAAAGTCAA-AATGATTTGAAAT
* * * ** ** * * *
11111769 AGA-TAATTGTTGAAATAGTCATAATTATTTGATCTGATTTGGTAAA
312 A-ATTAATTATTCAAATAGTCAAAACCATTTGAAATAATTCGGTAAG
* * * **
11111815 CAGA--TACTCTTTTTAAATTTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGCGTTATTT
1 CAAATTTA-T-TTTTTAAA---TCT-CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTT
** * ** * * * *
11111878 TATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGTAACAATTGTTTTATAATAAAA-AAAA-GTCATAATAAT
60 TATTCCGAATAAGCTTG-ATTAAC-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGAT
* * * * * ** * * * * * * * *
11111941 TTTAAATAAACAATTGTTCTAATAGCAGTAACTATTTGAATTTGTTTGATAAACAAATTTATTTT
123 TTGAAATAGATAATCGTTCAAATAATAGTAACTATTTAAACTGGTTCGACAAATAGACTTATTTT
** * * * * * * *
11112006 TTTTAA-CTCATGCTTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTGGATAAG
188 TTAAAATCTCTTTCTTATTAATTTTCGAAATATTAATAAATTAGTATTAATTTATTTTGAATAAA
* * * * * * * * ** * * *
11112070 TTTTTTTGAACTA-AAAGAATTGTTTTATGGA-AAAACAAAAGGTCTTAACGATTTTAAATAAAT
253 ATTATATGAAC-AGAAACAATTATTTGAT-AACAAAACAAAAAGTCAAAATGATTTGAAATAATT
* * * * *
11112133 AATTATTCAAATAGTCATAACTA-TTGAAATTTATT-TGTAAA
316 AATTATTCAAATAGTCAAAACCATTTGAAA-TAATTCGGTAAG
* ** * * *
11112174 CATATTTATTTTTTCAAATCTTTTGCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAGTT-TTGATTATTT
1 CAAATTTATTTTTT-AAATC---T-CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGT-ATTATTT
* * * * * * * * *
11112238 TATTCCAAATAAGCTTG-TGAGATATGAAACAAATATTTTATGACTAAATAAAAGGTCATAAAG-
60 TATTCCGAATAAGCTTGATTA-ACA--AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGA
* ** * * ** * * * * *
11112301 TTTGAAATAGAAAATTATT-TAATAGTTTTAACTATTTTAATTGGTTC-AGCAAACACATTTATT
122 TTTGAAATAGATAATCGTTCAAATAATAGTAACTATTTAAACTGGTTCGA-CAAATAGACTTA-T
* ** * **
11112364 TTTTTTAAATCT-TTTACTTATTAATTTTTAAAATATTATTAAATTAGTATT-ATTT-TTAATCA
185 TTTTTAAAATCTCTTT-CTTATTAATTTTCGAAATATTAATAAATTAGTATTAATTTATT--TTG
** * * * * * *** * * *
11112426 AATAAGCTTCTGT-AATCAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATGTAACGTCATAACGATTTGAAA
247 AATAAAATTATATGAA-CAGAAACAATTATTTGATAACAAAACAAAAAGTCAAAATGATTTGAAA
* * * * ** * * * *
11112490 -AAGATAATCGA-TCAAATGGTCATAATTATTTTAACTGAGTT-AGTAAAG
311 TAA-TTAAT-TATTCAAATAGTCAAAACCATTTGAAAT-AATTCGGT-AAG
* *
11112538 -AAATTTATTTTTTAAAAT-TTTTACTTAATAATTTAAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
1 CAAATTTATTTTTT-AAATCTCTTA-TTAAT--TTTTA-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
* ** ** * **
11112601 ATTCTGTCTAAGCTTGTATTAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAATCAAAAGGTTATAACAATT
61 ATTCCGAATAAGCTTG-ATTAA-CAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATT
* * * * ** * * *
11112666 TTAAATAGACAATTGTTTAAATAATAGTAACTATTTGTACTTGTTCGATAAATAGATTTATTTTT
124 TGAAATAGATAATCGTTCAAATAATAGTAACTATTTAAACTGGTTCGACAAATAGACTTATTTTT
* * **
11112731 TAAAATCTCTTTCTTATTAATTTTCTAAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTTTGAATAAGC
189 TAAAATCTCTTTCTTATTAATTTTCGAAATATTAATAAATTAGTATTAATTTATTTTGAATAAAA
* * * *
11112796 TTATATGAACTGAAACAATTATTTTATAACTAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGA-TAA
254 TTATATGAACAGAAACAATTATTTGATAACAAAACAAAAAGTCAAAATGATTTGAAATA-ATTAA
* * * **
11112860 TTTTTCTAATTGTCTTAACCATTT-AAATTAATTCGGTCAA-
318 TTATTCAAATAGTCAAAACCATTTGAAA-TAATTCGGT-AAG
* *
11112900 CAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCC
1 CAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCC
* * *
11112965 GAATAAGCTTGATGAACAAAACAATTGTTTTATGACAAAAGAAAAGGTTATAATGATTTGATATA
66 GAATAAGCTTGATTAACAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATA
* * * ** * * * * *
11113030 GATTATCGTTCATATAGTCTTAACTATTTAAACTGGTTTGGCAATTAGACTTATTTTTT-TAATT
131 GATAATCGTTCAAATAATAGTAACTATTTAAACTGGTTCGACAAATAGACTTATTTTTTAAAATC
* * * * *
11113094 TTTTTGGTTATTAAGTTTT-GAAATATTATTACATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAAATTATA
196 TCTTT-CTTATTAA-TTTTCGAAATATTAATAAATTAGTATTAATTTATTTTGAATAAAATTATA
* * * * * *
11113158 TGAACAGAACCAATTGTTTGATGACAAAATAAAAAGTTATAATGATTTGAAATAATTAATTATTC
259 TGAACAGAAACAATTATTTGATAACAAAACAAAAAGTCAAAATGATTTGAAATAATTAATTATTC
* * *
11113223 AAATAGTCAAAACTATTTGAAATGATTTGGTAAG
324 AAATAGTCAAAACCATTTGAAATAATTCGGTAAG
* * *
11113257 CATATTTACTTTTTAAATCTCTTACTGATTAATTTTCT-AGATATTAATAAATTAGTATTATTTT
1 CAAATTTATTTTTTAAATCTC-T--T-ATTAATTTT-TAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
* * * * * * *
11113321 ATTTCAAACGAA-CTTATATTAACAAAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAAGTAATAATGAT
61 ATTCCGAA-TAAGCTT-GATTAAC-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGAT
11113385 TTGAAATAGATA
123 TTGAAATAGATA
11113397 TTTTCTAAAT
Statistics
Matches: 1514, Mismatches: 320, Indels: 203
0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
354 11 0.01
355 8 0.01
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ACGTcount: A:0.40, C:0.07, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (357 bp):
CAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCC
GAATAAGCTTGATTAACAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATA
GATAATCGTTCAAATAATAGTAACTATTTAAACTGGTTCGACAAATAGACTTATTTTTTAAAATC
TCTTTCTTATTAATTTTCGAAATATTAATAAATTAGTATTAATTTATTTTGAATAAAATTATATG
AACAGAAACAATTATTTGATAACAAAACAAAAAGTCAAAATGATTTGAAATAATTAATTATTCAA
ATAGTCAAAACCATTTGAAATAATTCGGTAAG
Found at i:11113339 original size:538 final size:536
Alignment explanation
Indices: 11111067--11113404 Score: 1830
Period size: 538 Copynumber: 4.3 Consensus size: 536
11111057 TATAACAGAA
* * *
11111067 CAAAAAGTCATAACTATTTGAACT-ATTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC-T-TATTA
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAAATGA-TTTGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTCTATTA
** * * * * * **
11111129 ATTTTTGAAATATTAGCATATTGGTATTATTTTATTTCGAACAAACTTTTATGAATAAAAACTTT
65 ATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAACTAACTTATATGAAT-AAAACAAT
* * * * * *
11111194 TATTTTGTGACAAAAC-AAAGGTCATAATGATTTG-AATAGATAATTGTTCAAATAATCATAATT
128 TATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCATAACT
* * * * *
11111257 ATTTGATCTAATTAGGTAAATAGAATTA-TTTTTTAAATCTTTTACTAATTAATTTTTGAAATAT
193 ATTTAATCTAATTCGGTAAACA-AATTATTTTTTTAAATC--TTACTTATTAATTTTTAAAATAT
* * * * * *
11111321 TAATAAATTCA-TTTTATTTTATTCCTAATAAGCTAGTATGAATTGAAAA-AATTATTTTATGAC
255 TAATAAATT-AGTATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATGAA-TCAAAACAATTGTTTTATGAC
* ** * *
11111384 AAAACAAAAGGTCAT-A-GCATTTTGAAATAGATAATTATTCATATAATATTAACTATTTGAACT
318 AAAAGAAAAGGTCATAATG-A-TTTGAAATAGATAATCGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAACT
* * * * * * * *
11111447 TGTTCGACAAATAAAATTATTTTTTAAATATGTTAATTATTAATTTTTGAAATATTATTAGATTA
381 GGTTTGACAAATAAATTTATTTTTTAAATTTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA
* * * * *
11111512 GTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTTTTTTTATGATAGAATAAAAGG
446 GTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAA-TTGTTTTATGACAAAATAAAAGG
* *
11111577 TTATAACAATTTGATAT-ATAATTGTT
510 TTATAACAATTTGAAATAATAATTATT
* * * * * *
11111603 AAAATAATCATAACTATTT-AAACCGGTTCGATAAATGA-ATTTATTTTTTAAATCTC-T-TATT
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAAA-TGATTTGATAAA-CATATTTATTTTTTAAATCTCTTCTATT
* * * * *
11111664 AATATTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAAAC-AACTTGTATGATAAAAAACA
64 AAT-TTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAAACTAACTTATATGA-ATAAAACA
* * * ** **
11111728 ATTGTTATATGACCAAACAAAAGGT-AATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATAGTCATA
126 ATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAA-AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCATA
* * * * * * * *
11111792 ATTATTTGATCTGATTTGGTAAACAGA-TACTCTTTTTAAATTTTTTACTTATTAATTTTTGAAA
190 ACTATTTAATCTAATTCGGTAAACAAATTA-TTTTTTTAAA--TCTTACTTATTAATTTTTAAAA
** * ** ** *
11111856 TATTAATAAATTAGCGTTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA-CTGTAACAATTGTTTTATA
252 TATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATGAATC-AAAACAATTGTTTTATG
* * * * * * *
11111920 ATAAAA-AAAA-GTCATAATAATTTTAAATAAACAATTGTTC-TAATAG-CAGTAACTATTTGAA
316 ACAAAAGAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATCGTTCAT-ATAGTC-TTAACTATTTGAA
* * * * * * ** * *
11111981 TTTGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTTTAA-CTCATGCTTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAA
379 CTGGTTTGACAAATAAATTTA-TTTTTTAAATTTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA
* * * * * *
11112045 TTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGTTTTTTTGAACTA-AAAGAATTGTTTTATGGA-AAAACAA
443 TTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAC-AGAAACAATTGTTTTAT-GACAAAATAA
* *
11112108 AAGGTCT-TAACGATTTTAAATAAATAATTATT
506 AAGGT-TATAACAATTTGAAAT-AATAATTATT
* *
11112140 CAAATAGTCATAACTA-TTGAAATTTATTTG-TAAACATATTTATTTTTTCAAATCTTTTGCTTA
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAAA-TGATTTGATAAACATATTTATTTTTT-AAATCTCTT-C-TA
* * * * * * *
11112203 TTAATTTTTTGAATGTTAATAAGTT-TTGATTATTTTATTCCAAA-TAAGCTTGTGA-GATATGA
62 TTAA-TTTTTAAATATTAATAAATTAGT-ATTATTTTATTTCAAACTAA-CTTAT-ATGA-ATAA
* * * *
11112265 AACAAATATTTTATGACTAAATAAAAGGTCATAAA-G-TTTGAAATAGAAAATTATT-TAATAGT
122 AACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCA-AAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGT
** ** * * *
11112327 TTTAACTATTTTAAT-TGGTTCAGCAAACACATTTATTTTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTT
186 CATAACTA-TTTAATCTAATTCGGTAAACA-AATTA-TTTTTTTAAATC--TTACTTATTAATTT
* * * *
11112391 TTAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTAAT-CAAATAAGCTTCTGT-AATCAGAAACAATTG
246 TTAAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTAATCCGAATAAGCTTGTATGAATCA-AAACAATTG
* * * * * * * * *
11112454 TTTTATGACAAAATG-TAACGTCATAACGATTTGAAAAAGATAATCGATCAAATGGTCATAATTA
309 TTTTATGACAAAA-GAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATCGTTCATATAGTCTTAACTA
* * * * * * **
11112518 TTTTAACTGAGTTAG-TAAAGAAATTTATTTTTTAAAATTTTTACTTAATAATTTAAGAAATATT
373 TTTGAACTG-GTTTGACAAATAAATTTATTTTTTAAATTTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATT
* ** * **
11112582 AATAAATTAGTATTATTTTATTCTGTCTAAGCTTGTATTAATTGAAACAATTGTTTTATGAC-AA
437 AATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAA
* * *
11112646 ATCAAAAGGTTATAACAATTTTAAATAGACAATTGTT
502 AT-AAAAGGTTATAACAATTTGAAATA-ATAATTATT
* * ** * * *
11112683 TAAATAAT-AGTAACTATTTGTACTTG-TTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAAATCTCTTTCTT
1 CAAATAGTCA-TAACTATTTG-AAATGATTTGATAAACATATTTATTTTTT-AAATCTC-TTC-T
* * ** *
11112746 ATTAATTTTCTAAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTTTGAA-TAAGCTTATATGAACTGAA
61 ATTAATTTT-TAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAACTAA-CTTATATGAA-TAAA
* * * *
11112810 ACAATTATTTTATAACTAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTTTTCTAATTGTCT
123 ACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCA
* *
11112875 TAACCATTTAAAT-TAATTCGGTCAACAAATT-TATTTTTTAAATC-T-CTTATTAATTTTTAAA
188 TAACTATTT-AATCTAATTCGGTAAACAAATTAT-TTTTTTAAATCTTACTTATTAATTTTTAAA
*
11112936 ATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCCGAATAAGCTTG-ATGAA-CAAAACAATTGTTTTATG
251 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATGAATCAAAACAATTGTTTTATG
* * * *
11112999 ACAAAAGAAAAGGTTATAATGATTTGATATAGATTATCGTTCATATAGTCTTAACTATTTAAACT
316 ACAAAAGAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATCGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAACT
* * * * * ** * * *
11113064 GGTTTGGCAATTAGACTTATTTTTTTAATTTTTTTGGTTATTAAGTTTTGAAATATTATTACATT
381 GGTTTGACAAATAAATTTA-TTTTTTAAATTTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT
** * * * *
11113129 AGTATTATTTTATTTTGAATAAAATTATATGAACAGAACCAATTGTTTGATGACAAAATAAAAAG
445 AGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGG
**
11113194 TTATAATGATTTGAAATAATTAATTATT
510 TTATAACAATTTGAAATAA-TAATTATT
* * * *
11113222 CAAATAGTCAAAACTATTTGAAATGATTTGGTAAGCATATTTACTTTTTAAATCTCTTACTGATT
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAAATGATTTGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTT-CT-ATT
* * * *
11113287 AATTTTCTAGATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAACGAACTTATATTAACAAAAACAA
64 AATTTT-TAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAACTAACTTATATGAA-TAAAACAA
* *
11113352 TTGTTTTATGACTAAACAAAAAGT-AATAATGATTTGAAATAGAT-ATT-TTCTAA
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11113405 ATCTCTTATT
Statistics
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0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (536 bp):
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TTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAACTAACTTATATGAATAAAACAATTAT
TTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCATAACTATT
TAATCTAATTCGGTAAACAAATTATTTTTTTAAATCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAA
ATTAGTATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATGAATCAAAACAATTGTTTTATGACAAAAGAAA
AGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATCGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTTGACAA
ATAAATTTATTTTTTAAATTTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
ATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTTATAACAATT
TGAAATAATAATTATT
Found at i:11113389 original size:181 final size:180
Alignment explanation
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11111057 TATAACAGAA
* * *
11111067 CAAAAAGTCATAACTATTTGAACT-ATTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATC---T-CTTAT
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** * * * * * *
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** * * *
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* * ** * * * *
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1 CAAATAGTCATAACTATTTGAAATGATTTGGTAAACA-AATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTAT
* * * * * *
11111306 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTCCTAATAAGCTAGTATGAATTGAAAA
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*
11111370 AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT-A-GCATTTTGAAATAGATAATTATT
128 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG-A-TTTGAAATAGATAATTATT
* * * * ** * * * * *
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* * *
11111486 TTAATTTTTGAAATATTATTAGATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAA
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* * * * * * ** * *
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* * * * * * **
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1 CAAATAGTCATAACTATTTGAAA-TGATTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTAT
* * * **
11111663 TAATATTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTGAA-ACAACTTGTATGATA-AAAA
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* * * ** *
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* * ** * *
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1 CAAATAGTCATAACTATTTGAAATGATTTGGTAAACAAATTTA-T-TTTTTAAATCTTTTACTTA
** * *
11111843 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGCGTTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGTAAC
64 TTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAAC
* * * * * * *
11111908 AATTGTTTTATAATAAAA-AAAA-GTCATAATAATTTTAAATAAACAATTGTT
128 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATT
* * * * ** *
11111959 CTAATAG-CAGTAACTATTTGAATTTG-TTTGATAAACAAATTTATTTTTTTTAA-CTCATGCTT
1 CAAATAGTCA-TAACTATTTGAA-ATGATTTGGTAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTTTTACTT
* * * * * * *
11112021 ATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGTTTTTTTGAACTAAAA
63 ATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAA
* * * * *
11112086 GAATTGTTTTATGGA-AAAACAAAAGGTCTTAACGATTTTAAATAAATAATTATT
127 CAATTGTTTTAT-GACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATT
* * *
11112140 CAAATAGTCATAACTA-TTGAAATTTATTT-GTAAACATATTTATTTTTTCAAATCTTTTGCTTA
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAAA-TGATTTGGTAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTTTTACTTA
* * * * * *
11112203 TTAATTTTTTGAATGTTAATAAGTT-TTGATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTGA-GATA-TGA
64 TTAA-TTTTTAAATATTAATAAATTAGT-ATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGT-ATGA-ACTGA
* * * * * *
11112265 AACAAATATTTTATGACTAAATAAAAGGTCATAAAG-TTTGAAATAGAAAATTATT
125 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATT
* ** * * * ** * *
11112320 -TAATAGTTTTAACTATTTTAATTGGTTCAGCAAACACATTTATTTTTTTTAAATCTTTTACTTA
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAAATGATTTGGTAAACAAATTTA--TTTTTTAAATCTTTTACTTA
* * * * * *
11112384 TTAATTTTTAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TAATCAAATAAGCTTCTGT-AATCAGAA
64 TTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTCGAATAAGCTTGTATGAA-CTGAA
*** * * * *
11112447 ACAATTGTTTTATGACAAAATGTAACGTCATAACGATTTGAAAAAGATAATCGA-T
126 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAAT-TATT
* * * * * * * *
11112502 CAAATGGTCATAATTATTTTAACTGAGTTAGTAAAGAAATTTATTTTTTAAAAT-TTTTACTTAA
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAAATGATTTGGTAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTTTTACTTAT
** ** * *
11112566 TAATTTAAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTGTCTAAGCTTGTATTAATTGAAAC
65 TAATTT-TTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAACTGAAAC
* * ** * * *
11112630 AATTGTTTTATGACAAATCAAAAGGTTATAACAATTTTAAATAGACAATTGTT
128 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATT
* * ** * * * *
11112683 TAAATAAT-AGTAACTATTTGTACTTG-TTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAAATCTCTTT-CT
1 CAAATAGTCA-TAACTATTTG-AAATGATTTGGTAAACAAATTTATTTTTT-AAATCT-TTTACT
* * * *
11112745 TATTAATTTTCTAAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACTGAA
62 TATTAATTTT-TAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTGAA
* * * * *
11112810 ACAATTATTTTATAACTAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTTTT
126 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATT
* * * * * * *
11112865 CTAATTGTCTTAACCATTT-AAATTAATTCGGTCAACAAATTTATTTTTTAAATC---T-CTTAT
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAAA-TGATTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTAT
* * * *
11112925 TAATTTTTAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCCGAATAAGCTTG-ATGAAC-AAAACA
65 TAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACA
* * * * **
11112988 ATTGTTTTATGACAAAAGAAAAGGTTATAATGATTTGATATAGATTATCGTT
129 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATT
* * * * ** * * * * **
11113040 CATATAGTCTTAACTATTT-AAACTGGTTTGGCAATTAGACTTATTTTTTTAATTTTTTTGGTTA
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAAA-TGATTTGGTAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTTTTACTTA
* * * * ** * * *
11113104 TTAAGTTTTGAAATATTATTACATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAAATTATATGAACAGAACC
64 TTAA-TTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAAC
* * * *
11113169 AATTGTTTGATGACAAAATAAAAAGTTATAATGATTTGAAATA-ATTAATTATT
128 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGA-TAATTATT
* * * * * *
11113222 CAAATAGTCAAAACTATTTGAAATGATTTGGTAAGCATATTTACTTTTTAAATCTCTTACTGATT
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAAATGATTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT
* * * * * **
11113287 AATTTTCTAGATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAACGAA-CTTATATTAACAAAAACA
66 AATTTT-TAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAA-TAAGCTTGTATGAACTGAAACA
* * *
11113351 ATTGTTTTATGACTAAACAAAAAGTAATAATGATTTGAAATAGATA
129 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATA
11113397 TTTTCTAAAT
Statistics
Matches: 1688, Mismatches: 368, Indels: 192
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
175 152 0.09
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178 5 0.00
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ACGTcount: A:0.40, C:0.07, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (180 bp):
CAAATAGTCATAACTATTTGAAATGATTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT
AATTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAAT
TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATT
Found at i:11113479 original size:128 final size:129
Alignment explanation
Indices: 11113297--11113535 Score: 331
Period size: 128 Copynumber: 1.9 Consensus size: 129
11113287 AATTTTCTAG
* *
11113297 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAACGAACTTATATTAACAAAAACAATTGTTTTATG
1 ATATTAATAAATTAGGATTATTTTATTTCAAACGAACTTATATTAACAAAAACAATTATTTTATG
* * * *
11113362 ACTAAACAAAAAGTAATAATGATTTGAAATAGATA-TTTTCTAAATCTCTTATTAATTCTTGAA
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* * * **
11113425 ATATTAATAAATTAGGATTATTTTTTTTCAAA-TAAGCTTGTATGT-TGAAAAACAATTATTTTA
1 ATATTAATAAATTAGGATTATTTTATTTCAAACGAA-CTTATAT-TAACAAAAACAATTATTTTA
*
11113488 TGACAAAACAAAATGTAATAACGATTTAAAATAGATAGTTTTCCAAAT
64 TGACAAAACAAAAAGTAATAACGATTTAAAATAGATAGTTTTCCAAAT
11113536 GGCCATAATT
Statistics
Matches: 96, Mismatches: 12, Indels: 5
0.85 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
127 2 0.02
128 84 0.88
129 10 0.10
ACGTcount: A:0.44, C:0.08, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (129 bp):
ATATTAATAAATTAGGATTATTTTATTTCAAACGAACTTATATTAACAAAAACAATTATTTTATG
ACAAAACAAAAAGTAATAACGATTTAAAATAGATAGTTTTCCAAATCTCTTATTAATTCTTGAA
Found at i:11114235 original size:356 final size:352
Alignment explanation
Indices: 11113409--11115755 Score: 1671
Period size: 356 Copynumber: 6.6 Consensus size: 352
11113399 TTCTAAATCT
* * * * *
11113409 CTTATTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGGATT-ATTTTTTTTCAAATAAGCTTGTATG--TT
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* * * * * *
11113471 GAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTAATAACGATTTAAAATAGATAGTT-TTCCAAA
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* * * ** ** * * *
11113535 TGGCCATAATTATTGGAA-TTGATTCAATAAACTG-CTT-TTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTT
126 TAGTCATAACTATTTAAACTTG-TTCGGTAAACAGATTTATTTTTTTAATCTCTTATTAATTTTT
* * * *
11113597 GAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGGATAGGCTTTTATGAACTA-AAACAATTGTTT
190 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAC-AGAAACAATTGTTT
* * * *
11113661 TATGACAACATA-AAAGGTCATAACGATTTTAAATTGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
254 TATGACAA-A-ACAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * * *
11113725 GAACTTGTCCAGTAGAAACATTTATTTTTTCAAATCTCATG
317 GAA-TTGTTCA-AAAAAAC-TTTATTTTTT--AATCTCTTA
* * *
11113766 TTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAGTAAGCTTGTATGAAC
1 CTTATTAA--TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAATTTATTCTGAA-TAAGCTTGTATGAAC
* * * * *
11113829 TGAAACAATTATTATATGA-ATAAACAAAATGTTAGAATGATTAGAAATAGATAATTATTCTAAT
63 TGAAACAATTATTTTATGACA-AAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAAT
* * * * *
11113893 ATTCTTAACTATTTAAACTGGTTCAGTAAACACATTTATTTTTTTAATCTCTTATTAATTTTTGA
127 AGTCATAACTATTTAAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTTAATCTCTTATTAATTTTTGA
* *
11113958 AATATT-ATAAATTAGTATTATTTT-TATTTGAATAAGCTTGTATGATCAGAAACAAATGTTTTA
192 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTA
* * * * *
11114021 TGAGAAAACAAAGATCATAACAATTTGAGATTA-ATATTTGTTCAAATATTTATAACTATTTGAA
256 TGACAAAACAAAGATCATAACAATTTGA-AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
11114085 TTAGTTCAAAAAATAGCTTTAGTTTTTTAATCTCTTA
320 TT-GTTCAAAAAA-A-CTTTA-TTTTTTAATCTCTTA
*** * *
11114122 CTTATTAATTTATGAAATATTAATAGGGTAGTATTAATTTATTTTGAATAAGCTTTTATGAACTG
1 CTTATTAATTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTAATTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACTG
* * *
11114187 AAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAATGGCTTT-AAATAGATAATTATT-TAAGTA
65 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAAT-GATTTGAAATAGATAATTATTCTAA-TA
* * *
11114250 GTCA-AATCTATTTCAACTTG-TCGGTAAACAGATTTCTTTTTTTAATCTTTTCCTCATTAATTT
128 GTCATAA-CTATTTAAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTTAATC---T-CTTATTAA-TT
* **
11114313 TTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGT
187 TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGT
* ** ** * * * * *
11114377 TTTATGACTAAATAAAAAG-TCGGAATGATTTAAAATAGATAATTGTTCTAAT-GACTGTAAGTA
252 TTTATGAC-AAA-ACAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTA
* *
11114440 TTTGAATTGGTTCAGCAAACAACTTT-TTTTTAAATCTCTTA
314 TTTGAATT-GTTCA--AAAAAACTTTATTTTTTAATCTCTTA
* * * * * ** * **
11114481 CTAATT--TTTTGAAATTTTATTAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAATCTTGTATGAAAAGA
1 CTTATTAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAATTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACTGA
* * * * * *
11114544 AACAATTATTTTATGACAAAATAAAGA-TCATAATGATTTGAGATAAATAACTATTCAAATAGTC
