Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019168426.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_64, whole genome shotgun sequence
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578 TTTAAAAATA
588 ATTAATAATAAT-TT
1 ATTAATAATAATATT
*
602 ATTTAATAATTATATT
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626 CTAACAATAA
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ATTAATAATAATATT
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685 ATATAAATTA
695 TAAAATAACTTATAT
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710 TAAAATAACTTATAT
1 TAAAATAACTTATAT
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1 TA
727 TATTCAAAAA
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TAAAATAACTTATAT
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943 GATCAAGTTG
953 AAATAGTTATGACTTTCTAAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGACATTTTGTTTTGTCATAA
1 AAATAGTTATGACTTTCTAAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGACATTTTGTTTTGTCATAA
* * * * *
1018 AACAATTGGTTCTGTTCATACAAGCGTATTTTGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTCAA
66 AACAATTAGTTCTCTTCAAACAAGCGTATTTGGAATAAAATAATATAAATTAATTAATA-TTCAA
* * *
1083 AAATTAATAAGTATAA-TTTTAGAAAATAAAAGCTATTTTCTGAACATATTC
130 AAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAAGCTATTTTCTGAACATATTC
* *
1134 AAATAGTTATGACTATT-TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCA-TTTGTTTTGTCAT
1 AAATAGTTATGACT-TTCTAAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGA-CATTTTGTTTTGTCAT
* * * *
1197 AAACCAATTATTTCTCTTCAAACAAGCTTATTTGGAATAAAATAAT-TCTAATTAATTAATATTC
64 AAAACAATTAGTTCTCTTCAAACAAGCGTATTTGGAATAAAATAATAT-AAATTAATTAATATTC
*
1261 TAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA
128 AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA
1294 TTTATTTACT
Statistics
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AAATAGTTATGACTTTCTAAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGACATTTTGTTTTGTCATAA
AACAATTAGTTCTCTTCAAACAAGCGTATTTGGAATAAAATAATATAAATTAATTAATATTCAAA
AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAAGCTATTTTCTGAACATATTC
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1174 ATTATGACCA
* * * *
1184 TTTGTTTTGTCATAAACCAATTATTTCTCTTCAAACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATTCTAAT
1 TTTGTTTCGTCATAAAACAATTATTTCTATTCAAACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAAT
* * * *
1249 -TAATTAATATTCT-AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTA-TTTACT-TAGTAA
66 AT-ATTAACATTCTAAAAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAA-TTAGTTTACTGAACT-A
1310 GTTCAAATAGTTATGATTT
128 GTTCAAATAGTTATGATTT
* * * * *
1329 TTTGTTTCGTTATAAAACAATTGTTTCTATTCACACAAGTTTATTTGGCATAAAATAATACTAAT
1 TTTGTTTCGTCATAAAACAATTATTTCTATTCAAACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAAT
* ** *
1394 ATTTTAACATTCTAAAAATTAATAAATTGAAGATTTAAAAAATTAATTAGTTTACTGAACTAGTT
66 ATATTAACATTCTAAAAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATTAGTTTACTGAACTAGTT
1459 CAAATAGT
131 CAAATAGT
1467 CATGTCCATT
Statistics
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TTTGTTTCGTCATAAAACAATTATTTCTATTCAAACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAAT
ATATTAACATTCTAAAAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATTAGTTTACTGAACTAGTT
CAAATAGTTATGATTT
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2440 AATACAAATA
2450 AATCTAATTATTT
1 AATCTAATTATTT
2463 AATCTAATTATT
1 AATCTAATTATT
2475 AAATAAATTA
Statistics
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1.00 0.00 0.00
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13 12 1.00
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AATCTAATTATTT
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2638 TATCAAAATA
2648 AAAATAATTAATT
1 AAAATAATTAATT
*
2661 AAAATAATTATTT
1 AAAATAATTAATT
*
2674 AATACTAATT-ATT
1 AA-AATAATTAATT
2687 AAATATAA
1 AAA-ATAA
2695 CAAACAATTA
Statistics
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AAAATAATTAATT
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3479 CATGAATAAT
3489 TTAATAA-ATTATTA
1 TTAATAATATTATTA
3503 -TAATTAA-A-TATTA
1 TTAA-TAATATTATTA
3516 TTAATAATATT-TTA
1 TTAATAATATTATTA
* *
3530 TGAATCATATTAATTA
1 TTAATAATATT-ATTA
3546 TT-ATAATATGTAATTA
1 TTAATAATAT-T-ATTA
*
3562 -TAATTGTATATTATATA
1 TTAA-T-AATATTAT-TA
3579 TTATATAATAATTATTTA
1 TTA-ATAAT-ATTA-TTA
3597 TTATATAAT
1 TTA-ATAAT
3606 TTAATTGGAC
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TTAATAATATTATTA
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3534 TCATATTAAT
3544 TATTATAATATGTA
1 TATTATAAT-TGTA
3558 -ATTATAATTGTA
1 TATTATAATTGTA
3570 TATTATA
1 TATTATA
3577 TATTATATAA
Statistics
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12 4 0.22
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TATTATAATTGTA
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3534 TCATATTAAT
* *
3544 TATTATAATATGTAATTATAATTGTA
1 TATTAT-ATATGTAATAATAATTATA
*
3570 TATTATATAT-TATATAATAATTATT
1 TATTATATATGTA-ATAATAATTATA
3595 TATTATATA
1 TATTATATA
3604 ATTTAATTGG
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TATTATATATGTAATAATAATTATA
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3561 ATAATTGTAT
3571 ATTATATATTATATAATA
1 ATTATATATTATATAATA
*
3589 ATTATTTATTATATAAT
1 ATTATATATTATATAAT
3606 TTAATTGGAC
Statistics
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18 16 1.00
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ATTATATATTATATAATA
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3648 ATTGTTTGAC
3658 AATAATAGTTAAT
1 AATAATA-TTAAT
3671 AA-AATATTAAT
1 AATAATATTAAT
3682 AATAACTATTAACT
1 AATAA-TATTAA-T
*
3696 ATTAATATT-AT
1 AATAATATTAAT
3707 AAT
1 AAT
3710 TAAAATTATT
Statistics
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AATAATATTAAT
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3729 TATATTTAAA
** *
3739 TTTTACTCATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAACTTGTATA
1 TTTTACTCATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTACCTTATTCTGAATAAACTTGCATA
* * * *
3804 AATAGAAATAATTGTTTTATGATAAAATAAAATATCATAACTATTTCAAATAAATAATTATTCAA
66 AACAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAATATCATAACTATTTCAAATAAATAAGTATTCAA
*
3869 ACAGTCATAACTATTTGAGCTTACTTGGTAAACAGATT-TATTTTTTAAAATC
131 ACAGTCATAACTATTTGAACTTACTTGGTAAACAGATTCTATTTTTTAAAATC
* *
3921 TTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTTA-TATTACCTTATT-TGAAATAAATTTGCA
1 TTTTACTCATTAATTTTTAGAATATTAATAAA-TTAGTATTACCTTATTCTG-AATAAACTTGCA
* * * * * * * * *
3984 TGAACAGAACCAATTGTTTTTTGATAAAACAAAATGTTATAA-TGTTTTGAAATAGATAAGTGTT
64 TAAACAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAATATCATAACT-ATTTCAAATAAATAAGTATT
* * * * ** * * *
4048 TAGATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTCT-TTTTTTTAATTC
128 CAAACAGTCATAACTATTTGAACTTACTTGGTAAACAGATTCTATTTTTTAAAATC
* * * *
4103 TCTTACTCTTTAATTTTCAAAATATT
1 TTTTACTCATTAATTTTTAGAATATT
4129 TTATTTTGAA
Statistics
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0.81 0.16 0.04
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181 3 0.02
182 164 0.96
183 4 0.02
ACGTcount: A:0.38, C:0.08, G:0.08, T:0.45
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TTTTACTCATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTACCTTATTCTGAATAAACTTGCATA
AACAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAATATCATAACTATTTCAAATAAATAAGTATTCAA
ACAGTCATAACTATTTGAACTTACTTGGTAAACAGATTCTATTTTTTAAAATC
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4219 GTTAAATCTC
* * * * * ***
4229 TTATTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTCTTTTATTTTGAAAAAGCTTGTCTGTTGAAA
1 TTATTAATTCTTGAAATATTAATAAAATAATATTATTGTATTTTGAAAAAGCTTGTATGAACAAA
* * * *
4294 AACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTAAAATAGATAGTTGTTTAAATGGCC
66 AACAATTGTTATATAACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTAAAATAGATAATTGTTGAAATAGCC
* * *
4359 ATGATTATTTGAACTAATTCAGTAAATTGGTTTTATTTTTTAAATCTCTTAT
131 ATAATTATTTGAACTAATTCAGTAAA-TAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAT
* * * * *
4411 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAATAATATTATTGTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACTAA
1 TTATTAATTCTTGAAATATTAATAAAATAATATTATTGTATTTTGAAAAAGCTTGTATGAACAAA
* * * * *
4476 AATAATTGTTATATGACAAAACAAATGGTCAA-AATGATTTTAAATAGATAATTGTTGAAATAGT
66 AACAATTGTTATATAACAAAACAAAAGGT-AATAATGATTTAAAATAGATAATTGTTGAAATAGC
** * *
4540 CATAATTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTCAA-CTCTCAT
130 CATAATTATTTGAACTAATTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAT
4591 GCTTATTAATTCCTTGAA
1 --TTATTAATT-CTTGAA
4609 TGTCAATAAA
Statistics
Matches: 164, Mismatches: 30, Indels: 7
0.82 0.15 0.03
Matches are distributed among these distances:
180 6 0.04
181 14 0.09
182 137 0.84
183 7 0.04
ACGTcount: A:0.38, C:0.07, G:0.11, T:0.43
Consensus pattern (181 bp):
TTATTAATTCTTGAAATATTAATAAAATAATATTATTGTATTTTGAAAAAGCTTGTATGAACAAA
AACAATTGTTATATAACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTAAAATAGATAATTGTTGAAATAGCC
ATAATTATTTGAACTAATTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAT
Found at i:32706 original size:479 final size:478
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Period size: 479 Copynumber: 15.6 Consensus size: 478
31793 CTGTTATTCT
* * *
31803 TTGGTGCTTGATGCGATTAACTGTGTGCTAACTTATTTTTATATATTATGCACAATCTCAAAGC-
1 TTGGCGCTTGATGCGATTAACTGTGTGCTAACTTGTTTTTATATATTATGCACAAACTCAAAGCT
* * *
31867 CTAATGTTTTTGAAGCTTTTATGTTTTGCTTTGAAAATCATTTCTGTTGAAGCCGAGCTTTAAAA
66 C-AATGTTTTTGAAGCTTTTATGTTTTGCTTTGAAAACCATTTCTGCTGGAGCCGAGCTTTAAAA
31932 GTATGAAATATTGTTTTAGCAAGTTTTCAAATGAAAAT-AGATATCTTGAATCCAAT-CGTTTAA
130 GTATGAAATATTGTTTTAGCAAGTTTTCAAATGAAAATGA-ATATCTTGAATCCAATGC-TTTAA
* * * * * *
31995 ACTTGCTCAAACAAAAAAACATAATAACTTGCATTAGTTTTAATTTTTCACAATCTTAAGTGTAA
193 ACTTGCTCAAACACAGAAACATGATAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCACAGTGTTAAGTGTAA
* * *
32060 GTTATGAAGGATTTTGCAACTTAAAATATCAAAATTTCGTTTCTGAACAATTACGGGCATCAAAA
258 GTTATGAAGGATTCTG-AGCTTAAAATATCAAAATTTCGTTTCTGAACAATTATGGGCATCAAAA
* * *
32125 CCAT-TAGCCCAATTTCAAATTGTGATATAAAAGCCATTTGCATGATTTTAATTTTTCATACTAA
322 CCATCT-GCACAATTTCAAATTGTGATATAAAAACCATTTGCATGATTTTAATTTTTCATACTTA
* *
32189 TTTGCTTTAGATGCATTTTCACGAGGATTCATAAATGCTCCAGGGAATTCGCAGGATGTTGTTGA
386 TTTGCTTTAGATGCATTTTCAGGAGGATTCATGAATGCTCCAGGGAATTCGCAGGATGTTGTTGA
* *
32254 TGTTTGGATGTCATTTGTGAAATCATTG
451 TATTTGGATGTCATTTGTGAAATCGTTG
* * * *
32282 TTGGTGCTTGATGCGATTAACTGTGTGCTAACTTATTTTTATATATTATGCACAATCTCAAAGCC
1 TTGGCGCTTGATGCGATTAACTGTGTGCTAACTTGTTTTTATATATTATGCACAAACTCAAAGCT
* * * *
32347 CAATGTTTTTGAAGCTTTTATGTTTTGCATTGAAAAACATTTCTGTTGGAGCTGAGCTTTAAAAG
66 CAATGTTTTTGAAGCTTTTATGTTTTGCTTTGAAAACCATTTCTGCTGGAGCCGAGCTTTAAAAG
* *
32412 TATGAAATATTGTTTTAGCAAGTTTTCAAATGAAAAT-AGATATCTTGAATCCAATCCTTTAGAC
131 TATGAAATATTGTTTTAGCAAGTTTTCAAATGAAAATGA-ATATCTTGAATCCAATGCTTTAAAC
* * * *
32476 TTGCTCAAACACAGAAACATAATAACTTGCATTAGTTTTAATTTTTCACAATCTTAAGTGTAAGT
195 TTGCTCAAACACAGAAACATGATAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCACAGTGTTAAGTGTAAGT
* * * *
32541 TATGAAGGATTCTGCAACTTAAAATATCAAAAATTCGTTTCTGAACAATTACGGGCATTAAAACC
260 TATGAAGGATTCTG-AGCTTAAAATATCAAAATTTCGTTTCTGAACAATTATGGGCATCAAAACC
* * * *
32606 AT-TAGCCCAATTTCAAATTATGATATAAAAGCCATTTGCATGATTTTAATTTTTCATACTAATT
324 ATCT-GCACAATTTCAAATTGTGATATAAAAACCATTTGCATGATTTTAATTTTTCATACTTATT
* ** * *
32670 TGCTTTAGATGCATTTTCATGAGGATTCACAAATGCTCCAGGGAATTCGCGGGATGTTGTTGATG
388 TGCTTTAGATGCATTTTCAGGAGGATTCATGAATGCTCCAGGGAATTCGCAGGATGTTGTTGATA
*
32735 TTTGGATGTCATTTGTGAAATTGTTG
453 TTTGGATGTCATTTGTGAAATCGTTG
* * ** *
32761 TTGGTGCTTGATGCGATTAACTGTGTGCAAACTAATTTTTATATATTATTG-ACAAACTCAAACC
1 TTGGCGCTTGATGCGATTAACTGTGTGCTAACTTGTTTTTATATATTA-TGCACAAACTCAAAGC
* * * * * *
32825 TCAATGTTTTTGAAGC-TTAATGTTTTGCTTTAAAAACAATTTATGTTGGAGCTGAGCTTTAAAA
65 TCAATGTTTTTGAAGCTTTTATGTTTTGCTTTGAAAACCATTTCTGCTGGAGCCGAGCTTTAAAA
* * * * *
32889 GAATGAATTATTGTTTTAGCAAGTTTTTAAATGCAAAA-GAATATCATGAATCCAACGCTTTAAA
130 GTATGAAATATTGTTTTAGCAAGTTTTCAAATG-AAAATGAATATCTTGAATCCAATGCTTTAAA
* * * * * * *
32953 ATTGCTCAAACACAGAAACATGATAAGTTGCATTTGTTTTTATTTTTTACAGTGTAAACTGTAAG
194 CTTGCTCAAACACAGAAACATGATAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCACAGTGTTAAGTGTAAG
* * * *
33018 TTATGAAGGATTCTGGAGCTTAAAATATCAAAAATTCATTTTTGAATAATTATGGGCA-CTAAAA
259 TTATGAAGGATTCT-GAGCTTAAAATATCAAAATTTCGTTTCTGAACAATTATGGGCATC-AAAA
* *
33082 CCATCT--A-AACTTTCAAATTGTGATATAAAAACTATTTGTATGATTTTAATTTTTCATACTTA
322 CCATCTGCACAA-TTTCAAATTGTGATATAAAAACCATTTGCATGATTTTAATTTTTCATACTTA
* * * * *
33144 TTTGCTTTAGATGCATTTTTAGGAGGATTCATGGGA-GCTCCAGGGAATTTGCAGCATGCTGTTG
386 TTTGCTTTAGATGCATTTTCAGGAGGATTCAT-GAATGCTCCAGGGAATTCGCAGGATGTTGTTG
*
33208 ATATTTGGATGTCATTTGTGAAATCATTG
450 ATATTTGGATGTCATTTGTGAAATCGTTG
* * *
33237 TTGACGCTTGATGTGATTAACTGTGTGCTAACTTGTTTTTATATATTATGTACAAACTCAAAGCT
1 TTGGCGCTTGATGCGATTAACTGTGTGCTAACTTGTTTTTATATATTATGCACAAACTCAAAGCT
* * * ** ** **
33302 CAATATTTTTGAAGATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATCATTTCCACAAGAATCGAGCTTTAAAAG
66 CAATGTTTTTGAAGCTTTTATGTTTTGCTTTGAAAACCATTTCTGCTGGAGCCGAGCTTTAAAAG
*
33367 TATGAAATATTATTTTAGCAAG-TTTCAAATGAAAATGAATATCTTGAATCCAATGCTTTAAACT
131 TATGAAATATTGTTTTAGCAAGTTTTCAAATGAAAATGAATATCTTGAATCCAATGCTTTAAACT
* *
33431 TGCTCAAACATAGAAACATGATAACTTGCGTTGGTTTTAATTTTTCACAGTGTTAAGTGTAAGTT
196 TGCTCAAACACAGAAACATGATAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCACAGTGTTAAGTGTAAGTT
* * * *
33496 ATGAAGGATTCTGAACTTGAAATATCAAAATTTCGTTTCTG-ACAAATTTTGGGCATCAAAACTA
261 ATGAAGGATTCTGAGCTTAAAATATCAAAATTTCGTTTCTGAAC-AATTATGGGCATCAAAACCA
* * * * *
33560 TTTGCACAATTTTAAATTGTGATATAAAAACCATTTGCATGATTTTGAGTTTTCATATTTATTTG
325 TCTGCACAATTTCAAATTGTGATATAAAAACCATTTGCATGATTTTAATTTTTCATACTTATTTG
* * * * * * * * *
33625 CTTTAGATACACTTTTCAGGAGGATTCAAGAAAGCTCCAAGCAATTCGTAGCAAGCTGTTGATAT
390 CTTTAGATGCA-TTTTCAGGAGGATTCATGAATGCTCCAGGGAATTCGCAGGATGTTGTTGATAT
* *
33690 TTGGATGCCATTTGTGAAATCGTGG
454 TTGGATGTCATTTGTGAAATCGTTG
* * * * * *
33715 TTGGTGCTTGATGTGATTCACTATGTGCTAACTTGTTTTTTATATATTAAGCACAAACTCAAGGC
1 TTGGCGCTTGATGCGATTAACTGTGTGCTAACTTG-TTTTTATATATTATGCACAAACTCAAAGC
* * * *
33780 TCAATGTTTTTCAAG-TTTTATGTTTTGCGTTGAAAACCATTTCTGCTGGAGTCGAACTTTAAAA
65 TCAATGTTTTTGAAGCTTTTATGTTTTGCTTTGAAAACCATTTCTGCTGGAGCCGAGCTTTAAAA
*
33844 GCT-TGAAATATTGTTTT-GCAAGTTTTCAAATGAAAATGAATATCTTGAATCTAATGCTTTAAA
130 G-TATGAAATATTGTTTTAGCAAGTTTTCAAATGAAAATGAATATCTTGAATCCAATGCTTTAAA
**
33907 CTTGCTCAAACACAGAAACATGATAACTTGC-TTTTTTTTAATTTTTCACAGTGTTAAGTGTAAG
194 CTTGCTCAAACACAGAAACATGATAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCACAGTGTTAAGTGTAAG
* * * *
33971 TTATGAAGGATTCTGCAACTCAAAATATCAAAATTTCGTTTCTAAACAATTTTGGGCATC-AAA-
259 TTATGAAGGATTCTG-AGCTTAAAATATCAAAATTTCGTTTCTGAACAATTATGGGCATCAAAAC
*
34034 -A----C-C-A--TC-------------AAAACCATTTGCACGATTTTAATTTTTCATACTTATT
323 CATCTGCACAATTTCAAATTGTGATATAAAAACCATTTGCATGATTTTAATTTTTCATACTTATT
* * * * * ** *
34077 TGCTTTAGAAGCATTTTCAGGAGGATTC-TAGAAAGCTCAATGGAATTCTCAGCTTG-CGATTGA
388 TGCTTTAGATGCATTTTCAGGAGGATTCAT-GAATGCTCCAGGGAATTCGCAGGATGTTG-TTGA
* *
34140 TATTTGCATGTCATTTGTGAAATCATTG
451 TATTTGGATGTCATTTGTGAAATCGTTG
* * *
34168 TTGGCACTTGATGCGATTAACTGTTTGCTAACTTGTTTTTATATATTATGCACAAACTCAAACCT
1 TTGGCGCTTGATGCGATTAACTGTGTGCTAACTTGTTTTTATATATTATGCACAAACTCAAAGCT
* * * * * *
34233 CAATATTTTTAAAGCTTTTATGTTTTGC-TTCAAAAGCCATTTTTGTTGGAGACGAGCTTTAAAA
66 CAATGTTTTTGAAGCTTTTATGTTTTGCTTTGAAAA-CCATTTCTGCTGGAGCCGAGCTTTAAAA
*
34297 GTATGAAATATTGTTTTAGTAAGTTTTCAAATGAAAATGAA-ATCTTGAATCCAATGCTTTAAAC
130 GTATGAAATATTGTTTTAGCAAGTTTTCAAATGAAAATGAATATCTTGAATCCAATGCTTTAAAC
* * ** *
34361 TTGCTTAAACACAGAAACATGATTACTTGCATTATTTTTAATTTTTCACAGTGTTAAGAGTAAGT
195 TTGCTCAAACACAGAAACATGATAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCACAGTGTTAAGTGTAAGT
* * * *
34426 TATGAAGGATTCTAGAGTTTAAAAAAAATCAAATTTTCGTTT-T---C--TTATGGGCATGAAAA
260 TATGAAGGATTCT-GAGCTT--AAAATATCAAAATTTCGTTTCTGAACAATTATGGGCATCAAAA
*
34485 CCATCTGCACAATTTCAAATTGTGATATAAAAACCATTTGCATGATTTTAATTTTTCATACGTAT
322 CCATCTGCACAATTTCAAATTGTGATATAAAAACCATTTGCATGATTTTAATTTTTCATACTTAT
* * * * *
34550 TTGCTTCAGATGCATTTTCAGGAGGATTCATGAATGCTTCAAGGAATTCGCGGGATGCTGTT-AT
387 TTGCTTTAGATGCATTTTCAGGAGGATTCATGAATGCTCCAGGGAATTCGCAGGATGTTGTTGAT
*
34614 ATTTGGATGTCATTTGTGAAATTGTTG
452 ATTTGGATGTCATTTGTGAAATCGTTG
* * * **
34641 TCGGCACTTGATGCGATTAACTATGTGCTAACTTGTTTTTATATATTATGCACAAACTCAAAATT
1 TTGGCGCTTGATGCGATTAACTGTGTGCTAACTTGTTTTTATATATTATGCACAAACTCAAAGCT
* * * *
34706 CAATGTTTTCGAAGCTTTTATGTTTTGCTTTTAAAATCATTTCTGTTGGAGCCGAGCTTTAAAAG
66 CAATGTTTTTGAAGCTTTTATGTTTTGCTTTGAAAACCATTTCTGCTGGAGCCGAGCTTTAAAAG
* * * * * * * *
34771 TATGAAATATTGTTCTAGCAAATTTTAAAATGGAGAT-AATATCATCAATCCAATGCTTTAAAGT
131 TATGAAATATTGTTTTAGCAAGTTTTCAAATGAAAATGAATATCTTGAATCCAATGCTTTAAACT
* * * * *
34835 TGATCAAACATAAAAACATGATAACTTGTATTGGTTTTAATTTTTCACAGTTTTAAGTGTAAGTT
196 TGCTCAAACACAGAAACATGATAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCACAGTGTTAAGTGTAAGTT
* * *
34900 ATGAAGGATTCTAGAGCTTAAAGTATCAAAATTTCGTTTCTGATCAATTATGGGCGTCAAAACCA
261 ATGAAGGATTCT-GAGCTTAAAATATCAAAATTTCGTTTCTGAACAATTATGGGCATCAAAACCA
* ** ** ***
34965 TCTGC-CTATTTTCAAATTGTGATATAAAAATAATTTGCGCGATTTTAATTCACCATACTTATTT
325 TCTGCAC-AATTTCAAATTGTGATATAAAAACCATTTGCATGATTTTAATTTTTCATACTTATTT
* * * ** * * * *
35029 GCTTTAGATGCATTTTTAAGAGGATTCGTGAATGCTTTAGGGAATTCGCTGAACGTTGTTAATAT
389 GCTTTAGATGCATTTTCAGGAGGATTCATGAATGCTCCAGGGAATTCGCAGGATGTTGTTGATAT
*
35094 TTGGATGTCATTTGTGAAATCATTG
454 TTGGATGTCATTTGTGAAATCGTTG
*
35119 TTGACGCTTGATGCGATTAACTGTGTGCTAACTTGTTTTTATATATTATGCACAAACTCAAAGCT
1 TTGGCGCTTGATGCGATTAACTGTGTGCTAACTTGTTTTTATATATTATGCACAAACTCAAAGCT
* * **
35184 CAATGTTTTTAAAGCTTTTATGTTTTGCTTTGAAAACCATTTGTGCTGGAGCTAAGCTTTAAAAG
66 CAATGTTTTTGAAGCTTTTATGTTTTGCTTTGAAAACCATTTCTGCTGGAGCCGAGCTTTAAAAG
*
35249 TATTAAATATTGTTTTAGCAAGTTTTCAAATGAAAATGAA-ATCTTGAATCCAATGCTTTAAACT
131 TATGAAATATTGTTTTAGCAAGTTTTCAAATGAAAATGAATATCTTGAATCCAATGCTTTAAACT
