Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019168405.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_620, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 21420
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Found at i:559 original size:179 final size:176
Alignment explanation
Indices: 61--679 Score: 594
Period size: 179 Copynumber: 3.5 Consensus size: 176
51 CTTGACCATG
* * * *
61 CAAATAGTTATGACTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTGTTTTATCACAA
1 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-ATTATAACCTTTTTTTTGTCATAA
* * * * *
126 AACAATTGATTCTATTCGTAACAAGCTTATTTGAATAACATAAT-TCTATTTTATTAATATTCT-
65 AACAATTGTTTCTATTCAT-ACAAGCTTATTCGAATAAAATAATAT-TAATTTATTAATATTCTA
* *
189 AAAATTAATAAG---AGATTTAAAAAATGAATTTGTTTACCGAACAAGTAT
128 AAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-CAAACAAGT-T
* * * **
237 -AAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATATCAAATCGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATA
1 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-ATTATAACCTTTT-TTTTGTCATA
*** * * * * * *
301 AAACAAAAATTTCTATTCAGACAAGCTTATTTCAAATAAAATTACATAAATTTATTAATA-TGTA
64 AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCTA
* *
365 GACACA-TAATAAGTAACAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAAATAAGTT
128 -A-AAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-CAAACAAGTT
* * * * *
417 CAAATAGTT-TGACTGTTTGAACAATTATTTTATTTCAAATAGTTATGA-CTTTTTGTTGTCATG
1 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA-TCTATTTCAAATA-TTATAACCTTTTTTTTGTCATA
* * * *
480 AAACAATTGTTTTTCTTCATACAAGCCTATTCGAATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTA
64 AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAA-TAAAATAATATTAATTTATTAATATTCTA
* *
545 AAAATTAATAAGTAAAAGATTT-TAAAATAAATATGTTTACTAAACAAGTT
128 AAAATTAATAAGT-AAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTAC-AAACAAGTT
* * * *
595 CAAATAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTTTTTGTCATAA
1 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TATTATAACCTTTTTTTTGTCATAA
* * *
660 AATAATTGTATCAATTCATA
65 AACAATTGTTTCTATTCATA
680 AGGCCTATTT
Statistics
Matches: 356, Mismatches: 66, Indels: 39
0.77 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
175 57 0.16
176 43 0.12
177 10 0.03
178 56 0.16
179 112 0.31
180 27 0.08
181 51 0.14
ACGTcount: A:0.41, C:0.11, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (176 bp):
CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATATTATAACCTTTTTTTTGTCATAAA
ACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCTAAAA
ATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACAAACAAGTT
Found at i:1361 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 1336--1376 Score: 57
Period size: 20 Copynumber: 2.0 Consensus size: 20
1326 TGACCTTTTA
1336 TTTTG-TCATAAAACAATTAT
1 TTTTGTTCATAAAA-AATTAT
*
1356 TTTTGTTCATACAAAATTAT
1 TTTTGTTCATAAAAAATTAT
1376 T
1 T
1377 CAAAATAAAA
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 1, Indels: 2
0.86 0.05 0.09
Matches are distributed among these distances:
20 12 0.63
21 7 0.37
ACGTcount: A:0.37, C:0.10, G:0.05, T:0.49
Consensus pattern (20 bp):
TTTTGTTCATAAAAAATTAT
Found at i:1645 original size:178 final size:180
Alignment explanation
Indices: 740--1886 Score: 923
Period size: 181 Copynumber: 6.4 Consensus size: 180
730 TTACTGAACA
* * * * *
740 AGTTCAAATCA-TTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGCTATGACCTTTTGTTTTG
1 AGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATC-TTTATTTTG
* * * * * * *
804 TCATAAGATAATT-TTT-TGTTTATACAAGCTTATTTC-GAATAAAATAAT--TAAATCTATCAA
64 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAA
** *
864 TA-TTCCAAAATTTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAAT-TATTT-TCTGAACAC-
127 TATTTTGAAAA-TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATC--AA-ACT
* * * *
917 A-TTCAAATAGTTCT-ACCTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATAGTTATGA-CTTT-TTGT-T
1 AGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATCTTTATTTTGT
* **
977 CATGATAAACCAATTGTTTCTATCCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
65 CAT-A-AAA-CAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* ** * * * *
1042 -ACTTCCAAATATTACTAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATC-GAGT
127 TATTTTGAAA-ATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACT
* * * * * * * * * *
1095 AAGCTCAAATAGGTATTATTGTTTAAACAATTTTTTATTTCAAATAGTTATGATCTTTCGTTTTG
1 -AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATCTTT-ATTTTG
* *
1160 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATA
64 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * *
1225 TTTTGCAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACA
129 TTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACT
* * * * * * *
1277 ACTTTAAATAGTCATGTCCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATC-TTTATTTTGT
* * * ** *
1342 CATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTGATTTATTAATAT
65 CATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * ** *
1407 TTTGAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAACTAAATCTGTTTATTGAACC
130 TTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACT
* * * * *
1454 AATTCATATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCGTAATTATCTTTATTTTGTC
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATCTTTATTTTGTC
** * * * * *
1519 ATGCAACAATTGTTTCTTTTCACT-TAAGCTTATTC-AATTAAAATGATACTAATTTAATAAT-T
66 ATAAAACAATTGTTTCTATTCA-TACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* *
1581 TTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAACT
130 TTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACT
* * * * * *
1632 AGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTTTAACCTTT-TTTTAGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATCTTTATTTT-GT
* * * * *
1696 CATAAAATAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTTAAAAT-AAATAATACT-A--TATTAACAT
65 CATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
*** * * ** *
1757 TCAAAAAATTAATAAAGCAATAGATTTTAAAAAAATAAATCTATTTATTGAACA
130 TTTGAAAATTAAT-AAGTAAGAGA-TTT-AAAAAATAAATCTATTTATCAAACT
* * * * * * * * * *
1811 ATTTCAATTAGATATGACTATTTGAATAATTATCTATATAAAATTGTTTTGACCTTTTATTTTAT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATC-TTTATTTTGT
1876 CATAAAACAAT
65 CATAAAACAAT
1887 GTATTTGCTA
Statistics
Matches: 780, Mismatches: 150, Indels: 77
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
172 4 0.01
173 4 0.01
174 14 0.02
175 35 0.04
176 95 0.12
177 116 0.15
178 144 0.18
179 85 0.11
180 59 0.08
181 204 0.26
182 12 0.02
183 4 0.01
184 4 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.11, G:0.07, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATCTTTATTTTGTC
ATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
TTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACT
Found at i:1834 original size:357 final size:353
Alignment explanation
Indices: 716--1886 Score: 968
Period size: 358 Copynumber: 3.3 Consensus size: 353
706 AAATATTTTG
* * * * * * *
716 AAAAATGAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATCA-TTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTC
1 AAAAATAAATCTATTTATTGAACAA-TTC-AATTAGATATGACTATTTGAACAATTATCTATCTC
* * ** * * * * *
780 AAATTGCT-ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAGATAATT-TTT-TGTTTATACAAGCTTATTTC-G
64 AAATAG-TAATGATCTTTCATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAA
* ** *
841 AATAAAATAAT--TAAATCT-ATCAATA-TTCCAAAATTTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAA
127 AATAAAATAATACT-AATTTAAT-AATATTTTGAAAA-TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
* * * *
901 ATTATTTTCTGAACACATTCAAATAGTTCTA-CCTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT-AGTT
189 A-TATTTTATCAA-ACATTCAAATAGTT-AAGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA-TT
* * * * *
964 ATGA-CTTTTTGTTCA-TGATAAACCAATTGTTTCTATCCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATA
250 ATGACCTTTTT-TT-AGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATA
* * *
1027 ATACTAATTTATTAAACTTCCAAATATTACTAAGTAAAAGATTTA
313 ATACTAA-TTATTAAA-TTCAAAAAATTAATAAG--AAAGATTTA
* ** * * * * * * * * * *
1072 AAAAATAAATCTATTTATCGAGTAAGCTCAAATAGGTATTATTGTTTAAACAATTTTTTATTTCA
1 AAAAATAAATCTATTTATTGAACAA-TTCAATTAGATATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCA
* * *
1137 AATAGTTATGATCTTTCGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCAAAAT
65 AATAGTAATGATCTTTCATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAAT
* * * * * *
1202 AAAATAATACTACTTTATTAATATTTTGCAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTAT
130 AAAATAATACTAATTTAATAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATAT-T
* * * * * * *
1267 TTACCAAACAACTTTAAATAGTCATGTCCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCT
194 TTATCAAAC-A-TTCAAATAGTTAAGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCT
* * * ** * *
1332 TTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTGAT
257 TTT-TTTAGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACT-AA
***
1397 TTATTAATATTTTGAAAATTAATAAG--AGATTTA
320 TTATTAA-ATTCAAAAAATTAATAAGAAAGATTTA
* * *
1430 AAAACTAAATCTGTTTATTGAACCAATTC-ATATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTC
1 AAAAATAAATCTATTTATTGAA-CAATTCAAT-TAGATATGACTATTTGAACAATTATCTATCTC
* * ** * *
1494 AAATCGTAATTATCTTT-ATTTTGTCATGCAACAATTGTTTCTTTTCACT-TAAGCTTATTC-AA
64 AAATAGTAATGATCTTTCATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCA-TACAAGCTTATTCAAA
* *
1556 TTAAAATGATACTAATTTAATAAT-TTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATAT
128 ATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATAT
* * * *
1620 GTTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTTTAAC
193 -TTTATCAAAC-A-TTCAAATAGTTAAGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* *
1685 CTTTTTTTAGTCATAAAATAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTTAAAAT-AAATAATACT-A
255 CTTTTTTTAGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAA
1748 -TATTAACATTCAAAAAATTAATAAAGCAATAGATTTTAA
320 TTATTAA-ATTCAAAAAATTAAT-AAG-AA-AGA-TTT-A
* * *
1787 AAAAATAAATCTATTTATTGAACAATTTCAATTAGATATGACTATTTGAATAATTATCTATATAA
1 AAAAATAAATCTATTTATTGAACAA-TTCAATTAGATATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCA
* ** * * *
1852 AATTGTTTTGACCTTTTATTTTATCATAAAACAAT
65 AATAGTAATGATCTTTCATTTTGTCATAAAACAAT
1887 GTATTTGCTA
Statistics
Matches: 646, Mismatches: 136, Indels: 64
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
350 18 0.03
351 3 0.00
353 10 0.02
354 39 0.06
355 99 0.15
356 101 0.16
357 106 0.16
358 107 0.17
359 22 0.03
360 28 0.04
361 41 0.06
362 69 0.11
363 3 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.11, G:0.07, T:0.41
Consensus pattern (353 bp):
AAAAATAAATCTATTTATTGAACAATTCAATTAGATATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAA
ATAGTAATGATCTTTCATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATA
AAATAATACTAATTTAATAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATTTT
ATCAAACATTCAAATAGTTAAGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTT
TTAGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTATTA
AATTCAAAAAATTAATAAGAAAGATTTA
Found at i:2116 original size:271 final size:268
Alignment explanation
Indices: 1635--2157 Score: 676
Period size: 271 Copynumber: 1.9 Consensus size: 268
1625 TCAAACTAGT
1635 TCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTTTAACCTTTTTTTAGTCATA
1 TCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTTTAACCTTTTTTTAGTCATA
*
1700 AAATAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTTAAAATAAATAATACTATATTAACATTCAAAAAA
66 AAATAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTTAAAATAAATAATAATATATTAACATTCAAAAAA
* * ** *
1765 TTAATAAAGCAATAGATTTTAAAAAAATAAATCTATTTATTGAACAATTTCAATTAGATATGACT
131 TTAATAAAGCAATAGAATTTAAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGCTCAAATAGATATGACT
** *
1830 ATTTGAATAATTATCTATATAAAATTGTTTTGACCTTTTATTTTATCATAAAACAATGTATTTGC
196 ATTTGAATAATTATCTATATAAAATCATTATGACCTTTTATTTTATCATAAAACAATGTATTTGC
1895 TAAACCAA
261 TAAACCAA
* * * * *
1903 TCAAATAGTTAAGATTGTTAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTTTAATCTTTTGTTTAGTCAT
1 TCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTTTAACCTTTT-TTTAGTCAT
* * * * * ** *
1968 AAAATAATTGTTTTAGTTCATACATA-TTTATTTGAAATAAAATAATAATATTTTATTAATGTTT
65 AAAATAATTATTTCAATTCATACA-AGCTTATTTAAAAT-AAATAATAATA---TATTAACATTC
* * * * * * *
2032 AGAAATTTAAT-AAGCAA-GGAATTTACAAAAATAAATTTGTTTACTGAATAAGCTCAAATA-AT
125 AAAAAATTAATAAAGCAATAGAATTTAAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGCTCAAATAGA-
* *
2094 TATGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAAT
189 TATGACTATTTGAATAATTATCTATATAAAATCATTATGACCTTTTATTTTATCATAAAACAAT
2158 TGTTTCATTT
Statistics
Matches: 217, Mismatches: 31, Indels: 11
0.84 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
268 50 0.23
269 40 0.18
270 12 0.06
271 92 0.42
272 6 0.03
273 17 0.08
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.07, T:0.41
Consensus pattern (268 bp):
TCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTTTAACCTTTTTTTAGTCATA
AAATAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTTAAAATAAATAATAATATATTAACATTCAAAAAA
TTAATAAAGCAATAGAATTTAAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGCTCAAATAGATATGACT
ATTTGAATAATTATCTATATAAAATCATTATGACCTTTTATTTTATCATAAAACAATGTATTTGC
TAAACCAA
Found at i:2120 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 2088--2120 Score: 50
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
2078 AATAAGCTCA
2088 AATAATTATGACTATTTG
1 AATAATTAT-ACTATTTG
2106 AATAATTAT-CTATTT
1 AATAATTATACTATTT
2121 AAAATCATTA
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
18 9 0.60
ACGTcount: A:0.39, C:0.06, G:0.06, T:0.48
Consensus pattern (17 bp):
AATAATTATACTATTTG
Found at i:2333 original size:181 final size:182
Alignment explanation
Indices: 1927--2339 Score: 444
Period size: 182 Copynumber: 2.3 Consensus size: 182
1917 TTGTTAGAAT
* * * * *
1927 AATTATCTATTTCAAATCGTT-TTAATCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTTAGTTCATAC
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGAA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAC
* ** * * *
1991 ATATTTATTTGAAATAAAATAATAATATTTTATTAATGTTTAGAAATTTAATAAGCAAGGAATTT
65 AAATTTATTAAAAATAAAATAATAATACTTTATTAATATTTAGAAATTTAAGAAGCAAGGAATTT
*** * * *
2056 ACAAAAATAAATTTGTTTACTGAATAAGCTCAAATAATTATGACTATTTGAAT
130 ACAAAAATAAACCAGTTTACTGAATAAGCTCAAATAATTATGACCATTTAAAC
* * * * *
2109 AATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCATTTCTTA-A
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACA
* * **
2173 AAGTTTATTAAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTCA-ACAA-TTGAGAAGTTA-GAGA
66 AA-TTTATTAAAAATAAAATAATAATACTTTATTAATATTT-AGA-AATTTAAGAAGCAAGGA-A
* * * * *
2235 TTTA-AAAAATAAACCAGTTTATTGAATTAGTTCAAATAGTTATGGCCATTTAAAC
127 TTTACAAAAATAAACCAGTTTACTGAATAAGCTCAAATAATTATGACCATTTAAAC
2290 AATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTT-TTTCTGTCATAAAACAATT
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTT-TGTCATAAAACAATT
2340 ATTTTTCATG
Statistics
Matches: 191, Mismatches: 34, Indels: 13
0.80 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
180 3 0.02
181 87 0.46
182 96 0.50
183 5 0.03
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.08, T:0.43
Consensus pattern (182 bp):
AATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACA
AATTTATTAAAAATAAAATAATAATACTTTATTAATATTTAGAAATTTAAGAAGCAAGGAATTTA
CAAAAATAAACCAGTTTACTGAATAAGCTCAAATAATTATGACCATTTAAAC
Found at i:2370 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 2052--2401 Score: 411
Period size: 181 Copynumber: 1.9 Consensus size: 180
2042 TAAGCAAGGA
*** * * *
2052 ATTTACAAAAATAAATTTGTTTACTGAATAAGCTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCT
1 ATTTACAAAAATAAACCAGTTTACTGAATAAGCTCAAATAATTATGACCATTTAAACAATTATCT
* * ***
2117 ATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCATTTCTTAAAAGTTTATT
66 ATTTAAAATCATTATGAACTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGATT-ATTTCTTAAAAGCCAATT
* * *
2182 AAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTCAACAATTGAGAAGTTAGAG
130 AAAAATAAAATAATAGTA-ATTATTAATATTTCAAAAATTGAGAAGTTAGAG
* * * * *
2234 ATTTA-AAAAATAAACCAGTTTATTGAATTAGTTCAAATAGTTATGGCCATTTAAACAATTATCT
1 ATTTACAAAAATAAACCAGTTTACTGAATAAGCTCAAATAATTATGACCATTTAAACAATTATCT
* * *
2298 ATTTCAAATCATTATGAACTTTT-TTTCTGTCATAAAACAATT-ATT-TTTCATGATACAAGCCA
66 ATTTAAAATCATTATGAACTTTTGTTT-TATCATAAAACAATTGATTATTTC-T--TAAAAGCCA
*
2360 ATTCAAAATAAAATAATAGTAATTATTAATATTTCAAAAATT
127 ATTAAAAATAAAATAATAGTAATTATTAATATTTCAAAAATT
2402 AATAAGTAGA
Statistics
Matches: 141, Mismatches: 23, Indels: 10
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
178 4 0.03
179 1 0.01
180 24 0.17
181 107 0.76
182 5 0.04
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.07, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
ATTTACAAAAATAAACCAGTTTACTGAATAAGCTCAAATAATTATGACCATTTAAACAATTATCT
ATTTAAAATCATTATGAACTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGATTATTTCTTAAAAGCCAATTA
AAAATAAAATAATAGTAATTATTAATATTTCAAAAATTGAGAAGTTAGAG
Found at i:3145 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 2695--5176 Score: 1674
Period size: 181 Copynumber: 13.9 Consensus size: 180
2685 CTATTAATAT
* ** * * *
2695 GAGATTTAAAAATTAAATATGTTTATAAAACTAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAGTAATTAT
1 GAGATTTAAAAA-TAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTAT
* * * * * * * * * * * *
2760 TTATTTTAAATTGTTATGACTTTTTGTTCTATTATAAAACAATAGTTT-ATCTTCATATAAGCTC
65 CTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCA-GTTAATACAAGCTT
*** * * * ** * *
2824 ATTTGGATTAAAATTATACTAATTTATTAAAATT-TCAGTAGTTAATAAATAA
129 ATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAA
* * * * * * *
2876 AAAATTTTAAAAATAAATATGTTTACCAAACTAGATCAAATAGTTATGACTTTTTGAATAAATAT
1 GAGA-TTTAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTAT
* * * * **
2941 CTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTCAGTTAATATAAAATTA
65 CTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTAATACAAGCTTA
** *
3006 TTCAAAATAAAATAATACTAAGCTATTAATATTCTAAAAATTAATAATTAA
130 TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAA
* * * *
3057 GAGATTTAAAAATGAATCTGTTTACCAAACAAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATC
1 GAGATTTAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATC
* * * * * ** * * *
3122 GATTTGAAATTGCTATAACCTTTTGTTTTGTCGAT-AAATGATT-TTT-GGTTCATGCAAGCTTA
66 TATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTC-ATAAAACAATTGTTTCAGTTAATACAAGCTTA
*** * *
3184 TTTTGATTAAAATAATA-TAAATATATTAATA-T-TAAGACAATTAATAAGTAA
130 TTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCTAA-A-AATTAATAAGTAA
* * * * **
3235 -AGGATTTAAAAAATAAATATTTTTATCAAATAAGTTCAAATCTTTATGACTATTTGAATAATTA
1 GA-GATTT-AAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTA
* * * * * *
3299 TTTATTTTAAATTGTTATGACTTTTTATTTTGTCATAAAGCAATTGTTTCTA-TTCAA-ACAAGC
64 TCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTT-AATACAAGC
