Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019168381.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_6, whole genome shotgun sequence
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* * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* ** * * * *
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* * * ** * * * * * *
11148435 TTTTAGAATACTATTAGTTTAGTAATATTTTACTCCAAATTAGCTTGTATGAATAGAAACAATTA
189 TTTGA-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAACAGAAACAATTA
* * * * * *
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253 TTTTATGACAAAACAAAAGATTATAACGATTTGAAATA-ATTAATTATTCAAATAGTCATAA-TA
* * * * * * *
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316 TTTGAACTTGTTCGATAAACAAAATTATTTTTAAAATTTTTTAC
* * ** * *
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* * * * ** *
11148667 AGACAATTGTTTTACGATAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAA-TAGTTTGAATGG
65 A-ACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAATAG
* * * * * *
11148731 ACA-AGACTATTTGAGCTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTGAATC-TCTATCTTATTAATTT
128 TCATA-ACTATTTGAACTTGTTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTA-CTTATTAA-TT
* *** * *
11148794 TTGGAAA-ATTAATAAATTATTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGT
190 TT-GAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAACAGAAACAATTAT
* * * *
11148858 TTTATGACAAAACAAAAGATTGTAGCGATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAGTCATAACTATT
254 TTTATGACAAAACAAAAGATTATAACGATTTGAAATAATTAATTATTCAAATAGTCATAA-TATT
* *** * * *
11148923 TGAA-TTCGTTGGATAAATGGATTTATTTTTCAAATCTTTTAC
318 TGAACTT-GTTCGATAAACAAAATTATTTTTAAAATTTTTTAC
* * * *
11148965 TTATTAATTTTTGGAA-ATTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATATGCTTTTATGCATAG
1 TTATTAATTTTT-GAATA-TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATGG
** ** * *
11149029 AAACAATTGGTTTATGACAAAGTAAAAAGTCATAATGATTTGAAATATATAATTATTCAAATAGT
64 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
* * * *
11149094 CATAACTATTT-AAATGTATTC-ATAAA-ATAGATTTATTTTTTTAAT-TTTTACTCATTAATTT
129 CATAACTATTTGAACT-TGTTCGATAAACAT--ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTT
* * * * * *
11149155 ATGGAATATTAATAAATTTAA-ATTATTTTATTCAAAATAAAGTTGCATGAATAGAACCAATTAT
191 -TGAAATATTAATAAA-TTAATATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAACAGAAACAATTAT
* * * * *
11149219 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGTTTTGAAATAGATT-ATTTTTCAAATAGTCATAACTAT
254 TTTATGACAAAACAAAAGATTATAACGATTTGAAATA-ATTAATTATTCAAATAGTCATAA-TAT
* * * * * ** *
11149283 TTAAACTTATTCAATAAAC-AGATTCTTTTTTTAATATTGTTAC
317 TTGAACTTGTTCGATAAACAAAATTATTTTTAAAAT-TTTTTAC
* * * *
11149326 TCATTAATCTTTGGAATATTAATAAATTAATATTATTTTACTTC-AAATAAGCTTATATGAACT-
1 TTATTAAT-TTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTAAATAAGCTTGTATGAA-TG
* * * *
11149389 GAAACAATTGTTTTATTACAAAAGAAAAGGTCATAATGATTTGAAATTGATAATTATTCAAATAG
63 GAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
*
11149454 TCATGACTATTTGAACTTGTTCGATAAACATATTTATTTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTAT
128 TCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACATATTTA-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-T
* * *
11149519 TGAAATATTAATAAATTAATATTTTTTTAATCCAAATAAACTTGTATCAACAGAAACAATTATTT
191 TGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAACAGAAACAATTATTT
* * * * ** * *
11149584 TATGTCAAAACAAAAAATTATAACAAGTTGAAATAATTAATTGCTCAAATACTCATAATAATTTA
256 TATGACAAAACAAAAGATTATAACGATTTGAAATAATTAATTATTCAAATAGTCATAAT-ATTTG
** * *
11149649 AACTTGTTCGATAAA-AAAAAAATTTCTAAAATTTTTTTTC
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* * *
11149689 TTATTAATTGTCTT-AATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTGTGAATGG
1 TTATTAATT-T-TTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATGG
* * * * * ** * *
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64 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
* ** ** *
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* * * * * * * * *
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* * * * *
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256 TATGACAAAACAAAAGATTATAACGATTTGAAATAAT-TAATTATTCAAATAGTCAT-AATATTT
* * * * * *
11150011 GATCTAGTTCGGTAAACATATTTATTTTTAAAATTTTTCAC
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* *** * * * *
11150052 TTAATAATTGTCAAAATATTAATAAATTACTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGGATGGA
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** * * * * * * *
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* * ** * *
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* * ** * * * * * *
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* * *
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* * * * * * *
11150368 GAACTGGTTAGGTAAACAGAATTATTTTTTAAATCTCTTAC
319 GAACTTGTTCGATAAACAAAATTATTTTTAAAATTTTTTAC
* *
11150409 TTATTAATTTTTGACATATTAATAAATTCA-TCTTATTTTATTCCAAATAAG-TTAGTATGAATT
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** * * *
11150472 TAAAAAAACTTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTTATAT
62 GGAAACAA-TTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
* * * ** * * * *
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* * * * ** * * * * *
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* * * * * *
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253 TTTTATGACAAAACAAAAGATTATAACGATTTGAAATAATT--AATTATTCAAATAGTCATAA-T
* * * * * * * ***
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* * * * * * * * *
11150773 TTAGTAATTTTTTAAAGATTACTAAATTA-TCATTATTTTATTC-GAATAAGTTTGAATG-TTCA
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* * * * * * * *
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* * * * * * * ** *
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128 --TCATAACTATTTGAACTTG-TTCGA-TAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-
* * * ** * *
11150961 TTTTGAAATGTTAATAAACTAGTATTATTTTACTT-TGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATT
188 TTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TTCCAAATAAACTTGTATGAACAGAAACAATT
* * * * * * *
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252 ATTTTATGACAAAACAAAAGATTATAACGATTTGAAATA-ATTAATTATTCAA-ATAGTCATAA-
* * * * * * *
11151088 TATTTGAACTACT-TTAG-CAAACATATTTATTTTTTAAATGTTTTAG
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* * * ** * * *
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* * * * * * * *
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65 AACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC
* * * ** * * *
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***** * * * * * * * * *
11151318 CCACACAAAAGATAATAATGATTTAAAATAGATAATTGTTGAAATGGCCATAAT-TATTTGAATT
187 --ATTTTGAA-ATATTAATAAATT--AAT--ATTATT-TT---AT-TCCA-AATAAACTTGTATG
** * * ** * ***
11151382 AATTTGGTAAACAAATTCATTTT-T--TAAATCACTAGCTTATAAATTTTTGAAAT-ATTAATAA
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* * * * ** * * ** *
11151443 GAAT-AAGCTTGT-ATAA-A-TTGAAACAATTGTTTTAT-AACAAAATAAAAGGTCATAACGA-T
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*
11151502 TTTCA-
354 TTTTAC
* * * * * * * * * * **
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*** ** * ** * * ** * * ** *
11151565 TTTTAACTCTTGCTTATTAATTTTCAAAATATTAA-GAAATTAGTATTATTTTATTTTGGATAAG
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* * * ** * *
11151629 CTTA-T-ATGA-AGTGA-AAC-AATTG-TTTTATATC-A-AAACAAAAGGTTATAATGATTTTAA
116 -TTATTCA-AATAGTCATAACTATTTGAACTTGT-TCGATAAAC-ATA--TT-T-AT--TTTT--
* ** * * * *
11151686 ATAAATAACTATTCAAATAGTCATAACTACTTGAACTTGTTTAGTAAA-TAGAT-TTATTTT-TT
169 -TAAAT--CT-TTTACTTA-T--TAA-T-TTTGAA-AT-ATTAATAAATTA-ATATTATTTTATT
* * * ** ** *
11151748 -CAAATCTTTTGCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATA-AATTTGAATTATTTTATTTC-AAA-TA
222 CCAAA---------TA--AA---CTTGTATG--AACAGAA--ACAATTATTTTATGACAAAACAA
* ** * * * * * ** * ** * *
11151809 AA-CTGGTAA-TATATGAAACAAAT-ATT-TT-ATGACTAAACAAAAGGTTAGAA--TGATTGGA
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* * * * *
11151867 -AATAGATAATTA-TTCTAATA-GTTTTAC
331 TAA-ACAAAATTATTTTTAAAATTTTTTAC
* * * ** *
11151894 CTATTTGATCTAGTTCGGCAAACACATTTATTTTTCAAATCTCTTACTTATTAATATTTGAAATA
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* ** * * * * *
11151959 TTATAAAATTAGTATTATTTTTAACCGAATAAGTTCTATGATAAAAAATAATTGTTTTATGATAA
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* * ** * * * * *
11152024 AACAAAA-ATCTTAATGATTTGAGGTTGATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAACTGGTT
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* * * * *
11152088 TGGTAAACAGATGTATTTTTTAAATC--TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
149 CGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAATAT
* * * * * * * * * *
11152151 TATTTTATTTCGAGTAAGCTTGTATGACCAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAATTG-TCAT
213 TATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAA-AGATTAT
* * * * * * *
11152215 GACGATTTAAAATAGA-TAATTATTCAAATGGGT-ATAATTATTTTAA-TTGATTCGGTAAATAG
277 AACGATTTGAAATA-ATTAATTATTCAAAT-AGTCATAA-TATTTGAACTTG-TTCGATAAACAA
* *
11152277 ATTTATTTTTTAAA---TTT-C
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* ** * ** * *
11152295 TTATTAGTTTAGGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCATCTAAGC-TGTATTAACT-A
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* * * * ** * *
11152358 AAACAATTGTTTTATAACAAATCAAAAGGTTATAACAATTTTAAAT-GAACAATTATTCAAATAG
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* * * * * *
11152422 TAATAACTATTTGAATTTATTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAAAT-TTCTTTCTTATTAATTT
128 TCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACATATTTATTTTTT-AAATCTT-TTACTTATTAA--T
* * * * * * *
11152486 TTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGT
189 TTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAACAGAAACAATTAT
* * * ** * * *
11152550 TTTATGACTAAACAAAA-AGTCAAAATAATTTGAAATAGA-TAATTGTTCTAATAGTCTTAATCA
254 TTTATGACAAAACAAAAGA-TTATAACGATTTGAAATA-ATTAATTATTCAAATAGTCATAAT-A
* * * * *
11152613 TTTGAAC-TGATTCAATAAGCAAATTTATTTTTTAAATCTTTTAC
316 TTTGAACTTG-TTCGATAAACAAAATTATTTTTAAAATTTTTTAC
* * * ** * ***
11152657 TTATCAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAAT-TAGAATAAGCTAATA-CAAACA
1 TTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTA-AATAAGCTTGTATGAATGG
* * * ** * * * * * *
11152720 AAATAATTGTCTTACAATAAAAGAAAAAGTCATAATGATTTCAAATAGATAATCATTCATATAGT
64 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
* * * * * ** ** * * *
11152785 CTTAGCTATTTTAACTGGTTAGGCAATTAGATTTATTTTTTAATTTTCTTTT--TTATTAAGTTT
129 CATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACATATTTATTTTTTAA--ATCTTTTACTTATTAATTTT
* * * * * * * * *
11152848 CATAATATTATTAAATTATTTTTATTTTATTCCAAATAAAATAGTATGAATAGAACCAATTGTTT
192 GA-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAACAGAAACAATTATTT
* * * * * *
11152913 GATGACAAAATAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGA-TAATTAGTCAAATAGTCAAAACTATTT
256 TATGACAAAACAAAAGATTATAACGATTTGAAATA-ATTAATTATTCAAATAGTCATAA-TATTT
* * * * * * * *
11152977 GAAATGGTTTG-TAAACAGATTTACTTTTAAAATCTCTTAC
319 GAACTTGTTCGATAAACAAAATTATTTTTAAAATTTTTTAC
* * * * * * *
11153017 TGATTAATTTTCTAAATATTAATAAATTAGAATTATTTTACTTCGAACA-AA-CTTATTTTAAT-
1 TTATTAATTTT-TGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTAA-ATAAGCTTGTATGAATG
* * * * * * * * * *
11153079 AAAGACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAAGTAATAAAGATTTGGAATAAACAATTGTTCAAATA
63 GAA-ACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* * * * * * * * * *
11153144 GTTA-AATTATTTGAA-TTAGTTTGGTAAATAGAATTATTTTCTAAATCTCTTACTTATAAAATT
127 GTCATAACTATTTGAACTT-GTTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTAT-TAATT
* * * ** * * * *
11153207 TTAAAATATTAATAAATTAGTTTTATTTTATTCTGAATAAGC-T-TAT--ACTGAAATAA-T-TG
190 TTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAACAGAAACAATTATT
* * * * * *
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255 TTATGACAAAACAAAAGATTATAACGATTTGAAATAATTAATTATTCAAATAGTCATAA-TATTT
* ** * * * * *
11153315 GAACTAGTTCGATAAATGAATTTATTTTTTAAATCTCTTAG
319 GAACTTGTTCGATAAACAAAATTATTTTTAAAATTTTTTAC
* * * **
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* * * ** * *
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63 GAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
* * * * *
11153484 TCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAACATATTTAATTTTTAAATC---T-CTTATAAATTCTT
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*** * * * * *
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11153706 TTGTT-ATCTTTCAAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTTTTTTTTGGAA-AAGCTTTTATGAA
1 TTATTAAT-TTT-TGAATATTAATAAATTAGTATTA--TTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAA
* * * ** * * * * * * **
11153769 CT-AAAACAATTGTTTTATGATAAAGTAAAGGGTCATAAGGATTTTAAAAATATAATTGTTTGAA
61 -TGGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAA
* * * * * *
11153833 TTGACAGAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTCAAATCTCTTACTTATTAAT
125 TAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACATATTTATTTTTT-AAATCTTTTACTTATTAA-
* * * * * * * *
