Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019168398.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_614, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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tuple sizes 0,4,5,7
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Found at i:369 original size:26 final size:26
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Indices: 329--381 Score: 88
Period size: 26 Copynumber: 2.0 Consensus size: 26
319 GTTGACTTAG
*
329 GCATACGGAGTTCATTCCCGATCTAA
1 GCATACGGAGCTCATTCCCGATCTAA
*
355 GCATACGGAGCTCATTCCCGGTCTAA
1 GCATACGGAGCTCATTCCCGATCTAA
381 G
1 G
382 ATCGGACCGG
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 2, Indels: 0
0.93 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
26 25 1.00
ACGTcount: A:0.25, C:0.28, G:0.23, T:0.25
Consensus pattern (26 bp):
GCATACGGAGCTCATTCCCGATCTAA
Found at i:504 original size:173 final size:168
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Indices: 84--691 Score: 778
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74 AGCACCCGAT
* *
84 CGATCCCCGGCTTGCGCATCCTGCCTCTCCGGCCGGCTGAGCGCCCGCACGCTCGTTCCGTGGGT
1 CGATCCCCGGCTTGCGCATCATGCCCCTCCGGCCGGCTGAGCGCCCGCACGCTCGTTCCGTGGGT
* * *
149 TGACTTAGGCATACGGAGCTCATTCCATGTCTAAGCCCCAGTCGGA-CCGAGGGTCGCGG-C-AG
66 TGACTTAGGCATACGGAGTTCATTCCACGTCTAAG---CA-TCGGAGCC-A--GTCCCGGTCAAG
211 CTGGACCGGCAGCGGGATCGGCAGCAGCACGCGGGGGGACCGGGC
124 CTGGACCGGCAGCGGGATCGGCAGCAGCACGCGGGGGGACCGGGC
* * * *
256 CGATCCCCGGCTTGCGCGTCATGCCCCTCCGGTCGACTGAGCGCCCGCACGCTCGTTTCGTGGGT
1 CGATCCCCGGCTTGCGCATCATGCCCCTCCGGCCGGCTGAGCGCCCGCACGCTCGTTCCGTGGGT
* *
321 TGACTTAGGCATACGGAGTTCATTCC-CGATCTAAGCATACGGAGCTCATTCCCGGTCTAAGATC
66 TGACTTAGGCATACGGAGTTCATTCCACG-TCTAAGCAT-CGGAGC-CAGTCCCGGTC-AAGCT-
* *
385 GGACCGGCAGCGGGATCGACAGCAGCACGCGGGGGGGACCGGGT
126 GGACCGGCAGCGGGATCGGCAGCAGCACGC-GGGGGGACCGGGC
* * *
429 CGGTCTCCGGCTTGCGCATTATGCCCCTCCGGCCGGCTGAGCGCCCGCACGCTCGTTCCGTGGGT
1 CGATCCCCGGCTTGCGCATCATGCCCCTCCGGCCGGCTGAGCGCCCGCACGCTCGTTCCGTGGGT
* * ** * * *
494 TGACTTAGGCACACGGAGTTCATTCCATGTCTAAGC--CCCAGCCGGACCGAGGGTTGCGACAGC
66 TGACTTAGGCATACGGAGTTCATTCCACGTCTAAGCATCGGAGCCAGTCC--CGG-T-C-A-AGC
557 TGGACCGGCAGCGGGATCGGCAGCAGCACGCGGGGGGACCGGGC
125 TGGACCGGCAGCGGGATCGGCAGCAGCACGCGGGGGGACCGGGC
601 CGATCCCCGGCTTGCGCATCATGCCCCTCCGGCCGGCTGAGCGCCCGCACGCTCGTTCCGTGGGT
1 CGATCCCCGGCTTGCGCATCATGCCCCTCCGGCCGGCTGAGCGCCCGCACGCTCGTTCCGTGGGT
* *
666 TGACTTAGGCATACGCAGTGCATTCC
66 TGACTTAGGCATACGGAGTTCATTCC
692 CGGTCTCGAC
Statistics
Matches: 383, Mismatches: 38, Indels: 30
0.85 0.08 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 6 0.02
169 10 0.03
170 6 0.02
171 7 0.02
172 217 0.57
173 133 0.35
174 4 0.01
ACGTcount: A:0.15, C:0.34, G:0.34, T:0.18
Consensus pattern (168 bp):
CGATCCCCGGCTTGCGCATCATGCCCCTCCGGCCGGCTGAGCGCCCGCACGCTCGTTCCGTGGGT
TGACTTAGGCATACGGAGTTCATTCCACGTCTAAGCATCGGAGCCAGTCCCGGTCAAGCTGGACC
GGCAGCGGGATCGGCAGCAGCACGCGGGGGGACCGGGC
Found at i:8347 original size:45 final size:44
Alignment explanation
Indices: 8278--9182 Score: 1226
Period size: 45 Copynumber: 20.3 Consensus size: 44
8268 ATCTTCTGCT
**
8278 GATGGTGGGTCGAGGCAAGAGCCCGCACCGAGGGCCAGCGTGTGCC
1 GATGGT-GGTCGAGGCAACCGCCCGCACC-AGGGCCAGCGTGTGCC
* *
8324 CATGGTGCTCGAGGCAACCGCCCGCACCAGGGCCCAGCGTGTGCC
1 GATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCGCACCAGGG-CCAGCGTGTGCC
* * *
8369 GATGGTGCTCGAGGCAACCGCCCGCACCAAGGGCCGGCTTGTGCC
1 GATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCGCACC-AGGGCCAGCGTGTGCC
*
8414 GATGGTGTTCGAGGCAACCGCCCGCACCAGGGCCCAGCGTGTGCC
1 GATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCGCACCAGGG-CCAGCGTGTGCC
8459 GATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCGCACCAGGGCCCAGCGTGTGCC
1 GATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCGCACCAGGG-CCAGCGTGTGCC
8504 GATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCGCACCAAGGGCCGAGCGTGTGCC
1 GATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCGCACC-AGGGCC-AGCGTGTGCC
8550 GATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCGCACCAGGGCCCAGCGTGTGCC
1 GATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCGCACCAGGG-CCAGCGTGTGCC
