Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019168408.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_623, whole genome shotgun sequence
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1792 GACTATTAGA
* * *
1802 ATAATTAGCTATTTCAAATCATTTGACCA-TTT-GTTTAGTCATAAAATAATTTTTTCAATTTAT
1 ATAATTAGCTATTTAAAATCATTTGACCATTTTAGTTTA-ACATAAAATAATTATTTCAATTTAT
* ** *
1865 ATAATTATCTATTTAAAATTGTTATGA-CATTTTATTTTAACATAAAATAATTATTTCAATT
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1926 CATAAAATCT
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2201 ATAGTCATAA
2211 CTATTTGAATAATTAT
1 CTATTTGAATAATTAT
*
2227 CTATTT-CA-AATCTCAT
1 CTATTTGAATAAT-T-AT
2243 AACTATTTGAATAATTAT
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2261 CTATTT
1 CTATTT
2267 CAAATTGTTA
Statistics
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CTATTTGAATAATTAT
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2186 AATGAACAAG
*
2196 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTAT
1 TTCAAATACTCATAACTATTTGAATAATTATCTAT
2231 TTCAAAT-CTCATAACTATTTGAATAATTATCTAT
1 TTCAAATACTCATAACTATTTGAATAATTATCTAT
2265 TTCAAAT
1 TTCAAAT
2272 TGTTATGACC
Statistics
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TTCAAATACTCATAACTATTTGAATAATTATCTAT
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2019 ATCAGTTATG
* * * *
2029 ACTATTTAAACAATTACTTATTCCAAATCGTTATGACTTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGATT
1 ACTATTTAAACAATTACTTATTCCAAATCGTTATGACCTATTATTTCGTCATAAAACAACTGATT
* * * * * * *
2094 TTGTTCACACAAGTTTATTTGGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGACAATTAAAAAG
66 TAGTTCACACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAAAAAG
* *
2159 TAAAAGGTTTTCAAAATAAATATGTTTAATGAACAAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATAAT
131 TAAAAGGATTTCAAAATAAATATGTTTAATGAACAAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACAAT
2224 TATCTATTTCAAATCTCATA
196 TATCTATTTCAAATCTCATA
* * * * *
2244 ACTATTTGAATAATTA-TCTATTTCAAATTGTTATGACCTATTGTTTCGTCATAAAACAACTG-T
1 ACTATTTAAACAATTACT-TATTCCAAATCGTTATGACCTATTATTTCGTCATAAAACAACTGAT
* * *
2307 ATTAGTTCACATAGGCTTA-TTGGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAAT
65 -TTAGTTCACACAAGCTTATTTGG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAAA
* * * * *
2371 GAGTAAAA-GATTT-AAAATATGAATGTGTTTACCA-G-ACAAGTTCAAATGGTTATGACTATTT
128 AAGTAAAAGGATTTCAAAATA--AATATGTTTA--ATGAACAAGTTCAAATAGTCATAACTATTT
2432 GAACAATTATCTATTTCAAA
189 GAACAATTATCTATTTCAAA
2452 CGTTATGACC
Statistics
Matches: 175, Mismatches: 26, Indels: 14
0.81 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
213 6 0.03
214 10 0.06
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216 1 0.01
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Consensus pattern (215 bp):
ACTATTTAAACAATTACTTATTCCAAATCGTTATGACCTATTATTTCGTCATAAAACAACTGATT
TAGTTCACACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAAAAAG
TAAAAGGATTTCAAAATAAATATGTTTAATGAACAAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACAAT
TATCTATTTCAAATCTCATA
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Alignment explanation
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2234 AAATCTCATA
* * * * *
2244 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTATTGTTTCGTCATAAAACAACTGTAT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT-T
* * * * *
2309 TA-GTTCACATAGGCTTA-TTGGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATG
65 TATGTTCATACAAGCTTATTTCG-AATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATA
* * * * *
2372 AGTAAAAGATTTAAAATATGAATGTGTTTACCAGACAAGTTCAAATGGTTATG
128 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAGACAAGTTCAAATAGTTATG
* * *
2425 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-CGTTATGACCTTTTGTTGTGTCATCAAATAATTGTTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* *
2489 ATGTTCATATAAGCTTATTTCGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG
66 ATGTTCATACAAGCTTATTTCGAATAAAATAATAT-AATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG
* * * * * * *
2554 CAA-AAATTTTAAAAATAAATTTGTTTTCTAAACATA-TTCAAATAGTTTATG
130 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAGACA-AGTTCAAATAG-TTATG
* *
2605 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTTAT-ACCTTTTG-TTTGTCATAAACCAATTGTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCG-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * * *
2668 TGTATTCATACAAG-TGTATTT-GAA-ATAAATAATAATATTTTATTAATATTCCAAAAAATTAA
65 TATGTTCATACAAGCT-TATTTCGAATA-AAATAAT-ATAATTTATTAATATT-CTAAAAATTAA
* * *
2730 TAAGTAA-AAATTTAAAAAAATAAATCTGTTTACC-GAGCCAGTTCATATCA-TTATG
126 TAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACCAGA-CAAGTTCAAAT-AGTTATG
* * *** * *
2785 ACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATGTTTTTTTATTTTGTCATAAAACAATTCTTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * * * * * * *
2850 CTATTCATACAAGTTTA-GTCAAATTAAAATAATACTATTTTATTAATATTTTGAAAATTAATAG
66 ATGTTCATACAAGCTTATTTCGAA-TAAAATAATA-TAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAA
* * * *
2914 GTAGGAGATTTAAAAAGATAAATCTTTTTTATC-GAACAAGTTTAAATAGATT-TG
129 GTAAGAGATTTAAAAA-ATAAATC-TGTTTACCAG-ACAAGTTCAAATAG-TTATG
*
2968 ACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAAGTTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * * * *
3032 T-TAGTTCATAAAAACTTATCT-GAAATAAAATAATAATACTTTTTTAATATT-TCAAAAATTAA
65 TAT-GTTCATACAAGCTTATTTCG-AATAAAATAAT-ATAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAA
* * * * *
3094 TAAGCAAGAGATTTAAAAACTAAAGT-TGTTTTCCAAACCAGTTCAAATAGTTATG
126 TAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA-TCTGTTTACCAGACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * * *
3149 ACTATTTGAAGAAATATCAATCTCAAATCATTATGATC-TTTGTTTTCTCATAAAAC-ATATGTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT-TGTT
* * * * * *
3212 TTTGATCATATAAGCTTA-TTCGGATAAAAATAATACT-ATTTAATAATATT-TCAAAA-T--TA
65 TATGTTCATACAAGCTTATTTCGAAT-AAAATAATA-TAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATA
* * * * **
3271 A-TAA-AGATTTAAAAAATTAATGTGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTAAA
128 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAGACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * * * * * *
3322 ACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATTGCTCTGACATTTTGTTTAGTTATACAATAATTGTTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * *
3387 CA-ATTCATGCAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTC-AAAAATTAATAA
66 -ATGTTCATACAAGCTTATTTCGAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAA
* * * * * *
3450 GCATGAGATTTGAAAATATAAATCTATTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATG
129 GTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACCAGACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * * * * *
3503 AATATTTTAAACAATTATTTATTTAAAATCATT-TGACCATTTGTTTTATCA-AAAATAGTTGTT
1 ACTA-TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * * * * ** **
3566 TA-GTTCATAAAACCATA-TCCAAAT-CCATAA-ATTCCTTTATT-ATATT-TCAAAAATTAAT-
65 TATGTTCATACAAGCTTATTTCGAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATA
* *
3624 A-TAA-A-ATTTAAAAAATAAAT-AGTTTACC-GA-ATCAGTTC-AATAATTATG
128 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAGACA--AGTTCAAATAGTTATG
* * * * *
3672 GC-CTTTGAACAACTATCTA-TTCAAAT--ATATTACCCTTTTG-TTTGTCATAAAAC-ATT-TT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* *** * * *
3730 TTTCAACATAC-AG--T-TTT-GAAT-ACAT-ATATAATTCATTATTATT-TAAGAAA-T--TAA
65 TATGTTCATACAAGCTTATTTCGAATAAAATAATATAATTTATTAATATTCTAA-AAATTAATAA
* * *
3784 -TAAGAGATTTAAAAAA-ATATCTGTTTATCA-ACCAGTTCAAATAAGTTATG
129 GTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAGACAAGTTCAAAT-AGTTATG
* * * * *** *
3834 ACT-TATGAA-TATTA-CTATTT--AATTGTTATAATCC-TTTGTTCCATCAT-ACACAATTGTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * ** * * *
3892 T-TCTT-ATAC-A-CTTA-TTC--ATTATTTATATATATATTTAGTATTTATTCTGAAAATTAAT
65 TATGTTCATACAAGCTTATTTCGAATAAAATA-ATATA-ATTTATTA-ATATTCTAAAAATTAAT
* ** * * * * *
3950 AACTACAG-GTATTTAAAAAATTAAATCTGTTTTGCTGAACTAGTTTTAAACAGTTAAG
127 AAGTA-AGAG-ATTTAAAAAA-TAAATCTGTTTACCAG-ACAAG-TTCAAATAGTTATG
* * * * * *
4008 CACTATATGAATAATTTATTTATTTCAAATTGTTATGACCATTTG-TTTGTCATAAAACAATTAT
1 -ACTATTTGAACAA-TTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT
* * * *
4072 TT-TAGCTCATACAAGCTTA-TTCGAAATAGAATAAAACTAATTT-TTAATATTTCAAAAAATT-
64 TTAT-GTTCATACAAGCTTATTTCG-AATAAAATAATA-TAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTA
* * * * ** ** * *
4133 ATAAGTAAG-GATTT-AGAAATAATTTTGTTTACCAAATTAGTTTGAATAATTATA
125 ATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAGACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * *
4187 ACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCAGTTATTA-C-TTTATTTTGTCATAAAATAATTGTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC-GTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * * * *
4250 TTTGTT-A-ATAAGTTTA-TT-GAAAGAAAATAACACTAATTTATTAATATT-TAAGAAAAATTA
65 TATGTTCATACAAGCTTATTTCG-AATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTCT---AAAAATTA
* * * * * * * * *
4310 ATCAAGTAAGAGTAATTAAAAAGTAAATTTGCTTATCAAACCATTTCAAATAGTTTTTG
125 AT-AAGTAAGAG-ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAGACAAGTTCAAATAG-TTATG
* * * * ** * *
4369 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCTAATCATTATAAAATTTTAG-TTTGTCATCAAACAATTGGT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTT-GTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * * ** * * * * *
4433 TCTATTCATACTATTTTAATTAGAATAAAATAA-ATTAATTTAATAATATT-TCGAAACTTAATA
65 TATGTTCATACAAGCTTATTTCGAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATA
** * * ** * * *
4496 ACCAAGAAAATTAAAAAATAAATCTAATTGCCAAACCAA-TTCAAATAGTTAAG
128 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAGA-CAAGTTCAAATAGTTATG
** ** * * *
4549 ACTACATGAATGATTATCTATGTT-AAATTGTTATAAACC-TTTGTTTTGTCGTAAAACAATTGT
1 ACTATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAATCGTTAT-GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT
* ** * * * * * *
4612 TT-TATTCATACAAGCTTATTAGGATTTAAATAATACTAATTCAATAATGTTTTAAAAATTAATA
64 TTATGTTCATACAAGCTTATTTCGAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATA
* * * * *
4676 AGT-A-AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATC-GAATAAGTTCAAATGGTTAAG
128 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAG-ACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * *
4727 ACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTAGTTATAAAACAATTGTTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * *
4792 CA-GCTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATTAATACTAATTTATT-ACATTCAAAAAATTAAT
66 -ATGTTCATACAAGCTTATTTC-GAATAAAA-TAATA-TAATTTATTAATATTCTAAAAATTAA-
** * * * * *
4854 TACAAAAAGAGATTCAAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTAATT
126 TA-AGTAAGAGATT-TAAAAAATAAATCTGTTTACCAGACAAGTTCAAATAGTTATG
* * *
4911 ACTATTT-AAGTAATT-TCTATTT-AAATCGTTATAACCACTATTTGAGTAATTGTCTATTTAAA
1 ACTATTTGAA-CAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-C-CT-TTT--GT-TTTGTC-A--TAAA
* * * * *
4973 ATC-ATTATAACCACTTGAT-TCATCATAAAAACAATTGTTTCAGTTAGCACAAATTTAAACAGA
56 A-CAATTGT------TT-ATGT--TCAT----ACAA--GCTT-A-TT---TCGAA--TAAA-ATA
* * * * *
5036 ATAAAATAATATTAATTTATTAATTTTTTGAGAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAAATAAAT
97 ATATAAT-TTATT-A---A-T-A--TTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAAT
* * ** *
5101 TTGTTTA-CTGA-ATCAGTAAAAATAATTATG
151 CTGTTTACCAGACA--AGTTCAAATAGTTATG
* * ** * *
5131 GCCATTTGAATGATTATCTATTTGAAATCGTTATGAGCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
** *
5196 -TAATCATACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAACAATAATTTATTAATATT-TGAAAAATTAATA
66 ATGTTCATACAAGCTTATTTCG-AATAAAATAA-TATAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATA
* *
5258 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACC-GAACCAGTTCAAATAGTTACG
128 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAG-ACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * * *
5311 ACTATTTGAACAATTTTCAATCTCAAATTGTTAAGATC-TTTGTTTTGTCATTAAACAATTGTTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * * * *
5375 TTGATCATAAAAGCTTA-TTC-AATTAAAAATAATACCAATTTAATAATATTCCAAAAA-T--TA
66 ATGTTCATACAAGCTTATTTCGAA-T-AAAATAATA-TAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATA
* * * * * * * **
5435 A-TAAGAGATTTAAAAATTAAATGTGCTT-GCGGCACCAGTTCAAATAATTAAA
128 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAG-ACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * * * ** ** * *
