Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019168396.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_612, whole genome shotgun sequence
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Indices: 1--1001 Score: 847
Period size: 181 Copynumber: 5.6 Consensus size: 180
* * ** * * * *
1 AAATAGACAATTGTTCAAATAGTTGTAACTATTTGAATTTGTTTGGTAAACTA-ATTTATTTTTT
1 AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATGGTTCGATAAAC-AGATTTA-TTTTT
* * * * *
65 TAAA-CTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCT
64 TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TCTGAATAAGAT
* *
129 TTTATGA-ACTGAAACAATTGTTTTAT-ATCAAAACAAAAGGTTATAATGATTTT
128 TGTATGATA-TGAAACAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAGGTTATAATGATTTG
* * * * *
182 AAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATCACTATTTGAATTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTC
1 AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATGGTTCGATAAACAGATTTATTTTTT-
* * * * * * *
247 AAATCTTTTCCTTATTAATTTTTCAAATGTTAATAAATTTGGATTATTTTATCCGAATAAGATTG
65 AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATCTGAATAAGATTG
* * * * * * * * *
312 TAAGATATGAAACAAATATTTTCTAACTAGACAAAAGGTCA-AATGATTTA
130 TATGATATGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTG
* * ** * *
362 AAATATATAATTATTCTAATAGTTTTTAAACTATTT-AAACTGGTTCGACAAACATATTTATTTT
1 AAATAGATAATTATTCAAATAG-TCAT-AACTATTTGAAA-TGGTTCGATAAACAGATTTATTTT
* * * **
426 TTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAAATATTATTAAATTAGTAGTAATTTTTACCAAAATAA
63 TTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTAGTA-TTA-TTTTATCTGAATAA
* * * *
491 G-CTCTATGATCAT-AAATAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCT-TAATGATTTG
125 GATTGTATGAT-ATGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT-TATAATGATTTG
* * * * * * * *
545 AGATTGATAACTACTCAAATAGTTATAATTATTTGAACTGGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTA
1 AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATGGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTA
*
610 AATATCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-G-A-TATTATT-T-TGAATAAGCA-T
66 AATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT-TTATCTGAATAAG-ATT
* * *
669 GTATGAT-TAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
129 GTATGATAT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTG
** ** * * * * **
721 AAATAGATAATCGTTCATGTAGTC-TTACTATTTAAAAGGGTTCGACAATTAGATTTATTTTTTA
1 AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATGGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTA
* * * * * * * * *
785 ATTTTCTTAGTTATTAAGTGTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAAATAG
66 AATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TCTGAATAAGATTG
* * * ** *
850 TATGA-ATAGAACCAATTGTTTGATGACAAAATAAAAGGTTATAACAAATTG
130 TATGATAT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTG
* *
901 AAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAAATGGTTTCG-TAAACAGTTTTATTTTTT
1 AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATGG-TTCGATAAACAGATTTATTTTTT
*
965 AAATCTCTTACTAATTAATTTTCT-AAATATTAATAAA
65 AAATCTCTTACTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAA
1002 AGGTTAGAAT
Statistics
Matches: 649, Mismatches: 138, Indels: 66
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
173 1 0.00
174 6 0.01
175 94 0.14
176 34 0.05
177 3 0.00
178 5 0.01
179 3 0.00
180 118 0.18
181 221 0.34
182 102 0.16
183 48 0.07
184 14 0.02
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATGGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTA
AATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATCTGAATAAGATTGT
ATGATATGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTG
Found at i:921 original size:356 final size:357
Alignment explanation
Indices: 54--1001 Score: 949
Period size: 356 Copynumber: 2.6 Consensus size: 357
44 TGGTAAACTA
* * **
54 ATTTATTTTTTTAAA-CTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATT
1 ATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATT
* * *
118 TTGGATAAGCTTTTATGAACT-GAAACAATTGTTTTAT-ATCAAAACAAAAGGTTATAATGATTT
65 CTGAATAAGC-TCTATGAA-TAG-AACAATTGTTTTATGA-CAAAA-AAAAGGTTATAATGATTT
* * * * * *
181 TAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATCACTATTTGAATTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTT
125 GAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATGGTTCGATAAACAGATTTATTTTTT
* * *
246 CAAATCTTTTCCTTATTAATTTTTCAAATGTTAATAAATTTGGATTATTTTATCCGAATAAGATT
190 -AAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTTGGATTATTTTATCCGAATAAGATT
* * * * * *
311 GTAAGATATGAAACAAATATTTTCTAACTAGACAAAAGGTCAAATGATTTAAAATATATAATTAT
253 GTAAGATATAAAACAAATATTTTATAACAAAACAAAAGGTCAAATGATTTAAAATAGATAATCAT
* ** *
376 TCTAATAGTTTTTAAACTATTTAAACTGGTTCGACAAACAT
318 TCTAATAGTTCTT-AACTATTTAAAAGGGTTCGACAAACAG
*
417 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAAATATTATTAAATTAGTAGTAATTTT-T
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGG-AATATTATTAAATTAGTA-TTATTTTAT
* ** * * *
481 ACCAAAATAAGCTCTATGATCATA-AATAATTGTTTTATGACAAAACAAAGATCT-TAATGATTT
64 -TCTGAATAAGCTCTATGA--ATAGAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAGGT-TATAATGATTT
* * * * * * * *
544 GAGATTGATAACTACTCAAATAGTTATAATTATTTGAACTGGTTCGATAAATAGATTTATTTTTT
125 GAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATGGTTCGATAAACAGATTTATTTTTT
* *
609 AAATATCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TT-GA-TATTATT-T-TGAATAAGCA-
190 AAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTTGGATTATT-TTATCCGAATAAG-AT
* * * *
668 TGTATGAT-TAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAAT
252 TGTAAGATAT-AAAACAAATATTTTATAACAAAACAAAAGGTCA-AATGATTTAAAATAGATAAT
* * **
732 CGTTC-ATGTAG-TCTT-ACTATTTAAAAGGGTTCGACAATTAG
315 CATTCTA-ATAGTTCTTAACTATTTAAAAGGGTTCGACAAACAG
* * * * *
773 ATTTATTTTTTAATTTTCTTAGTTATTAAGTGTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTC
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTC
** * * ** *
838 TGAATAAAATAGTATGAATAGAACCAATTGTTTGATGACAAAATAAAAGGTTATAACAAATTGAA
66 TGAATAAGCT-CTATGAATAGAA-CAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGGTTATAATGATTTGAA
* *
903 ATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAAATGGTTTCG-TAAACAGTTTTATTTTTTAA
128 ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATGG-TTCGATAAACAGATTTATTTTTTAA
*
967 ATCTCTTACTAATTAATTTTCTAAATATTAATAAA
192 ATCTCTTACTTATTAATTTT-TAAATATTAATAAA
1002 AGGTTAGAAT
Statistics
Matches: 481, Mismatches: 82, Indels: 51
0.78 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
353 3 0.01
354 15 0.03
355 42 0.09
356 146 0.30
357 6 0.01
358 45 0.09
359 30 0.06
360 4 0.01
361 2 0.00
362 41 0.09
363 90 0.19
364 42 0.09
365 14 0.03
366 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (357 bp):
ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTC
TGAATAAGCTCTATGAATAGAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAGGTTATAATGATTTGAAATA
GATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATGGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCT
CTTACTTATTAATTTTTAAATATTAATAAATTTGGATTATTTTATCCGAATAAGATTGTAAGATA
TAAAACAAATATTTTATAACAAAACAAAAGGTCAAATGATTTAAAATAGATAATCATTCTAATAG
TTCTTAACTATTTAAAAGGGTTCGACAAACAG
Found at i:2133 original size:181 final size:180
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Indices: 1535--6445 Score: 2238
Period size: 180 Copynumber: 27.0 Consensus size: 180
1525 TTTCAAAGCT
* * * * * *
1535 CTTATTAATTTTTAGAATATTATTAATTTAGCAATATTTTACTTC-GAATAAGTTTGTATGAACA
1 CTTATTAATTTTTA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTGAATAAGCTTGTATGAATA
* * * * *
1599 GAAGCAATTGTTTTATTACAAAAC-AAAGATCATAATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAG
64 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
* * * * * * *
1663 TCATAAGTATTTGAA-TTGGTTTGATAAACAGATTTAATTCTTGAATC---T-
129 TCATAACTATTTGAACTT-GTTCGATAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTA
* **
1711 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTTAATAATTTTGTATGAATAG
1 CTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAG
** * * ** *
1776 AAACAATCATTTTATGAC-ACACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAACAATTCAAATAGA
65 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
* ** * * ***
1840 CATAATTATTTGAACTT-TTAC-AGTAGGTAGATTTGTTTTTTAAATCTCCAA
130 CATAACTATTTGAACTTGTT-CGA-TAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTA
* * **
1891 CTTCTTAA-TTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTGC-AAATAAAATTGTATGAATA
1 CTTATTAATTTTTA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-CTGAATAAGCTTGTATGAATA
* * * * **
1954 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCAAAATGATTTGAAATAAATAATTATTCGAAGGG
64 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
* * * *
2019 TCATAACTATTCGAACTTGCTCAATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTA
129 TCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTA
* *
2071 CTTATTATTTTTTGAAAT-TTCAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTTTATGAATA
1 CTTATTAATTTTT-AAATATT-AATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATA
* * ** * *
2135 GAGACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAG
64 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
