Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019167882.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_15, whole genome shotgun sequence
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Warning! 61000 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 85 of 106
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17158974 TGGTAAACAA
* * * * * * * *
17158984 ATTTA-TTTTAAAATTTTTTACTTAATAATTTAGGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
1 ATTTATTTTTAAAATCTCTAACTTATTAATTTATGAAATATTAGTAAATTAGCATTATTTAATT-
** * * ** * * * *
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* * * * * *
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** * *
17159164 ATTTATTTTT-AAATCTCTTTCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAGT-AATTAGCATTAATTT-AT
1 ATTTATTTTTAAAATCTCTAACTTATTAA-TTTATGAAATATTAGTAAATTAGCATT-ATTTAAT
* * * *
17159225 TCTAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTATTTTATAACTAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
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* *
17159290 AAATAGATAATTTTTCTAATAGTCTTAACCATTTGAACTGATTCGATAAACGA-
126 AAATAGATAATTATTC-AATAGTCTTAACTATTTGAACTG-TTCGATAAA-GAG
* *
17159343 ATTTATTTTTAAAATCTCTAACTTATTAATTTATGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTGAATT
1 ATTTATTTTTAAAATCTCTAACTTATTAATTTATGAAATATTAGTAAATTAGCATTATTT-AATT
* **
17159408 CAAATAAGCTTGTACGAACAAAACAATTGTTTTATGACAAAAGAAAACATCATAACGATTTGAAA
65 CAAATAAGCTTGTACGAACAAAACAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA
* * *
17159473 T-GATTATCATTCATATAGTCTTAACTATTCGAACTGGTTCG
129 TAGATAATTATTCA-ATAGTCTTAACTATTTGAACT-GTTCG
17159514 CGATTAGATT
Statistics
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ATTTATTTTTAAAATCTCTAACTTATTAATTTATGAAATATTAGTAAATTAGCATTATTTAATTC
AAATAAGCTTGTACGAACAAAACAATTGTTTTATGACAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATA
GATAATTATTCAATAGTCTTAACTATTTGAACTGTTCGATAAAGAG
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17159761 TTTTGAACAT
*
17159771 ACTTATATTAACAAAAATAATTGTTTTATGACAA
1 ACTTATATTAACAAAAACAATTGTTTTATGACAA
* *
17159805 ACTTATATTAACAAAAACCATTGTTTTATGGCAA
1 ACTTATATTAACAAAAACAATTGTTTTATGACAA
17159839 A
1 A
17159840 ATAAAAAGTA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACTTATATTAACAAAAACAATTGTTTTATGACAA
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17159007 AATAATTTAG
* * *
17159017 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCATCTAAACTTGAATTAGCTGAAACAATTGTTTT
1 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTCTATTCCATCTAAACTTGAATGAGCTAAAACAATTGTTTT
* * * * *
17159082 ATGACAAATCAAAAGGTTATAACGATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAATATTAACTATTTGA
66 ATAACAAATCAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAACAATTGTTCAAATAATATTAACTATTTGA
* * * * *
17159147 ACTTGTTTGATAAATAGATTTATTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTTGAATGTTAGTAATT
131 ACTGGTTTGACAAATAGATTTATTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTAGAATGTTACTAATT
* *
17159212 AGCATTAATTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTATTTTATAACTAAACAAAAGG
196 AGCATTAATTTATTATAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATAACTAAACAAAAGG
* * ** * *
17159277 TCATAATGATTTGAAATAGATAATTTTTCTAATAGTCTTAACCATTTGAACTGATTCGATAAACG
261 TCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTAAAATAGTCTTAACCATTTGAAATGATTAGATAAACG
* * *
17159342 AATTTATTTTTAAAATCTCTAACTTATTAATTTATGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTGAAT
326 AATTTATTTTTAAAA-CTCT-ACTTACTAATTTATGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTGAAT
* *
17159407 TCAAATAAGCTTGTACGAACAAAACAATTGTTTTATGACAAAAGAAAACATCATAACGATTTGAA
389 TCAAATAAGCTTGTACGAACAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAACATAATAACGATTTGAA
* * * * * **
17159472 ATGATTATCATTCATATAGTCTTAACTATTCGAACTGGTTCGCGATTAGATTTTTTTTATTTTTT
454 ATGATTATCATTCAAATAGCCATAACTATTCGAAATGATTCGAAATTAGATTTTTTTTATTTTTT
** * *
17159537 TGGTTATTAAGTTTTAGAATATTATTAAATTAGTATTACTTTATTTCAAATAAAATAGTATAAAC
519 TACTTATTAAGTTTTAGAATATTAATAAAGTAGTATTA-TTTATTT-AAATAAAATAGTATAAAC
* *
17159602 AAAATCAATTGTTTGACAATAAAATAAAAGGTTATAATGTTTTGAAATAATTAATTATTCAAATA
582 AAAATCAATTGTTTGACAACAAAATAAAAGGTAATAATGTTTTGAAATAATTAATTATTCAAATA
* * *
17159667 GTCAAAACTATTTGAAATGGTTTGATAAGCAAATTTACTTTTT-AAAACTCGTAC-TAGTTAATT
647 GTCAAAACTATTTGAAATGGTTTCATAAACAAATTTACTTTTTCAAAACTCATACTTA-TTAATT
* *
17159730 TTCTAAATATTAATAAATTGGTGTTATTTTATTTTGAACATACTTATATTAACAAAAATAATTGT
711 TTCTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAACATACTTATATTAACAAAAATAATTGT
17159795 TTTATGACAAACTTATATTAACAAAAACCATTGTTTTATGGCAAAATAAAAAGTAATAATGATTT
776 TTTATGACAAACTTATATTAACAAAAACCATTGTTTTATGGCAAAATAAAAAGTAATAATGATTT
17159860 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAATTTTTTGAACTAGTTCAATAAATAGAATTATTTTCT
841 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAATTTTTTGAACTAGTTCAATAAATAGAATTATTTTCT
17159925 AAATCTCTTACTTATAAATTTTT
906 AAATCTCTTACTTATAAATTTTT
* * ** *
17159948 GAAATATTAATAAATTAGTCTTATTCTATTCCAAT-TAAGCTTGTCTGAGCTAAAATAATTGTTT
1 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTCTATTCC-ATCTAAACTTGAATGAGCTAAAACAATTGTTT
* * * * *
17160012 TATAACAAAAT-AAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTTATATAGTCTTAACTATTT
65 TATAAC-AAATCAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAACAATTGTTCAAATAATATTAACTATTT
* * *
17160076 GAACTGGTTTGGCAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTGGTTATTAATTTTTAGAATTTTACTA
129 GAACTGGTTTGACAAATAGATTTA-TTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTAGAATGTTACT-
* ** * * * *
17160141 AATTAGTATTCTTTTATTATGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGA-TAGAATA
192 AATTAGCATTAATTTATTATAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATAACTA-AACA
* * **
17160205 AAAGGTTATAATAATTTGAAATAGATAATTATTAAAATGGT-TATAATTATTTGAAAT-AGTTAG
256 AAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTAAAATAGTCT-TAACCATTTGAAATGA-TTAG
* *
17160268 GTAAAC-AGATTTATTTGTT-AAA-TCT-CTTACTAATTCT-TGAAATGTTAATAAAGTA-TAAT
319 ATAAACGA-ATTTATTT-TTAAAACTCTACTTACTAATT-TATGAAATATTAATAAAGTAGT-AT
* * ** * * *
17160327 TATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGTTGA-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATAAT
380 TATTTGAATTCAAATAAGCTTGTACG--AACAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAACATAAT
** * * *
17160391 AACGATTTGAAATAGA-TAGTTGTTCAAAT-GACCATAATTATT-TAAATAGATTCAATAAATT-
443 AACGATTTGAAAT-GATTA-TCATTCAAATAG-CCATAACTATTCGAAAT-GATTC--GAAATTA
*
17160452 GATTTTATTTT-TTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTTA-AATATTAATAAAGTAGTATT-TTT-
502 GATTTT-TTTTATT---T-TTTTACTTATTAA-GTTTTAGAATATTAATAAAGTAGTATTATTTA
** ** ** * * **
17160513 TTT-GTTAAGCTTTTATGAACTAAAA-CAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTAATAATGATTT
561 TTTAAATAAAATAGTATAAAC-AAAATCAATTGTTTGACAACAAAATAAAAGGTAATAATG-TTT
* * * * * * * *
17160576 T-ATATAGA-TAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TTTTCATTAAATAAATTTATTT
624 TGAAATA-ATTAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAAATGGTTTCA-TAAACAAATTTACTT
* * * *
17160638 TTTCAAATCTCATGCTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
687 TTTCAAAACTCATACTTATTAATTTTCTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
17160695 CCAAATAAGC
Statistics
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929 47 0.08
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ATAACAAATCAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAACAATTGTTCAAATAATATTAACTATTTGA
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AGCATTAATTTATTATAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATAACTAAACAAAAGG
TCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTAAAATAGTCTTAACCATTTGAAATGATTAGATAAACG
AATTTATTTTTAAAACTCTACTTACTAATTTATGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTGAATTC
AAATAAGCTTGTACGAACAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAACATAATAACGATTTGAAAT
GATTATCATTCAAATAGCCATAACTATTCGAAATGATTCGAAATTAGATTTTTTTTATTTTTTTA
CTTATTAAGTTTTAGAATATTAATAAAGTAGTATTATTTATTTAAATAAAATAGTATAAACAAAA
TCAATTGTTTGACAACAAAATAAAAGGTAATAATGTTTTGAAATAATTAATTATTCAAATAGTCA
AAACTATTTGAAATGGTTTCATAAACAAATTTACTTTTTCAAAACTCATACTTATTAATTTTCTA
AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAACATACTTATATTAACAAAAATAATTGTTTTAT
GACAAACTTATATTAACAAAAACCATTGTTTTATGGCAAAATAAAAAGTAATAATGATTTGAAAT
AGATAATTGTTCAAATAGTTATAATTTTTTGAACTAGTTCAATAAATAGAATTATTTTCTAAATC
TCTTACTTATAAATTTTT
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* * ** * *
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* * * * * * **
17161625 CAAATGGACATGACTATTTAAACTTATTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCTA-TCTAT
66 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTA-TAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACT-TAT
* * *
17161689 TAAATTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTATTCTAAATAAACTTAT
129 TAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC-AAATAAGCTTGT
* * * ** * * * *
17161740 GTGAACATAAACAATTGTTTTATGATGAAATAAAAGATCATAATTATATAAAATAAATAATTGTT
1 ATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTT
* * * *
17161805 CAAACAGTCATAACTATTTGAACATACTTTATAAACA-ATTTATTTTTTAATTTTTTTACTTATT
66 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTA-TTTATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT
* * *
17161869 AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATAATTTTATTTCAAATATGCTGGT
130 AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCAAATAAGCTTGT
* ** * * * *
17161920 ACGAACAGAAACAATTGGTTAATGACAAAGCAAAAGGTCATGAAT-ATTTGAAATAAATAATTAT
1 ATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCAT-AATGATTTGAAATAAATAATTGT
* * * * * * *
17161984 TCAAATCA-TCATAACTATTTGAA-TGTGTTCAAAAAACAAATTAATTTTTGAAAT-TTTTGCTT
65 TCAAAT-AGTCATAACTATTTGAACT-TATT-TATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTT
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127 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTC-AAATAAGCTTGT
* * *
17162100 ATGAACATAAACAATTATTTTATGGCAAAACAAATAG-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGT
1 ATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAA-AGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTGT
* * * * * * ** *
17162164 TCAAATAGTCATAATTATTTCAACTTATTCGATAAA-ATAGATCATATTTTAAATCTCCTACTCA
65 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATT-TATAAACATA-TTTATTTTTTAAATCTTTTACTTA
* * * * * *
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128 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCAAATAAGCTTGT
* ** * * * * *
17162281 AAGAATTGATACAATTATTTTATGACAAAACAACAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATT
1 ATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTT
* * *
17162346 CAAATAGTTATGACTATTTGAACTT-TTTCCATAAACATATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTAT
66 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTT--ATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTAT
* ** ** ** *
17162410 TAATTGTCAAAATATTAATAAATTAAAATTATTTTAACCCGAATAAGCTTGT
129 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCAAATAAGCTTGT
* * * * **
17162462 ATAAATAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAA-AGTTATAACAATTTGAAATAAATAATTGT
1 ATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGA-TCATAATGATTTGAAATAAATAATTGT
* * *
17162526 TCAAATAATCATAACTATTTGAACTTATTTAGTAGACATA-TTCTTTTTTAAATCTTTTACTTAT
65 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTA-TAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTAT
* * *
17162590 TAATTATCTG-AATATTAATAAATTTGTATTATTTTAATTGTTCAAAT-AG--T-C
129 TAATT-TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-A---TTCAAATAAGCTTGT
* ** * * * * * *
17162641 AT-AAC-TATTCGAATAAGCTTGTATGATAAAA-AACAG----T--TG-TTTTATAATAAAACAA
1 ATGAACAGAAAC-AATTA--TTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGA-AAT-AAATAA
* * * * ** * *** * * * *
17162696 ATGGTCATAAT-GAT-TTGAAATAGAT-AA-TTGTTTGAATGGCCATAATTATTTTAACTGATTC
61 TTGTTCA-AATAG-TCAT-AACTATTTGAACTTATTT--ATAAACATATTTATTTT--TTAAATC
* ** * * * * * * * * *** ** *
17162757 GGTAAAC-AAATATATTTTTTAAATCTCTTACT-TATTAATTTTAGAAATATT--AATAAATTTA
119 -TTTTACTTATTA-ATTTTTGAAA--TATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTCAAATAAGCTTG
17162818 T
179 T
* ** * ** * * * * ** * * *
17162819 ATTATTATATTTCATATAAGCTTGTATTAACTAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATATACA
1 ATGAACAGA-AACA-ATTA--TTTTA-TGAC-AAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATA
* * * * *
17162884 ATTTTTCAAGTAGT-ACTAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAA-TTAATTTATTTTTTAAATC---
60 ATTGTTCAAATAGTCA-TAACTATTTGAACTTATTT-ATAAACAT-ATTTATTTTTTAAATCTTT
* * * *
17162944 T-CTTTTTAATTTTTG-AATGTTAATAAATTAATATTAATTTATTCCAAATAAGCTTGT
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** * * * * ** *
17163001 ATGAATTGAAACAATTGTCTTATGACTAAAA-AAAAGGTCAGAACAATTTGAAATAGATAATTGT
1 ATGAACAGAAACAATTATTTTATGAC-AAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTGT
* * ** * * * * *
17163065 TCTAGTAGTTTTAACCATATGAA-TTCGTTTAGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTA
65 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-ATTTA-TAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTA
** * * **
17163129 TTAATTTTCAAAATATTATTAAATTTGTATTATTTTAATTTGAATAAGCTTGT
128 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCAAATAAGCTTGT
* ** ** ***
17163182 ATGAACA-AAA-AATTTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATTGATAACCAT
1 ATGAACAGAAACAA-TTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTGT
* * ** * * ** * * * **
17163245 TCATATAGT-ATTGACTATTTGAACTGGTCTAGGAATTAGATTTATTTTTTTAATTTTCTTGGTT
65 TCAAATAGTCA-TAACTATTTGAACTTATTTA-TAAACATATTTATTTTTTAAATCTT-TTACTT
* * * * ** *
17163309 ATTAAGTTTCGAAATATTATTAAATTAGTATTGTTTTATTCTAAATAAAATAGT
127 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC-AAATAAGCTTGT
* * * * * ** * *
17163363 ATG-ACTAGAACCAATTGTTTGATGACAAAA-AAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTAT
1 ATGAAC-AGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTGT
* ** * * * * * *
17163426 TCAAATAGTCAAAACTATTTGAAAATGTTTGGTAAACAAATTTACTTTTTAAATCTCTTACTAAT
65 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTT-ATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTAT
** * * *
17163491 TAATTTTCT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAACCAAACCTAT
129 TAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCAAATAAGCTTGT
* * * * *
17163543 ATGAACAAAAACAA-TAGTTTTATGACAAAACAAAA-AGTAATAA-CAATTGAAATAGATAATTG
1 ATGAACAGAAACAATTA-TTTTATGACAAAACAAAAGA-TCATAATGATTTGAAATAAATAATTG
* * ** * * * * ** * *
17163605 TTCAAATAGTTATAATTATTTGAACTGGTTTGGTAAATAGAATT-TTTTAAAAATCTCTTCCTTA
64 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTT-ATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTA
* * * * * *
17163669 TAAAATTTTGAAATATTAACAAATTAGTTTTATTTTTTTTCCAAATAAACTTGT
128 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATT-CAAATAAGCTTGT
** * * ** * * **
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* * * * *** ** * * * * *
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* * * **
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* * * ** * * * ** * *
17163902 ATGAACAAAAATAATTGTTTTACAACAAAAGAAAAGGTTATAAAAATTTGAAATAGATAATTATT
1 ATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTT
* ** * * *
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* *
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128 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCAAATAAGCTTGT
*** * * * * * *
17164080 ATGTTGAAAAAGAATTATTTTATGACAAAACGAAAAG-TAATAACGATTTGAAATAGATGATTGT
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* * * * * *
17164144 TTAAATGGCCATAATTATTTG-A-TTGGATTTGGTAAAC-TAATTTATATTTTAAATCTTTTACT
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** * *** *
17164206 TATTAATTTTAAAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTT
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17164261 ATGAA-ATGAAACAATTTTTTTATGATAAAACAAAAGTTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGT
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17164325 TCAAA
65 TCAAA
17164330 AAATCATACA
Statistics
Matches: 1980, Mismatches: 478, Indels: 263
0.73 0.18 0.10
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191 5 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (179 bp):
ATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTT
CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTA
ATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAAATAAGCTTGT
Found at i:17162179 original size:18 final size:19
Alignment explanation
Indices: 17162130--17162179 Score: 54
Period size: 16 Copynumber: 2.8 Consensus size: 19
17162120 TATGGCAAAA
17162130 CAAATAGTCATAA-TGATTT
1 CAAATAGTCATAATTGA-TT
*
17162149 GAAATAG--ATAATTG-TT
1 CAAATAGTCATAATTGATT
17162165 CAAATAGTCATAATT
1 CAAATAGTCATAATT
17162180 ATTTCAACTT
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 2, Indels: 7
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.44, C:0.08, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (19 bp):
CAAATAGTCATAATTGATT
Found at i:17164668 original size:16 final size:18
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Indices: 17164647--17164687 Score: 59
Period size: 18 Copynumber: 2.4 Consensus size: 18
17164637 TCATAATAAT
17164647 TTCAAATAG-A-CAATTA
1 TTCAAATAGTAGCAATTA
17164663 TTCAAATAGTAGCAATTA
1 TTCAAATAGTAGCAATTA
*
17164681 TTTAAAT
1 TTCAAAT
17164688 TTGTTCGATA
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 1, Indels: 2
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.46, C:0.10, G:0.07, T:0.37
Consensus pattern (18 bp):
TTCAAATAGTAGCAATTA
Found at i:17165473 original size:717 final size:722
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Indices: 17164429--17165842 Score: 1741
Period size: 717 Copynumber: 2.0 Consensus size: 722
17164419 CATGAACAGA
*
17164429 AACAATTGTTTAATGACAAAGAAAATGCCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGACA
1 AACAATTGTTTAATGACAAAGAAAATGCCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGACA
* * * *
17164494 TGACTATTTAAACTAATTCGGTAAACAAATTAACTTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTTGAA
66 TAACTATTTAAACTAATTCGATAAACAAATTAACTTTTTAAATCACTTACTTACTAATTCTTGAA
* * * ** *
17164559 ATATTAAAAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATG
131 ATATTAAAAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATGAACAAAAACAATCATTTTATG
* * * *
17164624 ACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTCAAATAGACAATTATTCAAATAGTAGCAATTATTTAAATT
196 ACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTCAAATAGACAATTATTCAAATAGCAGCAATTATTTAAATC
* * * *
17164689 TGTTCGATAAATAAACTTATTTTTTGAAAATTTTGCTTATTAATTTTGTAAATATTAAGAAATTA
261 TGTTCGATAAACAAACTTATTTTTTGAAAATTTTACTTATTAATTTAGGAAATATTAAGAAATTA
*** *
17164754 GTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATAAACTAAAACAATTCTTTGAT-GTCAAAACAAAAGG
326 GTATTATTTTATTCCAGATAAGCTTGTATAAACTAAAACAATTCTTTGATAG-CAAAACAAAAGG
* * * *
17164818 TCATAACGATTTTAAATAAATAATTGTTTAAATAGT-GATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAAG
390 TCATAACGATTTTAAATAAACAATTGTTCAAATAGTAG-TAACTATTTGAACTTGTTCGATAAAC
** * * *
17164882 AGATTT-GTTTTTTCAAATCT-TTTGCTCATTAAATTTTTGGGTGTTGATAAATTGGGATTATTT
454 AGATTTAGTTTTTT-AAATCTCTTT-CTCATTAAATTTTTGAATGTTAATAAATTAGGATTAATT
17164945 TATTCTAAATAAGCTTGTAAGATA-TGAAACAA-AGATTTT-TGACTAAACAAAAGGTTAGAACG
517 TATTCTAAATAAGCTTGTAAGA-ACTGAAACAATAG-TTTTATGACTAAA-AAAAGGTTAGAACG
* * * * ** * *
17165007 ATTTGATATAGATAATTATTCTAATAGTTTTAACTATTTGAACTGGTTTAACAAACACATTTATT
579 ATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAATCTTAACCATTTGAACTAATTCAACAAACAAATTTATT
* *
17165072 TTTTAAATCTC-T-A-ATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTAGCTAAATAAG
644 TTTTAAATCTCTTAATATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGAATTATTTTTAGCTAAATAAG
17165134 CTTTTATGATCAAG
709 CTTTTATGATCAAG
* * * * * *
17165148 AACAATTGTTTTATGACAAA-ACAATGATCTTAACGATTTGAGATTA-ATAATTGTTCAAATGGT
1 AACAATTGTTTAATGACAAAGAAAATG-CCATAACGATTTGA-AATAGATAATTGTTCAAATGGA
* ** * * *
17165211 CATAACTATTTAATCTGGTTCGATAAAC-AATTTA-TTTCTTAAATCTCTTGCTTACTAATTCTT
64 CATAACTATTTAAACTAATTCGATAAACAAATTAACTTT-TTAAATCACTTACTTACTAATTCTT
* * * *
17165274 GAAATATTAATAAATTAATGTTATTTTATTTCCAATAAACTTATATGATA-AAAAACAATCGTTT
128 GAAATATTAAAAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATGA-ACAAAAACAATCATTT
* * * * *
17165338 TATG-CAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCA-TAATTATTT
192 TATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTCAAATAGACAATTATTCAAATAG-CAGCAATTATTT
* * * * *
17165401 TAA-CTGATTTGGTAAACATATTTATTTTTT-AAAATTCTTACTTATTAATTTAGGAAATATTAA
256 AAATCTG-TTCGATAAACAAACTTATTTTTTGAAAATT-TTACTTATTAATTTAGGAAATATTAA
* ** * * * *
17165464 TAAATTAGTATTATTTTATTCCATCTAAGCTTGTATTAACTAAAACAATTGTTTTATAGCAAATC
319 GAAATTAGTATTATTTTATTCCAGATAAGCTTGTATAAACTAAAACAATTCTTTGATAGCAAAAC
* *
17165529 AAAAGGTTATAACGATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAGTAGTAACTATTTGAACTTGTTCGA
384 AAAAGGTCATAACGATTTTAAATAAACAATTGTTCAAATAGTAGTAACTATTTGAACTTGTTCGA
* * * *
17165594 TAAACATATTTAGTTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTA
449 TAAACAGATTTAGTTTTTTAAATCTCTTTCTCATTAAATTTTTGAATGTTAATAAATTAGGATTA
* * * *
17165659 ATTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACTAAAAAAAGGTTAGAATG
514 ATTTATTCTAAATAAGCTTGTAAGAACTGAAACAATAGTTTTATGACTAAAAAAAGGTTAGAACG
* ***
17165724 ATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAATCTTAACCATTTGAACTAATTCGGTAAACAAATTTATT
579 ATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAATCTTAACCATTTGAACTAATTCAACAAACAAATTTATT
* *
17165789 TTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGAAATTTTGTTAAATTAGAATTATTTT
644 TTTTAAATCTCTTAA-TATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGAATTATTTT
17165843 AATTCAAATA
Statistics
Matches: 586, Mismatches: 91, Indels: 34
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
716 9 0.02
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ACGTcount: A:0.39, C:0.09, G:0.11, T:0.42
Consensus pattern (722 bp):
AACAATTGTTTAATGACAAAGAAAATGCCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGACA
TAACTATTTAAACTAATTCGATAAACAAATTAACTTTTTAAATCACTTACTTACTAATTCTTGAA
ATATTAAAAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATGAACAAAAACAATCATTTTATG
ACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTCAAATAGACAATTATTCAAATAGCAGCAATTATTTAAATC
TGTTCGATAAACAAACTTATTTTTTGAAAATTTTACTTATTAATTTAGGAAATATTAAGAAATTA
GTATTATTTTATTCCAGATAAGCTTGTATAAACTAAAACAATTCTTTGATAGCAAAACAAAAGGT
CATAACGATTTTAAATAAACAATTGTTCAAATAGTAGTAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAG
ATTTAGTTTTTTAAATCTCTTTCTCATTAAATTTTTGAATGTTAATAAATTAGGATTAATTTATT
CTAAATAAGCTTGTAAGAACTGAAACAATAGTTTTATGACTAAAAAAAGGTTAGAACGATTTGAA
ATAGATAATTATTCTAATAATCTTAACCATTTGAACTAATTCAACAAACAAATTTATTTTTTAAA
TCTCTTAATATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGAATTATTTTTAGCTAAATAAGCTTTTAT
GATCAAG
Found at i:17166105 original size:898 final size:898
Alignment explanation
Indices: 17162851--17166299 Score: 2014
Period size: 898 Copynumber: 3.9 Consensus size: 898
17162841 TGTATTAACT
* * * * *
17162851 AAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATATACAATTTTTCAAGTAGTA-CTAACTATTTGAACTT
1 AAAACAAAAGGTCATAACAATTTCAAATAGACAATTATTCAAATAGTAGC-AACTATTTAAACTT
* * ** * * * * * * *
17162915 GTTTGGTAAATTAATTTATTTTTT-AAA-TCT-CTTTTTAATTTT-TGAATGTTAATAAATTAAT
65 GTTCGATAAACAAACTTATTTTTTAAAATTTTGCTTATTAATTTTGTAAATATTAAGAAATTAGT
** * * * *
17162976 ATTAATTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTCTT-ATGACTAAAA-AAAAGGT
130 ATTAATTTATTCTGAATAAGCTTGTATAAACTAAAACAATTCT-TTGATGAC-AAAACAAAAGGT
* * * * ** * * ** * *
17163039 CAGAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCT-AGTAGTTTTAACCATATGAATTCGTT-TAGTAAAT
193 CAGAACGATTTGAAATAAATAATTGTT-TAAATAATCATAACCATTTGAACTAATTCGA-TAAAC
* * * ** * * *
17163102 AAATTTATTTTTT-AAATCTTTTACTTATT-AATTTTCAAAATATT-ATTAAATTTGTATTATTT
256 AAATTTATTTTTTCAAATCTCTTAATCATTAAATTTT-TGAATGTTGA-TAAATTAGAATTATTT
* * * * * * *
17163164 TAATT-TGAATAAGCTTGTATGA-A-CAAA-AAATTTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
319 T-ATTCTAAATAAGCATGTAAGATATGAAACAAA--GATTTT-TGACAAAACAAAAGGGCAAAAC
* ** * * * * * ** ** *
17163225 AATTTGAAATTGATAACCATTC-ATATAGTATTGACTATTTGAACT-GGTCTAGGAATTAGATTT
380 GATTTGAAATACATAATCATTCTA-ATAATCTTAACTATTTGAACTAGTTC-AACAAACACATTT
* * * * *
17163288 ATTTTTTTAATTTTCTTGGTTATTAAGTTTC-GAAATATTATTAAATTAGTATT-GTTTTATTCT
443 A-TTTTTTAA--ATC-T-CTAATTAAGTTTCAG-AATATTATTAAATTAGTATTATTTTTA-GCT
* * * *
17163351 AAATAAAATAGTATGA-CTAGAACCAATTGTTTGATGACAAAAAAAAGGT-TATAACAATTTG-A
501 AAATAAAATAGTATGAGCAAGAA-CAATTGTTTGATGACAAAACAAAGATCT-TAACGATTTGAA
* * * * *
17163413 AATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAAAAT-GTTTGGTAAACAAATTTACTTTTTA
564 AATA-ATAATTATTCAAATAGTCATAACAATTTG-AAATGGTTCGATAAACAGATTTACTTTTTA
* * * * *
17163477 AATCTCTTACTAATTAATTTTCTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAACCAAACCTA
627 AATCTCTTACTAACTAATTTTCGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAACAAACTTA
* * * *
17163542 TATGAACAAAAACAATAGTTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAACAA-TTGAAATAGATAATTGT
692 TATGAATAAAAACAATCG-ATAATGACAAAACAAAAAGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGT
* ** * ** * * * * *
17163606 TCAAATAGTTATAATTATTTGAACTGGTTTGGTAAATAGAATT---TTTTAAAAATCTCTTCCTT
756 TCAAATGGACATAATTATTTAAACTAATTCGGTAAACA-AATTAACTTTT-TAAATCACTTACTT
* * * * * * ** *
17163668 ATAAAATTT-TGAAATATTAACAAATTAGTTTTATTTTTTTTCCAAATAAACTTGTGCGAACTGA
819 AT-TAATTTAGGAAATATTAAAAAATTAGTATTA-TTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACTAA
* **
17163732 AATAATTGCTTTATGAC
882 AACAATTATTTTATGAC
* * ** * * * *** * * *
17163749 AAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGTTAATTGTTTACATAGTCTTAACTGTTTGAACTAG
1 AAAACAAAAGGTCATAACAATTTCAAATAGACAATTATTCAAATAGTAGCAACTATTTAAACTTG
* ** * * * * ** *
17163814 TTCG-CAAGTAGATTTAATTTTT-AAATCTCTTAG-TTA-GAATTTT-TAGAATATTATTAAACT
66 TTCGATAAACAAACTTATTTTTTAAAAT-T-TT-GCTTATTAATTTTGTA-AATATTAAGAAATT
* * ** ** * * * * * ** *
17163874 AGTAATATTTTATTCCAAATAAATTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTACAACAAAAGAAAAGG
127 AGTATTAATTTATTCTGAATAAGCTTGTATAAACTAAAACAATTCTTTGATGACAAAACAAAAGG
* * ** * * * * * * *
17163939 TTATAAAAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-AAGTTCGGTAAAT
192 TCAGAACGATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAATCATAACCATTTGAACTAA-TTCGATAAAC
* * * * * *
17164003 AGATTTATTTTTTTACATCT-TT--T-ACT-AATTTTTGAAATATTAATAAATTA-ATATTATTT
256 AAATTTATTTTTTCAAATCTCTTAATCATTAAATTTTTG-AATGTTGATAAATTAGA-ATTATTT
* * * * * *
17164062 TATTTTAAATAAGCTTGTATG-T-TGAAAAAGAATTATTTTATGACAAAACGAAAA--GTAATAA
319 TATTCTAAATAAGCATGTAAGATATGAAACA-AA-GATTTT-TGACAAAAC-AAAAGGGCAA-AA
* * ** *** * * * * ****
17164123 CGATTTGAAATAGATGATTGTT-TAAATGGCCATAATTATTTG-ATTGGATTTGGTAAACTA-AT
379 CGATTTGAAATACATAATCATTCT-AATAATCTTAACTATTTGAACTAG-TTCAACAAAC-ACAT
* * * * * * * **
17164185 TTATATTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTAAAAATATTAATAAAGTAGTATTA-TTTTATTTT
441 TTATTTTTTAAATC---T-CTAATTAAGTTTCAGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTA-GCT
** ** ** * * * * * * *
17164249 GGATAAGCTTTTATGA--AATGAAACAATTTTTTTATGATAAAACAAAAGTTCATAACAATTT-T
501 AAATAAAATAGTATGAGCAA-G-AACAATTGTTTGATGACAAAAC-AAAGATCTTAACGATTTGA
* *
17164311 AAATAGAT-A--A-T----T-GT--T--CAA----AAA---ATC-AT--ACAGATTTATTTTTTC
563 AAATA-ATAATTATTCAAATAGTCATAACAATTTGAAATGGTTCGATAAACAGATTTACTTTTT-
* * * * * ** * * * **
17164353 AAATCTC-TAGCTTATTAATTTCCAAAATGTTAATAAAGCAGTATTATTTTA-TTCTTAATAATT
626 AAATCTCTTA-CTAACTAATTTTCGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTC-AAACAAAC
** * * * * * * ** **
17164416 TTGCATGAACAGAAACAATTGTTTAATGAC-AAAGAAAATGCCATAATGATTTGAAATAGATAAT
689 TTATATGAATAAAAACAATCG-ATAATGACAAAACAAAAAGTAATAACAATTTGAAATAGATAAT
* *
17164480 TGTTCAAATGGACATGACTATTTAAACTAATTCGGTAAACAAATTAACTTTTTAAATCACTTACT
753 TGTTCAAATGGACATAATTATTTAAACTAATTCGGTAAACAAATTAACTTTTTAAATCACTTACT
** * *
17164545 TATTAATTTTTGAAATATTAAAAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTGAA
818 TATTAATTTAGGAAATATTAAAAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACTAAA
17164610 ACAATTATTTTATGAC
883 ACAATTATTTTATGAC
* * *
17164626 AAAACAAAAGGTCATAATAATTTCAAATAGACAATTATTCAAATAGTAGCAATTATTTAAATTTG
1 AAAACAAAAGGTCATAACAATTTCAAATAGACAATTATTCAAATAGTAGCAACTATTTAAACTTG
*
17164691 TTCGATAAATAAACTTATTTTTTGAAAATTTTGCTTATTAATTTTGTAAATATTAAGAAATTAGT
66 TTCGATAAACAAACTTATTTTTT-AAAATTTTGCTTATTAATTTTGTAAATATTAAGAAATTAGT
* * * * *
17164756 ATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATAAACTAAAACAATTCTTTGATGTCAAAACAAAAGGTCA
130 ATTAATTTATTCTGAATAAGCTTGTATAAACTAAAACAATTCTTTGATGACAAAACAAAAGGTCA
* * * * * ** * * *
17164821 TAACGATTTTAAATAAATAATTGTTTAAATAGTGATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAAGAGAT
195 GAACGATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAATCATAACCATTTGAACTAATTCGATAAACAAAT
* * ** ** * *
17164886 TTGTTTTTTCAAATCTTTTGCTCATTAAATTTTTGGGTGTTGATAAATTGGGATTATTTTATTCT
260 TTATTTTTTCAAATCTCTTAATCATTAAATTTTTGAATGTTGATAAATTAGAATTATTTTATTCT
* * ** * *
17164951 AAATAAGCTTGTAAGATATGAAACAAAGATTTTTGACTAAACAAAAGGTTAGAACGATTTGATAT
325 AAATAAGCATGTAAGATATGAAACAAAGATTTTTGACAAAACAAAAGGGCAAAACGATTTGAAAT
* * * * * *
17165016 AGATAATTATTCTAATAGTTTTAACTATTTGAACTGGTTTAACAAACACATTTATTTTTTAAATC
390 ACATAATCATTCTAATAATCTTAACTATTTGAACTAGTTCAACAAACACATTTATTTTTTAAATC
* ** ** ** *
17165081 TCTAATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTAGCTAAATAAGCTTTTATGATCA
455 TCTAATTAAGTTTCAGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTAGCTAAATAAAATAGTATGAGCA
* * * * * *
17165146 AGAACAATTGTTTTATGACAAAACAATGATCTTAACGATTTGAGATTAATAATTGTTCAAATGGT
520 AGAACAATTGTTTGATGACAAAACAAAGATCTTAACGATTTGAAAATAATAATTATTCAAATAGT
* * * *
17165211 CATAACTATTT-AATCTGGTTCGATAAACA-ATTTA-TTTCTTAAATCTCTTGCTTACTAATTCT
585 CATAACAATTTGAA-ATGGTTCGATAAACAGATTTACTTT-TTAAATCTCTTACTAACTAATT-T
* * *
17165273 T-GAAATATTAATAAATTAATGTTATTTTATTTCCAATAAACTTATATG-ATAAAAAACAATCGT
647 TCGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAACAAACTTATATGAAT-AAAAACAATCG-
* * * *
17165336 TTTATG-CAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATT
710 ATAATGACAAAACAAAAAGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGACATAATTATT
* * * * * * *
17165400 TTAACTGATTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAAAT-TCTTACTTATTAATTTAGGAAATATTAA
775 TAAACTAATTCGGTAAACAAATTAACTTTTT-AAATCACTTACTTATTAATTTAGGAAATATTAA
* ** * *
17165464 TAAATTAGTATTATTTTATTCCATCTAAGCTTGTATTAACTAAAACAATTGTTTTAT-AGC
839 AAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTATTTTATGA-C
* * * * * * *
17165524 AAATCAAAAGGTTATAACGATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAGTAGTAACTATTTGAACTTG
1 AAAACAAAAGGTCATAACAATTTCAAATAGACAATTATTCAAATAGTAGCAACTATTTAAACTTG
* * * * * * *
17165589 TTCGATAAACATATTTAGTTTTTT-AAATCTCTTTCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTA
66 TTCGATAAACAAACTTA-TTTTTTAAAAT-T-TTGCTTATTAATTTTGTAAATATTAAGAAATTA
* * * * *
17165653 GTATTAATTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACTAAA-AAAAGGT
128 GTATTAATTTATTCTGAATAAGCTTGTATAAACTAAAACAATTCTTTGATGACAAAACAAAAGGT
* * * * *
17165717 TAGAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCT-AATAATCTTAACCATTTGAACTAATTCGGTAAACA
193 CAGAACGATTTGAAATAAATAATTGTT-TAAATAATCATAACCATTTGAACTAATTCGATAAACA
* * *
17165781 AATTTATTTTTT-AAATCTCTTAATTATT-AATTTTTGAAATTTTGTTAAATTAGAATTATTTTA
257 AATTTATTTTTTCAAATCTCTTAATCATTAAATTTTTG-AATGTTGATAAATTAGAATTATTTT-
* * * * *
17165844 ATTC-AAATAAGCATGTACA-A-CT-AAA-ATA-ATTCTTTAACGACAAAACTATAGGGCAAAAT
320 ATTCTAAATAAGCATGTA-AGATATGAAACAAAGATT-TTT---GACAAAACAAAAGGGCAAAAC
* * ** * *
17165903 GATTTGAAATACATAATCGTTC-ATATAATCTTAACTATTTGAACTAGTTCAGCAATTA-GTTTT
380 GATTTGAAATACATAATCATTCTA-ATAATCTTAACTATTTGAACTAGTTCAACAAACACATTTA
** * * * * * * *
17165966 TTTTTTATTTTTTTAGTTATTAAGTTTCATAATATTTTTGAATTAGTATTA-TTTTA-TTCCAAT
444 TTTTTTAAATCTCTA---ATTAAGTTTCAGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTAGCT-AAAT
* * *
17166029 AAAATAGTATGAGC-AGAACCAATTGTTTGATGACAAAATAAAGGT-TATAATGATTT-AAAATA
505 AAAATAGTATGAGCAAGAA-CAATTGTTTGATGACAAAACAAAGATCT-TAACGATTTGAAAATA
* * *
17166091 GATAATTATTCAAATAGTCATAACAATTTGAAATGGTTTGGTAAATAGATTTACTTTTTAAATCT
568 -ATAATTATTCAAATAGTCATAACAATTTGAAATGGTTCGATAAACAGATTTACTTTTTAAATCT
* * * *
17166156 CTTACTAATTAATTTTCTAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAACAAACTTGTATTA
632 CTTACTAACTAATTTTCGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAACAAACTTATATGA
* * *
17166221 ATAAAAAGAATTGATAATGACAAAACAAAAAGTAATAACGATTTGAAATAGATAAGTT-TTCAAA
697 ATAAAAACAATCGATAATGACAAAACAAAAAGTAATAACAATTTGAAATAGATAA-TTGTTCAAA
* **
17166285 TAGTTATAATTATTT
761 TGGACATAATTATTT
17166300 GAATTGGTTC
Statistics
Matches: 1989, Mismatches: 436, Indels: 251
0.74 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
876 35 0.02
877 227 0.11
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AATAAGCATGTAAGATATGAAACAAAGATTTTTGACAAAACAAAAGGGCAAAACGATTTGAAATA
CATAATCATTCTAATAATCTTAACTATTTGAACTAGTTCAACAAACACATTTATTTTTTAAATCT
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AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAACAAACTTATATGAATAAAAACAATCGATAATG
ACAAAACAAAAAGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGACATAATTATTTAAACT
AATTCGGTAAACAAATTAACTTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTAGGAAATATTAAAAAATTA
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* **
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* * * * *
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** * * * * *
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* * *
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* *** * * *
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*** * * * * *
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* * *
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* ** ** * *
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* * * * * * *
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* * *
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** * * * *
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** * *
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1 TCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATA-CAAGCTTATTTG
* ** * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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** * ** * * **
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1 TCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGA
* * * * *
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* * * * * * * *
17167721 TCTATACCGATCTAGTTCAGATAGTTATGACTATTTAAACAATTA-CTCATC
129 TGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT-ATT
* * * * * * *
17167772 TCAAATCGTTATGATC-TTTGTTTTGTCCTAAAACATTTGCTTCTATTCATACAAGCCTATTTGG
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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1 TCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACA-AGCTTATTT
* * * * *
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* ** *
17168079 ATTTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGAC-ATTTGAATAATTATCTATT
126 ATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* *** * * * * ** * ***
17168132 TAAAACCATTATAACCTTTTATCTTATCATAAAGTAATTGTTTC-AGTTCATAAAAGCTTATCCA
1 TCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTG
* * * * * * ** *
17168196 AAACAAAAGTAATATTACTTTATTAATATTTTAAAAATTGATAACTTAGAGATTTAAATCATAAG
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** ** * ** * * *
17168261 TTACTTTATTGAATCAA-TTCAAATAACTATGGCCATTTGAATAATTATCTATT
127 TTTGTTTA-CCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
** * * *
17168314 TCAAATTGTTATGAATTTTTGTTTTG-CAATAAAACAATTATTTTTCA-TCATA-ATAGCCTA-T
1 TCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTC-ATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACA-AGCTTATT
* *
17168375 CGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAA
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* * * * *
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* * * * ** * * * * **
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1 TCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGA
* * * * *
17168559 AATAAAATAAGACTAATGTAATAATATTCTAAAAATTAATAACTAAGAGAATTAAAAAATAAATT
66 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATT
* * * * * * * * *
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* * * * *
17168675 TTAAATTGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-TTTTTAGTTCTTACGAA-CTTA-TT
1 TCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATAC-AAGCTTATTT
* * * *** *
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* * * * * *
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* * ** * * * * * *
17168851 TTAAGTCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACACA-TGTTTTTGTTCAAATAAGTTTATTCG
1 TCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA-ATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTG
* * *
17168915 AAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG-AGA-ATTAAAAAAATAAATT
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* * * * *
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* * ** * * ** * * * *
17169030 TTAAGTCATTATAACCATTCATTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGTTCATAC-CGTCTTATTTG
1 TCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG-CTTATTTG
* * * * * * * *
17169094 GAATAAAGTAATGCTAATTTATTACTATTCTAAAAATTAGTAAGTAATGGATTTAAAACATGAAT
65 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAAT
* * ** * * ** * *
17169159 CTATTGGTA-TGACCAA-TGCAAATAGTTGCGACTGTTTGAATAATTATCTATT
128 TTGTT--TACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* * * * * * * *
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1 TCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGA
* * * *
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* * *
17169340 ATGTTCACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATT
128 TTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
*** ** * *
17169392 TCAAATCACTAAAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTCTCTTCATACAAGCTTATTTTA
1 TCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGA
* * * * * *
17169456 AATAAAATAATACAAATTTCTTAATATTCAAACAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATC
66 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAA-AATTAATAAGT-AAAGATTTAAAAAATAAATT
* * * *
17169521 TGTTTACCAAATAAGTTCAAATAATTACGACTATTTGAACAATTATTTATT
129 TGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* * * * *
17169572 TTAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTTATACAAGCTTATTCGA
1 TCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGA
* * * * * *
17169637 ATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTAGATACTTAATAAGTAAAGGATTTTAAAAATAAATA
66 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTA-AAAATTAATAAGTAAA-GATTTAAAAAATAAATT
*** * * *
17169702 TGTTTATTGAAC-AG-TCTAAATAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTATT
129 TGTTTACCAAACAAGTTC-AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* * * ** * * * * * * **
17169752 TCAAATAGTTATAAACTTTTGTTTCATTATAAAACAATTG-TACGAGCTCATATAGGCTTATTCA
1 TCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTG
* * * **
17169816 AAATAAAATAATACAAATCTATTAATCTTCTAAAAATTAAGGAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
65 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGT-AAAGATTTAAAAAATAAAT
* * * *
17169881 CAT-TTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGAATGTTTGAACAATTATCTATT
128 -TTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
** * **
17169933 TCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-TTCATATAAGCTTATTCCA
1 TCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGA
*
17169997 AA-AGAAATAATA-TAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAGAA-ATTTAAAAAATAAA
66 AATA-AAATAATACT-AATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTA-AAGATTTAAAAAATAAA
* * * *
17170059 TTTGTTTTCTAAACACGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATT
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** ** * * * *
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1 TCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATA
17170163 GAAACTTGAC
Statistics
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0.77 0.17 0.07
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Consensus pattern (179 bp):
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AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATTTG
TTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
Found at i:17168642 original size:361 final size:359
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Indices: 17166346--17170125 Score: 2678
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* * * ** *
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* * * * * * * * *
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* * * *
17166475 C-CAATCAAGTTTAAATAATTATGACTTTTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGCTAT-AACCTT
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* ** * **
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* * *
17166601 TTATTAATATT-AAGACAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGT
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* * * * *
17166664 TCAAATTGTTGTGACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATTG
317 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTC
** * * * * *** *
17166707 TTATGATTTTTTGTTTTATCACAAAACAATTGTTTCTATTCATATAAGTTTATTTGGATTAAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAAT
* * * * *
17166772 AATATTAATTTATTAATATTTTGACAAATT-ATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA-
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** * * * * *** * *
17166835 TTGAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAAAAATTATCTGTTTCAAACCATTTTGACCTTTT
130 TCAAACAA-TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAACTTTT
* * * * *
17166900 GTTTTGTAATAAAACAA-TTGTTTCTATTCTTATAACCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTT
194 GTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTC-A-TCATA-AAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTT
* * * * * * * *
17166964 ATTAATATTTAAAAATTAA-AGAGCAAAAGAATTGAAAAAATGAATCTACTTACTGAACAAGTTC
256 ATTAATATTCAAAAATTAATA-AGTAAGAG-ATTTAAAAAATAAATTTATTTACCGAACAAGTTC
* * * * *
17167028 AAATAGTTATGACTATCTGAATAATTATCTATTTTAAAATA
319 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTC
* * * * **
17167069 TTATGACCCTTTATTTTGTCATACAAA-AATTGGTTCTATTCATGCAAGCTTATAT-TGAATAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATA-AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTAT-TCAAAATAAA
* * * ** *
17167132 ATAATA-TAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATTAGTAA-A-ATTTTAGAAAATAAAACTATT
64 ATAATACT-AATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATTTGTT
* * * * ** * *
17167194 TTC-CAAACATATTCAAATAGTTATGACTATTT-AGCAATTATTTATTTTGAATTGTTATGACCA
127 TACTCAAACA-ATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAACT
* * * *
17167257 TTTGTTTTGTCATAAACCAA-TTGTTTCTATTCA-AGCAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTA
191 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTC-A-TCATA--AAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTA
* * * * * * * *
17167320 ATTTATTAATATTCCAAAA-T--TAA--AA-ATATCTAAAGAATAAATTTGTTAACCGAGCGAGT
252 ATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCGAACAAGT
* * *
17167379 TCAAATATTTATGACTATTT-ATACAATTATTTATTTCAAATTG
317 TCAAATAGTTATGACTATTTGA-ACAATTATCTATTTCAAATTC
* * * * * ***
17167422 TTATGATCTTCTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAGAAGTTTATTTGGAATAAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAAT
* * * * * * *
17167487 AATACTAGTTTACTAATACTCTAAAAATTAATAAGT-TGAAGATTTAAAAAATTAATCTATTTAC
66 AATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAG-AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTAC
* * * * *
17167551 -CAAACAACTTCAAATAATCATGTCTATTTGAGCTATTATTTATTTCAAATTGTTATGATA-TTT
130 TCAAACAA-TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA-ACTTT
* ** * *
17167614 TGTTTTATTGTAAAACAATAGTTTCTATTCATGCA-AAA--TTATT-TAGAATAAAATAATGCTA
193 TGTTTTGTCATAAAACAAT--TTT-T-TTCAT-CATAAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTA
* * * * * * * *
17167675 ATTTATTACTATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAGAAACTAAATCTCTATACCGATCTAG
252 ATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCGAACAAG
* * *
17167736 TTCAGATAGTTATGACTATTTAAACAATTA-CTCATCTCAAA-TC
316 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT-ATTTCAAATTC
* * * * * *** *
17167779 GTTATGATC-TTTGTTTTGTCCTAAAACATTTGCTTCTATTCATACAAGCCTATTTGGAGTAAAA
1 -TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAA
* * * * *
17167843 TATTGCTAAATTAATAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAG-GATTTAAAAAATAAATGTGTTT--
65 TAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTAC
* * * * * * * *
17167905 GCAAATCTAGTTCAAA-AAGTTAAGACTATTAGAATAATTACCTATTTCAAATTGTTCTGACCTT
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* * *
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* * * * *
17168032 TTTTTTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAAATTTTAAAAAATAAATTTATTTACTGAACAAG
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* **
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316 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTC
* * * * ** * * *
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1 -TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAA
* * * * * * ** * **
17168203 AGTAATATTACTTTATTAATATTTTAAAAATTGATAACTTAGAGATTTAAATCATAAGTTACTTT
64 A-TAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTT
* * * * * * * *
17168268 ATTGAATCAATTCAAATAACTATGGCCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAATTTT
128 ACTCAAACAATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAACTTT
*
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* * * *
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* * * *
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* ** * * * *
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1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAAT
* * * * * *
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* * * * * * * *
17168632 GAACCAATTCAAA-AAGTTAAGGCTATATGAACAATTCTTTATTTTAAATTGTTATG-ACATTTT
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* * * *