66 AACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTC
* * * *
11114608 ATAACTA-TTAGAA-TTGTTTCGGTAAACAAATGTAGTTTTTTAA-ATCTT-TT-A---TT--AA
131 ATAACTATTTA-AACTTG-TTCGGTAAACAGATTTATTTTTTTAATCTCTTATTAATTTTTGAAA
* * ** * *
11114663 T-TT--TCAAA--AGCATTGTTTTATTTTGAATAATTTTGCATGAACAGAAATAATTGTTTTATG
194 TATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATG
* *
11114723 ACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGACATAACTATTTGAACT
258 ACAAAAC-AAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-T
*
11114788 TGTTCAATAAAAGA-TTTATTTTTTACATCTCCTA
321 TGTTCAA-AAAA-ACTTTATTTTTTA-ATCTCTTA
** * * * *
11114822 CCAATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTAATT--TTTATTCCGCATAAACTTGTATGAA-T
1 CTTATTAATTTTGA-AATATTAATAAATTAGT-ATTAATTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACT
* * * * * * * *
11114884 AAAAATAATTGTTTTATGAC-AAACCAAAAGTTCATAACT-ATTTAAAATAAATAATTTTTCAAA
64 -GAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAG-TCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTATTCTAA
* * * * ** * *
11114947 TAATCATAACTATTTGAACTTGCTCGGTAAA-TGATTTATTTTTAAAATTTTTTCTTATTAATTG
126 TAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTTAA---TCTCTTATTAATTT
* * * * *
11115011 TTGGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATATGCTTGTATGAACCA-AATCAATTGG
188 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA-CAGAAACAATTGT
* * *
11115075 TTTATGACAAAACAAAGGTCATGAC-ATTTGAAATAGATAATTGTTTTAAATAGTCATAACTATT
252 TTTATGACAAAACAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTG-TTCAAATAGTCATAACTATT
* * * *
11115139 TGAAAGTGTTC-AAAAAA-TTT-TTTTTTTAT-TTTTT
316 TG-AATTGTTCAAAAAAACTTTATTTTTTAATCTCTTA
* * *
11115173 CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTCTT-TGAAATAAGCTTGTATGAAC
1 CTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTAATTTATTCTG-AATAAGCTTGTATGAAC
* * * * * *
11115236 AGAAACAATTATTTTATGAGAAAACAAAATGTCATGATGATTTGACATAGATAATTGTT-TAAAT
63 TGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCT-AAT
* ** * * *
11115300 AGTTATAACTATTTGGACTTGTTCGGTAAACAGATTCATATTTTAAATCTCTTACTCAATAATTT
127 AGTCATAACTATTTAAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTTAATCTCTTA-T---TAATTT
* * * * * * *
11115365 TTGAAATATTATTCAATTAGTATTATTTTATTTTCAATAAGGC-TATAAGAACCA-ATATAATTG
188 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA-GCTTGTATGAA-CAGAAACAATTG
* ** * * * * * * *
11115428 TTTTATAATGAAACAAA-AGTTATAACAATTTGAAATAAATAATTATTGAAATACTTATGACTAT
251 TTTTATGACAAAACAAAGA-TCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* * * * * *
11115492 TTAAACTTGTTCGTTAAACATA-TTTATTTTTAAAATATTTTA
315 TTGAA-TTGTTC---AAAAAAACTTTATTTTT-TAATCTCTTA
* * * * * * *
11115534 CTTAGTAACTGTTGAAATATTAAGAAATTAATATTATTTTAATCCGAATAAAG-TTGTATGAA-T
1 CTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAATTTATTCTGAAT-AAGCTTGTATGAACT
* * *
11115597 AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAACAA-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTT-TAAA
64 -GAAACAATTATTTTATGACAAAACAAA-AAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCT-AA
* * *
11115660 TAGTCATAACTATTTGAACTTATTTC-GTAAACAGATTT-TTTTTTTAAATATTTTACTTATTAA
126 TAGTCATAACTATTTAAACTT-GTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTT--A-A-TCT-CTTATTAA
* * *
11115723 TTGTCT-AAATATTAATAAATTTGTAGTATTTTA
185 TT-TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
11115756 ATTGTTTGAA
Statistics
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0.75 0.13 0.11
Matches are distributed among these distances:
338 2 0.00
339 13 0.01
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364 3 0.00
365 4 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (352 bp):
CTTATTAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAATTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACTGA
AACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTC
ATAACTATTTAAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTTAATCTCTTATTAATTTTTGAAATA
TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACA
AAACAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGTTC
AAAAAAACTTTATTTTTTAATCTCTTA
Found at i:11114293 original size:180 final size:179
Alignment explanation
Indices: 11113408--11115755 Score: 1566
Period size: 180 Copynumber: 13.2 Consensus size: 179
11113398 TTTCTAAATC
* * * *
11113408 TCTTATTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGGATTATTTT-TTTTCAAATAAGCTTGTATG--T
1 TCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTT-GAATAAGCTTGTATGAAC
* * * * *
11113470 TGAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTAATAACGATTTAAAATAGATAGTT-TTCCAA
65 TG--AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTT-AAATAGATAATTATT-CAA
* * * * * * *
11113534 ATGGCCATAATTATTGGAA-TTGATTCAAT-AA-AC-TGCT-TTTTTTTAA-ATC-
126 ATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCAGTAAACACAT-TTATTTTTTTAATCTCT
* * * *
11113583 TCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGGATAGGCTTTTATGAACT
1 TCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACT
* * * * * * *
11113648 AAAACAATTGTTTTATGACAACATAAAAGGTCATAACGATTTTAAATTGATAATTGTTCAAATAG
66 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGA-TTTAAATAGATAATTATTCAAATAG
* *
11113713 TCATAACTATTTGAACTTGTCCAGTAGAA-ACATTTATTTTTTCAAATCTCAT
130 TCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTA-AACACATTTATTTTTT-TAATCTC-T
* *
11113765 GT-TTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAGTAAGCTTGTATGA
1 -TCTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAA-TAAGCTTGTATGA
* * * * * * *
11113827 ACTGAAACAATTATTATATGA-ATAAACAAAATGTTAGAATGATTAGAAATAGATAATTATTCTA
63 ACTGAAACAATTGTTTTATGACA-AAACAAAAAGTCATAATGATT-TAAATAGATAATTATTCAA
* * * *
11113891 ATATTCTTAACTATTTAAACTGGTTCAGTAAACACATTTATTTTTTTAA--TC-
126 ATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACACATTTATTTTTTTAATCTCT
*
11113942 TCTTATTAATTTTTGAAATATT-ATAAATTAGTATTATTTT-TATTTGAATAAGCTTGTATGATC
1 TCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTTGAATAAGCTTGTATGAAC
* * * * ** * * *
11114005 AGAAACAAATGTTTTATGAGAAAACAAAGA-TCATAACAATTTGAGATTA-ATATTTGTTCAAAT
65 TGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTT-A-AATAGATAATTATTCAAAT
* * ** * *
11114068 ATTTATAACTATTTGAA-TTAGTTCAAAAAATAGC-TTTAGTTTTTTAATCTCT
128 AGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCAGTAAACA-CATTTATTTTTTTAATCTCT
* *** * *
11114120 TACTTATTAATTTATGAAATATTAATAGGGTAGTATTAATTTATTTTGAATAAGCTTTTATGAAC
1 T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAC
* * * *
11114185 TGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAATGGCTTTAAATAGATAATTATTTAAGTA
65 TGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAAT-GATTTAAATAGATAATTATTCAAATA
* * * * *
11114250 GTCA-AATCTATTTCAACTTG-TCGGTAAACAGATTTCTTTTTTTAATCTTT
129 GTCATAA-CTATTTGAACTTGTTCAGTAAACACATTTATTTTTTTAATCTCT
* *
11114300 TCCTCATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA
1 T-CTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA
* * * ** * *
11114364 TTGAAACAATTGTTTTATGACTAAATAAAAAGTCGGAATGATTTAAAATAGATAATTGTTCTAAT
64 CTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTT-AAATAGATAATTATTCAAAT
* * * * * *
11114429 -GACTGTAAGTATTTGAA-TTGGTTCAGCAAACA-ACTT-TTTTTTAAATCTCT
128 AGTC-ATAACTATTTGAACTT-GTTCAGTAAACACATTTATTTTTTTAATCTCT
* * * * *** * *
11114479 TAC-TA--ATTTTTTGAAATTTTATTAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAATCTTGTATGAAA
1 T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAC
* * * * * * *
11114541 AGAAACAATTATTTTATGACAAAATAAAGA-TCATAATGATTTGAGATAAATAACTATTCAAATA
65 TGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTT-AAATAGATAATTATTCAAATA
* * * * * *
11114605 GTCATAACTATTAGAA-TTGTTTCGGTAAACAAATGTAGTTTTTTAA-ATCT
129 GTCATAACTATTTGAACTTG-TTCAGTAAACACATTTATTTTTTTAATCTCT
* * * ** * *
11114655 T-TTATTAA----T----T-TT--CAAA--AGCATTGTTTTATTTTGAATAATTTTGCATGAACA
1 TCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACT
* ** * *
11114706 GAAATAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATG
66 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAG-TCATAATGATTT-AAATAGATAATTATTCAAATA
* * *
11114770 GACATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAA-AGATTTA-TTTTTTACATCTCCT
129 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACACATTTATTTTTTTA-ATCT-CT
* ** * ** * *
11114821 ACCAATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTAAT-TTTTATTCCGCATAAACTTGTATGAA-
1 TCTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAC
* * * * *
11114883 TAAAAATAATTGTTTTATGAC-AAACCAAAAGTTCATAACT-ATTTAAAATAAATAATTTTTCAA
65 T-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAG-TCATAA-TGATTT-AAATAGATAATTATTCAA
* * * ** ** * *
11114946 ATAATCATAACTATTTGAACTTGCTCGGTAAA-TGATTTATTTTTAAAATTTTT
126 ATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACACATTTATTTTTTTAATCTCT
* * * *
11114999 TCTTATTAATTGTTGGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATATGCTTGTATGAAC-
1 TCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACT
* * * * * * *
11115063 CAAATCAATTGGTTTATGACAAAAC-AAAGGTCATGA-CATTTGAAATAGATAATTGTTTTAAAT
66 GAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTT-AAATAGATAATT-ATTCAAAT
** * *
11115126 AGTCATAACTATTTGAAAGTGTTCA--AAA-A-ATTT-TTTTTTT-ATTTTT
128 AGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACACATTTATTTTTTTAATCTCT
* *
11115172 TCTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTT-CTTTGAAATAAGCTTGTATGAA
1 TCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTG-AATAAGCTTGTATGAA
* * * * * * * *
11115235 CAGAAACAATTATTTTATGAGAAAACAAAATGTCATGATGATTTGACATAGATAATTGTTTAAAT
64 CTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTT-AAATAGATAATTATTCAAAT
* * * * * * *
11115300 AGTTATAACTATTTGGACTTGTTCGGTAAACAGATTCATATTTTAAATCTCT
128 AGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACACATTTATTTTTTTAATCTCT
* * * * * * *
11115352 TACTCAATAATTTTTGAAATATTATTCAATTAGTATTATTTTATTTTCAATAAGGC-TATAAGAA
1 T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA-GCTTGTATGAA
* * * ** * ** * *
11115416 C-CAATATAATTGTTTTATAATGAAAC-AAAAGTTATAACAATTTGAAATAAATAATTATTGAAA
64 CTGAA-ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTT-AAATAGATAATTATTCAAA
* * * * * ** * *
11115479 TACTTATGACTATTTAAACTTGTTC-GTTAAACATATTTATTTTTAAAATATTT
127 TAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAACACATTTATTTTTTTAATCTCT
* * * * * * **
11115532 TACTTAGTAACTGTTGAAATATTAAGAAATTAATATTATTTTAATCCGAATAAAG-TTGTATGAA
1 T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAT-AAGCTTGTATGAA
* * *
11115596 -TAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAACAA-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAA
64 CT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AAGTCATAATGATTT-AAATAGATAATTATTCAA
* * * *
11115659 ATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTC-GTAAACAGATTT-TTTTTTTAAATATTT
126 ATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCAGTAAACACATTTATTTTTTT-AATCTCT
* * *
11115713 TACTTATTAATTGTCT-AAATATTAATAAATTTGTAGTATTTTA
1 T-CTTATTAATT-TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
11115756 ATTGTTTGAA
Statistics
Matches: 1708, Mismatches: 353, Indels: 218
0.75 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
163 10 0.01
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166 8 0.00
167 5 0.00
168 2 0.00
169 1 0.00
171 1 0.00
172 4 0.00
173 76 0.04
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176 162 0.09
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181 211 0.12
182 146 0.09
183 7 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (179 bp):
TCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACT
GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTAAATAGATAATTATTCAAATAGT
CATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACACATTTATTTTTTTAATCTCT
Found at i:11114454 original size:536 final size:529
Alignment explanation
Indices: 11113395--11115677 Score: 1835
Period size: 536 Copynumber: 4.3 Consensus size: 529
11113385 TTGAAATAGA
* * *
11113395 TATTTTCTAAATCTCTTATTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGGATTATTTTT-TTTCAAATA
1 TATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTATTT-AAATA
* * * * *
11113459 AGCTTGTATGTTGAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAA-ATGTAATAACGATTT-AAAATAG
65 AGCTTGTATGATCAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAGA--TCATAACGATTTGAGAATAG
* * * * * *
11113522 ATAGTT-TTCCAAATGGCCATAATTATTGGAATTGATTCAATAAACTGC-TTTTTTTTAAATC-T
128 ATAATTGTT-CAAATAGTCATAACTATTTGAATTGATTCAA-AAAATGCTTTTTTTTTAAATCTT
* *
11113584 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGGATAGGCTTTTATGAACTA
191 CTTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AAGTAGTATTA-TTTATTTTGAATAAGCTTTTATGAAC-A
* * * * * *
11113649 -AAACAATTGTTTTATGACAACATAAAAGGTCATAACG-ATTTTAAATTGATAATTGTTCAAATA
253 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * ** *
11113712 GTCATAACTATTTGAACTTGTCCAGTAGAAACATTTATTTTTTCAAATCTCATGTTTATTAATTT
318 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTA-AAAGATTTCTTTTTT-AAATCTCTTCCTCATTAATTT
* * *
11113777 TTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAGTAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTAT
381 TTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAA-TAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGT
* * * *
11113841 TATATGAATAAACAAAATGTTAGAATGA-TTAGAAATAGATAATTATTCTAATATTCTTAACTAT
445 TTTATGACTAAACAAAAAGTCAGAATGATTTA-AAATAGATAATTATTCTAATA--CTTAACTAT
* *
11113905 TTAAACTGGTTCAGTAAACACATT
507 TTGAATTGGTTCAGTAAACA-ATT
* *
11113929 TATTTTTTTAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATT-ATAAATTAGTATTATTTTTATTTGAATAA
1 TATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTATTTAAATAA
* * * * *
11113993 GCTTGTATGATCAGAAACAAATGTTTTATGAGAAAACAAAGATCATAACAATTTGAGATTA-ATA
66 GCTTGTATGATCAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAGATCATAACGATTTGAGAATAGATA
* * * *
11114057 TTTGTTCAAATATTTATAACTATTTGAATT-AGTTCAAAAAATAGCTTTAGTTTTTTAATCTCTT
131 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGA-TTCAAAAAAT-GCTTT--TTTTTTAA-ATCTT
* * *
11114121 ACTTATTAATTTATGAAATATTAATAGGGTAGTATTAATTTATTTTGAATAAGCTTTTATGAACT
191 -CTTATTAATTTTTGAAATATTAATA-AGTAGTATT-ATTTATTTTGAATAAGCTTTTATGAACA
* ** * * *
11114186 GAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAATGGCTTT-AAATAGATAATTATTTAAGTA
253 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * *
11114250 GTCA-AATCTATTTCAACTTG-TCGGTAAACAGATTTCTTTTTTTAATCTTTTCCTCATTAATTT
318 GTCATAA-CTATTTGAACTTGTTCAGTAAA-AGATTTCTTTTTTAAATCTCTTCCTCATTAATTT
* *
11114313 TTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTT
381 TTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTT
* * * *
11114378 TTATGACTAAATAAAAAGTCGGAATGATTTAAAATAGATAATTGTTCTAATGACTGTAAGTATTT
446 TTATGACTAAACAAAAAGTCAGAATGATTTAAAATAGATAATTATTCTAAT-ACT-TAACTATTT
* *
11114443 GAATTGGTTCAGCAAACAACT
509 GAATTGGTTCAGTAAACAATT
* * * * **
11114464 T-TTTTTTAAATCTCTTACTAATTTTTTGAAATTTTATTAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATA
1 TATTTTTTAAATCTCTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTATTTAAATA
* ** * * *
11114528 ATCTTGTATGAAAAGAAACAATTATTTTATGACAAAATAAAGATCATAATGATTTGAG-ATAAAT
65 AGCTTGTATGATCAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAGATCATAACGATTTGAGAATAGAT
* * * * **
11114592 AACTATTCAAATAGTCATAACTATTAGAATTGTTTCGGTAAACAAATG-TAGTTTTTTAAATCTT
130 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGATTC---AAA-AAATGCTTTTTTTTTAAATCTT
* **
11114656 -TTATTAA-TTTTCAAA-A-GCAT---T-G---T-TTTATTTTGAATAA--TTTTGCATGAACAG
191 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAGTAGTATTATTTATTTTGAATAAGCTTTT--ATGAACAG
* * *
11114707 AAATAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGATCATAA-CAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATG
254 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAG-TCATAATGAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * *
11114770 GACATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAAAGATTTATTTTTTACATCTCCTACC-AATTAATTTT
318 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAAAGATTTCTTTTTTAAATCT-CTTCCTCATTAATTTT
* * * * * ** *
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* * * * * *
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447 TATGACTAAACAAAAAG-TCAGAA-TGATTTAAAATAGATAATTATTCTAAT-A-CTTAACTATT
* * **
11114961 TGAACTT-GCTCGGTAAATGATT
508 TGAA-TTGGTTCAGTAAACAATT
* * * * * *
11114983 TATTTTTAAAATTTTTTCTTATTAATTGTTGGAATATTAATAAATTAATATTA-TTTTATTTTGA
1 TATTTTTTAAA---TCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTA-TTTAA
* * * ** * *
11115047 ATATGCTTGTATGAACCA-AATCAATTGGTTTATGACAAAACAAAGGTCATGAC-ATTTGA-AAT
62 ATAAGCTTGTATG-ATCAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAGATCATAACGATTTGAGAAT
* * ** *
11115109 AGATAATTGTTTTAAATAGTCATAACTATTTGAAAGTG-TTCAAAAAAT--TTTTTTTTTATTTT
126 AGATAATTG-TTCAAATAGTCATAACTATTTG-AATTGATTCAAAAAATGCTTTTTTTTTAAATC
* * *
11115171 TTCTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTA-TATTATTT-TCTTTGAAATAAGCTTGTATGA
189 TTCTTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AA-GTAGTATTATTTAT-TTTG-AATAAGCTTTTATGA
* * * * * *
11115234 ACAGAAACAATTATTTTATGAGAAAACAAAATGTCATGATG-ATTTGACATAGATAATTGTTTAA
250 ACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGAATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
* * * * * *
11115298 ATAGTTATAACTATTTGGACTTGTTCGGTAAACAGA-TTCATATTTTAAATCTCTTACTCAATAA
315 ATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAA-AGATTTC-TTTTTTAAATCTCTTCCTCATTAA
* * * * * * ** *
11115362 -TTTTTGAAATATTATTCAATTAGTATTATTTTATTTTCAATAAGGC-TATAAGAA-CCAATATA
378 TTTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAA-GCTTGTATGAATTGAA-ACA
* * * ** * * **
11115424 ATTGTTTTAT-AATGAAAC-AAAAGTTATAACAATTTGAAATAAATAATTATTGAAATACTTATG
440 ATTGTTTTATGACT-AAACAAAAAGTCAGAATGATTTAAAATAGATAATTATTCTAATACTTA--
*
11115487 ACTATTTAAACTT-GTTC-GTTAAACATATT
502 ACTATTTGAA-TTGGTTCAG-TAAACA-ATT
* * * * * * * * ***
11115516 TATTTTTAAAATATTTTACTTAGTAACTGTTGAAATATTAAGAAATTAATATTATTTTAATCCGA
1 TATTTTT-TAA-A-TCT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTATTTAA
* * * *
11115581 ATAAAG-TTGTATGAAT-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAACAATCATAATGATTTGA-A
62 AT-AAGCTTGTATG-ATCAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAA-GATCATAACGATTTGAGA
*
11115643 ATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAA
124 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
11115678 CTTATTTCGT
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Consensus pattern (529 bp):
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GCTTGTATGATCAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAGATCATAACGATTTGAGAATAGATA
ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGATTCAAAAAATGCTTTTTTTTTAAATCTTCTTAT
TAATTTTTGAAATATTAATAAGTAGTATTATTTATTTTGAATAAGCTTTTATGAACAGAAACAAT
TGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
TATTTGAACTTGTTCAGTAAAAGATTTCTTTTTTAAATCTCTTCCTCATTAATTTTTTGAATATT
AATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACTAA
ACAAAAAGTCAGAATGATTTAAAATAGATAATTATTCTAATACTTAACTATTTGAATTGGTTCAG
TAAACAATT
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11114689 ATAATTTTGC
* * *
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* * * ** * ** **
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* * * *
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* * * *
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* * * * *
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66 T-AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAAAGATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTA
* ** *
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* * * *
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** * * *
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* * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * * * ** * * *
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1 ATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * * * * * * *
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66 TAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAA-AGATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATT
* * * *
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* * *
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* *
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64 TTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCGGTAAA-AGATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTT
* *
11115718 ATTAATTGTCTAAATATTAATAAATT
126 ATTAATT-TTTGAATATTAATAAATT
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Matches are distributed among these distances:
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ATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTT
TAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAAAGATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAA
TTTTTGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGT
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* * * * *
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** ** * ** ** * *
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* * * * * * *
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* * * *
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* * * * * * * *
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249 TGAACTTGTTCGGTAAACAGATTCATTTTTAAAATTCTTACTCAATAATTGTTGAAATATTAATA
* * * *
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* * * * * * *
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1 AAATCAATTGGTTTATAACAAAACAAAAGTCATAACATTTGAAATAAATAATTGATTGAAATACT
** * * * * *
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66 CATAACTATTTGAAAGTGTTCAAAAAATTTTTTTTAAATTTTTACTTAGTAACTGTTGAAATATT
* * ** * * * *
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* * * *
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* * * *
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* ** *
11115418 AATAT-AATTGTTTTATAATGAAACAAAAGTTATAACAATTTGAAATAAATAATT-ATTGAAATA
1 AA-ATCAATTGGTTTATAACAAAACAAAAGTCATAAC-ATTTGAAATAAATAATTGATTGAAATA
* * * *
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*
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*
11115610 TTATGACAAAACAAACAATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTT
186 TTATGACAAAACAAA-AGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTT
* ** * *
11115675 GAACTTATTTC-GTAAACAGATTTTTTTTTTAAATATT-TTACTTATTAATTGTCT-AAATATTA
250 GAACTT-GTTCGGTAAACAGA-TTCATTTTTAAA-ATTCTTACTCAATAATTGT-TGAAATATTA
11115737 ATAAATT
311 ATAAATT
11115744 TGTAGTATTT
Statistics
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Consensus pattern (352 bp):
AAATCAATTGGTTTATAACAAAACAAAAGTCATAACATTTGAAATAAATAATTGATTGAAATACT
CATAACTATTTGAAAGTGTTCAAAAAATTTTTTTTAAATTTTTACTTAGTAACTGTTGAAATATT
AATAAATTAATATTATTTTAATCCGAATAAAGTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAA
ACAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCG
GTAAACAGATTCATTTTTAAAATTCTTACTCAATAATTGTTGAAATATTAATAAATTAATATTAT
TTTATTTTCAATAGGCTTATAAGAACC
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1 TTATTTCAAATAATTAT
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Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TTATTTCAAATAATTAT
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11116888 TAACTATCTA
* * * * * ** *
11116898 AACAATTATCTATTTTAAATCATTATTACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTAAT
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** * * * * * * **
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* * * ** ** * ** *
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* * ** * * *
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* ** * * ** * ** *
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* * * * * * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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131 TTAAAAAATAAATTTATTTACTGAA-CAAGTTCAAATAGTTAAGATTATTTG
* * * * * * * * *
11117438 AATAATTATCTATTTCAAATCGTTCTGATCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTATTTCAGTTTAT
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* * * * *
11117503 ATAAGCTTATTC-AGAATAAATTAATACTAATTTATTAACA-TTCAAAAAAATTACTAAGAAAGA
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* **
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128 GATTTAAAAAATAAATT-TATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTAAGATTATTTG
* * * * *
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* * * * * *** *
11117682 TAAAAGTTTATCCAAAATAAAATAATATTAATTCCCTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAG-
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* * * *
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130 TTTAAAAAATA-AATTTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTA-AGATTATTTG
