Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019167882.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_15, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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Warning! 61000 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 39 of 106
Found at i:7217604 original size:12 final size:11
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7217538 TATACTATAT
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*
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*
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*
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ATAATAATAAA
Found at i:7217613 original size:26 final size:28
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7217541 ACTATATATA
* *
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*
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*
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ATAATATAATAATAATAAAAATAGTAAT
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7234178 CAATTTTTAA
*
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*
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ATTTTAATTTAATTTTTAATATATT
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1 TTTTT
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TTTTTAGATATATTCAATTTC
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7235828 TGGTTAGACA
* * * * *
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*
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*
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*
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64 TAAATTTTCAATCATACCAAATAATTAGAGG
* * *
7236027 ATTTAAATCTTGAATTATGAATTTTACCAAATGATTAGAAAATTTCATAATGAATTTT
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ATTTAAATCTTGAATTATGAATTTCACCAAATAATTGAAAATTTCATAATCAATTTTAAAAAATA
AATTTTCAATCATACCAAATAATTAGAGG
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7236854 TTTCTTCTTG
*
7236864 ATTTATTTTTCAAGCTTTTAAT
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7236886 ATTTATTTTTCAAACTTTTAAT
1 ATTTATTTTTCAAACTTTTAAT
7236908 ATT
1 ATT
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ATTTATTTTTCAAACTTTTAAT
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7239918 AATCTTTTTT
*
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*
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*
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1 AAAA
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AAAAAAAAAAAATGAAAG
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* * *
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*
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*
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* *
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1 AAAAAATAAAAA
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* *
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* *
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* * ** ** * *
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1 ATCACATTTATTTTTAACCTTGGCTAAGTCCAATCACTTTCATTTTCGACCTTAATTTAGTCCAA
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66 TCAATTTCATTTTTGACCTTGG
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TCAATTTCATTTTTGACCTTGGTTTAGTCTA
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* * * * * * * *
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7241724 C
64 C
* * * ** * *
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7241788 C
64 C
* * * * ** * * *
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* * * *
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* * *
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* * *
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** * **
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* * * *
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* ** * * *
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* ** * *
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* * * * **
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* * * *
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** ** * *
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* * * * * *
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* * *
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** * * * *
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* * * * *
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* ** * * *
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* * ** *
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* * * *
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* * * *
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* *
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7241968 TTCATTTTT
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Matches: 392, Mismatches: 110, Indels: 39
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Matches are distributed among these distances:
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Found at i:7242090 original size:33 final size:33
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Indices: 7242036--7242215 Score: 200
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7242026 CAAAATATAT
*
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*
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* * * **
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1 ATTTTATTTTTTAACTTCGGCTAAGATCAAGTC
* * *
7242136 ATTTTATTTTTTGACTTCAGCTAAGATTAAGTC
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* * *
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* *
7242202 ATCTTACTTTTTAA
1 ATTTTATTTTTTAA
7242216 TTACAGCTAA
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Matches: 120, Mismatches: 25, Indels: 3
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ATTTTATTTTTTAACTTCGGCTAAGATCAAGTC
Found at i:7243834 original size:26 final size:28
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Indices: 7243805--7243857 Score: 74
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* *
7243831 AAAAAAGAGAAGAAAATAGCTAAAAAA
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7243858 AATAAAATGA
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 2, Indels: 2
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Indices: 7245967--7246012 Score: 74
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7245957 TTACCCGATT
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* *
7245988 GATCAAGTAATGCACTTGATC
1 GATCAAGTAATGCACCTAATC
7246009 GATC
1 GATC
7246013 CATTCTTGAA
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 2, Indels: 0
0.92 0.08 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 23 1.00
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Consensus pattern (21 bp):
GATCAAGTAATGCACCTAATC
Found at i:7262362 original size:87 final size:88
Alignment explanation
Indices: 7262187--7262349 Score: 222
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7262177 AATTTTATAA
* * * * *
7262187 TAAATTTTGAAAAACAAAGTTTCAATCCTACTAAATAGTTGGAGGATTTAAATCTCGAATCATGA
1 TAAATTTTAAAAAACAAAGTTTCAATCCTACCAAATAGTTAGAGGAATTAAATATCGAATCATGA
7262252 ATTATACCAAACAATTAGAGAAT
66 ATTATACCAAACAATTAGAGAAT
* * *
7262275 TAAATTTTAAAAAATAAATTTTCAATCCTACCAAAT-GATTAGA-GAATTAAATATCGAATTATG
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*
7262338 AATTCTACCAAA
65 AATTATACCAAA
7262350 TGATTGGAGA
Statistics
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Consensus pattern (88 bp):
TAAATTTTAAAAAACAAAGTTTCAATCCTACCAAATAGTTAGAGGAATTAAATATCGAATCATGA
ATTATACCAAACAATTAGAGAAT
Found at i:7270463 original size:24 final size:24
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7270421 CATAAAACTT
7270431 GTCATTATCAATTCTATGACCATG
1 GTCATTATCAATTCTATGACCATG
7270455 GTCATTATCAATTCTATGACCATG
1 GTCATTATCAATTCTATGACCATG
7270479 GT
1 GT
7270481 ATTGCTCTCC
Statistics
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1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
24 26 1.00
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GTCATTATCAATTCTATGACCATG
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7271905 CTTTGAATAA
* * * * *
7271915 TTTTTAGATTATTGAAGGCATTTTTTTGTCAAAAACACCTTCAATAATCCCCTTTCATTT
1 TTTTTAGATCATTCAAGGCATTTTTGTGT-AAAAACACCTACAATAATCACCTTTCATTT
* *
7271975 TTTTTAGGATCATTCAAGGCATTTTTGTG-ATAAAACTCCTAGAATAATCACCTTT
1 TTTTTA-GATCATTCAAGGCATTTTTGTGTA-AAAACACCTACAATAATCACCTTT
7272030 AGGTGTTTAT
Statistics
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TTTTTAGATCATTCAAGGCATTTTTGTGTAAAAACACCTACAATAATCACCTTTCATTT
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7272145 ATAAATCCTG
* * ** *
7272155 GATTATTAAAGGTATTTTTGGCCAAAAACACTTTTAATAATTTCCTCCAATTTTTTGGAGGA
1 GATTATTAAAGGTATTTTTGGCCAAAAACACATTCAATAATCCCCACCAATTTTTTGGAGGA
* * * * *
7272217 GATTATTTAAGGTGTTTTTTTGTCAAAAATACATTCAATAATCCCCACCAATTTTTT
1 GATTATTAAAGGT-ATTTTTGGCCAAAAACACATTCAATAATCCCCACCAATTTTTT
7272274 TGGGTTCATT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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GATTATTAAAGGTATTTTTGGCCAAAAACACATTCAATAATCCCCACCAATTTTTTGGAGGA
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7271935 TTTTTTTGTC
* * *
7271945 AAAAACACCTTCAATAATCCCCTTTCATTTTTTTTAGGATCATTCAAGGCATTTTTGTGATAAAA
1 AAAAACGCCTTCAATAAT-CCCTATCATTTTTTTT-GGATCATTCAAGGCATTTTTGTG-TTAAA
* * * * * * * *
7272010 CTCCTAGAATAATCACCTTTAGGTGTTTATGAGTAGATTATTGAAGGCATTTTTGTCCAAAAAAA
63 CGCCTTGAATAATCCCCTTCAGGTATTTATGAGAAGATTATTGAAGGCGTTTTTG-CCCAAAAAA
* * * * *
7272075 TGTCTTGAATAATCCCTAACAAAATATTGAAT-GGGTTTAATAAAGGCATTTTTGGCCAATAATG
127 TGTCTTGAATAATCCCTAACAAAATATTGAATAGGG-TTATTGAAGGCATTTCT-G-AAAAAATG
* * * *
7272139 CCTTGAATAAATCCTGGATTATTAAAGGTATTTTTGGCCAAAAACACTTTTAATAATTTCCTCCA
189 CCTTGAATAAATCCTGGATTATTAAAGGTGTTTTTGACCAAAAACACCTTTAATAA-TCCCTCCA
* * * * *
7272204 ATTTTTTGG-AGGAGATTATTTAAGGTGTTTTTTTGTCA
253 A-TTTTTGGAAGAAGATTATTCAAGGCG-TTTTCT-ACA
* * * * *
7272242 AAAATA--CATTCAATAATCCCCACCAATTTTTTTGGGTTCATTCAAGG-AGTTTTTGTGATTAA
1 AAAA-ACGCCTTCAATAATCCCTATC-ATTTTTTTTGGATCATTCAAGGCA-TTTTTGTG-TTAA
* * * * *
7272304 ATGCCTTCAATAATCCCCTTCAGGTATTTATGACAAGATTATTGAAGGCGTTTTTGTCCAGAAAA
62 ACGCCTTGAATAATCCCCTTCAGGTATTTATGAGAAGATTATTGAAGGCGTTTTTGCCCAAAAAA
* * * *
7272369 TGTCTTGAATCATCCTTAACAAAATATTGAGTAGGGTTATTGAACGCATTTCTAGTAAAAAATGC
127 TGTCTTGAATAATCCCTAACAAAATATTGAATAGGGTTATTGAAGGCATTTCT-G-AAAAAATGC
* ** *
7272434 CTTGAATAAATCCTAGATTATTAAAGACGTTTTTGACCAAAAATACCTTTAATAATCCCTCCAAT
190 CTTGAATAAATCCTGGATTATTAAAGGTGTTTTTGACCAAAAACACCTTTAATAATCCCTCCAAT
* *
7272499 TTTTGGAAGAAGATTATTCGAGCCGTTTTCTACA
255 TTTTGGAAGAAGATTATTCAAGGCGTTTTCTACA
7272533 AAAAACGCCTTCAATAATCACCTATCATTTTTTTTGGATCATT-AAGGCATTTTTGTGTTAAAGC
1 AAAAACGCCTTCAATAATC-CCTATCATTTTTTTTGGATCATTCAAGGCATTTTTGTGTTAAA-C
* *
7272597 GCCTTGAATAATCCCCTTCAGGCT-TTTATGAGGAGATTATTGAAGGTGTTTTTGCCCAAAAAAT
64 GCCTTGAATAATCCCCTTCAGG-TATTTATGAGAAGATTATTGAAGGCGTTTTTGCCCAAAAAAT
* * ** *
7272661 GCCTTGAATAATCCCTAACAAAATATTGAATAAGGTTATTGAAGGTGTTTCTGACCAAAAATACC
128 GTCTTGAATAATCCCTAACAAAATATTGAATAGGGTTATTGAAGGCATTTCTGA--AAAAATGCC
* ** * *
7272726 TTGAATAATTTTTGGATTATTGAAGGTGTTTTT-AGTCAAAAACACCTTTAATAATCACCTCCAA
191 TTGAATAAATCCTGGATTATTAAAGGTGTTTTTGA-CCAAAAACACCTTTAATAATC-CCTCC-A
* * * * *
7272790 ATTTTT-AAAGAGGCTTATTCAAGGCATTTTCTATA
253 ATTTTTGGAAGAAGATTATTCAAGGCGTTTTCTACA
* * * *
7272825 AAAGAACGCCTTCAATAATCCATGGT-TTTTTTATTTGGATTATTCAAGGCATTT
1 AAA-AACGCCTTCAATAATCCCT-ATCATTTTT-TTTGGATCATTCAAGGCATTT
7272879 GTTCCTAGAA
Statistics
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0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.33, C:0.16, G:0.15, T:0.37
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AAAAACGCCTTCAATAATCCCTATCATTTTTTTTGGATCATTCAAGGCATTTTTGTGTTAAACGC
CTTGAATAATCCCCTTCAGGTATTTATGAGAAGATTATTGAAGGCGTTTTTGCCCAAAAAATGTC
TTGAATAATCCCTAACAAAATATTGAATAGGGTTATTGAAGGCATTTCTGAAAAAATGCCTTGAA
TAAATCCTGGATTATTAAAGGTGTTTTTGACCAAAAACACCTTTAATAATCCCTCCAATTTTTGG
AAGAAGATTATTCAAGGCGTTTTCTACA
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Indices: 7280382--7280857 Score: 943
Period size: 242 Copynumber: 2.0 Consensus size: 242
7280372 TTGTTATTTG
7280382 TGTATAAATTAATTTTAAATGTATTAATTATGTTGTCACGTGTAACACATATAATAAATATGTCG
1 TGTATAAATTAATTTTAAATGTATTAATTATGTTGTCACGTGTAACACATATAATAAATATGTCG
7280447 TATTCGTATTTAAATTATTCATATTATTTAAGTATTCGTATCATGTTTGTATCAAAATTATTCGT
66 TATTCGTATTTAAATTATTCATATTATTTAAGTATTCGTATCATGTTTGTATCAAAATTATTCGT
*
7280512 TTTGTGTCTAAAATCGTGTCTGACACGAAACACGTCACGATGACATAAATTGCTAAGTATACCTG
131 TTTGTGTCTAAAATCGTGTCTGACACGAAACACGACACGATGACATAAATTGCTAAGTATACCTG
7280577 CTAATGATGAAGCCATTTAAAGTAGAGCTAAGGATTACATGTAATTA
196 CTAATGATGAAGCCATTTAAAGTAGAGCTAAGGATTACATGTAATTA
7280624 TGTATAAATTAATTTTAAATGTATTAATTATGTTGTCACGTGTAACACATATAATAAATATGTCG
1 TGTATAAATTAATTTTAAATGTATTAATTATGTTGTCACGTGTAACACATATAATAAATATGTCG
7280689 TATTCGTATTTAAATTATTCATATTATTTAAGTATTCGTATCATGTTTGTATCAAAATTATTCGT
66 TATTCGTATTTAAATTATTCATATTATTTAAGTATTCGTATCATGTTTGTATCAAAATTATTCGT
7280754 TTTGTGTCTAAAATCGTGTCTGACACGAAACACGACACGATGACATAAATTGCTAAGTATACCTG
131 TTTGTGTCTAAAATCGTGTCTGACACGAAACACGACACGATGACATAAATTGCTAAGTATACCTG
7280819 CTAATGATGAAGCCATTTAAAGTAGAGCTAAGGATTACA
196 CTAATGATGAAGCCATTTAAAGTAGAGCTAAGGATTACA
7280858 AATTCCATAA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TGTATAAATTAATTTTAAATGTATTAATTATGTTGTCACGTGTAACACATATAATAAATATGTCG
TATTCGTATTTAAATTATTCATATTATTTAAGTATTCGTATCATGTTTGTATCAAAATTATTCGT
TTTGTGTCTAAAATCGTGTCTGACACGAAACACGACACGATGACATAAATTGCTAAGTATACCTG
CTAATGATGAAGCCATTTAAAGTAGAGCTAAGGATTACATGTAATTA
Found at i:7293139 original size:12 final size:12
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Period size: 12 Copynumber: 2.4 Consensus size: 12
7293114 CAAGATTCCA
7293124 CCAAACCTTTAC
1 CCAAACCTTTAC
7293136 CCAAACCTTTAC
1 CCAAACCTTTAC
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1 C-CAAA
7293154 TCTCCATGAT
Statistics
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CCAAACCTTTAC
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Period size: 12 Copynumber: 2.8 Consensus size: 12
7295167 TAACTTCAAG
7295177 AGGTTTCCAATA
1 AGGTTTCCAATA
7295189 AGGTTTCCAATA
1 AGGTTTCCAATA
*
7295201 AGGATTCCA
1 AGGTTTCCA
7295210 TTCTACTAGG
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 1, Indels: 0
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AGGTTTCCAATA
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7297318 CAAGATTCCA
7297328 CCAAACCTTTAC
1 CCAAACCTTTAC
7297340 CCAAACCTTTAC
1 CCAAACCTTTAC
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1 C-CAAA
7297358 TCTCCATGAT
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 0, Indels: 1
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CCAAACCTTTAC
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Indices: 7306605--7306637 Score: 57
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7306595 TAACTTCAAG
7306605 AGGTTTCCAATA
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1 AGGTTTCCAATA
*
7306629 AGGATTCCA
1 AGGTTTCCA
7306638 TTCTACTAGG
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 1, Indels: 0
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AGGTTTCCAATA
Found at i:7308774 original size:12 final size:12
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Indices: 7308759--7308788 Score: 51
Period size: 12 Copynumber: 2.4 Consensus size: 12
7308749 CAAGATTCCA
7308759 CCAAACCTTTAC
1 CCAAACCTTTAC
7308771 CCAAACCTTTAC
1 CCAAACCTTTAC
7308783 CACAAA
1 C-CAAA
7308789 TCTCCATGAT
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 0, Indels: 1
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12 13 0.76
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Consensus pattern (12 bp):
CCAAACCTTTAC
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Indices: 7316288--7316378 Score: 103
Period size: 42 Copynumber: 2.2 Consensus size: 42
7316278 TAAAACTAAC
* * *
7316288 AGTGAAAGTCAATTTTGACTCCCAC-TATATCTTTTATTTTT
1 AGTGAAAGTCAATTTTAACTCCCACTTAAAACTTTTATTTTT
* *** *
7316329 AGTGAAGGTTTCTTTTAACTCTCACTTAAAACTTTTATTTTT
1 AGTGAAAGTCAATTTTAACTCCCACTTAAAACTTTTATTTTT
7316371 AGTGAAAG
1 AGTGAAAG
7316379 CTTCTATTGA
Statistics
Matches: 40, Mismatches: 9, Indels: 1
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AGTGAAAGTCAATTTTAACTCCCACTTAAAACTTTTATTTTT
Found at i:7316365 original size:42 final size:42
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Indices: 7316318--7316401 Score: 123
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7316308 CCCACTATAT
* * * *
7316318 CTTTTATTTTTAGTGAAGGTTTCTTTTAACTCTCACTTAAAA
1 CTTTTATTTTTAGTGAAAGCTTCTATTAACCCTCACTTAAAA
*
7316360 CTTTTATTTTTAGTGAAAGCTTCTATTGACCCTCACTTAAAA
1 CTTTTATTTTTAGTGAAAGCTTCTATTAACCCTCACTTAAAA
7316402 TTACTTTTAT
Statistics
Matches: 37, Mismatches: 5, Indels: 0
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7319642 TATCTTACAG
7319652 AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT
1 AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT
7319700 AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AA
1 AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AA
7319735 AAGTTCAAAA
Statistics
Matches: 80, Mismatches: 0, Indels: 0
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Matches are distributed among these distances:
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AAT
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Indices: 7321019--7321043 Score: 50
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7321009 AGCCCAATTT
7321019 GGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG
1 GGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG
7321044 CGCACCAATT
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 0, Indels: 0
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G
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7326359 AGTTATAATT
*
7326369 AAAAACACAA-TTTTGTTGAAAAGATGAAAAAAAAATTATTTTTATAATTCAACAAAAATGATGT
1 AAAAACACAATTTTTGTTGAAAAGATG-AAAAAAAATTATTTTTATAATTCAACAAAAATGATAT
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*** * *
7326442 AAAGAACATGGTTTTTGTTAAAAATATG-AAAAAAATTATTTTTTCATAAATT-AA-AAAAGATG
1 AAA-AACACAATTTTTGTTGAAAAGATGAAAAAAAATTA-TTTTT-AT-AATTCAACAAAA-ATG
* *
7326504 ATATTTTTCAGATA
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Statistics
Matches: 81, Mismatches: 13, Indels: 12
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TGTAAGAA
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Indices: 7326462--7326767 Score: 305
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7326452 GTTTTTGTTA
* * * * *
7326462 AAAATATGAAAAAAATTATTTTTTCATAAA-TTAAAAAAGATGATATTTTTCAGATAAAAAACAC
1 AAAATAT-AAAAAAAATATTTTTT-A-AAATTTAACAAAGACGATATTTTTAAGATAAAAAACGC
** ** * * *
7326526 AATTTTTGTTGAAAAGA-CAATATTTGTAAGCTAGAAATGTAGTTTTTATTG
63 AATTTTTGTTGAAAAGAGC-ATATTTCAAAAATAAAAACGTAGTCTTTATTG
* * * * * *
7326577 AAAATTTTAAAAACATATTTTTTAGAATTTAACAAAGACGATGTTTTTAAGATAAAAAATGCAAT
1 AAAATATAAAAAAAATATTTTTTAAAATTTAACAAAGACGATATTTTTAAGATAAAAAACGCAAT
* *
7326642 CTTTT-TTGAAAAGAGCATGTTTCAAAAATAAAAACGTCGTCTTTATTG
66 -TTTTGTTGAAAAGAGCATATTTCAAAAATAAAAACGTAGTCTTTATTG
* * * * * *
7326690 CAAATATAAAAAAAATATTTTTTAAAATTTAACAAAAACGACATTTTAAAGAT-AAAAACGTAGT
1 AAAATATAAAAAAAATATTTTTTAAAATTTAACAAAGACGATATTTTTAAGATAAAAAACGCAAT
7326754 TTTTGTTGAAAAGA
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Statistics
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7326762 AAAAGATAGC
* * * * * *
7326772 GTTTCTAATATTAAAATACAATCTTTGTTGAAAGTATGAAAATATATTTTTCAGAATTTAATAAA
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*
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*
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*
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64 AAAATGAT
* * * * *
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1 GTTTCTAAGATAAAAATACAATTTTTGTTGAAAATATGA
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Statistics
Matches: 93, Mismatches: 15, Indels: 4
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AATGAT
