Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019167831.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_103, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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371 CCCATATGGA
381 TGCATGTGAAGTTTCTATGTTTTTGTTTGTATGCTAATACACAAGCACGCATTTGGTATCATGCT
1 TGCATGTGAAGTTTCTATGTTTTTGTTTGTATGCTAATACACAAGCACGCATTTGGTATCATGCT
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66 GAGTCATTTCTTGCTTGTGCTTCAGTATTGAGTGCCAGGACAGTGAAAGGAGCCCCCTTCAACAC
511 TTTTATGGATTTTATTCTTTTTGGCCTTAGGTGGGTAACCATCAGGTTTCCTCACCCCATGGCCA
131 TTTTATGGATTTTATTCTTTTTGGCCTTAGGTGGGTAACCATCAGGTTTCCTCACCCCATGGCCA
576 TGGCCTTTTCTTCTTTTCTTGCTATAAATATTTGGTGCTTTCTTGCATTTGAGTAACTTTGAATT
196 TGGCCTTTTCTTCTTTTCTTGCTATAAATATTTGGTGCTTTCTTGCATTTGAGTAACTTTGAATT
641 TATTGATGCAGCATTATGACAGAAGAGGACAATATGACGTTGCTCTTTCAAAAATTAATGAGGCC
261 TATTGATGCAGCATTATGACAGAAGAGGACAATATGACGTTGCTCTTTCAAAAATTAATGAGGCC
*
706 ATAGAGCACACACCAACTGTAATTGATATATACTCTGTTAAGGTTTGTTCTCGTCTTCAATCTTC
326 ATAGAGCACACACCAACTGTAATTGATATATACTCTGTCAAGGTTTGTTCTCGTCTTCAATCTTC
771 AAATTTTTGTTTTTTTGCAATGGCTTCATCTGAT
391 AAATTTTTGTTTTTTTGCAATGGCTTCATCTGAT
*
805 TGCATGTGAAGTTTCTATGTTTTTGTTTGTATGCTAATACACAAGCACGCATTTGGTATTATGCT
1 TGCATGTGAAGTTTCTATGTTTTTGTTTGTATGCTAATACACAAGCACGCATTTGGTATCATGCT
* *
870 GAGTCATTTCTTGCTTGTGTTTCA-TATTGAGTG-CAGGACAGTGAAA-GAGCCCCCTTCAACGC
66 GAGTCATTTCTTGCTTGTGCTTCAGTATTGAGTGCCAGGACAGTGAAAGGAGCCCCCTTCAACAC
932 TTTTATGGATTTTATTCTTTTTGG-CTTAGGTGGGTAACCATCAGGTTTCCTCACCCCATGGGCC
131 TTTTATGGATTTTATTCTTTTTGGCCTTAGGTGGGTAACCATCAGGTTTCCTCACCCCAT-GGCC
996 ATGGCCTTTTCTTCTTTTCTTGCTATAAATATTTGGTGCTTTCTTTGCATTTGAGTAACTTTGAA
195 ATGGCCTTTTCTTCTTTTCTTGCTATAAATATTTGGTGCTTTC-TTGCATTTGAGTAACTTTGAA
1061 TTTATTGATGCAGCATTATGACAGAAGAGGACAATATGACGTTGCTCTTTCAAAAATTAATGAGG
259 TTTATTGATGCAGCATTATGACAGAAGAGGACAATATGACGTTGCTCTTTCAAAAATTAATGAGG
*
1126 CCATAGAGCACACACCAACTGTAATTGATATATACTCTGTCAAGGTTTGTTCTCGTCTTTAATCT
324 CCATAGAGCACACACCAACTGTAATTGATATATACTCTGTCAAGGTTTGTTCTCGTCTTCAATCT
1191 TCAAATTTTTG
389 TCAAATTTTTG
1202 CAATGGCTTC
Statistics
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420 35 0.09
421 86 0.22
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423 9 0.02
424 87 0.22
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Consensus pattern (424 bp):
TGCATGTGAAGTTTCTATGTTTTTGTTTGTATGCTAATACACAAGCACGCATTTGGTATCATGCT
GAGTCATTTCTTGCTTGTGCTTCAGTATTGAGTGCCAGGACAGTGAAAGGAGCCCCCTTCAACAC
TTTTATGGATTTTATTCTTTTTGGCCTTAGGTGGGTAACCATCAGGTTTCCTCACCCCATGGCCA
TGGCCTTTTCTTCTTTTCTTGCTATAAATATTTGGTGCTTTCTTGCATTTGAGTAACTTTGAATT
TATTGATGCAGCATTATGACAGAAGAGGACAATATGACGTTGCTCTTTCAAAAATTAATGAGGCC
ATAGAGCACACACCAACTGTAATTGATATATACTCTGTCAAGGTTTGTTCTCGTCTTCAATCTTC
AAATTTTTGTTTTTTTGCAATGGCTTCATCTGAT
Found at i:9956 original size:12 final size:12
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Indices: 9941--9990 Score: 50
Period size: 12 Copynumber: 4.3 Consensus size: 12
9931 TTTAATTAAG
9941 ATCTTGTATTTT
1 ATCTTGTATTTT
* *
9953 ATCTTGAAATTT
1 ATCTTGTATTTT
*
9965 AT-TTTTA-TTT
1 ATCTTGTATTTT
*
9975 ATCGTGTATTTT
1 ATCTTGTATTTT
9987 ATCT
1 ATCT
9991 AATTAACAAA
Statistics
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0.73 0.17 0.10
Matches are distributed among these distances:
10 5 0.17
11 6 0.21
12 18 0.62
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Consensus pattern (12 bp):
ATCTTGTATTTT
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Indices: 10675--10775 Score: 100
Period size: 38 Copynumber: 2.6 Consensus size: 39
10665 TCTTTTTTTG
* *
10675 TTTT-TATTTTTTATTTTGTATTAACTTTTTTCTTCTTTTAA
1 TTTTGTATTTTTTATTTTGTATTAAC-TTTAT-TTCTTAT-A
* * *
10716 TTTTGTATTTTTGATTTTTTA-TATCTTTATTTCTTATA
1 TTTTGTATTTTTTATTTTGTATTAACTTTATTTCTTATA
*
10754 TTTTGTATTTTTT-GTTTGTATT
1 TTTTGTATTTTTTATTTTGTATT
10776 TTATAAAACT
Statistics
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0.77 0.12 0.11
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37 5 0.10
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Consensus pattern (39 bp):
TTTTGTATTTTTTATTTTGTATTAACTTTATTTCTTATA
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Indices: 10729--10766 Score: 51
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10719 TGTATTTTTG
10729 ATTTTTTATATCTT-T
1 ATTTTTTATATCTTGT
* *
10744 ATTTCTTATATTTTGT
1 ATTTTTTATATCTTGT
10760 ATTTTTT
1 ATTTTTT
10767 GTTTGTATTT
Statistics
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0.83 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
15 12 0.63
16 7 0.37
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Consensus pattern (16 bp):
ATTTTTTATATCTTGT
Found at i:10831 original size:19 final size:17
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Indices: 10808--10849 Score: 57
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10798 CTATTTTGTC
10808 ATTTTTGTCATTTTTATTA
1 ATTTTTGT-ATTTTT-TTA
*
10827 GTTTTTGTATTTTTTTA
1 ATTTTTGTATTTTTTTA
10844 ATTTTT
1 ATTTTT
10850 TCTTTTGACT
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 2, Indels: 2
0.84 0.08 0.08
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17 8 0.38
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Consensus pattern (17 bp):
ATTTTTGTATTTTTTTA
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Indices: 10791--10928 Score: 50
Period size: 18 Copynumber: 7.9 Consensus size: 17
10781 AAACTAATTT
* *
10791 TTTTTTTCTATTTTGTCA
1 TTTTTTTCT-TTTTTTAA
* *
10809 TTTTTGTCATTTTTATTAG
1 TTTTTTTC-TTTTT-TTAA
* *
10828 TTTTTGTATTTTTTTAA
1 TTTTTTTCTTTTTTTAA
** *
10845 -TTTTTTCTTTTGACTCA
1 TTTTTTTCTTTT-TTTAA
**
10862 -TTTTTTCATTTCCTT-A
1 TTTTTTTC-TTTTTTTAA
* * *
10878 CTTTTTTATTTTTTTAG
1 TTTTTTTCTTTTTTTAA
10895 TGTTTTTGT-TTATTTTTAA
1 T-TTTTT-TCTT-TTTTTAA
10914 TTTTTTTCTTTTTTT
1 TTTTTTTCTTTTTTT
10929 GGTACTTATT
Statistics
Matches: 90, Mismatches: 20, Indels: 21
0.69 0.15 0.16
Matches are distributed among these distances:
16 15 0.17
17 25 0.28
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Consensus pattern (17 bp):
TTTTTTTCTTTTTTTAA
Found at i:10928 original size:28 final size:28
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Indices: 10880--10954 Score: 75
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10870 TTTCCTTACT
* *
10880 TTTTTATTTTTTTAGTGTTTTT-GT-TTA
1 TTTTTATTTTTTT-CTTTTTTTGGTATTA
10907 TTTTTAATTTTTTTCTTTTTTTGGTACTTA
1 TTTTT-ATTTTTTTCTTTTTTTGGTA-TTA
10937 -TTTTATCTTTTTTCTTTT
1 TTTTTAT-TTTTTTCTTTT
10955 GCTTTAATAT
Statistics
Matches: 41, Mismatches: 2, Indels: 8
0.80 0.04 0.16
Matches are distributed among these distances:
27 11 0.27
28 12 0.29
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30 3 0.07
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Consensus pattern (28 bp):
TTTTTATTTTTTTCTTTTTTTGGTATTA
Found at i:11008 original size:13 final size:12
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Indices: 10971--11009 Score: 51
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10961 ATATTTTCTC
10971 TTATTTTATTTT
1 TTATTTTATTTT
*
10983 TTCTTTTATTTT
1 TTATTTTATTTT
*
10995 TTATTATTAATTT
1 TTATT-TTATTTT
11008 TT
1 TT
11010 GTTATTTTTG
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 3, Indels: 1
0.85 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
12 15 0.65
13 8 0.35
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Consensus pattern (12 bp):
TTATTTTATTTT
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Indices: 11109--11139 Score: 53
Period size: 9 Copynumber: 3.4 Consensus size: 9
11099 TTTCTTGTCA
11109 TTTTTTATT
1 TTTTTTATT
11118 TTTTTTATT
1 TTTTTTATT
*
11127 TTTGTTATT
1 TTTTTTATT
11136 TTTT
1 TTTT
11140 ATTCTATTTT
Statistics
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0.91 0.09 0.00
Matches are distributed among these distances:
9 20 1.00
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Consensus pattern (9 bp):
TTTTTTATT
Found at i:11137 original size:25 final size:27
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Indices: 11103--11152 Score: 77
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11093 CTCATTTTTC
11103 TTGTCATTTTTTATT-T-TTTTTATTT
1 TTGTCATTTTTTATTCTATTTTTATTT
*
11128 TTGTTATTTTTTATTCTATTTTTAT
1 TTGTCATTTTTTATTCTATTTTTAT
11153 AATTTTTCAT
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 1, Indels: 2
0.88 0.04 0.08
Matches are distributed among these distances:
25 14 0.64
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ACGTcount: A:0.14, C:0.04, G:0.04, T:0.78
Consensus pattern (27 bp):
TTGTCATTTTTTATTCTATTTTTATTT
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Indices: 11109--11150 Score: 50
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11099 TTTCTTGTCA
11109 TTTTTTA-TTTTTTTTAT
1 TTTTTTATTTTTTTTTAT
11126 TTTTGTTATTTTTTATTCTAT
1 TTTT-TTATTTTTT-TT-TAT
11147 TTTT
1 TTTT
11151 ATAATTTTTC
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 0, Indels: 4
0.84 0.00 0.16
Matches are distributed among these distances:
17 4 0.19
18 3 0.14
19 5 0.24
20 2 0.10
21 7 0.33
ACGTcount: A:0.12, C:0.02, G:0.02, T:0.83
Consensus pattern (18 bp):
TTTTTTATTTTTTTTTAT
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Indices: 11110--11152 Score: 50
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11100 TTCTTGTCAT
*
11110 TTTTTATTTTTTTTATT
1 TTTTTATTTTTTTTATA
*
11127 TTTGTTATTTTTTATTCTA
1 TTT-TTATTTTTT-TTATA
11146 TTTTTAT
1 TTTTTAT
11153 AATTTTTCAT
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 2, Indels: 3
0.81 0.07 0.11
Matches are distributed among these distances:
17 3 0.14
18 13 0.59
19 6 0.27
ACGTcount: A:0.14, C:0.02, G:0.02, T:0.81
Consensus pattern (17 bp):
TTTTTATTTTTTTTATA
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Period size: 467 Copynumber: 2.4 Consensus size: 466
12388 ATAAAGCAAA
* * *
12398 GTTTAGGAATGAAATTTTGATATTTTCAGCTCCAAAATCTTTCATG-GCTTACACTTAACATCGT
1 GTTTAGAAATGAAATTTTGATATTTTCAGCTCCAAAATCTTTTATGAG-TTACACTTAACA-CAT
* *
12462 AAAAAATTAAAACCAATACAGG-T-T-ATGTTTTGTGTTTGAGCGAGTTTAAAATTATTCATTTT
64 GAAAAATTAAAACCAATGCAGGTTATCATGTTTTGTGTTTGAGCGAGTTTAAAATTATTCATTTT
* * *
12524 CATTTAAAAACTTGTTAAAACAACATTTCATACTTTTAAAGCTCAACTTCAGCAG-CATGGTTTT
129 CATTTAAAAACTTGTTAAAACAACATTTCATACTTTTAAAGCTCGACTCCAGCAGAAATGGTTTT
* *
12588 CAAAGCAAAATATAAAAAGCTTTAAAAGCGTCAAGCGTTGAGTTTGTGCATAATGTATAAAAACA
194 CAAAGCAAAACATAAAAAGCTTCAAAAGCGTCAAGCGTTGAGTTTGTGCATAATGTATAAAAACA
* * * * *
12653 AGTTAGAACACATTTAATCGCATCAAGTGCCAATAACGCTTTCACAAATGACATCTAAATATCAA
259 AATTAGAACACATTTAATCGCATCAAGCGCCAATAACGATTTCAAAAATGACATCCAAATATCAA
* *
12718 CAGCATCTCTCACAAATTTCCTAGAGCACTCATGAATTCTCTTAAAAATGCATCTAGAGCAAATA
324 CAGCA-CTCTCACAAATTACCTAGAGCACCCATGAATTCTCTTAAAAATGCATCTAGAGCAAATA
* * ** * * *
12783 AGCATGAAAAATTAGAATTGTGCAAATGGTTTCTGTATCA-CAATTTGAAATTGTGGAGAT-GTT
388 AGCATAAAAAATTAAAATCATGCAAATGGTTT-TGTAT-AGCAATATGAAATTGTGCAAATCGTT
**
12846 TTTATGGCCATAA-TT
451 TTTATCCCCATAACTT
*
12861 GTTTAGAAATGAAATTTTGATATTTTCAACTCCAAAATCTTTTATGAGTTACACTTAACACCATG
1 GTTTAGAAATGAAATTTTGATATTTTCAGCTCCAAAATCTTTTATGAGTTACACTTAACA-CATG
* * *
12926 AAAAATTAAAACCAATGCAGGTTATCATGCTTCTGTGTTTGAGTGAGTTTAAAATTATTAATTTT
65 AAAAATTAAAACCAATGCAGGTTATCATG-TTTTGTGTTTGAGCGAGTTTAAAATTATTCATTTT
* * * *
12991 CATTTAAAAACTTGTTAAAACAATATTTCATACTTTTAAAGTTCGACTCCAACAGAAATGATTTT
129 CATTTAAAAACTTGTTAAAACAACATTTCATACTTTTAAAGCTCGACTCCAGCAGAAATGGTTTT
* * * * *
13056 CAAAGCAAAACAT-AAAAGCTTCAAAAGCGTTGAA-CTTTGAGTTTGTTCGTAATGTCTAAAAAC
194 CAAAGCAAAACATAAAAAGCTTCAAAAGCG-TCAAGCGTTGAGTTTGTGCATAATGTATAAAAAC
* * * * *
13119 AAATTAGCATATAGTTTAATTGCATCAAGCGCCAGTAACGATTTCAAAAATGACATCCAAATATC
258 AAATTAGAACACA-TTTAATCGCATCAAGCGCCAATAACGATTTCAAAAATGACATCCAAATATC
* * * *
13184 AATAGCA-TCTCACAAATTACTTGGAGCACCCATGAATTCTCTTAACAATGCATCTAGAGCAAAT
322 AACAGCACTCTCACAAATTACCTAGAGCACCCATGAATTCTCTTAAAAATGCATCTAGAGCAAAT
* *
13248 TAGCATAAAAAAATTAAAATCATGCAAATGGTTTTTTATATGCAATATGAAATTGTGCAAATCGT
387 AAGCAT-AAAAAATTAAAATCATGCAAATGGTTTTGTATA-GCAATATGAAATTGTGCAAATCGT
*
13313 TTTTATCCCCGTAACTT
450 TTTTATCCCCATAACTT
* ** * * * * *
13330 -TTCA-AAAACAAATTTTTGATATTTTCAGCTCTAAAAT-TCATTATGACTTACACCTAACATAG
1 GTTTAGAAATGAAA-TTTTGATATTTTCAGCTCCAAAATCT-TTTATGAGTTACACTTAACACA-
* * * *
13392 TGAAAAATTAAAACAAATGCAAGTTATCATGTTTTCGTGTTTGAGCAAGTTTAAAACTATTCA-T
63 TGAAAAATTAAAACCAATGCAGGTTATCATGTTTT-GTGTTTGAGCGAGTTTAAAATTATTCATT
* * *
13456 TTCTATTTAAAAAATTTGCTAAAACAACATTTCATACTTTTAATGCGT-GACTCCAGCAGAAATG
127 TTC-ATTT-AAAAACTTGTTAAAACAACATTTCATACTTTTAAAGC-TCGACTCCAGCAGAAATG
13520 GTTTTCAAAGCAAAA
189 GTTTTCAAAGCAAAA
13535 GGTCGAGCTT
Statistics
Matches: 579, Mismatches: 75, Indels: 34
0.84 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
463 77 0.13
464 2 0.00
465 2 0.00
466 64 0.11
467 186 0.32
468 184 0.32
469 63 0.11
470 1 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.16, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (466 bp):
GTTTAGAAATGAAATTTTGATATTTTCAGCTCCAAAATCTTTTATGAGTTACACTTAACACATGA
AAAATTAAAACCAATGCAGGTTATCATGTTTTGTGTTTGAGCGAGTTTAAAATTATTCATTTTCA
TTTAAAAACTTGTTAAAACAACATTTCATACTTTTAAAGCTCGACTCCAGCAGAAATGGTTTTCA
AAGCAAAACATAAAAAGCTTCAAAAGCGTCAAGCGTTGAGTTTGTGCATAATGTATAAAAACAAA
TTAGAACACATTTAATCGCATCAAGCGCCAATAACGATTTCAAAAATGACATCCAAATATCAACA
GCACTCTCACAAATTACCTAGAGCACCCATGAATTCTCTTAAAAATGCATCTAGAGCAAATAAGC
ATAAAAAATTAAAATCATGCAAATGGTTTTGTATAGCAATATGAAATTGTGCAAATCGTTTTTAT
CCCCATAACTT
Found at i:13466 original size:468 final size:466
Alignment explanation
Indices: 12409--13534 Score: 1393
Period size: 468 Copynumber: 2.4 Consensus size: 466
12399 TTTAGGAATG
* * *
12409 AAATTTTGATATTTTCAGCTCCAAAATCTTTCATGGCTTACACTTAACATCGTAAAAAATTAAAA
1 AAATTTTGATATTTTCAGCTCCAAAATCTTT-ATGACTTACACTTAACATAGTGAAAAATTAAAA
* *
12474 CCAATAC-AGGT-T-ATGTTTT-GTGTTTGAGCGAGTTTAAAATTATTCATTTTCATTTAAAAAC
65 CCAATGCAAGTTATCATGTTTTCGTGTTTGAGCGAGTTTAAAATTATTCATTTTCATTTAAAAAC
* * * *
12535 TTGTTAAAACAACATTTCATACTTTTAAAGCTCAACTTCAGCAG-CATGGTTTTCAAAGCAAAAT
130 TTGTTAAAACAACATTTCATACTTTTAAAGCTCGACTCCAGCAGAAATGGTTTTCAAAGCAAAAC
* *
12599 ATAAAAAGCTTTAAAAGCGTCAAGCGTTGAGTTTGTGCATAATGTATAAAAACAAGTTAGAACAC
195 ATAAAAAGCTTCAAAAGCGTCAAGCGTTGAGTTTGTGCATAATGTATAAAAACAAATTAGAACAC
* * * *
12664 ATTTAATCGCATCAAGTGCCAATAACGCTTTCACAAATGACATCTAAATATCAACAGCATCTCTC
260 ATTTAATCGCATCAAGCGCCAATAACGATTTCAAAAATGACATCCAAATATCAACAGCA-CTCTC
* * *
12729 ACAAATTTCCTAGAGCACTCATGAATTCTCTTAAAAATGCATCTAGAGCAAATAAGCATGAAAAA
324 ACAAATTACCTAGAGCACCCATGAATTCTCTTAAAAATGCATCTAGAGCAAATAAGCATAAAAAA
* ** * * * **
12794 TTAGAATTGTGCAAATGGTTTCTGTATCACAATTTGAAATTGTGGAGATGTTTTTATGGCCATAA
389 TTAAAATCATGCAAATGGTTTCTGTATCACAATATGAAATTGTGCAAATGTTTTTATCCCCATAA
* **
12859 TTGTTTAGAAATG
454 TTGTTCAGAAAAC
* * *
12872 AAATTTTGATATTTTCAACTCCAAAATCTTTTATGAGTTACACTTAACACCA-TGAAAAATTAAA
1 AAATTTTGATATTTTCAGCTCCAAAATC-TTTATGACTTACACTTAACA-TAGTGAAAAATTAAA
* * * *
12936 ACCAATGCAGGTTATCATG-CTTCTGTGTTTGAGTGAGTTTAAAATTATTAATTTTCATTTAAAA
64 ACCAATGCAAGTTATCATGTTTTC-GTGTTTGAGCGAGTTTAAAATTATTCATTTTCATTTAAAA
* * * *
13000 ACTTGTTAAAACAATATTTCATACTTTTAAAGTTCGACTCCAACAGAAATGATTTTCAAAGCAAA
128 ACTTGTTAAAACAACATTTCATACTTTTAAAGCTCGACTCCAGCAGAAATGGTTTTCAAAGCAAA
* * * * * *
13065 ACAT-AAAAGCTTCAAAAGCGTTGAA-CTTTGAGTTTGTTCGTAATGTCTAAAAACAAATTAGCA
193 ACATAAAAAGCTTCAAAAGCG-TCAAGCGTTGAGTTTGTGCATAATGTATAAAAACAAATTAGAA
* * * * *
13128 TATAGTTTAATTGCATCAAGCGCCAGTAACGATTTCAAAAATGACATCCAAATATCAATAGCA-T
257 CACA-TTTAATCGCATCAAGCGCCAATAACGATTTCAAAAATGACATCCAAATATCAACAGCACT
* * * *
13192 CTCACAAATTACTTGGAGCACCCATGAATTCTCTTAACAATGCATCTAGAGCAAATTAGCATAAA
321 CTCACAAATTACCTAGAGCACCCATGAATTCTCTTAAAAATGCATCTAGAGCAAATAAGCAT-AA
*
13257 AAAATTAAAATCATGCAAATGGTTT-TTTAT-ATGCAATATGAAATTGTGCAAATCGTTTTTATC
385 AAAATTAAAATCATGCAAATGGTTTCTGTATCA--CAATATGAAATTGTGCAAAT-GTTTTTATC
*
13320 CCCGTAACTT-TTCA-AAAAC
447 CCCATAA-TTGTTCAGAAAAC
* * *
13339 AAATTTTTGATATTTTCAGCTCTAAAATTCATTATGACTTACACCTAACATAGTGAAAAATTAAA
1 AAA-TTTTGATATTTTCAGCTCCAAAA-TCTTTATGACTTACACTTAACATAGTGAAAAATTAAA
* * *
13404 ACAAATGCAAGTTATCATGTTTTCGTGTTTGAGCAAGTTTAAAACTATTCA-TTTCTATTTAAAA
64 ACCAATGCAAGTTATCATGTTTTCGTGTTTGAGCGAGTTTAAAATTATTCATTTTC-ATTT-AAA
* * *
13468 AATTTGCTAAAACAACATTTCATACTTTTAATGCGT-GACTCCAGCAGAAATGGTTTTCAAAGCA
127 AACTTGTTAAAACAACATTTCATACTTTTAAAGC-TCGACTCCAGCAGAAATGGTTTTCAAAGCA
13532 AAA
191 AAA
13535 GGTCGAGCTT
Statistics
Matches: 564, Mismatches: 77, Indels: 38
