Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019167881.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_149, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 64952
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.14, T:0.37
Found at i:1135 original size:224 final size:223
Alignment explanation
Indices: 736--1144 Score: 590
Period size: 224 Copynumber: 1.8 Consensus size: 223
726 GTTTTCAAAG
*
736 CAAAAGGTCGAGCTTTGAGTTTGTGCATAATGTATAAAAATAAGTTAGTACACAGTTAATCACAT
1 CAAAAGGTCGAGCTTTGAGTTTGTGCATAATGTATAAAAATAAGTTAGCACACAGTTAATCACAT
* * * * *
801 CAAGTGTCAATAAAGATTTCACAAATGACATCTAAATATCAATAGCATCTCACAAATTCCCTGGA
66 CAAGTGCCAATAAAGATTTCACAAATGACATCCAAATATCAAAAACATCCCACAAATTCCCTGGA
*
866 GCACCCATGAATTCTCTAAAAATGCATCTACAACAAATAAGCATGAAAAATTAAACCACCAGAAA
131 GCACACATGAATTCTCTAAAAATGCATCTACAACAAATAAGCATGAAAAATTAAACCACCAGAAA
931 TGGTTTCTAAAGCAAAACATAAAAGCTT
196 TGGTTTCTAAAGCAAAACATAAAAGCTT
** * *
959 CAAAAGCGTCGAGCTTTGAGTTTGTGTGTAATGTATAAAAATAAGTTAGCACACTGTTAATCGCA
1 CAAAAG-GTCGAGCTTTGAGTTTGTGCATAATGTATAAAAATAAGTTAGCACACAGTTAATCACA
* * * *
1024 TCAAGCT-CCAATAATGATTTCATAAATTACATCCAAATATCAAAAACATCCCACAAATTCTCTG
65 TCAAG-TGCCAATAAAGATTTCACAAATGACATCCAAATATCAAAAACATCCCACAAATTCCCTG
* * * *
1088 GAGCACACATTAATTATTTTAAAAATGCATCTGA-AGCAAAT-AGCATGAAAAATTAAA
129 GAGCACACATGAATT-CTCTAAAAATGCATCT-ACAACAAATAAGCATGAAAAATTAAA
1145 ATCGTGCAAA
Statistics
Matches: 163, Mismatches: 19, Indels: 7
0.86 0.10 0.04
Matches are distributed among these distances:
223 6 0.04
224 135 0.83
225 21 0.13
226 1 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.18, G:0.13, T:0.27
Consensus pattern (223 bp):
CAAAAGGTCGAGCTTTGAGTTTGTGCATAATGTATAAAAATAAGTTAGCACACAGTTAATCACAT
CAAGTGCCAATAAAGATTTCACAAATGACATCCAAATATCAAAAACATCCCACAAATTCCCTGGA
GCACACATGAATTCTCTAAAAATGCATCTACAACAAATAAGCATGAAAAATTAAACCACCAGAAA
TGGTTTCTAAAGCAAAACATAAAAGCTT
Found at i:1809 original size:465 final size:465
Alignment explanation
Indices: 925--2460 Score: 2023
Period size: 466 Copynumber: 3.3 Consensus size: 465
915 ATTAAACCAC
* *
925 CAGAAATG-GTTTCTAAAGCAAAACATAAAAGCTTCAAAAGCGTCGAGCTTTGAGTTTGTGTGTA
1 CAGAAATGATTTTC-AAAGCAAAACATAAAAACTTCAAAAGCGTCGAGCTTTGAGTTTGTGTGTA
* * * * * * * *
989 ATGTATAAAAATAAGTTAGCACACTGTTAATCGCATCAAGCTCCAATAATGATTTCATAAATTAC
65 ACGTATAAAAACAAGTTAGCACACAGTTAATCGCATCAAGCGCCAAAAACGATTTCACAAATGAC
* * **
1054 ATCCAAATATCAAA-AACATCCCACAAATTCTCTGGAGCACACATTAATTATTTTAAAAATGCAT
130 ATCCAAATAT-AAACAGCATCCCACAAATTCTCTGGAGCACACATTAATTCTCCTAAAAATGCAT
* * *
1118 CTGAAGCAAATAGCATGAAAAATTAAAATCGTGCAAAATGGTTTTTATATCACAATTTGAAATTG
194 CTAAAGCAAATAGTATGAAAAATTAAAATCGTGC-AAATGGTTTTTCTATCACAATTTGAAATTG
* * * * ** * *
1183 TGCAGATATTTTTTATTCTCATAGTTGTTTAGAAACGAAATTTTGATATTTTCAGCTCCAAAATC
258 TGCAGATAGTTTTTATGCCCACAACTGTTTAGAAATGAAATTTTGATATTTTCAGCTTCAAAATC
* * * * * *
1248 TTGCATGACTTACACTTAGCA-TCGT-GAAAATTAAAACCAATGCAGGTTATCATGTTTCTATGT
323 TTTCATGACTTACACTTAACACT-GTAAAAAATTAAAACCAATACAGGTTATCATGTTTTTGTGT
* * *
1311 TTGAGCAAGTTTAAAACTATTTATTTTCATTTAAAAACTTGCTAAAACAATATTTCATACTTTTA
387 TTGAGCAAGTTTAAAATTATTCATTTTCATTTAAAAACTTGCTAAAACAACATTTCATACTTTTA
* *
1376 AAGCTCGACTCTAA
452 AAGCTCGACTCCAG
* *
1390 CAGAAATGATTTTCAAAGCAAAACATAAAAACTTCAAAAGTGTCGAGTTTTGAGTTTGTGTGTAA
1 CAGAAATGATTTTCAAAGCAAAACATAAAAACTTCAAAAGCGTCGAGCTTTGAGTTTGTGTGTAA
* *
1455 TGTATAAAAACAAGTTAGCACACAGTTAATCGCATCAAGCGCCAAAAACAATTTCACAAATGACA
66 CGTATAAAAACAAGTTAGCACACAGTTAATCGCATCAAGCGCCAAAAACGATTTCACAAATGACA
*
1520 TCCAAATATAAACAGTAT-CCACAAATT-TGCTGGAGCACACATTAATTCTCCTAAAAATGCATC
131 TCCAAATATAAACAGCATCCCACAAATTCT-CTGGAGCACACATTAATTCTCCTAAAAATGCATC
* * * * * * *
1583 TAAAGTAAATAGTTACGAAAAATTTAAACCATGCAAATGGTTTTTCTATCATAATATGAAATTGT
195 TAAAGCAAATAG-TATGAAAAATTAAAATCGTGCAAATGGTTTTTCTATCACAATTTGAAATTGT
* * *
1648 GCAGATGGTTTTTATGCCCACAACTGTTTAGAAATAAAATTTTGATATTTTTAGCTTCAAAATCT
259 GCAGATAGTTTTTATGCCCACAACTGTTTAGAAATGAAATTTTGATATTTTCAGCTTCAAAATCT
* * *
1713 TTCATGACTTACACTTAACACTGTAAAAAATTACAACCAATACAAGTTATCATGTTTTTGGGTTT
324 TTCATGACTTACACTTAACACTGTAAAAAATTAAAACCAATACAGGTTATCATGTTTTTGTGTTT
* * *
1778 GAGCGAGTTTAAAATTATTCGTTTCCATTTAAAAACTTGCTAAAACAACATTTCATACTTTTAAA
389 GAGCAAGTTTAAAATTATTCATTTTCATTTAAAAACTTGCTAAAACAACATTTCATACTTTTAAA
1843 GCTCGACTCCAG
454 GCTCGACTCCAG
* * * * *
1855 TAGAAAT-ATTTTTCAAAACAAAACA-AAAAAGCTTTAAAAGCGTAGAGCTTTGAGTTTGTGCGT
1 CAGAAATGA-TTTTCAAAGCAAAACATAAAAA-CTTCAAAAGCGTCGAGCTTTGAGTTTGTGTGT
* * * * * *
1918 AACGTATAAGAATAAGTTAGCATAGAGTTAATCGCATCAAGTG-CAAATAATGATTTCACAAATG
64 AACGTATAAAAACAAGTTAGCACACAGTTAATCGCATCAAGCGCCAAA-AACGATTTCACAAATG
** * * * *
1982 ACAAGCAAATATCAACAGCATCCCGCAAATTCTCTGGAGCACCCATGAATTCTCCTAAAAATGCA
128 ACATCCAAATATAAACAGCATCCCACAAATTCTCTGGAGCACACATTAATTCTCCTAAAAATGCA
* **
2047 TATAAAGCAAATAAGTATGAAAAATTAAAATCGTGCAAATATTTTTTCTATCACAATTTGAAATT
193 TCTAAAGCAAAT-AGTATGAAAAATTAAAATCGTGCAAATGGTTTTTCTATCACAATTTGAAATT
* * * * *
2112 ATGCAGATAGTTTCTCTGCCCACAACTGTTTAGAAATGAAATTTTCATATTTTCAGCATCAAAAT
257 GTGCAGATAGTTTTTATGCCCACAACTGTTTAGAAATGAAATTTTGATATTTTCAGCTTCAAAAT
*
2177 CCTTT-ATGACTTACA-TATAACACCGTAAAAAATTAAAACCAATACAGGTTATCATGTTTTTGT
322 -CTTTCATGACTTACACT-TAACACTGTAAAAAATTAAAACCAATACAGGTTATCATGTTTTTGT
*
2240 GTTTGAGCAAGTTTAAAATTATTCATTTTCATTTAAAAACTTGTTAAAACAACATTTCATACTTT
385 GTTTGAGCAAGTTTAAAATTATTCATTTTCATTTAAAAACTTGCTAAAACAACATTTCATACTTT
*
2305 TAAAGCTCGAATCCAG
450 TAAAGCTCGACTCCAG
* * * *
2321 GAGAAATGTTTTTCAAAGGAAAACATAAAAGCTTCAAAAGCGTCGAGCTTTGAGTTTGTGTGTAA
1 CAGAAATGATTTTCAAAGCAAAACATAAAAACTTCAAAAGCGTCGAGCTTTGAGTTTGTGTGTAA
* * * * *
2386 CGTATAAGAACAAGTTAGCAAACTGTTAATCGCATCAAGCGTCAATAACGATTTCACAAAATGAC
66 CGTATAAAAACAAGTTAGCACACAGTTAATCGCATCAAGCGCCAAAAACGATTTCAC-AAATGAC
*
2451 ATCCCAATAT
130 ATCCAAATAT
2461 CATGGAGCAC
Statistics
Matches: 931, Mismatches: 122, Indels: 34
0.86 0.11 0.03
Matches are distributed among these distances:
463 1 0.00
464 165 0.18
465 361 0.39
466 376 0.40
467 28 0.03
ACGTcount: A:0.39, C:0.16, G:0.13, T:0.32
Consensus pattern (465 bp):
CAGAAATGATTTTCAAAGCAAAACATAAAAACTTCAAAAGCGTCGAGCTTTGAGTTTGTGTGTAA
CGTATAAAAACAAGTTAGCACACAGTTAATCGCATCAAGCGCCAAAAACGATTTCACAAATGACA
TCCAAATATAAACAGCATCCCACAAATTCTCTGGAGCACACATTAATTCTCCTAAAAATGCATCT
AAAGCAAATAGTATGAAAAATTAAAATCGTGCAAATGGTTTTTCTATCACAATTTGAAATTGTGC
AGATAGTTTTTATGCCCACAACTGTTTAGAAATGAAATTTTGATATTTTCAGCTTCAAAATCTTT
CATGACTTACACTTAACACTGTAAAAAATTAAAACCAATACAGGTTATCATGTTTTTGTGTTTGA
GCAAGTTTAAAATTATTCATTTTCATTTAAAAACTTGCTAAAACAACATTTCATACTTTTAAAGC
TCGACTCCAG
Found at i:4153 original size:671 final size:678
Alignment explanation
Indices: 3121--4482 Score: 2001
Period size: 671 Copynumber: 2.0 Consensus size: 678
3111 AAAATCTATT
* *
3121 CCAGCAGAAATGATTTTCAAAGCAAAACATAAAAGCTTCAAAAGTGTCAAGCTTTGAGTTTGTGC
1 CCAGCAGAAATGATTTCCAAAGCAAAACATAAAAGCTTCAAAAGCGTCAAGCTTTGAGTTTGTGC
*
3186 GTAATGTACAAAAACAAGTTAGCACACAATTAATCGCATCAAACACCAATAACGATTTCACAAAT
66 GTAATGTACAAAAACAAGTTAGCACACAATTAATCGCATCAAACACCAATAACGATTTCAAAAAT
* **
3251 GACATCCAAATATCAACAGCATCCCACAAATTTTCTAGAGCACTGATGAATTCTCTTAAAAATGC
131 GACATCCAAATATCAACAGCATCCCACAAATTCTCTAGAGCACACATGAATTCTCTTAAAAATGC
*
3316 ATCTAAAGCAAATAAGCATGAAAAAGTAAAAACCGTGCAAATGTTTTTATATCACAATTTCAAAT
196 ATCTAAAGCAAATAAGCAAGAAAAAGTAAAAACCGTGCAAATGTTTTTATATCACAATTTCAAAT
*
3381 TGTGCATATGGTTTTTACGCCCATAATTATTCAGAAACGAAATTTTGATATTTTCAGCTCCAAAA
261 TGTGCAGATGGTTTTTACGCCCATAATTATTCAGAAACGAAATTTTGATATTTTCAGCTCCAAAA
* * *
3446 TCTTTCATGACTTACACTTAACACTGTGAAAAATTAAAACAAATGCAGGTTATCATTTTTCTGTG
326 TCCTTCATGACTTACACCTAACACTGTGAAAAATTAAAACAAATACAGGTTATCATTTTTCTGTG
3511 TTTGAGCGAGTTTAAAACTATTCACTTCCATTTAAAAACTTGCTAAAACAACATTTCATACTTTT
391 TTTGAGCGAGTTTAAAACTATTCACTTCCATTTAAAAACTTGCTAAAACAACATTTCATACTTTT
*
3576 AAAGATCGACTCCAGCAGAAATGATTTT-C-AAAG-CAAAA-TGTCGAGCTTTGAGTTTGTGCGT
456 AAAGATCGACTCCAGCAGAAATGATTTTACAAAAGTCAAAAGCGTCGAGCTTTGAGTTTGTGCGT
* * *
3637 AATGTA-CAAAAATAAGTTATCACACAGTTAATCACATCAAGCGCCAATAATGATTTCACAAATG
521 AATGTATC-AAAACAAGTTAGCACACAGTTAATCACATCAAGCGCCAATAACGATTTCACAAATG
* * *
3701 ACATCCAAATATCAATAGCATCCCACAAATTTCCTGGAGCACCCATGAATTCTCCTAAAAATGCA
585 ACATCCAAATATCAACAACATCCCACAAATTTCCTGGAGCACCAATGAATTCTCCTAAAAATGCA
* *
3766 TCTACAGCAAATAAGCATGAAAAATTAAA
650 TCTAAAGCAAATAAGCATGAAAAAGTAAA
*
3795 CCAGCAGAAATGATTTCCAAAGCAAAACATAAAAGCTTCAAAAGCGTCGAGCTTTGAGTTTGTGC
1 CCAGCAGAAATGATTTCCAAAGCAAAACATAAAAGCTTCAAAAGCGTCAAGCTTTGAGTTTGTGC
* * * * * *
3860 GTAATGTATAAAAATAAGTTAGCACACTATTAATCGCATCAAGCATCAATAATGATTTCAAAAAT
66 GTAATGTACAAAAACAAGTTAGCACACAATTAATCGCATCAAACACCAATAACGATTTCAAAAAT
** * * *
3925 GATGTCTAAATATC-A-A-CATCTCACAAATTCTCTAGAGCACACATTAATTCT-TCTAAAACA-
131 GACATCCAAATATCAACAGCATCCCACAAATTCTCTAGAGCACACATGAATTCTCT-TAAAA-AT
* * * * * *
3985 GCATCTGAAGCAAATAAGGAAGAAAAA-TTAAAATCGTGCAAATAGTTTTTATATCAGAATTTGA
194 GCATCTAAAGCAAATAAGCAAGAAAAAGTAAAAACCGTGCAAAT-GTTTTTATATCACAATTTCA
* * * *
4049 AATTGTGCAGATGGTTTTTATGCCCATAATTGTTTAGAAATGAAATTTTGATATTTTCAGCTCCA
258 AATTGTGCAGATGGTTTTTACGCCCATAATTATTCAGAAACGAAATTTTGATATTTTCAGCTCCA
*
4114 AAATCCTTCATGACTTACACCTAACA-TCGTGAAAAATTAAAACCAATACAGGTTATCATTTTTC
323 AAATCCTTCATGACTTACACCTAACACT-GTGAAAAATTAAAACAAATACAGGTTATCATTTTTC
* *
4178 TGTGTTTGAGCGAGTTTAAAACTATTCATTTCCTTTTAAAAACTTGCTAAAACAACATTTCATAC
387 TGTGTTTGAGCGAGTTTAAAACTATTCACTTCCATTTAAAAACTTGCTAAAACAACATTTCATAC
* * *
4243 TTTTAAAGCTCGACTCTAGCAGAAATGGTTTTGAAAGCAAAACATAAAAGCTTCAAAAGCGTCGA
452 TTTTAAAGATCGACTCCAGCAGAAATGATTTT---------AC--AAAAG--TCAAAAGCGTCGA
* *
4308 GCTTTGAGTTTGTGCGTAATGTATCAAAACAAGTTAGCACACAGTTAATCATATCAGGCGCCAAT
504 GCTTTGAGTTTGTGCGTAATGTATCAAAACAAGTTAGCACACAGTTAATCACATCAAGCGCCAAT
* **
4373 AACGATTTCATAAATGACATCCAAATATCAACAATGTCCCACAAATTTCCTGGAGCACCAATGAA
569 AACGATTTCACAAATGACATCCAAATATCAACAACATCCCACAAATTTCCTGGAGCACCAATGAA
4438 TTCTCCTAAAAATGCATCTAAAGCAAATAAGCATGAAAAAGTAAA
634 TTCTCCTAAAAATGCATCTAAAGCAAATAAGCATGAAAAAGTAAA
4483 AACCGTTCAA
Statistics
Matches: 613, Mismatches: 53, Indels: 30
0.88 0.08 0.04
Matches are distributed among these distances:
670 16 0.03
671 287 0.47
672 2 0.00
673 1 0.00
674 131 0.21
681 1 0.00
684 4 0.01
687 5 0.01
688 165 0.27
689 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.18, G:0.13, T:0.29
Consensus pattern (678 bp):
CCAGCAGAAATGATTTCCAAAGCAAAACATAAAAGCTTCAAAAGCGTCAAGCTTTGAGTTTGTGC
GTAATGTACAAAAACAAGTTAGCACACAATTAATCGCATCAAACACCAATAACGATTTCAAAAAT
GACATCCAAATATCAACAGCATCCCACAAATTCTCTAGAGCACACATGAATTCTCTTAAAAATGC
ATCTAAAGCAAATAAGCAAGAAAAAGTAAAAACCGTGCAAATGTTTTTATATCACAATTTCAAAT
TGTGCAGATGGTTTTTACGCCCATAATTATTCAGAAACGAAATTTTGATATTTTCAGCTCCAAAA
TCCTTCATGACTTACACCTAACACTGTGAAAAATTAAAACAAATACAGGTTATCATTTTTCTGTG
TTTGAGCGAGTTTAAAACTATTCACTTCCATTTAAAAACTTGCTAAAACAACATTTCATACTTTT
AAAGATCGACTCCAGCAGAAATGATTTTACAAAAGTCAAAAGCGTCGAGCTTTGAGTTTGTGCGT
AATGTATCAAAACAAGTTAGCACACAGTTAATCACATCAAGCGCCAATAACGATTTCACAAATGA
CATCCAAATATCAACAACATCCCACAAATTTCCTGGAGCACCAATGAATTCTCCTAAAAATGCAT
CTAAAGCAAATAAGCATGAAAAAGTAAA
Found at i:4665 original size:466 final size:462
Alignment explanation
Indices: 3797--4928 Score: 1446
Period size: 466 Copynumber: 2.5 Consensus size: 462
3787 AAATTAAACC
*
3797 AGCAGAAATGATTTCCAAAGCAAAACATAAAAGCTTCAAAAGCGTCGAGCTTTGAGTTTGTGCGT
1 AGCAGAAATGATTT-TAAAGCAAAACATAAAAGCTTCAAAAGCGTCGAGCTTTGAGTTTGTGCGT
* *
3862 AATGTATAAAAATAAGTTAGCACACTATTAATCGCATCAAGCATCAATAATGATTTCAAAAATGA
65 AATGTAT-AAAACAAGTTAGCACAC-ATTAATCGCATCAAGCATCAATAACGATTTCAAAAATGA
** * * * * *
3927 TGTCTAAATATCAAC-ATCTCACAAA-TTCTCTAGAGCA-CACATTAATTCTTCTAAAACA-GCA
128 CATCCAAATATCAACAATCCCACAAATTTC-CTGGAGCACCA-ATGAATTCTCCTAAAA-ATGCA
* * * * * *
3988 TCTGAAGCAAATAAGGAAGAAAAATTAAAATCGTGCAAATAGTTTTTATATCAGAATTTGAAATT
190 TCTAAAGCAAATAAGCATGAAAAATAAAAACCGTGCAAATAGTTTTTATATCACAATTTGAAATT
* * * * * * * * *
4053 GTGCAGATGGTTTTTATGCCCATAATTGTTTAGAAATGAAATTTTGATATTTTCAGCTCCAAAAT
255 GGGCAGATGGTTCTTACGCCAATAAATGGTTAGAAACGAAACTTTGATATTTCCAGCTCCAAAAT
* * * *
4118 CCTTCATGACTTACACCTAACATCGTGAAAAATTAAAACCAATACAGGTTATCATTTTTCTGTGT
320 CCTTCATGACTTACACCTAACACCGTAAAAAATAAAAACCAATACAGGTTATCATGTTTCTGTGT
*
4183 TTGAGCGAGTTTAAAACTATTCATTTCC-TTTTAAAAACTTGCTAAAACAACATTTCATACTTTT
385 TTGAGCGAGTTTAAAACTATTCATTTCCATTTAAAAAACTTGCTAAAACAACATTTCATACTTTT
4247 AAAGCTCGACTCT
450 AAAGCTCGACTCT
*
4260 AGCAGAAATGGTTTTGAAAGCAAAACATAAAAGCTTCAAAAGCGTCGAGCTTTGAGTTTGTGCGT
1 AGCAGAAATGATTTT-AAAGCAAAACATAAAAGCTTCAAAAGCGTCGAGCTTTGAGTTTGTGCGT
** * ** *
4325 AATGTATCAAAACAAGTTAGCACACAGTTAATCATATCAGGCGCCAATAACGATTTCATAAATGA
65 AATGTAT-AAAACAAGTTAGCACACA-TTAATCGCATCAAGCATCAATAACGATTTCAAAAATGA
4390 CATCCAAATATCAACAATGTCCCACAAATTTCCTGGAGCACCAATGAATTCTCCTAAAAATGCAT
128 CATCCAAATATCAACAA--TCCCACAAATTTCCTGGAGCACCAATGAATTCTCCTAAAAATGCAT
* *
4455 CTAAAGCAAATAAGCATGAAAAAGTAAAAACCGTTCAAAT-GTTTTTATGTCACAATTTGAAATT
191 CTAAAGCAAATAAGCATGAAAAA-TAAAAACCGTGCAAATAGTTTTTATATCACAATTTGAAATT
*
4519 GGGCAGATGGTTCTTACGCCAATAAATGGTTAGAAACGAAACTTTGATATTTCCAGCTGCAAAAT
255 GGGCAGATGGTTCTTACGCCAATAAATGGTTAGAAACGAAACTTTGATATTTCCAGCTCCAAAAT
* * *
4584 CTTTCATGACTTACACTTAACACCGTAAAAAATAAAAACCAATGCAGGTTATCATGTTTCTGTGT
320 CCTTCATGACTTACACCTAACACCGTAAAAAATAAAAACCAATACAGGTTATCATGTTTCTGTGT
4649 TTGAGCGAGTTTAAAACTATTCATTTCCATTTAAAAAACTTGCTAAAACAACATTTCATACTTTT
385 TTGAGCGAGTTTAAAACTATTCATTTCCATTTAAAAAACTTGCTAAAACAACATTTCATACTTTT
4714 AAAGCTCGACTCT
450 AAAGCTCGACTCT
* * *
4727 AGCAGAAATGATTTT---------C---AAAG---CAAGA-CGTCGAGCTTTTAGTTTGTACGTA
1 AGCAGAAATGATTTTAAAGCAAAACATAAAAGCTTCAAAAGCGTCGAGCTTTGAGTTTGTGCGTA
* * * * *
4776 ATGTATAGAAACAAGTTAGCATACAACTGATCGCATCAACCATCAATAACGATTTCACAAATGAC
66 ATGTATA-AAACAAGTTAGCACAC-ATTAATCGCATCAAGCATCAATAACGATTTCAAAAATGAC
* * *
4841 ATCCAAATATTAATAGCATCCCACAAATTCCCTGGAGCACCCAA-GAATTCTCCTAAAAATGCAT
129 ATCCAAATATCAACA--ATCCCACAAATTTCCTGGAGCA-CCAATGAATTCTCCTAAAAATGCAT
* *
4905 CTACAGAAAATAAGCATGAAAAAT
191 CTAAAGCAAATAAGCATGAAAAAT
4929 TAAACCAGCA
Statistics
Matches: 591, Mismatches: 63, Indels: 44
0.85 0.09 0.06
Matches are distributed among these distances:
449 2 0.00
450 147 0.25
451 9 0.02
452 1 0.00
454 4 0.01
457 1 0.00
462 1 0.00
463 128 0.22
464 1 0.00
465 1 0.00
466 216 0.37
467 80 0.14
ACGTcount: A:0.39, C:0.18, G:0.14, T:0.29
Consensus pattern (462 bp):
AGCAGAAATGATTTTAAAGCAAAACATAAAAGCTTCAAAAGCGTCGAGCTTTGAGTTTGTGCGTA
ATGTATAAAACAAGTTAGCACACATTAATCGCATCAAGCATCAATAACGATTTCAAAAATGACAT
CCAAATATCAACAATCCCACAAATTTCCTGGAGCACCAATGAATTCTCCTAAAAATGCATCTAAA
GCAAATAAGCATGAAAAATAAAAACCGTGCAAATAGTTTTTATATCACAATTTGAAATTGGGCAG
ATGGTTCTTACGCCAATAAATGGTTAGAAACGAAACTTTGATATTTCCAGCTCCAAAATCCTTCA
TGACTTACACCTAACACCGTAAAAAATAAAAACCAATACAGGTTATCATGTTTCTGTGTTTGAGC
GAGTTTAAAACTATTCATTTCCATTTAAAAAACTTGCTAAAACAACATTTCATACTTTTAAAGCT
CGACTCT
Found at i:6690 original size:467 final size:466
Alignment explanation
Indices: 5345--7987 Score: 3279
Period size: 467 Copynumber: 5.6 Consensus size: 466
5335 TAACTGTGTG
*
5345 CTTGTTTTTATACATTATGCACAAACTCAAAGCTCGAC-TCTTTTGAAGCTTTTATGTTTTGCTT
1 CTTGTTTTTATACATTACGCACAAACTCAAAGCTCGACGT-TTTTGAAGCTTTTATGTTTTGCTT
* * * * * * * *
5409 TGGAAACTATTTCTGCTGGATTCGAGCCTTAAAAGTATGAAATCTTGTTTAAGTAAGTTTTTAAA
65 TGAAAACCATTTCAGCTGGAGTCGAGCTTTAAAAGTATGAAATGTTGTTTTAGCAAGTTTTTAAA
* * *