5487 ACCATTAGAATAATTATCTATTACAGATTGTTTTGATATTTTGTTAAGTCA-AAAA-ATTTTATT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA-ATTGTT
* * * ** * * ** *
5550 TCAT-ATCTTACAAGCTTA-TTCGAAATAACATAATCCAAATTATTAACATT-TGGAAATTAAAA
65 T-ATGTTCATACAAGCTTATTTCG-AATAAAATAATATAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATA
* * * *
5612 AGTAAAAAGATTTGAAAAAATAAATCTGTTTA-CTGAATAAGTTCAAATAGTTTATA
128 AGT-AAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACCAG-ACAAGTTCAAATAG-TTATG
* * * * ** * *
5668 ATTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATTGTTATGA-CTTCCGTTTTGACATATAACAATTGTTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * * * *
5732 CA-ATTCATAAAAGC--ATATCAAAATAAAATAATAATAATTTCTTAATATTTTAAAAATTAATA
66 -ATGTTCATACAAGCTTATTTC-GAATAAAATAAT-ATAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATA
*
5794 AGTAAGAG-TTTAAAAAATAAATTTG-TTACC-GAACAA-TTCAAATAGTTATG
128 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAG-ACAAGTTCAAATAGTTATG
* *
5844 A-TATTTAAAC-ATTATCTATTTAAAATCGTT-TGACCTTTTGTTTTGTCATAGAAACAATTGCT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATA-AAACAATTG-T
* * * *
5906 TCA-GTTCCTATAAGCTTA-TTCGAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAA
64 TTATGTTCATACAAGCTTATTTCG--AATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTCTAAAAATTAA
* * * ** *
5969 TAAGT----GATTTAAAAAGTGAATCTGTTTACCAAATTAGTTCAAATAATTATCG
126 TAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAGACAAGTTCAAATAGTTAT-G
* * * * * * * * *
6021 TC-ATTTCAATAATTATCTATTTCAAATCGTTGTTAACTTTTGTTTGGTCATATAATAATTGTTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TT
* ** * *
6085 TAT-ATCATACAAGCTTATTAAGAATAAAATAATACTAATTTCCTTAATCTT-TCAAAAATTAAT
65 TATGTTCATACAAGCTTATTTCGAATAAAATAATA-TAATTT-ATTAATATTCT-AAAAATTAAT
* *
6148 AAGTAAGAGATTT--AAAA-AAATTTGTTTA-CTGA-ATCAGTTCAAATAGTTTATG
127 AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAGACA--AGTTCAAATAG-TTATG
* * * * * * * * *
6200 ACTATTTGAAGAATTGTATACTTCAAATCAATTATTTACAAAATAAACCTTTTGTTCTATTATAA
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC-----GTT-----AT-GACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * * * *
6265 AATAATTATTTATGTTCATACATGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACTAATCTAATAATATT-TC
55 AACAATTGTTTATGTTCATACAAGCTTATTTC-GAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTCT-
* * * ** * * * * *
6328 AAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAATTAAATTTGTTTGTCAAACTAGTTCAATTTGTTAAG
117 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAGACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * *
6392 ACTATATAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA-CTTTTGTTTTGTTATAAAAAAATT-TTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * *
6455 CA-ATTCATACTAGCTTATTT-GAAATAAAATAAAATGAATTTATTAATATTGC-AAAAA-T--T
66 -ATGTTCATACAAGCTTATTTCG-AATAAAATAATAT-AATTTATTAATATT-CTAAAAATTAAT
* * * * *
6514 AA-TAAGAGATTTAAAAAA-AATTATGTTTACCTA-ACCAGTTCTAATAATTATG
127 AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACC-AGACAAGTTCAAATAGTTATG
* * *
6566 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAAT-GTTATAACCTTTTGTTTTGGTCAT-AAA-TA-TGT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTC-AAATCGTTATGACCTTTTGTTTT-GTCATAAAACAATTGT
* * * * * * * *
6627 TTTTGTTCATATAAGTTTGTTTAGAATAAAATAATACAAATCTATTAATATTAC-AAAAATTCAT
64 TTATGTTCATACAAGCTTATTTCGAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATT-CTAAAAATTAAT
* * * * * *
6691 AAG--AGA-TTTTAAAAAATAAATCTTTTTATCAAACTAGTTC-AATAGTTATA
127 AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAGACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * ** * *
6741 ACTATTTGAGCAATTAAT-TATTTCAAATCATTTTAACTTTTTGTTCCGTTATAAAACAATAGTT
1 ACTATTTGAACAATT-ATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * * * * * *
6805 TATATTCATACAAGCTTATTTAGATTAAAATAATACTAATTTATTATTATTTTGACAATTAATAA
65 TATGTTCATACAAGCTTATTTCGAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAA
* * * * * * * *
6870 TTAA-AAATTTTAAAACATAAATATGTTTACCAAACTAGATCAAATAGTCATG
129 GTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAGACAAGTTCAAATAGTTATG
* ** *
6922 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTATTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAGA-AATAT-TT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT-TGTT
* * * * * * * *
6984 CA-GCTCATATAAGGTTA-TTCAAAATAAAATAATAACTAAGTTGTTAATATTC-CAAAATTAAT
65 TATGTTCATACAAGCTTATTTC-GAATAAAATAAT-A-TAATTTATTAATATTCTAAAAATTAAT
* * * *
7046 AATTAAGAGATTTAAAAAATAAA-CTATTTACC-GAACAAGTTTAAATAATTATG
127 AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAG-ACAAGTTCAAATAGTTATG
* ** * * * * * *
7099 AACTATTTAAACAATTATCTATTTGGAATTGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAGATTTCAT
1 -ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GT
* * * *
7164 CTAT-TT-ATACAAGCCTATTTC-AGATAAAAATAAT-TCAAATTTATTACTA-AC-AAGATAAT
64 TTATGTTCATACAAGCTTATTTCGA-AT-AAAATAATAT--AATTTATTAATATTCTAA-A-AAT
* * * * *
7223 TAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTCACTATACAAGTTCAAATCGTTATG
123 TAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAGACAAGTTCAAATAGTTATG
* * ** * *
7281 AGTATATGAACAACAAAT-TA-TT-ATAA-C--T-T----TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTAT
1 ACTATTTGAACAA-TTATCTATTTCA-AATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT
* *
7335 TT-TGTTCATACAAGCTTA-TTCAAATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAAATTAA
64 TTATGTTCATACAAGCTTATTTCGAA-TAAAATAATA-TAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAA
* * * * * *
7398 TAAGCAAAAGATTTAAAACATAAATATGTTTAACCA-ACAATTTCAAATAGTCATG
126 TAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT-ACCAGACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * *
7453 ACTATTTGAATAATTATCCATTTCAAATCATTGTGACCTTTTGTTTTGTAATAAAATAATTGTTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
** * * *
7518 CGGTT-ACACTAAGCTTATTT-GAAAGGAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAAA
66 ATGTTCATAC-AAGCTTATTTCG-AA-TAAAATAATA-TAATTTATTAATATTCTAAAAATT-AA
* ** * * *
7581 TGAGTAAGAGAACTAGAAAAAT-AATCTGTTTACTAAACAAGTTCAAAGAGTTATG
126 TAAGTAAGAGATTTA-AAAAATAAATCTGTTTACCAGACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * *
7636 ACTATCTGAACAATTATCTATTTAAAAAT-ATTATGACC-TTTGTTTTGTCAGAAAACAATTGGT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTT-CAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GT
* * * * *
7699 TT-TGTTCATCCAAGCTTATTTCAAATAAAATAATATAAATTAATTAAATATTC-CAAAAGT-AT
64 TTATGTTCATACAAGCTTATTTCGAATAAAATAATAT-AATTTATT-AATATTCTAAAAATTAAT
* ** * **
7761 AAGTGAA-A-ATTT-GAAAATGATTTCTTTTTATTA-ACACA-TTCAAAATAGTTATG
127 AAGT-AAGAGATTTAAAAAAT-AAATCTGTTTACCAGACA-AGTTC-AAATAGTTATG
* * * * * * *
7814 ACTATTTGACCAGTTATTTATTTCAAATCGTTATGACCATTTGTTATGTCATAAACCAATTATTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * * *
7879 CT-ATCATGCAAGCTTATTT-GGA-AAAATAATACTAATTTATTAAAATTCTAAAAATTAATAAG
66 ATGTTCATACAAGCTTATTTCGAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG
* * * *
7941 TCAAAAGACTCTTATAAAAT-AATCT-TTTACCA-AGCGAGTTC-AATAGCTCATG
130 T-AAGAGA-T-TTAAAAAATAAATCTGTTTACCAGA-CAAGTTCAAATAG-TTATG
* ** * * * * * *
7993 TAATTATATATGATTATATTATATATTTTCATATTCTATATATTGAGTTCTATTGTATTTTATCA
1 --ACTAT-T-TGAACA-ATTATCTA-TTTCA-AATC-GT-TA-TGA--CCT-TT-TGTTTTGTCA
* * * * * *
8058 TATGTAATCAATTGGCTTTCTATTCAAAAAAG-TATAGTTTGGAATAAAATAATTATTAA-TTAT
52 TA---AAACAATT-G-TTTATGTTCATACAAGCT-TA-TTTCGAATAAAATAA-TA-TAATTTAT
* * * * *
8121 T-ATATTGCTAAAAATTAAATACGTTAGGGA-TTAAAGAATAAATTTGTTTACC-GAACAAGTTC
108 TAATATT-CTAAAAATT-AATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAG-ACAAGTTC
*
8183 -AATAG-TCTG
170 AAATAGTTATG
* * * * * *
8192 TCTATTTGAACTATCATCTATTTCGAA-CTGTTATGACATTTTTGGTTTTATCATTAAAATACAT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC-GTTATGAC-CTTTT-GTTTTGTCA-T-AAA-AC--
* ** * *
8256 ACCATTATTCAAATATTGGTATTCCATACAAAATTACTTTAGAA-ATAAATAATACCAATTTATT
58 A--ATTGTT----TA-T-G--TT-CATACAAGCTTA-TTTCGAATA-AAATAATA-TAATTTATT
* * * * *
8320 ACTATT-TCAAAAA-T--TAA-TAAG-GATTTAAAAAATAAATGTGTTTACTAAACTAGTTCAAA
109 AATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAGACAAGTTCAAA
* *
8379 TAATTAAG
173 TAGTTATG
* ** * * * * *
8387 CCTATGAGAATAATTATCTATTTCCAATCATTTTGACCTTTT-TTTTAGTCATAAAATAATTGTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTT-GTCATAAAACAATTGTT
* * *
8451 TCAATG-T-ATACATGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATT-TAGAAAATTA
65 T--ATGTTCATACAAGCTTATTTC-GAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTCTA-AAAATTA
* *
8512 ATAAGCAAGA-AATTAAAAAATAAATCTGTTTACCA-A-AAGTTC-AATAGTTATG
125 ATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAGACAAGTTCAAATAGTTATG
* ** * * **
8564 ACTA-TTGAACAATTATCTATTTAAAATTATTATGACCTTTTATTTTATTGTAAAACAATTGTTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * * * * * * *
8628 CA-GTACATAAAAGCTTA-TCCAAAATAAAATAATATTACTTATTAATATT-TCAAATTTGATAA
66 -ATGTTCATACAAGCTTATTTC-GAATAAAATAATATAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAA
* * * * *
8690 GTTAGAGATTTAAAAAATAAAT-TATTTA-TAGAATCAA-TTCAAATAATTTTG
129 GTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAG-A-CAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * ** * * *
8741 GCCATTTGAATAAATTATCTATTTTAAATCATTATGAATTTTTGTTTTATCATAAAATAATTATT
1 ACTATTTGAA-CAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
** * * *
8806 T-TCATCATACAAGCCTA-TTCG-GT---AT-A-CT-A---A-T-AT-TT-TAAAAATTAATAAG
65 TATGTTCATACAAGCTTATTTCGAATAAAATAATATAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG
* * ** * *
8855 TAGGAGATGTAAAAAATTGATCTGTTTA-CTGAACCAGTTCAAATAGTTATG
130 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAG-ACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * * *
8906 ACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATTGTTATAAGCTTTTGTTATATCATAAAACAATTATTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * * *
8971 -TGTTCATAAAAGTTTA-TTCAAAATAAAATAATACTAATGTAATAATATTCTAAAAATTAATAA
66 ATGTTCATACAAGCTTATTTC-GAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAA
* * * * * *
9034 CTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTAAG
129 GTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAGACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * * * * * *
9086 ACTATATGAACAATTCTTTATTTTAAATCATTAGGACTTTTTGTTTTATCGTAAAACAATTTTTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
** * * * *
9151 CA-GTTTTTAGTAA-CTTA-TTCAGAGTAAAAAAACA-AATTTATTAATATT-TCAAAAA-T--T
66 -ATGTTCATA-CAAGCTTATTTC-GAATAAAATAATATAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAAT
* * * * *
9208 -AGTAAGAGATTTAAAAAATAATTATGTTTGCCGAAATCAA-TTCAAATAATTATG
127 AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACC-AGA-CAAGTTCAAATAGTTATG
* * *
9262 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGCTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TT
* * * * * *
9327 T-TGTTCATATAAGTTTATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAAGAA
65 TATGTTCATACAAGCTTATTTCGAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAA
* * * * * *
9391 GTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACCAGTTCAATTAGTTATA
129 GTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAGACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * *
9443 ACTATTTGAACCATTATTTACTTT-AAATCGTGATGA-CTATTTGTTTTGTCATAAAAAAAATTG
1 ACTATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATCGTTATGACCT-TTTGTTTTGTCAT-AAAACAATTG
* * * * *
9506 TTTCTATTCATAC-AGTCTTA-TTCGGAATAAAGTAATGCTAATTTATTAACATTCTAAAAATTA
63 TTTATGTTCATACAAG-CTTATTTC-GAATAAAATAAT-ATAATTTATTAATATTCTAAAAATTA
* * * * * *
9569 ATCAGTAACG-GATTTAAAAAATGAATTTG-TTAGCCTGAC-AGTGCAAATAGTTATA
125 ATAAGTAA-GAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CCAGACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * *
9624 ACTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCATTTGTTTTATTGCA-AAAA-AATTGT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTT-GT-CATAAAACAATTGT
* * * * ** * *
9687 TTCTATTCGTACAAGCTTATCTAAAATAAGATAATTCTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAAT
64 TTATGTTCATACAAGCTTATTTCGAATAAAATAA-TATAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAAT
* * * * * *
9751 AAGCAAGAGATTTAAAAAATGAATTTATTTA-CTGAACATGTTCAAATAGTTATG
127 AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAG-ACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * * * *
9805 ATTATTTAAACAATTATCTATATCAAATTGCTATAACTTTTTGTTTTGTTATAAAACAATT-TTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * * * * *
9869 TTATTCATACAAGCTTATTT-TAATTAAAATAATACAAATTTTTTAATATTC-CAAAATTAATGA
66 ATGTTCATACAAGCTTATTTCGAA-TAAAATAATA-TAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAA
* * **
9932 GTAA-A-A-ATAAAAAAAAAAGT-T-TTT-TGA-ACACA-TTCAAATAGTTATG
129 GTAAGAGATTTAAAAAATAAA-TCTGTTTACCAGACA-AGTTCAAATAGTTATG
* * * * * *
9978 ACTATTTGATCAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCATTTATTTTGTCACAAACCAATTGTTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * * *
10043 CTGTTCATACAAGCCTATTT-GAAATAAAATAATACTAGTTTATTAATATTCCAAAAATTGATAA
66 ATGTTCATACAAGCTTATTTCG-AATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAA
* * * * *
10107 GTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCA-AGCAACTTTAAATAGTTATG
129 GTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAGA-CAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * *
10159 ACTGTTTGAACAATTGTTTATTTAAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * ** * * *
10224 CTATTCATACAAGTTTATTAGGAATAAAA-AATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAGG
66 ATGTTCATACAAGCTTATTTCGAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG
* * *
10288 TAGGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-CTGAACAAGTTCAAATAGTTATG
130 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAG-ACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * *
10339 TCCATTTGAACAATTATCTATTTGAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * ** * ** * * * * *
10404 CTATTTGTGCAAAATTATTTAGAATAACATAATACTAATCTATTAATATTTTGAAAA-T--TAA-
66 ATGTTCATACAAGCTTATTTCGAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG
* * ** * * *
10465 TAAGAGATTTAAAAACTAAATATGTTTA-TGGAAACAGTTCAAACAATTATG
130 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAGACA-AGTTCAAATAGTTATG
* * * ** * * * *
10516 ATTATTTAAACAATTAT-TATCTCAAATAATTATGATC-TTTATTTTGTCATAAAATAGTTTGTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA-ATTGTT
* * * * * * *
10579 TCTTTTTATACAAGTTTA-TTCAGATTAAAATAATATTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAAT-
65 TATGTTCATACAAGCTTATTTC-GAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATA
* ** *
10642 A--AA-AGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGTC-GAACCAA-TTCAAATAGTTAAG
128 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAG-A-CAAGTTCAAATAGTTATG
* ** * * * * * * *
10692 ACTATTAGAGTAATTATTTATTTCAAATTGTTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTATTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * * * *
10757 CA-GTTCATACAAGCTTA-CTCAAACAAAATAATAGCAATTTATTAACATT-TGAAAAATTAATG
66 -ATGTTCATACAAGCTTATTTCGAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATA
* * *
10819 AGTAAGAGA-TT-AAAAA-AAA--TGTTTATCAAACAAGTTGAAATAGATT-TG
128 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAGACAAGTTCAAATAG-TTATG
* * *
10867 ACTATTTAAACAATTATCTATTT-AAAGTCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACATTTGTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * * * * * * * * * * *
10931 TCA-GTTCAAAAAAACTTA-TCCAAATCAAATAATACTACTTCACTAATATTTTTGAAAA-TAGT
65 T-ATGTTCATACAAGCTTATTTCGAATAAAATAATA-TAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAAT
* * * *
10993 AAGCGCAAAGAGATTTAAAAACTAAAGCATGTTTTTCACAG-C-A-TTCAAATAGTTATG
127 AA--G-TAAGAGATTTAAAAAATAAATC-TG-TTTAC-CAGACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * *
11050 AACCTATTTCG-ACAATAATCAATCTT-AAATAGTTATGATGCC--TTATTTGGTCAT-AAACAA
1 -A-CTATTT-GAACAATTATCTAT-TTCAAATCGTTATGA--CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA
* * * *
11110 TTGTTT-TCTAATCATATCAAGGTGT-TTTAG-ATAAAAATAATCATTAATTTAATT-ATATTCC
60 TTGTTTATGT--TCATA-CAAGCT-TATTTCGAAT-AAAATAAT-A-TAATTT-ATTAATATTCT
* * *
11171 AAAAA-T--TAA-TAAGAGA-TTAAAAAAAATAAT-TGTTTTGTCGCAAACAACGTTCAAATAGT
117 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA-AATCTG-TTT-AC-CAGACAA-GTTCAAATAGT
*
11230 TAAG
177 TATG
** * * ** * *
11234 ACTACTCAGAATAATTAT-TAATTTC-AATACGTATTTGACCCTTCGGCTTTACGAT-ATAATAC
1 ACTA-TTTGAACAATTATCT-ATTTCAAAT-CGT-TATGA-CCTTTTG-TTT-TG-TCATAAAAC
** * * * *
11296 AATACTTCA-GTTTA-ACAAGCCTTAATT-GAA-ATAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAA
58 AATTGTTTATGTTCATACAAG-CTTATTTCGAATA-AAATAATA-TAATTTATTAATATTC-TAA
* * * * * * *
11357 AAATTAATCAGGAA-AAATTTAAAAAATTAATCTGTTTTGAACTAAACAAGTTTAAATAGTTATG
119 AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTG-TTT--ACCAGACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * *
11421 ACTATTT--ACAATATATCTA-TTAAAATCATTATGACCTTTTTATTTTGGTCATAAAACCATTG
1 ACTATTTGAACAAT-TATCTATTTCAAATCGTTATGACC-TTTTGTTTT-GTCATAAAACAATTG
* * * * * * *
11483 TGTTTTAGTTCCAATAAAAGCTTA--CCAAATATAAATAACACTATTTTATTAATATT-TCAAAA
63 T-TTAT-GTT-C-ATACAAGCTTATTTCGAATA-AAATAATA-TAATTTATTAATATTCTAAAAA
** * *
11545 -T--TAA-TAAGAGATTT-AAAAA-AAATCAATTTACCA-AAATAGTTCAAATAATTAT-
122 TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAGACA-AGTTCAAATAGTTATG
* ** * * * *
11597 AGCCATTTGAACAGCTACCTATTTCAAATCGTTATTG-CTTTTTATTTTGTC-TTAAA-AATT-T
1 A-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA-TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT
** * * * *
11658 TT-TCAAT-ATACAATCTTATTT-GAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATT-T---CACTAA
64 TTAT-GTTCATACAAGCTTATTTCG-AATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTCTAAAAATTAA
* * * * *
11716 TTAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACTAGTTTAAATAGTTATG
126 -TAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAGACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * * * *
11771 AGTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTATTGTTCTATCATAAAATAATTATTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * * *
11836 CTATTTATAC-AGACTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAGTAATATTC-ATAAAATTAATA
66 ATGTTCATACAAG-CTTATTTCGAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTCTA-AAAATTAATA
** * *
11899 AGTAAGAGATTT-AAAAATAAATCTGTTTACCCA-ATTAGTTCAAACAGTTAAG
128 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CCAGACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * * * * * *
11951 ACTATATAAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGCTTTATTATAAAATAATTATTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * ** * * * *
12016 -TAGCTCATATAACCTTATACCAAAAAAAAATAATATTACTTTATTAATATT-TCAAAAGTTAAT
66 AT-GTTCATACAAGCTTATTTC-GAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAAT
* *
12079 AAG---G-GATTTAAAAAATAAATCAGTTTACC-GAAATAGTTCAAATAAG-TATG
127 AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAGACA-AGTTCAAAT-AGTTATG
* * * * * * * *
12129 GCCA-TTGAACAACTACCTATTTCGAATCGTTATTACCTTTTGTTTTATCTTAAAAACAATTGTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAAACAATTGTT
* *** * * * *
12193 TTTCAACATTCAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTTCAAGAA-T--T
65 TATGTTCATACAAGCTTATTTCG-AATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAAT
* * * * *
12254 AA-TAAGAGATTTAAAAAGTAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTTTTA
127 AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAGACAAGTTCAAATAG-TTATG
* * * * * *
12308 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTATTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * * * * *
12373 CTATTCCTTACAGGC-T-TTTCAAATAAAATAATACTAA-TTAGTAGTATTCTAAAAAATTAATA
66 ATGTT-CATACAAGCTTATTTCGAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATA
* * * * * * *
12435 ACTAAGAGATTTTAAAAAAATAAATCTATTTGCCAAACTAGTTCAAACAGTTAAG
128 AGTAAGAGA-TTT-AAAAAATAAATCTGTTTACCAGACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * * *
12490 ACTATATGTACAATTATTTATTTCCAATTGTTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAGCAAATTAT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCG-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGT
* * *
12554 TTCA-GCTT-ATACAAGCTTA-TTCGAAATAGAATAAAACTAATTTATTAATTGTTC-AAAAATT
64 TT-ATG-TTCATACAAGCTTATTTCG-AATAAAATAATA-TAATTTATTAA-TATTCTAAAAATT
* * * * * * *
12615 --T--GTAAGAGGTTTAGAAAATAATTTTATTTA-CTGAACCAGTTCAAAT-GATTATG
124 AATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAG-ACAAGTTCAAATAG-TTATG
* *
12668 ACTATTTGAACAATTATCAATTTCAAATCATTAT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT
12702 TACTAATTTA
Statistics
Matches: 7875, Mismatches: 1668, Indels: 1472
0.71 0.15 0.13
Matches are distributed among these distances:
158 1 0.00
159 7 0.00
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ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (180 bp):
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ATGTTCATACAAGCTTATTTCGAATAAAATAATATAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGT
AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAGACAAGTTCAAATAGTTATG
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** * ** *
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* * *
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*
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* ** * * * *
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*
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* * * * * *
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* * * * * ** * *
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** ** * * * *
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* * * * *
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* *
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* *
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* * *
5753 AATAAAATAATAATAATTTCTTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGTTTAAAAAATAAATTT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGTTTAAAAAATAAATTT
* * * * *
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* * * *
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* ** * * * *
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* ** * * * * * * * *
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* * * *
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* *
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* * * * * *
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** * * * * * * * *
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* * * * *
6297 AAATAAAATAAT-ACTAATCTAATAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAATTAAA
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* ** * * * * * * *
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238 TCTGTTTACCGAA-TAAGTTCAAATAGTTATA-ATTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTT
* * * ** **
6424 ATGACTTTTGTTTTGTTATAAAAAAATT-TTTCAATTCATACTAGCTTATTTGA
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* *
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* * * *
6536 ATGTTTACCT-AACCAGTTCTAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAAT-GTTA
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* * ** * * * *
6599 TAACCTTTTGTTTTGGTCAT-AAA-TA-TGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTT-TAGAATAAAATA
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** * * *
6660 AT-ACAAATCTATTAATATTACAAAAATTCATAAG---AGATTTTAAAAAATAAATCTTTTTATC
187 ATCA-AAAT-TATTAATATT-TGAAAATTAATAAGTAAAGA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTACC
* * * * ** * *
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* * * * * *
6783 GTTCCGTTATAAAACAATAGTTTATATTCATACAAGCTTATTTAG
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* * ** * * * * * *
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1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-AAGAGTTTAAAAAATAAATT
* * * * * * * * **
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* * * * * *
6957 A-CTTTTGTTTTGTCATAAGA-AA-TATTTCAGCTCATATAAGGTTATTCAAAATAAAATAAT-A
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* ** * * *
7018 ACTAAGTTGTTAATATTCCAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATAAA-CTATTTACCGAAC
191 A--AA-TTATTAATATTTGAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAAT
* * * * * ** * *
7082 AAGTTTAAATAATTATGAACTATTTAAACAATTATCTATTTGGAATTGCTATAACCTTTTGTTTT
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* * * * * * * *
7147 GTCATAAAAGATTTCATCT-ATTTATACAAGCCTATTTC-A
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* * * * * *
7186 GATAAAAATAATTCAAATTTATTACTA--ACAAGATAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAA
1 AAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA-A-AATTAATAAGTAAGAG-TTTAAAAAATAA
* * ** ** * * *
7249 ATCTGTTCACT--ATACAAGTTCAAATCGTTATGAGTATATGAACAACA-AAT-TA-TTATAA-C
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* * **
7308 --TT----TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTGTTCATACAAGCTTATTC-AAATTAAAAT