* *
8595 GATGGTGGTCGAGGCAAGCGCCCGCACCAGGCCCAGCGTGTGCC
1 GATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCGCACCAGGGCCAGCGTGTGCC
* *
8639 GATGGTGGTCGAGGCAAGCGCCCGCACCAGGCCCAGCGTGTGCC
1 GATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCGCACCAGGGCCAGCGTGTGCC
*
8683 GATGGTGGTCGAGGCAAGCGCCCGCACCA-GGCCAGCGTGTGCC
1 GATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCGCACCAGGGCCAGCGTGTGCC
*
8726 GATGGTGGTCGAGGCAAGCGCCCGCACCAAGGGCCGAGCGTGTGCC
1 GATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCGCACC-AGGGCC-AGCGTGTGCC
*
8772 GATGGTGGTCGAGGCAAGCGCCCGCACCAGGGCCAGCGTGTGCC
1 GATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCGCACCAGGGCCAGCGTGTGCC
* *
8816 GATGGTGGTCGAGGCAAGCGCCCGCACCAAGGGCCGGCGTGTGCC
1 GATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCGCACC-AGGGCCAGCGTGTGCC
8861 GATGGTGGTCGAGGCAACCG-CCGCACCAGGGCCAGCGTGTGCC
1 GATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCGCACCAGGGCCAGCGTGTGCC
*
8904 GATGGT-GTCGAGGCAAGCGCCCGCACCAGGGCCCAGCGTGTGCC
1 GATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCGCACCAGGG-CCAGCGTGTGCC
* * *
8948 GATGGTGCT-GGGGCAAGCGCCCGCACCAGGGCCAGCGTGTGCC
1 GATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCGCACCAGGGCCAGCGTGTGCC
** * * * *
8991 GATGGTTATCGGGGCAACCGGCCGCACCAGGGCCCAGGGTCTGCC
1 GATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCGCACCAGGG-CCAGCGTGTGCC
* * *
9036 GATGGTGCTCGAGGCAACCGCCCGCACCAAGGCTCAGCATGTGCC
1 GATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCGCACCAGGGC-CAGCGTGTGCC
* * ** * *
9081 GATTGTGATCGAGGCAACAACCCACACCAGGGCCCAGCTTGTGCC
1 GATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCGCACCAGGG-CCAGCGTGTGCC
* ** * * *
9126 GATGGCGGTCGAGGCAAGTGCCCGTACCGAAGGG-CAGCCTATGCC
1 GATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCGCACC--AGGGCCAGCGTGTGCC
*
9171 GATGATGGTCGA
1 GATGGTGGTCGA
9183 TGCATGTGCC
Statistics
Matches: 787, Mismatches: 53, Indels: 39
0.90 0.06 0.04
Matches are distributed among these distances:
42 12 0.02
43 92 0.12
44 199 0.25
45 388 0.49
46 92 0.12
47 4 0.01
ACGTcount: A:0.17, C:0.33, G:0.38, T:0.12
Consensus pattern (44 bp):
GATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCGCACCAGGGCCAGCGTGTGCC
Found at i:9329 original size:11 final size:11
Alignment explanation
Indices: 9313--9357 Score: 65
Period size: 11 Copynumber: 4.2 Consensus size: 11
9303 CACTCGGGAC
9313 AGCATCGCCGG
1 AGCATCGCCGG
9324 AGCATCGCC-G
1 AGCATCGCCGG
9334 AGCATCGCCGG
1 AGCATCGCCGG
* *
9345 AGTACCGCCGG
1 AGCATCGCCGG
9356 AG
1 AG
9358 AACCTGACCG
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 2, Indels: 2
0.89 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
10 10 0.32
11 21 0.68
ACGTcount: A:0.20, C:0.36, G:0.36, T:0.09
Consensus pattern (11 bp):
AGCATCGCCGG
Found at i:9338 original size:10 final size:10
Alignment explanation
Indices: 9313--9343 Score: 53
Period size: 10 Copynumber: 3.0 Consensus size: 10
9303 CACTCGGGAC
9313 AGCATCGCCGG
1 AGCATCGCC-G
9324 AGCATCGCCG
1 AGCATCGCCG
9334 AGCATCGCCG
1 AGCATCGCCG
9344 GAGTACCGCC
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 0, Indels: 1
0.95 0.00 0.05
Matches are distributed among these distances:
10 11 0.55
11 9 0.45
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Consensus pattern (10 bp):
AGCATCGCCG
Found at i:9353 original size:21 final size:21
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Indices: 9313--9354 Score: 66
Period size: 21 Copynumber: 2.0 Consensus size: 21
9303 CACTCGGGAC
*
9313 AGCATCGCCGGAGCATCGCCG
1 AGCATCGCCGGAGCACCGCCG
*
9334 AGCATCGCCGGAGTACCGCCG
1 AGCATCGCCGGAGCACCGCCG
9355 GAGAACCTGA
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 2, Indels: 0
0.90 0.10 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 19 1.00
ACGTcount: A:0.19, C:0.38, G:0.33, T:0.10
Consensus pattern (21 bp):
AGCATCGCCGGAGCACCGCCG
Found at i:9916 original size:45 final size:45
Alignment explanation
Indices: 9852--11213 Score: 1711
Period size: 45 Copynumber: 29.8 Consensus size: 45
9842 TGCCTAAACC
*
9852 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGCTCGAGGCAACCGCCCG
1 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCG
* *
9897 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGCTCGAGGCAACCGACCG
1 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCG
9942 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCG
1 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCG
9987 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCTG-CCG
1 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACC-GCCCG
** *
10032 CACCAGGGCGGAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAAGCGCCCG
1 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCG
*** ***
10077 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGGTGCCGATGGTGG
1 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACC---GCCCG
* ** * * * ** **
10125 TCGAGGCAACCTGCCGCACCAG-G-GCCCA-GCGTGTGCCGATGG-TGCTCG-AGG
1 -C-A--CCA-GGGCC-CAGC-GTGTGCCGATG-GTG-GTCGA-GGCAAC-CGCCCG
** * *
10176 CAACCGACCGCACCAGGGCCGAGCGTGTGCCGATGGTGCTCGAGGCAAGCTG-CCG
1 C-ACC-AGGGC-CCAG-------CGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAA-CCGCCCG
10231 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCG
1 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCG
* *
10276 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGATCGAGGCAACCGACCG
1 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCG
*
10321 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGCTCGAGGCAACCTG-CCG
1 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACC-GCCCG
* *
10366 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTCGTCGAGGGAACCTG-CCG
1 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACC-GCCCG
*
10411 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAAGCGCCCG
1 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCG
* *
10456 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGCTCGAGGCAACCGACCG
1 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCG
*
10501 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGCTCGAGGCAACCTG-CCG
1 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACC-GCCCG
*
10546 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGCTCGAGGCAACCTG-CCG
1 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACC-GCCCG
*
10591 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAAGCGCCCG
1 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCG
* *
10636 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGCTCGAGGCAACCGACCG
1 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCG
* *
10681 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAAGCGGCCG
1 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCG
*
10726 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAAGCGCCCG
1 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCG
*
10771 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAAGCGCCCG
1 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCG
* * * *
10816 CACCAGGGCCCAACGTGTGCCGATGGTGCTGGGGGCAACCGCCCG
1 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCG
*
10861 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGATCGAGGCAACCGCCCG
1 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCG
* *
10906 CCCCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAAGCGCCCG
1 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCG
* *
10951 CACCAGTGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAAGCGCCCG
1 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCG
* * * * *
10996 CTCCAGGGCCCAGCTTTTGCCGATGGTGATCGAGGCAACCGGCCG
1 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCG
* ** * *
11041 CTCCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTTATCGGGGCAACCGGCCG
1 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCG
* * *
11086 CACCAGGGCCCAGGGTCTGCCGATGGTGCTCGAGGCAACCGCCCG
1 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCG
* * * * ** *
11131 CACCAAGGCTCAGCATGTGCCGATGGTGATCGAGGCAACAACCCA
1 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCG
* *
11176 CACCAGGGCCCAGCTTGTGCCGATGGCGGTCGAGGCAA
1 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAA
11214 GTGCCCGTAC
Statistics
Matches: 1177, Mismatches: 105, Indels: 70
