Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019168410.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_625, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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Indices: 1027--1950 Score: 482
Period size: 183 Copynumber: 5.1 Consensus size: 177
1017 TAGATTGATT
* * * * *
1027 GTTC-AATAAGTCA-AATCTATTTAAACTTGTTCGATAAATAGATTTATCTTTTTAAATCTCTTG
1 GTTCAAAT-AGTCATAA-CTATTTGAACTTGTTC-ATAAAAAAATTTAT-GTTTTAAATCTCCT-
** * * * * ** * * *
1090 CGTATTAATTTTTTAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTGTTCTGAATAAACTTGTATGAATTG
61 C-TATTAATTTTCAAAATATTAATAAATAAATATTATTTTATTCCAAATAAACTTGCATAAATAG
* * * * * *
1155 AAAAAATT-TCTTTATGATTAAAA-AAAATATTAGAACAATTTGAAATAGATAATT
125 AAACAATTGT-TTTAT--TAAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATA
* ** ** * * * **
1209 GTTCTAATAGTGTTAACTATTTGAA-TTGGTTCGGCAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACT
1 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTC-ATAAAAAAATTTATGTTTTAAATCTCCT-C-
*** * * * * * ** ** *
1273 TATTAATTTTTGTAATATTATTAAGTTAGTATTAATTTAATT-TGAATAAGGTTGTATTAAA-A-
62 TATTAATTTTCAAAATATTAATAAATAAATATT-ATTTTATTCCAAATAAACTTGCA-TAAATAG
* *
1335 AAACAATTGTTTTA-TAACAAA-ATAAAGATCATAACGATTTGAGATAGATAATA
125 AAACAATTGTTTTATTAA-AAACA-AAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATA
* *
1388 GTTCAAATAGTCATAACTATTTTAA-TTATTTCA-AAAAATAGATTTA-GTTTTAAATCT-CT-T
1 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCATAAAAA-A-ATTTATGTTTTAAATCTCCTCT
* * **
1448 ATTAATTTTCAAAATATTAATAGATAAATATTATTTTATTCTAAATAATTTTGCATAAATAGAAA
63 ATTAATTTTCAAAATATTAATAAATAAATATTATTTTATTCCAAATAAACTTGCATAAATAGAAA
* *
1513 CAATTGTTTTATTAAAAACAAAAGGTCATAACAACTTGAAATAGATAATTA
128 CAATTGTTTTATTAAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAA-TA
* * * * *
1564 -TTCAAATGGACATGACTATTTGAACTTGTTGATAAACAAATTTATGTTTTAAATCTCCTACCTA
1 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCATAAAAAAATTTATGTTTTAAATCTCCT--CTA
* * * * * * * *
1628 TTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTCTTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAATAGAAAT
64 TTAATTTTCAAAATATTAATAAATAAATATTATTTTATTCCAAATAAACTTGCATAAATAGAAAC
* * * * * *
1693 AATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATACTT
129 AATTGTTTTATTA-AAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATA
** * * * * **
1743 GTTCATCTAGTCATAACTATTTGAACTTGCTCAATAAAGAGATTTATTTTTTTAAAATCTTTTAC
1 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC-ATAAAAAAATTTA-TGTTTT-AAATCTCCT-C
*** * ** * * * * ** *
1808 TTATTAATTTTTGGAATATGAATAAACT-AGCATTATTTTATTTCGAATACACATGTTTGAATAG
62 -TATTAATTTTCAAAATATTAATAAA-TAAATATTATTTTATTCCAAATAAACTTGCATAAATAG
* * * * *
1872 AAATAATTGGTTTATAACAAAACAAAA-AGTCATAACTATTTGAAATAAATAATTA
125 AAACAATTGTTTTATTA-AAAACAAAAGA-TCATAACAATTTGAAATAGATAA-TA
* * * *
1927 -TTTAACTAATAATAACTATTTGAA
1 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
1951 TGTGTTTTAT
Statistics
Matches: 595, Mismatches: 115, Indels: 63
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
173 11 0.02
174 41 0.07
175 76 0.13
176 14 0.02
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178 14 0.02
179 122 0.21
180 64 0.11
181 68 0.11
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183 130 0.22
184 2 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (177 bp):
GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCATAAAAAAATTTATGTTTTAAATCTCCTCTATT
AATTTTCAAAATATTAATAAATAAATATTATTTTATTCCAAATAAACTTGCATAAATAGAAACAA
TTGTTTTATTAAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATA
Found at i:1768 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 1024--5268 Score: 2527
Period size: 181 Copynumber: 23.5 Consensus size: 180
1014 AGTTAGATTG
* * *
1024 ATTGTTC-AATAAGTCA-AATCTATTTAAACTTGTTCGATAAATAGATTTATCTTTTTAAATCTC
1 ATTGTTCAAAT-AGTCATAA-CTATTTGAACTTGTT-GATAAACAAATTTAT-TTTTTAAATCTC
* * * * * *
1087 TTGCGTATTAATTTTTTA-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTGTTCTGAATAAACTTGTATGA
62 TTACTTATTAA-TTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGA
* * * ** * * *
1151 ATTGAAAAAATT-TCTTTATGATTAAAA-AAAATATTAGAACAATTTGAAATAGATA
126 ATAGAAACAATTGT-TTTATGA-CAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATA
* ** ** * *
1206 ATTGTTCTAATAGTGTTAACTATTTGAA-TTGGTTCGGCAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTT
1 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTT-GATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTT
* * * * * *
1270 ACTTATTAATTTTT-GTAATATTATTAAGTTAGTATTAATTTAATT-TGAATAAGGTTGTATTAA
64 ACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATT-ATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAA
* * * * * *
1333 -AAAAACAATTGTTTTATAACAAAA-TAAAGATCATAACGATTTGAGATAGATA
127 TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATA
* * * * * *
1385 ATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTTAA-TTATTTCA-AAAAATAGATTTA-GTTTTAAA--TC-
1 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTGATAAACA-A-ATTTATTTTTTAAATCTCT
* * * * * ** * *
1444 T-CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAGATAAATATTATTTTATTCTAAATAATTTTGCATAAAT
63 TACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAAT
* * *
1508 AGAAACAATTGTTTTATTA-AAAACAAAAGGTCATAACAACTTGAAATAGATA
128 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATA
* * * * * *
1560 ATTATTCAAATGGACATGACTATTTGAACTTGTTGATAAACAAATTTATGTTTTAAATCTCCTAC
1 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
* * * *
1625 CTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTCTTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAATAGA
66 TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGA
* * * *
1690 AATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATA
131 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATA
* ** ** * * *
1740 CTTGTTCATCTAGTCATAACTATTTGAACTTGCTCAATAAAGAGATTTATTTTTTTAAAATCTTT
1 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTGATAAACAAATTTA-TTTTTT-AAATCTCT
* * * * * * *
1805 TACTTATTAATTTTTGGAATATGAATAAACTAGCATTATTTTATT-TCGAATACA-CATGTTTGA
63 TACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATA-AGCTTGTATGA
* * * * *
1868 ATAGAAATAATTGGTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAACTATTTGAAATAAATA
126 ATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATA
* * * * * * * *
1923 ATTATTTAACTAATAATAACTATTTGAA-TGTGTTTTATGACAA-AATAGTCTTAACTATTTGAA
1 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TG-TTGAT-A-AACAA-A-T-TT-A-TTTTTTAA
* ** ** * * * * *
1986 CTAGTTTGGCAAACACATTTATTTTTTA-AATCTCT--T-ACTTATTAATT-TTTGAAATATTAT
57 --A-TCT--CTTACTTA-TTAATTTTTAGAATAT-TAATAAATTAGT-ATTATTT----TATT-C
* * * * * ** * ** * * ** * * * * *
2046 TAAATTAGTATTATTTTAATCTAAATAA--GCTGGTGTGAAAAGAAACAATTGTTTTATGACAAA
109 TAAATAAG-CTTGTATGAATAGAAACAATTG-TTTTATG-ACA-AAACAAAAG-GTCATAACTAT
* *
2109 AT-AAAAAGCATA
169 TTGAAATAG-ATA
* * * * **
2121 A-CGATTTAAGATAG--ATAATTATTCAAATAGCCATAACTAT-TTGAACTGTTTCAGTAAATAG
1 ATTG-TTCAA-ATAGTCATAACTATT----T-G----AACT-TGTTG-A-----TAAACAAA---
* * * * * *
2182 ATTTAGTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTCAAAATATTAGTAGATTAGTATTATTTTATTT
45 -TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
* ** * * ** *
2243 TGAATAATTTTGCATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATATCATAACGATTTGAA
109 TAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAA
*
2308 ACAGATA
174 ATAGATA
* * * * * * ** * *
2315 ATTATTCAAATGGACATGATTATTTGAACTTGTTTGGTAGGCAAATTTATTTTTTAAATATCCTA
1 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* * * ** * *
2380 CCTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAATTTATGTGAATAG
65 CTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAG
* ** * *
2445 AAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAAAATCATAACTATTTGAAATAAATG
130 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATA
* * *** * * * *
2496 ATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTACACGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATATTTTA
1 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* * * * *
2561 CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATT-TCAAATACGCTTTTATGAACA
65 CTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAATA
* * * *
2625 AAAACAATTGGTTTATGATAAAACAAAAGGTCATGACTATTTGAAATAGATA
129 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATA
* * * *
2677 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACGTGTTCAGA-AAATAGATTTATTTTTTAAAT-TTTT
1 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT--GATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTT
* * *
2740 ATTTATTAATTTTTGGAATATTAACAAATTTA-TATTATTTTATTC-AATATAAGCTTGTATGAA
64 ACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCTAA-ATAAGCTTGTATGAA
* * *
2803 CAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATA
127 TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATA
* * * * * *
2857 ATTTTTCAAATAGTCATAACCATTTGAACTTGTTCGGTAAATAAATTCATTTTTTAAATCTCTTT
1 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT-GATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* * * * *
2922 CTCATTAATTTTTAGAGTATTAATAAATTAGTA-TATTTTATTTTAAATAAGCCTATATGAA-AT
65 CTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATA-
* ** * *
2985 GATACAATTG-TTTATGATGAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATT
129 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATA
* * ** * * *
3036 ATTATTCAAATAATTTTAACTATTTAAACTTGTTCGATAAACATATTTATTTTTAAAATCT-TAT
1 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT-GATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCT-T
* * * * * * *
3100 ACTTATTAGTTTTCAAAATATTAATAAACTATTATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAAT-
64 ACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATA
* *
3164 GAAAACAATTGTTTTATGGCAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAAATA
129 G-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATA
* * * * * * *
3217 TTTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTAGTAAACAAATTTATTTTTCAAATCTTTTG
1 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTGA-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* * * * * *
3282 CTTATTAATTATCT-GAATGA-TAATAACTTTGTATTATTTTAATT-GAAATAAGCTTATAAGAA
65 CTTATTAATT-TTTAGAAT-ATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCTAAATAAGCTTGTATGAA
* * * * * *
3344 TAGCAAA-AATTATTTTATGATAAAATAAAAGGTTATGA-TGATTTGAAATAGGTA
127 TAG-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATA
* * * *
3398 ATTGCTCAAATAGTGACAACTATTTGAACTTGTTCGCTAAACAAATTT-TGTTTTTAAATCTCTT
1 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT-GATAAACAAATTTAT-TTTTTAAATCTCTT
* * *
3462 ACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTCTAAATAAGCTTATATGAATA
64 ACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATA
* * *
3527 GAAACAGTTGTTTTGTGACAAAATAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATA
129 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATA
* * * * * * *** * * * *
3579 ATTATTCAAACAGTCATAATTATTTGCACTGGTCAGGCCAACAGATTCATTATTTAAATCTGTTA
1 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGT-TGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* * * *
3644 CTTATTAATTTTAAGAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATT-TACAATAAGAC-TGTATCAAT
65 CTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTA-AATAAG-CTTGTATGAAT
* * * * * * *
3707 AGAAATAATTATTTTACGACAAAACAAATGGTCATAACAATATGAAATAAATA