* * *
2200 TTATAACTATTTGAA-TGTGTTCAAAAAATATATTTATTTTTTAAAT-TTTTA
129 TCATAACTATTTGAACT-TGTTCGATAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTA
* *
2251 CTTATTAATTTTTTAAATATAAATAAATTTA-TATTATTTTATTC-GAAATAAGCTTGCATGAAT
1 CTTATTAA-TTTTTAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCTG-AATAAGCTTGTATGAAT
* * * * * * *
2314 AGAACCAACTATTTTATGACAAAATAAAAAGTCATAATGTTTTGAAATAGATAATTATTCAGATA
63 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* * * * * * *
2379 G-CATAACTATTTAAACATGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAATTCTCTTA
128 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTA
* * *
2431 CTCATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAAATAAGCTTATATGAACT
1 CTTATTAATTTTTA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAATAAGCTTGTATGAA-T
* * * * *
2495 A-AAACAATTGTTTTATTACAAAAAAAAAAGGTCACATTGATTTGAAATA-ATTAATTACTCAAA
63 AGAAACAATTGTTTTATGAC-AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGA-TAATTATTCAAA
* * * *
2558 TAATTATGACCATTTGAACTTGTTCGATAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTA
126 TAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTA
** * * *
2613 CTTATT-ATTTGCCAAAATATTAATAAATTAATATTTTTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAATA
1 CTTATTAATTT--TTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATA
* ** * * *
2677 GAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTAGAAATAAATAATTGTTCAAATAG
64 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
** * * * * *
2742 TCATAAAGATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTGTCAAATCTTTTA
129 TCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTA
* **
2794 CTTATTAATTGTCTT-AATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTATGAATA
1 CTTATTAATT-T-TTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATA
* ** * ** *** * * *
2858 GAAAAAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAAGTTGTAGCAATTTCAAATAGATAATTGTTTAAA
64 G---AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAA
* * * * * *
2923 TAGTCATAA-TAATTTAAATTTATTC-ATTAAACATATTCATTTTTT-AATCTCTTA
126 TAGTCATAACT-ATTTGAACTTGTTCGA-TAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTA
* * * * *
2977 ATTATTAATTTTTAGAATATTGATAACTTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAATCA
1 CTTATTAATTTTTA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAAT-A
** * * *
3042 -AAATGATTTTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAACGATTTG-AATAGATAATTATTCAAATAG
64 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
* * * * ** *
3105 TCATGACTATTTGATCTAGTTTGATAAGCATATTTATGTTTTAAA-CATTTTA
129 TCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATATATTTATTTTTTAAATC-TTTTA
* * * * * *
3157 CTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAGTGTTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATGAACAA
1 CTTATTAATT-TTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAG
* * * * ** * * * **
3222 AAACTATTGCTTTATAATAGGACAAAAAGTCATAA-CACTTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAG
65 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
* * * * * ** ** *
3286 TTATAACTATTTGAA-TTGGTTTGATAAATATTAATAAATTAGT-GCTATTTTA
129 TCATAACTATTTGAACTT-GTTCGATAAATA-TATTTATTTTTTAAATCTTTTA
*** * * * * ** * *
3338 -TT-TTGAACAAACTT--ATATTAACAAA-CAATATTGTTTTATTACAAAATAAAAACTAATAAT
1 CTTATT--A-ATTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-CTGAAT--AAGCT--T--G
* * * * ** ** * * *
3398 TATTTGAAATAG--ATAATTGTTTAAATAGA-TATA-ATTATTTGA-ACT-AGTTCAGTAAATA-
56 TA--TG-AATAGAAACAATTGTTT-TAT-GACAAAACAAAAGGTCATAATGA-TT-TG-AAATAG
* * * * * *
3456 A-AATTATTTTCTAAAT-CTCTTATAA-AATTTTCAA-ATATT-AATAAAT-TAGTTTTACTTTA
113 ATAATTA--TTC-AAATAGTC--ATAACTA-TTTGAACTTGTTCGATAAATATA--TTTA-TTT-
*
3515 TTTCAAATAAGCTTCGATGA
168 TTT-AAAT---CTT---TTA
* * * ** * * ** * *** *
3535 GCTAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAA-AAGGTCAG-AACAATTTAAAATAAATAA--TTGT-
1 -CT-TATTAA-T-TTTTA--A-ATATTAATAA-ATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTA
* * * ** ** ** ** ** * *
3595 TCATATAGTCTTAACTATTTGAATTGGTT-TGGTAAATGGATTTATTTTTTATATCTATTAGTTA
58 TGA-ATAG---AAAC-AATTG--TT--TTATGACAAA-ACA-AAAGGTCATA-AT-GATT--TGA
*** * ** * * *
3659 TTAATTTTTAGAATATTACTAAATTAGT-ATTATTTTATTCTAAATAAGCTGGTATGGATAGAA-
108 --AATAGATA-ATTATT-C-AAA-TAGTCA-TA-ACTATT-T---GAA-CTTGT-TCGATA-AAT
* * * ** ***
3722 ACAATTGTTTTATTATAAAATAACA
158 ATATTTATTTT-TTA-AATCTTTTA
* * * * * ** *
3747 TGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA-TAGTCA-TA-ACTATT-TG---AA-CTGGT
1 -CTTATTA-ATTTTTAAATA-TTAA----T-AAATTAGT-ATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGT
* * * * * ** * * * ** *
3804 TTG-GT--AAACAAATTTATTTTTTGA-AAAATAATTGCTTTATGATAGATAAAAGGTAATA-AT
57 ATGAATAGAAAC-AA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAG-GTCATAAT-GAT---TTGAAATAGAT
* * * ** * * * * * *
3864 AATTTGAAAT-AAATAGTTGGTCA-AATGGCCATAATT--ATTTGAACTTATTCAGTAAACTAAT
115 AA-TT--ATTCAAATA----GTCATAA----C-TATTTGAACTTGTTC-GA-TAAATATATTTAT
* *
3925 TTATTTTTTAAATCTCTCA
166 TT----TTTAAATCTTTTA
* ** * * * * * *
3944 ATTATTAACTTTCGAAATAATAATAAAGTAGTATTTATTTTCTTTTGAATAAGCTTTTTTGAACT
1 CTTATTAA-TTTTTAAATATTAATAAATTAGTA-TTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAA-T
* * * * * *
4009 A-AAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGGTCTTAATAATTTTAAATCGATAATTGTTCAAATA
63 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* * * * ** *
4073 GTCATAACTCTTTGAACTTGTTCGGTAAACACATTTATCTTTTCCAATCTCTTA
128 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATATATTTAT-TTTTTAAATCTTTTA
* * * * *
4127 CTTATTAATTTTTGGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCGTGTATGAATTG
1 CTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAG
* * * * * * *
4192 AAACAATTATTATATGACTAAACAAAAGGTTAGAACT-ATTTGAAATAAATAATTATTCTAATAG
65 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
* * * * * * *
4256 TCCTAACTATTTGAACTGGTTTGACAAATACATTTATTTTTTAAATCCTTCA
129 TCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTA
* ** * **
4308 C-TA--AGTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TGTCCAAATAAGCTTGTATG-ATCA
1 CTTATTAATTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TCTGAATAAGCTTGTATGAAT-A
** * ** * * * * *
4368 GAAATGATTGCTTTATGAGGAAAC-AAAGATCATAATGATTTGAGATTGATATTTATTCCAATAG
64 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
* * * * * * * * *
4432 TCCTAATTATTTAAACTAGTTTAGA-AAACA-ACTTTA-GTTTTAAATCTCTTG
129 TCATAACTATTTGAACTTG-TTCGATAAATATA-TTTATTTTTTAAATCTTTTA
* * * * *
4483 TTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTGTTATTTTATTTCT-AATAAGTTTTTATGAA-A
1 CTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTGAATAAGCTTGTATGAATA
* * * *
4546 TGAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGATCATAATGACTTT-AAATAGATAATTATCCAAAT
64 -GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
* * * * * *
4610 AGTC-TAATCTATTTGAACATATTTGATAAATAGATTTATATTTTTTAAATATTTTG
127 AGTCATAA-CTATTTGAACTTGTTCGATAAATATA-TT-TATTTTTTAAATCTTTTA
* * * * *
4666 CTCATTAATTTTTTAAATGTTAATAAACTACTATTATTTTATTCTGAA-AAGATTGTATGAACT-
1 CTTATTAA-TTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAA-TA
* ** *
4729 GAAATAATTGTTTTATGACTAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAGTAGATAATTATT-ATAAT
64 GAAACAATTGTTTTATGAC-AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCA-AAT
* * * * * * * * *
4793 AGTCTTAACTATTTAAACTAGTT-TAGCAAACACATTTATTTTTCAAAGC---T-
127 AGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA-TAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTA
* * * ** *
4843 CTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAAAAG
1 CTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAG
* * * * * * * *
4908 AAATAATTGTTTTATAACAAAATAAATA--TGATAACGATTTTAGATAGATAATTATTC-AATAA
65 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
* * * *
4970 TAATAACTATTT-AAGC-TGTTTC-AGTAAACAAATTTAGTTTTTAAATC---T-
129 TCATAACTATTTGAA-CTTG-TTCGA-TAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTA
* * * ** *
5018 CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTGGTGTTATTTTATTTTGAATAATTTTGCATGAATAG
1 CTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAG
* * * *
5083 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGA
65 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG-
* * * * * *
5148 T-ATGACTATTTGAACTTGTTC-AGTACACAAATTTATTTTTAAAATCTCTTA
129 TCATAACTATTTGAACTTGTTCGA-TAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTA
* * * *
5199 CATATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAACTTGCATGAATAG
1 CTTATTAATTTTTA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAG
* * * * *
5264 AAACAACTGTTTTATGATAAAAC-AAAGGATCATAACT-ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAACC
65 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG-TCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAA-T
* * * *
5327 AG-CATAATTATTTAAACTTGCTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTA
127 AGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTA
* * * * *
5380 CATATTAATTTTTGAAATA-TAATAAACTAGTAATA-TTTATTTTGAATATGC-TGTATGAATAG
1 CTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAG
* * * * * *
5442 AAAACAATTGGTTTATGATAAAACAAAATGTCAT-ATTATTTGAGATAGATAATTATTCAGATAG
65 -AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