11153898 TTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTAGTTTATTACGAATAAGCTTGCATGAACTGAAACAATT
188 -TTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAACAGAAACAATT
* * * * * * *
11153962 ATTATATGAC-TAACTAATAGATCAGAACGATTTGAAATAGA-TAATTATTCTAATAGTCTTAAC
252 ATTTTATGACAAAAC-AAAAGATTATAACGATTTGAAATA-ATTAATTATTCAAATAGTCATAA-
* * *
11154025 TATTGGAA-TTAGTTCGACT-AACACATTTATTTTTTAAAA---TTT-C
314 TATTTGAACTT-GTTCGA-TAAACAAAATTA-TTTTTAAAATTTTTTAC
* * * * *
11154068 TTATTAATTTTTAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TATCCAAATAAACTTGTATG-ATCA
1 TTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TCTAAATAAGCTTGTATGAAT-G
* * * * * * *
11154131 GAAATAATTATTTTATGACAAAACAAATA--TCATAA-CAGTTTGAGATTGATATTTGTTTAAAT
63 GAAACAATTATTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
* * * **
11154193 AGTCATAACTATTTGAAC-TGTTTC-AGAAA-ATAGCTTTAGTTTATAAATCTCATACTTATTAA
126 AGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGATAAACATA--TTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA
* * * ** * ** * * *
11154255 TTTTTGAAATAGTAATAAAATAGTATTATTTTATTTTAGATAAGTTTTTATGAACTA-AAATAGT
188 -TTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAAC-AGAAACAAT
* * * *
11154319 TGTTTTATGACAAAATAAAAG-TTCATAATGACTTT-AAATAGA-TAATTGTTCAAATAGTCA-A
251 TATTTTATGACAAAACAAAAGATT-ATAACGA-TTTGAAATA-ATTAATTATTCAAATAGTCATA
* * *** * * *
11154380 ATCTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGTTTTATTTTTTAAAATCTCTTGC
313 A--TATTTGAACTTGTTCGATAAACAAAATTA-TTTTTAAAATTTTTTAC
* * * * * *
11154430 TCATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTAGTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACT-G
1 TTATTAA-TTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAA-TGG
* * * * * * * * *
11154494 AAATAATTGTTTTATGACTAAAGAAAAGGTCAAAATTATTTGAAATTGATAATTAATCTAATAGT
64 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
* * * * * * *
11154559 CTTAACTACTAGAA-TTGGTTC-AGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTAATTAATATT
129 CATAACTATTTGAACTT-GTTCGA-TAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAAT-TT
* * * * * * *
11154622 TGGAATACTATTAAATTAATATTATTTTAATT-CAAATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAGTTGTT
191 TGAAATATTAATAAATTAATATTATTTT-ATTCCAAATAAACTTGTATGAACAGAAACAATTATT
* * * * * *
11154686 TTATGATC-AAA-TAAAGATCATAACAATTTGAGATAGA-TATTTGTTCAAATAGTCATAACTAT
255 TTATGA-CAAAACAAAAGATTATAACGATTTGAAATA-ATTAATTATTCAAATAGTCATAA-TAT
* * * * *
11154748 ATGAA-TTGTTTCGGTAAACAGATTTAGTTTTT-AAA---TCT-C
317 TTGAACTTG-TTCGATAAACAAAATTA-TTTTTAAAATTTTTTAC
** * * * * * * * * **
11154787 TTATTAATTTTCAAAATATTAATAGATCAATATTATTTTTTTTTGAATAA-TTTTTCATGAACAG
1 TTATTAATTTT-TGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGT-ATGAATGG
* * * * *
11154851 AAACAATTGCTTTT-TGAC-AAACAAAAGTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGG
64 AAACAATT-ATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
* * * * * ** * *
11154914 ACATGATTATATGAACTTGTTTGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTC
128 TCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTG
* *** *
11154979 AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTATGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTATTTT
193 A-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAACAGAAACAATTATTTT
* * * *
11155044 ATGA-AAAAAAAAAGATTATAACTATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTGA
257 ATGACAAAACAAAAGATTATAACGATTTGAAATAATTAATTATTCAAATAGTCATAA-TATTTGA
* * * * ** * *
11155108 GCTTGCTCGGTAAATAGATTTTATTTTTTAAATCTTTTAC
321 ACTTGTTCGATAAACA-AAATTATTTTTAAAATTTTTTAC
* * * * * **
11155148 TTATTAATTTTTGGAATATTATTAAACTAGTATTATTTTATTTTGAATATGCTTGTATGAATATA
1 TTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATGGA
** * * *
11155213 AACAATTGGTTTATGACAAAATAAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAAT-GAATAATTGTTCAATTA
65 AACAATTATTTTATGACAAAA-CAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAG-ATAATTATTCAAATA
* * *
11155276 GTTATAACTATTTGAACGTGTTCAGAAAATAGATTTATTTTTGAAATATTATTAAACTAGGATTA
127 GTCATAACTATTTGAACTTGTTC--------G----A----T-AAACA-TATT----T---ATT-
* * * * ***
11155341 TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTGGAATATTATTAAACTAGTATTATTTTATTTTGAATA
166 TTTT--AAATCTTTTACTTATTAATTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATA
** * * * * * *
11155406 TTCTTGTATGAACAGAAATAATTAGTTTATGACAAAATAAAAGATCATAACTATTTGAAATGGA-
229 AACTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATTATAACGATTTGAAAT-AAT
* * * ** *
11155470 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACGTGTTCAGA-AAATAATTTTATTTTTTAAA-TTT
293 TAATTATTCAAATAGTCATAA-TATTTGAACTTGTTC-GATAAACAAAATTATTTTTAAAATTTT
11155533 TTAC
356 TTAC
**
11155537 TTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATT-TAGAATAAGCTTGTATGAACA
1 TTATTAA-TTTTTGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCTA-AATAAGCTTGTATGAATG
* ** * * * * *
11155600 GAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTAAAATATAAAATTGTTTAAATAG
63 GAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
* * * * * * * * *
11155665 TCATAGCTATTTGAACTTGTTTGGTACATAGATTCACTTTTTAAATCTTTTACTCATTAATTGTT
128 TCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-TT
* * *** * * * * **
11155730 GGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCCTATATGAAC-GATACAATTGCTTT
192 GAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAACAGAAACAATTATTTT
** * * ** * * * *
11155794 ATGATGAAACAAAAGGTCATAATAATTTAAAATAGA-TAATTATTTAAATAGTTATAACTACTTG
257 ATGACAAAACAAAAGATTATAACGATTTGAAATA-ATTAATTATTCAAATAGTCATAA-TATTTG
* * * * * *
11155858 AACTTGTTTGGTAGACATATTTATTTTTAAAATCTTTTAC
320 AACTTGTTCGATAAACAAAATTATTTTTAAAATTTTTTAC
*** * * * ***
11155898 TTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAACAAA
1 TTATTAATT-TTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAA-TGG
* * * * ** * * *
11155963 AAACAATTGTTTTATGACAGAATAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTGAAATAGT
64 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
* * * *
11156028 CATAACTATTTGAACTTATTTTG-TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTT
129 CATAACTATTTGAACTT-GTTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-T-TT
* ** * * *
11156092 TG-AATATTGATAAATTTGTTTTATTTTAATT-GAAATAAACTTGTATGAATAGAAA-AATTATT
191 TGAAATATTAATAAATTAATATTATTTT-ATTCCAAATAAACTTGTATGAACAGAAACAATTATT
* * ** ** *
11156154 TTATGACAAAATAAAAGGTTGCAGTGATTTGAAATAGA-TAATTATTCAAATAGTCATAGCTATT
255 TTATGACAAAACAAAAGATTATAACGATTTGAAATA-ATTAATTATTCAAATAGTCATA-ATATT
* ** * * *
11156218 TTAACTTGTTCGATAAA-TGATTTAGTTTTT-AAA-TATCTACC
318 TGAACTTGTTCGATAAACAAAATTA-TTTTTAAAATTTTTTA-C
* * * * * * **
11156259 TTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTTTGAATAAGTTTGTACGAATAAA
1 TTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATGGA
* *** * *
11156324 AACAATTATTTTATAAGTTAACAAAAGATCAGAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAACT-GT
65 AACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAA-TAGT
* ** *** * *
11156388 CATAATCT-TTTGCAC-TAATCAGGCCAACAGATTCATTTTTTTAAAT-TTGTTACTTATTAATT
129 CATAA-CTATTTGAACTTGTTC-GATAAACATATTTA-TTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAATT
* ** *** * * * * *
11156450 TTTAGAATATTAATAAATTAGCATTATTTTATTTTGAATAAGAC-TGTATCAATAAAAATAATTG
190 TTGA-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAA-ACTTGTATGAACAGAAACAATTA
* *** * * * * * *
11156514 TTTTATGACAAAACAAATGGGAATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATTGTTATAACTAA
253 TTTTATGACAAAACAAAAGATTATAACGATTTGAAATAATTAATTATTCAAATAGTCATAA-TAT
* * *
11156579 TTGAA-TTGGTT-TAGTAAATAAATTTA-TTTTAAAA--TTTT--
317 TTGAACTT-GTTCGA-TAAACAAAATTATTTTTAAAATTTTTTAC
** * * ** **
11156617 TTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAACA-AA-CTTAAATGAACA
1 TTATTAATTTT-TGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTAA-ATAAGCTTGTATGAATG
* * * * *
11156680 AAAACATTTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTT-AAAGTAGATAATTATTCATATA
63 GAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAA-TAGATAATTATTCAAATA
* * * * ** * *** * *
11156744 GCCTTAACTATTTGAACTGGTTTGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCAAAGTTATCAATTTT
127 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT
* * * * *** * * * *
11156809 CATAATATTATTAGATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTACT-AACATAAATAATTGTT
192 GA-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTA-TGAACAGAAACAATTATT
* * ** * *
11156873 TTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTCAAAAT-ATATAATTGTTCAAACAGTCATAACTATT
255 TTATGACAAAACAAAAGATTATAACGATTTGAAATAAT-TAATTATTCAAATAGTCATAA-TATT
* * * * * * * *
11156937 CGAACTGGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTCTAC
318 TGAACTTGTTCGATAAACAAAATTATTTTTAAAATTTTTTAC
* * * * * * *
11156979 TCATTAATTTTTTAGATATTAA-AAATTAATATTATTTTGTT-TCAAATAGGCTTATACG-ATGA
1 TTATTAATTTTTGA-ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAATG-
* ** * * *
11157041 AAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAATTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGG
63 GAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
* * *** * *
11157106 CCATAATTATTTGAA-TTGGTTCGATAAAC-TGATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTCTTAAAAT
128 TCATAACTATTTGAACTT-GTTCGATAAACAT-ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT-AATT
* * **** * * * *
11157169 TTGAAATATTAATAGAGTAATATTATTTTATTTTGTATAAGCTTTTATGAACTGAAACAATTGTT
190 TTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAACAGAAACAATTATT
* * * * * * *
11157234 TTAT-ACAAAACAAAATG-TCATAATGATTTTAAATAGA-TAATTGTTCAAATAGACTTGACTAT
255 TTATGACAAAACAAAA-GATTATAACGATTTGAAATA-ATTAATTATTCAAATAGTCAT-AATAT
* * * * * ** * *
11157296 TTGAATTTGTT-TAGTAAATAGATTTATTTTTTTAATTTCTTGC
317 TTGAACTTGTTCGA-TAAACAAAATTATTTTTAAAATTTTTTAC
* * * *
11157339 TTATTAATTTTTTGAATGTTAATAGAA-TAATATTATTCTTATT-TCAGATAAGCATGTATGAAC
1 TTATTAA-TTTTTGAATATTAATA-AATTAGTATTATT-TTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAA-
* * * * * * ** * *
11157402 T-AAAACAATTATTTTAAGACTAAACAAACGATCAAAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCTAAT
61 TGGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
* * * * * * *
11157466 AGTCTTAACTATTTTAACTGGTTCGACAAATACATTTATTTGTTAAATC---T-CTTATTAATTT
126 AGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTT
* ** ** * ** ** *
11157527 T-ACAATATTATTAGTTTAGCAATATTTTACTT-TGAATAAGTTTGTATGAACAGAAACAATTGT
191 TGA-AATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TTCCAAATAAACTTGTATGAACAGAAACAATTAT
* * *
11157590 TTTATGATAAAAC-AAAGATCATAACGATTTGAGATACA-TAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
254 TTTATGACAAAACAAAAGATTATAACGATTTGAAATA-ATTAATTATTCAAATAGTCATAA-TAT
* * * * * **
11157653 TCGAA-TTGGTCTGGTAAACATATTTAGTTTTT-AAA----TCCC
317 TTGAACTTGTTC-GATAAACAAAATTA-TTTTTAAAATTTTTTAC
* * * **
11157692 TTATTAGTTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGTATGAAT-GA
1 TTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATGGA
* * * * * * *
11157756 AAGCAATTGTTTT-TCAACAAAACAAAATGTTATAATGATTTGAAAAAAAATAATTGTTCAAATA
65 AA-CAATTATTTTAT-GACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG-AAATAGATAATTATTCAAATA
* * * *
11157820 GTCATAACTATTTGAACTCT-TTTGGTAAACATATTTGTTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTT
127 GTCATAACTATTTGAACT-TGTTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TT
* * * * * * *
11157884 TTGAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGCATCAACAGAACCAATTGTT
190 TTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAACAGAAACAATTATT
* * * * * * * * *
11157949 TTATGACAAAACAAAAGGTCATTATGTTTTTGAAATAGA-TAATTGTTTAGACAGTCATAACTAT
255 TTATGACAAAACAAAAGATTATAACG-ATTTGAAATA-ATTAATTATTCAAATAGTCATAA-TAT
* * * * * * **
11158013 TTGAACTTATTTGGTAAA-TAGATTCTTTTTTTAATTCTTTTAC
317 TTGAACTTGTTCGATAAACAAAATTATTTTTAAAATT-TTTTAC
* * *
11158056 TCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTACATC-AAATAAGCTTATATGAACT-
1 TTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTAAATAAGCTTGTATGAA-TG
* * * * *
11158119 GAAACAATTGTTTTATTG-CAAAAGAAAAGGTCAAAATAATTTGAAATAGATAATTACTCAAATA
63 GAAACAATTATTTTA-TGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* *
11158183 GTCATGACTATTTGAACTTGTTTGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGT
127 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-T
** * ** ** * * *
11158248 CAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTGAATATGCTTGTATGGATAGAAACTATTATTT
191 TGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAACAGAAACAATTATTT
* * * * *
11158313 TATAACAAAACAAAA-AGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGCTT-AAATAGTCATAACTATT
256 TATGACAAAACAAAAGA-TTATAACGATTTGAAATAATTAATT-ATTCAAATAGTCATAA-TATT
* * * * * *
11158376 TGAA-TTGGTTTGATATACATATTTATTTTTTTAAA--TCTT--
318 TGAACTT-GTTCGATAAACAAAATTA-TTTTTAAAATTTTTTAC
* * ** * * *
11158415 TTATTAATTTTTGACATATTAGTAGATTAGTATTATTTTATTCCGAACAAACTTATATGAA--GA
1 TTATTAATTTTTGA-ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATGGA
* * * * * * *
11158478 AAAATATTTGTTTTATGACAAAATAGATGGGCATAATGATTTAAAATAGATAGGGCATAATGATT
65 AACA-A-TTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATA----AT--T-A-T
* * *
11158543 TAAAATAGATAGGTCATAA-TGATTTAAAATAGATAATTATTC-ATATAACCTTAATTATTTGAA
120 T--CA-A-ATA-GTCATAACT-A-TT----T-GA-ACTTGTTCGATA-AA-C---A-TATTT--A