128 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATA
* * * * * * *
3760 ATTGTTTAAATTGTTATAACTAATTGAACTAGTTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAA--TC-T-
1 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* * * * ** * *
3821 CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTATACAAAATTATATGAACA-
65 CTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAG
* * *
3885 AAAC-ATTCATTTTATGACAAAACAAAA-GTACATAATTATTTGAAATGGATA
130 AAACAATT-GTTTTATGACAAAACAAAAGGT-CATAACTATTTGAAATAGATA
* * * ** * * * *
3936 ATTATTCATATAG-CTTTAACTATTTG-ACCGGTTCAACAAACAAATTTA-TTTTCAAATCTCAT
1 ATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTTGTT-GATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTT
* * * * * *
3998 AATTATTAATTTTCATAATATTATTAGAA-TAATATTATTTTATT-TCGAATAAGCTTGTATGAA
64 ACTTATTAATTTTTAGAATATTAATA-AATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAA
* * * * * * *
4061 CATAAA-AATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTTATAACGACTTGAAATATATA
127 TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATA
* * *
4114 ATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAA-TTGGTTCAGTAAAC-AA---A-----T-AATCTCCT
1 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTGA-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTT
* * * *
4168 ACTTACTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTTTTTTATTCTAAATAGGGTTGTATG-AT
64 ACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAAT
* *
4231 -GAAAACAATTG-TTTATGACAAAAAAAAAGTTCGA-AA-TGATTTGAAATAGATA
128 AG-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC-ATAACT-ATTTGAAATAGATA
* * * * *** * * **
4283 ATAGTTTAAATGGCCATAACTATTTGAA-TTGATTGAATAAATTGATTTATGTTTTAAATTTCCA
1 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTG-ATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTT
* * * * **
4347 AATT-TTCAATTTTT-GAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGGATAAGCTT-TATGAA
64 ACTTATT-AATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAA
* * * * *
4409 -ATGAAACAATTATTTTATAATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAA-ATGATA
127 TA-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATA-GATA
* * * * * * *
4463 ATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTAAACTTGTTTGGTTAATAGATTTATGTTTTTAAAT-TGCT
1 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTGATAAACAAATTTAT-TTTTTAAATCT-CT
* * * * * * *
4527 TGCTTTTTAATTTCCTA-AATGTTAATAAAATAATATTATTTTATT-TCGAATAAG-TATGTATG
63 TACTTATTAATTT-TTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCT-TGTATG
* * * * * * *
4589 AATTGAAACAATTATTTTATAACTAAATAAAATGTCAGAA-TGATTTGAAATAGATA
125 AATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATA
* * * * * * * *
4645 GTTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCAACAAATATATTTATTTTTTAAATCTCTTA
1 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT-GATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* * * ** ** * * ** *
4710 CTTATAAATTTTTAAAATATTATTAGTTTAACAATATTTTACTCCGAATAAGTTTGTAT-AGATA
65 CTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGA-ATA
* * * * *
4774 GAAACAATTGTTTAATGACAAAAC-AAAGATCATACCAATTTGAGATAGATA
129 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATA
* * * * * * *
4825 ATTATTTAAATACTCATAACTATTTAAAC-TGTCTGGTAAACAGATTTAGTTTTTAAA--TC-T-
1 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGT-TGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* **
4885 CTTATTAA-TTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAATTTTGTATGAATAG
65 CTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAG
* ** * * *
4949 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAAAAATTTAAAACAAATA
130 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATA
* * * *
5000 ATTATTTAAATATTCATAACTATTTGAACTCACTAGTT--TAAACAAATTTATTTTTT-AATCTT
1 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT---T-GTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC
* * * *
5062 TTACTTATTTATTTTTGGAATTTTAATAAA-T--TATTATTTTATTCT-AATAAGCTTTTATGAA
62 TTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAA
* * * *
5123 TAAAAACAATTGTTTTATGGCAAAACAAAAAGTCATCA-TGATTTGAAATAGATA
127 TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATA
* * * * * * * *
5177 ATTGTTCTAATAGCCATAACTATTTAAACGTGTTCA-AAAAATATATTTA-TTTTTATAT-TTTT
1 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTGATAAACA-A-ATTTATTTTTTAAATCTCTT
* * *
5239 ACTTATTAATCTTTGGAATATTAGTAAATT
64 ACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATT
5269 TGTTGGATTA
Statistics
Matches: 3154, Mismatches: 693, Indels: 438
0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 68 0.02
170 60 0.02
171 1 0.00
173 11 0.00
174 129 0.04
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176 74 0.02
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181 1031 0.33
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185 4 0.00
186 5 0.00
187 7 0.00
188 5 0.00
189 1 0.00
190 9 0.00
191 5 0.00
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201 5 0.00
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211 3 0.00
212 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGA
AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATA
Found at i:2419 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 1965--5268 Score: 2554
Period size: 181 Copynumber: 18.5 Consensus size: 181
1955 TTTTATGACA
* * * * *
1965 AAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTTGGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTA
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTA
* * * * * * * *
2030 ATTTTT-GAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCTAAATAAGCTGGTGTGAAAAGAAACAA
66 ATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGTTTGTATGAATAGAAACAA
* *
2094 TTGTTTTATGACAAAATAAAAAG-CATAACGATTT-AAGATAGATAATTATTC
130 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAA-ATAGATAATTATTC
* * * * *
2145 AAATAGCCATAACTATTTGAAC-TGTTTCAGTAAATAGATTTAGTTTTTAAA--TC-T-CTTATT
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
* * * * * * *
2205 AATTTTCAAAATATTAGTAGATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGCATGAACAGAAACAA
65 AATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGTTTGTATGAATAGAAACAA
** *
2270 TTGTTTTATGACAAAACAAAATATCATAACGATTTGAAACAGATAATTATTC
130 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTC
* * * * * ** * * *
2322 AAATGGACATGATTATTTGAACTTGTTTGGTAGGCAAATTTATTTTTTAAATATCCTACCTATTA
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTA
* * *
2387 ATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAATTTATGTGAATAGAAACAAT
66 ATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGTTTGTATGAATAGAAACAAT
* ** * * *
2452 TGCTTTATGACAAAACAAAAAATCATAACTATTTGAAATAAATGATTATTC
131 TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTC
* *** * * *
2503 AAATAGTTATAACTATTTGAACTTACACGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATATTTTACTTATTA
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTA
* * ** * * *
2568 ATTTTTGGAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTCAAATACGCTTT-TATGAACAAAAACAA
66 ATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAG-TTTGTATGAATAGAAACAA
* * * * *
2632 TTGGTTTATGATAAAACAAAAGGTCATGACTATTTGAAATAGATAATTGTTC
130 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTC
* * * * * * *
2684 AAATAGTCATAACTATTTGAACGTGTTCAGAAAATAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTATTTATTA
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTA
* * ** * * *
2748 ATTTTTGGAATATTAACAAATTTA-TATTATTTTA-TTCAATATAAGCTTGTATGAACAAAAACA
66 ATTTTTAGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTGA-ATAAGTTTGTATGAATAGAAACA
* * *
2811 ATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTTTTC
129 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTC
* * * * *
2864 AAATAGTCATAACCATTTGAACTTGTTCGGTAAATAAATTCATTTTTTAAATCTCTTTCTCATTA
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTA
* * ** * *
2929 ATTTTTAGAGTATTAATAAATTAGTA-TATTTTATTTTAAATAAGCCTATATGAA-ATGATACAA
66 ATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGTTTGTATGAATA-GAAACAA
** * *
2992 TTG-TTTATGATGAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATTATTATTC
130 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTC
* ** * * * *
3043 AAATAATTTTAACTATTTAAACTTGTTCGATAAACATATTTATTTTTAAAATCT-TATACTTATT
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCT-TACTTATT
* * * * * * * *
3107 AGTTTTCAAAATATTAATAAACTATTATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAAT-GAAAACA
65 AATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGTTTGTATGAATAG-AAACA
* * * *
3171 ATTGTTTTATGGCAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATATTTATTC
129 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTC
* ** * * *
3224 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTAGTAAACAAATTTATTTTTCAAATCTTTTGCTTATTA
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTA
* * * * * * *
3289 ATTATCT-GAATGA-TAATAACTTTGTATTATTTTA-ATTGAAATAAGCTTATAAGAATAGCAAA
66 ATT-TTTAGAAT-ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG-AATAAGTTTGTATGAATAG-AAA
* * * * * * * **
3351 -AATTATTTTATGATAAAATAAAAGGTTATGATGATTTGAAATAGGTAATTGCTC
127 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTC
* * *
3405 AAATAGTGACAACTATTTGAACTTGTTCGCTAAACAAATTT-TGTTTTTAAATCTCTTACTTATT
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTAT-TTTTTAAATCTCTTACTTATT
* * * * * * *
3469 AATTTTTAGAATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTCTAAATAAGCTTATATGAATAGAAACAG
65 AATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGTTTGTATGAATAGAAACAA
* * *
3534 TTGTTTTGTGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTC
130 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTC
* * * * ** * * * *
3586 AAACAGTCATAATTATTTGCAC-TGGTCAGGCCAACAGATTCATTATTTAAATCTGTTACTTATT
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC-GGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
* * * ** ** * *
3650 AATTTTAAGAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTTACAATAAGACTGTATCAATAGAAATAA
65 AATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGTTTGTATGAATAGAAACAA
* * * * * * * *
3715 TTATTTTACGACAAAACAAATGGTCATAACAATATGAAATAAATAATTGTTT
130 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTC
* * * * * *
3767 AAATTGTTATAACTAATTGAACTAGTTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTA
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTA
* * * * ** * *
3828 ATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCT-ATACAAAATTATATGAACA-AAAC-A
66 ATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGA-ATAAGTTTGTATGAATAGAAACAA
* ** *
3890 TTCATTTTATGACAAAACAAAA-GTACATAATTATTTGAAATGGATAATTATTC
130 TT-GTTTTATGACAAAACAAAAGGT-CATAACGATTTGAAATAGATAATTATTC
* * ** *** * * *
3943 ATATAG-CTTTAACTATTTG-ACCGGTTCAACAAACAAATTTA-TTTTCAAATCTCATAATTATT
1 AAATAGTC-ATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
* * * * * * * *
4005 AATTTTCATAATATTATTAGAA-TAATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACATAAA-A
65 AATTTTTAGAATATTAATA-AATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGTTTGTATGAATAGAAACA
* * * * *
4068 ATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTTATAACGACTTGAAATATATAATTGTTC
129 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTC
* * * *
4121 AAATAGTCATAATTATTTGAA-TTGGTTCAGTAAAC-AA---A-----T-AATCTCCTACTTACT
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