5474 TGGAAATCAATAGTTTTAAACTTGCTCAAACACA-AAAAACTGATAACCTGCACTGGTTTTAATT
130 TGGAAATGAATAGTTTTAAACTTGCTCAAACACAGAAACA-TGATAACCTGCATTGGTTTTAATT
* *
5538 TTTCACGGTGTTAGGTGCAAGTCATGAAGGATTTTGGAGCTAAAAATATCAAAATTTCATTTCTG
194 TTTCACGGTGTTAAGTGTAAGTCATGAAGGATTTTGGAGCTAAAAATATCAAAATTTCATTTCTG
* * *
5603 AGCAATTATGGGCATAAAGAACCATCTGCACAATCTCAAATTGTGATATAAAAACCATTTTGCAC
259 AACAATTATGGGCATAAA-AACCATATGCACAATTTCAAATTGTGATATAAAAACCA-TTTGCAC
* * *
5668 GATTTTAATTTTTCATGCTTATTTGCTTTAGATGCATTTTTAGGAGAATTCCTAGGTGCTCCAGG
322 GGTTTTAATTTTTCATGCTTATTTGCTTTAGATGCATTTTTAGGAGAATTCATGGGTGCTCCAGG
* *
5733 GAATTTGTGGGATGCTGTTGATATTTGGATGTCATTTGTGAAATCATTAGTGGAGCTTGATGCGA
387 GAATTTGTGGGATGCTGTTGATATTTGGATGTCATTTGTGAAATCGTTATTGGAGCTTGATGCGA
*
5798 TT-ACTCTGTGCTAA
452 TTAACTGTGTGCTAA
* * * * * * **
5812 CTT-ATTTTATACGTTACGCACAAACTAAAAGCTCGACTTTTTTTATGCTTTTACATTTTGCTTT
1 CTTGTTTTTATACATTACGCACAAACTCAAAGCTCGACGTTTTTGAAGCTTTTATGTTTTGCTTT
* * * * *
5876 G-AAATCATTT-ATGCTGTAGTCAAG-TTTAAAAGTATGAAATGTTGTTTTAGAAAGCTTTTAAA
66 GAAAACCATTTCA-GCTGGAGTCGAGCTTTAAAAGTATGAAATGTTGTTTTAGCAAGTTTTTAAA
* * * * *
5938 TGGAAATGAATAGTTTTAAACATGCTCAAACAAAGAAAAATGATAACCTGCGTTGGCTTTAATTT
130 TGGAAATGAATAGTTTTAAACTTGCTCAAACACAGAAACATGATAACCTGCATTGGTTTTAATTT
* * * *
6003 TTCA--GTGTTAGGTGCAAGTCATGAAGTATTTTGGAGTTAAAAATATCAAAATTTCATTTCTGA
195 TTCACGGTGTTAAGTGTAAGTCATGAAGGATTTTGGAGCTAAAAATATCAAAATTTCATTTCTGA
* * *
6066 ACAATTATAGGCATAAAAACCATATGCCCAATCTCAAATTGTGATATAAAAACCATTTGCACGGT
260 ACAATTATGGGCATAAAAACCATATGCACAATTTCAAATTGTGATATAAAAACCATTTGCACGGT
* * * *
6131 TTTAATTTTTCATGCTTATTTTCTTCAGCTGAATTTTTAGGAGAATTCATGGGTGCTCCAGGGAA
325 TTTAATTTTTCATGCTTATTTGCTTTAGATGCATTTTTAGGAGAATTCATGGGTGCTCCAGGGAA
* *
6196 TTTGTGGGATGCGGTTGATATTTGGATGTCATTTGTGAAATCATTATTGGAGCTTGATGCGATTA
390 TTTGTGGGATGCTGTTGATATTTGGATGTCATTTGTGAAATCGTTATTGGAGCTTGATGCGATTA
6261 ACTGTGTGCTAA
455 ACTGTGTGCTAA
* * * ** *
6273 CTTGTTTTTACACATTATGCACAAACTTAAAGCTCGACACTTTTGAAGCTTTTATGTTTTTCTTT
1 CTTGTTTTTATACATTACGCACAAACTCAAAGCTCGACGTTTTTGAAGCTTTTATGTTTTGCTTT
* *
6338 GAAAACCATTTCAGCTGGAGTCGAGCTTTAAAAGCATGAAATGTTGTGTTAGCAAGTTTTTAAAT
66 GAAAACCATTTCAGCTGGAGTCGAGCTTTAAAAGTATGAAATGTTGTTTTAGCAAGTTTTTAAAT
* **
6403 GGAAATGAATAGTTGTAAACTTGCTCAAACACAGAAACATGATAACCTGTTTTGGTTTTAATTTT
131 GGAAATGAATAGTTTTAAACTTGCTCAAACACAGAAACATGATAACCTGCATTGGTTTTAATTTT
* * * * *
6468 TCATGGTGTTAAGTGTAAGTCATGAAGGATTTTGGAACTCAAAATATGAAAATTTCGTTTCTGAA
196 TCACGGTGTTAAGTGTAAGTCATGAAGGATTTTGGAGCTAAAAATATCAAAATTTCATTTCTGAA
* * * *
6533 CAATTATGGGCATAAAAACTATGTGCACAATTTCAAATTGTGATAAAAAAAACCATTTGCATGGT
261 CAATTATGGGCATAAAAACCATATGCACAATTTCAAATTGTGAT-ATAAAAACCATTTGCACGGT
* * *
6598 TTTAATTTTTCATTCTTATTTGCTTTAGATGCATTTTTAGCAGAATTGATGGGTGCTCCAGGGAA
325 TTTAATTTTTCATGCTTATTTGCTTTAGATGCATTTTTAGGAGAATTCATGGGTGCTCCAGGGAA
** * * *
6663 TTTGTTTGATGATGTTGATATTTGGATGTCATTTGGGAAATCGTTATTGGAGCTTGATGTGATTA
390 TTTGTGGGATGCTGTTGATATTTGGATGTCATTTGTGAAATCGTTATTGGAGCTTGATGCGATTA
*
6728 ACTATGTGCTAA
455 ACTGTGTGCTAA
* * * * * *
6740 ATTGTTTTTATACATTACGCACAAACTGAAAGCTCGATGTTTTTGAAGCTTCTGTGTTTTGTTTT
1 CTTGTTTTTATACATTACGCACAAACTCAAAGCTCGACGTTTTTGAAGCTTTTATGTTTTGCTTT
* * * * * *
6805 GAAAATCATTTCTGCTGGAGTTGAGCTCTAAAAGTATGAAATGTTATTTTAGCAAGCTTTTAAAT
66 GAAAACCATTTCAGCTGGAGTCGAGCTTTAAAAGTATGAAATGTTGTTTTAGCAAGTTTTTAAAT
* * * * *
6870 GGAAAAGAATGCCTTGAATCCAACATTTTAAACTCGCACAAACACAGAAACATGTTAACCTACAT
131 GG---A-AA-----TGAAT---A-GTTTTAAACTTGCTCAAACACAGAAACATGATAACCTGCAT
* * * *
6935 TGGTTTTAATTTTTCACAGTGTTAATTGTAAGGCATGAAGGATTTTGGAGCTAAAAATATAAAAA
183 TGGTTTTAATTTTTCACGGTGTTAAGTGTAAGTCATGAAGGATTTTGGAGCTAAAAATATCAAAA
* *
7000 TTTCATTTCTAAACAATTATGGTG--TAAAAACCATATGCACAATTTCAAATTGTGCTATAAAAA
248 TTTCATTTCTGAACAATTATGG-GCATAAAAACCATATGCACAATTTCAAATTGTGATATAAAAA
* * ** *
7063 CCATTTGAACGATTTTAACATTTCATGCTTATCTGCTTTAGATGCATTTTTAGGAGAATTCATGG
312 CCATTTGCACGGTTTTAATTTTTCATGCTTATTTGCTTTAGATGCATTTTTAGGAGAATTCATGG
*
7128 GTGC-CCTAGGGAATTT-TGGGATGCTGTTGATATTTGGATGTCATTTGTGAAATCGTTATTGGT
377 GTGCTCC-AGGGAATTTGTGGGATGCTGTTGATATTTGGATGTCATTTGTGAAATCGTTATTGGA
**
7191 GCTTGATGCGATTAACTGTGTGCTTG
441 GCTTGATGCGATTAACTGTGTGCTAA
* *
7217 CTTGTTTTTATACATTACACACAAACTCAAAGCTCAACGTTTTTGAAGCTTTTAATGTTTTGCTT
1 CTTGTTTTTATACATTACGCACAAACTCAAAGCTCGACGTTTTTGAAGCTTTT-ATGTTTTGCTT
* * * * **
7282 TGAAAACCATTTCTAAC-AGAG-CTTAGCTTTAAAAGCATGAAATGTTGCCTTAGCAAGTTTTTA
65 TGAAAACCATTTC-AGCTGGAGTC-GAGCTTTAAAAGTATGAAATGTTGTTTTAGCAAGTTTTTA
* * * *
7345 AATGGAAATGAATAGTTTTAAACTTGCTTAAACATAGAAACAAGATAACTTG-ATTTGGTTTTAA
128 AATGGAAATGAATAGTTTTAAACTTGCTCAAACACAGAAACATGATAACCTGCA-TTGGTTTTAA
* * * * * *
7409 TTTTTCACGATGTTAAAATGTAAGTCATTAAGGATTTTGGTGCTCAAAATATCAAAATTTCGTTT
192 TTTTTCACGGTGTT-AAGTGTAAGTCATGAAGGATTTTGGAGCTAAAAATATCAAAATTTCATTT
** * * * * *
7474 CTGGAA-AATTATGGGCATAAATCCCATCTGCAAAATTTCAAATTGTGATACAAATACCATTTCC
256 CT-GAACAATTATGGGCATAAAAACCATATGCACAATTTCAAATTGTGATATAAAAACCATTTGC
* * * *
7538 AAGGTTTTAATTTTTCATGTTTATTTGCTTTAGATGCATTTTTAGGAGAATTGATGGGTGCTCTA
320 ACGGTTTTAATTTTTCATGCTTATTTGCTTTAGATGCATTTTTAGGAGAATTCATGGGTGCTCCA
** * * *
7603 GGGAATTTGTGCAATGTTGTTGATAATTTGGATGTCATTTGTGAAATTGTTATTGGCGCTTGATG
385 GGGAATTTGTGGGATGCTGTTGAT-ATTTGGATGTCATTTGTGAAATCGTTATTGGAGCTTGATG
7668 CGATTAACTGTGTGCTAA
449 CGATTAACTGTGTGCTAA
* *
7686 CTTGTTTTTATACATTACGCACAAACTCAAAGCTCAACGTTTTTGAAGCTTTTATGATTTGCTTT
1 CTTGTTTTTATACATTACGCACAAACTCAAAGCTCGACGTTTTTGAAGCTTTTATGTTTTGCTTT
* * * *
7751 GAAAACCATTTCTGCTAGTGTCGAGCTTTAAAAGTATGAAATGTTGTTTTAGCAAGTTTTAAAAT
66 GAAAACCATTTCAGCTGGAGTCGAGCTTTAAAAGTATGAAATGTTGTTTTAGCAAGTTTTTAAAT
** *
7816 GGAAATGAATATGTTAAATCCGATGTTTTAAACTCACTCAAACACATAAACATGATAACCTGCAT
131 -G----GAA-ATG---AAT---A-GTTTTAAACTTGCTCAAACACAGAAACATGATAACCTGCAT
* * * * * *
7881 TGGTCTTAATTTTTTCACGGTGTTAAGTTTAAGTCATGATGGATTTTGAAGCTCAAAATATGAAA
183 TGGTTTTAA-TTTTTCACGGTGTTAAGTGTAAGTCATGAAGGATTTTGGAGCTAAAAATATCAAA
* * * *
7946 GTTT-GTTTCTAAACAATTATGGGCATAAAAACCATTTGCACA
247 ATTTCATTTCTGAACAATTATGGGCATAAAAACCATATGCACA
7988 GTTTTAATCT
Statistics
Matches: 1871, Mismatches: 250, Indels: 97
0.84 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
460 130 0.07
461 50 0.03
462 122 0.07
463 18 0.01
464 188 0.10
465 73 0.04
466 197 0.11
467 366 0.20
468 77 0.04
469 113 0.06
470 1 0.00
471 2 0.00
473 3 0.00
474 5 0.00
475 1 0.00
476 5 0.00
477 116 0.06
478 137 0.07
479 33 0.02
480 142 0.08
481 78 0.04
482 14 0.01
ACGTcount: A:0.31, C:0.13, G:0.18, T:0.38
Consensus pattern (466 bp):
CTTGTTTTTATACATTACGCACAAACTCAAAGCTCGACGTTTTTGAAGCTTTTATGTTTTGCTTT
GAAAACCATTTCAGCTGGAGTCGAGCTTTAAAAGTATGAAATGTTGTTTTAGCAAGTTTTTAAAT
GGAAATGAATAGTTTTAAACTTGCTCAAACACAGAAACATGATAACCTGCATTGGTTTTAATTTT
TCACGGTGTTAAGTGTAAGTCATGAAGGATTTTGGAGCTAAAAATATCAAAATTTCATTTCTGAA
CAATTATGGGCATAAAAACCATATGCACAATTTCAAATTGTGATATAAAAACCATTTGCACGGTT
TTAATTTTTCATGCTTATTTGCTTTAGATGCATTTTTAGGAGAATTCATGGGTGCTCCAGGGAAT
TTGTGGGATGCTGTTGATATTTGGATGTCATTTGTGAAATCGTTATTGGAGCTTGATGCGATTAA
CTGTGTGCTAA
Found at i:7847 original size:946 final size:942
Alignment explanation
Indices: 5312--9268 Score: 4692
Period size: 946 Copynumber: 4.2 Consensus size: 942
5302 ATATGAAAAC
* **
5312 CATTATTGGCACTTTGATATGATTAACTGTGTG----CTTGTTTTTATACATTATGCACAAACTC
1 CATTATTGGCGC-TTGATGCGATTAACTGTGTGCTAACTTGTTTTTATACATTATGCACAAACTC
* * *
5373 AAAGCTCGAC-TCTTTTGAAGCTTTTATGTTTTGCTTTGGAAACTATTTCT-GCTGGATTCGAGC
65 AAAGCTCGACGT-TTTTGAAGCTTTTATGTTTTGCTTTGAAAACCATTTCTAGC-GGAGTCGAGC
* * * * *
5436 CTTAAAAGTATGAAATCTTGTTTAAGTAAGTTTTTAAATGGAAATCAATAGTTTTAAACTTGCTC
128 TTTAAAAGTATGAAATGTTGTTTTAGCAAGTTTTTAAATGGAAATGAATAGTTTTAAACTTGCTC
* * * *
5501 AAACACA-AAAAACTGATAACCTGCACTGGTTTTAATTTTTCACGGTGTTAGGTGCAAGTCATGA
193 AAACACAGAAACA-TGATAACCTGCATTGGTTTTAATTTTTCACGGTGTTAAGTGTAAGTCATGA
* * *
5565 AGGATTTTGGAGCTAAAAATATCAAAATTTCATTTCTGAGCAATTATGGGCATAAAGAACCATCT
257 AGGATTTTGGAGCTCAAAATATCAAAATTTCGTTTCTGAACAATTATGGGCATAAA-AACCATCT
* *
5630 GCACAATCTCAAATTGTGATATAAAAACCATTTTGCACGATTTTAATTTTTCATGCTTATTTGCT
321 GCACAATTTCAAATTGTGATATAAAAACCA-TTTGCACGGTTTTAATTTTTCATGCTTATTTGCT
* *
5695 TTAGATGCATTTTTAGGAGAATTCCTAGGTGCTCCAGGGAATTTGTGGGATGCTGTTGATATTTG
385 TTAGATGCATTTTTAGGAGAATTCATGGGTGCTCCAGGGAATTTGTGGGATGCTGTTGATATTTG
* * *
5760 GATGTCATTTGTGAAATCATTAGTGGAGCTTGATGCGATT-ACTCTGTGCTAACTT-ATTTTATA
450 GATGTCATTTGTGAAATCATTATTGGAGCTTGATGCGATTAACTGTGTGCTAACTTGTTTTTATA
* * * * * * *
5823 CGTTACGCACAAACTAAAAGCTCGACTTTTTTTATGCTTTTA-CATTTTGCTTTG-AAATCATTT
515 CATTACGCACAAACTCAAAGCTCGACGTTTTTGAAGCTTTTATGA-TTTGCTTTGAAAACCATTT
* * *
5886 ATGCT-GTAGTCAAG-TTTAAAAGTATGAAATGTTGTTTTAGAAAGCTTTTAAAT-G----GAA-
579 CTGCTAG-AGTCGAGCTTTAAAAGTATGAAATGTTGTTTTAGCAAGCTTTTAAATGGAAATGAAT
* * * *
5943 A---TGAAT---A-GTTTTAAACAT-GCTCAAACAAAGAAAAATGATAACCTGCGTTGGCTTTAA
643 ATGTTGAATCCAATGTTTTAAAC-TCGCTCAAACACAGAAACATGATAACCTGCATTGGTTTTAA
* * * *
6000 TTTTT--CAGTGTTAGGTGCAAGTCATGAAGTATTTTGGAGTTAAAAATATCAAAATTTCATTTC
707 TTTTTCACAGTGTTAAGTGTAAGTCATGAAGGATTTTGGAGCTAAAAATATCAAAATTTCATTTC
* * * *
6063 TGAACAATTATAGGCATAAAAACCATATGCCCAATCTCAAATTGTGATATAAAAACCATTTGCAC
772 TAAACAATTAT-GG-GTAAAAACCATATGCACAATTTCAAATTGTGATATAAAAACCATTTGCAC
** * * * *
6128 GGTTTTAATTTTTCATGCTTATTTTCTTCAGCTGAATTTTTAGGAGAATTCATGGGTGCTCC-AG
835 -GTTTTAACATTTCATGCTTATTTGCTTTAGATGCATTTTTAGGAGAATTCATGGGTGC-CCTAG
*
6192 GGAATTTGTGGGATGCGGTTGATATTTGGATGTCATTTGTGAAAT
898 GGAATTTGTGGGATGCTGTTGATATTTGGATGTCATTTGTGAAAT
* * *
6237 CATTATTGGAGCTTGATGCGATTAACTGTGTGCTAACTTGTTTTTACACATTATGCACAAACTTA
1 CATTATTGGCGCTTGATGCGATTAACTGTGTGCTAACTTGTTTTTATACATTATGCACAAACTCA
** *
6302 AAGCTCGACACTTTTGAAGCTTTTATGTTTTTCTTTGAAAACCATTTC-AGCTGGAGTCGAGCTT
66 AAGCTCGACGTTTTTGAAGCTTTTATGTTTTGCTTTGAAAACCATTTCTAGC-GGAGTCGAGCTT
* * *
6366 TAAAAGCATGAAATGTTGTGTTAGCAAGTTTTTAAATGGAAATGAATAGTTGTAAACTTGCTCAA
130 TAAAAGTATGAAATGTTGTTTTAGCAAGTTTTTAAATGGAAATGAATAGTTTTAAACTTGCTCAA
** *
6431 ACACAGAAACATGATAACCTGTTTTGGTTTTAATTTTTCATGGTGTTAAGTGTAAGTCATGAAGG
195 ACACAGAAACATGATAACCTGCATTGGTTTTAATTTTTCACGGTGTTAAGTGTAAGTCATGAAGG
* * * *
6496 ATTTTGGAACTCAAAATATGAAAATTTCGTTTCTGAACAATTATGGGCATAAAAACTATGTGCAC
260 ATTTTGGAGCTCAAAATATCAAAATTTCGTTTCTGAACAATTATGGGCATAAAAACCATCTGCAC
* * *
6561 AATTTCAAATTGTGATAAAAAAAACCATTTGCATGGTTTTAATTTTTCATTCTTATTTGCTTTAG
325 AATTTCAAATTGTGAT-ATAAAAACCATTTGCACGGTTTTAATTTTTCATGCTTATTTGCTTTAG
* * ** *
6626 ATGCATTTTTAGCAGAATTGATGGGTGCTCCAGGGAATTTGTTTGATGATGTTGATATTTGGATG
389 ATGCATTTTTAGGAGAATTCATGGGTGCTCCAGGGAATTTGTGGGATGCTGTTGATATTTGGATG
* * * * *
6691 TCATTTGGGAAATCGTTATTGGAGCTTGATGTGATTAACTATGTGCTAAATTGTTTTTATACATT
454 TCATTTGTGAAATCATTATTGGAGCTTGATGCGATTAACTGTGTGCTAACTTGTTTTTATACATT
* * * * * * *
6756 ACGCACAAACTGAAAGCTCGATGTTTTTGAAGCTTCTGTGTTTTGTTTTGAAAATCATTTCTGCT
519 ACGCACAAACTCAAAGCTCGACGTTTTTGAAGCTTTTATGATTTGCTTTGAAAACCATTTCTGCT
* * * * * ***
6821 GGAGTTGAGCTCTAAAAGTATGAAATGTTATTTTAGCAAGCTTTTAAATGGAAAAGAATGCCTTG
584 AGAGTCGAGCTTTAAAAGTATGAAATGTTGTTTTAGCAAGCTTTTAAATGGAAATGAATATGTTG
** * * *
6886 AATCCAACATTTTAAACTCGCACAAACACAGAAACATGTTAACCTACATTGGTTTTAATTTTTCA
649 AATCCAATGTTTTAAACTCGCTCAAACACAGAAACATGATAACCTGCATTGGTTTTAATTTTTCA
* * *
6951 CAGTGTTAATTGTAAGGCATGAAGGATTTTGGAGCTAAAAATATAAAAATTTCATTTCTAAACAA
714 CAGTGTTAAGTGTAAGTCATGAAGGATTTTGGAGCTAAAAATATCAAAATTTCATTTCTAAACAA
* *
7016 TTATGGTGTAAAAACCATATGCACAATTTCAAATTGTGCTATAAAAACCATTTGAACGATTTTAA
779 TTATGG-GTAAAAACCATATGCACAATTTCAAATTGTGATATAAAAACCATTTGCACG-TTTTAA
*
7081 CATTTCATGCTTATCTGCTTTAGATGCATTTTTAGGAGAATTCATGGGTGCCCTAGGGAATTT-T
842 CATTTCATGCTTATTTGCTTTAGATGCATTTTTAGGAGAATTCATGGGTGCCCTAGGGAATTTGT
7145 GGGATGCTGTTGATATTTGGATGTCATTTGTGAAAT
907 GGGATGCTGTTGATATTTGGATGTCATTTGTGAAAT
* * ** **
7181 CGTTATTGGTGCTTGATGCGATTAACTGTGTGCTTGCTTGTTTTTATACATTACACACAAACTCA
1 CATTATTGGCGCTTGATGCGATTAACTGTGTGCTAACTTGTTTTTATACATTATGCACAAACTCA
* * * *
7246 AAGCTCAACGTTTTTGAAGCTTTTAATGTTTTGCTTTGAAAACCATTTCTAACAGAG-CTTAGCT
66 AAGCTCGACGTTTTTGAAGCTTTT-ATGTTTTGCTTTGAAAACCATTTCTAGCGGAGTC-GAGCT
* ** *
7310 TTAAAAGCATGAAATGTTGCCTTAGCAAGTTTTTAAATGGAAATGAATAGTTTTAAACTTGCTTA
129 TTAAAAGTATGAAATGTTGTTTTAGCAAGTTTTTAAATGGAAATGAATAGTTTTAAACTTGCTCA
* * * * * *
7375 AACATAGAAACAAGATAACTTG-ATTTGGTTTTAATTTTTCACGATGTTAAAATGTAAGTCATTA
194 AACACAGAAACATGATAACCTGCA-TTGGTTTTAATTTTTCACGGTGTT-AAGTGTAAGTCATGA
* **
7439 AGGATTTTGGTGCTCAAAATATCAAAATTTCGTTTCTGGAA-AATTATGGGCATAAATCCCATCT
257 AGGATTTTGGAGCTCAAAATATCAAAATTTCGTTTCT-GAACAATTATGGGCATAAAAACCATCT
* * * * * *
7503 GCAAAATTTCAAATTGTGATACAAATACCATTTCCAAGGTTTTAATTTTTCATGTTTATTTGCTT
321 GCACAATTTCAAATTGTGATATAAAAACCATTTGCACGGTTTTAATTTTTCATGCTTATTTGCTT
* * ** *
7568 TAGATGCATTTTTAGGAGAATTGATGGGTGCTCTAGGGAATTTGTGCAATGTTGTTGATAATTTG
386 TAGATGCATTTTTAGGAGAATTCATGGGTGCTCCAGGGAATTTGTGGGATGCTGTTGAT-ATTTG
** *
7633 GATGTCATTTGTGAAATTGTTATTGGCGCTTGATGCGATTAACTGTGTGCTAACTTGTTTTTATA
450 GATGTCATTTGTGAAATCATTATTGGAGCTTGATGCGATTAACTGTGTGCTAACTTGTTTTTATA
*
7698 CATTACGCACAAACTCAAAGCTCAACGTTTTTGAAGCTTTTATGATTTGCTTTGAAAACCATTTC
515 CATTACGCACAAACTCAAAGCTCGACGTTTTTGAAGCTTTTATGATTTGCTTTGAAAACCATTTC
*
7763 TGCTAGTGTCGAGCTTTAAAAGTATGAAATGTTGTTTTAGCAAG-TTTTAAAATGGAAATGAATA
580 TGCTAGAGTCGAGCTTTAAAAGTATGAAATGTTGTTTTAGCAAGCTTTT-AAATGGAAATGAATA
* * * * *
7827 TGTTAAATCCGATGTTTTAAACTCACTCAAACACATAAACATGATAACCTGCATTGGTCTTAATT
644 TGTTGAATCCAATGTTTTAAACTCGCTCAAACACAGAAACATGATAACCTGCATTGGTTTTAA-T
* * * * * * * *
7892 TTTTCACGGTGTTAAGTTTAAGTCATGATGGATTTTGAAGCTCAAAATATGAAAGTTT-GTTTCT
708 TTTTCACAGTGTTAAGTGTAAGTCATGAAGGATTTTGGAGCTAAAAATATCAAAATTTCATTTCT
7956 AAACAATTAT-GG------------G--------C----------ATAAAAACCATTTGCACAGT
773 AAACAATTATGGGTAAAAACCATATGCACAATTTCAAATTGTGATATAAAAACCATTTGCAC-GT
* * *
7990 TTTAATC-TTTCATGCTTATTTGCTTTAGATGCATTTTTAGGGGAATTCATGAGTGCTCTAGGGA
837 TTTAA-CATTTCATGCTTATTTGCTTTAGATGCATTTTTAGGAGAATTCATGGGTGCCCTAGGGA
* *
8054 ATTTGTGGGATACTGTTGGTATTTGGATGTCATTTGTGAAAT
901 ATTTGTGGGATGCTGTTGATATTTGGATGTCATTTGTGAAAT
* * * * *
8096 CGTTATTGGCACTTGATGTGATTAACTGTGTGCTAACTTGTTTTTGTACCTTATGCACAAAC-C-
1 CATTATTGGCGCTTGATGCGATTAACTGTGTGCTAACTTGTTTTTATACATTATGCACAAACTCA
* * * * * *
8159 AAGCTAGACGTTTTTGAGGATTTTCTATTTTGCTTTGAAAACCATTT-TTGCTGGAGTCGAGCTT
66 AAGCTCGACGTTTTTGAAGCTTTTATGTTTTGCTTTGAAAACCATTTCTAGC-GGAGTCGAGCTT
*
8223 TAAAAGTATGAAATGTTGTTTTAGCAAGTTTTTAAATTGAAATGAATACATGGAGTCCAATGTTT
130 TAAAAGTATGAAATGTTGTTTTAGCAAGTTTTTAAA-TG----G-A-A-AT-GAAT---A-GTTT
** * * * *
8288 TAAACTCCCTCAAACATAGAAACATGATAACCTGCAATGGTTTCAATTTTTCACGGTGTTAATTG
182 TAAACTTGCTCAAACACAGAAACATGATAACCTGCATTGGTTTTAATTTTTCACGGTGTTAAGTG
* *
8353 TAAGTCATGAAGGATTTTGGAGCTCAAAATATCAATATTTCGTTTCTGAACAATTATGTGCATAA
247 TAAGTCATGAAGGATTTTGGAGCTCAAAATATCAAAATTTCGTTTCTGAACAATTATGGGCATAA
* * * *
8418 AAACCATCTACACAATTTCAAATTGTGACATAAAAATCTTTTGCACGGTTTTAA-TTTTCAATGC
312 AAACCATCTGCACAATTTCAAATTGTGATATAAAAACCATTTGCACGGTTTTAATTTTTC-ATGC
* * *
8482 TTATTTACTTTAGATGCATTTTTAGGAGAGTTCATGGGTGCTCCAAGGAATTTGTGGGATGCTGT
376 TTATTTGCTTTAGATGCATTTTTAGGAGAATTCATGGGTGCTCCAGGGAATTTGTGGGATGCTGT
* * * *
8547 TGATACTTGGATGTGATTTGTGAAATCATTATTGGCA-CTTGATTCGATTAACTGCGTGCTAACT
441 TGATATTTGGATGTCATTTGTGAAATCATTATTGG-AGCTTGATGCGATTAACTGTGTGCTAACT
* * * *
8611 GGTTTTTATACCTTACGCACAAACTCAAAGCTCGATGTTTTTGAAGCTTTTATGTTTTGCTTTGA