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194 GTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTCA--TCATA--AAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATT
*** * * * * * *
17168753 TATTAATATTTCAAAAATTAATTTCTAAGAGATTTAAAAAATAATTTTGTTTGCCAAACTAGCTC
255 TATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCGAACAAGTTC
* * * * *
17168818 AAATAATTATGAATATTTGAATAATTATCTATTT-TAAGTC
319 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTC
* * * * * *
17168858 ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACACA-TGTTTTTGTTCAAATAAGTTTATTCGAAATAAA
1 -TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA-ATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAA
* * * *
17168922 ATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG--AGA-ATTAAAAAAATAAATTTGCTTA
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* * * * * * **
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* ** * ** ** * * * *
17169046 ATTCATTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGTTCATACCGTCTTATTTGGAATAAAGTAATGCTAA
190 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTTCATCATAAAG-CTTATTCGAAATAAAATAATACTAA
* * * * * * *
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253 TTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAA-GAGATTTAAAAAATAAATTTATT--TACCGAACA
* ** * * *
17169174 A-TGCAAATAGTTGCGACTGTTTGAATAATTATCTATTTCAAATTG
314 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTC
* * * * * * * * *
17169219 TTATAACCTTTTGTTTTATCACAAAATAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTCATAATAACAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAAT
* * * * *
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* * *** *
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130 TCAAACAA-TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAA-CTTT
* * ** * *
17169411 TGTTTTGTCATAAAACAATTTTTCTCTTCATACAAGCTTATTTTAAATAAAATAATACAAATTTC
193 TGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTCATCATA-AAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTA
* * * * * * *
17169476 TTAATATTCAAACAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATCTGTTTACCAAATAAGTTCAA
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* * * * *
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321 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTC
* * * * *
17169580 TTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTTATACAAGCTTATTCGAATTAAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAAT
* * * * *
17169645 AATATTAATTTATTAATATT-TAGATACTTAATAAGTAA-AGGATTTTAAAAATAAATATGTTTA
66 AATACTAATTTATTAATATTCTA-AAAATTAATAAGTAAGA-GATTTAAAAAATAAATTTGTTTA
** * * * * * * *
17169708 -TTGAAC-AGTCTAAATAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATAGTTATAAACTTT
129 CTCAAACAATTC-AAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAACTTT
** * * * * * *
17169771 TGTTTCATTATAAAACAA--TTGTACGAGCTCATATAGGCTTATTCAAAATAAAATAATACAAAT
193 TGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTC-A--TCATA-AAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAAT
* * ** * *
17169834 CTATTAATCTTCTAAAAATTAAGGAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA-TCATTTTACCGAACAAGT
254 TTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTA-TTTACCGAACAAGT
* *
17169898 TCAAATAGTTATGAATGTTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TC
317 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTC
* *
17169940 ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-TTCATATAAGCTTATTCCAAAA-GAA
1 -TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATT-CAAAATAAA
* *
17170003 ATAATA-TAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGT-AGAAATTTAAAAAATAAATTTGTTT
64 ATAATACT-AATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTT
* * * * **
17170066 TCT-AAACACGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAACAGTTATGA
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AATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACT
CAAACAATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAACTTTTGT
TTTGTCATAAAACAATTTTTTTCATCATAAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
TATTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGT
TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTC
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1 TT
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* * * *** * *
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* * * ** *
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*
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* * * * * * * *
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* * * *** * *
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* * * * * * *
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* ** *
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* *
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** * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* ** * * * * **
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* * * * * * *
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1 -ATTGTTCAA-ATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAGTAAACAAATTATTTTTTAAATCTCTT
* *
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* * * * *
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* ** * * * *
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1 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAGT-AAACAAATTA-TTTTTTAAATCTCTT
* * * * * *
17175872 GCTTATTAATTTTCA-AAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTGGATTAACTTTTATGAAC
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** * *
17175936 TGAAACGATTGTTTTATATCAAAACA
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ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAGTAAACAAATTATTTTTTAAATCTCTTAC
TTATTAATTTTTAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATGAACTG
AAATAATTGTTTTTTAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGAT
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17174941 ACTTGTTCGG
* *
17174951 TAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTAGAATATTAATAATTTAATATTAT
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** * * * *
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* * * * * *
17175080 AATTTGAAATAGATATGTATTCAAAAAGTCATGACTATTTGATCTAGTTTAGTAAACATATTTAT
123 AATTTGAAAAAGATATGTATTCAAAAAGTCATAACTATTTGAACTAGTTAAGCAAACATAATTAT
** * *
17175145 TTCTTAAATTTTTTACTTATTAATTGTCGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATA
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* * * * *
17175210 AGCTTGTATGAACAGAAACTATTGTTTTATAATAGAACAAAAAGTCATAACAGTTTGAAATAAAT
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* **
17175275 AATTGCTCAA-ACGGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGA
318 AATTG-TCAACACGGCCATAACTATTTGAACTAATTTGA
*
17175313 TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATCAATTTTT-GAAATATTAATATATTAGTATT-TTTT
1 TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTAG-AATATTAATA-ATTAGTATTATTTT
* *
17175376 ATTTTGAATAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTATGAAAAAGCAAAAGGTAATAACGATT
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* * * *
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* * * * * **
17175504 TTTAAACCTCTTACATATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTCTGAATAA
190 CTTAAACCTCTTACATATTAATTGTCGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTAATCCAAATAA
* * * * * *
17175568 ACTTGTTTGATC-GAAAACAATTGTCATTT-GACCA-ACCAAAAGGTAATAA-TGATTTGAAATA
254 ACTTGTATGAACAG-AAACAATTGT--TTTAGAACAGAACAAAAAGTAATAACAG-TTTGAAATA
* * * * *
17175629 GATAATTGTTAACATGGCCATAATTATTTGAACTAATTTGG
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* *** * *
17175670 TAAACAGA-TT-TTAAATCACT-TACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
1 TAAACAAATTTATTTTTTAAATCT-CTTATTAATTTTTAGAATATTAAT-AATTAGTATTATTTT
* * * *
17175732 ATTTTGAATTAGCTTGA-ATGAACTGAAATAA-TTGTTTTGTGACAAAGCAAAAGGTCATAACAA
64 ATTTTGAATAAACTT-ATATGAAC--AAAAAATTTGTTTT-TGAAAAAGCAAAAGGTCATAACAA
* * * ** * ** * * * * * *
17175795 TTTTCAATATACA-AT-TGGTCAAATAGTTGTAACTATTTGAATTTGTTCAGTAAAAAAAATTAT
125 -TTTGAA-AAAGATATGTATTCAAAAAGTCATAACTATTTGAACTAGTTAAGCAAACATAATTA-
* * * * * *
17175858 TTTTTTAAA-CTCTTGCTTATTAATTTTCAAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTA
187 TTTCTTAAACCTCTTACATATTAATTGTCGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
17175914 TTTTGGATTA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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355 42 0.09
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Consensus pattern (355 bp):
TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTAGAATATTAATAATTAGTATTATTTTAT
TTTGAATAAACTTATATGAACAAAAAATTTGTTTTTGAAAAAGCAAAAGGTCATAACAATTTGAA
AAAGATATGTATTCAAAAAGTCATAACTATTTGAACTAGTTAAGCAAACATAATTATTTCTTAAA
CCTCTTACATATTAATTGTCGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAACTTGTA
TGAACAGAAACAATTGTTTTAGAACAGAACAAAAAGTAATAACAGTTTGAAATAAATAATTGTCA
ACACGGCCATAACTATTTGAACTAATTTGA
Found at i:17177312 original size:181 final size:178
Alignment explanation
Indices: 17175968--17177595 Score: 1165
Period size: 181 Copynumber: 9.1 Consensus size: 178
17175958 AACATTATTC
* * * * * * * **
17175968 AATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTGTCAAACCTTTTGTTTATTA
1 AATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAACAGATTTATTTT-TTAAATCTCTTACTTATTA
* * * * * * * * *
17176033 ATTTTTTGAATGTTAATAAATTTGGATTATTTTTTTCGAATAAACTTGA-AAGATATAAACCAAA
65 ATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC-AATAAACTT-ATATGA-ACAAAACAAT
* * * ** * * ** * * *
17176097 TATTTTATGACTAAACCAAATATTAGAACGGTTTGAAATGGATAATTATTCT
127 TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCA
** * * * *
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* ** * ** * *
17176212 TTTTTGAAATATTCTTAAGTTAGTATTATTTTTAACCAAATAAGCTTCTATGATA-AGAAACAAT
66 TTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTC-AATAAACTTATATGA-ACA-AAACAAT
* * * * * *
17176276 TGTTTTATCACAAAAC--AAGCATCTTAACAATTTGAGATTGATAATTGCTCA
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* *
17176327 AATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAATAGTTTTATTTTTTAAAATCTCTTACTTATTA
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* * *
17176392 A-TTTTTAAATATTAATAAATTAGTATT-TTTT-TT-AATAAGCTTGTACGATTA-AAAACAATT
65 ATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAATAAACTTATATGA--ACAAAACAATT
*
17176452 GTTTTATGACAAAACAAACA-GTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTA
128 GTTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * * * * * *
17176503 AATAGCCACAATTATTTTAACT-GATTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATTTCTTA-TTACTT
1 AATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA-TT
* * * * * * **
17176566 -ATTATTTTAGGAAATATTAATAAATAAGTATATTTTTTATTCCATCTAAGCTTTTATTAATTGA
64 AATT-TTTT---AAATATTAATAAATTAGTAT-TATTTTATT-CA-ATAAACTTATATGAA-CAA
* * * *
17176630 AACAATTGTTTTATGACAAATCAAAAGGTTATAACCATTT-AAATAGACAATTGTTCA
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * * * **
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128 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * * * * * *
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1 AATAGTCATAACT-ATTTGAACT-AGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
* * * * * *
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* * * * ** * **
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* * * * ** * *
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1 AATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGA-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAC-TTATT
* ** * * * *
17177100 AAGTTTCAAAATATTATTAAATTAATATTATTTTATTCCAAGTAAAATAATATGAACAAAACTAA
64 AATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-CAA-TAAACTTATATGAACAAAAC-AA
* * *
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* * ** * * * *
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1 AATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA
* * *
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66 TTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTC-AATAAACTTATATGAACAAAA-CAATT
* * ** * *
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128 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * * * * * * *
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1 AATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA
* * * * * *
17177464 TTTTTTAAATATTAATAAATTAGTTTTATTCTATTCAGAATACACTTGTATGAGCTAAAATAATT
66 TTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC--AATAAACTTATATGAAC-AAAACAATT
* * * *
17177529 GTTTTATAACAAAACAAAA-GTCATAACAAATTGAAATAAATAATTATTCA
128 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* *
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Statistics
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* * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * * * * *
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*
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1 TATTATTTT
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ATTTAGTTTTTAAACTAGCTTATTAATTTTTGAAATATCATTAAAGTAG
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* * *
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* * * *
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* ** * * * *
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* * *
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* * * *
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* * * * *** * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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1 TTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTAAAATA-AATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
* * * *
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65 TTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTAAAAT-TCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTA
* * * * * ** *
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** * * * * * * *
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1 TTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* * * * * * **
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* * *
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* * * *
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1 TTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACT-A
* * ** ** * ** * * *
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** * * * *
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* * ** * * * *
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* * * *
17179704 TTTGAATTTGTTC-GATAAACAGATTCAGTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTGA-AATAT
65 TTTGAACTTGTTCAG-TAAATAGATTTA-TTTTTAAAAT-TCTTACTTATTAATTTTTAGAATAT
* * * * * * *
17179766 TAATAAATTAGA-ATTATGTTATTCCT-AGTAAGCTTGTACGAATAAAAATAATTG
127 TAATAAATTA-ATATTATTTTATT-CTGAATAAACTTGTATGAACAGAAACAATTG
* ** * * * ** ** * ** *
17179820 TATTACAACAAAATAAAAGGTCGTAATGATTTAAAATGGATAATTATTCAAACGGTCTTAACTAT
1 TTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* * ** ** * * * **
17179885 TTGCACTAGTT-AGGCCAACCGATTCATTTTTTAAATTTGTTACACATTAATTTTTAGAATATTA
66 TTGAACTTGTTCA-GTAAATAGATTTA-TTTTTAAAATTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTA
** * * * * *
17179949 ATAAATTAGCATTATTTTATTTTGAATAAGAC-TATATCAATAGAAACATTTG
129 ATAAATTAATATTATTTTATTCTGAATAA-ACTTGTATGAACAGAAACAATTG
** * * * *
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17180064 A
64 A
17180065 ATTAATTTAT
Statistics
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TTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
TTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTAAAATTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAAT
AAATTAATATTATTTTATTCTGAATAAACTTGTATGAACAGAAACAATTG
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17178373 ATAAAAAAAT
* * *
17178383 TTATTTTATGACAAAATAAAAATCATAACGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
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* * * * * * * *
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* * * * ** ** * * *
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126 TTAATAAATTATTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTATATGAATAGAATCAATTGGTTTAT-AA
* * * * *
17178569 CAAAACAAAATGTCATAACAATTTA-AAATAAATTAA-TGTTCAAATGA-ACATGACTATTTGAA
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* * * *
17178631 CTTGTTCAATAAACATATTTGTTTTTAAAATATCTTAT-C-TATTAATTTTTAGAATATTAATAA
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* * ** * *
17178694 ATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTATACGAATAGAAACAA
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*
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* * ** * ** *
17178804 ATTTGAAC-TGCTCAGTAAATAGATTTA-TTTTTTAAAATTTTACTTACTAATTTTTGGAATATG
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* * * * * *
17178867 AATAAACTAATATTATTTTTTTTTTAAATATGGTTGA-ATGAATAGAATCAATTGGTTTATAACA
128 AATAAATTATTATTA-TTTTATTTCAAATAAGCTT-ATATGAATAGAATCAATTGGTTTATAACA
* * * * *
17178931 AAATAAAATGTCATAACTATTAGAAATAGATAATTGTTCAAATACTCATAACTATTTG-A-TTGT
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* * * * *
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256 -T-CAGTAAACATATTTATTTTAAAAATCTTTTACTTATTAA--TTTTGAAATATTAATAAATTA
* * * * *
17179057 ATATTATTTTATTTGGAATAAGCTTGTATAAATAGAAAA-AA
317 ATATTATTTAATCT-GAATAAACTTATAT-GA-AGAAAACAA
* * *
17179098 TTATTTTATAACAAAATAAAATGTCATAACGATTTGAACTAGAAAATTGTTCAAATAGTCATAAC
1 TTATTTTATGACAAAA-AAAA--TCATAACAATTTGAAATA-AAAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * *
17179163 TATTTA-AACTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTCAGAATA
62 TA-TTAGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTTAATCTTTTACTTATTAATTTTCAGAATA
* * * *
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** * * *
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189 CAAAACAAAAGGTCATAACGA-TTAGAAATAGATAATTATTCAAATACTCATGACTATTTGAACT
* * *
17179354 TATTTAGTAAACATATTTATTTTAAAAATCTTTTACTTATTAATTGCTGAAATATTAATAAATTA
253 TGTTCAGTAAACATATTTATTTTAAAAATCTTTTACTTATTAATT-TTGAAATATTAATAAATTA
*
17179419 ATATTAGTTTAATCTGAATAAACTTCTATGAACGAAAACAA
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* * *
17179460 TTGTTTTATGACAAAAAAAATCATAACAATTTGAAATAAACAATTGTTCAAATAATCA-AAATGA
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* ** ** * * *
17179524 TTAGAACTTATTTGGTAACCAGAGTTATTTTTTTAATCTTTTATTTATTAATTATCTA-AATATT
64 TTAGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTTAATCTTTTACTTATTAATTTTC-AGAATATT
* * * * * ** *
17179588 AATAAATTTTTATTATTTTAATTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAA-AAATTATTTTATGACAAA
128 AATAAATTATTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATAGAATCAATTGGTTTATAACAAA
* * * * * * * * * * *
17179652 ACAAATGGTTATAGCAAACT-GATATA-AGTAATTGTTGAAATAGTCATAACTATTTGAATTTGT
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* * * *
17179715 TC-GATAAACAGATTCAGTTTT-TAAATCTCTTACTTATTAATTTTGAAATATTAATAAATTAGA
256 TCAG-TAAACATATTTA-TTTTAAAAATCTTTTACTTATTAATTTTGAAATATTAATAAATTA-A
* * * * * * *
17179778 -ATTATGTTATTCCT-AGTAAGCTTGTACGAATAAAAATAA
318 TATTAT-TTAAT-CTGAATAAACTTATATGAA-GAAAACAA
* * ** * ** * * * * ** *
17179817 TTGTATTACAACAAAATAAAAGGTCGTAATGATTTAAAATGGATAATTATTCAAACGGTCTTAAC
1 TTATTTTATGACAAAA-AAAA--TCATAACAATTTGAAAT-AAAAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * * ** ** * * ** *
17179882 TATTTGCACTAGTT-AGGCCAACCGATTCATTTTTTAAAT-TTGTTACACATTAATTTTTAGAAT
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** ** * * * *
17179945 ATTAATAAATTAGCATTATTTTATTTTGAATAAGAC-TATATCAATAGAAACATTTGTTTTATGA
125 ATTAATAAATTATTATTATTTTATTTCAAATAAG-CTTATATGAATAGAATCAATTGGTTTAT-A
* * * ** * *
17180009 A-AAATCAAATGGTCATAATGATTTCAAATAAATAATTATTC-AA-A-T--TG--T-TAT-AA--
188 ACAAAACAAAAGGTCATAACGATTAGAAATAGATAATTATTCAAATACTCATGACTATTTGAACT
** ** * *
17180062 ----C--TAATTA-ATTTATTTTTCAAATC---T-CTTATTGATTTTCAAAATATTAATAAATTA
253 TGTTCAGTAAACATATTTATTTTAAAAATCTTTTACTTATTAATTTT-GAAATATTAATAAATTA
* * * * *
17180116 ATATTATTTTATTATGAACAAACTTATATGAACAAAACAT
317 ATATTA-TTTAATCTGAATAAACTTATATGAAGAAAACAA
* * ** * * * *
17180156 TTCTTTTACGACAAAAAAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCATATATTTATAAC
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* * * * * * *
17180221 TATTTA-AA-TTGGATCGGTAAATAGATTTA-ATTTTTAA--ATAT-CTTA--ATTTTTGA-AAT
62 TA-TTAGAACTT-GTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTTAATCTTTTACTTATTAATTTTCAGAAT
* ** * * * ** * *
17180277 ATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTAAATAATTTTGTATGAACAAAAAT-AATTATTTTCTG
125 ATTAATAAATTATTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTATATGAA-TAGAATCAATTGGTTTATA
* * * * *** *
17180340 ACAAAACAAAATGTCAAAATGATTTGAAATAGATAA-TAGTTCAAATGGACATGGCTATTTGAAC
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** * * *
17180404 TTG-T---T---C--A---A---T--AAATCTTCAAGTCATTAATTTT-ATAATATTAAGAAATT
252 TTGTTCAGTAAACATATTTATTTTAAAAATCTTTTACTTATTAATTTTGA-AATATTAATAAATT
* * * * * *
17180451 AGTATTATTTTATTCTAAATAAACCTGTATGAATAGAAACAA
316 AATATTA-TTTAATCTGAATAAACTTATATGAAGA-AAACAA
* * * * * * *
17180493 TTGTTTTATAAAAAAATAAAAGATCATAACGA-TTGAAAAAAATAATTGTTCAAATAGTCGTAAT
1 TTATTTTAT-GACAAA-AAAA-ATCATAACAATTTGAAATAAA-AATTGTTCAAATAGTCATAAC
* *** * * *
17180557 TATTTGAACTCACTCATTAAATAGATTTATTTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTGT-GGAAT
62 TATTAGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTT-TAATCTTTTACTTATTAATTT-TCAGAAT
* * ** * * * * * *
17180621 A--AATAAATTAGTATTATTTTGTTTTGAATAAGATTGTATGAACAAAAAT-AAATGGTTTATGA
125 ATTAATAAATTATTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAA-TAGAATCAATTGGTTTATAA
* * * *
17180683 CAAAACAAAAGGTCGTAACGATTTGAAATAG-TAATTATTCAAATA-T-A--ACTATTTAAACAT
189 CAAAACAAAAGGTCATAACGATTAGAAATAGATAATTATTCAAATACTCATGACTATTTGAACTT
** * * *** * *
17180743 GTTCAAAAAATAGATTTATTTTTTCAAT-TTTTACTT-TTGAATTTCTGGAATATTAATAAATTT
254 GTTCAGTAAACATATTTATTTTAAAAATCTTTTACTTATT-AATTT-TGAAATATTAATAAATTA
* * ** * * **
17180806 ATATTAAATTATTCAAAATAAGCTTGTATGATCAAAACCAA
317 ATATT-ATTTAATCTGAATAAACTTATATGAAGAAAA-CAA
** ** * *
17180847 TTATTTTATGAC----AAAA-CA-AA-AGGTT---AT-AATGTT-TTGAAATAG--ATAATTATT
1 TTATTTTATGACAAAAAAAATCATAACAATTTGAAATAAAAATTGTTCAAATAGTCATAACTA-T
* * * * * *
17180898 TAG-A-TAG-TCA-TAACAAAAGATTCT-TTTTTTTAAT-TATCTTACTCATTTATTCTCGGAAT
65 TAGAACTTGTTCAGT-A-AATAGATT-TATTTTTTTAATCT-T-TTACTTATTAATTTTCAGAAT
** * * * *
17180957 ATTAATAAATTAGCATTATTTTACTTCAAATAAGCTTATATGAACTA-AAACAATTGTTTTATTA
125 ATTAATAAATTATTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAA-TAGAATCAATTGGTTTATAA
* * * *
17181021 C-AAA-AAAAGGCCATAATGATTTGAAATAG-------TT---ATA---AT---TATTTGAACTG
189 CAAAACAAAAGGTCATAACGATTAGAAATAGATAATTATTCAAATACTCATGACTATTTGAACTT
* * * * * * * *
17181068 GTT-TGATAAATAGAATTGTTTCT--AAA-CTATTACTTATAAATTTTTGAAATATTAAAAAATT
254 GTTCAG-TAAACATATTTATTT-TAAAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATT
* * * * * *
17181129 AGTTTTATTCT-TTGTTGAATAAACTTGTATG-AGCTAAAATAA
316 AATATTATT-TAAT-CTGAATAAACTTATATGAAG--AAAACAA
* * * * *
17181171 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGCTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCATATAGTCTTAAT
1 TTATTTTATGACAAAA-AAAA--TCATAACAATTTGAAATAAA-AATTGTTCAAATAGTCATAAC
** * * * *
17181236 TATTTCAA-TTGGTTCA-TCAAATAGATTTATTTTTTAAAATCTTTTAGTTATTAATTTCCAAAA
62 TATTAGAACTT-GTTCAGT-AAATAGATTTATTTTTT-TAATCTTTTACTTATTAATTTTCAGAA
* * * * * * * *
17181299 TTTTACTAAATTACTATTATTTTA-ATCTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAAT-AATT-TTTTGA
124 TATTAATAAATTATTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTATATGAA-TAGAATCAATTGGTTT-A
* * ** * * * ** * * * * * *
17181361 TGATAGCACAAAAGGTTAAAACAATTTCAAATATATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTCAA
186 TAACAAAACAAAAGGTCATAACGATTAGAAATAGATAATTATTCAAATACTCATGACTATTTGAA
** * * ** * *
17181426 CCAGTTCAGTAAACAAAGTTATTTTTTAAATC---T-CATATTAATTCTTAAAATATTAATAAAT
251 CTTGTTCAGTAAACATATTTATTTTAAAAATCTTTTACTTATTAATT-TTGAAATATTAATAAAT
* ** * * * **
17181487 TAGTATTATTTTTTTTCAAATAAACTTGTATGTTGAAAAACAA
315 TAATATTATTTAATCT-GAATAAACTTATATGAAG-AAAACAA
* * * * ** * * *
17181530 ATGTTTTATGACAAAACACAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAGTTGTTCAAATAGTCATAAT
1 TTATTTTATGACAAAA-A-AA-ATCATAACAATTTGAAATA-AAAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * * ** * * * * * *
17181595 TACTCGAA-TTAATTTGGTAAATTGATTTATTTTTTAAATATCTTATTTATTAATTTT-TGAAAT
62 TATTAGAACTT-GTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTTAATCTTTTACTTATTAATTTTCAG-AAT
* ** * ** * * * * *
17181658 ATTAATAAAGTAGCATTATTTAATTGT-GGATAAACTTTTATGAACTAAAAT-AATTGTTTTATG
125 ATTAATAAATTATTATTATTTTATT-TCAAATAAGCTTATATGAA-TAGAATCAATTGGTTTATA
** * * * * *
17181721 ACAAAACAAAAGGTCATTAA-GATTTTAAATACATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAA-
188 ACAAAACAAAAGGTCA-TAACGATTAGAAATAGATAATTATTCAAATACTCATGACTATTTGAAC
* * * ** * * * *
17181784 -T-TT-GGTAAATAGATTTATTTTTTCAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTCAAATGTTAATAAAT
252 TTGTTCAGTAAACATATTTA-TTTTAAAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAAT
** ** * * * ***
17181846 TAATATTATTTTTTTCCAAATAAGCTTGTAAGAATTGAACAA
315 TAATATTA-TTTAATCTGAATAAACTTATATGAAGAAAACAA
* * ** * * * *
17181888 TTATTATATGACCAAACAAAAGATCAAAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAAC
1 TTATTTTATGA-CAAA-AAAA-ATCATAACAATTTGAAATA-AAAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * * * * * * *
17181953 TATTTGAACTGGTT-TGACAAACACATTTA-TTTTTTAA--ATTT-CTTATTAATTTT-TGAAAT
62 TATTAGAACTTGTTCAG-TAAATAGATTTATTTTTTTAATCTTTTACTTATTAATTTTCAG-AAT
* * * *
17182012 ATTATTAAATTAGTATTATTTT-TATTCGAATAAGCTTATATG-ATCA-AATCAATTGCTTTATA
125 ATTAATAAATTATTATTATTTTAT-TTCAAATAAGCTTATATGAAT-AGAATCAATTGGTTTATA
* * ** * * ** * * * * * *
17182074 AGAAAAC-AAAGATCATAATAATTTGAGATTTATAGTTGTTCAAATAGTAATAATTATTTGAAC-
188 ACAAAACAAAAGGTCATAACGATTAGAAATAGATAATTATTCAAATACTCATGACTATTTGAACT
* * * * * *
17182137 CGATTCTA-AAAACATCTTTAGTTTT-TAAATCCTTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATATA
253 TG-TTC-AGTAAACATATTTA-TTTTAAAAATCTTTTACTTATTAATTTT-GAAATATTAATA-A
** * * * ** * *
17182200 A-TGGTATTATTTTATTTCAGATAAGTTTTTATGAATTG-AATCAA
313 ATTAATATTATTTAATCTGA-ATAAACTTATATGAA--GAAAACAA
* * * * * *
17182244 TTGTTTTATAACAAAATAAAAGGTCATAACGACTTGAAATTGATAAATTGTTCAAATAGT-AAAA
1 TTATTTTATGACAAAA-AAAA--TCATAACAATTTGAAA-T-AAAAATTGTTCAAATAGTCATAA
* * * * * * * *
17182308 TCTTTTTGAACTTGTTTAGTAAACATG-TTTATTTTTTTAAATCTCTTGCTCAATAATTTTTCA-
61 -CTATTAGAACTTGTTCAGTAAATA-GATTTATTTTTTT-AATCTTTTACTTATTAA-TTTTCAG
* * ** * * * * *
17182371 AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACCTGTATGAATTGAAAT-AATTGTTTTA
122 AATATTAATAAATTATTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATAG-AATCAATTGGTTTA
* * * * * * * *
17182435 TGACTAAAA-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATATTTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGA
186 TAAC-AAAACAAAAGGTCATAACGATTAGAAATAGATAATTATTCAAATACTCATGACTATTTGA
* *** * * ** * * *
17182499 ACTAGTTCAACGAATACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAGTAAA
250 ACTTGTTCAGTAAACATATTTATTTTAAAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAA
* * * * *
17182564 TTAGTATTATTTTAATCTAAATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAA
314 TTAATATTA-TTTAATCTGAATAAACTTATATGAAGA-AAACAA
* * *
17182608 TTATTTTATGACAAAATCAAGATCATAACAATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
1 TTATTTTATGACAAAA--AAAATCATAACAATTTGAAATA-AAAATTGTTCAAATAGTCATAACT
** * * * * * * * *
17182673 ATTTA-AACTAT-TTTGGAAAACATATTTA-GTTTTTAA-ATATT--TTATTAATTTTTAAAATA
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* * * * * ** ** * * ** *
17182732 TTAATAGATCAATATTATTTT-GTCCTAAATAATTTTGCATGAATAGAAACAATTGTTTTAGGAT
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* * * * * * * * * ***
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** * ** ** * * * *
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* * * *
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* * * *
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1 TTATTTTATGACAAAA-AAAA--TCATAACAATTTGAAATAAA-AATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * ** * **
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* * * *
17183093 ATTAATAAATT-TACATTATTTTATTT-AGAATAAGCTTATATGAACAGAAACAATTGTTTTATA
125 ATTAATAAATTAT-TATTATTTTATTTCA-AATAAGCTTATATGAATAGAATCAATTGGTTTATA
* * ** * * * *
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188 ACAAAACAAAAGGTCATAACGATTAGAAATAGATAATTATTCAAATACTCATGACTATTTGAACT
* ** * * ** * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* ** * * ** * * *
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* ** * * * * * *
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* * * * * * *
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* * ** *
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* ** * ** * *
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* * ** * * * *
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* *** * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * * * *
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** * ** * * * * * *
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255 TTCAGTAAACATATTTATTTTAAAAATCTTTTACTTATTAAT-TTTGAAATATTAATAAATTAAT
* * * *
17184011 ATTATTTTAT-TCGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAA
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** * * * *
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* * * * ** * * * *
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* * * ** ** * * * *
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* * * * * * * *
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189 CAAAACAAAAGGTCATAACGATTAGAAATAGATAATTATTCAAATACTCATGACTATTTGAACTT
* *
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* * * *
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317 ATATTA-TTTAATCT-GAATAAACTTATATGAA-GAAAACAA
* **
17184408 TTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
1 TTATTTTATGAC-AAA-AAAAA-TCATAACAATTTGAAATAAA-AATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * ** *
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62 TATTAGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTA
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AATCTGAATAAACTTATATGAAGAAAACAA
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* * * *
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* *
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*
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* * * * * *
17180811 AAATTATTCAAAATAAGCTTGTATGATCAAAACCAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAA
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* * * * *
17180876 TGTTTTGAAATAGATAATTATT----TA-GA-TA-GT---CA---T-AAC
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* * * * *
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** * * * * * *
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* * ** *
17181034 TAATGATTTGAAATAG----TTA-T---A-AT---TATTTGAAC-TGGTTTGAT
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* * * * * * * * *
17181075 AAATAGAATT-GTTTCT-AAA-CTATTACTTATAAATTTTTGAAATATTAAAAAATTAGT-TT-T
1 AAATAGATTTATTTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTCTGGAATA--AATAAATTAGTATTAA
* *** * * * * *
17181135 ATTCTTTGTTGAATAA-ACTTGTATGAGCTAAAA-TAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGCTCAT
64 ATT-ATT-CAAAATAAGA-TTGTATGAACAAAAACAAATAG-TTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * * * * **
17181198 AACAATTTGAAATAAATAATTATTCATATAGTCTTAATTATTTCAA-TTGGTTCATC
125 AACGATTTGAAATAGATAATTATTCA-A-A-T-ATAACTATTTAAACAT-GTTCAAA
* *** * * * *
17181254 AAATAGATTTATTTTTTAAAATCTTTTAGTTATTAATTTCCAAAATTTTACTAAATTACTATTAT
1 AAATAGATTTATTTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTCTGGAA--TAAATAAATTAGTATTAA
* * ** * * * ** * ** * *
17181319 TTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAA-TAATTTTTTGATGATAGCACAAAAGGTTAAAAC
64 ATTATTCAAAATAAGATTGTATGAACAAAAACAAATAGTTT-ATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
* * * * * * **
17181383 AATTTCAAATATATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTCAACCA-GTTCAGT
128 GATTTGAAATAGATAATT-ATTCAA-A-T-ATAACTATTT-AAACATGTTCAAA
* * * * **
17181436 AAACAAAGTTATTTTTT-AAATC---T-CATATTAA-TTCTTAAAATATTAATAAATTAGTATTA
1 AAATAGATTTATTTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTC-TGGAATA--AATAAATTAGTATTA
** * *** * *
17181495 TTTTTTTTC-AAATAA-ACTTGTATGTTGAAAAACAAAT-GTTTTATGACAAAACACAAGGTAAT
63 -AATTATTCAAAATAAGA-TTGTATGAACAAAAACAAATAG-TTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * * * ** * ****
17181557 AATGATTTGAAATAGATAGTTGTTCAAATAGTCA-TAATTACTCGAATTAATTTGGT
125 AACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA-TAACTATTTAAAC--A-T-GTTCAAA
* * * * * *
17181613 AAATTGATTTATTTTTTAAATATC--TTATTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGCATT-
1 AAATAGATTTATTTTTTAAA-ATCTTTTACTTATTAATTTCTGGAATA--AATAAATTAGTATTA
* **** * * * *
17181675 ATTTAATTGTGGATAA-ACTTTTATGAACTAAAA-TAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
63 AATT-ATTCAAAATAAGA-TTGTATGAACAAAAACAAATAG-TTTATGACAAAACAAAAGGTCA-
* * * * * ***
17181738 TAA-GATTTTAAATACATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTT-GA-AT-TT-GGT
124 TAACGATTTGAAATAGATAATTATTC-AA-A-T-ATAACTATTTAAACATGTTCAAA
* * * * ** * * *
17181790 AAATAGATTTATTTTTTCAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTCAAATGTTAATAAATTAATATTAT
1 AAATAGATTTATTTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTCTGGAA--TAAATAAATTAGTATTAA
* * * * * *** * * * * *
17181855 TTTTTTCCAAATAAGCTTGTAAGAA-TTGAACAATTA-TTATATGACCAAACAAAAGATCAAAAT
64 ATTATTCAAAATAAGATTGTATGAACAAAAACAAATAGTT-TATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
* * * * ** *
17181918 GATTTTAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAAC-TGGTTTGAC
128 GATTTGAAATAGATAATTATTC-AA-A-T-ATAACTATTTAAACAT-GTTCAAA
* * * * *
17181971 AAACACATTTATTTTTT-AAA---TTT-CTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTAT
1 AAATAGATTTATTTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTCTGGAATA--AATAAATTAGTATTA-
** * * * * * * * * *
17182031 TTTTATTC-GAATAAGCTTATATGATC-AAATC-AATTGCTTTATAAGAAAAC-AAAGATCATAA
63 AATTATTCAAAATAAGATTGTATGAACAAAAACAAATAG-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
** * ** * * * * * *
17182092 TAATTTGAGATTTATAGTTGTTCAAATAGTAATAATTATTTGAAC-CGATTCTAA
127 CGATTTGAAATAGATAATTATTC-AA-A-T-ATAACTATTTAAACATG-TTCAAA
* ** * * ** *
17182146 AAACATCTTTAGTTTTT-AAATCCTTTACTTATTAATTT-TCAAAATATTAATATAA-TGGTATT
1 AAATAGATTTATTTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTCT-GGAATA--AATA-AATTAGTATT
** * * * *** * * * *
17182208 ATTTTATTTC-AGATAAGTTTTTATGAATTGAATC-AATTGTTTTATAACAAAATAAAAGGTCAT
62 AAATTA-TTCAAAATAAGATTGTATGAACAAAAACAAATAG-TTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * * * * *
17182271 AACGACTTGAAATTGATAAATTGTTCAAATAGTAAAATCTTTTTGAACTTGTTTAGTAA
125 AACGATTTGAAATAGAT-AATTATTCAAATA-T--AA-CTATTTAAACATGTTCA--AA
* * * * * * * ** * *
17182330 ACAT-G-TTTATTTTTTTAAATCTCTTGCTCAATAATTTTTCAAATGTTAATAAATTAGTATTAT
1 AAATAGATTTATTTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTCTGGAA--TAAATAAATTAGTATTAA
* *** * *** * *
17182393 TTTATTTTGAATAA-ACCTGTATGAATTGAAA-TAATTGTTTTATGACTAAAA-AAAAGGTCATA
64 ATTATTCAAAATAAGA-TTGTATGAACAAAAACAAATAG-TTTATGAC-AAAACAAAAGGTCATA
* * * * *
17182455 ATGATTTGAAATAGATATTTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAAC-TAGTTCAAC
126 ACGATTTGAAATAGATAATTATTC-AA-A-T-ATAACTATTTAAACAT-GTTCAAA
* * * * * *
17182510 GAATACATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAGTAAATTAGTATTAT
1 AAATAGATTTATTTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTCTGGAATA--AATAAATTAGTATTAA
* * * * * * *
17182574 TTTAATCTAAATAAGCTTGTATGAA-AAGAAACAATTATTTTATGACAAAATC--AAGATCATAA
64 ATTATTCAAAATAAGATTGTATGAACAA-AAACAAATAGTTTATGACAAAA-CAAAAGGTCATAA
* * * * *
17182636 CAATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTATTTTGGAAA
127 CGATTTGAAATAGATAATTATTC-AA-A-T-ATAACTATTTAAAC-ATGTT-CAAA
* * * * ** * * * *
17182692 ACAT--ATTTAGTTTTT-AAA--TATT--TTATTAATTTTTAAAATATTAATAGATCAATATTAT
1 AAATAGATTTATTTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTCTGGAATA--AATAAATTAGTATTAA
* * * * ** * * * * * * * * * *
17182750 TTTGTCCTAAATAATTTTGCATGAATAGAAAC-AATTGTTTTAGGATAAAGCAGAAGGGCATAAT
64 ATTATTCAAAATAAGATTGTATGAACAAAAACAAATAG-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
* * * * * * * ****
17182814 GATTTGAAATAAACAGTTGTTCAAATGGACATGACTATTTGAACTTGTTTGGT
128 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT----ATAACTATTTAAACATGTTCAAA
* * ** * * * ** *
17182867 AAACAAATTTATTTTTT-AAATCTCCTGCCTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTAT
1 AAATAGATTTATTTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTCTGGAATA--AATAAATTAGTATTAA
* *** * * * *
17182931 TTTATTTTGAATAA-ACTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
64 ATTATTCAAAATAAGA-TTGTATGAACAAAAACAAATAGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
* * * * * * * ***
17182995 TATTTAAAATAAATAATTGTTCAAACAGTAATAACTATCTGAACTTGCTT-GGT
128 GATTTGAAATAGATAATTATTC-AA-A-T-ATAACTATTTAAACATG-TTCAAA
* * * *
17183048 AAACAGATTTA-TTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTA-CATTA
1 AAATAGATTTATTTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTCTGGAATA--AATAAA-TTAGTATTA
** * * * * * * * *
17183111 TTTTATTTAGAATAAGCTTATATGAACAGAAAC-AATTGTTTTATAACCAAACAAAAGGTCATAA
63 AATTATTCAAAATAAGATTGTATGAACAAAAACAAATAG-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * * * * * ****
17183175 TGATTTCAAATACATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGGT
127 CGATTTGAAATAGATAATTATTC-AA-A-T-ATAACTATTTAAACATGTTCAAA
* * ** * *
17183229 AAATAGATTT-TTTTTT-AAATCTCTTACTCATTAATTT-TCAAAGTATTAAGAAATTAGTATTG
1 AAATAGATTTATTTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTCTGGAA-TA--AATAAATTAGTATTA
** *** ** * ** * * * * *
17183291 TTTTATTTTGAATAAGCCTATATGAACTGATACAATTATTTTATGATAAAATAAAAGGTCATAAC
63 AATTATTCAAAATAAGATTGTATGAACAAAAACAAATAGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
* * * * * *
17183356 AATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGTTATGACTATTTGAACTTGTTCGAT
128 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAA----TATAACTATTTAAACATGTTCAAA
** * * * ** *
17183409 AAGCATATTTA-GTTTTAAAATCTTTTACTTATTAACTGTC-AAAATATTAATAAATTAATATTA
1 AAATAGATTTATTTTTTAAAATCTTTTACTTATTAA-TTTCTGGAATA--AATAAATTAGTATTA
** *** * * * *
17183472 TTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTA-TGTTATGACAAAACAAAAAAGTC-TT
63 AATTATTCAAAATAAGATTGTATGAACAAAAACAAATAGT-TTATGACAAAAC-AAAAGGTCATA
* * * * * **
17183535 ACTGATTTAAAATAAATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAAC-T-TATCTAGT
126 AC-GATTTGAAATAGATAATT-ATTCAA-A-T-ATAACTATTTAAACATGT-TC-AAA
* * * * *
17183591 AAATATATTTATTTTTTTAAATCTTTTA-TTATTAGTTGTCT-AAATATTAATAAATTAATATTA
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** * * * * * * * * ****
17183654 TTTTATTTCACAATAA-ATTTGCATGAATAGAAACTATTATTTTATGACAAAACATATTACCATA
63 AATTA-TTCAAAATAAGA-TTGTATGAACAAAAACAAATAGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * ** **
17183718 ATGATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAATTATAACTATTTGAAC-TCACTCAGT
126 ACGATTTGAAATAGATAATTA-TT-CA-AA-TATAACTATTTAAACAT-GTTCAAA
* * * * * *
17183773 AAATAGATTTATTTTTT-AAACCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATTTTAAGAAATTAGTATTAT
1 AAATAGATTTATTTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTCTGGAA--TAAATAAATTAGTATTAA
* ** * * * * * *
17183837 TTTATTCTGAATAAGTTTTTATGAACAGAAACAATTA-TTTATGACAAAACAAAATGTCATAACA
64 ATTATTCAAAATAAGATTGTATGAACAAAAACAAATAGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* *
17183901 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACATGTTCAAA
129 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA----TAACTATTTAAACATGTTCAAA
* * * * * *
17183953 AAATATATTTATTTTTT-AAAT-TTTTAATTATTAA-TCCTTGTAATATTAGTAATTTTA-TATT
1 AAATAGATTTATTTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTC-TGGAATA--AATAA-ATTAGTATT
** * * * * * *
17184014 ATTTTATTCGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
62 AAATTATTCAAAATAAGATTGTATGAACAAAAACAAATAGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * * ***
17184079 TGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATATCTATCTGAACATGTTCGGT
127 CGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA-T-A-A-CTATTTAAACATGTTCAAA
* * ** * * * * * * *
17184133 AAACAAATTCCTTTTTT-AAATCTCTTACTCATTAATTTTTAGAATAATAATAAGTTACTATTAT
1 AAATAGATTTATTTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTCTGGAAT-A-AATAAATTAGTATTAA
* *** **** * * * * *
17184197 TTTATTTTGAATAAGCCCATATGAATC-GATAC-AATTGTTTTACGATC-AAACAAAAAGTCATA
64 ATTATTCAAAATAAGATTGTATGAA-CAAAAACAAATAG-TTTATGA-CAAAACAAAAGGTCATA
* * * * * **
17184259 ATGATTTG---TAGATAATTATTCAAACAGTTATTATTATTTGAACTTGTT-AGGT
126 ACGATTTGAAATAGATAATTATTC-AA-A--TATAACTATTTAAACATGTTCA-AA
* * *
17184311 AAATATATTTA-TTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATTGT-TGAAATATTAATAAATTAATATTA
1 AAATAGATTTATTTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATT-TCTGGAATA--AATAAATTAGTATTA
** * * * * *
17184373 TTTTAATTC-GAATAAGCTTGTATGAACAAAAA-TAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATA
63 AATT-ATTCAAAATAAGATTGTATGAACAAAAACAAATAG-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * *
17184436 ATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATA
126 ACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
17184465 GTCATAACTA
Statistics
Matches: 2844, Mismatches: 621, Indels: 499
0.72 0.16 0.13
Matches are distributed among these distances:
155 2 0.00
156 3 0.00
157 3 0.00
159 7 0.00
160 3 0.00
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164 11 0.00
166 2 0.00
167 3 0.00
168 1 0.00
169 1 0.00
170 2 0.00
171 1 0.00
172 6 0.00
173 26 0.01
174 10 0.00
175 163 0.06
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182 374 0.13
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185 8 0.00
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Consensus pattern (176 bp):
AAATAGATTTATTTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTCTGGAATAAATAAATTAGTATTAAAT
TATTCAAAATAAGATTGTATGAACAAAAACAAATAGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGAT
TTGAAATAGATAATTATTCAAATATAACTATTTAAACATGTTCAAA
Found at i:17181693 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 17181044--17184501 Score: 2447
Period size: 181 Copynumber: 19.2 Consensus size: 180
17181034 TAATGATTTG
* * * * * * * * *
17181044 AAATAGTTATAATTATTTGAACTGGTTTGATAAATAGAATT-GTTTCTAAA-CTATTACTTATAA
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* * * * * * *
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* ** * *
17181169 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGCTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTC
127 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * * * * ** * *
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** * * * * * *
17181288 AATTTCCAAAATTTTACTAAATTACTATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAACT--AAAAT
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* ** * * ** * * *
17181351 AATT-TTTTGATGATAGCACAAAAGGTTAAAACAATTTCAAATATATAATTGTTT
127 AATTGTTTT-ATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTC
* ** ** * * *
17181405 AAATAGTCATAACTATTTCAACCAGTTCAGTAAACAAAGTTATTTTTTAAATCTC--A--TATTA
1 AAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTA
* * * *
17181466 ATTCTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTTTTCAAATAAACTTGTATG-TTGAAAAACAA
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* * * *
17181530 ATGTTTTATGACAAAACACAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAGTTGTTC
129 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * * * * * *
17181582 AAATAGTCATAATTACTCGAATTAATTTGGTAAATTGATTTATTTTTTAAATATCTTATTTATTA
1 AAATAGTCATAACTATTTGAATT-GTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTA
* * * * ** * * *
17181647 ATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGCATTATTTAATTGTGGATAAACTTTTATGAACT--AAAATA
65 ATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TAAATAAGCTTGTATGAA-TGAAAAACA
* *
17181710 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATTAA-GATTTTAAATACATAATTGTTC
128 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA-TAATGATTTGAAATAGATAATTGTTC
* *
17181763 AAATAGTCATAATTATTTGAA---TTTGGTAAATAGATTTATTTTTTCAAATCTCTTGCTTATTA
1 AAATAGTCATAACTATTTGAATTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTA
* * * *
17181825 ATTTTTCAAATGTTAATAAATTAATATTATTTT-TTTCCAAATAAGCTTGTAAGAATTG---AAC
65 ATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT--AAATAAGCTTGTATGAA-TGAAAAAC
* * * * * *
17181886 AATTATTATATGACCAAACAAAAGATCAAAATGATTTTAAATAGATAATTGTTC
127 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * * ** * *
17181940 TAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTTGACAAACACATTTATTTTTTAAA--T-TT-CTTATTA
1 AAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTA
* * ** * * *
17182001 ATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTATTCGAATAAGCTTATATG-AT-CAAATCAA
65 ATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTAAATAAGCTTGTATGAATGAAAAACAA
* * * * * * ** *
17182064 TTGCTTTATAAGAAAAC-AAAGATCATAATAATTTGAGATTTATAGTTGTTC
129 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * ** * * * * *
17182115 AAATAGTAATAATTATTTGAACCGATT-CTAAAAACATCTTTAGTTTTTAAATC-CTTTACTTAT
1 AAATAGTCATAACTATTTGAATTGTTTGGTAAATAGA--TTTATTTTTTAAATCTC-TTACTTAT
* * * * *
17182178 TAATTTTCAAAATATTAATATAA-TGGTATTATTTTATTTCAGATAAGTTTTTATGAATTG--AA
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* * * * * *
17182240 TCAATTGTTTTATAACAAAATAAAAGGTCATAACGACTTGAAATTGATAAATTGTTC
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* * * * * *
17182297 AAATAGT-AAAATCTTTTTGAACTTGTTTAGTAAACATG-TTTATTTTTTTAAATCTCTTGCTCA
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* * * * * *
17182360 ATAATTTTTCAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACCTGTATGAATTG--AA
62 TTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTAAATAAGCTTGTATGAA-TGAAAA
* * *
17182423 ATAATTGTTTTATGACTAAAA-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATATTTATTC
125 ACAATTGTTTTATGAC-AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * * ***** *
17182479 TAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCAACGAATACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTA
1 AAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTA
** * *
17182544 ATTTTTGGAATATTAGTAAATTAGTATTATTTTAATCTAAATAAGCTTGTATGAA--AAGAAACA
