Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019168401.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_617, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
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Indices: 501--566 Score: 107
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491 AAATAAAAAG
501 TAAGAGATTAAAAAAAATATG-TTGCTCATAGT
1 TAAGAGATTAAAAAAAATATGTTTGCTCATAGT
* *
533 TAAGAGATTAAAAAAAATGTGTTTGCTTATAGT
1 TAAGAGATTAAAAAAAATATGTTTGCTCATAGT
566 T
1 T
567 GTACCGCATT
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 2, Indels: 1
0.91 0.06 0.03
Matches are distributed among these distances:
32 20 0.65
33 11 0.35
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Consensus pattern (33 bp):
TAAGAGATTAAAAAAAATATGTTTGCTCATAGT
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Indices: 1924--4992 Score: 2161
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1914 ACATTCTAGT
* * * * * *
1924 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAACTGGTTCAGTAAAT
1 GTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT-TGTAAAC
* * * * * * * *
1989 A-AAATTATTTTCTAAATCTCTTA--TA-AAATTTTGA-AATATTAATAAATTA-TTTCTACTCT
65 ATGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGTAT-TATTTT
* * * ** *
2048 ATTTTGAATAAGCTTGTATCAGCTA-AAGTAATTGTTTTATGATAAAACAAAAG
129 ATTTCGAATAAGCTTGTATGA-ATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * * *
2101 GTCATAA-AATTTTGAGATAAATAATTGTTCATATAGTCATAATTGTTTGAA-TTGGTTTG-ACA
1 GTCATAATAA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTTGTAAA
* * * *
2163 CATGGATTTATTTTTTAAATCTTTTAGTTATTAATTTTCATAATATTACTAAATTAGTATTATTT
64 CAT-GATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTT
* * * * * *
2228 TATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATTATAGAATAAAAT
128 TATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * *
2282 GTTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTG-ATTTGGTTTGGTAAA
1 GTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTT-GTAAA
* * * * **
2346 CA--AATTACTTTTTAAACCTCTTA-TTA--AATTTTGA-AATATTTGTAAATTAGTATTATTTT
64 CATGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
* * * * *
2405 ATTTTGAATTAGCTTGTATG-TTGAAAAACAATTGTTTTATTACAAAACAAAAG
129 ATTTCGAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * * * * * *
2458 GTAATAACAATATGAAACAGATAGTTGTTCAAATGGTCATAATTATTTGAACTTATTCAGTAAAC
1 GTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT-TGTAAAC
* * * * * *
2523 -TGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATCAACTTTC-GAAATAATAATAAAGTAGCACTATTTT
65 ATGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTT
* * * * * *
2586 CTTTTGAATAAGCTTTTGTGAACTA-AAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAG
129 ATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * * * *
2639 GTCATAATGATTTTAAATCGATAATTTTTCAAATAGTAATAACTCTTTGAACTTGTTTAGCAAAC
1 GTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTT-GTAAAC
* * * * ** * *
2704 A-AATTTATATTTTCAAATCTCTTGCTTATTATTTTTTGGAATGTTAATAGATTAGTATTATTTT
65 ATGATTTAT-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
* * * * * * * *
2768 ATTCCAAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTATTATAGGACTAAATAAAAA
129 ATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * * * * * * * **
2821 GTTAGAATGATTTGAAATATATAATTATTCTAATAGTCCTAGCTATTTGAACTGGTTCGGCAA-A
1 GTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGTAAACA
* * * * *
2885 TACATTTATTTTTAAAATCT-TT-C--ACTAATTGTT-GGAATATTATTAAATTAGTATTATTTT
66 T-GATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
* * * * *
2945 -TATCCAAATAAGCTTGTATGATTAGAAACAATTATTTTATGAGAAAAC-AAAG
129 AT-TTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * * * * *
2997 ATCATAATGATTTGAGATTGATATTTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTAGTTTAGAAAAC
1 GTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTT-GTAAAC
* * * * * *
3062 A-AATTTA-GTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTT-TGAAATGTTAATAAAGTAGTATTATTTT
65 ATGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTT
* * * *
3124 ATTTTGAATAAGATTTTATGAA-ATGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAG
129 ATTTCGAATAAGCTTGTATGAATA-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
*
3177 GTCATAATGACTTT-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCGA-ATA-TATTTGAACTTGTTTGATA
1 GTCATAAT-AATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATA-ACTATTTGAACTTGTTTG-TA
* * * ** *
3239 AATA-GATTTATTTTATTTAAATCTCTTGCTCATTAATTTTTTGAA-AGTTAATAAATTACTATT
62 AACATGATTTA-TTT-TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAGAATA-TTAATAAATTAGTATT
* * * * *
3302 ATTTTATTTTGAATAATCTTGTATGAACT-GAAATAATTGTTTTATGACTAAATAAAAG
124 ATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * * * *
3360 GTAATAATGATTTAAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAATTATTTGAA-TTGGTTCGGTAAA
1 GTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTT-TGTAAA
* * * * * * *
3424 C-TCATTTATTTTTTAAATCTCTTTCTTATTATTTTTTAGAATATTATTAATTTAGTAATATTTT
64 CATGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
* *
3488 ACTTT-GAATAAGCTTGTATGAACA-AAAGCAACTGTTTTACT-ACAAAAC-AAAG
129 A-TTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-CAATTGTTTTA-TGACAAAACAAAAG
* * * * * *
3540 ATCATAATGATTTGAGATAGATAATTTTTCAAATAGTCATAAGTATTTGAA-TTGGTTCGATAAA
1 GTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTTG-TAAA
* * * * *
3604 TA-GATTTAATTCTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTACAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
64 CATGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
** * * ** * * *
3664 A-TTCTGAATAATTTTGTATTAATAGATACAATCATTTTACGATAAAACAAAAT
129 ATTTC-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* *** * * * * *
3717 GTCATAATGATTTGAAATTA-ATAATAACTCAAATAGACATGACTATTTAAACTTGTTCAGTAGA
1 GTCATAATAATTTGAAA-TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT-TGTAAA
** * *
3781 CA-GATTTATTTTTTCAAAATCTCCAACTTATTAATTTTTAGAATATTCATAAATTAGTATTATT
64 CATGATTTATTTTTT--AAATCTCTTACTTATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGTATTATT
* ** * *
3845 TTATTTCAAATAAAATTGTATGAATAGAAACAATTATTTTAAGACAAAACAAAAG
127 TTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * * ** * * ** ** * * * *
3900 ATCCA-AATGACTCAAAATAAATAATTATTTGAAGGGTCATAACTATTCGAACTCGCTCGATAAA
1 GT-CATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTG-TAAA
* * ** * *
3964 TAT-ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATTTTAATAAATTAGTATCATTTT
64 CATGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
* * * * * **
4028 ATTCCAAATAAGCTTTTATGAACAGAAACAATTGGTTTATGATGAAACAAAAG
129 ATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * * ***
4081 CTCATAACAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACATGTTCAAAAAAC
1 GTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT-TGTAAAC
* *
4146 AT-ATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTT
65 ATGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAG-AATATTAATAAA-TTAGTATTATTT
* * * *
4207 TA-TTCAAAATAAGTTTGCATGAATAGAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAACA-
128 TATTTC-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AG
* ** * * * * *
4261 ATCATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTTAGATAGTCATAACTATTTGAACATGTTTAATAAAT
1 GTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTT-GTAAAC
* * *
4326 A-GATTAATTTTTTAATTCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
65 ATGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * * * *
4390 TTTCAAATAAGCTTATATGAACCA-AAACAATTGTTTTATTATAAAACAAAAG
130 TTTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * * * * *
4442 GTCATAATGATTTAAAATAAATAATTATTCAAATACTCATGACCATTTGAACTTGTTCGATAAAC
1 GTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTG-TAAAC
* * * * *
4507 ATG-TTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTATTTGTTGA-AATATTAATAAATTAATATTTTTTT
65 ATGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
* * * *
4570 A-ATCTGAATAAGCTTGTATAAACATAAACAATTG-TTTATGACAAAACAAAAG
129 ATTTC-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * * ** *
4622 GTTATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATTA-TCATAAAGATTTGAACTTGTTCGGTAAA
1 GTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA-TAGTCATAACTATTTGAACTTGTT-TGTAAA
* * * * * * **
4686 TA-AATTTATTTGTTAGATCTTTTACTTATTAATTGTCTTAATATTAATAAATTTA-TATTATTT
64 CATGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTT
* * * ** * *
4749 TA-TTCGAAATAAACTTCTATGAATAGAAAAAAAATCATTTTATAACTAAACAAAAG
128 TATTTCG-AATAAGCTTGTATGAATAG--AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* ** * * * * * * *
4805 GTTATAGCAATTTCAAATAGATAATTATTCAAATAATCATAATTATTTAAATTTTTTTGTTAAAC
1 GTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTG-TAAAC
* * *
4870 A-GATTCATTTTTTAAATCTCTTAAC-TATTAATTTTCAAAATATTAATAACTTAGTATTATTTT
65 ATGATTTATTTTTTAAATCTCTT-ACTTATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
* ** * * ** * *
4933 ATTTTGAATAAGCTCATTTGAACCA-AAATGATTTTTTTATGACAAAACAAAAA
129 ATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
4986 GTCATAA
1 GTCATAA
4993 CGATTTGTTT
Statistics
Matches: 2299, Mismatches: 470, Indels: 242
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
174 2 0.00
175 13 0.01
176 236 0.10
177 225 0.10
178 17 0.01
179 79 0.03
180 446 0.19
181 691 0.30
182 177 0.08
183 399 0.17
184 14 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (181 bp):
GTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGTAAACA
TGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
TTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
Found at i:4326 original size:361 final size:363
Alignment explanation
Indices: 1924--4999 Score: 2384
Period size: 361 Copynumber: 8.5 Consensus size: 363
1914 ACATTCTAGT
* *
1924 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAAC-TGGTTCAGTAAA
1 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGGTTCAGTAAA
* * * * * * * *
1988 TAAAATTATTTTCTAAA--TC-TCTTATAAAATTTTGAAATATTAATAAATTA-TTTCTACTCTA
66 CAAATTTATTTTTTAAATCTCTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT-TATTTTA
* * * ** * * *
2049 TTTTGAATAAGCTTGTATCAGCTA-AAGTAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAA-AATT
130 TTCTGAATAAGCTTGTATGA-ATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGA-T
* * * * * * * * *
2112 TTGAGATAAATAATTGTTCATATAGTCATAATTGTTTGAA-TTGGTTTGACACATGGATTTATTT
193 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGGTTCGATAAATAGATTTATTT
* * * * * *
2176 TTTAAATCTTTTAGTTATTAATTTTCATAATATTACTAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAG
258 TTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAG
* * * * * * *
2241 CTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATTATAGAATAAAAT
323 CTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAG
* ** * * * **
2282 GTTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTG-ATTTGGTTTGGTAAA
1 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGGTTCAGTAAA
* * **
2346 CAAA-TTACTTTTTAAA-C-C-TCTTATTAAATTTTGAAATATTTGTAAATTAGTATTATTTTAT
66 CAAATTTATTTTTTAAATCTCTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * * * * * ** *
2407 TTTGAATTAGCTTGTATG-TTGAAAAACAATTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTAATAACAATAT
131 TCTGAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTT
* * * * *
2471 GAAACAGATAGTTGTTCAAATGGTCATAATTATTTGAACTT-ATTC-AGTAAACT-GATTTATTT
195 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGGTTCGA-TAAA-TAGATTTATTT
* * * * * * * * * ***
2533 TTTAAATCTCTTACTTATCAA-CTTTCGAAATAATAATAAAGTAGCACTATTTTCTTTTGAATAA
258 TTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAA
* * * *
2597 GCTTTTGTGAACTA-AAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAG
322 GCTTGTATGAAC-AGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAG
* * * * * * *
2639 GTCATAATGATTTTAAATCGATAATTTTTCAAATAGTAATAACTCTTTGAACTT-GTTTAGCAAA
1 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGGTTCAGTAAA
* * * * *
2703 CAAATTTATATTTTCAAATCTCTTGCTTATTATTTTTTGGAATGTTAATAGATTAGTATTATTTT
66 CAAATTTAT-TTTTTAAATCTCTT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
** * * * * *
2768 ATTCCAAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTATTATAGGACTAAATA-AAAAG-TTAGAATG
129 ATTCTGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGAC-AAA-ACAAAAGATCATAATG
* * * * * ** *
2830 ATTTGAAATATATAATTATTCTAATAGTCCTAGCTATTTGAAC-TGGTTCGGCAAATACATTTAT
191 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGGTTCGATAAATAGATTTAT
* * * * *
2894 TTTTAAAATC-TTT-C--ACTAATTGTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TATCCAAAT
256 TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TCCAAAT
** *
2954 AAGCTTGTATGATTAGAAACAATTATTTTATGAGAAAAC-AAAG
320 AAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAG
* * * * * * * *
2997 ATCATAATGATTTGAGATTGATATTTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAAC-TAGTTTAGAAAA
1 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGGTTCAGTAAA
* * *
3061 CAAATTTA-GTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATGTTAATAAAGTAGTATTATTTTA
66 CAAATTTATTTTTTAAATCTCTT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * * * *
3125 TTTTGAATAAGATTTTATGAA-ATGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATGACT
130 TTCTGAATAAGCTTGTATGAATA-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGA-T
*
3189 TT-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCGA-ATA-TATTTGAACTT-GTTTGATAAATAGATTTAT
193 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATA-ACTATTTGAACTTGGTTCGATAAATAGATTTA-
* * * * * ***
3250 TTTATTTAAATCTCTTGCTCATTAATTTTTTGAA-AGTTAATAAATTACTATTATTTTATTTTGA
255 TTT-TTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATA-TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAA
* * * * *
3314 ATAATCTTGTATGAACTGAAATAATTGTTTTATGACT-AAATAAAAG
318 ATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGA-TAAAACAAAAG
* * * * * *
3360 GTAATAATGATTTAAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCT-TAATTATTTGAA-TTGGTTCGGTAA
1 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT-TATAACTATTTGAACTTGGTTCAGTAA
** * * * *
3423 ACTCATTTATTTTTTAAATCTCTTTCTTATT-ATTTTTTAGAATATTATTAATTTAGTAATATTT
65 ACAAATTTATTTTTTAAATCTC-TTCTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTT
* *
3487 TACTT-TGAATAAGCTTGTATGAACA-AAAGCAACTGTTTTACT-ACAAAAC-AAAGATCATAAT
128 TA-TTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-CAATTGTTTTA-TGACAAAACAAAAGATCATAAT
* * *
3548 GATTTGAGATAGATAATTTTTCAAATAGTCATAAGTATTTGAA-TTGGTTCGATAAATAGATTTA
190 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGGTTCGATAAATAGATTTA
* * ** * **
3612 ATTCTTAAATC---T-CTTATTAATTTACAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAAT
255 TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAAT
** * * * * * *
3673 AATTTTGTATTAATAGATACAATCATTTTACGATAAAACAAAAT
320 AAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAG
* * ** * * *
3717 GTCATAATGATTTGAAATTA-ATAATAACTCAAATAGACATGACTATTTAAACTT-GTTCAGTAG
