Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019168402.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_618, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 21422
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.11, T:0.39
Found at i:354 original size:164 final size:168
Alignment explanation
Indices: 79--418 Score: 377
Period size: 164 Copynumber: 2.0 Consensus size: 168
69 ATTTTTGAAA
* * *
79 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGACAAAAAAAATAATTGTTTTAT
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAACTTGTAT-ACAAAAAAAACAATTGTTTTAT
* * * * *
144 AACAAAACAAATGGTTATAGCAATTTAAAATAGATAATTATTCAAATTGCCATAATTATTT-AAC
65 AACAAAACAAAAGGTCATAGCAATTTAAAATAGACAATTATTCAAATAGCCATAACTATTTGAAC
208 TAATTCGATAAA-AAAATTATTTT-TTAAATCTCTTACT
130 TAATTCGATAAATAAAATTATTTTCTTAAATCTCTTACT
** * * ***
245 TATTAATAAATTTTTATTATTTTATTCCGTATAAACTTGTAT-TAACTGAAACAATTGTTTTATG
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAACTTGTATACAAAAAAAACAATTGTTTTAT-
* * **
309 AA-AAAGCAAAAGGTCATAGCAATTCT-AAATAGACAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAA
65 AACAAAACAAAAGGTCATAGCAATT-TAAAATAGACAATTATTCAAATAGCCATAACTATTTGAA
** * * * *
372 CTTTTTTGATAAATAGATTTATTTTCTTAAATCTCTTTCT
129 CTAATTCGATAAATAAAATTATTTTCTTAAATCTCTTACT
*
412 TCTTAAT
1 TATTAAT
419 TTTTGAATGT
Statistics
Matches: 143, Mismatches: 26, Indels: 9
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
164 63 0.44
165 15 0.10
166 46 0.32
167 19 0.13
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (168 bp):
TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAACTTGTATACAAAAAAAACAATTGTTTTATA
ACAAAACAAAAGGTCATAGCAATTTAAAATAGACAATTATTCAAATAGCCATAACTATTTGAACT
AATTCGATAAATAAAATTATTTTCTTAAATCTCTTACT
Found at i:698 original size:185 final size:186
Alignment explanation
Indices: 457--802 Score: 441
Period size: 185 Copynumber: 1.8 Consensus size: 186
447 TTATTTTGAG
*
457 TAAGCTTGTATAAACTGAAACAATTACTTTTACGACAAAAAAAAGATCAAAACAATTTAAAATAG
1 TAAGCTTGTATAAACTGAAACAATTACTTTTACGACAAAAAAAAGATCAAAACAATTTAAAATAA
*
522 ATAATTGTTC-TAATAGTATTAATCATATAAACTGGTTAGATAAAC-A-ATTTTTTAAATCTCTT
66 ATAATTGTTCAT-ATAGTATTAATCATATAAACTGGTTAGACAAACAATATTTTTTAAA--TCTT
584 ACTTATTAATTTTGA-AATATTATTAAATTAATAAATTAATTTTTATTCTAATTTCAAA
128 ACTTATTAATTTTGAGAATATTATTAAATTAATAAATTAATTTTTATTCTAATTTCAAA
* ** * * * *
642 TAAGCTTGTATGAGTTGAAACAATTA-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATA
1 TAAGCTTGTATAAACTGAAACAATTACTTTTACGACAAAA-AAAAGATCAAAACAATTTAAAATA
* * * * * *
706 AATAATTGTTCATATAGTCTTAGTTATTTGAACTGGTTTGACAAACATATTCATTTTTTAAATCT
65 AATAATTGTTCATATAGTATTAATCATATAAACTGGTTAGACAAACA-A-T-ATTTTTTAAATCT
* *
771 TAGTTATTAATTTTTAGAATATTATTAAATTA
127 TACTTATTAATTTTGAGAATATTATTAAATTA
803 GTATTATTTT
Statistics
Matches: 136, Mismatches: 17, Indels: 12
0.82 0.10 0.07
Matches are distributed among these distances:
184 12 0.09
185 80 0.59
186 1 0.01
187 1 0.01
188 17 0.12
189 15 0.11
190 10 0.07
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (186 bp):
TAAGCTTGTATAAACTGAAACAATTACTTTTACGACAAAAAAAAGATCAAAACAATTTAAAATAA
ATAATTGTTCATATAGTATTAATCATATAAACTGGTTAGACAAACAATATTTTTTAAATCTTACT
TATTAATTTTGAGAATATTATTAAATTAATAAATTAATTTTTATTCTAATTTCAAA
Found at i:1031 original size:133 final size:133
Alignment explanation
Indices: 879--1127 Score: 374
Period size: 133 Copynumber: 1.9 Consensus size: 133
869 ATAACAATTG
* * * * *
879 GAAATAAATAATTGTTCAAATA-GTCATAACTCTTTGAACTAGTTTAGCGAACAAATTTATTTTT
1 GAAATAAATAATTGCTCAAATAGGT-ATAACTATTTGAACTAGTTTAACAAACAAATTTAATTTT
** *
943 TAAATGTCTTATTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAAAAGCTTGCA
65 TAAATCACTTATTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTACTTTATTTCAAAAAAGCTTGCA
1008 TGTT
130 TGTT
* *
1012 GAAATAAATAATTGCTCAAATAGGTATAACTATTTGAACTAGTTTAACAAATAGATTTAATTTTT
1 GAAATAAATAATTGCTCAAATAGGTATAACTATTTGAACTAGTTTAACAAACAAATTTAATTTTT
* *
1077 AAATCACTTATTAATTTTTGAAATATTAATATATTAGTATTACTTTATTTC
66 AAATCACTTATTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTACTTTATTTC
1128 GAACAAACTT
Statistics
Matches: 103, Mismatches: 12, Indels: 2
0.88 0.10 0.02
Matches are distributed among these distances:
133 101 0.98
134 2 0.02
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.09, T:0.43
Consensus pattern (133 bp):
GAAATAAATAATTGCTCAAATAGGTATAACTATTTGAACTAGTTTAACAAACAAATTTAATTTTT
AAATCACTTATTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTACTTTATTTCAAAAAAGCTTGCAT
GTT
Found at i:1490 original size:184 final size:180
Alignment explanation
Indices: 1010--4947 Score: 1437
Period size: 181 Copynumber: 22.2 Consensus size: 180
1000 AGCTTGCATG
* ** * * * * *
1010 TTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGGT-ATAACTATTTGAACTAGTTTAACAAATAGATTTAATT
1 TTGAAATAGATAATTATTC-AATA-GTCATAAATATTTGAACTAGTTTGACAAACAAATTTATTT
* * *
1074 TTTAAA--TC--ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATATATTAGTATTACTTTATTTCGAACA-A
64 TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCCAA-ATA
* * * * *
1134 ACTTA-TATGAA-CAAAAACATTTATTTTATGACAAAGCAAAA-GTCAATAACGAT
127 AC-TAGTATGAATTAAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTC-ATAATGAT
* * * *
1187 TTGAAATAGATAAGTATTAAATTAGTCATAATTATTTGAACTAGTTATGA-AAATAGAA-TTATT
1 TTGAAATAGATAATTATTCAA-TAGTCATAAATATTTGAACTAGTT-TGACAAACA-AATTTATT
* *
1250 TTTTAAATCTGTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCA-T-TTTTTTTATTCCAAATA
63 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTCCAAATA
1313 ATCTAGTATGAATTCAAAAAAAAACTTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGAT
127 A-CTAGTATGAATT--AAAAAAAA-TTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGAT
* * * * * *
1371 TTGAAGTAGATAATTATTCTATAGTCTTAAATATTTGAACTGGTTTGACAAAGAAATTTTTTTTT
1 TTGAAATAGATAATTATTCAATAGTCATAAATATTTGAACTAGTTTGACAAACAAATTTATTTTT
* * * * * * *
1436 TAATTCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTATTATATCAGTGTTATTTTATTCCAAATAAACT
66 TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAAT-AACT
* * * **
1501 TGTATGAA-TAAAAATAATTATTTTATGA-AAAA-AAAATGTTTTAATGAT
130 AGTATGAATTAAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGAT
* * ** * * *
1549 TTCAAGTTTATAATTGTTCAAATAGTCA-AAACTATTTGAACTAAGTTAG-TAAACAAATTTATT
1 TTGAAATAGATAATTATTC-AATAGTCATAAA-TATTTGAACT-AGTTTGACAAACAAATTTATT
* * *
1612 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAGTAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAA
63 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAA
* * * * * * * * *
1677 -GA-T-TGAACTTTCAAATAAAATTGTTATATGACGAAGCAAAATGTAATAATGAC
128 CTAGTATGAA--TT-AAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGAT
* * * * ** * *
1730 TTGAAATAGATAATTATTGACATGGCCATAATTATTTGAA-TAGATTCAACAAACAAATTCACTT
1 TTGAAATAGATAATTATTCA-ATAGTCATAAATATTTGAACTAG-TTTGACAAACAAATTTATTT
* ** * * ***
1794 TTTAAATCACTTACTTATTAAAATTTGAAATATTAATAAATTATTTTTATTTTATTTTGAATAAG
64 TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAA-
* * * * * * *
1859 CTTGTACGAATT-GAAACAATTGTTCTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGAT
128 CTAGTATGAATTAAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGAT
* * * * * * * * *
1911 TTGAAACAGATAATTGTTCATATAATCTTAACTGTTAGAACTA-CTTCAGCAAACAAATTTATTT
1 TTGAAATAGATAATTATTCA-ATAGTCATAAATATTTGAACTAGTTTGA-CAAACAAATTTATTT
* * * * *** *
1975 TTTAAATCTTTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATATG
64 TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATA-A
* * * * ** * * * *
2040 CTTA-TATAAACT--AAAACATTATTTTATAACTTAATAATAGGTTAT-A-GCAA
128 C-TAGTATGAATTAAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG-AT
* ** * **
2090 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG--A-AACCAATT----TAG--T---AAATGAATTTATTTT
1 TTGAAATAGATAATTATTC-AATAGTCATAAATATTTGAACTAGTTTGACAAACAAATTTATTTT
* * * * *
2143 TTAAATCTCCTATTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATCCCGAATAGGC
65 TTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATA-AC
* * * * ** *
2207 TTA-TATG-ATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAGAAAAATTCATAACGAT
129 -TAGTATGAATTAAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGAT
* * * ** * *
2258 TTGAAATAGATAATTATTCAA-ATGGC-TACAATTATTTGAA-TCAATTTGATAAACTGACTTAA
1 TTGAAATAGATAATTATTCAATA-GTCATA-AA-TATTTGAACT-AGTTTGACAAACAAATTTAT
* * * * * ** * * * *
2320 TTTTTAAATATCTAAGTCATCAAAATTTGAAATTTTAATAAAATAATATTATTTTA-TCTCGAAT
62 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC-CAAAT
* * * * * * * * * * *
2384 AAGCT-TTTTCAAACT-GAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTTATATTTAT
126 AA-CTAGTAT-GAATTAAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGAT
* * * * * ** ** * *
2439 TTTAAATAGATAATTGTTTAAATCA-TCATAACTATTTAAACTTTTTTGGTAAATAGATTTATTT
1 TTGAAATAGATAATT-ATTCAAT-AGTCATAAATATTTGAACTAGTTTGACAAACAAATTTATTT
* * * * * * * *
2503 TTTAAAATTTCTTA-TGTTTTGATGTTCT-ACATGTTAATAAATTAGTATCATTTTATTTCAAAT
64 TTT-AAATCTCTTACT-TATTAAT-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAAT
** * * * * *
2566 AAGC-ATGTATGAGCT-AAAAAAATTATTTTATGACTAAACAAATGGTTAGAATGGT
126 AA-CTA-GTATGAATTAAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGAT
* * * ** * * *
2621 TTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACCGGTTCT-ATAAGCATATTTATTT
1 TTGAAATAGATAATTATTC-AATAGTCATAAATATTTGAACTAGTT-TGACAAACAAATTTATTT
* * ** * * *
2685 TTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTT-AGAATATTATTAATTTAACAATATTTTACTCCGAATAA
64 TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAA
* * * ** * *
2745 GCTAGTGTGAA-TAAAAACAATTATTTTATGACCAAA-TGAAGATCATAATAAT
128 -CTAGTATGAATTAAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGAT
* * * * * * * * * *
2797 TTGAGATAGATAATTGTTCAAATACTCATAACTATTTGAATTTGTTCGATAAATAGATTT-TGTT
1 TTGAAATAGATAATTATTC-AATAGTCATAAATATTTGAACTAGTTTGACAAACAAATTTAT-TT
* **
2861 TTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAGTATTAATAAATTAGTATTATTTT-TTCTGAATAAT
64 TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAA-
* * * * *** * * * * **
2921 TTTGTATGAA-TAGAAACAATT-TGAAATAGATAATAGTTCAAATGGAT-ATGACCAT
128 CTAGTATGAATTAAAAAAAATTATTTTAT-GACAA-A--ACAAAAGG-TCATAATGAT
* * * * * ** * * * * ** *
2976 TTGAACTTG-T--TT-TGTGAACA--AATTTATTTTTTAA--A-TCT--CTAACTTATTAATTTT
1 TTGAAATAGATAATTAT-TCAATAGTCATAAATATTTGAACTAGTTTGACAAACAAATTTATTTT
* * * * * ** **
3030 TTAGAA--TATTAATAAATTAGTATTATTT--TAT-TTCGAATAAATTTGTATTATTGGA-AACA
65 TTA-AATCTCTTACT-TATTA--ATT-TTTGAAATATT--AATAAATTAGTATTATTTTATTCCA
* ** * * *
3089 ACT-A-TTTTATGACA--AAAACAAA--A---TAT--CATAAC--AA--T--T--TGAA
123 AATAACTAGTATGA-ATTAAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGAT
* * * * * ** ** * *
3129 AT-AAATA-ATTATTCAAAT--AG--TCATAACTATTTGAACTCCTAAG-TAAATAAATTTATTT
1 TTGAAATAGATAATT--ATTCAATAGTCATAAATATTTGAACTAGTTTGACAAACAAATTTATTT
* * *** * * * * *
3187 TTTAAATTTTTTACTTATTAATTTTTGGTCTTTTAAGAAATTAGTATTCTTTTATTCCGATTAAG
64 TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAA-
** * * * * **
3252 CTTTTATGAA-CAAAAACAATTGA-TTTATGATAAAACAAAAGGACATAACAAT
128 CTAGTATGAATTAAAAAAAATT-ATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGAT
* * ** * * *
3304 TTGAAGTAGATAATTGTTCAAATAGTCA-AAACTATTTGAACGT-GTTCAAAAAACATACTTATT
1 TTGAAATAGATAATTATTC-AATAGTCATAAA-TATTTGAAC-TAGTTTGACAAACAAATTTATT
* * **
3367 TTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGAAATATGAATAAATTTA-TATTATTTTATTTGAAATA
63 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCCAAATA
* * * ** * * *
3430 AGCTTGCATGAA-TAGAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGCCATAATGTT
127 A-CTAGTATGAATTAAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGAT
* * * * * ** * *
3484 TTGAAATAAATAATTGTTCTAATAGTCATAACTATTTAAAC-ATGTTCGGTAAACATATTCATTT
1 TTGAAATAGATAATTATTC-AATAGTCATAAATATTTGAACTA-GTTTGACAAACAAATTTATTT
* * * * * *
3548 TTTAATTCTCTTACTCATTAA-TTTTGGAATATCAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAGATAAG
64 TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAA-
* * * ** * *
3612 CTTA-TATGAGTT-GAAACAATCGTTTTACT-ACAAAACAAAAGGTCACAATAAT
128 C-TAGTATGAATTAAAAAAAATTATTTTA-TGACAAAACAAAAGGTCATAATGAT
* * * * * * *
3664 TTAAAATAAACAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAATTTA-TTTAGA-AAACATATTTATT
1 TTGAAATAGATAATTATTC-AATAGTCATAAATATTTGAA-CTAGTTT-GACAAACAAATTTATT
* * * * *
3727 TTTTAAATATTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAA
63 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAA
* * * * * * * **
3792 GCTTGTAT-AAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAGCAAAAAGTCATAACAAT
128 -CTAGTATGAATTAAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGAT
* * * * * * *** *
3845 TTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTTATAAAGATTTGAAGTTGTTCGGTGAACATATTTATTTT
1 TTGAAATAGATAATTATTC-AATAGTCATAAATATTTGAACTAGTTTGACAAACAAATTTATTTT
* * **
3910 TTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTT--AATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTAGAAA-AA
65 TTAAATCTCTTACTTATTAATT-T-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAA
* * * * * ***
3972 GGCTTGTATGAA-CAGAAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGCAAT
128 --CTAGTATGAATTAAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGAT
* * * * * * * * * * *
4026 TTCAAATAGATAATTATTAAAATAGTCACAATTATTTAAACTTG-TTCAGTAAATATATTCATTT
1 TTGAAATAGATAATTATT-CAATAGTCATAAATATTTGAACTAGTTTGA-CAAACAAATTTATTT
* * **
4090 TTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGAAATATTAATAACTTAGTATTATTTTATTTTAAATAAG
64 TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAA-
* * * * * **
4155 CTTA-TATAAACT-AAAATAATTTTTTTATGACAAAACCAAAGGTCATAACAAT
128 C-TAGTATGAATTAAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGAT
* * * * * ** * *
4207 TTCAAATAGATATTTATTCAAATA-TCATGACTATTTGATCTAGTTCAATAAACATATTTTACTT
1 TTGAAATAGATAATTATTC-AATAGTCATAAATATTTGAACTAGTTTGACAAACA-AATTTA-TT
** * * * * **
4271 TTGAAAAT-TTTTATTTATTAATTGTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCTGAATAA
63 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAA
* * * * ** *
4334 GTTTGTATGGA-TAGAAACTATTATTTTAT-ACAAAA-AAAA--TTATAATGAT
128 -CTAGTATGAATTAAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGAT
* ** * * * ** * * *
4383 TTGAAATAAATAATTGCTCAATAGTCCTAACTATTTGAA-TTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTC
1 TTGAAATAGATAATTATTCAATAGTCATAAATATTTGAACTAGTTTGACAAACAAATTTATTTTT
* *
4447 TAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT-TTTT-CT-GAACA-AACT
66 TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAA-ATAAC-
* * * *
4504 TA-TATGAA--CAAAATATTTATTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATGAT
129 TAGTATGAATTAAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGAT
* * * ** *
4553 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACT-GATTAGGTAAACAAAATTA-TT
1 TTGAAATAGATAATTATTC-AATAGTCATAAATATTTGAACTAG-TTTGACAAACAAATTTATTT
* * *
4616 TTTAAATCTCTTACATATTAAATTTTGAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTCCAAATAA
64 TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTCCAAATAA
* * * * **
4680 GCTAGTATGAATT-GAAAAAATTGTTTTATGACAAAA-AAAA---AAAAACAAT
128 -CTAGTATGAATTAAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGAT
* * * * **
4729 TTGAAATAGATAATTGTT-AATATGGTCTTAATTATTAGAACTAGTTCAACAAACAAATTTATTT
1 TTGAAATAGATAATTATTCAATA--GTCATAAATATTTGAACTAGTTTGACAAACAAATTTATTT
* * * * *
4793 TTTAAATCTCTTAGTTATTAA-TTTTCACAATATTATTATATTAGTATTATTTTATTTCAAATAA
64 TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAA
* * * * * *
4857 GCTTA-TATGAA-CAGAAATAATTATTTTATGATAGAACAAAATGGTTATAATGAT
128 -C-TAGTATGAATTAAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAA-GGTCATAATGAT
* * * * * *
4911 TTGAAGTATACAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTT
1 TTGAAATAGATAATT-ATTCAATAGTCATAAATATTT
4948 TAATTGGTTT
Statistics
Matches: 2839, Mismatches: 689, Indels: 461
0.71 0.17 0.12
Matches are distributed among these distances:
152 4 0.00
153 2 0.00
154 11 0.00
155 4 0.00
156 20 0.01
157 8 0.00
158 20 0.01
159 7 0.00
160 14 0.00
161 1 0.00
163 2 0.00
164 1 0.00
165 4 0.00
166 57 0.02
167 72 0.03
168 39 0.01
169 10 0.00
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171 64 0.02
172 24 0.01
173 20 0.01
174 34 0.01
175 87 0.03
176 216 0.08
177 196 0.07
178 59 0.02
179 176 0.06
180 473 0.17
181 818 0.29
182 182 0.06
183 87 0.03
184 74 0.03
185 8 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
TTGAAATAGATAATTATTCAATAGTCATAAATATTTGAACTAGTTTGACAAACAAATTTATTTTT
TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAACTA
GTATGAATTAAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGAT
Found at i:2296 original size:528 final size:525
Alignment explanation
Indices: 1082--2456 Score: 1265
Period size: 528 Copynumber: 2.6 Consensus size: 525
1072 TTTTTAAATC
* * * * * *
1082 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATATATTAGTATTACTTTATTTCGAACAAACTTATATGAACA
1 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTATATGATCA
* * * * *
1147 AAAACATTTATTTTATGACAAAGCAAAAGTCAATAACGATTTGAAATAGATAAGTATTAAATTAG
66 AAAACAATTGTTTTATGACAAAGCAAAATTC-ATAACGATTTGAAATAGATAATTATTAAA-TGG
* * ** **
1212 -TCATAATTATTTGAACTAG-TTATGAAAATAGAATTATTTTTTAAATCTGTTACTTATTAATTT
129 CT-ATAATTATTTGAA-TAGATTA--AAAACA-AATTAATTTTTAAATCACTTACTTATTAAAAT
* * * * * * *
1275 TTGAAATATTAATAAATTCATTTT-TTTTATTCCAAATAATCTAGTATGAATTCAAAAAAAAACT
189 TTGAAATATTAATAAATT-ATTTTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTACGAATT---GAAACAA-T
* * * *
1339 TATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAGTAGATAATTATTCTATAGTCTTAAATA
249 TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTATAATCTTAAATA
* ** * * * *
1404 TTTGAACTGGTTTGACAAAGAAATTTTTTTTTTAATTCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTA
314 TTAGAACTACTTAGACAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTA
* * * *
1469 TTATATCAGTGTTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAATAAAAATAATTATTTTATGAAAAAA
379 TTAAATCAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTATATAAATAAAAATAATTATTTTATGAAAAAA
* * * * **
1534 AAATGTTTTAATGATTTCAAGTTTATAATTGTTCAAATAGTCAAAACTATTTGAACTAAGTTAGT
444 AAAGGTTATAATGAATTCAAATAGATAATTGTTCAAATAG--AAAAC----T---CTAAGTTAGT
*
1599 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTT
500 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCT
* * ** * *
1625 ACTTATTAATTTTTGAAAGATTAGTAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGATTGA-ACT-TT
1 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTT-ATA-TGAT
* * * * * *
1688 CAAATAA-AATTGTTATATGACGAAGCAAAATGTAATAATGACTTGAAATAGATAATTATTGACA
64 CAAA-AACAATTGTTTTATGACAAAGCAAAAT-TCATAACGATTTGAAATAGATAATTATT-AAA
* *
1752 TGGCCATAATTATTTGAATAGATTCAACAAACAAATTCACTTTTTAAATCACTTACTTATTAAAA
126 TGGCTATAATTATTTGAATAGATT-AA-AAACAAATT-AATTTTTAAATCACTTACTTATTAAAA
*
1817 TTTGAAATATTAATAAATTATTTTTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTACGAATTGAAACAATTGT
188 TTTGAAATATTAATAAATTA-TTTTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTACGAATTGAAACAATTGT
* * * * *
1882 TCTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAACAGATAATTGTTCATATAATCTTAACTGTT
252 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTC-TATAATCTTAAATATT
*
1947 AGAACTACTTCAG-CAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTAT
316 AGAACTACTT-AGACAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTAT
* *** ** *
2011 TAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATATGCTTATATAAACT-AAAA-CATTATTTTAT-AACTTA
380 TAAATCAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTATATAAA-TAAAAATAATTATTTTATGAA---A
* * * * **
2073 ATAATAGGTTAT-A-GCAATTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-AAAC-C-AATTTAGTAAATG
441 AAAAAAGGTTATAATG-AATTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGAAAACTCTAAGTTAGTAAACA
2133 AATTTATTTTTTAAATCTCCT
505 AATTTATTTTTTAAATCTCCT
* * * *
2154 ATTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATCCCGAATAGGCTTATATGATGA
1 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTATATGATCA
*
2218 AAAACAATTGTTTTATGACAAAAGAAAAATTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGG
66 AAAACAATTGTTTTATGAC-AAAGCAAAATTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATT-AAATGG
* * * * * * * *
2283 CTACAATTATTTGAATCA-ATTTGATAAACTGACTTAATTTTTAAAT-ATCTAAGTCATCAAAAT
129 CTATAATTATTTGAAT-AGA-TT-AAAAAC-AAATTAATTTTTAAATCA-CTTACTTATTAAAAT
* * * * * * * *
2346 TTGAAATTTTAATAAAATAATATTATTTTATCTCGAATAAGCTTTTTCAAACTGAAACAATTGTT
189 TTGAAATATTAAT-AAATTATTTTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTACGAATTGAAACAATTGTT
* * * * *
2411 TTATGATAAAACAAAAGGTTATATTTATTTTAAATAGATAATTGTT
253 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTT
2457 TAAATCATCA
Statistics
Matches: 679, Mismatches: 125, Indels: 71
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
527 5 0.01
528 215 0.32
529 58 0.09
530 1 0.00
538 4 0.01
539 2 0.00
540 57 0.08
541 128 0.19
542 20 0.03
543 159 0.23
544 30 0.04
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (525 bp):
ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTATATGATCA
AAAACAATTGTTTTATGACAAAGCAAAATTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTAAATGGCT
ATAATTATTTGAATAGATTAAAAACAAATTAATTTTTAAATCACTTACTTATTAAAATTTGAAAT
ATTAATAAATTATTTTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTACGAATTGAAACAATTGTTTTATGACA
AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTATAATCTTAAATATTAGAACTACTT
AGACAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATCAGTAT
TATTTTATTCCAAATAAACTTATATAAATAAAAATAATTATTTTATGAAAAAAAAAGGTTATAAT
GAATTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGAAAACTCTAAGTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAAT
CTCCT
Found at i:2978 original size:144 final size:148
Alignment explanation
Indices: 2794--3077 Score: 336
Period size: 144 Copynumber: 1.9 Consensus size: 148
2784 AGATCATAAT
* * * * * *
2794 AATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATACTCATAACTATTTGAATTTG-TTCGATAAATAGATTT-
1 AATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATACTCATAACCATTTGAACTTGTTTCG-TAAACAAATTTA
2857 TGTTTTTAAA-TCT-CTTATTAA-TTTTT-GAAGTATTAATAAATTAGTATTA-TTT-TTTCTGA
65 T-TTTTTAAACTCTACTTATTAATTTTTTAGAA-TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GA
*
2916 ATAATTTTGTATGAATAGAAAC
127 ATAAATTTGTATGAATAGAAAC
* * *
2938 AATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATGGA-T-ATGACCATTTGAACTTGTTTTGTGAACAAATTT
1 AATTTGAAATAGATAATAGTTCAAAT--ACTCATAACCATTTGAACTTGTTTCGTAAACAAATTT
3001 ATTTTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGA
64 ATTTTTTAAA-CTCT-ACTTATTAATTTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGA
3066 ATAAATTTGTAT
127 ATAAATTTGTAT
3078 TATTGGAAAC
Statistics
Matches: 118, Mismatches: 10, Indels: 18
0.81 0.07 0.12
Matches are distributed among these distances:
144 54 0.46
145 5 0.04
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148 8 0.07
149 24 0.20
150 19 0.16
151 4 0.03
ACGTcount: A:0.37, C:0.06, G:0.11, T:0.46
Consensus pattern (148 bp):
AATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATACTCATAACCATTTGAACTTGTTTCGTAAACAAATTTAT
TTTTTAAACTCTACTTATTAATTTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAA
ATTTGTATGAATAGAAAC
Found at i:3854 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 2935--4966 Score: 1729
Period size: 181 Copynumber: 11.3 Consensus size: 181
2925 TATGAATAGA
* * * ** * *
2935 AACAATTTGAAATAGATAA-TAGTTCAAATGGAT-ATGACCATTTGAACTTGTTTTGTGAACAAA
1 AACAATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATA
* * *
2998 TTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
64 TTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* ** * * * * **
3063 CGAATAAATTTGTATTATTGGAAACAACTATTTTATGACAAAAACAAAATATCAT
128 CAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGAC-AAAACAAAAGGTCAT
* ** * * *
3118 AACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TCCTAAGTAAATAAATT
1 AACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATT
* *** * * * * *
3182 TATTTTTTAAATTTTTTACTTATTAATTTTTGGTCTTTTAAGAAATTAGTATTCTTTTATTCCGA
66 TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAA
* * * * * *
3247 TTAAGCTTTTATGAACAAAAACAATTGA-TTTATGATAAAACAAAAGGACAT
131 ATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATT-ATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * * ** *
3298 AACAATTTGAAGTAGATAATTGTTCAAATAGTCAAAACTATTTGAACGTGTTCAAAAAACATACT
1 AACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATT
* *
3363 TATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGAAATATGAATAAATTTA-TATTATTTTATTTGA
66 TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCA
* * * *
3426 AATAAGCTTGCATGAATAGAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGCCAT
130 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
*** * * * * * *
3478 AATGTTTTGAAATAAATAATTGTTCTAATAGTCATAACTATTTAAACATGTTCGGTAAACATATT
1 AACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATT
* * * * * * *
3543 CATTTTTTAATTCTCTTACTCATTAA-TTTTGGAATATCAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAG
66 TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAA
* * * ** *
3607 ATAAGCTTATATGAGTTGAAACAATCGTTTTACT-ACAAAACAAAAGGTCAC
131 ATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTA-TGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * * * * * * *
3658 AATAATTTAAAATAAACAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAATTTATTTAGAAAACATATT
1 AACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATT
* * * * *
3723 TATTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAA
66 TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAA
* * * *
3788 ATAAGCTTGTATAAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAGCAAAAAGTCAT
131 ATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * ** * * *
3839 AACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTTATAAAGATTTGAAGTTGTTCGGTGAACATATT
1 AACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATT
* **
3904 TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTT--AATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTAG
66 TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-T-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC
* * * *
3967 AAA-AAGGCTTGTATGAACAGAAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTTAT
129 AAATAA-GCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * * * * *
4020 AGCAATTTCAAATAGATAATTATTAAAATAGTCACAATTATTTAAACTTGTTCAGTAAATATATT
1 AACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATT
* * * * *
4085 CATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGAAATATTAATAACTTAGTATTATTTTATTTTAA
66 TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAA
* * * * *
4150 ATAAGCTTATATAAACTA-AAATAATTTTTTTATGACAAAACCAAAGGTCAT
131 ATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * * * *
4201 AACAATTTCAAATAGATATTTATTCAAATA-TCATGACTATTTGATCTAGTTCAATAAACATATT
1 AACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATA-T
** * * *
4265 TTACTTTTGAAAAT-TTTTATTTATTAATTGTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-ATC
65 TTA-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC
* * * * *
4327 TGAATAAGTTTGTATGGATAGAAACTATTATTTTAT-ACAAAA-AAAA--TTAT
129 -AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
** * ** * ** * *
4377 AATGATTTGAAATAAATAATTGCTC-AATAGTCCTAACTATTTGAA-TTGTTTGGTAAATAGATT
1 AACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATT
* * *
4440 TATTTTCTAAATC---T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTA-T-TTTT-TCTGAA
66 TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAA
* * * * *
4498 CA-AA-CTTATATGAACA-AAATATTTATTTTATGACAAAATAAAAGGTCAT
131 -ATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
** * * *
4547 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAAC-TGATT-AGGTAAACAAA
1 AACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCA-GTAAACATA
* * * * * *
4610 ATTA-TTTTTAAATCTCTTACATATTAAATTTTGAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTC
64 TTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTT
* * * * * *
4673 CAAATAAGCTAGTATGAATTGAAAAAATTGTTTTATGACAAAA-AAAA---AAA
128 CAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * * * * ** *
4723 AACAATTTGAAATAGATAATTGTT-AATATGGTCTTAATTATTAGAACTAGTTCAACAAACAAAT
1 AACAATTTGAAATAGATAATTATTCAA-ATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATAT
* * * * *
4787 TTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAA-TTTTCACAATATTATTATATTAGTATTATTTTATTTC
65 TTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC
* * * * * *
4851 AAATAAGCTTATATGAACAGAAATAATTATTTTATGATAGAACAAAATGGTTAT
129 AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAA-GGTCAT
** * * * * * * *
4905 AATGATTTGAAGTATACAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTTAA-TTGGTTTAGTAAACAT
1 AACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCAGTAAACAT
4967 CTTTTATTAA
Statistics
Matches: 1479, Mismatches: 311, Indels: 119
0.77 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
166 12 0.01
167 14 0.01
168 7 0.00
169 6 0.00
170 39 0.03
171 48 0.03
172 12 0.01
173 8 0.01
174 5 0.00
175 44 0.03
176 93 0.06
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178 12 0.01
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180 435 0.29
181 493 0.33
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184 2 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (181 bp):
AACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATT
TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAA
ATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
Found at i:3858 original size:361 final size:359
Alignment explanation
Indices: 2935--11517 Score: 3183
Period size: 362 Copynumber: 23.6 Consensus size: 359
2925 TATGAATAGA
* * * * ** ** *
2935 AACAATTTGAAATAGATAA-TAGTTCAAATGGAT-ATGACCATTTGAACTTGTTTTGTGAACAAA
1 AACAATTTGAAATAAATAATTA-TTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTTGTTCAGAAAACATA
* * * *
2998 TTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
64 TTTATTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* ** * * * * **
3063 CGAATAAATTTGTATTATTGGAAACAACTATTTTATGACAAAAACAAAATATCATAACAATTTGA
128 CAAATAAGCTTGTATAAATAGAAACAATTATTTTATGAC-AAAACAAAAGGTCATAACAATTTGA
** ** * *
3128 AATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTCCTAAGTAAATAAATTTATTTTTTAAA
192 AATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTCGGTAAACATATTTATTTTTT-AA
* ** * * * * *
3193 TT-TTTTACTTATTAATTTTTGGTCTTTTAAGAAATTAGTATTCTTTTATTCCGATTAAGCTTTT
256 TTCTCTTACTTATTAA-TTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAGA-TAAGCTTAT
* * * * *
3257 ATGAACAAAAACAATTGATTTATGATAAAACAAAAGGACAT
319 ATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * * * * *
3298 AACAATTTGAAGTAGATAATTGTTCAAATAGTCAAAACTATTTGAACGTGTTCAAAAAACATACT
1 AACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGAAAACATATT
* *
3363 TATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGAAATATGAATAAATTTA-TATTATTTTATTTGA
66 TATTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCA
* * * * * ***
3426 AATAAGCTTGCATGAATAGAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGCCATAATGTTTTGAAAT
130 AATAAGCTTGTATAAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAAT
* * * *
3491 AAATAATTGTTCTAATAGTCATAACTATTTAAACATGTTCGGTAAACATATTCATTTTTTAATTC
195 AAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAATTC
* *
3556 TCTTACTCATTAATTTTGGAATATCAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAGATAAGCTTATATGA
259 TCTTACTTATTAATTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCAGATAAGCTTATATGA
* * * *
3621 GTTGAAACAATCGTTTTACT-ACAAAACAAAAGGTCAC
323 ATAGAAACAATTGTTTTA-TGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * * * * *
3658 AATAATTTAAAATAAACAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAATTTATTTAGAAAACATATT
1 AACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGAAAACATATT
* * * *
3723 TATTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAA
66 TATTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAA
* * *
3788 ATAAGCTTGTATAAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAGCAAAAAGTCATAACAATTTGAAATA
131 ATAAGCTTGTATAAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATA
* ** * * *
3853 AATAATTATTCAAATAGTTATAAAGATTTGAAGTTGTTCGGTGAACATATTTATTTTTTAAATCT
196 AATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAATTCT
* * * * *
3918 TTTACTTATTAATTGTCT-TAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATT-AGAAAAAGGCTTGTAT
260 CTTACTTATTAATT-T-TGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAG-ATAA-GCTTATAT
* * ** *
3981 GAACAGAAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTTAT
321 GAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * * * * * * *
4020 AGCAATTTCAAATAGATAATTATTAAAATAGTCACAATTATTTAAACTTGTTCAGTAAATATATT
1 AACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGAAAACATATT
* * * * * *
4085 CATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGAAATATTAATAACTTAGTATTATTTTATTTTAA
66 TATTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAA
* * * * *
4150 ATAAGCTTATATAAACTA-AAATAATTTTTTTATGACAAAACCAAAGGTCATAACAATTTCAAAT
131 ATAAGCTTGTATAAA-TAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAAT
* * * * ** **
4214 AGATATTTATTCAAATA-TCATGACTATTTGATCTAGTTCAATAAACATATTTTACTTTTGAAAA
195 AAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTCGGTAAACATA-TTTA-TTTT-TTAA
* * * * *
4278 TT-T-TTATTTATTAATTGTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCTGAATAAGTTTGT
256 TTCTCTTACTTATTAATT-TTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAG-ATAAGCTTAT
* * * *
4340 ATGGATAGAAACTATTATTTTAT-ACAAAA-AAAA--TTAT
319 ATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
** ** * ** * * *
4377 AATGATTTGAAATAAATAATTGCTC-AATAGTCCTAACTATTTGAA-TTGTTTGGTAAATAGATT
1 AACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGAAAACATATT
* * * *
4440 TATTTTCT-AA-A-TCT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTA-T-TTTT-TCTGAA
66 TATTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAA
* * * * * * **
4498 CA-AA-CTTATATGAACA-AAATATTTATTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT
131 -ATAAGCTTGTATAAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAAT
* * * * * * *
4560 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGATTAGGTAAACAAAATTA-TTTTTAAATC
195 AAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTG-TTCGGTAAACATATTTATTTTTTAATTC
* * * *
4624 TCTTACATATTAAATTTTGAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTCCAAATAAGC-TAGTA
259 TCTTACTTATT-AATTTTGGAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATT-CAGATAAGCTTA-TA
* * * *
4687 TGAATTGAAAAAATTGTTTTATGACAAAA-AAAA---AAA
320 TGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * * * * * *
4723 AACAATTTGAAATAGATAATTGTT-AATATGGTCTTAATTATTAGAACTAGTTCA-ACAAACAAA
1 AACAATTTGAAATAAATAATTATTCAA-ATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGA-AAACATA
* * * * * *
4786 TTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAA-TTTTCACAATATTATTATATTAGTATTATTTTATTT
64 TTTATTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * * * * * **
4850 CAAATAAGCTTATATGAACAGAAATAATTATTTTATGATAGAACAAAATGGTTATAATGATTTGA
128 CAAATAAGCTTGTATAAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAA-GGTCATAACAATTTGA
* * * * * * * ** * *
4915 AGTATACAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTTAATTGGTTTAGTAAAC--ATCT-TTTATTAA
192 AATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAA
* * * * * *
4977 -T-T-TT--TGA--AA----GG----TGAATAAATAAGTATTATTTTATTCCAAATATA-TTTGT
256 TTCTCTTACTTATTAATTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-CAGATA-AGCTTAT
* * * * *
5026 ATG-ATAAAAAACAATTGTTATATAACCAAACAAAAGGTAAT
319 ATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
** * * * * * * * * *
5067 AATGATTCGAAATACATAATTATTGAAAT-GACCATAATTATTTAAAC-TGATAT-GGTAAACAG
1 AACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTTG-T-TCAGAAAACAT
* * * *
5129 ATTCACTTTTT-AA-A-TCT-CTTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATCATTTTATT
63 ATTTATTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
** * * * * * **
5189 TTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTATTTTGTAACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTC
127 TCAAATAAGCTTGTATAAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGA
* * * * * * * * *
5254 AATAGACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTTGTTTGGTAAAAAAAATTACTTTTTAA
192 AATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAA
* * * * ** *
5319 -ACTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTACTATTTTATTTTGGATAAGCTTTT
256 TTCTCTTACTTATTAA-TTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCAGATAAGCTTAT
* *
5383 ATGAACT-GAAACAATTGTTTTAT-ATTAAAACAAAAGGTAAT
319 ATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAGGTCAT
** * * * * * * * * *
5424 AATGATTTTAAAAAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTGTTTAAACTTTTTCAGTAAATAGATT
1 AACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGAAAACATATT
** * * * *
5489 TATTTTTTCAAA-CCTTTAGCTTATTAATTTTTTG-AATGTCAATAAATTTGGATTATTTTATTT
66 TATTTTTT-AAATATTTTA-CTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
** * * * * * *
5552 TGAATAAGCTTGTA-AGATATGAAACAAATATTTTATGACTAAACGAAAGGT-AAAAAATGATTT
128 CAAATAAGCTTGTATAAATA-GAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA--ATTT
* * * * * * * * * * * *
5615 GAAATAGATAATTAATCTAATA-ACTTTAATTATTTGAACTGGTTCAGCAAATACATTTATATTA
190 GAAATAAATAATTATTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACT-GTTCGGTAAACATATTTATTTTT
* * * * * *
5679 TAAATCTCTTA---A-TAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGCATTATATTTAATTGA-ATAACC
253 TAATTCTCTTACTTATTAA-TTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTAT-TTT-ATTCAGATAAGC
* * * * *
5739 TTCTATGAATA-AAATCAATTATTTTATTACAAAAC-AAAGATCTT
315 TTATATGAATAGAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * ** * * * * * * ** * ** *
5783 AACGACTTGATATTGATAACT-TTC--TTGGTTATTAA--GTTTCAAAATATT-ATTAAA-TTAG
1 AACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCA-TAACTATTTGAACTTGTTCAGAAAACATA-
* * ** * * *
5841 TATTATTTTATTCCAAATAAAATAGTATGAACATAACCAATTGTTTGATGACA-AAATAAA--AG
64 T-TTATTTT-TT--AAAT---AT--T-T-TAC-TTATTAATT-TTTGA-AATATTAATAAATTAG
* *** * * * * * *******
5903 -GTTATAACGATTTGAAAT-AGATAAT-TATCCAAATAGTCAA-AACTATTTGAAATGGTTTGGT
115 TATTAT-TTTATTTCAAATAAGCT--TGTAT--AAATAG-AAACAATTATTT--TATGACAAAAC
* * * * * * * *
5964 AAACAGATTCACT-TCTAAATCTCT-TACTAATTAATT-TTCTAAATATTAATAA--ATTAGTAT
172 AAA-AG-GTCA-TAAC--AAT-T-TGAAATAAATAATTATTC-AAATAGTCATAACTATTTG-A-
* *** * * **** ** ** ** * *****
6024 TA-TTTTATTTTGAACAAACTTATATTAACAAAAACAATTGTTTTATGACA-AAAAAAAGTATTA
227 -ACTGTT-CGGTAAACATA-TT-TATTTTTTAATTCTCTT-ACTTATTA-ATTTTGGAA-TATTA
* * * * * * * * *
6087 ATGATTTGAAATAGATAATTT-TTCAAAT-AG-TTATAATTATTTG----AATTGGTTTGGTAAT
285 ATAAATT--AGTA-TTATTTTATTCAGATAAGCTTAT-ATGAATAGAAACAATT-GTTT--T-AT
** * ** *
6145 -AGCATTATTTTCTAAATCTCTT
342 GA-CA--A--AACAAAAGGTCAT
** * * * * *
6167 ATA-AATTT--TTTAAAT-ATTAAT-AAAT--TCATTTTATTTTGTTCCGAATGCGCTTGTATGA
1 A-ACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCA--TAACTAT-TT--GAA----CTTGT-TCA