* * * * *
4175 AATTTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTTTTTTATTCTAAATAGGGTTGTATG-AT-GAAAAC
65 AATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGTTTGTATGAATAG-AAAC
* * * *
4237 AATTG-TTTATGACAAAAAAAAAGTTCGA-AATGATTTGAAATAGATAA-TAGTTT
128 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC-ATAACGATTTGAAATAGATAATTA-TTC
* * * *** * * ** *
4290 AAATGGCCATAACTATTTGAA-TTGATT-GAATAAATTGATTTATGTTTTAAATTTCCAAATT-T
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCG-GTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
* * * *
4352 TCAATTTTT-GAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGGATAAGCTT-TATGAA-ATGAA
64 T-AATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGTTTGTATGAATA-GAA
* * * * *
4414 ACAATTATTTTATAATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAA-ATGATAATTGTTC
126 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATA-GATAATTATTC
* * * * * * * * *
4470 AAATAGTTATAATTATTTAAACTTGTTTGGTTAATAGATTTATGTTTTTAAAT-TGCTTGCTTTT
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTAT-TTTTTAAATCT-CTTACTTAT
* * * * * * *
4534 TAATTTCCTA-AATGTTAATAAAATAATATTATTTTATTTCGAATAAGTATGTATGAATTGAAAC
64 TAATTT-TTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGTTTGTATGAATAGAAAC
* * * * * * * * *
4598 AATTATTTTATAACTAAATAAAATGTCAGAATGATTTGAAATAGATAGTTGTTC
128 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTC
* * * *** * * *
4652 TAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCAACAAATATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATAA
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTA
* * ** ** * * **
4717 ATTTTTAAAATATTATTAGTTTAACAATATTTTACTCCGAATAAGTTTGTAT-AGATAGAAACAA
66 ATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGTTTGTATGA-ATAGAAACAA
* * * * * *
4781 TTGTTTAATGACAAAAC-AAAGATCATACCAATTTGAGATAGATAATTATTT
130 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTC
* * * *
4832 AAATACTCATAACTATTTAAAC-TG-TCTGGTAAACAGATTTAGTTTTTAAA--TC-T-CTTATT
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC-GGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
* * * *
4891 AA-TTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAATTTTGTATGAATAGAAACAA
65 AATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGTTTGTATGAATAGAAACAA
* ** * * * *
4955 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAAAAATTTAAAACAAATAATTATTT
130 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTC
* *** * * *
5007 AAATATTCATAACTATTTGAACTCACTAGTTTAAACAAATTTATTTTTT-AATCTTTTACTTATT
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCG-GTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
* * * * *
5071 TATTTTTGGAATTTTAATAAA-T--TATTATTTTATTCT-AATAAGCTTT-TATGAATAAAAACA
65 AATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAG-TTTGTATGAATAGAAACA
* * * * *
5131 ATTGTTTTATGGCAAAACAAAAAGTCATCATGATTTGAAATAGATAATTGTTC
129 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTC
* * * * *** * * * *
5184 TAATAGCCATAACTATTTAAACGTGTTCAAAAAATATATTTA-TTTTTATAT-TTTTACTTATTA
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTA
* * *
5247 ATCTTTGGAATATTAGTAAATT
66 ATTTTTAGAATATTAATAAATT
5269 TGTTGGATTA
Statistics
Matches: 2483, Mismatches: 537, Indels: 212
0.77 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 2 0.00
169 67 0.03
170 59 0.02
173 1 0.00
174 73 0.03
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183 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTA
ATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGTTTGTATGAATAGAAACAAT
TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTC
Found at i:2669 original size:754 final size:752
Alignment explanation
Indices: 1214--2710 Score: 2131
Period size: 754 Copynumber: 2.0 Consensus size: 752
1204 TAATTGTTCT
* * * * *
1214 AATAGTGTTAACTATTTGAATTGGTTCGGCAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA
1 AATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCGGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA
* * * * * * *
1279 TTTTTGTAATATTATTAAGTTAGTATTAATTTAATTTGAATAAGGTTGTATTAAAAAAACAATTG
66 TTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTAATTTAATCTAAATAAGCTGGTATGAAAAAAACAATTG
* * * *
1344 TTTTATAACAAAATAAAGATCATAACGATTTGAGATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATT
131 TTTTATAACAAAATAAAAAGCATAACGATTTAAGATAGATAATAGTTCAAATAGCCATAACTATT
* *
1409 TTAATTATTTCAAAAAATAGATTTAGTTTTAAATCTCTTATTAATTTTCAAAATATTAATAGATA
196 TGAACTATTTCAAAAAATAGATTTAGTTTTAAATCTCTTATTAATTTTCAAAATATTAATAGATA
* * *
1474 AATATTATTTTATTCTAAATAATTTTGCATAAATAGAAACAATTGTTTTATTAAAAACAAAAGGT
261 AATATTATTTTATTCTAAATAATTTTGCATAAACAGAAACAATTGTTTTATGAAAAACAAAAGAT
*
1539 CATAACAACTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGACATGACTATTTGAACTTGTTGATAAACAAA
326 CATAACAACTTGAAACAGATAATTATTCAAATGGACATGACTATTTGAACTTGTTGATAAACAAA
* *
1604 TTTATGTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTCTTTTATTCC
391 TTTATGTTTTAAATATCCTACCTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCC
* * * *
1669 AAATAAACTTGTATGAATAGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAA
456 AAATAAACTTATATGAATAGAAACAATTACTTTATGACAAAACAAAAAATCATAACTATTTGAAA
* ** * * *
1734 TAAATACTTGTTCATCTAGTCATAACTATTTGAACTTGCTCAATAAAGAGATTTATTTTTTTAAA
521 TAAATACTTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTACACAATAAACAGATTTATTTTTTTAAA
* * *
1799 ATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATGAATAAACTAGCATTATTTTATTTCGAATACACATGT
586 ATATTTTACTTATTAATTTTTGGAATATGAATAAAATAGCATTATTTTATTTCAAATACACATGT
* * *
1864 TTGAATAGAAATAATTGGTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAACTATTTGAAATAAATAATTATT
651 TTGAACAAAAACAATTGGTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAACTATTTGAAATAAATAATTATT
* * *
1929 TAACTAATAATAACTATTTGAATGTGTTTTATGACAA
716 CAAATAATAATAACTATTTGAACGTGTTTTATGACAA
*
1966 AATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTTGGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA
1 AATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCGGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA
* *
2031 TTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCTAAATAAGCTGGTGTGAAAAGAAACAATT
66 TTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTAATTTAATCTAAATAAGCTGGTATGAAAA-AAACAATT
*
2096 GTTTTATGACAAAATAAAAAGCATAACGATTTAAGATAGATAATTA-TTCAAATAGCCATAACTA
130 GTTTTATAACAAAATAAAAAGCATAACGATTTAAGATAGATAA-TAGTTCAAATAGCCATAACTA
* ** *
2160 TTTGAACTGTTTCAGTAAATAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTCAAAATATTAGTAG
194 TTTGAACTATTTCAAAAAATAGATTTAG-TTTTAAATCTCTTATTAATTTTCAAAATATTAATAG
* * * * *
2225 ATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGCATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA
258 ATAAATATTATTTTATTCTAAATAATTTTGCATAAACAGAAACAATTGTTTTATGA-AAAACAAA
* * * * * *
2290 ATATCATAACGATTTGAAACAGATAATTATTCAAATGGACATGATTATTTGAACTTGTTTGGTAG
322 AGATCATAACAACTTGAAACAGATAATTATTCAAATGGACATGACTATTTGAACTTG-TTGATAA
* *
2355 GCAAATTTATTTTTTAAATATCCTACCTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
386 ACAAATTTATGTTTTAAATATCCTACCTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
*** * * *
2420 ATTTTGAATAAATTTATGTGAATAGAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAAAATCATAACTATT
451 ATTCCAAATAAACTTATATGAATAGAAACAATTACTTTATGACAAAACAAAAAATCATAACTATT
* **
2485 TGAAATAAATGA-TTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTACACGGTAAACAGATTTA-TTT
516 TGAAATAAAT-ACTTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTACACAATAAACAGATTTATTTT
* *
2548 TTT-AAATATTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTCAAATAC
580 TTTAAAATATTTTACTTATTAATTTTTGGAATATGAATAAAATAGCATTATTTTATTTCAAATAC
* * * * * * *
2612 GC-TTTTATGAACAAAAACAATTGGTTTATGATAAAACAAAAGGTCATGACTATTTGAAATAGAT
645 ACATGTT-TGAACAAAAACAATTGGTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAACTATTTGAAATAAAT
* * *
2676 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACGTGTT
709 AATTATTCAAATAATAATAACTATTTGAACGTGTT
2711 CAGAAAATAG
Statistics
Matches: 653, Mismatches: 85, Indels: 12
0.87 0.11 0.02
Matches are distributed among these distances:
752 106 0.16
753 90 0.14
754 221 0.34
755 65 0.10
756 170 0.26
757 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (752 bp):
AATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCGGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA
TTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTAATTTAATCTAAATAAGCTGGTATGAAAAAAACAATTG
TTTTATAACAAAATAAAAAGCATAACGATTTAAGATAGATAATAGTTCAAATAGCCATAACTATT
TGAACTATTTCAAAAAATAGATTTAGTTTTAAATCTCTTATTAATTTTCAAAATATTAATAGATA
AATATTATTTTATTCTAAATAATTTTGCATAAACAGAAACAATTGTTTTATGAAAAACAAAAGAT
CATAACAACTTGAAACAGATAATTATTCAAATGGACATGACTATTTGAACTTGTTGATAAACAAA
TTTATGTTTTAAATATCCTACCTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCC
AAATAAACTTATATGAATAGAAACAATTACTTTATGACAAAACAAAAAATCATAACTATTTGAAA
TAAATACTTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTACACAATAAACAGATTTATTTTTTTAAA
ATATTTTACTTATTAATTTTTGGAATATGAATAAAATAGCATTATTTTATTTCAAATACACATGT
TTGAACAAAAACAATTGGTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAACTATTTGAAATAAATAATTATT
CAAATAATAATAACTATTTGAACGTGTTTTATGACAA
Found at i:3243 original size:902 final size:889
Alignment explanation
Indices: 1965--5266 Score: 2920
Period size: 902 Copynumber: 3.7 Consensus size: 889
1955 TTTTATGACA
* * * *
1965 AAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTTGGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTA
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGCAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTA
* * * * * *
2030 ATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCTAAATAAGCTGGTGTGAAAAGAAACAAT
66 ATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCT-ATATGAAATGAAACAAT
* * *
2095 TGTTTTATGACAAAATAAAAAG-CATAACGATTT-AAGATAGATAATTATTCAAATAGCCATAAC
130 TG-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAA-ATAGATAATTATTCAAATAGCCATAAC
* * *
2158 TATTTGAACTGTTTC-AGTAAATAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTCAAAATATTAG
193 TATTTAAACTG-TTCGA-TAAACAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTCAAAATATTAA
* * * ** *
2222 TAGATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGCATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
256 TAAATTAGTATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * * * * * * *
2287 AAAATATCATAACGATTTGAAACAGATAATTATTCAAATGGACATGATTATTTGAACTTGTTTGG
321 AAAAGATCATAACGATTTGAAACAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTAG
** * *
2352 TAGGCAAATTTATTTTTTAAATATCCTACCTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTAT
386 TAAACAAATTTATTTTTT-AATCTCCTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * *
2417 TTTATTTTGAATAAATTTATGTGAATAG-AAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAAAATCATAAC
449 TTTATTCTGAATAAGTTTATATGAATAGAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAA-
* * ** *
2481 T-ATTTGAAATAAATGATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTACACGGTAAACAGATTTA
513 TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTTACACGATAAACAGATTTA
2545 TTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTCAAAT
578 TTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTCAAAT
* * *
2610 ACGCTTTTATGAACAAAAACAATTGGTTTATGATAAAACAAAAGGTCATGACTATTTGAAATAGA
642 AAGCTTTTATGAA-AGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCAT-ACTATTTGAAATAGA
*