122 GTTTGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCATTCATACAAGCTTATTCGAAA-TAAAAT
* * * *
7366 AAT-ATTAATTTATTAATATTTTGAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAACATAAATATGTTTA
186 AATCA--AAATTATTAATA-TTTG-AAAATTAATAAG-TAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT-
* * * * * * ** ** *
7430 ACC-AACAATTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCCATTTCAAATCATTGTGACCTTT
245 ACCGAATAAGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA-C-TT
* * * ** *
7494 TGTTTTGTAATAAAATAATTGTTTCGGTTACACT--AAGCTTATTTGAA
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** * * **
7541 AGGAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAAATGAGTAAGAGAACTAGAAAAAT-AA
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT-AATAAGTAAGAG-TTTA-AAAAATAAA
* * * * * * * *
7605 TCTGTTTACT-AAACAAGTTCAAAGAGTTATGACTATCTGAACAATTATCTATTTAAAAAT-ATT
63 TTTGTTTACTGAATC-AGTTCAAATAATTATGACCAT-TTAAAAATTATCTATTT-AAAATCGTT
* ** *
7668 ATGACC-TTTGTTTTGTCAGAAAACAATTGGTTTTGTTCATCCAAGCTTATTTC-AAATAAAATA
125 -TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTCATTCATACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATA
** * * ** *
7731 AT-ATAAATTAATTAAATATTCCAAAAGT-ATAAGTGAAA-ATTT-GAAAATGATTTCTTTTTA-
187 ATCA-AAATT-ATT-AATATTTGAAAATTAATAAGT-AAAGATTTAAAAAAT-AAATCTGTTTAC
** * * * * * *
7791 TTAACACA-TTCAAAATAGTTATGACTATTTGACCAGTTATTTATTTCAAATCGTTATGACCATT
247 CGAATA-AGTTC-AAATAGTTATAATTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA-C-TT
* * * ** ***
7855 TGTTATGTCATA-AACCAATTATTT-CTATCATGCAAGCTTATTTG
308 TGTTTTGTCATATAA-CAATTGTTTAAT-TCATAAAAGCTTATCAA
* * * *
7899 GA-AAAATAATACTAATTTATTAA-AATTCTAAAAATTAATAAGTCAAAAGACTCTTATAAAAT-
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGT---AAGAGT-TTAAAAAATA
* * * * * *
7961 AATCT-TTTAC-CAAGCGAGTTC-AATAGCTCATGTA--ATTATATATGATTATATTATATATTT
61 AATTTGTTTACTGAATC-AGTTCAAATA-ATTATG-ACCATT-TA-A--A--A-ATTATCTA-TT
* * * * * * * *
8021 TCATATTCTATATATTGAGTTCTATTGTATTTTATCATATGTAATCAATTGGCTTTCTATTCAAA
115 T-AAAATC---GT-TTGA--CCT-TT-TGTTTTGTCATA---AAACAATT-G-TTTC-ATTCATA
* * * * * * * **
8086 AAAG-TATAGTTTGGAATAAAATAATTATTAATTATT-ATATTGCTAAAAATTAAATACGTTAGG
165 CAAGCT-TA-TTCGAAATAAAATAATCA-AAATTATTAATATT--TGAAAATT-AATAAG-TAAA
* * * * * * * *
8149 GA-TTAAAGAATAAATTTGTTTACCGAACAAGTTC-AATAGTCTGT--CTATTTGAACTATCATC
223 GATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAATAAGTTCAAATAGT-TATAATTATTTGAACAATTATT
* * * *
8210 TATTTCGAACTGTTATGACATTTTTGGTTTTATCATTAAAATACATACCATTATTCAAATATTGG
287 TATTTCAAATTGTTATGAC---TTT-GTTTTGTCA-T---AT--A-A-CA--ATT---GT-TT--
* * *
8275 TATTCCATACAAA-ATTACTTTAGA
332 AATT-CATA-AAAGCTTA--TCA-A
* * *
8299 AAT-AAATAATACCAATTTATTACTATTTCAAAAATTAATAAG---GA-TTTAAAAAATAAATGT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGTTTAAAAAATAAATTT
* * * ** *
8359 GTTTACT-AAACTAGTTCAAATAATTAAG-CC-TATGAGAATAATTATCTATTTCCAATCATTTT
66 GTTTACTGAATC-AGTTCAAATAATTATGACCAT-TTA-AA-AATTATCTATTTAAAATC-GTTT
* * *
8421 GACCTTTT-TTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAATGT-ATACATGCTTATTCAAAATAAAATAA
126 GACCTTTTGTTTT-GTCATAAAACAATTGTTTC-AT-TCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAA
* * * * *
8484 TACTAATTTATTAACATTTAGAAAATTAATAAG-CAAGAAATTAAAAAATAAATCTGTTTACC-A
188 T-CAAAATTATTAATATTT-GAAAATTAATAAGTAAAG-ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGA
* * * * * *
8547 A-AAGTTC-AATAGTTATGACTA-TTGAACAATTATCTATTTAAAATTATTATGACCTTTTATTT
250 ATAAGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA-C-TTTGTTT
* ** * * *
8609 TATTGTAAAACAATTGTTTCAGTACATAAAAGCTTATCCAA
313 TGTCATATAACAATTGTTT-AATTCATAAAAGCTTAT-CAA
* * * * *
8650 AATAAAATAATA-TTACTTATTAATATTTC-AAATTTGATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAA-T
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG-TTTAAAAAATAAATT
* * * * * *
8712 TATTTA-TAGAATCAATTCAAATAATTTTGGCCATTTGAATAAATTATCTATTTTAAATCATTAT
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** * * * * *
8776 GAATTTTTGTTTTATCATAAAATAATTATTTTCA-TCATACAAGCCTATTCG--GT---AT-A-C
126 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTCATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATC
* * * * ** * **
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190 AAAATTATTAATATTTGAAAATTAATAAGTA-AAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAATAA
* * * * * *
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254 GTTCAAATAGTTATAATTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA-C-TTTGTTTTGTC
* * ** *
8956 ATAAAACAATTATTTTGTTCATAAAAGTTTATTCAA
317 ATATAACAATTGTTTAATTCATAAAAGCTTA-TCAA
* * *
8992 AATAAAATAATACTAATGTAATAATA-TTCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAG-TTTAAAAAATAAAT
* * ** * * * * * * * * * * *
9056 GTATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTCTTTATTTTAAATCATTAGG
64 TTGTTTACTGAATCAGTTCAAATAATTATGACCAT-TTAAAAATTATCTATTTAAAATCGTT-TG
* * * * ** * * *
9121 ACTTTTTGTTTTATCGTAAAACAATTTTTTCAGTTTTTAGTAA-CTTATTC-AGAGTAAAA-AAA
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* * * * * *
9183 CAAATTTATTAATATTT-CAAA--AATTAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTATGTTTGCCGAAAT
189 CAAAATTATTAATATTTGAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCG-AAT
* * * * ** *
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252 -AAGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA-C-TTTGTTTT
* * ** * * ***
9309 GTCATAAAACAAATGCTTTTGTTCATATAAGTTTATTTGG
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* ** *
9349 AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAAGAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG-TTTAAAAAATAAATT
* * * * * * ** * *
9414 TGTTTACTAAACCAGTTCAATTAGTTATAACTATTTGAACCATTATTTACTTT-AAATCGTGATG
65 TGTTTACTGAATCAGTTCAAATAATTATGACCATTT-AAAAATTATCTA-TTTAAAATCGT-TTG
* * *
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127 ACCT-TTTGTTTTGTCAT-AAAACAATTGTTTC-ATTCATACAAG-CTTATTCGAAATAAAATAA
* * * * * * * *
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188 T-CAAAATTATTAATATT-TGAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CC-
* * * * *
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248 GAATAAGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA-C-TTTGT
* * * * *
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* * * *
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* * ** * * * * *
9776 TATTTACTGAA-CATGTTCAAATAGTTATGATTATTTAAACAATTATCTATATCAAATTGCTATA
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* * * * ** *
9840 ACTTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTTTTTTATTCATACAAGCTTATTTTAATTAAAATAATACA
127 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAAT-CA
* * ** * * * * *
9905 AATTTTTTAATATTCCAAAATTAATGAGTAAA-A-ATAAAAAAAAAAGT-T-TTT--TGAACACA
191 AAATTATTAATATTTGAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAA-TCTGTTTACCGAATA-A
* * * * * *
9964 -TTCAAATAGTTATGACTATTTGATCAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCATTTATTTTGTC
254 GTTCAAATAGTTATAATTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA-C-TTTGTTTTGTC
* ** * * **
10028 ACA-AACCAATTGTTTCTGTTCATACAAGCCTATTTGA
317 ATATAA-CAATTGTTT-AATTCATAAAAGCTTA-TCAA
* * * *
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1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG-TTTAAAAAATAAATT
* * * * * * ** * * * *
10130 TATTTAC-CAAGCAACTTTAAATAGTTATGACTGTTTGAACAATTGTTTATTTAAAATAGTTATG
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* * * *
10194 ATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTAGGAATAAAA-AATAC
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* * * * * * *
10258 TAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACA
190 AAAATTATTAATA-TTTGAAAATTAATAAGTA-AAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAATA
* * * * *
10323 AGTTCAAATAGTTAT-GTCCATTTGAACAATTATCTATTTGAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTG
253 AGTTCAAATAGTTATAAT-TATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA-C-TTTGTTTTG
* * ** * *
10387 TCATAAAACAATTGTTTCTATTTGTGCAAAA--TTATTTAG
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* * ** * *
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1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGTTTAAAAAATAAATTT
* * ** * * **
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* * * * * * * *
10551 TC-TTTATTTTGTCATAAAATAGTTTGTTTCTTTTTATACAAGTTTATTC-AGATTAAAATAAT-
128 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACA-ATTGTTTC-ATTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATC
* * ** * **
10613 ATTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAAT-A--AAAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGTCGAAC
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* * * ** * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
10901 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACATTTGTTTCAGTTCAAAAAAACTTA-TCCAAATCAAATAAT-
126 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCA-TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATC
* * * * * * * *
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190 A-AAATT-ATTAATA--TTTGAAAATTAATAA--G-TAA-AGATTTAAAAAATAAATC-TGTTTA
* ** * * ** *
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* * * * * **
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* * *
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* ** * * * * * * *
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** * * ** *
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* * ** * * * *
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** * * * * * * *
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* * * * * *
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* * *
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** ** * ** * *
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* * * * * * * *
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* * * * * **
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* * * * * * *
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* * * * * * * *
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*
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* ** * * * * * * * * * *
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* * * * * * * * * * * *
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** * * *
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**** * ** * * *
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* * * *
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* * * *
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* * * * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * * * * *
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* * *
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*
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* *
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* *
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*
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* * * * * *
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* * * ** * *
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** * * *
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* * * * * * * *
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** * * *
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* * *
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* ** * * * ** ** ***
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* * * * *
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* * * * * **
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* * * * * * * *
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* * * * * ** * * *** *
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* * * * * * * *
14360 TTAATTTGTTTACCAAATAAG-TTCAAATAATCACAT-TC-ATTTGAACTATTATCTATTTCAAA
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* * * * ** *
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** * *
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* * * * *
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* * * * * * * * *
14580 TCTATCTCAAATCATTATGACCATTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCTATCCATACAAGCTTA
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* * * ** ** * * * * *
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* * * * * * * *
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* ** * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * ** *
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** * * * * * *