* * * ** *
6225 GCTAAAATAAAAGTCATAACTTTGAATAAATAATTATT-CATATAGTCTTAACTATTTGAATAAA
55 G--AAAA-CATA-T--TTA-TTT-TTTAAAT-ATT-TTAC-T-TA---TTAA-TTTTTG---AAA
* * * * * ** * ** *** * *
6289 AAGTT-ATAACAATTTGAAATAAATAAATGTT--AATAA-ATTAGTATTATTTTATTTAGAATAA
101 TA-TTAAT-A-AATTAG-TATTATTTTAT-TTCAAATAAGCTT-GTA-TA-AATAGAAACAATTA
** * * * *
6350 GTTTGTATGAACTAAAACAATTATTATATGATTAAACAA-AT-AATTAAAATAA-T-TTGAAATA
158 -TTT-TATG-AC-AAAACAA--A--AGGTCA-T-AACAATTTGAAAT-AAATAATTATTCAAATA
* * * * *
6411 GATAATTATTCTAATAGTCTTAATTATTCTAACTGGTTCAGCAAACATATTTATTTTTTAAATCT
212 G----TCA---T-A-A--C-T-A-T-TT-GAACT-GTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAATTCT
* ** * * * * *
6476 CTTA-TTA--ATTTTTAAAATATTATTAAAATATTATTATTTTATCCAAATAAGC----ATG-AT
260 CTTACTTATTAATTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAGATAAGCTTATATGAAT
* * * *
6533 CAGAAACAATTATTTTAAGAGAAAAC-AAAGATCAT
325 -AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
** * * * * * * *
6568 AATGATTTGAGAAT-GATATTTGTT-TAATAGTCATAACTATTT-AAATTGATT-TGAAAATAGT
1 AACAATTTGA-AATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCAGAAAACA-T
* * * * *
6629 -TTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAGTAAAGTAGTATTATTTTTATT
63 ATTTATTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATT
* * * ** * *** * * *
6693 TCAGATAAGTTTTCTATGAGCT-GAAAC-ATTATTTTATAATGGAAGAAAAGGTCATAATGACTT
127 TCAAATAAG-CTTGTAT-AAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-CAATT
* * * ** *
6756 T-AAATAGTTAGATTGATTGTTCAAATAGTCCA-ATCTATTT-AACTTGTTCAATAAACAGATTT
189 TGAAATA---A-A-TAATTATTCAAATAGT-CATAACTATTTGAAC-TGTTCGGTAAACATATTT
* * * ** * *
6818 ATCTTTTAA-TCTCTTGCTTATTAATTTTTTGAATGCTAATAAATTAGTATTATTTTGTTCTGAA
247 ATTTTTTAATTCTCTTACTTATTAA-TTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAG-A
** * * * * ** *
6882 TAAATTTGTATGAATTGAAATAA-TGCTTTATGATTAAACAAAAGGTCAG
310 TAAGCTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * ** *
6931 AACAATTTGAAAT-AATAATTGTTCTAATAGTGTTAACTATTTGAA-TTGGTTCAGCAAACATAT
1 AACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCAGAAAACATAT
* * * * * * *
6994 TTATTTTTTAAATCTTTTACGTATTAAATTTTGTAATATTCATTCAATTAGTATTATTCTAATCT
65 TTATTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTTTTGAAATATT-AATAAATTAGTATTATT-TTAT-T
* * * * * * *
7059 T-GAATAAGGTTGTATTAAA-AGAAAGAATTGTTTTAAT-A-AAAAAATAAAGATCATAACGATT
127 TCAAATAAGCTTGTA-TAAATAGAAACAATTATTTT-ATGACAAAACA-AAAGGTCATAACAATT
* * * ** *
7120 TGAGATAGACTAA-TAGTTCACAATAGTCATAACTATTTGAATTTGTTTC-AAAAAAATAGGATT
189 TGAAATA-AATAATTA-TTCA-AATAGTCATAACTATTTGAA-CTG-TTCGGTAAACAT---ATT
* * ** * * * *
7183 TA-GTTTTAA--ATC-T-CTTATTAATTTTCAAACTATTAATAGTATAAATATTA-TTTATTGTA
246 TATTTTTTAATTCTCTTACTTATTAATTTTGGAA-TATTAATA-AATTAGTATTATTTTATT-CA
* ** ** * *
7242 CATAATTTTGGCATAAATAGAAACAATTGTTTTAATAACACAAACCAAAAAGGTCAT
308 GATAAGCTT-ATATGAATAGAAACAATTGTTTT-ATGACA-AAA-C-AAAAGGTCAT
* * * * * * *
7299 CAAACACACTTGAAAATCAGATAATTGTTCAAATGGACATGACTTATTTTGAACTTGTT-TGACT
1 --AACA-ATTTG-AAAT-AAATAATTATTCAAATAGTCATAAC-TA-TTTGAACTTGTTCAGA--
* * ** * *
7363 AAACA-ATTT-CTTTTTAAATCTCCTACCCTATTAATTTTTAAAAATAATTAATAAATTAGTAAT
57 AAACATATTTATTTTTTAAATATTTTA-CTTATTAATTTTT-GAAAT-ATTAATAAATTAGT-AT
* * * * * * *
7426 TCTTTGTATTCCAAATTAAAACTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATC
118 TATTT-TATTTCAAA-T-AAGCTTGTATAAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * *** * * *
7491 -TAA-TATTTGAAATAAATACTTGTTCATCCAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGA
180 ATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGTTCGGTAAACATA
* * * *
7554 TTTATTTTTTTAGA-TCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATGAATAAACTAGCATTATTTTATT
244 TTTA-TTTTTTA-ATTCTCTTACTTATTAA-TTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-T
* * * * *
7618 TC-GAATACA-CATGTTTGAACAGAAAC-ATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
305 TCAG-ATA-AGCTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * * * * *
7672 AACTATTTGAAATAAATAATTGTTTAACTAATAATAACTATTTGAA-TGTGTTGTATGACAAA-A
1 AACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTT-CA-GA-AAACA
7735 TAGTCTTAACTATTTGACCTAGTTTGACAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
62 TA---TT---TA-TT----T--TTT-------A-A---A-----T--AT-T-TTACTTATTAATT
* * * * *
7800 TTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTA-ATCTAAATAAACTGGTACGAAA-AGAAACAATT
94 TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTA-TAAATAGAAACAATT
* * * *
7863 ATTTTGTGACAAAATGAAAA-G-CATAACGATTT-AAGATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAC
157 ATTTTATGACAAAA-CAAAAGGTCATAACAATTTGAA-ATAAATAATTATTCAAATAGTCATAAC
* ** * * * * **
7925 TATTTGAACTATTTCAATAAATAGATTTAGTTTTTAA--ATC-T-CTTATTAATTTTCAAAATAT
220 TATTTGAACT-GTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAATTCTCTTACTTATTAATTTT-GGAATAT
* * ** ** ** *
7986 TAGTAGATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGCATGGATAGAAACAATTGTTTTATGACAA
283 TAATAAATTAGTATTATTTTATTCAG-ATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAA
*
8051 AACAAAAGATCAT
347 AACAAAAGGTCAT
* * * * * * * * *
8064 AACAATTTGAAACAAATAATTATTCAAATGGACATGATTATTTGAACTTGATT-GGTAAGCAAAT
1 AACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCAGAAAACATAT
* * * *
8128 TTATTTTTTAAATCTTCTACCTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTT
65 TTATTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC
* * * * * ** * * *
8192 GAATAAACTTATGTGAATAGAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACTATTTTAAA
129 AAATAAGCTTGTATAAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAA
* * * * * *
8257 TAAATGATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACT-TACACGGTAAACAAATTTATTTTTTAAA
194 TAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGT--TCGGTAAACATATTTATTTTTTAAT
* * * * *
8321 TCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTCAAATACGCTTGTA
257 TCTCTTACTTATTAA-TTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCAGATAAGCTTATA
* * * * *
8386 TGAATAAAAATAATTGGTTTACGATAAAACAAAAGGTCAT
320 TGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * * *
8426 GACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TGTGTTCAAAAAATAGAT
1 AACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTCAGAAAACATAT
* * **
8490 TTATTATTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTCTATTATTTTA-TTCA
65 TTATTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCA
* * * ** *
8553 ATATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT-ATGATTTAAAA
130 A-ATAAGCTTGTATAAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAA
* * * * *
8617 TAGATAAATT-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAAATTTATTTTTTAAA
194 TAAAT-AATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAT
* * * * * * *
8681 TCTCTTTCTCATTAATTGTTAGAGTATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCCTATA
257 TCTCTTACTTATTAATT-TTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCAGATAAGCTTATA
* **
8746 TGAA-ATGATACAATTG-TTTATGATGAAACAAAAGGTCAT
320 TGAATA-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * * * * * *
8785 AGCAATTTGAAATAGATTATTATTCAAATAATTATAACTATTTAAACTTGTTCAGTAAACATTTT
1 AACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGAAAACATATT
* * * * * ** * * * *
8850 TATTTTTAAAATCTTATACTTATTAACTATCAAAATATTAATAAACTAATATTATTTTGA-TCCG
66 TATTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTCA
* * * ** * * * ** *
8914 AATAAGCTTGTATGAACAAAAATTATTGTTTTATGGCAAAACAAAAGGCCATAATGATTTGAAAA
130 AATAAGCTTGTATAAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAAT
* * * * * * *
8979 AAAT-ATTAATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTATTTGATAAACAGATTTATTTTTCAAAT
195 AAATAATT-ATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAATT
* * * * * * * *
9043 ATTTTGCTTATTAATTATCT-AAATGA-TAATAACTTTGTATTATTTTAATTGAAATAAGCTTAT
258 CTCTTACTTATTAATT-T-TGGAAT-ATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCAGATAAGCTTAT
* * * * *
9106 AAGAATAGCAAA-AATTATTTTATGATAAAATAAAAAGGTTAT
319 ATGAATAG-AAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAAGGTCAT
** * * * * * *
9148 GGCGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTT-TGATAAACAAAT
1 AACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGA-AAACATAT
* * * * * * *
9212 TTAGTTTTTAAATCTCTTATTTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTCC
65 TTATTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC
* * * * * * * **
9276 AAATAAGTTTGTATGAACAGAAAAAATTGTTTTGTGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAA
129 AAATAAGCTTGTATAAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAA
* * * ** * * * *
9341 TAGATAATTATTCAAAATAGTCATAACTATTTGCACTGGTCAGGCGAACAGATTCATTATTTAAA
194 TAAATAATTATTC-AAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTC-GGTAAACATATTTATTTTTTAAT
* * * * * *
9406 TCTGTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTCCAAATAAGAC-TGT
257 TCTCTTACTTATTAA-TTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-CAGATAAG-CTTAT
* * * *
9470 ATCAATAGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAATGGTCAT
319 ATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
** * * * * * * * ** * *
9511 AATGATATGAAATAAATAATTATTTAAATTGTTATAACTAATTAAACTAGTTTGGTAAACAAATT
1 AACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGAAAACATATT
* ** *
9576 TATTTTTT-AA-A-TCT-CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TTCTA
66 TATTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-A
* * * * * * * **
9636 AACAAACTTGTATGAACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTACATAATTATTTGAAA
130 AATAAGCTTGTATAAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGT-CATAACAATTTGAAA
** * * *** * * *
9700 TGGATAATTATTCATATAG-CTTTAACTATTTGAACTGGTTCAACAAACAAATTTA-TTTTCAAA
194 TAAATAATTATTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACT-GTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAT
* * ** * ** * * *
9763 TCTCATAATTATTAATTTTCATAATATTATTAGTTTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTA
257 TCTCTTACTTATTAATTTT-GGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCAGATAAGCTTATA
* * *
9828 TGAACATTAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTAT
320 TGAATA-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
** * * * * * *
9868 AATGACTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAA-TTGGTTCAGTAAACA-A-
1 AACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCAGAAAACATAT
* ** *
9930 --A-----T-AATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTTTTTTA-TTCT
65 TTATTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-
* * * * * * **
9986 AAATAGGCTTGTAT-GATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCAAAATGATTTGAA
129 AAATAAGCTTGTATAAAT-AGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAA
* * * * * * * *
10050 ATAGATAATTGTTCAAATGGCCATAACTATTTGAATTGATT-GAATAAA-TTGATTTATGTTTTA
193 ATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTG-TTCG-GTAAACAT-ATTTAT-TTTTT
** * * * * ** *
10113 AATT-TCCAAATT-TTCAAATTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGGATAAGGT
254 AATTCTCTTACTTATT--AATTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCAGATAAGCT
* * * *
10176 TTTATGAA-ATGAAACAATTATTTTATGATAAAACACAAGGTCAT
316 TATATGAATA-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * * * * ** ** *
10220 AACGATTTTAAA-ATGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTTGTTTGGTTAACAGAT
1 AACAATTTGAAATA-AATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGAAAACATAT
* * * * *
10284 TTATGTTTTTAAAT-TGCTTGCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAAATAATATTATTTTTAT
65 TTAT-TTTTTAAATAT-TTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTAT
** * * * * *
10347 TT-AGAATAAG-TATGTACGAATTGAAACAATTATTTTATAACTAAACAAAAGGTCAGAACGATT
126 TTCA-AATAAGCT-TGTATAAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATT
* * * * *
10410 TGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCGATAAATATATTTA-TTTT
189 TGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTG-TTCGGTAAACATATTTATTTTT
* ** * ** * * * * *
10474 TAAATCTCTTA--TA--AATTTTTAAAATATTATTAGTTTAGCAATATTTTACTCTGAATAAGTT
253 TAATTCTCTTACTTATTAA-TTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAG-ATAAGCT
* * * *
10535 TGTAT-AGACAGAAACAATTGTTTAATGACAAAAC-AAAGATCAT
316 TATATGA-ATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * * * *
10578 ACCAATTTGAGATAGATAATTATTCAAATACTCATAACTATTTGAA-TTG-TCTAGTAAACAGAT
1 AACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC-AGAAAACATAT
* * * *
10641 TTAGTTTTT-AA-A-TCT-CTTATTAA-TTTTCAAACTATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TAC
65 TTATTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTTTTGAAA-TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC
* ** * * ** * *
10700 TGAATAATTTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATATCATAACGATTTAAA
129 -AAATAAGCTTGTATAAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAA
* * * * * * *
10765 ATAAATAATTATTTAAATATTCATAACTATTTAAACT-TACTAGTTAAACAAAATTATTTTTTAA