505 TGTTTTTATACATTACGCACAAACTCAAAGCTCGACGTTTTTGAAGCTTTTATGATTTGCTTTGA
* * * *
8676 AAACCATTGCTCCTAGAGTAGAGCTTTAAAAGTAT-AGAATGTTGTTTTAG-AATGTTTTTAAAT
570 AAACCATTTCTGCTAGAGTCGAGCTTTAAAAGTATGA-AATGTTGTTTTAGCAA-GCTTTTAAAT
* * * *
8739 TGAAATGAATGTATTGAATCCAATG---TAAACTCGCTCAAACAGAGAAACATGATAA-CTCGCA
633 GGAAATGAATATGTTGAATCCAATGTTTTAAACTCGCTCAAACACAGAAACATGATAACCT-GCA
* ** * * * *
8800 TTGGTTTCAATTTTTGTCGGTATTAAGTGTAAGTCATGAAGGATTTTGGAGCTCAAAATATCAAT
697 TTGGTTTTAATTTTTCACAGTGTTAAGTGTAAGTCATGAAGGATTTTGGAGCTAAAAATATCAAA
* * * * *
8865 GTTTAATTTCTGAACAATTATGGGCCTAAAAACCATCTGCACAATTTCAAATTCTGATATAAAAA
762 ATTTCATTTCTAAACAATTATGGG--TAAAAACCATATGCACAATTTCAAATTGTGATATAAAAA
* * * * *
8930 CCATTTGCACTTTTTTAATATTTCATACTTATTTGCTTTAGATGCATTTTTAGGAGAACTCATGC
825 CCATTTGCAC-GTTTTAACATTTCATGCTTATTTGCTTTAGATGCATTTTTAGGAGAATTCATGG
* * * *
8995 GTGCCCCAGGGAATTTCTGGGATGCTGTTAATATTTAGATGTCATTTGTGAAAT
889 GTGCCCTAGGGAATTTGTGGGATGCTGTTGATATTTGGATGTCATTTGTGAAAT
* * * * *
9049 CATTATTGGCCCTTGATGTC-ATTAACTGTGTGCTAACTTGTTTTTTTTACCTTACGTACAAACT
1 CATTATTGGCGCTTGATG-CGATTAACTGTGTGCTAACTTG-TTTTTATACATTATGCACAAACT
* * * ***
9113 CAAAGCTCGACGTTTTTGAGGCTTTTATATTTTTCTTTGAAAACCATTTCTCTTGGAGTCGAGCT
64 CAAAGCTCGACGTTTTTGAAGCTTTTATGTTTTGCTTTGAAAACCATTTCTAGCGGAGTCGAGCT
* *
9178 TTAAAAGTATGAAATGTTGTTTTAGCAAGTTTTTAAATAGAAATGAATAGTTTTAAACTCGCTCA
129 TTAAAAGTATGAAATGTTGTTTTAGCAAGTTTTTAAATGGAAATGAATAGTTTTAAACTTGCTCA
*
9243 AACACAGAAACATGATAACCTACATT
194 AACACAGAAACATGATAACCTGCATT
9269 CTTATTTGCT
Statistics
Matches: 2603, Mismatches: 322, Indels: 196
0.83 0.10 0.06
Matches are distributed among these distances:
911 2 0.00
912 62 0.02
913 23 0.01
914 80 0.03
915 90 0.03
917 1 0.00
918 1 0.00
919 54 0.02
920 54 0.02
921 5 0.00
922 3 0.00
923 189 0.07
924 192 0.07
925 64 0.02
926 1 0.00
927 150 0.06
928 264 0.10
929 53 0.02
930 18 0.01
931 37 0.01
932 2 0.00
935 1 0.00
936 3 0.00
940 5 0.00
943 41 0.02
944 165 0.06
945 335 0.13
946 387 0.15
947 56 0.02
948 2 0.00
949 1 0.00
950 1 0.00
951 1 0.00
953 147 0.06
954 19 0.01
955 2 0.00
956 91 0.03
957 1 0.00
ACGTcount: A:0.30, C:0.14, G:0.18, T:0.38
Consensus pattern (942 bp):
CATTATTGGCGCTTGATGCGATTAACTGTGTGCTAACTTGTTTTTATACATTATGCACAAACTCA
AAGCTCGACGTTTTTGAAGCTTTTATGTTTTGCTTTGAAAACCATTTCTAGCGGAGTCGAGCTTT
AAAAGTATGAAATGTTGTTTTAGCAAGTTTTTAAATGGAAATGAATAGTTTTAAACTTGCTCAAA
CACAGAAACATGATAACCTGCATTGGTTTTAATTTTTCACGGTGTTAAGTGTAAGTCATGAAGGA
TTTTGGAGCTCAAAATATCAAAATTTCGTTTCTGAACAATTATGGGCATAAAAACCATCTGCACA
ATTTCAAATTGTGATATAAAAACCATTTGCACGGTTTTAATTTTTCATGCTTATTTGCTTTAGAT
GCATTTTTAGGAGAATTCATGGGTGCTCCAGGGAATTTGTGGGATGCTGTTGATATTTGGATGTC
ATTTGTGAAATCATTATTGGAGCTTGATGCGATTAACTGTGTGCTAACTTGTTTTTATACATTAC
GCACAAACTCAAAGCTCGACGTTTTTGAAGCTTTTATGATTTGCTTTGAAAACCATTTCTGCTAG
AGTCGAGCTTTAAAAGTATGAAATGTTGTTTTAGCAAGCTTTTAAATGGAAATGAATATGTTGAA
TCCAATGTTTTAAACTCGCTCAAACACAGAAACATGATAACCTGCATTGGTTTTAATTTTTCACA
GTGTTAAGTGTAAGTCATGAAGGATTTTGGAGCTAAAAATATCAAAATTTCATTTCTAAACAATT
ATGGGTAAAAACCATATGCACAATTTCAAATTGTGATATAAAAACCATTTGCACGTTTTAACATT
TCATGCTTATTTGCTTTAGATGCATTTTTAGGAGAATTCATGGGTGCCCTAGGGAATTTGTGGGA
TGCTGTTGATATTTGGATGTCATTTGTGAAAT
Found at i:8939 original size:476 final size:478
Alignment explanation
Indices: 7969--9226 Score: 1798
Period size: 477 Copynumber: 2.6 Consensus size: 478
7959 CAATTATGGG
* *
7969 CATAAAAACCATTTGCACAGTTTTAATCTTTCATGCTTATTTGCTTTAGATGCATTTTTAGGGGA
1 CATAAAAACCATTTGCACAGTTTTAATATTTCATGCTTATTTGCTTTAGATGCATTTTTAGGAGA
* * * *
8034 ATTCATGAGTGCTCTAGGGAATTTGTGGGATACTGTTGGTATTTGGATGTCATTTGTGAAATCGT
66 ATTCATGAGTGCTCCAGGGAATTTGTGGGATGCTGTTGATATTTGGATGTCATTTGTGAAATCAT
* * *
8099 TATTGGCACTTGATGT-GATTAACTGTGTGCTAACTTGTTTTTGTACCTTATGCACAAAC-C-AA
131 TATTGGCACTTGATGTCGATTAACTGTGTGCTAACTGGTTTTTATACCTTACGCACAAACTCAAA
* * * * *
8161 GCTAGACGTTTTTGAGGATTTTCTATTTTGCTTTGAAAACCATTTTTGCTGGAGTCGAGCTTTAA
196 GCTCGACGTTTTTGAGGCTTTTATATTTTGCTTTGAAAACCATTTCTCCTGGAGTCGAGCTTTAA
*
8226 AAGTATGAAATGTTGTTTTAGCAAGTTTTTAAATTGAAATGAATACATGGAGTCCAATGTTTTAA
261 AAGTATGAAATGTTGTTTTAGCAAGTTTTTAAATTGAAATGAATACATGGAATCCAATG--TTAA
* * *
8291 ACTCCCTCAAACATAGAAACATGATAACCTGCAATGGTTTCAATTTTTCACGGTGTTAATTGTAA
324 ACTCCCTCAAACAGAGAAACATGATAACCTGCAATGGTTTCAATTTTTCACGGTATTAAGTGTAA
** *
8356 GTCATGAAGGATTTTGGAGCTCAAAATATCAATATTTCGTTTCTGAACAATTATGTGCATAAAAA
389 GTCATGAAGGATTTTGGAGCTCAAAATATCAATATTTAATTTCTGAACAATTATGGGCATAAAAA
*
8421 CCATCTACACAATTTCAAATTGTGA
454 CCATCTACACAATTTCAAATTCTGA
* * * *
8446 CATAAAAATCTTTTGCACGGTTTTAAT-TTTCAATGCTTATTTACTTTAGATGCATTTTTAGGAG
1 CATAAAAACCATTTGCACAGTTTTAATATTTC-ATGCTTATTTGCTTTAGATGCATTTTTAGGAG
* * * * *
8510 AGTTCATGGGTGCTCCAAGGAATTTGTGGGATGCTGTTGATACTTGGATGTGATTTGTGAAATCA
65 AATTCATGAGTGCTCCAGGGAATTTGTGGGATGCTGTTGATATTTGGATGTCATTTGTGAAATCA
*
8575 TTATTGGCACTTGAT-TCGATTAACTGCGTGCTAACTGGTTTTTATACCTTACGCACAAACTCAA
130 TTATTGGCACTTGATGTCGATTAACTGTGTGCTAACTGGTTTTTATACCTTACGCACAAACTCAA
* * * * * *
8639 AGCTCGATGTTTTTGAAGCTTTTATGTTTTGCTTTGAAAACCATTGCTCCTAGAGTAGAGCTTTA
195 AGCTCGACGTTTTTGAGGCTTTTATATTTTGCTTTGAAAACCATTTCTCCTGGAGTCGAGCTTTA
** *
8704 AAAGTAT-AGAATGTTGTTTTAG-AATGTTTTTAAATTGAAATGAATGTATTGAATCCAATG-TA
260 AAAGTATGA-AATGTTGTTTTAGCAA-GTTTTTAAATTGAAATGAATACATGGAATCCAATGTTA
* * **
8766 AACTCGCTCAAACAGAGAAACATGATAA-CTCGCATTGGTTTCAATTTTTGTCGGTATTAAGTGT
323 AACTCCCTCAAACAGAGAAACATGATAACCT-GCAATGGTTTCAATTTTTCACGGTATTAAGTGT
* *
8830 AAGTCATGAAGGATTTTGGAGCTCAAAATATCAATGTTTAATTTCTGAACAATTATGGGCCTAAA
387 AAGTCATGAAGGATTTTGGAGCTCAAAATATCAATATTTAATTTCTGAACAATTATGGGCATAAA
*
8895 AACCATCTGCACAATTTCAAATTCTGA
452 AACCATCTACACAATTTCAAATTCTGA
* ** *
8922 TATAAAAACCATTTGCACTTTTTTAATATTTCATACTTATTTGCTTTAGATGCATTTTTAGGAGA
1 CATAAAAACCATTTGCACAGTTTTAATATTTCATGCTTATTTGCTTTAGATGCATTTTTAGGAGA
* * * * * *
8987 ACTCATGCGTGCCCCAGGGAATTTCTGGGATGCTGTTAATATTTAGATGTCATTTGTGAAATCAT
66 ATTCATGAGTGCTCCAGGGAATTTGTGGGATGCTGTTGATATTTGGATGTCATTTGTGAAATCAT
* * * *
9052 TATTGGCCCTTGATGTC-ATTAACTGTGTGCTAACTTGTTTTTTTTACCTTACGTACAAACTCAA
131 TATTGGCACTTGATGTCGATTAACTGTGTGCTAAC-TGGTTTTTATACCTTACGCACAAACTCAA
* *
9116 AGCTCGACGTTTTTGAGGCTTTTATATTTTTCTTTGAAAACCATTTCTCTTGGAGTCGAGCTTTA
195 AGCTCGACGTTTTTGAGGCTTTTATATTTTGCTTTGAAAACCATTTCTCCTGGAGTCGAGCTTTA
*
9181 AAAGTATGAAATGTTGTTTTAGCAAGTTTTTAAATAGAAATGAATA
260 AAAGTATGAAATGTTGTTTTAGCAAGTTTTTAAATTGAAATGAATA
9227 GTTTTAAACT
Statistics
Matches: 690, Mismatches: 79, Indels: 24
0.87 0.10 0.03
Matches are distributed among these distances:
475 2 0.00
476 283 0.41
477 292 0.42
478 7 0.01
479 106 0.15
ACGTcount: A:0.29, C:0.14, G:0.18, T:0.38
Consensus pattern (478 bp):
CATAAAAACCATTTGCACAGTTTTAATATTTCATGCTTATTTGCTTTAGATGCATTTTTAGGAGA
ATTCATGAGTGCTCCAGGGAATTTGTGGGATGCTGTTGATATTTGGATGTCATTTGTGAAATCAT
TATTGGCACTTGATGTCGATTAACTGTGTGCTAACTGGTTTTTATACCTTACGCACAAACTCAAA
GCTCGACGTTTTTGAGGCTTTTATATTTTGCTTTGAAAACCATTTCTCCTGGAGTCGAGCTTTAA
AAGTATGAAATGTTGTTTTAGCAAGTTTTTAAATTGAAATGAATACATGGAATCCAATGTTAAAC
TCCCTCAAACAGAGAAACATGATAACCTGCAATGGTTTCAATTTTTCACGGTATTAAGTGTAAGT
CATGAAGGATTTTGGAGCTCAAAATATCAATATTTAATTTCTGAACAATTATGGGCATAAAAACC
ATCTACACAATTTCAAATTCTGA
Found at i:9571 original size:311 final size:312
Alignment explanation
Indices: 8957--9579 Score: 887
Period size: 311 Copynumber: 2.0 Consensus size: 312
8947 ATATTTCATA
8957 CTTATTTGCTTTAGATGCATTTTTAGGAGAACTCATGCGTGCCCCAGGGAATTTCTGGGATGCTG
1 CTTATTTGCTTTAGATGCATTTTTAGGAGAACTCATGCGTGCCCCAGGGAATTTCTGGGATGCTG
* * *
9022 TTAATATTTAGATGTCATTTGTGAAATCATTATTGGCCCTTGATGTCATTAACTGTGTGCTAACT
66 TTAATATTTAGATGTCATTTGTGAAATCACTATTGGCACTTGATGTCATTAACTATGTGCTAACT
* * * * * * *
9087 TGTTTTTTTTACCTTACGTACAAACTCAAAGCTCGACGTTTTTGAGGCTTTTATATTTTTCTTTG
131 TGTTTTTTATACCTGACGCACAAACTCAAAGCTCAACATTTTTGAAGCTTTTATATTTTGCTTTG
*
9152 AAAACCATTTCTCTTGGAGTCGAGCTTTAAAAGTATGAAATGTTGTTTTAGCAAGTTTTTAAATA
196 AAAACCATTTCTCTTGGAGTCGAGCATTAAAAGTATGAAATGTTGTTTTAGCAAGTTTTTAAATA
*
9217 GAAATGAATAGTTTTAAACTCGCTCAAACACAGAAACATGATAACCTACATT
261 GAAATGAATAGTTTTAAACTCGCTCAAACACAAAAACATGATAACCTACATT
* * * **
9269 CTTATTTGCTTTAGATGCATTTTTAGGATAATTCATGGGTGTTCCAGGGAA-TT-TGGGAAATGC
1 CTTATTTGCTTTAGATGCATTTTTAGGAGAACTCATGCGTGCCCCAGGGAATTTCTGGG--ATGC
** * * *
9332 TGTTGGTATTTTGATGTCATTTGTGAAATCGCTATTTGCACTTGATG-CGATTAACTATGTGCTA
64 TGTTAATATTTAGATGTCATTTGTGAAATCACTATTGGCACTTGATGTC-ATTAACTATGTGCTA
* * *
9396 ACTTG-TTTTTATACGTGACGCACAAACTCAATGCTCAACATTTTTGAAGCTTTTATGTTTTGCT
128 ACTTGTTTTTTATACCTGACGCACAAACTCAAAGCTCAACATTTTTGAAGCTTTTATATTTTGCT
* *
9460 TTGAAAACTATTTCTGC-TGGAGTTGAGCATTAAAAGTATGAAATGTTGTTTTAGCAAGTTTTTA
193 TTGAAAACCATTTCT-CTTGGAGTCGAGCATTAAAAGTATGAAATGTTGTTTTAGCAAGTTTTTA
* * * * *
9524 AATGGAAATTAATTGTTTTAAACTCGCTCAAACACAAAAATATGATAACCTGCATT
257 AATAGAAATGAATAGTTTTAAACTCGCTCAAACACAAAAACATGATAACCTACATT
9580 GGTTTTAATT
Statistics
Matches: 275, Mismatches: 32, Indels: 9
0.87 0.10 0.03
Matches are distributed among these distances:
310 4 0.01
311 161 0.59
312 110 0.40
ACGTcount: A:0.28, C:0.14, G:0.18, T:0.39
Consensus pattern (312 bp):
CTTATTTGCTTTAGATGCATTTTTAGGAGAACTCATGCGTGCCCCAGGGAATTTCTGGGATGCTG
TTAATATTTAGATGTCATTTGTGAAATCACTATTGGCACTTGATGTCATTAACTATGTGCTAACT
TGTTTTTTATACCTGACGCACAAACTCAAAGCTCAACATTTTTGAAGCTTTTATATTTTGCTTTG
AAAACCATTTCTCTTGGAGTCGAGCATTAAAAGTATGAAATGTTGTTTTAGCAAGTTTTTAAATA
GAAATGAATAGTTTTAAACTCGCTCAAACACAAAAACATGATAACCTACATT
Found at i:10746 original size:467 final size:463
Alignment explanation
Indices: 9269--11148 Score: 2314
Period size: 467 Copynumber: 4.1 Consensus size: 463
9259 AACCTACATT
* * *
9269 CTTATTTGCTTTAGATGCATTTTTAGGATAATTCATGGGTGTTCCAGGGAATTTG-GGAAATGCT
1 CTTATTTGCTTTAGATGCATTTTTAGGAGAATTCATGGGTGCTCCAGGGAATTTGTGG-GATGCT
* * * * * * * *
9333 GTTGGTATTTTGATGTCATTTGTGAAATCGCTATTTGCACTTGATGCGATTAACTATGTGCTAAC
65 GTTGATACTTGGATGTCATTTGTGAAATCGTTATTGGCGCTTGATGCGATTAACTGTGTG-TTAC
* * *
9398 TTGTTTTTATACGTGACGCACAAACTCAATGCTCAACATTTTTGAAGCTTTTATGTTTTGCTTTG
129 TTGTTTTTATACGTTACGCACAAACTCAAAGCTCAACGTTTTTGAAGCTTTTATGTTTTGCTTTG
* * * *
9463 AAAACTATTTCTGCTGGAGTTGAGCATTAAAAGTATGAAATGTTGTTTTAGCAAGTTTTTAAATG
194 AAAACCATTTCTACTGGAGTCGAGCATTAAAAGTATGAAATGTTCTTTTAGCAAGTTTTTAAATG
* ** *
9528 GAAATTAATTGTTTTAAACTCGCTCAAACACAAAAATATGATAACCTGCATTGGTTTTAATTTTT
259 GAAATGAATACTTTTAAACTCGCTCAAACACAAAAACATGATAACCTGCATTGGTTTTAATTTTT
* ** * * *
9593 CACGGTGTTAAATATAAGTCATGAAGGATTTTAGAGTTGAAAATATGAAAATTTCGTTTCTGAAC
324 CACGGTGTTAAGTGCAAGTCATGAAGGATTTTGGA-CTGAAAATATCAAAATTTCGTTTCTGAAC
* * *
9658 -ATTATGGGCATTAAAACCATTTGCACAATTTCAAATTGTGATACAAAAACCATTTGCACAGTTT
388 AATTATGGGCATAAAAACCATCTGCACAATTTCAAATTGTGATATAAAAACCATTTGCACAGTTT
9722 AATTTTTCATG
453 AATTTTTCATG
* ** * * *
9733 CTTATTTG-TGTTTGATAAATTTTTAGGAGAATTGATGGGTGCTCCA-TGAAATTGTGGGATGCT
1 CTTATTTGCT-TTAGATGCATTTTTAGGAGAATTCATGGGTGCTCCAGGGAATTTGTGGGATGCT
* *
9796 GTTGATACTTCGATGTCATTTGGGAAATCGTTATTGGCGCTTGATGCG----A---------ACT
65 GTTGATACTTGGATGTCATTTGTGAAATCGTTATTGGCGCTTGATGCGATTAACTGTGTGTTACT
** * * *
9848 TGTTTTTATAC-TTACAAACAAACTCAAAGCTCGACGTTTTTGAAGCTTTTATGTTTTACTTCGA
130 TGTTTTTATACGTTACGCACAAACTCAAAGCTCAACGTTTTTGAAGCTTTTATGTTTTGCTTTGA
* * *
9912 AAACCATTTCTACTGGAGTCAAGCATTAAAAGTATGAAACGTTCTTTTGGCAAGTTTTTAAATGG
195 AAACCATTTCTACTGGAGTCGAGCATTAAAAGTATGAAATGTTCTTTTAGCAAGTTTTTAAATGG
* * * *
9977 AAATGAATAGTTTTAAACTCGCTCAAACACAAAAACATGATAACCTGCAATGATTTTAGTTTTT-
260 AAATGAATACTTTTAAACTCGCTCAAACACAAAAACATGATAACCTGCATTGGTTTTAATTTTTC
* *
10041 ACGGTTTTAAGTGCAAGTCATGAAGGATTTTGGAACTCAAAATATCAAAATTTCGTTTCTGAACA
325 ACGGTGTTAAGTGCAAGTCATGAAGGATTTTGG-ACTGAAAATATCAAAATTTCGTTTCTGAACA
* * *
10106 ATTATGTGCATAAAAA-C-TCTCCACAATTTCAAATTGTGATATAAAAGCCATTTGCACAGTTTA
389 ATTATGGGCATAAAAACCATCTGCACAATTTCAAATTGTGATATAAAAACCATTTGCACAGTTT-
*
10169 AAATTTTCATG
453 AATTTTTCATG
* * *
10180 CTTATTTGCTTTAGATGCATTTTTAGCAGAATTCATTGATGCTCCAGGGAATTTGTGGGATGCTG
1 CTTATTTGCTTTAGATGCATTTTTAGGAGAATTCATGGGTGCTCCAGGGAATTTGTGGGATGCTG
* * * * *
10245 TTGATACTTGAATGTCATTTGTGAAATTGTTATTGTCTCTTGATGTGATTAACTGTGTGTTAACT
66 TTGATACTTGGATGTCATTTGTGAAATCGTTATTGGCGCTTGATGCGATTAACTGTGTGTT-ACT
* * * * * *
10310 TATCTTTATACGTTACGCACAAACTCAAAGCTCGACGTTTTTAAAGCTTTTATTTTTTTCTTTGA
130 TGTTTTTATACGTTACGCACAAACTCAAAGCTCAACGTTTTTGAAGCTTTTATGTTTTGCTTTGA
* * ** * * *
10375 CAACCATTTCCACTGGAGTCGAGTGTTAAAAGTATGAAATGTT-TTCTTAGCAAGATTTTGAATT
195 AAACCATTTCTACTGGAGTCGAGCATTAAAAGTATGAAATGTTCTT-TTAGCAAGTTTTTAAATG
** * * * *
10439 GAAATTCATACTCTTAAACTCACTCAAAACACAGAAACATGATAACCTGCATTGGTTTCAATTTT
259 GAAATGAATACTTTTAAACTCGCTC-AAACACAAAAACATGATAACCTGCATTGGTTTTAATTTT
* * * * * * *
10504 TTATGGTATGATGTGTAAGTCATGAAGGATTTTGGACTTGAAAATATCAAAATTTCGTTTTTGAA
323 TCACGGTGTTAAGTGCAAGTCATGAAGGATTTTGGAC-TGAAAATATCAAAATTTCGTTTCTGAA
* * ** *
10569 TAATTATGGGCATAAAAACCATCTACACAATTTCAAATTGTGATATAAAAACCATTTTTACGGTA
387 CAATTATGGGCATAAAAACCATCTGCACAATTTCAAATTGTGATATAAAAACCATTTGCACAGT-
10634 TTAATTTTTCATG
451 TTAATTTTTCATG
* * *
10647 CTTATTTGTTTTAGATGCATTTTTAGGAGAATTGATGGGTGCTCCAGGGAATTTGTGGGATGTTG
1 CTTATTTGCTTTAGATGCATTTTTAGGAGAATTCATGGGTGCTCCAGGGAATTTGTGGGATGCTG
* * * * *
10712 TTGATATTTGGATGTCATTTTTGAAATCGTTATTGGCGCTTGATGCGATTAACTGGGTGCTTGCA
66 TTGATACTTGGATGTCATTTGTGAAATCGTTATTGGCGCTTGATGCGATTAACTGTGTG-TTACT
* * *
10777 TGTTTTTATACATTATGCACAAACTCAAGGCTCAACGTTTTTGAAGCTTTTATGTTTTGCTTTGA
130 TGTTTTTATACGTTACGCACAAACTCAAAGCTCAACGTTTTTGAAGCTTTTATGTTTTGCTTTGA
* * * *
10842 AAACCGTTTCTGCTGGAGTCGAGCTTTGAAAGTATGAAATGTTCTTTTAGCAAGTTTTTAAATGG
195 AAACCATTTCTACTGGAGTCGAGCATTAAAAGTATGAAATGTTCTTTTAGCAAGTTTTTAAATGG
* *
10907 AAATGAATACTTTTAAACTCGCTCAAGCACAGAAACATGATAACCTGCATTGGTTTTAATTTTTC
260 AAATGAATACTTTTAAACTCGCTCAAACACAAAAACATGATAACCTGCATTGGTTTTAATTTTTC
* * * *
10972 ACGGTGTTAAGTGCAAGTCATAAAAGATTTTGGAGCTGAAAATATCAAAGTTTCGTATCT-AACA
325 ACGGTGTTAAGTGCAAGTCATGAAGGATTTTGGA-CTGAAAATATCAAAATTTCGTTTCTGAACA
* * * *
11036 ATTTATTGGCGTAAAAACCATCTGCCCAATTTCAAATTGTGATAGAAAAA-CATTTGCACAGTTT
389 A-TTATGGGCATAAAAACCATCTGCACAATTTCAAATTGTGATATAAAAACCATTTGCACAG-TT
* *
11100 TTACTTTTCAATG
452 TAATTTTTC-ATG
* * *
11113 CTGATTTGCTTTAGATGCATTTTAAGGAGAACTCAT
1 CTTATTTGCTTTAGATGCATTTTTAGGAGAATTCAT
11149 TTTTCATGGT
Statistics
Matches: 1202, Mismatches: 179, Indels: 68
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
446 41 0.03
447 102 0.08
448 233 0.19
449 14 0.01
452 1 0.00
459 1 0.00
462 14 0.01
463 171 0.14
464 77 0.06
465 89 0.07
466 165 0.14
467 288 0.24
468 6 0.00
ACGTcount: A:0.30, C:0.14, G:0.18, T:0.38
Consensus pattern (463 bp):
CTTATTTGCTTTAGATGCATTTTTAGGAGAATTCATGGGTGCTCCAGGGAATTTGTGGGATGCTG
TTGATACTTGGATGTCATTTGTGAAATCGTTATTGGCGCTTGATGCGATTAACTGTGTGTTACTT
GTTTTTATACGTTACGCACAAACTCAAAGCTCAACGTTTTTGAAGCTTTTATGTTTTGCTTTGAA
AACCATTTCTACTGGAGTCGAGCATTAAAAGTATGAAATGTTCTTTTAGCAAGTTTTTAAATGGA
AATGAATACTTTTAAACTCGCTCAAACACAAAAACATGATAACCTGCATTGGTTTTAATTTTTCA
CGGTGTTAAGTGCAAGTCATGAAGGATTTTGGACTGAAAATATCAAAATTTCGTTTCTGAACAAT
TATGGGCATAAAAACCATCTGCACAATTTCAAATTGTGATATAAAAACCATTTGCACAGTTTAAT
TTTTCATG
Found at i:12259 original size:464 final size:462
Alignment explanation
Indices: 11147--12263 Score: 1413
Period size: 465 Copynumber: 2.4 Consensus size: 462
11137 AGGAGAACTC
* * *
11147 ATTTTTCATGGTGTTAGGTGCAAGTCATTAAGTATTTTGGAGTTAAAAAAGTCAAAATTTCATTT