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* * ** *
17182607 ATTATTTTATGACAAAATC--AAGATCATAACAATTTGAGATAGATAATTGTTC
128 ATTGTTTTATGACAAAA-CAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * * * * *
17182659 AAATAGTCATAACTATTTAAACTAT-TTTGGAAAACATATTTAGTTTTTAAA--TATT--TTATT
1 AAATAGTCATAACTATTTGAA-T-TGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
* * * * * ** * *
17182719 AATTTTTAAAATATTAATAGATCAATATTATTTTGTCCTAAATAATTTTGCATGAAT-AGAAACA
64 AATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTAAATAAGCTTGTATGAATGAAAAACA
* * * * * * * *
17182783 ATTGTTTTAGGATAAAGCAGAAGGGCATAATGATTTGAAATAAACAGTTGTTC
128 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * * * * * * *
17182836 AAATGGACATGACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTGCCTATTA
1 AAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTA
* * *
17182901 ATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAAT-AGAAACAA
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* * *
17182965 TTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTAAAATAAATAATTGTTC
129 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * * * * * * *
17183017 AAACAGTAATAACTATCTGAACTTGCTTGGTAAACAGATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTA
1 AAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTA
** * * * *
17183082 ATTTTTGGAATATTAATAAATTTA-CATTATTTTATTTAGAATAAGCTTATATGAA-CAGAAACA
65 ATTTTTAAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTA-AATAAGCTTGTATGAATGAAAAACA
* * * *
17183145 ATTGTTTTATAACCAAACAAAAGGTCATAATGATTTCAAATACATAATTGTTC
128 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTC
* *
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* * * * * * * *
17183262 ATTTTCAAAGTATTAAGAAATTAGTATTGTTTTATTTTGAATAAGCCTATATGAACTG--ATACA
65 ATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTAAATAAGCTTGTATGAA-TGAAAAACA
* * * ** *
17183325 ATTATTTTATGATAAAATAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTC
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** ** * * * *
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* * * * * *** *
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* *
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* *
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* * * *
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*
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* * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * * * * * *
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* * * * **
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* * * * * *
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** * * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * ** ** *
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** * * * *
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* * * * * *
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* * * * * ** *
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* * * * *
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* **
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701 TAAATTAG
* * *
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* * * *
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* * * * *
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** * * **
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* * * * *
17182825 AACAGTTGTTCAAAT-GGACATGACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAA-TTTATTTTTTAAAT
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* * * * * *
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* *
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376 ATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTT
* * * * *
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* * * *
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* * *
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* ** *
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696 ATT-AGTAAATTAG
* * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * **** *
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* * * * ** * * *
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* * * * **
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502 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGCATTATTTTATTTTGAATAAACTTTTATGAACAGAAA
* * ** * *
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* * * ** **
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*
17183995 ATATTAGTAATTTTA-
694 ATATTAGTAA-ATTAG
* *
17184010 TATTATTTTATTCGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTC
1 TATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGAC-AAA-AAAAGATC
** * * * * * *
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*** * * * * *
17184139 ATTCCTTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTAGAATAATAATAAGTTACTATTATTTTATTT
127 ATTTAGTTTTTAAA--T-TT-CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TT
* *** * * * *
17184204 TGAATAAGCCCATATGAATCGATACAATTGTTT-TACGATCAAACAAAAAGTCATAATGATTTG-
187 CGAATAAGCTTGTATG-ATCAAAACAATTGTTTATAAGA--AAACAAAGA-TCATAATGATTTGA
* * * * * * * * *
17184267 --TAGATAATTATTCAAACAGTTATTATTATTTGAACTTG-TTAGGT-AAATATATTTA-TTTTT
248 AATAAATAGTTGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAAC-TGATT--CTAAAAAAT-TTTATTTTTT
* * * * **
17184327 AAATCTTTTACTTATTAATTGTT-GAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTC-GAATAAGC
309 AAATCCTTTACTTATTAATT-TTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAG-ATAAAT
* * * * * *
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372 TTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAAT
* ** *
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Statistics
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* * * * * * * * **
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* * * ** * * *
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* * * * ** * *
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* * * * * * * *
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* *
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* * * ** *
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* * * * * *
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* * *
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* * * * * ** *
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* * *
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* * * *
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** * * * * * *
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* * * * * * *
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* * ** * *
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* * * * ** * * *
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* * ** * * * *
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* * * * * *
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* ** * * *
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253 AGGTCATAACGATTTGAAATAAAT-AATTGTTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAACTTGTTTGGT
* * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * * *
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*
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* * * *
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** * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * *
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*
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* *
17183090 AATATTAATAAATTTA-CATTATTTTATTT-AGAATAAGCTTATATGAACAGAAACAATTGTTTT
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* * * * *
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* * * * *
17183218 ACT-TATTTGGTAAATAGATTT-TTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTCAAAGTATTAAGAA
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* * * * * * * *
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* * * * *
17183475 TATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATGTTATGACAAAACAAAAAAGTC-TTACTG
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* * ** ** ** * * *
17183956 TATATTTATTTTTTAAAT-TTTTAATTATTAATCCTTGTAATATTAGTAATTTTATATTATTTTA
319 CATATTTATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA
*
17184020 -TTCGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TGAT
384 TTTTG-AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTGAT
* * * ** **
17184083 TTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATATCTATCTGAAC-ATGTTCGGTAAACAAATTCCTTT
448 TTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTA-GTTC-AAAAACAAATTTATTT
*
17184147 TTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTT-A
511 TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA
* * * ** ** ** *
17184174 GAATAATAATAAGTTACTATTATTTTATTTTGAATAAGCCCATATGAATCGATACAATTGTTTTA
1 -AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAAAAGAAACAATTGTTTTA
* * * * * * *
17184239 CGATC-AAACAAAAAGTCATAATGATTTG---TAGATAATTATTCAAACAGTTATTATTATTTGA
65 TGA-CAAAAC-AAGA-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * *
17184300 ACT-TGTTAGGTAAATATATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAA
127 ACTAT-TTTGGTAAATATATTTATTTTTTAAA--TTTTA-TTATTAATTTTTAAAATATTAATAA
* * * * * *
17184363 ATTAATATTATTTTAATTC-GAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAA
188 ATTAGTATTATTTT-ATTCTGAATAAGTTTTTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA
* * *
17184427 AAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGGTA
252 AAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTA
*
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317 AACATATTTA
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GACAAAACAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTA
TTTTGGTAAATATATTTATTTTTTAAATTTTATTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTAT
TATTTTATTCTGAATAAGTTTTTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
ACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACATATTT
ATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAA
TAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTGATTTAAAATA
GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAAAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC
TTACTTATTAATTTTTGA
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17183705 ACATATTACC
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*
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1 ATAATGATTTGAAATAA
17183748 TTATAACTAT
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ATAATGATTTGAAATAA
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17184373 TTTTAATTCG
* * ** *
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* *
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* * * *
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*
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65 TAAATAATTATTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTT
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AATAAGCTTGTAAGAACAAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTAAAAT
AAATAATTATTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAACAGATTTAA
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17184492 AACAGATTTA
*
17184502 AAATAAGCTTGTAAGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGCAATTTAAAA
1 AAATAAGCTTGTAAGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAGCAATTTAAAA
* * * * *
17184567 TAGATAATTATTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACGGATTCATGTTTTAAAT
66 TAGATAATTATTCAAACAACCATAACTATTTGAACTTGTTCAGCAAACGAATACATGTTTTAAAT
**
17184632 CTCTCACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGAATTGTGTTATTCC
131 CTCTCACTTATTAATTTTAAGAATATTAATAAATTAGAATTGTGTTATTCC
* * * * * * * *
17184683 AAATAAGTTTGTACGAATAGAAACAATTGTTTTGTGAC-AAACAAATGGTCATAAG-GATTTGAA
1 AAATAAGCTTGTAAGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT-AGCAATTTAAA
* * * *
17184746 ATAGATAATTGTTCAAACAATCATAACTATTTGCAC-TGATT-AGGCCAACGAATACAT-TTTCT
65 ATAGATAATTATTCAAACAACCATAACTATTTGAACTTG-TTCA-GCAAACGAATACATGTTT-T
17184808 AAATGCAT-T-ACTTATTAATTTTAAGAATATTAAT
127 AAAT-C-TCTCACTTATTAATTTTAAGAATATTAAT
17184842 TACTTTATTC
Statistics
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AAATAAGCTTGTAAGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAGCAATTTAAAA
TAGATAATTATTCAAACAACCATAACTATTTGAACTTGTTCAGCAAACGAATACATGTTTTAAAT
CTCTCACTTATTAATTTTAAGAATATTAATAAATTAGAATTGTGTTATTCC
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Period size: 139 Copynumber: 1.9 Consensus size: 139
17185083 GGTAATAATG
* *
17185093 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATTATGATTATTTGAATTAGTTTGGCAAACAAAATTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATTA-GACTATTTGAAGTAGTTTGGCAAACAAAATTATT
* * ** *
17185158 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTGAT-TTATTTTATTCCGAATA
65 TTTTAAATCTCTTACTTACTAATTGTCAAAATATTAATAAA-TTAATATTATTTTATTCCGAATA
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129 ATTGTCATAAC
* * * *
17185233 ATTTGAAATA-ATAATTGTTCATATAGCCTTA-ACTATTTGAAGTGGTTTGGCAAACAAATTTAT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA--ATTAGACTATTTGAAGTAGTTTGGCAAACAAAATTAT
* * * *
17185296 TTTTTAAATCTCTTAGTTACTAATTGTCAAAATATTATTAGATTAATATTATTTTATTTCGAATA
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17185361 A
129 A
17185362 GCTTGTAAGA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATTAGACTATTTGAAGTAGTTTGGCAAACAAAATTATTT
TTTAAATCTCTTACTTACTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCGAATAAT
TGTCATAAC
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17185215 CCGAATAATT
* * * * *
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* * * * *
17185288 AAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTACTAATTGTCAAAATATTATTAGATTAATATTATTTTAT
66 GAA-TTATTTTTTAAATCTCTTAGTTA-TAATTTTC-AAATATTA-TAAATTAGTTTTATTTTAT
* * ** * * * *
17185353 TTCGAATAAGCTTGTAAGAACAAAAATAATAATTTTATGATAGAACGAAAG
127 TTCGAATAAACTTGTATGAA-AAAAATAATTGTTTTATAACAAAACAAAAG
* * * * * * * * *
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* * *
17185468 TAGAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTTTTACTTTA
65 T-GAATTATTTTTTAAATCTCTTAGTTAT-AA-TTTTCAAATATT-ATAAATTAGTTTTATTTTA
* * ** *
17185533 TTACGAATAAACTTGGATGAGTTAAAATTATTGTTTTATAACAAAACAAAAG
126 TTTCGAATAAACTTGTATGA-AAAAAATAATTGTTTTATAACAAAACAAAAG
* * *
17185585 GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTTTTCATATAGTCTTAACTGTTTGAACTGGTTTGACAAAT
1 GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTTGACAAAT
* *
17185650 GGATTATTTTTTAAATCTTTTAGTTATGAATTTTCATAATATTATAAATTTAGTTTTATTTTATT
66 GAATTATTTTTTAAATCTCTTAGTTAT-AATTTTCA-AATATTATAAA-TTAGTTTTATTTTATT
* * *
17185715 TCGAATAAACTTATATGAACAGAAATAATTGTTTTATAACATAACAAAAG
128 TCGAATAAACTTGTATGAA-AAAAATAATTGTTTTATAACAAAACAAAAG
* ** * * * * *
17185765 GTTATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTAAATTGGTTTG
1 GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTTG
17185824 GTAAACAGAT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTTGACAAAT
GAATTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATAATTTTCAAATATTATAAATTAGTTTTATTTTATTTCG
AATAAACTTGTATGAAAAAAATAATTGTTTTATAACAAAACAAAAG
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Period size: 67 Copynumber: 2.1 Consensus size: 67
17185874 AAATAGTGTT
* * * *
17185884 ATTTGATTTCAAATAAGCTTGTATGTTCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAATGAAAGGTACTAA
1 ATTTGATTTCAAATAAGCTTATATGTTCAAAAACAATTCTTCTATGACAAAATGAAAGGTAATAA
17185949 TG
66 TG
* * * *
17185951 ATTTTATTTCACATAAGCTTATATGTTGAAAAACAATTCTTCTATGACGAAATGAAAGGTAATAA
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66 TG
17186018 ATTTGA
1 ATTTGA
17186024 AATAGATAAT
Statistics
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ATTTGATTTCAAATAAGCTTATATGTTCAAAAACAATTCTTCTATGACAAAATGAAAGGTAATAA
TG
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17185971 ATATGTTGAA
* * * ** * * * *
17185981 AAACAATTCTTCTATGACGAAATGAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGC
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * *
17186046 CATAATTATTTGAA-TTGATTTGGTAAACTAATTTATTTTTTAAATCT-TTAACTTTTTAA-ATT
66 CATAACTATTTGAACTTG-TTTAGAAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTT-ACTTATTAATTTT
* * * * * * * *
17186108 TTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGGAATAAACTTTTGTGAACTA
129 TTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAACTG
* * ** * ** * *
17186163 AAACAATTGTTTTATGTCAAAA-AAAACGTTTGTAACAATTTTCAATAGATAATTGTTTAAAGAG
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * *
17186227 TCATAACCATTTGAACTTATTCA-ATAAACAGATTTAATTTTTCAAAAT-T-TTCACTTATTAAT
65 TCATAACTATTTGAACTTGTTTAGA-AAACAAATTT-ATTTTT-TAAATCTCTT-ACTTATTAAT
* *
17186289 TTTTTGAA-AGTTAATAAATTAGTATTATTTTCTT-TCAAATAAGCTTGCATGAACTG
126 TTTTTGAATA-TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAACTG
* * * * * * * *
17186345 AAACAATTATTTTATAACTAAACAAAAGGTTAGAATGATTTGAAATAGATAATTATTCCAATAGT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* ** * * * *
17186410 CTTAA-TGATTTGAACTAATTTGGCAAACACA--T-TTTTTTAAA-ATC-T-CTTATTAA-TTTT
66 CATAACT-ATTTGAACTTGTTTAGAAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
* * * * * *
17186467 TGAAATATTATTAAATTGGTATTATTTT-TATCCAAATTAGCTTGAATG-ATTAG
130 TG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TCTAAATAAGCTTGTATGAACT-G
* * * *
17186520 AAACAATTGTTTTATAACAAAAC-AAAGATCATAACGATTTGAGAAT-GATATTTGTTCAAACAG
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGA-AATAGATAATTGTTCAAATAG
* * ** * * *
17186583 TCCTAACTATTTGAACTGGTTTAGAAAACAGCTTTAGTTTTTAAATCTCTTGCTTAATAA-TTTT
65 TCATAACTATTTGAACTTGTTTAGAAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
* * * * * ** *
17186647 TGAAATATTAATAAAGTAGTTTTGTTTTATTTTAGATAATTTTTTATGAACTG
130 TG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACTG
* * * * ** * *
17186700 AAATAACTGCTTTTA--AC-GAA-AAAAGGTCAAAATAATTTTAAATAGATAATTGTTTAAATAG
1 AAACAATTG-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * * *
17186761 TCATATCTAATTCAACTTATTCAGTAAACAAATTTATTTTTTTTTAAATCTATTGCTTATTAATT
65 TCATAACTATTTGAACTTGTTTAGAAAACAAATTTA---TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
* * * *
17186826 TTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGCATAAACTG
127 TTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACTG
* * * * * * *
17186881 AAATAACTGTTTAATGACTAAACAAAAGGTC-TAAACAATTTGAAATAGATAATTATTCGAATAG
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT-AACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * *
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* * * * **
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* * * * * *
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** * ** * ** *
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** * * * * ** *
17187185 AAAATATTAATAAAATGGAATTATTTTATTTTAAATAATTTTGTATGAACAG
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* * * * * *
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1 AAACAATTG-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * *
17187300 ACATGACTATTCGAACTTGTTT-GATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTACTAATTTG
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** * * *
17187364 CAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAA-TAG
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* * * * * * * *
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* ** * * *
17187482 CATAACTATTTGAGCTTACTTA-ATAAACAAATTTATTTTTTAAATTTTTTACTTTTTAATTTTT
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* * *
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130 TGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAACT-G
* * * * *
17187598 AATCAATTGGTTTATCACAAAACAAAGGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * *
17187663 TATAATTATTTGAACATGTTTAGAAAACATATTTATTTTTTAAAT-T-TTCACTTATTAA-ATTC
66 CATAACTATTTGAACTTGTTTAGAAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTT-ACTTATTAATTTTT
* * *
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* * ** *
17187778 AAACAATTGTTTTATGATAAAATAAAATATCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATTGT
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* ** * * * *
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** * * * *
17187908 AAAATATTAATAAATTAGTGA-TATTTTATTATGAATAAGCCTATATGAACTG
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* * * * *
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* * * * * * * *
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66 CATAACTATTTGAACTTGTTTAGAAAACAAATTTATTTTTTAAA-TCTCTTACTTATTAATTTTT
* * * * * **
17188087 TGAAAATTAATAAATTAATATTATTTTGTTC-GAATATGCTTGTATGAACAA
130 TGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACTG
* * *
17188138 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATA-ACTAATTGCTCAAATAG
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGA-TAATTGTTCAAATAG
* * * * * * * * * * *
17188202 TTAAAAC-ATTTAAACTTATTTGGTAAACAAATTT-TTTTTTTAATTTTTTACTTATTAATTGTC
65 TCATAACTATTTGAACTTGTTTAGAAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
* * *
17188265 TAAATATTAATAGATTA-TA--ATTTTATT-TGAAATAAGCTTGTAT-AAATAG
130 TGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAACT-G
* * *** * * *
17188314 AAGA-AATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTTATAGTAATTTAAAATAGATAATTATTGAAATAG
1 AA-ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * ** * * * * * * *
17188378 TCATAACTATTTGTACTTATTCGGTATACAGAGTCATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATATTT
65 TCATAACTATTTGAACTTGTTTAGAAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
* * * * * *
17188443 AGAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTTTGAATAAGATTGTATGAA-TAG
130 TGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACT-G
* * * * * * * *
17188495 AAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAATGCTCATAATGATTTAAAATAAAGAATTGTTGAAATAT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * * * * * * *
17188560 TTATAACTAATTAAACTGGTTTAGTAAATAGATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTCTTAATTTTA
65 TCATAACTATTTGAACTTGTTTAGAAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
** * * * * * *
17188625 AAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAACAAACTTATATGAAC-A
130 TGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACTG
* * * *
17188676 AAAAAATTTGTTTTATGACAAAACATAAGGTCATAATGATTTGACATAGATAATTGTTCAAATAG
1 AAACAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* ** * *
17188741 TCATAATTATTTGAACCAGTTCA-ACAAACATAA-TTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAA-TT
65 TCATAACTATTTGAACTTGTTTAGA-AAACA-AATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * * *
17188803 TTTGAAATATTAATAAATTTA-TTTTATTTTATTCTAAATAAG-TTACTAAGAAAT-
128 TTTG-AATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTT-GTATGAACTG
* * * * * * *
17188857 AAAAATATTGTTTTACGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAACAAATAATTGTTCATATAA
1 AAACA-ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * **
17188922 CCTTAACTATTTGAA-TTAGTTTA-ACAAAAAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGATATTAATTT
65 TCATAACTATTTGAACTT-GTTTAGA-AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * * * *
17188985 TTAGAATATTATTACATTAGTATTATTTTATTCCAAATATA-CTTGTGTGAACAT-
128 TTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATA-AGCTTGTATGAAC-TG
* * * * * * * * *
17189039 AAATAATTGTTTTATAAGATAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATATATAATTATTTAAATAGT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * *
17189104 C-TAATTATTTGAACTAG-TTCGATAAACAGATTAATTTTTTAAATCTCTTACTTATT-ATTTTT
66 CATAACTATTTGAACTTGTTTAGA-AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
** *
17189166 TGAAATATTTGTAAATTAGTATTTTTTT
130 TG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTT
17189194 TTATGACAAA
Statistics
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0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
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176 139 0.06
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184 69 0.03
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
CATAACTATTTGAACTTGTTTAGAAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTT
GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACTG
Found at i:17187342 original size:536 final size:534
Alignment explanation
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17186002 ATGAAAGGTA
* * * * * * * * *
17186012 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAATTGATTTGGTAAACTAA
1 ATAACGATTT-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTAGAAAACAAA
* * * *
17186077 TTTATTTTTTAAATCTTTAACTTTTTAAATTTT-GAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTT
65 TTTATTTTTTAAA---TTCACTTATT-AATTTTCGAAATATTAATAAATTGA-ATTATTTTATTT
* * * * * ** *
17186141 TGGAATAAACTTT-TGTGAACTA-AAACAATTG-TTTTATGTCAAAA-AAAACGTTTGTAACAAT
125 T-AAAT-AAGTTTGTATGAAC-AGAAACAATTGCTTTTA--ACAAAACAAAA-GGTCATAATAAT
** * * * * *
17186202 TTTCAATAGATAATTGTTTAAAGAGTCATAACCATTTGAACTTATTCAATAAACAGATTTAATTT
184 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTTTTC-ATAAACAAATTT-ATTT
* * * * *
17186267 TTCAAAAT-T-TTCACTTATTAATTTTTTGAA-AGTTAATAAATTAGTATTATTTTCTT-TCAAA
247 TT-TAAATCTCTT-GCTTATTAATTTTTAGAATA-TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAA
* * * * **
17186328 TAAGCTTGCATGAACTGAAACAATTATTTTATAACTAAACAAAAGGT-TAGAATGATTTGAAATA
308 TAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCTATAACAATTTGAAATA
* * * * * *
17186392 GATAATTATTCCAATAGTCTTAA-TGATTTGAACTAATTTGGCAAACACA-TT-TTTTTAAA-AT
373 GATAATTATTCAAATAGTCTTAACT-ATTTGAACTAGTTTAGAAAACAGATTTATTTTTAAATCT
* * * * * *
17186453 C-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTGGTATTATTTTTATCCAAATTAGCTTGAATGA
437 CTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATAA
** *
17186516 TTAGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAGATC
502 AAAG-AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGATC
* * * *
17186550 ATAACGATTTGAGAAT-GATATTTGTTCAAACAGTCCTAACTATTTGAACTGGTTTAGAAAACAG
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* * * * * * ** *
17186614 CTTTAGTTTTTAAATCTCTTGCTTAATAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTTTTGTTTTATTT
64 ATTTATTTTTTAAAT-TC--ACTTATTAATTTTCGAAATATTAATAAA-TTGAATTATTTTATTT
* * * * * * * * *
17186679 TAGATAATTTTTTATGAACTGAAATAACTGCTTTTAAC-GAA-AAAAGGTCAAAATAATTTTAAA
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* * * * *
17186742 TAGATAATTGTTTAAATAGTCATATCTAATTCAACTTATTCAGTAAACAAATTTATTTTTTTTTA
190 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTTTTCA-TAAACAAATTTA---TTTTTTA
* * *
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* * * * *
17186872 CATAAACTGAAATAACTGTTTAATGACTAAACAAAAGGTCTA-AACAATTTGAAATAGATAATTA
316 TATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCTATAACAATTTGAAATAGATAATTA
* * * *
17186936 TTCGAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTTGGAAAACATATTTATTATTTAAATCTCTTACTTA
381 TTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTTAGAAAACAGATTTATT-TTTAAATCTCTTACTTA
* * * *
17187001 CTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCCTAATAAGCTTGTATAAAAAGAAGC
445 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATAAAAAGAA-C
* * *
17187066 AATTGTTGTATGAC-AAATAAAGATT
509 AATTGTTTTATGACAAAACAAAGATC
* ** ** *
17187091 ATAACGATTTAAGATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATAAGAACTGGTTCGGTAAACAAA
1 ATAACGATTTAA-ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTAGAAAACAAA
** * *
17187156 TTTAGGTTTTAAA-TCACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAAATGGAATTATTTTATTTTAAA
65 TTTATTTTTTAAATTCACTTATTAATTTTCGAAATATTAAT-AAATTGAATTATTTTATTTTAAA
* * * * * *
17187220 TAATTTTGTATGAACAGAAACAATTGCTTTCAACAAAATAAAAGGTTATAATGATGTGAAATAGA
129 TAAGTTTGTATGAACAGAAACAATTGCTTTTAACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGA
* * * * * *
17187285 TAATTGTTCAAATGGACATGACTATTCGAACTTGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCC
194 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-TTTCATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCT
* * * ** * *
17187350 TACCTACTAATTTGCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAA-
258 TGCTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAAC
* * * * * *
17187414 TAGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGATC-ATAACTATTTGAAATAAAAAATTATTCAAA
323 T-GAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAA
* * * * * * * * *
17187478 CAGGCATAACTATTTGAGCTTA-CTTA-ATAAACAAATTTATTTTTTAAATTTTTTACTTTTTAA
387 TAGTCTTAACTATTTGAAC-TAGTTTAGA-AAACAGATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAA
* * * * * * *
17187541 TTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATGAATAGAATCAATT
449 TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATAAAAAGAA-CAATT
* * *
17187606 GGTTTATCACAAAACAAAGGGTC
513 GTTTTATGACAAAACAAA-GATC
* * * *
17187629 ATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAACAT-GTTTAGAAAACAT
1 ATAACGATTT-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGGTTTAGAAAACAA
* * *
17187693 ATTTATTTTTTAAATTTTCACTTATTAA-ATTCTGAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTC
64 ATTTATTTTTTAAA--TTCACTTATTAATTTTC-GAAATATTAATAAATTGA-ATTATTTTATTT
* ** ** * * ** **
17187757 GAAATAAACTTGTATGAGTAGAAACAATTG-TTTTATGATAAAATAAAATATCATAACGATTTGA
125 TAAATAAGTTTGTATGAACAGAAACAATTGCTTTTA--ACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGA
* * * *
17187821 AATAGATAATTGTTCAAATTGTCATAACTATTTGAACTTCTACAGTAAACAAATTCATTTTTTTA
188 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTTTTCA-TAAACAAATTTA-TTTTTTA
* * * * * *
17187886 AATCTCTTACTAATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTGA-TATTTTATTATGAATAAGCCT
251 AATCTCTTGCTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGT-ATTATTTTATTCTGAATAAGCTT
* * * * *
17187950 ATATGAACTGATACAATTATTTTATGACAAAACAAATGGTC-ATAACAATTTGAAATAGATAATT
315 GTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCTATAACAATTTGAAATAGATAATT
* * * * * * * *
17188014 ATTCAAATAGT-TATGACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTA-TCTTAAATTTTTTTACT
380 ATTCAAATAGTCT-TAACTATTTGAACTAGTTTAGAAAACAGATTTATTTTTAAA-TCTCTTACT
* * * * *
17188077 TATTAATTTTTGAAA-ATTAATAAATTAATATTATTTT-GTTCGAATATGCTTGTATGAACAAA-
443 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTAT-AA-AAAG
*
17188139 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTC
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* * * * * ** * *
17188169 ATAATGATTTGAAATA-ACTAATTGCTCAAATAGTTAAAAC-ATTTAAACTTATTTGGTAAACAA
1 ATAACGATTT-AAATAGA-TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTAGAAAACAA
* * * * * * * *
17188232 ATTTTTTTTTTAATTTTTTACTTATTAATTGTCTAAATATTAATAGATT--ATAATTTTATTTGA
64 ATTTATTTTTTAA--ATTCACTTATTAATTTTCGAAATATTAATAAATTGAATTATTTTATTTTA
* * * * * * *
17188295 AATAAGCTTGTATAAATAGAAGA-AATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTTATAGTAATTTAAAA
127 AATAAGTTTGTATGAACAGAA-ACAATTGCTTT-TAACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAA
* * * * * * * * *
17188359 TAGATAATTATTGAAATAGTCATAACTATTTGTACTTATTCGGTATACAGAGTCATTTTTTAAAT
190 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTTTTC-ATAAACAAATTTATTTTTTAAAT
* * * * *
17188424 CTCTTAG-TTATTAATATTTAGAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTTTGAATAAGATTGTA
254 CTCTT-GCTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTA
* ** * * *
17188488 TGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGA-TAAAACAAAATG-CTCATAATGATTTAAAATAAAGAATT
318 TGAACT-GAAACAATTGTTTTATGACT-AAACAAAAGGTCT-ATAACAATTTGAAATAGATAATT
* * * * * * * * * *
17188550 GTTGAAATA-TTTATAACTAATTAAACTGGTTTAGTAAATAGATTTATTTTTAAAATTTTTTACT
380 ATTCAAATAGTCT-TAACTATTTGAACTAGTTTAGAAAACAGATTTATTTTT-AAATCTCTTACT
* ** * * * * *
17188614 TCTTAATTTTAAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAACAAACTTATATGAACAAA-
443 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTAT-AA-AAAG
*
17188678 AA-AATTTGTTTTATGACAAAACATAAGGTC
506 AACAA-TTGTTTTATGACAAAACA-AAGATC
* * * ** *
17188708 ATAATGATTTGACATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACCAGTTCA-ACAAACAT
1 ATAACGATTT-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTAGA-AAACA-
* * *
17188772 AA-TTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTATTTTATTTTATT
63 AATTTATTTTTTAAA-TTC--ACTTATTAATTTTCGAAATATTAATAAATTGA-ATTATTTTATT
* ** * * *
17188836 CTAAATAAGTTACTAAGAA-ATAAAAATATTG-TTTTACGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATT
124 TTAAATAAGTTTGTATGAACAGAAACA-ATTGCTTTTA--ACAAAACAAAAGGTCATAA-TAATT
* * * ** * * * *
17188898 TGAAACAAATAATTGTTCATATAACCTTAACTATTTGAA-TTAGTTTAACAAAAAAATTTATTTT
185 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT--TTTCATAAACAAATTTATTTT
* * * **
17188962 TTAAATCTCTTAG-ATATTAATTTTTAGAATATTATTACATTAGTATTATTTTATTCCAAATATA
248 TTAAATCTCTT-GCTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATA-A
* *
17189026 -CTTGTGTGAACAT-AAATAATTGTTTTATAAGA-T-AACAAAAGGT-TATAACAATTTGAAATA
311 GCTTGTATGAAC-TGAAACAATTGTTTTAT--GACTAAACAAAAGGTCTATAACAATTTGAAATA
* * * * *
17189086 TATAATTATTTAAATAGTC-TAATTATTTGAACTAG-TTCGATAAACAGATTAATTTTTTAAATC
373 GATAATTATTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTTAGA-AAACAGATTTA-TTTTTAAATC
* ** *
17189149 TCTTACTTATTATTTTTTGAAATATTTGTAAATTAGTATTTTTTT
436 TCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
17189194 TTATGACAAA
Statistics
Matches: 2113, Mismatches: 424, Indels: 210
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
533 2 0.00
534 61 0.03
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536 524 0.25
537 131 0.06
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ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (534 bp):
ATAACGATTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTAGAAAACAAAT
TTATTTTTTAAATTCACTTATTAATTTTCGAAATATTAATAAATTGAATTATTTTATTTTAAATA
AGTTTGTATGAACAGAAACAATTGCTTTTAACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATA
ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTTTTCATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTGC
TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACTGA
AACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
CTTAACTATTTGAACTAGTTTAGAAAACAGATTTATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA
AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATAAAAAGAACAATTGTTTTATG
ACAAAACAAAGATC
Found at i:17188510 original size:717 final size:709
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Indices: 17186018--17189193 Score: 2306
Period size: 717 Copynumber: 4.4 Consensus size: 709
17186008 GGTAATAATG
* * ** * ** *
17186018 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAA-TTGATTTGGTAAACTAATTTAT
1 ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTA-AACTATTTGAACTT-ATTTAATAAACAAATTTAT
* * * * * **
17186082 TTTTTAAATCTTTAACTTTTTAAATTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGGAAT
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* * * * ** * * **
17186147 AAACTTTTGTGAACTA-AAACAATTGTTTTATGTCAAAA-AAAACGTTTGTAACAATTTTCAATA
126 AAGCTTGTAT-AAATAGAAA-AATTGTTTTATAACAAAACAAAA-GGTTATAACAATTTGAAATA
* * * * * *
17186210 GATAATTGTTTAAAGAGTCATAACCATTTGAACTTATTC-AATAAACAGATTTAATTTTTCAAAA
188 GATAATTATTGAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGGA-AAACAGATTT-ATTTTT-TAAA
* * ** *
17186274 T-T-TTCACTTATTAATTTTTTGAA-AGTTAATAAATTAGTATTATTTTCTTTCAAATAAGCTTG
250 TCTCTT-ACTTATTAA-TATTTGAATA-TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGATTG
* * * * * *
17186336 CATGAACT-GAAACAATTATTTTATAACTAAACA-AAAGGTT-AGAATGATTTGAAATAGATAAT
312 TATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGA-TAAA-ATAAA-ATTCATAACGATTT-AAATAGATAAT
* * * * ** ** * * *
17186398 TATTCCAATAGTCTTAA-TGATTTGAACTAATTTGGCAAACACA--T-TTTTTTAAAATC-T-CT
372 TGTTCAAAT-TTCATAACT-ATTTGAACTGGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATTCTTACT
** * * * *
17186457 TATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTGGT-ATTA-TTT-TTATCCAAATTAGCTTGA-ATGATT
435 TATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTGATTATTTTATTAT--AAATAAACTT-ATATGA--
* * * * * *
17186518 A-GAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAGATCATAACGATTTGAGAAT-GATATTTGTTCAAAC
495 ACGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAGGTCATAATGATTTGA-AATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * * ** * * *
17186581 AGTCCTAACTATTTGAACTGGTTTAGAAAACAGCTTTAGTTTTTAAATCTCTTGCTTAATAATTT
559 AGTCATGACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTA--TTTTAAATTTCTTACTTATTAATTT
* * * * ** ** * ** * *
17186646 TTGAAATATTAATAAAGTAGTTTTGTTTTATTTTAGATAATTTTTTATGAACTGAAATAACTGCT
622 TTGAAA-ATTAATAAATTAATATTATTTTATTCGA-ATAAGCTTGTATGAA-AAAAACAATTG-T
* * *
17186711 TTTA--AC-GAA-AAAAGGTCA-AAAT
683 TTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACT
* * * * * * * * *
17186733 AATTTTAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATATCTAATTCAACTTATTCAGTAAACAAATTTAT
1 -ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTA-AACTATTTGAACTTATTTAATAAACAAATTTA-
* * * * *
17186798 TTTTTTTTAAATCTATTGCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTG
63 --TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTTAAATATTAATAAATTAGTA-TATTTTATTTC-A
* * * * *
17186862 AATAAGCTTGCATAAACT-GAAATAACTGTTTAATGACTAAACAAAAGGTCTA-AACAATTTGAA
123 AATAAGCTTGTATAAA-TAGAAA-AATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGT-TATAACAATTTGAA
* ** * * *
17186925 ATAGATAATTATTCG-AATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTTGGAAAACATATTTATTATTTAA
185 ATAGATAATTATT-GAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGGAAAACAGATTTATTTTTTAA
* * * ** *
17186989 ATCTCTTACTTACTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCCT-AATAAGCTTG
249 ATCTCTTACTTATTAATATTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTTGAATAAGATTG
* * * * *
17187053 TATAAAAAGAAGCAATTGTTGTATGA-CAAATAAAGATT-ATAACGATTTAAGATAGATAATTGT
312 TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAATAAA-ATTCATAACGATTTAA-ATAGATAATTGT
* ** * **
17187116 TCAAATAATCATAACTATAAGAACTGGTTCGGTAAACAAATTTAGGTTTTAAA-TC--ACTTATT
375 TCAAAT-TTCATAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATTCTTACTTATT
* * ** *
17187178 AATTTTCAAAATATTAATAAAAT-G-GAATTATTTTATTTTAAATAATTTTGTATGAACAGAAAC
439 AATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTG-ATTATTTTATTATAAATAAACTTATATGAAC-GAAAC
* * * * * * *
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* * * * * * * **
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* * * * * *
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* * * ** * *
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* * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * * ** *
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*
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*
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** * * *
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* * * *
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** * *
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* *
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* *
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* * * **
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* * * * *
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** *
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* * * * *
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192 ATTATTGAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGGAAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* * *
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* * * * *
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* * * * * * * * * *
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* ** * * * *
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* * *
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** ** *
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* * * * * *
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*
17188882 AAAGGTCATAACT
697 AAAAGTCATAACT
* * * * *
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* ** * * *
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* * * *
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* * * *
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* * ** *
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* *
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* * *
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* ** * *
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* * * * * * * *
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* * * * * *
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* ** * *
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* * * * * *
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**
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* * * * *
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* * * *
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* * * ** * **
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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** ** * * *
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* * ** * *
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* * * * *
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* * ** *
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* * * * * * *
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* * * * *
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*
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* * * * *
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** * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * *
17189508 TTATTATATTTCAAATAAGCATGTATGAACTA-AAACAATTA
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* * * * *
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* ** * * * * * * *
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* * * * *
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* * * *
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**
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* *
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1 TTTTATGACAAAACAAAAGAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCATAACTA
* * * *
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* * * * *
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* * * * *
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258 CGAGAAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAA-TTAG
* * * * *
17190222 TATTATATTATTCAAAATAAGA-GTGCATGAATCGAACCAATTG
321 TATTATTTTATTCCAAATAA-ACTTGCATGAATAGAAACAATTG
* *
17190265 TTTTATGACAAAACAAATG-GTCATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTT-TAGATAGTCATAACT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTA-ATAGTCATAACT
* * ** * *
17190328 ATTTGAACTTGTTC-AGTAAATAGATTCATATTTTTAGTTCTCTTACTCATTAATTTTTAGTATA
65 ATTTGAACTTGTTCGA-TAAACAGATTTAT-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATA
* * * * * *
17190392 TTAATAAATTACTATTATTTTATTTCAA-ACAAGCTTATATTAACTAAAACAATTGTTTTATTAC
128 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAATAC-A-CTTTTATGAACGAAAACAATTGTTTTATGAC
* * ** *
17190456 AAAACAAAAAGTCACAATAATTTGGCATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTTG
191 AAAACAAAATGTCACAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
* * * * * * * *
17190521 TTCGATAAAA-ATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTCATTGTCAAAATATTAATAAATTAA
256 TTCGAGAAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAG
** * *
17190585 TATTATTTTAATT-TGAATAAGCTTGCATGAATACAAACAATTG
321 TATTATTTT-ATTCCAAATAAACTTGCATGAATAGAAACAATTG
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1 TTTTATGACAAAACAAAAGAGTCATAA
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TTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTA
ATAAATTAGTATTATTTTATTTGAATACACTTTTATGAACGAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
AAAATGTCACAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA
GAAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTA
TTTTATTCCAAATAAACTTGCATGAATAGAAACAATTG
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17190652 AACAATTCTA
* ** * *
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1 TTTGCCAAACCAATGCAAGCAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA-TGAC
* * * *
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* * * * *
17190788 -TAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTATGAGATTTAAAACATAAATTTG
128 CTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA-ATGAATCTG
* * ** * * *
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1 TTTGCCAAACCAATGCAAGCAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
** * * * * * *
17190906 TACCTGTTTTATCATAAAACATTTGTTTCTATTCATAC-A-CTTTTATTTGGAATAAAGTAATGC
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* * *
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129 TAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA-AAAATGAATCTG
** * *
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* **
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* ** *
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**** * ** * * ** *
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* * * * * *
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17191320 CTATTTACCA
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TTTCGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTTATTTGAAATAAAATAATTCTA
ATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATGAATCTG
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17191203 TTTATTGAAC
* * * *
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* *
17191278 CCATAAAAATTTTTTTTCTATTCATATAAGCTTATTTCAAATCTATTTACCAAAT
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* * * **
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* * *
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17191434 CGGATTAAAA
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CCATAAAAATTATTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATCTATTTACCAAAT
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17191430 TATTCGGATT
* * *** * *
17191440 AAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGATAATTAATAAGTAAATGATTTAAAAATTAAATATGT
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*
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* * * * *
17191674 TTTTCTGAACATCTTCAAATA-TTATGAA-TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAC
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* * * * *
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* * *
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* * * * * * * * * *
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* *
