Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019168382.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_60, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 143073
ACGTcount: A:0.43, C:0.07, G:0.07, T:0.43
File 4 of 4
Found at i:111412 original size:13 final size:15
Alignment explanation
Indices: 111381--111431 Score: 52
Period size: 13 Copynumber: 3.3 Consensus size: 15
111371 ATATATTCAT
*
111381 TTTAATAATATATAT
1 TTTAATAATATATAA
111396 TTTAA-AAT-TATAA
1 TTTAATAATATATAA
111409 TTTATATAATAATATATA
1 TTTA-ATAAT-ATATA-A
111427 TTTAA
1 TTTAA
111432 GACTATATTT
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 1, Indels: 8
0.77 0.03 0.21
Matches are distributed among these distances:
13 8 0.27
14 4 0.13
15 8 0.27
17 5 0.17
18 5 0.17
ACGTcount: A:0.49, C:0.00, G:0.00, T:0.51
Consensus pattern (15 bp):
TTTAATAATATATAA
Found at i:111424 original size:32 final size:33
Alignment explanation
Indices: 111376--111455 Score: 101
Period size: 32 Copynumber: 2.5 Consensus size: 33
111366 TAAGTATATA
* *
111376 TTCATTTTAATAATATATATTTTAAAATTATAAT
1 TTCATTATAATAATATATA-TTTAAAACTATAAT
* *
111410 TT-A-TATAATAATATATATTTAAGACTATATT
1 TTCATTATAATAATATATATTTAAAACTATAAT
111441 TTCATTATAATAATA
1 TTCATTATAATAATA
111456 ATGAAAATAT
Statistics
Matches: 40, Mismatches: 4, Indels: 5
0.82 0.08 0.10
Matches are distributed among these distances:
31 13 0.32
32 14 0.35
33 11 0.28
34 2 0.05
ACGTcount: A:0.45, C:0.04, G:0.01, T:0.50
Consensus pattern (33 bp):
TTCATTATAATAATATATATTTAAAACTATAAT
Found at i:111451 original size:30 final size:32
Alignment explanation
Indices: 111383--111455 Score: 94
Period size: 31 Copynumber: 2.2 Consensus size: 32
111373 ATATTCATTT
*
111383 TAATAATATATATTTTAAAATTATAATTTATA
1 TAATAATATATATTTTAAAACTATAATTTATA
* *
111415 TAATAATATATA-TTTAAGACTATATTTTCATTA
1 TAATAATATATATTTTAAAACTATAATTT-A-TA
111448 TAATAATA
1 TAATAATA
111456 ATGAAAATAT
Statistics
Matches: 36, Mismatches: 3, Indels: 3
0.86 0.07 0.07
Matches are distributed among these distances:
31 13 0.36
32 13 0.36
33 10 0.28
ACGTcount: A:0.48, C:0.03, G:0.01, T:0.48
Consensus pattern (32 bp):
TAATAATATATATTTTAAAACTATAATTTATA
Found at i:111594 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 111572--111644 Score: 51
Period size: 19 Copynumber: 3.7 Consensus size: 19
111562 TTATTAATAA
111572 ATTATATAACAATATAATT
1 ATTATATAACAATATAATT
* *
111591 ATTATACTATATTATTATAATT
1 ATTATA-TA-A-CAATATAATT
* * *
111613 ATTGTTATTATAAT-TAATT
1 ATT-ATATAACAATATAATT
111632 ATTA-ATAACAATA
1 ATTATATAACAATA
111645 ATTATTTTAT
Statistics
Matches: 41, Mismatches: 8, Indels: 11
0.68 0.13 0.18
Matches are distributed among these distances:
17 6 0.15
19 14 0.34
20 5 0.12
21 2 0.05
22 12 0.29
23 2 0.05
ACGTcount: A:0.47, C:0.04, G:0.01, T:0.48
Consensus pattern (19 bp):
ATTATATAACAATATAATT
Found at i:112307 original size:29 final size:25
Alignment explanation
Indices: 112246--112315 Score: 94
Period size: 26 Copynumber: 2.9 Consensus size: 25
112236 TAAACTACTA
112246 ATATGATTATAATATAAAATAATATT
1 ATAT-ATTATAATATAAAATAATATT
112272 ATATATTATAATATATAAATAATATT
1 ATATATTATAATATA-AAATAATATT
112298 AT-TATT-T-AT-TAAAATAAT
1 ATATATTATAATATAAAATAAT
112316 TAGAATTTTA
Statistics
Matches: 43, Mismatches: 0, Indels: 7
0.86 0.00 0.14
Matches are distributed among these distances:
21 7 0.16
22 2 0.05
23 2 0.05
24 1 0.02
25 15 0.35
26 16 0.37
ACGTcount: A:0.53, C:0.00, G:0.01, T:0.46
Consensus pattern (25 bp):
ATATATTATAATATAAAATAATATT
Found at i:112976 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 112948--112997 Score: 55
Period size: 20 Copynumber: 2.5 Consensus size: 20
112938 TAAGAAAATT
* *
112948 TAATGTTATAATATATAAAA
1 TAATTTTATAATAAATAAAA
* *
112968 TAATTTTATATTAAATAAAT
1 TAATTTTATAATAAATAAAA
*
112988 TTATTTTATA
1 TAATTTTATA
112998 TATTTTTAAT
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 5, Indels: 0
0.83 0.17 0.00
Matches are distributed among these distances:
20 25 1.00
ACGTcount: A:0.48, C:0.00, G:0.02, T:0.50
Consensus pattern (20 bp):
TAATTTTATAATAAATAAAA
Found at i:112983 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 112959--113010 Score: 52
Period size: 15 Copynumber: 3.5 Consensus size: 15
112949 AATGTTATAA
*
112959 TATATAAAATAATTT
1 TATATTAAATAATTT
*
112974 TATATTAAATAAATT
1 TATATTAAATAATTT
* * *
112989 TATTTTATATATTTT
1 TATATTAAATAATTT
113004 TA-ATTAA
1 TATATTAA
113011 TTATTATAAA
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 8, Indels: 1
0.76 0.21 0.03
Matches are distributed among these distances:
14 3 0.10
15 26 0.90
ACGTcount: A:0.46, C:0.00, G:0.00, T:0.54
Consensus pattern (15 bp):
TATATTAAATAATTT
Found at i:113027 original size:14 final size:14
Alignment explanation
Indices: 113004--113053 Score: 50
Period size: 14 Copynumber: 3.6 Consensus size: 14
112994 TATATATTTT
113004 TAAT-TAATTATTA
1 TAATATAATTATTA
*
113017 TAA-ATATATTATAA
1 TAATATA-ATTATTA
*
113031 TAATATAATTATTT
1 TAATATAATTATTA
113045 TATATATAA
1 TA-ATATAA
113054 ATAATTTATA
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 3, Indels: 6
0.77 0.08 0.15
Matches are distributed among these distances:
13 5 0.17
14 16 0.53
15 9 0.30
ACGTcount: A:0.50, C:0.00, G:0.00, T:0.50
Consensus pattern (14 bp):
TAATATAATTATTA
Found at i:113058 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 112958--113059 Score: 62
Period size: 19 Copynumber: 5.7 Consensus size: 19
112948 TAATGTTATA
*
112958 ATATAT-AA-AATAATTTT
1 ATATATAAATAATTATTTT
112975 ATAT-TAAATAAATTTATTTT
1 ATATATAAAT-AA-TTATTTT
*** *
112995 ATATATTTTTAATTA-ATT
1 ATATATAAATAATTATTTT
113013 AT-TATAAAT-A-TA--TT
1 ATATATAAATAATTATTTT
113027 ATA-ATAATATAATTATTTT
1 ATATATAA-ATAATTATTTT
113046 ATATATAAATAATT
1 ATATATAAATAATT
113060 TATATTGTTA
Statistics
Matches: 65, Mismatches: 8, Indels: 22
0.68 0.08 0.23
Matches are distributed among these distances:
14 8 0.12
15 4 0.06
16 3 0.05
17 12 0.18
18 4 0.06
19 16 0.25
20 16 0.25
21 2 0.03
ACGTcount: A:0.48, C:0.00, G:0.00, T:0.52
Consensus pattern (19 bp):
ATATATAAATAATTATTTT
Found at i:113237 original size:17 final size:16
Alignment explanation
Indices: 113215--113270 Score: 53
Period size: 17 Copynumber: 3.4 Consensus size: 16
113205 TTTATTTGAT
113215 AATTTATATATATTATA
1 AATTTATATATA-TATA
*
113232 AATTTATATTTATAT-
1 AATTTATATATATATA
*
113247 AA-TTATAGATAATATA
1 AATTTATATAT-ATATA
113263 TAATTTAT
1 -AATTTAT
113271 TAATTTTTAT
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 3, Indels: 7
0.76 0.07 0.17
Matches are distributed among these distances:
14 6 0.19
15 6 0.19
16 3 0.09
17 13 0.41
18 4 0.12
ACGTcount: A:0.46, C:0.00, G:0.02, T:0.52
Consensus pattern (16 bp):
AATTTATATATATATA
Found at i:113242 original size:31 final size:32
Alignment explanation
Indices: 113185--113270 Score: 83
Period size: 31 Copynumber: 2.8 Consensus size: 32
113175 ATAAATAATA
* *
113185 ATAATAATAG-TAAT-TAATAATTTAT-TTGAT
1 ATAATTATAGATAATAT-ATAATTTATATTTAT
* * *
113215 A-ATTTATATATATTATA-AATTTATATTTAT
1 ATAATTATAGATAATATATAATTTATATTTAT
113245 ATAATTATAGATAATATATAATTTAT
1 ATAATTATAGATAATATATAATTTAT
113271 TAATTTTTAT
Statistics
Matches: 43, Mismatches: 8, Indels: 8
0.73 0.14 0.14
Matches are distributed among these distances:
29 12 0.28
30 10 0.23
31 14 0.33
32 7 0.16
ACGTcount: A:0.47, C:0.00, G:0.03, T:0.50
Consensus pattern (32 bp):
ATAATTATAGATAATATATAATTTATATTTAT
Found at i:113262 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 113216--113263 Score: 62
Period size: 23 Copynumber: 2.1 Consensus size: 23
113206 TTATTTGATA
*
113216 ATTTATATATATTATAAATTTAT
1 ATTTATATATATTATAAATATAT
*
113239 ATTTATATA-ATTATAGATAATAT
1 ATTTATATATATTATAAAT-ATAT
113262 AT
1 AT
113264 AATTTATTAA
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 2, Indels: 2
0.85 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
22 8 0.36
23 14 0.64
ACGTcount: A:0.46, C:0.00, G:0.02, T:0.52
Consensus pattern (23 bp):
ATTTATATATATTATAAATATAT
Found at i:113264 original size:25 final size:23
Alignment explanation
Indices: 113213--113275 Score: 67
Period size: 25 Copynumber: 2.7 Consensus size: 23
113203 AATTTATTTG
*
113213 ATAATTTATATATATTATAAATTT
1 ATAATTTATATA-ATTATAAATAT
113237 AT-ATTTATATAATTATAGATAATAT
1 ATAATTTATATAATTAT--A-AATAT
113262 ATAATTTAT-TAATT
1 ATAATTTATATAATT
113276 TTTATTTAAT
Statistics
Matches: 34, Mismatches: 1, Indels: 7
0.81 0.02 0.17
Matches are distributed among these distances:
22 5 0.15
23 9 0.26
24 3 0.09
25 11 0.32
26 6 0.18
ACGTcount: A:0.46, C:0.00, G:0.02, T:0.52
Consensus pattern (23 bp):
ATAATTTATATAATTATAAATAT
Found at i:114040 original size:19 final size:20
Alignment explanation
Indices: 114018--114056 Score: 53
Period size: 19 Copynumber: 2.0 Consensus size: 20
114008 AAAAAGCAAA
* *
114018 AATTAATTAATTAT-ATTAT
1 AATTAAATAAATATAATTAT
114037 AATTAAATAAATATAATTAT
1 AATTAAATAAATATAATTAT
114057 TTATTAATCT
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 2, Indels: 1
0.85 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
19 12 0.71
20 5 0.29
ACGTcount: A:0.54, C:0.00, G:0.00, T:0.46
Consensus pattern (20 bp):
AATTAAATAAATATAATTAT
Found at i:114755 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 114732--114787 Score: 64
Period size: 19 Copynumber: 3.1 Consensus size: 18
114722 ATTAAATAAA
114732 TATTTA-AATAATAACTAT
1 TATTTATAATAATAA-TAT
114750 TATTTATAA-ATATAATAT
1 TATTTATAATA-ATAATAT
114768 TAATTTATAATAATAA-AT
1 T-ATTTATAATAATAATAT
114786 TA
1 TA
114788 CTAATAAATT
Statistics
Matches: 34, Mismatches: 0, Indels: 9
0.79 0.00 0.21
Matches are distributed among these distances:
17 1 0.03
18 14 0.41
19 18 0.53
20 1 0.03
ACGTcount: A:0.52, C:0.02, G:0.00, T:0.46
Consensus pattern (18 bp):
TATTTATAATAATAATAT
Found at i:114773 original size:19 final size:20
Alignment explanation
Indices: 114736--114783 Score: 66
Period size: 19 Copynumber: 2.5 Consensus size: 20
114726 AATAAATATT
114736 TAAATAATAACTATTATTTA
1 TAAATAATAACTATTATTTA
114756 TAAAT-ATAA-TATTAATTTA
1 TAAATAATAACTATT-ATTTA
114775 T-AATAATAA
1 TAAATAATAA
114784 ATTACTAATA
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 0, Indels: 5
0.84 0.00 0.16
Matches are distributed among these distances:
18 7 0.27
19 14 0.54
20 5 0.19
ACGTcount: A:0.54, C:0.02, G:0.00, T:0.44
Consensus pattern (20 bp):
TAAATAATAACTATTATTTA
Found at i:114800 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 114778--114821 Score: 54
Period size: 19 Copynumber: 2.3 Consensus size: 19
114768 TAATTTATAA
114778 TAATAAAT-TACTAATAAAT
1 TAATAAATATACT-ATAAAT
**
114797 TAATATTTATACTATAAAT
1 TAATAAATATACTATAAAT
114816 TAATAA
1 TAATAA
114822 CAATAATTAA
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 3, Indels: 2
0.81 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
19 17 0.81
20 4 0.19
ACGTcount: A:0.55, C:0.05, G:0.00, T:0.41
Consensus pattern (19 bp):
TAATAAATATACTATAAAT
Found at i:115358 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 115335--115379 Score: 56
Period size: 18 Copynumber: 2.5 Consensus size: 18
115325 AATTAAAATG
*
115335 ATTATATTATAACTA-AGA
1 ATTATATTATAA-TATAAA
*
115353 ATTATAATATAATATAAA
1 ATTATATTATAATATAAA
115371 ATTATATTA
1 ATTATATTA
115380 ATTATTAAAT
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 3, Indels: 2
0.82 0.11 0.07
Matches are distributed among these distances:
17 2 0.09
18 21 0.91
ACGTcount: A:0.53, C:0.02, G:0.02, T:0.42
Consensus pattern (18 bp):
ATTATATTATAATATAAA
Found at i:115968 original size:9 final size:9
Alignment explanation
Indices: 115954--116003 Score: 57
Period size: 9 Copynumber: 5.7 Consensus size: 9
115944 TAATTAAATA
115954 ATAATATTT
1 ATAATATTT
115963 ATAATATTT
1 ATAATATTT
* *
115972 AAAATAATT
1 ATAATATTT
*
115981 ATAATATCT
1 ATAATATTT
*
115990 -TGATATTT
1 ATAATATTT
115998 ATAATA
1 ATAATA
116004 AGATTATAAA
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 8, Indels: 2
0.76 0.19 0.05
Matches are distributed among these distances:
8 6 0.19
9 26 0.81
ACGTcount: A:0.48, C:0.02, G:0.02, T:0.48
Consensus pattern (9 bp):
ATAATATTT
Found at i:116523 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 116493--116535 Score: 54
Period size: 15 Copynumber: 2.8 Consensus size: 16
116483 TCTATGCAAT
*
116493 TATTAATTA-ATATTA
1 TATTTATTATATATTA
116508 TATTTATTATATATTA
1 TATTTATTATATATTA
*
