Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019168411.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_626, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 21287
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Found at i:673 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 650--704 Score: 69
Period size: 18 Copynumber: 3.1 Consensus size: 18
640 TGACAAAACA
*
650 AAATATCATAACGATTTG
1 AAATATCATAACTATTTG
*
668 AAATAT-ATAACTA-TTC
1 AAATATCATAACTATTTG
684 AAATAGTCATAACTATTTG
1 AAATA-TCATAACTATTTG
703 AA
1 AA
705 CTTGCTCGGT
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 3, Indels: 5
0.79 0.08 0.13
Matches are distributed among these distances:
16 7 0.23
17 7 0.23
18 13 0.42
19 4 0.13
ACGTcount: A:0.47, C:0.11, G:0.07, T:0.35
Consensus pattern (18 bp):
AAATATCATAACTATTTG
Found at i:1054 original size:529 final size:529
Alignment explanation
Indices: 400--1367 Score: 1229
Period size: 529 Copynumber: 1.8 Consensus size: 529
390 TTCAAAATAG
* ** * *
400 TAATAAATTGTTATTATTTTATTCTAAATAATTTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATAACAA
1 TAATAAATTGATATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGAATGAACAGAAACAATTATTTTATAACAA
* * *
465 AACAAAATGTCATAACGATTTGAAATGAATAACAGTTCAAATGGACATAACTATTTGAACTTGTT
66 AACAAAATGTCATAACGATTTAAAATGAATAACAGTTCAAATAGACATAACTAATTGAACTTGTT
* * **
530 TGCGTAAACAGATT-TATTTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTTAGAATAATAATAAATTAGTG
131 TG-GCAAACAGATTATATTTTTAAATCTCTAACTCATTAATTTTTAGAATAATAATAAATTAGAA
* * *
594 TTATTTTATTCCAAATAAAATTGTATGAA-TAGAAATAACTATTTTATGACAAAACAAAATATCA
195 TTATTTTATTCCAAATAAAATTATATGAACT-GAAACAACTATTTTAT-ACAAAACAAAAGATCA
* * *
658 TAACGATTTGAAATATATAACTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGCTCGGTAAATAGAT
258 CAACGATTTGAAATAGATAACTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGCTCGGTAAACAGA-
* *
723 TTATTATTTAAATCTTTTACTCATTAATT-T-AAAATATTAATAAA-TAGTATTATTTTATTCCA
322 TT-TT-TTTAAATCTTTTACTCATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCA
* * * **
785 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAA-TTGTTTATGACAAAACAAATTGTCATAATGATTTGAAAT
385 AATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTTGTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAAT
849 AGATAATTGTTCAAATGACTATTTGAAACATGTTCAGAAACGTATTTATTTTTAAATTTTTTCTT
450 AGATAATTGTTCAAATGACTATTTGAAACATGTTCAGAAACGTATTTATTTTTAAATTTTTTCTT
914 ATTAATTTGGAATTT
515 ATTAATTTGGAATTT
* *
929 TAATAAATT-ATATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGCAATGAACA-AAACCAATTATTTTATGAT
1 TAATAAATTGATATTATTTTATTCTAAATAAGCTTG-AATGAACAGAAA-CAATTATTTTATAAC
* * * * * *
992 AAAAC-AAATGGTCATAATGTTTTAAAAT-AGATAATTA-TTTAGATAGTCATAACTAATTGAAC
64 AAAACAAAAT-GTCATAACGATTTAAAATGA-ATAA-CAGTTCAAATAGACATAACTAATTGAAC
* * * * **
1054 TTGTTTGGCAAACAGATTCATTTTTTTAATTCTCTCACTCATTAATTTTTAGGATGTTAATAAAT
126 TTGTTTGGCAAACAGATT-ATATTTTTAAATCTCTAACTCATTAATTTTTAGAATAATAATAAAT
* ** * * * * *
1119 TAGAATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATTAACTGAAACAATTGTTTTATATAAAACAAAAGG
190 TAGAATTATTTTATTCCAAATAAAATTATATGAACTGAAACAACTATTTTATACAAAACAAAAGA
* * * * * *
1184 TCACAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATGATTATTTGAACTTGTTCGGTAAACA
255 TCACAACGATTTGAAATAGATAACTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGCTCGGTAAACA
* * *
1249 TATTTTTTTAAGTCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCA
320 GATTTTTTTAAATCTTTTACTCATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCA
* *
1314 AATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTTTTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAA
385 AATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTTGTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAA
1368 CAATTTTGTT
Statistics
Matches: 369, Mismatches: 58, Indels: 23
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
526 21 0.06
527 3 0.01
528 57 0.15
529 184 0.50
530 103 0.28
531 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (529 bp):
TAATAAATTGATATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGAATGAACAGAAACAATTATTTTATAACAA
AACAAAATGTCATAACGATTTAAAATGAATAACAGTTCAAATAGACATAACTAATTGAACTTGTT
TGGCAAACAGATTATATTTTTAAATCTCTAACTCATTAATTTTTAGAATAATAATAAATTAGAAT
TATTTTATTCCAAATAAAATTATATGAACTGAAACAACTATTTTATACAAAACAAAAGATCACAA
CGATTTGAAATAGATAACTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGCTCGGTAAACAGATTTT
TTTAAATCTTTTACTCATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAG
CTTGTATGAACAAAAACAATTTGTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAA
TTGTTCAAATGACTATTTGAAACATGTTCAGAAACGTATTTATTTTTAAATTTTTTCTTATTAAT
TTGGAATTT
Found at i:1179 original size:352 final size:349
Alignment explanation
Indices: 383--1373 Score: 908
Period size: 348 Copynumber: 2.8 Consensus size: 349
373 TTAAATCCTT
* * * * ** *
383 ATTAATTTTCAAAATAGTAATAAATTGTTATTATTTTATTCTAAATAATTTTGTATGAATAGAAA
1 ATTAA-TTT-AAAATATTAATAAATAG-AATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAATAGAAA
* * * * * * *
448 CAATTATTTTATAACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAAT-GAATAA-CAGTTCAAATGGAC
63 CAATT-GTTTATGACAAAACAAAAGGTCACAATGATTTGAAATAG-ATAATTA-TTC-AAT--AT
* * * * * * *
511 ATAACTATTTGAACTTGTTTGC-GTAAACAGATTTATTTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTTA
122 ATGACTATTTGAACATG-TT-CAGTAAACATA-TT-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCA
* * * ** * *
575 GAATAATAATAAATTAGTGTTATTTTATTCCAAATAAAATTGTATGAATAGAAATAACTATTTTA
183 AAATATTAATAAATTA-TATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACA-AAATAATTATTTTA
* * * *
640 TGACAAAACAAAATATCATAACGATTTGAAATATATAACTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
246 TGACAAAAC-AAATGTCATAACGATTTAAAATAGATAACTATTCAAATAGTCATAACTAATTGAA
* * * * *
705 CTTGCTCGGTAAATAGATTTATTATTTAAATCTTTTACTC
310 CTTGCTCGGCAAACAGATTCATTATTTAAATCTCTCACTC
* *
745 ATTAATTTAAAATATTAATAAATAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAA
1 ATTAATTTAAAATATTAATAAATAGAATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAATAGAAACAA
** * *
810 TTGTTTATGACAAAACAAATTGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTC-A-A-ATGACTATT
66 TTGTTTATGACAAAACAAAAGGTCACAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAATATATGACTATT
* * ** *
872 TGAAACATGTTCAG-AAACGTATTTATTTTTAAAT-TTTTTCTTATTAATT-T-GGAATTTTAAT
131 TG-AACATGTTCAGTAAACATA-TT-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAAT
* * * *
933 AAATTATATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGCAATGAACAAAACCAATTATTTTATGATAAAACA
193 AAATTATATTATTTTATTCCAAATAAGCTTG-TATGAACAAAA-TAATTATTTTATGACAAAACA
* * * * * * *
998 AATGGTCATAATGTTTTAAAATAGATAATTATTTAGATAGTCATAACTAATTGAACTTGTTTGGC
256 AAT-GTCATAACGATTTAAAATAGATAACTATTCAAATAGTCATAACTAATTGAACTTGCTCGGC
* *
1063 AAACAGATTCATTTTTTTAATTCTCTCACTC
320 AAACAGATTCA-TTATTTAAATCTCTCACTC
** * * *
1094 ATTAATTTTTAGGATGTTAATAAATTAGAATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATTAACT-GAA
1 ATTAA--TTTAAAATATTAATAAA-TAGAATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAA-TAGAA
*
1158 ACAATTGTTTTAT-ATAAAACAAAAGGTCACAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTA
62 ACAATTG-TTTATGACAAAACAAAAGGTCACAATGATTTGAAATAGATAATTATTC-AATA--TA
* * * *
1222 TGATTATTTGAACTTGTTCGGTAAACATATTTTTTTAAGTCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATA
123 TGACTATTTGAACATGTTCAGTAAACATATTTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATA
* * *
1287 TTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTTTTTTATAACA
188 TTAATAAATT-ATATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAAC-AAAATAATTATTTTATGACA
* *
1352 AAACAAAAAGTCATAACAATTT
251 AAAC-AAATGTCATAACGATTT
1374 TGTTAGTAGA
Statistics
Matches: 523, Mismatches: 80, Indels: 55
0.79 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
347 28 0.05
348 95 0.18
349 21 0.04
350 12 0.02
351 33 0.06
352 90 0.17
353 12 0.02
354 1 0.00
355 1 0.00
356 9 0.02
357 25 0.05
358 57 0.11
359 85 0.16
360 46 0.09
361 3 0.01
362 5 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (349 bp):
ATTAATTTAAAATATTAATAAATAGAATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAATAGAAACAA
TTGTTTATGACAAAACAAAAGGTCACAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAATATATGACTATT
TGAACATGTTCAGTAAACATATTTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAA
TTATATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAATGT
CATAACGATTTAAAATAGATAACTATTCAAATAGTCATAACTAATTGAACTTGCTCGGCAAACAG
ATTCATTATTTAAATCTCTCACTC
Found at i:1293 original size:177 final size:179
Alignment explanation
Indices: 8--1367 Score: 995
Period size: 181 Copynumber: 7.7 Consensus size: 179
1 TAAACTG
* * * * * * * *
8 ATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATCAATTATTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTAATTT
1 ATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-TTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
* * * * * * * * * * * ** *
73 CGAATAAACCTTATAT-ACTTGAAATAGTTGTTTTATGATAAAATAAAATATCATAACAATTTTA
64 CAAAT-AAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGA
* * * * *
137 AATACGATAATTATTCGAACAATCATAACTATTTGAACTTATTCAGTAAA-AT
128 AATA-GATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAT
* * * * * *
189 AATTTTTTTTTAAA--ATTT-CTTA-TAATTTTTAAAT-TTTATAAATTAGTATTATTATATTTC
1 -ATTTATTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCC
* * * * * * **
249 GAAT-A---TGTATGAACT-GAAACAATTATTTTTTTACTAAACATAAAAAGATTCAAAACAATT
65 AAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGAC-AAA-ACAAAATG--TCATAATGATT
* * ** * * * * *
309 TG-AATAGATAAATCATTTCTAGCAGTCTTAACTATTT-AAATTGGTTCAAG-AAATAC
125 TGAAATAGAT-AATTA-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTC-GGTAAACAT
*
365 ATTTATTTTTAAATC-----CTTATTAATTTTCAAAATAGTAATAAATT-GTTATTATTTTATTC
1 ATTTATTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT-AAAATATTAATAAATTAG-TATTATTTTATTC
* ** * *
424 TAAATAATTTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAA
64 CAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAA
* * * * *
489 AT-GAATAA-CAGTTCAAATGGACATAACTATTTGAACTTGTTTGCGTAAACAG
129 ATAG-ATAATTA-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCG-GTAAACAT
* * * * *
541 ATTTATTTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTTAGAATAATAATAAATTAGTGTTATTTTATTCC
1 ATTTATTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCC
** * * * *
606 AAATAAAATTGTATGAATAGAAATAACTATTTTATGACAAAACAAAATATCATAACGATTTGAAA
65 AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAA
* * * * *
671 TATATAACTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGCTCGGTAAATAG
130 TAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAT
*
721 ATTTATTATTTAAATCTTTTACTCATTAA-TTTAAAATATTAATAAA-TAGTATTATTTTATTCC
1 ATTTATT-TTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCC
* *
784 AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATT-GTTTATGACAAAACAAATTGTCATAATGATTTGAAA
65 AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAA
* * * *
848 TAGATAATTGTTCAAAT-G-----ACTATTTGAAACATGTTCAG-AAACGT
130 TAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTG-AACTTGTTCGGTAAACAT
* ** * *
892 ATTTATTTTTAAAT-TTTTTCTTATTAA-TTTGGAATTTTAATAAATTA-TATTATTTTATTCTA
1 ATTTATTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCA
* * * * *
954 AATAAGCTTGCAATGAACA-AAACCAATTATTTTATGATAAAAC-AAATGGTCATAATGTTTTAA
66 AATAAGCTTG-TATGAATAGAAA-CAATTATTTTATGACAAAACAAAAT-GTCATAATGATTTGA
* * * * * *
1017 AATAGATAATTATTTAGATAGTCATAACTAATTGAACTTGTTTGGCAAACAG
128 AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAT
* * * * * ** * *
1069 ATTCATTTTTTTAATTCTCTCACTCATTAATTTTTAGGATGTTAATAAATTAGAATTATTTTATT
1 ATT--TATTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * * * *
1134 TCAAATAAGCTTATATTAACT-GAAACAATTGTTTTAT-ATAAAACAAAAGGTCACAATGATTTG
63 CCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTG
* * *
1197 AAATAGATAATTATTCAAATAGTTATGATTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAT
127 AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAT
* * * *
1250 A-TT-TTTTTAAGTCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCC
1 ATTTATTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-TTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCC
* * * * * *
1313 AAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTTTTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAA
65 AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAA
1368 CAATTTTGTT
Statistics
Matches: 946, Mismatches: 170, Indels: 128
0.76 0.14 0.10
Matches are distributed among these distances:
169 52 0.05
170 27 0.03
171 73 0.08
172 13 0.01
173 14 0.01
174 19 0.02
175 97 0.10
176 79 0.08
177 143 0.15
178 67 0.07
179 29 0.03
180 49 0.05
181 215 0.23
182 45 0.05
183 24 0.03
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (179 bp):
ATTTATTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCA
AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAAT
AGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAT
Found at i:1425 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 1393--1425 Score: 50
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
1383 AACTACTTCA
1393 AATAATTATGACTATTTG
1 AATAATTAT-ACTATTTG
1411 AATAATTAT-CTATTT
1 AATAATTATACTATTT
1426 CAAATCATTA
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
18 9 0.60
ACGTcount: A:0.39, C:0.06, G:0.06, T:0.48
Consensus pattern (17 bp):
AATAATTATACTATTTG
Found at i:1632 original size:27 final size:27
Alignment explanation
Indices: 1590--1646 Score: 87
Period size: 27 Copynumber: 2.1 Consensus size: 27
1580 TATAACTATT
* *
1590 TGAATAATTATTTATTTCAAATCGTTA
1 TGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA
*
1617 TGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTA
1 TGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA
1644 TGA
1 TGA
1647 CTTTTTGTTT
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 3, Indels: 0
0.90 0.10 0.00
Matches are distributed among these distances:
27 27 1.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.09, G:0.09, T:0.46
Consensus pattern (27 bp):
TGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA
Found at i:2244 original size:179 final size:179
Alignment explanation
Indices: 1814--4596 Score: 1982
Period size: 181 Copynumber: 15.5 Consensus size: 179
1804 TAAAATCATA
* * * * * * ***
1814 ATGACCTTTTGTTTTATAATAAAACAATTATTTC-AGTACATAAAAGGTTATAAAAAATAAAATA
1 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATA
* * * * ** *
1878 ATATTACTTTATTAATATTTCAAAAATTGAGAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATCAATTTATCG
65 ATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT--GTTTATCG
* * * * * * *
1943 AATC-AGTTCAAATAATTGTGGCCATCTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTT
128 AA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTT
* * ** * * ** *
1995 ATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTACTTTGC-A-TCATTTAAACCTATTTGGAATAAAGT
1 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTT-CTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAAT
* * * * *
2058 GATACTAATTTATTAGTATTTCAAAAATTAATGAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATGTTTAGCGA
64 AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTTTATCGA
* * **
2123 ACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTAAACAATTAGATATTTCAAATCGTT
129 ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTT
* ** * * * * * * *
2174 ATAATTTTTTGTTTTATAATAAAATAATTATTTATGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAA
1 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAA
* * * * ** *
2239 TACTAATCTAATAATATTAT-GAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAA-AAATTTGTTTGCCA
66 TACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA--TGTTTATCG
* * * * ** * *
2302 AACTAA-TTCAAGTAGTAAATG-GTATATGAATGACTATCTATTTCAAACCGTT
128 AAC-AAGTTCAAATAGT-TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTT
* * *
2354 ATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAACAAATGTTT-TGGTTCATATAAG-TT-TGTTCGAAATAAAA
1 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTAT-TTC-AAATAAAA
* * * * * * * *
2415 TAATATTAAATTATTAGTATTTTAAAAATT-AT---TAAGAGATTTAAAATATATATGTTTACCA
63 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTTTATCG
* * * * * * * *
2476 AACCAGTTCAATTAGTTATAACAATTTGAATAATTATTTATTTCCAATTGTT
128 AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTT
* * * * * * * * *
2528 ATAACCAATAT-TTTTGTTATAAAACAATTGTCTCTATTGATGCAATCTTATTTGAAATAAAATA
1 ATGACC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATA
* * * * ***
2592 ATGCTAATTTATTAAT-GTTCTGAAAACTAATAAGTAATGA-ATTTAAAAAATGAATATGTTGGC
65 ATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAA-GAGATTTAAAAAAT-AA-ATGTTTAT
* * * * *
2655 CTG-ACCAGTGCAAATAGTTATAACTGTTTGAACAATTATATATTTCAAATCGTT
126 C-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTT
* ** * * * **
2709 ATGACCTTTTATTTAATC-TGAAAACAATTGTTTTTATTCGTACGAGCTTA-TTCAAAATAGCAT
1 ATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAAT
* * * * *
2772 AATTCTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATATGTAAGAGATTT-AAAACTAAATCTGTTTATT
64 AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA--TGTTTATC
* * * * ***
2836 GAACAAGTACAAATGGTTATGATTATTTGAACAATTACCTATTTCAAATTACT
127 GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTT
* *
2889 AT-AGCCTTTT-TTTTGTCATAAAATAA-TGTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAATTAAAAT
1 ATGA-CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAAT
** * * * * * *
2951 AATAAAAATTTAATAATA-TTCAGACAATGAATAAATAAAAGACTTAAAAAATAACTATGTTTAT
64 AATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA--ATGTTTAT
* * * * * * * * *
3015 TGAATAAATTCAAAAAATTATGACTATTTAAATAAATATTTATTTCAAATCGTT
126 CGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTT
* * * *
3069 ATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATGCAAGCTTA-TTCAAATTAAAATA
1 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAA-TAAAATA
* * ** * * * *
3133 ATATTAATTTATTAACATTTTGATAATTAATAAGTAACAGATTTTAAAAATAAATATGTTTATTG
65 ATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AA-ATGTTTATCG
* * * * * * *
3198 ACCAAGTTTAAATAGTCATAACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATTGTT
128 AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTT
** * * * * * *
3250 ATGACCTTTTGTTTCATCATAAAACAATTATATC-AGCTCATATAGGCTTATTTAAAATAAAATA
1 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATA
* * * *
3314 ATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCA
65 ATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA--TGTTTATCG
* * * * * * * *
3379 AACAAGTTTAAATGGTTATAACTATATAAACAATTTTTTATTCCAAATCGTT
128 AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTT
** * * * * *
3431 ATGATATTTTGTTTTGTAATAAAATAATTGCTTATGTTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAA
1 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAA
*
3496 TA-TAAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTAA-A-ATTTTAAAAATAAATATGTTT-TC
66 TACT-AATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AA-ATGTTTATC
* * * * **
3556 TGAGCACGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATTATT
127 -GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTT
* * *
3610 ATGACCTTGTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTATTCATACAAGCATA-TTCAAAT-AAATAA
1 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAA
* * * * * *
3673 TGCTAGTTTATTAATATTCCAAAAA-TAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATTAATCTATT-TACAG
66 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGT-TTAT-C-G
* * * * *
3736 AACAAGTTCAAATAGCTATGCCTGTTTGAACAATTATTTATTTCAAATAGTT
128 AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTT
** * * * ** *
3788 ATGATGTTTTGTTTTATCGTAAAACAATTATTTCTATTGTTACAAGTTTA-TTCAGAATAAAATA
1 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCA-AATAAAATA
*
3852 ATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAGGT-AGAAGATTTAAAAAA-AATATGTTTA-C