* * * *
35313 TGCTTAAACACAGAAACATGATAACTTGTATTAG-TTTAATTTTTCACAGTGTTAAGTGTAAGAT
196 TGCTCAAACACAGAAACATGATAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCACAGTGTTAAGTGTAAGTT
* * *
35377 ATGAAGGATTCTGGAGCTTAAAATATCAAAATTTCGTTTCTGATCAATTATATGGGTATAAAAAC
261 ATGAAGGATTCT-GAGCTTAAAATATCAAAATTTCGTTTCTGAACAA-T-TATGGGCATCAAAAC
* * *
35442 CATCTGCACAATTTCAAATTGTGATATCAAAACCATTTGCACGGTTTTAATTTTTCATACTTATT
323 CATCTGCACAATTTCAAATTGTGATATAAAAACCATTTGCATGATTTTAATTTTTCATACTTATT
* * *
35507 TGCTTCAGATGCATTTTCAAGAGGATTCATGAATGCTCTA-GGAATTCGCAGGATGTTGTTGATA
388 TGCTTTAGATGCATTTTCAGGAGGATTCATGAATGCTCCAGGGAATTCGCAGGATGTTGTTGATA
* * *
35571 TTTGGATTTCTTTTG-GAAAATCATTG
453 TTTGGATGTCATTTGTG-AAATCGTTG
* * * *
35597 TTGGTGCTTGATGCCATTAACTGTGTGCTAACTTGTTTTTATATATTATGCACACACTCAAAACT
1 TTGGCGCTTGATGCGATTAACTGTGTGCTAACTTGTTTTTATATATTATGCACAAACTCAAAGCT
** * *
35662 CAATGTTCATGAAGCTTTTATGTTTTGCTTTGAAAACCATTTCAGTTGGAGCCGAGCTTTAAAAG
66 CAATGTTTTTGAAGCTTTTATGTTTTGCTTTGAAAACCATTTCTGCTGGAGCCGAGCTTTAAAAG
* *
35727 TATGAAATATTGTTTTTAGCAAGTTTTCAAATGGAAATGAATATCTTGAATCCAATGCTTTAAAA
131 TATGAAATATTG-TTTTAGCAAGTTTTCAAATGAAAATGAATATCTTGAATCCAATGCTTTAAAC
* *** * * * * ***
35792 TTTCTCGGGCACAAAAACATGATAACCTGCATTTGTTTTAATTTTTCATAACATTAAGTGTAAGT
195 TTGCTCAAACACAGAAACATGATAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCACAGTGTTAAGTGTAAGT
** *
35857 TATGAAGGATTCTAGAGCTTAAAATATCAAAATTTCGTTTCT-AGTTAATTATGGGCATGAAAAC
260 TATGAAGGATTCT-GAGCTTAAAATATCAAAATTTCGTTTCTGA-ACAATTATGGGCATCAAAAC
* * ** * *
35921 CATCTGCACAATTTCAAATTGTGATATAAAAACAATTTACGCGATTTTAATTCTCCATACTTATT
323 CATCTGCACAATTTCAAATTGTGATATAAAAACCATTTGCATGATTTTAATTTTTCATACTTATT
* *
35986 TGCTTTAGATGCATTTTTAGGAGGA-T--TGAATGCTCCAGGGAATTCGCGGGATGTTGTTGATA
388 TGCTTTAGATGCATTTTCAGGAGGATTCATGAATGCTCCAGGGAATTCGCAGGATGTTGTTGATA
36048 TTTGGATGTCATTTGTGAAATCGTTG
453 TTTGGATGTCATTTGTGAAATCGTTG
36074 TTGGCGCTTGATGCGATTAACTGTGTGCTAACTTGTTTTTATATATTATGCACAAACTCAAAGCT
1 TTGGCGCTTGATGCGATTAACTGTGTGCTAACTTGTTTTTATATATTATGCACAAACTCAAAGCT
* *
36139 CAATGTTTTTAAAGCTTTTATGTTTTGCTTTGAAAACCATTTGTGCTGGAGCCGAGCTTTAAAAG
66 CAATGTTTTTGAAGCTTTTATGTTTTGCTTTGAAAACCATTTCTGCTGGAGCCGAGCTTTAAAAG
* * * * * *
36204 TATGAAATATTGTTTTAGTAAGTTTTCACATGAAAATGAATACCATCAATCCAATGCTTTAAAGT
131 TATGAAATATTGTTTTAGCAAGTTTTCAAATGAAAATGAATATCTTGAATCCAATGCTTTAAACT
* ** ** * ** ** * * * *
36269 TGATC-AA-AGTGTAAGTTATGA-AAGATT-C--TGGAGCTTAAAATATCAAAAT-TT---CGT-
196 TGCTCAAACACAG-AA-ACATGATAA-CTTGCATTGG-TTTTAATTTTTCACAGTGTTAAGTGTA
* *** * * *** * ** * * ** *
36323 --TTCTGATCAATTATGGGCACCAAA-A-CCATCTGTCGAATT-TG-A-AATTAT-GATATAAAA
257 AGTTATGAAGGATTCTGAGCTTAAAATATCAAAATTTCG-TTTCTGAACAATTATGGGCATCAAA
* ** * * * * * * ** ** ***
36380 ACCATTTGCATGATTT-TAATT-T--T-T-CACACTTATTTGCTTTAGATGCA-TTTTC---GGG
321 ACCATCTGCACAATTTCAAATTGTGATATAAAAAC-CATTTGCATGATTTTAATTTTTCATACTT
* * * * * * * *** ** * * *
36435 A--GGCTTCATGGATGC---TGCCGG-GAATTCGTGGGATGCTGTTGATATTTTG-ATGTCAT-T
385 ATTTGCTT--TAGATGCATTTTCAGGAGGATTCAT-GAATGCTCCAGGGAATTCGCA-G-GATGT
* * * * ** ***
36492 TG-TGAAATTGTTGTTGGCGCTT-T--AAT-GCAA
445 TGTTGATATT-TGGATGTCATTTGTGAAATCGTTG
*
36522 TT--CACTGTG-TGC---TAACT-TGT--T-A-------TTATATATTATGCACAAACTCAAAGC
1 TTGGCGCT-TGATGCGATTAACTGTGTGCTAACTTGTTTTTATATATTATGCACAAACTCAAAGC
* * * * * * *
36570 TCAATGTTTTTGAAGCTTTTATGTTGTGTTTTCAGAACCATTTCTGCTGGGGGCGAGCTTTAAAT
65 TCAATGTTTTTGAAGCTTTTATGTTTTGCTTTGAAAACCATTTCTGCTGGAGCCGAGCTTTAAAA
* * * *
36635 GTAAT-AAATATCGTTTTAGCAAGTTTTCAAATGGAAATGAATATCTTGTACCCAATGCTTTAAA
130 GT-ATGAAATATTGTTTTAGCAAGTTTTCAAATGAAAATGAATATCTTGAATCCAATGCTTTAAA
* * * * *
36699 CTTGCTGAAACACAGAAACATGATAACTTGCATTTGTTTTTATTTTTTCATAGTGTTAAGTATAA
194 CTTGCTCAAACACAGAAACATGATAACTTGCA-TTGGTTTTAATTTTTCACAGTGTTAAGTGTAA
* * *
36764 GTTATGGAGGATTCTAGAGCTTAAAATATCAAAA-----TTT-TG-----GT-T---C-T--GAA
258 GTTATGAAGGATTCT-GAGCTTAAAATATCAAAATTTCGTTTCTGAACAATTATGGGCATCAAAA
*
36811 CCATCTGCACAATTTCAAATTGTGATATAAAAACCATTTGCATGATTCTAATTTTTCATACTTAT
322 CCATCTGCACAATTTCAAATTGTGATATAAAAACCATTTGCATGATTTTAATTTTTCATACTTAT
* * * *
36876 TTGCTTTAGATGCTTTTTCTA-GAGAATTCATGAATGCTCCAAGGAATTCGCAGGATGCTGTTGA
387 TTGCTTTAGATGCATTTTC-AGGAGGATTCATGAATGCTCCAGGGAATTCGCAGGATGTTGTTGA
36940 TATTTGGATGTCATTTGTGAAATCGTTG
451 TATTTGGATGTCATTTGTGAAATCGTTG
* * * * * *
36968 TTGGCACTTGGTGCAATTAGCTGTGTGTTAACTTGTTTTTATATATTATGCACAAACTCAAAGGT
1 TTGGCGCTTGATGCGATTAACTGTGTGCTAACTTGTTTTTATATATTATGCACAAACTCAAAGCT
* * * * *
37033 CAATCTTTTTGAAGCTTTTATGTTTTGTTTTGAAAACCATATCTGCTGGACCCGATCTTTAAAAG
66 CAATGTTTTTGAAGCTTTTATGTTTTGCTTTGAAAACCATTTCTGCTGGAGCCGAGCTTTAAAAG
* * * * * *
37098 TATCAAATATTGTTTTAGCAAGCTGTCAGATGGAAATTAATATCTTGAATCCAATGCTTTAAACT
131 TATGAAATATTGTTTTAGCAAGTTTTCAAATGAAAATGAATATCTTGAATCCAATGCTTTAAACT
* ** *
37163 TGCTTAAACACAGAAACATGATAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATGGTGTTAATTGTAAGTT
196 TGCTCAAACACAGAAACATGATAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCACAGTGTTAAGTGTAAGTT
* * * *
37228 ATGAAAGATTCTGGAGCTTAAAATATCAATATTTCATTTCTGAACAA-TCT--GCA-C---A--A
261 ATGAAGGATTCT-GAGCTTAAAATATCAAAATTTCGTTTCTGAACAATTATGGGCATCAAAACCA
*
37284 --T------TTTCAAATTGTGATATAAAAACAATTTGCACT-ATTTTAATTTTTCATACTTATTT
325 TCTGCACAATTTCAAATTGTGATATAAAAACCATTTGCA-TGATTTTAATTTTTCATACTTATTT
* * * * *
37340 GCTTTAGATGCATTTTTTAGGAGGATTCGTGAATGCTCCAGGGAATTTGCGGGACGTTGTTGATA
389 GCTTTAGATGCA-TTTTCAGGAGGATTCATGAATGCTCCAGGGAATTCGCAGGATGTTGTTGATA
37405 TTTGGATGTCATTTGTGAAATCGTTG
453 TTTGGATGTCATTTGTGAAATCGTTG
* *
37431 TTGGGGCTTGATGCGATTAACTTTGTGCTAACTTGTTTTTATATATTATGCACAAACTCAAAGCT
1 TTGGCGCTTGATGCGATTAACTGTGTGCTAACTTGTTTTTATATATTATGCACAAACTCAAAGCT
* * *
37496 CAATGTTTTTAAAGCTTTTATGTTTTGCTTTGAAAATCATTTCTGCCGGAGCCGAGCTTTAAAAG
66 CAATGTTTTTGAAGCTTTTATGTTTTGCTTTGAAAACCATTTCTGCTGGAGCCGAGCTTTAAAAG
37561 TATGAAATATTGTTTTAGCAAGTTTTCAAATGAAAATGAA-ATCTTGAATCCAATGCTTTAAACT
131 TATGAAATATTGTTTTAGCAAGTTTTCAAATGAAAATGAATATCTTGAATCCAATGCTTTAAACT
* *
37625 TGCTCAAACACATAAACATGATAACTTGCATTGGTTTTAATTTTT--CAGTGTTAAGTGTAAGAT
196 TGCTCAAACACAGAAACATGATAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCACAGTGTTAAGTGTAAGTT
* * * * *
37688 ATGAAGGATTCTAGAGCGTAAAATATCAAATTTTCGTTTCT-AATCAATTATAGGTATAAAAACC
261 ATGAAGGATTCT-GAGCTTAAAATATCAAAATTTCGTTTCTGAA-CAATTATGGGCATCAAAACC
* * *
37752 ATCTGCACAATTTCAAATTGTGATACAAAAACCATTTGCACGGTTTTTACATTTTTCATACTTAT
324 ATCTGCACAATTTCAAATTGTGATATAAAAACCATTTGCA-TGATTTTA-ATTTTTCATACTTAT
* * * * * *
37817 TTG-TTCAGATGC-TTTTTAGGAGGATCTCCATTTAACGCTCCAGGGAATTCACGGGATGTTGTT
387 TTGCTTTAGATGCATTTTCAGGAGGAT-T-CA-TGAATGCTCCAGGGAATTCGCAGGATGTTG-T
* *
37880 TGATATTTGGAATTTCCTTTGTTGAAATTCGTTTG
448 TGATATTTGG-ATGTCATTTG-TGAAA-TCG-TTG
** * * * * *
37915 TTGGTACTTGATGCAATTAACTATGTGCTAACTTGTTTTTCTATATTATGCACATACTCAAAACT
1 TTGGCGCTTGATGCGATTAACTGTGTGCTAACTTGTTTTTATATATTATGCACAAACTCAAAGCT
** * * ** **
37980 CAATGTTCATGAAGCCTTTATGTTTTGCTTTGAAAACCATTTCAGCTAAAGGAGAGCTTTAAAAG
66 CAATGTTTTTGAAGCTTTTATGTTTTGCTTTGAAAACCATTTCTGCTGGAGCCGAGCTTTAAAAG
* * * *
38045 TATGAAATACTGTTTTACCAAGTTTTCAAATGGAAATGAATATCTTGAATCCAATGCTTTAAAAT
131 TATGAAATATTGTTTTAGCAAGTTTTCAAATGAAAATGAATATCTTGAATCCAATGCTTTAAACT
* * ** * ** *
38110 TTCTCAAACACAAAAACATGATAACTTGCATTGCATTTAATTTTTCATAGCATTATGTGTAAGTT
196 TGCTCAAACACAGAAACATGATAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCACAGTGTTAAGTGTAAGTT
* * *** *
38175 ATGAAGGATTTTAGAGCTTAAAATATCAAAATTTCTTTTCTGGTTAATTATGGGCATGAAAACCA
261 ATGAAGGATTCT-GAGCTTAAAATATCAAAATTTCGTTTCTGAACAATTATGGGCATCAAAACCA
* * * *
38240 TGTGCACAATTTCAAATTGTGATAT-AAAACCATTTGCACGATTTTAATTTTTGAGACTTATTTG
325 TCTGCACAATTTCAAATTGTGATATAAAAACCATTTGCATGATTTTAATTTTTCATACTTATTTG
* * * ** **
38304 CTTCAGATGCATTTTCAGGAGGATTCATGAATGCTCGAAGGAATTCGTGGGATACTGTTGATATT
390 CTTTAGATGCATTTTCAGGAGGATTCATGAATGCTCCAGGGAATTCGCAGGATGTTGTTGATATT
* *
38369 TGGATGTCATTTGCGAAATTGTTG
455 TGGATGTCATTTGTGAAATCGTTG
* * * **
38393 TTGGCACTTGATGCGATTAACTGTGTGCTAACTTATTTTTATATATTATGCACAAACTTAAAATT
1 TTGGCGCTTGATGCGATTAACTGTGTGCTAACTTGTTTTTATATATTATGCACAAACTCAAAGCT
* ** * * *
38458 CAATGTTTTTGAAGCTTTTGTGTTTTGCTTTGAAAATAATTTCTACTGGAGCTGAGCTTTAACAG
66 CAATGTTTTTGAAGCTTTTATGTTTTGCTTTGAAAACCATTTCTGCTGGAGCCGAGCTTTAAAAG
* ** * * * * * *
38523 TATGAAATATTGTTCTAGCAAAATTTCAAATGGAAACGAATATCATCAGTCCAATGCTTTAAAGT
131 TATGAAATATTGTTTTAGCAAGTTTTCAAATGAAAATGAATATCTTGAATCCAATGCTTTAAACT
* * * * *
38588 TGATCAAACACAAAAACATGATAACTTCCATTGGTTTTAATTTTTCACAATGTTAAGTGTATGTT
196 TGCTCAAACACAGAAACATGATAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCACAGTGTTAAGTGTAAGTT
* * * * **
38653 ATGAAGGATTCTGGAGCTTAAAATATAAAAATTTTGTATGTGATGAATTATGGGCATCAAAACCA
261 ATGAAGGATTCT-GAGCTTAAAATATCAAAATTTCGTTTCTGAACAATTATGGGCATCAAAACCA
* * *
38718 TCTGC-CTAATTTCAAATTATGATATAAAAACCATTTGCACGATTTTAATTTTTCACACTTATTT
325 TCTGCAC-AATTTCAAATTGTGATATAAAAACCATTTGCATGATTTTAATTTTTCATACTTATTT
* * * * * * ** ** * *
38782 GCTTCAGGTGCATTTTCGGGTGGATTCATGAATTCTACAAAGAATTCGTGGGATGCTGTTCATAT
389 GCTTTAGATGCATTTTCAGGAGGATTCATGAATGCTCCAGGGAATTCGCAGGATGTTGTTGATAT
* *
38847 TTTGATGTCATTTGTGAAATTGTTG
454 TTGGATGTCATTTGTGAAATCGTTG
* * * * * *
38872 TTGACGCTTAATGCAATTCACTGTGTGCTAAGTTGTTTTTATATATTATGCACAAACTGAAAGCT
1 TTGGCGCTTGATGCGATTAACTGTGTGCTAACTTGTTTTTATATATTATGCACAAACTCAAAGCT
* * * ** * *
38937 CAATGTTTTTGAAGCTTCTATGTTGTGCTTTGAAAACTATTTCTGCTGGAGGGGACCTTTAAATG
66 CAATGTTTTTGAAGCTTTTATGTTTTGCTTTGAAAACCATTTCTGCTGGAGCCGAGCTTTAAAAG
* *
39002 TAAT-AAATATTGTTTTAGCAAGTTTTCAAAT-AGAAATGAATATCTTGAATCCAAGGTTTTAAA
131 T-ATGAAATATTGTTTTAGCAAGTTTTCAAATGA-AAATGAATATCTTGAATCCAATGCTTTAAA
** *
39065 CTTGCTCAAACACAGAAACATGATAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATGGTGTTAACTGTAAG
194 CTTGCTCAAACACAGAAACATGATAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCACAGTGTTAAGTGTAAG
*
39130 TTATGAAGGATTATGGAGCTTAAAA
259 TTATGAAGGATTCT-GAGCTTAAAA
39155 ATAAAAAAAA
Statistics
Matches: 5820, Mismatches: 838, Indels: 430
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
430 14 0.00
431 4 0.00
432 146 0.03
433 9 0.00
434 3 0.00
435 20 0.00
436 13 0.00
439 13 0.00
440 1 0.00
441 6 0.00
442 34 0.01
443 26 0.00
444 1 0.00
445 5 0.00
446 9 0.00
447 4 0.00
448 12 0.00
449 7 0.00
450 13 0.00
451 15 0.00
452 80 0.01
453 196 0.03
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455 9 0.00
456 27 0.00
457 2 0.00
458 1 0.00
459 4 0.00
460 56 0.01
461 82 0.01
462 301 0.05
463 219 0.04
464 7 0.00
465 3 0.00
466 9 0.00
467 13 0.00
468 1 0.00
469 2 0.00
470 4 0.00
471 20 0.00
472 5 0.00
473 267 0.05
474 99 0.02
475 59 0.01
476 375 0.06
477 573 0.10
478 1173 0.20
479 1202 0.21
480 72 0.01
481 84 0.01
482 16 0.00
483 25 0.00
484 170 0.03
485 80 0.01
486 25 0.00
487 90 0.02
ACGTcount: A:0.31, C:0.13, G:0.17, T:0.39
Consensus pattern (478 bp):
TTGGCGCTTGATGCGATTAACTGTGTGCTAACTTGTTTTTATATATTATGCACAAACTCAAAGCT
CAATGTTTTTGAAGCTTTTATGTTTTGCTTTGAAAACCATTTCTGCTGGAGCCGAGCTTTAAAAG
TATGAAATATTGTTTTAGCAAGTTTTCAAATGAAAATGAATATCTTGAATCCAATGCTTTAAACT
TGCTCAAACACAGAAACATGATAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCACAGTGTTAAGTGTAAGTT
ATGAAGGATTCTGAGCTTAAAATATCAAAATTTCGTTTCTGAACAATTATGGGCATCAAAACCAT
CTGCACAATTTCAAATTGTGATATAAAAACCATTTGCATGATTTTAATTTTTCATACTTATTTGC
TTTAGATGCATTTTCAGGAGGATTCATGAATGCTCCAGGGAATTCGCAGGATGTTGTTGATATTT
GGATGTCATTTGTGAAATCGTTG
Found at i:35382 original size:477 final size:479
Alignment explanation
Indices: 34040--36276 Score: 2959
Period size: 478 Copynumber: 4.7 Consensus size: 479
34030 CAAAACCATC
* * *
34040 AAAACCATTTGCACGATTTTAATTTTTCATACTTATTTGCTTTAGAAGCATTTTCAGGAGGATTC
1 AAAACCATTTGCACGATTTTAATTTTTCATACTTATTTGCTTCAGATGCATTTTTAGGAGGATTC
* * * * * ** * * *
34105 -TAGAAAGCTCAATGGAATTCTCAGCTTG-CGATTGATATTTGCATGTCATTTGTGAAATCATTG
66 AT-GAATGCTCCAGGGAATTCGCGGGATGTTG-TTGATATTTGGATGTCATTTGTGAAATCGTTG
* * *
34168 TTGGCACTTGATGCGATTAACTGTTTGCTAACTTGTTTTTATATATTATGCACAAACTCAAACCT
129 TTGGCGCTTGATGCGATTAACTGTGTGCTAACTTGTTTTTATATATTATGCACAAACTCAAAGCT
* * * * * *
34233 CAATATTTTTAAAGCTTTTATGTTTTGC-TTCAAAAGCCATTTTTGTTGGAGACGAGCTTTAAAA
194 CAATGTTTTTGAAGCTTTTATGTTTTGCTTTGAAAA-CCATTTCTGCTGGAGCCGAGCTTTAAAA
* *
34297 GTATGAAATATTGTTTTAGTAAGTTTTCAAATGAAAATGAA-ATCTTGAATCCAATGCTTTAAAC
258 GTATGAAATATTGTTTTAGCAAGTTTTCAAATGGAAATGAATATCTTGAATCCAATGCTTTAAAC
* * ** *
34361 TTGCTTAAACACAGAAACATGATTACTTGCATTATTTTTAATTTTTCACAGTGTTAAGAGTAAGT
323 TTGCTCAAACACAGAAACATGATAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCACAGTGTTAAGTGTAAGT
* * * *
34426 TATGAAGGATTCTAGAGTTTAAAAAAAATCAAATTTTCG-TT-T--TC--TTATGGGCATGAAAA
388 TATGAAGGATTCTAGAGCTT--AAAATATCAAAATTTCGTTTCTGATCAATTATGGGCATAAAAA
34485 CCATCTGCACAATTTCAAATTGTGATATA
451 CCATCTGCACAATTTCAAATTGTGATATA
* * *
34514 AAAACCATTTGCATGATTTTAATTTTTCATACGTATTTGCTTCAGATGCATTTTCAGGAGGATTC
1 AAAACCATTTGCACGATTTTAATTTTTCATACTTATTTGCTTCAGATGCATTTTTAGGAGGATTC
* * * * *
34579 ATGAATGCTTCAAGGAATTCGCGGGATGCTGTT-ATATTTGGATGTCATTTGTGAAATTGTTGTC
66 ATGAATGCTCCAGGGAATTCGCGGGATGTTGTTGATATTTGGATGTCATTTGTGAAATCGTTGTT
* * **
34643 GGCACTTGATGCGATTAACTATGTGCTAACTTGTTTTTATATATTATGCACAAACTCAAAATTCA
131 GGCGCTTGATGCGATTAACTGTGTGCTAACTTGTTTTTATATATTATGCACAAACTCAAAGCTCA
* * * *
34708 ATGTTTTCGAAGCTTTTATGTTTTGCTTTTAAAATCATTTCTGTTGGAGCCGAGCTTTAAAAGTA
196 ATGTTTTTGAAGCTTTTATGTTTTGCTTTGAAAACCATTTCTGCTGGAGCCGAGCTTTAAAAGTA
* * * * * * *
34773 TGAAATATTGTTCTAGCAAATTTTAAAATGGAGAT-AATATCATCAATCCAATGCTTTAAAGTTG
261 TGAAATATTGTTTTAGCAAGTTTTCAAATGGAAATGAATATCTTGAATCCAATGCTTTAAACTTG
* * * * *
34837 ATCAAACATAAAAACATGATAACTTGTATTGGTTTTAATTTTTCACAGTTTTAAGTGTAAGTTAT
326 CTCAAACACAGAAACATGATAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCACAGTGTTAAGTGTAAGTTAT
* * *
34902 GAAGGATTCTAGAGCTTAAAGTATCAAAATTTCGTTTCTGATCAATTATGGGCGTCAAAACCATC
391 GAAGGATTCTAGAGCTTAAAATATCAAAATTTCGTTTCTGATCAATTATGGGCATAAAAACCATC
*
34967 TGC-CTATTTTCAAATTGTGATATA
456 TGCAC-AATTTCAAATTGTGATATA
** * *** * *
34991 AAAATAATTTGCGCGATTTTAATTCACCATACTTATTTGCTTTAGATGCATTTTTAAGAGGATTC
1 AAAACCATTTGCACGATTTTAATTTTTCATACTTATTTGCTTCAGATGCATTTTTAGGAGGATTC
* ** * * * * *
35056 GTGAATGCTTTAGGGAATTCGCTGAACGTTGTTAATATTTGGATGTCATTTGTGAAATCATTGTT
66 ATGAATGCTCCAGGGAATTCGCGGGATGTTGTTGATATTTGGATGTCATTTGTGAAATCGTTGTT
*
35121 GACGCTTGATGCGATTAACTGTGTGCTAACTTGTTTTTATATATTATGCACAAACTCAAAGCTCA
131 GGCGCTTGATGCGATTAACTGTGTGCTAACTTGTTTTTATATATTATGCACAAACTCAAAGCTCA
* * **
35186 ATGTTTTTAAAGCTTTTATGTTTTGCTTTGAAAACCATTTGTGCTGGAGCTAAGCTTTAAAAGTA
196 ATGTTTTTGAAGCTTTTATGTTTTGCTTTGAAAACCATTTCTGCTGGAGCCGAGCTTTAAAAGTA
* *
35251 TTAAATATTGTTTTAGCAAGTTTTCAAATGAAAATGAA-ATCTTGAATCCAATGCTTTAAACTTG
261 TGAAATATTGTTTTAGCAAGTTTTCAAATGGAAATGAATATCTTGAATCCAATGCTTTAAACTTG
* * * *
35315 CTTAAACACAGAAACATGATAACTTGTATTAG-TTTAATTTTTCACAGTGTTAAGTGTAAGATAT
326 CTCAAACACAGAAACATGATAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCACAGTGTTAAGTGTAAGTTAT
* *
35379 GAAGGATTCTGGAGCTTAAAATATCAAAATTTCGTTTCTGATCAATTATATGGGTATAAAAACCA
391 GAAGGATTCTAGAGCTTAAAATATCAAAATTTCGTTTCTGATCAA-T-TATGGGCATAAAAACCA
*
35444 TCTGCACAATTTCAAATTGTGATATC
454 TCTGCACAATTTCAAATTGTGATATA
* * *
35470 AAAACCATTTGCACGGTTTTAATTTTTCATACTTATTTGCTTCAGATGCATTTTCAAGAGGATTC
1 AAAACCATTTGCACGATTTTAATTTTTCATACTTATTTGCTTCAGATGCATTTTTAGGAGGATTC
* * * * *
35535 ATGAATGCTCTA-GGAATTCGCAGGATGTTGTTGATATTTGGATTTCTTTTG-GAAAATCATTGT
66 ATGAATGCTCCAGGGAATTCGCGGGATGTTGTTGATATTTGGATGTCATTTGTG-AAATCGTTGT
* * * *
35598 TGGTGCTTGATGCCATTAACTGTGTGCTAACTTGTTTTTATATATTATGCACACACTCAAAACTC
130 TGGCGCTTGATGCGATTAACTGTGTGCTAACTTGTTTTTATATATTATGCACAAACTCAAAGCTC
** * *
35663 AATGTTCATGAAGCTTTTATGTTTTGCTTTGAAAACCATTTCAGTTGGAGCCGAGCTTTAAAAGT
195 AATGTTTTTGAAGCTTTTATGTTTTGCTTTGAAAACCATTTCTGCTGGAGCCGAGCTTTAAAAGT
*
35728 ATGAAATATTGTTTTTAGCAAGTTTTCAAATGGAAATGAATATCTTGAATCCAATGCTTTAAAAT
260 ATGAAATATTG-TTTTAGCAAGTTTTCAAATGGAAATGAATATCTTGAATCCAATGCTTTAAACT
* *** * * * * ***
35793 TTCTCGGGCACAAAAACATGATAACCTGCATTTGTTTTAATTTTTCATAACATTAAGTGTAAGTT
324 TGCTCAAACACAGAAACATGATAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCACAGTGTTAAGTGTAAGTT
* *
35858 ATGAAGGATTCTAGAGCTTAAAATATCAAAATTTCGTTTCT-AGTTAATTATGGGCATGAAAACC
389 ATGAAGGATTCTAGAGCTTAAAATATCAAAATTTCGTTTCTGA-TCAATTATGGGCATAAAAACC
35922 ATCTGCACAATTTCAAATTGTGATATA
453 ATCTGCACAATTTCAAATTGTGATATA
* * * * * *
35949 AAAACAATTTACGCGATTTTAATTCTCCATACTTATTTGCTTTAGATGCATTTTTAGGAGGA-T-
1 AAAACCATTTGCACGATTTTAATTTTTCATACTTATTTGCTTCAGATGCATTTTTAGGAGGATTC
36012 -TGAATGCTCCAGGGAATTCGCGGGATGTTGTTGATATTTGGATGTCATTTGTGAAATCGTTGTT
66 ATGAATGCTCCAGGGAATTCGCGGGATGTTGTTGATATTTGGATGTCATTTGTGAAATCGTTGTT
36076 GGCGCTTGATGCGATTAACTGTGTGCTAACTTGTTTTTATATATTATGCACAAACTCAAAGCTCA
131 GGCGCTTGATGCGATTAACTGTGTGCTAACTTGTTTTTATATATTATGCACAAACTCAAAGCTCA
* *
36141 ATGTTTTTAAAGCTTTTATGTTTTGCTTTGAAAACCATTTGTGCTGGAGCCGAGCTTTAAAAGTA
196 ATGTTTTTGAAGCTTTTATGTTTTGCTTTGAAAACCATTTCTGCTGGAGCCGAGCTTTAAAAGTA
* * * * * * *
36206 TGAAATATTGTTTTAGTAAGTTTTCACATGAAAATGAATACCATCAATCCAATGCTTTAAAGTTG
261 TGAAATATTGTTTTAGCAAGTTTTCAAATGGAAATGAATATCTTGAATCCAATGCTTTAAACTTG
*
36271 ATCAAA
326 CTCAAA
36277 GTGTAAGTTA
Statistics
Matches: 1541, Mismatches: 199, Indels: 44
0.86 0.11 0.02
Matches are distributed among these distances:
471 14 0.01
472 4 0.00
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474 87 0.06
475 4 0.00
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480 51 0.03
481 68 0.04
ACGTcount: A:0.31, C:0.13, G:0.17, T:0.39
Consensus pattern (479 bp):
AAAACCATTTGCACGATTTTAATTTTTCATACTTATTTGCTTCAGATGCATTTTTAGGAGGATTC
ATGAATGCTCCAGGGAATTCGCGGGATGTTGTTGATATTTGGATGTCATTTGTGAAATCGTTGTT
GGCGCTTGATGCGATTAACTGTGTGCTAACTTGTTTTTATATATTATGCACAAACTCAAAGCTCA
ATGTTTTTGAAGCTTTTATGTTTTGCTTTGAAAACCATTTCTGCTGGAGCCGAGCTTTAAAAGTA
TGAAATATTGTTTTAGCAAGTTTTCAAATGGAAATGAATATCTTGAATCCAATGCTTTAAACTTG
CTCAAACACAGAAACATGATAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCACAGTGTTAAGTGTAAGTTAT
GAAGGATTCTAGAGCTTAAAATATCAAAATTTCGTTTCTGATCAATTATGGGCATAAAAACCATC
TGCACAATTTCAAATTGTGATATA
Found at i:39542 original size:420 final size:420
Alignment explanation
Indices: 38743--39574 Score: 1129
Period size: 420 Copynumber: 2.0 Consensus size: 420
38733 ATTATGATAT
* * * *