17191916 ATC-TTTTGTTTTGTTATAAAACAAT
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17191941 AGTTTCTATT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TTACCGAACAACTTCAAATAGTAATAACTATTTAACAATTATCTATTTCAAATTGTTACGACATT
TTGTTTCGTCATAAAACAATCATACAAGCTTATTCCAAACA
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* ** * * *
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* ** ** * * * * * *** * *
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* * * * *
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* ** *
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* * * ** * * * *
17191855 TTACCAAGCGAGTTCAAATAGTTATGACTGTTTAAATAATTATTTATTTCAAATCGTTATGATCT
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* * * * *
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131 TTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTTTATTCATATAAGATTATTCAGAAT
* **
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1 AAAATAATACTAATTTATTAATATTATAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT-AAATCTA
* * *
17192033 TTTATCAAACAAGTTCAAATAGTCATGTC-AATTAGAACT-GTTATCTATTT-AAAACAATTAAG
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* * *
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* * * *
17192150 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAATTAAATCTGT
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATTATAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTAT
* * * * * * * * *
17192211 TTACTGAATCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATC-TGAATGAT
66 TTAC-CAAACAAGTTCAAATAGTCATGACTAATTAAATAATTATCTATTTCAAAACATTAA-GAT
* * * * * * ** *
17192274 CTTTT-TTTTCTCATAAAATAATTGTTTCTATCCATACAA-ACTTATTTGGAGT
129 CTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTTTATTCATATAAGA-TTATTCAGAAT
* * ** * *
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17192365 TAGTTATGAC
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (181 bp):
AAAATAATACTAATTTATTAATATTATAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTAT
TTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGACTAATTAAATAATTATCTATTTCAAAACATTAAGATCT
TTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTTTATTCATATAAGATTATTCAGAAT
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* * * * ** *
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* * * * * * *
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* * **
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130 AAATTAATAAGTG-GAG-A-TTTAAAAAAGAAATCAATTTATCGAACAAGTTCA
* * * * *
17192545 AATAGTTGTAACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAA
1 AATAGTTATAACCATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTTTGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * * *
17192610 AAAATCGTTTCATTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAAGATTACTTTATTAATATTTCAAA
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* *
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* ** * ** *
17192726 ATTAGTTATTGCCATTTGAACAATTATCTATTTGAAATCATTTTGAAATTTTATTTTGTCATAAA
1 AATAGTTATAACCATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTTTGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * * ** *
17192791 ACAATTGGTTT--TTATCATACAAGCCTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA
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* * *
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* * * * * * * * *
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* ** * ** * * *
17192961 AACAATTATTT-GTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATATAATAATATTAT-
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* * * * * * *** *
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* * * * * ** * * * **
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* * * * * **
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** * *** * * * **
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126 TCAAAAATTAATAAGTGGAGATTTAAAAAAGAAATCAATTTATCGAACAAGTTCA
* * * * * ** * * *
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* * * * ** * ** *
17193320 ATAATTGTTTC-TATTAATACAATCTTACTT-GGAATAAAGTAATGCTAACTTATTAATA-TTCT
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** *** *
17193382 AAAAATTAATAAGCAAT-G-GATTTAAAAAATG-AATCTGTTGGCCCG-ACCAGTGT-A
128 AAAAATTAATAAG---TGGAGATTTAAAAAA-GAAATCAATT-TATCGAACAAGT-TCA
* ** * * * * *
17193436 AATAGTTATGACTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTATTTTGTCACAAA
1 AATAGTTATAACCATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTTTGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * * *
17193501 ACAATTGTTTC-TGTTCATACAAGCTTACTT-AGAATAACATAAT-TCTAATTTATTAATATTTC
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* * ** * ** *
17193563 AAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAACTAAAACTGTTTATTGAACAAGTTCA
128 AAAAATTAATAAGT-GGAGATTTAAAAAAGAAATCAATTTATCGAACAAGTTCA
* * * * * * * * *
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* ** * * **
17193682 ATAATTTTTTC-TATTCATACAAGCTTATTTC-AATTAAAATAGTACAAATTTATTAATA-TTCA
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** * *** * * *
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* * * * * * * *
17193795 TATAGTTATGACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAA
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* * * ** * * * *
17193923 ATAGTTAATGAGTAAAAGATTTTAAAAATAGATAT--GTTTACCAAACAAGTTCA
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* * * * * * * * *
17193976 AATAGTCAAAACTATTTGAATAAATATCTATTTCAAATC-TTATCACCTTTTTTTTTGTCATAAA
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* * * ** ** * ** * *
17194040 ACAATTGTATCAACTCATA-TGGTCCTATAAAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAA
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* * * * * *
17194104 AAATTAATGAGTAAGAGAGTTAAAAAATG-AATCCATTTA-CTGAATAAGTTTA
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* * * ** * *
17194156 AATAGTTATAACTATTTGAACAAATATCTATTTCAAATTGTTATGGCCTTTT-TTTTGTCATAAA
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17194220 ACAAAT-GTTT-TTGTTCATACAAGCTTATT--GAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTAA
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* ** * * * * * *
17194281 AAAATTAACAAGTAAAAATTTTAAAAATAAATCTATTT-TCTAAGCATGTTCA
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* * * *
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17194397 ACCAATTGTTT-TTGTTCATACAAGCATATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTATTA-TTCC
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* * *** * * *
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* * * * *
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* ** * *** *
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* ** * * * * *
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* * * * * * * * * * *
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** * * *
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* * ** * * * * *
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* * * * * *** * * *
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* * * *** * * *
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* * * * * * ** *
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1 AATAGTTATA-ACCATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTTTGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* ** * * * * ** * *
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* ** *
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* * * * *** * * * *
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* ** * * * ** ** * *
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* * ** **
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* * * * ** * * * *
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* *
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** * *
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* *
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* * * * *
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* * * * * * * * *
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* *
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* *
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* * * * * * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * ** * * **
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** * * * * * * * * *
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* * *
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* * * * * *
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* * * * * * * * **
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* * * * * * *
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* ** * ** * *
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* * * * * * * ***
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257 CATACAAGCTTATT-GGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGAAAG-
* * * *
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319 GATTTAAAAAAT-GAATCTG-TTACC-AGATAAGTT-A
* * ** * * * * *
17195225 AGTAGTTATGACTATTTGAACAAATAT-TAATCCCAAATCATTATGATCTTTGTTTTCTTATAAA
1 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT-ATTTCAAATCATTATGACCTTTTTTTTGTCACAAA
* * * ** ** * * *
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* * * **
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* * * * * * * * *
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*
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* * * * *
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* * * ***
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192 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAAG-C-TTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTT
* * * * **
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255 TGTTCA-TACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAG
* * * * * * *
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319 AAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAA-TAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * * * * *
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* * * * * **
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* * *
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130 AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA-TAAATTTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTA
* * * * *
17193631 TTTGAACAATTACCTATTTCAAATCACTATAA-CCTTTTGTTTTGTCATATAA-TAATTTTTTCT
194 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-T-TAAGCTTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTT-T
* * * * * * *
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256 GTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAG--
* * * * *
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319 -AAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAAT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* ** * *
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* * * * * * * *
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445 TTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAA
* * *
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510 AATAAATATG-TTCCCGAACAAGTTCA
* * ** * * * * *
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1 AATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAA
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* * * *** * *
17194104 AAATTAATGAGTAAGAGAGTTAAAAAATGAATCCATTTACTGAATAAGTTTAAATAGTTATA-AC
129 AAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTA-AGAC
* ** * *
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*
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* * * *
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319 AAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAA--ATAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* * * * *
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382 TCTATTTCAAATTGTTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTT
* * * *
17194424 ATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTATTATTC-CAAAATTAACAAGTAAAAGATCTAAAAAA
447 ATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAA
* ** *
17194488 TAAATTTGTTTATCGAATAAGTTCA
512 TAAATATG-TTCCCGAACAAGTTCA
* * * * * *
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1 AATAATTATGACTATTTGAACAATTATC-TATTTCAAATTA-TTATAACCTTTTGTTTTGTCATA
* * * *
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64 AAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATT-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-
* * * * * * *
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127 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA-AAAATAAATTTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTAAGA
* * * * * * * * *
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191 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAAG-CTTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTT
* * * * * * * * *
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255 TGTTCATACA-AGCTTATTTGA-AATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAA
* *
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318 GAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACC-AAATAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* * * * * * * *
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382 TCTAT-TTCAAATTGTTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCT
* * * * *
17194957 TATTTGGATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTCAAAAAATTAAT--G--AGAGATTTAAAAT
446 TATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAA
* *
17195018 ATAAATGTGTTCACCGAACTAGTTCA
511 ATAAATATGTTC-CCGAACAAGTTCA
* * * * ** *
17195044 AATAATTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTTTGTTTACTCATGAA
1 AATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * * * * * *
17195109 ACAATTATTT-TAGTTCATACGAGATTATTCAGAAAAAAATAATGCTACTTTATTAATATTTAAA
66 ACAATTGTTTCT-GTTCATACAAGCTTATT-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA
*** * * * *
17195173 AAATTAATAAGGGGGAGATTTAAAAACTAAAATTGTTTTCCT-AATC-AGTTCAAGTAGTTATGA
129 AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA-TAAATTTG-TTTACTGAA-CAAGTTCAAATAGTTAAGA
* ** * * * * * *
17195236 CTATTTGAACAAATAT-TAATCCCAAATCATTATGATCTTTGTTTTCTTATAAAA-TAAT-TTTT
191 CTATTTGAACAATTATCT-ATTTCAAATCATTAAGCTTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTT
* * ** ** * * *
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255 TGT--TCATACAAGCTTATTTGAAAT-AAAATAATATAAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATA
* * * * * * *
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317 AGAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACC-AAATAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
* * * * * * *
17195426 ATCTATTTCAAATTGTTTTGAGCTTTTGTTTAGTTATATAATAATTGTTTCAT-TTCATACAAGC
381 ATCTATTTCAAATTGTTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-TGTTCATACAAGC
* * * ***
17195490 TTATTTGGAA-AAAACTAATAGTAATTTA-TAA-ACTT-T-----TT-TTTA-TTTCA-ATTT--
445 TTATTTGGAATAAAA-TAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAA
*** **
17195541 GTTATGACCT-T-TT---G--C---TT-A
508 AAAAT-AAATATGTTCCCGAACAAGTTCA
* * * * * * *
17195559 AACAGTTAAGACTATATGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
1 AATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * * * * *
17195624 ATAATTATTT-TAGCTT-ATACAACCGTATTTAGAATAGAATAAAACTAATTTATTAATATTTCA
66 ACAATTGTTTCT-G-TTCATACAAGCTTA-TTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA
* * * * * * *
17195687 AAAATTTATAAGTAAGAGATTTATAAAA-GAATTCTATTTACCGAACCAGTTTAAATAATTATA-
128 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTA-AAAATAAATT-TGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTA-AG
* * * * *
17195750 ACTACTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATTA-CTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATT
190 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA--AGCTTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTT
* * * * *
17195814 TTTATTAATATAAG-TTTTTTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTAAAAAATTAAT
253 TTTGTTCATACAAGCTTATTT-GAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTAAAAAATTAA-
* * *
17195877 CTATA-AGAGATTTAAAAAGTAAATTTGTTTGCCAAACCATTTCGAATAGTTTTATTGAACAAGT
315 -TA-AGA-AGATTTAAAAAATAAATCTATTT-----ACCA-----AATAG-----TT---C----
* * * * * ** * **
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355 --AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCATTTGTTTTGTCAT
* * * * ** ** * * *
17196006 AAAAGAATTGTTGCAGTTCATGCAAAATTATTCAGATTAAAATAATACTAATCTATTAATATTTT
418 AAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT
* * * *
17196071 AAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAACTAAATCTGTTTTCC-AAAATAGTTCA
483 AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATG-TTCCCGAACA-AGTTCA
* * * * * * * * *
17196121 AATAGTTATGACTATTTAAACAATTATTTATCTCAAAATGTTATGATC-TTTATTTTGTCATAAA
1 AATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * * * * * *
17196185 ATAATTGTTCCTTTTCATACAAGCTTATTCGAATTACAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAA
66 ACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTAGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA
* * * * *
17196250 AA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGCTGAACTAGTTCAAGTAATTAAGACTA
130 AATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTA
** * ** ** * * * * * * *
17196311 TTAAAACAATTATCTATTTTAAATTGTTCTGACCTTTT-TTTAGTCAAAAAATAATTATTTTAGT
194 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAAG-CTTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGT
* * * * * *
17196375 TCATATAAGCTTATTT-AAAAAAAATGATACT-AATTTATTAACATTCAAAAAATTAATGAGCAA
258 TCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAG--A
* * * * *
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320 -AGATTT-AAAAAATAAATCTATTTACC-AAATAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAAC-A--
* * * * * * * * * *
17196502 ATTCTAACTATTTTAAGTTGTTATGAGCTTTTGTTTTATTATAAAACAATTGTTTCAGCTCATAA
378 A-T-TATCTATTTCAAATTGTTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATAC
* * ** * * * * * **
17196567 AAACTTATCTAAAACAAAAT-ATACTACTTTCTTAATATT-TCAAAAATTATTAAGCAAGGGATT
441 AAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATT
* * *
17196630 TAAAAACTAAA-ATTGTTTTCCGGATC-AGTTCA
505 TAAAAAATAAATA-TG--TTCCCGAACAAGTTCA
* * * * * * ** * * * * *
17196662 AGTAGTTATGACTTTTTGGACAAATATCAATCCCAAATCATTATGATC-TTTGTTTTCTTATAAA
1 AATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * * * ** * **
17196726 ATAATTGTTTCTGATCATCCAAGCTTATTTGGGTAAAAATAATA-TCAATGTAACAATATTTCAA
66 ACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTAGAAT-AAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAA
* * * **
17196790 AAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGCCGAATTAGTTCAAATAGTTAAGACT
129 AAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTAAGACT
* * * ** * * * * * * *
17196851 ATTAGAATAATTATCTACTTCAAATTGTTTTGAGC-TTTTGTTTAGTTATATAATAATTGTTTCA
193 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-T-CATTAAGCTTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTT-T
*
17196915 T-TTCATACAAGCTTATTTGGAAA-AAACTAATAGT-AATTTA-TAA-ACTTT------TT--T-
255 TGTTCATACAAGCTTATTT-GAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATA-TTTAAAAAATTAATA
* * * * ** * * * *
17196966 ----TATTT---CAAT--TTCT-TATGACC-TTTTGTTTAAATAGTTAAGACTATATGAACAATT
317 AGAAGATTTAAAAAATAAATCTAT-TTACCAAATAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
* * * * * *
17197020 ATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTT-TAGTTTATACAACC
381 ATCTATTTCAAATTGTTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-GTTCATACAAGC
* * * * * * *
17197084 GTATTTAGAATAGAATAAAACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTTATAAGTAAGAGATTTATA
445 TTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAA
* * * *
17197148 AAAGAATTCTAT-TTACCGAACCAGTTCA
509 AAATAA--ATATGTTCCCGAACAAGTTCA
* * * ** * *
17197176 AACAATTATAACTACTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATTACATTTTGTTTTGTCATAAA
1 AATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * * * * * * * *
17197241 ACAATTATTTTTATTAATATAAGTTTTTTCAAAATAAAATAATACTAA-TTA-TAATATTTAAAA
66 ACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATT-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA
* * ** * * * *
17197304 AATTAATCTA-TAAGAGATTTAAAAAGTAAATTTG-TTGCCAAACCATTTCGAATAGTTTA-ACT
130 AATTAAT-AAGTAAGAGATTTAAAAA-TAAATTTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTAAGACT
* * * * * * *
17197366 ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACGTTTTATTTTGTCATCAAACAATTAG-TTAT
193 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA-AGCTTTTTGTTTTGTCATAAAACAAAT-GTTTTT
* * ** * * ** *
17197430 GTTCATGCTATTTTA-TTCAGAATAAAAT-ATACTAATTTTA-TAATATTTTGAAACTTAATAAC
256 GTTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAA-
* * ** ** * * * **
17197492 TAAGAAAATTAAAAAATAAATCTAATTGCCCATCTAGTTCAAATAGTTAAGACTATATAAATGAT
318 GAAG--ATTTAAAAAATAAATCT-ATTTACCAAATAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
** * * ** * ** *
17197557 TATCTATTTCAAATCATTATGA-CATTTTCTTTTATTGTAAAATAATTGTTT-TGTTTGTACAGG
380 TATCTATTTCAAATTGTTATGACCA-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAG
* * * * *
17197620 CTCATTAT-GATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTAAAAATTAATAAGT-AAGGATTTAA
444 CTTATT-TGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAA
* ***
17197683 AAAATAAATTTGTTTATTGAATCAA-TTCA
508 AAAATAAATATG-TTCCCGAA-CAAGTTCA
** * * * * * * * * *
17197712 AATGGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTGAAATCATTCTGACATTTTGTTTAGTTATAAA
1 AATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * * * * *
17197777 ACAATTGTTTCAGTTTATATAAGCTTATTCAAAAT-AAATTATAATAATTTATTAATA-TTCAAA
66 ACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATT-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AA
* * * * * *
17197840 AAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAGAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAATTATTG-
129 AAATTAATAAGTAAGAGATTT-AA-AAATAAATTTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTA-AGA
* * * * ** * * ** * * *
17197904 CCATTTGAAGAATTGTCTATTTAAAATTGTTATAACCTTTTGCGTTGTCATAAAATAATTGTTTC
191 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA-AGCTTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTT
* * ** * * * * *
17197969 GGTTAATACAAGCTTAGATGGAATAAAATAATACT-AATGTATCAATATTTCCTAAAATACTAAG
255 TGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATA-TT--TAAAAAATTAA-
* * ** * * * * **
17198033 TAAGAA-ATTCAAAAAATAAATATATTTACTGAATCAGTTAAAATAGTTATGGCCATCTGAATGA
315 TAAGAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAAT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA
* * * * * * * * *
17198097 TTATTTGTTTTAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTTTCATAAAACAACTATTTTTTTATT-ATACA
379 TTATCTATTTCAAATTGTTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAA-T-TGTTTCTGTTCATACA
* * * *
17198161 TGCTTATTCGAAATAAAAT-ATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAATAGATTT
442 AGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTT
* **
17198224 AAAAAATATATATGTTTATCGAACCAA-TTCA
506 AAAAAATAAATATG-TTCCCGAA-CAAGTTCA
* * * * * * * *** * * *
17198255 AATAGTTTTGACTACTTAAATAATTATCAATCTCAAAACGTTA-AGATC-TTCGTTTTATCATAA
1 AATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATA-ACCTTTTGTTTTGTCATAA
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17198318 AATAATTGTTTCTAATCATAAAAGCTTATTCGGTTAAAAATAAAACTAATTTAATAATTTTTTAA
65 AACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTAGAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA
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17198383 AAATTAATAAGTAAAAGATTAAAAAATAAATGTGCTTGT-C-CAACCAA-TTGAAATAGTTAAAA
129 AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATAAATTTG-TT-TACTGAA-CAAGTTCAAATAGTTAAGA
** * * * * * ** * * **
17198445 CTATTAAAATAACTATATATTTCAAATCGTTCAGACCATTTGTTTAGTCATAAAATATTTGTTTA
191 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAAG-CTTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTT-
* * * * * * * * ** *
17198510 AT-ATCTTGCAACCTTATCTGGAATAAAATAA-ACCAAATTTATTAACGTTCAAAAAATTAATAA
254 TTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTAAAAAATTAAT-A
* * * * *
17198573 TCAAAAGATTTGAAAAAAAAAATCTATTTATCGAACA-AATT-AAAGTAGTTACGACTATTTGAA
317 --AGAAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTA-CCAA-ATAGTTCAAA-TAGTTATGACTATTTGAA
* * ** * * * *
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* * *** * * * *
17198700 AAAGTTTATCCAGAAT-AAATAATACTAATTTCTTAATATT-TGAAAAATTAACAAGCAAGAG-T
440 CAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAAAGAT
* * * * ** *
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* * * ** * * *
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* * ** * * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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191 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA--AGCTTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTT
* * * * * * * *
17199034 TT-TATCGTACAAG-TTCATTTGGAATAAAGTGATACT-AATATATTAAT-TAGTCAAATATTAA
254 TTGT-TCATACAAGCTT-ATTTGAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATAT-TTAAAAAATTAA
* * * * *
17199095 TAAGTAAGATATTTAAAAAATAAATGTGTTTACTAAACCAGTTTAAATAG---T---TATTTGAA
315 TAAG-AAG--ATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAA-TAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA
* * * * * * * * * *
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376 CAATTATCTAT-TTC-AAATTGTTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCAT
* * * * * * * *
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* * * * **
17199282 TAAAAAAATAAATTTGTTTACTGAATTAGTTCA
504 TTAAAAAATAAATATG-TTCCCGAACAAGTTCA
* * * * *
17199315 AATAGTTATGACTATATGAACAATTATCTATTTC-AA--ATCAT----TTTTGTTTTATCATGAA
1 AATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAA
** * * * *
17199373 ACAATAT-TTTCAATTTATACTAA-CTTATTTGGAGTAAAATAA-AATAAATTTATTAATATTTC
66 ACAAT-TGTTTCTGTTCATAC-AAGCTTA-TTAGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTC
* * * * * * * *
17199435 AAAAATTAATATGTAAAAGATTTTAAAA-AAATTGTATTTAACT-AACTAGTTTAAATAATTATG
127 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATAAATT-TGTTT-ACTGAACAAGTTCAAATAGTTAAG
* * * **
17199498 ACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCCTTATGACAATTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTT
190 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAAG-CTTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTT
* * * * * *
17199563 TTGTTCACATAAGTTTTTTTTGAAATAAAA-AATACT-AATCTATTAATATTT-CAAAATTAATA
254 TTGTTCATACAAG-CTTATTTGAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATA
* * * * * *
17199625 TG-ATATTTAAAAATTAAATCTATTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTTTGACTATTT-AAGTAAT
317 AGAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAA-TAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-CAAT
* * ** * * * * *
17199688 TATTTATTTCAAACTGTTATGACTTTTTGTTTTGTTACAAAACAATAGTTTATGTTCATAAAAGC
380 TATCTATTTCAAATTGTTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGC
* * * * * * **
17199753 TTA-TTGAAACTAAAATAATATTAATTGATTAAAATT-TCAACAATTAATAAGTAAAAAATTTTT
445 TTATTTGGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAA
* * * *
17199816 AAAATAAAATATGCTTACCGACCTAGATCA
508 AAAAT-AAATATG-TTCCCGAACAAGTTCA
* * * * *
17199846 AATAGTCATGACTATTTG-ACTAAATATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
1 AATAATTATGACTATTTGAAC-AATTATCTATTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * ** * * ** * * *
17199910 AAAAATTATTTCAATTAATATAAAATTATTCGAAATAAAATAATACTAAGTTATTAATATTCCAA
65 AACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA
* * * * * * *
17199975 AAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTACTGAACAAGTTTAAATAATTATGACT
129 AAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTAAGACT
* * ** *
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193 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-T-CAT-TAAGCTTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTT
* * * *
17200101 TGTTCATACAACCTTATTTCAAATAAAAAAAATATAAATTTATTAATA-TTAAGACAATTAATGA
255 TGTTCATACAAGCTTATTTGAAAT-AAAATAATATAAATTTATTAATATTTAA-AAAATTAAT-A
* * * * * * * **
17200165 GTAAAAGATTTAAGAAATAAATATGTTCACTAAACAAGTTCAAATCTTTATGACTATTTGAACAA
317 --AGAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAA-TAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA
* * * * *
17200230 TTATTTATTTTAAATTATTATGA-CATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAG
379 TTATCTATTTCAAATTGTTATGACCA-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAA
* * * * * *
17200294 GCTTATTTGGATTAGAATAATATTAATTTATTAACATTTCTACAAA-TAATAAGTAAAATATATT
443 GCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGAT-TT
* ** * *
17200358 AAAAAATAAATATGTTTACTAAATAAGTTTA
506 AAAAAATAAATATG-TTCCCGAACAAGTTCA
* * * * * * *
17200389 AATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTGTGACCTTTTGTTTTG-CAACAA
1 AATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTTTGTC-ATAA
** * * *
17200453 AACAATTGTTTCCATTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAACACTAATTTATTAATA-TTCTA
65 AACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-A
* * * * * ** * * *
17200517 AAAATTAATGAGTAAGAAATTAAAAAATGAATCTGTTTACCAAATATGTTCAAATAG-TAATACT
128 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTAAGACT
* * * * * * * * * ** *
17200581 ATTCGAAGAATTATCTATTTCAAAACATCATGACATTTTGTTTTTTCATAAGACAATTGGATCTG
193 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAAG-CTTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTG
* * * * **
17200646 TTCATGCAAGCTTATTTCAAATAAAATGATATAAATTTATTAACATTCCAAAAATTAATAAGTAA
257 TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAG--A
* ** * * * ** *
17200711 AAATTTTTAAAATAAATATGTTTTCTGAACACGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
320 AGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAATA-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * ** * *
17200776 TATTTCAAATCGTTATCA-CATTTTGTTTTGTCATAAGACAATTGGATCTATTCATGCAAGCTTA
384 TATTTCAAATTGTTATGACCA-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTA
** * * * * * *
17200840 TTTCAAATCAAATGATA-TAAATTTATTCACATTCCAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTTAAAAA
448 TTTGGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAA
* * *
17200903 -AAATATGTTTTCTGAACACGTTCA
512 TAAATATG-TTCCCGAACAAGTTCA
* ** *
17200927 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
1 AATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * * * * * *
17200992 CCAATTTTTTCTATTCATAAAAGCTTATCCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCCAAA
66 ACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTAT-TAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA
* * * * * * * * *
17201057 AATTAATAAGTAAAAGATTGAAAAAATAAATCTATTTATTGAGCGAGTTCAAATAATTATGACTA
130 AATTAATAAGTAAGAGATT-TAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTA
* * * * * *
17201122 TTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGC
194 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAAGCT-TTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGT
* ** ** *
17201187 TCATATAATTTTATTCCAAATAAAATAACACT-AATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTT
258 TCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATT-TAAAAAATTAATAAG--
* * * * * * * *
17201250 AGAGATTTAAAAAAGAAATATATTTACTGAACA-AGTTTAAATAGTTATGTCCATTCGAACTATT
319 A-AGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC-CAA-ATAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
* ** * ** * * * * **
17201314 ATCTATTTTAAATCATTATGACC-TTTTTTTTAACATAAAATAATTGTTACAGTTCATGCAAAAT
381 ATCTATTTCAAATTGTTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCT
** * * * *
17201378 TATTCAGATTAAAATAATACTAATCTATTAATATTTTGAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAA
446 TATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAA
* * * *
17201439 CTAAATCTGTTTTCC-AAAATAGTTCA
511 ATAAATATG-TTCCCGAACA-AGTTCA
* * ** * * * * * * *
17201465 AATAGTTATGACTATTTAAATGATTATTTATCTCAAAATGTTATGATC-TTTATTTTGTCATAAA
1 AATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * * * * * * *
17201529 ATAATTGTTCCTTTTCATACAAGCTTATTCGAATTACAATAATACTAATTTAATAGTATTCCAAA
66 ACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTAGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA
* * * * *
17201594 AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGCTGAACTAGTTCAAGTAGTTAAGACT-
130 AATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTA
* * ** * * * ** * * * * *
17201658 TTTAAAACAATTATCTATTTTAAATTGTTCTGACCTTTTT-CTAAGTCAAAAAATAATTATTTTA
194 TTT-GAACAATTATCTATTTCAAA-TCAT-TAAGCTTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTT
* * * * *
17201722 GTTCATATAAGCTTATTT-AGAA-AAAATGATACT-AATTTATTAACATTCAAAAAATTAATGAG
256 GTTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAG
* * * * *
17201784 CAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTACCAAAAAAGTTAAAAAAAGATT-TAACTTTTTGAAC
319 --A-AGATTT-AAAAAATAAATCTATTTACC-AAATAGTT-CAAATAG-TTATGACTATTTGAAC
* * * * * * * * *
17201848 AATAATTCTAACTATTTTAAGTTGTTATGAGCTTTTGTTTTATTATAAAACAATTGTTTCAGCTC
377 ---AA-T-TATCTATTTCAAATTGTTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTC
* * * * * * * * * **
17201913 ATAAAAACTTATCTGAAACAAAAT-ATACTACTTTATCAATATT-TCAAAAATTATTAAGCAAGG
437 ATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAAA
* * * *
17201976 GATTTAAAAACTAAA-ATTGTTTTTCGGATC-AGTTCA
501 GATTTAAAAAATAAATA-TG--TTCCCGAACAAGTTCA
* * * * * * * * * * *
17202012 AGTAGTTATGACTATTTGGACAAGTATC-AATCCTAAATCATTATGATC-TTTGTTTTCTTATAA
1 AATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC-AAATTATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * * * * *
17202075 AATAATTGTTTCTGATCATCCAAGCTTATTTG-GTAAAAATAATACCAATGTGA-TAATATTTCA
65 AACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTAGAAT-AAAATAATACTAAT-TTATTAATATTTCA
* **
17202138 AAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAATAATAAATATGTTTACTGAATTAGTTCAAATAGTTAAGAC
128 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAA-AATAAATTTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTAAGAC
* * * * ** * * * * * *
17202199 TATTAGGATAACTATCTATTTCAAATTGTTTTTAGC-TTTTGTTTAGTTATATAATAATTGTTTC
192 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-T-CATTAAGCTTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTT-
* * *
17202263 AT-TTAATACAAGCTTATTTGGAAA-AAACTAATAGT-AATTTA-TAA-ACTTT------TT--T
254 TTGTTCATACAAGCTTATTT-GAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATA-TTTAAAAAATTAAT
* * * ** * * * * *
17202315 ------ATTT---CAAT--TTCT-TATGACC-TTTTGTTTAAACAGTTAAGACTATATGAACAAT
316 AAGAAGATTTAAAAAATAAATCTAT-TTACCAAATAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
* * *
17202367 TATTTATTTCAAATTGTTATGACC-TTT-TCTTTGTCAT-AAATAATTATTT-TAGCTT-ATACA
380 TATCTATTTCAAATTGTTATGACCATTTGT-TTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-G-TTCATACA
* * * * * * * *
17202427 ACCGTATTTAGAATAGAATAAAACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTTATATGTAAGAGATTT
442 AGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTT
* * * * *
17202491 ATAAAAGAATTCTAT-TTACCGAACCAGTTCA
506 AAAAAATAA--ATATGTTCCCGAACAAGTTCA
* * * ** * ** * *
17202522 ACTATTTATAACTGCTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATTACATTTTGTTTTGTCATAAA
1 AATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * * * * * * *
17202587 ACAATTATTT-TATTAATATAAGTTTTTTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAA
66 ACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA
* * ** * * * *
17202651 AATTAATCTA-TAAGAGATTTAAAAAGTAAATTTGTTTGCCAAACCATTTCGAATAGTTCTA-AC
130 AATTAAT-AAGTAAGAGATTTAAAAA-TAAATTTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTT-AAGAC
* * * * * * *
17202714 TATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACGTTTTATTTTGTCATCAAACAATTAG-TTA
192 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA-AGCTTTTTGTTTTGTCATAAAACAAAT-GTTTT
* ** * * * * ** *
17202778 TGTTCATGA-TATTTTATTCGGAATAAACTAATACTAATTTTA-TAATATTTTGAAACTTAATAA
255 TGTTCAT-ACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAA
* * * * * * * * **
17202841 CTAAGAAAATTAAAAAATAAATCTAATTATC-GATCCAGTTCAAATAGTTAGGACTATATAAATG
318 -GAAG--ATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAAT--AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* ** * * ** * **
17202905 ATTATTTATTTCAAATCATTATGA-CATTTTCTTTTATTGTAAAATAATTGTTT-TGTTTGTACA
378 ATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCA-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACA
* * * * * * *
17202968 GGCTCATTAT-GATTAAAATAATACTAAATTAATAATATTTTAAAAATTAATAAGT-AAGGATTT
442 AGCTTATT-TGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT
* ***
17203031 AAAAAATAAATTTGTTTATAGAATCAA-TTCA
506 AAAAAATAAATATG-TTCCCGAA-CAAGTTCA
** * * * * * * * * *
17203062 AATGGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTGAAATCATTCTGACATTTTGTTTAGTTATAAA
1 AATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * * * * *
17203127 ACAATTGTTTCAGTTTATATAAGCTTATTCAAAAT-AAATTATAATAATTTATTAATA-TTCAAA
66 ACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATT-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AA
* * * * * **
17203190 AAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAGAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAATTATTAC
129 AAATTAATAAGTAAGAGATTT-AA-AAATAAATTTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTAAGAC
* * * * ** * * ** * * **
17203255 CATTTGAAGAATTGTCTATTTAAAATTGTTATAACCTTTTGAGTTGTCATAAAATAATTGTTTCG
192 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA-AGCTTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTT
* ** * * * *
17203320 GTTAATACAAGCTTAGAT-AGAATAAAATAATACT-AATGTATCAATATTTCCTAAAATACTAAG
256 GTTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATA-TAAATTTATTAATA-TT--TAAAAAATTAA-
* * *** * * * * **
17203383 TAAGAA-ATTCAAAAAATAAATCCATTTATTGAATCAGTTAAAATAATTATGGCCATTTGAATGA
315 TAAGAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAAT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA
* ** * * * * *
17203447 TTATCTATTTTAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAGAAAACAATTGTTT-TTTATTATACAT
379 TTATCTATTTCAAATTGTTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGT-TCATACAA
* * *
17203511 GCTTATTCGAAATAAAAT-ATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAATAGATTTA
443 GCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTA
* *
17203574 AAAAATATATATGTT----TAC---TT-A
507 AAAAATAAATATGTTCCCGAACAAGTTCA
* * * * *
17203595 AATAATTAT--CAATCT---CAA--ATC--GTT---A--A-GAT---C-TTTGTTTTATCATAAA
1 AATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* ** * * ** * * * * *
17203641 ATAATTGTTTCTAATCATAAAAGCTTATTCGGTTAAAAATAAAACTGATTTAATAATTTTTTAAA
66 ACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTAGAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA
* * * * * *
17203706 AATTAATAAGTAAAAGATTAAAAAAATAAATGTGCTTGT-C-CAACCAA-TTGAAATAGTTAAAA
130 AATTAATAAGTAAGAGATT-TAAAAATAAATTTG-TT-TACTGAA-CAAGTTCAAATAGTTAAGA
* * * * ** * * **
17203768 CT-TTTAAAATAATTATATATTTCAAATCATTCAGACCATTTGTTTAGTCATAAAATATTTGTTT
191 CTATTT-GAACAATTATCTATTTCAAATCATTAAG-CTTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTT
* * * * * * * ** *
17203832 AAT-ATCTTGCAACCTTATTTGGAATAAAATAA-ACCAAATTTATTAACGTTCAAAAAATTAATA
254 -TTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTAAAAAATTAAT-
* * * * * *
17203895 ATCAAAAGATTTGAAAAAAATAAATCTATGTATCGAACA-AATT-AAAGTTGTTATGACTATCTG
316 A--AGAAGATTT--AAAAAATAAATCTATTTA-CCAA-ATAGTTCAAA-TAGTTATGACTATTTG
* * * ** * * *
17203958 AACGATTATTTATTTAAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGACATAAAACAATTGTTT-TAGTTCA
374 AACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-GTTCA
* * *** * * * *
17204022 TAAAAGTTTATCCAGAAT-AAATAATACTAATTTCTTAATATTTTAAAAATTAATAAGCAAGAG-
438 TACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGA
* * *** *
17204085 TTTAAAAAAATAAATTTTTTTATTGAACAAATTCA
503 TTT-AAAAAATAAA-TATGTTCCCGAACAAGTTCA
* * ** * * *
17204120 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTGAAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCACAAA
1 AATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * ** * * * *
17204185 ATAATTATTT-TAGCCCATACAAGCTTCTTCAAAATAAAATAATACAAATTTTTTAATATTTCAA
66 ACAATTGTTTCT-GTTCATACAAGCTTATT-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA
* * *
17204249 AAATTAATAATTAA-ATGATTTAAAAAGTAAATATGTTTAC----CAAATT---AT--TT----C
129 AAATTAATAAGTAAGA-GATTTAAAAA-TAAATTTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTAAGAC
* * * * * *
17204300 -A----AATAATTATCTATTTAAAATCATTATTA-CCTTTTGTTTGGTAATATAACAAAT-TTTA
192 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA--AGCTTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTT-
* * ** * * * * *
17204358 TTTTATCGTACAAG-TTCATTTGGCATAAACTGATACT-AATATATTAAT-TATTCAAATATTAA
254 TTGT-TCATACAAGCTT-ATTTGAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATAT-TTAAAAAATTAA
* * * * * *
17204420 TAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACCAGTTTAAATAG---T---TATTTCAA
315 TAAG--A-AGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAA-TAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA
* * * * * * * * * * *
17204479 CAATTGTATACTTCAAAATCGATATAACCTTTTCTTATGTCATAAAATAATTATTTCTGTTCATA
376 CAATTATCTATTTC-AAATTGTTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATA
*** ** * * *
17204544 CAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAACATAATAATATTCTAAAAATTAATAACTAAGAG-TT
440 CAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATT
* * * **
17204608 TAAAAAATAAATTTGTTTACTGAATTAGTTCA
505 TAAAAAATAAATATG-TTCCCGAACAAGTTCA
* * * * * *
17204640 AATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTC-AA--ATCAT----TTTTGTTTTATCATGAA
1 AATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAA
** * * *
17204698 ACAATAT-TTTCAATTTATACTAA-CTTATTAGGAGTAAAATAA-AATAAATTTATTAATATTTC
66 ACAAT-TGTTTCTGTTCATAC-AAGCTTATTA-GAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTC
* * * * * * *
17204760 AAAAATTAATATGTAAAAGATTTTAAAA-AAATTCTATTTACCT-AACTAGTTCAAATAATTATG
127 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATAAATT-TGTTTA-CTGAACAAGTTCAAATAGTTAAG
* * * * **
17204823 ACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATCCTTATGACAATTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTT
190 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAAG-CTTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTT
* * * * * * *
17204888 TTGTTCACATAAGTTTTTTTGAAATAAAA-AATACT-AATCTATTAATATTT-CAAAATTAATAT
254 TTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAA
* * * * * * **
17204950 GACG-TTTAAAAATTAAATCTATTTATCAAACCAGTTTAAATAGTTTTGACTATTTGAGTAATTA
318 GAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAA-TAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* * ** * * * * *
17205014 TTTATTTCAAACTGTTATGACTTTTTGTTTTGTTACAAAACAATAGTTTATGTTCATAAAAGCTT
382 TCTATTTCAAATTGTTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTT
* * * * * *
17205079 A-TTCGAATTAAAATAATATTAATTGATTAAAATT-TCAACAATTAATAAGTAAAAAAGTTT-AA
447 ATTTGGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAAAGA-TTTAAA
* * * *
17205141 AAATAAATATGCTTACTGAACTAGATCA
509 AAATAAATATG-TTCCCGAACAAGTTCA
* * * * *
17205169 AATAGTCATGACTATTTG-ACTAAATATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
1 AATAATTATGACTATTTGAAC-AATTATCTATTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * ** * ** * * *
17205233 AAAAATTATTTCAATTCATATAAAATTATTCGAAATAAAATAATACTAAGTTATTAATATTCCAA
65 AACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA
* * * * *** * * *
17205298 AAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTACTGAATGTGTTTAAATAATTATGACT
129 AAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTAAGACT
* * ** *
17205363 A-TTGAACAATTATCTATTTGAAATTGC-TATAA-CCTTTTGTTTTGTCATAAAA-TGATTTTTT
193 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-T-CAT-TAAGCTTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTT
* *
17205424 TGTTCATACAACCTTATTTCAAATAAAAAATATAAATAAATAAAAAAATATAAATTTATTAATA-
255 TGTTCATACAAGCTTA-TT----T---GAA-AT--A-AAAT-----AATATAAATTTATTAATAT
* * * * * * * **
17205488 TTAAGACAATTAATGAGTAAAAGATTTAAGAAATAAATATGTTCACTGAACA-AGTTCAAATTTT
303 TTAA-AAAATTAAT-A--AGAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC-CAA-ATAGTTCAAATAGT
** * * * *
17205552 TATGACTATTTGAATGATTATTTATTTTAAATTATTATGA-CATTTTGTTTTGTCATAAAACAGT
362 TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCA-TTTGTTTTGTCATAAAACAAT
* * * ** * * * *
17205616 TGTTTTTATTCATACAAGCTTTTTTGGTTTAGAATAATATTAATTTATTAACATTTCTACAAA-T
426 TGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATT
* * * ** * *
17205680 AATAAGTAAAATATTTTTAAAAATAAATATGTTTACTAAATAAGTTTA
490 AATAAGTAAAAGA-TTTAAAAAATAAATATG-TTCCCGAACAAGTTCA
* * * * **
17205728 AATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTACGACCTTTTGTTTTG-CAATAA
1 AATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTTTGTC-ATAA
** *
17205792 AACAATTGTTTCCATTCATATAAGCTTAGTT-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCT
65 AACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTA-TTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-
* * * * * ** * * * *
17205855 AAAAATTAATGAGTAAGAAATTAAAAAATGAATCTGTTTACCAAAGATGTTTAAATAG-TAATAC
127 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTAAGAC
* * * * * * ** *
17205919 TATTTGAAGAATTATCTATTTCAAAACATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAGACAATTGGATCT
192 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAAG-CTTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTT
* * * * **
17205984 GTTCATGCAAGCTTATTTCAAATAAAATCATATAAATTTATTAACATTCCAAAAATTAATAAGTA
256 GTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAG--
* * * * * ** *
17206049 AAAATTTTTAAAAA-AAATATGTTTTCTGAACACGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
319 AAGA-TTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAATA-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* * * ** *
17206113 TCTATTTCAAATCGTTATGA-CATTTTGTTTTATCATAAGACAATTGGATCTGTTCATGCAAGCT
382 TCTATTTCAAATTGTTATGACCA-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCT
** * * * * * *
17206177 TATTTCAAATCAAATGATA-TAAATTTATTCACATTCCAAAAATTAATAAGCAAAA-ATTTAAAA
446 TATTTGGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAA
* * *
17206240 AA-AATATATGTTTTCTGAACACGTTCA
510 AATAA-ATATG-TTCCCGAACAAGTTCA
* ** *
17206267 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