* * * * * *
11117798 AACAATTATCTACTTAAAAT-TGTTATGACATTTTGTTTTGTTATAAAACAAATGTTTCAGTTCA
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* * * * * *
11117862 TACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATGCTAATTCATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGTGG
65 TACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA
* * * * * * * * * *
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* * * ** **
11117979 AATAATTATCTATTTCAAAT-TGTTATTACCTTTTATTTGGTCATATGACAATTGTTT-TTTATC
1 AACAATTATCTATTTCAAATCT-TTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGT-TC
*
11118042 ATACAAGCTTATTC-AGAAT-AAATAATGCTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA
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* * * * * *
11118105 GATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACTATTTCAAATAGTTATGACTATTTG
128 GATTTAAAAAATAAATTTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTAAGATTATTTG
* * * * * * ** * *
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1 AACAATTATCTATTTCAAATCTTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCA
* * * * * * *
11118223 TACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATCTAATAGTATTCCAAAAATTAATAACTAAAAAA
65 TACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA
* * * * * *
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* * * * *
11118340 AACAATTATATATTTCAAAT-TATTATGACCTTTTAATTTGTCATAAAACAGTAT-TTTAAATTC
1 AACAATTATCTATTTCAAATCT-TTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAAT-TGTTTCAGTTC
* * * * * *
11118403 ATACTAGCTTATT-TAGAACAAAATAAAACAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGA
64 ATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA
* * * * *
11118467 GATTTAAAAAAT-AATTATATTTACCTAAAC-AGTTTAAATAATTATGACTATTTG
128 GATTTAAAAAATAAATT-TATTTA-CTGAACAAGTTCAAATAGTTAAGATTATTTG
* * * * * * * **
11118521 AATAGTTATATATTTC-AATTTGTTATGA-C---TA-TTTGAACAATAAAATAAAAATGTTTTTG
1 AACAATTATCTATTTCAAATCT-TTATGACCTTTTATTTTG-TC-AT-AAA-ACAATTGTTTCAG
* * * *
11118580 TTCAAACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
61 TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
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Statistics
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Consensus pattern (181 bp):
AACAATTATCTATTTCAAATCTTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCAT
ACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAT
TTAAAAAATAAATTTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTAAGATTATTTG
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11117248 AGACTCTATG
* * * * ** *
11117258 AACAATTATCCATTTCAAATCTTTATGACCTTTTCTTTTATCATAAAACAATTGTTTTGT-TCAT
1 AACAATTATCTATTTAAAATCGTTATAACCTTTTGATTTATCATAAAACAATTGTTTAGTATCAT
* * *** * *
11117322 ACAAGCATATTTGAATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGGGAT
66 AAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAT
* * * * * * * *
11117387 TTAAAAAATAAATTTATTTAATAAATCAGTTCAAATGGCTAGGATTATTAGAATAATTATCTATT
131 TTAAAAAATAAATTTATTTAATGAA-CAATTCAAATAGTTACGACTATT-GAACAATTATCTACT
* * * * * *
11117452 TCAAATCGTTCTGATCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTATTTCAGTTTATATAAGCTTATTCAG
194 TCAAATCGTTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAA
* * * *
11117517 AATAAATTAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAAATTACTAAGAAAGAGATTTAAAAAAATTCT
258 AATAAAATAATACTAATTCATTAACATTCAAAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAAATTAT
* * * *
11117582 ATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATTATTATTTG
323 ATTTACCGAACAAGTTCAAATAATTATGATCATTTC
*
11117618 AACAATTGTCTATTTAAAATCGTTATAACCTTTTGATTTATCATAAAACAATTGTTTCAGT-TCA
1 AACAATTATCTATTTAAAATCGTTATAACCTTTTGATTTATCATAAAACAATTGTTT-AGTATCA
* * *** *
11117682 TAAAAGTTTATCCAAAATAAAATAATATTAATTCCCTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAG-
65 TAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA
* *
11117746 TTTAAAAAA-ATAATTTATTTATTGAACAAATTCAAATAGTTACAACTATGTGAACAATTATCTA
130 TTTAAAAAATA-AATTTATTTAATGAAC-AATTCAAATAGTTACGACTAT-TGAACAATTATCTA
* * * * *
11117810 CTTAAAATTGTTATGACATTTTGTTTTGTTATAAAACAAATGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTC
192 CTTCAAATCGTTATGAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTC
* * ** * * *
11117875 AAAATAAAATAATGCTAATTCATTAATATT-TTAAAAATTAATAAGTAAGTGGTTTAAAAAGTGA
256 AAAATAAAATAATACTAATTCATTAACATTCAAAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAA---A
* *
11117939 A-TATGTTTACCGAATC-AGTTCAAATAATTATGGTCATTTC
318 ATTATATTTACCGAA-CAAGTTCAAATAATTATGATCATTTC
* * * * * ** **
11117979 AATAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTT-ATTTGGTCATATGACAATTGTTTTTTATCA
1 AACAATTATCTATTTAAAATCGTTATAACCTTTTGATTT-ATCATAAAACAATTGTTTAGTATCA
* * * * *
11118043 TACAAGCTTATTCAGAAT-AAATAATGCTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA
65 TAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA
* ** * * * * *
11118107 TTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACTATTTCAAATAGTTATGACTATTTGAGCAATTGTATAC
130 TTTAAAAAATAAATTTATTTAATGAAC-AATTCAAATAGTTACGACTA-TTGAACAATTATCTAC
* * * *
11118172 TTCAAATCATTATAACCTTTTGCTCTGTCATAAAACAATTATTTCTA-TTCATACAAGCTTATTC
193 TTCAAATCGTTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTC-AGTTCATACAAGCTTATTC
* * ** * * *
11118236 GAAATAAAATAATACTAA-TCTAATAGTATTC-CAAAAATTAATAACTAAA-AAATTTAAAAAAT
256 AAAATAAAATAATACTAATTC-ATTAACATTCAAAAAAATTAATAA-GAAAGAGATTT--AAAA-
* ** * * * *
11118298 AAATT-TATTTGCTTAACTAGTTCAAATAGTTA--ATACTATATG
316 AAATTATATTTACCGAACAAGTTCAAATAATTATGAT-C-ATTTC
* * ** * * * * *
11118340 AACAATTATATATTTCAAATTATTATGACCTTTTAATTTGTCATAAAACAGTAT-TTTA-AATTC
1 AACAATTATCTATTTAAAATCGTTATAACCTTTTGATTTATCATAAAACAAT-TGTTTAGTA-TC
** ** * * * * * *
11118403 ATACTAGCTTATTTAGAACAAAATAAAACAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGAG
64 ATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG
11118468 ATTTAAAAAAT-AATTATATTTA
129 ATTTAAAAAATAAATT-TATTTA
11118490 CCTAAACAGT
Statistics
Matches: 708, Mismatches: 133, Indels: 60
0.79 0.15 0.07
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ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (358 bp):
AACAATTATCTATTTAAAATCGTTATAACCTTTTGATTTATCATAAAACAATTGTTTAGTATCAT
AAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAT
TTAAAAAATAAATTTATTTAATGAACAATTCAAATAGTTACGACTATTGAACAATTATCTACTTC
AAATCGTTATGACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAAT
AAAATAATACTAATTCATTAACATTCAAAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAAATTATATT
TACCGAACAAGTTCAAATAATTATGATCATTTC
Found at i:11118604 original size:361 final size:361
Alignment explanation
Indices: 11117156--11118640 Score: 911
Period size: 361 Copynumber: 4.1 Consensus size: 361
11117146 ATTTTATTTG
* * * *** * *
11117156 AAATAAAATAATAGTAATTTATTAATATTTTGAAACTTAATAACCAAGAAAA-TTAAAAAATAAA
1 AAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAA-AAAATTTAAAAAATAAA
* * * * * **
11117220 TATAATTGCTAAAC-AGTTCAAATAGTTAAGACTCTATGAACAATTATCCATTTCAAATCT-TTA
65 TTTATTTGCTTAACTAGTTCAAATAGTTAATACTATATGAACAATTATATATTTCAAAT-TATTA
* ** * * ** * *
11117283 TGACCTTTTCTTTTATCATAAAACAATTGTTTT-GTTCATACAAGCATATT-TGAATTAAAATAA
129 TGACCTTTTATTTGGTCATAAAACAAGTATTTTAAATCATACAAGCTTATTCAGAA--AAAATAA
* * * * * **
11117346 TACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGGGATTTAAAAAATAAATTTATTTAATAA
192 AACAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAA
* *** * * * * * * * * * * **
11117411 A-TCAGTTCAAATGGCTAGGATTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTCTGATCTTTTGTT
257 ACT-ATTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATATACTTCAAATCATTATAACCTTTTGAA
* * * * * * *
11117475 TAGTCATAAAATAATTATTTC-AGTTTATATAAGCTTATTCA
321 CAATCAAAAAAAAATTATTTCTA-TTCAAACAAGCTTATTCA
* * * * * * * * *
11117516 GAATAAATTAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAAATTACTAA-GAAAGAGATTT--AAAA-AA
1 AAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTC-CAAAAATTAATAACTAAA-AAATTTAAAAAATAA
* ** * * * * * * * **
11117577 ATTCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATTATTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATCGTT
64 ATT-TATTTGCTTAACTAGTTCAAATAGTTAATACTATATGAACAATTATATATTTCAAATTATT
* * * * * ** * * * *
11117642 ATAACCTTTTGATTT-ATCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGTTTATCCAAAATAAAATA
128 ATGACCTTTT-ATTTGGTCATAAAACAAGTATTTTAAATCATACAAGCTTATTCAGAA-AAAATA
* ** *** ** **
11117706 ATATTAATTCCCTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAG-TTTAAAAAA-ATAATTTATTTATT
191 AAACAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATA-AATTTATTTACC
* * * * ** * * * ** * * *
11117769 GAACAAATTCAAATAGTTACAACTATGTGAACAATTATCTACTTAAAATTGTTATGACATTTTGT
255 AAACTATTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATATACTTCAAATCATTATAACCTTTTGA
**** * * * *
11117834 TTTGTTATAAAACAAA-TGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTCA
320 ACAATCA-AAAAAAAATTATTTCTA-TTCAAACAAGCTTATTCA
* * ** * **** * *
11117876 AAATAAAATAATGCTAAT-TCATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGTGGTTTAAAAAGTGAA
1 AAATAAAATAATACTAATCT-AATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAAAAATTTAAAAAATAAA
* * * ** * ** * * * * *
11117940 TATGTTTACCGAA-TCAGTTCAAATAATT-ATGGTCATTTCAATAATTATCTATTTCAAATTGTT
65 TTTATTTGCTTAACT-AGTTCAAATAGTTAATACT-ATATGAACAATTATATATTTCAAATTATT
* ** * * ** * *
11118003 ATTACCTTTTATTTGGTCATATGACAATTGTTTTTTATCATACAAGCTTATTCAGAATAAATAAT
128 ATGACCTTTTATTTGGTCATAAAACAAGTATTTTAAATCATACAAGCTTATTCAGAAAAAATAAA
* * * * *
11118068 GCTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAA
193 ACAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAA
* * * ** *
11118133 CTATTTCAAATAGTTATGACTATTTGAGCAATTGTATACTTCAAATCATTATAACCTTTTGCTCT
258 CTATTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATATACTTCAAATCATTATAACCTTTTGAACA
* * * * *
11118198 GTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCG
323 ATCAAAAAAAAATTATTTCTATTCAAACAAGCTTATTCA
*
11118237 AAATAAAATAATACTAATCTAATAGTATTCCAAAAATTAATAACTAAAAAATTTAAAAAATAAAT
1 AAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAAAAATTTAAAAAATAAAT
11118302 TTATTTGCTTAACTAGTTCAAATAGTTAATACTATATGAACAATTATATATTTCAAATTATTATG
66 TTATTTGCTTAACTAGTTCAAATAGTTAATACTATATGAACAATTATATATTTCAAATTATTATG
* *
11118367 ACCTTTTAATTT-GTCATAAAAC-AGTATTTTAAATTCATACTAGCTTATTTAGAACAAAATAAA
131 ACCTTTT-ATTTGGTCATAAAACAAGTATTTTAAA-TCATACAAGCTTATTCAGAA-AAAATAAA
11118430 ACAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAAT-AATTATATTTACCTA
193 ACAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATT-TATTTACC-A
* * * * ** *
11118494 AAC-AGTTT-AAATAATTATGACTATTTGAATAGTTATATATTTCAATTTGTTATGA-CTATTTG
256 AACTA-TTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATATACTTCAAATCATTATAACCT-TTTG
* *
11118556 AACAAT-AAAATAAAAATGT-TTT-TGTTCAAACAAGTTTATTCA
319 AACAATCAAAA-AAAAAT-TATTTCTATTCAAACAAGCTTATTCA
* *
11118598 AAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
1 AAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTCCAAAAATTAATAA
11118641 AAATTTAAAA
Statistics
Matches: 891, Mismatches: 198, Indels: 71
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Matches are distributed among these distances:
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359 30 0.03
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ACGTcount: A:0.44, C:0.10, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (361 bp):
AAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAAAAATTTAAAAAATAAAT
TTATTTGCTTAACTAGTTCAAATAGTTAATACTATATGAACAATTATATATTTCAAATTATTATG
ACCTTTTATTTGGTCATAAAACAAGTATTTTAAATCATACAAGCTTATTCAGAAAAAATAAAACA
AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACTA
TTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATATACTTCAAATCATTATAACCTTTTGAACAATC
AAAAAAAAATTATTTCTATTCAAACAAGCTTATTCA
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Indices: 11118804--11119443 Score: 528
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11118794 ATATTTTGAT
** * * * *
11118804 AAAAGTCATAACCATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTGTAC-TGTTCAG-
1 AAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TATAACTATTTGAACTTATTCGGT
* * * * * * * *
11118867 AAAATTGATTTATTTTTTTAA-GTTTTACGTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTATTTTAT
65 AAAA-T-A-TTATATTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAATATTAT
* * * * * * ** * *
11118931 T-TTATTTGGAATAAGCTTGTATGAA-CAGACCCAATTATTTTGTGACAAAACA
127 TGTAATCT-AAATAAGCCTATATGAATGA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACA
* * * * * * *
11118983 AAATGTCATAATAATTTGAAATAGATATTTGTTTAAATAGTCAAAACTATTTGAACTTGTTCGGC
1 AAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-ATAACTATTTGAACTTATTCGGT
* * * * *
11119048 AAATAAATTCATATTTTAAATCTCTTACTCATTAATT-TTTAGAATATTAATAAATTAGTATTAT
65 AAA-ATATT-ATATTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTTGA-AATATTAATAAATTAATATTAT
* * * **
11119112 TGTATTC-AAATAAGCCTATATGAATTG-ATAGAATTGTTTTATGATGAAACA
127 TGTAATCTAAATAAGCCTATATGAA-TGAAAACAATTGTTTTATGACAAAACA
* * * * * *
11119163 AAAGGCCATAATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC-TACTTTGG
1 AAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TATAACTATTTGAACTTA-TTCGG
* *
11119227 TAAGCATATT-TATTTTAAAGTCTTTTGCTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAATATTAT
64 TAA-AATATTATATTTTAAA-TCTTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAATATTAT
* * *
11119291 TTTAATCTGAATAAGCTTATATGAATGAAAACAATTGTTTTATGACAAAACA
127 TGTAATCTAAATAAGCCTATATGAATGAAAACAATTGTTTTATGACAAAACA
* * * * * *
11119343 AAAAGTTATAACGATTGGAAATAAAAAATTGTTCAAATAGT-TAACTATTTGAACTTATTCGATA
1 AAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTATAACTATTTGAACTTATTCGGTA
*
11119407 AAATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGT
66 AAATA-TTATATTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGT
11119444 CTAATATAAT
Statistics
Matches: 364, Mismatches: 77, Indels: 41
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.11, T:0.42
Consensus pattern (178 bp):
AAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTATAACTATTTGAACTTATTCGGTA
AAATATTATATTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTGTA
ATCTAAATAAGCCTATATGAATGAAAACAATTGTTTTATGACAAAACA
Found at i:11119522 original size:177 final size:175
Alignment explanation
Indices: 11118963--11119597 Score: 436
Period size: 180 Copynumber: 3.6 Consensus size: 175
11118953 GAACAGACCC
* * ** * * * * * *
11118963 AATTATTTTGTGACAAAACAAAATGTCATAATAATTTGAAATAGATATTTGTTTAAATAGTCAAA
1 AATTATTTTATGACAAAACAAAA-GTTATAACGATTGGAAATAAAAAATTGTTCAAATAGT--TA
* * ** * * * *
11119028 ACTATTTGAACTTGTTCGGCAAATAAATTCATATTTTAAA-TCTCTTACTCATTAATTTTTAGAA
63 ACTATTTGAACTTATTTGATAAA-ATATT--TATTTTAAAGTCTTTTACTTATTAATTGTTA-AA
* * * * *** * *
11119092 TATTAATAAATTAGTATTATTGTATTC-AAATAAGCCTATATGAATTG-ATAG
124 TATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTGAATAAAATTATATGAA-TGAAAAA
* ** ** * ** * * *
11119143 AATTGTTTTATGATGAAACAAAAGGCCATAATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATG
1 AATTATTTTATGACAAAACAAAA-GTTATAACGATTGGAAATAAAAAATTGTTCAAATAGTTA--
* * *
11119208 ACTATTTGAAC-TACTTTGGTAAGCATATTTATTTTAAAGTCTTTTGCTTATTAATTGTTGAAAT
63 ACTATTTGAACTTA-TTTGATAA-AATATTTATTTTAAAGTCTTTTACTTATTAATTGTT-AAAT
** *
11119272 ATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTGAATAAGCTTATATGAATGAAAAC
125 ATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTGAATAAAATTATATGAATGAAAAA
*
11119323 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAACGATTGGAAATAAAAAATTGTTCAAATAGTTAAC
1 AATTATTTTATGACAAAAC-AAAAGTTATAACGATTGGAAATAAAAAATTGTTCAAATAGTTAAC
*
11119388 TATTTGAACTTATTCGATAAAATATTTATTTTTTAAA-TCTTTTACTTATTAATTGTCT-AATA-
65 TATTTGAACTTATTTGATAAAATATTTA--TTTTAAAGTCTTTTACTTATTAATTGT-TAAATAT
**
11119450 TAAT-TTTTGAA-ATTATTTTAAT-TAGAAATAAAATT-TATGAATAGAAAAA
127 TAATAAATT-AATATTATTTTAATCT-G-AATAAAATTATATGAAT-GAAAAA
* * ***
11119499 AATTATTTTACTGACAAAACAAAAGTTATAACTATTTGAAATAAGTTATATGTTCAAATA-TCAT
1 AATTATTTTA-TGACAAAACAAAAGTTATAACGATTGGAAATAAAAAAT-TGTTCAAATAGT--T
*
11119563 AACT-TTTAAACTT-TTTGATAAAATATTGT-TTTTAA
62 AACTATTTGAACTTATTTGATAAAATATT-TATTTTAA
11119598 TTCTATATAT
Statistics
Matches: 378, Mismatches: 55, Indels: 50
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Matches are distributed among these distances:
174 7 0.02
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Consensus pattern (175 bp):
AATTATTTTATGACAAAACAAAAGTTATAACGATTGGAAATAAAAAATTGTTCAAATAGTTAACT
ATTTGAACTTATTTGATAAAATATTTATTTTAAAGTCTTTTACTTATTAATTGTTAAATATTAAT
AAATTAATATTATTTTAATCTGAATAAAATTATATGAATGAAAAA
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Indices: 11120412--11122717 Score: 1376
Period size: 181 Copynumber: 12.8 Consensus size: 180
11120402 ATAATCATTA
* * * * ** *
11120412 ACTTCTTAATTTTTAAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGAATAAACTTTTATG-ATC
1 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAAT-
* * * * * *
11120476 TGAAACAATTATTTTCA-GATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAAT
65 AGAAACAATTGTTTT-ATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
* * * * *
11120540 ACTCACAACTATTTAAACTTATTCAGTAAATATATTTATTTTTTAAAAT-TTCCT
129 AGTCATAACTATTTAAACTTGTTCAATAAATA-ATTTATTTTTT-AAATCTT-TT
* * * * * * * * *
11120594 GCCTATTAAGTTTTTG-AATGTTTATAAAATAGTATTATTATT-TTT-GAATAAGCATGTATAAA
1 ACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT-TTATTTCAAATAAACTTGTATGAA
* * * * * * * * **
11120656 TTGGAACAATTATTTTATGACTAAACCAAAA-TTCAAAATAATTTGAAATATATAATTATTTTAA
64 TAGAAACAATTGTTTTATGAC-AAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAA
* * *** * *
11120720 TAGTCTTAACTATTTAAACTAGTTCGGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTT
128 TAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCAATAAATA-ATTTATTTTTTAAATCTTTT
* * ** * * * * * *
11120774 GCTTATTAATTTTT-AGAATATTATTAGTTTAGCAATATTTTACTCCAAATAAGCTTGTATAAAT
1 ACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAAT
* * ** * * *
11120838 AGAAACAATTATTTTATTACAAAAC-AAAGATCATAACAATTTGAGATAGATAATTGTCCAAATA
65 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
** * * *** * *
11120902 AACATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAATTGATTTAGTTTTTAAATC---T
130 GTCATAACTATTTAAACTTGTTCAATAAA-TAATTTATTTTTTAAATCTTTT
* * * * * **
11120951 -CTTATTAGTTTTTGAGATATTGATAAACTAGTATTATTTTA-TTCTGAATAATTTTGTATGAAT
1 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAACTTGTATGAAT
* * * * * **
11121014 AAAAATAATTATTTTACGATAAAACAAAATG-TCATAAT-ATTTGAAATAGATAA-TAGTTTGAA
65 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GATCATAATGATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAA
* * * * *** * * ** ***
11121076 TGGACA-AGACTATTTTAACTTCTTTGGTCAACAGATTTAACTTTTAAATCTCCA
128 TAGTCATA-ACTATTTAAACTTGTTCAATAAATA-ATTTATTTTTTAAATCTTTT
**
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1 ACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAAT
* ** * *
11121194 AGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATTGTAATGATTTGAAATAAATAATTATTTAAATA
65 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* * * *
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130 GTCATAACTATTTAAACTTGTTCAATAAATA-ATTTATTTTTTAAATCTTTT
* * ** * * * ** **** * * *
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* * * * * * * *
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* * * * *
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131 TCATAACTATTTAAACTTGTTCA-ATAAATA-ATTTATTTTTTAAATCTTTT
* *
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* * * *
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64 TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
* * * * *
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* * * * * * * * *
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1 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAA-T
* * * * * *
11121737 -GAAATAATTGTTCTATTACAAAAGAAAAGGTCATAATGATTTGAAATTGATAATTATTCAAATA
65 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
** * * **
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130 GTCATAACTATTTAAACTTGTTCAATAAATA-ATTTA-TTTTTTAAATCTTTT
* * * * * *
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* * * ** * * **
11121919 AAAACAACTATTTTATGTTAAAACAAAA-AGTCATAATAAGTTGAAATA-ATTAATTGCTCAAAT
66 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGA-TCATAATGATTTGAAATAGA-TAATTATTCAAAT
* * *
11121982 AGTCATAACAATTTAAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTTTTAAATCTTTT
129 AGTCATAACTATTTAAACTTGTTCAATAAA-TAATTTA---TTTTTTAAATCTTTT
* * * *
11122038 ACTTATTAACTGTCTT--AATATTAATAAATTTGTATTATTTT-TTTAAAAAATAAGA-TTGTGT
1 ACTTATTAA-T-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT--CAAATAA-ACTTGTAT
* * * * * *** * * *
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61 GAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCA
* * * *
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126 AATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCAATAAATAATTTATTTTTTAAATCT-TTT
* ** * * * * *
11122220 A-TTATTAA-TTTTCATTTTATTAACAAATTAGCATTATTTTTATTTCAAATAAGCTTATATAAA
1 ACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAA
* * * *
11122283 CTA-AAACAATTCTTTTATAATAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATATATAATTATTCAAA
64 -TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAA
* * * * * * *** * *
11122347 TAGTCATGATTA-CTGATCTAGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATTTTTT
128 TAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCAATAAATA-ATTTATTTTTTAAATCTTTT
* * ** * * * * ***
11122400 ACTTATTAAGTGTCAAAATATTAGTAAATTAGTATTATTTTA-ATCTGAATAAGCTTGTATGGGC
1 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAACTTGTATGAAT
** * * * * * **
11122464 AGAAACAATTGTTTTAAAATAGAACAAAA-AGTTATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTTGAAT
65 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGA-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
* * * ** * *
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129 AGTCATAACTATTTAAACTTGTTCAATAAATA-ATTTATTTTTTAAATCTTTT
* * ** ** *
11122578 -CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAGATTAGTATTACATTATTCTCAACCAAA-TTTTATGAAC
1 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAAATAAACTTGTATGAA-
* * * * * * *
11122641 CA-AAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA-CACGCTTTGAAATATATAATTATT-ACAA
64 TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCA-AA
*
11122703 TAGTCATAATTATTT
128 TAGTCATAACTATTT
11122718 GAATTGGTTA
Statistics
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TCATAACTATTTAAACTTGTTCAATAAATAATTTATTTTTTAAATCTTTT
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*
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*
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1 TCATAACTATTT
11121453 GAACGTATTC
Statistics
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TCATAACTATTTAAAATA
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* **
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* * ** * *
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* * * * ** *
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* * ** * * * ** ** * * **
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*
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*
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*
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* * * *
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* * * *
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** *
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* * * * * * **
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* * * * * *
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* * * *
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* * * ** * * * * * **
11121919 AAAACAACTATTTTATGTTAAAACAAAAAGTCATAATAAGTTGAAATAATTAATTGCTCAAATAG
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* * ** * * * * * *
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129 TCATAACTATTTAAAATTACTCAATAGATAGATTTA---TTTTTCAAATCTTTTACTCATTAA-T
* ** ** * * * * * * * *
11122049 GTCTT--AATATTAATAAATTTGTATTAT-TTTTTTAAAAAATAAGATTGTGTGAATAGAAAAAA
190 -TATTGGAATATTAATAAATTAATATTATGTTACTT--CAAATAAGCTTATATAAACACAAACAA
* * * * * * * * * * * * * *
11122111 TTATTTTATGACAAAATAAAAGGTTATAGCAATTTTAAATAGATAATTGTTTAAACAGTCATAAT
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* * ** * * *
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317 TATTTGAACGTACTCAGA-AAATAGATTTATTTTTTTAAATCT-TTG
* ** * * * * *
11122220 A-TTATTAA-TTTTCATTTTATTAACAAATTAGCATTATTTTTATTTCAAATAAGCTTATATAAA
1 ACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTA-AATTA-TTTTA-TTCAAATAAACTTGTATGAA
* * * * * *
11122283 CTA-AAACAATTCTTTTATAATAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATATATAATTATTCAAA
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11122347 TAGTCAT
126 TAGTCAT
11122354 GATTACTGAT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (361 bp):
ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAAATTATTTTATTCAAATAAACTTGTATGAATAGA
AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAACTATTCAAATAGTC
ATAACTATTTAAAATTACTCAATAGATAGATTTATTTTTCAAATCTTTTACTCATTAATTATTGG
AATATTAATAAATTAATATTATGTTACTTCAAATAAGCTTATATAAACACAAACAATTGTTCTAT
GACAAAACAAAAGCTCATAACGATTTAAAATTGATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTGAAC
GTACTCAGAAAATAGATTTATTTTTTTAAATCTTTG
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11121467 AATAGATTTA
* * *
11121477 TTTTTTT-AAT-TTTGACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTAA-ATTATTTT-ATTCAA
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* * * * * * * * * ****
11121538 AATAAACTTGCATGAATAGAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGTTTTGAAAT
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* ** ** * * * * * *
11121603 AGA-TAACTATTCAAATGGTCATAACTATTTAAAATTATTTAGTAAGCAAATTC---
129 A-ATTAATTGCTCAAACAGTCATAACAATTTAAACTTGTTCAATAAACAAATTCATT
* * * * * * *
11121656 TTTTTTTAAAT-TTGTTACTCATTAATTATTGGAATATTAATAAATTAATATTATGTTACTT-CA
1 TTTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAACTGTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTAAA
* * * ** * * * * * * * ** *
11121719 AATAAGCTTATATAAACTGAAATAATTGTTCTATTACAAAAGAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT
65 AAAAAG-TTGTATGAACAAAAACAACTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAAGTTGAAA-
* ** * ** * * * ** * * *
11121784 TGA-TAATTATTCAAATAGTCATGGCTATTTGAACTTGCTCGGTAAATATATT--TA
128 TAATTAATTGCTCAAACAGTCATAACAATTTAAACTTGTTCAATAAACAAATTCATT
* * *
11121838 TTTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAATATTGTTTTAATTCAAA
1 TTTTTTTAAATCTTTTACTTATTAACTGTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTAAAA
* ** *
11121903 TAAAGTTGTATGAACAAAAACAACTATTTTATGTTAAAACAAAAAGTCATAATAAGTTGAAATAA
66 AAAAGTTGTATGAACAAAAACAACTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAAGTTGAAATAA
* * *
11121968 TTAATTGCTCAAATAGTCATAACAATTTAAACTTGTTCGATAAACAAATTTATT
131 TTAATTGCTCAAACAGTCATAACAATTTAAACTTGTTCAATAAACAAATTCATT
* ** *
11122022 TTTTTTTAAATCTTTTACTTATTAACTGTCT-TAATATTAATAAATTTGTATTATTTT-TTTAAA
1 TTTTTTTAAATCTTTTACTTATTAACTGT-TGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTAAA
* * * * * * * * *
11122085 AAATAAGATTGTGTGAATAGAAAA-AATTATTTTATGACAAAATAAAAGGTTATAGCAATTTTAA
65 AAA-AAG-TTGTATGAACA-AAAACAACTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAAGTTGAA
* * **
11122149 ATAGA-TAATTGTTTAAACAGTCATAATTATTTAAACTTGTTCAATAAAC-AATTCATT
127 ATA-ATTAATTGCTCAAACAGTCATAACAATTTAAACTTGTTCAATAAACAAATTCATT
11122206 TTTT
1 TTTT
11122210 AAATCTCTTT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (184 bp):
TTTTTTTAAATCTTTTACTTATTAACTGTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTAAAA
AAAAGTTGTATGAACAAAAACAACTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAAGTTGAAATAA
TTAATTGCTCAAACAGTCATAACAATTTAAACTTGTTCAATAAACAAATTCATT
Found at i:11122268 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 11122234--11122277 Score: 54
Period size: 22 Copynumber: 2.0 Consensus size: 22
11122224 TTAATTTTCA
*
11122234 TTTTATTAACAAATTAGCATTAT
1 TTTTATTAACAAATAAGC-TTAT
*
11122257 TTTTATT-TCAAATAAGCTTAT
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11122278 ATAAACTAAA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (22 bp):
TTTTATTAACAAATAAGCTTAT
Found at i:11123054 original size:181 final size:181
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Indices: 11122799--11123573 Score: 628
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11122789 AAAAACCTTA
* * * * * * *
11122799 TTTTGTGACA-AAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAACTATTCATATAGTCTTAAATA
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*** * * *
11122863 TTTGAACTAGTTTGGCAAACAAATTTATTTTTTAATTCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTA
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* * * * *
11122928 TTAGATTTGTTTTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATAAACAAAAATAATTG
130 ATAGATTTGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATAAACAAAAACAATTG
* * * ** * * *
11122980 TTTTATGACAGAAAAAAAGGTTATAATGATTTCAAGTTTACAATTGGTCAAATAGTCATAACTAT
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*** * * * *
11123045 TTGAACTAGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCGCTTACTTATTAA-TTTTGAAAAGATTA
66 TTGAACTAGTTCAACAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG-AAATATTA
* * * **
11123109 ATAGATTAT-CATTATTTTATTTCGAATAAGGTTGAATGTTA-AAAAACAATTG
130 ATAGATT-TGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTAT-AAACAAAAACAATTG
* * * * * * *
11123161 TTATATGACCGAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTGATAGAGCCATAAGTAT
1 TTTTATGACAGAAAAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCATAACTAT
* * * * * * * * * * *
11123226 TTGAACTAATTTAATAAACAGATTCACTTTTCAAATCACTTACTTTTTTATTTTTGAAATTTTAA
66 TTGAACTAGTTCAACAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAA
* * * * **
11123291 TAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTG
131 TAGATTTGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATAAACAAAAACAATTG
** * * *
11123342 TTTTATGACA-AAACAAAAGGTCGTAATGATTTGAAATAGATAGTTGTTCATATAGTCTTAACTG
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* * * *
11123406 TTTGAACT-GCTTCAACAAACAGATTTTAATTTTTTAAATTGTCTTAATTATTAATTTTTGGAAT
65 TTTGAACTAG-TTCAACAAACA-AATTT-ATTTTTTAAA-TCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAT
* * * * * * * * ***
11123470 ATTATTAAAGTAGTATTACTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAATTGAAACAATTAG
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* * * * *
11123527 -TTTATAATAGAATAAAAGGTTATAATGATTTAAAATAGATAATTGTT
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11123574 TAAACAGGAA
Statistics
Matches: 470, Mismatches: 110, Indels: 25
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (181 bp):
TTTTATGACAGAAAAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCATAACTAT
TTGAACTAGTTCAACAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAA
TAGATTTGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATAAACAAAAACAATTG
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11124251 CAAACACTTT
*
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* * * ** *
11124325 TAAGCTTTTATGA-TAAAAA-AA-ATA-ACAAAACAAAA-ATCTTAACAATTTGAGGTTGATAAT
63 TAAGCTTGTATGACCAAAAATAATATATACAAAACAAAATATCATAACAATTTGAAATAGATAAT
* *
11124385 TGTTCAAAT-AGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGT-AAATAGATTTA
128 TGTTCAAATGAGT-ATAACTATTTGAACTGATTCGGTAAAAT-GATTTA
* * * ***
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1 TTTTTTAAATCTCTT-ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT-T-TTCCAAA
* *
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63 TAAGCTTGTATGACCAAAAATAA----TATATACAAAACAAAATATCATAACAATTTGAAATAGA
* * *
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124 TAATTGTTCAAATGAGTATAACTATTTGAACTGATTCGGTAAAATGATTTA
* ** * **
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1 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTT-TTCCAAAT
* * * * * * * * *
11124678 AAGCATGTATTAGCTGAAACAATTGATTTATGACAAATCAAAA-AGTTATAACGATTTTAAATAG
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* * * * * * *
11124742 ACAATTATTCAAAT-AGTAATAATTTTTTGAATTTG-TTCGATAAACA-AATTTA
123 ATAATTGTTCAAATGAGT-ATAACTATTTGAA-CTGATTCGGTAAA-ATGATTTA
* * * ***
11124794 GTTTTTTCAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTCAAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTTTGA
1 -TTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT-ATTT-TTCCAA
* ** * * * * *
11124859 ATAAGGTTGTATGAATTGAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAA-AGTTAGAACAATTTGAAAT
62 ATAAGCTTGTATG-A-CCAAA-AA-TAATATAT-ACAAAACAAAATA-TCATAACAATTTGAAAT
* * * * *
11124923 AGATAATTGTTCTAAT-AGTTTTAACCATTTGAACTGA-TCTAGT-AAATAAATTTA
121 AGATAATTGTTCAAATGAG-TATAACTATTTGAACTGATTC-GGTAAAAT-GATTTA
* * * * *
11124977 TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTCTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAAT-TAGAG
1 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT--TCCA-AA
* * * * * * ** *
11125041 TAAGCTAGTATGAAC-AAAATAATTGTCTTACAACAAAAGAAAAAGTCATAATGATTTTAAATAG
63 TAAGCTTGTATGACCAAAAATAA-TAT-ATACAA-AACA-AAATA-TCATAACAATTTGAAATAG
* * * * * * *
11125105 ATAATCGTTCATAT-AGTCTTAGCTATTTGAACTGATTAGG-CAATTAGATTTA
123 ATAATTGTTCAAATGAGT-ATAACTATTTGAACTGATTCGGTAAAAT-GATTTA
* * * * ** * * * *
11125157 TTTTTTAATTTTCTT-TTTATTAAGTTTCAAAATATTATTAAATTATTTTTATTTTATTTCAAAT
1 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTT-TTCCAAAT
** * ** * ** * * **
11125221 AAAATAGTATGAATAGAATCAGTTGTTTGATGAC-AAA-AAAATATTATAATGATTTGAAATAG-
64 AAGCTTGTATGACCA-AA--AATAATAT-AT-ACAAAACAAAATATCATAACAATTTGAAATAGA
** * * * * * * *
11125283 T--TTG-T-AAACAAAT-TTACTTTTTAAATCT-CTTACTG-AATAAT-TTTCTA
124 TAATTGTTCAAATGAGTATAACTATTTGAA-CTGATT-CGGTAA-AATGATT-TA
** * *** * * ** * * ** *
11125330 AATATT-AATAAATTA-GTATTATTTTATTCCAA-A--AA-AACTTA-TATTA---ATAAAAACA
1 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTCCAAATA
* * * ***** **
11125385 ATTG-TTTTATGACAAAACAAAAAGTA-ATA-AAGATTTGGA-AT-A-AACAA-TT---ATTCA-
65 A--GCTTGTATGACCAAA-AATAA-TATATACAA-AACAAAATATCATAACAATTTGAAATAGAT
* * * *
11125439 AATAGTT---AT-A--AT---TATTTGAACTGGTTTGGTAAATAT-AATTA
125 AATTGTTCAAATGAGTATAACTATTTGAACTGATTCGGTAAA-ATGATTTA
* * * *
11125480 TTTTCTAAATCTCTTA--TA--ATTTTTTGAAATATTAATAAATTAGTTTTATTTTAT-TATGAA
1 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-TCCA--AA
* ** * * * ** *
11125540 TAAGCTTGTATTGA--AATAATTTTTTTTCTGATAAAACAAAAGGTCAT-ACAATTTGAAATAAA
63 TAAGCTTGTA-TGACCAA-AA-ATAATATAT-ACAAAACAAAATATCATAACAATTTGAAATAGA
* * * * * *
11125602 TAGTTGTTC--ATGTTGTCTTAACTGTTTGAACTTATTCGGT-AAATAAATTTA
124 TAATTGTTCAAATG-AGT-ATAACTATTTGAACTGATTCGGTAAAAT-GATTTA
* * * *
11125653 TTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTT-AGAATATTATTAAATTAATATTATTTTATTCCGAA
1 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTA-TTT-TTCCAAA
* ** * * * *
11125717 TAAGTTTGTATGAAGAAACAATTATTTTATA-ATAGAATAAAGGT-T-ATAACAATTTGAAATAG
63 TAAGCTTGTATGACCAAA-AA-TAATATATACA-A-AACAAA-ATATCATAACAATTTGAAATAG
*
11125779 AT-ATTGTTCAAAT-AGTTATAACTATTTGAACT-AGTTTGGT-AAATAGATTTA
123 ATAATTGTTCAAATGAG-TATAACTATTTGAACTGA-TTCGGTAAAAT-GATTTA
* * ** ***
11125830 ATTTTTAAATCTCTTA--TA--AATTCTTGAAATATTAGCAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAT
1 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTT-TTCCAAAT
*** * * * *
11125891 AAGCTTGTATGTTGAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATAATAACGATTTGAAATAGA
64 AAGCTTGTATGACCAAAAATAA----TATAT-ACAAAACAAAATATCATAACAATTTGAAATAGA
* * * * ** * *
11125956 TAGTTGTTCAAATG-GCCAGAATTATTTGAACTGATTTAGTAAATTGATTGA
124 TAATTGTTCAAATGAG-TATAACTATTTGAACTGATTCGGTAAAATGATTTA
* * * * * * * ***
11126007 TTTTTTAAATCTTTTGCTTATTAACTTTCGAAATACTAATAAAGTAGTATCATTTTTTTGGAA-A
1 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTTCCAAATA
* * ** * * * ** ** * * *
11126071 AGCTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGATAAAATAAAAGGTCATAAGGATTTTAAAAATAT
65 AGCTTGTATG-AC-CAAA-AA-TAATATAT-ACAAAACAAAATATCATAACAATTTGAAATAGAT
* ** * * *
11126136 AATTGTTCAAATTACCATAACTATTTGAACTTG-TTTGATAAACAT-ATTTC
125 AATTGTTCAAATGAGTATAACTATTTGAAC-TGATTCGGTAAA-ATGATTTA
* * * *
11126186 TTTTTTCAAATCTCTTACATATTAATTTTTTTG-AATATTAATAAATTATTATTATTTTATTACG
1 TTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAA--TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTT-TTCCA
* * * * * ** * **
11126250 AATAAGTTTGTATGAACTGAAACAATTAT-TATAGGAGTAAACAATAGGTCAGAATGATTTGAAA
61 AATAAGCTTGTATG-AC-CAAA-AATAATATATA-CA--AAACAAAATATCATAACAATTTGAAA
* * * * ** * *
11126314 TAGATAATTATTCTAAT-AGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCGACCAACAT-ATATA
120 TAGATAATTGTTCAAATGAGT-ATAACTATTTGAACTGATTCG-GTAAAATGATTTA
** * *
11126369 -TTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTATCCAATT
1 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTT-TCCAAAT
* * * *** *
11126429 AAGCTTGTATGATCAAAAATAATTTTTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAATGGTTT-AATATTG
64 AAGCTTGTATGACCAAAAATAA----TATAT-ACAAAACAAAATATCATAACAATTTGAA-ATAG
* * * * *
11126492 GTATTTGTTCAAAT-AGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGG-AAAATAGCTTTA
123 ATAATTGTTCAAATGAGT-ATAACTATTTGAACTGATTCGGTAAAAT-GATTTA
* * * * * *
11126544 GTTTATAAATCTCGTACTTATTAATTTTTGAATTATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAGAT
1 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTT-TTCCAAAT
* * ** * * *
11126609 AAGTTTTTATGGACCGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGT-TCATAATGACTTT-AAATA
64 AAGCTTGTAT-GACC-AAA-AA-TAATATAT-ACAAAACAAAA-TATCATAA-CAATTTGAAATA
*
11126672 GATAATTGTTCAAAT-AGT-TAAATCTATTTGAACTTG-TTTGGTAAACA-GATTTA
122 GATAATTGTTCAAATGAGTAT-AA-CTATTTGAAC-TGATTCGGTAAA-ATGATTTA
* * * * ***
11126725 TTTTTTTTAAATCTCTTGCTCACTAACTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTTTG
1 --TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT-ATTT-TTCCA
* * * ** * * **
11126789 AATAAGCTTGTATGAACTGAAATAATTATTTTATGACTAAAGA-AAAAGGTTAGAATGATTTGAA
61 AATAAGCTTGTATG-AC-CAAA-AA-TAATATAT-AC-AAA-ACAAAATATCATAACAATTTGAA
* * * * *
11126853 ATAGATAATTATTCTAAT-AGTCTTAACTATTTGAACTGGTTC-G-ACAAATACATTTA
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* * * * ***
11126909 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATATTTGGAATACTATTAAATTAGTATTATTTTAATTTGAAT
1 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT--TCCAAAT
* * * ** * * ** *
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* * * *
11127037 ATATTTGTTTAAAT-AGTCATAACTATGTGAA-TTATTTCGGT-AAATAGATTTA
123 ATAATTGTTCAAATGAGT-ATAACTATTTGAACTGA-TTCGGTAAAAT-GATTTA
* * * * * * *** *
11127089 GTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAGATCAATATAATTTTTTTGATTAA
1 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTCCAAATAA
** * ** * * ** *
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* * * * **
11127215 ATTATTCAAATG-GACATAACTATATAAACCTG-TTAAGTAAACA-GATTTA
126 ATTGTTCAAATGAG-TATAACTATTTGAA-CTGATTCGGTAAA-ATGATTTA
* * *
11127264 TTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TATGA
1 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTT-TCCA--A
* ** ** * * *
11127327 ATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTATTATGACAAAGCAAAAAATCATAACTATTTGAAATA
62 ATAAGCTTGTATG-A-CCAAA-AATAATA-TAT-ACAAAACAAAATATCATAACAATTTGAAATA
* * * * * *
11127392 AATCATTATTCAAA-CAGTCATAACTATATGAACTTG-CTCGGTAAACA-GATTTA
122 GATAATTGTTCAAATGAGT-ATAACTATTTGAAC-TGATTCGGTAAA-ATGATTTA
* * * * * ***
11127445 TTTTTGAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAACTAGTATTATTTTATTTTGAAT
1 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTT-TTCCAAAT
* * ** ** * * * ** * * * *
11127510 ATGCTTGTGTGAATAGAAACAATTGGTTTATGATAAAATAAAAGGTTATAACTATTTGGAATGGA
64 AAGCTTGTATG-A-CCAAA-AA-TAATATAT-ACAAAACAAAATATCATAACAATTTGAAATAGA
* **
11127575 TAATTGTTCAAAT-AGTCATAACTATTTGAAAGTG-TTTAG-AAAATAGATTTA
124 TAATTGTTCAAATGAGT-ATAACTATTTG-AACTGATTCGGTAAAAT-GATTTA
* ** **
11127626 TTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTTTAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTAGAA
1 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTT-TCCA-AA
** ** * * * ** *
11127689 TAAGCTTGTATGAATAGAAGCAATTGTTTTATGACAAAATAAAATGTCATAATGATTTGAAATAT
63 TAAGCTTGTATGACCA-AA--AA-TAATATAT-ACAAAACAAAATATCATAACAATTTGAAATAG
* * * * * *
11127754 AAAATTGTTCAAAT-AGTCATAGCTATCTGAACTTATTTGGT-AAATAGATTCA
123 ATAATTGTTCAAATGAGT-ATAACTATTTGAACTGATTCGGTAAAAT-GATTTA
* * *
11127806 CTTTTTAAATCTCTTACTTAATAA-TTTTCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
1 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTT
11127862 ATTTTGAATA
Statistics
Matches: 2594, Mismatches: 571, Indels: 520
0.70 0.15 0.14
Matches are distributed among these distances:
147 4 0.00
148 6 0.00
150 12 0.00
151 24 0.01
152 4 0.00
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155 9 0.00
156 8 0.00
157 12 0.00
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159 8 0.00
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161 5 0.00
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168 4 0.00
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170 2 0.00
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186 1 0.00
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Consensus pattern (174 bp):
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GCTTGTATGACCAAAAATAATATATACAAAACAAAATATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGT
TCAAATGAGTATAACTATTTGAACTGATTCGGTAAAATGATTTA
Found at i:11124499 original size:351 final size:354
Alignment explanation
Indices: 11123641--11129557 Score: 1365
Period size: 362 Copynumber: 16.6 Consensus size: 354
11123631 TTATATGACC
* * * * * * * ** *
11123641 AAACAAAAGGTAATAACAATTTAAAATAAATAATTATTGAAATGGCCATAATTATTTGAA-TTGA
1 AAACAAAAAGTTATAACAATTTGAAATAGACAATTATTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTTG-
* * * * *
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* * * *
11123769 TATTTTTTATTTTGAATAAGCTTGTATAAACTGAATCAATTGTTTTATGA-TAAA-AGAAAAGGT
129 TATTATTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA-TGAAACAATTATTTTATGACTAAACA-AAAA-GT
* * * * * * ** * * * ** *
11123832 CATAATGATTTTAAATAGACAATTATTCAAATAGTCATAGCTA-TTAAATTTGTTTAGTAAATAA
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* *
11123896 ATTTATTTTTT-AA-CTCTTGCTTATTAATTT-TCAAAATATTA-AGAAATTAGTATTATTTTTA
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***** * * * * ** **
11123957 TTTTGGATAAGCTTGTATGAACTGAACCAATTGTTTTATGTCA
315 TACCAAATAAGCATGTAT-TACTGAAACAA-T-ATAAATAACA
* * * ** * * * * *
11124000 AAACAAAAGGTCACAATGATTTTAAATAAATAACTATTCAAATAGTGATAACTATTTGAACTTGT
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* * * * * *
11124065 TCAGTAAACATATTTATTTTTTCAAATATTTTGCTTATTAATTTTTCAAATGTTAATAAATTTGG
66 TCGGTAAACAAATTTATTTTTTCAAAT-CTTTACTTATTAATTTTTCAAATGTTAATAAATTAGT
* * * *
11124130 ATTATTTTATTCTGAATAAACTTGTATGATATGAAACAAATATTTTATGACTAAACAAAAGGTCA
130 ATTA-TTTATTTTGAATAAGCTTGTATGA-ATGAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAAGTCA
* * * *
11124195 AAATGA-TTGAAAATAGATAATTATTCTAATAGTTTTATGTATTTGATCTGGCTCG-ACAAACAC
193 AAACGATTTG-AAATAGATAATTGTTCTAATAGTTTTAT-TATTTGAACTGACTCGTA-AAA-A-
* *
11124258 TTT-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAATTATTATAAAATTAGTATTATTTTTA-AC
253 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTATGAAATATTATAAAATTAGTATTATTTTTATAC
11124321 CAAATAAGC-T-T-TTA-TGATAA-AA-A-AAATAACA
318 CAAATAAGCATGTATTACTGA-AACAATATAAATAACA
** * * * * *
11124352 AAACAAAAA-TCT-TAACAATTTGAGGTTGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGG
1 AAACAAAAAGT-TATAACAATTTGAAATAGACAATTATTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTTG
* * * * * *
11124415 TTTGGTAAATAGATTTATTTTTT-AAATCTATTAACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAACTTA
65 TTCGGTAAACAAATTTATTTTTTCAAATCT-TT-ACTTATTAATTTTTCAAATGTTAATAAATTA
* * * *
11124479 GTATTATTCTATTTTGAATAAGCTTGTATGACCA-AAAATAATTGTTTTAT-ACAAAACAAAATA
128 GTATTATT-TATTTTGAATAAGCTTGTATGA--ATGAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAA-A
* * * * * * *
11124542 -TCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGGTATAATTATTTTAACTGATTCGGTAAAA
189 GTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAAT-AGTTTTATTATTTGAACTGACTC-GTAAAA
* * *
11124606 TGATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTAGGAAATATTA-ATAAATCAGTATTA-TTTT
252 --ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTATGAAATATTATA-AAATTAGTATTATTTTT
* ** ** *
11124669 ATTCCATCTAAGCATGTATTAGCTGAAACAATTGATTTATGACA
314 ATACCAAATAAGCATGTATTA-CTGAAACAA-T-ATAAATAACA
* * * * * *
11124713 AATCAAAAAGTTATAACGATTTTAAATAGACAATTATTCAAATAGTAATAATTTTTTGAATTTGT
1 AAACAAAAAGTTATAACAATTTGAAATAGACAATTATTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTTGT
* *
11124778 TCGATAAACAAATTTAGTTTTTTCAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTCAAATGTTAATAAATTAG
66 TCGGTAAACAAATTTA-TTTTTTCAAATCT-TTACTTATTAATTTTTCAAATGTTAATAAATTAG
* *
11124843 TATTAATTTATTTTGAATAAGGTTGTATGAATTGAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAAGTT
129 TATT-ATTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA-TGAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAAGTC
* * ** *
11124908 AGAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTTTTAACCATTTGAACTGATCTAGTAAATAAA
192 AAAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTTTT-ATTATTTGAACTGA-CTCGT-AA-AAA
* * * *
11124973 TTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTCTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATTA
253 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTATGAAATATTATAAAATTAGTATTATTTTTA-TA
* * * * * * ** *
11125038 --GAGTAAGC-TAGTATGAAC-AAAATAATTGTCTTACAACA
317 CCAAATAAGCAT-GTAT-TACTGAAACAA-TAT-AAATAACA
* * ** * * ** * ** *
11125076 AAAGAAAAAGTCATAATGATTTTAAATAGATAATCGTTCATATAGTCTTAGCTATTTGAAC-TGA
1 AAACAAAAAGTTATAACAATTTGAAATAGACAATTATTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTTG-
* * ** * * * * *
11125140 TTAGGCAATTAGATTTATTTTTT-AATTTTCTTT--TTATTAA-GTTTCAAAATATTATTAAATT
65 TTCGGTAAACAAATTTATTTTTTCAA--ATCTTTACTTATTAATTTTTC-AAATGTTAATAAATT
* * ** ** * * * * *
11125201 ATTTTTATTTTATTTCAAATAAAATAGTATGAATAGAATCAGTTGTTTGATGAC-AAA-AAAATA
127 AGTATTA-TTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAT-GAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAA-A
* * * * * **
11125264 -TTATAATGATTTGAAATAG-T--TTG-T-AAACAAATTTACTT-TTT-AA---A-TC-T-----
189 GTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTTTTA-TTATTTGAACTGACTCGTAAAAA
* * *** *
11125311 CTTACTGAAT-AAT-T-TT-C-TA--AA--TAT----TA--AT-AAATTAGTATTA-TTTTATTC
253 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTATGAAATATTATAAAATTAGTATTATTTTTATAC
* * * * * * * ** *
11125359 CAAAAAAACTTATATTAATAAAAACAATTGTTTTATGACA
318 CAAATAAGCATGTATTACT-GAAACAA-T-ATAAATAACA
* * * * * *
11125399 AAACAAAAAGTAATAA-AGATTTGGAATAAACAATTATTCAAATAGTTATAATTATTTGAACTGG
1 AAACAAAAAGTTATAACA-ATTTGAAATAGACAATTATTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTTG
* * * * *
11125463 TTTGGTAAATATAA-TTATTTTCT-AAATC--T-CTTA-TAATTTTTTGAAATATTAATAAATTA
65 TTCGGTAAACA-AATTTATTTTTTCAAATCTTTACTTATTAA-TTTTTCAAATGTTAATAAATTA
* * * * * *
11125522 GTTTTATTTTATTATGAATAAGCTTGTAT---TGAAATAATTTTTTTTCTGA-TAAAACAAAAGG
128 GTATTA-TTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATGAAACAA-TTATTTTATGACT-AAACAAAAAG
* * * * * * * * * * *
11125583 TC-ATACAATTTGAAATAAATAGTTGTTC-ATGTTGTCTTAACTGTTTGAACTTATTCGGTAAAT
190 TCAAAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCTA-ATAGT-TTTATTATTTGAACTGACTC-GT-AA-
* * * *
11125646 AAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTT-TTAGAATATTATTAAATTAATATTA-TTTT
250 AAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTATGA-AATATTATAAAATTAGTATTATTTTT
* * ** * * ** *
11125709 ATTCCGAATAAGTTTGTATGA-AGAAACAATTATTTTATAATA
314 ATACCAAATAAGCATGTATTACTGAAACAA-TA-TAAATAACA
* * * * * * *
11125751 GAA-TAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGA-TATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTAGT
1 AAACAAAAAGTTATAACAATTTGAAATAGACAATTATTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTTGT
* * * * * * * * **
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* * * *
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* * * **** * * *
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* * * * * * *
11126002 ATTGATTTTTTAAATCTTTTGCTTATTAACTTT-CGAAATACTA-ATAAAGTAGTATCATTTTT-
252 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTATGAAATATTATA-AAATTAGTATTATTTTTA
*** * * * * * ** * *
11126064 T-TGGAA-AAGCTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGATA
315 TACCAAATAAGCATGTAT-TACTGAAACAA-T-ATAAATAACA
* * * ** * * * * *
11126105 AAATAAAAGGTCATAAGGATTTTAAAAATATAATTGTTCAAAT--TACCATAACTATTTGAACTT
1 AAACAAAAAGTTATAACAATTTGAAATAGACAATTATTCAAATAGTA--ATAACTATTTGAACTT
* * * * * ** *
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* ** * * * * * *
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* * * * * ** *
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* * *
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252 ATTTAT-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTAT-GAAATATTATAAAATTAGTATTATTTTTA
* * * ** * * ** *
11126422 T-CCAATTAAGCTTGTATGATCAAAAATAATTTTTTTATGACA
315 TACCAAATAAGCATGTATTA-CTGAAACAA--TATAAATAACA
* * *** * ** * * * *
11126464 AAACAAAGA-TCATAATGGTTT-AATATTGGTATTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGG
1 AAACAAAAAGTTATAACAATTTGAA-ATAGACAATTATTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTTG
* * * ** * * * * * *