38743 AAAAACCATTTGCACGATTTTAATTTTTCACACTTATTTGCTTCAGGTGCATTTTCGGGTGGATT
1 AAAAACCATTTGCACGATTTTAATTTTTCACACTTATTTGCTTCAGATGCATTATCAGGAGGATT
* ** * * *
38808 CATGAATTCTACAAAGAATTCGTGGGATGCTGTTCATATTTTGATGTCATTTGTGAAATTGTTGT
66 CATGAATGCTACAAAGAATTCACGGGATGCTGTTCATATTTGGATGTCATCTGCGAAATTGTTGT
* * *
38873 TGACGCTTAATGCAATTCACTGTGTGCTAAGTTGTTTTTATATATTATGCACAAACTGAAAGCTC
131 TGACGCTTAATGCAATTAACTGTGTGCTAACTTGTTTTCATATATTATGCACAAACTGAAAGCTC
* **
38938 AATGTTTTTGAAGCTTCTATGTTGTGCTTTGAAAACTATTTCTGCTGGAGGGGACCTTTAAATGT
196 AATGTTTTTGAACCTTCTATGTTGTGCTTTGAAAACTATTTCTGCTGGAGCCGACCTTTAAATGT
* * * * *
39003 AATAAATATTGTTTTAGCAAGTTTTCAAATAGAAATGAATATCTTGAATCCAAGGTTTTAAACTT
261 AATAAATATTGTTCTAGCAAGCTTTCAAATAGAAATGAATATCCTCAATCCAAGGCTTTAAACTT
* * * **
39068 GCTCAAACACAGAAACATGATAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATGGTGTTAACTGTAAGTTA
326 GCTCAAACACAGAAACATGATAACTTGAATTGATTTTAATGTTTCACAGTGTTAACTGTAAGTTA
*
39133 TGAAGGATTATGGAGCTTAAAAATAAAAAA
391 TGAAGAATTATGGAGCTTAAAAATAAAAAA
* * *
39163 AAAAACTATTTGCACGATTTTAATTTTTCATATTTATTT-CTTTCAGATGCATTATCAGGAGGAT
1 AAAAACCATTTGCACGATTTTAATTTTTCACACTTATTTGC-TTCAGATGCATTATCAGGAGGAT
* ** *
39227 TCATGAATGCTCCAGGGAATTCACGGGATGCTGTTGATATTTGGATGTCATCTGCGAAATTGTTG
65 TCATGAATGCTACAAAGAATTCACGGGATGCTGTTCATATTTGGATGTCATCTGCGAAATTGTTG
* *
39292 TTGGCTCTTAATGCAATTAACTGTGTGCTAACTTGTTTTCATATATTATGCACAAACTCCG-AA-
130 TTGACGCTTAATGCAATTAACTGTGTGCTAACTTGTTTTCATATATTATGCACAAACT--GAAAG
* * * *
39355 TTCAATGTTTTTGAACCTTTTATGTTTTGCTTTGAAAA-TCATTTCTGCTGGAGCCGAGCTTTAA
193 CTCAATGTTTTTGAACCTTCTATGTTGTGCTTTGAAAACT-ATTTCTGCTGGAGCCGACCTTTAA
* * *
39419 GA-GT-ATGAAATATTGTTCTAGCAAGCTTTCAAATGGAAGTGAATATCCTCAATCCAATGCTTT
257 -ATGTAAT-AAATATTGTTCTAGCAAGCTTTCAAATAGAAATGAATATCCTCAATCCAAGGCTTT
* * *
39482 AAAGTTGCTCAAATAC-GAAAACATGATAACTTGAATTGATTTTAATGTTTCACAGTGTTAAGTG
320 AAACTTGCTCAAACACAG-AAACATGATAACTTGAATTGATTTTAATGTTTCACAGTGTTAACTG
*
39546 TAAGTTATGAAGAATTCTGGAGCTTAAAA
384 TAAGTTATGAAGAATTATGGAGCTTAAAA
39575 TATCAAATTT
Statistics
Matches: 358, Mismatches: 47, Indels: 14
0.85 0.11 0.03
Matches are distributed among these distances:
419 5 0.01
420 349 0.97
421 3 0.01
422 1 0.00
ACGTcount: A:0.31, C:0.13, G:0.18, T:0.38
Consensus pattern (420 bp):
AAAAACCATTTGCACGATTTTAATTTTTCACACTTATTTGCTTCAGATGCATTATCAGGAGGATT
CATGAATGCTACAAAGAATTCACGGGATGCTGTTCATATTTGGATGTCATCTGCGAAATTGTTGT
TGACGCTTAATGCAATTAACTGTGTGCTAACTTGTTTTCATATATTATGCACAAACTGAAAGCTC
AATGTTTTTGAACCTTCTATGTTGTGCTTTGAAAACTATTTCTGCTGGAGCCGACCTTTAAATGT
AATAAATATTGTTCTAGCAAGCTTTCAAATAGAAATGAATATCCTCAATCCAAGGCTTTAAACTT
GCTCAAACACAGAAACATGATAACTTGAATTGATTTTAATGTTTCACAGTGTTAACTGTAAGTTA
TGAAGAATTATGGAGCTTAAAAATAAAAAA
Found at i:40009 original size:899 final size:891
Alignment explanation
Indices: 34558--42372 Score: 5986
Period size: 899 Copynumber: 8.4 Consensus size: 891
34548 ATTTGCTTCA
* * *
34558 GATGCATTTTCAGGAGGATTCATGAATGCTTCAAGGAATTCGCGGGATGCTGTT-ATATTTGGAT
1 GATGCATTTTCAGGAGGATTCATGAATGCTCCAGGGAATTCACGGGATGCTGTTGATATTTGGAT
* * * *
34622 GTCATTTGTGAAATTGTTGTCGGCACTTGATGCGATTAACTATGTGCTAACTTGTTTTTATATAT
66 GTCATTTGCGAAATTGTTGTTGGCACTTAATGCGATTAACTGTGTGCTAACTTGTTTTTATATAT
* * *
34687 TATGCACAAACTCAAAATTCAATGTTTTCGAAGCTTTTATGTTTTGCTTTTAAAATCATTTCTGT
131 TATGCACAAACTCAAAATTCAATGTTTTTGAAGCTTTTATGTTTTGCTTTGAAAATCATTTCTGC
* * * *
34752 TGGAGCCGAGCTTTAAAAGTATGAAATATTGTTCTAGCAAATTTTAAAATGGAGAT-AATATCAT
196 TGGAGCCGAGCTTT-AAAGTATGAAATATTGTT-TAGCAAGTTTTCAAATGGAAATGAATATCTT
* * * *
34816 CAATCCAATGCTTTAAAGTTGATCAAACATAA-AAACATGATAACTTGTATTGGTTTTAATTTTT
259 CAATCCAATGCTTTAAACTTGCTCAAACACAAGAAACATGATAACTTGCATTGGTTTTAATTTTT
* * * * * *
34880 CACAGTTTTAAGTGTAAGTTATGAAGGATTCTAGAGCTTAAAGTATCAAAATTTCGTTTCTGATC
324 CACAGTGTTAAGTGTAAGTTATGAAAGATTCTGGAGCTTAAAATATCAAATTTTCGTTTCTGAAC
* ** *
34945 AATTATGGGCGTCAAAACCATCTGCCTATTTTCAAATTGTGATATAAAAATAATTTGCGCGATTT
389 -ATTAT--GC-T--TAACCATCTG-----TTTCAAATTGTGATATAAAAACCATTTGCACGATTT
*** * * * ** **
35010 TAATTCACCATACTTATTTGCTTTAGATGCATTTTTAAGAGGATTCGTGAATGCTTTAGGGAATT
443 TAATTTTTCATACTTATTTGCTTTAGATGCATTTTCAGGAGGATTCATGAATGCTCCAAAGAATT
* * * * * * * * *
35075 CGCTGAACGTTGTTAATATTTGGATGTCATTTGTGAAATCATTGTTGACGCTTGATGCGATTAAC
508 CGCGGGATGCTGTTGATATTTGGATGTCATTTGTGAAATCGTTGTTGGCACTTGATGCAATTAAC
*
35140 TGTGTGCTAACTTGTTTTTATATATTATGCACAAACTCAAAGCTCAATGTTTTTAAAGCTTTTAT
573 TGTGTGCTAACTTGTTTTTATATATTATGCACAAACTCAAAGCTCAATGTTTTTGAAGCTTTTAT
* * ** *
35205 GTTTTGCTTTGAAAACCATTTGTGCTGGAGCTAAGCTTTAAAAGTATTAAATATTGTTTTAGCAA
638 GTTTTGCTTTGAAAATCATTTCTGCTGGAGCCGAGCTTTAAAAGTATAAAATATTGTTTTAGCAA
* *
35270 GTTTTCAAATGAAAATGAAATCTTGAATCCAATGCTTTAAACTTGCTTAAACACAGAAACATGAT
703 GTTTT-AAACGAAAATGAAATCTTGAATCCAATGCTTTAAACTTGCTCAAACACAGAAACATGAT
* * *
35335 AACTTGTATTAG-TTTAATTTTTCACAGTGTTAAGTGTAAGATATGAAGGATTCTGGAGCTTAAA
767 AACTTGTATTGGTTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGTAAGATATGAAGGATTATGGAGCTT-AA
*
35399 ATATCAAAATTTCGTTTCTGATCAATTATATGGGTATAAAAACCATCT-GCACAATTTCAAATTG
831 A-AT----A---------T-AT-AA--ATA-----A-AAAAACCAT-TGGCACAATTT-TAATT-
* *
35463 TGATATCAAAACCATTTGCACGGTTTTAATTTTTCATACTTATTTGCTTC
869 T--T-TC---A-TATTT--A------T-A-----C---C--ATTTGC-AC
* * * * *
35513 AGATGCATTTTCAAGAGGATTCATGAATGCTCTA-GGAATTCGCAGGATGTTGTTGATATTTGGA
1 -GATGCATTTTCAGGAGGATTCATGAATGCTCCAGGGAATTCACGGGATGCTGTTGATATTTGGA
* * ** ** * *
35577 TTTCTTTTG-GAAAATCATTGTTGGTGCTTGATGCCATTAACTGTGTGCTAACTTGTTTTTATAT
65 TGTCATTTGCG-AAATTGTTGTTGGCACTTAATGCGATTAACTGTGTGCTAACTTGTTTTTATAT
* * ** * *
35641 ATTATGCACACACTCAAAACTCAATGTTCATGAAGCTTTTATGTTTTGCTTTGAAAACCATTTCA
129 ATTATGCACAAACTCAAAATTCAATGTTTTTGAAGCTTTTATGTTTTGCTTTGAAAATCATTTCT
*
35706 GTTGGAGCCGAGCTTTAAAAGTATGAAATATTGTTTTTAGCAAGTTTTCAAATGGAAATGAATAT
194 GCTGGAGCCGAGCTTT-AAAGTATGAAATATTG--TTTAGCAAGTTTTCAAATGGAAATGAATAT
* * * *** * *
35771 CTTGAATCCAATGCTTTAAAATTTCTCGGGCACAA-AAACATGATAACCTGCATTTGTTTTAATT
256 CTTCAATCCAATGCTTTAAACTTGCTCAAACACAAGAAACATGATAACTTGCATTGGTTTTAATT
* *** * * *
35835 TTTCATAACATTAAGTGTAAGTTATGAAGGATTCTAGAGCTTAAAATATCAAAATTTCGTTTCTA
321 TTTCACAGTGTTAAGTGTAAGTTATGAAAGATTCTGGAGCTTAAAATATCAAATTTTCGTTTCT-
* * * * *
35900 GTTA-ATTATGGGCATGAAAACCATCTGCACAATTTCAAATTGTGATATAAAAACAATTTACGCG
385 G-AACATTAT--GC-T--TAACCATCTG-----TTTCAAATTGTGATATAAAAACCATTTGCACG
* * * **
35964 ATTTTAATTCTCCATACTTATTTGCTTTAGATGCATTTTTAGGAGGA-T--TGAATGCTCCAGGG
439 ATTTTAATTTTTCATACTTATTTGCTTTAGATGCATTTTCAGGAGGATTCATGAATGCTCCAAAG
* * *
36026 AATTCGCGGGATGTTGTTGATATTTGGATGTCATTTGTGAAATCGTTGTTGGCGCTTGATGCGAT
504 AATTCGCGGGATGCTGTTGATATTTGGATGTCATTTGTGAAATCGTTGTTGGCACTTGATGCAAT
*
36091 TAACTGTGTGCTAACTTGTTTTTATATATTATGCACAAACTCAAAGCTCAATGTTTTTAAAGCTT
569 TAACTGTGTGCTAACTTGTTTTTATATATTATGCACAAACTCAAAGCTCAATGTTTTTGAAGCTT
* * *
36156 TTATGTTTTGCTTTGAAAACCATTTGTGCTGGAGCCGAGCTTTAAAAGTATGAAATATTGTTTTA
634 TTATGTTTTGCTTTGAAAATCATTTCTGCTGGAGCCGAGCTTTAAAAGTATAAAATATTGTTTTA
* * * * * * * * **
36221 GTAAGTTTTCACATGAAAATGAATACCATCAATCCAATGCTTTAAAGTTGATC-AA-AGTGTAAG
699 GCAAGTTTT-AAACGAAAATGAA-ATCTTGAATCCAATGCTTTAAACTTGCTCAAACACAG-AA-
** * * * ** * * ** * ** * * * ** * *
36284 TTATGAAAGATTCTGGAGCTTAAAATATCAAAATTTCGTTTCTGATCAATTATGGGCACCA-AAA
760 ACATGATA-ACT-TGTA--TT--GGTTTTAATTTTTC-ATAGTG-TTAAGTGTAAG-A-TATGAA
** * * ** * * * * ** * *
36348 CCATCTGTCGAATTTGAAAT-TAT-GATATAAAAACCATTTGCATGATTTTAATTTTTCACACTT
815 GGAT-TATGGAGCTTAAAATATATAAATAAAAAAACCATTGGCACAATTTTAATTTTTCATATTT
**
36411 ATTTGC-TTT--A-
879 A-TACCATTTGCAC
* * * ** *
36421 GATGCATTTTCGGGAGGCTTCATGGATGCTGCC-GGGAATTCGTGGGATGCTGTTGATATTTTGA
1 GATGCATTTTCAGGAGGATTCATGAATGCT-CCAGGGAATTCACGGGATGCTGTTGATATTTGGA
* * * * *
36485 TGTCATTTGTGAAATTGTTGTTGGCGCTTTAATGCAATTCACTGTGTGCTAACTTGTTATTATAT
65 TGTCATTTGCGAAATTGTTGTTGGCAC-TTAATGCGATTAACTGTGTGCTAACTTGTTTTTATAT
** * * * * *
36550 ATTATGCACAAACTCAAAGCTCAATGTTTTTGAAGCTTTTATGTTGTGTTTTCAGAACCATTTCT
129 ATTATGCACAAACTCAAAATTCAATGTTTTTGAAGCTTTTATGTTTTGCTTTGAAAATCATTTCT
* * *
36615 GCTGGGGGCGAGCTTTAAATGTAAT-AAATATCGTTTTAGCAAGTTTTCAAATGGAAATGAATAT
194 GCTGGAGCCGAGCTTTAAA-GT-ATGAAATATTG-TTTAGCAAGTTTTCAAATGGAAATGAATAT
** * * * *
36679 CTTGTACCCAATGCTTTAAACTTGCTGAAACAC-AGAAACATGATAACTTGCATTTGTTTTTATT
256 CTTCAATCCAATGCTTTAAACTTGCTCAAACACAAGAAACATGATAACTTGCA-TTGGTTTTAAT
* * * * * *
36743 TTTTCATAGTGTTAAGTATAAGTTATGGAGGATTCTAGAGCTTAAAATATCAAAATTTT-GGTTC
320 TTTTCACAGTGTTAAGTGTAAGTTATGAAAGATTCTGGAGCTTAAAATATC-AAATTTTCGTTTC
* * * *
36807 TGAACCA-TCTGC---A-CA---ATTTCAAATTGTGATATAAAAACCATTTGCATGATTCTAATT
384 TGAA-CATTATGCTTAACCATCTGTTTCAAATTGTGATATAAAAACCATTTGCACGATTTTAATT
* * * *
36864 TTTCATACTTATTTGCTTTAGATGCTTTTTCTA-GAGAATTCATGAATGCTCCAAGGAATTCGCA
448 TTTCATACTTATTTGCTTTAGATGCATTTTC-AGGAGGATTCATGAATGCTCCAAAGAATTCGCG
* *
36928 GGATGCTGTTGATATTTGGATGTCATTTGTGAAATCGTTGTTGGCACTTGGTGCAATTAGCTGTG
512 GGATGCTGTTGATATTTGGATGTCATTTGTGAAATCGTTGTTGGCACTTGATGCAATTAACTGTG
* * *
36993 TGTTAACTTGTTTTTATATATTATGCACAAACTCAAAGGTCAATCTTTTTGAAGCTTTTATGTTT
577 TGCTAACTTGTTTTTATATATTATGCACAAACTCAAAGCTCAATGTTTTTGAAGCTTTTATGTTT
* * * * * * *
37058 TGTTTTGAAAACCATATCTGCTGGACCCGATCTTTAAAAGTATCAAATATTGTTTTAGCAAGCTG
642 TGCTTTGAAAATCATTTCTGCTGGAGCCGAGCTTTAAAAGTATAAAATATTGTTTTAGCAAG-TT
* * * * * *
37123 TCAGATGGAAATTAATATCTTGAATCCAATGCTTTAAACTTGCTTAAACACAGAAACATGATAAC
706 TTAAACGAAAATGAA-ATCTTGAATCCAATGCTTTAAACTTGCTCAAACACAGAAACATGATAAC
* * * * * *
37188 TTGCATTGGTTTTAATTTTTCATGGTGTTAATTGTAAGTTATGAAAGATTCTGGAGCTTAAAATA
770 TTGTATTGGTTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGTAAGATATGAAGGATTATGGAGCTTAAAATA
* * * * *
37253 TCAATATTTCATTTCTGAACAATCTGCACAATTTTCAAATTGTGATATAAAAACAATTTGCACTA
835 T--ATA----A---AT-AA-AA-----A-AA----C-CATTG-G-------CACAATTT-TAAT-
* * *
37318 TTTTAATTTTTCATACTTATTTGCTTTA-
868 TTTTCATATTT-ATAC-CATTTGC---AC
* * ** * *
37346 GATGCATTTTTTAGGAGGATTCGTGAATGCTCCAGGGAATTTGCGGGACGTTGTTGATATTTGGA
1 GATGCA-TTTTCAGGAGGATTCATGAATGCTCCAGGGAATTCACGGGATGCTGTTGATATTTGGA
* * ** * *
37411 TGTCATTTGTGAAATCGTTGTTGGGGCTTGATGCGATTAACTTTGTGCTAACTTGTTTTTATATA
65 TGTCATTTGCGAAATTGTTGTTGGCACTTAATGCGATTAACTGTGTGCTAACTTGTTTTTATATA
** *
37476 TTATGCACAAACTCAAAGCTCAATGTTTTTAAAGCTTTTATGTTTTGCTTTGAAAATCATTTCTG
130 TTATGCACAAACTCAAAATTCAATGTTTTTGAAGCTTTTATGTTTTGCTTTGAAAATCATTTCTG
* *
37541 CCGGAGCCGAGCTTTAAAAGTATGAAATATTGTTTTAGCAAGTTTTCAAATGAAAATGAA-ATCT
195 CTGGAGCCGAGCTTT-AAAGTATGAAATATTG-TTTAGCAAGTTTTCAAATGGAAATGAATATCT
* *
37605 TGAATCCAATGCTTTAAACTTGCTCAAACAC-ATAAACATGATAACTTGCATTGGTTTTAATTTT
258 TCAATCCAATGCTTTAAACTTGCTCAAACACAAGAAACATGATAACTTGCATTGGTTTTAATTTT
* * * *
37669 T--CAGTGTTAAGTGTAAGATATGAAGGATTCTAGAGCGTAAAATATCAAATTTTCGTTTCT-AA
323 TCACAGTGTTAAGTGTAAGTTATGAAAGATTCTGGAGCTTAAAATATCAAATTTTCGTTTCTGAA
* * *
37731 TCAATTATAGGTATAAAAACCATCTGCACAATTTCAAATTGTGATACAAAAACCATTTGCACGGT
388 -C-ATTAT-GCT-T---AACCATCTG-----TTTCAAATTGTGATATAAAAACCATTTGCAC-GA
* * * *
37796 TTTTACATTTTTCATACTTATTTG-TTCAGATGC-TTTTTAGGAGGATCTCCATTTAACGCTCCA
440 TTTTA-ATTTTTCATACTTATTTGCTTTAGATGCATTTTCAGGAGGAT-T-CA-TGAATGCTCCA
** * * * * *
37859 GGGAATTCACGGGATGTTGTTTGATATTTGGAATTTCCTTTGTTGAAATTCGTTTGTTGGTACTT
501 AAGAATTCGCGGGATGCTG-TTGATATTTGG-ATGTCATTTG-TGAAA-TCG-TTGTTGGCACTT
* * * * **
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561 GATGCAATTAACTGTGTGCTAACTTGTTTTTATATATTATGCACAAACTCAAAGCTCAATGTTTT
* * * ** ** *
37989 TGAAGCCTTTATGTTTTGCTTTGAAAACCATTTCAGCTAAAGGAGAGCTTTAAAAGTATGAAATA
626 TGAAGCTTTTATGTTTTGCTTTGAAAATCATTTCTGCTGGAGCCGAGCTTTAAAAGTATAAAATA
* * * * * *
38054 CTGTTTTACCAAGTTTTCAAATGGAAATGAATATCTTGAATCCAATGCTTTAAAATTTCTCAAAC
691 TTGTTTTAGCAAGTTTT-AAACGAAAATGAA-ATCTTGAATCCAATGCTTTAAACTTGCTCAAAC
* * ** ** * *
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754 ACAGAAACATGATAACTTGTATTGGTTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGTAAGATATGAAGGAT
* *
38184 TTTAGAGCTTAAAATATCA-AAATTTCTTTTCTGGTTAATTATGGGCATGAAAACCA-TGTGCAC
819 TATGGAGCTTAAAATAT-ATAAA-------------T-A--A-----A--AAAACCATTG-GCAC
* * *
38247 AATTTCAAATTGTGATATAAAACCATTTGCACGATTTTAATTTTTGAGACTTATTTGCTTC
859 AATTT-TAATT-T--T-T-----CA--T-----A-TTT-A----T---AC-CATTTGC-AC
* * ** *
38308 AGATGCATTTTCAGGAGGATTCATGAATGCTCGAAGGAATTCGTGGGATACTGTTGATATTTGGA
1 -GATGCATTTTCAGGAGGATTCATGAATGCTCCAGGGAATTCACGGGATGCTGTTGATATTTGGA
* *
38373 TGTCATTTGCGAAATTGTTGTTGGCACTTGATGCGATTAACTGTGTGCTAACTTATTTTTATATA
65 TGTCATTTGCGAAATTGTTGTTGGCACTTAATGCGATTAACTGTGTGCTAACTTGTTTTTATATA
* * * *
38438 TTATGCACAAACTTAAAATTCAATGTTTTTGAAGCTTTTGTGTTTTGCTTTGAAAATAATTTCTA
130 TTATGCACAAACTCAAAATTCAATGTTTTTGAAGCTTTTATGTTTTGCTTTGAAAATCATTTCTG
* ** * *
38503 CTGGAGCTGAGCTTTAACAGTATGAAATATTGTTCTAGCAAAATTTCAAATGGAAACGAATATCA
195 CTGGAGCCGAGCTTTAA-AGTATGAAATATTGTT-TAGCAAGTTTTCAAATGGAAATGAATATCT
* * * *
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258 TCAATCCAATGCTTTAAACTTGCTCAAACACAAGAAACATGATAACTTGCATTGGTTTTAATTTT
* * * * * *
38632 TCACAATGTTAAGTGTATGTTATGAAGGATTCTGGAGCTTAAAATATAAAAATTTT-GTATGTGA
323 TCACAGTGTTAAGTGTAAGTTATGAAAGATTCTGGAGCTTAAAATAT-CAAATTTTCGTTTCTGA
* *
38696 TGA-ATTATGGGCATCAAAACCATCTGCCTAATTTCAAATTATGATATAAAAACCATTTGCACGA
387 --ACATTAT--GC-T--TAACCATCTG-----TTTCAAATTGTGATATAAAAACCATTTGCACGA
* * * * * * *
38760 TTTTAATTTTTCACACTTATTTGCTTCAGGTGCATTTTCGGGTGGATTCATGAATTCTACAAAGA
440 TTTTAATTTTTCATACTTATTTGCTTTAGATGCATTTTCAGGAGGATTCATGAATGCTCCAAAGA
* * * * * * *
38825 ATTCGTGGGATGCTGTTCATATTTTGATGTCATTTGTGAAATTGTTGTTGACGCTTAATGCAATT
505 ATTCGCGGGATGCTGTTGATATTTGGATGTCATTTGTGAAATCGTTGTTGGCACTTGATGCAATT
* * * *
38890 CACTGTGTGCTAAGTTGTTTTTATATATTATGCACAAACTGAAAGCTCAATGTTTTTGAAGCTTC
570 AACTGTGTGCTAACTTGTTTTTATATATTATGCACAAACTCAAAGCTCAATGTTTTTGAAGCTTT
* ** * *
38955 TATGTTGTGCTTTGAAAA-CTATTTCTGCTGGAGGGGACCTTTAAATGTA-ATAAATATTGTTTT
635 TATGTTTTGCTTTGAAAATC-ATTTCTGCTGGAGCCGAGCTTTAAAAGTATA-AAATATTGTTTT
* * *
39018 AGCAAGTTTTCAAA-TAGAAATGAATATCTTGAATCCAAGGTTTTAAACTTGCTCAAACACAGAA
698 AGCAAGTTTT-AAACGA-AAATGAA-ATCTTGAATCCAATGCTTTAAACTTGCTCAAACACAGAA
* * * *
39082 ACATGATAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATGGTGTTAACTGTAAGTTATGAAGGATTATGGA
760 ACATGATAACTTGTATTGGTTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGTAAGATATGAAGGATTATGGA
* * * **
39147 GCTTAAAA-ATA-AAA-AAAAAAACTATTTGCACGATTTTAATTTTTCATATTTATTTC-TTT-C
825 GCTTAAAATATATAAATAAAAAAACCATTGGCACAATTTTAATTTTTCATATTTATACCATTTGC
39207 A-
890 AC
*
39208 GATGCATTATCAGGAGGATTCATGAATGCTCCAGGGAATTCACGGGATGCTGTTGATATTTGGAT
1 GATGCATTTTCAGGAGGATTCATGAATGCTCCAGGGAATTCACGGGATGCTGTTGATATTTGGAT
* * * *
39273 GTCATCTGCGAAATTGTTGTTGGCTCTTAATGCAATTAACTGTGTGCTAACTTGTTTTCATATAT
66 GTCATTTGCGAAATTGTTGTTGGCACTTAATGCGATTAACTGTGTGCTAACTTGTTTTTATATAT
** *
39338 TATGCACAAACTCCGAATTCAATGTTTTTGAACCTTTTATGTTTTGCTTTGAAAATCATTTCTGC
131 TATGCACAAACTCAAAATTCAATGTTTTTGAAGCTTTTATGTTTTGCTTTGAAAATCATTTCTGC
* * *
39403 TGGAGCCGAGCTTTAAGAGTATGAAATATTGTTCTAGCAAGCTTTCAAATGGAAGTGAATATCCT
196 TGGAGCCGAGCTTTAA-AGTATGAAATATTGTT-TAGCAAGTTTTCAAATGGAAATGAATATCTT
* * * * * *
39468 CAATCCAATGCTTTAAAGTTGCTCAAATACGA-AAACATGATAACTTGAATTGATTTTAATGTTT
259 CAATCCAATGCTTTAAACTTGCTCAAACACAAGAAACATGATAACTTGCATTGGTTTTAATTTTT
*
39532 CACAGTGTTAAGTGTAAGTTATG-AAGAATTCTGGAGCTTAAAATATCAAATTTTCGTTTCTGAT
324 CACAGTGTTAAGTGTAAGTTATGAAAG-ATTCTGGAGCTTAAAATATCAAATTTTCGTTTCTGAA
* *
39596 CGATTATGGGCTTTAAAACCATCTGCCTAAATTCAAATTGTGGTATAAAAACCATTTGCATGATT
388 C-ATTAT--GC-TT--AACCATCTG--T---TTCAAATTGTGATATAAAAACCATTTGCACGATT
*
39661 TTAATTTTTCATACTTATTTGCTTTAGATGCATTTTCAGGAGGATTCATGAATGCTCCAAGGAAT
442 TTAATTTTTCATACTTATTTGCTTTAGATGCATTTTCAGGAGGATTCATGAATGCTCCAAAGAAT
* * * * *
39726 TTGCGGGATGCTGTTGATAATTGGATGTCATTTGTGAAATTGTTGTTGGGACTTCATGCAATTAA
507 TCGCGGGATGCTGTTGATATTTGGATGTCATTTGTGAAATCGTTGTTGGCACTTGATGCAATTAA
* * * ** *
39791 CTGTGTGCTAACATGCTTTTATATATTATTCACAAACTCAAAATTCAATGTTTTTTAAGCTTTTA
572 CTGTGTGCTAACTTGTTTTTATATATTATGCACAAACTCAAAGCTCAATGTTTTTGAAGCTTTTA
* * * *
39856 TGCTTTGCTTTAAAAATCTTTTCTGCTGGAGCCGAGCTTTAAAAGTATAAAATATTGTTTTAGAA
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* * ** * * * * *
39921 ACTTTTGAAATGTGAATGAATATCATCAATCCAATGCTTTAAAGTTGATCAAACA-TGAAAACAT
702 AGTTTT-AAACGAAAATGAA-ATCTTGAATCCAATGCTTTAAACTTGCTCAAACACAG-AAACAT
* * * * *
39985 GATAACTTGAATTGGTTTTAATTTTTCACAGTGTTAAGTGTAA-ATTACGAAGGATTCTAGAGCT
764 GATAACTTGTATTGGTTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGTAAGA-TATGAAGGATTATGGAGCT
*
40049 TAAAATATTAGAATTTCATTTCTGATCAATTATGGGCATCAAAACTATCTCCTAATT-TCA-AAT
828 T-AAA-A-T---A--T-A----T-A--AA-TA-----A--AAAA--A---CC--ATTGGCACAAT
* * * *
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862 T-T--T------A--A--T------TTTTCATATTT-ATACCATTTGC-AC
* ** *
40163 ATATGCATTTTCAGGAGGATTCATGAATGCTCCAGGGAATTCACTAGTTGCTGTTGATATGTT-G
1 -GATGCATTTTCAGGAGGATTCATGAATGCTCCAGGGAATTCACGGGATGCTGTTGATAT-TTGG
* * *
40227 ATGTCATTTGTGAAATTGTTGTTGGCACTTATTGCGATTCACTGTGTGCTAACTTG-TTTTATAT
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** ** * * * *
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* * *
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* * *
40420 CTTGAATCCAATGCTTTAAACTTGTTCAAATA-AAGAAACATGATAACTTGCATTGGTTTTAATT
256 CTTCAATCCAATGCTTTAAACTTGCTCAAACACAAGAAACATGATAACTTGCATTGGTTTTAATT
* * *
40484 TTTCACAGTGTTAAGTGTAAGTTATGAAAGATTATGCAGCTTAAAATATCAAAATTTCGTTTCTG
321 TTTCACAGTGTTAAGTGTAAGTTATGAAAGATTCTGGAGCTTAAAATATCAAATTTTCGTTTCTG
* * *
40549 AACCTTCTGC---ACAAT-TG---CAAATTGTGATAT--AAA--A-----AC-----T-A-TTTT
386 AACATTATGCTTAACCATCTGTTTCAAATTGTGATATAAAAACCATTTGCACGATTTTAATTTTT
* ** *
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* * * ** *
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581 AACTTGTTTTTATATATTATGCACAAACTCAAAGCTCAATGTTTTTGAAGCTTTTATGTTTTGCT
* * * *
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*
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773 TATTGGTTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGTAAGATATGAAGGATTATGGAGCTTAAAATAT--
* * * * * * **
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*
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* * ** * * *
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1 GATGCATTTTCAGGAGGATTCATGAATGCTCCAGGGAATTCACGGGATGCTGTTGATATTTGGAT