116524 TAATTA-TATATA
1 TATTTATTATATA
116536 ATAAATATAT
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 2, Indels: 2
0.86 0.07 0.07
Matches are distributed among these distances:
15 14 0.56
16 11 0.44
ACGTcount: A:0.44, C:0.00, G:0.00, T:0.56
Consensus pattern (16 bp):
TATTTATTATATATTA
Found at i:116523 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 116504--116572 Score: 77
Period size: 22 Copynumber: 3.1 Consensus size: 22
116494 ATTAATTAAT
116504 ATTATATTTATTATATATTATA
1 ATTATATTTATTATATATTATA
* * *
116526 ATTATATATAATAAATA-TATA
1 ATTATATTTATTATATATTATA
*
116547 ATTATATTAATTATAATATTTATA
1 ATTATATTTATTAT-ATA-TTATA
116571 AT
1 AT
116573 AAGTAAAAAT
Statistics
Matches: 37, Mismatches: 7, Indels: 4
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
21 14 0.38
22 17 0.46
24 6 0.16
ACGTcount: A:0.48, C:0.00, G:0.00, T:0.52
Consensus pattern (22 bp):
ATTATATTTATTATATATTATA
Found at i:116531 original size:13 final size:13
Alignment explanation
Indices: 116491--116552 Score: 54
Period size: 13 Copynumber: 4.5 Consensus size: 13
116481 AATCTATGCA
116491 ATTATTAATTA-AT
1 ATTA-TAATTATAT
116504 ATTATATTTATTATAT
1 ATTATA---ATTATAT
116520 ATTATAATTATAT
1 ATTATAATTATAT
* *
116533 ATAATAAATATAT
1 ATTATAATTATAT
116546 AATTATA
1 -ATTATA
116553 TTAATTATAA
Statistics
Matches: 41, Mismatches: 3, Indels: 9
0.77 0.06 0.17
Matches are distributed among these distances:
12 2 0.05
13 22 0.54
14 5 0.12
15 4 0.10
16 8 0.20
ACGTcount: A:0.48, C:0.00, G:0.00, T:0.52
Consensus pattern (13 bp):
ATTATAATTATAT
Found at i:116570 original size:26 final size:27
Alignment explanation
Indices: 116493--116570 Score: 74
Period size: 26 Copynumber: 2.9 Consensus size: 27
116483 TCTATGCAAT
*
116493 TATTA-ATTAA-TATTATATTTATTATA
1 TATTATATTAATTATAATATTTA-TATA
**
116519 TATTATAATT-ATATATAATAAATATATA
1 TATTAT-ATTAAT-TATAATATTTATATA
116547 -ATTATATTAATTATAATATTTATA
1 TATTATATTAATTATAATATTTATA
116571 ATAAGTAAAA
Statistics
Matches: 42, Mismatches: 5, Indels: 10
0.74 0.09 0.18
Matches are distributed among these distances:
26 19 0.45
27 8 0.19
28 7 0.17
29 8 0.19
ACGTcount: A:0.47, C:0.00, G:0.00, T:0.53
Consensus pattern (27 bp):
TATTATATTAATTATAATATTTATATA
Found at i:116591 original size:36 final size:36
Alignment explanation
Indices: 116517--116607 Score: 98
Period size: 36 Copynumber: 2.5 Consensus size: 36
116507 ATATTTATTA
* *
116517 TATATTATAATTATATATAATAAATATATAATTATAT
1 TATATTATAA-TATTTATAATAAATATAAAATTATAT
*
116554 TA-ATTATAATATTTATAATAAGTA-AAAATTTAGTAT
1 TATATTATAATATTTATAATAAATATAAAA-TTA-TAT
*
116590 TATATTAT-TTATTTATAA
1 TATATTATAATATTTATAA
116608 AACATTATAT
Statistics
Matches: 47, Mismatches: 4, Indels: 7
0.81 0.07 0.12
Matches are distributed among these distances:
34 3 0.06
35 16 0.34
36 21 0.45
37 7 0.15
ACGTcount: A:0.48, C:0.00, G:0.02, T:0.49
Consensus pattern (36 bp):
TATATTATAATATTTATAATAAATATAAAATTATAT
Found at i:116599 original size:32 final size:34
Alignment explanation
Indices: 116513--116601 Score: 94
Period size: 35 Copynumber: 2.6 Consensus size: 34
116503 TATTATATTT
* *
116513 ATTATA-TATTATAATTATATATAATAAATATATA
1 ATTATAGTATTAT-ATTATTTATAATAAATATAAA
* * *
116547 ATTATATTAATTATAATATTTATAATAAGTA-AAA
1 ATTATAGT-ATTATATTATTTATAATAAATATAAA
116581 ATT-TAGTATTATATTATTTAT
1 ATTATAGTATTATATTATTTAT
116602 TTATAAAACA
Statistics
Matches: 47, Mismatches: 6, Indels: 6
0.80 0.10 0.10
Matches are distributed among these distances:
32 13 0.28
33 3 0.06
34 11 0.23
35 15 0.32
36 5 0.11
ACGTcount: A:0.48, C:0.00, G:0.02, T:0.49
Consensus pattern (34 bp):
ATTATAGTATTATATTATTTATAATAAATATAAA
Found at i:116932 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 116908--116944 Score: 58
Period size: 19 Copynumber: 1.9 Consensus size: 19
116898 CCGATATATT
116908 ATTAT-ATATAAATATAAAA
1 ATTATAATA-AAATATAAAA
116927 ATTATAATAAAATATAAA
1 ATTATAATAAAATATAAA
116945 TAACTGTTAG
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 0, Indels: 2
0.89 0.00 0.11
Matches are distributed among these distances:
19 14 0.82
20 3 0.18
ACGTcount: A:0.65, C:0.00, G:0.00, T:0.35
Consensus pattern (19 bp):
ATTATAATAAAATATAAAA
Found at i:117044 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 117005--117038 Score: 59
Period size: 16 Copynumber: 2.1 Consensus size: 16
116995 GTTATTCATG
*
117005 ATATTATATTTAATTA
1 ATATTATATTTAAATA
117021 ATATTATATTTAAATA
1 ATATTATATTTAAATA
117037 AT
1 AT
117039 TGTATAGATT
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 1, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
16 17 1.00
ACGTcount: A:0.47, C:0.00, G:0.00, T:0.53
Consensus pattern (16 bp):
ATATTATATTTAAATA
Found at i:117561 original size:180 final size:179
Alignment explanation
Indices: 117311--117655 Score: 390
Period size: 180 Copynumber: 1.9 Consensus size: 179
117301 TTTATACTAT
* *
117311 TTTATTCAAAATAAAATAATGCAAATTTAATAATATTCCAAAACTTAATAACCAAAAAAATTAAA
1 TTTATTCAAAATAAAATAATGCAAATTTAATAATATTCAAAAAATTAATAACCAAAAAAATTAAA
* * *
117376 AAATAAATCTAAT-TACCGAACCAATTCAAATAGTTAAAACTATATA-AATGATTATCTA-TTTC
66 AAATAAAT-TAATCTACCAAACCAATTCAAATAGTTAAAACTAT-TAGAATAATTATATACTTT-
* * * *
117438 AAATTGTTATGGCCTTTTCTTTTGTCATAAAACAATTGTCTTGTTTTTTCAAG
128 AAATCGTTATGACCATTT-TTTAGTCATAAAACAATTGTCTTGTTTTTTCAAG
* * * * * * ** * * *
117491 TTTATTCATATTAAAATAATTCTAATTTCATAATATTTAAAAAATTAATAAGTAACATATTTAAA
1 TTTATTCAAAATAAAATAATGCAAATTTAATAATATTCAAAAAATTAATAACCAAAAAAATTAAA
* * * * * *
117556 AAATAAATTTATCTATCAAATCATTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATATACTTTGAA
66 AAATAAATTAATCTACCAAACCAATTCAAATAGTTAAAACTATTAGAATAATTATATACTTTAAA
*
117621 TCGTTTTGACCATTTTTTAGTCATAAAACAATTGT
131 TCGTTATGACCATTTTTTAGTCATAAAACAATTGT
117656 TTCAATTCAT
Statistics
Matches: 135, Mismatches: 27, Indels: 7
0.80 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
179 24 0.18
180 108 0.80
181 3 0.02
ACGTcount: A:0.44, C:0.11, G:0.06, T:0.39
Consensus pattern (179 bp):
TTTATTCAAAATAAAATAATGCAAATTTAATAATATTCAAAAAATTAATAACCAAAAAAATTAAA
AAATAAATTAATCTACCAAACCAATTCAAATAGTTAAAACTATTAGAATAATTATATACTTTAAA
TCGTTATGACCATTTTTTAGTCATAAAACAATTGTCTTGTTTTTTCAAG
Found at i:119833 original size:535 final size:534
Alignment explanation
Indices: 118539--120757 Score: 1963
Period size: 535 Copynumber: 4.1 Consensus size: 534
118529 GCAAATTCAT
* * * * *
118539 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATCATTATGA-----TGTTTTGTCATAAAA
1 ATAGTCATGACAATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
* * * *
118599 TAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAAT--AAT--T-CTAATTTATTAATATTCCAAAA
66 CAATTGTTTTAATTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAATCCAAAA
* * * * * * ** *
118659 ATTAATAAGTAAGTGATTTAAAAAGTGAATCTATTTGCCAAATTAGTTCAAATAATTATGGTC-A
131 ATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATTTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAATTA-GGACTA
* * * * *
118723 TTTCAACAATTATCTATTTCAAATCATTATCACCTTTTGTTTGGACATATAACAATTGTTTTT-T
195 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATA-AACAAATGTTTTTGT
* * * * *
118787 ATCATACATGATTATTT-GAAATAAAATAATAATAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAG-A
259 -TCATATAAGCTTATTTCG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
* * * * * * *
118850 GATTTAAAAAATGAATCTATTTATCGAACCAGTTAAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTCTAT
322 GATTTAAAAAATAAATCTATGTATC-AAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAGCAATTATTT
* * * *
118915 ACTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTATGTCATAAAACAATTATTTCTGTTCATACAAGCTTATT
386 ATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTCTGTTCATACAAGCTTATT
* * * ** * * **
118980 CAAAATAAAACAATACTAATCTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTTAGGGATTTAAAAAATAA
451 CAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT--
* *
119045 AATTGTTTGCCGAACCAA-TTCAA
514 -A-TGTTTACCGAA-CAAGATCAA
* * ** * * *
119068 ATAGTTAAGATTATATGAACAATTATCTA-TTCAAATCATTATGACCTTTTGTCTTGTCAT-AAA
1 ATAGTCATGACAATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
* * * * * *
119131 TAATT-TTCTCAATTCATACT-AGCTTATTCAGAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTCA
66 CAATTGTT-TTAATTCATA-TAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATAATCCA
* * * * * *
119193 AAAAATAATAAGTAGGAGATTTAAAAAAT-AATTTTGTTTACCT-AGC-CGTTCAAAAAATTA-T
128 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAA-TTTGTTTA-CTAAACAAGTTCAAATAATTAGG
* * * *
119254 ACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTATTACTTTTTGTTTTGCCATACAACAAATGTTT
191 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATA-AACAAATGTTT
* * * *
119319 TTGTTCATATAAGTTTATTTGGAATAAAGTAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
255 TTGTTCATATAAGCTTATTTCGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
* *
119384 T-GATTTAGACAATAAATCTATGTATCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAGCAATTAT
320 TAGATTTAAAAAATAAATCTATGTATCAAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAGCAATTAT
* * * ** * *
119448 TTATTTCATATCATTATGACTTTTTGTTTTGTTGTAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA
384 TTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTCTGTTCATACAAGCTTA
*** * * * * * * * *
119513 TTTTTATTAACATAATACTAATTTACTAATATTTTGACAATTAGTAAGTAAAAAATTTTAAAAAT
449 TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
* *
119578 ATGTTTACCGCACTAGATCAA
514 ATGTTTACCGAACAAGATCAA
* * * *
119599 ATAATCATGACAATTTGAATAATTATCAATTTCAAATCGTTATGACCTTTTAATTTT-TCATAAA
1 ATAGTCATGACAATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT-GTTTTGTCATAAA
* * * *
119663 AGAATTGTTTTAGTTCATATAAGCTTATACAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAATCTAAA
65 ACAATTGTTTTAATTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAATCCAAA
* * *
119728 AATTAATAA-TAAAGAGATTTAAAAAATGACTTTGTTTACTAAACAAATTTAAATAATTAGGACT
130 AATTAATAAGT-AAGAGATTTAAAAAATGAATTTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAATTAGGACT
* * * * * * *
119792 GTTTAAATAATTATCTATTTGAAAT-AGCTATAACCTTTTGTTTTGTAATAAA-AGAATTTTTTC
194 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAACA-AATGTTTT-
* * *
119855 TGTTCATTTAAGCTTATTTCGAATAAAATAATACAAATTTATTAATA-TT-AAGACAATTAATTA
256 TGTTCATATAAGCTTATTTCGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA-A-AATTAATAA
* * * * * *
119918 GTAAAAGATTT-AAAAATAAATCTGCT-TACCGAACAAGTTCTAATCA-TTATGGCTATTTAAGC
319 GT---AGATTTAAAAAATAAATCT-ATGTATCAAAC-AGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAGC
* * ** *
119980 AGTTATTTATTTCAACAT-GTTATGATTTTTTATTTTGTCATAAAAAAATTATTTCTGTTCATAC
378 AATTATTTATTTCAA-ATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTCTGTTCATAC
* * * * * * *
120044 AAGTTTATTCAAATTAAAATAATATTAATTAATTAATATTTTGACAATTAATAAATAAAAGATTT
442 AAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGA-TT
* * *
120109 TAAAAAATATATTTTTACCAAACAAGTTCAA
506 T-AAAAA-ATATGTTTACCGAACAAGATCAA
* * * * *
120140 ATAGTCATTA-ATATTTCAATAATTAT-TGATTTCAAATCATTATGACCTTTTTCTTTTCTAATA
1 ATAGTCATGACA-ATTTGAATAATTATCT-ATTTCAAATCATTATGACC-TTTTGTTTTGTCATA
* * ** * * *
120203 AAACACTTGTTTCAATTCATATAAGCTTATTTGAAGTAAGATAATACTAATTTATTAATATTCCA
63 AAACAATTGTTTTAATTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAATCCA
* * * * * * * * *
120268 AAAATTAATGAGTGAGAGAATTAAAAAAAGAATATGTTTACTGAATAAGTTCAAATAGTTATGAC
128 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATTTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAATTAGGAC
* * * * *
120333 TATCTGAACAATTATCTATTTCAAAAT-ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACCATTGGCTT
193 TATTTGAACAATTATCTATTTC-AAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCAT-AAACAAAT-GTTT
* * *
120397 TTATTCATGTAAGCTTATTTCGAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAA
255 TTGTTCATATAAGCTTATTTCGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
* * *
120461 GTAAAATTTTAAAAAATAAA--TATGTTTTCTAAACATGTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAAG-
319 GT-AGA-TTTAAAAAATAAATCTATG-TATC-AAACA-GTTCAAATAGTTATGACTATTTG-AGC
* * **
120523 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTGTCAT-AAACTAATGGTTTCTCG-TCATA
378 AATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAAC-AATTATTTCT-GTTCATA
* * * *
120586 AAAGCTTTTTCAAAATAAAATAGTACTAATTTATTAAAATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATT