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* *
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*
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* *
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*
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* *
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1 A
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1 A
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*
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* **
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*
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* * *
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*
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* *
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*
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*
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*
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* *
7384580 AAATAAAAAATTAAAAATTTATTTAAATA
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* *
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* * * *
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* *
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* *
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* *
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* * * * * * * * **
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* * * * * * * *
7392567 AAATTCCCTAAGAGAGTATTTTGAAAATTTTACCCTTTTTGAAATGCAATTAATGTTTTAAGTTC
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* * * * * * *
7392632 TTTAAAATGATAAATTTCATTCTTAATCCATATAGGTTCCAATTTTATTGTCATAAATTCATTCA
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* * * *
7392697 AGGGTAAAAAATTCACCTTTATTTTTGTTTCAAGTG-GAAAACTTACACCTTTAGATGAAGATTC
191 AGGGTCAAAAATTCACCTTTATTTTTGTTTCAAG-GAGAAAACTTTCACCTTTAGATCAAAATTC
* * * *
7392761 CCAATATCATCCAATGGCCCATATTGTTTACTACCAAAGATGTGATTTTGAAAGCTCTTGAATTA
255 CCAATATCATCCAATGGCCCAGATTGATTACTACCAAAGATGTAATTTTGAAAGCTCTTGAATCA
* * * * * * * *
7392826 AGTGAAAAGATCATTTTATCCTTAATACAAAGTTTTCAATGTTTAGGTCATTTTCTTGGAAGTTA
320 AATCAAAAGACCATTTTATCCCTAAAACAAAGTTTTCAATCTTTAGGCCATTTTCTTGGAAATTA
** * * *
7392891 ATACTTTGGCTTGCATTTGTGTGATTTTAAAGTACCAAAAATCATGAAATAATATGAAATTAAAA
385 ATACTTT-GCTTGCATTTGTGTGATTTTAAACCACAAAAAATCATCAAATAATATGAAAATAAAA
*
7392956 ATTAAAAAGTTTCATGAAAATTCAACATCGAGAAAGTCAAATTACGAAATTACCTCTAATAGGTA
449 ATTAAAAAGCTTCATGAAAATTCAACATCGAGAAAGTCAAATTACGAAATTACCTC--AT--GTA
* * * *
7393021 TTTTGAAAATTTTACACTTCTCAAGGTACTGCCATGGTTTTGAATGCATAAAAAATTATCAAATA
510 TTTTGAAAATTTCACACCTCTCAAGGTACTGCCATGGTTTTGAATACATAAAAAATCATCAAATA
* * * * * * *
7393086 TTTTAAAAATATGATTTGAAAAGTTTTGCAAAAAATTGACTTCGAAAATGTCAATTTACAAATTA
575 TTTTAAAAACATGATTTGAAAAGTTTTACAAAAAACTAACCTCGAAAAGGTCAAATTACAAATTA
* * ** * * *
7393151 CCTTTAAAGGGTATTTTGCTAATTTCACATCTTTTAAAGTACGATTAATGTTTTCAAAATTCTAA
640 CCTTTAAAAGGTATTTTGATAATTTCACATCTTCCAAAGTACAATCAAGGTTTTCAAAATTCTAA
* * **
7393216 AAGTCATCAAATAATATCAAACCATGATTTGGAGCATTTTGCAAAATTCCAACCTTGAAAAAGTA
705 AAATCATCAAATAATATCAAACCATGATTTGAAGCATTTCACAAAATTCCAACCTTGAAAAAGTA
** *
7393281 AAATGACGAAAATACCTTTAAAGGTATTTTTGTAATTTCACACCTCCTAATATGTGATCTGGGTT
770 AAATGACGAAAATACCCATAAAGGTATTTTTGTAATTTCACACCTCCTAATATGTGATCTGGATT
7393346 TTTAATGAATCAAAAATCTTT
835 TTTAATGAATCAAAAATCTTT
* *
7393367 AAAAAATATTCAATTATGATTTGTAAATTTTCATGAAAATTTAACTTCAAAAAAGTCAAATTACA
1 AAAAAATA-TCAATTATGATTTGAAAATTTTCATAAAAATTTAACTT-AAAAAAGTCAAATTACA
* *
7393432 AAAATACCCATAAAAGATATTTTGATAATTTTATCATTCTCGAAGTGCAATCAATATTTTTAGAG
64 AAAATTCCC-TAAAAGATATTTTGATAATTTTA-CATTTTCGAAGTGCAATCAAT-TTTTTAGA-
* * *
7393497 CTTTAAAATTATAAAATTCAATCTTAATCCATATTGGTTCTAATTTGATTGTCACACATTCATCC
125 CTTTAAAATCATAAAATTCAATCTTAATCCATATTGGTTCCAATTTGATTGTCACAAATTCATCC
* * * * * *
7393562 AAGGGTCTAAAATTCACCCTTGTTTTTGTTTTACGGAGCAAACTTTCA-CTCTTAGATCAAAATT
190 AAGGGTCAAAAATTCACCTTTATTTTTGTTTCAAGGAGAAAACTTTCACCT-TTAGATCAAAATT
* * * * * * * ** *
7393626 TCCAATGTGAT-CAATGGTCTAGATT-ATTATTGCCTGAGATGTAATTTTGAAAGCTCTTGGATC
254 CCCAATATCATCCAATGGCCCAGATTGATTACTACCAAAGATGTAATTTTGAAAGCTCTTGAATC
*
7393689 AAATCAAAAGACCATTTTATCCCTAAAACAAAGTTTT-AATTCTTTAGGCCATTTTTTTGGAAAT
319 AAATCAAAAGACCATTTTATCCCTAAAACAAAGTTTTCAA-TCTTTAGGCCATTTTCTTGGAAAT
* * * *
7393753 TAATGCTTT-CATGTTCTTTTTTTGTGATTTTAAACCACAAAAAAT-ATCAAATAATATGAAAAT
383 TAATACTTTGC-T-TGC-ATTTGTGTGATTTTAAACCACAAAAAATCATCAAATAATATGAAAAT
** * *
7393816 -AAAATCTCGAAAGCTTCATGAAAATT-AGACATCGAGAAGGTCAAATTATGAAATTA-C-C-T-
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** ** * *
7393875 TATTTTGGTAATTTCACACCTCTCAAGGTGTTGTCATGGTTTTGAATAC-TCCAAAAATCATCAA
508 TATTTTGAAAATTTCACACCTCTCAAGGTACTGCCATGGTTTTGAATACAT-AAAAAATCATCAA
* * * *
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* * *
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* ** * *** *
7394066 ATTTTAAAAATTGTCAAATAATATCAAACCTTGATTTGAAGCATTTCACAAAATTTTGA-CTTTA
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* * * * *
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* *
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* * ** *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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AATCATAAAATTCAATCTTAATCCATATTGGTTCCAATTTGATTGTCACAAATTCATCCAAGGGT
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TCATCCAATGGCCCAGATTGATTACTACCAAAGATGTAATTTTGAAAGCTCTTGAATCAAATCAA
AAGACCATTTTATCCCTAAAACAAAGTTTTCAATCTTTAGGCCATTTTCTTGGAAATTAATACTT
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AGCTTCATGAAAATTCAACATCGAGAAAGTCAAATTACGAAATTACCTCATGTATTTTGAAAATT
TCACACCTCTCAAGGTACTGCCATGGTTTTGAATACATAAAAAATCATCAAATATTTTAAAAACA
TGATTTGAAAAGTTTTACAAAAAACTAACCTCGAAAAGGTCAAATTACAAATTACCTTTAAAAGG
TATTTTGATAATTTCACATCTTCCAAAGTACAATCAAGGTTTTCAAAATTCTAAAAATCATCAAA
TAATATCAAACCATGATTTGAAGCATTTCACAAAATTCCAACCTTGAAAAAGTAAAATGACGAAA
ATACCCATAAAGGTATTTTTGTAATTTCACACCTCCTAATATGTGATCTGGATTTTTAATGAATC
AAAAATCTTT
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* **
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* **
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*
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ATT
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* *
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* * * *
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* * * *
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* *
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* * * ** * * *
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* *
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* * * * * * *
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* * * ** * * * ** * **
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* * *
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* * * * * * * * *
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** * ** * * * * * * * *
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* * * * *
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** * * **
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* * * * * * ** ***
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* *
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* * * **
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* * * * * * *
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* * *
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310 TAA-AATAA---AATTAAT-TTATTAATATTTCAA-AA-A--TT---AA-TAGTAAGAG
** * * ** * * *
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* ** * * ** * * * *
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* * * * * *
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* *
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186 AATAAATATGTTTACCAAACTAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAA
* * * * * *
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250 TTGTTATGACATTTTGTTTTG-TCATAAAACAATTTTTTTA--TCATAAAAGTTTATTCGAAATA
* * * *
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* * * ** * * *
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1 ATTTAAAAAATA-AATTTGTTTACTT-AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATC
* * * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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256 TGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTTATCATAAAAGTTTATTCGAAATAAAATAAAA
* *
7411396 TGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATATGTACGAG
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* * * *
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1 ATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTTAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTA
* * * * * * *
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66 TTTAAAATCATTATGACTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTTTATTCATACAAGTTTATTC
* * *
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* * * *
7411628 GTTTATCAAACTAATTCAAATAGTTATGACCATTTGAGCAATTATTTATTTTAAATTGTTATG--
195 GTTTACCAAACTAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGAC
* * * ** * * * * * *
7411691 ATTTTGTTCTGTTATAAAATAA-TAATTTATGCTTATACAAGCTTATTCGGATTAAAATAATACT
260 ATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTAT-C--ATAAAAGTTTATTCGAAATAAAATAAAATT
* * * * * *
7411755 AATTTTTTAATATTTCGACAATTAATAAGGAAAAA
322 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-AGTAAGAG
* * * * * *
7411790 ATTTTAAAAATAAATATGTTTAAC-GAACTAAATT-AAATAGTCATGACTATTTGAATAAATATC
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* * ** * * * * * **
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* * *
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128 TTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAAT-A-A-GAGATTTAAAAAAT
* * * * * * * ** * *
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* * * *
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* * *
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* * ** *
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* * * *
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* * * * * *
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** * * * * * * ** *
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* * * * * * * *
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*
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* * *
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* * * * * ** * * *
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* ** * * * *
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127 ATTCGAAATAAAATAATACTA-ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG---AGATTTAAAAAA
** * * * *
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* * * * *
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*
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* * * * * * *
7413124 TCGTTATCATATTTTATTTTGTTATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAA-ATTATTC-ACAAT
250 TTGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTTA-TCATA-AAAGTTTATTCGA-AAT
*** *
7413187 AAAATAGTCTTAATTTATTAACATTTCAAAAATT-A-A-TAAGAG
311 AAAATAAAATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAGTAAGAG
* * * *
7413229 ATTTAAAAACTAAATTTGTTTA-TTGAACTAGCTCAAATAGTTATGATTATTTGAA-AATTAATC
1 ATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTT-AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATT-ATC
* * * ** * * * * * * * *
7413292 TATCTCAAATTGA-TATG-CTTTTCATTTTTTCATAAAAAAATTATATCTGTTCATATAAGCTTG
64 TAT-TTAAAATCATTATGACTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTTTATTCATACAAGTTTA
* * * * *
7413355 TTC-AAAGTAAAATATTACTAAATTAATAATATTTTAAAAAATTAAT--GAGGTTTAAAAAATAA
128 TTCGAAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAA
* * ** * * * *
7413417 ATGTGTTTACCGAACCAGTTCAAATAATTAATTCAAATAATTAAAATTATTAGAATAATTATCTA
191 ATATGTTTACC-AA--A---C-------TAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTA
** * * * * * * * * * * *
7413482 TTTCAAATCATTCTGACCTTTTATTTTGTTATAAAATAATTATTTCAGTTCATAGATGCTTATTT
243 TTTCAAATTGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTA--TCATAAAAGTTTATTC
* * * * * * * *
7413547 GAAATAAAATTATACTAATTTATTAACA-TTAAAAAATTAATAAATTAGAA
306 GAAATAAAATAAAATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-AGTAAGAG
* * * * *
7413597 ATTTTAAAAAATAAATTCGTTTA-TCGAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTAAATAACTATC
1 A-TTTAAAAAATAAATTTGTTTACT-TAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATC
*
7413661 TATTTCAAAT
64 TATTTAAAAT
7413671 AGTTATTTGA
Statistics
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0.73 0.17 0.11
Matches are distributed among these distances:
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ATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTTAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTA
TTTAAAATCATTATGACTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTTTATTCATACAAGTTTATTC
GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATATG
TTTACCAAACTAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACA
TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTATCATAAAAGTTTATTCGAAATAAAATAAAATTAATT
TATTAATATTTCAAAAATTAATAGTAAGAG
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7412039 AATTATTATA
7412049 ATATTTTGTTTTG-TCATAAAAT
1 ATATTTTGTTTTGTTCATAAAAT
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1 ATAT-TTTGTTTTGTTCATAAAA
7412093 GTTTATTTCG
Statistics
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ATATTTTGTTTTGTTCATAAAAT
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7410835 AAGCTAATTT
* * *
7410845 GGAATAAAAAAATCCAAATTTATTAACA-TTCGAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTGAAAAAATA
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60 AATATGTTTA-CTAACTAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATTAT
* * *
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* * * * * *
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* ** * * * *
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247 CGAACAAATTCAAATAGTAATGACTATTT-AATAATTATCTATT-CAAATAATTATAACATTTTA
* * * * *
7411164 TTTTGTTACAAAACAATATTTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATATTACTAATATAT
310 TTTTGTCATAAAA-ATTA-TTTC-ATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAATAAT-TAT
* * * *
7411229 TAATATTTCAAAAATTAATA-AGTGATTTAAGAAGTAAATCTATTTACCAAATCAA-TTCAAATA
371 TAATATTT-AAAAATTAATATAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAAT-AAGTTCAAATA
** * * * * * *
7411292 ATTATGGTCATTTCAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTGGTTGGTCATATAACAA
434 ATTATACT-ATTTCAACAATTATATATCTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA
* * * * *
7411357 TTGTTTTT-ATCAGACAAGTTTATTCGAAATAAAATAAAATGAATTTATTAATATTTCAAAAATT
498 TTGTTTTTGTTCATAAAAGTTTATTCG-AATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTCAAAAATT
** * * * *
7411421 AATATGTACGAGATTTAAAAAATAATTTTGTTTACTTAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTG
562 AATA-GTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACAAGTTTAAATAATTATGACTATTTG
* * * * *
7411486 AATAATTATTTATTTAAAATCGTTATGACTTTTTGCTTTATCATAAAACAAATATTTTTATTTAT
626 AATAATTATTTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTTTATTCAT
* *
7411551 ATAAGTTTGTTT
691 ATAAGTTTATTC
*
7411563 GGAATAAAAAAAATACTAATATATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATAT
1 GGAAT-AAAAAAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATAT
* * * * *
7411628 GTTTATCAAACTAATTCAAATAGTTATGACCATTTGAGCAATTATTTATTTTAAATTGTTATGAT
65 GTTTA-CTAACTAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATTATTATGAT
* * * * *
7411693 TTTGTTCTGTTATAAAATAATAATTTATGCTT-ATACAAGCTTATTCGGATTAAAATAATACTAA
129 TTTGTT-TGTTATAAAACAATTATTTATG-TTCATAAAAG-TTATTCGAAATAAAATAATACTAA
* * * * *
7411757 TTTTTTAATATTTCGACAATTAATAAGGAAAAAATTTTAAAAATAAATATGTTTAACGAACTAAA
191 TTTATTAATATTTCGAAAATTAATAAGGAAAAGATTTTAAAAATAAATTTGTTTATCGAAC-AAA
* * ** * *
7411822 TT-AAATAGTCATGACTATTTGAATAAATATCTAGTTCAAATTGTTATAACTTTTTATTTTATCA
255 TTCAAATAGTAATGACTATTT-AATAATTATCTA-TTCAAATAATTATAACATTTTATTTTGTCA
* ** *
7411886 TATAAAATTATTTCAGTTCATATAAAATTATTCAAAATAAAATAATATTAAGTTATTAATATTCT
318 TA-AAAATTATTTCA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAATAA-TTATTAATATT-T
*
7411951 AAAAATTAATGATACGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAATAAGTTTAAATAATTATAAC
379 AAAAATTAAT-ATA-GAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAATAAGTTCAAATAATTAT-AC
* * * ** * *
7412016 TATTTCAACAATTATATACCTGAAATTATTATAATATTTTGTTTTGTCATAAAATATATATTTTT
441 TATTTCAACAATTATATATCTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA-AT-TGTTT
7412081 TTGTTCATAAAAGTTTATTTCGAATAAAATAATATAAATTTATTAATA-TT-AAGACAATTAATG
504 TTGTTCATAAAAGTTTA-TTCGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTCAA-A-AATTAAT-
**
7412144 AGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACAAGTTTAAATCTTTATGACTATTTGAATA
565 AGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACAAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAATA
* * * *
7412209 ATTATTTATTTCAAATTATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAA
630 ATTATTTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTTTATTCATATAA
7412274 GTTTATTC
695 GTTTATTC
* * * * * *
7412282 GGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAACAAATAATAGGTAAAAGATTTAAGAAATAAA
1 GGAATAAAAAAATACTAATTTATTAATATTTCAA-AAAT--TA-ATAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * * * * * * *
7412347 TATGTTTACTGATTAGTTCAAATTGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTGTG
62 TATGTTTACTAACTAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATTATTATG
* *
7412412 ACATTTTGTTT-TATAATAAAACAATTATTTCA-GTTCATATAAGTATATTTGAAATAAAATAAT
127 --ATTTTGTTTGT-T-ATAAAACAATTATTT-ATGTTCATAAAAGT-TATTCGAAATAAAATAAT
* ** * * * *
7412475 TCTAATTTATTAATATTAAGAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAA
186 ACTAATTTATTAATATTTCGAAAATTAATAAGGAAAAGATTTTAAAAATAAATTTGTTTATCGAA
* * * * * * *
7412540 -AATATTCAAATAGTTATGACTATCTAAGTAATTATCAATTTCAAAAAATTATGACCTTTTGTTT
251 CAA-ATTCAAATAGTAATGACTATTTAA-TAATTATCTA-TTCAAATAATTATAACATTTTATTT
** * * **
7412604 TGTCATAAATAATTGGTTCTATTCATGCAAGCTTGTTTTAAATAAAATAA-AATATATTTATTAA
313 TGTCATAAA-AATTATTTC-ATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAATA-A-TTATTAA
* * * * * *
7412668 TATTTTAAAATTTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATGCTT-TTT---AAACACGTTCGAATA
374 TA-TTTAAAAATTAAT-A-TAGAGATTTAAAAAATAAAT--TTATTTACCAAATAAGTTCAAATA
* * * * * * *
7412729 GTTATGACTATTTGAATAATTATTTATCTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAA
434 ATTAT-ACTATTTCAACAATTATATATCTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA
* * *
7412794 TTGTTTTTGTTCATAAAAATTTATTCAGAATAAAATAATATTAATTTATTAAAATTTCAAAAATT
498 TTGTTTTTGTTCATAAAAGTTTATTC-GAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTCAAAAATT
* * * ***
7412859 AATAAGCAAAA-ACTTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAGTGAGTTTAAATAATTATGACTATTT
562 AAT-AGTAAAAGA-TTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACAAGTTTAAATAATTATGACTATTT
* * * * * *
7412923 AAATAACTGTTTTTTTCAAATCATTATGA-TCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTATTTCTATTC
625 GAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGACT-TTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTTTATTC
*
7412987 ATATAATTTTATTC
689 ATATAAGTTTATTC
* * *
7413001 GAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTAT-AAAAATTAATAAGTATGAGATTTAAAAAATAA
1 GGAATAAAAAAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAAT-A--A-GAGATTTAAAAAATAA
* * ** * * * * * *
7413065 ATTTATTTGTTGAAC-AAGTTTC-AACAGTCATG-TTCATTTAAACTATTATTTATTTCAAATCG
61 ATATGTTTACT-AACTAA--TTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATTTATTT-AAA--A
* * * * *
7413127 TTATCAT-ATTTTATTTTGTTATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAAATTATTC-ACAATAAA
119 TTATTATGATTTT-GTTTGTTATAAAACAATTATTTATGTTCATA-AAAGTTATTCGA-AATAAA
* * *
7413190 ATAGT-CTTAATTTATTAACATTTCAAAAATTAATAA-G---AGA-TTTAAAAACTAAATTTGTT
181 ATAATAC-TAATTTATTAATATTTCGAAAATTAATAAGGAAAAGATTTTAAAAA-TAAATTTGTT