1 AATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * * * * * * *
17206332 CCAATTTTTTCTATTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCCAAA
66 ACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTAT-TAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA
* * * * * * * * *
17206397 AATTAATAAGTAAAAGATTGAAAAAATAAATCTATTTATTGAGCGAGTTCAAATAATTATGACTA
130 AATTAATAAGTAAGAGATT-TAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTA
* * * * * * *
17206462 TTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTAT
194 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAAGCT-TTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGT
* **
17206527 TCATATAATTTTATTTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTT
258 TCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATT-TAAAAAATTAATAAG--
* * * * * * *
17206590 AGAGATTTAAAAAAGAAATCTATTTACTGAACA-AGTTTAAATAGTTATGTCCAGTTGAACTATT
319 A-AGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC-CAA-ATAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
* ** * ** * * * * **
17206654 ATCTATTTTAAATCATTATGACCTTTTGTTTTAACATAAAATAATTGTTACAGTTCATGCAAAAT
381 ATCTATTTCAAATTGTTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCT
** * * * *
17206719 TATTCAGATTAAAATAATACTAATCTATTAATATTTTGAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAA
446 TATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAA
* ** * *
17206780 CTAAATCCGTTTTCC-AAAATAGTTCA
511 ATAAATATG-TTCCCGAACA-AGTTCA
* * * * * * * * *
17206806 AATAGTTATGACTATTTAAACAATTATATTATCTCAAAATGTTATGATC-TTTATTTTGTCATAA
1 AATAATTATGACTATTTGAACAATTAT-CTATTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * * * * *
17206870 AATAATTGTTCCTTTTCATACAAGCTTATTTGAATTACAATAATACTAATTTAATAATATTCCAA
65 AACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTAGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA
* * * *
17206935 AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGCTGAACTAGTTCAAGTAGTTAAGACT
129 AAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTAAGACT
** * ** * * * * * * * * *
17207000 ATTAAAACAATTATCTATTTTAAATTGTTCTGACCATTTT-TTTAGTCAAAAAATAATTATTTTA
193 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCAT-TAAGCTTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTT
* * * * *
17207064 GTTCATATAAGCTTATTT-AGAA-AAAATGATACT-AATTTATTAACATTCAAAAAATTAATCAG
256 GTTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAG
* * * * * *
17207126 CAAGAAATTTAAAAAAATAAATCTAATTACCAAAAAAGTTAAAAAAGATT-TAACTTTTTGAACA
319 -AAG--ATTT-AAAAAATAAATCTATTTACC-AAATAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAAC-
* * * * * * * * *
17207190 ATCATTCTAACTATTTTAAGTTGTTATGAGCTTTTGTTTTATTATAAAACAATTGTTTCAGCTCA
377 A--A-T-TATCTATTTCAAATTGTTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCA
* * * * * * * * **
17207255 TAAAAACTTATCTGAAACAAAAT-ATACTACTTTATTAATATT-TCAAAAATTATTAAGCAAGGG
438 TACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAAAG
* * * *
17207318 ATTTAAAAACTAAA-ATTGTTTTTCGGATC-AGTTCA
502 ATTTAAAAAATAAATA-TG--TTCCCGAACAAGTTCA
** * * * * ** * * * * *
17207353 AGCAGTTATGACTATTTGGACAAATATCAATCCCAAATCATTATGATC-TTTGTTTTCTTATAAA
1 AATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * * * ** * * **
17207417 ATAATTGTTTCTGATCATCCAAGCTTATTTGGGTAAAAATAATACCAATGTAAAAATATTTCAAA
66 ACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTAGAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA
* * * **
17207482 AA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGCCGAATTAGTTCAAATAGTTAAG---A
130 AATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTA
* * ** * * * * * * * *
17207540 TTAGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTTTGAGC-TTTTGTTTAGTTATATAATAATTATTTCAT
194 TTTGAACAATTATCTATTTCAAA-T-CATTAAGCTTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTT-TT
* *
17207604 -TTCATACAAGCTTATTTGGAAA-AAACTAGTAGT-AATTTA-TAA-ACTTT------TT--T--
256 GTTCATACAAGCTTATTT-GAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATA-TTTAAAAAATTAATAA
** * *** * ** * * * * * *
17207654 --TTATTT---CAATTTGT-TA-TGACC-TTTTGTTTAAAGAGTTAAGATTATATGAACAATTAT
318 GAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAATAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * * *
17207711 TTATTTCAAATTGTTATGACCGTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCAGCTT-ATACAA-CTG
383 CTATTTCAAATTGTTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTG-TTCATACAAGCT-
* * * * * *
17207774 TATTTAGAATAGAATAAAACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTTATAAGTAAGAGATTTATAA
446 TATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAA
* * * *
17207838 AAGAATTCTAT-TTGCCGAACCAGTTCA
510 AATAA--ATATGTTCCCGAACAAGTTCA
* ** * * *
17207865 AATAATTATAACTGCTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTACTTTTTGTTTTGTCATAAA
1 AATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * * * * * * * *
17207930 ACAATTATTTTTATTAATATAAGTTTTTTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAA
66 ACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATT-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA
* * * * * * ***
17207995 AATTAATTTA-TAAGAGATTTAAAAAGTAAATTTGTTTGCTAAACCATTTCGAATAGTTTTTACT
130 AATTAA-TAAGTAAGAGATTTAAAAA-TAAATTTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTAAGACT
* * * * * * *
17208059 ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACGTTTTATTTTGTCATCAAACAATTAG-TTAT
193 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA-AGCTTTTTGTTTTGTCATAAAACAAAT-GTTTTT
* * ** * * * ** * *
17208123 GTTCATGCTATTTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTTA-TAATATTTTGAAACTTAATAACT
256 GTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAA-G
* * * ** * * **
17208187 AAGAAAATTAAAAAATAAATCTATTTGCC-GATCCAGTTCAAATAGTTAAAACTATATAAATGAT
319 AAG--ATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAAT--AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
** * * ** * *
17208251 TATCTATTTCAAATCATTATGA-CATTTTCTTTTATTGTAAAATAATTGTTT-TGTT-GTACAAG
380 TATCTATTTCAAATTGTTATGACCA-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAG
* * * * *
17208313 CTCATTAT-GATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTAAAAATTAATAAGT-AAGGATTTAA
444 CTTATT-TGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAA
* *** *
17208376 AAAATAAATTTGTTTATTGAATCGA-TTCA
508 AAAATAAATATG-TTCCCGAA-CAAGTTCA
* * ** * * * * * * * *
17208405 AA-AGGTTAAGACTATTACAACAATTATCTATTTGAAATCATTTTGACATTTTGTTTAGTTATGA
1 AATA-ATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * * * *
17208469 AACAATTGTTTCAGTTTATATAAGCTTATTCAAAAT-AAATTATAATAATTTATTAATA-TTCAA
65 AACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATT-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-A
* * * * * * * *
17208532 AAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAGAAATAAATCTATTTACCGTACAAGTTGAAATAATTATTG
128 AAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AA-AAATAAATTTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTA-AG
* * * * ** * * ** * *
17208597 -CCATTTGAAGAATTGTCTATTTAAAATTGTTATAACCTTTTGAGTTGTCATAAAATAATTGTTT
190 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA-AGCTTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTT
** * ** * * * * *
17208661 CGGTTAATACAAGCTTAGATGGAATAAAATAATACT-AATGTATCAATATTTCCTAAAATACTAA
254 TTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATA-TT--TAAAAAATTAA
* ** * * * * * **
17208725 GTAAGAA-ATTCAAAAAATAAATCTATTTACTGAATCAGTTAAAATAATTATGGCCATTTAAATG
315 -TAAGAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAAT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* ** * * * **
17208789 ATTATCTATTTTAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTCTTT-TTTATTTTACA
378 ATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGT-TCATACA
* * * *
17208853 TGCTTATTCGAAATAAAAT-ATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAATAGATTT
442 AGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTT
* *
17208916 AAAAAATATATATGTTTACCGAACCAA-TTCA
506 AAAAAATAAATATG-TTCCCGAA-CAAGTTCA
* * * * * * *** * * *
17208947 AATAGTTATGACTACTTAAATAATTATCAATCTCAAACCGTTA-AGATCTTCATG--TTATCATA
1 AATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATA-ACCTT-TTGTTTTGTCATA
* ** * * ** * * * *
17209009 AAATAATTGTTTCTAATCATAAAAGCTTATTCGGTTAAAAATAAAACTAATTTAATAATTTTTTA
64 AAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTAGAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA
* * * *
17209074 AAAATTAATAAGTAAAAGATTAAAAAAATAAATGTTATTGT-C-GAACCAA-TTGAAATAGTTAA
128 AAAATTAATAAGTAAGAGATT-TAAAAATAAAT-TTGTT-TACTGAA-CAAGTTCAAATAGTTAA
* ** * * * * * * * **
17209136 AACTATTAAAATAATTATATATTTCAAATCATTCAGACCTTTTGTTTAGTCGTAAAATATTTGTT
189 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAAG-CTTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTT
* * * * * * * * *
17209201 TAAT-ATCTTGCAACCTTATTTGGAATAAAATAA-ACCAAATTTATTAATGTTCAAAAAATTAAT
253 T-TTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTAAAAAATTAAT
* * *
17209264 AATCAAAAGATTTGAAAAAAATAAATCTATTTATCGAACA-AATT-AAAGTAGTTATGACTATTT
316 -A--AGAAGATTT--AAAAAATAAATCTATTTA-CCAA-ATAGTTCAAA-TAGTTATGACTATTT
* * * ** * * *
17209327 GAACGATTATTTATTTAAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGACATAAAACAATTGTTT-TAGTTC
373 GAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-GTTC
*** * *
17209391 ATA-AA-CATTTATCCAGAAT-AAATAATACTAATTTCTTAATATT-TCAAAAATTAATAAGCAA
437 ATACAAGC--TTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAA
* * * * * *
17209452 GAG-TTTAAAAAAATAAATTTTTTTACTGAACAAATTCA
499 AAGATTT-AAAAAATAAA-TATGTTCCCGAACAAGTTCA
* * * * * ** * * *
17209490 AATAGTTTTCACTATTTGAACAATTGTTTATTGAAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAA
1 AATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * ** * * * * *
17209555 ATAATTATTT-TAGCCCATTCAAGCTTCTTCAAAATAAAATAATACAAATTTTTTAATATTTCAA
66 ACAATTGTTTCT-GTTCATACAAGCTTATT-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA
* * * *
17209619 AAATTAATAATTAAGTGATTTAAAAAGTAAATCT-ATT--TG--C-----C-AA-A-TT---A-T
129 AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA-TAAATTTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTAAGACT
** * * * * * * *
17209667 -TTCAAATAATTATCTATTTAAAATCATTATTA-CCTTTTGTTTGGTAATATAACAATTGTTTTT
193 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA--AGCTTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTT
* * * * * * * * *
17209730 -TATCGTACAAG-TTCATTTGGAATAAAGTGAT-TGTAATATATTAAT-TAGTCAAATATTAATA
256 GT-TCATACAAGCTT-ATTTGAAATAAAATAATAT-AAATTTATTAATAT-TTAAAAAATTAATA
* * * * * *
17209791 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACCAGTTTAAATAG---T---TATTTAAACA
317 AG--A-AGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAA-TAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * * * * *
17209850 ATTGTATACTTCAAAATCGATAT-AACATTT-TCTTATGTCATAAAATAATTATTTCTGTTCGA-
378 ATTATCTATTTC-AAATTGTTATGACCATTTGT-TT-TGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTC-AT
* * * * * * * *
17209912 ACAAGCTTATTCGAAATAAAACAATACTAATATAATAATATTCTGAAAATTAATAACTAAGAG-T
439 ACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGAT
* * * **
17209976 TTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAATTAGTTCA
504 TTAAAAAATAAATATG-TTCCCGAACAAGTTCA
* * * * * * * *
17210009 AATAGTTAAGATTATATGAAAAATTATCTATTTC-AA--ATCAT----TTTTGTTTTATCATCAA
1 AATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAA
** * * * *
17210067 ACAATAT-TTTCAATTTATACTAA-CTTATTTGGAGTAAAATAA-AATAAATTTATTAATATTTC
66 ACAAT-TGTTTCTGTTCATAC-AAGCTTA-TTAGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTC
* * * * * * * *
17210129 GAAAATTAATATGTAAAAGATTTTAAAA-AAATTCTATTTACCT-AACTAGTTCAAATAATTATG
127 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATAAATT-TGTTTA-CTGAACAAGTTCAAATAGTTAAG
* * * **
17210192 ACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCGTTATGACAATTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTT
190 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAAG-CTTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTT
* * * * * * *
17210257 TTGTTCACATAAGTTTTTTTGAAATAAAA-AATACT-AATATATTAATATTT-CAAAATTAATAT
254 TTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAA
* * * * * **
17210319 G-ACATTTAAAAATTAAATCTATTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAGTAATTA
318 GAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAA-TAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* * ** * * * * *
17210383 TTTATTTCAAACTGTTATGACTTTTTGTTTTGTTACAAAACAATAGTTTATGTTCATAAAAGCTT
382 TCTATTTCAAATTGTTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTT
* * * * * *
17210448 A-TTCGAATTAAAATAATATTAATTGATTAAAATT-TCAACAATTAATAAGTAAAAAAATTT-AA
447 ATTTGGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGT-AAAAGATTTAAA
* * * *
17210510 AAATAAATATGCTTACTGAACTAGATCA
509 AAATAAATATG-TTCCCGAACAAGTTCA
*** * * *
17210538 AATAGCCATGACTATTTG-ACTAAATATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
1 AATAATTATGACTATTTGAAC-AATTATCTATTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * * ** * * *
17210602 AAAAATTATTTC-GATTGATATAAAATTATTCGAAATAAAATAATACTAAGTTATTAATATTCCA
65 AACAATTGTTTCTG-TTCATACAAGCTTATTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA
* * * * * * *
17210666 AAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTACTGAACAAGTTTAAATAATTATGAC
128 AAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTAAGAC
* * ** *
17210731 TA-TTGAACAATTATCTATTTGAAATTGC-TATAA-CCTTTTGTTTTGTCATAAAA-TGATTTTT
192 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-T-CAT-TAAGCTTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTT
* * * *
17210792 TTGTTCATACAACCTTATTTCAAATAAAA-AATATAATTTTATTAATA-TTAAGACAATTAATGA
254 TTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTAA-AAAATTAAT-A
* * * * * * ** * *
17210855 GTAAAAGATTTAAGAAATAAATATGTTCACTGAACA-AGTTCAAATCTTTATGACTATTTGACCG
317 --AGAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC-CAA-ATAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * *
17210919 ATTATTTATTTTAAATTATTATGA-CATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACA
378 ATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCA-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACA
* * * * * * *
17210983 AGCTTATTTGGACTAGAATAATATTAATTTATTAACATTTTTACAAA-TAATAAGTAAAATATTT
442 AGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGA-TT
* * ** * *
17211047 TTAAAAATAAATATGTTTACTAAATAAGTTTA
505 TAAAAAATAAATATG-TTCCCGAACAAGTTCA
* * * * * ***
17211079 AATAGTCATGACTATTTGAATAAATATCTATTTCAAATCATTGCGACCTTTTGTTTTG-CAATAA
1 AATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTTTGTC-ATAA
** * *
17211143 AACAATTGTTTCCATTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTA
65 AACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-A
* * * * * ** * * *
17211207 AAAATTAATGAGTAAGAAATTAAAAAATGAATCTGTTTACCAAAGATGTTCAAATAG-TAATACT
128 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTAAGACT
* ** * * * * * ** *
17211271 ATTTTAGGAATTATCTATTTCAAAACATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAGACAATTGGATCTG
193 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAAG-CTTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTG
* * * * **
17211336 TTCATGCAAGCTTATTTCAAATAAAATCATATAAATTTATTAACATTCCAAAAATTAATAAGTAA
257 TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAG--A
* * * * * * *
17211401 AAATTTTAAAAATAAATATGTTTTCTAAATACGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATC
320 AGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAATA-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
** * * ** *
17211466 TATTTCAAATCATTATGA-CATTTTATTTTGTCATAAGACAATTGGATCTGTTCATGCAAGCTTA
384 TATTTCAAATTGTTATGACCA-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTA
** * * * * * *
17211530 TTTCAAATAAAATGATA-TGAATTAATTAACATTCCAAAAATTAATACGTAAAA-ATTTTAAAAA
448 TTTGGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAA
**
17211593 TAAATATGTTTTCATAGAACAAG-TCA
512 TAAATATG--TTC-CCGAACAAGTTCA
* *
17211619 AAT-ATTATGGACTA-TTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTCTGTCATA
1 AATAATTAT-GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTT-TGTCATA
* * * * *
17211682 AAACCAATTTTTTCTATTCATAAAAAGCTTATCCAGAATAAAATTAAT-CTAATTTATTTAAAAT
64 AAA-CAATTGTTTCTGTTCAT-ACAAGCTTAT-TAGAATAAAA-TAATACTAATTTA-TTAATAT
* * * * * * * * *
17211746 TCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTGAAAAAAATACATCTAT-TTTATTGAGCGAGTTTAAATAA
124 TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATT--TAAAAATAAAT-T-TGTTTACTGAACAAGTTCAAATAG
* *
17211810 TTATGACTATTTGAAACAATATAT-TATTTCAAATCATTATA--TCTTT-TTTTGTCATAAAAC-
185 TTAAGACTATTTG-AACAAT-TATCTATTTCAAATCATTA-AGCTTTTTGTTTTGTCATAAAACA
* * * * **
17211870 ATTGTTTCTATTCATTATAATTTTATTTGAAATAAAATAAT-TACTAATTTATTAATAATTCT-A
247 AATGTTTTTGTTCA-TACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATA--AATTTATTAAT-ATT-TAA
* * * * *
17211933 AAAATTAATAAGTTAGAGCATTTAAAAAAGACATATATTTACTGAACA-AGTTTAAATAGTTATG
307 AAAATTAATAAG--A-AG-ATTTAAAAAATAAATCTATTTAC-CAA-ATAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * ** * ** * *
17211997 TCCAGTTGAACTATTATCTATTTTAAATCATTATGACCTTTTGTTTTAACATAAAATAATTGTTA
366 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * ** * * *
17212062 CAGTTCATGCTAA-ATTA-TTCAAATTAAAATAATACTAATCTATTAATATTTTGAAAATTAATA
431 CTGTTCATAC-AAGCTTATTTGGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATA
* * *
17212125 AG----AGATTTAAAAACTAAATCTAT-TTTCC-AAAATAGTTCA
494 AGTAAAAGATTTAAAAAATAAA--TATGTTCCCGAACA-AGTTCA
* * * * * * * * * *
17212164 AATAGTTATGACTATTTAAATAATTATTTATCTCAAAATGTTATGATC-TTTATTTTGTCATAAA
1 AATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * * * * * *
17212228 ATAATTGTTCCTTTTCATACAAGCTTATTCGAATTACAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAA
66 ACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTAGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA
* * * *
17212293 AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGCTGAACTAGTTCAAGTAGTTAAGACTA
130 AATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTA
** * * ** * * * * * * * * *
17212358 TTAAAATAATTATCTATTTTAAATTGTTCTGACCATTTT-TTTAGTCAAAAAATAATTATTTTAG
194 TTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCAT-TAAGCTTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTG
* * * * *
17212422 TTCATATAAGCTTATTT-AGAA-AAAATGATACT-AATTTATTAACATTCAAAAAATTAATGAGC
257 TTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAG-
* * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * * * * **
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* * * * *
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* * * * * ** * * * * *
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1 AATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * * * * * * * * *
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66 ACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTA-TTAGAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA
* * **
17212838 AAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTT-GTCGAATTAGTTCAAATAGTTAAGAC
129 AAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATTTGTTTACT-GAACAAGTTCAAATAGTTAAGAC
* * ** * * * * * *
17212898 TATTAGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTTTGAGC-TTTTGTTTAGTTATATAATAATTGTTTC
192 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-T-CATTAAGCTTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTT-
* * *
17212962 AT-TTCATACAAGCTTATTTGGAAA-AAACTAATAGT-AACTTA-TAA-ACTTT------TT--T
254 TTGTTCATACAAGCTTATTT-GAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATA-TTTAAAAAATTAAT
* * *** * ** * * * * *
17213014 -----TATTT---CAATTTGT-TA-TGACC-TTTTGTTTAAACAGTTAAGACTATATGAACAATT
316 AAGAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAATAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
* * * * *
17213068 ATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTT-TAGCTT-ATACAAC
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* * * * * * *
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* * * *
17213190 AAAAGAATTCTAT-TTACCGAACCAGTTCA
508 AAAATAA--ATATGTTCCCGAACAAGTTCA
* ** ** * *
17213219 AATAATTATAACTGCTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATTACTTTTTGTTTTGTCATAAA
1 AATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * * * * * * * *
17213284 ACAATTATTTTTATTAATATAAGTTTTTTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAA
66 ACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA
* * * * * * *
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130 AATTAAT-AAGTAAGAGATTTAAAAA-TAAATTTGTTTACTGAA-CAAGTTCAAATAG-TTAAGA
* * * * * *
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* * ** * * ** *
17213475 ATGTTCA-AGCTATTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTTA-TAATATTTTGAAACTTAATA
254 TTGTTCATA-CAAGCTTATTTGAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATA
* * * * * * * * *
17213538 ACTAAGAAAATTAAAAAATAAATCTAATTGCC-GATCCAGTTCAAATAGTTAAGACTATATAAAT
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* ** * * ** * * **
17213602 GATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CATTTTCTTTTATTGTAAAATAATT-TTTTTGTTTGTAC
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* * * *
17213665 AGGCTCATTAT-GATTAAAATAATACTAATTTAATAATAGTT-TAAAAATTAATAAG-----GAT
441 AAGCTTATT-TGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGAT
***
17213723 TTAAAAAATAAATTTAT-TTATTGAATCAA-TTCA
504 TTAAAAAATAAA--TATGTTCCCGAA-CAAGTTCA
** * * * * * * * * * *
17213756 AATGGTTGA-GACTATTAGACCGATTATCTATTTGAAATCATTCTGACATTTTGTTTGGTTATAA
1 AATAATT-ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * *
17213820 AACAATTGTTT-TAGTT--TATAAGCTTATTCAAAAT-AAATTATAATAATTTATTAATA-TTCA
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* * * * * * * *
17213880 AAACATTAATAAGAAAGAGATTTAAAGAAATAAATCTATTTACCGAATAAGTTTAAATAATTATT
128 AAA-ATTAATAAGTAAGAGATTT-AA-AAATAAATTTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTA-A
* * * * * ** * * ** * *
17213945 G-CCATTTGAAGAATTGTCTGTTTAAAATTGTTATAACCTTTTGAGTTGTCATAAAATAATTGTT
189 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA-AGCTTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTT
* * ** * * * * *
17214009 TTGGTTAATACAAGCTTAGATGGAATAAAATAATACT-AATGTATCAATATTTCCTAAAATACTA
253 TTTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATA-TT--TAAAAAATTA
* * ** * * * * *
17214073 AGTAAGAA-AATCAAAAAATAAATCTATTTACTGAATCAGTTAAAATAATTATGGCCATTTGAAT
314 A-TAAGAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAAT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * * * *
17214137 GATTATCTATTTTAAATCGTTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TTTATTATAC
377 AATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGT-TCATAC
* *
17214200 ATGCTTATTT-GAAGTAAAAT-ATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAATAGAT
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* *
17214262 TT--AAAATATATATGTTTACCGAACCAA-TTCA
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* * * * * * ** * ** *
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* ** * * ** * * *
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* * * * * *
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** * * * * * * * * **
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* * * * * * * ** *
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* * * *
17214612 TCAAAAGATTTGAAAAAAATAAATCTATTTATCGAACA-AATT-AAAGTTGTTATGACTATTTGA
317 --AGAAGATTT--AAAAAATAAATCTATTTA-CCAA-ATAGTTCAAA-TAGTTATGACTATTTGA
* * * *
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* * *** * * * *
17214732 TAAAAGTTTATCCAGAAT-AAATAATACTAATTTCTTAATATTTTAAAAATTAATAAGCAAGAG-
438 TACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGA
* * *** *
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* * * * ** * * *
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* * ** * * * *
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* * * *
17214959 AAATTAATAATTAAGTGATTTAAAAAGTAAATATGTTTAC----CAAATT---AT--TT----C-
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* * * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * **
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507 AAAAATAAATATG-TTCCCGAACAAGTTCA
* * * * *
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1 AATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAA
** * * * *
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* * * * * * * *
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* * * **
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190 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAAG-CTTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTT
* * * * *
17215597 TTGTTCACATAAGTTTTTTTGAAATAAAA-AATACT-AATCTATTAATATATT--AAAATTAATA
254 TTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATAT-TTAAAAAATTAATA
* * * * * * *
17215658 TG-ACATTTAAAAATTAAATCTATTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTTTGACTATTT-AAGTAAT
317 AGAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAA-TAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-CAAT
* * * ** * * * *
17215721 TATTTATTTTAAACTGTTATGACTTTTTGTTTTGTTATAAAACAATAGTTTATGTTCATAAAAGC
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* * * * * * *
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TCCCGAACAAGTTCA
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* * * * *
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* * *
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* * *
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* * * * * * *
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* * *
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* * * * * * * * * *
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* * *** * * * *
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* * * *
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* ** * * ** * * * **
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* * ** * * **
17196708 TCTTTGTTTTCTTATAAAATAATTGTTTCTGATCATCCAAGCTTATTTGGGTA
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* **
17196761 AAAATAATA-TCAATGTAACAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTG
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* * * * *
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* * *
17196888 TTGTTTAGTTATATAATAATTGTTTCATTTCATACAAGCTTATTTGGAA-A
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* *
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17196956 AAACTTTTTT
Statistics
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CAAAATAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATCTCAAATTGTTATGAGCTTTTT
TTGTTATAAAATAATTGTTTCTTTTCATACAAGCTTATTCGAATA
Found at i:17197456 original size:177 final size:178
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Indices: 17197103--17197896 Score: 492
Period size: 179 Copynumber: 4.4 Consensus size: 178
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17197103 ACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTTATAAGTAAGAGATTTATAAAAGAATTCTATTTACCGAA
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* * * * * * *
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* * * * **
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* * *
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* * * * *
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** * * *
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* * * * * * *
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* ** * * * ** * * * ** * *
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* * * * * ** ****
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* * * * * * * * * * *
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* * * * *
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* * ** * * * * *
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* * *
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* * * * *
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* * *
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1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * ** *
17201172 AACAATTGTTTCT-GCTCATATAATTTTATTCCA-AATAAAATAACACTAATTTATTAATA-TTC
66 AACAATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATT-CAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC
* * * * *
17201234 TAAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAAGAAATATATTTACTGAACAAGTTT
129 -AAAAATTAATAAGTAAGAG-TTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAGTTC
* * * * * **
17201288 AAATAGTTATGTCCATTCGAACTATTATCTATTTTAAATCATTATGACCTTTT-TTTTAACATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* ** * ** * * **
17201352 AATAATTGTTACAGTTCATGCAAAATTATTCAGATTAAAATAATACTAATCTATTAATATTTTGA
66 AACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA
* * * * *
17201417 AAATTAATAAG--AGA-TTTAAAAACTAAATCTGTTTTC-CAAAATAGTTC
131 AAATTAATAAGTAAGAGTTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACA-AGTTC
* ** * * * * *
17201464 AAATAGTTATGACTATTTAAATGATTATTTATCTCAAAAT-GTTATGATC-TTTATTTTGTCATA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC-AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
* * * *
17201527 AAATAATTGTTCCTT--TTCATACAAGCTTATTC-GAATTACAATAATACTAATTTAATAGTATT
65 AAACAATTGTT--TTAGTTCATACAAGCTTATTCAGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * * *
17201589 CCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGCTGAACTAGTTC
127 TCAAAAATTAATAAGTAAGAG-TTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAGTTC
* * * * ** * ** *
17201644 AAGTAGTTAAGACT-TTTAAAACAATTATCTATTTTAAATTGTTCTGACCTTTT-TCTAAGTCAA
1 AAATAGTTATGACTATTT-GAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT-TTTGTCAT
* * * * * *
17201707 AAAATAATTATTTTAGTTCATATAAGCTTATTTAGAA-AAAATGATACTAATTTATTAACA-TTC
64 AAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC
* * * * ** * *
17201770 AAAAAATTAATGAGCAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTACCAAAAAAGTTAA
129 -AAAAATTAATAAGTAAGAG-TTT-AAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAGTT-C
* * * * * * ** * *
17201826 AAAAAGATT-TAACTTTTTGAACAATAATTCTAACTATTTTAAGTTGTTATGAGCTTTTGTTTTA
1 AAATAG-TTATGACTATTTGAAC---AA-T-TATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * * * * * *
17201890 TTATAAAACAATTGTTTCAGCTCATAAAAACTTA-TCTGAAACAAAAT-ATACTACTTTATCAAT
60 TCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * * * * *
17201953 ATTTCAAAAATTATTAAGCAAGGGATTTAAAAACTAAAATTGTTTTTCGGATC-AGTTC
124 ATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG-TTTAAAAAATAAATTTG-TTTACTGAACAAGTTC
* * * * * * * *
17202011 AAGTAGTTATGACTATTTGGACAAGTATC-AATCCTAAATCATTATGATC-TTTGTTTTCTTATA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC-AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
* * * ** * * *
17202074 AAATAATTGTTTCT-GATCATCCAAGCTTATTTGGTA-AAAATAATACCAATGTGA-TAATATTT
65 AAACAATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAAT-TTATTAATATTT
* * **
17202136 CAAAAATTAATAAG--AGA-TTTAAATAATAAATATGTTTACTGAATTAGTTC
128 CAAAAATTAATAAGTAAGAGTTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAGTTC
* * * * * ** * * * * * *
17202186 AAATAGTTAAGACTATTAGGATAACTATCTATTTCAAATTGTTTTTAGCTTTTGTTTAGTTATAT
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * * ** *
17202251 AATAATTGTTTCATTTAATACAAGCTTATTTGGAA-AAAACTAATAGTAATTTAT
66 AACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAA-TAATACTAATTTAT
17202305 AAACTTTTTT
Statistics
Matches: 4004, Mismatches: 888, Indels: 480
0.75 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
162 3 0.00
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168 2 0.00
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Consensus pattern (180 bp):
AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
AACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA
AAATTAATAAGTAAGAGTTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAGTTC
Found at i:17199952 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 17199911--17199952 Score: 50
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17199901 TTGTCATAAA
* *
17199911 AAAATTATTTCAATTAATAT
1 AAAATTATTTCAAATAAAAT
17199931 AAAATTA-TTCGAAATAAAAT
1 AAAATTATTTC-AAATAAAAT
17199951 AA
1 AA
17199953 TACTAAGTTA
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 2, Indels: 2
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Matches are distributed among these distances:
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20 16 0.84
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AAAATTATTTCAAATAAAAT
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17198970 TATTTCAAAT
* * * * * * *
17198980 AATTATCTATTTAAAATCATTATTACCTTTTGTTTGGTAATATAACAATTGTTT-TTTATCGTAC
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAT-TCATAC
** * * * * * * *
17199044 AAG-TTCATTTGGAATAAAGTGATACT-AATATATTAATTAGTC-AAATATTAATAAGTAAGATA
65 AAGCTT-ATTTCAAATAAAATAACACTAAATTTATTAA-TATTCTAAAAATTAATAAGTAA-AAA
* * * * *
17199106 TTTAAAAAATAAATGTGTTTACTAAACCAGTTTAAATAG---T---TATTTGAACAATTGTAT-T
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* * * * * * *
17199164 CTTCAAAATCGA-TATAACCTTTTCTTATGTCATAAAATAATTATTTCTGTTCATACAAGCTTA-
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* * * * ** * * *
17199227 TTCGAAATAAAACAATACTAATATAATAATATTCTGAAAATTAATAACTAAGAG-TTAAAAAAAT
252 TTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
* * ** * *
17199291 AAATTTGTTTACTGAATTAGTTCAAATAGTTATGACTATATGAAC
316 AAATATATTTACTGAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAAC
* * * *
17199336 AATTATCTATTTCAAATC---AT----TTTTGTTTTATCATGAAACAATAT-TTTCAATTTATAC
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT-TGTTTCTATTCATAC
** * * *
17199393 TAA-CTTATTTGGAGTAAAATAA-AATAAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATATGTAAAAGA
65 -AAGCTTATTTCAAATAAAATAACACTAAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAAA-A
* * * * *
17199455 TTTTAAAAA-AAT-TGTATTTAACT-AACTAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATTT
127 TTTAAAAAATAATATG--TTT-ACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * * * * * * *
17199517 ATTTCAAATCCTTATGACAATTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCACATAAGTTTTTT
189 ATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCAT-AAACAATTGTTTCTATTCATACAAG-CTTAT
* * * * * * *
17199582 TTGAAATAAAA-AATACTAATCTATTAATATTTC-AAAATTAAT-A-T--GATATTTAAAAATTA
252 TTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATA
* * * * * *
17199641 AATCTATTTA-TCAAACTAGTTCAAATAGTTTTGACTATTT-AAGT
317 AATATATTTACT-GAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAA-C
* * * * * * * * *
17199685 AATTATTTATTTCAAA-CTGTTATGACTTTTTGTTTTGTTACAAAACAATAGTTTATGTTCATAA
1 AATTATCTATTTCAAATC-ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAC
* * * * * *
17199749 AAGCTTA-TTGAAACTAAAATAATA-TTAATTGATTAAAATT-TCAACAATTAATAAGTAAAAAA
65 AAGCTTATTTCAAA-TAAAATAACACTAAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGT-AAAAA
* ** * * * * *
17199811 TTTTTAAAATAA-AATATGCTTACCGACCTAGATCAAATAGTCATGACTATTTG-ACTAAATATC
127 --TTTAAAA-AATAATATGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC-AATTATC
** * * * * * * **
17199874 TATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTCAATTAATATAAAATTA-
188 TATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCAT-AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTAT
* * * *
17199938 TTCGAAATAAAATAATACTAAGTTATTAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAAT
252 TTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
* * *
17200003 GAATCTATTTACTGAACAAGTTTAAATAATTATGACTA-TTGAAC
316 AAATATATTTACTGAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAAC
* *** * ** * *
17200047 AATTATCTATTTGAAATTGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATGATT-TTTTTGTTCATACA
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACA
* * * *
17200111 ACCTTATTTCAAATAAAA-AAAATATAAATTTATTAATA-T-TAAGACAATTAATGAGTAAAAGA
66 AGCTTATTTCAAATAAAATAACA-CTAAATTTATTAATATTCTAA-A-AATTAATAAGTAAAA-A
* * ** *
17200173 TTTAAGAAATAAATATGTTCACTAAACAAGTTCAAATCTTTATGACTATTTGAACAATTATTTAT
127 TTTAAAAAAT-AATATGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * *
17200238 TTTAAATTATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAGGCTTATTTG
191 TTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCAT-AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTC
* * * * * * *
17200303 GATTAGAATAATATTAATTTATTAACATTTCTACAAA-TAATAAGTAAAATATATTAAAAAATAA
255 AAATAAAATAATACTAATTTATTAACA-TTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGAT-TTAAAAAATAA
* * * * * * *
17200367 ATATGTTTACTAAATAAGTTTAAATAGTCATGACTATTTGAAT
318 ATATATTTACTGAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAAC
* * * *
17200410 AATTATCTATTTCAAATCATTGTGACCTTTTGTTTTG-CAACAAAACAATTGTTTCCATTCATAT
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC-ATAAAACAATTGTTTCTATTCATAC
* *
17200474 AAGCTTATTTGAAATAAAATAACACT-AATTTATTAATATTCTAAAAATTAATGAGTAAGAAA-T
65 AAGCTTATTTCAAATAAAATAACACTAAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAA-AAATT
* * * * * * *
17200537 TAAAAAATGAATCTGTTTACCAAATATGTTCAAATAGTAAT-ACTATTCGAAGAATTATCTATTT
129 TAAAAAAT-AATATGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* * * ** * *
17200601 CAAAACATCATGACATTTTGTTTTTTCATAAGACAATTGGATCTGTTCATGCAAGCTTATTTCAA
193 CAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAA-ACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAA
* **
17200666 ATAAAATGATA-TAAATTTATTAACATTCCAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTTTAAAATAAATA
257 ATAAAATAATACT-AATTTATTAACATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATA
* * * *
17200729 TGTTTTCTGAACACGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
321 TATTTACTGAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAAC
* * * * ** *
17200769 AATTATCTATTTCAAATCGTTATCACATTTTGTTTTGTCATAAGACAATTGGATCTATTCATGCA
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACA
* * * * * *
17200834 AGCTTATTTCAAATCAAATGATA-TAAATTTATTCACATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTT
66 AGCTTATTTCAAATAAAATAACACTAAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAA-TTT
* * *
17200898 AAAAAA-AATATGTTTTCTGAACACGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA
130 AAAAAATAATATGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA
* * * * *
17200962 AATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTTTTTCTATTCATAAAAGCTTA-TCCAGAA
195 AATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAA-CAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCA-AA
* * *
17201026 TAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTGAAAAAATAAATCTA
258 TAAAATAATACTAATTTATTAACATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATA
* * *
17201091 TTTATTGAGCGAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAAC
323 TTTACTGAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAAC
* * ** *
17201129 AATTATTTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGCTCATATA
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACA
** * * *
17201194 ATTTTATTCCAAATAAAATAACACT-AATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTAGAGATTT
66 AGCTTATTTCAAATAAAATAACACTAAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG-TAAAAATTT
* * * * * * * * *
17201258 AAAAAAGAAATATATTTACTGAACAAGTTTAAATAGTTATGTCCATTCGAACTATTATCTATTTT
130 AAAAAA-TAATATGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* ** * * * **
17201323 AAATCATTATGACCTTTT-TTTTAACATAAAATAATTGTTAC-AGTTCATGCAAAATTA-TTCAG
194 AAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCAT-AAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTCA-
* * * *** * *
17201385 ATTAAAATAATACTAATCTATTAATATTTTGAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAACTAAATC
256 AATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATA
* * * * * * *
17201446 TGTTTTC-CAAAATAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAAT
321 TATTTACTGAACA-AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAAC
* * * * * * * * *
17201486 GATTATTTATCTCAAAAT-GTTATGATC-TTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTCCTTTTCATAC
1 AATTATCTATTTC-AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAC
* * * * * *
17201549 AAGCTTA-TTCGAATTACAATAATACT-AATTTAATAGTATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGAT
65 AAGCTTATTTC-AAATAAAATAACACTAAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAA-AT
* * * * * *
17201612 TTAAAAAATAAATATGTTTGCTGAACTAGTTCAAGTAGTTAAGACT-TTTAAAACAATTATCTAT
128 TTAAAAAAT-AATATGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTT-GAACAATTATCTAT
* ** * * ** * * * *
17201676 TTTAAATTGTTCTGACCTTTT-TCTAAGTCAAAAAATAATTATTT-TAGTTCATATAAGCTTATT
191 TTCAAATCATTATGACATTTTGT-TTTGTC-ATAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATT
* * * * *
17201739 T-AGAA-AAAATGATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATGAGCAAGAGATTTAAAAAAAT
253 TCA-AATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAAAT
* ** * * * * *
17201802 AAATCTATTTACCAAAAAAGTTAAAAAAAGATT-TAACTTTTTGAAC
316 AAATATATTTACTGAACAAGTT-CAAATA-ATTATGACTATTTGAAC
* * * ** * * * *
17201848 AATAATTCTAACTATTTTAAGTTGTTATGAGCTTTTGTTTTATTATAAAACAATTGTTTC-AGCT
1 ---AA-T-TATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TT
* * * * * * * * * *
17201912 CATAAAAACTTATCTGAAACAAAAT-ATACT-ACTTTATCAATATT-TCAAAAATTATTAAGCAA
60 CATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAACACTAAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAA
** * * * ** * * * *
17201974 GGGATTTAAAAACTAAAATTGTTTTTCGGATC-AGTTCAAGTAGTTATGACTATTTGGACAAGTA
124 -AAATTTAAAAAATAATA-TG-TTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* * * * * *
17202038 TC-AATCCTAAATCATTATG--ATCTTTGTTTTCTTATAAAATAATTGTTTCTGA-TCATCCAAG
186 TCTATTTC-AAATCATTATGACAT-TTTGTTTTGTCAT-AAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAG
*** * * * *
17202099 CTTATTTGGTA-AAAATAATACCAATGTGA-TAATATTTCAAAAATTAATAAG----AGATTTAA
247 CTTATTTCAAATAAAATAATACTAAT-TTATTAACATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAA
* * ** * * * * *
17202158 ATAATAAATATGTTTACTGAATTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGGAT
311 AAAATAAATATATTTACTGAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAAC
* ** * * * * * * * *
17202208 AACTATCTATTTCAAATTGTTTTTAGCTTTTGTTTAGTTATATAATAATTGTTTC-ATTTAATAC
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATAC
17202272 AAGCTTATTT
65 AAGCTTATTT
17202282 GGAAAAAACT
Statistics
Matches: 2311, Mismatches: 504, Indels: 263
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
346 2 0.00
347 3 0.00
348 28 0.01
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350 7 0.00
351 2 0.00
352 11 0.00
353 61 0.03
354 28 0.01
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356 261 0.11
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358 142 0.06
359 273 0.12
360 204 0.09
361 365 0.16
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366 70 0.03
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368 50 0.02
369 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (360 bp):
AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACA
AGCTTATTTCAAATAAAATAACACTAAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAATTTA
AAAAATAATATGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
ATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAA
AATAATACTAATTTATTAACATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTT
ACTGAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAAC
Found at i:17202635 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 17202438--17203580 Score: 901
Period size: 181 Copynumber: 6.3 Consensus size: 180
17202428 CCGTATTTAG
* * * * * * *
17202438 AATAGAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTTATATGTAAGAGATTTATAAAAGAATTC
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* * ** * *
17202503 TATTTACCGAACCAGTTCAACTATTTATAACTGCTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATTA
66 TATTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
* *
17202568 CATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTATTAATATAAGTTTTTTCGA
131 CATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTGTTAATATAAGTTTTTTCGA
* * *
17202618 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATCTA-TAAGAGATTTAAAAAGTAAAT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * * *
17202682 TTGTTTGCCAAACCATTTCGAATAGTTCTAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATA
65 CTATTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * * * *
17202747 ACGTTTTATTTTGTCATCAAACAATTAGTTATGTTCATGAT-A-TTTTATTCGG
130 ACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTTGTTAAT-ATAAGTTTT-TTCGA
* ** * * * *
17202799 AATAAACTAATACTAATTT-TATAATATTTTGAAACTTAATAACTAAGAAAATTAAAAAATAAAT
1 AATAAAATAATACTAATTTAT-TAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * ** * * * *
17202863 CTAATTATCGATCCAGTTCAAATAGTTAGGACTATATAAATGATTATTTATTTCAAATCATTATG
65 CTATTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * ** * ** * * * *
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130 ACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTGTTAATATAAG-T-TTTTTCGA
* * * * *
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* ** * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * *
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* * * * * * * **
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* * * * *
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** * *
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* * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * * *
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1 AATTATCTATTTCAAATCGTT-ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTAT-TTTAGT-TCAT
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* * * * * *
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129 AAAAAATAAATATGTTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* ** * * * **
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66 AGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAA-GATTTA
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130 AAAAATAAATATGTTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * * * * *
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1 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AA--TTATTTTAGTTCAT
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* * * *
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* * * * * * * *
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1 AATTATCTATTTC-AAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT-TAGTTCATA
** * *
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* * * *
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* * * *
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1 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTT-AGTTCATAC