* * * *
5506 TCATAACTATTTGAAC-TGTTTGGTAAATAAATTTATTTTTTTAAATCTCTTA
129 TCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATATATTTA-TTTTTTAAATCTTTTA
* ** * * * *
5558 CTCATTAACTTTTGGAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATT-TCAAATAAGCCTATATGAACT
1 CTTATTAA-TTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAATAAGCTTGTATGAA-T
* * * * * ** *
5622 -GATATAATTG-TTTATGACGAAATAAAAGATCATAACAATTTGAAAATAGATAATTATTTAAAT
63 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG-AAATAGATAATTATTCAAAT
* * * * ** * *
5685 AGTTATGACTATTTAAACTTTTTTAATAAACATATTTA-TTTTTAAATCTGTTA
127 AGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTA
* * * * *
5738 CTTATTAATTGTCAAATGTTAATAAATTAATATTATTTTAATTC-GAATAAGCTTGTATGAACA-
1 CTTATTAATTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAG
* * * * * *
5801 AAGACAATTTTTTTATGACAAAATCAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAATATTTATTTAAATA
65 AA-ACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* * * * * * * *
5866 GTCACAACTGTTTGAATTTATTTGGTAAATGTAGTTATTTTTTAAATC-TTTA
128 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTA
* ** * * * *
5918 TTTATTAATTGCATGAATATTAAT-AATTTGTATTATTTTAAT-TGAAATAAGGTTGTATGAATA
1 CTTATTAATT-TTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTG-AATAAGCTTGTATGAATA
* * * * * *
5981 GAAAAAATT-ATTTATGACAAAACAAAAGTTTAT-A-GCATTTGAAATAGGTAATTATTCAACTA
64 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG-ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* * * * *
6043 ATCGTAACTATTTGAACTT-TTCGAT-AATAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTA
128 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTA
* ** ** *
6094 CTTA-TAATTTTTGAAATATT-ATGAATTAG-ATTATGCTATTCCAAATAAGCTTGCATGAATAG
1 CTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAG
* * * * *
6156 AAACAATTGTCTTGTGACAAAACAAAATGT--TAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
65 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
* * * * ** * * *
6219 TATAACTATTTGCAC-TGGTCAAGCCAATAGATTCATTTTTTAAAT-TCGTTA
130 CATAACTATTTGAACTTGTTCGA-TAAATATATTTATTTTTTAAATCT-TTTA
* * * * * *
6270 CTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAACTAGCATTATTTTATTC-CAATAAAAC-TATATCAATA
1 CTTATTAATTTTTA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAAT-AAGCTTGTATGAATA
* * *
6333 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATTG
64 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
* * * * * *
6398 TTATAACTATTTGAAGTAGTTTGGTAAATATATTTATATTTTAAATCT
129 TCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATATATTTATTTTTTAAATCT
6446 CTTAATGTTA
Statistics
Matches: 3565, Mismatches: 857, Indels: 621
0.71 0.17 0.12
Matches are distributed among these distances:
173 2 0.00
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220 3 0.00
221 3 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
CTTATTAATTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGA
AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC
ATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTA
Found at i:3415 original size:17 final size:18
Alignment explanation
Indices: 3392--3440 Score: 66
Period size: 17 Copynumber: 2.8 Consensus size: 18
3382 AATAAAAACT
3392 AATAATTATTTGAAATAG
1 AATAATTATTTGAAATAG
*
3410 -ATAATTGTTT-AAATAG
1 AATAATTATTTGAAATAG
3426 ATATAATTATTTGAA
1 A-ATAATTATTTGAA
3441 CTAGTTCAGT
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 2, Indels: 5
0.79 0.06 0.15
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.23
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18 9 0.35
19 2 0.08
ACGTcount: A:0.47, C:0.00, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (18 bp):
AATAATTATTTGAAATAG
Found at i:3616 original size:177 final size:180
Alignment explanation
Indices: 3399--3823 Score: 450
Period size: 181 Copynumber: 2.4 Consensus size: 180
3389 ACTAATAATT
* * * * * ** *
3399 ATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGAT-ATAATTATTTGAACTAGTTCAGTAAATAAAATTAT
1 ATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAATAAATTTAT
* *
3463 TTTCTAAATCTCTTA-TA-AAATTTTCA-AATATTAATAAATTAGTTTTACTTTATT-TCAAATA
65 TTTCTAAATCTATTAGTATAAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGTATTACTTTATTCT-AAATA
* *
3524 AGCTTCG-ATGAGCTA-AAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAGAACA
129 AGC-TCGTATG-GATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAGAACA
* * * **
3576 ATTTAAAATAAATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAATTGGTTTGGTAAATGGATTTATT
1 ATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAATAAATTTATT
* * * * * *
3641 TTTTATATCTATTAGTTATTAATTTTTAGAATATTACTAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAA
66 TTCTAAATCTATTAG-TATAAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGTATTACTTTATTCTAAATAA
* * * * * * * *
3706 GCTGGTATGGATAGAAACAATTGTTTTATTATAAAATAACATGTTATAACA
130 GCTCGTATGGATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAGAACA
* * *
3757 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAAATTTATT
1 ATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAATAAATTTATT
3822 TT
66 TT
3824 TTGAAAAATA
Statistics
Matches: 201, Mismatches: 39, Indels: 12
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
176 1 0.00
177 61 0.30
179 2 0.01
180 12 0.06
181 124 0.62
182 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.07, G:0.11, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
ATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAATAAATTTATT
TTCTAAATCTATTAGTATAAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGTATTACTTTATTCTAAATAAG
CTCGTATGGATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAGAACA
Found at i:4269 original size:472 final size:466
Alignment explanation
Indices: 3391--4297 Score: 1090
Period size: 472 Copynumber: 1.9 Consensus size: 466
3381 AAATAAAAAC
* * * * *
3391 TAATAATTATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGATATAATTATTTGAACTAGTTCAGTAAATA
1 TAATAATAATTTGAAATAAATAATTGGTCAAATAGACATAATTATTTGAACTAGTTCAGTAAATA
* * * *
3456 AAATTATTTTCTAAATCTCTTATAAAATTTTCAAATATTAATAAATTAGTTTTACTTTATTTCAA
66 AAATTATTTTCTAAATCTCTAATAAAACTTTCAAATAATAATAAAGTAGTTTTACTTTATTTCAA
* * *
3521 ATAAGCTTCGATGAGCTAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAGAACAATTTAAAATA
131 ATAAGCTTCGATGAACTAAAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGGTCAGAACAATTTAAAATA
* * * *** *
3586 AATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAATTGGTTTGGTAAATGGATTTATTTTTTATATCT
196 AATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCGGTAAACACATTTATTTTTCATATCT
* * *
3651 ATTAGTTATTAATTTTTAGAATATTACTAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTGGTATGG
261 ATTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTGGTATGA
* * * * * * *
3716 ATAGAAACAATTGTTTTATTATAAAATAACATGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
326 ATAGAAACAATTATTATATGATAAAATAACAGGTTAGAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAA
**
3781 TAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTGAAAAATAATTGCTTTATGA
391 TAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGACAAACAAATTTATTTTTTGAAAAATAATTGCTTTATGA
3846 TAGATAAAAGG
456 TAGATAAAAGG
* * *
3857 TAATAATAATTTGAAATAAATAGTTGGTCAAATGGCCATAATTATTTGAACTTA-TTCAGTAAAC
1 TAATAATAATTTGAAATAAATAATTGGTCAAATAGACATAATTATTTGAAC-TAGTTCAGTAAA-
* * * *
3921 T-AATTTATTTTTTAAATCTCTCAATTATTAACTTTCGAAATAATAATAAAGTAGTATTTATTTT
64 TAAAATTATTTTCTAAATCTCT-AA-TA-AAACTTTC-AAATAATAATAAAGTAGT-TTTACTTT
* ** *** ** *
3985 CTTTTGAATAAGCTTTTTTGAACTAAAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGGTCTTAATAATT
124 ATTTCAAATAAGCTTCGATGAACTAAAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGGTCAGAACAATT
* ** *
4050 TTAAATCGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTCTTTGAACTT-GTTCGGTAAACACATTTATCTT
189 TAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGGTTCGGTAAACACATTTAT-TT
* * * * *
4114 TTCCA-ATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA
252 TT-CATATCTATTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAA
* *
4178 GC-GTGTATGAATTGAAACAATTATTATATGACTAAACA-AA-AGGTTAGAACTATTTGAAATAA
316 GCTG-GTATGAATAGAAACAATTATTATATGA-TAAA-ATAACAGGTTAGAACAATTTGAAATAA
* * * *
4240 ATAATTATTCTAATAGTCCTAACTATTTGAACTGGTTTGACAAATACATTTATTTTTT
378 ATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGACAAACAAATTTATTTTTT
4298 AAATCCTTCA
Statistics
Matches: 366, Mismatches: 62, Indels: 20
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
466 70 0.19
467 4 0.01
468 2 0.01
469 6 0.02
470 16 0.04
471 109 0.30
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473 7 0.02
474 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.11, T:0.42
Consensus pattern (466 bp):
TAATAATAATTTGAAATAAATAATTGGTCAAATAGACATAATTATTTGAACTAGTTCAGTAAATA
AAATTATTTTCTAAATCTCTAATAAAACTTTCAAATAATAATAAAGTAGTTTTACTTTATTTCAA
ATAAGCTTCGATGAACTAAAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGGTCAGAACAATTTAAAATA
AATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCGGTAAACACATTTATTTTTCATATCT
ATTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTGGTATGA
ATAGAAACAATTATTATATGATAAAATAACAGGTTAGAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAA
TAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGACAAACAAATTTATTTTTTGAAAAATAATTGCTTTATGA