1 GTCATAATGATTTGAAA-TAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGGTTCAGTAA
* ** *
3780 ACAGATTTATTTTTTCAAAATCTCCAACTTATTAATTTTT-AGAATATTCATAAATTAGTATTAT
65 ACAAATTTATTTTTT--AAATCT-CTTCTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTAT
* ** * *
3844 TTTATT-TCAAATAAAATTGTATGAATAGAAACAATTATTTTAAGACAAAACAAAAGATCCA-AA
126 TTTATTCT-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGAT-CATAA
* ** * * ** ** * * * *
3907 TGACTCAAAATAAATAATTATTTGAAGGGTCATAACTATTCGAAC-TCGCTCGATAAATATATTT
189 TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGGTTCGATAAATAGATTT
* * *
3971 ATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATTTTAATAAATTAGTATCATTTTATTCCAAA
254 ATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAA
* ** *
4036 TAAGCTTTTATGAACAGAAACAATTGGTTTATGATGAAACAAAAG
319 TAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAG
* ** * * * **
4081 CTCATAACAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAT-GTTCAAAAAA
1 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGGTTCAGTAAA
* *
4145 CATATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTT
66 CAAATTTATTTTTTAAATCTCTT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTT
** * * * *
4208 ATTCAAAATAAGTTTGCATGAATAGAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAACA-ATCATAATGTT
129 ATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGATCATAATGAT
* * * ** *
4272 TTGAAATAGATAATTGTTTAGATAGTCATAACTATTTGAACAT-GTTTAATAAATAGATTAATTT
193 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGGTTCGATAAATAGATTTATTT
* * *
4336 TTTAATTCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAG
258 TTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAG
* * *
4401 CTTATATGAACCA-AAACAATTGTTTTATTATAAAACAAAAG
323 CTTGTATGAA-CAGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAG
* * * * * *
4442 GTCATAATGATTTAAAATAAATAATTATTCAAATACTCATGACCATTTGAACTT-GTTC-GATAA
1 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGGTTCAG-TAA
** * * *
4505 ACATGTTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT-ATTTGTTGAAATATTAATAAATTAATATTTTTT
65 ACAAATTTATTTTTTAAATCTCTT-CTTATTAATTT-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTT
* * * * * * **
4569 TAATCTGAATAAGCTTGTATAAACATAAACAATTG-TTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAAT
128 TATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGAT
* ** * *
4633 TTGAAATAAATAATTGTTCAAATTA-TCATAAAGATTTGAACTT-GTTCGGTAAATAAATTTATT
193 TTGAAATAGATAATTGTTCAAA-TAGTCATAACTATTTGAACTTGGTTCGATAAATAGATTTATT
* * *
4696 TGTTAGATCTTTTACTTATTAATTGTCTT--AATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTCGAAA
257 TTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-T-TTAGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCCAAA
* * * * * *
4758 TAAACTTCTATGAATAGAAAAAAAATCATTTTATAACT-AAACAAAAG
319 TAAGCTTGTATGAACAG--AAACAATTATTTTATGA-TAAAACAAAAG
* *** * * * * * * **
4805 GTTATAGCAATTTCAAATAGATAATTATTCAAATAATCATAATTATTT-AAATT-TTTTTGTTAA
1 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGGTTCAG-TAA
* * ** *
4868 ACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTAAC-TATTAATTTTCAAAATATTAATAACTTAGTATTATTT
65 ACAAATTTATTTTTTAAATCTCTT--CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTT
* ** * * ** * *
4932 TATTTTGAATAAGCTCATTTGAACCA-AAATGATTTTTTTATGACAAAACAAAA-AGTCATAACG
128 TATTCTGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGA-TCATAATG
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191 ATTTG
5000 TTTAACATAT
Statistics
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Consensus pattern (363 bp):
GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGGTTCAGTAAA
CAAATTTATTTTTTAAATCTCTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
TCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTG
AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGGTTCGATAAATAGATTTATTTTTT
AAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTT
GTATGAACAGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAG
Found at i:5103 original size:132 final size:135
Alignment explanation
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4850 TTTAAATTTT
* *
4860 TTTGTTAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTAACTATTAATTTTCAAAATATTAATAACTTAGT
1 TTTGTTAAACAGATTCATATTTTAAATCTCTTAAC-ATTAATTTTCAAAATATTAATAACTTAAT
** * * * *
4925 ATTATTTTATTTTGAATAAGCTCATTTGAACCAAAATGATTTTTTTATGACAAAACAAAAAGTCA
65 ATTATTTTATTCCGAACAAACTCATATGAACCAAAATCATTTTTTTATGACAAAACAAAAAGTCA
*
4990 TAACGA
130 TAACAA
* * * *
4996 TTTGTTTAACATATTTATATTTTAAATCTCTT-A-A-TAATTTTCAAAATATTAATAATTTAATA
1 TTTGTTAAACAGATTCATATTTTAAATCTCTTAACATTAATTTTCAAAATATTAATAACTTAATA
* *
5058 TTATTTTATTCCGAACAAACTTATATGAACCAAAA-CATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
66 TTATTTTATTCCGAACAAACTCATATGAACCAAAATCATTT-TTTTATGACAAAACAAAAAGTCA
5122 TAACAA
130 TAACAA
5128 TTTG
1 TTTG
5132 AAATAGATAG
Statistics
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TTTGTTAAACAGATTCATATTTTAAATCTCTTAACATTAATTTTCAAAATATTAATAACTTAATA
TTATTTTATTCCGAACAAACTCATATGAACCAAAATCATTTTTTTATGACAAAACAAAAAGTCAT
AACAA
Found at i:5640 original size:181 final size:179
Alignment explanation
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5020 AATCTCTTAA
** * * * * * * *
5030 TAATTTTCAAAATATTAATAATTTAATATTATTTTATTCCGAACAAACTTATATGAACCA-AAAC
1 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATG-A-CAGAAAT
* * * * * * *
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* * * ** * * * * * *
5159 ACTACTTGAATTGGTTTGGCAAATAAATT-TTTTTAAAATCTCTTAGTTAT
129 ATTATTTGAATTGATTTGATAAATGATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTCT
* * * * * *
5209 TAA-TTTTCATAATATTATTAGATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACATAAAG
1 TAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATG-ACAGAAAT
* * * * * * *
5273 AATTATTTTATGATAAAACAAAAAATT-ATAACAATTTGAAATATATAATTGTTTAAATAGTCAT
64 AATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGTTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGCCAT
* * *
5337 AATTATTTGAACT-AGTTTGCTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTAC-TCAT
128 AATTATTTGAATTGA-TTTGATAAA-TGATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTC-T
* * * *
5390 TAATTTTTGAAATACTAATAAATTAGTATT-TCTTTATTCCAAATAGGCTTATATGA-TGAAAAG
1 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT-TTTATTTCAAATAAGCTTATATGACAG-AAA-
* * *
5453 TAATTGTTTTATGACAAATCAAAAGTTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAGATGGCCAT
63 TAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGCCAT
* *
5518 AATTATTTGAATTGATTCGATAAATTGATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTCT
128 AATTATTTGAATTGATTTGATAAA-TGATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTCT
* * * *** * * *
5571 CAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTTGATAAGCTTTTATGTACCGACATA
1 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATG-ACAGAAATA
5636 ATTGTT
65 ATTGTT
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Statistics
Matches: 339, Mismatches: 77, Indels: 32
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.39, C:0.10, G:0.09, T:0.42
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TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGACAGAAATAA
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TATTTGAATTGATTTGATAAATGATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTCT
Found at i:5857 original size:27 final size:27
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5817 CAAAAAGTCG
* * *
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*
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Statistics
Matches: 23, Mismatches: 4, Indels: 0
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Matches are distributed among these distances:
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TAACAATTTGAAATAAATAATTATTCA
Found at i:7042 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 6103--11006 Score: 3648
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6093 AACAAAATTG
* * * * * * *
6103 TTATGACTTTTTGTTTTGTTATAAAAAAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAAT
* * * * *
6168 AATATTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGACTTAAAAAAT--ATATGTTTACC
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* * * *
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* * * * *
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* * * * * * * *
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65 TAATACTAATTTATTAA--TATTTAGAAATTAATAAGTAAGAG-ATTTAAAAAATAAATATGTTT
* * * * * * * * *
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* * * * *
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1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAA
* * * *
6527 TAATA-TAAATTTATTAAAATTCCA-AAAATAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATATGTTT-
65 TAATACT-AATTTATTAATATT-TAGAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA
* * * *
6588 TCTGAACACGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTCTATTTCAAATCG
128 TC-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
** * * * *
6642 TTATGACAATTTGTTTTATCATAAACCAATTGTTTCTGTTCATGCAAGCTTATTTGGAATAAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAAT
* * * * * *
6707 AATACTAATTTATTAATATTTCTA-AAATTAATAAGTAAAATATTTAAATAATAAATCTATTTAC
66 AATACTAATTTATTAATA-TT-TAGAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAT
* * * * **
6771 CGAGCAAG-T----T--TTATGACTATTTGAATAGTTATATATTTCAAATTG
129 CGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
** * * * * *
6816 TTATGATATTTTATTTTGTCATAAAATAGTTATTTCTATTCATACAAGTTTATTTGGAATAAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAAT
* * * * *
6881 GACACCAATTTATTATTATTCTAGAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATC
66 AATACTAATTTATTAATATT-TAGAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATC
* * * **
6946 GAACAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACTGTTAT-TAATTTCAAATCA
130 GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT-ATTTCAAATCA
* * * ** *
6997 TTATGACATTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTTAGAATAAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAAT
* * * * * * * *
7062 AATACCAATTTATTACTATTTTGAAA--ATTAA-TAAG-GATTT-AAAAATAATTGTATTTTTCG
66 AATACTAATTTATTAATATTTAGAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCG
* * * * * **
7122 AACCAA-TTTAAATAGTTAAGACTATTAGAACGATTATCTATTCCAAATTG
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* * * * * * * *
7172 TTTTGATCTTTTGTTTAGTAAAAAAATAATTGTTT-TAGTTCATACATA-CTTATTTGAAATATA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACA-AGCTTATTTGGAATAAA
* * * * *
7235 ATAATACTAATTTATTAAAATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAAAGTTT--AAAA-AAAT-TATTT
64 ATAATACTAATTTATTAATA-TTTAGAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATATGTTT
* * * **
7296 A-CTGAAAAAGTTCAAATAGTTATGACTATTCGAACAATTATCTATTTAAAATTG
127 ATC-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
** * * * * * * *** *
7350 TTATGATATTTTATTTTATCATAAAACAACTATTTC-AGTAT-ATAAAAGTTTATTCAAAATTAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-T-TCATACAAGCTTATTTGGAATAAA
* * * * *
7413 ATAATATTACTTTATTAATATTTCA-ATAATTGATAAGTTAGAGATTTGAAAAATAAATCA-GTT
64 ATAATACTAATTTATTAATATTT-AGA-AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-ATGTT
* ** * * * *
7476 TATCAAATTAGTTCAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCG
126 TATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * *
7531 TTATGAACTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTCA-TCATACAAGCCTCTTTGAAATAAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAA
* * * * * *
7595 TAATATTAATTTTTTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAGTTAATCTGTTTA-
65 TAATACTAATTTATTAATATTT-AGAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAT
* **
7659 CTGAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATTG
129 C-GAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * * * * *
7712 TTATAACCTTTTGTTATCTCATAAAAAAATTATTTCTGTTCACACAAGTTTATTCGAAATAAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAAT
** * * * * *
7777 AATACTAATGCAATAATATTTTGAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTT-GC
66 AATACTAATTTATTAATATTTAG-AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATC
* * * ** * * * *
7841 TGAACTAGTTTAAATAGTTAAGGGTATATAAAC-ATTTTTTATTTCAAATCA
130 -GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * **
7892 TTATAACCTTTTGTTTTGTCGTAAAACAATT-TTTTTAGTTCTTAGTAA-CATATTCAGAATAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATA-CAAGCTTATTTGGAATAAA
* * * * *
7955 ATAAAACAAATTTATTAATATTTCA-AAACTTAATAAGTAAGAGATCTAAAAAACAATTATGTTT
64 ATAATACTAATTTATTAATATTT-AGAAA-TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTT
** * * * *
8019 GCCTAACCAA-TTCAAATAATTATGATTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA
127 ATCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * * * * * *
8073 TTATGACCTTTTGGTTAGTCATAAAATAAATGTTTTTGTTCACATAAGTTTGTTTAGAATAAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAAT
* * * * * *
8138 AATAATAATTTATTGATATTTTGAAAATTAAGAAGTAAGAAATTT-AAAAATAAATTTGTTTA-C
66 AATACTAATTTATTAATATTTAG-AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATC
* * * * * *
8201 TAA-ATCAGTTCAATTAGTTATAACTATTTGAGCAATCATTTATTTCAAATCA
130 GAACA--AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * ** * * * * *
8253 TTACGGCCACTTGTTTTGTCATAAAAAAATT-ATTCTGTTCATA-TAGTCTTATTTGGAATAAAG
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG-CTTATTTGGAATAAAA
* * * * * * * **
8316 TAATGCTAATTTATTAATATTTTGAAAACTAATAAGTAACAAATTTAAAGAATGAAA-ATATTGG
65 TAATACTAATTTATTAATATTTAG-AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AAATATGTTTA
* * * *
8380 CCTG-ACTAGTGCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCA
128 TC-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * * *
8433 TTATGACCTTTTGTTTTATAACAAAATAATTGTTTCTATTCGTATAAGCTTGTTT-GAATAACAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAAT
* * * * *
8497 AATTCT-ATTTCATTAATATTCT-GAAAATCAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTA
66 AATACTAATTT-ATTAATATT-TAG-AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA
* * * *
8560 TTGAACAAGTACAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCA
128 TCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * **
8613 CTATAACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAAAAT-TTTCTATTCATAAAAGCTTATTTCAAATAAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAA
*
8677 T--TACATAAATTTATTAATATTTAGACACA-TAATAAGTAAAAGATTT-AAAAA-AAAT-TGTT
65 TAATAC-T-AATTTATTAATATTTAGA-A-ATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTT
* * *
8736 TATCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTAGT-TATTTCAAATCA
126 TATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA-TCTATTTCAAATCA
* * * ** * * * * *
8791 TTAAGACTTTTTATTTCATCATGACACAATTGTTTTTCTTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAAT
* * * * * *
8856 AATATTAATTGATTAATATTTTA-AAAGTTAATAAGTAAAAGATTT-TAAAATAAATATATTTAC
66 AATACTAATTTATTAATA-TTTAGAAA-TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAT
* * * * * * *
8919 CAAACAAGTTTAAAGAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCG
129 CGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * *
8971 TTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTATCAATTCATATAGGCTTATTT-GATATAAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGA-ATAAAA
* * * * *
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65 TAAT-ACTAATTTATTAATATTTAG-AAATTAATAAGTAAGAGATTT--AAAAAATAAATATGTT
**
9099 TA-CTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTG
126 TATC-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * *
9154 TTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGTTCAAACAGGCTTATTTCGAATAAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAAT
* * * * *
9219 AAT--TAAATTTATTAATATTCCA-AATTTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAAT-AAT-TTTTTTT
66 AATACT-AATTTATTAATATT-TAGAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAT
* * *
9278 CGAACACA-TTC--A-AGTTTTAACTATTTGAACAATCATCTATTTCAAAT-A
129 CGAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* ** * * **
9326 GTTATGACCTTGTGTTTTGTGGTAAACCAATTGTTTCTATCCATACAAGCTTATTTAAAATAAAA
1 -TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAA
* * * * *
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65 TAATACTAATTTATTAATATT-TAGAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAT
* ** * * *
9456 TGAGTAAGTTCAAATAGTTATGACTGTTTGAGCAATCT-TTTATTTCAAAT-A
129 CGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT-TATCTATTTCAAATCA
* * * * * * ***
9507 GTCATGATCTTTTGTTTTGTCACAAAATAATTGTTTTTATTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAA
1 -TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAA
* * * * * * *
9572 TAATACTATTTTATTAAGATTTTGCAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTAC
65 TAATACTAATTTATTAATATTTAG-AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAT
* * * * *
9637 CAAAAAAGTTCAAATAGTCATG-TTCATTTGAACAATTATCTATTCCAAATCA
129 CGAACAAGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * ***
9689 TTATGACCTTTTGTTTTGT-AGTAAAACAATTGTTTCTGTACATAC-AGAATTATTCAAAATAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCA-TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG-CTTATTTGGAATAAA
* * * * * * *
9752 ATAATATTGATTTATTAGTATTTTGAAAATTAATAAG--A-A-ATTTAAAAACTAAATTTATTTA
64 ATAATACTAATTTATTAATATTTAG-AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA
** * **
9813 TCGAACCGGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAACTATCTATCACAAATCA
128 TCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * * *
9866 TAATGATC-TTTATTTTGTCATACAACAATTGTTTCTTTTCACATAAGCTTATTT-GATTAAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAAT
* * * * *
9929 GATACTAATTTAATAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATATGTTTGTC
66 AATACTAATTTATTAATATTTAG-AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATC
* * * * *
9994 AAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATTA
130 GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * *
10045 TTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTC-AGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAA
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* * * *
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65 TAATACTAATTTATTAATATTT-AGAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAT
* * * * * * **
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* * * * * * * *
10225 TTTTAACCTTTTATTTTGTCACAAAACAATTGTTTC-AGTTAATAAAAACTTA-TTGAAATAAAA
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* * * * *
10288 TAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTATTAAGCAAGAGATTTAAAAACTAAAGCTAT-TTT
65 TAATACTAATTTATTAATATTT-AGAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA--TATGTTT
* * * * * * * *
10352 CT-TAAGCAA-TTCTAGTAGTTATGACTATTTGAACAAATATCAATCTCAAATCG
127 ATCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * *
10405 TTATGATC-TTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGA-TCATATAAGC-TAATTCGAGTAAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTTGGAAT-AAA
* * * * *
10467 ATAAAACTAATTTAATAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTG
64 ATAATACTAATTTATTAATATTTAG-AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA
* * * * * *
10532 CCAAATCAA-TTCAAATAGTTAAGATTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCA
128 TCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * *
10585 TTTTGA-CTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAATTCATACAAGC-TATTTGAAAGAAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAAT
* * * *
10648 AATACTAATTTATTAACT-TTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAAATAAATTTGTTTA
66 AATACTAATTTATTAA-TATT-TAGAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATATGTTTA
* * * * *
10712 -CTGAACAAGTTCAAATAGCTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAACCA
128 TC-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * ****
10765 TTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCACAAAAGTTTATCCAAAATAAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAA
* * * *
10829 TAATACTACTTTATTAATATTTTGAAA--ATTAA-CAAGAGATTTAAAAAATAAATCA-GTTTA-
65 TAATACTAATTTATTAATATTTAGAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-ATGTTTAT
* * * * *
10889 CTGAATC-AGTTTAAATAATTATGGA-TATTTAAACAATTATTTATTTCAAATCG
129 C-GAA-CAAGTTCAAATAGTTAT-GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* ** * * * * *
10942 TTATTACCTTTCATTTTGTCATAAAAAAATTGTTTTTCA-ACATGCAAGCTTATTTGAAATAAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAA
11006 T
65 T
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Statistics
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Consensus pattern (180 bp):
TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAAT
AATACTAATTTATTAATATTTAGAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCG
AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
Found at i:11032 original size:67 final size:67
Alignment explanation
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10926 TATTTATTTC
* ** *
10936 AAATCGTTATTACCTTTCATTTTGTCATAAAAAAATTGTTTTTCAACATGCAAGCTTATTTGAAA
1 AAATCGTTAGTACCTTTCATTTTGTCATAAAAAAATAATTTTTCAACATACAAGCTTATTTGAAA
11001 TA
66 TA
* * * * *
11003 AAATTGTTAGTACTTTTCATTTTGTCATAAAACAATAATTTTTGAACATACAAGTTTATTTGAAA
1 AAATCGTTAGTACCTTTCATTTTGTCATAAAAAAATAATTTTTCAACATACAAGCTTATTTGAAA
11068 TA
66 TA
11070 AAA
1 AAA
11073 CAATACTAAT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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AAATCGTTAGTACCTTTCATTTTGTCATAAAAAAATAATTTTTCAACATACAAGCTTATTTGAAA
TA
Found at i:11579 original size:176 final size:177
Alignment explanation
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Period size: 176 Copynumber: 3.4 Consensus size: 177
11039 AATTTTTGAA
* * * * *
11049 CATACAAGTTTATTTGA-AATAAAACAATACTAATTTATTAATATTTCAAGAA-TTAGTACGAGA
1 CATACAAGTTTA-TTCATAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTTACTA-GAGA
* * ** * *
11112 TTCAAAAAGTAAATCTGTTTA-CTGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTA
64 TTTAAAAAATAAAT-TACTTATCTGAATAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATATA
* * * * *
11176 TTTTAAATTGTTATAACTTTTTATTCTATCATAAAATAATTATTTCTGTT
128 TTTCAAATTGTTATAACCTTTTATTTTTTCATAAAATAATTATTTCAGTT
* * * *
11226 CATATAAATTTATTCGA-AATAAAATAATACTAAATTAATAACA-TTCTAAAAATTCATAACTAA
1 CATACAAGTTTATTC-ATAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTC-AAAAATT--T-ACT-A
** * *
11289 GAGATTTAAAAAATAAATTTGTT-TCTTGAATAAGTTCAAATAGTTAAAACTATATGAATAATTA
60 GAGATTTAAAAAATAAATTACTTATC-TGAATAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTA
* * *
11353 TTTATTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTT-ATAAAACAATTATTTCAGCT
124 --TA-TATTTCAAATTGTTATAACCTTTTATTTT-TTCATAAAATAATTATTTCAGTT
* * * * *
11410 CATCCAAGTTTACTCATAATAAAATAAAATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTTA-TAGAGATT
1 CATACAAGTTTATTCATAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTTACTAGAGATT
** * * *
11474 TAAAAAATAATATTACTTATC-GAACCAGTTTAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATATATT
66 TAAAAAATAA-ATTACTTATCTGAATAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATATATT
*
11538 TCAATTTGTTATAACCTTTTATTTTTTCATAAAATAATTATTTCTA-TT
130 TCAAATTGTTATAACCTTTTATTTTTTCATAAAATAATTATTTC-AGTT
* * * ** **
11586 CATACAAGCTTATTTATAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTTTGACTATTAATAACTAAGA
1 CATACAAGTTTATTCATAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATT--T-ACT-AGA
11651 GATTTAAAAAATAAATT
62 GATTTAAAAAATAAATT
11668 TGTTTAACTA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.43, C:0.09, G:0.06, T:0.42
Consensus pattern (177 bp):
CATACAAGTTTATTCATAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTTACTAGAGATT
TAAAAAATAAATTACTTATCTGAATAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATATATTT
CAAATTGTTATAACCTTTTATTTTTTCATAAAATAATTATTTCAGTT
Found at i:12199 original size:181 final size:179
Alignment explanation
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Period size: 181 Copynumber: 20.8 Consensus size: 179
11694 CAATAGATTC
* * *
11704 ATTTTTTAAAT-TCGTTACTTATTAATTTTTTG-AATATCAATAAATTAGCATTACTTTATTCCA
1 ATTTTTTAAATCTC-TTA-TTATTAA--TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCA
* * * * *
11767 AATAAGAC-TGTATCAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCATAATGATTTGAAA
62 AATAAG-CTTGTATGAACATAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA
* * * * * *
11831 TAAATAATTATTCAAATTGTTATAACTACTTGAATTGGTTTGGTAAACAAATTT
126 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCGGTAAACAAATTT
* * * *
11885 ATTTTTTTAAATCTCTTATTA--ATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATT-TAGAA
1 A-TTTTTTAAATCTCTTATTATTAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCA-AA
* * * * * * *
11947 CAAACTTATATGAACAAAAATATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGGA--TCACAAT
64 TAAGCTTGTATGAACATAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC-GATTTGA-AAT
** * * * ***
12010 AGATAATTACTCATATAGCCTTAACTATTTGAATTGGTTCAACAAACAAATTT
127 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCGGTAAACAAATTT
* * * *
12063 ATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTGATTTTCATAATATTATTAGATTAGTATTATTTTATTCCAAA
1 ATTTTTTAAATCTCTTA-TTATTAATTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAA
* * *
12128 TAAGCTTGTATGAACATAAATAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAAGATTATAACGATTTGAAATA
64 TAAGCTTGTATGAACATAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAACGATTTGAAATA
* * * * * * * * *
12192 TATAATTATTCAAATAGTAATAACTATTTAAACTAGTCCGAT-AACTATATTT
128 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCGGTAAAC-AAATTT
* * **
12244 ATTTTTTAATTCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAA
1 ATTTTTTAAATCTCTTA-TTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAA
* * ** * * * *
12309 TAAACTTCTATGATGAAAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGTTCATAACAATTTGAAATAG
64 TAAGCTTGTATGAACATAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAG
* * * * **
12374 ATAATTGTTCAAAT-GGCTATAATTATTTGAATTGATTCAAG-AAACTGATTT
129 ATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAATTGGTTC-GGTAAACAAATTT
** * * * * * ****
12425 ATTTTTTAAATCTCCAACTTCTCAATTTTTGAAATAGTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGGA
1 ATTTTTTAAATCTCTTA-TTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAA
* * * *
12490 TAAG-TTTTATTGAAC-TGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAAT
64 TAAGCTTGTA-TGAACAT-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAAT
* * * *
12553 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTTGATAAATAGATTT
127 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGGTTCGGTAAACAAATTT
* * * *
12606 ATTTTTTAAAATTTCTTGCTTATTAATTTTCTG-AATGTTAATAAAATTA-TATTATTTTATTTC
1 ATTTTTT-AAATCTCTT-ATTATTAA-TTT-TGAAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTCC
* * **** * * *
12669 AAATTAGCTTGTATGAAC-TGAAAAAAAAAATTTATGAC-AAA-AAAAGGTCAGAATGTTTTGAA
61 AAATAAGCTTGTATGAACAT-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAA
* * * * * * *
12731 ATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTAT-AACTGGTTCGGCAAATACATTT
125 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT-TGAATTGGTTCGGTAAACAAATTT
* * ** **
12786 A-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTATAATATTATTAGTTTAGTATTATTTTACTT-TGA
1 ATTTTTTAAATCTCTTA-TTATTAATTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCCAA
* * * * * * * * *
12849 ACAAGCTTGCATGAATAGAAATAAATGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCAT-ACTATTTGAGATA
63 ATAAGCTTGTATGAACATAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATA
* * * * * * *
12912 AATAATTATTGAAATAGTCATAACTATTTAAACTCGTTTGGTAAA-AAGATTT
128 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCGGTAAACAA-ATTT
* * * ***
12964 AGTTTTTAAATCTCTTATTA--ATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATA
1 ATTTTTTAAATCTCTTATTATTAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATA
** * * ** * * **
13027 ATTTTGTAAGAATA-AAACAATTGTTTTACAACAAAATAAAATGTCATAATAATTTGAAATAGAT
66 AGCTTGTATGAACATAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGAT
* * * * ** * *
13091 TATAGTTCAAATGGACATGGCTATTTGAACTT-GTTCGGTAAATATATTT
131 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGGTTCGGTAAACAAATTT
* * * *
13140 ATTTTTTAAATCT-TCAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAA
1 ATTTTTTAAATCTCT-TA-TTATTAATTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAA
* * * * *
13204 ATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATA
63 ATAAGCTTGTATGAACATAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATA
* * * * ** *
13269 AATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTCGCTCCTTAAACATATTT
128 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCGGTAAACAAATTT
* * * * *
13321 ACTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTTATTCCGA
1 ATTTTTTAAATCTCTTA-TTATTAATTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTCCAA
* * * **
13386 ATAAGTTTTTATGAACAAAAACAATTAG-TTTATGACAAAACAAAAAATCATATA--ATTTGAAA
63 ATAAGCTTGTATGAACATAAACAATT-GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA-ACGATTTGAAA
* * *
13448 TAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAA-CGTGTTC---AGA-AAA--T
126 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTG-GTTCGGTAAACAAATTT
* *
13496 A--TTTT---T-TC---TTATTAATTTCT-AGAATATTAATAAATTTA-AATTATTTTATTCAAA
1 ATTTTTTAAATCTCTTATTATTAATTT-TGA-AATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCCAA
* * ** * * *
13550 ATAAGCTTGCATGAACA-AAACCAATTGTTTTATGGCAAAATGAAATGTCATAA-TATTTTAAAA
63 ATAAGCTTGTATGAACATAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGA-TTTGAAA
* * * * * *
13613 TAGATAATTATTCAGATAGTCATAACTATTTGAACTT-ATTTGATAAACAGATTCT