441 CAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATT
* *
120651 TAAAAAATAAATATGTTTACCGAGCAAGTTCAA
506 T---AAA-AAATATGTTTACCGAACAAGATCAA
* * * *
120684 ATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAA
1 ATAGTCATGACAATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
120749 CAATT-TTTT
66 CAATTGTTTT
120758 CTATTCGAGA
Statistics
Matches: 1362, Mismatches: 253, Indels: 137
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
528 14 0.01
529 25 0.02
530 2 0.00
531 36 0.03
532 58 0.04
533 99 0.07
534 35 0.03
535 352 0.26
536 17 0.01
537 47 0.03
538 141 0.10
539 12 0.01
540 6 0.00
541 65 0.05
542 167 0.12
543 211 0.15
544 70 0.05
545 5 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (534 bp):
ATAGTCATGACAATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
CAATTGTTTTAATTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAATCCAAAA
ATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATTTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAATTAGGACTAT
TTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAACAAATGTTTTTGTTC
ATATAAGCTTATTTCGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGATT
TAAAAAATAAATCTATGTATCAAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAGCAATTATTTATTTC
AAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAA
TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATATGTTTA
CCGAACAAGATCAA
Found at i:119883 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 118507--120759 Score: 1420
Period size: 181 Copynumber: 12.6 Consensus size: 180
118497 CAGGAGTTTA
* * * * * * * * *
118507 AAAAAATAAATTTGTTTATCGAGCAAATTCATATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTCTATTTA
1 AAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTC
* * * *
118572 AAATCA-TTATGA-----TGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTT-AGTTCATACAAGCTTA-TTC-
66 AAAT-AGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATT-TTTTCTGTTCATATAAGCTTATTTCA
* * * **
118628 ---AAAATAATTCTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGTGATTT
129 AATAAAATAATACTAATTTATTAATAATCTAAAAATTAATAA-TAAAAGATTT
* * * * * ** * * * *
118678 AAAAAGTGAATCTATTTGCCAAATTAGTTCAAATAATTATG-GTCATTTCAACAATTATCTATTT
1 AAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAATAATTATCTATTT
* * * * * * * *
118742 CAAATCA-TTATCACCTTTTGTTTGGACATATAACAATTGTTTT-T-TATCATACATGATTATTT
65 CAAAT-AGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATT-TTTTCTGT-TCATATAAGCTTATTT
* * * * *
118804 GAAATAAAATAATAATAATTTATTAAT-CTTTCAAAAA-T--TAATAAGAGATTT
127 CAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAATCT-AAAAATTAATAATAAAAGATTT
* * * * * * * * * * *
118855 AAAAAATGAATCTATTTATCGAACCAGTTAAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTCTATACTTC
1 AAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTC
* * * * *
118920 AAATCA-TTATAACCTTTTGTTATGTCATAAAACAATTATTTCTGTTCATACAAGCTTA-TTCAA
66 AAAT-AGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTGTTCATATAAGCTTATTTC-A
* * * * * * **
118983 AATAAAACAATACTAATCTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTTAGGGATTT
129 AATAAAATAATACTAATTTATTAATAATCTAAAAATTAATAA-TAAAAGATTT
* * * * * *
119036 AAAAAATAAA-ATTGTTTGCCGAACCAA-TTCAAATAGTTAAGATTATATGAACAATTATCTA-T
1 AAAAAATAAATA-TGTTTACC-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATT
* * * * **
119098 TCAAATCA-TTATGACCTTTTGTCTTGTCAT-AAATAATTTTCTCAATTCATACT-AGCTTA-TT
64 TCAAAT-AGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTGTTCATA-TAAGCTTATTT
* * * **
119159 CAGAATAAAATAA-AATGAATTTATTAAT-ATTTCAAAAAATAATAAGTAGGAGATTT
127 CA-AATAAAATAATACT-AATTTATTAATAATCT-AAAAATTAATAA-TAAAAGATTT
* * * * * * * * *
119215 AAAAAATAATTTTGTTTACCTAGC-CGTTCAAAAAATTAT-ACTATTTGAACAATTATATATTTC
1 AAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTC
* * * * * * * **
119278 AAATCA-TTATTACTTTTTGTTTTGCCATACAACAAATGTTTT-TGTTCATATAAGTTTATTTGG
66 AAAT-AGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAAC-AATTTTTTCTGTTCATATAAGCTTATTTCA
* * *
119341 AATAAAGTAATACTAATCTATTAAT-ATTTCAAAAATTAATAAGT----GATTT
129 AATAAAATAATACTAATTTATTAATAATCT-AAAAATTAATAA-TAAAAGATTT
* * * * * * * ** *
119390 AGACAATAAATCTATGTATCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAGCAATTATTTATTTC
1 AAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTC
* * * ** * * * **
119455 ATATCA-TTATGACTTTTTGTTTTGTTGTAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTTTA
66 AAAT-AGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTGTTCATATAAGCTTATTTCAA
* * * * * * * * *
119519 TTAACATAATACTAATTTACTAATATTTTGACAATTAGTAAGTAAAAAATTT
130 ATAAAATAATACTAATTTATTAATAATCTAAAAATTAATAA-TAAAAGATTT
* ** * * * * * *
119571 ---TAA-AAATATGTTTACCGCACTAGATCAAATAATCATGACAATTTGAATAATTATCAATTTC
1 AAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTC
* * * *
119632 AAATCGTTATGACCTTTTAATTTT-TCATAAAAGAATTGTTTT-AGTTCATATAAGCTTA-TACA
66 AAATAGTTATGACCTTTT-ATTTTGTCATAAAACAATT-TTTTCTGTTCATATAAGCTTATTTC-
119694 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATAATCTAAAAATTAATAATAAAGAGATTT
128 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATAATCTAAAAATTAATAATAAA-AGATTT
* * * * * * * * * * *
119748 AAAAAATGACTTTGTTTACTAAACAAATTTAAATAATTAGGACTGTTTAAATAATTATCTATTTG
1 AAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTC
* * * * * * *
119813 AAATAGCTATAACCTTTTGTTTTGTAATAAAAGAATTTTTTCTGTTCATTTAAGCTTATTTCGAA
66 AAATAGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTGTTCATATAAGCTTATTTCAAA
* *
119878 TAAAATAATACAAATTTATTAAT-AT-TAAGACAATTAATTAGTAAAAGATTT
131 TAAAATAATACTAATTTATTAATAATCTAA-A-AATTAA-TAATAAAAGATTT
* * * * * * * *
119929 -AAAAATAAATCTGCTTACCGAACAAGTTCTAATCA-TTATGGCTATTT-AAGCAGTTATTTATT
1 AAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAA-TAATTATCTATT
** * * * *
119991 TCAACAT-GTTATGATTTTTTATTTTGTCATAAAAAAATTATTTCTGTTCATACAAGTTTA-TTC
64 TCAA-ATAGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTGTTCATATAAGCTTATTTC
* * * * * *
120054 AAATTAAAATAATATTAATTAATTAATATTTTGACAATTAATAAATAAAAGATTTT
128 AAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATAATCTAAAAATTAAT-AATAAAAGA-TTT
* * * * *
120110 AAAAAAT--ATATTTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATTAATATTTCAATAATTAT-TGATTT
1 AAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCT-ATTT
* * * * * ** *
120172 CAAATCA-TTATGACCTTTTTCTTTTCTAATAAAACACTTGTTTCAATTCATATAAGCTTATTTG
65 CAAAT-AGTTATGACC-TTTTATTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTGTTCATATAAGCTTATTTC
* * * * * * * *
120236 AAGTAAGATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGTGAGAGAATT
128 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATAATCTAAAAATTAAT-AATAAAAGATTT
** * * *
120290 AAAAAA-AGAATATGTTTACTGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATCTGAACAATTATCTATTT
1 AAAAAATA-AATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTT
* * * * *
120354 CAAAATA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACCATTGGCTTT-TATTCATGTAAGCTTATTT
65 C-AAATAGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATT--TTTTCTGTTCATATAAGCTTATTT
* * * *
120417 CGAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAA-TTTT
127 CAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATAATCTAAAAATTAATAA-TAAAAGATTT
* * * * *
120471 AAAAAATAAATATGTTTTCTAAACATGTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAAGAATTATCTATTTC
1 AAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTC
* ** *
120536 AAATCGTTATGACCTTTTATTTTGTCAT-AAACTAATGGTTTCTCG-TCATAAAAGCTT-TTTCA
66 AAATAGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAAC-AATTTTTTCT-GTTCATATAAGCTTATTTC-
* *
120598 AAATAAAATAGTACTAATTTATTAA-AATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT
128 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATAA-TCTAAAAATTAATAA-TAAAAGATTT
* *
120652 AAAAAATAAATATGTTTACCGAGCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTC
1 AAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTC
* * *
120717 AAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCT
66 AAATAGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTTTTTCT
120760 ATTCGAGATA
Statistics
Matches: 1626, Mismatches: 362, Indels: 178
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
170 1 0.00
171 57 0.04
175 21 0.01
176 60 0.04
177 365 0.22
178 63 0.04
179 150 0.09
180 290 0.18
181 474 0.29
182 137 0.08
183 8 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
AAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTC
AAATAGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTGTTCATATAAGCTTATTTCAAA
TAAAATAATACTAATTTATTAATAATCTAAAAATTAATAATAAAAGATTT
Found at i:121670 original size:39 final size:39
Alignment explanation
Indices: 121594--121673 Score: 94
Period size: 39 Copynumber: 2.1 Consensus size: 39
121584 TTAAATAAAT
*
121594 AACAATATTAAAATAATTTAATAAATTTTGGTCATTGTA
1 AACAATATTAAAATAATTTAATAAATTTTGGTAATTGTA
*
121633 AACAA-ATTAATAATAATTTATTATAATATTT-G-AATTGTA
1 AACAATATTAA-AATAATTTAATA-AAT-TTTGGTAATTGTA
121672 AA
1 AA
121674 TAAAATTGCT
Statistics
Matches: 36, Mismatches: 2, Indels: 6
0.82 0.05 0.14
Matches are distributed among these distances:
38 5 0.14
39 24 0.67
40 4 0.11
41 3 0.08
ACGTcount: A:0.49, C:0.04, G:0.06, T:0.41
Consensus pattern (39 bp):
AACAATATTAAAATAATTTAATAAATTTTGGTAATTGTA
Found at i:122109 original size:176 final size:176
Alignment explanation
Indices: 121911--122422 Score: 483
Period size: 181 Copynumber: 2.9 Consensus size: 176
121901 ATTTGCTATG
* * * * *
121911 TATTAATTGTT-ATAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTCCGAATAAGACTATATCAATAGA
1 TATTAATT-TTCATAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGACTATATCAACAAA
* * *
121975 AATAATTGTTTTATGACAAAACAAAGGGTTATAACAATATGAAATAAATAATTGTTAAATTGTTA
65 AATAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTTATAACAAT-TGAAATAAATAATTGTTAAATAGTTA
* *** **
122040 TAACTAATTGAACTAGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC-T
129 TAACTATTTGAACTAGTTCAATAAACAAATTTATTTTGCAAATCTCAT
* * * * * * *
122087 TATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAACAAAATTATATTAACAAAA
1 TATTAATTTTCATAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGACTATATCAACAAAA
* * * ** * * * *
122152 ACATTTGTTTTATAACAAAATAAAAGAATATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCATATAGCCT
66 ATAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTTATAAC-AATTGAAATAAATAATTGTT-AAATAG-TT
* *
122217 -TAACTATTTGAACTGGTTCAATAAATAAATTTATTTTGCAAATCTCTTAAT
128 ATAACTATTTGAACTAGTTCAATAAACAAATTTATTTTGCAAATCTC---AT
* * * * * * *
122268 TATTAATTTTCATAATATTATTAGATTAGTATTATTTTCTTTCAAATAAG-CTTGTATGAACATA
1 TATTAATTTTCATAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGAC-TATATCAACAAA
* * * * *
122332 AATAATTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTTATAATGACTTGAAATATATAATTGTTTAAATAGTC
65 AATAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTTATAA-CAATTGAAATAAATAATTG-TTAAATAGTT
* *
122397 ATAATTATTTGAACTAGTTCAGTAAA
128 ATAACTATTTGAACTAGTTCAATAAA
122423 TAGATAATCT
Statistics
Matches: 263, Mismatches: 61, Indels: 19
0.77 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
175 2 0.01
176 93 0.35
177 44 0.17
178 1 0.00
181 121 0.46
182 2 0.01
ACGTcount: A:0.43, C:0.08, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (176 bp):
TATTAATTTTCATAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGACTATATCAACAAAA
ATAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTTATAACAATTGAAATAAATAATTGTTAAATAGTTATA
ACTATTTGAACTAGTTCAATAAACAAATTTATTTTGCAAATCTCAT
Found at i:122655 original size:36 final size:36
Alignment explanation
Indices: 122603--122676 Score: 121
Period size: 36 Copynumber: 2.1 Consensus size: 36
122593 AATCTCCAAC
* *
122603 TTCTTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTAT
1 TTCTCAATTTTTGAAATATTAATAAAATAATATTAT
*
122639 TTCTCAATTTTTGAAATATTGATAAAATAATATTAT
1 TTCTCAATTTTTGAAATATTAATAAAATAATATTAT
122675 TT
1 TT
122677 TATTTTGGAT
Statistics
Matches: 35, Mismatches: 3, Indels: 0
0.92 0.08 0.00
Matches are distributed among these distances:
36 35 1.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.04, G:0.05, T:0.50
Consensus pattern (36 bp):
TTCTCAATTTTTGAAATATTAATAAAATAATATTAT