** * *
41119 GTCATTTGTTAAATTGTTGTTGGCACTTGATGCGATTAACTGTGTGCGAACTTGTTTTTATATAT
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* * * *
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* * * **
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* *
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** * * * * **
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* * * * *
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* * * ** * * *
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* * **
41564 GTTGTTGATATTTGGATGTTATTTGTGAAATCGTTGTTGGCACTTGATGGGATTAACTGTGTGCT
516 GCTGTTGATATTTGGATGTCATTTGTGAAATCGTTGTTGGCACTTGATGCAATTAACTGTGTGCT
* *
41629 AACTTGTTTTTGTATATTATGCACAAACTCAAAGCTCAATGTTTTTAAAGCTTTTATGTTTTGCT
581 AACTTGTTTTTATATATTATGCACAAACTCAAAGCTCAATGTTTTTGAAGCTTTTATGTTTTGCT
* *
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646 TTGAAAATCATTTCTGCTGGAGCCGAGCTTTAAAAGTATAAAATATTGTTTTAGCAAGT-TTTAA
* *
41759 ACGAAAATGAAATCTTGAATCCAATGCTTTATACTTGCTTAAACACAGAAACATGATAACTTGTA
710 ACGAAAATGAAATCTTGAATCCAATGCTTTAAACTTGCTCAAACACAGAAACATGATAACTTGTA
*
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775 TTGGTTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGTAAGATATGAAGGATTATGGAGCTTAAAATAT---A
41887 TTTTCGTTTTTGATCAATTATGGGTATAAAAACCATCT-GCACAATTTCAAATTGTGATATGAAA
837 ----------T-A--AA-TA-----A-AAAAACCAT-TGGCACAA--T----TT-T-A-AT----
* *
41951 ACCATTTGCATGATTTGAATTTTTCATACTTATTTGCTTTA-
868 ----TTT---TCA--T--A--TTT-ATAC-CATTTGC---AC
** * * * *
41992 GATGCATTTTCAGCCGGATTCATCAATGCTCCAGGAAATTCGA-GTGATGTTGTTGATATTTGGA
1 GATGCATTTTCAGGAGGATTCATGAATGCTCCAGGGAATTC-ACGGGATGCTGTTGATATTTGGA
** * * * * **
42056 TGTCATTTGTTAAATTGTAGTTGGTACTTGATGCGATTAACTGTGTGCGATTAAC-TGTGTGCAT
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*
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* * * * * *
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** * ** *
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* * * *
42306 TTTTTCACAGTGTTAAGTGTAAGTTATGAAGGATTCT-AAGCTTAAAATATCAAAATTTCCTTTC
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384 TGA
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Statistics
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TTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGTAAGATATGAAGGATTATGGAGCTTAAAATATATAAATAAAA
AAACCATTGGCACAATTTTAATTTTTCATATTTATACCATTTGCAC
Found at i:40922 original size:445 final size:450
Alignment explanation
Indices: 36395--42372 Score: 5125
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36385 TTGCATGATT
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* * * * * *
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* *
36524 CACTGTGTGCTAACTTGTTATTATATATTATGCACAAACTCAAAGCTCAATGTTTTTGAAGCTTT
129 AACTGTGTGCTAACTTGTTTTTATATATTATGCACAAACTCAAAGCTCAATGTTTTTGAAGCTTT
* * * * * * * * *
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* * * *
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258 GCAAGTTTTCAAATGAAAATGAATATCTTGAATCCAATGCTTTAAACTTGCTTAAACACAGAAAC
* * * * * * * *
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323 ATGATAACTTGCA-TTGGTTTTAATTTTTCACAGTGTTAAGTGTAAGTTATGAAAGATTATGGAG
* *
36783 CTTAAAATATCAAAATTTTGGTTCTGAACCATCTGCACAATTTCAAATTGTGATATAAAAACCAT
387 CTTAAAATATCAAAATTTCGTTTCTGAACCATCTGCACAATTTCAAATTGTGATATAAAAA--A-
36848 TTGC
449 -T-C
* *
36852 ATGATTCTAATTTTTCATACTTATTTGCTTTAGATGCTTTTTCTA-GAGAATTCATGAATGCTCC
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* * *
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* * * * *
36980 GCAATTAGCTGTGTGTTAACTTGTTTTTATATATTATGCACAAACTCAAAGGTCAATCTTTTTGA
123 GCGATTAACTGTGTGCTAACTTGTTTTTATATATTATGCACAAACTCAAAGCTCAATGTTTTTGA
* * * * * *
37045 AGCTTTTATGTTTTGTTTTGAAAACCATATCTGCTGGACCCGATCTTTAAAAGTATCAAATATTG
188 AGCTTTTATGTTTTGCTTTGAAAATCATTTCTGCTGGAGCCGAGCTTTAAAAGTATGAAATATTG
* * * * *
37110 TTTTAGCAAGCTGTCAGATGGAAATTAATATCTTGAATCCAATGCTTTAAACTTGCTTAAACACA
253 TTTTAGCAAGTTTTCAAATGAAAATGAATATCTTGAATCCAATGCTTTAAACTTGCTTAAACACA
** * *
37175 GAAACATGATAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATGGTGTTAATTGTAAGTTATGAAAGATTCT
318 GAAACATGATAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCACAGTGTTAAGTGTAAGTTATGAAAGATTAT
* * *
37240 GGAGCTTAAAATATCAATATTTCATTTCTGAACAATCTGCACAATTTTCAAATTGTGATATAAAA
383 GGAGCTTAAAATATCAAAATTTCGTTTCTGAACCATCTGCACAA-TTTCAAATTGTGATAT-AAA
37305 ACAATTTGCAC
446 A-AA--T---C
* *
37316 TATTTTAATTTTTCATACTTATTTGCTTTAGATGCATTTTTTAGGAGGATTCGTGAATGCTCCAG
1 ----TTAATTTTTCATACTTATTTGCTTTAGATGCA-TTTTCAGGAGGATTCATGAATGCTCCAG
* * * * * **
37381 GGAATTTGCGGGACGTTGTTGATATTTGGATGTCATTTGTGAAATCGTTGTTGGGGCTTGATGCG
61 GGAATTCGCGAGATGCTGTTGATATTTGGATGTCATTTGTGAAATTGTTGTTGGCACTTGATGCG
* *
37446 ATTAACTTTGTGCTAACTTGTTTTTATATATTATGCACAAACTCAAAGCTCAATGTTTTTAAAGC
126 ATTAACTGTGTGCTAACTTGTTTTTATATATTATGCACAAACTCAAAGCTCAATGTTTTTGAAGC
*
37511 TTTTATGTTTTGCTTTGAAAATCATTTCTGCCGGAGCCGAGCTTTAAAAGTATGAAATATTGTTT
191 TTTTATGTTTTGCTTTGAAAATCATTTCTGCTGGAGCCGAGCTTTAAAAGTATGAAATATTGTTT
* *
37576 TAGCAAGTTTTCAAATGAAAATGAA-ATCTTGAATCCAATGCTTTAAACTTGCTCAAACACATAA
256 TAGCAAGTTTTCAAATGAAAATGAATATCTTGAATCCAATGCTTTAAACTTGCTTAAACACAGAA
* * * *
37640 ACATGATAACTTGCATTGGTTTTAATTTTT--CAGTGTTAAGTGTAAGATATGAAGGATTCTAGA
321 ACATGATAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCACAGTGTTAAGTGTAAGTTATGAAAGATTATGGA
* *
37703 GCGTAAAATATCAAATTTTCGTTTCTAATCAATTATAGGTATAAAAACCATCTGCACAATTTCAA
386 GCTTAAAATATCAAAATTTCG--T-T--TC-----T--G------AACCATCTGCACAATTTCAA
*
37768 ATTGTGATACAAAAACCATTTGCAC
433 ATTGTGATATAAAAA--A--T---C
* * * *
37793 GGTTTTTACATTTTTCATACTTATTTG-TTCAGATGC-TTTTTAGGAGGATCTCCATTTAACGCT
1 -----TTA-ATTTTTCATACTTATTTGCTTTAGATGCATTTTCAGGAGGAT-T-CA-TGAATGCT
* * * * * *
37856 CCAGGGAATTCACGGGATGTTGTTTGATATTTGGAATTTCCTTTGTTGAAATTCGTTTGTTGGTA
57 CCAGGGAATTCGCGAGATGCTG-TTGATATTTGG-ATGTCATTTG-TGAAATT-G-TTGTTGGCA
* * * * *
37921 CTTGATGCAATTAACTATGTGCTAACTTGTTTTTCTATATTATGCACATACTCAAAACTCAATGT
117 CTTGATGCGATTAACTGTGTGCTAACTTGTTTTTATATATTATGCACAAACTCAAAGCTCAATGT
** * * * ** **
37986 TCATGAAGCCTTTATGTTTTGCTTTGAAAACCATTTCAGCTAAAGGAGAGCTTTAAAAGTATGAA
182 TTTTGAAGCTTTTATGTTTTGCTTTGAAAATCATTTCTGCTGGAGCCGAGCTTTAAAAGTATGAA
* * * * * *
38051 ATACTGTTTTACCAAGTTTTCAAATGGAAATGAATATCTTGAATCCAATGCTTTAAAATTTCTCA
247 ATATTGTTTTAGCAAGTTTTCAAATGAAAATGAATATCTTGAATCCAATGCTTTAAACTTGCTTA
* ** * ** * *
38116 AACACAAAAACATGATAACTTGCATTGCATTTAATTTTTCATAGCATTATGTGTAAGTTATGAAG
312 AACACAGAAACATGATAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCACAGTGTTAAGTGTAAGTTATGAAA
* * *
38181 GATTTTAGAGCTTAAAATATCAAAATTTCTTTTCTGGTTAATTATGGGCATGAAAACCATGTGCA
377 GATTATGGAGCTTAAAATATCAAAA-----TTTC--G----TT-T---C-TG--AACCATCTGCA
*
38246 CAATTTCAAATTGTGATATAAAACCATTTGCACGATT
424 CAATTTCAAATTGTGATAT-AAA--A-----A--ATC
* * * * *
38283 TTAATTTTTGAGACTTATTTGCTTCAGATGCATTTTCAGGAGGATTCATGAATGCTCGAAGGAAT
1 TTAATTTTTCATACTTATTTGCTTTAGATGCATTTTCAGGAGGATTCATGAATGCTCCAGGGAAT
* * * *
38348 TCGTGGGATACTGTTGATATTTGGATGTCATTTGCGAAATTGTTGTTGGCACTTGATGCGATTAA
66 TCGCGAGATGCTGTTGATATTTGGATGTCATTTGTGAAATTGTTGTTGGCACTTGATGCGATTAA
* * ** *
38413 CTGTGTGCTAACTTATTTTTATATATTATGCACAAACTTAAAATTCAATGTTTTTGAAGCTTTTG
131 CTGTGTGCTAACTTGTTTTTATATATTATGCACAAACTCAAAGCTCAATGTTTTTGAAGCTTTTA
* * * * *
38478 TGTTTTGCTTTGAAAATAATTTCTACTGGAGCTGAGCTTTAACAGTATGAAATATTGTTCTAGCA
196 TGTTTTGCTTTGAAAATCATTTCTGCTGGAGCCGAGCTTTAAAAGTATGAAATATTGTTTTAGCA
** * * * * * * * * *
38543 AAATTTCAAATGGAAACGAATATCATCAGTCCAATGCTTTAAAGTTGATCAAACACAAAAACATG
261 AGTTTTCAAATGAAAATGAATATCTTGAATCCAATGCTTTAAACTTGCTTAAACACAGAAACATG
* * * * *
38608 ATAACTTCCATTGGTTTTAATTTTTCACAATGTTAAGTGTATGTTATGAAGGATTCTGGAGCTTA
326 ATAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCACAGTGTTAAGTGTAAGTTATGAAAGATTATGGAGCTTA
* * * *
38673 AAATATAAAAATTTTGTATGTGATGAATTATGGGCATCAAAACCATCTGC-CTAATTTCAAATTA
391 AAATATCAAAA-----T-T-T--CG--TT-T---C-T--GAACCATCTGCAC-AATTTCAAATTG
38737 TGATATAAAAACCATTTGCAC
437 TGATATAAAAA--A--T---C
* * * * * * * **
38758 GATTTTAATTTTTCACACTTATTTGCTTCAGGTGCATTTTCGGGTGGATTCATGAATTCTACAAA
1 ----TTAATTTTTCATACTTATTTGCTTTAGATGCATTTTCAGGAGGATTCATGAATGCTCCAGG
* * * * * * * *
38823 GAATTCGTGGGATGCTGTTCATATTTTGATGTCATTTGTGAAATTGTTGTTGACGCTTAATGCAA
62 GAATTCGCGAGATGCTGTTGATATTTGGATGTCATTTGTGAAATTGTTGTTGGCACTTGATGCGA
* * *
38888 TTCACTGTGTGCTAAGTTGTTTTTATATATTATGCACAAACTGAAAGCTCAATGTTTTTGAAGCT
127 TTAACTGTGTGCTAACTTGTTTTTATATATTATGCACAAACTCAAAGCTCAATGTTTTTGAAGCT
* * ** * *
38953 TCTATGTTGTGCTTTGAAAA-CTATTTCTGCTGGAGGGGACCTTTAAATGTAAT-AAATATTGTT
192 TTTATGTTTTGCTTTGAAAATC-ATTTCTGCTGGAGCCGAGCTTTAAAAGT-ATGAAATATTGTT
* * *
39016 TTAGCAAGTTTTCAAAT-AGAAATGAATATCTTGAATCCAAGGTTTTAAACTTGCTCAAACACAG
255 TTAGCAAGTTTTCAAATGA-AAATGAATATCTTGAATCCAATGCTTTAAACTTGCTTAAACACAG
** * *
39080 AAACATGATAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATGGTGTTAACTGTAAGTTATGAAGGATTATG
319 AAACATGATAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCACAGTGTTAAGTGTAAGTTATGAAAGATTATG
* * * **
39145 GAGCTTAAAA-AT-AAAA-----------AA--A-----A-AA--AC-TATT-TG-----CACGA
384 GAGCTTAAAATATCAAAATTTCGTTTCTGAACCATCTGCACAATTTCAAATTGTGATATAAAAAA
*
39180 TT
449 TC
* ** * *
39182 TTAATTTTTCATATTTATTTCTTTCAGATGCATTATCAGGAGGATTCATGAATGCTCCAGGGAAT
1 TTAATTTTTCATACTTATTTGCTTTAGATGCATTTTCAGGAGGATTCATGAATGCTCCAGGGAAT
* * * * * * *
39247 TCACGGGATGCTGTTGATATTTGGATGTCATCTGCGAAATTGTTGTTGGCTCTTAATGCAATTAA
66 TCGCGAGATGCTGTTGATATTTGGATGTCATTTGTGAAATTGTTGTTGGCACTTGATGCGATTAA
* * * *
39312 CTGTGTGCTAACTTGTTTTCATATATTATGCACAAACTCCGAA-TTCAATGTTTTTGAACCTTTT
131 CTGTGTGCTAACTTGTTTTTATATATTATGCACAAACT-CAAAGCTCAATGTTTTTGAAGCTTTT
* *
39376 ATGTTTTGCTTTGAAAATCATTTCTGCTGGAGCCGAGCTTTAAGAGTATGAAATATTGTTCTAGC
195 ATGTTTTGCTTTGAAAATCATTTCTGCTGGAGCCGAGCTTTAAAAGTATGAAATATTGTTTTAGC
* * * * * * * *
39441 AAGCTTTCAAATGGAAGTGAATATCCTCAATCCAATGCTTTAAAGTTGCTCAAATAC-GAAAACA
260 AAGTTTTCAAATGAAAATGAATATCTTGAATCCAATGCTTTAAACTTGCTTAAACACAG-AAACA
* * * *
39505 TGATAACTTGAATTGATTTTAATGTTTCACAGTGTTAAGTGTAAGTTATG-AAGAATTCTGGAGC
324 TGATAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCACAGTGTTAAGTGTAAGTTATGAAAG-ATTATGGAGC
* *
39569 TTAAAATATCAAATTTTCGTTTCTGATCGATTATGGGCTTTAAAACCATCTGC-CTAAATTCAAA
388 TTAAAATATCAAAATTTCG--T-T--TC-----T--G------AACCATCTGCAC-AATTTCAAA
*
39633 TTGTGGTATAAAAACCATTTGC
434 TTGTGATATAAAAA--A--T-C
39655 ATGATTTTAATTTTTCATACTTATTTGCTTTAGATGCATTTTCAGGAGGATTCATGAATGCTCCA
1 ------TTAATTTTTCATACTTATTTGCTTTAGATGCATTTTCAGGAGGATTCATGAATGCTCCA
* * * * * *
39720 AGGAATTTGCGGGATGCTGTTGATAATTGGATGTCATTTGTGAAATTGTTGTTGGGACTTCATGC
60 GGGAATTCGCGAGATGCTGTTGATATTTGGATGTCATTTGTGAAATTGTTGTTGGCACTTGATGC
* * * * ** *
39785 AATTAACTGTGTGCTAACATGCTTTTATATATTATTCACAAACTCAAAATTCAATGTTTTTTAAG
125 GATTAACTGTGTGCTAACTTGTTTTTATATATTATGCACAAACTCAAAGCTCAATGTTTTTGAAG
* * * *
39850 CTTTTATGCTTTGCTTTAAAAATCTTTTCTGCTGGAGCCGAGCTTTAAAAGTATAAAATATTGTT
190 CTTTTATGTTTTGCTTTGAAAATCATTTCTGCTGGAGCCGAGCTTTAAAAGTATGAAATATTGTT
* * * ** * * * * * *
39915 TTAGAAACTTTTGAAATGTGAATGAATATCATCAATCCAATGCTTTAAAGTTGATCAAACA-TGA
255 TTAGCAAGTTTTCAAATGAAAATGAATATCTTGAATCCAATGCTTTAAACTTGCTTAAACACAG-
* * * * * *
39979 AAACATGATAACTTGAATTGGTTTTAATTTTTCACAGTGTTAAGTGTAAATTACGAAGGATTCTA
319 AAACATGATAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCACAGTGTTAAGTGTAAGTTATGAAAGATTATG
* * * * * *
40044 GAGCTTAAAATATTAGAATTTCATTTCTGATCAATTATGGGCATCAAAACTATCTCCTAATTTCA
384 GAGCTTAAAATATCAAAATTTCGTTTCTG----A--A----C--C--ATCT-GC-AC-AATTTCA
* *
40109 AATTATGATACAAAAACCATTTGGAC
432 AATTGTGATATAAAAA--A--T---C
* *
40135 GATTTTAATTTTTCATAC-TATTTGCTTCATATGCATTTTCAGGAGGATTCATGAATGCTCCAGG
1 ----TTAATTTTTCATACTTATTTGCTTTAGATGCATTTTCAGGAGGATTCATGAATGCTCCAGG
* * *
40199 GAATTCACTAGTTGCTGTTGATATGTT-GATGTCATTTGTGAAATTGTTGTTGGCACTT-ATTGC
62 GAATTCGCGAGATGCTGTTGATAT-TTGGATGTCATTTGTGAAATTGTTGTTGGCACTTGA-TGC
* ** *
40262 GATTCACTGTGTGCTAACTTG-TTTTATATATTATGTGCAAACTCAAAGCTAAATGTTTTTGAAG
125 GATTAACTGTGTGCTAACTTGTTTTTATATATTATGCACAAACTCAAAGCTCAATGTTTTTGAAG
* * * * * * *
40326 CTTTTATCTTGTGCTTTGAAAACCATTTCTGCTGGAGGCGAGCATTGAATGTAAT-AAATATTGT
190 CTTTTATGTTTTGCTTTGAAAATCATTTCTGCTGGAGCCGAGCTTTAAAAGT-ATGAAATATTGT
* * * *
40390 TTGAGCAAGTTTTCAAATGGAAATGAATATCTTGAATCCAATGCTTTAAACTTG-TTCAAATAAA
254 TTTAGCAAGTTTTCAAATGAAAATGAATATCTTGAATCCAATGCTTTAAACTTGCTT-AAACACA
40454 GAAACATGATAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCACAGTGTTAAGTGTAAGTTATGAAAGATTAT
318 GAAACATGATAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCACAGTGTTAAGTGTAAGTTATGAAAGATTAT
* * *
40519 GCAGCTTAAAATATCAAAATTTCGTTTCTGAACCTTCTGCACAATTGCAAATTGTGATAT-AAAA
383 GGAGCTTAAAATATCAAAATTTCGTTTCTGAACCATCTGCACAATTTCAAATTGTGATATAAAAA
40583 A-C
448 ATC
* ** * **
40585 -T-A-TTTTCATACTTATTTGCTTTAGGTGCATTTTTTGGAGAATTCATGAATGCTCCAAAGAAT
1 TTAATTTTTCATACTTATTTGCTTTAGATGCATTTTCAGGAGGATTCATGAATGCTCCAGGGAAT
* * ** *
40647 TCGCGGGATGCTGTTGATACTTGGATGTCATTTGTGAAATCATTGTTGGCACTTGATGCGATTAG
66 TCGCGAGATGCTGTTGATATTTGGATGTCATTTGTGAAATTGTTGTTGGCACTTGATGCGATTAA
* *
40712 TTGTGTGTTAACTTGTTTTTATATATTATGCACAAACTCAAAGCTCAATGTTTTTGAAGCTTTTA
131 CTGTGTGCTAACTTGTTTTTATATATTATGCACAAACTCAAAGCTCAATGTTTTTGAAGCTTTTA
* * *
40777 TGTTTTGCTTTGAAAACCATTTCTAG-TTGAGCCGAGCTTTTAAAAGTATGAAATGTTGTTTTAG
196 TGTTTTGCTTTGAAAATCATTTCT-GCTGGAGCCGAGC-TTTAAAAGTATGAAATATTGTTTTAG
* *
40841 CAAGTTTTTAAACGAAAATGAA-ATCTTGAATCCAATGCTTTAAACTTGCTTAAACACAGAAACA
259 CAAGTTTTCAAATGAAAATGAATATCTTGAATCCAATGCTTTAAACTTGCTTAAACACAGAAACA
* * * *
40905 TGATAACTTGTATTGGTTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGTAAGATATGAAGGATTATGGAGCT
324 TGATAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCACAGTGTTAAGTGTAAGTTATGAAAGATTATGGAGCT
* * * * * * * * *** * * * *
40970 TAAAATATGAAATTTTCGTTTTTGATCAATTATGGGTATAAAAAC-CATCG-GA-ACAATTTCAA
389 TAAAATATCAAAATTTCGTTTCTGAACCA-TCT--GCACAATTTCAAATTGTGATATAA---AAA
41032 AT-
448 ATC
* * ** * * * * ** *
41034 TGTGA-TATAAAAAC-CATTTGC---ACGATCCATGTTCAGCCGGATTCATTAATGCTCCAGGGA
1 T-TAATTTTTCATACTTATTTGCTTTA-GATGCATTTTCAGGAGGATTCATGAATGCTCCAGGGA
* *
41094 ATT--CGAG-TGATGTTGATATTTGGATGTCATTTGTTAAATTGTTGTTGGCACTTGATGCGATT
64 ATTCGCGAGATGCTGTTGATATTTGGATGTCATTTGTGAAATTGTTGTTGGCACTTGATGCGATT
* ** *
41156 AACTGTGTGCGAACTTGTTTTTATATATTATGCACAAACTCAAAATTCAAT-TTGCTTGAAGCTT
129 AACTGTGTGCTAACTTGTTTTTATATATTATGCACAAACTCAAAGCTCAATGTT-TTTGAAGCTT
* * * * * * *
41220 TTGTGATTTCCTTTGAAAATCATTTCTGCTGGACCCGATCTTTAAAAGTATAAAATATTGCTTTA
193 TTATGTTTTGCTTTGAAAATCATTTCTGCTGGAGCCGAGCTTTAAAAGTATGAAATATTGTTTTA
* * *
41285 GCAAGTTTTCAAATAAAAATGAATATCTTGAATCGAATGCTTTAAACTTGCTCAAACACAGAAAC
258 GCAAGTTTTCAAATGAAAATGAATATCTTGAATCCAATGCTTTAAACTTGCTTAAACACAGAAAC
** * * * *
41350 ATGATAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATGGTGTTAATTGCAAGTTATGAAAGATTCTGTAGC
323 ATGATAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCACAGTGTTAAGTGTAAGTTATGAAAGATTATGGAGC
* * ** * * *
41415 TTAAAATATCAATATTTCATTTCCAAACAATCTTCACAATTTTCAAGTTGTGATATAAAAACAAT
388 TTAAAATATCAAAATTTCGTTTCTGAACCATCTGCACAA-TTTCAAATTGTGATAT-AAAA-AA-
41480 TTGCGC
449 -T---C
* * *
41486 GATTTTAATTTTTCATACTTATTTGCTTTAGATGCCATTTT-ATGAGGATTCGTGAATGCTCTAG
1 ----TTAATTTTTCATACTTATTTGCTTTAGATG-CATTTTCAGGAGGATTCATGAATGCTCCAG
* * * * * * * *
41550 GGAAGTCGTGGGACGTTGTTGATATTTGGATGTTATTTGTGAAATCGTTGTTGGCACTTGATGGG
61 GGAATTCGCGAGATGCTGTTGATATTTGGATGTCATTTGTGAAATTGTTGTTGGCACTTGATGCG
* *
41615 ATTAACTGTGTGCTAACTTGTTTTTGTATATTATGCACAAACTCAAAGCTCAATGTTTTTAAAGC
126 ATTAACTGTGTGCTAACTTGTTTTTATATATTATGCACAAACTCAAAGCTCAATGTTTTTGAAGC
*
41680 TTTTATGTTTTGCTTTGAAAATCATTTCTGCTTGAGCCGAGCTTTAAAAGTATGAAATATTGTTT
191 TTTTATGTTTTGCTTTGAAAATCATTTCTGCTGGAGCCGAGCTTTAAAAGTATGAAATATTGTTT
* *
41745 TAGCAAGTATTT-AAACGAAAATGAA-ATCTTGAATCCAATGCTTTATACTTGCTTAAACACAGA
256 TAGCAAGT-TTTCAAATGAAAATGAATATCTTGAATCCAATGCTTTAAACTTGCTTAAACACAGA
* *
41808 AACATGATAACTTGTATTGGTTTTAATTTTT--CAGTGTTAAGTGTAAGATATGAAAGATTATGG
320 AACATGATAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCACAGTGTTAAGTGTAAGTTATGAAAGATTATGG
* *
41871 AGCTTAAAATATGAAATTTTCGTTTTTGATCAATTATGGGTATAAAAACCATCTGCACAATTTCA
385 AGCTTAAAATATCAAAATTTCG---TT--TC-----T--G------AACCATCTGCACAATTTCA
*
41936 AATTGTGATATGAAAACCATTTGCATGAT
432 AATTGTGATAT-AAAA--A-----AT--C
** * *
41965 TTGAATTTTTCATACTTATTTGCTTTAGATGCATTTTCAGCCGGATTCATCAATGCTCCAGGAAA
1 TT-AATTTTTCATACTTATTTGCTTTAGATGCATTTTCAGGAGGATTCATGAATGCTCCAGGGAA
* * * * * *
42030 TTCGAGTGATGTTGTTGATATTTGGATGTCATTTGTTAAATTGTAGTTGGTACTTGATGCGATTA
65 TTCGCGAGATGCTGTTGATATTTGGATGTCATTTGTGAAATTGTTGTTGGCACTTGATGCGATTA
* ** ** *
42095 ACTGTGTGCGATTAAC-TGTGTGCATA-A-T-TG----AACTCAAAATTCAATTTTTTTGAAGCT
130 ACTGTGTGC---TAACTTGTTTTTATATATTATGCACAAACTCAAAGCTCAATGTTTTTGAAGCT
* * * *
42152 TTTATGTTTT-CATTTGAAAATCATTTATGCTGGAGCTGTGCTTTAAAAGTATGAAATATTGTTC
192 TTTATGTTTTGC-TTTGAAAATCATTTCTGCTGGAGCCGAGCTTTAAAAGTATGAAATATTGTTT
* * ** * * *
42216 TAGCAGGTTTTCAAATTG-AATTGAATATGATCAATCCAACGCTTTAAACTTGCTCAAACACAGA
256 TAGCAAGTTTTCAAA-TGAAAATGAATATCTTGAATCCAATGCTTTAAACTTGCTTAAACACAGA
** * * * *
42280 AATGTGATAACTTGCATTCGTTTTAATTTTTCACAGTGTTAAGTGTAAGTTATGAAGGATTCT-A
320 AACATGATAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCACAGTGTTAAGTGTAAGTTATGAAAGATTATGG
*
42344 AGCTTAAAATATCAAAATTTCCTTTCTGA
385 AGCTTAAAATATCAAAATTTCGTTTCTGA
42373 TCAATTATTG
Statistics
Matches: 4562, Mismatches: 692, Indels: 531
0.79 0.12 0.09
Matches are distributed among these distances:
419 5 0.00
420 327 0.07
421 5 0.00
422 3 0.00
427 1 0.00
429 1 0.00
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437 3 0.00
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443 14 0.00
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451 9 0.00
452 6 0.00
453 1 0.00
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458 4 0.00
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462 497 0.11
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465 5 0.00
466 1 0.00
467 2 0.00
468 3 0.00
469 1 0.00
470 12 0.00
471 97 0.02
472 64 0.01
473 20 0.00
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476 372 0.08
477 163 0.04
478 376 0.08
479 735 0.16
480 25 0.01