126 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGGTTCGGTAAACAAATT-T
** * * * **
13668 -TTTTTTAGTTCTCTTAGTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAATAACATTTTACTT-CAA
1 ATTTTTTAAATCTCTTA-TTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCCAA
* * * *
13731 ATAAACTTATATGAAC-TGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGG-CATAACAAGTTGAAA
63 ATAAGCTTGTATGAACAT-AAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAACGATTTGAAA
* * * *
13794 TAAATAATTGCAT-AAATAGTCATAACAATTTGAACTT-GTTTGGTAAACAAATTT
126 TAGATAATTG-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGGTTCGGTAAACAAATTT
* * * * *
13848 ATTTTTTAAATCTTTTACATTTTTAACTGTCTT--AATATTAATAAATTTG-ATTTATATTATTT
1 ATTTTTTAAATCTCTT--ATTATTAA-T-T-TTGAAATATTAATAAATTAGTA-TTATTTTATTC
* * * * * * * *
13910 GAAATAAGATTGTATGAATAGATAA-AATTCTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGCGATTTCA
60 CAAATAAGCTTGTATGAACATA-AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGA
* * * * * * * *
13974 AATAGATAATTGTTCAAACAATCATAATTATTTAAACTT-TTTCAGTAAACAGATTC
124 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGGTTCGGTAAACAAATTT
* * * * * * *
14030 ATATTTTTAAATTTCTTTATTATTAATTTTTGGATTACTAATAAATTAGCATTATTTTATTTCGA
1 AT-TTTTTAAATCTC-TTATTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAA
* * * *
14095 ATAAGCTTATATGAAC-TGAAACATTTCTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAAT
63 ATAAGCTTGTATGAACAT-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAAT
* * * * * * * *
14159 AGATAATTATTCAAAAAATCATGATTATTTG-ATCTAGTTCAGTAAACATATTT
127 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAT-TGGTTCGGTAAACAAATTT
* * * * * *
14212 GTTTTTTAAAT-T-TTACTTATCAATTGCTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCGAA
1 ATTTTTTAAATCTCTTA-TTATTAATT-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAA
* * * * * ** *
14275 TAAGC----AT--ATATGAACAATTGTTTTATAACAGAACAAAAAGTTGTAACGATTTGAAATAA
64 TAAGCTTGTATGAACATAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAG
* * * * * * *
14334 ATAATTGCTCAAATAGTCAAAACTATTTGAACTAGTTTGATAAATAAATTT
129 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCGGTAAACAAATTT
* * * * *
14385 ATTTTTTAAATCTCTTATTAAT-A-TTTGAAATATTAATAGATTAGTATTACTTTATTCTAAACA
1 ATTTTTTAAATCTCTTATTATTAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATA
* * * * *
14448 AACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGAT
66 AGCTTGTATGAACATAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGAT
* * * * ** *
14513 AATTGTTCAAATAATCATAATTATTTGAACTAGTTAAGTAAATAGAA-TT
131 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCGGTAAACA-AATTT
*
14562 ATTTTTTAAATCTCTTATGTATTAATTTCTGAAATATTAATAAATTTA-TTTTATTTTATTCCAA
1 ATTTTTTAAATCTCTTAT-TATTAATTT-TGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCCAA
* * * * *
14626 ATAAGCTAT-TATGAATTAAAAAAAACTTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA
63 ATAAGCT-TGTATGAA-CATAAACAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAA
* * * * * * *
14690 ATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAAATATTTGAACTAGTTTGGCAAACAAATTT
125 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCGGTAAACAAATTT
* * * *
14745 ATTTTTTAATTCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTATTAGATTAGTATTATTTTATTTCAAA
1 ATTTTTTAAATCTCTTA-TTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAA
* * * * * * * **
14810 TAAGCTTGTATGAATAAAAATAATTG-TTTATGAC-AAACAAAAGATTATAACAATTTGAAGTTT
64 TAAGCTTGTATGAACATAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAG
* * ** * * * *
14873 ACAATTGTTCAAATAGTTATTGCTATTTGAACTAGATCAGTAAACAAATTT
129 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCGGTAAACAAATTT
* * *
14924 ATTTTTTAAATCTCTTATTA--ATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATA
1 ATTTTTTAAATCTCTTATTATTAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAAT-
* * ** * * *
14987 AAAC-TGAATGTTCA-AACACAATTGTTATATGACAAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAG
65 AAGCTTGTATGAACATAA-ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAG
* * * * * * * * * * *
15050 ATAATTATTGACATAGCCATAATTATTTGAACTGATTCGATAAATAGATTC
129 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCGGTAAACAAATTT
* * ** * **
15101 ACTTGTTAAATAAC---TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAAT
1 ATTTTTTAAATCTCTTATTATTAATTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAAT
* * * * *
15162 AAGCTTCTATGAAC-TGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAATGGTCATAACGATTTCAAAGAG
65 AAGCTTGTATGAACAT-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAG
* * * * * * * * * *
15226 ATAATTATTCATATAGTCTTAACTGTTTGAACTGCTTTGGCAAATAGATTT
129 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCGGTAAACAAATTT
* * *
15277 ATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAGTTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCCAAA
1 ATTTTTTAAATCTCTTA-TTATTA-ATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAA
* ** ** * * * * *
15342 TAAGCTTATATGAAC-TGAAACAATAATTTTACAATAGAACAAAAGGTTATAACAATTTAAAATA
64 TAAGCTTGTATGAACAT-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATA
*
15406 GATAATTGTCCAAATAG
128 GATAATTGTTCAAATAG
15423 GAACCGATTC
Statistics
Matches: 2811, Mismatches: 570, Indels: 314
0.76 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
163 5 0.00
164 48 0.02
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168 2 0.00
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Consensus pattern (179 bp):
ATTTTTTAAATCTCTTATTATTAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATA
AGCTTGTATGAACATAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGAT
AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCGGTAAACAAATTT
Found at i:13513 original size:165 final size:165
Alignment explanation
Indices: 13333--13647 Score: 402
Period size: 165 Copynumber: 1.9 Consensus size: 165
13323 TTTTTAAATC
* * * ** * **
13333 TTTTACTTATTAATTTTTAGAATTTTAATAAA-TTAGTATTATTTTTATTCCGAATAAGTTTTTA
1 TTTTACTTATTAATTTCTAGAATATTAATAAATTTA-AATTA-TTTTATTCAAAATAAGCTTGCA
* *
13397 TGAACAAAAACAATTAG-TTTATGACAAAACAAAAAATCAT-ATAATTTGAAATAGATAATTGTT
64 TGAACAAAAACAATT-GTTTTATGACAAAACAAAAAATCATAATAATTTAAAATAGATAATTATT
*
13460 TAAATAGTCATAACTATTTGAACGTGTTCAGAAAATAT
128 CAAATAGTCATAACTATTTGAACGTGTTCAGAAAATAT
*
13498 TTTTTCTTATTAATTTCTAGAATATTAATAAATTTAAATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGCATG
1 TTTTACTTATTAATTTCTAGAATATTAATAAATTTAAATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGCATG
* * ** ** * *
13563 AACAAAACCAATTGTTTTATGGCAAAATGAAATGTCATAATATTTTAAAATAGATAATTATTCAG
66 AACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAATCATAATAATTTAAAATAGATAATTATTCAA
13628 ATAGTCATAACTATTTGAAC
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13648 TTATTTGATA
Statistics
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Consensus pattern (165 bp):
TTTTACTTATTAATTTCTAGAATATTAATAAATTTAAATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGCATG
AACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAATCATAATAATTTAAAATAGATAATTATTCAA
ATAGTCATAACTATTTGAACGTGTTCAGAAAATAT
Found at i:14024 original size:182 final size:178
Alignment explanation
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Period size: 181 Copynumber: 20.0 Consensus size: 178
13489 AGAAAATATT
* * ** * *
13499 TTTTC-TTATTAATTTCTAGAATATTAATAAATTTA-AATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGCAT
1 TTTTCATTATTAA-TTCTTGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGATT-TAT
* * * ** * * * *
13562 GAACA-AAACCAATTGTTTTATGGCAAAATGAAATGTCATAA-TATTTTAAAATAGATAATTATT
63 GAATAGAAA--AATTCTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGA-TTTGAAATAGATAATTGTT
* * * * * * **
13625 CAGATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGA-TAAACAGATTCT-TTTTTTAGTTC
125 CAAATAATCATAATTATTTGAAC-TAGTTCAGTAAACAAATT-TATTTTTTAAATC
* * * * ** * *
13679 TCTT-AGTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAATAACATTTTACTTCAAATAA-ACTTATA
1 TTTTCA-TTATTAATTCTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGA-TT-TA
* * * *
13742 TGAACT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGG-CATAACAAGTTGAAATAAATAATTGC
62 TGAA-TAGAAA-AATTCTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTG-
* * ** * **
13805 AT-AAATAGTCATAACAATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATC
123 TTCAAATAATCATAATTATTTGAACTAGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATC
* * *
13860 TTTTACATTTTTAACTGTCTT-AATATTAATAAATTTG-ATTTATATTATTTGAAATAAGATTGT
1 TTTT-CATTATTAA-T-TCTTGAATATTAATAAATTAGTA-TTATTTTATTTGAAATAAGATT-T
* * *
13923 ATGAATAGATAAAATTCTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGCGATTTCAAATAGATAATTGTT
61 ATGAATAGA-AAAATTCTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTT
* * ** * *
13988 CAAACAATCATAATTATTTAAACTTTTTCAGTAAACAGATTCATATTTTTAAAT-
125 CAAATAATCATAATTATTTGAACTAGTTCAGTAAACAAATTTAT-TTTTTAAATC
* * * * * *
14042 TTCTTTATTATTAATTTTTGGATTACTAATAAATTAGCATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTATA
1 TT-TTCATTATTAATTCTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAAATAAGATT-TA
* * *
14106 TGAACT-GAAACATTTCTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATT
62 TGAA-TAGAAA-AATTCTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * * *
14170 CAAAAAATCATGATTATTTGATCTAGTTCAGTAAACATATTTGTTTTTTAAAT-
125 CAAATAATCATAATTATTTGAACTAGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATC
* * ** **
14223 TTTAC-TTATCAATTGCTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCG-AATAAGCA--TAT
1 TTTTCATTATTAATT-CTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTGAAATAAG-ATTTAT
* * * * * ** * *
14284 --AT-GAACAATTGTTTTATAACAGAACAAAAAGTTGTAACGATTTGAAATAAATAATTGCTCAA
63 GAATAGAAAAATTCTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
* * * * *
14346 ATAGTCAAAACTATTTGAACTAGTT-TGATAAATAAATTTATTTTTTAAATC
128 ATAATCATAATTATTTGAACTAGTTCAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATC
* * *
14397 ---TC-TTATTAATAT-TTGAAATATTAATAGATTAGTATTACTTTATTCT-AAACAA-ACTTAT
1 TTTTCATTATTAAT-TCTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAAATAAGA-TT-T
* * *
14455 ATGAACA-AAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGT
61 ATGAATAGAAAA-A-TTCTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGT
* *
14519 TCAAATAATCATAATTATTTGAACTAGTTAAGTAAATAGAA-TTATTTTTTAAATC
124 TCAAATAATCATAATTATTTGAACTAGTTCAGTAAACA-AATTTATTTTTTAAATC
* * ** *
14574 TCTT-ATGTATTAATT-TCTGAAATATTAATAAATTTA-TTTTATTTTATTCCAAATAAGCTATT
1 TTTTCAT-TATTAATTCT-TG-AATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGAT-TT
* * *
14636 ATGAATTAAAAAAAACTTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTG
61 ATGAA-T-AGAAAAA-TTCTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTG
* * * * ** * *
14701 TTCATATAGTCTTAAATATTTGAACTAGTTTGGCAAACAAATTTATTTTTTAATTC
123 TTCAAATAATCATAATTATTTGAACTAGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATC
* * * * * *
14757 TCTT-AGTTATTAATTTTTGAAATATTATTAGATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTAT
1 TTTTCA-TTATTAATTCTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGATT-TAT
* * * * * * ** *
14821 GAATAAAAATAATT-GTTTATGAC-AAACAAAAGATTATAACAATTTGAAGTTTACAATTGTTCA
63 GAATAGAAA-AATTCTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * *** *
14884 AATAGTTATTGCTATTTGAACTAGATCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATC
127 AATAATCATAATTATTTGAACTAGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATC
* * * * **
14936 ---TC-TTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAAACTGAATG
1 TTTTCATTATTAATTCTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGA-TTTATG
* * * * * * *
14997 -TTCA-AACACAATTGTTATATGACAAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTATTG
64 AAT-AGAA-A-AATTCTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTC
* ** * * * * *
15060 ACATAGCCATAATTATTTGAACT-GATTC-GATAAATAGATTCACTTGTTAAA--
126 AAATAATCATAATTATTTGAACTAG-TTCAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATC
** * *
15111 -TAAC-TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTG-AATAAGCTTCTATG
1 TTTTCATTATTAATTCTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGATT-TATG
* * * * * *
15173 AACT-GAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAATGGTCATAACGATTTCAAAGAGATAATTATTCA
64 AA-TAGAAA-AATTCTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * * * * ** * * *
15237 TATAGTCTTAACTGTTTGAACT-GCTTTGGCAAATAGATTTATTTTTTAAATC
127 AATAATCATAATTATTTGAACTAG-TTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATC
* * * * ** *
15289 TCTT-AGTTATTAGTTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATAT
1 TTTTCA-TTATTAATTCTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGATT-TAT
** ** * * * * *
15353 GAACT-GAAACAATAATTTTACAATAGAACAAAAGGTTATAACAATTTAAAATAGATAATTG-TC
63 GAA-TAGAAA-AATTCTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTC
* *
15416 -------CA-AA-TA--GGAAC-CGATTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATC
126 AAATAATCATAATTATTTGAACTAG-TTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATC
* * * * ** * *
15458 TCCTTC-TTATTAATTTTTGAAATTTTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAGGCTTGTAT
1 T-TTTCATTATTAATTCTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGATT-TAT
* * * * * ** *
15522 G-ATGAAAAACAATTGTTTTATGAAAAAATAAAAAGCTTGTAATGATTTGAAATAGATAATTGTT
63 GAAT-AGAAA-AATTCTTTTATGACAAAA-CAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTT
*** * * *
15586 CAAATGGCCATAATTATTTGAACGAATTC-G-------ATGTATTTTTTAAATC
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* * * * * * * *
15632 -TCTAATATATCAAAAT-TTGAAGTATTAATAAAGTAATATTATTTTATTCT-AGATAAGCTTTT
1 TTTTCAT-TAT-TAATTCTTGAA-TATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAAATAAG-ATTT
* * * *** *
15694 ATGAATTGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATATTTATTTTAAATAGATAATTGTT
61 ATGAATAGAAA-AATTCTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * **
15759 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAAAAAACAAATTTATTTTTTAAAAT-
125 CAAATAATCATAATTATTTGAACTAGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTT-AAATC
** * * ** *
15813 TTGTTGTTTATTAATTTTCTAAATGCTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG-AATAAGCATGTA
1 TT-TTCATTATTAATTCT-TGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAAATAAG-ATTTA
* * * * * *
15877 TGAACT-GAAAATACTATTTTATGAC-AAGCAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAAATAATTGTT
62 TGAA-TAGAAAA-ATTCTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * * * * ** * *
15940 CTAATATTCTTAACTATTTGAATTGGTTTGGCAAACACATTTATTTTTTAAATC
125 CAAATAATCATAATTATTTGAACTAGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATC
* * * * * ** *
15994 ---TC-TTATTAATTTTTAGAATATTATTAATTTA-TCAATATTTTACTCCAAATAAGCTTGTAT
1 TTTTCATTATTAATTCTT-GAATATTAATAAATTAGT-ATTATTTTATTTGAAATAAGATT-TAT
* * *
16054 GAACA-AAAGCAATTGC-TTTATGACAAAACAAATA--TCATAATGATTTGAGATAGATAATTGT