Found at i:123381 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 123333--123377 Score: 65
Period size: 23 Copynumber: 2.0 Consensus size: 23
123323 ATAAACAAAT
* *
123333 TTAATTTTTAAATATTTTACTTA
1 TTAATTTTTAAATATTTTAATAA
123356 TTAATTTTTAAA-ATTTTAATAA
1 TTAATTTTTAAATATTTTAATAA
123378 ATTAGTATTA
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 2, Indels: 1
0.87 0.09 0.04
Matches are distributed among these distances:
22 8 0.40
23 12 0.60
ACGTcount: A:0.40, C:0.02, G:0.00, T:0.58
Consensus pattern (23 bp):
TTAATTTTTAAATATTTTAATAA
Found at i:123422 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 122644--124031 Score: 1130
Period size: 181 Copynumber: 7.7 Consensus size: 180
122634 ATTATTTCTC
* * * * * * *
122644 AATTTTTGAAATATTGATAAAATAATATTATTTTATTTTGGATAATCTTTTATGAA-ATGAAGCA
1 AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTTTATGAATA-GAAACA
* * * * * * *
122708 ATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAA-ATTATAATTGTTTAAATAATCATA
65 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATA-GATAATTATTCAAATAGTCATA
* * * * *
122772 ACTATTTAAACTTA-TTGGGTAAACAAATTT-ATTTTTTAAT-TCCTTGCTTATT
129 ACTATTTGAAC-TAGTT-GATAAACAAATTTAATTTTTAAATAT-TTTACTTATT
* * * * * *
122824 GATTTTTTG-AATGTTAATAAAATAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCATGTATGAACT-G-AAC
1 -AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTTTATGAA-TAGAAAC
* * * * *
122886 AATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAGAATGATTTGAAATAGATAATTATT-ATAATAGTCTT
64 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCA-AATAGTCAT
* * * * * * *
122950 AACTATTTGAACTGGTTCAACAAATACATTAAAATTTTT-AA-ATCTT--TTATT
128 AACTATTTGAACTAGTT-GATAAACAAATT-TAATTTTTAAATATTTTACTTATT
* * ** * * * * * *
123001 AA-TTTTCAGAATATTATTAGTTTAGCAATATTTTACTCCGAATAAG-TTTGTATGGACAGAAAC
1 AATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTT-TATGAATAGAAAC
* * *
123064 AATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCATACCGATTTGAGATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
64 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
* * * * * * *
123128 ACTATTTGAA-TTGATCCGATAAATAGATATAGTTTTT-AA-A-TCT-CTTATT
129 ACTATTTGAACTAG-T-TGATAAACAAATTTAATTTTTAAATATTTTACTTATT
** * * *
123177 AATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTGTATTTTGAATAA-TTTTGTATGAATAGAAACA
1 AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTT-TATGAATAGAAACA
* * *
123241 ATTGTTTTATTACAAAAC-AAAGGTTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAGTCATA
65 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG-TCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
* *
123305 ATTATTTGAACTCACTTGATAAACAAATTTAATTTTTAAATATTTTACTTATT
129 ACTATTTGAACT-AGTTGATAAACAAATTTAATTTTTAAATATTTTACTTATT
* *
123358 AATTTTTAAAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTTTATGAATAGAAACAA
1 AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTTTATGAATAGAAACAA
* * * * *
123423 TTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGTCATAAT
66 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAC
* * *
123488 TATTTTGAACGT-GTTCAAACAACAAATTT-A-TTTTATATATTTTTACTTATT
131 TA-TTTGAAC-TAGTTGATA-AACAAATTTAATTTTTAAATA-TTTTACTTATT
* * * * * * *
123539 TATCTTTGGAATATTAGTAAATTTA-TATTATTTTATTT-GAAATAAGCTTGTATAAACAGAAAC
1 AATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTTTATGAATAGAAAC
* * *
123602 AATTATTTTATGGA-AAAACAAAAGGTCATAAC-ATTTGAAATAGATAATTGTCCAAATAGTCAT
64 AATTGTTTTAT-GACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT
* * * * * * *** *
123665 AACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTCATTTTTTAAATCCCTTACTCATT
128 AACTATTTGAACTAG-TTGATAAACAAATTTAATTTTTAAATATTTTACTTATT
* * * * * * * * *
123719 AATTTTTGGAATAGTAATAAGTTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCCTATATGAATTGATATAA
1 AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTTTATGAATAGAAACAA
* *** * * * * *
123784 TTGTTTTAAGGTGAAACAAAAGGTCATAACGAATTAAAATAGATAATTATTCAGATAGTTATTAC
66 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAC
* * * *
123849 TATTTGAACTTGTTCAGTAAACATA-TT-ATTTTTAAATCTTTTACTTATT
131 TATTTGAACTAGTTGA-TAAACAAATTTAATTTTTAAATATTTTACTTATT
* * * * ** * * *
123898 AATTGTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCGAATAAGCTAATATGAACAAAAATAA
1 AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTTTATGAATAGAAACAA
* * * *
123963 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCCAATAGTCATAAC
66 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAC
124028 TATT
131 TATT
124032 CAAAATTAAT
Statistics
Matches: 970, Mismatches: 193, Indels: 90
0.77 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
175 5 0.01
176 84 0.09
177 159 0.16
178 28 0.03
179 220 0.23
180 172 0.18
181 272 0.28
182 29 0.03
183 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTTTATGAATAGAAACAA
TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAC
TATTTGAACTAGTTGATAAACAAATTTAATTTTTAAATATTTTACTTATT
Found at i:124169 original size:120 final size:120
Alignment explanation
Indices: 123938--124170 Score: 272
Period size: 120 Copynumber: 1.9 Consensus size: 120
123928 TTTTAATCCG
*
123938 AATAAGCTAATATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAAT
1 AATAAGCTAATATGAACAAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAAT
* * *
124003 AAATAATTGTTCCAATAGTCATAACTATTCAAAATTAATCGGTAAACAAATTTGA
66 AAATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTCAAAATTAATCGATAAACAAATTTGA
** * * ** *
124058 AATAAGCTTGTATGAATAGAAAA-AATTATTTTATGACAATACAAAAGGTTTTAGCAATTT-AAA
1 AATAAGCTAATATGAACA-AAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAA
* * * ** * *
124121 CTAGATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAACTTATTCGATAAACA
65 -TAAATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTCAAAATTAATCGATAAACA
124171 GATTCATTTT
Statistics
Matches: 93, Mismatches: 18, Indels: 4
0.81 0.16 0.03
Matches are distributed among these distances:
119 3 0.03
120 86 0.92
121 4 0.04
ACGTcount: A:0.46, C:0.10, G:0.11, T:0.32
Consensus pattern (120 bp):
AATAAGCTAATATGAACAAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAAT
AAATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTCAAAATTAATCGATAAACAAATTTGA
Found at i:124321 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 124300--124332 Score: 50
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
124290 TAATGATTTG
124300 AAATAG-ATAATTGTTC
1 AAATAGTATAATTGTTC
124316 AAATAGTTATAATTGTT
1 AAATAG-TATAATTGTT
124333 TGCACTGCTC
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
18 9 0.60
ACGTcount: A:0.42, C:0.03, G:0.12, T:0.42
Consensus pattern (17 bp):
AAATAGTATAATTGTTC
Found at i:124380 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 124058--124698 Score: 673
Period size: 181 Copynumber: 3.5 Consensus size: 180
124048 ACAAATTTGA
* * * * * * ** *
124058 AATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAATACAAAAGGTTTTAGCAATTT-AAAC
1 AATAAGCTTATATGAACAGAAACAATTGTTTCATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAA-
* ** ** ** **
124122 TAGATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAACTTATTCGATAAACAGATTCATTTTTTAAAT
65 TAGATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAACTGCTAAGCCAAACAGATTCATTTTTTAAAT
*
124187 CTCTCACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTCTG
130 CTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGAATTAT-TTATTCTG
* * * * **
124239 AATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTCGTGAGAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT
1 AATAAGCTTATATGAACAGAAACAATTGTTTCATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAAT
* * * *
124304 AGATAATTGTTCAAATAGTTATAATTGTTTGCACTGCTCAAGCCAAA-AGATACATTTTCTAAAT
66 AGATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAACTGCT-AAGCCAAACAGATTCATTTTTTAAAT
* *
124368 C-CATTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATT-TCG
130 CTC-TTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGAATTA-TTTATTCT-G
* * *
124420 AATAAGATTATATGAACAGAAACAATTGTTTCATGATAAAACAAATGGTCATAACAATTTGAAAT
1 AATAAGCTTATATGAACAGAAACAATTGTTTCATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAAT
* * * * * * * * *
124485 AAATATTTGGTCAAATAGTTATAACTAATTGAACTGGTATGGCAAACAGATTTATTTTTTAAATC
66 AGATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAACTGCTAAGCCAAACAGATTCATTTTTTAAATC
* **
124550 TCTTACGTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTA-ATATTATTTTATTCCA
131 TCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGA-ATTA-TTTATTCTG
* * * * * *
124601 AACAAACTTATATGAACAGAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGATAATAACAATTTGAAAT
1 AATAAGCTTATATGAACAGAAACAATTGTTTCATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAAT
* *
124666 AGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAA
66 AGATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAA
124699 ATAGTTTTGT
Statistics
Matches: 378, Mismatches: 72, Indels: 20
0.80 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
180 8 0.02
181 361 0.96
182 9 0.02
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (180 bp):
AATAAGCTTATATGAACAGAAACAATTGTTTCATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAAT
AGATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAACTGCTAAGCCAAACAGATTCATTTTTTAAATC
TCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGAATTATTTATTCTG
Found at i:124683 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 124662--124694 Score: 50
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
124652 TAACAATTTG
124662 AAATAG-ATAATTATTC
1 AAATAGCATAATTATTC
124678 AAATAGTCATAATTATT
1 AAATAG-CATAATTATT
124695 TGAAATAGTT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
18 9 0.60
ACGTcount: A:0.48, C:0.06, G:0.06, T:0.39
Consensus pattern (17 bp):
AAATAGCATAATTATTC
Found at i:124702 original size:19 final size:18
Alignment explanation
Indices: 124657--124703 Score: 62
Period size: 19 Copynumber: 2.7 Consensus size: 18
124647 GATAATAACA
124657 ATTTGAAATAG-ATAATT
1 ATTTGAAATAGTATAATT
*
124674 A-TTCAAATAGTCATAATT
1 ATTTGAAATAGT-ATAATT
124692 ATTTGAAATAGT
1 ATTTGAAATAGT
124704 TTTGTAAATA
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 2, Indels: 4
0.81 0.06 0.13
Matches are distributed among these distances:
16 8 0.32
17 1 0.04
18 7 0.28
19 9 0.36
ACGTcount: A:0.45, C:0.04, G:0.11, T:0.40
Consensus pattern (18 bp):
ATTTGAAATAGTATAATT
Found at i:125481 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 124720--127283 Score: 1914
Period size: 181 Copynumber: 14.3 Consensus size: 180
124710 AATAGAATTG
* * * * * *
124720 TTATGACTTTTTATTTTGTAATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTC-AAATTAAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAA-TAAAA
* * * * * *
124784 TAATATTAATTTATTAATATTT-TGACAATTAAAAAGTGAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTA
65 TAATACTAATTTATTAATATTTCT-AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA
* * * * *
124848 CCAAACAAATTCAAATAGTCAAGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATAA
129 CC-AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * * * *
124901 TTGTGACCTTCTATTTTGTAATAAAATAATTGTTT-TAGTTAACATAAGCTTATTTGAAATAAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAA
* * * * * * *
124965 TAGCT-CTAATTTATTAATA-TACCAAACATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAAATGAATCTGTT
65 TA-ATACTAATTTATTAATATTTCTAAA-ATTAATAAGTAAAAG-ATTTAAAAAATAAATCTGTT
* * * * *
125028 TACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATCTAAATAATTAACTATTTTAAAACA
127 TACC-AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA
* * * *
125083 TTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAATAATTAGTTT-TGTTCATGCAAGCTTATTTCG-AATAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATT-GTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCGAAATAAA
* * * * * * *
125146 ATAATA-TAAATTTATTAAAACTCCAAAAATTAATAAATAAAA-ATTTTAAAAATAAATATGTTT
64 ATAATACT-AATTTATTAATATTTCTAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTG-TT
*** * *
125209 TTTGAACACA-TTC-AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCG
127 TACCAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA
** * * ** * *
125262 TTATGACAATTAGTTTTGTCATAAACCAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAAT
* * *
125327 AATATTAATTTATTAATATTTCTAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAATAATAAATTTGTTTACC
66 AATACTAATTTATTAATATTTCTAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACC
* ** * * * *
125392 AAGCAAATTCAAATAGTTATTTCTATTTGAACAATTGTATATTTCAAATCT
131 AA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * *
125443 TTATGATCTTTTGTTTTATCATAAAAAAATTGTTTCTATTCACACAAGTTTATTTGGAATAAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAAT
* * *
125508 AATACTAATTTATTATTA-TTCTAAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC
66 AATACTAATTTATTAATATTTCT-AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC
* * * * * * *
125572 CGAACAAGTTTAAATAGTCATGTCCATTTGAACT-GTTATTTATTTCAAATCG
130 C-AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-TAATTATCTATTTCAAATCA
* * * **
125624 TTATGACATTTTATTTTATTATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAA-AATATTC-AGAATAAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAA
* * * * * * **
125687 TAATACCAATTTATTACTATTTCAAAAATTAATAAG-----GATTT-TAAAATAATTGTGTTTTT
65 TAATACTAATTTATTAATATTTCTAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC
* * * * *
125746 CAAAACAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTTAATAATTATCTATTCCAAATTA
130 CAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * *
125798 TTCTGATCTTTTG-TTTAGTCAAAAAATAATTGTTTC-AGTTCATACATGCTTATTCGAAATATA
1 TTATGACCTTTTGTTTTA-TCATAAAATAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAA
* * * ** ** * *
125861 GTAACACTAATTTATTAAAATTTAGAAAATTAATAAG---AA-ATTTTTAAAA-AAATATATTTA
64 ATAATACTAATTTATTAATATTTCTAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA
* * *
125921 CCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCA
129 CC-AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * *
125974 TTATGACCTTTTATTTTATCATAAAACAACTGTTT-TAGTACATA-AATG-TTTTTCCAAAATAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTCTA-TTCATACAA-GCTTATT-CGAAATAA
* ** * * *** * *
126036 AATAATATTGCTTTATTAATATTTCAAAAATTAAGAAGTTGGAGTTTTAAAAAATAAATCAGTTT
63 AATAATACTAATTTATTAATATTTCTAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT
* * * * **
126101 ATCAA-ATTA-TTCAAATAATTATGGCCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTG
128 ACCAACA--AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA
* ** * * * * *
126154 TTATGAACTTTTGTTTTGCCATAAAACAATTGTTTTTCATT-ATACAAGCCTATTTGGAATAAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAA
* * * *
126218 T-ATACTAATTTATCAATATTTC-AAAA--ATTAA-TAAAAGATTTAAAAAGTTAAATATGTTTA
65 TAATACTAATTTATTAATATTTCTAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAA-ATAAATCTGTTTA
* * * * * **
126278 CTGAACCAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATTG
129 C-CAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * * * *
126331 TTATAATCTTTTGTTATCTCATAAAACAATTATTTTTATTCACACAAGTTTATTCGAAATAAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAAT
* * * * *
126396 AATACTAATATAATAATA-TTCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTAC
66 AATACTAATTTATTAATATTTCT-AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC
* * * * * * * * *
126460 TGAACTAGTTCAAATA-TTGAAGGCTATATGAACAATTCTTTATTTCAAATCG
130 -CAACAAGTTCAAATAGTT-ATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA
** * * * *
126512 TTATGATATTTTGTTTTATCATAAAATAATT-TTTTTCATTTCTTAGTAA-CTTATTCGGAATAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTCT-A-TTCATA-CAAGCTTATTCGAAATAA
* * * * * * * *
126575 AGTAAAACAAATTTATTAATATTTC-AAAACTTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAACAATTCAGTT
63 AATAATACTAATTTATTAATATTTCTAAAA-TTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTT
* * *
126639 TGCCTAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA
127 TACC-AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA
** * * * * * * * * * * * *
126694 TTATGTTCTTTTATTTTGTCATAAAACAAATGTTT-TGTACATATAAGTTTGTTTGGAATAAAAC
1 TTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAAT
* * * *
126758 AATATTAATTTATTAATATTT-TGAAAATTAAGAAGTAAGAA-ATTTAAAAAGTAAAACTGTTTA
66 AATACTAATTTATTAATATTTCT-AAAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA
* * * * * *
126821 CTAAACCAGTTCAATTAGTTATAACTATTTAAATAATTATTTATTTCAAATCA
129 C-CAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * *
126874 TTATGACC-ATTGTATTATCATAAAATAATTATTTCTGTTCATAC-AGTCTTATTCGAAATAAAG
1 TTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAG-CTTATTCGAAATAAAA
* * * **
126937 TAATACTAATTTATCAATATTT-TGAAATTAATAAGTAATAGATTTAAAAAATAAATC-AATTAG
65 TAATACTAATTTATTAATATTTCTAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-
* * * *
127000 CCTAACTAGTGCAAATAGTTATGACTGTTTGAATAATTATTTATTTCAAATCA
129 CC-AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * *
127053 TTATGACCTTTTGTTTTATCACAAAATAATTGTTT-TTTTCTGTACTAGATTATTTGAAATAATA
1 TTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTCTATTC-ATACAAGCTTATTCGAAATAAAA
* * * *
127117 TAATTCTATTTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAATGAATCTATTTA
65 TAATACTAATTTATTAATATTTCT-AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA
* * * *
127177 TCGAACAAGTACAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCTAATCA
129 -CCAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA
** * * * * *
127230 CGATAACCTTTTGTTTTGTCCTAAAACAAAAT-TTTCTATTCATACAAGCTTATT
1 TTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAA-TAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATT
127284 AACATTCAGA
Statistics
Matches: 1894, Mismatches: 401, Indels: 180
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
173 9 0.00
174 80 0.04
175 61 0.03
176 137 0.07
177 199 0.11
178 40 0.02
179 254 0.13
180 387 0.20
181 426 0.22
182 278 0.15
183 23 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
TTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAAT
AATACTAATTTATTAATATTTCTAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACC
AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA
Found at i:126686 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 126654--126686 Score: 50
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
126644 AACTAGTTCA
126654 AATAATTATGACTATTTG
1 AATAATTAT-ACTATTTG
126672 AATAATTAT-CTATTT
1 AATAATTATACTATTT
126687 CAAATCATTA
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
18 9 0.60
ACGTcount: A:0.39, C:0.06, G:0.06, T:0.48
Consensus pattern (17 bp):
AATAATTATACTATTTG
Found at i:127222 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 127190--127222 Score: 50
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
127180 AACAAGTACA
127190 AATAATTATGACTATTTG
1 AATAATTAT-ACTATTTG
127208 AATAATTAT-CTATTT
1 AATAATTATACTATTT
127223 CTAATCACGA
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
18 9 0.60
ACGTcount: A:0.39, C:0.06, G:0.06, T:0.48
Consensus pattern (17 bp):
AATAATTATACTATTTG
Found at i:127849 original size:16 final size:18
Alignment explanation
Indices: 127818--127858 Score: 59
Period size: 16 Copynumber: 2.4 Consensus size: 18
127808 CACAAATATT
127818 AATTATTAATTAAAAATA
1 AATTATTAATTAAAAATA
127836 AATTA-TAA-TAAAAATA
1 AATTATTAATTAAAAATA
*
127852 AACTATT
1 AATTATT
127859 TGTTATGTAA
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 1, Indels: 3
0.84 0.04 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 12 0.57
17 4 0.19
18 5 0.24
ACGTcount: A:0.61, C:0.02, G:0.00, T:0.37
Consensus pattern (18 bp):
AATTATTAATTAAAAATA
Found at i:128866 original size:182 final size:180
Alignment explanation
Indices: 128419--128869 Score: 398
Period size: 178 Copynumber: 2.5 Consensus size: 180
128409 TTTAGATCTA
* * * * * * * *
128419 TTATTAATTTTTTAAATATTAATAGAGTAGTATTAATTTATTTCGAACAAACTTAAATGGACA-A
1 TTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGAATGAACATA
* * * * * *
128483 AAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAAATAA
65 AAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTT--AAATAG
* * * *
128548 TCATAATTATTTGAACTAGTT-AGGTAAGCAAAATTA-TTTGTTAAATCTCTTA-
127 TCATAACTATTTGAACTAGTTCA-GTAAACAAATTTATTTTTTTAAATCTCTTAG
* * * * * * *
128600 TTA--ATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TTTTATTTTA-TTCTAAATAGGCTAGTATGAA-TT
1 TTATTAATTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGAATGAACAT
* * * *
128660 GAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTAAAACAGATAATTGTTCATATAG
64 -AAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTT-AAATAG
* * *
128725 TCTTAACTATTTAAACTAGTTCAGCAAACAAATTTATTTTTTTAAATCTCTTAG
127 TCATAACTATTTGAACTAGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTTAAATCTCTTAG
* * * * * *
128779 TTATTAATTTTCAGAGTATTATTAGATTTGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGAATGAACATG
1 TTATTAATTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGAATGAACATA
*
128844 AATAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
65 AAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
128870 AAGGTTTATT
Statistics
Matches: 211, Mismatches: 46, Indels: 25
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
177 35 0.17
178 95 0.45
179 10 0.05
181 11 0.05
182 56 0.27
183 4 0.02
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
TTATTAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGAATGAACATAA
AAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTAAATAGTCAT
AACTATTTGAACTAGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTTAAATCTCTTAG
Found at i:129499 original size:182 final size:178
Alignment explanation
Indices: 128918--129508 Score: 571
Period size: 182 Copynumber: 3.3 Consensus size: 178
128908 ATAGGTTCAA
* * ** *
128918 TAAATAAATTTATTTTTTAAATTTCTTAATTATTAACTTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTA
1 TAAACAAATTTATTTTTTAAATCT-TTGCTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * ** * *
128983 TTTTAATCT-A-AAGCTTGTATGATAA--AAAAAATTGTTATACGATC-AAACAAAAGGTAATAT
64 TTTTATTTTGATAAGCTTATAT-A-AACTAAAAAATTGTTTTTTG-TCAAAACAAAAGGTCATAA
* * * * *
129043 TGATTTCAAATAGATAATTGTTGAAATAGCCATAATTATTTGAAC-TAATTCAG
126 TGATTTTAAATAGATAATTGTT-AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGATTCGG
* * * *
129096 TAAACAGAA-TTATTTTTTAAATC---ACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAAATACTATTAT
1 TAAACA-AATTTATTTTTTAAATCTTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * *
129157 TTTATTTCGAATAAGCTTATATGAACTGAAATAATT-TTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAAT
65 TTTATTTTG-ATAAGCTTATATAAACT-AAAAAATTGTTTTT-TGTCAAAACAAAAGGTCATAAT
*
129221 GATTTTAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAATTTG-TTCGG
127 GATTTTAAATAGATAATTG-TTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGATTCGG
* * * * *
129273 TAAACAAATTAATTTTTTAAAAACTCTTGCTTATGAAATTTTGAAATATTAAGAAATTAGTATTA
1 TAAACAAATTTATTTTTT-AAATCT-TTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
*
129338 TTTTATTTTGGATAAGCTTTTATAAACTAAAACAATTGTTTTTTGTCAAAACAAAAGGTCATAAT
64 TTTTATTTT-GATAAGCTTATATAAACTAAAA-AATTGTTTTTTGTCAAAACAAAAGGTCATAAT
* *
129403 GATTTTAAATAAATAATTGTTAAATTGTCATAACTATTTGAACTTGATT-GG
127 GATTTTAAATAGATAATTGTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGATTCGG
* * *
129454 TAAACATATTTATTTTTTCATATCTTTTGCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAA
1 TAAACAAATTTATTTTTT-AAATC-TTTGCTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAA
129509 TTAAAAATTT
Statistics
Matches: 337, Mismatches: 53, Indels: 43
0.78 0.12 0.10
Matches are distributed among these distances:
173 30 0.09
174 10 0.03
175 1 0.00
176 15 0.04
177 77 0.23
178 25 0.07
179 2 0.01
181 68 0.20
182 103 0.31
183 6 0.02
ACGTcount: A:0.40, C:0.07, G:0.09, T:0.43
Consensus pattern (178 bp):
TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
TTATTTTGATAAGCTTATATAAACTAAAAAATTGTTTTTTGTCAAAACAAAAGGTCATAATGATT
TTAAATAGATAATTGTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGATTCGG
Found at i:129552 original size:13 final size:14
Alignment explanation
Indices: 129507--129550 Score: 54
Period size: 14 Copynumber: 3.1 Consensus size: 14
129497 GAATGTTAAT
129507 AATTAAAA-ATTTTA
1 AATTAAAATA-TTTA
*
129521 AATTTTAAATATTTA
1 AA-TTAAAATATTTA
129536 AATTAAAATATTTA
1 AATTAAAATATTTA
129550 A
1 A
129551 TTTTTATTAT
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 2, Indels: 4
0.81 0.06 0.12
Matches are distributed among these distances:
14 14 0.54
15 11 0.42
16 1 0.04