* * * * *
3362 TTATTCAGATTAAAATAATATTAATTGATTAATATTTCT----ATAAATAA-T--
127 TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTAA
* *
3410 GAG---------TAAA---GTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATC
1 GAGATTTAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATC
* * * * *
3463 TATTTCAAATCATTGTGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTTC-GTTCATATAAGCTTA
66 TATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCAGTTAATACAAGCTTA
** * *
3527 TTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTGAAAATTAATGAGTAA
130 TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAA
* * * ** * * *
3578 GAGAATTAAAAAATGAATCTATTTACCAAGTATGTTCAAATAGTTATGACTATCTGAACAATTAT
1 GAG-ATTTAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTAT
* * * * *
3643 CTATTTCAAAACATTATGACCTTTTCTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTA-TTTATACAAGCTT
65 CTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTAATACAAGCTT
*
3707 ATTTC-AAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA
129 A-TTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAA
* * **** * *
3759 -AAATTTAAAAAATAAATATGTTTTTTGAACACGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTAT
1 GAGATTT-AAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTAT
* * * * * *
3823 ATATTTTAGATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTA-TTCATAACAA-CA
65 CTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTAAT-ACAAGCT
*** * * *
3886 TATTTGGAATAAAATAATAGTAATTTATTAAAATTCCAAAAATTAATAAGTAA
128 TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAA
* * ** * * * * *
3939 AAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAGCGAGTTCAAATAGTTTTAATTATTTGAATAATTAT
1 GAGATTT-AAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTAT
* * * **
4004 TTATGTCAAATCGTTATGATCTTTTG-TTTGTTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTAATACAATTT
65 CTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG-TCATAAAACAATTGTTTC-AGTTAATACAAGCT
* ** **
4067 TATTCAAAATAAAATAATACTAACTTATTAATATTAAAAAAATTAATAAGTTG
128 TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAA
* * * * *
4120 GAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCCAATAGTCATGTCCATTTGAACT-ATTA
1 GAGATTT-AAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-TAATTA
* * * * * **
4184 TCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTGTTGATGCAAAATT
64 TCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTAATACAAGCTT
* * * * * *
4249 ATTCATATTAAAATAATATTGATCTATTAATATTTTAAAAA-T--TAA-TAA
129 ATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAA
* * *** * *
4297 GACATTTAAAAACTAAATCTATTTTTTAAA-ACAGTTCAAATAGTTATAACCATTTGAATAATTA
1 GAGATTTAAAAA-TAAATCTGTTTACCAAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTA
* * * ** * * ** * *
4361 TCTATCTCAAAAT-GTTATGATC-TTTATTTCATCATAAAACAATTGGTCCTTTTCATACAAGTT
64 TCTATTTC-AAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTAATACAAGCT
* * * * *
4424 TATTCAGATTAAAATAATACCAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA
128 TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAA
* * * * * * * *
4477 GAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCGAGCTAGTTCAAATAGTTAAGACT-GTTGAACAATTAT
1 GAGATTT-AAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTAT
* * * ** * *
4541 TTATTTCAAATCGTTCTAATATTTTGTTTAGAT-ATAAAACAATTATTTCAGTTAATACAAGCTT
65 CTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG-TCATAAAACAATTGTTTCAGTTAATACAAGCTT
* * *
4605 ATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATT-TGAAACATTAATGAGTAA
129 ATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAA
* ** * * * * *
4657 GAGATTTAAAAGAATAAATCTATTTATTGAAA-AAGTTAAAAAAGATT-TGACTTTTTAAACAAT
1 GAGATTT-AAA-AATAAATCTGTTTA-CCAAACAAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAATAAT
* * ** *
4720 TATTCTAATTACTTAAAGTCGTTATGAGC-TTCATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATA
62 TA-TCT-ATT--TCAAA-TCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTAATA
* * * ** * * * *
4784 AAAACTTA-TCTGAAATAAAA-AATGTTACTTTATTAATATTTTGAAAATTAAGAAGTAA
122 CAAGCTTATTC-AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAA
* * * *
4842 GAGATTTAAAAACTATAA-CTGTTTTTCGAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
1 GAGATTTAAAAA-TA-AATCTG-TTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATT
* * * * * * * ** * ** *
4905 ATCAATATCTAATCATTATGATC-TTTGTTTTCTCATAAAATAATTGTTTTTGATCGTCCAAGCT
63 ATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTAATACAAGCT
* * *
4969 TATGT--AGATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAAT-AG---
128 TAT-TCAAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAA
* * **** * * * * *
5018 GAGATTTTAAAAAAAAATGTGTTTGTTGAACCAGTTCAAATAATTAAGAGTATTAGAATAATTAT
1 GAGA-TTTAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTAT
* * * * * * * * *
5083 CTATTTCAAATCATTCTGACCTATTATTTAT-TCATATAATAATTGTTTTAGTTCATACAAGTTT
65 CTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTT-TGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTAATACAAGCTT
*
5147 ATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
129 ATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
5177 CATTTATTTA
Statistics
Matches: 1807, Mismatches: 396, Indels: 200
0.75 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
161 5 0.00
162 109 0.06
163 4 0.00
165 10 0.01
166 1 0.00
168 3 0.00
175 9 0.00
176 125 0.07
177 129 0.07
178 80 0.04
179 159 0.09
180 385 0.21
181 609 0.34
182 34 0.02
183 9 0.00
184 37 0.02
185 45 0.02
186 47 0.03
187 7 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (180 bp):
GAGATTTAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATC
TATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTAATACAAGCTTAT
TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAA
Found at i:3448 original size:162 final size:162
Alignment explanation
Indices: 3266--3577 Score: 389
Period size: 162 Copynumber: 1.9 Consensus size: 162
3256 TTTATCAAAT
** * * * ** *
3266 AAGTTCAAATCTTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTTAAATTGTTATGACTTTTTATTTTG
1 AAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTG
* * * *
3331 TCATAAAGCAATTG-TTTCTATTCAAACAAGCTTATTCAG-ATTAAAATAATATTAATTGATTAA
66 TAATAAAACAATTGTTTTC-ATTCAAACAAGCTTATT-AGAAATAAAATAATACTAATTGATTAA
3394 TATTTCT-ATAAA-TAATGAGTAAAGTTTACTAAAC
129 TA-TTCTGA-AAATTAATGAGTAAAGTTTACTAAAC
* *
3428 AAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTGTGACCTTTTGTTTTG
1 AAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTG
* * * * *
3493 TAATAAAACAATTGTTTTCGTTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
66 TAATAAAACAATTGTTTTCATTCAAACAAGCTTATTAGAAATAAAATAATACTAATTGATTAATA
3558 TTCTGAAAATTAATGAGTAA
131 TTCTGAAAATTAATGAGTAA
3578 GAGAATTAAA
Statistics
Matches: 127, Mismatches: 19, Indels: 8
0.82 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
161 8 0.06
162 115 0.91
163 4 0.03
ACGTcount: A:0.38, C:0.09, G:0.09, T:0.43
Consensus pattern (162 bp):
AAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTG
TAATAAAACAATTGTTTTCATTCAAACAAGCTTATTAGAAATAAAATAATACTAATTGATTAATA
TTCTGAAAATTAATGAGTAAAGTTTACTAAAC
Found at i:4097 original size:361 final size:360
Alignment explanation
Indices: 3425--5181 Score: 1358
Period size: 361 Copynumber: 4.9 Consensus size: 360
3415 AAGTTTACTA
* * * *
3425 AACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTGTGACCTTTTGTT
1 AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTT
* * *
3490 TTGTAATAAAACAATTGTTT-TCGTTCATATA-AGCTTATTT-GAAATAAAATAATACTAATTTA
66 TTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATA-ACAACTTATTTAG-AATAAAATAATACTAATTTA
* * * * * *
3552 TTAATA-TTCTGAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAATGAATCTATTTACC-AAGTATGTTC
128 TTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAA-CA-GTTC
* * * *
3615 AAATAGTTATGACTATCTGAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGACCTTTTCTTT-TGTCATA
190 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTGT-TCATA
* * *
3679 AAACAATTGGTTCTATTTATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTC
254 AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTT
* *
3742 CAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTTTTG
317 CAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTTTCG
* * * * *
3786 AACACGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATATATTTTAGATCGTTATGACCTTTTGTT
1 AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTT
* * * *
3851 TTGTCATAAACCAATTGTTTCTATTCATAACAACATATTTGGAATAAAATAATAGTAATTTATTA
66 TTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAACAACTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTA
* * * *
3916 AAATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAGCGAGTTCAAATA
131 ATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAAC-AGTTCAAATA
* * * * * * *
3981 GTTTTAATTATTTGAATAATTATTTATGTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTGTTCATAAAACAA
195 GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTGTTCATAAAACAA
* ** * **
4046 TTGTTTCTATTAATACAATTTTATTCAAAATAAAATAATACTAACTTATTAATATTAAAAAAATT
260 TTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT
** * * ** *
4111 AATAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCA
325 AATAAG-TAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTTTCG
* * * * * *
4148 AACAAGTTCCAATAGTCATGTCCATTTGAACTATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTT
1 AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTT
* * * * * * * * *
4213 TTGTCATAAAATAATTGTTTCTGTTGATGCAA-AA-TTATTCATATTAAAATAATATTGATCTAT
66 TTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT--AACAACTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * ****
4276 TAATATTTTAAAAATTAATAAG----ACATTTAAAAACTAAATCTATTTTTTAAAACAGTTCAAA
129 TAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTA-TTTACCGAACAGTTCAAA
* * * * * * **
4337 TAGTTATAACCATTTGAATAATTATCTATCTCAAAAT-GTTATGATC-TTTATTTCATCATAAAA
193 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC-AAATCGTTATGACCTTTTGTTTGTTCATAAAA
* * * * * * * * *
4400 CAATTGGTCCTTTTCATACAAGTTTATTCAGATTAAAATAATACCAATTTAATAATATTCCAAAA
257 CAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAA
* **
4465 ATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCG
322 ATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATATGTTTTTCG
* * * * * * * **
4505 AGCTAGTTCAAATAGTTAAGACT-GTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTCTAATATTTTGTT
1 AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTT
* * * * *
4569 TAGAT-ATAAAACAATTATTTC-AGTTAAT-ACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTA
66 TTG-TCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATAACAA-CTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTA
* * * * * ** * *
4631 TTAACATTTGAAACATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAGAATAAATCTATTTATTGAAAAAGTTAA
128 TTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAA-AATAAATCTATTTACCG-AACAGTTCA
* * * * * *
4696 AAAAGATT-TGACTTTTTAAACAATTATTCTAATTACTTAAAGTCGTTATGAGCTTCAT-TTTG-
191 AATAG-TTATGACTATTTGAACAATTA-TCT-ATT--TCAAA-TCGTTATGACCTT-TTGTTTGT
* * * ** *
4758 TCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATAAAAACTTA-TCTGAAATAAAA-AATGTTACTTTATTAA
249 TCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTC-AAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
** * * *
4820 TATTTTGAAAATTAAGAAGTAAGAGATTTAAAAACTATAA-CTGTTTTTCG
312 TATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATA-AATATGTTTTTCG
* * * * *
4870 AACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCAATATCTAATCATTATGATC-TTTGT
1 AA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGT
* * * * * *
4933 TTTCTCATAAAATAATTGTTTTTGA-TCGT-CCAAGCTTATGTAG-ATAAAAATAATACTAATTT
65 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATAACAA-CTTATTTAGAAT-AAAATAATACTAATTT
* * * * * ***
4995 AATAATATTCCAAAAATTAAT-AG---GAGATTTTAAAAAA-AAATGTGTTTGTTGAACCAGTTC
127 ATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGA-TTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAA-CAGTTC
* * * * * * * * * * *
5055 AAATAATTAAGAGTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTGACCTATTATTTATTCATAT
190 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTGTTCATAA
* * * *
5120 AATAATTGTTT-TAGTTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTT
255 AACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
5182 ATTTATTTAA
Statistics
Matches: 1109, Mismatches: 235, Indels: 108
0.76 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
353 1 0.00
354 3 0.00
355 12 0.01
356 138 0.12
357 135 0.12
358 65 0.06
359 16 0.01
360 48 0.04
361 307 0.28
362 159 0.14
363 4 0.00
364 10 0.01
365 135 0.12
366 70 0.06
367 5 0.00
368 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (360 bp):
AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTT
TTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAACAACTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTA
ATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAGTTCAAATAG
TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTGTTCATAAAACAAT
TGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTA
ATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTTTCG
Found at i:4620 original size:542 final size:524
Alignment explanation
Indices: 3448--9306 Score: 1788
Period size: 542 Copynumber: 11.0 Consensus size: 524
3438 AGTCATGACT
* * * * ** * *
3448 ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTGTGACCTTTTGTTTTG-TAATAAAACAATTGTTT-T
1 ATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCGTTCTAATATTTTG-TTTGATCATAAAACAATTATTTCT
* * * ** ***
3511 CGTTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTGAAAATTAATGAGT
65 -ATTAATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTAAAAAAATTAATGAGT
* * * * *
3576 AAGAGAATTAAAAAATGAATCTATTTACCAAGTATGTTCAAATAGTTATGACTATCTGAACAATT
129 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAA-AAAGTTCAAATAG-TATGACTATTTGAACAATT
* * * * * * **
3641 ATCTATTTCAAAACATTATGACCTTTTCTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTATTTATACAAGCT
192 ATCTATTTCAAATCGTTATGA-CTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCAT-CAAAAT
* ** *
3706 TATTTCAAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAA
255 TA-TTCAAATAAAATAATAT-TATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG---AAATTTAAAAAC
* * * * *
3771 TAAATATGTTTTTTGAACACGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATATATTTTAGATCG
315 TAAATCTGTTTTTTAAACA-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCTA-TTCAAATCG
* * * * * * * * *
3836 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTATTCATAACAA-CATATTTGGAATAAAA
378 TTATGATC-TTT-ATTTCTCATAAAACAATTG-GTCTTTTCAT-ACAAGCTTA-TTAGATTAAAA
* * * * * * *
3900 TAATAGTAATTTATTAAAATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC
438 TAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGC
* *
3965 TGAGCGAGTTCAAATAGTTTTAATT
503 TGAGCCAGTTCAAATAG--TTAA-G
* * * * * *
3990 ATTTGAATAATTATTTATGTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTGTTCATAAAACAATTGTTTCTA
1 ATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCGTTCTAATATTTTGTTTGATCATAAAACAATTATTTCTA
** * * **
4055 TTAATACAATTTTATTCAAAATAAAATAATACTAACTTATTAATATTAAAAAAATTAATAAGTTG
66 TTAATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTAAAAAAATTAATGAGTAA
* * * *
4120 GAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCCAATAGTCATGTCCATTTGAACTATTAT
131 GAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAA-AAGTTCAAATAGT-ATGACTATTTGAACAATTAT
* * *
4185 CTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTGTTGATGCAAAATTA
194 CTATTTCAAATCGTTATGAC-TTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCAT-CAAAATTA
* * *
4250 TTCATATTAAAATAATATTGATCTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGACATTTAAAAACTAAAT
257 TTCA-AATAAAATAATATT-ATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGAAATTTAAAAACTAAAT
* * * *
4315 CTATTTTTTAAAACAGTTCAAATAGTTATAACCATTTGAATAATTATCTATCTCAAAAT-GTTAT
320 CTGTTTTTT-AAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCTAT-TC-AAATCGTTAT
*
4379 GATCTTTATTTCATCATAAAACAATTGGTCCTTTTCATACAAGTTTATTCAGATTAAAATAATAC
382 GATCTTTATTTC-TCATAAAACAATTGGT-CTTTTCATACAAGCTTATT-AGATTAAAATAATAC
* * *
4444 CAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCGAGCT
444 TAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCTGAGCC
4509 AGTTCAAATAGTTAAG
509 AGTTCAAATAGTTAAG
*
4525 ACTGTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTCTAATATTTTGTTTAGAT-ATAAAACAATTATTT
1 A-T-TTGAATAATTATTTATTTCAAATCGTTCTAATATTTTGTTT-GATCATAAAACAATTATTT
* ** *
4589 C-AGTTAATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTGAAACATTAATGA
63 CTA-TTAATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTAAAAAAATTAATGA
** * * * * *
4653 GTAAGAGATTTAAAAGAATAAATCTATTTATTGAAAAAGTTAAAAAAGATTTGACTTTTTAAACA
127 GTAAGAGATTTAAAA-AATAAATCTATTTA-CCAAAAAGTTCAAATAG-TATGACTATTTGAACA
* * *
4718 ATTATTCTAATTACTTAAAGTCGTTATGAGC-TTCATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCA
189 ATTA-TCT-ATT--TCAAA-TCGTTATGA-CTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCA
* * * * *
4782 TAAAAACTTATCTGAAATAAAA-AATGTTACTTTATTAATATTTTGAAAATTAAGAAGTAAGAGA
248 TCAAAA-TTAT-TCAAATAAAATAATATTA-TTTATTAATATTTTAAAAATT---AA-TAAGAAA
* * * * *
4846 TTTAAAAACTATAA-CTGTTTTTCGAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCAA
306 TTTAAAAACTA-AATCTGTTTTT-TAAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCTA
* * * * * * *
4910 TATCTAATCATTATGATCTTTGTTTTCTCATAAAATAATT-GTTTTTGATCGTCCAAGCTTATGT
369 T-TCAAATCGTTATGATCTTT-ATTTCTCATAAAACAATTGGTCTTT--TCATACAAGCTTAT-T
*
4974 AGATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAAT-AG---GAGATTTTAAAAAA-AA
429 AGATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAA
* * *
5034 ATGTGTTTGTTGAACCAGTTCAAATAATTAAG
493 ATGTGTTTGCTGAGCCAGTTCAAATAGTTAAG
* * * ** * * * * *
5066 AGTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTGACCTATTATTT-ATTCATATAATAATTGTT
1 A-T-TT-GAATAATTATTTATTTCAAATCGTTCTAATATTTTGTTTGA-TCATAAAACAATTATT
* * * * * *** *
5130 T-TAGTTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTATTTATTTAAAA
62 TCTA-TTAATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTAAAAAAATT--AA
* ** * * * * * * *
5194 TTG-TTTTGACATTTTGTTCAAACAATTAAGA-CTATATGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTA
124 -TGAGTAAGAGA---T-TT-AAA-AAATAA-ATCTAT-TTACCAA--A--AAGTTCAAATAG-TA
* ** ** * * * * *
5257 AGACCT-TTTG---TTTTGGC-A--T-AAAAC---A--A-TTGT-TTTGGT--TAAGATAA--G-
175 TGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGT
*
5302 TT-T-AT--TCAAAA-TA---AAAT--AATAATA--ATTTATTAATA-TTTAGAAAATTAATTCA
239 TTCTGTTCATCAAAATTATTCAAATAAAATAATATTATTTATTAATATTTTA-AAAATT-A---A
* * ** * *
5354 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAATCA-TGTC-AATAAGTTTTGACTATTTGAATA
299 TAAGAAATTTAAAAACTAAATCTGTTTTTTAAA-CAGT-TCAAAT-AGTTATGACTATTTGAAAA
* * * * * * * *
5417 ATTATCTATTTCAAATCGTTATAACTTTTTATTTTGTAATCAAACAATTGGTCCTATTAATACTA
361 ATTATCTA-TTCAAATCGTTATGA-TCTTTA-TTTCTCATAAAACAATTGGT-CTTTTCATACAA
** * * * * * * ** *
5482 TTTTATTTGAAATAAAATAATGCTAATTTGATAATATTCTAAAACTTAATAACCAAGAAAATTT-