63 GAATAGAAA--AATT-CTTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGT
* * * * * * * *
16115 TCAAAAAAATCATAATTATTTGAATTGGTT-TGATATACATATTAAGTTTTTAAATC
124 TC-AAATAATCATAATTATTTGAACTAGTTCAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATC
* * * **
16171 --TT--TTATTAATTTTTGAAATACTAATAAATTAGAATTATTTTATTCTG-AATAATTTTGTAT
1 TTTTCATTATTAATTCTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAAATAAGATT-TAT
* * * * * * *
16231 GAATAGAAACAATTGTTTTACGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGATAGAGATAATAGTTCA
63 GAATAGAAA-AATTCTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * * * * *
16296 AATGGAT-ATGACTATTTGAGCTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATC
127 AAT-AATCATAATTATTTGAACTAGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATC
* * * *
16348 -TCTAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAA-ACTTGTA
1 TTTTCA-TTATTAATTCTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGA-TT-TA
* * * * * *
16411 TGAATAGAAACAATTGTTTTATAATAAAACAAAAGATTATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTC
62 TGAATAGAAA-AATTCTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * * * * * *
16476 AAATAGTCATAACTATTTG-ACTGCGCTCAATAAACAGA---ATCTTTT--A-C
126 AAATAATCATAATTATTTGAACT-AGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATC
* * * * *
16523 --TT-ATTAATT--TT-TGGAATTTTAATAAGTTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTTATGA
1 TTTTCATT-ATTAATTCTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGATTTATGA
* ** * *
16582 ATAGAAACGATTGGTTTATGACCAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAA
65 ATAGAAA-AATTCTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * * ** * *
16647 TAGTCATAACTATTTGAAAGT-GTTCAAAAAATATATTTA-TTTTTAAAT-
129 TAATCATAATTATTTG-AACTAGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATC
* * ** * * *
16695 TTTT-ACTCATT-ATTTTTGAAATATTAATAAATTTTTATTATTTTATTCGAAATAAGCTTGCAT
1 TTTTCA-TTATTAATTCTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGATT-TAT
* * * * ** * * *
16758 GAGTAGAACCAGA-TGTTTTATGAGAAAACAAAATTTCATAATGTTTTAAAATAGATAATTGTTC
63 GAATAGAA--AAATTCTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * * * * *
16822 AGATAGTCATAACTATTTGAACATA-TTCGGT-AACAAGATTCATTTTTTAATTC
126 AAATAATCATAATTATTTGAAC-TAGTTCAGTAAACAA-ATTTATTTTTTAAATC
* * * *
16875 TCTTTC-TCATTAATTTCTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATAT
1 T-TTTCATTATTAA-TTCTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGATT-TAT
* * * **
16939 GAACTA-AAACAATT-TTTTATTACAAAACAAAAGGTCACAATGATTTGAAATAGATAATAATTC
63 GAA-TAGAAA-AATTCTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * * ** *
17002 ATATAGTCATAACTATTTGAAC-ATGTTCAGT-AACAAGATTCCTTTTTTAATTC
126 AAATAATCATAATTATTTGAACTA-GTTCAGTAAACAA-ATTTATTTTTTAAATC
17055 TCTTTC
1 T-TTTC
17061 TAGTTGAACT
Statistics
Matches: 2665, Mismatches: 517, Indels: 400
0.74 0.14 0.11
Matches are distributed among these distances:
167 1 0.00
168 89 0.03
169 133 0.05
170 40 0.02
171 41 0.02
172 8 0.00
173 145 0.05
174 89 0.03
175 80 0.03
176 188 0.07
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178 124 0.05
179 123 0.05
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184 9 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (178 bp):
TTTTCATTATTAATTCTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGATTTATGAA
TAGAAAAATTCTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
ATCATAATTATTTGAACTAGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATC
Found at i:15396 original size:357 final size:353
Alignment explanation
Indices: 11698--21183 Score: 4324
Period size: 357 Copynumber: 26.5 Consensus size: 353
11688 TCAGGCCAAT
* * * * *
11698 AGATTCATTTTTTAAAT-TCGTTACTTATTAATTTTTTGAATATCAATAAATTAGCATTACTTTA
1 AGATTTATTTTTTAAATCTC-TTA-TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * * *
11762 TTCCAAATAAGAC-TGTATCAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCATAATGAT
64 TTCCAAATAAG-CTTATATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGAT
* * * * * * * * * *
11825 TTGAAATAAATAATTATTCAAATTGTTATAACTACTTGAATTGGTTTGGTAAACAAATTTATTTT
127 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCGATAAACAGATTTA-TTT
* * * *
11890 TTTAAATCT-CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTAGAACAAACTT
191 TTTAAAT-TACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTA-AATAAGCTT
* * * *
11954 ATATGAA-CAAAAATATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGGA--TCACAATAGATAA
253 GTATGAATGAAACA-A-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC-GATTTGA-AATAGATAA
* * * * * **
12016 TTACTCATATAGCCTTAACTATTTGAATTGGTTCAACAAAC
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* * * * * *
12057 AAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTGATTTTCATAATATTATTAGATTAGTATTATTTTAT
1 AGATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * *
12122 TCCAAATAAGCTTGTATGAACAT-AAATAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAAGATTATAACGATT
65 TCCAAATAAGCTTATATGAAC-TGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAACGATT
* * * * * *
12185 TGAAATATATAATTATTCAAATAGTAATAACTATTTAAACT-AGTCCGAT-AACTATATTTATTT
128 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGA-TTCGATAAAC-AGATTTATTT
* * *
12248 TTTAATTCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAA
191 TTTAA--AT--TACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TAAATAAG
* * * *
12313 CTTCTATG-ATGAAAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGTTCATAACAATTTGAAATAGATA
250 CTTGTATGAATG--AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATA
* * * *
12377 ATTGTTCAAAT-GGCTATAATTATTTGAATTGATTCAAG-AAAC
313 ATTATTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTG-TTC-AGTAAAC
* ** * * * * *
12419 TGATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTCTCAATTTTT-GAAATAGTAATAAAGTAATATTATTTTA
1 AGATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
**** * * *
12483 TTTTGGATAAG-TTTTATTGAACTGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATT
64 TTCCAAATAAGCTTATA-TGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATT
* * *
12547 TTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTTGATAAATAGATTTATTTT
128 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGATTCGATAAACAGATTTATTTT
* * *
12611 TTAAAATTTCTTGCTTATTAATTTTCTGAATGTTAATAAAATTA-TATTATTTTATTTCAAATTA
192 TT-AAA----TTACTTATTAATTTT-TGAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTT-AAATAA
* **** * * *
12675 GCTTGTATGAACTGAAAAAAAAAATTTATGAC-AAA-AAAAGGTCAGAATGTTTTGAAATAGATA
249 GCTTGTATGAA-TGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATA
* * * * *
12738 ATTATTCTAATAGTCTTAACTATTAT-AACTGGTTCGGCAAAT
313 ATTATTCAAATAGTCATAACTATT-TGAACT-GTTCAGTAAAC
* * * **
12780 ACATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTATAATATTATTAGTTTAGTATTATTTTAC
1 AGATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-
** * ** * * * *
12844 TT-TGAACAAGCTTGCATGAA-TAGAAATAAATGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCAT-ACTATT
64 TTCCAAATAAGCTTATATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATT
* * * * * * * * *
12905 TGAGATAAATAATTATTGAAATAGTCATAACTATTTAAACTCG-TTTGGTAAAAAGATTTAGTTT
128 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GATTCGATAAACAGATTTATTTT
* * **
12969 TTAAATCT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAATTTTG
192 TTAAAT-TACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTAAATAAGCTTG
* * ** * * ** *
13033 TAAGAATAAAACAATTGTTTTACAACAAAATAAAATGTCATAATAATTTGAAATAGATTA-TAGT
254 TATGAATGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTA-T
* * ** * *
13097 TCAAATGGACATGGCTATTTGAACTTGTTCGGTAAAT
318 TCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGTTCAGTAAAC
* * *
13134 ATATTTATTTTTTAAATCT-TCAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTA
1 AGATTTATTTTTTAAATCTCT-TA-TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * * * *
13198 TTTCAAATAAACTTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATT
64 TTCCAAATAAGCTTATATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATT
* * ** * *
13262 TGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTCG-CTCCTTAAACATATTTACTTT
128 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GATTCGATAAACAGATTTATTTT
* **
13326 TTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTTATTCCGAATAAG
192 TTAAA----TTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATT-TAAATAAG
* * ** **
13391 TTTTTATGAACAAAAACAATTAG-TTTATGACAAAACAAAAAATCATATA--ATTTGAAATAGAT
250 CTTGTATGAA-TGAAACAATT-GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA-ACGATTTGAAATAGAT
* *
13453 AATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACGTGTTCAG--AA-
312 AATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGTTCAGTAAAC
* *
13493 A-A--TA--TTTT---T-TC---TTATTAATTTCTAGAATATTAATAAATTTA-AATTATTTTAT
1 AGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTATTAATTTTTAGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTAT
* ** * * ** * *
13545 TCAAAATAAGCTTGCATGAAC-AAAACCAATTGTTTTATGGCAAAATGAAATGTCATAA-TATTT
65 TCCAAATAAGCTTATATGAACTGAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGA-TT
* * * * *
13608 TAAAATAGATAATTATTCAGATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGATAAACAGATTCT-TTTT
128 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCGATAAACAGATT-TATTTT
* * * ** * *
13672 TT-AGTTCTCTTAGTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAATAACATTTTACTTCAAATAAA
192 TTAAATT-AC-T--T-ATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTAAATAAG
* * * *
13736 CTTATATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGG-CATAACAAGTTGAAATAAATA
250 CTTGTATGAA-TGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATA
* **
13800 ATTGCA-T-AAATAGTCATAACAATTTGAACTTGTTTGGTAAAC
313 ATT--ATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGTTCAGTAAAC
* * * * * *
13842 AAATTTATTTTTTAAATCTTTTACATTTTTAACTGTCTT--AATATTAATAAATTTG-ATTTATA
1 AGATTTATTTTTTAAATCTCTT--ATTATTAA-T-TTTTAGAATATTAATAAATTAGTA-TTATT
** * * * * *
13904 TTATTTGAAATAAGATTGTATGAA-TAGATAA-AATTCTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGC
61 TTATTCCAAATAAGCTTATATGAACT-GA-AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
* * * * * ** *
13967 GATTTCAAATAGATAATTGTTCAAACAATCATAATTATTTAAACTTTTTC-AGTAAACAGATTCA
124 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCGA-TAAACAGATTTA
* * * * *
14031 TATTTTTAAATTTCTTTATTATTAATTTTTGGATTACTAATAAATTAGCATTATTTTATTTCGAA
188 T-TTTTTAAATTAC----TTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-AAA
* * * *
14096 TAAGCTTATATGAACTGAAACATTTCTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAG
246 TAAGCTTGTATGAA-TGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAG
* * * * *
14161 ATAATTATTCAAAAAATCATGATTATTTGATCTAGTTCAGTAAAC
310 ATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTCAGTAAAC
* * * ** * *
14206 ATATTTGTTTTTTAAAT-T-TTACTTATCAATTGCTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAA
1 AGATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * * **
14269 TCCGAATAAGC--ATAT--A-TG-AACAATTGTTTTATAACAGAACAAAAAGTTGTAACGATTTG
65 TCCAAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTG
* * * * * *
14328 AAATAAATAATTGCTCAAATAGTCAAAACTATTTGAACT-AGTTTGATAAATAAATTTATTTTTT
130 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGA-TTCGATAAACAGATTTATTTTTT
* * * * * *
14392 AAATCT-CTTATTAATATTTGAAATATTAATAGATTAGTATTACTTTATTCTAAACAAACTTATA
194 AAAT-TACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TAAATAAGCTTGTA
** * * *
14456 TGAACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTC
256 TGAA-TGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTC
* * * *
14521 AAATAATCATAATTATTTGAACTAGTTAAGTAAAT
320 AAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTCAGTAAAC
* * *
14556 AGAATTATTTTTTAAATCTCTTATGTATTAATTTCT-GAAATATTAATAAATTTA-TTTTATTTT
1 AGATTTATTTTTTAAATCTCTTAT-TATTAATTTTTAG-AATATTAATAAA-TTAGTATTATTTT
* * * * *
14619 ATTCCAAATAAGC-TATTATGAATTAAAAAAAACTTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
63 ATTCCAAATAAGCTTA-TATGAACT-GAAACAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * * ** *
14683 ATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAAATATTTGAACT-AGTTTGGCAAACAAATTTAT
125 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGA-TTCGATAAACAGATTTAT
* * * *
14747 TTTTTAATTCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTATTAGATTAGTATTATTTTATTTCAAATA
189 TTTTTAA----ATTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-AAATA
* * * * * * ** *
14812 AGCTTGTATGAATAAAAATAATTG-TTTATGAC-AAACAAAAGATTATAACAATTTGAAGTTTAC
248 AGCTTGTATGAAT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGAT
* * ** *
14875 AATTGTTCAAATAGTTATTGCTATTTGAACTAGATCAGTAAAC
312 AATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTCAGTAAAC
* *
14918 AAATTTATTTTTTAAATCTC---TTATTAATTTTT-GAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
1 AGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * ** * * * *
14979 TTCAAATAAAACTGA-ATGTTC-AAACACAATTGTTATATGACAAAACAAAAGGTAATAACAATT
65 TCCAAAT-AAGCTTATATGAACTGAA-ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATT
* * * * * * * * *
15042 TGAAATAGATAATTATTGACATAGCCATAATTATTTGAACTGATTCGATAAATAGATTCACTTGT
128 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCGATAAACAGATTTATTTTT
* * *
15107 TAAATAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAATAAGCTTCTAT
193 TAAATTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAAATAAGCTTGTAT
* * * *
15172 GAACTGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAATGGTCATAACGATTTCAAAGAGATAATTATTCA
257 GAA-TGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCA
* * * ** * *
15237 TATAGTCTTAACTGTTTGAACTGCTTTGGCAAAT
321 AATAGTCATAACTATTTGAACTG-TTCAGTAAAC
* * *
15271 AGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAGTTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAT
1 AGATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
** ** * * * * *
15336 TCCAAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATAATTTTACAATAGAACAAAAGGTTATAACAATTTA
65 TCCAAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTG
* * *
15401 AAATAGATAATTG-TC-------CA-AA-TA--GGAACCGATTC-AGTAAACAAATTTATTTTTT
130 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCGA-TAAACAGATTTATTTTTT
* * * * *
15453 AAATCTCCTTCTTATTAATTTTTGAAATTTTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAGGCTT
194 AAA--T--TACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TAAATAAGCTT
* * * ** *
15518 GTATG-ATGAAAAACAATTGTTTTATGAAAAAATAAAAAGCTTGTAATGATTTGAAATAGATAAT
253 GTATGAATG--AAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAAT
* * * * **
15582 TGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAAC-G---A--ATTC
315 TATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTCAGTAAAC
* * * ** * *
15615 -GATGTATTTTTTAAATCTCTAATATATCAAAATTT-GAAGTATTAATAAAGTAATATTATTTTA
1 AGATTTATTTTTTAAATCTCTTAT-TATTAATTTTTAGAA-TATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * * * * ***
15678 TTCTAGATAAGCTTTTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATATTTATTT
64 TTCCAAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTT
* * * *
15743 TAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCAAAAAACAAATTTATTTTT
129 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGATTCGATAAACAGATTTATTTTT
** * ** *
15807 TAAAATTTGTTGTTTATTAATTTTCTAAATGCTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGC
193 T-AAA----TTACTTATTAATTTT-TGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTAAATAAGC
* * * * * * *
15872 ATGTATGAACTGAAA-ATACTATTTTATGAC-AAGCAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAAATAA
251 TTGTATGAA-TGAAACA-ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAA
* * * * * ** *
15935 TTGTTCTAATATTCTTAACTATTTGAATTGGTTTGGCAAAC
314 TTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTCAGTAAAC
* * * * *
15976 ACATTTATTTTTTAAATCTC---TTATTAATTTTTAGAATATTATTAATTTA-TCAATATTTTAC
1 AGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGT-ATTATTTTAT
* * * *
16037 TCCAAATAAGCTTGTATGAAC-AAAAGCAATTGCTTTATGACAAAACAAATA--TCATAATGATT
65 TCCAAATAAGCTTATATGAACTGAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAACGATT
* * * * * * * * * * *
16099 TGAGATAGATAATTGTTCAAAAAAATCATAATTATTTGAATTGGTTTGATATACATATTAAGTTT
128 TGAAATAGATAATTGTTC-AAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCGATAAACAGATTTATTTT
* * * * **
16164 TTAAATCT-TTTATTAATTTTTGAAATACTAATAAATTAGAATTATTTTATTCTGAATAATTTTG
192 TTAAAT-TACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TAAATAAGCTTG
* * * * *
16228 TATGAATAGAAACAATTGTTTTACGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGATAGAGATAA-TAG
254 TATGAAT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTA-
* * * *
16292 TTCAAATGGAT-ATGACTATTTGAGCTTGTTCGGTAAAC
317 TTCAAATAG-TCATAACTATTTGAAC-TGTTCAGTAAAC
* *
16330 AAATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
1 AGATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * * * * *
16395 TTCAAATAAACTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATAATAAAACAAAAGATTATAACGATTT
65 TCCAAATAAGCTTATATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTT
* ** * *
16459 GAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG-ACTGCGCTCAATAAACAGA---A--TCT
129 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTG-ATTCGATAAACAGATTTATTTTT
* *
16518 T---TTACTTATTAATTTTTGGAATTTTAATAAGTTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTT-TA
193 TAAATTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTAAATAAGCTTGTA
* * *
16579 TGAATAGAAACGATTGGTTTATGACCAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTC
256 TGAAT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTC
* ** *
16644 AAATAGTCATAACTATTTGAAAGTGTTCAAAAAAT
320 AAATAGTCATAACTATTTG-AACTGTTCAGTAAAC
* * * **
16679 ATATTTA-TTTTTAAAT-TTTTACTCATT-ATTTTT-GAAATATTAATAAATTTTTATTATTTTA
1 AGATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* ** * * * ** * *
16740 TTCGAAATAAGCTTGCATG-AGTAGAACCAGA-TGTTTTATGAGAAAACAAAATTTCATAATGTT
64 TTCCAAATAAGCTTATATGAACT-GAAACA-ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGAT
* * * *
16803 TTAAAATAGATAATTGTTCAGATAGTCATAACTATTTGAACAT-ATTCGGT-AACAAGATTCATT
127 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGATTCGATAAAC-AGATTTATT
* *
16866 TTTT-AATTCTCTTTCTCATTAATTTCTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATA
190 TTTTAAATT-AC--T-T-ATTAATTT-TTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-AAATA
* * * * *
16930 AGCTTATATGAACTAAAACAATT-TTTTATTACAAAACAAAAGGTCACAATGATTTGAAATAGAT
248 AGCTTGTATGAA-TGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGAT
* *
16994 AATAATTCATATAGTCATAACTATTTGAACATGTTCAGT-AAC
312 AATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGTTCAGTAAAC
** * *
17036 AAGATTCCTTTTTTAATTCTCTT-TCTAGTTGAACTTGTTTGGAA-A--ACAT--ATT--TATT-
1 -AGATTTATTTTTTAAATCTCTTAT-TA-TT-AA-TT-TTTAGAATATTA-ATAAATTAGTATTA
* * ** * * * * * * * *
17092 TTTTAAATGTTCTACTATTAATTGTCGAAATATTAA--AAAATAAATATTTTGTGAATCGAAATA
59 TTTT--A--TTC--CAAATAA--G-C-TTATATGAACTGAAACAATTGTTTTATG-A-CAAAACA
* * * * ** * **
17155 AACATGT-AT---GA-TAGAAATA-ATTATTTTATGACAAA-A--CA-AA--AAGTCATACCAAT
112 AA-AGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGT-T--CAAATAGTCATAACTATTTGA-ACTGA-
* * * * * ** * *
17208 TTC-A-AATA-A-A-TAATTTTTCAAA-TAGTCATAAAGATTTGAAATTGTTCGATAAA-TAG-A
171 TTCGATAA-ACAGATTTATTTTTTAAATTACTTATTAATTTTTG-AA-TATT-AATAAATTAGTA
* * * ** * *
17265 TTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTTAATATTAAT-AAATTTGTATTATTTTAT-T
232 -TTA--TTTT--A---TTTA---AATAA--G-CTT-GTATGAATGAAA---CAATTGTTTTATGA
* ** * * * *
17328 CAAAATAAACTTGT-ATGAAC-A---GAAA-A-ATCATTTTATGACAAA-A--CAAAAGGT-TAT
279 CAAAACAAA-AGGTCAT-AACGATTTGAAATAGAT-A-ATTAT-TCAAATAGTCATAA-CTAT-T
* *
17382 AGTAA-T-TTC-G--AAT
337 TG-AACTGTTCAGTAAAC
* * * * ** * * *
17395 AGA-TAATTGTTGAAATAGTCAAAATTATTTAAACTTGTTCGACAAATAATTCATTTTTTAAATC
1 AGATTTATTTTTTAAAT-CTC-TTATTA-TT-AA-TT-TT-TA-GAAT-ATT-A----ATAAAT-
** * * * **** *
17459 TCTTAATTATTAATT-TT-CATAAT-A--TTA-AT-AACT-TAA-TATTATTTTAT-TTTGAA-T
51 TAGT-ATTATT--TTATTCCA-AATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACA
* * * * * ** * * *
17513 AAA---C-TTAC-A--TGAACTGAGATAATTTTTTAAGACAAAACA-AAATGTCAT-AAC-GATT
112 AAAGGTCATAACGATTTGAAAT-AGATAATTGTTCAA-A-TAGTCATAACTAT-TTGAACTGATT
* * * ** * * * * * * * *
17568 -TA-AAATAGA-TAATTATTCCAAA-TAGTCATGACTATTTGATCTAGTTCAGTAAA-CA-TATC
173 CGATAAACAGATTTATT-TTTTAAATTACTTATTAATTTTTGA-ATA-TT-AATAAATTAGTAT-
* * * * * * *** **
17627 TACTTTTTAAATTAATTACTTATCAATTGT-CGAAAT-ATTAATAAATTAGTATTATTTTAACTC
233 TA--TTTT-ATTTAA--A-TAAGC--TTGTATG-AATGA--AA-CAATT-GTTTTATGACAAAAC
* ** * * * * * ** *
17690 GAATAAGCTTGT-ATGAATAGAAACAATTGTTTTATAA-CAGAACAAAAAGTCATAA-TGATTTG
285 -AA-AAGGTCATAACGATTTG--A-AATAG----ATAATTA-TTCAAATAGTCATAACT-ATTTG
* *
17752 AATAAATAATTGCTCAAATAGTCAAA-
339 -------AACTGTTC----AGT-AAAC
* * *
17778 ACTATTTGAACTTGTTTGATAAATAGAT-TTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAGATATT
1 A-GATTT--A-TT-TTT--TAAAT--CTCTTA-TTATT-AA--T-TT-TT-A-----GA-ATATT
* * * * ** * *
17842 AATAGATTAATATTACTTTATTCCAAACACA-CTTATATGAACAAAAACATTTATTTTATGACAA
44 AATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATA-AGCTTATATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAA
* * * * *
17906 AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAATTATTTGAACCGGTT
108 AACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATT
* * *
17971 AGGTAAACAAATTT-TTTTTTAAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCA-T
173 CGATAAACAGATTTATTTTTT-AAA----TTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATT-AGT
* * *
18034 -TT-TTTTAAATTTCAAATAAGCTAGTATGAATTCAAA-AACTTATTTTTATGACAAAACAAAAG
231 ATTATTTT--ATTT-AAATAAGCTTGTATGAA-TGAAACAA-TT-GTTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * * *
18096 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGTCTTTAAATATTTAAACTAGTTCAGCAAA
290 GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACT-GTTCAGTAAA
18161 C
353 C
* * * * * *
18162 AAATTTATTTTTTAATTTTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTATTAGATTAGTATTATTTTAT
1 AGATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
** * * ** * * * * *
18227 TCTGAATAAACTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAATGATTTG
65 TCCAAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTG
* * * * *
18292 AAGT-TACAATTGTTCAAATAGTCAT-A-TATTTAAACT-AGTTC-AGTAAACAAATTTATTTTT
130 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGA-TTCGA-TAAACAGATTTATTTTT
* * * *
18352 TAAATCT-CTTGTTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTGGA
193 TAAAT-TACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TAAATAAGCTTGT
* * * ** * *
18416 ATG-ATGAAAAGCAATTGTTATATGACTAAACAAAAGGCCATAA-TTTTTAGTAAACAAATAATT
255 ATGAATG-AAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTT-G-AAATAGATAATT
* * * * * * * * *
18479 GTTCATATAGTCTTAATTGTTTGAATTGTTTTAGCAAAT
316 ATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTG-TTCAGTAAAC
* * * * * * * *
18518 AGGTTTATTTTTTTGAATCTCCTTGTTATCAATTTTCAAAATAATATTAAATTAGTATTATTTTA
1 AGATTTA-TTTTTTAAATCT-CTTATTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * * * * * *
18583 TTCCAAATAAGCTTATATGAACTAAAACAATTATTTTATAATAGAACAAAAGGTTATAACAATTT
64 TTCCAAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTT
* * *
18648 GAAATAGATAATTGTTCAAATAG--A-AACTAGTT---C--A---G-TAAACAAAATTATTTTTT
129 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCGATAAACAGATTTATTTTTT
* * *
18701 AAACCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTGTTTTTATTTTGAATAGGCT
194 AAA--T--TACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATT-ATTTTA-TTTAAATAAGCT
* * ** *
18766 TGTATG-ATGAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTTGTAACAATTTGAAATAGATAAT
252 TGTATGAATG--AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAAT
* * * *
18830 TATTCAAGT-GACCATAA-TGATTTAAACCAAT-TTGA-TAAAC
315 TATTCAAATAG-TCATAACT-ATTTGAA-C--TGTTCAGTAAAC
* * ** * *
18870 TGACTTATTTTTTAAATCT-TTAACTTATTGGTTTTT-GAAATATTAATAAAATAATATTATTTT
1 AGATTTATTTTTTAAATCTCTT-A-TTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTT
* * * * ***
18933 ATTTCAGATAAGCTTTTATGAACT-AAGACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATATTTAT
63 ATTCCAAATAAGCTTATATGAACTGAA-ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGAT
* * * * * *
18997 TCT-AAATAGATAATTGTTTAAATAGTTATGACAATTTGAAATTG-TTCAATAAACAGATTTATT
127 T-TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG-AACTGATTCGATAAACAGATTTA-T
* * * *
19060 TTTTTAAATTTCTTGTTTATTAATTTTCTGAATGTTACTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATA
189 TTTTTAAATTAC----TTATTAATTTT-TGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTAAATA
* * * * * * * *
19125 AGCATGTATGAACTAAAACAATTATTTTATAACTAAACAAAAGATAAGAACGATTTGAAATAGAT
248 AGCTTGTATGAA-TGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGAT
* * * * *
19190 AATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAATTAGTTCGGTAAAC
312 AATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTCAGTAAAC
* * * ** * * *
19233 AAATTTACTTTTTAAATCTC-T-TT-TT--TTTTTAGAATATTATTACTTTAGCAATATTTTACT
1 AGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
** * * * * * * * *
19293 CTGAATAAG-TTGTATGAACAGAAGCAGTTG-TTTATTACAAAA-TAAAGATCATAATGATTTGA
66 CCAAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGA
* * * * * * * *
19355 GATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAAGTATTTGAACTGGTTCAATAAATAGATTTAATTCTTAA
131 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCGATAAACAGATTTATTTTTTAA
**
19420 ATCT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAATTTTGTATG
196 AT-TACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TAAATAAGCTTGTATG
** * * *
19484 AATAGAAACAATCATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATAATTCAA
258 AAT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAA
* * *
19549 ATAGAT-ATGACTATTT-AACTTTTCGGTAAAC
322 ATAG-TCATAACTATTTGAACTGTTCAGTAAAC
* * * * *
19580 A-AATTATTTTTTAAAATCTC-AACTATTAA-TTTTAGAATATTAAT-AATTAGTACTGTTTTAT
1 AGATTTATTTTTT-AAATCTCTTATTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * * * *
19641 TTCAAATAA-ATTGTATGAATATGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATC--AATG-TTT
65 TCCAAATAAGCTTATATGAA-CTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTT
* * * *
19702 GAAATAAAATAATTGTTCAAA-AGGGTCATAACTATTTGAACTTG-CTC-AGT-AA-ATATAT-T
129 GAAAT-AGATAATTGTTCAAATA--GTCATAACTATTTGAAC-TGATTCGA-TAAACAGATTTAT
19761 TTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTT--A-ATT--T-AA-TA--A--A---T-TTT-AATAAGC
189 TTTTTAAA---TTACTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAAATAAGC
* * **
19810 TTTTATGAATAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAAATTTGAAATAGATAAT
251 TTGTATGAAT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAAT
* * *
19875 TATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACGTGTTTAGAAAAC
315 TATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGTTCAGTAAAC
* * * * *
19915 ATATTTATTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAACTATTAGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTA
1 AGATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTA
** * ** * * * * * *
19978 TTTGAAATAAACTTGCATGAA-TAAAATCAATTTTTTTATGATAAAAGAAAAGGTCATAATGTTT
64 TTCCAAATAAGCTTATATGAACTGAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATT
* * * * *
20042 TGAAATAGATAATTATTCAGATAGTCATAACTATTTGAACATG-TTCCATAAATAGA-TTAATTT
128 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGATTCGATAAACAGATTTATTTT
* *
20105 TTAAATTCTCTTACTCATTAATTTTTATAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAG
192 TTAAA-----TTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-AAATAAG
* * * * *
20170 CTTAG-ATGAACTGAAAAAATTGTTTTAT---TAAA-AAAAGGTCAAAATGATTTGAAACA-ATT
250 CTT-GTATGAA-TGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGA-T
* * *
20229 AATTATTTAAATACTCATGACTATTTGAACTTGTTC-GATAAAC
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* * * * * *
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* * **
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* * ** * * * *
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* * *
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192 TTA-A---ATTACTTATTAATT-T-TTGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATT-TAAATAA
* * * ** * * * *
20526 GTTTATATGAATAGAAAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAGCAATTTCAAATAGAT
249 GCTTGTATGAAT-G-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGAT
** * * * * *
20591 AATTGCTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTTATTCATTAAAT
312 AATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGTTCAGTAAAC
* *
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1 AGATTTATTTTTTAAATCTCTT-ATTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
*** * **
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* * * * * *
20763 AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTG-ATTTAGTTC-AGTAAGCATATTTATTTTT
130 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGA-TTCGA-TAAACAGATTTATTTTT
* * * * * **
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193 TAAA----TTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAAATAAGCT-
** * * * * * *
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252 TGTATGAA-TGAAACAATTGTTTTATGACA-AAACA-AAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAA
* * * * *
20954 TTGTACAAATAGTCATAACTATTTAAACTGATT-TGATGAAC
314 TTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTG-TTCAG-TAAAC
* * *
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1 AGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * ** * * *
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65 TCCAAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTG
* * * * * * *
21119 CAAA-AAATAATTGTTCAAATAGTCATAATTAATTTGAATTGGTTAGGTAAACATGAATTATTTT
130 -AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAACTGATTCGATAAACA-GATTTATTTT
21183 T
192 T