ACGTcount: A:0.55, C:0.00, G:0.00, T:0.45
Consensus pattern (14 bp):
AATTAAAATATTTA
Found at i:129552 original size:28 final size:29
Alignment explanation
Indices: 129507--129564 Score: 75
Period size: 28 Copynumber: 2.0 Consensus size: 29
129497 GAATGTTAAT
129507 AATTAAAAATTTTAAATTTTAAATATTTA
1 AATTAAAAATTTTAAATTTTAAATATTTA
* *
129536 AATT-AAAATATTT-AATTTTTATTATTTA
1 AATTAAAAAT-TTTAAATTTTAAATATTTA
129564 A
1 A
129565 TTATTGATAT
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 2, Indels: 3
0.84 0.06 0.10
Matches are distributed among these distances:
28 19 0.73
29 7 0.27
ACGTcount: A:0.48, C:0.00, G:0.00, T:0.52
Consensus pattern (29 bp):
AATTAAAAATTTTAAATTTTAAATATTTA
Found at i:129797 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 129772--129823 Score: 97
Period size: 20 Copynumber: 2.6 Consensus size: 20
129762 AGCTTGTATG
129772 AACTAATAATTAATATTATA
1 AACTAATAATTAATATTATA
129792 AACTAATAATTAATATTATA
1 AACTAATAATTAATATTATA
129812 AACTAAT-ATTAA
1 AACTAATAATTAA
129824 CAAATTTAAA
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 0, Indels: 1
0.97 0.00 0.03
Matches are distributed among these distances:
19 5 0.16
20 27 0.84
ACGTcount: A:0.56, C:0.06, G:0.00, T:0.38
Consensus pattern (20 bp):
AACTAATAATTAATATTATA
Found at i:130482 original size:65 final size:67
Alignment explanation
Indices: 130395--130524 Score: 187
Period size: 65 Copynumber: 2.0 Consensus size: 67
130385 TTTCAAATCA
* *
130395 TTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-ATTTTCCAACATACAAGCTTA-TT-AAATAAAA
1 TTATTACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTGATTTT-CAACATACAAGCTTACTTGAAATAAAA
130457 TTG
65 TTG
*
130460 TTATTACCTTTCT-TTCTATCATAAAACAATTGCTTTTCAACATACAAGCTTACTTGAAATAAAA
1 TTATTACCTTT-TGTTCTATCATAAAACAATTGATTTTCAACATACAAGCTTACTTGAAATAAAA
130524 T
65 T
130525 AATACTAATT
Statistics
Matches: 58, Mismatches: 3, Indels: 6
0.87 0.04 0.09
Matches are distributed among these distances:
65 42 0.72
66 7 0.12
67 9 0.16
ACGTcount: A:0.37, C:0.16, G:0.05, T:0.42
Consensus pattern (67 bp):
TTATTACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTGATTTTCAACATACAAGCTTACTTGAAATAAAAT
TG
Found at i:132567 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 132546--132601 Score: 53
Period size: 18 Copynumber: 3.2 Consensus size: 18
132536 TCTAAACACG
132546 TTTAAATAGTTATGACTA
1 TTTAAATAGTTATGACTA
* *
132564 TTTAAACAATTAT--CTA
1 TTTAAATAGTTATGACTA
* *
132580 TTTCAAATTGTAATGACTA
1 TTT-AAATAGTTATGACTA
132599 TTT
1 TTT
132602 GTTTTGTGAT
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 6, Indels: 5
0.73 0.15 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.21
17 6 0.21
18 11 0.38
19 6 0.21
ACGTcount: A:0.38, C:0.09, G:0.07, T:0.46
Consensus pattern (18 bp):
TTTAAATAGTTATGACTA
Found at i:132641 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 132051--133789 Score: 810
Period size: 181 Copynumber: 9.6 Consensus size: 179
132041 GATAATTGTT
* * **
132051 ATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCA-ACAAGCTTATTCGGATTAAAATAA
1 ATGACTTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATT-TGAAAAAAATAA
* * *
132115 TATTAATTTATTAATATTT-TAATAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACTG
65 TATTAATTTATTAATATTTCAAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAATAAATTTATTTACT-
* * * * *
132179 AATAAGTTTAAATAGTCTA--ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATT
128 AAAAAGTTTAAATAGT-TATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTA
* * * * * * **
132230 ATGACCTTTTGTTTTGCAATAAAACAATTGTTTCAATTAATATAA-ATTATTAAAAATAAAATAA
1 ATGACTTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAA-AAAATAA
* * * * *
132294 TACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATGAATGAGTAAGAGAATTAAAAAAATAAATTTGTTTACT
65 TATTAATTTATTAATATTTCAAAAAATTAATAAGTAA-A-AATTTAAAAAATAAATTTATTTACT
* * * *
132358 GAAAAAGTTCAAATAGTTATGACTATATAAACAATTATCTAGTTC-AA-CGCA
128 -AAAAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTA
* * * * * **
132409 CTATAACTTTTTATTGTGTTAGAAAACAATTGGATCTATTCATGA-AAGCTTATTTTGAAAAAAA
1 --ATGACTTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCTATTCAT-ACAAGCTTA-TTTGAAAAAAA
* * * * *
132473 TAATATAAATTTATTAATA-TTCAAAAAATTAATAAATAATAATTTAAATAATAAATTTATTTTT
62 TAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATTTA-TTTA
* *
132537 CTAAACACGTTTAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGTA
126 CTAAA-AAGTTTAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTA
* * * * * * **
132592 ATGACTATTTGTTTTGTGATAAATCAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTA-TTCAACTAAATAAT
1 ATGACTTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAAAAAATAAT
* * * * * * *
132656 ATTAATTTATTAAAATTTC-AAAAATT-ATAAGTAAAGAGTT---AAACAAA-TTGTTTAC-CAG
66 ATTAATTTATTAATATTTCAAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATTTATTTACTAAA
* * * * * *
132714 GAG-TTCAATAGTTATGGA-TATTTGAACAA-TATTTTATTTCAAAATCATT
131 AAGTTTAAATAGTTAT-GACTATTTAAACAATTA-TCTATTTC-AAATCGTA
* * * * * **
132763 ATGA-TCTTTT-CTTGGTCATAAAAC-ATTGTTTCTAAATT-ATGAAAAGTTTATTCAAAATAAA
1 ATGACT-TTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCT--ATTCAT-ACAAGCTTATTTGAAA-AAA
* * ** * * *
132824 ATAATATTAATTTATTAACA-TTCTAAAAATTAATAAGTTGGAGATTCAAAAAATAAATCTATTT
61 ATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAAATTAATAAG-TAAAAATTTAAAAAATAAATTTATTT
* * * * * * *
132888 AGC--AAAAGTTCAAATAGTCAT-ATCCATTTGAACTATTATCTATTTCAAATTGTT
125 A-CTAAAAAGTTTAAATAGTTATGA-CTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTA
* * * **
132942 ATGACATTTTGTTTTGTTGTAAAATAATTCCAATCATTTAGAATAATTGGTATTCATACAAAATT
1 ATGAC-TTTT-TGTT-TTGT--AATAA----AA-CAATT-G--T--TT-CTATTCATACAAGCTT
* * *
133007 ATTCT-AAATAAAATAATAATAATTTATTACTATTTC-AAAAATTAATAAG----GATTT-AAAA
50 ATT-TGAAA-AAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAA
* * ** *** * * * * * *
133065 ATAAATGTGTTTGTTGAATCTGTTCAAATAGTTAAGATTA-ATAGAACAATTATCTGTTTCAACT
113 ATAAATTTATTTACT-AAAAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTA-AACAATTATCTATTTCAAAT
* *
133129 CATT
176 CGTA
* * * * * * * * ** *
133133 CTGACTTTTTGTTTAGTTATAAAATAATTATTTC-AGCTCATATATGCCAATTTGAAATATAATA
1 ATGACTTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAA-AAAATA
* * *
133197 ATACTAATTTATTAACATTT-AAAAAATTAATAAGCAAGAAA-TTAAAAACATAAA-TTAGTTTA
64 ATATTAATTTATTAATATTTCAAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAA-ATAAATTTA-TTTA
* * * * * * * *
133259 CTGAACAAGTTAAAATTGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTAAAATCATT
126 CT-AAAAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTA
* * * * * * * **
133314 ATGACCTTTTATTTTATCATAAAATAATTGTTTC-AGTGCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATA
1 ATGACTTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAA-AAAATA
* * * * *
133378 ATATT-ACTTATTAATATTTC-AAAAATTGATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATTAATTTA-T
64 ATATTAATTTATTAATATTTCAAAAAATTAATAAG-TAAAAATTTAAAAAATAAATTTATTTACT
* * * * * * * *
133440 CAAATCAGTTCAAATAATTA-CAGCCATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCATT
128 -AAA-AAGTTTAAATAGTTATGA-CTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTA
** * * * * * * * *
133494 ATGAAC-TTTTGTTTCATCATAAACCAATTGTTTTTTTATCATACGAGCCTATTCGAATTAAAAT
1 ATG-ACTTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCTAT-TCATACAAGCTTATTTGAA-AAAAAT
* * * * * * *
133558 AAAACTAATTTACTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAATATAAATCTGTTTAC
63 AATATTAATTTATTAATATTTCAAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATTTATTTAC
* * * * * * *
133622 CAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAAT-ATT
127 TAAA-AAGTTTAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTA
* * * * * * **
133675 ATAACCTTTTT-TTATGTCATAAAACAATTATTTATATTCATACAAGTTTATTAAAAATAAAATA
1 ATGA-CTTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAA-AAAATA
* * * * * *
133739 ATACT-ATTGTAATAATA-TTCTAAAAATTAATAACTACGAGATTTAAAAAAT
64 ATATTAATT-TATTAATATTTCAAAAAATTAATAAGTA-AAAATTTAAAAAAT
133790 TAGATAAATT
Statistics
Matches: 1186, Mismatches: 275, Indels: 197
0.72 0.17 0.12
Matches are distributed among these distances:
169 10 0.01
170 41 0.03
171 24 0.02
172 7 0.01
173 32 0.03
174 9 0.01
175 58 0.05
176 2 0.00
178 19 0.02
179 142 0.12
180 257 0.22
181 303 0.26
182 133 0.11
183 11 0.01
185 4 0.00
186 4 0.00
188 3 0.00
189 19 0.02
190 10 0.01
191 39 0.03
192 2 0.00
194 1 0.00
195 48 0.04
196 7 0.01
197 1 0.00
ACGTcount: A:0.43, C:0.09, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (179 bp):
ATGACTTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAAAAAATAAT
ATTAATTTATTAATATTTCAAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATTTATTTACTAAA
AAGTTTAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTA
Found at i:133633 original size:182 final size:179
Alignment explanation
Indices: 132992--133789 Score: 624
Period size: 180 Copynumber: 4.5 Consensus size: 179
132982 GAATAATTGG
** * * *
132992 TATTCATACAAAATTATTCTAAATAAAATAATAATAATTTATTACTATTTCAAAAA-T--TAA-T
1 TATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
**** * * * * * *
133053 AAG-GATTT-AAAAATAAATGT-GTTTGTTGAATCTGTTCAAATAGTTAAGATTAATAGAACAAT
66 AAGAGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
* * * * * * *
133115 TATCTGTTTCAACTCATTCTG-ACTTTTTGTTTAGTTATAAAATAATTATTTCA
130 TATATATTTCAAATCATTATGAAC-TTTT-TTTA-TCATAAAACAATTGTTT-A
** * * ** ** * * * *
133168 -GCTCATATATGCCAATTTGAAATATAATAATACTAATTTATTAACATTTAAAAAATTAATAAGC
1 TATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
* ** * * *
133232 AAGA-AATTAAAAACATAAATTAGTTTACTGAACAAGTTAAAATTGTTATGACTATTTGAACAAT
66 AAGAGATTTAAAAA-ATAAATTAGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
* * *
133296 TATATATTTAAAATCATTATGACCTTTTATTTTATCATAAAATAATTGTTTCA
130 TATATATTTCAAATCATTATGAAC-TTT-TTTTATCATAAAACAATTGTTT-A
* * * * * *
133349 -GTGCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATA-TTACTTATTAATATTTCAAAAATTGATAAGT
1 TATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
* * * * * * * * *
133412 TAGAGATTTAAAAAATAAATTAATTTATCAAATCAGTTCAAATAATTA-CAGCCATTTAAATAAT
66 AAGAGATTTAAAAAATAAATTAGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAAT
* * *
133476 TATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTCATCATAAACCAATTGTTTT
130 TATATATTTCAAATCATTATGAACTTTT-TTT-ATCATAAAACAATTGTTTA
* * * * * * *
133528 TTTATCATACGAGCCTATTCGAATTAAAATAAAACTAATTTACTAATATTTCAAAAATTAATAAG
1 TAT-TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
*
133593 TAAGAGATTTAAAATATAAATCT-GTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA
65 TAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA
*
133657 TTATATATTTCAAAT-ATTAT-AACCTTTTTTTATGTCATAAAACAATTATTTA
129 TTATATATTTCAAATCATTATGAA-CTTTTTTTA--TCATAAAACAATTGTTTA
* * *
133709 TATTCATACAAGTTTATTAAAAATAAAATAATACT-ATTGTAATAATA-TTCTAAAAATTAATAA
1 TATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATT-TATTAATATTTC-AAAAATTAATAA
* *
133772 CTACGAGATTTAAAAAAT
64 GTAAGAGATTTAAAAAAT
133790 TAGATAAATT
Statistics
Matches: 488, Mismatches: 110, Indels: 44
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
175 40 0.08
176 1 0.00
178 4 0.01
179 20 0.04
180 170 0.35
181 151 0.31
182 99 0.20
183 3 0.01
ACGTcount: A:0.44, C:0.10, G:0.07, T:0.39
Consensus pattern (179 bp):
TATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
AAGAGATTTAAAAAATAAATTAGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
ATATATTTCAAATCATTATGAACTTTTTTTATCATAAAACAATTGTTTA
Found at i:133857 original size:35 final size:32
Alignment explanation
Indices: 133817--133880 Score: 92
Period size: 32 Copynumber: 1.9 Consensus size: 32
133807 ATTTAATTAT
133817 GATTAAATATTAATTAAATAAACTAATAATTAAAA
1 GATTAAAT-TTAATT-AATAAA-TAATAATTAAAA
*
133852 GATTAAATTTAATTAATATATAATAATTA
1 GATTAAATTTAATTAATAAATAATAATTA
133881 TTGTTATAAT
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 1, Indels: 3
0.88 0.03 0.09
Matches are distributed among these distances:
32 9 0.32
33 5 0.18
34 6 0.21
35 8 0.29
ACGTcount: A:0.56, C:0.02, G:0.03, T:0.39
Consensus pattern (32 bp):
GATTAAATTTAATTAATAAATAATAATTAAAA
Found at i:134016 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 133965--134028 Score: 73
Period size: 24 Copynumber: 2.8 Consensus size: 24