2675 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACGTGTTCAGAAAATAGATTTATTTTTTAAATTTTT
705 TAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAAC-TGTTCAGAAAATAGATTTATTTTTTAAATTTTT
* *
2740 ATTTATTAATTTTTGGAATATTAACAAATTTATATTATTTTATTCAATATAAGCTTGTATGAACA
769 ATTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAA-TTATATTATTTTATTCAA-ATAAGCTTGTATGAATA
*
2805 AAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTTTTC
831 GAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTTTTC
* * * * * *
2864 AAATAGTCATAACCATTTGAACTTGTTCGGTAAATAAATTCATTTTTTAAATCTCTTTCTCATTA
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGCAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTA
* * * *
2929 ATTTTTAGAGTATTAATAAATTAGTA-TATTTTATTTTAAATAAGCCTATATGAAATGATACAAT
66 ATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAG-CTATATGAAATGAAACAAT
** * ****
2993 TGTTTATGATGAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATTATTATTCAAATAATTTTAACTA
130 TGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAACTA
* *
3058 TTTAAACTTGTTCGATAAACATATTTA-TTTTTAAAATCTTATACTTATTAGTTTTCAAAATATT
195 TTTAAAC-TGTTCGATAAACAGATTTAGTTTTT-AAATC---T-CTTATTAATTTTCAAAATATT
* * * *
3122 AATAAACTATTATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAA-TGAAAACAATTGTTTTATGGCAA
254 AATAAATTAGTATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAACAG-AAACAATTGTTTTATGACAA
* * * *
3186 AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATATTTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATT
318 AACAAAAGATCATAACGATTTGAAACAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATT
* ** * * * *
3251 TAGTAAACAAATTTATTTTTCAAATCTTTTGCTTATTAATTATCTGAATGA-TAATAACTTTGTA
383 TAGTAAACAAATTTATTTTT-TAATCTCCTACTTATTAATT-TTTGAAT-ATTAATAAATTAGTA
* * * * * * * * *
3315 TTATTTTAAT-TGAAATAAGCTTATAAGAATAGCAAA-AATTATTTTATGATAAAATAAAAGGTT
445 TTATTTTATTCTG-AATAAGTTTATATGAATAGAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTC
* * ** ** * *** * *
3378 ATGATGATTTGAAATAGGTAATTGCTCAAATAGTGACAACTATTTGAACTTGTTCGCTAAACAAA
509 ATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTTACACGATAAACAGA
* * * * *
3443 TTT-TGTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGAATTATGTTA-TT
574 TTTAT-TTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTT
* * * * * *
3506 CTAAATAAGCTTATATGAATAGAAACAGTTGTTTTGTGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGA
637 C-AAATAAGCTTTTATGAA-AGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATACT-ATTTGA
* * * * ** * * *
3571 AATAGATAATTATTCAAACAGTCATAATTATTTGCACTGGTCAGGCCAACAGATTCATTATTTAA
699 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGTTCA-GAAAATAGATTTATTTTTTAA
* * * * * *
3636 ATCTGTTACTTATTAATTTTAAGAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTTACAATAAGAC-TG
763 AT-TTTTATTTATTAATTTT-TGAATATTAATAAATTA-TATTATTTTATTCA-AATAAG-CTTG
* * * * ** * *
3700 TATCAATAGAAATAATTATTTTACGACAAAACAAATGGTCATAACAATATGAAATAAATAATTGT
823 TATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATT-T
3765 TT-
887 TTC
* * * * *
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1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGCAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTA
* **
3828 ATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTATACA-AAATTATATGAACA--AAAC-
66 ATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTA-A-ATAAGCTATATGAA-ATGAAACA
* ** * * **
3889 ATTCATTTTATGACAAAACAAAA-GTACATAATTATTTGAAATGGATAATTATTCATATAGCTTT
128 ATT--GTTTATGACAAAACAAAAGGT-CATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGCCAT
* * * * * * * *
3953 AACTATTTGACCGGTTCAACAAACAAATTTA-TTTTCAAATCTCATAATTATTAATTTTCATAAT
190 AACTATTTAAACTGTTCGATAAACAGATTTAGTTTTTAAATCTC----TTATTAATTTTCAAAAT
* * * *
4017 ATTATTAGAA-TAATATTATTTT-ATTTCGAATAAGCTTGTATGAACATAAA-AATTGTTTTATG
251 ATTAATA-AATTAGTATTATTTTAATCT-GAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATG
* * * * * * * *
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* * *
4143 TGGTTCAGTAAAC-AA---A-----TAATCTCCTACTTACTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA
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* * * * *
4199 GTATTTTTTTATTCTAAATAGGGTTGTATG-AT-GAAAACAATTG-TTTATGACAAAA-AAAAAG
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* * **
4260 TTCGA-AATGATTTGAAATAGATAA-TAGTTTAAATGGCCATAACTATTTGAA-TTGA-TTGAAT
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** * ** * * * *
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*** * * *
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* * * ** **
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693 ATTTGAAATA-GATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAAC-TGTTCAGAAAATAGATTTAT
** * * * * *
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* * * * * *
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* *
4641 GATAGTTGTTC
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* * * ** * *
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* ** ** * * ** * * *
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* * * *
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*
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* * ** *
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** * * * * *
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** * *
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* *
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* * * * * * *
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* * *
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AAATTTATTTTTTAATCTCCTACTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
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TTGAATATTAATAAATTATATTATTTTATTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTA
TGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTTTTC
Found at i:7576 original size:180 final size:179
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* * *
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* * *
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* * * * *** * ***
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* * *
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*
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* *
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* *
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* *
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* *
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* *
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* * * *
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* * * * *
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* *** *
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** * * * *
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* * *
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* * * * * * * * *
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* *
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** * * * * **
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* **
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***
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* * * * * * *
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64 GTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* ** * *
11057 ATTTTAAAAATTAATAAGTAAAATATTTTAAAATAAAT-ATGTTTATTGAAC
129 ATTTTGAAAATTAATAAGTAAAAT-TTAAAAAATAAATCAT-TTT-CTAAAC
* * * * * * *
11108 AAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATAATTATTTGTTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTG
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAAC-TTTTGTTTTG
* * * * * * *
11173 TCATAAAATAATTGTATCAATTCATATAGGCTTATTCAAAATAAAAT-ATCACTAATTTATTAAT
65 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAAT-ACTAATTTATTAAT
** *
11237 ATTTTGAAAATTAATTGGTAAGAGATTTAAAAAAATGAATC-TGTTTACTAAAC
129 ATTTTGAAAATTAATAAGTAA-A-ATTT-AAAAAATAAATCAT-TTT-CTAAAC
* * *
11290 AAGTTGAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAA--ATGCTATGACCTTTTGTTT
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT--TAT-AACTTTTGTTT
* * *
11353 TGTCATAAGATAATTG-TT-TGTTCATACAAGCTTATTTCA-AATAAAATAAT--TAAATTTATT
63 TGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTT-AGAATAAAATAATACT-AATTTATT
** *
11413 AATA-TTCCAAAATTTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATTTATTTTCTAAAC
126 AATATTTTGAAAA-TTAATAAGT-AAAATTTAAAAAATAAA-TCATTTTCTAAAC
* * *
11467 ATA-TTCAAATAGTTCTAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT-AGTTA-AGACTTTT-TGT
1 A-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATA-ACTTTTGT-T
* * *
11528 TTGTGATAAACCAATTGTTTCTATCCATACAAGCTTATTT-GAAATAAAATAATACTAATTTATT
62 TTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAG-AATAAAATAATACTAATTTATT
* ** * * * **
11592 AA-AATTCCAAATATTACTAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATC-TGTTTATTGAGT
126 AATATTTTGAAA-ATTAATAAGT-AAA-ATTTAAAAAATAAATCAT-TTT-CTAAAC
* * * * * * * * *
11646 AAGCTCAAATAAG-TATTAATGTTTAAACAGTTTTTTATTTCAAAT-AGTTATGATCTTTTGTTT
1 AAGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTAT-AACTTTTGTTT
* * * * * *
11709 TGTCATAAAATAATTATTTCTATTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACT-A---CTTAA
63 TGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * *
11770 TATTTTGCAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATC-TGTTTACCAAAT
128 TATTTTGAAAATTAATAAGTA--AAATTTAAAAAATAAATCAT-TTT-CTAAAC
* * * * * *
11823 AACTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT-AACTTTTGTTTTG
* * * * * * * * *
11888 TCATAAAATAATTATTTTTGTTCATAC-AGAATTATTCAAAATAAAATAACACTGATTTATTAAT
65 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG-CTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * * *
11952 ATTTTAAAAATTAATTAG--AGATTTAAAAAGTAAATCTATTTACTGAACC
129 ATTTTGAAAATTAATAAGTAAAATTTAAAAAATAAATC-ATTTTCT-AAAC
* * ** * * *
12001 AA-TTCATATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATTGTAATGATCTTTTATTTTG
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT-AACTTTTGTTTTG
* * * * * * * * * * *
12065 ACATACAACAATTGTTTCTTTTCACATAAGCTTA-TTCGATTAAAATGATAATAACTTAATAAT-
65 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
*
12128 TTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-ATGTTTGTCAAAC
130 TTTTGAAAATTAATAAGTAA-A-ATTTAAAAAATAAATCAT-TTTCT-AAAC
* ** * * * * *
12179 TAGTTTTAATAGTTAAGACTAATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTTTAACCTTT-TTTAG
1 AAGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACTTTTGTTTTG
* * *
12243 TTATAAAATAATTATTTC-AGTTCATACAAGCTTATTT-GAA-ATAAATAATACT-A--TATTAA
65 TCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTAGAATA-AAATAATACTAATTTATTAA
* * *
12302 CA-TTTGAAAAATTAATAAAGCAACAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTAT-TGAAC
128 TATTTTG-AAAATTAAT-AAGTAA-A-ATTT-AAAAAATAAATC-ATTT-TCTAAAC
* * * * * * ** * *
12357 AATTTCAATTAGATATGACTATTTGAATAATTATCTATATAAAATGTTTTTAACCTTTTATTTTG
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAA-CTTTTGTTTTG
12422 TCATAAAACAAT
65 TCATAAAACAAT
12434 GTATTTGCTA
Statistics
Matches: 2857, Mismatches: 611, Indels: 383
0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
172 1 0.00
173 6 0.00
174 115 0.04
175 72 0.03
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183 78 0.03
184 3 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (177 bp):
AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACTTTTGTTTTGT
CATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
TTTGAAAATTAATAAGTAAAATTTAAAAAATAAATCATTTTCTAAAC
Found at i:10225 original size:540 final size:536
Alignment explanation
Indices: 8558--12439 Score: 2660
Period size: 540 Copynumber: 7.2 Consensus size: 536
8548 TATAAGCGTG
* * * * * * * *
8558 AGTAAGAGAATTAAAAAAATGAATT-TGTTTACTGAAA-AAGTTTAATTAGTTATGACTATCTAA
1 AGTAAGAG-ATTTAAAAAATAAATTATGTTTAC-CAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGA
* * * * * *
8621 ATAATTATCTATTTCAAAACAATATGACCATTTGTTTTGTCATAAAATAATTGGTTTTGT-TCAT
64 ACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-ATTTT-TATCAT
* * * * * *
8685 GCAAGCTTATTTCGAATAAAATAATATAAATTTATTAAAATTCT-GAAAATTAATAAGTAAAATT
127 ACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATT-TAAAAAATTAATAAGTAAGA-T
* * *
8749 TTAAAACATAAATGC-ATTTTCTAAACACA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
189 TTAAAAAATAAAT-CTATTTACTAAAC-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATA
* * * *
8812 TTTCAAATCA-TTATAACAATTTAT-TTTGTTATAAACCAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTAT
252 TTTCAAAT-AGTTATGAC-CTTT-TGTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTAT
* * *
8875 TT-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCT-AAAATTAATAAATAAAAGATTTAAATAA
314 TTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-TGAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTAAAAAA
* * * * * * * * * * *
8938 TAAATCTATTT-ATCGAGCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAGTTATATATTTCAAATC
376 TAAATATGTTTGCT-AAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATTTATTTCAAATC
* * * ** * **
9002 ATTTATGATCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGTTTATGT-GGAATAA
440 A-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTAT-TCAAAATAA
* * * ** **
9066 AATAATACTTACTTATTTTTATTCTAAAAATTAATA
503 AATAA-AATAATTTATTAATATT-TGCAAATTAATA
* * * * * * * *
9102 AGTTAGAGATTTTAAAAAATAAATT-TATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAA
1 AGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATTATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAA
** ** * * * * *
9166 CTGTTATCTA-TTCAAATTGTTATGACATTTTTTTTTGTCGTAAAATAGTT-TTTTCTATTCATA
65 CAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTT-TA-TCATA
** * * * ** * **
9229 CAAAATTATTTAGAATAAAATAAT-TACAATTTATTACTATTTTGAAAATCAAT--G-GGGATTT
128 CAAGCTTATTCA-AATAAAATAATAT-TAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGATTT
* * * * * * * *
9290 -AAAAATAAATGTGCTTT-CTAAACCATTTCAAATAGATAAGACTATTAGAACAATTATCTATTC
191 AAAAAATAAATCT-ATTTACTAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTT
* * * * * * * **
9353 CAAAATTGTTTTGATCTTTTGTTTAGTCAAAAAATAATTGTTTCAATTCATACATGCTTATTCAA
255 C-AAATAGTTATGACCTTTTGTTT-GTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGA
* * ** * **
9418 AATATAATAATACTAATTTATTAACATTAAGAAAATTAATAAG-AA-A-TTTAAAAAA-ATTTAT
318 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTAAAAAATAAATAT
* * * * *
9479 -TTAT-C-GAA-TAAGTTCAAATAGTTAAGACTAT-TCAAATAATTATCTATTTAAAATCATTAT
383 GTT-TGCTAAACT-AGTTCAAATAGTTAAGACTATAT-GAACAATTATTTATTTCAAATCATTAT
* * * * * * * * * * * *
9539 GACATTTTATTTTATCATAAAATAACTATTTCAGTACACAAAAGTTTA-TCTGATATAAAATAAT
445 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTC-AAAATAAAATAA-
* *
9603 ATTACTTTATTAATATTT-CAAAAATTAATA
508 AATAATTTATTAATATTTGC--AAATTAATA
* * ** ** * * *
9633 AGTTAGAGATTTAAAAAATAAATCA-GTTTGTCAAATTAGTTTAAATAATTATGGCCATTTGAAC
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAAC
* *
9697 AATTATCTATTTCAAATCATTAAGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTCATCATACA
66 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTT-ATCATACA
* * *
9762 AGCTTATTCGAAATAAAAAAATATTAATTTACTAATATTTCAAAAAATTAATCAGTAAGATTTAA
130 AGCTTATTC-AAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTT-AAAAAATTAATAAGTAAGATTTAA
* * * * * * *
9827 AAAGTTAATATGTTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTGTTTGAATAATTATATATTTCAA
193 AAAATAAATCTATTTACTAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAA
* * * ** * * * *
9892 ATTGTTATAACCTTTTGTTATCTCATAAAATGATTATTTCTGTTCACACAAGTTTATTTGAAATA
258 ATAGTTATGACCTTTTGTT-TGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATA
* * * * * *
9957 AAATAATACTAATGTAATAATATTATGAAAATTAATAACTAAGAGACTTAAAAAATAAATTTATT
322 AAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTAAAAAATAAATATGTT
* * * *
10022 TGCTAAACTAGTTCAAACAGTTAAGGCTATATGAACATTTCTTTATTTCAAATCATTATGACCTT
386 TGCTAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTT
* * * * * * *
10087 TTATTTTGTCGTAAAA-ACTTTTTTCAATTCTTAGTAA-TTTATTCAAAATAAAATAAAATAATT
451 TTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAATTCATA-CAAGCTTATTCAAAATAAAATAAAATAATT
10150 TATTAATATTT-CAAATCTCAATA
515 TATTAATATTTGCAAAT-T-AATA
* * * * * * *
10173 AGTAAGAGATTCAAAAAAT-AATTATGTTTGCCTAACCAGTTCCAATAATTATGGCTATTTAAAC
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAAC
* * * *
10237 AATTATCTATTGT-AAATCTTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATATTTTTGTTCATAT
66 AATTATCTATT-TCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTT-ATCATAC
* * ** *** *
10301 AAGTTTGTTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGTAAATTAAGAAGTAAGAAATTT
129 AAGCTT-ATTCAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAG--ATTT
* * * * * * *
10366 AAAAAATAAATCTGTTTACTAAACTAGTTTAATTAGTTATAACTAGTTCAACAA-T-TA-ATTTC
191 AAAAAATAAATCTATTTACTAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTC
* * * * * * *
10428 -AATCA-TTATGACTATTTTTTTTTGTGATGAAAACAATTATTTCTATTTATA-TAGTCTTATTA
256 AAAT-AGTTATGAC--CTTTTGTTTGTCAT-AAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG-CTTATTT
* * ** * *
10490 GAAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATATTTTGAAAGCTAATAAGTAACG-GATTTGAAGAATGA
316 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAA-GAGA-TTAAAAAAT-A
* * ** * * * * * * *
10554 AA-CTGTTGGCTTGACCAGTGCAAATAGTTATGATTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATT
378 AATATGTTTGCTAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATTTATTTCAAATCATT
* * * * * * * * ** *
10618 ATAACCTTCTGTTTTATCACAAAACAATTGATTCTATTCGTACAAGCTTATT-TGAATAACATAA
443 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAA
** * **
10682 TTCTATTTTATTAATATTCTAAAAATTAATA
508 -AATAATTTATTAATATT-TGCAAATTAATA
10713 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT-TGTTTACCAAACAAGTAT-AAATAATTATGACTATTTGAA
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTATGTTTACCAAACAAGT-TCAAATAATTATGACTATTTGAA
** * ** *
10776 CAATTATCTATTTCAAATCGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAAAATTTCTATTCATAC
65 CAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTA-TCATAC
* * * * * *
10841 AAGCTTATTTCAAATAAAATTACATAAATTTATTAATATGTAGACACA-TAATAAGTAAAAGATT
129 AAGCTTA-TTCAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTA-AAAAATTAATAAGT--AAGATT
** * *
10905 TAAAAAATAAATCTATTTA-TCAAATAAGTTCAAATAGTT-TGACTATTTGAAAAATTATTTATT
190 TAAAAAATAAATCTATTTACT-AAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATT
* * * * * *
10968 TCAAATAGTTATGACTTTTTGTTTGTCATGAAACAATTGTTTTTCTTCATACAAGCCTA-TTCAG
254 TCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGA-
* * * * * **
11032 ATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAATATTTTAAAATAAATAT
318 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTAAAAAATAAATAT
** * * * * * * *
11097 GTTTATTGAACAAGTTCAAATAGTCATA-ACTATTTGAATAATTATTTGTTTCAAATCGTTATGA
383 GTTTGCTAAACTAGTTCAAATAGTTA-AGACTATATGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGA
* * * * * *
11161 CATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTATCAATTCATATAGGCTTATTCAAAATAAAATATCACT
447 CCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATA-AAAT
* *
11226 AATTTATTAATATTTTGAAAATTAATT
511 AATTTATTAATA-TTTGCAAATTAATA
* * * * * *
11253 GGTAAGAGATTTAAAAAAATGAA-TCTGTTTACTAAACAAGTTGAAATAGTTATGACTATTTGAA
1 AGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATTATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAA
* * * * *
11317 TAATTATCTATTTCAAA--ATGCTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAGATAATTGTTTGT-TCATA
65 CAATTATCTATTTCAAATCAT--TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTATCATA
* ** * *
11379 CAAGCTTATTTCAAATAAAATAAT-TAAATTTATTAATATTCCAAAATTTAATAAGTAAAAATTT
128 CAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGT-AAGATTT
* * * * * * *
11443 AAAAAATAAATTTATTTTCTAAA-CATATTCAAATAGTTCTAACTATTTGAATAATTATCTATTT
191 AAAAAATAAATCTATTTACTAAACCA-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTT
* * * * *
11507 CAAATAGTTAAGACTTTTTGTTTGTGATAAACCAATTGTTTCTATCCATACAAGCTTATTTGAAA
255 CAAATAGTTATGACCTTTTGTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAA
* ** * * * *
11572 TAAAATAATACTAATTTATTAA-AATTCCAAATATTACTAAGTAAAAGATTTAAAAATAAATCTG
320 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAA-ATTAATAAGTAAGAGATTAAAAAATAAATATG
* ** * * * * * * * *
11636 TTT-ATTGAGTAAGCTCAAATAAGTATTA-A-TGTTTAAACAGTTTTTTATTTCAAAT-AGTTAT
384 TTTGCTAAACT-AGTTCAAAT-AGT-TAAGACTATATGAACAATTATTTATTTCAAATCA-TTAT
* * * *
11697 GATCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAAT--AA
445 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAAAA
*
11760 T-A-CTACTTAATATTTTGCAAATTAATA
510 TAATTTA-TTAATA-TTTGCAAATTAATA
* * * * * * * * *
11787 GGTAGGAGATTTAAAAAATAAA-TCTGTTTACCAAATAACTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAAC
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAAC
* * *
11851 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTTGTTCATAC-
66 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTT-ATCATACA
* * * * * *
11915 AGAATTATTCAAAATAAAATAACACTGATTTATTAATATTTTAAAAATTAATTAG--AGATTTAA
130 AG-CTTATTC-AAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGATTTAA
* * * * * *
11978 AAAGTAAATCTATTTACTGAACCAATTCATATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAA
193 AAAATAAATCTATTTACTAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAA
* * * * * * * * * * *
12043 ATTGTAATGATCTTTTATTTTGACATACAACAATTGTTTCTTTTCACATAAGCTTATTCG-ATTA
258 ATAGTTATGACCTTTT-GTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATA
* * * *
12107 AAATGATAATAACTTAATAAT-TTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTT
322 AAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTAAAAAATAAATATGTT
** * * *
12171 TG-TCAAACTAGTTTTAATAGTTAAGACTA-ATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTTTAAC
386 TGCT-AAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATA-T-GAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGAC
* * * * ** *
12234 C-TTT-TTTAGTTATAAAATAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAAT-AAAT--AATAC
448 CTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAAAATAA
* * *
12294 TATATTAACATTTGAAAAATTAATAA
513 TTTATTAATATTTG-CAAATTAAT-A
* * *** * *
12320 AGCAACAGATTTAAAAAAATAAATCTA--TTTATTGAACAATTTCAATTAGA-TATGACTATTTG
1 AGTAAGAGATTT-AAAAAATAAAT-TATGTTTACCAAACAAGTTCAAATA-ATTATGACTATTTG
* * * ** * * *
12382 AATAATTATCTATATAAAATGTTTTTAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATGTATTT
63 AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT-TATTT
12440 GCTAAACCAA
Statistics
Matches: 2631, Mismatches: 575, Indels: 273
0.76 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
529 1 0.00
530 52 0.02
531 162 0.06
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533 231 0.09
534 177 0.07
535 128 0.05