0.87 0.08 0.05
Matches are distributed among these distances:
44 5 0.00
45 1094 0.93
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ACGTcount: A:0.16, C:0.34, G:0.37, T:0.12
Consensus pattern (45 bp):
CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCG
Found at i:10117 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 10093--10130 Score: 76
Period size: 19 Copynumber: 2.0 Consensus size: 19
10083 GGCCCAGCGT
10093 GTGCCGATGGTGGTCGAGG
1 GTGCCGATGGTGGTCGAGG
10112 GTGCCGATGGTGGTCGAGG
1 GTGCCGATGGTGGTCGAGG
10131 CAACCTGCCG
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
19 19 1.00
ACGTcount: A:0.11, C:0.16, G:0.53, T:0.21
Consensus pattern (19 bp):
GTGCCGATGGTGGTCGAGG
Found at i:10149 original size:64 final size:64
Alignment explanation
Indices: 10048--10175 Score: 222
Period size: 64 Copynumber: 2.0 Consensus size: 64
10038 GGCGGAGCGT
* *
10048 GTGCCGATGGTGGTCGAGGCAAGCGCCCGCACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGG
1 GTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCGCACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGCTCGAGG
10112 GTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCTG-CCGCACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGCTCGAGG
1 GTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACC-GCCCGCACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGCTCGAGG
10176 CAACCGACCG
Statistics
Matches: 61, Mismatches: 2, Indels: 2
0.94 0.03 0.03
Matches are distributed among these distances:
64 60 0.98
65 1 0.02
ACGTcount: A:0.14, C:0.29, G:0.42, T:0.15
Consensus pattern (64 bp):
GTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCGCACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGCTCGAGG
Found at i:10194 original size:109 final size:109
Alignment explanation
Indices: 10003--10220 Score: 373
Period size: 109 Copynumber: 2.0 Consensus size: 109
9993 GGCCCAGCGT
** *
10003 GTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCTGCCGCACCAGGGCGGAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGC
1 GTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCTGCCGCACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGCTCGAGGC
* * *
10068 AAGCGCCCGCACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGG
66 AACCGACCGCACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGCTCGAGG
10112 GTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCTGCCGCACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGCTCGAGGC
1 GTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCTGCCGCACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGCTCGAGGC
*
10177 AACCGACCGCACCAGGGCCGAGCGTGTGCCGATGGTGCTCGAGG
66 AACCGACCGCACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGCTCGAGG
10221 CAAGCTGCCG
Statistics
Matches: 102, Mismatches: 7, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
109 102 1.00
ACGTcount: A:0.15, C:0.30, G:0.41, T:0.14
Consensus pattern (109 bp):
GTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCTGCCGCACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGCTCGAGGC
AACCGACCGCACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGCTCGAGG
Found at i:10238 original size:154 final size:154
Alignment explanation
Indices: 9958--10265 Score: 541
Period size: 154 Copynumber: 2.0 Consensus size: 154
9948 GGCCCAGCGT
*
9958 GTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCGCACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGC
1 GTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCGCACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGCTCGAGGC
* *
10023 AACCTGCCGCACCAGGGCGGAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAAGCGCCCGCACCAGGGCCC
66 AACCTGCCGCACCAGGGCCGAGCGTGTGCCGATGGTGCTCGAGGCAAGCGCCCGCACCAGGGCCC
10088 AGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGG
131 AGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGG
10112 GTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCTG-CCGCACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGCTCGAGG
1 GTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACC-GCCCGCACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGCTCGAGG
10176 CAACC-GACCGCACCAGGGCCGAGCGTGTGCCGATGGTGCTCGAGGCAAGCTG-CCGCACCAGGG
65 CAACCTG-CCGCACCAGGGCCGAGCGTGTGCCGATGGTGCTCGAGGCAAGC-GCCCGCACCAGGG
10239 CCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGG
128 CCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGG
10266 CAACCGCCCG
Statistics
Matches: 148, Mismatches: 3, Indels: 6
0.94 0.02 0.04
Matches are distributed among these distances:
153 1 0.01
154 145 0.98
155 2 0.01
ACGTcount: A:0.15, C:0.31, G:0.41, T:0.13
Consensus pattern (154 bp):
GTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCGCACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGCTCGAGGC
AACCTGCCGCACCAGGGCCGAGCGTGTGCCGATGGTGCTCGAGGCAAGCGCCCGCACCAGGGCCC
AGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGG
Found at i:11982 original size:45 final size:45
Alignment explanation
Indices: 11918--14170 Score: 3080
Period size: 45 Copynumber: 49.8 Consensus size: 45
11908 TGCCTAAACC
*
11918 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGCTCGAGGCAACCGCCCG
1 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCG
* *
11963 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGCTCGAGGCAAGCGCCCG
1 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCG
12008 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCG
1 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCG
* ** * *
12053 CACCAGGGCCGATAGTGTGCCGATGGTGCTCGAGGCAACCTG-TCG
1 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACC-GCCCG
*
12098 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGATCGAGGCAACCTG-CCG
1 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACC-GCCCG
***
12143 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAAGTTCCCG
1 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCG
* * *
12188 CACCAGCGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGCTCGAGGCAACCGACCG
1 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCG
*
12233 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGCTCGAGGCAACCTG-CCG
1 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACC-GCCCG
* *
12278 CACCAGGGCCCAGCGTCTGCCGATGGTGCTCGAGGCAACCTG-CCG
1 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACC-GCCCG
* * *
12323 CACCAGGGCCCAGCGTCTGCCGATGGTGCTCGAGGCAAGCGCCCG
1 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCG
*
12368 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAAGCGCCCG
1 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCG
12413 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGC-ACCGCCCG
1 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCG
*
12457 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGCTCGAGGCAACCTG-CCG
1 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACC-GCCCG
* *
12502 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGCTCGAGGCAACCGACCG
1 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCG
* *
12547 CACCAGGGCCGAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAAGCGCCCG
1 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCG
*
12592 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATTGTGGTCGAGGCAACCTG-CCG
1 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACC-GCCCG
12637 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCG
1 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCG
* *
12682 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGATCGAGGCAACCGACCG
1 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCG
*
12727 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGCTCGAGGCAACCTG-CCG
1 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACC-GCCCG
* *
12772 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTCGTCGAGGGAACCTG-CCG
1 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACC-GCCCG
*
12817 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAAGCGCCCG
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* *
12862 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGCTCGAGGCAACCGACCG
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12907 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCG
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12952 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCTG-CCG
1 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACC-GCCCG
** *
12997 CACCAGGGCGGAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAAGCGCCCG
1 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCG
*
13042 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAAGCGCCCG
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** ***
13087 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCTGCCGATGGTGG
1 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACC---GCCCG
* ** * * * ** **
13135 TCGAGGCAACCTGCCGCACCAG-G-GCCCA-GCGTGTGCCGATGG-TGCTCG-AGG
1 -C-A--CCA-GGGCC-CAGC-GTGTGCCGATG-GTG-GTCGA-GGCAAC-CGCCCG
* * *
13186 CAACC--GACCGCACCAG-G-GCCGA-GCGTGTGCCGA-GC-ACCAAGCTGCCG
1 C-ACCAGGGCC-CAGC-GTGTGCCGATG-GTG-GTCGAGGCAACC--GC--CCG
13233 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCG
1 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCG
*
13278 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGCTCGAGGCAACCTG-CCG
1 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACC-GCCCG
* *
13323 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTCGTCGAGGGAACCTG-CCG
1 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACC-GCCCG
*
13368 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAAGCGCCCG
1 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCG
* *
13413 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGCTCGAGGCAACCGACCG
1 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCG
*
13458 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGCTCGAGGCAACCTG-CCG
1 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACC-GCCCG
*
13503 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAAGCGCCCG
1 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCG
*
13548 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAAGCGCCCG
1 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCG
* *
13593 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGCTCGAGGCAACCGACCG
1 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCG
* *
13638 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAAGCGGCCG
1 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCG
*
13683 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAAGCGCCCG
1 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCG
*
13728 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAAGCGCCCG
1 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCG
* * * *
13773 CACCAGGGCCCAACGTGTGCCGATGGTGCTGGGGGCAACCGCCCG
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*
13818 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGATCGAGGCAACCGCCCG
1 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCG
* *
13863 CCCCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAAGCGCCCG
1 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCG
* *
13908 CACCAGTGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAAGCGCCCG
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* * * *
13953 CACCAGGGCCCAGCTTTTGCCGATGGTGATCGAGGCAACCGGCCG
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* ** * *
13998 CTCCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTTATCGGGGCAACCGGCCG
1 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCG
* * *
14043 CACCAGGGCCCAGGGTCTGCCGATGGTGCTCGAGGCAACCGCCCG
1 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCG
* * * * * ** *
14088 CACCAAGGCTCAGCATGTGCCGCTGGTGATCGAGGCAACAACCCA
1 CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCG
* *
14133 CACCAGGGCCCAGCTTGTGCCGATGGCGGTCGAGGCAA
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CACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCG
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TGCCGATGGTGGTCGAGGC
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13049 GCCCAGCGTG
* *
13059 TGCCGATGGTGGTCGAGGCAAGCGCCCGCACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGC
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13187 AACCGACCGC
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Found at i:13205 original size:109 final size:109