0.83 0.11 0.06
Matches are distributed among these distances:
463 60 0.11
464 5 0.01
465 4 0.01
466 64 0.11
467 179 0.32
468 183 0.32
469 68 0.12
470 1 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.16, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (466 bp):
AAATTTTGATATTTTCAGCTCCAAAATCTTTATGACTTACACTTAACATAGTGAAAAATTAAAAC
CAATGCAAGTTATCATGTTTTCGTGTTTGAGCGAGTTTAAAATTATTCATTTTCATTTAAAAACT
TGTTAAAACAACATTTCATACTTTTAAAGCTCGACTCCAGCAGAAATGGTTTTCAAAGCAAAACA
TAAAAAGCTTCAAAAGCGTCAAGCGTTGAGTTTGTGCATAATGTATAAAAACAAATTAGAACACA
TTTAATCGCATCAAGCGCCAATAACGATTTCAAAAATGACATCCAAATATCAACAGCACTCTCAC
AAATTACCTAGAGCACCCATGAATTCTCTTAAAAATGCATCTAGAGCAAATAAGCATAAAAAATT
AAAATCATGCAAATGGTTTCTGTATCACAATATGAAATTGTGCAAATGTTTTTATCCCCATAATT
GTTCAGAAAAC
Found at i:14456 original size:464 final size:465
Alignment explanation
Indices: 13559--15915 Score: 3054
Period size: 466 Copynumber: 5.1 Consensus size: 465
13549 TTTGTGCATT
* * * *
13559 CTGGAGCACACATTAATTCTCTTAAAAATGCATCTGAAGTAAATAAGTATGAAAAATTAAAATCG
1 CTGGAGCACACATGAATTCTCTTAAAAATGCATCTAAAGCAAATAAATATGAAAAATTAAAATCG
* * * * * * *
13624 TGCAAATGATTTTTATATCACAATTTGAAATTATGTAGATAG--TTT-TGCCCATAGTTGTTCAG
66 TGCAAATGGTTTTTCTATCACAATTTGAAATTGTGCAGATGGTTTTTATGCCCACAATTGTTCAG
* * * * * *
13686 AAATGAAATTTTGATATTTTTAGCTCCAAAATCTTTCATGACTT--A-GT---ACTGTGAAAAAT
131 AAATGAAATTTTCATATTTTCAGCTCCAAAATCCTTCATGACTTACACTTAACACCGTAAAAAAT
* * * * * * *
13745 TAAAATCAATGCAGGTTATCATATTTCTATGTTTGAGCGAGTTTAAAACTATTCATTTTCATTTT
196 TAAAACCAATACAGGTTATCATGTTTTTGTGTTTGAGCGAGTTTAAAACTATTCATTTCCATTTA
* * * *
13810 AAAACTTACTAAAACAATATTTCATACTTTTAAAGCTCGACTCCAGTAGAAATGGTTTCCAAAGC
261 AAAACTTGCTAAAACAACATTTCATACTTTTAAAGCTCGACTCCAGCAGAAATGTTTTCCAAAGC
** * * *
13875 AAAACATAAAAGCTTCAAAAGTGTCGAGTTTTGGGTTTGTGCGTAATGTATAAAAACAAGTTA--
326 AAAACATAAAAGCTTCAAAAGCAT-GAGCTTTGAGTTTGTGCGTAACGTATAAAAACAAGTTAGC
* * * * * *
13938 ACACAGTTAATCGCATCAAGTGTCAATAATGATTTCACAAATGACATCCAAATATAAATAGCATC
390 ACAGAGTTAATCGCATCAAGCGCCAATAACGATTTCACAAATGACATCCAAATATCAACAGCATC
*
14003 CCACAAATTTC
455 CCACAAATTCC
* * * ** * * *
14014 TTGGAGCACACATTAATTCTCTTAAAAATGCATTTGCAGCAAATAATTATGAAAAATTAAAACCA
1 CTGGAGCACACATGAATTCTCTTAAAAATGCATCTAAAGCAAATAAATATGAAAAATTAAAATCG
*
14079 TGCAAATGGTTTTTCTATCACAATTTGAAATTGTGCAGATGGTTTTTATGCTCACAATTGTTCAG
66 TGCAAATGGTTTTTCTATCACAATTTGAAATTGTGCAGATGGTTTTTATGCCCACAATTGTTCAG
* * * * *
14144 AAATGAAACTTTT-ATATTTTTAGCTCCAAAATCTTTCATGACTTACATTTAACTCCATAAAAAA
131 AAATGAAA-TTTTCATATTTTCAGCTCCAAAATCCTTCATGACTTACACTTAACACCGTAAAAAA
* * * * * **
14208 TCACAACCAATAAAGGTTATTATGTTTTTGTGTTTGAGCGAGTTTAAAATTGCTCATTTCCATTT
195 TTAAAACCAATACAGGTTATCATGTTTTTGTGTTTGAGCGAGTTTAAAACTATTCATTTCCATTT
* * * * *
14273 AAAAACTTGCTAAAATAACA-TTCATATTTTTAAAACTCGACTCCAGCAGAAATATTTTCCAAAA
260 AAAAACTTGCTAAAACAACATTTCATACTTTTAAAGCTCGACTCCAGCAGAAATGTTTTCCAAAG
* * *
14337 CAAAACATAAAAGCTTCAAAAGCATGAGCTTTGAGTTTGTGCATAACATATAAGAACAAGTTAGC
325 CAAAACATAAAAGCTTCAAAAGCATGAGCTTTGAGTTTGTGCGTAACGTATAAAAACAAGTTAGC
* *
14402 ACAGAGTTAATTGCATCAAGCGCCAATAACGATTTCACAAATGACATGCAAATATCAACAGCATC
390 ACAGAGTTAATCGCATCAAGCGCCAATAACGATTTCACAAATGACATCCAAATATCAACAGCATC
14467 CCACAAATTCC
455 CCACAAATTCC
* * *
14478 CTGAAGCACCCATGAATTCTCTTAAAAATGCATCTAAAGCAAATAAATATTAAAAATTAAAATCG
1 CTGGAGCACACATGAATTCTCTTAAAAATGCATCTAAAGCAAATAAATATGAAAAATTAAAATCG
* *
14543 TGCAAATGGTTTTTCTTTCACAATTTGAAATTGTGCAGATGGTTTTTATGCCCACAATTGTTTAG
66 TGCAAATGGTTTTTCTATCACAATTTGAAATTGTGCAGATGGTTTTTATGCCCACAATTGTTCAG
** *
14608 AAATGAAATTTTCATATTTTCAGCTTTAAAATCCTTCATGATTTACACTTAACACCGTAAAAAAT
131 AAATGAAATTTTCATATTTTCAGCTCCAAAATCCTTCATGACTTACACTTAACACCGTAAAAAAT
* *
14673 TAAAACCAATATAGGTTATCATGTTTTTGTGTTTGAGCGGGTTTAAAACTATTCATTTCCATTTA
196 TAAAACCAATACAGGTTATCATGTTTTTGTGTTTGAGCGAGTTTAAAACTATTCATTTCCATTTA
*
14738 AAAACTTGCTAAAACAACATTTCATACTTTTAAAGCTCGAATCCAGCAGAAATGTTTTCCAAAGC
261 AAAACTTGCTAAAACAACATTTCATACTTTTAAAGCTCGACTCCAGCAGAAATGTTTTCCAAAGC
* *
14803 AAAACATAAAAGCTTCAAAAGCATCGAGCTTTAAGTTTGTGCGTAACGTATAAGAACAAGTTAGC
326 AAAACATAAAAGCTTCAAAAGCAT-GAGCTTTGAGTTTGTGCGTAACGTATAAAAACAAGTTAGC
* * * * * * *
14868 ACAGAGTTAATCACATCAAGAGCAAATAACAATTTTAAAAATGACATGCAAATATCAACAGCATC
390 ACAGAGTTAATCGCATCAAGCGCCAATAACGATTTCACAAATGACATCCAAATATCAACAGCATC
14933 CCACAAATTCC
455 CCACAAATTCC
* *
14944 CTGGAGCACCCATGAAGTCTCTTAAAAATGCATCTAAAGCAAATAAATATGAAAAATTAAAATCG
1 CTGGAGCACACATGAATTCTCTTAAAAATGCATCTAAAGCAAATAAATATGAAAAATTAAAATCG
* * *
15009 TCCAAATGATTTTTCTATCACAATTTGAAATTGTGCAGATGGTTTTTATGCCCACAACTGTTCAG
66 TGCAAATGGTTTTTCTATCACAATTTGAAATTGTGCAGATGGTTTTTATGCCCACAATTGTTCAG
*
15074 AAATGAAATTTTCATATTTTCAGCTTCAAAATCCTTCATGACTTACACTTAACACCGTAAAAAAT
131 AAATGAAATTTTCATATTTTCAGCTCCAAAATCCTTCATGACTTACACTTAACACCGTAAAAAAT
* * * *
15139 TAAAACCAATACAGGTTATTATGTTTTTGTGTTTGAGCAAATTTAAAACTACTCATTTCCATTTA
196 TAAAACCAATACAGGTTATCATGTTTTTGTGTTTGAGCGAGTTTAAAACTATTCATTTCCATTTA
* * * * * * *
15204 AAAACTTGCTAAAATAATATTTCATACTTTAAAAGCTTGAATCTAGTAGAAATGTTTTCCAAAGC
261 AAAACTTGCTAAAACAACATTTCATACTTTTAAAGCTCGACTCCAGCAGAAATGTTTTCCAAAGC
* * * * *
15269 AAAACATAAAAGCTTTAAAATCGTTGAGCTGTGAGTTTGTGCGTAACGTATAAAAATAAGTTAGC
326 AAAACATAAAAGCTTCAAAAGC-ATGAGCTTTGAGTTTGTGCGTAACGTATAAAAACAAGTTAGC
* *
15334 ACAGAGTTAATCGCATCAAGCGTCAATAATGATTTCACAAATGACATCCAAATATCAACAGCATC
390 ACAGAGTTAATCGCATCAAGCGCCAATAACGATTTCACAAATGACATCCAAATATCAACAGCATC
*
15399 CCACAAATTTC
455 CCACAAATTCC
** * * *
15410 CTGGAGCACTGATGAATTATCCTAAAAATGCATCTAAAGCAAAT-AATCATGAAAAAGTAAAAAT
1 CTGGAGCACACATGAATTCTCTTAAAAATGCATCTAAAGCAAATAAAT-ATGAAAAA-TTAAAAT
** * * * *
15474 AATGCAAAT-GTTTTTATATCACAATTTGAAATTGTGCAGATGGTTTTTAGGCTCATAATTGTTC
64 CGTGCAAATGGTTTTTCTATCACAATTTGAAATTGTGCAGATGGTTTTTATGCCCACAATTGTTC
* * * * * *
15538 AAAAACGAAATTTTGATATTTTCAGCTCCAAAATCCTTCATGACTTACACATCACACCGTGAAAA
129 AGAAATGAAATTTTCATATTTTCAGCTCCAAAATCCTTCATGACTTACACTTAACACCGTAAAAA
* * * * *
15603 ATTAAAACCAATGCAGGTTATCATGTTTCTGTGTTTGGGCGAGTTTAAAACTATTAATTTTCATT
194 ATTAAAACCAATACAGGTTATCATGTTTTTGTGTTTGAGCGAGTTTAAAACTATTCATTTCCATT
*
15668 TAAAAACTTGCTAAAACAACATTTCATACTTTTAAAGCTCGACTCCAGCATAAATGATTTT-CAA
259 TAAAAACTTGCTAAAACAACATTTCATACTTTTAAAGCTCGACTCCAGCAGAAATG-TTTTCCAA
* *
15732 AGCAAAAC------G--T------C--GAGCTTTGATTTTGTGCGTAATGTATAAAAACAAGTTA
323 AGCAAAACATAAAAGCTTCAAAAGCATGAGCTTTGAGTTTGTGCGTAACGTATAAAAACAAGTTA
* * * * *
15781 ACACACAGTTAATCGCATCAAGCGCCAATAACAATTTCACAAATGACATCCAAACATCAATAGCA
388 GCACAGAGTTAATCGCATCAAGCGCCAATAACGATTTCACAAATGACATCCAAATATCAACAGCA
* *
15846 TTCCAAAAATTCC
453 TCCCACAAATTCC
**
15859 CTGGAGCAC-CATGAATTCTCTTAAAAATGCATCTACAA-CAAATAAGCATGAAAAATT
1 CTGGAGCACACATGAATTCTCTTAAAAATGCATCTA-AAGCAAATAAATATGAAAAATT
15916 TAACCAGCAG
Statistics
Matches: 1677, Mismatches: 204, Indels: 50
0.87 0.11 0.03
Matches are distributed among these distances:
447 1 0.00
448 36 0.02
449 114 0.07
452 1 0.00
455 95 0.06
457 3 0.00
458 54 0.03
459 4 0.00
460 2 0.00
461 1 0.00
462 32 0.02
463 65 0.04
464 385 0.23
465 67 0.04
466 800 0.48
467 17 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.17, G:0.13, T:0.32
Consensus pattern (465 bp):
CTGGAGCACACATGAATTCTCTTAAAAATGCATCTAAAGCAAATAAATATGAAAAATTAAAATCG
TGCAAATGGTTTTTCTATCACAATTTGAAATTGTGCAGATGGTTTTTATGCCCACAATTGTTCAG
AAATGAAATTTTCATATTTTCAGCTCCAAAATCCTTCATGACTTACACTTAACACCGTAAAAAAT
TAAAACCAATACAGGTTATCATGTTTTTGTGTTTGAGCGAGTTTAAAACTATTCATTTCCATTTA
AAAACTTGCTAAAACAACATTTCATACTTTTAAAGCTCGACTCCAGCAGAAATGTTTTCCAAAGC
AAAACATAAAAGCTTCAAAAGCATGAGCTTTGAGTTTGTGCGTAACGTATAAAAACAAGTTAGCA
CAGAGTTAATCGCATCAAGCGCCAATAACGATTTCACAAATGACATCCAAATATCAACAGCATCC
CACAAATTCC
Found at i:17770 original size:467 final size:466
Alignment explanation
Indices: 15919--17992 Score: 2912
Period size: 466 Copynumber: 4.5 Consensus size: 466
15909 AAAAATTTAA
* * *
15919 CCAGCAGAAATGGTTTCCAAGGCAAAGCATAAAAGCTTCAAAAGCGTTGAGCTTTGAGTTTGTGC
1 CCAGCAGAAATGGTTTCCAAAGCAAAACATAAAAGCTTCAAAAGCGTCGAGCTTTGAGTTTGTGC
* * * * *
15984 GTAATGTATAAAAATAAGTTAGCAAACTGTTAATCGCATCAAGCGCTAATAACGATTTCATAAAT
66 GTAATGTATAAAAACAAGTTAGCACACAGTTAATCGCATCAAGCGCCAATAACGATTTCACAAAT
* *
16049 GACATCCAAATATCAACAACATCCCACAAATTTCCTGGAGCACCCATGAATTCTGTTAAAAATGC
131 GACATCCAAATATCAACAGCATCCCACAAATTTCCTGGAGCACCCATGAATTCTCTTAAAAATGC
16114 ATCTAAAGCAAATAAGCATGAAAAA-TAAAAGCCATGCAAATGGTTTTTATATCACAATTTGAAA
196 ATCTAAAGCAAATAAGCATGAAAAATTAAAA-CCATGCAAATGGTTTTTATATCACAATTTGAAA
* * *
16178 TTGTGCAGATGGTTTTTATGCCCATAATTGTTCAGAAACGAAATTTTGATATTTTCAGCTCCAAA
260 TTGTGCAGATGGTTTTTATGCCCACAACTGTTCAGAAATGAAATTTTGATATTTTCAGCTCCAAA
* * * *
16243 ATCCTTCATGACTTACACTTAGCACCGTGAAAAATTAAAACCAATACAGGTTATAATGTTTCTAT
325 ATCCTTCATGACTTACACTTAACACCGTAAAAAATTAAAACCAATACAGGTTATCATGTTTCTGT
**
16308 GTTTGAGCGAGTTTAAAACTATTCATTTCCATTTAAAAACTTGCTAAAACAACATTTTGTACTTT
390 GTTTGAGCGAGTTTAAAACTATTCATTTCCATTTAAAAACTTGCTAAAACAACATTTCATACTTT
*
16373 TAAAGCTCGACT
455 TAAAGCTCGAAT
* *
16385 CCAGCAGAAATGGTTTCCAAAGCAAAACATGAAAGCTTCAAAAGCGTCGAGCTTTGAGCTTGTGC
1 CCAGCAGAAATGGTTTCCAAAGCAAAACATAAAAGCTTCAAAAGCGTCGAGCTTTGAGTTTGTGC
* ** * * *
16450 GTAATTTATAAAAATGAGTTAGCACACAGTTAATCACATCAAGCGCCAAAAATGATTTCACAAAT
66 GTAATGTATAAAAACAAGTTAGCACACAGTTAATCGCATCAAGCGCCAATAACGATTTCACAAAT
* * * * * * * *
16515 GATATGCAAATATAAACAGAATCTCACAAATTTCCTAGAGCACACATTAATTCTCTTAAAAATGC
131 GACATCCAAATATCAACAGCATCCCACAAATTTCCTGGAGCACCCATGAATTCTCTTAAAAATGC
* * * * * *
16580 ATCTAAAGTAAAT-AGTTATGAAAAATTTAAACCATGTAAATGGTTTTTCTATCACAATATGAAA
196 ATCTAAAGCAAATAAG-CATGAAAAATTAAAACCATGCAAATGGTTTTTATATCACAATTTGAAA
* *
16644 TTGTGCAGATGGTTTTTATGCCCACAACTGTTCAGAAATGAAATTTTGATATTTTTAACTCCAAA
260 TTGTGCAGATGGTTTTTATGCCCACAACTGTTCAGAAATGAAATTTTGATATTTTCAGCTCCAAA
* * *
16709 ATCCTTCATGACTTACACTTAACACTGTAAAAAATTACAACCAATACAGGTTATCATGTTTTTGT
325 ATCCTTCATGACTTACACTTAACACCGTAAAAAATTAAAACCAATACAGGTTATCATGTTTCTGT
*
16774 GTTTGAGTGAGTTTAAAACTATTCATTTCCATTTAAAAACTTGCTAAAACAACATTTCATACTTT
390 GTTTGAGCGAGTTTAAAACTATTCATTTCCATTTAAAAACTTGCTAAAACAACATTTCATACTTT
*
16839 TAAAGCTCGACT
455 TAAAGCTCGAAT
* * * * * *
16851 CCAACAGAAATGTTTTCCAAAACAAAACATAAAAGCTTTAAAAGCATCAAGCTTTGAGTTTGTGC
1 CCAGCAGAAATGGTTTCCAAAGCAAAACATAAAAGCTTCAAAAGCGTCGAGCTTTGAGTTTGTGC
* * * * * * *
16916 ATAACGTATAAGAACAAGTTAACACAGAGTTAATCGCATCAAGCACCAATAAAGATTTCACAAAT
66 GTAATGTATAAAAACAAGTTAGCACACAGTTAATCGCATCAAGCGCCAATAACGATTTCACAAAT
* * * *
16981 GATATGCAAATATCAACAGCATCCCAC-AATTTCCCTAGAGCACCCATGAATTCTTTTAAAAATG
131 GACATCCAAATATCAACAGCATCCCACAAATTT-CCTGGAGCACCCATGAATTCTCTTAAAAATG
* * * * * *
17045 CATCTAAAGCAAATAAGTATGAAAAATTAAAACCGTTCATATAGTTTTTCTATCACAATTTGAAA
195 CATCTAAAGCAAATAAGCATGAAAAATTAAAACCATGCAAATGGTTTTTATATCACAATTTGAAA
** * *
17110 TCATGCAGATGGTTTTTATGCCCACAACTGTTCAGAAATGAAATTTTCATATTTTCAGCTTCAAA
260 TTGTGCAGATGGTTTTTATGCCCACAACTGTTCAGAAATGAAATTTTGATATTTTCAGCTCCAAA
* * *
17175 ATCCTTCATGAATTACACTTAACACTGTAAAAAATTAAAACCAATACAGGTTATCATGTTTTTGT
325 ATCCTTCATGACTTACACTTAACACCGTAAAAAATTAAAACCAATACAGGTTATCATGTTTCTGT
* *
17240 GTTTGAGCGGGTTTAAAACTATTCATTTCCATTTAAAAACTTACTAAAACAACATTTCATACTTT
390 GTTTGAGCGAGTTTAAAACTATTCATTTCCATTTAAAAACTTGCTAAAACAACATTTCATACTTT
17305 TAAAGCTCGAAT
455 TAAAGCTCGAAT
*
17317 CCAGCAGAAATGGTTTCCAAGGCAAAACATAAAAGCTTCAAAAGCGTCGAGCTTTGAGTTTGTGC
1 CCAGCAGAAATGGTTTCCAAAGCAAAACATAAAAGCTTCAAAAGCGTCGAGCTTTGAGTTTGTGC
* * * * * * *
17382 GTACTGTATAAAAACAAGTTAGCAAACTGTTAATCGCGTCAAGCGCTAATAACGATCTCATAAAT
66 GTAATGTATAAAAACAAGTTAGCACACAGTTAATCGCATCAAGCGCCAATAACGATTTCACAAAT
* **
17447 GACATCCAAATATCAACAGCATCCCACAAATTTTCTGGAGCACCCATGAATTCTCTTAAAAATTT
131 GACATCCAAATATCAACAGCATCCCACAAATTTCCTGGAGCACCCATGAATTCTCTTAAAAATGC
*
17512 ATCTAAAGCAAATAAGCATTAAAAATTAAAATCCATGCAAATGGTTTTTATATCACAATTTGAAA
196 ATCTAAAGCAAATAAGCATGAAAAATTAAAA-CCATGCAAATGGTTTTTATATCACAATTTGAAA
* * * *
17577 TTGTGCATATGGTTTTTACGCCCATAATTGTTCAGAAATGAAATTTTGATATTTTCAGCTCCAAA
260 TTGTGCAGATGGTTTTTATGCCCACAACTGTTCAGAAATGAAATTTTGATATTTTCAGCTCCAAA
* ** * *
17642 ATCCTTCATTACTTATGCTTAACACCGTGAAAAATTAAAACCAATGCAGGTTATCATGTTTCTGT
325 ATCCTTCATGACTTACACTTAACACCGTAAAAAATTAAAACCAATACAGGTTATCATGTTTCTGT
*
17707 GTTTGAGTGAGTTTAAAACTATTCATTTCCATTTAAAAACTTGCTAAAACAACATTTCATACTTT
390 GTTTGAGCGAGTTTAAAACTATTCATTTCCATTTAAAAACTTGCTAAAACAACATTTCATACTTT
17772 TAAAGCTC-AACT
455 TAAAGCTCGAA-T
* *
17784 CCAGCAGAAATGGTTTTCAAAG-----CA-AAAAG--TC---A------AGCTTTGAGCTTGTGC
1 CCAGCAGAAATGGTTTCCAAAGCAAAACATAAAAGCTTCAAAAGCGTCGAGCTTTGAGTTTGTGC
* * * * *
17832 GTAATGTACAAAACCAAGTTATCACAGAGTTAATCGCATCAAGTGCCAATAACGATTTCACAAAT
66 GTAATGTATAAAAACAAGTTAGCACACAGTTAATCGCATCAAGCGCCAATAACGATTTCACAAAT
* * * *
17897 GACATCCAAATATCAATAGCATCCCACAAATTCCCTGATAGCACCCATGAATTCTCCTAAAAATG
131 GACATCCAAATATCAACAGCATCCCACAAATTTCCTG-GAGCACCCATGAATTCTCTTAAAAATG
*
17962 CATCTACAGCAAATAAGCATGAAAAATTAAA
195 CATCTAAAGCAAATAAGCATGAAAAATTAAA
17993 CCAGCAGAAA
Statistics
Matches: 1431, Mismatches: 169, Indels: 31
0.88 0.10 0.02
Matches are distributed among these distances:
450 102 0.07
451 52 0.04
456 1 0.00
459 2 0.00
461 5 0.00
462 2 0.00
465 7 0.00
466 1016 0.71
467 244 0.17
ACGTcount: A:0.38, C:0.18, G:0.13, T:0.30
Consensus pattern (466 bp):
CCAGCAGAAATGGTTTCCAAAGCAAAACATAAAAGCTTCAAAAGCGTCGAGCTTTGAGTTTGTGC
GTAATGTATAAAAACAAGTTAGCACACAGTTAATCGCATCAAGCGCCAATAACGATTTCACAAAT
GACATCCAAATATCAACAGCATCCCACAAATTTCCTGGAGCACCCATGAATTCTCTTAAAAATGC
ATCTAAAGCAAATAAGCATGAAAAATTAAAACCATGCAAATGGTTTTTATATCACAATTTGAAAT
TGTGCAGATGGTTTTTATGCCCACAACTGTTCAGAAATGAAATTTTGATATTTTCAGCTCCAAAA
TCCTTCATGACTTACACTTAACACCGTAAAAAATTAAAACCAATACAGGTTATCATGTTTCTGTG
TTTGAGCGAGTTTAAAACTATTCATTTCCATTTAAAAACTTGCTAAAACAACATTTCATACTTTT
AAAGCTCGAAT
Found at i:19648 original size:467 final size:465
Alignment explanation
Indices: 18631--24574 Score: 4114
Period size: 467 Copynumber: 12.6 Consensus size: 465
18621 AATTAAACCT
* * * * *
18631 GCAGATATGGTTTCCAAAGCAAAACATTAAAGCTTTATAAGCGTCGAGCTTTCAGTTTGTGCGTA
1 GCAGAAATGGTTTCCAAAG-AAAACATAAAAGCTTCAAAAGCGTCGAGCTTTGAGTTTGTGCGTA
* ** * * * * ** * *
18696 ATGTATAAAAACAAGTTAGCACACAACTAATCCCTTCACGCACCAATAATGATTTAAAAAATGAC
65 ATGTATAAAAACAAGTTAGCAAACAGTTAATCGCATCAAGCGCCAATAACAATTTCACAAATGAC
* * * * *
18761 ATCCAAATATCAAAAGCATCCCACAAATTCCCTGGAGCACCCAAGAATTCTCCTAAAAATGCATG
130 ATCCAAATATCAACAGCATCCCACAAATTTCCTAGAGCACCCATGAATTCTCCTAAAAATGCATC
*
18826 TAAAGCAAATAAGCATGAAAAATTAAAAACCGTGCAAATGGTTTTTA-ATCACAATTTGAAATTA
195 TAAAGCAAATAAGCATGAAAAA-TAAAAACCGTGCAAATGGTTTTTATATCACAATTTGAAATTG
* * *
18890 TGCAAATGGTTTTTATGCCCATAATTGTTCAGAAATGAAATTTTGATATTTTCAGTTCCAAAATC
259 TGCATATGGTTTTTATGCCCATAATTGTTCAGAAACGAAATTTTGATATTTTCAGCTCCAAAATC
*
18955 CTTCATGACTTACACTT-CCAACCGTGAAAAATTAAAACCAATGCAGGTTATCATGTTTCTGTGT
324 CTTCATGACTTACACTTAAC-ACCGTGAAAAATTAAAACCAATGCAGGTTATCATGTTTCTGTGT
* *
19019 TTGAGCGAGTTTAAAACTATTCATTTCCATTTAAAAACTTACTAAAACAACATTTCATACTTTAA
388 TTGAGCGAGTTTAAAACTATTCATTTCCATTTAAAAACTTGCTAAAACAACATTTCATACTTTTA
*
19084 AAGCTCCACTCCA
453 AAGCTCGACTCCA
* * * * * *
19097 GCAGAAATGGTTACCAAAGCAAAATATAAAAGCTTCAAAAGCGCCGAGTTTTGACTTTGTGCATA
1 GCAGAAATGGTTTCCAAAG-AAAACATAAAAGCTTCAAAAGCGTCGAGCTTTGAGTTTGTGCGTA
* * * *
19162 ATATATAAAAAACAAGTTAGCAAACTGTTAATCGCATTAAGCGCCAATAACGATTTCACAAATGA
65 ATGTAT-AAAAACAAGTTAGCAAACAGTTAATCGCATCAAGCGCCAATAACAATTTCACAAATGA
**
19227 CATCCAAATATCAACAGCATCCCACAAATTTCCTAGAGCACTGATGAATTCTCCTAAAAATGCAT
129 CATCCAAATATCAACAGCATCCCACAAATTTCCTAGAGCACCCATGAATTCTCCTAAAAATGCAT
*
19292 CTAAAGAAAATAAGCATGAAAAAGTAAAAACCGTGCAAAT-GTTTTTATATCACAATTTGAAATT
194 CTAAAGCAAATAAGCATGAAAAA-TAAAAACCGTGCAAATGGTTTTTATATCACAATTTGAAATT
* *
19356 GTGCATATGG-TTTT-TGCACTCATAATTGTTCAGAAACGAAATTTTGATATTTTCAGTTCCTAA
258 GTGCATATGGTTTTTATGC-C-CATAATTGTTCAGAAACGAAATTTTGATATTTTCAGCTCCAAA
* ** * *
19419 ATCCTTCATGACTTACACTTGACATTGTGAAAAATTAAAA-CAATACAGGTTATCATTTTTCTGT
321 ATCCTTCATGACTTACACTTAACACCGTGAAAAATTAAAACCAATGCAGGTTATCATGTTTCTGT
* * *
19483 TTTTGAGCGAGTTTAAAACCATTTATTTCCATTTAAAAACTTGCTAAAA-AACATTTCATACTTT
386 GTTTGAGCGAGTTTAAAACTATTCATTTCCATTTAAAAACTTGCTAAAACAACATTTCATACTTT
* *
19547 TAAAGATAGACTCCA
451 TAAAGCTCGACTCCA
* * * *
19562 GCAGAAATGGTTTTCAAAGAAAAACATAAAAAAAGCTTCAAAAGTGTCAAGCTTTGAGTTTGTTC
1 GCAGAAATGGTTTCCAAAG-AAAACAT---AAAAGCTTCAAAAGCGTCGAGCTTTGAGTTTGTGC
* * * * * *
19627 GTAATGTATGACAAGAAGTTAGCACACAGTTAATCGCGTCAAACGCCAATAACAATTTCACAAAT
62 GTAATGTATAAAAACAAGTTAGCAAACAGTTAATCGCATCAAGCGCCAATAACAATTTCACAAAT
* * *
19692 GACATCCAAATATCAACAACATCCCACAAATTTCCTAGAGCACCGATGGATTCTCCTAAAAATGC
127 GACATCCAAATATCAACAGCATCCCACAAATTTCCTAGAGCACCCATGAATTCTCCTAAAAATGC
