Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: NW_019167883.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_150, whole genome shotgun sequence

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Warning! 1000 characters in sequence are not A, C, G, or T


Found at i:5556 original size:179 final size:179

Alignment explanation

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* * * ** * 6893 TATCTATTTCAAATCATTCTGACCTTTTATTTAATCATAAAATAATTG-TTTT-AGTTCATACAA 65 TATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA-TTCATACAA * * * 6956 GCTTATTTGAACTAAAATAATACTATTTTATTAACATTT-AGAAAATTAATAAG 129 GCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAG * * * * * * 7009 CAAGAAATTTTAAAAATAAATCTATTTACCAAACAATTCAAATTGTTATGACTATTTGAACAATT 1 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT * * * * * * ** * 7074 ATCTATTTAAAATCGTTATGAGC-TTTGTTTTATAATAAAACAATTG--TTTAAGTTTTTAAAAG 66 ATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA-TTCATACAAG * *** * * * * * 7136 TTTATCCAAAATAACATAATATTAATTTATTAATGTTTCAAAAATTGAGAAG 130 CTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG * * * * * * * * 7188 TTAGAGATTTAAAAAATGAAATCAATTTATCAAATCAGTTCAAATAATTATGGCAATTTAAACAA 1 TAAGAGATTTAAAAAAT-AAATCTATTTACCGAA-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA * * * * 7253 TTATCTATTTCAAATCGTTATGAACATTTATTTTGCCATAAAACAATTGTTTTTCATT-ATA-AA 64 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* * * ** 9287 ATTA-TTCAGAACAAAATAATACTGATCTATTAAAATTTTGAAAA-T--TAA- 130 CTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG * * * * * * * * 9335 TAAGAGATTTAAAAACTAAATTTGTTTACAGAAATAGTTTAAATAGTTATGACTATGTAAACAAT 1 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCG-AACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT * * * ** * 9400 TATTTATCTT-AAATCATTATGATC-TTTATTTCATCATAAAACAATTGTTTCTT--TTCATATA 65 TATCTAT-TTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TTCATTCATACA * * * 9461 AGCTTA-TTCAGATTAAAATAATACTAATTTAATAATA-TTCAAAAA-T--TAA- 128 AGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG * * * * 9510 TAAGAGATTTAAAAAATAAATGTATTTACCGAACCGGTTCAAATAGTTAGGACTATTAGAACAAT 1 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAA-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT * * * * * * * * * 9575 TATCTACTTCAAATCGTTTTGACCTATTGTTTAGTTATAAAA-AATT-ATTTT-AATCATACAAG 65 TATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATTCATACAAG * * * * 9637 CTTA-TTCAGAATGAAATAATACTAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATGAG 130 CTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAG * * * * * 9689 AAAGAGATTTTAAAAAAAAAATCTATTTATCGAACAAGTTCGAATAGATT-TGACTATTCGAACA 1 TAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAAC-AGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACA * * * 9753 ATTATCTATTT-AAAGTCATCA-GACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTG--TTTCAATTCATA 63 ATTATCTATTTCAAA-TCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTC-ATTCATA * * * * * * 9814 AAAACTTATCTAAAATAAAATAATACTACTTTATTAAT-TTTCAAAAATTAAAAAG 126 CAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG * * * * * 9869 CAAGTTATGACTATTTGAATAAAT--ATCAATCTTA---AATCA-TT---ATGACTT-TG--TTT 1 TAAG--A-G---ATTT-AAAAAATAAATCTAT-TTACCGAA-CAGTTCAAAT-AGTTATGACTAT * * * ** * * **** * * 9922 TCTCATAAAATAAT-TATTT-TGATCA-TA-CAAGCTTATTCAG-ATAAAAATAATACTAATTTA 56 T-TGA-ACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAA-CTT-TT--GTTTTGTCATAAAAC-AA-TTG ** * * ** * * * * * * * 9982 TTAATATTCTAAAACTTAGTAAG-AGACTT-AAA-AAAATAA-ATGT-GTTTGCTGAACCAGTTC 113 TT--T-TTC--ATTCATA-CAAGCTTATTTGAAATAAAATAATA-CTAATTT-ATTAA-TATTTC * 10042 AAATAGTTAAGACTATTAG 169 AAA-AATT-A-A-TA--AG * ** ** * * * * * 10061 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** * ** * * * * * 10420 TCA-A-ATTGTTATTACT-TTTGGT-TTTCTCCTAAAACAATTGCTTTTCAATATAG--AAGCCT 1 TAAGAGATT-TAAAAAATAAAT-CTATTT-ACC--GAAC-A--G---TTCAA-ATAGTTATGACT ** * * * * * * * 10479 ATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAAT-ATTTCAAGAA-TTAATAACAG-ATT-T-AAAAA 54 ATT--TGA-ACAATTAT-CT-ATTTCA-AATCA-TT-ATGAACTT--T---TGTTTTGTCATAAA * ** * ** * * * 10539 ATAAATTTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTCATGAC-TATTTGAACA-ATATCTATTTCAAAT 106 A-CAA-TTGTTT-----TTCA-TTC--ATA--CAAG-CTTATTTGAA-ATA-AAATAATACTAAT ** * * * 10602 TGT-TATAACCTTTTATTATATCATAA-AA- 156 T-TAT-TAATATTTCA-AAAAT--TAATAAG * ** * *** * ** * * ** * * 10630 CAATTGTTTTTGTTCATATAAGCCTA-TT-CGGAATAAAAT-AATACTAATT-TAGTAATATTCT 1 TAAGAG-ATTT-AAAAAATAAATCTATTTACCGAA-CAGTTCAA-A-TAGTTAT-G-ACTATT-T * * ** * ** * * 10691 -AAAAATTAATAACTA-AT-AAAT--TTAAAAAATAAATCTATTTG-C-TAAACTAGTTCAAATA 58 GAACAATT-AT--CTATTTCAAATCATTATGAACT-TTTGT-TTTGTCATAAA--A---C-AATT *** * ** * * * * * * 10749 G-TTAAGACTACATGAACAA--TTATTT-ATTTCAAATTGTTATGACCT--TTTGTT-TTCTCAT 112 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* 11156 TTTTTCTTTTGTTGTAAAACAATTGTTTTATTCAT-ACAAGCTTTTTTTTATTAA-AATAATGCA 109 ATTGT-TTTTCAT-TCATACAA--G-CTTATT--TGA-AA-------TAAAATAATACTAAT--T * ** * 11219 AATTTAATAATATTTTGAAAATTAATAAA 157 TA--T--TAATATTTCAAAAATTAATAAG * * * ** * * * * * * 11248 TAAGATATTTAAAAAATAAATTTTTTTGTCGAATCAATTGAAATGGTTAAGATTATTAGAACAAT 1 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAA-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT * * * 11313 TATCTATTTGAAATCGTTCT-AACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG--TTTCAGTTCA-ACA 65 TATCTATTTCAAATCATTATGAAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA-TTCATACA * * * 11374 AGCCTATTT-AGAATAAATTAATACTAATTTATTAACA-TTCAAAAATTAATAAG 128 AGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG * * * 11427 AAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTAACGAACAAGTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAA 1 TAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTACCGAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA * * * * * * * 11492 ATGTCTATTTAAAATCGTTAT-AACCTTTTGATTAGTCATAAAACAATTG--TTTCAGTTAATAC 64 TTATCTATTTCAAATCATTATGAA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA-TTCATAC ** * * * 11554 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** * ** ** 15530 TAAGAAAATTAAAAAATAAATTTCTTTGTCGAACCAGTTCAAATATTTAAAACTATACGAACAAT 1 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAA-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT * * * * * 15595 TTTCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTAG-CATAAAATAAGTT-TTTTTGAATTTATAC 65 TATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTT-GTCATAAAACAA-TTGTTTTT-CATTCATAC * * * 15658 TAGCTTATTTGGAATAAAATAA-AATGAATTTATTAA 127 AAGCTTATTTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAA 15694 AATGATTTAT Statistics Matches: 7072, Mismatches: 1642, Indels: 1382 0.70 0.16 0.14 Matches are distributed among these distances: 163 1 0.00 164 3 0.00 165 39 0.01 166 77 0.01 167 12 0.00 169 5 0.00 170 2 0.00 171 7 0.00 172 96 0.01 173 134 0.02 174 201 0.03 175 469 0.07 176 358 0.05 177 567 0.08 178 470 0.07 179 754 0.11 180 1110 0.16 181 1355 0.19 182 515 0.07 183 135 0.02 184 54 0.01 185 29 0.00 186 56 0.01 187 23 0.00 188 8 0.00 189 20 0.00 190 34 0.00 191 48 0.01 192 22 0.00 193 6 0.00 194 14 0.00 195 7 0.00 196 7 0.00 197 7 0.00 198 17 0.00 199 20 0.00 200 12 0.00 201 18 0.00 202 21 0.00 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* * ** * 11132 TATCTGTTTCAAAGT-GTTATGACCTTTTTCTTTTGTTGTAAAACAATTGTTT-TATTCATACAA 65 TATCTATTTCAAA-TCATTATGA-C-TTTTGTTTTG-TCAAAAACAATTGTTTCTATTCATATAA * ** * *** * * * * 11195 GCTTTTTTTTATTAAAATAATGCAAATTTAATAATATTTTGAAAATTAATAAATAAGATATTTAA 126 GCTTATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCT--AAA--AATTAATAAGAGATTT-A * * * * * * * * * * * 11260 AAAATAAATTTTTTTGTCGAATCAA-TTGAAATGGTTAAGATTATTAGAACAATTATCTATTTGA 186 AAAATAAATATGTTTATTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCA * * * * * * 11324 AATCGTTCTAACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCA-ACAAGCCTATT-TAGA 250 AATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCGA-A * * 11386 ATAAATTAATACTAATTTATTAACATTC-AAAAATTAATAAG 313 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG * * ** * 11427 AAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTAAC-GAACAAGTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACA 1 TAAGAGATTT-AAAAAATAAATCT-GTTGCCTG-ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA * * * * * * * * * 11491 AATGTCTATTTAAAATCGTTATAACCTTTTGATTAGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTAATACA 63 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GCTTATTTGG-TTAAAAATAATACTAATTTAATAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTT 126 GCTTATTTGGAAT-AAAATAATATTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAG--AG--ATTT * * * * 11978 ACAAAATAAATGTGTTTATTGAGCTAA-TTCAAATAGTTA-AAGCTATTAGAATAATTAT-TAAT 185 A-AAAATAAATATGTTTATTGAAC-AAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAATAATTATCT-AT * * * * * * * * 12040 TTCGAATCGTTTTGACCTTTTGTGTAGTCATAAAATATTTGTTTC-ATATCTTACAAGCTTATTC 246 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTAT-TCATACAAGCTTATTC * * 12104 GAAATAAAATAAT-CTAAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAG 310 GAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG * * ** ** * 12149 GAA-ATGATTTGGAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTGATGACTATTTGAACA 1 TAAGA-GATTT-AAAAAATAAATCTG-TTGCCTGACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA * * * * 12213 ATTATTTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGACATAAAACAATTGTTTC-ATTCATAAAA 63 ATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CTTTTGTTTTGTCA-AAAACAATTGTTTCTATTCATATAA **** * 12277 GCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAATTC-AAAAATTAATAAGCAAGAGTTT-A 126 GCTTATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAAT-ATTCTAAAAATTAATAAG--AGA-TTTAA * * * * * * * 12340 AAATAAATTTGTTTACTAAACAAATTCAAATTGTTATGACTATTTGAACAATTGTCTATTT-AAA 187 AAATAAATATGTTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAA * * * * ** * * * 12404 TCATTATGACCTTTTATTTTGTGATAAAACAATTATCTAAATCCATACAAGCTTAGTCAAAATAA 252 TCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAA * * 12469 AATAATACTAATTTATTAACATTCCAAAAATTAATAAG 317 AATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG * * * * * * * * * 12507 CAAGTGATTTAAAAAGTGAATATGTTTACC-GA-ATCAGTTCAAATAATTAATGTC-ATTTCAAC 1 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTG-TTGCCTGACA--AGTTCAAATAGTT-ATGACTATTTGAAC * * * * 12569 AATTATCAATTTCAAATC-----G---TTTGTTTGGTCATATAACAATTGTTTTTGATT-ATATA 62 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTGTTTTGTCA-AAAACAATTGTTTCT-ATTCATATA * * * * * 12625 TGTTTATTTGAAATAAAATAATAGTAATTTATTAATCTT-TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT 125 AGCTTATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCT-AAAAA-T--TAA-TAAGAGATTT * * * * * * 12689 AAAAAAATAAATTTGTTTATCGAACCAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATT-GCATACT 185 --AAAAATAAATATGTTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATC-TATT ** * * * * * * * 12753 GAAAATCATTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTATTTTTGTTCATATAAGCTTATTCGA 247 TCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCGA * ** * * 12818 AATAAAATAATACTAATATAAAAATATTCCAAAAATTAATAAT 312 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG * * ** * * * * 12861 TAAGAGATTTAAAAAACAAATTTGTTTGCCAAACTAGTTCAAATAATTAAGACTATATGAACAAT 1 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTG-TTGCCTGACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT * * * * 12926 TATCTATTTC-AA--A-T-TG-TTTTTGTTTTGTCATAAAGCAATTTTTTCAATTCATACT-AGC 65 TATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTGTTTTGTCA-AAAACAATTGTTTCTATTCATA-TAAGC * * * * 12984 TTATTCGGAATAAAATAAAATGAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATATGTAAGAGATTTAAAA 128 TTATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCTAAAAATT-A-A--TAAGAGATTTAAAA * ** * * ** 13049 A-ATAATTTGTTTGCCT-AACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAGCAATTATCTATTTCAAA 189 ATA-AATATGTTT-ATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAA ** * * * * * * * * * 13112 TCACTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTCCATATAAGTTTGTTCAAAATAA 252 TCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAA * * * 13177 AATAAAAAACTAAATCTATTAATATT-TCAAAA-T-AT-A- 317 AAT--AATACT-AATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG * * * * * * * 13213 TAATAGATTTAAAAAATAAATATGTT--TTAAACCAGTTCAAAAAGTTATGACTATTTGAGCAAT 1 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTGCCT-GACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT * ** * * * * * ** * * * * 13276 TATTTATTTCAAATTGTTATTATTTTTTCTTTTCTTACAAAACAATAATTTATGTTCATAAAAAC 65 TATCTATTTCAAATCATTATGA-CTTTTGTTTTGTCA-AAAACAATTGTTTCTATTCATATAAGC ** * * * * * * * 13341 TTA-TTCAAATTAAAGTAATACTATTTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAAATTTTAA 128 TTATTTGGAA-TAAAATAATATTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG----AGA-TTTAA * * * * * * * * 13405 AAATAAATATGTTTACTGAACTAGATCAAATAGTCATGATTATTTGTATAAGTATTTATTTCAAA 187 AAATAAATATGTTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAA * * 13470 T-GATTATGACCTTTTTTTTTGTCATAAAA-AATTATTT-TAGTTCATATC-AGCCTATTC--AA 252 TCG-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTA-TTCATA-CAAGCTTATTCGAAA ** * * * 13529 -AATCT-ATAATAAGTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAT 314 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG * * ** ** * 13568 TAAGAGATTTAAAAAAATGAATCTATTTATCAAACAAGCTT-AAATAATTATGACTATTTGAACA 1 TAAGAGATTT-AAAAAATAAATCT-GTTGCCTGACAAG-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA *** * * * ** * 13632 ATTATCTATTTCAAATTGCTATAACCTTTTGTTTTATTGC-CAAATGATCT-TTTCTGTTCATAT 63 ATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CTTTTGTTTT-GT-CAAAAACAAT-TGTTTCTATTCATAT * * * * 13695 AAGCTTACTTCGAA-ATAAATAATA-CAATTTATTAATA-T-TAAGACAATTAATAGGTAAAAGA 124 AAGCTTATTTGGAATA-AAATAATATTAATTTATTAATATTCTAA-A-AATT-A-A--TAAGAGA * * * * * 13756 TTTAAAAAATAAATATGTTT-TCGAACACGTTCAAATATTTGTTACTATTTGAATAATTATCTAT 182 TTT-AAAAATAAATATGTTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTAT ** * * * 13820 TTCAATAT--TTA--AATTTTTG-TTTGTTCAT-AAACTAATTGTTT-TGTTCATAAAAGCTTAT 246 TTCAA-ATCGTTATGACCTTTTGTTTTG-TCATAAAAC-AATTATTTCTATTCATACAAGCTTAT * * * 13878 TC-AAATATAATAATACTAATTTATTAAAATTCCAAAAATTAATCAAG 308 TCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAAT-AAG * * * * * * * 13925 TAAAATATTTTTAAAAAAATTAAATCTAATTTTACC-GAAGCGAGTTCAAGTAAGGTTATGACTC 1 TAAGAGA--TTT-AAAAAA-TAAATC---TGTTGCCTG-A-CAAGTTCAAAT-A-GTTATGACTA * ** * * 13989 TTTGAACAA-TATTTATTTTCAAATTTTTATGATCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTATTTCTA 55 TTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATCATTATGA-CTTTTGTTTTGTCA-AAAACAATTGTTTCTA * ** ** * * 14053 TTTATGCAATTTTATTT-GAGATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTT 117 TTCATATAAGCTTATTTGGA-ATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG-- * * * ** * * * 14117 AGAGGTTTAAAAAATAAATTTATTCACCGAACAAGTTCAAATAGTCATG-TTCATTTGAGCT-AT 179 AGA--TTT-AAAAATAAATATGTTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGA-ATAAT * * * * ** 14180 TATCTATTTCAAATGGTTATAACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTTATACAAAA 239 TATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGC * * 14245 TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAGTTAATAA- 304 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Indices: 9871--15636 Score: 3738 Period size: 181 Copynumber: 32.4 Consensus size: 179 9861 TTAAAAAGCA * * * * * 9871 AGTTATGACTATTTGAATAAATATCAATCTT-AAATCATTATGA-C-TTTGTTTTCTCATAAAAT 1 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC * * * * 9933 AATTATTT-TGATCATACAAGCTTATTCAG-ATAAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAA 65 AATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATT-AGAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAA * * * * * 9996 CT--T-AGTAAGAGACTTAAAAAAATAAATGTGTTT-GCTGAACCAGTTCAAAT 128 TTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-GAACAAGTTCAAAT * * * * * * * * * * 10046 AGTTAAGACTATTAGAATAATT-TTTAATTTCAAATCATTTTAACATTTTGTTTAGTCATAGAAT 1 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCT-ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC * * * 10110 AATTGTTTCAGTTTACACAAGCTTACTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAA 65 AATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTA-TTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAA * * * * ** 10175 TTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAAATAAATTTGTTTATTGAACAAATTTGAAT 128 TTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAAT * * * 10228 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13792 ATTTGTTACTATTTGAATAATTATCTATTTC-AAT-ATT-TAAATTTTTG-TTTGTTCAT-AAAC 1 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG-TCATAAAAC * * * * 13852 TAATTGTTT-TGTTCATAAAAGCTTATTCA-AATATAATAATACTAATTTATTAAAATTCCAAAA 65 -AATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATT-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-CAAAA * * * * * * 13915 ATTAATCAAGTAAAATATTTTTAAAAAAATTAAATCTAATTTTACCGAAGCGAGTTCAAGT 127 ATTAAT-AAGTAAGAGA--TTT-AAAAAA-TAAATCT--GTTTATCGAA-CAAGTTCAAAT * * ** * * 13976 AAGGTTATGACTCTTTGAACAA-TATTTATTTTCAAATTTTTATGATCTTTTGTTTTGTTATAAA 1 -A-GTTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA * * * ** * 14040 ACAATTATTTCTA-TTTATGCAATTTTATTTGAGATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAA 63 ACAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTAGA-ATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-CAA * * * * * * 14104 AAATTAATAAGTTAGAGGTTTAAAAAATAAATTTATTCACCGAACAAGTTCAAAT 125 AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAAT * * * * ** * * 14159 AGTCATG-TTCATTTGAGCTATTATCTATTTCAAATGGTTATAACATTTTGTTTTGTCATAAAAC 1 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Indices: 14760--15188 Score: 388 Period size: 166 Copynumber: 2.5 Consensus size: 163 14750 TCATAGAATG * * ** 14760 ATTGTTTCAGTTTATAAAAGCTTATGTGAATAAAATAATATTGCTTTATTAATATTTCAAAAATT 1 ATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTT-T-TGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT 14825 GAAAAGATAA-AGATTT-AAAATAAGTTAGTTTATCGAATCGCTTCAAATAATTATGGTCATTTA 64 GAAAAG-TAAGAGATTTAAAAAT-AGTTA-TTTATCGAA---C--C-AAT--TT-T--T-ATTTA * * 14888 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAAACTTTTATTTTGTCT-TAAAACA 114 AACAATTATCTATTTCAAATCATTATAAACTTTTATTCTGT-TATAAAACA * * * 14938 ATTGTTTTTCA--TCATACAAGCCTTTTGAAATTAAATAATAGTAATTTATTAATATTTCAAAAA 1 ATTG--TTTCAGTTCATAAAAG-CTTTTG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA * 15001 TT-AATAAGTAAGAGATTTAATAAATATTTATTTATCGAACCAATTTTTATTTAAACAATTATCT 62 TTGAA-AAGTAAGAGATTTAA-AAATAGTTATTTATCGAACCAATTTTTATTTAAACAATTATCT * * * 15065 ATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTCTGTTATAAAATA 125 ATTTCAAATCATTATAAACTTTTATTCTGTTATAAAACA * * * * 15104 ATTGTTT-AGTTGATATAAGCTTTTTTGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATA-TTCCAAAAT 1 ATTGTTTCAGTTCATAAAAGC--TTTT-GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAT * * 15167 TGATAATTAAGAGATTTAAAAA 63 TGAAAAGTAAGAGATTTAAAAA 15189 ACAAATCTGT Statistics Matches: 216, Mismatches: 20, Indels: 44 0.77 0.07 0.16 Matches are distributed among these distances: 163 1 0.00 164 7 0.03 165 31 0.14 166 80 0.37 167 2 0.01 169 1 0.00 170 2 0.01 172 3 0.01 173 1 0.00 175 1 0.00 177 7 0.03 178 63 0.29 179 8 0.04 180 9 0.04 ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.08, T:0.42 Consensus pattern (163 bp): ATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTTTGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTGA AAAGTAAGAGATTTAAAAATAGTTATTTATCGAACCAATTTTTATTTAAACAATTATCTATTTCA AATCATTATAAACTTTTATTCTGTTATAAAACA Found at i:15159 original size:166 final size:164 Alignment explanation