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482 18 0.00
483 23 0.01
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490 1 0.00
491 1 0.00
492 4 0.00
493 3 0.00
494 3 0.00
495 4 0.00
496 1 0.00
497 1 0.00
ACGTcount: A:0.31, C:0.13, G:0.17, T:0.39
Consensus pattern (450 bp):
TTAATTTTTCATACTTATTTGCTTTAGATGCATTTTCAGGAGGATTCATGAATGCTCCAGGGAAT
TCGCGAGATGCTGTTGATATTTGGATGTCATTTGTGAAATTGTTGTTGGCACTTGATGCGATTAA
CTGTGTGCTAACTTGTTTTTATATATTATGCACAAACTCAAAGCTCAATGTTTTTGAAGCTTTTA
TGTTTTGCTTTGAAAATCATTTCTGCTGGAGCCGAGCTTTAAAAGTATGAAATATTGTTTTAGCA
AGTTTTCAAATGAAAATGAATATCTTGAATCCAATGCTTTAAACTTGCTTAAACACAGAAACATG
ATAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCACAGTGTTAAGTGTAAGTTATGAAAGATTATGGAGCTTA
AAATATCAAAATTTCGTTTCTGAACCATCTGCACAATTTCAAATTGTGATATAAAAAATC
Found at i:41246 original size:446 final size:449
Alignment explanation
Indices: 40625--42423 Score: 1716
Period size: 446 Copynumber: 3.9 Consensus size: 449
40615 TTTTTGGAGA
* ** * * * *
40625 ATTCATGAATGCTCCAAAGAATTCGCGGGATGCTGTTGATACTTGGATGTCATTTGTGAAATCAT
1 ATTCATCAATGCTCCAGGGAATTCGAGTGAT--TGTTGATATTTGGATGTCATTTGTGAAATCGT
** ** *
40690 TGTTGGCACTTGATGCGATTAGTTGTGTGTTAACTTGTTTTTATATATTATGCACAAACTCAAAG
64 TGTTGGCACTTGATGCGATTAACTGTGTGCGAACTTGTTTTTATATATTATGCACAAACTCAAAA
* * *
40755 CTCAATGTTTTTGAAGCTTTTATGTTTTGCTTTGAAAACCATTTCTAG-TTGAGCCGAGCTTTTA
129 CTCAATGTTTTTGAAGCTTTTATGTTTTCCTTTGAAAATCATTTCT-GCTGGAGCCGAGC-TTTA
* *
40819 AAAGTATGAAATGTTGTTTTAGCAAGTTTTTAAACGAAAATGAA-ATCTTGAATCCAATGCTTTA
192 AAAGTATGAAATATTGTTTTAGCAAGTTTTCAAACGAAAATGAATATCTTGAATCCAATGCTTTA
* *
40883 AACTTGCTTAAACACAGAAACATGATAACTTGTATTGGTTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGTA
257 AACTTGCTCAAACACAGAAACATGATAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGTA
* *
40948 AGATATGAAGGATTATGGAGCTTAAAATATGAAATTTTCGTTTTTGATCAATTATGGGTATAAAA
322 AGATATGAAAGATTATGGAGCTTAAAATATGAAATTTTCGTTTCTGATCAATTATGGGTATAAAA
* * *
41013 ACCATCGGAACAATTTCAAATTGTGATATAAAAACCATTTGC-ACGATCC-ATGTTCAGCCGG
387 ACCATCTGAACAATTTCAAATTGTAATATAAAAACCATTTGCTAAGATCCTATGTTCAGCCGG
* * *
41074 ATTCATTAATGCTCCAGGGAATTCGAGTGA-TGTTGATATTTGGATGTCATTTGTTAAATTGTTG
1 ATTCATCAATGCTCCAGGGAATTCGAGTGATTGTTGATATTTGGATGTCATTTGTGAAATCGTTG
*
41138 TTGGCACTTGATGCGATTAACTGTGTGCGAACTTGTTTTTATATATTATGCACAAACTCAAAATT
66 TTGGCACTTGATGCGATTAACTGTGTGCGAACTTGTTTTTATATATTATGCACAAACTCAAAACT
* * * * *
41203 CAAT-TTGCTTGAAGCTTTTGTGATTTCCTTTGAAAATCATTTCTGCTGGACCCGATCTTTAAAA
131 CAATGTT-TTTGAAGCTTTTATGTTTTCCTTTGAAAATCATTTCTGCTGGAGCCGAGCTTTAAAA
* * ** *
41267 GTATAAAATATTGCTTTAGCAAGTTTTCAAATAAAAATGAATATCTTGAATCGAATGCTTTAAAC
195 GTATGAAATATTGTTTTAGCAAGTTTTCAAACGAAAATGAATATCTTGAATCCAATGCTTTAAAC
* * * *
41332 TTGCTCAAACACAGAAACATGATAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATGGTGTTAATTGCAAGT
260 TTGCTCAAACACAGAAACATGATAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGTAAGA
* * * * **
41397 TATGAAAGATTCTGTAGCTTAAAATAT-CAATATTTCATTTCCAAACAATCTTCACAATTTTCAA
325 TATGAAAGATTATGGAGCTTAAAATATGAAAT-TTTCGTTT-----C--TGAT--CAA--TT--A
* * * ** * * * * * *
41461 GTTGTGATATAAAAACAATTTGCGCGATTT-TAATT-T--T-T-CATACTTATTTGCTTTAGATG
376 --TG-GGTATAAAAACCATCTGAACAATTTCAAATTGTAATATAAAAAC-CATTTGC-TAAGAT-
* *
41520 CC-AT-TTTATG-AGG
435 CCTATGTTCA-GCCGG
* * * * * * *
41533 ATTCGTGAATGCTCTAGGGAAGTCGTGGGACGTTGTTGATATTTGGATGTTATTTGTGAAATCGT
1 ATTCATCAATGCTCCAGGGAATTCGAGTGA--TTGTTGATATTTGGATGTCATTTGTGAAATCGT
* * * *
41598 TGTTGGCACTTGATGGGATTAACTGTGTGCTAACTTGTTTTTGTATATTATGCACAAACTCAAAG
64 TGTTGGCACTTGATGCGATTAACTGTGTGCGAACTTGTTTTTATATATTATGCACAAACTCAAAA
* * *
41663 CTCAATGTTTTTAAAGCTTTTATGTTTTGCTTTGAAAATCATTTCTGCTTGAGCCGAGCTTTAAA
129 CTCAATGTTTTTGAAGCTTTTATGTTTTCCTTTGAAAATCATTTCTGCTGGAGCCGAGCTTTAAA
*
41728 AGTATGAAATATTGTTTTAGCAAGTATTT-AAACGAAAATGAA-ATCTTGAATCCAATGCTTTAT
194 AGTATGAAATATTGTTTTAGCAAGT-TTTCAAACGAAAATGAATATCTTGAATCCAATGCTTTAA
* *
41791 ACTTGCTTAAACACAGAAACATGATAACTTGTATTGGTTTTAATTTTTC--AGTGTTAAGTGTAA
258 ACTTGCTCAAACACAGAAACATGATAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGTAA
*
41854 GATATGAAAGATTATGGAGCTTAAAATATGAAATTTTCGTTTTTGATCAATTATGGGTATAAAAA
323 GATATGAAAGATTATGGAGCTTAAAATATGAAATTTTCGTTTCTGATCAATTATGGGTATAAAAA
* * * *
41919 CCATCTGCACAATTTCAAATTGTGATATGAAAACCATTTGCATGATTTGAATTTTTCATACTTAT
388 CCATCTGAACAATTTCAAATTGTAATATAAAAACCATTTGC------T-AA-----GAT-C----
41984 TTGCTTTAGATGCATTTTCAGCCGG
436 ---C--T--ATG----TTCAGCCGG
* * *
42009 ATTCATCAATGCTCCAGGAAATTCGAGTGATGTTGTTGATATTTGGATGTCATTTGTTAAATTGT
1 ATTCATCAATGCTCCAGGGAATTCGAGTGA--TTGTTGATATTTGGATGTCATTTGTGAAATCGT
* * * **
42074 AGTTGGTACTTGATGCGATTAACTGTGTGCGATTAAC-TGTGTGCATA-A-T-TG----AACTCA
64 TGTTGGCACTTGATGCGATTAACTGTGTGCG---AACTTGTTTTTATATATTATGCACAAACTCA
* * * * * *
42131 AAATTCAATTTTTTTGAAGCTTTTATGTTTTCATTTGAAAATCATTTATGCTGGAGCTGTGCTTT
126 AAACTCAATGTTTTTGAAGCTTTTATGTTTTCCTTTGAAAATCATTTCTGCTGGAGCCGAGCTTT
* * * * ** * *
42196 AAAAGTATGAAATATTGTTCTAGCAGGTTTTCAAATTG-AATTGAATATGATCAATCCAACGCTT
191 AAAAGTATGAAATATTGTTTTAGCAAGTTTTCAAA-CGAAAATGAATATCTTGAATCCAATGCTT
** * *
42260 TAAACTTGCTCAAACACAGAAATGTGATAACTTGCATTCGTTTTAATTTTTCACAGTGTTAAGTG
255 TAAACTTGCTCAAACACAGAAACATGATAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTG
* * * * * * * * * *
42325 TAAGTTATGAAGGATTCT-AAGCTTAAAATATCAAAATTTCCTTTCTGATCAATTATTGGCATCA
320 TAAGATATGAAAGATTATGGAGCTTAAAATATGAAATTTTCGTTTCTGATCAATTATGGGTATAA
* *
42389 AAACCATCTG-CCTAATTTCAAATTGCAATATAAAA
385 AAACCATCTGAAC-AATTTCAAATTGTAATATAAAA
42424 CCGTTTGAAC
Statistics
Matches: 1103, Mismatches: 172, Indels: 126
0.79 0.12 0.09
Matches are distributed among these distances:
443 20 0.02
444 6 0.01
445 49 0.04
446 246 0.22
447 1 0.00
448 9 0.01
449 28 0.03
450 3 0.00
452 2 0.00
453 4 0.00
454 1 0.00
455 3 0.00
456 3 0.00
457 9 0.01
458 1 0.00
459 80 0.07
460 9 0.01
461 72 0.07
462 195 0.18
463 5 0.00
466 1 0.00
470 3 0.00
471 98 0.09
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475 3 0.00
476 87 0.08
477 1 0.00
478 6 0.01
479 3 0.00
ACGTcount: A:0.31, C:0.13, G:0.17, T:0.39
Consensus pattern (449 bp):
ATTCATCAATGCTCCAGGGAATTCGAGTGATTGTTGATATTTGGATGTCATTTGTGAAATCGTTG
TTGGCACTTGATGCGATTAACTGTGTGCGAACTTGTTTTTATATATTATGCACAAACTCAAAACT
CAATGTTTTTGAAGCTTTTATGTTTTCCTTTGAAAATCATTTCTGCTGGAGCCGAGCTTTAAAAG
TATGAAATATTGTTTTAGCAAGTTTTCAAACGAAAATGAATATCTTGAATCCAATGCTTTAAACT
TGCTCAAACACAGAAACATGATAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGTAAGAT
ATGAAAGATTATGGAGCTTAAAATATGAAATTTTCGTTTCTGATCAATTATGGGTATAAAAACCA
TCTGAACAATTTCAAATTGTAATATAAAAACCATTTGCTAAGATCCTATGTTCAGCCGG
Found at i:42106 original size:14 final size:14
Alignment explanation
Indices: 42087--42117 Score: 62
Period size: 14 Copynumber: 2.2 Consensus size: 14
42077 TGGTACTTGA
42087 TGCGATTAACTGTG
1 TGCGATTAACTGTG
42101 TGCGATTAACTGTG
1 TGCGATTAACTGTG
42115 TGC
1 TGC
42118 ATAATTGAAC
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
14 17 1.00
ACGTcount: A:0.19, C:0.16, G:0.29, T:0.35
Consensus pattern (14 bp):
TGCGATTAACTGTG
Found at i:44130 original size:479 final size:475
Alignment explanation
Indices: 42628--45148 Score: 2422
Period size: 479 Copynumber: 5.4 Consensus size: 475
42618 TGATTTCATA
* * * *
42628 CTTTAAACTTGCTGAAAC-CTAGAAAACATGATAACTTGCATTAGTTTTAATTTTTCACAGTGTT
1 CTTTAAAATTGCTCAAACAC-AG-AAACATGATAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAGTGTT
* * * * * *
42692 AAGTGTAAGTTATGAAGGATTCTGGAGCT-TAAAAAATCAAATTTTCGTTTCTGGTTAATTATGG
64 AAGTGTAAGTTATGAAGGATTCTGCAGCTCTAAAACATCAAAATTTCATTTCTGATCAATTAT-G
* * * *
42756 GCATGAAAACCATCTGCACAATTTCAAATTTTGATATTAAAACCATTTGCATGATTTTAATTTTT
128 GCATCAAAACCATCTGCACAATTTCAAATTGTGATATAAAAACCATTTGCACGATTTTAATTTTT
* * * ** * * * *
42821 CATACGTATTTGCTTCAGATGCCTTTTCAGGGGGATTCATGAATGCTTCAAGGAATTCGCGGGAT
193 CATACTTATTTGCTTTAGATGCATTTTCAGGAAGATTCACGAATGCTCCAGGGAATTCACGGGAT
* * * ** **
42886 GCTGTTGATATTTGGATGTCATTTGTGAAATTGTTATCGGCACTTGATGTGATTAACTGTGTGCT
258 GCTGTTGATATTTGGATGTCATTTGTGAAATCGTTGTTGGTGCTTGATGCAATTAACTGTGTGCT
* * *
42951 AACTTGTTTTTATATATTATGCACAAACTCAAAATTCAATGTTTTCGAAGCTTTTCTGTTTTGCT
323 AACTTGTTTTTATATATTATGCACAAACTCAAAACTCAATGTTTTTGAAGC-TTTATGTTTTGCT
* * * * * *
43016 TTGAAAATCATTTCTGTTGGAGCCAAGCTTTAAAAGTATGAAATATTGTTCTAGCAAATTTTAAA
387 TTGAAAACCATTTCAGCTGGAG-C-AGCTTTAAAAGTATGAAATATTGTTTTAGCAAGTTTTCAA
* * *
43081 ATGGAAAT-AATATCATCAATCCAATG
450 ATGAAAATGAA-ATCTTGAATCCAATG
* * * * * *
43107 CTTTAAAGTTGATCAAACACAAAAACATGGTAACTTGTATTGGTTTTAATTTTTCACAGTGTTAA
1 CTTTAAAATTGCTCAAACACAGAAACATGATAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAGTGTTAA
* * * *
43172 GTGTAAGTTATGAAGGATTCTGGAGCT-TAAAATAT-GAAA--T--TTTC--AT---TTCTGG--
66 GTGTAAGTTATGAAGGATTCTGCAGCTCTAAAACATCAAAATTTCATTTCTGATCAATTATGGCA
* * * * * *
43224 -----ACCGTCGGCACAATTTCAAATTGTGATACAAAATCCATTTGCATGATTTTCATTTTTCAT
131 TCAAAACCATCTGCACAATTTCAAATTGTGATATAAAAACCATTTGCACGATTTTAATTTTTCAT
* * * * *
43284 ACTTATTTGCTTTAGATGCATTTTCTGG-AGAATTCATGAATGCTCCAAGGAGTTCATGGGGATG
196 ACTTATTTGCTTTAGATGCATTTTCAGGAAG-ATTCACGAATGCTCCAGGGAATTCA-CGGGATG
* * * *
43348 CTGTTGATATTTGGATGTCATTTGTGAAATCGTTGCTGGCGCTTGATGCGATTAACAGTGTGCTA
259 CTGTTGATATTTGGATGTCATTTGTGAAATCGTTGTTGGTGCTTGATGCAATTAACTGTGTGCTA
** * * *
43413 ACTTGTTTTTATATATTATGCACAAACTCAAATTTTAATTTTTTTTGAAGCTATTATGTTATGCT
324 ACTTGTTTTTATATATTATGCACAAACTCAAAACTCAA-TGTTTTTGAAGCT-TTATGTTTTGCT
* * * * * * **
43478 TCGAAAATCATTTCTGCTGTAGCCGAGCTTTAAAATTATGAAATATTGTTATAGCCGGTTTTCAA
387 TTGAAAACCATTTCAGCTGGAG-C-AGCTTTAAAAGTATGAAATATTGTTTTAGCAAGTTTTCAA
* * * *
43543 ATGGAATTGAATATCATCAATCCAATG
450 ATGAAAATGAA-ATCTTGAATCCAATG
* * * *
43570 CTTTAAACTTGCTGAAACACAAAAACATGAAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAGTGTTAA
1 CTTTAAAATTGCTCAAACACAGAAACATGATAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAGTGTTAA
*
43635 GTGTAAGTTATGAAGGATTGTTG-AGCT-TAAAACATCAAAATTTCATTTCTGATCAATTATGGT
66 GTGTAAGTTATGAAGGATT-CTGCAGCTCTAAAACATCAAAATTTCATTTCTGATCAATTATGG-
* * * *
43698 CAGCAAAACAATCTGCACAATTTGAAATTGTGATATAAAAACCATTTGTACGATTTTAATTTTTC
129 CATCAAAACCATCTGCACAATTTCAAATTGTGATATAAAAACCATTTGCACGATTTTAATTTTTC
* *
43763 ATACTTATTTGCTTTAGATGCTTTTTAAGGAAGATTCACGAATGCTCCAGGGAATTCACGGGATG
194 ATACTTATTTGCTTTAGATGCATTTTCAGGAAGATTCACGAATGCTCCAGGGAATTCACGGGATG
* * *
43828 CTGTTGATATTTGGATTTCTTTTTTGAAATCGTTGTTGGTGCTTGATGCAATTAACTGTGTGCTA
259 CTGTTGATATTTGGATGTCATTTGTGAAATCGTTGTTGGTGCTTGATGCAATTAACTGTGTGCTA
*** ** * *
43893 ACTTGTTTTTATATATTATGCACACTTTCAAAACTCAATGTTCCTGAAGCTTCAACGTTTTGCTT
324 ACTTGTTTTTATATATTATGCACAAACTCAAAACTCAATGTTTTTGAAGCTT-TATGTTTTGCTT
43958 TGAAAACCATTTCAGCTGGAGCCATGCTTTAAAAGTATGAAATATTGTTTTAGCAAGTTTTCAAA
388 TGAAAACCATTTCAGCTGGAG-CA-GCTTTAAAAGTATGAAATATTGTTTTAGCAAGTTTTCAAA
*
44023 TGGAAATGAATATCTTGAATCCAATG
451 TGAAAATGAA-ATCTTGAATCCAATG
* * *
44049 CTTTAAAATTTCTCAAACAC-GAAAACATGATAACTTGCATTGCTTTTAATTTTTCATAATGTTA
1 CTTTAAAATTGCTCAAACACAG-AAACATGATAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAGTGTTA
* * * * * *
44113 AGTGTAAGTTATGAAGGATTCTGGAGCT-TAAAATAACAAAATTTCATTTTTGGTTAATTATGGG
65 AGTGTAAGTTATGAAGGATTCTGCAGCTCTAAAACATCAAAATTTCATTTCTGATCAATTAT-GG
* *
44177 CATCAAAATCATCTGCACAATTTCAAATTGTGAAATAAAAACCATTTGCACGATTTTAATTTTTC
129 CATCAAAACCATCTGCACAATTTCAAATTGTGATATAAAAACCATTTGCACGATTTTAATTTTTC
* * ** *
44242 ATACCTATTTGCTTTAGATGCATTTTCAGGAGGATTC-CTGAATGCTCCAGGGAATTTGCTGGAT
194 ATACTTATTTGCTTTAGATGCATTTTCAGGAAGATTCAC-GAATGCTCCAGGGAATTCACGGGAT
* * * * * * *
44306 CCTATTGATATTTGGATGTCATTTGTGGAATCATTGTTGGTGCTTGATGCGATTAACTTTGCGCT
258 GCTGTTGATATTTGGATGTCATTTGTGAAATCGTTGTTGGTGCTTGATGCAATTAACTGTGTGCT
* ** * * * * *
44371 AACTTGTTTATATGCATTATGCACAAACTCGAAGCTCATTGTTTTTAAAGCTTTTATGTTTTGCA
323 AACTTGTTTTTATATATTATGCACAAACTCAAAACTCAATGTTTTTGAAGC-TTTATGTTTTGCT
* * * * *
44436 TT-AAAATCCATTTCTA-CTGGTA-CTGAACTATAAAAGTTTGAAATATTGTCTTAGCAAGTTCT
387 TTGAAAA-CCATTTC-AGCTGG-AGC--AGCTTTAAAAGTATGAAATATTGTTTTAGCAAGTTTT
44498 CAAATGAAAATGAAATCTTGAAT-CAATG
447 CAAATGAAAATGAAATCTTGAATCCAATG
* * * *
44526 CTTTAAAATTGCTCAAACACAGAAACATGATAACTTGCGTTTGTTTTGATTTTTCACAGTGGTT-
1 CTTTAAAATTGCTCAAACACAGAAACATGATAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAGT-GTTA
* * * * *
44590 AGTGGGTAAGTTAATGAAAGGATTCTGCAACTCT-AAATATCAAAATTTCATTTTTGAACAGTTA
65 AGT--GTAAGTT-ATG-AAGGATTCTGCAGCTCTAAAACATCAAAATTTCATTTCTGATCAATTA
* * * * *
44654 TAAGCATC-AAACCATCTGCA-AAATTCAAATTGTGATAT-AAAATCATTTGCACAAATTTAA-T
126 T-GGCATCAAAACCATCTGCACAATTTCAAATTGTGATATAAAAACCATTTGCACGATTTTAATT
* * ** *
44715 TTTCATACTTATTTG-TTTA-A-GAATTTTCA-TAA-ATTCATTAATGCTCCAGGGAATTCA-AG
190 TTTCATACTTATTTGCTTTAGATGCATTTTCAGGAAGATTCACGAATGCTCCAGGGAATTCACGG
* * * * * *
44774 GATG-TTTTGATA-TTAGATTTCA-TT-T--CATTGTTGTT-G-GCATTTATG-AGATT-ACT-T
255 GATGCTGTTGATATTTGGATGTCATTTGTGAAATCGTTGTTGGTGC-TTGATGCA-ATTAACTGT
* * *
44828 G-GCTAACTTGTTTCTATATATTAT-C-CAATC-CTAAAACTCAA---CTTT-AATGC--TATGT
318 GTGCTAACTTGTTTTTATATATTATGCACAAACTC-AAAACTCAATGTTTTTGAA-GCTTTATGT
* * * * *
44883 TTTTC-TTGAGAATCATTTCTGCTGGAGCAGCTTTAAAAGT-TGAAATATTGTTTT-TC-AGTTT
381 TTTGCTTTGAAAACCATTTCAGCTGGAGCAGCTTTAAAAGTATGAAATATTGTTTTAGCAAGTTT
*
44944 TCAATTGAAAGATGAAA-CTTG-ATCCACATG
446 TCAAATGAAA-ATGAAATCTTGAATCCA-ATG
* * *
44974 --TT-AACTTGCTCAAACACAGAAACATGATAACTTGCATTGGTTTTATTTTTTCATGGTGTTAA
1 CTTTAAAATTGCTCAAACACAGAAACATGATAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAGTGTTAA
* * * * * * *
45036 GTGTACGTTATAAAGGATTCTGCA-ATGTAAAAC-TCCAAAATTTCGTTTCTAAAT-AGTTATGA
66 GTGTAAGTTATGAAGGATTCTGCAGCTCTAAAACAT-CAAAATTTCATTTCT-GATCAATTATG-
* *
45098 GCATTAAAACCATCTGCAAAATTTCAAATTGTGATATAAAAACCATTTGCA
128 GCATCAAAACCATCTGCACAATTTCAAATTGTGATATAAAAACCATTTGCA
45149 TTAAAACAAG
Statistics
Matches: 1734, Mismatches: 244, Indels: 163
0.81 0.11 0.08
Matches are distributed among these distances:
440 3 0.00
441 38 0.02
442 15 0.01
443 23 0.01
444 15 0.01
445 51 0.03
446 4 0.00
447 19 0.01
448 10 0.01
449 13 0.01
450 10 0.01
451 1 0.00
452 13 0.01
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455 2 0.00
456 5 0.00
458 1 0.00
459 11 0.01
460 100 0.06
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462 84 0.05
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466 1 0.00
467 3 0.00
468 9 0.01
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470 9 0.01
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472 20 0.01
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476 4 0.00
477 76 0.04
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480 118 0.07
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482 3 0.00
ACGTcount: A:0.31, C:0.14, G:0.16, T:0.38
Consensus pattern (475 bp):
CTTTAAAATTGCTCAAACACAGAAACATGATAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAGTGTTAA
GTGTAAGTTATGAAGGATTCTGCAGCTCTAAAACATCAAAATTTCATTTCTGATCAATTATGGCA
TCAAAACCATCTGCACAATTTCAAATTGTGATATAAAAACCATTTGCACGATTTTAATTTTTCAT
ACTTATTTGCTTTAGATGCATTTTCAGGAAGATTCACGAATGCTCCAGGGAATTCACGGGATGCT
GTTGATATTTGGATGTCATTTGTGAAATCGTTGTTGGTGCTTGATGCAATTAACTGTGTGCTAAC
TTGTTTTTATATATTATGCACAAACTCAAAACTCAATGTTTTTGAAGCTTTATGTTTTGCTTTGA
AAACCATTTCAGCTGGAGCAGCTTTAAAAGTATGAAATATTGTTTTAGCAAGTTTTCAAATGAAA
ATGAAATCTTGAATCCAATG
Found at i:45352 original size:13 final size:13
Alignment explanation
Indices: 45334--45361 Score: 56
Period size: 13 Copynumber: 2.2 Consensus size: 13
45324 ATGTTTTGTT
45334 TTGAATCCAATGC
1 TTGAATCCAATGC
45347 TTGAATCCAATGC
1 TTGAATCCAATGC
45360 TT
1 TT
45362 TAAACTTGCT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
13 15 1.00
ACGTcount: A:0.29, C:0.21, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (13 bp):
TTGAATCCAATGC
Found at i:46254 original size:470 final size:470
Alignment explanation
Indices: 45346--46257 Score: 1648
Period size: 470 Copynumber: 1.9 Consensus size: 470
45336 GAATCCAATG
* *
45346 CTTGAATCCAATGCTTTAAACTTGCTCAAACACAGAAACATGATAAATTGCATTGGTTTTAATTT
1 CTTGAATCCAATCCTTTAAACTTGCTCAAACACAGAAACATGATAAATTGAATTGGTTTTAATTT
* *
45411 TTCACAGTGTTAAGAGTATGTTATGAAGGATTTTGCAACTTAAAATATCAAAATTTCGTTTCAGA
66 TTCACAGTGTTAAGAGTAAGTTATAAAGGATTTTGCAACTTAAAATATCAAAATTTCGTTTCAGA
*
45476 ACAGTTATGGGCATCAAAACCATCTGCAAAATTTGAAAATGTGTTATAAAAACCATTTGCAGGAA
131 ACAGTTATGGGCATCAAAACCATCTGCAAAATTTGAAAATGTGTTATAAAAACCATTTGCACGAA
*
45541 TTTAATTTTTCATACTATTTGCTTTAGAAGCATTTTCAAAGGATTCATGAATGATCCAGGGAAGA
196 TTTAATTTTTAATACTATTTGCTTTAGAAGCATTTTCAAAGGATTCATGAATGATCCAGGGAAGA
45606 CGTTGTTGATATTTGGATGTCATTTGCGAAATCGTTGTTGGCACTTGATGTGATTAACTGTGTGC
261 CGTTGTTGATATTTGGATGTCATTTGCGAAATCGTTGTTGGCACTTGATGTGATTAACTGTGTGC
* *
45671 TAACTTGTTTTCATATAATATGCACAAACTCGAAGCTCCATGTTTGTAAAGCTTTTATGTTTTGC
326 TAACTTGTTTTCATATAATATGCACAAACTCGAAGCTCCACGTTTCTAAAGCTTTTATGTTTTGC
45736 TTTGAAAACCATTTCTGCTGGAGCCAAGCTTTAAAAGTATGAAATACTGTTTTAGCAAGTTTTCA
391 TTTGAAAACCATTTCTGCTGGAGCCAAGCTTTAAAAGTATGAAATACTGTTTTAGCAAGTTTTCA
45801 AATGAAAATGAATAT
456 AATGAAAATGAATAT
*
45816 CTTGAATCCAATCCTTTAAACTTGCTCAAACACAGAAACATGATCAATTGAATTGGTTTTAATTT
1 CTTGAATCCAATCCTTTAAACTTGCTCAAACACAGAAACATGATAAATTGAATTGGTTTTAATTT
*
45881 TTCACAGTGTTAAGTGTAAGTTATAAAGGATTTTGCAACTTAAAATATCAAAATTTCGTTTCAGA
66 TTCACAGTGTTAAGAGTAAGTTATAAAGGATTTTGCAACTTAAAATATCAAAATTTCGTTTCAGA
* *
45946 ACAGTTATGGGCATCAAAACCATCTGTAAAATTTGAAAATGTGTTATAAAAACCATTTGCACGAG
131 ACAGTTATGGGCATCAAAACCATCTGCAAAATTTGAAAATGTGTTATAAAAACCATTTGCACGAA
*
46011 TTTAATTTTTAATACTTATTTGCTTTAGAAGCATTTTCAAGAGGATTCATGAATGATCTAGGGAA
196 TTTAATTTTTAATAC-TATTTGCTTTAGAAGCATTTTCAA-AGGATTCATGAATGATCCAGGGAA
*
46076 GACGTTGTTGATATTTGGATGTCATTTGCGAAATCGTTGTTGGCGCTTGATGTGATTAACTGTGT
259 GACGTTGTTGATATTTGGATGTCATTTGCGAAATCGTTGTTGGCACTTGATGTGATTAACTGTGT
*
46141 GCTAACTTGTTTTCATATAATATGCACAAACTCGACGCTCCACGTTTCTAAAGCTTTTATGTTTT
324 GCTAACTTGTTTTCATATAATATGCACAAACTCGAAGCTCCACGTTTCTAAAGCTTTTATGTTTT
*
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ACAGTTATGGGCATCAAAACCATCTGCAAAATTTGAAAATGTGTTATAAAAACCATTTGCACGAA
TTTAATTTTTAATACTATTTGCTTTAGAAGCATTTTCAAAGGATTCATGAATGATCCAGGGAAGA
CGTTGTTGATATTTGGATGTCATTTGCGAAATCGTTGTTGGCACTTGATGTGATTAACTGTGTGC
TAACTTGTTTTCATATAATATGCACAAACTCGAAGCTCCACGTTTCTAAAGCTTTTATGTTTTGC
TTTGAAAACCATTTCTGCTGGAGCCAAGCTTTAAAAGTATGAAATACTGTTTTAGCAAGTTTTCA
AATGAAAATGAATAT