1 ATTTTTCACGGTGTTAGGTGCAAGTCATGAAGTATTTTGGAGTTAAAAAAATCAAAATTTCATTT
* * * *
11212 CTAAACAATTATGGGCATAAAAACCATCTGCACGATCTCAAATTGTGATATAAAAACCATTTTCA
66 CTGAACAATTATGGGCAT-AAAACCATATGCACAATCTCAAATTGTGATATAAAAACCATTTGCA
* * * * * *
11277 TGATTTTAATTTTTCTTGCTTATTTGCATCAACTGAAAATTTT-GGAGAATTCATGGGTGCTCCA
130 TGGTTTTAATTTTTCATGCTTATTTGCTTCAGCTG-AATTTTTAGAAGAATTCATGGGTGCTCCA
* * * * *
11341 GGGAATTTGTGGGATGCTGTTGATAGGTTGTCTTTCGTGAAATCATTATTGGCGCTTGATGCGAT
194 GGGAAATTGTGGGATGCTATTGATAGGATGTCGTTCGTGAAATCATTATTGGAGCTTGATGCGAT
* * * *
11406 TAACTGTGTGCTAACTTGTTTTAATACATCACGTAGAAACTTAAAGCTCAACGATTTTGATGCGT
259 TAACTGTGTGCTAACTTGTTTTAATACATCACGCACAAACTCAAAGCTCAACGATTTTGAAGCGT
* *
11471 TTATGTGTTGCTTTGGAAACCATTTATGCTGTACTCGAGCTTTAAAAGTATGAAATGTTGTTTTA
324 TTACGTGTTGCTTTGGAAACCATTTATGCTGTACTCGAGCTTTAAAAGTATGAAATGTTATTTTA
* * * * * *
11536 GGAAGTTTTAAAATAAAAATTAATTGTTTTGAACTCGCTCAATCACAAAAACATGATAATCTGCA
389 GAAAGTTTTAAAATAAAAATGAATAGTTTTAAACTCGCTCAATCACAAAAACATGAAAACCTGCA
*
11601 TTGGTTTAA
454 TTAGTTTAA
* * * * * * * ***
11610 ATTTCTCACGGTGTTAAGTGTAAGTCATGAAGGAATTTGGAGCT-GAATTTTGC-AAATTTCATT
1 ATTTTTCACGGTGTTAGGTGCAAGTCATGAAGTATTTTGGAGTTAAAAAAAT-CAAAATTTCATT
* * * * *
11673 TCAGAACAATTATGGGCGTAAGAACCATTTGCTCAATTTCAAATTGTGATATAAAAACCATTTGC
65 TCTGAACAATTATGGGCATAA-AACCATATGCACAATCTCAAATTGTGATATAAAAACCATTTGC
* * * * * *
11738 ACT-GCTTTAATTTTTCATGCCTATTTACTTTAGATGTATTTTTAGAAGAATTCATGGGTGCTCC
129 A-TGGTTTTAATTTTTCATGCTTATTTGCTTCAGCTGAATTTTTAGAAGAATTCATGGGTGCTCC
*
11802 AGGGAAATTGTGGGATGCTATTGATATTTGGATGTCAGTT-GTGAAATCGTTATTGGAGCTTGAT
193 AGGGAAATTGTGGGATGCTATTGATA---GGATGTC-GTTCGTGAAATCATTATTGGAGCTTGAT
* * * * * * *
11866 GTGATTAACTGTGTGCTAACTTGTTTTTATATATTACGCACATACTCAAAGCTCGACGCTTTTGA
254 GCGATTAACTGTGTGCTAACTTGTTTTAATACATCACGCACAAACTCAAAGCTCAACGATTTTGA
* * *
11931 AGCTTTTACGTGTTGGTTTGGAAATCATTTATGCTGT-CGTCGAGCTTTAAAAGTATGAAATGTT
319 AGCGTTTACGTGTTGCTTTGGAAACCATTTATGCTGTAC-TCGAGCTTTAAAAGTATGAAATGTT
* ** * *
11995 ATTTTAGAAAGTTTTTAAATGGAAATGAGTAGTTTTAAACTCGGTC-ATCA-AAGAAACATGAAA
383 ATTTTAGAAAGTTTTAAAATAAAAATGAATAGTTTTAAACTCGCTCAATCACAA-AAACATGAAA
*
12058 ACCTGCATTAGTTTTA
447 ACCTGCATTAGTTTAA
*
12074 ATTTTTCACGGTGTTAGGTGCAAGTCATGAAGTATTTTGGAGTTAAAAAAATCAAAATTTTATTT
1 ATTTTTCACGGTGTTAGGTGCAAGTCATGAAGTATTTTGGAGTTAAAAAAATCAAAATTTCATTT
* * *
12139 CTGACCAATTTTGGGCCTAAAACCATATGCACAATCTCAAATTGTGATATAAAAACCATTTGCAT
66 CTGAACAATTATGGGCATAAAACCATATGCACAATCTCAAATTGTGATATAAAAACCATTTGCAT
*
12204 GGTTTTAATTTTTCATGCTTATTTGCTTCAGCTGAATTTTTAGAAGAAGTCATGGGTGCT
131 GGTTTTAATTTTTCATGCTTATTTGCTTCAGCTGAATTTTTAGAAGAATTCATGGGTGCT
12264 AACTTGTTTT
Statistics
Matches: 549, Mismatches: 92, Indels: 25
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
461 7 0.01
462 135 0.25
463 41 0.07
464 159 0.29
465 205 0.37
466 2 0.00
ACGTcount: A:0.30, C:0.13, G:0.19, T:0.38
Consensus pattern (462 bp):
ATTTTTCACGGTGTTAGGTGCAAGTCATGAAGTATTTTGGAGTTAAAAAAATCAAAATTTCATTT
CTGAACAATTATGGGCATAAAACCATATGCACAATCTCAAATTGTGATATAAAAACCATTTGCAT
GGTTTTAATTTTTCATGCTTATTTGCTTCAGCTGAATTTTTAGAAGAATTCATGGGTGCTCCAGG
GAAATTGTGGGATGCTATTGATAGGATGTCGTTCGTGAAATCATTATTGGAGCTTGATGCGATTA
ACTGTGTGCTAACTTGTTTTAATACATCACGCACAAACTCAAAGCTCAACGATTTTGAAGCGTTT
ACGTGTTGCTTTGGAAACCATTTATGCTGTACTCGAGCTTTAAAAGTATGAAATGTTATTTTAGA
AAGTTTTAAAATAAAAATGAATAGTTTTAAACTCGCTCAATCACAAAAACATGAAAACCTGCATT
AGTTTAA
Found at i:12604 original size:377 final size:377
Alignment explanation
Indices: 11878--12641 Score: 1004
Period size: 377 Copynumber: 2.0 Consensus size: 377
11868 GATTAACTGT
* * *
11878 GTGCTAACTTGTTTTTATATATTACGCACATACTCAAAGCTCGACGCTTTTGAAGCTTTTACGTG
1 GTGCTAACTTGTTTTTATACATTACACACAAACTCAAAGCTCGACGCTTTTGAAGCTTTTACGTG
* *
11943 TTGGTTTGGAAATCATTTATGCTGTCGTCGAGCTTTAAAAGTATGAAATGTTATTTTAGAAAGTT
66 TTGGTTTGGAAACCATTTATGCTGTAGTCGAGCTTTAAAAGTATGAAATGTTATTTTAGAAAGTT
* *
12008 TTTAAATGGAAATGAGTAGTTTTAAACTCGGTCATCAAAGAAACATGAAAACCTGCATTAGTTTT
131 TTTAAAAGGAAATGAGTAGTTTTAAACTC-GACATC--A-AAACATGAAAACCTGCATTAGTTTT
* ** * * *
12073 AATTTTTCACGGTGTTAGGTGCAAGTCATGAAGTATTTTGGAGTTAAAAAAATCAAAATTTTATT
192 AATTTTTCACAGTGTTAACTGCAAGTCATGAAGGATTTTGGAGCTAAAAAAATCAAAATTTCATT
* * * * *
12138 TCTGACCAATTTTGGGCCTAAAACCATATGCACAATCTCAAATTGTGATATAAAAACCATTTGCA
257 TCGGAACAATTATGCGCCTAAAACCATATGCACAATCTCAAATTGTGATATAAAAACAATTTGCA
* *
12203 TGGTTTTAATTTTTCATGCTTATTTGCTTCAGCTGAATTTTTAGAAGAAGTCATGG
322 TGGTTTTAATTTTTCATACTTATTTGCTTCAGATGAATTTTTAGAAGAAGTCATGG
* *
12259 GTGCTAACTTGTTTTTTATACATTACACACAAACTCAAAGCTCGACGCTTTTGAAGTTTTTATGT
1 GTGCTAACTTG-TTTTTATACATTACACACAAACTCAAAGCTCGACGCTTTTGAAGCTTTTACGT
* * * * * * *
12324 TTTGTTTTGGAAACCGTTTCTGCTAG-AGTCGAGCTTTAAGAGTGTGAAAATGTTGTTTTAGGAA
65 GTTGGTTTGGAAACCATTTATGCT-GTAGTCGAGCTTTAAAAGTATG-AAATGTTATTTTA-GAA
*
12388 A-TTTTTAAAAGGAAATGAGTAGTTTTAAACTC-AC-TC-AAACAT-ATAAACCTGCATTGGTTT
127 AGTTTTTAAAAGGAAATGAGTAGTTTTAAACTCGACATCAAAACATGA-AAACCTGCATTAGTTT
* * *
12448 TAACTTTTT-ACAGTGTTAACTGCAAGTCATGAAGGATTTTGGAGCTAAAAATATCAGAATTTCG
191 TAA-TTTTTCACAGTGTTAACTGCAAGTCATGAAGGATTTTGGAGCTAAAAAAATCAAAATTTCA
* * *
12512 TTTCGGAACAATTATGCGCGTAAAAAGCATCA-GCACAATTTCAAATTGTGATATAAAAACAATT
255 TTTCGGAACAATTATGCGCCT-AAAACCAT-ATGCACAATCTCAAATTGTGATATAAAAACAATT
* * * *
12576 TGTATGGTTTTAATTTTTCATACTTATTTGCTTTAGATGAATTTTTAGGAGAATTCATGG
318 TGCATGGTTTTAATTTTTCATACTTATTTGCTTCAGATGAATTTTTAGAAGAAGTCATGG
12636 GTGCTA
1 GTGCTA
12642 CAAGGAATTT
Statistics
Matches: 335, Mismatches: 40, Indels: 20
0.85 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
375 1 0.00
376 86 0.26
377 102 0.30
378 1 0.00
380 2 0.01
381 12 0.04
382 84 0.25
383 43 0.13
384 4 0.01
ACGTcount: A:0.32, C:0.13, G:0.18, T:0.38
Consensus pattern (377 bp):
GTGCTAACTTGTTTTTATACATTACACACAAACTCAAAGCTCGACGCTTTTGAAGCTTTTACGTG
TTGGTTTGGAAACCATTTATGCTGTAGTCGAGCTTTAAAAGTATGAAATGTTATTTTAGAAAGTT
TTTAAAAGGAAATGAGTAGTTTTAAACTCGACATCAAAACATGAAAACCTGCATTAGTTTTAATT
TTTCACAGTGTTAACTGCAAGTCATGAAGGATTTTGGAGCTAAAAAAATCAAAATTTCATTTCGG
AACAATTATGCGCCTAAAACCATATGCACAATCTCAAATTGTGATATAAAAACAATTTGCATGGT
TTTAATTTTTCATACTTATTTGCTTCAGATGAATTTTTAGAAGAAGTCATGG
Found at i:14489 original size:306 final size:309
Alignment explanation
Indices: 13911--14526 Score: 783
Period size: 306 Copynumber: 2.0 Consensus size: 309
13901 TTTCCCTGCT
* * * * * *
13911 TATTTGCTTTAGTTGCATTTTTAGGAGAATTCATGGGAGCTGCTAGGTAATTTGGTGGTAATGCT
1 TATTTCCTTTAGATGCATTTATAGGAGAATTCATAGGAGCTGCCAGGGAATTTGGTGGTAATGCT
* *** *
13976 ATTGATATTTGAATCTCATTTGTGAAATTGTTATTGACGCTTGATGGATTAACTATGTGCTAACT
66 ATTGATATTTGAATCTCATTTCTGAAATCACTATTGACGCTTGAGGGATTAACTATGTGCTAACT
* * * * * *
14041 TGTTTTTTTACAATGCGCACAAACTTAAAGCTTGATGTTTTGCTTTGAAAACCATTTATGCTTGA
131 TGTTTTTATACAATACACACAAACTCAAAGCTCGATGTTTTGCTTTGAAAACCATTTATGCTGGA
** * * * * * * * *
14106 GTTGAGCTTTAGAAGTATGAAATGTTGTTTTAGCGAGTTTTTAGATGGAAATGAATAGTTTTAAA
196 GTCAAGCTATAAAAGGATGAAATGATGTGTTAGCAAGTTTTTAAATGAAAATGAATAGTTTTAAA
* *
14171 CTTGCTCAAACACAAAAACATAATAACCTGCATTGGTTTTAATTTTTCA
261 CTCGCTCAAACACAAAAACATAATAACCTGCATTGGTTTTAAATTTTCA
* *
14220 TATTTCCTTTAGATGCATTTATA-G-GAATTCATAGGTGCT-CCAGGGAATTT-GTGG-GATGCT
1 TATTTCCTTTAGATGCATTTATAGGAGAATTCATAGGAGCTGCCAGGGAATTTGGTGGTAATGCT
* * * * *
14280 GTTGATATTTGGATGTCATTTCTGAAATCACTATTGGCGCTTGAGGCGATTAATTATGTGCTAAC
66 ATTGATATTTGAATCTCATTTCTGAAATCACTATTGACGCTTGAGG-GATTAACTATGTGCTAAC
* * ** *
14345 TTGTTTTTATACATTACACACAGACTCAAAGCTCGATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTGTGCTGG
130 TTGTTTTTATACAATACACACAAACTCAAAGCTCGATGTTTTGCTTTGAAAACCATTTATGCTGG
14410 AGTCAAGCTATAAAAGGATGAAAATGATGTGTTAGCAAGTTTTTAAATGAAAATGAATAGTTTTA
195 AGTCAAGCTATAAAAGGATG-AAATGATGTGTTAGCAAGTTTTTAAATGAAAATGAATAGTTTTA
* * *
14475 AACTCGCTCAAACACAGAAACATGATAACCTGGATTGGTTTTAAATTTTCA
259 AACTCGCTCAAACACAAAAACATAATAACCTGCATTGGTTTTAAATTTTCA
14526 T
1 T
14527 GGTGTTAGGT
Statistics
Matches: 261, Mismatches: 44, Indels: 7
0.84 0.14 0.02
Matches are distributed among these distances:
304 42 0.16
305 90 0.34
306 95 0.36
307 13 0.05
308 1 0.00
309 20 0.08
ACGTcount: A:0.30, C:0.12, G:0.20, T:0.38
Consensus pattern (309 bp):
TATTTCCTTTAGATGCATTTATAGGAGAATTCATAGGAGCTGCCAGGGAATTTGGTGGTAATGCT
ATTGATATTTGAATCTCATTTCTGAAATCACTATTGACGCTTGAGGGATTAACTATGTGCTAACT
TGTTTTTATACAATACACACAAACTCAAAGCTCGATGTTTTGCTTTGAAAACCATTTATGCTGGA
GTCAAGCTATAAAAGGATGAAATGATGTGTTAGCAAGTTTTTAAATGAAAATGAATAGTTTTAAA
CTCGCTCAAACACAAAAACATAATAACCTGCATTGGTTTTAAATTTTCA
Found at i:16014 original size:449 final size:448
Alignment explanation
Indices: 15131--19356 Score: 4260
Period size: 449 Copynumber: 9.3 Consensus size: 448
15121 ATTTTCTTAC
* * * *
15131 TTAGGAGAACTCAAGGGTGCTCCAGGGAATTTGTGGGATGCGGTTGATATTTAGATGTCATTTGT
1 TTAGGAGAATTCATGGGTGCTCCAGGGAATTTGTGGGATGCTGTTGATATTTGGATGTCATTTGT
* * * * * * *
15196 GAAGTCGTTATTGGCGCATGATGCAATTATCAGTGTGCTAACTTCTTTTTATACATTACCCACAA
66 GAAATCGTTATTGGCGCTTGATGCGATTAACTGTGTGCTAACTTGTTTTTATACATTACGCACAA
* * * * *
15261 ACTCAAAGCTGGACGTTTTGCTTTAAAAACCATTTCTGCTGCAGACGAGCTTTAAAAGTATGAAA
131 ACTCAAAGCTCGACGTTTTGCTTTGAAAATCATTTCTGCTGGAGTCGAGCTTTAAAAGTATGAAA
* * * * * * *
15326 TATTGTTTTAGCAAGTTTTTAAGTAGAAATGAATAGTTTTAGACTTGCTCCAACACAAAAACTTG
196 TGTTGTTTTAGCAAGTTTTTAAATGGAAATGAATAGTTTTAAACTCGCTCAAACAC-AAAACATG
* * * * *
15391 ATAACCTGCATTGGTTTTAAATTTTCACAGTGTTAGGTGTAAGTCATGAAGGATTTTTGAGCTGA
260 ATAACCTGCTTTGGTTTTAAATTTTCACGGTGTTAAGTGTAAGTCATGAAGGATTTTGGAGATGA
* **
15456 AAATATC-AAATTTCCTTTCTGAACAATTACGGGCATAAAAACCATCTGCACAATTTCAAATTGT
325 AAATATCAAAATTTCGTTTCTGAACAATTATTGGCATAAAAACCATCTGCACAATTTCAAATTGT
* * * * * *
15520 GATATGAAAACCGTTTGCACGATTTTAATTTTTCATTGTTTTTTTGTTTTAGATGCATTT
390 GATATAAAAACCATTTGCACGGTTTTAATTTTTCA-TGCTTATTTGCTTTAGATGCATTT
* * * * * *
15580 TTAGCAGAATTCGTGGGTGCTCTAGAGAATTTGTGGGATGCTGTTGGTGTTTGGATGTCATTTGT
1 TTAGGAGAATTCATGGGTGCTCCAGGGAATTTGTGGGATGCTGTTGATATTTGGATGTCATTTGT
* * *
15645 GAAATCATTCTTGGCGCTTGATGCGATTAACTGTCTGCTAACTTGTTTTTATACATTACGCACAA
66 GAAATCGTTATTGGCGCTTGATGCGATTAACTGTGTGCTAACTTGTTTTTATACATTACGCACAA
* ** * *
15710 ACTCAAAGCTCGACGTTTAGCTTTGAAAATCATTTCTATTGGGGTCGAGCTTTAAAAGTAAGAAA
131 ACTCAAAGCTCGACGTTTTGCTTTGAAAATCATTTCTGCTGGAGTCGAGCTTTAAAAGTATGAAA
* * * *
15775 TGTTGTTTTAGCAAATTTTTAAATGGAAATGCATAGTTTTAAACTCGCACAAACACATAAACAGG
196 TGTTGTTTTAGCAAGTTTTTAAATGGAAATGAATAGTTTTAAACTCGCTCAAACACA-AAACATG
* * * *
15840 ATAACCTGCTTTGGTTTCAAATTTTCACGGTGTTAGGTGTAAGTGATGAAGGATTTTGGAGCTGA
260 ATAACCTGCTTTGGTTTTAAATTTTCACGGTGTTAAGTGTAAGTCATGAAGGATTTTGGAGATGA
* * *
15905 AAAGATCAAAATTTCGTTCCTGAACAATTATTGGCATAAAAACCATTTGCACAATTTCAAATTGT
325 AAATATCAAAATTTCGTTTCTGAACAATTATTGGCATAAAAACCATCTGCACAATTTCAAATTGT
* *
15970 GATATAAAAACCATTTGCACGGTTTTAATTTTTCTTGCTTTTTTGCTTTAGATGCATTT
390 GATATAAAAACCATTTGCACGGTTTTAATTTTTCATGCTTATTTGCTTTAGATGCATTT
* ** *
16029 TTAGGAGAATTCATGGGTGCTCGAATGAATTTGTGGGATGCTGTTGATAGTTGGATGTCATTTGT
1 TTAGGAGAATTCATGGGTGCTCCAGGGAATTTGTGGGATGCTGTTGATATTTGGATGTCATTTGT
* * * *
16094 AAAATCGTTATT-GCTACTTGATGTGATTAACTGTGTGCTGACTTGTTTTTATACATTATGCTCA
66 GAAATCGTTATTGGC-GCTTGATGCGATTAACTGTGTGCTAACTTGTTTTTATACATTA----C-
* * * * * *
16158 AACACAAAGGTCAACGCTTTTGAAGCTTTTTTGTTTTGCTTTGAAAACCATTTTTGCTGGAGTCG
125 -GCACAAA-CTCAAAGC--TCG-A-C------GTTTTGCTTTGAAAATCATTTCTGCTGGAGTCG
* * * * * * *
16223 AACTTGAAAAGTATGAAATGCTGTGTTAGCAACTTTTTACATGGAAATGAATAGTTTTAAACTAG
178 AGCTTTAAAAGTATGAAATGTTGTTTTAGCAAGTTTTTAAATGGAAATGAATAGTTTTAAACTCG
* * * * *
16288 CTCAAACACAAAAACATGATAACCTGCATTGTTTTTAATTTTTCACAGTGTTAAGTGTAAGCCAT
243 CTCAAACAC-AAAACATGATAACCTGCTTTGGTTTTAAATTTTCACGGTGTTAAGTGTAAGTCAT
* *
16353 GAAGGATTTTGGAGATAAAAATATCAAAATTTCGTTTCTGAACAATTATGGGCATAAAAACCATC
307 GAAGGATTTTGGAGATGAAAATATCAAAATTTCGTTTCTGAACAATTATTGGCATAAAAACCATC
* * * * ** *
16418 TGGA-AATTTTAAAATTTTGATATAAAAAATCATTTGCACGGTTAAAAGTTTTCATGCTTATTTG
372 TGCACAA-TTTCAAATTGTGATAT-AAAAACCATTTGCACGGTTTTAATTTTTCATGCTTATTTG
16482 CTTTAGATGCATTT
435 CTTTAGATGCATTT
* * * * *
16496 TTAGGGGAATTCATGGGTGCTTC-GGGAATTTGTGGGATGCTATTGATATTTGGATGTGATTTAT
1 TTAGGAGAATTCATGGGTGCTCCAGGGAATTTGTGGGATGCTGTTGATATTTGGATGTCATTTGT
* *
16560 GAAATCGTTATTGGCGCTTGATGTGATTAAC-GTGTGCTAACTTGTTTTTATAAATTACGCACAA
66 GAAATCGTTATTGGCGCTTGATGCGATTAACTGTGTGCTAACTTGTTTTTATACATTACGCACAA
* * * * * *
16624 ACTTAAAGTTCAACGTTTTGCTTTGAAAATCATTTCTGTTGGAGTCAAGCTTTAAAAGTAAGAAA
131 ACTCAAAGCTCGACGTTTTGCTTTGAAAATCATTTCTGCTGGAGTCGAGCTTTAAAAGTATGAAA
* * *
16689 TGTTGTTTAAGCAAGTTTTTAAATGGAAATGAATTGTTTTAAACTCGCTCAAACACATAAACAGG
196 TGTTGTTTTAGCAAGTTTTTAAATGGAAATGAATAGTTTTAAACTCGCTCAAACACA-AAACATG
* ** * * * * *
16754 ATAACCTGCATTT-GTTTCAAATTTTCTTGGTGTTAGGTGTAAGTGATTAAGGATGTTGGAGCTG
260 ATAACCTGC-TTTGGTTTTAAATTTTCACGGTGTTAAGTGTAAGTCATGAAGGATTTTGGAGATG
* * *
16818 AAAAGATCAAAATTTCGTTTATGAACAATTATTGGCATAAAAACCATTTGCACAATTTCAAATTG
324 AAAATATCAAAATTTCGTTTCTGAACAATTATTGGCATAAAAACCATCTGCACAATTTCAAATTG
* * *
16883 TGATATAAAAACAATTTGCACGGTTTTAAATTTTT-TTGCTTTTTTGCTTTAGATGCATTT
389 TGATATAAAAACCATTTGCACGGTTTT-AATTTTTCATGCTTATTTGCTTTAGATGCATTT
* * * *
16943 TTAGGAGAATTCATGGGTGCTCCATGGAATTTTTTGGGATGCTGTTGATATTTGGATGTAATTTC
1 TTAGGAGAATTCATGGGTGCTCCAGGGAA-TTTGTGGGATGCTGTTGATATTTGGATGTCATTTG
* ** * *
17008 TGAAATCGTTATTGGTGCTTGATGCGATTAACTGTGTGCTAACTTGTTTTTATGTATTATAG-TC
65 TGAAATCGTTATTGGCGCTTGATGCGATTAACTGTGTGCTAACTTGTTTTTATACATTA-CGCAC
* * *
17072 AAACACAAAGCTCGACGCTTTTGAAGGTTTTATGTTTTGCTTTGAAAATCATTTTTGCTAGAGTC
129 AAACTCAAAGCTCGA--C---------------GTTTTGCTTTGAAAATCATTTCTGCTGGAGTC
* * * * * *
17137 AAACTTTAAAAGTATAAAATGTTGTTTTAGCAAGTTTTAAAATGGAAATGAATAGTTTTGAACTT
177 GAGCTTTAAAAGTATGAAATGTTGTTTTAGCAAGTTTTTAAATGGAAATGAATAGTTTTAAACTC
* * * * *
17202 GCTCAAACACGAAAACATGATAACCTGCATTT-ATTTTTATTTTTCACAGTGTTAAGTGTAAATC
242 GCTCAAACAC-AAAACATGATAACCTGC-TTTGGTTTTAAATTTTCACGGTGTTAAGTGTAAGTC
* * * *
17266 ATGAAGGATTTTGGAGATGAAAAAATCAAAATTTTGTTTCTGAACAATTATGGGCATAAAAACCG
305 ATGAAGGATTTTGGAGATGAAAATATCAAAATTTCGTTTCTGAACAATTATTGGCATAAAAACCA
** * * *
17331 TCTGC-CTAATTTCAAATTGCCATATAAAAACCATTTCCATGGTTATAATTTTTCATGCTTATTT
370 TCTGCAC-AATTTCAAATTGTGATATAAAAACCATTTGCACGGTTTTAATTTTTCATGCTTATTT
17395 GCTTTAGATGCATTT
434 GCTTTAGATGCATTT
* * * * * *
17410 TTAGGGGATTTCATGGATGCTCCAGGGAATTTG-GGGAAGCTGTTGATAGTTGGATGTCATTAGT
1 TTAGGAGAATTCATGGGTGCTCCAGGGAATTTGTGGGATGCTGTTGATATTTGGATGTCATTTGT
* *
17474 GAAATCGTTATTGGCGCTTGATGCGATTAACTGTGTGCTAACTTGCTTTTATACATTACG-TCAA
66 GAAATCGTTATTGGCGCTTGATGCGATTAACTGTGTGCTAACTTGTTTTTATACATTACGCACAA
* * * * * * * * *
17538 ACTCAAAGCTCGGCATTCTACTTTGAAAACCATTTCTGTTGGAGTTGAGCTTTAAACGCATGAAA
131 ACTCAAAGCTCGACGTTTTGCTTTGAAAATCATTTCTGCTGGAGTCGAGCTTTAAAAGTATGAAA
* * *
17603 TGTTGTTTTAGCAAGTTTTTGAATGGAAAATGAATAGTTTTAAACTCGCTCAAACAAAGAAAGAT
196 TGTTGTTTTAGCAAGTTTTTAAATGG-AAATGAATAGTTTTAAACTCGCTCAAACACA-AAACAT
* * *
17668 GATAACCTGCATTGGTTTTAAATTTTCACGGTATTAAGTGTATA-TCATTAAGGATTTTGGAGAT
259 GATAACCTGCTTTGGTTTTAAATTTTCACGGTGTTAAGTGTA-AGTCATGAAGGATTTTGGAGAT
* *
17732 GAAAATATCAAATTTTCGTTTCTGAACAATTATGTGG-ATAAAAACCATCTGCTCAATTTCAAAT
323 GAAAATATCAAAATTTCGTTTCTGAACAATTAT-TGGCATAAAAACCATCTGCACAATTTCAAAT
* * * *
17796 TGTGATATAAAAATCATTTGCACGGTTTTAATTTTTCAAGCTTATTTGCTTTTGTTGCATTT
387 TGTGATATAAAAACCATTTGCACGGTTTTAATTTTTCATGCTTATTTGCTTTAGATGCATTT
* * * * * *