** *** * * * *
11158606 CTGGTTTGGCAAAAAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTCATAATATTATTAGAT
164 -T--TTT--TTAAATCTTTTACTTATT-AAT-T-TT-G--A--AA-TAT--TAATA-AATTA-A-
* *** * * * * *
11158671 TCGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTCGTATGAACATAAATAATTATTTTATGACAAAACGAAAG
210 TA---TTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAG
* * *
11158736 GTTATAATGATTTGAAAT-ATGTAATTATTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGGTT-TAGT
272 ATTATAACGATTTGAAATAAT-TAATTA-TTCAAATAGTCATAA-TATTTGAACTT-GTTCGA-T
* * * * **
11158798 AAA-TAGATTCATTTTTTAAATCTCCTAC
332 AAACAAAATT-ATTTTTAAAATTTTTTAC
* * * * * *
11158826 TAATTAATTTTTAAAATATTAA-AAATTAGTATTATTTTATT-TCGAATAAGCTTAT-TCAATAA
1 TTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAAT-G
* * * * ** * *
11158888 AAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGTTCATAACAATTTGAAATATATAATTATTCAAATGG
63 GAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
* * ** *** * *
11158953 CCATAATTATTTGAA-TTGATTTAATAAAC-TAATTTATTTTTTAAATCTCCAACATCTTAACTT
128 TCATAACTATTTGAACTTG-TTCGATAAACAT-ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TT
* * * * **** * * * *
11159016 CTAAAATATGAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGCATAAGCTTTTATGAACTA-AAATAATTGT
190 TTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAAC-AGAAACAATTAT
* * * * * * * * * *
11159080 TTTATTATAAAACAAAAG-TCCATGATGATTTTAAATAGA-TAATTGTTCAAATAGACTTGACTA
254 TTTATGACAAAACAAAAGAT-TATAACGATTTGAAATA-ATTAATTATTCAAATAGTCAT-AATA
* * * * ** * *
11159143 TTTGAATTTGTTCGGTAAACATAGTTATTTTTTTAATTTCTTGC
316 TTTGAACTTGTTCGATAAACAAAATTATTTTTAAAATTTTTTAC
* * * ** * *
11159187 TTATTAATTTCCTGAATGTTAATAGAA-TAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCATGTATGAATTG
1 TTATTAATTT-TTGAATATTAATA-AATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATGG
** * * * *
11159251 AAACAATTATTTTATGATTAAACAAAAGGTCAGAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGT
64 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
* * * *** * *
11159316 CTTAAATATTTGAA-TTGGTTTGGCCAACATATTTATTTTTAAAATCTCTTAC-TATT-A--TT-
129 CATAACTATTTGAACTT-GTTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTG
* ** * * * * *
11159375 --A-GTT--T--A--GCTA-TATTTTACTCCAAATAAGCTTGTATGAACACAAATAATTGTTTTA
193 AAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTA
* * * *
11159430 TGACAAAAC-AAATATCATAACGATTTGAGATAGA-TAATTTTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
258 TGACAAAACAAAAGATTATAACGATTTGAAATA-ATTAATTATTCAAATAGTCATAA-TATTTGA
* * * * * * *
11159493 ACTGGCTC-AGTAAATAGATTTAGCTTTTAAAA----CT-C
321 ACTTGTTCGA-TAAACAAAATTA-TTTTTAAAATTTTTTAC
* * * * ** **
11159528 CTATTAATTTTTGAAATATTAATAATTTAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGTA-GAAATAA
1 TTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATG-AATGG
* ** * * * * * *
11159592 AAACAATTGTTTTACAATAAAACAAAATGTTATAACGATTTGAAATAAATAATTTTTCAAATAGT
64 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
* * * * * * *
11159657 TATAAATATTTGAACTTATTCGGTAAATAAATTTATGTTTTAAATCTTTTA-TTAATT--TTTTG
129 CATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTT-ATTAATTTTG
* * * ** * * *
11159719 -AATATTAATAATTTTATATTATTTTATTCAAAATAGGCTTGCATCAACA-AAACCAATTGTTTT
193 AAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAACAGAAA-CAATTATTTT
* * * * * * * *
11159782 ATGACAAAAGAAAAGATCATTATGTTTTGAAATGGA-T-ATTATTTAAATAGTCATAACTATTTA
257 ATGACAAAACAAAAGATTATAACGATTTGAAAT-AATTAATTATTCAAATAGTCATAA-TATTTG
* * * * * *
11159845 AACTTATTCGATAAA-TAGATTCTTTTT-TAATTCTCTTAC
320 AACTTGTTCGATAAACAAAATTATTTTTAAAATT-TTTTAC
** * * *
11159884 CCATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTACATC-AAATAAGCTTATATGAACT-
1 TTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTAAATAAGCTTGTATGAA-TG
* * * * *
11159947 GAAACAATTATTTTATTACAAAAGAAAAAGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTACTCAAATAG
63 GAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
* * *
11160012 TCATTACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTATT
128 TCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-TT
** * * * *
11160077 GAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATT-TGAATACACTTGTATGAATAGAAACTATTGTTT
192 GAAATATTAATAAATTAATATTATTTT-ATTCCAAATAAACTTGTATGAACAGAAACAATTATTT
* * * * * ** * *
11160141 TATAATAGAACAAAA-ATTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATTGTCGTAACTATTT
256 TATGACAAAACAAAAGATT-ATAACGATTTGAAATAATTAATTATTCAAATAGTCATAA-TATTT
* * * * *
11160205 GAAC-TGTTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAA--TCTT--
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* * * ** * * * ***
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** * ** *
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64 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
* * * * **
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* * * * * * * *
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193 AAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAA-CAGAAACAATTATTTT
* * * * * *
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257 ATGACAAAACAAAAGATTATAACGATTTGAAATA-ATTAATTATTCA-AATAGTCATAA-TATTT
** * * * *
11160560 GAA-TTGGTTTAACAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTAC
319 GAACTT-GTTCGATAAACAAAATTATTTTTAAAATTTTTTAC
* * *
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* * ** * * *
11160664 AAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAGATAATTGTTCATAA-G
63 GAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCA-AATA
* * ** * * * *
11160728 GTCTTAACTATTTGAA-TCGGTTTAACAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTT
127 GTCATAACTATTTGAACT-TGTTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TT
* * * *** * * * * *
11160792 TTGAAATATTATTAGATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTTTATGAATAGAAATAATTTTT
190 TTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAACAGAAACAATTATT
* * * * * * * * *
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255 TTATGACAAAACAAAAGATTATAACGATTTGAAATAATTAATTATTCAAATAGTCATAA-TATTT
* * * * *
11160920 AAACTGGTTC-AGTAAAC-AGATATATGTTTT-AAATCTCTTAC
319 GAACTTGTTCGA-TAAACAAAAT-TAT-TTTTAAAATTTTTTAC
* * * ****
11160961 TTATTAATGTTTG------AA-ACATTA--A-TA----A---T-AAT-TG-TTGTATGACCAAAA
1 TTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATGGAA
* * * * * * * * *
11161006 ACAATTGTTATATGACCAAACCAAAGGTAATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTGAAATGGTCA
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* * *
11161071 TAATTATTTGAA-TTGATTC-AGTAAACATATTCACTTTTTAAAT-TTCTTACTTATTAATTTTT
131 TAACTATTTGAACTTG-TTCGA-TAAACATATTTATTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAA-TTTT
* *** * * * *
11161133 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTTAATAAGCTTGTATGAACTGTAACAATTGTTTT
192 GAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAACAGAAACAATTATTTT
* * * * * * * * ** **
11161198 ATAAGAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGA-CAATTGTTTTAATAGTGGTAACTATTTG
257 ATGACAAAACAAAAGATTATAACGATTTGAAATA-ATTAATTATTCAAATAGTCATAA-TATTTG
* * * * * ** *
11161262 AATTTGTTCAATAAACAAATTTATTTTTTTAAA-CTCATGC
320 AACTTGTTCGATAAACAAAATTA-TTTTTAAAATTTTTTAC
* * * ** * *
11161302 TTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGAATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACT-A
1 TTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAA-TGG
* * ** * * *
11161366 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGT
64 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
* * * * * * **
11161431 CATAAGTATTTAAACTTATTCTATAAATAGATTTATCTTTTTAAATCTTTTGTTTATTAATTTTC
129 CATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACATATTTAT-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT-
* * * ** * * * *
11161496 TAAATGTTAATAAATTTGA-ATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTA-AAATATGAAACAAATATT
192 GAAATATTAATAAA-TTAATATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAACA-GAAACAATTATT
* * * * * * **
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255 TTATGACAAAACAAAAGATTAT-AACGATTTGAAATA-ATTAATTATTCAAATAGTCATAA-TAT
* * * * *
11161623 TTGAA-TTGGTTTGACAAAC-ACATTGAGATTTT-AAA-TTGTTAC
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* * * * *
11161665 TTATTAATTTTTAGAATATTATTAAATTAGTATTA-TTTATAACCAAATAAGCTTCTGTG-AT--
1 TTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TCTAAATAAGCTTGTATGAATGG
* * * * *
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* * * * * * *
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126 AGTC-ATAACTATTTGAACTTG-TTCGATAAACATATTTATTTTTT-AAATCTTTTACTTATTAA
* * * ** * * *
11161852 TTTAGGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTATCTAAGCTTGTATTAACTAAAAACAAT
188 TTT-TGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAAC-AGAAACAAT
* * * * * * * *
11161917 TATTTTATGACAAATCAAAAGGTTATAATGATTTTAAATAGA-CAATTGTTCAAATAATAATAAC
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * * ** * * * * *
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* * **
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* * * * ** * *
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** * * * * * ** ** ***
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* * * * * * * * * *
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* * * * * *
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257 ATGACAAAACAAAAGA-TTATAACGATTTGAAATA-ATTAATTATTCAAATAGTCATAA-TATTT
* **
11162704 GAA-TTGGTTCTG-TAAATAAAATTATTTTCT-AAA---CCT-C
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* * ** *
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** * * ** * *
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* * * * * ** * * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * *
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* * **** * *
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* * * * * *
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* * * * * ** *
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* * *
11163453 TTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACT-A
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* * * * * * * *
11163517 AAACAATTATTATATGACTAAACAAAATGTCAGAATCATTTAAAATAGATAATTATTCTAATATT
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* * * * *
11163582 CTTAACTATTTGAA-TTGGTGCGGTAAATACATTTATTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTT
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* * *
11163642 GAAATATTATTAAAATAGTATTATTTT
192 GAAATATTAATAAATTAATATTATTTT
11163669 TATTTGCAAT
Statistics
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Consensus pattern (359 bp):
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Found at i:11151090 original size:361 final size:362
Alignment explanation
Indices: 11148077--11151126 Score: 1137
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11148067 TCAATTCTAA
* * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * *** * * * * *
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128 A-CTAGTTAGGTAAACAGAATTA-TTTTTTAAATCACTTACTTAGTAA-TTTTTGAAAGATTAAT
* * * * * * ** * * * *
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190 AAATTCA-TCTTATTTTATTCCAAATAAGTTA-GAATGATTC-AAAAAAACTTATTATATGACAA
* * * * * * * *
11148330 AACAAAAGTTCAGAACGATTTGATATAGATAATTATTCTAAT--AATC-TCAATAGTTTGAACTC
252 AACAAAAGATAATAACGATTTGAAATAGATAATTA-T-TAATAGAAACATGAATA-TTCGAACTG
* * * * *
11148392 ATTCAGCAAGCACATTTAT-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG
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* * * * ** * *
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* * * * * * *
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* * * * *
11148567 AACTAGTTTGGTAAACA-AATTTAGTTTTCAAAT--C-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATA
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* * ** * * * * * * * * * *
11148627 AACT-AGTATTATTTTATTCTGAATAATTTTGTATAAAT-AAAGACAA-TTGTTTTACGATAAAA
191 AATTCA-TCTTATTTTATTCCAAATAAGTTAGAATGATTCAAA-AAAACTTATTATATGACAAAA
* * * * * * *
11148689 CAAAATG-TCATAATGATTTGAAATAGATAA-TAGTTTGAAT-G-GACAAGACTATTTGAGCTTG
254 CAAAA-GATAATAACGATTTGAAATAGATAATTA--TT-AATAGAAACATGAATATTCGAAC-TG
* * * * * * *
11148750 -TTCGGTAAACAGATTTAT-TTTTTGAATCTC-TATCTTATTAATTTTTGG
314 ACTCAGCAAACAAATTCATCTTTTTAAATCACTTA-CTTATTAATTTTT-G
* * *
11148798 AAA-ATTAATAAATTATTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTT
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* * * * * *
11148861 ATGACAAAACAAAAGATTGTAGCGATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGA
64 ATGATAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATT-GTTAAATAGTCATAACTATTTGA
* * ** * * ** * *
11148926 ATTCGTT-GGATAAATGGATTTATTTTTCAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAAA-TTTAATA
128 ACTAGTTAGG-TAAACAGAATTATTTTTTAAATCACTTACTTAGTAATTTTT-GAAAGATTAATA
* * * ** * *
11148989 AATT-AGTATTATTTTATTCTAAATATGCTT-TTATGCA-T-AGAAACAA-TTGGTT-TATGACA
191 AATTCA-TCTTATTTTATTCCAAATAAG-TTAGAATG-ATTCA-AAAAAACTT-ATTATATGACA
* * * * *
11149048 AAGTA-AAAAG-TCATAATGATTTGAAATATATAATTATTCAAATAG--TCAT-AACTATT-TAA
251 AA--ACAAAAGATAATAACGATTTGAAATAGATAATTATT--AATAGAAACATGAA-TATTCGAA
* * ** * * * * ** * *
11149107 ATGTATTCATAAAATAGATTTAT-TTTTTTAAT-TTTTACTCATTAATTTATG