* * ** * * * *
7413249 TATTGAACTAGCTCAAATAGTTATGATTATTTGAA-AATTAATCTATCTCAAAT--TGATATGC-
244 TATCGAACAAATTCAAATAGTAATGACTATTT-AATAATT-ATCTAT-TCAAATAATTATA-ACA
* * * * * * * *
7413310 TTTTCATTTTTTCATAAAAAAATTATATCTGTTCATATAAGCTTGTTCAAAGTAAAATATTACTA
305 TTTT-ATTTTGTCAT--AAAAATTATTTC-ATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAAT-
* * * * * **
7413375 AATTAATAATATTTTAAAAAATT-A-AT-GAGGTTTAAAAAATAAATGTGTTTACCGAACCAGTT
365 AATTATTAATA-TTT-AAAAATTAATATAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAATAAGTT
7413437 CAAATAATTA
428 CAAATAATTA
7413447 ATTCAAATAA
Statistics
Matches: 1522, Mismatches: 275, Indels: 178
0.77 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
710 1 0.00
711 5 0.00
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ACGTcount: A:0.43, C:0.08, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (702 bp):
GGAATAAAAAAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATATG
TTTACTAACTAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATTATTATGATTT
TGTTTGTTATAAAACAATTATTTATGTTCATAAAAGTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAT
TAATATTTCGAAAATTAATAAGGAAAAGATTTTAAAAATAAATTTGTTTATCGAACAAATTCAAA
TAGTAATGACTATTTAATAATTATCTATTCAAATAATTATAACATTTTATTTTGTCATAAAAATT
ATTTCATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAATAATTATTAATATTTAAAAATTAATAT
AGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAATAAGTTCAAATAATTATACTATTTCAACAATTAT
ATATCTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATAAAAGTTTA
TTCGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAGTAAAAGATTTAAAAAATAA
ATTTGTTTACTAAACAAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTA
TGACTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTTTATTCATATAAGTTTATTC
Found at i:7412472 original size:180 final size:180
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Period size: 181 Copynumber: 22.4 Consensus size: 180
7409604 TATTAAGAAA
* *** * *
7409614 ATTTAAAAAGA-AAATCTGTTTACTAAACCTTTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATCT
1 ATTTAAAAA-ATAAATATGTTTACT-AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTT
* ** * * * * *
7409678 ATTTCAAATCT-TTATGACCTTTTACTTTGTCATCAAACAATTGGTTT-TGTTCATACTATTTTA
64 ATTTCAAAT-TATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-ATTTCAGTTCATACAAGTTTA
* * * * * ** *
7409741 TTTGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAACTTAATAACCAAAAA
127 TTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAG
* * ** * * * * * * * *
7409795 AATTAAAAAATAAATCTAATTGCTGAGCCAGTTTAAATAGTTAAGATTATATGAACAATTATTTA
1 ATTTAAAAAATAAATATGTTTACT-AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTA
* ** * * * * * ** *
7409860 TTTTAAATCGTTATGACATTTT-TTTT-ACGTAAAATAATTGTTT-TGTTTGTACAAGCTTATTC
65 TTTCAAATTATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGTTTATTC
* * *
7409922 TG-ATTAAAATAATATTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGG
130 -GAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AAG
* * * * * *
7409974 TTTTAAAAAATAAAT-TAGTTTATCGAATTCAA-TTCAAATGGTTAAGATTATTAGAATAATTAT
1 ATTTAAAAAATAAATAT-GTTTA-CTAA--CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTAT
* ** ** * * * * * * **
7410037 TTATTTGAAATCGTTCGGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAATTTATACAAACTTA
62 TTATTTCAAATTATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGTTTA
* * * *
7410102 TT-TAGAATAAATTAATACTAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAG-AAAGAG
127 TTCGA-AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAA-AG
* * * * * * *
7410156 ATTTAAAAATATAAATTTGTTTATCGAACAAATTCAAATAGTTGTTACTTTTTGAATAATTGTTT
1 ATTTAAAAA-ATAAATATGTTTA-CTAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTT
* * ** * * * * *
7410221 ATTT-AAAGTCATTATAATC-TTTTAATTTATCATAAAACAATTGTTTCAGTTAATAGAAGCTTA
64 ATTTCAAA-TTATTATGA-CATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAG-TTT
* * **
7410284 AAT-GGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTTTAAAA-TAATAAGTAATAAG
126 ATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATA-TTTCAAAAATTAATAAGTAA-AAG
* * * * **
7410339 AAATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAATC-AGTTAAAATAATTATGGTTATTTGAATAATTAT
1 --ATTTAAAAAATAAATATGTTTA-CTAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTAT
* * * * * * ** ***
7410403 CTGTTTCAAATTATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTTTA-ACCATACAAGCAC
62 TTATTTCAAATTATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-ATTTCAGTTCATACAAGTTT
* * * *
7410467 ATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAT
126 ATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAG
* * * *
7410521 ATTT-AAAAATAAA-ACTGTTTACCGAACCTA-TTCAAATAGTTATGACTGTTTGAACAATTATT
1 ATTTAAAAAATAAATA-TGTTTA-CTAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATT
* * * * * * * * ** * * *
7410583 AATCTT-AAATCATTA--AGATCTTTATTCTGTCGTAAAATAATTGTTTTTG-ACTATAGAAGCT
63 TAT-TTCAAATTATTATGACAT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAGTTC-ATACAAGTT
* * * * *
7410644 TATTCGGTTGAAAATAATACTAAT-TTAATAATATTTTAATATTTTAATAATATTTTAAGAATTA
125 TATTC----G-AAATAA-AATAATATTAAT--T-TATTAATATTTCAA-AA-A--TTAATAAGT-
7410708 ATAAGAG
176 A-AA-AG
** ** * ** * * * *
7410715 ATTTAAAAAATAAACGTGTTTGTTGAACTAGTTCAAATAGTTAAAATTATTAGAATAGTTATCTA
1 ATTTAAAAAATAAATATGTTTACT-AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTA
* * * * *** * * * *
7410780 TTTTAAATTGTTTTGACATTTTGTTTAGTCATAAAATGTTTGTTTCA-TATCTTACAAGCTAATT
65 TTTCAAATTATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAGT-TCATACAAGTTTATT
* * * *** *
7410844 TGGAATAAAAAAATCCAAATTTATTAACA-TTCGAAAAATTAATAAGTAAAAG
129 CGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAG
*
7410896 ATTTGAAAAAATAAATATGTTTACCTAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTT
1 ATTT-AAAAAATAAATATGTTTA-CTAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTT
* * * * *
7410961 ATTTAAAATTATTATGACTTTTTGCTTTGAT-ATAAAACAATTATTTTAGTTCATAAAAGTTTAT
64 ATTTCAAATTATTATGACATTTTGTTTTG-TCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGTTTAT
* * * * * *
7411025 CCAAAATAAAAT-ATACTAATTTCTTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAG
128 TCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAG
* * * * * ** * * * *
7411077 -TTTAAAAAA-ATAATTTTTTTATTGAACAAATTCAAATAGTAACAACTATTTAAACAATTGTCT
1 ATTTAAAAAATA-AATATGTTTACT-AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTT
** * * * * * * *
7411140 ATTGAAAATCATTATAACATTTTATTTTGTTACAAAACAA-TATTTTCAATTCATACAAGCTTAT
64 ATTTCAAATTATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTA-TTTCAGTTCATACAAGTTTAT
* * * *
7411204 TCAAAATAAAATATTACTAATATATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT----G
128 TCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAG
* * * * * * * * * *
7411253 ATTTAAGAAGTAAATCTATTTACCAAATCAA-TTCAAATAATTATG-GTCATTTCAACAATTATC
1 ATTTAAAAAATAAATATGTTTA-CTAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAATAATTATT
* * * * * * * * *
7411316 TATTTCAAATTGTTATTACCTTTTGGTTGGTCATATAACAATTGTTT--TTATCAGACAAGTTTA
63 TATTTCAAATTATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAGT-TCATACAAGTTTA
* * * **
7411379 TTCGAAATAAAATAAAATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATATGTACGAG
127 TTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAG
* * * *
7411433 ATTTAAAAAATAATTTTGTTTACTTAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATTTA
1 ATTTAAAAAATAAATATGTTTAC-TAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTA
* ** * * * * * * * *
7411498 TTTAAAATCGTTATGACTTTTTGCTTTATCATAAAACAAATATTTTTA-TTTATATAAGTTTGTT
65 TTTCAAATTATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTA-TTTCAGTTCATACAAGTTTATT
* * * * *
7411562 TGGAATAAAAAAAATACTAATATATTAATATTTCAAAAATTAATAAG----AG
129 CGAAAT-AAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAG
* * **
7411611 ATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAACTAA-TTCAAATAGTTATGACCATTTGAGCAATTATTT
1 ATTTAAAAAATAAATATGTTTA-CTAAC-AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTT
* * * * * * *
7411675 ATTTTAAATTGTTATG--ATTTTGTTCTGTTATAAAATAATAATTT-ATGCTT-ATACAAGCTTA
64 ATTTCAAATTATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCA-G-TTCATACAAGTTTA
* * * * * * * *
7411736 TTCGGATTAAAATAATACTAATTTTTTAATATTTCGACAATTAATAAGGAAAAA
127 TTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAG
* * * * * *
7411790 ATTTTAAAAATAAATATGTTTAACGAACTAAATT-AAATAGTCATGACTATTTGAATAAATATCT
1 ATTTAAAAAATAAATATGTTT-ACTAAC-AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTT
* * * * * * * * **
7411854 AGTTCAAATTGTTATAACTTTTTATTTTATCATATAA-AATTATTTCAGTTCATATAAAATTATT
64 ATTTCAAATTATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGTTTATT
* * * **
7411918 CAAAATAAAATAATATTAAGTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATGA-TACGAG
129 CGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAG
* * * * * * * * * *
7411969 ATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAATAAGTTTAAATAATTATAACTATTTCAACAATTATATA
1 ATTTAAAAAATAAATATGTTTA-CTAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTA
** * * * * * ** *
7412034 CCTGAAATTATTATAATATTTTGTTTTGTCATAAAATATATATTTTTTTGTTCATAAAAGTTTAT
65 TTTCAAATTATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACA-AT-TATTTCAGTTCATACAAGTTTA-
* *
7412099 TTCG-AATAAAATAATATAAATTTATTAATA-TT-AAGACAATTAATGAGTAAAAG
127 TTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAA-A-AATTAATAAGTAAAAG
* * **
7412152 ATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACAAGTTTAAATCTTTATGACTATTTGAATAATTATTTA
1 ATTTAAAAAATAAATATGTTTACT-AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTA
* **
7412217 TTTCAAATTATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGTTTATTC
65 TTTCAAATTATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGTTTATTC
* * *
7412282 GGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAACAAA-TAATAGGTAAAAG
130 GAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAA-AAATTAATAAGTAAAAG
* * ** * * *
7412333 ATTTAAGAAATAAATATGTTTACTGATTAGTTCAAATTGTCATGACTATTTGAATAATTATCTAT
1 ATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTAT
* * * * * * *
7412398 TTCAAATCATTGTGACATTTTGTTTTATAATAAAACAATTATTTCAGTTCATATAAGTATATTTG
66 TTCAAATTATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGTTTATTCG
* * *
7412463 AAATAAAATAAT-TCTAATTTATTAATA-TTAAGAAAATTAATGAGTAAGAG
131 AAATAAAATAATAT-TAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGTAAAAG
* * * * *
7412513 ATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAA-AATATTCAAATAGTTATGACTATCT-AAGTAATTATC
1 ATTTAAAAAATAAATATGTTTA-CTAACAA-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-TAATTATT
* ** * * ** * * *
7412576 AATTTCAAAAAATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAATAATTGGTTCTA-TTCATGCAAGCTTG
63 TATTTCAAATTATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTC-AGTTCATACAAGTTTA
** * * *
7412639 TTTTAAATAAAATAA-AATATATTTATTAATATTTTAAAATTTAATAAGTAAAA-
127 TTCGAAATAAAATAATATTA-ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAG
* * * *
7412692 ATTTAAAAAATAAATGCTTTTTA--AACACGTTCGAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTA
1 ATTTAAAAAATAAAT-ATGTTTACTAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTA
* ** * * * ** * *
7412755 TCTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTTTGTTCATAAAAATTTATTC
65 TTTCAAATTATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGTTTATTC
* *
7412820 -AGAATAAAATAATATTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGCAAAA-
130 GA-AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAG
* * ** * * * * *
7412870 ACTTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAGTGAGTTTAAATAATTATGACTATTTAAATAACTGTTT
1 A-TTTAAAAAATAAATATGTTTACTAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTT
* * * * * *
7412935 TTTTCAAATCATTATGATC-TTTTGTTTTATCATAAAATAATTATTTCTA-TTCATATAATTTTA
64 ATTTCAAATTATTATGA-CATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTC-AGTTCATACAAGTTTA
**
7412998 TTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTAT-AAAAATTAATAAGTATGAG
127 TTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAAAAG
* * ** * * * *
7413052 ATTTAAAAAATAAATTTATTTGTTGAACAAGTTTC-AACAGTCATG-TTCATTTAAACT-ATTAT
1 ATTTAAAAAATAAATATGTTTACT-AACAAG-TTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAA-TAATTAT
** * * * * **
7413114 TTATTTCAAATCGTTATCATATTTTATTTTGTTATAAAACAATTATTTCTA-TTCATACAAAATT
62 TTATTTCAAATTATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTC-AGTTCATACAAGTTT
* * *
7413178 ATTC-ACAATAAAATAGTCTTAATTTATTAACATTTCAAAAATTAATAAG----AG
126 ATTCGA-AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAG
* * * * * * *
7413229 ATTTAAAAACTAAATTTGTTTATTGAACTAGCTCAAATAGTTATGATTATTTGAA-AATTAATCT
1 ATTTAAAAAATAAATATGTTTACT-AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATT-ATTT
* * * * * * * * *
7413293 ATCTCAAATTGA-TATG-C-TTTTCATTTTTTCATAAAAAAATTATATCTGTTCATATAAGCTTG
64 ATTTCAAATT-ATTATGACATTTT-GTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGTTTA
* * * * *
7413355 TTC-AAAGTAAAATATTACTAAATTAATAATATTTTAAAAAATTAAT--G----AG
127 TTCGAAA-TAAAATAATATTAATTTATTAATA-TTTCAAAAATTAATAAGTAAAAG
* * * * * * *
7413404 GTTTAAAAAATAAATGTGTTTACCGAACCAGTTCAAATAATTAATTCAAATAATTAAAATTATTA
1 ATTTAAAAAATAAATATGTTTA-CTAACAAGTTC--A-AA-TAGTT---ATGACT---A-T-TT-
* * * * * * *
7413469 GAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTGACCTTTTATTTTGTTATAAAATAATTATTTCAGTTCA
52 GAATAATTATTTATTTCAAATTATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCA
* * * * * * * * *
7413534 TAGATGCTTATTTGAAATAAAATTATACTAATTTATTAACA-TTAAAAAATTAATAAATTAGAAA
117 TACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-AAGTA-AAA
7413598 -
180 G
* * * * * *
7413598 TTTTAAAAAATAAAT-TCGTTTATCGAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTAAATAACTATCT
1 ATTTAAAAAATAAATAT-GTTTA-CTAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTT
7413662 ATTTCAAAT
64 ATTTCAAAT
7413671 AGTTATTTGA
Statistics
Matches: 3021, Mismatches: 661, Indels: 388
0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
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179 381 0.13
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197 4 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
ATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTAT
TTCAAATTATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGTTTATTCG
AAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAG
Found at i:7412740 original size:900 final size:893
Alignment explanation
Indices: 7410861--7413301 Score: 2193
Period size: 900 Copynumber: 2.7 Consensus size: 893
7410851 AAAAAATCCA
* * * *
7410861 AATTTATTAACA-TTCGAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTGAAAAAATAAATATGTTTACCTAAC
1 AATTTATTAATATTTCG-AAAATTAATAAGGAAAAAATTT-AAAAAATAAATATGTTTAAC-AAC
* * * * * * * ** * * *
7410925 -AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATTATTATGACTTTTTGCTTT
63 TAAATT-AAATAGTCATGACTATTTGAATAAATATCTATCTCAAATCGTTATAACCTTTT-ATTT
* * * * * * *
7410989 GAT-ATAAAACAATTATTTTAGTTCATAAAAGTTTATCCAAAATAAAAT-ATACTAATTTCTTAA
126 TATCAT-AAACAATTATTTCAGTTCATAAAAATTTATTCAAAATAAAATAATATTAAGTTATTAA
* * * * * *** * * *
7411052 TATTTCAAAAATTAATAAGC-AAGAGTTTAAAAAA-ATAATTTTTTTATTGAACAAATTCAAATA
190 AATTTCAAAAATTAATAAGCAAAAACTTTAAAAAATA-AATCTATTTACCAAATAAGTTTAAATA
* * * * * * * * * * * * * *
7411115 GTAACAACTATTTAAACAATTGTCTA-TTGAAAATCATTATAACATTTTATTTTGTTACAAAACA
254 ATTATAACTATTTAAACAACTATATACCT-CAAATCATTATAATATTTTGTTTTATCATAAAATA
* * * * * *
7411179 A-TATTTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATATTACT-AATATATTAATATT-TCAAA
318 ATTA-TTTCTATTCATAAAAGTTTATTCGAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTAT-AAA
* * * * * * * * *
7411241 AATTAATAAGT----GATTTAAGAAGTAAATCTATTTACCAAATCAA-TTCAAATAATTATGGTC
380 AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACTAAA-CAAGTTTAAACAGTCATGCTC
* * * * * * * *
7411301 ATTTCAAC-AATTATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTGGTTGGTCATATAACAATTGTTTTT
444 ATTTAAACTAATTATTTATTTCAAATTGTTATCACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTT
* * * * *
7411365 ATCAGACAAGTTTATTCGAAATAAAATAAAATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATATGTAC
509 TTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAA-TAATA-GTAA
* * * *
7411430 GAGATTTAAAAAATAATTTTGTTTACTTAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTAT
572 GAGATTT-AAAAATAAATTTGTTTAC-TGACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTAT
* * * * * * * * *
7411495 TTATTTAAAATCGTTATGACTTTTTGCTTTATCATAAAACAAATATTTTTATTTATATAAGTTTG
635 CTATTTCAAATCATTATGACATTTTGCTTTATAATAAAACAAATATTTTCATTCATATAAGTATA
* *
7411560 TTTGGAATAAAAAAAATACTAATATATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAA
700 TTTGAAATAAAAAAAATACTAATATATTAATATTTAAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * ** * ***
7411625 TATGTTTATCAAACTAATTCAAATAGTTATGACCATTTGAGCAATTATTTATTTTAAATTGTTAT
765 TATGTTTATCAAAATAATTCAAATAGTTATGACCATCTAAGCAATTATCAATTTCAAAAAATTAT
* * * * *
7411690 GATTTTGTTCTGTTATAAAATAATAATTTATGCTTATACAAGCTTATTCGGATTAAAATAATACT
830 GATTTTGTTCTGTCATAAAATAATAATTTAT-CTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAAT
* * *
7411755 AATTTTTTAATATTTCGACAATTAATAAGGAAAAAATTTTAAAAATAAATATGTTTAACGAACTA
1 AATTTATTAATATTTCGAAAATTAATAAGGAAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTAAC-AACTA
* *
7411820 AATTAAATAGTCATGACTATTTGAATAAATATCTAGT-TCAAATTGTTATAACTTTTTATTTTAT
65 AATTAAATAGTCATGACTATTTGAATAAATATCTA-TCTCAAATCGTTATAACCTTTTATTTTAT
*
7411884 CATATAA-AATTATTTCAGTTCATATAAAA-TTATTCAAAATAAAATAATATTAAGTTATTAATA
129 CATA-AACAATTATTTCAGTTCATA-AAAATTTATTCAAAATAAAATAATATTAAGTTATTAAAA
* * *
7411947 -TTCTAAAAATTAATGATA-C-GAGA-TTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAATAAGTTTAAATA
192 TTTC-AAAAATTAAT-A-AGCAAAAACTTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAATAAGTTTAAATA
* * * * *
7412008 ATTATAACTATTTCAACAATTATATACCTGAAATTATTATAATATTTTGTTTTGTCATAAAATAT
254 ATTATAACTATTTAAACAACTATATACCTCAAATCATTATAATATTTTGTTTTATCATAAAATA-
* * * *
7412073 ATATTTTTTTGTTCATAAAAGTTTATTTCG-AATAAAATAATATAAATTTATTAATATTA-AGAC
318 AT-TATTTCTATTCATAAAAGTTTA-TTCGAAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTATA-AA
* * * *
7412136 AATTAATGAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACAAGTTTAAATC-TTTATGACT
380 AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACTAAACAAGTTTAAA-CAGTCATG-CT
* * *
7412200 -ATTTGAA-TAATTATTTATTTCAAATTATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTT
443 CATTTAAACTAATTATTTATTTCAAATTGTTATCACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTT
* *
7412263 TGTTCATACAAGTTTATTCGGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAACAAATAATAGGT
508 T-TTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAA-AAATAATA-GT
* * * * *
7412328 AAAAGATTTAAGAAATAAATATGTTTACTGATTAGTTCAAATTGTCATGACTATTTGAATAATTA
570 AAGAGATTTAA-AAATAAATTTGTTTACTGACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTA
* * *
7412393 TCTATTTCAAATCATTGTGACATTTTGTTTTATAATAAAACAATTA-TTTCAGTTCATATAAGTA
634 TCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGCTTTATAATAAAACAAATATTTTCA-TTCATATAAGTA
* * *
7412457 TATTTGAAAT-AAAATAATTCTAATTTATTAATA-TTAAGAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAA
698 TATTTGAAATAAAAAAAATACTAATATATTAATATTTAA-AAAATT-A--A-TAAGAGATTTAAA
* * *
7412520 AAATAAATTTGTTTATCGAAAAT-ATTCAAATAGTTATGACTATCTAAGTAATTATCAATTTCAA
758 AAATAAATATGTTTATC-AAAATAATTCAAATAGTTATGACCATCTAAGCAATTATCAATTTCAA
* ** * * **
7412584 AAAATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAATAATTGGTTCTAT-TCATGCAAGCTTGTTTTAAAT
822 AAAATTATGA--TTTTGTTCTGTCATAAAATAA-TAATT-TATCTCATACAAGCTTATTCGAAAT
7412647 AAAATAA-AAT
883 AAAATAATAAT
* * * *
7412657 ATATTTATTAATATTT-TAAAATTTAATAA-GTAAAAATTTAAAAAATAAATGCT-TTTTA-AAC
1 A-ATTTATTAATATTTCGAAAA-TTAATAAGGAAAAAATTTAAAAAATAAAT-ATGTTTAACAAC
** * * * * * *
7412718 -ACGTTCGAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATCTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTT
63 TAAATT-AAATAGTCATGACTATTTGAATAAATATCTATCTCAAATCGTTATAACCTTTTATTTT
* * ** * *
7412782 GTCATAAACCAATTGTTTTTGTTCATAAAAATTTATTCAGAATAAAATAATATTAATTTATTAAA