65 ATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAG-AGATTTAAAAAATAA-ATGTTTATC
* * * * * * *
3913 TGAACAAGTTCAAATAGTCATGTCCATCTAAAAAATTATCTATTTCAAATCATT
127 -GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTT
* * **
3967 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAGACAATTGTTTCTATTCATGCAAAATTA-TTCAAAATAAAATA
1 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATA
* * *
4031 ATACTAATTTATTAATATTTTAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAACTACATCTGTTTATCG
65 ATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA-A-ATGTTTATCG
*** * * * * * *
4092 ATGTAGTTTAAATAATTATTAATATTTGAACAATTATCTATCTCAAATTGTT
128 AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTT
* * * * *
4144 ATGA--TATTTATTTTATCATAAAAAAATTGTTTCTTTTCATACAAGCTTA-TTCAGATTAAAAT
1 ATGACCT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCA-AATAAAAT
* * * * *
4206 AATACTAATTTAATAATATTCCAAAAA-T--TAA-TAAGAGCTTTGAAAAATAAATTTGTTT-GC
64 AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA--TGTTTATC
* * * * ** * *
4266 TAAACTAGTTCAAATAGTTAAGATTATTAAAATAATTATCTATTTCAAATTGTT
127 -GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTT
* ** * * * * *
4320 TTGATATTTTGTTTAGTAATAAAATAATTATTT-TAATTCATACAAGCTTA-TTCAGAACAAAAT
1 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTTCA-AATAAAAT
* * * * * *
4383 AATAGTAATTTATTAAGA-TTCAAAAAATTAATGAGCAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAT
64 AATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA--TGTTTAT
* * * *
4447 CAAACAAGTTCAAATAGATT-TAACTATTTGAATAGTTATCTATTT-AAAGTCGTT
126 CGAACAAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCGTT
* * * *
4501 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTC-ATTTCATAAAAACTTATTTGAAATAAAATA
1 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATA
* *
4565 ATACTACTTTATTAAAATTTCAAAAATTAATA
65 ATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
4597 GTTATGACTA
Statistics
Matches: 2035, Mismatches: 465, Indels: 204
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
173 3 0.00
174 57 0.03
175 76 0.04
176 167 0.08
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180 239 0.12
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182 26 0.01
183 2 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (179 bp):
ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAA
TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTTTATCGAAC
AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTT
Found at i:3242 original size:541 final size:537
Alignment explanation
Indices: 1916--4567 Score: 1990
Period size: 541 Copynumber: 4.9 Consensus size: 537
1906 GAGAAGTTGG
* * * * * ** * * *
1916 AGATTTAAAAAATAAATCA-ATTTATCGAATCAGTTCAAATAATTGTGGCCATCTGAATAATTAT
1 AGATTTAAAAAATAACT-ATGTTTATTGAATAAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTAT
* * * ** * *
1980 CTATTTCAAATTGTTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTACTTTGC-A-TCATTTAAACC
65 CTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATT-GTTT-CTATTCATACAAGCT
** * * * * * * *
2043 TATTTGGAATAAAGTGATACTAATTTATTAGTATTTCAAAAATTAATGAGTAGGAGATTTAAAAA
128 TA-TTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCGAAAATTAATAAGTA-AAGATTTAAAAA
* * * **
2108 AT-AA-ATGTTTAGC-GAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTAAACAATTAGATATTTCAAAT
191 ATAAATATGTTTA-CTGAACAAGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAAT
* * ** * * * * * **
2170 CGTTATAATTTTTTGTTTTATAATAAAATAATTATTTATGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAA
255 TGTTATGACCTTTTGTTTAAT-CTAAAACAATTATTTTTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAA
* * * * * * *
2235 ATAATACTAATCTAATAATA-TTATGAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAA-AAATTTGTTT
319 ATAATACTAATTTATTAATATTTA-AAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTT
* * * * * * ** * * **
2298 GCCAAACTAA-TTCAAGTAG-TA-AATGGTATATGAATGACTATCTATTTCAAACCGTTATGACC
383 ACCAAAC-AAGTTCAAATGGTTATAA--CTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCACTATGACC
* * *
2360 TTTTGTTTTGTCATAAACA-AA-TGTTT-TGGTTCATA-TAAGTT-TGTTCGAAATAAAATAATA
445 TTTTGTTTTGTCATAAA-ATAATTGTTTCT-ATTCATACAAACTTAT-TTC-AAATAAAATAATA
* * ** * * *
2420 TTAAA-TTATTAGTATTTTAAA-AATTATTAAG
506 -AAAATTTATTAATATTCAAAATAATAAATAAA
* *** ** * * * * *
2451 AGATTTAAAATAT-A-TATGTTTACCAAACCAGTTCAATTAGTTATAACAATTTGAATAATTATT
1 AGATTTAAAAAATAACTATGTTTATTGAATAAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATC
* * ** * * * * *
2514 TATTTCCAATTGTTATAACC-AATATTTTTGTTATAAAACAATTGTCTCTATTGATGCAATCTTA
66 TATTTCAAATTGTTATGACCTTTTA-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA
* * * * * *
2578 TTTGAAATAAAATAATGCTAATTTATTAATGTTCTGAAAACTAATAAGTAATGAATTTAAAAAAT
130 -TTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCGAAAATTAATAAGTAAAG-ATTTAAAAAAT
* ** * * * * * * *
2643 GAATATGTTGGCCTG-ACCAGTGCAAATAGTTATAACTGTTTGAACAATTATATATTTCAAATCG
193 AAATATGTT-TACTGAACAAGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTG
* * * * **
2707 TTATGACCTTTTATTTAATCTGAAAACAATTGTTTTTATTCGTACGAGCTTATTCAAAATAGCAT
257 TTATGACCTTTTGTTTAATCT-AAAACAATTATTTTTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAAT
* * * *
2772 AATTCTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAAT-ATGTAAGAGATTT-AAAACTAAATCTGTTTAT
321 AATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATGA-GTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC
** * * * * * *
2835 TGAACAAGTACAAATGGTTATGATTATTTGAACAATTACCTATTTCAAATTACTAT-AGCCTTTT
385 CAAACAAGTTCAAATGGTTATAACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCACTATGA-CCTTTT
* *
2899 -TTTTGTCATAAAATAA-TGTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAATTAAAATAATAAAAATTT
449 GTTTTGTCATAAAATAATTG-TTTCTATTCATACAAACTTATTTCAAATAAAATAATAAAAATTT
*
2962 AATAATATTCAGACAATGAATAAATAAA
513 ATTAATATTCA-A-AAT-AATAAATAAA
* * * * * * * *
2990 AGACTTAAAAAATAACTATGTTTATTGAATAAATTCAAAAAATTATGACTATTTAAATAAATATT
1 AGATTTAAAAAATAACTATGTTTATTGAATAAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATC
* * * *
3055 TATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATGCAAGCTTAT
66 TATTTCAAATTGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTAT
* * ** * *
3120 TCAAATTAAAATAATATTAATTTATTAACATTTTGATAATTAATAAGTAACAGATTTTAAAAATA
131 TCAAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCGAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATA
* * * *
3185 AATATGTTTATTGACCAAGTTTAAATAGTCATAACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATTGTT
194 AATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGTT
* * * * * * *
3250 ATGACCTTTTGTTTCATCATAAAACAATTA-TATCAGCTCATATAGGCTTATTTAAAATAAAATA
259 ATGACCTTTTGTTTAATC-TAAAACAATTATTTTTA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATA
* *
3314 ATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCA
322 ATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCA
* * * * * ** **
3379 AACAAGTTTAAATGGTTATAACTATATAAACAATTTTTTATTCCAAATCGTTATGATATTTTGTT
387 AACAAGTTCAAATGGTTATAACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCACTATGACCTTTTGTT
* * * * * *
3444 TTGTAATAAAATAATTGCTTATGTTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATATAAATTTATTA
452 TTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTTCAAATAAAATAATAAAAATTTATTA
*
3509 ATATTCTAAAAATTAATAAGT-AA
517 ATATTC--AAAA-TAATAAATAAA
* * ** * *
3532 A-ATTTTAAAAATAAATATGTTT-TCTGAGCACGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTAT
1 AGATTTAAAAAATAACTATGTTTAT-TGAATAAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTAT
* * * * * *
3595 CTATTTTAAATTATTATGACCTTGTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTATTCATACAAGCATA
65 CTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA
* * * *
3660 TTCAAAT-AAATAATGCTAGTTTATTAATATTCC-AAAAATAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATT
130 TTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCGAAAATTAATAAGT-AAAGATTTAAAAAATA
* * * ** * * * *
3723 AATCTATTTACAGAACAAGTTCAAATAG-CTATGCCTGTTTGAACAATTATTTATTTCAAATAGT
194 AATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGT
** * * ** * *
3787 TATGATGTTTTGTTTTATCGTAAAACAATTATTTCTATTGTTACAAGTTTATTCAGAATAAAATA
258 TATGACCTTTTGTTTAATC-TAAAACAATTATTTTTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATA
* *
3852 ATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAAT-AGGT-AGAAGATTT-AAAAA-AAATATGTTTA
322 ATACTAATTTATTAATATT-TAAAAAATTAATGA-GTAAG-AGATTTAAAAAATAAATCTATTTA
** * * ** * * * *
3912 CTGAACAAGTTCAAATAGTCATGTCCATCTAAAAAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
384 CCAAACAAGTTCAAATGGTTATAACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCACTATGACCTTTT
* * * * **
3977 GTTTTGTCATAAGACAATTGTTTCTATTCATGCAAAATTA-TTCAAAATAAAATAATACTAATTT
449 GTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTTC-AAATAAAATAATAAAAATTT
** * *
4041 ATTAATATTTTAAA-AATTAATAAG
513 ATTAATATTCAAAATAATAAATAAA
* * * * *
4065 AGATTTAAAAACT-ACATCTGTTTATCG-ATGTAGTTTAAATAATTATTAA-TATTTGAACAATT
1 AGATTTAAAAAATAAC-TATGTTTATTGAAT-AAGTTCAAATAATTA-TAACTATTTGAACAATT
* * * *
4127 ATCTATCTCAAATTGTTATGA--TATTTATTTTATCATAAAAAAATTGTTTCTTTTCATACAAGC
63 ATCTATTTCAAATTGTTATGACCT-TTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGC
* * * * *
4190 TTATTCAGATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAG---AGCTTTGAAAA
127 TTATTCA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCGAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAA
* * * * * * * *
4252 ATAAATTTGTTTGCTAAACTAGTTCAAATAGTTA-AGATTATTAAAATAATTATCTATTTCAAAT
191 ATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTCATA-ACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAAT
* ** * * * * * *
4316 TGTTTTGATATTTTGTTTAGTAATAAAATAATTATTTTAATTCATACAAGCTTATTCAGAACAAA
255 TGTTATGACCTTTTGTTTAAT-CTAAAACAATTATTTTTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAA
* * * * *
4381 ATAATAGTAATTTATTAAGATTCAAAAAATTAATGAGCAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA
319 ATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA
* * * * * **
4446 TCAAACAAGTTCAAATAGATT-TAACTATTTGAATAGTTATCTATTT-AAAGTCGTTATGACCTT
384 CCAAACAAGTTCAAAT-GGTTATAACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAA-TCACTATGACCTT
* *
4509 TTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTC-ATTTCATAAAAACTTATTTGAAATAAAATAATA
447 TTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTA-TTCATACAAACTTATTTCAAATAAAATAATA
4568 CTACTTTATT
Statistics
Matches: 1667, Mismatches: 377, Indels: 147
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
531 1 0.00
532 155 0.09
533 182 0.11
534 194 0.12
535 251 0.15
536 141 0.08
537 13 0.01
538 156 0.09
539 43 0.03
540 13 0.01
541 374 0.22
542 67 0.04
543 72 0.04
544 4 0.00
545 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (537 bp):
AGATTTAAAAAATAACTATGTTTATTGAATAAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATC
TATTTCAAATTGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTAT
TCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCGAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAA
TATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTAT
GACCTTTTGTTTAATCTAAAACAATTATTTTTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAC
TAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACA
AGTTCAAATGGTTATAACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCACTATGACCTTTTGTTTTGT
CATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTTCAAATAAAATAATAAAAATTTATTAATAT
TCAAAATAATAAATAAA
Found at i:3801 original size:357 final size:359
Alignment explanation
Indices: 1814--4596 Score: 2034
Period size: 360 Copynumber: 7.8 Consensus size: 359
1804 TAAAATCATA
* * * * * * ***
1814 ATGACCTTTTGTTTTATAATAAAACAATTATTTC-AGTACATAAAAGGTTATAAAAAATAAAATA
1 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATA
* * * * * *** * *
1878 ATATTACTTTATTAATATTTCAAAAATTGAGAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATCAATTTATC-
65 ATACTAATTTATTAATATTCCAAAAA-TAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATTAATCTATTTATCA
* * ** * * * * * *
1942 GAATC-AGTTCAAATAATTGTGGCCATCTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAACTTTTG
129 GAA-CAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTG
** * ** * * ** * *
2006 TTTTGTCATAAAACAATT-ACTTTGCATCATTTAAACCTATTTGGAATAAAGTGATACTAATTTA
193 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTG-TTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATACTAATTTA
* * * *
2070 TTAGTATT-TCAAAAATTAATGAGTAGGAGATTTAAAAA-ATAA-ATGTTTAGC-GAACAAGTTC
256 TTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTA-AAGATTTAAAAATA-AATATGTTT-TCTGAACAAGTTC
* * * ** **
2131 AAATAATTATGACTATTTAAACAATTAGATATTTCAAATCGTT
317 AAATAGTTATAACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATTATT
* ** * * * * * * *
2174 ATAATTTTTTGTTTTATAATAAAATAATTATTTATGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAA
1 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAA
* * ** * * * * * * **
2239 TACTAATCTAATAATATTATGAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAA-AAATTTGTTTGCCA-
66 TACTAATTTATTAATATT-CCAAAAATAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATTAATCTATTTATCAG
* * * ** * * *
2302 AACTAA-TTCAAGTAG-TA-AATGGTATATGAATGACTATCTATTTCAAACCGTTATGACCTTTT
130 AAC-AAGTTCAAATAGTTATAA--CTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTT
* * * * * * *
2364 GTTTTGTCAT-AAACAAATGTTTTGGTTCATATAAGTTTGTTCGAAATAAAATAATATTAAATTA
192 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTA
* * * * * ** * *
2428 TTAGTATTTTAAAAATTATTAAG---AGATTT-AAAATATATATGTTTACCAAACCAGTTCAATT
256 TTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAATAAATATGTTTTCTGAACAAGTTCAAAT
* * * * *
2489 AGTTATAACAATTTGAATAATTATTTATTTCCAATTGTT
321 AGTTATAACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATTATT
* * * * * * * * *
2528 ATAACCAATAT-TTTTGTTATAAAACAATTGTCTCTATTGATGCAATCTTATTTGAAATAAAATA
1 ATGACC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATA
* * * * * * * * ***
2592 ATGCTAATTTATTAATGTTCTGAAAACTAATAAGT-AATGAATTTAAAAAATGAATATGTTGGCC
65 ATACTAATTTATTAATATTC-CAAAAATAATAAGTAAAAG-ATTTAAAAAATTAATCTATTTATC
* * * * * *
2656 TG-ACCAGTGCAAATAGTTATAACTGTTTGAACAATTATATATTTCAAATCGTTATGACCTTTTA
128 AGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTG
** * * * ** *
2720 TTTAATC-TGAAAACAATTGTTTTTATTCGTACGAGCTTATTCAAAATAGCATAATTCTAATTTA
193 TTTTGTCAT-AAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTA
* * * *
2784 TTAATATT-TAAAAAATTAATATGTAAGAGATTTAAAACTAAATCTGTTTAT-TGAACAAGTACA
256 TTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAATAAATATGTTT-TCTGAACAAGTTCA
* * * * * * *
2847 AATGGTTATGATTATTTGAACAATTACCTATTTCAAATTACT
318 AATAGTTATAACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATTATT
* *
2889 AT-AGCCTTTT-TTTTGTCATAAAATAA-TGTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAATTAAAAT
1 ATGA-CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAAT
** * * * *
2951 AATAAAAATTTAATAATATT-CAGACAATGAATAAATAAAAGACTTAAAAAA-TAA-CTATGTTT
64 AATACTAATTTATTAATATTCCA-AAAAT-AATAAGTAAAAGATTTAAAAAATTAATCTA--TTT
* * * * * * * * *
3013 AT-TGAATAAATTCAAAAAATTATGACTATTTAAATAAATATTTATTTCAAATCGTTATGACCTT
125 ATCAGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTT
* * *
3077 TTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATGCAAGCTTATTCAAATTAAAATAATATTAATT
190 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAA-TAAAATAATACTAATT
* * * * *
3142 TATTAACATTTTGATAATTAATAAGTAACAGATTTTAAAAATAAATATGTTTAT-TGACCAAGTT
254 TATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAA-AGA-TTTAAAAATAAATATGTTT-TCTGAACAAGTT
* * *
3206 TAAATAGTCATAACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATTGTT
316 CAAATAGTTATAACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATTATT
** * * * * * *
3250 ATGACCTTTTGTTTCATCATAAAACAATTATATC-AGCTCATATAGGCTTATTTAAAATAAAATA
1 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATA
* * * * * *
3314 ATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCA
65 ATACTAATTTATTAATATTCCAAAAA-TAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATTAATCTATTTATCA
* * * * * * **
3379 -AACAAGTTTAAATGGTTATAACTATATAAACAATTTTTTATTCCAAATCGTTATGATATTTTGT
129 GAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGT
* * * *
3443 TTTGTAATAAAATAATTGCTTATGTTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATA-TAAATTTAT
194 TTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATACT-AATTTAT
* *
3507 TAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAA-ATTTTAAAAATAAATATGTTTTCTGAGCACGTTCAAAT
257 TAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAGA-TTTAAAAATAAATATGTTTTCTGAACAAGTTCAAAT
* * *
3571 AGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATTATT
321 AGTTATAACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATTATT
* * *
3610 ATGACCTTGTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTATTCATACAAGCATA-TTCAAAT-AAATAA
1 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAA
* *
3673 TGCTAGTTTATTAATATTCCAAAAATAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATTAATCTATTTA-CAGA
66 TACTAATTTATTAATATTCCAAAAATAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATTAATCTATTTATCAGA
* ** * * **
3737 ACAAGTTCAAATAGCTATGCCTGTTTGAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATGATGTTTTGTTT
131 ACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTT
* * * * * ** *
3802 TATCGTAAAACAATTATTTCTATTGTTACAAGTTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAA
196 TGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCA-AATAAAATAATACTAATTTATTAA
* *
3867 TATTCTAAAAATTAATAGGTAGAAGATTTAAAAA-AAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGT
260 TATTCTAAAAATTAATAAGTA-AAGATTTAAAAATAAATATGTTTTCTGAACAAGTTCAAATAGT
* ** * * * *
3931 CATGTCCATCTAAAAAATTATCTATTTCAAATCATT
324 TATAACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATTATT
* * **
3967 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAGACAATTGTTTCTATTCATGCAAAATTA-TTCAAAATAAAATA
1 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATA
** * * *
4031 ATACTAATTTATTAATATTTTAAAAAT--TAA-TAAGAGATTT-AAAAACTACATCTGTTTATC-
65 ATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATTA-ATCTATTTATCA
*** * * * * *
4091 GATGTAGTTTAAATAATTATTAA-TATTTGAACAATTATCTATCTCAAATTGTTATGA--TATTT
129 GAACAAGTTCAAATAGTTA-TAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCT-TTT
* * * *
4153 ATTTTATCATAAAAAAATTGTTTCTT-TTCATACAAGCTTATTCAGATTAAAATAATACTAATTT
192 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TTGTTCATACAAGCTTATTCA-AATAAAATAATACTAATTT
* * * * * * *
4217 AATAATATTCCAAAAATTAATAAG---AGCTTTGAAAAATAAATTTGTTTGCTAAACTAGTTCAA
255 ATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAGATTT-AAAAATAAATATGTTTTCTGAACAAGTTCAA
* * *
4279 ATAGTTA-AGATTATTAAAATAATTATCTATTTCAAATTGTT
319 ATAGTTATA-ACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATTATT
* ** * * * * *
4320 TTGATATTTTGTTTAGTAATAAAATAATTATTT-TAATTCATACAAGCTTA-TTCAGAACAAAAT
1 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTTCA-AATAAAAT
* * * * * *
4383 AATAGTAATTTATTAAGATTCAAAAAATTAATGAGCAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATC
64 AATACTAATTTATTAATATTCCAAAAA-TAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATTAATCTATTTATC
* * *
4448 A-AACAAGTTCAAATAGATT-TAACTATTTGAATAGTTATCTATTT-AAAGTCGTTATGACCTTT
128 AGAACAAGTTCAAATAG-TTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAA-TCGTTATGACCTTT
* * * * * *
4510 TGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAT-TTCATAAAAACTTATTTGAAATAAAATAATACTACTT
191 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TTGTTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATACTAATT
*
4574 TATTAAAATT-TCAAAAATTAATA
254 TATTAATATTCT-AAAAATTAATA
4597 GTTATGACTA
Statistics
Matches: 1916, Mismatches: 422, Indels: 172
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
351 5 0.00
352 7 0.00
353 129 0.07
354 142 0.07
355 144 0.08
356 135 0.07
357 315 0.16
358 177 0.09
359 116 0.06