311 CTG-ACTCAGCAAACAAATTCATCTTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTTG
* * ** * * *
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* * * * * *
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* * * ** * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * ** *
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** * * * *
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* * * * * ** * * *** * * *
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** * * ** * ** * *
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* * * * * * *
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* * ** * *
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* * * * * * * *
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* * * * **
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* * ** * * *
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* * ** *
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* * * * *
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* * * * *
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* * *
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* * * ** *
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* * * * * *
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* * * *
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* *
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* * *
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* * *
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* * * *
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* * * *
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Statistics
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* * * * * * *
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** * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * * * * * * *
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182 A
* * * * ** * * * * * *
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* * * *
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* * *
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* * * * ** *
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* * * * * * * * * *
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* ** * * *
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** * * * * **
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* * * * ** *
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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127 TATTTT-GAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAA-AAAAAAG
** * * * ** * * *
11153801 TCATAAGGATTTTAAAAATATAATTGTTTGAATTGACAGAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACA
1 TCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACA
* * * * *
11153866 AATTTATTTTTTCAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTAGTTTAT
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** * * * * ** *
11153931 TACGAATAAGCTTGCATGAACT-GAAACAATTATTATATGACTAACTAATAG
130 TTTGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAAG
* * * * * * *
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1 -TCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCG-GTAA
* * * *
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*** * * * *
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* * * * * *
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1 TCATAACTA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAA
* * * * ** * *
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* * * * *
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128 ATTTTGA-ATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAAG
*
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* * * * * * *
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* * * *
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126 TTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGAC-AAAAAAAAAG
* * * ** * * * * * *
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1 TCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCGGTAAAC
* * * * * * * * *
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** * * * *
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130 TTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA-CAAAAAAAAAG
* * * *
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1 TCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAAC
* * * * * * *
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65 AGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * *
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130 TTTGAATAAGCTTGT-ATGAATAGAAACAATTG-TTTTATGACAAAAAAAAAG
* * * * * * * *
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1 -TCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAAC
* ** * *
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65 AGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * *
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* * * * * * *
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1 -TCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAAC
* * *
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* * *
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129 TTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAA-G
* * * * * *
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1 TCATAACTATTTGAAATAG-ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAAC
* * * * * * * *
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* * * * * * * * * *
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*
11155428 TAG
178 AAG
* * ** *
11155431 TTTATGACAAAATAAAAGATCATAACTATTTGAAATGGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
1 -TCAT----AACT---ATTTGA-AA-TA---G--AT----AATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * * * *
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47 TGAACTTGTTCGGTAAACAGA-TTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAA
* * *
11155559 TAAATTTA-TATTATTTTATTTAGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAA
111 TAAA-TTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA
*
11155623 CAAAATG
175 -AAAAAG
* * * * * * * * *
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* * * * *
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66 GATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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*** * * *
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* * * * ** *
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* * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * *** *
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* * *
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* * * **
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* * * * *
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* * * *
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** * *
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* * *
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** * * * * * * *
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* * *
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** ** * *
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* ** * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * *
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** * * * * * * *
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* * * * * * * ** * *
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* ** **
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* * * * * *
11153930 TTACGAATAAGCTTGCATGAACT-GAAACAATTATTATATGAC-TAAC-TAATAGATCAGAACGA
128 TT--GAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAT-G-TCATAATGA
* * * * * * * * *
11153992 TTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTGGAA-TTAGTTCGACTAACA-CATTTAT
188 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAGCTATTTGAACTT-GTTTG-GTAA-ATGATTTAG
* ** * ***
11154055 TTTTTAAA-AT-TTCTTATTAATTTTTAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TATCCAAATA
250 TTTTTAAATATCTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTTGAATA
* * * * * * * * * * *
11154117 AACTTGTATGATCAGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAATA--TCATAACAGTTTGAGATTGA
314 AGCTTGTACGAACAAAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAA-AGGTCATAATAATTTGAAATAGA
* * * * * * * *
11154180 TATTTGTTTAAA-TAGTCATAACTATTTGAACTG-TTTCAGAAAATAGCTTTAGTTTATAAATCT
378 TAATTGTTCAAACT-GTCATAACTATTTGAACTGATTT-GGCAAACAGATTTATTTTTTAAATCT
** * * * * * *
11154243 CATACTTATTAATTTTT-GAAATAGTAATAAAATAGTATTATTTTATTTTAGATAAGTTTTTATG
441 TTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATG
* * *
11154307 AACT-AAAATAGTTGTTTTATGACAAAA-TAAAAG
505 AA-TAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAG
* * *
11154340 TTCATAATGACTTT-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA-AATCTATTTGAACTTGTTTGGTAA
1 -TCATAA-CAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAA-TTGTTTAGTAA
* * * * * * * *
11154403 ACAGTTTTATTTTTTAAAATCTCTTGCTCATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTAGTT
62 ATAGATTTATTTTTT-AAATCTTTTACTTATTAA-TTTTTGAATATTAATAAATTAATATTATTT
* * * * * * * * *
11154468 TATTTTGAATAAGCTTATATGAACT-GAAATAATTGTTTTATGACTAAAGAAAAGGTCAAAATTA
125 TA-ATTGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGA
* ** * * * * * ** * ** *
11154532 TTTGAAATTGATAATTAATCTAATAGTCTTAACTACTAGAA-TTGGTTCAGCAAACACATTTATT
188 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAGCTATTTGAACTT-GTTTGGTAAA-TGATTTAGT
* * * * * * * **
11154596 TTTTAAATCTCTTACTAATTAATATTTGGAATACTATTAAATTAATATTATTTTAATTCAAATAA
251 TTTTAAATATC-TACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA
* * * * * *
11154661 GCTTGTATGAA-AAGAAACAGTTGTTTTATGA-TCAAA-TAAAGATCATAACAATTTGAGATAGA
315 GCTTGTACGAACAA-AAACAATTGTTTTATGACT-AAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGA
* * * * *
11154723 TATTTGTTCAAA-TAGTCATAACTATATGAATTG-TTTCGGTAAACAGATTTAGTTTTTAAATC-
378 TAATTGTTCAAACT-GTCATAACTATTTGAACTGATTT-GGCAAACAGATTTATTTTTTAAATCT
* * * * * * ** * *
11154785 --T-CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAGATCAATATTATTTTTTTTTGAATAA-TTTTTCATG
441 TTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGT-ATG
* *
11154846 AACAGAAACAATTGCTTTT-TGAC-AAAC-AAAAG
505 AATAAAAACAATTG-TTTTATGACAAAACAAAAAG
* * * * * *
11154878 TTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGACATGATTATATGAACTTGTTT-GATAAA
1 -TCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTTAG-TAAA
* * ** * * *
11154942 CATATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
63 TAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT-TGAATATTAATAAATTAATATTATTTTA
* * * *
11155007 TTATGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGA-AAAA-AAAAAGATTATAACT-AT
127 AT-TGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATG-TCATAA-TGAT
* * * * * * * *
11155069 TTGAAATAAATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTGAGCTTGCTCGGTAAATAGATTTTATTT
189 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAGCTATTTGAACTTGTTTGGTAAAT-GA-TTTAGTT
* * * * *
11155134 TTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAACTAGTATTATTTTATTTTGAATATG
252 TTTAAAT-ATCTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAG
* * * * * *
11155199 CTTGTATGAATATAAACAATTGGTTTATGACAAAATAAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAAT-GAA
316 CTTGTACGAACAAAAACAATTGTTTTATGACTAAA-CAAAAGGTCATAA-TAATTTGAAATAG-A
* *
11155262 TAATTGTTC-AATTAGTTATAACTATTTGAACGTGTTCAGAAAATAGATTTATTTTTGAAATATT
378 TAATTGTTCAAACT-GTCATAACTATTTGAA------C------T-G----A--TTTG-------
** * * *
11155326 ATTAAACTAGGA-TTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTGGAATATTATTAAACTAGTA
416 -GCAAAC-A-GATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTA
** ** * * * *
11155389 TTATTTTATTTTGAATATTCTTGTATGAACAGAAATAATTAG-TTTATGACAAAA-TAAAAG
478 TTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATT-GTTTTATGACAAAACAAAAAG
* * * * *
11155449 ATCATAACTATTTGAAATGGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACGTGTTCAGAAAAT
1 -TCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTTAGTAAAT
*
11155514 A-ATTTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTTATATTATTTTA
64 AGA-TTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTTGAATATTAATAAATTAATATTATTTTA
* * **
11155577 TTTAGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACAATTT
127 ATT-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTT
* * * * * * *
11155642 AAAATATAAAATTGTTTAAATAGTCATAGCTATTTGAACTTGTTTGGTACATAGATTCACTTTTT
191 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAGCTATTTGAACTTGTTTGGTAAAT-GATTTAGTTTTT
* * * * *
11155707 AAATCTTTTACTCATTAATTGTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCCT
255 AAAT-ATCTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTT
* * * * * *
11155772 ATATGAAC-GATACAATTGCTTTATGA-TGAAACAAAAGGTCATAATAATTTAAAATAGATAATT
319 GTACGAACAAAAACAATTGTTTTATGACT-AAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATT
* * * * * * * *
11155835 ATTTAAA-TAGTTATAACTACTTGAACTTG-TTTGGTAGACATATTTATTTTTAAAATCTTTTAC
383 GTTCAAACT-GTCATAACTATTTGAAC-TGATTTGGCAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTAC
* * * * * * *
11155898 TTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAACAAA
446 TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAA
* *
