Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019168430.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_643, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 20873
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Found at i:1022 original size:180 final size:184
Alignment explanation
Indices: 789--1180 Score: 492
Period size: 181 Copynumber: 2.2 Consensus size: 184
779 TTTCTAATTA
* *
789 CTTATTAA-TTTTGGAATATTAATAAATTACTATTATTTTATTTCGAAATAAGCTTGTATGAACT
1 CTTATTAATTTTTGGAATATTAAGAAATTACTATTATTTTATTTCGAAATAAGCTTGTATGAACC
* * * *
853 GAAACAATT-ATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATT-TAAATAGATAATTGTTTAAATA
66 GAAACAATTGATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTCTAAATAAATAATTGTTCAAATA
* * *
916 GTCATAAACTATTTGAATTTG-TTCAGTAAACAAATTAATTTTTTTA-AACTCTTG
131 GTCAT-AACTAGTTGAACTTGATT-AGTAAACAAATTAATTTTTTCATAACTCTTG
* * * * *
970 C-TATTAATTTTTGGTATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTG-GATAAGCTTTTATGAACC
1 CTTATTAATTTTTGGAATATTAAGAAATTACTATTATTTTATTTCGAAATAAGCTTGTATGAACC
* * *
1033 GAAACAATTGTTTTTTTGTCAAAACAAAAGATCATAACGATTCTAAATAAATAATTGTTCAAATA
66 GAAACAATTGATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTCTAAATAAATAATTGTTCAAATA
* * * * *
1098 GTCATAACTAGTTGAACTTGATTGGTAAACAGATTTATTTTTTCATATCTTTTG
131 GTCATAACTAGTTGAACTTGATTAGTAAACAAATTAATTTTTTCATAACTCTTG
* * *
1152 CTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATT
1 CTTATTAATTTTTGGAATATTAAGAAATT
1181 TGGACATAAT
Statistics
Matches: 179, Mismatches: 26, Indels: 10
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
180 30 0.17
181 92 0.51
182 34 0.19
183 23 0.13
ACGTcount: A:0.38, C:0.08, G:0.11, T:0.43
Consensus pattern (184 bp):
CTTATTAATTTTTGGAATATTAAGAAATTACTATTATTTTATTTCGAAATAAGCTTGTATGAACC
GAAACAATTGATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTCTAAATAAATAATTGTTCAAATA
GTCATAACTAGTTGAACTTGATTAGTAAACAAATTAATTTTTTCATAACTCTTG
Found at i:2136 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 1210--2866 Score: 1124
Period size: 181 Copynumber: 9.2 Consensus size: 181
1200 AAACAATTTG
* * * * * * * * * ***
1210 AAGGTCATAATAATTTGAAATAAATAATCATTCAAATGGTCATAATTATTTTAAATGATTAAATA
1 AAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTTGGTA
* * * ***
1275 AACAAA-TTATTTTTTAAATTTTTTACTTATTAATTTAGGAAATATTAATAAATTAGTATTATTT
66 AATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTT
* ** * * *
1339 TATTCCATCTAAGCTTGTATTAACT-AAAACAATTGTTTTATAACAAATTAA
131 TATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAAAAACAATTGTTTTATGACAAAATAA
* * * * * *
1390 AAGGTTATAACGATTTAAAATAGACAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTGTACTT-GTTTGGT
1 AAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTG-AATTGGTTTGGT
* * * * *
1454 AAATAGATTTATTTTTTTTAAATCTCATT-TTTATTAATTTTTTGAATGTTACTAAATTAGTATT
65 AAATAAATTTA--TTTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * *
1518 AATTTA-TTCTAAATAACCTTTTATGAACT-AAAACAATTG-TTTATAACCAAATAA
127 ATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAA-TAAAAACAATTGTTTTATGACAAAATAA
* * * ** * * * * * *
1572 AAGATCCAAAATGATTTCAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACCATTTGAATTGATTCGGT
1 AAGGT-TATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTTGGT
* * * * * *
1637 AAACAAATTTA-TTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAACTATTATTCAATTAGTATTATT
65 AAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * * * *
1701 TTAATCCAAATAATCTTGTA-CAA-ACAAAATAATTGTTTTACGACAAAAGAA
130 TTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATA-AAAACAATTGTTTTATGACAAAATAA
* * * * * * * *
1752 AAGGTCATAACAATTTCAAATAAATAATCATTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTTGGCA
1 AAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTTGGTA
* * * * ** * * * *
1817 ATTAGATTTATTTTTTAATTTTCTTGGTTATTAA-GTTTCAGAATATTATTAAATTAGTTTTATT
66 AATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTA-AATATTAATAAATTAGTATTATT
** ** * * * * * * *
1881 TTA-TTCTGGATAAAATAGTATAAATAGAACCAATTGTTTGATGATAATATAA
130 TTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAATAA
* * * * *
1933 AAGGTTATAACAATTCGAAATAGATAATTTTTAAAATAGTCAAAACTATTTGAAATGGTTTGGTA
1 AAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTTGGTA
** * * *
1998 AGCAAATTTACTTTTTAAATCTCTTACTGATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTTTTATTT
66 AATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTT
* * * * * * *
2063 TATTTCAAACAAACTTATATTAATAAAAATAATTATTTTATGACAAAACAA
131 TATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAATAA
* ** ** * * * **
2114 AAAGCAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAATTGGTTCAGTA
1 AAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTTGGTA
* * * * *
2179 AATAGAA-TTATTTTCTAAATCTCTTACTTATAAATTCTTAAAATATTAATAAATTACT-TTCAT
66 AATA-AATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATT-AT
* * * * * *
2242 TCTATTTCAAATGAGCTTGTATGAGCT-AAAATAATTATTTTATGATAAAATAA
129 TTTATTTCAAATAAGCTTGTATGA-ATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAATAA
* * * * * ** **
2295 AAGGTTATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCATATAGACTTAACTGTTTGAAAGGGTTTGACA
1 AAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTTGGTA
** * * *
2360 AATGGATTTATTTTTTAAAT-TCTTAGTTATTCA-TTTTTAGAATATTGCA-AAATTAGTATTAT
66 AATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTA-AATATT-AATAAATTAGTATTAT
* * * * * * *
2422 TTTATTACGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGATAGAACAA
129 TTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAATAA
* * ** * * ***
2475 AAGGTTGTAACAATTTGAAATAGAAAATCGTTCAAATAGTCATAACTGTTTGAATTAGTTCAATA
1 AAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTTGGTA
** * * * *
2540 AATTGATTTATTTTTTAAA--T-GT-CTTATTAATTCTTAAAATATTAATAAATTGGTATTATTT
66 AATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTT
* * * *
2601 TATTTCGAATAAGCTTGTATG-TTGAAAAACAATTGTTTTATGACGAAACAA
131 TATTTCAAATAAGCTTGTATGAAT-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAATAA
* * * * * * * * **
2652 AAAGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAAT-GGCTATAATTATTTGAACTGATTAAGT
1 AAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAATTGGTTTGGT
* * * * * *
2716 AAACTGATTTTATTCTTTTAAA----TTAGTTATTAATTTTTGAAATATTACTAAAGTAGTATTA
65 AAA-TAAATTTATT-TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTA
*** * *
2777 TTTTATTTTGGATAAACGTT-TATGAACT-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA
128 TTTTATTTCAAATAAGC-TTGTATGAA-TAAAAACAATTGTTTTATGACAAAATAA
* * ** * *
2831 ATGGTCATAATTATTTTAAATAAATAATTATTCAAA
1 AAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAA
2867 CTTGTTCGGT
Statistics
Matches: 1153, Mismatches: 286, Indels: 77
0.76 0.19 0.05
Matches are distributed among these distances:
176 3 0.00
177 119 0.10
178 13 0.01
179 186 0.16
180 312 0.27
181 366 0.32
182 33 0.03
183 119 0.10
184 2 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (181 bp):
AAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTTGGTA
AATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTT
TATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAATAA
Found at i:2529 original size:361 final size:358
Alignment explanation
Indices: 1274--4459 Score: 866
Period size: 362 Copynumber: 8.9 Consensus size: 358
1264 ATGATTAAAT
* * * * ***
1274 AAACAAA-TTATTTTTTAAATTTTTTACTTATTAATTTAGGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
1 AAACAAATTTACTTTTTAAATCTCTTACTGATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * * * * * ** * ** *
1338 TTATT-CCATCTAAGCTTGTATTAACTAAAACAATTGTTTTATAACAAATTAAAAGGTTATAACG
66 TTATTACAAAC-AAACTTATATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGCAATAACA
* * * * * *** *
1402 ATTTAAAATAGACAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTGTACTT-GTTTGGTAAATAGATTTAT
130 ATTTGAAATAGAAAATCGTTCAAATAGTCATAACTATTTG-AATTAGTTCAATAAATAGAATTA-
* * ** * * *
1466 TTTTTTTAAATCTCATTTTTATTAATTTTTTGAATGTTACTAAATTAGTATTAATT-TA-TTCTA
193 -TTTTCTAAATCTC----TTATTAATTCTTAAAATATTAATAAATTACTATT-ATTCTATTTC-A
* * * ** * ** * * * ** *
1529 AATAACCTTTTATGAACTAAAACAATTG-TTTATAACCAAATAAAAGATCCAAAATGATTTCAAA
251 AATAAGCTTGTATGTAGAAAAACAATTGTTTTATGATAAAATAAAAGGT-TATAACAATTTGAAA
** * ** * ** * * **
1593 TAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACCATTTGAATTGATTCGGT
315 TAGATAATTATTAAAATAGACAAAACTATTTGAAAGGGTTTGAC
* * * * * *
1637 AAACAAATTTA-TTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAACTATTATTCAATTAGTATTATT
1 AAACAAATTTACTTTTTAAATCTCTTACTGATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * * ** * * * * *
1701 TTAATCCAAATAATCTTGTACAAAC-AAAATAATTGTTTTACGACAAAAGAAAAGGTC-ATAACA
66 TTATTACAAACAAACTTATATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAG-CAATAACA
* * * * * * **** * *
1764 ATTTCAAATA-AATAATCATTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTTGGCAATTAGATTTAT
130 ATTTGAAATAGAA-AATCGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTAGTTCAATAAATAGAATTAT
* * * * * * * * * **
1828 TTTTTAATTTTCTTGGTTATTAAGTT-TCAGAATATTATTAAATTAGTTTTATTTTA-TTCTGGA
194 TTTCTAA--ATC-T-CTTATTAA-TTCTTAAAATATTAATAAATTACTATTATTCTATTTC-AAA
** * ** * * * * * *
1891 TAAAATAGTATAAATAGAACCAATTGTTTGATGATAATATAAAAGGTTATAACAATTCGAAATAG
253 TAAGCTTGTATGTAGAAAAACAATTGTTTTATGATAAAATAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAG
* * * **
1956 ATAATTTTTAAAATAGTCAAAACTATTTGAAATGGTTTGGT
318 ATAATTATTAAAATAGACAAAACTATTTGAAAGGGTTTGAC
* *
1997 AAGCAAATTTACTTTTTAAATCTCTTACTGATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTTTTATT
1 AAACAAATTTACTTTTTAAATCTCTTACTGATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * **
2062 TTATTTCAAACAAACTTATATTAATAAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGCAATAATGA
66 TTATTACAAACAAACTTATATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGCAATAACAA
* * * * * *
2127 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAATTGGTTCAGTAAATAGAATTATTT
131 TTTGAAATAGAAAATCGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTAGTTCAATAAATAGAATTATTT
*
2192 TCTAAATCTCTTACTTATAAATTCTTAAAATATTAATAAATTACT-TTCATTCTATTTCAAATGA
196 TCTAAATCTCTTA--T-T-AATTCTTAAAATATTAATAAATTACTATT-ATTCTATTTCAAATAA
* * * *
2256 GCTTGTATG-AGCTAAAATAATTATTTTATGATAAAATAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAAAT
256 GCTTGTATGTAG-AAAAACAATTGTTTTATGATAAAATAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGAT
* * ** *
2320 AATTATTCATATAGACTTAACTGTTTGAAAGGGTTTGAC
320 AATTATTAAAATAGACAAAACTATTTGAAAGGGTTTGAC
*** * * * * *
2359 AAATGGATTTATTTTTTAAAT-TCTTAGTTATTCA-TTTTTAGAATATTGCA-AAATTAGTATTA
1 AAACAAATTTACTTTTTAAATCTCTTACTGATTAATTTTTTA-AATATT-AATAAATTAGTATTA
* * * * * * * ***
2421 TTTTATTACGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGATAGAACAAAAGGTTGTAAC
64 TTTTATTACAAACAAACTTATATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGCAATAAC
* * *
2486 AATTTGAAATAGAAAATCGTTCAAATAGTCATAACTGTTTGAATTAGTTCAATAAATTGATTTAT
129 AATTTGAAATAGAAAATCGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTAGTTCAATAAATAGAATTAT
* * ** * *
2551 TTTTTAAATGTCTTATTAATTCTTAAAATATTAATAAATTGGTATTATTTTATTTCGAATAAGCT
194 TTTCTAAATCTCTTATTAATTCTTAAAATATTAATAAATTACTATTATTCTATTTCAAATAAGCT
* ** * * *
2616 TGTATGTTGAAAAACAATTGTTTTATGACGAAACAAAAAGTAATAACAATTTGAAATAGATAATT
259 TGTATGTAGAAAAACAATTGTTTTATGATAAAATAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATT
* * * * * ** * * *
2681 GTTTAAAT-GGCTATAATTATTTG-AACTGATTAAGT
324 ATTAAAATAGAC-AAAACTATTTGAAAGGGTTTGA-C
* * * * * * * *
2716 AAACTGATTTTATTCTTTTAAA----TTAGTTATTAATTTTTGAAATATTACTAAAGTAGTATTA
1 AAAC-AAATTTACT-TTTTAAATCTCTTACTGATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTA
**** * * * **
2777 TTTTATTTTGGATAAACGTT-TATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTC-ATA
64 TTTTATTACAAACAAAC-TTATATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAG-CAATA
** * * * * *
2840 ATTATTTTAAATA-AATAA---TT---AT--TCA-AAC---TTG--TTCGGT-AA-ACAT--ATT
127 ACAATTTGAAATAGAA-AATCGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTAGTTCAATAAATAGAAT
* * * * * * *
2886 TATTTTTTAAAATCTCATGATTATTAAAATT-TT-GAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTCTTC
191 TATTTTCT-AAATCTC----TTATT--AATTCTTAAAATATTAATAAATTACTATTATTCTATTT
* *** * * ** * * * **
2949 CAAATAAGCTTGTATGAATTGAAGCAATTATTACACGACTAAAGA-AAAAGGTCAAAATGATTTG
249 CAAATAAGCTTGTATGTAGAAAAACAATTGTTTTATGA-TAAA-ATAAAAGGTTATAACAATTTG
* ** * ** ** *
3013 AAATTGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTT-AGT
312 AAATAGATAATTATTAAAATAGACAAAACTATTTGAAAGGGTTTGA-C
* * * * *
3060 AAAC--ATTTATTTTTTGAATCTC-T--T-ATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTAATA-T
1 AAACAAATTTACTTTTTAAATCTCTTACTGATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * * * * *
3118 TT-TTATCTAAATAAGCTTGTGTGATA-AAAAATAATTATTTTATGAGAAAACAAAGATCAA-AA
66 TTATTA-C-AAACAAACTTATATGA-ACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGCAATAA
* * * * ** * * * * ** * *
3180 CAATTTGAGATTGATATTTATTCAAATAGCCATAATTATTTGAACTAATTTGGA-AAACA-ATTT
128 CAATTTGAAATAGAAAATCGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTAGTTCAATAAATAGA-AT
* * * * *
3243 TAGTTTT-TAAAAATTTTGCTTATTAATT-TTCAAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTT
191 TA-TTTTCT--AAA-TCT-CTTATTAATTCTT-AAAATATTAATAAATTACTATTATTCTATTTC
* ** * ** *** * * * * *
3306 AGATAATTTTTTATAAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGACTTT-AA
250 AAATAAGCTTGTATGTAGAAAAACAATTGTTTTATGATAAAATAAAAGGTTATAAC-AATTTGAA
* * * * **** * *
3370 ATAGATAATTGTTTAAATA-ATCAAATCTATTTTAATTTATTCGAT
314 ATAGATAATTATTAAAATAGA-CAAAACTATTTGAAAGGGTTTGAC
* * * * * * * *
3415 AAATAGATTTATTTTTTTAAATCTCATACTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTAA
1 AAACAAATTTA-CTTTTTAAATCTCTTACTGATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * ** *** * * *
3480 TTTA-TACTAAATAAGCTTGCATGAATTGAAATAATTGTTTTATGACTAAAC-AAAAGTCAA-AA
65 TTTATTAC-AAACAAACTTATATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAG-CAATAA
** ** * * * **** * * *
3542 TGATTTGAAATAGATAAA-AATCCTAATAGTCTTAACTATTTGAATTAGTTTGGCAAACATATTT
128 CAATTTGAAATAGA-AAATCGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTAGTTCAATAAATAGAATT
* * ** * * * * *
3606 ATTTTTTTAAATCTCTTACTCACTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATAT-G
192 A-TTTTCTAAATCTCTTA-T---TAATTCTTAAAATATTAATAAATTACTATTATTCT-ATTTCA
* * * * * * * *
3670 AATAAGATTATATGAAAATAAAACAATTGTTTTATGACAAAAT-AAAGATCATAACAATTTGATA
251 AATAAGCTTGTATGTAGA-AAAACAATTGTTTTATGATAAAATAAAAGGTTATAACAATTTGAAA
* * * * * * ** * *
3734 TAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA-TTAAAATTGTTTCAGT
315 TAGATAATTATTAAAATAGACAAAACTATTTGAAAGGGTTTGA-C
* * ** * * *
3778 AAATAAATTTAGTTTTTAAATCTC-T--T-ATTAATTTTCAAAATATTAATAGATCAATATTATT
1 AAACAAATTTACTTTTTAAATCTCTTACTGATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * ** ** * * * * *
3839 TTATT-CTGAATAATTTTGCATGAACAGAAACAATTGTTTTATGTCAAGA-AAAAGGTC-ATAAC
66 TTATTAC-AAACAAACTTATATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAG-CAATAAC
* * * * * * * * * *
3901 TATTTGAATTAGATAATTGTTCAAATGGACATGACTATTTGGATTTA-TTCAGTAAATAGATTTA
129 AATTTGAAATAGAAAATCGTTCAAATAGTCATAACTATTT-GAATTAGTTCAATAAATAGAATTA
* * * * * * * * *
3965 TTTTTTAAATCTCCCACCTACTAACTT-TCAAAGTATTAATCAATTAGTATTATTTTATTCCAAA
193 TTTTCTAAATCT----CTTATTAA-TTCTTAAAATATTAATAAATTACTATTATTCTATTTCAAA
* * * * * * * ** * * *
4029 TAAACTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTAGGACAAAACAAAATATCATAACTATTTGAAATAA
253 TAAGCTTGTATGTAGAAAAACAATTGTTTTATGATAAAATAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAG
* * * * * * * ** *
4094 AAAATTGTTCAAACA-ATCATAACGATTTGAATTA-GCTCAG-T
318 ATAATTATTAAAATAGA-CAAAACTATTTGAA--AGGGTTTGAC
* * * * *
4135 AAACAAATTTA-TTTTTAAAATTTTTTACTTATTAGTTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
1 AAACAAATTTACTTTTT-AAATCTCTTACTGATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * ** * * ** *
4199 TTTATTTCAAATATGCTTGTATGACCAAAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTC-ATAAC
65 TTTATTACAAACAAACTTATATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAG-CAATAAC
* * * * * * * * * *
4263 TATTTGAAATAGATAATTGTTTAAAGAGTCATAACTATATGAA-CATGTTCAGA-AAACATATTT
129 AATTTGAAATAGAAAATCGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTA-GTTCA-ATAAATAGAATT
* * * *
4326 ATTTT-TCAAATTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTA-TTCAG
192 ATTTTCT-AAA--TCT-CTTATTAATTCTTAAAATATTAATAAA-TTACTATTATTCTATTTCA-
* * * * * * * *
4388 AATAAGCTTGTTTGAATAGAAACAATTGTTTTAGGA-CAAATCAAAATGTCATAACAATTTGAAA
251 AATAAGCTTGTATGTAGAAAAACAATTGTTTTATGATAAAAT-AAAAGGTTATAACAATTTGAAA
4452 TAGATAAT
315 TAGATAAT
4460 AGTTCAAATG
Statistics
Matches: 2162, Mismatches: 517, Indels: 290
0.73 0.17 0.10
Matches are distributed among these distances:
338 13 0.01
339 22 0.01
340 74 0.03
341 10 0.00
342 6 0.00
343 58 0.03
344 53 0.02
345 13 0.01
347 5 0.00
348 5 0.00
350 2 0.00
351 3 0.00
353 2 0.00
354 9 0.00
355 52 0.02
356 185 0.09
357 238 0.11
358 152 0.07
359 27 0.01
360 136 0.06
361 408 0.19
362 491 0.23
363 164 0.08
364 34 0.02
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (358 bp):
AAACAAATTTACTTTTTAAATCTCTTACTGATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATT
TTATTACAAACAAACTTATATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGCAATAACAA
TTTGAAATAGAAAATCGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTAGTTCAATAAATAGAATTATTT
TCTAAATCTCTTATTAATTCTTAAAATATTAATAAATTACTATTATTCTATTTCAAATAAGCTTG
TATGTAGAAAAACAATTGTTTTATGATAAAATAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTAT
TAAAATAGACAAAACTATTTGAAAGGGTTTGAC
Found at i:3971 original size:538 final size:534
Alignment explanation
Indices: 2883--4609 Score: 1650
Period size: 538 Copynumber: 3.2 Consensus size: 534
2873 CGGTAAACAT
** * *
2883 ATTTATTTTTTAAAATCTCATGA-TTATTAAAATTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTCT
1 ATTTATTTTTT-AAATCTCAT-ACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * ** *
2947 TCCAAATAAGCTTGTATGAATTGAAGCAATTATTACACGACTAAAGAAAAAGGTCAAAATGATTT
64 TCCAAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTACGACTAAA-CAAAAGGTCAAAATGATTT
* ** * * *
3012 GAAATTGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTTAGTAAAC-ATTTATTTTTTG
128 GAAATAGATAAAAATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAATTAGTTTAGTAAACAATTTATTTTTTA
* * *
3076 AATCTCTTA-T-TAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTAATATTTTTATCTAAATAAGCTTGTG
193 AATCTCTTACTATAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTA-TTTTATATAAATAAGCTTGTA
* * * * * * * * * *
3139 TGATAAAAAATAATTATTTTATGAGAAAACAAAGATCAAAACAATTTGAGATTGATATTTATTCA
257 TGAAAAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * * * ** * * *
3204 AATAGCCATAATTATTTGAACTAATTT-GGAAAACAATTTTAGTTTTTAAAAATTTTGCTTATTA
322 AATAGTCATAACTA-TTAAAATTGTTTCAGAAAACAAATTTAGTTTTT-AAAATTTTACTTATTA
* * * * *
3268 ATTTTCAAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATT-TTAGATAATTTTTTATAAATTGAAACAA
385 ATTTTCAAAATATTAATAAA-TAATATTATTTTATTCTGA-ATAATTTTGTATGAATAGAAACAA
* * * *
3332 TTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGACTTT-AAATAGATAATTGTTTAAAT-AATCA-A
448 TTGTTTTATGAC-AAACAAAAAGTCATAAC-AATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGA-CATG
*
3394 ATCTATTTTAATTTATTCGATAAATAG
510 A-CTATTTAAATTTATTCG-TAAATAG
* * *
3421 ATTTATTTTTTTAAATCTCATACTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATA
1 ATTTA-TTTTTTAAATCTCATACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * *
3486 CTAAATAAGCTTGCATGAATTGAAATAATTGTTTTATGACTAAACAAAA-GTCAAAATGATTTGA
65 CCAAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTACGACTAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGA
* * *
3550 AATAGATAAAAATCCTAATAGTCTTAACTATTTGAATTAGTTTGGCAAACATATTTATTTTTTTA
130 AATAGATAAAAATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAATTAGTTTAGTAAACA-ATTTA-TTTTTTA
* * * *
3615 AATCTCTTACTCACTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATATGAATAAGATTA
193 AATCTCTTACT-A-TAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-ATATAAATAAGCTTG
* * *
3680 TATGAAAATAAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAGATCATAACAATTTGATATAAATAATTGT
255 TATGAAAA-AAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGT
* * *
3745 TCAAATAGTCATAACTATTAAAATTGTTTCAGTAAATAAATTTAGTTTTT-AAA-TCT-CTTATT
319 TCAAATAGTCATAACTATTAAAATTGTTTCAGAAAACAAATTTAGTTTTTAAAATTTTACTTATT
* * *
3807 AATTTTCAAAATATTAATAGATCAATATTATTTTATTCTGAATAATTTTGCATGAACAGAAACAA
384 AATTTTCAAAATATTAATAAAT-AATATTATTTTATTCTGAATAATTTTGTATGAATAGAAACAA
* * * *
3872 TTGTTTTATGTCAAGA-AAAAGGTCATAACTATTTGAATTAGATAATTGTTCAAATGGACATGAC
448 TTGTTTTATGACAA-ACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGACATGAC
**
3936 TATTTGGATTTATTCAGTAAATAG
512 TATTTAAATTTATTC-GTAAATAG
** * * * ** *
3960 ATTTATTTTTTAAATCTCCCACCTACTAA-CTTTCAAAGTATTAATCAATTAGTATTATTTTATT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCATACTTATTAATTTTTTGAA-TATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* ** * * ** *
4024 CCAAATAAACTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTAGGACAAAACAAAATATCATAACT-ATTTG
65 CCAAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTACGACTAAACAAAAGGTCA-AAATGATTTG
* * * * * * * *
4088 AAATA-A-AAAATTGTTCAAACAATCATAACGATTTGAATTAGCTCAGTAAACAAATTTATTTTT
129 AAATAGATAAAA--ATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAATTAGTTTAGTAAAC-AATTTATTTTT
* * * * * * *
4151 AAAATTTTTTACTTATTAGTTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATATGCT
191 TAAATCTCTTAC-TA-TAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATAT-AAATAAGCT
** * * *
4216 TGTATGACCAAAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATT
253 TGTATGAAAAAAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATT
* * * * *
4281 GTTTAAAGAGTCATAACTATATGAACA-TG-TTCAGAAAACATATTTA-TTTTTCAAATTTTTAC
317 GTTCAAATAGTCATAACTAT-T-AAAATTGTTTCAGAAAACAAATTTAGTTTTT-AAAATTTTAC
** * * ** *
4343 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCAGAATAAGCTTGTTTGAATAGA
379 TTATTAATTTTCAAAATATTAATAAA-TAATATTATTTTATTCTGAATAATTTTGTATGAATAGA
* * *
4408 AACAATTGTTTTAGGACAAATCAAAATGTCATAACAATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATGGAC
443 AACAATTGTTTTATGACAAA-CAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGAC
* *
4473 ATGACTATTTAAATTTGATTGGTAAA-CG
507 ATGACTATTTAAATTT-ATTCGTAAATAG
* * **
4501 ATTT-TTTTTTAAATCTCCA-ATTTATTAATTTTTAGAATATTAATTGATTAGTATTATTTTATT
1 ATTTATTTTTTAAATCT-CATACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
*** * * * *
4564 TTGAATAAAACTTGTATGAATAGAAAC-ATATGTTTTATGACAAAAC
65 CCAAAT-AAGCTTGTATGAATTGAAACAAT-TGTTTTACGACTAAAC
4610 CTAACTATTT
Statistics
Matches: 983, Mismatches: 164, Indels: 81
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
536 57 0.06
537 44 0.04
538 297 0.30
539 134 0.14
540 131 0.13
541 120 0.12
542 66 0.07
543 57 0.06
544 77 0.08
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (534 bp):
ATTTATTTTTTAAATCTCATACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
CAAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTACGACTAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAA
ATAGATAAAAATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAATTAGTTTAGTAAACAATTTATTTTTTAAAT
CTCTTACTATAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATATAAATAAGCTTGTATGAA
AAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
GTCATAACTATTAAAATTGTTTCAGAAAACAAATTTAGTTTTTAAAATTTTACTTATTAATTTTC
AAAATATTAATAAATAATATTATTTTATTCTGAATAATTTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTA
TGACAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGACATGACTATTTAAAT
TTATTCGTAAATAG
Found at i:4057 original size:180 final size:179
Alignment explanation
Indices: 2875--4607 Score: 1011
Period size: 181 Copynumber: 9.6 Consensus size: 179
2865 AACTTGTTCG
* * * *
2875 GTAAACATATTTATTTTTTAAAATCTCATGA-TTATTAAAATTTT-GAATGTTAATAAATTAGTA
1 GTAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTCCT-ACTTATT--AATTTTCAAATATTAATAAATTAGTA
* * ** * * ** * *
2938 TTATTTTCTTCCAAATAAGCTTGTATGAATTGAAGCAATTATTACACGACTAAAGAAAAAGGTCA
62 TTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGAC-AAA-CAAAAGGTCA
* * * * * * * * * ** *
3003 -AAATGATTTGAAATTGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTTA
125 TAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGACATAACTATTTAAATTTATTCA
* * * *
3058 GTAAAC--ATTTATTTTTTGAA--T-CT-CTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTAATA
1 GTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAA-TTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * * * * *
3117 TTTT-TATCTAAATAAGCTTGTGTGATA-AAAAATAATTATTTTATGAGAAA-ACAAAGATCAAA
65 TTTTAT-TCCAAATAAACTTGTATGA-ACAGAAACAATTGTTTTATGACAAACA-AAAGGTCATA
* * * * * * * * * * * **
3179 ACAATTTGAGATTGATATTTATTCAAATAGCCATAATTATTTGAACTAATTTG
127 ACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGACATAACTATTTAAATTTATTCA
* * * ** ** * *
3232 GAAAACAATTTTAGTTTTTAAAAATTTTGCTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAAGTAGTATTA
1 GTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTC-AAATATTAATAAATTAGTATTA
** * ** * * ** *
3297 TTTTATTTTAGATAATTTTTTATAAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAAC
65 TTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAGGTCATAAC
* * * *
3362 GACTTT-AAATAGATAATTGTTTAAAT-AATCA-AATCTATTTTAATTTATTC-
129 TA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGA-CATAA-CTATTTAAATTTATTCA
* * * ** *
3412 GATAAATAGATTTATTTTTTTAAATCTCATACTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTAT
1 G-TAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTCCTACTTATTAA-TTTTCAAATATTAATAAATTAGTAT
* * * * * ** *
3477 TAATTTATACTAAATAAGCTTGCATGAATTGAAATAATTGTTTTATGACTAAACAAAA-GTCA-A
63 TATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAGGTCATA
* *** * * * * * * **
3540 AATGATTTGAAATAGATAAAAATCCTAATAGTCTTAACTATTTGAA-TTAGTTTG
127 ACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGACATAACTATTTAAATTTA-TTCA
* * * * * ** *
3594 GCAAACATATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTCACTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATT
1 GTAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTCCTACTTATTAA-TTTTCAAATATTAATAAATTAGTATT
* *** * * * *
3659 ATTTTAATATGAATAAGA-TTATATGAAAATAAAACAATTGTTTTATGACAAA-ATAAAGATCAT
64 ATTTTATTCCAAATAA-ACTTGTATGAACA-GAAACAATTGTTTTATGACAAACA-AAAGGTCAT
* * * * * *
3722 AACAATTTGATATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTAAAATTGT-TTCA
126 AACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGACATAACTATTTAAATT-TATTCA
* * * * *
3776 GTAAATAAATTTAGTTTTTAAA--T-CT-CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAGATCAATATTA
1 GTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTC-AAATATTAATAAATTAGTATTA
** ** * *
3837 TTTTATTCTGAATAATTTTGCATGAACAGAAACAATTGTTTTATGTCAAGA-AAAAGGTCATAAC
65 TTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAA-ACAAAAGGTCATAAC
* * **
3901 TATTTGAATTAGATAATTGTTCAAATGGACATGACTATTTGGATTTATTCA
129 TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGACATAACTATTTAAATTTATTCA
* * * * * * *
3952 GTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCCACCTACTAACTTTCAAAGTATTAATCAATTAGTATTA
1 GTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTCAAA-TATTAATAAATTAGTATTA
* **
4017 TTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTAGGACAAAACAAAATATCATAAC
65 TTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAGGTCATAAC
* * ** * * *
4082 TATTTGAAATAAAAAATTGTTCAAA-CAATCATAACGATTTGAA-TTAGCTCA
129 TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGA-CATAACTATTTAAATTTA-TTCA
* * ** * *
4133 GTAAACAAATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAGTTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
1 GTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTA-ATTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTA
* ** * * *
4198 TTTTATTTCAAATATGCTTGTATGACCAAAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
65 TTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAGGTCATAAC
* * * * ** *
4263 TATTTGAAATAGATAATTGTTTAAA-GAGTCATAACTATATGAACATGTTCA
129 TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATG-GACATAACTATTTAAATTTATTCA
* * * ** *
4314 GAAAACATATTTATTTTTCAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATT
1 GTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAA-TTTTCAAATATTAATAAA-TTAGTATT
* * * * *
4377 ATTTTATT-CAGAATAAGCTTGTTTGAATAGAAACAATTGTTTTAGGACAAATCAAAATGTCATA
64 ATTTTATTCCA-AATAAACTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAA-CAAAAGGTCATA
* * * *
4441 ACAATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATGGACATGACTATTTAAATTTGATT-G
127 ACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGACATAACTATTTAAATTT-ATTCA
* * * * **
4494 GTAAAC-GATTT-TTTTTTAAATCTCCAATTTATTAATTTTTAGAATATTAATTGATTAGTATTA
1 GTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTCA-AATATTAATAAATTAGTATTA
*** *
4557 TTTTATTTTGAATAAAACTTGTATGAATAGAAAC-ATATGTTTTATGACAAA
65 TTTTATTCCAAAT-AAACTTGTATGAACAGAAACAAT-TGTTTTATGACAAA
4608 ACCTAACTAT
Statistics
Matches: 1215, Mismatches: 270, Indels: 133
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
173 1 0.00
174 55 0.05
175 11 0.01
176 160 0.13
177 48 0.04
178 21 0.02
179 56 0.05
180 298 0.25
181 391 0.32
182 160 0.13
183 13 0.01
184 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (179 bp):
GTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTAT
TTTATTCCAAATAAACTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAACAAAAGGTCATAACTA
TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGACATAACTATTTAAATTTATTCA
Found at i:4686 original size:135 final size:133
Alignment explanation
Indices: 4491--4741 Score: 328
Period size: 135 Copynumber: 1.9 Consensus size: 133
4481 TTAAATTTGA
* * *
4491 TTGGTAAACGATTTTTTTTTAAATCTCCAATTTATTAATTTTTAGAATATTAATTGATTAGTATT
1 TTGGTAAACCATTTTTTTTTAAATCTCC-A-TTACTAATTTTTAGAATATTAATTAATTAGTATT
* * *
4556 ATTTTATTTTGAATAAAACTTGTATGAATAGAAACATATGTTTTATGACAAAACCTAACTATTTG
64 ATTTTAATATGAAT-AAACTTGTATGAAAAGAAACA-ATGTTTTATGACAAAACCTAACTATTTG
4621 AGCTGGT
127 AGCTGGT
* *
4628 TTGGTAAACACATTTATTTTTTAAATCT-C-TTACTAATTTTTGGAATA-TCATTAAATTAGTAT
1 TTGGTAAAC-CATTT-TTTTTTAAATCTCCATTACTAATTTTTAGAATATTAATT-AATTAGTAT
* *
4690 TATTTTAATATGAATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTTTTTATGACAAAA
63 TATTTTAATATGAATAAACTTGTATGAAAAGAAACAATGTTTTATGACAAAA
4742 TAGAAATCAT
Statistics
Matches: 101, Mismatches: 10, Indels: 10
0.83 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
133 15 0.15
134 23 0.23
135 37 0.37
137 9 0.09
138 5 0.05
139 12 0.12
ACGTcount: A:0.37, C:0.08, G:0.11, T:0.44
Consensus pattern (133 bp):
TTGGTAAACCATTTTTTTTTAAATCTCCATTACTAATTTTTAGAATATTAATTAATTAGTATTAT
TTTAATATGAATAAACTTGTATGAAAAGAAACAATGTTTTATGACAAAACCTAACTATTTGAGCT
GGT
Found at i:5162 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 4886--5286 Score: 441
Period size: 181 Copynumber: 2.2 Consensus size: 181
4876 ACATGAACAG
* * **
4886 AAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAACGATTTAAAATAAATAATCGTTCAAATGGA
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTAAAATAAATAATCGTTCAAATCAA
* * *** *
4951 CATGACTATTTGAACTTGTTCAACAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACGT-ACTAATTTTT
66 CATGACGATTTAAACTAACTCAACAAACAGATTTATTTTTAAAATCTCCTAC-TCACTAATTTTT
** *
5015 -AAAGTATTAATCAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTGAATGAATAA
130 GAAA-TATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTGAATAAATAA
* * * *
5067 AAACAATTGTTTTAGGACAAAACAAAAGATCATAACTATTTCAAATAAATAATTGTTCAAA-CAA
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTAAAATAAATAATCGTTCAAATCAA
*** * ** *
5131 TCATGACGATTTAAACTAACTCGGTAAACAGATTTATTTTTAAAATTTTTTACTCATTAATTTTT
66 -CATGACGATTTAAACTAACTCAACAAACAGATTTATTTTTAAAATCTCCTACTCACTAATTTTT
* *** * * * *
5196 GGAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATACATTTGTATAAATAG
130 GAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTGAATAAATAA
* *
5248 AAACAA-TGGTTTATGACAAAACAAAGGGTCATAACTATT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATT
5287 AATTTTTGAA
Statistics
Matches: 181, Mismatches: 36, Indels: 7
0.81 0.16 0.03
Matches are distributed among these distances:
180 31 0.17
181 148 0.82
182 2 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.11, G:0.10, T:0.37