11126527 TTTGGAAAATAGCTTTAGTTTAT-AAATCTCGTACTTATTAATTTTTGAATTATTAATAAATTAG
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* * * ** * * *
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* * * ** ** *
11126654 TCATAATGACTTT-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTTAAATCTATTTGAACTTGTTTGGTAAAC
190 TCAAAACGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTTTTAT-TATTTGAAC-TGACTCGTAAA-
* * * * * *
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**** * * * ** * *
11126780 TTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAATAATTATTTTATGACT
311 TTTATACCAAATAAGCATGTAT-TACTGAAACAA-TA-TAAATAACA
* * ** * * ** *
11126827 AAAGAAAAAGGTTAGAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTGG
1 AAACAAAAA-GTTATAACAATTTGAAATAGACAATTATTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTTG
** * * * ** ** *
11126892 TTCGACAAATACATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATATTTGGAATACTATTAAATTAG
65 TTCGGTAAACAAATTTATTTTTTCAAATCT-TTACTTATTAATTTTTCAAATGTTAATAAATTAG
* * * * *
11126956 TATTATTTTAATTTGAATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTTATG-GTAAA-ATAAAGAT
129 TATTA-TTTATTTTGAATAAGCTTGTATG-AATGAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAAG-T
* * * * * * * * * *
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191 CAAAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCT-AATAGT-TTTATTATTTGAACTGA-CTC-GTAAA-
* * * * *
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251 A-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT-ATTAATTTATGAAATATTATA-AAATTAGTATTATTTT
* ** * ** * * * ** *
11127141 TTTGATTAATTTTGCATG-AATA--GAAATAATTTCTTTATGACA
313 TAT-ACCAAATAAGCATGTATTACTGAAACAA--TATAAATAACA
* * * * * * * *
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1 AAACAAAAAGTTATAACAATTTGAAATAGACAATTATTCAAATAGTA-ATAACTATTTGAACTTG
** * * * *
11127247 TTAAGTAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTCCTACCTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTA
65 TTCGGTAAACAAATTTATTTTTTCAAATCT-TTACTTATTAATTTTTCA-AATGTTAATAAATTA
* * * * *
11127310 GTATTATTTTATTATGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTATTATGAC-AAAGCAAAAAA
128 GTATTA-TTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAT-GAAACAATTATTTTATGACTAAA-CAAAAAG
* * * * * * * * * * *
11127374 TCATAACTATTTGAAATAAATCATTATTCAAACAGTCATAACTATATGAACTTG-CTCGGTAAAC
190 TCAAAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGT-TTTATTATTTGAAC-TGACTC-GTAAA-
* * * * * *
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251 A-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTATGAAATATTATAAAATTAGTATTATTTTTA
**** * * * * * * ** * *
11127502 TTTTGAATATGCTTGTGTGAATAGAAACAATTGGTTTATGATA
315 TACCAAATAAGCATGTATTACT-GAAACAA-T-ATAAATAACA
* * * * * * * * **
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1 AAACAAAAAGTTATAACAATTTGAAATAGACAATTATTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTTGT
** * * * * ** *
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* * * * * *
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* * * * * ** * * * * *
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* * * * *
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*** * * * ** * ** * **
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* * * * *
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* * ** * * *
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* ** * * *
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* * * * * * * * *
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189 GTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGT-TTTATTATTTGAACTGACTC-GTAAA-
* * * *
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* ** * * ** * *
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* *** * * * * *
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1 AAACAAAAAGTTATAACAATTTGAAATAGACAATTATTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTTGT
** ** * * * * ** * *
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* * * *
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130 ATTAT-TTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATGA--AACAATTATTTTATGACTAAACAAAAAGTC
* * * * * * *** * *
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192 AAAACGATTTGAAA-TAGATAATTGTTCTAA-TAGT-TTTATTATTTGAACTGACTC--G-TAA-
* * * * * * *
11128506 ATATTCATTTTTTAAATTTGTTACTTATTAATTT-TTAGAATATTA-ATAAATTAGCATTA-CTT
250 AAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTATGA-AATATTATA-AAATTAGTATTATTTT
**** * * * * ** *
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* ** * * * * * * *
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1 AAACAAA--AAGTTATAACAATTTGAAATAGACAATTATTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTT
*** * * * *
11128677 GTTTATTAAATAAATTTA--TTTT-AAA--TTT-CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAA
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* * * ** ** * * * *
11128736 TATTATTTTATTTTAAACAAACTTAAATGAACAAAAACATTTGTTTTACGACAAAACAAAAAGTC
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* * * * * ** * *
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** * * * *
11128864 ATTTATTTTTTAAATCTCAAAATTATTAATTT-TTATAATATTATTATATTAGTATTATTTTTAT
252 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTATGA-AATATTATAAAATTAGTATTATTTTTAT
* ** ** * * ** *
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* * * * * *
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1 AAACAAAAAGTTATAACAATTTGAAATAGACAATTATTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTTGT
* * * * * * *
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66 TCGGTAAACAAATTTATTTTTTCAAATCTT-TACTTATTAATTTTTCAAATGTTAATAAATTAGT
* * * * * * * *
11129098 ATTATTTTATTCTGAATAGGCTTATA-CAATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAATTT
130 ATTA-TTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATG--AAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAAGTC
* * * * * ** * * * * *
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** * * * * * * *
11129227 TTTATTTTTTAAATCTCCAAGTTCTCAAATTT-TGAAATAGTA-ATAAAGTAATATTATTTTATT
253 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT-TAATTTATGAAATATTATA-AAATTAGTATTATTTT-TA
** * * * * * ** * *
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315 TACCAAATAAGCATGTAT-TACTGAAACAA-T-ATAAATAACA
* ** * * * * *
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1 AAACAAAAA-GTTATAACAATTTGAAATAGACAATTATTCAAATAGTA-ATAACTATTTGAACTT
* * * * ** * *
11129395 GTTCAGTAAATAGATTTATTTTTT--AATTTCTTACTTATTAATTTTTTGAATTTTAATTTAA-T
64 GTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTCAAATCT-TTACTTATTAATTTTTCAAATGTTAA-TAAATT
* * * * * **
11129457 AGTATTATTTTTATTTCAGATAAGCATGTATGAACTAAAACAAATA-TTTATGACTAAACAAACG
127 AGTATTATTTAT-TTTGA-ATAAGCTTGTATGAA-TGAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAA
* * * *
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189 GTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGT
11129558 CTTAACTATT
Statistics
Matches: 4243, Mismatches: 969, Indels: 690
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CATGTATTACTGAAACAATATAAATAACA
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Alignment explanation
Indices: 11123602--11125282 Score: 1119
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11123592 ATAAGCTTTC
* * * * * * *
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* *
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* ** * * * * * *
11123782 GAATAAGCTTGTATAAACTGAATCAATTGTTTTATGATAAAAGAAAAGGTCATAATGATTTTAAA
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* ** *
11123909 -CTCTTGCTTATTAATTTTCAAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTTATTTT
128 TCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTT
* ** * * * * * *
11123961 GGATAAGCTTGTATGAACTGAACCAATTGTTTTATGTCAAAACAAAAGGTCACAATGATTTTAAA
1 GAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-ATCATAACGATTTGAAA
* * * *
11124026 TAAATAACTATTCAAATAGTGATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAT-ATTTATTTTTTCAA
65 TAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGTTCGGTAAA-ATAATTTATTTTTT-AA
* * * * * * * *
11124090 ATATTTTGCTTATTAATTTTTCAAATGTTAATAAATTTGGATTATTTTATTCT
127 ATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTT
* ** * * * * * *
11124143 GAATAAACTTGTATGATA-TGAAACAAATATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAATGA-TTGAA
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* ** ** * * * *
11124206 AATAGATAATTATTCTAATAGTTTTATGTATTTGATCTGGCTC-G-ACAAACACTTT-TTTTTTA
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* ***
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126 AATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTAT-TTT
* * * * **
11124322 AAATAAGCTTTTATGATA-AAAAA-AA------TA--ACAAAACAAAAATCTTAACAATTTGAGG
1 GAATAAGCTTGTATGA-ACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAATCATAACGATTTGAAA
* * *
11124377 TTGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGT-AAATAGATTTATTTTTTAAA
65 TAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTCGGTAAAATA-ATTTATTTTTTAAA
* * * *
11124441 TCTATTAACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAACTTAGTATTATTCTATTTT
128 TCTCTT-ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTT
* *
11124494 GAATAAGCTTGTATGACCAAAAATAATTGTTTTAT-ACAAAACAAAATATCATAACGATTTGAAA
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* * * * *
11124558 TAGATAATTGTTCAAATGGGT-ATAATTATTTTAACTGATTCGGTAAAATGATTTATTTTTTAAA
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* ** * *
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128 TCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTT
* * * * * ** * * * *
11124673 CATCTAAGCATGTATTAGCTGAAACAATTGATTTATGACAAATCAAAAAGTTATAACGATTTTAA
1 GA-ATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAA-TCATAACGATTTGAA
* * * * * *
11124738 ATAGACAATTATTCAAATAGTAATAATTTTTTGAATTTGTTCGATAAACA-AATTTAGTTTTTTC
64 ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTGTTCGGTAAA-ATAATTTA-TTTTTT-
* * * *
11124802 AAATCTCTTTCTTATTAATTTTTCAAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTTT
125 AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTT
* *** * * * * *
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* * ** * * *
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** * * * * * * *
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* ** * * * * * * * * *
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* * *
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* * * * * *
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* * * * **
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* * * *
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* * *
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* * * * *
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* * * * * *
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** * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* ** * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* * ** * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* *
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* * * *
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* * * *
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* * * * *
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* ** * * * *
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* * * **
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* * * * *
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* * * * * ** * *
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* * ** * * *
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* * *
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* ** * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* *
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* * ** * * * * *
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* * ** * * *
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* *
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* * * * * *
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* * * *
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* *** * * * *
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* * * *
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* * * * *
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*** ** ** * * * * *
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* * * *
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* *** * * *
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* ** * *
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*
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* * * * * *
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** * * * * *
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127 AAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* *** ** * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * *
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* ** * * *
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* * * * *
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* * * * * ** *
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64 TA
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* * * *
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* * * * * * ** *
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** * * * * * * *
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*
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** ***
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* * * *
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* * * *
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** * ** * * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * *
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* * * * * * *
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* *
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** * * *
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** ** * * * *
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*** * * *
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128 AATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTATATGAA-TGA-AACAATTAT
* ** * * * * *
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1 TTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA-TAACTAT
* * * * * * *
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65 TTGAATTTATTCGGTAAACAAATTTAT-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTA
* **** * * * * *
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* ** * ** * * * * *
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1 TTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * ** * * * *
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* * * * * * *
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128 AATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTATATGA-ATGAAACAATTAT
* * * * * * **
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1 TTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
** * * * * * * * *
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66 TGAATTTATTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAA
* * * * **
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130 TAAATTAGTATTATTTTAT-TCCAAATAAACTTATATGAAT--GAAACAATTAT
* * * * *** * * *
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1 TTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * * * * * * **
11133089 TTAACTGAGTT-GGTAAACAAATTTGTTTTTAAAATTTTTTACTTAATT-ATTTAAGAAATATTA
66 TGAATTTA-TTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT-ATTAATTTTTGAAATATTA
** ** * * * * * *
11133152 ATAAATTAGTATTTATTTTATTGTATCTCATCTTGTATTAACTAAAACAATTGT
129 ATAAATTAGTA-TTATTTTATTCCAAATAAACTTATATGAA-TGAAACAATTAT
** * * * * * * * *
11133206 TTTATGACAAATTAAAAGGTTATAATGATTTTAAATAGACAATTGTTTAAATAATAATAACTATT
1 TTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * * ** * *
11133271 TAAACTTGTTCAATAAATAGAA-TTATTTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTCTG-AATGTT
66 TGAATTTATTCGGTAAACA-AATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TGAAATATT
* ** * *
11133330 AATAAATTAGTATTAATTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTAT
128 AATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTATATGAA-TGAAACAATTAT
* * * * * * * * * * *
11133384 TTTATAACTAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTTTTCTAATTGCCCTAACCATT
1 TTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * * * *
11133449 TGAATTGATTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATGTC---C-TATTAA-TTTTCAACATATTAT
66 TGAATTTATTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAA-ATATTAA
* * *
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130 TAAATTAGTATTATTTT-ATTCCAAATAAACTTATATGAA
11133548 CAAAGTAATT
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TGAATTTATTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT
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* * ** ** *
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* * * * * *
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* * *
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130 ATAACTATTTGAAATGGTTAGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
* * * * *
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* * * * * *
11133892 AACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAATGATTTAAAATAAATAATTGTTTAAATAGTT
65 AACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC
* ** * * * *
11133957 ATAATTATTT-AAACTGGTTTCGTAAATAAAATTATTTTCTAAA-C-C-T-C
130 ATAACTATTTGAAA-TGGTTAGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
* * * * * * * **
11134004 TTATAAATTTTTCAAATATTAGTAAATTAGTTTTATTCTATTTTGAAA-AAGCTTATATGAGCTG
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* * * * ** * *
11134068 AAATAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTTATAACAATTTGAAATA-AAATATTATTCATATAG
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* * * * * * * *** * *
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* * * * * *
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* * * * * ** *
11134247 A-AAAAACAATTGTTTTGTAATAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAA
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* * * *
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125 TAGTCATAACTATTTGA-AATGGTTAGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
* * * * ***
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* * * * * * *
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* ** *
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130 ATAACTATTTGAAA-TGGTT-AGGTAAACAT-ATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
* * ** * *
11134544 TTATTAATTTTAGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTT-TGATAAGCTTTTATGAACTAA
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* * * * *
11134608 AACAATTATTTTATGATAAAATAAAAGG-ACATAATGATTTTAAATTGATAATTGTTCAAATAGT
65 AACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTA-ATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
* * * * * * * * * *
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** * * *
11134725 TTATTAAGTTTTCAAATGCTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTGAGTAAGCTTGTATGAACTA
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* * * * * *
11134789 AAACAATTATTATATGACTAAACAAAAGTTCAA-AATGATTTGACATAGATAATTATTCTAATAT
64 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGT-AATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
* * * * * *
11134853 TCTTAACTATTTGAACTGGTTCGGCAAACACATTTATTTTTTAAA----TAAC
128 TCATAACTATTTGAAATGGTTAGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
* * * * * *
11134902 TTATTAATTTTTCGAACATTATTAAAATAGTGTT-TTTT-TTATCTAAATAATCTTGTATGATA-
1 TTATTAA-TTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TC-AAATAAGCTTGTATGA-AC
* * * * ** * * *
11134964 AAAAACAAGTATTTTATGAGAAAAC-AAAGATCATAACAATTTGATATTGATATTTATTCAAATA
62 AAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* * * * * * * *
11135028 TTTATAACTATTTGAATTGGGTCA---AAAAATGGCTTTAGTTTTTGAATCTCTTAC
127 GTCATAACTATTTGAAAT-GGTTAGGTAAACAT--ATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
* *** * *
11135082 TTATTAATTTTTAAAATATTAATAGGGTAGTATTATTTTATTTCAAATAAAG-TTTTATGAACTA
1 TTATTAA-TTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAT-AAGCTTGTATGAACAA
* * * * *
11135146 AAACAATTATTTTATGAAAAAACAAAAGGTCATAATGGCTTT-AAATATATAATTGTTCAAATAG
64 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAAT-GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
* * * ** * * * * *
11135210 TCA-AATGTATTTCAACTTATTCGGTAAACAAATTTATCTTTTAAAATCTTTTGC
128 TCATAA-CTATTTGAAATGGTTAGGTAAACATATTTAT-TTTTTAAATCTCTTAC
* * * * **
11135264 TCATTAATTTGTCAAATGTTAATAAATTAATATTATTTTA-TTCTGAATAAGCTTGTATGAACTG
1 TTATTAATTT-TCAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAACAA
* * * * * * *
11135328 AAATAATTGTTTTATTACTAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGT
64 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
* * * * *
11135393 CTTAAGTATTTGAATTGGTTCA-GCAAACACATTTAAAAATTTTTTAAATCTCTTAC
129 CATAACTATTTGAAATGGTT-AGGTAAACATATTT----ATTTTTTAAATCTCTTAC
* * * * * * *
11135449 TTACTAATTTTTAAATTTTATTAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAACTTGTATGAA-AATA
1 TTATTAATTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAA-A
11135513 AACAATT
65 AACAATT
11135520 GTTAATAAAT
Statistics
Matches: 1313, Mismatches: 303, Indels: 150
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Matches are distributed among these distances:
174 4 0.00
175 1 0.00
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ACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA
TAACTATTTGAAATGGTTAGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
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Alignment explanation
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Period size: 539 Copynumber: 2.1 Consensus size: 538
11134259 TTTTGTAATA
* * ** * * *
11134269 AAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAATCATAACTAGTTAT-AATGG
1 AAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAATCTTAACTA-TT-TGAATGG
* * * * * * *
11134333 TTTGGTAAATATATTTATTTTTTAAATCACTTATTAATTCTT-GAAATATTAATAAACTAG-GAT
64 TTCGGCAAACACATTTATTTTTTAAATAACTTATTAATTCTTCG-AACATTAATAAAATAGTGAT
* * * * * *
11134396 TATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGTTGAAAAACAATTGTTTAATGACAAAACAAAAGGTAATA
128 TATTTTA-TCTAAATAAGCTTGTATGATAAAAAACAAGTATTTAATGACAAAAC-AAAGATAATA
** * * * * *
11134461 ATGATTTGAAATCGATAGTTGTTCAAATGGCCATAATTA-TTGAAACTAATTCAATAAACT-GAT
191 ACAATTTGAAATCGATAGTTATTCAAATAGCCATAACTATTTG-AACTAAGTCAA-AAAATGGAT
*
11134524 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTAGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTT-
254 TTAGTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA-AAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTC
** * * *
11134587 TGAT-AAGCTTTTATGAACTAAAACAATTATTTTATGATAAAATAAAAGGACATAATGATTTTAA
318 AAATAAAG-TTTTATGAACTAAAACAATTATTTTATGAAAAAACAAAAGGACATAATGACTTTAA
* * * * * *
11134651 AT-TGATAATTGTTCAAATAGTCATACCTATTTGAACTTGTTCGATACACACATTTATCTTTTCA
382 ATAT-ATAATTGTTCAAATAGTCAAACCTATTTCAACTTATTCGATAAACAAATTTATCTTTTAA
* * *
11134715 AATCTCATGCTTATTAAGTTT-TCAAATGCTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAGTAAGCTT
446 AATCTCATGCTCATTAA-TTTGTCAAATGCTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAATAAGCTT
11134779 GTATGAACTAAAACAATTATTATATGACT
510 GTATGAACTAAAACAATTATTATATGACT
* * *
11134808 AAACAAAAGTTCAAAATGATTTGACATAGATAATTATTCTAATATTCTTAACTATTTGAACTGGT
1 AAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAATCTTAACTATTTGAA-TGGT
* * * *
11134873 TCGGCAAACACATTTATTTTTTAAATAACTTATTAATTTTTCGAACATTATTAAAATAGTGTTTT
65 TCGGCAAACACATTTATTTTTTAAATAACTTATTAATTCTTCGAACATTAATAAAATAGTGATTA
* * * *
11134938 TTTTATCTAAATAATCTTGTATGATAAAAAACAAGTATTTTATGAGAAAACAAAGATCATAACAA
130 TTTTATCTAAATAAGCTTGTATGATAAAAAACAAGTATTTAATGACAAAACAAAGATAATAACAA
* * * *** * ** *
11135003 TTTGATATTGATATTTATTCAAATATTTATAACTATTTGAATTGGGTCAAAAAATGGCTTTAGTT
195 TTTGAAATCGATAGTTATTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTAAGTCAAAAAATGGATTTAGTT
* **
11135068 TTTGAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAGGGTAGTATTATTTTATTTCAAATAAA
260 TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCAAATAAA
* *
11135133 GTTTTATGAACTAAAACAATTATTTTATGAAAAAACAAAAGGTCATAATGGCTTTAAATATATAA
325 GTTTTATGAACTAAAACAATTATTTTATGAAAAAACAAAAGGACATAATGACTTTAAATATATAA
** * **
11135198 TTGTTCAAATAGTCAAATGTATTTCAACTTATTCGGTAAACAAATTTATCTTTTAAAATCTTTTG
390 TTGTTCAAATAGTCAAACCTATTTCAACTTATTCGATAAACAAATTTATCTTTTAAAATCTCATG
* *
11135263 CTCATTAATTTGTCAAATGTTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACTG
455 CTCATTAATTTGTCAAATGCTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACTA
* * * *
11135328 AAATAATTGTTTTATTACT
520 AAACAATTATTATATGACT
* * * *
11135347 AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAAGTATTTGAATTGGT
1 AAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAATCTTAACTATTTGAA-TGGT
*
11135412 TCAGCAAACACATTTA
65 TCGGCAAACACATTTA
11135428 AAAATTTTTT
Statistics
Matches: 522, Mismatches: 87, Indels: 22
0.83 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
537 5 0.01
538 105 0.20
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ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (538 bp):
AAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAATCTTAACTATTTGAATGGTT
CGGCAAACACATTTATTTTTTAAATAACTTATTAATTCTTCGAACATTAATAAAATAGTGATTAT
TTTATCTAAATAAGCTTGTATGATAAAAAACAAGTATTTAATGACAAAACAAAGATAATAACAAT
TTGAAATCGATAGTTATTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTAAGTCAAAAAATGGATTTAGTTT
TTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCAAATAAAG
TTTTATGAACTAAAACAATTATTTTATGAAAAAACAAAAGGACATAATGACTTTAAATATATAAT
TGTTCAAATAGTCAAACCTATTTCAACTTATTCGATAAACAAATTTATCTTTTAAAATCTCATGC
TCATTAATTTGTCAAATGCTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACTAA
AACAATTATTATATGACT
Found at i:11135536 original size:55 final size:55
Alignment explanation
Indices: 11135462--11135576 Score: 151
Period size: 55 Copynumber: 2.1 Consensus size: 55
11135452 CTAATTTTTA
* * * *
11135462 AATT-TTATTAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAACTTGTATGAAAATAAAC
1 AATTGTTAATAAATTAGTATTAATTTAATCCAAATAAACTTGAATGAAAAGAAAC
* * * *
11135516 AATTGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTTCAAATAAGCTTGAATGAACAGAAAC
1 AATTGTTAATAAATTAGTATTAATTTAATCCAAATAAACTTGAATGAAAAGAAAC
11135571 AATTGT
1 AATTGT
11135577 CTTATAACTA
Statistics
Matches: 52, Mismatches: 8, Indels: 1
0.85 0.13 0.02
Matches are distributed among these distances:
54 4 0.08
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ACGTcount: A:0.45, C:0.07, G:0.09, T:0.39
Consensus pattern (55 bp):
AATTGTTAATAAATTAGTATTAATTTAATCCAAATAAACTTGAATGAAAAGAAAC
Found at i:11136081 original size:181 final size:177
Alignment explanation
Indices: 11135521--11136549 Score: 762
Period size: 181 Copynumber: 5.7 Consensus size: 177
11135511 TAAACAATTG
* ** * * * * *
11135521 TTAATAAATTAGTATTAATTTATTTCAAATAAGCTTGAATGAACAGAAACAATTGTCTTATAACT
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAACA-AAACAATTGTTTTATGACA
* * * * * * * *
11135586 AAACAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAGGTAATTATTCTAATTGTCTTAACCATATG-AACGAG
65 AAACAAAAGGTCAAAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT-ATAACTATTTGAAATGA-
* *
11135650 TTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATA
128 TTTGGTAAACATATTTATTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTGAAATA
* * * * *
11135701 TTATTAAATTTGTATTATTTTAATTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAA-AATTATTTTATGACAA
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAACAAAACAATTGTTTTATGACAA
* * * * * * *
11135765 AACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATTGA-AATTGTTCATATAGTATTGACTATTTGAATTG-G
66 AACAAAAGGTCA-AAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTA-TAACTATTTGAAATGAT
** * * ** * *
11135827 TT-CAACAACTAGATTT-TTTTTAAATTTTCTTGGTTATTAAGTTTCAGAATA
129 TTGGTA-AAC-ATATTTATTTTTAAA-TCTCTTACTTATTAATTTTGA-AATA
* * * * * *
11135878 TTATTAAATTATTATTATTTTATTTTGAATAAAATAGTTTGAACAAAACCAATTGTTTGATGACA
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAACAAAA-CAATTGTTTTATGACA
* *
11135943 AAACAAAAGG-CTAAAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAAATGA
65 AAACAAAAGGTC-AAAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT-ATAACTATTTGAAATGA
* *
11136007 TTTGGTAAACATATTTACTTTTTAAATCTCTTACTGATTAATTTTTTAAATA
128 TTTGGTAAACATATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTGAAATA
** * *
11136059 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAACAAACTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACA
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAAC-AAAACAATTGTTTTATGACA
* * * *
11136124 AAGA-AAAA-GT-AATAACAATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAATTATTTGAACTG
65 AA-ACAAAAGGTCAA-AATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG-TATAACTATTTGAAATG
* * * * ** * * *
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127 ATTTGGTAAA--CATA-TTTATTTTTAAATCTCTTACTTAT-TAATTTTGAAATA
* * * * * *
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* * * *
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65 AAACAAAAGGTCA-AAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT-A-GTATAACTATTTGAAA-T
** * * * * * *
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126 GA-TTTGGTAAACAT-ATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTGA-AATA
* * * * * * *
11136420 TTATTAAATTAGTACTACTTTATTTTGAATAAATTTGTATGAACAGAAATAATTGTTTTATAATA
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAACA-AAACAATTGTTTTATGACA
* * * * * *
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GGTAAACATATTTATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTGAAATA
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AAATAGTATAATTATTC
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11135511 TAAACAATTG
* * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * *
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* * *
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* * * * * *
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** * ** *
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* * * * * *
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* * **
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* *
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* * *
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* * * * * *
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* *
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* * *
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1 TTAATAAATTAGTTTTATTTTATT-TGAATAAACTTGTATGAAC-GAAACAATTGTTTTATGACA
* * * * *
11136304 AAACAAAAGGTCATAACTTA-TTGAAATAGATAATTGTTCATATAATGTTAACTATTT-AAACT-
64 AAACAAAAGGTCATAACTAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCTTAACTATTTGAAA-TG
** * * * * *
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* * * * * * *
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* * *
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TTGGTAAACATATTTATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTAAATATTATTAAATTAGTAT
TATTTTATTTGAATAAACTTGTATGAACAAAAAAATTGTTTTATGACAAAAAAAAGTAATAACAA
TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTGGTTCAACAAATAGATTTTTTA
AAAATCTTCTTCCTTATAAAGTTTCAGAATA
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11136623 AATTAGTATT
*
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*
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* * **
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66 G
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11136769 GAAATAGATA
Statistics
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G
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11136722 CTTGGAAAAT
** * * **
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* * * * *
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* * *
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* * * * * *
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* * *
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* * * *
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* * *
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* * * *
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* ** *
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** * * *
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* * * * * * *
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* *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * * * *
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** * * * * * * * *
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* * ** * ** *
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* * * *
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1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * * *
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* * * * *
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* * * ** * *
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1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * ** * * * **
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* ** *
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* * * * * * * *
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* * * * *
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* *
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* * * * * * * *
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* * *
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* * * *
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Statistics
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11136722 CTTGGAAAAT
** * * **
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* * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * ** * *
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* * *
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* * * *
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* *
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* * * * * *
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*
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* * * * * *
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* * *
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* * * * * *
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* * * * ** *
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* * * *
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* * * *
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* * * *
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* * * * * **
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* * * * * * *
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* * * * * *
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*** * *
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* * * * * * * *
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1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * **
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* *
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* * * *
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TAATAAGAGATT
Found at i:11142985 original size:322 final size:320
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11142532 TAGTTATGGT
* * *
11142542 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGCTATAACCTTTTACTTTGTCATAAAACAATTTATTCT
1 TATTTGAAAAATTATCTACTTCAAATCGCTATAACCTTTTACTTTATCATAAAACAATTTA-TCT
* *
11142607 ATTCATAGAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACAAATTTGTTAATATTAAAAAAATTAATAAGTA
65 ATTCATAGAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTAAAAAAATTAATAAGCA
* *
11142672 AGAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAATAACATCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTA
130 AGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAACATCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTA
* * *
11142737 TTTATTTTAAATCATTAT-AACTTTCTATTTTGTCATAAAACAATTTGTTTCTATTCATACAAGC
195 TCTATTTCAAATCATTATGAACTTT-TATTTTGTCATAAAACAA-TTATTTCTATTCATACAAGC
*
11142801 CTATTAGGATTAAAATAATATTAAAATAAATATATTTATCAAACAAGTCCAAATAGTTATAAC
258 CTATTAGGAATAAAATAATATTAAAATAAATATATTTATCAAACAAGTCCAAATAGTTATAAC
* * * * *
11142864 TATTTGAAAAATTATCTACTTCAAATCGTTATGACCTTTT-GTTTCATTATAAAATAATTGTA-C
1 TATTTGAAAAATTATCTACTTCAAATCGCTATAACCTTTTACTTT-ATCATAAAACAATT-TATC
* * * * ** *
11142927 TAGTTCATATAGGCTTATTTGAAATAAAATAATACCAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATGAG
64 TA-TTCATAGAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTAAAAAAATTAATAAG
* * * ** *
11142992 CAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
128 CAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAACATCAAATAGTTATAACTATTTGAACAAT
* *
11143057 TATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGC
193 TATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGC
* **
11143122 TTATTTTGAATAAAATAATAT
258 CTATTAGGAATAAAATAATAT
11143143 AAATTTATTA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.42, C:0.11, G:0.07, T:0.40
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TATTTGAAAAATTATCTACTTCAAATCGCTATAACCTTTTACTTTATCATAAAACAATTTATCTA
TTCATAGAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTAAAAAAATTAATAAGCAA
GAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAACATCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTAT
CTATTTCAAATCATTATGAACTTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCCTA
TTAGGAATAAAATAATATTAAAATAAATATATTTATCAAACAAGTCCAAATAGTTATAAC
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Period size: 181 Copynumber: 5.6 Consensus size: 179
11142825 AATAAATATA
* * * * * *
11142835 TTTATCAAACAAGTCCAAATAGTTATAACTATTTGAAAAATTATCTACTTCAAATCGTTATGACC
1 TTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
** * * * * * **
11142900 TTTTGTTTCATTATAAAATAATT-GTACTAGTTCATATAGGCTTA-TTTGAAATAAAATAATACC
66 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTA-TTCATATAAGCTTATTTTG-AATAAAATAATATT
*
11142963 AATTTATTAATATTCTAAAAATTAATGAGCAAGAGATTTAAAAAATGAATCTG
129 AATTTATTAATATTCTAAAAATTAAT-AGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATCTG
11143016 TTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
1 TTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* *
11143081 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATATAAA
66 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATATAAGCTTATTTTGAATAAAATAATATTAA
* * * * *
11143146 TTTATTAATATTCCAAAATTTAATAAGTAA-AAATTTTAAAAATAAATCTA
131 TTTATTAATATTCTAAAAATTAAT-AGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATCTG
* *
11143196 TTT-TCTGAACATGTTCAAATAAG-TATGACTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-ATTTATG
1 TTTATC-GAACAAGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATG
* *
11143258 ACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTATTTCTATTCATATAAGTTTA-TTTGAAATAAAATAATA
63 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATATAAGCTTATTTTG-AATAAAATAATA
* * * *
11143322 TTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATATGTAAAAGATTTAAGAAATAAATTTG
127 TTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATA-GTAAGAGATTTAAAAAAT-AATCTG
* * * * * *
11143377 TCTACCGAGCAAGCTCAAATAGTTATGACTTTTTGAAAAATTAT-TCATTTCAAAT-AGTTATGA
1 TTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT-ATTTCAAATCA-TTATGA
* * * * **
11143440 TCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGTTTATTAAT-AATAAAATAATGC
64 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATATAAGCTTATT-TTGAATAAAATAATAT
* * * * * *
11143504 TAATTTACTAATATTTTGAAAGTTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAACTTTG
128 TAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATA-GTAAGAGATTTAAAAAATAA-TCTG
* * * ** * * *
11143558 TTTACCAAACAAGTTTAAATAGTCCTGTCCATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
1 TTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* * * * *** *
11143623 TTTTGTTTTGTCGTAAAATAATTGTTTCTATTCATATATA-ATTATTCAAAATAAAATAATATTG
66 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATATA-AGCTTATTTTGAATAAAATAATATTA
* * * * *
11143687 ATTTATTAATATTTTGAAAATTAATA--AAG-GAGTTAAAAACTAAGTCTA
130 ATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAGTAAGAGATTTAAAAAATAA-TCTG
* * * * * *
11143735 TTTA-CTGAACCAA-TTTAAATAGTTATGACAATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCGTTCTGG
1 TTTATC-GAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
* * * * *
11143798 TC-TTTATTTTGTCATAGAACAATT-TTT-TTTTCATATAAACTTATT
64 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATATAAGCTTATT
11143843 CAAATTAAGA
Statistics
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Consensus pattern (179 bp):
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TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATATAAGCTTATTTTGAATAAAATAATATTAA
TTTATTAATATTCTAAAAATTAATAGTAAGAGATTTAAAAAATAATCTG
Found at i:11143429 original size:361 final size:358
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Indices: 11142823--11143842 Score: 1017
Period size: 361 Copynumber: 2.8 Consensus size: 358
11142813 AAATAATATT
* * * *
11142823 AAAATAAATATATTTATCAAACAAGTCCAAATAGTTATAACTATTTGAAAAATTATCTACTTCAA
1 AAAATAAATATATTT-TCAAACAAGTTCAAATAG-TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
* ** * * * * *
11142888 ATCGTTATGACCTTTTGTTTCATTATAAAATAATTGTACTAGTTCATATAGGCTTATTTGAAATA
64 AT-ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTCTA-TTCATATAAGATTATTTGAAATA
** * * * *
11142953 AAATAATACCAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATGAGCAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTT
127 AAATAATATTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGCAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTC
* * *
11143018 TATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCT
192 TACCGAACAAGCTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACCT
*
11143082 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATT-TTGAATAAAATAAT-ATAA
256 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTAAT-AATAAAATAATGAT-A
* * *
11143145 ATTTATTAATATTCCAAAATTTAATAAGTA-AAAATTTTA
319 ATTTACTAATATTCCAAAAGTTAATAAGTAGAAAATTTAA
* * * *
11143184 AAAATAAATCTATTTTCTGAACATGTTCAAATAAGTATGACTGTTTGAACAATTATCTATTTCAA
1 AAAATAAATATATTTTC-AAACAAGTTCAAAT-AGTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
** *
11143249 ATATTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTATTTCTATTCATATAAGTTTATTTGAAATA
64 ATA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-TTTCTATTCATATAAGATTATTTGAAATA
* * *
11143314 AAATAATATTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAAT-ATGTAAAAGATTTAAGAAATAAATTTGT
127 AAATAATATTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGA-GCAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGT
* * *
11143378 CTACCGAGCAAGCTCAAATAGTTATGACTTTTTGAAAAATTAT-TCATTTCAAATAGTTATGATC
191 CTACCGAACAAGCTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCT-ATTTCAAATAGTTATGACC
* *
11143442 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGTTTATTAATAATAAAATAATGCTAA
255 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTAATAATAAAATAATGATAA
*** * * *
11143507 TTTACTAATATTTTGAAAGTTAATAGGTAGGAGATTTAA
320 TTTACTAATATTCCAAAAGTTAATAAGTAGAAAATTTAA
* * * * * * * * *
11143546 AAAATAACTTTGTTTACCAAACAAGTTTAAATAGTCCTGTCCATTTAAACAATTATCTATTTCAA
1 AAAATAAATATATTT-TCAAACAAGTTCAAATAGT-ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
* **
11143611 ATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCGTAAAATAATTGTTTCTATTCATATATA-ATTATTCAAAAT
64 AT-ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-TTTCTATTCATATA-AGATTATTTGAAAT
* *** * * * * *
11143675 AAAATAATATTGATTTATTAATATTTTGAAAATTAAT----AAAGGAGTTAAAAACTAAGTCTAT
126 AAAATAATATTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGCAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGT
* * * * * * * * * **
11143736 TTACTGAACCAA-TTTAAATAGTTATGACAATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCGTTCTGGTC
191 CTACCGAA-CAAGCTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACC
* * * * *
11143800 -TTTATTTTGTCATAGAACAATT-TTT-TTTTCATATAAACTTATT
255 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATT
11143843 CAAATTAAGA
Statistics
Matches: 550, Mismatches: 93, Indels: 38
0.81 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
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363 3 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (358 bp):
AAAATAAATATATTTTCAAACAAGTTCAAATAGTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTCTATTCATATAAGATTATTTGAAATAAAAT
AATATTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGCAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTCTACC
GAACAAGCTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGT
TTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTAATAATAAAATAATGATAATTTACT
AATATTCCAAAAGTTAATAAGTAGAAAATTTAA
Found at i:11144228 original size:179 final size:181
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Indices: 11143914--11144965 Score: 861
Period size: 179 Copynumber: 5.8 Consensus size: 181
11143904 TAACAAAGAG
* *
11143914 AAAATAATACTAATTTAATAATA-TTCTAAAAATTCATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TC
1 AAAATAATACTAATTTAATAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT-
* ** * * ** ***
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64 ATTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGCTAT-AA
* * *
11144042 C--TTTGTTTTGTCATGAGACAATTATTTTAGCTCATA-AAGTTTATTCGAAAT
128 CATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTAGTTCATACAAGTTTATTCGAAAT
* * * * *
11144093 AAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTTATAAGTAAGAGATTAAAAAAATAATTCTAT
1 AAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAT
* * *
11144158 TTACTGAACCACTTCAAATAAG-TATA-ACTATTTGAACAATTATCTA-TTCAAATTGCTATTAT
66 TTACTGAACCAGTTCAAAT-AGTTA-AGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGCTATAAC
* * * * * *
11144220 TTTTTGTTTTGTGATAAAACAATTATTTTTGTTCATATAAGTTTGTTTGAAAT
129 ATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTAGTTCATACAAGTTTATTCGAAAT
* * * * *
11144273 AAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AGAAAATTAATCAGTAAGAGATTTAAAATATAAATATG
1 AAAATAATACTAATTTAATAATATTTCA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA
* * * ** * * * *
11144337 TTTACT-AAACATTTCAAATGGTTTTGGCTATTTGAA-ATATTATTTATTTCAAATAGTTATAAC
65 TTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACA-ATTATCTATTTCAAATTGCTATAAC
** * * ** * *
11144400 CCTTTGTTTTGTCATCAAACAATTAGTTTT-GTTCACACTATTTTTATTTGGAAT
129 ATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTA-TTTTAGTTCATAC-AAGTTTATTCGAAAT
* ** * **
11144454 AAAATAATACTAATTTAATAATA-TTCTAAAACTTAATAACCAATA-AAATAAAAAATAAATCTA
1 AAAATAATACTAATTTAATAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA
* * ** *
11144517 TTT-GTCGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATCTGAATGATTAT-TAATTTCAAATTGTTATAA
65 TTTACT-GAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCT-ATTTCAAATTGCTATAA
* * * * * *
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128 CATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTAGTTCATACAAGTTTATTCGAAAT
* * * * * **
11144632 AAAATAATACGAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATGAGTAGGAGATTTGAAAAATAAATTTGC
1 AAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAT
* * * *
11144697 TTACTGAACCAGTTCATATGGTTAAGACTATTAT-AACAGTTATCTATTTCAAATCAT-CT-TGA
66 TTACTGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATT-TGAACAATTATCTATTTCAAAT--TGCTATAA
* * * * *
11144759 CATTTTGTTTAGTCATAAAATAATTATTTAAGTTCATACAAGCTTATCCGAAAT
128 CATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTAGTTCATACAAGTTTATTCGAAAT
* * * * * *
11144813 AAATTAATACTAATTTATTAACATTTGAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTTAAAAAATAAATCCA
1 AAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTA
* * ** * * * * * * * *
11144878 TTTA-TCGAACAAGTTTAAATAGTTATTATTATTTGAATAATTGTTTATTTAAAATCGTTATGAC
65 TTTACT-GAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGCTATAAC
* *
11144942 ATTTTATTTTATCATAAAACAATT
129 ATTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
11144966 TATATGGAAT
Statistics
Matches: 693, Mismatches: 145, Indels: 67
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
177 1 0.00
178 56 0.08
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180 146 0.21
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ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (181 bp):
AAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAT
TTACTGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGCTATAACAT
TTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTAGTTCATACAAGTTTATTCGAAAT
Found at i:11144569 original size:181 final size:177
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Indices: 11143914--11145615 Score: 783
Period size: 179 Copynumber: 9.6 Consensus size: 177
11143904 TAACAAAGAG
* *
11143914 AAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTCATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TCA
1 AAAATAATACTAATTTAATAATATT-TAAAAATTAATAACTAAGAGAATTAAAAAATAAATCT-A
* * *
11143978 TTTCCCAAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTA-TAGATTTCAAATCA-TTATGA
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* * *
11144041 A--CTTTGTTTTGTCATGAGACAATTATTTTAGCTCATAAAGTTTATTCGAAAT
125 ACCCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTT-GTTCATAAAGTTTATTCGAAAT