360 393 0.21
361 138 0.07
362 201 0.10
363 12 0.01
364 2 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (359 bp):
ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAA
TACTAATTTATTAATATTCCAAAAATAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATTAATCTATTTATCAGA
ACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTT
TGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
ATTCTAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAATAAATATGTTTTCTGAACAAGTTCAAATAGTTA
TAACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATTATT
Found at i:5033 original size:488 final size:490
Alignment explanation
Indices: 4114--5084 Score: 1224
Period size: 488 Copynumber: 2.0 Consensus size: 490
4104 TAATTATTAA
* **
4114 TATTTGAACAATTATCTATCTCAAATTGTTATGATATTTATTTTATCATAAAAAAATTGTTTCTT
1 TATTTGAACAAATATCTATCTCAAATCATTATGATATTTATTTTATCATAAAAAAATTGTTTCTT
* * * *
4179 TTCATACAAGCTTATTCAGATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGAGC
66 ATCATAAAAGCTTATTCAGATGAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAAT-AGAGA
* * * * * *
4244 TTTGAAAAATAAATTTGTTTGCTAAACTAGTTCAAATAGTTAAGATTATTAAAATAATTATCTAT
130 ATTGAAAAATAAATGTATTTGCCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAAAATAATTATCTAT
** * * * *
4309 TTCAAATTGTTTTGATATTTTGTTTAGTAATAAAATAATTATTTTAATTCATACAAGCTTATTCA
195 TTCAAATCATTATAACATTTTGTTTAGTAATAAAATAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTCA
* * *
4374 GAACAAAATAATAGTAATTTATTAAGATTCAAAAAATTAATGAGCAAAAGATTTAAAAAATAAAT
260 GAACAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * *
4439 CTATTTATCAAACAAGTTCAAATAGATTTAACTATTTGAATAGTTATCTATTTAAAGTCGTTATG
325 CTATTTATCAAACAAGTTCAAAAAGATTTAACCATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTACG
* * *** * *
4504 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCATTTCATAAAAACTTATTTGAAATAAAATAATAC
390 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAACTTATCCAAAAGAAAAGAATAC
4569 TACTTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAGTTATGAC
455 TACTTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAGTTATGAC
* * *
4605 TATTTGAACAAATAT-TAATCTCAAATCATTATGATATTTGTTTTCTCATAAAACAATTGTTT-T
1 TATTTGAACAAATATCT-ATCTCAAATCATTATGATATTTATTTTATCATAAAAAAATTGTTTCT
** * *
4668 TGATCATAAAAGCTTATTTGGA-GAAAA-AATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAGT-GAG
65 T-ATCATAAAAGCTTATTCAGATGAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAGAG
*
4730 AATT-AAAAATATATATGTATTTGCCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATC
129 AATTGAAAAATA-A-ATGTATTTGCCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAAAATAATTATC
* ** * *
4794 TATTTCAAATCATTATAACCTTTT-TTTAGTCCTATAATAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTAT
192 TATTTCAAATCATTATAACATTTTGTTTAGTAATAAAATAATTATTTCAATTCATACAAGCTTAT
* * * * *
4858 TCAGAATAGAATAATACTAATTTATTAACATTCCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAGAT
257 TCAGAACAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAAAGATTT-AAAAAAT
* * *
4923 AAATTTATTTA-CTGAACAAGTTCAAAAAG-TTATGACCATTTGAACAATTAT-TGATTTAAAAT
321 AAATCTATTTATC-AAACAAGTTCAAAAAGATT-TAACCATTTGAACAATTATCT-ATTTAAAAT
* * *
4985 TATTACGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAAGAAA
383 CATTACGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAACTTATCCAAAAGAAA
** *
5050 AGAATACTACTTTATTATTATTTCAAAAGTTAATA
448 AGAATACTACTTTATTAAAATTTCAAAAATTAATA
5085 AGTAAGAGAT
Statistics
Matches: 409, Mismatches: 63, Indels: 19
0.83 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
486 7 0.02
487 95 0.23
488 200 0.49
489 30 0.07
490 7 0.02
491 70 0.17
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (490 bp):
TATTTGAACAAATATCTATCTCAAATCATTATGATATTTATTTTATCATAAAAAAATTGTTTCTT
ATCATAAAAGCTTATTCAGATGAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAGAGAA
TTGAAAAATAAATGTATTTGCCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAAAATAATTATCTATT
TCAAATCATTATAACATTTTGTTTAGTAATAAAATAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTCAG
AACAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAATAAATC
TATTTATCAAACAAGTTCAAAAAGATTTAACCATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTACGA
CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAACTTATCCAAAAGAAAAGAATACT
ACTTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAGTTATGAC
Found at i:5552 original size:181 final size:178
Alignment explanation
Indices: 4593--5789 Score: 930
Period size: 181 Copynumber: 6.7 Consensus size: 178
4583 TTCAAAAATT
* * * * *
4593 AATAGTTATGACTATTTGAACAAATATTAATCTCAAATCATTATGA--TATTTGTTTTCTCATAA
1 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTATTATGACCT-TTTGTTTTGTCATAA
* * * * *
4656 AACAATTGTTTTTGA-TCATAAAAGCTTATTTGG-AGAAAA-AATACTAATTTAATAATATTTCA
65 AACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-A
* * * ** *
4718 AAAA-T--TAGT--GAGAATTAAAAATATATATGTATTTGCCAAACCAGTTCA
128 AAAATTAATAGTAAGAGATTTAAAAA-ATAAAT-TATTTACTGAACCAATTCA
* * * * * * * * *
4766 AATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTT-TTTAGTCCTATA
1 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * * * * *
4830 ATAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCAGAATAGAATAATACTAATTTATTAACATTCCAAA
66 ACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAA
* *
4895 AATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAGATAAATTTATTTACTGAA-CAAGTTCA
130 AATTAAT-AGTAAGAGATTT-AAAAAATAAA-TTATTTACTGAACCAA-TTCA
* * * * *
4947 AAAAGTTATGACCATTTGAACAATTATTGATTTAAAATTATTACGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
1 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * ** * * * *
5012 ACAATTGTTT-TAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAAGAAAAGAATACTACTTTATTATTATTTCAA
66 ACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AA
* *
5076 AAGTTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAATAAATTAGTTTACTGAA-TAAGTTCA
129 AAATTAAT-AGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATTA-TTTACTGAACCAA-TTCA
* * * * * * * * *
5129 AATAATTATGGCCATTTG-ACAACTATTTGTTTCAATTTGTTATTACCTTTTGTTTTATCATAAA
1 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * * * * * * * *
5193 ACAATTGTTTTTCA-ACATATAAGCTTGTTTGAAATAAAATAATATTAATTTACTAATATGTCAA
66 ACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT-TTAA
* * *
5257 AAATT-A-A-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAATCAGTTCA
129 AAATTAATAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA-TTATTTACTGAACCAATTCA
* * * * * * * * * *
5305 AATGGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCATATTGTTATAACATTTTGTTCTATAATAAA
1 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * * * *
5370 ACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACAAATTAAGTAATATTCTGAA
66 ACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAA
*
5435 AATTAATAGCTAAGAGATTTAAAAAATAAATTCATTT-GTCGAACCAATTCA
130 AATTAATAG-TAAGAGATTTAAAAAATAAATT-ATTTACT-GAACCAATTCA
* * *
5486 ACTAGTTAAT-ACTATATGAACAATTATTTATTTCAAATTATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAA
1 AATAGTT-ATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * * * *
5550 AACAATTATTTCAACTCATACAATCTTATTCGGAATAAAGTAAAACTAATTTATTAATATTTAAA
65 AACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AA
* * * *
5615 AAATT--TA-TAAGAGATTTAGAAAATAATTCTATTTACTAAACCAGTTCA
129 AAATTAATAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TATTTACTGAACCAATTCA
* * * * * * ** *
5663 AATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTCTTTCAAATCATTATTATTTTTTATTTTGTCATAAA
1 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * * * * * * *** *
5728 AAAATTGTTTTTGTTAATATAAGTTTGTTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATTTTTA
66 ACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTA
5790 TCAAACCAGT
Statistics
Matches: 811, Mismatches: 175, Indels: 73
0.77 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
172 1 0.00
173 70 0.09
174 7 0.01
175 24 0.03
176 43 0.05
177 232 0.29
178 5 0.01
179 5 0.01
180 7 0.01
181 290 0.36
182 126 0.16
183 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (178 bp):
AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
ACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAA
ATTAATAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTATTTACTGAACCAATTCA
Found at i:5766 original size:358 final size:356
Alignment explanation
Indices: 4593--5777 Score: 1000
Period size: 358 Copynumber: 3.3 Consensus size: 356
4583 TTCAAAAATT
* * * * * * *
4593 AATAGTTATGACTATTTGAACAAATAT-TAATCTCAAATCATTATGATA-TTTGTTTTCTCATAA
1 AATAATTATGACTATTTGAACAATTATCT-ATTTCAAATTATTATAACATTTTGTTTTGTCATAA
* ** *
4656 AACAATTGTTTTTGATCATAAAAGCTTATTT-GGAGAAAA-AATACTAATTTAA-TAATATTTC-
65 AACAATTGTTTTTGTTCATAAAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAA-TTAAGTAATATTTCA
* * * * * ** * *
4717 AAA---AATTAGT--GAGAATTAAAAATATATATGTA-TTTGCCAAACCAGTTCAAATAGTTAAG
129 AAAGTTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAATAAAT-TAGTTTACTGAACCAATTCAAATAGTTAAT
* * * * * * * *
4776 ACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTT-TTTAGTCCTATAATAATTGTTT
193 ACTATT-GAACAATTATTTATTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT
* * *
4840 CAATTCATACAAGCTTATTCAGAATAGAATAATACTAATTTATTAACATTCCAAAAATTAATAAG
257 CAA-TCATACAAGCTTATTCGGAATA-AATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT--T-A-
* *
4905 CAAGAGATTT-GAAAAGATAAATTTATTTACTGAACAAGTTCA
316 TAAGAGATTTAG-AAA-ATAAATTTATTTACTGAACCAGTTCA
* * ** *
4947 AA-AAGTTATGACCATTTGAACAATTAT-TGATTTAAAATTATTACGACCTTTTGTTTTGTCATA
1 AATAA-TTATGACTATTTGAACAATTATCT-ATTTCAAATTATTATAACATTTTGTTTTGTCATA
* ** * * * * * *
5010 AAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAAGAAAAGAATACTACTTTATTATTATTTCA
64 AAACAATTGTTTTTGTTCATAAAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTAAGTAATATTTCA
* *
5075 AAAGTTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAATAAATTAGTTTACTGAA-TAAGTTCAAATAATT-AT
129 AAAGTTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAATAAATTAGTTTACTGAACCAA-TTCAAATAGTTAAT
* * * * * * * * *
5138 GGCCATTTG-ACAACTATTTGTTTCAATTTGTTATTACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTT
193 -ACTA-TTGAACAATTATTTATTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-T-TA
* * * * * * * *
5202 TTTCAA-CATATAAGCTTGTTTGAAATAAAATAATATTAATTTACTAATATGTCAAAAATTAATA
254 TTTCAATCATACAAGCTTATTCGGAAT-AAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTTATA
* * *
5266 AGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAATCAGTTCA
318 AGAGATTTAGAAAATAAATTTATTTACTGAACCAGTTCA
** * * * * * *
5305 AATGGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCATATTGTTATAACATTTTGTTCTATAATAAA
1 AATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAACATTTTGTTTTGTCATAAA
* * * ** * *
5370 ACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACAAATTAAGTAATATTCTGAA
66 ACAATTGTTTTTGTTCATAAAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTAAGTAATATT-TCAA
* *
5435 AA-TTAAT-AGCTAAGAGATTT-AAAAAATAAATTCA-TTT-GTCGAACCAATTCAACTAGTTAA
130 AAGTTAATAAG-TAAGAGATTTAAAAAAATAAATT-AGTTTACT-GAACCAATTCAAATAGTTAA
* *
5495 TACTATATGAACAATTATTTATTTCAAATTATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATT
192 TACTAT-TGAACAATTATTTATTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATT
* * *
5560 TCAACTCATACAATCTTATTCGGAATAAAGTAAAACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTTATAA
256 TCAA-TCATACAAGCTTATTCGGAATAAA-TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTTATAA
*
5625 GAGATTTAGAAAAT-AATTCTATTTACTAAACCAGTTCA
319 GAGATTTAGAAAATAAATT-TATTTACTGAACCAGTTCA
* * * * ** *
5663 AATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTCTTTCAAATCATTATTATTTTTTATTTTGTCATAAA
1 AATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAACATTTTGTTTTGTCATAAA
* * * * *
5728 AAAATTGTTTTTGTTAATATAAGTTTGTTTAAAATAAAATAATACTAATT
66 ACAATTGTTTTTGTTCATAAAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATT
5778 TATTAATTTT
Statistics
Matches: 651, Mismatches: 146, Indels: 64
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
353 1 0.00
354 36 0.06
355 41 0.06
356 18 0.03
357 56 0.09
358 346 0.53
359 18 0.03
360 1 0.00
361 6 0.01
362 29 0.04
363 88 0.14
364 4 0.01
365 7 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (356 bp):
AATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAACATTTTGTTTTGTCATAAA
ACAATTGTTTTTGTTCATAAAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTAAGTAATATTTCAAA
AGTTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAATAAATTAGTTTACTGAACCAATTCAAATAGTTAATACT
ATTGAACAATTATTTATTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAAT
CATACAAGCTTATTCGGAATAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTTATAAGAGATTT
AGAAAATAAATTTATTTACTGAACCAGTTCA
Found at i:6090 original size:321 final size:318
Alignment explanation
Indices: 5506--6110 Score: 682
Period size: 321 Copynumber: 1.9 Consensus size: 318
5496 ACTATATGAA
* * *
5506 CAATTATTTATTTCAAATTATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAACTCATAC
1 CAATTATTTATTTCAAATTATAATAATCTTTTGTTATGTCATAAAACAATTATTTCAACTCATAC
* * * * *
5571 AATCTTATTCGGAATAAAGTAAAACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTTATAAGAGATTTAGAA
66 AAGCTTATTCGGAATAAAGTAAAACCAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAAAAATTTAGAA
* * * * * * * *
5636 AATAATTCTATTTACTAAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTCTTTCAAAT
131 AATAAATATACTTACCAAACCAGATCAAATAATCATAACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAAT
* ** ** * * *
5701 CATTATTATTTTTTATTTTGTCATAAAAAAATTGTTTTTGTTAATATAAGTTTGTTTAAAATAAA
196 CATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAAAAATTCATTTTGTTAATATAAGCTTATTCAAAATAAA
*
5766 ATAATACTAATTTATTAAT-TTTTATCAAACCAGTAAAAAATGTTATGACTATTTGGG
261 ATAATACTAAGTTATTAATATTTTATCAAACCAGTAAAAAATGTTATGACTATTTGGG
* * * * *
5823 CAATTATTTATTTCAAATTGTAATAATTTTTTGTTATGTTATAAAACAA-TAGTTTCTATTCATA
1 CAATTATTTATTTCAAATTATAATAATCTTTTGTTATGTCATAAAACAATTA-TTTCAACTCATA
* * * *
5887 CAAGCTTATTTGGATTAAATTAATACCAATTTATTAATATTTCAACAATGAA-TAAGTAAAAAAT
65 CAAGCTTATTCGGAATAAAGTAAAACCAATTTATTAATATTT-AA-AA--AATTAA-TAAAAAA-
* * * * * * *
5951 TTTA-AAAATAAATATGCTTACCAAACTAGATCAAATAGTCATGATTGTTTAAATAATTATCTAT
124 TTTAGAAAATAAATATACTTACCAAACCAGATCAAATAATCATAACTATTTAAACAATTATCTAT
* * *
6015 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAA-TCATTTTGATTCAA-ATGAGCTTATT
189 TTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAAAAATTCATTTTG-TT-AATATAAGCTTATT
*
6078 CGAAATAAAATAATACTAAGTTATTAATATTTT
252 CAAAATAAAATAATACTAAGTTATTAATATTTT
6111 GAAAATTAAT
Statistics
Matches: 233, Mismatches: 45, Indels: 15
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
316 2 0.01
317 89 0.38
318 2 0.01
319 2 0.01
320 8 0.03
321 120 0.52
322 10 0.04
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.07, T:0.43
Consensus pattern (318 bp):
CAATTATTTATTTCAAATTATAATAATCTTTTGTTATGTCATAAAACAATTATTTCAACTCATAC
AAGCTTATTCGGAATAAAGTAAAACCAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAAAAATTTAGAA
AATAAATATACTTACCAAACCAGATCAAATAATCATAACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAAT
CATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAAAAATTCATTTTGTTAATATAAGCTTATTCAAAATAAA
ATAATACTAAGTTATTAATATTTTATCAAACCAGTAAAAAATGTTATGACTATTTGGG
Found at i:6685 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 5803--7945 Score: 1623
Period size: 181 Copynumber: 11.9 Consensus size: 180
5793 AACCAGTAAA
** * ** * * ** * *
5803 AAAT-GTTATGACTATTTGGGCAATTATTTATTTCAAATTGTAATAATTTTTTGTTATGTTATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * ** * * *
5867 AACAATAGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGGATTAAATTAATACCAATTTATTAATATTTCA
66 AACAAT-TTTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-A
* * * * * * * * * * *
5931 ACAATGAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATATGCTTACCAAACTAGATC
129 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTC
* * * * * *
5983 AAATAGTCATGATTGTTTAAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* ** * ** *
6048 AAAAATCATTTT-GATTCAAATGAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACTAAGTTATTAATATTTT
66 AACAATTTTTTTAG-TTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTT
* * * * *
6111 GAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTAAT-GAACAAATTT
128 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT-ATCGAACAAGTTC
* * * *** * * *
6164 AAATAATTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTGAAATTGCTATAACCTTTTGTTTAGTTATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * * * *
6229 AATGATTTTTTTTTCTA-TTCATAGAAGTTTATTTCAAATAAAATAATA-TAAAGTTACTAATA-
66 AA-CA--ATTTTTT-TAGTTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATAT
* * * * * *
6291 TTAAGACAATTAATAAGTAAAAGATCTAACAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTC
126 TTAA-A-AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTC
** * * **
6348 AAATCTTTATGA-TAATTTGAACAGTTATTTATTTCAAATTGTTAT-AGCCTTTTGTTTTGTCAT
1 AAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CCTTTTGTTTTGTCAT
* * * * *
6411 AAAACAA-TTGTTTATGTTTATACAAGCTTA-TTCAGATTAAAAAAATATTAATTTATTAATATT
64 AAAACAATTTTTTTA-GTTCATACAAGCTTATTTCA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
*
6474 TCAACAAA-TAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA-CATGTTTATCGAACAAGTTC
127 T-AA-AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC-TGTTTATCGAACAAGTTC
* * * * * * * * *
6529 AAATGGTCATGAGTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTGTGA-TTTTTTTTTTGTAATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * *
6593 AACAATTTTTTTAGTTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATGCAAATTTATTAATATTCTAA
66 AACAATTTTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAA
* * * * *
6658 AAATTAATAAGTAAGAGAATAAAAAAATTAATCTATTTATCGAACATGTTC
130 AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTC
* * * * *
6709 AAATAGTTATGATTATCTAAACAATTATCTATTTCAAAGCATTATGA-TTGTTTGTTTTGTCATA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCT-TTTGTTTTGTCATA
* *
6773 AAACAATTGGTTCTT--TTCATGCAAGCTTATATTCAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATAT
65 AAACAATT--TTTTTAGTTCATACAAGCTTAT-TTCAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATAT
* ** * * *
6835 TTCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTTTAAAATAAA--TGTTTTTTGAACACGTTC
126 TT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTC
* * ** * *
6888 AAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTGAAATTGTTATGAGCTTTTGTTTCGTCATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * ** * * * *
6953 ACCAATTGTTTTT-GTTTATAAAAGCTTATTTGGAATAGAATGATACTAATTTATTAAAATTCCA
66 AACAATT-TTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TA
* * * * *
7017 AAATTTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAGA-GAGTTC
129 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGA-ACAAGTTC
* ** * * * * *
7069 AAATAGTTATGACTCTTCAAATAATTATTTATTTCAAATCATTTTGATCTTTTATTTTGTCATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * ** * *
7134 AA-AATTGTTTCTA-ATCATACAATTTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATGAATATTCTA
66 AACAATT-TTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TA
** * * *
7197 AAAATTAATAAGTTGGAGATTTTGAAAAAATAAATCTGTCTACCGAACAAGTTT
129 AAAATTAATAAGTAAGAGA-TTT-AAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTC
* * ** * * *
7251 AAATAGTCATGTCTATTTGAATTATTATCTATTTCAAATCATTATAACATTTTGTTTTATCATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
** * * ** *
7316 AATGATTGTTTCTA-TTAATACAAAATTA-TTCAGAATAAAATAATACTGATTTATTAATATTTT
66 AACAATT-TTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTCA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTT
** * * * *
7379 GTAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAGAATTAAATCTGTTTATCGAACAAATTA
128 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTC
* * * * * *
7428 AAATACTTATGACTATTTAAATAATTATCTATCTCAAATCATTATGATC-TTTGTTTTGTAATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * *
7492 AACAATTGCTTTT-GTTCATACAAGCTTA-TTCAAAGTAAAATATTACTAAATTAATAATATTCT
66 AACAATT-TTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTCAAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATT-T
* * ** * *
7555 AAAAAATAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATGAGTTTACCAAACCAA-TTC
128 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAA-CAAGTTC
* ** * * * *
7608 AAATAGTTAAGACTATTAAAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTTACCTTTTATTTAGTCATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * * *
7673 AACAATTATTTCAGTTCATACAAGATTA-TTCAAAATAAAATAATAGTAATTTATTAACT-TTCA
66 AACAATTTTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAA-TATT-T
* * * *
7736 AAAAATTAATGAGCAAGAGATTTAAATAAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTC
128 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AA-AAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTC
* * * *
7791 AAATA-TATTTGACTATTTGAACAATTATTTATTT-AAAGTCGTTATGACCTTTTATTTTGTCAT
1 AAATAGT-TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * * * * * *
7854 AAAACAATTGTTTCATTTCATAAAATCTTA-TTCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAACATTT
64 AAAACAATTTTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
*
7918 CAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAA
128 -AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
7946 CTAAATTTGA
Statistics
Matches: 1565, Mismatches: 326, Indels: 143
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
175 4 0.00
176 61 0.04
177 65 0.04
178 48 0.03
179 112 0.07
180 292 0.19
181 484 0.31
182 157 0.10
183 205 0.13
184 133 0.08
185 4 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (180 bp):
AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
AACAATTTTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAA
AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTC
Found at i:7037 original size:540 final size:541
Alignment explanation
Indices: 5803--7931 Score: 1935
Period size: 540 Copynumber: 3.9 Consensus size: 541
5793 AACCAGTAAA
** * * * ** * *
5803 AAAT-GTTATGACTATTTGGGCAATTATTTATTTCAAATTGTAATAATTTTTTGTTATGTTATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAGCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * * * * *
5867 AACAATAGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGATTAAATTAATACCAATTTATTAATATTTCAA
66 AACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAA
* * * * *
5932 C-AATGAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAAT-ATGCTTACCAAACTAGATCAAATAGTCATGA
131 CAAAT-AATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGA
* * * * * *
5995 TTGTTTAAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATCATTTT
195 CTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTT
* ** * * * * *
6060 -GATTCAAATGAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAAGTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAT
260 AG-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG
* * * * *
6124 TAAGAGATTT-AAAAAATGAATCTGTTTAAT-GAACAAATTTAAATAATTATGATTATTTGAACA
324 TAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTATTT-ATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACA
* * * * * *
6187 ATTATCTATTTGAAATTGC--TATAACCTTTTGTTTAGTTATAAAATGATTTTTTTTTCTATTCA
388 ATTATCTATTTCAAA--GCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-CA--ATTGTTTCTATTCA
* * *
6250 TAGAAG-TTTATTTCAAATAAAATAATA-TAAAGTTACTAATA-TT-AAGACAATTAATAAGTAA
448 TACAAGCTTTA-TTCAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAA-A-AATTAATAAGTAA
* * * * *
6311 AAGATCTAACAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTC
509 AA-ATTTTA-AAATAAATGT-TTT-TCGAACAAGTTC
** * *
6348 AAATCTTTATGA-TAATTTGAACAGTTATTTATTTCAAATTGTTAT-AGCCTTTTGTTTTGTCAT
1 AAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAG-CTTTTGTTTTGTCAT
* * ** * * * *
6411 AAAACAATTGTTTATGTTTATACAAGCTTATTCAGATTAAAAAAATATTAATTTATTAATATTTC
64 AAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCC
* * *
6476 AACAAATAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA-CATGTTTATCGAACAAGTTCAAATGGTCATG
129 AACAAATAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATG
* * * * * * * *
6540 AGTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTGTGA-TTTTTTTTTTGTAATAAAACAATTTTTT
194 ACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTT
* ** * *
6604 TAGTTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATGCAAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG
259 TAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG
* * * * *
6669 TAAGAGA-ATAAAAAAATTAATCTATTTATCGAACATGTTCAAATAGTTATGATTATCTAAACAA
324 TAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAA
* * * * *
6733 TTATCTATTTCAAAGCATTATGA-TTGTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTTTTCATGCAA
389 TTATCTATTTCAAAGCATTATAACCT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAA
6797 GCTTATATTCAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTT
453 GCTT-TATTCAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAA-TTT
* *
6861 TAAAATAAATGTTTTTTGAACACGTTC
515 TAAAATAAATGTTTTTCGAACAAGTTC
* * *
6888 AAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTGAAATTGTTATGAGCTTTTGTTTCGTCATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAGCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * * * *
6953 ACCAATTGTTTTTGTTTATAAAAGCTTATTTGGAATAGAATGATACTAATTTATTAAAATTCCAA
66 AACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAA
* * * * *
7018 -AATTTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATC-TATTTACCGAGA-GAGTTCAAATAGTTATG
131 CAA-ATAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCATGTTTACC-AAACAAGTTCAAATAGTCATG
* * * * * *
7080 ACTCTTCAAATAATTATTTATTTCAAATCATTTTGATCTTTTATTTTGTCATAAAA-AATTGTTT
194 ACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTT
* ** * *
7144 CTA-ATCATACAATTTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATGAATATTCTAAAAATTAATAA
259 -TAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAA
** * * * * * *
7208 GTTGGAGATTTTGAAAAAATAAATCTGTCTACCGAACAAGTTTAAATAGTCATG-TCTATTTGAA
323 GTAAGAGA-TTTAAAAAAATAAATCTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGAT-TATTTGAA
** * * * ** *
7272 TTATTATCTATTTCAAATCATTATAACATTTTGTTTTATCATAAAATGATTGTTTCTATTAATAC
386 CAATTATCTATTTCAAAGCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAC
** * *** *
7337 AA-AATTATTCAGAATAAAATAATACTGATTTATTAATATTTTGTAAATTAATAAG---AGA-TT
451 AAGCTTTATTCA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTT
* * *
7397 TAAGAATTAAATCTGTTTATCGAACAAATTA
515 TAA-AA-TAAA--TGTTTTTCGAACAAGTTC
* * * * ** * *
7428 AAATACTTATGACTATTTAAATAATTATCTATCTCAAATCATTATGATC-TTTGTTTTGTAATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAGCTTTTGTTTTGTCATAA
* ** * * * *
7492 AACAATTGCTTTTGTTCATACAAGCTTA-TTCAAAGTAAAATATTACTAAATTAATAATATTCTA
66 AACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCA
* * * *
7556 AAAAATAATAAG-AAAGAGATTTAAAAAATAAATGA-GTTTACCAAACCAA-TTCAAATAGTTAA
130 ACAAATAATAAGTAAA-AGATTTAAAAAATAAATCATGTTTACCAAA-CAAGTTCAAATAGTCAT
* * * * *
7618 GACTATTAAAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTTACCTTTTATTTAGTCATAAAACAATTATT
193 GACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTATT
* * * * *
7683 TCAGTTCATACAAGATTATTCAAAATAAAATAATAGTAATTTATTAACT-TTCAAAAAATTAATG
258 TTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAA-TATTCTAAAAATTAATA
* * * *
7747 AGCAAGAGATTTAAATAAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTCAAATA-TATTTGACTATTTGA
322 AGTAAGAGATTTAAA-AAAATAAATCTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGT-TATGATTATTTGA
* * * *
7811 ACAATTATTTATTT-AAAGTCGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-ATTTCA
385 ACAATTATCTATTTCAAAG-CATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCA
* * * *
7874 TAAAATC-TTATTCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAACATTTCAAAAATTAATAAG
448 TACAAGCTTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
7932 CAAGAGATTT
Statistics
Matches: 1296, Mismatches: 239, Indels: 103
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
536 5 0.00
537 2 0.00
538 15 0.01
539 164 0.13
540 512 0.40
541 67 0.05
542 119 0.09
543 51 0.04
544 10 0.01
545 166 0.13
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547 3 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (541 bp):
AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAGCTTTTGTTTTGTCATAA
AACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAA
CAAATAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGAC
TATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTTA
GTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTA
AGAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATT
ATCTATTTCAAAGCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCT
TTATTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTTAAAAT
AAATGTTTTTCGAACAAGTTC
Found at i:8298 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 7949--8877 Score: 457
Period size: 180 Copynumber: 5.2 Consensus size: 180
7939 TTTAAAACTA
* * ** * *
7949 AATTTGAAATATATAATTGTTCAAGTAGTTATAACTATTTGAACTAGTTTAATAAATAGATTTAT
1 AATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTAAACTAGTTCAATAAATAGATTTAT
* * * * *
8014 TTTTTAAATATCCTACTCAATAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTGCTATTTTATTCCGAATA
66 TTTTTAAATATCCAACTCAATAATTTTTGAAATAGTAATAAATTAATACTATTTCATTCCGAATA
* * * * *
8079 GGCTTATATGATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AATTGTTCATAAC
131 AGCTTATATGATG-AAAACAATTATGTTATGACAAAACAAAATG-TCACAAC
* * * * *
8130 AATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATTGCCATAATTATTTAAACTGGTTCGATAAATTGATTTA-
1 AATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTAAACTAGTTCAATAAATAGATTTAT
* * ** * ** *
8194 TTTTTCAATCTCCAACTCCTTAATTTTTGAAATAGTAATAAATTAATATTATTTCATTTTGGATA
66 TTTTTAAATATCCAACTCAATAATTTTTGAAATAGTAATAAATTAATACTATTTCATTCCGAATA
* * *
8259 AGCTTTTATGGACTG-AAACAATTATGTTATTATAAAACAAAATGTCACAAC
131 AGCTTATAT-GA-TGAAAACAATTATGTTATGACAAAACAAAATGTCACAAC
* * * * ** * *
8310 AATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCC-TAACTATTTGAATTTGTTCGGTAAACAAATTTA
1 AATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-CCATAACTATTTAAACTAGTTCAATAAATAGATTTA
* * **** * * * * * * * **
8374 TTTTTAAAAATTTTTTTCTTATTAATTTTTTG--ATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTTGA
65 TTTTT-TAAATATCCAACTCAATAA-TTTTTGAAATAGTAATAAATTAATACTATTTCATTCCGA
* * * * * * * * * *
8437 ATAAACATGTATGAACTG-AAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTTAGAAT
128 ATAAGCTTATATG-A-TGAAAACAATTATGTTATGACAAAACAAAATGTCACAAC
* * * * * * * * * * *
8491 GATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTGACTATTTGAATTAGTTCGACAAACATATTTAT
1 AATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTAAACTAGTTCAATAAATAGATTTAT
** * * * * * ** ** * * * *
8556 TTTTTAAA-ACTCTTACTTATTAATTTTAG-AATATTATTAGTTTAGCAATATTTTACTCCAAAT
66 TTTTTAAATA-TCCAACTCAATAATTTTTGAAATAGTAATAAATTAATACTATTTCATTCCGAAT
* * * * * * *
8619 ATGCTTGTATGAAT-AGAAGCAATTGTTTTATGACAAAAC-AAA-GATCAGAAT
130 AAGCTTATATG-ATGA-AAACAATTATGTTATGACAAAACAAAATG-TCACAAC
* * * * * **
8670 GATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GATCTGGTAAATAGATTTA
1 AATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTAAACTAGTTC-AATAAATAGATTTA
* * *** * * * * * * * * ** *
8734 GTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAGTAAAGTAGTATTATTTTATTTTGGAT
65 TTTTTTAAATATCCAACTCAATAATTTTTGAAATAGTAATAAATTAATACTATTTCATTCCGAAT
* * * * * *
8799 AAGTTTTTATGA-GCTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAAC
130 AAGCTTATATGATG--AAAACAATTATGTTATGACAAAACAAAATGTCACAAC
8851 AACTTT-AAATAGATAATTGTTCAAATA
1 AA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
8878 CTCAAATCTA
Statistics
Matches: 594, Mismatches: 131, Indels: 46
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
178 4 0.01
179 91 0.15
180 258 0.43
181 219 0.37
182 16 0.03
183 6 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.09, G:0.11, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
AATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTAAACTAGTTCAATAAATAGATTTAT
TTTTTAAATATCCAACTCAATAATTTTTGAAATAGTAATAAATTAATACTATTTCATTCCGAATA
AGCTTATATGATGAAAACAATTATGTTATGACAAAACAAAATGTCACAAC
Found at i:9163 original size:182 final size:180
Alignment explanation
Indices: 7950--11568 Score: 2786
Period size: 181 Copynumber: 20.1 Consensus size: 180
7940 TTAAAACTAA
* * * * ** *
7950 ATTTGAAATATATAATTGTTCAAGTAGTTATAACTATTTGAACTAGTTTAATAAATAGATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTTGGTAAACAGATTTATT
* * * * ** ** *
8015 TTTTAAATATCCTACTCAATAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTGCTATTTTATTCCGAATAG
65 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAA
* * ** * *
8080 GCTTATATGATGA-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAATTGTTCATAACA
130 GCTTGTATGA-AATAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * * * * * **
8131 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATTGCCATAATTATTTAAACTGGTTCGATAAATTGATTTA-T
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTTGGTAAACAGATTTATT
* ** ** * * * * **
8195 TTTTCAATCTCCAACTCCTTAATTTTTGAAATAGTAATAAATTAATATTATTTCATTTTGGATAA
65 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAA
* * * * * * * * * * *
8260 GCTTTTATGGACTGAAACAATTATGTTATTATAAAACAAAATGTCACAACA
130 GCTTGTATGAAATAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * *
8311 ATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCCTAACTATTTGAATTTGTTCGGTAAACAAATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTTGGTAAACAGATTTATT
* * * * * * *
8376 TTTAAAAATTTTTTTCTTATTAATTTTTTG--ATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTTGAAT
65 TTT-TAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAAT
* * * * * * * *
8439 AAACATGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTTAGAATG
128 AAGCTTGTATGAAATAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * * ** *
8492 ATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTGACTATTTGAATTAGTTCGACAAACATATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATT-GTTTGGTAAACAGATTTATT
* * * ** * * * * *
8557 TTTTAAAACTCTTACTTATTAATTTTAG-AATATTATTAGTTTAGCAATATTTTACTCCAAATAT
65 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAA
* * * *
8621 GCTTGTATG-AATAGAAGCAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCAGAATG
130 GCTTGTATGAAATA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * * *
8671 ATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATCTGGTAAATAGATTTAGT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTG-TTTGGTAAACAGATTTATT
* * * * **
8736 TTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAGTAAAGTAGTATTATTTTATTTTGGATAA
65 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAA
* * ** * *
8801 GTTTTTATGAGCTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAACA
130 GCTTGTATGAAATAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * *
8852 ACTTT-AAATAGATAATTGTTCAAATACTCA-AATCTATTTG--TTCTTTAGTAAACAAATTTAT
1 A-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAATTGTTTGGTAAACAGATTTAT
* * * * *
8913 TTTTTCAAATCTCTTGCTCATTAATTTTTCAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAAT
64 TTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAAT
* * * * * * * **
8978 AAGCTTGTACGAAATAAAATAATTGTTTTATGCCTAACCAAAAGGTTAGAATT
128 AAGCTTGTATGAAATAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * ** *
9031 ATTTGAAATTGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAATTAGTTTGACAAACACATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATT-GTTTGGTAAACAGATTTATT
* * *
9096 ATTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTGTTTT-TATCTAAAT
65 -TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TCTAAAT
* *
9160 AAGCTTGTATGAAA-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-TAAAGATCATAACG
128 AAGCTTGTATGAAATA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * * * ** * **
9212 GTTTGAGATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAAATGTTTTCTTGAACAGATTTGGT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTG-TTTGGTAAACAGATTTATT
** * * *
9277 TTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTCAAAATATTAATATATTAGTATCATTTTATTCTATATAA
65 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAA
* * *
9338 --TT-T-TG-AAT-GACCAATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATGACG
130 GCTTGTATGAAATAAAACAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * * * *
9384 ATTTCAAATAGATAATTTTTCAAACA-TACATGACTATTTGAACTTGTTTAGT-AATAGATTTAT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-CATAACTATTTGAA-TTGTTTGGTAAACAGATTTAT
* ** * *
9447 TTTTTAAATCTCCTAAC-TATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTATGAAC
64 TTTTTAAATCT-CTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AA-
* * * * * *
9511 A-AAACTTATATGAACA-AAAA-AATTTGTTTTATGAAAAAATAGAAGGTCATAACA
126 ATAAGCTTGTATGAA-ATAAAACAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * * * *
9565 ATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAATTATTTGAACTGGTTAGGTAAACTA-AATTAT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTTGGTAAAC-AGATTTAT
* * *
9629 TTTTTAAATCTCTTAATTATT-ATTTTTGAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTCCAAAT
64 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTCTAAAT
* * *
9692 AAGCTAGTAT-AAATTGAAAAAAATTGTTTTATGTCAAAACAAAAGGTCATAACG
128 AAGCTTGTATGAAA-T-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * * * * *
9746 ATTTGAAATAGATAATTGGTT-ATATAGTCTTAACTGTTTGAACTGGTTTAGTAAAAAAATTTAT
1 ATTTGAAATAGATAATT-GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTTGGTAAACAGATTTAT
* * * * * * * *
9810 TTTTTAAATCTATTAGTTATTAGTTTTTGGAATATTATTAGATTAGTATTATTTTATTTTGAATA
64 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATA
* * * * * * *
9875 AGCTAGTATGAACA-AAAATAATTATTTTATGACAAAATAAAAAGTTATAACC
129 AGCTTGTATGAA-ATAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * * * * * * *
9927 ATATCAAGTATACAATTGTTTAAATAGTCAAAACTATTTAAATTGGTTTGGTAAGCAGATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATT-GTTTGGTAAACAGATTTATT
* * * * * *
9992 TTTTAAAATCTCTTACTCATTAATTTTTAAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGATTA
65 TTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATA
* * * * *
10057 AACTTGTATGATAA-AAAACAATTGTTATATGACCAAACAAAAGCTAATAACG
129 AGCTTGTATGA-AATAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
** * * * * ** * * * *
10109 ATTTGAAATAGATAATTACTAAAATGGCCATAATTATTTGAGCTGATTCGGTAAACATATTCACT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTG-TTTGGTAAACAGATTTATT
* ** * *
10174 TTTTAAAT-TATTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATA
65 TTTTAAATCT-CTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATA
* * * * * * *
10238 AGCTTGTATGAATTGATACAAATGTTTTATGACCAAAGAAAAGGTCATAACA
129 AGCTTGTATGAAATAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * * *
10290 ATTTTAAATAAATAACTGTTCAAATAGTCA-AACTATTTGAATTTATTTGGTAAACA-AATTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTTGGTAAACAGATTTATT
* * * * * **
10353 GTTTAAAACTCTTCCTTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTGGATAA
65 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAA
* * *** * * * *
10418 GATTTTATGAACCGAAACAATTGTTTTATGTCAAAACAAAAAGTTATAATG
130 GCTTGTATGAAATAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * * *
10469 ATTTTAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT-AACTTGCTTGGTAAACATATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTTGGTAAACAGATTTA--
* * * ** * * *
10533 TTTTTTCAAATCTTTTGCTTATTAATTTTTTAAA-GCTAATAAATTTGGATTATTTTATTCTAGA
63 TTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAA
* * * * * * * *
10597 TAAGCTTGTAAGATATGAAACAAATATTTTATGACTAAACAAAAAGTCAAAACG
127 TAAGCTTGTATGAAATAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * ** * * **** * * *
10651 ATTTGAAATAGATAATTATTCCAATAGTTTTAACTATTTAAACTGGTTCAACAAACACAGTTATG
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTTGGTAAACAGATTTATT
* * * * *
10716 TTTTAAA--TC--GCTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTGTTTT-TAACCAAATA
65 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TCTAAATA
* * * * * * *
10776 AGCTTCTAAGACCA-AAAATAATTGTTTTGTGACAAAAC-AAAGATC-TAAACA
129 AGCTTGTATGA-AATAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT-AACG
* * *
10827 ATTT-AAGATTGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGTATTGGTTTGGTAAATAGATTTAT
1 ATTTGAA-ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATT-GTTTGGTAAACAGATTTAT
*
10891 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCGAAT
64 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAAT
* * * *
10955 AAACTTGTATGATAA-AAAATAATTGCTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
128 AAGCTTGTATGA-AATAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * * * * * * *
11008 ATTTGAAATCGATAATCGTTTAAATGGCCATAATTATTTTAACTGATTTGGTAAACATATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTG-TTTGGTAAACAGATTTATT
* * ** * **
11073 TTTAAAAAT-TGTTTACTTATTAATTTAGGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCATCT
65 TTT-TAAATCT-CTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAAT
* * * * * *
11137 AAGCTAGTATTAACTAAAACAATTATTTTATGACAAATCAAAAGGTTATAACG
128 AAGCTTGTATGAAATAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * * * * *
11190 ATTCT-AAATAGACAATTGTTCACATAGTAATAACCATTTGAATTTGTTCGATAAACAGATATAT
1 ATT-TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTTGGTAAACAGATTTAT
* * * * *
11254 TTCTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTCTGAAT
64 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAAT
* * * * * * * * *
11318 AAGCATGTATG-ACTAAAAAAATTATTTTTTGACTAAACAAAAGGTTAAAATG
128 AAGCTTGTATGAAATAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * * * * *
11370 ATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTC-TCAACCATTTGAACTGATTCGATAATCAAATTTAT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT-AACTATTTGAATTG-TTTGGTAAACAGATTTAT
* * * *
11434 TTTTTAGATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTATTATTATTTTAATCTAAATA
64 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATA
* * * * * * * *
11499 AGCTTGTA-CACACATAATAATTGTTTT-TCACAAAACAAAGGGTCACAACG
129 AGCTTGTATGAAATAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
11549 ATTTGAAATAGATAATTGTT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTT
11569 ATAATAACAA
Statistics
Matches: 2720, Mismatches: 615, Indels: 208
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
170 4 0.00
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173 4 0.00
174 3 0.00
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184 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.09, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGTTTGGTAAACAGATTTATTT
TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAG
CTTGTATGAAATAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
Found at i:12052 original size:27 final size:27
Alignment explanation
Indices: 12015--12067 Score: 97
Period size: 27 Copynumber: 2.0 Consensus size: 27
12005 TAATAAGCAA
*
12015 GAAATAAAAAAAATAAATCTATTTACC
1 GAAACAAAAAAAATAAATCTATTTACC
12042 GAAACAAAAAAAATAAATCTATTTAC
1 GAAACAAAAAAAATAAATCTATTTAC
12068 TGAATAAGTT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
27 25 1.00
ACGTcount: A:0.60, C:0.11, G:0.04, T:0.25
Consensus pattern (27 bp):
GAAACAAAAAAAATAAATCTATTTACC
Found at i:12630 original size:181 final size:178
Alignment explanation
Indices: 12155--14078 Score: 1111
Period size: 181 Copynumber: 10.7 Consensus size: 178
12145 AGCGTATCCA
* * * * * * *
12155 AAATAAAATAAT-ATTACTTATTAATATTTCAAAAATTGATAAGTTAGAGATTTAAAAAAAAAAT
1 AAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGGTTTAAAAAATAAAT
* * * * * * * * * * *
12219 -TAGTTTATCAAATTAGATCAAAAAATCATGGCCATTTGAATAATTATCTATTTCAATTCATTAT
66 CT-GTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC-ATTTCAAATCGTTAT
* * * * ** * ** *
12283 GAACTTTTGTTTTGTCATAAAATAACTATTTTTCATCATACAAGCCTATTTG
129 TACCTTTTG-TTTGTCATAAAACAA-TTTTTTTGTTCATATAAGTTTATTCG
* * * * * *
12335 ATATAAAATTTTATAATACTAATTTACTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAGGAGATGTAAAAAA
1 AAAT-AAA----ATAATAATAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGGTTTAAAAAA
* **
12400 TAAATCTGTTTACTAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATACATTTCAAATTA
61 TAAATCTGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT-CATTTCAAATCG
* * * * *
12465 TTATAACCTTTTGTTATGTTATAGAACAATTATTTATGTTCATACAAGTTTATTCG
125 TTATTACCTTTTGTT-TGTCATAAAACAATT-TTTTTGTTCATATAAGTTTATTCG
* * *
12521 AAATAAAATAATAATAATGTAATAATATTCT-AAAAATTAATAACTAAGAGGTTTAAAAAATAAA
1 AAATAAAATAATAATAATTTATTAATATT-TAAAAAATTAATAAGTAAGAGGTTTAAAAAATAAA
* * * * * * * * * * * *
12585 TGTATTTGCCAAACCAGTTTAAATAGCTAAGACTATATCAACAATTCTTTATTTTAAATCGTTAT
65 TCTGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT-ATCATTTCAAATCGTTAT
* * *
12650 TACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTTAGTTCTTAGTAA-CTTATTC-
129 TACCTTTTG-TTTGTCATAAAACAATTTTTTT-GTTCATA-TAAGTTTATTCG
* * *
12701 AGAATAAAATAA-AACAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAGTAAGTAAG-GGATTTAAAAAATA
1 A-AATAAAATAATAA-TAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGG-TTTAAAAAATA
* * *
12764 ACTTTGTTTACCAAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTT
63 AATCTGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC-ATTTCAAATCGTT
* * * *
12829 ATTACCTTTTGTTTCATCATAAAACAAATGTTTTTATTCATATAAGTTTATTTG
127 ATTACCTTTTGTTT-GTCATAAAAC-AATTTTTTTGTTCATATAAGTTTATTCG
* * ** ** *
12883 AAGTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAA-TAA-AA--AA-AAATTTAAAATATAAAT
1 AAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGGTTTAAAAAATAAAT
* * * * * * * * * * *
12943 TTGTTTACTAAACCAATTCAATTAGTTATAACTATTTGAACCATTATTTATTTTAAATCGTGATG
66 CTGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA-TCATTTCAAATCGTTATT
* * * * * *
13008 ACCATTTGTTTTGTCATAAAAGAATTGTTTCTATTCATA-CAGTCTTATT-T
130 ACCTTTTG-TTTGTCATAAAACAATT-TTTTTGTTCATATAAGT-TTATTCG
* ** * * * *
13058 AGAATAAAGTAATGCTACTTTATTAACATTCT-AAAAATTAATAAGTAACG-GATTTAAAAAATG
1 A-AATAAAATAATAATAATTTATTAATATT-TAAAAAATTAATAAGTAA-GAGGTTTAAAAAATA
* * * * * * *
13121 AATTTGTTGGA-C--A--AGTGCAAATAGTTATGATTGTTTGAATAATTATCTATTTCAAATCAT
63 AATCTGTT-TACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC-ATTTCAAATCGT
* * * * * * * * *
13181 TATGACATTTTGTTTTATCACAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TCTA
126 TATTACCTTTTG-TTTGTCATAAAACAATT-TTTTTGTTCATATAAGTTTATTC-G
* ** ** * *
13236 AAATAAGATAATTCTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
1 AAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGGTTTAAAAAATAAAT
* * * * * * * ** **
13301 TTATTTACCGAACGAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAGTATCTATATCAAATTGCGACA
66 CTGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC-ATTTCAAATCGTTATT
* * * * * ** **
13366 ACTTTTTATTTTTTCATAAAACAATTTTTTCTATTCATACAAGCCTATTTT
130 ACCTTTT-GTTTGTCATAAAACAATTTTTT-TGTTCATATAAGTTTATTCG
* * ** * *
13417 AAATAAAATAATACA-AATTTTTTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTTAAAAA-AAG
1 AAATAAAATAATA-ATAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGGTTTAAAAAATAAA
* * * *
13479 T-T-TTT-CTGATCAC-A-TTCAAATAGTTATGACTATTTGATCAATTATCTATTTCAAATAGTT
65 TCTGTTTAC-CA-AACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC-ATTTCAAATCGTT
* * * * * ** *
13539 ATGACCTTTTGTTTTGCCAT-AAACAAATTGTTTCTATTCATACAAGCATATTTG
127 ATTACCTTTTG-TTTGTCATAAAAC-AATT-TTTTTGTTCATATAAGTTTATTCG
* * * * *
13593 AAATAAAATAATACTAGTTTATTAATATTCT-AAAAATTGATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA
1 AAATAAAATAATAATAATTTATTAATATT-TAAAAAATTAATAAGTAAGAGGTTTAAAAAATAAA
* * * * * * * * *
13657 TCTGTTTACCGAGCAAGTTCAAATAGTTATGATTGTTTGAACAATTGTTTATTTAAAATAGTTAT
65 TCTGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT-ATCATTTCAAATCGTTAT
* * * * * *
13722 GATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTATTCAAACAAGTTTATTTG
129 TACCTTTTG-TTTGTCATAAAACAATTTTTT-TGTTCATATAAGTTTATTCG
* * * * * *
13774 GAATAAAA-AATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAAT
1 AAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGGTTTAAAAAATAAAT
** * * * * * * *
13838 CTGTTTACTGAACAAATTCAAATAGTTATGTCCATTTGAACAATTATCTATTTGAAATTGTTATA
66 CTGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC-ATTTCAAATCGTTATT
* * * * * ** * *
13903 ACATTTTTTTTTGTCATTAAACAATTGTTTCTATTTGTGAAAAATTT-TTC-
130 AC-CTTTTGTTTGTCATAAAACAATT-TTTTTGTTCAT-ATAAGTTTATTCG
* * * * *
13953 AGAATAATATAATATTGATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG--AGA--TTTAAAAACTAAA
1 A-AATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGGTTTAAAAAATAAA
* ** * * *
14014 TTTGTTTATGGAAAC-GGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCCATCTCAAATCGTTA
65 TCTGTTTA-CCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT-CATTTCAAATCGTTA
14078 T
128 T
14079 GATCTTTATC
Statistics
Matches: 1384, Mismatches: 280, Indels: 163
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
175 11 0.01
176 240 0.17
177 219 0.16
178 15 0.01
179 13 0.01
180 173 0.12
181 549 0.40
182 23 0.02
185 11 0.01
186 128 0.09
187 2 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (178 bp):
AAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGGTTTAAAAAATAAAT
CTGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCATTTCAAATCGTTATTA
CCTTTTGTTTGTCATAAAACAATTTTTTTGTTCATATAAGTTTATTCG
Found at i:13332 original size:534 final size:535
Alignment explanation
Indices: 12144--14072 Score: 1542
Period size: 534 Copynumber: 3.6 Consensus size: 535
12134 TTTTATTGTA
* * * * * *
12144 AAGCGTATCCAAAATAAAATAATA-TTACTTATTAATATTTCAAAAATTGATAAGTTAGAGATTT
1 AAGCTTATCTAAAATAAAA-AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
* * * * ** * * * * * * *
12208 AAAAAAAAAATTAGTTTATCAAATTAGATCAAAAAATCATGGCCATTTGAATAATTATCTATTTC
65 AAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * * * * **
12273 -AATTCATTATGAAC-TTTTGTTTTGTCATAAAATAACTATTTTTCA-TCATACAAGCCTATTTG
130 AAATT-GTTAT-AACATTTTATTTTATCATAAAACAAATGTTTTT-ATTCATAAAAGTTTATTTG
* * * * * *
12335 ATATAAAATTTTATAATACTAATTTACTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAGGAGATGTAAAAAA
192 A-AT-AAA----ATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAA-AA--A-AAAAT-TTAAAAA
* *
12400 TAAATCTGTTTACTAA--ACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATAC-ATTTCAAA
246 TAAATTTGTTTACTAACCAC-A-TTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTAT-CTATTTCAAA
* * * * ** * * * ** *
12462 TTA-TTATAACCTTTTGTTATGTTATAGAAC-AATTATTTATGTTCATACAAGTTTATTCGAAAT
308 -TAGTGATGACCATTTGTTTTGCCATA-AACAAATTGTTTCTATTCATACAAGCATATTTGAAAT
* * * * * * * * * *
12525 AAAATAATAATAATGTAATAATATTCTAAAAATTAATAACTAAGAGGTTTAAAAAATAAATGTAT
371 AAAATAATACTACTTTATTAACATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGT
* * * * ** * * * * * * * * * * * *
12590 TTGCCAAACCAGTTTAAATAGCTAAGACTATATCAACAATTCTTTATTTTAAATCGTTATTACCT
436 TT-ACGAGCAAGTGCAAATAGTTATGATTGTTTGAACAATTATCTATTTAAAATAGTTATGATCT
* * * * * **
12655 TTTGTTTTGTCATAAAATAATT-TTTTTAGTTCTTAGT
500 TTTGTTTTATCACAAAACAATTGTTTCTA-TTC-AAAC
* * * * *
12692 AA-CTTAT-TCAGAATAAAATAAAACAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAGTAAGTAAGGGATT
1 AAGCTTATCT-AAAATAAAA-AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
* * * *
12755 TAAAAAATAACTTTGTTTACCAAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
64 TAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* * * * * *
12820 CAAATCGTTATTACCTTTTGTTTCATCATAAAACAAATGTTTTTATTCATATAAGTTTATTTGAA
129 CAAATTGTTATAACATTTTATTTTATCATAAAACAAATGTTTTTATTCATAAAAGTTTATTTGAA
*
12885 GTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAA-TAAAAAAAAATTTAAAATATAAATTTGTTT
194 -TAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAAAAAAAAATTTAAAA-ATAAATTTGTTT
* * * * *
12949 ACTAAACCA-ATTCAATTAGTTATAACTATTTGAACCATTATTTATTTTAAATCGTGATGACCAT
257 ACT-AACCACATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTGATGACCAT
* * * *
13013 TTGTTTTGTCATAAA-AGAATTGTTTCTATTCATAC-AGTCTTATTT-AGAATAAAGTAATGCTA
321 TTGTTTTGCCATAAACA-AATTGTTTCTATTCATACAAG-CATATTTGA-AATAAAATAATACTA
** * * *
13075 CTTTATTAACATTCTAAAAATTAATAAGTAACGGATTTAAAAAATGAATTTG-TT-GGA-CAAGT
383 CTTTATTAACATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACGAGCAAGT
* *
13137 GCAAATAGTTATGATTGTTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGA-CATTTTGTTTTATC
448 GCAAATAGTTATGATTGTTTGAACAATTATCTATTTAAAAT-AGTTATGATC-TTTTGTTTTATC
*
13200 ACAAAACAATTGTTTCTATTCATAC
511 ACAAAACAATTGTTTCTATTCAAAC
* * * *
13225 AAGCTTATCTAAAATAAGATAATTCTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT
1 AAGCTTATCTAAAATAA-AAAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
* * * *
13290 AAAAAATAAATTTATTTACCGAACGAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAGTATCTATATC
65 AAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
** * * * * * ** *
13355 AAATTGCGACAACTTTTTATTTTTTCATAAAAC-AATTTTTTCTATTCATACAAGCCTATTTTAA
130 AAATTGTTATAACATTTTATTTTATCATAAAACAAATGTTTT-TATTCATAAAAGTTTA-TTTGA
** * ** * *
13419 ATAAAATAATACAAATTTTTTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAAAATTTTAAAA-AAAGTT-T
193 ATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAA-AA--AAAAATTTAAAAATAAATTTGT
* * * * * *
13482 TT-CTGATCACATTCAAATAGTTATGACTATTTGATCAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCT
255 TTACTAACCACATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTGATGACCA
*
13546 TTTGTTTTGCCATAAACAAATTGTTTCTATTCATACAAGCATATTTGAAATAAAATAATACTAGT
320 TTTGTTTTGCCATAAACAAATTGTTTCTATTCATACAAGCATATTTGAAATAAAATAATACTACT
* * *
13611 TTATTAATATTCTAAAAATTGATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAGCAAGTT
385 TTATTAACATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CGAGCAAGTG
* * * *
13676 CAAATAGTTATGATTGTTTGAACAATTGTTTATTTAAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATA
449 CAAATAGTTATGATTGTTTGAACAATTATCTATTTAAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTATCACA
*
13741 AAACAATTTTTTCTATTCAAAC
514 AAACAATTGTTTCTATTCAAAC
* * ** * * *
13763 AAGTTTATTTGGAATAAAAAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAGGTAGGAGATTTA
1 AAGCTTATCTAAAATAAAAAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA
* * * * * *
13828 AAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAATTCAAATAGTTATGTCCATTTGAACAATTATCTATTTGA
66 AAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA
* * * * * ** * *
13893 AATTGTTATAACATTTTTTTTTGTCATTAAACAATTGTTTCTATTTGTGAAAAATTT-TTCAGAA
131 AATTGTTATAACATTTTATTTTATCATAAAACAAATGTTTTTATTCAT-AAAAGTTTATT-TGAA
* * * * *
13957 TAATATAATATTGATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAACTAAATTTGTTTA
194 TAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAAAAAAAAATTTAAAAA-TAAATTTGTTTA
* * * * *
14022 -TGGAA--ACGGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCCATCTCAAAT
258 CT--AACCAC-ATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
14073 CGTTATGATC
Statistics
Matches: 1110, Mismatches: 223, Indels: 106
0.77 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
533 13 0.01
534 386 0.35
535 25 0.02
536 15 0.01
537 181 0.16
538 294 0.26
539 6 0.01
541 3 0.00
542 3 0.00
543 25 0.02
547 23 0.02
548 133 0.12
549 3 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (535 bp):
AAGCTTATCTAAAATAAAAAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA
AAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA
AATTGTTATAACATTTTATTTTATCATAAAACAAATGTTTTTATTCATAAAAGTTTATTTGAATA
AAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAAAAAAAAATTTAAAAATAAATTTGTTTACTA
ACCACATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTGATGACCATTTGTT
TTGCCATAAACAAATTGTTTCTATTCATACAAGCATATTTGAAATAAAATAATACTACTTTATTA
ACATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACGAGCAAGTGCAAATAG
TTATGATTGTTTGAACAATTATCTATTTAAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTATCACAAAACAAT
TGTTTCTATTCAAAC
Found at i:13622 original size:357 final size:359
Alignment explanation
Indices: 12155--14085 Score: 1616
Period size: 357 Copynumber: 5.4 Consensus size: 359
12145 AGCGTATCCA
* * * * * *
12155 AAATAAAATAATA-TTACTTATTAATATT-TCAAAAATTGATAAGTTAGAGATTTAAAAAAAAAA
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA
* * * ** * * * * * * * * * * *
12218 TTAGTTTATCAAATTAGATCAAAAAATCATGGCCATTTGAATAATTATCTATTTCAATTCATTAT
65 TTTGTTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTGAT
* *
12283 GAACTTTTGTTTTGTCATAAAATAACTATTTTTC-A-TCATACAAGCCTA-TTT-GATATAAAAT
130 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-T-TTTTTCTATTCATACAAGCCTATTTTAGA-AT-AAA-
* * ** * *
12344 TTTATAATACTAATTTACTAATATT-TAAAAAATTAATAAGTAGGAGATGTAAAAAATAAATCTG
190 ---ATAATACAAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAACAGATTTAAAAAATAAATTTG
12408 TTT-ACTAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATAC-ATTTCAAATTA-TTATA
251 TTTGAC---AC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT-CTATTTCAAA-TAGTTATA
* * * * * * *
12470 ACCTTTTGTTATGTTATAGAACAATTATTTATGTTCATACAAGTTTATTCG
310 ACCTTTTGTTTTGTCATA-AACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTG
* * * * * *
12521 AAATAAAATAATAATAATGTAATAATATTCTAAAAATTAATAACTAAGAGGTTTAAAAAATAAAT
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * * * * * * * *
12586 GTATTTGCCAAACCAGTTTAAATAGCTAAGACTATATCAACAATTCTTTATTTTAAATCGTTATT
66 TTGTTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTGATG
* * * * *
12651 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTT-TAGTTCTTAGTAA-CTTA-TTCAGAATAAAATAA
131 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTA-TTCATA-CAAGCCTATTTTAGAATAAAATAA
* * ** *
12713 AACAAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAGTAAGTAAGGGATTTAAAAAATAACTTTGTTT-ACC
194 TACAAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAACAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGA-C
* * *
12776 AAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATTACCTTTTGT
257 --AC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATAACCTTTTGT
** * * * *
12841 TTCATCATAAAACAAATGTTTTTATTCATATAAGTTTATTTG
319 TTTGTCAT-AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTG
* * * * *
12883 AAGTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAA-TAA-AA--AAAA-ATTTAAAATATAAAT
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
** * * * * *
12943 TTGTTTACTAAACCAATTCAATTAGTTATAACTATTTGAACCATTATTTATTTTAAATCGTGATG
66 TTGTTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTGATG
* * * * *
13008 ACCATTTGTTTTGTCATAAAAGAATTGTTTCTATTCATAC-AGTCT-TATTTAGAATAAAGTAAT
131 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTATTCATACAAGCCTAT-TTTAGAATAAAATAAT
* * * * * * *
13071 GCTACTTTATTAACATTCTAAAAATTAATAAGTAACGGATTTAAAAAATGAATTTGTTGGACA-A
195 ACAAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAACAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGACACA
* * * * * * *
13135 GTGCAAATAGTTATGATTGTTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACATTTTGTTTTAT
260 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATAACCTTTTGTTTTGT
* * *
13199 CACAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATCTA
324 CA-TAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTG
* * *
13236 AAATAAGATAATTCTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * * **
13301 TTATTTACCGAACGAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAGTATCTATATCAAATTGCGACA
66 TTGTTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTGATG
* * *
13366 ACTTTTTATTTTTTCATAAAACAATTTTTTCTATTCATACAAGCCTATTTTA-AATAAAATAATA
131 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTATTCATACAAGCCTATTTTAGAATAAAATAATA
* * * * *
13430 CAAATTTTTTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTTAAAAA-AAGTTT-TTCTGATCAC
196 CAAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAACAGATTTAAAAAATAAATTTGTT-TGA-CAC
* * *
13492 A-TTCAAATAGTTATGACTATTTGATCAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGC
259 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATAACCTTTTGTTTTGT
*
13556 CATAAACAAATTGTTTCTATTCATACAAGCATATTTG
324 CATAAAC-AATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTG
* *
13593 AAATAAAATAATACTAGTTTATTAATATTCTAAAAATTGATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * * * *
13658 CTGTTTACCGAGCAAGTTCAAATAGTTATGATTGTTTGAACAATTGTTTATTTAAAATAGTTATG
66 TTGTTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTGATG
* * ** *
13723 ATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTATTCAAACAAGTTTA-TTTGGAATAAAA-AATA
131 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTATTCATACAAGCCTATTTTAGAATAAAATAATA
* * * ** *
13786 CTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT-ACTGAA
196 CAAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAACAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGAC---A
* * * * * * *
13850 CAAATTCAAATAGTTATGTCCATTTGAACAATTATCTATTTGAAATTGTTATAACATTTTTTTTT
258 C-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATAACCTTTTGTTTT
** ** *
13915 GTCATTAAACAATTGTTTCTATTTGTGA-AAAATT-TTTC
322 GTCA-TAAACAATTGTTTCTATTCAT-ACAAGCTTATTTG
* * * * *
13953 AGAATAATATAATATTGATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAACTAAA
1 A-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA
** * * * ** * *
14014 TTTGTTTATGGAAACGGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCCATCTCAAATCGTTAT
65 TTTGTTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTGAT
*
14079 GATCTTT
130 GACCTTT
14086 ATCTACACTT
Statistics
Matches: 1267, Mismatches: 255, Indels: 95
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
353 113 0.09
354 3 0.00
355 6 0.00
356 48 0.04
357 490 0.39
358 149 0.12
359 12 0.01
360 8 0.01
361 115 0.09
362 179 0.14
363 2 0.00
365 6 0.00
366 17 0.01
367 114 0.09
368 5 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (359 bp):
AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
TTGTTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTGATG
ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTATTCATACAAGCCTATTTTAGAATAAAATAATA
CAAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAACAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGACACAG
TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATAACCTTTTGTTTTGTCA
TAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTG
Found at i:14783 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 14749--14783 Score: 52
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 18
14739 AAAGCATAAG
**
14749 GTGACATTTGATTTTATT
1 GTGACATTTGACATTATT
14767 GTGACATTTGACATTAT
1 GTGACATTTGACATTAT
14784 CTTACAATAA
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 2, Indels: 0
0.88 0.12 0.00
Matches are distributed among these distances:
18 15 1.00
ACGTcount: A:0.26, C:0.09, G:0.17, T:0.49
Consensus pattern (18 bp):
GTGACATTTGACATTATT
Found at i:14979 original size:200 final size:199
Alignment explanation
Indices: 14611--15345 Score: 691
Period size: 200 Copynumber: 3.7 Consensus size: 199
14601 TTAATGATGT
* * *
14611 TAATTGTGTCACTAATACTATGACAATTTATCTTTCATTACT-A-ATA-TA-ATTTTATCATTTA
1 TAATTGTGTCACTAATACTGTGACAATTTACCTTTCATCACTAATATATTAGATTTTATCATTTA
* * * * * * * * * *
14672 TTTAGTTATGATTAAATCATTTAATGACTTTTTTTT-ATATATAGCTAATG-AATCTAATGTCAC
66 TTTTGTGATAATTATAGCCTTCAATGACTTTTTTTTCATAAATAGCTAATGAAAACTAACGTCAC
* * *
14735 AAAAAAAGCATAAGGTGACATTTGATTTTATTGTGACATTTGACATTATCTTACAATAATTTGTG
131 AAAAAAAGCATAAGGTGACGTTTGATTTTATTGTCACATTTGACATTATCTTACAATCATTTGTG
14800 ACAA
196 ACAA
* * * **
14804 TAATTGTGTCACCAATATTGTGACAATTTATCTTTTGTCACTAATATATTAGATTTTATCATTTA
1 TAATTGTGTCACTAATACTGTGACAATTTACCTTTCATCACTAATATATTAGATTTTATCATTTA
** * **
14869 TTTTGTGATGGTTATAGCCTTCAATGA-TGTTTTTCTTCATAAATAACTAACAAAAACTAACGTC
66 TTTTGTGATAATTATAGCCTTCAATGACT-TTTTT-TTCATAAATAGCTAATGAAAACTAACGTC
* * * * * ** * *
14933 ATAAAAAAAGCATAAGGTGATGTGTAATTTTATTATCACATTTGACAAAATCTTATAATCATTGG
129 ACAAAAAAAGCATAAGGTGACGTTTGATTTTATTGTCACATTTGACATTATCTTACAATCATTTG
**
14998 TGATGA
194 TGACAA
* * * ** * *
15004 TAATTATGTCACAAATACTGTAATGATTTACCTTTCATCA-TAAACATATCAGATTTTATCATTT
1 TAATTGTGTCACTAATACTGTGACAATTTACCTTTCATCACT-AATATATTAGATTTTATCATTT
* * * * * *
15068 ATTTTGTGACAAGTATAGCCTTTAATGACGTTTTTGTTT-ATAAATAGTTGATGAAAACTAATGT
65 ATTTTGTGATAATTATAGCCTTCAATGAC-TTTTT-TTTCATAAATAGCTAATGAAAACTAACGT
* *
15132 CACAAAAATTAATGCATAAGGTGACGTTTGATTTTATTGTCACAATAGACATTATCTTACAATCA
128 CACAAAAA--AA-GCATAAGGTGACGTTTGATTTTATTGTCACATTTGACATTATCTTACAATCA
15197 -TTGAT-AGCAA
190 TTTG-TGA-CAA
* * * ** * **
15207 TAATTTTTGTCACTAATACAGTGACGATTTACCTTTTGTCACTAATATATTAGGTTTCCTCATTT
1 TAA-TTGTGTCACTAATACTGTGACAATTTACCTTTCATCACTAATATATTAGATTTTATCATTT
* ** * * *
15272 TTTTTGTGGCAAATATAGCCTTCAATGACTTTTTTTTCCATAAATAGCTGATGAAAACTAACATC
65 ATTTTGTGATAATTATAGCCTTCAATGACTTTTTTTT-CATAAATAGCTAATGAAAACTAACGTC
15337 ACAAAAAAA
129 ACAAAAAAA
15346 AAAAAAAACA
Statistics
Matches: 434, Mismatches: 87, Indels: 33
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
193 36 0.08
194 1 0.00
195 3 0.01
196 3 0.01
197 38 0.09
198 2 0.00
199 11 0.03
200 166 0.38
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205 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.11, T:0.41
Consensus pattern (199 bp):
TAATTGTGTCACTAATACTGTGACAATTTACCTTTCATCACTAATATATTAGATTTTATCATTTA
TTTTGTGATAATTATAGCCTTCAATGACTTTTTTTTCATAAATAGCTAATGAAAACTAACGTCAC
AAAAAAAGCATAAGGTGACGTTTGATTTTATTGTCACATTTGACATTATCTTACAATCATTTGTG
ACAA
Found at i:16925 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 15572--20894 Score: 3284
Period size: 181 Copynumber: 29.8 Consensus size: 181
15562 TTGTTCAATA
* * * * ** * * * *
15572 AAACAAATTAATTTTTTAAATCTTTTGCTTATTAATTTTCCAAATGTTCATAAATTTGGATTATT
1 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * * * * *
15637 TTATTTCGAATAAGCTTCTAAG-ACATGAAACAAATATTTTATGACTAAACAAAAGGT-TTGAA-
66 TTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAC-TAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT-AAT
* * ** * * * ****
15699 CATTTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTTTTAATTATTTGAACTGGTTCAAC
129 GA-TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTGTTTGGT
* * * *
15753 AAATACA-TT-TTTTTT-AA--TC-T-CTTATT-ATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATT
1 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * * * * ** *
15810 TT-TAATCGATTAAACTTCTATG-ATTAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATTTTAAC
66 TTAT-TTTGAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT
* * * * * * **
15872 AATTTGAGATTGATAATTGTTTAACTAGTCATAACTATTT--AATTAGTTCAGT
129 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATT-GTTTGGT
* * * * ** * *
15924 AAATAGATTTATTGTTTAAATCTGTTACCTATTAATTTTCAAAATATTAATCAGTTAGTATTATT
1 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * *
15989 TTATTTTGAATAAGCTTGTATGATCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAAGGTCATAATG
66 TTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAAGGTCATAATG
* * * * *
16054 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGCCATAATTATTT-TAACTGATTTGGT
130 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTG-TTTGGT
* ** *
16106 AAACATATTTATTTTTTAAA--T-TT-CTTATTAATTTAGGAAATATTAATAAATTAATATTATT
1 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
** * * * * * *** * *
16167 TTA-TTCCATTTAAGCTTGTATTAATTGAAACAATTATTTTATGACAATTTAAAATGTTATAATG
66 TTATTTTGA-ATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * * * * * ****
16231 ATTTAAAATGGATAATTGTTCAAATAATAATAATAACTATTTGAACTTGCTCAAC
130 ATTTGAAATAGATAATTATTC--A-AATAGTCATAACTATTTGAAATTGTTTGGT
* * * *
16286 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTTAAATGTTAATAAATTAGTATTAAT
1 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * * * * * * ** * *
16351 TTATTCTAAATAAGCTTATATGAAATGAAAC-ATTTTTTTTTTACTAAACAAAAAATCAAAACGA
66 TTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA
* * * * *
16415 TTTGAAGTATATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAAA-TGATTTAGT
131 TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTG-TTTGGT
* *
16466 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT-A--GTTGAAATATT-ATGAAATTAGTATTAT
1 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AAATTAGTATTAT
* ** ** * * * * * *
16527 TTTAATCCGAATAAGCTTGTACAAAC-AAAATAATTATTTTACGACAAAAGAAGAGGTCATAACG
65 TTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * * ***
16591 ATTTGAAATAGATAATCACTCATATAGTCTTAACTATTTG-AATTGGTTCAAT
130 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATT-GTTTGGT
** * * * ** * * * *
16643 AATTAAATTTATTTTTTAATTTTCTTGGTTATTAACTTTTGAAATATTATTAAATTTGCATTATT
1 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * * * *
16708 TTATTTCT-AATGAA-ATAGTAT-AAATAGAACCAATTGTTTGATGACAAAATAAAAGGTTATAA
66 TTATTT-TGAAT-AAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * *
16770 TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTAAAAACTATTTGAAATTGTTTGGC
128 TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTGTTTGGT
** ** * *
16824 AAGTAGATTTGCTTTTTAAATCTCTTACTGATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATT
1 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * * ** * **
16889 TTATTTTGAACAAACTTATATTAACCAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAATAATAACAA
66 TTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA
* * * * * * * *
16954 TTTGAAATAGATAATTGTGCAAATAGTTATAATTTTTTGAACTGGTTTTGT
131 TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTGTTTGGT
* * * * * *
17005 AAATAGAATTATTTTCTAAATCTCTTACTTATAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATTTTATT
1 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* ** * * * * * * * **
17070 CTATTCCGAATAAGCTTGTATGAGCTGAAATAATTATTTTATGATAAAACAAAAGTTTATAACAA
66 TTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA
* * * * * **
17135 TTTGAAATAAATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTG-AACTGAATGG-
131 TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTGTTTGGT
* * *
17184 ACAA-ATGAATTTATTTTTTAAATCT-TATAGTTATTAATTTTT-AGAATATTACTAAATTATTA
1 A-AACA-G-ATTTATTTTTTAAATCTCT-TACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTA
* * * *
17246 TTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTAT-AAGC-AGAAA-AATTGTTTTATGATAGAAC-AAAGGTT
61 TTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA-CTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * ***
17307 ATAA-AATTTTGAAACAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-AAATTGGTTTAAC
124 ATAATGA-TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATT-GTTTGGT
** * *
17365 AAATTGATTTGTTTTTTAAA--T-TT-CTTATTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
1 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * * * * *
17426 TTAATTAGAAAAAGCTTGTA--CATTGAAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTAATAATG
66 TTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACT-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * * * * * * * *
17489 ATTTAAAATAGATAGTTATTTAAATGGCCATGATTATTTG-AACTGATTCGAT
130 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTG-TTTGGT
* * * *
17541 AAACTGATTTATTTTTTAAATTTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATT
1 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * *
17606 TTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAATGGTCATAATGA
66 TTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA
* * * * *
17671 TTTTAAATAGATAATTGTTGAAATAGTCATAAATATTTGAACTTGTTTGGT
131 TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTGTTTGGT
* * * * * *
17722 AAACATATTTATTTTCTCAAATCTCATGCTTATTAATTTTTTAAATGTTAATAAATTAGTATTAT
1 AAACAGATTTATTTT-TTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * ** * * ** * *
17787 TTTATTCTGAATAAACTTGTTTGAATTGAAATGATTATTATAT-A-ACTA-AAAAGGTTAAAATG
65 TTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* ** * *
17849 ATTTGAAATAGATAACTATTTTAATAGTCGTAACTATTTG-AATTGATTTGGC
130 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTG-TTTGGT
* * *
17901 AAACACATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTAG-AATATTATTAAATTAGTATTATT
1 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * * * *
17961 TT-TATTTGAAGAAGCTTGTATGATCAAAAACAATTTTTTTATGAGAAAAAAGAAAGATCATAAT
66 TTAT-TTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACA-AAAGGTCATAAT
* * * * * ****
18025 GATTTGAGATTA-ATATTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAGTGGTTAAAA
129 GATTTGA-AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTGTTTGGT
* * * * *
18078 AAACA-ACTTCAGTTTTTAAATCTCTTGCTTATT-ACTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTAT
1 AAACAGA-TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * ** * *
18141 TTTATTTT-AGATAAGTTTTTATGAACTTTAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAAC
65 TTTATTTTGA-ATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT
* * * * *
18205 GACTTT-AAATAGATAATTGTTCAAATAATCA-AATCTATTTTAATTTGTTTGGC
129 GA-TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAAATTGTTTGGT
* * * * * *
18258 AAACAGATTTATTTTTTTTTAAATGTATTGCTCATTACTTTTTCG-AATGTTAATAAATTAGTAT
1 AAACAGATTTA---TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTAGTAT
* * * * * * *
18322 TGTTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAATAATTGTTTTATGACTAAACAAAAAGTTAAA
62 TATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * * * * * * **
18387 ACGATTTCAAACAGATCATTATTCTAATAGTCTTAACTACTTGAACTAGTTTGCC
127 ATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTGTTTGGT
* * * * * * * * * *
18442 AAATACATTTACTTTTTAAATTTTTTACTTACTAACTTTTGGAATATTATTTAATTAGTATTATT
1 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* *** *** * * * *
18507 TTAATCCAAATAAGCTTGTATGAAAGGAAACAATTGTTTTTTGACAAAA-TAAAGATCATAAAGA
66 TTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA
* * * *
18571 TTTGAGATAGATAAGTGTTCAAATAGTCATAAATATTTG-AATTGTTTTGGT
131 TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTG-TTTGGT
* * ** * * *
18622 AAAGAGATTT-TGTTTTTAAATCTC-T--TT-TTAATTATCAAAATCTTAATATATAAGTATTAT
1 AAACAGATTTAT-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
** * * * *
18682 TTTATTTTGAATAATTTTGTATGAAC-AGAAACAATTATTTTACGACAAAAC--AATGTCATTAT
65 TTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT
* * * *
18744 GATTTGAAATAGATAA-TAGTTCAAATGGACATGACTATTTGAACTTGTTTGGT
129 GATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTGTTTGGT
** *
18797 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCAAACTTATTAATTTTT-AGAATACTAAT-AA--A-T-TTAT
1 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTAT
* ** * *
18856 TTCA-----AATAAAATTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGATCATAAT
65 TTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT
* * * * * * *
18915 GATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTGTTT-AAACCTGCTTGGC
129 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAA-TTGTTTGGT
* * * *
18968 AAATAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAAT-TT--T--ATT-GTATTATT
1 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
*** * * * * * * *
19027 TTATATCAAAAAAAGGTTTTA-CAAATAGAAACAATTGGTTTATGACCAAAA-AAAGGGTCATAA
66 TTAT-TTTGAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAGGTCATAA
** * * * *
19090 CAATTTGAAATAGATAATTCTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACA-TATTTAGA
128 TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-ATTGTTTGGT
* *** * * * *
19144 AAACATATTT-TTTAAAAAAAT-T-TTACTTATTAATTTTTGGATTATTAATAAATTTA-AAATA
1 AAACAGATTTATTT-TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTA
* * * * *
19205 TTTTA-TTTGAAATAAGCATGCATGAAC-AGAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAATGTTAT
64 TTTTATTTTG-AATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCAT
* * * * * *
19268 AATGTTTTGAAATAGATAATTATTCAGATAATCATAACTATTTGAACTTATTCGGT
126 AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTGTTTGGT
* * * *
19324 AAACATATATT-TTATTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTA
1 AAACAGAT-TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * ** * * * *
19387 TCTTACTTCAAATAAGCTTATATGAACTGAAACAAGTGTTTTATTG-CAAAAGAAAAGGTCATAA
64 TTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTA-TGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * **
19451 TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAATTTATTCAGT
128 TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTGTTTGGT
* * * * ** * * * *
19505 AAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAACATTTACAAATTAATATTATT
1 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * * * ** **
19570 TTAATTCGAATAAACTTGTATGAAC-ATAAATAATTGTTCTATAACAAAACAAAAAATCATAACA
66 TTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * * * * *
19634 AATTGAAATAAATAATTACTCAAATAGTCATAACGATTTGAACTTATTTAGT
130 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTGTTTGGT
* * *
19686 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTT--AATATTAACAAATTTA-TATT
1 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-T-TTGAAATATTAATAAA-TTAGTATT
* * * * * *
19748 ATTTTA-TTTGAAATAAGCTTGGATGAAC-AGAA-AATT-TTTTTTTACAAAACAAAAGGTTATG
63 ATTTTATTTTG-AATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * ** * * * *
19809 CT-ATTTCAAATAGATAATTATTC-AACCGATTATAATTATTT-AAGTATGTTTAGT
127 ATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG-TCATAACTATTTGAAAT-TGTTTGGT
* * *
19863 AAACATATTCA-TTTTTAAATCTCTTTA-TTATTAATTTTT-AGATTATTAATAAATTAGTATTA
1 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * * *
19925 TTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAATTGAAATAATTCTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAAC
64 TTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT
* * * *** * ***
19990 GATATGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGATTATTTGGTCTAGTTCAAT
129 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTGTTTGGT
* * * * * **
20043 AAATATATTTATTTTTAAAAT-TTTTGACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTATTAT
1 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTT-ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* *** * * * * *
20107 TTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTTATAATAGAACAAAAAGTCATAA-
65 TTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT
* * ** * *
20170 CATTT-AAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTT-AAACTAGTTTGAT
129 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAA-TTGTTTGGT
* * *
20222 AAATAGATTTATTTTTTAAA--TC--ACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AA--ACTA-T-TG
1 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * ** * * ** * *
20278 TTACTTT--A-CA-C-CGAACAAACCAAGATGATTAG--GTA-AACAAAACAAAAGGTCATAATG
66 TTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATT-GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * * * * *
20335 ATTTGAAATATATAATTCTTCAAAGAGTCATAATTATTTGAACTAGTTAGGT
130 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTGTTTGGT
* * * * * * *
20387 AAATAGAATTATTTTTTAAATATCTTATTTATTATTTTTTGAAATATTAGTAAATTCA-TTTTAT
1 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTAT
*** * * * * * *
20451 TTTATTCCAAATAGGCTAT-TATGAATTCAAACAAACCTCTTTTATGATAAAACAAAA-GTCATA
65 TTTATTTTGAATAAGCT-TGTATGAACTAAAAC-AA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
** * * ** * * ** *
20514 ACAATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTTTTAAATATTTG-AATTGGCTCAGC
127 ATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATT-GTTTGGT
* * * * * * *
20569 AAACAAATTTATTTTTTAATTCTCTTAGTTATTAACTTTTGGAAA-ATTATTAGATTAGTGTTAT
1 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
** * * * * *
20633 TTTATTTCAAATAAACTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAACCAAAAGGTTATAATG
65 TTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* ** * *
20698 ATTTGAAGTTTACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG-AATTAGTTTGGT
130 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATT-GTTTGGT
* * * *
20750 AAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATAATAATAAATTAATTTTATT
1 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * * **
20815 TTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAATC-GTTGTTTTATGATAAAACAAAAAGTCATAACA
66 TTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACT-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* *
20879 ATTTAAAATATATAAT
130 ATTTGAAATAGATAAT
20895 CGTTCTGAAC
Statistics
Matches: 3967, Mismatches: 959, Indels: 432
0.74 0.18 0.08
Matches are distributed among these distances:
163 17 0.00
164 6 0.00
165 64 0.02
166 4 0.00
167 4 0.00
168 2 0.00
169 59 0.01
170 19 0.00
171 95 0.02
172 46 0.01
173 119 0.03
174 62 0.02
175 174 0.04
176 293 0.07
177 281 0.07
178 126 0.03
179 338 0.09
180 487 0.12
181 1216 0.31
182 289 0.07
183 88 0.02
184 172 0.04
185 6 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (181 bp):
AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
TTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA
TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTGTTTGGT
Found at i:17608 original size:898 final size:896
Alignment explanation
Indices: 15928--20271 Score: 2301
Period size: 899 Copynumber: 4.9 Consensus size: 896
15918 TTCAGTAAAT
* ** * *
15928 AGATTTATTGTTTAAATCTGTTACCTATTAATTTTCAAAATATTAATCAGTTAGTATTATTTTAT
1 AGATTTATT-TTTAAATCTCTTA-CTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * * * * **
15993 TTTGAATAAGCTTGTATGATCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAAGGTCATAATGATTT
64 TTTGAATAAACTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGATAATAACAATTT
* * * * *
16058 GAAATAGATAATTATTCAAATGGCCATAATTATTTTAACTGATTTGGTAAACATATTTATTTTTT
129 GAAATAGATAATTATGCAAATAGCCATAATTATTTTAACTGATTTGGTAAACAGAATTATTTTCT
* * *
16123 AAATTTCTTATTAATTTAGGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCATTTAAGCTTGTAT
194 AAATTTCTTATAAATTTAGGAAATATTAATAAATTAATATTATTCTATTCCATATAAGCTTGTAT
* * *** ** **
16188 TAATTGAAACAATTATTTTATGACAATTTAAAATGTTATAATGATTTAAAATGGATAATTGTTCA
259 GAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTTATAACAATTTAAAATAAATAATTGTTC-
* *
16253 AATAATAATAATAACTATTTGAACTTGCTCAACAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTTCTTAT
323 AATAATAATAATAACTATTTGAACTTGATCAACAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
* *
16318 TAATTTTTTAAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTCTAAATAAGCTTATATGAAATGAAACA
388 TAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTAATTTATTCTAAATAAGCTTATATGAAATGAAAAA
* * * ** * * *
16383 TTTTTTTTTTACTAAACAAAAAATCAAAACGATTTGAAGTATATAATTATTCTAATAGTCTTAAC
453 TTGTTTTATGACTAAACAAAAAATCAAAAC-ATTTGAAACAGATAATTATTCAAATAGTCATAAC
** *
16448 TATTTGAAATGATTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAGTTGAAATATTAT
517 TATTTGAAATGATTTAACAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTACTTGAAATATTAT
* * * *
16513 GAAATTAGTATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTACAAACAAAATAATTATTTTACGACAAAAGA
582 GAAATTAGTATTATTTTAATCAGAAAAAGCTTGTACAAACAAAACAATTATTTTACGACAAAACA
* * * * * * * *
16578 AGAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATCACTCATATAGTCTTAACTATTTGAATTGGTTCAAT
647 AAAGGTAATAACGATTTAAAATAGATAATCACTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTGATTCAAT
* * * * * *
16643 AATTAAATTTATTTTTTAATTTTCTTGGTTATTAACTTTTGAAATATTATTAAATTTGCATTATT
712 AACTAAATTTATTTTTTAAATTTCTTGCTTATTAACTTTTGAAATATTAATAAAGTAGCATTATT
* * *
16708 TTATTTCT-AATGAA-ATAGTAT-AAATAGAACCAATTGTTTGATGACAAAATAAAAGGTTATAA
777 TTATTT-TGAAT-AAGATAGTATGAAATA-AAACAATTGTTTGATGACAAAACAAAAGGTCATAA
**
16770 TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT-AAAAACTATTTGAAATTGTTTGGCAAGT
839 TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAAA-TATTTGAAATTGTTTGGCAAAC
*
16828 AGATTTGCTTTTTAAATCTCTTACTGATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
1 AGATTT-ATTTTTAAATCTCTTACT-ATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * *
16893 TTTGAACAAACTTATATTAACCAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAA-ATAATAACAATTT
64 TTTGAATAAACTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGATAATAACAATTT
* ** * * *
16957 GAAATAGATAATTGTGCAAATAGTTATAATT-TTTTGAACTGGTTTTGTAAATAGAATTATTTTC
129 GAAATAGATAATTATGCAAATAGCCATAATTATTTT-AACTGATTTGGTAAACAGAATTATTTTC
** *
17021 TAAATCTCTTACTTATAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATTTTATTCTATTCCGA-ATAAGC
193 TAAA--T-TT-CTTATAAATTTAGGAAATATTAATAAATTAATATTATTCTATTCC-ATATAAGC
* * * *
17085 TTGTATGAGCTGAAATAATTATTTTATGATAAAACAAAA-GTTTATAACAATTTGAAATAAATAA
253 TTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATG-TTATAACAATTTAAAATAAATAA
* ** ** *
17149 TTGTTC-AT-ATAGTCTTAACTATTTGAAC-TGAATGGACAAA-TGAATTTATTTTTTAAATCT-
317 TTGTTCAATAATAATAATAACTATTTGAACTTG-ATCAACAAACAG-ATTTATTTTTTAAATCTC
* * * * * *
17209 TATAGTTATTAA-TTTTTAGAATATTACTAAATTATTATTATTTTATT-TCGAATAAGCTTGTAT
380 T-TACTTATTAATTTTTTA-AATATTAATAAATTAGTATTAATTTATTCT-AAATAAGCTTATAT
** * *
17272 -AAGCA-GAAAAATTGTTTTATGA-TAGAACAAAGGTTAT-AAAA-TTTTGAAACAGATAATTGT
442 GAA--ATGAAAAATTGTTTTATGACTA-AACAAA--AAATCAAAACATTTGAAACAGATAATTAT
* *** * *
17332 TCAAATAGTCATAACTATTT-AAATTGGTTTAACAAATTGATTTGTTTTTTAAATTTCTTA-TTA
502 TCAAATAGTCATAACTATTTGAAA-TGATTTAACAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT-
* ***
17395 ATT-CTTGAAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTAATTAGAAAAAGCTTGTACATTGAAAACAA
565 ATTACTTGAAATATT-ATGAAATTAGTATTATTTTAATCAGAAAAAGCTTGTACAAACAAAACAA
* * * * * * * * * *
17458 TTATTTTATGATAAAACAAAAGGTAATAATGATTTAAAATAGATAGTTATTTAAATGGCCATGAT
629 TTATTTTACGACAAAACAAAAGGTAATAACGATTTAAAATAGATAATCACTCAAATAGCCATAAC
* * *
17523 TATTTGAACTGATTCGATAAACT-GATTTATTTTTTAAATTTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATA
694 TATTTGAACTGATTCAAT-AACTAAATTTATTTTTTAAATTTCTTGCTTATTAACTTTTGAAATA
* * * ** * * *
17587 TTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGATA
758 TTAATAAAGTAGCATTATTTTATTTTGAATAAGATAGTATGAAATAAAACAATTGTTTGATGACA
* * * * * *
17652 AAACAAATGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTGAAATAGTCATAAATATTTGAACTTGT
823 AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAAATATTTGAAATTGT
*
17717 TTGGTAAAC
888 TTGGCAAAC
* * * *
17726 ATATTTATTTTCTCAAATCTCATGCTTATTAATTTTTTAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTA
1 AGATTTATTTT-T-AAATCTCTTAC-TATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * * *** ** * * ** * * **
17791 TTCTGAATAAACTTGTTTGAATTGAAATGATTATTATAT-A-ACTA-AAAAGGTTAA-AATGATT
63 TTTTGAATAAACTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGATAATAACAATT
* *** * * * * * * * * *
17852 TGAAATAGATAACTATTTTAATAGTCGTAACTATTTGAATTGATTTGGCAAACACATTTATTTTT
128 TGAAATAGATAATTATGCAAATAGCCATAATTATTTTAACTGATTTGGTAAACAGAATTATTTTC
* * * * * ** *
17917 TAAATCTCTTATTAATTTTA-G-AATATTATTAAATTAGTATTATTTTTATTTGA-AGAAGCTTG
193 TAAATTTCTTA-TAAATTTAGGAAATATTAATAAATTAATATTA-TTCTATTCCATATAAGCTTG
* ** * * * * ** * * * *
17979 TATGATCAAAAACAATTTTTTTATGAGAAAA-AAGAAAGATCATAATGATTTGAGATTAATATTT
256 TATGAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAA-AATG-TTATAACAATTTAAAATAAATAATT
* * * * * * * * * *
18043 GTTC-A-AATAGTCATAACTATTTGAAGTGGTTAAAAAAACA-ACTTCAGTTTTTAAATCTCTTG
319 GTTCAATAATAATAATAACTATTTGAACTTGATCAACAAACAGA-TTTATTTTTTAAATCTCTTA
* * * * * * * * *
18105 CTTATT-ACTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTAGATAAGTTTTTATGAACTT
383 CTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTAATTTATTCTAAATAAGCTTATATGAA-AT
* * ** * * *
18169 TAACAATTGTTTTATGA-TAAAACAAAAGGTCATAACGACTTT-AAATAGATAATTGTTCAAATA
447 GAAAAATTGTTTTATGACT-AAACAAAAAATCAAAAC-A-TTTGAAACAGATAATTATTCAAATA
* * * ** * * * * *
18232 ATCA-AATCTATTTTAATTTG-TTTGGCAAACAGATTTATTTTTTTTTAAATGTATTGCTCATTA
509 GTCATAA-CTATTTGAA-ATGATTTAACAAACAAATTTA---TTTTTTAAATCTCTTACTTATTA
* * * ** * ** * *
18295 CTTTTTCG-AATGTTAAT-AAATTAGTATTGTTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAATA
569 C---TT-GAAATATT-ATGAAATTAGTATTATTTTAATCAGAAAAAGCTTGTACAAAC-AAAACA
* * * * * * * * * * * *
18358 ATTGTTTTATGACTAAACAAAAAGTTAA-AACGATTTCAAACAGATCATTATTCTAATAGTCTTA
628 ATTATTTTACGACAAAAC-AAAAGGTAATAACGATTTAAAATAGATAATCACTCAAATAGCCATA
* * * * * * * * *
18422 ACTACTTGAACTAGTTTGCCA-AA-TACATTTACTTTTTAAATTTTTTACTTACTAACTTTTGGA
692 ACTATTTGAACT-GATT-CAATAACTAAATTTATTTTTTAAATTTCTTGCTTATTAACTTTTGAA
* * * * * *** * * ** **
18485 ATATTATTTAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAAAGGAAACAATTGTTTTTTG
755 ATATTAATAAAGTAGCATTATTTTATTTTGAATAAGATAGTATGAAATAAAACAATTGTTTGATG
* * * * * * *
18550 ACAAAA-TAAAGATCATAAAGATTTGAGATAGATAAGTGTTCAAATAGTCATAAATATTTG-AAT
820 ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAAATATTTGAAAT
* *
18613 TGTTTTGGTAAAG
885 TG-TTTGGCAAAC
* * ** * * *
18626 AGATTTTGTTTTTAAATCTCTT--T-TTAATTATCAAAATCTTAATATATAAGTATTATTTTATT
1 AGA-TTTATTTTTAAATCTCTTACTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
** * * * * * * * **
18688 TTGAATAATTTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTACGACAAAAC--AATG-TCATTATGATTTG
65 TTGAATAAACTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGATAATAACAATTTG
* * * * * * * *
18750 AAATAGATAA-TAGTTCAAATGGACATGACTATTTGAACTTG-TTTGGTAAACAGATTTATTTTT
130 AAATAGATAATTA-TGCAAATAGCCATAATTATTTTAAC-TGATTTGGTAAACAGAATTATTTTC
* * ** * * * * * * * **
18813 TAAA--TC-T-CAAACTTATTAATTTTTAGA-ATACTAATA-AATT-TATTTCAAATAAAATTGT
193 TAAATTTCTTATAAATTTAGGAAATATTA-ATAAATTAATATTATTCTATTCCATATAAGCTTGT
* * * **
18871 ATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAA-GATCATAATGATTTAAAATAAATAATTG
257 ATGAACT-GAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATG-TTATAACAATTTAAAATAAATAATTG
* * * * * * *** * * *
18934 TTC-A-AATAGTCATAACTGTTTAAACCTGCTTGGCAAATAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACT
320 TTCAATAATAATAATAACTATTTGAACTTGATCAACAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACT
** * * * * * *
18997 TATTAATTTTTGGAAT-TT--T--ATT-GTATTATTTTATATCAAAAAAAGGTTTTA-CAAATAG
385 TATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTAATTTAT-TCTAAATAAGCTTATATGAAAT-G
* * ** * * *
19055 AAACAATTGGTTTATGACCAAA-AAAAGGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTCTTCAAATAG
448 AAA-AATTGTTTTATGACTAAACAAAA-AATCAAAAC-ATTTGAAACAGATAATTATTCAAATAG
* ***
19119 TCATAACTATTTGAACAT-ATTTAGA-AAACATATTT-TTTAAAAAAAT-T-TTACTTATTAATT
510 TCATAACTATTTGAA-ATGATTTA-ACAAACAAATTTATTT-TTTAAATCTCTTACTTATT-A--
* * * * * ** * * ** *
19179 TTTGGATTATTAAT-AAATTTA-AAATATTTT-ATTTGAAATAAGCATGCATGAACAGAACCAAT
569 CTTGAAATATT-ATGAAA-TTAGTATTATTTTAATCAGAAA-AAGCTTGTACAAACA-AAACAAT
* * * * * * * * * * **
19241 TGTTTTATGACAAAACAAAAATGTTATAATGTTTTGAAATAGATAATTATTCAGATAATCATAAC
630 TATTTTACGACAAAAC-AAAAGGTAATAACGATTTAAAATAGATAATCACTCAAATAGCCATAAC
* ** * * * * * *
19306 TATTTGAACTTATTCGGTAA--ACATATATTTTATTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTTG-AA
694 TATTTGAACTGATTCAATAACTAAATTTATTTT-TTAAATT-TCTTGCTTATTAA-CTTTTGAAA
* * * * ** * * * * *
19368 TATTAATAAATTAGTATTATCTTACTTCAAATAAGCTTA-TATGAACTGAAACAAGTGTTTTATT
756 TATTAATAAAGTAGCATTATTTTATTTTGAATAAG-ATAGTATGAAATAAAACAATTGTTTGA-T
* ** * *
19432 G-CAAAAGAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAAT
819 GACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAAATATTTGAAA
* ** * *
19496 TTATTCAGTAAAT
884 TTGTTTGGCAAAC
* * * ** * * * * *
19509 ATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAACATTTACAAATTAATATTATTTTAA
1 AGATTTA-TTTTTAAATCTCTTAC-TATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * * * * * *
19574 TTCGAATAAACTTGTATGAACATAAATAATTGTTCTATAACAAAACAAAAA-ATCATAACAAATT
64 TTTGAATAAACTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGATAATAACAATTT
* * ** * * *
19638 GAAATAAATAATTACT-CAAATAGTCATAACGATTTGAACTTATTTAGTAAACA-AATTTATTTT
129 GAAATAGATAATTA-TGCAAATAGCCATAATTATTTTAACTGATTTGGTAAACAGAA-TTATTTT
* * *** * * * ** *
19701 TTAAATCTTTTACTTATTAATTGT-CTTAATATTAACAAATTTATATTATTTTATTTGAAATAAG
192 CTAAA---TTT-CTTATAAATT-TAGGAAATATTAATAAATTAATATTATTCTATTCCATATAAG
* * * * * * * * *
19765 CTTGGATGAACAG-AA-AATT-TTTTTTTACAAAACAAAAGGTTAT-GCTATTTCAAATAGATAA
252 CTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTTATAACAATTTAAAATAAATAA
* ** * * * * ** * *
19826 TTATTCAACCGAT--T-ATAATTATTT-AAGTATGTTTAGTAAACATATTCA-TTTTTAAATCTC
317 TTGTTCAA-TAATAATAATAACTATTTGAACT-TGATCAACAAACAGATTTATTTTTTAAATCTC
* * * *
19886 TTTA-TTATTAA-TTTTTAGATTATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATG
380 -TTACTTATTAATTTTTTA-AATATTAATAAATTAGTATTAATTTATTCTAAATAAGCTTATATG
* * * * * * *
19949 AATTGAAATAATTCTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATATGAAATAGATAATTATTCAA
443 AAATGAAA-AATTGTTTTATGACTAAACAAAAAATCAAAAC-ATTTGAAACAGATAATTATTCAA
* * *** * * * * * *
20014 ATAGTCATGATTATTTGGTCT-AGTTCAATAAATATATTTATTTTTAAAAT-TTTTGACTTATTA
506 ATAGTCATAACTATTTGAAATGA-TTTAACAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTT-ACTTATTA
* * ** *
20077 ATTGTCAAAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTAATCCA-AATAAGCTTGTATGAATAGAAACA
569 CTTG---AAATATT-ATGAAATTAGTATTATTTTAAT-CAGAAAAAGCTTGTACAAACA-AAACA
** * * * * * ** *
20140 ATTATTTTATAATAGAACAAAAAGTCATAAC-ATTT-AAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAA
628 ATTATTTTACGACAAAACAAAAGGTAATAACGATTTAAAATAGATAATCACTCAAATAGCCATAA
* ** * * * *
20203 CTATTTAAACT-AGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAA--TC--ACTTATTAATTTTTGAAAT
693 CTATTTGAACTGA-TTCAATAACTAAATTTATTTTTTAAATTTCTTGCTTATTAACTTTTGAAAT
20263 ATTAATAAA
757 ATTAATAAA
20272 CTATTGTTAC
Statistics
Matches: 2682, Mismatches: 599, Indels: 332
0.74 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
880 17 0.01
881 74 0.03
882 115 0.04
883 80 0.03
884 4 0.00
885 23 0.01
886 83 0.03
887 68 0.03
888 3 0.00
889 61 0.02
890 88 0.03
891 145 0.05
892 114 0.04
893 73 0.03
894 53 0.02
895 109 0.04
896 162 0.06
897 43 0.02
898 319 0.12
899 360 0.13
900 347 0.13
901 218 0.08
902 20 0.01
903 102 0.04
904 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (896 bp):
AGATTTATTTTTAAATCTCTTACTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
TGAATAAACTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGATAATAACAATTTGA
AATAGATAATTATGCAAATAGCCATAATTATTTTAACTGATTTGGTAAACAGAATTATTTTCTAA
ATTTCTTATAAATTTAGGAAATATTAATAAATTAATATTATTCTATTCCATATAAGCTTGTATGA
ACTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTTATAACAATTTAAAATAAATAATTGTTCAAT
AATAATAATAACTATTTGAACTTGATCAACAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA
TTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTAATTTATTCTAAATAAGCTTATATGAAATGAAAAATTG
TTTTATGACTAAACAAAAAATCAAAACATTTGAAACAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATT
TGAAATGATTTAACAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTACTTGAAATATTATGAAA
TTAGTATTATTTTAATCAGAAAAAGCTTGTACAAACAAAACAATTATTTTACGACAAAACAAAAG
GTAATAACGATTTAAAATAGATAATCACTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTGATTCAATAACT
AAATTTATTTTTTAAATTTCTTGCTTATTAACTTTTGAAATATTAATAAAGTAGCATTATTTTAT
TTTGAATAAGATAGTATGAAATAAAACAATTGTTTGATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
AAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAAATATTTGAAATTGTTTGGCAAAC
Found at i:17650 original size:536 final size:527
Alignment explanation
Indices: 15577--20899 Score: 2142
Period size: 536 Copynumber: 9.9 Consensus size: 527
15567 CAATAAAACA
* * * * * *
15577 AATTAATTTTTTAAATCTTTTGCTTATTAATTTTCCA-AATGTTCATAAATT-TGGATTATTTTA
1 AATTTATTTTTTAAATCTTATG-TTATTAATTTT-TAGAATATTAATAAATTAT-TATTATTTTA
* * * * *
15640 TTTCGAATAAGCTTCTA-AGACATGAAACAAATATTTTATGACTAAACAAAAGGTT-TGAACATT
63 TTTCGAATAA-CTTGTATA-ATA-GAAA-AATTGTTTTATGA--AAA-AAAAGGTTAT-AAAATT
* ** * * * *** *
15703 TTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTTTTAATTATTTGAACTGGTTCAACAAATACA-TT-TTTT
120 TTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTGGTTTGGCAAATAGATTTGTTTT
* * * * * * *
15766 TT-AATCTCTTATTATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTAA-TCGATTAAA-CTTC
185 TTAAATTTCTTATTAATTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTAATTTGA-AAAAGCTTG
* * * * ** ** * * *
15828 TATGATTAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATTTTAACAATTTGAGATTGATAATTGT
247 TATCATCAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATAATAATGATTTAAAATAGATAATTGT
* * * * * * *
15892 TTAACTAGTCATAACTATTT-AA-TTAGTTCAG-TAAA-TAGATTTATTGTTTAAATCTGTTACC
312 TCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGA-TT-AGATAAACT-GATTTATTTTTTAAATCTCTTACT
** * ** * *
15953 TATTAATTTTCAAAATATTAAT-CAGTTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGATCAAA
374 TATT-ATTTTTGAAATATTAATAAAG-TAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAACTAA
* * * ** * * * *
16017 AACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGC
437 AACAATTATTTTATGATAAAA-CAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGT
* * *
16082 CATAATTATTTTAACTGATTTGGTAAACAT
501 CTTAACTATTTGAACTGA-TTGG-AAA-AT
* *
16112 -ATTTATTTTTTAAA--TT-TCTTATTAA--TTTAGGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-
1 AATTTATTTTTTAAATCTTATGTTATTAATTTTTA-G-AATATTAATAAATTATTATTATTTTAT
* * * * * * *
16170 TTCCATTTAAGCTTGTATTAATTGAAACAATTATTTTATGACAATTTAAAATGTTATAATGA-TT
64 TTCGA-ATAA-CTTGTA-TAATAGAAA-AATTGTTTTATGA-AA--AAAAAGGTTATAA-AATTT
* * * * * * * *** * *
16234 TAAAATGGATAATTGTTCAAATAATAATAATAACTATTTGAACTT-GCTCAACAAACAGATTTAT
121 TGAAATAGATAATTATTC--A-AATAGTCATAACTATTT-AAATTGGTTTGGCAAATAGATTTGT
* *
16298 TTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTTAAATGTTAATAAATTAGTATTAATTT-ATTCT-AAA
182 TTTTTAAA----TTTCTTATTAA--TTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATT-TGAAA
* * * * * * * * * *
16361 TAAGCTTATATGA--AATGAAAC-ATTTTTTTTTTACTAAACAAAAAATCAA-AACGATTTGAAG
240 -AAGCTTGTATCATCAA--AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGAT-AATAATGATTTAAAA
* * * * * * **
16422 TATATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAAATGATTTAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAA
301 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGA-TTAGATAAACTGATTTATTTTTTAAA
* * *
16486 TCTCTTACTTATTA--GTTGAAATATT-ATGAAATTAGTATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTA
365 TCTCTTACTTATTATTTTTGAAATATTAAT-AAAGTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTA
** * * * * * * ***
16548 CAAAC-AAAATAATTATTTTACGACAAAAGAAGAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATCACTC
429 TGAACTAAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * *
16612 ATATAGTCTTAACTATTTGAATTGGTT-CAATAATT
494 ATATAGTCTTAACTATTTGAACTGATTGGAA-AA-T
* * * * *
16647 AAATTTATTTTTTAATTTTCTT-GGTTATTAACTTTT-GAAATATTATTAAATT-TGCATTATTT
1 -AATTTATTTTTTAA--ATCTTATGTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAT-TATTATTT
* * * * * *
16709 TATTTCTAATGAAATAGTATAAATAGAACCAATTGTTTGATGACAAAATAAAAGGTTATAATGA-
61 TATTTCGAAT-AACTTGTAT-AATAGAA-AAATTGTTTTATG--AAAA-AAAAGGTTATAA-AAT
* * * *
16773 TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTAAAAACTATTTGAAATT-GTTTGGCAAGTAGATTTGCT
119 TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT-AAATTGGTTTGGCAAATAGATTTGTT
* *
16837 TTTTAAATCTCTTACTGATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAACAA
183 TTTTAAA--T-TT-CTTATTAA--TTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTTGAA-AA
* * * * * * ** *
16902 A-CTTATATTAACCAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAATAATAACAATTTGAAATAGAT
241 AGCTTGTATCATCAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATAATAATGATTTAAAATAGAT
* * * * * * *
16966 AATTGTGCAAATAGTTATAATTTTTTGAACTGGTTTTG-TAAA-TAGAATTATTTTCTAAATCTC
306 AATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACT-GATTAGATAAACT-GATTTATTTTTTAAATCTC
* * * * * *
17029 TTACTTATAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATTTTATTCTATTCCGAATAAGCTTGTATGAG
369 TTACTTAT-TATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAA
* * * * *
17094 CTGAAATAATTATTTTATGATAAAACAAAAGTTTATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCATAT
433 CTAAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCATAT
*
17159 AGTCTTAACTATTTGAACTGAATGGACAAAT