Consensus pattern (181 bp):
AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTAAAATAAATAATCGTTCAAATCAA
CATGACGATTTAAACTAACTCAACAAACAGATTTATTTTTAAAATCTCCTACTCACTAATTTTTG
AAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTGAATAAATAA
Found at i:5377 original size:98 final size:98
Alignment explanation
Indices: 5186--5380 Score: 243
Period size: 98 Copynumber: 2.0 Consensus size: 98
5176 TTTTTTACTC
* *** *
5186 ATTAATTTTTGGAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATACATTTGTATAAATAGAAA
1 ATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTCAAAATACACTTGTATAAATAGAAA
*
5251 CAATGGTTTATGACAAAACAAAGGGTCATAACT
66 CAATGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACT
* * *
5284 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTCAAAAT-CAACTTGTTTGAATAGA
1 ATTAATTTTTGAAATATTAAGAAA-TTAGTATTATTTTATTCAAAATAC-ACTTGTATAAATAGA
* *
5347 AACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAATGTCATAAC
64 AACAA-TGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
5381 GATTTGAAAT
Statistics
Matches: 83, Mismatches: 11, Indels: 6
0.83 0.11 0.06
Matches are distributed among these distances:
97 1 0.01
98 65 0.78
99 17 0.20
ACGTcount: A:0.43, C:0.07, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (98 bp):
ATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTCAAAATACACTTGTATAAATAGAAA
CAATGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACT
Found at i:5524 original size:275 final size:280
Alignment explanation
Indices: 5007--5557 Score: 679
Period size: 275 Copynumber: 2.0 Consensus size: 280
4997 TCCTACGTAC
* *
5007 TAATTTTTAAAGTATTAATCAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTGAATGAATAAAAACA
1 TAATTTTTAAAGTATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAAAATAAACTTGAATGAATAAAAACA
* *
5072 ATTGTTTTAGGACAAAACAAAAGATCATAACTATTTCAAATAAATAATTGTTCAAACAATCATGA
66 ATTGTTTTAGGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTCAAATAAATAATAGTTCAAACAATCATGA
* * *** *
5137 CGATTTAAACTAACTCGGTAAACAGATTTATTTTTAAAATTTTTTACTCATTAATTTTTGGAATA
131 CGATTTAAACTAACTCGGTAAACAGATTTATTTTAAAAATCTCCAACTCATTAATTTTTAGAATA
* * *
5202 TTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATACATTTGTATAAATAGAAACA-ATGGTTTATGACA
196 TTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATAAATAGAAACATACGGTTTATGACA
* *
5266 AAACAAAGGGTCATAACTAT
261 AAACAAAAGATCATAACTAT
* ** *
5286 TAATTTTTGAAA-TATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTCAAAATCAACTTGTTTGAATAGAAA
1 TAATTTTT-AAAGTATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCAAAATAAACTTGAATGAATAAAAA
* * **
5349 CAATTGTTTTATGACAAAA-AAAATG-TCATAACGATTTGAAATAAATAATAGTTCAAATGGA-C
64 CAATTGTTTTAGGACAAAACAAAA-GATCATAACGATTTCAAATAAATAATAGTTCAAA-CAATC
** *** * *
5411 ATGATTATTTAAACTTGTTCGGTAAATA-A-TT-TTTTAAAAATCTCCAACTTATTAATTTTTAG
127 ATGACGATTTAAACTAACTCGGTAAACAGATTTATTTTAAAAATCTCCAACTCATTAATTTTTAG
*** * *
5473 AATATTAATTTATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAATAGAAACATACGTTTTAT
192 AATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATAAATAGAAACATACGGTTTAT
*
5538 GACAAAGCAAAAGATCATAA
257 GACAAAACAAAAGATCATAA
5558 TGATTTGAAA
Statistics
Matches: 231, Mismatches: 36, Indels: 13
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
275 73 0.32
276 26 0.11
277 1 0.00
278 56 0.24
279 69 0.30
280 6 0.03
ACGTcount: A:0.43, C:0.09, G:0.10, T:0.39
Consensus pattern (280 bp):
TAATTTTTAAAGTATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAAAATAAACTTGAATGAATAAAAACA
ATTGTTTTAGGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTCAAATAAATAATAGTTCAAACAATCATGA
CGATTTAAACTAACTCGGTAAACAGATTTATTTTAAAAATCTCCAACTCATTAATTTTTAGAATA
TTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATAAATAGAAACATACGGTTTATGACA
AAACAAAAGATCATAACTAT
Found at i:5677 original size:182 final size:181
Alignment explanation
Indices: 5283--6780 Score: 1174
Period size: 181 Copynumber: 8.3 Consensus size: 181
5273 GGGTCATAAC
* ** * *
5283 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTCAAAATCAACTTGTTTGAATAGA
1 TATTAATTTTTAAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTAAATAAACTTGTATGAATAGA
* * *
5347 AACA-ATTGTTTTATGACAAAA-AAAATGTCATAACGATTTGAAATAAATAA-TAGTTCAAATGG
65 AACATA-TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTA-TTCAAATAG
* * * * * * ** ***
5409 ACATGATTATTTAAACTTGTTCGGTAAA-TAA-TT-TTTTAAAAATCTCCAACT
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* ** *
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1 TATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAACTTGTATGAATAGAA
* * * * *
5525 ACATACGTTTTATGACAAAGCAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAGTTA
66 ACATATGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCA
* * * *
5590 TAATTATTTGAACTCATTCAATAAACAGATTTAGTTTTTTAAATCTTTTGCT
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* * * * * *
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1 TATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAACTTGTATGAATAGAA
* * * * * * * * *
5707 ACATTTGGTTTATGACAAAAATAAAAGGTAATAACGATTAGAAATAGATAATTGTTAAAATAGTC
66 ACATATGTTTTATGAC-AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTC
* * * * * * * **
5772 ATAACTATTTGAA-TATGTTTAGAAAATAGATTTATTTTTAAAAT-TTTTAAA
130 ATAATTATTTGAACT-TATTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACT
* * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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126 AGTCATAATTATTTGAACTTATTCAGTAAACAAATT-TATTTTTTAAATCTTTTACT
* * * * * * *
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1 TATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAACTTGTATGAA-TAGA
* * * ** * * * * *
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65 AACATA-TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGT
* * * * *
6131 CATCACTATTTGAACTTGTTCCGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTAC-
129 CATAATTATTTGAACTTATTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACT
* * *
6183 --TT-A---TTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAGTTCAAATAAACTTGTATGAATAGAA
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* * *** * *
6242 ACA-ATTGTTTTATGACTAAACAAAAAGTCATAGCAAATTGAAATAAATAATTGCTT-AAATAGT
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* * * *
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* * * *
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1 TATTAATT-T-TTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAACTTGTATGAATAG
* * * * * * * * *
6422 AAAAATTTATTTTATGATAAAACAAAAGGTTATAGTGATTTCAAATAAATCATTGTTCAAATAGT
64 AAACATATGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGT
* * * *
6487 CATAATTATTTAAAATT-GTCTAGTAAACAAATTCATTTTTTAAATCTTTTTA-T
129 CATAATTATTTGAACTTATTC-AGTAAACAAATTTATTTTTTAAATC-TTTTACT
* * * * * * *
6540 CATTAATTTTTAGATTATTAGTAAATTAGTATTAATTTATTTTAAATAAGCTTATATGAACT-GA
1 TATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAACTTGTATGAA-TAGA
* * *
6604 AACA-ATTCTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
65 AACATA-TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGT
* * * * *
6668 CATGATTATTTGATC-TAGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAATTTTTTTACT
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* * * * * * * ** *
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*
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*
6985 ATTAATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAAT
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7047 A
1 A
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ATTAATAACTATTTAAACTAGTTTGATAAAT
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7060 AAATCTCGTA
* * **
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* * * *** *
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* * *
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* ** *
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* * *
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* * *
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* * * * *
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8486 TGAACAAAAA
* * * * * * * * *
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* * * **
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* *
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* *
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* * ** * **
8739 GTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAAATAATATTATTTTATTCTGAATAATT
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* *
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* * * * * *
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*
8917 TTTTTAAATCTTTTTACTTTTTAATTGTCTT--AATATTAATTAATTTA-TATTATTTTATTTGA
65 TTTTTAAATC----T-CTTATTAATT-T-TTGAAATATTAA-TAATTTAGTATTATTTTATTTG-
* *
8979 AATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAAC----A--A-AA-
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* * * * * *
9025 G-GTT---ATAG-CAA-T-TTCAAATAGTCAGAATTA-TTGAAACTTGTTCGATAAACAGATTCA
1 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA-TATTATTTG-AACTAGTTCGATAAACAAATTTA
* *
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* * * * * * * *
9146 TAAACTTATATGAATTGAAACAATTCTTTTCTAACCAAACAAAAGGA-CATACT
123 TAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA-CAAA-ACAAGGATCATAAT
* * * ** * *
9199 GATTTGAAATAGATAATTATTCGAATAGTCATGGTTATTTGATTTAGTTCAATAAACATATTTA-
1 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT-ATTATTTGAACTAGTTCGATAAACAAATTTAT
* * * * ***
9263 -TTTTAAATTTTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAATTTAATCCAAATA
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* * * * * ** *
9327 AGCTTATATGAATTGAAACAATTGTTTTATAATAGAACAAAAAGTTATAAT
125 AGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAGGA-TCATAAT
* * * * * *
9378 GATTTGACATAAATAATT-TGCCAAATAGTCATTATTATTTGAACTGGTTTGATAAATAAATTTA
1 GATTTGAAATAGATAATTGT-TCAAATAGTCA-TATTATTTGAACTAGTTCGATAAACAAATTTA
* * ** * *
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* * * * *
9506 CTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGG-TCATAAC
127 CTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC--AAGGATCATAAT
* * * * * * *
9555 AATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAATTGGTTAGGTAAACAAAATTAT
1 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT-ATTATTTGAACTAGTTCGATAAACAAATTTAT
* * *
9620 TTTTTCAAATTGCTTACTTATTAATCTTTGAAATATTAATAAATTT-GTTTTATTTTATTCCGAA
65 TTTTT-AAA-T-C-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AATTTAGTATTATTTTATT-TGAA
* * *
9684 TAAGCTAGTATGAATTGCAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAATGATCATAAT
123 TAAGCTTGTATGAATAG-AAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAGGATCATAAT
* * * * *
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1 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT-ATTATTTGAACTAGTTCGA-TAAACAAATTTA
* * * * * **
9800 -GTTTTAATTCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTATTAGTTTAGAATTATTTTATTCCAAAT
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** * * * * * * *
9864 AAGCTTGTACAAACATAAATAATTGTTTTATAACAGAACAAAAGG-TTATAAC
124 AAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACA-AA-ACAAGGATCATAAT
* * * * * * * * *
9916 AATTTGAAGTATACAATTGTTTTATTGTTCAAATAGTCCTAACTATTTGAGCTAGTTTGGTAAAT
1 GATTTGAA--AT---A--G-ATAATTGTTCAAATAGTCAT-ATTATTTGAACTAGTTCGATAAAC
* * *
9981 AGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAAGATT-ATAAGTTAGTATTATTTTATTTTG
57 AAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAATTTAGTATTATTTTA-TTTG
* * * ** * * *
10045 AATAAGCTTGAATGATTAAAAACGTTTGTTATATGACTACACAA-AATG-TAATAAT
121 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC-A-A-AACAAGGATCATAAT
* * ** * * *
10100 GATTTGAAATTA-ATAATTATTAAAACGGCCAGAATTATTTGAAAT-GTTTC-AGTAAACAAATT
1 GATTTGAAA-TAGATAATTGTTCAAATAGTCA-TATTATTTGAACTAG-TTCGA-TAAACAAATT
* * *
10162 TATTTTTTAAGTCACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAATTT-GTATTATTTTATTTTGAATAA
62 TATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAATTTAGTATTATTTTA-TTTGAATAA
* ** *
10226 ACTTGTATGAACT-GAAATGATTATTTTATGA-AAAACAAAAGG-TCATAAT
126 GCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC--AAGGATCATAAT
* * ** * * * * ** *
10275 GATTTAAAATAGATAATTATTCATGTAGTCTTTAACTGTTTGAACTACTTTAATAAACAGATTTA
1 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-AT-ATTATTTGAACTAGTTCGATAAACAAATTTA
** * * * *
10340 TTTTTTAAATCTCTTTATTATTAATTTTCAAAATATTATTAAATTAGCATTATTTTATTCTTAAT
64 TTTTTTAAATCTC----TTATTAATTTTTGAAATATTAATAATTTAGTATTATTTTATT-TGAAT
* * * *
10405 AAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTATTTTATAATAGGACAA-AAGG-TTATAAT
124 AAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACA--A-AACAAGGATCATAAT
* * * * * * * *
10457 GATTTGAAATAGGTAATTCTTCAAATAG-----------GAACTCGTTTGGTAAATAGAGTTATT
1 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATATTATTTGAACTAGTTCGATAAACAAATTTATT
* * * *
10511 TTTTAAATCTCCTATTTATTAA-TTTTGAAATAGTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAG
66 TTTTAAATCT-C---TTATTAATTTTTGAAATATTAATAATTTAGTATTATTTTATT-TGAATAA
* * *
10575 GCTTGTGTG-AT-GAAA-ATATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAAT
126 GCTTGTATGAATAGAAACA-ATTGTTTTATGACAAAAC-AAGGATCATAAT
* * * * * * * * * *
10623 GATTTGAATTATATAATTGTTGAAATGGCCACAATTATTTGAACTAATT-TAGTAAACAGATTCA
1 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA-TATTATTTGAACTAGTTCGA-TAAACAAATTTA
* * ** * * * * * *
10687 CTTTTTAAATCACTCGTTAATTTTTGGATTATTAAAAAATTATTATTATTTTATTTCAAATAAGC
64 TTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAATTTAGTATTATTTTATTT-GAATAAGC
*
10752 TTGTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGG-TCATAAT
128 TTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGAC-AAA-ACAAGGATCATAAT
** * * * * * * * * *
10800 CTTTTTAAATATACAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTTGTTC-AAAAAAATAGATTT
1 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT-ATTATTTGAACTAGTTCGATAAACA-A-ATTT
* * * *
10864 ATTTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTAAAATATTATTAAATTAGTATTTTTTTTATTTTG
63 A-TTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAATTTAGTA-TTATTTTA-TTTG
* * * * *
10929 CATAAGCTTTTATGAACTA-CAACAATAT-TTTTATAACAAAACAAAGG-TCATAAC
121 AATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAAT-TGTTTTATGACAAAAC-AAGGATCATAAT
* * * ** ** * * * * *
10983 AATTTTAAATA-AGTAATTATTCAAATAGTCATAAGAATTTGAGTTTGTTTGGTAAATAGATTTA
1 GATTTGAAATAGA-TAATTGTTCAAATAGTCAT-ATTATTTGAACTAGTTCGATAAACAAATTTA
* ** * * *
11047 TTTTTTTCAAATATCTTGCTTATTGATTTTTTTAATATTAAT-ATATTAGGACT-TTTTATTTCT
64 -TTTTTT--AA-ATC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAT-TTAGTATTATTTTATTT-G
* * * * * * *
11110 AATAAGCTTATATG-ATATGAAACAAATATTTTATGACTAAACAAAAGG-TTAGAAC
121 AATAAGCTTGTATGAATA-GAAACAATTGTTTTATGAC-AAA-ACAAGGATCATAAT
* * * * ** * * * *
11165 AATTTAAAATAGATAATTATTCTAATAGTTTTAACTAATT-ATAC-AGGTTCGACAAACACATTT
1 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT-ATTATTTGA-ACTA-GTTCGATAAACAAATTT
* * * **
11228 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATAATTTT--AATATTATTAAATTAGTTTTATTTTTAACCT
63 ATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAAT--TTTTGAAATATTAATAATTTAGTATTA-TTTT-ATTT
* * * ** * *
11291 -AATAAACTTCTACG-ATCAGAAATGATTGTTTTATGACAAAACAAAGATCATAAC
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* * * * * * * *
11345 AATTTGAGATTA-ATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTCGAACCAGTTTGATAAACAAATTTA
1 GATTTGA-AATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT-ATTATTTGAACTAGTTCGATAAACAAATTTA
* * *
11409 TTTTTTAAATATCTTATTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATAATTTTATTTTGAAT
64 TTTTTT-AA-ATC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAATTTAGTATTATTTTA-TTTGAAT
* * * * * *
11474 AAGTTTGTGTG-ATCAAAAACAATTAG-TTTATAACAAAAGAA-AATGTCATAAT
124 AAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATT-GTTTTATGACAAAACAAGGA--TCATAAT
* * * * * * * *
11526 GATTTGAATTAGATTATTGTTCGAATAGCCATAATTATTTTAACTAATTCGGTAATCAAATTTAT
1 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT-ATTATTTGAACTAGTTCGATAAACAAATTTAT