Indices: 14883--15185 Score: 405 Period size: 166 Copynumber: 1.8 Consensus size: 164 14873 AATTATGGTC * * 14883 ATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAAACTTTTATTTTGTCTTAAAACAATTGTTTTTC 1 ATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAAACTTTTATTCTGTCTTAAAACAATTGTTTTTC * * * 14948 ATCATACAAGCCTTTTGAAATTAAATAATAGTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG 66 ATCATA-AAGCCTTTTGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAG 15013 AGATTTAATAAATATTTATTTATCGAACCAATTTTT 129 AGATTTAATAAATATTTATTTATCGAACCAATTTTT * * * 15049 ATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTCTGT-TATAAAATAATTGTTTAG 1 ATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAAACTTTTATTCTGTCT-TAAAACAATTGTTT-- * * * * * * 15113 TTGAT-AT-AAGCTTTTTTGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAATTGATAATTA 63 TTCATCATAAAGC-CTTTTGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCAAAAATTAATAAGTA 15176 AGAGATTTAA 127 AGAGATTTAA 15186 AAAACAAATC Statistics Matches: 119, Mismatches: 14, Indels: 9 0.84 0.10 0.06 Matches are distributed among these distances: 165 30 0.25 166 83 0.70 167 2 0.02 168 4 0.03 ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.07, T:0.44 Consensus pattern (164 bp): ATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAAACTTTTATTCTGTCTTAAAACAATTGTTTTTC ATCATAAAGCCTTTTGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCAAAAATTAATAAGTAAGAG ATTTAATAAATATTTATTTATCGAACCAATTTTT Found at i:16602 original size:8 final size:8 Alignment explanation

Indices: 16589--16632 Score: 54 Period size: 8 Copynumber: 5.5 Consensus size: 8 16579 AATTGTTTAA * 16589 TATTTTTT 1 TATTATTT 16597 TATT-TTT 1 TATTATTT * 16604 ATTTTATTT 1 -TATTATTT 16613 TATTATTT 1 TATTATTT 16621 TATTATTT 1 TATTATTT 16629 TATT 1 TATT 16633 TTCTTTAAAT Statistics Matches: 32, Mismatches: 2, Indels: 4 0.84 0.05 0.11 Matches are distributed among these distances: 7 3 0.09 8 26 0.81 9 3 0.09 ACGTcount: A:0.20, C:0.00, G:0.00, T:0.80 Consensus pattern (8 bp): TATTATTT Found at i:16614 original size:27 final size:26 Alignment explanation

Indices: 16584--16643 Score: 75 Period size: 26 Copynumber: 2.3 Consensus size: 26 16574 ATTAGAATTG * 16584 TTTAATATTTTTTTATTTTTATTTTAT 1 TTTAATATTTTATTA-TTTTATTTTAT * * 16611 TTTATTATTTTATTATTTTATTTTCT 1 TTTAATATTTTATTATTTTATTTTAT * 16637 TTAAATA 1 TTTAATA 16644 AAATTCAAAA Statistics Matches: 28, Mismatches: 5, Indels: 1 0.82 0.15 0.03 Matches are distributed among these distances: 26 15 0.54 27 13 0.46 ACGTcount: A:0.25, C:0.02, G:0.00, T:0.73 Consensus pattern (26 bp): TTTAATATTTTATTATTTTATTTTAT Found at i:16618 original size:13 final size:13 Alignment explanation

Indices: 16589--16634 Score: 58 Period size: 13 Copynumber: 3.5 Consensus size: 13 16579 AATTGTTTAA * 16589 TATTTTTTTATTTT 1 TATTTTATTA-TTT 16603 TATTTTATT-TTAT 1 TATTTTATTATT-T 16616 TATTTTATTATTT 1 TATTTTATTATTT 16629 TATTTT 1 TATTTT 16635 CTTTAAATAA Statistics Matches: 29, Mismatches: 1, Indels: 5 0.83 0.03 0.14 Matches are distributed among these distances: 12 2 0.07 13 17 0.59 14 10 0.34 ACGTcount: A:0.20, C:0.00, G:0.00, T:0.80 Consensus pattern (13 bp): TATTTTATTATTT Found at i:20771 original size:26 final size:26 Alignment explanation

Indices: 20742--20797 Score: 76 Period size: 26 Copynumber: 2.2 Consensus size: 26 20732 GAAGATGATG * 20742 AAAAATGAAAAAATAAAAAAATAAAA 1 AAAAAGGAAAAAATAAAAAAATAAAA * * * 20768 AAAAAGGAAAAAATGAGAAAATGAAA 1 AAAAAGGAAAAAATAAAAAAATAAAA 20794 AAAA 1 AAAA 20798 GATTCAAATT Statistics Matches: 26, Mismatches: 4, Indels: 0 0.87 0.13 0.00 Matches are distributed among these distances: 26 26 1.00 ACGTcount: A:0.80, C:0.00, G:0.11, T:0.09 Consensus pattern (26 bp): AAAAAGGAAAAAATAAAAAAATAAAA Found at i:23011 original size:181 final size:180 Alignment explanation

Indices: 22348--24430 Score: 1513 Period size: 181 Copynumber: 11.6 Consensus size: 180 22338 NNNNNNNNNN * * 22348 AATTGTTTTATGATAAAAC-AAAAGTTCA-TA-AATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT 1 AATTGTTTTATGATAAAACAAAAAG-TCATTACAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCAT * * * * * * 22410 AACTATTTGAACCTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTCAAATCTCTTGCATATTAATTTTTCAA 65 AACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTT-AAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGAA * * * 22475 A-AGTTAATAAATTAGTATTATTTTCTTCCAAATAAGCTTGTTTGAATTGAAAC 128 ATA-TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAAC * * * ** * * ** 22528 AATTATTTTATGACT-AAACAAAAGGTTAGAACGATTTGAAATAGATAATTATTCT-AATAGTGT 1 AATTGTTTTATGA-TAAAACAAAAAGTCATTACAATTTGAAATAGATAATTGTT-TAAATAGTCA ** * * ** 22591 TAACTATTTGAAC-TGATTTGGTAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTAC-TATTAATTTTCAA 64 TAACTATTTGAACTTG-TTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGA * * * * * * 22654 AATAATATTAAATTAGTATTATTTT-TATCCGAATCAGCTTGTATGATCAGAAAC 127 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TCCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAAC * * * * * * * * * * 22708 AATTATTTTATGACAAAACAAAGA-TCATAATC-ATGTGAGATTGATATTTATTTAAATAGTCGT 1 AATTGTTTTATGATAAAACAAAAAGTCATTA-CAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCAT * ** * * * * * * 22771 AACTATTTGAACTGGTTCAAAAAATAGCTTTAGTTTTTAAATCTCTTGCTTAATAATTTTTGAAA 65 AACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGAAA * * **** * * 22836 TATTAATAAAGTACTATTATTTTATTTTGGATAAGTTTTTATGAACTGAAAC 129 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAAC * * * 22888 AATTGTTTTATGATAAAACAAAAAGTCATTGCAATTTTAAATAGATAATTGTTTAAATAGTTATA 1 AATTGTTTTATGATAAAACAAAAAGTCATTACAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATA ** * * 22953 TTTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAAATTTTTGCTTATTAATTTTTTGAAA 66 ACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTT-AAATTTTTACTTATTAA-TTTTTGAAA * * * * 23018 -GTTAATAAGTTAGTATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTATGAACTGAAAT 129 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAAC * * ** ** * * 23069 AATTGTTTTATGACT-AAATAAAGA-TCAAAATGATTTGAAATAGATAATTATTCT-TATAGTC- 1 AATTGTTTTATGA-TAAAACAAAAAGTCATTACAATTTGAAATAGATAATTGTT-TAAATAGTCA * * * * * ** * 23130 TAACTATTTGAACTGGTTC-GACAAACATATTTA-ATTCTAAATCCTTACTTATTAATTTTTGGA 64 TAACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAACAGATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTGAA * * * * ** 23193 ATATTATTAAATTAATATTATTTTAATCCAAATATGCTTGTATGAAAAGAAAC 128 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAAC * * * * ** * * 23246 AATTGTTTTATGACAAAATAAAGA-TCATAATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA 1 AATTGTTTTATGATAAAACAAAAAGTCATTACAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATA * * * * * 23310 ACTATTTGAACCTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTCAAATTTCTTGCTTATGAATTTTTCAAA 66 ACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTT-AAATTT-TTACTTATTAATTTTTGAAA * 23375 -AGTTAATAAATTAGTATTATTTTCTTCCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAAC 129 TA-TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAAC * * * * * ** * * * * * 23427 AATTATTTTATAACT-AAATAAAAGGTTAGAACGAGTTGAAATAGATAATTATTCT-AATAGCCT 1 AATTGTTTTATGA-TAAAACAAAAAGTCATTACAATTTGAAATAGATAATTGTT-TAAATAGTCA ** ** * 23490 TAACTATTCAAACTAATTCAGTAAACACATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAA 64 TAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGAA * * * * * ** 23555 ATATTATTAAATTAGTATTATTTTTATT-CGAATCAGCTTATATGATCAAAAAC 128 ATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAAC ** * ** * ** * * 23608 AATTACTTTATGACAAAACAATTA-TCATAATGATTT-AAGATTGATATTTGTTTAAATAGTCAT 1 AATTGTTTTATGATAAAACAAAAAGTCATTACAATTTGAA-ATAGATAATTGTTTAAATAGTCAT ** * * * * 23671 AACTATTTGAACTTGGTT-AAAAAATAGCTTTAGTTTTTAAATTTCTTACTTAATAATTTTTGAA 65 AACTATTTGAACTT-GTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATTT-TTACTTATTAATTTTTGAA * * * * * 23735 ATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTCAAGTAAGTTTTTATGAACTGAAAC 128 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAAC * * * * * * * 23788 AATTGTTTTATTACAAAACAAAAGGT-TTTAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTT 1 AATTGTTTTATGATAAAACAAAAAGTCATT-ACAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCAT * * ** * 23852 ATCTATTTGAACTTATTCAGTAAACAGATTTATTTTTTTAAATTTCTTGGTTACTAACTTTTTGA 65 AACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTA-TTTTTTAAATTT-TTACTTATTAA-TTTTTGA * * ** * * * * 23917 AA-GTTAATAAATTAGTAATATTTTATTCTGAATAAACTTATATAAACTGAAAT 127 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAAC ** * * 23970 AATTGTTTTATGACT-AAAC-AAAAGTTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTATTCT-AATAGTC 1 AATTGTTTTATGA-TAAAACAAAAAG-TCATTACAATTTGAAATAGATAATTGTT-TAAATAGTC * * * * * * 24032 CTAACTATTTGAA-TTGGTTTAGCAAA-TGTATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAGTTTT 63 ATAACTATTTGAACTT-GTTCAGTAAACAG-ATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTT * * * * * ** 24095 GGAATATTATTAAATCAGTATTATTTTAATCTGAAAT--GCTTGTATGAAAAGAAAC 125 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC-CAAATAAGCTTGTATGAACTGAAAC * * * ** * * * 24150 AATTGTTCTATGA-CAAA-ATAAAGTTCACAACAATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAATCAT 1 AATTGTTTTATGATAAAACAAAAAG-TCATTACAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCAT * * * * * * 24213 AACTATTTGAACTGGTT-AGATAAACAAATTTAGTTTTTAAA--TCT-CTTA-TAAATTTTAAAA 65 AACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAACAGATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTGAAA * * * 24273 TATTAATAAATCAGTATTATTTTATTTTC-AATAA-TTCTGTATGAACAT-AAAC 129 TATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCCAAATAAGCT-TGTATGAAC-TGAAAC * * * * * * 24325 AACTT-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAGTGGACAT 1 AA-TTGTTTTATGATAAAACAAAAAGTCATTACAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCAT * * * * * 24389 GACTATGTCAACTTGCTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAAT 65 AACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAAT 24431 CTCCTACCTA Statistics Matches: 1495, Mismatches: 335, Indels: 149 0.76 0.17 0.08 Matches are distributed among these distances: 173 3 0.00 174 33 0.02 175 26 0.02 176 77 0.05 177 113 0.08 178 34 0.02 179 175 0.12 180 356 0.24 181 396 0.26 182 273 0.18 183 9 0.01 ACGTcount: A:0.39, C:0.09, G:0.10, T:0.42 Consensus pattern (180 bp): AATTGTTTTATGATAAAACAAAAAGTCATTACAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATA ACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTGAAATA TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAAC Found at i:23889 original size:361 final size:359 Alignment explanation