11155963 AAACAATTGTTTTATGACAGAATAAAAAG
510 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAG
* * * *
11155992 TCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTGAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTTGTAAATA
1 TCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTTAGTAAATA
* ** *
11156057 GATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTTTGAATATTGATAAATTTGTTTTATTTTAAT
65 GATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-TTTGAATATTAATAAATTAATATTATTTTAAT
* * * *** *
11156122 TGAAATAAACTTGTATGAATAGAAA-AATTATTTTATGACAAAATAAAAGGTTGCAGTGATTTGA
129 TG-AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGA
* * * *
11156186 AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAGCTATTTTAACTTGTTCGATAAATGATTTAGTTTTTAAA
193 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAGCTATTTGAACTTGTTTGGTAAATGATTTAGTTTTTAAA
* * *
11156251 TATCTACCTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTTTGAATAAGTTTGTA
258 TATCTA-CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTA
* * * * * * * * *
11156316 CGAATAAAAACAATTATTTTATAAGTTAACAAAAGATCAGAATGATTTGAAATAGATAATTATTC
322 CGAACAAAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * ** * *
11156381 AAACTGTCATAATCT-TTTGCACTAATCAGGCCAACAGATTCATTTTTTTAAAT-TTGTTACTTA
387 AAACTGTCATAA-CTATTTGAACTGATTTGGCAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTT-TTACTTA
* ** *
11156444 TTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGCATTATTTTATTTTGAATAAGAC-TGTATCAATAAAAA
449 TTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAG-CTTGTATGAATAAAAA
* **
11156508 TAATTGTTTTATGACAAAACAAATGG
513 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAG
** * * * *
11156534 GAATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATTGTTATAACTAATTGAATTGGTTTAGTAAATA
1 TCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATT-GTTTAGTAAATA
* * ** *
11156599 AATTTA--TTTTAAA-ATTTT--TTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATT
65 GATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT-TGAATATTAATAAATTAATATTATTTTAAT
* * ** * * * * *
11156659 TCGAACAAACTTAAATGAACAAAAACATTTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTT-A
129 T-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGA
* * * * * * * ** *
11156723 AAGTAGATAATTATTCATATAGCCTTAACTATTTGAACTGGTTTGGCAAACAAATTTATTTTTTA
193 AA-TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAGCTATTTGAACTTGTTTGGTAAA-TGATTTAGTTTTTA
* * * * *** * *
11156788 AATCTCAAAGTTATCAATTTTCATAATATTATTAGATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTG
256 AATATC-TACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTG
* * * * * * ** *
11156853 TACTAACATAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTCAAAATATATAATTGT
320 TACGAACAAAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGT
* * * * * * *
11156918 TCAAACAGTCATAACTATTCGAACTGGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTCTACTCAT
385 TCAAACTGTCATAACTATTTGAACTGATTTGGCAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTAT
* * * * *
11156983 TAATTTTTTAG-ATATTAA-AAATTAATATTATTTTGTTTCAAATAGGCTTATACG-ATGAAAAA
450 TAA-TTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAT-AAAAA
* *
11157045 CAATTATTTTATGACAAAACAAAAAT
513 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAG
* * * * * *
11157071 TCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAATTGGTTCGATAAACT
1 TCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGTTTAG-TAAA-T
*** * ** * *
11157136 -GATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTCTTAAAATTTGAAATATTAATAGAGTAATATTATTTTAT
64 AGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAATATTATTTTA-
* * * *
11157200 TTTGTATAAGCTTTTATGAACT-GAAACAATTGTTTTAT-ACAAAACAAAATGTCATAATGATTT
127 ATTGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTT
* * * * * *
11157263 TAAATAGATAATTGTTCAAATAGAC-TTGACTATTTGAATTTGTTTAGTAAATAGATTTATTTTT
191 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAG-CTATTTGAACTTGTTTGGTAAAT-GATTTAGTTTT
* * * * * * *
11157327 TTAATTTCTTGCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAGAA-TAATATTATTCTTA-TTTCAGATAA
254 TAAATATC-TACTTATTAATTTTTGGAATATTAATA-AATTAGTATTATT-TTATTTTGA-ATAA
* * * * * * * * *
11157390 GCATGTATGAACTAAAACAATTATTTTAAGACTAAACAAACGATCAAAACAATTTGAAATAGATA
315 GCTTGTACGAACAAAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATA
* * * * * * * * *
11157455 ATTGTTCTAA-TAGTCTTAACTATTTTAACTGGTTCGACAAATACATTTATTTGTTAAATC---T
380 ATTGTTCAAACT-GTCATAACTATTTGAACTGATTTGGCAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTT
* * ** * * * * *
11157516 -CTTATTAA-TTTTACAATATTATTAGTTTAGCAATATTTTACTTT-GAATAAGTTTGTATGAAC
444 ACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTCAAATAAGCTTGTATGAAT
* * *
11157578 AGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAGA-
508 AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAG
* * * * * * * *
11157608 TCATAACGATTTGAGATACATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTCGAATTGGTCTGGTAAACA
1 TCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATT-GTTTAGTAAATA
* * * * * *
11157673 TATTTAGTTTTTAAATC----CCTTATTAGTTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
65 GATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAATATTATTTTA-A
** * * *
11157734 TTGAATAATTTTGTATGAAT-GAAAGCAATTGTTTT-TCAACAAAACAAAATGTTATAATGATTT
128 TTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-CAATTATTTTAT-GACAAAACAAAATGTCATAATGATTT
* * *
11157797 GAAAAAAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTCT-TTTGGTAAACAT-ATTT-GTT
191 G-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAGCTATTTGAACT-TGTTTGGT-AA-ATGATTTAG-T
* * ***
11157859 TTTTAAATATTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTCAAAATA
251 TTTTAAATA-TCTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTGAATA
* * * * * **
11157923 AGCTTGCATC-AACAGAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATTATGTTTTTGAAATAG
314 AGCTTGTA-CGAACAAAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAAT-AATTTGAAATAG
* * * * * * *
11157987 ATAATTGTTTAGACAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAATAGATTCT-TTTTTTAATTCT
377 ATAATTGTTCAAACTGTCATAACTATTTGAACTGATTTGGCAAACAGATT-TATTTTTTAAATCT
* * ** *
11158051 TTTACTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTACATCAAATAAGCTTATATGA
441 TTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGA
* * *
11158116 ACT-GAAACAATTGTTTTATTG-CAAAAGAAAAGG
506 A-TAAAAACAATTGTTTTA-TGACAAAACAAAAAG
* * ** * *
11158149 TCAAAATAATTTGAAATAGATAATTACTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTTGTTT-GATAAAC
1 TCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTTAG-TAAAT
* ***
11158213 ATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAA
64 AGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-TTTGAATATTAATAAATTAATATTATTTTAA
* * * * * **
11158278 TCTGAATATGCTTGTATGGATAGAAACTATTATTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTG
128 T-TGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTG
* * * *
11158343 AAATAAATAATTGCTT-AAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGGTTTGATATACAT-ATTTATTTT
192 AAATAGATAATTG-TTCAAATAGTCATAGCTATTTGAACTT-GTTTGGTA-A-ATGATTTAGTTT
* * * * ** * *
11158405 TTTAA-ATCT-TTTATTAATTTTT-GACATATTAGTAGATTAGTATTATTTTATTCCGAACAAAC
253 TTAAATATCTACTTATTAATTTTTGGA-ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGC
* * * * * * * * * * * *
11158467 TTATATGAAGAAAAATATTTGTTTTATGACAAAATAGATGGGCATAATGATTTAAAATAGATAGG
317 TTGTACGAACAAAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATA--
* * * * ** **
11158532 GCATAATGATTTAAAATAGATAGGTCATAA-TGATTTAAAATAGATAATTATTCATATA-ACCTT
380 --AT--TG--TT-CAA-A-CT--GTCATAACT-ATTTGAACT-GAT--TT-GGCA-A-ACAGATT
* * * *** * * * * * *
11158595 AATTATTTGAA-CTGGTTTGGCAAAAAAATTTATTTTTTA-AATCTCTTAGT-TATTAATTTTCA
427 TATTTTTTAAATCT--TTT-----ACTTA-TTAATTTTTAGAA--TATTAATAAATTAGTATT-A
** * * * * * * *
11158657 TAATATTATTAGATTCGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTCGTATGAACATAAATAATTATTTTA
481 TTTTATT-TCA-AAT--AAG-CTTGTA---TGAATAA------A--AAC------AATTGTTTTA
* *
11158722 TGACAAAACGAAAGG
524 TGACAAAACAAAAAG
* ** *
11158737 TTATAATGATTTGAAATATG-TAATTATTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTTAGTAAA
1 TCATAACAATTTGAAATA-GATAATT-GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATT-GTTTAGTAAA
* ** * * *
11158801 TAGATTCATTTTTTAAATCTCCTACTAATTAATTTTTAAAATATTAA-AAATTAGTATTATTTTA
63 TAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAATATTATTTTA
* * * * * * **
11158865 TTTCGAATAAGCTTAT-TCAATAAAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAA-GTTCATAACAAT
127 ATT-GAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATG-TCATAATGAT
* * * * ** ** * *
11158928 TTGAAATATATAATTATTCAAATGGCCATAATTATTTGAA-TTGATTTAATAAACTAATTTATTT
189 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAGCTATTTGAACTTG-TTTGGTAAA-TGATTTAGTT
* * * * * * ** * * * *
11158992 TTTAAATCTCCAACATCTTAACTTCTAAAATATGAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGCATAAG
252 TTTAAATAT-CTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAG
* * * * * * * *
11159057 CTTTTATGAACTAAAATAATTGTTTTATTA-TAAAACAAAA-GTCCATGATGATTTTAAATAGAT
316 CTTGTACGAACAAAAACAATTGTTTTATGACT-AAACAAAAGGT-CATAATAATTTGAAATAGAT
* * * * * * * * *
11159120 AATTGTTCAAA-TAGACTTGACTATTTGAATTTG-TTCGGTAAACATAGTTATTTTTTTAAT-TT
379 AATTGTTCAAACT-GTCATAACTATTTGAA-CTGATTTGGCAAACAGATTTATTTTTTAAATCTT
* * * *** *
11159182 CTTGCTTATTAATTTCCT-GAATGTTAATAGAA-TAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCATGTAT
442 -TTACTTATTAATTT-TTAGAATATTAATA-AATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTAT
** * ** *
11159245 GAATTGAAACAATTATTTTATGATTAAACAAAAGG
504 GAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAG
* * * * * * ** *
11159280 TCAGAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAAATATTTGAATTGGTTTGGCCAACA
1 TCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATT-GTTTAGTAAATA
* * * * ** *
11159345 TATTTATTTTTAAAATCTCTTAC-TATT-A---TT--A-GTT--T--A--GCTA-TATTTTACTC
65 GATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTAATATTATTTTAAT-
** * * * * * * *
11159395 CAAATAAGCTTGTATGAACACAAATAATTGTTTTATGACAAAAC-AAATATCATAACGATTTGAG
129 TGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAA
* * * * ** *
11159459 ATAGATAATTTTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGCTCAGTAAATAGATTTAGCTTTTAAA
194 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAGCTATTTGAACTTGTTTGGTAAAT-GATTTAGTTTTTAAA
* * * **
11159524 -A-CT-CCTATTAATTTTTGAAATATTAATAATTTAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGTA-
258 TATCTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTAC
* * * * * ** * *
11159585 GAAATAAAAACAATTGTTTTA-CAATAAAACAAAATGTTATAACGATTTGAAATAAATAATTTTT
323 G-AACAAAAACAATTGTTTTATGACT-AAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * * * * * *
11159649 CAAA-TAGTTATAAATATTTGAACTTATTCGGTAAATAAATTTATGTTTTAAATC--TT--TTAT
386 CAAACT-GTCATAACTATTTGAACTGATTTGGCAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTAT
* * * * * * *
11159709 TAATTTTTTGAATATTAATAATTTTA-TATTATTTTA-TTCAAAATAGGCTTGCATCAACAAAAC
450 TAATTTTTAGAATATTAATAA-ATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATAAAAA
*
11159772 CAATTGTTTTATGACAAAA-GAAAAG
513 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAG
* *** * * * * * *
11159797 ATCATTATGTTTTGAAATGGAT-ATTATTTAAATAGTCATAACTATTTAAACTT-ATTCGATAAA
1 -TCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTTAG-TAAA
* * * ** * *
11159860 TAGA-TTCTTTTTTAATTCTCTTACCCATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTA
63 TAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAATATTATTTTA
** * * * * *
11159924 CATCAAATAAGCTTATATGAACT-GAAACAATTATTTTATTACAAAAGAAAAAGTCAAAATGATT
127 -ATTGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATT
** *
11159988 TGAAATAGATAATTACTCAAATAGTCATTA-CTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAT-ATTTATTT
190 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA-TAGCTATTTGAACTTGTTTGGT-AA-ATGATTTAGTT
* * * * * *
11160051 TTTAAATCTTTTACTTATTAATTATTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTTGAATACA
252 TTTAAAT-ATCTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATA-A
* * * * * ** * *
11160116 -CTTGTATGAATAGAAACTATTGTTTTAT-AATAGAACAAAAATTCATAATGATTTGAAATAAAT
315 GCTTGTACGAACAAAAACAATTGTTTTATGACTA-AACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGAT
* * * * **
11160179 AATTGCTCAAATTGTCGTAACTATTTGAACTGTTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATC--TT
379 AATTGTTCAAACTGTCATAACTATTTGAACTGATTTGGCAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTT
* * * * * * * *
11160242 --TTATTAATTTTT-GAAACATTAGTAGATTAGTATTATTTTATTCCGAACAAACTTATAT-ACA
444 ACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGA-A
* ** *
11160303 CAAAAACTTTTGTTTTATGACAAAACAAAAGG
507 TAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAG
* * * *
11160335 TCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGATCTTG-TTAGGTAACA
1 TCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA-ATTGTTTA-GTAA-A
* * * *
11160399 -A-A-AT-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAGTAAATTCATTTTATTTT-
63 TAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAATATTATTTTA
* * * * **
11160459 ATTCCTAATAAGCTAGTATGAATTA-AAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAAT
127 ATT--GAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGAT
* * * *** ** * *
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189 TTGAAATAGATAATTGTTCA-AATAGTCATAGCTATTTGAACTT-GTTTGGTAAA-TGATTTAGT
* * *
11160586 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GAATTATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTCCT-AA
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* * * * * * *
11160648 TAAGCTAGTATGAATTAAAAA-AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATA
312 TAAGCTTGTACGAA-CAAAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATA
* * * ** *
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376 GATAATTGTTCA-AACTGTCATAACTATTTGAACT-GATTTGGCAAACAGATTTATTTTTTAAAT
* * * * ** *
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439 CTTTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTA
* * * * * *
11160839 TGAATAGAAATAATTTTTTTATGATAGAACAAAAGG
503 TGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAG
* * ** * * * * * * *
11160875 TTAAAATGATTTG--ATATACAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTAAACTGGTTCAGTAAACA
1 TCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTTAGTAAATA
* * * * *
11160938 GATATATGTTTTAAATCTCTTACTTATTAATGTTTG------AA-ACATTAATA--A---TAA-T
65 GATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATT
** * * * * * * *
11160990 ---T--G-TTGTATGACCAAAAACAATTGTTATATGACCAAACCAAAGGTAATAATGATTTGAAA
130 GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAA
* * * ** ** * *
11161049 TAAATAATTGTTGAAATGGTCATAATTATTTGAA-TTGATTCAGTAAACAT-ATTCACTTTTTAA
195 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAGCTATTTGAACTTG-TTTGGT-AA-ATGATTTAGTTTTTAA
* * *
11161112 ATTTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTTAATAAGCTTGT
257 ATATC-TACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGT
* *** * ** * * *
11161177 ATGAACTGTAACAATTGTTTTATAAGAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGACAATTGTT
321 ACGAACAAAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTT
** ** * **** * ** *
11161242 TTAA-TAGTGGTAACTATTTGAATTTG-TTCAATAAACAAATTTATTTTTTTAAA-CTCATGCTT
386 CAAACT-GTCATAACTATTTGAA-CTGATTTGGCAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTTTTACTT
* * *** *
11161304 ATTAATTTTT-GAAATATTAAGAAATTAGAATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACT-AA
448 ATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAAA
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511 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAG
* * * * *
11161394 ATCATAACAATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAAGTATTTAAACTTATTCTA-TAAA
1 -TCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTT-TAGTAAA
** * * *
11161458 TAGATTTATCTTTTTAAATCTTTTGTTTATTAATTTTCTAAATGTTAATAAATTTGA-ATTATTT
63 TAGATTTAT-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT-TGAATATTAATAAA-TTAATATTATTT
* * * * * *
11161522 TATTCTGAATAAGCTTGTA-AAATATGAAACAAATATTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAAAAG
125 TAAT-TGAATAAGCTTGTATGAATA-GAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCAT-AATG
* * * ** * ** ** *
11161586 ATTTGAAATAGAAAATTATTCTAATAGTTTTAACTATTTGAA-TTGGTTTGACAAACACATTGAG
187 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAGCTATTTGAACTT-GTTTGGTAAA-TGATTTAG
* * * * ****
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250 TTTTTAAATAT-CTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTTGAAT
* ** *** * * **
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** * * * * * * * *
11161777 ATAATCATTCAAA-TGGCTATAATTATTTTAACTGA-GTCGTAAACAAACTTATTTTTTAAAAT-
377 ATAATTGTTCAAACTGTC-ATAACTATTTGAACTGATTTGGCAAACAGATTTATTTTTT-AAATC
* **
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* * * *
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502 ATGAA-TAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAG
* ** * * * * * *
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1 TCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTTAG-TAAAT
** * *
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* * * * * * * * * **
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* * * * * * * * * * **
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* ** * * * *
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* * * * ** *
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* * * * * * * ** * *
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* * * * * * ** ** ** * *
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* * * * *
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* ** * * * * * * * **
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* * * * * * *
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* * * * * * * * * * **
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* * ** * *
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* * * * ** *
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* ** * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * * ** * *
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* * * * * * *
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* * * ** * *** *
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* * * *
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* * * * * * * *
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** * * * **
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* * * *
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444 ACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAA-
* * * *
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507 TAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAG
* * * * * * ***
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* * * *
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TTATGACAAAACAAAAAG
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*
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* *
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* * *
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* * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * * * ** *
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* * * * * * * * *
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* * * * * ** *
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* * *
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Statistics
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Consensus pattern (181 bp):
TCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTTAGTAAATA
GATTTATTTTTTAAATCTCCTACTAATTAATTTCTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
TTGAATAAGCTGTATGAATAAAAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGT
Found at i:11159257 original size:362 final size:362
Alignment explanation
Indices: 11158674--11163629 Score: 1174
Period size: 362 Copynumber: 13.9 Consensus size: 362
11158664 ATTAGATTCG
* *
11158674 TATTATTTTATTTTGAATAAGCTCGTATGAACATAAATAATTATTTTATGACAAAACGAAAGGTT
1 TATTATTTTATTTTGAATAAGCTCGTATGAACATAAATAATTATTTTATGACAAAACGAAAAGTC
* * *
11158739 ATAATGATTTGAAATATGTAATTATTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTTAGTAAATAG
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*
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* * *
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196 GAATAAGCTTATTCAATAAAAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCAGAACAATTTGAAA
* * *
11158934 TATATAATTATTCAAATGGCCATAATTATTTGAATTGATTTAATAAACTAATTTATTTTTTAAAT
261 TAGATAATTATTCAAATAGCCATAAATATTTGAATTGATTTAATAAACTAATTTATTTTTTAAAT
11158999 CTCCAACATCTTAACTTCTAAAATATGAATAAAGTAA
326 CTCCAACATCTTAACTTCTAAAATATGAATAAAGTAA
* ** * * *
11159036 TATTATTTTATTTTGCATAAGCTTTTATGAAC-TAAAATAATTGTTTTATTATAAAAC-AAAAGT
1 TATTATTTTATTTTGAATAAGCTCGTATGAACAT-AAATAATTATTTTATGACAAAACGAAAAGT
* * * * * *
11159099 CCATGATGATTTTAAATA-GATAATT-GTTCAAATAGACTTGACTATTTGAATTTGTTCGGTAAA
65 -CATAATGATTTGAAATATG-TAATTAGTTCAAATAGACATAACTATTTGAATTGGTTCAGT-AA
* * * * * * *
11159162 CATAG-TT-ATTTTTTTAATTTCTTGCTTATTAATTTCCT-GAATGTTAATAGAA-TAGTATTAT
127 -ATAGATTCATTTTTTAAATCTCCTACTAATTAATTT-CTAAAATATTAA-A-AATTAGTATTAT
* * * ** *
11159223 TTTATTTTGGATAAGCATGTA-TGAAT-TGAAACAATTATTTTATGATTAAACAAAAGGTCAGAA
188 TTTATTTCGAATAAGC-T-TATTCAATAAAAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCAGAA
* * * * * * ****
11159286 CGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAAATATTTGAATTGGTTTGGCCAAC-ATATTT
251 CAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAAATATTTGAATTGATTTAATAAACTA-ATTT
* ** * * *
11159350 ATTTTTAAAATCTCTTAC-TATT-A--T-T--AGT-T---T--AG--C
315 ATTTTTTAAATCTCCAACATCTTAACTTCTAAAATATGAATAAAGTAA
* *** * * *
11159383 TA-TATTTTACTCCAAATAAGCTTGTATGAACACAAATAATTGTTTTATGACAAAAC-AAATA-T
1 TATTATTTTATTTTGAATAAGCTCGTATGAACATAAATAATTATTTTATGACAAAACGAAA-AGT
* * * * * *
11159445 CATAACGATTTGAGATA-GATAATT-TTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGCTCAGTAAAT
65 CATAATGATTTGAAATATG-TAATTAGTTCAAATAGACATAACTATTTGAATTGGTTCAGTAAAT
* ** * * * *
11159508 AGATTTAGCTTTTAAAACT-C--CT-ATTAATTTTTGAAATATTAATAATTTAGTATTATTTTAT
129 AGATTCATTTTTTAAATCTCCTACTAATTAATTTCTAAAATATTAA-AAATTAGTATTATTTTAT
* ** * ** * ** * * * *
11159569 TTTGAATAATTTTGTAGAA-ATAAAAACAATTGTTTTACAATAAAACAAAATGTTATAACGATTT
193 TTCGAATAAGCTTATTCAATA-AAAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCAGAACAATTT
* * ** *** *
11159633 GAAATAAATAATTTTTCAAATAGTTATAAATATTTGAACTT-ATTCGGTAAA-TAAATTTATGTT
257 GAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAAATATTTGAA-TTGATTTAATAAACT-AATTTATTTT
** * * * ** * ** *
11159696 TTAAATCT----TTTATTAATTTTTTGAATATTAATAATTTTA
320 TTAAATCTCCAACATCTTAACTTCTAAAATATGAATAAAGTAA
*** * * * * * *
11159735 TATTATTTTATTCAAAATAGGCTTGCATCAACA-AAACCAATTGTTTTATGACAAAA-GAAAAGA
1 TATTATTTTATTTTGAATAAGCTCGTATGAACATAAA-TAATTATTTTATGACAAAACGAAAAG-
* * * * * * *
11159798 TCATTATGTTTTG-AA-ATGGATATTA-TTTAAATAGTCATAACTATTTAAACTT-ATTC-GATA
64 TCATAATGATTTGAAATATGTA-ATTAGTTCAAATAGACATAACTATTTGAA-TTGGTTCAG-TA
* * ** * * *
11159858 AATAGATTC-TTTTTTAATTCTCTTACCCATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTT
126 AATAGATTCATTTTTTAAATCTCCTACTAATTAATTTCTAAAATATTAA-AAATTAGTATTATTT
** * * * * * * * * **
11159922 TACATCAAATAAGCTTATATGAACT--GAAACAATTATTTTATTACAAAAGAAAAAGTCAAAATG
190 TATTTCGAATAAGCTTAT-TCAA-TAAAAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCAGAACA
* * * * **
11159985 ATTTGAAATAGATAATTACTCAAATAGTCATTACTATTTGAACTTG-TTTGGTAAAC-ATATTTA
253 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAAATATTTGAA-TTGATTTAATAAACTA-ATTTA
*** * * * * * *
11160048 TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTATTGAAATATTAATAAATTAA
316 TTTTTTAAATCTCCAACATCTTAACTT-CTAAAATATGAATAAAGTAA
* * * * * * * * * *
11160095 TATTATTTTAATTTGAATACA-CTTGTATGAATAGAAACT-ATTGTTTTATAATAGAACAAAAAT
1 TATTATTTTATTTTGAATA-AGCTCGTATGAACATAAA-TAATTATTTTATGACAAAACGAAAAG
** * * * * * **
11160158 TCATAATGATTTGAAATAAATAATT-GCTCAAATTGTCGTAACTATTTGAACT-GTTTTGATAAA
64 TCATAATGATTTGAAATATGTAATTAGTTCAAATAGACATAACTATTTGAATTGGTTCAG-TAAA
* * * * * * * *
11160221 CAGATTTATTTTTTAAATCT--T--TTATTAATTTTTGAAACATTAGTAGATTAGTATTATTTTA
128 TAGATTCATTTTTTAAATCTCCTACTAATTAATTTCTAAAATATTA-AAAATTAGTATTATTTTA
* * * * ** * * *
11160282 TTCCGAACAAACTTATAT-ACA-CAAAAACTTTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAAT
192 TTTCGAATAAGCTTAT-TCA-ATAAAAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCAGAACAAT
* * * * * **
11160345 TTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGATCTTG--TTAGGT-AAC-AAAAT-TT
255 TTGAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAAATATTTGA-ATTGATTTA-ATAAACTAATTTATT
*** * * * * * * * * *
11160405 TTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAGTAAATTCA
318 TTTTAAATCTCCAACATCTTAACTTCTAAAATATGAATAAAGTAA
* * * * *
11160450 TTTTATTTTATTCCT-AATAAGCTAGTATGAA-TTAAAAAAATTATTTTATGACAAAAC-AAAAG
1 TATTATTTTATT-TTGAATAAGCTCGTATGAACAT-AAATAATTATTTTATGACAAAACGAAAA-
** * * * * **
11160512 GTCATAACAATTTGAAATA-GATAATT-GTTCATAA-GGTCTTAACTATTTGAATTGGTTTAACA
63 GTCATAATGATTTGAAATATG-TAATTAGTTCA-AATAGACATAACTATTTGAATTGGTTCAGTA
* * * * * * * *
11160574 AACAAAATT-ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAATTATTAATAAATTCA-TTTTAT
126 AA-TAGATTCATTTTTTAAATCTCCTACTAATTAATTTCTAAAATATTAA-AAATT-AGTATTAT
* * * * * *
11160637 TTTATTCCTAATAAGC-TAGTATGAATTAAAAA-AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
188 TTTATTTCGAATAAGCTTA-T-TCAATAAAAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCAGAA
* * * * * * * * * *
11160700 CAATTTAAAATAGATAATTGTTCATAA-GGTCTTAACTATTTGAATCGGTTTAACAAACAAATTT
251 CAATTTGAAATAGATAATTATTCA-AATAGCCATAAATATTTGAATTGATTTAATAAACTAATTT
** ** * * * * * * * * *
11160764 ATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTATTAGATTAG
315 ATTTTTTAAATCTCCAACATCTTAACTTCTAAAATATGAATAAAGTAA
** * * * * *
11160812 TATTATTTTATTTTGAATAAGCTTTTATGAATAGAAATAATTTTTTTATGATAGAAC-AAAAGGT
1 TATTATTTTATTTTGAATAAGCTCGTATGAACATAAATAATTATTTTATGACAAAACGAAAA-GT
* * ** * * *
11160876 TAAAATGATTTG--ATATACAATT-GTTCAAATA-ATCATAACTATTTAAACTGGTTCAGTAAAC
65 CATAATGATTTGAAATATGTAATTAGTTCAAATAGA-CATAACTATTTGAATTGGTTCAGTAAAT
* * * * * * * *
11160937 AGATAT-ATGTTTTAAATCTCTTACTTATTAATGTT-TGAAACATTAATAA-TA--ATTGTTGTA
129 AGAT-TCATTTTTTAAATCTCCTACTAATTAAT-TTCTAAAATATTAAAAATTAGTATTATTTTA
* * ** * * * **
11160997 --T-G----A-C-----C----AAAAACAATTGTTATATGACCAAACCAAAGGTAATAATGATTT