133955 GATTTTGTCT
*
133965 TAATTACTATTATA-T-ATTTATA
1 TAATTAATATTATATTAATTTATA
133987 TAATTAATATTATATTAATTTATA
1 TAATTAATATTATATTAATTTATA
134011 -ATATTAATAATTA-ATTAA
1 TA-ATTAAT-ATTATATTAA
134029 AAACCAATTA
Statistics
Matches: 37, Mismatches: 1, Indels: 6
0.84 0.02 0.14
Matches are distributed among these distances:
22 13 0.35
23 2 0.05
24 18 0.49
25 4 0.11
ACGTcount: A:0.47, C:0.02, G:0.00, T:0.52
Consensus pattern (24 bp):
TAATTAATATTATATTAATTTATA
Found at i:135852 original size:24 final size:26
Alignment explanation
Indices: 135825--135872 Score: 64
Period size: 26 Copynumber: 1.9 Consensus size: 26
135815 ATACATTTAG
*
135825 TTTTA-CTCTTAGT-TTTTCACATAA
1 TTTTATCTCTTAGTGTTTCCACATAA
*
135849 TTTTATTTCTTAGTGTTTCCACAT
1 TTTTATCTCTTAGTGTTTCCACAT
135873 GATATGAGAG
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 2, Indels: 2
0.83 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
24 5 0.25
25 7 0.35
26 8 0.40
ACGTcount: A:0.21, C:0.17, G:0.06, T:0.56
Consensus pattern (26 bp):
TTTTATCTCTTAGTGTTTCCACATAA
Found at i:135968 original size:279 final size:280
Alignment explanation
Indices: 135509--136055 Score: 938
Period size: 279 Copynumber: 2.0 Consensus size: 280
135499 GATAATATTG
135509 ATAATTCTTTATGAGCAGTTTTTCAATATACATTTAGTTTTACTCTTAGTTTTCTACACAATTTT
1 ATAATTCTTTATGAGCAGTTTTTCAATATACATTTAGTTTTACTCTTAGTTTTCTACACAATTTT
* * * *
135574 ATTTCTTAGTTTTTTCACATGGTATGAGAGCCAGGACTTTTTTTTCATTGCCCTTTCCTAATTTG
66 ATTTCTTAGTGTTTCCACATGATATGAGAGCCAGGACTTTCTTTTCATTGCCCTTTCCTAATTTG
135639 TCACATGGAAGGCTTCTTTCCTCTTCACCTACACATGATGGGGGCCTGTTAAAAGTTTAAATAAC
131 TCACATGGAAGGCTTCTTTCCTCTTCACCTACACATGATGGGGGCCTGTTAAAAGTTTAAATAAC
135704 TAATATTATATCTAAAAATTATTTAATTTTTATTTTAATATTAATAATTTAATAAGTTTATTA-T
196 TAATATTATATCTAAAAATTATTTAATTTTTATTTTAATATTAATAATTTAATAAGTTTATTATT
135768 ACAAGCACATAATTGCTTGT
261 ACAAGCACATAATTGCTTGT
*
135788 ATAATTCTTTATGAGCCA-TTTTTCAATATACATTTAGTTTTACTCTTAGTTTT-TCACATAATT
1 ATAATTCTTTATGAG-CAGTTTTTCAATATACATTTAGTTTTACTCTTAGTTTTCT-ACACAATT
*
135851 TTATTTCTTAGTGTTTCCACATGATATGAGAGCCAGGACTTTCTTTTCGTTGCCCTTTCCTAATT
64 TTATTTCTTAGTGTTTCCACATGATATGAGAGCCAGGACTTTCTTTTCATTGCCCTTTCCTAATT
* * * *
135916 TGTCACGTGGAAGGCTTCTTTCCTCTTCACCTACACGTGATGTGGTCCTGTTAAAAGTTTAAATA
129 TGTCACATGGAAGGCTTCTTTCCTCTTCACCTACACATGATGGGGGCCTGTTAAAAGTTTAAATA
* * *
135981 ACTAATATTATATCTAAACATTATTTAATTTTTATTTTAATATTAATATTTTACTAAGTTTATTA
194 ACTAATATTATATCTAAAAATTATTTAATTTTTATTTTAATATTAATAATTTAATAAGTTTATTA
136046 TTACAAGCAC
259 TTACAAGCAC
136056 CTTAGGTTTA
Statistics
Matches: 252, Mismatches: 13, Indels: 5
0.93 0.05 0.02
Matches are distributed among these distances:
278 1 0.00
279 240 0.95
280 11 0.04
ACGTcount: A:0.29, C:0.16, G:0.11, T:0.45
Consensus pattern (280 bp):
ATAATTCTTTATGAGCAGTTTTTCAATATACATTTAGTTTTACTCTTAGTTTTCTACACAATTTT
ATTTCTTAGTGTTTCCACATGATATGAGAGCCAGGACTTTCTTTTCATTGCCCTTTCCTAATTTG
TCACATGGAAGGCTTCTTTCCTCTTCACCTACACATGATGGGGGCCTGTTAAAAGTTTAAATAAC
TAATATTATATCTAAAAATTATTTAATTTTTATTTTAATATTAATAATTTAATAAGTTTATTATT
ACAAGCACATAATTGCTTGT
Found at i:136180 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 136155--136198 Score: 61
Period size: 22 Copynumber: 2.0 Consensus size: 22
136145 ATTTTTTGTC
*
136155 CTTAATTCTAGGGATACAAATA
1 CTTAATTCTAGAGATACAAATA
* *
136177 CTTAATTTTAGAGATATAAATA
1 CTTAATTCTAGAGATACAAATA
136199 TAAATATACA
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 3, Indels: 0
0.86 0.14 0.00
Matches are distributed among these distances:
22 19 1.00
ACGTcount: A:0.43, C:0.09, G:0.11, T:0.36
Consensus pattern (22 bp):
CTTAATTCTAGAGATACAAATA
Found at i:136597 original size:31 final size:31
Alignment explanation
Indices: 136562--136626 Score: 87
Period size: 31 Copynumber: 2.1 Consensus size: 31
136552 AATTCATATT
*
136562 TAATTATAATTAATTAA-ATTATAATAATTAA
1 TAATTATAATTAATTAATATTACAA-AATTAA
* *
136593 TAATTCTAATTAATTAATATTCCAAAATTAA
1 TAATTATAATTAATTAATATTACAAAATTAA
136624 TAA
1 TAA
136627 ATAACTATTT
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 3, Indels: 2
0.86 0.09 0.06
Matches are distributed among these distances:
31 25 0.83
32 5 0.17
ACGTcount: A:0.52, C:0.05, G:0.00, T:0.43
Consensus pattern (31 bp):
TAATTATAATTAATTAATATTACAAAATTAA
Found at i:137095 original size:22 final size:21
Alignment explanation
Indices: 137056--137109 Score: 63
Period size: 22 Copynumber: 2.5 Consensus size: 21
137046 GTTTATCGTT
*
137056 ATTAATAGTTAATAATTATAA
1 ATTAATATTTAATAATTATAA
* *
137077 ATTAATATTATAATTATTATAT
1 ATTAATATT-TAATAATTATAA
137099 ATTAAATATTT
1 ATT-AATATTT
137110 TTGTTATTAA
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 3, Indels: 3
0.82 0.09 0.09
Matches are distributed among these distances:
21 8 0.29
22 14 0.50
23 6 0.21
ACGTcount: A:0.48, C:0.00, G:0.02, T:0.50
Consensus pattern (21 bp):
ATTAATATTTAATAATTATAA
Found at i:137186 original size:39 final size:39
Alignment explanation
Indices: 137113--137187 Score: 98
Period size: 39 Copynumber: 1.9 Consensus size: 39
137103 AATATTTTTG
* *
137113 TTATTAAACTATTATATAATAATTATATAATTAATTAAC
1 TTATTAAACTAATATATAATAACTATATAATTAATTAAC
* *
137152 TTATTAAACTAATATCTAATTAACTAT-TATTTAATT
1 TTATTAAACTAATATATAA-TAACTATATAATTAATT
137188 TATATTTAAT
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 4, Indels: 2
0.84 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
39 25 0.81
40 6 0.19
ACGTcount: A:0.45, C:0.07, G:0.00, T:0.48
Consensus pattern (39 bp):
TTATTAAACTAATATATAATAACTATATAATTAATTAAC
Found at i:138015 original size:10 final size:11
Alignment explanation
Indices: 137994--138033 Score: 50
Period size: 10 Copynumber: 3.9 Consensus size: 11
137984 ATGTTTAACA
*
137994 TAATTCATAAT
1 TAATTAATAAT
138005 TAATT-ATAAT
1 TAATTAATAAT
138015 TAATTAATAA-
1 TAATTAATAAT
138025 T-ATTAATAA
1 TAATTAATAA
138034 ATAAATAATT
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 0, Indels: 4
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
9 8 0.29
10 11 0.39
11 9 0.32
ACGTcount: A:0.53, C:0.03, G:0.00, T:0.45
Consensus pattern (11 bp):
TAATTAATAAT
Found at i:138031 original size:13 final size:14
Alignment explanation
Indices: 138001--138043 Score: 52
Period size: 14 Copynumber: 3.1 Consensus size: 14
137991 ACATAATTCA
*
138001 TAATTAATTATAAT
1 TAATTAATAATAAT
138015 TAATTAATAAT-AT
1 TAATTAATAATAAT
*
138028 TAATAAATAAATAAT
1 TAATTAAT-AATAAT
138043 T
1 T
138044 TATATAAATT
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 2, Indels: 3
0.83 0.07 0.10
Matches are distributed among these distances:
13 9 0.36
14 13 0.52
15 3 0.12
ACGTcount: A:0.56, C:0.00, G:0.00, T:0.44
Consensus pattern (14 bp):
TAATTAATAATAAT
Found at i:138050 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 138020--138052 Score: 50
Period size: 17 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
138010 ATAATTAATT
138020 AATAATATTAATAAATA
1 AATAATATTAATAAATA
138037 AATAAT-TTATATAAAT
1 AATAATATTA-ATAAAT
138053 TATTTGATAA
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 3 0.20
17 12 0.80
ACGTcount: A:0.61, C:0.00, G:0.00, T:0.39
Consensus pattern (17 bp):
AATAATATTAATAAATA
Found at i:139123 original size:26 final size:26
Alignment explanation
Indices: 139086--139144 Score: 70
Period size: 26 Copynumber: 2.3 Consensus size: 26
139076 AAATAAATAA
139086 TTATTTATTTATTAA-ATTAATTATAG
1 TTATTTATTTATTAATATT-ATTATAG
139112 TTATGTTA-TTATTAATATTATTATTA-
1 TTAT-TTATTTATTAATATTATTA-TAG
139138 TTATTTA
1 TTATTTA
139145 ATAATAATAT
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 0, Indels: 7
0.81 0.00 0.19
Matches are distributed among these distances:
25 3 0.10
26 19 0.63
27 8 0.27
ACGTcount: A:0.36, C:0.00, G:0.03, T:0.61
Consensus pattern (26 bp):
TTATTTATTTATTAATATTATTATAG
Found at i:140216 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 139907--140587 Score: 619
Period size: 181 Copynumber: 3.8 Consensus size: 180
139897 TGCTATTAAA
* * *
139907 ACTAATTTATTAATACTTCAAAAAATT-ATAAG--AG--ATTTAGAAAAT-AATTCTATTTATCA
1 ACTAATTTAATAATA-TTTAAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATT-TATTTATCA
* * * * * * * * *
139966 AACTAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATTACTTTTTGTT
64 AACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATT
* * *
140031 TTGTCGTAAAACAATTGTTTTTGTTAAGATAAATTTGTTCAAAATAAAATAAT
129 TTGTCGTAAAATAATTGATTTTGTTAAG-TAAATTTATTCAAAATAAAATAAT
* * * * * *
140084 ACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATTAGTAAGAGATTTAAAAAGTAAATTTGTTTACCAAA
1 ACTAATTTAATAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATTTATTTATCAAA
* * * *
140149 CCATTTCAATTAGTTTTGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTATTTT
66 CCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTT
* * * * * * * *
140214 GTCATTAAATAATTGGTTCTGTTCATGCT-ATTTTATTTAGAATAAAATAAT
131 GTCGTAAAATAATTGATTTTGTT-AAG-TAAATTTATTCAAAATAAAATAAT
* * * * * * * * **
140265 ATTAATTTAATAATATTTCAAAACTTAATAAGCAAGAAAATTAAAAAATAAATCTAATTGTTGAA
1 ACTAATTTAATAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATTTATTTATCAAA
* * * * * * * *
140330 CCAGTTAAAATAGTTACGACGATATGAATGATTATCTATTTTAAATCGTTATGACCTTTTCTTTT
66 CCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTT
* * * *
140395 GTCGTAAAATAATT-ATTTTGTT-CGTACAAGCTTATTCTAATTAAAATAAT
131 GTCGTAAAATAATTGATTTTGTTAAGTA-AA-TTTATTCAAAATAAAATAAT
* *
140445 ACTAATTTAATAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAAATGTAAAAAATAAATTTGTTTA-CAAA
1 ACTAATTTAATAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATTTATTTATCAAA
* * * * * * * *
140509 TCA-TTCAAATTGTTAAGACTATTAAAATAATTATCTATTTAAAATCGTTTTGACCTTTTGTTTA
66 CCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTT
**
140573 GTTATAAAATAATTG
131 GTCGTAAAATAATTG
140588 TTCTAGTTCA
Statistics
Matches: 398, Mismatches: 95, Indels: 20
0.78 0.19 0.04
Matches are distributed among these distances:
176 10 0.03
177 20 0.05
178 62 0.16
179 7 0.02
180 71 0.18
181 221 0.56
182 7 0.02
ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
ACTAATTTAATAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATTTATTTATCAAA
CCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTT
GTCGTAAAATAATTGATTTTGTTAAGTAAATTTATTCAAAATAAAATAAT
Found at i:141113 original size:180 final size:178
Alignment explanation
Indices: 140760--141397 Score: 540
Period size: 182 Copynumber: 3.6 Consensus size: 178
140750 GCTTAGAGGG
* * *
140760 AATAAAATAATACTAATTTATTAA-ATTTCCTAAAA-TAATAAGTAAGAAATTT-AAAAATAAAT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-CAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAA-
* * * * * * * **
140822 TTGTTTA-CTGAATCAGTTAAAATAATTATGGCCATTTGAATGATTATTTGTTTCAAATCATTAT
64 TTGTTTATCTGAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCAGTTTCAAATCATTA-
* ** *
140886 GGCCCTTTGTTTTGTTATAAAAT-ATTTGTTCTTGATCATACAAGCTTATTTGA
128 AGATCTTTG-TTTGTCATAAAATAATTT-TTCTT-ATCATACAAGCTTATTTGA
** *
140939 AATAAAATGTTACTAATTTTTTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAAATAAAT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGAGATTT-AAAAAATAAAT
* * * *
141004 ATGTTTATC-GAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCAGTCTCAAATAATTAA
65 -TGTTTATCTGAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCAGTTTCAAATCATTAA
* *
141068 GATCTTTGTTTGTCATAAAATAATTATTTCTTATCATAGAAGCTTA-TTCA
129 GATCTTTGTTTGTCATAAAATAATT-TTTCTTATCATACAAGCTTATTTGA
** * *
141118 GTTAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTC-AAAATT--T-AATAAGAGATTTAAAAAAGAAAT
1 AAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* ** * *
141179 T-TTTTTGCTGAACCAATTCAAATAGTTAAAACTATTAGAATAATTATCTA-TTTCAAATCGTTC
65 TGTTTAT-CTGAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATC-AGTTTCAAATCATT-
* * * * *
141242 CA-ATCTTATGTTTAGTCATAAAAT-ATTTGTTTTATATCTTACATGCTTATTTGG
127 AAGATCTT-TGTTT-GTCATAAAATAATTT-TTCT-TATCATACAAGCTTATTTGA
* ** *
141296 AATAAAATAAT-CTAAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTGAAAAAATAA
1 AATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAATAAGAGATTT-AAAAAATAA
* *
141359 ATTCATTTAT-TG-ACCAAATTTAAATAGTTATGACTATTT
63 ATT-GTTTATCTGAACC-AATTCAAATAGTTATGACTATTT
141398 AGACAACTAA
Statistics
Matches: 372, Mismatches: 59, Indels: 53
0.77 0.12 0.11
Matches are distributed among these distances:
173 4 0.01
174 2 0.01
175 59 0.16
176 30 0.08
177 41 0.11