TAGATAAAAGG
Found at i:4774 original size:539 final size:528
Alignment explanation
Indices: 3914--6449 Score: 1850
Period size: 539 Copynumber: 4.7 Consensus size: 528
3904 GAACTTATTC
* * * * * *
3914 AGTAAACTAATTTATTTTTTAAATCTCTCAATTATTAACTTTCGAAATAATAATAAAGTAGTATT
1 AGTAAACAAATTTA-GTTTTAAATCTCT-TATTATTAACTTTTGAAATATTAATAAAGTAGT-GT
* * * * * *
3979 TATTTTCTTTTGAATAAGCTTTTT-TGAACTAAAACAATTGTTTTATGAA-AAAACAAAAGGTCT
63 TATTTTATTTTGAATAAG-TTTTTATGAAATGAAACAATTATTTTAT-AACAAAACAAAAGATCA
* * * * * * *
4042 TAATAATTTTAAATCGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTCTTTGAACTTGTTCGGTAAACACA-
126 TAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC-TAACTATTTGAACTT-TTTGATAAACA-AT
** * *
4106 TTTATCTTTTCCAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
188 TTTAT-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
** * * * * *
4171 TGAATAAGCGTGTATGAATTGAAACAATTATTATATGACT-AAACAAAAGGTTAGAACTATTTGA
251 TGAATAAGATTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACTAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGA
* *
4235 AATAAATAATTATTCTAATAGTCCTAACTATTTGAACTGGTTTGACAAATACATTTATTTTTTAA
316 AATAAATAATTATTCTAATAGTCCTAACTATTTAAACTAGTTTGACAAATACATTTATTTTTTAA
*
4300 ATCCTTCACTAAGTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTGTCCAAATAAGCTTGTATGA
381 ATCCTT-ACTAAATTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTT-TCCAAATAAGCTTGTATGA
* ** * *
4365 TCAGAAATGATTGCTTTATGAGGAAACAAAGATCATAATGATTTGAGATTGATATTTATTCCAAT
444 T-AGAAATAATTGCTTTATGACAAAACAAA-ATCATAATGATTTGAGATAGATAATTATT-CAAT
* *
4430 AGTCCTAATTATTTAAACTAGTTT
506 AGTCATAACTATTTAAACT-GTTT
* * * *
4454 AGAAAACAACTTTAGTTTTAAATCTCTTGTTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTGTTA
1 AGTAAACAAATTTAGTTTTAAATCTCTT-ATTATTAACTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTGTTA
4519 TTTTATTTCT-AATAAGTTTTTATGAAATGAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGATCATAA
65 TTTTATTT-TGAATAAGTTTTTATGAAATGAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGATCATAA
* * *
4583 TGACTTT-AAATAGATAATTATCCAAATAGTCTAATCTATTTGAACATATTTGATAAATAGATTT
129 TGA-TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCTAA-CTATTTGAAC-TTTTTGATAAACA-ATTT
* * * * * *
4647 ATATTTTTTAAATATTTTGCTCATTAATTTTTTAAATGTTAATAAACTACTATTATTTTATTCTG
190 -TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTG
* * *
4712 AA-AAGATTGTATGAACTGAAATAATTGTTTTATGACTAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAG
253 AATAAGATTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACTAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAA
* * * * *
4776 TAGATAATTATTATAATAGTCTTAACTATTTAAACTAGTTT-AGCAAACACATTTATTTTTCAAA
318 TAAATAATTATTCTAATAGTCCTAACTATTTAAACTAGTTTGA-CAAATACATTTATTTTTTAAA
* * * *
4840 GCTCTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAA
382 TC-CTTACTAAATTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TTCCAAATAAGCTTGTATG-A
* * * * * * * *
4905 AAGAAATAATTGTTTTATAACAAAATAAATATGATAACGATTTTAGATAGATAATTATTCAATAA
444 TAGAAATAATTGCTTTATGACAAAACAAA-ATCATAATGATTTGAGATAGATAATTATTCAATAG
* *
4970 TAATAACTATTTAAGCTGTTT
508 TCATAACTATTTAAACTGTTT
* * * *
4991 CAGTAAACAAATTTAGTTTTTAAATCTC---TTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTGGTGTT
1 -AGTAAACAAATTTAG-TTTTAAATCTCTTATTATTAACTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTGTT
* * *
5053 ATTTTATTTTGAATAA-TTTTGCATG-AATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
64 ATTTTATTTTGAATAAGTTTT-TATGAAAT-GAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGATCAT
* * * * * * * * *
5116 AACGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGATATGACTATTTGAACTTGTTCAGTACACAAATT
127 AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG-TCTAACTATTTGAACTTTTTGA-TAAACAATTT
* * * *
5181 TATTTTTAAAATCTCTTACATATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAA
190 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGA
* *
5246 ATAA-ACTTGCATGAA-TAGAAACAACTGTTTTATGA-TAAAAC-AAAGGATCATAACTATTTGA
254 ATAAGA-TTGTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGACTAAAACAAAAGG-TCATAACTATTTGA
* * * * * * * * * *
5307 AATAAATAATTGTTCAAACCAG-CATAATTATTTAAACTTGCTCGATAAATAGATTTATTTTTTA
316 AATAAATAATTATTCTAA-TAGTCCTAACTATTTAAACTAGTTTGACAAATACATTTATTTTTTA
* * * * * ** *
5371 AATCTTTTACATATTAATTTTTGAA-ATATAATAAACTAGTAATATTTATTT-TGAATATGC-TG
380 AATC-CTTAC-TA--AATTTTGGAATAT-TATTAAATTAGTATTATTT-TTTCCAAATAAGCTTG
* * * *
5433 TATGAATAGAAAACAATTGGTTTATGATAAAACAAAATGTCAT-ATTATTTGAGATAGATAATTA
439 TATG-ATAG-AAATAATTGCTTTATGACAAAACAAAA--TCATAATGATTTGAGATAGATAATTA
*
5497 TTCAGATAGTCATAACTATTTGAACTGTTT
500 TTCA-ATAGTCATAACTATTTAAACTGTTT
* * * * * * *
5527 GGTAAATAAATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTCATTAACTTTTGGAATATTAATAAAATAGTAT
1 AGTAAACAAATTTA--GTTTTAAATCTCTTA-TTATTAACTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTGT
** ** * * * * * * * *
5592 TATTTTATTTCAAATAAGCCTATATGAACTGATATAATT-GTTTATGACGAAATAAAAGATCATA
63 TATTTTATTTTGAATAAGTTTTTATGAAATGAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGATCATA
** * * *
5656 ACAATTTGAAAATAGATAATTATTTAAATAGT-TATGACTATTTAAACTTTTTTAATAAAC-ATA
128 ATGATTTG-AAATAGATAATTATTCAAATAGTCTA--ACTATTTGAAC-TTTTTGATAAACAAT-
* * * *
5719 TTTA-TTTTTAAATCTGTTACTTATTAATTGTCAAATGTTAATAAATTAATATTATTTTAATTC-
188 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCT
* * * * *
5782 GAATAAGCTTGTATGAAC-AAAGACAATTTTTTTATGAC-AAAATCAAAAAGTCATAACGATTTG
252 GAATAAGATTGTATGAACTGAA-ACAATTGTTTTATGACTAAAA-CAAAAGGTCATAACTATTTG
* * ** ** ** *
5845 AAATAAATATTTATT-TAAATAGTCAC-AACTGTTTGAATTTA-TTTGGTAAATGTAGTTATTTT
315 AAATAAATAATTATTCT-AATAGTC-CTAACTATTT-AAACTAGTTTGACAAATACATTTATTTT
* ** * * *
5907 TTAAATCTTTA-TTTATTAATTGCATGAATATTAAT-AATTTGTATTATTTTAATT-GAAATAAG
377 TTAAATCCTTACTAAATT--TTG---GAATATTATTAAATTAGTATTATTTT--TTCCAAATAAG
* * * * * *
5969 GTTGTATGAATAGAAAAAATT-ATTTATGACAAAACAAAAGT--TTATAGCATTTGAAATAGGTA
435 CTTGTATG-ATAGAAATAATTGCTTTATGACAAAACAAAA-TCATAAT-G-ATTTGAGATAGATA
* * *
6031 ATTATTCAACTAATCGTAACTATTTGAACT-TTT
496 ATTATTCAA-TAGTCATAACTATTTAAACTGTTT
* * * * * * *
6064 CG-ATAATAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTA-TAATTTTTGAAATATT-ATGAATTAG-AT
1 AGTA-AACAAATTTAG-TTTTAAATCTCTTA-TTATTAACTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTGT
** *** * ** * * * *
6125 TATGCTATTCCAAATAAGCTTGCATG-AATAGAAACAATTGTCTTGTGACAAAACAAAATG-T--
63 TATTTTATTTTGAATAAGTTTTTATGAAAT-GAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAA-GATCA
* * * * ** * **
6186 TAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGCAC-TGGTCA-AGCCAATAG
126 TAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG-TCTAACTATTTGAACTTTTTGATAAACAAT--
* * * *
6249 ATTCATTTTTTAAAT-TCGTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAACTAGCATTATTTTATT
188 -TTTATTTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTTTTA-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * * *
6313 C-CAATAAAACTATATCAA-TAGAAACAATTGTTTTATGAC-AAAACAAATGGTCATAA-TGATT
250 CTGAATAAGATTGTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGACTAAAACAAAAGGTCATAACT-ATT
* * ** * * ** * *
6374 TGAAATAAATAATTATTCAAATTGTTATAACTATTTGAAGTAGTTTGGTAAATATATTTATATTT
313 TGAAATAAATAATTATTCTAATAGTCCTAACTATTTAAACTAGTTTGACAAATACATTTATTTTT
6439 TAAATCTCTTA
378 TAAATC-CTTA
6450 ATGTTAGCCT
Statistics
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Consensus pattern (528 bp):
AGTAAACAAATTTAGTTTTAAATCTCTTATTATTAACTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTGTTAT
TTTATTTTGAATAAGTTTTTATGAAATGAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGATCATAATG
ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCTAACTATTTGAACTTTTTGATAAACAATTTTATTTT
TTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGAT
TGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACTAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAAATAAT
TATTCTAATAGTCCTAACTATTTAAACTAGTTTGACAAATACATTTATTTTTTAAATCCTTACTA
AATTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTTCCAAATAAGCTTGTATGATAGAAATAATTG
CTTTATGACAAAACAAAATCATAATGATTTGAGATAGATAATTATTCAATAGTCATAACTATTTA
AACTGTTT
Found at i:5578 original size:359 final size:360
Alignment explanation
Indices: 3865--6449 Score: 2048
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3855 GGTAATAATA
* ** * * * *
3865 ATTTGAAATAAATAGTTGGTCAAATGGCCATAATTATTTGAACTTATTC-AGTAAACTA-ATTTA
1 ATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA-TAAA-TAGATTTA
* * * * * *
3928 TTTTTTAAATCTCTCAATTATTAACTTTCGAAATAATAATAAAGTAGTATTTATTTTCTTTTGAA
64 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAT-ATAATAAATTAGTA-TTATTTTATTTTGAA
* * * * ** * *
3993 TAAGCTTTTTTGAACTA-AAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGGTCTTAATAATTTTAAATC
127 TAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATA
* * ** * **
4057 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTCTTTGAACTTGTTCGGTAAACACATTTATCTTTTCCAATC
191 GATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGTTTAGTAAACAAATTTAT-TTTTTAAATC
* * * *
4122 TCTTACTTATTAATTTTTGGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCGTGTATG
254 TCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATG
* * * * * * *
4187 AATTGAAACAATTATTATATGACTAAACAAAAGGTTAGAACT
319 AATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACT
* * * * * *
4229 ATTTGAAATAAATAATTATTCTAATAGTCCTAACTATTTGAACTGGTTTGACAAATACATTTATT
1 ATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTATT
* * * * ***
4294 TTTTAAATC-CTT-C--ACTAAGTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TGTCCAAATA
66 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATA-TAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTTGAATA
** * ** * * * *
4354 AGCTTGTATG-ATCAGAAATGATTGCTTTATGAGGAAAC-AAAGATCATAATGATTTGAGATTGA
129 AGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGA
* * * * * * * *
4417 TATTTATTCCAATAGTCCTAATTATTTAAACTAGTTTAGAAAACAACTTTA-GTTTTAAATCTCT
193 TAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCT
** * * * * *
4481 TGTTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTGTTATTTTATTTCT-AATAAGTTTTTATGAA
257 TACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTAAATAAGCTTGTATGAA
* *
4545 -ATGAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGATCATAA-T
321 TA-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACT
* * * * *
4584 GACTTT-AAATAGATAATTATCCAAATAGTC-TAATCTATTTGAACATATTTGATAAATAGATTT
1 -A-TTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGA-TT
* * * * * * * * *
4647 ATATTTTTTAAATATTTTGCTCATTAATTTTTTAAATGTTAATAAACTACTATTATTTTATTCTG
62 -TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAT-ATAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG
* * *
4712 AA-AAGATTGTATGAACT-GAAATAATTGTTTTATGACTAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAA
125 AATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGAC-AAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAA
* * * * * *
4775 GTAGATAATTATT-ATAATAGTCTTAACTATTTAAACTAGTTTAGCAAACACATTTATTTTTCAA
188 ATAGATAATTATTCA-AATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAA
* * * *
4839 A--GC-T-CTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGT
251 ATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGT
* * * * * * *
4900 ATGAAAAGAAATAATTGTTTTATAACAAAA-TAAATATGATAACG
316 ATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACT
* * * * * * *
4944 ATTTTAGATAGATAATTATTC-AATAATAATAACTATTT-AAGC-TGTTTC-AGTAAACAAATTT
1 ATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTTG-TTCGA-TAAATAGATTT
* * * *
5005 AGTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTGGTGTTATTTTATTTTGAA
63 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATA-TAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAA
** * *
5066 TAATTTTGCATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAG
127 TAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAG
* * * * * *
5131 ATAATTGTTCATATAGAT-ATGACTATTTGAACTTGTTCAGTACACAAATTTATTTTTAAAATCT
192 ATAATTATTCAAATAG-TCATAACTATTTGAAC-TGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCT
* * * *
5195 CTTACATATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAACTTGCATGA
255 CTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGA
* * *
5260 ATAGAAACAACTGTTTTATGATAAAACAAAGGATCATAACT
320 ATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACT
* * * * *
5301 ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAACCAG-CATAATTATTTAAACTTGCTCGATAAATAGATTTAT
1 ATTTGAAATAAATAATTATTCAAA-TAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTAT
* * * * *
5365 TTTTTAAATCTTTTACATATTAATTTTTGAAATATAATAAACTAGTAATA-TTTATTTTGAATAT
65 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA
* * * ** *
5429 GC-TGTATGAATAGAAAACAATTGGTTTATGATAAAACAAAATGTCAT-ATTATTTGAGATAGAT
130 GCTTGTATGAATAG-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGAT
* * *
5492 AATTATTCAGATAGTCATAACTATTTGAACTGTTTGGTAAATAAATTTATTTTTTTAAATCTCTT
194 AATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTTAGTAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTT
* * * * *
5557 ACTCATTAACTTTTGGAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATT-TCAAATAAGCCTATATGAAC
258 ACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAA-
* * * * *
5621 T-GATATAATTG-TTTATGACGAAATAAAAGATCATAACA
321 TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACT
* * * * * * ** * *
5659 ATTTGAAAATAGATAATTATTTAAATAGTTATGACTATTTAAACTTTTTTAATAAACATATTTA-
1 ATTTG-AAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTAT
* * * * * * *
5723 TTTTTAAATCTGTTACTTATTAA-TTGTCAAATGTTAATAAATTAATATTATTTTAATTCGAATA
65 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAT-ATAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATA
* * * *
5787 AGCTTGTATGAACA-AAGACAATTTTTTTATGACAAAATCAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAA
129 AGCTTGTATGAATAGAA-ACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAG
* * * * * * * *** *
5851 ATATTTATTTAAATAGTCACAACTGTTTGAATTTATTTGGTAAATGTAGTTATTTTTTAAATCT-
192 ATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC
* ** * * *
5915 TTATTTATTAATTGCAT-GAATATTAAT-AATTTGTATTATTTTAATT-GAAATAAGGTTGTATG
256 TTACTTATTAATT-TTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCTAAATAAGCTTGTATG
* * * * *
5977 AATAGAAAAAATT-ATTTATGACAAAACAAAAGTTTATAGC-
319 AATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACT
** * * * *
6017 ATTTGAAATAGGTAATTATTCAACTAATCGTAACTATTTGAACTT-TTCGAT-AATAGATTTAGT
1 ATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTATT
* * ** ***
6080 TTTTAAATCTCTTACTTA-TAATTTTTGAAATATTATGAATTAG-ATTATGCTATTCCAAATAAG
66 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAG
* * * *
6143 CTTGCATGAATAGAAACAATTGTCTTGTGACAAAACAAAATGT--TAACGATTTGAAATAGATAA
131 CTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAA
* * * ** ** * * *
6206 TTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGCACTGGTCAAGCCAATAGATTCATTTTTTAAAT-TCGTTA
196 TTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC-TTA
* * * * * * *
6270 CTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAACTAGCATTATTTTATTC-CAATAAAAC-TATATCAATA
259 CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAAT-AAGCTTGTATGAATA
* *
6333 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCATAA-T
323 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACT
* * * * * * *
6370 GATTTGAAATAAATAATTATTCAAATTGTTATAACTATTTGAAGTAGTTTGGTAAATATATTTAT
1 -ATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTAT
*
6435 ATTTTAAATCTCTTA
65 TTTTTAAATCTCTTA
6450 ATGTTAGCCT
Statistics
Matches: 1761, Mismatches: 373, Indels: 182
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
350 2 0.00
351 58 0.03
352 157 0.09
353 73 0.04
354 80 0.05
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365 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (360 bp):
ATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTATT
TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAG
CTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAA
TTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACT
TATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAA
ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACT
Found at i:8673 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 8635--8674 Score: 55
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8625 TAAAACTTTA
*
8635 GAAAAAGGAAATTTTTATTT
1 GAAAAAGGAAATTTATATTT
8655 GAAAAA-GAAATTTAATATTT
1 GAAAAAGGAAATTT-ATATTT
8675 TGATGAATGA
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 1, Indels: 2
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Matches are distributed among these distances:
19 7 0.39
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GAAAAAGGAAATTTATATTT
Found at i:14664 original size:181 final size:180
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Indices: 14342--17082 Score: 1972
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14332 AAAAGCTAAC
* * * * * * * *
14342 ACTTAATAATTTTCAAAATATTAAAAAATTAATTTTATTTTATT-TCGAACAAACTTATATGAAC
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* * * *
14406 A-AAAGCATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCATAC
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* * * ** * * * * * *
14470 AGCCTTTACTATTTGAACAGGTTTGGCAAACAAAATTATTTTTTGAATCTTTT
128 AGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTT
* * *
14523 AGTTATTAATTTTCATAATATTATTAGATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACA
1 ACTTATTAATTTT-ATAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACA
* * * * *
14588 TAAATAAATGTTTTATTACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAG
65 TAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * *
14653 TCATAACTATTTAAACTAGTTTGCTAAATAGATTTATTTTTTAAATC-CTT
130 TCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTT
* * * * * *
14703 ACTCATTAATTTT-TGAAATATTATTAAATTAGTATCATTTTATT-TCGAATAGGCTTATATGAT
1 ACTTATTAATTTTAT--AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAATAAGCTTGTATGAA
* * * * *
14766 GAAAAACAATTGTTTTTTGACAAAACAAAAGTTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
63 CATAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * ** * ***
14831 GGCCATAATTATTTGAAC-TGATTCAATAAATTGATTTATTTTTTAAATCTCCA
128 AGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTT
* * * * * *
14884 ACTTCTCAATTTTTAAAATATTAATAAAGTAATATTATTTT-TT-TGAATAAGCTTTTATGAAC-
1 ACTTATTAA-TTTTATAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACA
* * * * * *
14946 TAAAACATTTGTTTTATTATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTCCAAATA
65 T-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* ** * *