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* * *
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** *
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* * * *
46049 AAGAGGATTCATGAATGATCTAGGGAAGACGTTGTTGATATTTGGATGTCATTTGCGAAATCGTT
131 AAGAGGATTAATGAATGATCTAGGGAAGACGCTGTTGACATTTGGATGTCATTTGCAAAATCGTT
* * * *
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* * *
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261 TCAACGTTTCTAAAGCTTTTATGTTGTGCTTTGAAAACCATTTCTGCAGGAGCCGAGTTTAAAAG
*
46244 TATGAATACTGTTTAAAAGTATGAATACTGTTTTAAAAGTATGAAAGATTCTGGAG
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* * **
46300 CTTAAAATATCAAAATTTCGTTTCTGATCAATTATGGGCATCAAAACCATCTGCCTAATTTCAAA
1 CTTAAAATATCAAAATTTCGTTTCAGAACAATTATGGGCATCAAAACCATCTGCAAAATTTCAAA
* ** * * *
46365 TTGTAATATAAAAACCATTTGCGTGATTCTTAATTTTTCATACTTATTTGCTTCAGATGCATTTT
66 ATGTAATATAAAAACCATTTGCACGAGT-TTAATTTTTAATACTTATTTGCTTCAGAAGCATTTT
* * * * *
46430 TAGGAGGATTAATGAATGCTCTAGGGAATTCGTGGGATGCTGTTGACATTTTGATG-CATTTG-A
130 CAAGAGGATTAATGAATGATCTAGGGAA-------GACGCTGTTGACATTTGGATGTCATTTGCA
* * * * * *
46493 AAATTTGTTTTTGTCGCTTAATGCGATTCACTGTGTG-TAACTTGTTTTTATATATTATGCACAA
188 AAA-TCGTTGTTGGCGCTTAATGCGATTAACTGTGTGCTAACTTGTTTTCATATAATATGCACAA
* * * * * *
46557 ACTCAAAGCTCAATGTTTTTGAAGCTTTTATGTTGTGCTTTGAAAATCTTTTCTGCAGGAGGCGA
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* *
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CTTAAAATATCAAAATTTCGTTTCAGAACAATTATGGGCATCAAAACCATCTGCAAAATTTCAAA
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AAGAGGATTAATGAATGATCTAGGGAAGACGCTGTTGACATTTGGATGTCATTTGCAAAATCGTT
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TCAACGTTTCTAAAGCTTTTATGTTGTGCTTTGAAAACCATTTCTGCAGGAGCCGAGTTTAAAAG
TATAAATACTGTTTATATGAATACTGTTTTAAAAGTATGAAAGATTCTGGAG
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47479 ATGCATTTTA
* * * *
47489 AGGAAGATTCATGAATGCTCCAGGGAATTCACGGGATGCTGTTGATATTTGGATTTCTTTTTTGA
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* * * **
47554 AATCGTTGTTGG-TGCTTGATGCAATTAACTGTGTGCTAACTTGTTTTTATATATTATGCACACT
66 AATTGTTGTTGGCT-ATTGATGCGATTAACT-TGTGCTAACTTGTTTTTATATATTATGCACAAA
* * ** ** * *
47618 TTCAAAACTCAATGTTCCTGAAGCTTCAACGTTTTGCTTTGAAAACCATTTCAGCTGGAGCC-AT
129 CTCAAAGCTCAATGTTTTTGAAGCTTTTATGTTTTGCTTTGAAAACCATTTCTGCTGGAGCCGA-
* * * * *
47682 GCCTTAACAGTATGAAATATTGTTTTAGAAAGTTTTTATATGGAAATGAATATCTTGAATCCAAT
193 GCTTTAAAAGTATGAAATATTGTTTTAGCAAGTTTTCAAATGGAAATGAATATCTTGAATCCAAT
* * * * *
47747 GCTTTAAAATTTCTCAAACA-TGAAAACATGATAACTTGCATTGCTTTTAATTTTTCATAATGTT
258 GCTTTAAACTTGCTCAAACACAG-AAACATGATAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAGTGTT
* * * *** *
47811 AAGCGTAAGTTATGAAGGATTCTGGAGCTTAAAATAACGAAATTTCATTT-TTGGTCAATTATGG
322 AAGTGTAAGTTATGAAGGATTCT-GA-ATTAAAATATC-AAATTTCATTTCTAAAT--ATTATGA
* * * *
47875 GCATCAAAATCATGTGCACAATTTCAAATTGTGAAATAAAAACCATTTGCATGATTTTAATTTTT
382 GCATTAAAA-CATCTGCAAAATTTCAAATTGTGATATAAAAACCATTTGCATGATTTTAATTTTT
* * *
47940 CATACCTATTTGCTTTAGATGCATTTTCAGGAGGATTCCTGAATGCTCCAGGGAATTTGCTG-GA
446 CATACTTATTTGCTTTAGATGCATTTTCAGGAGGATTCATGAATGCTCCAGGGAATTTCCTGAGA
* * * * * * *
48004 TCCTATTGATATTTGGATGTCATTTGTGGAATCATTGTTGGTGCTTGATGTGATTAACTTTGCGC
511 TGCTGTTGATATTTGGATGTCATTTGTGAAATCTTTGTTGGTGCTTGATGCGATTAACTGTGTGC
* * * *
48069 TGACTTGTTTATA-AGCATTATGCACAAACTCGAAGCTCAATGTTTTTAAAGCTTTTATGTTTTG
576 TAACTTGTTTTTATA-TATTATGCACAAACTCAAAGCTCAATGTTTTTAAAGCTTTTATGTTTTG
* * * * * * *
48133 CTTT-AAAATCCATTTCTACTGGTG-CTGAACTATAGAAGTTTGAAATATTGTCTTAGCAAGTTC
640 CTTTGAAAA-CCATTTCTACTGGAGTC-GAGCTTTAAAAGTATGAAATATTGTTTTAGCAAGTTT
* *
48196 TCAAATGTAAATGAA-ATCTTGAAT-CAATGCTTTAAAATTGCACAAACACAGAAACATGATAAC
703 TCAAATG-AAATGAATATCTTGAATCCAATGCTTTAAACTTGCTCAAACACAGAAACATGATAAC
* * * * * *
48259 TTGCGCTT-GTTTTGATTTTTCATAGTGTTAAGTGTAAGTTATGAAGGATTCTGCAACTTAAAAT
767 TTGC-ATTGGTTTTAATTTTTCACAGTGTTAAGTGTAAGTTATGAAAGATTCTGGAGCTTAAAAT
** * * * ** *
48323 ATCAAAATTTTATTTTTGAACAGTTATATGCATCAAAACCATCTGCAAAATTTCAAATTGTGATA
831 ATCAAAATTTCGTTTCTGATCAATTATGGGCATCAAAACCATCTGCAAAATTTCAAATTGTCATA
48388 TAAAAACCATTTGCACGATTTTAA-TTC
896 TAAAAACCATTTGCACGATTTTAATTTC
* * * *
48415 AGGAGGATTCATGAATGCTCTAGGGAATTCACGGGATGTTGTCGATATTTAGACT-TCATTTGTG
1 AGGAGGATTCATGAATGCTCCAGGGAATTCACGGGATGCTGTTGATATTTGGA-TGTCATTTGTG
* *
48479 AAATTGTTGTTGGCGATTGATGCGATTAACTATGTGCTAACTTGTTTCTATATATTATGCACAAA
65 AAATTGTTGTTGGCTATTGATGCGATTAACT-TGTGCTAACTTGTTTTTATATATTATGCACAAA
** * *
48544 CTCAAAGCTCAACATTTTT-AATGCTTTTATGTTTTGCTTTGAGAATCATTTCTGCTGGAGCCGA
129 CTCAAAGCTCAATGTTTTTGAA-GCTTTTATGTTTTGCTTTGAAAACCATTTCTGCTGGAGCCGA
* * * * * * *
48608 GCTTTAACAGTATTAAATATTATTTTATCAAGTTTTCAATTGAAAATGAA-ACCTTGAATCCAAT
193 GCTTTAAAAGTATGAAATATTGTTTTAGCAAGTTTTCAAATGGAAATGAATATCTTGAATCCAAT
* *
48672 GCTTTAAACTTGCTCAAACACAAAAACATGATAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATGGTGTTA
258 GCTTTAAACTTGCTCAAACACAGAAACATGATAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAGTGTTA
* *
48737 AGTGTAAGTTATGAAGGATTCTGCAATGTAAAACT-CCAACATTTCGTTTCTAAATAGTTATGAG
323 AGTGTAAGTTATGAAGGATTCTG-AAT-TAAAA-TATCAA-ATTTCATTTCTAAATA-TTATGAG
48801 CATTAAAAGCATCTGCAAAATTTCAAATTGTGATATAAAAACCATTTGCATGATTTTAATTTTTC
383 CATTAAAA-CATCTGCAAAATTTCAAATTGTGATATAAAAACCATTTGCATGATTTTAATTTTTC
* * * *
48866 ATACTTATTTGATTTACAAGCATTTTCAGGAGGATTCATGAATGCTCCAGGGAA-TTCCTGAGAC
447 ATACTTATTTGCTTTAGATGCATTTTCAGGAGGATTCATGAATGCTCCAGGGAATTTCCTGAGAT
* * * ** **
48930 GTTGTTGATATTTGGATGTCGTTTGTGAAATTTTTGCCGACGCTT-ATGCGATTAACTGTGTGCT
512 GCTGTTGATATTTGGATGTCATTTGTGAAATCTTTGTTGGTGCTTGATGCGATTAACTGTGTGCT
* * * *
48994 AACTTGTTTTTATATATTATGAACAAACTCAATGCTCAATGTTTTTCAAGCTTTTATGTTTTGTT
577 AACTTGTTTTTATATATTATGCACAAACTCAAAGCTCAATGTTTTTAAAGCTTTTATGTTTTGCT
* * *
49059 TTGAAAACCATTTCTGCTGGAGCCGAGCTTTAAAAGCATGAAATATTGTTTTAGCAAGTTTTCAA
642 TTGAAAACCATTTCTACTGGAGTCGAGCTTTAAAAGTATGAAATATTGTTTTAGCAAGTTTTCAA
49124 ATGAAATGAATATCTTGAATCCAATGCTTTAAACTTGCTCAAACACAGAAACATGATCAA-TTGC
707 ATGAAATGAATATCTTGAATCCAATGCTTTAAACTTGCTCAAACACAGAAACATGAT-AACTTGC
*
49188 AATGGTTTTAATTTTTCACAGTGTTAAGTGTAAGTTATGAAAGATTCTGGAGCTTAAAATATCAA
771 ATTGGTTTTAATTTTTCACAGTGTTAAGTGTAAGTTATGAAAGATTCTGGAGCTTAAAATATCAA
** *
49253 AATTTCGTTTCTGATCAATTATGGGCATCAAAACCATCTGCCTAATTTCAAATTGTAATATAAAA
836 AATTTCGTTTCTGATCAATTATGGGCATCAAAACCATCTGCAAAATTTCAAATTGTCATATAAAA
*
49318 ACCATTTGCATGATTTTAATTTTTC
901 ACCATTTGCACGATTTTAA--TTTC
* ** * * ** * ** * * *
49343 A-TACTTATTTGCTTCAGATGCATTTTTAGGAGGATT-AATGAATGCTCTAGGGA-ATTCGTGGG
1 AGGA-GGA-TT-CATGA-ATGC---TCCAGG-GAATTCACGGGATGCTGT--TGATATT--T-GG
* * * *
49405 ATG-C-TGT-TGACATT-TTGAT-GC-ATT--TGTGA--AA-TTGTTG-TAACTTGTTTTTATAT
53 ATGTCATTTGTGAAATTGTTGTTGGCTATTGATGCGATTAACTTG-TGCTAACTTGTTTTTATAT
* * * * *
49458 ATTATGCACAAACTCAAAGCTCAATGTTTTTGAAGCATTTATGTTGTGCTCTGAAAATCTTTTCT
117 ATTATGCACAAACTCAAAGCTCAATGTTTTTGAAGCTTTTATGTTTTGCTTTGAAAACCATTTCT
* * * ** * *
49523 GCAGGAGGCTAGCTTTAAATTTATTAAATATTGTTTTATG-AAGTTTTTAAATGGAAATGAATAT
182 GCTGGAGCCGAGCTTTAAAAGTATGAAATATTGTTTTA-GCAAGTTTTCAAATGGAAATGAATAT
* * *
49587 CTTGAATCCAATGCTTTAAACTTGCTCAAACATAGAAACATTATAATTTGCATTGGTTTTAATTT
246 CTTGAATCCAATGCTTTAAACTTGCTCAAACACAGAAACATGATAACTTGCATTGGTTTTAATTT
* * * *
49652 TTCAGAGTGTTAAGTGTAAGTTATGATGGATTCTTGAGCTTAAAATATCAAATTTTCTTTTCTGA
311 TTCATAGTGTTAAGTGTAAGTTATGAAGGATTC-TGA-ATTAAAATATCAAA-TTTCATTTCT-A
** * * * * * * * * **
49717 TCAACTATT-TGCA-CGATTTTAA-TTTTTC-ATACTT---ATT-TGCT-TTAGATGCATTTTTG
372 --AA-TATTATG-AGC-ATTAAAACATCTGCAAAATTTCAAATTGTGATATAAAAACCA--TTT-
* * * **** * * * * * *** *
49773 GGAGGATTCATGAATGCGCCAGGGAATTCATAGGATGCTTTTGGTATTTGGATTTCTTTTGTGGA
429 GCATGATT--TTAATTTTTCA--TACTT-AT---TTGC-TTTAG-A--TGCATTT-TCAGGAGGA
* ** ** *** ** * * * * *
49838 ATCATTGTTGGTGCTTGATACAATTAACTGTG-TGCTAACTTG-T-TTT-TATAT-ATTATG-CA
481 TTCA-TG--AATGCTCCAGGGAATTTCCTGAGATGCT--GTTGATATTTGGATGTCATT-TGTGA
* * **** ** * * * *** ** * *
49897 CA-C--TCTCAAAGCTCAAAGTTC-ATGAAGCT-T-TTCTGTTTTGCTTTGAAAACCATTTCAGC
540 AATCTTTGTTGGTGCT-TGA-TGCGATTAA-CTGTGTGCTAACTTG-TTTTTATA-TA-TT-A--
* * * * * * * ** * *
49956 TGGAGCTGAGCTTTAAAAGTATGAAATATTGGTTTAGCAAG-TTTTCAAATTTAAAAGAATATT-
596 TGCA-C-AAAC--TCAAAG-CT-CAATGTT--TTTA--AAGCTTTT-ATGTTT---TG-CT-TTG
* * * *** ** *
50019 ATGAAA-TATTGGTTTAGCAAGTTTTC-AAATTTAAAAGAATATTATGAAATATTGGTTTAGCAA
645 A--AAACCATT--TCTA-C-TGGAGTCGAGCTTTAAAAG-----TATGAAATATTGTTTTAGCAA
* * ** * * * *
50082 GTTTTCAAATTTAAAAGAATATCTTGAATCCAACACTTTAAAATTTCTCAAACACAAAAACTTGA
699 GTTTTCAAA-TGAAATGAATATCTTGAATCCAATGCTTTAAACTTGCTCAAACACAGAAACATGA
* * *
50147 TAACCTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAGCT-TTAAGTGTAAGTTATGAAGGATTCTGGAGCTTA
763 TAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCACAG-TGTTAAGTGTAAGTTATGAAAGATTCTGGAGCTTA
* * *
50211 AAATATCAAAATTTTGTTTCTGGTCAGTTATGGGCATCAAAACCATCTGCACAAA-TTCAAATTG
827 AAATATCAAAATTTCGTTTCTGATCAATTATGGGCATCAAAACCATCTGCA-AAATTTCAAATTG
50275 TCATATAAAAACCATTTGCACGATTTTTAATTTTTCATACCTATTTGCTTTAGTTGCATTTTC
891 TCATATAAAAACCATTTGCACG--------------------A--T--TTTA-----A-TTTC
* * * *
50338 AGGAGGATTCCTGAATGCT-CATGGGAATTCGCGGGATGCTATTGATATTTGGATATCATTTGTG
1 AGGAGGATTCATGAATGCTCCA-GGGAATTCACGGGATGCTGTTGATATTTGGATGTCATTTGTG
* ** * *
50402 GAATCATTGTTGGCTCTTGATGCTATTAACTTTGTGCTAACTTGTTTTTATATATTATGCACAAA
65 AAATTGTTGTTGGCTATTGATGCGATTAAC-TTGTGCTAACTTGTTTTTATATATTATGCACAAA
* * *
50467 CTCGAAA-CTCAATGTTTTTAAAGCTTTTAAGTTTTGCTTTAAAAACCATTTCTGCTGGAGCCGA
129 CTC-AAAGCTCAATGTTTTTGAAGCTTTTATGTTTTGCTTTGAAAACCATTTCTGCTGGAGCCGA
* * * **
50531 ACTATAAAAGTATGAAATATTGTTTTAGCATGTTTTCAAATTAAAATGAA-ATCTTGAATCCAAT
193 GCTTTAAAAGTATGAAATATTGTTTTAGCAAGTTTTCAAATGGAAATGAATATCTTGAATCCAAT
* *
50595 GCTTTAAACTTGCTCAAACACAGAAACATGATAACTTGCACTGGTTTTAA-TTTTC--ACTGTTA
258 GCTTTAAACTTGCTCAAACACAGAAACATGATAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAGTGTTA
* * * *
50657 AATGTAAGTTATGAAGGATTCTGCAACTTAAAATATCAAATTTCATTTCTGAACAGTTATGGGCA
323 AGTGTAAGTTATGAAGGATTCTG-AA-TTAAAATATCAAATTTCATTTCTAAATA-TTATGAGCA
* * * *
50722 TCAAAACCATTTGCAAAATTTCAAATTATGATATAAAAACCATTTGCACGATTTTAATTTTTCAT
385 TTAAAA-CATCTGCAAAATTTCAAATTGTGATATAAAAACCATTTGCATGATTTTAATTTTTCAT
* * * * *
50787 ACTTATTTGCTTTAGAAGCATTTTCAGGAGGATTCATTAATGCTCCAGGAAATTTGCGGA-ATGC
449 ACTTATTTGCTTTAGATGCATTTTCAGGAGGATTCATGAATGCTCCAGGGAATTTCCTGAGATGC
** * * *
50851 TGTTGATATTTCAATGTCTTTTGTGAAATCTTTGTTGGTGATTGATACGATTAACTGTGTGCTAA
514 TGTTGATATTTGGATGTCATTTGTGAAATCTTTGTTGGTGCTTGATGCGATTAACTGTGTGCTAA
* *
50916 CTTGTTTTTATATATTATGCACAAACTCAAAGCTCAATGTTTTTAAAAGCTATTATGGTTTGCTT
579 CTTGTTTTTATATATTATGCACAAACTCAAAGCTCAATGTTTTT-AAAGCTTTTATGTTTTGCTT
* * * * *
50981 TGTAAACCATTTTTACTGGAGCCGCGCTTTAAAAGTATGAAATATTGTTCTAGCAAGTTTTCAAA
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* * * * *
51046 TGGAAACGAATATCTTCAGTCCAATGCTTTAAACTAGCTCAAACACAAAAACATGATAACTTGCA
708 T-GAAATGAATATCTTGAATCCAATGCTTTAAACTTGCTCAAACACAGAAACATGATAACTTGCA
* * * *
51111 TTGGTTTTAATTTTTCACAGTATTAAGTGTAAGTTATGAAGGATTCTGGAGCATAAAATATAAAA
772 TTGGTTTTAATTTTTCACAGTGTTAAGTGTAAGTTATGAAAGATTCTGGAGCTTAAAATATCAAA
* * * ** * * *
51176 ATTTCGTTTCTAACCAATTATGCGCATCAAAACCATCTGCTCAAGTTCAAATT-ACGATACAAAA
837 ATTTCGTTTCTGATCAATTATGGGCATCAAAACCATCTGCAAAATTTCAAATTGTC-ATATAAAA
* *
51240 ACCGTTTGCTTGACTTTAATTTTTCATACTTATTTGC
901 ACCATTTGC---AC---GA--TTT--TA---ATTT-C
* ** * *
51277 TTTAGATGCATTTTCACGAGGATTCGTGAATGCTCCAGGGAATTTGCGAGATGTTGTTGATATTT
1 -----A-G---------GAGGATTCATGAATGCTCCAGGGAATTCACGGGATGCTGTTGATATTT
* *
51342 GGATGTCATTTGTGAAATCGTTGCTGGC-ACTTGATGCGATTAAC---TG------TG-----AT
51 GGATGTCATTTGTGAAATTGTTGTTGGCTA-TTGATGCGATTAACTTGTGCTAACTTGTTTTTAT
* * *
51392 ATATTATGTACAAACTGAAAGCTCAATGTTTTTGAAGCTTTTATGTTTTGCTTTGAAAGCCATTT
115 ATATTATGCACAAACTCAAAGCTCAATGTTTTTGAAGCTTTTATGTTTTGCTTTGAAAACCATTT
51457 CTGCTGGAGCCGAGCTTTAAAAGTATGAAATATTGTTTTAGCACA-TTTTCAAATGGAAATGAAT
180 CTGCTGGAGCCGAGCTTTAAAAGTATGAAATATTGTTTTAGCA-AGTTTTCAAATGGAAATGAAT
* *
51521 ATCTTGAATCCAATGCTTTAAACTTGCTCAAACGCAGAAACATGATAACTTGCATTGATTTT-AT
244 ATCTTGAATCCAATGCTTTAAACTTGCTCAAACACAGAAACATGATAACTTGCATTGGTTTTAAT
* ** * ** *
51585 TTTTACACAGTGTTTCGTGTAAGTTATGGAGGATTCT--A-T-AGCT-T-AAA----ATATC-AA
309 TTTT-CATAGTGTTAAGTGTAAGTTATGAAGGATTCTGAATTAAAATATCAAATTTCATTTCTAA
** * *
51639 A-ATT-TCGA-C--T------T-TG-AACAA-TT---A-TG-GGCATCAAAACCATTTGCACGAT
373 ATATTAT-GAGCATTAAAACATCTGCAA-AATTTCAAATTGTGATATAAAAACCATTTGCATGAT
* *
51685 TTTAATTTTTCATACTTATTTGCTTTAGATTCATTTTCAGGAGGATTCATGATTGCTCCA-GGAA
436 TTTAATTTTTCATACTTATTTGCTTTAGATGCATTTTCAGGAGGATTCATGAATGCTCCAGGGAA
* * * * *
51749 -TTCAC--ATGATGCTGTTGATATTTGGCTGTCATTTGTGAAATCGTTGCTGGCGCTTGATTCGA
501 TTTC-CTGA-GATGCTGTTGATATTTGGATGTCATTTGTGAAATCTTTGTTGGTGCTTGATGCGA
* * * * * *
51811 TTAACTGTGTGCTAAGTTGTTTTTATATATTATGCACAAACTGAAAGCTCAATGTTTATGAATCA
564 TTAACTGTGTGCTAACTTGTTTTTATATATTATGCACAAACTCAAAGCTCAATGTTTTTAAAGCT
* *
51876 TTTATGTTTTGCTTTGAAAGCCTTTTCTACTGGAGTCGAGC--------T-T----TA-------
629 TTTATGTTTTGCTTTGAAAACCATTTCTACTGGAGTCGAGCTTTAAAAGTATGAAATATTGTTTT
* * *
51921 A--AAG---T---ATG--A--AATATCTTGAATCCAATGCTTTAAACTTGCTTAAGCCCAGAAAC
694 AGCAAGTTTTCAAATGAAATGAATATCTTGAATCCAATGCTTTAAACTTGCTCAAACACAGAAAC
* * * * * *
51974 ATAAATAACTTGTATTTGTTTTAATTTTTTACAGTTTTAAGTGTAAGTTAT-AAAGGAATT-TGA
759 AT-GATAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCACAGTGTTAAGTGTAAGTTATGAAA-G-ATTCTGG
* * ** *
52037 AACTTAAAATATTAAAATTTCGTTTCTGAGCCATCTGCACAATTTCAAATTGTGATATAAAAACC
821 AGCTTAAAATATCAAAATTTCGTTTCT--G--A--T---CAA-TT---A-TG-GGCATCAAAACC
* ** * * * * **** ** *
52102 ATTTGCACGATTTTAATTTTTCATACTTATTTGC-TTT--A-GA-TGCATTTTC
871 ATCTGCAAAATTTCAAATTGTCATA-TAAAAACCATTTGCACGATTTTAATTTC
* * **
52151 AGGAGAATTCATGAATGCTCCAGGGAATTCCCGGGATGCTGTTGATATTTTCATGTCATTTGTGA
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* * * * *
52216 AACTGTTGTTTGATACTTGATGCAATTAACTGTGTGCTAACTTG-TTTTATATATTATGCACAAG
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* * * *
52280 CTCAAAGCTCAATATTTTTGAAGATTTTATGGTTTGCTTTGAAAACCATTTCTGCTTGA-CCGAG
129 CTCAAAGCTCAATGTTTTTGAAGCTTTTATGTTTTGCTTTGAAAACCATTTCTGCTGGAGCCGAG
* * *
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194 CTTTAAAAGTATGAAATATTGTTTTAGCAAGTTTTCAAATGGAAATGAATATCTTGAATCCAATG
* * * * *
52409 CTTTAAACTTACACAAACACAGAAACATGATAACCTGCATTGGCTTTAATTTTTCATAGTGTTAG
259 CTTTAAACTTGCTCAAACACAGAAACATGATAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAGTGTTAA
* * * *
52474 GTGTAAGTTATGAAGGAATCTAGAGCTTAAAATATGAAA----A-TT-T---TGTT-T---C--T
324 GTGTAAGTTATGAAGGATTCT-GA-ATTAAAATATCAAATTTCATTTCTAAATATTATGAGCATT
** * * *
52524 AAGCCATCTTCACAATTTCAAATTGTGATATAAAAACCATTTGCTTGATTTTAATTTTTCATACT
387 AAAACATCTGCAAAATTTCAAATTGTGATATAAAAACCATTTGCATGATTTTAATTTTTCATACT
* * * * *
52589 TATTTGCTTTAGATGCATTTCCAGAAGGACTCATGAATGCTCCAGGGAATTTGC-GGGATGCTGT
452 TATTTGCTTTAGATGCATTTTCAGGAGGATTCATGAATGCTCCAGGGAATTTCCTGAGATGCTGT
* * *
52653 TGATATTTGGATGTCTTTTGTGAAAT-TGTTGTTGGTGCTTGATGTGATTAACTGTGAGCTAACT
517 TGATATTTGGATGTCATTTGTGAAATCT-TTGTTGGTGCTTGATGCGATTAACTGTGTGCTAACT
* * *
52717 TGTTTTTATATATTATGCACAAACTCAAAACTCAATGTTTTTGAAGCTTTAATGTTTTGCTTTGA
581 TGTTTTTATATATTATGCACAAACTCAAAGCTCAATGTTTTTAAAGCTTTTATGTTTTGCTTTGA
* * * *
52782 AAACCATTTCTAGTAGAGTCGAGCTTTAAAAGTATGAAATATTGTTTTAGCAAGATTTCAAATAT
646 AAACCATTTCTACTGGAGTCGAGCTTTAAAAGTATGAAATATTGTTTTAGCAAGTTTTCAAAT-G
* * *
52847 AAATGAATATCTTGAATCCAATGGTTTAAACTTGCTCAAAAACAAAAACATGATAACTTGCATTG
710 AAATGAATATCTTGAATCCAATGCTTTAAACTTGCTCAAACACAGAAACATGATAACTTGCATTG
* *
52912 GTTTTAATTTTT--CAGTGTTAAGTGTAAGTTATG-AAGAATTCTAGAGCTTAAAATATAAAAAT
775 GTTTTAATTTTTCACAGTGTTAAGTGTAAGTTATGAAAG-ATTCTGGAGCTTAAAATATCAAAAT
* ** * * ** * *
52974 TTCGTTTTTGAACCAATTGCACAAATTCAAATTGTGATATAAAAACCATTTGCATGATTTTAATT
839 TTCGTTTCTG-----A-T---C-AATT---A-TG-GGCATCAAAACCATCTGCAAAATTTCAAAT
* ****** *
53039 TTTCATACTGTTTTTC-TTTGGC-TGCA--TT--TTT-
889 TGTCATA-TAAAAACCATTT-GCACG-ATTTTAATTTC
* * * * * *
53070 AGGACGATTAATGCATGGTCC-TGGAATTTACGGGATGCTGTTGATATTTGGATGTCATTTGTGA
1 AGGAGGATTCATGAATGCTCCAGGGAATTCACGGGATGCTGTTGATATTTGGATGTCATTTGTGA
* * *
53134 AATTGTTGTTTG-TACTTCATGTGATTAACTTTGTGCTAACTTGTTTTTATATATTATGCACAAA
66 AATTGTTGTTGGCTA-TTGATGCGATTAAC-TTGTGCTAACTTGTTTTTATATATTATGCACAAA
* ** * * * **
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129 CTCAAAGCTCAATGTTTTTGAAGCTTTTATGTTTTGCTTTGAAAACCATTTCTGCTGGAGCCGAG
* * *
53263 ATTTAAAAGTATGGAATATTGTTTTAGCAAGTTTTCAAATGGAAATGAATATCTCGAATCCAATG
194 CTTTAAAAGTATGAAATATTGTTTTAGCAAGTTTTCAAATGGAAATGAATATCTTGAATCCAATG
* * * * *
53328 CTTTAAACTTTCTCAAACATAGAAACATGATAACTTGAATTGGTTTTAATTTTTCGTAGTGCTAA
259 CTTTAAACTTGCTCAAACACAGAAACATGATAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAGTGTTAA
* * * *
53393 GTGTAAGTTATGAAGGATT-TGGCAGCTTAAAATATCAAAATTTCGTTTCTAAACAATTATGGGC
324 GTGTAAGTTATGAAGGATTCT-G-A-ATTAAAATATC-AAATTTCATTTCTAAA-TATTATGAGC
* * * *
53457 ATCAAAACAATCTGCACAATTTCAAATTGTGATATAAAAACCATTTGCATGATTTAAATTCTTCA
384 ATTAAAAC-ATCTGCAAAATTTCAAATTGTGATATAAAAACCATTTGCATGATTTTAATTTTTCA
* * *
53522 TACTTATTTGCTTTAGATGCATTTTTAGGAGGATTCATGAATGCTCCAGTGAA-TTCGTGAGATG
448 TACTTATTTGCTTTAGATGCATTTTCAGGAGGATTCATGAATGCTCCAGGGAATTTCCTGAGATG
* * * * *
53586 CTGTTGATATTTGGAAGTCATTTGTGAAATCTTTGTTGGCGGTTGGTGCGATGAACTGTGTGCTA
513 CTGTTGATATTTGGATGTCATTTGTGAAATCTTTGTTGGTGCTTGATGCGATTAACTGTGTGCTA
* * *
53651 ACTTGTTTTTATATATAATGCACAAACTCAAAGCTCCATGTTTTTTAAGCTTTTATGTTTTGCTT
578 ACTTGTTTTTATATATTATGCACAAACTCAAAGCTCAATGTTTTTAAAGCTTTTATGTTTTGCTT
* * *
53716 TGAAAACCATTTCTACTGAAGTCGAGCTTAAAAAGCATGAAATATTGTTTTAGCAAGTTTTCAAA
643 TGAAAACCATTTCTACTGGAGTCGAGCTTTAAAAGTATGAAATATTGTTTTAGCAAGTTTTCAAA
* * * *
53781 TAGAAATGAATATCTTGAATCTAATGCTTTAAACTTGTTCAAACGCAGAAACATGATAAACTAGC
708 T-GAAATGAATATCTTGAATCCAATGCTTTAAACTTGCTCAAACACAGAAACATGAT-AACTTGC
* ** *
53846 ATTAGTTTTAATTTTTCACAGCATTAAGTGTACGTTATG-AAGAGTTCTGGAGCTTAAAATATC-
771 ATTGGTTTTAATTTTTCACAGTGTTAAGTGTAAGTTATGAAAGA-TTCTGGAGCTTAAAATATCA
* * **
53909 AAATTATCG----T--T---TT-T--G------AACCATCTGCTCAAA-TTCAAATTGTGAGCTA
835 AAATT-TCGTTTCTGATCAATTATGGGCATCAAAACCATCTGC-AAAATTTCAAATTGTCATATA
53955 AAAACCATTTGCACGATTTTAATTTTTC
898 AAAACCATTTGCACGATTTTAA--TTTC