178 9 0.02
179 36 0.10
180 68 0.18
181 27 0.07
182 91 0.24
183 1 0.00
184 4 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (178 bp):
AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATT
GTTTATCTGAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCAGTTTCAAATCATTAAGA
TCTTTGTTTGTCATAAAATAATTTTTCTTATCATACAAGCTTATTTGA
Found at i:141305 original size:177 final size:176
Alignment explanation
Indices: 140890--141338 Score: 448
Period size: 177 Copynumber: 2.5 Consensus size: 176
140880 CATTATGGCC
* * * **
140890 CTTTGTTTTGTTATAAAATATTTGTTCTTGATCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATGTTACTAA
1 CTTTG-TTTGTCATAAAATATTTGTT-TTTATCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAA
* * *
140955 TTTTTTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAAATAAATATGTTTATCGAACCAG
64 TTTATTAATATTTCAAAAATT--T-AATAAGAGATTTAAAAAAAGAAATATGTTTATCGAACCAA
** *
141020 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCAGTCTCAAATAATTAAGAT
126 TTCAAATAGTTAAAACTATTAGAACAATTATCAGTCTCAAATAATTAAGAT
* * * ** *
141071 CTTTGTTTGTCATAAAATAATTATTTCTTATCATAGAAGCTTATTCAG-TTAAAAATAATACTAA
1 CTTTGTTTGTCATAAAATATTTGTTT-TTATCATACAAGCTTATTTGGAAT-AAAATAATACTAA
* *
141135 TTTAATAATATTTC-AAAATTTAATAAGAGATTT-AAAAAAGAAAT-T-TTTTTGCTGAACCAAT
64 TTTATTAATATTTCAAAAATTTAATAAGAGATTTAAAAAAAGAAATATGTTTAT-C-GAACCAAT
* * ** *
141196 TCAAATAGTTAAAACTATTAGAATAATTATCTA-TTTCAAATCGTTCCA-AT
127 TCAAATAGTTAAAACTATTAGAACAATTATC-AGTCTCAAATAATT-AAGAT
* *
141246 CTTATGTTTAGTCATAAAATATTTGTTTTATATCTTACATGCTTATTTGGAATAAAATAAT-CTA
1 CTT-TGTTT-GTCATAAAATATTTGTTTT-TATCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACT-
* *
141310 AATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAG
62 AATTTATTAATATTTCAAAAATTTAATAAG
141339 CAAAAGATTT
Statistics
Matches: 221, Mismatches: 35, Indels: 28
0.78 0.12 0.10
Matches are distributed among these distances:
173 4 0.02
174 2 0.01
175 58 0.26
176 25 0.11
177 62 0.28
178 1 0.00
179 8 0.04
180 56 0.25
181 5 0.02
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (176 bp):
CTTTGTTTGTCATAAAATATTTGTTTTTATCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATT
TATTAATATTTCAAAAATTTAATAAGAGATTTAAAAAAAGAAATATGTTTATCGAACCAATTCAA
ATAGTTAAAACTATTAGAACAATTATCAGTCTCAAATAATTAAGAT
Found at i:141456 original size:30 final size:30
Alignment explanation
Indices: 141422--141485 Score: 80
Period size: 30 Copynumber: 2.1 Consensus size: 30
141412 TTAATAATTT
141422 TAATTAA-ATTA-TTAAT-ATAGAATTAATTAA
1 TAATTAATATTATTTAATAATA-AA-T-ATTAA
141452 TAATTAATATTATTTAATAATAAATATTAA
1 TAATTAATATTATTTAATAATAAATATTAA
141482 TAAT
1 TAAT
141486 GTTTAGTTAT
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 0, Indels: 6
0.84 0.00 0.16
Matches are distributed among these distances:
30 16 0.52
31 5 0.16
32 7 0.23
33 3 0.10
ACGTcount: A:0.53, C:0.00, G:0.02, T:0.45
Consensus pattern (30 bp):
TAATTAATATTATTTAATAATAAATATTAA
Found at i:141468 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 141443--141482 Score: 62
Period size: 17 Copynumber: 2.4 Consensus size: 17
141433 TTAATATAGA
*
141443 ATTAATTAATAATTAAT
1 ATTAATTAATAATAAAT
*
141460 ATTATTTAATAATAAAT
1 ATTAATTAATAATAAAT
141477 ATTAAT
1 ATTAAT
141483 AATGTTTAGT
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 3, Indels: 0
0.87 0.13 0.00
Matches are distributed among these distances:
17 20 1.00
ACGTcount: A:0.53, C:0.00, G:0.00, T:0.47
Consensus pattern (17 bp):
ATTAATTAATAATAAAT
Found at i:141618 original size:22 final size:24
Alignment explanation
Indices: 141580--141634 Score: 71
Period size: 22 Copynumber: 2.4 Consensus size: 24
141570 ATAATATTTT
141580 ATAAATATTTATAAATT-ATTAGCA
1 ATAAATATTTATAAATTAATTA-CA
141604 ATAAATATTT-T-AATTAATTACA
1 ATAAATATTTATAAATTAATTACA
*
141626 ATAACTATT
1 ATAAATATT
141635 ATATTGTTCT
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 1, Indels: 4
0.85 0.03 0.12
Matches are distributed among these distances:
22 14 0.48
23 5 0.17
24 10 0.34
ACGTcount: A:0.49, C:0.05, G:0.02, T:0.44
Consensus pattern (24 bp):
ATAAATATTTATAAATTAATTACA
Found at i:142207 original size:180 final size:177
Alignment explanation
Indices: 141826--142855 Score: 712
Period size: 180 Copynumber: 5.8 Consensus size: 177
141816 TATCAAATCT
* * * * * *
141826 CTTATTAATTTTTGAAATATTCATAAATTAATATTATTTTATTTTGAACAAACTTATATGAATGA
1 CTTATTAATTTTT-TAATATTAAT-AATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA-GA
* * ** * * * * *
141891 -AAACATTTATTTTACAATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTAAAATAGATAATTATTCATATAG
63 TAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGGTCATAAC-AATTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * *
141955 CCTTAACTATTTGAATTGGTTC-AGTAAACAAATTTATTTTTTTAATCT-ATCA
126 TCATAACTATTTGAACTGATTCTA-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCT-A
* ** * * * *
142007 ATTATTAAATTTCATAATATTACTAGATTAGTATTATTGTATTTTGAATAAGTTTGTATAAAGAT
1 CTTATT-AATTTTTTAATATTAATA-ATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAGAT
* * * * *
142072 AAATAATTGTTTTATGACAAAACAACAGGTTATAACAATCGAAATATATAATTGGTCAAATAGTC
64 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAA-AGGTCATAACAATTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
142137 ATAACTATTTGAACTGATTCTATAAACAGATTTATTTTTTTAAATCTCCTA
128 ATAACTATTTGAACTGATTCTATAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCCTA
* * *
142188 CTTATTAA-----TAA-A-T--T-A--A-TATTATTTTATTTTGAATAGGCTTGTATGATGAAAA
1 CTTATTAATTTTTTAATATTAATAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAGATAA
* * * * * * * *
142240 ACAATTGTTTTATGGCATAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATGGCCA
66 ACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGGTCATAA-CAATTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * *
142305 TAATTATTTGAACTGATTCAATAAACTGATTTATGTTTTAAATCT-CTAA
129 TAACTATTTGAACTGATTCTATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCT-A
* * * * ** * *
142354 CTTATCAATTTTTATAATATTAATAAAGTAATATTGTTTTATTTCAAATAAGCTTTTATGAA-CT
1 CTTATTAATTTTT-TAATATTAAT-AATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAGAT
* * * * *
142418 GAAACAATTGTTTTA-GATAAAATATAAGGTCATAACAATTTTAAATAAATAATTATTCAAATAG
64 -AAACAATTGTTTTATGACAAAACA-AAGGTCATAACAA-TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * *
142482 TCA-AA-TATTTGAACTTG-TTC-AAAAATAGATTT-TTTTTTCTAATTTCTTA
126 TCATAACTATTTGAAC-TGATTCTATAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTCCTA
* * * * *
142531 CTTAATAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCCTGTAAG-AGTT
1 CTTATTAATTTTTT-AATATTAAT-AATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAGAT
* * * * * *
142595 GAAGCAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAG
64 -AAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGGTCATAAC-AATTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * *
142660 TCTTAACTATTTGAACTGATT-TAGCAAACACATTTATTTTTTACATC-CTTA
126 TCATAACTATTTGAACTGATTCTA-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTA
** * * * * * *
142711 CTTATTAATGTTTAGAATATTATTAATTTAGCAATATTTTACTTTGAATAAGCTTGT-TGAACAA
1 CTTATTAAT-TTTTTAATATTAATAA-TTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAGAT
* * * **
142775 AAATTAAATGTTTTAGGACAAAACAAAAATCATAACAATTGGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
64 AAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAGGTCATAACAATT-GAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
*
142840 CATAACTATTTAAACT
127 CATAACTATTTGAACT
142856 AGTTGGGTAA
Statistics
Matches: 659, Mismatches: 143, Indels: 96
0.73 0.16 0.11
Matches are distributed among these distances:
165 2 0.00
166 74 0.11
167 56 0.08
169 1 0.00
171 1 0.00
172 3 0.00
173 2 0.00
174 2 0.00
175 3 0.00
176 8 0.01
177 75 0.11
178 55 0.08
179 63 0.10
180 165 0.25
181 137 0.21
182 12 0.02
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (177 bp):
CTTATTAATTTTTTAATATTAATAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAGATAA
ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGGTCATAACAATTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
ACTATTTGAACTGATTCTATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTA
Found at i:142346 original size:166 final size:166
Alignment explanation
Indices: 142024--142358 Score: 397
Period size: 166 Copynumber: 2.0 Consensus size: 166
142014 AATTTCATAA
* * * * * *
142024 TATTACTAGATTAGTATTATTGTATTTTGAATAAGTTTGTATAAAGATAAATAATTGTTTTATGA
1 TATTAATAAATTAATATTATTGTATTTTGAATAAGCTTGTATAAAGAAAAACAATTGTTTTATGA
* * *
142089 CAAAACAACAGGTTATAACAATCGAAATATATAATTGGTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGA
66 CAAAACAACAAGTTATAACAATCGAAATAGATAATTGGTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTGA
* *
142154 TTCTATAAACAGATTTATTTTTTTAAATCTCCT-ACT
131 TTCAATAAACAGATTTATTGTTTTAAATCT-CTAACT
* * * * *
142190 TATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAGGCTTGTATGATGAAAAACAATTGTTTTATGG
1 TATTAATAAATTAATATTATTGTATTTTGAATAAGCTTGTATAAAGAAAAACAATTGTTTTATGA
* * * * * * * *
142255 CATAACAA-AAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATGGCCATAATTATTTGAACT
66 CAAAACAACAAGTT-ATAA-CAATCGAAATAGATAATTGGTCAAATAGCCATAACTATTTGAACT
*
142319 GATTCAATAAACTGATTTA-TGTTTTAAATCTCTAACT
129 GATTCAATAAACAGATTTATTGTTTTAAATCTCTAACT
142356 TAT
1 TAT
142359 CAATTTTTAT
Statistics
Matches: 141, Mismatches: 25, Indels: 6
0.82 0.15 0.03
Matches are distributed among these distances:
165 6 0.04
166 82 0.58
167 53 0.38
ACGTcount: A:0.39, C:0.09, G:0.11, T:0.41
Consensus pattern (166 bp):
TATTAATAAATTAATATTATTGTATTTTGAATAAGCTTGTATAAAGAAAAACAATTGTTTTATGA
CAAAACAACAAGTTATAACAATCGAAATAGATAATTGGTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTGA
TTCAATAAACAGATTTATTGTTTTAAATCTCTAACT
Found at i:142483 original size:347 final size:345
Alignment explanation
Indices: 141843--142496 Score: 735
Period size: 347 Copynumber: 1.9 Consensus size: 345
141833 ATTTTTGAAA
* *
141843 TATTCATAAATTAATATTATTTTATTTTGAACAAACTTATATGAATGAAAACATTTATTTTACAA
1 TATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAACAAACTTATATGAATGAAAACAATTATTTTACAA
* * * *
141908 TAAAACAAAAGGTCATAACGATTTAAAATAGATAATTATTCATATAGCCTTAACTATTTGAATTG
66 CAAAACAAAAGGTCATAACGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTG
* * * * * * * * *
141973 GTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTTAATCTATCAATTATTAAATTTCATAATATTACTAGATTAG
131 ATTCAATAAACAAATTTATGTTTTAAATCTATCAATTATCAAATTTCATAATATTAATAAAGTAA
** * *
142038 TATTATTGTATTTTGAATAAGTTTGTATAAAGATAAATAATTGTTTTATGACAAAACAACAGGTT
196 TATTATTGTATTTCAAATAAGTTTGTATAAAGATAAACAATTGTTTTATGACAAAACAACAGGTC
* *
142103 ATAACAATCGAAATATATAATTGGTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCTATAAACAGAT
261 ATAACAATCGAAATAAATAATTAGTCAAATAGTCA-AA-TATTTGAACTGATTCTATAAACAGAT
142168 TTATTTTTTTAAATCTCCTACT
324 TTATTTTTTTAAATCTCCTACT
* ** * * **
142190 TATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAGGCTTGTATG-ATGAAAAACAATTGTTTTATG
1 TATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAACAAACTTATATGAATG-AAAACAATTATTTTACA
* * * * * * * * *
142254 GCATAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATGGCCATAATTATTTGAACT
65 ACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAACTATTTGAACT
** * * *
142319 GATTCAATAAACTGATTTATGTTTTAAATCTCT-AACTTATCAATTTTTATAATATTAATAAAGT
130 GATTCAATAAACAAATTTATGTTTTAAATCTATCAA-TTATCAAATTTCATAATATTAATAAAGT
* * * * * *
142383 AATATTGTTTTATTTCAAATAAGCTTT-TATGAA-CTGAAACAATTGTTTTA-GATAAAATATA-
194 AATATTATTGTATTTCAAATAAG-TTTGTATAAAGAT-AAACAATTGTTTTATGACAAAACA-AC
** *
142444 AGGTCATAACAATTTTAAATAAATAATTATTCAAATAGTCAAATATTTGAACT
256 AGGTCATAACAA-TCGAAATAAATAATTAGTCAAATAGTCAAATATTTGAACT
142497 TGTTCAAAAA
Statistics
Matches: 250, Mismatches: 51, Indels: 14
0.79 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
345 10 0.04
346 26 0.10
347 211 0.84
348 3 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (345 bp):
TATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAACAAACTTATATGAATGAAAACAATTATTTTACAA
CAAAACAAAAGGTCATAACGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTG
ATTCAATAAACAAATTTATGTTTTAAATCTATCAATTATCAAATTTCATAATATTAATAAAGTAA
TATTATTGTATTTCAAATAAGTTTGTATAAAGATAAACAATTGTTTTATGACAAAACAACAGGTC
ATAACAATCGAAATAAATAATTAGTCAAATAGTCAAATATTTGAACTGATTCTATAAACAGATTT
ATTTTTTTAAATCTCCTACT
Done.