498 AGTCTTAACTATTTGAACTGATTGGA-AAAT
*
17190 GAATTTATTTTTTAAATCTTATAGTTATTAATTTTTAGAATATTACTAAATTATTATTATTTTAT
1 -AATTTATTTTTTAAATCTTAT-GTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTATTATTATTTTAT
* *
17255 TTCGAATAAGCTTGTATAAGCAGAAAAATTGTTTTATGATAGAACAAAGGTTATAAAATTTTGAA
64 TTCGAATAA-CTTGTATAA-TAGAAAAATTGTTTTATGA-A-AAAAAAGGTTATAAAATTTTGAA
* * ** *
17320 ACAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTGGTTTAACAAATTGATTTGTTTTTTAAA
125 ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTGGTTTGGCAAATAGATTTGTTTTTTAAA
*
17385 TTTCTTATTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTAGAAAAAGCTTGTA-CAT
190 TTTCTTATTAATT-TT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTTGAAAAAGCTTGTATCAT
** * * * * *
17449 TGAAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTAATAATGATTTAAAATAGATAGTTATTTAAAT
253 CAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATAATAATGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * * *
17514 GGCCATGATTATTTGAACTGATTCGATAAACTGATTTATTTTTTAAATTTCTTGCTTATTAATTT
318 AGTCATAATTATTTGAACTGATTAGATAAACTGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT-ATTT
** * * *
17579 TTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATTGTT
382 TTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTATT
* ** * * * * *
17644 TTATGATAAAACAAATGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTGAAATAGTCATAAATATTT
447 TTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTT
*
17709 GAACTTGTTTGGTAAACAT
512 GAAC-TGATTGG-AAA-AT
* * * *
17728 -ATTTATTTTCTCAAATCTCATGCTTATTAATTTTTTA-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTA
1 AATTTATTTT-TTAAATCTTATG-TTATTAA-TTTTTAGAATATTAATAAATTATTATTATTTTA
* * * * * *
17791 -TTCTGAATAAACTTGTTTGAATTGAAATGATTATTATAT-AACTAAAAAGG-T-TAAAATGATT
63 TTTC-GAAT-AACTTGTAT-AATAGAAA-AATTGTTTTATGAA-AAAAAAGGTTATAAAAT--TT
* ** * * * * * *
17852 TGAAATAGATAACTATTTTAATAGTCGTAACTATTTGAATTGATTTGGCAAACACATTTATTTTT
121 TGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTGGTTTGGCAAATAGATTTGTTTTT
* * * *
17917 TAAATCTCTTATTAATTTTAGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTATTTGAAGAAGCTTGTAT
186 TAAATTTCTTATTAATTTTA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTTGAAAAAGCTTGTAT
* * * * * * * *
17982 GATCAAAAACAATTTTTTTATGAGAAAAAAGAAAGATCATAATGATTTGAGATTA-ATATTTGTT
250 CATCAAAAACAATTATTTTATGACAAAACA-AAAGATAATAATGATTT-AAAATAGATAATTGTT
* * * * * * * * *
18046 CAAATAGTCATAACTATTTGAAGTGGTTAAAAAAAC-AACTTCAGTTTTTAAATCTCTTGCTTAT
313 CAAATAGTCATAATTATTTGAACTGATTAGATAAACTGA-TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
* ** * * **
18110 TACTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATT-TTAGATAAGTTTTTATGAACTTTAACA
377 TATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTCCGA-ATAAGCTTGTATGAACTAAAACA
* * * * *
18174 ATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGACTTT-AAATAGATAATTGTTCAAATAATC-AA
441 ATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAAC-AATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTA
* * * * *
18237 ATCTATTTTAATTTGTTTGGCAAAC
505 A-CTATTTGAA-CTGATTGGAAAAT
* * * * * * *
18262 AGATTTATTTTTTTTTAAAT-GTATTGCTCATTACTTTTTCGAATGTTAATAAATTAGTATTGTT
1 A-ATTTA---TTTTTTAAATCTTA-TG-TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTATTATTATT
* *
18326 TTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACT-GAAATAATTGTTTTATGACTAAACAAAAAGTTA-AAAC
60 TTATTTCGAATAA-CTTGTAT-AA-TAGAAA-AATTGTTTTATGA--AAA-AAAAGGTTATAAA-
* * * * * * * * * * * *
18389 GA-TTTCAAACAGATCATTATTCTAATAGTCTTAACTACTTGAACTAGTTTGCCAAATACATTTA
117 -ATTTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTGGTTTGGCAAATAGATTTG
* * * * * **
18453 CTTTTTAAATTTTTTACTTACTAACTTTTGGAATATTATTTAATTAGTATTATTTTAA-TCCAAA
181 TTTTTTAAA---TTT-CTTATTAA-TTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTTGAAA
* * * * * * * *
18517 TAAGCTTGTATGA--AAGGAAACAATTGTTTTTTGACAAAA-TAAAGATCATAAAGATTTGAGAT
240 -AAGCTTGTATCATCAA--AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATAATAATGATTTAAAAT
* * * * * * **
18579 AGATAAGTGTTCAAATAGTCATAAATATTTGAATTGTTTTGGTAAAGAGATTT-TGTTTTTAAAT
302 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGATTAGATAAACTGATTTAT-TTTTTAAAT
* * ** * * ** **
18643 CTCTT--TT-TAATTATCAAAATCTTAATATA-TAAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGTAT
366 CTCTTACTTATTATTTTTGAAATATTAATAAAGT-AGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTAT
* * * * ** *
18704 GAAC-AGAAACAATTATTTTACGACAAAAC--AATGTCATTATGATTTGAAATAGATAATAGTTC
430 GAACTA-AAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * * * * * * *
18766 AAATGGACATGACTATTTGAACTTGTTTGGTAAAC
494 ATATAGTCTTAACTATTTGAAC-TGATTGGAAAAT
* ** * * *
18801 AGATTTATTTTTTAAATCTCAAACTTATTAATTTTTAGAATACTAAT-AA--A-T-TTATTTCAA
1 A-ATTTATTTTTTAAATCT-TATGTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTATTATTATTTTAT
* * * * *
18861 AT--AA-AA-TTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGATCATAATGA-TTTA
64 TTCGAATAACTTGTAT-AATAGAAA-AATTGTTTTATG--AAAA-AAAAGGTTATAA-AATTTTG
* * * * * * *
18921 AAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTGTTTAAACCT-GCTTGGCAAATAAATTTATTTTTT
123 AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAA-TTGGTTTGGCAAATAGATTTGTTTTTT
* *** *
18985 AAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAAT-TT--T--ATT-GTATTATTTTATATCAAAAAAAGGT
187 AAA---TTT-CTTATTAA-TTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-ATTTGAAAAAGCT
* * ** * * * ** *
19044 TTTA-CAAAT-AGAAACAATTGGTTTATGACCAAAA-AAAGGGTCATAACAATTTGAAATAGATA
245 TGTATC--ATCAAAAACAATTATTTTATGA-CAAAACAAAAGATAATAATGATTTAAAATAGATA
* * **
19106 ATTCTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACAT-ATTTAGA-AAAC--A--TATTTTTTAAAAAAAT
307 ATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAAC-TGA-TTAGATAAACTGATTTATTTTTT--AAATCT
* * * * * * * * *
19165 TTTACTTATTAATTTTTGGATTATTAATAAATTTA-AAATATTTTATT-TGAAATAAGCATGCAT
368 CTTACTTATT-ATTTTTGAAATATTAATAAA-GTAGTATTATTTTATTCCG-AATAAGCTTGTAT
* * * * * *** *
19228 GAAC-AGAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAATGTTATAATGTTTTGAAATAGATAATTATT
430 GAACTA-AAACAATTATTTTATGATAAAAC-AAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * *
19292 CAGATAATCATAACTATTTGAACTTATTCGGTAAACAT
493 CATATAGTCTTAACTATTTGAACTGATT-GG-AAA-AT
* * * * * * *
19330 -ATATT-TTATTTAATTCTCT-TACTCATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATCTTA
1 AAT-TTATTTTTTAAATCT-TAT-GTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTATTATTATTTTA
* * * * * *
19392 CTTCAAATAAGCTTATATGAACT-GAAACAAGTGTTTTATTGCAAAAGAAAAGGTCATAATGA-T
63 TTTCGAATAA-CTTGTAT-AA-TAGAAA-AATTGTTTTA-TG-AAAA-AAAAGGTTATAA-AATT
* * ** ** * * *
19455 TTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAATTTATTCAGTAAATATATTTATTTT
120 TTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTGGTTTGGCAAATAGATTTGTTTT
* * * * * *
19520 TTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAACATTTACAAATTAATATTATTTTAATTCGAATAAA-
185 TTAAA---TTT-CTTATTAATT-T-TAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTTGAA-AAAG
* * * * * * * * * ** * * *
19584 CTTGTATGAACATAAATAATTGTTCTATAACAAAACAAAAAATCATAACAAATTGAAATAAATAA
243 CTTGTATCATCAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATAATAATGATTTAAAATAGATAA
** ** * ** *
19649 TTACTCAAATAGTCATAACGATTTGAACTTATTTAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTA
308 TTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGA-TTAGATAAACTGATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* * * *
19713 CTTATTAATTGTCTT--AATATTAACAAATTTA-TATTATTTTATT-TGAAATAAGCTTGGATGA
372 CTTATT-ATT-T-TTGAAATATTAATAAA-GTAGTATTATTTTATTCCG-AATAAGCTTGTATGA
* * * * * * * * *
19774 AC-AGAA-AATT-TTTTTTTACAAAACAAAAGGTTAT-GCTATTTCAAATAGATAATTATTCA-A
432 ACTAAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCATA
** * * * *
19834 CCGAT-TATAATTATTT-AAGTATGTTTAGTAAACAT
497 TAG-TCT-TAACTATTTGAA--CTGATT-GGAAA-AT
* * * * *
19869 -ATTCA-TTTTTAAATCTCTTTATTATTAATTTTTAGATTATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
1 AATTTATTTTTTAAATCT-TATGTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTATTATTATTTTATT
* * * * * * * *
19932 TTGAATAAGCTTATATGAATTGAAATAATTCTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGA-TATG
65 TCGAATAA-CTTGTAT-AATAGAAA-AATTGTTTTATG--AAAA-AAAAGGTTATAA-AATTTTG
* * ** * **** * * *
19996 AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGATTATTT-GGTCTAGTTCAATAAATATATTTATTTTTA
123 AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAAT-TGGTTTGGCAAATAGATTTGTTTTTT
* **
20060 AAATTTTTGACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAA-TCCAAATAAGCT
187 AAA--TTT--CTTATTAATT-T-TAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTTGAAA-AAGCT
* * * * * * * *
20124 TGTATGAAT-AGAAACAATTATTTTATAATAGAACAAAA-AGTCATAA-CATTT-AAATAAATAA
245 TGTAT-CATCAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGA-TAATAATGATTTAAAATAGATAA
* * * * *
20185 TTGCTCAAATAGTCATAACTATTTAAACT-AGTTTGATAAA-TAGATTTATTTTTTAAATCACTT
308 TTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGA-TTAGATAAACT-GATTTATTTTTTAAATCTCTT
* * * * ** *
20248 A-TTA--ATTTTTGAAATATTAATAAACTATTGTTACTTTACACCG---AA-C----A--AACCA
371 ACTTATTATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAACTA
* ** ** * * ** * * * *
20300 AGATGATTA-GGTA-AACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATATATAATTCTTCAAAGAGT
436 AAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGT
* * *
20363 CATAATTATTTGAACT-AGTTAGGTAAAT
501 CTTAACTATTTGAACTGA-TT-GGAAAAT
* * *
20391 AGAATTATTTTTTAAATATCTTAT-TTATT-ATTTTTTGAAATATTAGTAAATTCATT-TTATTT
1 A-ATTTATTTTTT-AA-ATCTTATGTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATT-ATTATTATTT
* * * * * * *
20453 TATTCCAAATAGGCTAT-TATGAATTCA-AACAAACCTCTTTTATGATAAAACAAAAGTCATAAC
61 TATTTCGAATA-ACT-TGTAT-AA-T-AGAA-AAA-TTGTTTTATGA-AAAA-AAAGGTTATAA-
* * ** * * * ** * * *
20516 AA-TTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTTTTAAATATTTGAATTGGCTCAGCAAACAAATTTA
116 AATTTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTGGTTTGGCAAATAGATTTG
* * * *
20580 TTTTTT-AATTCTCTTAGTTATTAACTTTTGGAAA-ATTATTAGATTAGTGTTATTTT-ATTTCA
181 TTTTTTAAATT-TC----TTATTAA-TTTT--AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTTGA
* * * * * * * * * *
20642 AATAAACTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAACCAAAAGGTTATAATGATTTGAAGT
238 AA-AAGCTTGTATCATCAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATAATAATGATTTAAAAT
** * * * * *
20707 TTACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTAGTTTGGTAAA-TAGATTTATTTTTTAAA
302 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGA-TTAGATAAACT-GATTTATTTTTTAAA
* * * * *
20770 TCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATAATAATAAATTAATTTTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTA
365 TCTCTTACTTATT-ATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTA
* * * * * * *
20835 TGAACTGAAATC-GTTGTTTTATGATAAAACAAAAAGTCATAACAATTTAAAATATATAATCGTT
429 TGAACT-AAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT
20899 C
493 C
20900 TGAACCACTT
Statistics
Matches: 3751, Mismatches: 749, Indels: 567
0.74 0.15 0.11
Matches are distributed among these distances:
518 6 0.00
519 1 0.00
520 18 0.00
521 26 0.01
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523 36 0.01
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531 15 0.00
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545 13 0.00
546 70 0.02
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (527 bp):
AATTTATTTTTTAAATCTTATGTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTATTATTATTTTATTT
CGAATAACTTGTATAATAGAAAAATTGTTTTATGAAAAAAAAGGTTATAAAATTTTGAAATAGAT
AATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTGGTTTGGCAAATAGATTTGTTTTTTAAATTTCTT
ATTAATTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTTGAAAAAGCTTGTATCATCAAAAACA
ATTATTTTATGACAAAACAAAAGATAATAATGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
TTATTTGAACTGATTAGATAAACTGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTATTTTTGAAATAT
TAATAAAGTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTATTTTATGATAA
AACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTGATT
GGAAAAT
Found at i:19000 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 18698--19012 Score: 405
Period size: 171 Copynumber: 1.9 Consensus size: 169
18688 TTGAATAATT
* * * * *
18698 TTGTATGAACAGAAACAATTATTTTACGACAAAACAATGTCATTATGATTTGAAATAGATAATAG
1 TTGTATGAACAGAAACAATTATTTTACGAAAAAACAAAGTCATAATGATTTAAAATAAATAATAG
* * * * * * *
18763 TTCAAATGGACATGACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCAAACTTA
66 TTCAAATAGACATAACTATTTAAACCTGCTTGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCAAACTTA
18828 TTAATTTTTAGAATACTAATAAATTTATTTCAAATAAAA
131 TTAATTTTTAGAATACTAATAAATTTATTTCAAATAAAA
* * *
18867 TTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGATCATAATGATTTAAAATAAATAAT
1 TTGTATGAACAGAAACAATTATTTTACGAAAAAAC-AAAG-TCATAATGATTTAAAATAAATAAT
* * * * ***
18932 TGTTCAAATAGTCATAACTGTTTAAACCTGCTTGGCAAATAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACT
64 AGTTCAAATAGACATAACTATTTAAACCTGCTTGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCAAACT
*
18997 TATTAATTTTTGGAAT
129 TATTAATTTTTAGAAT
19013 TTTATTGTAT
Statistics
Matches: 121, Mismatches: 23, Indels: 2
0.83 0.16 0.01
Matches are distributed among these distances:
169 31 0.26
170 3 0.02
171 87 0.72
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.10, T:0.39
Consensus pattern (169 bp):
TTGTATGAACAGAAACAATTATTTTACGAAAAAACAAAGTCATAATGATTTAAAATAAATAATAG
TTCAAATAGACATAACTATTTAAACCTGCTTGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCAAACTTA
TTAATTTTTAGAATACTAATAAATTTATTTCAAATAAAA
Found at i:20000 original size:538 final size:540
Alignment explanation
Indices: 19084--20267 Score: 1404
Period size: 538 Copynumber: 2.2 Consensus size: 540
19074 AAAAAAAGGG
* * *
19084 TCATAACAATTTGAAATAGATAATTCTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACATATTTAGAAAACA
1 TCATAACAAATTGAAATAAATAATTC-TCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TATTTAGTAAACA
* ** ** * *
19149 TA-TT-TTTTAAAAAAATTTTACTTATTAATTTTTGGATTATTAATAAATTTAAAATATTTTATT
64 AATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAACAAATTTAAAATATTTTATT
* * *
19212 TGAAATAAGCATGCATGAACAGAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAATGTTATAATGTTTTG
128 TGAAATAAGCATGCATGAACAGAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGGTTATAATGATTTC
* * *
19277 AAATAGATAATTATTCAGATAATCATAACTATTTGAACTTATTCGGTAAACATATATTTTATTTA
192 AAATAGATAATTATTCAGACAATCATAACTATTTGAACTTATTCAGTAAACATATATATTATTTA
* *
19342 ATTCTCTTACTCATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATCTTACTTCAAATAAGCTTA
257 AATCTCTTACTCATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATCTTACTTCAAATAAGCTTA
* * * * *
19407 TATGAACTGAAACAAGTGTTTTATTGCAAAAGAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTAT
322 TATGAACTGAAACAAGTCTTTTATTGCAAAACAAAAAGTCATAACGATATGAAATAGATAATTAT
* * *
19472 TCAAATAGTCATGACTATTTGAATTTA-TTCAGTAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTT-ACTT
387 TCAAATAGTCATGACTATTTG-ATCTAGTTCAATAAATATATTTATTTTTAAAAT-TTTTGACTT
* * * *
19535 ATTAATTGTCAAAACATTTACAAATTAATATTATTTTAATTCGAATAAACTTGTATGAACATAAA
450 ATTAATTGTCAAAACATTAACAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAACTTGTATGAACAGAAA
* *
19600 TAATTGTTCTATAACAAAACAAAAAA
515 CAATTATTCTATAACAAAACAAAAAA
*
19626 TCATAACAAATTGAAATAAATAATTACTCAAATAGTCATAACGATTTGAACTTATTTAGTAAACA
1 TCATAACAAATTGAAATAAATAATT-CTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TATTTAGTAAACA
* *
19691 AATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTT-AATATTAACAAATTTATATTATTTTAT
64 AATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-T-TTGAATATTAACAAATTTAAAATATTTTAT
* * * * **
19755 TTGAAATAAGCTTGGATGAACAGAA-AATT-TTTTTTTACAAAAC-AAAAGGTTATGCT-ATTTC
127 TTGAAATAAGCATGCATGAACAGAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGGTTATAATGATTTC
* * * * * *
19816 AAATAGATAATTATTCA-ACCGATTATAATTATTT-AAGTATGTTTAGTAAACATAT-TCATT-T
192 AAATAGATAATTATTCAGA-CAATCATAACTATTTGAACT-TATTCAGTAAACATATAT-ATTAT
* * * * **
19877 TTAAATCTCTTTA-TTATTAATTTTTAGATTATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAG
254 TTAAATCTC-TTACTCATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATCTTACTTCAAATAAG
* * *
19941 CTTATATGAATTGAAATAATTCTTTTA-TGACAAAACAAAAAGTCATAACGATATGAAATAGATA
318 CTTATATGAACTGAAACAAGTCTTTTATTG-CAAAACAAAAAGTCATAACGATATGAAATAGATA
* *
20005 ATTATTCAAATAGTCATGATTATTTGGTCTAGTTCAATAAATATATTTATTTTTAAAATTTTTGA
382 ATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGATCTAGTTCAATAAATATATTTATTTTTAAAATTTTTGA
* * * * *
20070 CTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAATAG
447 CTTATTAATTGTCAAAACATTAACAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAACTTGTATGAACAG
* * * *
20135 AAACAATTATTTTATAATAGAACAAAAAG
512 AAACAATTATTCTATAACAAAACAAAAAA
* * *
20164 TCATAAC--ATTTAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTT-GATAAAT
1 TCATAACAAATTGAAATAAATAATT-CTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTA-TTTAG-TAAAC
*
20226 AGATTTATTTTTTAAATC----ACTTATTAATTTTTGAAATATTAA
63 AAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAA
20268 TAAACTATTG
Statistics
Matches: 552, Mismatches: 74, Indels: 42
0.83 0.11 0.06
Matches are distributed among these distances:
530 2 0.00
531 1 0.00
532 19 0.03
535 3 0.01
536 62 0.11
537 9 0.02
538 248 0.45
539 49 0.09
540 10 0.02
541 12 0.02
542 63 0.11
543 3 0.01
544 68 0.12
545 1 0.00
546 2 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (540 bp):
TCATAACAAATTGAAATAAATAATTCTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTATTTAGTAAACAAA
TTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAATATTAACAAATTTAAAATATTTTATTTGA
AATAAGCATGCATGAACAGAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGGTTATAATGATTTCAAAT
AGATAATTATTCAGACAATCATAACTATTTGAACTTATTCAGTAAACATATATATTATTTAAATC
TCTTACTCATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATCTTACTTCAAATAAGCTTATATG
AACTGAAACAAGTCTTTTATTGCAAAACAAAAAGTCATAACGATATGAAATAGATAATTATTCAA
ATAGTCATGACTATTTGATCTAGTTCAATAAATATATTTATTTTTAAAATTTTTGACTTATTAAT
TGTCAAAACATTAACAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAACTTGTATGAACAGAAACAATTA
TTCTATAACAAAACAAAAAA
Found at i:21141 original size:169 final size:161
Alignment explanation
Indices: 20754--21158 Score: 423
Period size: 163 Copynumber: 2.4 Consensus size: 161
20744 TTTGGTAAAT
* * *
20754 AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATAATAATAAATTAATTTTATTTTAT
1 AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTAT
* * ** * *
20819 TTCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAATCGTTGTTTTATGATAAAACAAAAAGTCATAACAATTTA
65 TTCAAATAAGCTTATATGAACTGAAATAATTATTTTATAATAAAACAAAAAGTCATAACAATTTA
* * *
20884 AAATATATAATCGTTCTGAACCACTTCAGCAA
130 AAATAGATAATAGTTCGGAACCACTTCAGCAA
* * * * *
20916 ACGAATTTATTTCTTAAATCTTTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTA
1 A-G-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTA
* * * * * *
20981 TTCCAAATAAGCTTATATGAACTGAAATAATTATTTTATAATAGAGCTAAAGGTTATAACAATTT
64 TTTCAAATAAGCTTATATGAACTGAAATAATTATTTTATAATAAAACAAAAAGTCATAACAATTT
* * * * *
21046 GAAATAGATAATTATTTCAAACAGGAACCTAGTTCGGTAA
129 AAAATAGATAA-TAGTT----C-GGAACC-ACTTCAGCAA
* * * *
21086 CAGATTTATTTTTTAAATCTCCTATTTATAAATGTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTAT
1 -AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTAT
21151 TTCAAATA
65 TTCAAATA
21159 GGTGTGTTAT
Statistics
Matches: 196, Mismatches: 37, Indels: 13
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
162 1 0.01
163 67 0.34
164 52 0.27
168 1 0.01
169 66 0.34
170 8 0.04
171 1 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.09, G:0.09, T:0.43
Consensus pattern (161 bp):
AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTATT
TCAAATAAGCTTATATGAACTGAAATAATTATTTTATAATAAAACAAAAAGTCATAACAATTTAA
AATAGATAATAGTTCGGAACCACTTCAGCAA
Done.