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538 309 0.12
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544 52 0.02
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (536 bp):
AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAAC
AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTATCATACAA
GCTTATTCAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGATTTAAAAA
ATAAATCTATTTACTAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATA
GTTATGACCTTTTGTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAAT
AATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTAAAAAATAAATATGTTTGCTA
AACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
TTGTCATAAAATAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAAAATAATTTATTAA
TATTTGCAAATTAATA
Found at i:12627 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 12595--12627 Score: 50
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
12585 AATAAGTTCA
12595 AATAATTATGACTATTTG
1 AATAATTAT-ACTATTTG
12613 AATAATTAT-CTATTT
1 AATAATTATACTATTT
12628 AAAATCATTA
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
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ACGTcount: A:0.39, C:0.06, G:0.06, T:0.48
Consensus pattern (17 bp):
AATAATTATACTATTTG
Found at i:12816 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 12584--12909 Score: 447
Period size: 181 Copynumber: 1.8 Consensus size: 181
12574 TTTGTTTACC
* * * * *
12584 GAATAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGT
1 GAATAAGTTCAAATAATTATGACCATTTAAACAATCATCTATTTAAAATCATTATGAACTTTTGT
* * *** * *
12649 TTTATCATAAAACAATTGTTTCATT-TCATAAAAGTTTATCCAAAATAAAATAATATTACTTTAT
66 TCTATCATAAAACAATTATTT-ATTGTCATAAAAGCCAATCCAAAATAAAATAATAGTAATTTAT
*
12713 TAATATTTCAAAAATTGAGAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAACCAGTTTATT
130 AAATATTTCAAAAATTGAGAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAACCAGTTTATT
* * * * *
12765 GAATTAGTTCAAATAGTTTTGGCCATTTAAACAATCATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGT
1 GAATAAGTTCAAATAATTATGACCATTTAAACAATCATCTATTTAAAATCATTATGAACTTTTGT
* * *
12830 TCTATCATAAAACAATTATTTTTTGTCATACAAGCCAATTCAAAATAAAATAATAGTAATTTATA
66 TCTATCATAAAACAATTATTTATTGTCATAAAAGCCAATCCAAAATAAAATAATAGTAATTTATA
12895 AATATTTCAAAAATT
131 AATATTTCAAAAATT
12910 AATAAGTAGA
Statistics
Matches: 123, Mismatches: 21, Indels: 2
0.84 0.14 0.01
Matches are distributed among these distances:
180 2 0.02
181 121 0.98
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Consensus pattern (181 bp):
GAATAAGTTCAAATAATTATGACCATTTAAACAATCATCTATTTAAAATCATTATGAACTTTTGT
TCTATCATAAAACAATTATTTATTGTCATAAAAGCCAATCCAAAATAAAATAATAGTAATTTATA
AATATTTCAAAAATTGAGAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAACCAGTTTATT
Found at i:13855 original size:179 final size:181
Alignment explanation
Indices: 13553--14010 Score: 452
Period size: 179 Copynumber: 2.6 Consensus size: 181
13543 TACTAAAGCT
* * * * * * *
13553 ATTAATATTCAA-A-AATTAATAATTAAGAGATTT-AAAAAATGAATTTGTTTACT-GAACAAGT
1 ATTAATATT-AAGACAAATAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAATAAATATGTTTACTCAAATAAGT
* * *
13614 TTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTGAAATTGCTATAACGTTCTGTTTTGTCAA
65 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTGAAATTGCTATAACGTTCTATTTTGTC-A
* * *
13679 TAAATG-ATT-TTTTTGTTCATACAAGCTTATTTC-GATTAAAATAATATAAATAT-
129 TAAA-GAATTGTTTCTATTCAAACAAGCTTA-TTCAGATT-AAATAATATAAAT-TG
* ** * *
13732 ATTAATGTTAAGACACTTAATAAGTAAAGGATTT-AAAAAATAAATATTTTTA-TCAAAT-AGTT
1 ATTAATATTAAGACAAATAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAATAAATATGTTTACTCAAATAAGTT
** * * * * * * *
13794 CAAATCTTTATGACTATTTGAACAAGTATTTATTTTAAATTGTTATGACTTTTTATTTTGTCATA
66 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTGAAATTGCTATAACGTTCTATTTTGTCATA
* *
13859 AAGCAATTGTTTCTATTCAAACAAGCTTATTCAGATTAAATAATTTTAATTG
131 AAG-AATTGTTTCTATTCAAACAAGCTTATTCAGATTAAATAATATAAATTG
*** * *
13911 ATTAATATTTCTACAAATAATGAGTAAAAGATTTAAAAAAATAAATATGTTTACTTAAATAAGTT
1 ATTAATATTAAGACAAATAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAATAAATATGTTTACTCAAATAAGTT
* *
13976 CAAATAGTCATGACTATCTGAACAATTATCTATTT
66 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
14011 CAAAACATTG
Statistics
Matches: 226, Mismatches: 42, Indels: 19
0.79 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
177 1 0.00
178 8 0.04
179 108 0.48
180 71 0.31
181 5 0.02
182 33 0.15
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
ATTAATATTAAGACAAATAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAATAAATATGTTTACTCAAATAAGTT
CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTGAAATTGCTATAACGTTCTATTTTGTCATA
AAGAATTGTTTCTATTCAAACAAGCTTATTCAGATTAAATAATATAAATTG
Found at i:14080 original size:21 final size:21
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Indices: 14039--14081 Score: 61
Period size: 21 Copynumber: 2.0 Consensus size: 21
14029 TTGTTTTGTA
*
14039 ATAAAACAATTGTTTTCATTC
1 ATAAAACAATTGTTCTCATTC
14060 ATAAAACAATTGGTTCT-ATTC
1 ATAAAACAATT-GTTCTCATTC
14081 A
1 A
14082 ACAAGCTTAT
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 1, Indels: 2
0.87 0.04 0.09
Matches are distributed among these distances:
21 16 0.80
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ACGTcount: A:0.40, C:0.14, G:0.07, T:0.40
Consensus pattern (21 bp):
ATAAAACAATTGTTCTCATTC
Found at i:14401 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 14057--15559 Score: 660
Period size: 180 Copynumber: 8.4 Consensus size: 180
14047 ATTGTTTTCA
* * *
14057 TTCATAAAACAATTGGTTCTATTC--AACAAGCTTATTTCGAATAAAACAATATAAATTTATTAA
1 TTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATAT-AATTTATTAA
* * ***
14120 TATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTTTTAAACACGTTCAAATAGT
65 TATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACACGTTCAAATAGT
* * * * * *
14185 TGTGACTATTTGAACAATTATATATTTTAGATCGTTATGA-CATTTTGTTT-
130 TATAACTATTTAAACAATTATATATGTCAAATCGTTATGATC-TTTTGTTTG
* *
14235 TGTCATAAACCAATTGTTTCTATTCATAACAA-CTTATTTGGAA-AAAATAATAGTAATTTATTA
1 T-TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATA-TAATTTATTA
* * * * * *
14298 AAATTCCAAACATTAATTAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAGCGA-GTTTAAAT
64 ATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAAC-ACGTTCAAAT
* *
14362 AGTTATAACTATTTAAATAATTATTTATGTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTG
127 AGTTATAACTATTTAAACAATTATATATGTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTG
* * ** * * *
14416 TTCACAAAACAATTGTTTCTATTAAT-ACAATTTTATTCAAAATAAAATAATACTAACTTATTAA
1 TTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATA-TAATTTATTAA
** *
14480 TATT--AAAAAGTTAATAAGTTGGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATA
65 TATTCCAAAAA-TTAATAAG-TAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACACGTTCAAATA
* ** * * * * * * * * *
14543 GTCATGTCCATTTGAACTATTATCTATTTTAAATCATTTTGA-CTTTT-TCTTT
128 GTTATAACTATTTAAACAATTATATATGTCAAATCGTTATGATCTTTTGT-TTG
* * * * ** * * * *
14595 TATCATAAAATAATTGTTTCTGTTAAT-GCAAAATTATTCT-TATTAAAATAATATTGATCTATT
1 T-TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAACAAGCTTATT-TAGAATAAAATAATA-TAATTTATT
** * * ***
14658 AATACTT-TGAAAATTAATAAG---ACATTTAAAAACTAAATCTATTTTTTAAA-ACAGTTCAAA
63 AATA-TTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAC-GTTCAAA
* * * * * * * *
14718 TAATTATAACTATTTGAATAATTATCTATCTCAAAAT-GTTATGATC-TTTATATC
126 TAGTTATAACTATTTAAACAATTATATATGTC-AAATCGTTATGATCTTTTGTTTG
* * * * * * * *
14772 ATCATAAAA-AATTGTTCCTTTTCAT-ACAAGTTTATTCATATTAAAATAATATCAATTTAATAA
1 TTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATAT-AATTTATTAA
* * * * * *
14835 TATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTT-GCAGAGCTA-GTTTAAAT
65 TATTCCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATCTATTTACCA-AAC-ACGTTCAAAT
* * * * * *
14898 AGTTA-AGACT-GTTAGAACAATTATTTACT-TCAAATCATTCTAACCTTTTGTTTAG
127 AGTTATA-ACTATTTA-AACAATTATATA-TGTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTT-G
* * *
14953 AT-ATAAAACAATTATTTC-AGTTCAT-ACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTA
1 TTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATAACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATA-TAATTTATTA
* ** * * * * ** * *
15015 ACATTTGAAACATTAACGAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAAA-AAGTTAAAA
64 ATATTCCAAAAATTAA-TAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATCTATTTA-CCAAACACGTT--CA
* * * * * *
15078 AATA-TT-TGACTTTTTAAACAATCATTCTAAT-TACTTAAAGTCGTTATGAGCTTCAT-TTTG
124 AATAGTTATAACTATTTAAACAATTA-TAT-ATGT-C--AAA-TCGTTATGATCTT-TTGTTTG
* * * * *
15138 -TCATAAAATAATTGTTTC-AGTTCATAA-AAACTTATCT-GAAATAAAATAATATTACTTAATT
1 TTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATAACAAGCTTATTTAG-AATAAAATAATA-TAATTTATT
* *** * * * * **** *
15199 AATTTTTTGAAAATTAAGAAG---AGATTTAAAAACTAAAACTATTTTTTGAAC-CTATTCAAAT
63 AATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAC-GTTCAAAT
* * * *
15260 AGTTA-AGACTATTTGAACAAATAT-TAATCTCAAATCATTATGATC-TTTGTTT-
127 AGTTATA-ACTATTTAAACAATTATAT-ATGTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTG
* * * ** *
15312 TCTCATAAAAAAATTGTTTTTGA-TCAT-CCAAGCTTATGCAG-ATAAAAATAATACTAATTTAA
1 T-TCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATAACAAGCTTATTTAGAAT-AAAATAATA-TAATTTAT
* * * * * *
15374 TAATATTCCAAAAATTAATAAG---AGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCTAAA-ACCAATTCAA
62 TAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACA-C-GTTCAA
* * * * * * * * * *
15435 ATAGTTA-AGAGTA-TTAGAATAATTATCTATTTTTAAATTGTTCTGACCTATTGTTTA
125 ATAGTTATA-ACTATTTA-AACAATTATATA-TGTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTG
* * * *
15492 TTCATATAATAATTGTTT-TAGTTCAT-ACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTA
1 TTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATAACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATA-TAATTTATTA
15555 ATATT
64 ATATT
15560 TATTTATTTC
Statistics
Matches: 1026, Mismatches: 215, Indels: 167
0.73 0.15 0.12
Matches are distributed among these distances:
174 4 0.00
175 61 0.06
176 100 0.10
177 95 0.09
178 31 0.03
179 198 0.19
180 256 0.25
181 174 0.17
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183 8 0.01
184 5 0.00
185 63 0.06
186 13 0.01
187 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (180 bp):
TTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATATAATTTATTAAT
ATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACACGTTCAAATAGTT
ATAACTATTTAAACAATTATATATGTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTG
Found at i:16179 original size:177 final size:178
Alignment explanation
Indices: 15588--16203 Score: 411
Period size: 181 Copynumber: 3.4 Consensus size: 178
15578 ATGACCATTT
* * * * * * * * *
15588 GTTCAAACAATTAAGACTATATGAACAGTTATTTAT-TTCAAATTGTTAAGACCTTTTGTTTTGG
1 GTTCAAATAGTTAAGACTATATAAACAATTATCTATGTT--AATCGTTATGACCTTTTGTTTAGT
* * ** * *
15652 CATAAAACAATTGTTTTGGTTAAG-ATAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
64 CATAAAACAATTGTTTT-GTT-TGTATAAGCTTATTCTGATTAAAATAATACTAATTTAATAATA
* * * * * *
15716 -TTTAGCAAATTAAT-TCGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-CTATA-TCA
127 TTTTA-AAAATTAATAAC-CAAGAAAATTAAAAAA-AAATCTAATTATCTA-ACT-A
* ** * * * * * *
15769 TTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATCTAT-TTCAAATCGTTATAACTTTTTATTTCA-
1 GTTCAAATAGTTAAGACTATATAAACAATTATCTATGTT--AATCGTTATGACCTTTTGTTT-AG