* *
19757 ATCTAAAGCAAATAAGCATGAAAAAGTAAAAACTGTGC-AATTGTTTTTATATCACAATTTGAAA
192 ATCTAAAGCAAATAAGCATGAAAAA-TAAAAACCGTGCAAATGGTTTTTATATCACAATTTGAAA
* * *
19821 TTGTGCATATGATTTTTATGCCCATAATTGTTCAGAAACGAAATTTTCATATTTTCCGCTCCAAA
256 TTGTGCATATGGTTTTTATGCCCATAATTGTTCAGAAACGAAATTTTGATATTTTCAGCTCCAAA
* * *
19886 ATCCTTAATAACTTACACTTAACACCGTGAAAAATAAAAACCAATGCAGGTTATCATGTTTCTGT
321 ATCCTTCATGACTTACACTTAACACCGTGAAAAATTAAAACCAATGCAGGTTATCATGTTTCTGT
*
19951 GTTTGAGTGAGTTTAAAACTATTCATTTCCATTTAAAAACTTGCTAAAACAACATTTCATACTTT
386 GTTTGAGCGAGTTTAAAACTATTCATTTCCATTTAAAAACTTGCTAAAACAACATTTCATACTTT
20016 TAAAGCTCGACTCCA
451 TAAAGCTCGACTCCA
* *
20031 GCAGAAATGGTTT------------TCAAAG---CAAAA-CGTCGAGCTTTGAGTTTGTGTGTAA
1 GCAGAAATGGTTTCCAAAGAAAACATAAAAGCTTCAAAAGCGTCGAGCTTTGAGTTTGTGCGTAA
* * * *
20080 TGTATAAAAACAAGTTATCACAGAGTTAATCGCATCAAGCGCCGATAACAATTTCACAAATGACA
66 TGTATAAAAACAAGTTAGCAAACAGTTAATCGCATCAAGCGCCAATAACAATTTCACAAATGACA
* * * *
20145 TCCAAATATCAATAGCATGCCACAAATTCCCTGGAGCACCCAT-ATATTCTCCTAAAAATGCATC
131 TCCAAATATCAACAGCATCCCACAAATTTCCTAGAGCACCCATGA-ATTCTCCTAAAAATGCATC
* * * * * *
20209 TACAGCAAATAAGCATGCAAAAT-TAAA-C-TAGCATATGGTTTTTACATCACAATATGAAATTG
195 TAAAGCAAATAAGCATGAAAAATAAAAACCGT-GCAAATGGTTTTTATATCACAATTTGAAATTG
*
20271 TGC-TGATGGTTTTTATGCCCATAATTGTTCAGAAGCGAAATTTTGATATTTTCAGCTCCAAAAT
259 TGCAT-ATGGTTTTTATGCCCATAATTGTTCAGAAACGAAATTTTGATATTTTCAGCTCCAAAAT
* * * * * *
20335 CCTTCATGACTTACACCTAACACAGTGAAAAATTAGAACAAATGTAGCTTATCATGTTTCTGTGT
323 CCTTCATGACTTACACTTAACACCGTGAAAAATTAAAACCAATGCAGGTTATCATGTTTCTGTGT
* * * * *
20400 TTGAGCGAGTTCAGAACTATTCA-TTCTATTTAAAAACTTCCTAAAACATCATTTCATACTTTTA
388 TTGAGCGAGTTTAAAACTATTCATTTCCATTTAAAAACTTGCTAAAACAACATTTCATACTTTTA
20464 AAGCTCGACTCCA
453 AAGCTCGACTCCA
* * *
20477 GCAGAAATGATTTCCAAAGCAAAACATAAAAGCTTCAAAAGAGTCAAGCTTTGAGTTTGTGCGTA
1 GCAGAAATGGTTTCCAAAG-AAAACATAAAAGCTTCAAAAGCGTCGAGCTTTGAGTTTGTGCGTA
20542 ATGTAT---AA-AA---A-C--A-AGTT-A--GCAT--------AAT---AATTTCACAAATGAC
65 ATGTATAAAAACAAGTTAGCAAACAGTTAATCGCATCAAGCGCCAATAACAATTTCACAAATGAC
* * * * * ** * *
20582 ATCGAAATAACAATAGCATCCCAC-AATTTCCCT-GTGGTACATATTAATTCACCTAAAAATGCA
130 ATCCAAATATCAACAGCATCCCACAAATTT-CCTAG-AGCACCCATGAATTCTCCTAAAAATGCA
* * * * *
20645 TCTAAAGCAAATAAGTAT-AAAAATTAGAATCGTGCAAATGGTTTTTATAACACAATTTGAAATT
193 TCTAAAGCAAATAAGCATGAAAAATAAAAACCGTGCAAATGGTTTTTATATCACAATTTGAAATT
* * * * * *
20709 TTACAGATGGTTTTTATGCCAATAATTGTTCAGAAATGAAATTTTGATATTTTCAACTCCAAAAT
258 GTGCATATGGTTTTTATGCCCATAATTGTTCAGAAACGAAATTTTGATATTTTCAGCTCCAAAAT
* * ** * * *
20774 CCTTCATGACATACACTTAACGCTATGAAAAATTAAAACCAATGCAGGTTATAATCTTTTTGTGT
323 CCTTCATGACTTACACTTAACACCGTGAAAAATTAAAACCAATGCAGGTTATCATGTTTCTGTGT
* * * * *
20839 TTGAACGAGTCTAAAACTATTCATTTCCTTTTAAAAACTTGCTAAAACAACATCTGATACTTTTA
388 TTGAGCGAGTTTAAAACTATTCATTTCCATTTAAAAACTTGCTAAAACAACATTTCATACTTTTA
*
20904 AAGCTCCACTCCA
453 AAGCTCGACTCCA
* * * *
20917 GCAGAGATGGTTGCCAAAGAAAAACATAAAAGCTTCAAAAGCGCCGAGCTTTGAGTTTGTGCATA
1 GCAGAAATGGTTTCCAAAG-AAAACATAAAAGCTTCAAAAGCGTCGAGCTTTGAGTTTGTGCGTA
* * * * * * * *
20982 ATGCATAAAAATAATTTAGCACACAATTAATCACTTCAAGCGCCAATATTA-AAGTTCGAC---T
65 ATGTATAAAAACAAGTTAGCAAACAGTTAATCGCATCAAGCGCCAATA--ACAATTTC-ACAAAT
* * * *** * * ** * * ** * *
21043 -CCAGCACAAATGGTTTTCAA-AGCAAAACATAAAAGCTTCAAAAGCGTCGAGCTTTTAGTT-T-
127 GACATC-CAAA----TATCAACAGCATCCCA-CAAA-TTTC-CTAGAG-C-ACCCATGAATTCTC
* ** * * * * * * * ** ** * *** *
21104 GTACGTAATGTAT-AAAAACAAGTTAGCA-CACAGTTAATCA-CAT-C-AA--G-TGCCA-ATAA
182 CTA-AAAATGCATCTAAAGCAAATAAGCATGAAAAATAAAAACCGTGCAAATGGTTTTTATATCA
* * * * ** * ** * * ** * * *
21160 CGATTTCACAAATG-ACATCCA-ACTATCAACGCAACCCATAAATTCCCTGGAGCACCCATGAAT
246 CAATTTGA-AATTGTGCAT--ATGGTTTTTATG---CCCAT-AATT--GTTCAGAAACGA--AAT
* * **** * * ** * * * * * *
21223 TCTCCGAAAAAGGCA--TCTAAAAGCAAAT-AAGTA-TGAAAAATTAAAACCGTGAAAATGGTTT
300 T-T-TGATATTTTCAGCTCCAAAATC-CTTCATG-ACT-TACACTTAACACCGTGAAAA-----A
* * ** * * * ** * * *
21284 TTCAATCACAATTTG-AAATTGTGCAGATGATTTTTATGCCCAT-AACTA-TTCAGAAACGAAAT
355 TTAAAAC-CAA--TGCAGGTTAT-C--ATG-TTTCTGTG--TTTGAGCGAGTTTA-AAAC----T
* * * ** * * * * ** * * * * **
21346 TTTGATATTTTCAGCTCCAAAATCCCTCAAGACTTACACCTAACACAGTGAAAATTTAAACAAAT
406 ATT--CATTTCCA--TTTAAAA--ACT--TG-C-TAAAAC-AACA-TTTCATACTTTTAA-AGCT
* *
21411 -GTAGGT-TA
458 CG-A-CTCCA
* *** * * * *
21419 TCATGTTTCTGTGTTTGAGCAAGTTTAAAACTATTTATTTCCATTTAAAAACTTGCTAAAACAAC
1 GCA-G-AAATG-GTTT--CCAA----AGAA--A---A----CA--TAAAAGCTT-C--AAA-AGC
* * * * * * * * * *
21484 ATTTC-ATACTTTTAAAGCTTGACTCCAGCAGAAATGATTTCCAAAGCAA---AACAAAAAAGCT
42 --GTCGA-GC-TTT-GAGTTTG--T---GC-GTAATG-TAT-AAAAACAAGTTAGC-AAACAG-T
** **** *** * * * * *
21545 TCAAAAG-AGTCAAGCTTTGAGTTTGTGTGTAATATATAAAAACAAGTCAGCACATAGATAATCG
92 T-AATCGCA-TCAAGC-----GCCAAT-AACAAT-T-TCACAA-ATGACATC-CA-A-AT-AT--
* ** * * * * * * * * **
21609 CATAAAG-GGCCAATAACGATTTCAC-AAATGACATCCAAATATCAATAGCATCC-CACAAT-TT
140 CA-ACAGCATCCCACAA--ATTTC-CTAGA-G-CA-CC---CATGAAT-TC-TCCTAAAAATGCA
*** * * ** ** * **** * * * **
21670 TCCTGGTGCACACATTA--ATTCACCAA-AAAATGCAT-CTAAA-GCAAATAAGTATGAAAAAAT
193 T-CTAAAGCA-A-ATAAGCA-TGAAAAATAAAAACCGTGC-AAATGGTTTTTA-TATCACAATTT
* *** * * * * *
21730 AAGAACCATGTAAATGGTTTTTATATCACAATTTGAAATTGTGCAAATGGTTTTTATGGCCATAA
252 GA-AATTGTGCATATGGTTTTTAT-GC-CCA--T--AA---T-----T-G--TTCA--G--A-AA
* * *
21795 TTGTTCAGAAATGAAATTTTCATATTTTCAGCTCCAAAATACTTCATGACTTACACTTAACGCCG
294 -----C------GAAATTTTGATATTTTCAGCTCCAAAATCCTTCATGACTTACACTTAACACCG
** * * * *
21860 TGAAAAA-TAAAAATAACGCAGGTTATAATGTTTTTGTGTTTGAGCGTGTTTAAAACTATTCATT
348 TGAAAAATTAAAACCAATGCAGGTTATCATGTTTCTGTGTTTGAGCGAGTTTAAAACTATTCATT
* * *
21924 TCCATTTAAAAACTTGCTAAAACAACATTTAATACTTTTAAAGTTTGACTCCA
413 TCCATTTAAAAACTTGCTAAAACAACATTTCATACTTTTAAAGCTCGACTCCA
* * * *
21977 GCAGAAACGGATTT-TAAAGCAAAACATAAAAGTTTCAAAAGCGTCGAGCTTTGAGTTTGTGCAT
1 GCAGAAATGG-TTTCCAAAG-AAAACATAAAAGCTTCAAAAGCGTCGAGCTTTGAGTTTGTGCGT
* * * *
22041 AATGTATAAAAGCAAGTTAGCACACTGTTAATCGCATCAAGCGCCAATAACGATTTCACAAATGA
64 AATGTATAAAAACAAGTTAGCAAACAGTTAATCGCATCAAGCGCCAATAACAATTTCACAAATGA
* * *
22106 CATCCAAAATATTAATAGCATCCCACAAATTTCC-AGGAGCACCCATGCATTCTCCTAAAAATGC
129 CATCC-AAATATCAACAGCATCCCACAAATTTCCTA-GAGCACCCATGAATTCTCCTAAAAATGC
* * *
22170 ATCTAAAGCAAATAAGTAAGAAAAATTAAAAACCATGCAAATGGTTTTTATATCACAATTTGAAA
192 ATCTAAAGCAAATAAGCATGAAAAA-TAAAAACCGTGCAAATGGTTTTTATATCACAATTTGAAA
* * * * * * *
22235 TTGGGCAGATTGTCTTTATGGCCATAATTGTTCAAAAATGAAATTTTGATATTTTCAGCTCC-AA
256 TTGTGCATATGGTTTTTATGCCCATAATTGTTCAGAAACGAAATTTTGATATTTTCAGCTCCAAA
* * ** *
22299 ATACTTCATGACTTGTACACTTAACGCCGTGAAAAA-TAAAAATAATGCAGGTTATCATGTTTTT
321 ATCCTTCATGAC-T-TACACTTAACACCGTGAAAAATTAAAACCAATGCAGGTTATCATGTTTCT
** *
22363 GGTGTTTGAGCTTGTTTAAAACTATTCATTTCCATTTAAAAACTTGCTAAAACAACATTTAATAC
384 -GTGTTTGAGCGAGTTTAAAACTATTCATTTCCATTTAAAAACTTGCTAAAACAACATTTCATAC
* *
22428 TTTTAAAGTTCAACTCCA
448 TTTTAAAGCTCGACTCCA
* * * * *
22446 GCAGAAATGGATTT-TAAAGCAAAACATAAAAGTTTCAAAAGTGTCGAGCTTTGAGTTTTTGCCT
1 GCAGAAATGG-TTTCCAAAG-AAAACATAAAAGCTTCAAAAGCGTCGAGCTTTGAGTTTGTGCGT
* ** *
22510 AATGTATAAAAACAAGTTAGCACACAGTTAATCGCATCAAGCTTCAATAATAATTTCACAAATGA
64 AATGTATAAAAACAAGTTAGCAAACAGTTAATCGCATCAAGCGCCAATAACAATTTCACAAATGA
* * * *
22575 CATCCAAATATCAATAGCATCTCACAAATTCCCTGGAGCACCCATGAATTCTCCTAAAAAATGCA
129 CATCCAAATATCAACAGCATCCCACAAATTTCCTAGAGCACCCATGAATTCTCCT-AAAAATGCA
* ** *
22640 TCTAAAGCAAATAAGTATGAAAAATTAAAAGTCGTGCAAATGGTTTTTATATCACAATTGGAAAT
193 TCTAAAGCAAATAAGCATGAAAAA-TAAAAACCGTGCAAATGGTTTTTATATCACAATTTGAAAT
* *
22705 TGTGCATATGGTTTTTATGGCCATAATTGTTCAGAAATGAAATTTTGATATTTTCAGCTCCAAAA
257 TGTGCATATGGTTTTTATGCCCATAATTGTTCAGAAACGAAATTTTGATATTTTCAGCTCCAAAA
* * * * * * *
22770 TCCTTCACGACTTACACTTAACGCTGTGAAAAA-TAAAA-TAATGCAAGTTATAATGTTTTTGTG
322 TCCTTCATGACTTACACTTAACACCGTGAAAAATTAAAACCAATGCAGGTTATCATGTTTCTGTG
** * * * *
22833 TTTGATTGTGTTTAAAACTATTCATTTTCATTTACAAACTT-CTAAAACAACATTTAATACTTTT
387 TTTGAGCGAGTTTAAAACTATTCATTTCCATTTAAAAACTTGCTAAAACAACATTTCATACTTTT
* *
22897 AAAGTTTGACTCCA
452 AAAGCTCGACTCCA
* * * * *
22911 GCAGAAATGGATTT-TAAAGCAAAACATAAAAGTTTCAAAAGCATGGAGCTTTGAGTTTGTGCAT
1 GCAGAAATGG-TTTCCAAAG-AAAACATAAAAGCTTCAAAAGCGTCGAGCTTTGAGTTTGTGCGT
* * * * * *
22975 AATGTATAAAAGCAAGTTAGCACACTA-TTAATCGCATCAAGCACCGATAACGATTTCACAAATA
64 AATGTATAAAAACAAGTTAGCAAAC-AGTTAATCGCATCAAGCGCCAATAACAATTTCACAAATG
* * * *
23039 AGATCCAAATATCAATAGGC-TCCCACAAA-TTCCTTGAAGCACCCATGAATTCT-CTGGAAAAT
128 ACATCCAAATATCAACA-GCATCCCACAAATTTCCTAG-AGCACCCATGAATTCTCCT-AAAAAT
* *
23101 GCATCTAAAGCAAATAAGCATGAAAAATTAAAACCGTGCAAATGATTTTTATATCACAATTTGAA
190 GCATCTAAAGCAAATAAGCATGAAAAATAAAAACCGTGCAAATGGTTTTTATATCACAATTTGAA
* * * * *
23166 ATTGTGCA-ATCGGTTTTTATTCCCA-AATTGTTTAGAAA-GAAAATTTTAATATTTTCAACTCT
255 ATTGTGCATAT-GGTTTTTATGCCCATAATTGTTCAGAAACG-AAATTTTGATATTTTCAGCTCC
* * * * *
23228 AAAATCCCTCATGACTTACACTTAACACCATGAAAAATTAAAACCAATGAAGGTTATCATATTTT
318 AAAATCCTTCATGACTTACACTTAACACCGTGAAAAATTAAAACCAATGCAGGTTATCATGTTTC
* * *
23293 TTTGTTTGAGCGAGTTTAAAACTATTCATTTCCACTTAAAAACTTGCTAAAACAACATTTCACAC
383 TGTGTTTGAGCGAGTTTAAAACTATTCATTTCCATTTAAAAACTTGCTAAAACAACATTTCATAC
* * **
23358 TTTTAAAGTTCAACTTAA
448 TTTTAAAGCTCGACTCCA
* * * * * * *
23376 GCA-ATAATGGTTTTCAAACCAAAACATAAAAGCTTCAAAAGTGTCAAGGTTTGTGTTTGAGTC-
1 GCAGA-AATGGTTTCCAAA-GAAAACATAAAAGCTTCAAAAGCGTCGAGCTTTGAGTTTGTG-CG
* * * **
23439 TAATGTATAAAAATAAGTTAGCACACAGTTAATCGCATCAA-CTGTCAATAATGATTTCACAAAT
63 TAATGTATAAAAACAAGTTAGCAAACAGTTAATCGCATCAAGC-GCCAATAACAATTTCACAAAT
* * *
23503 GACATCCAAATATCAATAGCATCCCACAAA-TTCCCAGGAGCACCCATGAATTCTCCTAAAAGTG
127 GACATCCAAATATCAACAGCATCCCACAAATTTCCTA-GAGCACCCATGAATTCTCCTAAAAATG
* * * * *
23567 CATCTAAAGTAAATAAGCTTGAAAAATTAAAATCGTGCAAATGATTTTTATATCACAATTTGAAA
191 CATCTAAAGCAAATAAGCATGAAAAATAAAAACCGTGCAAATGGTTTTTATATCACAATTTGAAA
* * * * *
23632 TTTTG-ATA---TTTTCATCTCCACATAATTGTTCAGAAACAAAATTTTGATATTTTCATCTCCA
256 TTGTGCATATGGTTTTTAT-GCC-CATAATTGTTCAGAAACGAAATTTTGATATTTTCAGCTCCA
* * * * ** *
23693 AAATCCTTCATGACATACACTTAACACCGTGAAAATTTAAAACCAATGCATGTTATTATCCTTAT
319 AAATCCTTCATGACTTACACTTAACACCGTGAAAAATTAAAACCAATGCAGGTTATCATGTTTCT
* * *
23758 GTGTTTGAGCCATTTTAAAACTATTCATTTCCATTTAAAAACTTGCTAAAACAACATTTCATACA
384 GTGTTTGAGCGAGTTTAAAACTATTCATTTCCATTTAAAAACTTGCTAAAACAACATTTCATACT
*
23823 TTTAAAGCTTGACT--A
449 TTTAAAGCTCGACTCCA
* * *
23838 GCAGAAATGGTTTTCAAAG----C-----AG------AA-CATTGAGCTTTGAGTTTGTGCGTAA
1 GCAGAAATGGTTTCCAAAGAAAACATAAAAGCTTCAAAAGCGTCGAGCTTTGAGTTTGTGCGTAA
* * * * * *
23887 TGTATAAAAACAAGTTAGCACACAATTAATCACATTAAGTGCCAATAACGATTTCACAAATGACA
66 TGTATAAAAACAAGTTAGCAAACAGTTAATCGCATCAAGCGCCAATAACAATTTCACAAATGACA
* * *
23952 TCCAAATATCGACAGCTTCCCACAAA-TTCC-ATGAAGCACCCATGAATTCCCCTAAAAATGCAT
131 TCCAAATATCAACAGCATCCCACAAATTTCCTA-G-AGCACCCATGAATTCTCCTAAAAATGCAT
* * *** * * *
24015 CTAAAGCAAATAAGCATGAAAAATTATAATAATGCAAATGGTTTTTACATCGCAATTTGAAATTT
194 CTAAAGCAAATAAGCATGAAAAATAAAAACCGTGCAAATGGTTTTTATATCACAATTTGAAATTG
* * * *
24080 TGCAAATGGTTTTTATGCCCACAATTGTTTAGAAACGAAATTTTGATATTTTCAACTCCAAAATC
259 TGCATATGGTTTTTATGCCCATAATTGTTCAGAAACGAAATTTTGATATTTTCAGCTCCAAAATC
** * * ** * * *
24145 CTTCATGAGATACAATTAAGATTGTGAAAAACTAAAACCAATGCAGGTTATCAAGTTTTTGTGTT
324 CTTCATGACTTACACTTAACACCGTGAAAAATTAAAACCAATGCAGGTTATCATGTTTCTGTGTT
*
24210 TGAGCGAGTTTAAAACTATTCATTTCCATTTAACAACTTGCTAAAACAACATTTCATACTTTTAA
389 TGAGCGAGTTTAAAACTATTCATTTCCATTTAAAAACTTGCTAAAACAACATTTCATACTTTTAA
24275 AGCTCGACTCCA
454 AGCTCGACTCCA
* * * * * * *
24287 GTAGAAATAGTTTTCAAAGCAAAACATAAAAACTTGAAAAGCATCGAGCTTTAAGTTTGTGCGTA
1 GCAGAAATGGTTTCCAAAG-AAAACATAAAAGCTTCAAAAGCGTCGAGCTTTGAGTTTGTGCGTA
* ** * * *
24352 ATGTATAAAAACATGTTAGCGCACAGTTAATCGCATTAAAGCGCCAATAACGATTTCACAAATAA
65 ATGTATAAAAACAAGTTAGCAAACAGTTAATCGCA-TCAAGCGCCAATAACAATTTCACAAATGA
* * * *
24417 CATCCAAATATCAACAGCATCCCACAAAATCCCTATAGCACCCATGAATTCCCCTAAAAATGCAT
129 CATCCAAATATCAACAGCATCCCACAAATTTCCTAGAGCACCCATGAATTCTCCTAAAAATGCAT
* * ** * *
24482 CTAAATCAAATAAGCATGAAAAATTAAAATAGTGCAAATGGTTTTTACATCATAATTTGAAATTG
194 CTAAAGCAAATAAGCATGAAAAATAAAAACCGTGCAAATGGTTTTTATATCACAATTTGAAATTG
*
24547 TGCAGATGGTTTTTATGCCCATAATTGT
259 TGCATATGGTTTTTATGCCCATAATTGT
24575 CCTGAAATTA
Statistics
Matches: 4348, Mismatches: 793, Indels: 673
0.75 0.14 0.12
Matches are distributed among these distances:
437 10 0.00
438 78 0.02
439 158 0.04
440 110 0.03
441 2 0.00
443 2 0.00
444 5 0.00
445 187 0.04
446 70 0.02
447 326 0.07
448 4 0.00
449 182 0.04
450 6 0.00
451 4 0.00
452 7 0.00
453 5 0.00
454 3 0.00
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456 2 0.00
457 1 0.00
459 8 0.00
460 2 0.00
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464 271 0.06
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467 716 0.16
468 237 0.05
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471 7 0.00
472 20 0.00
473 16 0.00
474 5 0.00
478 7 0.00
479 4 0.00
480 4 0.00
481 2 0.00
483 5 0.00
484 9 0.00
485 9 0.00
486 2 0.00
489 3 0.00
491 6 0.00
493 5 0.00
494 2 0.00
495 2 0.00
496 1 0.00
497 1 0.00
498 6 0.00
499 11 0.00
500 28 0.01
501 32 0.01
502 10 0.00
503 2 0.00
504 4 0.00
505 5 0.00
506 3 0.00
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510 2 0.00
511 3 0.00
512 3 0.00
513 2 0.00
514 6 0.00
515 5 0.00
516 1 0.00
517 2 0.00
518 2 0.00
519 2 0.00
521 8 0.00
522 1 0.00
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524 8 0.00
525 9 0.00
526 5 0.00
527 2 0.00
528 3 0.00
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531 6 0.00
532 3 0.00
533 3 0.00
534 5 0.00
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538 1 0.00
539 7 0.00
541 2 0.00
542 4 0.00
543 2 0.00
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545 1 0.00
546 1 0.00
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549 8 0.00
550 12 0.00
551 3 0.00
553 6 0.00
554 2 0.00
555 4 0.00
556 8 0.00
557 5 0.00
558 16 0.00
559 9 0.00
560 6 0.00
561 4 0.00
562 3 0.00
563 4 0.00
564 11 0.00
565 4 0.00
566 3 0.00
567 5 0.00
569 7 0.00
571 3 0.00
574 2 0.00
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587 4 0.00
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591 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.18, G:0.13, T:0.31
Consensus pattern (465 bp):
GCAGAAATGGTTTCCAAAGAAAACATAAAAGCTTCAAAAGCGTCGAGCTTTGAGTTTGTGCGTAA
TGTATAAAAACAAGTTAGCAAACAGTTAATCGCATCAAGCGCCAATAACAATTTCACAAATGACA
TCCAAATATCAACAGCATCCCACAAATTTCCTAGAGCACCCATGAATTCTCCTAAAAATGCATCT
AAAGCAAATAAGCATGAAAAATAAAAACCGTGCAAATGGTTTTTATATCACAATTTGAAATTGTG
CATATGGTTTTTATGCCCATAATTGTTCAGAAACGAAATTTTGATATTTTCAGCTCCAAAATCCT
TCATGACTTACACTTAACACCGTGAAAAATTAAAACCAATGCAGGTTATCATGTTTCTGTGTTTG
AGCGAGTTTAAAACTATTCATTTCCATTTAAAAACTTGCTAAAACAACATTTCATACTTTTAAAG
CTCGACTCCA
Found at i:21064 original size:129 final size:129
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Indices: 20901--21158 Score: 363
Period size: 129 Copynumber: 2.0 Consensus size: 129
20891 TCTGATACTT
* *
20901 TTAAAGCTCCACTCCAGCAGAGATGGTTGCCAAAGAAAAACATAAAAGCTTCAAAAGCGCCGAGC
1 TTAAAGCTCCACTCCAGCACAAATGGTTGCCAAAGAAAAACATAAAAGCTTCAAAAGCGCCGAGC
* * * *
20966 TTTGAGTTTGTGCATAATGCATAAAAATAATTTAGCACACAATTAATCACTTCAAGCGCCAATA
66 TTTGAGTTTGTACATAATGCATAAAAACAAGTTAGCACACAATTAATCACATCAAGCGCCAATA
* * ** * *
21030 TTAAAGTTCGACTCCAGCACAAATGGTTTTCAAAGCAAAACATAAAAGCTTCAAAAGCGTCGAGC
1 TTAAAGCTCCACTCCAGCACAAATGGTTGCCAAAGAAAAACATAAAAGCTTCAAAAGCGCCGAGC
* * * * *
21095 TTTTAGTTTGTACGTAATGTATAAAAACAAGTTAGCACACAGTTAATCACATCAAGTGCCAATA
66 TTTGAGTTTGTACATAATGCATAAAAACAAGTTAGCACACAATTAATCACATCAAGCGCCAATA
21159 ACGATTTCAC
Statistics
Matches: 112, Mismatches: 17, Indels: 0
0.87 0.13 0.00
Matches are distributed among these distances:
129 112 1.00
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TTAAAGCTCCACTCCAGCACAAATGGTTGCCAAAGAAAAACATAAAAGCTTCAAAAGCGCCGAGC
TTTGAGTTTGTACATAATGCATAAAAACAAGTTAGCACACAATTAATCACATCAAGCGCCAATA
Found at i:23047 original size:465 final size:463
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Period size: 465 Copynumber: 7.7 Consensus size: 463
21020 AGCGCCAATA
* *
21030 TTAAAGTTCGACTCCAGCACAAATGGTTTTCAAAGCAAAACATAAAAGCTTCAAAAGCGTCGAGC
1 TTAAAGTTCGACTCCAGCAGAAATGGTTTT-AAAGCAAAACATAAAAGCTTCAAAAGCATCGAGC
* * * *
21095 TTTTAGTTTGTACGTAATGTATAAAAACAAGTTAGCACACAGTTAATCACATCAAGTGCCAATAA
65 TTTGAGTTTGTGCGTAATGTATAAAAACAAGTTAGCACACAGTTAATCGCATCAAGCGCCAATAA
* * * *
21160 CGATTTCACAAATGACATCCAACTATCAA-CGCAACCCATAAATTCCCTGGAGCACCCATGAATT