* * * * ** * * ** * * * * ** ** * ** *
53983 A-CA--CTT-A--ATTGGTTTAGATGCATTTTCGGCAGGAATCGTT-AAACCTCCAGGGAATTCG
1 AGGAGGATTCATGAATGCTCCAG-GGAATTCACGGGATG-CT-GTTGATATTTGGATGTCATTTG
* * * * * * *
54041 -CAGGA-CGCTGCT-GATATT--TG-GAAGTT-ATTTGTG--AA-------TTATATATTATGCA
63 TGA-AATTGTTGTTGGCTATTGATGCG-A-TTAACTTGTGCTAACTTGTTTTTATATATTATGCA
* *
54090 CAAACTCAAAGCTCAATGTTTTTCAAGCTTTCATGTTTTGCTTTGAAAACCATTTCTGCTGGAGC
125 CAAACTCAAAGCTCAATGTTTTTGAAGCTTTTATGTTTTGCTTTGAAAACCATTTCTGCTGGAGC
* * * * *
54155 CGAGCTTTAAAAGTATGAAATATTATTTCACCAAGTTTTCAAATGAAAAAGAATATCTTGAATCC
190 CGAGCTTTAAAAGTATGAAATATTGTTTTAGCAAGTTTTCAAATGGAAATGAATATCTTGAATCC
* * * *
54220 AATGGTTTAAACTTGCTCAAACACAGAAACATGATAACTTGCATTTGTTTTAATTTTTCACAGTA
255 AATGCTTTAAACTTGCTCAAACACAGAAACATGATAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAGTG
* * * *
54285 CTAAGTGTAAGTTATGAAGGATTTTGCAACTTAAAATATCAAAATTTCGTTTCTAAACAATTATG
320 TTAAGTGTAAGTTATGAAGGATTCTG-AA-TTAAAATATC-AAATTTCATTTCTAAA-TATTATG
* * * * * *
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381 AGCATTAAAA-CATCTGCAAAATTTCAAATTGTGATATAAAAACCATTTGCATGATTTTAATTTT
* * *
54414 TCATACTTATTTGCTTTAGATGCATTTTCAAGAGGATTCATGAATGCTCCAGGGAA-TACGTTG-
445 TCATACTTATTTGCTTTAGATGCATTTTCAGGAGGATTCATGAATGCTCCAGGGAATTTC-CTGA
* * * * *
54477 GATGCTATTGATATTTGGATGTCATTTGTGAAATCGTTGTTGGCGGTTGATGTGATTAACTGTGT
509 GATGCTGTTGATATTTGGATGTCATTTGTGAAATCTTTGTTGGTGCTTGATGCGATTAACTGTGT
* * * *
54542 GTTAACTTGTTTTTATATACTATGCACAAACTAAAAGCTCAATGTTTTTGAAGCTTTTATGTTTT
574 GCTAACTTGTTTTTATATATTATGCACAAACTCAAAGCTCAATGTTTTTAAAGCTTTTATGTTTT
* * * * * * *
54607 GCTTTGAAAACCATTTCTGCTGGTGCCAAACTTTAAAACTATGAACTATTGTTTTAGCAAGTTTT
639 GCTTTGAAAACCATTTCTACTGGAGTCGAGCTTTAAAAGTATGAAATATTGTTTTAGCAAGTTTT
* * * *
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704 CAAAT-GAAATGAATATCTTGAATCCAATGCTTTAAACTTGCTCAAACACAGAAACATGATAACT
* * *
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54788 ACAGCCTAAT
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ATATCTTGAATCCAATGCTTTAAACTTGCTCAAACACAGAAACATGATAACTTGCATTGGTTTTA
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CGATTTTAATTTC
Found at i:49397 original size:477 final size:469
Alignment explanation
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* *
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* * * *
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** *
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* * * * *
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* **
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* * * * * *
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* * *
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*
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* *
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*
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* * *
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* *
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*
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* *
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317 AGTGTAAGTTATGAAGGATTCTGGAGCTTAAAATATCAAAATTTCGTTTCTGATCAATTATGAGC
**
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382 ATCAAAACCATCTGCAAAATTTCAAATTGTAATATAAAAACCATTTGCATGATTTTAATTTTTCA
* * *
49344 TACTTATTTGCTTCAGATGCATT
447 TACTTATTTGATTCACAAGCATT
* * * * *
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1 TTCAGGAGGATTCATGAATGCTCTAGGGAATTCCTGGAGTTGTTGATATTTGATTCATTTGTGAA
* *
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* * * * * * *
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** *
49541 ATTTATTAAATATTGTTTTATG-AAGTTTTTAAATGGAAATGAATATCTTGAATCCAATGCTTTA
195 AAGTATTAAATATTGTTTTA-GCAAGTTTTCAAAT-GAAATGAATATCTTGAATCCAATGCTTTA
* * * *
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258 AACTTGCTCAAACACAGAAACATGATAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCACAGTGTTAAGTGTA
* * * *
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323 AGTTATGAAGGATTCTGGAGCTTAAAATATCAAAATTTCGTTTCTGATCAA
49721 CTATTTGCAC
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GCTCAATGTTTTTAAGCTTTTATGTTTTGCTTTGAAAATCATTTCTGCTGGAGCCGAGCTTTAAA
AGTATTAAATATTGTTTTAGCAAGTTTTCAAATGAAATGAATATCTTGAATCCAATGCTTTAAAC
TTGCTCAAACACAGAAACATGATAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCACAGTGTTAAGTGTAAGT
TATGAAGGATTCTGGAGCTTAAAATATCAAAATTTCGTTTCTGATCAATTATGAGCATCAAAACC
ATCTGCAAAATTTCAAATTGTAATATAAAAACCATTTGCATGATTTTAATTTTTCATACTTATTT
GATTCACAAGCATT
Found at i:50036 original size:43 final size:43
Alignment explanation
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1 TATGAAATATTGGTTTAGCAAGTTTTCAAATTTAAAAGAATAT
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1 TATGAAATATTGGTTTAGCAAGTTTTCAAATTTAAAAGAATAT
50104 CTTGAATCCA
Statistics
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1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.42, C:0.05, G:0.14, T:0.40
Consensus pattern (43 bp):
TATGAAATATTGGTTTAGCAAGTTTTCAAATTTAAAAGAATAT
Found at i:50133 original size:86 final size:85
Alignment explanation
Indices: 49975--50133 Score: 207
Period size: 86 Copynumber: 1.8 Consensus size: 85
49965 GCTTTAAAAG
**** *
49975 TATGAAATATTGGTTTAGCAAGTTTTCAAATTTAAAAGAATATTATGAAATATTGGTTTAGCAAG
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50061 TATGAAATATTGGTTTAGCAAGTTTTCAAATTTAAAAGAATATCT-TG-AATCCAACACTTTA-A
1 TATGAAATATTGGTTTAGCAAGTTTTCAAATTTAAAAGAATAT-TATGAAAT--AACACTTTACA
50123 AATTTCTCAAA
63 AATTT-TCAAA
50134 CACAAAAACT
Statistics
Matches: 64, Mismatches: 5, Indels: 8
0.83 0.06 0.10
Matches are distributed among these distances:
85 8 0.12
86 50 0.78
87 6 0.09
ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (85 bp):
TATGAAATATTGGTTTAGCAAGTTTTCAAATTTAAAAGAATATTATGAAATAACACTTTACAAAT
TTTCAAATTTAAAAGAATAT
Found at i:55163 original size:413 final size:409
Alignment explanation
Indices: 54384--55198 Score: 1150
Period size: 413 Copynumber: 2.0 Consensus size: 409
54374 TCAAATTGAG
54384 ATATAAAAACATTTGCACGATTTTAAATTTTCATACTTATTTGCTTTAGATGCATTTTCAAGAGG
1 ATATAAAAACATTTGCACGATTTTAAATTTTCATACTTATTTGCTTTAGATGCATTTTCAAGAGG
* * * * *
54449 ATTCATGAATGCTCCAGGGAATACGTTGGATGCTATTGATATTTGGATGTCATTTGTGAAATCGT
66 ATTCACGAATGCTCCAGGGAATACATGGGATGCTATTCATATTTGGATGTCATTTGTGAAATCAT
* * * * * * *
54514 TGTTGGCGGTTGATGTGATTAACTGTGTGTTAACTTGTTTTTATATACTATGCACAAACTAAAAG
131 TGTTGGCGCTTGATGGGACTAACTATGGGCTAACTTGTTTTTATATA-TAGGCACAAACTAAAAG
* * *
54579 CTCAATGTTTTTGAAGCTTTTATGTTTTGCTTTGAAAACCATTTCTGCTGGTGCCAAACTTTAAA
195 CTCAATCTTTTTGAAGCTTTTATGTTTTGCTTTGAAAACCATTTCCGCTGGGGCCAAACTTTAAA
* * * * *
54644 ACTATGAACTATTGTTTTAGCAAGTTTTCAAATGGAAATGAATAACTTGAATCCAATGGTTTAAA
260 ACTATGAAATATTGCTTTAGCAAGTGTTCAAAAGGAAATGAATAACTTGAATCCAATGCTTTAAA
* * *
54709 CTTGCTCAACCACATAAACATGATAACTTGCATTAGTTTTAATTTTTCACAGTGTTAAGTGAAAG
325 CTTGCTCAAACACAGAAACATGATAACTTGCATTAGTTTTAATTTTT--CAGTGTTAAATGAAAG
54774 TTATGAAGGATTCTACAGCCTA
388 TTATGAAGGATTCTACAGCCTA
* * *
54796 ATATAAAACCCATTTGCACGATTTTAATTTTTCATACTTATTTGCTTTAGATGCACTTTT-AGGA
1 ATATAAAA-ACATTTGCACGATTTTAAATTTTCATACTTATTTGCTTTAGATGCA-TTTTCAAGA
* * * *
54860 GGATTCGCGAATGCTCCAGGGAATTCATGGGATGCTTTTCATATTTGGATGTCATTTGTGAAGTC
64 GGATTCACGAATGCTCCAGGGAATACATGGGATGCTATTCATATTTGGATGTCATTTGTGAAATC
*
54925 ATTGTTGGCGCTTGATGGGACTAACTATGGGCTAACTTGGTTTTTCATAT-TAGGCACGAACTCA
129 ATTGTTGGCGCTTGATGGGACTAACTATGGGCTAACTT-GTTTTT-ATATATAGGCACAAACT-A
* * * * *
54989 TAA-CTCAATCTTTTTGAAGCTTTTCTGTTTTGCTTTGAAAAGCATTTCCGCTGGGGCCGAGCTT
191 AAAGCTCAATCTTTTTGAAGCTTTTATGTTTTGCTTTGAAAACCATTTCCGCTGGGGCCAAACTT
* * * *
55053 TAAAAGTATGAAATATTGCTTTGGCGAGTGTTCAAAAGGAAATGAATATCTTGAATCCAATGCTT
256 TAAAACTATGAAATATTGCTTTAGCAAGTGTTCAAAAGGAAATGAATAACTTGAATCCAATGCTT
* * *
55118 TAAACTTGCTTAAACACAGAAACATGATAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCAGTGTTAAATGTA
321 TAAACTTGCTCAAACACAGAAACATGATAACTTGCATTAGTTTTAATTTTTCAGTGTTAAATGAA
55183 AGTTATGAAGGATTCT
386 AGTTATGAAGGATTCT
55199 GTAGCTTAAA
Statistics
Matches: 355, Mismatches: 43, Indels: 11
0.87 0.11 0.03
Matches are distributed among these distances:
411 28 0.08
412 8 0.02
413 302 0.85
414 13 0.04
415 4 0.01
ACGTcount: A:0.29, C:0.14, G:0.19, T:0.38
Consensus pattern (409 bp):
ATATAAAAACATTTGCACGATTTTAAATTTTCATACTTATTTGCTTTAGATGCATTTTCAAGAGG
ATTCACGAATGCTCCAGGGAATACATGGGATGCTATTCATATTTGGATGTCATTTGTGAAATCAT
TGTTGGCGCTTGATGGGACTAACTATGGGCTAACTTGTTTTTATATATAGGCACAAACTAAAAGC
TCAATCTTTTTGAAGCTTTTATGTTTTGCTTTGAAAACCATTTCCGCTGGGGCCAAACTTTAAAA
CTATGAAATATTGCTTTAGCAAGTGTTCAAAAGGAAATGAATAACTTGAATCCAATGCTTTAAAC
TTGCTCAAACACAGAAACATGATAACTTGCATTAGTTTTAATTTTTCAGTGTTAAATGAAAGTTA
TGAAGGATTCTACAGCCTA
Found at i:56573 original size:478 final size:478
Alignment explanation
Indices: 54796--58196 Score: 4444
Period size: 479 Copynumber: 7.2 Consensus size: 478
54786 CTACAGCCTA
*
54796 ATATAAAACCCATTTGCACGATTTTAATTTTTCATACTTATTTGCTTTAGATGCACTTTT-AGGA
1 ATATAAAAACCATTTGCACGATTTTAATTTTTCATACTTATTTGCTTTAGATGCA-TTTTCAGGA
** * * *
54860 GGATTCGCGAATGCTCCAGGGAATTCATGGGATGCTTTTCATATTTGGATGTCATTTGTGAAGTC
65 GGATTCATGAATGCTCCAGGGAATTCATGGGATGCTGTTGATATTTGGATGTCATTTGTGAAATC
* * * * * *
54925 ATTGTTGGCGCTTGATGGGACTAACTATGGGCTAACTTGGTTTTT-CATATTAGGCACGAACTCA
130 ATTGTTGGCGCTTGATGCGATTAACTATGTGCTAACTT-GTTTTTATATATTATGCACAAACTCA
* * * * *
54989 TAA-CTCAATCTTTTTGAAGCTTTTCTGTTTTGCTTTGAAAAGCATTTCCGCTGGGGCCGAGCTT
194 -AAGCTCAATGTTTTTGAAGCTTTTATGTTTTGCTTTGAAAACCATTTCTGCTGGAGCCGAGCTT
* * * * *
55053 TAAAAGTATGAAATATTGCTTTGGCGAGTGTTCAAAAGGAAATGAATATCTTGAATCCAATGCTT
258 TAAAAGTATGAAATATTGTTTTAGCAAGTTTTCAAATGGAAATGAATATCTTGAATCCAATGCTT
* *
55118 TAAACTTGCTTAAACACAGAAACATGATAACTTGCATTGGTTTTAATTTTT--CAGTGTTAAATG
323 TAAACTTGCTCAAACACAGAAACATGATAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCACAGTGTTAAGTG
* * * *
55181 TAAGTTATGAAGGATTCTGTAGCTTAAAATATCAAATTTTCGTTTCTGAACAGTTATAGGCATCA
388 TAAGTTATGAAGGATTCTGGAGCTTAAAATATCAAAATTT-GTTTCTGAACAATTATGGGCATCA
55246 AAACCATCTGCACAATTTCAAATTGTG
452 AAACCATCTGCACAATTTCAAATTGTG
* * * *
55273 ATA-AAATACCATTTGCACGATTTTAATCTTTCATACTTAATTT-CTTGAGGTGCATTTTCAGGA
1 ATATAAAAACCATTTGCACGATTTTAATTTTTCATACTT-ATTTGCTTTAGATGCATTTTCAGGA
* * * * * *
55336 GTATTCATGAATGCTTCAGAGAATTCATGGGATGCTGTTGATATTTTGAATGCCATTTG-CAAAG
65 GGATTCATGAATGCTCCAGGGAATTCATGGGATGCTGTTGATA-TTTGGATGTCATTTGTGAAA-
* * *
55400 TCGTTGTTGGC-ATGTGATGCGATTAACTGTGTGCTAACTTGTTTTTATATATTATGCACAAACT
128 TCATTGTTGGCGCT-TGATGCGATTAACTATGTGCTAACTTGTTTTTATATATTATGCACAAACT
* *
55464 CAAAGCTCAA--ATTTTGTAAGCTTTAAT-TTTTGCTTTGAAAACCATTTCTGCTGGAGCCGAGC
192 CAAAGCTCAATGTTTTTG-AAGCTTTTATGTTTTGCTTTGAAAACCATTTCTGCTGGAGCCGAGC
* * *
55526 TTT-AAA-T-T-CAATATTGCTTTAGCAAGTTTTCAAATGGAAATGAATATCTTGAATCTAATGC
256 TTTAAAAGTATGAAATATTGTTTTAGCAAGTTTTCAAATGGAAATGAATATCTTGAATCCAATGC
* * * * *
55587 TTTAAACTTGCTCAAACACATAGACATGATAACTTGCATTGGTTTTAACTTTTCATAGTGTTAAA
321 TTTAAACTTGCTCAAACACAGAAACATGATAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCACAGTGTTAAG
* * * * *
55652 TGTAAGTTATGAAGGATTTTGCAGCTTAAAATATCAAAAATTTGTTTGTGAACATTTAAGGGCAT
386 TGTAAGTTATGAAGGATTCTGGAGCTTAAAATATC-AAAATTTGTTTCTGAACAATTATGGGCAT
55717 CAAAACCATCTGCACAATTTCAAATTGTG
450 CAAAACCATCTGCACAATTTCAAATTGTG
* * * * *
55746 ATATAAAAATCATTTGCACGGTTTTACTTTTTCATACTTATTTGCTTTGGATGGATTTTCAGGAG
1 ATATAAAAACCATTTGCACGATTTTAATTTTTCATACTTATTTGCTTTAGATGCATTTTCAGGAG
* * * * **
55811 CACTCATGAATGCTCCAGGGAATTCACGGGATGCTGTTGATATTTGGATGTCATTTGTCAAATTG
66 GATTCATGAATGCTCCAGGGAATTCATGGGATGCTGTTGATATTTGGATGTCATTTGTGAAATCA
* * ** * * *
55876 TTGTTAGCGCTTGATGTGATTAACGGTATGCTAATTTGTTTTTATATATTATGCACAACCTCAAA
131 TTGTTGGCGCTTGATGCGATTAACTATGTGCTAACTTGTTTTTATATATTATGCACAAACTCAAA
* * * *
55941 GCACAATGTTTTTGAAGCTTTTTTGTTTTGCTTTGAAAACCATTTTTGCTAGAGCCGAGCTTTAA
196 GCTCAATGTTTTTGAAGCTTTTATGTTTTGCTTTGAAAACCATTTCTGCTGGAGCCGAGCTTTAA
* * ** *
56006 AAGTATGAAATATTGTTTTATG-AAGTTTTCAAATAGAAATGAATATCTTGAATCTAATTTTTTT
261 AAGTATGAAATATTGTTTTA-GCAAGTTTTCAAATGGAAATGAATATCTTGAATCCAATGCTTTA
* **
56070 AACTTGCTCAAATACAGAAACATGATAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCACAGCATTAAGTGTA
325 AACTTGCTCAAACACAGAAACATGATAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCACAGTGTTAAGTGTA
* *
56135 AGTTATGAAGGATTCCGGAGCTTAAAATATCAAAATTTCATTTCTGAACAATTATGGGCATCAAA
390 AGTTATGAAGGATTCTGGAGCTTAAAATATCAAAATTT-GTTTCTGAACAATTATGGGCATCAAA
*
56200 ACCATCTGCACAACTTCAAATTGTG
454 ACCATCTGCACAATTTCAAATTGTG
* * * * *
56225 ATA-AAATACCATTTGCATGATTTTTATTTTCTCATACTTATTTTCTTTACATGCATTTTCAGGA
1 ATATAAAAACCATTTGCACGATTTTAATTTT-TCATACTTATTTGCTTTAGATGCATTTTCAGGA
* * * * * *
56289 GGATTCGTGAATGCTCCAGGGAAGTCGTGGGGTGTTGTTGTTATTTGGATGTCATTTGTGAAATC
65 GGATTCATGAATGCTCCAGGGAATTCATGGGATGCTGTTGATATTTGGATGTCATTTGTGAAATC
* * * * * *
56354 ATT-TCGGCCCTTGATACGATTAACTTTGTGCTAGCTTGTTTTTGTATATTATGCACAAACTCAA
130 ATTGTTGGCGCTTGATGCGATTAACTATGTGCTAACTTGTTTTTATATATTATGCACAAACTCAA
* * * * *
56418 AGCTCAATGTTTTTGAAACTTTTATGTTTTGCTTTGGAAACCATTTCTGCTAGAGCTGAACTTTA
195 AGCTCAATGTTTTTGAAGCTTTTATGTTTTGCTTTGAAAACCATTTCTGCTGGAGCCGAGCTTTA
* * ** *
56483 AAAGTATGAAATATTGTTCTAGTAAGTTTTCAAATAAAAATGAATATCTTGAATCCAATGGTTTA
260 AAAGTATGAAATATTGTTTTAGCAAGTTTTCAAATGGAAATGAATATCTTGAATCCAATGCTTTA
* * *
56548 AACTTGCTCAAACACAGAGACATGATAACTTGTATTGGTTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGTA
325 AACTTGCTCAAACACAGAAACATGATAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCACAGTGTTAAGTGTA
*** *
56613 AGTTATGATCAATTCTGGAGCTTAAAAATATCAAAATTT-TGT-T------TT-T-GG-------
390 AGTTATGAAGGATTCTGGAGCTT-AAAATATCAAAATTTGTTTCTGAACAATTATGGGCATCAAA
*
56661 ACCATCTGCACAAATTCAAATTGTG
454 ACCATCTGCACAATTTCAAATTGTG
* * *
56686 ATATAAAAACCATTTGCACGATTTTAATTTTTCATTCTTATTTGCCTTAGATGCATTTTCAGCAG
1 ATATAAAAACCATTTGCACGATTTTAATTTTTCATACTTATTTGCTTTAGATGCATTTTCAGGAG
* * * *** * *
56751 GATTCGTGAAAGCTACAGGGAATTCGCAGGATGCTGTTGATATTTGGAAGTCATTTGTGAAATCG
66 GATTCATGAATGCTCCAGGGAATTCATGGGATGCTGTTGATATTTGGATGTCATTTGTGAAATCA
* *
56816 TTGTTGGCGCTTGATGCGATTAACTATGTGTTAACTTGTTTTTATATATTATGCACAAAC-AAAA
131 TTGTTGGCGCTTGATGCGATTAACTATGTGCTAACTTGTTTTTATATATTATGCACAAACTCAAA
* *
56880 GCTCAATGTTTTTGAAGCTTTTATGTTTTGCTTTGAAAACCATTTCTGCTGGAGCCAAACTTTAA
196 GCTCAATGTTTTTGAAGCTTTTATGTTTTGCTTTGAAAACCATTTCTGCTGGAGCCGAGCTTTAA
* * *
56945 AAATATGAAATATTGTTTTAGCAAGTTTTCAAATGGAAGTTG-ATATCTTCAATCCAATGCTTTA
261 AAGTATGAAATATTGTTTTAGCAAGTTTTCAAATGGAA-ATGAATATCTTGAATCCAATGCTTTA
* * * *
57009 AACTTGCTCGAACATAAAAACATGATAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCACAGCGTTAAGTGTA
325 AACTTGCTCAAACACAGAAACATGATAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCACAGTGTTAAGTGTA
* **
57074 AGTTATGAAGGATTCTGGAGTTTAAAATATCAAAATATCATTTCTGAACAATTATGGGCATCAAA
390 AGTTATGAAGGATTCTGGAGCTTAAAATATCAAAAT-TTGTTTCTGAACAATTATGGGCATCAAA
* *
57139 ACCATATGCACAATTTTAAATTGTG
454 ACCATCTGCACAATTTCAAATTGTG
* *
57164 ATATAAAAACCATTTGTACGATTTTAATTTTTCATGCTTATTTGCTTTAGATGCATTTTCAGGAG
1 ATATAAAAACCATTTGCACGATTTTAATTTTTCATACTTATTTGCTTTAGATGCATTTTCAGGAG
* * *
57229 GATTCATGAATGCACCAGGGAATTCATGGGATGGTGTTGATATGTGGATGTCATTTGTGAAATCA
66 GATTCATGAATGCTCCAGGGAATTCATGGGATGCTGTTGATATTTGGATGTCATTTGTGAAATCA
* * * *
57294 TTGTTGGAGCTTGTTGTGATTAACTGTGTGCTAACTTGTTTTTATATATTATGCACAAACTCAAA
131 TTGTTGGCGCTTGATGCGATTAACTATGTGCTAACTTGTTTTTATATATTATGCACAAACTCAAA
* * * *
57359 GGTCAATGTTTTTGAAGCTTTCATGTTTTGCTTTGAAAGCCATTTCTGCTGGAGCCAAGCTTTAA
196 GCTCAATGTTTTTGAAGCTTTTATGTTTTGCTTTGAAAACCATTTCTGCTGGAGCCGAGCTTTAA
57424 AAGTATGAAATATTGTTTTAGCAAGTTTTCAAATGGAAATGAATATCTTGAATCCAATGCTTTAA
261 AAGTATGAAATATTGTTTTAGCAAGTTTTCAAATGGAAATGAATATCTTGAATCCAATGCTTTAA
** * *
57489 ACTTGCTCAAATGCAGAAACATTATAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCACAGTGTGAAGTGTAA
326 ACTTGCTCAAACACAGAAACATGATAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCACAGTGTTAAGTGTAA
* * *
57554 GTTTTGAAGGATTCCGGCA-CTTAAAATATCAAAATTTTGTTTCTGATCAATTATGGGCATCAAA
391 GTTATGAAGGATTCTGG-AGCTTAAAATATCAAAA-TTTGTTTCTGAACAATTATGGGCATCAAA
* *
57618 ACCATCTACGCAATTTTCAAATTGTG
454 ACCATCTGCACAA-TTTCAAATTGTG
* *
57644 ATA-ATAAAACCATTTGCACGATTTTAA-TTTTCGTACTTATTTGCTTTAGATGCATTTTCAAGA
1 ATATA-AAAACCATTTGCACGATTTTAATTTTTCATACTTATTTGCTTTAGATGCATTTTCAGGA
* * * * *
57707 GTATTCATGAATGCTCCAAGGAATTTATGAGATGCTGTTGATATTTGGATGTCATTTATGAAATC
65 GGATTCATGAATGCTCCAGGGAATTCATGGGATGCTGTTGATATTTGGATGTCATTTGTGAAATC
* * * * * *
57772 ATTATTGGCGCTCGATTCGATTAACTATCTGCTAACTTATTTTTTTATATTATGCAC-AACTTCA
130 ATTGTTGGCGCTTGATGCGATTAACTATGTGCTAACTTGTTTTTATATATTATGCACAAAC-TCA
* * *
57836 AAGCTCAATGTTTTTGAACCTTTTATGTTTTGCTTTGAAAGCCATTTCTGCTAGAGCCGAGCTTT
194 AAGCTCAATGTTTTTGAAGCTTTTATGTTTTGCTTTGAAAACCATTTCTGCTGGAGCCGAGCTTT
* * *
57901 AAAAGCATG--ACATTGTTTTAGCAAGTTTTCAAATGGAAATGAATATCTTGAATCCAATGCCTT
259 AAAAGTATGAAATATTGTTTTAGCAAGTTTTCAAATGGAAATGAATATCTTGAATCCAATGCTTT
* * *
57964 GAACTTGCACAAACACAGAAACATGACAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCACAGTGTTAAGTGT
324 AAACTTGCTCAAACACAGAAACATGATAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCACAGTGTTAAGTGT
* * * *
58029 AAGTTATGAATGATTCTGGAGCTTAAAATATCAAAAATTTG-TTCTGAACAGTTATAGGTATCAA
389 AAGTTATGAAGGATTCTGGAGCTTAAAATATC-AAAATTTGTTTCTGAACAATTATGGGCATCAA
*
58093 AACCATCTGCACAACTTCAAATTGTG
453 AACCATCTGCACAATTTCAAATTGTG
* *
58119 ATATATAAAAACCATTTGCACGATTTTAATTTTTCGTACTTATTTGCTTTAGATGCATTTTTAGG
1 --ATATAAAAACCATTTGCACGATTTTAATTTTTCATACTTATTTGCTTTAGATGCATTTTCAGG
*
58184 AAGATTCATGAAT
64 AGGATTCATGAAT
58197 TGATATTAAT
Statistics
Matches: 2551, Mismatches: 312, Indels: 121
0.85 0.10 0.04
Matches are distributed among these distances:
460 13 0.01
461 307 0.12
462 78 0.03
463 1 0.00
468 2 0.00
469 3 0.00
470 3 0.00
471 98 0.04
472 1 0.00
473 173 0.07
474 106 0.04
475 96 0.04
476 136 0.05
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478 517 0.20
479 736 0.29
480 38 0.01
ACGTcount: A:0.30, C:0.14, G:0.17, T:0.38
Consensus pattern (478 bp):
ATATAAAAACCATTTGCACGATTTTAATTTTTCATACTTATTTGCTTTAGATGCATTTTCAGGAG
GATTCATGAATGCTCCAGGGAATTCATGGGATGCTGTTGATATTTGGATGTCATTTGTGAAATCA
TTGTTGGCGCTTGATGCGATTAACTATGTGCTAACTTGTTTTTATATATTATGCACAAACTCAAA