* * * ** ** * * * *
15832 TAATCAAACAATTGGTTCTGTTCATACT-ATTTTATT-TGAAATATAATAATGCTAATTTGATAA
63 TCATAAAACAATT-GTTTTGTTTGTA-TAAGCTTATTCTG-ATTAAAATAATACTAATTTAATAA
* *
15895 TATTTTGAAACTTAATAACCAAGAAAATTAAAAAAAAATCTAATTATCTAACTA
125 TATTTTAAAAATTAATAACCAAGAAAATTAAAAAAAAATCTAATTATCTAACTA
** *
15949 GTTCAAATAGTTAAGACTATATAAATGATTATCTATGTTAATTGTTATGACCTTTCT-TTT-GTC
1 GTTCAAATAGTTAAGACTATATAAACAATTATCTATGTTAATCGTTATGACCTTT-TGTTTAGTC
* *
16012 GTAAAATAATTGTTTTGTTTGTATAAGCTTATTCTGATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTT
65 ATAAAACAATTGTTTTGTTTGTATAAGCTTATTCTGATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTT
* * * * ** *
16077 TAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAATAAAT-TTGTTA-CTGAA-TT
130 TAAAAATTAATAACCAAGAAAATTAAAAAAAAATCTAATTATCT-AACTA
* *
16124 GTTTCAAATGGTTAAGACTAT-TAGAACAATTATCTAT-TTGAAATCGTTTTGACCTTTTGTTTA
1 G-TTCAAATAGTTAAGACTATATA-AACAATTATCTATGTT--AATCGTTATGACCTTTTGTTTA
16187 GTCATAAAACAATTGTT
62 GTCATAAAACAATTGTT
16204 CCAGTTCATA
Statistics
Matches: 340, Mismatches: 74, Indels: 45
0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
175 8 0.02
176 37 0.11
177 85 0.25
178 26 0.08
179 16 0.05
180 43 0.13
181 116 0.34
182 9 0.03
ACGTcount: A:0.39, C:0.09, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (178 bp):
GTTCAAATAGTTAAGACTATATAAACAATTATCTATGTTAATCGTTATGACCTTTTGTTTAGTCA
TAAAACAATTGTTTTGTTTGTATAAGCTTATTCTGATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTT
AAAAATTAATAACCAAGAAAATTAAAAAAAAATCTAATTATCTAACTA
Found at i:16439 original size:158 final size:156
Alignment explanation
Indices: 16143--16454 Score: 346
Period size: 158 Copynumber: 2.0 Consensus size: 156
16133 GGTTAAGACT
* * * *
16143 ATTAGAACAATTATCTATTTGAAATCGTTTTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTCCAG
1 ATTAGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTCAAG
* * * *
16208 TTCATACAAGCTTATTTAGAATAAATTAATAATAATTTATTAGCATTCAAAAAATTAATGAGAAA
66 TTAATACAAGCTTATTGAGAATAAAATAATAATAATTTATTAGCATTCAAAAAATTAATAAGAAA
* *
16273 GATATTTAAAAAAATAAGTTTGTTTACC
131 AATATTT--AAAAATAAATTTGTTTACC
* * * * * *
16301 ATTAGAATAATTGTCTATTTAAAATTGTTATAACTTTTTGATTT-GTCATAAAATAATTGTTTAA
1 ATTAGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATAACCTTTTG-TTTAGTCATAAAACAATTGTTCAA
* * **
16365 GTTAATACAAGCTTAGTTGA-AATAAAATAATATTAATTTATT-GATATCTCCTAAAA-TAATAA
65 GTTAATACAAGCTTA-TTGAGAATAAAATAATAATAATTTATTAG-CAT-TCAAAAAATTAATAA
16427 GAAAAA-ATTTTAAAAATAAATTTGTTTA
127 GAAAAATA-TTTAAAAATAAATTTGTTTA
16455 TCGAATCAAT
Statistics
Matches: 129, Mismatches: 20, Indels: 12
0.80 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
156 16 0.12
157 2 0.02
158 99 0.77
159 12 0.09
ACGTcount: A:0.43, C:0.08, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (156 bp):
ATTAGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTCAAG
TTAATACAAGCTTATTGAGAATAAAATAATAATAATTTATTAGCATTCAAAAAATTAATAAGAAA
AATATTTAAAAATAAATTTGTTTACC
Found at i:17173 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 16986--17311 Score: 451
Period size: 181 Copynumber: 1.8 Consensus size: 180
16976 CATTTATCGG
* * ** **
16986 ACAAATTCAAATAGTTATGACGATTTGAAGAATTAACTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTT
1 ACAAATTCAAATAGTTATGACGATTTAAACAATTAACTATCGAAAATCATTATGACCTTTCATTT
*
17051 TGACATAAAACATTGTTT-AGTTCATA-ATAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTCTTAA
66 TGACA-AAAACA-TGTTTCAGTTCATACA-AGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
*
17114 TATTTC-AAAAATTAATAAACAAGAGTTTAAAAAAATTAAATATTTTTACCAAA
128 TA-TTCGAAAAACTAATAAACAAGAGTTTAAAAAAATTAAATATTTTTACCAAA
* ** *
17167 ACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTGTCTATCGAAAATCGTTATGACCTTTCATTT
1 ACAAATTCAAATAGTTATGACGATTTAAACAATTAACTATCGAAAATCATTATGACCTTTCATTT
* * * *
17232 TGTCACAAACATGTTTCAGTTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
66 TGACAAAAACATGTTTCAGTTCATACAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
17297 TCGAAAAACTAATAA
131 TCGAAAAACTAATAA
17312 TTAAGTGGAT
Statistics
Matches: 126, Mismatches: 16, Indels: 7
0.85 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
179 8 0.06
180 58 0.46
181 60 0.48
ACGTcount: A:0.44, C:0.12, G:0.07, T:0.37
Consensus pattern (180 bp):
ACAAATTCAAATAGTTATGACGATTTAAACAATTAACTATCGAAAATCATTATGACCTTTCATTT
TGACAAAAACATGTTTCAGTTCATACAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
TCGAAAAACTAATAAACAAGAGTTTAAAAAAATTAAATATTTTTACCAAA
Found at i:18996 original size:182 final size:179
Alignment explanation
Indices: 16734--19638 Score: 1163
Period size: 179 Copynumber: 16.2 Consensus size: 179
16724 TTATTCGTTA
* * * * *
16734 AAAATAATATTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAG---AG-ATTTAAAAAAGAAATTTAT
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAGAATTTAAAAAATAAATATGT
* * * * * * *
16795 TTATCGAACCCAGTTCAAAGAGTTAAAACTAT-TAGAATAATTATCTATTTTAAAATCATTCTAA
66 TTATCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATAACTATCTA-AACAATTATCTA-TTTCAAATCATTATGA
* * * * * **
16859 ACCTTTTGTTTAGTCATAAAATATTTG-TTC-ATATCTTACATGCTTATTTGGAAT
128 ACCTTTTGTTTTG-CATAAAATAATTGTTTCTAT-TCATAAAAG-TT-TTTCAAAT
* * *
16913 AAAATAAT-CTCAATTTATTAAAATTTGAAAAATTAATAAGCAAA-ATATTTGAAAAAATAAAT-
1 AAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAGA-ATTT-AAAAAATAAATA
* * * * * * * * * *
16975 TCATTTATCGGACAAATTCAAATAGTTATGACGATTTGAAGAATTAACTATTTAAAATCATTATG
63 T-GTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATCTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * *
17040 -ACCTTTTGTTTTGACATAAAA-CATTG-TT-TAGTTCATAATAGCTTATCCAAAAT
127 AACCTTTTGTTTTG-CATAAAATAATTGTTTCTA-TTCATAAAAG-TTTTTC-AAAT
* *
17093 AAAATAATACTAATTTCTTAATATTTCAAAAATTAATAA--ACAAGAGTTTAAAAAAATTAAATA
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA-AAGAATTT-AAAAAA-TAAATA
* * * * * * * *** *
17156 TTTTTACCAAAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTGTCTATCGAAAATCGTTATG
63 TGTTTATC-GAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATCTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
** * * *
17221 -ACCTTTCATTTTGTCA-CAAA-CA-TGTTTC-AGTTCATACAAGTTTATTCAAAAT
127 AACCTTTTGTTTTG-CATAAAATAATTGTTTCTA-TTCATAAAAGTTT-TTC-AAAT
* * * * * *
17273 AAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCGAAAAACTAATAATTAAGTGGATTTAAAAAAGT-CATC
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAA-AGAATTTAAAAAA-TAAATA
* * * ** * * * *
17336 TATTTA-CCAAGTC-AGTTCAAATAAATTATGGCCATTTCAATAATTATCTATTTTCAAATCATT
63 TGTTTATCGAA--CAAGTTCAAAT-AGTTATAACTATCTAAACAATTATCTA-TTTCAAATCATT
* * * * *
17399 AT-TACCTTTTTGTTTGGTCATTAATAAT-ATTGTTT-TGATT-GTATAAGTTTTATTCAGAT
124 ATGAACC-TTTTGTTTTG-CA-TAA-AATAATTGTTTCT-ATTCATAAAAG-TTT-TTCAAAT
* *
17458 AAAATAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAAGT-AAGAGATTT-ACAAATAAATAT
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-AAGTAAAGA-ATTTAAAAAATAAATAT
* * ** * * * * * * *
17521 GTTTACCAAATTAGTTAAAATAGTTATGAACTATTTGAACAATTGTATACTTCAAATTATTAT-A
64 GTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTAT-AACTATCTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
* * * ** *
17585 ACCTTTTGTTCTAT-CATAAAACAATTATTTTTATTCATCTAAGCTATTTTGAAAT
128 ACCTTTTGTT-T-TGCATAAAATAATTGTTTCTATTCATAAAAG-T-TTTTCAAAT
* * * *
17640 -AAATAATACT-ATATAATAATAATTTCAAAAATTAATAACT-ATGAGATTTAAAAAATAAA-AT
1 AAAATAATACTAATTTATTAAT-ATTTCAAAAATTAATAAGTAAAGA-ATTTAAAAAATAAATA-
* ** * * * * * *
17701 TGTCTGCCAAACTAGTTCAAATAAGTTA-AGACTATATGAACAATTAACTAATTT-TAA--A-T-
63 TGTTTATCGAACAAGTTCAAAT-AGTTATA-ACTATCTAAACAATTATCT-ATTTCAAATCATTA
** * * *
17760 TG--GTTTTTGTTTTGCCATAAAACAATT-TTTACAATTCATAATAGCTTATTT-AGAAT
125 TGAACCTTTTGTTTTG-CATAAAATAATTGTTT-CTATTCATAAAAG-TT-TTTCA-AAT
* ** *
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1 AAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAGA-ATTTAAAAAATAAATAT
* * * * * ** * *
17875 GTTTACCTAACCA-TTCAAATAATTATGACTAT-TTGACAATTATCTATTTCATATCCTTATG-A
64 GTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATCTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAA
** * * * * * *
17937 CCTTTTGTTTTGTTGTAAAATAAATATTTTTGTTTATATAAGTTTGTTCAAAAT
129 CCTTTTGTTTTG-CATAAAATAATTGTTTCTATTCATAAAAGTTT-TTC-AAAT
* * * * *
17991 AAAAAAATACTAATCTAATT-ATAATTATTAAAAATTAATAAG---AGATTTTAAAAAATAAATT
1 AAAATAATACTAAT-TTATTAAT-ATT-TCAAAAATTAATAAGTAAAGAATTTAAAAAATAAATA
* * * * * ** * **
18052 TATTTATCAAACCAGTTC-AATAGTTATAACTATTTGAGGAATTATTTATTTCAAATTGTTATG-
63 TGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATCTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
* * * * **
18115 ACCTTTTATCTAT-CA-AATAAT-ATAGTTTCTATTCATACAAGCTTATTT-GGAT
128 ACCTTTTGT-TTTGCATAA-AATAATTGTTTCTATTCATAAAAG-TT-TTTCAAAT
** * ** *
18167 AAAATAATACTAA-TTATT-ATATTTTGATAATTAATAAGTAAA-AATTTTTTAAAAT-AATATA
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAGAA-TTTAAAAAATAAATATG
* * ** * * * * * * * *
18228 TTTACCAAACTTTGATTCAAATAGTCATGACTATGTGAATAAATATCAATTTCAAACCATTATG-
65 TTTATCGAAC-AAG-TTCAAATAGTTATAACTATCTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
* * * * * *
18292 ATCTTTTCTTTTGTCATAAAAAAATATG-TT-TAGTTCATATAAAATTATCCGAAAT
128 ACCTTTTGTTTTG-CATAAAATAAT-TGTTTCTA-TTCATA-AAAGTTTTTC-AAAT
* * * *
18347 AAAGTAATACT-ATGTTATT-ATATTTTAAAAAATTAATAATTAATAG-ATTT-AAAAATGAATA
1 AAAATAATACTAAT-TTATTAATA-TTTCAAAAATTAATAAGTAA-AGAATTTAAAAAATAAATA
* * * * * *
18408 TATTTACCCGAACAAG-TCTAAATAATTATAATTATCTTTCAAACAATTATCTCTGTTTGAAATC
63 TGTTTA-TCGAACAAGTTC-AAATAGTTATAACTATC--T-AAACAATTA--TCTATTTCAAATC
* ** * * * *
18472 ACTAT-AACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAGTTTTTTTTTTTATATTTATATCAAGCTTATTTCAA
121 ATTATGAACCTTTTGTTTTG-CAT-AAAA---TAATTGTTTCTATTCATA-AAAG-TT-TTTCAA
18536 AT
178 AT
18538 AAAATAATAC-AA---ATT--TA---C---AATTAATTAAGTAAA-AGATTT-AAAAATAAAT-T
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA-TAAGTAAAGA-ATTTAAAAAATAAATAT
* * * * * * ** **
18588 GTTTATTGAAGCAAGTTCAAAT-TTTATGACTATTTGAACAATT-TTTATTTTTAATTGTTATG-
64 GTTTATCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATAACTATCTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
* * * * * *
18650 ACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTAATT-AT-ATAGCTTATAT-AGATT
128 ACCTTTTGTTTTG-CATAAAATAATTGTTTCT-ATTCATAAAAG-TT-TTTCA-AAT
* * *
18704 AAAATAATATTAATTTATTAATATTTCATAAA-TAATAAGTAAAG-ATTTAAAAAATAAATATGC
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAGAATTTAAAAAATAAATATGT
* * * * *
18767 TTATTGAACAAGTTCAAATAGTTCATAGACTAT-TCAAATATTTATCTATTTTAAATCATTGTGA
66 TTATCGAACAAGTTCAAATAGTT-ATA-ACTATCT-AAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
* * *
18831 ACCATTTT-TTTTGCAATAAAATGATTGTTTCAATTTATATAAAGTTTCTTCAAAT
128 ACC-TTTTGTTTTGC-ATAAAATAATTGTTTCTATTCATA-AAAGTTT-TTCAAAT
* * * *
18886 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAGTGAGTAAGAGAATTAAAAAAATGAATATG
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AGAATTTAAAAAATAAATATG
* * * *
18951 TTTAACGAACATGTTCAAATAGTT-TTACTATCTAAACAATTATCTA-TTCAAATTATTATGAA-
65 TTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATCTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAAC
* * * ** *
19013 CTTTTGTTTTGTGATAAAACAATTAGTTT-TGTTCATGCAAGCTTATTTGAAAT
130 CTTTTGTTTTG-CATAAAATAATT-GTTTCTATTCATAAAAG-TT-TTTCAAAT
*
19066 AAAAT-ATA-TAAATTTATTAATATTTC-AAATTTAATAAGTAAA-AATTTAAAAAATAAATATG
1 AAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAGAATTTAAAAAATAAATATG
* * * * * *
19127 TTT-TCTAAACACGTTCAAATAGTTATAACTATCTGAAGAATTATCTCTTTCAAGTCATTATG-A