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*** * * *
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* * * * * *
15177 TATAAGCCTATTCGGAATGAAATAAT-ACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATGAGT-AGAA
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* * * * *
15240 GATTTAAAAAAATAAATCTATTTAAGCAA-ACTAGTTCAAATAGTT-TAACTATTTGAACAATTA
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** * * * * * * * *
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* ** * * * * *
15365 ATTCAAAAAAAATAATACTAATCTAATAATATTATGAAAATTAATAACT-AAA-A---AAAAAAA
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* * * * * ** * * * *
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* * * * * *
15482 GTTATAACC--TCTTTTGTC-ATAAAACAAATGTTTTTGTTCA
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* * * * * **
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* * * * * *
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* * ** * * ** ** **
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* * ** ** * * * *
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* * * * * * *
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*** * * * * * * * *
16018 TATTTCAAATCGCTATAACCTTTTGTTTCTCATAAAATAATTTTTTTCTATTCATACAACCTTAT
126 TATTTCAAATTATTATGA-CTTTTTTTTATCATAAAACAA-TTGTTTCTGTTCATATAAGCTTA-
** ** *
16083 TTTCA-ATTAAAATAATACAAATTTATTAATATTCAGATAATTAATAAATAAAAGATTT-AAAAA
188 -TT-AGATT-AAATAATATTAATTTATTAATATTTTGA-AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAA
* * * * * * ** * ** *
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* * * * * * * * *
16210 CATTATGACTTTTTTGTTTTCATA-TAAATAATTGTTTTTGTTCA
314 CATTA-AACCTTTCT-CTTGCA-ACAAAACAATTG-TTTAGTTAA
* * * ** * * *
16254 TACAAGCTTATTCGAATTAAAATAAT-ATTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATTAAGTAA-C
1 TACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATCACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAA-TGAGTAAGA
** *** * * **
16317 AGATTTTAAAAAATAAATATGTTTATTGAATAAGTTTTGATAGTCATAACTATTTGAATAATTAT
65 AGA-TTTAAAAAAT-AATATGTTTA-CCAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTT--AGCATTAT
* * * * * * *
16382 CTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTATTTCATCAT-AAACAATTATAT-AGTTCATATAGGCTAA
125 CTATTTCAAATTATTATGA-CTTTT-TTTTATCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATATAAGCTTA
* * * ** * *
16445 TTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAATTAATGAGTAAGAGATTT-AAAAAATA
188 TT-AGATTAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAATA
* * * * ** * * * * * * * *
16509 AATTTATTTA-CCAACAAG-TTC-AATTGTTTTGGCTATATAAATAAATT-TCTATTTCAAATCG
252 AATCTGTTTATCAAACAAGTTTCAAATAGTCATGACAATTTGAA-CAATTACCTATTTCAAAGCA
* * * * * * * * *
16570 TTATGATA-TTTTGTTTTATC-ATAAAATAATTATTTCTGTTCA
316 TTA--A-ACCTTTCTCTT-GCAACAAAACAATTGTTT-AGTTAA
* * ** * *
16612 TATAAGCTTATTTCAAATAAAATAAT-A-TAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAATAA-A
1 TACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATCACT-AATTTATTAATATTTAAAAAATTAATGAGTAAGA
* ** ** * * * **
16674 A-TTTTAAAAAATAAAATATGTTTTATGAATACTTTTAAATAGTTATGATTATCTGAATAATTTA
65 AGATTTAAAAAAT--AATATG-TTTACCAATAAGTTCAAATAGTTATGACTAT-T-TAGCA-TTA
* * * * *
16738 TCTATTTTAAATAATTATGACCTTTTTGTTTTGTCAT-AAACTAATTGTTTCTATTCATACAAG-
124 TCTATTTCAAATTATTATGA-C-TTTT-TTTTATCATAAAAC-AATTGTTTCTGTTCATATAAGC
* * ** * ***
16801 TTATTCA-AATAAGTAATGCTAGTTTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT--AA
185 TTATT-AGATTAAATAATATTA-ATTTATTAATATT-TTGAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAA
* * * * ** *
16863 AAATAAATCTATTTA-CTGAGCAAG-TTCAAATAGTTATG-CTTGTTTGAACAATTATCTATTTC
247 AAATAAATCTGTTTATC-AAACAAGTTTCAAATAGTCATGAC-AATTTGAACAATTACCTATTTC
* * * * ** * *
16925 AAA-TAGTTATGATCTTT-TGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTA-TTCA
310 AAAGCA-TTA-AACCTTTCTCTTGCA--ACAAAACAATTG--TTTAGTTAA
* * ** ** *
16973 TGCAAGTTTATTCAAAATAAAATAAT-ACTAATTTATTAATATTTTTAAAATTAAT-AGGT-AGG
1 TACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATCACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATGA-GTAAGA
* * * ** **
17035 AGATTTAAAAAAAAAATATGTTTACCGAATAAATTCAAATAGTCAT-ATCTACATGAATAATTAT
65 AGATTT-AAAAAATAATATGTTTACC-AATAAGTTCAAATAGTTATGA-CT--ATTTAGCATTAT
*** * * * ** **
17099 CTATTTCAAAACGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATGCAAAATTA
125 CTATTTCAAATTATTATGA-CTTTT-TTTTATCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATATAAGCTTA
* * ** * *
17164 TTCAAAATAAAATAATGCTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAG----AGATTT-AAATAC
188 TT--AGATTAAATAATATTAATTTATTAATATTTTG-AAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAA
* * * * * * ** ** * *
17224 TAAATCTATTTACCGAAAC-AGTTT-AAATAGTTATTACTATTTAAATGATTATATATCTCAAAT
250 TAAATCTGTTTATC-AAACAAGTTTCAAATAGTCATGACAATTTGAACAATTACCTATTTCAAAG
**** * * * * ** *
17287 CATTATGTTGTTTATTTTGTC-ATAAAAGAATTGTTTCTTTTCA
314 CATTA-AACCTTTCTCTTG-CAACAAAACAATTGTTT-AGTTAA
* * ** **
17330 TACAAGCTTA-TTCAGATTAAAATAAT-ACTAATTTAACAATATTCCAAAAATT-A--A-TAAG-
1 TACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATCACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATGAGTAAGA
* * * *** ** * * *
17388 AGCTTTGAAAAATAAATGTGTTTGTTGAACCAGTTTAAATAGTTAAGACTATTATAACAATTATC
65 AGATTTAAAAAAT-AATATGTTT-ACCAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATT-TAGC-ATTATC
** * * * * * *
17453 TATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTAGTTATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAACTTAT
126 TATTTCAAATTATTATGA-CTTTTTTTTA-TCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATATAAGCTTAT
* * * *
17518 TCAAAATAAAATAAT-TGTAATTTATTAACA-TTTGAAA--AATAAATAGCAAGAGATTTAAAAA
189 T--AGATTAAATAATAT-TAATTTATTAATATTTTGAAATTAATAAGTA--AA-AGATTTAAAAA
* * * *
17579 ATATAAATTTATTTATCAAACAAGTTT-AAATAGAT-ATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-A
248 A-ATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTTCAAATAG-TCATGACAATTTGAACAATTACCTATTTCA
17641 AAG
311 AAG
17644 TCGTTATGAC
Statistics
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339 6 0.00
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AATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAATAAATCTGTTT
ATCAAACAAGTTTCAAATAGTCATGACAATTTGAACAATTACCTATTTCAAAGCATTAAACCTTT
CTCTTGCAACAAAACAATTGTTTAGTTAA
Found at i:14115 original size:361 final size:352
Alignment explanation
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13026 ATTTTGTTTG
* * * * * * *
13036 TACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATACTAATTTAATAATAGTTCAAAAA-T-A-AA-TAAGAGA
1 TACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAAAAA
* * * * * * *
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*** * * * * *
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* * *** *
13224 GAATAAATTAATACT-AATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAG-AAAGAGATTTAAAAAAAAT
188 G-ATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAA-AGA-TT-AAAAAAAT
* * * * * * ** *
13287 AAATCTGTTTATCAAACAAG-TTCAAATAGTTATTACAATTTGAACAATTGCCTATTT-AGAAGC
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* * * ** ** *
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312 ATT-ATACCTTTCT--TTTGTAATTAAACTAATTGTTTTATTCA
*
13391 TACAAGCTTATTTCGAAATAAAATAATATAAATTTATTAATA-TTAAAGATAATTAATTAGT-AA
1 TACAAGCTTATTT-GAAATAAAATAATAT-AATTTATTAATATTTAAA-A-AATTAATAAGTAAA
* * * * * **
13454 AGATTTAAAAAATAATATGTTTACCAATAAGTTCAAATCGTTATGACTATTTAGCATTATTTATT
62 AAATTTAAAAAAAAATATGTTTACCAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTAAACATTACCTATT
*** * *
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* * *
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192 AAATAATATAAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTAAAAAAATAAATATGTT
* *
13649 TATCGAACAAGTTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATACCTT
257 TATCGAACAAGTTTCAAAAAGTCATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATACCTT
13714 TCTTTTGTAATTAAA-TAATTG-TTTAGTTCA
322 TCTTTTGTAATTAAACTAATTGTTTTA-TTCA
** * * * *
13744 TATGAGCTTATTTGAAGTAAAATAATCACTGATTTATTAATATTTTAAAAATTAATGAGTAAGAA
1 TACAAGCTTATTTGAAATAAAATAAT-A-TAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAA-AA
* * * *
13809 AATTGAAAAAAGGAATCTGTTTATCAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATCTAAACAATTACCTA
63 AATTTAAAAAA-AAATATGTTTACCAATAAGTTCAAATAGTTATGACTAT-TAAAC-ATTACCTA
* *
13874 TTTCAAAACATTATGGCCTTTTGTTTTATCTTAAAACAATTG-TTCTGTTCATGT-AAGCTTATT
125 TTTCAAAACATTAT-GACTTTT-TTTTATCATAAAACAATTGTTTCTGTTCAT-TCAA-CTTATT
*
13937 -ATCGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTTAGA-AATTAATAAGT-TAA-ATTAAAAAAA
186 CA--G-ATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTT-GACAATTAATAAGTAAAAGATTAAAAAAA
* * ** * * * *
13998 TAAATCTGTTT-TCTTAACTTGTTT-AAAAATTTATGACTTTTTGAACAATTATTTATTTCAAAT
247 TAAATATGTTTATC-GAACAAGTTTCAAAAAGTCATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
** * *
14061 TGTTATGACCCTTTGTTTTGTCA-TAAACTAATTGTTTCTATTCA
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* * * * * *
14105 TACAAGCTTA-TTCATACTAAAATAATATTAATTTATTAAAATTTCAAAAGTTAATAAGTAAAAT
1 TACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAAAA
* * * * * * **
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* * * * * * * *
14234 TTTGAAATCATTATAAACTTTTGTTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATT
125 TTTCAAAACATTAT-GAC-TTT-TTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATTCAA-CTTATT
* * ** * * ***
14299 CGAAATAAAAGAATACTAAA-TTATTAATATAAT-AAAATTAATGAGTTGGAGACTT-AAAAAAT
186 C-AGATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGA-TTAAAAAAAT
* * * * * * * *
14361 TAATTTGTTTACCAAATAAG-TTCAAATAA-TCA-CATTCATTTGAACTATTATCTATTTCAAAT
248 AAATATGTTTATCGAACAAGTTTCAAA-AAGTCATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
* * ** ** *
14423 CATTATGACACTTTGTTTGGT-CGTAAAAAAATTATTTTTATTCA
311 CATTAT-AC-CTTTCTTTTGTAATTAAACTAATT-GTTTTATTCA
* * * * * *
14467 TACAA---TA-TT--ATTCAGAATAAAATAA--TACTAATATTTCAAAAATTAATAAG----AGA
1 TACAAGCTTATTTGAAAT-AAAATAATATAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAAAAA
* * * * * *
14520 TTTAAAAACTAAATCTGTTAACCAGACT-AGTTTAAATTA-TTATGACTATTTGAACAATTATCT
65 TTTAAAAA-AAAATATGTTTACCA-A-TAAGTTCAAA-TAGTTATGACTA-TTAAAC-ATTACCT
* * * * * * * * *
14583 ATCTCAAATCATTATGACCATTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCTATCCATACAAGCTTATTC
124 ATTTCAAAACATTATGA-CTTTTTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATTCAA-CTTATTC
* * * * * * * * *
14648 AAAGTAAAATATTGGTAAA-CTA-AAATATTCT-A-AATTAATAAGCAATAGATTTAAAAAAGTA
187 AGA-TAAAATAAT-ATAAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGA-TTAAAAAAATA
* * * * * * * * * *
14709 AATGTG-TTGTCAAACTAG-TTCAAATAGTTAAGAATATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGT
249 AATATGTTTATCGAACAAGTTTCAAAAAGTCATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* * * *
14772 TCTGA-CTTTTTGTTTAGTCA-TAAAATAATTGTTTTAGTTCA
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* * * * * * *
14813 TACATGCTTAATCGAAATAAAATAATATTATTTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAAACA
1 TACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAAA-A
* * * * * * *
14878 TTTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCAA
64 ATTTAAAAAA-AAATATGTTTAC-CAATAAGTTCAAATAGTTATGACTA-TTAAAC-ATTACCTA
* * * ** ** *
14943 TTT-AAAATCATTATGACCTTTTGCTTTATAATAAAACATTTGTTTCAATTCATAAAAGCTTATC
125 TTTCAAAA-CATTATGA-CTTTT-TTTTATCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATTCAA-CTTATT
* * * * * * * *** *
15007 CAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTTAAAAATTGAGAAGTTGGAGATTTAAAAAATAA
186 C-AGATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTAAAAAAATAA
* * * *
15072 ATCA-ATTTATCGAATC-AG-TTCAAATAA-T-TTGGCCATTTGAAACAATTATCTATTTCAAAA
250 AT-ATGTTTATCGAA-CAAGTTTCAAA-AAGTCATGACTATTTG-AACAATTATCTATTTC-AAA
** * * * **
15132 TTGTTATGAACTTT-TATTTGTCATAAAAAAAATTGTTTT-TCATCA
310 TCATTAT-ACCTTTCT-TTTGTAATTAAACTAATTGTTTTAT--TCA
* * * * * * * * *
15177 TATAAGCCTATTCGGAATGAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATGAGTAGAAGA
1 TACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAAAAA
* * * * * **
15242 TTTAAAAAAATAAATCTATTTAAGCAA-ACTAGTTCAAATAGTT-TAACTATTTGAACAATTATA
65 TTT-AAAAAA-AAATATGTTT-ACCAATA--AGTTCAAATAGTTATGACTA-TTAAAC-ATTACC
* * * * * * * * *
15305 AATTTCAAATCA-TA-AACCTTTTCTTTTGTTATATAACAATT-ATTATGTTCATACAAGCTTAT
123 TATTTCAAAACATTATGA-CTTTT-TTTTATCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATTCAA-CTTAT