130 CGATTTCACAAATGACATCCAAATATCAATAGCATCCCACAAATTCCCTGGAGCACCCATGAATT
* * *
21224 CTCCGAAAAAGGCATCTAAAAGCAAATAAGTATGAAAAATTAAAACCGTGAAAATGGTTTTTCA-
195 CTCCTAAAAATGCATCT-AAAGCAAATAAGTATGAAAAATTAAAACCGTGCAAATGGTTTTT-AT
* * * *
21288 ATCACAATTTGAAATTGTGCAGATGATTTTTATGCCCATAACTATTCAGAAACGAAATTTTGATA
258 ATCACAATTTGAAATTGTGCAGATGGTTTTTATGCCCATAATTGTTCAGAAATGAAATTTTGATA
* * * * * * * *
21353 TTTTCAGCTCCAAAATCCCTCAAGACTTACACCTAACACAGTGAAAATTTAAACAAATGTAGGTT
323 TTTTCAGCTCCAAAATCCTTCATGACTTACACTTAACGCCGTGAAAAATAAAAC-AATGCAGGTT
* * ** *
21418 ATCATGTTTCTGTGTTTGAGCAAGTTTAAAACTATTTATTTCCATTTAAAAACTTGCTAAAACAA
387 ATAATGTTTTTGTGTTTGAGCGTGTTTAAAACTATTCATTTCCATTTAAAAACTTGCTAAAACAA
21483 CATTTCATACTT
452 CATTTCATACTT
* * * *
21495 TTAAAGCTT-GACTCCAGCAGAAATGATTTCCAAAGCAAAACAAAAAAGCTTCAAAAG-AGTCAA
1 TTAAAG-TTCGACTCCAGCAGAAATGGTTT-TAAAGCAAAACATAAAAGCTTCAAAAGCA-TCGA
* * * * * * *
21558 GCTTTGAGTTTGTGTGTAATATATAAAAACAAGTCAGCACATAGATAATCGCATAAAGGGCCAAT
63 GCTTTGAGTTTGTGCGTAATGTATAAAAACAAGTTAGCACACAGTTAATCGCATCAAGCGCCAAT
* * * * *
21623 AACGATTTCACAAATGACATCCAAATATCAATAGCATCCCACAATTTTCCTGGTGCACACATTAA
128 AACGATTTCACAAATGACATCCAAATATCAATAGCATCCCACAAATTCCCTGGAGCACCCATGAA
* * * * *
21688 TTCACCAAAAAATGCATCTAAAGCAAATAAGTATGAAAAAATAAGAACCATGTAAATGGTTTTTA
193 TTCTCCTAAAAATGCATCTAAAGCAAATAAGTATGAAAAATTAA-AACCGTGCAAATGGTTTTTA
* * *
21753 TATCACAATTTGAAATTGTGCAAATGGTTTTTATGGCCATAATTGTTCAGAAATGAAATTTTCAT
257 TATCACAATTTGAAATTGTGCAGATGGTTTTTATGCCCATAATTGTTCAGAAATGAAATTTTGAT
* * *
21818 ATTTTCAGCTCCAAAATACTTCATGACTTACACTTAACGCCGTGAAAAATAAAAATAACGCAGGT
322 ATTTTCAGCTCCAAAATCCTTCATGACTTACACTTAACGCCGTGAAAAAT-AAAACAATGCAGGT
21883 TATAATGTTTTTGTGTTTGAGCGTGTTTAAAACTATTCATTTCCATTTAAAAACTTGCTAAAACA
386 TATAATGTTTTTGTGTTTGAGCGTGTTTAAAACTATTCATTTCCATTTAAAAACTTGCTAAAACA
*
21948 ACATTTAATACTT
451 ACATTTCATACTT
* * * *
21961 TTAAAGTTTGACTCCAGCAGAAACGGATTTTAAAGCAAAACATAAAAGTTTCAAAAGCGTCGAGC
1 TTAAAGTTCGACTCCAGCAGAAATGG-TTTTAAAGCAAAACATAAAAGCTTCAAAAGCATCGAGC
* * *
22026 TTTGAGTTTGTGCATAATGTATAAAAGCAAGTTAGCACACTGTTAATCGCATCAAGCGCCAATAA
65 TTTGAGTTTGTGCGTAATGTATAAAAACAAGTTAGCACACAGTTAATCGCATCAAGCGCCAATAA
* * * *
22091 CGATTTCACAAATGACATCCAAAATATTAATAGCATCCCACAAATTTCCAGGAGCACCCATGCAT
130 CGATTTCACAAATGACATCC-AAATATCAATAGCATCCCACAAATTCCCTGGAGCACCCATGAAT
* *
22156 TCTCCTAAAAATGCATCTAAAGCAAATAAGTAAGAAAAATTAAAAACCATGCAAATGGTTTTTAT
194 TCTCCTAAAAATGCATCTAAAGCAAATAAGTATGAAAAATT-AAAACCGTGCAAATGGTTTTTAT
* * * * *
22221 ATCACAATTTGAAATTGGGCAGATTGTCTTTATGGCCATAATTGTTCAAAAATGAAATTTTGATA
258 ATCACAATTTGAAATTGTGCAGATGGTTTTTATGCCCATAATTGTTCAGAAATGAAATTTTGATA
* *
22286 TTTTCAGCTCC-AAATACTTCATGACTTGTACACTTAACGCCGTGAAAAATAAAAATAATGCAGG
323 TTTTCAGCTCCAAAATCCTTCATGAC-T-TACACTTAACGCCGTGAAAAAT-AAAACAATGCAGG
* *
22350 TTATCATGTTTTTGGTGTTTGAGCTTGTTTAAAACTATTCATTTCCATTTAAAAACTTGCTAAAA
385 TTATAATGTTTTT-GTGTTTGAGCGTGTTTAAAACTATTCATTTCCATTTAAAAACTTGCTAAAA
*
22415 CAACATTTAATACTT
449 CAACATTTCATACTT
* * **
22430 TTAAAGTTCAACTCCAGCAGAAATGGATTTTAAAGCAAAACATAAAAGTTTCAAAAGTGTCGAGC
1 TTAAAGTTCGACTCCAGCAGAAATGG-TTTTAAAGCAAAACATAAAAGCTTCAAAAGCATCGAGC
* * **
22495 TTTGAGTTTTTGCCTAATGTATAAAAACAAGTTAGCACACAGTTAATCGCATCAAGCTTCAATAA
65 TTTGAGTTTGTGCGTAATGTATAAAAACAAGTTAGCACACAGTTAATCGCATCAAGCGCCAATAA
** *
22560 TAATTTCACAAATGACATCCAAATATCAATAGCATCTCACAAATTCCCTGGAGCACCCATGAATT
130 CGATTTCACAAATGACATCCAAATATCAATAGCATCCCACAAATTCCCTGGAGCACCCATGAATT
*
22625 CTCCTAAAAAATGCATCTAAAGCAAATAAGTATGAAAAATTAAAAGTCGTGCAAATGGTTTTTAT
195 CTCCT-AAAAATGCATCTAAAGCAAATAAGTATGAAAAATTAAAA-CCGTGCAAATGGTTTTTAT
* * *
22690 ATCACAATTGGAAATTGTGCATATGGTTTTTATGGCCATAATTGTTCAGAAATGAAATTTTGATA
258 ATCACAATTTGAAATTGTGCAGATGGTTTTTATGCCCATAATTGTTCAGAAATGAAATTTTGATA
* * * *
22755 TTTTCAGCTCCAAAATCCTTCACGACTTACACTTAACGCTGTGAAAAATAAAATAATGCAAGTTA
323 TTTTCAGCTCCAAAATCCTTCATGACTTACACTTAACGCCGTGAAAAATAAAACAATGCAGGTTA
** * *
22820 TAATGTTTTTGTGTTTGATTGTGTTTAAAACTATTCATTTTCATTTACAAACTT-CTAAAACAAC
388 TAATGTTTTTGTGTTTGAGCGTGTTTAAAACTATTCATTTCCATTTAAAAACTTGCTAAAACAAC
*
22884 ATTTAATACTT
453 ATTTCATACTT
* * *
22895 TTAAAGTTTGACTCCAGCAGAAATGGATTTTAAAGCAAAACATAAAAGTTTCAAAAGCATGGAGC
1 TTAAAGTTCGACTCCAGCAGAAATGG-TTTTAAAGCAAAACATAAAAGCTTCAAAAGCATCGAGC
* * * *
22960 TTTGAGTTTGTGCATAATGTATAAAAGCAAGTTAGCACACTA-TTAATCGCATCAAGCACCGATA
65 TTTGAGTTTGTGCGTAATGTATAAAAACAAGTTAGCACAC-AGTTAATCGCATCAAGCGCCAATA
* * * *
23024 ACGATTTCACAAATAAGATCCAAATATCAATAGGC-TCCCACAAATTCCTTGAAGCACCCATGAA
129 ACGATTTCACAAATGACATCCAAATATCAATA-GCATCCCACAAATTCCCTGGAGCACCCATGAA
* * *
23088 TTCT-CTGGAAAATGCATCTAAAGCAAATAAGCATGAAAAATTAAAACCGTGCAAATGATTTTTA
193 TTCTCCT-AAAAATGCATCTAAAGCAAATAAGTATGAAAAATTAAAACCGTGCAAATGGTTTTTA
* * *
23152 TATCACAATTTGAAATTGTGCA-ATCGGTTTTTATTCCCA-AATTGTTTAGAAA-GAAAATTTTA
257 TATCACAATTTGAAATTGTGCAGAT-GGTTTTTATGCCCATAATTGTTCAGAAATG-AAATTTTG
* * * * * *
23214 ATATTTTCAACTCTAAAATCCCTCATGACTTACACTTAACACCATGAAAAATTAAAACCAATGAA
320 ATATTTTCAGCTCCAAAATCCTTCATGACTTACACTTAACGCCGTGAAAAA-TAAAA-CAATGCA
* * * * *
23279 GGTTATCATATTTTTTTGTTTGAGCGAGTTTAAAACTATTCATTTCCACTTAAAAACTTGCTAAA
383 GGTTATAATGTTTTTGTGTTTGAGCGTGTTTAAAACTATTCATTTCCATTTAAAAACTTGCTAAA
*
23344 ACAACATTTCACACTT
448 ACAACATTTCATACTT
* ** * ** *
23360 TTAAAGTTCAACTTAAGCA-ATAATGGTTTTCAAACCAAAACATAAAAGCTTCAAAAGTGTCAAG
1 TTAAAGTTCGACTCCAGCAGA-AATGGTTTT-AAAGCAAAACATAAAAGCTTCAAAAGCATCGAG
* * * * *
23424 GTTTGTGTTTGAGTC-TAATGTATAAAAATAAGTTAGCACACAGTTAATCGCATCAA-CTGTCAA
64 CTTTGAGTTTGTG-CGTAATGTATAAAAACAAGTTAGCACACAGTTAATCGCATCAAGC-GCCAA
* *
23487 TAATGATTTCACAAATGACATCCAAATATCAATAGCATCCCACAAATTCCCAGGAGCACCCATGA
127 TAACGATTTCACAAATGACATCCAAATATCAATAGCATCCCACAAATTCCCTGGAGCACCCATGA
* * * *
23552 ATTCTCCTAAAAGTGCATCTAAAGTAAATAAGCT-TGAAAAATTAAAATCGTGCAAATGATTTTT
192 ATTCTCCTAAAAATGCATCTAAAGCAAATAAG-TATGAAAAATTAAAACCGTGCAAATGGTTTTT
* * * * **
23616 ATATCACAATTTGAAATT-T--TGAT-ATTTTCATCTCCACATAATTGTTCAGAAACAAAATTTT
256 ATATCACAATTTGAAATTGTGCAGATGGTTTTTAT-GCC-CATAATTGTTCAGAAATGAAATTTT
* * * *
23677 GATATTTTCATCTCCAAAATCCTTCATGACATACACTTAACACCGTGAAAATTTAAAACCAATGC
319 GATATTTTCAGCTCCAAAATCCTTCATGACTTACACTTAACGCCGTGAAAA-ATAAAA-CAATGC
* * ** * *
23742 ATGTTATTATCCTTATGTGTTTGAGCCAT-TTTAAAACTATTCATTTCCATTTAAAAACTTGCTA
382 AGGTTATAATGTTTTTGTGTTTGAG-CGTGTTTAAAACTATTCATTTCCATTTAAAAACTTGCTA
*
23806 AAACAACATTTCATACAT
446 AAACAACATTTCATACTT
* *
23824 TTAAAGCTT-GACT--AGCAGAAATGGTTTT---------C---AAAG---CAGAA-CATTGAGC
1 TTAAAG-TTCGACTCCAGCAGAAATGGTTTTAAAGCAAAACATAAAAGCTTCAAAAGCATCGAGC
* * * *
23870 TTTGAGTTTGTGCGTAATGTATAAAAACAAGTTAGCACACAATTAATCACATTAAGTGCCAATAA
65 TTTGAGTTTGTGCGTAATGTATAAAAACAAGTTAGCACACAGTTAATCGCATCAAGCGCCAATAA
* * * * *
23935 CGATTTCACAAATGACATCCAAATATCGACAGCTTCCCACAAATTCCATGAAGCACCCATGAATT
130 CGATTTCACAAATGACATCCAAATATCAATAGCATCCCACAAATTCCCTGGAGCACCCATGAATT
* * * *** *
24000 CCCCTAAAAATGCATCTAAAGCAAATAAGCATGAAAAATTATAATAATGCAAATGGTTTTTACAT
195 CTCCTAAAAATGCATCTAAAGCAAATAAGTATGAAAAATTAAAACCGTGCAAATGGTTTTTATAT
* * * * * *
24065 CGCAATTTGAAATTTTGCAAATGGTTTTTATGCCCACAATTGTTTAGAAACGAAATTTTGATATT
260 CACAATTTGAAATTGTGCAGATGGTTTTTATGCCCATAATTGTTCAGAAATGAAATTTTGATATT
* ** * **
24130 TTCAACTCCAAAATCCTTCATGAGATACAATTAA-GATTGTGAAAAACTAAAACCAATGCAGGTT
325 TTCAGCTCCAAAATCCTTCATGACTTACACTTAACG-CCGTGAAAAA-TAAAA-CAATGCAGGTT
* *
24194 ATCAA-GTTTTTGTGTTTGAGCGAGTTTAAAACTATTCATTTCCATTTAACAACTTGCTAAAACA
387 AT-AATGTTTTTGTGTTTGAGCGTGTTTAAAACTATTCATTTCCATTTAAAAACTTGCTAAAACA
24258 ACATTTCATACTT
451 ACATTTCATACTT
* * * * *
24271 TTAAAGCTCGACTCCAGTAGAAATAGTTTTCAAAGCAAAACATAAAAACTTGAAAAGCATCGAGC
1 TTAAAGTTCGACTCCAGCAGAAATGGTTTT-AAAGCAAAACATAAAAGCTTCAAAAGCATCGAGC
* * * *
24336 TTTAAGTTTGTGCGTAATGTATAAAAACATGTTAGCGCACAGTTAATCGCATTAAAGCGCCAATA
65 TTTGAGTTTGTGCGTAATGTATAAAAACAAGTTAGCACACAGTTAATCGCA-TCAAGCGCCAATA
* * * **
24401 ACGATTTCACAAATAACATCCAAATATCAACAGCATCCCACAAAATCCCTATAGCACCCATGAAT
129 ACGATTTCACAAATGACATCCAAATATCAATAGCATCCCACAAATTCCCTGGAGCACCCATGAAT
* * * ** *
24466 TCCCCTAAAAATGCATCTAAATCAAATAAGCATGAAAAATTAAAATAGTGCAAATGGTTTTTACA
194 TCTCCTAAAAATGCATCTAAAGCAAATAAGTATGAAAAATTAAAACCGTGCAAATGGTTTTTATA
* * * *
24531 TCATAATTTGAAATTGTGCAGATGGTTTTTATGCCCATAATTGTCCTGAAATTAAATTTTG
259 TCACAATTTGAAATTGTGCAGATGGTTTTTATGCCCATAATTGTTCAGAAATGAAATTTTG
24592 GTTCTTTTAG
Statistics
Matches: 2702, Mismatches: 321, Indels: 146
0.85 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
444 1 0.00
445 183 0.07
446 7 0.00
447 157 0.06
448 5 0.00
449 23 0.01
452 1 0.00
459 1 0.00
461 7 0.00
462 84 0.03
463 59 0.02
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469 325 0.12
470 12 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.18, G:0.13, T:0.31
Consensus pattern (463 bp):
TTAAAGTTCGACTCCAGCAGAAATGGTTTTAAAGCAAAACATAAAAGCTTCAAAAGCATCGAGCT
TTGAGTTTGTGCGTAATGTATAAAAACAAGTTAGCACACAGTTAATCGCATCAAGCGCCAATAAC
GATTTCACAAATGACATCCAAATATCAATAGCATCCCACAAATTCCCTGGAGCACCCATGAATTC
TCCTAAAAATGCATCTAAAGCAAATAAGTATGAAAAATTAAAACCGTGCAAATGGTTTTTATATC
ACAATTTGAAATTGTGCAGATGGTTTTTATGCCCATAATTGTTCAGAAATGAAATTTTGATATTT
TCAGCTCCAAAATCCTTCATGACTTACACTTAACGCCGTGAAAAATAAAACAATGCAGGTTATAA
TGTTTTTGTGTTTGAGCGTGTTTAAAACTATTCATTTCCATTTAAAAACTTGCTAAAACAACATT
TCATACTT
Found at i:25512 original size:465 final size:455
Alignment explanation
Indices: 24627--26530 Score: 2042
Period size: 465 Copynumber: 4.2 Consensus size: 455
24617 TCCTAAAAAT
* * * *
24627 TCCCATAAATTCCCTGGAGCACACATTAATTCTCCTAAAAAGGCATTTAAAGCAAATAAG--TGG
1 TCCCACAAATTCCCTGGAGCAC-CATGAATTCTCCTAAAAATGCATCTAAAGCAAATAAGCAT-G
* * * * * **
24690 AAATATTAAAACCGAGCAAATGATTTTTATATCACAATTTGAAATTCTGTAGAT-TTTTTTA-GG
64 AAAAATTAAAACCGTGCAATTG-TTTTTATATCACAATTTGAAATTGTGCAGATGTTTTTTATTT
* * * * *
24753 CCAATAATTGTTCAGAAATGAAAATTTGATATTTTCAGCTCCAAAATCCTTCATTACTTACGCCT
128 ACAATAATTGTTCAGAAATGAAATTTTGATATTTTCAGCTCCAAAATCCTTCATGACTTACACTT
* * * * * *
24818 AACACCATGAAAAATTAAAACCAATGCAGCTTATAATGTTTTTGAGTTTGAGTGTGTTTAAAACT
193 AACACCATGAAAAATTAAAACCAACGCAGGTTATAATGTTTATGTGTTT-AGCGAGTTTAAAACT
* **
24883 ATTGATTTCCATTTAAAAACTTGCTAAAACAACATTTCATACTTTTAAA-TTTCGACTCCAGCGG
257 ATTCATTTCCATTTAAAAACTTGCTAAAACAACATTTCATACTTTTAAAGTTT-GACTCCAGCAA
* * *
24947 AAATGGATTTCAAAGCAAAACATAAATGTTTCAAAGGAG-TAGAGCTTTGAATTTGTGCATAATG
321 AAATGGATTTCAAAGC---ACAT--A-G-CT-AAA--AGTTCGAGCTTTGAGTTTGTGCATAATG
* * *
25011 TATAAAAGCAAGTTAACACACAGTTAATCACATCAAGCGCCAATAATGATTTCACAAATGACATC
376 TATAAAAACAAGTTAGCACACAGTTAATCACATCAAGCGCCAATAACGATTTCACAAATGACATC
* *
25076 CGAATATCAATAGCA
441 CAAATATCAACAGCA
* *
25091 TCCCGA-AAATTCCCTGGAGCACCGATGAATTCTCCTTAAAATGCATCTAAAGCAAATAAGCGTG
1 TCCC-ACAAATTCCCTGGAGCACC-ATGAATTCTCCTAAAAATGCATCTAAAGCAAATAAGCATG
* *
25155 AAAAATTAAAACCGTGCAATTGTTTTTATATAACAATTTGAAATTGTGCAGATGGTTTTTTTTTT
64 AAAAATTAAAACCGTGCAATTGTTTTTATATCACAATTTGAAATTGTGCAGAT-GTTTTTTATTT
*
25220 ACAATAATTGTTCAGAAATGAAATTTTGATATTTTCAGCTCC-AAATCCTTCATGAGTTACACTT
128 ACAATAATTGTTCAGAAATGAAATTTTGATATTTTCAGCTCCAAAATCCTTCATGACTTACACTT
* * * *
25284 AACACCATCAAAAATTAAAACCAATGCAGGTTATAATGGTTT-TGTGTTT-GTGTGTTTAAAACT
193 AACACCATGAAAAATTAAAACCAACGCAGGTTATAAT-GTTTATGTGTTTAGCGAGTTTAAAACT
* *
25347 ATTCATTTTCCACTTAAAAACTTGCTAAAATAACATTTCATACTTTTAAAGTTTGACTCCAGCAA
257 ATTCA-TTTCCATTTAAAAACTTGCTAAAACAACATTTCATACTTTTAAAGTTTGACTCCAGCAA
* *
25412 AAATGG-TTCTCAAAGCAAAACATAAAAGCTTCAAAAGTGTCGAGCTTTGTGTTTGAGCATAATG
321 AAATGGATT-TCAAAGC---ACAT---AGC-T-AAAAGT-TCGAGCTTTGAGTTTGTGCATAATG
* * * *
25476 TATAAAAACAAGTTAGCACACATTTAATCGCATCAAGTGCCAATAACGATTTCACAAGTGACATC
376 TATAAAAACAAGTTAGCACACAGTTAATCACATCAAGCGCCAATAACGATTTCACAAATGACATC
25541 CAAATATCAACAGCA
441 CAAATATCAACAGCA
*
25556 TCCCACAAATTCCCTGGAGCACCCATGAATTCTCCTAAAAATGCATCCAAAGCAAATAAGC-TCG
1 TCCCACAAATTCCCTGGAGCA-CCATGAATTCTCCTAAAAATGCATCTAAAGCAAATAAGCAT-G
* * ** * * * * **
25620 AAAAATTAAAA-CATGCAA--ATCATTATATCATAATTTGAAATTGAGCAAATGGTTTTTATAAA
64 AAAAATTAAAACCGTGCAATTGTTTTTATATCACAATTTGAAATTGTGCAGATGTTTTTTATTTA
* * *
25682 C-ATAATTGTTCAGAAACGAAATTTTGATATTTTCATCTCCAAAATCCTTCATGACATACACTTA
129 CAATAATTGTTCAGAAATGAAATTTTGATATTTTCAGCTCCAAAATCCTTCATGACTTACACTTA
* * * *
25746 ACACCATGAAAATTTAAAACCAACGCAGGTTATCATCTTTATGTGTTTGAGCGAGTTTAGAACTA
194 ACACCATGAAAAATTAAAACCAACGCAGGTTATAATGTTTATGTGTTT-AGCGAGTTTAAAACTA
* * *
25811 TTCATTTCCATTTAGAAACTTGCTAAAACAACATTTCATACGTTTAAAGCTTT-ACTCCAGCAGA
258 TTCATTTCCATTTAAAAACTTGCTAAAACAACATTTCATACTTTTAAAG-TTTGACTCCAGCAAA
* *
25875 AAT-GATTTTCAAAG--C--AG--AACA--TCGAGCTTTGAGTTTGTGCGTAATGTATAAAAACA
322 AATGGA-TTTCAAAGCACATAGCTAAAAGTTCGAGCTTTGAGTTTGTGCATAATGTATAAAAACA
* * * *
25931 AGTTAGCACATAGTTAATCGCATCAAGCGCCAATAACAATTTCAC-AATGACATTCAAATATCAA
386 AGTTAGCACACAGTTAATCACATCAAGCGCCAATAACGATTTCACAAATGACATCCAAATATCAA
25995 CAGCA
451 CAGCA
* * * * * * *
26000 TCCCACAAATTCCCTGGAGTAGACATTAATTTTCCTAAAAAGGAATCTAAA-CCAATAAAGCATG
1 TCCCACAAATTCCCTGGAGCA-CCATGAATTCTCCTAAAAATGCATCTAAAGCAAAT-AAGCATG
* * **
26064 AAAAATTAAAACCGTGAAAATGGTTTTTATATCACAATTTGAAATTGTGCAGATAATTTTTATTT
64 AAAAATTAAAACCGTG-CAATTGTTTTTATATCACAATTTGAAATTGTGCAGATGTTTTTTATTT
* * * * * **
26129 CCAA-AACTGTTCAGAAA-GAAAATTTTGATATTTTCAACTCTAAAATCCCTCGGGACTTACACT
128 ACAATAATTGTTCAGAAATG-AAATTTTGATATTTTCAGCTCCAAAATCCTTCATGACTTACACT
** * * * * * * *
26192 TAACACTGTTAAAATTTAAAACCAACACAGGTTGTCATGTTTATGTGTTTGAGCGAGATTAAAAT
192 TAACACCATGAAAAATTAAAACCAACGCAGGTTATAATGTTTATGTGTTT-AGCGAGTTTAAAAC
* ** ** *
26257 TATTCATTTCTATTTAAAAACTTGCTAAAACAACATTTTTGTTACTTTTAAAACTCGACTCC-G-
256 TATTCATTTCCATTTAAAAACTTGCTAAAACAACA--TTTCATACTTTTAAAGTTTGACTCCAGC
* *
26320 ATAGAAATGGATTTCAAAGCA-ATA-CTAATACTTCGAGCTTTGAGTTTGTG-AGTAATGTATAA
319 A-A-AAATGGATTTCAAAGCACATAGCTAAAAGTTCGAGCTTTGAGTTTGTGCA-TAATGTATAA
* * ** *
26382 AAAAAAGTTAGCACACAGTTAATCACATCAAGTGCCAATAGTGATTTCACAAAAGACATCCAAAT
381 AAACAAGTTAGCACACAGTTAATCACATCAAGCGCCAATAACGATTTCACAAATGACATCCAAAT
*
26447 ATCAATAGCA
446 ATCAACAGCA
* * * * *
26457 TCACAGAAATTCCCTGGAGCAACCATGAATTCCCCAAAAAATGCATATAAAGCAAATAAGCATGA
1 TCCCACAAATTCCCTGGAGC-ACCATGAATTCTCCTAAAAATGCATCTAAAGCAAATAAGCATGA
26522 AAAATTAAA
65 AAAATTAAA
26531 GTTGTGCAAA
Statistics
Matches: 1236, Mismatches: 153, Indels: 109
0.83 0.10 0.07
Matches are distributed among these distances:
443 4 0.00
444 81 0.07
445 77 0.06
446 2 0.00
447 1 0.00
448 177 0.14
449 3 0.00
450 29 0.02
451 2 0.00
452 2 0.00
453 1 0.00
454 3 0.00
456 71 0.06
457 77 0.06
458 5 0.00
460 40 0.03
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462 85 0.07
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464 108 0.09
465 256 0.21
466 74 0.06
467 44 0.04
ACGTcount: A:0.39, C:0.17, G:0.13, T:0.31
Consensus pattern (455 bp):
TCCCACAAATTCCCTGGAGCACCATGAATTCTCCTAAAAATGCATCTAAAGCAAATAAGCATGAA
AAATTAAAACCGTGCAATTGTTTTTATATCACAATTTGAAATTGTGCAGATGTTTTTTATTTACA
ATAATTGTTCAGAAATGAAATTTTGATATTTTCAGCTCCAAAATCCTTCATGACTTACACTTAAC
ACCATGAAAAATTAAAACCAACGCAGGTTATAATGTTTATGTGTTTAGCGAGTTTAAAACTATTC
ATTTCCATTTAAAAACTTGCTAAAACAACATTTCATACTTTTAAAGTTTGACTCCAGCAAAAATG
GATTTCAAAGCACATAGCTAAAAGTTCGAGCTTTGAGTTTGTGCATAATGTATAAAAACAAGTTA
GCACACAGTTAATCACATCAAGCGCCAATAACGATTTCACAAATGACATCCAAATATCAACAGCA
Found at i:27592 original size:449 final size:449
Alignment explanation
Indices: 26532--29268 Score: 3020
Period size: 449 Copynumber: 6.0 Consensus size: 449
26522 AAAATTAAAG
* * * * * * * *
26532 TTGTGCAAAAGGTTTTTATGCCCATAACTATTAAGAAATGAAA-TTTCATATTTTCAGGTCCAAA
1 TTGTGCAGATGGTTTTTATGCCCATAATTGTTTAGAAACGAAATTTTGATATTTTCAGCTCCAAA
* * * *
26596 ATCCTTCATGACTTACATTTAACACCGTGAAAATTTAAAACCAATGCAGGTTATCATGTTTATGT
66 ATCCTTCATGACATACACTTAACACTGTGAAAATTTAAAACCAATGCAGGTTATCATGTTTTTGT
* * * *
26661 GTTTGAGTGAGATTAAAACTATTCATTTTCATTTAAAAACTTGCTAAAACAACATTTCTTACTTT
131 GTTTGAGCGAGTTTAAAACTATTCATTTCCATTTAAAAACTTGCTAAAACAACATTTCATACTTT
* * ** * * *
26726 TAAAGCTCAACTCCAGCAGAAATGGTTTTCAAAGCAAAATGTCGAGCTTTCAATTTGTGCGTAAT
196 TAAAGCTCGACTCCAGCAAAAATGGTTTTCAAAGCAAAACATCGAGCTTTGAGTTTGAGCGTAAT
** *
26791 GTATAAAAACAAGTTAGCACACAGTTAATAACATCAAGCACTAATAACGATTTCACAAATGACAT
261 GTATAAAAACAAGTTAGCACACAGTTAATCGCATCAAGCACCAATAACGATTTCACAAATGACAT
* *** * *
26856 CCAAATATCAATAGCATCATTCAAATTCCCTGGAGCACCCATGAATT-TGCCTAACAATGCCTCT
326 CCAAATATCAACAGCATCCCACAAATTCCCTGGAGCACCCATGAATTCT-CCTAAAAATGCATCT
* *
26920 AAAGTGAAA-AA--A-AAAAAATTAAAACCATGCAAATGGTTTTTATATCACAATTTGAAA
390 AAAG-CAAATAAGCATGAAAAATTAAAACCATGCAAATGGTTTTTATATCACAATTTGAAA
* * * * *
26977 TTGAGCATATGGTTTTTATGCCCATAGTTGTTTAGAAACGAAAATTTGATATTTTAAGCTCCAAA
1 TTGTGCAGATGGTTTTTATGCCCATAATTGTTTAGAAACGAAATTTTGATATTTTCAGCTCCAAA