127 ATCATAAA-CAATTATTTCAGTTCATAAAAATTTATTCAAAATAAAATAATATTAAGTTATTAAA
* * *
7412847 ATTTCAAAAATTAATAAGCAAAAACTTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAGTGAGTTTAAATAAT
191 ATTTCAAAAATTAATAAGCAAAAACTTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAATAAGTTTAAATAAT
* * * * *** * *
7412912 TATGACTATTTAAATAACTGTTTTTTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTATCATAAAATAATT
256 TATAACTATTTAAACAACTATATACCTCAAATCATTATAATATTTTGTTTTATCATAAAATAATT
* * *
7412977 ATTTCTATTCATATAATTTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTATAAAAATTAA
321 ATTTCTATTCATAAAAGTTTATTCGAAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTATAAAAATTAA
** ** * * *
7413042 TAAGTATGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTGTTGAACAAGTTTCAACAGTCATGTTCATTTAAA
386 TAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACTAAACAAGTTTAAACAGTCATGCTCATTTAAA
* * * *
7413107 CT-ATTATTTATTTCAAATCGTTATCA-TATTTTATTTTGTTATAAAACAATTATTTCTATTCAT
451 CTAATTATTTATTTCAAATTGTTATCACT-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT-TTTTCAT
** * * * *
7413170 ACAAAATTATTC-ACAATAAAATAGTCTTAATTTATTAACATTTCAAAAAT--TAATAAGAGATT
514 ACAAGTTTATTCGA-AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATAATAGTAAGAGATT
* * * *
7413232 TAAAAACTAAATTTGTTTATTGAACTAGCTCAAATAGTTATGATTATTTGAA-AATTAATCTATC
578 TAAAAA-TAAATTTGTTTACTG-ACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATT-ATCTATT
7413296 TCAAAT
640 TCAAAT
7413302 TGATATGCTT
Statistics
Matches: 1264, Mismatches: 219, Indels: 125
0.79 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
892 40 0.03
893 173 0.14
894 44 0.03
895 58 0.05
896 32 0.03
897 41 0.03
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899 195 0.15
900 326 0.26
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904 15 0.01
905 3 0.00
ACGTcount: A:0.43, C:0.08, G:0.07, T:0.42
Consensus pattern (893 bp):
AATTTATTAATATTTCGAAAATTAATAAGGAAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTAACAACTAA
ATTAAATAGTCATGACTATTTGAATAAATATCTATCTCAAATCGTTATAACCTTTTATTTTATCA
TAAACAATTATTTCAGTTCATAAAAATTTATTCAAAATAAAATAATATTAAGTTATTAAAATTTC
AAAAATTAATAAGCAAAAACTTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAATAAGTTTAAATAATTATAA
CTATTTAAACAACTATATACCTCAAATCATTATAATATTTTGTTTTATCATAAAATAATTATTTC
TATTCATAAAAGTTTATTCGAAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTATAAAAATTAATAAGT
AAAAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACTAAACAAGTTTAAACAGTCATGCTCATTTAAACTAAT
TATTTATTTCAAATTGTTATCACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTTTCATACAAGTT
TATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATAATAGTAAGAGATTTAAAAATA
AATTTGTTTACTGACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTA
TGACATTTTGCTTTATAATAAAACAAATATTTTCATTCATATAAGTATATTTGAAATAAAAAAAA
TACTAATATATTAATATTTAAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAAATA
ATTCAAATAGTTATGACCATCTAAGCAATTATCAATTTCAAAAAATTATGATTTTGTTCTGTCAT
AAAATAATAATTTATCTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAAT
Found at i:7413453 original size:13 final size:13
Alignment explanation
Indices: 7413435--7413460 Score: 52
Period size: 13 Copynumber: 2.0 Consensus size: 13
7413425 ACCGAACCAG
7413435 TTCAAATAATTAA
1 TTCAAATAATTAA
7413448 TTCAAATAATTAA
1 TTCAAATAATTAA
7413461 AATTATTAGA
Statistics
Matches: 13, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
13 13 1.00
ACGTcount: A:0.54, C:0.08, G:0.00, T:0.38
Consensus pattern (13 bp):
TTCAAATAATTAA
Found at i:7413554 original size:900 final size:901
Alignment explanation
Indices: 7411774--7413676 Score: 1869
Period size: 900 Copynumber: 2.1 Consensus size: 901
7411764 ATATTTCGAC
* * * ** * * * *
7411774 AATTAAT-AAGGAAAAAATTTTAAAAATAAATATGTTTAACGAACTAAATT-AAATAGTCATGAC
1 AATTAATAAAGTAGAAAATTTAAAAAATAAATGCGTTTATCAAAC-AAGTTCAAATAGTTATGAC
* *
7411837 TATTTGAATAAATATCTAGTTCAAATTGTTATAACTTTTTATTTTATCATATAAAATTATTTCAG
65 TATTTGAATAAATATCTA-TTCAAATAGTTATAACCTTTTATTTTATCATATAAAATTATTTCAG
* *
7411902 TTCATATAAAATTATTCAAAATAAAATAATATTAAGTTATTAATATTCTAAAAATTAATGATACG
129 TTCATATAAAATTATTCAAAATAAAATAATATTAAGTTATTAAAATTCTAAAAATTAATGATACA
* * * *
7411967 AGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAATAAGTTTAAATAATTATAACTATTTCAACAATTATA
194 AAATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAATAAGTTTAAATAATTATAACTATTTAAACAACTATA
* * * * * *
7412032 TACCTGAAATTATTATAATATTTTGTTTTGTCATAAAATATATATTTTTTTGTTCATAAAAGTTT
259 TACCTCAAATCATTATAATATTTTGTTTTATCATAAAATATATATATTTCTATTCATAAAAGTTT
* *
7412097 ATTTCGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTAAGACAATTAATGAGTAAAAGATTTAAAAAA
324 ATTTCGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTAAGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAA
* * * * *
7412162 TAAATTTGTTTACTAAACAAGTTTAAATCTTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTA
389 TAAATTTATTTACTAAACAAGTTTAAATCGTCATGACTATTTAAATAATTATTTATTTCAAATCA
* * * * ** ** *
7412227 TTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGTTTATTCGGATTAAAAT
454 TTATCACTTTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAAATTATTCACAATAAAAT
* *
7412292 AATATTAATTTATTAATATTTCAACAAATAATAGGTAAAAGATTTAAGAAATAAATATGTTTACT
519 AATATTAATTTATTAACATTTCAACAAAT-ATAGATAAAAGATTTAAGAAATAAATATGTTTACT
* * * * * *
7412357 GATTAGTTCAAATTGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTGTGACATTTTGTT
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* * * * * *
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648 TTATAATAAAAAAATTATATCAGTTCATATAAGTATAGTTCAAATAAAATAATTCTAAATTAATA
* *
7412487 ATATTAAGAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAAAATATTCAAATA
713 ATATTAAGAAAATTAAT-AG-AAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTATCAAAAATATTCAAATA
* ** * *
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* * * * *
7412617 TGGTTCTATTCATGCAAGCTTGT-TT-T-AAATAAAATAAAATATATTTATTAATATTTTAAA
841 TAGTTCTATTCATGCAAGCTTGTATTATAAAATAAAATATACTA-ATTTATTAACA-TTAAAA
* * * *
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1 AATTAATAAAGTAGAAAATTTAAAAAATAAATGCGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACT
* * * * * * * **
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* *
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* * * * *
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* * *** * * *
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* * **
7412991 AATTTTA-TTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTATA-AAAATTAATAAGTATGAGAT
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** * * *
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381 TTAAAAAATAAATTTATTTACTAAACAAGTTTAAATC-GTCATGACT-ATTTAAA-TAATTATTT
* *
7413116 ATTTCAAATCGTTATCA-TATTTTATTTTGTTATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAAATTAT
443 ATTTCAAATCATTATCACT-TTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAAATTAT
* * *
7413180 TCACAATAAAATAGTCTTAATTTATTAACATTTCAA-AAAT-TA-ATAAGAGATTTAA-AAACTA
507 TCACAATAAAATAATATTAATTTATTAACATTTCAACAAATATAGATAAAAGATTTAAGAAA-TA
* * * * *
7413241 AATTTGTTTATTGAACTAGCTCAAATAGTTATGATTATTTGAA-AATTAATCTATCTCAAATTGA
571 AATATGTTTACTG-ACTAGCTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATT-ATCTATCTCAAA-TCA
* * *
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633 TTATGACATTTT-ATTTTATAATAAAAAAATTATATCAGTTCATATAAG-TATAGTTCAAA-TAA
7413365 AAT-ATTACTAAATTAATAATATTTTAA-AAAATTAAT-G-AG-G-TTTAAAAAATAAATGTGTT
695 AATAATT-CTAAATTAATAATA--TTAAGAAAATTAATAGAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTT
* *
7413424 TACCGAACCAGTTCAAATAATTAATTCAAATAATTAAAATTAT-TAGAATAATTATCTATTTCAA
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** * * * * *
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* * * * *
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* *
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ATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAATAAGTTTAAATAATTATAACTATTTAAACAACTATATA
CCTCAAATCATTATAATATTTTGTTTTATCATAAAATATATATATTTCTATTCATAAAAGTTTAT
TTCGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTAAGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATA
AATTTATTTACTAAACAAGTTTAAATCGTCATGACTATTTAAATAATTATTTATTTCAAATCATT
ATCACTTTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAAATTATTCACAATAAAATAA
TATTAATTTATTAACATTTCAACAAATATAGATAAAAGATTTAAGAAATAAATATGTTTACTGAC
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**
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* * * * *
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* * * *
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* * ** * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* * *
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* * *** * *
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* * * * * * *
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1 CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTT
* * * *
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* * * * * *
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* * * ** * * * * *
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1 CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTT
* * * * ** * * *
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66 AGTTCATATAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
* * * *
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** * * * * * ** * * *
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1 CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTT-
* * * *
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65 TAGTTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
* * * * *
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* *
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1 CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCA-TAAAATAATTGTTT
* * * *
7415252 TAATTCATATAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAT
65 TAGTTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
* * * ** * * *
7415317 TAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTACCAAACAAGTTTAAATAATTATGA
130 TAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA-TTAACTAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * * * * * * *
7415369 CTATTTCAATAATTATCAATTTGAAATTGCTATAACCCTTTGTTTTGTTATAAAATTATTTTTTT
1 CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAA-TAATTGTTT
* * * * ** *
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65 -TAGTTCATATAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA-A-AATTAA
* * * * * **
7415495 TAAGTAAAAGATTTAAAAAATACATCTGTTTATTGAA-TAAGTTTACATCTTTATGA
126 TAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATT-AACT-AGTTCAAATAGTTATGA
* * * * *
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1 CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTT-
* * * *
7415616 T-GTTCATATAAGTTTATTC-AAATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGACAAA-TAATA
65 TAGTTCATATAAGCTTATTCGAAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTCAAAAATTAATA
* * * * ** *
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128 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA-TTAACTAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * * * * ** * * * * * *
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1 CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTT
* * * * * * * *
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66 AGTTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
** * * * * *
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131 AAGAGATTTAAAAAATAAAT-ATGTTTAT-TAACTAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * * * * * *
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1 CT-ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTT
**** * * * * *
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65 TAGTTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAC-TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
* * * * *
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* * * * ** *
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* * * * *
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* * * ** * * *
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129 GTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTT-ATTAACTAGTTCAAATAGTTATGA
* * * ** * * *
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1 CTATTTGAATAATTATCTAT-TTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTT
* ** * *
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65 TAGTTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
* * * * * * *
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129 GTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATTAACT-AGTTCAAATAGTTATGA
* * * * * * * *
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** * * * * *
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* * * *
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* ** * * * * * * *
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1 CTATTTGAATAATTATCTA-TTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTT
* * * * * * *
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65 TAGTTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
* * * * * * * **
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1 CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAAT-AA--TTGT
* * *
7416865 TTTGAATTCATACTAA-CTTATTC-AGAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTCAGAAATT
63 TTT-AGTTCATA-TAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATT
* * * * *
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* * * * *
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** * ** * * * *
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* * ** * * ** *
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* * * * *
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*
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64 TTAGTTCATA
7417411 GATTCAAAAT
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AAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATTAACTAGTTCAAATAGTTATGA
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* * ** * * **
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* * * * *
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* * * * * * * * * * *
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** * * ** * *
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254 TTTCTATTCATACAAGCTTATTT-GAATAAAATAA-AAAAATTTATTAATATTT-AAATAATTAA
* * * * *
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316 TAAGTAAAAGATTTAAAAAATAATATGTTT-ATTAA-TA
* * * * ** * *
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1 GTTCAAATAATT-ATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTA-TGACTTTTTGTTTTA
** * * ** *
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* * * * * ** * *
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* * * * * * * * * * * *
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192 ATGACT-ATTTAAACAATTATCTATTTAAAATTGCTA-TAT-TTGTTTTG-TTATAAAATTAT-T
* * * ** ** *
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252 TTTTTCTATTCATACAAGCTTATT-TGAATAAAATAA-AAAAATTTATTAATATTT-AAATAATT
* * * * *
7414422 --TAA-TAACAGTTTTAAAGAATAAATTTGTTTACTGAACTA
314 AATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT-AATATGTTTA-TTAA-TA
* * * * * * * *
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1 GTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTA-TTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTAT
* * * *
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* * * *
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* * * * * * *
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* * * *
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* * * *
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* * * ** *
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1 GTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTATC
* * * * * ** * * *
7414879 ATAAAACAAATATTTTTGTTTATATATGTTT-GCTCATAATAAAAAAATACTGAA-CTATTAATT
66 ATAAAACAATTGTTTCTGTTCATATAAGTTTATTTCA-AATAAAATAATACT-AATTTATTAATA
*
7414942 TTTCAAAAAT--TAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAATC-AGTTCAAATAGTTA
129 TTTCAAAAATAATAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAA-CAAGTTCAAATAGTTA
* * * * * * ** * **
7415004 TAACTATTTGAGCAACTATTTCTTTAAAATTATTATGATTTTTTGTTTTGTTATAAAA-TAATAG
193 TGACTATTTAAACAATTATCTATTTAAAATTGCTAT-A---TTTGTTTTGTTATAAAATTATTTT
* ** *
7415068 TTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGAATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAATAATTAAT
254 TTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAA-TAAAATAA-AAAAATTTATTAATATTTAAATAATTAAT
* *
7415133 AAGTAAAAAATTTTAAAAATGAATATGTTTACTTAACTA
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* * *
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1 GTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA-CTTTTTGTTTTAT
* *
7415236 CATTAAAA-AATTGTTT-TAATTCATATAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
65 CA-TAAAACAATTGTTTCT-GTTCATATAAGTTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * *
7415299 ATTTCAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTACCAAACAAGTTTAAATAAT
128 ATTTCAAAAA-TAATAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGT
* * * *
7415364 TATGACTATTTCAATAATTATCAATTTGAAATTGCTATAACCCTTTGTTTTGTTATAAAATTATT
191 TATGACTATTTAAACAATTATCTATTTAAAATTGCTAT-A---TTTGTTTTGTTATAAAATTATT
* *
7415429 TTTTTCTATTCATACAAGTTTATTTTGAATAAAATAAGAAAAATTTATTACTA-TTAAGATAATT
252 TTTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTTGAATAAAATAA-AAAAATTTATTAATATTTAA-ATAATT
*
7415493 AATAAGTAAAAGATTTAAAAAATACATCTGTTTATTGAATAA
314 AATAAGTAAAAGATTTAAAAAATA-ATATGTTTATT-AAT-A
* * ** * * *
7415535 GTTTACATCTTTATGATTATTTAAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTATC
1 GTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTATC
*
7415600 ATAAAACAATTGTTTCTGTTCATATAAGTTTA-TTCAAATTAAAATAATATTAATTTATTAATAT
66 ATAAAACAATTGTTTCTGTTCATATAAGTTTATTTCAAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATA-
* * * * * * * **
7415664 TTTGACAAATAATAAGTAAAAAATTTAAGAAATGAATATGTTTACGGAACAAGTTCAAATAGTTA
129 TTTCAAAAATAATAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTA
* * * * * *** * * * * * *
7415729 TGAGTATGTAAAGAATTATTTA-ATAAAATAAATA-ACCTTTTGTTTTATCATAAGA-CAATTAT
193 TGACTATTTAAACAATTATCTATTTAAAATTGCTATA---TTTGTTTTGTTATAAAATTATTTTT
* * * ** * * ** *
7415791 ATC-AGTTCATAAAAACTTATTCAAAATAAAAGAATATTATTT-TATAATATTTTAAA-AATTGA
255 TTCTA-TTCATACAAGCTTATT-TGAATAAAATAAAAAAATTTAT-TAATA-TTTAAATAATTAA
*** * * *
7415853 TAAGTTGGAGATTTAAAAAAGAAGTCA-GTTTATCAAACTG
316 TAAGTAAAAGATTTAAAAAATAA-T-ATGTTTAT-TAA-TA
* * * * * * *
7415893 GTTCAAATAATTATG-GTCATTTAAACAATTATGTA-TTCAAATCGATAGGAAC-TTTTGTTTTA
1 GTTCAAATAATTATGACT-ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATG-ACTTTTTGTTTTA
* *** ** * *
7415955 TCATAAAACAATTGTTTTTCACCATATAAGCCTA--TCGGAATAAAATAATACATTATTTATTAA
64 TCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATATAAGTTTATTTC-AAATAAAATAATAC-TAATTTATTAA
* * * * * * * *
7416018 TAGTTCAAAAATTAGTAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACTAGTTC--CTA-
127 TATTTCAAAAA-TAATAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAG
* * * * * * ** ** * * * *
7416080 TT-TGAATAATT-ATCTATT-TCAATTCATTATAAC-AT-TTTATTTCGTTATAAAATAATTGTT
190 TTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTAAAATTGCTATATTTGTTTTGTTATAAAATTATTTTT
* ** * * ** * *
7416140 TT-AATTCATTTAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAAGTTAATAATATTCTAAA-AATTAAT
255 TTCTATTCATACAAGCTTATTTG-AATAAAATAA-AAAAATTTATTAATATT-TAAATAATTAAT
* * * * **
7416203 AACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTGAGGAAGTA
317 AAGTAAAAGATTTAAAAAAT-AATATGTTT-ATTAA-TA
* * * * * ** *
7416242 GTTCAAATATTTAAGATTATATGAATAATTATTTATCTT-AAATCATTATGAC--TCTGTTTTAT
1 GTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTAT-TTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTAT
* * * * * *