193 ATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGT--TCGGTAAACATATTTATTTTTTAA
* * * * *
10829 -TCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATTTTAATAAA-T--TATCATTTTATTCTGATAAGCTTTTA
256 TTCTCTTACTTATTAA-TTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAGATAAGCTTATA
* ** *
10890 TGAATAAAAACAATTGTTTTATGGTAAAACAAAAAGTCAT
320 TGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* ** * * * * * *
10930 CACTCTTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTGAACGTGTTCAAAAAATATATT
1 AACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGAAAACATATT
** * * * *
10995 TATTTTTTTTAT-TTTTACGTATTAATCTTTGGAATATTAGTAAATTCA-TATTATTTTA-TTCA
66 TATTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTC-
* * **
11057 AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGGCAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAA
129 AAATAAGCTTGTATAAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAA
* * * ** * * *
11122 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA-TTAAACTTGTTTAGTAAACAGATTCATTTTTTAAAT
194 TAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAATT
* * * * ** * *
11186 CTCTTACTCATTAATTTTTGAAATAGTAATAAGTTAGTATTATTTTATTTTGAATGAGCCTATAT
258 CTCTTACTTATTAA-TTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAG-ATAAGCTTATAT
* * *
11251 GAATTGATACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
321 GAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
** * ** * * * *
11290 AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAGCAGTTATTACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACATATT
1 AACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGAAAACATATT
* * ** * *
11355 TATTTTTTTATATCTTTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAACAAATTAATATTATTTTAATTT-
66 TA-TTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTC
* * * * * * *
11419 GAATAAGCTAGTATGAACA-AAAGTAATTGTTTTATGACAAAAAAAAAGGTCATAACAATTTGAA
129 AAATAAGCTTGTATAAATAGAAA-CAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAA
* *
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Consensus pattern (359 bp):
AACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGAAAACATATT
TATTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAA
ATAAGCTTGTATAAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATA
AATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAATTCTC
TTACTTATTAATTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAGATAAGCTTATATGAATA
GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
Found at i:5578 original size:182 final size:180
Alignment explanation
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5123 AAACAGATTC
* *
5133 ACTTTTTAAA-TC-T-CTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATCATTTTATTTTGAAT
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* * * * * * * *
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* **
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* * *
5310 ACTTTTTAAACTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTACTATTTTATTTTGGA
1 ACTTTTTAAACTCTTACTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAA
* * *
5374 TAAGCTTTTATGAACTGAAACAATTGTTTTATATTAAAACAAAAGGTAATAATGATTTTAAAAAA
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* * * * *
5439 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTGTTTAAACTTT-TTCAGTAAATAGATTT
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* * * * *
5490 ATTTTTTCAAAC-CTTTAGCTTATTAATTTTTTGAATGTCAATAAATTTGGATTATTTTATTTTG
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* * * * *
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5615 GAAATAGATA
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Consensus pattern (180 bp):
ACTTTTTAAACTCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAT
AAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATAATAAAACAAAAGGTAATAATGATTTTAAAAAAA
CAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTTGTTCAGTAAAAAAAATT
Found at i:6160 original size:178 final size:178
Alignment explanation
Indices: 5812--6192 Score: 454
Period size: 180 Copynumber: 2.2 Consensus size: 178
5802 CTTTCTTGGT
* * * * *
5812 TATTAAGTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAAATAGTATGAACATAA
1 TATTAATTTTCTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAACAAAATAGTATGAACAAAA
*
5877 CCAATTGTTTGATGACAAAATAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTATCCAAATAGTCA
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131 AAACTATTTGAAATGGTTTGGTAAACAGATTCACTTCTAAATCTCTTA
*** * *
5990 CTAATTAATTTTCTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAACAAACTTA-TATTAACA
1 -T-ATTAATTTTCTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAACAAA-ATAGTATGAACA
* * * *
6054 AAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAA-G-TATTAATGATTTGAAATAGATAATTTTTCAAATA
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* * * * * *
6116 GTTATAATTATTTGAATTGGTTTGGT-AATAGCATT-ATTTTCTAAATCTCTTA
127 GTCAAAACTATTTGAAATGGTTTGGTAAACAG-ATTCA-CTTCTAAATCTCTTA
*
6168 TA--AATTTTTTAAATATTAATAAATT
1 TATTAATTTTCTAAATATTAATAAATT
6193 CATTTTATTT
Statistics
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Consensus pattern (178 bp):
TATTAATTTTCTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAACAAAATAGTATGAACAAAA
ACAATTGTTTGATGACAAAATAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTATCCAAATAGTCA
AAACTATTTGAAATGGTTTGGTAAACAGATTCACTTCTAAATCTCTTA
Found at i:6503 original size:11 final size:11
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6487 TTAAAATATTA
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1 TTAAAATATTA
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1 TTA
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Statistics
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Consensus pattern (11 bp):
TTAAAATATTA
Found at i:8404 original size:754 final size:776
Alignment explanation
Indices: 6985--8477 Score: 1918
Period size: 754 Copynumber: 2.0 Consensus size: 776
6975 ATTGGTTCAG
* * * *
6985 CAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACGTATTAAATTTTGTAATATTCATTCAATTAGTATTA
1 CAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACGTATTAAATTTTGAAATATTCATTAAATTAGTATTA
* ** * ** * * *
7050 TTCTAATCTTGAATAAGGTTGTATTAAAAGAAAGAATTGTTTTAATAAAAAAATAAAGATCATAA
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* * *
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*
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196 ATTTAGTTTTAAATCTCTTATTAATTTTCAAAATATTAATAGTATAAATATTATTTATTGTACAT
*
7245 AATTTTGGCATAAATAGAAACAATTGTTTTAATAACACAAACCAAAAAGGTCATCAAACACACTT
261 AATTTTGGCATAAATAGAAACAATTGTTTTAATAACACAAACCAAAAAGATCAT-AAACACACTT
* * *
7310 GAAAATCAGATAATTGTTCAAATGGACATGACTTATTTTGAACTTGTTTGACTAAACAATTTCTT
325 GAAAATCAAATAATTATTCAAATGGACATGACTTATTTTGAACTTGATTGACTAAACAATTTCTT
*
7375 TTTAAATCTCCTACCCTATTAATTTTTAAAAATAATTAATAAATTAGTAATTCTTTGTATTCCAA
390 TTTAAATCTCCTACCCTATTAATTTTTAAAAATAATTAATAAATTAGTAATTATTTGTATTCCAA
* * *
7440 ATTAAAACTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCTAATATTTGAAATA
455 ATTAAAACTTATATGAATAGAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAAGATCTAATATTTGAAATA
** *** * * *
7505 AATACTTGTTCATCCAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTTAGATC
520 AATACTTGTTCAAACAGTCATAACTATTTGAACTTACACAGTAAACAAATTTATTTTTTTAAATC
* * *
7570 TTTTACTTATTAATTTTTGGAATATGAATAAACTAGCATTATTTTATTTCGAATACACATGTTTG
585 TTTTACTTATTAATTTTTGGAATATGAATAAAATAGCATTATTTTATTTCAAATACACATGTATG
* * * * * * *
7635 AACAGAAACATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTTAAC
650 AACAAAAAAATTGGTTTACGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAA
7700 TAATAATAACTATTTGAATGTGTTGTATGACAAAATAGTCTTAACTATTTGACCTAGTTTGA
715 TAATAATAACTATTTGAATGTGTTGTATGACAAAATAGTCTTAACTATTTGACCTAGTTTGA
* *
7762 CAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATT-ATTAAATTAGTATTA
1 CAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACGTATTAAATTTTGAAATATTCATTAAATTAGTATTA
* * * *
7826 TTTTAATC-TAAATAAACTGGTACGAAAAGAAACAATTATTTT-GTGACAAAATGAAA-AGCATA
66 TTCTAATCTTAAATAAACTGGTACGAAAAGAAACAATTATTTTAATAAAAAAAT-AAAGAGCATA
*
7888 ACGATTTAAGATAGA-TAATTA-TTCA-AATAGTCATAACTATTTGAA-CTATTTC-AATAAATA
130 ACGATTTAAGATAGACTAA-TAGTTCACAATAGTCATAACTATTTGAATCTATTTCAAAAAAATA
* * * *
7948 -GATTTAGTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTCAAAATATTAGTAG-ATTAGTATTATTTTATTTT
194 GGATTTAG-TTTTAAATCTCTTATTAATTTTCAAAATATTAATAGTATAAATATTA-TTTATTGT
** *
8011 GA-ATAATTTT-GCATGGATAGAAACAATTGTTTT-ATGACA-AAA-C-AAAAGATCAT-AACA-
257 -ACATAATTTTGGCATAAATAGAAACAATTGTTTTAATAACACAAACCAAAAAGATCATAAACAC
* * *
8068 ATTTG-AAA-CAAATAATTATTCAAATGGACATGA-TTA-TTTGAACTTGATTG-GTAAGCAAAT
321 ACTTGAAAATCAAATAATTATTCAAATGGACATGACTTATTTTGAACTTGATTGACTAAAC-AAT
* * *
8128 TTATTTTTTAAATCTTCTA-CCTATTAATTTTT-AGAAT-ATTAATAAATTAGT-ATTATTT-TA
385 TT-CTTTTTAAATCTCCTACCCTATTAATTTTTAAAAATAATTAATAAATTAGTAATTATTTGTA
*** *
8188 TTTTGAA-T-AAACTTATGTGAATAGAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACTAT
449 TTCCAAATTAAAACTTATATGAATAGAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAAGATC-TAA-TAT
* * * *
8251 TTTAAATAAATGA-TTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTACACGGTAAACAAATTTA-TT
512 TTGAAATAAAT-ACTTGTTCAAACAGTCATAACTATTTGAACTTACACAGTAAACAAATTTATTT
* *
8314 TTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTCAAATAC
576 TTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATGAATAAAATAGCATTATTTTATTTCAAATAC
* * * * * *
8379 GCTTGTATGAATAAAAATAATTGGTTTACGATAAAACAAAAGGTCATGACAATTTGAAATAGATA
641 ACATGTATGAACAAAAA-AATTGGTTTACGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATA
* *
8444 ATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATGTGTT
705 ATTATTCAAATAATAATAACTATTTGAATGTGTT
8478 CAAAAAATAG
Statistics
Matches: 624, Mismatches: 81, Indels: 45
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (776 bp):
CAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACGTATTAAATTTTGAAATATTCATTAAATTAGTATTA
TTCTAATCTTAAATAAACTGGTACGAAAAGAAACAATTATTTTAATAAAAAAATAAAGAGCATAA
CGATTTAAGATAGACTAATAGTTCACAATAGTCATAACTATTTGAATCTATTTCAAAAAAATAGG
ATTTAGTTTTAAATCTCTTATTAATTTTCAAAATATTAATAGTATAAATATTATTTATTGTACAT
AATTTTGGCATAAATAGAAACAATTGTTTTAATAACACAAACCAAAAAGATCATAAACACACTTG
AAAATCAAATAATTATTCAAATGGACATGACTTATTTTGAACTTGATTGACTAAACAATTTCTTT
TTAAATCTCCTACCCTATTAATTTTTAAAAATAATTAATAAATTAGTAATTATTTGTATTCCAAA
TTAAAACTTATATGAATAGAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAAGATCTAATATTTGAAATAA
ATACTTGTTCAAACAGTCATAACTATTTGAACTTACACAGTAAACAAATTTATTTTTTTAAATCT
TTTACTTATTAATTTTTGGAATATGAATAAAATAGCATTATTTTATTTCAAATACACATGTATGA
ACAAAAAAATTGGTTTACGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAAT
AATAATAACTATTTGAATGTGTTGTATGACAAAATAGTCTTAACTATTTGACCTAGTTTGA
Found at i:9282 original size:182 final size:180
Alignment explanation
Indices: 7732--11517 Score: 3054
Period size: 181 Copynumber: 21.1 Consensus size: 180
7722 TTGTATGACA
* * * * *
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* * * * * *
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* * *
7861 TTATTTTGTGACAAAATGAAAA-G-CATAACGATTT-AAGATAGATAATTATTC
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** * *
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1 AAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTTGATAAACAAATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATT
* * * * * * ** * *
7972 AATTTTCAAAATATTAGTAGATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGCATGGATAGAAACAA
64 AATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAA
* * * *
8037 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAACAAATAATTATTC
129 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTC
* * * * * * * *
8089 AAATGGACATGATTATTTGAACTTGATTGGTAAGCAAATTTATTTTTTAAATCT-TCTACCTATT
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAAATTTA-TTTTTAAATCTCT-TACTTATT
* * * * *
8153 AATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATGTGAATAGAAACAA
64 AATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAA
* * * * * * *
8218 TTGCTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACTATTTTAAATAAATGATTGTTC
129 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTC
* **** * *
8270 AAATAGTTATAACTATTTGAACTTACACGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTA
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAAATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTA
* * * * *
8335 ATTTTTGGAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATT-TCAAATACGCTTGTATGAATAAAAATAA
65 ATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAA
* * * * *
8399 TTGGTTTACGATAAAACAAAAGGTCATGACAATTTGAAATAGATAATTATTC
129 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTC
** * * * *
8451 AAATAGTCATAACTATTTGAA-TGTGTTCAAAAAATAGATTTATTATTTAAAT-TTTTACTTATT
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTTGATAAACAAATTTATT-TTTAAATCTCTTACTTATT
* ** * *
8514 AATTTTTGGAATATTAATAAATTTCTATTATTTTATTC-AATATAAGCTTGTATGAACAAAAACA
64 AATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAA-ATAAGCTTGTATGAATAGAAACA