Indices: 22348--24444 Score: 1694 Period size: 361 Copynumber: 5.8 Consensus size: 359 22338 NNNNNNNNNN * * * 22348 AATTGTTTTATGATAAAACAAAA-GTT-CATA-AATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT 1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTACA-ACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT * * * 22410 AACTATTTGAACCT-GTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTCAAATCTCTTGCATATTAATTTTTCA 65 AACTATTTGAA-CTGGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGA * * * * * * 22474 AA-AGTTAATAAATTAGTATTATTTTCT-TCCAAATAAGCTTGTTTGAATTGAAACAATTATTTT 128 AATA-TTAATAAATTAGTATTATTTT-TATTCGAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTGTTTT * * * * * ** 22537 ATGACTAAACAAAAGGTTAGAACGATTTGAAATAGATAATTATTCT-AATAGTGTTAACTATTTG 191 ATGACAAAACAAAA-GTCATAATGATTT-AAATAGATAATTGTT-TAAATAGTCATAACTATTTG * * * * * ** * * 22601 AAC-TGATTTGGTAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTAC-TATTAATTTTCAAAATAATATTA 253 AACTTG-GTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATA * * * * 22664 AATTAGTATTATTTT-TATCCGAATCAGCTTGTATGATCAGAAAC 317 AATTAGTATTATTTTAT-TTC-AATAAGCTTGTATGAACTGAAAC * * * * * * * * * * 22708 AATTATTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAATC-ATGTGAGATTGATATTTATTTAAATAGTCGT 1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTACAA-CAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT ** * * * * 22771 AACTATTTGAACTGGTTCAAAAAATAGCTTTAGTTTTTAAATCTCTTGCTTAATAATTTTTGAAA 65 AACTATTTGAACTGGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAA * * * * * * 22836 TATTAATAAAGTACTATTA-TTTTATTTTGGATAAGTTTTTATGAACTGAAACAATTGTTTTATG 130 TATTAATAAATTAGTATTATTTTTA-TTCGAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTGTTTTATG * * ** 22900 ATAAAACAAAAAGTCAT--TGCAATTTTAAATAGATAATTGTTTAAATAGTTATATTTATTTGAA 194 ACAAAAC-AAAAGTCATAATG--A-TTTAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAA * * 22963 CTT-GTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAAATTT-TTGCTTATTAATTTTTTGAAA-GTTAATA 255 CTTGGTT-AGTAAATAGATTTATTTTTT-AAATTTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATA * * 23025 AGTTAGTATTATTTTA-TTCAAAATAAGCTTGTATGAACTGAAAT 317 AATTAGTATTATTTTATTTC--AATAAGCTTGTATGAACTGAAAC * * * * * ** ** 23069 AATTGTTTTATGACTAAA-TAAAGATCAAAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTTATAGTC-TA 1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTACAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA * * * * * * 23132 ACTATTTGAACTGGTTC-GACAAACATATTTA-ATTCTAAATC-CTTACTTATTAATTTTTGGAA 66 ACTATTTGAACTGGTTCAG-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAA * * * * * * * ** 23194 TATTATTAAATTAATATTATTTTAATCCAAATATGCTTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTTATGA 130 TATTAATAAATTAGTATTATTTTTATTCGAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTGTTTTATGA * * * * 23259 CAAAA-TAAAGATCATAATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACCT 195 CAAAACAAAAG-TCATAATGATTT-AAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTT * * * * * 23323 -GTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTCAAATTTCTTGCTTATGAATTTTTCAAA-AGTTAATAAAT 258 GGTT-AGTAAATAGATTTATTTTTT-AAATTTCTTACTTATTAATTTTTGAAATA-TTAATAAAT * * 23386 TAGTATTATTTTCTTCCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAAC 320 TAGTATTATTTTATTTC-AATAAGCTTGTATGAACTGAAAC * * * * * * * * * * 23427 AATTATTTTATAACTAAATAAAAGGTTAGAACGAGTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGCCTTA 1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTACAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA ** ** * * * 23492 ACTATTCAAACTAATTCAGTAAACACATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAAT 66 ACTATTTGAACTGGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAAT * * * ** ** 23557 ATTATTAAATTAGTATTATTTTTATTCGAATCAGCTTATATGATCAAAAACAATTACTTTATGAC 131 ATTAATAAATTAGTATTATTTTTATTCGAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTGTTTTATGAC * * * 23622 AAAACAATTA-TCATAATGATTTAAGATTGATATTTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG 196 AAAACAA-AAGTCATAATGATTTAA-ATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG ** * * * * 23686 GTTAAAAAATAGCTTTAGTTTTTAAATTTCTTACTTAATAATTTTTGAAATATTAATAAAATAGT 259 GTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGT * * 23751 ATTATTTTATTTCAAGTAAGTTTTTATGAACTGAAAC 324 ATTATTTTATTTCAA-TAAGCTTGTATGAACTGAAAC * ** * * * 23788 AATTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTTTTAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTA 1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTACAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA * ** * * * 23853 TCTATTTGAACTTATTCAGTAAACAGATTTATTTTTTTAAATTTCTTGGTTACTAACTTTTTGAA 66 ACTATTTGAACTGGTTCAGTAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAA-TTTTTGAA * * * * * 23918 A-GTTAATAAATTAGTAATA-TTTTATTCTGAATAAACTTATATAAACTGAAATAATTGTTTTAT 129 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTTATTC-GAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTGTTTTAT * * * * * 23981 GACTAAACAAAAGTTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTATTCT-AATAGTCCTAACTATTTGAA 193 GACAAAACAAAAG-TCATAATGATTT-AAATAGATAATTGTT-TAAATAGTCATAACTATTTGAA * * * * * 24045 -TTGGTTTAGCAAAT-GTATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAGTTTTGGAATATTATTAA 255 CTTGG-TTAGTAAATAG-ATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAA * * * * ** 24108 ATCAGTATTATTTTAATCTGAA-ATGCTTGTATGAAAAGAAAC 318 ATTAGTATTATTTT-ATTTCAATAAGCTTGTATGAACTGAAAC * * * * * 24150 AATTGTTCTATGACAAAA-TAAA-GTTCACAACAATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAATCAT 1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTT-ACAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT * * * * 24213 AACTATTTGAACTGGTT-AGATAAACAAATTTAGTTTTTAAA--TC-T-CTTA-TAAATTTTAAA 65 AACTATTTGAACTGGTTCAG-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAA * * * * 24272 ATATTAATAAATCAGTATTATTTTATTTTC-AATAA-TTCTGTATGAACAT-AAACAACTT-TTT 129 ATATTAATAAATTAGTATTATTTT-TATTCGAATAAGCT-TATATGAAC-TGAAACAA-TTGTTT ** * * * * * * 24333 TATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAGTGGACATGACTATGTC 190 TATGACAAAACAAAA-GTCATAATGATTT-AAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTG * ** * * * * 24398 AACTTGCTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAA 253 AACTTGGTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAA 24445 ATTGCAGAAT Statistics Matches: 1403, Mismatches: 270, Indels: 133 0.78 0.15 0.07 Matches are distributed among these distances: 354 9 0.01 355 122 0.09 356 21 0.01 357 80 0.06 358 142 0.10 359 60 0.04 360 219 0.16 361 380 0.27 362 250 0.18 363 111 0.08 364 9 0.01 ACGTcount: A:0.39, C:0.09, G:0.10, T:0.42 Consensus pattern (359 bp): AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTACAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA ACTATTTGAACTGGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAAT ATTAATAAATTAGTATTATTTTTATTCGAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTGTTTTATGAC AAAACAAAAGTCATAATGATTTAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGGT TAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT TATTTTATTTCAATAAGCTTGTATGAACTGAAAC Found at i:24494 original size:146 final 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Indices: 24326--24603 Score: 432 Period size: 146 Copynumber: 1.9 Consensus size: 146 24316 AACATAAACA * * * 24326 ACTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAGTGGACATGA 1 ACTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAACTGTTCAAGTGCACATGA * * * 24391 CTATGTCAACTTGCTCGGTAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCCTACCTATTAAATTGCAGAAT 66 CTATGTCAACTTGCTCGATAAACAAATTTATTTTTTTAAATCTCCTACCTATTAAATTGCAAAAT 24455 ATGTATGAATAGAAAT 131 ATGTATGAATAGAAAT * ** 24471 ACTTTTTCTATGACAAAACAAAAGTTCATAACAATTTGAAATAGATAACTGTTCAAGTGCATGTG 1 ACTTTTT-TATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAACTGTTCAAGTGCACATG * * * 24536 ACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTTAAATCTCCTACCTATTAAATTGCAAAA 65 ACTATGTCAACTTGCTCGATAAACAAATTTATTTTTTTAAATCTCCTACCTATTAAATTGCAAAA 24601 TAT 130 TAT 24604 TAATAAATTA Statistics Matches: 119, Mismatches: 12, Indels: 2 0.89 0.09 0.02 Matches are distributed among these distances: 145 7 0.06 146 77 0.65 147 35 0.29 ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.12, T:0.36 Consensus pattern (146 bp): ACTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAACTGTTCAAGTGCACATGA CTATGTCAACTTGCTCGATAAACAAATTTATTTTTTTAAATCTCCTACCTATTAAATTGCAAAAT ATGTATGAATAGAAAT Found at i:24732 original size:328 final size:321 Alignment explanation

Indices: 24135--24758 Score: 761 Period size: 328 Copynumber: 1.9 Consensus size: 321 24125 CTGAAATGCT * * * 24135 TGTATGAAAAGAAACAATTGTTCTATGACAAAATAAAGTTCACAACAATTTGAGATAGATAATTG 1 TGTATGAAAAGAAACAATTGTTCTATGACAAAAAAAAGTTCACAACAATTTGAAATAGATAACTG 24200 TTCAAATAATCATAACTATTTGAACTGGTTAGATAAACAAATTTAGTTTTTAAATCTCTTATAAA 66 TTCAAATAATCATAACTATTTGAACTGGTTAGATAAACAAATTTAGTTTTTAAATCTCTTATAAA ** * ** * * 24265 TTTTAAAATATTAATAAATCAGTATTATTTTATTTTCAATAATTCTGTATGAACATAAACAACTT 131 TTGCAAAATATTAATAAATCAGTATAATTTTATTCACAATAACTCTGTATGAACAGAAACAACTT * * * * * * 24330 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAGTGGACATGACTAT 196 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAAAAAATAATTGTTCAAATAGACATAACTAT * 24395 GTCAACTTGCTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAAATTGCAGAATA 261 GTCAACTTGCTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAAATTGCAGAATA * * * * * 24456 TGTATGAATAGAAATACTTTTTCTATGACAAAACAAAAGTTCATAACAATTTGAAATAGATAACT 1 TGTATGAAAAGAAACAATTGTTCTATGACAAAA-AAAAGTTCACAACAATTTGAAATAGATAACT * * * * * * * 24521 GTTCAAGTGCAT-GTGACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTTAAATCTCCTAC 65 GTTCAAAT-AATCATAACTATTTGAACTGGTTAGATAAACAAATTTA-GTTTTTAAATCT-CT-- * * * * 24585 CTATTAAATTGCAAAATATTAATAAATTAGTATAATTTTATTCAGAATAAACT-TGTTTGAATAG 125 -TA-TAAATTGCAAAATATTAATAAATCAGTATAATTTTATTCACAAT-AACTCTGTATGAACAG * * * 24649 AAATAA-TTGTTTTATGATAAAACAAAAGAG-CATAACTATTTGAAAAAAATAATTGTTCAAATA 187 AAACAACTT-TTTTATGACAAAACAAAAG-GTCATAACAATTTGAAAAAAATAATTGTTCAAATA * * * * 24712 GTCATAACTATTTTAACTTGCTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAAT 250 GACATAACTATGTCAACTTGCTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAAT 24759 ATTTAACTTA Statistics Matches: 252, Mismatches: 40, Indels: 15 0.82 0.13 0.05 Matches are distributed among these distances: 321 29 0.12 322 64 0.25 323 13 0.05 324 2 0.01 327 4 0.02 328 136 0.54 329 4 0.02 ACGTcount: A:0.41, C:0.11, G:0.10, T:0.38 Consensus pattern (321 bp): TGTATGAAAAGAAACAATTGTTCTATGACAAAAAAAAGTTCACAACAATTTGAAATAGATAACTG TTCAAATAATCATAACTATTTGAACTGGTTAGATAAACAAATTTAGTTTTTAAATCTCTTATAAA TTGCAAAATATTAATAAATCAGTATAATTTTATTCACAATAACTCTGTATGAACAGAAACAACTT TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAAAAAATAATTGTTCAAATAGACATAACTAT GTCAACTTGCTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAAATTGCAGAATA Found at i:24846 original size:181 final size:181 Alignment explanation

Indices: 24456--25503 Score: 932 Period size: 182 Copynumber: 5.8 Consensus size: 181 24446 TTGCAGAATA * * * * * * * * 24456 TGTATGAATAGAAATACTT-TTTCTATGACAAAACAAAAGTTCATAACAATTTGAAATAGATAAC 1 TGTATGAATAGAAACAATTGGTT-TATGATAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAAATAAT * * * * ** 24520 TGTTCAAGT-G-CATGTGACTATTTGAACTTGTTC-GATAAACAAATTTATTTTTTTAAATCTCC 65 TGTTCAAATAGTCA--TAACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAACAGATTTA-TTTTTTAAATATTT * * ** * * * 24582 TACCTATTAAATTGCAAAATATTAATAAATTAGTATAATTTTATTCAGAATAAACT 126 TACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAGAATAAGCT * * * * 24638 TGTTTGAATAGAAATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGAG-CATAACTATTTGAAAAAAATAAT 1 TGTATGAATAGAAACAATTGGTTTATGATAAAACAAAAG-GTCATAACTATTTGAAATAAATAAT * * * * 24702 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTTAACTTGCTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATATTTAACT 65 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATATTTTACT * ** 24767 TATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCT 130 TATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAGAATAAGCT * * 24819 TGTATGAATAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATT 1 TGTATGAATAGAAACAATTGGTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAAATAATT * * * * 24884 GTTCAAATAGATAAATAGTCATAATTATTTGAA-TAGGTTCA-AAAATAGATTTATTTTTT---T 66 GTTC--------AAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAAT * * * * 24944 ATTTTGACTTATTAATTTTTGGAATATTGACAAATT--TAATTATTTTATTCGGAATAAGCT 122 ATTTT-ACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGT-ATTATTTTATTCAGAATAAGCT * * * * 25004 TGTATGAATAGAAACAATTGCTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATATATAAT 1 TGTATGAATAGAAACAATTGGTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAAATAAT * * ** * * * 25068 TGTTCAAATAATCATAACTAATTGAACTTGTTCAGTAAGTAGATTCATTTTCTTAAATCTCTTAC 65 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTT-TTAAATATTTTAC ** * * * * 25133 TCGTTAAATTTTAGAATATTAATAAATTAGTTTTATTTTATTTAGAATAAGCC 129 TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAGAATAAGCT * * * * * * * 25186 TATATAAACT-GATACAATT-GTTTCATAATGAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAA 1 TGTATGAA-TAGAAACAATTGGTTT-ATGATAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAAATAA * * * * * * * 25249 TTATTTAAATAGTTATGACTATTTGAACTTGTTC-GATAAACAAATTTA-TTTTAAAATCTTTTA 64 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAACAGATTTATTTTTTAAATATTTTA *** * * * 25312 CTTATTAATTGGCAAAATATTAATAAATTCA-TATTATTTTAATCCA-AATAAGTT 128 CTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATT-AGTATTATTTT-ATTCAGAATAAGCT * * * * * * 25366 TGTGTGAAGAAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATT 1 TGTATGAATAGAAACAATTGGTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAAATAATT * * * 25431 TTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATT-AGGTAAAAAGATTTA-TTTTTAAATATTTTACT 66 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCA-GTAAACAGATTTATTTTTTAAATATTTTACT 25494 TATTAATTTT 130 TATTAATTTT 25504 ATTTGAAATA Statistics Matches: 706, Mismatches: 124, Indels: 74 0.78 0.14 0.08 Matches are distributed among these distances: 177 23 0.03 178 14 0.02 179 2 0.00 180 154 0.22 181 156 0.22 182 190 0.27 183 7 0.01 184 4 0.01 185 89 0.13 186 28 0.04 188 16 0.02 189 23 0.03 ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.40 Consensus pattern (181 bp): TGTATGAATAGAAACAATTGGTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAAATAATT GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATATTTTACTT ATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAGAATAAGCT Found at i:25031 original size:185 final size:185 Alignment explanation

Indices: 24599--25503 Score: 667 Period size: 180 Copynumber: 5.0 Consensus size: 185 24589 TAAATTGCAA * * * * * * 24599 AATATTAATAAATTAGTATAATTTTATTCAGAATAAACTTGTTTGAATAGAAATAATTGTTTTAT 1 AATATTAACAAATTAG-ATTATTTTATTCAGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGCTTTAT * * 24664 GATAAAACAAAAGAG-CATAACTATTTGAAAAAAATAATTGTTC-----AAATAGTCATAACTAT 65 GACAAAACAAAAG-GTCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAAAATAGTCATAACTAT * * * * 24723 TTTAACTTGCTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATATTTAACTTATTAATTTTTGG 129 TTGAACTGGCTCAGAAAACAGATTTATTTTTTAAATATTTAACTTATTAATTTTTGG * ** * 24780 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGGTTTAT 1 AATATTAACAAATTAG-ATTATTTTATTCAGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGCTTTAT * * 24845 GACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGATAAATAGTCATAATT 65 GACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAAT--A-AAATAGTCATAACT * * * * 24910 ATTTGAA-TAGGTTCA-AAAATAGATTTATTTTTT-TAT-TTTGACTTATTAATTTTTGG 127 ATTTGAACT-GGCTCAGAAAACAGATTTATTTTTTAAATATTTAACTTATTAATTTTTGG * * 24966 AATATTGACAAATTTA-ATTATTTTATTCGGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGCTTTAT 1 AATATTAACAAA-TTAGATTATTTTATTCAGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGCTTTAT * * * 25030 GACAAAATAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATATATAATTGTTCAAAT---A-A-TCATAACTAA 65 GACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAAAATAGTCATAACTAT * * * ** * * ** * * 25089 TTGAACTTGTTCAGTAAGTAGATTCATTTTCTTAAATCTCTT-ACTCGTTAAATTTTAG 129 TTGAACTGGCTCAGAAAACAGATTTATTTT-TTAAATAT-TTAACTTATTAATTTTTGG * * * * * * * 25147 AATATTAATAAATTAGTTTTATTTTATTTAGAATAAGCCTATATAAACT-GATACAATTG-TTTC 1 AATATTAACAAATTAG-ATTATTTTATTCAGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGCTTT- * ** * * * * * 25210 ATAATGAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATT----T-AAATAGTTATGACTA 63 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAAAATAGTCATAACTA * * * * * * ***** 25270 TTTGAACTTGTTC-GATAAACAAATTTA-TTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTGGCAA 128 TTTGAACTGGCTCAGA-AAACAGATTTATTTTTTAAATATTTAACTTATTAATTTTTGG * * * * * * * * 25327 AATATTAATAAATTCATATTATTTTAATCCA-AATAAGTTTGTGTGAAGAAAAACAATTGTTTTA 1 AATATTAACAAATT-AGATTATTTT-ATTCAGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGCTTTA * * * * 25391 TGATAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATT-TT----TCAAATAGTCATAACTAT 64 TGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAAAATAGTCATAACTAT ** * * 25451 TTGAACT-TATTAGGTAAAA-AGATTTA-TTTTTAAATATTTTACTTATTAATTTT 129 TTGAACTGGCTCA-G-AAAACAGATTTATTTTTTAAATATTTAACTTATTAATTTT 25504 ATTTGAAATA Statistics Matches: 591, Mismatches: 96, Indels: 75 0.78 0.13 0.10 Matches are distributed among these distances: 177 18 0.03 178 16 0.03 179 9 0.02 180 149 0.25 181 138 0.23 182 98 0.17 183 1 0.00 184 1 0.00 185 88 0.15 186 29 0.05 187 5 0.01 188 16 0.03 189 23 0.04 ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41 Consensus pattern (185 bp): AATATTAACAAATTAGATTATTTTATTCAGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGCTTTATG ACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAAAATAGTCATAACTATTT GAACTGGCTCAGAAAACAGATTTATTTTTTAAATATTTAACTTATTAATTTTTGG Found at i:25542 original size:153 final size:155 Alignment explanation