17858 TTAGGAGAATTCATGGGTGTTCGAGGGAATTTGTGGGATGCTATTGGTATTTGGACGTCACTTGT
1 TTAGGAGAATTCATGGGTGCTCCAGGGAATTTGTGGGATGCTGTTGATATTTGGATGTCATTTGT
* * * *
17923 GAAATCATTATTGGCACTTGATGCGATTAACTGTATGCTAACTTGTTTTTATACATTACGCAGAA
66 GAAATCGTTATTGGCGCTTGATGCGATTAACTGTGTGCTAACTTGTTTTTATACATTACGCACAA
* *
17988 ACTCAAAGCTCAACGCTTTTGAAGCTTTTATGTTTTGCTTTGAAAATCATTTTTGCTGGAATCGA
131 ACTCAAAGCT-----C----G-A-C------GTTTTGCTTTGAAAATCATTTCTGCTGGAGTCGA
* * *
18053 ACTTTAAAAGTATGAAATGTTGTTTTAGCAAGTTTTTAAAAGGAAATGAATCGTTTTAAACTCGC
179 GCTTTAAAAGTATGAAATGTTGTTTTAGCAAGTTTTTAAATGGAAATGAATAGTTTTAAACTCGC
* * *
18118 TCAAACACAATAACATGATAACCTG-TATTTGTTTTAATTTTTCACGGTGTTAAGTGTAAGCCAT
244 TCAAACACAA-AACATGATAACCTGCT-TTGGTTTTAAATTTTCACGGTGTTAAGTGTAAGTCAT
* * * *
18182 GAGGGATTTTGGAGTTGAAAATATCAAAATTTTC-TTTCTAAACAATT-TTGGGTATAAAAACCA
307 GAAGGATTTTGGAGATGAAAATATCAAAA-TTTCGTTTCTGAACAATTATT-GGCATAAAAACCA
* *** * * ** * *** * ** *** *
18245 TTTGCATGGTTT-TAATT-T--T-T-CATGCTTATTTGCTTTAG-ATGCATTTTT-A-GGAGAAT
370 TCTGCACAATTTCAAATTGTGATATAAAAAC-CATTTGC-ACGGTTTTAATTTTTCATGCTTATT
* * *
18301 T-C-ATGGGTGC---T
433 TGCTTTAGATGCATTT
* * ** ** * * *
18312 TCA-GTGAATTTGTGGGATGCT--ATTG-ATATT-T-GGA---TGTT-ATTTTTGAAATCGTTA-
1 TTAGGAGAATTCATGGG-TGCTCCAGGGAAT-TTGTGGGATGCTGTTGATATTTG-GAT-GTCAT
* * * ** * * * ** * *
18366 TTG-G----CGCTTGA-T-GCGATTAACTGTG-TGCTAACT-TGCTTTTATGCAT-TATGCACAA
62 TTGTGAAATCG-TT-ATTGGCGCTTGA-TGCGAT--TAACTGTG-TGCTA-ACTTGTTTTTATAC
* * ** * ** * * *
18421 ATTGAAAGCTCTATTCTTTTGAAA-CTTTTATGTTTTGTTTTG-AAATCCATTTCTGCTTGAGTC
120 ATT--ACGCAC-AAAC---TCAAAGC-TCGACGTTTTGCTTTGAAAAT-CATTTCTGCTGGAGTC
* * * *
18484 AAACTTTAAAAGTATGAAATGTTGTTTTAGCAAGTTTTTAAATGGAAATTAATAGTTTTAAACAC
177 GAGCTTTAAAAGTATGAAATGTTGTTTTAGCAAGTTTTTAAATGGAAATGAATAGTTTTAAACTC
* * * * * * * *
18549 CCTCAAACACAAAAACATTATAAGCTGCATTGGTTTTAATTTTTCATGGCGTTAAGAGTAAGTCA
242 GCTCAAACAC-AAAACATGATAACCTGCTTTGGTTTTAAATTTTCACGGTGTTAAGTGTAAGTCA
* * * * * * *
18614 TGAACGATTTTGGAGCTGAAAATATCAAAATTTCATTTCTGGACAATTGTGGGCAAAAAAACCAT
306 TGAAGGATTTTGGAGATGAAAATATCAAAATTTCGTTTCTGAACAATTATTGGCATAAAAACCAT
* * *
18679 CTGCACAAATTCAAATTGTGATATAAAAACCATTTGCATGGTTTTAACTTTTCATGCTTATTTGC
371 CTGCACAATTTCAAATTGTGATATAAAAACCATTTGCACGGTTTTAATTTTTCATGCTTATTTGC
*
18744 TTTAGTTGCATTT
436 TTTAGATGCATTT
* *
18757 TTAGGAGAATTCATGGGTGCTCCAGGGAATTTGTGGGATGCTATTGATATTTGGACGTCATTTGT
1 TTAGGAGAATTCATGGGTGCTCCAGGGAATTTGTGGGATGCTGTTGATATTTGGATGTCATTTGT
18822 GAAATCGTTATTGGCGCTTGATGCGATTAACTGTGTGCTAACTTGTTTTTATACATTACGCACAA
66 GAAATCGTTATTGGCGCTTGATGCGATTAACTGTGTGCTAACTTGTTTTTATACATTACGCACAA
* * * * *
18887 ACTCAAAGCTTGACGTTTTGCTTTGAAAACCATCTCTGCTGGAGTCGAGCTTTTAAAGTAAGAAA
131 ACTCAAAGCTCGACGTTTTGCTTTGAAAATCATTTCTGCTGGAGTCGAGCTTTAAAAGTATGAAA
* *
18952 TGTTGTTTTAGCAAGTTTTTAAATGGAAATGAATAGTTTTAATCTCTCTCAAACACATAAACATG
196 TGTTGTTTTAGCAAGTTTTTAAATGGAAATGAATAGTTTTAAACTCGCTCAAACACA-AAACATG
* * * * * *
19017 ATAACATGCATTGGTTTTAAATTTTCATGGTGTTAGGTGTAAGTCATGAAGGAATTTGGAGCTGA
260 ATAACCTGCTTTGGTTTTAAATTTTCACGGTGTTAAGTGTAAGTCATGAAGGATTTTGGAGATGA
* * * *
19082 AAATATCAAAATTTCATTTCTAAACAATTATGGGCATAAAAACCATCTGCACAATCTCAAATTGT
325 AAATATCAAAATTTCGTTTCTGAACAATTATTGGCATAAAAACCATCTGCACAATTTCAAATTGT
* * ** *
19147 TATATAAAAACCATTTGC-CTTGTTTTTGTTTTTCATGCTTATTTCCTTTAGATGCATTT
390 GATATAAAAACCATTTGCAC-GGTTTTAATTTTTCATGCTTATTTGCTTTAGATGCATTT
* * * * *
19206 TTAGGAGAATTCTTGGGTGCTCCATGAAATTTGTGGGATGCTATTGATATTTGAATGTCATTTGT
1 TTAGGAGAATTCATGGGTGCTCCAGGGAATTTGTGGGATGCTGTTGATATTTGGATGTCATTTGT
* * * * * *
19271 TAAATCATTACTGGCACTTGATGCGATTAACTTTGTGCTAACTTGTTTTTATACATTACGCTCAA
66 GAAATCGTTATTGGCGCTTGATGCGATTAACTGTGTGCTAACTTGTTTTTATACATTACGCACAA
*
19336 ACACAAAGCTCGACGCTTTTG
131 ACTCAAAGCTCGACG-TTTTG
19357 AAGCTTTTAT
Statistics
Matches: 3103, Mismatches: 526, Indels: 295
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
432 8 0.00
433 191 0.06
434 7 0.00
435 1 0.00
437 3 0.00
438 13 0.00
439 3 0.00
440 5 0.00
441 1 0.00
442 12 0.00
443 7 0.00
444 16 0.01
445 9 0.00
446 19 0.01
447 140 0.05
448 446 0.14
449 965 0.31
450 148 0.05
451 7 0.00
452 14 0.00
453 22 0.01
454 9 0.00
455 24 0.01
456 15 0.00
457 14 0.00
458 7 0.00
459 12 0.00
460 3 0.00
461 16 0.01
462 3 0.00
464 18 0.01
465 115 0.04
466 411 0.13
467 418 0.13
468 1 0.00
ACGTcount: A:0.30, C:0.13, G:0.19, T:0.38
Consensus pattern (448 bp):
TTAGGAGAATTCATGGGTGCTCCAGGGAATTTGTGGGATGCTGTTGATATTTGGATGTCATTTGT
GAAATCGTTATTGGCGCTTGATGCGATTAACTGTGTGCTAACTTGTTTTTATACATTACGCACAA
ACTCAAAGCTCGACGTTTTGCTTTGAAAATCATTTCTGCTGGAGTCGAGCTTTAAAAGTATGAAA
TGTTGTTTTAGCAAGTTTTTAAATGGAAATGAATAGTTTTAAACTCGCTCAAACACAAAACATGA
TAACCTGCTTTGGTTTTAAATTTTCACGGTGTTAAGTGTAAGTCATGAAGGATTTTGGAGATGAA
AATATCAAAATTTCGTTTCTGAACAATTATTGGCATAAAAACCATCTGCACAATTTCAAATTGTG
ATATAAAAACCATTTGCACGGTTTTAATTTTTCATGCTTATTTGCTTTAGATGCATTT
Found at i:17402 original size:914 final size:911
Alignment explanation
Indices: 15131--19356 Score: 5030
Period size: 915 Copynumber: 4.7 Consensus size: 911
15121 ATTTTCTTAC
* * ** * *
15131 TTAGGAGAACTCAAGGGTGCTCCAGGGAATTTGTGGGATGCGGTTGATATTTAGATGTCATTTGT
1 TTAGGAGAATTCATGGGTGCTCCAGGGAATTTGTGGGATGCTATTGATATTTGGACGTCATTTGT
* * * * * * * *
15196 GAAGTCGTTATTGGCGCATGATGCAATTATCAGTGTGCTAACTTCTTTTTATACATTA---C--C
66 GAAATCGTTATTGGCACTTGATGCGATTAACTGTGTGCTAACTTGTTTTTATACATTATGTCAAA
* * * * * * *
15256 CACAAA-CTCAAAGC---TG--G-----ACGTTTTGCTTTAAAAACCATTTCTGCTGCAGACGAG
131 CACAAAGCTCAACGCTTTTGAAGCTTTTATGTTTTGCTTTGAAAACCATTTTTGCTGGAGTCGAA
* * *
15310 CTTTAAAAGTATGAAATATTGTTTTAGCAAGTTTTTAAGTAGAAATGAATAGTTTTAGACTTGCT
196 CTTTAAAAGTATGAAATGTTGTTTTAGCAAGTTTTTAAATGGAAATGAATAGTTTTA-ACTTGCT
* * * * *
15375 CCAACACAAAAACTTGATAACCTGCATTGGTTTTAAATTTTCACAGTGTTAGGTGTAAGTCATGA
260 CAAACAC-AAAACATGATAACCTGCATTTGTTTTAATTTTTCACAGTGTTAAGTGTAAGTCATGA
* * * *
15440 AGGATTTTTGAGCTGAAAATATC-AAATTTCCTTTCTGAACAATTACGGGCATAAAAACCATCTG
324 AGGATTTTGGAGATGAAAATATCAAAATTTCGTTTCTGAACAATTATGGGCATAAAAACCATCTG
* * * * * * *
15504 CACAATTTCAAATTGTGATATGAAAACCGTTTGCACGATTTTAATTTTTCATTGTTTTTTTGTTT
389 C-CAATTTCAAATTGTGATATAAAAACCATTTGCATGGTTTTAATTTTTCA-TGCTTATTTGCTT
* * * * * *
15569 TAGATGCATTTTTAGCAGAATTCGTGGGTGC-TCTAGAGAATTTGTGGGATGCTGTTGGTGTTTG
452 TAGATGCATTTTTAGGAGAATTCATGGGTGCTTC-AGGGAATTTGTGGGATGCTATTGATATTTG
* * * *
15633 GATGTCATTTGTGAAATCATTCTTGGCGCTTGATGCGATTAACTGTCTGCTAACTTGTTTTTATA
516 GATGTCATTTATGAAATCGTTATTGGCGCTTGATGCGATTAACTGTGTGCTAACTTGTTTTTATA
* * * * *
15698 CATTACGCACAAACTCAAAGCTCGACGTTTAGCTTTGAAAATCATTTCTATTGGGGTCGAGCTTT
581 CATTACGCACAAACTCAAAGCTCAACGTTTTGCTTTGAAAATCATTTCTGTTGGAGTCAAGCTTT
* * *
15763 AAAAGTAAGAAATGTTGTTTTAGCAAATTTTTAAATGGAAATGCATAGTTTTAAACTCGCACAAA
646 AAAAGTAAGAAATGTTGTTTTAGCAAGTTTTTAAATGGAAATGAATAGTTTTAAACTCGCTCAAA
* * *
15828 CACATAAACAGGATAACCTGCTTTGGTTTCAAATTTTCACGGTGTTAGGTGTAAGTGATGAAGGA
711 CACATAAACAGGATAACCTGCATTGGTTTCAAATTTTCACGGTGTTAAGTGTAAGTCATGAAGGA
* *
15893 TTTTGGAGCTGAAAAGATCAAAATTTCGTTCCTGAACAATTATTGGCATAAAAACCATTTGCACA
776 TTTTGGAGCTGAAAAGATCAAAATTTCGTTTCTGAACAATTATTGGCATAAAAACCATCTGCACA
* *
15958 ATTTCAAATTGTGATATAAAAACCATTTGCACGGTTTTAATTTTTCTTGCTTTTTTGCTTTAGAT
841 ATTTCAAATTGTGATATAAAAACCATTTGCACGGTTTTAATTTTTCATGCTTATTTGCTTTAGAT
16023 GCATTT
906 GCATTT
* ** * * *
16029 TTAGGAGAATTCATGGGTGCTCGAATGAATTTGTGGGATGCTGTTGATAGTTGGATGTCATTTGT
1 TTAGGAGAATTCATGGGTGCTCCAGGGAATTTGTGGGATGCTATTGATATTTGGACGTCATTTGT
* * *
16094 AAAATCGTTATT-GCTACTTGATGTGATTAACTGTGTGCTGACTTGTTTTTATACATTATGCTCA
66 GAAATCGTTATTGGC-ACTTGATGCGATTAACTGTGTGCTAACTTGTTTTTATACATTATG-TCA
* *
16158 AACACAAAGGTCAACGCTTTTGAAGCTTTTTTGTTTTGCTTTGAAAACCATTTTTGCTGGAGTCG
129 AACACAAAGCTCAACGCTTTTGAAGCTTTTATGTTTTGCTTTGAAAACCATTTTTGCTGGAGTCG
* * * * * *
16223 AACTTGAAAAGTATGAAATGCTGTGTTAGCAACTTTTTACATGGAAATGAATAGTTTTAAACTAG
194 AACTTTAAAAGTATGAAATGTTGTTTTAGCAAGTTTTTAAATGGAAATGAATAGTTTT-AACTTG
*
16288 CTCAAACACAAAAACATGATAACCTGCA-TTGTTTTTAATTTTTCACAGTGTTAAGTGTAAGCCA
258 CTCAAACAC-AAAACATGATAACCTGCATTTG-TTTTAATTTTTCACAGTGTTAAGTGTAAGTCA
*
16352 TGAAGGATTTTGGAGATAAAAATATCAAAATTTCGTTTCTGAACAATTATGGGCATAAAAACCAT
321 TGAAGGATTTTGGAGATGAAAATATCAAAATTTCGTTTCTGAACAATTATGGGCATAAAAACCAT
** * * * * ** *
16417 CTGGAAATTTTAAAATTTTGATATAAAAAATCATTTGCACGGTTAAAAGTTTTCATGCTTATTTG
386 CTGCCAA-TTTCAAATTGTGATAT-AAAAACCATTTGCATGGTTTTAATTTTTCATGCTTATTTG
*
16482 CTTTAGATGCATTTTTAGGGGAATTCATGGGTGCTTC-GGGAATTTGTGGGATGCTATTGATATT
449 CTTTAGATGCATTTTTAGGAGAATTCATGGGTGCTTCAGGGAATTTGTGGGATGCTATTGATATT
* *
16546 TGGATGTGATTTATGAAATCGTTATTGGCGCTTGATGTGATTAAC-GTGTGCTAACTTGTTTTTA
514 TGGATGTCATTTATGAAATCGTTATTGGCGCTTGATGCGATTAACTGTGTGCTAACTTGTTTTTA
* * *
16610 TAAATTACGCACAAACTTAAAGTTCAACGTTTTGCTTTGAAAATCATTTCTGTTGGAGTCAAGCT
579 TACATTACGCACAAACTCAAAGCTCAACGTTTTGCTTTGAAAATCATTTCTGTTGGAGTCAAGCT
* *
16675 TTAAAAGTAAGAAATGTTGTTTAAGCAAGTTTTTAAATGGAAATGAATTGTTTTAAACTCGCTCA
644 TTAAAAGTAAGAAATGTTGTTTTAGCAAGTTTTTAAATGGAAATGAATAGTTTTAAACTCGCTCA
* ** * * *
16740 AACACATAAACAGGATAACCTGCATTTGTTTCAAATTTTCTTGGTGTTAGGTGTAAGTGATTAAG
709 AACACATAAACAGGATAACCTGCATTGGTTTCAAATTTTCACGGTGTTAAGTGTAAGTCATGAAG
* * *
16805 GATGTTGGAGCTGAAAAGATCAAAATTTCGTTTATGAACAATTATTGGCATAAAAACCATTTGCA
774 GATTTTGGAGCTGAAAAGATCAAAATTTCGTTTCTGAACAATTATTGGCATAAAAACCATCTGCA
* * *
16870 CAATTTCAAATTGTGATATAAAAACAATTTGCACGGTTTTAAATTTTT-TTGCTTTTTTGCTTTA
839 CAATTTCAAATTGTGATATAAAAACCATTTGCACGGTTTT-AATTTTTCATGCTTATTTGCTTTA
16934 GATGCATTT
903 GATGCATTT
* * * * * *
16943 TTAGGAGAATTCATGGGTGCTCCATGGAATTTTTTGGGATGCTGTTGATATTTGGATGTAATTTC
1 TTAGGAGAATTCATGGGTGCTCCAGGGAA-TTTGTGGGATGCTATTGATATTTGGACGTCATTTG
** **
17008 TGAAATCGTTATTGGTGCTTGATGCGATTAACTGTGTGCTAACTTGTTTTTATGTATTATAGTCA
65 TGAAATCGTTATTGGCACTTGATGCGATTAACTGTGTGCTAACTTGTTTTTATACATTAT-GTCA
* * * * *
17073 AACACAAAGCTCGACGCTTTTGAAGGTTTTATGTTTTGCTTTGAAAATCATTTTTGCTAGAGTCA
129 AACACAAAGCTCAACGCTTTTGAAGCTTTTATGTTTTGCTTTGAAAACCATTTTTGCTGGAGTCG
* *
17138 AACTTTAAAAGTATAAAATGTTGTTTTAGCAAGTTTTAAAATGGAAATGAATAGTTTTGAACTTG
194 AACTTTAAAAGTATGAAATGTTGTTTTAGCAAGTTTTTAAATGGAAATGAATAGTTTT-AACTTG
* * *
17203 CTCAAACACGAAAACATGATAACCTGCATTTATTTTTATTTTTCACAGTGTTAAGTGTAAATCAT
258 CTCAAACAC-AAAACATGATAACCTGCATTTGTTTTAATTTTTCACAGTGTTAAGTGTAAGTCAT
* * *
17268 GAAGGATTTTGGAGATGAAAAAATCAAAATTTTGTTTCTGAACAATTATGGGCATAAAAACCGTC
322 GAAGGATTTTGGAGATGAAAATATCAAAATTTCGTTTCTGAACAATTATGGGCATAAAAACCATC
** * *
17333 TGCCTAATTTCAAATTGCCATATAAAAACCATTTCCATGGTTATAATTTTTCATGCTTATTTGCT
387 TGCC-AATTTCAAATTGTGATATAAAAACCATTTGCATGGTTTTAATTTTTCATGCTTATTTGCT
* * * * * * *
17398 TTAGATGCATTTTTAGGGGATTTCATGGATGCTCCAGGGAATTTG-GGGAAGCTGTTGATAGTTG
451 TTAGATGCATTTTTAGGAGAATTCATGGGTGCTTCAGGGAATTTGTGGGATGCTATTGATATTTG
*
17462 GATGTCA-TTAGTGAAATCGTTATTGGCGCTTGATGCGATTAACTGTGTGCTAACTTGCTTTTAT
516 GATGTCATTTA-TGAAATCGTTATTGGCGCTTGATGCGATTAACTGTGTGCTAACTTGTTTTTAT
* ** * * * * **
17526 ACATTACG-TCAAACTCAAAGCTCGGCATTCTACTTTGAAAACCATTTCTGTTGGAGTTGAGCTT
580 ACATTACGCACAAACTCAAAGCTCAACGTTTTGCTTTGAAAATCATTTCTGTTGGAGTCAAGCTT
* * * *
17590 TAAACGCATGAAATGTTGTTTTAGCAAGTTTTTGAATGGAAAATGAATAGTTTTAAACTCGCTCA
645 TAAAAGTAAGAAATGTTGTTTTAGCAAGTTTTTAAATGG-AAATGAATAGTTTTAAACTCGCTCA
* * * * * * *
17655 AACAAAGAAAGATGATAACCTGCATTGGTTTTAAATTTTCACGGTATTAAGTGTATA-TCATTAA
709 AACACATAAACAGGATAACCTGCATTGGTTTCAAATTTTCACGGTGTTAAGTGTA-AGTCATGAA
* * *
17719 GGATTTTGGAGATGAAAATATCAAATTTTCGTTTCTGAACAATTATGTGG-ATAAAAACCATCTG
773 GGATTTTGGAGCTGAAAAGATCAAAATTTCGTTTCTGAACAATTAT-TGGCATAAAAACCATCTG
* * *
17783 CTCAATTTCAAATTGTGATATAAAAATCATTTGCACGGTTTTAATTTTTCAAGCTTATTTGCTTT
837 CACAATTTCAAATTGTGATATAAAAACCATTTGCACGGTTTTAATTTTTCATGCTTATTTGCTTT
* *
17848 TGTTGCATTT
902 AGATGCATTT
* * * *
17858 TTAGGAGAATTCATGGGTGTTCGAGGGAATTTGTGGGATGCTATTGGTATTTGGACGTCACTTGT
1 TTAGGAGAATTCATGGGTGCTCCAGGGAATTTGTGGGATGCTATTGATATTTGGACGTCATTTGT
* * *
17923 GAAATCATTATTGGCACTTGATGCGATTAACTGTATGCTAACTTGTTTTTATACATTACG-CAGA
66 GAAATCGTTATTGGCACTTGATGCGATTAACTGTGTGCTAACTTGTTTTTATACATTATGTC--A
* * *
17987 AACTCAAAGCTCAACGCTTTTGAAGCTTTTATGTTTTGCTTTGAAAATCATTTTTGCTGGAATCG
129 AACACAAAGCTCAACGCTTTTGAAGCTTTTATGTTTTGCTTTGAAAACCATTTTTGCTGGAGTCG
* * *
18052 AACTTTAAAAGTATGAAATGTTGTTTTAGCAAGTTTTTAAAAGGAAATGAATCGTTTTAAACTCG
194 AACTTTAAAAGTATGAAATGTTGTTTTAGCAAGTTTTTAAATGGAAATGAATAGTTTT-AACTTG
* * *
18117 CTCAAACACAATAACATGATAACCTGTATTTGTTTTAATTTTTCACGGTGTTAAGTGTAAGCCAT
258 CTCAAACACAA-AACATGATAACCTGCATTTGTTTTAATTTTTCACAGTGTTAAGTGTAAGTCAT
* *
18182 GAGGGATTTTGGAGTTGAAAATATCAAAA-----TTT-T---C--TT-T---C-T---AA--A--
322 GAAGGATTTTGGAGATGAAAATATCAAAATTTCGTTTCTGAACAATTATGGGCATAAAAACCATC
*
18224 ---CAA-TT----TTG-GGTATAAAAACCATTTGCATGGTTTTAATTTTTCATGCTTATTTGCTT
387 TGCCAATTTCAAATTGTGATATAAAAACCATTTGCATGGTTTTAATTTTTCATGCTTATTTGCTT
*
18280 TAGATGCATTTTTAGGAGAATTCATGGGTGCTTCAGTGAATTTGTGGGATGCTATTGATATTTGG
452 TAGATGCATTTTTAGGAGAATTCATGGGTGCTTCAGGGAATTTGTGGGATGCTATTGATATTTGG
* * * *
18345 ATGTTATTTTTGAAATCGTTATTGGCGCTTGATGCGATTAACTGTGTGCTAACTTGCTTTTATGC
517 ATGTCATTTATGAAATCGTTATTGGCGCTTGATGCGATTAACTGTGTGCTAACTTGTTTTTATAC
* * * *
18410 ATTATGCACAAATTGAAAGCTCTATTCTTTTGAAACTTTTATGTTTTGTTTTG-AAATCCATTTC
582 ATTACGCACAAACTCAAAG--C---TC------AAC------GTTTTGCTTTGAAAAT-CATTTC
* * *
18474 TGCTT-GAGTCAAACTTTAAAAGTATGAAATGTTGTTTTAGCAAGTTTTTAAATGGAAATTAATA
629 TG-TTGGAGTCAAGCTTTAAAAGTAAGAAATGTTGTTTTAGCAAGTTTTTAAATGGAAATGAATA
* * * ** * * * * *
18538 GTTTTAAACACCCTCAAACACAAAAACATTATAAGCTGCATTGGTTTTAATTTTTCATGGCGTTA
693 GTTTTAAACTCGCTCAAACACATAAACAGGATAACCTGCATTGGTTTCAAATTTTCACGGTGTTA
* * * * * * *
18603 AGAGTAAGTCATGAACGATTTTGGAGCTGAAAATATCAAAATTTCATTTCTGGACAATTGTGGGC
758 AGTGTAAGTCATGAAGGATTTTGGAGCTGAAAAGATCAAAATTTCGTTTCTGAACAATTATTGGC
* * * *
18668 AAAAAAACCATCTGCACAAATTCAAATTGTGATATAAAAACCATTTGCATGGTTTTAACTTTTCA
823 ATAAAAACCATCTGCACAATTTCAAATTGTGATATAAAAACCATTTGCACGGTTTTAATTTTTCA
*
18733 TGCTTATTTGCTTTAGTTGCATTT
888 TGCTTATTTGCTTTAGATGCATTT
18757 TTAGGAGAATTCATGGGTGCTCCAGGGAATTTGTGGGATGCTATTGATATTTGGACGTCATTTGT
1 TTAGGAGAATTCATGGGTGCTCCAGGGAATTTGTGGGATGCTATTGATATTTGGACGTCATTTGT
* *
18822 GAAATCGTTATTGGCGCTTGATGCGATTAACTGTGTGCTAACTTGTTTTTATACATTA---C--G
66 GAAATCGTTATTGGCACTTGATGCGATTAACTGTGTGCTAACTTGTTTTTATACATTATGTCAAA
* * * *
18882 CACAAA-CTCAAAGC--TTG-A-C------GTTTTGCTTTGAAAACCATCTCTGCTGGAGTCGAG
131 CACAAAGCTCAACGCTTTTGAAGCTTTTATGTTTTGCTTTGAAAACCATTTTTGCTGGAGTCGAA
* *
18936 CTTTTAAAGTAAGAAATGTTGTTTTAGCAAGTTTTTAAATGGAAATGAATAGTTTTAATCTCT-C
196 CTTTAAAAGTATGAAATGTTGTTTTAGCAAGTTTTTAAATGGAAATGAATAGTTTTAA-CT-TGC
* * * ** *
19000 TCAAACACATAAACATGATAACATGCATTGGTTTTAAATTTTCATGGTGTTAGGTGTAAGTCATG
259 TCAAACACA-AAACATGATAACCTGCATTTGTTTTAATTTTTCACAGTGTTAAGTGTAAGTCATG
* * * *
19065 AAGGAATTTGGAGCTGAAAATATCAAAATTTCATTTCTAAACAATTATGGGCATAAAAACCATCT
323 AAGGATTTTGGAGATGAAAATATCAAAATTTCGTTTCTGAACAATTATGGGCATAAAAACCATCT
* * * * ** *
19130 GCACAATCTCAAATTGTTATATAAAAACCATTTGCCTTGTTTTTGTTTTTCATGCTTATTTCCTT
388 GC-CAATTTCAAATTGTGATATAAAAACCATTTGCATGGTTTTAATTTTTCATGCTTATTTGCTT
* * * * *
19195 TAGATGCATTTTTAGGAGAATTCTTGGGTGCTCCATGAAATTTGTGGGATGCTATTGATATTTGA
452 TAGATGCATTTTTAGGAGAATTCATGGGTGCTTCAGGGAATTTGTGGGATGCTATTGATATTTGG
* * * * * *
19260 ATGTCATTTGTTAAATCATTACTGGCACTTGATGCGATTAACTTTGTGCTAACTTGTTTTTATAC
517 ATGTCATTTATGAAATCGTTATTGGCGCTTGATGCGATTAACTGTGTGCTAACTTGTTTTTATAC