* * *
8578 ATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT-ATGATTTAAAATAGATAAATT-TTC
128 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGAT-AATTATTC
* * * *
8630 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCAGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTTCTCATT
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGA-TAAACAAATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATT
* * * * * *
8694 AATTGTTAGAGTATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCCTATATGAA-ATGATACA
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** * * *
8758 ATTG-TTTATGATGAAACAAAAGGTCATAGCAATTTGAAATAGATTATTATTC
128 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTC
* * * * **
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1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGA-TAAACAAATTTATTTTT-AAATCTCT-TACTTAT
* * * * * * ** * * *
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63 TAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAC
* * * * * *
8937 TATTGTTTTATGGCAAAACAAAAGGCCATAATGATTTGAAAAAAAT-ATTAATTC
127 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATT-ATTC
* * * * * *
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1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAAATTTATTTTT-AAATCTCTTACTTATTA
* * * * * *
9056 ATTATCTA-AATGA-TAATAACTTTGTATTATTTTAATT-GAAATAAGCTTATAAGAATAGCAAA
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* * * * ** *
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* *
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* * * * * *
9238 ATTTTTAGAATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTCCAAATAAGTTTGTATGAACAGAAAAAAT
65 ATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAAT
* * *
9303 TGTTTTGTGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTC
130 TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTC
* * ** *** * * *
9354 AAAATAGTCATAACTATTTGCACTGGTCAGGCGAACAGATTCATTATTTAAATCTGTTACTTATT
1 -AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAAATTTATT-TTTAAATCTCTTACTTATT
* * * * *
9419 AATTTTTAGAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTCCAAATAAGAC-TGTATCAATAGAAATA
64 AATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAG-CTTGTATGAATAGAAACA
* * * * * *
9483 ATTATTTTATGACAAAACAAATGGTCATAATGATATGAAATAAATAATTATTT
128 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTC
* * * * * *
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1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAAATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTA
* * * * * * * *
9597 ATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAACAAACTTGTATGAACAAAAACATT
65 ATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAAT
** *
9662 TGTTTTATGACAAAACAAAA-GTACATAATTATTTGAAATGGATAATTATTC
130 TGTTTTATGACAAAACAAAAGGT-CATAACGATTTGAAATAGATAATTATTC
* * * ** * * * *
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1 AAATAGTC-ATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAAATTTATTTTTAAATCTCTTACTTATTA
* * * ** * * *
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65 ATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAATA-GAAACA
* * * * *
9840 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGACTTGAAATATATAATTGTTC
128 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTC
* * * * *
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1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGA-TAAACAAATTTATTTTTAAATCTCTTACTTATTA
* * *
9948 ATTTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTTTTTTATTCTAAATAGGCTTGTATG-ATGAAAAACA
65 ATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACA
* * * *
10011 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTC
128 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTC
* * * *** * ** *
10064 AAATGGCCATAACTATTTGAA-TTGATTGAATAAATTGATTTATGTTTTAAATTTCCAAATT-TT
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTG-ATAAACAAATTTAT-TTTTAAATCTCTTACTTATT
* * * * ** * *
10127 CAAATTTT-GAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGGATAAGGTTTTATGAA-ATGAAA
64 -AATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATA-GAAA
* * * * *
10190 CAATTATTTTATGATAAAACACAAGGTCATAACGATTTTAAA-ATGATAATTGTTC
126 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATA-GATAATTATTC
* * * * * *
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1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAAATTTA--TTTTTAAATCT-CTTACTTAT
* * * * * *
10309 TAATTTTTTGAATGTTAATAAAATAATATTATTTTTATT-TAGAATAAG-TATGTACGAATTGAA
63 TAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTCTA-AATAAGCT-TGTATGAATAGAA
* * * * *
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* * * *
10428 TAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGATTCGATAAATATATTTATTTTTAAATCTCTTA--TA--A
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTTGATAAACAAATTTATTTTTAAATCTCTTACTTATTA
* * ** * * * * * *
10488 ATTTTTAAAATATTATTAGTTTAGCAATATTTTACTCTGAATAAGTTTGTAT-AGACAGAAACAA
65 ATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGA-ATAGAAACAA
* * * * *
10552 TTGTTTAATGACAAAAC-AAAGATCATACCAATTTGAGATAGATAATTATTC
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* * *
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* * * **
10662 AATTTTCA-AACTATTAATAAATTAGTATTATTTTATACTGAATAATTTTGTATGAATAGAAACA
64 AATTTTTAGAA-TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACA
** * * *
10726 ATTGTTTTATGACAAAACAAAATATCATAACGATTTAAAATAAATAATTATTT
128 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTC
* * ** * * * * *
10779 AAATATTCATAACTATTTAAACTTACTAGTTAAACAAAATTATTTTTTAATCTTTTACTTATTAA
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAAATTTATTTTTAAATCTCTTACTTATTAA
* * * * * *
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** * * ** *
10905 GTTTTATGGTAAAACAAAAAGTCATCACTCTTTGAAATAGATAATTGTTC
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* * ** * * * ** * *
10955 AAATAGCCATAACTATTTGAACGTGTTCAAAAAATATATTTATTTTTTTTAT-TTTTACGTATTA
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* * * *
11019 ATCTTTGGAATATTAGTAAATTCA-TATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAA
65 ATTTTTAGAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAA
* * * *
11083 TTATTTTATGGCAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTC
129 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTC
* * * *
11135 AAATAGTCATAACTA-TTAAACTTGTTT-AGTAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCATT
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* * * * * * * * *
11198 AATTTTT-GAAATAGTAATAAGTTAGTATTATTTTATTTTGAATGAGCCTATATGAATTGATACA
64 AATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACA
* *
11262 ATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTC
128 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTC
** * * * * * * *
11315 AAGCAGTTATTACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTTATATCTTTTACTTATT
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAAATTTA--TTTTTAAATCTCTTACTTATT
* * * * * * * *
11380 AATTTTCAAAATATTAACAAATTAATATTATTTTAATT-TGAATAAGCTAGTATGAACA-AAAGT
64 AATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-C
* * * *
11443 AATTGTTTTATGACAAAAAAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTC
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*
11497 AAATAATCATAACTATTTGAA
1 AAATAGTCATAACTATTTGAA
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GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTC
Found at i:10767 original size:18 final size:18
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10734 ATGACAAAAC
*
10744 AAAATATCATAACGATTT
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* *
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1 AAAATA-TCATAACTATTT
10797 AAA
1 AAA
10800 CTTACTAGTT
Statistics
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AAAATATCATAACTATTT
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11406 ATTATTTTAA
*
11416 TTTGAATAAGCTAGTATGAACAAAAGTAATTGTTTTATGACAAAAAAAAAGGTCATAACAATTTG
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*
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* * * * *
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* *
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11638 CTTGTTTAAT
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Found at i:12121 original size:666 final size:659
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10926 TCATCACTCT
* * *
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* * *
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* *
11066 TGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGGCAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATT
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** * * * * * *
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* * * * * * * * *
11196 TTAATTTTTGAAATAGTAATAAGTTAGTATTATTTTATTTTGAATGAGCCTATATGAATTGATAC
259 TTAATTTTTAAAATAGTAATAAATTAGCATTACTTTAATTTGAATAAGACTATATGAATAGAAAC
* * *
11261 AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAGCAGTTATT
324 AATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAGCAGTTATA
* * * * * * *
11326 ACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTTATATCTTTTACTTATTAATTTTCAAAA
389 ACTAATTGAAATTGTTCGGCAAACAGATTTATTTTTTTAAATCTCTTACGTATTAATTTTCAAAA
* * **
11391 TATTAACAAATTAATATTATTTTAATTTGAATAAGCTAGTATGAACAAAAGTAATTGTTTTATGA
454 TATTAACAAATTAATATTATTTTAATTTGAACAAACTAGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGA
*
11456 CAAAAAAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAAATT
519 CAAAAAAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAAATT
11521 ATTCAGTAAATAGATTTTGAGATAAGCTTGTATGATAGAAAAAATTATTTTATGACAATACAAAA
584 ATTCAGTAAATAGATTTTGAGATAAGCTTGTATGATAGAAAAAATTATTTTATGACAATACAAAA
11586 AGTTATAGCAA
649 AGTTATAGCAA
* * *
11597 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAAACTATTTGAACTTGTT-TAATAACAGATTCA-TT
1 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCAT-AACTATTTGAACGTGTTCAAAAAACAGATTCATTT
* * *
11660 TTTTA-ATT-CTTATTAATTTTTGGAATATTA-TAAATTCGA-ATAATGTTATTCCAAATAAGCT
65 TTTTATATTACGTATTAATCTTTGGAATATTAGTAAATTC-ATATAATGTTATTCAAAATAAGCT
* *
11721 TGTATGAACAGAAACAATTATTTTGTGACAAAACAAAAGGTCATTATTGATTTGAAATAGATAAT
129 TGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCA-TAATGATTTGAAATAGATAAT
* * *
11786 TACTCAAACAATCATAATTATTTACAC-TGGTCAGCGCCAACAGATACATTTTTTAAATC-CGTT
193 TACTCAAACAATCATAACTA-TTAAACTTGGTCA--GCAAACAGATACATTTTTTAAATCTC-TT
* ** *
11849 ACTTATTAATTTTTCAAAATTTTAATAAATTAGCATTACTTTAATTTGAAATAAGACTGTATGAA
254 ACTCATTAATTTTT-AAAATAGTAATAAATTAGCATTACTTTAATTTG-AATAAGACTATATGAA
* * * * *
11914 TAGAAACCAATTGTTTTAAATGATAAAATAAATGATCATAACGATTTGAAGATCGAATAATTATT
317 TAGAAA-CAATTATTTT--ATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAA-ATAG-ATAATTATT
* * *
11979 CAAATCAGTTTATAACTAATTGAAATTGGTTTGGCAAGCAGA-TT-TTTTTTTAAATCTCTTACG
377 C-AAGCAG-TTATAACTAATTGAAATT-GTTCGGCAAACAGATTTATTTTTTTAAATCTCTTACG
** *
12042 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTT-ATTCTGAACAAACTTA-TATGAACAA
439 TATTAATTTTCAAAATATTAACAAATTAATATTATTTTAATT-TGAACAAAC-TAGTATGAACAA
* * * * * *
12105 AAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAGGGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
502 AAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAAT
*
12170 CATAATTATTTGAAAT
567 CATAACTATTTGAAAT
12186 AGTTCTGCAA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (659 bp):
TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTGAACGTGTTCAAAAAACAGATTCATTTT
TTTATATTACGTATTAATCTTTGGAATATTAGTAAATTCATATAATGTTATTCAAAATAAGCTTG
TATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTAC
TCAAACAATCATAACTATTAAACTTGGTCAGCAAACAGATACATTTTTTAAATCTCTTACTCATT
AATTTTTAAAATAGTAATAAATTAGCATTACTTTAATTTGAATAAGACTATATGAATAGAAACAA
TTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAGCAGTTATAAC
TAATTGAAATTGTTCGGCAAACAGATTTATTTTTTTAAATCTCTTACGTATTAATTTTCAAAATA
TTAACAAATTAATATTATTTTAATTTGAACAAACTAGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACA
AAAAAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAAATTAT
TCAGTAAATAGATTTTGAGATAAGCTTGTATGATAGAAAAAATTATTTTATGACAATACAAAAAG
TTATAGCAA
Found at i:12187 original size:19 final size:18
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Indices: 12142--12188 Score: 53
Period size: 19 Copynumber: 2.7 Consensus size: 18
12132 GGTAATAACG
12142 ATTTGAAATAG-ATAATT
1 ATTTGAAATAGTATAATT
* *
12159 -GTTCAAATAGTCATAATT
1 ATTTGAAATAGT-ATAATT
12177 ATTTGAAATAGT
1 ATTTGAAATAGT
12189 TCTGCAAACA
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 4, Indels: 4
0.74 0.13 0.13
Matches are distributed among these distances:
16 8 0.35
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ACGTcount: A:0.43, C:0.04, G:0.13, T:0.40
Consensus pattern (18 bp):
ATTTGAAATAGTATAATT
Found at i:12936 original size:181 final size:180
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Indices: 12534--16260 Score: 2527
Period size: 181 Copynumber: 20.8 Consensus size: 180