422 GCTTATTAG-ATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAG-AGATTTA
* ** * *
5546 AAAAA-AAATCTAATTG-TCAAACCAGTTCAAATAGTTAAG
485 AAAAATAAATGTGTTTGCT-GAGCCAGTTCAAATAGTTAAG
* ** * * * * ** * * ** *
5585 ACTATATAAACGATTATCTATTTTAAATTGTTATAACCTTTTCTTTTATTGTAAAATAATTATTT
1 A-T-T-TGAATAATTATTTATTTCAAATCGTTCTAATATTTTGTTTGATCATAAAACAATTATTT
* ** * ** * * ** *
5650 -TGTTTGTATAAGCTTATTCTGATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTAAAAATTAATAAG
63 CTATTAATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTAAAAAAATTAATGAG
* ** *** * * *
5714 TAAAAGATTTAAAAAATAAAT-T-TGTTATTGAATTGGTTCAAATGGTTAAGACTATTAGAACAA
128 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAT-TTA-CCAAAAAGTTCAAATAG-TATGACTATTTGAACAA
* * * * * * * **
5777 TTATCTATTTGAAATCGTTTTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTCCAGTTCATTCATG
190 TTATCTATTTCAAATCGTTATGA-CTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCA-TCAAA
* * * ** *** *
5842 CTTATTCAAAATAAATTAATAATAATTTATTAGCATCCAAAAAATTAATGAGAAAGATATTTAAA
253 ATTATTC-AAATAAAATAAT-ATTATTTATTAATATTTTAAAAATTAAT----AAGAAATTT-AA
* * * * * *
5907 AAAATAAGTCTG---TTT-ACCATTTGAACA-A-TTAT--CTATTT--AAAATTGT-TA-T--AA
311 AAACTAAATCTGTTTTTTAAACAGTTCAA-ATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCTATTCAAA
* * * * *
5958 -C--T-T--T-TTGATTTGTCATAAAATAATT-GT-TTAAGTTAATACAAGCTTAGTT-GAAATA
375 TCGTTATGATCTTTATTTCTCATAAAACAATTGGTCTT---TTCATACAAGCTTA-TTAG-ATTA
* * * * * *
6013 AAATAATAGTAATTTATTAATATCTCCTAAAA-TAATAA-TAAAAAATTTAAAAAATAAATTTGT
435 AAATAATACTAATTTAATAATAT-TCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGT
* * ** * * *
6076 TTACCGAATCAATT-AAAGTAATTATGG
499 TTGCTGAGCCAGTTCAAA-TAGTTA-AG
* * * * ** * * *
6103 TCATTTGAATGATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTTTTTG-TCATAAAATAATTGTTT-
1 --ATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCGTTCTAATATTTTGTTTGATCATAAAACAATTATTTC
* ** * *
6166 T-TGACCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAGTAA
64 TATTA--ATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTAAAAAAATTAATGA
* * *
6230 GTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAACAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA
127 GTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAA-AAGTTCAAATAG-TATGACTATTTGAACAA
* * * * *
6294 TTAT-TAGTCTCAAATTGTTAAGATCTTTGT-TTTT-TCATAAAACAATTATTTCTGATCAT-AG
190 TTATCTA-TTTCAAATCGTTATGA-CTTT-TATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATCA-
* **** * * * *
6355 AAGCTTATTTGGTTAAAAATAATATTAATTTAATATTATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAA
251 AA-ATTATTCAAAT-AAAATAATATT-ATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGAAATTTAAAA
** * * *** ** * * * *
6420 AAGAAATTTATTTGCCAAACCAGTTCAAATAGTTAAAACTATTAGAATAATTACCTATTTTAAAT
313 ACTAAATCTGTTTTTTAAA-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCTA-TTCAAAT
* * * * * * * * * * * * * * *
6485 CATTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAATATTTGTTTCATATCTTACATGCTTATTTGGAATAAA
376 CGTTATGATC-TTTATTT-CTCATAAAACAATTG-GTCTTTTCATACAAGCTTA-TTAGATTAAA
* * ** ** * * * ***
6550 ATAAT-CTCAATTTATTAAAATTTGAAAAATTAATAAACAAAATATTTGGAAAAATAAATCCATT
437 ATAATACT-AATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATGTGTT
* * * *
6614 T--AGA-CAAATTCAAATAGTTATGACT
500 TGCTGAGCCAGTTCAAATAGTTA--A-G
* * * * * * ** * * * *
6639 ATTTGAAGAATTAATTATTTAAAATCATTATGACCTTTTCTTTTAACATAAAACAATTGTTTC-A
1 ATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCGTTCTAATATTTTGTTTGATCATAAAACAATTATTTCTA
* * * ** * **
6703 GTTCATA-ATAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTCTTAATATTTCAAAAATTAATAAAC
66 -TTAATACA-AGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTAAAAAAATTAATGAGT
* * * * *
6767 AAGAG-TTTAAAAAAATAAATTTTTTTACCAAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAAT
129 AAGAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTACCAAA-AAGTTCAAATAG-TATGACTATTTGAACAAT
* *** * * * * **
6831 TGTCTATCAAAAATCGTTCTGACCTTTTGTTTTGTCACAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGT
191 TATCTATTTCAAATCGTTATGA-CTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCAT-CAAAA
* * **
6896 TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAACTGATAATTAAGTGATTTAAAA
254 TTATTC-AAATAAAATAATA-TTATTTATTAATATTTTAAAAA-T--TAA-TAAGAAATTTAAAA
* * * *** ** * * * * *
6961 AGTCAATATGTTTACCAAGTTAGTTCAAATAATTATGGCCATTTCAATAATTATCTATTTCAAAT
313 ACTAAATCTGTTTTTTAA-ACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCTA-TTCAAAT
* * * * * * * * ** * * *
7026 CATTATTACCTTTTGTTTGGTCGTATAATAATT-GT-TTTGATTGTATAAGTTTATTCAGAATAA
376 CGTTATGATC-TTTATTT-CTCATAAAACAATTGGTCTTT--TCATACAAGCTTATT-AGATTAA
* * * * *
7089 AATAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAAGTTAATAAGTAAGAGATTTACAAAATAAAT-TCGTT
436 AATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGT-GTT
* ** *** * *
7153 TACCAAATTAGTTAAAATAGTTATGACT
500 TGCTGAGCCAGTTCAAATAGTTA--A-G
* * * * * * ** * *
7181 ATTTGAACAATTGTATACTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTCTG-TAATAAAACAATTATTTTT
1 ATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCGTTCTAATATTTTGTT-TGATCATAAAACAATTATTTCT
* * * ** * * ** * *
7245 GTTCATCCAAGCTGT-TTTGAAATAAAATAATACTAATATAATAATATTCCAAAAATTAATAACT
65 ATTAATACAAGCT-TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTAAAAAAATTAATGAGT
* * * * *
7309 AAGAGATTTAAAAAATAAATTTATCTACCAAACTAGTTCAAATAGTTTAGACTATATGAACAATT
129 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAA-AAGTTCAAATAGTAT-GACTATTTGAACAATT
* * * * ** *
7374 ATCTATTTTAAA---TTAT---TTTTGTTTTGCCATAAAACAATTTTTTCAATTCAT-AATAGCT
192 ATCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATCAA-A-AT
* * * * *
7432 TATTTAGAATAAAATAAAATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATATGTAAGAGATTTAAAAA
255 TATTCA-AATAAAATAATAT-TATTTATTAATATTTTAAAAATT-A-A--TAAGAAATTTAAAAA
* * * ** * *
7497 GTAATTTTGTTTACCT-AACTAGATT-AAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA
314 CTAAATCTGTTT-TTTAAAC-AG-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCTA-TTCAAA
* * * * ** * * ** * * * * * * *
7560 TCCTTATGACCTTTTGTTTTGTTGTAAAATAAATATTTTTGTTTATATAAGTTTGTTCAAAATAA
375 TCGTTATGATC-TTT-ATTTCTCATAAAACAATTGGTCTT-TTCATACAAGCTTATT-AGATTAA
* * * * * * *
7625 AAAAATGCTAATCTATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTT
436 AATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTT
* * * *
7686 ATCT-AACCAGTTTAAATAGTTGTAACT
501 -GCTGAGCCAGTTCAAATAG-T-TAA-G
** * * * * * *
7713 ATTTGAGGAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACT-TTTTATCT-ATCATAAAATAA-TAGTTTC
1 ATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCGTTCT-AATATTTTGTTTGATCATAAAACAATTA-TTTC
* *** * *** * *
7775 TATTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGT
64 TATTAATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTAAAAAAATTAATGAGT
* ** * ** * * *
7840 AA-AAATTTTTTAAAATAAATATATTTACCAAACTTGATCAAATAGTCATGACTATTTGAATAAA
129 AAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAA-AAGTTCAAATAGT-ATGACTATTTGAACAAT
* * * ** *
7904 TATCTATTTCAAA-CTGTTATGATCTTTTCTTTTGTCATAAAAAAATATATTTCAATTCATATAA
191 TATCTATTTCAAATC-GTTATGA-CTTTTATTTTGTCATAAAACAAT-TGTTTCTGTTCAT-CAA
* * * *
7968 AATTATTCAAAATAAAGTAATACTATGTTATTAATATTTTGAAAATTAATAATTAAGAGATTTAA
252 AATTATTC-AAATAAAATAATATTAT-TTATTAATATTTT-AAAA--ATTAA-TAAGAAATTTAA
* * * * * ** * * * * *
8033 AAAATGAATATATTTATCGAACAAG-TCTAAATAATTATAACTATTTCAACAATTATCTATTTGA
311 AAACTAAATCTGTTTTTTAAAC-AGTTC-AAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCTA-TTCA
* * * * ** * *
8097 AATCGCTATAACCTTT-TGTTCTGTCATAAAACGATTTTTTTATATTTATACAAGCTTATTTCA-
373 AATCGTTATGATCTTTAT-TTC--TCATAAAACAATTGGTCT-T-TTCATACAAGCTTA-TT-AG
* * *
8160 AATAAAATAATAC-AA---AAT--TA---C---AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATC
431 ATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATG
* * * * ** *
8213 TGTTT-ATCGAACAAATTCAAATCTTTATGACT
496 TGTTTGCT-GAGCCAGTTCAAATAGTTA--A-G
* * * * * * *
8245 ATTTGAACAATTTTTTATTT-AAAACTATTATGACT-TTTTGTTTTG-TCATAAAACAATTGTTT
1 ATTTGAATAATTATTTATTTCAAATC-GTTCT-AATATTTTG-TTTGATCATAAAACAATTATTT
* * * * * * *
8307 TTGATT-ATATAAGCTTATAT-AGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAATAAA-TAAT
63 CT-ATTAATACAAGCTTAT-TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTAAAAAAATTAAT
* * * ** * * ** *
8369 CAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGCTTACTGAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTCAAAT
125 GAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC-CAAAAAGTTCAAATAGT-ATGACTATTTGAAC
* * * * * * *
8434 AATTATCTATTTTAAATCATTGTGAC--CT-TTTTGT--T---TCAA----TT-T-AT-AT-AAG
188 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATCAAA
* * **
8483 TTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAGAGAA-TTAA
253 ATTATTC-AAATAAAATAATA-TTATTTATTAATATTTTAAAAATT-A--A-TAAGA-AATTTAA
* * * **** *
8547 AAAATGAATATGTTTACCGAACATGTTCAAATAGTTATGACTATCT-AAACAATTATCTATTTCA
311 AAACTAAATCTGTTTTTTAAACA-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAA-AATTATCTA-TTC-
* * * * * * * *
8611 AAAT-ATTATGAACTTTTGTTTTGTGATACAACAATTGGT-TTGGTTCATGCAAGCTTATTTGAA
372 AAATCGTTATGATC-TTT-ATTTCTCATAAAACAATTGGTCTT--TTCATACAAGCTTATTAG-A
* * * * *
8674 ATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTT-AAAAATAAATA
432 TTAAAATAATACT-AATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATG
** * *
8736 TGTTT-CT-AAACACGTTCGAATAGTTATAACT
496 TGTTTGCTGAGCCA-GTTCAAATAG-T-TAA-G
* * * * * * ** *
8767 ATTTGAAGAATTATCTA-TTCAAGTCATTATGACCT-TTTTGTTTTG-TCATAAATTAATTGTTT
1 ATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCGTTCT-A-ATATTTTG-TTTGATCATAAAACAATTATTT
** * * * ** * *
8829 CTATTCGTAAAAGCTTATTCAGAATAAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCCAAAAATTATTAA
63 CTATTAATACAAGCTTATTCAAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTAAAAAAATTAAT-G
* * ** *
8894 AG-AAAAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCGAGCAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACA
126 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACC-AAAAAGTTCAAATAG-TATGACTATTTGAACA
* * * * * *
8958 ATTATTTATTTCAAATTGTTATTATCTTTTGTTTGGTCATAAAACAATTG-TTCTATTCATACAA
189 ATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-CTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCAT-CAA
** * * * * *
9022 TTTTATTCGAAACAAAATAATACTAATATATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTGGAGATTTAA
252 AATTATTC-AAATAAAATAATA-TTATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAA----GAAATTTAA
* * ** ** * ** ** * *
9087 AAAATAAATTTGTTGATCGAACAAGTTCAAATAGTCATGTTTATTTGAACTATCACCTATTTCAA
311 AAACTAAATCTGTTTTTTAAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCTA-TTCAA
* * * * * * ** *
9152 ATCGTTATGACTTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTAAGAATA
374 ATCGTTATGA-TCTTT-ATTTCTCATAAAACAATTG-GTCTTTTCATACAAGCTTATT-AGATTA
** * * *
9217 AAATAATACTAATTTTTTAATATTTCAAAAATTAAT-AG---GAGATTTAAAAACTAAATCTGTT
435 AAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTT
* * *
9278 T-ATCGAACCAGTTCAAATCGTTAAG
500 TGCT-GAGCCAGTTCAAATAGTTAAG
9303 ATTT
1 ATTT
9307 TTGTTTTGTC
Statistics
Matches: 4098, Mismatches: 854, Indels: 736
0.72 0.15 0.13
Matches are distributed among these distances:
504 2 0.00
505 18 0.00
508 6 0.00
509 5 0.00
510 5 0.00
511 16 0.00
512 18 0.00
513 34 0.01
514 121 0.03
515 106 0.03
516 160 0.04
517 241 0.06
518 65 0.02
519 98 0.02
520 12 0.00
521 23 0.01
522 85 0.02
523 112 0.03
524 14 0.00
525 20 0.00
526 5 0.00
527 9 0.00
528 3 0.00
529 11 0.00
530 16 0.00
531 141 0.03
532 145 0.04
533 138 0.03
534 91 0.02
535 320 0.08
536 132 0.03
537 220 0.05
538 196 0.05
539 228 0.06
540 296 0.07
541 196 0.05
542 568 0.14
543 22 0.01
544 16 0.00
545 137 0.03
546 7 0.00
547 2 0.00
548 2 0.00
549 14 0.00
550 6 0.00
551 1 0.00
553 13 0.00
554 2 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (524 bp):
ATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCGTTCTAATATTTTGTTTGATCATAAAACAATTATTTCTA
TTAATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTAAAAAAATTAATGAGTAA
GAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAAAAGTTCAAATAGTATGACTATTTGAACAATTATCT
ATTTCAAATCGTTATGACTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATCAAAATTATTCA
AATAAAATAATATTATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGAAATTTAAAAACTAAATCTGTTT
TTTAAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCTATTCAAATCGTTATGATCTTTAT
TTCTCATAAAACAATTGGTCTTTTCATACAAGCTTATTAGATTAAAATAATACTAATTTAATAAT
ATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCTGAGCCAGTTCAAATAGT
TAAG
Found at i:6066 original size:158 final size:158
Alignment explanation
Indices: 5771--6080 Score: 342
Period size: 158 Copynumber: 2.0 Consensus size: 158
5761 AAGACTATTA
* * * * *
5771 GAACAATTATCTATTTGAAATCGTTTTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTCCAGTTCA
1 GAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTCAAGTTAA
* * * * * *
5836 TTCATGCTTATTCAAAATAAATTAATAATAATTTATTAGCATCCAAAAAATTAATGAGAAAGATA
66 TACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAATAATTTATTAACATCCAAAAAATTAATAAGAAAGAAA
5901 TTTAAAAAAATAAGTCTGTTTACCATTT
131 TTTAAAAAAATAAGTCTGTTTACCATTT
* * * * *
5929 GAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATAACTTTTTGATTT-GTCATAAAATAATTGTTTAAGTTA
1 GAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATAACCTTTTG-TTTAGTCATAAAACAATTATTCAAGTTA
* * * ** *
5993 ATACAAGCTTAGTT-GAAATAAAATAATAGTAATTTATTAATATCTCCTAAAA-TAATAATAAA-
65 ATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATAATAATTTATTAACATC-CAAAAAATTAATAAGAAAG
* *
6055 AAATTT-AAAAAATAAATTTGTTTACC
128 AAATTTAAAAAAATAAGTCTGTTTACC
6081 GAATCAATTA
Statistics
Matches: 125, Mismatches: 24, Indels: 8
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
156 18 0.14
157 5 0.04
158 92 0.74
159 10 0.08
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (158 bp):
GAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTCAAGTTAA
TACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAATAATTTATTAACATCCAAAAAATTAATAAGAAAGAAA
TTTAAAAAAATAAGTCTGTTTACCATTT
Found at i:6924 original size:360 final size:355
Alignment explanation
Indices: 5925--9253 Score: 2241
Period size: 361 Copynumber: 9.3 Consensus size: 355
5915 TCTGTTTACC
* ** * * * * *
5925 ATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATAACTTTTTGATTTGTCATAAAATAATTGTTTAAG
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCA-
* * * * *
5990 TTAATACAAGCTTAGTTGA-AATAAAATAATAGTAATTTATTAATATCTCCTAAAATAATAATAA
65 TTCATA-AAGCTTA-TTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT-TTC-AAAA-ATTAATAA
* * * *
6054 A-AA-A-TTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAATC-AATT-AAAGTAATTATG-GTCATTTGAAT
125 ATAAGAGTTTAAAAAATAAATTTGTTTACC-AAACAAATTCAAA-TAGTTATGACT-ATTTGAAC
* * * * ** **
6113 GATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTT-TTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGACCATACA
187 AATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACA
* * *
6177 AGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAGTAAGTAAGAGATTTA
252 AGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAAAGATTTA
* *
6242 AAAAATAAATATGTTTATCAAACAATTCAAATAGTTATGACT
317 AAAAATAAATATATTTA--ACA-AATTCAAATAGTTATGACT
* ** * * * *
6284 ATTTGAACAATTAT-TAGTCTCAAATTGTTAAGATC-TTTGTTTTTTCATAAAACAATTATTTC-
1 ATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCA
* ** * * *
6346 TGATCATAGAAGCTTATT-TGGTTAAAAATAATATTAATTTAATATTATTTCAAAAATTAAT-AA
65 T--TCATA-AAGCTTATTCAGAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAA
* * * * * * ** * *
6409 -GAGA-TTTAAAAAAGAAATTTATTTGCCAAACCAGTTCAAATAGTTAAAACTATTAGAATAATT
126 TAAGAGTTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
* * * * * * * * *
6472 ACCTATTTTAAATCATTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAATATTTGTTTCA-TATCTTACATGC
191 ATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGT-TCATACAAGC
*** * * * * *
6536 TTATTTGGAATAAAATAAT-CTCAATTTATTAAAATTTGAAAAATTAATAAACAAAATATTTGGA
255 TTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAAAGATTT-AA
**
6600 AAAATAAATCCATTTAGACAAATTCAAATAGTTATGACT
318 AAAATAAATATATTTA-ACAAATTCAAATAGTTATGACT
* * * **
6639 ATTTGAAGAATTAAT-TATTTAAAATCATTATGACCTTTTCTTTTAACATAAAACAATTGTTTCA
1 ATTTGAACAATT-ATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCA
* * * *
6703 GTTCATAATAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTCTTAATATTTCAAAAATTAATAAACA
65 -TTCATAA-AGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATA
* * * *
6768 AGAGTTTAAAAAAATAAATTTTTTTACCAAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTG
128 AGAGTTT-AAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
** * * * *
6833 TCTATCAAAAATCGTTCTGACCTTTTGTTTTGTCACAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGTTT
192 TCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTT
* * * ** *
6898 ATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAACTGATAATTAAGTGATTTAAAAAG
257 ATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAA
* * * * * *
6963 TCAATATGTTTACCAAGTTAGTTCAAATAATTATGGCC
322 TAAATATATTTAACAA---A-TTCAAATAGTTATGACT
* * * * * * * *
7001 ATTTCAATAATTATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTTGTTTGGTCGTATAATAATTGTTTTGA
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCA
* * * * *
7066 TT-GTATAAGTTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAAGTTAATAAGTAA
65 TTCATA-AAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAA
* * ** * * *
7130 GAGATTTACAAAATAAATTCGTTTACCAAATTAGTTAAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGT
129 GAG-TTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * * * * * ** *
7195 ATACTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTCTGTAATAAAACAATTATTTTTGTTCATCCAAGCTGT
193 CTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCT-T
** * * * * *
7260 -TTTGAAATAAAATAATACTAATATAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAA
257 ATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAA
* * *
7324 TAAATTTATCTACCAAACTAGTTCAAATAGTT-TAGACT
322 TAAATATATTTAAC-AA--A-TTCAAATAGTTAT-GACT
* * * *
7362 ATATGAACAATTATCTATTT-TAA--ATTAT----TTTTGTTTTGCCATAAAACAATTTTTTCAA
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-A
* * **
7420 TTCATAATAGCTTATTTAGAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATATGTA
65 TTCATAA-AGCTTATTCAGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATA
* * * * *
7484 AGAGATTTAAAAAGTAATTTTGTTTACCTAACTAGATT-AAATAATTATGACTATTTGAACAATT
128 AGAG-TTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAAC-AAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
* * ** * * * ** * * *
7548 ATCTATTTCAAATCCTTATGACCTTTTGTTTTGTTGTAAAATAAATATTTTTGTTTATATAAGTT
191 ATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCT
* * * * *
7613 TGTTCAAAATAAAAAAATGCTAATCTATTAATATTTCAAAAA-T--T-AATAAGAGATTTAAAAA
256 TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAA
* * * * *
7674 ATAAATTTATTTATCTAACCAGTTTAAATAGTTGTAACT
321 ATAAATATATTTAAC-AA--A-TTCAAATAGTTATGACT
** * ** * * * *
7713 ATTTGAGGAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA-CTTTT-TATCTATCATAAAATAATAGTTTCT