* *
27042 ATCCTTCATGA-ATTACACCTAACATTGTGAAAATTTAAAACCAATGCAGGTTATCATGTTTTTG
66 ATCCTTCATGACA-TACACTTAACACTGTGAAAATTTAAAACCAATGCAGGTTATCATGTTTTTG
*
27106 TGTTTCAGCGAGTTTAAAACTATTCATTTCCATTTAAAAACTTGCTAAAACTAA-ATTTCATACT
130 TGTTTGAGCGAGTTTAAAACTATTCATTTCCATTTAAAAACTTGCTAAAAC-AACATTTCATACT
* * *
27170 TTTAAAGCTCGACTCCAACAGAAATGGTTTTCAAAGCAAAACATCGAGCTTTGAGTTTGTGCGTA
194 TTTAAAGCTCGACTCCAGCAAAAATGGTTTTCAAAGCAAAACATCGAGCTTTGAGTTTGAGCGTA
* * * *
27235 ATGTATAAAAACAAGTTAGCACATAGTTAATCGTATCAAGCACCAACAAGGATTTCACAAATGAC
259 ATGTATAAAAACAAGTTAGCACACAGTTAATCGCATCAAGCACCAATAACGATTTCACAAATGAC
** * * * * * * *
27300 ATTGAAATATCAACAGCATCCCACAAATTCCTTGGAACACGCACGAAATCCCCAAAAAATGCATC
324 ATCCAAATATCAACAGCATCCCACAAATTCCCTGGAGCACCCATGAATTCTCCTAAAAATGCATC
* *
27365 TAAAGCAAATAGGCATGAAAAATTAAAACCATGCAAATGATTTTTATATCACAATTTGAAA
389 TAAAGCAAATAAGCATGAAAAATTAAAACCATGCAAATGGTTTTTATATCACAATTTGAAA
* * * * *
27426 TTGAGGAGATGGTTTTTAT-CCACATAATTGTTTAGAAACGAAATTTTGTTAATTTCATCTCCAA
1 TTGTGCAGATGGTTTTTATGCC-CATAATTGTTTAGAAACGAAATTTTGATATTTTCAGCTCCAA
* * * *
27490 AATCCTTCATGACATACACTTAACACTGTGAAAATTTAAAACCGATGTAGGTTATCATCTTTCTG
65 AATCCTTCATGACATACACTTAACACTGTGAAAATTTAAAACCAATGCAGGTTATCATGTTTTTG
* **
27555 TGTTTGAGCGAGTTTAAAACTATTCATTTCTATTTAAAAACTTGCTAAGTCAACATTTCATACTT
130 TGTTTGAGCGAGTTTAAAACTATTCATTTCCATTTAAAAACTTGCTAAAACAACATTTCATACTT
* * * * * * ** * *
27620 TTGAAGCTCGATTCCAGTAGAAATGGCTTTCAAAGCAGAATGTTGAGCTTTGAGTTTGTGCGTAA
195 TTAAAGCTCGACTCCAGCAAAAATGGTTTTCAAAGCAAAACATCGAGCTTTGAGTTTGAGCGTAA
* * *
27685 TATATAAAAACAAGTTAGCACACAGTTAATTGCATCAAGCGCCAATAACGATTTCACAAATGACA
260 TGTATAAAAACAAGTTAGCACACAGTTAATCGCATCAAGCACCAATAACGATTTCACAAATGACA
* * * * *
27750 TCCAAATATCAACAGCTTCCCACAAATTCCCTGGAGCATCCATGAATTCCCCAAAAAATGGATCT
325 TCCAAATATCAACAGCATCCCACAAATTCCCTGGAGCACCCATGAATTCTCCTAAAAATGCATCT
* * ** * *
27815 AGAGTAAATAAGCATGAAAAATTAAAACTGTGCCAATGGTTTTTATATCGCAATTTGAAA
390 AAAGCAAATAAGCATGAAAAATTAAAACCATGCAAATGGTTTTTATATCACAATTTGAAA
* * *
27875 TTGTGCAAATGGTTTTTATGCCCATAATTGTTCAAAAACGAAATTTTGATATTTTCAGCTCCAAA
1 TTGTGCAGATGGTTTTTATGCCCATAATTGTTTAGAAACGAAATTTTGATATTTTCAGCTCCAAA
* * *
27940 ATCCTTCATGACATACACTTAACAGAATG-GAAAA-TTAAAACCAATGTAGGTTATCTTGTTTTT
66 ATCCTTCATGACATACACTTAAC--ACTGTGAAAATTTAAAACCAATGCAGGTTATCATGTTTTT
* * **
28003 CTGTTTGAGCGAGTTTAAAACTATTCGTTTGAATTTAAAAACTTGCTAAAACAACATTTCATACT
129 GTGTTTGAGCGAGTTTAAAACTATTCATTTCCATTTAAAAACTTGCTAAAACAACATTTCATACT
* * ** * *
28068 TTTAAAGTTCAACTCTTGCAAAAAAGGCTTTCAAAGCAAAACATAAATTTTTCAAAAGCATCGAG
194 TTTAAAGCTCGACTCCAGCAAAAATGGTTTTCAAAG----------------CAAAA-CATCGAG
* * * **
28133 CTTTGTGTTTGAGTGTAACGTATAAAAACAAGTTAGCACACAGTTAATCGCATCAA-CTGTCAAT
242 CTTTGAGTTTGAGCGTAATGTATAAAAACAAGTTAGCACACAGTTAATCGCATCAAGC-ACCAAT
* * *
28197 AATGATTT-AGCAAATGACATCCAAATATCAATAGCATCCCACAAATTTCCTGGAGCACCCATGA
306 AACGATTTCA-CAAATGACATCCAAATATCAACAGCATCCCACAAATTCCCTGGAGCACCCATGA
* * * * * * *
28261 ATTCTCCTAAAAATTCATGTAAAGGAAATAAGTACGAAAAATTAAAACTAGGCAAAT-GTTTTTA
370 ATTCTCCTAAAAATGCATCTAAAGCAAATAAGCATGAAAAATTAAAACCATGCAAATGGTTTTTA
*
28325 TATCACAATTTGAGA
435 TATCACAATTTGAAA
28340 TTGTGCAGATGGTTTTTATGCCCATAATTGTTTAAGAAACGAAATTTTGATATTTTCAGCTCCAA
1 TTGTGCAGATGGTTTTTATGCCCATAATTGTTT-AGAAACGAAATTTTGATATTTTCAGCTCCAA
* * * * * * *
28405 AATCCTTCATAACTTACACCTAACACCGTGAAAATTTAAAACCAATGCAGTTTATGATGTTTGTG
65 AATCCTTCATGACATACACTTAACACTGTGAAAATTTAAAACCAATGCAGGTTATCATGTTTTTG
* * * * ** *
28470 TATTTGAGCGAGATTAAAACTATTTATTTCCATTTAAAAACTTGTTAAAACAACATTTGTTATTT
130 TGTTTGAGCGAGTTTAAAACTATTCATTTCCATTTAAAAACTTGCTAAAACAACATTTCATACTT
* * ***
28535 TTAAAGTTTGACTTTGGCAAAAATGGTTTTCAAAGCAAAACATAAAGCTTTGAAGGTGTCAAGCT
195 TTAAAGCTCGACTCCAGCAAAAATGGTTTTCAAAGCAAAACAT----C---------G---AGCT
* * * * ** *
28600 TTGTGTTTGAGCATAATGTATAAAAACAACTTAGCACACAATTAATCGCATCAAGTGCCAATAAA
244 TTGAGTTTGAGCGTAATGTATAAAAACAAGTTAGCACACAGTTAATCGCATCAAGCACCAATAAC
* * * * *
28665 GATTTCATAAATTACATCCAAATATCAACAACATCCTACAAATTCCCTGAAGCACCCATGAATTC
309 GATTTCACAAATGACATCCAAATATCAACAGCATCCCACAAATTCCCTGGAGCACCCATGAATTC
* * * *
28730 TCCTAAAAATGCATCTAAAGCAAATGAGCTTGAAAAATTAAAACTATGCAAATGATATATTTTTT
374 TCCTAAAAATGCATCTAAAGCAAATAAGCATGAAAAATTAAAACCATGCAAATG-----GTTTTT
* *
28795 TTTTCACAATTTGAAA
434 ATATCACAATTTGAAA
* * * * *
28811 TTGTGCAGATGGTTTTTATGCACACAATTGTTTAGAAACGAAATTTTGATATTTTTATCGCCAAA
1 TTGTGCAGATGGTTTTTATGCCCATAATTGTTTAGAAACGAAATTTTGATATTTTCAGCTCCAAA
* * * * *
28876 ATCCTTCATGACAAACACTTAACACTGTGAAAAATTAAATCCCATGCATGTTATCATGTTTTTGT
66 ATCCTTCATGACATACACTTAACACTGTGAAAATTTAAAACCAATGCAGGTTATCATGTTTTTGT
**
28941 GTTTCTGCGAGTTTAAAACTATTCATTTCCATTTAAAAACTTGCTAAAACAACATTTCATACTTT
131 GTTTGAGCGAGTTTAAAACTATTCATTTCCATTTAAAAACTTGCTAAAACAACATTTCATACTTT
* * * * *
29006 TAAGGTTCGACTCTAGCAAAAACGATTTTCAAAGCAAAATATACAAGCTTCAAAAGTGTCAAGCT
196 TAAAGCTCGACTCCAGCAAAAATGGTTTTCAAAGC--AA-A-AC-A---TC------G---AGCT
* ** *
29071 TTGTGTTTGAGCGTAATGTATAAAAACAAGTTA-CTACACAGTTAATCATATCGAGCACCAATAA
244 TTGAGTTTGAGCGTAATGTATAAAAACAAGTTAGC-ACACAGTTAATCGCATCAAGCACCAATAA
* * * * * *
29135 CGATTTCGCAAAAGACATCCAAATATCGATAGCATCCCACAAATTCCATGGAGCACCTATGAATT
308 CGATTTCACAAATGACATCCAAATATCAACAGCATCCCACAAATTCCCTGGAGCACCCATGAATT
* * *
29200 CTCCTAAAAATGTATCTCAAGCAAAAAAGCATGAAAAATTAAAACCATGCAAATGGTTTTTATAT
373 CTCCTAAAAATGCATCTAAAGCAAATAAGCATGAAAAATTAAAACCATGCAAATGGTTTTTATAT
29265 CACA
438 CACA
29269 TGTGAAAAAT
Statistics
Matches: 1939, Mismatches: 284, Indels: 117
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
445 38 0.02
446 303 0.16
447 2 0.00
448 5 0.00
449 623 0.32
450 13 0.01
451 3 0.00
453 1 0.00
462 1 0.00
464 2 0.00
465 223 0.12
466 332 0.17
470 168 0.09
471 217 0.11
472 2 0.00
473 1 0.00
474 3 0.00
475 1 0.00
478 1 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.17, G:0.13, T:0.32
Consensus pattern (449 bp):
TTGTGCAGATGGTTTTTATGCCCATAATTGTTTAGAAACGAAATTTTGATATTTTCAGCTCCAAA
ATCCTTCATGACATACACTTAACACTGTGAAAATTTAAAACCAATGCAGGTTATCATGTTTTTGT
GTTTGAGCGAGTTTAAAACTATTCATTTCCATTTAAAAACTTGCTAAAACAACATTTCATACTTT
TAAAGCTCGACTCCAGCAAAAATGGTTTTCAAAGCAAAACATCGAGCTTTGAGTTTGAGCGTAAT
GTATAAAAACAAGTTAGCACACAGTTAATCGCATCAAGCACCAATAACGATTTCACAAATGACAT
CCAAATATCAACAGCATCCCACAAATTCCCTGGAGCACCCATGAATTCTCCTAAAAATGCATCTA
AAGCAAATAAGCATGAAAAATTAAAACCATGCAAATGGTTTTTATATCACAATTTGAAA
Found at i:28739 original size:465 final size:464
Alignment explanation
Indices: 27665--29268 Score: 2018
Period size: 466 Copynumber: 3.4 Consensus size: 464
27655 CAGAATGTTG
* * * *
27665 AGCTTTGAGTTTGTGCGTAATATATAAAAACAAGTTAGCACACAGTTAATTGCATCAAGCGCCAA
1 AGCTTTGTGTTTGAGCGTAATGTATAAAAACAAGTTAGCACACAGTTAATCGCATCAAGCGCCAA
* *
27730 TAACGATTTCACAAATGACATCCAAATATCAACAGCTTCCCACAAATTCCCTGGAGCATCCATGA
66 TAACGATTTCACAAATGACATCCAAATATCAACAGCATCCCACAAATTCCCTGGAGCACCCATGA
* * * * * *
27795 ATTCCCCAAAAAATGGATCTAGAGTAAATAAGCATGAAAAATTAAAACT-GTGCCAATGGTTTTT
131 ATTCTCCTAAAAATGCATCTAAAGCAAATAAGCATGAAAAATTAAAACTAG-GCAAATGGTTTTT
* * *
27859 ATATCGCAATTTGAAATTGTGCAAATGGTTTTTATGCCCATAATTGTTCAA-AAACGAAATTTTG
195 ATATCACAATTTGAAATTGTGCAGATGGTTTTTATGCCCATAATTGTTTAAGAAACGAAATTTTG
* * *
27923 ATATTTTCAGCTCCAAAATCCTTCATGACATACACTTAACAGAATGGAAAATTAAAACCAATGTA
260 ATATTTTCAGCTCCAAAATCCTTCATGACATACACTTAACACAGT-GAAAATTAAAACCAATGCA
* * * * **
27988 GGTTATCTTGTTTTTCTGTTTGAGCGAGTTTAAAACTATTCGTTTGAATTTAAAAACTTGCTAAA
324 GTTTATCATGTTTTTGTGTTTGAGCGAGTTTAAAACTATTCATTTCCATTTAAAAACTTGCTAAA
* * **
28053 ACAACATTTCATACTTTTAAAGTTCAACTCTTGCAAAAAAGGCTTTCAAAGCAAAACATAAATTT
389 ACAACATTTCATACTTTTAAAGTTCGACT-TTGCAAAAAAGGTTTTCAAAGCAAAACATAAAGCT
** *
28118 TTCAAAAGCATCG
453 TT-AAAAGTGTCA
* * *
28131 AGCTTTGTGTTTGAGTGTAACGTATAAAAACAAGTTAGCACACAGTTAATCGCATCAA-CTGTCA
1 AGCTTTGTGTTTGAGCGTAATGTATAAAAACAAGTTAGCACACAGTTAATCGCATCAAGC-GCCA
* * *
28195 ATAATGATTT-AGCAAATGACATCCAAATATCAATAGCATCCCACAAATTTCCTGGAGCACCCAT
65 ATAACGATTTCA-CAAATGACATCCAAATATCAACAGCATCCCACAAATTCCCTGGAGCACCCAT
* * * * *
28259 GAATTCTCCTAAAAATTCATGTAAAGGAAATAAGTACGAAAAATTAAAACTAGGCAAAT-GTTTT
129 GAATTCTCCTAAAAATGCATCTAAAGCAAATAAGCATGAAAAATTAAAACTAGGCAAATGGTTTT
*
28323 TATATCACAATTTGAGATTGTGCAGATGGTTTTTATGCCCATAATTGTTTAAGAAACGAAATTTT
194 TATATCACAATTTGAAATTGTGCAGATGGTTTTTATGCCCATAATTGTTTAAGAAACGAAATTTT
* * * *
28388 GATATTTTCAGCTCCAAAATCCTTCATAACTTACACCTAACACCGTGAAAATTTAAAACCAATGC
259 GATATTTTCAGCTCCAAAATCCTTCATGACATACACTTAACACAGTGAAAA-TTAAAACCAATGC
* * * * * *
28453 AGTTTATGATGTTTGTGTATTTGAGCGAGATTAAAACTATTTATTTCCATTTAAAAACTTGTTAA
323 AGTTTATCATGTTTTTGTGTTTGAGCGAGTTTAAAACTATTCATTTCCATTTAAAAACTTGCTAA
** * * *
28518 AACAACATTTGTTATTTTTAAAGTTTGACTTTGGCAAAAATGGTTTTCAAAGCAAAACATAAAGC
388 AACAACATTTCATACTTTTAAAGTTCGACTTT-GCAAAAAAGGTTTTCAAAGCAAAACATAAAGC
* *
28583 TTTGAAGGTGTCA
452 TTTAAAAGTGTCA
* * * *
28596 AGCTTTGTGTTTGAGCATAATGTATAAAAACAACTTAGCACACAATTAATCGCATCAAGTGCCAA
1 AGCTTTGTGTTTGAGCGTAATGTATAAAAACAAGTTAGCACACAGTTAATCGCATCAAGCGCCAA
* * * * * *
28661 TAAAGATTTCATAAATTACATCCAAATATCAACAACATCCTACAAATTCCCTGAAGCACCCATGA
66 TAACGATTTCACAAATGACATCCAAATATCAACAGCATCCCACAAATTCCCTGGAGCACCCATGA
* * * *
28726 ATTCTCCTAAAAATGCATCTAAAGCAAATGAGCTTGAAAAATTAAAACTATGCAAATGATATATT
131 ATTCTCCTAAAAATGCATCTAAAGCAAATAAGCATGAAAAATTAAAACTAGGCAAATG-----GT
* * * *
28791 TTTTTTTTCACAATTTGAAATTGTGCAGATGGTTTTTATGCACACAATTGTTT-AGAAACGAAAT
191 TTTTATATCACAATTTGAAATTGTGCAGATGGTTTTTATGCCCATAATTGTTTAAGAAACGAAAT
* * * * * * *
28855 TTTGATATTTTTATCGCCAAAATCCTTCATGACAAACACTTAACACTGTGAAAAATTAAATCCCA
256 TTTGATATTTTCAGCTCCAAAATCCTTCATGACATACACTTAACACAGTG-AAAATTAAAACCAA
**
28920 TGCA-TGTTATCATGTTTTTGTGTTTCTGCGAGTTTAAAACTATTCATTTCCATTTAAAAACTTG
320 TGCAGT-TTATCATGTTTTTGTGTTTGAGCGAGTTTAAAACTATTCATTTCCATTTAAAAACTTG
* * * * *
28984 CTAAAACAACATTTCATACTTTTAAGGTTCGACTCTAGCAAAAACGATTTTCAAAGCAAAATATA
384 CTAAAACAACATTTCATACTTTTAAAGTTCGACT-TTGCAAAAAAGGTTTTCAAAGCAAAACATA
*
29049 CAAGCTTCAAAAGTGTCA
448 -AAGCTTTAAAAGTGTCA
** * *
29067 AGCTTTGTGTTTGAGCGTAATGTATAAAAACAAGTTA-CTACACAGTTAATCATATCGAGCACCA
1 AGCTTTGTGTTTGAGCGTAATGTATAAAAACAAGTTAGC-ACACAGTTAATCGCATCAAGCGCCA
* * * * * *
29131 ATAACGATTTCGCAAAAGACATCCAAATATCGATAGCATCCCACAAATTCCATGGAGCACCTATG
65 ATAACGATTTCACAAATGACATCCAAATATCAACAGCATCCCACAAATTCCCTGGAGCACCCATG
* * * * *
29196 AATTCTCCTAAAAATGTATCTCAAGCAAAAAAGCATGAAAAATTAAAACCATGCAAATGGTTTTT
130 AATTCTCCTAAAAATGCATCTAAAGCAAATAAGCATGAAAAATTAAAACTAGGCAAATGGTTTTT
29261 ATATCACA
195 ATATCACA
29269 TGTGAAAAAT
Statistics
Matches: 972, Mismatches: 147, Indels: 38
0.84 0.13 0.03
Matches are distributed among these distances:
465 228 0.23
466 344 0.35
467 1 0.00
469 1 0.00
470 170 0.17
471 228 0.23
ACGTcount: A:0.38, C:0.17, G:0.13, T:0.31
Consensus pattern (464 bp):
AGCTTTGTGTTTGAGCGTAATGTATAAAAACAAGTTAGCACACAGTTAATCGCATCAAGCGCCAA
TAACGATTTCACAAATGACATCCAAATATCAACAGCATCCCACAAATTCCCTGGAGCACCCATGA
ATTCTCCTAAAAATGCATCTAAAGCAAATAAGCATGAAAAATTAAAACTAGGCAAATGGTTTTTA
TATCACAATTTGAAATTGTGCAGATGGTTTTTATGCCCATAATTGTTTAAGAAACGAAATTTTGA
TATTTTCAGCTCCAAAATCCTTCATGACATACACTTAACACAGTGAAAATTAAAACCAATGCAGT
TTATCATGTTTTTGTGTTTGAGCGAGTTTAAAACTATTCATTTCCATTTAAAAACTTGCTAAAAC
AACATTTCATACTTTTAAAGTTCGACTTTGCAAAAAAGGTTTTCAAAGCAAAACATAAAGCTTTA
AAAGTGTCA
Found at i:29628 original size:366 final size:368
Alignment explanation
Indices: 28901--29632 Score: 985
Period size: 366 Copynumber: 2.0 Consensus size: 368
28891 CACTTAACAC
* * * * * * *
28901 TGTGAAAAATTAAATCCCATGCATGTTATCATGTTTTTGTGTTTCTGCGAGTTTAAAACTATTCA
1 TGTGAAAAATTAAAACCAATGCAGGTTACCATGTTTCTGCGTTTCAGCGAGTTTAAAACTATTCA
* * *
28966 TTTCCATTTAAAAACTTGCTAAAACAACATTTCATACTTTTAAGGTTCGACTCTAGCAAAAACGA
66 TTTCCATTTAAAAACATGCTAAAACAACATTTCATACTTTTAAGGCTCGACTCCAGCAAAAACGA
* * *
29031 TTTTCAAAGCAAAATATACAAGCTTCAAAAGTGTCAAGCTTTGTGTTTGAGCGTAATGTATAAAA
131 TTTTCAAAGCAAAACATAAAAGCTTCAAAAGTGTCAAGCTTTGAGTTTGAGCGTAATGTATAAAA
* *
29096 ACAAGTTACTACACAGTTAATCATATCGAGCACCAATAACGATTTCGCAAAAGACATCCAAATAT
196 ACAAGTTACTACACAGTTAATCATATCAAGCACCAATAACGATTTCACAAAAGACATCCAAATAT
** * * * * * **
29161 CGATAGCATCCCACAAATTCCATGGAGCACCTATGAATTCTCCTAAAAATGTATCTCAAGCAAAA
261 AAACAGCATCCCACAAATACCATGGAGCACCAATGAATTCTACTAAAAATGCATCAAAAGCAAAA
29226 AAGCATGAAAAATTAAAACCATGCAAATGGTTTTTATATCACA
326 AAGCATGAAAAATTAAAACCATGCAAATGGTTTTTATATCACA
*
29269 TGTGAAAAATTAAAACCAATGCAGGTTACCAT-TTTCTGCGTTTCAGTGAGTTT-AAACTATTCA
1 TGTGAAAAATTAAAACCAATGCAGGTTACCATGTTTCTGCGTTTCAGCGAGTTTAAAACTATTCA
*
29332 TTTCCATTTAAAAACATGCTAAAACAACATTTCATACTTTTGAA-GCTCGACTCCAG-AAGAAAT
66 TTTCCATTTAAAAACATGCTAAAACAACATTTCATACTTTT-AAGGCTCGACTCCAGCAA-AAAC
* * * * *
29395 GGTTTTCGAAGCAAAACATAAAAGCTTCAAAAGTGTCGAGCTTTGAGTTTGTGTGTAATGTATAA
129 GATTTTCAAAGCAAAACATAAAAGCTTCAAAAGTGTCAAGCTTTGAGTTTGAGCGTAATGTATAA
** * **
29460 AAACAAGTTAGC-ACACAGTTAACTGCAT-T-AAGCGGCAATAATGATTTCACAAGTGACATCCA
194 AAACAAGTTA-CTACACAGTTAA-T-CATATCAAGCACCAATAACGATTTCACAAAAGACATCCA
*
29522 AATATAAACAGTATCCCACAAATAACC-TGGAGCACCAATGAATTCTACTAAAAATGCATCAAAA
256 AATATAAACAGCATCCCACAAAT-ACCATGGAGCACCAATGAATTCTACTAAAAATGCATCAAAA
* * **
29586 GCAAATAAGTATGAAAAATTAAAACTGTGCAAATGGTTTTTATATCA
320 GCAAAAAAGCATGAAAAATTAAAACCATGCAAATGGTTTTTATATCA
29633 AAATTTAAAA
Statistics
Matches: 317, Mismatches: 41, Indels: 14
0.85 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
365 2 0.01
366 260 0.82
367 24 0.08
368 31 0.10
ACGTcount: A:0.39, C:0.18, G:0.14, T:0.29
Consensus pattern (368 bp):
TGTGAAAAATTAAAACCAATGCAGGTTACCATGTTTCTGCGTTTCAGCGAGTTTAAAACTATTCA
TTTCCATTTAAAAACATGCTAAAACAACATTTCATACTTTTAAGGCTCGACTCCAGCAAAAACGA
TTTTCAAAGCAAAACATAAAAGCTTCAAAAGTGTCAAGCTTTGAGTTTGAGCGTAATGTATAAAA
ACAAGTTACTACACAGTTAATCATATCAAGCACCAATAACGATTTCACAAAAGACATCCAAATAT
AAACAGCATCCCACAAATACCATGGAGCACCAATGAATTCTACTAAAAATGCATCAAAAGCAAAA
AAGCATGAAAAATTAAAACCATGCAAATGGTTTTTATATCACA
Found at i:29642 original size:33 final size:32
Alignment explanation
Indices: 29599--29660 Score: 97
Period size: 33 Copynumber: 1.9 Consensus size: 32
29589 AATAAGTATG
29599 AAAAATTAAAACTGTGCAAATGGTTTTTATATC
1 AAAAATTAAAACTGTGC-AATGGTTTTTATATC
* *
29632 AAAATTTAAAATTGTGCAATGGTTTTTAT
1 AAAAATTAAAACTGTGCAATGGTTTTTAT
29661 GCCCATAATC
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 2, Indels: 1
0.90 0.07 0.03
Matches are distributed among these distances:
32 12 0.44
33 15 0.56
ACGTcount: A:0.40, C:0.06, G:0.13, T:0.40
Consensus pattern (32 bp):
AAAAATTAAAACTGTGCAATGGTTTTTATATC
Found at i:30929 original size:464 final size:463
Alignment explanation
Indices: 29881--31270 Score: 1921
Period size: 464 Copynumber: 3.0 Consensus size: 463
29871 CAAAACATCA
* * * *
29881 AGCTTTGAGTCTGTGCGTAATGTAT-AAAACAAGTTAGCACGCAGCTAATCACATCAAGCACCAA
1 AGCTTTGAGTTTGTGCGTAATGTATAAAAACAAGTTAGCACACAGTTAATCACATCAAGC-TCAA
* * **
29945 TAATGATTTCACAAATCATATCCAAATATCAACAGCATCCCACAAATTCCCTACAGCACCCATGA
65 TAATGATTTCACAAATGACATCCAAATATCAACAGCATCCCACAAATTCCCTGGAGCACCCATGA
* * * * *
30010 ATTCTCCTAAAAATGCATCTAAAGCAAATAAGCATGAAAAATTAAAACCTTGGAAATGGTTTTTA
130 ATTCTCCTAAAAAGGCAGCTGAAGCAAATAAGCATGAAAAATTAAAACCATGCAAATGGTTTTTA
* * * *
30075 TATCAAAATTTGAGATTGTGCAGATGGTTTTTATGCCCATAATTGTTCAAAAATGAAATTTGGAT
195 TATCACAATTTTAGATTGTGCAGATGGTTTTTATGCCCATAATTGTTCAGAAATGAAATTTTGA-
* * * * * * * * * * * *
30140 TCTTTTTAACTCCAAAATACTTCATGACTTGCACTTAACACCGAGGAAAATTAATACCGACGCAG
259 TATTTTCAGCTCCAAAATCCTTCATGACATGCACCTAATATC-ATGAAAATTAA-AACAATGCAG
* * * * * * *
30205 CTTATCATGTTTCTATGATTCAGGAAGTTTAAAACTATTCATTTC-CTTCTAAAAACTTTCTAAA
322 GTTATCAT-TTTCTAGGTTTGAGCAAGTTTAAAACTATTCATTTCAATT-TAAAAACTTACTAAA
* * *
30269 ACAACATTTCAT-ACTTTTAAAGCTCGACTACAGAATAAATGGTTTCCAAAGCAAAACGTAAAAA
385 ACAACATTTCATAACTTTTAAAGCTCGACTACAGCATAAATGGTTTCCAAAGCAAAACATAAAAG
30333 CTTCAAAAGCGTCG
450 CTTCAAAAGCGTCG
* ** *
30347 AGCTTTGATTTTGTGCGTAATGTATAAAAACAAGTTAGCACACAGTTAATTGCACCAAGCTCAAA
1 AGCTTTGAGTTTGTGCGTAATGTATAAAAACAAGTTAGCACACAGTTAATCACATCAAGCTC-AA
* * * *
30412 TAATGATTTCATAAATGACATCCAAATATAAACAGCATCCGACAAATTCCCTGGAGCACCAATGA
65 TAATGATTTCACAAATGACATCCAAATATCAACAGCATCCCACAAATTCCCTGGAGCACCCATGA
*
30477 ATTCTCCTAAAAAGGCAGCTGAAGCAAATAAGCGTGAAAAATTAAAACCATGCAAATGGTTTTTA
130 ATTCTCCTAAAAAGGCAGCTGAAGCAAATAAGCATGAAAAATTAAAACCATGCAAATGGTTTTTA
**
30542 TATTGCAATTTTAGATTGTGCAGATGGTTTTTATGCCCATAATTGTTCAGAAATGAAATTTTGAT
195 TATCACAATTTTAGATTGTGCAGATGGTTTTTATGCCCATAATTGTTCAGAAATGAAATTTTGAT
30607 ATTTTCAGCTCCAAAATCCTTCATGACATGCACCTAATATCATGAAAATTAAAACAAATGCAGGT
260 ATTTTCAGCTCCAAAATCCTTCATGACATGCACCTAATATCATGAAAATTAAAAC-AATGCAGGT
* * *