7416304 TATAAAATAATTATTTCAGTTCATATAAATTTA-TTCGAAATAAAATAA-AATAAATTTATTAAT
65 CATAAAACAATTGTTTCTGTTCATATAAGTTTATTTC-AAATAAAATAATACT-AATTTATTAAT
* * * * *
7416367 ATTTCAAAATTTAATAAGTAAGTGATTTAAAAAATGAATCTATTTATCAAATC-AGTTCAAATAG
128 ATTTCAAAA-ATAATAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAA-CAAGTTCAAATAG
* * * * * * * * *
7416431 TTATGGCAATGTCAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACTTTTTATTTGTTCATATAATAAT
190 TTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTAAAATTGCTA-TA-TTTGT-TTTGTT-ATAAAATTAT
* * * * *** * * *
7416496 TGTATTT-GA-ACATTCAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTTATTGAGTAATCTTTCAAA-AA
251 T-TTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTG-AATAAAATAA-AAAAATTTATTAATATTT-AAATAA
* * *
7416558 TTAATAAGTAAGAA-ATTTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACTA
312 TTAATAAGTAA-AAGA-TTTAAAAAAT-AATATGTTTAT-TAA-TA
* * ** * * *
7416603 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTGTAAACTTT-AAATCGTTATAACTTTTTGTTCTAT
1 GTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTA-TTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTAT
* * * * * * * * *
7416667 TATAAAACAATTATTTTTGTTTATACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACTGATATAATAATA
65 CATAAAACAATTGTTTCTGTTCATATAAGTTTATTTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * ** * *
7416731 TTTCAAAAATTAATAACTAAAAAAATTAAAAAATAAATTTAGTTGT-TGAATCAA-TTCAAATAT
129 TTTCAAAAA-TAATAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCT-GTT-TACCAAACAAGTTCAAATAG
** * * * * * * * * * *
7416794 TTAAAACTATATGAATAATTATTTATTTTAAATCGTTATGACATTTTATTTTGTCATAAAATAAA
190 TTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTAAAATTGCTAT---A-TTTGTTTTGTTATAAAAT-TA
* * * *
7416859 TTTTTTTTTGAATTCATACTAA-CTTATTCAGAATAAAATAAAATGAATTTATTAATATTTCAGA
250 TTTTTTTCT--ATTCATAC-AAGCTTATT-TGAATAAAATAAAA-AAATTTATTAATATTT-AAA
* * * *
7416923 -AATTAGTATA-TAAGAGATTTAAAAAATAATTTTGTTTACCTAATCA
309 TAATTAATA-AGTAAAAGATTTAAAAAATAA-TATGTTTA-TTAAT-A
* * * *
7416969 GTTCAAATAATTATGACCATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATTGTTATGATTTTTTTATTTTAT
1 GTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA-CTTTTTGTTTTAT
* * * * *
7417034 CATAAAACAAATGTTTGTGTTCATAAAAGTTT-GTTCGAAATAAAAAAATACTAATTTATTAATA
65 CATAAAACAATTGTTTCTGTTCATATAAGTTTATTTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * * * * *
7417098 TTTCCAAAAT--TAATAAGAAATTTTAAAAATAAGTATGTTTATCAAACCATTTCAAATAGTTAT
129 TTTCAAAAATAATAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTAT
* * * * * * * * *
7417161 AACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATTGTTATGATGTTTTGGTTTGTTATAAAA-AATAGTT
194 GACTATTTAAACAATTATCTATTTAAAATTGCTAT-A---TTTGTTTTGTTATAAAATTAT-TTT
* ** * * ** ** *
7417225 TTTGT-TT-ATGGAAGCTTA-TTCAGATAAAATAGTACTAATTTATTAATATTTTGACAATTAAT
254 TTTCTATTCATACAAGCTTATTTGA-ATAAAATA-AAAAAATTTATTAATATTTAAATAATTAAT
*
7417287 AAGTAAAAAATTTAAAAAATAA-ATGTTTATTGAACTA
317 AAGTAAAAGATTTAAAAAATAATATGTTTATT-AA-TA
* ** * * * * *
7417324 GATCAAATAGCTATCACTATTTAAATAAATATCTATTTCAAATTG---TGACCTTTTGTTTTGTC
1 GTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTATC
* *
7417386 AATAAAA-AAGTTATTTTTGTTCATA
66 -ATAAAACAA-TTGTTTCTGTTCATA
7417411 GATTCAAAAT
Statistics
Matches: 2544, Mismatches: 576, Indels: 363
0.73 0.17 0.10
Matches are distributed among these distances:
344 1 0.00
345 22 0.01
346 2 0.00
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348 220 0.09
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Consensus pattern (352 bp):
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ATAAAACAATTGTTTCTGTTCATATAAGTTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
TCAAAAATAATAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGA
CTATTTAAACAATTATCTATTTAAAATTGCTATATTTGTTTTGTTATAAAATTATTTTTTTCTAT
TCATACAAGCTTATTTGAATAAAATAAAAAAATTTATTAATATTTAAATAATTAATAAGTAAAAG
ATTTAAAAAATAATATGTTTATTAATA
Found at i:7417303 original size:178 final size:180
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7416067 GAACTAGTTC
* * * * * * *
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** ** * * * *
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* * * * * ** ** *
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* * * * * * *
7416258 TTATATGAATAATTATTTATCTT-AAATCATTATGA-CTCTGTTTTATTATAAAATAATTA-TTT
1 CTATTTGAATAATTATTTAT-TTCAAATCGTTATGATTTTTG-TTTGTTATAAAACAATTAGTTT
** * *
7416320 CAGTTCATATAAA-TTTATTCGAAATAAAATAA-AATAAATTTATTAATATTTC-AAAATTTAAT
64 TTGTTCATA-AAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCGAAAA-TTAAT
*** * * * * **
7416382 AAGTAAGTGATTTAAAAAATGAATCTATTTATCAAATCAGTTCAAATAGTTATGG
126 AAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATAA
* * * * * * * * * * *
7416437 CAATGTCAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACTTTTTATTTGTTCATATAATAATT-GTAT
1 CTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCGTTATGA-TTTTTGTTTGTT-ATAAAACAATTAGTTT
** ** * * * * * *
7416501 TTGAACATTCAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTTATTGAGTAATCTTTCAAAAATTAATAAG
64 TTGTTCATAAAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCGAAAATTAATAAG
* * * * *
7416566 TAAGAAATTTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTATGA
129 TAA-AAAATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATAA
* ** * *
7416619 CTATTTGAATAATTGTAAACTTT-AAATCGTTATAACTTTTTGTTCTATTATAAAACAATTA-TT
1 CTATTTGAATAATTATTTA-TTTCAAATCGTTATGA-TTTTTGTT-TGTTATAAAACAATTAGTT
* * * * * *
7416682 TTTGTTTATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTGATATAATAATATTTCAAAAATTAATAA
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* * * * * * * *
7416747 CTAAAAAAATTAAAAAATAAATTTAGTTGT-T-GAATCAATTCAAATATTTAAAA
128 GTAAAAAATTTAAAAAATAAATAT-GTT-TATCAAACCAGTTCAAATAGTTATAA
* * * * **
7416800 CTATATGAATAATTATTTATTTTAAATCGTTATGACATTTTAT-TTTGTCATAAAATAAATTTTT
1 CTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCGTTATG--ATTTT-TGTTTGTTATAAAA-CAATTAGT
* *
7416864 TTTTGAATTCATACTAA-CTTATTC-AGAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTC-AGAAA
62 TTTTG--TTCATA-AAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCGA-AAA
* * * * * * * * * *
7416925 TTAGTATA-TAAGAGATTTAAAAAATAATTTTGTTTACCTAATCAGTTCAAATAATTATGA
121 TTAATA-AGTAAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATAA
* * * * * * *
7416985 CCATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATTGTTATGATTTTTTTATTTTATCATAAAACAAAT-GTT
1 CTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCGTTATGATTTTTGT-TTGT-T-ATAAAACAATTAGTT
* * * * *
7417049 TGTGTTCATAAAAGTTTGTTCGAAATAAAAAAATACTAATTTATTAATATTTCCAAAATTAATAA
63 TTTGTTCATAAAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCGAAAATTAATAA
* * *
7417114 G----AAATTTTAAAAATAAGTATGTTTATCAAACCATTTCAAATAGTTATAA
128 GTAAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATAA
** *
7417163 CTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATTGTTATGATGTTTTGGTTTGTTATAAAA-AA-TAGTTT
1 CTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCGTTATGAT-TTTT-GTTTGTTATAAAACAATTAGTTT
* ** * * * *
7417226 TTGTTTATGGAAGCTTATTC-AGATAAAATAGTACTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAG
64 TTGTTCATAAAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCGAAAATTAATAAG
** * * * *
7417290 TAAAAAATTTAAAAAAT-AA-ATGTTTATTGAACTAGATCAAATAGCTATCA
129 TAAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATAA
* * *
7417340 CTATTTAAATAAATATCTATTTCAAAT
1 CTATTTGAATAATTATTTATTTCAAAT
7417367 TGTGACCTTT
Statistics
Matches: 871, Mismatches: 184, Indels: 112
0.75 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
175 39 0.04
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186 9 0.01
ACGTcount: A:0.43, C:0.08, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
CTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCGTTATGATTTTTGTTTGTTATAAAACAATTAGTTTTT
GTTCATAAAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCGAAAATTAATAAGTA
AAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATAA
Found at i:7417393 original size:175 final size:172
Alignment explanation
Indices: 7417073--7417394 Score: 360
Period size: 177 Copynumber: 1.8 Consensus size: 172
7417063 TTTGTTCGAA
*
7417073 ATAAAAAAATACTAATTTATTAATATTTCCAAAATTAATAAGAAATTTTAAAAATAAGTATGTTT
1 ATAAAAAAATACTAATTTATTAATATTTCCAAAATTAATAAGAAATTTAAAAAATAAG-ATGTTT
** * * * * * **
7417138 ATCAAACCATTTCAAATAGTTATAACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATTGTTATGATGTTT
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*
7417203 TGGTTTGTTATAAAAAATAGTTTTTGTTTATGGAAGCTTATTCAG
128 TGGTTTGTAATAAAAAATAGTTTTTGTTTATGGAAGCTTATTCAG
* * ** *
7417248 ATAAAATAGTACTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAA-ATG
1 ATAAAAAAATACTAATTTATTAATATTTCCAAAATTAATAAG----AAATTTAAAAAATAAGATG
** * * *
7417312 TTTATTGAACTAGATCAAATAGCTATCACTATTTAAATAAATATCTATTTCAAATTG-TGACCTT
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*
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TTTGTAATAAAAAATAGTTTTTGTTTATGGAAGCTTATTCAG
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*
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Statistics
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TATTTCAATAATTATA
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7417608 TACCGAATAA
** * ** *
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* * * *
7417683 TAAAACAATTGGTTCTGTTCATGCAAGCTTATTTCGAATAAAATAATATAAATTAATTAATATTT
66 TAAAACAATTGGTTCTATTCATGAAAGCTTATTTCAAATAAAATAATATAAATTAATTAAAATTT
*
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*
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* * ** *
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65 ATAAAACAATTGGTTCTATTCATGAAA-GCTTATTTC-AAATAAAATAATA-TAAATTAATTAAA
* *
7417911 ATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAATAA
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* * * ** * * *
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* * ** *** *
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Statistics
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TAAAACAATTGGTTCTATTCATGAAAGCTTATTTCAAATAAAATAATATAAATTAATTAAAATTT
CAAAAATTAGTAATTTAAAAAATATTTTTTGAACAC
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* * * ** * ** * * *
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** * * * * * * *
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* * * *
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** **
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* * * * * * *
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66 AACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATATTAATTTATTAAAATTTCAA
* * *
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* * ** *
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1 AAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGATTTTTTGTTTTGTCATAA
* ** *
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* *
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* * * * *
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1 AAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATT-ATGATTTTTTGTTTTGTCATA
* ** *** * *
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*** * *
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* * * * **
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1 AAATAGTTATGACTATTTGAA-TAATTATTTATTTCAAATCATTATGATTTTTTGTTTTGTCATA
* * * ** * * *
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65 AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATATTAATTTATTAAAATTTCA
* * * * * ** *
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* * * *
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1 AAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGATTTTTTGTTTTGTCATAA
** ** * * *** ** * **
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* * * * * ** **
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130 AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTATTTATCGAATAAGTTC
* ** * * * * * ** *
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1 AAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGATTTTTTGTTTTGTCATAA
* * * * * * * * *
7418567 AATAATTGTTT-TAGTTTATGCATGCCTATTTGAAATAAAATAATACTATTTTATTAACA-TTCA
66 AACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATATTAATTTATTAAAATTTC-
* * * * *
7418630 AAAAATTAATCAA-TAAGAA-ATTTTAAAAATAAATATATTTACCGAACAAGTGC
129 AAAAATTAAT-AAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAATTTATTTATCGAATAAGTTC
*
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Statistics
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AAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTATTTATCGAATAAGTTC
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* * * * * * * *
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1 AAAATAAAATAATATTAATTTAGTAATATTTCAAAAATTAAGAAATAGGAAATTTAAAAAATAAA
* * ** * * * **
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*
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1 AAAATAAAATAATATTAATTTAGTAATATTTCAAAAATTAAGAAATAGGAAATTTAAAAAATAAA
* * * *
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66 TATGCTTATAGAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATATATTTCAAATCCTTAT
* * * * * * * *
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131 GACTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTTTCATCATACCAA-CCTATTC
* * * * * * * * * *
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1 AAAATAAAATAATATTAATTTAGTAATATT-TCAAAAATTAAGAAATAGGAAATTTAAAAAATAA
* * * * * * * * *
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128 TATGACT-TTTTGTTTT
7419357 GTTGTAAAAC
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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AAAATAAAATAATATTAATTTAGTAATATTTCAAAAATTAAGAAATAGGAAATTTAAAAAATAAA
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GACTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTTTCATCATACCAACCTATTC
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7419584 TCTATTTATT
* * * * *
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* *
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*
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* *
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* * * * * *
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** * * *
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* * * * ** * **
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66 TTTATCATAAAATAATTG
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Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TTTATCATAAAATAATTGTTTTTCTACATATACATGCTTATTTCAATTAAAATAATATAAATTTA
TTAATATTTACACAACTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACC
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7419946 TATATTTATC
* * *
7419956 GAACAAGTTCAAATGGTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTCATGACATTTTGT
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* * *
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* * * * **
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**
7420170 TTTATCATAAAATAATTGTTTCTA-TACATATAAACTTATTCTAAATAAAATAATA
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7420225 TAAATTAATT
Statistics
Matches: 104, Mismatches: 14, Indels: 4
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Matches are distributed among these distances:
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TTTATCATAAAATAATTGCATCAGTACATATAAACTTATTCTAAATAAAATAATACTAATTTATT
CGAAATAAATCAATTTGCA
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7420347 AGCATATTTG
* ** *
7420357 AAATAAAATAA-TAA-TTTATTAATATTCCAAAAATTAATAGGCT-TG-GATTTGAAAAAATAAA
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* * *
7420418 TTTGTTTACCGAACAAGTTCAAGTAGA-CATGA-CTATTTCA-ACAATTATCTATTTAAAATCAT
64 TTAGTTTACCGAACAAGTTCAAATA-ATCATGATC-ATTT-AGACAACTATCTATTTAAAATCA-
* *
7420480 TATGACCATTTATTTTTTCATAAAACAATT-ATTTT-AGTTCATAAAAGCTTATCCA
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*
7420535 AGATAAAATAATTTAACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAAT
1 AAATAAAATAA-TTAACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAAT
** ** * * * *
7420600 TAGTTTATTGAATTAGTTCAAATAATCATGATCGTTTAGATAACTATCTATTTTAAATCATATTA
65 TAGTTTACCGAACAAGTTCAAATAATCATGATCATTTAGACAACTATCTATTTAAAATCATATGA
* * * * * * * *
7420665 TCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTCAGCATACAAGCTTTTTAA
130 CCATTTATTTTGTCATAAAACAATTGATTTTCAGCATAAAAGCTTATCAA
*
7420715 AAATAAAATAA-TATACTTTATTAATATTTCAAGAA-T--T-AATAAGAGATTTAAAAAATAAAT
1 AAATAAAATAATTA-ACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAAT
7420775 CTATTTGCTA
Statistics
Matches: 201, Mismatches: 28, Indels: 25
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.44, C:0.09, G:0.07, T:0.39
Consensus pattern (179 bp):
AAATAAAATAATTAACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATT
AGTTTACCGAACAAGTTCAAATAATCATGATCATTTAGACAACTATCTATTTAAAATCATATGAC
CATTTATTTTGTCATAAAACAATTGATTTTCAGCATAAAAGCTTATCAA
Found at i:7423015 original size:181 final size:180
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Period size: 181 Copynumber: 14.1 Consensus size: 180
7420887 TTGGAAAAAA
** * * * * *
7420897 AATATTTTGAAAATTAA-AGAGTAAAAGA-ATTAAAAAAAGAATTTATTTATCGAACAAATTCAA
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* * * * * * *
7420960 ATAG-TATGACTATCTAAACAATTATTTAGTTCAAAACATTATGATCTTTTATTTTGACATAGAA
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* * * * **
7421024 CAATT-TGTTCTGTTTATGCAAGCGTATTTTAAATAAAATAATA-TAAATTTATT
128 CAATTGT-TTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACT-AATTTATT
* * ** *
7421077 AATATATT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAATATAAATATGTTTACTAAGTAAGCTCAA
1 AATAT-TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAA-ATAAATCTATTTAC-AAACAAGTTCAA
* * * * * * **
7421141 ATAGTCATAACTGTTTGAATAATTATTTATTTCAAATAGTTATGAT-TTTTCGTTTTGTTTTAAA
63 ATAGTTATGACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGATCTTTT-GTTTTGTCATAAA
* * * * * *
7421205 ACAATTATTTCTATTCATACAGGTTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTTTT
127 ACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATT
* * ** * * ** * *
7421259 AA-AATTCTAAAATGTAATAAGTTGAAGATTTAAAAAATTAATCTATTTATGGAATAAGTTTAAA
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* * * * * * * * * *
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* *
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*
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* *
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* * *
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* * *
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* * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * * *
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* *
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* *
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* * * * * ** * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* * * *
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* * * * *
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* ** * * * ** ** * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * ** * *
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** *
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* *
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* * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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1 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
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* * * ** * * ** *
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* * * * *** * * * * * *
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363 AACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACC-TTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTGTTCAT
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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AATTTAAAAATAAATATATTTTCTGAAAACGTTCAAATAGTTATG
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7425185 ATAAAATAAT