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT-TTTGTCATAAAACAATTGTTTC-
** * ** * *
7776 ATTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTA
64 ATTCATA-AAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAAT-
* * ** * * ** * * *
7841 AAAATTTTTTAAAATAAATATATTTACCAAACTTGA-TCAAATAGTCATGACTATTTGAATAAAT
127 AAGAGTTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAAC-AAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
* * * * * * * * *
7905 ATCTATTTCAAA-CTGTTATGATCTTTTCTTTTGTCATAAAAAAATATATTTCAATTCATATAAA
191 ATCTATTTAAAATC-ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT-TGTTTCAGTTCATACAAG
* * ** * *
7969 ATTATTCAAAATAAAGTAATACT-ATGTTATTAATATTTTGAAAATTAATAATTAAGAGATTTAA
254 CTTATTCAAAATAAAATAATACTAAT-TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAAAGATTTAA
* * * * *
8033 AAAATGAATATATTTATCGAACAAGTCTAAATAATTATAACT
318 AAAATAAATATATTTAAC--A-AATTC-AAATAGTTATGACT
* * ** * * * * *
8075 ATTTCAACAATTATCTATTTGAAATCGCTATAACCTTTTGTTCTGTCATAAAACGATTTTTTTAT
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTT-C
* *
8140 ATTTATACAAGCTTATTTCA-AATAAAATAATAC-AA--AATTACA-A-TT----AA-TAAGT-A
64 ATTCATA-AAGCTTA-TTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTA-ATATTTCAAAAATTAA-TAA
* * * **
8193 A-AAGA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAATTCAAATCTTTATGACTATTTGAACAAT
125 ATAAGAGTTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
* * * ** *
8256 TTTTTATTTAAAA-CTATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGATT-ATATAA
190 TATCTATTTAAAATC-ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAG-TTCATACAA
* * * * *
8319 GCTTATAT-AGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAATAAA-TAATCAGTAAAAGATTT
253 GCTTAT-TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA-AAATTAATAAATAAAAGATTT
* * *
8382 AAAAAATAAATATGCTTACTGAACAAGTTCAAATAGTCATGACT
316 AAAAAATAAATAT-ATT--T-AACAAATTCAAATAGTTATGACT
** * * * *
8426 ATTCAAATAATTATCTATTTTAAATCATTGTGACC---T-TTTTGT--T---TCAA---TTT-A-
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAT
* * * * *
8477 T-AT-AAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAGA
66 TCATAAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGA
* * * * ** * *
8540 GAATTAAAAAATGAATATGTTTACCGAACATGTTCAAATAGTTATGACTATCTAAACAATTATCT
131 G-TTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * * *
8605 ATTTCAAAAT-ATTATGAACTTTTGTTTTGTGATACAACAATTGGTTT-GGTTCATGCAAGCTTA
195 ATTT-AAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTCAGTTCATACAAGCTTA
** *
8668 TTTGAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTT-AAAAA
258 TTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAA
* ** * *
8730 TAAATATGTTTCTAAACACGTTCGAATAGTTATAACT
322 TAAATAT-ATT-T-AACAAATTCAAATAGTTATGACT
* * **
8767 ATTTGAAGAATTATCTA-TTCAAGTCATTATGACCTTTTTGTTTTGTCATAAATTAATTGTTTCT
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-
* * * * *
8831 ATTCGTAAAAGCTTATTCAGAATAAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCCAAAAATTATTAAAG
64 ATTCAT-AAAGCTTATTCAGAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAAT
* * * * * *
8896 AAAAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCGAGCAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
127 AAGAG-TTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
* * ** * * * **
8961 ATTTATTTCAAATTGTTATTATCTTTTGTTTGGTCATAAAACAATTG-TTCTA-TTCATACAATT
191 ATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATACAAGC
* * * * ***
9024 TTATTCGAAACAAAATAATACTAATATATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTTGGAGATTTAAA
255 TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAATAAAAGATTTAAA
* * * * **
9088 AAATAAATTTGTTGATCGAACAAGTTCAAATAGTCATGTTT
319 AAATAAATATATT--T--AACAAATTCAAATAGTTATGACT
* * * * * *
9129 ATTTGAACTATCACCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCTA
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-A
** * *
9194 TTCATACAAAATTATTAAGAATAAAATAATACTAATTTTTTAATATTTCAAAAATTAATA
65 TTCATA-AAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
9254 GGAGATTTAA
Statistics
Matches: 2347, Mismatches: 490, Indels: 264
0.76 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
331 4 0.00
332 19 0.01
333 2 0.00
334 3 0.00
335 6 0.00
336 2 0.00
338 3 0.00
340 17 0.01
341 40 0.02
342 20 0.01
343 11 0.00
344 135 0.06
345 15 0.01
347 6 0.00
348 1 0.00
350 3 0.00
351 167 0.07
352 98 0.04
353 10 0.00
354 37 0.02
355 302 0.13
356 167 0.07
357 178 0.08
358 125 0.05
359 112 0.05
360 277 0.12
361 306 0.13
362 209 0.09
363 37 0.02
364 33 0.01
365 2 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (355 bp):
ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAT
TCATAAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGA
GTTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
TTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTC
AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAA
TATATTTAACAAATTCAAATAGTTATGACT
Found at i:7156 original size:180 final size:178
Alignment explanation
Indices: 5925--9300 Score: 2230
Period size: 181 Copynumber: 19.0 Consensus size: 178
5915 TCTGTTTACC
* ** * * * * *
5925 ATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATAACTTTTTGATTTGTCATAAAATAATTG-TTTAA
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTGA
* * * * *
5989 GTTAATACAAGCTTAGTTGA-AATAAAATAATAGTAATTTATTAATATCTCCTAAAA-TAATAA-
66 -TT-ATATAAGCTTA-TTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT-TTCAAAAATTAATAAG
* * * * *
6051 TAAAAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAA-TCAATT-AAAGTAATTATG-GT
127 TAAGAGATTTAAAAAATAAA-TTGTTTACC-AACT-AGTTCAAA-TAGTTATGACT
** * *
6104 CATTTGAATGATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTT-TTTTGTCATAAAATAATTGTTTTT
1 -ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTT
** * * *
6168 GACCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAGTAAGTA
64 GATTATATAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
* *
6233 AGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAAC-AATTCAAATAGTTATGACT
129 AGAGATTTAAAAAATAAAT-TGTTTA-CCAACTAGTTCAAATAGTTATGACT
* ** * * * *
6284 ATTTGAACAATTAT-TAGTCTCAAATTGTTAAGATC-TTTGTTTTTTCATAAAACAATTATTTCT
1 ATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-T
* * * ** * * *
6347 GATCATAGAAGCTTATT-TGGTTAAAAATAATATTAATTTAATATTATTTCAAAAA-T--TAA-T
64 GATTATATAAGCTTATTCAGAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
* * * * **
6407 AAGAGATTTAAAAAAGAAATTTATTTGCCAAACCAGTTCAAATAGTTAAAACT
128 AAGAGATTTAAAAAATAAA-TTGTTTACC-AACTAGTTCAAATAGTTATGACT
* * * * * * * * *
6460 ATTAGAATAATTACCTATTTTAAATCATTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAATATTTGTTTCAT
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT--T
* * ** * * *
6525 -ATCT-TACATGCTTATTTGGAATAAAATAAT-CTCAATTTATTAAAATTTGAAAAATTAATAAA
64 GAT-TATATAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
* * * * ** *
6587 CAAAATATTTGGAAAAATAAATCCATTTAGACAA--A-TTCAAATAGTTATGACT
127 TAAGAGATTT-AAAAAATAAAT-TGTTTA-CCAACTAGTTCAAATAGTTATGACT
* * * ** *
6639 ATTTGAAGAATTAAT-TATTTAAAATCATTATGACCTTTTCTTTTAACATAAAACAATTG-TTTC
1 ATTTGAACAATT-ATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTG
* * * *
6702 AGTTCATA-ATAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTCTTAATATTTCAAAAATTAATAAA
65 A-TT-ATATA-AGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
* * * *
6766 CAAGAG-TTTAAAAAAATAAATTTTTTTACCAAACAAATTCAAATAGTTATGACT
127 TAAGAGATTT-AAAAAATAAA-TTGTTTACC-AACTAGTTCAAATAGTTATGACT
* * * *** * * * *
6820 ATTTAAATAATTGTCTATCAAAAATCGTTCTGACCTTTTGTTTTGTCACAAAACAATTG-TTTCA
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTGA
* * * * * *
6884 GTTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAACTGATAATTA
66 -TT-ATATAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
* * * * * * *
6949 AGTGATTTAAAAAGTCAATATGTTTACCAAGTTAGTTCAAATAATTATGGCC
129 AGAGATTTAAAAAATAAAT-TGTTTACCAA-CTAGTTCAAATAGTTATGACT
* * * * * * *
7001 ATTTCAATAATTATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTTGTTTGGTCGTATAATAATTGTTTTGA
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTGA
* * * *
7066 TTGTATAAGTTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAAGTTAATAAGTAAG
66 TTATATAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG
* * *
7131 AGATTTACAAAATAAATTCGTTTACCAAATTAGTTAAAATAGTTATGACT
131 AGATTTAAAAAATAAATT-GTTTACC-AACTAGTTCAAATAGTTATGACT
* * * * * * *
7181 ATTTGAACAATTGTATACTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTCTGTAATAAAACAATTATTTTTG
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTTG
** * * * * * *
7246 -TTCATCCAAGCTGTTTTGA-AATAAAATAATACTAATATAATAATATTCCAAAAATTAATAACT
65 ATT-ATATAAGCT-TATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
7309 AAGAGATTTAAAAAATAAATT-TATCTACCAAACTAGTTCAAATAGTT-TAGACT
128 AAGAGATTTAAAAAATAAATTGT-T-TACC-AACTAGTTCAAATAGTTAT-GACT
* * * *
7362 ATATGAACAATTATCTATTT-TAA--ATTAT----TTTTGTTTTGCCATAAAACAATT-TTTTCA
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-G
* * *
7419 ATTCATA-ATAGCTTATTTAGAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATATG
65 ATT-ATATA-AGCTTATTCAGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
* * *
7482 TAAGAGATTTAAAAAGTAATTTTGTTTACCTAACTAGATT-AAATAATTATGACT
127 TAAGAGATTTAAAAAATAA-ATTGTTTACC-AACTAG-TTCAAATAGTTATGACT
* ** *
7536 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCCTTATGACCTTTTGTTTTGTTGTAAAATAAATAT-TTTT
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-CAAT-TGTTTT
* * * * * * *
7600 GTTTATATAAGTTTGTTCAAAATAAAAAAATGCTAATCTATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TA
64 GATTATATAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
* * * * * *
7661 AGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTATCTAACCAGTTTAAATAGTTGTAACT
129 AGAGATTTAAAAAATAAA-TTGTTTA-CCAACTAGTTCAAATAGTTATGACT
** * ** * * * *
7713 ATTTGAGGAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA-CTTTT-TATCTATCATAAAATAATAGTTTCT
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT-TTTGTCATAAAACAATTGTTT-T
* ** * ** *
7776 -ATTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGT
64 GATT-ATATAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
* ** * * * *
7840 AA-AAATTTTTTAAAATAAATATATTTACCAAACTTGATCAAATAGTCATGACT
128 AAGAGA-TTTAAAAAATAAAT-TGTTTACC-AACTAGTTCAAATAGTTATGACT
* * * * * * * *
7893 ATTTGAATAAATATCTATTTCAAA-CTGTTATGATCTTTTCTTTTGTCATAAAAAAATATATTTC
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC-ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT-TGTTTT
* ** * * ** *
7957 AATTCATATAAAATTATTCAAAATAAAGTAATACT-ATGTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAT
64 GATT-ATATAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAAT-TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
* * * * * *
8021 TAAGAGATTTAAAAAATGAATATATTTATCGAACAAG-TCTAAATAATTATAACT
127 TAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TGTTTA-CCAACTAGTTC-AAATAGTTATGACT
* * ** * * * * *
8075 ATTTCAACAATTATCTATTTGAAATCGCTATAACCTTTTGTTCTGTCATAAAACGATTTTTTTAT
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-G
* *
8140 ATTTATACAAGCTTATTTCA-AATAAAATAATAC------A--AA-A-TT--ACAATTAATAAGT
65 A-TTATATAAGCTTA-TTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
* * * * **
8192 AAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAATTCAAATCTTTATGACT
128 AAGAGATTTAAAAAATAAAT-TGTTTA-CCAACTAGTTCAAATAGTTATGACT
* * * *
8245 ATTTGAACAATTTTTTATTT-AAAACTATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTT
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC-ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTT
* * *
8309 GATTATATAAGCTTATAT-AGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAATAAA-TAATCAG
64 GATTATATAAGCTTAT-TCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA-AAATTAATAAG
* * * * *
8372 TAAAAGATTTAAAAAATAAATATGCTTACTGAACAAGTTCAAATAGTCATGACT
127 TAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TGTTTAC-CAACTAGTTCAAATAGTTATGACT
** * * * *
8426 ATTCAAATAATTATCTATTTTAAATCATTGTGACC---T-TTTTGT--T---TCAA------T--
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTGA
* * * *
8474 TTATATAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAG
66 TTATATAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG
* *
8539 AGAATTAAAAAATGAATATGTTTACCGAAC-ATGTTCAAATAGTTATGACT
131 AGATTTAAAAAATAAAT-TGTTTACC-AACTA-GTTCAAATAGTTATGACT
* * * * * *
8589 ATCTAAACAATTATCTATTTCAAAAT-ATTATGAACTTTTGTTTTGTGATACAACAATTGGTTTG
1 ATTTGAACAATTATCTATTTC-AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTG
* ** *
8653 GTTCATGCAAGCTTATT-TGAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
65 ATT-ATATAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
* * * *
8716 TAA-AAATTT-AAAAATAAATATGTTT-CTAAAC-ACGTTCGAATAGTTATAACT
127 TAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TGTTTAC-CAACTA-GTTCAAATAGTTATGACT
* * **
8767 ATTTGAAGAATTATCTA-TTCAAGTCATTATGACCTTTTTGTTTTGTCATAAATTAATTGTTTCT
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-T
* * * * *
8831 -ATTCGTAAAAGCTTATTCAGAATAAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCCAAAAATTATTAAA
64 GATT-ATATAAGCTTATTCAGAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-AA
* * * * *
8895 G-AAAAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCGAGCAAGTTTAAATAGTTATGACT
126 GTAAGAGATTTAAAAAATAAA-TTGTTTACC-AACTAGTTCAAATAGTTATGACT
* ** * * * *
8949 ATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATTATCTTTTGTTTGGTCATAAAACAATTGTTCT-A
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTGA
* ** * *
9013 TTCATACAATTTTATTC-GAAACAAAATAATACTAATATATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGT
66 TT-ATATAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGT
** * * * * **
9076 TGGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTGATCGAACAAGTTCAAATAGTCATGTTT
128 AAGAGATTTAAAAAATAAA-TTGTTTA-CCAACTAGTTCAAATAGTTATGACT
* * * * * *
9129 ATTTGAACTATCACCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCT-
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TG
* ** * *
9193 ATTCATACAAAATTATTAAGAATAAAATAATACTAATTTTTTAATATTTCAAAAATTAAT-AG--
65 ATT-ATATAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
* * * *
9255 -GAGATTTAAAAACTAAATCTGTTTATCGAACCAGTTCAAATCGTTA
129 AGAGATTTAAAAAATAAAT-TGTTTA-CCAACTAGTTCAAATAGTTA
9301 AGATTTTTGT
Statistics
Matches: 2543, Mismatches: 482, Indels: 345
0.75 0.14 0.10
Matches are distributed among these distances:
162 5 0.00
163 118 0.05
164 4 0.00
165 1 0.00
166 1 0.00
167 6 0.00
168 2 0.00
169 29 0.01
170 97 0.04
171 6 0.00
172 12 0.00
173 8 0.00
174 124 0.05
175 45 0.02
176 103 0.04
177 194 0.08
178 129 0.05
179 336 0.13
180 424 0.17
181 615 0.24
182 255 0.10
183 29 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (178 bp):
ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTGA
TTATATAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG
AGATTTAAAAAATAAATTGTTTACCAACTAGTTCAAATAGTTATGACT
Found at i:7173 original size:361 final size:355
Alignment explanation
Indices: 5925--9300 Score: 2188
Period size: 355 Copynumber: 9.5 Consensus size: 355
5915 TCTGTTTACC
* * ** * * * *
5925 ATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATAACTTTTTGATTTGTCATAAAATAATTGTTTAAG
1 ATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG-TTTGTCATAAAACAATT-TTTTA-
* * * * *
5990 TTAATACAAGCTTAGTTGA-AATAAAATAATAGTAATTTATTAATATCTCCTAAAA-TAATAA-T
63 TT--TATAAGCTTA-TTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT-TTCAAAAATTAATAAGT
* * * * * * **
6052 AAAAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAA-TCAATT-AAAGTAATTATG-GTCATTTGAATG
124 AAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACT-AGTTCAAA-TAGTTATGACT-ATTTGAACA
* * ** **
6114 ATTATCTATTTC-AAATCGTTATGACCTTTT-TTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGACCATACA
186 ATTATCTA--TCAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACA
* *
6177 AGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAGTAAGTAAGAGATTTA
249 AGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA
* * *
6242 AAAAATAAATATGTTTATCAAACAA-TTCAAATAGTTATGACT
314 AAAAATAAATATATTTA-CCAACAAGTTCAAATAGTTATAACT
* * ** * * *
6284 ATTTGAACAATTAT-TAGTCTCAAATTGTTAAGATC-TTTGTTTTTTCATAAAACAATTATTTCT
1 ATTTCAACAATTATCTA-TTTCAAATCATTATGACCTTTTG-TTTGTCATAAAACAATT-TTT-T
* * * ** * * *
6347 GATCATAGAAGCTTATT-TGGTTAAAAATAATATTAATTTAATATTATTTCAAAAA-T--TAA-T
62 -AT-TTATAAGCTTATTCAGAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
* * * * ** * *
6407 AAGAGATTTAAAAAAGAAATTTATTTGCCAAACCAGTTCAAATAGTTAAAACTATTAGAATAATT
124 AAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
* ** * * * * * * * *
6472 ACCTATTTTAAATCATTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAATATTTGTTTCA-TATCTTACATGC
189 ATCTA-TCAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGT-TCATACAAGT
*** * * ** * * *
6536 TTATTTGGAATAAAATAAT-CTCAATTTATTAAAATTTGAAAAATTAATAAACAAAATATTTGGA
252 TTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AA
** * * *
6600 AAAATAAATCCATTTA--GACAAATTCAAATAGTTATGACT
315 AAAATAAATATATTTACCAACAAGTTCAAATAGTTATAACT
* * * * *
6639 ATTTGAAGAATTAAT-TATTTAAAATCATTATGACCTTTTCTTT-TAACATAAAACAATTGTTTC
1 ATTTCAACAATT-ATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTGT--CATAAAACAATT-TTTT
* * * * **
6702 AGTTCATAATAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTCTTAATATTTCAAAAATTAATAAAC
62 A-TTTAT-A-AGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
* * * * *
6767 AAGAG-TTTAAAAAAATAAATTTTTTTACCAAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAAT
124 AAGAGATTT-AAAAAATAAATTTGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
* * * *
6831 TGTCTATCAAAAATCGTTCTGACCTTTTGTTTTGTCACAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGT
188 TATCTATC-AAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGT
* * * *
6896 TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAACTGATAATTAAGTGATTTAAAA
252 TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
* * * ** * ** *
6961 AGTCAATATGTTTACCAAGTTAGTTCAAATAATTATGGCC
317 AATAAATATATTTACCAA-CAAGTTCAAATAGTTATAACT
* * * * *
7001 ATTTCAATAATTATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTTGTTTGGTCGTATAATAATTGTTTTGA
1 ATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT-GTCATAAAACAATT-TTTT-A
* * *
7066 TTGTATAAGTTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAAGTTAATAAGTAAG
63 TT-TATAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG
* * * *
7131 AGATTTACAAAATAAATTCGTTTACCAAATTAGTTAAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTA
127 AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA-T-TA
* * * * ** *
7196 TACT-TC-AAATCATTATAACCTTTTGTTCTGTAATAAAACAATTATTTTTGTTCATCCAAGCTG
190 T-CTATCAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAG-T-
* * * * *
7259 TT-TT-GAAATAAAATAATACTAATATAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAA
252 TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
* * *
7322 AATAAATTTATCTACCAAACTAGTTCAAATAGTT-TAGACT
317 AATAAATATATTTACC-AACAAGTTCAAATAGTTATA-ACT
* * * *
7362 ATATGAACAATTATCTATTT-TAA--ATTAT----TTTTGTTTTGCCATAAAACAATTTTTTCAA
1 ATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG-TTTGTCATAAAACAATTTTTT--A
* * * *
7420 TTCATAATAGCTTATTTAGAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATATGTA
63 TTTAT-A-AGCTTATTCAGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
* * * *
7484 AGAGATTTAAAAAGTAATTTTGTTTACCTAACTAGATT-AAATAATTATGACTATTTGAACAATT
125 AGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACTAG-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
* ** * * * ** * *
7548 ATCTATTTC-AAATCCTTATGACCTTTTGTTTTGTTGTAAAATAAATATTTTTGTTTATATAAGT
189 ATCTA--TCAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGT
* * * *
7612 TTGTTCAAAATAAAAAAATGCTAATCTATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAA
252 TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
* * * * *
7673 AATAAATTTATTTATCTAACCAGTTTAAATAGTTGTAACT
317 AATAAATATATTTA-CCAACAAGTTCAAATAGTTATAACT
* ** * ** * * * * * *
7713 ATTTGAGGAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTATCTATCATAAAATAATAGTTTCTAT
1 ATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTGTCATAAAACAAT--TTTTTAT
* ** * ** *
7778 TCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAA-
64 T--TATAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG
* ** * * * * * * *
7842 AAATTTTTTAAAATAAATATATTTACCAAACTTGATCAAATAGTCATGACTATTTGAATAAATAT
127 AGA-TTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * * * * * * **
7907 CTATTTCAAACT-GTTATGATCTTTTCTTTTGTCATAAAAAAATATATTTCAATTCATATAAAAT
191 CTA--TCAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT-TGTTTCAGTTCATACAAGTT
* ** *
7971 TATTCAAAATAAAGTAATACT-ATGTTATTAATATTTTGAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAA
253 TATTCAAAATAAAATAATACTAAT-TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
* * *
8035 AATGAATATATTTATCGAACAAG-TCTAAATAATTATAACT
317 AATAAATATATTTA-CCAACAAGTTC-AAATAGTTATAACT
* ** * *
8075 ATTTCAACAATTATCTATTTGAAATCGCTATAACCTTTTGTTCTGTCATAAAACGATTTTTTTAT
1 ATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT-TGTCATAAAAC-A-ATTTTT-T
*
8140 ATTTATACAAGCTTATTTCA-AATAAAATAATAC------A--AA-A-TT--ACAATTAATAAGT
62 ATTTAT--AAGCTTA-TTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
* * * * * * **
8192 AAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAATTCAAATCTTTATGACTATTTGAACAATT
124 AAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
* * * * ** *
8257 TTTTATTTAAAA-CTATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGATT-ATATAAG
189 ATCTA-TCAAAATC-ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAG-TTCATACAAG
* * * * * *
8320 CTTATAT-AGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAATAAA-TAATCAGTAAAAGATTTA
251 TTTAT-TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA-AAATTAATAAGTAAGAGATTTA
** * * *
8383 AAAAATAAATATGCTTACTGAACAAGTTCAAATAGTCATGACT
314 AAAAATAAATATATTTAC-CAACAAGTTCAAATAGTTATAACT
* * * *
8426 A-TTCAAATAATTATCTATTTTAAATCATTGTGACC--TT-TTTGT--T---TCAA---TTTA--
1 ATTTC-AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTGTCATAAAACAATTTTTTATT
* * * *
8477 TATAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAGAGA
65 TATAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA
* * * * * *
8542 ATTAAAAAATGAATATGTTTACCGAAC-ATGTTCAAATAGTTATGACTATCTAAACAATTATCTA
130 TTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACTA-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* * * * * *
8606 TTTCAAAAT-ATTATGAACTTTTGTTTTGTGATACAACAATTGGTTT-GGTTCATGCAAGCTTAT
194 --TCAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTCAGTTCATACAAGTTTAT
** *
8669 TTGAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTT-AAAAAT
256 TCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* * * *
8731 AAATATGTTT-CTAAACACGTTCGAATAGTTATAACT
320 AAATATATTTAC-CAACAAGTTCAAATAGTTATAACT
* * * **
8767 ATTTGAAGAATTATCTA-TTCAAGTCATTATGACCTTTTTGTTTTGTCATAAATTAATTGTTTCT
1 ATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC-TTTTG-TTTGTCATAAAACAATT-TTT-T
* * * *
8831 ATTCGTAAAAGCTTATTCAGAATAAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCCAAAAATTATTAAAG
62 ATT--TATAAGCTTATTCAGAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-AAG
* * * * * *
8896 -AAAAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCGAGCAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
123 TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
* ** * * *
8960 TATTTATTTC-AAATTGTTATTATCTTTTGTTTGGTCATAAAACAATTG-TTCTA-TTCATACAA
188 TATCTA--TCAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATACAA
* * * * **
9022 TTTTATTCGAAACAAAATAATACTAATATATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTTGGAGATTTA
250 GTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA
* * * * * ***
9086 AAAAATAAATTTGTTGATCGAACAAGTTCAAATAGTCATGTTT
314 AAAAATAAATATATTTA-CCAACAAGTTCAAATAGTTATAACT
* * * * * * *
9129 ATTTGAACTATCACCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCTA
1 ATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG-TTTGTCATAAAACAATT-TTT-TA
* ** * *
9194 TTCATACAAAATTATTAAGAATAAAATAATACTAATTTTTTAATATTTCAAAAATTAAT-AG---
63 TT--TATAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
* * * * * *
9255 GAGATTTAAAAACTAAATCTGTTTATCGAACCAGTTCAAATCGTTA
126 GAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTA
9301 AGATTTTTGT
Statistics
Matches: 2386, Mismatches: 478, Indels: 308
0.75 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
331 4 0.00
332 19 0.01
334 3 0.00
336 2 0.00
337 2 0.00
338 1 0.00
340 16 0.01
341 35 0.01
342 19 0.01
343 15 0.01
344 144 0.06
345 16 0.01
347 4 0.00
348 2 0.00
349 2 0.00
350 7 0.00
351 177 0.07
352 108 0.05
353 13 0.01
354 43 0.02
355 296 0.12
356 143 0.06
357 204 0.09
358 121 0.05
359 125 0.05
360 278 0.12
361 294 0.12
362 227 0.10
363 36 0.02
364 27 0.01
365 3 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (355 bp):
ATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTGTCATAAAACAATTTTTTATTT
ATAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAT
TTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATC
AAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGTTTATTCAAA
ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATAT
ATTTACCAACAAGTTCAAATAGTTATAACT
Found at i:8294 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 8011--8324 Score: 382
Period size: 170 Copynumber: 1.9 Consensus size: 169
8001 ATATTTTGAA
* * *
8011 AATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAATATATTTATCGAACAAGTCTAAATAATTATAACTA
1 AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTATCGAACAAGTCTAAATAATTATAACTA
* * * *
8076 TTTCAACAATTATCTATTTGAAATCGCTATAACCTTTTGTTCTGTCATAAAACGATT-TTTTTAT
66 TTTCAACAATTATCTATTTAAAATCACTATAACCTTTTGTTCTGTCATAAAACAATTGTTTTT-G
8140 ATTTATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACAAAATTAC
130 A-TTATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACAAAATTAC
* * * ** *
8181 AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAAT-TCAAATCTTTATGACT
1 AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTATCGAACAAGTCT-AAATAATTATAACT
* * * * * * *
8245 ATTTGAACAATTTTTTATTTAAAA-CTATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTT
65 ATTTCAACAATTATCTATTTAAAATC-ACTATAACCTTTTGTTCTGTCATAAAACAATTGTTTTT
*
8309 GATTATATAAGCTTAT
129 GATTATACAAGCTTAT
8325 ATAGATTAAA
Statistics
Matches: 120, Mismatches: 21, Indels: 7
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 15 0.12
170 100 0.83
171 5 0.04
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.07, T:0.41
Consensus pattern (169 bp):
AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTATCGAACAAGTCTAAATAATTATAACTA
TTTCAACAATTATCTATTTAAAATCACTATAACCTTTTGTTCTGTCATAAAACAATTGTTTTTGA
TTATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACAAAATTAC
Found at i:9383 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 9360--9398 Score: 78
Period size: 18 Copynumber: 2.2 Consensus size: 18
9350 TTGGAGTAAA
9360 TAAATATGTTTGTCGAAC
1 TAAATATGTTTGTCGAAC
9378 TAAATATGTTTGTCGAAC
1 TAAATATGTTTGTCGAAC
9396 TAA
1 TAA
9399 TTCAAATAGT
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
18 21 1.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.10, G:0.15, T:0.38
Consensus pattern (18 bp):
TAAATATGTTTGTCGAAC
Found at i:9818 original size:181 final size:178
Alignment explanation
Indices: 9424--10632 Score: 455
Period size: 180 Copynumber: 6.8 Consensus size: 178
9414 TTATTAGAGC
* * *
9424 AATTATCTATTTTAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTTTTTTAGTTCATACA
1 AATTATCTATTTAAAATCATTA-AACCTTTTGTTTA-TCATAAAATAATTGTTTT-GTTCATACA
*
9489 AGCTTATTTGAAATAAAATAATACTGATTTATTAACAG-TCAAAAAAGTAATACACAAGAAATTT
63 AGCTTATTTGAAATAAAATAATACT-ATTTATTAATAGTTC-AAAAAGTAATACACAAGAAATTT
* * * * *** * *
9553 TAAAAAATAAATCTATTTACGGAGTAAGTTTAAATTGTTATGACTTTTTAAAT
126 TAAAAAATAAATCAATTTACGAAATAAGTTCAAATAACTATGACCTTTCAAAT
* * * *
9606 AATTATCTATTTAAAATAAATATACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTCTGTTCATAGAA
1 AATTATCTATTTAAAATCATTAAACCTTTTG-TTTATCATAAAATAATTGTTT-TGTTCATACAA
* * * ***
9671 GTTTATTTGAAATAAAATAATACTACTTTATTAATAGTTCAAAAATTGATA-AGTTGGAAA-TTT
64 GCTTATTTGAAATAAAATAATACTA-TTTATTAATAGTTCAAAAAGTAATACA-CAAGAAATTTT
* *
9734 AAAAAATAAGTCAATTTATC-AAAT-CGATTCAAATAACTATTG-CCTTTCAAAT
127 AAAAAATAAATCAATTTA-CGAAATAAG-TTCAAATAACTA-TGACCTTTCAAAT
* * * * ** *
9786 AATTATCTATTTCAAATCATTACAAACTTTTGTTTGTCATAAAACAATTAGTTTTCATCATATAA
1 AATTATCTATTTAAAATCATTA-AACCTTTTGTTTATCATAAAATAATT-GTTTTGTTCATACAA
* * * ****
9851 GCCTA-TTCAGAATAAAATAACACTAATTTATTAATA-TTCAAAAAGTAATTTGTAA-AAGA-TT
64 GCTTATTTGA-AATAAAATAATACT-ATTTATTAATAGTTCAAAAAGTAATACACAAGAA-ATTT
* * * * * *
9912 TAAAAAGTAAAT-ATGTTTACTATATTAGTTC------C--T-A--TTT-GAA-
126 TAAAAAATAAATCA-ATTTACGAAATAAGTTCAAATAACTATGACCTTTCAAAT
* * * * * * *
9952 CATTATCTATTTCAAATCGTTAAAACCTCTTATTCTATTATAAAATAATT-TTTTAGTTCATATA
1 AATTATCTATTTAAAATCATT-AAACCTTTTGTT-TATCATAAAATAATTGTTTT-GTTCATACA
* * * * * * *
10016 AGCATA-TTCAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAGC-TAAGAGA-T
63 AGCTTATTTGA-AATAAAATAATACT-ATTTATTAATAGTTCAAAAAGTAATA-CACAAGAAATT
** * ** * * * * *
10078 TTAAAAAATAAATTTATTTGTCG-AAGCAGTTTAAACAATTAAGA-CTATAT-GAAT
125 TTAAAAAATAAATCAATTT-ACGAAATAAGTTCAAATAACTATGACCT-T-TCAAAT
* * * * * *
10132 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACA
1 AATTATCTATTTAAAATCATTA-AACCTTTTG-TTTATCATAAAATAATTGTTT-TGTTCATACA
* ** * * * * **
10197 AGCTTGTTCAAAATTAAATAATACTAATTATTAATA-TTCTAAAAATTAATA-AGTAAGTGA-TT
63 AGCTTATTTGAAATAAAATAATACTATTTATTAATAGTTC-AAAAAGTAATACA-CAAGAAATTT
** * * * *
10259 TAAAAAATAAATCTGTTTACCAAATCAA-TTCAAATAATTATGGCCATTTC-AAC
126 TAAAAAATAAATCAATTTACGAAAT-AAGTTCAAATAACTATGACC-TTTCAAAT
* ** * * * * *
10312 AATTATTTATTTCAAAAATGGTTATTACGTTTTGTTTGTTATGTAACAATTATT-TTTT-TATCA
1 AATTATCTATTT--AAAATCATTA-AACCTTTTGTTTATCA--TAA-AATAATTGTTTTGT-TCA
* * * * ** *
10375 TACAAGTTTATTT-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-CTTTAAAAATTTAATA-AGTATA
59 TACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACT-ATTTATTAATAGTTCAAAAA-GTAATACACAAGA
** * * * * * * * **
10437 AGCTTTGACAAATAAATCTATTTATC-AAATCAGTTTAAATAATTAT-AACTATTTGAAT
121 AATTTTAAAAAATAAATCAATTTA-CGAAATAAGTTCAAATAACTATGACCT-TTCAAAT
* * * * * *
10495 AATTGTATACTTT-AAATCATTCTAACCTTGTGTTCTATCATAAAACAATTAGTTTTATTCATAC
1 AATTATCTA-TTTAAAATCATT-AAACCTTTTGTT-TATCATAAAATAATT-GTTTTGTTCATAC
* * * * *
10559 AAGTTTA-TTCAAATAAAATAATACTAATATAATAATA-TTCTAAAAA-TAATA-ACTAAGAGA-
62 AAGCTTATTTGAAATAAAATAATACT-ATTTATTAATAGTTC-AAAAAGTAATACAC-AAGAAAT
10619 TTTAAAAAATAAAT
124 TTTAAAAAATAAAT
10633 TTGTTTGCCG
Statistics
Matches: 789, Mismatches: 161, Indels: 157
0.71 0.15 0.14
Matches are distributed among these distances:
165 4 0.01
166 68 0.09
167 52 0.07
168 5 0.01
170 1 0.00
173 1 0.00
176 1 0.00
177 1 0.00
178 5 0.01
179 71 0.09
180 247 0.31
181 173 0.22
182 84 0.11
183 67 0.08
184 9 0.01
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.07, T:0.40
Consensus pattern (178 bp):
AATTATCTATTTAAAATCATTAAACCTTTTGTTTATCATAAAATAATTGTTTTGTTCATACAAGC
TTATTTGAAATAAAATAATACTATTTATTAATAGTTCAAAAAGTAATACACAAGAAATTTTAAAA
AATAAATCAATTTACGAAATAAGTTCAAATAACTATGACCTTTCAAAT
Found at i:10479 original size:183 final size:180
Alignment explanation
Indices: 9991--10891 Score: 675
Period size: 180 Copynumber: 5.0 Consensus size: 180
9981 TTATTCTATT
* * * * *
9991 ATAAAATAATT-TTTTAGTTCATATAAGCATATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATT
1 ATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * * *
10055 TCAAAAATTAAT-AGCTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTGTCGAAGCAGTTTAAACAATTA
66 T-AAAAATTAATAAG-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAATCAGTTTAAATAATTA
* * * * *
10119 AGACTATATGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTC
129 TGACCATATCAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACGTTTTGTTTTGTC
* * * *
10171 ATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTGTTCAAAATTAAATAATACTAA-TTATTAATATT
1 ATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * * *
10235 CTAAAAATTAATAAGTAAGTGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAATCAATTCAAATAATTAT
66 -TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAATCAGTTTAAATAATTAT
* * * ** * *
10300 GGCCATTTCAACAATTATTTATTTCAAAAATGGTTATTACGTTTTG-TTTGTT
130 GACCATATCAACAATTATCTATTTC--AAATCATTATGACGTTTTGTTTTGTC
** *** * * *
10352 ATGTAACAATTATTTTTTTATCATACAAGTTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATCT
1 ATAAAACAATTATTTCAGT-TCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * *
10417 TTAAAAATTTAATAAGTATA-AGCTTTGACAAATAAATCTATTTATCAAATCAGTTTAAATAATT
65 TTAAAAA-TTAATAAGTA-AGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAATCAGTTTAAATAATT
* * * * * * * * * * * * *
10481 ATAACTATTTGAATAATTGTATACTTT-AAATCATTCTAACCTTGTGTTCTATC
128 ATGACCATATCAACAATTATCTA-TTTCAAATCATTATGACGTTTTGTTTTGTC
* * * *
10534 ATAAAACAATTAGTTTTA-TTCATACAAGTTTATTCA-AATAAAATAATACTAATATAATAATAT
1 ATAAAACAATTA-TTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * ** * * * *
10597 TCTAAAAA-TAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCGAA-CTAATTTCAATAGTT
65 T-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAATC-AGTTTAAATAATT
* * *
10660 AAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATC------AC-TTTAT-TTTT-TC
128 ATGACCATATCAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACGTTT-TGTTTTGTC
* *
10705 ATAAAACAA--ATTTCAATTCATACTAGCTTA-TCTAGAATAAAATAA-A-TGAATTTATTAATA
1 ATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTC-AGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATA
* * * * * * * *
10765 TTTTAGAAATTAATATGTAA-AGGATTTAAAAAATAATTTTGTTTACTTAACT-AGTTCAAATAA
64 -TTTAAAAATTAATAAGTAAGA-GATTTAAAAAATAAATCTATTTA-TCAAATCAGTTTAAATAA
** * * * *
10828 TTATGAATATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTT
126 TTATGACCATATCAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACGTTTTGTTTTGTC
10883 ATAAAACAA
1 ATAAAACAA
10892 ATGTTTTATT
Statistics
Matches: 571, Mismatches: 115, Indels: 72
0.75 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
168 7 0.01
169 31 0.05
170 79 0.14
171 12 0.02
172 5 0.01
173 3 0.01
176 3 0.01
177 7 0.01
178 15 0.03
179 61 0.11
180 113 0.20
181 91 0.16
182 64 0.11
183 76 0.13
184 4 0.01
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.07, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
ATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAATCAGTTTAAATAATTATG
ACCATATCAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACGTTTTGTTTTGTC
Found at i:11073 original size:19 final size:21
Alignment explanation
Indices: 11043--11090 Score: 96
Period size: 21 Copynumber: 2.3 Consensus size: 21
11033 TGTTATGACT
11043 TTTTTATATATAAAATAATAG
1 TTTTTATATATAAAATAATAG
11064 TTTTTATATATAAAATAATAG
1 TTTTTATATATAAAATAATAG
11085 TTTTTA
1 TTTTTA
11091 ATCAAACAAG
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 27 1.00
ACGTcount: A:0.44, C:0.00, G:0.04, T:0.52
Consensus pattern (21 bp):
TTTTTATATATAAAATAATAG
Found at i:11944 original size:359 final size:354
Alignment explanation
Indices: 11186--12379 Score: 1255
Period size: 359 Copynumber: 3.3 Consensus size: 354
11176 GTAATACATA
* * * * *
11186 TTATTTC-AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTCAGTTCATATAAGCTT
1 TTATTTCAAAAT-GTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTT
** ** * * *
11250 ATTCAAAATAAAATAATATTAAGATATTAATATTCCAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAA
65 ATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAA
* * * * *
11315 TGAAT-TGTTTACTGAACAAG-TCTAAATAATTATAACTATTTCAACAATTTATCTATTTGAAA-
129 TAAATATGTTT-TTGAACAAGTTC-AAATAATTATGACTATTTGAACAA-TTATCTATTTCAAAT
* * * ** * * *
11377 CTACTATAACATTTGTTTGTTGTAAAATGATTTTTTCTGTTCATAGAAGCTTATTTCAAATAAAA
191 C-ATTATAACCTTTGTTT-TTATAAAACAATTGTTTCTGTTCATAAAAGCTTATTTGAAAT-AAA
* * * *
11442 TAATTCTAATTTATTAATATT--AAGACAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTT
253 TAATACTAATTTATAAATATTCCAA-A-AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTT
* * **
11505 ACCAAACAAGTTCAAATCTTTATGACTATTTGAACAATTAT
316 A-CGAA-GAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* *
11546 TTATTTCAAATTGTTATGA-CTCTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTT
1 TTATTTCAAAATGTTATGACCT-TTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTT
* *
11610 ATTTGAAATAAAATAATATTAATTTACTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAGATTCTAAAAA
65 ATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATT-TAAAAA
* * * * *
11675 TAAATATATTTTTGAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATGTATTTCAAATCAT
129 TAAATATGTTTTTGAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* * * *
11740 TGTAACCTTTGTTTTATAATAAAACAATTGTTTCAGTTCATATAAGTTTATTTGAAATAAATAAT
194 TATAACCTTTGTTTT-T-ATAAAACAATTGTTTCTGTTCATAAAAGCTTATTTGAAATAAATAAT
* * * * * *
11805 ACTAATTTGTAAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAATGAATTTATTTATCGAA
257 ACTAATTTATAAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-CGAA
* *
11870 TGTGTTCAAATAGTTATGACTATCTGAACAATTAT
321 -GAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * * * *
11905 CTATTGCAAAATGTTATTACCTTTTGTTTT-TCCATAAAATAATTGGTTATGTTCATGCAAGCTT
1 TTATTTCAAAATGTTATGACCTTTTGTTTTGT-CATAAAATAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTT
*
11969 ATTTTG-AATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTTAAAA
65 A-TTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGA-TTTAAAA
* *
12032 ATAAATATGTTTTCTGAACAGGTTCAAATAATTATGACTATTTGAAGAATTATCTATTTCAAATC
128 ATAAATATGTTTT-TGAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
* * * *
12097 ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAATCAATTGTTTTTGTTCATAAAAGCTTATTCGGAAGA-AA
192 ATTATAACC-TTTGTTTT-T-ATAAAACAATTGTTTCTGTTCATAAAAGCTTATT-TGAA-ATAA
* * * * *
12161 ATTATACCAATTTATTAAA-ATTCCAAAAATTATTAAATAAAAGATTTGAAAAATAAATTTGTTT
252 ATAATACTAATTTA-TAAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTT
* *
12225 ACTGAGAGAGTTTAAATAGTTTATGACTATTTGAATAATTAT
316 AC-GA-AGAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * ** **
12267 TTATTTC-AAATCGTTATAATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTACTCATACAATTTT
1 TTATTTCAAAAT-GTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTT
* *
12331 ATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAATTAATAAGT
65 ATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
12380 TGGAGATTGA
Statistics