30672 TAACATTTTCTAGGTTTGAGCAAGTTTAAAGCTATTCATTTCAATTTAAAAACCTACTAAAACAA
324 TATCATTTTCTAGGTTTGAGCAAGTTTAAAACTATTCATTTCAATTTAAAAACTTACTAAAACAA
* *
30737 AATTTCATAATTTTTAAAGCTCGACTACAGCATAAATGGTTTCCAAAGCAAAACATAAAAGCTTC
389 CATTTCATAACTTTTAAAGCTCGACTACAGCATAAATGGTTTCCAAAGCAAAACATAAAAGCTTC
30802 AAAAGCGTCG
454 AAAAGCGTCG
*
30812 AGCTTTG-GTTTGTGTGTAATGTATAAAAACAAGTTAGCACACAGTTAATCACATCAAGCTGCAA
1 AGCTTTGAGTTTGTGCGTAATGTATAAAAACAAGTTAGCACACAGTTAATCACATCAAGCT-CAA
*
30876 TAA-CAGTTTCACAAATGACATCCAAATATCAACAGCATCCCACAAATTCCCTGGAGCACCCATG
65 TAATGA-TTTCACAAATGACATCCAAATATCAACAGCATCCCACAAATTCCCTGGAGCACCCATG
* * *
30940 AATTCTCCTAAAAAGGCAGCTGAAGCAAACAAGCTTGAAAAATTAAAACCGTGCAAATGGTTTTT
129 AATTCTCCTAAAAAGGCAGCTGAAGCAAATAAGCATGAAAAATTAAAACCATGCAAATGGTTTTT
* * * * * * *
31005 ATACCACAAATTTACATTGTTCATATGGTTTTTGTGCCCATAGTTGTTCAGAAATGAAATTTTGA
194 ATATCACAATTTTAGATTGTGCAGATGGTTTTTATGCCCATAATTGTTCAGAAATGAAATTTTGA
*
31070 TATTTTCAGCTCCAAAATCCTTCATGACATGCACCTAATATCATGAAAAATTAAAATCAATGCAA
259 TATTTTCAGCTCCAAAATCCTTCATGACATGCACCTAATATCATG-AAAATTAAAA-CAATGCAG
* * * * * *
31135 GTTATCATTTTCCT-GCATTTGAGCGAGTTTAAATCTATTCGTTTCAATTTTAAAACTTGCTAAA
322 GTTATCATTTT-CTAG-GTTTGAGCAAGTTTAAAACTATTCATTTCAATTTAAAAACTTACTAAA
*
31199 ACAACATTTCATAACTTTTAAAGCTCAACTACAGCATAAATGGTTTCCAAAGCAAAACGA-AAAA
385 ACAACATTTCATAACTTTTAAAGCTCGACTACAGCATAAATGGTTTCCAAAGCAAAAC-ATAAAA
31263 GCTTCAAA
449 GCTTCAAA
31271 TGACATTCAG
Statistics
Matches: 823, Mismatches: 89, Indels: 24
0.88 0.10 0.03
Matches are distributed among these distances:
463 1 0.00
464 327 0.40
465 120 0.15
466 169 0.21
467 206 0.25
ACGTcount: A:0.38, C:0.19, G:0.13, T:0.30
Consensus pattern (463 bp):
AGCTTTGAGTTTGTGCGTAATGTATAAAAACAAGTTAGCACACAGTTAATCACATCAAGCTCAAT
AATGATTTCACAAATGACATCCAAATATCAACAGCATCCCACAAATTCCCTGGAGCACCCATGAA
TTCTCCTAAAAAGGCAGCTGAAGCAAATAAGCATGAAAAATTAAAACCATGCAAATGGTTTTTAT
ATCACAATTTTAGATTGTGCAGATGGTTTTTATGCCCATAATTGTTCAGAAATGAAATTTTGATA
TTTTCAGCTCCAAAATCCTTCATGACATGCACCTAATATCATGAAAATTAAAACAATGCAGGTTA
TCATTTTCTAGGTTTGAGCAAGTTTAAAACTATTCATTTCAATTTAAAAACTTACTAAAACAACA
TTTCATAACTTTTAAAGCTCGACTACAGCATAAATGGTTTCCAAAGCAAAACATAAAAGCTTCAA
AAGCGTCG
Found at i:31240 original size:931 final size:912
Alignment explanation
Indices: 29271--31270 Score: 2479
Period size: 914 Copynumber: 2.2 Consensus size: 912
29261 ATATCACATG
* * *
29271 TGAAAAATTAAAACCAATGCAGGTTACCATTTT-CTGCGTTTCAGTGAGTTTAAACTATTCATTT
1 TGAAAAATTAAAACCAATGCAAGTTATCATTTTCCTGCATTTCAG-GAGTTTAAACTATTCATTT
* * * *
29335 CCATTTAAAAACATGCTAAAACAACATTTCATACTTTTGAAGCTCGACTCCAGAAGAAATGGTTT
65 -CATTTAAAAACTTGCTAAAACAACATTTCATACTTTTAAAGCTCGACTACAGAATAAATGGTTT
* * * * * *
29400 TCGAAGCAAAACATAAAAGCTTCAAAAGTGTCGAGCTTTGAGTTTGTGTGTAATGTATAAAAACA
129 CCAAAGCAAAACGTAAAAACTTCAAAAGCGTCGAGCTTTGAGTTTGTGCGTAATGTATAAAAACA
** *
29465 AGTTAGCACACAGTTAACTGCATTAAGCGGCAATAATGATTTCACAAGTGACATCCAAATATAAA
194 AGTTAGCACACAGTTAACTGCACCAAGCGGCAATAATGATTTCACAAATGACATCCAAATATAAA
* * *
29530 CAGTATCCCACAAATAACCTGGAGCACCAATGAATTCTACTAAAAATGCATCAAAAGCAAATAAG
259 CAGCATCCCACAAATAACCTGGAGCACCAATGAATTCTACTAAAAAGGCAGCAAAAGCAAATAAG
* **
29595 TATGAAAAATTAAAACTGTGCAAATGGTTTTTATATCAAAATTTAAAATTGTGCAATGGTTTTTA
324 CATGAAAAATTAAAACCATGCAAATGGTTTTTATATCAAAATTTAAAATTGTGCAATGGTTTTTA
* *
29660 TGCCCATAATCGTTTAGAAACGAAAATTTGATATTTTCAGCTCCAAAATAACTCAGGACTTACAC
389 TGCCCATAATCGTTCAGAAACGAAAATTTGATATTTTCAGCTCCAAAATAACTCAGGACATACAC
* * * *
29725 TTAACACAATAAAAAATTAAAACCAATGCAGGTTATCATGTTTCTATGGTTGAGTAAGCTTAAAA
454 CTAACACAATAAAAAATTAAAACAAATGCAGGTTAACATGTTTCTATGGTTGAGCAAGCTTAAAA
* * * * **
29790 CGATTCATTTCCATTTAAAAACTTGCTAAAAAAACATTTCATACTTTTCAAGCCTGACTTTAACA
519 CGATTCATTTCAATTTAAAAACCTACTAAAAAAACATTTCATACTTTTAAAGCCTGACTACAACA
* * *
29855 GAAATGGCTTGCAACGCAAAACATCAAGCTTTGAGTCTGTGCGTAATGTATAAAACAAGTTAGCA
584 GAAATGGCTTCCAAAGCAAAACATAAAGCTTTGAGTCTGTGCGTAATGTATAAAACAAGTTAGCA
* * *
29920 CGCAGCTAATCACATCAAGCACCAATAATGATTTCACAAATCATATCCAAATATCAACAGCATCC
649 CACAGCTAATCACATCAAGCACCAATAAAGATTTCACAAATCACATCCAAATATCAACAGCATCC
* * *
29985 CACAAATTCCCTACAGCACCCATGAATTCTCCTAAAAATGCATCTAAAGCAAATAAGCATGAAAA
714 CACAAATTCCCTACAGCACCCATGAATTCTCCTAAAAAGGCAGCTAAAGCAAACAAGCATGAAAA
* * * *
30050 ATTAAAACCTTGGAAATGGTTTTTATATCAAAATTTGAGATTGTGCAGATGGTTTTTATGCCCAT
779 ATTAAAACCGTGCAAATGGTTTTTATACCAAAATTTGACATTGTGCAGATGGTTTTTATGCCCAT
* * * *
30115 AATTGTTCAAAAATGAAATTTGGATTCTTTTTAACTCCAAAATACTTCATGACTTGCACTTAACA
844 AATTGTTCAAAAATGAAATTTGGATTATTTTCAACTCCAAAATACTTCATGACATGCACCTAACA
30180 CCGA
909 CCGA
* * * * *
30184 -GGAAAATTAATACCGACGC-AGCTTATCATGTTTCTATG-A-TTCAGGAAGTTTAAAACTATTC
1 TGAAAAATTAAAACCAATGCAAG-TTATCAT-TTTC-CTGCATTTCAGG-AGTTT-AAACTATTC
* *
30245 ATTTCCTTCTAAAAACTTTCTAAAACAACATTTCATACTTTTAAAGCTCGACTACAGAATAAATG
61 ATTTCATT-TAAAAACTTGCTAAAACAACATTTCATACTTTTAAAGCTCGACTACAGAATAAATG
*
30310 GTTTCCAAAGCAAAACGTAAAAACTTCAAAAGCGTCGAGCTTTGATTTTGTGCGTAATGTATAAA
125 GTTTCCAAAGCAAAACGTAAAAACTTCAAAAGCGTCGAGCTTTGAGTTTGTGCGTAATGTATAAA
* * *
30375 AACAAGTTAGCACACAGTTAATTGCACCAAGC-TCAAATAATGATTTCATAAATGACATCCAAAT
190 AACAAGTTAGCACACAGTTAACTGCACCAAGCGGC-AATAATGATTTCACAAATGACATCCAAAT
* ** * **
30439 ATAAACAGCATCCGACAAATTCCCTGGAGCACCAATGAATTCTCCTAAAAAGGCAGCTGAAGCAA
254 ATAAACAGCATCCCACAAATAACCTGGAGCACCAATGAATTCTACTAAAAAGGCAGCAAAAGCAA
* *** * *
30504 ATAAGCGTGAAAAATTAAAACCATGCAAATGGTTTTTATATTGCAATTTTAGATTGTGCAGATGG
319 ATAAGCATGAAAAATTAAAACCATGCAAATGGTTTTTATATCAAAATTTAAAATTGTGCA-ATGG
* * * * *
30569 TTTTTATGCCCATAATTGTTCAGAAATGAAATTTTGATATTTTCAGCTCCAAAAT-CCTTCATGA
383 TTTTTATGCCCATAATCGTTCAGAAACGAAAATTTGATATTTTCAGCTCCAAAATAAC-TCAGGA
* * *
30633 CATGCACCTAATATC-AT-GAAAATTAAAACAAATGCAGGTTAACAT-TTTCTA-GGTTTGAGCA
447 CATACACCTAACA-CAATAAAAAATTAAAACAAATGCAGGTTAACATGTTTCTATGG-TTGAGCA
* * * *
30694 AGTTTAAAGCTATTCATTTCAATTTAAAAACCTACTAAAACAAA-ATTTCATAATTTTTAAAG-C
510 AGCTTAAAACGATTCATTTCAATTTAAAAACCTACTAAAA-AAACATTTCAT-ACTTTTAAAGCC
* * * *
30757 TCGACTACAGCATAAATGGTTTCCAAAGCAAAACATAAAAGCTTCAAAAGCGTCGAGCTTTGGTT
573 T-GACTACAACAGAAATGGCTTCCAAAGCAAAACAT-AAAGCTT--------T-GA------GTC
* * **
30822 TGTGTGTAATGTATAAAAACAAGTTAGCACACAGTTAATCACATCAAGCTGCAATAACAG-TTTC
621 TGTGCGTAATGTAT-AAAACAAGTTAGCACACAGCTAATCACATCAAGCACCAATAA-AGATTTC
* **
30886 ACAAATGACATCCAAATATCAACAGCATCCCACAAATTCCCTGGAGCACCCATGAATTCTCCTAA
684 ACAAATCACATCCAAATATCAACAGCATCCCACAAATTCCCTACAGCACCCATGAATTCTCCTAA
* *
30951 AAAGGCAGCTGAAGCAAACAAGCTTGAAAAATTAAAACCGTGCAAATGGTTTTTATACCACAAAT
749 AAAGGCAGCTAAAGCAAACAAGCATGAAAAATTAAAACCGTGCAAATGGTTTTTATACCA-AAAT
* * * * * * *
31016 TT-ACATTGTTCATATGGTTTTTGTGCCCATAGTTGTTCAGAAATGAAATTTTGA-TATTTTCAG
813 TTGACATTGTGCAGATGGTTTTTATGCCCATAATTGTTCAAAAATGAAATTTGGATTATTTTCAA
* * *
31079 CTCCAAAATCCTTCATGACATGCACCTAATATC-A
878 CTCCAAAATACTTCATGACATGCACCTAACACCGA
* * *
31113 TGAAAAATTAAAATCAATGCAAGTTATCATTTTCCTGCATTTGAGCGAGTTTAAATCTATTCGTT
1 TGAAAAATTAAAACCAATGCAAGTTATCATTTTCCTGCATTTCAG-GAGTTTAAA-CTATTCATT
* * *
31178 TCAATTTTAAAACTTGCTAAAACAACATTTCATAACTTTTAAAGCTCAACTACAGCATAAATGGT
64 TC-ATTTAAAAACTTGCTAAAACAACATTTCAT-ACTTTTAAAGCTCGACTACAGAATAAATGGT
31243 TTCCAAAGCAAAACG-AAAAAGCTTCAAA
127 TTCCAAAGCAAAACGTAAAAA-CTTCAAA
31271 TGACATTCAG
Statistics
Matches: 922, Mismatches: 122, Indels: 68
0.83 0.11 0.06
Matches are distributed among these distances:
911 1 0.00
912 24 0.03
913 72 0.08
914 349 0.38
915 79 0.09
916 1 0.00
923 1 0.00
924 2 0.00
928 2 0.00
929 9 0.01
930 119 0.13
931 256 0.28
932 7 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.18, G:0.13, T:0.30
Consensus pattern (912 bp):
TGAAAAATTAAAACCAATGCAAGTTATCATTTTCCTGCATTTCAGGAGTTTAAACTATTCATTTC
ATTTAAAAACTTGCTAAAACAACATTTCATACTTTTAAAGCTCGACTACAGAATAAATGGTTTCC
AAAGCAAAACGTAAAAACTTCAAAAGCGTCGAGCTTTGAGTTTGTGCGTAATGTATAAAAACAAG
TTAGCACACAGTTAACTGCACCAAGCGGCAATAATGATTTCACAAATGACATCCAAATATAAACA
GCATCCCACAAATAACCTGGAGCACCAATGAATTCTACTAAAAAGGCAGCAAAAGCAAATAAGCA
TGAAAAATTAAAACCATGCAAATGGTTTTTATATCAAAATTTAAAATTGTGCAATGGTTTTTATG
CCCATAATCGTTCAGAAACGAAAATTTGATATTTTCAGCTCCAAAATAACTCAGGACATACACCT
AACACAATAAAAAATTAAAACAAATGCAGGTTAACATGTTTCTATGGTTGAGCAAGCTTAAAACG
ATTCATTTCAATTTAAAAACCTACTAAAAAAACATTTCATACTTTTAAAGCCTGACTACAACAGA
AATGGCTTCCAAAGCAAAACATAAAGCTTTGAGTCTGTGCGTAATGTATAAAACAAGTTAGCACA
CAGCTAATCACATCAAGCACCAATAAAGATTTCACAAATCACATCCAAATATCAACAGCATCCCA
CAAATTCCCTACAGCACCCATGAATTCTCCTAAAAAGGCAGCTAAAGCAAACAAGCATGAAAAAT
TAAAACCGTGCAAATGGTTTTTATACCAAAATTTGACATTGTGCAGATGGTTTTTATGCCCATAA
TTGTTCAAAAATGAAATTTGGATTATTTTCAACTCCAAAATACTTCATGACATGCACCTAACACC
GA
Found at i:31653 original size:34 final size:34
Alignment explanation
Indices: 31610--31682 Score: 146
Period size: 34 Copynumber: 2.1 Consensus size: 34
31600 TCGACTCCAG
31610 CAAAAATGGTTTCCAAAACAAGACATAAAAGCTT
1 CAAAAATGGTTTCCAAAACAAGACATAAAAGCTT
31644 CAAAAATGGTTTCCAAAACAAGACATAAAAGCTT
1 CAAAAATGGTTTCCAAAACAAGACATAAAAGCTT
31678 CAAAA
1 CAAAA
31683 GTGTCAAGCA
Statistics
Matches: 39, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
34 39 1.00
ACGTcount: A:0.52, C:0.18, G:0.11, T:0.19
Consensus pattern (34 bp):
CAAAAATGGTTTCCAAAACAAGACATAAAAGCTT
Found at i:32855 original size:466 final size:468
Alignment explanation
Indices: 31941--32873 Score: 1207
Period size: 466 Copynumber: 2.0 Consensus size: 468
31931 CTTTATGACT
* * *
31941 TTTCTGTGTTTGAGCGGGTTTAAAACTATTCATTTCCATTTAAAAACATGGTAAAACAACATTTC
1 TTTCTGTGTTTGAGCGAGTTTAAAACTATTCATTTCCACTTAAAAACATGCTAAAACAACATTTC
* * *
32006 ATACTTTCAAAGCTCGACTCCAGCAGAAATGGTTTCCAAAGCAAAACATAAAAGCTTCAAAAACG
66 ATACTTTCAAAGCTCGACTACAGCAGAAATAGTTTACAAAGCAAAACATAAAAGCTTCAAAAACG
** * * * * *
32071 TCGAGCTTCGAGTTTGTGCGTGATGTATAAAAAACAAGTTAGCACACAGTTAATTGCGTCAAGCA
131 TAAAACTTCGAGTTTGTGCGTAATGTATAAAAAACAAATTAGCACACAGTTAATCGCATCAAGCA
* * * * *
32136 CCAATAATGATTTCACAATTGACATCCAAATATCAACAGCATCCGACAAATTACCTGAAGCCCCC
196 CCAATAACGATTTCAAAAATGACATCCAAATATCAACAGCATCCCACAAATTACCTGAAGCACCC
* * * * *
32201 ACAAATTCTCCTAAGAATGCATCTGAAGCAAATAAGCATGAAAAACTAAAAAGCATTCAAATGGT
261 ACAAATTCCCCTAAAAAGGCATCTGAAGCAAATAAGCATGAAAAACTAAAAACCATGCAAATGGT
* *
32266 TTTTATAACACAATTTGAAATTGTGCAGATAGTTTTTATGCCCATATTTTTTCACACACAAAATT
326 TTTTATAACACAATTTGAAATTGTGCAGATAGTTTTTATGCCCATAGTTATTCACACACAAAATT
* *
32331 TTGATATTTTCATCTCCAAAATCCTTTATGACTTACACTTAACACAATGAAAAATTAAAACCAAA
391 TTGATATTTTCAGCTCCAAAATCCTTTATGACTTACACCTAACACAATGAAAAATTAAAACCAAA
*
32396 GCAGGTTATCATG
456 CCAGGTTATCATG
* *
32409 TTTCTGTGTTTGAGCGAGTTTAAAACTATTGATTTCCACTTAAAAACTTGCTAAAACAACATTTC
1 TTTCTGTGTTTGAGCGAGTTTAAAACTATTCATTTCCACTTAAAAACATGCTAAAACAACATTTC
* * ** *
32474 ATACTTTTAAAGCTCGACTATAGCAGAAATAGTTTACAAAGCAAAATGTAAAAGCTTC-AAAATG
66 ATACTTTCAAAGCTCGACTACAGCAGAAATAGTTTACAAAGCAAAACATAAAAGCTTCAAAAACG
* * * *
32538 TAAAACTTTGAGTTTGTGTGTAATGTAT-AAAAACAAATTAGCACATAGTTAATCGCATCAAAGT
131 TAAAACTTCGAGTTTGTGCGTAATGTATAAAAAACAAATTAGCACACAGTTAATCGCATC-AAGC
* ** * * * *
32602 GCCAATAACGATTTCAAAAATGATTTTCAAATATCAATAGCATCCCACAAATTCCCTGGAGCACC
195 ACCAATAACGATTTCAAAAATGACATCCAAATATCAACAGCATCCCACAAATTACCTGAAGCACC
** * *
32667 CATGAATTCCCCTAAAAAGGC-TGCTGACG-AGAATAAGCATGAAAAA-TTAAAACCATGCAAAT
260 CACAAATTCCCCTAAAAAGGCAT-CTGAAGCA-AATAAGCATGAAAAACTAAAAACCATGCAAAT
* * * *
32729 GGTTTTTATATCACAATTTGAGATTGTGCAGATGGTTTTTATGCCCATAGTTATTCAGA-A-AAG
323 GGTTTTTATAACACAATTTGAAATTGTGCAGATAGTTTTTATGCCCATAGTTATTCACACACAA-
* * * **
32792 AGATTTTGATATTTTTAGCTCCAAAAT-CTTTCTTGACTTGCACCTAACACTGTGAAAAATTAAA
387 A-ATTTTGATATTTTCAGCTCCAAAATCCTTT-ATGACTTACACCTAACACAATGAAAAATTAAA
* *
32856 ACGAATCCAGGTTATCAT
450 ACCAAACCAGGTTATCAT
32874 TCAACTCCAG
Statistics
Matches: 398, Mismatches: 61, Indels: 14
0.84 0.13 0.03
Matches are distributed among these distances:
464 2 0.01
465 6 0.02
466 160 0.40
467 119 0.30
468 111 0.28
ACGTcount: A:0.38, C:0.18, G:0.14, T:0.30
Consensus pattern (468 bp):
TTTCTGTGTTTGAGCGAGTTTAAAACTATTCATTTCCACTTAAAAACATGCTAAAACAACATTTC
ATACTTTCAAAGCTCGACTACAGCAGAAATAGTTTACAAAGCAAAACATAAAAGCTTCAAAAACG
TAAAACTTCGAGTTTGTGCGTAATGTATAAAAAACAAATTAGCACACAGTTAATCGCATCAAGCA
CCAATAACGATTTCAAAAATGACATCCAAATATCAACAGCATCCCACAAATTACCTGAAGCACCC
ACAAATTCCCCTAAAAAGGCATCTGAAGCAAATAAGCATGAAAAACTAAAAACCATGCAAATGGT
TTTTATAACACAATTTGAAATTGTGCAGATAGTTTTTATGCCCATAGTTATTCACACACAAAATT
TTGATATTTTCAGCTCCAAAATCCTTTATGACTTACACCTAACACAATGAAAAATTAAAACCAAA
CCAGGTTATCATG
Found at i:33258 original size:388 final size:389
Alignment explanation
Indices: 32543--33258 Score: 1044
Period size: 388 Copynumber: 1.8 Consensus size: 389
32533 AAATGTAAAA
* * *
32543 CTTTGAGTTTGTGTGTAATGTATAAAAACAAATTAGCACATAGTTAATCGCATCAAAGTGCCAAT
1 CTTTGAGTTTGTGCGTAATGTATAAAAACAAATTAGCACACAGTTAATCGCATCAAAGCGCCAAT
** * * *
32608 AACGATTTCAAAAATGATTTTCAAATATCAATAGCATCCCACAAATTCCCTGGAGCACCCATGAA
66 AACGATTTCAAAAATGACATCCAAATATCAACAGCATCCCACAAAATCCCTGGAGCACCCATGAA
* * * * *
32673 TTCCCCTAAAAAGGCTGCTGACGAGAATAAGCATGAAAAATTAAAACCATGCAAATGGTTTTTAT
131 TTCCCCAAAAAAGGCTGCTAAAGAAAATAAGCATGAAAAATTAAAACCATGCAAATGGTTTTTAC
* * * *
32738 ATCACAATTTGAGATTGTGCAGATGGTTTTTATGCCCATAGTTATTCAGAAAAGAGATTTTGATA
196 ATCACAATTTGAAATTGTGCAGATGGGTTTTATGCCCATAATTATTCAGAAAAGAAATTTTGATA
* * * *
32803 TTTTTAGCTCCAAAATCTTTCTTGACTTGCACCTAACACTGTGAAAAATTAAAACGAATCCAGGT
261 TTTTTAGCTCCAAAATCTTTCATGACTTGCACCTAACACTGTGAAAAATGAAAACCAATCAAGGT
32868 TATCATTCAACTCCAGCATAAATGGTTTCCAAAGCAAAACATTTAGACCTTCAAAAGCATCGAG
326 TATCATTCAACTCCAGCATAAATGGTTTCCAAAGCAAAACATTTAGACCTTCAAAAGCATCGAG
* ** * *
32932 CTTTGAGTTTGTGCGTAATGTATAAAAATATGTTAGCACACAGTTAATTGCA-CCAAGCGCCAAT
1 CTTTGAGTTTGTGCGTAATGTATAAAAACAAATTAGCACACAGTTAATCGCATCAAAGCGCCAAT
* *
32996 AACGATTTCACAAATGACATCCAAATATCAACAGCATCCCACAAAATCCCTGGAGCACTCATGAA
66 AACGATTTCAAAAATGACATCCAAATATCAACAGCATCCCACAAAATCCCTGGAGCACCCATGAA
* *
33061 TTCCCCAAAAAATGCAT-CTAAAGAAAATAAGCATGAAAAATTAAAACCGTGCAAATGGTTTTTA
131 TTCCCCAAAAAAGGC-TGCTAAAGAAAATAAGCATGAAAAATTAAAACCATGCAAATGGTTTTTA
* * **
33125 CATCACAATTTGAAATTGTGCAGATGGGTTTTATGCCCATAATTGTTCTGAAATTAAATTTTTG-
195 CATCACAATTTGAAATTGTGCAGATGGGTTTTATGCCCATAATTATTCAGAAAAGAAA-TTTTGA
* * *
33189 TATTTTTAGCTGCAAAATACTTT-ATGACTTGCACCTAACACTGTGAAATATGAAAACCAATGAA
259 TATTTTTAGCTCCAAAAT-CTTTCATGACTTGCACCTAACACTGTGAAAAATGAAAACCAATCAA
33253 GGTTAT
323 GGTTAT
33259 TATGTTTCTG
Statistics
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0.87 0.11 0.02
Matches are distributed among these distances:
388 231 0.80
389 56 0.20
ACGTcount: A:0.37, C:0.18, G:0.15, T:0.30
Consensus pattern (389 bp):
CTTTGAGTTTGTGCGTAATGTATAAAAACAAATTAGCACACAGTTAATCGCATCAAAGCGCCAAT
AACGATTTCAAAAATGACATCCAAATATCAACAGCATCCCACAAAATCCCTGGAGCACCCATGAA
TTCCCCAAAAAAGGCTGCTAAAGAAAATAAGCATGAAAAATTAAAACCATGCAAATGGTTTTTAC
ATCACAATTTGAAATTGTGCAGATGGGTTTTATGCCCATAATTATTCAGAAAAGAAATTTTGATA
TTTTTAGCTCCAAAATCTTTCATGACTTGCACCTAACACTGTGAAAAATGAAAACCAATCAAGGT
TATCATTCAACTCCAGCATAAATGGTTTCCAAAGCAAAACATTTAGACCTTCAAAAGCATCGAG
Found at i:33844 original size:465 final size:462
Alignment explanation
Indices: 32873--34109 Score: 1511
Period size: 465 Copynumber: 2.6 Consensus size: 462
32863 CAGGTTATCA
* ** *
32873 TTCAACTCCAGCATAAATGGTTTCCAAAGCAAAACAT-TTAGACCTTCAAAAGCATCGAGCTTTG
1 TTCAACTCCAGCAGAAATGGTTTCCAAAGCAAAACATAAAAG-CC-TCAAAAGCATCGACCTTTG
* * * *
32937 AGTTTGTGCGTAATGTATAAAAAT-ATGTTAGCACACAGTTAATTGCACCAAGCGCCAATAACGA
64 AGTTTGTGC--AATGTAT-AAAATCAAGTTACCACACAGTTAATCGCATCAAGCGCCAATAACGA
* *
33001 TTTCACAAATGACATCCAAATATCAACAGCATCCCACAAAATCCCTGGAGCACTCATGAATTCCC
126 TTTCACAAATGACATCCAAATATCAACAGCATCCCACAAATTCCCTGGAGCACCCATGAATT-CC
* * * *
33066 CAAAAAATGCATCTAAAGAAAATAAGCATGAAAAATTAAAACCGTGCAAATGGTTTTTACATCAC
190 CTAAAAATGCATCTAAAGCAAATAAGCATGAAAAATT-AAACC-TGCAAATGGTTTTTATATCAT
* * * * *
33131 AATTTGAAATTGTGCAGATGGGTTTTATGCCCATAATTGTTCTGAAATTAAATTTTTGTATTTTT
253 AATTTGAAATTGTGTAGATGGCTTTTATGCCCATAATTGTTCAGAAATGAAATTTTTGTATTTTC
* * ** * * *
33196 AGCTGCAAAATACTTTATGACTTGCACCTAACACTGTGAAATATGAAAACCAATGAAGGTTATTA
318 AGCTCCAAAATACTTCATGACTTAAACCTAACACCGTGAAAAATGAAAACCAATGAAGATTATTA
* ** ** * * *
33261 TGTTTCTGTGTTTGAGTGAGTTTATGACTATTCATTTTCATTTAAAAACTTGCTAAAACAACATT
383 TGCTTCTGTGTTTGAGCCAGTTTAAAACAATACATTTCCATTTAAAAACTTGCTAAAACAACATT
*
33326 GCATTTTTTAAAAGC
448 GCATCTTTTAAAAGC
* * * *
33341 TTC-ACTCCAGCAGAAATGGTTACCGAAGCAAAACATAAAAGCCTCAAAAGCTTTGACCTTTGAG
1 TTCAACTCCAGCAGAAATGGTTTCCAAAGCAAAACATAAAAGCCTCAAAAGCATCGACCTTTGAG
* * * *
33405 TTTGTGCACATTTTATAAAATCAAATTACCACACAGATAATCGCATCAAGCACCAATAACGATTT
66 TTTGTGCA-A-TGTATAAAATCAAGTTACCACACAGTTAATCGCATCAAGCGCCAATAACGATTT
* * * *