** * * *
11591 TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTAAAAATATTAATAAATTAGTGTTA-TTTATTTCGTATA
65 TTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAATTTAGTATTATTTTATTT-GAATA
* * **
11655 AGCTTGTATTAACTA-AAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAAT
125 AGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAGGA-TCATAAT
* * * * * * * * * * * *
11706 AATTTTAAATAAACAATTGTTC-AATAGTAATAACTATTTGGACTTGTACGGTAAATAGATTTAT
1 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT-ATTATTTGAACTAGTTCGATAAACAAATTTA-
* *
11770 TTTTTTAAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTG-AATGTTAATAATTTAGTATTAATTTATTCTGAA
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* * * * * *
11834 TAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTATTTTATGACTAAACAA-AATGTTAGAAC
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* * ** ** ** * * * *
11887 GATTTGACATAGATAATTATTTTAATAGTTTTAACCATATGAATTGGTTCGATAAAAAAATTTAT
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* *** *
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65 TTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AATTTAGTATTATTTT-ATTTGAATAAGC
* *
12016 TTGTA-CAA-A-AAA-AATTATTTTATGACAAAACAAAAGG-TCATAAT
128 TTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC--AAGGATCATAAT
* ** * * * * * ** ** *
12060 GATTTGAAATTGATAATCATTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTTGGCAATTAGATTTAT
1 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT-ATTATTTGAACTAGTTCGATAAACAAATTTAT
* * * * * * * *
12125 TTTTTAATTTTCTTGGTTATTAATTTTGGGAATAATATTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAACA
65 TTTTTAA--ATC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAATTTAGTATTATTTTA-TTTGAATA
** * * * * * ** *
12190 AAATTGTATGAACAGAATCAATTGTTTGA-AAGAAAACAAATAGTTATAAT
125 AGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAGGA-TCATAAT
* * * * * * * * * * * *
12240 GATTTGTAATAGATTATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAAATGGTTTGGTAAATAGATTTAC
1 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATATTATTTGAACTAGTTCGATAAACAAATTTAT
* * * * *
12305 TTTTTAAATCTTTTACTGATTAATTTTTTAAATATTAATAACTTAGTATT-TTAT-TTTGAACAA
65 TTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAATTTAGTATTATTTTATTTGAATAA
* * * * * * * * ** * *
12368 ACTTATATAAACAAAAACAATTATTTTATAACAAACCAAAAAGTAATAAC
126 GCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAGGA-TCATAAT
* * * * * * * *
12418 AATTTGAAATAGATAATTATTCACATAGTTATAATTATTTGAACTGGTT-TAGTAAATAAAATTA
1 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT-ATTATTTGAACTAGTTCGA-TAAACAAATTTA
* * * * * *
12482 TCTTCTAAATCTCTTACTTATAAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGT-TTCATTCTATTCCGAA
64 TTTTTTAAATCTCTTA--T-T-AATTTTTGAAATATTAATAATTTAGTATT-ATTTTATT-TGAA
* * * * * *
12546 TAAGCTTGTATGAGTTGAAATAATTGTTTTATGACAAAATAAAAAGG-GCATAAC
123 TAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC--AA-AACAAGGATCATAAT
* * * * * * *
12600 AATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAATCTTAACTATTTGAA-TTGATTTG-TAAACAAATTTA
1 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT-ATTATTTGAACTAG-TTCGATAAACAAATTTA
* ** * * *
12663 -TTTTTAGATCTCTTAGTTATGAATTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATGTTATTCTGAAT
64 TTTTTTAAATCTCTTA--T-T-AATTTTTGAAATATTAATAATTTAGTATTATTTTATT-TGAAT
* * * * * * * * *
12727 AAACTTATATGAACA-AAATTAATTATTTTATGGCAGAATA-AAAGATTATAAC
124 AAGCTTGTATGAATAGAAA-CAATTGTTTTATGACA-AA-ACAAGGATCATAAT
* * * * * *
12779 AATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAA-TTGATTCAATAAACATATTTA
1 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT-ATTATTTGAACTAG-TTCGATAAACAAATTTA
* * *
12843 TTTTTTAAATCTCTTACTAATTCTT-AAA-A-T-A-AA-TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGC
64 TTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAATTTAGTATTATTTTATTT-GAATAAGC
* * * * *
12902 TTGTATTTAA-AAAAATAATTATTTAATGACAAAACAA
128 TTGTA-TGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA
12939 AAAATAATAA
Statistics
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162 1 0.00
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ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (174 bp):
GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATATTATTTGAACTAGTTCGATAAACAAATTTATT
TTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAATTTAGTATTATTTTATTTGAATAAGCTTG
TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAGGATCATAAT
Found at i:9022 original size:182 final size:176
Alignment explanation
Indices: 8610--12062 Score: 748
Period size: 181 Copynumber: 19.4 Consensus size: 176
8600 ATTTAGCAAC
* * *
8610 ATTTTAGTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGATAAAAC--AAGGATCATA
1 ATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGATCATA
* * * *
8673 ATGATCTAAGATAGATAATTGTTCAAATAGTTATATCTATTTGAACTAGTTCGATAAACAAATTT
65 ATGATCTAAGATAGATAATAGCTCAAATAGTCATATCAATTTGAACTAGTTCGATAAACAAATTT
8738 AGTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAAATAATATT
130 AGTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAAATAATATT
** *
8786 ATTTTATTCTGAATAATTTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATG-TCATA
1 ATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGATCATA
* * * *
8850 ATGATTTGAA-ATAGATAATAGCTCAAATAGTCATAAT-AATTTGAACTTGTTCGATAAATAGAT
65 ATGATCT-AAGATAGATAATAGCTCAAATAGTCAT-ATCAATTTGAACTAGTTCGATAAACAAAT
* * * * *
8913 TTATTTTTTAAATCTTTTTACTTTTTAATTGTCTT-AATATTAATTAATTTATATT
128 TTAGTTTTTAAATC----T-CTTATTAATT-T-TTAAATATTAATAAAATAATATT
*
8968 ATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGG----T-
1 ATTTTATTTG-AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGATCATA
* * * * *
9028 -T-A--T-AG-CA-AT--T---TCAAATAGTCAGAAT-TA-TTGAAACTTGTTCGATAAACAGAT
65 ATGATCTAAGATAGATAATAGCTCAAATAGTCA-TATCAATTTG-AACTAGTTCGATAAACAAAT
* * ** **
9079 TCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTAGAATATTAATAATTTGGTATT
128 TTAGTTTTTAAATCTC----TTATTAATTTTTA-AATATTAATAAAATAATATT
* * * * * * * *
9133 ATTTTATTTCAAATAAACTTATATGAATTGAAACAATTCTTTTCTAACCAAACAAAAGGA-CATA
1 ATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGATCATA
* * * * * * ** * *
9197 CTGATTTGAA-ATAGATAATTA-TTCGAATAGTCATGGT-TATTTGATTTAGTTCAATAAACATA
65 ATGATCT-AAGATAGATAA-TAGCTCAAATAGTCAT-ATCAATTTGAACTAGTTCGATAAACAAA
* * * *
9259 TTTA--TTTTAAATTTTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
127 TTTAGTTTTTAAA---TCT-CTTATTAATT-TTTAAATATTAATAAAATAATATT
* *** * * * * * * * *
9312 AATTTAATCCAAATAAGCTTATATGAATTGAAACAATTGTTTTATAATAGAACAAAAAG-TTATA
1 -ATTTTATTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGATCATA
* * * * * * * * *
9376 ATGATTTGACATAAATAATTTGC-CAAATAGTCATTAT-TATTTGAACTGGTTTGATAAATAAAT
65 ATGATCTAAGATAGATAA-TAGCTCAAATAGTCA-TATCAATTTGAACTAGTTCGATAAACAAAT
* * * * *
9439 TTATTTTTTAAATCTATTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATT
128 TTAGTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAAATAATATT
* ** * * * * * * *
9489 ACTTTATTCCAAACAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGG-TCATA
1 ATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGATCATA
** * * * * * * * * * *
9553 ACAATTTGAA-ATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAAT-TATTTGAATTGGTTAGGTAAACAAAA
65 ATGATCT-AAGATAGATAATAGCTCAAATAGTCAT-ATCAATTTGAACTAGTTCGATAAACAAAT
* * * ** *
9616 TTATTTTTTCAAATTGCTTACTTATTAATCTTTGAAATATTAATAAATTTGTTTT
128 TTAGTTTTT-AAA-T-C-T-CTTATTAAT-TTTTAAATATTAATAAAATAATATT
* * * * *
9671 ATTTTATTCCGAATAAGCTAGTATGAATTGCAAA-AATTGTTTTATGACAAAAC-AAATGATCAT
1 ATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAATAG-AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGATCAT
* * * * * * * *
9734 AAT-ATTTGAA-ATAGATAATTGTTCATATAGTCTTA-AATATTTGAACTGGTTC-AGCAAACAA
64 AATGATCT-AAGATAGATAATAGCTCAAATAGTCATATCA-ATTTGAACTAGTTCGA-TAAACAA
* * ***
9795 ATTTAG-TTTTAATTCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTATTAGTTTAGA-ATT
126 ATTTAGTTTTTAAATCTC----TTATTAATTTTT-AAATATTAATAAAATA-ATATT
** ** * * * * * * *
9850 ATTTTATTCCAAATAAGCTTGTACAAACATAAATAATTGTTTTATAACAGAACAAAAGGTTATAA
1 ATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGG--ATCA
* * * * * * * * * * * * *
9915 CAATTTGAAGTATACA-ATTGTTTTATTGTTCAAATAGTCCTAACTATTTGAGCTAGTTTGGTAA
63 TAA--TG-A-TCTA-AGATAG-ATAATAGCTCAAATAGTCATATCAATTTGAACTAGTTCGATAA
* * * * ** *
9979 ATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAAGATT-ATAAGTTAGTATT
122 ACAAATTTAGTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAAATAATATT
* * * ** * * * * * *
10034 ATTTTATTTTGAATAAGCTTGAATGATTAAAAACGTTTGTTATATGACTACACAAAATG-TAATA
1 ATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGATCATA
* * * ** * * * *
10098 ATGATTTGAA-ATTA-ATAATTA-TTAAAACGGCCAGAAT-TATTTGAAAT-GTTTC-AGTAAAC
65 ATGATCT-AAGA-TAGATAA-TAGCTCAAATAGTCA-TATCAATTTGAACTAG-TTCGA-TAAAC
* * * * * **
10157 AAATTTATTTTTTAAGTCACTTATTAATTTTTGGAATATTAAT-AATTTGTATT
124 AAATTTAGTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAAATAATATT
* **
10210 ATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAACT-GAAATGATTATTTTATGA-AAAACAAAAGG-TCAT
1 ATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGATCAT
* * * ** * * ** * ** *
10272 AATGATTTAAAATAGATAATTA-TTCATGTAGTCTTTAACTGTTTGAACTACTTTAATAAACAGA
64 AATGATCTAAGATAGATAA-TAGCTCAAATAGTC-ATATCAATTTGAACTAGTTCGATAAACAAA
* * * * **
10336 TTTATTTTTTAAATCTCTTTATTATTAATTTTCAAAATATTATTAAATTAGCATT
127 TTTAGTTTTTAAATCTC----TTATTAATTTT-TAAATATTAATAAAATAATATT
* * * ** *
10391 ATTTTATTCTTAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTATTTTATAATAGGACAAAAGG-TTAT
1 ATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGATCAT
* ** * * * * * *
10454 AATGAT-T----T-GA-AATAGGT--AAT--TC-T-TCAAATAGGAACTCGTTTGGTAAATAGAG
64 AATGATCTAAGATAGATAATAGCTCAAATAGTCATATC-AATTTGAACTAGTTCGATAAACAAAT
* * * * *
10506 TTATTTTTTAAATCTCCTATTTATTAATTTTGAAATAGTAATAAATTAGTATT
128 TTAGTTTTTAAATCT-C---TTATTAATTTTTAAATATTAATAAAATAATATT
* * * * *
10559 ATTTTATTCTAAATAGGCTTGTGTG-AT-GAAA-ATATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTTCAT
1 ATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACA-ATTATTTTATGACAAAACAAAAGGATCAT
* * * * * * * * * * * * *
10620 AATGATTTGAA-TTATATAATTGTTGAAATGGCCACAAT-TATTTGAACTAATT-TAGTAAACAG
64 AATGATCT-AAGATAGATAATAGCTCAAATAGTCA-TATCAATTTGAACTAGTTCGA-TAAACAA
* * * ** * * *
10682 ATTCACTTTTTAAATCACTCGTTAATTTTTGGATTATTAA-AAAATTATTATT
126 ATTTAGTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAAA-TAATATT
* * *
10734 ATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGG-TCAT
1 ATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGATCAT
** * * * * * * * * * *
10797 AATCTTTTTAA-ATATACAATTA-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTTGTTC-AAAAAAATA
64 AAT-GATCTAAGATAGATAA-TAGCTCAAATAGTCATATCAATTTGAACTAGTTCGATAAACA-A
* * * *
10859 GATTTATTTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTAAAATATTATTAAATTAGTATTT
126 -ATTTA-GTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAAATAATA-TT
* * * * *
10918 TTTTTATTTTGCATAAGCTTTTATGAACTA-CAACAA-TATTTTTATAACAAAAC-AAAGG-TCA
1 ATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTA-TTTTATGACAAAACAAAAGGATCA
** * * ** ** * * * *
10979 TAACAATTTTAA-ATA-AGTAATTA-TTCAAATAGTCATAAGAATTTGAGTTTGTTTGGTAAATA
63 TAATGA-TCTAAGATAGA-TAA-TAGCTCAAATAGTCATATCAATTTGAACTAGTTCGATAAACA
* * * * * * ** *
11041 GATTTATTTTTTTCAAATATCTTGCTTATTGATTTTTTTAATATTAATATATTAGGACT
125 AATTTA-GTTTTT--AA-ATC-T-CTTATT-AATTTTTAAATATTAATAAAATAATATT
* * * * * *
11100 -TTTTATTTCTAATAAGCTTATATG-ATATGAAACAAATATTTTATGACTAAACAAAAGG-TTAG
1 ATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGAATA-GAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGATCAT
** * * * * ** * *
11162 AACAATTTAAAATAGATAATTA-TTCTAATAGTTTTAACTAA-TT-ATAC-AGGTTCGACAAACA
64 AATGATCTAAGATAGATAA-TAGCTCAAATAGTCATATC-AATTTGA-ACTA-GTTCGATAAACA
* * * * * *
11223 CATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATAATTTT-AATATTATTAAATTAGTTTT
125 AATTTAGTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAAT--TTTTAAATATTAATAAAATAATATT
** * * * ** *
11280 ATTTTTAACCT-AATAAACTTCTACG-ATCAGAAATGATTGTTTTATGACAAAAC-AAA-GATCA
1 A-TTTT-ATTTGAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGATCA
** * * * * * * * * *
11341 TAACAATTTGAGATTA-ATAATTA-TTCAAATAGTTATAACTATTCGAACCAGTTTGATAAACAA
63 TAATGATCTAAGA-TAGATAA-TAGCTCAAATAGTCATATCAATTTGAACTAGTTCGATAAACAA
* * * * *
11404 ATTTATTTTTTAAATATCTTATTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATA
126 ATTTAGTTTTT-AA-ATC-T-CTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAAATAATATT
* * * * * * *
11460 ATTTTATTTTGAATAAGTTTGTGTG-ATCAAAAACAATTAGTTTATAACAAAAGAAAATG-TCAT
1 ATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGATCAT
* * * * * * * * * * * *
11523 AATGATTTGAA-TTAGATTATTGTTCGAATAGCCATAAT-TATTTTAACTAATTCGGTAATCAAA
64 AATGATCT-AAGATAGATAATAGCTCAAATAGTCAT-ATCAATTTGAACTAGTTCGATAAACAAA
* * * * *
11586 TTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTAAAAATATTAATAAATTAGTGTT
127 TTTAGTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTT-TAAATATTAATAAAATAATATT
* * ** *
11641 A-TTTATTTCGTATAAGCTTGTATTAACTA-AAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAAAG-TCAT
1 ATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGATCAT
* * * * * * * * * * * * * * *
11703 AATAATTTTAA-ATAAACAATTGTTC-AATAGTAATAACTATTTGGACTTGTACGGTAAATAGAT
64 AATGA-TCTAAGATAGATAATAGCTCAAATAGTCATATCAATTTGAACTAGTTCGATAAACAAAT
* * * ** *
11766 TTATTTTTTTAAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTGAATGTTAATAATTTAGTATT
128 TTA-GTTTTT-AAA--TC--TCTTATTAATTTTTAAATATTAATAAAATAATATT
* * * * *
11821 AATTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTATTTTATGACTAAACAAAATG-TTAG
1 ATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGATCAT
* * * * * ** ** * * * * * *
11884 AACGATTTGACATAGATAATTA-TTTTAATAGTTTTAACCATATGAATTGGTTCGATAAAAAAAT
64 AATGATCTAAGATAGATAA-TAGCTCAAATAGTCATATCAATTTGAACTAGTTCGATAAACAAAT
* * * **
11948 TTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTTGTATT
128 TTAGTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAAATAATATT
*** * *
11998 ATTTTAATCCAAAGAAGCTTGTA-CAA-A-AAA-AATTATTTTATGACAAAACAAAAGG-TCATA
1 ATTTT-ATTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGATCATA
12058 ATGAT
65 ATGAT
12063 TTGAAATTGA
Statistics
Matches: 2528, Mismatches: 531, Indels: 439
0.72 0.15 0.13
Matches are distributed among these distances:
161 1 0.00
162 1 0.00
163 2 0.00
164 1 0.00
165 78 0.03
166 77 0.03
167 2 0.00
168 42 0.02
169 45 0.02
170 2 0.00
171 6 0.00
172 3 0.00
173 37 0.01
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175 78 0.03
176 219 0.09
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179 250 0.10
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187 6 0.00
188 37 0.01
189 10 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (176 bp):
ATTTTATTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGATCATAA
TGATCTAAGATAGATAATAGCTCAAATAGTCATATCAATTTGAACTAGTTCGATAAACAAATTTA
GTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTAAATATTAATAAAATAATATT
Found at i:9191 original size:165 final size:166
Alignment explanation
Indices: 8872--9191 Score: 416
Period size: 165 Copynumber: 1.9 Consensus size: 166
8862 AGATAATAGC
* * * * * *
8872 TCAAATAGTCATAATAATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTTACTTT
1 TCAAATAGTCAGAATAATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTCATTTTTTAAATCTTCTTAATTA
* * *
8937 TTAATTGTCTTAATATTAATTAATTTATATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAA
66 TTAATTGTCTTAATATTAATTAATTTATATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATGAATAGAAAA
*
9002 AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGCAATT
131 AATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTTATAGCAATT
*
9038 TCAAATAGTCAGAATTA-TTGAAACTTGTTCGATAAACAGATTCATTTTTTAAATC-TCTTAATT
1 TCAAATAGTCAGAATAATTTG-AACTTGTTCGATAAACAGATTCATTTTTTAAATCTTCTTAATT
* *
9101 ATTAATT-T-TTAGAATATTAA-TAATTTGGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATGAATTG
65 ATTAATTGTCTT--AATATTAATTAATTT-ATATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATGAATAG
* * * *
9163 AAACAATTCTTTTCTAACCAAACAAAAGG
127 AAAAAATTATTTTATAACAAAACAAAAGG
9192 ACATACTGAT
Statistics
Matches: 133, Mismatches: 17, Indels: 9
0.84 0.11 0.06
Matches are distributed among these distances:
163 2 0.02
164 7 0.05
165 77 0.58
166 47 0.35
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.09, T:0.43
Consensus pattern (166 bp):
TCAAATAGTCAGAATAATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTCATTTTTTAAATCTTCTTAATTA
TTAATTGTCTTAATATTAATTAATTTATATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATGAATAGAAAA
AATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTTATAGCAATT
Found at i:9384 original size:179 final size:179
Alignment explanation
Indices: 9037--12860 Score: 1912
Period size: 181 Copynumber: 21.3 Consensus size: 179
9027 TTATAGCAAT
* * * * * * *
9037 TTCAAATAGTCAGAATTA-TTGAAACTTGTTCGATAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTAATT
1 TTCAAATAGTCATAATTATTTG-AACTGGTTCAATAAACAAATTTA-TTTTTAAATTTCTTACTT
* * * * *
9101 ATTAATTTTTAGAATATTAATAATTTGGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATGAATTGAAA
64 ATTAATTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAATTGAAA
* * * * * * *
9166 CAATTCTTTTCTAACCAAACAAAAGGACATACTGATTTGAAATAGATAATTA
128 CAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTG
* ** ** * * *
9218 TTCGAATAGTCATGGTTATTTGATTTAGTTCAATAAACATATTTA-TTTTAAATTTTTTACTTAT
1 TTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTCAATAAACAAATTTATTTTTAAATTTCTTACTTAT
* *
9282 TAATTGTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAATTTAATCCAAATAAGCTTATATGAATTGAAACA
66 TAATT-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAATTGAAACA
* * * * * * *
9347 ATTGTTTTATAATAGAACAAAAAGTTATAATGATTTGACATAAATAATT-
130 ATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTG
* * ** *
9396 TGCCAAATAGTCATTATTATTTGAACTGGTTTGATAAATAAATTTATTTTTTAAA--TC-TA-TT
1 T-TCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTCAATAAACAAATTTA-TTTTTAAATTTCTTACTT
* * * * ***
9457 ATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTACTTTATTCCAAACAAACTTATATGAACAAAAA
64 ATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAATTGAAA
* * *
9522 CATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTG
128 CAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTG
* * * * *
9574 TTCAAATAGTTATAATTATTTGAATTGGTT-AGGTAAACAAAATTATTTTTTCAAATTGCTTACT
1 TTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTCA-ATAAACAAATTTA-TTTTT-AAATTTCTTACT
* * *
9638 TATTAATCTTTGAAATATTAATAAATTTGTTTTATTTTATTCCGAATAAGC-TAGTATGAATTGC
63 TATTAAT-TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTA-TATGAATTG-
* * *
9702 AAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAATGATCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTG
125 AAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTG
* * * ** * *
9755 TTCATATAGTCTTAAATATTTGAACTGGTTCAGCAAACAAATTTAGTTTT-AATTCTCTTAGTTA
1 TTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTCAATAAACAAATTTATTTTTAAATT-TCTTACTTA
* ** * * ** *
9819 TTAATTTTTGAAATATTATTAGTTTAGAATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTACAAACAT-AAA
65 TTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAA-TTGAAA
* * * * * *
9883 TAATTGTTTTATAACAGAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAGTATACAATTGTTTTATTG
128 CAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAA--AT---A--G-ATAATTG
* * * * *** * *
9943 TTCAAATAGTCCTAACTATTTGAGCTAGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTA
1 TTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTCAATAAACAAATTTA-TTTTTAAATTTCTTACTTA
* * *** *
10004 TTAATTTTTGAAAGATT-ATAAGTTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGA-ATG-ATTAAAA
65 TTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTT-ATATGAATT-GAA
** * * * * * * * *
10066 ACGTTTGTTATATGACTACACAAAATGTAATAATGATTTGAAATTA-ATAATTA
127 ACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAA-TAGATAATTG
* ** * * * * * * *
10119 TTAAAACGGCCAGAATTATTTGAAATGTTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAA-GTC--ACTTAT
1 TTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTCAATAAACAAATTTATTTTTAAATTTCTTACTTAT
* * *** * * * **
10181 TAATTTTTGGAATATTAAT-AATTTGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAACTGAAATG
66 TAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAATTGAAACA
* * * * *
10245 ATTATTTTATGA-AAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTA
130 ATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTG
** * * * ** * * *
10294 TTCATGTAGTCTTTAACTGTTTGAACTACTTTAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTTA-T
1 TTCAAATAGTC-ATAATTATTTGAACTGGTTCAATAAACAAATTTA-TTTTTAAATTTC-TTACT
* * * ** * *
10358 TATTAATTTTCAAAATATTATTAAATTAGCATTATTTTATTCTTAATAAGCTTGTATGAACTGAA
63 TATTAATTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAATTGAA
* * ** * * *
10423 ACAATTATTTTATAATAGGACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGGTAA---
127 ACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTG
* * *** * * * * * *
10473 TTC---T--TCA-AA-TA--GGAACTCGTTTGGTAAATAGAGTTATTTTTTAAATCTCCTATTTA
1 TTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTCAATAAACAAATTTA-TTTTTAAATTTCTTACTTA
* * * * *
10529 TTAATTTTGAAATAGTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAGGCTTGTGTG-A-TGAAA-A
65 TTAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAATTGAAACA
* * * * *
10591 TATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAATTATATAATTG
130 -ATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTG
* * * * ** * * * * **
10642 TTGAAATGGCCACAATTATTTGAACTAATTTAGTAAACAGATTCACTTTTTAAA--TC--ACTCG
1 TTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTCAATAAACAAATTTA-TTTTTAAATTTCTTACTTA
* * * * * * *
10703 TTAATTTTTGGATTATTAAAAAATTATTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAAC
65 TTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAATTGAAAC
* * ** * * * *
10768 AATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATCTTTTTAAATATACAATTA
129 AATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTG
* * * * * *
10819 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTTGTTCAA-AAAAATAGATTTATTTTTTTAAATCTCTTGC
1 TTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTCAATAAACA-A-ATTTA--TTTTTAAATTTCTTAC
* * * **** * *
10883 TTATTAATTTTTAAAATATTATTAAATTAGTATTTTTTTTATTTTGCATAAGCTTTTATGAACT-
62 TTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTA-TTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAATTG
* * *
10947 ACAACAATAT-TTTTATAACAAAAC-AAAGGTCATAACAATTTTAAATA-AGTAATTA
125 A-AACAAT-TGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGA-TAATTG
** ** * *** * * * *
11002 TTCAAATAGTCATAAGAATTTGAGTTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTTCAAATATCTTGCT
1 TTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTCAATAAACAAATTTA--TTTTT-AAATTTCTTACT
* ** * * * * *
11067 TATTGATTTTTTTAATATTAATATATTAGGACT-TTTTATTTCTAATAAGCTTATATG-ATATGA
63 TATT-AATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAAT-TGA
* * * * * * * * *
11130 AACAAATATTTTATGACTAAACAAAAGGTTAGAACAATTTAAAATAGATAATTA
126 AACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTG
* ** * * * * * * *
11184 TTCTAATAGTTTTAACTAATT-ATACAGGTTCGACAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT
1 TTCAAATAGTCATAATTATTTGA-ACTGGTTCAATAAACAAATTTA-TTTTTAAATTTCTTACTT
* * * * * * * * *
11248 ATTAATAATTT-TAATATTATTAAATTAGTTTTATTTT-TAACCTAATAAACTTCTACG-ATCAG
64 ATTAAT--TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TCCAAATAAGCTTATATGAAT-TG
** * * * * *
11310 AAATGATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAACAATTTGAGATTA-ATAATTA
125 AAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGA-AATAGATAATTG
* * * ** ** * *
11364 TTCAAATAGTTATAACTATTCGAACCAGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATATCTTATTTA
1 TTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTCAATAAACAAATTTA-TTTTTAAATTTCTTACTTA
* *** * * * **
11429 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATAATTTTATTTTGAATAAGTTTGTGTG-ATCAAAAA
65 TTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAAT-TGAAA
* * * * *
11493 CAATTAG-TTTATAACAAAAGAAAATGTCATAATGATTTGAATTAGATTATTG
128 CAATT-GTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTG
* * * ** ** *
11545 TTCGAATAGCCATAATTATTTTAACTAATTCGGTAATCAAATTTATTTTTTAAATCTT-TTACTT
1 TTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTCAATAAACAAATTTA-TTTTTAAAT-TTCTTACTT
* * * ** * * * *
11609 ATTAATTTTAAAAATATTAATAAATTAGTGTTA-TTTATTTCGTATAAGCTTGTATTAACTAAAA
64 ATTAATTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAATTGAAA
* * * * * *
11673 CAATTGCTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATAATTTTAAATAAACAATTG
128 CAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTG
* * * * * ** * * * *
11725 TTC-AATAGTAATAACTATTTGGACTTGTACGGTAAATAGATTTATTTTTTTAAAATCTCTTTCT
1 TTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTCAATAAACAAATTTA--TTTTT-AAATTTCTTACT
* * * ** * * *
11789 TATTAATTTTTG-AATGTTAATAATTTAGTATTAATTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACTAAA
63 TATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAATTGAA
* * * * * * ** * *
11853 ACAATTATTTTATGACTAAACAAAATGTTAGAACGATTTGACATAGATAATTA
127 ACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTG
** ** ** * * * *
11906 TTTTAATAGTTTTAACCATATGAATTGGTTCGATAAAAAAATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTA
1 TTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTCAATAAACAAATTTA-TTTTTAAATTTCTTACTTA
* * * * * * *
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* * * * **
12028 AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATTGATAATCA
129 AATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTG
* * * **** ** * * **
12079 TTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTTGGCAATTAGATTTATTTTTTAATTTTCTTGGTTA
1 TTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTCAATAAACAAATTTA-TTTTTAAATTTCTTACTTA
* * * *** * ** * ** *
12144 TTAATTTTGGGAATAATATTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAACAAAATTGTATGAACAGAATC
65 TTAATTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAATTGAAAC
* * * * * * *
12209 AATTGTTTGA-AAGAAAACAAATA-GTTATAATGATTTGTAATAGATTATTA
129 AATTGTTTTATAACAAAACAAA-AGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTG
* * * *** * * *
12259 TTCAAATAGTCAAAACTATTTGAAATGGTTTGGTAAATAGATTTACTTTTTAAATCTT-TTACTG
1 TTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTCAATAAACAAATTTA-TTTTTAAAT-TTCTTACTT
* * * * ***
12323 ATTAATTTTTTAAATATTAATAACTTAGTATT-TTATT-TT-GAACA-AA-CTTATATAAACAAA
64 ATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT-TTATTCCAA-ATAAGCTTATATGAATTGA
* * * * * *
12383 AACAATTATTTTATAACAAACCAAAAAGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTA
126 AACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTG
* * * * * * * *
12437 TTCACATAGTTATAATTATTTGAACTGGTTTAGTAAATAAAATTATCTTCTAAATCTCTTACTTA
1 TTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTCAATAAACAAATTTAT-TTTTAAATTTCTTACTTA
* * * * * *
12502 TAAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGT-TTCATTCTATTCCGAATAAGCTTGTATGAGTTGAAA
65 TTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT-ATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAATTGAAA
* * * * *
12566 TAATTGTTTTATGACAAAATAAAAAGGGCATAACAATTTGAAATAGATAATTG
128 CAATTGTTTTATAACAAAA-CAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTG
* * * * * * ** * * *
12619 TTCATATAATCTTAACTATTTGAATTGATT-TGTAAACAAATTTATTTTTAGATCTCTTAGTTAT
1 TTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTCAATAAACAAATTTATTTTTAAATTTCTTACTTAT
* * * * ** * ** *
12683 GAATTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATGTTATTCTGAATAAACTTATATGAA-CAAAATT
66 TAATTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAATTGAAA-C
* ** * * * * *
12747 AATTATTTTATGGCAGAATAAAAGATTATAACAATTTGAAATAGATAATTG
129 AATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTG
* * * * * *
12798 TTCAAATAGTTATAACTATTTGAATTGATTCAATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACT
1 TTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTCAATAAACAAATTTA-TTTTTAAATTTCTTACT
12861 AATTCTTAAA
Statistics
Matches: 2851, Mismatches: 649, Indels: 286
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
165 1 0.00
166 42 0.01
167 1 0.00
168 42 0.01
169 44 0.02
171 1 0.00
172 3 0.00
173 86 0.03
174 12 0.00
175 87 0.03
176 153 0.05
177 321 0.11
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184 108 0.04
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187 3 0.00
188 40 0.01
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190 2 0.00
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Consensus pattern (179 bp):
TTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTCAATAAACAAATTTATTTTTAAATTTCTTACTTAT
TAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAATTGAAACAA
TTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTG
Found at i:9917 original size:361 final size:362
Alignment explanation
Indices: 9070--12860 Score: 2490
Period size: 361 Copynumber: 10.6 Consensus size: 362
9060 ACTTGTTCGA
* * * * *
9070 TAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTT-AGAATATTAATAATTTGGTATTA
1 TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * * * *
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65 TTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAACAT-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * *** * * *
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129 C-AATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAATTAGTT-AGGTAAACAAATT
* * * * * *
9261 TA--TTTTAAATTTTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAATTTAATCCAA
192 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGA
* * * * ** *
9324 ATAAGCTTATATGAATTGAAACAATTGTTTTATAATAGAACAAAAAGTTATAATGATTTGACATA
257 ATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTTATAATGATTTGAAATA
* * * *
9389 AATAATT-TGCCAAATAGTCATT-ATTATTTGAACTGGTT-TG
322 GATAATTAT-TCAAATAGTC-TTAACTATTTGAACTGGTTCAG
* *
9429 ATAAATAAATTTATTTTTTAAA--TC-TA-TTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTA
1 -TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * *
9490 CTTTATTCCAAACAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
65 TTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAACATAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
* * * *
9555 AATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAATTGGTTAGGTAAACAAAATTAT
130 AATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAATTAGTTAGGTAAACAAATTTAT
* * *
9620 TTTTTCAAAT-TGCTTACTTATTAATCTTTGAAATATTAATAAATTTGTTTTATTTTATTCCGAA
195 TTTTT-AAATCT-CTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAA
* * *
9684 TAAGCTAGTATGAATTGCAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAATGATCATAAT-ATTTGAAATA
258 TAAGCTTGTATGAATTG-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTTATAATGATTTGAAATA
* * *
9747 GATAATTGTTCATATAGTCTTAAATATTTGAACTGGTTCAG
322 GATAATTATTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCAG
* * * * * ** *
9788 CAAACAAATTTA-GTTTTAATTCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTATTAGTTTAGAATTAT
1 TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* ** * * * *
9852 TTTATTCCAAATAAGCTTGTACAAACATAAATAATTGTTTTATAACAGAACAAAAGGTTATAACA
66 TTTATTCCAAATAAACTTGTATGAACATAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA
* * * ** ** * *
9917 ATTTGAAGTATACAATTGTTTTATTGTTCAAATAGTCCTAACTATTTGAGCTAGTTTGGTAAATA
131 ATTTGAA--AT---A--G-ATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAATTAGTTAGGTAAACA
* * *
9982 GATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAAGATT-ATAAGTTAGTATTATTTTATT
188 AATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
** * * ** * * * *
10042 TTGAATAAGCTTGAATG-ATTAAAAACGTTTGTTATATGACTACACAAAAT-GTAATAATGATTT
253 CCGAATAAGCTTGTATGAATT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAATGGTTATAATGATTT
* ** * ** * * *
10105 GAAATTA-ATAATTATTAAAACGGCCAGAATTATTTGAAATGTTTCAG
316 GAAA-TAGATAATTATTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCAG
* * *
10152 TAAACAAATTTATTTTTT-AA-GTC--ACTTATTAATTTTTGGAATATTAAT-AATTTGTATTAT
1 TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
*** ** * *
10212 TTTATTTTGAATAAACTTGTATGAAC-TGAAATGATTATTTTATGA-AAAACAAAAGGTCATAAT
66 TTTATTCCAAATAAACTTGTATGAACAT-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
* * ** * * * * * *
10275 GATTTAAAATAGATAATTATTCATGTAGTCTTTAACTGTTTGAACTACTTTA-ATAAACAGATTT
130 AATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT-TATAACTATTTGAATTA-GTTAGGTAAACAAATTT
** * * **
10339 ATTTTTTAAATCTCTTTA-TTATTAATTTTCAAAATATTATTAAATTAGCATTATTTTATTCTTA
193 ATTTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGA
* * * * ** *
10403 ATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATAATAGGACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATA
257 ATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTTATAATGATTTGAAATA
* * * **
10468 GGTAATTCTTCAAATAG------------GAACTCGTTTGG
322 GATAATTATTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCAG
* * * * * *
10497 TAAATAGAGTTATTTTTTAAATCTCCTATTTATTAA-TTTTGAAATAGTAATAAATTAGTATTAT
1 TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* ** * ** * * **
10561 TTTATTCTAAATAGGCTTGTGTGATGA-AAA-TATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAATG
66 TTTATTCCAAATAAACTTGTATGAACATAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA
* * * * * ** * * * * * * *
10624 ATTTGAATTATATAATTGTTGAAATGGCCACAATTATTTGAACTAATTTA-GTAAACAGATTCAC
131 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAA-TTAGTTAGGTAAACAAATTTAT
** * * * * * *
10688 TTTTTAAA--TC--ACTCGTTAATTTTTGGATTATTAAAAAATTATTATTATTTTATTTCAAATA
195 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATA
* * * * ** * * *
10749 AGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATCTTTTTAAATATAC
260 AGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTTATAATGATTTGAAATAGAT
* * *
10814 AATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTTGTTCA-
325 AATTATTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCAG
* * * * *
10851 AAAAAATAGATTTATTTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTAAAATATTATTAAATTAGTAT
1 TAAACA-A-ATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTA-
* **** * * *
10916 TTTTTTTATTTTGCATAAGCTTTTATGAAC-TACAACAATAT-TTTTATAACAAAAC-AAAGGTC
62 TTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAACATA-AACAAT-TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * ** * * * * *
10978 ATAACAATTTTAAATA-AGTAATTATTCAAATAGTCATAAGAATTTGAGTTTGTTTGGTAAATAG
125 ATAACAATTTGAAATAGA-TAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAATTAGTTAGGTAAACAA
* * * ** * * *
11042 ATTTATTTTTTTCAAATATCTTGCTTATTGATTTTTTTAATATTAATATATTAGGACT-TTTTAT
189 ATTTA-TTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * * * * * * **
11106 TTCTAATAAGCTTATATG-ATATGAAACAAATATTTTATGACTAAACAAAAGGTTAGAACAATTT
252 TCCGAATAAGCTTGTATGAAT-TGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTTATAATGATTT
* * * * *
11170 AAAATAGATAATTATTCTAATAGTTTTAACTAATT-ATACAGGTTC-G
316 GAAATAGATAATTATTCAAATAGTCTTAACTATTTGA-ACTGGTTCAG
* * * *
11216 ACAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATAATTTT--AATATTATTAAATTAGTTT
1 -TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT--TTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* * * * * * ** *
11279 TATTTT-TAACCTAATAAACTTCTACGATCAGAAATGATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCAT
63 TATTTTAT-TCCAAATAAACTTGTATGAACATAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * ** * *
11342 AACAATTTGAGATTA-ATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTCGAACCAGTTTGATAAACAAAT
127 AACAATTTGA-AATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAATTAGTTAGGTAAACAAAT
* * * **
11406 TTATTTTTTAAATATCTTATTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATAATTTTATTTTG
191 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCG
* * ** * * *
11471 AATAAGTTTGTGTG-ATCAAAAACAATTAG-TTTATAACAAAAGAAAAT-GTCATAATGATTTGA
256 AATAAGCTTGTATGAAT-TGAAACAATT-GTTTTATGACAAAA-CAAATGGTTATAATGATTTGA
* * * * * * * * ** *
11533 ATTAGATTATTGTTCGAATAGCCATAATTATTTTAACTAATTCGG
318 AATAGATAATTATTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCAG
* * ** *
11578 TAATCAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTAAAAATATTAATAAATTAGTGTTA-
1 TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* ** * * * * *
11642 TTTATTTCGTATAAGCTTGTATTAAC-TAAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAAT
66 TTTATTCCAAATAAACTTGTATGAACAT-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
* * * * * * * *
11706 AATTTTAAATAAACAATTGTTC-AATAGTAATAACTATTTGGACTT-G-TACGGTAAATAGATTT
130 AATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTT-GAATTAGTTA-GGTAAACAAATTT
* * * * *
11768 ATTTTTTTAAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTG-AATGTTAATAATTTAGTATTAATTTATTCTG
193 A-TTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCG
* * * * * * *
11832 AATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAT-GTTAGAACGATTTGACA
256 AATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAATGGTTATAATGATTTGAAA
** * * * *
11896 TAGATAATTATTTTAATAGTTTTAACCATATGAATTGGTTC-G
320 TAGATAATTATTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCAG
* * *
11938 ATAAAAAAATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTTGTATTA
1 -TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * *
11999 TTTTAATCCAAAGAAGCTTGTA-CAA-A-AAA-AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT
65 TTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAACATAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
* * * * * * * * ** *
12060 GATTTGAAATTGATAATCATTCATATAGTCT-TAACTATTTGAACTGGTTTGGCAATTAGATTTA
130 AATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT-TATAACTATTTGAATTAGTTAGGTAAACAAATTTA
* * ** * * * * ** *
12124 TTTTTTAATTTTCTTGGTTATTAATTTTGGGAATAATATTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAC
194 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAAT
** ** * * * * * *
12189 AAAATTGTATGAACAGAATCAATTGTTTGA-AAGAAAACAAATAGTTATAATGATTTGTAATAGA
259 AAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTTATAATGATTTGAAATAGA
* ** * **
12253 TTATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAAATGGTTTGG
324 TAATTATTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCAG
* * * * * * *
12292 TAAATAGATTTACTTTTTAAATCTTTTACTGATTAATTTTTTAAATATTAATAACTTAGTATT-T
1 TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * * * * * *
12356 TATT-TT--GAACAAACTTATATAAACAAAAACAATTATTTTATAACAAACCAAAAAGTAATAAC
66 T-TTATTCCAAATAAACTTGTATGAACATAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
* * * * * *
12418 AATTTGAAATAGATAATTATTCACATAGTTATAATTATTTGAACTGGTTTA-GTAAATAAAATTA
130 AATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAATTAG-TTAGGTAAACAAATTTA
* * * * *
12482 TCTTCTAAATCTCTTACTTATAAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGT-TTCATTCTATTCCGAA
194 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT-ATTTTATTCCGAA
* * * * ** **
12546 TAAGCTTGTATGAGTTGAAATAATTGTTTTATGACAAAATAAAAAGGGCATAACAATTTGAAATA
258 TAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAATGGTTATAATGATTTGAAATA
* * * * * *
12611 GATAATTGTTCATATAATCTTAACTATTTGAATTGATT-TG
322 GATAATTATTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCAG
* * * ** *
12651 TAAACAAATTTA-TTTTTAGATCTCTTAGTTATGAATTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTAT
1 TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* ** * * * * * * * *
12715 GTTATTCTGAATAAACTTATATGAACA-AAATTAATTATTTTATGGCAGAATAAAAGATTATAAC
66 TTTATTCCAAATAAACTTGTATGAACATAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
* * *
12779 AATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATT-GATTCA-ATAAACATATTT
130 AATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAATTAG-TT-AGGTAAACAAATTT
12842 ATTTTTTAAATCTCTTACT
193 ATTTTTTAAATCTCTTACT
12861 AATTCTTAAA
Statistics
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Consensus pattern (362 bp):
TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
TTTATTCCAAATAAACTTGTATGAACATAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA
ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAATTAGTTAGGTAAACAAATTTATT
TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAA
GCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTTATAATGATTTGAAATAGATA
ATTATTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCAG
Found at i:10415 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 9070--12858 Score: 2407
Period size: 180 Copynumber: 21.2 Consensus size: 180
9060 ACTTGTTCGA
* * *
9070 TAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTT-AGAATATTAATAATTTGGTATTA
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTT-ATTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * * * * * *
9134 TTTTATT-TCAAATAAACTTATATGAATTGAAACAATTCTTTTCTAACCAAACAAAAGGACATAC
64 TTTTATTCT-TAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* *** ** * *
9198 TGATTTGAAATAGATAATTATTCGAATAGTCATGGTTATTTGATTTAGTTCAA
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* * * * *
9251 TAAACATATTTA--TTTTAAATTTTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAA
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* ** * * * * * * *
9314 TTTAATCCAAATAAGCTTATATGAATTGAAACAATTGTTTTATAATAGAACAAAAAGTTATAATG
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* * * * * *
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130 ATTTGAAATAGATAATTAT-TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAG
* * * *
9429 ATAAATAAATTTATTTTTTAAA--TC-TATTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTAC
1 -TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
** * * * ** * **
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* * * * *
9556 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAA-TTGGTTAGG
130 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTA-G
* * * * *
9607 TAAACAAAATTATTTTTTCAAAT-TGCTTACTTATTAATCTTTGAAATATTAATAAATTTGTTTT
1 TAAACAGATTTATTTTTT-AAATCT-CTTA-TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
** * * * *
9671 ATTTTATTCCGAATAAGCTAGTATGAATTGCAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAATGATCATA
63 ATTTTATTCTTAATAAGCTTGTATGAACTG-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * * *
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* * * * * ** *
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1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
** ** * * * * *
9852 TTTATTCCAAATAAGCTTGTACAAACAT-AAATAATTGTTTTATAACAGAACAAAAGGTTATAAC
65 TTTATTCTTAATAAGCTTGTATGAAC-TGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT
* * * * * * *
9916 AATTTGAAGTATACAATTGTTTTATTGTTCAAATAGTCCTAACTATTTGAGCTAGTTTGG
129 GATTTGAA--AT---A--G-ATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAG
* * *
9976 TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTC---TTATTAATTTTTGAAAGATT-ATAAGTTAGTATTATT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * ** * * * * *
10037 TTATT-TTGAATAAGCTTGAATG-ATTAAAAACGTTTGTTATATGACTACACAAAATGTAATAAT
66 TTATTCTT-AATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT
* ** * * * *
10100 GATTTGAAATTA-ATAATTATTAAAACGGCCAGAATTATTTGAAAT-GTTTCAG
129 GATTTGAAA-TAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTT-AG
* * * * *
10152 TAAACAAATTTATTTTTTAAGTCAC---TTATTAATTTTTGGAATATTAAT-AATTTGTATTATT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* ** *
10213 TTATT-TTGAATAAACTTGTATGAACTGAAATGATTATTTTATGA-AAAACAAAAGGTCATAATG
66 TTATTCTT-AATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* ** * * * *
10276 ATTTAAAATAGATAATTATTCATGTAGTCTTTAACTGTTTGAACTACTTTAA
130 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTAGTTTAG
** * *
10328 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTTATTATTAATTTTCAAAATATTATTAAATTAGCATTAT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTC-TTATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * ** *
10393 TTTATTCTTAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATAATAGGACAAAAGGTTATAATG
65 TTTATTCTTAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * *
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130 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAG
* * * *
10497 TAAATAGAGTTATTTTTTAAATCTCCTATTTATTAA-TTTTGAAATAGTAATAAATTAGTATTAT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * *
10561 TTTATTCTAAATAGGCTTGTGTG-A-TGAAA-ATATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAAT
65 TTTATTCTTAATAAGCTTGTATGAACTGAAACA-ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT
* * * * * * * * *
10623 GATTTGAATTATATAATTGTTGAAATGGCCACAATTATTTGAACTAATTTAG
129 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAG
* * * ** * * * *
10675 TAAACAGATTCACTTTTTAAATCAC---TCGTTAATTTTTGGATTATTAAAAAATTATTATTATT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * *
10737 TTATT-TCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATC
66 TTATTCT-TAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * * * * * *
10801 TTTTTAAATATACAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTTGTTCAAA
130 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTT-TAG
* * * * *
10853 AAAATAGATTTATTTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTAAAATATTATTAAATTAGTATTT
1 TAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTT-ATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTA-TT
* * * *
10918 TTTTTATT-TTGCATAAGCTTTTATGAACT-ACAACAATAT-TTTTATAACAAAAC-AAAGGTCA
63 ATTTTATTCTT-AATAAGCTTGTATGAACTGA-AACAAT-TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
** * ** ** * *
10979 TAACAATTTTAAATA-AGTAATTATTCAAATAGTCATAAGAATTTGAGTTTGTTTGG
125 TAATGATTTGAAATAGA-TAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAG
* * * * ** * * *
11035 TAAATAGATTTATTTTTTTCAAATATCTTGCTTATTGATTTTTTTAATATTAATATATTAGGACT
1 TAAACAGATTTA-TTTTTT-AAATCTCTT-ATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * * *
11100 -TTTTATT-TCTAATAAGCTTATATGATA-TGAAACAAATATTTTATGACTAAACAAAAGGTTAG
63 ATTTTATTCT-TAATAAGCTTGTATGA-ACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
** * * ** * * *
11162 AACAATTTAAAATAGATAATTATTCTAATAGTTTTAACTAATT-ATAC-AGGTTCG
126 AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGA-ACTAGTTTAG
* * * *
11216 ACAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATAATTTT--AATATTATTAAATTAGTTT
1 -TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTATTAAT--TTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* * * * * * * ** *
11279 TATTTT-TAACCTAATAAACTTCTACGATCAGAAATGATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCAT
62 TATTTTAT-TCTTAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
** * * * *
11342 AACAATTTGAGATTA-ATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTCGAACCAGTTT-G
126 AATGATTTGA-AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAG
* * *
11396 ATAAACAAATTTATTTTTTAAATATCTTATTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATAA
1 -TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * ** * * *
11461 TTTTATT-TTGAATAAGTTTGTGTGATCAAAAACAATTAG-TTTATAACAAAAGAAAATGTCATA
64 TTTTATTCTT-AATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATT-GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * * * * * **
11524 ATGATTTGAATTAGATTATTGTTCGAATAGCCATAATTATTTTAACTAATTCGG
127 ATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAG
* * * ** *
11578 TAATCAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTAAAAATATTAATAAATTAGTGTTA-
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * *
11642 TTTATTTCGT-ATAAGCTTGTATTAACTAAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAAT
65 TTTA-TTCTTAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT
* * * * * * * * ***
11706 AATTTTAAATAAACAATTGTTC-AATAGTAATAACTATTTGGACTTGTACGG
129 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAG
* * * *
11757 TAAATAGATTTATTTTTTTAAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTG-AATGTTAATAATTTAGTATT
1 TAAACAGATTTA-TTTTTT-AAATCTC-TTATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * * * * *
11821 AATTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAATGTTAGAA
63 ATTTTATTCTTAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * ** ** * * * * *