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Indices: 25494--39657 Score: 9731 Period size: 181 Copynumber: 78.6 Consensus size: 181 25484 ATATTTTACT * * * * 25494 TATTAATTTTATTT-GAAATAAGCTTGCATGAATAGAAAAAAATTGTTTTATGACAAAATAAAAA 1 TATT-ATTTTATTTCG-AATAAGCTTGTATGAACAG-AAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAA * * * 25558 GGTGATAGCAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAA 62 GGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAA * * 25623 TAGA-TTAATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG 127 CAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG * * * ** * * * 25677 AATTATATTATTTCGAATATGCTTGTACAAACAGAAACAATTATTTTTGTGATAAAACAAAAGGT 1 TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATT-GTTTTATGACAAAACAAAAGGT * * * * * * *** * 25742 CATAACGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAACAATCATAACTATATGCAC-TGGTCAGGCCAATA 65 CATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC-GATAAACA * * * 25806 GATTTGTTTTTTAAATC-CGTTACTTATTAACTTTT-AGAATATTCATAAATTAG 129 GATTTATTTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAG * * * * * * 25859 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* * * * 31418 ATAGATTCATTTTTTAAATC-CGTTACTTATTAATTTTT-AGGATATTAACAAATTAG 126 ACAGATTTATTTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAG * * * * * * * 31474 CATTACTTTATTTTGAATAAGAC-TGTATCAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATGAT 1 TATTATTTTATTTCGAATAAG-CTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT * ** * * * * * ** 31538 TATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATTA-TTATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAATG 65 CATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA-TAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACA * ** ** * 31602 GACTTACCTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAA 129 GATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG * * * * * 31651 TATTATTTTATTTCGAACAAACTTATATGAAC-GAAAACATTTGTTTTACGACAAAACAAAAGGT 1 TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAG-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT * * * * * * * 31715 CATAACGGTTTGAAATAGATAAATATTCATATAGCCTTAACTATTTGTA-TTGGTTCAGCA-AAA 65 CATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTC-G-ATAAA * ** * 31778 -AAATTTATTTTTTAAATCTCTTGGTTATTAATTTTT-ATAATATTATTAAATTAG 127 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* 32616 CATAGTGATTTGAGATAGATAATTGATCAAATAGTCATAACTAATTGAAATAAT-TTTG-TAAAC 65 CATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT--TGTTCGATAAAC * * 32679 AAATTTAGTTTTTAAATCTC-T--TT-TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG 128 AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG * ** * * * * * * * 32729 TATTATTTTATTTTGAATAATTTTGCATGAATAAAAACAATTGTTTTACGATAAAATAAAATGTC 1 TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC * * * * * * * * * * * 32794 ATAACGATTTGAAATAGATAATAGATT-AATTGGACATGATTGTTTAAACTTATTTGGTAAACAG 66 ATAACGATTTGAAATAGATAATTG-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAG ** * 32858 ATTTATTTTTTAAATCTCCAAATTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAG 130 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAG * * * * * * 32910 TATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATT 1 TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC * * * * * * 32975 ATAACAATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTCGCTT-GGTAAACAG 66 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Indices: 27301--27329 Score: 51 Period size: 3 Copynumber: 10.0 Consensus size: 3 27291 AATATTATAA 27301 ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT -TT ATT 1 ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT 27330 TCAAATAAGC Statistics Matches: 25, Mismatches: 0, Indels: 2 0.93 0.00 0.07 Matches are distributed among these distances: 2 2 0.08 3 23 0.92 ACGTcount: A:0.31, C:0.00, G:0.00, T:0.69 Consensus pattern (3 bp): ATT Found at i:27359 original size:192 final size:179 Alignment explanation