33470 CA-AAATTCACATCCAAATATCAACAGTATCCCACAAATTCTCTGGAGCACCCATCAATTCTCCT
129 CACAAA-TGACATCCAAATATCAACAGCATCCCACAAATTCCCTGGAGCACCCATGAATTC-CCT
*
33534 AAAAATGCATCTAAACCAAATAAGCATGAAAAATTAAACCTCGCAAATGGTTTTTATATCATAAT
192 AAAAATGCATCTAAAGCAAATAAGCATGAAAAATTAAACCT-GCAAATGGTTTTTATATCATAAT
* * *
33599 TTGAAATTGTGTATACGGCTTTTATGCCTATAATTGTTCAGAAATGAAA-TTTTGATATTTTCAG
256 TTGAAATTGTGTAGATGGCTTTTATGCCCATAATTGTTCAGAAATGAAATTTTTG-TATTTTCAG
* * * *
33663 CTCCAAAATTCTTCATGACTTAAACCTAATACCGTGAAAAATTAAAACCAATGCAGATTATCT-T
320 CTCCAAAATACTTCATGACTTAAACCTAACACCGTGAAAAATGAAAACCAATGAAGATTAT-TAT
* * * *
33727 GCTTCTGTGTTTGAGCCAGTTTAAAACAATACATTTCCATTTAAGAACTTGCTTAAATAACATTT
384 GCTTCTGTGTTTGAGCCAGTTTAAAACAATACATTTCCATTTAAAAACTTGCTAAAACAACATTG
*
33792 TATACTTTT-AAAGC
449 CAT-CTTTTAAAAGC
* * *
33806 -TCAACTCCAGCAGAAATGGTTTCCAAAGCAAAACATAAAAGCTTTC-AAAGCATCGACCGTTGC
1 TTCAACTCCAGCAGAAATGGTTTCCAAAGCAAAACATAAAAGC-CTCAAAAGCATCGACCTTTGA
* * * * * * *
33869 TTTTGTGCTAATGTATAAAAACAGGTTATCACACAGTTAATCGCATTAAGTGCCAATAATGATTT
65 GTTTGTGC-AATGTATAAAATCAAGTTACCACACAGTTAATCGCATCAAGCGCCAATAACGATTT
* * * *
33934 CACAAATGACAGCCAAATATCAACAACATCCCATAAATTCCCTAGAGCACCCATGAATTCCCTTA
129 CACAAATGACATCCAAATATCAACAGCATCCCACAAATTCCCTGGAGCACCCATGAATTCCC-TA
* * *
33999 AAAATGCATCTAAAGCAGATAAGCATGAAAAATAAAAACTATGCAAATGGTTTTTATATCATAAT
193 AAAATGCATCTAAAGCAAATAAGCATGAAAAAT-TAAAC-CTGCAAATGGTTTTTATATCATAAT
*
34064 TTGAAATTGTGTAGATGGTTTTTATGCCCATAATTGTTCAAGAAAT
256 TTGAAATTGTGTAGATGGCTTTTATGCCCATAATTGTTC-AGAAAT
34110 TTTGAATCAT
Statistics
Matches: 657, Mismatches: 94, Indels: 38
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
463 2 0.00
464 134 0.20
465 320 0.49
466 164 0.25
467 32 0.05
468 5 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.19, G:0.13, T:0.31
Consensus pattern (462 bp):
TTCAACTCCAGCAGAAATGGTTTCCAAAGCAAAACATAAAAGCCTCAAAAGCATCGACCTTTGAG
TTTGTGCAATGTATAAAATCAAGTTACCACACAGTTAATCGCATCAAGCGCCAATAACGATTTCA
CAAATGACATCCAAATATCAACAGCATCCCACAAATTCCCTGGAGCACCCATGAATTCCCTAAAA
ATGCATCTAAAGCAAATAAGCATGAAAAATTAAACCTGCAAATGGTTTTTATATCATAATTTGAA
ATTGTGTAGATGGCTTTTATGCCCATAATTGTTCAGAAATGAAATTTTTGTATTTTCAGCTCCAA
AATACTTCATGACTTAAACCTAACACCGTGAAAAATGAAAACCAATGAAGATTATTATGCTTCTG
TGTTTGAGCCAGTTTAAAACAATACATTTCCATTTAAAAACTTGCTAAAACAACATTGCATCTTT
TAAAAGC
Found at i:36156 original size:466 final size:465
Alignment explanation
Indices: 34507--46057 Score: 9092
Period size: 466 Copynumber: 24.7 Consensus size: 465
34497 CGTAAGATTT
* *
34507 AGGTTATCAT-TTTGATGTGTTTGAGCGAGTTTAAAACTATTCATTTCCATTTTAAAACTTGCTA
1 AGGTTATCATGTTT-TTGTGTTTGAGCGAGTTTAAAACTATTCATTTCCATTTAAAAACTTGCTA
* * * * ** *
34571 AAAGAACGTTTCATACTTTTAACGCTTGACTCTGGTAGAAATGGTTTTCAAAGCAAAACATAAAA
65 AAACAACATTTCATACTTTTAAAGCTCGACTCCAGCAGAAATGG-TTTCAAAGCAAAACATAAAA
** *** * * *
34636 GCTTAAAAAATGTCGAGCTTTGAGTTTGTGCGTAACGTATAAAAACAAGTTAGTACACAGCTAAT
129 GCTTTCAAAGCATCGAGCTTTGAGTTTGTGCGTAATGTATAAAAACAAGTTAGCACACAGTTAAT
* * * ** * * *
34701 CGCATCAAGGGCCAATAACGATTTCCCAAATGACTTTGAAGTATTAACAGCATCCCA-AAATTTC
194 CGCATCAAGCGCCAATAACGATTTCACAAATGACATCCAAATATCAACAGCATCCCACAAATTCC
* * * * *
34765 TTCGGAGCACCCATCAATTCTCCTAAAAATGCATCGAAAGCAAATAAGCATGAAAAATAAAAACT
259 CT-GGAGCACCCATGAATTCTCCTAAAAATGCATCTAAAGCAAATAAGCATGAAAAATTAAAACC
* * * * *
34830 GTGCAAATGGTTTTTATATTACAATTTGAGATTTTGCAGATGGTTTTTATGCCCATAGTTGTTCA
323 GTGCAAATGGTTTTTATATCACAATTTGAAATTGTGCAGACGGTTTTTATGCCCATAATTGTTCA
* * * * *
34895 GAAATGAAATTTTGACATTTTTAGCTCCAAACTCTTTCATGACTTGCACCAAAAACC-T-AAAAA
388 GAAATGAAATTTTGATATTTTTAGCTCCAAAATCCTTCATGACTTGCACCTAACACCGTGAAAAA
*
34958 TTAAAACAAATGC
453 TTAAAACCAATGC
* * * * * *
34971 TGGTTATCGT-TTTTCTATGTTTGAGTGAGTTTAAAAC---T-A-TT-CGTTTAAAAACTTGTTA
1 AGGTTATCATGTTTT-TGTGTTTGAGCGAGTTTAAAACTATTCATTTCCATTTAAAAACTTGCTA
** * * * *
35029 AAACAACATTTTGTACTTTTAAAGCTCAAATACAGCATAAATGGTTTCCAAAGCAAAACATAAAA
65 AAACAACATTTCATACTTTTAAAGCTCGACTCCAGCAGAAATGGTTT-CAAAGCAAAACATAAAA
* *
35094 GC-TTCAAAAGCATCGAGCTTTGAGTTTGTGCGTAATATATAAAAAAAACATGTTAGCACACAGT
129 GCTTTC-AAAGCATCGAGCTTTGAGTTTGTGCGTAATGTAT---AAAAACAAGTTAGCACACAGT
* * * * * *
35158 TAATCACATCAAGTGCCAATAACGATTTCAGAAATGGCATCCAAAGATCAACAGTATCCCACAAA
190 TAATCGCATCAAGCGCCAATAACGATTTCACAAATGACATCCAAATATCAACAGCATCCCACAAA
* * * * * *
35223 ATCCGTGGAGTACCCATGAATTCCCCTAAAAATGCATCTAAATCAAATAAGCATGAAAAATAAAA
255 TTCCCTGGAGCACCCATGAATTCTCCTAAAAATGCATCTAAAGCAAATAAGCATGAAAAATTAAA
* * *
35288 ACCATGCAAATGGTTTTTACATCATAATTTGAAATTGTGCAGACGGTTTTTATGCCCATAATTGT
320 ACCGTGCAAATGGTTTTTATATCACAATTTGAAATTGTGCAGACGGTTTTTATGCCCATAATTGT
* * * * * * *
35353 TCTGAAATTAAATTTTGGAT-TTTTTAGCTGCAAAATACTTTATGACTTGCACCTCACACTGTGA
385 TCAGAAATGAAATTTT-GATATTTTTAGCTCCAAAATCCTTCATGACTTGCACCTAACACCGTGA
* * *
35417 AATATGAAAACCAATAC
449 AAAATTAAAACCAATGC
* * * * * *
35434 AAGTTATCTTCTTTCTGTGTTTGAGCGAG-TT----C-ATTCATTTTCATGTAAAAACTTGCTAA
1 AGGTTATCATGTTTTTGTGTTTGAGCGAGTTTAAAACTATTCATTTCCATTTAAAAACTTGCTAA
* * * *
35493 AACAACATTGCATACTTTTAAAGCTCGACACCAGCAGAAGTGGTTTTCGAAGCAAAACATAAAAG
66 AACAACATTTCATACTTTTAAAGCTCGACTCCAGCAGAAATGG-TTTCAAAGCAAAACATAAAAG
* * * * * * *
35558 CTTTAAAAGCGTCGAGGTTTGACTTTGTGGGTATTTTATAAAAACAAGTTAGCACACAGTTAATC
130 CTTTCAAAGCATCGAGCTTTGAGTTTGTGCGTAATGTATAAAAACAAGTTAGCACACAGTTAATC
* * * *
35623 ACATCAAGTGCCAATAACAATTTCACAAATCACATCCAAATATCAACAGCATCCCACAAATTCCC
195 GCATCAAGCGCCAATAACGATTTCACAAATGACATCCAAATATCAACAGCATCCCACAAATTCCC
*
35688 TGGAGCACCCATGAATTCTCCTAAAAATGCATCTAAAGCAAATCAGCATGAAAAATTAAAACCGT
260 TGGAGCACCCATGAATTCTCCTAAAAATGCATCTAAAGCAAATAAGCATGAAAAATTAAAACCGT
* * ** * *
35753 GAAAATGGTTTTTATATCATAATTTGAAATTGTGTGGACGGGTTTTATGCCTATAATTGTTCAGA
325 GCAAATGGTTTTTATATCACAATTTGAAATTGTGCAGACGGTTTTTATGCCCATAATTGTTCAGA
* * * * * *
35818 AACGAAATTTTGATATTTTCAGCTCCAAAATCCATCATGACTTACACTTAACACCATGAAAAATT
390 AATGAAATTTTGATATTTTTAGCTCCAAAATCCTTCATGACTTGCACCTAACACCGTGAAAAATT
*
35883 AAAACCAACGC
455 AAAACCAATGC
* * * * * *
35894 AGGTTATCATCTTTTTGTGTTTGAGCCAGTTTAAAACAATACATTTCCATTTAAGAACTTGCTTA
1 AGGTTATCATGTTTTTGTGTTTGAGCGAGTTTAAAACTATTCATTTCCATTTAAAAACTTGCTAA
*
35959 AACAACATTTCATACTTTTAAAGCTCAACTCCAGCAGAAATGGTTTCCAAAGCAAAACATAAAAG
66 AACAACATTTCATACTTTTAAAGCTCGACTCCAGCAGAAATGGTTT-CAAAGCAAAACATAAAAG
* ** * *
36024 CTTTCAAAGCATCGACCTTTGCTTTTGTGCGTAATGTACAAAAACAAGTTATCACACAGTTAATC
130 CTTTCAAAGCATCGAGCTTTGAGTTTGTGCGTAATGTATAAAAACAAGTTAGCACACAGTTAATC
* ** * * * ** *
36089 GCATTAAGCATCAATAATGATTTCACAAATGACATCCAAATATAAAAAATATGCCACAAATTCCC
195 GCATCAAGCGCCAATAACGATTTCACAAATGACATCCAAATATCAACAGCATCCCACAAATTCCC
36154 TGGAGCACCCATGAATTCTCCTAAAAATGCATCTAAAGCAAATAAGCATGAAAAATTAAAACCGT
260 TGGAGCACCCATGAATTCTCCTAAAAATGCATCTAAAGCAAATAAGCATGAAAAATTAAAACCGT
* * * * * ** * *
36219 GCAAGTGGTTTTTATATGATAATTTGAATTTTTGTTGA-TGTTTTTATGCCCATAATTGTTCAAA
325 GCAAATGGTTTTTATATCACAATTTGAAATTGTGCAGACGGTTTTTATGCCCATAATTGTTCAGA
* * * * * *
36283 AACGAAATTTTGATATTTTCCA-CTCCAAAATCCTTCATGACTTACACATAACACCATGAAGAAT
390 AATGAAATTTTGATATTTT-TAGCTCCAAAATCCTTCATGACTTGCACCTAACACCGTGAAAAAT
* *
36347 TGAAACCAAAGC
454 TAAAACCAATGC
* * * * *
36359 AGGTTATCATGTTTCTGTGTTTTGAGTGAGTTTAAAACT-TTAAATTTCAATTTAAAATCTTGCT
1 AGGTTATCATGTTTTTGTG-TTTGAGCGAGTTTAAAACTATT-CATTTCCATTTAAAAACTTGCT
* * * * * **
36423 -AAACAAATATTTCAAACTTTTAATGCTCGACTGCAGCAGAAATGATTGTCAAAGCAAAATGTAA
64 AAAAC-AACATTTCATACTTTTAAAGCTCGACTCCAGCAGAAATGGTT-TCAAAGCAAAACATAA
** * * * *
36487 AGAGCTTT-AAAATAGTCGAGTTTTGAGTTT-TTCTGTAATGCATAAAAACAAGTTAGCACACAA
127 A-AGCTTTCAAAGCA-TCGAGCTTTGAGTTTGTGC-GTAATGTATAAAAACAAGTTAGCACACAG
* * * * * *
36550 TTAATCGCATCAAGTGACATTAACAATTTCACAAATGACATCTAAGTATCAACAGCATCCCACAA
189 TTAATCGCATCAAGCGCCAATAACGATTTCACAAATGACATCCAAATATCAACAGCATCCCACAA
* * * * *
36615 TTTCCTTGGAGCATCAATGAATTCTCCTAAAAATGCATCTAAAGCAAATAAGTATGAAAAATTTA
254 ATTCCCTGGAGCACCCATGAATTCTCCTAAAAATGCATCTAAAGCAAATAAGCATGAAAAA-TTA
** * * * * *
36680 AAACTATGCAAATGGCTTTTGTATCACAATTTGAAATTGTGTAGA--GTTTTTACGCACATAATT
318 AAACCGTGCAAATGGTTTTTATATCACAATTTGAAATTGTGCAGACGGTTTTTATGCCCATAATT
* * * * * *
36743 GTTCAGAAATGAAATTTTGATCTTTTGAGCTCCAAAATCCTTCATGAGC-TACACTTAAAACTGT
383 GTTCAGAAATGAAATTTTGATATTTTTAGCTCCAAAATCCTTCATGA-CTTGCACCTAACACCGT
* *
36807 GAAAAACTAAAACCATTGC
447 GAAAAATTAAAACCAATGC
* * *
36826 AGGTTATCATGTTTTTGTTTTTGAGCGAGTTTAAAACTATTCATTTCCGTTTTAAAACTTGCTAA
1 AGGTTATCATGTTTTTGTGTTTGAGCGAGTTTAAAACTATTCATTTCCATTTAAAAACTTGCTAA
* * * * * * *
36891 AAGAACGTTTCATATTTTTAACGCTCGACTCCGGTAGAAATGGTTTTCAAAGCAAAACATCAAAG
66 AACAACATTTCATACTTTTAAAGCTCGACTCCAGCAGAAATGG-TTTCAAAGCAAAACATAAAAG
** *** * * * *
36956 CTTAAAAAATGTCAAGCTCTGAGTTTGTGCGTAAGGTATAAAAACAAGTTAGCACACAGCTAATC
130 CTTTCAAAGCATCGAGCTTTGAGTTTGTGCGTAATGTATAAAAACAAGTTAGCACACAGTTAATC
* * * * * * *
37021 GCATCAAGGGCCAATAACGATTTCCCAAATGACTTCGAAGTATCAACAGCATCCCCCAATTTCCC
195 GCATCAAGCGCCAATAACGATTTCACAAATGACATCCAAATATCAACAGCATCCCACAAATTCCC
* * *
37086 TGGAGCACCCATGAATTCTCCTAAAAATGCATC-AAACACAAATAAGCATGAAAAAATCAAACCG
260 TGGAGCACCCATGAATTCTCCTAAAAATGCATCTAAA-GCAAATAAGCATGAAAAATTAAAACCG
* * * * * * ** *
37150 TGCAATTGGTATTTGTATCACAATTTGAAATTGTGCAAATGGTTTTAACACCAATAATTGTTCAG
324 TGCAAATGGTTTTTATATCACAATTTGAAATTGTGCAGACGGTTTTTATGCCCATAATTGTTCAG
* * * ** **
37215 AAACGAAATTTTGATATTTTCAGCTTCAAAATCCTTCATGACTTATATTTAACACCGTGAAAAAT
389 AAATGAAATTTTGATATTTTTAGCTCCAAAATCCTTCATGACTTGCACCTAACACCGTGAAAAAT
37280 TAAAACCAATGC
454 TAAAACCAATGC
* *** * *
37292 AGGTTATCATATTTCCATGTTTGAGCGAGTTTAAAACAATTAATTTCCATTTAAAAACTTGCTAA
1 AGGTTATCATGTTTTTGTGTTTGAGCGAGTTTAAAACTATTCATTTCCATTTAAAAACTTGCTAA
* * *
37357 AACAACATTTTATACATTT--AGCATTC-AGCTCTAGCAGAAATGGGTTTCAAAGCAAAACATAA
66 AACAACATTTCATACTTTTAAAGC--TCGA-CTCCAGCAGAAAT-GGTTTCAAAGCAAAACATAA
* * * * * * *
37419 AAGC-TTCAAA-AATGTTGAGCGTTGAGTTTCTGCGTCACGTATAAAAACAAGTTAGCACATAGT
127 AAGCTTTCAAAGCA--TCGAGCTTTGAGTTTGTGCGTAATGTATAAAAACAAGTTAGCACACAGT
* * * *
37482 TAATCGCATCAAGTGCAAATAACGATTTCACAAATGACAT-CAAATACCAACAGCATTTCC-CAA
190 TAATCGCATCAAGCGCCAATAACGATTTCACAAATGACATCCAAATATCAACAGCA-TCCCACAA
* * * *
37545 ATTTCCTGGAACACCCATGAATTATCCTAAAAATGCATCTAAAGCAAATAAGAATGAAAAATTAA
254 ATTCCCTGGAGCACCCATGAATTCTCCTAAAAATGCATCTAAAGCAAATAAGCATGAAAAATTAA
* * * * * *
37610 AACCCTGCAAATGTTTTTTGTATCACAATTTGAAATTGTGCAAACGGTTTTTTTTGCGCATAATT
319 AACCGTGCAAATGGTTTTTATATCACAATTTGAAATTGTGCAGACGG-TTTTTATGCCCATAATT
* * ** * * *
37675 GCTT-AGAAACGAAATTTTGATATTTTGAGCTGAAAAATCCTTCATTACTTGCACTTAGA-ACTG
383 G-TTCAGAAATGAAATTTTGATATTTTTAGCTCCAAAATCCTTCATGACTTGCACCTA-ACACCG
*
37738 TGAAAAATTAAAACCAATGT
446 TGAAAAATTAAAACCAATGC
* * * *
37758 AGGTTATCATGTTTTTGTGTTTGAGCGAGTTTAAAACTATTCATTTCCGTTTGATAACTTCCTAA
1 AGGTTATCATGTTTTTGTGTTTGAGCGAGTTTAAAACTATTCATTTCCATTTAAAAACTTGCTAA
* * *
37823 AACAACATTTCATACTTTTAAAGCTTGACTCCAGCAGAAATGGCTTTGAAAGCAAAACATGAAAG
66 AACAACATTTCATACTTTTAAAGCTCGACTCCAGCAGAAATGG-TTTCAAAGCAAAACATAAAAG
* * * *
37888 C-TTCAAAAGCGTTGAGCTTTGAGTTTGTGCATAATGTATAAAAAACAAGTTAGC-CAATAGTTA
130 CTTTC-AAAGCATCGAGCTTTGAGTTTGTGCGTAATGTAT-AAAAACAAGTTAGCAC-ACAGTTA
* * *
37951 ATCGCATCAAGCGCCAATAATGACTTCACAAATGACATCCAAATATCAATAGCATCCCACAAATT
192 ATCGCATCAAGCGCCAATAACGATTTCACAAATGACATCCAAATATCAACAGCATCCCACAAATT
* *
38016 CCCTGGAGCACCCATCAATTCTCCTAAAAATGCATCTAAAGCAAAGAAGCATGAAAAATTAAAAC
257 CCCTGGAGCACCCATGAATTCTCCTAAAAATGCATCTAAAGCAAATAAGCATGAAAAATTAAAAC
* * * * ** *
38081 TGTGCAAATGGTTTTTATATCACAATTTGAGATT-TCGTAGATGGTTTTTATGCCTGTAGTTGTT
322 CGTGCAAATGGTTTTTATATCACAATTTGAAATTGT-GCAGACGGTTTTTATGCCCATAATTGTT
* * * **
38145 CATAAATGAAATTTTGATATTTTTAGCTCCAAACTCTTTCATGACTTGCACCTAACATTGTGAAA
386 CAGAAATGAAATTTTGATATTTTTAGCTCCAAAATCCTTCATGACTTGCACCTAACACCGTGAAA
* *
38210 AATTAAAACAAACGC
451 AATTAAAACCAATGC
* * *
38225 AGGTTATCAT-TTTTCTGTGTTTGAGCAAGTTTAAAACTCTTCATTTCCATTTAAAAACTTGCTC
1 AGGTTATCATGTTTT-TGTGTTTGAGCGAGTTTAAAACTATTCATTTCCATTTAAAAACTTGCTA
** * * *
38289 AAACAACATTTTGTACTTTTAAAGCTCTACTCCAGCATAAATGGTTTCCAAAGCAAAACTTAAAA
65 AAACAACATTTCATACTTTTAAAGCTCGACTCCAGCAGAAATGGTTT-CAAAGCAAAACATAAAA
* * * *
38354 AC-TTCAAAAGCATCGAGCTTTGAGTTTGTGTGTAATGTATAAAAACATGTTAGCACATAGTTAA
129 GCTTTC-AAAGCATCGAGCTTTGAGTTTGTGCGTAATGTATAAAAACAAGTTAGCACACAGTTAA
* * * * *
38418 TCGCATCATGCACCAATAACAATTTCACAAATGATATCCAAATATCAACAGCATCCCACAAAATC
193 TCGCATCAAGCGCCAATAACGATTTCACAAATGACATCCAAATATCAACAGCATCCCACAAATTC
* * * * * *
38483 CCTAGAGCACCGATGAATTCCCCTAAAAATGCATCTAAAGCAAAAAACCATGAAAAATTACAACC
258 CCTGGAGCACCCATGAATTCTCCTAAAAATGCATCTAAAGCAAATAAGCATGAAAAATTAAAACC
* * * * * **
38548 GTGCAAATGGCTTTTACATCAAAATTTGAAATTGTGCAGATGGATTTTATGCCCATAATTGTTGT
323 GTGCAAATGGTTTTTATATCACAATTTGAAATTGTGCAGACGGTTTTTATGCCCATAATTGTTCA
* * * * * * *
38613 GAAATTAAATTTTGGT-TTTTGTAGCTGCAAAATACTTTATGACTTGCCCCTAACACCGTGAAAT
388 GAAATGAAATTTTGATATTTT-TAGCTCCAAAATCCTTCATGACTTGCACCTAACACCGTGAAAA
*
38677 ATGAAAACCAATGC
452 ATTAAAACCAATGC
* * * * *
38691 AGGTTATCGTGTTTCTGTGTTTGAGCAAGTTTAAGACTATTCATTTTCATTTAAAAACTTGC-AA
1 AGGTTATCATGTTTTTGTGTTTGAGCGAGTTTAAAACTATTCATTTCCATTTAAAAACTTGCTAA
* * * * ** * * ** ** **
38755 ATGGTTTTTATATCACAATTT-AAAATTGTGTAGATGGTTTTTATGCCCATAAT--TATTCAGAA
66 A--------ACA--AC-ATTTCATACTTTTAAAGCTCGACTCCA-GCAGA-AATGGT-TTC--AA
*** * * * * * * ** ** *
38817 ATG-AAATTTTGATA-TTTTCAACGCCAAT--ATCCTTCATGACTTACACAT-AATACCATGAAT
115 A-GCAAAACATAAAAGCTTTCAAAG-C-ATCGA-GCTT--TGAGTT---TGTGCGTA--ATGTAT
* *** ** * ** * * * **
38877 AATTGAAACCAA-TGCAGGTTATCATGTTTCTGTGTTTTGAGTGAGTTTAA-AACTATGCATTTC
169 AA---AAA-CAAGT-TAGCACA-CA-GTTAAT-CG-CATCA-AGCG-CCAATAAC---G-ATTTC
* * * * ** * * * ** *
38940 AATTTAAAATCTTGCCAAAGCAAAATATCAA-AGC-T-TTA-AAA--ACGTCGAG---CTTTGAG
219 -A---CAAA---TG--ACATCCAAATATCAACAGCATCCCACAAATTCCCTGGAGCACCCATGAA
* ** * * * * * * * * * * **
38996 TT-T-GTATGTAACGTAT-AAAAACAAGTTAGCA--CACAGTTAATCGCACCAAGTG-ACAATCA
275 TTCTCCTA-AAAATGCATCTAAAGCAAATAAGCATGAAAAATTAA---AACC--GTGCA-AATGG
***** ** *** * * ** ** * * * * *
39055 ACAGCATCCCACAATTT--CCCTGAAGCA-TCAATGACTTCT-CCTAAAAATGCATCTAAAGCAA
333 TTTTTATATCACAATTTGAAATTG-TGCAGACGGT-TTTTATGCCCATAATTG--T-T-CAG-AA
*** * * * * * * * **
39116 AT-AAGCA-TGAAAAATTTTAATTG-TGC-AAATGGCTT--TTACAT-CACAATTTGAA-ATTGT
391 ATGAA--ATTTTGATATTTT--TAGCTCCAAAAT-CCTTCATGACTTGCAC---CT-AACACCGT
* ** ** ** *
39173 GTAGAGTTTTTATGCACAT-A
447 G-AAAAATTAAAACCA-ATGC
* * * * ** * * * * * *
39193 ATTGTTCATAAATGAAATTTTGATCTTTTGAGC---TCCAAAA-TCCTTGACTTACACTTAAAAC
1 A-GGTT-AT-CATG--TTTTTG-T-GTTTGAGCGAGTTTAAAACT-ATTCATTTCCATTTAAAAA
* * * *** * * * * * *
39254 CGTGAAAAACTAAAAACCATTGCAGGTTATCAT-GTTTTTGTGTTTGA-GCGAGTTTAAAACTAT
58 CTTG-----CT-AAAA-CA--ACA--TT-TCATACTTTTAAAGCTCGACTCCAG--CAGAA--A-
** **** * * * ** * ** *
39317 TCATTTCCATTTAAAAACTTGCCAAAAGAACGTTTCATA-CTTTTAACGC-TTGACTCCG-GTAG
106 TGGTTT-CAAAGCAAAACAT---AAAAG--C-TTTCAAAGC-ATCGA-GCTTTGAGTTTGTG-CG
* * ** ** * *
39379 AAATGGTTTTCAAAGCAAAACATAAAAGCTTAAAAAATGTCGAGCTTTGAGTTTGTGCGTAACGT
161 TAAT-G---T-ATA--AAAAC----AAG-TT-----A-G-C-A-C--ACAGTTAAT-CGCATC--
**** * * *
39444 ATAAAAACAAGTTAGCACAAAGTTAATCGCATGAAGCACCAATAACGATTTCCCAAATGACATCA
200 A-AGCGCCAA--TA--ACGAT--T--T--C----A-CA--AATGAC-A--T-CCAAAT---ATC-
* *
39509 AAGCATGAATAGCATCCCACGATTTCCCTGGAGCACCCATGAATTCTCCTAAAAATGCATC-AAT
239 AA-C------AGCATCCCACAAATTCCCTGGAGCACCCATGAATTCTCCTAAAAATGCATCTAA-
* * *
39573 CGCAAATAAGCATGAAAAATT-AAACCGTGCAAATGGTTTTTGTATCACAATTTTGAATTTGTGC
296 AGCAAATAAGCATGAAAAATTAAAACCGTGCAAATGGTTTTTATATCACAA-TTTGAAATTGTGC
* * * * * * *
39637 AAATGGTTTTAACGCCCATAATTGTTCAGAAACGAAATTTTGATATTTTCAGCTCCAATATCCTT
360 AGACGGTTTTTATGCCCATAATTGTTCAGAAATGAAATTTTGATATTTTTAGCTCCAAAATCCTT
* ** **
39702 CATAACTTATATTTAACACCGTGAAAAATTAAAACCAATGC
425 CATGACTTGCACCTAACACCGTGAAAAATTAAAACCAATGC
* * * * * *
39743 AGATTATCATATTTCTGT-TGTT-AACTGAGTTTAAAACAAGT-ACTTTCCATTTAAAAACTTGC
1 AGGTTATCATGTTTTTGTGT-TTGAGC-GAGTTTAAAACTATTCA-TTTCCATTTAAAAACTTGC
* * * * *
39805 TAAAACAACATTTCGTACTTTTAATGCTCAACTTCAGCAGAAATGGATTTCAAAGCATAACATAA
63 TAAAACAACATTTCATACTTTTAAAGCTCGACTCCAGCAGAAATGG-TTTCAAAGCAAAACATAA
* ** *** * * * * *
39870 TAGCTTAAAAAATGTCGAGCGTTGAGTTTGTGCGTCACGTATAAAAACAAGTTAGCACATAGATA
127 AAGCTTTCAAAGCATCGAGCTTTGAGTTTGTGCGTAATGTATAAAAACAAGTTAGCACACAGTTA
* * * * *
39935 ATCGCATCAAGTG-CATATAACAATTTCACAAATGACATCAAAATACCAACAGCATTTCC-CAAA
192 ATCGCATCAAGCGCCA-ATAACGATTTCACAAATGACATCCAAATATCAACAGCA-TCCCACAAA
* * * *
39998 TTCCCTAGAACACCCATGAATTATCCTAAAAATGCATCTAAAGCAAATAAGAATGAAAAATTAAA
255 TTCCCTGGAGCACCCATGAATTCTCCTAAAAATGCATCTAAAGCAAATAAGCATGAAAAATTAAA
* * * *** * *
40063 ACCGTGCAAATGGTTTTTGTATGACAATTTAAAATTGTGCAAATGAATTTTTTTTTGCCCAAAAT