* * * * * * *
15367 TCAAAAAAAATAATACT-AATCTAATAATATTATGAAAATTAATAACT-AAA-A--AAAAAAA-A
185 TCAGATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTAAAAAAATA
* * * * * * * * * * *
15426 AAT-TG----CCAAACCAG-TTC-AATAGTAAAGGCTGTATGAATAATTATCTATTTCAAATCGT
249 AATATGTTTATCGAACAAGTTTCAAAAAGTCATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* * * *
15484 TATAACC--TCTTTTGTCATAAAAC-AAATGTTTTTGTTCA
314 TAT-ACCTTTCTTTTGTAATTAAACTAATTG-TTTTATTCA
* * * * ** * *
15522 TATAAGTTTGTTTGGAATAAAA-AATATTAATTTATTAATATTTTGAAAATT-AT---TAAGAGA
1 TACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAAAAA
* * * * * *
15582 TTT-AAAATATATTTGTTTACCAA-ACTAGTTCAATTAGTTACAACAATCTGATGCAACAATAAA
65 TTTAAAAAAAAATATGTTTACCAATA--AGTTCAAATAGTT------A--TGA--C--TATTAAA
* ** * * * * * * *
15645 AATTATTTATTTTAAATCGGTATTATGACCATTTGTTTTGTCATTAAAACAATTATTTCTATTGA
116 CATTACCTATTTCAAAAC---ATTATGA-C-TTTTTTTTATCA-TAAAACAATTGTTTCTGTTCA
* * * * * * * * **
15710 TACAATTTTATTGAAATAAAAATAATGCT-AATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAATGG
175 TTCAA-CTTATTCAGAT-AAAATAAT-ATAAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAG
* * * * ** * * * * *
15774 ATTTAGAAAATGAATCTGTTGGCTTGACCAA--TGCAAATAGTTAT-ATCTATTTGAACAATTAT
237 ATTAAAAAAATAAATATGTT-TATCGAACAAGTTTCAAAAAGTCATGA-CTATTTGAACAATTAT
* * * **
15836 CTATTTCAAATCGTTATGACCTTCTATTTTGTCACAAAAC-AATTGTTTCTATTCA
300 CTATTTCAAATCATTAT-ACCTT-TCTTTTGTAATTAAACTAATTGTTT-TATTCA
* ** * * * *
15891 TACAAGCTTA-TTCAGAATAGCATAATTCTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG
1 TACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAA-TATAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAAAA
* * ** * * * * * * *
15955 ATTTAAAAACTAAATCTGTTTATTGAACAAGTTAAAACAATTACGATTATTTGAACAATTACCTA
64 ATTTAAAAA-AAAATATGTTTA-CCAATAAGTTCAAATAGTTATGACTA-TTAAAC-ATTACCTA
* ** * * * * * * *
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125 TTTCAAAACATTATGA-CTTTTTTTTATCATAAAACAA-TTGTTTCTGTTCATTCAA-CTTA--T
* ** * * *
16085 TCA-ATTAAAATAATACAAATTTATTAATATTCAGATAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATA
185 TCAGA-TAAAATAATATAAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTAAAAAAATA
* * * * * ** *
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* * * *
16213 TATGA-CTTTTTTGTTTTCATATAAA-TAATTGTTTTTGTTCA
314 TAT-ACCTTTCTT-TTGTAAT-TAAACTAATTG-TTTTATTCA
* * ** * *
16254 TACAAGCTTATTCGAATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATTAAGTAACAG
1 TACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTAAAAAATTAA-TAAGTAA-AA
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63 AATTTAAAAAA-AAATATGTTTA-CCAATAAGTTCAAATAGTTATGACTA-TT-AA-ACATTACC
*** * * * * * *
16383 TATTTCAAATTGTTATGACCTTTTATTTCATCAT-AAACAATTATAT-AGTTCATAT-AGGCTAA
123 TATTTCAAAACATTATGA-CTTTT-TTTTATCATAAAACAATTGTTTCTGTTCAT-TCA-ACTTA
* * * * * *
16445 TTCAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATA-TTTCAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAAT
184 TTCAGATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTAAAAAAAT
* * * ** ** * * * *
16508 AAATTTATTTA-CCAACAAG-TTC-AATTGTTTTGGCTATATAAATAAATT-TCTATTTCAAATC
248 AAATATGTTTATCGAACAAGTTTCAAAAAGTCATGACTATTTGAA-CAATTATCTATTTCAAATC
* ** * * * * * *
16569 GTTATGATATTTTGTTTTATCA-TAAAATAATTATTTCTGTTCA
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* * ** * *
16612 TATAAGCTTATTTCAAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAAT-AAAAT
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** ** * * *
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* * * ** *** * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * ** ** * ** *
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1 TACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAAAAA
* * * *
17038 TTTAAAAAAAAAATATGTTTACCGAATAAATTCAAATAGTCAT-ATCTACATGAATA-ATTATCT
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124 ATTTCAAAACATTATGA-CTTTT-TTTTATCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATTC-AACTTATT
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17166 CAAAATAAAATAATGCT-AATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAG----AGATTTAAATACTA
186 C-AGATAAAATAAT-ATAAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTAAAAAAATA
* * * * * * * ** * *
17226 AATCTATTTACCGAA-ACAGTTT-AAATAGTTATTACTATTTAAATGATTATATATCTCAAATCA
249 AATATGTTTATCGAACA-AGTTTCAAAAAGTCATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
*** * * ** *
17289 TTATGTTGTTTATTTTGTCA-TAAAAGAATTGTTTCTTTTCA
313 TTAT-ACCTTTCTTTTGTAATTAAACTAATTGTTT-TATTCA
* * ** ** *
17330 TACAAGCTTA-TTCAGATTAAAATAATACTAATTTAACAATATTCCAAAAATTAATAAG----AG
1 TACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAAAA
* * * *** ** * * *
17390 CTTTGAAAAATAAATGTGTTTGTTGAACCAGTTTAAATAGTTAAGACTATTATAACAATTATCTA
64 ATTT-AAAAAAAAATATGTTT-ACCAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTA-AAC-ATTACCTA
* * * * * * *
17455 TTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTAGTTATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAACTTATTC
125 TTTCAAAACATTATGA-CTTTTTTTTA-TCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATTC-AACTTATTC
* * * * * * *
17520 AAAATAAAATAAT-TGTAATTTATTAACA-TTTGAAAAATAA-ATAGCAAGAGATTTAAAAAATA
187 -AGATAAAATAATAT-AAATTTATTAATATTTTGACAATTAATA-AGTAAAAGA-TTAAAAAA-A
* * * *
17582 TAAATTTATTTATCAAACAAGTTT-AAATAGAT-ATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAAG
247 TAAATATGTTTATCGAACAAGTTTCAAAAAG-TCATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-
*
17644 TCGTTATGACCTTT
310 TCATTAT-ACCTTT
17658 TGTTTTGTCA
Statistics
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TACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAAAAAT
TTAAAAAAAAATATGTTTACCAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTAAACATTACCTATTTCAA
AACATTATGACTTTTTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATTCAACTTATTCAGATAAAAT
AATATAAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTAAAAAAATAAATATGTTTATC
GAACAAGTTTCAAAAAGTCATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATACCTTTCTT
TTGTAATTAAACTAATTGTTTTATTCA
Found at i:14280 original size:182 final size:180
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12692 AAATCATTAT
* * *
12702 TACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATCAA-TAAGAGATTT--AAAGTAAATCTATTTACCA
1 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-AAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCA
* ** * * * * * * *
12763 AACCATTTTTAAATAGTTTTAACTATTTGAATAATTATCTATTCCAAATCATTATAACCTTTTAT
65 GA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT
* * * * ** *
12828 TTTGTCATCAAACAATTGCTTT-TGTTGATACTATTTTATTTGAAATAAAATAA
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* * ** * ** * **
12881 TACTAATTTAATAGTATTTTGAAACTTAATAACCAAGAA-AATTAAAAAATAAATCT-AATAGCC
1 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CC
* * ** *** * * *
12944 AAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTAAATGAGTGATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTGGG
64 AGACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT
* * * * * ** ** *
13009 TTTCTCGTAAAATAATTATTT-TGTTTGTACAAGCTTATTTGGATTAAAATAA
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* * * * *
13061 TACTAATTTAATAATAGTTCAAAAA-T-A-AA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAA
1 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAG
* * * * * ** *
13122 ATC-AGCTCAAATGGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTTTGACCTTTTG-T
66 A-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
* * * * *
13185 TAGTCATAAAACAATTGTTAC-AGTCATATAAGCTTATT-AGAATAAATTAA
130 TTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA-AATAAAATAA
*
13235 TACTAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAG-AAAGAGATTTAAAAAAAATAAATCTGTTTA
1 TACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAA-AGATTT--AAAAAATAAATCTGTTTA
* * * * ** * * **
13298 TCAAACAAGTTCAAATAGTTATTACAATTTGAACAATTGCCTATTT-AGAAGCTTTAAAACCTTT
62 CCAGACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA-AATCATTATGACCTTT
** * * *
13362 TGACTTGCCACAAAACAATT-TTT-TATTAATACAAGCTTATTTCGAAATAAAATAA
126 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTC-AAATAAAATAA
* * *
13417 TA-TAAATTTATTAATA-TTAAAGATAATTAATTAGT-AAAGATTTAAAAAAT-AATATGTTTAC
1 TACT-AATTTATTAATATTTCAA-A-AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC
* * * * * *
13478 CA-ATAAGTTCAAATCGTTATGACTATTT-AGC-ATTATTTATTTCAACTTATTATGA-CTTTT-
63 CAGACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
* * * * * *
13538 TTTTATCATAAAATAATTGTTTCTGTTCATTCAA-CTTATTCAGATTAAATAA
128 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAATAAAATAA
** ** * * *
13590 TTTTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATC-G
1 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAG
* * *
13654 AACAAGTTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTAT-ACC-TTTCT
66 -ACAAG-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT
* * * ** * *
13717 TTTGTAATTAAATAATTG-TT-TAGTTCATATGAGCTTATTTGAAGTAAAATAA
129 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAA
* * * * * ** *
13769 TCACTGATTTATTAATATTTTAAAAATTAATGAGTAAGAAAATTGAAAAAAGGAATCTGTTTATC
1 T-ACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACC
* * * * * *
13834 A-ATAAGTTCAAATAGTTATGACTATCTAAACAATTACCTATTTCAAAACATTATGGCCTTTTGT
64 AGACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT
* * * ** *
13898 TTTATCTTAAAACAATTG-TTCTGTTCATGTAAGCTTATTATCGAATAAAATAA
129 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-T-TCAAATAAAATAA
* * * * * *
13951 TA-TAAATTTATTAATATTTTAGAAATTAATAAGT-TAA-ATTAAAAAAATAAATCTGTTTTCTT
1 TACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC-C
** * * * * * ** *
14013 A-ACTTGTTTAAAAATTTATGACTTTTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCCTTTGT
64 AGACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT
*
14077 TTTGTCAT-AAACTAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCATACTAAAATAA
129 TTTGTCATAAAAC-AATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA-AATAAAATAA
* * * * *
14130 TATTAATTTATTAAAATTTCAAAAGTTAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAG
1 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAG
* * * * * * *
14195 ACAAGTTTAAATAGTTATAACTATTTGAATAGTTAGT-TATTTGAAATCATTATAAACTTTTGTT
66 ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA-TCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG-T
* * *
14259 TTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAAGAA
129 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAA
* * * *** * * *
14312 TACTAAATTATTAATA--TAATAAAATTAATGAGTTGGAGACTTAAAAAATTAATTTGTTTACCA
1 TACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCA
* * * * * * *
14375 AATAAGTTCAAATAATCA-CATTCATTTGAACTATTATCTATTTCAAATCATTATGACAC-TTTG
65 GACAAGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC-CTTTTG
* * * * * **
14438 TTTGGTCGTAAAAAAATTATTTTTATTCATACAATATTATTCAGAATAAAATAA
128 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA-AATAAAATAA
* *
14492 TAC--------TAATATTTCAAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAACTAAATCTGTTAACCAG
1 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAG
* * * *
14545 ACTAGTTTAAATTA-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGACC-ATTGTT
66 ACAAGTTCAAA-TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
* * *
14608 TTGTTATAAAACAATTGTTTCTATCCATACAAGCTTATTCAAAGTAAAATAT
130 TTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAA-TAAAATAA
** ** * * * * *
14660 TGGTAAACTA-AAATA-TTC-TAAATTAATAAGCAATAGATTTAAAAAAGTAAATGTGTTGT--C
1 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAA-TAAATCTGTT-TACC
* * * * * * * *
14720 AAACTAGTTCAAATAGTTAAGAATATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTCTGACTTTTTGT
64 AGACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT
* * * *
14785 TTAGTCATAAAATAATTGTTT-TAGTTCATACATGCTTAATCGAAATAAAATAA
129 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAA
* * * * * * *
14838 TATTATTTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGCAAAACATTTTAAAAAATAAATATGTTTACT
1 TACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTACC
* * * * *
14902 AAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCAATTTAAAATCATTATGACCTTTTGC
64 AGACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT
* * * * * *
14967 TTTATAATAAAACATTTGTTTCAATTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAA
129 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAA
* * * * * *** ** *