12524 AATTGGTTTT
* * *
12534 GAATAAAATAATA-TAAATTTATTAAAATTCTAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTTAAAACATAA
1 GAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAA
* * * *
12597 ATATATTT-TGCTAAACACGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGT
64 ATCTGTTTAT-C-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGT
* ** * * * * *
12661 TCA-AACAATTTATTTAGTTATAAAACCAATTGTTTCTATTCGTACAAGCTTATTTA
127 T-ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-CAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTG
* * * *
12717 GAATAAAATAATGCTAATTTATTAATATTTCT-AAAATTAATAAATAAAAGATTTAAATAATAAA
1 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * * *
12781 TCTATTTATCGAGCAAGTTCAAATAGTTATGACTTTTTGAATAGTTATATATTTCAAATCGTTAT
65 TCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT
* * *
12846 GATCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATGTG
130 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTAT-TG
* *
12898 GAATAAAATAATACTAATTTATTATTATTCTAAAAATTAATAAGTTAGAGATTT-AAAAATAAAT
1 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * ** * *
12962 TTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACTGTTATCTATTTCAAATTGTCATG
66 CTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATG
* * * * * ** *
13027 ACATTTTGTTTTGTCGTAAAATAATTTTTTTTTATTCATACAAAATTATTCA
131 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTGTTTCTATTCATACAAGCTTATT-G
* * * * * *
13079 GAATAAAATAATACCAATTTATTACTATTTTGAAAATCAAT--G---GGGATTT-AAAAATAAAT
1 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * * * * * *
13138 GTGCTTT-CCAAACCATTTCAAATAGATAAGACTATTAGAACAATTATCTATTCCAAATTGTTTT
66 CTG-TTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT
* * * * * * *
13202 GATCTTTTGTTTAGTCAAAAAATAATTGTTTCAATTCATACATGCTTATTCA
130 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATT-G
* * *
13254 AAATATAATAATACTAATTTATT-ATCATT-AAGAAAATTAATAAG--A-A-ATTT--AAAA-AA
1 GAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-ATTCTA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
* * * * *
13310 AT-TATTTATCGAATAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTT-ACATAATTATCTATTTAAAATCGTT
64 ATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA-ACAATTATCTATTTCAAATCGTT
** * * * * * * * * **
13373 ATGATATTTTGTTTTATCATAAAATAACTATTT-TAGTACACAAAAGTTTATCC
128 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTG
* * * *
13426 GATATAAAATAATATTACTTTATTAATATT-TCAAAAATTGATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAA
1 GA-ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
* * ** * * * * *
13490 ATCAGTTTATCAAATTAGTTTAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA
64 ATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA
* * * * *
13555 AGAACTTTTGTTTTGTCATAAAAACAATTATTTTTCA-TCATACAAGCTTATTCA
129 TGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATT-G
** * * *
13609 GAATAAAATAATACTAATTTGCTAATATT-TCAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAGTTAAT
1 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * *
13673 CTGTTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATATATTTCAAATTGTTATA
66 CTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATG
* * * **
13738 ACCTTTTGTTATCTCAT--AA-AA-TG-AT-TATT-A-ACAATTTTATT-
131 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTG
* * ** * * * *
13779 CAAAATAAATAATACTAATGCAATAATATTCTGAAAATTAATAACTAAGAGACTTAAAAAATAAA
1 GAATA-AAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * * * * * * * *
13844 TTTGTTT-GCTAAACTAGTTCAAATAGTTAAGGCTATATGAACATTTCTTTATTTCAAATCATTA
65 TCTGTTTATC-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA
* **** * * * * * *
13908 TGACCTTTTATTTTGTCATAAATTTTTTTTTTCAATTCTTAGTAA-TTTATTCA
129 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATA-CAAGCTTATT-G
* * * *
13961 AAATAAAATAA-AATAATTTATTAATATT-T-CAAATCTCAATAAGTAAGAGATTTAAAAAACAA
1 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAAT-T-AATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
* * ** * * * * *
14023 TTATGTTTGCCTAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCTTTA
64 ATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA
* * * * * *
14088 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTTG
129 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTT-ATTG
* * ** * *
14141 GAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGTAAATTAA-AAG-CAGAAATTTAAAAAATAAAT
1 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * * * *
14204 CTATTTA-CTAAAACAGTTTAATTAGTTTATAACTATTTCAACAATTATTTATTTCAAATCATTA
66 CTGTTTATCGAACA-AGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA
* * * * * *
14268 TGACCATTTTGTTTTATGATAAAACAATTATTTCTGTTTATA-TAGTCTTATTAG
129 TGACC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG-CTTATT-G
* * * * * ** * * *
14322 AAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATATTTTGAAAGGTAATAAGTAACAGATTTTGGAAGAATGA
1 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTT-AAAAAAT-A
* ** * * *
14387 AATTTGTTGCT-GACCAAATGCAAACTAGTTAATGACTATTTGAACATATT-TCTATTTCAAATC
63 AATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAA-TAGTT-ATGACTATTTGAACA-ATTATCTATTTCAAATC
* * * * * *
14450 ATTAT-ACCTTCTTTGTTTTATCACAAAACAATTGGATTATATTCATACAAGCTTATTT
125 GTTATGACC-T-TTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTCTATTCATACAAGCTTATTG
* * * *
14508 GAATAACATAATTCTATTTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAAT
1 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * * * *
14573 TTGTTTACCGAATAAATAT-AAATAATTACGACAATTTGAACAATTATCCT-TTTCAAATTGCTA
66 CTGTTTATCGAACAAGT-TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT-CTATTTCAAATCGTTA
* * *
14636 TAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAAAT-TTTCTATTCATACAAGCTTATTTC
129 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTG
* * * * *
14689 AAATAAAAT--TACATAAATTTATTAATA-TGTAGACACA-TAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAC
1 GAATAAAATAATAC-T-AATTTATTAATATTCTA-A-AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* * * * *
14750 AAATTTGTTTATCAAATAAGTTCAAATAGTT-TGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATAGT
62 AAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGT
* * * * * ** *
14814 TATGACTTTTTGTTTTGTCGTGAAACAATTATTTTTCGTCATACAAGCCTATTCG
127 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATT-G
* * * * *
14869 GATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-TAAAATAAAT
1 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * *
14933 ATGTTTA-CTGAATAAGTTCAAATAGTCATAACTGTTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTAT
66 CTGTTTATC-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT
* * * * * *
14997 GACC-TTT-TTTTGTCATAAAATAATTGTATCAATTTATATAGGCTTATTCG
130 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATT-G
* * * ** *
15047 AAATAAAAT-ATCACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATTGGTAAGAGATTTAAAAAAATGA
1 GAATAAAATAAT-ACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAA
* * * * *
15111 ATATGTTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAATTGCT
64 ATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC-AAATCGTT
* * * * * *
15176 ATGACCCTTTTG-TTTGTCATAAGATAATTG-TT-TGTTCATACAGGCCTTGTGTTTC
128 ATGA-CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG-C-T-T-ATTG
* * * * *
15231 GAATAAAACAAT--TAAATTATTAATATTCCAAAATTTAATAAGTAA-AAATTT-AAAAA-AAAT
1 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * *
15291 TTCATTT-TCTAAACACA-TTCAAATAGTTCTAACTATTTGAATACATTATTCTA-TTCAAATAG
66 CT-GTTTATC-GAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA-ATTA-TCTATTTCAAATCG
* * * *
15353 TTATGACTTTTTG-TTTGTGATAAAGC-ATTGTTTCTATCCATACAAGC-TATTTG
126 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTG
* ** * * *
15406 AAATAAAATCAATACTAATTTATCGA-GTTC--AAAA--AGTAA--AAGAG-TTTCAAAAAT-AA
1 GAATAAAAT-AATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
** * * * * * * * *
15462 TCTGTTTATCGAGGTAAGCTCAAAATAGGTATTACTGTTTAAACAATTTTTTATTTCAAATAGTT
65 TCTGTTTATCGA-ACAAGTTC-AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTT
* * * *
15527 ATGATC-TTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCA
128 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATT-G
* * ** * *
15580 GAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTTGCAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAAT
1 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * *
15645 CTGTTTACCAAAACAACTTCAAATAGTCT-TGTCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA
66 CTGTTTATC-GAACAAGTTCAAATAGT-TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA
* * * *
15709 TGACC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTGTTCATAC-AGAATTATTC
129 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG-CTTATTG
* * * * *
15760 AAAT-AAATAATACTGATTTATTAATATTTTGAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAACTAAAT
1 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * *
15820 CTGTTTA-CTGAACCAA-TTCATATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCGTAA
66 CTGTTTATC-GAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA
* * * * * *
15883 TGA--TATTT-ATTTGTCATACAACAATTGTTTCTTTTCACATAAGCTTATTC
129 TGACCT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTG
* * * * *
15933 GATTAAAATGATACTAATTTAATAAT-TTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
1 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * * *
15997 ATGTTTGTCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTTTA
66 CTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATG
* * * * *
16062 ACCTTTT-TTTTGTCATAAAATAATTATTTCAATTCATACAAGGTTATTT
131 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTG
* * * *
16111 GAA-ATAAATAATACT-A--TATTAACATTCGAAAAATTAATAAAGCAACAGATTTAAAAAAAAT
1 GAATA-AAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAAT-AAGTAAGAGATTT--AAAAAAT
* * * * * * * *
16172 AAATCTGTTTATTGAACAATTTCAATTAGATATGACTATTTGAATAATTATCTATATAAAATTGT
62 AAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGT
* *
16237 TTTGACC-TTTATTTTGTCATAAAA
127 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
16261 AATGTATTTG
Statistics
Matches: 2784, Mismatches: 597, Indels: 330
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
170 3 0.00
171 38 0.01
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188 2 0.00
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Consensus pattern (180 bp):
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ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTG
Found at i:13450 original size:529 final size:538
Alignment explanation
Indices: 12616--16058 Score: 1247
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12606 GCTAAACACG
* * * * *
12616 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTCAAACAATTTATTTAGTTA
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* * * * * *
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66 TAAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
*** * *
12746 TCTAAAATTAATAAATAAAAGATTTAAATAATAAATCTATTTATCGAGCAAGTTCAAATAGTTAT
131 AAGAAAATTAAT-AATAAAAGATTTAAATAATAAATCTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTAA
* * * * * *
12811 GACTTTTTGAATAGTTATATATTTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTT
195 GACTATTTGAATAATTATATATTTAAAATCGTTATGATATTTTGTTTTATCATAAAACAACTATT
* * * ** *
12876 TCTATTCATACAAGTTTATGTGGAATAAAATAATACTAATTTATTATTA-TTCTAAAAATTAATA
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* * * *
12940 AGTTAGAGATTT-AAAAATAAATTTA-TTTATCGAACAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAAC
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** ** * * * * *
13003 TGTTATCTATTTCAAATTGTCATG-ACATTTTGTTTTGTCGT-AAAATAATTTTTTTTTATTCAT
388 AATTATCTATTTCAAATCATCAAGAAC-TTTTGTTTTGTCATAAAAACAATTATTTTTCA-TCAT
13066 ACAAAATTATTCAGAATAAAATAATACCAATTTATTACTATTTTGAAAATCAATGGGGATTTAAA
451 ACAAAATTATTCAGAATAAAATAATACCAATTTATTACTATTTTGAAAATCAATGGGGATTTAAA
13131 AATAAATGTGCTTTCCAAACCAT
516 AATAAATGTGCTTTCCAAACCAT
* ** * * *
13154 TTCAAATAGATAAGACTATTAGAACAATTATCTATTCCAAATTGTTTTGATC-TTTTGTTTAGTC
1 TTCAAATAGATAAGACTATTAGAACAATTATCTATTCCAAATCG-TTCAAACAATTTATTTAGTC
* * *
13218 A-AAAAATAATTGTTTCAATTCATACATGCTTATTCAAAATATAATAATACTAATTTATT-ATCA
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* *
13281 TTAAGAAAATTAAT-A-AGAA-ATTT-AA-AA-AAAT-TATTTATCGAATAAGTTCAAATAGTTA
129 TTAAGAAAATTAATAATAAAAGATTTAAATAATAAATCTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTA
* *
13339 AGACTATTT-ACATAATTATCTATTTAAAATCGTTATGATATTTTGTTTTATCATAAAATAACTA
194 AGACTATTTGA-ATAATTATATATTTAAAATCGTTATGATATTTTGTTTTATCATAAAACAACTA
* * *
13403 TTT-TAGTACACAAAAGTTTAT-CCGATATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAAATTG
258 TTTCTA-TACACAAAAGTTTATGCCGA-ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTA
** * *
13466 ATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTATCAAATTAGTTTAAATAATTATGGCCATTTGA
321 ATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTATCAAACAAGTTCAAATAATCATGGCCATTTGA
*