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Statistics
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GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
TCATAACTATTTGAACTGTTCAGTAAAC
Found at i:16412 original size:181 final size:180
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15424 AACCGATTCA
* *
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* * * ***
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* * * ** * *
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* * * *
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* * * *
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** * * ** * **
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** * * * * *
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** * * * * *
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* * * * *
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1 GTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGT-ATT
* * * *
16030 ATTTTACTCCAAATAAGCTTGTATGAACA-AAAGCAATTGCTTTATGACAAAACAAATA--TCAT
64 ATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGGTCAT
* * * * *
16092 AATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAAAAAATCATAATTATTTGAA-TTGGTTTG
127 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTC-AAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCG
* * * * * * *
16147 ATATACATATTAAGTTTTTAAA--TCTT--TTATTAATTTTTGAAATACTAATAAATTAGAATTA
1 GTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTA
* ** * *
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** * * * * * *
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*
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1 GTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * *
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*
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* * * * * * * *
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* * * * *
16558 TTTTATTTTAAATAAGCTT-TATGAATAGAAACGATTGGTTTATGACCAAACAAAAGGTCATAAC
65 TTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT
* ** *
16622 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAAGTGTTCA
130 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCG
** * * * * **
16673 AAAAATATATTTA-TTTTTAAAT-TTTTACTCATT-ATTTTTGAAATATTAATAAATTTTTATTA
1 GTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * **
16735 TTTTA-TTCGAAATAAGCTTGCATGAGTAGAACCAGA-TGTTTTATGAGAAAACAAAATTTCATA
65 TTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACA-ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * *
16798 ATGTTTTAAAATAGATAATTGTTCAGATAGTCATAACTATTTGAACATATTCG
128 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCG
* * * * *
16851 GT-AACAAGATTCATTTTTTAATTCTCTTTCTCATTAATTTCTAGAATATTAATAAATTAGTATT
1 GTAAACAA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT-TTGAATATTAATAAATTAGTATT
* * *
16915 ATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTA-AAACAATT-TTTTATTACAAAACAAAAGGTCACA
64 ATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
** * * *
16978 ATGATTTGAAATAGATAATAATTCATATAGTCATAACTATTTGAACATGTTCA
128 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCG
** * * * * *
17031 GT-AACAAGATTCCTTTTTTAATTCTCTTTC-TAGTTGAACTTGTTTGGA-A--AACATATT--T
1 GTAAACAA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA-TT-AA-TT-TTTGAATATTAATAAATTAGT
* * * * * * *
17089 ATT-TTTTAAATGTTCTACTATTAA--TTGT-CGAAATATTAAAAAATAAATATTTTGTGAATCG
61 ATTATTTT--AT-TTC-A--AATAAGCTTGTATG-AATA-GAAACAAT---TGTTTTATG-A-CA
* * * * * * * ***
17150 AAA-TAAA---CATGTATGA-TAGAAATA-ATTATTTTATGACAAA-A--CAAAAAGTCATACCA
113 AAACAAAAGGTCAT-AATGATTTGAAATAGATAATTGT-T--CAAATAGTC-ATAACT-ATTTGA
17206 A--T-TTC-
172 ACTTGTTCG
* * * * * *** * *
17211 --AAATAAA-TAATTTTTCAAATAGTCATAAAGATTTGAAATTGTTCG-ATA--AATAGATT--T
1 GTAAACAAATTTATTTTTTAAAT-CTCTTACTTA-TT--AATT-TTTGAATATTAATAAATTAGT
* * * * * * *
17268 ATT-TTTTAAATCTTTTACTTATTAA--TTGTCTTAATATTAATA-AATTTGTATTATTTTATTC
61 ATTATTTT--A---TTT-C-AAATAAGCTTGTATGAATA-GAA-ACAA-TTGT-TT-TATGA--C
* * ** *** * * * * *
17329 AAAA-TAAA-CTTGT-ATGAACAGAAA-A-ATCATTTTATGACAAA-A--CAAAAGGT-TATAGT
112 AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGT-T--CAAATAGTCATAA-CTAT-TTG-
17385 AA--T-TTC-
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* * * * * * ** * * *
17391 G--AATAGA-TAATTGTTGAAATAGTCAAAATTATTTAAACTTGTTCGACAAATAATTCATTTTT
1 GTAAACAAATTTATTTTTTAAAT-CTCTTACTTA-TT-AA-TT-TTTG---AAT-ATT-A----A
** * * * ** *
17453 TAAATCTCTTAATTA-TTAATTTTCATAAT-A--TT-AAT-AACTTA-ATATTATT-TTATTTTG
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* * * * * *** * ** *
17510 A-ATAAACTTACATG-AACTGAGATAATTTTTTA-AGACAA---AACAAA-ATGTCATAACGATT
110 ACA-AAAC-AAAAGGTCA-T-A-ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA-GTCATAACTATT
* * * * **
17568 TAAAATAGATAA
169 TGAACTTGTTCG
* ** ** ** * * * *
17580 TTATTCCAAATAGTCATGACTATTTGATCTAGTTCAGTAAACATATCTACTTTTTAAATTAATTA
1 GTA-AACAAAT--T--T-A-T-TTT--T-TAAATCTCT-TACTTAT-TAATTTTTGAA-T-ATTA
* * * * * * * * * * * *
17645 CTTATCAATT-GTCGA-AATATTA-AT-AAATTAGTATTATTTTAACTCGAATA-AGCTTGTATG
51 ---ATAAATTAGT--ATTATTTTATTTCAAATAAG-CTTGTATGAA-TAGAA-ACA-ATTGT-TT
* * ** * * * * *
17705 AATAGA-AACAATTGTTTTATAACAGAACAAAAAGTCATAATGATTTGAATAAATAATTGCTCAA
106 TAT-GACAA-AA------CA-AA-AGGTC-ATAA-TGAT-TTGA----AATAGATAATTGTTCAA
* *
17769 ATAGTCAAAACTATTTGAACTTGTTTG
154 ATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCG
* * * * *
17796 ATAAATAGATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAGATATTAATAGATTAATATTA
1 GTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-ATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * * * *
17857 CTTTATTCCAAACACA-CTTATATGAACAAAAACATTTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
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* * ** *
17921 TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAATTATTTGAACCGGTTAG
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17973 GTAAACAAATTT-TTTTTTAAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCA-T-T
1 GTAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATT-AGTAT
* ** *
18035 T-TTTTAAATTTCAAATAAGCTAGTATGAATTCAAA-AACTTATTTTTATGACAAAACAAAAGGT
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* * * * * * *
18098 CATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGTCTTTAAATATTTAAACTAGTTCA
124 CATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTTGTTCG
* * * * * *
18156 GCAAACAAATTTATTTTTTAATTTTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTATTAGATTAGTATTA
1 GTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * * * *
18221 TTTTA-TTCTGAATAAACTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAA
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* * * * * *
18285 TGATTTGAAGT-TACAATTGTTCAAATAGTCAT-A-TATTTAAACTAGTTCA
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* *
18334 GTAAACAAATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTGTTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTA
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18395 TTTTA-TTCTAAATAAGCTGGAATG-AT-GAAAAGCAATTGTTATATGACTAAACAAAAGGCCAT
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18512 GCAAATAGGTTTATTTTTTTGAATCTCCTT-GTTATCAATTTTCAAAATAATATTAAATTAGTAT
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18576 TATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAACTA-AAACAATTATTTTATAATAGAACAAAAGGTTAT
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** *
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* * * * *
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** ** *
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** *
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1 GTAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTA
* *
19635 TTTTATTTCAAATAA-ATTGTATGAATATGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATC--AA
65 TTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATA-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * *
19697 TG-TTTGAAATAAAATAATTGTTCAAA-AGGGTCATAACTATTTGAACTTGCTCA
129 TGATTTGAAAT-AGATAATTGTTCAAATA--GTCATAACTATTTGAACTTGTTCG
* * *
19750 GT-AA-ATATAT-TTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTT--A-ATT--T-AA-TA--A--A-
1 GTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * **
19799 --T-TTT--AATAAGCTTTTATGAATAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAA
66 TTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * **
19859 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACGTGTTTA
131 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCG
* * * * * *
19909 GAAAACATATTTATTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAACTATTAGAATATTAATAAATTTA-TATT
1 GTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAATATTAATAAA-TTAGTATT
* * * * * *
19972 ATTTTATTTGAAATAAACTTGCATGAATA-AAATCAATTTTTTTATGATAAAAGAAAAGGTCATA
64 ATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * *
20036 ATGTTTTGAAATAGATAATTATTCAGATAGTCATAACTATTTGAACATGTTCC
128 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCG
* * * * * *
20089 ATAAATAGA-TTAATTTTTAAATTCTCTTACTCATTAATTTTTATAATATTAATAAATTAGTATT
1 GTAAACAAATTTATTTTTTAAA-TCTCTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATT
* * *
20153 ATTTTATTTCAAATAAGCTTAG-ATGAACT-GAAAAAATTGTTTTAT---TAAA-AAAAGGTCAA
64 ATTTTATTTCAAATAAGCTT-GTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * * *
20212 AATGATTTGAAACA-ATTAATTATTTAAATACTCATGACTATTTGAACTTGTTCG
127 AATGATTTGAAATAGA-TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCG
* * * * ** *
20266 ATAAACATATTTATTTTTTAAATATTTTACTTATT-ATTTGTCAAAATATTAATAAATTAATATT
1 GTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT-T-TGAATATTAATAAATTAGTATT
* * *
20330 -TTTTAATCCAAATAAGCTTTTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
64 ATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
** * * ** *
20394 AAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAATCATAAAGATTTGAACTTGTTTG
129 TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCG
* *
20446 GTAAA-AATATTTATTTTTTAGATCTTTTACTTATTAATTGTCTT-AATATTAATAAATTTA-TA
1 GTAAACAA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-T-TTGAATATTAATAAA-TTAGTA
* * * * ** *
20508 TTATTTCA-TTCAAAATAAGTTTATATGAATAGAAAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTA
62 TTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATAG-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
*** * * * * * *
20572 ATAGCAATTTCAAATAGATAATTGCTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTTATTCA
125 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCG
* * * * * *
20628 TTAAATAGATTTATTTTTTAAATATCTTAATTATTAATTTTTAGAATATTAATAACTTAGTATTA
1 GTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTA
** * **
20693 TTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACTA-AAATGATT-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
65 TTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * * *
20756 CGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTG-ATTTAGTTCA
129 TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCG
* * * * * * * *
20808 GTAAGCATATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAAATGGTATTA
1 GTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * * * *
20873 TTTTA-ATCGAATAAG-TGTGTATGAACAAAAACTATTGTTTTATAATAGAAA-ATAAAAGTCAT
65 TTTTATTTCAAATAAGCT-TGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACA-AAACA-AAAGGTCAT
** * * * *
20935 AACAATTTGAAATAAATAATTGTACAAATAGTCATAACTATTTAAAC-TGATTTG
127 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCG
* * * * *
20989 ATGAACAGATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTAAAAATATTAATAGATTAGTATT
1 GTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT--GAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * * *
21050 CTTTTA-TTCTAAACAAACTTATATGAACAAAAAC-A-T-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
64 ATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * *
21111 GCT-AGTTGCAAA-AAATAATTGTTCAAATAGTCATAATTAATTTGAA-TTGGTTAG
128 -ATGATTTG-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAACTT-GTTCG
* * *
21165 GTAAACATGAA-TTA-TTTTTAAACCTATT-CATATTAATTTTT
1 GTAAACA--AATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
21206 TTTAGTATGA
Statistics
Matches: 4269, Mismatches: 928, Indels: 790
0.71 0.16 0.13
Matches are distributed among these distances:
158 35 0.01
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ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
GTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTAT
TTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCG
Found at i:16632 original size:168 final size:169
Alignment explanation
Indices: 16352--17021 Score: 528
Period size: 168 Copynumber: 3.9 Consensus size: 169
16342 TAAATCTCTA
16352 ACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAATA
1 ACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAATA
* * * *
16417 GAAACAATTGTTTTATAATAAAACAAAAGATTATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG
66 GAAACAATTGGTTTATAACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAG
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131 TCATAACTATTTGACTGCGCTCAATAAACAGAATCTTTT
* * * * *
16521 ACTTATTAATTTTTGGAATTTTAATAAGTTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTT-TATGAATA
1 ACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAATA
* * * * *
16585 GAAACGATTGGTTTATGACCAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
66 GAAACAATTGGTTTATAACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAG
** * * * * *
16650 TCATAACTATTTGAAAGTGTTCAAAAAATATATTTAT-TTTT
131 TCATAACTATTTGACTGCGCTCAATAAACAGA---ATCTTTT
* * * ** *
16691 AAATTTTTACTCATTATTTTTGAAATATTAATAAATTTTTATTATTTTA-TTCGAAATAAGCTTG
1 -ACTTATTA---A-T-TTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAACTTG
* * * * * * ** * * * * *
16755 CATGAGTAGAACCAGA-TGTTTTATGAGAAAACAAAATTTCATAATGTTTTAAAATAGATAATTG
58 TATGAATAGAAACA-ATTGGTTTATAACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAAATAATTA
* * * * *
16819 TTCAGATAGTCATAACTATTTGAACATATTCGGT-AACAAGATTCATTTTTTAATTCTCTTT
122 TTCAAATAGTCATAACTATTTG-AC---TGCGCTCAATAA-A--CA-----GAA-TCT-TTT
* * * *
16880 -CTCATTAATTTCTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACT
1 ACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAA-T
* * * * * * * *
16944 A-AAACAATT-TTTTATTACAAAACAAAAGGTCACAATGATTTGAAATAGATAATAATTCATATA
65 AGAAACAATTGGTTTATAACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATA
17007 GTCATAACTATTTGA
130 GTCATAACTATTTGA
17022 ACATGTTCAG
Statistics
Matches: 399, Mismatches: 71, Indels: 52
0.76 0.14 0.10
Matches are distributed among these distances:
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175 1 0.00
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189 5 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (169 bp):
ACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAATA
GAAACAATTGGTTTATAACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAG
TCATAACTATTTGACTGCGCTCAATAAACAGAATCTTTT
Found at i:17037 original size:180 final size:178
Alignment explanation
Indices: 16525--17061 Score: 611
Period size: 180 Copynumber: 3.0 Consensus size: 178
16515 TCTTTTACTT
* * * *
16525 ATTAATTTTTGGAATTTTAATAAGTTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTTATGAATAGAAAC
1 ATTAA-TTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTTATGAATAGAAAC
* * * *
16590 GATTGGTTTATGACCAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
65 AATT-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
* * * * * *
16655 ACTATTTGAA-AGTGTTCA-AAAAATATATTTATTTTTAAATT-T-TTACTC
129 ACTATTTGAACA-TGTTCAGTAACA-AGATTCATTTTTTAATTCTCTTTCTC
* ** * *
16703 ATT-ATTTTTGAAATATTAATAAATTTTTATTATTTTA-TTCGAAATAAGCTTGCATGAGTAGAA
1 ATTAATTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTT-TATGAATAGAA
* * * ** * * * *
16766 CCAGATGTTTTATGAGAAAACAAAATTTCATAATGTTTTAAAATAGATAATTGTTCAGATAGTCA
63 ACA-ATTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA
* *
16831 TAACTATTTGAACATATTCGGTAACAAGATTCATTTTTTAATTCTCTTTCTC
127 TAACTATTTGAACATGTTCAGTAACAAGATTCATTTTTTAATTCTCTTTCTC
16883 ATTAATTTCTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTA-AA
1 ATTAATTT-TAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTT-TATGAA-TAGAA
* * * *
16947 ACAATTTTTTATTACAAAACAAAAGGTCACAATGATTTGAAATAGATAATAATTCATATAGTCAT
63 ACAATTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT
*
17012 AACTATTTGAACATGTTCAGTAACAAGATTCCTTTTTTAATTCTCTTTCT
128 AACTATTTGAACATGTTCAGTAACAAGATTCATTTTTTAATTCTCTTTCT
17062 AGTTGAACTT
Statistics
Matches: 297, Mismatches: 50, Indels: 22
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
176 7 0.02
177 33 0.11
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ACGTcount: A:0.39, C:0.09, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (178 bp):
ATTAATTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTTATGAATAGAAACA
ATTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAC
TATTTGAACATGTTCAGTAACAAGATTCATTTTTTAATTCTCTTTCTC
Found at i:17336 original size:180 final size:179
Alignment explanation
Indices: 17079--21205 Score: 2498
Period size: 180 Copynumber: 23.2 Consensus size: 179
17069 CTTGTTTGGA
* * * ** * * *
17079 AAACATATTTATTTTTTAAATGTTCTAC-TATTAATTGTCGAAATATTAAAAAATAAATATT-TT
1 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-T-TTAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * * * * * **
17142 GTGAATCGAAATAAACATGTATG-ATAGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATACCA
64 -TTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATA
* * * *
17206 ATTTCAAATAAATAATTTTTCAAATAGTCATAAAGATTTGAAATTGTTCGAT
128 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAATATTTGAAATTGTTCGAT
* *
17258 AAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTTAATATTAATAAATTTGTATTATT
1 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-T-TTAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * ** * *
17323 TTATTCAAAATAAACTTGTATGAACAGAAA-AATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGTAA
64 TTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAA
* *
17387 TTTCG-AATAGATAATTGTTGAAATAGTCA-AAATTATTT-AAACTTGTTCGAC
129 TTT-GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAA-TATTTGAAA-TTGTTCGAT
* * * * * *
17438 AAATA-ATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTCATAATATTAATAACTTAATATTATT
1 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT--TAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * ** * * * * **
17502 TTATTTTGAATAAACTTACATGAACT-GAGATAATT-TTTTAAGACAAAACAAAATGTCATAACG
64 TTATTCTAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATA
* * * * ** *
17565 ATTTAAAATAGATAATTATTCCAAATAGTCATGACTATTTGATCTAGTTC-AGT
128 ATTTGAAATAGATAATTGTT-CAAATAGTCATAAATATTTGAAATTGTTCGA-T
* * * * * **
17618 AAACATATCTACTTTTTAAAT-TAATTACTTATCAATTGTCGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
1 AAACAGATTTATTTTTTAAATCT-TTTACTTATTAATT-T-TTAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * *
17682 TTTA-ACTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATAACAGAACAAAAAGTCATAAT
63 TTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT
* * * * *
17746 GATTTG-AATAAATAATTGCTCAAATAGTCA-AAACTATTTGAACTTGTTTGAT
127 AATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAA-TATTTGAAATTGTTCGAT
* * * *
17798 AAATAGATTTATTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTTGAGATATTAATAGATTAATATTACT
1 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-A-ATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * * * * *
17859 TTATTCCAAACACA-CTTATATGAACAAAAACATTTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
64 TTATTCTAAATA-AGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATA
* * *** * *
17923 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAATTATTTGAACCGGTTAGGT
128 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAATATTTGAAATTGTTCGAT
* *
17975 AAACAAATTT-TTTTTTAAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCA-T-TT-
1 AAACAGATTTATTTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATTTTT--AATATTAATAAATT-AGTATTA
* ** *
18036 TTTTAAATT-TCAAATAAGCTAGTATGAATTCAAA-AACTTATTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
62 TTTT--ATTCT-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAA-TT-GTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * * * *
18099 ATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGTCTTTAAATATTT-AAACTAGTTC-AGC
122 ATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAAATATTTGAAA-TTGTTCGA-T
* * * * *
18158 AAACAAATTTATTTTTT-AATTTTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTATTAGATTAGTATTAT
1 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAATTTTT--AATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * * * * *
18222 TTTATTCTGAATAAACTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAATG
63 TTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATA
* * * *
18287 ATTTGAAGT-TACAATTGTTCAAATAGTCAT--ATATTT-AAACTAGTTC-AGT
128 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAATATTTGAAA-TTGTTCGA-T
* * *
18336 AAACAAATTTATTTTTTAAATC---T-CTTGTTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATT
1 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT--AATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * *
18397 TTATTCTAAATAAGCTGGAATG-AT-GAAAAGCAATTGTTATATGACTAAACAAAAGGCCATAAT
64 TTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAG-AAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT
* * * * * * * ** *
18460 -TTTTAGTAAACAAATAATTGTTCATATAGTCTTAATTGTTTG-AATTGTTTTAGC
127 AATTT-G-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAATATTTGAAATTGTTCGA-T
* * * * * * * * *
18514 AAATAGGTTTATTTTTTTGAATCTCCTT-GTTATCAATTTTCAAAATAATATTAAATTAGTATTA
1 AAACAGATTTA-TTTTTTAAATCT-TTTACTTATTAATTTT--TAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * * *
18578 TTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAACTA-AAACAATTATTTTATAATAGAACAAAAGGTTATAA
62 TTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* *
18642 CAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-----AA-A-CT---A--GTTC-AGT
126 TAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAATATTTGAAATTGTTCGA-T
* * * ** *
18684 AAACAAAATTATTTTTTAAACCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTGTT
1 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT--AATATTAATAAATTAGTATT-AT
* * * * * * ** *
18749 TTTATTTTGAATAGGCTTGTATG-ATGAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTTGTAAC
63 TTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT
* * * * *
18813 AATTTGAAATAGATAATTATTCAAGT-GACCAT-AATGATTTAAACCAAT-TT-GAT
127 AATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAAAT-ATTTGAA--ATTGTTCGAT
* * * ** * *
18866 AAACTGACTTATTTTTTAAATCTTTAACTTATTGGTTTTTGAAATATTAATAAAATAATATTATT
1 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT--AATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * *
18931 TTATT-TCAGATAAGCTTTTATGAACTA-AGACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATATT
64 TTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT
* * * * *
18994 TATTCT-AAATAGATAATTGTTTAAATAGTTATGACA-ATTTGAAATTGTTCAAT
127 AATT-TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT-AAATATTTGAAATTGTTCGAT
** * *
19047 AAACAGATTTATTTTTTTAAAT-TTCTTGTTTATTAATTTTCTGAATGTTACTAAATTAGTATTA
1 AAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAATTTT-T-AATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * * * * *
19111 TTTTATTTTGAATAAGCATGTATGAACTA-AAACAATTATTTTATAACTAAACAAAAGATAAGAA
62 TTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
** * * * *
19175 CGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTG-AATTAGTTCGGT
126 TAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAATATTTGAAATT-GTTCGAT
* * ** * ** * *
19229 AAACAAATTTACTTTTTAAATCTCTTT--TT-TT--TTTAGAATATTATTACTTTAGCAATATTT
1 AAACAGATTTATTTTTTAAATCT-TTTACTTATTAATTTTTAATATTAATAAATTAGTATTATTT
* * * * * * * * *
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* * * * * *
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* * *
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** ** * *
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** * * * *
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* ** * * *
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* *
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* * * * *
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* *
19752 -AA-ATATAT-TTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTT-A-ATT--T-AA-TA--A--A---T
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* * *
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* * * ** *
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* * **
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* * * * *
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** * * * *
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* * * *
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* * *
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* * * * * * * *
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* * * *
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* * * *
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* * *
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* * * * * ** * **
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* * * *
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* * * * *
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* * * *
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128 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAATATTTGAAATT-GTTCGA-T
* * * * * * *
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1 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-TT-TAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * * * * *
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* * * * * *
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* * *
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* * * * *
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* * * *
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21206 TTTAGTATGA
Statistics
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* *
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* * * * * * * * *
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* ** * * * ** * *
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* * * * * * *
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** *
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** * ** * *
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* * * * *
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* * * * * * * *
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** * * * * * * *
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* * * * *
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* * * ** * *
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* * * ** * * * * *
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** * *
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** * * *
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* * * * *
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* * *
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** *
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* * * * * * *
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*** * * * * *
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* * * * *
21114 -AGTTGCAAA-AAATAATTGTTCAAATAGTCATAATTAATTTGAATTGGTTAGGT
128 GATTTG-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAACTAGTTA-GT
* * * ** * * *
21167 AAACATGAA-TTA-TTTTTAAACCTATT-CATATTAATTTTTTTTAGTATGAATAAATTCA-TTT
1 AAACA--AATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTAT
** * * *
21228 TATTTTATTTTGAATAAG-TTAGTGTGAATTTAAAAATTTTTTTTATG-C---A-AAAA----A-
62 TATTTTATTTCAAATAAGCTT-GTATGAA-TGAAAAATTATTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * * *
21282 AAT-ATTTGAAATA-A-AATATGGTTCATATAGTCTTAACTATTTAAATTAGTTTAGC
125 AATGATTTGAAATAGATAAT-T-GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTAGT
* * * ** *
21337 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTCAATTATTAAATTTTTTGGAATATTTTTATATTAGTATTA
1 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT-AA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
21402 TTTTA
64 TTTTA
21407 AATTTTGAAT
Statistics
Matches: 3217, Mismatches: 664, Indels: 543
0.73 0.15 0.12
Matches are distributed among these distances:
157 2 0.00
158 22 0.01
159 24 0.01
160 12 0.00
161 10 0.00
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164 1 0.00
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166 5 0.00
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168 11 0.00
169 53 0.02
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172 111 0.03
173 51 0.02
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175 161 0.05
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177 237 0.07
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185 9 0.00
186 2 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (179 bp):
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TTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATGAAAAATTATTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGAT
TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTAGT
Found at i:19279 original size:16 final size:16
Alignment explanation
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Period size: 16 Copynumber: 2.1 Consensus size: 16
19250 CTCTTTTTTT
19260 TTTAG-AATATTATTAC
1 TTTAGCAATATT-TTAC
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1 TTTAGCAATATTTTAC
19292 T
1 T
19293 CTGAATAAGT
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 0, Indels: 2
0.89 0.00 0.11
Matches are distributed among these distances:
16 10 0.62
17 6 0.38
ACGTcount: A:0.33, C:0.09, G:0.06, T:0.52
Consensus pattern (16 bp):
TTTAGCAATATTTTAC
Done.