Indices: 27065--43922 Score: 6536 Period size: 181 Copynumber: 93.8 Consensus size: 179 27055 GAATTGGTTC * * * 27065 GATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT 1 GATAAACAGATTTATTTTTTAAA--TCCTTCTTATTAATTTTAGAAATATTAATAGATTAGTATT * * * * 27130 ATTTTATTCCAAATAGGTTTGTATG-A-TGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAGCAAAAGTTCAT 64 ATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACTG--AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT * * 27193 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATGGCCAGAATTATTTGAACTGATTT 127 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCAAAATTATTTGAACTGATTT * * 27246 GATAAACAGATTCACTTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTAGGAATATTATAAATTATTATTA 1 GATAAACAGATTTATTTTTTAAATC-CTT-CTTATTAATTTTA-G-A-A--AT--ATTA--A-TA * * * * 27311 TTATTATTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTAAGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACA 54 -GATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACA * * * * 27376 AAAGGTCATTACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGACCAAAATTATTTTAACTGATTT 118 AAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCAAAATTATTTGAACTGATTT * 27438 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ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTT-CAAATGGCCAAAATTATTTGAACTGATTT * * * * ** * 28679 GGTAAACATATTTA-CTTTTAAATCTCTTACTGATTAATTTTCTAAATATTAATAAATTAGTATT 1 GATAAACAGATTTATTTTTTAAATC-CTT-CTTATTAATTTTAGAAATATTAATAGATTAGTATT * * * * * * * * 28743 ATTTTATTTCAAACAAACTTATATGAA-T-AAAAAATTTATTTTATGACAAAACAAAAAGTAATA 64 ATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA * * * * ** * * 28806 ACGATTTGAAATAGGTAATTGTTTAAATAGTTATAATTATTTGAACTGGTTT 128 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCAAAATTATTTGAACTGATTT * * * * * * * * 28858 GGTAAATAGAATTATTTTTT-AATCTCTTAGTTATAAAATTTT-GAAATATTAACAAATTAGTTT 1 GATAAACAGATTTATTTTTTAAATC-CTT-CTTAT-TAATTTTAGAAATATTAATAGATTAGTAT * * * * * * ** * 28921 TATTTTATTCCAAGTAAACTTATATGAGCTGAAATAATTGTCTTAAAACAAAATAAAAGGTCATA 63 TATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA * * * * * **** * * * 28986 ATGATATGAAATAGATGATTGTTTATATAGTTTTAACTGTTTGAACTGGTTT 128 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCAAAATTATTTGAACTGATTT * * * * * 29038 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60 TATTATTTTATTCCAAATAA-GCTTGTATGAACTGAAACAATTGTT-TTATG-ACAAAACAAAAG * * * ** * * * * ** ** 30599 TTGA-ATTTTTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTT---CTAGAATA 122 GTCATAATGATTT-G-AAATAGA-TAATTGTTCAAATGGCC-A-AAATT-ATTTGAACT-G-AT- 30660 TT 178 TT * * * * * * * * 30662 AATAAATTAG---TATTATTTT--A---TTCTGAATAAACTTGTATG-AATA-GAAAAAATT-GT 1 GATAAA-CAGATTTATT-TTTTAAATCCTTCT-TATTAA-TTTTA-GAAATATTAATAGATTAGT * * * * * ** * * * * **** * 30716 TTTATTTGAAAT--AAATAA--TTGT-TCAAACAGTCATAACTATTTGA-G-CTTGTTCAGTAA- 61 ATTATTT-TATTCCAAATAAGCTTGTAT-GAACTGAAACAATTGTTTTATGAC-AAAACA-AAAG * * * * * ** * * * ** * 30773 G-CCTATATGAATTGATACAATTGTTTTATGATGAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGAT 122 GTCATA-ATGATTTG--A-AATAG-ATAAT--TG-TTCAAATGGCCAAAATTATTTGAACT-GAT 30837 AATT 178 --TT * *** ** * * 30841 -ACT-AA-AGTAGTTATGACAATTAGAACTTGTTCGGTAAACATATTTATATTTA-AAATCTTTT 1 GA-TAAACAG-ATTTAT--TTTTTA-AA-TCCTTC--T-----TATTAAT-TTTAGAAA--TATT ** * * ** ** * * 30902 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* * * 32492 AATAAACACATTGATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA-AAATATTATTAGTTTAGCAA 1 GATAAACAGATTTATTTTTTAAATC-CTT-CTTATTAA-TTTTAGAAATATTAATAGATTAGTAT * ** ** * 32556 TATTTTACTCTGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-TGAAGATCAT 63 TATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT * * * * * * * * * * 32619 AGTGATTTGAGATAGATAATTGATCAAATAGTCATAACTAATTGAAATAATTTT 127 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCAAAATTATTTGAACTGA-TTT * * * * * 32673 G-TAAACAAATTTAGTTTTTAAAT-C-TCTTTTTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT 1 GATAAACAGATTTATTTTTTAAATCCTTCTTATTAATTTTAGAAATATTAATAGATTAGTATTAT *** ** * * * * * * * 32735 TTTATTTTGAATAATTTTGCATGAA-TAAAAACAATTGTTTTACGATAAAATAAAATGTCATAAC 66 TTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT * * * ** * * * 32799 GATTTGAAATAGATAATAGATT-AATTGGACATGATTGTTTAAACTTATTT 130 GATTTGAAATAGATAATTG-TTCAAATGGCCAAAATTATTTGAACTGATTT * * * 32849 GGTAAACAGATTTATTTTTTAAAT-CTCCAAATTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTA 1 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* * * 36450 -AGTAAACATATTTATTTTGTTAAATCTTTTACTTACTAATTTTTGGAATTTTAATAAATTAGTA 1 GA-TAAACAGATTTATTTT-TTAAATC-CTT-CTTATTAATTTTAGAAATATTAATAGATTAGTA * * * * 36514 TTATTTTATTCTAAATAAGTTTTTATGAA-TAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCA 62 TTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA * * * ** 36578 TAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAGCTATTTGAACGTG-TTT 126 TAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCAAAATTATTTGAAC-TGATTT * * ** * * 36632 AGA-AAACATATTTATTTTTAAAATTTTTACTTATTTAATTTTTCA-AAATGTTAATAAATTTA- 1 -GATAAACAGATTTATTTTTTAAATCCTT-CTTA-TTAA-TTTT-AGAAATATTAATAGA-TTAG * * * * * 36694 TATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGCATGAA-TAGAACCAATTTTTTTATGACAAAACAAAATGT 60 TATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT * * * * * * * 36758 CATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTTAGATAGTCATAACTATTTGAAC--ATGTT 124 CATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCAAAATTATTTGAACTGAT-TT * * * * * * * * 36813 CAGCAAACATATTCATTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAGTA 1 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ACGATTTTAAATTA-ATAATTGTTAAAATAG-TAATAACTATTCAAACTTG-TTC 128 ATGATTTGAAA-TAGATAATTGTTCAAATGGCCAA-AATTATTTGAAC-TGATTT * * * * * 42691 GATAGACAGATTTATTTTTTTAAATCTATTTCTTATTAATTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTAT 1 GATAAACAGATTTA-TTTTTTAAATC--CTTCTTATTAATTTTAGAAATATTAATAGATTAGTAT * ** * ** * * 42755 TAATTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAA-TGGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAATATTAG 63 TATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT ** * ** *** ** ** 42819 AACAATTTCAAATAGATAATTGTTCTGATAATCTTAACCATTTGAACTGA-TT 127 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCAAAATTATTTGAACTGATTT * * * * * * * 42871 CAGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATTTTATTAAATTAGTAT 1 GA-TAAACAGATTTATTTTTTAAATC-CTT-CTTATTAATTTTAGAAATATTAATAGATTAGTAT * * * * 42936 TATTTTAAT-CATAATAAGCTTGTATGAA-TAAAACAATT-TTTTACGACAAAAGAAAAAGGTCA 63 TATTTTATTCCA-AATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAAGGTCA * * * * * * ** * * * 42998 TAACGATTTGGAATAGATAATCGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTC 126 TAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCAAAATTATTTGAACTGATTT * ** * * ** * * * 43052 GACAATTATATTTATTTTTTTAATTTTTCTAGTTATTAAATTTT-GGAATATTATTAAATTAGTA 1 GATAAACAGATTTATTTTTTAAATCCTTC---TTATT-AATTTTAGAAATATTAATAGATTAGTA * ** * * * * * * * 43116 TTATTTTATTCTAAATAAAATAGTATGAA-TAGGACCAATTATTTGATGACAAAACAAAAAGTTA 62 TTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA * * ** * * * ** 43180 TAATGATTTAAAATAGATAATTATTCAAACAGTCAAAACTATTTGAAATGGCTT 126 TAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCAAAATTATTTGAACTGATTT * * * * 43234 -AGCAAACGGATTTACTTTTTAAATCTCTTACTAATTAATTTTCTA-AAATATTAATA-ACTTAG 1 GA-TAAACAGATTTATTTTTTAAATC-CTT-CTTATTAA-TTT-TAGAAATATTAATAGA-TTAG * * * * * * *** 43296 TATTATTTTATTTCGAACAAACTTATATTAAGAAAAAGCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT 60 TATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT ** * * *** * * 43361 CATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCATATAGTTTAACA--ATTTGAACT-AGTT 124 CATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-GGCCAAAATTATTTGAACTGATTT * * ** * * * * * 43415 CAGCAAATGGATTTAATTTTTAAATCTATTAATTATTAATTTTTAG-AATATTACTAAATTAGTA 1 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-TTATTTTATTTTAGATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATTG-TTTATGACAAAACAAATGGTCA 61 ATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA ** * 43898 TAACAATTTAAAATAGATAATTGTT 126 TAATGATTTGAAATAGATAATTGTT 43923 GAACAGGTTT Statistics Matches: 12953, Mismatches: 2856, Indels: 1740 0.74 0.16 0.10 Matches are distributed among these distances: 154 10 0.00 155 56 0.00 157 1 0.00 159 2 0.00 160 1 0.00 161 2 0.00 163 22 0.00 164 104 0.01 165 36 0.00 166 66 0.01 167 74 0.01 168 55 0.00 169 315 0.02 170 77 0.01 171 29 0.00 172 15 0.00 173 22 0.00 174 171 0.01 175 252 0.02 176 671 0.05 177 1123 0.09 178 493 0.04 179 877 0.07 180 2436 0.19 181 3200 0.25 182 1683 0.13 183 582 0.04 184 122 0.01 185 20 0.00 186 7 0.00 187 7 0.00 188 40 0.00 189 2 0.00 190 5 0.00 191 4 0.00 192 126 0.01 193 9 0.00 194 14 0.00 195 3 0.00 196 13 0.00 197 4 0.00 198 15 0.00 199 25 0.00 200 21 0.00 201 13 0.00 202 4 0.00 203 14 0.00 204 15 0.00 205 5 0.00 207 5 0.00 208 2 0.00 209 3 0.00 210 6 0.00 211 6 0.00 212 14 0.00 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Indices: 25494--44817 Score: 12379 Period size: 362 Copynumber: 53.8 Consensus size: 360 25484 ATATTTTACT * * 25494 TATTAATTTTATTT-GAAATAAGCTTGCATGAATAGAAAAAAATTGTTTTATGACAAAATAAAAA 1 TATT-ATTTTATTTCG-AATAAGCTTGTATGAAT--AAAAAAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAA * *** * 25558 GGTGATAGCAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC-GATAA 61 GGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAG-TAA * * * * 25622 ATAGA-TTAATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGAATTATATT 125 ACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT * * ** * * * 25686 ATTTCGAATATGCTTGTACAAAC-AGAAACAATTATTTTTGTGATAAAACAAAAGGTCATAACGA 190 ATTCCGAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATT-GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGA * * * * ** ** * * 25750 TTTAAAATAGATAATTGTTCAAACAATCATAACTATATGCACTGGTCAGGCCAATAGATTTGTTT 253 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT-TGAACTGGTTTGGTAAACAGATTTATTT * * 25815 TTTAAATC-CGTTACTTATTAACTTTT-AGAATATTCATAAATTAG 317 TTTAAATCTC-TTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAG * * * * * * 25859 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* * * * 28275 ATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACCTA-TGAACTGGTTTGGTAAATAAATATATTTTTTAAA 259 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA-CTATTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAA * * 28339 TCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTTG 323 TCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG *** * * * 28377 TATTATTTTAAACCAAATAAGCTTGTACGAA-AAAAAAATTTTGTTTTATGATAAAACAAAAGGT 1 TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAAAAAAA--TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT * * ** * * * * ** 28441 CATAAAGATTTGAAATTGATAATCATTCATATAGACTTAATTATTTGAACTGGTTCAGTAATTAG 64 CATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAACAG * * ** * * * * 28506 A-TTAATTTTTAAATTTTCTTGGTTATTAAGTTTTAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTCATT 129 ATTTATTTTTTAAA-TCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT ** ** * * * * * * 28570 ATGAATAAAATAGTATGAA-TAGAACCAATTGTTTGATGACAAAACGAAAGGTTATAACGATTTA 193 CCGAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTG * * * ** * * 28634 AAATAGATAATTATTACAAATAGTCAAAACTATTTGAAATAATTTGGTAAACATATTTA-CTTTT 257 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CTCTTAGTTATGAATTTTCAAAATATTATTACATTAG 324 CTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG * * * * * * 29099 TATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTGTGAACAGAAATAATTGTTTTATG-CAAAACAAAAGGTT 1 TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATA-AAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC ** * * * * * 29163 ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTAGTTCGGTAAATAGA 65 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAACAGA * * * * * ** 29228 TTTAATTTTTAAA--TC--AATTACTAATTCTTGAAATATTAATAAATTGGTATTA-TTTATTTT 130 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCC * * * * 29288 AAATAAGTTTGTATG--TTGACAAACAATTGTTTTAAGACAAAACGAAAA-GT-ATTAAC----- 195 GAATAAGCTTGTATGAACT-A-AAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCA-TAACGATTT * * * 29344 --AAT---T--TTGTTCAAAT-GGCTATAATTATTTGAACTGATTTGGTAAACTA-ATTTATTTT 256 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTA-TTGAACTGGTTTGGTAAAC-AGATTTATTTT * * * * 29400 GTTAAATTTCTTACTTACTAATTTTTGAAATATTAAAAAAGTAG 318 -TTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG * * * * * * * * 29444 TATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATAAACTGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGTTC 1 TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC * * * * * 29509 ATAATAATTTCAAATA-A-AATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAA 65 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAACAGA * * * * 29572 TTTATTTTTTCAAATCTTTTGCTTATTAATTGTTTG-AATGTTAATAAATTA--A-T-GTTTATT 130 TTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATT-TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT * * * * * * * * 29632 CCGAATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATAGTTTTATGACTAAACAAAAAGTTAAAACAACTTGA 193 CCGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGA * * * * * * * * * 29697 AATAGATAATTATTCTAATAGCCTTAACCATTTCAACTGATTTGGCAAACATATTTATTTTTTAA 258 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA-TTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAA * 29762 ATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAG 322 ATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG * 29801 TATTATTTTTATTT-GAATAAGCTTATATG-ATCAGAAACAAATT-TTTT-TGACAAAAC-AAAG 1 TATTA-TTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAT-A-AAA-AAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG * * * * * * ** * * 29861 ATCATAA-AATTTGAGATTGATATTTGTTCAAATGGTTGTAACTAATTGAACTGGTTC-GGAATA 62 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAGTAA-A * * * * * * 29924 TAGGTTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTAATAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTTTTATTTTA 126 CAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA * * * * * * * * * 29989 GTT-TGGACAAGTTTTTATAAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAAGAAAAAGGTCATAATGAT 191 -TTCCGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAAGGTCATAACGAT * * * * * * * * 30053 TTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATATCTATTTGAGCTTGTTCGATAAACATATTTATTTT 254 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA-TTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTTA-TTT * * 30118 TTTAAATCTCTCACTTATTAATTTTTTG-AATTTTAATAAATTAG 317 TTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAG * * * * * 30162 TATTATTTTATTCCGAATAAGGTTGTATGAACTGAAATAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTC 1 TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC * * ** * * 30227 ATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTTTTAACTATTTGAACTGGTTCAGCAAAACAC 65 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAG-TAAACAG * * * * * * * *** 30292 ATTTATTTTTT--AT-TATTAAATTAGT-ATTATCTT--AATCTGAATAAGCTTA-TATGA-AAA 129 ATTTATTTTTTAAATCTCTT-ACTTATTAATT-T-TTGAAATATTAATAA-ATTAGTATTATTTT *** * * ** * * 30349 AAAAC-AAT-TG-TTCTAT-AACAAAATAAAGATCATAACGATTTGA-GATATATAATTGTTCAA 190 ATTCCGAATAAGCTTGTATGAAC----TAAA-A-CA-ATTG-TTTTATGACA-A-AA-----CAA * * ** * * * ** * * ** ** 30409 AAAGTCATAACTATTTGAGCTAG-T--TTGAT-AAACAGAT-TTAGTTTTTAATACTCTTATTAA 240 AAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTGA-ACTGGT-TTGG *** * *** * * * * * * 30469 TTTTCAAAATCTTAATGAATCAATATTATTTTATTCTAAATAATTCTGTATG-AATA-GAA-ACA 302 TAAAC-AGAT-TT-ATTTTTTAA-A-TCTCTTA--CTTATTAATT-T-T-TGAAATATTAATA-A 30531 ATT-G 356 ATTAG * * ** * ** * * ** * ** * * 30535 T-TTACTATAAAAT--AA-AAGGTCATAATGATTTAAAATAGA-T-AATTAT-TCAAATGAACAT 1 TATTA-TTTTATTTCGAATAAGCTTGT-ATGA-ATAAAA-AAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG * ** * * * * * * * 30593 GACTATTTGAATTTTTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAAT-CTCCTACCTA-TT-AA-T--TT 62 GTC-A--T-AA-TGATTT-G-AAATAGA-TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTT * * * * * * * 30652 CTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT--AT-TCTGA---ATAAACTTGTATG-AATA-GAAA 119 C-AG--TA--AACAGATT--TATT-TTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TT-TTTGAAATATTAAT * * * * * * * 30709 AAATT-GTTTTATTTGAAAT--AAATAA--TTGT-TCAAACAGTCATAACTATTTGAGCTTGTTC 174 AAATTAGTATTATTT-TATTCCGAATAAGCTTGTAT-GAAC--T-AAAAC-AATT--G-TT-TT- * * * * * * *** * * * 30768 AGTAAGCCTATATGAATTGATACAATTGT-TTTATGATGAAACAAAAGGTCATAA-CGATTTGAA 228 A-T--GAC-A-A--AA--CA-A-AA-GGTCATAACGATTTGA-AATA-G--ATAATTG--TTCAA * * * * * ** ** * * ** * * * * 30831 ATAG--ATAATTACTAAAGTAGTTATGACAATTAGAACTTGTTCGGTAAACATATTTATATTTA- 275 ATAGTCATAACTATTGAACTGGTT-TGGTAAACAG-ATTTATT-TTTTAA-ATCTCT-TACTTAT * * * * 30893 AAATCTTTT--ACTCATTAATTGTCAAAATAT 335 TAAT-TTTTGAAAT-ATTAA---T-AAATTAG * * * **** * * ** * ** * 30923 TAATAAATTAATATTATTTTAATC-TGAAT-AAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGA- 1 T-ATTATTTTAT-TTCGAATAAGCTTGTATGAA-----TAAAAAAATT-------GTTTTATGAC * * * * ** 30985 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TCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAGT-AAA * * * * * * 31419 TAGATTCATTTTTTAAATC-CGTTACTTATTAATTTTT-AGGATATTAACAAATTAGCATTACTT 126 CAGATTTATTTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTT ** * * * * ** 31482 TATTTTGAATAAGAC-TGTATCAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATGATTATAATA 189 TATTCCGAATAAG-CTTGTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG * * ** * * 31545 ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATTA-TTATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAATGGACTTAC 252 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA-TAGTCATAACTA-TTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTTAT * ** * 31609 CTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAA 315 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG * * * * * * * 31651 TATTATTTTATTTCGAACAAACTTATATGAACGAAAACATTTGTTTTACGACAAAACAAAAGGTC 1 TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC * * * * * * * * * * * * 31716 ATAACGGTTTGAAATAGATAAATATTCATATAGCCTTAACTATTTGTATTGGTTCAGCAAAAAAA 65 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAACAGA ** * * * 31781 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32202 TTTTGGATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAGGGTCATAACGATTT 191 TTCCGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTT * * ** * 32267 TAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTT 256 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA-TTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTT * * ** 32332 AAA-CTTCTTGCTTATTAATTTTCTG-AATGTTAATAAAAGAG 320 AAATC-TCTTACTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAG * * * * * * 32373 TATTA-TTTATTTTGAATAAGCATGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTC 1 TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC * * * * * * 32437 AGAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTTAATAAACACA 65 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAACAGA * * * ** * * * * 32502 TTGATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTATTAGTTTAGCAATATTTTACTCT 130 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCC ** * ** * 32567 GAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-TGAAGATCATAGTGATTTGAG 195 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** * * 33411 ATTTCTCTTACTCATTAATTTTT-AGCATATTAATAAATTAG 320 AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAG * * * * * * * * 33452 TATTATTTTAGTTT-AAACAAACTTATAAGAACTAAAACAATTGTTTTATTACAAAA-AAAAGAT 1 TATTATTTTA-TTTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT ** * * * * * * 33515 CATTGTGATCTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAT 64 CATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAACAG * * ** * * 33580 ATTTATTTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTCTAAT 129 ATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT * * * * * * * 33645 CTGAATAAACTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATTACAAAACAAAAAGTCCTAACAAGTTG 193 CCGAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTG * ** * ** * * * 33709 AAATAAATAATTGCACAAAATAGTCATAACGATTTGAACTTATTCGGTAAACATATTTATTTATT 257 AAATAGATAATTGTTC-AAATAGTCATAACTA-TTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTT * * * * 33774 AAATATTTTACTTATAAATTGTCTT--AATATTAATAAATTTG 320 AAATCTCTTACTTATTAATT-T-TTGAAATATTAATAAATTAG * * * 33815 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* 37359 TTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGTAATATTAATAACTTAG 318 TTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG * * * 37402 TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAACTGAAATAATT-TTTTATGACAAAACAAAAGGTC 1 TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC * * * * * * * 37466 ATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGATCTAGTTTAGTAAACATA 65 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAACAGA * * * ** * 37531 TTTATTTTTT-ACTTTTTCTACTTATTAATTGGTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATC 130 TTTATTTTTTAAATCTCT-TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC * * * * * * * * 37595 TGGATAGGCTTGTATGAA-TGGAAACAACTATTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGA 194 CGAATAAGCTTGTATGAACT-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGA * * ** * * 37659 AATAAATAA-TGCTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTCATTTGATAAATAGATTTATTTTTTAA 258 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA-TTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAA * 37723 A--TC-T-CTTATTAATTTTTG-AATATTAATATATTAG 322 ATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG * * * * * * * * * * * 37757 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* * * * ** * 39715 CTGAATAAGCTTTTAT-AAATAGAAACAATTGATTTATCACAAAATGAAAGGTCATAACAATTTG 193 CCGAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTG ** * * 39779 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-GTGTTAAGAAAACATATTTATTTTTT 257 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA-TTGAACTG-GTTTGGTAAACAGATTTATTTTTT * 39843 AAAAT-T-TTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTA- 320 -AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAG ** * ** 39883 TATTATTTTATTT-GAAATAAGCTTACATAAATAGAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT 1 TATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTGTATGAATA-AAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT * * * * * 39947 CATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTCAGATAGTCATAACTATTTGGAAATGTTTGA-TAAACA 64 CATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-GAACTGGTTCAGTAAACA * * * * * * * 40011 AATTAATTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTAG-AATATTCATGAATTAGTATTATTTTATT 128 GATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT * * * * * * * * * 40075 TCAAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTGTTTTATTACAAAATAAAATGTCACAATGATTTGA 193 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TATTATTTTATTTCGAA-TAAGCTTGTATGAA-TAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT * * * * * 41738 CATAATGATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAATTTGTTC-GATAAACA 64 CATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAG-TAAACA * * * * 41802 AATTTA--TTTTAAA-CTCTTGCTTATTAATTTTTGAATTATTAAGAAATTAGTATTATTTTATT 128 GATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT ** * * * ** * * 41864 TTGGATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGTCAAAACAACTGGTCATAATGATTTTA 193 CCGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGA * * * * * 41929 AATAAATAATAGTTTAAATAGTCATCACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTCA 258 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA-TTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTT-A * * * * 41994 TATCAT-TTCCTTTTTAATTTTCTG-AATGTTAATAAATTTAG 321 AATC-TCTTACTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAA-TTAG * * * * * 42035 -ATTATTTTATTCCGAATAAACTTGTA-AAATATGAAACAAA-TATTTTATGACTAAACAAAAGG 1 TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATA--AAA-AAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG * * * * ** * * ** * 42097 TCAGAATGATTTAAAATAGATAATTATTCTAATAGTTTTAACTATTCGAATTGACTC-GACAAAC 63 TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAG-TAAAC * * * * 42161 ACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAATTTTGAAATATTATTAGATTAGTATTATTTT-T 127 AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT ** * * * * * * * * 42225 AACGAAATAAGTTTCTATGATC-AGAAACAATTATTTTATGATAAAAC-ATAGATCTTAACGATT 192 TCCG-AATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATT * * * * 42288 TGAGATTA-ATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTGAACT-G-TTGAT-AACATATTTATTTTT 255 TGA-AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTTATTTTT * 42349 TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAA 319 TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG * * * 42391 TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTGTG-ATAAAAAAATTTGTTTTATGAAAAAACAAAAAGTC 1 TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAAAAAAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC * * * * * ** * * 42455 ATAACGATTTGAAATAGATAATCGTTCAAAT-GGCTATAATTATTTTAACTAATTCAATAAACTG 65 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAACAG * * * * 42519 ATTTATTTTTTAAGTTTCTTACTTATT-ATTTTTGTAAGTATTAATAAATTAGTATTATTTTAAT 129 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT * * * * * * * * * * 42583 CC-ATCTAAGCTTGTATTAATTGAAACAAATGTTTTATGAGAAATCAAAAAGTTATAACGATTTT 193 CCGA-ATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTG * * * * * * * 42647 AAATTA-ATAATTGTTAAAATAGTAATAACTATTCAAACTTGTTCGATAGACAGATTTATTTTTT 257 AAA-TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT-GAACTGGTTTGGTAAACAGATTTA-TTTTT * * * 42711 TAAATCTATTTCTTATTAATTTTTG-AATGTTAATAAATTAG 319 TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG * * * * ** 42752 TATTAATTTA-TTCTGAATAAGCTTGTATGAATGGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAATAT 1 TATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAAT-AAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT * * ** * ** * * * * * * 42816 TAGAACAATTTCAAATAGATAATTGTTCTGATAATCTTAACCATTTGAACTGATTCAGTAAATAA 64 CATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAACAG * * * 42881 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATTTTATTAAATTAGTATTATTTTAATC 129 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC ** * * * 42946 ATAATAAGCTTGTATGAA-TAAAACAATT-TTTTACGACAAAAGAAAAAGGTCATAACGATTTGG 194 CGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAAGGTCATAACGATTTGA * * * * ** ** * * 43009 AATAGATAATCGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCGACAATTATATTTATTTTTTTA 258 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA-TTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAA * * * * * * 43074 ATTTTTCTAGTTATTAAATTTTGGAATATTATTAAATTAG 322 ATCTCT-TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG * ** * * ** * * * 43114 TATTATTTTA-TTCTAAATAAAATAGTATGAATAGGACCAATTATTTGATGACAAAACAAAAAGT 1 TATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAATA-AAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT * * * * * * * * 43178 TATAATGATTTAAAATAGATAATTATTCAAACAGTCAAAACTATTTGAAATGGCTT-AGCAAACG 64 CATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGG-TTCAGTAAACA * * * * 43242 GATTTACTTTTTAAATCTCTTACTAATTAATTTTCTAAAATATTAATAACTTAGTATTATTTTAT 128 GATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT * * * * * ** * 43307 TTCGAACAAACTTATATTAAGAAAAAGCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTT 192 TCCGAATAAGCTTGTATGAACTAAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTT * * * * * ** * ** * 43372 GAAATAAATAATTGTTCATATAGT-TTAACAATTTGAACTAGTTCAGCAAATGGATTTAATTTTT 256 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA-TTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTT * * * 43436 AAATCTATTAATTATTAATTTTT-AGAATATTACTAAATTAG 320 AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAG * * * * * 43477 TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATAAACAGAAAACAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGGT 1 TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATA-AAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT * ** * ** * 43542 TATAACAATTTGAAATAGAGAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAT 64 CATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAACAG * * 43607 ATTTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTATTGAAATATTAGTAAATTAGTATTATTTTATT 129 A-TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT * * * * * * * 43668 TCGAATAAGCTTCTAT--ATTGAAAAGCAATTGTTTTATGAGAAAACAAAAGAT-ACAACAATTT 193 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---T-GATAA-TGTTCAAATAGTCATAATTATTAGAATTGGTCAGGTAAATAGAATTATTTTTTA 257 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT-GAACTGGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTA 44113 AATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCA- 321 AATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AG * * ** * * * 44153 TTTTACTTT-TTTCTGAATAAGCTACTATGAATTGAAAAAATTGTTTTATGATAAAAGAAAAGGT 1 TATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAA-TAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT * * * * * * 44217 CATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTAAACTGGTTCGGCAAACAA 64 CATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAACAG * * * * * * * 44282 ATATAATTTTTAAATCTCTTAGTTATTAA-TTTTCAGAATATTATTAGATTACTATTATTTTATT 129 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT *** * * * * * * * *** 44346 TAAAATAAGCTTGTATAAAC-ATAAATAATTGTTTTTATAACAGAATAAAAAGT--TTATTTTTT 193 CCGAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTG-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTT * * * * * 44408 TAAATA-ATTGATTTGAAGTATACAATTATTC--AACTATTTGAACTGGTTTGATAAACAGATTT 256 GAAATAGA-T-AATT---GT-T-CAAATAGTCATAACTA-TTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTT * * * * 44470 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTCAAAAATTAATCAATCAG 313 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG * * * * * * * 44518 TATTATTTTATTTTGAACAACCTTG--TGCAATAAAAAACAATTCTTATATGACTAAACAAAAAG 1 TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATG-AAT-AAAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG * ** * * * * * * * * 44581 TAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTGAGATGGCCATATCTATTTGAGCTTGTT-TGATAAAC 63 TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAG-TAAAC * * 44645 --ATTT-TTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTTG-AATTTTAATAAATTAGTATTATTTTA 127 AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA * * * * * * 44706 TTTCGAATAAGCTTGTATAAACTAAAATAATTGTTTGT-TGACTAAACAAAAGGTTAGAACGATT 191 TTCCGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTT-TATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATT * ** * * 44770 TGAAATAGATAATTGTTCCAATAGTTTTAATTATTTGAATTGGTTTGG 255 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA-TTGAACTGGTTTGG 44818 AAAAACTCAT Statistics Matches: 14855, Mismatches: 3209, Indels: 1796 0.75 0.16 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Indices: 30154--30433 Score: 357 Period size: 153 Copynumber: 1.8 Consensus size: 154 30144 TGAATTTTAA * * * * *** * * * 30154 TAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGGTTGTATGAACTGAAATAATTGTTTTATGACTAAAC 1 TAAATTAGTATTATCTTAATCCGAATAAGCTTATATGAAAAAAAACAATTGTTCTATAACTAAAC * * * ** * 30219 AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTTTTAACTATTTGAACTGGTTCAG 66 AAAAGATCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAAAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAG 30284 CAAAACACATTTATTTTTTATTAT 131 CAAAACACATTTATTTTTTATTAT * 30308 TAAATTAGTATTATCTTAATCTGAATAAGCTTATATGAAAAAAAACAATTGTTCTATAAC-AAA- 1 TAAATTAGTATTATCTTAATCCGAATAAGCTTATATGAAAAAAAACAATTGTTCTATAACTAAAC * * * 30371 ATAAAGATCATAACGATTTGAGATATATAATTGTTCAAAAAGTCATAACTATTTGAGCTAGTT 66 A-AAAGATCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAAAGTCATAACTATTTGAACTAGTT 30434 TGATAAACAG Statistics Matches: 105, Mismatches: 20, Indels: 3 0.82 0.16 0.02 Matches are distributed among these distances: 152 1 0.01 153 55 0.52 154 49 0.47 ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.12, T:0.38 Consensus pattern (154 bp): TAAATTAGTATTATCTTAATCCGAATAAGCTTATATGAAAAAAAACAATTGTTCTATAACTAAAC AAAAGATCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAAAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAG CAAAACACATTTATTTTTTATTAT Found at i:34459 original size:18 final size:19 Alignment explanation

Indices: 34410--34459 Score: 54 Period size: 16 Copynumber: 2.8 Consensus size: 19 34400 TATGATAAAA 34410 CAAATAGTCATAA-TGATTT 1 CAAATAGTCATAATTGA-TT * 34429 GAAATAG--ATAATTG-TT 1 CAAATAGTCATAATTGATT 34445 CAAATAGTCATAATT 1 CAAATAGTCATAATT 34460 ATTTTGGACT Statistics Matches: 26, Mismatches: 2, Indels: 7 0.74 0.06 0.20 Matches are distributed among these distances: 16 8 0.31 17 4 0.15 18 8 0.31 19 6 0.23 ACGTcount: A:0.44, C:0.08, G:0.12, T:0.36 Consensus pattern (19 bp): CAAATAGTCATAATTGATT Found at i:39783 original size:155 final size:155 Alignment explanation

Indices: 39501--39812 Score: 407 Period size: 155 Copynumber: 2.0 Consensus size: 155 39491 CATAGATTTA * * 39501 TTTTTTAAATCTCTAATTCATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTCTTTCGAAT 1 TTTTTTAAATCTCTAATTCATTAATTTTTAGAATATTAATAAATAAGTATTATTTTATTTCGAAT * * * 39566 AAAATTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGATCATAACATTTGAAATAAA 66 AAAATTATATAAATAGAAACAATTGATTTATCACAAAACAAAAAGATCATAACATTTGAAATAAA 39631 TAATTGTTCAAAGAGTCAGAACTAT 131 TAATTGTTCAAAGAGTCAGAACTAT * * * 39656 TTTTTTAAATCTTTTATTTATTAATTTTT-GAA-AGTTTAATAAATAAGTATTATTTTA-TTCTG 1 TTTTTTAAATCTCTAATTCATTAATTTTTAGAATA--TTAATAAATAAGTATTATTTTATTTC-G ** * ** * 39718 AATAAGCTTTTATAAATAGAAACAATTGATTTATCACAAAA-TGAAAGGTCATAACAATTTGAAA 63 AATAAAATTATATAAATAGAAACAATTGATTTATCACAAAACAAAAAGATCATAAC-ATTTGAAA * * * 39782 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT 127 TAAATAATTGTTCAAAGAGTCAGAACTAT 39811 TT 1 TT 39813 GAACGTGTTA Statistics Matches: 136, Mismatches: 17, Indels: 8 0.84 0.11 0.05 Matches are distributed among these distances: 153 1 0.01 154 17 0.12 155 118 0.87 ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.09, T:0.41 Consensus pattern (155 bp): TTTTTTAAATCTCTAATTCATTAATTTTTAGAATATTAATAAATAAGTATTATTTTATTTCGAAT AAAATTATATAAATAGAAACAATTGATTTATCACAAAACAAAAAGATCATAACATTTGAAATAAA TAATTGTTCAAAGAGTCAGAACTAT Found at i:40519 original size:16 final size:17 Alignment explanation