* * * * * * * *
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1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACCA-TTTGTTTTATCATAAAACAATTGTA
* * * * * **
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65 TCAGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATG
** * * * *
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129 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTA-TTTATTGAACAATTCAAATAGTTATGGCTATTTGAACAA
* ** * * * **
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193 TTATCTATTTCAAATCATTATGACA-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTATGTTCATACAA
* * * * * * *
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257 GCTTATTTCAGAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA-AAAATTT-
* * * * * *
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* * * * * * *
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381 AAATCGTTATAACCTT-TTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAA
* * * * * * *
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445 TA-AAATAATACTAAACTATTAATATTCT-AAAA-T--TAA-TAAGAGATTTTAAAAAATAAA--
* * * ** * *** * * * **
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* ** * * * * *
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564 AC-TTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTTATACAAGCTTATT-GAGAATAAAATAATA
* ** * *
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627 TTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATCTGTTTATCAAAC
* * * *
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691 AAGTTCAAATAGTCATA
* * * * * * * * * * * * * *
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1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACCATTTGTTTTATCATAAAACAA-T-TGT
** * * ** *
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64 ATCAGTTCATATAAG-CTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAAT
* * * * * ** * * *
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128 GAGTAA-GAGATTTAAAAAATAAATTAT-TT-A-TTGAA-CAATTCAAATAGTTATGGCTATTTG
* * * * * * * *
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188 AACAATTATCTATTTCAAATCATTAT-GACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTATGTTCA
* * * *
7426158 TACAAGCTTATTT-GGAATAACATAATTCTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG---AGA
252 TACAAGCTTATTTCAGAATAAAATAA-TATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAA
* * * * * * * *
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316 TTTAAAAA-TAAATATATTT-TCGAA-CAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATC-TA
* * *
7426284 TTTCAAATCGCTATAACCTTTTGTTTTGTTATAAAATAGTTGTCATAAAATAATTTTTTTATTCA
377 TTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATA------AT----T-A--TTTCTATTCA
* *
7426349 TACAAGCTTATTTGAATTAAAATAATGC-AAATTTATTAATATT-TCAATAATTAATAAGTAAAA
429 TACAAGCTTATTTGAA-TAAAATAATACTAAA-CTATTAATATTCT-AA-AATTAATAAG----A
* * * * * * *
7426412 AATTTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAATA-TGTTCAATTAGTTATGACTATT-TGAATAATTA
486 GATTTTAAAAAATAAA--TATTTA-CCAAAACAGTTCAAATAGTTA--A-TATTATTAAAAATTA
* ** * * * *
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545 TTTATTTCAAATTGTTATAAC-TTTT-GTTTAGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTTATACAAGCT
* * * * * * * *
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608 TATTGAGAATAAAATAATATTAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGTAAAAGATT-TAAA
*
7426603 AATAAATATGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTCATA
671 AATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTCATA
** * * * * * *
7426640 ACTATTTGAGTAATTATATATTTAAAATTGTTATGACCTTTTGTTTCATCACAAAACAATGGTAT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACCATTTGTTTTATCATAAAACAATTGTAT
* * *
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66 CAGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATGA
* * *
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130 GTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TATTTATTGAACAA-TTCAAATAGTTATGGCTATTTGAACAA
* * * * * * *
7426834 TTATCTATTTCAAATCGTTATGGCCTTTTCTTTCGTCATCATACAATTGTTTATGTTCATACAAG
193 TTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTATGTTCATACAAG
7426899 CTTATTTCA-AATAAAATAATATAAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAA
258 CTTATTTCAGAATAAAATAATAT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAA
* *
7426962 AATAAATATATTTTCTGAACACGTTTAAATAATTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAAT
322 AATAAATATATTTTC-GAACA-GTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT
* * * *
7427027 AGTTATGACATTTTGTTTTGTCAT-AAATCAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAGTAA
385 CGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAT-AATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAA-TAA
* * * *
7427091 AATATTGCTAAACTATTAATATTCTAAAATTAATAAGAGA-TTTAAAAAATAAATGTTTGCCAAA
448 AATAATACTAAACTATTAATATTCTAAAATTAATAAGAGATTTTAAAAAATAAATATTTACCAAA
* *
7427155 ACAGTTCAAATAGTTAATATTATTAAAACATTTATCTATTTCAAATTGTTCTAACATTTTGTTTA
513 ACAGTTCAAATAGTTAATATTATTAAAA-A-TTATTTATTTCAAATTGTTATAAC-TTTTGTTTA
* * * * * *
7427220 GTCATAAAATAATTGTTTTAGTTCATACATGCTTATTGAAAATAAAATAATATTATTTTATTAAC
575 GTCATAAAACAATTGTTTTTGTTTATACAAGCTTATTGAGAATAAAATAATATTAATTTATTAAC
* * * *
7427285 ATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAA-ATTTTAAAAAATAAATCTATTCATTAAATTAA-TTCAAAT
640 ATTCAAAAAATTAATAAGTAA-AAGA-TTT-AAAAATAAATCTGTTTATCAAA-CAAGTTCAAAT
* *
7427348 AGTTATG
701 AGTCATA
* * * * * *
7427355 ATTATTTGAACATTTATCTATTTAAAATTGTTATGACC-TTTGATTTTATAATAAAATAATTGTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACCATTTG-TTTTATCATAAAACAATTGTA
* * * * *
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65 TCAGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATG
** * * * * *
7427482 AAGTTGGGGATTTAAAAAATAAATTAGATTATTAAATCAATTCAAATAATTTTGG-TCATTTGAA
129 -AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTA-TTTATTGAA-CAATTCAAATAGTTATGGCT-ATTTGAA
* * * **
7427546 CAATTATCTATTTCAAATCATTAT-AAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTCATCATA
190 CAATTATCTATTTCAAATCATTATGACA-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTATGTTCATA
* * * * * * *
7427610 TAAGCCTATTT-AGAATAAACTAATAGTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATGAGTAGGAGAT
254 CAAGCTTATTTCAGAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA-AAAAT
* * * *
7427674 TTAGAAAATAAATATAATTATCGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT-TATATT
317 TTA-AAAATAAATAT-ATTTTCGAAC-AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATT
* * * *
7427738 TCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTATGTTCATACTAGTTTATTTGG
379 TCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTT-G
* * * * *
7427803 AATAAAATAATACTAATCTAATAATAGTATGAAAATTAATAATTAAGAAATTTAAAAATAAATTA
443 AATAAAATAATACTAAACTATTAATATTCT-AAAA-T--TAA-TAAGAGATTT-----T--A--A
* * * *
7427868 AAAATAAATTTATTTACCAAATCAGTTCAAATCGTTAAGGCTA-TATGAATAATTATTTATTTCA
494 AAAATAAA--TATTTACCAAAACAGTTCAAATAGTTAA---TATTATTAAAAATTATTTATTTCA
* * ** * * * **
7427932 AATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTTGTAAAACAAATGTTTTTGTTTATATAAGTTTGCT-AGAAT
554 AATTGTTATAAC-TTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTTATACAAGCTTATTGAGAAT
* ***
7427996 AGAATAATATTAATTTATTAACATTTTGAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAATAAATCTGT
618 AAAATAATATTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATCTGT
* * *
7428057 TTATCAAATCAA-TTCAATTAATTATA
682 TTATCAAA-CAAGTTCAAATAGTCATA
* * * * * *
7428083 ACAATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCATTTGTTTTTTCATAAAAGAATTGTGT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACCATTTGTTTTATCATAAAACAATTGTAT
* ** * * * *
7428148 CTA-TTGAT-GCAGTCTTATTCGAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTCTAAAAATTAATA
66 C-AGTTCATATAAG-CTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATG
* * * * ** **
7428211 AATAATG-GATTTATAAAATGAA-TA--TGTT-AAC--TT-ATTTAGTTATGATTATTTGAACAA
129 AGTAA-GAGATTTAAAAAATAAATTATTTATTGAACAATTCAAATAGTTATGGCTATTTGAACAA
* * * * * * ** *
7428268 TTATCTATTTTAAATCATTATGATATTTGGTTTTGTCACAAAACAATTGTTTTTATTTGTACCAG
193 TTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTATGTTCATACAAG
* * * * * *
7428333 CATA-TTCATAATAATATAATCCTAATTTATTAATATTTCAAAAGTTAATAAGTAAGAGATTTAA
258 CTTATTTCAGAATAAAATAAT-ATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAA
* ** * * * * *
7428397 TAACTAAACCTGTTTGTCAAACAAGTTCAAATAATTATGATTATTTGAATAGTTACCTATTTCAA
321 -AAATAAATATATTT-TCGAAC-AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAA
** * *
7428462 ATCGTTATAACCTTTTGTTTCATCATAAAATAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAATTA
383 ATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAA-TA
*
7428527 AAATAATAC-AAATTTATTAATATTC-AGACAATTAATAAGTAAAGAATTTTAAAAAATAAATCT
447 AAATAATACTAAA-CTATTAATATTCTA-A-AATTAATAAG---AG-ATTTTAAAAAATAAA--T
*** * * *
7428590 ATTTA-TTGAACAAGTTCAAATAGTT-ATGATTATTTGAATAATTATTTATTTTAAATTGTTTTG
503 ATTTACCAAAAC-AGTTCAAATAGTTAAT-ATTA-TT-AAAAATTATTTATTTCAAATTGTTAT-
* * * * * *
7428653 AGCTTTTCTTTTGTCATAAAACTATTATTTTTGTTTATACAAGCTTATTCG-GATTAAAATAATA
563 AACTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTTATACAAGCTTATT-GAGAATAAAATAATA
* * *
7428717 TTAATTTATTAATATT-ACAACAA--AATAAGTAAAAGATTTAAAAA-AAA--TGTTTATCGAAC
627 TTAATTTATTAACATTCA-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAATAAATCTGTTTATCAAAC
7428776 AAGTTCAAATAGTCATA
691 AAGTTCAAATAGTCATA
* * * * ** * * *
7428793 ACTATTTG-ACTAGTTATCAATTTCAAATCATTACAACCTTTTCTTTTGTCATAAAACAATTGTA
1 ACTATTTGAAC-AATTATCTATTTAAAATCGTTATGACCATTTGTTTTATCATAAAACAATTGT-
* * *
7428857 AT-AGCTCATATAGGCTTATTCAAAATAAAATAATATGAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATG
64 ATCAGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATG
*
7428921 AGTAAGAGATTTAAAAAATGAATTCATTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGGCTATTTGAACA
129 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT-ATTTATTGAACAA-TTCAAATAGTTATGGCTATTTGAACA
* * * *
7428986 ATTTTTTTTTTCAAATCATTATGACATTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTATGTTCATACAA
192 ATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTATGTTCATACAA
**
7429051 ATTTATTTCA-AATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAA-TT--
257 GCTTATTTCAGAATAAAATAATAT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAA
7429112 ---TAAA-ATA---T--AA-A--TC-------T-T---T-TTT---T--TTA-C-ATGTT-AAAT
321 AAATAAATATATTTTCGAACAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTAT-TTCAAAT
* * * ** * * * **
7429145 AGTTATGACCTTTTTTGTTTTGTTATAAACCAATTGTTTCTGTTCATACAAGCGTATTCAAAATA
385 CGTTATAACC--TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATT-TGAATA
* * *** * **
7429210 AAATAATACTAATTTATTAATT--TTTCAAAAATTAATAAGTAA-A-ATTTTTTAAAATAAATCT
447 AAATAATACTAA---ACT-ATTAATATTCTAAA--ATTAA-TAAGAGATTTTAAAAAATAAA--T
* ** * * * * *
7429271 ATTTATCGAGGA-AGTTAAAATAGTT-ATGGCTGT-TTGAACAATTATTTATTTTAAATAGTTAT
503 ATTTA-CCAAAACAGTTCAAATAGTTAAT--AT-TATT-AAAAATTATTTATTTCAAATTGTTAT
* * * * * * *
7429333 GATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCT-TACAAGTTTATTCAAAATAAAATAAT
563 -AACTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTTTGTT-TATACAAGCTTATTGAGAATAAAATAAT
* * * * * ** * * **
7429397 ATTAATTTATGAATATT-ATGAAATTTAATAGGTAGGAGATTTTCAAAATAAATATGTTTATTGA
626 ATTAATTTATTAACATTCA-AAAAATTAATAAGTAAAAGA-TTTAAAAATAAATCTGTTTATCAA
* *
7429461 ATAAGTTCAAATAGTCATG
689 ACAAGTTCAAATAGTCATA
* ** * * * * * *
7429480 TCCGTTTGAATAATTATCCATTTCAAATCATTAAGA-CATTT-TATTTGATCATAAAAAAATTGT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACCATTTGT-TTT-ATCATAAAACAATTGT
* * ** ** * * * * *
7429543 -TTATGTTCTTGCAAAATTAGTCAAAATAAATTAATATTGATCTATTAATATTTTAAAAATTAAT
64 ATCA-GTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAAT
* * * ** *
7429607 -A--AA-AGATTTAAAAAATAAATCTA-TTATCGAAACAGTTTAAATAGTTATGATTATTTGAAT
128 GAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TATTTATTG-AACAATTCAAATAGTTATGGCTATTTGAAC
* * * *
7429667 AATTATCTATGTAAAAT-AGTTATG--ATTCTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAT-TCCAT
191 AATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACATT-TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-ATGTTCAT
* * * * * *
7429728 ACAAGCTTATTT-AGATTGAAATAATATTAATTTAATAATGTTTCAAAAATTAGTAAGTAAGATA
253 ACAAGCTTATTTCAGAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AAA
* * * * * * * * *
7429792 TTTAAAAAGTAAATGTGTTTGTTGAACTAATTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATTTAT
316 TTTAAAAA-TAAATATATTT-TCGAAC-AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTAT
* * ** ** * * *
7429857 TTCAAATCATTCTGGCCTTTCATTTAGTCATAAAATGATTATTT-AAGTTCATACAAGCTTATTT
378 TTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTA-TTCATACAAGCTTATTT
* ** * * * *
7429921 AGAATAAAATAATGCTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAGTAAGCAAGGGATTTAAAAAAATAA
442 -GAATAAAATAATACTAAACTATTAATATTC-TAAAATTAATAAG--A--GATTTTAAAAAATAA
* * *** * * * * * *
7429986 ATGTTCA-TTGAACAAGTTCAAATAGATTTGACTGTT-TGAACAATTATTT-TTTTAAAGTCG-T
501 ATATTTACCAAAAC-AGTTCAAATAG--TT-AATATTATTAAAAATTATTTATTTCAAA-TTGTT
* * * * * * * * *
7430047 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAATATAATTGTTTTAGTTCATAAAATCTTATTG-GAATAAAATAT
561 AT-AACTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTTATACAAGCTTATTGAGAATAAAATAA
** * * * *
7430111 TACCACTTTATTAATATTTC-AAAAATTAGTAAGTAAGAGATTTAAAAACTAAAGT-TGTTT-TC
625 TATTAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAA-TAAA-TCTGTTTATC
* * *
7430173 TGAATCAA-TTCAAATAGTTATG
687 --AAACAAGTTCAAATAGTCATA
** * * * * *
7430195 ACTATTTGAACAAATT-TGAATCTCAAATCGTTATGATC-TGTGTTTTCTCATAAAACAATTGT-
1 ACTATTTGAAC-AATTATCTATTTAAAATCGTTATGACCATTTGTTTTATCATAAAACAATTGTA
* * * * * * * * *
7430257 TTATGATCATAGAAGCTTATTC-AGATAAAAATAATACTAATTTAATAAGATGCCAAAAA-T--T
65 TCA-GTTCATATAAGCTTATTCAAAAT-AAAATAATATTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAAT
* * **** * **
7430318 -CGTAAGAGATTT--AAAATAAATGTGTTTGCCAAATCAGTTCAAATAGTTA-GGACTATTAAAA
128 GAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TATTTATTGAA-CAATTCAAATAGTTATGG-CTATTTGAA
* * * * *
7430379 TAATTATCTATTTCAAATCATTTTGATC-TTTTGTTTAGTCATATAATAATTGTTT-TGGTTCAT
190 CAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTAT-GTTCAT
* * * * *
7430442 AAAAGCTTATTT-GGAATAAAACAATACTAATTTATTAA-ATTTCAAAAAATTAATAAGCATAAG
253 ACAAGCTTATTTCAGAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTA-AAA
* * * * *
7430505 ATTTGAAAAAATAAATTTGTTTACTGAAAAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCT
315 ATTT--AAAAATAAATATATTTTC-G-AACAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCT
* * * * * ** * * * *
7430570 ATTTAAAATCATTATGATCATTTGTTTTGTCATAAAGCAATTGTTT-TAGTTCGTAAAAACTTAT
376 ATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTA-TTCATACAAGCTTAT
** * * *** * *
7430634 TCAAAATAGAATAATGCTACTTTATTAAT-TTTTCAAAAGTTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
440 T-TGAATAAAATAATACTAAACTATTAATATTCT-AAAA-TTAATAAG--AGA-TTTTAAAAAAT
* * ** * * * * *
7430698 AAATTAGTTTATCGAATTAGTTCAAATAATT-ATGGCCATT-TGAACAACTATCTATTTCAAATT
499 AAA-TA-TTTACCAAAACAGTTCAAATAGTTAAT----ATTATTAAAAATTATTTATTTCAAATT
* * * *** * * * * *
7430761 GTTATTACTTTTTGTTTTGTCATAAAACGATTGTTTTTCAATATGCAAGCTTATTCAAAAGAAAG
558 GTTATAAC-TTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTTATACAAGCTTATTGAGAATAAAA
* ** * * *
7430826 TAATACTAATTTATTATTATTTC-AAGAA-T--T-AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA
622 TAATATTAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATCTGTTTA
* * * ** *
7430886 CTGAATC-AGTTTAAATAGTTTTG
685 -TCAAACAAGTTCAAATAGTCATA
* * * * * * * * *
7430909 ACTATTTGAATATTTAT-TCATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATTATAAAACAATTGTT
1 ACTATTTGAACAATTATCT-ATTTAAAATCGTTATGACCATTTGTTTTATCATAAAACAATTGTA
* * * * * * * *
7430973 TCTA-TTCATATGAGCTTATTCGAAATGAAATAATACTAATTTAGTAATATTTTGAAAATTAATA
65 TC-AGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATG
* * ** * * * * * *
7431037 ACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCCATTTGCTGAACCAATTCAAACAATTAAGACTATATGAATA
129 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TATTTATTGAA-CAATTCAAATAGTTATGGCTATTTGAACA
* * * * * * * * **
7431102 GTTATTTATTTC-AAGC--T-T---A-TTCG----G-AATAGAACAGTTATTTCA-ACTCATACA
192 ATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-ATGTTCATACA
* * * * * *
7431153 AGCTTATTT-GGAATAGAATAAAACTAATTCATTAATATTTCAAAAATTTATAAG---AGATTTA
256 AGCTTATTTCAGAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTA
* * * * * *
7431214 GAGAATAATTCTATTTACTGAACCTA-TTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTC
320 -AAAATAAATATATTTTC-GAA-C-AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTC
* * * * * * * * *
7431278 AAATCGTTATTACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTTTGTTAATATAAGTTTGA-TCGAA
381 AAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTCATACAAGCTT-ATTTG-A
* * *
7431342 ATAAAATAATACTAAATTATTAATATT-TAGAAAATTAATCCATA-AGAAATTTAAAAAGTAAAT
444 ATAAAATAATACTAAACTATTAATATTCT--AAAATTAAT--A-AGAG-ATTTTAAAAAATAAAT
* * * * * * * *
7431405 CTGCTTA-CGAAACTATTTCAAATAGTT-TTGATTATTTGAATAATTATTTATTTAAAAATGTTT
503 AT--TTACCAAAAC-AGTTCAAATAGTTAAT-ATTA-TT-AAAAATTATTTATTTCAAATTGTTA
* * ** * * ** * * ** *
7431468 TAACCTTTTATTTTGTCATCCAATAATAGGATTTGTTTGTACTATTTTATTTG-GAATAAAACAA
562 TAA-CTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTTATACAAGCTTA-TTGAGAATAAAATAA
* * * ** * * ** * * ** *
7431532 TACTAATTTAATAATATTCTCAAACTCAATAACCAAATAAATTAAAAAATAAATCTAATTACCAA
625 TATTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGTAAA-AGATTTAAAAATAAATCTGTTTATCAA
* * * * *
7431597 ACCAGTTTAAATATTGA-G
689 ACAAGTTCAAATAGTCATA
* ** * * * * * *
7431615 ACTATGTGAATGATTATCTATTTCAAATCGTTAAGACCTTTTCTTTTATCGTAAAATAATTGT-T
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACCATTTGTTTTATCATAAAACAATTGTAT
** * *** * * * * * *
7431679 TTGTTCGTATAAGCTTATTTGGATTAAAATAATACTAATTTAATCATATTTTAACAATTAA-GAA
66 CAGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATG-A
* * * * * * * * * *
7431743 GTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAATCAGTTCAAATGGTTAAGACGA--AGAAAAT
130 GTAAGAGATTTAAAAAATAAA-TTATTTATTGAA-CAATTCAAATAGTTATGGCTATTTGAACA-
* * ** * * *
7431806 ATTATCTATTTCAAATCATTCTGATC-TTTTGTTTAGTTTTAAAATAGTTTTTTTAAT-TT-ATA
192 ATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CATTTTGTTTTGTCATAAAACA-ATTGTTT-ATGTTCATA
* * * * * *
7431868 TAAGCTT-GTTCAGAATAAATTAATACTAATTTATTAACATTTGAAAAATCAATAAG-AAATAGA
254 CAAGCTTATTTCAGAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAA-A-A
* ** * * * * * * *
7431931 TTTTAAAAAATAAATTTGCTTACGAAAAAGTTTAAATAGTTATTATTATTATTTGAACAATTGTC
316 -TTT-AAAAATAAATATATTTTCG-AACAGTTCAAATA---ATTATGACTATTTGAATAATTATC
** * ** * * *
7431996 TATTGAAAATCGTTATAACCTTTTGGTTTGTGGTAAAAAAATTGTTTC-AGTTCATAAAAGCTTA
375 TATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTA-TTCATACAAGCTTA
** * * * * * *
7432060 TTCAAAATAAGATAATACT-AATTCCTTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAAAGTTTAAAAAA-
439 TT-TGAATAAAATAATACTAAACT-ATTAATA-TTCTAAAATTAATAAG--AGATTTTAAAAAAT
* * ** * * * *
7432123 AAATTCATTTGTCTATCAAATA-AATTTGAATAGTTACA-ACTATTTAACAATTATCTATTTAAA
499 AAA-T-A--T-T-TACCAAA-ACAGTTCAAATAGTTA-ATATTA-TTAAAAATTATTTATTTCAA
** * * * * ** * *
7432186 ACCGTTATTACCATTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTCAGTTCATACAAGTTTATTTGA-AAT
555 ATTGTTA-TAACTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTTATACAAGCTTA-TTGAGAAT
* * * ** ** *
7432250 AAAATAATACTT-ATTTATCAATATTCCAAAAGGTAATAAGTAAGTGATTTAAAAAATGAATCTG
618 AAAATAATA-TTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATCTG
* * *
7432314 TTTA-CTAAATC-AGTTCAAATAATTATG
681 TTTATC-AAA-CAAGTTCAAATAGTCATA
* * * * * * * * * ** * *
7432341 GCCATTTCAAAAATTATCTATTTTAAATCATTATTAACTTTTGTTTCGTCATATAACGATTGT-T
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACCATTTGTTTTATCATAAAACAATTGTAT
*** * * * * *
7432405 TTTTATCATACATGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATCTT-TCAAAAATT-A--