15020 TATTACTTTATTAATATTTTAAAAATTGAGAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATCAATTTATC-G
1 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAG
* * * ** *
15084 A-ATCAGTTCAAATAATT-TGGCCATTTGAAACAATTATCTATTTCAAAATTGTTATGAACTTTT
66 ACA--AGTTCAAATAGTTATGACTATTTG-AACAATTATCTATTTC-AAATCATTATGACCTTTT
* * * * * * *
15147 -ATTTGTCATAAAAAAAATTGTTTTTCA-TCATATAAGCCTATTCGGAATGAAATAA
127 GTTTTGTCAT-AAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAA
* * * *
15202 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATGAGTAGAAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTAAGC
1 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTT-ACC
* * * ** * *
15267 AAACTAGTTCAAATAGTT-TAACTATTTGAACAATTATAAATTTCAAATCA-TA-AACCTTTTCT
64 AGACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT
* * * * * *
15329 TTTGTTATATAACAATT-ATTATGTTCATACAAGCTTATTCAAAAAAAATAA
129 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAATAAAATAA
* * * *
15380 TACTAATCTAATAATATTAT-GAAAATTAATAACTAAAA-A---AAAAAA-AAAT-TG----CCA
1 TACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCA
* * * * * * * * * * *
15434 AACCAGTTC-AATAGTAAAGGCTGTATGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACC---TCTT
65 GACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
* * * * * * **
15495 TTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTTGGAATAAAA-AA
130 TTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTT-ATTCAAATAAAATAA
* ** * * * *
15546 TATTAATTTATTAATATTTTGAAAATT-AT---TAAGAGATTT--AAAATATATTTGTTTACCAA
1 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAG
* * ** * * *
15605 ACTAGTTCAATTAGTTACAACAATCTGATGCAACAATAAAAATTATTTATTTTAAATCGGTATTA
66 ACAAGTTCAAATAGTTATGACTAT-T--TG-AAC------AATTATCTATTTCAAATC---ATTA
* * * ** *
15670 TGACCATTTGTTTTGTCATTAAAACAATTATTTCTATTGATACAATTTTATTGAAATAAAAATAA
118 TGACCTTTTGTTTTGTCA-TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAT-AAAATAA
* ** * * ** **
15735 TGCTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTAATGGATTTAGAAAATGAATCTGTTGGCTT
1 TACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCA
* * * *
15799 GACCAA-TGCAAATAGTTAT-ATCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTCTA
65 GA-CAAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
* **
15862 TTTTGTCACAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAGCATAA
128 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA-AATAAAATAA
* * * **
15916 TTCTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAACTAAATCTGTTTA-TTG
1 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAG
* * * * * * ** *
15980 AACAAGTTAAAACAATTACGATTATTTGAACAATTACCTATTTCAAATCGCTATAACCTTTTG-T
66 -ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
* * * * *
16044 TTCTCATAAAATAATTTTTTTCTATTCATACAACCTTATTTTCAATTAAAATAA
130 TTGTCATAAAACAA-TTGTTTCTATTCATACAAGCTTA--TTCAAATAAAATAA
* * * * *
16098 TACAAATTTATTAATA-TTCAGATAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAACTATGTTTACC-
1 TACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCA
* * * *
16161 GAATAAATTCAAATAGTTGTGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGA-CTTTT-T
65 G-ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT
* * * * *
16224 TGTTTTCATATAAATAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGAATTAAAATAA
129 T-TTGTCATA-AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAA
* ** * * * *
16279 TATTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATTAAGTAACAGATTTTAAAAAATAAATATGTTTA-T
1 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA-TAAGTAAAAGA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTACC
* * *** * * * ** *
16343 TGAATAAGTTTTGATAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTA
64 AG-ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
** * * * * *
16408 TTTCATCAT-AAACAA-T-TATATAGTTCATATAGGCTAATTCAAATAAAATAA
128 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAAATAAAATAA
* * * *
16459 TACTAATTTATTAATATTTC-AAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCA-
1 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAG
* * * * * * * **
16522 ACAAGTTC-AATTGTTTTGGCTATATAAATAAATT-TCTATTTCAAATCGTTATGATATTTTGTT
66 ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-CAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
* * * * *
16585 TTATCATAAAATAATTATTTCTGTTCATATAAGCTTATTTCAAATAAAATAA
130 TTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAA
* * * * *
16637 TA-TAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAATAAAA-TTTTAAAAAATAAAATATGTTTTAT
1 TACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT-AAATCTG-TTTAC
* * ** * * * * * *
16700 GA-ATACTTTTAAATAGTTATGATTATCTGAATAATTTATCTATTTTAAATAATTATGACCTTTT
63 CAGACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA-TTATCTATTTCAAATCATTATGACC-TTT
*
16764 TGTTTTGTCAT-AAACTAATTGTTTCTATTCATACAAG-TTATTCAAAT-AAGTAA
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* * * * *
16817 TGCTAGTTTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATCTATTTA-CT
1 TACTA-ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCA
* *
16880 GAGCAAGTTCAAATAGTTATG-CTTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGATCTTTT
65 GA-CAAGTTCAAATAGTTATGAC-TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTT
* * * *
16943 GTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTATTCATGCAAGTTTATTCAAAATAAAATAA
127 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAA
** * ** * *
16998 TACTAATTTATTAATATTTTTAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAAAAAATATGTTTACC-G
1 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAG
* * * ** * * *
17062 AATAAATTCAAATAGTCAT-ATCTACATGAATAATTATCTATTTCAAAACGTTATGACCTTTTGT
66 -ACAAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT
* * **
17126 TTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATGCAAAATTATTCAAAATAAAATAA
129 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAA
* ** * * *
17179 TGCTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAG----AGATTTAAATACTAAATCTATTTACC-G
1 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAG
* * * * ** * * * *
17239 AAACAGTTTAAATAGTTATTACTATTTAAATGATTATATATCTCAAATCATTATG--TTGTTTAT
66 ACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCT-TTTGT
* * *
17302 TTTGTCATAAAAGAATTGTTTCTTTTCATACAAGCTTATTCAGATTAAAATAA
129 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA-AATAAAATAA
** * * * * ***
17355 TACTAATTTAACAATATTCCAAAAATTAATAAG----AGCTTTGAAAAATAAATGTGTTT-GTTG
1 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAG
* * * *
17415 AACCAGTTTAAATAGTTAAGACTATTAT-AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGT
66 -ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATT-TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT
* * * *
17479 TTAGTTATAAAACAATTATTTC-AGTTCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAA
129 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAA
** * * * * * * * *
17532 TTGTAATTTATTAACATTTGAAAAATAAAT-AGCAAGAGATTTAAAAAATATAAATTTATTTATC
1 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAA-ATAAATCTGTTTACC
* * * *
17596 AAACAAGTTTAAATAGATATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAAGTCGTTATGACCTTTTG
64 AGACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCATTATGACCTTTTG
17660 TTTTGTCA
128 TTTTGTCA
17668 CTACTTTATT
Statistics
Matches: 3747, Mismatches: 807, Indels: 463
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
162 4 0.00
163 1 0.00
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196 2 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (180 bp):
TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAG
ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT
TGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAATAAAATAA
Found at i:18781 original size:17 final size:16
Alignment explanation
Indices: 18735--18782 Score: 60
Period size: 18 Copynumber: 2.8 Consensus size: 16
18725 TACAAACCAG
18735 TTTAAATAATTATAACTA
1 TTTAAATAATTAT--CTA
18753 TTTAAATAATTATCTA
1 TTTAAATAATTATCTA
*
18769 TTTCAAATCATTAT
1 TTT-AAATAATTAT
18783 TACTTTTTAT
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 1, Indels: 3
0.88 0.03 0.09
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.21
17 9 0.32
18 13 0.46
ACGTcount: A:0.44, C:0.08, G:0.00, T:0.48
Consensus pattern (16 bp):
TTTAAATAATTATCTA
Found at i:20115 original size:179 final size:181
Alignment explanation
Indices: 18875--21280 Score: 1423
Period size: 180 Copynumber: 13.3 Consensus size: 181
18865 TTATCAAACT
** * * ** *
18875 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAGCATTTATTTATTTCAAATTGTTATGAACTTTT-TATTAT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT-TT-T
* * * * ** *
18939 GTTATAAAACAATAGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATA-TCAATTTATTAA
64 GTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACT-AATTTATT-A
* * * ** *
19003 ATATT-TCAACAATTAATAACTATAAA-ATTTAAAACATAAATAT-TCTTACCAAACT
127 ATATTCT-AAAAATTAATAAGTA-AAAGATTTAAAAAATAAATATGT-TTACTGAACA
* * *
19058 AGATCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
*** ** * * * * *
19123 CATAAAA-AAACATTTCGGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAAATAATATTAAGTTATCAATA
66 CATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTCAGAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * * * *
19187 TTCTGAAAATTAACAATTAAGAGATTTAAAAAATGAATTTGTTTAAC-GAATA
130 TTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTT-ACTGAACA
* * * * * * * *
19239 AGTTTAAATAATTATGACT-GTTGAACAATTATCTTTTTGGAAATCGTTATAAACCTTTTGTTTT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTT-CAAATCATTAT-GACCTTTTGTTTT
* * * * * *
19303 GTCATAAAATGATTTTTTTTTCTATGTCATACAAGCTTATT-TGAATAAAATAATACAAATTTAT
64 GTCATAAAA-CA--ATTGTTTCTAT-TCATAAAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * * * * *
19367 CAATA-T-TAAGACATTAATGAAGTAAAACCATCTT----ACTAAA-A--TCTACCGACCA
125 TAATATTCTAA-AAATTAAT-AAGTAAAA-GAT-TTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACA
** * ** *
19419 AGTTCAAACTCTTTATGACTATTTTG-ATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGATC-TTTGTTTT
1 AGTTCAAA-TAGTTATGACTA-TTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTT
* ** * ** * *
19482 GTCATAAAACAATT-ATTCTGGTCAT--CAGCTTATTTGGATTAAAA-AATATTAATTTATTAAT
64 GTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * *
19543 ATTTTGACAAGTAAT-AGTAAAAGATTTAAAAAATAAAATATGTAT-C-GAACA
129 ATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT-AAATATGTTTACTGAACA
* * * *
19594 AGTTCAAATGGTCATGAGTATTTGAATAATTAAT-TATTTCAAATCATTGTGACCTTTTGTTTTG
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATT-ATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * *
19658 TAATAAAACAATTGTTTC-AGTTTATATAAGCTTATT-TGAAATAAAAAAATACTAATTTATTAA
65 TCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATAAAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * * * *
19721 TATTCTAAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAATTAATCTATTTAC-CAATCA
128 TATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAA-CA
* * * *
19775 TGTTCAAATAGTTATGACTATCTGAACAACTATCTATTTCAAA-CATTATGACCTTTTGTTTTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* * ** *
19839 CATAAAACAATTGGTTCTGTTCATGCAAGCTTATTTTA-AATAAAATAATA-TAAATTTATTAAT
66 CATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTA-TTCAGAATAAAATAATACT-AATTTATTAAT
* *
19902 ATTCTAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTTAAAAATAAATATGTTTTCTGAACA
129 ATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACA
* * * ** *
19954 CGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA-CTTTAG-TTTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* *
20017 CAT-AAGCTAATTGTTTC-ATTCATAAAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAAAA
66 CATAAAAC-AATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * *
20080 TTCTAAAAAATTAATAGGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACG
130 TTCT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACA
* * ** * * ** *
20133 AGTTCGAATAGTTATGACCATTCAAATAATTATTTATTTCAAATCATTTTGATATTTAGTTTTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* ** * *
20198 CATAAAACAATTGTTTCTATTCATATAATTTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
66 CATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
*** ** *
20263 TCT-AAAATTAATAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATATACTTACTAAACA
131 TCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACA
* * * * * *
20313 AGTTCAAAT-GTCATGTCTATTTGAATTATTATCTCTTTCAAATCTTTATGACGTTTTGTTTTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