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Indices: 39656--49537 Score: 6877 Period size: 542 Copynumber: 18.5 Consensus size: 538 39646 TCAGAACTAT * * * 39656 TTTTTTAAATCTTTTATTTATTAATTTTTGAA-AGTTTAATAAATAAGTATTATTTTA-TTCTGA 1 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAATA--TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GA * * * * ** * 39719 ATAAGCTTTTATAAATAG-AAACAATTGATTTATCACAAAATGAAAGGTCATAACAATTTGAAAT 63 ATAAGCTTGTATGAATAGAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAAT ** * 39783 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACGT-GTTAAGAAAACATATTTATTTTTTAAAA 128 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TAGTTTGGTAAACATATTTATTTTTT-AAA * * ** 39847 TTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATT-TGAAATAAGCTTACA 191 -TCT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCTG-AATAAGCTTGTA * * * * 39910 TAAATAGAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTC 252 TGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTC * * * * * * 39975 AGATAGTCATAACTATTTGGAAAT-GTTTGATAAACAAATTAATTTTTTAATTCTCTTACTCATT 317 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ATAAATTTTTATGAATAG-AAATTATTGTTTTGTAATAGAACAAAAAATTGTAACAATTTTAAAT 63 ATAAGCTTGTATGAATAGAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAAT * ** * * * * * 40864 AAATAATTACTCAAATAGTCATAACTTTTTAAACTAGTTTGATAAACAGATTTATTTTTAAAATC 128 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATC * * * * 40929 -CATTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTCTGAACAAACTTATATGAAT 193 TC-TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAAT * *** * 40993 AAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAGCAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATA 257 AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA * * * * * 41058 GTCATAATTATTTGAACTGGTTAGGTTAATAGAATTT-TTTTTTAAATCTCTTACATATTAATTT 322 GTCATAACTATTTGAAATGGTTA-GTAAACAG-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT * * ** * 41122 TTGAAATGTTAATAAATTTA-TTTTATTTTA-TTCTGAATAAGC-TAGTATGAAGTGAAAAAATT 385 TTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTA-TATGAACAGAAACAATT * * 41184 GTTTTATGACAAAAC--AA----A-AACAATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAACTA 447 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ATCT-CTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTA * * * * * * * * 42061 -AAATATGAAACAAATATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAGAATGATTTAAAATAGATAATTATT 252 TGAATA-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTT * ** * * ** * * * 42125 CTAATAGTTTTAACTATTCGAATTGACTCGACAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT 316 CAAATAGTCATAACTATTTGAAATGGTTAG-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT * * * ** * * * 42190 AAATTTTGAAATATTATTAGATTAGTATTATTTT-TAACGAAATAAGTTTCTATGATCAGAAACA 380 AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTATATGAACAGAAACA * * * * * * * * 42254 ATTATTTTATGATAAAAC-ATAGATCTTAACGATTTGAGATTA-ATAATTGTTTAAATAGTCATA 444 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGA-AATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTA * * 42317 ACTA-TTGAACT-GTTGA-T-AACATATTTA 508 ACTATTTGAACTAGTTCAGTAAACAAATTTA * 42344 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAAT 1 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAAT * * * 42409 AAGCTTGTGTG-ATA-AAAA-AATTTGTTTTATGAAAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATA 65 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* 45586 AAGCTTGTATGAACA-AAAACAATAGTTTTATGAAAAAACAAAAAATCATAACGATTTGAAATAA 65 AAGCTTGTATGAATAGAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAG * * * 45650 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTA-TTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCT 130 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TAGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCT * * * * * 45714 TTTACTAATTAGTTGTCTAAATATTAATAAATTTGTATTATTTTAAT-TGAAATAAGCTTGTATG 194 CTTATTAATT--TT-T-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTG-AATAAGCTTGTATG * * * * * * * 45778 AATAGAAAA-AATTATTTTGTGACAAAACAAAAGGTTATAGTAATCTGAAATAAATAATTGTTCA 254 AATA-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCA * * *** * * * * 45842 AAGAGTCATAACTATTTGAACTTAATCGATAAATAGATTCAGTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA 318 AATAGTCATAACTATTTGAAATGGTTAG-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA * * * * * * * 45907 TTTTTGGAATATTAATAAATTAG-ATTTATGTTATTTC-AAGTCAGCTTGTACGAACAAAAAAAA 382 TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTA-TTATTTTATTTCGAA-TAAGCTTATATGAACAGAAACAA * * * * * * 45970 TAGTTTTGTAAC-AAACAAAAGGTTATAAC-ACTTTGAAACAGATAATTGTTCAAACAGT-TATA 445 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---AT---TGGTT----TGG-TA--AAA-AAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAA-TTTT 322 GTCATAACTATTTGAAATGGTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT * * * * * * * * 46422 CATAATATTATTAGATTAGTATTATTGTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACATAAATAATTGTTT 387 GA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAACAGAAACAATTGTTT * * * * * 46487 TATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATATATAATTGTTCAGATAGTCATAACTATTTG 451 TATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTG * * * 46552 AACTAGTTCTA-TGAGCATATTTA 516 AACTAGTTC-AGTAAACAAATTTA * * 46575 TTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGCATTATTTTA-TTCAGAA 1 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAA * * * * ** * 46639 TAGGCTTGTATG-ATAAAAAAATAATTGTTTTATGACAGAACAAAATATCATAAAGATTTGAAAT 64 TAAGCTTGTATGAAT-AGAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAAT * * * * ** * 46703 AGATAATTGTTCAAATGGTAATAATTATTTGAAC-ATCTTTAATAAAC-TAATTTATTTTTTTCA 128 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTA-GTTTGGTAAACAT-ATTTA-TTTTTTAA * * * ** * * 46766 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TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTCGAA * * * * * 47186 TAAGTTTGTATGAATAG-AAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCCTAATGATTTGAGATA 64 TAAGCTTGTATGAATAGAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATA * * * * * 47249 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAATTTGGTATACAAATTTAGTTTTTAAACCT 129 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCT * ** * 47314 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGCATGAATAA 194 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAA * * * * * * * 47379 AAACAATT-TTTTATGACAAAATAAAATGTCATAACGATTTCAAATAGATAATAGTTCAAATGGA 259 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT ** * * ** * * 47443 CATAACTATTT-AAATTTATTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCAAATTGTTAATTTTT 324 CATAACTATTTGAAA-TGGTT-AGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT * * * * * * * * 47507 AAAACATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAATAGAAATAATTATTTT 387 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAACAGAAACAATTGTTTT * ** * ** * * * * 47572 ATGACAAAAGAAAATATTATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAATCATAACTATTTGA 452 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTGA * * * * 47637 ACTCGCTCGGTAAATAAATTTA 517 ACTAGTTCAGTAAACAAATTTA * * * 47659 TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTTGGAAGT-TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAA 1 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTT-GAA-TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGA * * * ** * * * 47723 ATAAGCTTTTATGAACA-AAATCAACGGGTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAAT 63 ATAAGCTTGTATGAATAGAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAAT * * * * * * * * 47787 AGATTATTATTCAAATAATCATAACTATTTGAA-T-GTGTTCAGAAAATAGATTTATTTTTAAAA 128 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGT-TT-GGTAAACATATTTATTTTTTAAA * * * * * 47850 TTTTTACTTACTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTA-AATTATTTTATT-TGGAATAAGCTTGC 191 --TCT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCT-GAATAAGCTTGT * * * * * 47913 ATGAACAAAACCAATTGTTTTATGATAAAACAAAAAGTCATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTT 251 ATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTT * * * ** * * * * 47978 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* * * 48396 TCTTTTACTTATTAATTGTCTT--AATATTAATAAATTTGTATTATTTT-TTTTTACATAAGCTT 191 TC---T-CTTATTAATT-T-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGA-ATAAGCTT * * * * **** * 48458 GTATGAA-CAAAACAAATTCTTTTATAACAAAACAAAAGGTTATGGCAATTTCAAATAGATAATT 249 GTATGAATAAAAAC-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATT * * * * 48522 GTTCAAATAGTCATAATTATTTAAAATGTTTAGTAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTTA-TT 313 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATGGTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTC-TTACTT * * * * * * 48586 ATTAATTTTTGGATTATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCCAATAAGCTTATATGAACTGGAA 377 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAACAGAAA * * * * * * 48651 CAATTCTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAATCAT 442 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTT * * ** * * * 48716 GATTATTTGATTTAGTTCGGCAAACATATTTA 507 AACTATTTGAACTAGTTCAGTAAACAAATTTA * * * * * * * 48748 TTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTGGTATTGTTTTAATTT-TAA 1 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* * * * 49192 ATATTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCCTAAA 445 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAAC * * * * 49257 TATTTGCACTAATTCGGCAAACAAA-TT- 510 TATTTGAACTAGTTCAGTAAACAAATTTA * * ** * 49284 TTTTTTAATTCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTGTTAGATTAGTATTATTTTATTTCGAAT 1 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAAT * * * * * * * 49349 AAGCTTGTATGAACA-AAAATAATTGTTTTATAACAATACAAAAGGTTATAAGGATTT-AAAGTT 65 AAGCTTGTATGAATAGAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA-TA * * * * * ** 49412 TATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAGA-TAGTTCGATAAATAGGTTTATTTTTTAAAAT 129 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA-ACTAGTTTGGTAAACATATTTATTTTTT-AAAT * * * ** 49476 CTATTAGTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTG 192 C---T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTG 49538 AATTTTCAAA Statistics Matches: 7395, Mismatches: 1488, Indels: 914 0.75 0.15 0.09 Matches are distributed among these distances: 493 12 0.00 494 36 0.00 495 6 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Indices: 43786--44240 Score: 377 Period size: 163 Copynumber: 2.8 Consensus size: 157 43776 GTAAACTAAT * * 43786 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAACTTTTGAAATATTAATACAACTTTATTTTA--TTTT-A 1 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATA-AA-TTCATTTTATTTTTTCA * 43848 G-ATAAGCTTTTATGAACT-AAAACAATTG-TTTATGACAAAACAAATGGTCATAACAAT-TTAA 64 GAATAAGC-TATATGAACTAAAAAC-ATTGTTTTATGACAAAACAAA-GGTCAT---AATGTTAA * ** * 43909 AATAGATAATTGTTGAACAGGTTTGATAAAAGGAT 123 AATAGATAATTATTGAACAGGTCAGATAAAAGGAA * * 43944 TTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGTAATATTAATATATTAGCA--TTATTTTATTC 1 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT--CATTTTATTTT-TT- * * * * 44003 CA-AACAAACTTATATGAA-TAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACCAAAGGTGATAATGTTCAA 62 CAGAATAAGC-TATATGAACTAAAAACA-TTGTTTTATGACAAAA-CAAAGGTCATAATGTTAAA ** * 44066 ATAGTCATAATTATTAGAATTGGTCAGGTAAATA-GAA 124 ATAG--ATAATTATT-GAACAGGTCAGATAAA-AGGAA * 44103 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCATTTTACTTTTTTCTG 1 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCATTTTA-TTTTTTCAG * * * * 44168 AATAAGCTACTATGAATTGAAAAA-ATTGTTTTATGATAAAAGAAAAGGTCATAATGATTTGAAA 65 AATAAGCTA-TATGAACT-AAAAACATTGTTTTATGACAAAA-CAAAGGTCATAATG--TTAAAA 44232 TAGATAATT 125 TAGATAATT 44241 GTTCATATAG Statistics Matches: 241, Mismatches: 26, Indels: 55 0.75 0.08 0.17 Matches are distributed among these distances: 152 5 0.02 153 1 0.00 154 26 0.11 155 6 0.02 156 12 0.05 157 21 0.09 158 37 0.15 159 29 0.12 160 1 0.00 161 4 0.02 162 4 0.02 163 76 0.32 164 6 0.02 165 13 0.05 ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42 Consensus pattern (157 bp): TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCATTTTATTTTTTCAGA ATAAGCTATATGAACTAAAAACATTGTTTTATGACAAAACAAAGGTCATAATGTTAAAATAGATA ATTATTGAACAGGTCAGATAAAAGGAA Found at i:44673 original size:178 final size:180 Alignment explanation

Indices: 44441--44786 Score: 439 Period size: 178 Copynumber: 1.9 Consensus size: 180 44431 AATTATTCAA 44441 CTATTTGAACTGGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTCAAAAA 1 CTATTTGAACTGGTTTGATAAACA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTCAAAAA * * * 44506 TTAATCAATCAGTATTATTTTATTTTGAACAACCTTGTGCAATA-AAAAACAATTCTTAT-ATGA 65 TTAATAAATCAGTATTATTTTATTTCGAACAACCTTGTACAA-ACAAAAACAATTCTT-TGATGA * 44569 CTAAACAAAAAGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTGAGATGGCCATAT 128 CTAAACAAAAAGTAAGAACAATTTGAAATAGATAATTGTTGAGATGGCCATAT * * * ** ** 44622 CTATTTGAGCTTGTTTGATAAAC-ATTT-TTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTTGAATTT 1 CTATTTGAACTGGTTTGATAAACAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTCAAAAAT * * * * * * * * 44685 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATAAACTAAAATAATTGTTTGTTGACTA 66 TAATAAATCAGTATTATTTTATTTCGAACAACCTTGTACAAACAAAAACAATTCTTTGATGACTA * * * 44750 AACAAAAGGTTAGAACGATTTGAAATAGATAATTGTT 131 AACAAAAAGTAAGAACAATTTGAAATAGATAATTGTT 44787 CCAATAGTTT Statistics Matches: 141, Mismatches: 22, Indels: 7 0.83 0.13 0.04 Matches are distributed among these distances: 177 2 0.01 178 114 0.81 179 4 0.03 181 21 0.15 ACGTcount: A:0.37, C:0.09, G:0.11, T:0.42 Consensus pattern (180 bp): CTATTTGAACTGGTTTGATAAACAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTCAAAAAT TAATAAATCAGTATTATTTTATTTCGAACAACCTTGTACAAACAAAAACAATTCTTTGATGACTA AACAAAAAGTAAGAACAATTTGAAATAGATAATTGTTGAGATGGCCATAT Found at i:45215 original size:181 final size:179 Alignment explanation

Indices: 44836--46366 Score: 1168 Period size: 181 Copynumber: 8.5 Consensus size: 179 44826 ATTTATTTTG * * * * * * * * 44836 TATTATTAAATTAGTATTATCTTAATCTGAATAGGCTTATATGAAAAGAAACAATTGTTCTATGT 1 TATTAATAAATTAGTATTAT-TTTATTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA * * * * * * * 44901 CAAAA-TATAGATCATAATGATTTGAGATATATAATTGTTCAAA-ATGTCTTAACTATTTGAAC- 65 CAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATA-GTCATAACTATTTGAACT * * * * 44963 TAGTTCGATAAACAGATTTAGTTTTT-AATAGTC-T---TATTAATTTTCAAAA 129 TA-TTCGGTAAACAGATTTA-TTTTTAAAT-CTCTTACCTATTAATTTTTAGAA * * ** * ** * * 45012 TCTTAATGAATCGGTATTATTTTATTCTAAATAATTTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTACGA 1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA * * * * 45077 CAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAAT-ATTCTTTCAAAT-GAACATGACTATTTGAAT 65 CAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATT-GTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAAC * * * * 45140 TTATTTGGTAAACATATTTATTTTATAAGTCTCCTACCTATTAATTTTTAGAA 128 TTATTCGGTAAACAGATTTATTTT-TAAATCTCTTACCTATTAATTTTTAGAA * * 45193 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTTTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA 1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA * * * * * * 45258 CAAAATAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAACAATCATAACTATTTGAGCTT 65 CAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT * * * * * * 45323 GTTCAGTAAATAGATTCATATTTTAAATCTCTTA-CTCATTAGTTTTTGGAA 130 ATTCGGTAAACAGATTTAT-TTTTAAATCTCTTACCT-ATTAATTTTTAGAA * * * * * * 45374 TATTAATAAATTAGAATTATTTTATTTTGAATAAGCCTATATGAATTGATACAACTGTTTTATGA 1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA * * * * * * 45439 CGAAACAAAAGGTCATAAC-ATTTGAAATAGATAATTATTCAAGTAGTTATAACTATTAGAACTT 65 CAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT * * * * *** * 45503 ATTCAGTAAACATATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTGGCAAAA 130 ATTCGGTAAACAGATTTATTTTT-AAATCTCTTACCTATTAATTTTTAGAA * * ** * * * 45554 TTTTAATAAATTAATATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATAGTTTTATGA 1 TATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA * ** * 45619 AAAAACAAAAAATCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTT 65 CAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT * * * * * * 45684 ATTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTA-CTAATTAGTTGTCTA-AA 130 ATTCGGTAAACAGATTTA-TTTTTAAATCTCTTACCT-ATTAATT-TTTAGAA * * * * * 45735 TATTAATAAATTTGTATTATTTTAATTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTATTTTGTGA 1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTG-AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA * *** * * 45800 CAAAACAAAAGGTTATAGTAATCTGAAATAAATAATTGTTCAAAGAGTCATAACTATTTGAACTT 65 CAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT * * * * * * 45865 AATCGATAAATAGATTCAGTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAA 130 ATTCGGTAAACAGATTTA-TTTTTAAATCTCTTACCTATTAATTTTTAGAA * * * * * * * * * * 45916 TATTAATAAATTAG-ATTTATGTTATTTCAAGTCAGCTTGTACGAACAAAAAAAATAGTTTTGTA 1 TATTAATAAATTAGTA-TTATTTTATTTGAA-TAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATG * * * * * * * 45980 AC-AAACAAAAGGTTATAAC-ACTTTGAAACAGATAATTGTTCAAACAGTTATAAGTATTTGTA- 64 ACAAAACAAAAGGTCATAACGA-TTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC ** ** * * ** * * * 46042 TTGGTCAGGCCAACATATTCATTTTTTAAATCAGTTACTTGTT-ATTTTTAGGA 128 TTATTC-GGTAAACAGATTTA-TTTTTAAATCTCTTACCTATTAATTTTTAGAA * * * * * ** * * 46095 TATTAACAAATTAGCATTACTTTTATTTCGAATGAGATAGTATCCATAGAAAAAATTATTTTATG 1 TATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATG * * * * 46160 ACAAAACAAATGGTTATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATTA-TTATAACTATTTGAAC 64 ACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAA-TAGTCATAACTATTTGAAC * * * * * 46224 TGATTTGGTAAATAAATTTACTTTTTAAATCTC-T---TATTAATTTTTAAAA 128 TTATTCGGTAAACAGATTTA-TTTTTAAATCTCTTACCTATTAATTTTTAGAA * * * * ** * * * 46273 TATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAACAAACTTATATGAGCAAAAACATTTGTTTTAAGA 1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA * * 46338 C-AAACAAAAGGTCATAATGGTTTGAAATA 65 CAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATA 46367 GTTGAATTGG Statistics Matches: 1064, Mismatches: 250, Indels: 82 0.76 0.18 0.06 Matches are distributed among these distances: 175 4 0.00 176 82 0.08 177 87 0.08 178 32 0.03 179 33 0.03 180 253 0.24 181 553 0.52 182 20 0.02 ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.10, T:0.40 Consensus pattern (179 bp): TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC AAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTA TTCGGTAAACAGATTTATTTTTAAATCTCTTACCTATTAATTTTTAGAA Found at i:45546 original size:361 final size:359 Alignment explanation