66 CAGT-TCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATG
* * *** *
7432466 A-TAAGAGAGTTAAAAAAT-AATCTGTTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGGCTATTT-AAGT
129 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TATTTATTGAA-CAATTCAAATAGTTATGGCTATTTGAA-C
* * * ** * * * * * * * *
7432528 AATTGTATACTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAATAATTATTTCTGTTCATATA
191 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTATGTTCATACA
* * * * * * *
7432593 AGTTTATTTGA-AATAAAATAATAGTAATATAATAATATTTTAAAAATTAATAACTAAGAGATTT
256 AGCTTATTTCAGAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTT
* * * * ** * * * *
7432657 AAAACATAAATTTGTTTGCCGAACCTGTTCAAATTGTTAAGACTATATGAATACTTACCTATTTC
319 AAAA-ATAAATATATTT-TCGAA-CAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTC
** * * * * * * * *
7432722 AAATTATTATGACCTGTTGTTTTGTCATGAAATAATTTTTTCAAATCATACTAGCTTATTCGAAA
381 AAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTG-AA
** * * **
7432787 TAAAATCAA-A-TAGATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATTATTC
445 TAAAAT-AATACTA-AACTATTAATATTCT-AAAATTAATAAG--AGA-TTTTAAAAAA-TA-AA
* * * * * * **
7432850 TATTTACCTAACCAGTTTAAATAATTATGACTATT-TGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATA
502 TATTTACCAAAACAGTTCAAATAGTTA--A-TATTATTAAAAATTATTTATTTCAAATTGTTATA
* * ** * * * * *
7432914 ACTTTTTGTTTTGTCATACAGGAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTTG-GAATAAAATAATA
564 AC-TTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTTATACAAGCTT-ATTGAGAATAAAATAATA
** * * * * *
7432978 CCAATCTATTAATATTTC-AAAAACTAATAAG----AGATTGAAAAAATAAATCTGTTTATCGAA
627 TTAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGTAAAAGATT-TAAAAATAAATCTGTTTATCAAA
* * **
7433038 CTAGTTTAAATAGTTGTGA
690 CAAGTTCAAATAGTCAT-A
* * * * ** * * *
7433057 A-TATTT-AAGCAATTATTTATTTTAAATCATTGTGACTTTTTGGTCTAGT-ATAAAACAATAGT
1 ACTATTTGAA-CAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACCATTTGTTTTA-TCATAAAACAATTGT
* * * * * * * * * *
7433119 TTCTA-TTCATACATGCTTATTCAGATTAAAATAATACTAATTTATTAA-ATTTTGACAATTAGT
64 ATC-AGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAAT
* * * * * ** ** * * *
7433182 AAGTAAAAAAATTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACTAGATT-AGTTAGTCT-TGACTACTTAA
128 GAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TATTTATTGAAC-A-ATTCAAATAGT-TATGGCTATTTGA
* ** * * * *
7433245 ATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTCTTTTATCATAAAA-AATTATTT-TAGTTCAT
189 ACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTAT-GTTCAT
* * ** * * * * * *
7433308 ATAAACTTATTT--G----AAATACCA-AGTTCA-AAATATTAT-GAAAACTAATAATTAAGAGA
253 ACAAGCTTATTTCAGAATAAAATAATATAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAA-A-A
* *** * * * *
7433364 A-TTAAAAATGAATCCGTTTACTGAATAAGTTTAAATAAATATGACTATTTGAATAGTTATTTAT
315 ATTTAAAAATAAATATATTTTC-GAA-CAGTTCAAATAATTATGACTATTTG-A-A--TA---A-
* * * * * * *
7433428 TTTATATTTATTTGAAATTGCTATAACCTTTTGTTTTGTCACAAAATGATTTTTTTCTATTCATA
370 --T-TATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAT-AATTATTTCTATTCATA
* * * * *
7433493 GAAGCTTATTTCGAAGAAAATAATAC-AAACTTATAAATATT-AAGACAATTTATAAGTAAAAGA
431 CAAGCTTATTT-GAATAAAATAATACTAAAC-TATTAATATTCTA-A-AA--T-TAA-TAAGAGA
** * *
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488 TTTTAAAAAATAAATA--TTTACCAAAAC-AGTTCAAATAGTTAAT-ATTA-TTAAA-AATTATT
** * * * * * * * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * ** * *
7433783 A-TATTTGAATAATTATCTATTTCAAAA-CATTATGACTTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGGT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAAATCGTTATGACCATTTGTTTTATCATAAAACAATT-GT
* ** *** * *
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* ** * * **
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* * * * * * * * * *
7433971 TAATTATCTATTTTAAATCGTTATAATCA-TTTGTTTTGTCATAAACCAGTTGGTTGTATTCAAA
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* * * *
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254 CAAGCTTATTTCAGAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-AAAAAT
* * * * * *
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** * * * * * * *
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** * * * *
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443 AATAAAATAATACTAAACTATTAATATTCT-AAAATTAATAAG-AGAT-TTTAAAAA-ATAAATA
***** * * * * * **
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* * * * * * * * ** * * *
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562 TAAC-TTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTTATACAAGCTTATTGAGAATAAAATAAT
* * ** * *
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* * *
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688 AA-CAAGTTCAAATAGTCATA
* * * * * * * * *
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1 ACTATTTGAACAATTATC-TATTTAAAATCGTTATGACCATTTGTTTTATCATAAAACAATTGTA
* * * *** * * ** * *
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* * * * * * *
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130 GTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TATTTATTGA-ACAATTCAAATAGTTATGGCTATTTGAACAA
* * * * *
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* *
7434750 TGCTTA-TTCATAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAAATTAATAAGTAAGATATT
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* * * * * * * *
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318 T--AAAAATAAATATATTTTC-GAAC-AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATT
** * * ** * * * * * * * *
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379 TCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTA-TTCATACAAGCTTAT-TT
* * *** * * * *
7434942 AAATAAAATAATATTACTTTATTAACATTTTAAAAATTGATGAGGTAGAGA-TTTAAAACATAAA
442 GAATAAAATAATACTAAACTATTAATATTCT-AAAATTAAT-A---AGAGATTTTAAAAAATAAA
* * * * * * * **
7435006 TCAGTTTATCGAATCAGTTCAAAT-GATT-ATGGCCATT-TGAACAATTATCTATTTTAAATCAT
502 T-A-TTTACCAAAACAGTTCAAATAG-TTAAT----ATTATTAAAAATTATTTATTTCAAATTGT
* ** * * *
7435068 TATGAACTTTTGTGTTA-TCATAAAACAATTATTTTTCATCATACTAGCCTATTTG-GAATAAAA
560 TAT-AACTTTTGT-TTAGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTTATACAAGCTTA-TTGAGAAT--AA
* * * *** *
7435131 AAAAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTGGTAGATTTAAAAACTTAAATTTGT
620 AATAATATTAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAA--TAAATCTGT
* * *
7435195 TTA-CTGAACCAGTTCAAATAGTTATA
682 TTATC-AAACAAGTTCAAATAGTCATA
* * ** * * * * * *
7435221 ACTATTTGAGCAATTATATATTTCAATTTC-TTATAATCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTAT-
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAAATCGTTATGACCATTTGTTTTATCATAAAACAATTGTA
* * * * * * * * *
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65 TCA-GTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATG
* ** * *
7435348 AGCTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTATTTATTGAACTTGTTCAAATAGTTAAGGCTATATGAAC
129 AG-TAAGAGATTTAAAAAATAAA-TTATTTATTGAAC-AATTCAAATAGTTATGGCTATTTGAAC
* * ** * * * * *
7435413 AATTTTTTTTTTATTTCAAATTGTTTTGACATTTTATTTTGTCGTAAAATAATT-TTTTTAGTTC
191 AA----TTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTAT-GTTC
* * * * * *
7435477 TTACTAA-CTTA-TT-AGGAATGAAATAAAACAAATTTATTAATATTTCAAAAATTATTCAA-CA
251 ATAC-AAGCTTATTTCA-GAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-AAGTA
* * * * * * *
7435538 AGAGATTTAAAAGATAATTATGTTTGTTGAACTAGTTTAAATAATTATGATTATTTGAACAATTA
312 A-AAATTTAAAA-ATAAATATATTT-TCGAAC-AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTA
*
7435603 TCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAA
373 TCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
7435643 CAAATGTTTT
Statistics
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Consensus pattern (707 bp):
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TAAGAGATTTAAAAAATAAATTATTTATTGAACAATTCAAATAGTTATGGCTATTTGAACAATTA
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AATATATTTTCGAACAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTAT
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TAATAAGTAAAAGATTTAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTCATA
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * *
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* * **
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* * * *
7428261 TGAACAATTATCTATTTTAAATCATTATGA-TATTTGGTTTTGTCACAAAACAATTGTTTTTATT
1 TGAACAATTATTTATTTTAAATCATTATGACT-TTT-ATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTT
* * * * ** *
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* * * * * *
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126 GATTTAA-AAC-AAACATGTTTATCAAACAAGTTCAAATAATCATAACTATTTGAATAGTTACCA
* * * * * ** *
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189 ATTTCAAATCATTACAACCTTTTCTTTCATCATAAAACAATTTGTAATACTCATACAAGCTTATT
* *
7428520 TCAATTAAAATAATACAAATTTATTAATATTC-AGACAATTAATAAGTAA-AGAATTTTAAAAAA
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* ** * * * *
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* * *
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* * * *
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** * *
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193 CAAATCATTACAACCTTTTCTTTCATCATAAAACAATTTGTAATA-CTCATACAAGCTTATTTC-
** * *
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256 AAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
**
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321 TCATTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGATTATT
* *
7428980 TGAACAATT-TTTTTTTTCAAATCATTATGACATTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTATGTT
1 TGAACAATTATTTATTTT-AAATCATTATGAC-TTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTT
* ** *
7429044 CATACAAATTTATTTCAAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAA
64 TATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTC-AAAA-TAATAAGTAAAA
7429109 -ATTTAAAA
126 GATTTAAAA
7429117 TATAAATCTT
Statistics
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0.78 0.13 0.09
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347 3 0.00
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362 2 0.00
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365 1 0.00
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TGAACAATTATTTATTTTAAATCATTATGACTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTTA
TACAAGCTTATTCAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAATAATAAGTAAAAGATTT
AAAACAAACATGTTTATCAAACAAGTTCAAATAATCATAACTATTTGAATAGTTACCAATTTCAA
ATCATTACAACCTTTTCTTTCATCATAAAACAATTTGTAATACTCATACAAGCTTATTTCAAATA
AAATAATACAAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTCATT
TATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGATTATT
Found at i:7429119 original size:32 final size:31
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Period size: 32 Copynumber: 2.1 Consensus size: 31
7429044 CATACAAATT
* *
7429054 TATTTCAAATAAAATAATATAAATTTATTAA
1 TATTTCAAATAAAATAATAAAAATTTATAAA
7429085 TATTTCAAA-AATTAATAAGTAAAAATTTA-AAA
1 TATTTCAAATAA--AATAA-TAAAAATTTATAAA
7429117 TAT
1 TAT
7429120 AAATCTTTTT
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 2, Indels: 5
0.81 0.05 0.14
Matches are distributed among these distances:
30 2 0.07
31 9 0.30
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33 9 0.30
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Consensus pattern (31 bp):
TATTTCAAATAAAATAATAAAAATTTATAAA
Found at i:7429861 original size:356 final size:359
Alignment explanation
Indices: 7429202--7430904 Score: 843
Period size: 356 Copynumber: 4.8 Consensus size: 359
7429192 ACAAGCGTAT
* **
7429202 TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATTTTTCAAAAATTAATAAGTAAAATTTTTTAAAATAA
1 TCAAAATAAAATAATACTAATCTATTAATTTTTCAAAAATTAATAAG-AAAATTTTAAAAAATAA
* * * * * *
7429267 ATCTATTTATCGAGGAAGTTAAAATAGTTATGGCTGTTTGAACAATTATTTATTTTAAATAGTTA
65 ATCTATTTATCGAGAAAGTTAAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATGTAAAATAGTTA
* * * *
7429332 TGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCTTACAAGTTTATTCAAAATAAAATAAT
130 TGATCTCTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAAT
* * * *
7429397 ATTAATTTATGAATATTATGAAATTTAATAGGTAGGAGATTTTCAAAATAAATATGTTTATTGAA
195 ATTAATTTATGAATATTATAAAAATTAATAAGTA-GAGATTTTAAAAATAAATATGTTTATTGAA
* * * * *
7429462 TAAGTTCAAATAGTCATGTCCGTTTGAATAATTATCCATTTCAAATCATTAAGACATTTTATTTG
259 TAAGTTCAAATAGTCAAGACCATTAGAACAATTATCCATTTCAAATCATTAAGACATTTTATTTG
7429527 ATCATAAAAAAATTGTTTATGTTCTTGCAAAATTAG
324 ATCATAAAAAAATTGTTTATGTTCTTGCAAAATTAG
* * * *
7429563 TCAAAATAAATTAATATTGATCTATTAATATTTT-AAAAATTAATAA-AAGA-TTTAAAAAATAA
1 TCAAAATAAAATAATACTAATCTATTAAT-TTTTCAAAAATTAATAAGAAAATTTTAAAAAATAA
* * *
7429625 ATCTA-TTATCGA-AACAGTTTAAATAGTTATGATTATTTGAATAATTATCTATGTAAAATAGTT
65 ATCTATTTATCGAGAA-AGTTAAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATGTAAAATAGTT
* * * *
7429688 ATGAT-TCTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-ATTCCATACAAGCTTATTTAGATTGAAATA
129 ATGATCTCTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATT-CATACAAGCTTATTCAAAATAAAATA
* * * *
7429751 ATATTAATTTAAT-AATGTT-TCAAAAATTAGTAAGTA-AGATATTTAAAAAGTAAATGTGTTTG
193 ATATTAATTT-ATGAATATTAT-AAAAATTAATAAGTAGAGAT-TTTAAAAA-TAAATATGTTTA
* * ** ** * *
7429813 TTGAACTAA-TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATTTATTTCAAATCATTCTGGCCTTT
254 TTGAA-TAAGTTCAAATAGTCAAGACCATTAGAACAATTATCCATTTCAAATCATTAAGACATTT
* ** * * * * ** *
7429877 CATTT-AGTCATAAAATGATTATTTAAGTTCATACAAGCTTAT
318 TATTTGA-TCATAAAAAAATTGTTTATGTTCTTGCAAAATTAG
* * * * ** * * *
7429919 TTAGAATAAAATAATGCTAATTTATTAA-CATTCAAAAAATTAGTAAGCAAGGGATTTAAAAAAA
1 TCAAAATAAAATAATACTAATCTATTAATTTTTC-AAAAATTAATAAG-AA--AATTTTAAAAAA
* * * * * * * * *
7429983 TAAA--TGTTCATTGA-ACAAGTTCAAATAGATT-TGACTGTTTGAACAATTATTTTTTTAAAGT
62 TAAATCTATTTATCGAGA-AAGTTAAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATGTAAAAT
* * * * * * * * **
7430044 CG-TATGACCTTTTGTTTTGTCATAATATAATTGTTT-TAGTTCATAAAATCTTATT-GGAATAA
125 AGTTATGATCTCTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAA
* ** * * *
7430106 AATATTACCACTTTATTAATATT-TCAAAAATTAGTAAGTAAGAGA-TTTAAAAACTAAAGT-TG
189 AATAATATTAATTTATGAATATTAT-AAAAATTAATAAGT-AGAGATTTTAAAAA-TAAA-TATG
* * * * ** * * *
7430168 TTT-TCTGAATCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATT-TGAATCTCAAATCGTTATG
250 TTTAT-TGAAT-AAGTTCAAATAGTCAAGACCATTAGAAC-AATTATCCATTTCAAATCATTAAG
* * * * * ** *
7430230 ATC-TGTGT-TTT-CTCATAAAACAATTGTTTATGATCATAG-AAGCTTAT
312 A-CAT-TTTATTTGATCATAAAAAAATTGTTTATGTTC-TTGCAAAATTAG
* * * ** ** ** *
7430277 TC-AGATAAAAATAATACTAATTTAATAAGATGCCAAAAATTCGTAAG-AGA-TTT--AAAATAA
1 TCAAAAT-AAAATAATACTAATCTATTAATTTTTCAAAAATTAATAAGAAAATTTTAAAAAATAA
* * * * * * ** * * *
7430337 ATGTGTTT-GCCA-AATCAGTTCAAATAGTTAGGACTATTAAAATAATTATCTATTTCAAATCA-
65 ATCTATTTATCGAGAA--AGTTAAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATGTAAAAT-AG
* * * * * * * * ***
7430399 TTTTGATCTTTTGTTTAGTCATATAATAATTGTTT-TGGTTCATAAAAGCTTATTTGGAATAAAA
127 TTATGATCTCTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAA
* * * * *
7430463 CAATACTAATTTATTAA-ATT-TCAAAAAATTAATAAGCATA-AGATTTGAAAAAATAAATTTGT
191 TAATATTAATTTATGAATATTAT--AAAAATTAATAAG--TAGAGATTT-TAAAAATAAATATGT
* * * * * * * * * *
7430525 TTACTGAAAAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCATTATGATCA
251 TTATTGAATAAGTTCAAATAGTCAAGACCATTAGAACAATTATCCATTTCAAATCATTAAGA-CA
** * * *
7430590 TTTGT-TTTG-TCATAAAGCAATTGTTT-TAGTTCGT-AAAAACTTAT
315 TTT-TATTTGATCATAAAAAAATTGTTTAT-GTTCTTGCAAAA-TTAG
* * * * *
7430634 TCAAAATAGAATAATGCTACTTTATTAATTTTTCAAAAGTTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAAT
1 TCAAAATAAAATAATACTAATCTATTAATTTTTCAAAAATTAATAAG-AA-A-ATTTTAAAAAAT
* * * * * * * * *
7430698 AAAT-TAGTTTATCGA-ATTAGTTCAAATAATTATGGCCATTTGAACAACTATCTATTTCAAATT
63 AAATCTA-TTTATCGAGA-AAGTTAAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATGTAAAATA
* * * * * * * *
7430761 GTTATTA-CTTTTTGTTTTGTCATAAAACGATTGTTTTTCAAT-ATGCAAGCTTATTCAAAAGAA
126 GTTATGATC-TCTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTCAAAATAA
* * * * * * * * *
7430824 AGTAATACTAATTTATTATTATT-TCAAGAATTAGT-A--AGAGATTTAAAAAATAAATCTATTT
189 AATAATATTAATTTATGAATATTAT-AAAAATTAATAAGTAGAGATTTTAAAAATAAATATGTTT
* * *
7430885 ACTGAATCAGTTTAAATAGT
253 ATTGAATAAGTTCAAATAGT
7430905 TTTGACTATT
Statistics
Matches: 1050, Mismatches: 219, Indels: 149
0.74 0.15 0.11
Matches are distributed among these distances:
351 9 0.01
352 4 0.00
353 38 0.04
354 57 0.05
355 56 0.05
356 254 0.24
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358 115 0.11
359 116 0.11
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361 61 0.06
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363 114 0.11
364 9 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (359 bp):
TCAAAATAAAATAATACTAATCTATTAATTTTTCAAAAATTAATAAGAAAATTTTAAAAAATAAA
TCTATTTATCGAGAAAGTTAAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATGTAAAATAGTTAT
GATCTCTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATA
TTAATTTATGAATATTATAAAAATTAATAAGTAGAGATTTTAAAAATAAATATGTTTATTGAATA
AGTTCAAATAGTCAAGACCATTAGAACAATTATCCATTTCAAATCATTAAGACATTTTATTTGAT
CATAAAAAAATTGTTTATGTTCTTGCAAAATTAG
Found at i:7430777 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 7429156--7431060 Score: 1329
Period size: 181 Copynumber: 10.6 Consensus size: 181
7429146 GTTATGACCT
* * *
7429156 TTTTTGTTTTGTTATAAACCAATTGTTTCT-GTTCATACAAGCGTATTCAAAATAAAATAATACT
1 TTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT
** **
7429220 AATTTATTAATTTTTCAAAAATTAATAAGTAA-A-ATTTTTTAAAATAAATCTA-TTTATCGAGG
65 AATTTATTAATTTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTAGTTTATCGAAT
* * * * * *
7429282 AAGTTAAAATAGTTATGGCTGTTTGAACAATTATTTATTTTAAATAGTTATGA
129 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA
* * *
7429335 TCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCTTACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATAT
1 T-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAC
* * * * * * ** * *
7429399 TAATTTATGAATATTAT-GAAATTTAATAGGTAGGAGATTTTCAAAATAAATAT-GTTTATTGAA
64 TAATTTATTAAT-TTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAGTTTATCGAA
* * ** * * * *
7429462 TAAGTTCAAATAGTCATGTCCGTTTGAATAATTATCCATTTCAAATCATTAAGA
128 TAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA
* * * * * ** * *
7429516 CATTTT-ATTTGATCATAAAAAAATTG-TTTATGTTCTTGCAAAATTAGTCAAAATAAATTAATA
1 -TTTTTGTTTTG-TCATAAAACAATTGTTTTA-GTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATA
* * *
7429579 TTGATCTATTAATATTTT-AAAAATTAAT-A--AA-AGATTTAAAAAATAAATCTA--TTATCGA
63 CTAATTTATTAAT-TTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAGTTTATCGA
* * * * * *
7429637 A-ACAGTTTAAATAGTTATGATTATTTGAATAATTATCTATGTAAAATAGTTATGA
127 ATA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA
* * * * * * * *
7429692 TTCTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCA-TTCCATACAAGCTTATTTAGATTGAAATAATATT
1 TTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTT-CATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT
* * * * * * * *
7429756 AATTTAATAATGTTTCAAAAATTAGTAAGTAAGATATTTAAAAAGTAAATGT-GTTTGTTGAACT
65 AATTTATTAATTTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAGTTTATCGAA-T
* * * * * *
7429820 AA-TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATTTATTTCAAATCATTCTGGC
129 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT-GA
* ** * ** * * * * *
7429873 CTTTCATTTAGTCATAAAATGATTATTTAAGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATGCTA
1 TTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTA
** * * * * * *
7429938 ATTTATTAA-CATTCAAAAAATTAGTAAGCAAGGGATTTAAAAAAATAAA--T-GTTCATTGAAC
66 ATTTATTAATTTTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTAGTTTATCGAAT
* * *
7429999 AAGTTCAAATAGATT-TGACTGTTTGAACAATTAT-TTTTTTAAAGTCG-TATGA
129 AAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCGTTATGA
* * * * * ** * *
7430051 CCTTTTGTTTTGTCATAATATAATTGTTTTAGTTCATAAAATCTTATT-GGAATAAAATATTACC