* * * * *
11144093 AAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTTATAAGTAAGAG-ATTAAAAAAATAATTCTA
1 AAAATAATACTAATTTAATAATATTT-AAAAATTAATAACTAAGAGAATT-AAAAAATAAATCTA
* * * *
11144157 TTTACTGAACCACTTCAAATAAG-TATA-ACTATTTGAACAATTATCT-A-TTCAAATTGCTATT
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*** * * *
11144218 ATTTTTTGTTTTGTGATAAAACAATTATTTTTGTTCATATAAGTTTGTTTGAAAT
125 ACCCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTA-TTTTGTTCATA-AAGTTTATTCGAAAT
* * * * * * *
11144273 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTAGAAAATTAATCAGTAAGAGATTTAAAATATAAATATGT
1 AAAATAATACTAATTTAATAATATTTA-AAAATTAATAACTAAGAGAATTAAAAAATAAATCTAT
* * * * ** * *
11144338 TTACTAAACATTTCAAATGGTTTTGGCTATTTGAA-ATATTATTTATTTCAAATAGTTATAACCC
65 TTACGAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACA-ATTATTAATTTCAAATAGTTATAACCC
* * ** * *
11144402 TTTGTTTTGTCATCAAACAATTAGTTTTGTTCACACTATTTTTATTTGGAAT
129 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTA-TTTTGTTCATA--AAGTTTATTCGAAAT
* * * *
11144454 AAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAACTTAATAACCAATA-AAATAAAAAATAAATCTAT
1 AAAATAATACTAATTTAATAATATT-TAAAAATTAATAACTAAGAGAATTAAAAAATAAATCTAT
* * * ** * *
11144518 TTGTCGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATCTGAATGATTATTAATTTCAAATTGTTATAACCT
65 TT-ACGAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATTAATTTCAAATAGTTATAACCC
* * * * * *
11144583 TTTATTTTGTCATAAAATAATT-TTTTATTCATACAAGCTTATTCGGATT
129 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTGTTCATA-AAGTTTATTCGAAAT
* * * * * * * **
11144632 AAAATAATACGAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATGAGTAGGAGATTTGAAAAATAAATTTGC
1 AAAATAATACTAATTTAATAATATTT-AAAAATTAATAACTAAGAGAATTAAAAAATAAATCTAT
* * * * *
11144697 TTACTGAACCAGTTCATATGGTTAAGACTATTAT-AACAGTTATCT-ATTTCAAATCA-TCT-TG
65 TTAC-GAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATT-TGAACAATTAT-TAATTTCAAAT-AGT-TATA
** * * * * *
11144758 ACATTTTGTTTAGTCATAAAATAATTATTTAAGTTCATACAAGCTTATCCGAAAT
125 ACCCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT-TGTTCATA-AAGTTTATTCGAAAT
* * * ** * *
11144813 AAATTAATACTAATTTATTAACATTTGAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTTAAAAAATAAATCCA
1 AAAATAATACTAATTTAATAATATTT-AAAAATTAATAACTAAGAGA-ATTAAAAAATAAATCTA
* ** * * * * * * *
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** * * *
11144942 ATTTTATTTTATCATAAAAC-A--A-----TT--T--A---TA-T-GGAAT
127 CCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTGTTCATAAAGTTTATTCGAAAT
* * * * *
11144976 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCTAAAATTAACT-AC--A-A-ATTTAAAAAATAAATTTG
1 AAAATAATACTAATTTAATAATATTT-AAAAATTAA-TAACTAAGAGAATTAAAAAATAAATCTA
* * * * * * * *
11145036 TTTACTGAATCAGTTAAAATAATTATG-GTCATTTGAATAATTATCT-ATTTCAAATCA-TTATG
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* * * * ** * *
11145098 A-CCTTT-TTATTTTACTAGAAAACAATTGTTTTTGATCATACAAACTTATTTGAAGT
125 ACCCTTTGTT-TTGT-C-ATAAAACAATT-ATTTTGTTCATA-AAGTTTATTCGAAAT
* * * * *
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1 AAAATAATACTAATTTAATAATATTT-AAAAATTAATAACTAAGAGAATTAAAAAATAAATCTAT
** * * * * * * * *
11145219 TTATCGAAGTAGTTCGAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCAATCTCAAATCGTTATGA-TC
65 TTA-CGAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATTAATTTCAAATAGTTATAACCC
* * * * * **
11145283 TTTCTTTTATCATAAAATAATTGTTTTTGATT-ATAGAAGCTTATTCG-GTT
129 TTTGTTTTGTCATAAAACAATT-ATTTTG-TTCATA-AAGTTTATTCGAAAT
* *
11145333 AAAAATAATACTAATTTTAA-AATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATGT
1 -AAAATAATACTAA-TTTAATAATATTT-AAAAATTAATAACTAAGAGAATTAAAAAATAAATCT
* * * * * * * * * *
11145393 CTTTGTCAAACTAGTTCAAATAGTTAAAACTATTAGAATAATTATCT-ATTT-AAATCA-TTTTG
63 ATTT-ACGAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTAT-TAATTTCAAAT-AGTTATA
* * * * ** * *
11145455 A-CCTTT-TTTTAGTAAT-AAATATTTGTTTCATATCATACAAGCTTATTCAAAAT
125 ACCCTTTGTTTT-GTCATAAAACAATTATTTTGT-TCATA-AAGTTTATTCGAAAT
* ** * * * *
11145508 TAAATAAT-CTTAATACATTAACATTTAAAAAATTAATAAGC-AAGAGATTTGAAAAAATTAATC
1 AAAATAATAC-TAATTTAATAATATTT-AAAAATTAATAA-CTAAGAGAATT-AAAAAATAAATC
* * *
11145571 TGTTTACCGAA-CAAGCTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
62 TATTTA-CGAACCAA-TTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTA
11145616 CTTATTCAGC
Statistics
Matches: 1187, Mismatches: 238, Indels: 196
0.73 0.15 0.12
Matches are distributed among these distances:
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168 2 0.00
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171 1 0.00
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183 5 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (177 bp):
AAAATAATACTAATTTAATAATATTTAAAAATTAATAACTAAGAGAATTAAAAAATAAATCTATT
TACGAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATTAATTTCAAATAGTTATAACCCTT
TGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTGTTCATAAAGTTTATTCGAAAT
Found at i:11144823 original size:359 final size:354
Alignment explanation
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Period size: 359 Copynumber: 4.8 Consensus size: 354
11143904 TAACAAAGAG
* * **
11143914 AAAATAATACTAATTTAATAATA-TTCTAAAAATTCATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTCA
1 AAAATAATACTAATTTAATAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATTTG
* * * *
11143978 TTTCCCAAACCAATTCAAATAGTTAAGACTA-TATGAACAATTATAGATTTCAAATCATTATGA-
64 TTT-ACTAACCAATTCAAATGGTTAAGACTATTATGAACAATTATATATTTCAAATCATTATGAC
* * * *
11144041 ACTTTGTTTTGTCATGAGACAATTATTTTAGCTCATA-AAGTTTATTCGAAATAAAATAAAACTA
128 ACTTTGTTTTGTCATAAAACAATTA-TTTAGTTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTA
* * * * * *
11144105 ATTTATTAATATTTCAAAAATTTATAAGTAAGAGATTAAAAAAATAATTCTATTTACTGAACCAC
192 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAAGAAATT-AAAAAATAAATCTATTTTC-GAACCAG
* * * ** * *
11144170 TTCAAATAAG-TATAACTATTTGAACAATTATCTA-TTCAAATTGCTATTATTTTTTGTTTTGTG
255 TTCAAAT-AGTTA-AACTATTTGAATAATTAT-TATTTCAAATTGTTATAACATTTTATTTTGTC
* * * * *
11144233 ATAAAACAATTATTTTTGTTCATATAAGTTTGTTTGAAAT
317 ATAAAACAA-T-TTTTTATTCATACAAGCTTATTCGAAAT
* * *
11144273 AAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AGAAAATTAATCAGTAAGAGATTTAAAATATAAATATG
1 AAAATAATACTAATTTAATAATATTTCA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA-ATAAATTTG
* * ** * * *
11144337 TTTACTAAACATTTCAAATGGTTTTGGCTATT-TGAA-ATATTATTTATTTCAAAT-AGTTATAA
64 TTTACTAACCAATTCAAATGGTTAAGACTATTATGAACA-ATTATATATTTCAAATCA-TTATGA
* * * * ** * *
11144399 CCCTTTGTTTTGTCATCAAACAATTAGTTTTGTTCACACTATTTTTATTTGGAATAAAATAATAC
127 CACTTTGTTTTGTCATAAAACAATTA-TTTAGTTCATAC-AAGTTTATTCGAAATAAAATAATAC
* * ** * *
11144464 TAATTTAATAATA-TTCTAAAACTTAATAACCAATAAAATAAAAAATAAATCTATTTGTCGAACC
190 TAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGAAAGAAATTAAAAAATAAATCTATTT-TCGAACC
* * *
11144528 AGTTCAAATAGTTAAGACTATCTGAATGATTATTAATTTCAAATTGTTATAACCTTTTATTTTGT
253 AGTTCAAATAGTTAA-ACTATTTGAATAATTATT-ATTTCAAATTGTTATAACATTTTATTTTGT
* * *
11144593 CATAAAATAATTTTTTATTCATACAAGCTTATTCGGATT
316 CATAAAACAATTTTTTATTCATACAAGCTTATTCGAAAT
* * * *
11144632 AAAATAATACGAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATGAGTAGGAGATTTGAAAAATAAATTTGC
1 AAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATTTGT
* * * *
11144697 TTACTGAACCAGTTCATATGGTTAAGACTATTAT-AACAGTTATCTATTTCAAATCATCT-TGAC
65 TTACT-AACCAATTCAAATGGTTAAGACTATTATGAACAATTATATATTTCAAATCAT-TATGAC
* * * * * *
11144760 ATTTTGTTTAGTCATAAAATAATTATTTAAGTTCATACAAGCTTATCCGAAATAAATTAATACTA
128 ACTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT-AGTTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTA
* * * * *
11144825 ATTTATTAACATTTGAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTTAAAAAATAAATCCATTTATCGAACAA
192 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAAGA-A-ATTAAAAAATAAATCTATTT-TCGAACCA
* * * * * * * *
11144890 GTTTAAATAGTTATTATTATTTGAATAATTGTTTATTTAAAATCGTTATGACATTTTATTTTATC
254 GTTCAAATAGTTA-AACTATTTGAATAATT-ATTATTTCAAATTGTTATAACATTTTATTTTGTC
11144955 ATAAAACAA---TTTA-T-AT----G-------G-AAT
317 ATAAAACAATTTTTTATTCATACAAGCTTATTCGAAAT
* * *
11144976 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCTAAAATTAACT-A--CA-A-ATTTAAAAAATAAATTTG
1 AAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAA-TAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATTTG
* * * ** * * * *
11145036 TTTACTGAATCAGTTAAAATAATTATG-GTCATT-TGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
64 TTTACT-AACCAATTCAAATGGTTAAGACT-ATTATGAACAATTATATATTTCAAATCATTATGA
* * * * * ** * *
11145099 C-CTTT-TTATTTTACTAGAAAACAATTGTTTTTGATCATACAAACTTATTTGAAGTAAAATAAT
127 CACTTTGTT-TTGT-C-ATAAAACAATT-ATTTAGTTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAAT
* *** * *
11145162 ACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAAAACTTAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAA
188 ACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAAGA-AATTAAAAAATAAATCTATTT-TCGAA
** * * * * * * * *
11145227 GTAGTTCGAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCAATCTCAAATCGTTAT--GATCTTTCTTT
251 CCAGTTCAAATAGTTA-AACTATTTGAATAATTAT-TATTTCAAATTGTTATAACAT-TTTATTT
* * * **
11145290 TATCATAAAATAATTGTTTTTGATT-ATAGAAGCTTATTCG-GTT
313 TGTCATAAAACAA-T-TTTTT-ATTCATACAAGCTTATTCGAAAT
*
11145333 AAAAATAATACTAATTTTAA-AATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATGT
1 -AAAATAATACTAA-TTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATTT
* * * * * * * * * *
11145393 CTTTGTCAAACTAGTTCAAATAGTTAAAACTATTA-GAATAATTATCTATTT-AAATCATTTTGA
63 GTTT-ACTAACCAATTCAAATGGTTAAGACTATTATGAACAATTATATATTTCAAATCATTATGA
* * * * * * *
11145456 C-CTTT-TTTTAGTAAT-AAATATTTGTTTCA-TATCATACAAGCTTATTCAAAATTAAATAAT-
127 CACTTTGTTTT-GTCATAAAACAATTATTT-AGT-TCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATA
** * * * * * * *
11145516 CTTAATACATTAACATTTAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAAATTAATCTGTTTACCGA
189 C-TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAAGA-AATT-AAAAAATAAATCTATTT-TCGA
* * * *
11145581 ACAAGCTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTACTTATT
250 ACCAGTTCAAATAGTTA-AACTATTTGAATAATTA-TTATT
11145622 CAGCCATGGT
Statistics
Matches: 1069, Mismatches: 209, Indels: 146
0.75 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
338 4 0.00
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345 3 0.00
346 3 0.00
350 1 0.00
352 1 0.00
353 4 0.00
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ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (354 bp):
AAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATAAATTTGTT
TACTAACCAATTCAAATGGTTAAGACTATTATGAACAATTATATATTTCAAATCATTATGACACT
TTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTAGTTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTT
ATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAAGAAATTAAAAAATAAATCTATTTTCGAACCAGTTCAAA
TAGTTAAACTATTTGAATAATTATTATTTCAAATTGTTATAACATTTTATTTTGTCATAAAACAA
TTTTTTATTCATACAAGCTTATTCGAAAT
Found at i:11145359 original size:180 final size:177
Alignment explanation
Indices: 11144975--11145615 Score: 506
Period size: 182 Copynumber: 3.6 Consensus size: 177
11144965 TTATATGGAA
* * * *
11144975 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCTAAAATTAAC-TACAAATTTAAAAAATAAATTTGTTT
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAACTTAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT
* * * * *
11145039 A-CTGAATCAGTTAAAATAATTATG-GTCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCT
66 ATC-GAAT-AGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAATAATTATCAATCTCAAATCATTATGACCT
* *
11145102 TTTTATTTTACTAGAAAACAATTGTTTTTGATCATACAAACTTATTTGAAG
128 TTTTATTATACTAGAAAACAATTGTTTTTGATCATACAAACTTATTCG-AG
11145153 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAAAACTTAGAGATTTAAAAAATAAATCTG
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT---AACTTAGAGATTTAAAAAATAAATCTG
* * * *
11145218 TTTATCGAAGTAGTTCGAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCAATCTCAAATCGTTATGATC
63 TTTATCGAA-TAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCAATCTCAAATCATTATGACC
* * * * *
11145283 TTTCTT-TTAT-C-ATAAAATAATTGTTTTTGATTATAGAAGCTTATTCG-G
127 TTT-TTATTATACTAGAAAACAATTGTTTTTGATCATACAAACTTATTCGAG
* * * *
11145331 TTAAAAATAATACTAATTT-TAAAATATTTCAAAAATTAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATGTC
1 -T-AAAATAATACTAATTTAT-TAATATTTCAAAAATTAACTTAGAGATTTAAAAAATAAATCTG
* * ** * * * *
11145394 TTTGTCAAACTAGTTCAAATAGTTAAAACTATTAGAATAATTATCTAT-TTAAATCATTTTGACC
63 TTTATCGAA-TAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCAATCTCAAATCATTATGACC
* * * * * * *
11145458 TTTTT-TTAGTA--A-TAAATATTTGTTTCAT-ATCATACAAGCTTATTCAAAA
127 TTTTTATTA-TACTAGAAAACAATTGTTT-TTGATCATACAAACTTATTC-GAG
* ** * * * *
11145507 TTAAATAAT-CTTAATACATTAACATTTAAAAAATTAA-TAAGCAAGAGATTTGAAAAAATTAAT
1 TAAAATAATAC-TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAACT----TAGAGATTT-AAAAAATAAAT
* * * *
11145570 CTGTTTACCGAACAAGCTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
60 CTGTTTATCGAA-TAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTA
11145616 CTTATTCAGC
Statistics
Matches: 378, Mismatches: 62, Indels: 45
0.78 0.13 0.09
Matches are distributed among these distances:
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174 58 0.15
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177 2 0.01
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183 5 0.01
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (177 bp):
TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAACTTAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT
ATCGAATAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCAATCTCAAATCATTATGACCTTTT
TATTATACTAGAAAACAATTGTTTTTGATCATACAAACTTATTCGAG
Found at i:11146407 original size:17 final size:18
Alignment explanation
Indices: 11146382--11146429 Score: 55
Period size: 16 Copynumber: 2.7 Consensus size: 18
11146372 AACAAAAGGT
11146382 ATAACTATTTGAAATAG-
1 ATAACTATTTGAAATAGC
* *
11146399 ATAATTA-TTCAAATAGCC
1 ATAACTATTTGAAATAG-C
11146417 ATAACTATTTGAA
1 ATAACTATTTGAA
11146430 TTGTACAGAA
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 4, Indels: 4
0.75 0.12 0.12
Matches are distributed among these distances:
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18 6 0.25
19 4 0.17
ACGTcount: A:0.46, C:0.10, G:0.08, T:0.35
Consensus pattern (18 bp):
ATAACTATTTGAAATAGC
Found at i:11146708 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 11146347--11147853 Score: 927
Period size: 180 Copynumber: 8.4 Consensus size: 179
11146337 CGCTTGTGTT
* * *
11146347 AATAGAAACAATCGGTTTATGACAAAACAAAAGGT-ATAACT-ATTTGAAATAGATAATTATTCA
1 AATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * * * * * * * *
11146410 AATAGCCATAACTATTTGAATTGTACAGA-AAATAGATTTATTTTTTTAAT-TTTTACTTATTAA
65 AATAGTCATAACTATTTAAATTGTTC-GATAAACATATTCATATTTTAAATCTCTTACTTATTAA
* * * * *
11146473 TTTTTAAAATATTAATAAATTTA-TATTATT-T-TTTTCGAAAAAAACTTGTATG
129 TTTTTGAAA-ATTAATAAA-TTAGAATTATTGTATTTT-G-AATAAGCTTATATG
** * * * * *
11146525 AATAGACCCAATTATTTTAAGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATATTTGTTTAA
1 AATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
* * * * *
11146590 ATAGTCAAAACTATATTAAATTGTTTGGTAAACAAATTCATATTTTAAATCTCTTACTCATTAAT
66 ATAGTCATAACTAT-TTAAATTGTTCGATAAACATATTCATATTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
* * *
11146655 TTTTGGAAAATTAATGAATTAGTATTATTGTATTTTGAATAAGCCTATATG
130 TTTT-GAAAATTAATAAATTAGAATTATTGTATTTTGAATAAGCTTATATG
* * * ** * ** * *
11146706 AATTGATAGAATTGTTTTATGATGAAACAAAAGGTCACAACAATTTTAAATAGATAATTATTCAA
1 AATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
* * * * * * * * * * *
11146771 ATAGTTATGACTATTTGAACTGTTTGGTAGATATGTT--TATTTTAAAAATCTTTTACTTTTTAA
66 ATAGTCATAACTATTTAAATTGTTCGATAAACATATTCATATTTT--AAATCTCTTACTTATTAA
* * * * ** * *
11146834 TTATCGAAATATTAATAAATTA-ATATTATTTTAATCCGAATAAACTTGTAT-
129 TTTTTGAAA-ATTAATAAATTAGA-ATTATTGTATTTTGAATAAGCTTATATG
* * * *
11146885 AA-ACGAAAGCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTG
1 AATA-GAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * * * *
11146949 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTA
64 AAATAGTCATAACTATTT-AAATTGTTCGATAAACATATTCATATTTTAAATCTCTTACTTATTA
* * * *
11147014 ATTGTCTGAATATTAATAAATTTGAATTATT-T-TTAATTGAAATAAGCTTGTATG
128 ATT-TTTGAAAATTAATAAATTAGAATTATTGTATT--TTG-AATAAGCTTATATG
* * * * * * *
11147068 AATGGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATTATAATGATTTGAGATAGGTAATTGTTCAA
1 AATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
* *
11147133 ATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCGATAAATAGATTCA-ATTTTTAAATCTCTTACTTATTAA
66 ATAGTCATAACTATTTAAA-TTGTTCGATAAACATATTCATA-TTTTAAATCTCTTACTTATTAA
* * *
11147197 TTTTTAGAATATTAATAAATTAGAATTA-TGTTATTTTGAATTAGCTTATACG
129 TTTTT-GAAAATTAATAAATTAGAATTATTG-TATTTTGAATAAGCTTATATG
* * * *
11147249 AATAGAAACAATTGTTTTGTGAGAAAAC-AAAGATCATAATGATTT-AGAATAGATAATTGTTTA
1 AATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA-AATAGATAATTGTTCA
* * * ** * * * * * * * **
11147312 TACAGTTATAACTATTTGTACTGGTCAAGCT-AATAGATTCATTTTTTAAATC-GTTACTTAGGA
65 AATAGTCATAACTATTTAAATTGTTC--GATAAACATATTCATATTTTAAATCTCTTACTTATTA
* * * * * * *
11147375 ATTTTTGGAATATTAAAAAATTAGCATTACTT-CATTTTGAGTAATAC-TATATC
128 ATTTTT-GAAAATTAATAAATTAGAATTA-TTGTATTTTGAATAA-GCTTATATG
* * * * * *
11147428 AATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAATGGTCACAACGATATGAAATAAATAATTGTTCAA
1 AATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
* * * * * * * * * * *
11147493 TTA-TTATAGCTAATTGAACTAGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAAT
66 ATAGTCATAACT-ATTTAAATTGTTCGATAAACATATTCATATTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
* * * * *
11147553 TTTTAAAATATTAATAAATTA-ATATTATTG-ATTCTGAACAAACTTATACG
130 TTTTGAAA-ATTAATAAATTAGA-ATTATTGTATTTTGAATAAGCTTATATG
* * * * ** * * * * *
11147603 AACAAAAATATTTGTTTTACAACAAAACAAAAAGTCATAAGGGTTTGAAATAGATAATTATTCAT
1 AATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
* * * ** * * * *
11147668 ATAGCCTTAACTATTTGAATTGGTTC-AGCAA-ATAAGTTTATTTTTTAAATCTCTTAGTCATTA
66 ATAGTCATAACTATTTAAATT-GTTCGATAAACAT-A-TTCATATTTTAAATCTCTTACTTATTA
* * * * * * * *
11147731 ATTTTT-ATAATATTATTAGATTTGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTGTG
128 ATTTTTGA-AA-ATTAATAAATTAGAATTATTGTATTTTGAATAAGCTTATATG
* * * * * * * * *
11147784 AACATAAATACTTCTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTAAAATATATAATTGTTCAA
1 AATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
11147849 ATAGT
66 ATAGT
11147854 TCAGTAAGCA
Statistics
Matches: 1024, Mismatches: 247, Indels: 113
0.74 0.18 0.08
Matches are distributed among these distances:
174 3 0.00
175 76 0.07
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177 1 0.00
178 39 0.04
179 152 0.15
180 278 0.27
181 262 0.26
182 149 0.15
183 16 0.02
184 2 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.11, T:0.41
Consensus pattern (179 bp):
AATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
ATAGTCATAACTATTTAAATTGTTCGATAAACATATTCATATTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
TTTGAAAATTAATAAATTAGAATTATTGTATTTTGAATAAGCTTATATG
Found at i:11147361 original size:180 final size:178
Alignment explanation
Indices: 11146347--11151257 Score: 1883
Period size: 181 Copynumber: 27.4 Consensus size: 178
11146337 CGCTTGTGTT
* * * *
11146347 AATAGAAACAATCGGTTTATGACAAAACAAAAGGT-ATAACT-ATTTGAAATAGATAATTATTCA
1 AATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCA
** * * *
11146410 AATAGCCATAACTATTTGAA-TTGTACAGA-AAATAGATTTATTTTTTTAAT-TTTTACTTATTA
64 AATAGTTATAACTATTTGAACTGGT-C-GATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTA
* * * * * *
11146472 ATTTTTAAAATATTAATAAATTTA-TATTATTT-TTTTCGAAAAAAACTTGTATG
127 ATTTTTAGAATATTAATAAA-TTAGAATTATTTATTTT-G-AATAAGCTTATACG
** * * * * * *
11146525 AATAGACCCAATTATTTTAAGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATATTTGTTTAA
1 AATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
* * * * * * * * * * * *
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65 ATAGTTATAACTAT-TTGAACTGGTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
* * * * * *
11146655 TTTTGGAAAATTAATGAATTAGTATTATTGTATTTTGAATAAGCCTATATG
129 TTTTAGAATATTAATAAATTAGAATTATT-TATTTTGAATAAGCTTATACG
* * * ** * * ** * *
11146706 AATTGATAGAATTGTTTTATGATGAAACAAAAGGTCACAACAATTTTAAATAGATAATTATTCAA
1 AATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
* * * * * ** * *
11146771 ATAGTTATGACTATTTGAACTGTTTGGTAGATATG-TTTATTTTAAAAATCTTTTACTTTTTAA-
65 ATAGTTATAACTATTTGAACTGGTCGATAAATA-GATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
* * * ** * * *
11146834 TTATCGAAATATTAATAAATTA-ATATTATTTTAATCCGAATAAACTTGTA-T
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* * * *
11146885 AA-ACGAAAGCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTG
1 AATA-GAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAGA-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTC
* ** * * *
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* * * *
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* * * * * *
11147068 AATGGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATTATAATGATTTGAGATAGGTAATTGTTCAA
1 AATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
* * * * *
11147133 ATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCGATAAATAGATTCAATTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
65 ATAGTTATAACTATTTGAAC-TGGTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
*
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129 TTTTAGAATATTAATAAATTAGAATTAT-TTATTTTGAATAAGCTTATACG
* * * *
11147249 AATAGAAACAATTGTTTTGTGAGAAAACAAAGATCATAATGATTT-AGAATAGATAATTGTTTAT
1 AATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGATCATAATGATTTGA-AATAGATAATTGTTCAA
* * * * * **
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* * * * * *
11147376 TTTTTGGAATATTAAAAAATTAGCATTACTTCATTTTGAGTAATAC-TATATC-
128 TTTTTAGAATATTAATAAATTAGAATTA-TTTATTTTGAATAA-GCTTATA-CG
* * * * * *
11147428 AATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAATGGTCACAACGATATGAAATAAATAATTGTTCAA
1 AATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-GATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
* * * * *
11147493 TTA-TTATAGCTAATTGAACTAGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAAT
65 ATAGTTATAACTATTTGAACT-GGTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
* * * * *
11147553 TTTTAAAATATTAATAAATTA-ATATTATTGATTCTGAACAAACTTATACG
129 TTTTAGAATATTAATAAATTAGA-ATTATTTATTTTGAATAAGCTTATACG
* * * * ** * * * * *
11147603 AACAAAAATATTTGTTTTACAACAAAACAAAAAGTCATAAGGGTTTGAAATAGATAATTATTCAT
1 AATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGA-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
* * * * *
11147668 ATAGCCT-TAACTATTTGAATTGGTTC-AGCAAATA-AGTTTATTTTTTAAATCTCTTAGTCATT
65 ATAG-TTATAACTATTTGAACTGG-TCGA-TAAATAGA-TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
* * * * * * * **
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126 AATTTTTAGAATATTAATAAATTAGAATTA-TTTATTTTGAATAAGCTTATACG
* * * * * * * * * *
11147784 AACATAAATACTTCTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTAAAATATATAATTGTTCAA
1 AATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
** * ** * * * **
11147849 ATAGTTCAGTAAGC-ATTT----T--T-TTTAAAT-CACCTAATTATT-AAT-TTTTGAAATATT
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** * ** ** **
11147903 AATAAATTAG--TATTATTTTATTCTAA--A--TAGGCTT--ATAAG---AT--G
126 AAT-TTTTAGAATATTAATAAATTAGAATTATTTA-TTTTGAATAAGCTTATACG
* * ** * * * *
11147945 AA-A-AACA-ATTGT-TTTAAGACA-AAACA-AAAGTTTATGATGTTTTGAAATAGATAATTGTT
1 AATAGAA-ACAAT-TGTTTTA-TGACAAA-ACAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * * * * * ** *
11148004 CAAATGGTCATAATTATTTGAATTGATTCGATAAACTA-ATTTGTTTTTTAAATCACCAACTTCT
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* * * * * * * *
11148068 CAATTCTAAAAATATTAATAAAGT-GATATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATG
125 TAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGA-ATTA-TTTATTTTGAATAAGCTTATACG
* * * * * * * *
11148123 ACCTA-AAACAATTGTTTTAGGATAAAACAAAAAGTCATAATGGTTTTAAATAGATATTTATTCA
1 A-ATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGA-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * * ** * * * * * * * * *
11148187 AATAATCATAACTATTTGAATTTATTCGGTAAACATATTTATTTTTTTAATTTTTTTGCCTACTA
64 AATAGTTATAACTATTTGAA-CTGGTCGATAAATAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTA
** * * * ** * * *
11148252 ATTTTTTTAATGTTAATAAAATAGTATTATTTTATTTCAAATAA-ATATGTATG
127 ATTTTTAGAATATTAATAAATTAGAATTA-TTTATTTTGAATAAGCT-TATACG
* ** * * * * * * *
11148305 AACT-GGAACAATCATTTTATGACTAAACAAAAGTTCAGAACGATTTGATATAGATAATTATTCT
1 AA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * ** * ** *