11886 CGATTTGACATAGATAATTATTTTAATAGTTTTAACCATATGAA-TTGGTTCG
128 TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAG
* * * *
11938 ATAAAAAAATTTATTTTTTAAATCTC---TTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTTGTATTAT
1 -TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* ** * * * *
12000 TTTAATCCAAAGAAGCTTGTA-CAA---AAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
65 TTTATTCTTAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * * * *
12061 ATTTGAAATTGATAATCATTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTTGG
130 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAG
* ** * * * * * * *
12112 CAATTAGATTTATTTTTTAATTTTCTTGGTTATTAATTTTGGGAATAATATTAAATTAGTATTAT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTT-ATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* ** * * * * * *
12177 TTTATT-TTGAACAAAATTGTATGAACAGAATCAATTGTTTGA-AAGAAAACAAATA-GTTATAA
65 TTTATTCTT-AATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAA
* * * * * *
12239 TGATTTGTAATAGATTATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAAATGGTTTGG
128 TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAG
* * * * * *
12292 TAAATAGATTTACTTTTTAAATCTTTTACTGATTAATTTTTTAAATATTAATAACTTAG---TAT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * ** * * * * * *
12354 TTTATT-TTGAACAAACTTATATAAACAAAAACAATTATTTTATAACAAACCAAAAAGTAATAAC
65 TTTATTCTT-AATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT
* * * * *
12418 AATTTGAAATAGATAATTATTCACATAGTTATAATTATTTGAACTGGTTTAG
129 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAG
* * * * * * *
12470 TAAATAAAATTATCTTCTAAATCTCTTACTTATAAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGT-TTCA
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT-A
* ** ** * * *
12534 TTCTATTCCGAATAAGCTTGTATGAGTTGAAATAATTGTTTTATGACAAAATAAAAAGGGCATAA
64 TTTTATTCTTAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAAGGTCATAA
** * * * * *
12599 CAATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAATCTTAACTATTTGAA-TTGATTT-G
128 TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTTAG
* * * ** *
12651 TAAACAAATTTA-TTTTTAGATCTCTTAGTTATGAATTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTAT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * * * * * * * * *
12715 GTTATTCTGAATAAACTTATATGAAC-AAAATTAATTATTTTATGGCAGAATAAAAGATTATAAC
65 TTTATTCTTAATAAGCTTGTATGAACTGAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT
* * * * * *
12779 AATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAA-TTGATTCAA
129 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTTAG
*
12831 TAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTA
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA
12859 CTAATTCTTA
Statistics
Matches: 2838, Mismatches: 631, Indels: 278
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
165 1 0.00
166 40 0.01
167 2 0.00
168 45 0.02
169 40 0.01
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172 3 0.00
173 83 0.03
174 17 0.01
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189 10 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (180 bp):
TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
TTATTCTTAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA
TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAG
Found at i:13684 original size:956 final size:959
Alignment explanation
Indices: 12163--13904 Score: 1973
Period size: 956 Copynumber: 1.8 Consensus size: 959
12153 GGAATAATAT
*
12163 TAAATTAGTATTATTTTATTTTGAACAAAATTGTATGAACAGAATCAATTGTTTGAAAGAAAACA
1 TAAAGTAGTATTATTTTATTTTGAACAAAATTGTATGAACAGAATCAATTGTTTGAAAGAAAACA
* * * * * * * * *
12228 AATAGTTATAATGATTTGTAATAGATTATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAAATGGTTTGGT
66 AAAAATTATAACGATTTGTAATAGATAATTATTCAAATAATCAAAACAATTTGAAATGATTCGAT
* * *
12293 AAATAGATTTACTTTTTAAATCTTTTACTGATTAATTTTTTAAATATTAATAACTTAGTATTTTA
131 AAACAGATTTACTTTTTAAATCTCTTACTGATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTTTA
* *
12358 TTTTGAACAAACTTATATAAACAAAAACAATTATTTTATAACAAACCAAAAAGTAATAACAATTT
196 TTTTAAACAAACTTATATAAACAAAAACAATTATTTTATAACAAACCAAAAAGTAACAACAATTT
* * * ** * * *
12423 GAAATAGATAATTATTCACATAGTTATAATTATTTGAACTGGTTTAGTAAATAAAATTATCTTCT
261 CAAATACATAATTATTCACATAGTTATAATCATTTGAACTAATTCAGCAAACAAAATTATCTTCT
*
12488 AAATCTCTTACTTATAAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTTTCATTCTATTCCGAATAAGCTT
326 AAATCTCTTAC-TATAAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTTTCATTCTATTCCGAATAAGCTT
* *
12553 GTATGAGTTGAAATAATTGTTTTATGACAAAATAAAAAGGGCATAACAATTTGAAATAGATAATT
390 GTATGAGTTGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAAGAGCATAACAATTTGAAATAGATAATT
* ** * * * * * * *
12618 GTTCATATAATCTTAACTATTTGAATTGATTTGTAAACAAATTTATTTTTAGATCTCTTAGTTAT
455 GTTCAAATAATAGTAACTATTTGAACTGAGTTGCAAAAAAATTTATTTTTAAATCTCTTAATAAT
* *
12683 GAATTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATGTTATTCTGAATAA-ACTTATATGAAC-AAAAT
520 GAATTTTCAAAATATTAATAAAGTAGTATTATGTTATTCTGAATAAGA-TTATATGAACTAAAA-
* * * * * * *
12746 TAATTATTTTATGGCAGAATAAAA-GATTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTA
583 CAATTATTTTAGGGCA-AAAAAAACGATCAAAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA
* *
12810 TAACTATTTGAA-TTGATTCAATAAACATATTTATTTTTTAAA-TC-T-CTTACTAA-TTCTT-A
647 TAACTATTTGAACTTG-TTCAATAAACAGA-AT-TTTTTTAAACTCTTGCTTACTAATTTCTTGA
* * *
12869 A-AATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATTTAA-AAAAATAATTATTTAATGAC
709 ATAATAAATAAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTA-TGAATAAAAATAATTATTTAATGAC
12932 AAAACAAAAAATAATAACAATTTTATTTCGAATAAGCTTGTGTGTTGAAAAATAATTATTTTATG
773 AAAACAAAAAATAATAACAATTTTATTTCGAATAAGCTTGTGTGTTGAAAAATAATTATTTTATG
12997 ACAAAACGAAAGGTAACAAATTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAACTAAT
838 ACAAAACGAAAGGTAACAAATTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAACTAAT
13062 TCAATAAACTGATTTATTTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCTAAATATTAA
903 TCAATAAACTGATTTATTTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCTAAATATTAA
* * * ** * *
13119 TAAAGTAGTATTATTTTATTTTTG-ATAAACTTTTATGAATTGAAAT-AATTGTTTTATGAGAAA
1 TAAAGTAGTATTATTTTA-TTTTGAACAAAATTGTATGAACAG-AATCAATTGTTTGA-AAGAAA
* *
13182 ACAAAAAATTCATAACGATTT-TAAGTAGATAATTATTCAAATAATCATAACAATTT-AAACTTA
63 ACAAAAAATT-ATAACGATTTGTAA-TAGATAATTATTCAAATAATCAAAACAATTTGAAA-TGA
* * * *
13245 TTCGATAAACAGATTTATTTTTTCAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTTAAATGTTAATAAATTAG
125 TTCGATAAACAGATTTACTTTTT-AAATCTCTTACTGATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAG
* * * * * * *
13310 TATTTATTTTTCTAAATAAGCTTGTATGAACTAAAAA-TATTATTTTATGACTAAA-CAAAAAGT
189 TATTT-TATTT-TAAACAAACTTATATAAAC-AAAAACAATTATTTTATAAC-AAACCAAAAAGT
* **
13373 TACAATGATTTCAAATACATAATTATTCTA-ATAGTCT-TAATCATTTGAACTAATTCAGCAAAC
250 AACAACAATTTCAAATACATAATTATTC-ACATAGT-TATAATCATTTGAACTAATTCAGCAAAC
* * * * * * *
13436 ACATTTATTTTTTAAATCTCTTA-T-T-AATTTTCAAAATTTTATTAAATTAGTATT-ATT-TTT
313 AAAATTATCTTCTAAATCTCTTACTATAAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGT-TTCATTCTAT
* * * * **
13496 ATCCGAATAAGCTTGTATGA-TTAGAAACAATT-TTTTATGAC-AAA-ACAAAGATCGTTATGAT
377 -TCCGAATAAGCTTGTATGAGTT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAAGAGCATAACAAT
* * *
13557 TT-AAGATTGATATTTGTTCAAATAGTAGTAACTATTTGAACT-AGTT-CAAAAAATAGCTTTAG
440 TTGAA-ATAGATAATTGTTCAAATAATAGTAACTATTTGAACTGAGTTGCAAAAAA-A--TTTA-
** * *
13619 TTTTTAAATCTCTTGAATAAT-AATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGAAT
500 TTTTTAAATCTCTT-AATAATGAATTTTCAAAATATTAATAAAGTAGTATTATGTTATTCTGAAT
* * * * ** **
13683 AAGATTTTATGAACTGAAACAATTGTTTTAGGGCAAAAAAAACGGTCAAAATGATTTTCAATAGA
564 AAGATTATATGAACTAAAACAATTATTTTAGGGCAAAAAAAACGATCAAAACAATTTGAAATAGA
* * *
13748 TAATTATTCAAATAGTCATATCTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGAATTTTTTTAAATCTCTTG
629 TAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACAGAATTTTTTTAAA-CTCTTG
* **
13813 CTTACTAATTTTTTGAATGTTAATAAATAAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATTG
693 CTTACTAATTTCTTGAA---TAATAAATAAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAA
* *
13878 AAATAATTATTTTATGACTAAACAAAA
755 AAATAATTATTTAATGACAAAACAAAA
13905 GGTTAAAATG
Statistics
Matches: 640, Mismatches: 109, Indels: 66
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
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964 60 0.09
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (959 bp):
TAAAGTAGTATTATTTTATTTTGAACAAAATTGTATGAACAGAATCAATTGTTTGAAAGAAAACA
AAAAATTATAACGATTTGTAATAGATAATTATTCAAATAATCAAAACAATTTGAAATGATTCGAT
AAACAGATTTACTTTTTAAATCTCTTACTGATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTTTA
TTTTAAACAAACTTATATAAACAAAAACAATTATTTTATAACAAACCAAAAAGTAACAACAATTT
CAAATACATAATTATTCACATAGTTATAATCATTTGAACTAATTCAGCAAACAAAATTATCTTCT
AAATCTCTTACTATAAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTTTCATTCTATTCCGAATAAGCTTG
TATGAGTTGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAAGAGCATAACAATTTGAAATAGATAATTG
TTCAAATAATAGTAACTATTTGAACTGAGTTGCAAAAAAATTTATTTTTAAATCTCTTAATAATG
AATTTTCAAAATATTAATAAAGTAGTATTATGTTATTCTGAATAAGATTATATGAACTAAAACAA
TTATTTTAGGGCAAAAAAAACGATCAAAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAC
TATTTGAACTTGTTCAATAAACAGAATTTTTTTAAACTCTTGCTTACTAATTTCTTGAATAATAA
ATAAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAAAAATAATTATTTAATGACAAAACAAA
AAATAATAACAATTTTATTTCGAATAAGCTTGTGTGTTGAAAAATAATTATTTTATGACAAAACG
AAAGGTAACAAATTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAACTAATTCAATAAA
CTGATTTATTTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCTAAATATTAA
Found at i:13704 original size:179 final size:177
Alignment explanation
Indices: 12951--13983 Score: 682
Period size: 179 Copynumber: 5.7 Consensus size: 177
12941 AATAATAACA
* * * * *
12951 ATTTTATT-TCGAATAAGCTTGTGTG--TTGAAAAATAATTATTTTATGACAAAACGAAA-GGTA
1 ATTTTATTCT-GAATAAGCTTGTATGAATTG--AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATCGTT
** * * * * * * * *
13012 ACAAATTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAACTAATTCAATAAACTGATTT
63 A-TGATTTAAATAGATAATTATTCAAATAG-TATAACTATTTGAACTAGTTCAAAAAACAGATTT
13077 ATTTTTTTTAAATCTCTT-ACTTATTAATTTTCT-AAATATTAATAAAGTAGTATT
126 A--TTTTTTAAATCTCTTGA-TTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAAGTAGTATT
* * * * * * *
13131 ATTTTATTTTTG-ATAAACTTTTATGAATTGAAATAATTGTTTTATGAGAAAACAAAAAATTCAT
1 ATTTTA-TTCTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTATTTTATGACAAAAC--AAAA-TCGT
* * * * * * * *
13195 AACGATTTTAAGTAGATAATTATTCAAATAATCATAACAATTTAAACTTA-TTCGATAAACAGAT
62 TATGA-TTTAAATAGATAATTATTCAAATAGT-ATAACTATTTGAAC-TAGTTCAAAAAACAGAT
* * * *
13259 TTATTTTTTCAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTTAAATGTTAATAAATTAGTATT
124 TTATTTTTT-AAATCTCTTGATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATT
* * * * *
13314 -TATTT-TTCTAAATAAGCTTGTATGAACT-AAAAATATTATTTTATGACTAAACAAAA-AGTTA
1 AT-TTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAACA-ATTATTTTATGACAAAACAAAATCGTT-
* * * * ** *
13375 CAATGATTTCAAATACATAATTATTCTAATAGTCTTAA-TCATTTGAACTAATTCAGCAAACACA
63 --ATGATTT-AAATAGATAATTATTCAAATAGT-ATAACT-ATTTGAACTAGTTCAAAAAACAGA
** * * *
13439 TTTATTTTTTAAATCTC----TTATTAATTTTCAAAATTTTATTAAATTAGTATT
123 TTTATTTTTTAAATCTCTTGATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATT
*
13490 ATTTT-TATCCGAATAAGCTTGTATG-ATTAGAAACAATT-TTTTATGACAAAACAAAGATCGTT
1 ATTTTAT-TCTGAATAAGCTTGTATGAATT-GAAACAATTATTTTATGACAAAACAAA-ATCGTT
* * * * *
13552 ATGATTTAAGATTGATATTTGTTCAAATAGTAGTAACTATTTGAACTAGTTCAAAAAATAGCTTT
63 ATGATTTAA-ATAGATAATTATTCAAATAGTA-TAACTATTTGAACTAGTTCAAAAAACAGATTT
* * *
13617 AGTTTTTAAATCTCTTGAATAATAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATT
126 ATTTTTTAAATCTCTTGATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATT
* * * * * * *
13669 ATTTTATTTTGAATAAGATTTTATGAACTGAAACAATTGTTTTAGGGCAAAA-AAAA-CGGTCAA
1 ATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATC-GT---
* * * * * * * *
13732 AATGATTTTCAATAGATAATTATTCAAATAGTCATATCTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGA-A
62 TATGA-TTTAAATAGATAATTATTCAAATAGT-ATAACTATTTGAACTAGTTCAAAAAACAGATT
* * *
13796 T-TTTTTTAAATCTCTTGCTTACTAATTTTTTG-AATGTTAATAAA-TAAGTATT
125 TATTTTTTAAATCTCTTGATTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAAGT-AGTATT
** * * *
13848 ATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATTGAAATAATTATTTTATGACTAAACAAAA-GGTTAAA
1 ATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATCGTT---
* * * *
13912 ATGATTTAAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACAATTTGAACTAGTTCAACAAAA-ATATT
63 ATGATTT-AAATAGATAATTATTCAAATAGT-ATAACTATTTGAACTAGTTCAA-AAAACAGATT
13976 TCATTTTT
125 T-ATTTTT
13984 ATTATTAAAT
Statistics
Matches: 673, Mismatches: 124, Indels: 110
0.74 0.14 0.12
Matches are distributed among these distances:
174 2 0.00
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185 2 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (177 bp):
ATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATCGTTATG
ATTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTATAACTATTTGAACTAGTTCAAAAAACAGATTTATTTT
TTAAATCTCTTGATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATT
Found at i:13755 original size:356 final size:358
Alignment explanation
Indices: 13079--13970 Score: 807
Period size: 356 Copynumber: 2.5 Consensus size: 358
13069 ACTGATTTAT
* * * * ****
13079 TTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCTAAATATTAATAAAGT-AGTATTATTTTATTTTTG
1 TTTTTTTAAA-CTCTTGCTTACTAATTTTCAAAATGTTAATAAA-TAAGTATTATTTTATTCCAA
* * * * * ** * * *
13143 ATAAACTTTTATGAATTGAAATAATTGTTTTATGAGAAAACAAAAAATTCATAACGATTTTAAGT
64 ATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAACGT--TAATGATTTAAAAT
* * * * * * *
13208 AGATAATTATTCAAATAATCA-TAACAATTTAAACTTA-TTCGA-TAAACAGATTTATTTTTTCA
126 AGATAATTATTCAAATAGT-AGTAACAATTTGAAC-TAGTTCAACAAAATAGCTTTAGTTTTTCA
** * * * * *
13270 AATCTCTTGCTTATTAATTTTTTAAATGTTAATAAATTAGTATTTATTTTTCTAAATAAGCTTGT
189 AATCTCTTGAATAATAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTTATTTTTCTAAATAAGATTGT
* * *
13335 ATGAACTAAAAATATTATTTTATGACTAAACAAAAAGTTACAATGATTTCAAATACATAATTATT
254 ATGAACTAAAAATATTATTTTAGGACTAAACAAAAAGTCAAAATGATTTCAAATACATAATTATT
* * *
13400 CTAATAGTCTTAATC-ATTTGAACTAATTC-AGCAAACACATT
319 CAAATAGTCAT-ATCTATTTGAACTAATTCGA-CAAACACA-A
* * * * *
13441 TATTTTTTAAA-TC-T-CTTATTAATTTTCAAAATTTTATTAAATTAGTATTATTTT-TATCCGA
1 T-TTTTTTAAACTCTTGCTTACTAATTTTCAAAATGTTAATAAATAAGTATTATTTTAT-TCCAA
*
13502 ATAAGCTTGTATG-ATTAGAAACAATT-TTTTATGACAAAACAAAGATCGTT-ATGATTTAAGAT
64 ATAAGCTTGTATGAATT-GAAACAATTATTTTATGACAAAACAAA-A-CGTTAATGATTTAAAAT
* * * *
13564 TGATATTTGTTCAAATAGTAGTAACTATTTGAACTAGTTCAA-AAAATAGCTTTAGTTTTT-AAA
126 AGATAATTATTCAAATAGTAGTAACAATTTGAACTAGTTCAACAAAATAGCTTTAGTTTTTCAAA
* * *
13627 TCTCTTGAATAATAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTA-TTATTTTATTTTGAATAAGATTTT
191 TCTCTTGAATAATAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTTA-TTT-TTCTAAATAAGATTGT
* * * *
13691 ATGAACTGAAACA-ATTGTTTTAGGGC-AAA-AAAAACGGTCAAAATGATTTTC-AATAGATAAT
254 ATGAACT-AAAAATATTATTTTAGGACTAAACAAAAA--GTCAAAATGA-TTTCAAATACATAAT
** * * *
13752 TATTCAAATAGTCATATCTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGAA
315 TATTCAAATAGTCATATCTATTTGAACTAATTCGACAAACACAA
***
13796 TTTTTTTAAATCTCTTGCTTACTAATTTTTTGAATGTTAATAAATAAGTATTATTTTATTCCAAA
1 TTTTTTTAAA-CTCTTGCTTACTAATTTTCAAAATGTTAATAAATAAGTATTATTTTATTCCAAA
* * *
13861 TAAGCTTGTATGAATTGAAATAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTTAAAATGATTTAAAATAG
65 TAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAACGTT--AATGATTTAAAATAG
* **
13926 ATAATTATTCTAATAGTCTTAACAATTTGAACTAGTTCAACAAAA
128 ATAATTATTCAAATAGTAGTAACAATTTGAACTAGTTCAACAAAA
13971 ATATTTCATT
Statistics
Matches: 431, Mismatches: 72, Indels: 55
0.77 0.13 0.10
Matches are distributed among these distances:
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357 17 0.04
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361 6 0.01
362 1 0.00
363 9 0.02
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (358 bp):