1 -TTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT
* * * *
7430115 ACTTTATTAATATTTCAAAAATTAGTAAGTAAGAGATTTAAAAACTAAAGT-T-GTTT-TCTGAA
65 AATTTATTAATTTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA-TCTAGTTTATC-GAA
** *
7430177 TCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATT-TGAATCTCAAATCGTTATGA
128 T-AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC-AATTATCTATTTCAAATCGTTATGA
* * * * * *
7430231 TCTGTGTTTTCTCATAAAACAATTG-TTTATGATCATAGAAGCTTATTC-AGATAAAAATAATAC
1 TTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTA-GTTCATACAAGCTTATTCAAAAT-AAAATAATAC
* ** ** * * ** *
7430294 TAATTTAATAAGATGCCAAAAA-T--T-CGTAAGAGATTT--AAAATAAATGT-GTTTGCCAAAT
64 TAATTTATTAATTTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAGTTTATCGAAT
* * ** * * *
7430352 CAGTTCAAATAGTTAGGACTATTAAAATAATTATCTATTTCAAATCATTTTGA
129 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA
* * * * * *** *
7430405 TCTTTTGTTTAGTCATATAATAATTGTTTTGGTTCATAAAAGCTTATTTGGAATAAAACAATACT
1 T-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT
* * *
7430470 AATTTATTAA-ATTTCAAAAAATTAATAAGCATA-AGATTTGAAAAAATAAAT-TTGTTTA-CTG
65 AATTTATTAATTTTTC-AAAAATTAATAAGTA-AGAGATTT-AAAAAATAAATCTAGTTTATC-G
* * * *
7430531 AAAAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCATTATGA
126 AATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA
* * * * * * *
7430587 TCATTTGTTTTGTCATAAAGCAATTGTTTTAGTTCGTAAAAACTTATTCAAAATAGAATAATGCT
1 T-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT
* * *
7430652 ACTTTATTAATTTTTCAAAAGTTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTATCGAATT
65 AATTTATTAATTTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAGTTTATCGAATA
* * * * * *
7430716 AGTTCAAATAATTATGGCCATTTGAACAACTATCTATTTCAAATTGTTATTA
130 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA
* * *
7430768 CTTTTTGTTTTGTCATAAAACGATTG-TTT--TTCAATATGCAAGCTTATTCAAAAGAAAGTAAT
1 -TTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTC-ATA--CAAGCTTATTCAAAATAAAATAAT
*
7430830 ACTAATTTATT-ATTATTTCAAGAA-T--T-AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA-TTTA-CT
62 ACTAATTTATTAATT-TTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAGTTTATC-
* * * * * * *
7430888 GAATCAGTTTAAATAGTTTTGACTATTTGAATATTTAT-TCATTTCAAATTGTTATAA
125 GAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT-ATTTCAAATCGTTATGA
* * * * ** * *
7430945 CCTTTTGTTCTATTATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATATGAGCTTATTCGAAATGAAATAATAC
1 -TTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAC
* * *
7431009 TAATTTAGTAATATTTT-GAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
64 TAATTTATTAAT-TTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
7431061 CATTTGCTGA
Statistics
Matches: 1363, Mismatches: 281, Indels: 162
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
173 6 0.00
174 60 0.04
175 113 0.08
176 74 0.05
177 150 0.11
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179 154 0.11
180 219 0.16
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182 156 0.11
183 4 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
TTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTA
ATTTATTAATTTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAGTTTATCGAATAA
GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA
Found at i:7433259 original size:538 final size:537
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Indices: 7432283--7435746 Score: 1129
Period size: 538 Copynumber: 6.4 Consensus size: 537
7432273 TTCCAAAAGG
* * * *
7432283 TAATAAGTAAGTGATTTAAAAAATGAATCTGTTTACTAAATCAGTTCAAATAATTATGGCCATTT
1 TAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTACTAAACCAGTTCAAATAATTATGACCATTT
* *
7432348 CAAAAATTATCTATTTTAAATCATTATTAACTTTTGTTTCGTCATATAACGATTGTTTTTTATCA
66 CAAAAATTATCTATTTCAAATCATTATTAACTTTTGTTTCGTCATATAACGAATGTTTTTTATCA
* * * * *
7432413 TACATGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGAGAGTTA
131 TACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACCAATCTATTAATATTTCAAAAACTAATAAGAGAGTTA
** * *
7432478 AAAAATAATCTGTTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGGCTATTTAAGTAATTGTATACTTCAA
196 AAAAATAATCTGTTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGAATATTTAAGCAATTATATACTTCAA
** * * * * * *
7432543 ATTGTTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAATAATTATTTCTGTTCATATAAGTTTATTTGAAATA
261 ATCATTATAACCTTTTGGTCTATCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTAGAAATA
* * * * * *
7432608 AAATAATAGTAATATAATAATATTTTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAACATAAATTTGTT
326 AAATAATACTAATATAATAATATTTTAAAAATTAATAACTAAAAAAATTAAAAAATAAATATGTT
* * *
7432673 TGCCGAACCTGTTCAAATTGTTAAGACTATATGAATACTTACCTATTTCAAATTATTATGACCTG
391 TACCGAACCTGTT-AAATTGTTAAGACTATATAAATAATTACCTATTTCAAATTATTATGACCTG
7432738 TTGTTTTGTCATGAAATAATTTTTTCAAATCATACTAGCTTATTCGAAATAAAATCAAATAGATT
455 TTGTTTTGTCATGAAATAATTTTTTCAAATCATACTAGCTTATTCGAAATAAAATCAAATAGATT
7432803 TATTAATATTTTGAAAAT
520 TATTAATATTTTGAAAAT
* * * *
7432821 TAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATTATTCTATTTACCT-AACCAGTTTAAATAATTATGACTATT
1 TAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTA-CTAAACCAGTTCAAATAATTATGACCATT
* * * * * *
7432885 TGAACAATTATTTATTTCAAATCATTA-TAACTTTTTGTTTTGTCATA-CAGGAAATGTTTTTGT
65 TCAAAAATTATCTATTTCAAATCATTATTAAC-TTTTGTTTCGTCATATAACG-AATGTTTTT-T
* * * * *
7432948 -TCATATAAGTTTGTTTGGAATAAAATAATACCAATCTATTAATATTTCAAAAACTAATAAGAGA
127 ATCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACCAATCTATTAATATTTCAAAAACTAATAAGAGA
* * * * * * *
7433012 -TTGAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACTAGTTTAAATAGTTGTGAATATTTAAGCAATTATTTA
192 GTT-AAAAAAT-AATCTGTTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGAATATTTAAGCAATTATATA
* * * * * *
7433076 TTTTAAATCATTGTGACTTTTTGGTCTAGT-ATAAAACAA-TAGTTTCTATTCATACATGCTTAT
255 CTTCAAATCATTATAACCTTTTGGTCTA-TCATAAAACAATTA-TTTCTATTCATACAAGCTTAT
* * * * * * *
7433139 TCAG-ATTAAAATAATACTAATTTATTAA-ATTTTGACAATTAGTAAGTAAAAAAATTAAAAAAT
318 T-AGAAATAAAATAATACTAATATAATAATATTTTAAAAATTAATAACTAAAAAAATTAAAAAAT
* * *
7433202 AAATATGTTTACCGAA-CTAGATT-AGTTAGTCT-TGACTACT-TAAATAATTATCTATTTCAAA
382 AAATATGTTTACCGAACCT-G-TTAAATT-GT-TAAGACTA-TATAAATAATTACCTATTTCAAA
* * * * * * ** * *
7433263 TTGTTATGACTTTTTCTTTTATCAT-AAAAAATTATTTT-AGTTCATA-TAAACTTATTTGAAAT
442 TTATTATGACCTGTTGTTTTGTCATGAAATAATT-TTTTCAAATCATACT-AGCTTATTCGAAAT
* * * * *
7433325 ---A-C-CA-AG-TTCA-AAATATTATGAAAAC
505 AAAATCAAATAGATTTATTAATATTTTGAAAAT
* * ** * ** * * *
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1 TAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTACTAAACCAGTTCAAATAATTATGACCATTT
* * * * * * * * * * *
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66 CAAAAATTATCTATTTCA-A---A--T--CATT-AT-TAA-CTTTTGTTTCGTCATATAACGAAT
* * * * *
7433478 TTTTTTCTATTCATAGAAGCTTATTTCG-AAGAAAATAATA-CAAACTTATAAATA-TT-AAGAC
120 GTTTTT-TA-TCATACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACCAATC-TATTAATATTTCAA-A-
* * * * **
7433539 AATTTATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAA-CAAGTTCAAATAGTTAT-AAC
179 AA---CTAA-TAAGAGAGTTAAAAAAT-AATCTGTTTACCAAACCAA-TTCAAATAGTTATGAA-
** * * * * * * * * * * * **
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237 TATTTAAGCAATTATATACTTCAAATCATTATAACCTTTTGGTCTATCATAAAACAATTATTTCT
* * * * * * * ** *
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302 A-TTCATACAAGCTTATTAGAAATAAAATAATACTAATATAATAATATTTTAAAAATTAATA-AC
* * * * * * ** * * * *
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365 TAAAAAAATT-AAAAAATAAATATGTTTACCGAACCTGTT-AAATTGTTAAGACTATATAAATAA
* ** * * * * * ** * * * * *
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* * *
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** * * ** * * * * *
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1 TAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATGAATCTATTTACTAAACCA-GTTCAAATAATTATGACCAT
* * * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * ** * * * * * *
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* * * * * * * * * *
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* * * * * ** **
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* * *** ** * * * * * * * * **
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* * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * * * *
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126 TATCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAC-CAATCTATTAATATTTC-AAAAACTAATAAG
* * **** * * * **
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* * * * * * * * *
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* * *
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* * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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126 T-ATCATACAAGCTTA-TTCGAA-ATAAAATAATACCAATCTATTAATATTTCAAAAACTAATAA
* * * ** * *
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* * * * * * * * * *
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* * * * * * * * * *
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310 AAGCTTATT-AGAAATAAAATAATACTAATATAATAATATTTTAAAAATTAATAACTAAAAAAAT
* * ** * * * ** ***
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374 TAAAAAATAAATATGTTTACCGAACCTGTT-AAATTGTTAAGACTATAT--A-AA-TAATTACCT
* * * * * * * * ** * *
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* * * * * * **
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* * * ** * * * **
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* * * ** * *
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63 TTTCAAAAATTATCTATTTCAAATCATTATTAA-CTTTTGTTTCGTCATATAACGAATGTTTTT-
* * * * * ** * * *
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126 TATCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACCAATCTATTAATATTTCAAAAACTAATAAG-A
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190 -GAG--TTAA-AAAAT-AATCTGTTTAC
7435747 TAAATCAGTT
Statistics
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AAATAATACTAATATAATAATATTTTAAAAATTAATAACTAAAAAAATTAAAAAATAAATATGTT
TACCGAACCTGTTAAATTGTTAAGACTATATAAATAATTACCTATTTCAAATTATTATGACCTGT
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* * * * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * ** * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * * * *
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* ** * * * ** *
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* * * * * *
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* * * * * **
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1 TCATACAAGCTTATTTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAA
** * * * * *
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* * * * * * * *
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* *
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* ** * *
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* * * * * * * *
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* * * * * ** * * * * * *
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* * * * * * *
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* * *
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63 TAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAA
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1 TCATACAAGCTTATTTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTA
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* * * * * * *
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* * * * * *
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** * * * * *
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* * * * **
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7433487 T
181 T
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* *
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* * * * *
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128 TATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTCTA-T
* * * * * *
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* * * * * *
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65 AGA-AATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATT
* * *
7433797 ATCTATTTCAAAACATTATGACTTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTAT
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* * * *
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* ** * * ** * *
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* * * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * * * *
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66 GAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTAT
* * * * *
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* * *
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* * * ** * *
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* ** * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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* ** * * *
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* * * *
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* *
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* * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * ** * * *
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** * * ** * * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * ** * * * * * *
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* * * *
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* * * *
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* * * * * * * *
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* * *
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* * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* * *
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** * * * * *
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* * *
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* * * *
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* * * * * *
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** * * * * ** * * * *
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* * * * ** * * *
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* * * * * * * * * *
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* * ** * * **
7435344 GAATAGCTAAAAGA-TTTAAAAAATAAATTTATTTATTGAACTTGTTCA
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*** * ** * * * * * *
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* * * * * * * * *
7435456 GTAAAATAATTTTTTTAGTTCTTACTAACTTA-TT-AGGAATGAAATAAAACAAATTTATTAATA
61 ATAAAACAATTGTTCTA-TTCATACAAACTTATTTCA-GAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * * * * ** * * * *
7435519 TTTC-AAAAATTATTCAA-CAAGAGATTTAAAAGATAATTATGTTTGTTGAACTAGTTTAAATAA
124 -TTCAAAAAATTA-ACAAGTAAGAAATTAAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAG
* * * * * * * * *
7435582 TTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAAA
187 TTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGA-TTTTTATTTTGTCATAAAACAAT
* * * * * * * * *
7435647 TGTTTTTGTTCAAATAAGTTTGTTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATT-TGAAAAATT
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* * ** * *
7435711 AATAAGTAGGAGA-ATTAATAAAATAAATCTGTTTACTAAATC-AGTTTA
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* * * *
7435759 ATTAGTTATAACTATTTGAATAATTATTTA-TTCAAA
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TTTAAAAAATAAAGCTGTTTTTTGAACAAGTTCA
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* * * * * * * *
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* * *
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* * * * ** * * * *
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1 --GATTTAAAAAATAAATCT-ATTAGCCAAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* * * * * * * *
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* * *
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* ** * ***** * * *
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* * * * * * * * * *
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* * * * *
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* * * ** ** * * * * *
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* * * *
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* *
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* * * *
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* * * *
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* *
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* * * * * *
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* * *
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* * * ** ** * * * * *
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* * * * * *
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* *
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* * * * * *
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* ** *
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* * *** * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * * *
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* *
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* * * ** * * * *
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* * * *
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* **
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ATAATTTAAATTATTATT
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ATTATTATTATAAATTTTAATT
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* *
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*
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*
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TTATATATTATGTTAAATTATAAATA
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*
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ATTATAAATATAATATA
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7439482 AATTACAATA
*
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*
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ATATCAATATAATAATTAT
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TTATTATATA
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7439835 TATTAAAGTA
*
7439845 ATTAA-TATTT
1 ATTAATTATAT
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*
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*
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ATTAATTATAT
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*
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AATATTAATATA
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*
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1 T
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TAATTAAATTA
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*
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1 ATAATTATACTTAATA
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ATAATTATACTTAATAT
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*
7440957 TTATAATTATTAATTCATAATATTAAAT
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* *
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TTATTATTATTAATTATAATATTAAAT
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7441220 CTTTTATAAC
* *
7441230 TATATAATTATAAAAATATAT
1 TATATAATTA-ATAAATATAG
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1 TATATAATTAATAAATATAG
* ** *
7441270 TATAGAATTAATTTATATAT
1 TATATAATTAATAAATATAG
* *
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7441314 TATTTTAACT
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TATATAATTAATAAATATAG
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7441255 TAATTAATAAATTAGTATAGAAT
1 TAATTAATAAATTA-TA-A-AAT
* *
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*
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7441329 ATATGCAACC
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1 ATTT-ATATAATATTT
*
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1 ATTTAT-A-TAATATTT
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1 -ATTTATATAATATTT
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Done.