** * *
20377 CATAAAATGATTGTTTCTATTCATTCAAAA--TTATTCAGAATAAAATAATATTAGTTTATTAAT
66 CATAAAACAATTGTTTCTATTCA-T-AAAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
** * * *
20440 ATT-TCAAAAATTAATAAG----ACTTTTAAGAATTAAATTTGTTTA-TCGAACCA
129 ATTCT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACT-GAA-CA
* * * * * *
20490 A-TTTAAATACTTATGGCTATTTGAATAATTATTTATCTCAAATTATTATGA--TATTTGTTTTG
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCT-TTTGTTTTG
* * * * * * * * *
20552 TAATAAAACAAATGCTTCTATTCATACAAAACTTATT-ATGAGTAAAATATTGCTAAATTAATAA
65 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATA-AAAGCTTATTCA-GAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * *
20616 TATTCCAAAAATTAATAAG----AGCTTTGAAAAATAAATGTG-TTAATAGAACCA
128 TATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACT-GAA-CA
* * * * * ****
20667 A-TTCAAATAGTTAAGGCTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT---CTATT-TCAAAT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
*** * * *
20727 CATTCTTAC-CTT-TTGTTTATTCATAAAA-CAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAGAAT
66 CA-TAAAACAATTGTT-TCTATTCATAAAAGC--TTA-TTCAG--AATA-AA----A-T---AAT
* * * * * *
20789 AAAATAATTGTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATGAGAAAAAGATTTAAATAAAATAAATCT
115 --ACTAATT-T-A-TTAAT-A--TTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AA-AAAATAAATAT
* *
20854 ATTTA-TCAAACA
170 GTTTACT-GAACA
* * ** *
20866 AGTTCAAATAAATT-TGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAAGTTGTTATAACCTTTTGTTTT
1 AGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAA-TCATTATGACCTTTTGTTTT
* *
20929 GTCATAAAACAATTGTTTC-ATTTCATCAAAA-CTTATT-TGAAATAAAATAATACTACTTTATT
64 GTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCAT-AAAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATT
* * * * *
20991 AACATT-TCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTT-AAAACTAAAGTTAT-TTT-CTGAACT
126 AATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA--TATGTTTACTGAACA
* * * * *
21046 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAAAATAT-AATTCTCAAATCTTTATGA-TTTTTGTTTT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTG-AATAATTATCTATT-TCAAATCATTATGACCTTTTGTTTT
* * * * *
21109 CTCATAAAACAATTGTTTCTAATCATACAAGCTTATTC-GAATAAAAATAATATTAATTTAATAA
64 GTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTCAGAAT-AAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * * * ** *
21173 TATTCCAAAAA-T--T-AGTGAAAGATTTAAAAATTAAATGTATTTGCCAAACT
128 TATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACA
* * * ** * *
21223 AGTTCAAAGAGTTAAGACCATTAAAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTTT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
21281 ATTAATACTT
Statistics
Matches: 1730, Mismatches: 356, Indels: 280
0.73 0.15 0.12
Matches are distributed among these distances:
169 2 0.00
170 2 0.00
171 7 0.00
172 24 0.01
173 23 0.01
174 56 0.03
175 56 0.03
176 101 0.06
177 225 0.13
178 52 0.03
179 287 0.17
180 311 0.18
181 179 0.10
182 113 0.07
183 85 0.05
184 9 0.01
185 27 0.02
186 15 0.01
187 17 0.01
188 5 0.00
189 6 0.00
190 1 0.00
191 6 0.00
192 1 0.00
194 16 0.01
195 1 0.00
198 5 0.00
199 9 0.01
200 50 0.03
201 7 0.00
202 2 0.00
203 11 0.01
204 12 0.01
205 7 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (181 bp):
AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
CATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
TCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACA
Found at i:20600 original size:538 final size:536
Alignment explanation
Indices: 18877--21270 Score: 1482
Period size: 538 Copynumber: 4.4 Consensus size: 536
18867 ATCAAACTAG
* ** *
18877 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAGCATTTATTTATTTCAAATTGTTATGAACTTTT-TATTATGT
1 TTCAAATACTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATG-A-TTTTGT-TT-TGT
* * * *
18941 TATAAAAC-AATAGTTTCTGTTCATAC-AAGCTTATT-TGGATTAAAATAATA-TCAATTTATTA
62 CATAAAACAAAT-GATTCTATTCATACAAAGCTTATTAT-GAATAAAATAATACT-AATTTATT-
* * * * * * * * *
19002 AATATT-TCAACAATTAATAACTATAAA-ATTTAAAACAT-AAATATTCTTACCAAACTAGATCA
123 AATATTCTAAAAAATTAAT-AGTA-AAAGATTTAAAAAATAAAATA-T-GTATCGAACAAGTTCA
* ** * * * * *
19064 AATAGTCATGACTATTTGAATAATT-ATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
184 AATAGTCATGACCATTCAAATAATTAAT-TATTTCAAATCATTGTGACATTTAGTTTTGTAATAA
*** * * * * * *
19128 AA-AAACATTTCGGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAAATAATATTAAGTTATCAATATTCTG
248 AACAATTGTTTCAGTTCATATAAGCTTATTTAAAATAAAAA-AATACTAATTTATTAATATTCTA
* * * * * ** * * * * * *
19192 AAAATTAACAATTAAGAGATTTAAAAAATGAATTTGTTTAACGAATAAGTTTAAATAATTATGAC
312 AAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAATATACTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGAC
* * * * * * * * *
19257 TGT-TGAACAATTATCTTTTTGGAAATCGTTATAAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATGATTTTTT
377 TATCTGAACAACTATCTATTT-CAAA-CATTAT-GACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-CA--ATTG
* * ** * * * *
19321 TTTCTATGTCATACAAGCTTATTT-GAATAAAATAATACAAATTTATCAATA-T-TAAGACATTA
436 GTTCTAT-TCATGCAAAATTATTTCAAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTCTAA-AAATTA
*** *** * * * * *
19383 ATGAAGTAAAACCATCTTACTAAA-A--TCTACCGACCA-A
499 AT-AAG--AAATTTTAAAAATAAATATGTTTTCTGAACACA
19420 GTTCAAACT-CTTTATGACTATTTTG-ATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGATCTTTGTTTTG
1 -TTCAAA-TAC-TTATGACTA-TTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGAT-TTTGTTTTG
* ** * *
19483 TCATAAAAC-AATTATTCTGGTCAT-C--AGCTTATT-TGGATTAAAA-AATATTAATTTATTAA
61 TCATAAAACAAATGATTCTATTCATACAAAGCTTATTAT-GAATAAAATAATACTAATTTATTAA
** * * *
19542 TATT-TTGACAAGTAATAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAATATGTATCGAACAAGTTCAAATGGT
125 TATTCTAAAAAATTAATAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAATATGTATCGAACAAGTTCAAATAGT
** ** * *
19606 CATGAGTATTTGAATAATTAATTATTTCAAATCATTGTGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATT
190 CATGACCATTCAAATAATTAATTATTTCAAATCATTGTGACATTTAGTTTTGTAATAAAACAATT
* *
19671 GTTTCAGTTTATATAAGCTTATTTGAAATAAAAAAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAA
255 GTTTCAGTTCATATAAGCTTATTTAAAATAAAAAAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAA
* * * * * * *
19736 TGAGTAAGAGAATTAAAAAATTAATCTATTTACCAATCATGTTCAAATAGTTATGACTATCTGAA
320 TAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAATATACTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATCTGAA
*
19801 CAACTATCTATTTCAAACATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTGTTCATGCA
385 CAACTATCTATTTCAAACATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTATTCATGCA
** *
19866 AGCTTATTTTAAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAATTTTA
450 AAATTATTTCAAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG---AAATTTTA
*
19931 AAAATAAATATGTTTTCTGAACACG
512 AAAATAAATATGTTTTCTGAACACA
* * * * *
19956 TTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACTTTAG-TTTGTCAT
1 TTCAAATACTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA-TTTTGTTTTGTCAT
* * * *
20020 -AAGCTAATTGTTTC-ATTCATA-AAAGCTTATTCA-GAATAAAATAATACTAATTTATTAAAAT
65 AAAAC-AAATGATTCTATTCATACAAAGCTTATT-ATGAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * *
20081 TCTAAAAAATTAATAGGTAAAAGATTTAAAAAAT-AAATTTGTTTACTGAACGAGTTCGAATAGT
128 TCTAAAAAATTAATA-GTAAAAGATTTAAAAAATAAAATATGTAT-C-GAACAAGTTCAAATAGT
* * * * *
20145 TATGACCATTCAAATAATTATTTATTTCAAATCATTTTGATATTTAGTTTTGTCATAAAACAATT
190 CATGACCATTCAAATAATTAATTATTTCAAATCATTGTGACATTTAGTTTTGTAATAAAACAATT
** *
20210 GTTTCTA-TTCATATAATTTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAATTA
255 GTTTC-AGTTCATATAAGCTTATTTAAAATAAAAAAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTA
** * * * *
20273 ATAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATATACTTACTAAACAAGTTCAAAT-GTCATGTCTATTTGA
319 ATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAATATACTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATCTGA
** * * * * ** * *
20337 ATTATTATCTCTTTCAAATCTTTATGACGTTTTGTTTTGTCATAAAATGATTGTTTCTATTCATT
384 ACAACTATCTATTTCAAA-CATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTATTCATG
* * *
20402 CAAAATTA-TTCAGAATAAAATAATATTAGTTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAG-ACTTTT
448 CAAAATTATTTCA-AATAAAATAATATAAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGAAATTTT
* *
20464 AAGAATTAAATTTGTTTATC-GAAC-CAA
511 AA-AAATAAATATGTTT-TCTGAACAC-A
* * * * *
20491 TTTAAATACTTATGGCTATTTGAATAATTATTTATCTCAAATTATTATGATATTTGTTTTGTAAT
1 TTCAAATACTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGAT-TTTGTTTTGTCAT
* * * * * * *
20556 AAAACAAATGCTTCTATTCATACAAAACTTATTATGAGTAAAATATTGCTAAATTAATAATATTC
65 AAAACAAATGATTCTATTCATACAAAGCTTATTATGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC
* * * * * *
20621 -CAAAAATT-A-A-TAAGAGCTTTGAAAAAT-AAATGTGTTAATAGAACCAA-TTCAAATAGTTA
130 TAAAAAATTAATAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAATATG-T-ATCGAA-CAAGTTCAAATAG-T-
* * * * *
20680 AGGCTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATT-ATCTATTTCAAATCATTCTTACCTTTTGTT
190 ---C-A-T-G-AC------C-A-TTCAAATAATTAAT-TATTTCAAATCATTGTGACATTTAGTT
* * * * * * **
20744 TAT-TCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATTGTAATTTATT
239 T-TGTAATAAAACAATTGTTTCAGTTCATATAAGCTTATTTAAAATAAAAAAATACTAATTTATT
* * * * * * * *
20808 AATATTCAAAAAATTAATGAGAAAAAGATTTAAATAAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTCAA
303 AATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGAATT-AA-AAAATAAATATACTTACCAAACAAGTTCAA
* * * * ** *
20873 ATAAAT-TTGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAAGTTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAA
366 AT-AGTCATGACTATCTGAACAACTATCTATTTCAAA--CATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * *
20936 AACAATTGTTTC-ATTTCAT-CAAAACTTATTTGAAATAAAATAATACT-ACTTTATTAACATT-
428 AACAATTGGTTCTA-TTCATGCAAAA-TTATTTCAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTC
* * * *
20997 TCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAACTAAAGT-TATTTTCTGAACTA-G
490 T-AAAAATTAATAAG-AA-A-TTTTAAAAATAAA-TATGTTTTCTGAAC-ACA
* ** * *
21048 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-AAAAATATAATTCTCAAATCT-TTATGATTTTTGTTTTCT
1 TTCAAATACTTATGACTATTTGAATAATTAT-TTATT-TCAAAT-TGTTATGA-TTTTGTTTTGT
* * * * * *
21111 CATAAAACAATTGTTTCTAATCATAC-AAGCTTATT-CGAATAAAAATAATATTAATTTAATAAT
62 CATAAAACAAATGATTCTATTCATACAAAGCTTATTATGAAT-AAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * * ** * * *
21174 ATTC-CAAAAA-T--TAGTGAAAGATTTAAAAATTAAATGTATTTGCCAAACTAGTTCAAAGAGT
126 ATTCTAAAAAATTAATAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA-ATATGTATCGAACAAGTTCAAATAGT
* * *
21235 TAAGACCATTAAAATAATT-ATCTATTTCAAATCATT
190 CATGACCATTCAAATAATTAAT-TATTTCAAATCATT
21271 CTAACCTTTT
Statistics
Matches: 1491, Mismatches: 261, Indels: 200
0.76 0.13 0.10
Matches are distributed among these distances:
530 15 0.01
531 34 0.02
532 21 0.01
533 52 0.03
534 76 0.05
535 97 0.07
536 182 0.12
537 127 0.09
538 202 0.14
539 130 0.09
540 47 0.03
541 3 0.00
542 12 0.01
543 14 0.01
544 12 0.01
545 34 0.02
546 4 0.00
548 3 0.00
549 4 0.00
550 91 0.06
551 19 0.01
552 2 0.00
553 37 0.02
554 101 0.07
555 5 0.00
556 15 0.01
557 96 0.06
558 52 0.03
559 4 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (536 bp):
TTCAAATACTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGATTTTGTTTTGTCATA
AAACAAATGATTCTATTCATACAAAGCTTATTATGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT
AAAAAATTAATAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAATATGTATCGAACAAGTTCAAATAGTCATGAC
CATTCAAATAATTAATTATTTCAAATCATTGTGACATTTAGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCA
GTTCATATAAGCTTATTTAAAATAAAAAAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTA
AGAGAATTAAAAAATAAATATACTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATCTGAACAACTA
TCTATTTCAAACATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTATTCATGCAAAATTA
TTTCAAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGAAATTTTAAAAATAAAT
ATGTTTTCTGAACACA
Found at i:20716 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 20694--20730 Score: 74
Period size: 17 Copynumber: 2.2 Consensus size: 17
20684 TATTAGAACA
20694 ATTATCTATTTCAAATC
1 ATTATCTATTTCAAATC
20711 ATTATCTATTTCAAATC
1 ATTATCTATTTCAAATC
20728 ATT
1 ATT
20731 CTTACCTTTT
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
17 20 1.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.16, G:0.00, T:0.49
Consensus pattern (17 bp):
ATTATCTATTTCAAATC
Done.