* * * *
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65 -AAGCTTATTCA-AAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-AAAGA
* * * * * *
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126 TTTAAAAAATAAATATGTTTA-CTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * ** * * * * *
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1 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTAGTTCATACA
* * ** * * *
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66 AGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAA
* * * * * * * **
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131 AAAATAAATATGTTTACT-GAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * * *
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1 AATTATCTATTTCAAATC-GTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTA-GTTCATA
* * * * * * * *
17205072 AAAGCTTATTCGAATTAAAATAATATTAATTGATTAAAATTTCAACAATTAATAAGTAAAAAAGT
64 CAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-AAAGA-T
* * *
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127 TTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * * * *
17205189 TAAATATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTCAATTCATAT
1 -AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTAGTTCATAC
** * * * *
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* * * * * *
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129 AAAAAATAAATATGTTTACTGAACT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * * ** *
17205370 AATTATCTATTTGAAATTGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATGATT-TTTTTGTTCATACA
1 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTAGTTCATACA
* *
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* * * * * ** * * * *
17205497 TTAATGAGTAAA-AGATTTAAGAA-ATAA-ATATGTT-C---ACT-GAACAAGTTCAAATTTTTA
112 TTAATAAGTAAAGA-TTTAAAAAATA-AATATGT-TTACTGAACTAGTTCAA-AT--AGTTATGA
*
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171 CT-A-T-TT-GAAC
* * * ** * * *
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1 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-ATTTTAGTTCATAC
* ***** * * * * *
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65 AAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGT-AAAGA-T
* * * * *
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127 TTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * *
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1 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTC-ATAAAACAATTATTT-TAGTTCATA
* * *
17205812 TAAGCTTAGTT-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATGAGT-AAGAA
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* * * * ** * * *
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* * * * * *
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1 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT--ATTTTAGTTCATA
* * * *
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* *
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* * * * *
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1 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT--ATTTTAGTTCATA
* * * * * * *
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*
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* * *
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1 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT-TAGTTCATAC
* * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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1 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT-TAGTTCATAC
** ** *
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* * * * * * * *
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* * * ** * * ** *
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1 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTAGTTCATACA
** * * * **
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66 AGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAA
* ** * ** * *
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* * * * * *
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** * * * *
17206888 TACAAGCTTATTTGAATTACAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGA
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* * * **
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126 TTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
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1 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTAGTTCATAC
* * * * * * *
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* ** ** ** * * * *
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128 T-AAAAAATAAATATGTTTACTGAACTAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAAC
* * * * * * * * * *
17207189 AATCATTCTAACTATTTTAAGTTGTTATGAGCTTTTGTTTTATTATAAAACAATTGTTTCAGCTC
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* * * * * * * *
17207254 ATAAAAACTTA-TCTGAAACAAAAT-ATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTATTAAGCAAGG
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* * * * ** *
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124 GATTTAAAAAATAAATA-TG-TTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * ** * * * * * * * *
17207374 AAATATCAATCCCAAATCATTATGATC-TTTGTTTTCTTATAAAATAATTGTTTCT-GATCATCC
1 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT-TAGTTCATAC
**** * * **
17207437 AAGCTTATT-TGGGTAAAAATAATACCAATGTAAAAATATTTCAAAAATTAATAAG---AGATTT
65 AAGCTTATTCAAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAGATTT
* * * * * *
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129 AAAAAATAAATATGTTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * * * * * * *
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1 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTAGTTCATACA
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** * ** * ** * * *
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126 -----TTTAAA-AAATAA-A-TATGTTTAC--TGAACTAGTTCAAATAGTTATGA-C---T-ATT
*
17207740 TGTCATAA
176 TG--A-AC
* * * * * * *
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1 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGAC--CTTTTGTTTTG--T--CATAAAAC-AA-TTATT-TTA
* ** * * * *** * *
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* * * * * ** * * * * *** * * *
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**
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174 TTTGAAC
* ** * * * ** * * *
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1 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA-ACAATTATTTTAGTTCATAC
* * * ** *
17207984 AA---TATT-----TAAAA-AAT--TAATTTATAAGAGATTT-AAAAAGT-A-AA-T-TTGTTTG
65 AAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTA-ATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAGATT-
** * * ** *
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* * * * *
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* ** ** ** * * * *
17208131 TATTTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTT-TATAATATTTTGAAACTTAATAACTAAGAAAAT
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* * * * * * ** * * *
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128 TAAAAAATAAATATGTTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
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* * * * * *
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* * * * **
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17208491 AGCTTATTCAAAAT-AAATTATAATAATTTATTAATA-TTCAAAAAATTAATAAGAAAGAGATTT
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* * * * * * * * *
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* *
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * *
17209395 A-CATTTATCCAGAAT-AAATAATACTAATTTCTTAATATTTCAAAAATTAATAAG-CAAGAGTT
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* * * * * *
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* * ** * * * ** *
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* * * * *
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* * * *
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* * * * * * * * *
17209674 AATTATCTATTTAAAATCATTATTACCTTTTGTTTGGTAATATAACAATTGTTTT-TTATCGTAC
1 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTAGT-TCATAC
*** * * ** * * *
17209738 AAG-TTCATTTGGAATAAAGTGATTGTAATATATTAAT-TAGTCAAATATTAATAAGTAAGAGAT
65 AAGCTT-ATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT-TTCAAAAATTAATAAGTAA-AGAT
* * * *
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127 TTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * * * * * * *
17209849 AATTGTATACTTCAAAATCGATATAACATTTTCTTATGTCATAAAATAATTATTTCT-GTTCGA-
1 AATTATCTATTTC-AAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT-TAGTTC-AT
* * * * * *
17209912 ACAAGCTTATTCGAAATAAAACAATACTAATATAATAATA-TTCTGAAAATTAATAACT-AAGAG
63 ACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAGA-
* * * * * *
17209975 TTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAATTAGTTCAAATAGTTAAGATTATATGAAA
126 TTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * *
17210030 AATTATCTATTTCAAATC---AT----TTTTGTTTTATCATCAAACAA-TATTTTCAATTTATAC
1 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTT-AGTTCATAC
*** * * * *
17210087 TAA-CTTATTTGGAGTAAAATAA-AATAAATTTATTAATATTTCGAAAATTAATATGTAAAAGAT
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* * * * *
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* ** * * * * *
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1 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTAGTTCATACA
* * ** * * *
17210268 AGTTTTTTTGAAATAAAA-AATACTAATATATTAATATTTC-AAAATTAAT-A-T-GACATTTAA
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* * * * * * **
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131 AAAATAAATATGTTTACT-GAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * * *
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1 AATTATCTATTTCAAATC-GTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTA-GTTCATA
* * * * * * * *
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* * **
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127 TTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * * *
17210558 TAAATATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTA-TTTCGATTGATA
1 -AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTAG-TTCATA
* ** * * * *
17210622 TAAAATTATTCGAAATAAAATAATACTAAGTTATTAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGATT
64 CAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AGATT
* * * * * *
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* * * * ** *
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1 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTAGTTCATACA
* *
17210803 ACCTTATTTC-AAATAAAA-AATA-TAATTTTATTAATA-TT-AAGACAATTAATGAGTAAAAGA
66 AGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACTAA-TTTATTAATATTTCAA-A-AATTAATAAGT-AAAGA
* * * ** *
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126 TTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * ** * *
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1 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT-TAGTTCATAC
*** * * * * * * *
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* * * * *
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127 TTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * ** * *
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1 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTC-ATAAAACAATTATTT-TAGTTCATA
* ** * *
17211163 TAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATGAGT-AAGAAA
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* * * ** * * **
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* * * * * *
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* * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * *
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* *
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * *
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* ** ** * *
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* * * ** * * ** *
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* * * **
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* ** ** ** * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * *
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*** * * * *
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* * * * *
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* * * * * * * * * *
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** * * *
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* ** * *
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* * * * * * * *
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* * * * *
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* * *
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* * * * * **
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* * * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * *
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* * * *
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* *** * ** * *
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1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACA
* * *
17205434 ACCTTATTTCAAATAAAAAATATAAATAAATAAAAAAATATAAATTTATTAATATT--AAGACAA
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* * * **
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113 TTAATAAGTAAAA-ATTTTAA-AAATAAATATATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTAT
** * * * * * * * *
17205561 TTGAATGATTATTTATTTTAAATTATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAGTTGTTTTTATT
176 TTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTATCATAAAACAATTGGTTCTGTT
* **** * * * * *
17205626 CATACAAGCTTTTTTGGTTTAGAATAATATTAATTTATTAACATTTCTACAAA-TAATAAGTAAA
241 CATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGCAAA
* * * * * *
17205690 ATATTTTTAAAAATAAATATGTTTACTAAATAAGTTTAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTAT
305 A-A--TTTAAAAAAAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * *
17205755 CTATTTCAAATCATTACGACCTTTTGTTTTG-CAATAAAACAATTGTTTCCATTCATATAAGCTT
367 CTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTC-ATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTT
* *
17205819 AGTT-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATGAGTAAGAA-A-TTAAAA
431 A-TTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAA
* * * * * * *
17205881 AATGAATCTGTTTAC-CAAAGATGTTTAAATAGTAAT-ACTATTTGAAG
494 AATAAATCTATTTACTGAACGA-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * ** * *
17205928 AATTATCTATTTCAAAACATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAGACAATTGGATCTGTTCATGCA
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACA
* * *
17205993 AGCTTATTTCAAATAAAATCATA-TAAATTTATTAACATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTT
66 AGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAA-TTT
* * *
17206057 TAAAAA-AAATATGTTTTCTGAACACGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
130 TAAAAATAAATATATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * *
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* * * * *
17206186 TCAAATGATA-TAAATTTATTCACATTCCAAAAATTAATAAGCAAAAATTTAAAAAAAATATATG
260 TAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAAAATTTAAAAAAAA-ATATG
* *
17206250 TTTTCTGAACACGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC
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* * * *
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* * * *
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*
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518 TCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * *
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1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACA
** * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * **
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* * ** * * **
17206726 ATTAAAATAATACTAATCTATTAATATTTTGAAAATTAATAAG---AGATTTAAAAACTAAATCC
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* * * * * *
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* * * * * * * * *
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384 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTCGAAATAAAATAATA
* * * * *
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* * * **
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* ** * * * * *
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1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATA
* * * * * *
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* * * ** * * * * *
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* * * ** * * * * * *
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* * * * * **
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* * * ** * * * **
17207325 AACTAAAAT-TGTTTTTCGGATC-AGTTCAAGCAGTTATGACTATTTGGACAAATATCAATCCCA
313 AA--AAAATATG-TTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA
* * * * * ** * **
17207388 AATCATTATGATC-TTTGTTTTCTTATAAAATAATTGTTTCTGA-TCATCCAAGCTTATTTG-GG
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* * ** * *
17207450 TAAAAATAATACCAATGTAAAAATATTTCAAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAATAAATAT
439 T-AAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCT
* * * ** * * *
17207511 GTTTGCCGAATTAGTTCAAATAGTTA--A-GATTAGAAT
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** * * * * * * *
17207547 AATTATCTATTTCAAATTGTTTTGAGCTTTTGTTTAGTTATATAATAATTATTTC-ATTTCATAC
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATAC
17207611 AAGCTTATTTG
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17207622 GAAAAAACTA
Statistics
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*** * * * * * ** * * *
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* * * * *
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** * * *
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* * * *
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* * ** *
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* * * *
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* * * * * **
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* * *
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* *** * * * * * * ** * * * * * *
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* * * * ** *
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* * * * *
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* *** * * ** * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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** * * * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * **
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* * * * *
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** * * * * * * * *
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* * * * * ** *
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* * * * * * *
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*** * * * * ** ** *
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1 AGTTAAAACTATATAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTCGTTTAT-T-ATAAAA
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* * *
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128 AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGATCCAGTTCAAAT
** * * * * * * *
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* * * ** * *
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126 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGATCCAGTTCAAAT
* * * *
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* * * * * * * * * *
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* * * * *
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126 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCG-ATCCAGTTCAAAT
* * * * *
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* * *** * * * **
17210069 AATAT-TTTCAATTTATACTAA-CTTATTTGGAGTAAAATAA-AATAAATTTATTAATATTTCGA
65 AAT-TGTTTCAGTTTATAC-AAGCTCATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTAATAATATTTTAA
* * * * * * *
17210131 AAATTAATATGTAAAAGATTTTAAAAA-AATTCTATTTACCTAACTAGTTCAAAT
127 AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGATCCAGTTCAAAT
* ** * * * * *
17210185 AATTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCGTTATGACAATTT-GTTT-TGTCATAAAA
1 AGTTAAAACTATATAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTCGTTTAT-T-ATAAAA
* ** * * * * ** ** * * *
17210248 CAAATGTTTTTGTTCACATAAGTTTTTTTGAAATAAAA-AATACTAATATATTAATA-TTTCAAA
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* * * * *
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*** * * ** * * * * *
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1 AGTTAAAACTATATAAACAATTATCTATTTCAAATC-ATTATGACATTTTCG-TTTATTATAAAA
* * * * * * * * * * * *
17210423 CAATAGTTT-ATGTTCATAAAAGCTTATTCGAATTAAAATAATATTAATTGATTAAAATTTCAAC
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* * * ** * * * *
17210487 AATTAATAAGTAAAAAAATTT-AAAAATAAATATGCTTACTGAACTAGATCAAAT
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** ** ** * ** *
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* * * * ** * * * * **
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17210784 TGATT-TTTTTGTTCATACAACCTTATTTC-AAATAAAA-AATA-TAATTTTATTAATA--TTAA
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* * * * * * * * *
17210843 GACAATTAATGAGTAAAAGATTTAAGAAATAAATATGTTCACTGAACAAGTTCAAAT
127 -A-AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGATCCAGTTCAAAT
** ** * * * * * * *
17210900 CTTTATGACTATTTGACCGATTATTTATTTTAAATTATTATGACATTTT-GTTT-TGTCATAAAA
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* * * * * ** * *
17211027 AAA-TAATAAGTAAAATATTTTTAAAAATAAATATGTTTACTAAAT-AAGTTTAAAT
127 AAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTATTTAC-CGATCCAGTTCAAAT
* ** * * * * ** * *
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* * * * ***
17211209 AATTAATGAGTAAGA-AATTAAAAAATGAATCTGTTTACC-AAAGATGTTCAAAT
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* * * ** * *
17211262 AG-TAATACTATTTTAGGAATTATCTATTTCAAAACATTATGACATTTT-GTTT-TGTCATAAGA
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17211387 AAATTAATAAGTAA-AAATTTTAAAAATAAATATGTTTTCTAAATAC-GTTCAAAT
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** * * * ** * * *
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* * * ***
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* ** * * * * **
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * * * ** * ** ** * * * *
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*** * *** * * ** *
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* * * * * * *
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*** * * *
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190 ATTTCAAATTGTT-ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTCGAT-TCATATAAGATTA
* * * ** * *
17214565 TTTGGAATAAAATAA-ACCAAATTTATTAACGTTCAAAAAATTAATAA-TCAAAAGATTTGAAAA
253 TTCGAAATAAAATAATA-CTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAACT-AAGAGATTT--AAA
* * *
17214628 AAATAAATCTATTTA-TCGAACAAATT-AAAGTTGTTATGACTATTTG
314 AAATAAATCTATTTACT-AAACAAGTTCAAA-TAGTTATGACTATTTG
** * * *
17214674 AACGATTATTTATTT---ATTA-TA--ACATTTTGTTTTGACATAAAACAATTGTTT-TAGTTCA
1 AATAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCA
* * * * * *
17214732 TAAAAGTTTA-TCCAGAAT-AAATAATACTAATTTCTTAATATTTTAAAAATTAATAAGCAAGAG
65 TACAAGCTTATTTCA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATA--TTAAAAATTAATAAGTAAAAG
* * * * * * *
17214795 -TTTAAAAAAATAAATTTTTTTATTGAACAAATTCAAATAGTTGTGACTATTTGAACAATTGTTT
127 ATTT--AAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
** * * * ** * * *
17214859 ATTGAAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCACAAAATAATTATTT-TAGCCCATACAAGCTTCT
190 ATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTCGA-TTCATATAAGATTAT
* * * * * * *
17214923 TCAAAATAAAATAATACAAATTTTTTAATATTTCAAAAATTAATAATTAAGTGATTTAAAAAGTA
254 TCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATA
* * *
17214988 AATATGTTTAC----C-A----AATTA-TT-T--C-A----
319 AATCTATTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * * * * * * *
17215011 AATAATTATCTATTTAAAATCATTATTATCTTTTGTTTGGTAATATAACAATTGTTT-TTTATCG
1 AATAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAT-TCA
** * * ** * * * *
17215075 TACAAG-TTCATTTGGAATAAAGTGATTGTAATATATTAATTAGTCAAATATTAATAAGTAAGAG
65 TACAAGCTT-ATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAA-TA-TTAAAAATTAATAAGTAAAAG
* * * * * *
17215139 ATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACCAGTTTAAATAG---T---TATTTAAACAATTGTATA
127 ATTT-AAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* * * * * * * * *
17215198 CTTCAAAATCGATATAACCTTTTCTTATGTCATAAAATAATTATTTCTG-TTCATACAAGCTTAT
191 TTTC-AAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTC-GATTCATATAAGATTAT
* * * **
17215262 TCGAAATAAAACAATACTAATATAATAATATTCTGAAAATTAATAACTAAGAG-TTTAAAAAATA
254 TCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATA
* * * ** * *
17215326 AATTTGTTTACTGAATTAGTTCAAATAGTTAAGACTATATG
319 AATCTATTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * * *
17215367 AACAATTATCTATTTC-AA--ATCAT----TTTTGTTTTATCATAAAACAATAT-TTTCAATTTA
1 AATAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT-TGTTTCTATTCA
** * * * *
17215424 TACTAA-CTTATTTGGAGTAAAATAA-AATAAATTTATTAATATTTCAAAAGTTAATATGTAAAA
65 TAC-AAGCTTATTTCAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATA-TT-AAAAATTAATAAGTAAAA
* * *
17215487 GATTTAAAAA-AAATTCTAT-TTTCCT-AACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTAT
126 GATTTAAAAATAAA---TATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * ** * * *
17215549 TTATTTCAAATCGTTATGACAATTTGTTTTGTCATAAAACAAATGT-TTTTG-TTCACATAAGTT
188 CTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-AAAT-TATTTCGATTCATATAAGAT
* * * * *
17215612 TTTTTGAAATAAAA-AATACTAATCTATTAATATAT--TAAAATTAAT-A-T--GACATTTAAAA
251 TATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT-TCCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAA
* * *
17215670 ATTAAATCTATTTA-TCAAACCAGTTCAAATAGTTTTGACTATTT-
315 AATAAATCTATTTACT-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * * * * * * *
17215714 AAGTAATTATTTATTTTAAACTGTTATGACTTTTTGTTTTGTTATAAAACAATAGTTTATGTTCA
1 AA-TAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCA
* * * * * * *
17215779 TAAAAGCTTA-TTCGAATTAAAATAATATTAATTGATTAAAATTTCAACAATTAATAAGTAAAAA
65 TACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TT-AAAAATTAATAAGTAAAAG
* * * * *
17215843 ATTTTAAAAATAAAAAATATGCTTACCGAAC-AGATTCCAAT-GTCATGAC-ATTTG-ACTAAAT
127 A-TTTAAAAAT---AAATATGTTTACTGAACAAG-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC-AATT
* * *
17215904 ATCTATTTCCAAATTGTTATGACCCTTTG-TTTGTCA-AAAAAAATTA-TTCAATTAATATAA-A
186 ATCTATTT-CAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTCGATTCATATAAGA
* * * * *
17215965 ATATTCGAAATAAAAAAATTGCCT-AGTTATTTAATATTCCAAAAGTTAATAACTAAGAGA-TTA
250 TTATTCGAAATAAAATAA-T-ACTAATTTA-TTAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTA
* * * * * *
17216028 AAAAATTGACATCTATTTAGTGAATAAGTTTAAAAATAAAATTATGACTATTTG
312 AAAAA-T-AAATCTATTTACTAAACAAG-TT-CAAAT--AGTTATGACTATTTG
* ** * * * ** * *
17216082 AA-ACATTATCTATTTGGAAATTGCTATAACCTTTTGTTTTGTCTTTAAATGATTTTTTGT-TTC
1 AATA-ATTATCTATTT-CAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTC
* * *
17216145 AT-C-ACCTTATTTCAAATAAAAAAAATA-TAAATTTATTAATATTAAGACAATTAATGAGTAAA
64 ATACAAGCTTATTTCAAAT-AAAATAATACT-AATTTATTAATATTAA-A-AATTAATAAGTAAA
* ** * *
17216207 AGATTTAAGAAATAAATATGTTCACTGAACAAGTTCAAATCTTTATGACTATTTGAACGATTATG
125 AGATTTAA-AAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * *** * * ** *
17216272 TATTTTAAATTATTACTGAACCAGCTCAAATAACTATGACTATTTGAAAAATTA--TCAATCTCA
189 TATTTCAAATTGTTA-TG-A-C--CT---TTTGTTTTGTC-A-TAAAAAAATTATTTCGAT-TC-
* * * * ** * * ** **
17216335 AATTGTTTAGATCTTTGTTTGTCATAAGACAACTA-TTTTTTATCATAAAAGCTTATTTGGTTAA
242 -A-T-ATAAGA---TTATTCGAAATAAAATAA-TACTAATTTAT--T--AA---TA-TT--CCAA
* * * ** *** * *
17216399 AAATAATACAAAATCTTATA-ATATTTTCAAAAATTAATAAGTAGAAATTTAAA-AA-AT-AAAT
290 AAAT--TA-ATAA-C-TA-AGAGA-TTT-AAAAAATAA-ATCTATTTA-CTAAACAAGTTCAAAT
* * *
17216460 GTGTTTGTCGAACCATATCAAATAGG
345 -AG-TTAT-G-A-C-TAT----T-TG
* ** * * * * * *
17216486 TAAAACTATTAGAATAATTATCTATTTTCAATCATTTTGAACTTTTTGTTTAGTCATAAAATATT
1 -AATA--ATTA-TCT-ATT-TC-A-----AATTATTATG-ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
* * * *
17216551 TGTTTC-ATGT-ATTACAAGTTTATTT-AGAATAAAATAATCCAAATTTATTAACATTAGAAAAA
53 TGTTTCTAT-TCA-TACAAGCTTATTTCA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATT--AAAAA
* * * * *
17216613 TTGATAAGCAAAAAATTTAAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTAT
113 TTAATAAGTAAAAGATTT--AAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTAT
* * ** * *
17216678 TTGAACAATTATTTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGAT-ATAAAATAATTGTTTC-AG
176 TTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTG-TCATAAAAAAATTATTTCGA-
* * * * ** *
17216741 TTCATA-AAAACTTA-TCCAAA-ACAAATAAGACTAATTTCTTAATATTTTAAAAATTAATAACC
239 TTCATATAAGA-TTATTCGAAATA-AAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAACT
* * * * *
17216803 AAGAG-TTAAAAAAATAAATTTGTTTACTAAATAAATTC-AATAGTTATGACTATTTG
302 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* ** * * * *
17216859 AACAATTGCCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTC-AGTTTA
1 AATAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCA
* * * * **
17216923 GACAAACTTA-TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAACTTAGTG
65 TACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TT-AAAAATTAATAAGTAAAAG
* * * *
17216987 ATTTAAAAAATAGATAAAATCATTAGCTATTTACCGAATCAA-TTCAAATAATTATGGCTATTTC
127 ATTT---AAA-A-AT-AAAT-A-T-G---TTTACTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* ** * * * * *
17217051 AACAATTATCTATTTTAAATCATTATTACATTTTGTTTGGTCATATAACAATATT-TTTTGA-TC
179 AACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATA-AA-AAAATTATTTCGATTC
* * * * * ** * *
17217114 ATATAAGTTTATTTGGAATAAAATAATAGTAATTTATTAATCTTTTAAAAATTAATAAGTAAAAG
242 ATATAAGATTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAG
* * * * ** * *
17217179 ATTT-CAAAATAAATTTGTTTACCAAATGAGTTTAAATAGTTATGACTATCTG
307 ATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * * * * * *
17217231 AACAATTGTATACTTCAAATCATTATAACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCAT
1 AATAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT
* * * * * *
17217296 ACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTCTAAAAATTAATAACTTAGAGAT
66 ACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-T-TAAAAATTAATAAGTAAAAGAT
* * * ** * * ** * * *
17217361 TTAAAAAATGAATTTGTTTGCCAAACTA-TCTCAAATAATTAAAAGTGTATGAACAATTATCTAT
129 TT-AAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGT-TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * * * * * *
17217425 TTCAAA-T-CT-T----TTTTGTTTTATCATAAAACAATTTTTTCAATTCATGTTAGCTTTTTTG
192 TTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTCGATTCATATAAGATTATTCG
* ** * ** * * *
17217483 AAATAAAATAAAAAGAATTTATTAATATTGCAAAAATTAATATGTAAGGGCTTTAAAAAAT-GAT
257 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * *
17217547 TTGGTTTACTTAAGC-AGTTCAAATAATTATAACTATTTG
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** * * * *
17217586 AATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGTCCCTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGGTTT-TGTTCA
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* * * * * * *
17217650 CATAAGTTTGTTT-AGAATAAAATAATACTAATCTATTGATATTTCAAAAATTAATAAG----GG
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* * * * * * * *
17217710 ATTTAAAAAATAAATCTATTTA-TCAAACTAGTT-AAATAGTTATGATTACTT-AAGTAATTATT
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** ** * * * **
17217772 TATTTCAAATCATTATGAAATTTTGTTCTT-TTATAAAACAA-TAGTTTCTATTCATGCAAGCAT
189 TATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTT-TTGTCATAAAAAAATTA-TTTCGATTCATATAAG-AT
* * * * * *** * * * *
17217835 AATT-GGATTAAAATAAAACTAATTTATTAGTATTTTGACAATTAATAAGTAA-AAATATTTAAA
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* * ** * * *
17217898 AATAAATATGTTTACCGAACTAGATCAAATAGTCATGACTATTTG
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*
17217943 AATAATTATCGATTTCA
1 AATAATTATCTATTTCA
17217960 GTTCATACAA
Statistics
Matches: 5880, Mismatches: 1462, Indels: 1181
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Matches are distributed among these distances:
308 5 0.00
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Consensus pattern (359 bp):
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ACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT
AAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA
AATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTCGATTCATATAAGATTATTCGAAAT
AAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAT
TTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
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Alignment explanation
Indices: 17209674--17221735 Score: 2311
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17209664 TATTTCAAAT
* * * * * * * * *
17209674 AATTATCTATTTAAAATCATTATTACCTTTTGTTTGGTAATATAACAATTGTTTTT-TATCGTAC
1 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGT-TCATAT
** * * ** * * *
17209738 AAG-TTCATTTGGAATAAAGTGATTGTAATATATTAATTAGTCAAATATTAATAAGTAAGAGATT
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* * * * * * *
17209802 TAAAAAATAAATATGTTTACTAAACCAGTTTAAATAG---T---TATTTAAACAATTGTATACTT
127 T-AAAAATAAATATATTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* * * * * *
17209861 CAAAATCGA-TATAACATTTTCTTATGTCATAAAATAATTATTTCTGTTCGA-ACAAGCTTATTC
191 C-AAATC-ATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTC-ATACAAGCTTATTC
* * * * * * * * * * * *
17209924 GAAATAAAACAATACTAATATAATAATATTCTGAA-AATTAATAACTAAGAGTTTAAAAAATAAA
253 GAATTAAAATAATATTAATTTATTAACATT-TCAACAAATAATAAGTAAAAATTTTAAAAATAAA
* * * * * * *
17209988 TTTGTTTACTGAATTAGTTCAAATAGTTAAGATTATATGAA-AAATTATCTATTTCAAA---TCA
317 TATGTTTACT-AAATAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAAA-TATCTATTTCAAATTGTTA
* * * * * * * *
17210049 T----TTTTGTTTTATCATCAAACAATAT-TTTCAATTTATACT-AACTTATTTGGAGTAAAATA
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* * * * * *
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*
17210171 T-AACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAAC
505 TGAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAAC
* ** * * *
17210203 AATTATATATTTCAAATCGTTATGACAATTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCACATA
1 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGTTCATATA
* * * * * *
17210268 AGTTTTTTTGAAATAAAA-AATACTAATATATTAATATTTCAAAATTAAT-A-T--GACATTTAA
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* * * ** *
17210328 AAATTAAATCTATTTA-TCAAACCAGTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAGTAATTATTTATTTCA
130 AAA-TAAATATATTTACT-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA
* * * * * * * *
17210392 AA-CTGTTATGACTTTTTGTTTTGTTACAAAACAATAGTTTATGTTCATAAAAGCTTATTCGAAT
193 AATC-ATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAT
* * * *
17210456 TAAAATAATATTAATTGATTAAAATTTCAACAATTAATAAGTAAAAAAATTTAAAAATAAATATG
257 TAAAATAATATTAATTTATTAACATTTCAACAAATAATAAGT-AAAAATTTTAAAAATAAATATG
* * * * *
17210521 CTTACTGAACTAGATCAAATAGCCATGACTATTTGACTAAATATCTATTTCAAATTGTTATGACC
321 TTTACT-AAATAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAAATATCTATTTCAAATTGTTATGACC
* * * *
17210586 TTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTCGATTGATATAAAATTATTCGAAATAAAATAATACTAA
385 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATATAAAATTATTCGAAATAAAATAATACTAA
* *
17210651 GTTATTAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTACTGAACAAGT
450 TTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATCTATTTACTGAACAAGT
*
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* * * * * *
17210739 AATTATCTATTTGAAATTGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATGATT-TTTTTGTTCATACA
1 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGTTCATATA
* * *
17210803 ACCTTATTTCAAATAAAA-AATA-TAATTTTATTAATATTAAGACAATTAATGAGTAAAAGATTT
66 AGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAA-TTTATTAATATTAA-A-AATTAATAAGTAAGAGATTT
* * * ** * * * *
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128 AA-AAATAAATATATTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * *
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192 AAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAT
* **
17210996 TAGAATAATATTAATTTATTAACATTTTTACAAATAATAAGTAAAATATTTTTAAAAATAAATAT
257 TAAAATAATATTAATTTATTAACATTTCAACAAATAATAAGTAAAA-A-TTTTAAAAATAAATAT
* ** **
17211061 GTTTACTAAATAAGTTTAAATAGTCATGACTATTTGAATAAATATCTATTTCAAATCATTGCGAC
320 GTTTACTAAAT-AGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAAATATCTATTTCAAATTGTTATGAC
* ** *
17211126 CTTTTGTTTTG-CAATAAAACAATTGTTTCCATTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACT
384 CTTTTGTTTTGTC-ATAAAACAATTGTTTCTATTCATATAAAATTATTCGAAATAAAATAATACT
* * * * ** * *
17211190 AATTTATTAATATTCTAAAAATTAATGAGTAAGA-AATTAAAAAATGAATCTGTTTACCAAAGAT
448 AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATCTATTTACTGAACAA
* * * **
17211254 GTTCAAATAGTAAT-ACTATTTTAGG
512 GTTCAAATAATTATGACTATTTGAAC
* * * * * ** * **
17211279 AATTATCTATTTCAAAACATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAGACAATTGGATCTGTTCATGCA
1 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGTTCATATA
* * *
17211344 AGCTTATTTCAAATAAAATCATA-TAAATTTATTAACATTCCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTT
66 AGCTTATTTCAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATT--AAAAATTAATAAGTAAGAGA-TT
* * * * *
17211407 TAAAAATAAATATGTTTTCTAAATACGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTC
127 TAAAAATAAATATATTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * ** * *
17211472 AAATCATTATGACATTTTATTTTGTCATAAGACAATTGGATCTGTTCATGCAAGCTTATTTC-AA
192 AAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCGAA
* * * * * *
17211536 ATAAAATGATATGAATTAATTAACATTCCAA-AAATTAATACGTAAAAATTTTAAAAATAAATAT
256 TTAAAATAATATTAATTTATTAACATTTCAACAAA-TAATAAGTAAAAATTTTAAAAATAAATAT
* * * * *
17211600 GTTTTCATAGAACAAG-TCAAATA-TTATGGACTA-TTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTAT
320 GTTTAC-TA-AA-TAGTTCAAATAGTCAT-GACTATTTGAATAAATATCTATTTCAAATTGTTAT
* *
17211662 GACCTTTTGTTTCTGTCATAAAACCAATTTTTTCTATTCATA-AAAAGCTTA-TCCAGAATAAAA
381 GACCTTTTGTTT-TGTCATAAAA-CAATTGTTTCTATTCATATAAAA--TTATTCGA-AATAAAA
* * *
17211725 TTAAT-CTAATTTATTTAAAATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTGAAAAAAATACATCTATT
441 -TAATACTAATTTA-TTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATT-TAAAAAATA-ATCTA-T
* * * *
17211789 TTATTGAGCGAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAAAC
501 TTACTGAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTG-AAC
* * * * *
17211827 AATATAT-TATTTCAAATCATTAT-ATC-TTT-TTTTGTCATAAAA-CATTGTTTCTATTCATTA
1 AAT-TATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGTTCA-TA
** * *
17211887 TAATTTTATTTGAAATAAAATAATTACTAATTTATTAATAATTCTAAAAATTAATAAGTTAGAGC
64 TAAGCTTATTTCAAATAAAATAA-TACTAATTTATTAAT-A-T-TAAAAATTAATAAGTAAGAG-
* * * * * *
17211952 ATTTAAAAA-AGACATATATTTACTGAACAAGTTTAAATAGTTATGTCCAGTTGAACTATTATCT
124 ATTTAAAAATA-A-ATATATTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * ** * * * *
17212016 ATTTTAAATCATTATGACCTTTTGTTTTAACATAAAATAATTGTTAC-AGTTCATGCTAA-ATTA
187 ATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATAC-AAGCTTA
* * * * ** *
17212079 TTCAAATTAAAATAATACTAATCTATTAATATTTTGA-AAAT--TAA-TAAGAGA-TTTAAAAAC
250 TTCGAATTAAAATAATATTAATTTATTAACATTTCAACAAATAATAAGTAA-AAATTTTAAAAA-
* * * * * * * *
17212139 TAAATCTAT-TTTCCAAAATAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATTTATCTCAAAAT
313 TAAA--TATGTTTACTAAATAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAAATATCTATTTCAAATT
* * * * * * ** * *
17212203 GTTATGATC-TTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTCCTTTTCATACAAGCTTATTCGAATTACAA
376 GTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATATAAAATTATTCGAAATAAAA
* * * *
17212267 TAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGC
441 TAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATCTATTTAC
* * * * ** *
17212332 TGAACTAGTTCAAGTAGTTAAGACTATTAAAAT
505 TGAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAAC
* * * * * * *
17212365 AATTATCTATTTTAAATTGTTCTGACCATTTT-TTTAGTCAAAAAATAATTATTTTAGTTCATAT
1 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC-TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGTTCATAT
* * * *
17212429 AAGCTTATTT-AGAA-AAAATGATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATGAGCAAGAGATT
65 AAGCTTATTTCA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATT--AAAAATTAATAAGTAAGAGATT
* * * * * * * *
17212492 TAAAAAAATAAATCTAATTACCAAAAAAGTTAAAAAAGATT-TAACTTTTTGAACAATCATTCTA
127 T--AAAAATAAATATATTTACTAAACAAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAAC-A--A-T-TA
* * * ** * * * * *
17212556 ACTATTTTAAGTTGTTATGAGC-TTTTGTTTTATTATAAAACAATTGTTTC-AGCTCATAAAAAC
184 TCTATTTCAAATCATTATGA-CATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGC
** * * * * * **
17212619 TTA-TCTGAAACAAAAT-ATACTACTTTATTAATATTTCAA-AAATTATTAAGCAAGGGA-TTTA
247 TTATTC-GAATTAAAATAATATTAATTTATTAACATTTCAACAAA-TAATAAGTAA-AAATTTTA
* ** * * * * * * **
17212680 AAAACTAAA-ATTGTTT-TTCGGATCAGTTTAAGTAGTTATGACTATTTGGACAAATATCAATCC
309 AAAA-TAAATA-TGTTTACT-AAAT-AGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAAATATCTATTT
** * * * * * ** **
17212743 CAAATCATTATGATC-TTTGTTTTCTTATAAAATAATTGTTTTTGA-TCATCCAAGCTTATTTCG
370 CAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATATAAAATTA-TTCG
** * * * * * *
17212806 GTA-AAAATAATACCAATGTAATAATGTTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAA-A
433 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATC
** ** * * * *
17212865 TATGTTTGTCGAATTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAAT
498 TAT-TTACT-GAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAAC
* * * * * * * *
17212907 AATTATCTATTTCAAATTGTTTTGAGCTTTTGTTTAGTTATATAATAATTGTTTCAT-TTCATAC
1 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTT-TTGTTCATAT
* * * * * * *** * ** *
17212971 AAGCTTATTTGGAAA-AAACTAATAGTAACTTATAAACTTTTTTTATTTCAATTTGTTATGACCT
65 AAGCTTATTT-CAAATAAAATAATACTAATTTATTAA-TATTAAAAATT-AATAAG-TAAGA---
* ** ** * * *
17213035 TTTG-TTTAAACAGTTAAGACTATATGAAC-AATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTT
123 ---GATTTAAA-A-ATAA-A-TATATTTACTAA--A-CAAGTTCAAATAGTTATGA-C---T-AT
* * * ** * ** * ** * *
17213098 TTGTCATAAAATAAT-TATTTTAGCTTA-TACAACCGTATTTAGAATAG-AAT-AAACTAATT-T
173 TTG--A-ACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-C--ATTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGT
* * *** * ** *
17213158 ATTAATATTTCA-A-AAGTTTACAAGAGATTTATAAA-AGA-ATTCTATTTACCGAACCAGTT--
231 -TT-CTA-TTCATACAAGCTTATTCGA-A-TTA-AAATA-ATATT-AATTTA-TTAA-CATTTCA
* **** * * * * * * * * **
17213217 -CAAATAATTA-TAACTGCTTGAACAAT-TATCTATTT-C-AAATCGTT--ATTACTTTTTG--T
286 ACAAATAATAAGTAAAAATTTTAAAAATAAATATGTTTACTAAATAGTTCAAATA-GTCATGACT
* * ** ** ** ** * **
17213273 -TTTGTCATAAAACAAT-TATTT-TTATTAATAT-A-AGTTT-TTTTGAAATAAAATAATACTAA
350 ATTTG-AAT-AAA-TATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT--TGT
* * * * ** * * * *
17213332 TT-TATTAATATTTAAAAAATTAATCTATAAGAGATTTAAAAAGTAAATTT-GT--T-TGCCAAT
410 TTCTATTCATA--T--AAAATTATTCGA-AATA-AAAT-AATACT-AATTTATTAATATTCCAA-
* * ** * * * *
17213392 CCATTTCGAAT-AGTTTTAA-CTATTTGAATAATTATCTATTT-C-AAATC-A-TT-ATAACGTT
466 -AAATT--AATAAG---TAAGAGATTTAAAAAATAATCTATTTACTGAA-CAAGTTCA-AA----
* * * **
17213450 TTATTTTGTC-A-TCAAAC
519 TAATTATGACTATTTGAAC
* * * ** ** **
17213467 AATTAGT-TATGTTC-AA--G--CT-A--TTTT-ATTCGAAATAAAATAA-TACTAAT-TT--TA
1 AATTA-TCTAT-TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGTTCATA
* * * * * * *
17213518 TAA---TATTTTGAAACTTAATAACTAAGA--AAATTA--AAAAATAAATCTAATTGCCGATCCA
64 TAAGCTTA-TTTCAAA--TAA-AA-TAATACTAATTTATTAATATTAAA---AATT---AAT-AA
* * * * * * * * * * * *
17213576 GTTCAA-ATAGTTAAGACTATATA-AATGA-TTATCTATTTCAAATCA-TTATGAC-ATTT--TC
117 G-T-AAGAGATTTAAAAATAAATATATTTACTAAACAAGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAAC
* **
17213634 --TT-T-TATTGT--AA--A--AT-A-A-TTT-TTTTG---T-------TTG-TAC-AGGC-T-C
179 AATTATCTATT-TCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAC
* * * **
17213671 -A--TTA-T-G-ATTAAAATAATACTAATTTAATAATAGTTT-AA-AAAT--TAA-TAAGGATTT
243 AAGCTTATTCGAATTAAAATAATATTAATTTATTAACA-TTTCAACAAATAATAAGTAAAAATTT
* * * * * * * * *** *
17213725 AAAAAATA-AATTTATTTATTGAAT-CA-A-TTCAAATGGTTGA-GACTATTAGACCGATTATCT
307 -TAAAA-ATAA-ATATGT-TT-ACTAAATAGTTCAAATAG-TCATGACTATTTGAATAAATATCT
* ** * * * * **
17213785 ATTTGAAATCATTCTGACATTTTGTTTGGTTATAAAACAATTGTTT-TAGTT--TATAAGCTTAT
366 ATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATATAAAATTAT
* * * *
17213847 TCAAAAT-AAATTATAATAATTTATTAATATT-CAAAACATTAATAAGAAAGAGATTTAAAGAAA
430 TCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAA-ATTAATAAGTAAGAGATTTAAA-AAA
* * * * *
17213910 TAAATCTATTTACCGAATAAGTTTAAATAATTATTG-CCATTTGAAG
493 T-AATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAATTA-TGACTATTTGAAC
* * * * * ** * * *
17213956 AATTGTCTGTTTAAAATTGTTATAACCTTTTGAGTTGTCATAAAATAATTGTTTTGGTTAATACA
1 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGTTCATATA
** ** * * * * * *
17214021 AGCTTAGATGGAATAAAATAATACTAATGTATCAATATTTCCTAAAA-TACTAAGTAAGAAAATC
66 AGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TT--AAAAATTAATAAGTAAG-AGATT
* * * * * * * **
17214085 AAAAAATAAATCTATTTACTGAATC-AGTTAAAATAATTATGGCCATTTGAATGATTATCTATTT
127 TAAAAATAAATATATTTACT-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* * * * *
17214149 TAAATCGTTATGAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTTATT-ATACATGCTTATTTGA
191 CAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCTATTCATACAAGCTTATTCGA
* * * * *
17214212 AGTAAAAT-ATACTAATTTATTAATATTTCAA-AAATTAATAAGTAATAGA-TTT-AAAATATAT
255 ATTAAAATAATATTAATTTATTAACATTTCAACAAA-TAATAAGTAA-AAATTTTAAAAATAAAT
* ** * * * * * * * * *
17214273 ATGTTTACCGAACCAATTCAAATAGTTATGACTACTTAAATAATTATCAATCTCAAATCGTTAAG
318 ATGTTTA-CTAAATAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAAATATCTATTTCAAATTGTTATG
* ** * * * * **
17214338 ATC-TTCATTTTATCATAAAATAATTGTTTCTAATCATA-AAAGCTTATTCG-GTTAAAAATAAT
382 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATATAAA-ATTATTCGAAAT-AAAATAAT
* * ** * * *
17214400 ACTAATTTAATAATTTTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATGTGCTTGT-C-G
445 ACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATCT-ATT-TACTG
* * * * ** ** *
17214463 AGCAAATTGAAATAGTTAAAACTATTAAAAT
507 AACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAAC
* * * * * * * * * *
17214494 AATTATATATTTCAAATCATTCA-GACCTTCTGTTTAGTTATAAAATATTTGTTTAAT-ATCTTG
1 AATTATCTATTTCAAATCGTT-ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTT-TTGTTCATA
* * ** * ** *
17214557 CAACCTTATTTGGAATAAAATAA-ACCAAATTTATTAACGTTCAAAAAATTAATAA-TCAAAAGA
64 TAAGCTTATTTCAAATAAAATAATA-CTAATTTATTAATATT--AAAAATTAATAAGT-AAGAGA
* * * * *
17214620 TTTGAAAAAAATAAATCTATTTA-TCGAACAAATT-AAAGTTGTTATGACTATTTGAACGATTAT
125 TTT---AAAAATAAATATATTTACT-AAACAAGTTCAAA-TAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * * *
17214683 TTA-TT----T-ATTATAACATTTTGTTTTGACATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATAAAAGTTT
185 CTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTT
* * * * * * * * *
17214741 ATCCAGAA-T-AAATAATACTAATTTCTTAATATTTTAA-AAATTAATAAGCAAGAGTTTAAAAA
249 ATTC-GAATTAAAATAATATTAATTTATTAACATTTCAACAAA-TAATAAGTAAAAATTT-TAAA
* * * * ** * * * * **
17214803 AATAAATTTTTTTATTGAACA-AATTCAAATAGTTGTGACTATTTGAACAATTGTTTATTGAAAA
311 AATAAATATGTTTACT-AA-ATAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAAATATCTATTTCAAA
* * * ** * ** * *
17214867 TTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCACAAAATAATTATTT-TAGCCCATACAAGCTTCTTCAAAATA
374 TTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATATAAAATTATTCGAAATA
* * * * * * *
17214931 AAATAATACAAATTTTTTAATATTTCAAAAATTAATAATTAAGTGATTTAAAAAGTAA-ATATGT
438 AAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATCTAT-T
* *
17214995 T--T--AC-----CAAATTATT-T--C-A----AAT
502 TACTGAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAAC
* * * * * * * * * *
17215014 AATTATCTATTTAAAATCATTATTATCTTTTGTTTGGTAATATAACAATTGTTTTT-TATCGTAC
1 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGT-TCATAT
** * * ** * * *
17215078 AAG-TTCATTTGGAATAAAGTGATTGTAATATATTAATTAGTCAAATATTAATAAGTAAGAGATT
65 AAGCTT-ATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAA-TA-TTAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
* * * * * * *
17215142 TAAAAAATAAATATGTTTACTAAACCAGTTTAAATAG---T---TATTTAAACAATTGTATACTT
127 T-AAAAATAAATATATTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* * * * * * *
17215201 CAAAATCGA-TATAACCTTTTCTTATGTCATAAAATAATTATTTCTGTTCATACAAGCTTATTCG
191 C-AAATC-ATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCG
* * * * * * * * * * * *
17215265 AAATAAAACAATACTAATATAATAATATTCTGAA-AATTAATAACTAAGAGTTTAAAAAATAAAT
254 AATTAAAATAATATTAATTTATTAACATT-TCAACAAATAATAAGTAAAAATTTTAAAAATAAAT
* * * * * * * *
17215329 TTGTTTACTGAATTAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAA---TCAT-
318 ATGTTTACT-AAATAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAAATATCTATTTCAAATTGTTATG
* * * * * * *
17215390 ---TTTTGTTTTATCATAAAACAATAT-TTTCAATTTATACT-AACTTATTTGGAGTAAAATAA-
382 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT-TGTTTCTATTCATA-TAAAATTATTCGAAATAAAATAAT
* * * * * *
17215449 AATAAATTTATTAATATTTCAAAAGTTAATATGTAAAAGATTTAAAAAA-AATTCTATTTTCCT-
445 ACT-AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA-TCTA-TTTACTG
*
17215512 AACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAAC
507 AACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAAC
* ** * * *
17215543 AATTATTTATTTCAAATCGTTATGACAATTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCACATA
1 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGTTCATATA
* * * * * *
17215608 AGTTTTTTTGAAATAAAA-AATACTAATCTATTAATATATTAAAATTAAT-A-T--GACATTTAA
66 AGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAA
* * * * * *
17215668 AAATTAAATCTATTTA-TCAAACCAGTTCAAATAGTTTTGACTATTT-AAGTAATTATTTATTTT
130 AAA-TAAATATATTTACT-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-CAATTATCTATTTC
* * * * * * *
17215731 AAA-CTGTTATGACTTTTTGTTTTGTTATAAAACAATAGTTTATGTTCATAAAAGCTTATTCGAA
192 AAATC-ATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAA
* * *
17215795 TTAAAATAATATTAATTGATTAAAATTTCAACAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAAAAA
256 TTAAAATAATATTAATTTATTAACATTTCAACAAATAATAAGT-AAAAATTTTAAAAAT---AAA
* ** * * *
17215860 TATGCTTACCGAACAGATTCCAAT-GTCATGAC-ATTTGACTAAATATCTATTTCCAAATTGTTA
317 TATGTTTACTAAATAG-TTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAAATATCTATTT-CAAATTGTTA
* * * * * *
17215923 TGACCCTTTG-TTTGTCA-AAAAAAATT-ATTCAATTAATATAAAA-TATTCGAAATAAAAAAAT
380 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATATAAAATTATTCGAAATAAAATAA-
* * * *
17215984 TGCCT-AGTTATTTAATATTCCAAAAGTTAATAACTAAGAGA-TTAAAAAATTGACATCTATTTA
444 T-ACTAATTTA-TTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA-T-A-ATCTATTTA
* * *
17216047 GTGAATAAGTTTAAAAATAAAATTATGACTATTTGAA-
504 CTGAACAAG-TT-CAAAT--AATTATGACTATTTGAAC
* * * * * * *
17216084 ACATTATCTATTTGGAAATTGCTATAACCTTTTGTTTTGTCTTTAAATGA-T-TTTTTGTT--TC
1 A-ATTATCTATTT-CAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGTTCAT-
* * * * *
17216145 ATCACCTTATTTCAAATAAAAAAAATA-TAAATTTATTAATATTAAGACAATTAATGAGTAAAAG
63 ATAAGCTTATTTCAAAT-AAAATAATACT-AATTTATTAATATTAA-A-AATTAATAAGTAAGAG
* * * ** * *
17216209 ATTTAAGAAATAAATATGTTCACTGAACAAGTTCAAATCTTTATGACTATTTGAACGATTATGTA
124 ATTTAA-AAATAAATATATTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* * * *** * * * * *
17216274 TTTTAAATTATTACTGAACCAGCTCAAATAACTATGACTATTTGAAA-AATTATCAATCTCAAAT
188 TTTCAAATCATTA-TG-A-CA--T---TTTGTTTTGTC-A--TAAAACAATTGT---T-TC-TAT
** * * * * * * * * *
17216338 TGTTTA-GATCTTTGTTTGTCA-TAAGACAACTATT-TTTTATCATAAAAGCTTATTTGGTTAA-
237 T-CATACAAGC-TTATTCG-AATTAAAATAA-TATTAATTTAT--T--AA-C--A-TT--TCAAC
* * * * ** * ** *
17216399 AAATAATACAAAATCTTATAATATTTTCAAAAATTAATAAGTAGAAATTTAAA-AAAT-AAATGT
288 AAATAAT----AA--GTA-AAAATTTT-AAAAATAAATATGT--TTA-CTAAATAGTTCAAAT-A
** * ** * ** * * *
17216462 GTTTGTCGAACCATATCAAATAGGTAA-AACTATTAGAATAATTATCTATTTTCAATCATTTTGA
341 G-TCAT-G-ACTAT-TTGAATA---AATATCTATT-TCA-AATTGT-TA---T-GA-CCTTTTG-
* * * *
17216526 ACTTTTTGTTTAGTCATAAAATATTTGTTTC-ATGT-AT-TACAAGTTTATT-TAGAATAAAATA
390 ----TT---TT-GTCATAAAACAATTGTTTCTAT-TCATATA-AA-ATTATTCGA-AATAAAATA
* * * ** * * * * * *
17216587 ATCCAAATTTATTAACATTAGAAAAATTGATAAGCAAAAAATTTAAAAAAATAAATCTGTTTACC
443 ATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAAT-AATCTATTTACT
*
17216652 GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
506 GAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAAC
* * * ** *
17216684 AATTATTTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGAT-ATAAAATAATTGTTTCAGTTCATAA
1 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG-TCATAAAATAATTGTTTTTGTTCATAT
* * * * **
17216748 AAACTTA-TCCAAA-ACAAATAAGACTAATTTCTTAATATTTTAAAAATTAATAACCAAGAG-TT
65 AAGCTTATTTCAAATA-AAATAATACTAATTTATTAATA--TTAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
* * * * * **
17216810 AAAAAAATAAATTTGTTTACTAAATAAATTC-AATAGTTATGACTATTTGAACAATTGCCTATTT
127 -TAAAAATAAATATATTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* * * * * * *
17216874 AAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTC-AGTTTAGACAAACTTATTCAA
191 CAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCGA
* * * * *** *
17216938 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA-AAATTAATAACTTAGTGATTTAAAAAATAGAT
255 ATTAAAATAATATTAATTTATTAACATTTCAACAAA-TAATAA-GTAAAAATTT--TAAA-A-AT
** * * * * * * * *
17217002 AAAATCATTAGCTATTTACCGAATCAATTCAAATAATTATGGCTATTTCAACAATTATCTATTTT
314 -AAAT-A-T-G---TTTACTAAAT-AGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAAATATCTATTTC
** * * * * * ** * *
17217067 AAATCATTATTACATTTTGTTTGGTCATATAACAATAT-TTTTTGA-TCATATAAGTTTATTTGG
371 AAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT-TGTTTCT-ATTCATATAAAATTATTCGA
* * ** * * *
17217130 AATAAAATAATAGTAATTTATTAATCTTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-CAAAATAAATT
434 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATC
* ** ** * * *
17217194 TGTTTACCAAATGAGTTTAAATAGTTATGACTATCTGAAC
498 TATTTACTGAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAAC
* * * * * * * * * * *
17217234 AATTGTATACTTCAAATCATTATAACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACA
1 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGTTCATATA
* * * * *
17217299 AGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTCTAAAAATTAATAACTTAGAGATTTA
66 AGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-T-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-
* * * * * * * ** * * *
17217364 AAAAATGAATTTGTTTGCCAAACTA-TCTCAAATAATTAAAAGTGTATGAACAATTATCTATTTC
128 AAAAATAAATATATTTACTAAACAAGT-TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * *** * * *
17217428 AAATC--T-T----TTTTGTTTTATCATAAAACAATTTTTTCAATTCATGTTAGCTTTTTTGAAA
192 AAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAT
* ** * * * **** * *
17217486 TAAAATAAAAAGAATTTATTAATATTGCAA-AAATTAATATGTAAGGGCTTTAAAAA-ATGATTT
257 TAAAATAATATTAATTTATTAACATTTCAACAAA-TAATAAGTAAAAATTTTAAAAATA-AATAT
** * * * * * *
17217549 GGTTTACTTAAGCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGT
320 -GTTTAC-TAAATAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAAATATCTATTTCAAATTGTTATGA
* * * * ** * *
17217614 CCCTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGGTTT-TGTTCACATAAGTTTGTT-TAGAATAAAATAATA
383 CCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTCTATTCATATAAAATTATTCGA-AATAAAATAATA
* * * *
17217677 CTAATCTATTGATATTTCAAAAATTAATAAG---G-GATTTAAAAAATAAATCTATTTA-TCAAA
446 CTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATCTATTTACT-GAA
* * * * *
17217737 CTAGTT-AAATAGTTATGATTACTT-AAGT
509 CAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAA-C
* * ** * * * * * **
17217765 AATTATTTATTTCAAATCATTATGAAATTTTGTTCTT-TTATAAAACAATAGTTTCTATTCATGC
1 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTT-TTGTCATAAAATAATTGTTTTTGTTCATAT
* * ** * * * * * * *
17217829 AAGCATAATTGGATTAAAATAAAACTAATTTATTAGTATTTTGACAATTAATAAGTAAAAATATT
65 AAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTA--ATATTAAAAATTAATAAGT-AAGAGATT
* ** * * * * *
17217894 TAAAAATAAATATGTTTACCGAACTAGATCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCGATTTC
127 TAAAAATAAATATATTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
** ** * ***** *** ** *
17217959 AGTTCA-TACAAGCTAATTCAAAATAAAATAAAACTAATTTGTTAATATTTCA-A-AA-TTTAAT
192 AAATCATTATGA-C-ATTTTGTTTTGTCATAAAAC-AA-TTGTTTCTA-TTCATACAAGCTT-AT
* ** * * * * * *
17218020 AAGT-GATTTAAAA-AATGAATTTGTTTATTGAATCAGTTCAA-ATAATTAT-GGT---CATGTC
251 ---TCGAATTAAAATAAT--ATTAATTTATT-AA-CATTTCAACA-AATAATAAGTAAAAATTTT
* * * * * * ** *
17218078 AACAAT-TATATATTT--TGAATCGTT---AT-GGCAT-TTTGTTTCGTCATATAAGA-AT-TGC
308 AAAAATAAATATGTTTACTAAATAGTTCAAATAGTCATGACTATTT-G--A-ATAA-ATATCT--
* * * * ** * * * * *
17218133 ATTTGAACA-T-TCA--AGC--TTATTCAG-AATAAAATAA-T-ATT-AATT--TAT-TAATCT-
366 ATTTCAA-ATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATATAAAAT-TA
* * ** * * ** * *
17218184 TTCAAAAGT-TAATAAGTAAGAGATTTA--AA-A----AATAAATCTATTTACCAA-ACTAGTTC
429 TTCGAAA-TAAAATAA-TACTA-ATTTATTAATATTCCAA-AAAT-TAATAAGTAAGA-GA-TTT
* * * * * * * * ** * * *
17218240 AAATAGTTAT-GACTAATTGAA-AAATTGTAA-ACTT-TAAATCATTAT-AACC
487 AAAAAATAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAATTATGACT-ATT-TGAA-C
** * * * * ** * * ** *
17218289 TTTTGGTCTGTCTT-AGAA-C--AATTA----TT-TTTAATCAT---ACAA--GTTTAT-TAGAA
1 AATT-ATCTAT-TTCA-AATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGTTCAT
** * * ** * * * * * *
17218339 ATAA-AATA--AC-ACTAATCTAATAAT-ATTCCA--AAAATTAATAACT-A-AG---AGA-ATT
63 ATAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATT-TATTAATATTAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
* * * * * * * * ** * *
17218391 AAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACTAGTTTAAATATTTAAAACTATATGAACAATTATCTATTTT
127 TAAAAATAAATATATTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * ** * * *
17218456 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAGTTTTGTTGAATTCATACTAGCTTTTTTGG
192 AAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTGT-TTCTATTCATACAAGC-TTATTCG
* * * * * * * *
17218521 AA-TAAAATAAAATAAATTTATTAATATTTTAA-AAAT--TAA-TAAGAGATATAAAAAATAATT
254 AATTAAAATAATATTAATTTATTAACATTTCAACAAATAATAAGTAA-AAATTTTAAAAATAAAT
* * * * * * * * ** *
17218581 TTGTTTACCTAACTAGTTCAAATAATTATGACTATCTGAATAATTATATATTTTAAATCATTATA
318 ATGTTTA-CTAAATAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAAATATCTATTTCAAATTGTTATG
* * * * * ** * * *
17218646 ACCTTTTGTTTTATCATAAAATAAATGTTTGTGTTCATATAAGTTTGTTCAAAATAAAGTAATAC
382 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATATAAAATTATTCGAAATAAAATAATAC
* * * *
17218711 TAATCTATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAATTATATTTA-TCAAAC
447 TAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA-TCTATTTACT-GAAC
* * *
17218771 TAGTTTCAAATAGTTATGAATATTT--AC
510 AAG-TTCAAATAATTATGACTATTTGAAC
* * * * * * * * * *
17218798 ATGATTATTTATTTTAAATCATTATGACTTTTTGTTCTGTTATAAAACAATAGTTTCTATTCATA
1 A--ATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGTTCATA
* * * * *
17218863 CAAGCTTA-TTCAAATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAAAT
64 TAAGCTTATTTCAAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATA--TTAAAAATTAATAAGTAAGAGA-
* * * * * * * * * *
17218927 TTTTAAAATAAATATGTTTACCAAACTAGATCAAATAATCATGACTATTTGAATAACTATCCATT
125 TTTAAAAATAAATATATTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
** * * * * * * * *
17218992 TCAAATTGTTTTAACCTTTTATTTTGTCATAAAAAAATTGTTTC-AGTTTATATAAGCTTATTCA
190 TCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCG
* * * * * *
17219056 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATAATTCAA-AAATTAATAA-TAAAAAGATTTAAAAAATGA
254 AATTAAAATAATATTAATTTATTAACATTTCAACAAA-TAATAAGT-AAAA-ATTTTAAAAATAA
* * * * * * * * * * * * * * *
17219119 ATCTATTTATTAAACAAATTTAAATAATTATGACTGTTTGAA-CATTAACTATTT-GAATAGGTA
316 ATATGTTTACTAAA-TAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAAATATCTATTTCAAATTGTTA
** * * * * * ** **
17219182 AAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAGATTTTTTTTTTGGTTCATCCAACCTTATTTCG-AATAAAAT
380 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA-ATTGTTTCT-ATTCATATAAAATTA-TTCGAAATAAAAT
* * *
17219246 AATACAAATTTATTAATATT--AAAGCAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAAATCTATTTA
442 AATACTAATTTATTAATATTCCAAA--AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATCTATTTA
* * * * *
17219309 -TCGAATAAATTCAAATCATTATGTCTATTTGAGC
504 CT-GAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAAC
* * * ** * * * * *
17219343 AATTATTTATTTCAACTTGTTATGATTTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTCTATTCATACA
1 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGTTCATATA
* * * * * *
17219408 AGTTTA-TTCAAATTAAAATAATATTAATTTATAAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTT
66 AGCTTATTTCAAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATA--TTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
* * * * * *
17219472 CAAAAAATAAATATATTTACTGAACAAGTTTAAATAATTATGAGTGTTTGAATAATTATCTATTT
128 --AAAAATAAATATATTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* * * * * * *
17219537 CAAATCATTATGACCTTTTCTTTTGTAAAAAAAACACTTGTTT-TAGTTCATATAAGCTTATTTG
191 CAAATCATTATGACATTTTGTTTTGT-CATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCG
* * * * * *
17219601 AAATAAGATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAAATCAATGAGTAATAGAA--TTAACAAA-A
254 AATTAAAATAATATTAATTTATTAACATTTCAACAAAT-AATAAGTAA-A-AATTTTAA-AAATA
** * * * * * * * * * ***
17219662 GAATACATTTATTGAATAAGTTGAAATAGTTATGATTATCTCAACAACTATCTATTTTCAAAACA
315 -AATATGTTTACTAAAT-AGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAAATATCTA-TTTCAAATTG
* * ** *
17219727 TTATGACC-TTTGTTTTGTCATAACAACAATTGGTTCTATTCATGTAAGTTTATTTTG-AATAAA
377 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA-AACAATTGTTTCTATTCATATAAAATTA-TTCGAAATAAA
* * ** *
17219790 ATAAT-TTAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAATTTTTAAAAAAATAAATATATT
440 ATAATACT-AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAAT-AATCTATT
* * * * * * *
17219854 TTCTGAGCACGTTCAAGTAGTTATGACTACTTGAAG
502 TACTGAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAAC
* * *
17219890 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAATCAATTGTTTCTATTCATAA
1 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAT-AATTGTTTTTGTTCATAT
* * * * *
17219954 AAGATT-TTTCAAAATGATATAATACTAATTTATTAAAATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATT
65 AAGCTTATTTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-T-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
* * * * *
17220018 TAAAAAGTAAATTTGTTTA-T---CAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATTTATTT
127 TAAAAA-TAAATATATTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* * ** * * ** *
17220079 C-AA--A-T-TG---TTATG-ATACTCACAAAACAATTGTATCTATTCATACAATTTTATTCAAA
191 CAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAA
* * ** ** * *
17220135 ATAAAATAATACTAATTTATTAGTA-TTCTAA-AAATTAATAAGTTTGAGATTTAAAAAATAAAT
256 TTAAAATAATATTAATTTATTAACATTTC-AACAAA-TAATAAG-TAAAAATTTTAAAAATAAAT
* * * * * * * ** *
17220198 CTATTTACCGAACA-AGATCAAATAGTCATGTCCATTTGAACT-ATTATCTATTTCAAATCATAA
318 ATGTTTA-CTAA-ATAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAA-TAAATATCTATTTCAAATTGTTA
* * * * * ** *
17220261 TGGCATTTTGTTTTGTCATTAAACAATTCTTTCTGTTCATGCAAAATTATTCAAAATAAAATAAT
380 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATATAAAATTATTCGAAATAAAATAAT
*** * *
17220326 ACTAATTTATTAATATTTTGATAATTAAT-A--AA-AGATTT-AAAAATGAAATCTATTTACCGA
445 ACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT--AATCTATTTACTGA
*
17220386 A-ATAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
508 ACA-AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAAC
* * * * * * * *
17220416 AATTATCTATCT-ATAATCTTTATCATC-TTT-ATTTGTCAAAAAACAATT-TTTTCTTTTCAT-
1 AATTATCTATTTCA-AATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTT-TGTTCATA
* ** * * *
17220476 TCATGCTTATTTGGATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTCAAAAATTAGTAAGTAAGAGATT
64 T-AAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATT
* * * ** * * * *
17220541 TAAAAAATAAATGTGTTTGCCGAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATATATTT
127 T-AAAAATAAATATATTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* * * * *
17220606 CAAATCATTTTAACCA-TTTGTTTAGTCATAAAGCAATTATTTC-AGTTCATACAAGCTTATTTC
191 CAAATCATTATGA-CATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTA-TTC
* * * * * * **
17220669 GAA-TAAAATAATATTAACTTATTAACATTTGAA-ATATTAATGAGCAAGAGATTAAAAAAAATA
253 GAATTAAAATAATATTAATTTATTAACATTTCAACA-AATAATAAGTAA-AAATT-TTAAAAATA
* * * * * * * *
17220732 AATTTGTTTACCAAACAACTTGAAATAGAT-TTGACTATTTGAATAATTATCTGTTT-AAAGTTG
315 AATATGTTTACTAAA-TAGTTCAAATAG-TCATGACTATTTGAATAAATATCTATTTCAAA-TTG
* * * * * *
17220795 TTATAACCTTTTGTTTTGTCGTAAATCAATTATTTCAATTCATA-AAAACTTA-TCTAAAATAAA
377 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATATAAAA-TTATTC-GAAATAAA
* * * * *
17220858 ATAATACTATTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAACTAAAGCTATTTT
440 ATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATCTA-TTT
* * * * ** * * *
17220923 TCTAAACTATTTCAAATGGTTAAGACTATTTAAAT
503 ACTGAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAAC
* * * * * * * *
17220958 AAATATCAATCTCAAATCGTTATGATC-TTTGTTTTCTCATAAAACAATTATTTTT-TATCATAC
1 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGT-TCATAT
* *
17221021 AAGCTTA-TTCGAATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAAA-T--TAA-TAAGAGATT
65 AAGCTTATTTCAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATA-T-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
* * * * * * * * * * *
17221081 TAAAAAATAAATGTGTTTGCCAGACCAGTTTAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTTTTT
127 T-AAAAATAAATATATTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* ** * ** * * * * *
17221146 CAAATCGGTT-TTTCCTTTTGTTAAGTCATATAATAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTTGA
191 CAAATC-ATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGA
* * * * * **
17221210 AATAAAATAATACTAATTTATTGACA-TTCAAAAAATTAATAAGTATAAGATTCGATAAAATAAA
255 ATTAAAATAATATTAATTTATTAACATTTCAACAAA-TAATAAGTA-AAAATTTTA-AAAATAAA
* * * * * * * * **
17221274 TTTGTTTATCGAACA-AGTTCAAATAGTTATGGCTATTTCAACAATTATCTATTTAAAATCATTA
317 TATGTTTA-CTAA-ATAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAAATATCTATTTCAAATTGTTA
* * * * * * * *
17221338 TAACCATTTATTTTGTCATACAACAATTGTTT-TAGTC-TACAAAAGCTTATCCAAAATAAAATA
380 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATATAAAA--TTATTCGAAATAAAATA
* * * * *
17221401 ATAGTATTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATAT-AAAAATAAAT-TAGTTTA-T
443 ATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATCTA-TTTACT
* * * *
17221463 CAA-ATCAGTTCAAATAATCT-TGGCTATTTAAAT
506 GAACA--AGTTCAAATAAT-TATGACTATTTGAAC
* * * * * * * * **** *
17221496 TACTATCTATTTTAAATAGTTATTAGCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTCCAACATACA
1 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGTTCATATA
* * *
17221561 AGCTTTTTTGAAATAAAATAATACTAATTTAATAAATATTTGAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTT
66 AGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTT-ATTAATA-TT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
* * *
17221622 AAAAAAGAAATCTATTTACTGAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
128 -AAAAATAAATATATTTACT-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
** ** * *
17221686 CAAATTGTTAT-A-ATCTTTGTCCTATCATAAAACAATTGTTTTTATTCATA
191 CAAATCATTATGACAT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATA
17221736 TAGTAATATT
Statistics
Matches: 8452, Mismatches: 2176, Indels: 1800
0.68 0.18 0.14
Matches are distributed among these distances:
485 2 0.00
486 6 0.00
487 16 0.00
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AATAAATATATTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
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ATAATATTAATTTATTAACATTTCAACAAATAATAAGTAAAAATTTTAAAAATAAATATGTTTAC
TAAATAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAAATATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGT
TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATATAAAATTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATT
AATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATA
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* * * * *
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* * * *
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* * * *
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* * *
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127 ATAAGAGATTTAAAAAGTAAATTTATTTGCCAATCCAGTTCAAATAGTTTTA
* * * * *
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* * * * * * * *
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* *** * * *
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* * * * * * * * *
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1 -ACTATAT-GAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTAT
* * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * * ** ** * *
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1 ACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT
* * * ** * * * * * *
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* * * * * * * * * * *
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* * * ** * * * *
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* * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * ** * * *
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* * * * * * ** * *
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* * * * ** * * * * * * **
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* * * * * * * * * *
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* ** ** * * * * ** *
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* * * * * * * * * * *
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* * * * * *
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* * ** * *
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*** * * * * * *
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* * * *
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* * * * * * ** * * * * *
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* * * * * * * * * * *
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* * * * * *
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*
17215358 GACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATC---AT----TTTTGTTTTATCATAAAACAA-TATT
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * **
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* * * * *
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* * * ** * *
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128 TAAGAGATTTAAAAAGTAAATTTATTTGCCAATCCAGTTCAAATAGTTTTA
* * * * * * * *
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1 ACTATATGAA-CAATTATCTATTTCAAATC-ATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTA-
* * * * * * * * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * *
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*
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* * *
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* * ** **
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** * *
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* * *
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ACAATTATTTCTATTCAGACAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTCTAAA
AATTAATAACTTAGAGATTTAAAAAATAGATAAAATCATTAGCTA
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* * * **
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* *
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* *
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* *** * *
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* * *
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* * *
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* * * * *** * * * *
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* * * * *
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* * *
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** * * * * *
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* * * * * * *
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* * *
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * *
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65 AGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACTAG-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA--A
* * * * * *
17218802 TTATTTATTTTAAATCATTATGACTTTTTGTTCTGTTATAAAACAA-TAGTTTCTA
127 TTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTA-TTTTTA
* ** *
17218857 TTCATACAAGCTTATTCA-AATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTA
1 TTCATACAAGCTTATT-AGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
* * ** * * * * * * *
17218921 AAAAATTTTTAAAATAAATATGTTTACCAAACTAGATCAAATAATCATGACTATTTGAATAACTA
65 AGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* ** * * * * * *
17218986 TCCATTTCAAATTGTTTTAACCTTTTATTTTGTCATAAAAAAATT-GTTTCA
130 TCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTA
* * *
17219037 GTTTATATAAGCTTATTCA-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATAATTCAAAAATTAATAA-T
1 -TTCATACAAGCTTATT-AGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
* * ** * * * * *
17219100 AAAAAGATTTAAAAAATGAATCTATTTATTAAACAAATTTAAATAATTATGACTGTTTGAAC-AT
64 -AAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
* * * ** * * * *
17219164 TAACTATTT-GAAT-AGGTAAAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAGATTTTTTTTTTGG
128 TATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA-ATTATTTTT-A
* * * *
17219219 TTCATCCAACCTTATTTCG-AATAAAATAATACAAATTTATTAATA-TT-AAAGCAATTAATAAG
1 TTCATACAAGCTTA-TTAGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA--AATTAATAAG
* * * * * * *
17219281 TAAAATATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAA-TAAATTCAAATCA-TTATGTCTATTTGAGCA
63 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACT-AGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACA
* * ** ** * *
17219344 ATTATTTATTTCAACTTGTTATGATTTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTCTA
126 ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTA
* * * * ** *
17219400 TTCATACAAGTTTATTCA-AATTAAAATAATATTAATTTATAAATATTTTGACAATTAATAAGTA
1 TTCATACAAGCTTATT-AGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
* * ** * * * * * *
17219464 AAAGATTTCAAAAAATAAATATATTTACTGAACAAGTTTAAATAATTATGAGTGTTTGAATAATT
65 AGAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
* * * * *
17219529 ATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTCTTTTGTAAAAAAAACACTT-GTTTTA
129 ATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT-CATAAAACAATTATTTTTA
* * * * *
17219582 GTTCATATAAGCTTATTTGAAATAAGATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAAATCAATGAGT
1 -TTCATACAAGCTTATTAGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGT
* * * *** * * * *
17219646 AATAGAATTAACAAAA-GAATAC-ATTTATTGAA-TAAGTTGAAATAGTTATGATTATCTCAACA
64 AAGAGATTTAA-AAAATAAAT-CTATTTACCAAACT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * ** *
17219708 ACTATCTATTTTCAAAACATTATGACC-TTTGTTTTGTCATAACAACAATTGGTTCTA
126 ATTATCTA-TTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA-AACAATTATTTTTA
** * * * *
17219765 TTCATGTAAGTTTATTTTG-AATAAAATAAT-TTAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGT
1 TTCATACAAGCTTA-TTAGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
* ** * * ** * * * *
17219828 AAAATTTTTAAAAAAATAAATATATTTTCTGAGC-ACGTTCAAGTAGTTATGACTACTTGAAGAA
64 AAGAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTACCAAACTA-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA
* * * *
17219892 TTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAATCAATTGTTTCTA
127 TTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTA
* * * * * *
17219947 TTCATAAAAGATTTTTCA-AAATGATATAATACTAATTTATTAA-AATTCTAAAAATTAATAAGT
1 TTCATACAAGCTTATT-AGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGT
* * * * * * *
17220010 AAAAGATTTAAAAAGTAAATTTGTTTATC--A--AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATT
64 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
* * * ** * * * *
17220071 ATTTATTTC-AA--A-T-TG---TTATG-ATACTCACAAAACAATTGTATCTA
129 ATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTA
** *
17220115 TTCATACAATTTTATTCA-AAATAAAATAATACTAATTTATTAGTA-TTCTAAAAATTAATAAGT
1 TTCATACAAGCTTATT-AGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGT
** * * * * * * *
17220178 TTGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGATCAAATAGTCATGTCCATTTGAACTATT
64 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
* * * * * * *
17220243 ATCTATTTCAAATCATAATGGCATTTTGTTTTGTCATTAAACAATTCTTTCTG
129 ATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTA
* ** ** *
17220296 TTCATGCAAAATTATTCA-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGATAATTAAT-A--A
1 TTCATACAAGCTTATT-AGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
17220357 A-AGATTT-AAAAATGAAATCTATTTACCGAAA-TAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
65 AGAGATTTAAAAAAT-AAATCTATTTACC-AAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
* * * * * * *
17220419 TATCTATCT-ATAATCTTTATCATC-TTT-ATTTGTCAAAAAACAATT-TTTTCTT
128 TATCTATTTCA-AATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTT-TA
* * * * * * *
17220471 TTCATTCATGCTTATTTGGATTAAAATAATACTAATTTAATAATA-TTCAAAAATTAGTAAGTAA
1 TTCATACAAGCTTATTAGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
* * * * * *
17220535 GAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCGAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTAT
66 GAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * * * * *
17220600 ATATTTCAAATCATTTTAACCATTTGTTTAGTCATAAAGCAATTA-TTTCA
131 CTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTA
* * * * * * * *
17220650 GTTCATACAAGCTTATTTCG-AATAAAATAATATTAACTTATTAACATTTGAAATATTAATGAGC
1 -TTCATACAAGCTTA-TTAGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
* * * * * * *
17220714 AAGAGATTAAAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAACTTGAAATAGATT-TGACTATTTGAATAA
64 AAGAGATT-TAAAAAATAAATCTATTTACCAAACTAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAA
* ** * * * **
17220778 TTATCTGTTT-AAAGTTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCGTAAATCAATTATTTCAA
127 TTATCTATTTCAAA-TCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTA
* * * *
17220833 TTCATAAAAACTTATCTA-AAATAAAATAATACTATTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCA
1 TTCATACAAGCTTAT-TAGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
* * * * * * * * * *
17220897 AGAGATTTAAAAACTAAAGCTATTTTTCTAAACTATTTCAAATGGTTAAGACTATTTAAATAAAT
65 AGAGATTTAAAAAATAAATCTA-TTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
* * * * *
17220962 ATCAATCTCAAATCGTTATGATC-TTTGTTTTCTCATAAAACAATTATTTTT-
129 ATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTA
* *
17221013 TATCATACAAGCTTATTCG-AATAAAAATAATACTAATTTAATAATA-TTCTAAAAA-T--TAA-
1 T-TCATACAAGCTTATTAGAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAG
* * * * * * * * *
17221072 TAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCAGACCAGTTTAAATAGTTAAGACTATTAGAATAAT
63 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
* * ** ** * * **
17221137 TATCTTTTTCAAATCGGTT-TTTCCTTTTGTTAAGTCATATAATAATTATTTCAA
128 TATCTATTTCAAATC-ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTA
* * *
17221191 TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTGACA-TTCAAAAAATTAATAAGTA
1 TTCATACAAGCTTATTAGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTA
* * * * * * * * *
17221255 TA-AGATTCGATAAAATAAATTTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGGCTATTTCAACAAT
65 -AGAGATT-TAAAAAATAAATCTATTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
* * * * * *
17221319 TATCTATTTAAAATCATTATAACCATTTATTTTGTCATACAACAATT-GTTTTA
128 TATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTA
* * * *
17221372 GTC-TACAAAAGCTTATCCA-AAATAAAATAATAGTATTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
1 TTCATAC--AAGCTTAT-TAGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
* * * * * * *
17221435 CAAGAGATAT-AAAAATAAAT-TAGTTTATCAAA-TCAGTTCAAATAATCT-TGGCTATTTAAAT
63 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA-TTTACCAAACT-AGTTCAAATAGT-TATGACTATTTGAAC
* * * * * * * *
17221496 TACTATCTATTTTAAAT-AGTTATTAGCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTCCA
125 AATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTT-TA
* * * * *
17221554 -ACATACAAGCTTTTTTGAAATAAAATAATACTAATTTAATAAATATTTGAAAAA-T--TAA-TA
1 TTCATACAAGCTTATTAGAAATAAAATAATACTAATTT-ATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
* ** * *
17221614 AGAGATTTAAAAAAGAAATCTATTTACTGAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
65 AGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
** * * ** * *
17221679 TCTATTTCAAATTGTTATAATC-TTTGTCCTATCATAAAACAATTGTTTTTA
130 TCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTA
17221730 TTCATA
1 TTCATA
17221736 TAGTAATATT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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170 1 0.00
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Consensus pattern (181 bp):
TTCATACAAGCTTATTAGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
GAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
CTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTA
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Alignment explanation
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Period size: 360 Copynumber: 2.3 Consensus size: 358
17218146 AGCTTATTCA
* * * *
17218156 GAATAAAATAATATTAATTTATTAATCTTTCAAAAGTTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
1 GAATAAAATAAAATAAATTTATTAATATTTCAAAA--TAATAAGTAAGAGATATAAAAAATAAAT
* *
17218221 CTATTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTAATTGAAAAATTGTAAACTTTAAATCATTATA
64 CTATTTACCAAACTAGTTCAAATAATTATGACTAATTGAAAAATTATAAACTTTAAATCATTATA
* * * * *
17218286 ACCTTTTGGTCTGTCTTAGAACAATTATTTTTAATCATACAAGTTTATT-AGAAATAAAATAACA
129 ACCTTTTGGTCTATCATAAAACAAATATTTGTAATCATACAAGTTTATTCA-AAATAAAATAACA
* *
17218350 CTAATCTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGAATTAAAAAATAAATT-TGTTTGCCAAA
193 CTAATCTAATAATATTCCAAAAA-T--TAA-TAAGAGAATTAAAAAAT-AATTATATTTACCAAA
*
17218414 CTAGTTT-AAATATTTA-AAACTATATGAACA-ATTATCTATTTTAAATCATTATGACCTTTTGT
253 CTAGTTTCAAATAGTTATAAA-TAT-T-AACAGATTATCTATTTTAAATCATTATGACCTTTTGT
*
17218476 TTTGTCATAAAATAAGTTTTGTTGAATTCATACTAGCTTTTTTG
315 TCTGTCATAAAATAAGTTTTGTTGAATTCATACTAGCTTTTTTG
* * * *
17218520 GAATAAAATAAAATAAATTTATTAATATTTTAAAA-ATTAA-TAAGAGATATAAAAAATAATTTT
1 GAATAAAATAAAATAAATTTATTAATATTTCAAAATAATAAGTAAGAGATATAAAAAATAAATCT
* * * * *
17218583 GTTTACCTAACTAGTTCAAATAATTATGACT-ATCTGAATAATTATATATTTTAAATCATTATAA
66 ATTTACCAAACTAGTTCAAATAATTATGACTAAT-TGAAAAATTATAAACTTTAAATCATTATAA
* * * * ** * * * *
17218647 CCTTTTGTTTTATCATAAAATAAATGTTTGTGTTCATATAAGTTTGTTCAAAATAAAGTAATACT
130 CCTTTTGGTCTATCATAAAACAAATATTTGTAATCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAACACT
* * * *
17218712 AATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAATTATATTTATCAAACTAGTTT
195 AATCTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGAGAATTAAAAAATAATTATATTTACCAAACTAGTTT
* * * * *
17218777 CAAATAGTTATGAATATTTACATGATTATTTATTTTAAATCATTATGACTTTTTGTTCTGTTATA
260 CAAATAGTTATAAATATTAACA-GATTATCTATTTTAAATCATTATGACCTTTTGTTCTGTCATA
* ** ** * * *
17218842 AAACAA-TAGT-TTCTATTCATACAAGC-TTATTC
324 AAATAAGTTTTGTTGAATTCATACTAGCTTTTTTG
* * * * * * * **
17218874 AAATTAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAAATTTTTAAAATAA
1 GAA-TAAAATAA-AATAAATTTATTAATA-TTTCA-AAATAATAAGTAAGAGATATAAAAAATAA
* * * * *
17218938 ATATGTTTACCAAACTAGATCAAATAATCATGACTATTTGAA
62 ATCTATTTACCAAACTAGTTCAAATAATTATGACTAATTGAA
17218980 TAACTATCCA
Statistics
Matches: 379, Mismatches: 67, Indels: 33
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
354 6 0.02
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358 6 0.02
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360 142 0.37
361 5 0.01
364 31 0.08
ACGTcount: A:0.44, C:0.09, G:0.07, T:0.40
Consensus pattern (358 bp):
GAATAAAATAAAATAAATTTATTAATATTTCAAAATAATAAGTAAGAGATATAAAAAATAAATCT
ATTTACCAAACTAGTTCAAATAATTATGACTAATTGAAAAATTATAAACTTTAAATCATTATAAC
CTTTTGGTCTATCATAAAACAAATATTTGTAATCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAACACTA
ATCTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGAGAATTAAAAAATAATTATATTTACCAAACTAGTTTC
AAATAGTTATAAATATTAACAGATTATCTATTTTAAATCATTATGACCTTTTGTTCTGTCATAAA
ATAAGTTTTGTTGAATTCATACTAGCTTTTTTG
Found at i:17219877 original size:183 final size:181
Alignment explanation
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Period size: 182 Copynumber: 19.9 Consensus size: 181
17218147 GCTTATTCAG
* * * *
17218157 AATAAAATAATATTAATTTATTAATCTT-TCAAAAGTTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAA
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAATAAA
* * ** * * * **
17218220 TCTATTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTAAT-TGAAAAATTGTAAACTTT-AAATCATT
65 TATATTTTCTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACT-ATCTGAACAATTATCTA-TTTCAAATCATT
* * * * * ** * * * *
17218283 ATAACCTTTTGGTCTGTCTTAGAACAATTATTTTTAATCATACAAGTTTATTAGA
128 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTATTCATATAAGTTTATT-TA
* * * * * * *
17218338 AATAAAATAACACTAATCTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGAATT-AAAAAATAAAT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAATAAAT
* * * ** * * * ** * *
17218402 TTGTTTGCCAAACTAGTTTAAATATTTAAAACTATATGAACAATTATCTATTTTAAATCATTATG
66 ATATTTTCTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATCTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * ** *
17218467 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAGTTTTGTTGAATTCATACT-AGCTTT-TTTGG
131 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA--TTGGTTCTATTCATA-TAAG-TTTATTT-A
* * * *
17218521 AATAAAATAA-AATAAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG----AGATAT-AAAAAATAAT
1 AATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAATAAA
* * * * * * * *
17218580 TTTGTTTACCT-AACTAGTTCAAATAATTATGACTATCTGAATAATTATATATTTTAAATCATTA
65 TATATTT-TCTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATCTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA
* * * * * * * * *
17218644 TAACCTTTTGTTTTATCATAAAATAAATGTTTGTGTTCATATAAGTTTGTTCAA
129 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTATTCATATAAGTTTATT-TA
* * *
17218698 AATAAAGTAATACTAATCTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAG----AGATTT-AAAAAATAAT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAATAAA
* * * * * *
17218757 TATATTTATC-AAACTAGTTTCAAATAGTTATGAATAT-T-TACATGATTATTTATTTTAAATCA
65 TATATTT-TCTGAACAAG-TTCAAATAGTTATGACTATCTGAACA--ATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * * *
17218819 TTATGACTTTTTGTTCTGTTATAAAACAATAGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA
126 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTATTCATATAAGTTTATTTA
* * * * **
17218875 AATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAAATTT-TTAAAATAAA
1 AA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAATAAA
* * ** * * * * * * * * ** *
17218939 TATGTTTACCAAACTAGATCAAATAATCATGACTATTTGAATAACTATCCATTTCAAATTGTTTT
65 TATATTTTCTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATCTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT
* * * * * * *
17219004 AACCTTTTATTTTGTCATAAAAAAATTGTTTC-AGTTTATATAAGCTTATTCAA
130 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTA-TTCATATAAGTTTATT-TA
*
17219057 AATAAAATAATACTAATTTATTAATAATTC-AAAAATTAATAA-TAAAAAGATTT-AAAAAATGA
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAAT-ATTCTAAAAATTAATAAGT-AAAAGATTTAAAAAAATAA
* * * * * * * * * *
17219119 ATCTATTTAT-TAAACAAATTTAAATAATTATGACTGTTTGAAC-ATTAACTATTT-GAAT-AGG
64 ATATATTT-TCTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATCTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-T
** * * ** * * ** ** *
17219180 TAAAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAGATTTTTTTTTTGGTTCATCCAACCTTATTTCG
127 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA-ATTGGTTCT-ATTCATATAAGTTTATTT-A
* *
17219238 AATAAAATAATACAAATTTATTAATA-T-TAAAGCAATTAATAAGTAAAATATTT-AAAAAATAA
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAA--AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAATAA
* * * * * * * * **
17219300 ATCTATTTATC-GAATAAATTCAAATCA-TTATGTCTATTTGAGCAATTATTTATTTCAACTTGT
64 ATATATTT-TCTGAACAAGTTCAAAT-AGTTATGACTATCTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
** * ** * *
17219363 TATGATTTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTCTATTCATACAAGTTTATTCA
127 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTATTCATATAAGTTTATTTA
* * * * * *
17219418 AATTAAAATAATATTAATTTATAAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTTCAAAAAATAAA
1 AA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAATAAA
* * * * * * *
17219483 TATATTTACTGAACAAGTTTAAATAATTATGAGTGTTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTAT
65 TATATTTTCTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATCTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT
* * * * * *
17219548 GACCTTTTCTTTTGTAAAAAAAACACTT-GTTTTAGTTCATATAAGCTTATTTGA
130 GACCTTTTGTTTTGT-CATAAAACAATTGGTTCTA-TTCATATAAGTTTATTT-A
* * * * * * * *
17219602 AATAAGATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATCAATGAGTAATAGAATTAACAAAA-GAAT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAATAAAT
* * * * * * *
17219666 ACATTTAT-TGAATAAGTTGAAATAGTTATGATTATCTCAACAACTATCTATTTTCAAAACATTA
66 ATATTT-TCTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATCTGAACAATTATCTA-TTTCAAATCATTA
* *
17219730 TGACC-TTTGTTTTGTCATAACAACAATTGGTTCTATTCATGTAAGTTTATTTTG
129 TGACCTTTTGTTTTGTCATAA-AACAATTGGTTCTATTCATATAAGTTTA-TTTA
* * **
17219784 AATAAAATAAT-TTAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAATTTTTAAAAAAATAAA
1 AATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAATAAA
* * * * *
17219848 TATATTTTCTGAGCACGTTCAAGTAGTTATGACTA-CTTGAAGAATTATCTATTTCAAATCGTTA
65 TATATTTTCTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATC-TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA
* * * *
17219912 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAATCAATTGTTTCTATTCATAAAAGATTT-TTCAA
129 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTATTCATATAAG-TTTATT-TA
* * * *
17219966 AATGATATAATACTAATTTATTAAAATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAAGTAAAT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAATAAAT
* * * * * *
17220030 -T-TGTT-T-ATCAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTC-AA--A-T-TG
66 ATATTTTCTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATCTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * ** * * * *
17220086 ---TTATG-ATACTCACAAAACAATT-GTATCTATTCATACAATTTTATTCAA
131 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGT-TCTATTCATATAAGTTTATT-TA
* ***
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1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAATAAAT
* * * * * * * * * *
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* * * ** * ** ** *
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* * *
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* * * * * *
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* * * * ** * * * *
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* * * *
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* * * * * * * *
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* * * * ** * * *
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* * * * * * * *
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1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAATAAA
* * * ** * * * * * **
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* * * ** * * ** *
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* * * *
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* * * * * * * * * * * *
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* * * * * * * **
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*
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1 AAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAATAAA
* * * * * * * * * *
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** ** * * ** * * *
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* * * * ** *