Indices: 45051--46354 Score: 1203 Period size: 361 Copynumber: 3.6 Consensus size: 359 45041 AATAATTTTG * * * * * 45051 TATGAACAGAAACAATTGTTTTACGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAAT-ATTCT 1 TATGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC-ATTTGAAATAAATAATT-G * * * * * * 45115 TTCAAA-T-GAACATGACTATTTGAATTTATTTGGTAAACATATTTA-TTTTATAAGTCTCCTAC 64 TTCAAAGTAG-TCATAACTATTTGAACTTATTCGGTAAACATATTTACTTTT-TAAATCTCTTAC * * * * * * 45177 CTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTTTATGAATAGA 127 TTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAACAAA * * * 45242 AACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAACAATC 192 AACAATAGTTTTATGAC-AAACAAAAGATCATAAC-ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAACAGTC * * * * 45307 ATAACTATTTGAGCTTGTTCAGTAAATAGATTCATATTTTAAATCTCTTACTCATTAGTTTTTGG 255 ATAACTATTTGA-CTTGTTCAGTAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTACTAATTAGTTTTTGG * 45372 AATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTTTGAATAAGCCTA 319 AATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTTTGAATAAGCATA * * * * * * * * 45413 TATGAATTGATACAACTGTTTTATGACGAAACAAAAGGTCATAACATTTGAAATAGATAATTATT 1 TATGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACATTTGAAATAAATAATTGTT * * * * 45478 C-AAGTAGTTATAACTATTAGAACTTATTCAGTAAACATATTTA-TTTTTAAAATCTTTTACTTA 66 CAAAGTAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGGTAAACATATTTACTTTTT-AAATCTCTTACTTA *** * * * * 45541 TTAATTGGCAAAATTTTAATAAATTAATATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAAC 130 TTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAACAAAAAC * * * 45606 AATAGTTTTATGAAAAAACAAAAAATCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATA 195 AATAGTTTTATG-ACAAACAAAAGATCATAAC-ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAACAGTCATA * * * * * * * 45671 ACTATTTAAACTTATT-TGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTAATTAGTTGTCT-AA 258 ACTATTT-GACTTGTTCAG-TAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTACTAATTAGTT-TTTGGA * * * * * 45734 ATATTAATAAATTTGTATTATTTTA-ATTGAAATAAGCTTG 320 ATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTTTG-AATAAGCATA * * * 45774 TATGAATAGAAAAAATTATTTTGTGACAAAACAAAAGGTTATAGTA-ATCTGAAATAAATAATTG 1 TATGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA--ACATTTGAAATAAATAATTG * * * * * * 45838 TTCAAAG-AGTCATAACTATTTGAACTTAATCGATAAATAGATTCAGTTTTTAAATCTCTTACTT 64 TTCAAAGTAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGGTAAACATATTTACTTTTTAAATCTCTTACTT ** * * * * 45902 ATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGAT-TTATGTTATTTC-AAGTCAGCTTGTACGAACAAA 129 ATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTA-ATATTATTTTATTTCGAA-TAAACTTGTATGAACAAA * * * * * * * * 45965 AAAAATAGTTTTGTAACAAACAAAAGGTTATAACACTTTGAAACAGATAATTGTTCAAACAGTTA 192 AACAATAGTTTTATGACAAACAAAAGATCATAACA-TTTGAAATAAATAATTGTTCAAACAGTCA * * ** * ** ** 46030 TAAGTATTTGTA-TTGGTCAGGCCAACATATTCATTTTTTAAATCAGTTACTTGTTA-TTTTTAG 256 TAACTATTTG-ACTTGTTCA-GTAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTACTAATTAGTTTTT-G * * * * 46093 G-ATATTAACAAATTAGCATTACTTTTATTTCGAATGAG-ATA 318 GAATATTAATAAATTAGAATTA-TTTTATTTTGAATAAGCATA ** * * * 46134 GTATCCATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAATGGTTATAATGATTTGAAATAAATAATTG 1 -TATGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-CATTTGAAATAAATAATTG * * * * * * 46199 TTCAAATTA-TTATAACTATTTGAACTGATTTGGTAAATAAATTTACTTTTTAAA--TC-T-CTT 64 TTCAAAGTAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGGTAAACATATTTACTTTTTAAATCTCTTACTT * * * * 46259 ATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAACAAACTTATATGAGCAAAAA 129 ATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAACAAAAA * * * * 46324 CATTTGTTTTAAGACAAACAAAAGGTCATAA 194 CAATAGTTTTATGACAAACAAAAGATCATAA 46355 TGGTTTGAAA Statistics Matches: 763, Mismatches: 150, Indels: 63 0.78 0.15 0.06 Matches are distributed among these distances: 356 2 0.00 357 76 0.10 358 3 0.00 359 5 0.01 360 31 0.04 361 466 0.61 362 169 0.22 363 11 0.01 ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.10, T:0.39 Consensus pattern (359 bp): TATGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACATTTGAAATAAATAATTGTT CAAAGTAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGGTAAACATATTTACTTTTTAAATCTCTTACTTAT TAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAACAAAAACA ATAGTTTTATGACAAACAAAAGATCATAACATTTGAAATAAATAATTGTTCAAACAGTCATAACT ATTTGACTTGTTCAGTAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTACTAATTAGTTTTTGGAATATTA ATAAATTAGAATTATTTTATTTTGAATAAGCATA Found at i:46405 original size:150 final size:152 Alignment explanation

Indices: 46218--46521 Score: 387 Period size: 154 Copynumber: 2.0 Consensus size: 152 46208 TTATAACTAT * * 46218 TTGAACTGATTTGGTAAATAAATTTACTTTTTAAATCTC-TTATTAATTTTTAAAATATTAATAA 1 TTGAACTGATTTGGTAAAAAAATTTACTTTTTAAATCTCTTTATTAATTTTCAAAATATTAATAA * * * 46282 ATTAATATTATTTTATTTTGAACAAACTTATATGAGCAAAAACATTTGTTTTAAGAC-AAACAAA 66 ATTAATATTATTGTATTTTGAACAAACTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTAAGACAAAACAAA * 46346 AGGTCATAATGGTTTGAAATAG 131 AGGTCATAATGATTTGAAATAG * * * * * 46368 TTGAATTGGTTTGGTAAAAAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTCATAATATTAT 1 TTGAACTGATTTGGTAAAAAAATTTACTTTTTAAATCTC-T--TTATTAATTTTCAAAATATTAA * * * * * * * * 46433 TAGATTAGTATTATTGTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACATAAATAATTGTTTTATGACAAAAC 63 TAAATTAATATTATTGTATTTTGAACAAACTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTAAGACAAAAC * 46498 AAAAGGTTATAATGATTTGAAATA 128 AAAAGGTCATAATGATTTGAAATA 46522 TATAATTGTT Statistics Matches: 129, Mismatches: 20, Indels: 5 0.84 0.13 0.03 Matches are distributed among these distances: 150 35 0.27 154 68 0.53 155 26 0.20 ACGTcount: A:0.40, C:0.06, G:0.11, T:0.43 Consensus pattern (152 bp): TTGAACTGATTTGGTAAAAAAATTTACTTTTTAAATCTCTTTATTAATTTTCAAAATATTAATAA ATTAATATTATTGTATTTTGAACAAACTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTAAGACAAAACAAA AGGTCATAATGATTTGAAATAG Found at i:47661 original size:181 final size:181 Alignment explanation

Indices: 46380--49537 Score: 2473 Period size: 182 Copynumber: 17.5 Consensus size: 181 46370 GAATTGGTTT * * * * * 46380 GGTAAAAAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAA-TTTTCATAATATTATTAGATTAGTAT 1 GGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTAT * ** * * * * * 46444 TATTGTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACATAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATA 65 TATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATA * * 46509 ATGATTTGAAATATATAATTGTTCAGATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTC 130 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTC ** * * * * * 46561 TATGAGCATATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGCATT 1 GGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT * * * * * 46626 ATTTTA-TTCAGAATAGGCTTGTATGATAAAAAAATAATTGTTTTATGACAGAACAAAATATCAT 66 ATTTTATTTCA-AATAAGCTTGTATGA-ATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCAT * * * * * * 46690 AAAGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGTAATAATTATTTGAAC-ATCTTT 129 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTA-GTTC ** * * * * * * 46743 AATAAACTAATTTATTTTTTTCAATCT-TTAACTTCTCAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAATA 1 GGTAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTT-ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTA **** * * * * * * * 46807 TTATTTTATTTTGGTTAGGCTTTTATGAATTAAAACAAATGTTTTATGATAAAACAAAAGGTTAT 64 TTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCAT *** * * * * 46872 ACCAATTTTAAATA-AGTAATTGTTCAAATAGTCCTAACTATTTGAACTTGTTT 129 AATGATTTGAAATAGA-TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTC * * * * * 46925 GATAAACAGATTTATTTCTTTAAA-CTTCTTGCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATACAA-GAG 1 GGTAAACAAATTTATTT-TTTAAATC-TCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATA-AATTAG * * * * ** 46987 TATTATTTTATTTCAAATAAGCATGTAGGAACT-GAAACAATTATTTTATGATTAAACAAAAGAT 62 TATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGAT * * * * * * * * 47051 CAGAACGATTTGAAAATAGATAATTATTCGAATAGTCTTAACTATTTCAATTGGTTC 126 CATAATGATTTG-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTC * * * * * * ** * * 47108 AGTAAACACATTGATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTAAAATATTATTAGTTTAGCAAT 1 GGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT * * * * 47173 ATTTTACTTT-GAATAAGTTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCCTA 66 ATTTTA-TTTCAAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATA * * * 47236 ATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAATTT 130 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTC * * 47288 GGTATACAAATTTAGTTTTTAAA-C-C-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT 1 GGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT ** ** * * 47349 ATTTTATTTTGAATAATTTTGCATGAATAAAAACAATT-TTTTATGACAAAATAAAATG-TCATA 66 ATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GATCATA * * * * * * * 47412 ACGATTTCAAATAGATAATAGTTCAAATGGACATAACTATTTAAATTTA-TTC 130 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTAGTTC * * ** * * * * 47464 GGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCAAATTGTTAATTTTTAAAACATTAATAAATTAGTATT 1 GGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT * * * * * * * 47529 ATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAATAGAAATAATTATTTTATGACAAAAGAAAATATTATAA 66 ATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAA * * * * * * 47594 TAATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAATCATAACTATTTGAACTCGCTC 131 TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTC * * * 47645 GGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTTGGAAGT-TTAATAAATTAGTA 1 GGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTT-GAAATATTAATAAATTAGTA * * * * ** * 47709 TTATTTTATTCCAAATAAGCTTTTATGAACAAAATCAACGGGTTTATGACAAAACAAAA-AGTCA 64 TTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGA-TCA * * * * 47773 TAATGATTTGAAATAGATTATTATTCAAATAATCATAACTATTTGAA-TGTGTTC 128 TAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-AGTTC * * * * * * * * * 47827 AGAAAATAGATTTATTTTTAAAAT-TTTTACTTACTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTA-AAT 1 GGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTAT ** * * * * 47890 TATTTTATTTGGAATAAGCTTGCATGAACAAAACCAATTGTTTTATGATAAAACAAAA-AGTCAT 65 TATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGA-TCAT 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* ** * * * * * 49152 TATTTTATTCCAAATAAGCTAATATGAATTAAAAAAAAACATATTTTATGACAAAATAAAAGGTC 65 TATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-T-AAAAACAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGATC ** * * * * * 49217 ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCCTAAATATTTGCACTAATTC 127 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTC * * * * ** * 49272 GGCAAACAAA-TT-TTTTTTAATTCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTGTTAGATTAGTATT 1 GGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT * * * * * * * 49335 ATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATAACAATACAAAAGGTTATAA 66 ATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAA * ** * 49400 GGATTT-AAAGTTTATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAGA-TAGTTC 131 TGATTTGAAA-TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA-ACTAGTTC * * ** * * * * 49451 GATAAATAGGTTTATTTTTTAAAATCTATTAGTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAAGTAGTAT 1 GGTAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT * 49516 TATTTTATTCCAAATAAGCTTG 65 TATTTTATTTCAAATAAGCTTG 49538 AATTTTCAAA Statistics Matches: 2362, Mismatches: 519, 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Indices: 50082--50238 Score: 233 Period size: 58 Copynumber: 2.7 Consensus size: 57 50072 TTTTGTACAG *** * * 50082 GGAAAATTGATACTTTCAACTTTTCCTCAAAAATCCGCTTTTGAAAACTTATTTTTAA 1 GGAAAATTGATACTTTCAACTTTTCCTCAAAAAT-ATTTTTTAAAAACTTATTTTCAA * * 50140 GGAAAATTAATACTTTCAACTTTTCCTCAAAAATATTTTTTAAAAAGTTTATTTTCAA 1 GGAAAATTGATACTTTCAACTTTTCCTCAAAAATATTTTTTAAAAA-CTTATTTTCAA 50198 GGAAAATTGATACTTTCAACTTTTCCTCAAAAATATTTTTT 1 GGAAAATTGATACTTTCAACTTTTCCTCAAAAATATTTTTT 50239 TTGAATTTTA Statistics Matches: 90, Mismatches: 8, Indels: 2 0.90 0.08 0.02 Matches are distributed among these distances: 57 8 0.09 58 82 0.91 ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.07, T:0.42 Consensus pattern (57 bp): GGAAAATTGATACTTTCAACTTTTCCTCAAAAATATTTTTTAAAAACTTATTTTCAA Found at i:51187 original size:19 final size:21 Alignment explanation

Indices: 51147--51200 Score: 71 Period size: 20 Copynumber: 2.7 Consensus size: 21 51137 AATTAAAGCA 51147 AATAATCA-AATAAATCAAAAT 1 AATAAT-AGAATAAATCAAAAT 51168 -ATAATAGAATAAAT-AAAAT 1 AATAATAGAATAAATCAAAAT 51187 AATAATAG-ATAAAT 1 AATAATAGAATAAAT 51201 TATGATATAT Statistics Matches: 31, Mismatches: 0, Indels: 6 0.84 0.00 0.16 Matches are distributed among these distances: 19 12 0.39 20 19 0.61 ACGTcount: A:0.67, C:0.04, G:0.04, T:0.26 Consensus pattern (21 bp): AATAATAGAATAAATCAAAAT Found at i:51230 original size:42 final size:41 Alignment explanation

Indices: 51166--51272 Score: 114 Period size: 42 Copynumber: 2.6 Consensus size: 41 51156 ATAAATCAAA 51166 ATAT-AATAGAATAAATAA-AATAATA-ATAGATA-AATTATGAT 1 ATATAAATAG-ATAAATAATAATAATACATAGATATAA-TA--AT * 51207 ATATAAATAGATAAATAATAATAAATACATATATATAATAAT 1 ATATAAATAGATAAATAATAAT-AATACATAGATATAATAAT * * 51249 ATATAAATAGCTAAGTAATAATAA 1 ATATAAATAGATAAATAATAATAA 51273 ATATATATAT Statistics Matches: 58, Mismatches: 3, Indels: 10 0.82 0.04 0.14 Matches are distributed among these distances: 41 14 0.24 42 30 0.52 43 4 0.07 44 8 0.14 45 2 0.03 ACGTcount: A:0.61, C:0.02, G:0.06, T:0.32 Consensus pattern (41 bp): ATATAAATAGATAAATAATAATAATACATAGATATAATAAT Found at i:51290 original size:18 final size:19 Alignment explanation

Indices: 51269--51305 Score: 58 Period size: 20 Copynumber: 1.9 Consensus size: 19 51259 CTAAGTAATA 51269 ATAAATA-TATATATTAAC 1 ATAAATAGTATATATTAAC 51287 ATAAATATGTATATATTAA 1 ATAAATA-GTATATATTAA 51306 TAAACAGTAA Statistics Matches: 17, Mismatches: 0, Indels: 2 0.89 0.00 0.11 Matches are distributed among these distances: 18 7 0.41 20 10 0.59 ACGTcount: A:0.54, C:0.03, G:0.03, T:0.41 Consensus pattern (19 bp): ATAAATAGTATATATTAAC Found at i:51308 original size:18 final size:16 Alignment explanation

Indices: 51267--51309 Score: 50 Period size: 18 Copynumber: 2.4 Consensus size: 16 51257 AGCTAAGTAA 51267 TAATAAATATATATAT 1 TAATAAATATATATAT 51283 TAACATAAATATGTATATAT 1 T-A-ATAAATA--TATATAT 51303 TAATAAA 1 TAATAAA 51310 CAGTAATGAT Statistics Matches: 23, Mismatches: 0, Indels: 6 0.79 0.00 0.21 Matches are distributed among these distances: 16 1 0.04 17 1 0.04 18 12 0.52 19 1 0.04 20 8 0.35 ACGTcount: A:0.56, C:0.02, G:0.02, T:0.40 Consensus pattern (16 bp): TAATAAATATATATAT Found at i:51373 original size:8 final size:8 Alignment explanation

Indices: 51360--51386 Score: 54 Period size: 8 Copynumber: 3.4 Consensus size: 8 51350 AAAGAAAAGG 51360 AAAAATAT 1 AAAAATAT 51368 AAAAATAT 1 AAAAATAT 51376 AAAAATAT 1 AAAAATAT 51384 AAA 1 AAA 51387 TACAAAATAA Statistics Matches: 19, Mismatches: 0, Indels: 0 1.00 0.00 0.00 Matches are distributed among these distances: 8 19 1.00 ACGTcount: A:0.78, C:0.00, G:0.00, T:0.22 Consensus pattern (8 bp): AAAAATAT Found at i:51404 original size:34 final size:34 Alignment explanation