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13004 GCGGAGCGTG
* *
13014 TGCCGATGGTGGTCGAGGCAAGCGCCCGCACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCA
1 TGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCGCACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGCTCGAGGCA
* *
13079 AGCGCCCGCACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGC
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*
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TGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCGCACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGCTCGAGGCA
ACCGACCGCACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGC
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14331 CACTCGGGAC
14341 AGCATCGCCGG
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14352 AGCATCGCCGG
1 AGCATCGCCGG
* *
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1 AGCATCGCCGG
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1 AG
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AGCATCGCCGG
Found at i:15170 original size:26 final size:26
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Indices: 15130--15182 Score: 88
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15120 GTTGACTTAG
*
15130 GCATACGGAGTTCATTCCCGATCTAA
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*
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1 GCATACGGAGCTCATTCCCGATCTAA
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GCATACGGAGCTCATTCCCGATCTAA
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Indices: 14885--15492 Score: 760
Period size: 172 Copynumber: 3.5 Consensus size: 168
14875 AGCACCCGAT
* *
14885 CGATCCCCGGCTTGCGCATCCTGCCTCTCCGGCCGGCTGAGCGCCCGCACGCTCGTTCCGTGGGT
1 CGATCCCCGGCTTGCGCATCATGCCCCTCCGGCCGGCTGAGCGCCCGCACGCTCGTTCCGTGGGT
* * *
14950 TGACTTAGGCATACGGAGCTCATTCCATGTCTAAGCCCCAGTCGGA-CCGAGGGTCGCGG-C-AG
66 TGACTTAGGCATACGGAGTTCATTCCACGTCTAAG---CA-TCGGAGCC-A--GTCCCGGTCAAG
*
15012 CTGGACGGGCAGCGGGATCGGCAGCAGCACGCGGGGGGACCGGGC
124 CTGGACCGGCAGCGGGATCGGCAGCAGCACGCGGGGGGACCGGGC
* * * *
15057 CGATCCCCGGCTTGCGCGTCATGCCCCTCCGGTCGACTGAGCGCCCGCACGCTCGTTTCGTGGGT
1 CGATCCCCGGCTTGCGCATCATGCCCCTCCGGCCGGCTGAGCGCCCGCACGCTCGTTCCGTGGGT
* *
15122 TGACTTAGGCATACGGAGTTCATTCC-CGATCTAAGCATACGGAGCTCATTCCCGGTCTAAGATC
66 TGACTTAGGCATACGGAGTTCATTCCACG-TCTAAGCAT-CGGAGC-CAGTCCCGGTC-AAGCT-
* *
15186 GGACCGGCAGCGGGATCGACAGCAGCACGCGGGGGGGACCGGGT
126 GGACCGGCAGCGGGATCGGCAGCAGCACGC-GGGGGGACCGGGC
* * *
15230 CGGTCTCCGGCTTGCGCATTATGCCCCTCCGGCCGGCTGAGCGCCCGCACGCTCGTTCCGTGGGT
1 CGATCCCCGGCTTGCGCATCATGCCCCTCCGGCCGGCTGAGCGCCCGCACGCTCGTTCCGTGGGT
* * * ** * * *
15295 TGGCTTAGGCACACGGAGTTCATTCCATGTCTAAGC--CCCAGCCGGACCGAGGGTTGCGACAGC
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15358 TGGACCGGCAGCGGGATCGGCAGCAGCACGCGGGGGGACCGGGC
125 TGGACCGGCAGCGGGATCGGCAGCAGCACGCGGGGGGACCGGGC
15402 CGATCCCCGGCTTGCGCATCATGCCCCTCCGGCCGGCTGAGCGCCCGCACGCTCGTTCCGTGGGT
1 CGATCCCCGGCTTGCGCATCATGCCCCTCCGGCCGGCTGAGCGCCCGCACGCTCGTTCCGTGGGT
* *
15467 TGACTTAGGCATACGCAGTGCATTCC
66 TGACTTAGGCATACGGAGTTCATTCC
15493 CGGTCTCGAC
Statistics
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0.84 0.09 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 6 0.02
169 10 0.03
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CGATCCCCGGCTTGCGCATCATGCCCCTCCGGCCGGCTGAGCGCCCGCACGCTCGTTCCGTGGGT
TGACTTAGGCATACGGAGTTCATTCCACGTCTAAGCATCGGAGCCAGTCCCGGTCAAGCTGGACC
GGCAGCGGGATCGGCAGCAGCACGCGGGGGGACCGGGC
Found at i:15605 original size:40 final size:40
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Indices: 15550--15629 Score: 124
Period size: 40 Copynumber: 2.0 Consensus size: 40
15540 AACGACCGAG
*
15550 GGGGACCAACAGCGGGATCCTTGGCCGGCTCGCGCATCCC
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** *
15590 GGGGACCGGCAGCGGGATCCTGGGTCGGCTCGCGCATCCC
1 GGGGACCAACAGCGGGATCCTGGGCCGGCTCGCGCATCCC
15630 CCCCCGCGGT
Statistics
Matches: 36, Mismatches: 4, Indels: 0
0.90 0.10 0.00
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40 36 1.00
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GGGGACCAACAGCGGGATCCTGGGCCGGCTCGCGCATCCC
Done.