15011 GTCATAACTATTTGAATTTGTTCGGTAAGCATATTTATTTTTTTAAT-TTCTT
129 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTT-TT
* * * * * * * * **
15063 GCTTATTAGTTTTTTGAATGTTACTAAAATAATATTATTTTATT-TCAAATAAGCATT-TACAAA
1 ACTTATTAATTTTAT-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAATAAGC-TTGTATGAA
* * * * * * * *
15126 C-TGAAACAATTATTTTATAACTAAACAAAAAGTTAAAACGATTTGAAATAGATAATTATTCTAA
63 CAT-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * * ** * * * *
15190 TATTCTTAACTATTTGAACTGGTTCGACAAACACATTTACTTTTTAAATCTATT
127 TAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTT
* * ** * * * *
15244 ACTTATTAATTTTAGAATATTATTAGTTTAGCAATATTTTTCTTC-GAATAAGCTTGTATGAATA
1 ACTTATTAATTTTATAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACA
* * * * * *
15308 GAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAGATCGTAATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAG
65 TAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * *
15372 TCATAACAATTTGAACTAGTTTGGTCAATAGATTTAGTTTTTAAATC---T
130 TCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTT
* * **
15420 -CTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATAAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTTGTATGAA
1 ACTTATTAATTTTAT--AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAA-GCTTGTATGAA
* * * * * * **
15483 TA-AAATAATTTTTTTAGGACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGAGAATAATTCAAAT
63 CATAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * * * * * ***
15547 GGACGTGACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTAATTTCTTAAGTCTCCA
128 AGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTT
* * ** * * *
15600 ACTCATTAATTTTATTATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAATAG
1 ACTTATTAATTTTATAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACAT
* * * * * *
15665 AAACAACTATTTTATGACAAAAACAAAAGTTTATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG
66 AAACAATTGTTTTATGAC-AAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * *** *
15730 TTATAACTATTTAAACTCACTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTT
130 TCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTT
** * * *
15781 ACTTATTAACTTTTGGAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTATGAATAAGCTTGTATGAATA
1 ACTTATTAA-TTTTATAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACA
* * * *
15846 GAAAAAATTGGTTTATGAC-AAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAG
65 TAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* *** ** * * *
15910 TCATAA-AATTTTGAACAAATTAAGAAAATAGATTTATTTTTTAAA-ATTTA
130 TCATAACTA-TTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTT
* **
15960 ACTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTTATTC-GATATAATCTTACATG
1 ACTTATTAATTTTAT--AATATTAATAAA-TTAGTATTA-TTTTATTCTGA-ATAAGCTTGTATG
* ** * * * * *
16022 AACAGAGCCAATTGTTTTAAGA-TAAACAAAAGGTCATAATGTTTTTGAAATAGATAATTGTTTA
61 AACATAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG-ATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * * ** * * *
16086 GATAGTCATAACTATTTAAACTTATTCGGTAAATAGATTCCTTTTTTCAGTTTTCTT
125 AATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTT-TT
* * * ** * **
16143 ACTCATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTACTCCAAACAAGCTCATATGAA-
1 ACTTATTAATTTTAT--AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAAC
* * * * * * *
16206 TTGGAATAATTGTTTTATTACAAAAGAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAA
64 AT-AAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * * *
16271 TAGTCCATGACTATTTGAACTTGTTCGGCAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTT
127 TAGT-CATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTT
* * * ** *
16326 ACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTTA-TATTAATTTATTCAAAATAAGCTTGTATTAA-
1 ACTTATTAATT-TTATAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAAC
* * * * * * *
16389 TTGAAAC-ATTATTTTAT-ACAAATCAAAAGG-CTTTAAAAGCTTCT-AAATAGACAATTGTTC-
64 AT-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC-AT-AACGATT-TGAAATAGATAATTGTTCA
* * * * * *
16449 AATTGTAATAATTATTTGAACTTGTTCCGATAAACATATTTATTTTTTTAAATCTCTTT
125 AATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT-CGGTAAATAGATTTA-TTTTTTAAATCT-TTT
* * * * * * *
16508 -TTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTAATTGATTCTGAGTAGGCTTGTATGAAC-
1 ACTTATTAATTTTAT-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACA
* * * * * *
16571 TAAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAATGTCAGAACAATTTGAAATAGATAATTATTCTAATA
65 T-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * ** * * * * *
16636 GTCTTAACCATTTGAAATAATTTGGTAAACAAATTTAATTTTTAAATCTCTT
129 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTT
* * * *
16688 ACTTATTTATTTTTTAACTATTATTAAATTAGTATTATTTTAATTC-GAATAAGCTTGTACGAAC
1 ACTTATTAATTTTATAA-TATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCTGAATAAGCTTGTATGAAC
* * * * * * * *
16752 A-AAACAATTATTTTACGAGAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAAATAATCGTTCATATA
64 ATAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * ** * *
16816 GTCTTAGCTATTTGAACTTGTTTGGCCATTAGATTTATTTTTT-AATTTTCTT
129 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTT-TT
** * * * * * *
16868 GGTTATTAAGTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATT-TCAAATAA-ATTAGTATCAA
1 ACTTATTAA-TTTTATAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAATAAGCTT-GTATGAA
* * * * * * * * *
16931 TAGAACCAATTGTTTGATGACAAAATAAAAGGTTATAACGATTTGGAATAGATAATTATACAAAT
63 CATAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * * *
16996 AGTCAAAACTATTTGAAATGGTTTGGTAAATAGATTTACTTTTTAAATCTCTT
128 AGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTT
*
17049 A-TTGATTAATTTTCTAAATATTAATAAATTAGTA
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17083 ATAATAATTT
Statistics
Matches: 2006, Mismatches: 473, Indels: 162
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (180 bp):
ACTTATTAATTTTATAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACAT
AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
CATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTT
Found at i:15079 original size:361 final size:360
Alignment explanation
Indices: 14342--17079 Score: 2059
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14332 AAAAGCTAAC
* ** * * * * * **
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* * * * *
14407 AAAGCATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCATACAG
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* * * * * * * * * * * * * * *
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* * * * *
14537 ATAATATTATTAGATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACATAAATA-AA-TGTT
196 AAAATATTAATAAATTAATATTATTTT-TTC-GAATAAGCTTGTATGAAC-TAAA-ACAATTATT
* * * *
14600 TTATTACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
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* * * * * *
14665 AAACTAGTTTGCTAAATAGATTTA-TTTTTTAAATCCTT
322 GAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTTAATTTCTT
* * * *
14703 ACTCATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATCATTTTATTTCGAATAGGCTTATATGATGA
1 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGATGA
* * * *
14768 AAAACAATTGTTTTTTGACAAAACAAAAGTTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGG
66 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
* * ** * * * *
14833 CCATAATTATTTGAACTGATTCAATAAATTGATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTCTCAATTTTT
131 TCATAACTATTTGAACTGATTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTT
* * * * *
14898 AAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTTTTGAATAAGCTTTTATGAACTAAAACATTTGTTTTAT
196 AAAATATTAATAAATTAATATTATTTTTTCGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTATTTTAT
* * * * *
14963 TATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTCCAAATAGTCATAACTATTTGAAT
261 GACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
** *
15028 TTGTTCGGTAAGCATATTTATTTTTTTAATTTCTT
326 TTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTTAATTTCTT
* * * * * * * **
15063 GCTTATTAGTTTTTTG-AATGTTACTAAAATAATATTATTTTATTTCAAATAAGCATT-TACAAA
1 ACTTATTA-ATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGC-TTATA-TGA
* * * * *
15126 CTG--AAACAATTATTTTATAACTAAACAAAAAGTT-AAAACGATTTGAAATAGATAATTATTCT
63 -TGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCA
* * * ** * * * * *
15188 AATATTCTTAACTATTTGAACTGGTTCGACAAACACATTTACTTTTTAAATCTATTACTTATTAA
126 AATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATTAA
* * ** *
15253 -TTTTAGAATATTATTAGTTTAGCAATATT-TTTCTTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAA
191 TTTTTAAAATATTAATAAATT---AATATTATTTTTTCGAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAA
* * *
15315 TTATTTTATGACAAAAC-AAAGATCGTAATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
252 TTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * * * * *
15379 AATTTGAACTAGTTTGGTCAATAGATTTA-GTTTTTAA-ATC-T
317 TATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTTAATTTCTT
* * *
15420 -CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATAAGTATTATTTTATTTTGAATAA--TT-TTTGTATG
1 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATG-ATG
* * * * *