13531 ACAATTATCTATTTCAAATCATTAAGAACTTTTGTTTTGTCATAAAAACAATTATTTTTCATCAT
386 ACAATTATCTATTTCAAATCATCAAGAACTTTTGTTTTGTCATAAAAACAATTATTTTTCATCAT
** * ** * * * *
13596 ACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTGCTAATA-TTTCAAAATTAATAAGTAAGAGAT
451 ACAAAATTATTCAGAATAAAATAATACCAATTTATTACTATTTTGAAAATCAAT--G---GGGAT
* * * *
13660 TTAAAAAGTTAATCTG-TTTACCGAACCAG
511 TTAAAAA-TAAATGTGCTTT-CCAAACCAT
* * * * * * * *
13689 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATATATTTCAAATTGTT-ATAAC-CTTT-TGTTA-T
1 TTCAAATAGATAAGACTATTAGAACAATTATCTATTCCAAATCGTTCA-AACAATTTAT-TTAGT
* * * ** ** *
13750 C-TCATAA-AA-TGATT--ATT-A-ACAATTTTATTCAAAAT-AAATAATACTAATGCAATAATA
64 CATAAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
** * * * * * * * *
13807 TTCTGAAAATTAATAACTAAGAGACTTAAAAAATAAATTTGTTT-GCTAAACTAGTTCAAATAGT
129 TTAAGAAAATTAATAA-TAAAAGATTTAAATAATAAATCTATTTATC-GAACAAGTTCAAATAGT
* * * * * * * * ** * * *****
13871 TAAGGCTATATGAACATTTCTTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAATTTTTT
192 TAAGACTATTTGAATAATTATATATTTAAAATCGTTATGATATTTTGTTTTATCATAAAACAACT
* * * ** * * ** * ** *
13936 TTTTCAATTCTTAGTAA-TTTATTCAAAATAAAATAA-AATAATTTATTAATATTTCAAATCTCA
257 ATTTCTATACACA-AAAGTTTATGCCGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTA
* * * ** * * * * * *
13999 ATAAGTAAGAGATTTAAAAAA-CAATTATGTTTGCCTAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTA
321 ATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATCA-GTTTATCAAACAAGTTCAAATAATCATGGCCATTTG
* * * * * * **
14063 AACAATTATCTATTTCAAATCTTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAAACAAATGTTTTTGTTCA
385 AACAATTATCTATTTCAAATCATCAAGAACTTTTGTTTTGTCATAAAAACAATTATTTTTCATCA
* ** * ** ** * * * * **
14127 TATAAGTTTGTTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGTAAATTAAAAGCAGAAATT
450 TACAAAATTATTCAGAATAAAATAATACCAATTTATTACTATTTTG-AAAATCAATG--GGGATT
* * * *
14192 TAAAAAATAAATCT-ATTTACTAAAACAGT
512 T-AAAAATAAATGTGCTTT-CCAAACCA-T
* * ** * * * * * *
14221 TT-AATTAGTTTATA-ACTATTTCAACAATTATTTATTTCAAATCATT-ATGACCATTTTGTTTT
1 TTCAAATAG-ATA-AGACTATTAGAACAATTATCTATTCCAAATCGTTCA--AACAATTT-ATTT
* * ** * * * *
14283 A-TGAT-AAAACAATTATTTCTGTTTATA-TAGTCTTATT-AGAAATAAAGTAATGCTAATTTAT
61 AGTCATAAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAG-CTTATTCA-AAATAAAATAATACTAATTTAT
** ** * * * * * ** * * *
14344 TAATATTTTGAAAGGTAATAAGTAACAGATTTTGGAAGAATGAAATTTGTTGCT-GACCAAATGC
124 TAATATTAAGAAAATTAATAA-TAAAAGA-TTT-AAATAAT-AAATCTATTTATCGAACAAGTTC
* * * *
14408 AAACTAGTTAATGACTATTTGAACATATT-TCTATTTCAAATCATTAT-ACCT-TCTTTGTTTTA
185 AAA-TAGTTAA-GACTATTTGAATA-ATTATATATTTAAAATCGTTATGA--TAT-TTTGTTTTA
* * * * * * * ** * * *
14470 TCACAAAACAATTGGA-TTATATTCATACAAGCTTAT-TTGAATAACATAATTCTATTTTATTAA
244 TCATAAAACAACT--ATTTCTATACACAAAAGTTTATGCCGAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * ** * * * *
14533 TA-TTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATTTGTTTACCGAATAAATAT-AAAT
307 TATTTC-AAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTATCAAACAAGT-TCAAAT
* * * * * *
14596 AATTACGACAATTTGAACAATTATCCT-TTTCAAAT--TGCTATAACCTTTTGTTTTGTCAT-AA
370 AATCATGGCCATTTGAACAATTAT-CTATTTCAAATCAT-CAAGAA-CTTTTGTTTTGTCATAAA
* ** *
14657 AACAA--AATTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCA-AATAAAATTACATA--AATTTATTAATAT
432 AACAATTATTTTTC-A-TCATACAAAATTA-TTCAGAATAAAA-TA-ATACCAATTTATTACTAT
* * *** * * * ** *
14717 GTAGACACATAAT-AAGTAAAAGATTTAAAAAACAAATTTG-TTTATCAAATAAG
492 TTTG--A-A-AATCAA-T-GGGGATTT-AAAAATAAATGTGCTTT-CCAAACCAT
** * * * * * ** * *
14770 TTCAAATAG-TTTGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATAGTT-ATGACTTTTTGTTTTGTC
1 TTCAAATAGATAAGACTATTAGAACAATTATCTATTCCAAATCGTTCA-AACAATTTATTTAGTC
* * * **** * ** * *
14833 GT-GAAACAATTATTTTTCGTCATACAAGCCTATTCGGATTAAAATAATATTAATTTATTAATAT
65 ATAAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-
* * * * *
14897 TTTA-AAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAA-AATAAATATGTTTA-CTGAATAAGTTCAAATAGT
129 TTAAGAAAATTAATAA-TAAAAGATTTAAATAATAAATCTATTTATC-GAACAAGTTCAAATAGT
* * * * ** * * *
14959 CATA-ACTGTTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-CCTTT-TTTTGTCATAAAATAAT
192 TA-AGACTATTTGAATAATTATATATTTAAAATCGTTATGATATTTTGTTTTATCATAAAACAAC
* * * ** * * * * * **
15021 TGTATCAATTTATATAGGCTTAT-TCGAAATAAAAT-ATCACTAATTTATTAATATTTTGAAAAT
256 TATTTCTATACACAAAAGTTTATGCCG-AATAAAATAAT-ACTAATTTATTAATATTTCAAAAAT
** * * ** * * * *
15084 TAATTGGTAAGAGATTTAAAAAAATGAAT-ATGTTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTAT
319 TAATAAGTTAGAGATTT-AAAAAATAAATCA-GTTTATCAAACAAGTTCAAATAATCATGGCCAT
* * * * * *
15148 TTGAATAATTATCTATTTCAAA--ATTGCTATGACCCTTTTG-TTTGTCAT-AAGATAATTGTTT
382 TTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-T-C-AAGA-ACTTTTGTTTTGTCATAAAAACAATTATTT
** **** * * ** *
15209 GTTCATACAGGCCTTGTGT-TTC-GAATAAAACAATTA--AA-TTATTAATA-TTCCAAAATTTA
443 -TTCAT-CATACAAAAT-TATTCAGAATAAAATAA-TACCAATTTATTACTATTTTGAAAA-TCA
*** * *
15268 ATAAGTAAAAATTTAAAAA-AAAT-TTCATTTTCTAAACACA-
503 AT--G--GGGATTTAAAAATAAATGTGC--TTTCCAAAC-CAT
* * * * * * ** *
15308 TTCAAATAGTTCTA-ACTATTTGAATACATTATTCTATT-CAAATAGTT-ATGACTTTTTGTTT-
1 TTCAAATAGAT-AAGACTATTAGAACA-ATTA-TCTATTCCAAATCGTTCA-AACAATTTATTTA
* * * * ** **
15369 GTGAT-AAAGC-ATTGTTTCTATCCATACAAGC-TATTTGAAATAAAATCAATACTAATTTATCG
62 GTCATAAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAAT-AATACTAATTTATTA
* * * * * ** *
15431 A-GTT--CAAAA--AGTAA-AAGAG-TTTCAAA-AAT-AATCTGTTTATCGAGGTAAGCTCAAAA
126 ATATTAAGAAAATTAATAATAAAAGATTT-AAATAATAAATCTATTTATCGA-ACAAGTTC-AAA
* ** * * * * * * * * * *
15487 TAGGTATTACTGTTTAAACAATTTTTTATTTCAAATAGTTATGAT-CTTTGTTTTGTCATAAAAT
188 TAGTTAAGACTATTTGAATAATTATATATTTAAAATCGTTATGATATTTTGTTTTATCATAAAAC
* * * * * * * * ***
15551 AATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCAGAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTTGCAAA
253 AACTATTTCTATACACAAAAGTTTATGCCGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA
* * * * * * *
15616 TTAAT-AGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAAACAACTTCAAATAGTCTTGTCCA
318 TTAATAAGTTA-GAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTATC-AAACAAGTTCAAATAATCATGGCCA
* * * * *
15680 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG-ACCTTTGTTTTGTCAT-AAAACAATTATTTCTG
381 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATCAAGAACTTTTGTTTTGTCATAAAAACAATTATTTTTC
* * ** * * * *
15743 TTCATACAGAATTATTCA-AAT-AAATAATACTGATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGAGA
446 ATCATACAAAATTATTCAGAATAAAATAATACCAATTTATTACTATTTTGAAAATCAAT-GGGGA
* ** *
15806 TTTAAAAACTAAATCTG-TTTACTGAACCAA
510 TTTAAAAA-TAAATGTGCTTT-CCAAACCAT
* * * * **
15836 TTCATATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TCTCAAATCG-T-AATGATATTTATTT-GT
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* ** * * * * * *
15897 CAT-ACAACAATTGTTTCTTTTCACATAAGCTTATTC-GATTAAAATGATACTAATTTAATAAT-
64 CATAAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
** * * * * * * *
15959 TTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGTCAAACTAGTTCAAATAGTT
129 TTAAGAAAATTAATAA-TAAAAGATTTAAATAATAAATCTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTT
* * * *
16024 AAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTT
193 AAGACTATTTGAATAATTATATATTTAAAATCGTT
16059 TTAACCTTTT
Statistics
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0.72 0.16 0.12
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ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (538 bp):
TTCAAATAGATAAGACTATTAGAACAATTATCTATTCCAAATCGTTCAAACAATTTATTTAGTCA
TAAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
AAGAAAATTAATAATAAAAGATTTAAATAATAAATCTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTAAG
ACTATTTGAATAATTATATATTTAAAATCGTTATGATATTTTGTTTTATCATAAAACAACTATTT
CTATACACAAAAGTTTATGCCGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
TTAGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTATCAAACAAGTTCAAATAATCATGGCCATTTGAACAAT
TATCTATTTCAAATCATCAAGAACTTTTGTTTTGTCATAAAAACAATTATTTTTCATCATACAAA
ATTATTCAGAATAAAATAATACCAATTTATTACTATTTTGAAAATCAATGGGGATTTAAAAATAA
ATGTGCTTTCCAAACCAT
Found at i:13899 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 13449--14110 Score: 425
Period size: 180 Copynumber: 3.7 Consensus size: 171
13439 ATTACTTTAT
* * * * * * ** *
13449 TAATATTTCAAAAATTGATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTATCAAATTAGTTTAAA
1 TAATATTTC-AAAATTAATAACTAAGAGACTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAGTTCAAA
* * * * * * * * *
13514 TAATTATGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA-AGAACTTTTGTTTTGTCATAAAA
65 TAGTTAAGACTATATGAACAATTATATATTTCAAATCATTATA-ACCTTTTGTTATCTCAT---A
* * ** *
13578 ACAATTATTTTTCATCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTGC
126 A-AATGA---TT-ATTA-ACAATTTTATTCAAAATAAAATAATACTAA-TTGC
* * * * *
13631 TAATATTTCAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAGTTAATCTGTTTACCGAACCAGTTCAAAT
1 TAATATTTCAAAATTAATAACTAAGAGACTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAGTTCAAAT
* * * **
13696 AGTTATGACTATTTGAATAATTATATATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTATCTCATAAAATG
66 AGTTAAGACTATATGAACAATTATATATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTATCTCATAAAATG
13761 ATTATTAACAATTTTATTCAAAAT-AAATAATACTAA-TGC
131 ATTATTAACAATTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTGC
* * * * *
13800 AATAATATTCTGAAAATTAATAACTAAGAGACTTAAAAAATAAATTTGTTTGCTAAACTAGTTCA
1 --TAATATT-TCAAAATTAATAACTAAGAGACTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAGTTCA
* * * * * * * *
13865 AATAGTTAAGGCTATATGAACATTTCTTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAA
63 AATAGTTAAGACTATATGAACAATTATATATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTATCTCATAAA
* ** * * * **
13930 TTTTTTTTTTCAATTCTTAGTAATTTATTCAAAATAAAATAA-AATAATTTAT
128 -ATGATTATT-AA--C--A--ATTTTATTCAAAATAAAATAATACTAA-TTGC
* * * * * * *
13982 TAATATTTC-AAATCTCAATAAGTAAGAGATTTAAAAAACAATTATGTTTGCCTAACCAGTTCAA
1 TAATATTTCAAAAT-T-AATAACTAAGAGACTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAGTTCAA
* * * * * * * * *
14046 ATAATTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCTTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
64 ATAGTTAAGACTATATGAACAATTATATATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTATCTCATAAAA
14111 CAAATGTTTT
Statistics
Matches: 387, Mismatches: 76, Indels: 37
0.77 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 3 0.01
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182 11 0.03
ACGTcount: A:0.41, C:0.11, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (171 bp):
TAATATTTCAAAATTAATAACTAAGAGACTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAGTTCAAAT
AGTTAAGACTATATGAACAATTATATATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTATCTCATAAAATG
ATTATTAACAATTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTGC
Found at i:14551 original size:186 final size:186
Alignment explanation
Indices: 14226--14561 Score: 405
Period size: 186 Copynumber: 1.8 Consensus size: 186
14216 ACAGTTTAAT
* * * *
14226 TAGTTTATAACTATTTCAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCATTTTGTTTTATGATAAA
1 TAGTTAATAACTATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCATTTTGTTTTATCACAAA
* * * * * *
14291 ACAATTATTTCTGTTTATATAGTCTTATTAGAAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATATTTTGAA
66 ACAATTATTTATATTCATAAAGTCTTATTAGAAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATATTCTAAA
*
14356 AGGTAATAAGTAACAGATTTTGGAAGAATGAAATTTGTTGCTGACCAAATGCAAAC
131 AAGTAATAAGTAACAGATTTTGGAAGAATGAAATTTGTTGCTGACCAAATGCAAAC
* * *
14412 TAGTTAATGACTATTTGAACATATT-TCTATTTCAAATCATTAT-ACCTTCTTTGTTTTATCACA
1 TAGTTAATAACTATTTCAACA-ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCAT-TTTGTTTTATCACA
* * *
14475 AAACAATTGGA-TTATATTCATACAAG-CTTATTTG-AATAACA-TAATTCTATTTTATTAATAT
64 AAACAATT--ATTTATATTCATA-AAGTCTTATTAGAAATAA-AGTAATGCTAATTTATTAATAT
* *
14536 TCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
125 TCTAAAAAGTAATAAGTAACAGATTT
14562 AAAAAATGAA
Statistics
Matches: 125, Mismatches: 19, Indels: 12
0.80 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
185 4 0.03
186 99 0.79
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188 3 0.02
ACGTcount: A:0.38, C:0.10, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (186 bp):
TAGTTAATAACTATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCATTTTGTTTTATCACAAA
ACAATTATTTATATTCATAAAGTCTTATTAGAAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATATTCTAAA
AAGTAATAAGTAACAGATTTTGGAAGAATGAAATTTGTTGCTGACCAAATGCAAAC
Found at i:16497 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 16465--16497 Score: 50
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
16455 AATAAGTTCA
16465 AATAATTATGACTATTTG
1 AATAATTAT-ACTATTTG
16483 AATAATTAT-CTATTT
1 AATAATTATACTATTT
16498 AAAATCATTA
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
18 9 0.60
ACGTcount: A:0.39, C:0.06, G:0.06, T:0.48
Consensus pattern (17 bp):
AATAATTATACTATTTG
Done.