GCTCAATGTTTTTGAAGCTTTTATGTTTTGCTTTGAAAACCATTTCTGCTGGAGCCGAGCTTTAA
AAGTATGAAATATTGTTTTAGCAAGTTTTCAAATGGAAATGAATATCTTGAATCCAATGCTTTAA
ACTTGCTCAAACACAGAAACATGATAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCACAGTGTTAAGTGTAA
GTTATGAAGGATTCTGGAGCTTAAAATATCAAAATTTGTTTCTGAACAATTATGGGCATCAAAAC
CATCTGCACAATTTCAAATTGTG
Found at i:56857 original size:940 final size:940
Alignment explanation
Indices: 54796--58196 Score: 4314
Period size: 940 Copynumber: 3.6 Consensus size: 940
54786 CTACAGCCTA
*
54796 ATATAAAACCCATTTGCACGATTTTAATTTTTCATACTTATTTGCTTTAGATGCACTTTT-AGGA
1 ATATAAAAACCATTTGCACGATTTTAATTTTTCATACTTATTTGCTTTAGATGCA-TTTTCAGGA
** ** * * *
54860 GGATTCGCGAATGCTCCAGGGAATTCATGGGATGCTTTTCATATTTGGATGTCATTTGTGAAGTC
65 GGATTCATGAATGCTCCAGGGAATTCACAGGATGCTGTTGATATTTGGATGTCATTTGTGAAATC
* * * * *
54925 ATTGTTGGCGCTTGATGGGACTAACTATGGGCTAACTTGGTTTTT-CATATTAGGCACGAA-CTC
130 ATTGTTGGCGCTTGATGCGATTAACTATGTGCTAACTT-GTTTTTATATATTATGCAC-AACCTC
* * * * * *
54988 ATAA-CTCAATCTTTTTGAAGCTTTTCTGTTTTGCTTTGAAAAGCATTTCCGCTGGGGCCGAGCT
193 A-AAGCTCAATGTTTTTGAAGCTTTTATGTTTTGCTTTGAAAACCATTTCTGCTAGAGCCGAGCT
* * * *
55052 TTAAAAGTATGAAATATTGCTTTGGCGAGTGTTCAAA-AGGAAATGAATATCTTGAATCCAATGC
257 TTAAAAGTATGAAATATTGTTTTAGCAAGTTTTCAAATA-GAAATGAATATCTTGAATCCAATGC
* * *
55116 TTTAAACTTGCTTAAACACAGAAACATGATAACTTGCATTGGTTTTAATTTTT--CAGTGTTAAA
321 TTTAAACTTGCTCAAACACAGAAACATGATAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCACAGCGTTAAG
* * * *
55179 TGTAAGTTATGAAGGATTCTGTAGCTTAAAATATCAAATTTTCGTTTCTGAACAGTTATAGGCAT
386 TGTAAGTTATGAAGGATTCTGGAGCTTAAAATATCAAAATTTCATTTCTGAACAATTATAGGCAT
* * *
55244 CAAAACCATCTGCACAATTTCAAATTGTGATA-AAATACCATTTGCACGATTTTAATCTTTCATA
451 CAAAACCATCTGCACAACTTCAAATTGTGATATAAAAACCATTTGCACGATTTTAATTTTTCATA
* * * * *
55308 CTTAATTT-CTTGAGGTGCATTTTCAGGAGTATTCATGAATGCTTCAGAGAATTCATGGGATGCT
516 CTT-ATTTGCTTTAGATGCATTTTCAGGAGGATTCATGAATGCTCCAGGGAATTCATGGGATGCT
* * * * *
55372 GTTGATATTTTGAATGCCATTTG-CAAAGTCGTTGTTGGCATGTGATGCGATTAACTGTGTGCTA
580 GTTGATA-TTTGGATGTCATTTGTGAAA-TCATTGTTGGCCT-TGATGCGATTAACTGTGTGCTA
*
55436 ACTTGTTTTTATATATTATGCACAAACTCAAAGCTCAA--ATTTTGTAAGCTTTAAT-TTTTGCT
642 ACTTGTTTTTATATATTATGCACAAACTCAAAGCTCAATGTTTTTG-AAGCTTTAATGTTTTGCT
* * *
55498 TTGAAAACCATTTCTGCTGGAGCCGAGCTTT-AAA-T-T-CAATATTGCTTTAGCAAGTTTTCAA
706 TTGGAAACCATTTCTGCTGGAG-CGAACTTTAAAAGTATGAAATATTG-TTTAGCAAGTTTTCAA
* *
55559 ATGGAAATGAATATCTTGAATCTAATGCTTTAAACTTGCTCAAACACATAGACATGATAACTTGC
769 ATGGAAATGAATATCTTGAATCCAATGCTTTAAACTTGCTCAAACACAGAGACATGATAACTTGC
* * * *
55624 ATTGGTTTTAACTTTTCATAGTGTTAAATGTAAGTTATGAAGGATTTTGCAGCTTAAAATATCAA
834 ATTGGTTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGTAAGTTATGAAGGATTCTGGAGCTTAAAATATC-A
*
55689 AAATTTGTTTGTGAACATTTAAGGGCATCAAAACCATCTGCACAATTTCAAATTGTG
898 AAA--T-TTTGT----ATTT-ATGG------AACCATCTGCACAATTTCAAATTGTG
* * * * *
55746 ATATAAAAATCATTTGCACGGTTTTACTTTTTCATACTTATTTGCTTTGGATGGATTTTCAGGAG
1 ATATAAAAACCATTTGCACGATTTTAATTTTTCATACTTATTTGCTTTAGATGCATTTTCAGGAG
* * * * **
55811 CACTCATGAATGCTCCAGGGAATTCACGGGATGCTGTTGATATTTGGATGTCATTTGTCAAATTG
66 GATTCATGAATGCTCCAGGGAATTCACAGGATGCTGTTGATATTTGGATGTCATTTGTGAAATCA
* * ** * *
55876 TTGTTAGCGCTTGATGTGATTAACGGTATGCTAATTTGTTTTTATATATTATGCACAACCTCAAA
131 TTGTTGGCGCTTGATGCGATTAACTATGTGCTAACTTGTTTTTATATATTATGCACAACCTCAAA
* * *
55941 GCACAATGTTTTTGAAGCTTTTTTGTTTTGCTTTGAAAACCATTTTTGCTAGAGCCGAGCTTTAA
196 GCTCAATGTTTTTGAAGCTTTTATGTTTTGCTTTGAAAACCATTTCTGCTAGAGCCGAGCTTTAA
* ** *
56006 AAGTATGAAATATTGTTTTATG-AAGTTTTCAAATAGAAATGAATATCTTGAATCTAATTTTTTT
261 AAGTATGAAATATTGTTTTA-GCAAGTTTTCAAATAGAAATGAATATCTTGAATCCAATGCTTTA
* *
56070 AACTTGCTCAAATACAGAAACATGATAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCACAGCATTAAGTGTA
325 AACTTGCTCAAACACAGAAACATGATAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCACAGCGTTAAGTGTA
* *
56135 AGTTATGAAGGATTCCGGAGCTTAAAATATCAAAATTTCATTTCTGAACAATTATGGGCATCAAA
390 AGTTATGAAGGATTCTGGAGCTTAAAATATCAAAATTTCATTTCTGAACAATTATAGGCATCAAA
* * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * *
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* * **
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* *
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***
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*
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* * *
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* * * * * *
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* * *
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* * *
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* * * *
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* * *
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* * *
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* * * * *
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* *
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* * * *
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* *
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*
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** * *
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* * * *
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* *
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* *
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* * * * *
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* * * * * * *
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* *
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* * * *
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* * * *
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* * * *
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*
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* *
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* * *
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** * * *
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* *
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*
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*
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*
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* *
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*
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*
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*
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*
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* *
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*
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1 G
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* *
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*
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*
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*
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*
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*
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** * * * * * *
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* * * *
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*
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TAATAAAAAT
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1 TT
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68602 CATAACATAA
*
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*
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* *
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* **
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*
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*
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*
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*
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* *
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*
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*
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* *
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* * * * * *
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* *
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* * *
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* * *
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* *
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*
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*
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*
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* * *
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* *
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* *
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TCTGCTGAGAGGAGCTTTTCCAAGAGAGAAT
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*
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* *
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*
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*
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**
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*
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* *
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*
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1 G
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* * *
80673 AAAAATGAA-AGAAAAAGGAAATTTTATTCGCGACGATGAAGATTCAAAGGTATTCCGAGTAGTG
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*
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* *
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* *
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**
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*
81074 AAAATATAAGTAAT
195 AAAATATAACTAAT
* * *
81088 AAAAATAAGAAGAA-AATAAA-TTTAATCC-ATGATGAGATTCTAAAAGTATTCCGAGTAGAGAT
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* * * *
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* *
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81230 TGAATTAAAT
Statistics
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AAATATAACTAAT
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*
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*
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* *
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Found at i:82765 original size:176 final size:169
Alignment explanation
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82424 AAGTCGTAAT
* ** * * * * * *
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*
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* * *
82564 ATATGAAGAAAAAAATTTGTTTTATGACAAAGGGAC-ATAAC
131 ACATGAAGAAAAAAATTTATTTTATGACAAA---ACAAAAAC
* * *
82605 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCATAATTATTTAAACTGGTTAGGTAAACAAAATTAT
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* *
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* * *
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* *
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82802 TACACTTTAA
Statistics
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ACATGAAGAAAAAAATTTATTTTATGACAAAACAAAAAC
Found at i:83430 original size:11 final size:11
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83378 GTAAAATAAA
*
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1 ATATTAATATT
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1 AT--ATTAATATT
*
83412 -TAGATAATATT
1 ATA-TTAATATT
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1 ATATTAATATT
*
83433 A-ATTAACTAAT
1 ATATTAA-TATT
*
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*
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ATATTAATATT
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*
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*
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TATAAATTAATTA
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*
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*
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* *
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* *
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*
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*
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* *
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*
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85675 TCTTTATTTT
* *** * * ** *
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* * *
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66 ATTTAAAAAATTAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CTGAACAAGTTCAAATAGTTA
** * * *
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* * * *
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1 GTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * *
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66 ATTTAAAAAATTAAA-TAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTT
* * *
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129 ATGACTATTTAAATAATTATCTATTTAAAATCATTTTGACATTTTGTTTA
* * * * * *
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1 GTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * * *
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* * * * *
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125 AGTTATGACTATTTAAATAATTATCT-AT-TTAAAATCATTTTGACAT-TTTG-TTTA
* ** * *
86223 -TCATAAAACAATTATTTTTTTATCATATAAGCTTATTTAG-ATAAAAATAATACTAATTTAATA
1 GTCATAAAACAATTGTTTTAGT-TCATACAAGCTTATTTAGAAT-AAAATAATACTAATTTATTA
** * * * *
86286 ATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCGATC-AGTTCAAATA
64 ATATTTAAAAAATT-A-AA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATA
* * * * *
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126 GTTATGACTATTTA-AATAATTATCTATTTAAAATCATTTTGACATTTTGTTTA
* * * * * * * *
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1 GTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAA-
* * * * **
86467 T-TTTGAAAGATT-AATAAGCAGGATATTTGAAAAACTAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAAT
65 TATTTAAAAAATTAAATAAG-A-G--ATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAAT
* ** * *
86530 AGTTATGACTATTTGAGCAATTATCTATTTAAAATCATTGTGA-ATTTTTGTTTT
125 AGTTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTAAAATCATTTTGACA-TTTTGTTTA
* * ** * * *
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1 GTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTAT-TTAGAATAAAATAATACTA-ATTTATTA
**
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85816 TTATCAGAAT
* * *
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* * * ***
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* * * *
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* * ** * **
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* * *
86084 TAAAATAATACTACTTTATTAATATTTAAAAAATTATTAAGCAAGAGATTTAAAAACTAAAACTG
258 GAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAACTAAAACTG
** * *
86149 TTTTTCAAAGCAGTTCTAATAATTATGACTATTTGAAT
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* * * * ** * *
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1 AATTATCT-AT-TTAAATCATTATGATTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTAGT-TCACAA
* * *
86251 AAGCTTATTTAGATA-AAAATAATACTAATTTAATAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATT
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* * * * * *
86315 T-AAAAAATAAATGTGTTTGCCGATC-AGTTCAAATAGTTAAGATTA-TTAGAATAATTATCTAT
126 TAAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGATAAGACTATTTA-AATAATTATCTAT
* * * * * *
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190 TTAAAATCATTCTGACATTTTGTTTAATCATCAAACAATTGTTTCAGTTAATAAAAACTTATTCA
* * * *
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** * *
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318 AACTGTTTACCAAAGC-AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAAC
* *
86548 AATTATCTATTTAAAATCATTGTGAATTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCA-AAA
1 AATTATCTATTT-AAATCATTATG-ATTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTAGTTCACAAA
* * * * *
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CTTATTAGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAAAACTAAGAGATTTAAAA
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TCATTCTGACATTTTGTTTAATCATCAAACAATTGTTTCAGTTAATAAAAACTTATTCAAAAGAA
AATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAACTAAAACTGTTT
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86795 TATTATATATAATTCTTTAAAG
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* *
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1 TATTATATATAATTCTTTAAAG
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1 TATT
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86832 TTAAATTATT
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* *
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87973 TAATCAAATT
*
87983 ATATATAATTAATATTAAAAATTAATTAAAAATTATA
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* *
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*
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*
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1 GTGAAATTTGTTAA
*
99015 GTGATAATTTTTTAA
1 GTGA-AATTTGTTAA
*
99030 GTGAAATTTGTAAA
1 GTGAAATTTGTTAA
99044 GT
1 GT
99046 TATTTATTAA
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 4, Indels: 2
0.81 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
14 14 0.54
15 12 0.46
ACGTcount: A:0.36, C:0.02, G:0.20, T:0.42
Consensus pattern (14 bp):
GTGAAATTTGTTAA
Found at i:101532 original size:9 final size:9
Alignment explanation
Indices: 101506--101545 Score: 53
Period size: 9 Copynumber: 4.3 Consensus size: 9
101496 GATTGAATGA
101506 ATTTTAAATT
1 ATTTT-AATT
* *
101516 GTTATAATT
1 ATTTTAATT
101525 ATTTTAATT
1 ATTTTAATT
101534 ATTTTAATT
1 ATTTTAATT
101543 ATT
1 ATT
101546 AAATATATAA
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 4, Indels: 1
0.84 0.13 0.03
Matches are distributed among these distances:
9 23 0.88
10 3 0.12
ACGTcount: A:0.35, C:0.00, G:0.03, T:0.62
Consensus pattern (9 bp):
ATTTTAATT
Done.