Matches: 698, Mismatches: 111, Indels: 49
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
358 20 0.03
359 265 0.38
360 214 0.31
361 102 0.15
362 96 0.14
363 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (354 bp):
TTATTTCAAAATGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTA
TTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAATA
AATATGTTTTTGAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA
TAACCTTTGTTTTTATAAAACAATTGTTTCTGTTCATAAAAGCTTATTTGAAATAAATAATACTA
ATTTATAAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACGAAGAGTT
CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
Found at i:12069 original size:539 final size:542
Alignment explanation
Indices: 11187--12425 Score: 1440
Period size: 539 Copynumber: 2.3 Consensus size: 542
11177 TAATACATAT
* * * *
11187 TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTCAGTTCATATAAGCTTAT
1 TATTTCAAATCATTATAACC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATATAAGTTTAT
** * ** * *
11252 TCAAAATAAAATAATATTAAGATATTAATATTCCAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATG
65 TTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATG
* * * *
11317 AA-TTGTTTA-CTGAACAAG-TCTAAATAATTATAACTATTTCAACAATTTATCTATTTGAAACT
130 AATTTGTTTATC-GAATAAGTTC-AAATAGTTATAACTATCTCAACAATTTATCTATTTGAAAAT
* * ** *
11379 ACTATAACATTTGTTTGTTGTAAAATGATTTTTTCTGTTCATAGAAGCTTATTTCAAATAAAATA
193 ACTATAACATTTGTTTGTTATAAAATAATTGGTTATGTTCATAGAAGCTTATTTCAAATAAAATA
*
11444 ATTCTAATTTATTAATATTAAGACAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCA
258 ATTCAAATTTATTAATATTAAGACAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCA
** * **
11509 AACAAGTTCAAATCTTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA-CTCTTTGT
323 AACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCT-TTTGT
* * * **
11573 TTTGTCATAAAAT-AATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTAC
387 TTTGTCAT-AAATCAATTGTTTTTGTTCATAAAAGCTTATTCGAAAGAAAATAATACCAATTTAC
* * * * *
11637 TAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAGATTCT-AAAAATAAATATATTT-TTGA-ACAAGTTCA
451 TAAAATTCCAAAAATTAATAAATAAAAGATT-TGAAAAATAAATATATTTACTGAGA-AAGTTCA
11699 AATAG-TCATGACTATTTGAATAATTATG
514 AATAGTTCATGACTATTTGAATAATTATG
* * *
11727 TATTTCAAATCATTGTAACCTTTGTTTTATAATAAAACAATTGTTTCAGTTCATATAAGTTTATT
1 TATTTCAAATCATTATAACCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATATAAGTTTATT
* * *
11792 TGAAAT-AAATAATACTAATTTGTAAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAATGA
66 TGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATGA
* ** * * **
11856 ATTTATTTATCGAATGTGTTCAAATAGTTATGACTATCTGAACAA-TTATCTA-TTGCAAAATGT
131 ATTTGTTTATCGAATAAGTTCAAATAGTTATAACTATCTCAACAATTTATCTATTTG-AAAATAC
* * **
11919 TATTACCTTTTGTTT-TTCCATAAAATAATTGGTTATGTTCAT-GCAAGCTTATTTTGAATAAAA
195 TA-TAACATTTGTTTGTT--ATAAAATAATTGGTTATGTTCATAG-AAGCTTATTTCAAATAAAA
* *
11982 TAATAT-AAATTTATTAATATTTCAA-A-AATTAATAAGTAAAA-ATTTTAAAAATAAATATGTT
256 TAAT-TCAAATTTATTAATA-TT-AAGACAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTT
* ** * *
12043 TTCTGAACAGGTTCAAATAATTATGACTATTTGAAGAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTT
318 TACCAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTT
* *
12108 TTGTTTTGTCATAAATCAATTGTTTTTGTTCATAAAAGCTTATTCGGAAGAAAATTATACCAATT
383 TTGTTTTGTCATAAATCAATTGTTTTTGTTCATAAAAGCTTATTCGAAAGAAAATAATACCAATT
* * * * * *
12173 TATTAAAATTCCAAAAATTATTAAATAAAAGATTTGAAAAATAAATTTGTTTACTGAGAGAGTTT
448 TACTAAAATTCCAAAAATTAATAAATAAAAGATTTGAAAAATAAATATATTTACTGAGAAAGTTC
* *
12238 AAATAGTTTATGACTATTTGAATAATTATT
513 AAATAGTTCATGACTATTTGAATAATTATG
* * * * *
12268 TATTTCAAATCGTTATAATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-CTCATACAATTTTA
1 TATTTCAAATCATTATAA-CCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATATAAGTTTA
* **
12332 TTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-CTAAAATTAATAAGTTGGAG-ATTGAAAAAA
64 TTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGAATT-AAAAAA
* * *
12395 TAAATCTGTTAATCGAATAAGTTCAAATAGT
128 TGAATTTGTTTATCGAATAAGTTCAAATAGT
12426 CATATTCATT
Statistics
Matches: 588, Mismatches: 90, Indels: 40
0.82 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
537 3 0.01
538 71 0.12
539 251 0.43
540 101 0.17
541 45 0.08
542 94 0.16
543 23 0.04
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (542 bp):
TATTTCAAATCATTATAACCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATATAAGTTTATT
TGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATGA
ATTTGTTTATCGAATAAGTTCAAATAGTTATAACTATCTCAACAATTTATCTATTTGAAAATACT
ATAACATTTGTTTGTTATAAAATAATTGGTTATGTTCATAGAAGCTTATTTCAAATAAAATAATT
CAAATTTATTAATATTAAGACAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAAC
AAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
TCATAAATCAATTGTTTTTGTTCATAAAAGCTTATTCGAAAGAAAATAATACCAATTTACTAAAA
TTCCAAAAATTAATAAATAAAAGATTTGAAAAATAAATATATTTACTGAGAAAGTTCAAATAGTT
CATGACTATTTGAATAATTATG
Found at i:12071 original size:180 final size:181
Alignment explanation
Indices: 11187--12553 Score: 1135
Period size: 180 Copynumber: 7.6 Consensus size: 181
11177 TAATACATAT
* * *
11187 TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTCA-GTTCATATAAGCTTA
1 TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTT-ATGTTCATACAAGCTTA
*** ** * * *
11251 TTCAAAATAAAATAATATTAAGATATTAATATTCCAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAAT
65 TTTTGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
* * *
11316 GAAT-TGTTTACTGAACAAG-TCTAAATAATTATAACTATTTCAACAATTTATC
130 AAATATGTTTACTGAACAAGTTC-AAATAATTATGACTATTTGAACAA-TTATC
* * * * ** * * * *
11368 TATTTGAAA-CTACTAT-AACATTTG-TTTGTTGTAAAATGATTTTTTCTGTTCATAGAAGCTTA
1 TATTTCAAATC-ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTATGTTCATACAAGCTTA
** *
11430 TTTCAAATAAAATAAT-TCTAATTTATTAATA-TT-AAGACAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAA
65 TTTTGAATAAAATAATAT-TAATTTATTAATATTTCAA-A-AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAA
** ** *
11492 AATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATCTTTATGACTATTTGAACAATTATT
127 AATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATC
** *
11547 TATTTCAAATTGTTATGA-CTCTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTA
1 TATTTCAAATCATTATGACCT-TTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTATGTTCATACAAGCTTA
* *
11611 -TTTGAAATAAAATAATATTAATTTACTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAGATTCT-AAAA
65 TTTTG-AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATT-TAAAAA
* * * * * *
11674 ATAAATATATTT-TTGAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATG
128 ATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * * * * *
11727 TATTTCAAATCATTGTAACC-TTTGTTTTATAATAAAACAATTGTTTCA-GTTCATATAAGTTTA
1 TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTT-ATGTTCATACAAGCTTA
* * * * * * *
11790 -TTTGAA-ATAAATAATACTAATTTGTAAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAA
65 TTTTGAATA-AAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAA
* * * *** * *
11853 TGAATTTATTTA-TCGAATGTGTTCAAATAGTTATGACTATCTGAACAATTATC
129 TAAATATGTTTACT-GAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * * *
11906 TATTGCAAAAT-GTTATTACCTTTTGTTTT-TCCATAAAATAATTGGTTATGTTCATGCAAGCTT
1 TATTTC-AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT-CATAAAATAATTGTTTATGTTCATACAAGCTT
* *
11969 ATTTTGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTTAAAAA
64 ATTTTGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAA
* * *
12033 TAAATATGTTTTCTGAACAGGTTCAAATAATTATGACTATTTGAAGAATTATC
129 TAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATC
* *
12086 TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAATCAATTGTTTTTGTTCATAAAAGCTTA
1 TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAT-AATTGTTTATGTTCATACAAGCTTA
** * * ** * * * * *
12150 TTCGGAAGAAAATTATACCAATTTATTAAAATTCCAAAAATTATTAAATAAAAGATTTGAAAAAT
65 TTTTGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
* * * * * *
12215 AAATTTGTTTACTGAGA-GAGTTTAAATAGTTTATGACTATTTGAATAATTATT
130 AAATATGTTTACTGA-ACAAGTTCAAATA-ATTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * * * ** **
12268 TATTTCAAATCGTTATAATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTACTCATACAATTTTA-
1 TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTATGTTCATACAAGCTTAT
* * *** *
12332 TTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAATTAATAAGTTGGAGATTGAAAAAAT
66 TTTG-AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
* * * * * * * * *
12396 AAATCTG-TTAATCGAATAAGTTCAAATAGTCAT-ATTCATTTGAACTATCATT
130 AAATATGTTTACT-GAACAAGTTCAAATAATTATGACT-ATTTGAACAATTATC
* ** * * * *
12448 TGTTTCAAATTGTTATGACATTTTGTTTTGTCAT--AACAATTGTTGA--TTCATACAA-ATTA-
1 TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTATGTTCATACAAGCTTAT
** ** * *
12507 TTCAAATAAAATAATGCTAATTTTTTAATATTTCAAAATTTAATAAG
66 TTTGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
12554 AGATTCAAAA
Statistics
Matches: 960, Mismatches: 185, Indels: 88
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
174 24 0.03
175 19 0.02
176 8 0.01
177 4 0.00
178 69 0.07
179 193 0.20
180 317 0.33
181 222 0.23
182 99 0.10
183 5 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTATGTTCATACAAGCTTAT
TTTGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATA
AATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATC
Found at i:13548 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 13237--16306 Score: 2028
Period size: 181 Copynumber: 17.2 Consensus size: 181
13227 TGATAATTAA
* * * *
13237 AAGAGATTTAAAAACA-AAATCTATTTACCAAAAC-AATTCAAATATTTATGACTATTTGAACAA
1 AAGAGATTTAAAAA-ATAAATCTATTTATC-AAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAA
* * * * **
13300 TTATCTATCTCAAATC-TTTATAATCCTTAT-TTT-GTCAAAAAACAATTTTTTCCTTTCATACA
64 TTATCTATTTCAAATCATTT-TAA-CCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACA
* * * * * *
13362 AGCTTATTTGGATTAAAATAATACTAATTAAATAATATTCCAAAAATTAGTAAGT
127 AGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
* * * * **
13417 AAGAAATTTAAAAAATAAATGTATTTGTCAAACTAGTTCAAGTAGTTAAAACTATTAT-AATAAT
1 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATT-TGAATAAT
* * *
13481 GATCTATTTCAAATCATTTTAACTTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGC
65 TATCTATTTCAAATCATTTTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGC
** * * ** * * *
13546 TTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAACATTAAAAAAAGTAATGAGC
130 TTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
* * * ** * * *
13598 AATACATTTAAAAAAAATAAATCTGTTTGCCAAACAAGTTGAAATAGATT-TGACTATTTGAACA
1 AAGAGATTT--AAAAAATAAATCTATTTATCAAACTAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAATA
* * * * * * *
13662 ATTATCTGTTT-AAAGTCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTAAGTTCATAAA
63 ATTATCTATTTCAAA-TCATTTTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACA
* * * * * *
13726 AACTTA-TCTGAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTC-AAAAGTAATAAGC
127 AGCTTATTC-GGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
* * ** * * *
13780 AAGAGA-TTAAAAAACTAAAGT-TGTTTTTTGAACCACTTCAAATAGTTGTGACTATTTGAATAA
1 AAGAGATTTAAAAAA-TAAA-TCTATTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAA
* * * * * * * ** ** *
13843 ATATCAATCTCAAATCATTATGATCTTTCTTTTTTCTCATAAAACAATTGTTTTTGATCATACAA
64 TTATCTATTTCAAATCATTTTAACCTTT-TGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAA
* * *
13908 GCTTATTC-AAATAAAAATAATACTAATTTAATAATA-TTCTAAAA-T--TAA-T
128 GCTTATTCGGAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
* * ** * *
13957 AAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCAAA-TCAGTTCAAATAGTTATGACTATTAGAATAGT
1 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAAT
* * * * * ** * *
14021 TA-CTATTTCAAAACATTTTGACC--TT-TTTAGTTATATAATAATCATTTCAATTCATACAAGT
65 TATCTATTTCAAATCATTTTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGC
* * * *
14082 TTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAGGC
130 TTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGT
* * * * * * *
14134 ATGAGATTTGAGAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTCAATAAT
1 AAGAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAAT
* * * * * *
14199 TATCTATTTAAAATCATTATGACCATTTGTTTTA-TCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAG
65 TATCTATTTCAAATCATTTTAACCTTTTG-TTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAG
* ** * * *
14263 CTTATCCAAAATAAAATAATATTATTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGC
129 CTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
* * ** * * * * *
14316 AAGAAATTTTATAAAA-AAAT-TAATTTATTGAA-TCAGTTCAAATAATCATGGCCATTTAAATA
1 AAGAGA-TTTAAAAAATAAATCT-ATTTATCAAACT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATA
* * * *
14378 ACTATCTATTTTAAATCATTATT-ACCTTTTGTTTTA-TCATAAAAAAATTGTTTTCA--ACATA
63 ATTATCTATTTCAAATCATT-TTAACCTTTTG-TTTAGTCATAAAACAATTG-TTTCAGTTCATA
* ** * * *
14439 CAAGCTTTTTCTAAATAAAATAATAATAATTTATTACTATTTCAAGAATTAATAAG-
125 CAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
* * * * * * * *
14495 -A-A-ATTTAAAAAACAAATCAATTTGTTAAACCAATTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
1 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATT
* * *
14557 ATCTATTTCAAAT-TTTTATAACC-TTTGATCTA-TCATAAAACAATT-TTTCTGCTT-ATACAA
66 ATCTATTTCAAATCATTT-TAACCTTTTG-TTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAG-TTCATACAA
* * *
14617 GCTTATTCGGAATAAAATAATAGTAATTTAGTAATA-TTCTAAAAATTAATAACT
128 GCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGT
* * * * * * * * *
14671 ATA-AGATTTAAAAAATAAAT-TCATTTATCGATCCAATTTAAACAGTTAAGACTATATGAACAA
1 A-AGAGATTTAAAAAATAAATCT-ATTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAA
* ** * * * * *
14734 TTATTTATTTCAAATTGTTATAAACTTTTGTTT-GTCATAAAATAATTATTTCAG-CCATACAAG
64 TTATCTATTTCAAATCATTTTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAG
* * *
14797 CTTATTCGGAATAGAATAAAATTAATTTATTAATATTTCAAAAATT--T-A-T
129 CTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
* * * * * * *
14846 AAGGGATTTAGAAAATAATTCTATTTA-CAAAACTAGTTCAAATAATTATAACTATTTGCACAAT
1 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATC-AAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAAT
* * ** * * * *
14910 TATTTATTTCAAATCGTTATT-ATTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGCTTT-TGTTAATATAA
65 TATCTATTTCAAATCATT-TTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTG-TTTCAGTTCATACAA
* * ** * *
14973 GTTTGTTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATCAGT
128 GCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
* * ** * * * *
15027 AAGAGATTTAAAAAGTAAATCTACTTGCCAAA-TAATTTCAAATAGTTTTTACTATTTAAATAAT
1 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAAT
* * * * ** * *
15091 TATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTATTTTGTCATTAAACAATTGGGTCTA-TTTATACTA-
65 TATCTATTTCAAATCATTTTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATACAAG
* * * * * * **
15154 TTTCATTCGAAATAAAATAATGCAAATTTAATAATATTTCAAAACTTAATAACC
129 CTT-ATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
* * * * * * * * * *
15208 AAGAAAATTAAAAAATAAATCTAATTACCAAACCAATTCAAATA-TTAAGACTATATGAGTGATT
1 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATT
* * * * * * * * * **
15272 ATCTATTTCAAATCGTTATGACCTCTTCTTTTGTCGTAAAACAATTATTT-TGTTTGTACAAGCT
66 ATCTATTTCAAATCATTTTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCT
* * *
15336 TATTTGGATTAAAATAATACTAATTTCA-TAATATTTC---AACTAATAAGT
131 TATTCGGAATAAAATAATACTAATTT-ATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
* * * * *
15384 AAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTAT-AGAA-TCATTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAA
1 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCA-AACT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAA
* * * * *
15447 TTATATATTTCAAATCGTTTTGACTTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCATTTCATACAAG
64 TTATCTATTTCAAATCATTTTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAG
* * * * *
15512 CTTATTCAGAATAAATTAATACTAATTTATTAACATTTAAAAAATTAATAAGA
129 CTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
* * * * * * * * *
15565 AAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTT-GCTGAGCAAGTTCAAATAGGTATTATTATTATTTGAAC
1 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATC-AAACTAGTTCAAATA-G--TTATGACTATTTGAAT
* * * * * * * * *
15629 AATTATCTATTTAAAAGCGTTATAACATTTTAATTT-GTCATAAAATAATTGTTTCAATTAATAC
62 AATTATCTATTTCAAATCATTTTAACCTTTT-GTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAC
* * ***
15693 AAGCTTAAAT-GGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCCTTAATTAATAAG-
126 AAGCTT-ATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
* * * * * * *
15748 -A-A-ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAATTAGTTAAAATAATTATGGCCATTTGAATAATT
1 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATT
* * * * ** *
15810 ATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGATCATACAAGCT
66 ATCTATTTCAAATCATTTTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCT
** * *
15875 TATTCAAAATAAAATAATACTAATTGATTAATATTTCAAAAATTAATAGGT
131 TATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
* * * * * * * * * *
15926 CACAGATTTAAACAATAAATCTGTTTATCGAACCAATTCAGATAGTTATGACTAGTTAAATAATT
1 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATT
* * * ** * * *
15991 ATCAATCTCAAAT--TGTTAAAATCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-ATCATAGAA-
66 ATCTATTTCAAATCATTTTAACCT-TTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATACAAG
* * *
16052 CTTTATTCGG-TTAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAA-T--TAA-T
129 C-TTATTCGGAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
* * ** * ** *
16102 AAGAGA-TT--AAAA-AAATGTATTTGTTGAACCAGTTCAAATAGTTAAAACTA-TTAAATAATT
1 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATT
* ** * * * *
16162 ATCTATTTCAAATCGTTCAAACCTTTTGTTTAGTCACAAAATATTTGTTTCA-TGTCTTACAAGC
66 ATCTATTTCAAATCATTTTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAGT-TCATACAAGC
* * * * ** *
16226 TTATTCGGAATAAAATAATCCAAATTTATAAACATTTGGAAAATTAATAAGC
130 TTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
* * *
16278 AAAAGATTTAAAAAAATTAATCTGTTTAT
1 AAGAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTAT
16307 TGAATAAGCA
Statistics
Matches: 2271, Mismatches: 495, Indels: 247
0.75 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
171 22 0.01
172 145 0.06
173 22 0.01
174 8 0.00
175 154 0.07
176 142 0.06
177 266 0.12
178 101 0.04
179 205 0.09
180 360 0.16
181 499 0.22
182 105 0.05
183 131 0.06
184 106 0.05
185 5 0.00
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (181 bp):
AAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATT
ATCTATTTCAAATCATTTTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCT
TATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
Found at i:14286 original size:718 final size:707
Alignment explanation
Indices: 13231--16292 Score: 2464
Period size: 718 Copynumber: 4.3 Consensus size: 707
13221 AGGTTTTGAT
* ** * * * * *
13231 AATTAA-AAGAGATTTAAAAACA-AAATCTATTTACCAAAACAATTCAAATATTTATGACTATTT
1 AATTAATAAGAGATTTAAAAA-ATAAATGTATTTGTCAAATCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTA
* * * * * * **
13294 GAACAATTATCTATCTCAAATC-TTTATAATCCTTATTTT-GTCAAAAAACAATTTTTTCCTTTC
65 GAATAATTATCTATTTCAAATCGTTT-TGA--CTT-TTTTAGTCATAAAATAATTATTTCAATTC
** * * * * * * *
13357 ATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATACTAATTAAATAATATTCCAAAAATTAGTAAGTAAGAA
126 ATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAG-AAGAG
* ** * * * * *
13422 ATTTAAAAAATAAATGTATTTGTCAAACTAGTTCAAGTAGTTAAAACTATTAT-AATAATGATCT
190 ATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATT-TCAACAATTATCT
* * * * * *
13486 ATTTCAAATCATTTTAAC-TTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTAT
254 ATTTAAAATCATTATACCATTTGT-TTTA-TCATAAAACAATTGTTTCAGTTAATACAAGCTTAT
* * * * *
13550 TCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAACATTAAAAAAAGTAATGAGCAATACATTTAAAAAAAA
317 TCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGCAAGA-ATTT--AAAAAA
* * * * *
13615 TAAATCTGTTTGCCAAACAAGTTGAAATAGATTTGACTATTTGAACAATTATCTGTTT-AAAGTC
379 TAAATCTGTTTGCCAAACAAGTTCAAATA-ATTTGACCATTTAAATAATTATCTATTTCAAA-TC
* *
13679 ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTAAGTTCATAAAAACTTA-TCTGAAATAAA
442 ATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTAA-TTCATAAAAACTTATTC-GAAATAAA
* * * * *
13743 ATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAAGTAATAAGCAAGAGATTAAAAAACTAAAGT-TGTTTT
505 ATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAATTAATAAGCAAGA-ATTAAAAAA-TAAA-TCTATTTA
** * * * *
13807 TTGAACCACTTCAAATAGTTGTGACTATTTGAATAAATATCAATCTCAAATCATTATGATCTTTC
567 TCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCAATCTCAAATCGTTATGATC-TT-
* * * *
13872 TTTTTTCTCATAAAACAATTGTTTTTGATCATACAAGCTTATTCAAATAAAAATAATACTAATTT
630 TGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTCTGATCATACAAGCTTATTCGAATAAAAATAATACTAATTT
13937 AATAATATTCT-AA
694 AATAATATTCTAAA
* * *
13950 AATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCAAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTAG
1 AATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATGTATTTGTCAAATCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAG
* * * * * * *
14015 AATAGTTA-CTATTTCAAAACATTTTGACCTTTTTAGTTATATAATAATCATTTCAATTCATACA
66 AATAATTATCTATTTCAAATCGTTTTGACTTTTTTAGTCATAAAATAATTATTTCAATTCATACA
* * *
14079 AGTTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAGGCATGAGATTTG
131 AGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAG-AAGAGATTT-
* * * * *
14144 AGAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTCAATAATTATCTATTTA
194 AAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTCAACAATTATCTATTTA
* * * *
14209 AAATCATTATGACCATTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAA
259 AAATCATTAT-ACCATTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAGTTAATACAAGCTTATTCAAAA
* * *
14274 TAAAATAATATTATTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAAATTTTATAAAAAAATTAA
323 TAAAATAATATTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGCAAG-AA--TT-T-AAAAAATAAA
* * * * *
14339 T-T-TATTG--AATC-AGTTCAAATAATCATGGCCATTTAAATAACTATCTATTTTAAATCATTA
383 TCTGT-TTGCCAAACAAGTTCAAATAAT-TTGACCATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCATTA
* * * * * * * *
14399 TTACCTTTTGTTTTATCATAAAAAAATTGTTTTCAA--CATACAAGCTTTTTCTAAATAAAATAA
446 TGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTG-TTT-AATTCATAAAAACTTATTCGAAATAAAATAA
* * * * * * *
14462 TAATAATTTATTACTATTTCAAGAATTAATAAG-AA-ATTTAAAAAACAAATCAATTTGTTAAAC
509 TACTAATTTATTAATATTTCAA-AATTAATAAGCAAGAATTAAAAAATAAATCTATTTATCAAAC
* * * * ** * * * * *
14525 CAATTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTTTTATAACCTTTGATCTAT
573 CAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCAATCTCAAATCGTTATGATCTTTGTTTTGT
* * * *
14590 CATAAAACAATTTTTCTGCTTATACAAGCTTATTCGGAAT-AAAATAATAGTAATTTAGTAATAT
638 CATAAAACAATTTTTCTGATCATACAAGCTTATTC-GAATAAAAATAATACTAATTTAATAATAT
14654 TCTAAA
702 TCTAAA
* * * * * *
14660 AATTAATAACTATAAGATTTAAAAAATAAAT-TCATTTATC-GATCCAATTTAAACAGTTAAGAC
1 AATTAAT-A--A-GAGATTTAAAAAATAAATGT-ATTTGTCAAAT-CAGTTCAAATAGTTAAGAC
* * * ** *
14723 TA-TATGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATAAACTTTTGTTTGTCATAAAATAATTATTTC-
60 TATTA-GAATAATTATCTATTTCAAATCGTT-TTGACTTTT-TTAGTCATAAAATAATTATTTCA
** * * * * * *
14786 AGCCATACAAGCTTATTCGGAATAGAATAAAATTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTTATAAG-
122 ATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGA
* * * * *
14849 -G-GATTTAGAAAATAATTCTATTTACAAAACTAGTTCAAATAATTATAACTATTTGC-ACAATT
186 AGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTT-CAACAATT
* * * *** * * * *
14911 ATTTATTTCAAATCGTTATTATTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGCTTT-TGTTAATATAAGT
250 ATCTATTTAAAATCATTA-TACCATTTGTTTTATCATAAAACAATTG-TTTCAGTTAATACAAGC
* * * *
14975 TTGTTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATCAGTAAGAGATTTAAAA
313 TTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGCAAGA-ATTTAAAA
* ** * * * * *
15040 AGTAAATCTACTTGCCAAATAATTTCAAATAGTTTTTACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAAT
377 AATAAATCTGTTTGCCAAACAAGTTCAAATA-ATTTGACCATTTAAATAATTATCTATTTCAAAT
* * * * ** *
15105 CATTATAACCTTTTATTTTGTCATTAAACAATTGGGTCT-ATTTAT-ACTATTTCATTCGAAATA
441 CATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATT--GTTTAATTCATAAAAACTT-ATTCGAAATA
* * * * *
15168 AAATAATGCAAATTTAATAATATTTCAAAACTTAATAACCAAGAAAATTAAAAAATAAATCTAAT
503 AAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAA-TTAATAAGCAAG--AATTAAAAAATAAATCTATT
* * * * * * * *
15233 TACCAAACCAATTCAAATA-TTAAGACTATATGAGTGATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTC
565 TATCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCAATCTCAAATCGTTATGATCT-
* * * ** * * *
15297 TTCTTTTGTCGTAAAACAATTATTT-TGTTTGTACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATACTAATT
629 TTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTCTGATCATACAAGCTTATTCGAATAAAAATAATACTAATT
* *
15361 TCATAATATT-TCAACT
693 TAATAATATTCT-AA-A
* * * *
15377 AA-TAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTAT-AGAATCATTTCAAATAGTTAAGACTATT
1 AATTAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATGTATTTGTCA-AATCAGTTCAAATAGTTAAGACTATT
* * * *
15440 AGAATAATTATATATTTCAAATCGTTTTGACTTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCATTTC
64 AGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTTTGAC--TTT-TTTAGTCATAAAATAATTATTTCAATTC
* *
15505 ATACAAGCTTATTCAGAATAAATTAATACTAATTTATTAACATTTAAAAAATTAATAAGAAAGAG
126 ATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAG-AAGAG
* * * ** * * * *
15570 ATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCTGAGCAAGTTCAAATAGGTATTATTATTATTTGAACAATTAT
190 ATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATA-G--TTATAACTATTTCAACAATTAT
* * * * * *
15635 CTATTTAAAAGCGTTATAACATTT-TAATTTGTCATAAAATAATTGTTTCAATTAATACAAGCTT
252 CTATTTAAAATCATTATACCATTTGT--TTTATCATAAAACAATTGTTTCAGTTAATACAAGCTT
* ** ****
15699 AAAT-GGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCCTTAATTAATAAG--A-AATTTAAAAAA
315 -ATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGCAAGAATTTAAAAAA
* ** * * *
15760 TAAATCTGTTTACCAAATTAGTTAAAATAATTATGGCCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA
379 TAAATCTGTTTGCCAAACAAGTTCAAATAATT-TGACCATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCA
* * * *
15825 TTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TTGATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAA
443 TTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTAAT--TCATAAAAACTTATTCGAAATAAAA
* * * * *
15889 TAATACTAATTGATTAATATTTCAAAAATTAATAGGTCACAGATTTAAACAATAAATCTGTTTAT
506 TAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAATTAATAAG-CA-AGAATTAAAAAATAAATCTATTTAT
* * * * * **
15954 CGAACCAATTCAGATAGTTATGACTAGTTAAATAATTATCAATCTCAAATTGTTAAAATCTTTGT
568 CAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCAATCTCAAATCGTTATGATCTTTGT
* * **
16019 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAATCATAGAA-CTTTATTCGGTTAAAAATAATACTAATTTAA
633 TTTGTCATAAAACAATT-TTTCTGATCATACAAGC-TTATTCGAATAAAAATAATACTAATTTAA
*
16083 TAATATTCCAAA
696 TAATATTCTAAA
** * *
16095 AATTAATAAGAGA-TT--AAAA-AAATGTATTTGTTGAACCAGTTCAAATAGTTAAAACTATTA-
1 AATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATGTATTTGTCAAATCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAG
*** * * * *
16155 AATAATTATCTATTTCAAATCGTTCAAACCTTTTGTTTAGTCACAAAATATTTGTTTC-ATGTCT
66 AATAATTATCTATTTCAAATCGTTTTGA-C-TTT-TTTAGTCATAAAATAATTATTTCAAT-TCA
* * * * *** *
16219 TACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATCCAAATTTATAAACATTTGGAAAATTAATAAGCAAAAGA
127 TACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAG-AAGAGA
16284 TTTAAAAAA
191 TTTAAAAAA
16293 ATTAATCTGT
Statistics
Matches: 1874, Mismatches: 374, Indels: 196
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
707 9 0.00
708 5 0.00
709 47 0.03
710 32 0.02
711 212 0.11
712 112 0.06
713 196 0.10
714 110 0.06
715 148 0.08
716 225 0.12
717 115 0.06
718 333 0.18
719 145 0.08
720 79 0.04
721 9 0.00
722 96 0.05
723 1 0.00
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (707 bp):
AATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATGTATTTGTCAAATCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAG
AATAATTATCTATTTCAAATCGTTTTGACTTTTTTAGTCATAAAATAATTATTTCAATTCATACA
AGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGAAGAGATTTAA
AAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTCAACAATTATCTATTTAAA
ATCATTATACCATTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAGTTAATACAAGCTTATTCAAAATAA
AATAATATTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGCAAGAATTTAAAAAATAAATCTGTTTG
CCAAACAAGTTCAAATAATTTGACCATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTA
TTTTGTCATAAAACAATTGTTTAATTCATAAAAACTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATT
AATATTTCAAAATTAATAAGCAAGAATTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACCAATTCAAATAGT
TATGACTATTTGAATAATTATCAATCTCAAATCGTTATGATCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTT
TTCTGATCATACAAGCTTATTCGAATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAA
Found at i:15099 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 15078--15110 Score: 50
Period size: 17 Copynumber: 2.0 Consensus size: 17
15068 ATAGTTTTTA
15078 CTATTT-AAATAATTAT
1 CTATTTCAAATAATTAT
*
15094 CTATTTCAAATCATTAT
1 CTATTTCAAATAATTAT
15111 AACCTTTTAT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 1, Indels: 1
0.88 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
17 9 0.60
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.00, T:0.48
Consensus pattern (17 bp):
CTATTTCAAATAATTAT
Found at i:15578 original size:357 final size:356
Alignment explanation
Indices: 13151--16292 Score: 2022
Period size: 357 Copynumber: 8.8 Consensus size: 356
13141 TAATGACATA
* * * * ** ** * *
13151 TTGTTTTGTCGTAAAATAATTGTTTCTATTCATGCAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTTATA
1 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TGTTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATT
** ** * * * * *
13216 TATTAAGGTTTTGA-TAATTAA-AAGAGATTTAAAAACA-AAATCTATTTACCA-AAACAATTCA
65 TATTAATATTTCAATTAA-TAATAAGAGATTTAAAAA-ATAAATTTGTTTA-TAGAATCAGTTCA
* * * * * * *
13277 AATATTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATC-TTTATAATCCTTAT-TTT-GTCAAA
127 AATAGTTATGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTT-TGA-CCTTTTGTTTAGTCATA
* * * ** * * * * *
13339 AAACAATTTTTTCCTTTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATACTAATTAAATAATATTCCA
190 AAATAATTGTTTCATTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTCA
* * * * ** * * * **
13404 AAAATTAGTAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATGTATTTGTCAAACTAGTTCAAGTAGTTAAAAC
255 AAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGAC
* * * *
13469 TATTAT-AATAATGATCTATTTCAAATCATTTTAACTTT
320 TATT-TGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAAC-CT
* * * ** *
13507 TTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATT
1 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TGTTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATT
* * ** * * * **
13572 TATTAACA-TTAAAAAAAGTAATGAGCAATACATTTAAAAAAAATAAATCTGTTTGCCA-AA-CA
65 TATTAATATTTCAATTAA-TAAT----AAGAGATTT--AAAAAATAAATTTGTTT-ATAGAATC-
* * * * * *
13634 AGTTGAAATAGATT-TGACTATTTGAACAATTATCTGTTT-AAAGTCATTATGACCTTTTGTTTT
121 AGTTCAAATAG-TTATGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAA-TCATTTTGACCTTTTGTTTA
* * * * * * *
13697 GTCATAAAATAATTGTTTAAGTTCATAAAAACTTA-TCTGAAATAAAATAATATTACTTTATTAA
184 GTCATAAAATAATTGTTTCATTTCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * **** *
13761 TATTTC-AAAAGTAATAAGCAAGAGA-TTAAAAAACTAAAGT-TGTTTTTTGAACCACTTCAAAT
248 CATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAA-TAAA-TCTATTTACCAAACCAATTCAAAT
* * * * * * *
13823 AGTTGTGACTATTTGAATAAATATCAATCTCAAATCATTATGATCTT
311 AGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTAT-AACCT
* * * *
13870 TCTTTTTTCTCATAAAACAATTGTTTTTGATCATACAAGCTTATTC-AAATAAAAATAATACTAA
1 T-TGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTGTTCATACAAGCTTATTCGGAAT-AAAATAATACTAA
* * **
13934 TTTAATAATA-TTCTAA--AATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCA-AATCAGTT
63 TTTATTAATATTTC-AATTAA-TAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTT-ATAGAATCAGTT
* * *
13995 CAAATAGTTATGACTATTAGAATAGTTA-CTATTTCAAAACATTTTGACC--TT-TTTAGTTATA
125 CAAATAGTTATGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTTGTTTAGTCATA
* ** * *
14056 TAATAATCATTTCAATTCATACAAGTTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAACA-TTCA
190 AAATAATTGTTTCATTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTC-
* * * * *
14120 AAAAATTAATAGGCATGAGATTTGAGAAAATAAATCTGTTTACCAAA-CAAGTTTAAATAGTTAT
254 AAAAATTAATAAGCAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAA-TTCAAATAGTTAT
* * * *
14184 GACTATTTCAATAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCAT
317 GACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACC-T
* * * ** * *
14225 TTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATATTATTT
1 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-GTTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATT
* * * ** *
14290 TATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAAATTTTATAAAA-AAATTAATTTATTGAATCAGTT
65 TATTAATATTTC---AATTAATAA-TAAGAGA-TTTAAAAAATAAATTTGTTTATAGAATCAGTT
* * * * * *
14354 CAAATAATCATGGCCATTTA-AATAACTATCTATTTTAAATCATTATT-ACCTTTTGTTTTA-TC
125 CAAATAGTTATGACTA-TTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATT-TTGACCTTTTG-TTTAGTC
* * * *
14416 ATAAAAAAATTGTTTTCA--ACATACAAGCTTTTTCTA-AATAAAATAATAATAATTTATT-ACT
187 ATAAAATAATTG-TTTCATTTCATACAAGCTTATTC-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAAC-
* * * *** *
14477 ATTTCAAGAATTAATAAG--A-A-ATTTAAAAAACAAATCAATTTGTTAAACCAATTTAAATAGT
249 ATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAATTCAAATAGT
* **
14538 TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTTTTATAACCT
314 TATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCT
* * * *
14581 TTGATCTATCATAAAACAATT-TTTCTGCTT-ATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATAGTAAT
1 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TG-TTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAAT
* * ** * *
14644 TTAGTAATATTCTAAAAATTAATAACTATA-AGATTTAAAAAATAAATTCATTTATCG-ATCCAA
64 TTATTAATATT-T--CAATTAATAA-TA-AGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATAGAAT-CAG
* * * * * ** * * *
14707 TTTAAACAGTTAAGACTA-TATGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATAAACTTTTGTTT-GTC
123 TTCAAATAGTTATGACTATTA-GAATAATTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTTGTTTAGTC
* ** * * * * *
14770 ATAAAATAATTATTTCA-GCCATACAAGCTTATTCGGAATAGAATAAAATTAATTTATTAATATT
187 ATAAAATAATTGTTTCATTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATT
* * * * * * *
14834 TCAAAAATTTATAAG---G-GATTTAGAAAATAATTCTATTTACAAAACTAGTTCAAATAATTAT
252 TCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAATTCAAATAGTTAT
* * * * ***
14895 AACTATTTGCACAATTATTTATTTCAAATCGTTATTATTTT
317 GACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTA-TAACCT
* * * * **
14936 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGCTTTTGTTAATATAAGTTTGTTCAAAATAAAATAATACTAATT
1 TTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTGTTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATT
* * * ** *** * *
15001 TATTAATATTTAAAAAATTAATCAGTAAGAGATTTAAAAAGTAAATCTACTTGCCA-AATAATTT
65 TATTAATATTT---CAATTAAT-AATAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TTGTTTATAGAATCAGTT
* * * * * *
15065 CAAATAGTTTTTACTATTTA-AATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTATTTTGTCAT
125 CAAATAGTTATGACTA-TTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTTGTTTAGTCAT
* * ** * * * * * *
15129 TAAACAATTGGGTCTATTT-ATACTA-TTTCATTC-GAAATAAAATAATGCAAATTTAATAATAT
189 AAAATAATTGTTTC-ATTTCATACAAGCTT-ATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAACAT
* * * * *
15191 TTCAAAACTTAATAACCAAGAAAATTAAAAAATAAATCTAATTACCAAACCAATTCAAATA-TTA
251 TTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAATTCAAATAGTTA
* * * * *
15255 AGACTATATGAGTGATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCT
316 TGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCT
* * * ** * *
15296 CTTCTTTTGTCGTAAAACAATTATTTTGTTTGTACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATACTAATT
1 -TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATT
* *
15361 TCA-TAATATTTCAACTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATAGAATCATTTCAA
65 T-ATTAATATTTCAATTAATAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATAGAATCAGTTCAA
* * * *
15425 ATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATATATTTCAAATCGTTTTGACTTTTTGTTTAGTCATAAAA
128 ATAGTTATGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAA
* * *
15490 CAATTGTTTCATTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAATTAATACTAATTTATTAACATTTAAAAA
193 TAATTGTTTCATTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTCAAAA
* * * * ** * *
15555 ATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTT-GCTGAGCAAGTTCAAATAGGTATTATTA
258 ATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAA-TTCAAATA-G--TTATGA
* * * * *
15619 TTATTTGAACAATTATCTATTTAAAAGCGTTATAACAT
319 CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCT
* ** * * *
15657 TT-TAATTTGTCATAAAATAATTGTTTCAATTAATACAAGCTTAAAT-GGAATAAAATAATATTA
1 TTGT--TTTGTCATAAAACAATTGTTT-TGTTCATACAAGCTT-ATTCGGAATAAAATAATACTA
* * * * *
15720 ATTTATTAATATTTC-CTTAATTAATAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCA-AATTAGTT
62 ATTTATTAATATTTCAATTAA-TAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-TAGAATCAGTT
* * * * * * * *
15783 AAAATAATTATGGCCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATA
125 CAAATAGTTATGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTTGTTTAGTCATA
* * * *
15848 AAACAATTGTTT--TTGATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTGATTAATATTT
190 AAATAATTGTTTCATT--TCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTT
* * * * * * *