* * *
19325 ATTACGCTCAAACACAAAGCTCGACGCTTTTG
582 ATTACGCACAAACTCAAAGCTCAACG-TTTTG
19357 AAGCTTTTAT
Statistics
Matches: 2869, Mismatches: 358, Indels: 201
0.84 0.10 0.06
Matches are distributed among these distances:
881 85 0.03
882 250 0.09
883 12 0.00
885 1 0.00
886 2 0.00
887 5 0.00
888 5 0.00
889 1 0.00
890 3 0.00
891 1 0.00
892 7 0.00
893 7 0.00
894 2 0.00
895 2 0.00
897 4 0.00
898 108 0.04
899 319 0.11
900 59 0.02
901 4 0.00
902 2 0.00
903 3 0.00
904 8 0.00
905 7 0.00
908 3 0.00
909 6 0.00
910 4 0.00
912 1 0.00
913 7 0.00
914 842 0.29
915 982 0.34
916 102 0.04
917 25 0.01
ACGTcount: A:0.30, C:0.13, G:0.19, T:0.38
Consensus pattern (911 bp):
TTAGGAGAATTCATGGGTGCTCCAGGGAATTTGTGGGATGCTATTGATATTTGGACGTCATTTGT
GAAATCGTTATTGGCACTTGATGCGATTAACTGTGTGCTAACTTGTTTTTATACATTATGTCAAA
CACAAAGCTCAACGCTTTTGAAGCTTTTATGTTTTGCTTTGAAAACCATTTTTGCTGGAGTCGAA
CTTTAAAAGTATGAAATGTTGTTTTAGCAAGTTTTTAAATGGAAATGAATAGTTTTAACTTGCTC
AAACACAAAACATGATAACCTGCATTTGTTTTAATTTTTCACAGTGTTAAGTGTAAGTCATGAAG
GATTTTGGAGATGAAAATATCAAAATTTCGTTTCTGAACAATTATGGGCATAAAAACCATCTGCC
AATTTCAAATTGTGATATAAAAACCATTTGCATGGTTTTAATTTTTCATGCTTATTTGCTTTAGA
TGCATTTTTAGGAGAATTCATGGGTGCTTCAGGGAATTTGTGGGATGCTATTGATATTTGGATGT
CATTTATGAAATCGTTATTGGCGCTTGATGCGATTAACTGTGTGCTAACTTGTTTTTATACATTA
CGCACAAACTCAAAGCTCAACGTTTTGCTTTGAAAATCATTTCTGTTGGAGTCAAGCTTTAAAAG
TAAGAAATGTTGTTTTAGCAAGTTTTTAAATGGAAATGAATAGTTTTAAACTCGCTCAAACACAT
AAACAGGATAACCTGCATTGGTTTCAAATTTTCACGGTGTTAAGTGTAAGTCATGAAGGATTTTG
GAGCTGAAAAGATCAAAATTTCGTTTCTGAACAATTATTGGCATAAAAACCATCTGCACAATTTC
AAATTGTGATATAAAAACCATTTGCACGGTTTTAATTTTTCATGCTTATTTGCTTTAGATGCATT
T
Found at i:19571 original size:226 final size:225
Alignment explanation
Indices: 19175--19581 Score: 654
Period size: 226 Copynumber: 1.8 Consensus size: 225
19165 CTTGTTTTTG
* * *
19175 TTTTTCATGCTTATTTCCTTTAGATGCATTTTTAGGAGAATTCTTGGGTGCTCCATGAAATTTGT
1 TTTTTCATGCTTATTTCCTGTAGATGCATTTTTAGGAGAATTCATGGGTGCTCCAGGAAATTTGT
* *
19240 GGGATGCTATTGATATTTGAATGTCATTTGTTAAATCATTACTGGCACTTGATGCGATTAACTTT
66 GGGATGCTATTGATATTTGAATGTCATTTGTGAAATCATTACTGGCACTTGATGCGATTAACTGT
* *
19305 GTGCTAACTTGTTTTTATACATTACGCTCAAACACAAAGCTCGACGCTTTTGAAGCTTTTATGTT
131 GTGATAACTTGTTTTTATACATTACGCACAAACACAAAGCTCGACG-TTTTGAAGCTTTTATGTT
19370 TTGCTTTGAAAACCTTTTTCTGCTGGTTTAA
195 TTGCTTTGAAAACCTTTTTCTGCTGGTTTAA
* * *
19401 TTTTTCATGTTTATTTGCTGTAGATGCATTTTTAGGAGAATTCATGGGTGCTCCAGGGAATTTGT
1 TTTTTCATGCTTATTTCCTGTAGATGCATTTTTAGGAGAATTCATGGGTGCTCCAGGAAATTTGT
* * **
19466 GGGATGCTATTGATATTT-AGATGTCATTTGTGAAATCGTTATTGGTGCTTGATGCGATTAACTG
66 GGGATGCTATTGATATTTGA-ATGTCATTTGTGAAATCATTACTGGCACTTGATGCGATTAACTG
*
19530 TGTGATAACTTGTTTTTATACATTACGCACAAACTCAAAGCTCGACGTTTTG
130 TGTGATAACTTGTTTTTATACATTACGCACAAACACAAAGCTCGACGTTTTG
19582 CTTTGGAAAC
Statistics
Matches: 165, Mismatches: 15, Indels: 3
0.90 0.08 0.02
Matches are distributed among these distances:
225 6 0.04
226 159 0.96
ACGTcount: A:0.24, C:0.14, G:0.20, T:0.42
Consensus pattern (225 bp):
TTTTTCATGCTTATTTCCTGTAGATGCATTTTTAGGAGAATTCATGGGTGCTCCAGGAAATTTGT
GGGATGCTATTGATATTTGAATGTCATTTGTGAAATCATTACTGGCACTTGATGCGATTAACTGT
GTGATAACTTGTTTTTATACATTACGCACAAACACAAAGCTCGACGTTTTGAAGCTTTTATGTTT
TGCTTTGAAAACCTTTTTCTGCTGGTTTAA
Found at i:20020 original size:675 final size:674
Alignment explanation
Indices: 18721--20069 Score: 2128
Period size: 675 Copynumber: 2.0 Consensus size: 674
18711 TTTGCATGGT
* *
18721 TTTAACTTTTCATGCTTATTTGCTTTAGTTGCATTTTTAGGAGAATTCATGGGTGCTCCAGGGAA
1 TTTAACTTTTCATGCTTATTTGCTGTAGATGCATTTTTAGGAGAATTCATGGGTGCTCCAGGGAA
*
18786 TTTGTGGGATGCTATTGATATTTGGACGTCATTTGTGAAATCGTTATTGGCGCTTGATGCGATTA
66 TTTGTGGGATGCTATTGATATTTAGACGTCATTTGTGAAATCGTTATTGGCGCTTGATGCGATTA
* *
18851 ACTGTGTGCTAACTTGTTTTTATACATTACGCACAAACTCAAAGCTTGACGTTTTGCTTTGAAAA
131 ACTGTGTGATAACTTGTTTTTATACATTACGCACAAACTCAAAGCTCGACGTTTTGCTTTGAAAA
* *
18916 CCATCTCTGCTGGAGTCGAGCTTTTAAAGTAAGAAATGTTGTTTTAGCAAGTTTTTAAATGGAAA
196 CCATCTCTGCTGGAGTCGAGCTTTAAAAGTAAGAAATGTTGTTTTAGCAAGTTTTTAAATAGAAA
* * * * *
18981 TGAATAGTTTTAATCTCTCTCAAACACATAAACATGATAACATGCATTGGTTTTAAATTTTCATG
261 TGAATAGTTTTAAACTCACTCAAACACAGAAACATGATAACATGCATTAGTTTTAAATTTTCACG
19046 GTGTTAGGTGTAAGTCATGAAGGAATTTGGAGCTGAAAATATCAAAATTTCATTTCTAAACAATT
326 GTGTTAGGTGTAAGTCATGAAGGAATTTGGAGCTGAAAATATCAAAATTTCATTTCTAAACAATT
* * * * *
19111 ATGGGCATAAAAACCATCTGCACAATCTCAAATTGTTATATAAAAACCATTTGCCTTGTTTTTGT
391 ATGGGCATAAAAACCATATGCACAATCTCAAATTGTGATATAAAAACCATTTGCATGGTTTTTCT
* * * * *
19176 TTTTCATGCTTATTTCCTTTAGATGCATTTTTAGGAGAATTCTTGGGTGCTCCATGAAATTTGTG
456 TTTTCATGCTTATTTCCTATAGATGCATTTTTAGGAGAATTCATCGGTGCTCCAGGAAATTTATG
* * * *
19241 GGATGCTATTGATATTTGAATGTCATTTGTTAAATCATTACTGGCACTTGATGCGATTAACTTTG
521 GGAAGCTATTGATATTTGAATGTCATTTGTGAAATCATTAATGGCACTTGATGCGATTAACTGTG
* * * * * *
19306 TGCTAACTTGTTTTTATACATTACGCTCAAACACAAAGCTCGACGCTTTTGAAGCTTTTATGTTT
586 AGCTAACTTGTTTTAATACATTACACACAAACACAAAGCTCGACACTTTTGAAGCGTTTATGTTT
* *
19371 TGCTTTGAAAACCTTTTTCTGCTGG
651 TCCTTTGAAAA-CTATTTCTGCTGG
* *
19396 TTTAATTTTTCATGTTTATTTGCTGTAGATGCATTTTTAGGAGAATTCATGGGTGCTCCAGGGAA
1 TTTAACTTTTCATGCTTATTTGCTGTAGATGCATTTTTAGGAGAATTCATGGGTGCTCCAGGGAA
* *
19461 TTTGTGGGATGCTATTGATATTTAGATGTCATTTGTGAAATCGTTATTGGTGCTTGATGCGATTA
66 TTTGTGGGATGCTATTGATATTTAGACGTCATTTGTGAAATCGTTATTGGCGCTTGATGCGATTA
*
19526 ACTGTGTGATAACTTGTTTTTATACATTACGCACAAACTCAAAGCTCGACGTTTTGCTTTGGAAA
131 ACTGTGTGATAACTTGTTTTTATACATTACGCACAAACTCAAAGCTCGACGTTTTGCTTTGAAAA
* *
19591 CCATTTCTG-TGGGAGTCGAGCTTTAAAAGTATGAAATGTTGTTTTAGCAAGTTTTTAAATAGAA
196 CCATCTCTGCT-GGAGTCGAGCTTTAAAAGTAAGAAATGTTGTTTTAGCAAGTTTTTAAATAGAA
* *
19655 ATGAATAGTTTTAAACTCACTCAAACACAGAAACATGATAACCTGCATTAGTTTTAATTTTTCAC
260 ATGAATAGTTTTAAACTCACTCAAACACAGAAACATGATAACATGCATTAGTTTTAAATTTTCAC
* * *
19720 GGTGTTCA-GTGTAAGTCATGAAGGATTTTGGAGCTGAAAATATGAAAATTTCATTTCTGAACAA
325 GGTGTT-AGGTGTAAGTCATGAAGGAATTTGGAGCTGAAAATATCAAAATTTCATTTCTAAACAA
* * *
19784 TTATGGGCGTAAAAATCATATGCACAATTTCAAATTGTGATATAAAAA-CATTTGCATGGTTTTT
389 TTATGGGCATAAAAACCATATGCACAATCTCAAATTGTGATATAAAAACCATTTGCATGGTTTTT
* **
19848 ACTTTTTCATGCTTATTTGCTATAGATGCATTTTTAGGAGAATTCATCGGTGCTGTAGGAAATTT
454 -CTTTTTCATGCTTATTTCCTATAGATGCATTTTTAGGAGAATTCATCGGTGCTCCAGGAAATTT
* * * *
19913 ATGGGAAGCTGTTGATATTTGGATGTCATTTGTGAAATCGTTAATGGCATTTGATGCGATTAACT
518 ATGGGAAGCTATTGATATTTGAATGTCATTTGTGAAATCATTAATGGCACTTGATGCGATTAACT
*
19978 GTGAGCTAACTTGTTTTAATACATTACACACAAACTCAAAGCTCGACACTTTTGAAGCGTTTATG
583 GTGAGCTAACTTGTTTTAATACATTACACACAAACACAAAGCTCGACACTTTTGAAGCGTTTATG
20043 TTTTCCTTTGAAAACTATTTCTGCTGG
648 TTTTCCTTTGAAAACTATTTCTGCTGG
20070 AGTCGATCTT
Statistics
Matches: 614, Mismatches: 57, Indels: 7
0.91 0.08 0.01
Matches are distributed among these distances:
674 27 0.04
675 586 0.95
676 1 0.00
ACGTcount: A:0.28, C:0.14, G:0.19, T:0.39
Consensus pattern (674 bp):
TTTAACTTTTCATGCTTATTTGCTGTAGATGCATTTTTAGGAGAATTCATGGGTGCTCCAGGGAA
TTTGTGGGATGCTATTGATATTTAGACGTCATTTGTGAAATCGTTATTGGCGCTTGATGCGATTA
ACTGTGTGATAACTTGTTTTTATACATTACGCACAAACTCAAAGCTCGACGTTTTGCTTTGAAAA
CCATCTCTGCTGGAGTCGAGCTTTAAAAGTAAGAAATGTTGTTTTAGCAAGTTTTTAAATAGAAA
TGAATAGTTTTAAACTCACTCAAACACAGAAACATGATAACATGCATTAGTTTTAAATTTTCACG
GTGTTAGGTGTAAGTCATGAAGGAATTTGGAGCTGAAAATATCAAAATTTCATTTCTAAACAATT
ATGGGCATAAAAACCATATGCACAATCTCAAATTGTGATATAAAAACCATTTGCATGGTTTTTCT
TTTTCATGCTTATTTCCTATAGATGCATTTTTAGGAGAATTCATCGGTGCTCCAGGAAATTTATG
GGAAGCTATTGATATTTGAATGTCATTTGTGAAATCATTAATGGCACTTGATGCGATTAACTGTG
AGCTAACTTGTTTTAATACATTACACACAAACACAAAGCTCGACACTTTTGAAGCGTTTATGTTT
TCCTTTGAAAACTATTTCTGCTGG
Found at i:21267 original size:912 final size:912
Alignment explanation
Indices: 19396--22767 Score: 4478
Period size: 913 Copynumber: 3.7 Consensus size: 912
19386 TTTCTGCTGG
* * * * *
19396 TTTAATTTTTCATGTTTATTTGCTGTAGATGCATTTTTAGGAGAATTCATGGGTGCTCCAGGGAA
1 TTTACTTTTTCATGCTTATTTGCTTTAGATGCATTTTTAGGAGAATTCATTGGTGCTCCAGGAAA
* * *
19461 TTTGTGGGATGCTATTGATATTTAGATGTCATTTGTGAAATCGTTATTGGTGCTTGATGCGATTA
66 TTTGTGGGATGCTGTTGATATTTGGATGTCATTTGTGAAATCGTTATTGGCGCTTGATGCGATTA
* * *
19526 ACTGTGTGATAACTTGTTTTTATACATTACGCACAAACTCAAAGCTCGA--C-------G-----
131 ACAGTGTGCTAACTTGTTTTTATACATTACGCACAAACTCAAAACTCGACGCTTTTGAAGCTTTT
19577 ---TTTTGCTTTGGAAACCATTTCTG-TGGGAGTCGAGCTTTAAAAGTATGAAATGTTGTTTTAG
196 ATATTTTGCTTTGGAAACCATTTCTGCT-GGAGTCGAGCTTTAAAAGTATGAAATGTTGTTTTAG
* * * *
19638 CAAGTTTTTAAATAGAAATGAATAGTTTTAAACTCACTCAAACACAGAAACATGATAACCTGCAT
260 CAAGTTTTTAAATGGAAATGAATAATTTTAAACTCACTCAAACACAGAAACATGATAACCAGCTT
* * *
19703 TAGTTTTAATTTTTCACGGT-GTTCAGTGTAAGTCATGAAGGATTTTGGAGCTGAAAATATGAAA
325 TGGTTTTAATTTTTCAC-GTAG-TAAGTGTAAGTCATGAAGGATTTTGGAGCTGAAAATATCAAA
* * * *
19767 ATTTCATTTCTGAACAATTATGGGCGTAAAAATCATATGCACAATTTCAAATTGTGATATAAAAA
388 ATTTCATTTCTGAAAAATTATGGGCATAAAAACCATCTGCACAATTTCAAATTGTGATATAAAAA
* * * *
19832 -CATTTGCATGGTTTTTACTTTTTCATGCTTATTTGCTATAGATGCATTTTTAGGAGAATTCATC
453 CCATTTGCATGGTTTTTAATTTTTCATGCTTATTTGCTTTACATGCATTTTTAGGAGAATTAAT-
** * * * * *
19896 G-GTGCTGTAGGAAATTTATGGGAAGCTGTTGATATTTGGATGTCATTTGTGAAATCGTTAATGG
517 GTGTGCTCCAGGAAA-TT-TGTG-AGATGTTGATATTTGGATGTCATTTGTGAAATCATTATTGA
** * * * * * *
19960 CATTTGATGCGATTAACTGTGAGCTAACTTGTTTTAATACATTACACACAAACTCAAAGCTCGAC
579 CGCTTGATGCGATTAACAGTGTGCTAACTTATTTTTATACATTACGCACAAACTCAAAACTC-A-
* *
20025 ACTTTTGAAGCGTTTATGTTTTCCTTTGAAAACTATTTCTGCTGGAGTCGATCTTT---AGTATG
642 A----T-----GTTT-TG-----CTTTGAAAACCATTTCTGCTGGAGTCGAGCTTTAAAAGTATG
*
20087 AAATGTTGTTTTAGCAACTTTTTAAATGGAAATGAATAGTTTTAAACTCGCTCAAACACAGGAAA
692 AAATGTTGTTTTAGCAAGTTTTTAAATGGAAATGAATAGTTTTAAACTCGCTCAAACACA-GAAA
* *
20152 -ATGATAACCTGCA-TTGTTTTAATTTTTCACGATGTTAAGTGTAAGTCATTAAGGATTTTGCAG
756 CATGATAACCTGCATTTGTTTTTATTTTTCACGGTGTTAAGTGTAAGTCATTAAGGATTTTGCAG
* *
20215 CTGAAAATATCAAAATTTCATTTCTGAACAATTATGAGCGTAAAAACCATATGCACAATTTCAAA
821 CTGAAAATATCAAAATTTCGTTTCTGAACAATTATGGGCGTAAAAACCATATGCACAATTTCAAA
20280 TTGTGATATAAAAACATTTGCACGGTT
886 TTGTGATATAAAAACATTTGCACGGTT
* *
20307 TTTACTTTTTCATGTTTATTTGCTTTAGATGCATTTTTAGGAGAATTCATTGGTGCTCTAGGAAA
1 TTTACTTTTTCATGCTTATTTGCTTTAGATGCATTTTTAGGAGAATTCATTGGTGCTCCAGGAAA
* * *
20372 TTTGTGGGATGCTGTTGATATTTGGATGTCATTTGTGAAATTGTTGTTGGCGCTTGATGCAATTA
66 TTTGTGGGATGCTGTTGATATTTGGATGTCATTTGTGAAATCGTTATTGGCGCTTGATGCGATTA
* * * *
20437 ACAGTTTGCTAACTTGTTTTTATATATTACGCACAAAGTCAAAACTTGACGCTTTTGAAGCTTTT
131 ACAGTGTGCTAACTTGTTTTTATACATTACGCACAAACTCAAAACTCGACGCTTTTGAAGCTTTT
* * *
20502 ATATTTTGCTTTGGTAACCATTTCTGCTGGAGTGGAGCTTTAAAAGTATGAAATGTTGTTTTAGT
196 ATATTTTGCTTTGGAAACCATTTCTGCTGGAGTCGAGCTTTAAAAGTATGAAATGTTGTTTTAGC
* * *
20567 AAGTTTTTAAATGGAAATGAATAATTTTAAGCTCGCTCAAACATAGAAACATGATAACCAGCTTT
261 AAGTTTTTAAATGGAAATGAATAATTTTAAACTCACTCAAACACAGAAACATGATAACCAGCTTT
20632 GGTTTTAATTTTTCACAGT-GTAAGTGTAAGTCATGAAGGATTTTGGAGCTGAAAATATCAAAAT
326 GGTTTTAATTTTTCAC-GTAGTAAGTGTAAGTCATGAAGGATTTTGGAGCTGAAAATATCAAAAT
*
20696 TTCGTTTCTGAAAAATTATGGGCATAAAAACCATCTGCACAATTTCAAATTGTGAT-TAAAAACC
390 TTCATTTCTGAAAAATTATGGGCATAAAAACCATCTGCACAATTTCAAATTGTGATATAAAAACC
* *
20760 ATTTGCATGGTTTTTAATTTTCCTTGCTTATTTGCTTTTACATGCATTTTTAGGAGAATTAATGT
455 ATTTGCATGGTTTTTAATTTTTCATGCTTATTTGC-TTTACATGCATTTTTAGGAGAATTAATGT
* * *
20825 GTGCTCCAGGGAATTTGTGAGATGTTGATATTTGGATTTCATTTGTGAAATCATTATTGGCGCTT
519 GTGCTCCAGGAAATTTGTGAGATGTTGATATTTGGATGTCATTTGTGAAATCATTATTGACGCTT
*
20890 CATGCGATTAACAGTGTGCTAACTTATTTTTATACATTACGCACAAACTCAAAACTCAATGTTTT
584 GATGCGATTAACAGTGTGCTAACTTATTTTTATACATTACGCACAAACTCAAAACTCAATGTTTT
* *
20955 GCTTTGAAAACCATTTCTGCTGGAGTCGAGCTTTAAAAGCATGAAATATTGTTTTAGCAAGTTTT
649 GCTTTGAAAACCATTTCTGCTGGAGTCGAGCTTTAAAAGTATGAAATGTTGTTTTAGCAAGTTTT
* * * *
21020 TAAATGGAAATGAATAGCTTTAAACTCACTCAAGCATAGAAACATGATAACCTGCATTTGTTTTT
714 TAAATGGAAATGAATAGTTTTAAACTCGCTCAAACACAGAAACATGATAACCTGCATTTGTTTTT
* * ** * * *
21085 ATTTTTCATGGCGTTAAGCATATGTCATTAAGGATTTTGGAGCTGAAAATAACAAAATTTCGTTT
779 ATTTTTCACGGTGTTAAGTGTAAGTCATTAAGGATTTTGCAGCTGAAAATATCAAAATTTCGTTT
*
21150 CTGAACAATTATGGGCGTAAAAACCATATGCACAATTTGAAATTGTGATATAAAAACATTTGCAC
844 CTGAACAATTATGGGCGTAAAAACCATATGCACAATTTCAAATTGTGATATAAAAACATTTGCAC
21215 GGTT
909 GGTT
*
21219 TTTACTTTTTCATGCTTATTTGCTTTAGATGCATTTTTAGGAGAATTCATCGGTGCTCCAGGAAA
1 TTTACTTTTTCATGCTTATTTGCTTTAGATGCATTTTTAGGAGAATTCATTGGTGCTCCAGGAAA
* *
21284 TTTGTGGGATGTTGTTGATATTTGGATATCATTTGTGAAATCGTTATTGGCGCTTGATGCGATTA
66 TTTGTGGGATGCTGTTGATATTTGGATGTCATTTGTGAAATCGTTATTGGCGCTTGATGCGATTA
* * * * * * *
21349 ATAATTTGCTAACTTGTTTTTATATATTACGCACAAAGTCAAAACTCGACGTTTTTTAAGCTTTT
131 ACAGTGTGCTAACTTGTTTTTATACATTACGCACAAACTCAAAACTCGACGCTTTTGAAGCTTTT
* * * *
21414 ATATTTTGCTTTGGTAACCATTTCTGCTGGAGTGGAGCTTTAAAAGTATGAAATATTGTTTTAGT
196 ATATTTTGCTTTGGAAACCATTTCTGCTGGAGTCGAGCTTTAAAAGTATGAAATGTTGTTTTAGC
* * * *
21479 AGGTTTTTAAATGGAAATGAATAATTTTAAGCTCACTTAAACATAGAAACATGATAACCAGCTTT
261 AAGTTTTTAAATGGAAATGAATAATTTTAAACTCACTCAAACACAGAAACATGATAACCAGCTTT
* *
21544 GGTTTTAATTTTTCACCGTGGTAAGTGTAAGTCATGAAGGATTTTGGAGCTAAAAATATCAAAAT
326 GGTTTTAATTTTTCA-CGTAGTAAGTGTAAGTCATGAAGGATTTTGGAGCTGAAAATATCAAAAT
* * * *
21609 TTCGTTTCTGAACAATTATGGGCATAAAAACCATTTACACAATTTCAAATTGTGAT-TAAAAACC
390 TTCATTTCTGAAAAATTATGGGCATAAAAACCATCTGCACAATTTCAAATTGTGATATAAAAACC
* ** *
21673 ATTTGCATGGTTTTTAATTTTTCATGCATATTTGCTTTACATGCATTTTTAGGAGAATTCTTGGG
455 ATTTGCATGGTTTTTAATTTTTCATGCTTATTTGCTTTACATGCATTTTTAGGAGAATTAATGTG
* * * * * * *
21738 TGCTCCAGGGAATTTGTGGGATGCTATTAATATTTGGATGTCATTTATGAAATCGTTATTGATGG
520 TGCTCCAGGAAATTTGTGAGATG---TTGATATTTGGATGTCATTTGTGAAATCATTATTGACGC
*** * * * * * * *
21803 TTGATGCGATTAGTTGTATGCTAACTTGTCTCTATACATTACGTACAAACT-AAAAGCTCGACGT
582 TTGATGCGATTAACAGTGTGCTAACTTATTTTTATACATTACGCACAAACTCAAAA-CTCAATGT
* * * * *
21867 CTTGTTTTGAAAATCATTTTTGCTAGAGTCGAGCTTTAAAAGTATGAAATGTTGTTTTAGCAAGT
646 TTTGCTTTGAAAACCATTTCTGCTGGAGTCGAGCTTTAAAAGTATGAAATGTTGTTTTAGCAAG-
* *
21932 TTTTTAAATGGAAATGAATAGTTTTAAACTTGCTCAAACACAGAAACATGATAACCTGCATTGGT
710 TTTTTAAATGGAAATGAATAGTTTTAAACTCGCTCAAACACAGAAACATGATAACCTGCATTTGT
* * *
21997 TTTTATTTTTTACGGTGTTAAGTGTAAGTCATGAAGGATTTTGCAGCTGAAAATATCAAAGTTTC
775 TTTTATTTTTCACGGTGTTAAGTGTAAGTCATTAAGGATTTTGCAGCTGAAAATATCAAAATTTC
* * * * * *
22062 GTTTCT-AACCATTTATTGGCATAAAAACCATCTGCCCAATTTCAAATTGTGACATAAAAACATT
840 GTTTCTGAA-CAATTATGGGCGTAAAAACCATATGCACAATTTCAAATTGTGATATAAAAACATT
*
22126 TGAACGGTT
904 TGCACGGTT
22135 TTTACTTTTTCATGCTTATTTGCTTTAGATGCATTTTTAGGAGAATTCATTGGTGCTCCAGGAAA
1 TTTACTTTTTCATGCTTATTTGCTTTAGATGCATTTTTAGGAGAATTCATTGGTGCTCCAGGAAA
* * * * *
22200 TTTGTGGGATG-TG--GATATTTGGATGTAATTTATGAAATCGTTATTGGCACCTGATACGATTA
66 TTTGTGGGATGCTGTTGATATTTGGATGTCATTTGTGAAATCGTTATTGGCGCTTGATGCGATTA
* * *
22262 ACTGTGTGCTAACTTGTTTCTATACATTACGCACAAACTCAAAGCTCGACGCTTTTGAAGCTTTT
131 ACAGTGTGCTAACTTGTTTTTATACATTACGCACAAACTCAAAACTCGACGCTTTTGAAGCTTTT
* ** * * * *
22327 ATGTTTTGCTTTCAAAACCATTTCTGCTAGAGTCGACCTTTAAAAGTATAAAATGTTGTTTTAAC
196 ATATTTTGCTTTGGAAACCATTTCTGCTGGAGTCGAGCTTTAAAAGTATGAAATGTTGTTTTAGC
* * * * *
22392 AAGTTTTTAAAAGGAAATGAATAGTTTTAAACTCGCTCAAACACAGAAAAATGATAACCTG-TAT
261 AAGTTTTTAAATGGAAATGAATAATTTTAAACTCACTCAAACACAGAAACATGATAACCAGCT-T
* * * *
22456 TGGTTTTAATTTTTCACGATATTAGGTGCAAGTCATGAAAGATTTTGGAGCTGAAAATATCAAAA
325 TGGTTTTAATTTTTCACG-TAGTAAGTGTAAGTCATGAAGGATTTTGGAGCTGAAAATATCAAAA