65 TTTATC-GAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATCTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAA
* * *
19190 CCTTTTTGTTTTGTCATAAATTAATTGTTTCTATTCATAAAAGCCTATTCAGAAT
129 CC-TTTTGTTTTG-CATAAAATAATTGTTTCTATTCATAAAAG-TTTTTCA-AAT
* * * *
19245 AAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCCAAAAATTATTATA-TAAA-AGATTT-AAAAATAAATT
1 -AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA-AGTAAAGA-ATTTAAAAAATAAATA
* * * * * * * **
19307 TATTTATTGAGCCAAGTTTAAATAG-----ACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTAT-
63 TGTTTATCGA-ACAAGTTCAAATAGTTATAACTATCTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * * * * *
19366 TATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTCCATTCATACAATTTTATTCGAAAC
127 AACCTTTTGTTTTG-CATAAAATAATTGTTTCTATTCATAAAAGTTT-TTC-AAAT
* * ** *
19421 AAAATAATACTAATATATTAATA-TTCTAAAATTAATAAGT-TGGAGATTTAAAAAATAAATTTG
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAGA-ATTTAAAAAATAAATATG
* * *** * * * *
19484 TTGATCGAACAAGTTCAAATAGTCATGTTTATTTGAACTATCATCTATTTCAAATCATTATGATA
65 TTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATCTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-A
* * * * *
19549 --TTTTGTTGT-CATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTAAGAAT
129 CCTTTTGTTTTGCATAAAATAATTGTTTCTATTCATA-AAAGTTTTTCA-AAT
* *
19599 AAAGTAATACTAATTTTTTAATATTTCAAAAATTAATAAG
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
19639 AGATTTAAAA
Statistics
Matches: 2093, Mismatches: 423, Indels: 420
0.71 0.14 0.14
Matches are distributed among these distances:
165 1 0.00
166 19 0.01
167 2 0.00
168 8 0.00
169 7 0.00
170 14 0.01
171 13 0.01
172 49 0.02
173 32 0.02
174 60 0.03
175 115 0.05
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178 171 0.08
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181 266 0.13
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189 1 0.00
190 11 0.01
191 18 0.01
192 2 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (179 bp):
AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAGAATTTAAAAAATAAATATGT
TTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATCTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACC
TTTTGTTTTGCATAAAATAATTGTTTCTATTCATAAAAGTTTTTCAAAT
Found at i:19199 original size:179 final size:171
Alignment explanation
Indices: 18556--19219 Score: 483
Period size: 176 Copynumber: 3.7 Consensus size: 171
18546 ACAAATTTAC
* *
18556 AATTAATTAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAAT-TGTTTAT-TGAAGCAAGTTCAAAT-TTTATGA
1 AATTAA-TAAGTAAAA-ATTTAAAAAATAAATATGTTT-TCTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATAA
* * * ** **
18617 CTATTTGAACAATT-TTTATTTTTAATTGTTATGA-CTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
62 CTATCT-AAAAATTATCT-TTTCAAATCATTATGACCTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * *
18680 TTAATTATATAGCTTATATAGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCA
125 TT--TTATA-AGCTTATTTA-AATAAAAT-ATATAAATTTATTAATATTTCA
* * *
18732 TAAATAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATATGCTTAT-TGAACAAGTTCAAATAGTTCATAGA
1 -AATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATATG-TTTTCTGAACAAGTTCAAATAGTT-ATA-A
* * * * **
18796 CTAT-TCAAATATTTATCTATTTTAAATCATTGTGAACCATTTT-TTTTG-CAATAAAATGATTG
62 CTATCT-AAA-AATTATCT-TTTCAAATCATTATG-ACCTTTTTGTTTTGTC-ATAAAACAATTG
* * *
18858 TTTCAATTTATATAAAGTTTCTTCAAATAAAATA-ATACTAATTTATTAATATTTCAAA
122 TTT---TTT-TAT-AAGCTTATTTAAATAAAATATATA--AATTTATTAATATTTC--A
* * * * * * *
18916 AATTAGTGAGTAAGAGAATTAAAAAAATGAATATGTTTAAC-GAACATGTTCAAATAGTT-TTAC
1 AATTAATAAGTAA-A-AATTTAAAAAATAAATATGTTT-TCTGAACAAGTTCAAATAGTTATAAC
* * * *
18979 TATCTAAACAATTATCTATTCAAATTATTATGAAC-TTTTGTTTTGTGATAAAACAATTAGTTTT
63 TATCTAAA-AATTATCTTTTCAAATCATTATGACCTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTT
*
19043 GTTCATGCAAGCTTATTTGAAATAAAATATATAAATTTATTAATATTTCA
126 -TTTAT--AAGCTTATTT-AAATAAAATATATAAATTTATTAATATTTCA
* *
19093 AATTTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTTCTAAACACGTTCAAATAGTTATAACTA
1 AA-TTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTTCTGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTA
* * **
19158 TCTGAAGAATTATCTCTTTCAAGTCATTATGACCTTTTTGTTTTGTCATAAATTAATTGTTT
65 TCT-AAAAATTATCT-TTTCAAATCATTATGACCTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
19220 CTATTCATAA
Statistics
Matches: 386, Mismatches: 63, Indels: 75
0.74 0.12 0.14
Matches are distributed among these distances:
175 5 0.01
176 65 0.17
177 34 0.09
178 39 0.10
179 57 0.15
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181 38 0.10
182 44 0.11
183 21 0.05
184 7 0.02
185 33 0.09
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.43
Consensus pattern (171 bp):
AATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTTCTGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTAT
CTAAAAATTATCTTTTCAAATCATTATGACCTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTTTAT
AAGCTTATTTAAATAAAATATATAAATTTATTAATATTTCA
Found at i:20941 original size:525 final size:528
Alignment explanation
Indices: 19883--20941 Score: 1077
Period size: 525 Copynumber: 2.0 Consensus size: 528
19873 TGTTTAGTCC
* * * *
19883 ATAAAATAGATTGTTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACA
1 ATAAAATAGATTGTTTTCAGTTCATACAAGCATATTAGAAATAAAATAATACTAATTTAATAACA
* * * *
19948 TTTAGAAAAATTTATACACAAGAAATTTTAAAAAAATAAATATGTTTACGGGGTAAGTTTAAATA
66 TTTACAAAAATTAATACACAAGAAATTTTAAAAAAATAAATATGTTTA-GGGGAAAGTTTAAACA
* * * * * *
20013 GTTATGACTTTTTGAATAATTATCTATTTAAAATAAATGTACCATTTGGTTTATCATAAAATAAT
130 ATTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTAAAATAAATGTACCATTTGGTTTATCATAAAACAAT
* * *
20078 TGTTTCAGTTCATAAAAGTTTATCTGAAATAAAATAATACTATTTTATTAATAGTTCAAAATTGA
195 TGTTTCAGTTCATAAAAGTTTATCTAAAATAAAATAATACTATATTATTAATAGTTCAAAATTAA
* * *
20143 TAAGCTAGAAATTTAAAAAATAAGTCAATTTATCAAATCAATTCAAATAACTATTGCCTTTCAAA
260 TAAGCTAGAAATTTAAAAAATAAATCAATTTACCAAATCAATTCAAATAACTATGGCCTTTCAAA
* * *
20208 TAATTATCTGTTTCAAATCATTACAAACTTTTGTTTGTCATAAACAATTCGTTTTCATCATATAA
325 TAATTATCTATTTCAAATCATTACAAACTTTTGTTTGTCATAAACAATTAGTTTTCATCATACAA
** *
20273 GCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAGTAATTTGTAGGAGATTTAAA
390 GCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAGTAATAAGTAGAAGATTTAAA
* ** * **
20338 AATAAATCTATTTACTATATTAGTTCCTATTTGAAACATTATCTACTTCAAATCGTTATAACCTT
455 AATAAATCTATTTACTAAATTAGTT-CTAAATGAAACATTAACTACTTCAAATAATTATAACCTT
** *
20403 TTATTCTATT
519 CAAATCTATT
* *
20413 ATAAAATA-ATT-TTTTCAGTTCATATAAGCATATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTAATAAT
1 ATAAAATAGATTGTTTTCAGTTCATACAAGCATATT-AGAAATAAAATAATACTAATTTAATAAC
* * **
20475 ATTT-CAAAAATTAATA-ACTAAGAGA-TTT-AAAAAATAAATCTGTTT-GTTGAAGCAGTTTAA
65 ATTTACAAAAATTAATACAC-AAGAAATTTTAAAAAAATAAATATGTTTAGGGGAA--AGTTTAA
* * ** * *
20535 ACAATTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG-ACTTTTTGTTTTGTCATAAA
127 ACAATTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTAAAAT-A-AATGTACCATTTGGTTTATCATAAA
* * *
20599 ACAATTGTTTCAGTTCAT-AATGCTTGT-TC-AAAATTAAATAATATTA-ATTATTAATA-TTCT
190 ACAATTGTTTCAGTTCATAAAAG-TT-TATCTAAAATAAAATAATACTATATTATTAATAGTTC-
** ** * *
20659 AAAAATTAATAAG-TAAGTGATTTAAAAAATAAATCCGTTTACCAAATCAGTTCAAATAATTATG
252 -AAAATTAATAAGCT-AGAAATTTAAAAAATAAATCAATTTACCAAATCAATTCAAATAACTATG
** ** ** *
20723 GCCATTTTCAAA-AATTATCTATTTCAAAAATTGTTATTATGTTTTGTTTGTCATGTAACAATTA
315 GCC--TTTCAAATAATTATCTATTTC--AAATCATTACAAACTTTTGTTTGTCAT-AAACAATTA
* * * * * *
20787 TTTTTTATCATACAAGTTTATTC-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATCTTTAAAAATTTAA
375 GTTTTCATCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAA-GTAA
* **
20851 TAAGTATAAGATTTAACAAATAAATCTATTTA-TCAAATTAGTT-TAAAT-AATTA-TAACTA-T
438 TAAGTAGAAGATTTAA-AAATAAATCTATTTACT-AAATTAGTTCTAAATGAAACATTAACTACT
**
20911 TTGAATAATTATATA-CTTCAAATC-ATT
501 TCAAATAATTATA-ACCTTCAAATCTATT
20938 ATAA
1 ATAA
20942 CCTTGTGTTA
Statistics
Matches: 434, Mismatches: 74, Indels: 47
0.78 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
523 6 0.01
524 10 0.02
525 131 0.30
526 71 0.16
527 32 0.07
528 72 0.17
529 65 0.15
530 24 0.06
531 23 0.05
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (528 bp):
ATAAAATAGATTGTTTTCAGTTCATACAAGCATATTAGAAATAAAATAATACTAATTTAATAACA
TTTACAAAAATTAATACACAAGAAATTTTAAAAAAATAAATATGTTTAGGGGAAAGTTTAAACAA
TTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTAAAATAAATGTACCATTTGGTTTATCATAAAACAATT
GTTTCAGTTCATAAAAGTTTATCTAAAATAAAATAATACTATATTATTAATAGTTCAAAATTAAT
AAGCTAGAAATTTAAAAAATAAATCAATTTACCAAATCAATTCAAATAACTATGGCCTTTCAAAT
AATTATCTATTTCAAATCATTACAAACTTTTGTTTGTCATAAACAATTAGTTTTCATCATACAAG
CTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAGTAATAAGTAGAAGATTTAAAA
ATAAATCTATTTACTAAATTAGTTCTAAATGAAACATTAACTACTTCAAATAATTATAACCTTCA
AATCTATT
Found at i:21027 original size:181 final size:178
Alignment explanation
Indices: 20364--21054 Score: 642
Period size: 181 Copynumber: 3.8 Consensus size: 178
20354 ATATTAGTTC
* * * * *
20364 CTATTTGAAACATTATCTACTTCAAATCGTTATAACCTTTTATTCTATTATAAAATAATT-TTTT
1 CTATTTGAAA-ATTATCTACTTCAAATCATTATAACCTTTTGTT-TGTCATAAAACAATTATTTT
* * * *
20428 CAGTTCATATAAGCATATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAC
64 -AGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTT-AAAAATTAATAAG
* ** * *
20493 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTGTTGAAGCAGTTTAAACAATTA-AGA
127 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAATCAGTTTAAATAATTATA-A
* * * * * *
20545 CTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
1 CTATTTGAA-AATTATCTACTTCAAATCATTATAACCTTTTG-TTTGTCATAAAACAATTATTTT
* * * * *
20610 AGTTCATA-ATGCTTGTTCAAAATTAAATAATATTAA-TTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGT
64 AGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATT-TAAAAATTAATAAGT
* * * * **
20673 AAGTGATTTAAAAAATAAATCCGTTTACCAAATCAGTTCAAATAATTATGG
128 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAATCAGTTTAAATAATTATAA
* * * ** * ** **
20724 CCATTTTCAAAAATTATCTATTTCAAAAATTGTTATTATGTTTTGTTTGTCATGTAACAATTATT
1 CTA-TTT-GAAAATTATCTACTTC--AAATCATTATAACCTTTTGTTTGTCATAAAACAATTATT
* * * * *
20789 TT-TTATCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATCTTTAAAAATTTAATA
62 TTAGT-TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTAAAAA-TTAATA
* * *
20853 AGTATA-AGATTTAACAAATAAATCTATTTATCAAATTAGTTTAAATAATTATAA
125 AGTA-AGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAATCAGTTTAAATAATTATAA
* *
20907 CTATTTGAATAATTATATACTTCAAATCATTATAACCTTGTGTTATGTCATAAAACAATTATTTT
1 CTATTTGAA-AATTATCTACTTCAAATCATTATAACCTTTTGTT-TGTCATAAAACAATTATTTT
* * * * * *
20972 TGTTCATACAAGTTTATTC-AAATAAAATAATAGTAATATAATAATATTCTAAAAATTAATGACT
64 AGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATT-TAAAAATTAATAAGT
*
21036 GAGAGATTT-AAAAATAAAT
128 AAGAGATTTAAAAAATAAAT
21055 TTATTTGCCA
Statistics
Matches: 412, Mismatches: 79, Indels: 40
0.78 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
179 74 0.18
180 92 0.22
181 121 0.29
182 63 0.15
183 61 0.15
184 1 0.00
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.07, T:0.41
Consensus pattern (178 bp):
CTATTTGAAAATTATCTACTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTGTCATAAAACAATTATTTTAG
TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTAAAAATTAATAAGTAAG
AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAATCAGTTTAAATAATTATAA
Done.