192 TTTCGAATAAGCTTATTCAATAAAAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCAGAACAATTT
* * * * * * * * * *
11161045 GAAATAAATAATTGTTGAAATGGTCATAATTATTTGAATTGATTCAGTAAAC-ATATTCACTTTT
257 GAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAAATATTTGAATTGATTTAATAAACTA-ATTTATTTTT
* ** * * * * * * * *
11161109 TAAATTTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG
321 TAAATCTCCAACATCTTAACTTCTAAAATATGAATAAAGTAA
* * * * * * *
11161151 TATTATTTTATTTTTAATAAGCTTGTATGAAC-TGTAACAATTGTTTTATAAGAAAAC-AAAAGG
1 TATTATTTTATTTTGAATAAGCTCGTATGAACAT-AAATAATTATTTTATGACAAAACGAAAA-G
** * * ** *** * *
11161214 TCATAACAATTTTAAATA-GACAATT-GTTTTAATAGTGGTAACTATTTGAATTTGTTCAATAAA
64 TCATAATGATTTGAAATATG-TAATTAGTTCAAATAGACATAACTATTTGAATTGGTTCAGTAAA
* * * * * * * * *
11161277 CAAATTTATTTTTTTAAA-CTCATGCTTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGAATTATTTT
128 TAGATTCA-TTTTTTAAATCTCCTACTAATTAATTTCTAAAATATTAA-AAATTAGTATTATTTT
* * * * * *
11161341 ATTTTGGATAAGCTT-TT--ATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACA
191 ATTTCGAATAAGCTTATTCAAT-AA--AAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCAGAACA
* * * * * *
11161403 ATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAAGTATTTAAACTT-ATTCT-ATAAA-TAGATTT
253 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAAATATTTGAA-TTGATT-TAATAAACTA-ATTT
****** * * * * * *
11161465 ATCTTTTTAAATCTTTTGTTTATTAATTTTCT-AAATGTTAATAAATTTGA
315 AT-TTTTTAAATCTCCAACATCTTAA-CTTCTAAAATATGAATAAA-GTAA
* * * * * * *
11161515 -ATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTA-AAATATGAAACAAATATTTTATGACTAAAC-AAAAGG
1 TATTATTTTATTTTGAATAAGCTCGTATGAACAT-AAATAATTATTTTATGACAAAACGAAAA-G
* * * *** * *
11161577 TCATAAAAGATTTGAAATA-GAAAATTA-TTCTAATAGTTTTAACTATTTGAATTGGTT-TGACA
64 TCAT-AATGATTTGAAATATG-TAATTAGTTCAAATAGACATAACTATTTGAATTGGTTCAG-TA
* * * ** ** * * * *
11161639 AACACATTGAGATTTTAAAT-TGTTACTTATTAATTTTTAGAATATTATTAAATTAGTATTA-TT
126 AATAGATTCATTTTTTAAATCTCCTACTAATTAATTTCTAAAATATTA-AAAATTAGTATTATTT
** * * * *** * * * * *
11161702 TATAACCAAATAAGCTTCTGT-GATAAAAAATTGTTGTTTTATGACAAAACATAAGGTCATAACG
190 TAT-TTCGAATAAGCTTAT-TCAATAAAAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCAGAACA
* * * * * * * ** * *
11161766 ATTTGAAATAGATAATCATTCAAATGGCTATAATTATTTTAACTGA-GTCGTAAACAAACTTATT
253 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAAATATTTGAATTGATTTAATAAACTAATTTATT
*** * ** * * *
11161830 TTTTAAAAT-TTTTACTTAATAA-TT-TAGGAAATATTAATAAATTAG
318 TTTT-AAATCTCCAACATCTTAACTTCTA--AAATATGAATAAAGTAA
* * * * * * *
11161875 TATTATTTTATTCT-ATCTAAGCTTGTATTAACTAAAAACAATTATTTTATGACAAATC-AAAAG
1 TATTATTTTATTTTGA-ATAAGCTCGTATGAAC-ATAAATAATTATTTTATGACAAAACGAAAA-
* * * * * *
11161938 GTTATAATGATTTTAAATA-GACAATT-GTTCAAATA-ATAATAACTATTTGAACTCGTTC-GAT
63 GTCATAATGATTTGAAATATG-TAATTAGTTCAAATAGA-CATAACTATTTGAATTGGTTCAG-T
* * * * ** * *
11161999 AAATAGA-ACTATTTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAAATTT-TTGAATGTTAATAAATTAATATT
125 AAATAGATTC-A-TTTTTTAAATCTCCTACTAATT-AATTTCTAAAATATTAA-AAATTAGTATT
* * * * * *
11162062 AATTTA-TTCTAAATAAGCTT-TT--ATGAACTGAAACAATTGTTTTATAACT-AAATAAAAGGT
186 ATTTTATTTC-GAATAAGCTTATTCAAT-AA--AAAACAATTATTTTATGA-TAAAACAAAAGGT
* * * * * * * * ** * ****
11162122 CAAAACAATTTGAAGTAGATAATTTTTCTAGTTGTCTTAACCATTTGAACTGATTCGGCAAAC-A
246 CAGAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAAATATTTGAATTGATTTAATAAACTA
* * * * * * * *
11162186 AGTTTATTTTTTAAATCT----CTTATTAATTTTTAAAATATTATTAAATTAC
311 A-TTTATTTTTTAAATCTCCAACATCTTAACTTCTAAAATATGAATAAAGTAA
* * * * * *
11162235 TATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAACA-AAACAATTGTTTTATGATAAAA-GAAAAGTT
1 TATTATTTTATTTTGAATAAGCTCGTATGAACATAAATAATTATTTTATGACAAAACGAAAAG-T
* * * * * * *
11162298 TATAACGATTTGAAATA-G--ATTATCGTTCATATAGTCTTAATTATTTGAACTGGTTC-G-ACA
65 CATAATGATTTGAAATATGTAATTA--GTTCAAATAGACATAACTATTTGAATTGGTTCAGTA-A
* ** * * * * *
11162358 ATTAGACTT-ATTTTTT-AATTTTTTAGTTATTAAGTTTC-AGAATGTTATTAAATTAGTATT-T
127 A-TAGA-TTCATTTTTTAAATCTCCTACTAATTAA-TTTCTAAAATATTA-AAAATTAGTATTAT
* * ** * * * * * * * * * * * *
11162419 TTCATTTTGAATAAAATAATATGAA-CATAATCAATTATTTGATGACAAAATAAAATGTTATAAT
188 TTTATTTCGAATAAGCTTAT-TCAATAAAAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCAGAAC
* * * * * * * ** *
11162483 GATTTGAAATAGTTAGTTATTCAAAGAGTCA-AAACTATTTGAAATGGTTTGGTAAGC-ATATTT
252 AATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAAA-TATTTGAATTGATTTAATAAACTA-ATTT
* * ** * * * * *
11162546 ACTTTTTAAATTTCTTAC-TGATTAATTTTCT-AAATATTAATAAATTAG
315 ATTTTTTAAATCTCCAACAT-CTTAA-CTTCTAAAATATGAATAAAGTAA
* * * ** * * * * * *
11162594 TATTATCTTATTTCGAA-AGAACTTATATTAAGAAAAATAATTGTTTTATGGCAAAACAAAAAGT
1 TATTATTTTATTTTGAATA-AGCTCGTATGAACATAAATAATTATTTTATGACAAAACGAAAAGT
* ** * ** * *
11162658 AATAACAATTTGAAATA-GATAATT-GTTTAAATAGTTATAATTATTTGAATTGGTTCTGTAAAT
65 CATAATGATTTGAAATATG-TAATTAGTTCAAATAGACATAACTATTTGAATTGGTTCAGTAAAT
* * * * * * *
11162721 AAAATT-ATTTTCTAAA---CCT-CTTATAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTTTTATTCTT
129 -AGATTCATTTTTTAAATCTCCTACTAATTAATTTCTAAAATATTAA-AAATTAGTATTATT-TT
* * * * ** * * * *
11162781 -TTCCGAAGAAGC---TT--GTAAATAA-TTTTTTTTTGTGACAAAACAAAAGGTCATAACAATT
191 ATTTCGAATAAGCTTATTCAATAAAAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCAGAACAATT
* * * * * * * * ***
11162839 TGAAATAAATAATTATTCATATAGTCTTAATTGTTTGAACTGGTTTGGCAAA-TAGATTTATTTT
256 TGAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAAATATTTGAATTGATTTAATAAACTA-ATTTATTTT
** * * * * * * * * *
11162903 TTAAATCTCTTA-ATATTAATTTATAGAATTTTACTAAATTAG
320 TTAAATCTCCAACATCTTAACTTCTAAAATATGAATAAAGTAA
*** * * * * * * *
11162945 TATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTAT-AAGCAGAAACAATTGTTTTGTGATAAAAC-AAAAGG
1 TATTATTTTATTTTGAATAAGCTCGTATGAA-CATAAATAATTATTTTATGACAAAACGAAAA-G
* ** * **
11163008 TTATAACAATTTGAAATA-GATAATTA-TTCAAATA-ATCATAATTATTTGTAA-TGGTTTGGTA
64 TCATAATGATTTGAAATATG-TAATTAGTTCAAATAGA-CATAACTATTTG-AATTGGTTCAGTA
* * * * * *
11163069 AATATATTTATTTTGTAAATCT-CT--T-ATTGA-TTCTTGAAATATTAATAAATTAGGATTATT
126 AATAGATTCATTTTTTAAATCTCCTACTAATTAATTTC-TAAAATATTAA-AAATTAGTATTATT
* ** * ** * * * * * * **
11163129 TGATTTTAAATAAGCTTGTAT-GTTGAAAAACAATTGTTTTATCACAAAACAAAAGGTAATAATG
189 TTATTTCGAATAAGCTTAT-TCAATAAAAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCAGAACA
* * * * * * *
11163193 ATTTGAAATAGATAGTTGTTCAAATGGCCATAATTATTGGAATTGATTCAATAAACTGA-TTATT
253 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAAATATTTGAATTGATTTAATAAACTAATTTATT
** * * * * * * *
11163257 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAG
318 TTTTAAATCTCCAACATCTTAACTTCTAAAATATGAATAAAGTAA
* * * * *
11163302 TATTATTTTATTTTGGATAAGCT-TTCATGAACCA-AAACAATTGTTTTATGACAAAA-TAAAAG
1 TATTATTTTATTTTGAATAAGCTCGT-ATGAA-CATAAATAATTATTTTATGACAAAACGAAAA-
* * *
11163364 GAT-GTAATGATTTTAAAT-TGATAATT-GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCAGT
63 G-TCATAATGATTTGAAATATG-TAATTAGTTCAAATAGACATAACTATTTGAA-TTGGTTCAGT
* * * * * * * * ** *
11163425 ACACACATTTATTTTTTCAAA-CTCATGCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTAT
125 AAATAGATTCATTTTTT-AAATCTCCTACTAATTAATTTCTAAAATATTAA-AAATTAGTATTAT
* * * *
11163489 TTTA-TTCTGAATAAGCTTGTATGAACT--AAAACAATTATTATATGACT-AAACAAAATGTCAG
188 TTTATTTC-GAATAAGCTTAT-TCAA-TAAAAAACAATTATTTTATGA-TAAAACAAAAGGTCAG
* * ** * * * ****
11163550 AATC-ATTTAAAATAGATAATTATTCTAATATTCTTAACTATTTGAATTGGTGCGGTAAA-TACA
249 AA-CAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAAATATTTGAATTGATTTAATAAACTA-A
11163613 TTTATTTTTTAAATCTC
312 TTTATTTTTTAAATCTC
11163630 TTATTAATTT
Statistics
Matches: 3540, Mismatches: 777, Indels: 554
0.73 0.16 0.11
Matches are distributed among these distances:
338 12 0.00
339 177 0.05
340 9 0.00
341 192 0.05
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344 6 0.00
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350 17 0.00
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363 322 0.09
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365 3 0.00
366 2 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (362 bp):
TATTATTTTATTTTGAATAAGCTCGTATGAACATAAATAATTATTTTATGACAAAACGAAAAGTC
ATAATGATTTGAAATATGTAATTAGTTCAAATAGACATAACTATTTGAATTGGTTCAGTAAATAG
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TAGATAATTATTCAAATAGCCATAAATATTTGAATTGATTTAATAAACTAATTTATTTTTTAAAT
CTCCAACATCTTAACTTCTAAAATATGAATAAAGTAA
Found at i:11160101 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 11159397--11163668 Score: 2554
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11159387 TTTTACTCCA
* * * *
11159397 AATAAGCTTGTATGAAC-ACAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAATA-TCATAACGATTTGAGA
1 AATAAGCTTATATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAA
* * * * * ** *
11159460 TAGATAATTTTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGCTCAGTAAATAGATTTAGCTTTTAAAA
65 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAAT
* * *
11159525 CTC---C-TATTAATTTTTGAAATATTAATAATTTAGTATTATTTTATTTTG
130 CTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TTCG
** * * ** * * *
11159573 AATAATTTTGTA-GAAATAAAAACAATTGTTTTACAATAAAACAAAATGTTATAACGATTTGAAA
1 AATAAGCTTATATGAACT-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAA
* * * * * * * *
11159637 TAAATAATTTTTCAAATAGTTATAAATATTTGAACTTATTCGGTAAATAAATTTATGTTTTAAA-
65 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAAT
* * *
11159701 -TCTT--TTATTAATTTTTTG-AATATTAATAATTTTATATTATTTTATTCAA
130 CTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTC-G
* ** * * * * *
11159750 AATAGGCTTGCATCAAC-AAAACCAATTGTTTTATGACAAAA-GAAAAGATCATTATGTTTTGAA
1 AATAAGCTTATATGAACTAAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAG-TCATAACGATTTGAA
* * * * * * * * *
11159813 ATGGAT-ATTATTTAAATAGTCATAACTATTTAAACTTATTCGATAAATAGA-TTCTTTTTTAAT
64 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAA
** * * * *
11159876 TCTCTTACCCATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTACATCA
129 TCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TTCG
* * * * * *
11159929 AATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTATTTTATTACAAAAGAAAAAGTCAAAATGATTTGAAAT
1 AATAAGCTTATATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAAT
** * * *
11159994 AGATAATTACTCAAATAGTCATTACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATC
66 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATC
* * *
11160059 TTTTACTTATTAATTATTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTTG
131 TCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTT-ATTCG
* * * * * * *
11160110 AATACA-CTTGTATGAA-TAGAAACTATTGTTTTATAATAGAACAAAAATTCATAATGATTTGAA
1 AATA-AGCTTATATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAA
* * * * * *
11160173 ATAAATAATTGCTCAAATTGTCGTAACTATTTGAAC-TGTTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAA
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* * * *
11160237 A--TCTT--TTATTAATTTTTGAAACATTAGTAGATTAGTATTATTTTATTCCG
128 ATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATT-CG
* * * ** * *
11160287 AACAAACTTATAT-ACACAAAAACTTTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAA
1 AATAAGCTTATATGA-ACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAA
* * * * * **
11160351 TAAATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGATCTTGTTAGGT-AACA-AAAT-TTTTTTAAAT
65 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAAT
* * * * *
11160413 CTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAGTAAATTCATTTTATTTTATTCCT
130 CTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATT-CG
* * * * *
11160465 AATAAGC-TAGTATGAATTAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAA
1 AATAAGCTTA-TATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAA
* * **** * *
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65 TAGATAATTGTTCA-AATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAA
* * * *
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128 ATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATT-CG
* * * * * *
11160646 AATAAGC-TAGTATGAATTAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAA
1 AATAAGCTTA-TATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAA
* * * **** *
11160710 TAGATAATTGTTCATAA-GGTCTTAACTATTTGAA-TCGGTTTAACAAACAAATTTATTTTTTAA
65 TAGATAATTGTTCA-AATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAA
* * * * *
11160773 ATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTATTAGATTAGTATTATTTTATTTTG
128 ATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TTCG
* * * * * * * * *
11160827 AATAAGCTTTTATGAA-TAGAAATAATTTTTTTATGATAGAACAAAAGGTTAAAATGATTTG--A
1 AATAAGCTTATATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAA
* * * * * * * *
11160889 TATACAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTAAACTGGTTCAGTAAACAGATATATGTTTTAAAT
65 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAAT
* * * * * *
11160954 CTCTTACTTATTAATGTTTGAAACATTAAT-AA-T-A-ATTGTTGTATGACC
130 CTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAT-TCG
* * * ** * * **** *
11161002 AA-AAACAATTGTTATATG-ACCAAACCAAAGGTAATAATGATTTGA-AATAA---AT-A--A-T
1 AATAAGC-----TTATATGAACTAAAACAATTGT-TTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATT
* * * * ** * * * *
11161057 TG---TTGA-AA-TGGTC--ATA---ATTA---TTTGAATTGATTCAGTAAACATATTCACTTTT
60 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTT
* * **