15481 AATAAAATAATTTTTTTAGGACAAAACAAAA-TGTCATAACGATTTGAAATAGAGAATAATTCAA
65 -A-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGT-TCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAA
* * * * * * * * * *
15545 ATGGACGTGACTATTTGAACTTG-TTTGGTAAATAGATTAATTTCTTAAGTCTCCAACTCATTAA
127 ATAGTCATAACTATTTGAAC-TGATTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATTAA
** * * * *
15609 -TTTTATTATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAA-TAGAAACAAC
191 TTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTT-TT-CGAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAAT
* * * *
15672 TATTTTATGACAAAAACAAAAGTTTATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAAC
253 TATTTTATGAC-AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* *** * *
15737 TATTTAAACTCACTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTT-TT
317 TATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTTAAT-TTCTT
* * * *
15781 ACTTATTAACTTTTGGAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTAT-GAATAAGCTTGTATGAAT
1 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCGAATAAGCTTATATG-AT
* * * *
15845 -AGAAAA-AATTGGTTTATGAC-AAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAA
64 GA-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAA
* ** ** *
15907 TAGTCATAA-AATTTTGAACAAATTAAGAAAATAGATTTATTTTTTAAAAT-T-TAACTTATTAA
128 TAGTCATAACTA-TTTGAACTGATTCGGTAAATAGATTTATTTTTT-AAATCTCTAACTTATTAA
* * * ** **
15969 TTTTTGAAATATTAATAAATTTATATTATTTTTATTCGATATAATCTTACATGAAC-AGAGCCAA
191 TTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTA-TTTT-TTCGA-ATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAA
* * * * * *
16033 TTGTTTTAAGA-TAAACAAAAGGTCATAATGTTTTTGAAATAGATAATTGTTTAGATAGTCATAA
252 TTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* * ** * *
16097 CTATTTAAACTTATTCGGTAAATAGATTCCTTTTTTCAGTTTTCTT
316 CTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTTA-ATTTCTT
* * * * * * *
16143 ACTCATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTACTCCAAACAAGCTCATATGAATT
1 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATG-A-T
* * * * * *
16208 G--GAATAATTGTTTTATTACAAAAGAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAA
64 GAAAAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAAGTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAA
* * * * * *
16271 TAGTCCATGACTATTTGAACTTG-TTCGGCAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA
128 TAGT-CATAACTATTTGAAC-TGATTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATTAA
* * * * * * * *
16335 TTGTCAAAATATTAATAAATTTATATTAATTTATTCAAAATAAGCTTGTATTAATTGAAAC-ATT
191 TTTTTAAAATATTAATAAATTAATATT-ATTTTTTC-GAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATT
* * * * * * *
16399 ATTTTAT-ACAAATCAAAAGG-CTTTAAAAGCTTCT-AAATAGACAATTGTTC-AATTGTAATAA
254 ATTTTATGACAAAACAAAAGGTC-AT-AATGATT-TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* * * * *
16460 TTATTTGAACTTGTTCCGATAAACATATTTATTTTTTTAAATCTCTT
316 CTATTTGAACTTGTT-CGGTAAATAGATTTATTTTTTT-AATTTCTT
** * * * * * * *
16507 TTTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTAATTGA-TTCTGAGTAGGCTTGTATGAA
1 ACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTATATGAT
** * * * *
16570 CTAAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAA-TGTCAGAACAATTTGAAATAGATAATTATTCTAA
64 GAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGT-TCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAA
* * * * * * * * * *
16634 TAGTCTTAACCATTTGAAATAATTTGGTAAACAAATTTAATTTTTAAATCTCTTACTTATTTATT
128 TAGTCATAACTATTTGAACTGATTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATTAATT
* * * * *
16699 TTTTAACTATTATTAAATTAGTATTATTTTAATTCGAATAAGCTTGTACGAAC-AAAACAATTAT
193 TTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTT--TTCGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTAT
* * ** * * * * * *
16763 TTTACGAGAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAAATAATCGTTCATATAGTCTTAGCTATT
256 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* ** *
16828 TGAACTTGTTTGGCCATTAGATTTA-TTTTTTAATTTTCTT
321 TGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTTAA-TTTCTT
** * ** * * * *
16868 GGTTATTAAGTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAA-ATTAGTATCAAT
1 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTA-TAT-GAT
* * * * * *
16932 -AGAACCAATTGTTTGATGACAAAATAAAAGGTT-ATAACGATTTGGAATAGATAATTATACAAA
64 GAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAA
* * * * * *
16995 TAGTCAAAACTATTTGAAATGGTTTGGTAAATAGATTTACTTTTTAAATCTCTTA-TTGATTAAT
128 TAGTCATAACTATTTGAACTGATTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTAACTT-ATTAAT
17059 TTTCT-AAATATTAATAAATTA
192 TTT-TAAAATATTAATAAATTA
17080 GTAATAATAA
Statistics
Matches: 1857, Mismatches: 432, Indels: 176
0.75 0.18 0.07
Matches are distributed among these distances:
352 2 0.00
353 9 0.00
354 4 0.00
355 13 0.01
356 173 0.09
357 9 0.00
358 69 0.04
359 124 0.07
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367 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (360 bp):
ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGATGA
AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
TCATAACTATTTGAACTGATTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTT
AAAATATTAATAAATTAATATTATTTTTTCGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTATTTTAT
GACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
TTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTTAATTTCTT
Found at i:17179 original size:118 final size:118
Alignment explanation
Indices: 16971--17199 Score: 284
Period size: 118 Copynumber: 1.9 Consensus size: 118
16961 GGTTATAACG
* * * *
16971 ATTTGGAATAGATAATTATACAAATAGTCAAAACTATTTGAAATGGTTTGGTAAATAGATTTACT
1 ATTTGAAATAGATAATTATACAAATAGTCAAAACTATTTGAAATGGTTCGATAAATAGAATTACT
* * *
17036 TTTTAAATCTCTTATTGATTAATTTTCT-AAATATTAATAAATTAGTAATAATA
66 TTTTAAATCCCTTAATGATAAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTAATAATA
* * * * * * *
17089 ATTTGAAATTGATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAACTGGTTCGATAAATAGAATTA-T
1 ATTTGAAATAGATAATTATACAAATAGTCAAAACTATTTGAAATGGTTCGATAAATAGAATTACT
17153 TTTCTAAATCCCTTACAT-ATAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGT
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17200 TTTATTCTAT
Statistics
Matches: 94, Mismatches: 14, Indels: 6
0.82 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
117 5 0.05
118 88 0.94
119 1 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.07, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (118 bp):
ATTTGAAATAGATAATTATACAAATAGTCAAAACTATTTGAAATGGTTCGATAAATAGAATTACT
TTTTAAATCCCTTAATGATAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAATAATA
Found at i:18439 original size:181 final size:180
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Indices: 17083--20911 Score: 2374
Period size: 181 Copynumber: 21.4 Consensus size: 180
17073 TAAATTAGTA
* * * * * * *
17083 ATAATAATTTGAAATTGATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAAC-TGGTTCGATAAATAG
1 ATAAGAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAG-TAAACAG
* * * * * * *
17147 AATTATTTTCTAAATCCCTTACATATAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTTTTATTCTATTC
65 ATTTATTTT-TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * * *
17212 CAAATAAGCGTGTAT-AAGCTGAAATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTC
129 TAAATAAGCTTGTATGAA-CTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * * * * ** * * ** *
17264 ATAACAATTTGAAATAAATAATTATTTATATAGTCTTAACTGGTTGAACTAGTTCAACAAACAAA
1 ATAAGAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAGA
* * * * *
17329 TTTATTTTTTAAAATTTCTTAGTTATTAACTTTT-AGAATACTACTAAATTAGTATTATTTTATT
66 TTTA-TTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * * * * *
17393 TTGAAGAAGCCTGTATGAA-TAGAAATAATTGTTTTACGATAGAACAAAAGGTT
128 TTAAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * *
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1 ATAAGAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAGA
* * * *
17510 TTTACTTTTTAAA--T-AT-CTTATTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTTTTATTTTATTTC
66 TTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTT
* **** * *
17571 GAATAAGCTTGTATGTTGAAAAACAATTGTTTTAAGACAAAACAAAA-GTA
130 AAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * * * * *
17621 ATAAAAATTTGAAATAGGTAGTTGTTCAAATGGCCAT-ACTTATTTGAACTAT-TTCAGTAAACT
1 ATAAGAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC-TATTTGAACT-TGTTTAGTAAACA
* * *
17684 GATTTATTTTTTAAATC-C---CTTATTAACTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTT-TT
64 GATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
*** * * * * * *
17744 TGGGGATAAGCTTATAT-AAGTTGAAATAATTGTTTTATGATAAAGCAAAAGGTC
128 T-TAAATAAGCTTGTATGAA-CTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * * * * *
17798 ATAAAAATTTGAAATAAATAATTGTTCATATAGTCATAACTGTTTAAAC-TGATTTGGCAAACAG
1 ATAAGAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTTAGTAAACAG
* * * * *
17862 ATTTATTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTACTAATTTAGTATTATTTTATTCT
65 ATTTATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTT
* * * * * * * * *
17927 GAATTAGCCTGTAT-AAATAGAAATAATTATTTTATGATAGAACAAAAGGTT
130 AAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * *
17978 ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAAA
1 ATAAGAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAGA
* * * *
18043 TTTATTTTT--TTATC-T-CTTATTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTATTTC
66 TTTATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTT
* * *
18104 AAATAAGTTTGTATGTTGAAC--AAACAATTGTTTTAAGACAAAACAAAAAGT-
130 AAATAAGCTTGTA---TGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* ** * * * * *
18155 AGTAACG-ATTTGAGATACG-TAGCTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAACTATTTTTGGTAAA
1 A-TAA-GAATTTGAAATA-GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTTAGTAAA
** *
18218 TTGATTTATTTTTTAAATTCTCTTACTTATTAACTTTTGAAATATT-AT-AATGTAGTATTATTT
62 CAGATTTA-TTTTTAAA-TCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAT-TAGTATTATTT
** * * *
18281 TATTTTGGATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATGGTTTTATGACAAAACAAAAGTTC
124 TATTTTAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * *
18338 ATAAGAATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTAGTAAATAGA
1 ATAAGAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAGA
* * * *
18403 TTTAATTTTTCAAATCTCTTGCTTATTATTTTTTG-AATGTT-ATAAATTAAATATTATTTTATT
66 TTT-ATTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATT
** * * * * * * *
18466 CCAATTAAGCTTGTATAAACTGAAATAATTATTATATGACTAAACAAAAGGTC
128 TTAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* ** * * * * *
18519 A-AATG-ATTTGAAATAGATAATTATTTTAGTAGTC-TTACTATTT-AACCTAGGTTCG-ACAA-
1 ATAA-GAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTTGTTTAGTA-AAC
* * * * * *
18578 ACATATA-TTTT-AA--TC-T--TTATCAATTTTTGGAATATTATTAAATTAATATTATTTTA-T
63 AGATTTATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * **
18635 CTAAA-AAGC-TGTAT--ATTAGAAACAATTGTTTTATG--AGAACTCAAGGATC
128 TTAAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG-TC
** * * * * * * * * *
18684 ATAACTATTTGAGATTGATATTTGTTCAAATAGTCATTACTATGTGAA--TGGTTCGAAAAATAG
1 ATAAGAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAG-TAAACAG
* * * *
18747 CTTTAGTTTTT-AATCTCTTACTTATCTAATTTTTG-AATATTAGTAAAGTAGTATT-TTTTTTA
65 ATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTAT-TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-
** * * * * * *
18809 TTTGGATAAGTTTTTATGATCTAAAAAAAATG-TTTATGAACAAAATAAAAGGTC
127 TTTAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATG-ACAAAACAAAAGGTC
* * * * * * * *
18863 ATACGACTTT-ACATTGATAATTATTTCAAATAGTCA-AATCTATTTGGAACTTGTTCAATAAGC
1 ATAAGAATTTGAAATAGATAATT-GTTCAAATAGTCATAA-CTATTT-GAACTTGTTTAGTAAAC
* * * * * * * *
18926 A-A--T-TTTTT-AAGCTCTTGCTCATTAATTTTTTACAAATGTTAATAAATTACTATTGTTGT-
63 AGATTTATTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * * * * * ** *
18985 CTTTGAATAAACTTGTATGAACTGAAATAATT-ATTTATGACTTTAACAAAAGGTT
126 TTTTAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGAC-AAAACAAAAGGTC
* * * * ** *
19040 AGAATG-ATTTGAAATAAATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAA-TTGGTTCGGCAAACA
1 ATAA-GAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTTAGTAAACA
* * * * *
19103 CATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTGGAATATTATTAAATTAATA-TATTTTAA
64 GATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * * * *
19167 TCTGAATAAGCTTGTATGAA-AAGAAAC-ATTTTTTTATGACAAAA-TAAAGATC
127 TTTAAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * * * * ** *
19219 ATAATG-ATTTGAGATAGACAATTATTTAAATAGTCACAACTGTTT-AAAATGTTTCCA-TAAAT
1 ATAA-GAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTT--AGTAAAC
* ** * *
19281 AAATTTAGTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAGATCAGTATTATTTTAT
63 AGATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* ** * ** *
19342 TCTAAATAATTTTGCACAAAC-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGGC
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* * * ** *
19396 ATAACG-ATTTCAAATAGATAACTGTTCAAATGGAT-ATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATA
1 ATAA-GAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACA
* * *
19459 AATTTATTTTTTAAATCTCCTA-TCTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTTTTTTA
64 GATTTA-TTTTTAAATCTCTTACT-TATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
*** * *
19522 TTCCCAATAAACTTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTC
126 TTTTAAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
** * * * * * *
19577 ATAATTATTTTAAATAAACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTG-CTCGATAAAC-G
1 ATAAGAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAG-TAAACAG
* * *
19640 AATTTATTTTTAAATCTTTTACTTATCAATTTTTG-AATATTAATAAACTAGTATTATTTTATTT
65 -ATTTATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * * * *
19704 CAAATATGCTTATAT-AAATAGAAAAAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTC
129 TAAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
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19756 ATAA-ATATTTAAAATAGATAATTGATCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TGTGTTCA-T--A-A
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19815 GACTTATATTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAACAAATTTGTATTATTTTAC
64 GA-TT-TATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
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19879 TTAAAATAAACTTGTATGAA-TGGAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTT
127 TTTAAATAAGCTTGTATGAACT--AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
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19934 AT-AGCAATTTGATATAGATAACTATTCAAACAGTCATAACTAGTTGAACTTGTTCGGTAAACAA
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19998 ATTCATTTTTTAAACCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGAATTATCTTATTT
65 ATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
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20063 TAGATAAGCTTGTACAAAATAGAAACAATTGTTTTGTGATAAAACAAAGGGCC
129 TAAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
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20116 ATAACG-ATTTGAAATAGATAATTATTCAAACAATCATAACTATTTGCAC-TGGTCAGGCT-AAC
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20178 AAATTTATTTTTTAAAATC-CATTACTTATTAAATTTTT-AGATTGTTAATAAATTAGCATTACT
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20241 TTATTCCAAACAAGAC-TGTATGAA-TAGAAACAATTCTTTAATGACGAAACAAATGGTC
123 TTATTTTAAATAAG-CTTGTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
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20299 ATCACG-ATTTGAAGTAAATAATGGTTTCAAATAGTTATAACTAGTTGAACTGGCTTAGTAAACA
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20363 AATTTATTTTTAAATCTCTTACTTCTTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTC
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20428 TAAATAAACTTATATGAA-TAAAAGCATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTA
129 TAAATAAGCTTGTATGAACTAAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
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20480 ATAATG-ATTTGAAATAAGA-AATTGTTCAAATAGTCATGATTATTTGAACTAG-TTCGACAAAC
1 ATAA-GAATTTGAAAT-AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAG-TAAAC
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20542 AAAATTATTTTTAAATCTCTTAC----TAATTTTTGCATTATTAATAAAATTA-TTTTATTTTAT
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20602 TCTAAATAAGTTATTTAAGAATTGATAA-AATTATTTTACGACAAAATAAAAGGTC
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20657 CTAATG-ATTTAAAATAAAAAATTATTCATATAGTCTTAATTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAC
1 ATAA-GAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAG
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20721 ATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAA-TTTTCATAATATTATTACAA-TAGTATTATTTTAT
65 ATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATA-AATTAGTATTATTTTAT
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20784 TTTGAATAAACTTTTATAAACAAAAATAATTGTTTTATGACATAACAAAAAGTT
127 TTTAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
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20838 ATAACAATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAAGTATTTGAACTAGTTTAATAAATAGA
1 ATAAGAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAGA
20903 TTTATTTTT
66 TTTATTTTT
20912 TACATCTTGT
Statistics
Matches: 2846, Mismatches: 614, Indels: 377
0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
164 7 0.00
165 11 0.00
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185 23 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
ATAAGAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAGA
TTTATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTA
AATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
Found at i:18858 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 18821--18858 Score: 51
Period size: 20 Copynumber: 1.9 Consensus size: 20
18811 TGGATAAGTT
*
18821 TTTATGATCTAAAAAAAATG
1 TTTATGAACTAAAAAAAATG
18841 TTTATGAAC-AAAATAAAA
1 TTTATGAACTAAAA-AAAA
18859 GGTCATACGA
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 1, Indels: 2
0.84 0.05 0.11
Matches are distributed among these distances:
19 4 0.25
20 12 0.75
ACGTcount: A:0.55, C:0.05, G:0.08, T:0.32
Consensus pattern (20 bp):
TTTATGAACTAAAAAAAATG
Done.