* * *
22521 TTTCATTTCT-AAACAATTATGGGTATAAAAACCATCTGCACAATTTTAAATTATGATATAAAAA
389 TTTCATTTCTGAAA-AATTATGGGCATAAAAACCATCTGCACAATTTCAAATTGTGATATAAAAA
* * * * * * * * *
22585 CTATTTGCA-CGATTTTAATTTTTCTTCCTTATTTGCTTCAGATGCTTTTTTAGAAGAATTAATG
453 CCATTTGCATGGTTTTTAATTTTTCATGCTTATTTGCTTTACATGCATTTTTAGGAGAATTAATG
* * *
22649 TGTGCTCCAGGAAATTTGTGAGATGTTGATATTTAGATATCATTTGTGAAATCATTATTGATGCT
518 TGTGCTCCAGGAAATTTGTGAGATGTTGATATTTGGATGTCATTTGTGAAATCATTATTGACGCT
*
22714 TGATGCGATTAATAGTGTGCTAACTTATTTTTATACATTACGCACAAACTCAAA
583 TGATGCGATTAACAGTGTGCTAACTTATTTTTATACATTACGCACAAACTCAAA
22768 GCTCGACACT
Statistics
Matches: 2186, Mismatches: 236, Indels: 78
0.87 0.09 0.03
Matches are distributed among these distances:
908 31 0.01
910 81 0.04
911 236 0.11
912 509 0.23
913 515 0.24
914 22 0.01
915 141 0.06
916 251 0.11
919 1 0.00
920 1 0.00
923 1 0.00
924 1 0.00
925 90 0.04
926 9 0.00
927 129 0.06
928 167 0.08
929 1 0.00
ACGTcount: A:0.31, C:0.13, G:0.18, T:0.38
Consensus pattern (912 bp):
TTTACTTTTTCATGCTTATTTGCTTTAGATGCATTTTTAGGAGAATTCATTGGTGCTCCAGGAAA
TTTGTGGGATGCTGTTGATATTTGGATGTCATTTGTGAAATCGTTATTGGCGCTTGATGCGATTA
ACAGTGTGCTAACTTGTTTTTATACATTACGCACAAACTCAAAACTCGACGCTTTTGAAGCTTTT
ATATTTTGCTTTGGAAACCATTTCTGCTGGAGTCGAGCTTTAAAAGTATGAAATGTTGTTTTAGC
AAGTTTTTAAATGGAAATGAATAATTTTAAACTCACTCAAACACAGAAACATGATAACCAGCTTT
GGTTTTAATTTTTCACGTAGTAAGTGTAAGTCATGAAGGATTTTGGAGCTGAAAATATCAAAATT
TCATTTCTGAAAAATTATGGGCATAAAAACCATCTGCACAATTTCAAATTGTGATATAAAAACCA
TTTGCATGGTTTTTAATTTTTCATGCTTATTTGCTTTACATGCATTTTTAGGAGAATTAATGTGT
GCTCCAGGAAATTTGTGAGATGTTGATATTTGGATGTCATTTGTGAAATCATTATTGACGCTTGA
TGCGATTAACAGTGTGCTAACTTATTTTTATACATTACGCACAAACTCAAAACTCAATGTTTTGC
TTTGAAAACCATTTCTGCTGGAGTCGAGCTTTAAAAGTATGAAATGTTGTTTTAGCAAGTTTTTA
AATGGAAATGAATAGTTTTAAACTCGCTCAAACACAGAAACATGATAACCTGCATTTGTTTTTAT
TTTTCACGGTGTTAAGTGTAAGTCATTAAGGATTTTGCAGCTGAAAATATCAAAATTTCGTTTCT
GAACAATTATGGGCGTAAAAACCATATGCACAATTTCAAATTGTGATATAAAAACATTTGCACGG
TT
Found at i:22532 original size:463 final size:463
Alignment explanation
Indices: 21872--22819 Score: 1310
Period size: 463 Copynumber: 2.0 Consensus size: 463
21862 GACGTCTTGT
* * *
21872 TTTGAAAATCATTTTTGCTAGAGTCGAGCTTTAAAAGTATGAAATGTTGTTTTAGCAAGTTTTTT
1 TTTGAAAACCATTTCTGCTGGAGTCGAGCTTTAAAAGTATGAAATGTTGTTTTAGCAAG-TTTTT
* *
21937 AAATGGAAATGAATAGTTTTAAACTTGCTCAAACACAGAAACATGATAACCTGCATTGGTTTTTA
65 AAATGGAAATGAATAGTTTTAAACTCGCTCAAACACAGAAACATGATAACCTGCATTGGTTTTAA
* * * *
22002 TTTTTTACGGTGTTAAGTGTAAGTCATGAAGGATTTTGCAGCTGAAAATATCAAAGTTTCGTTTC
130 TTTTTCACGATGTTAAGTGTAAGTCATGAAGGATTTTGGAGCTGAAAATATCAAAATTTCGTTTC
* * * * * *
22067 T-AACCATTTATTGGCATAAAAACCATCTGCCCAATTTCAAATTGTGACATAAAAACATTTGAAC
195 TGAA-CAATTATGGGCATAAAAACCATATGCACAATTTCAAATTGTGATATAAAAACATTTGCAC
22131 GGTTTTTACTTTTTCATGCTTATTTGCTTTAGATGCATTTTTAGGAGAATTCATTGGTGCTCCAG
259 GGTTTTTACTTTTTCATGCTTATTTGCTTTAGATGCATTTTTAGGAGAATTCATTGGTGCTCCAG
* * * * * *
22196 GAAATTTGTGGGATGTGGATATTTGGATGTAATTTATGAAATCGTTATTGGCACCTGATACGATT
324 GAAATTTGTGGGATGTTGATATTTGGATGTCATTTGTGAAATCGTTATTGGCGCTTGATGCGATT
*
22261 AACTGTGTGCTAACTTGTTTCTATACATTACGCACAAACTCAAAGCTCGACGCTTTTGAAGCTTT
389 AACTGTGTGCTAACTTGTTTTTATACATTACGCACAAACTCAAAGCTCGACGCTTTTGAAGCTTT
22326 TATGTTTTGC
454 TATGTTTTGC
* * * * *
22336 TTTCAAAACCATTTCTGCTAGAGTCGACCTTTAAAAGTATAAAATGTTGTTTTAACAAGTTTTTA
1 TTTGAAAACCATTTCTGCTGGAGTCGAGCTTTAAAAGTATGAAATGTTGTTTTAGCAAGTTTTTA
* * *
22401 AAAGGAAATGAATAGTTTTAAACTCGCTCAAACACAGAAAAATGATAACCTGTATTGGTTTTAAT
66 AATGGAAATGAATAGTTTTAAACTCGCTCAAACACAGAAACATGATAACCTGCATTGGTTTTAAT
* * * * *
22466 TTTTCACGATATTAGGTGCAAGTCATGAAAGATTTTGGAGCTGAAAATATCAAAATTTCATTTCT
131 TTTTCACGATGTTAAGTGTAAGTCATGAAGGATTTTGGAGCTGAAAATATCAAAATTTCGTTTCT
* * * * *
22531 AAACAATTATGGGTATAAAAACCATCTGCACAATTTTAAATTATGATATAAAAACTATTTGCAC-
196 GAACAATTATGGGCATAAAAACCATATGCACAATTTCAAATTGTGATATAAAAAC-ATTTGCACG
* * * * * * * *
22595 GATTTTAATTTTTCTTCCTTATTTGCTTCAGATGCTTTTTTAGAAGAATT-AATGTGTGCTCCAG
260 GTTTTTACTTTTTCATGCTTATTTGCTTTAGATGCATTTTTAGGAGAATTCATTG-GTGCTCCAG
* * * * **
22659 GAAATTTGTGAGATGTTGATATTTAGATATCATTTGTGAAATCATTATTGATGCTTGATGCGATT
324 GAAATTTGTGGGATGTTGATATTTGGATGTCATTTGTGAAATCGTTATTGGCGCTTGATGCGATT
* *
22724 AA-TAGTGTGCTAACTTATTTTTATACATTACGCACAAACTCAAAGCTCGACACTTTTGAAGCTT
389 AACT-GTGTGCTAACTTGTTTTTATACATTACGCACAAACTCAAAGCTCGACGCTTTTGAAGCTT
22788 TTATGTTTTGC
453 TTATGTTTTGC
*
22799 TTTGGAAACCATTTCTGCTGG
1 TTTGAAAACCATTTCTGCTGG
22820 TTTAATTTTT
Statistics
Matches: 426, Mismatches: 54, Indels: 9
0.87 0.11 0.02
Matches are distributed among these distances:
462 4 0.01
463 360 0.85
464 62 0.15
ACGTcount: A:0.31, C:0.14, G:0.17, T:0.38
Consensus pattern (463 bp):
TTTGAAAACCATTTCTGCTGGAGTCGAGCTTTAAAAGTATGAAATGTTGTTTTAGCAAGTTTTTA
AATGGAAATGAATAGTTTTAAACTCGCTCAAACACAGAAACATGATAACCTGCATTGGTTTTAAT
TTTTCACGATGTTAAGTGTAAGTCATGAAGGATTTTGGAGCTGAAAATATCAAAATTTCGTTTCT
GAACAATTATGGGCATAAAAACCATATGCACAATTTCAAATTGTGATATAAAAACATTTGCACGG
TTTTTACTTTTTCATGCTTATTTGCTTTAGATGCATTTTTAGGAGAATTCATTGGTGCTCCAGGA
AATTTGTGGGATGTTGATATTTGGATGTCATTTGTGAAATCGTTATTGGCGCTTGATGCGATTAA
CTGTGTGCTAACTTGTTTTTATACATTACGCACAAACTCAAAGCTCGACGCTTTTGAAGCTTTTA
TGTTTTGC
Found at i:22583 original size:33 final size:34
Alignment explanation
Indices: 22535--22602 Score: 93
Period size: 33 Copynumber: 2.0 Consensus size: 34
22525 ATTTCTAAAC
*
22535 AATTATGGGTATAAAAACCATCTGCACAATTTTA
1 AATTATGGATATAAAAACCATCTGCACAATTTTA
* * *
22569 AATTAT-GATATAAAAACTATTTGCACGATTTTA
1 AATTATGGATATAAAAACCATCTGCACAATTTTA
22602 A
1 A
22603 TTTTTCTTCC
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 4, Indels: 1
0.86 0.11 0.03
Matches are distributed among these distances:
33 24 0.80
34 6 0.20
ACGTcount: A:0.43, C:0.12, G:0.10, T:0.35
Consensus pattern (34 bp):
AATTATGGATATAAAAACCATCTGCACAATTTTA
Found at i:26676 original size:151 final size:151
Alignment explanation
Indices: 26401--26677 Score: 450
Period size: 151 Copynumber: 1.8 Consensus size: 151
26391 AGCTTCAAAG
*
26401 AATCCAGCAAAAGGAAATAATCTCATTTTTTAAGCATTCAACCACAATGCATGTCAAAATTAAGT
1 AATCCAGCAAAAGGAAATAATCTCA-CTTTTAAGCATTCAACCACAATGCATGTCAAAATTAAGT
* *
26466 TGTAGAAATAGAACATAACAAACCAATCTGTCCTGTAACAAACAGAGTGAAACCAACAAAACAAA
65 TGTAAAAATAGAACATAACAAACCAATCTGTCCTGTAACAAACAGAATGAAACCAACAAAACAAA
26531 CAAAAAAGAGTAAAAATTTAAA
130 CAAAAAAGAGTAAAAATTTAAA
26553 AATCCAGCAAAAGGAAATAATCTTC-CTTTTAAGCATTCAACCACAATGCATGTCAAAATTAAGT
1 AATCCAGCAAAAGGAAATAATC-TCACTTTTAAGCATTCAACCACAATGCATGTCAAAATTAAGT
* * * *
26617 T-TCAAAAATGGAACCTAACAAACCAATCTGTCCTGTAACAAATAGAATGAAAGCAACAAAA
65 TGT-AAAAATAGAACATAACAAACCAATCTGTCCTGTAACAAACAGAATGAAACCAACAAAA
26678 TAAAAAACTC
Statistics
Matches: 116, Mismatches: 7, Indels: 5
0.91 0.05 0.04
Matches are distributed among these distances:
150 1 0.01
151 91 0.78
152 22 0.19
153 2 0.02
ACGTcount: A:0.49, C:0.18, G:0.11, T:0.22
Consensus pattern (151 bp):
AATCCAGCAAAAGGAAATAATCTCACTTTTAAGCATTCAACCACAATGCATGTCAAAATTAAGTT
GTAAAAATAGAACATAACAAACCAATCTGTCCTGTAACAAACAGAATGAAACCAACAAAACAAAC
AAAAAAGAGTAAAAATTTAAA
Found at i:40526 original size:528 final size:528
Alignment explanation
Indices: 39523--40578 Score: 2069
Period size: 528 Copynumber: 2.0 Consensus size: 528
39513 ACAAAAAAAA
39523 AATTGCTTTATAATATAACATAATTGGCTTATTAATAGCATTTGTTTCTGTATGGTAAGGATAGA
1 AATTGCTTTATAATATAACATAATTGGCTTATTAATAGCATTTGTTTCTGTATGGTAAGGATAGA
39588 CATGTATCCACAGTTGAAAATTCGTTAATGGTACATTTTCCTATATATTATGTATGTGGTCCATC
66 CATGTATCCACAGTTGAAAATTCGTTAATGGTACATTTTCCTATATATTATGTATGTGGTCCATC
39653 AGGTATATAAAACAAAGAGACGGGGCACAAGGATTGTCTTACATAGCATTCTGATACATAATACT
131 AGGTATATAAAACAAAGAGACGGGGCACAAGGATTGTCTTACATAGCATTCTGATACATAATACT
39718 AATTTAATCACATACATATCAATTAGATCAACAAATGAATCCAACAACAGCCTCTTATTTGAACT
196 AATTTAATCACATACATATCAATTAGATCAACAAATGAATCCAACAACAGCCTCTTATTTGAACT
39783 CTAAAATTCTCTTTTGTATTCCTATACAAATGAAATTGAAAAACAGATTGATTAACATTATTTGA
261 CTAAAATTCTCTTTTGTATTCCTATACAAATGAAATTGAAAAACAGATTGATTAACATTATTTGA
39848 AAAAATCATAAAGTTCATAACGAACTTAAAATCATTGTGCATATCAAAATGACTAGTATTATTAT
326 AAAAATCATAAAGTTCATAACGAACTTAAAATCATTGTGCATATCAAAATGACTAGTATTATTAT
39913 TACTGATTATTAAAATTCACATTCAAAAAGAAGAGAGAAAATTTTGTTTTATGATAAAAAATTCA
391 TACTGATTATTAAAATTCACATTCAAAAAGAAGAGAGAAAATTTTGTTTTATGATAAAAAATTCA
*
39978 TTCATGGATCTCAGTTAATTTTCAAGGGGAGAAAAAAGAAAACAAGGAGTCCATTGAATTTCAAC
456 TTCATGGATCTCAGTTAATTTTCAAGGGGAGAAAAAAGAAAACAAGGAGTCAATTGAATTTCAAC
40043 TAATTAGT
521 TAATTAGT
40051 AATTGCTTTATAATATAACATAATTGGCTTATTAATAGCATTTGTTTCTGTATGGTAAGGATAGA
1 AATTGCTTTATAATATAACATAATTGGCTTATTAATAGCATTTGTTTCTGTATGGTAAGGATAGA
40116 CATGTATCCACAGTTGAAAATTCGTTAATGGTACATTTTCCTATATATTATGTATGTGGTCCATC
66 CATGTATCCACAGTTGAAAATTCGTTAATGGTACATTTTCCTATATATTATGTATGTGGTCCATC
*
40181 AGGTATATAAAACAAAGAGACGGGGCATAAGGATTGTCTTACATAGCATTCTGATACATAATACT
131 AGGTATATAAAACAAAGAGACGGGGCACAAGGATTGTCTTACATAGCATTCTGATACATAATACT
40246 AATTTAATCACATACATATCAATTAGATCAACAAATGAAT-CAACAACAGCCTCTTATTTGAACT
196 AATTTAATCACATACATATCAATTAGATCAACAAATGAATCCAACAACAGCCTCTTATTTGAACT
40310 CTAAAATTCTCTTTTGTATTCCTATACAAATGAAATTGAAAAACAGATTGATTAACATTATTTGA
261 CTAAAATTCTCTTTTGTATTCCTATACAAATGAAATTGAAAAACAGATTGATTAACATTATTTGA
*
40375 AAAAATCATAAAGTTCATAACGAACTTAAAATCATTGTGCATATCAAAATGACTATTATTATTAT
326 AAAAATCATAAAGTTCATAACGAACTTAAAATCATTGTGCATATCAAAATGACTAGTATTATTAT
40440 TACTGATTATTAAAATTCACATTCAAAAAGAAGAGAGAAAATTTTGTTTTATGATAAAAAATTCA
391 TACTGATTATTAAAATTCACATTCAAAAAGAAGAGAGAAAATTTTGTTTTATGATAAAAAATTCA
40505 TTCATGGATCTCAGATTAATTTTCAAGGGGAGAAAAAAGAAAACAAGGAGTCAATTGAATTTCAA
456 TTCATGGATCTCAG-TTAATTTTCAAGGGGAGAAAAAAGAAAACAAGGAGTCAATTGAATTTCAA
40570 CTAATTAGT
520 CTAATTAGT
40579 TTCACCAATA
Statistics
Matches: 524, Mismatches: 3, Indels: 2
0.99 0.01 0.00
Matches are distributed among these distances:
527 232 0.44
528 292 0.56
ACGTcount: A:0.40, C:0.13, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (528 bp):
AATTGCTTTATAATATAACATAATTGGCTTATTAATAGCATTTGTTTCTGTATGGTAAGGATAGA
CATGTATCCACAGTTGAAAATTCGTTAATGGTACATTTTCCTATATATTATGTATGTGGTCCATC
AGGTATATAAAACAAAGAGACGGGGCACAAGGATTGTCTTACATAGCATTCTGATACATAATACT
AATTTAATCACATACATATCAATTAGATCAACAAATGAATCCAACAACAGCCTCTTATTTGAACT
CTAAAATTCTCTTTTGTATTCCTATACAAATGAAATTGAAAAACAGATTGATTAACATTATTTGA
AAAAATCATAAAGTTCATAACGAACTTAAAATCATTGTGCATATCAAAATGACTAGTATTATTAT
TACTGATTATTAAAATTCACATTCAAAAAGAAGAGAGAAAATTTTGTTTTATGATAAAAAATTCA
TTCATGGATCTCAGTTAATTTTCAAGGGGAGAAAAAAGAAAACAAGGAGTCAATTGAATTTCAAC
TAATTAGT
Found at i:40961 original size:3 final size:3
Alignment explanation
Indices: 40947--41038 Score: 94
Period size: 3 Copynumber: 30.0 Consensus size: 3
40937 ATAGAATATC
* *** * **
40947 AAT AAT ATT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT TCC ATT GCT
1 AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT
*
40995 ACCAT TAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT
1 A--AT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT
41039 TCCATTGCTA
Statistics
Matches: 73, Mismatches: 14, Indels: 4
0.80 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
3 72 0.99
5 1 0.01
ACGTcount: A:0.58, C:0.05, G:0.01, T:0.36
Consensus pattern (3 bp):
AAT
Found at i:49239 original size:163 final size:163
Alignment explanation
Indices: 48966--49274 Score: 546
Period size: 163 Copynumber: 1.9 Consensus size: 163
48956 TGTTAAAACC
* *
48966 TTCAACCAGTAAGGAACTAGTAGAATGAGAGAGAAAAAGGTTCTGTGGCAGTAGACCAGAAAGTA
1 TTCAACCAGTAAGGAACTAGTAGAATGAGAGAGAAAAAGGATCTGTGGCAGTAGACCAGAAACTA
*
49031 TCAATTCAAGGTGGTTGATTCTTACAGGATAATGAGAATGAAAGGATCAAATCAGACTGGTTGCT
66 TCAATTCAAGGTGGTTGATTCTTACAGGATAATGAGAAAGAAAGGATCAAATCAGACTGGTTGCT
49096 TCTGATTATATTACTTGTCATTCTATAAACACT
131 TCTGATTATATTACTTGTCATTCTATAAACACT
* *
49129 TTCAACCATTAAGGAACTAGTAGAATGAGAGAGAAAAAGGATCTGTGGCGGTAGACCAGAAACTA
1 TTCAACCAGTAAGGAACTAGTAGAATGAGAGAGAAAAAGGATCTGTGGCAGTAGACCAGAAACTA
* * *
49194 TCAATTCAAGGTGGTTGCTTGTTACAGTATAATGAGAAAGAAAGGATCAAATCAGACTGGTTGCT
66 TCAATTCAAGGTGGTTGATTCTTACAGGATAATGAGAAAGAAAGGATCAAATCAGACTGGTTGCT
49259 TCTGATTATATTACTT
131 TCTGATTATATTACTT
49275 ATGTTTAATT
Statistics
Matches: 138, Mismatches: 8, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
163 138 1.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.23, T:0.28
Consensus pattern (163 bp):
TTCAACCAGTAAGGAACTAGTAGAATGAGAGAGAAAAAGGATCTGTGGCAGTAGACCAGAAACTA
TCAATTCAAGGTGGTTGATTCTTACAGGATAATGAGAAAGAAAGGATCAAATCAGACTGGTTGCT
TCTGATTATATTACTTGTCATTCTATAAACACT
Found at i:55241 original size:44 final size:44
Alignment explanation
Indices: 55193--55278 Score: 102
Period size: 44 Copynumber: 2.0 Consensus size: 44
55183 GAGTCGTTAT
* * **
55193 TTTTTCATTTCTTACTTTTTTTATTTTTATT-ATATTTTTGTATA
1 TTTTTAATTT-TTACTTTTCTTATTGGTATTGATATTTTTGTATA
* *
55237 TTTTTAATTTTTTCTTTTCTTATTGGTATTGATTTTTTTGTA
1 TTTTTAATTTTTACTTTTCTTATTGGTATTGATATTTTTGTA
55279 CTTTATTTAT
Statistics
Matches: 35, Mismatches: 6, Indels: 2
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
43 16 0.46
44 19 0.54
ACGTcount: A:0.16, C:0.06, G:0.06, T:0.72
Consensus pattern (44 bp):
TTTTTAATTTTTACTTTTCTTATTGGTATTGATATTTTTGTATA
Found at i:55336 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 55307--55345 Score: 53
Period size: 16 Copynumber: 2.4 Consensus size: 16
55297 TTTTGCTTTA
55307 ATATTTTTTCTTATTT
1 ATATTTTTTCTTATTT
*
55323 TTATTTCTTT-TTATTT
1 ATATTT-TTTCTTATTT
55339 ATATTTT
1 ATATTTT
55346 CATAAATTTT
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 2, Indels: 3
0.80 0.08 0.12
Matches are distributed among these distances:
15 1 0.05
16 16 0.80
17 3 0.15
ACGTcount: A:0.18, C:0.05, G:0.00, T:0.77
Consensus pattern (16 bp):
ATATTTTTTCTTATTT
Found at i:55483 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 55464--55498 Score: 54
Period size: 16 Copynumber: 2.1 Consensus size: 17
55454 TAATTTTTCA
*
55464 TTAACTTTTT-TTCCTT
1 TTAAATTTTTCTTCCTT
55480 TTAAATTTTTCTTCCTT
1 TTAAATTTTTCTTCCTT
55497 TT
1 TT
55499 TTTTACTTAT
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 1, Indels: 1
0.89 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
16 9 0.53
17 8 0.47
ACGTcount: A:0.14, C:0.17, G:0.00, T:0.69
Consensus pattern (17 bp):
TTAAATTTTTCTTCCTT
Found at i:56174 original size:32 final size:32
Alignment explanation
Indices: 56079--56175 Score: 78
Period size: 32 Copynumber: 3.0 Consensus size: 32
56069 ATTTGTTATT
* *
56079 TTTTATTTTTT--TTGTTTATTTCTAATTGCTT-
1 TTTTATTTTTTCCTTTTTTATTTATAATT--TTA
*
56110 TTCTTATTTTTATTCCTTTTTCA-TTAGT-ATTTTA
1 TT-TTA-TTTT-TTCCTTTTTTATTTA-TAATTTTA
56144 TTTTATTTTTTCCTTTTTTATTTATAATTTTA
1 TTTTATTTTTTCCTTTTTTATTTATAATTTTA
56176 AAAATTTTTA
Statistics
Matches: 53, Mismatches: 4, Indels: 17
0.72 0.05 0.23
Matches are distributed among these distances:
31 13 0.25
32 16 0.30
33 9 0.17
34 4 0.08
35 5 0.09
36 6 0.11
ACGTcount: A:0.16, C:0.08, G:0.03, T:0.72
Consensus pattern (32 bp):
TTTTATTTTTTCCTTTTTTATTTATAATTTTA
Found at i:56768 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 56720--56770 Score: 54
Period size: 19 Copynumber: 2.7 Consensus size: 20
56710 TTTCTTTTGC
*
56720 TTTAA-TAT-TTTTTCTTAT
1 TTTAATTATATTTTTATTAT
* *
56738 TTT-ATTTTATTTTTATTTT