11148369 AATAATCT-CAA-TAGTTTGAACTCATTC-AGCAAGCACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
64 AATAGT-TATAACTA-TTTGAACT-GGTCGA-TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
* * ** * *** * * *
11148431 TAATTTTTAGAATACTATTAGTTTAGTAA-TATTTTACTCCAAATTAGCTTGTATG
125 TAATTTTTAGAATATTAATAAATTAG-AATTA-TTTATTTTGAATAAGCTTATACG
* * *
11148486 AATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAGATCATAATGATTTGAGATAGATAATTGTCCAAA
1 AATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * * * * * * * *
11148551 TAATCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAACAAATTTAGTTTTCAAA--TC-T-CTTATTAATT
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* * * ** * **
11148612 TTT-GAAATATTAATAAACTAGTATTATTTTATTCTGAATAATTTTGTATA
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* * * *
11148662 AATA-AAGACAATTGTTTTACGATAAAACAAA-ATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATAGTTT
1 AATAGAA-ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGA--TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * ** * * * * *
11148725 GAATGGACA-AGACTATTTGAGCTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTGAATCTC-TATCTTAT
63 AAATAGTTATA-ACTATTTGAAC-TGGTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA-CTTAT
* * ** * * *
11148788 TAATTTTTGGAAAATTAATAAATTATTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATG
125 TAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGAATTA-TTTATTTTGAATAAGCTTATACG
** ** * * *
11148843 AATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATTGTAGCGATTTGAAATAAATAATTATTTAA
1 AATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
* * * * * * *
11148908 ATAGTCATAACTATTTGAATTCGTTGGATAAATGGATTTATTTTTCAAATCTTTTACTTATTAAT
65 ATAGTTATAACTATTTGAACT-GGTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
* * * * * * *
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* * * * *
11149024 CATAGAAACAATTGGTTTATGACAAAGTAAAAAG-TCATAATGATTTGAAATATATAATTATTCA
1 AATAGAAACAATTGTTTTATGACAAA--ACAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * * * * *
11149088 AATAGTCATAACTATTT-AAATGTATTC-ATAAAATAGATTTATTTTTTTAAT-TTTTACTCATT
64 AATAGTTATAACTATTTGAACTG--GTCGAT-AAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
* * *** ** *
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* * * * * *
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1 AATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
* * ** * * * *
11149269 ATAGTCATAACTATTTAAACTTATTCAATAAACAGATTCT-TTTTTTAATAT-TGTTACTCATTA
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* * * ** *
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* * * * *
11149385 AACT-GAAACAATTGTTTTATTACAAAAGAAAAGGTCATAATGATTTGAAATTGATAATTATTCA
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* * * * * *
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* * * *** * *
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* * * * * ** * *
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1 AATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAATGATTTGAAATAGA-TAATTGTTCA
* * * * * *** * * * * *
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* * *** * **
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* * * * * * * * *
11149748 AATGGAAAAAATTATTTTATGGCAAAACAAAAGGTAATAACGATTTTAAATAGATAATTGCTCAA
1 AATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
* * * * ** * ** *
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* * ** * *
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* * * *
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* * * * * * * * * * * *
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* * * ** * *** * *
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1 AATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGA-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTG-TTCA
* * * **
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* * * * * * * *
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1 AATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTT-CA
* * * * * * *
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** *** *
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* * * *
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* * * ** * * * *
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* ** * * *
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* * * * * *
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65 ATAGTTATAACTATTTGAACT-GGTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-
* * ** * * *
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* * * * * *
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1 AAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCA
** * * * * * * * * *
11150893 AATAGAAACATAATTATTCGAATTGACTC-AGTAAACAGATTCACTTTTTAAATCACTTACTTTT
64 AATAG--TTATAACTATTTGAACTG-GTCGA-TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
* * * * * *
11150957 TAATTTTT-GAAATGTTAATAAACTAGTATTATTTTACTTTGAATAAGCTTGTATG
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* * * ** * * *
11151012 AACT-GAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTTGTAACGATTTAAAATAGATAGTTGTT-A
1 AA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCA
** ** * * * * * * *
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* * * ** * *
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126 AATTTTTAGAATATTAATAAATTAGAATTA-TTTATTTTGAATAAGCTTATACG
* * * * *
11151192 AATTGAAACAATTAG-TTTATAACAGAATA-AAAGGTTATAATGATTTAAAATAGATAATTGTTC
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11151255 AAA
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11151258 CAAGAACTAG
Statistics
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TTAGAATATTAATAAATTAGAATTATTTATTTTGAATAAGCTTATACG
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11146336 ACGCTTGTGT
* * * * *
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* ***
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* * * *
11146538 ATTTTAAGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATATTTGTTTAAATAGTCAAAACTA
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* * *
11146603 TATTAAATTGTTTGGTAAACAAATTCATATTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTGGAAAATTA
260 TATTAAATTGTTCGATAAACAAATTCATATTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTAGAAAATTA
* * * * * *
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* * * ** *
11146733 CAAAAGGTCACAACAATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACTGTTTGG
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* * *** * * *
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* *
11146863 TTTAATCCGAATAAACTTGTA
520 TTCAATCCGAATAAACTTATA
* *
11146884 TAA-ACGAAAGCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAATGATTTGAAATAAATAATTGTT
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* * *
11146948 GAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT
63 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT
* * * *
11147013 AATTGTCT-GAATATTAATAAATTTGA-ATTATTTTTAATT-GAAATAAGCTTGTATGAATGGAA
128 AATT-TCTAAAATATTAATAAATTT-ATATTATTTTT--TTCGAAAAAAACTTGTATGAATAGAA
* * * *
11147075 AAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATTATAATGATTTGAGATAGGTAATTGTTCAAATAGTCA
189 AAAATTATTTTAAGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * *
11147140 TAACTAT-TTAAACTTGTTCGATAAATAGATTCA-ATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA
254 AAACTATATTAAA-TTGTTCGATAAACAAATTCATA-TTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTA
* * *
11147203 GAATATTAATAAATTAGAATTA-TGTTATTTTGAATTAGCTTATACGAATAGAAACAATTGTTTT
317 GAAAATTAATAAATTAGAATTATTG-TATTTTGAATAAGCCTATACGAATAGAAACAATTGTTTT
* * ** * * *
11147267 GTGA-GAAA-ACAAAGATCATAATGA-TTTAGAATAGATAATTGTTTATACAGTTATAACTATTT
381 ATGATGAAACA-AAAGATCACAACAATTTTA-AATAGATAATTATTCAAACAGTTATAACTATTT
* ** * * *
11147329 GTACTGGTCAAGCTA-ATA-GATTCATTTTTTAAATC-GTTACTTAGGAATTTTTGGAATATTAA
444 GAACT-GT-AAGCTAGATATG-TTCATTTTAAAAATCTGTTACTTAGGAATTATCGAAATATTAA
* * ** *
11147391 AAAATTAGCATTACTTCATTTTGAGTAATAC-TATA
506 AAAATTAACATTACTTCAATCCGAATAA-ACTTATA
* * * *
11147426 TCAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAATGGTCACAACGATATGAAATAAATAATTGTTC
1 T-AATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT-ATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTC
* * * * *
11147491 AATTA-TTATAGCTAATTGAAC-TAGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATC---T-CTTATT
64 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTA-TTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT
* * ** * * * *
11147550 AATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTA-TTGATTCTG-AACAAACTTATACGAACA-AAAAT
128 AATTTCTAAAATATTAATAAATTTATATTATTTTTTTC-GAAAAAAACTTGTATGAATAGAAAA-
* * * * * * * *
11147612 ATTTGTTTTACA-ACAAAACAAAA-AGTCATAAGGGTTTGAAATAGATAATTATTCATATAGCCT
191 AATTATTTTA-AGACAAAACAAAAGA-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * * * * * *
11147675 TAACTAT-TTGAATTGGTTC-AGCAAATAAGTTTATTTTTTAAATCTCTTAGTCATTAATTTTTA
254 AAACTATATTAAATT-GTTCGA-TAAACAAATTCATATTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTA
* * * * * * * * * * ** * * * * *
11147738 TAATATTATTAGATTTGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTGTGAACATAAATACTTCTTTTA
317 GAAAATTAATAAATTAGAATTATTGTATTTTGAATAAGCCTATACGAATAGAAACAATTGTTTTA
** * * * * * * * *
11147803 TGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTAAAATATATAATTGTTCAAATAG-T-T--C-------A
382 TGATGAAACAAAAGATCACAACAATTTTAAATAGATAATTATTCAAACAGTTATAACTATTTGAA
*** * ** * * *
11147857 --GTAAGC---AT-T-TT--TTTT--AAATCACCTAATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT
447 CTGTAAGCTAGATATGTTCATTTTAAAAATCTGTTACTTAGGAATTATCGAAATATTAAAAAATT
** * * * ** **
11147911 AGTATTATTTTATTCTAAATAGGCTTATA
512 AACATTACTTCAATCCGAATAAACTTATA
* * * * * * *
11147940 -AGATGAAAAACAATTGTTTTAAGACAAAACAAAAGTTTATGATGTTTTGAAATAGATAATTGTT
1 TA-AT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-GTATAACGATTTGAAATAAATAATTGTT
* * * **** *
11148004 CAAATGGTCATAATTATTTGAA-TTGATTCGATAAACTA-ATTTGTTTTTTAAATCACCAACTTC
63 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-ATTCGATAAA-TAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTA
* * * * * * * * *
11148067 TCAA-TTCTAAAAATATTAATAAAGTGATATTATTTTATTTTG-GATAAGCTTTTATGACCTA-A
126 TTAATTTCT-AAAATATTAATAAATTTATATTATTTT-TTTCGAAAAAAACTTGTATGA-ATAGA
* * * * * * * * *
11148129 AACAATTGTTTTAGGATAAAACAAAA-AGTCATAATGGTTTTAAATAGATATTTATTCAAATAAT
188 AAAAATTATTTTAAGACAAAACAAAAGA-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * * * * * * * *
11148193 CATAACTAT-TTGAATTTATTCGGTAAACATATTTATTTTTTTAATTTTTTTGC-CTACTAATTT
252 CAAAACTATATT-AAATTGTTCGATAAACAAATTCA-TATTTTAAATCTCTTACTC-ATTAATTT
** ** * * * ** *** * * * **
11148256 TTTTAATGTTAATAAAATAGTATTATTTTATTTCAAATAAATATGTATGAACT-GGAACAATCAT
314 TTAGAAAATTAATAAATTAGAATTATTGTATTTTGAATAAGCCTATACGAA-TAGAAACAATTGT
* * * * * * * * *
11148320 TTTATGACT-AAACAAAAGTTCAGAACGATTTGATATAGATAATTATTCTAATAATCT-CAA-TA
378 TTTATGA-TGAAACAAAAGATCACAACAATTTTAAATAGATAATTATTCAAACAGT-TATAACTA
* * * * ** * ** * *
11148382 GTTTGAACTCATTCAGCAAGCACAT-TT-ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATA
441 -TTTGAACT--GTAAGCTAG-ATATGTTCATTTTAAAAATCTGTTACTTAGGAA-TTATCGAA-A
**** * * * * * * *
11148445 CTATTAGTTTAGTAATATT--TT-ACTCCAAATTAGCTTGTA
500 -TATTAAAAAATTAACATTACTTCAATCCGAATAAACTTATA
* * * * * *
11148484 TGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAATGATTTGAGATAGATAATTGTCC
1 T-AATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT-ATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTC
* * * * * * *
11148548 AAATAATCATAACTATTTGAAC-TAGTTTGGTAAACAAATTTAGTTTTCAAATC---T-CTTATT
64 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTA-TTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT
* * * * * ** *
11148608 AATTTTTGAAATATTAATAAA-CTAGTATTATTTTATTCTG-AATAATTTTGTATAAATA-AAGA
128 AATTTCTAAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTTTTC-GAAAAAAACTTGTATGAATAGAA-A
* * * * * ** * *
11148670 CAATTGTTTTACGATAAAACAAAATG-TCATAATGATTTGAAATAGATAATAGTTTGAATGGACA
190 AAATTATTTTAAGACAAAACAAAA-GATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* ** * * * * * * *
11148734 AGACTAT-TTGAGCTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTGAATCTC-TATCTTATTAATTTTTG
254 AAACTATATT-AAATTGTTCGATAAACAAATTCATATTTTAAATCTCTTA-CTCATTAATTTTTA
** * * * * *
11148797 GAAAATTAATAAATTATTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTA
317 GAAAATTAATAAATTAGAATTATTGTATTTTGAATAAGCCTATACGAATAGAAACAATTGTTTTA
** *** * * * * * * *
11148862 TGACAAAACAAAAGATTGTAGCGATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGAA
382 TGATGAAACAAAAGATCACAACAATTTTAAATAGATAATTATTCAAACAGTTATAACTATTTGAA
* ** * * ** * ** * * *
11148927 TTCGTTGGATA-A-ATGGATTTATTTTTCAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAAAT-TTAATA
447 CT-GTAAGCTAGATAT-G-TTCATTTTAAAAATCTGTTACTTAGGAA-TTATCGAAATATTAAAA
** * * * ** ** *
11148989 AATTAGTATTATTTTATTCTAAATATGCTTTTA
508 AATTAACATTACTTCAATCCGAATAAACTTATA
* * ** * * * *
11149022 TGCATAGAAACAATTGGTTTATGACAAAGTAAAAAGTCATAATGATTTGAAATATATAATTATTC
1 T-AATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT-ATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTC
* * *
11149087 AAATAGTCATAACTATTT-AAATGTATTC-ATAAAATAGATTTATTTTTTTAAT-TTTTACTCAT
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* ** * * * * **
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127 TAATTTCTAAAATATTAATAAATTTATATTATTTTTTTCGAAAA-AAACTTGTATGAATAGAAAA
* * * * * *
11149213 AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGTTTTGAAATAGATTATTTTTCAAATAGTCATA
191 AATTATTTTAAGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAAA
* * * * * * * *
11149278 ACTAT-TTAAACTTATTCAATAAACAGATTCTTTTTTTAATAT-TGTTACTCATTAATCTTTGGA
256 ACTATATTAAA-TTGTTCGATAAACAAATTCATATTTTAA-ATCTCTTACTCATTAATTTTTAGA
* * * ** * *
11149341 ATATTAATAAATTA-ATATTATTTTACTTCAAATAAGCTTATATGAACT-GAAACAATTGTTTTA
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* ** * * * ** * * * * *
11149404 TTACAAAAGAAAAGGTCATAATGATTTGAAATTGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAA
382 TGATGAAACAAAAGATCACAACAATTTTAAATAGATAATTATTCAAACAGTTATAACTATTTGAA
** * * * * * ** * ** * *
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* ** * * *
11149534 TTAATATTTTTTTAATCCAAATAAACTTGTA
510 TTAACATTACTTCAATCCGAATAAACTTATA
* * * ** * * * *
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1 T-AATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTC
* * * * *** * * * *
11149630 AAATACTCATAA-TAATTTAAACTTGTTCGATAAA-AAAAAAATTTCTAAAATTTTTTTTCTTAT
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* * * * * *
11149693 TAATTGTCT-TAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTC-AAAATAAGCTTGTGTGAATGGAAA
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* * * * * * * * * *
11149756 AAATTATTTTATGGCAAAACAAAAGGTAATAACGATTTTAAATAGATAATTGCTCAAACAATCAT
190 AAATTATTTTAAGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAA
** * * *
11149821 AA-T-TATTCAAACTTGTTAAATAAACAATATTCATTTTTTAAATCTCTTTA-TTATTAATTTTC
255 AACTATATT-AAA-TTGTTCGATAAACAA-ATTCATATTTTAAATCTC-TTACTCATTAATTTTT
** * * ** * * *
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316 AGAAAATTAATAAATTAGAATTATTGTATTTTGAATAAGCCTATACGAA-TAGAAACAATTGTTT
* * ** * * * * * * *
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380 TATGATGAAACAAAAGATCACAACAATTTTAAATAGATAATTATTCAAACAGTTATAACTATTTG
* ** * * * * * * * ** * * *
11150012 ATCTAGTTCGGTAAACATATTTATTTTTAAAAT-TTTTCACTTAATAATTGTCAAAATATTAATA
445 AACT-GTAAGCTAGATATGTTCATTTTAAAAATCTGTT-ACTTAGGAATTATCGAAATATTAAAA
* * * * *
11150076 AATT-ACTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTA
508 AATTAAC-ATTACTTCAATCCGAATAAACTTATA
* * * ** * * *
11150109 TGGATGGAAACAATTATTTTAAAATAGAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAA-AATTGCTT
1 T-AATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT-ATAACGATTTGAAATAAATAATTG-TT
* * **
11150173 -GAATAGTCATAACTATTTAAAC-TAGTTTAATAAATAGATTTATTTTTTAAATC---T-CTTAT
63 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTA-TTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTAT
* * * ** * * * * *
11150232 TAATTTTTGAAATATTAATAGA-TTAGTATTACCTTATTCTAAACAAACTTATATGAACA-AAAA
127 TAATTTCTAAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTTTTCGAAAAAAACTTGTATGAATAGAAAA
* * * * *
11150295 CATTTGTTTTATA-ACAAAACAAAAGTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTGC-GATAGTC
191 -AATTATTTTA-AGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTT-CAAATAGTC
* * * * * * * *
11150358 ATAATTAT-TTGAACTGGTTAGGTAAACAGAATT-ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
253 AAAACTATATT-AAATTGTTCGATAAACA-AATTCATATTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTT
*
11150421 -GACATATTAATAAATT
316 AGA-AAATTAATAAATT
11150437 CATCTTATTT
Statistics
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ATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAAT
TTCTAAAATATTAATAAATTTATATTATTTTTTTCGAAAAAAACTTGTATGAATAGAAAAAATTA
TTTTAAGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAAAACTAT
ATTAAATTGTTCGATAAACAAATTCATATTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTAGAAAATTAA
TAAATTAGAATTATTGTATTTTGAATAAGCCTATACGAATAGAAACAATTGTTTTATGATGAAAC
AAAAGATCACAACAATTTTAAATAGATAATTATTCAAACAGTTATAACTATTTGAACTGTAAGCT
AGATATGTTCATTTTAAAAATCTGTTACTTAGGAATTATCGAAATATTAAAAAATTAACATTACT
TCAATCCGAATAAACTTATA
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11146879 TTGTATAAAC
* * * * * * *
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* * * * * * **
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* * * * * * *
11147017 GTCT-GAATATTAATAAATTTGAATTAT-T-TTTAATTGAAATAAGCTTGTATGAATG
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* * * * * * ** *
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* * * * * **
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* * *
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* * * * * * *
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1 GAAACAATTGTTTTATGAGAAAACAAAGATCACAACGATTGAGAATAAATAATTGTTCAAT-TAG
* * * * *
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* *
11147380 TGGAATATTAAAAAATTAGCATTACT-TCATTTTGAGTAATA-C-TATATC-AATA
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* *
11147432 GAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAATGGTCACAACGATATGA-AATAAATAATTGTTCAATTA
1 GAAACAATTGTTTTATGAGAAAACAAA-GATCACAACGAT-TGAGAATAAATAATTGTTCAATTA
* * * *
11147496 -TTATAGCTAATTGAACTAGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TT---AATTTT
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* *
11147556 TAAAATATTAATAAATTA
129 TAGAATATTAAAAAATTA
11147574 ATATTATTGA
Statistics
Matches: 417, Mismatches: 67, Indels: 43
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Matches are distributed among these distances:
176 21 0.05
178 2 0.00
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ACGTcount: A:0.41, C:0.07, G:0.11, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
GAAACAATTGTTTTATGAGAAAACAAAGATCACAACGATTGAGAATAAATAATTGTTCAATTAGT
TATAACTATTTGAACTAGTTAGATAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTAGGAATTTTTA
GAATATTAAAAAATTAGAATTATGTCATTTTGAAATAGCTTATACGAATA
Found at i:11148856 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 11147866--11151249 Score: 2279
Period size: 181 Copynumber: 18.7 Consensus size: 180
11147856 AGTAAGCATT
* * * *
11147866 TTTTTTAAATCACCTAATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAAT
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* * * * * * * * *
11147931 AGGCTTATAAG-ATGAAAAACAATTGTTTTAAGACAAAACAAAAGTTTATGATGTTTTGAAATAG
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* * * * * *
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129 ATAATAGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAAC-AGATTTA
* ** * * * ** * ****
11148047 TTTTTTAAATCACCAACTTCTCAATTCTAAAAATATTAATAAAGT-GATATTATTTTATTTTGGA
1 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG-TATTATTTTATTCCAAA
* * * * * * *
11148111 TAAGCTTTTATGACCTA-AAACAATTGTTTTAGGATAAAACAAAAAGTCATAATGGTTTTAAATA
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* * * * * *
11148175 GATATTTA-TTCAAATAATCATAACTATTTGAATTTATTCGGTAAACATATTTA
128 GATA-ATAGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTA
* * * * * * ** * * *
11148228 TTTTTTTAATTTTTTTGCCTACTAATTTTTTTAATGTTAATAAAATAGTATTATTTTATTTCAAA
1 -TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAA
* * ** * * *
11148293 TAA-ATATGTATGAACT-GGAACAATCATTTTATGACTAAACAAAAGTTCAGAACGATTTGATAT
65 TAAGCT-TGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-TCATAACGATTTGAAAT
* ** * * * *
11148356 AGATAATTA-TTCT-AATAATC-TCAA-TAGTTTGAACTCATTCAGCAAGCACATTTA
127 AGATAA-TAGTT-TAAATAGTCAT-AACTA-TTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTA
* * ** * *
11148410 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AGAATACTATTAGTTTAGTAATATTTTACTCCAAA
1 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAA
* * * *
11148474 TTAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAATGATTTGAGATAG
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* ** * * * *
11148538 ATAATTGTCCAAATAATCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAACAAATTTA
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* * * **
11148590 GTTTTCAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAACTAGTATTATTTTATTCTGAAT
1 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAAT
** * * * *
11148651 AATTTTGTATAAATA-AAGACAATTGTTTTACGATAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAG
66 AAGCTTGTATGAATAGAA-ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACGATTTGAAATAG
* * * *
11148715 ATAATAGTTTGAATGGACA-AGACTATTTGAGCTTGTTCGGTAAACAGATTTA
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* * ***
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* ** *
11148830 ATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATTGTAGCGATTTGAAATA
64 ATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-TCATAACGATTTGAAATA
* **
11148895 AATAATTA-TTTAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTCGTT-GGATAAATGGATTTA
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* * *
11148948 TTTTTCAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAAAT-TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAA
1 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAA
* * * * *
11149012 TATGCTTTTATGCATAGAAACAATTGGTTTATGACAAAGTA-AAAAGTCATAATGATTTGAAATA
65 TAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAA--ACAAAAGTCATAACGATTTGAAATA
* * * * * *
11149076 TATAATTA-TTCAAATAGTCATAACTATTT-AAATGTATTC-ATAAAATAGATTTA
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* * * * * * *
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* * * * *
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125 ATAGATAA-TAGTTTAAATAGTCAT-AACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTA
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128 GATAATAGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTA
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11150819 TAAGTTTGAATG-TTCAAAAACAATTGTTATATGACCAAACAAAAGATAATAACGATTTGAAATA
65 TAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-TCATAACGATTTGAAATA
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11150883 GATAATTG-TT-AATAGAAACATAATTATTCGAA-TTGACTCAGTAAACAGATTCA
128 GATAATAGTTTAAATAG--TCATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAACAGATTTA
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11150936 CTTTTTAAATCACTTACTTTTTAATTTTTGAAATGTTAATAAACTAGTATTATTTTACTT-TGAA
1 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCCAAA
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11151000 TAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTTGTAACGATTTAAAATA
65 TAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACGATTTGAAATA
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11151064 GATAGTTG-TTAATATAGTCTTAACTATTTGAACTACTTTAGCAAACATATTTA
128 GATAATAGTTTAA-ATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTA
* * * * * * *
11151117 TTTTTTAAATGTTTTAGTTA-TAAATTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTACTTTATTCCGAAT
1 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAAT
* * * * * * * * *
11151181 ACGCTTATATGAATTGAAACAATTAG-TTTATAACAGAATAAAAGGTTATAATGATTTAAAATAG
66 AAGCTTGTATGAATAGAAACAATT-GTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACGATTTGAAATAG
11151245 ATAAT
129 ATAAT
11151250 TGTTCAAACA
Statistics
Matches: 2546, Mismatches: 520, Indels: 275
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
175 7 0.00
176 152 0.06
177 116 0.05
178 10 0.00
179 31 0.01
180 516 0.20
181 1111 0.44
182 429 0.17
183 139 0.05
184 35 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAAT
AAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGAT
AATAGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTA
Done.