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1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAATAAAT
* * * * * *
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* * * * * * * * * **
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* * * * *
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1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAATAAA
* * * * * ** * *
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* * * * * * *
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* *
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* * * **
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* * * * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * * * **
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* * *
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* * * * * *
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**
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* * *
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* * * ** * * * * ** *
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* * * * ** * * *
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* * * ** * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * ** * *
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* * *
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* * * * ** * * * * *
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* * ** * *
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* *
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* * * * **
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* * * * * *
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* * *
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* ** * * * *
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* * * * * *
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* * *
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AAAAAAAAATAATTTC
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* * * * * * *
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*
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AAAAAAATATTTTCGAAGAAAAATTGAAAGTATCAATTTTCTTTGAAAATAAGTTTTC
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**
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*
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1 AGAAAAA
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*
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*
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*
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AGAAAAA
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* *
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*
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17229708 TGGTTAGTGT
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TGAGAAGCTTATGAACGATGACCAAGTGACAGATGATGAAATTTATTTTGAAATGGCTAGTAT
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*
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*
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**
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ATGAAAATCTTTGAATTTCAA
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17229996 TGCCATTATA
* * *
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* ** *
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66 CATGCAAAATTTTGGGTCACCTGGAAAGAAATTATGAACCTTTTGATGAAAATCTTTGAATTTCA
* * * *
17230136 AATGAGAATCTTTGAATTTCAAACAAAAATCTTAAAGTTTTAAGTTCCAAAGAAAAATCTTTAAT
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* * *
17230201 ATGTGAAACTCCAAGGTTTCTTGAATGCGAATCTTTAAACTCAAATGAAAATCTTTGAGTTTCAA
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260 ATG
* * * * *
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1 AGAATCTAGGTTATTGCATTTGCATCATTAAGAAGGCATGTGCATATTTGATCATGACATTCATT
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66 CATGCAAAATTTTGGGTCACCTGGAAA-GAAATTATGAACCTTTTGATGAAAATCTTTGAATTTC
** ** * * *
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130 AAATGAGAATCTTTGAATTTCAAA-AAAAAATCTTAAAGCTTTAAGTTCCAAAGAAAAATATTTA
***
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17230499 TGAGCTTGAA
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AGAATCTAGGTTATTGCATTTGCATCATTAAGAAGGCATGTGCATATTTGATCATGACATTCATT
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AATGAGAATCTTTGAATTTCAAAAAAAAATCTTAAAGCTTTAAGTTCCAAAGAAAAATATTTAAG
ATATGAAACTCCAAGGTTTATTGAATGAGAACTTTAAACTCAAATGAAAATCTTTGAGTTTCAAA
TG
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17230867 AGCAATTTAA
* * **
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* *
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1 TTTCTCAAAGTTGTTGAGCCTCTGTTTAGAGGAACTTTATTTATT
* * * * *
17230969 TTTCTGAAA-TTGTTGAGCCTTTGTTTAGAAGAGC--AATTTATT
1 TTTCTCAAAGTTGTTGAGCCTCTGTTTAGAGGAACTTTATTTATT
** * * * * *
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*
17231056 TTT-TCAAAGTTGTTGAGTCTCTGT
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** *
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* * *
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1 AGGAGCTAATTTATTTTTTC-AAAGTTGTTG-AGCCTTTGTTTAG
* * * * *
17230864 AGGAGC-AATTTA-ATTTCCAAAGTTGTTGTGCCTCTGTTTAA
1 AGGAGCTAATTTATTTTTTCAAAGTTGTTGAGCCTTTGTTTAG
* *
17230905 AGGAGTTTTATTTATTTATTTTTTCAAAGTTGTTGAGCCTCTGTTTAG
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* ** *
17230953 AGGAACTTTGTTTATTTTTCTGAAA-TTGTTGAGCCTTTGTTTAG
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* ** * *
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1 AGGAGCTAATTTATTTTTTCAAAGTTGTTGAGCCTTTGTTTAG
**
17231039 AGGAGCCTTTGTTTATTTTTTCAAAGTTGTTGAG
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17230909 GTTTTATTTA
* *
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* * **
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1 TTTATTTTT-TCAAAGTTGTTGAGCCTTTGTTTAGAGGAGCTTTG
** * *
17231005 TTTATTTTTTCAAAGTCATTGAGTCTTTGCTTAGAGGAGCCTTTG
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17231050 TTTATTTTTTCAAAGTTGTTGAG
1 TTTATTTTTTCAAAGTTGTTGAG
17231073 TCTCTGTCAT
Statistics
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17231298 TTTTTATTTTATATTT
1 TTTTTATTTTATATTT
*
17231314 TTTTTATTTTTTATTT
1 TTTTTATTTTATATTT
17231330 ATCATTTTTA
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Indices: 17231287--17231340 Score: 69
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17231277 GATTGTAGGG
17231287 ATTTTTATTCA-TTTTTATTTTAT-
1 ATTTTTATTCATTTTTTA-TTTATC
*
17231310 ATTTTT-TTTATTTTTTATTTATC
1 ATTTTTATTCATTTTTTATTTATC
17231333 ATTTTTAT
1 ATTTTTAT
17231341 GGTCTATCTA
Statistics
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ATTTTTATTCATTTTTTATTTATC
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Indices: 17232896--17233157 Score: 284
Period size: 58 Copynumber: 4.4 Consensus size: 58
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* *
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* *
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1 AGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCTTTGAAAATAAGTTTTCTAAAAAATATTTTCG
* **
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1 AGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCTTTGAAAATAAGTTTTCT--AA-AAAA----TATTTTCG
* * * * *
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Indices: 17232896--17233157 Score: 320
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17232886 TTCAAGAAAA
17232896 AGGAAAAGTTGAAAGTATCAATGTTT-TTTAAAAATAAGTTTTCTAAAAAATATTTTTGAGGAGA
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*
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* * *
17233012 AGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCTTTGAAAATAA-TTTTCTAAAACAAAAGGTTTTTTTTTT
1 AGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCTTTAAAAATAAGTTTTCT--AA-AAAA----TATTTTTG
* *
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17233133 A-GAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTC
1 AGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTC
17233158 CTTGTACAAA
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17235955 ATTTAGACAA
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17236001 CCAAACAAGT
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17233669 TATGACAGCG
* * * **
17233679 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGATCTTTCATTTTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * * *
17233744 CATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACAT
66 CATAAAATAATTATTTCTATTCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATAT
* * * ** * **
17233809 TCTAAAAATTAATAAGTTGAAGATTTAAAAAATTAACCA-GTCTACCGAACA
131 T-TAAAAATTAATAA-ATAAAAATTT-AAAAA-TAAATATGTTTACTAAACA
* * * * * ** * * *
17233860 AGTTCCAATTGTCATGTCCATTTGAACTGTTATCTATTTCAAACCATTATGACATTTTGTTTTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
** * * * * * *
17233925 GGTAAAACAATTGTTTCTATTTATACAAA-ATTATTT-ATAATAAAATAATACTAATTTATTACT
66 CATAAAATAATTATTTCTATTCATA-AAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATATTAATTTATTAAT
* * * *
17233988 ATTTCAAAAATTAAT--A-AGAGATTTAAAAACTAAATCTCTTTACTAAACCA
129 ATTT-AAAAATTAATAAATAAAAATTTAAAAA-TAAATATGTTTACTAAA-CA
* * * * * *
17234038 A-TTTAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATCTATCTT-AAATTGTTATGA-TTTTTGTTTTA
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * * * ** * *
17234100 TCCTAAAACATTTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAGTAAAATATTGCTAAGTTAATAATA
65 TCATAAAATAATTATTTCTATTCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATA
* ** * * * * * *
17234165 TTCTAAAAATTAATAAGTAAGGATTTAAAAAATAAATGTATTTATTGATCC
130 TT-TAAAAATTAATAAATAAAAATTT-AAAAATAAATATGTTTACTAAACA
* * * * * * * * *
17234216 AGTTTAAATAGATAAGA-TACTTAGAATAATTATCTATTTTAAATTGTTTTGACCTTTTGTTTAG
1 AGTTCAAATAGTTATGACTA-TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
* * * ** * * *
17234280 TCATAAAATAATTGTTTC-AGTTCATATATGAATATTCGAAATAAAATTATATTAATTTACTAAT
65 TCATAAAATAATTATTTCTA-TTCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAAT
* * * * * *
17234344 ATTCAAAAAATTAA-AAAGCAAGAAATTTAATAAAAAATAAATCTATTTACCAAATA
129 ATT-TAAAAATTAATAAA-TAA-AAA-TT--T-AAAAATAAATATGTTTACTAAACA
* * * ** * *
17234400 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATCTAAAATCACTATGACCTTTTTATTTTA
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC-TTTTGTTTTG
* * * * ** *
17234465 TAAAAAAAAACAATTATTT-TAGATCATAAAAGCTTA-TCCAAATAAAATAATATTACTTTATTA
65 T--CATAAAATAATTATTTCTA-TTCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTA
* * *
17234528 ATATTTGAAAAATTGATAAGTCAAAGATTTAAAACATAAAT-TAGTTTA-TCAAATCA
127 ATATTT-AAAAATTAATAAAT-AAAAATTTAAAA-ATAAATAT-GTTTACT-AAA-CA
* * * * * * * *
17234584 A-TTAAAACAATTATG-GTCATTTGAACATTTATCTTTTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTG
1 AGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
* * * ** * * *
17234647 TCATAAAACAGTTGCCTTTC-A-TCATACTAGCCTATTCGTAATAAAATAATATTAATTTATTAA
65 TCATAAAATAATT--ATTTCTATTCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAA
* * * * * *
17234710 TATTTCAAAAATTAATAATTAGGAGATTTAAAAAATAAGTCTGTTTACTGAACGA
128 TATTT-AAAAATTAATAAATA-AAAATTT-AAAAATAAATATGTTTACTAAAC-A
* * * * *
17234765 A-TTCAAATA-TTATGACTATTTG---TATT-TC-AATT----TC-TTATAACCTTTTGTTCTAT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * * * ** *
17234818 CATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGTTTATTTGGAATACAATAATACTAATGGAATAATAT
66 CATAAAATAATTATTTCTATTCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATAT
* * * *
17234883 TCTAAAAATTAATAACTAATAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCT--A-A
131 T-TAAAAATTAATAAATAA-AAATTT-AAAAATAAATATGTTTACTAAACA
* * * * * * * * * * *
17234931 AGTTCAAATAGTTAAGGCTATGTGAGCAATTCTTTATTTTAAATTGTTATGACATTTT-TTCTAT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
** * * ** * * *
17234995 CCCAAAATAATTTTTTCGATTTTTACTAA-CTTA-TTAAGAATAAAATTAA-ATAAATTTATTAA
66 CATAAAATAATTATTTCTATTCATA-AAAGCTTATTTGA-AATAAAA-TAATATTAATTTATTAA
* * ** * * * * *
17235057 TATTTCAAAAATTAATCAATAAGAGATACAATAAATAATTTTGTTTGCTAAGCT
128 TATTT-AAAAATTAATAAATAA-AAATTTAA-AAATAAATATGTTTACTAAACA
* * * * *
17235111 AGTTGAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATATATTTTAAATCGTTATGGCCTTTTGTTTTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * * *
17235176 AAAAAAAAAAAATGTTTTTATTCA-AATAAG--TATGTCTGAAATAAAATAATATTAATTTATTA
66 -CATAAAATAATTATTTCTATTCATAA-AAGCTTAT-T-TGAAATAAAATAATATTAATTTATTA
* * *
17235238 ATATTTTAAAAATTAAT-AA-GAGAATTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACCA
127 ATA-TTTAAAAATTAATAAATAAAAATTTAAAAATAAATATGTTTACTAAA-CA
* * * * * *
17235290 A-TTCAATTAGTTATAACTAATTGAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATGA-TTATTTGTTTTG
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCT-TTTGTTTTG
* * ** * *
17235353 TCATAAAATAATTATTTTTATTCATACAATTTTA-TTAAGAATAAATTAAT-TCTAATTTATTAA
65 TCATAAAATAATTATTTCTATTCATAAAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATAT-TAATTTATTAA
* * * * * * *
17235416 TATTCTAAAAATTAATAAGTAATAGATTTAAAAA-AAAGAATCTATTGCCTTAACT
128 TATT-TAAAAATTAATAAATAA-AAATTTAAAAATAAA-TATGT-TT-ACTAAACA
*
17235471 AGTGT-AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT-AACTATTTGTTTT
1 AGT-TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCT-TTTGTTTT
* * * ** * *
17235534 ATCACAGAACGATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAACATAAT-TCTAATTTATTAA
64 GTCATAAAATAATTATTTCTATTCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAT-TAATTTATTAA
* * * * * *
17235598 TATTTTAAAAATTAAT--A-AGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTCACTGAACA
128 TA-TTTAAAAATTAATAAATAAAAATTT-AAAAATAAATATGTTTACTAAACA
* * * * * **
17235648 AGTTCAAACAGTTATGATTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTAAAACC-TTTGTTTTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * *
17235712 CATAAAACAATT-TATTCTATTCATAGAAGCTTATTTCAAATAAAATAATA-CAATTTTGTTAAT
66 CATAAAATAATTAT-TTCTATTCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAA-TTTATTAAT
* * * * *
17235775 ATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAATAAATTTGTTTACCAAATA
129 ATT-TAAAAATTAATAAAT-AAAAATTTAAAAATAAATATGTTTACTAAACA
** * * * * * * *
17235827 AGTTTGAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTTAATTTGTTATGACTTTTTATTTTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * *
17235892 CATAAAGTAATTATTTTTGTTCATAAAAGCTTATTTGAATTAAAAAAATATTAATTTATTAATAT
66 CATAAAATAATTATTTCTATTCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATAT
* *
17235957 TTAGACAATTAATAAATAAAATATTTTAAAAATAAATATGTTTACCAAACA
131 TTA-AAAATTAATAAATAAAA-A-TTTAAAAATAAATATGTTTACTAAACA
* * * * * * * *
17236008 AGTTGAAATAGTTATAACTATTTGAATAACTATCTACTTCAAATCATTATGACATTGTGTTTTG-
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * * * *
17236072 CTATAAAATAATT-GTACCAGTTTATATAGGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
66 C-ATAAAATAATTATTTCTA-TTCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAAT
* * ** * * *
17236136 ATTTTGAAAATTAATGACCAAGAGATTTAAAAAATGAATCA-GTTTACTGAACA
129 A-TTTAAAAATTAATAAATAA-AAATTT-AAAAATAAAT-ATGTTTACTAAACA
* * * * *
17236189 AGTTCAAATAGTTATGATTATTCGGACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTAT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * *
17236254 CGTAAAATAATTATTTCTATTCA-AACAAACTTATTCT-AAATAAAATAATATAAATTTATTAAT
66 CATAAAATAATTATTTCTATTCATAA-AAGCTTATT-TGAAATAAAATAATATTAATTTATTAAT
** * * * * * *
17236317 ATTCCAAAATGTATTAAGTAGAAATTTAAAAATAAATTTGTTTTCTGAACA
129 ATTTAAAAAT-TAATAAATAAAAATTTAAAAATAAATATGTTTACTAAACA
* * * ** ** *
17236368 CGTTCAAAGAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATATTTATGACCTTTAATTTTAT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* ** * * * * *
17236433 TATAAAGCAATTGTTTCTTTTCAGACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATAT
66 CATAAAATAATTATTTCTATTCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATAT
17236498 TTAAGAAAT
131 TTAA-AAAT
17236507 AAATTTGTTT
Statistics
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Consensus pattern (178 bp):
AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
CATAAAATAATTATTTCTATTCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATAT
TTAAAAATTAATAAATAAAAATTTAAAAATAAATATGTTTACTAAACA
Found at i:17236475 original size:360 final size:356
Alignment explanation
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17233669 TATGACAGCG
* * * * ** *
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* * * ** * *
17233744 CATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACAT
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* * ** * ** * * *
17233809 TCTAAAAATTAATAAGTTGAAGATTTAAAAAATTAACCA-GTCTACCGAACAAGTTCCAATTGTC
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** * ** * * **
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** * *
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* * **
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* * * * * *
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* * * * * * * ** * *
17234102 CTAAAACATTTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAGTAAAATATTGCTAAGTTAATAATATT
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* * * * * * * * *
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* * * * ** * * *
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** * * ** * * * * *
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* * * *
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* * * ** *
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1 AGTT-AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCGTTATGACC-TTTTGTTTTA
* * * * * ** *
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* * *
17234528 ATATTTGAAAAATTGATAAGTCA-AAGATTTAAAACATAAAT-TAGTTTA-TCAAATCAA-TTAA
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* * ** * * *
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* * * * * *
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* ** * *
17234715 CAAAAATTAATAATTAGGAGATTTAAAAAAT-AAGTCTGTTTACTGAACGA
309 -AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATGAA-TCAGTTTACTAAAC-A
* * * *
17234765 A-TTCAAATA-TTATGACTATTTG---TATT-TC-A-ATT---TC-TTATAACCTTTTGTTCTAT
1 AGTT-AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTAT
* * ** * * * ** *
17234818 CATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGTTTATTTGGAATACAATAATACTAATGGAATAATAT
65 CATAAAATAATTATTTCTATTCA-AAAAACTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATAT
* * * *
17234883 TCTAAAAATTAATAACTA-ATAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCT--A-AAGTTCAAATAGTT
129 T-TTAAAATTAATAAGTAGA-A-ATTT-AAAAATAAATATGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTT
* * * * * * ** * * ** *
17234944 A-AGGCTATGTGAGCAATTCTTTATTTTAAATTGTTATGACATTT-TTTCTATCCCAAAATAATT
190 ATA-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTGTTT-TGTCATAAAACAATT
* *
17235007 TTTTCGATTTT--TACTAA-CTTATT-AAGAATAAAATTAA-A-TAAATTTATTAATATT-TCAA
253 GTTTC--TTTTCATAC-AAGCTTATTCGA-AATAAAA-TAATACT-AATTTATTAATATTCT-AA
* ** * ** * * *
17235065 AAATTAATCAA-TAAGAGATACAATAAAT-AATTTTGTTTGCTAAGCT
311 AAATTAAT-AAGTAAAAGATTTAAAAAATGAA-TCAGTTTACTAAACA
* * * *
17235111 AGTTGAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATATATTTTAAATCGTTATGGCCTTTTGTTTTGT
1 AGTT-AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTAT
* * * * * * * *
17235176 AAAAAAAAAAAATGTTTTTATTCAAATAA-GTATGTCTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAAT
65 -CATAAAATAATTATTTCTATTCAAAAAACTTAT-T-TGAAATAAAATAATATTAATTTATTAAT
* *
17235240 ATTTTAAAAATTAATAAG-AG-AATTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACCAA-TTCAATTAGTT
127 ATTTT-AAAATTAATAAGTAGAAATTTAAAAATAAATATGTTTACTAAA-CAAGTTCAAATAGTT
* * ** *
17235302 ATAACTAATTGAACAATTATTTATTTCAAAT-AGTTATGATTATTTGTTTTGTCATAAAATAATT
190 ATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGA-CCTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
* ** * * *
17235366 ATTT-TTATTCATACAATTTTATT-AAGAATAAATTAATTCTAATTTATTAATATTCTAAAAATT
253 GTTTCTT-TTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATT
* * ** * *
17235429 AATAAGTAATAGATTTAAAAAAAAGAATCTA-TTGCCTTAACT
316 AATAAGTAAAAGATTT-AAAAAATGAATC-AGTTTACTAAACA
* *
17235471 AGTGTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT-AACTATTTGTTTTA
1 AGT-TAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCGTTATGACCT-TTTGTTTTA
* * ** * * *
17235535 TCACAGAACGATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAACATAAT-TCTAATTTATTAAT
64 TCATAAAATAATTATTTCTATTCA-AAAAACTTATTTGAAATAAAATAATAT-TAATTTATTAAT
* * * * *
17235599 ATTTTAAAAATTAATAAG-AG--ATTTAAAAAATGAATCTGTTCACTGAACAAGTTCAAACAGTT
127 ATTTT-AAAATTAATAAGTAGAAATTT-AAAAATAAATATGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTT
* * * * **
17235661 ATGATTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTAAAACCTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-T
190 ATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT
* * * *
17235725 ATTCTATTCATAGAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATAC-AATTTTGTTAATATTCCAAAAATTA
255 -TTCTTTTCATACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACTAA-TTTATTAATATTCTAAAAATTA
* * ** * *
17235788 ATAAGTAAAAAATTT-AAAAATAAATTTGTTTACCAAATA
317 ATAAGTAAAAGATTTAAAAAATGAATCAGTTTACTAAACA
* * * * * * * *
17235827 AGTTTGAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTTAATTTGTTATGACTTTTTATTTTGT
1 AG-TTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTAT
* * * * * *
17235892 CATAAAGTAATTATTTTTGTTCATAAAAGCTTATTTGAATTAAAAAAATATTAATTTATTAATA-
65 CATAAAATAATTATTTCTATTCA-AAAAACTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATAT
* * * *
17235956 TTTAGACAATTAATAAATAAAATATTTTAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTGAAATAGTT
129 TTTA-A-AATTAATAAGTAGAA-A-TTTAAAAATAAATATGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTT
* * * * *
17236021 ATAACTATTTGAATAACTATCTACTTCAAATCATTATGACATTGTGTTTTG-CTATAAAATAATT
190 ATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTT-TGTTTTGTC-ATAAAACAATT
** * * * * * *
17236085 GTACCAGTTT-ATATAGGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTA
253 GTTTC-TTTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTA
* ** * *
17236149 ATGACCAAGAGATTTAAAAAATGAATCAGTTTACTGAACA
317 ATAAGTAAAAGATTTAAAAAATGAATCAGTTTACTAAACA
* * * *
17236189 AGTTCAAATAGTTATGATTATTCGGACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTAT
1 AGTT-AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTAT
* *
17236254 CGTAAAATAATTATTTCTATTCAAACAAACTTATTCT-AAATAAAATAATATAAATTTATTAATA
65 CATAAAATAATTATTTCTATTCAAA-AAACTTATT-TGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATA
** * * * * * *
17236318 TTCCAAAATGTATTAAGTAGAAATTTAAAAATAAATTTGTTTTCTGAACACGTTCAAAGAGTTAT
128 TTTTAAAAT-TAATAAGTAGAAATTTAAAAATAAATATGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTAT
* * * * * *
17236383 GACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAAT-ATTTATGACCTTTAATTTTATTATAAAGCAATTGT
192 AACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTT-GTTTTGTCATAAAACAATTGT
* *
17236447 TTCTTTTCAGACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATT-TAAGAAAT
255 TTCTTTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAA-AAAT
17236507 AAATTTGTTT
Statistics
Matches: 1910, Mismatches: 421, Indels: 275
0.73 0.16 0.11
Matches are distributed among these distances:
345 4 0.00
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369 6 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (356 bp):
AGTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATC
ATAAAATAATTATTTCTATTCAAAAAACTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTT
TAAAATTAATAAGTAGAAATTTAAAAATAAATATGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATAACT
ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTTT
TCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAA
AGATTTAAAAAATGAATCAGTTTACTAAACA
Found at i:17236632 original size:157 final size:157
Alignment explanation
Indices: 17236340--17236657 Score: 397
Period size: 157 Copynumber: 2.0 Consensus size: 157
17236330 TTAAGTAGAA
* * * *
17236340 ATTTAAAAATAAATTTGTTTTCTGAACACGTTCAAAGAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
1 ATTTAAAAATAAATTTGTTTACCGAACACGCTAAAAGAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * *
17236405 TTTAAATATTTATGACCTTTAATTTTATTATAAAGCAATTGTTTCTTTTCAGACAAGCTTATTCG
66 TTCAAATAGTTATGACCTTTAATTTTATCATAAAACAATTGTTTCTGTTCAGACAAGCTTATTCA
*
17236470 AAATAAAATAATATTAA-TTTATTAAT
131 AAATAAAATAATACTAATTTTATTAAT
* * * * * *
17236496 ATTTAAGAAATAAATTTGTTTACCGAGCATGCTAAAATAGTTATGACTGTTTGAATAATTATTTA
1 ATTTAA-AAATAAATTTGTTTACCGAACACGCTAAAAGAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* ** * * *
17236561 TTTCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATA-TAGTTTTATT
65 TTTCAAATAGTTATGACCTTTAATTTTATCATAAAACAATTGTTTCTGTTCAGACAAG-CTTATT
17236625 CAAAATAAAATAATACTAATTTTATTAAT
129 CAAAATAAAATAATACTAATTTTATTAAT
17236654 ATTT
1 ATTT
17236658 TGAAAATTAA
Statistics
Matches: 136, Mismatches: 23, Indels: 4
0.83 0.14 0.02
Matches are distributed among these distances:
156 8 0.06
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* * * * * *
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** ** * * * * ** * * **
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* *
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* * * * * * *
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* ** * * ** *
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* * ** *
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* * *
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* * ** * * * * * *
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* * **
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* * * ** * *
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* * * **
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* * ** ** * ** * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * *
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256 ACT-AGCTCAAATAGTTAAAACTATTA-GAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTATT
* * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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** * * * * *
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* * * *
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** *
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* * ** *
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* * * * * * *
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* * * * * ** *
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* * * ** *
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* * *
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* * * * * *
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** * * * *
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* * *
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* ** *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * *
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*
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1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * *
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* * * * *
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* * ** *
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* * * *
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* * *
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* * *
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383 ACATTC-AAAAATTAATAAGAAAGAGATTT-AAAAAATAAATTTATTTACCGAACAAGTTCAAAT
* *
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446 AGTTAT-ACTATTTGAACAATTTC-TATTTAAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA
* * *
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509 ATTATTTTAGTT-AATAAAAGCTTATACGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA
* * * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* *
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* * *
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* ** * ** * * * *
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* * ** * * * * ** *
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* *
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** * * * * * * ** *
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* * ** * * * *
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* * * * * ** *
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* * * * ** * * * *
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* * * * *
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* * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * * * * * * **
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* * *
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* * * ** * *
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* ** ** * * * *
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* * * * ** * ** * *
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* * * **
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* * * * * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* ** * ** * * *
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* * * * *
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** * * ** * * * * * * *
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* *** * *
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* * * *** * *
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* * * * ** * * *
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* * * *
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* * * * * * *
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* * * * ** *
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* *
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G
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* *
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**
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* *
17241221 ATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAACAATAATAATTTATTAATATT
128 ATAAAACAAATGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAACAATAATAATCTATTAATATT
* * *
17241286 CTAAAAATTAATAAGTAAGTGATTTAAAAAGTGAATCTATTTACCAAATCAATTCAAATAAGCAT
193 CTAAAAACTAATAAG-AAG-GATTTAAAAAATGAATCTAATTACCAAATCAATTCAAATAAGCAT
* * * * *
17241351 GGTAATTTTAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAACATTTGTTTTGTCATAAAATAATTATT
256 GCTAATTTTAACAATTATCTATTTCAAACCGTTATGAACATTTGTTCTATCATAAAACAATTATT
*
17241416 TTTCATCACACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATGTTTCAAAAATTAATAA
321 TCTCATCACACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATGTTTCAAAAATTAATAA
17241481 GAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTTCTAACAAAATG
386 GAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTTCTAACAAAATG
*
17241518 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-AGATTT-AAAAA-AAAT-T-TTACCT-AACCAATT
1 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTACCTAAACAAATT
* * * * * *
17241577 CAAATAATTATGATTATTTTAATAATTATTTATTTTAAATCGTTATGACCTTTTATTTTGTCATA
66 CAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATATATTTAAAATCGTTACGACCTTTTATTTTGTCATA
* *** * * * * * ** * * *
17241642 AAATAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTTGGAATAAAGTAATACTAATCTATTAATATTTTG
131 AAACAAATGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAACAATAATAATCTATTAATATTCTA
* * * * *
17241707 AAAACTAATAAG-A-GATTTAAAAAAT-ATATCTAATTATCAAATTAGTTCAAAT-TGTTATGAC
196 AAAACTAATAAGAAGGATTTAAAAAATGA-ATCTAATTACCAAATCAATTCAAATAAG-CATG-C
* * * *
17241768 T-A-TTTAACCAATTATTTATTTCAAACCGTTATG-ACTTTTTGTTCTATTATAAAACAATTGTT
258 TAATTTTAA-CAATTATCTATTTCAAACCGTTATGAAC-ATTTGTTCTATCATAAAACAATTATT
** * *
17241830 TCTGTTCATACAAGCTTATTCGAATTAAAATAATACTAATTTATTAAT
321 TCTCATCACACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
17241878 ATTTTGACAA
Statistics
Matches: 305, Mismatches: 50, Indels: 23
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
413 9 0.03
414 122 0.40
415 1 0.00
416 1 0.00
418 124 0.41
419 4 0.01
420 1 0.00
421 4 0.01
422 5 0.02
423 5 0.02
427 29 0.10
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.07, T:0.41
Consensus pattern (422 bp):
AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTACCTAAACAAATT
CAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATATATTTAAAATCGTTACGACCTTTTATTTTGTCATA
AAACAAATGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAACAATAATAATCTATTAATATTCTA
AAAACTAATAAGAAGGATTTAAAAAATGAATCTAATTACCAAATCAATTCAAATAAGCATGCTAA
TTTTAACAATTATCTATTTCAAACCGTTATGAACATTTGTTCTATCATAAAACAATTATTTCTCA
TCACACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATGTTTCAAAAATTAATAAGAGAT
TTAAAAAAATAAATTTGTTTTCTAACAAAATG
Found at i:17241982 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 17241575--17243468 Score: 1426
Period size: 181 Copynumber: 10.5 Consensus size: 180
17241565 ACCTAACCAA
* * * *
17241575 TTCAAATAATTATGATTATTTTAATAATTATTTATTTTAAATCGTTATGACCTTTTATTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTTAAATCGTTATGACTTTTTATTTTGTCA
* * * * * * * * *
17241640 TAAAATAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTTGGAATAAAGTAATACTAATCTATTAATATTT
66 TAAAACAATTGTTTCTGTTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * * * ** *
17241705 TG-AAA--ACTAATAAGAGATTTAAAAAATATATCTAATTATCAAATTAG
131 TGAAAATTAATAATAAAAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACTAG
* * * * * * * *
17241752 TTCAAATTGTTATGACTATTT-AACCAATTATTTATTTCAAACCGTTATGACTTTTTGTTCTATT
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-TAATTATTTATTTTAAATCGTTATGACTTTTTATTTTGTC
* *
17241816 ATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGAATTAAAATAATACTAATTTATTAATATT
65 ATAAAACAATTGTTTCTGTTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * ** * *
17241881 TTGACAATTAGTAATAAAAAATGCAAAAAATAAATATGTTTATCTAACTAG
130 TTGAAAATTAATAATAAAAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACTAG
* * * * * * *
17241932 ATCAATTAGTCATGACTATTTGAATAATTATTTATTTTAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTTAAATCGTTATGACTTTTTATTTTGTCA
* * * * * * *
17241997 TAAAAGAATTGTTTCAGTTCATATAAGTTTATTCAAAATAAAAAAAATACCAATTTATCAATATT
66 TAAAACAATTGTTTCTGTTCATATAAGCTTATTCGAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * *
17242062 TTGAAAATTAATAATTAAAAGATTTAAAAAAATGAATTTGTTTAT-AGGA-TAAG
130 TTGAAAATTAATAA-TAAAAAATTT-AAAAAATAAATCTGTTTATCA-AACT-AG
* * ** * ** * * **
17242115 TTTAAATAATTATGA-TAATTTGAGCAATTATTTATTTGAAATCACTATAAAC-TTTTGTTTCAT
1 TTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAATAATTATTTATTTTAAATCGTTAT-GACTTTTTATTTTGT
* * * * *
17242178 CATAAAATAATTTTTTTTGGTTCATATAGGCTTATTTTG-AATAAAATAATA-TAAATTTATTAA
64 CATAAAACAATTGTTTCT-GTTCATATAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAA
*** * * * **
17242241 TATCAAGACAATTAAATAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTATTGAACTAG
126 TATTTTGAAAATT-AATAATAAAAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACTAG
* * * *
17242297 TTCAAATTGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAAT-TTTATGACTTTTTATTTTATCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTTAAATCGTTATGACTTTTTATTTTGTCA
* * * * * * *
17242361 TAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGGTTATTTGGATTAAAATAATATTAATTTATTAATTTTT
66 TAAAACAATTGTTTCTGTTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * * * *
17242426 TGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAA-AACATATGTTTACCAAACAAG
131 TGAAAATTAATAA-TAAAAAATTTAAAAAATAA-ATCTGTTTATCAAACTAG
* * * * ** * * *
17242477 TTAAAATGGTTATGACAATTTGAATAACTAACTATTTCAAATCATTATGA-TCTTTTATTTTGTA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTTAAATCGTTATGACT-TTTTATTTTGTC
* *
17242541 ATAAAACAATTGTTT-TAGTTCAAATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
65 ATAAAACAATTGTTTCT-GTTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
*** * * * * *
17242605 TCCAAAAATTAATGAGTAAGAGAA-TTAAAAAATAAATCTATTTACCAATC-ATG
129 TTTGAAAATTAAT-AATAA-AAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACTA-G
** * * * * * * * *
17242658 TTCAAATAGCAATGACTATCTAAACAATTATCTATTTTAAAACATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTTAAATCGTTATGACTTTTTATTTTGTCA
* * * ** * * **
17242723 CAAAATAATTGTTTTTGTTCATGCAAGCTTATTTTG-AATAAAATAACAAAAATTTATTAATATT
66 TAAAACAATTGTTTCTGTTCATATAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * * *
17242787 CTAAAAAGTAATCAAT-AAAAATTTTAAAAATAAATCTGTTT-TCTTGACACT--
130 TTGAAAATTAAT-AATAAAAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC---AAACTAG
* * * * * **
17242838 TTCAAATAGTTATAACGATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACAATTTATTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTTAAATCGTTATGACTTTTTATTTTGTCA
* * * * * *
17242903 TAAACCAATTGTTTCTGTTCATAAAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAAATT
66 TAAAACAATTGTTTCTGTTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * * * ** *
17242968 TAAAAATTAATATGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-CCGAGTGAG
131 TGAAAATTAATA-ATAAAAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACT-AG
*
17243019 TTCAAATAGTTATGATTATTTGAATAATTATTTATTTTAAATCGTTATGA-TATTTTATTTTGTC
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTTAAATCGTTATGACT-TTTTATTTTGTC
** * * * *
17243083 ATAAAACAATTGCCTCTATTCATACAAACTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATT
65 ATAAAACAATTGTTTCTGTTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* *** * * * * *
17243148 CT-AAAAGTTAATAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAAT-TTTTTCACCAAACAAA
130 TTGAAAA-TTAATAA-TAAAAAATTTAAAAAATAAATCTGTTT-ATCAAACTAG
* * * * * * *
17243200 TTAAAATAGTCATGTCCATTTGAATTATTCTTTATTTTAAATCGTTATGACTTTTT-TGTTG---
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTTAAATCGTTATGACTTTTTATTTTGTCA
* ** * *
17243261 TAAAACAATTGTTTCTATTCATATAAAATTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTT
66 TAAAACAATTGTTTCTGTTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * * * * * * *
17243326 T-AAAA--ATTAATAAGAAATTTAAAAACTAAATCTTTTTTTGAATC-AA
131 TGAAAATTAATAATAAAAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACTAG
* * * * * * * *
17243372 TTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTTAAATCATTAT-AATTTTTGTTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTTAAATCGTTATGACTTTTTATTTTGTCA
* * * * *
17243436 TAAAATAATTGTTTTTATTCATACAAGATTATT
66 TAAAACAATTGTTTCTGTTCATATAAGCTTATT
17243469 TGGAGACAAA
Statistics
Matches: 1375, Mismatches: 285, Indels: 116
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
171 6 0.00
172 43 0.03
173 20 0.01
174 9 0.01
175 29 0.02
176 2 0.00
177 171 0.12
178 4 0.00
179 17 0.01
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184 22 0.02
185 2 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTTAAATCGTTATGACTTTTTATTTTGTCA
TAAAACAATTGTTTCTGTTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
TGAAAATTAATAATAAAAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACTAG
Found at i:17242639 original size:361 final size:355
Alignment explanation
Indices: 17241575--17243472 Score: 1587
Period size: 361 Copynumber: 5.3 Consensus size: 355
17241565 ACCTAACCAA
* * * *
17241575 TTCAAATAATTATGATTATTTTAATAATTATTTATTTTAAATCGTTATGACCTTTTATTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTTAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCA
* * * * * * *
17241640 TAAAATAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTTGGAATAAAGTAATACTAATCTATTAATATTT
66 TAAAATAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * * ** * ** * *
17241705 TG-AAA--ACTAATAAGAGATTTAAAAAATATATCTAATTATCAAATTAGTTCAAATTGTTATGA
131 TGAAAATTAATAATAAAAGATTTAAAAAA-AAATCTGTTTACCAAACAAGTTAAAATAGTTATGA
* * * *
17241767 CTATTT-AACCAATTATTTATTTCAAACCGTTATGACTTTTTGTTCTATTATAAAACAATTGTTT
195 CAATTTGAA-CAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACTTTTT-TT-TGTCATAAAACAATTGTTT
* * * * * *
17241831 CTGTTCATACAAGCTTATTCGAATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGACAATTAGTAAT
257 CTGTTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAGT
* *
17241896 AAAAAATGCAAAAAATAAATATGTTTATCT-AA-CTAG
321 AAAAAAT-TAAAAAATAAATTTGTTTAT-TGAATC-AG
* * * * *
17241932 ATCAATTAGTCATGACTATTTGAATAATTATTTATTTTAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTTAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCA
* * * * *** * * *
17241997 TAAAAGAATTGTTTCAGTTCATATAAGTTTATTCAAAATAAAAAAAATACCAATTTATCAATATT
66 TAAAATAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGGAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * * * *
17242062 TTGAAAATTAATAATTAAAAGATTTAAAAAAATGAATTTGTTTA-TAGGATAAGTTTAAATAATT
130 TTGAAAATTAATAA-TAAAAGATTTAAAAAAA--AATCTGTTTACCA-AACAAGTTAAAATAGTT
* * * ** * ** * *
17242126 ATGATAATTTGAGCAATTATTTATTTGAAATCACTATAAACTTTTGTTTCATCATAAAATAATTT
191 ATGACAATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTAT-GACTTTT-TTTTGTCATAAAACAATTG
* * * *
17242191 TTTTTGGTTCATATAGGCTTATTTTG-AATAAAATAATA-TAAATTTATTAATA-TCAAGACAAT
254 TTTCT-GTTCATATAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTAA-A-AAT
17242253 TAAATAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTATTGAA-CTAG
314 T-AATAGTAAAAAA-TTAAAAAATAAATTTGTTTATTGAATC-AG
* * * * *
17242297 TTCAAATTGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAAT-TTTATGACTTTTTATTTTATCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTTAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCA
* * * * *
17242361 TAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGGTTATTTGGATTAAAATAATATTAATTTATTAATTTTT
66 TAAAATAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * *
17242426 TGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAAACATATGTTTACCAAACAAGTTAAAATGGTTATG
131 TGAAAATTAATAA-TAAAAGATTTAAAAAAAA-ATCTGTTTACCAAACAAGTTAAAATAGTTATG
* * ** * *
17242491 ACAATTTGAATAACTAACTATTTCAAATCATTATGATCTTTTATTTTGTAATAAAACAATTGTTT
194 ACAATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGA-CTTTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * *
17242556 -TAGTTCAAATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGA
257 CT-GTTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAAT-A
* * * **
17242620 GTAAGAGAATTAAAAAATAAATCTATTTA-CCAATCATG
319 GTAA-AAAATTAAAAAATAAATTTGTTTATTGAATCA-G
** * * * * * *
17242658 TTCAAATAGCAATGACTATCTAAACAATTATCTATTTTAAAACATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTTAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCA
* * * * * ** *
17242723 CAAAATAATTGTTTTTGTTCATGCAAGCTTATTTTGAATAAAATAACAAAAATTTATTAATATTC
66 TAAAATAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * * * *** ** * *
17242788 TAAAAAGTAATCAATAAAA-ATTTTAAAAATAAATCTGTTTTCTTGACACTTTCAAATAGTTATA
131 TGAAAATTAAT-AATAAAAGA-TTTAAAAAAAAATCTGTTTACCAAACAAGTTAAAATAGTTATG
* * * *
17242852 ACGATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACAATTTATTTTGTCATAAACCAATTGTTT
194 ACAATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGAC--TTTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * *
17242917 CTGTTCATAAAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAAATTTAAAAATTAATATG
257 CTGTTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATT-AATATTTAAAAATTAATA-G
* ** * *
17242982 TAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAGTGAG
320 TAAAA-AATTAAAAAATAAATTTGTTTATTGAATCAG
* * **
17243019 TTCAAATAGTTATGATTATTTGAATAATTATTTATTTTAAATCGTTATGATATTTTATTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTTAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCA
* ** * * * * * *
17243084 TAAAACAATTGCCTCTATTCATACAAACTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTC
66 TAAAATAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
*** * * *
17243149 T-AAAAGTTAATAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAAT-TTTTTCACCAAACAAATTAAAATAGTCA
131 TGAAAA-TTAATAA-TAAAAGATTTAAAAAA-AAATCTGTTT-ACCAAACAAGTTAAAATAGTTA
* * ** * *
17243212 TGTCCATTTGAATTATTCTTTATTTTAAATCGTTATGACTTTTTTGTTG---TAAAACAATTGTT
192 TGACAATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTT-TTGTCATAAAACAATTGTT
* ** * *
17243274 TCTATTCATATAAAATTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATA-
256 TCTGTTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAG
* * * *
17243338 -AGAAATTTAAAAACTAAATCTT-TTT-TTGAATCAA
320 TAAAAAATTAAAAAATAAAT-TTGTTTATTGAATCAG
* * * * * ** *
17243372 TTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTTAAATCATTAT-AATTTTTGTTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTTAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCA
* * *
17243436 TAAAATAATTGTTTTTATTCATACAAGATTATTTGGA
66 TAAAATAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGGA
17243473 GACAAATATT
Statistics
Matches: 1241, Mismatches: 252, Indels: 101
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
352 42 0.03
353 45 0.04
354 17 0.01
355 5 0.00
357 90 0.07
358 90 0.07
359 3 0.00
360 24 0.02
361 378 0.30
362 252 0.20
363 119 0.10
364 100 0.08
365 75 0.06
366 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (355 bp):
TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTTAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCA
TAAAATAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
TGAAAATTAATAATAAAAGATTTAAAAAAAAATCTGTTTACCAAACAAGTTAAAATAGTTATGAC
AATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGT
TCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAGTAAAAA
ATTAAAAAATAAATTTGTTTATTGAATCAG
Found at i:17243620 original size:7 final size:7
Alignment explanation
Indices: 17243609--17243964 Score: 149
Period size: 7 Copynumber: 50.9 Consensus size: 7
17243599 CTGAAACCTT
17243609 TAAACCC
1 TAAACCC
*
17243616 CAAACCC
1 TAAACCC
17243623 TAAACCC
1 TAAACCC
17243630 TAAACCC
1 TAAACCC
*
17243637 TAAACCT
1 TAAACCC
*
17243644 TAAACAC
1 TAAACCC
* *
17243651 TGAACCT
1 TAAACCC
*
17243658 TCAACCC
1 TAAACCC
*
17243665 TGAACCC
1 TAAACCC
17243672 T-AACCC
1 TAAACCC
*
17243678 TGAACCC
1 TAAACCC
**
17243685 TGCA-CC
1 TAAACCC
* *
17243691 TGACCCC
1 TAAACCC
*
17243698 TGAACCC
1 TAAACCC
*
17243705 TAACCCC
1 TAAACCC
*
17243712 TAACCCC
1 TAAACCC
*
17243719 TAAACCT
1 TAAACCC
17243726 TAAACCC
1 TAAACCC
* *
17243733 CAGACCC
1 TAAACCC
***
17243740 CGCACCC
1 TAAACCC
17243747 TAAACCCC
1 TAAA-CCC
*
17243755 ATAACCCC
1 -TAAACCC
**
17243763 TAAAACTT
1 T-AAACCC
17243771 TAAA-CC
1 TAAACCC
17243777 TCAAA-CC
1 T-AAACCC
*
17243784 TCAAA-TC
1 T-AAACCC
17243791 TAAAACCC
1 T-AAACCC
17243799 TAAACCC
1 TAAACCC
*
17243806 GAAACCC
1 TAAACCC
*
17243813 --AAGCC
1 TAAACCC
* *
17243818 TCGAGCCC
1 T-AAACCC
17243826 TAAACCC
1 TAAACCC
**
17243833 TAAACTT
1 TAAACCC
*
17243840 TCAACCC
1 TAAACCC
*
17243847 TTAACCC
1 TAAACCC
*
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1 TAAACCC
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* *
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*
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Done.