11161109 TAAATTTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTT
125 TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TTCG
* ** * * * * *
11161166 AATAAGCTTGTATGAACTGTAACAATTGTTTTATAAGAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAAT
1 AATAAGCTTATATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAAT
* ** ** * ** *
11161231 AGACAATTGTTTTAATAGTGGTAACTATTTGAATTTGTTCAATAAACAAATTTATTTTTTTAAA-
66 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTA-TTTTTTAAAT
* * * *
11161295 CTCATGCTTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGA-ATTATTTTATTTTG
130 CTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA-ATATTATTTTA-TTCG
* * * *
11161347 GATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGATCATAACAATTTTAAA
1 AATAAGCTTATATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAG-TCATAACGATTTGAAA
* * * * ** *
11161411 TAAATAATTGTTCAAATAGTCATAAGTATTTAAACTTATTCTATAAATAGATTTATCTTTTTAAA
65 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTAT-TTTTTAAA
* ** * *
11161476 TCTTTTGTTTATTAATTTTCT-AAATGTTAATAAATTTGA-ATTATTTTATTCTG
129 TCTCTTACTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAA-TTAATATTATTTTATTC-G
* * * * * * *
11161529 AATAAGCTTGTA--AAATATGAAACAAATATTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAAAAGATTTGA
1 AATAAGCTTATATGAACTA--AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCAT-AACGATTTGA
* * * ** * ** * * **
11161592 AATAGAAAATTATTCTAATAGTTTTAACTATTTGAA-TTGGTTTGACAAACACATTGAGATTTTA
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* * * ** *
11161656 AAT-TGTTACTTATTAATTTTT-AGAATATTATTAAATTAGTATTATTTATAACCA
127 AATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAATATTATTT-TATTCG
* * * *
11161710 AATAAGCTTCTGTG-A-TAAAA-AATTGTTGTTTTATGACAAAACATAAGGTCATAACGATTTGA
1 AATAAGCTTATATGAACTAAAACAA---TTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGA
** * * * * * *
11161772 AATAGATAATCATTCAAAT-GGCTATAATTATTTTAAC-TGAGTC-GTAAACAAACTTATTTTTT
63 AATAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAACAGATTTATTTTTT
* * ** * *
11161834 AAAAT-TTTTACTTAATAATTTAGGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT
126 -AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCG
* * * * * * * * *
11161889 ATCTAAGCTTGTATTAACTAAAAACAATTATTTTATGACAAATCAAAAGGTTATAATGATTTTAA
1 A-ATAAGCTTATATGAACT-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAA
* * * * * * **
11161954 ATAGACAATTGTTCAAATAATAATAACTATTTGAACTCGTTCGATAAATAGAACTATTTTTTTAA
64 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTA-TTTTTTAA
* * * *
11162019 ATCTCTTTCTTATTAAATTTTTG-AATGTTAATAAATTAATATTAATTTATTCTA
128 ATCTCTTACTTATT-AATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTC-G
* * * * * * * * *
11162073 AATAAGCTTTTATGAACTGAAACAATTGTTTTATAACTAAATAAAAGGTCAAAACAATTTGAAGT
1 AATAAGCTTATATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAAT
* * * * * * *
11162138 AGATAATTTTTCTAGTTGTCTTAACCATTTGAAC-TGATTCGGCAAACA-AGTTTATTTTTTAAA
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* * * *
11162201 --TC-T-CTTATTAATTTTTAAAATATTATTAAATTACTATTATTTTAATCTG
129 TCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTC-G
* * * *
11162250 AATAAGCTTGTATGAAC-AAAACAATTGTTTTATGATAAAA-GAAAAGTTTATAACGATTTGAAA
1 AATAAGCTTATATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAG-TCATAACGATTTGAAA
* * * * * * ** ** *
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65 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAAT
* * * * * * * * * *
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** * * * * * * * *
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* * * * * * * * * * *
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* * * *
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* * ** * * * *
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* * * * * * * *
11162673 TAGATAATTGTTTAAATAGTTATAATTATTTGAA-TTGGTTCTGTAAATAAAATTATTTTCTAAA
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* * *
11162737 -C-C-T-CTTATAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTTTTATTCTT-TTCCG
129 TCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATT-TTATT-CG
* * ** * * * *
11162786 AAGAAGCTTGTA--AA-T--AA-TTTTTTTTTGTGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAAT
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* * * * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * *
11163023 ATAGATAATTATTCAAATAATCATAATTATTTGTAA-TGGTTTGGTAAATATATTTATTTTGTAA
64 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG-AACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAA
* * ** * **
11163087 A--TC-T-CTTATTGATTCTTGAAATATTAATAAATTAGGATTATTTGATTTTA
128 ATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TTCG
* **** * * * *
11163137 AATAAGCTTGTATGTTGAAAAACAATTGTTTTATCACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAAT
1 AATAAGCTTATATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAAT
* * * * * ** *
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* * *
11163265 CTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTG
130 CTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TTCG
* * * * * * *
11163317 GATAAGCTT-TCATGAACCAAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGAT-GTAATGATTTTAA
1 AATAAGCTTAT-ATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAG-TCATAACGATTTGAA
* * * *
11163380 ATTGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTACACACATTTATTTTTTCAA
64 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTT-AA
* * * *
11163445 A-CTCATGCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTG
128 ATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTC-G
* * * * * * *
11163498 AATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTATTATATGACTAAACAAAATGTCAGAATC-ATTTAAAA
1 AATAAGCTTATATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAA-CGATTTGAAA
* * * * * * *
11163562 TAGATAATTATTCTAATATTCTTAACTATTTGAA-TTGGTGCGGTAAATACATTTATTTTTTAAA
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* * *
11163626 --TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAAATAGTATTATTTT
129 TCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTT
11163669 TATTTGCAAT
Statistics
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TCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCG
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Alignment explanation
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11160473 AGTATGAATT
* * *
11160483 AAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCATAAGG
1 AAAAAAATTATTATATGACAAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCATAAGG
* * * *
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* * *
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* * * *
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* * **
11160742 AATCGGTTTAACAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTAG-TTATTAATTTTTGAAATATTATT
260 AATCGGTTCAACAAACAAATTTATTTTTTTAAA-CTCAT-GCTTATTAATTTTTGAAATATTAAG
* * * * * *
11160805 AGATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTTTATGAA-TAGAAATAATTTTTTTATGATAGAAC
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* * *
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387 AAAAGATATAACAAT--TTTAAATAAACAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTAAACTGGTTCA
11160931 GTAAACAGATATATGTTTTAAATCTCTTACTTATTAATGTTTGAAACATTAATAATAATTGTTGT
450 GTAAACAGATATATGTTTTAAATCTCTTACTTATTAATGTTTGAAACATTAATAATAATTGTTGT
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515 ATGACC
* * * ** *
11161002 AAAAACAATTGTTATATGACCAAACCAAAGGTAATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTGA-AAT
1 AAAAA-AATTATTATATGACAAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCATAA-
* ** * *
11161066 GGTCATAATTATTTGAATTGATTCAGTAAAC-ATATTCACTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATT
64 GGTCATAACTATTTGAATTGATTCAACAAACAAAATT-ACTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
** * ** * *
11161130 TTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTTTAATAAGCTTGTATGAACTGTAACAATTG
128 TTTGAAATATTAATAAATTCA-TATTATTTTATTCCTAATAAGCTAGTATGAACTAAAAAAATTA
* * * *
11161194 TTTTATAAGAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGACAATTGTTTTAATAGTGGTAACTAT
192 TTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAGACAATTGTTATAATAGTCGTAACTAT
** *
11161259 TTGAATTTGTTCAATAAACAAATTTATTTTTTTAAACTCATGCTTATTAATTTTTGAAATATTAA
257 TTGAATCGGTTCAACAAACAAATTTATTTTTTTAAACTCATGCTTATTAATTTTTGAAATATTAA
*
11161324 GAAATTAGAATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
322 GAAATTAGAATTATTTTATTTTGAATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * *
11161389 AAAAGATCATAACAATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAAGTATTTAAACT
387 AAAAGAT-ATAACAATTTTAAATAAACAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTAAACT
11161447 TATTCTATAA
Statistics
Matches: 377, Mismatches: 56, Indels: 21
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
519 16 0.04
520 308 0.82
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523 3 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (520 bp):
AAAAAAATTATTATATGACAAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCATAAGG
TCATAACTATTTGAATTGATTCAACAAACAAAATTACTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
GAAATATTAATAAATTCATATTATTTTATTCCTAATAAGCTAGTATGAACTAAAAAAATTATTTT
ATAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAGACAATTGTTATAATAGTCGTAACTATTTGA
ATCGGTTCAACAAACAAATTTATTTTTTTAAACTCATGCTTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAA
TTAGAATTATTTTATTTTGAATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
GATATAACAATTTTAAATAAACAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTAAACTGGTTCAGTAAAC
AGATATATGTTTTAAATCTCTTACTTATTAATGTTTGAAACATTAATAATAATTGTTGTATGACC
Found at i:11162902 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 11162456--11163668 Score: 568
Period size: 180 Copynumber: 6.8 Consensus size: 171
11162446 TAATCAATTA
* * * ** * * * ** *
11162456 TTTGATGACAAAATAAAATGTTATAATGATTTGAAATAGTTAGTTATTCAAAGAGTCAAAACTAT
1 TTTG-TGACAAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCTTAATTAT
** * *
11162521 TTGAAATGGTTTGGTAAGCATATTTACTTTT-TAAATTTCTTACTGATTAATTTTCT-AAATATT
65 TTG-AATGGTTTGGTAAATAAATTTA-TTTTCTAAATCTCTTA-T-A--AATTTT-TGAAATATT
* * * * *
11162584 AATAAATTAGTATTATCTTATTTCGAAAGAACTTATATTAAGAAAAATAATTGTTT
123 AATAAATTAGTATTATTTTA-TTCCAAAGAA---A-CTT--GATAAATAATTTTTT
* * * *
11162640 TATG-G-CAAAACAAAAAGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGT-TATAATTAT
1 TTTGTGACAAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCT-TAATTAT
* *
11162702 TTGAATTGGTTCT-GTAAATAAAATTATTTTCTAAACCTCTTATAAATTTTTGAAATATTAATAA
65 TTGAA-TGGTT-TGGTAAATAAATTTATTTTCTAAATCTCTTATAAATTTTTGAAATATTAATAA
* * *
11162766 ATTAGTTTTATTCTT-TTCCGAAGAAGCTTG-TAAATAATTTTTT
128 ATTAGTATTATT-TTATTCCAAAGAAACTTGATAAATAATTTTTT
* * * *
11162809 TTTGTGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCATATAGTCTTAATTGTT
1 TTTGTGACAAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCTTAATTATT
* * * * * *
11162874 TGAACTGGTTTGGCAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAATATTAATTTAT-AGAATTTTACT
66 TGAA-TGGTTTGGTAAATAAATTTATTTTCTAAATCTCTT-ATA--AATTTTTGA-AATATTAAT
* * ** *
11162938 AAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATAAGCAGAAACAATTGT
126 AAATTAGTATTATTTTATTCCAAAGAAACTTG-ATAA--A-TAA-TTTTTT
* * * *
11162989 TTTGTGATAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCATAATTATT
1 TTTGTGACAAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCTTAATTATT
* * ** *
11163054 TGTAATGGTTTGGTAAATATATTTATTTTGTAAATCTCTTATTGATTCTTGAAATATTAATAAAT
66 TG-AATGGTTTGGTAAATAAATTTATTTTCTAAATCTCTTATAAATTTTTGAAATATTAATAAAT
* * ** * * ** *
11163119 TAGGATTATTTGATTTTAAATAAGCTTGTATGTTGAAA-AACAATTGT
130 TAGTATTATTTTATTCCAAAGAAACTTG-A---T-AAATAA-TTTTTT
* * ** * * * * *
11163166 TTTATCACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAGTTGTTCAAATGGCCATAATTATT
1 TTTGTGACAAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCTTAATTATT
* * * * *
11163231 GGAATTG-AT--TCAATAAACTGATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTA
66 TGAATGGTTTGGTAAATAAA-T--TTATTTTCTAAATCTCTTA--TA--AATTTTTGAAATATTA
* **** * * * * ** *
11163293 ATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTCATGAACCAAAACAATTGT
124 ATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAAGAAAC-TTGAT-AA--ATAA-TTTTTT
* * * ** * * * * *
11163346 TTTATGACAAAATAAAAGG-ATGTAATGATTTTAAATTGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
1 TTTGTGACAAAACAAAAGGTA-ATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCTTAATTAT
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* * * *
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* * *
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* * * * * *
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64 A
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*
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* *
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*
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* * ** *
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* * * * ** *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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*
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*
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Done.