15911 CAAAAATTAATAGGTC-ACAGATTTAAACAATAAATCTGTTTATCGAACCAATTCAGATAGTTAT
253 CAAAAATTAATAAG-CAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAATTCAAATAGTTAT
* * * * * * *
15975 GACTAGTTAAATAATTATCAATCTCAAATTGTTAAAATCT
317 GACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCT
** * *
16015 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAATCATAGAA-CTTTATTCGG-TTAAAAATAATACTAA
1 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TGTTCATACAAGC-TTATTCGGAAT-AAAATAATACTAA
* * * * ** *
16078 TTTAATAATATTCCAA-AAATTAATAAGAGATTAAAAAAATGTATTTG--T-T-GAACCAGTTCA
63 TTTATTAATATTTCAATTAA-TAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATAGAATCAGTTCA
** * *** *
16138 AATAGTTAAAACTATTA-AATAATTATCTATTTCAAATCGTTCAAACCTTTTGTTTAGTCACAAA
127 AATAGTTATGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTTGTTTAGTCATAAA
* * * * * * * **
16202 ATATTTGTTTCATGTCTTACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATCCAAATTTATAAACATTTGGAA
192 ATAATTGTTTCATTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTCAAA
*
16267 AATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAA
257 AATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAA
16293 ATTAATCTGT
Statistics
Matches: 2183, Mismatches: 475, Indels: 260
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
351 1 0.00
352 113 0.05
353 81 0.04
354 217 0.10
355 196 0.09
356 244 0.11
357 388 0.18
358 93 0.04
359 52 0.02
360 74 0.03
361 298 0.14
362 147 0.07
363 151 0.07
364 123 0.06
365 5 0.00
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (356 bp):
TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTT
ATTAATATTTCAATTAATAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATAGAATCAGTTCAAATA
GTTATGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAA
TTGTTTCATTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTCAAAAATT
AATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTG
AATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCT
Found at i:16896 original size:201 final size:199
Alignment explanation
Indices: 16533--17255 Score: 687
Period size: 199 Copynumber: 3.7 Consensus size: 199
16523 TTTTTTTATG
* * * *
16533 TTAGTTTTCATCAGCTATTTATGAAAAAAAAAGTCATTAAAGGCTATATTTGTCATAGAA-AAAT
1 TTAGTTTTCATCAGCTATTTAT-AAAAAAAACGTCATTAAAGGCTATAATTGTCACAAAATAAAT
* * * *
16597 GAGAAAACCTAATATATTATTGACAAAAGGTAAATCGTCACAGTATTAGTGACAAAATTATCA-C
65 GATAAAATCTAATATATTAGTGACGAAAGGTAAATCGTCACAGTATTAGTGACAAAATTATCATC
* * *
16661 TATCAATGATTGTAAGATAATGTCTATTGTGACAATAAAATCAAACGTCACCTTATGCCTTAATT
130 -ACCAATGATTGTAAGATAATGTCAAATGTGACAATAAAATCAAACGTCACCTTATG-CTT--TT
16726 TTTGTGACA
191 TTTGTGACA
*
16735 TTAGTTTTCATCAACTATTTATAAACAAAAACGTCATT-AAGGCTATAATTGTCACAAAATAAAT
1 TTAGTTTTCATCAGCTATTTATAAA-AAAAACGTCATTAAAGGCTATAATTGTCACAAAATAAAT
* * * * * * * *
16799 GATAAAATTTGATATGTTTA-TGATGAAAGGTAAATCATTATAGTATT-GTGACATAATTATCAT
65 GATAAAATCTAATAT-ATTAGTGACGAAAGGTAAATCGTCACAGTATTAGTGACAAAATTATCAT
* * * * *
16862 CACCAATGATTATAAGATATTGTCAAATGTGACAATAAAATTACACATCACCTTATGCTTTTTTT
129 CACCAATGATTGTAAGATAATGTCAAATGTGACAATAAAATCAAACGTCACCTTATGCTTTTTTT
* *
16927 ATGACG
194 GTGACA
** * * * * * * ***
16933 TTAGTTTTTGTTAGTTAGTTATGAAGAAAAACATCATTGAAGGCTATAACCATCACAAAAT-AAT
1 TTAGTTTTCATCAGCTATTTAT-AAAAAAAACGTCATTAAAGGCTATAATTGTCACAAAATAAAT
* * * * * **
16997 GATAAAATCTAATATATTAGTGGCGAAAGATAAATCGTCACAATATTGGTGACACAATTATTGTC
65 GATAAAATCTAATATATTAGTGACGAAAGGTAAATCGTCACAGTATTAGTGACAAAATTATCATC
* * * *
17062 ACAAATTATTGTAAGATAATGTCAAATGTCACAATAAAATCAAATGTCACCTTATGCTTTTTTTG
130 ACCAATGATTGTAAGATAATGTCAAATGTGACAATAAAATCAAACGTCACCTTATGCTTTTTTTG
17127 TGACA
195 TGACA
* * * * * * ** * * *
17132 TTAG-ATTCATTAGCTATATATAAAAAAAA-GTCATTAAATGATTTAATCATCACTAAATAATTA
1 TTAGTTTTCATCAGCTATTTATAAAAAAAACGTCATTAAAGGCTATAATTGTCACAAAATAAATG
** * * * * *
17195 ATAAAA--T--TATATTAGCAATGAAAGATAAATCATCACAGTATTAGTGACACAATTAACATCA
66 ATAAAATCTAATATATTAGTGACGAAAGGTAAATCGTCACAGTATTAGTGACAAAATTATCATCA
17256 TTAAATCTTA
Statistics
Matches: 425, Mismatches: 87, Indels: 27
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
193 44 0.10
195 1 0.00
196 22 0.05
197 18 0.04
198 83 0.20
199 98 0.23
200 3 0.01
201 83 0.20
202 70 0.16
203 3 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.12, G:0.12, T:0.34
Consensus pattern (199 bp):
TTAGTTTTCATCAGCTATTTATAAAAAAAACGTCATTAAAGGCTATAATTGTCACAAAATAAATG
ATAAAATCTAATATATTAGTGACGAAAGGTAAATCGTCACAGTATTAGTGACAAAATTATCATCA
CCAATGATTGTAAGATAATGTCAAATGTGACAATAAAATCAAACGTCACCTTATGCTTTTTTTGT
GACA
Found at i:18427 original size:176 final size:178
Alignment explanation
Indices: 17789--18980 Score: 799
Period size: 180 Copynumber: 6.7 Consensus size: 178
17779 TTTGAGATGA
* * * * *
17789 ATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACCATTTC-CATAAACAAATTTATTTTTTAAATC-
1 ATAATTGATCAAACAGTCATAACTATTTGAA-C-TTGCTC-GAAAC-AATTTATTTTTTAAATCT
** * * * * *
17852 --T-CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATCAGTATCATTTTATTCTGAAA-AA-TTTTTCA-
62 TTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAAATAAGCTTGT-AT
* * * * * * * * * * *
17911 CAACAGAAAAAATTGTTTATTGAAAACAAGAAAATGTTATAAC-GATTTCAAATAA
125 GAATAGAAACAATTGTTT-TGGACAA-AACAAAAGGTCATAACTAATTTGAAATAG
* ** * * *
17966 ATAATTGTTCAAATGGACATAACTA-TTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTC
1 ATAATTGATCAAACAGTCATAACTATTTGAACTTGCTC-G-AAACA-ATTTATTTTTTAAATCTT
* * ** * * * * *
18030 CTACCTATTAATTTTTAAAATATTAATAAAATAGTATTTTTTTATTCCAAATAAACTTGTTTGAA
63 TTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA
* ** * * *
18095 TAGAAGCAATTGTTTTAGGACAAAACAAAATATCATAACT-ATTTTAAAAAA
128 TAGAAACAATTGTTTT-GGACAAAACAAAAGGTCATAACTAATTTGAAATAG
** * * *
18146 ATAAGCGTTCAAACA-TCATAACTATTTGAACTTGCTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTT
1 ATAATTGATCAAACAGTCATAACTATTTGAACTTGC-TCG-AAACA-ATTTATTTTTTAAATCTT
* * *
18210 TTACTTATCAATTTTTGGAATATTAATAAACTAGTATTATTTTATTTCAAATATGCTTGTATGAA
63 TTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA
18275 TAGAAACAATTTGTTTATGG-CAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAG
128 TAGAAACAA-TTGTTT-TGGACAAAACAAAAGGTCATAACTAATTTGAAATAG
* * *
18326 ATAATTGACCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TGTGCTC-AAA-AATTTGTTTTTTAAAAT-TTT
1 ATAATTGATCAAACAGTCATAACTATTTGAACT-TGCTCGAAACAATTTATTTTTT-AAATCTTT
* * *
18387 TACTTATTAATTTTTGGAATATTAACAAATTTGTATTATTTTATTTAAAATAAGCTTGTATGAAT
64 TACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAT
* * * * **
18452 A-AAA-AATTGTTTTATGAC-AAACAAAAAGTTAT-AGTAATTTGGTATAG
129 AGAAACAATTGTTTT-GGACAAAACAAAAGGTCATAACTAATTTGAAATAG
* * * * * *
18499 ATACTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTCA-TTTTTAAATCTC
1 ATAATTGATCAAACAGTCATAACTATTTGAACTTGCTC-G-AAAC-AATTTATTTTTTAAATCTT
* * * *
18563 TTACTTATTAA-TTTTGGAATATTAATAAATTAGAAATTATCTTATTTTAGATAAAGCTTGTATG
63 TTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAG-TATTATTTTATTTCAAAT-AAGCTTGTATG
* * * * *
18627 AGTAGAAA-ACATTGTTTTGTGATAAAACCAAAAGGTCATAATTGATTTAAAATAG
126 AATAGAAACA-ATTGTTTTG-GACAAAA-CAAAAGGTCATAACTAATTTGAAATAG
* * * *
18682 ATAATT-ATTCAAACAGTCATAACTATTTGCACTTG-TC-TAACAAATTCATTTTTTTAAATCTG
1 ATAATTGA-TCAAACAGTCATAACTATTTGAACTTGCTCGAAAC-AATTTA-TTTTTTAAATCTT
* * * * * * *
18744 TTACTTATTAATTTTTAGAAATGTTAATAAAGTAGCATTACTTTATTCTGAAATAAGATTGTATG
63 TTACTTATTAATTTTT-GGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAAATAAGCTTGTATG
* * * * * *
18809 AATAGAAACAATTCTTTTAGACAAAATAAATGGTCATCAC-AATTT-AAAGTAA
126 AATAGAAACAATTGTTTTGGACAAAACAAAAGGTCATAACTAATTTGAAA-TAG
* * * * * * * * *
18861 ATAATGGTCTCAAATATTTATAACTAATTGAA-TTGGTTTAGTAAACAAATTTATATTTTAAATC
1 ATAATTG-ATCAAACAGTCATAACTATTTGAACTT-G-CTCG-AAAC-AATTTATTTTTTAAATC
* * * *** * *
18925 TCTTATTTCTTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTACTTCAAATAA
61 TTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAA
18981 ACTTATATAA
Statistics
Matches: 820, Mismatches: 143, Indels: 100
0.77 0.13 0.09
Matches are distributed among these distances:
172 3 0.00
173 60 0.07
174 6 0.01
175 7 0.01
176 125 0.15
177 58 0.07
178 24 0.03
179 39 0.05
180 246 0.30
181 86 0.10
182 73 0.09
183 84 0.10
184 9 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (178 bp):
ATAATTGATCAAACAGTCATAACTATTTGAACTTGCTCGAAACAATTTATTTTTTAAATCTTTTA
CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAG
AAACAATTGTTTTGGACAAAACAAAAGGTCATAACTAATTTGAAATAG
Found at i:18624 original size:354 final size:360
Alignment explanation
Indices: 18152--18833 Score: 849
Period size: 353 Copynumber: 1.9 Consensus size: 360
18142 AAAAATAAGC
* * * *
18152 GTTCAAACATCATAACTATTTGAACTTGCTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTA
1 GTTCAAACATCATAACTATTTGAACTTGCTTGGTAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * *
18217 TCAATTTTTGGAATATTAATAAACTAGTATTATTTTATTTCAAATATGCTTGTATGAATAG-AAA
66 TCAATTTTTGGAATATTAATAAACTAGAATTATCTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAA
* *
18281 CAATTTGTTTATG-G-CAAAA-CAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGA-CCAAATA
131 C-A-TTGTTT-TGTGACAAAACCAAAAGGTCATAACTGATTTAAAATAGATAATT-ATCCAAACA
** *
18341 GTCATAACTATTTG-AA-TGTGCTCAA-AAATTTGTTTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATTTTT
192 GTCATAACTATTTGCAATTGT-CT-AACAAATTCATTTTTTAAAATCTGTTACTTATTAATTTTT
* * * * * * *
18402 -GGAATATTAACAAATTTGTATTATTTTATT-TAAAATAAGCTTGTATGAATA-AAA-AATTGTT
255 AGAAATATTAACAAAGTAGCATTACTTTATTCTAAAATAAGATTGTATGAATAGAAACAATTCTT
18463 TTATGACAAACAAAAAGTTATAGTAATTTGGTATAGATACTT
320 TTA-GACAAACAAAAAGTTATAGTAATTTGGTATAGATACTT
*
18505 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAACAAATTCA-TTTTTAAATCTCTTACT
1 GTTCAAACA-TCATAACTATTTGAACTTGCTT-GGTAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTACT
* * * * *
18568 TATTAA-TTTTGGAATATTAATAAATTAGAAATTATCTTATTTTAGATAAAGCTTGTATGAGTAG
64 TATCAATTTTTGGAATATTAATAAACTAG-AATTATCTTATTTCAAAT-AAGCTTGTATGAATAG
* * *
18632 AAAACATTGTTTTGTGATAAAACCAAAAGGTCATAATTGATTTAAAATAGATAATTATTCAAACA
127 AAAACATTGTTTTGTGACAAAACCAAAAGGTCATAACTGATTTAAAATAGATAATTATCCAAACA
* *
18697 GTCATAACTATTTGCACTTGTCTAACAAATTCATTTTTTTAAATCTGTTACTTATTAATTTTTAG
192 GTCATAACTATTTGCAATTGTCTAACAAATTCATTTTTTAAAATCTGTTACTTATTAATTTTTAG
* * *
18762 AAATGTTAATAAAGTAGCATTACTTTATTCTGAAATAAGATTGTATGAATAGAAACAATTCTTTT
257 AAATATTAACAAAGTAGCATTACTTTATTCTAAAATAAGATTGTATGAATAGAAACAATTCTTTT
18827 AGACAAA
322 AGACAAA
18834 ATAAATGGTC
Statistics
Matches: 278, Mismatches: 33, Indels: 28
0.82 0.10 0.08
Matches are distributed among these distances:
352 23 0.08
353 52 0.19
354 49 0.18
355 19 0.07
356 37 0.13
357 18 0.06
358 20 0.07
359 23 0.08
360 19 0.07
361 9 0.03
362 9 0.03
ACGTcount: A:0.39, C:0.09, G:0.11, T:0.41
Consensus pattern (360 bp):
GTTCAAACATCATAACTATTTGAACTTGCTTGGTAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTA
TCAATTTTTGGAATATTAATAAACTAGAATTATCTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAA
CATTGTTTTGTGACAAAACCAAAAGGTCATAACTGATTTAAAATAGATAATTATCCAAACAGTCA
TAACTATTTGCAATTGTCTAACAAATTCATTTTTTAAAATCTGTTACTTATTAATTTTTAGAAAT
ATTAACAAAGTAGCATTACTTTATTCTAAAATAAGATTGTATGAATAGAAACAATTCTTTTAGAC
AAACAAAAAGTTATAGTAATTTGGTATAGATACTT
Found at i:21051 original size:182 final size:182
Alignment explanation
Indices: 20226--21417 Score: 547
Period size: 182 Copynumber: 6.6 Consensus size: 182
20216 TTGTTATTAT
* * * * * * *
20226 AACAATTATCTATTTCAAATC-GTATGACCCTTT-TTTTGTCATAAAACAATTA-TTATG-TACG
1 AACAATTATCAATTTCAAATCATTAAGACCTTTTGTTTTGTCAAAAAACAATTATTTTTGAT-CA
* * * * * * *
20287 TACAAGCTTATTC-AGATTAAACTAATAATAATTTAATAATATTT-TAAAATTAATAAGTAAGAG
65 TACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAA
* * ** * * ** * * *
20350 A-TCTAAAAAATAAATTTGATTATTGAATCAGTTCAA-ATGGTTAAGACTATTAG
129 ATTTTAAAAAATAAATATCTTTATTAAACCAGTT-AATATAATTATGACCATTTG
* ** * * * * * *
20403 AACAATTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTTG-TTAGTCATAAAATAATTGTTTTAGTTCAT
1 AACAATTATCAATTTCAAATCATTAAGACCTTTTGTTTTGTCAAAAAACAATTATTTTTGATCAT
* * * *
20467 ACATGCTTATT-TAGAATAAATTAATACTAATTTATTAACA-TTCAAAAAATT-ATAAG-AAAGA
66 ACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAA-A
* * * ** * * ** * * *
20528 GA-TTTAAAAAAT--ATCTGGTTTATCGAACAAATTCAAT-TGGTTATTACTATGTG
128 AATTTTAAAAAATAAATAT-CTTTATTAAACCAGTT-AATATAATTATGACCATTTG
* ** * * * * * * ** * *
20581 AACAATTGTTTATTT-AGAATCGTTATA-ACTTTTTGATTTGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTA
1 AACAATTATCAATTTCA-AATCATTA-AGACCTTTTGTTTTGTCAAAAAACAATTATTTTTGATC
* * * *
20644 ATACTAGCTTAGAT-GGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-TAAATTAATAAGTAAAA
64 ATACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAA
* * ** *
20707 AATTTTAAAAAATAAATATGTTTATTGAATTAGTTAATATAATTATGGCCATTTG
128 AATTTTAAAAAATAAATATCTTTATTAAACCAGTTAATATAATTATGACCATTTG
* * * * * *
20762 AACGATTATCGATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACTATTATTTTTTATCAT
1 AACAATTATCAATTTCAAATCATTAAGACCTTTTGTTTTGTCAAAAAACAATTATTTTTGATCAT
* * *
20827 ACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA-
66 ACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAAAT
* *
20891 TTTAAAAAATAAA-ATCTATT-TTCCAAACCAGTTCAA-ATAGTTATGACTATTTG
131 TTTAAAAAATAAATATCT-TTATT--AAACCAGTT-AATATAATTATGACCATTTG
** * * *
20944 AACAATTATCAATCTT-AAATTGTTAAGATC-TTTGTTTTGTCAAAAAAACAATTGTTTTTGGTC
1 AACAATTATCAAT-TTCAAATCATTAAGACCTTTTGTTTTGTC-AAAAAACAATTATTTTTGATC
* * * * * *
21007 TTAGAAGCTTATTTG-ATTAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAAT---T-AGA
64 ATACAAGCTTATTCGAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAA
* * * * * * ** * * ** * *
21067 GA-TTTAAAACATAATTGTGTTTGTCGAATCAGTTCAA-ATAGTTAAAACTATTGG
128 AATTTTAAAAAATAAATATCTTTATTAAACCAGTT-AATATAATTATGACCATTTG
* * ** * * * * * * * *
21121 AATAATTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTTATTTAGTCATAAAATATTTGTTTCAT-ATCT
1 AACAATTATCAATTTCAAATCATTAAGACCTTTTGTTTTGTCAAAAAACAATTATTT-TTGATCA
* * * ** * *
21185 TACAAGCTTA-TCTAGAATAAAATAATCCAAATTTATT-AGCTTTAAAAAATTAATAAGCAAAAA
65 TACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAA
* * * * * * *
21248 ATTTGAAAAAAAATAAATATGTTTATCAAGCAAGTTAA-ATAGTTATGACTATTTG
129 ATTT--TAAAAAATAAATATCTTTATTAAACCAGTTAATATAATTATGACCATTTG
** * * * * ** *
21303 AACAATTATTTATTTAAAATTATTATA-ACCTTTTGTTTTGAT-ATAAAACAATTGTTTCAGTTC
1 AACAATTATCAATTTCAAATCATTA-AGACCTTTTGTTTTG-TCAAAAAACAATTATTTTTGATC
* * * * *
21366 ATAAAATCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTCTTAATATTTCAAAAAT
64 ATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAT
21418 CAA
Statistics
Matches: 787, Mismatches: 177, Indels: 96
0.74 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
176 17 0.02
177 109 0.14
178 115 0.15
179 123 0.16
180 36 0.05
181 136 0.17
182 213 0.27
183 38 0.05
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (182 bp):
AACAATTATCAATTTCAAATCATTAAGACCTTTTGTTTTGTCAAAAAACAATTATTTTTGATCAT
ACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAAAT
TTTAAAAAATAAATATCTTTATTAAACCAGTTAATATAATTATGACCATTTG
Found at i:21075 original size:359 final size:358
Alignment explanation
Indices: 20287--21417 Score: 1014
Period size: 359 Copynumber: 3.1 Consensus size: 358
20277 ATTATGTACG
* * *
20287 TACAAGCTTATTCAGATTAAACTAATAATAATTTAATAATATTT-TAAAATTAATAAGTAAGAGA
1 TACAAGCTTATT-AGATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAAT---T-AGAGA
* * * *
20351 TCTAAAAAATAAATTTGATTATTGAATCAGTTCAAATGGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTAT
61 TTTAAAAAATAAATATGTTTATTGAATCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTAT
*
20416 TTCAAATCATTTTGACCTTTTG-TTAGTCATAAAATA--ATTGTTTTAGTTCATACATGCTTATT
126 TTCAAATCATTTTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATATTATT-TTTTA--TCATACAAGCTTATT
*
20478 -TAGAATAAATTAATACTAATTTATTAACA-TTCAAAAAATT-ATAAGAAAGAGATTTAAAAAAT
188 CTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTC-AAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAAT
* * * * * * * **
20540 ---ATCTGGTTTATCGAACAAATTCAATTGGTTATTACTATGTGAACAATTGTTTATTTAGAATC
252 AAAATCT-GTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCAATTTAGAATC
* * * *
20602 GTTATAACTTTTTGATTTGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTAA
316 GTTATAACTCTTTGATTTGTCAAAAAACAATTGTTTCAGGTAA
* * * * * * * *
20645 TACTAGCTTAGATGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCTAAATTAA-TAAGTAAAAAA
1 TACAAGCTTA-TTAGATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTC-AAA--AATTAA-TTAGAGA
* * * * * * * *
20709 TTTTAAAAAATAAATATGTTTATTGAATTAGTT-AATATAATTATGGCCATTTGAACGATTATCG
61 -TTTAAAAAATAAATATGTTTATTGAATCAGTTCAA-ATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCT
* * *
20773 ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACTATTATTTTTTATCATACAAGTTTATT
124 ATTTCAAATCATTTTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAA-TATTATTTTTTATCATACAAGCTTATT
* * *
20838 CGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA
188 CTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTCAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATA
* * *
20902 AAATCTATTT-TCCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCAATCTTA-AATT
253 AAATCTGTTTAT-CAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCAAT-TTAGAATC
* ** **
20965 GTTA-AGA-TCTTTGTTTTGTCAAAAAAACAATTGTTTTTGGTCT
316 GTTATA-ACTCTTTGATTTGTC-AAAAAACAATTGTTTCAGGTAA
* *
21008 TAGAAGCTTATTTGATTAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATTAGAGATTTA
1 TACAAGCTTATTAGATT-AAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATTAGAGATTTA
* * * * * * * *
21073 AAACATAATTGTGTTTGTCGAATCAGTTCAAATAGTTAAAACTATTGGAATAATTATCTATTTCA
65 AAAAATAAATATGTTTATTGAATCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCA
* * *
21138 AATCATTTTGACCTTTTATTTAGTCATAAAATATT-TGTTTCATATCTTACAAGCTTA-TCTAGA
130 AATCATTTTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATATTAT-TTT-TTATCATACAAGCTTATTCTAGA
* * * * * *
21201 ATAAAATAATCCAAATTTATTAGC-TTTAAAAAATTAATAAGCAAA-AAATTTGAAAAAAAATAA
193 ATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTCAAAAATTAATAAG-AAAGAGATTT-AAAAAATA-AA
* * ** * **
21264 ATATGTTTATCAAGCAAGTT-AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATTATTA
255 ATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCAATTTAGAATCGTTA
* * * *
21328 TAAC-CTTTTGTTTTGAT-ATAAAACAATTGTTTCAGTTCA
320 TAACTC-TTTGATTTG-TCAAAAAACAATTGTTTCAGGTAA
* * * * * **
21367 TAAAATCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTCTTAATATTTCAAAAAT
1 TACAAGCTTAT-TAGATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAAT
21418 CAA
Statistics
Matches: 624, Mismatches: 111, Indels: 75
0.77 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
357 1 0.00
358 74 0.12
359 290 0.46
360 93 0.15
361 35 0.06
362 28 0.04
363 96 0.15
364 7 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (358 bp):
TACAAGCTTATTAGATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATTAGAGATTTAA
AAAATAAATATGTTTATTGAATCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAA
ATCATTTTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATATTATTTTTTATCATACAAGCTTATTCTAGAATA
AAATAATACTAATTTATTAACATTTCAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAAATCTGT
TTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCAATTTAGAATCGTTATAACTC
TTTGATTTGTCAAAAAACAATTGTTTCAGGTAA
Done.