1 TTTAATTATATTTTTATTAT
56757 TTTAATTATATTTT
1 TTTAATTATATTTT
56771 AATAAATTTT
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 4, Indels: 4
0.76 0.12 0.12
Matches are distributed among these distances:
17 1 0.04
18 5 0.19
19 11 0.42
20 9 0.35
ACGTcount: A:0.22, C:0.02, G:0.00, T:0.76
Consensus pattern (20 bp):
TTTAATTATATTTTTATTAT
Found at i:57230 original size:19 final size:21
Alignment explanation
Indices: 57208--57252 Score: 58
Period size: 19 Copynumber: 2.2 Consensus size: 21
57198 CATTTTTGAA
*
57208 ATTTTTATTCATT-TTTTTT-
1 ATTTTGATTCATTATTTTTTC
*
57227 ATTTTGATTCGTTATTTTTTC
1 ATTTTGATTCATTATTTTTTC
57248 ATTTT
1 ATTTT
57253 CTTACCTTTT
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 2, Indels: 2
0.85 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
19 11 0.50
20 6 0.27
21 5 0.23
ACGTcount: A:0.16, C:0.07, G:0.04, T:0.73
Consensus pattern (21 bp):
ATTTTGATTCATTATTTTTTC
Found at i:58865 original size:22 final size:20
Alignment explanation
Indices: 58833--58880 Score: 60
Period size: 22 Copynumber: 2.3 Consensus size: 20
58823 TCTTTATTTC
58833 CTTTTTCTTTTGGTTTTTTTA
1 CTTTTTCTTTT-GTTTTTTTA
* *
58854 GCTTTTTGTTTTTTTTTTTTA
1 -CTTTTTCTTTTGTTTTTTTA
58875 CTTTTT
1 CTTTTT
58881 ATGGATTTTC
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 2, Indels: 2
0.86 0.07 0.07
Matches are distributed among these distances:
20 6 0.25
21 8 0.33
22 10 0.42
ACGTcount: A:0.04, C:0.08, G:0.08, T:0.79
Consensus pattern (20 bp):
CTTTTTCTTTTGTTTTTTTA
Found at i:59148 original size:21 final size:20
Alignment explanation
Indices: 59124--59171 Score: 60
Period size: 21 Copynumber: 2.3 Consensus size: 20
59114 TTTTTTTTCA
59124 TTTTTTATTTTTTCTTAAGGT
1 TTTTTTATTTTTT-TTAAGGT
* *
59145 TTTTCTTCTTTTTTTTTAGGT
1 TTTT-TTATTTTTTTTAAGGT
59166 TTTTTT
1 TTTTTT
59172 TAGCATTTCT
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 2, Indels: 3
0.83 0.07 0.10
Matches are distributed among these distances:
20 2 0.08
21 14 0.58
22 8 0.33
ACGTcount: A:0.08, C:0.06, G:0.08, T:0.77
Consensus pattern (20 bp):
TTTTTTATTTTTTTTAAGGT
Found at i:59408 original size:13 final size:13
Alignment explanation
Indices: 59390--59558 Score: 87
Period size: 13 Copynumber: 12.7 Consensus size: 13
59380 TTTTTGTCTT
59390 TTTTATTTTTTTA
1 TTTTATTTTTTTA
59403 TTTTATGTTTTTTAA
1 TTTTAT-TTTTTT-A
59418 TTTGTATTTTTTGT-
1 TTT-TATTTTTT-TA
*
59432 TTTTA-ATTTTTA
1 TTTTATTTTTTTA
*
59444 -TTTATTTATTTA
1 TTTTATTTTTTTA
* **
59456 TTTTTAATACTTTA
1 -TTTTATTTTTTTA
* *
59470 TTTTA-TCTTTTG
1 TTTTATTTTTTTA
* * *
59482 CTTTAATATTTTA
1 TTTTATTTTTTTA
**
59495 TTTTATTTTTTCC
1 TTTTATTTTTTTA
*
59508 TATTA-TTTTTTA
1 TTTTATTTTTTTA
59520 TTTTTATTTTTACTTA
1 -TTTTATTTTT--TTA
* *
59536 TTTTAATTATTTA
1 TTTTATTTTTTTA
59549 TTTATATTTT
1 TTT-TATTTT
59559 ATAAATTTTT
Statistics
Matches: 117, Mismatches: 25, Indels: 27
0.69 0.15 0.16
Matches are distributed among these distances:
11 5 0.04
12 22 0.19
13 40 0.34
14 26 0.22
15 17 0.15
16 7 0.06
ACGTcount: A:0.20, C:0.04, G:0.02, T:0.74
Consensus pattern (13 bp):
TTTTATTTTTTTA
Found at i:59413 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 59389--59461 Score: 66
Period size: 21 Copynumber: 3.7 Consensus size: 21
59379 TTTTTTGTCT
*
59389 TTTTTATTTTTTTATTTTATG
1 TTTTTATATTTTTATTTTATG
* *
59410 TTTTT-TAATTTGTATTTTTTG
1 TTTTTAT-ATTTTTATTTTATG
59431 TTTTTA-ATTTTTA-TTTAT-
1 TTTTTATATTTTTATTTTATG
*
59449 TTATT-TATTTTTA
1 TTTTTATATTTTTA
59462 ATACTTTATT
Statistics
Matches: 43, Mismatches: 6, Indels: 9
0.74 0.10 0.16
Matches are distributed among these distances:
18 11 0.26
19 4 0.09
20 7 0.16
21 21 0.49
ACGTcount: A:0.18, C:0.00, G:0.04, T:0.78
Consensus pattern (21 bp):
TTTTTATATTTTTATTTTATG
Found at i:59518 original size:25 final size:25
Alignment explanation
Indices: 59433--59530 Score: 85
Period size: 25 Copynumber: 3.9 Consensus size: 25
59423 ATTTTTTGTT
**
59433 TTTAAT-TTTTA-TTTATTTATTTATT
1 TTTAATATTTTATTTTATTT-TTT-CC
* * *
59458 TTTAATACTTTATTTTATCTTTTGC
1 TTTAATATTTTATTTTATTTTTTCC
59483 TTTAATATTTTATTTTATTTTTTCC
1 TTTAATATTTTATTTTATTTTTTCC
*
59508 TATT-ATTTTTTATTTTTATTTTT
1 T-TTAATATTTTA-TTTTATTTTT
59531 ACTTATTTTA
Statistics
Matches: 61, Mismatches: 8, Indels: 7
0.80 0.11 0.09
Matches are distributed among these distances:
25 36 0.59
26 19 0.31
27 6 0.10
ACGTcount: A:0.20, C:0.05, G:0.01, T:0.73
Consensus pattern (25 bp):
TTTAATATTTTATTTTATTTTTTCC
Found at i:60097 original size:9 final size:9
Alignment explanation
Indices: 60083--60134 Score: 50
Period size: 9 Copynumber: 5.3 Consensus size: 9
60073 ATTTCCTTAC
60083 TTTTTATTT
1 TTTTTATTT
60092 TTTTTATTGT
1 TTTTTATT-T
*
60102 GTTTTTGTTT
1 -TTTTTATTT
60112 ATTTTTAATTT
1 -TTTTT-ATTT
*
60123 TTTTTCTTT
1 TTTTTATTT
60132 TTT
1 TTT
60135 AGTACTTATT
Statistics
Matches: 36, Mismatches: 4, Indels: 6
0.78 0.09 0.13
Matches are distributed among these distances:
9 14 0.39
10 12 0.33
11 10 0.28
ACGTcount: A:0.10, C:0.02, G:0.06, T:0.83
Consensus pattern (9 bp):
TTTTTATTT
Found at i:60375 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 60356--60392 Score: 51
Period size: 16 Copynumber: 2.2 Consensus size: 17
60346 TAATTTTTCA
60356 TTAATTCTT-TTTTT-TT
1 TTAATT-TTCTTTTTCTT
60372 TTAATTTTCTTTTTCTT
1 TTAATTTTCTTTTTCTT
60389 TTAA
1 TTAA
60393 CTTATTTGTT
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 0, Indels: 3
0.86 0.00 0.14
Matches are distributed among these distances:
15 2 0.11
16 11 0.58
17 6 0.32
ACGTcount: A:0.16, C:0.08, G:0.00, T:0.76
Consensus pattern (17 bp):
TTAATTTTCTTTTTCTT
Found at i:60639 original size:21 final size:23
Alignment explanation
Indices: 60594--60641 Score: 64
Period size: 23 Copynumber: 2.2 Consensus size: 23
60584 ACTTTTATTT
*
60594 TATTTTTTATATCTTGTTTTCTA
1 TATTTGTTATATCTTGTTTTCTA
*
60617 TATTTGTTATAT-TT-TTTTGTA
1 TATTTGTTATATCTTGTTTTCTA
60638 TATT
1 TATT
60642 CTAAACTAAA
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 2, Indels: 2
0.85 0.07 0.07
Matches are distributed among these distances:
21 10 0.43
22 2 0.09
23 11 0.48
ACGTcount: A:0.19, C:0.04, G:0.06, T:0.71
Consensus pattern (23 bp):
TATTTGTTATATCTTGTTTTCTA
Found at i:60773 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 60749--60805 Score: 55
Period size: 22 Copynumber: 2.7 Consensus size: 21
60739 TTATTTTTGC
60749 TTTTATTTATTTTTAATT-GT-
1 TTTTATTTATTTTT-ATTAGTA
* *
60769 TTTTTTGTTATTTTTTTTAGTA
1 TTTTAT-TTATTTTTATTAGTA
60791 TTTTATTTTATTTTT
1 TTTTA-TTTATTTTT
60806 TCTTTTACAT
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 3, Indels: 6
0.77 0.08 0.15
Matches are distributed among these distances:
20 7 0.23
21 10 0.33
22 12 0.40
23 1 0.03
ACGTcount: A:0.16, C:0.00, G:0.05, T:0.79
Consensus pattern (21 bp):
TTTTATTTATTTTTATTAGTA
Found at i:60940 original size:21 final size:22
Alignment explanation
Indices: 60910--60950 Score: 59
Period size: 21 Copynumber: 1.9 Consensus size: 22
60900 CTTTTTTATT
60910 TTTTTATTTTG-TCTTATTTTGC
1 TTTTTATTTTGTTC-TATTTTGC
60932 TTTTT-TTTTGTTCTATTTT
1 TTTTTATTTTGTTCTATTTT
60951 ATAATTTTTC
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 0, Indels: 3
0.86 0.00 0.14
Matches are distributed among these distances:
21 11 0.61
22 7 0.39
ACGTcount: A:0.07, C:0.07, G:0.07, T:0.78
Consensus pattern (22 bp):
TTTTTATTTTGTTCTATTTTGC
Found at i:61041 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 61019--61060 Score: 61
Period size: 17 Copynumber: 2.4 Consensus size: 18
61009 ATATGCTTTC
61019 ATTTTTT-ATTTGTTTT-A
1 ATTTTTTCA-TTGTTTTAA
61036 ATTTTTTCATTGTTTTAA
1 ATTTTTTCATTGTTTTAA
61054 ATTTTTT
1 ATTTTTT
61061 GTGTTCTTTT
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 0, Indels: 3
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
17 14 0.61
18 9 0.39
ACGTcount: A:0.19, C:0.02, G:0.05, T:0.74
Consensus pattern (18 bp):
ATTTTTTCATTGTTTTAA
Found at i:61500 original size:1 final size:1
Alignment explanation
Indices: 61381--61481 Score: 58
Period size: 1 Copynumber: 101.0 Consensus size: 1
61371 TTTTATTCAA
* ** * ** * * * * * *
61381 TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTATTTTTGATTTTCTTACTTTTTATATTATGTATTTTTGTTTTTTT
1 TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT
* * **
61446 TTTTTTTTTCTTTTTTGTTTTAATTTTTTTTTTTTT
1 TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT
61482 GTACTTTATT
Statistics
Matches: 72, Mismatches: 28, Indels: 0
0.72 0.28 0.00
Matches are distributed among these distances:
1 72 1.00
ACGTcount: A:0.09, C:0.03, G:0.04, T:0.84
Consensus pattern (1 bp):
T
Found at i:61610 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 61592--61621 Score: 51
Period size: 15 Copynumber: 2.0 Consensus size: 15
61582 GTTTTGGATT
61592 TTTTTATTTTTTATC
1 TTTTTATTTTTTATC
*
61607 TTTTTTTTTTTTATC
1 TTTTTATTTTTTATC
61622 ATTGTTGGTT
Statistics
Matches: 14, Mismatches: 1, Indels: 0
0.93 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
15 14 1.00
ACGTcount: A:0.10, C:0.07, G:0.00, T:0.83
Consensus pattern (15 bp):
TTTTTATTTTTTATC
Found at i:62234 original size:20 final size:18
Alignment explanation
Indices: 62195--62248 Score: 65
Period size: 20 Copynumber: 2.9 Consensus size: 18
62185 ATTACCTTAC
62195 TTTTTTTATTTTTTCT-AT
1 TTTTTTTATTTTTT-TAAT
62213 TTTGCTTTTATTTTTTTAAT
1 TTT--TTTTATTTTTTTAAT
*
62233 TTTTTTTCTTTTTTTA
1 TTTTTTTATTTTTTTA
62249 GTACTTATTT
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 1, Indels: 6
0.82 0.03 0.15
Matches are distributed among these distances:
18 15 0.47
19 1 0.03
20 16 0.50
ACGTcount: A:0.11, C:0.06, G:0.02, T:0.81
Consensus pattern (18 bp):
TTTTTTTATTTTTTTAAT
Found at i:62306 original size:58 final size:57
Alignment explanation
Indices: 62192--62306 Score: 128
Period size: 58 Copynumber: 2.0 Consensus size: 57
62182 TTCATTACCT
* * *
62192 TACTTTTTTTATTTTTTCTATTTTGCTTTTATTTTTTTAATTTTTTTTCTTTTTTTAG
1 TACTTATTTTATCTTTTCTATTTTGCTTTTATTTTTTTAATTTTTTTTC-TCTTTTAG
*
62250 TACTTATTTTATCTTTTC-CTTTTGCTTTAATATTTTCTCTT-ATTTTTTTTC-CTTTTA
1 TACTTATTTTATCTTTTCTATTTTGCTTT--TATTTT-T-TTAATTTTTTTTCTCTTTTA
62307 TTTTTAATTT
Statistics
Matches: 49, Mismatches: 4, Indels: 8
0.80 0.07 0.13
Matches are distributed among these distances:
57 9 0.18
58 21 0.43
59 6 0.12
60 11 0.22
61 2 0.04
ACGTcount: A:0.13, C:0.11, G:0.03, T:0.73
Consensus pattern (57 bp):
TACTTATTTTATCTTTTCTATTTTGCTTTTATTTTTTTAATTTTTTTTCTCTTTTAG
Found at i:62571 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 62551--62615 Score: 69
Period size: 17 Copynumber: 3.7 Consensus size: 17
62541 AATTGGACTA
*
62551 TTTTATTTATTGCTTAT
1 TTTTATTTATTACTTAT
*
62568 TTTTATTTATTTATTTA-
1 TTTTATTTA-TTACTTAT
*
62585 TTTTATTGATTACTTAT
1 TTTTATTTATTACTTAT
62602 TAGTTTATTTATTA
1 T--TTTATTTATTA
62616 TTTTGGATTG
Statistics
Matches: 39, Mismatches: 5, Indels: 6
0.78 0.10 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.15
17 18 0.46
18 5 0.13
19 10 0.26
ACGTcount: A:0.23, C:0.03, G:0.05, T:0.69
Consensus pattern (17 bp):
TTTTATTTATTACTTAT
Found at i:62586 original size:12 final size:11
Alignment explanation
Indices: 62552--62618 Score: 52
Period size: 11 Copynumber: 6.3 Consensus size: 11
62542 ATTGGACTAT
*
62552 TTTATTTATTG
1 TTTATTTATTA
*
62563 CTTATTT-TTA
1 TTTATTTATTA
62573 TTTATTTATT-
1 TTTATTTATTA
*
62583 TAT-TTTATTGA
1 TTTATTTATT-A
*
62594 -TTACTTATTA
1 TTTATTTATTA
62604 GTTTATTTATTA
1 -TTTATTTATTA
62616 TTT
1 TTT
62619 TGGATTGTAT
Statistics
Matches: 43, Mismatches: 7, Indels: 12
0.69 0.11 0.19
Matches are distributed among these distances:
9 6 0.14
10 12 0.28
11 16 0.37
12 9 0.21
ACGTcount: A:0.22, C:0.03, G:0.04, T:0.70
Consensus pattern (11 bp):
TTTATTTATTA
Found at i:62587 original size:34 final size:34
Alignment explanation
Indices: 62549--62618 Score: 97
Period size: 34 Copynumber: 2.0 Consensus size: 34
62539 ACAATTGGAC
* *
62549 TATTTTATTTATTGCTTATT-TTTATTTATTTATT
1 TATTTTATTGATTACTTATTATTTATTTA-TTATT
62583 TATTTTATTGATTACTTATTAGTTTATTTATTATT
1 TATTTTATTGATTACTTATTA-TTTATTTATTATT
62618 T
1 T
62619 TGGATTGTAT
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 2, Indels: 3
0.86 0.05 0.08
Matches are distributed among these distances:
34 18 0.56
35 6 0.19
36 8 0.25
ACGTcount: A:0.23, C:0.03, G:0.04, T:0.70
Consensus pattern (34 bp):
TATTTTATTGATTACTTATTATTTATTTATTATT
Found at i:63481 original size:17 final size:16
Alignment explanation
Indices: 63461--63498 Score: 58
Period size: 17 Copynumber: 2.3 Consensus size: 16
63451 TAAACTAATT
63461 TTTTTTCCATTTTGTCA
1 TTTTTTCCATTTT-TCA
*
63478 TTTTTTTCATTTTTCA
1 TTTTTTCCATTTTTCA
63494 TTTTT
1 TTTTT
63499 ATTAGTTTTT
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 1, Indels: 1
0.91 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
16 8 0.40
17 12 0.60
ACGTcount: A:0.11, C:0.13, G:0.03, T:0.74
Consensus pattern (16 bp):
TTTTTTCCATTTTTCA
Found at i:64036 original size:13 final size:15
Alignment explanation
Indices: 64018--64055 Score: 53
Period size: 15 Copynumber: 2.7 Consensus size: 15
64008 TGATGTTGAC
64018 TTTTAT-TTT-ATTT
1 TTTTATCTTTGATTT
64031 TTTTATCTTTGATTT
1 TTTTATCTTTGATTT
*
64046 TTATATCTTT
1 TTTTATCTTT
64056 TTTCTATATT
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 1, Indels: 2
0.88 0.04 0.08
Matches are distributed among these distances:
13 6 0.27
14 3 0.14
15 13 0.59
ACGTcount: A:0.16, C:0.05, G:0.03, T:0.76
Consensus pattern (15 bp):
TTTTATCTTTGATTT
Found at i:64145 original size:24 final size:25
Alignment explanation
Indices: 64098--64145 Score: 62
Period size: 25 Copynumber: 2.0 Consensus size: 25
64088 CTTTGTATAT
*
64098 TTTAATACTAAAAGTTTTTTTTCTA
1 TTTAATACTAAAAGTTTTTATTCTA
* *
64123 TTTAATATTGAAA-TTTTTATTCT
1 TTTAATACTAAAAGTTTTTATTCT
64146 TTTGTCTTTT
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 3, Indels: 1
0.83 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
24 9 0.45
25 11 0.55
ACGTcount: A:0.31, C:0.06, G:0.04, T:0.58
Consensus pattern (25 bp):
TTTAATACTAAAAGTTTTTATTCTA
Found at i:64226 original size:27 final size:27
Alignment explanation
Indices: 64196--64259 Score: 67
Period size: 27 Copynumber: 2.4 Consensus size: 27
64186 TTTTTACTTT
* *
64196 TTTTTCTTTTTTAGTATTTTATTTTAG
1 TTTTTCTTTTTTAATATTTTATCTTAG
* * *
64223 TTTTT-TTATATTAATATTTTCTCTTAT
1 TTTTTCTT-TTTTAATATTTTATCTTAG
64250 TTTTTCTTTT
1 TTTTTCTTTT
64260 ATATTTTTAT
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 6, Indels: 4
0.74 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
26 2 0.07
27 25 0.86
28 2 0.07
ACGTcount: A:0.16, C:0.06, G:0.03, T:0.75
Consensus pattern (27 bp):
TTTTTCTTTTTTAATATTTTATCTTAG
Found at i:64856 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 64834--64872 Score: 51
Period size: 19 Copynumber: 2.1 Consensus size: 19
64824 AGTTTTTTCA
*
64834 TTTTCTATTTTGTTTTTTG
1 TTTTCTATTTTATTTTTTG
* *
64853 TTTTTTTTTTTATTTTTTG
1 TTTTCTATTTTATTTTTTG
64872 T
1 T
64873 ACTTTATTTA
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 3, Indels: 0
0.85 0.15 0.00
Matches are distributed among these distances:
19 17 1.00
ACGTcount: A:0.05, C:0.03, G:0.08, T:0.85
Consensus pattern (19 bp):
TTTTCTATTTTATTTTTTG
Done.