Indices: 51320--51405 Score: 84 Period size: 34 Copynumber: 2.4 Consensus size: 34 51310 CAGTAATGAT 51320 AAATAAATAAATAATAAATACATAAAATACAAAGAA 1 AAATAAA-AAATAA-AAATACATAAAATACAAAGAA ** * * * 51356 AAGGAAAAATATAAAAATATA-AAAATATAAATACA 1 AAATAAAAA-ATAAAAATACATAAAATACAAAGA-A 51391 AAATAAAAAATAAAA 1 AAATAAAAAATAAAA 51406 TGGGTCTACC Statistics Matches: 41, Mismatches: 7, Indels: 6 0.76 0.13 0.11 Matches are distributed among these distances: 34 16 0.39 35 16 0.39 36 9 0.22 ACGTcount: A:0.74, C:0.03, G:0.03, T:0.19 Consensus pattern (34 bp): AAATAAAAAATAAAAATACATAAAATACAAAGAA Found at i:51651 original size:46 final size:42 Alignment explanation

Indices: 51580--51709 Score: 156 Period size: 46 Copynumber: 3.0 Consensus size: 42 51570 AGATTTGATC * 51580 AAAA-CTCCTCTAAGCAGAGGCTCAATGACTTTGAAAATGAATA 1 AAAAGCTCCTCTAATCAGAGGCTCAATGACTTTGAAAAT-AA-A * 51623 AACAATGCTCCTCTAATCAGATGCTCAATGACTTTGAAAATAAA 1 AA-AA-GCTCCTCTAATCAGAGGCTCAATGACTTTGAAAATAAA * * 51667 TAAAGCT-CTCTAATCAGAGGCTCAACGACCTTTGAAAACTAAA 1 AAAAGCTCCTCTAATCAGAGGCTCAATGA-CTTTGAAAA-TAAA 51710 TGGCTCTTCT Statistics Matches: 77, Mismatches: 5, Indels: 10 0.84 0.05 0.11 Matches are distributed among these distances: 41 19 0.25 42 12 0.16 43 8 0.10 44 4 0.05 45 2 0.03 46 32 0.42 ACGTcount: A:0.41, C:0.21, G:0.14, T:0.25 Consensus pattern (42 bp): AAAAGCTCCTCTAATCAGAGGCTCAATGACTTTGAAAATAAA Found at i:51700 original size:42 final size:42 Alignment explanation

Indices: 51587--51751 Score: 149 Period size: 41 Copynumber: 3.9 Consensus size: 42 51577 ATCAAAACTC * * * 51587 CTCTAAGCAGAGGCTCAATGACTTTGAAAA-TGAATAAACAATGCT 1 CTCTAATCAGAGGCTCAACGACTTTGAAAACT-AA-ATA-AA-GCT * * 51632 CCTCTAATCAGATGCTCAATGACTTTGAAAA-TAAATAAAGCT 1 -CTCTAATCAGAGGCTCAACGACTTTGAAAACTAAATAAAGCT * 51674 CTCTAATCAGAGGCTCAACGACCTTTGAAAACTAAAT--GGCT 1 CTCTAATCAGAGGCTCAACGA-CTTTGAAAACTAAATAAAGCT * * * * 51715 CTTCTAATCAAAAGCTCAACAACTTTGAAAAGTAAAT 1 C-TCTAATCAGAGGCTCAACGACTTTGAAAACTAAAT 51752 TGTTCCTCTA Statistics Matches: 106, Mismatches: 10, Indels: 11 0.83 0.08 0.09 Matches are distributed among these distances: 41 37 0.35 42 29 0.27 43 7 0.07 44 2 0.02 45 2 0.02 46 29 0.27 ACGTcount: A:0.40, C:0.20, G:0.14, T:0.26 Consensus pattern (42 bp): CTCTAATCAGAGGCTCAACGACTTTGAAAACTAAATAAAGCT Found at i:51761 original size:83 final size:81 Alignment explanation

Indices: 51674--51869 Score: 204 Period size: 83 Copynumber: 2.4 Consensus size: 81 51664 AAATAAAGCT * 51674 CTCTAATCAGAGGC-TCAACGACCTTTGAAAACTAAATGGCTCTTCTAATCAAAAGC-TCAACAA 1 CTCTAATCAGAGGCATC-ACGACCTTTGAAAA-TAAATGGCTCCTCTAATCAAAAGCATC-ACAA * 51737 CTTTGAAAAGTAAATTGTTC 63 CTTTG-AAAGTAAATTGCTC * * * * * * 51757 CTCTAAACAGAGGCATCAC-AACTTTGGAAGAATAGATTGCTCCTCTAATCAGAGGCATCACAAC 1 CTCTAATCAGAGGCATCACGACCTTT-GAA-AATAAATGGCTCCTCTAATCAAAAGCATCACAAC 51821 TTTGAAAGTAAATTGCTC 64 TTTGAAAGTAAATTGCTC * 51839 CTCTAAAT-AGAGGCAACCACG-CCTTTGAAAA 1 CTCT-AATCAGAGGC-ATCACGACCTTTGAAAA 51870 ACAAATTGCT Statistics Matches: 95, Mismatches: 11, Indels: 16 0.78 0.09 0.13 Matches are distributed among these distances: 81 2 0.02 82 31 0.33 83 56 0.59 84 6 0.06 ACGTcount: A:0.37, C:0.22, G:0.15, T:0.26 Consensus pattern (81 bp): CTCTAATCAGAGGCATCACGACCTTTGAAAATAAATGGCTCCTCTAATCAAAAGCATCACAACTT TGAAAGTAAATTGCTC Found at i:51762 original size:41 final size:40 Alignment explanation

Indices: 51628--51852 Score: 215 Period size: 42 Copynumber: 5.5 Consensus size: 40 51618 GAATAAACAA * ** 51628 TGCTCCTCTAATCAGATGCTCAATGACTTTGAAAATAAAT 1 TGCTCCTCTAATCAGAGGCTCAACAACTTTGAAAATAAAT * * 51668 AAAGCT-CTCTAATCAGAGGCTCAACGACCTTTGAAAACTAAAT 1 --TGCTCCTCTAATCAGAGGCTCAAC-AACTTTGAAAA-TAAAT * * * * 51711 GGCTCTTCTAATCAAAAGCTCAACAACTTTGAAAAGTAAAT 1 TGCTCCTCTAATCAGAGGCTCAACAACTTTGAAAA-TAAAT * * * 51752 TGTTCCTCTAAACAGAGGCATC-ACAACTTTGGAAGAATAGAT 1 TGCTCCTCTAATCAGAGGC-TCAACAACTTT-GAA-AATAAAT * 51794 TGCTCCTCTAATCAGAGGCATC-ACAACTTTGAAAGTAAAT 1 TGCTCCTCTAATCAGAGGC-TCAACAACTTTGAAAATAAAT 51834 TGCTCCTCTAAAT-AGAGGC 1 TGCTCCTCT-AATCAGAGGC 51853 AACCACGCCT Statistics Matches: 154, Mismatches: 22, Indels: 16 0.80 0.11 0.08 Matches are distributed among these distances: 40 20 0.13 41 62 0.40 42 65 0.42 43 7 0.05 ACGTcount: A:0.36, C:0.21, G:0.15, T:0.27 Consensus pattern (40 bp): TGCTCCTCTAATCAGAGGCTCAACAACTTTGAAAATAAAT Found at i:51810 original size:42 final size:42 Alignment explanation

Indices: 51628--51882 Score: 208 Period size: 42 Copynumber: 6.2 Consensus size: 42 51618 GAATAAACAA * ** 51628 TGCTCCTCTAATCAGATGC-TCAATGACTTTGAAAA-TAAAT 1 TGCTCCTCTAATCAGAGGCATCAACAACTTTGAAAACTAAAT * * 51668 AAAGCT-CTCTAATCAGAGGC-TCAACGACCTTTGAAAACTAAAT 1 --TGCTCCTCTAATCAGAGGCATCAAC-AACTTTGAAAACTAAAT * * * * * 51711 GGCTCTTCTAATCAAAAGC-TCAACAACTTTGAAAAGTAAAT 1 TGCTCCTCTAATCAGAGGCATCAACAACTTTGAAAACTAAAT * * * 51752 TGTTCCTCTAAACAGAGGCATC-ACAACTTTGGAAGAA-TAGAT 1 TGCTCCTCTAATCAGAGGCATCAACAACTTT-GAA-AACTAAAT * 51794 TGCTCCTCTAATCAGAGGCATC-ACAACTTTG-AAAGTAAAT 1 TGCTCCTCTAATCAGAGGCATCAACAACTTTGAAAACTAAAT * * ** 51834 TGCTCCTCTAAAT-AGAGGCAACCACGCCTTTGAAAAAC-AAAT 1 TGCTCCTCT-AATCAGAGGCATCAACAACTTTG-AAAACTAAAT 51876 TGCTCCT 1 TGCTCCT 51883 TAACAATCAT Statistics Matches: 177, Mismatches: 25, Indels: 22 0.79 0.11 0.10 Matches are distributed among these distances: 39 2 0.01 40 22 0.12 41 67 0.38 42 76 0.43 43 10 0.06 ACGTcount: A:0.36, C:0.22, G:0.15, T:0.27 Consensus pattern (42 bp): TGCTCCTCTAATCAGAGGCATCAACAACTTTGAAAACTAAAT Found at i:52243 original size:43 final size:42 Alignment explanation

Indices: 52157--52262 Score: 115 Period size: 43 Copynumber: 2.5 Consensus size: 42 52147 TTCAAGGCTT * ** * 52157 TTCAAAGGTTCTCATTTGGCAAACTTGGAATTCATATCCAAAAA 1 TTCAAAGCTTCTCATTT-G-AATTTTGGAATTCACATCCAAAAA * * 52201 -TCTAAAGCTTTTCATTTGAATTTTGGAGATTCACATCTAAAAA 1 TTC-AAAGCTTCTCATTTGAATTTTGGA-ATTCACATCCAAAAA 52244 TTCAAAGCTTCTCATTTGA 1 TTCAAAGCTTCTCATTTGA 52263 GTTCAAAGGC Statistics Matches: 52, Mismatches: 7, Indels: 7 0.79 0.11 0.11 Matches are distributed among these distances: 42 7 0.13 43 31 0.60 44 14 0.27 ACGTcount: A:0.34, C:0.17, G:0.12, T:0.37 Consensus pattern (42 bp): TTCAAAGCTTCTCATTTGAATTTTGGAATTCACATCCAAAAA Found at i:52477 original size:22 final size:21 Alignment explanation

Indices: 52430--52488 Score: 73 Period size: 22 Copynumber: 2.7 Consensus size: 21 52420 GGTTTCACTC 52430 CTCAAAGATTCTCATTTTGAAA 1 CTCAAAGATTCTCA-TTTGAAA ** 52452 CTCAAAGATTCTCATTTGAGTT 1 CTCAAAGATTCTCATTTGA-AA * 52474 CTCAAAAATTCTCAT 1 CTCAAAGATTCTCAT 52489 CAAAATATTC Statistics Matches: 33, Mismatches: 3, Indels: 2 0.87 0.08 0.05 Matches are distributed among these distances: 21 5 0.15 22 28 0.85 ACGTcount: A:0.34, C:0.20, G:0.08, T:0.37 Consensus pattern (21 bp): CTCAAAGATTCTCATTTGAAA Found at i:53742 original size:8 final size:8 Alignment explanation

Indices: 53715--53775 Score: 61 Period size: 8 Copynumber: 7.6 Consensus size: 8 53705 ATTTGAATCT 53715 TTTTTTCA 1 TTTTTTCA * 53723 TTTTCTCA 1 TTTTTTCA * 53731 TTTTTTCC 1 TTTTTTCA * 53739 TTTTTT-T 1 TTTTTTCA ** 53746 TTTTTATTT 1 TTTTT-TCA 53755 TTTTTTCA 1 TTTTTTCA 53763 TTTTTTCA 1 TTTTTTCA 53771 TTTTT 1 TTTTT 53776 CATCATCTTC Statistics Matches: 45, Mismatches: 6, Indels: 4 0.82 0.11 0.07 Matches are distributed among these distances: 7 5 0.11 8 34 0.76 9 6 0.13 ACGTcount: A:0.08, C:0.11, G:0.00, T:0.80 Consensus pattern (8 bp): TTTTTTCA Found at i:57890 original size:13 final size:13 Alignment explanation

Indices: 57872--57896 Score: 50 Period size: 13 Copynumber: 1.9 Consensus size: 13 57862 TTATTTAAAG 57872 AAAATAAAATAAT 1 AAAATAAAATAAT 57885 AAAATAAAATAA 1 AAAATAAAATAA 57897 ACATAAAAAA Statistics Matches: 12, Mismatches: 0, Indels: 0 1.00 0.00 0.00 Matches are distributed among these distances: 13 12 1.00 ACGTcount: A:0.80, C:0.00, G:0.00, T:0.20 Consensus pattern (13 bp): AAAATAAAATAAT Found at i:57895 original size:18 final size:18 Alignment explanation

Indices: 57872--57908 Score: 58 Period size: 18 Copynumber: 2.1 Consensus size: 18 57862 TTATTTAAAG 57872 AAAATAAA-ATAATAAAAT 1 AAAATAAACATAA-AAAAT 57890 AAAATAAACATAAAAAAT 1 AAAATAAACATAAAAAAT 57908 A 1 A 57909 TTAAACAATT Statistics Matches: 18, Mismatches: 0, Indels: 2 0.90 0.00 0.10 Matches are distributed among these distances: 18 14 0.78 19 4 0.22 ACGTcount: A:0.78, C:0.03, G:0.00, T:0.19 Consensus pattern (18 bp): AAAATAAACATAAAAAAT Found at i:59435 original size:181 final size:181 Alignment explanation

Indices: 58798--64510 Score: 3559 Period size: 181 Copynumber: 32.1 Consensus size: 181 58788 ATAAATCATT * * * * * * 58798 TTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTCCAAATAAGC-TAGTATAAATTCAAAAAAACTTATTTTAT 1 TTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTA-TATGAACT-AAAACAA-TTGTTTTAT * * ** ** * 58861 G-CTAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGAAAATTGTTCGTATAGTTTTAAATATTTGAA 62 GAC-AAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA * * * * * * * ** 58925 CTGGTTCGACAAAGAAATTTATTTTTTAATTTTCTTAGTTATTAATTTTCAGAATA 126 CTAGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATA * * ** * * * * * 58981 TTATTAGATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGATTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGATA 1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACA * * ** * 59046 GAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAGTTTACAATTGTTCAAATAGT--T-ACGTATTTGAACTAG 66 AAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC-TATTTGAACTAG * * * 59108 TTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAGA 130 TTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATA * * * * 59160 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAGGCTTGA-ATG-A-TAAAAAAAATTGTTATATGA 1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTT-ATATGAACT-AAAACAATTGTTTTATGA * ** ** * * * * * 59222 CCAAACAAAAGGCCATAATTTTTTATAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAATTATTTGAACC 64 CAAAACAAAAGGTTATAATGATTT-GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT * * * * * 59287 ACTTCGACAAACAGATTTGTTTTTTAAATCTCTTAATTATCAATTTTTGGAATA 128 AGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATA * * * * * * 59341 TTATTAAATTAGTATTATTTTATTCCAAAAAAGCTTATATCAACTAAAACAATTATTTTATAACA 1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACA * * 59406 GAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATA---A-AA--A-TTG-----GT 66 AAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGT * * * * * 59459 TCGATAAATAAATTTATTTATTAAATCTCTTATTTATTAATTTTTGAAATA 131 TCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATA * * * * *** * 59510 TTAATAAATTACTATTATTTAATTTCAAA-AGGCTTGTATGATGAAAAACAATTGTTTTAAGACA 1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACA * * * * * * * * * * 59574 AAATAAAAGTTTATAACGATATGAAATAGATAATTGTTTAAATGGCCATAATTATTTAAAGCGA- 66 AAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTAG * * * * 59638 TTCGATAAACTA-ACTTATCTATTAAATCT-TTATCTT-TTCAATTTTTGAAATA 130 TTCGATAAAC-AGATTTATTTTTTAAATCTCTTA-CTTATT-AATTTTTGGAATA ** * * * * * ** * * 59690 TTAATAAAGCAATATTATTTTATTTCACATAAGCTTTTATGGACTGAAACAATCATTCTATGATA 1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACA * * ** * * * 59755 AAACAAAAGGTCATACTTCTTAT-AAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAAATATTTGAACTTG 66 AAACAAAAGGTTATAATGATT-TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG * * * * ** * * 59819 TTTTG-TAAACAGATTTATTTTTTTTAATTTTTTGTTTATTAATTTTTTGAATG 130 -TTCGATAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATA * * * 59872 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCATGTATGAACTGAAAA-AATTATTTTATGAC 1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACT-AAAACAATTGTTTTATGAC * * * * * * * * * 59936 TAAACAAAATGTTAGAA-CATTTTAAAATAAATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTA 65 AAAACAAAAGGTTATAATGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTA * ** * * * 60000 GCTCGGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTGTTACTTATTAATTTTTAGAATA 129 GTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATA * * * * * * * 60053 TTATTAATTTAGCAATATTTTACTTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGAC 1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGAC * * * 60117 AAAAC---A----AT--TGA---G--ATAGATAATTGTTGAAGTAGTCATAACTATTTGAACTGG 65 AAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG ** * * * * 60168 TTTAATAAATAGATTTAATTTTTAAA--TC-T-CTTATTAACTTTTGAAATA 130 TTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATA * ** ** * * * ** 60216 TTAATAAATTAGTAGTATTTTATTTTTAATAATTTTGTAT-AAATATAAATAATTGTTTTACAAC 1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGAC * ** * * * * * * * 60280 AAAACAAAATGTTATAACCATTTGAAATAGAAAATAGCTCAAATGGACATGACTATTTGAACTTG 65 AAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG * * * ** 60345 TTCGGTGAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTTGGAATA 130 TTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATA * ** ** * * * 60397 TTAATAAATTAGTGTTATTTTATCTT-AAATAAAATTGCAT-AAATAGAAATAATTGTTTTATAA 1 TTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTCAAATAAGCTTATATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGA * * * * * ** * * * * 60460 AAAAAGAAAAGATTATAACGATTTGAAATAAATAATCATTCAAAGAGTCATAACTACTTAAACTC 64 CAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTA * * * * 60525 GCTC-AGTAAATAGATTTATTTTTTAAAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGGAATT 129 GTTCGA-TAAACAGATTTATTTTTT--AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATA ** * * 60579 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTTTATGAACAAAAACAATTAG-TTTATGAC 1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTAAAACAATT-GTTTTATGAC ** ** * * * * 60643 AAAACAAAAAATCGTAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTGACAAATATTTGAACGT- 65 AAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TA * * * * 60707 GTTCGAAAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACCTATTAATTGTCTT--AATA 129 GTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-T-TTGGAATA * * ** ** 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