320 ACCGTGCAAATGGTTTTTATATCACAATTTGAAATTGTGC--A-GACGGTTTTTATGCCCATAAT
* * * * * **
40128 TGCTCAGAAACGAAATTTTGATATTTTGAGCTCAAAAATCCTTCATGACTTGCACTTAAC-GTGT
382 TGTTCAGAAATGAAATTTTGATATTTTTAGCTCCAAAATCCTTCATGACTTGCACCTAACACCGT
40192 GAAAAATTAAAACCAATGC
447 GAAAAATTAAAACCAATGC
* *
40211 AGGTTATCATGTTTCTGTGTTTGAGCGAGTTTAAAACTATTCATTTTCATTTAAAAACTTGCTAA
1 AGGTTATCATGTTTTTGTGTTTGAGCGAGTTTAAAACTATTCATTTCCATTTAAAAACTTGCTAA
* * * * * *
40276 AACAACATTTCATACTTTTAAAGCTCTACTCTAGTAGAAATGATTTTCAAAGTAAAACATAAACG
66 AACAACATTTCATACTTTTAAAGCTCGACTCCAGCAGAAATG-GTTTCAAAGCAAAACATAAAAG
* * * *
40341 C-TTCAAAAACATCGAGCTTTGAGTTTGTGCATAAGGTATAAAAACAAGTTAGCACACAGTTAAC
130 CTTTC-AAAGCATCGAGCTTTGAGTTTGTGCGTAATGTATAAAAACAAGTTAGCACACAGTTAAT
* * *
40405 CGCATCAAGTGCCAATAACGGTTTCAAAAATGACAT-C------C-A-AGCATCCCACAAATTCC
194 CGCATCAAGCGCCAATAACGATTTCACAAATGACATCCAAATATCAACAGCATCCCACAAATTCC
*
40461 CTGGAGCACCCATGAATTCTCCTAAAAATGCATCTAAAGCAAATAAGCATTAAAAATTAAAACCG
259 CTGGAGCACCCATGAATTCTCCTAAAAATGCATCTAAAGCAAATAAGCATGAAAAATTAAAACCG
* * * * **
40526 TGCAAATGGTTTTTATATCAGAATTTGAAATTGTGCAAATGGTTTTTAAGCCCATAATTGTTTTG
324 TGCAAATGGTTTTTATATCACAATTTGAAATTGTGCAGACGGTTTTTATGCCCATAATTGTTCAG
* * ** * * **
40591 AAATTAAATTTTGATATTTTAAGCTCCAAAATCCTTCATGACTTATACTTAATACCAAGAAAAAT
389 AAATGAAATTTTGATATTTTTAGCTCCAAAATCCTTCATGACTTGCACCTAACACCGTGAAAAAT
*
40656 TAAAAACAATG-
454 TAAAACCAATGC
* * * * *
40667 TGAGTTATCATGTTTCTCTGTTTGAGCAAGTTTAAAAAATTGAATTCAATGTATTCATTTCCTTT
1 AG-GTTATCATGTTTTTGTGTTTGAGCGAGTTT----AA---AA--C----TATTCATTTCCATT
* * * *
40732 TAAAAACTTGCTAAAACAACATTCCATACTTTTAAAGCTCTACTCTAGCAGAAATGATTTTCAAA
52 TAAAAACTTGCTAAAACAACATTTCATACTTTTAAAGCTCGACTCCAGCAGAAATG-GTTTCAAA
* * *
40797 GCAAAACATAAAAGC-TTCAAAAACATCGAGCTTTGAGTTTGTGCATAAGGTATAAAAACAAGTT
116 GCAAAACATAAAAGCTTTC-AAAGCATCGAGCTTTGAGTTTGTGCGTAATGTATAAAAACAAGTT
* * *
40861 AGCACACAGTTAATCGCATCAAGTGCCAATAACGATTTCACAAATGACATCCAAGTATCAACAAC
180 AGCACACAGTTAATCGCATCAAGCGCCAATAACGATTTCACAAATGACATCCAAATATCAACAGC
* *
40926 ATCCCATAAATTCCCTGGAGCACCCATGAATTCTCCTAAAAATGCATCTAAAGCAAAT----ATT
245 ATCCCACAAATTCCCTGGAGCACCCATGAATTCTCCTAAAAATGCATCTAAAGCAAATAAGCATG
* * * *** *
40987 ACAAATTAAAACCATGCAAATGATTTTTATATCACAATTTGAAATTGCATAGATGGTTTTTATGC
310 AAAAATTAAAACCGTGCAAATGGTTTTTATATCACAATTTGAAATTGTGCAGACGGTTTTTATGC
* * * * * * **
41052 ACATAATTGTTTAGAAACGAAATTTTGATATTTTGAGCTCCAAAATCCTTTATGACTTACAGTTA
375 CCATAATTGTTCAGAAATGAAATTTTGATATTTTTAGCTCCAAAATCCTTCATGACTTGCACCTA
*
41117 ACACCGTGAAAAATTAAAACCATTGC
440 ACACCGTGAAAAATTAAAACCAATGC
* * *
41143 AGGTTATCATGTTTCTTCTGTGTTTGAGGGAGTTTAAACATTGGATTCAGTGTATTCATTTTCGT
1 AGGTTATCATG-TT-TT-TGTGTTTGAGCGAGTTT-AA-A----A--C----TATTCATTTCCAT
* * *
41208 TTAAAAACTTGCTAAAACAACATTTCATGCTTTTAAAGCTCAACTCCACCAGAAATGGTTTTCAA
51 TTAAAAACTTGCTAAAACAACATTTCATACTTTTAAAGCTCGACTCCAGCAGAAATGG-TTTCAA
* * * * * * *
41273 AGCAAAATAGAAAAAGC-TTCAAAAACGTCGAGCTTTGAGTTTGTGCATAAGGTACAAAAACAAG
115 AGCAAAACA-TAAAAGCTTTC-AAAGCATCGAGCTTTGAGTTTGTGCGTAATGTATAAAAACAAG
* * * * * *
41337 TTAGCACATAGTTAACCGCCTCAAGTGCCAATAATGATTTCACAAATGACAACCAAATATCAACA
178 TTAGCACACAGTTAATCGCATCAAGCGCCAATAACGATTTCACAAATGACATCCAAATATCAACA
* * * *
41402 GCATCCCACAAATTCCCTAGAGCACACATGAATTCCCCTAAAAATGCATATAAAGCAAATAAGCA
243 GCATCCCACAAATTCCCTGGAGCACCCATGAATTCTCCTAAAAATGCATCTAAAGCAAATAAGCA
* * * * * *
41467 TGAAAATTTAAGACCGTGCAAATGGTTTTTATGTCCATAATTGTTTAGAAGCGAAATT-TTCATA
308 TGAAAAATTAAAACCGTGCAAATGGTTTTTATAT-CACAA---TTT------GAAATTGTGCAGA
* * * ** ** * * *** **** * *
41531 ---TTTTGA-GCATCAAAATCCTTCATGACTTCAACTTAACATAGTGAAAAACT--AAGA-CC--
363 CGGTTTTTATGC-CCATAATTGTTCA-GAAATGAAATTTTGATA-TTTTTAGCTCCAAAATCCTT
* * * ** ****** **
41587 AATGCAGGTTATCATGTTTTTGTGTTTGAGCAAGTTTAAAA-C-AT-C
425 CATG-A-CTT-GCACCTAACACCG--TGA--AAAATTAAAACCAATGC
* * * ** * * * **
41632 A-GAT-TCAACG-TATT-CATTT---CCA-TTTAAAAGCT-TGC---T-AAAAT-AAAA-TT--T
1 AGGTTATC-ATGTTTTTGTGTTTGAGCGAGTTTAAAA-CTATTCATTTCCATTTAAAAACTTGCT
* * ** * * ** * ** *** *
41680 ----CATAC-TTTTAAAGC-TCGACA-CTC-A---CAG-AAATGGT-TTTCAAAGCAAAACATA-
64 AAAACA-ACATTTCATA-CTTTTAAAGCTCGACTCCAGCAGA-AATGGTTTCAAAGCAAA-ACAT
* ** * * * ** * * * *
41731 AAATGCTTCAAAAACGTTGAGGATTGAGTTTGTACGAAATGTATAAAAACATGTTAGCACACAGA
125 AAAAGCTTTCAAAGCATCGAGCTTTGAGTTTGTGCGTAATGTATAAAAACAAGTTAGCACACAGT
* * ** *
41796 CAATCCCATCAAGCG-CAGATAACGATTTCACAAAAAACATCCAAATATCAACAACATCCCACAA
190 TAATCGCATCAAGCGCCA-ATAACGATTTCACAAATGACATCCAAATATCAACAGCATCCCACAA
* * * * *
41860 ATTCCCTAGAGCACCCATCAATTCCCCTAAAAATGCATCTAAAGGAAATAAGCATAAAAAATTAA
254 ATTCCCTGGAGCACCCATGAATTCTCCTAAAAATGCATCTAAAGCAAATAAGCATGAAAAATTAA
* * ** *
41925 AACCGTGCAAATGGTTTTTATATCACAATTTGAAATTGTGTAGATGGGATTTACGCCCATAATT-
319 AACCGTGCAAATGGTTTTTATATCACAATTTGAAATTGTGCAGACGGTTTTTATGCCCATAATTG
* ** *
41989 TTCAAGAAACGAAATTTTGATATTTTGGGCACCAAAA----TC----CTT-CA--T------G-G
384 TTC-AGAAATGAAATTTTGATATTTTTAGCTCCAAAATCCTTCATGACTTGCACCTAACACCGTG
42036 -AAAATTAAAACCAATGC
448 AAAAATTAAAACCAATGC
* * * * *
42053 AGGATT-TCATGTTTCTGTG-ATGACCGAGTTTAAAACTATTCATTTTCATTTAAAAACTTTCTA
1 AGG-TTATCATGTTTTTGTGTTTGAGCGAGTTTAAAACTATTCATTTCCATTTAAAAACTTGCTA
* * * *
42116 AAACAACATTTCATACTTTTAAAGCTCGACTACAGCATAAATGGTTTCCAAAGCAACACGTAAAA
65 AAACAACATTTCATACTTTTAAAGCTCGACTCCAGCAGAAATGGTTT-CAAAGCAAAACATAAAA
*
42181 GC-TTCAAAAGCGTCGAGCTTTGAGTTTGTGCGTAATGTATAAAAACAAGTTAGCACACAGTTAA
129 GCTTTC-AAAGCATCGAGCTTTGAGTTTGTGCGTAATGTATAAAAACAAGTTAGCACACAGTTAA
* * * * * *
42245 TCGCATTAAGGGCCAATAACAATTTCACAAATCACATCCAAATATCAAGAACATCCCACAAATTC
193 TCGCATCAAGCGCCAATAACGATTTCACAAATGACATCCAAATATCAACAGCATCCCACAAATTC
* * * * * *
42310 CCTGGAGCACCAATGAATTCTCCTAAAAATTCAGCTGAAGCAAATGAGCATGAAAAATTAAAATC
258 CCTGGAGCACCCATGAATTCTCCTAAAAATGCATCTAAAGCAAATAAGCATGAAAAATTAAAACC
* * * * *
42375 ATGCAAATGGTTTTTATATCACAATTTGAAATTGTGCATATGGTTTTTCTGCCCATAATTGGTCA
323 GTGCAAATGGTTTTTATATCACAATTTGAAATTGTGCAGACGGTTTTTATGCCCATAATTGTTCA
* * * *
42440 GGAATGAAATTTTAATTTTTTTAACTCC-AAA------AT-ACTT-CA--T------G-G-AAAA
388 GAAATGAAATTTTGATATTTTTAGCTCCAAAATCCTTCATGACTTGCACCTAACACCGTGAAAAA
*
42486 TTAAAACCAACGC
453 TTAAAACCAATGC
* * * * * * *
42499 AGGTTTTTCACGTTTCTGTG-ATGACCGATTTTAAAACTATTCATTTCCATTTAAAAACTTTCTA
1 AGG-TTATCATGTTTTTGTGTTTGAGCGAGTTTAAAACTATTCATTTCCATTTAAAAACTTGCTA
* * * * **
42563 AAACAACATTTCATACTTTTAAAGCTTGACTACAGCATAAATGGTTTCCAAAGCAGAATGTAAAA
65 AAACAACATTTCATACTTTTAAAGCTCGACTCCAGCAGAAATGGTTT-CAAAGCAAAACATAAAA
* *
42628 GC-TTCAAAAGCGTCGAGCTTTGAGTTTGTGTGTAATGTATAAAAACAAGTTAGCACACAGTTAA
129 GCTTTC-AAAGCATCGAGCTTTGAGTTTGTGCGTAATGTATAAAAACAAGTTAGCACACAGTTAA
* *
42692 TCGCATCAAGCTCCAATAACGATTTCACAAATGACATACAAATATCAACAGCATCCCACAAATTC
193 TCGCATCAAGCGCCAATAACGATTTCACAAATGACATCCAAATATCAACAGCATCCCACAAATTC
* ** *
42757 CCTGGAGCACCCATGAATTCTCCTGAAAATATATCTAAAGCAAATAAGCATGAAAAATTAGAACC
258 CCTGGAGCACCCATGAATTCTCCTAAAAATGCATCTAAAGCAAATAAGCATGAAAAATTAAAACC
** * *
42822 GTGCAAATGGTTTTTATATCACAATTTGAAATTGTGCAGATTGTTCTGTGATGCCCATAATTCTT
323 GTGCAAATGGTTTTTATATCACAATTTGAAATTGTGCAGACGGTT-T-TTATGCCCATAATTGTT
* * * * * * ** *
42887 CTGAAATGAAATTTTCAAATTTTCAGCTCCAAATTCCTTCATGACTTACAGTTAACACCGTGAGA
386 CAGAAATGAAATTTTGATATTTTTAGCTCCAAAATCCTTCATGACTTGCACCTAACACCGTGAAA
42952 AATTAAAACCAATGC
451 AATTAAAACCAATGC
* * * * ** * *
42967 AGGTTATCATGTTTCTGCGATTGAGTGAGTTTAAAACTATTCATTTTTATTTAAAAAATTTCTAA
1 AGGTTATCATGTTTTTGTGTTTGAGCGAGTTTAAAACTATTCATTTCCATTTAAAAACTTGCTAA
* * * *
43032 AACAACAGTTCATACTTTTAAAGCTCGACTACAACATAAATGGTTTCCAAAGCAAAACATAAAAG
66 AACAACATTTCATACTTTTAAAGCTCGACTCCAGCAGAAATGGTTT-CAAAGCAAAACATAAAAG
43097 C-TTCAAA--ATCGACAAGCTTTGAGTTTGTGCGTAATGTATAAAAACAAGTTAGCACACAGTTA
130 CTTTCAAAGCATCG---AGCTTTGAGTTTGTGCGTAATGTATAAAAACAAGTTAGCACACAGTTA
* * *
43159 ATCGCATCAAGCGCAAATAACAATTTCACAAATGACATCCAAATATCAATAGCAT-CCACAAATT
192 ATCGCATCAAGCGCCAATAACGATTTCACAAATGACATCCAAATATCAACAGCATCCCACAAATT
* * * * * *
43223 CCCTGGAACACCCATGAATTCTCC-AAAAATTTCAGCTGATGCAAATAAGCATGAAAAATTAAAC
257 CCCTGGAGCACCCATGAATTCTCCTAAAAA-TGCATCTAAAGCAAATAAGCATGAAAAATTAAAA
* * * * * *
43287 CCGTGTAAATGGTTTTTATATCACATTTTGAGATTGTTCAAATGGTTTTTATGCCCATAATTGCT
321 CCGTGCAAATGGTTTTTATATCACAATTTGAAATTGTGCAGACGGTTTTTATGCCCATAATTG-T
* * * * *
43352 T-AGAAATGAAATTTTGATTTTTTTAACTCCAAAATACTTCATGACTTGCACCTAACATCATGAA
385 TCAGAAATGAAATTTTGATATTTTTAGCTCCAAAATCCTTCATGACTTGCACCTAACACCGTGAA
43416 AAATTAAAACCAATGC
450 AAATTAAAACCAATGC
* * * * * * *
43432 AGGTTATCATGTTTCTGTGATTGAGTGAGTTTAAAACTCTTCAGTTCCATTTAAAACCTTTCTAA
1 AGGTTATCATGTTTTTGTGTTTGAGCGAGTTTAAAACTATTCATTTCCATTTAAAAACTTGCTAA
* * * *
43497 AACAACATGTCATATTTTTTAAAGCTCGACTACAGCATAAATGGTTTCCAAAGCAAAACATAAAA
66 AACAACATTTCATA-CTTTTAAAGCTCGACTCCAGCAGAAATGGTTT-CAAAGCAAAACATAAAA
* *
43562 G-TTTCAAAAGCGTCGAGCTTTGAGTTTGTGCGTAATGTATAAAAACAAGTTAGCACAAAGTTAA
129 GCTTTC-AAAGCATCGAGCTTTGAGTTTGTGCGTAATGTATAAAAACAAGTTAGCACACAGTTAA
* * * *
43626 TCGCATCAAGCTCCAATAACAATTTCACAAATGACGTCCAAATATCAACAACATCCCACAAATTC
193 TCGCATCAAGCGCCAATAACGATTTCACAAATGACATCCAAATATCAACAGCATCCCACAAATTC
* * * *
43691 CCTGGAGCACCCATGAATTCTCCTAAAAATTCAGCTGAAGCAAATAAGAATGAAAAATTAAAACC
258 CCTGGAGCACCCATGAATTCTCCTAAAAATGCATCTAAAGCAAATAAGCATGAAAAATTAAAACC
* * * *
43756 GTGCAAATGGTTTTTATATCACAATTTGAGATTGTGCATATGGTTTTTATGCCCATAATTGTTTA
323 GTGCAAATGGTTTTTATATCACAATTTGAAATTGTGCAGACGGTTTTTATGCCCATAATTGTTCA
* * * * *
43821 GAAATGAAATTTTCATTTTTTTAACTCCAAAATACTTCATGACTTGCAGC-AACACCGTGAAAAA
388 GAAATGAAATTTTGATATTTTTAGCTCCAAAATCCTTCATGACTTGCACCTAACACCGTGAAAAA
*
43885 TTAAAACCAACGC
453 TTAAAACCAATGC
** * * * * * ** *
43898 AATTTTTAATGTTTTTGTG-ATGATCAAGTTTAAAACTATTCATTTCCATAGAAAAACTTTCTAA
1 AGGTTATCATGTTTTTGTGTTTGAGCGAGTTTAAAACTATTCATTTCCATTTAAAAACTTGCTAA
* * * * * * * *
43962 AACAACATTTCATACTTTTAAAGTTCGGCTACAGGATAAATGGTTTCCAAACCAACACGTAAAAG
66 AACAACATTTCATACTTTTAAAGCTCGACTCCAGCAGAAATGGTTT-CAAAGCAAAACATAAAAG
* * *
44027 C-CTCAAAGCGTCGAGCTTTGAGTTTGTGCATAATGTATAAAAACAAGTTAGCACACAGTTAATC
130 CTTTCAAAGCATCGAGCTTTGAGTTTGTGCGTAATGTATAAAAACAAGTTAGCACACAGTTAATC
* * * * *
44091 GCATCAAGCTCCAATAATGGTTTCACAAATGACATCCAAATATTAACAGCATCCCACAAATTACC
195 GCATCAAGCGCCAATAACGATTTCACAAATGACATCCAAATATCAACAGCATCCCACAAATTCCC
* * *
44156 TGGAGCACCCATTAATTCTCCTAAAAATACATCTAAAGCAAATAAGCATTAAAAATTAAAACCGT
260 TGGAGCACCCATGAATTCTCCTAAAAATGCATCTAAAGCAAATAAGCATGAAAAATTAAAACCGT
* * * * *
44221 GCAAATGGTTTTTATATCA-AATTTTGAAATT-TAGCGGATGGTTCTTATGCCAATAATTGTTCT
325 GCAAATGGTTTTTATATCACAA-TTTGAAATTGT-GCAGACGGTTTTTATGCCCATAATTGTTCA
* * * * * * * *
44284 GAAATGAAATTTTCAAATTTTCAGCTCCAAATTCCTTTATGACTTACACTTAACACCGTGAGAAA
388 GAAATGAAATTTTGATATTTTTAGCTCCAAAATCCTTCATGACTTGCACCTAACACCGTGAAAAA
*
44349 TTAAAACCAATGT
453 TTAAAACCAATGC
* * * ** *
44362 AGGTTATCATGTTTCTGTGATTGAGGGAGTTTAAAACTATTCATTTTTATTTAAAAACTTTCTAA
1 AGGTTATCATGTTTTTGTGTTTGAGCGAGTTTAAAACTATTCATTTCCATTTAAAAACTTGCTAA
* *
44427 AACAACATTTCATACTTTTAAAGCTCGACTACAGCATAAATGGTTTCCAAAGCAAAACATAAAAG
66 AACAACATTTCATACTTTTAAAGCTCGACTCCAGCAGAAATGGTTT-CAAAGCAAAACATAAAAG
* * * **
44492 -TTTCAAAACCGTCGAGTTTTGAGTTTGTGCGTAATGTATAAAGCCAAGTTAGCACACAGTTAAT
130 CTTTC-AAAGCATCGAGCTTTGAGTTTGTGCGTAATGTATAAAAACAAGTTAGCACACAGTTAAT
* * * * *
44556 CGCATCAAGCGCAAAAAACAATTTCATAAATGACATCCAAATATCAACAGCATCCTACAAATTCC
194 CGCATCAAGCGCCAATAACGATTTCACAAATGACATCCAAATATCAACAGCATCCCACAAATTCC
* * * * * * * * *
44621 CTGAAGCACGCATCAATTCTCC-AAAAATTTCAGCTGATGCAAATAAGTATGAAAAACTAAAACC
259 CTGGAGCACCCATGAATTCTCCTAAAAA-TGCATCTAAAGCAAATAAGCATGAAAAATTAAAACC
* * * * * * * *
44685 ATGCAAATGGTTTTTATATCACAATTTGAGATCGCGCAGATGGTTTTTAAGCTCATAATTGTTTA
323 GTGCAAATGGTTTTTATATCACAATTTGAAATTGTGCAGACGGTTTTTATGCCCATAATTGTTCA
* * * * *
44750 GAAATAAAATTTTGATTTTTTTAACT-TAAAATACTTCATGACTTGCACCTAACACCGTGAAAAA
388 GAAATGAAATTTTGATATTTTTAGCTCCAAAATCCTTCATGACTTGCACCTAACACCGTGAAAAA
* **
44814 TTAAAAGCAACAC
453 TTAAAACCAATGC
* * * * *
44827 AGGTTTTCATGTTTCTATG-ATGACCGAGTTTAAAACTATTCATTTCCATTTAAAAACTTGCTAA
1 AGGTTATCATGTTTTTGTGTTTGAGCGAGTTTAAAACTATTCATTTCCATTTAAAAACTTGCTAA
* * * * * * * *
44891 AGCAACATTTTATACTTTTAAGGCTCGACTACAGCATAAATGGTTTCCAAACCAACACGTAAAAG
66 AACAACATTTCATACTTTTAAAGCTCGACTCCAGCAGAAATGGTTT-CAAAGCAAAACATAAAAG
* * * *
44956 C-TTCAAAAGCGTCGGGCTTTCAGTTTGTGCGTAATGTATAAAAGCAAGTTAGCACACAGTTAAT
130 CTTTC-AAAGCATCGAGCTTTGAGTTTGTGCGTAATGTATAAAAACAAGTTAGCACACAGTTAAT
* *
45020 CGCATCAAGCTCCAATAACTATTTCACAAATGACATCCAAATATCAACAGCATCCCACAAATTCC
194 CGCATCAAGCGCCAATAACGATTTCACAAATGACATCCAAATATCAACAGCATCCCACAAATTCC
* * **
45085 ATGGAGCACCCATGAATTCTCCTAAAAATACATCTAAAGCAAATAAGCATGAAAAATTAAAATTG
259 CTGGAGCACCCATGAATTCTCCTAAAAATGCATCTAAAGCAAATAAGCATGAAAAATTAAAACCG
*** * * *
45150 TGCAAATGGTTTTTATATCATTTTTTTGAAAATTGTGCAGATGGTTCTTATGCCCATAATTGTTT
324 TGCAAATGGTTTTTATATCA-CAATTTG-AAATTGTGCAGACGGTTTTTATGCCCATAATTGTTC
* * * * * * *
45215 AGAAATAAAATTCTCATATTTTTAGCTCCAAATTCCTTCATGACTTACACTTAACACCGTGAGAA
387 AGAAATGAAATTTTGATATTTTTAGCTCCAAAATCCTTCATGACTTGCACCTAACACCGTGAAAA
45280 ATTAAAACCAATGC
452 ATTAAAACCAATGC
* * * * *
45294 AGGTTATCATGTTTCTGTGATTGAGGGAGTTTAAAACTATTCATTTCCATTTAACAACATGCTAA
1 AGGTTATCATGTTTTTGTGTTTGAGCGAGTTTAAAACTATTCATTTCCATTTAAAAACTTGCTAA
* * *
45359 AACAGCATTTCATACTTTTAAAGCTCAACTCCAGCAAAAATGGTTTTCAAAGCAAAACATAAAAG
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* * * * *
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130 CTTTC-AAAGCATCGAGCTTTGAGTTTGTGCGTAATGTATAAAAACAAGTTAGCACACAGTTAAT
* * * * *
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194 CGCATCAAGCGCCAATAACGATTTCACAAATGACATCCAAATATCAACAGCATCCCACAAATTCC
* * * * *
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* * ** * *
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* * * **
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* * * * *
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*
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* * * ** * *
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130 CTTTCAAAGCATCGAGCTTTGAGTTTGTGCGTAATGTATAAAAACAAGTTAGCACACAGTTAATC
*
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ATGAAATTTTGATATTTTTAGCTCCAAAATCCTTCATGACTTGCACCTAACACCGTGAAAAATTA
AAACCAATGC
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* * **
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* * ** * * * * *
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* * *
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130 GAAAACCAATGCAGGTTATCATGTTTCTGTGTTTTGAGCAAGTTTAAAACTATGCA-TTTCAATT
38742 TAAAAACT
194 TAAAAACT
* * * * *
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* * *
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66 AAATGAAATTTTGAT-TTTTCAAGCG-CAAAATACTTCATGACTTACACATAACACCATGAAAT-
**
38878 ATTG-AAACCAATGCAGGTTATCATGTTTCTGTGTTTTGAGTGAGTTTAAAACTATGCATTTCAA
128 A-TGAAAACCAATGCAGGTTATCATGTTTCTGTGTTTTGAGCAAGTTTAAAACTATGCATTTCAA
*
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AAAACT
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68084 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
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AT
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1 ATAATAATAATAATAATAATTCCATTGCTACCATT
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1 AT
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Statistics
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* * * * *
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*
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* * *
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* * * *
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131 TCTGATTATATTACTT
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TCTGATTATATTACTTGTCATTCTATAAACACT
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* *
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84444 TTAAATTAAATTTAAAATT
1 TTAAATTAAATTTAAAATT
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TTAAATTAAATTTAAAATT
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84709 ACTATCGGAA
**
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*
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Statistics
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* * *
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*
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Indices: 86220--86276 Score: 55
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Statistics
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Done.