TTTTTTTAAACTCTTGCTTACTAATTTTCAAAATGTTAATAAATAAGTATTATTTTATTCCAAAT
AAGCTTGTATGAATTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAACGTTAATGATTTAAAATAGATA
ATTATTCAAATAGTAGTAACAATTTGAACTAGTTCAACAAAATAGCTTTAGTTTTTCAAATCTCT
TGAATAATAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTTATTTTTCTAAATAAGATTGTATGAACT
AAAAATATTATTTTAGGACTAAACAAAAAGTCAAAATGATTTCAAATACATAATTATTCAAATAG
TCATATCTATTTGAACTAATTCGACAAACACAA
Found at i:14466 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 14418--14468 Score: 52
Period size: 18 Copynumber: 2.9 Consensus size: 18
14408 AAAAAAAAAG
*
14418 ATCATAACTATTTGAAATA
1 ATCATAACTATTT-AAACA
* *
14437 A--ATAATTGTTTAAACA
1 ATCATAACTATTTAAACA
14453 ATCATAACTATTTAAA
1 ATCATAACTATTTAAA
14469 AAATAAATTT
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 5, Indels: 5
0.71 0.14 0.14
Matches are distributed among these distances:
16 5 0.20
17 8 0.32
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19 1 0.04
ACGTcount: A:0.49, C:0.10, G:0.04, T:0.37
Consensus pattern (18 bp):
ATCATAACTATTTAAACA
Found at i:15280 original size:180 final size:179
Alignment explanation
Indices: 13983--19174 Score: 2820
Period size: 180 Copynumber: 28.8 Consensus size: 179
13973 ATTTCATTTT
* ** * * * * * *
13983 TATTATTAAATTAGTATTATCCTAATCCAAATAAGCTTTTATGAA-AAAATCAATTGTTTTTTAA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGA
* * * * * * * * *
14047 AAAATAATGATGATCATAATAATTTGAGATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACT
66 CAAACAA--AAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * *
14112 AGTTCGATAACA-A-ATTTAGTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTCAAAA
129 TGTTCGATAA-ATATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT-TAAA
* * * ** * * *
14159 TATTAAT-AATAAGTATTATTTTA-TCCTGAATAATTTTGTAAGAACAAAATA-ATTTATTTTAT
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAACAAAA-ACAATTGTTTTAT
*** * * * *
14221 GACAAAACAAAAGGTCATAATGTTTTAAAATAGATAATTGTTCAAATGGGCATGAACTATTTTGA
64 GAC-AAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCAT-AACTA-TTTG-
* * * * ** *** * * *
14286 AAACTAT-TT-GGTGAACAGATTTATTTTTTAGGTCTCCCACCTATTAAATTTCAGAA
125 -AACT-TGTTCGATAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTA-AA
* * * * * *
14342 TATTAATAAGTTAGTATTATTTTA-TTCTAAATAAACTTGTAAGAATAGAAACAATTCTTTTATG
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTAT-
* * * * * *
14406 GGA-AAAAAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTTAAACAATCATAACTATTT-AA-
64 -GACAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
*** * * * * * **
14468 ----AAAATAAATTTGTTTATTGAGCTTGCTCAATAAA-CAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACT
128 TTGTTCGATAAATATATTTATT----TT--T---TAAATC--TTTTACTTATT-AAT-TTTTAAA
** ** * *
14528 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAATTTGTATGAATAAAAACAATTGGTTTATGA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGA
* * * * * *
14593 CAAAACAAATA--TTATAACTA-TTGAAATAAATAATTGTTTAAATAGTTACAATTATTTGAA-T
66 C-AAACAAA-AGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * * * *
14654 ATGTTAGA-ATATATATTTATTTTTTAAAT-TTCTACATAGTAATTTTTGGAA
129 -TGTTCGATAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-AAA
* * * * * *
14705 TATTAATAATTTA-TA-TA-TTTATTT-AGAATAAGCTTGTATAAATATAAACAATTATTTAATG
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCA-AATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATG
* * * * * * *
14766 ACAAAACAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAGATAATTATTAAAATACTCAATAACTATTTAAAT
65 AC-AAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAAC
* * * *
14831 TTGTAT-GACAAATATATTCATTTTTTAAAT-TTCTTACTCATTAATTTTTTGAA
128 TTGT-TCGATAAATATATTTATTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAA-TTTTTAAA
* * ** * * *
14884 TATTAATAAATTTGTGTTATTTTATTTTGAATAAGCCTGTATGAACTAATACAATTGTTTTATGA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGA
* * * * * * * *
14949 TTAAACAAATGGTCATAA-AGATTTGAAATCAATAATTATT-TAATAGTTATGATTATTTGAACT
66 -CAAACAAAAGGTCATAACA-ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * *
15012 TGTTCAATAAACATATTCA-TTTTTATAAT-TTTTA-TTATTAATTGTTAAAA
129 TGTTCGATAAATATATTTATTTTTTA-AATCTTTTACTTATTAATT-TTTAAA
* * * * * * *
15062 TATTAATAAATTAATAGTATTTCAATCCAAAT-AGCTTGTATGAACAAAAATAATTATTTTATGA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGA
* *
15126 CAAGCAAAAGGTCATAACAATTT-AAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTA
66 CAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
* * * *
15190 TTCGATAAATAAATTTTTTTTTTAAATTCTTTTTACATATTAATTATTTTAA
131 TTCGATAAATATATTTATTTTTTAAA-TC-TTTTACTTATTAATT-TTTAAA
* * * * * * * *
15242 TATT-ATGAATTTGTATTACTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGCAAA-TATTATTTTATG
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACA-AAAACAATTGTTTTATG
* * * *
15305 ACAAAACAAAAGGTTTATAACGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
65 AC-AAACAAAAGG-TCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * * * * *
15370 TTGTTCAATAAACAGATTCATTTTTTAAATCTATTACTTATTAACTTTTAGAA
128 TTGTTCGATAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTA-AA
* * * * * *
15423 TTTTTAA-CAATTAGAATTATGTTATTTC-AATAAGCTTGTATGAACATAAACAATTGTTTTGTG
1 -TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATG
* * * * * * * * * *
15486 ATAAAACAAAAGGTTATAACTATTTAAAACAGATAATTGTTGAACTA-TCATAAATATTTGCA-T
65 A-CAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * ** * * * *
15549 TGGTCAAGCAACAGATTTATTTTTTAAAT-TTGTTGCTTATTACTTTTTATAA
129 TGTTCGATAAATATATTTATTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAATTTTTA-AA
* * *
15601 TATTAATAAATTAGCATTACTTTATTTCCAAATAAGAC-TGTAT----AAAAA-AATTATTTTAT
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-CAAATAAG-CTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTAT
* * * * * ** *
15660 GATAAAACAAATGGTCATAGCAATTTGAAAAAAATAATTGTTCAAATACTTGTAAATA-TTGAAC
64 GA-CAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * * * * *
15724 TAGTTAG-TAAACAAATTTATTTTTT-AAT-TCTTACTTATTAATTTTCAAAA
128 TTGTTCGATAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT-TAAA
* * * * * * *
15774 TATTAATGAATTAATATTA-TTTATTCCAAACAAACTTATTTGAACAAAAAC-ATTAGTTTTATG
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATT-GTTTTATG
* * * *
15837 ACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTACAAATAGTCATAATTA-TTGAACT
65 AC-AAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * * * *
15901 GGTTCGAAAAATAGAATTAGTTTTTTTAAATCTCTTACTGA-TAATTTTTGAAA
129 TGTTCGATAAATATATTTA--TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-AAA
* * *
15954 TATTAATAAATTA-T-TTATTTTATTCCAAATAAG-TTAGTA-GAATTGAAAAA-AATT-ATTTA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTT-GTATGAA--CAAAAACAATTGTTTTA
** ** * * * * *
16013 CAACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAAGAATTGTTCATATAGCCTTAACTATTTAAA
63 TGAC-AAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * * *
16078 TTTCGTTC-AGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTCATAA
127 CTT-GTTCGA-TAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTA-AA
* * * * * *
16133 TATTATTACATTAGTATTATTTTATTAT-GAATAAGCTTGTATGAACAGAAAGAATTGCTTTATG
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATG
* * *
16197 ACAGAACAAAAAGTTATAACAATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
65 ACA-AACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * ** * *
16262 GGTTC-AGTAAACAAATTTA-TTTTTAAATCTCCTACATATTAATTATTAAAA
129 TGTTCGA-TAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-TTTAAA
* * * ** *
16313 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAGGCTTATATGATGAAAAA-AATTATTTTATGA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGA
* * * * * * * * *
16377 -AAAAAAAAGTTCATAACGATTTGAAATAGATTATTTGTTCAAATGGCCCATAATTATTTAAAC-
66 CAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATA-AATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACT
* * * *
16440 TGATAT-GATAAACTGA-A-TTATGTTTTAAATCTATAACTTATCAATTTTTTAAA
129 TG-T-TCGATAAA-T-ATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTTAAA
* * *** * * ** *
16493 TATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATAAACGGAAGCAATTGTTTTATGA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGA
* * ** * * * *
16558 TAAAATAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTTTAAATAGTCATAACTATTTGAATT
66 -CAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTG-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * * * **
16623 TGTTTGAAAAACATATTTTATTTTTTAAAATTTTTTGCTTATTAATTTTTTGA
129 TGTTCGATAAATATA-TTTATTTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAA
* * * * * * * * **
16676 TGTTAATAAATTAGAATTATTTTATTT-GAATAAGCATGTATGAACTAAAACAACTATTTCAAAA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGA
* * * * * * * * * *
16740 CTAAAAAAAAGGCCAAAACGATTATTTAAAATAGATAATAGTTCAAATAGACATGATTATATGAA
66 C-AAACAAAAGGTCATAAC-A--ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * * **
16805 CTTGTTTGGTAAATAGA-TTATTTTTTTAAGTCTTCAACTTATTAATTTTTAGAA
127 CTTGTTCGATAAATATATTTA-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTA-AA
* * * * * * * *
16859 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAACTTTTATAAATAGAAACAATTGCTTTATGA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGA
* * * ** * * * *
16924 TAAAAAAAAAGATCATAATGACTTGAAATAAATAATTATTTCAAATGGTCATAACAATTTGAACT
66 -CAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATT-GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * *
16989 TGCTCAAT-AACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTAATAA-TTTTAAA
129 TGTTCGATAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAA
* * ** * * ** * *
17038 GTATTAATAAATTAATGTTATTTTATTTTGAATGAGCTTGTTTGAGTAGAATA-AA-TGATTTAT
1 -TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACA-AAAACAATTGTTTTAT
* ** * ** * *
17101 GACCAAAACAAATGGTCATAATGA-TTGAAATAGATAATTACTC-TATAGTCATAATTATTTGAA
64 GA-C-AAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
*
17164 -TGTGTTTAGA-AAATATA--T-TTTTTT-AAT-TTTTACTTATTAATTTTTGAAA
127 CT-TG-TTCGATAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-AAA
* * * * **
17213 TATTAATAAATCTA-TATTATTTTA-TTCAAAATAAGCTTGCATCAATAGAGCCAATTGTTTTAT
1 TATTAATAAAT-TAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTAT
*** * * * * * * * *
17276 GACAAAACAAAAGGTCATAATGTTTTGAAATAGATAATTTTTTAGATACTCATAATTATTTTAAT
64 GAC-AAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * * * **
17341 TTGTT-TAGTAAACATATTCATTTTTTTAATTCACTTACTCT-TTAATTTTTGAAA
128 TTGTTCGA-TAAATATATTTA-TTTTTTAAATCTTTTACT-TATTAATTTTT-AAA
* * * * *
17395 TATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCCTATATGAACTAAAACAATTGTTTTATTA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGA
* * ** * * **
17460 CAAAACAAATGGTCACAATGATTTGAAAAAAGATAATTATTCAAATAGTCATGGCTATTTGAACT
66 C-AAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAA-ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * ***
17525 TATTCGATAAACATATTTATTTTTT-AATCTTTTAGTTATTAATCATCCAAAA
129 TGTTCGATAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAAT--TTTTAAA
* * * * * * * *
17577 TATTAATAAATTAATATTA-TTTAATCCTAATAAGCCTGTCT-AA-ATAGAACAATTGGTTTATG
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACA-AAAACAATTGTTTTATG
* * * * * * * *
17639 ATATAACAAAAAGTCAAAACAATTTAAAATAAATAATTGTTTAAATAATCATAACAATTTAAACT
65 ACA-AACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * *
17704 TGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTATTTATTAGTTGTCTT-AA
129 TGTTCGATAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-T-TTAAA
* * * * ** * *
17756 TATTAGTAAATTTA-TATTA-TTTATTTGAAATAAGCTTATGTGTTCAAATA-AATTATTTTAT-
1 TATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATG
* * * *** * * *
17817 ATTAAAACAAAAGTTTTATAGTGATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAA
65 A--CAAACAAAAG-GTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* *
17882 CTTATTCGATAAACT-TA--T-TTTTTTAAATCTTTTAATTATTAATTTTTAAAA
127 CTTGTTCGATAAA-TATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-AAA
* * * * * *
17933 TATTAATAACTTAGTATTA-TTTATTTCGAATAAGCTTATATCAAC--TAA-ATTTGTTTT-TGA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGA
* * * *
17993 CAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA-GACTATTT-AATCT
66 C-AAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CT
* * * * *
18056 AGTTTGGTAAATATATTTAATTTTTT-AATTTTTTACTTATTAATTGTTGAAA
129 TGTTCGATAAATATATTT-ATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-TTTAAA
* * *
18108 TATTAGTAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTAGATGAAATAATTTTGTATGA-ATAGA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGC-T---TG---T-A---TG-A--ACA-A-A
* * * ** *** * *
18172 AACAATTGTTTTACGATAAAACAAAATGTCATAATGATTTG-AATTGGTAATAGTTCAAAT-GGC
50 AACAATTGTTTTATGA-CAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTC
* * * * * *
18235 ATGGACTATTTGAAACCTCTAGTTC-AGCAAATAAATTTATTTTTTTAAA--ATTT-C-CAATAA
114 AT-AACTATTTG-AA-CT-T-GTTCGA-TAAATATATTTA-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA
*
18295 TTTTTTGAA
172 -TTTTTAAA
* * * *
18304 TATTAATAAATTAGTATTGTTTTATTTCAAATAA-ATTGTATGAATAAAAATTAAATTGTTTTAT
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAA--CAATTGTTTTAT
* * * * *
18368 GATAAAACCAAAAAGATCATAACAATTTTGAAATAAATAATTATTTAAATAG-CATAACAATTTG
64 GA-CAAA-C-AAAAGGTCATAACAA-TTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * * * * *
18432 AAACTCGCTCCGGTAAACAGATTTATTTTTAAAATC-TTTACTTATTAATTTTTAGAA
125 -AACTTG-TTCGATAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTA-AA
*
18489 -ATTTAATAAAATTAGTTATTATTTTA-TTCTAAAT-AGCCTTTTATGAACAAAAACAATTAG-T
1 TA-TTAAT-AAATTAG-TATTATTTTATTTC-AAATAAG-CTTGTATGAACAAAAACAATT-GTT
* * *
18550 TTATGACAAA-ACAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT
60 TTATGACAAACA-AAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * * * *
18614 GAACGTGTTCAAAAAATATATTTA-TTTTTAAA-ATTTTGCTTATTAATTTTTGGAA
124 GAACTTGTTCGATAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-AAA
* * * **
18669 TATTAGTCAATTTA-TATTATTTTA-TTCAGAATAAGCTTGTATGAATAGGAACAATTGTTTTAT
1 TATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTTCA-AATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTAT
* *
18732 GACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAAC
64 GAC-AAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * * * * **
18797 TTGTT-TAGTAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAAGTTTTGGAA
128 TTGTTCGA-TAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTTAAA
* * * *
18850 TATTAAT--A--A--ATTATTTTATTTCAAATAAGCCTAG-ATGAACTAATACAATTGTTTTTTG
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAG-CTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATG
* * * * * *
18908 ATGAAACAAAAGGTCATAATGACTTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTTATTACTATTTGAAC
65 A-CAAACAAAAGGTCATAA-CAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * * **
18973 TTGTTTGGTAAATATA-TTATTTTTTAAATCTTTACTTTTAATTATTAAATTGTCCAAAA
128 TTGTTCGATAAATATATTTATTTTTTAAA----T-CTTTTACTTATT-AATT-T-TTAAA
* * * * *
19032 TATTAATAAATTAATATTA-TTTAATCCAAATAA-CTTGTATGAACAAAAATAATTATTTTATGA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGA
* * * **
19095 TAGAA-AAAA-GTAAAAATGATTTG-AATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTTGAACT
66 CA-AACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA-TTTGAACT
* * *
19157 TATTCGGTAAATAGATTT
129 TGTTCGATAAATATATTT
19175 GAAATAAACT
Statistics
Matches: 3870, Mismatches: 847, Indels: 590
0.73 0.16 0.11
Matches are distributed among these distances:
170 1 0.00
171 12 0.00
172 23 0.01
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175 310 0.08
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189 10 0.00
190 3 0.00
191 2 0.00
193 5 0.00
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198 4 0.00
199 18 0.00
200 2 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (179 bp):
TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGA
CAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
TTCGATAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAA
Found at i:16322 original size:712 final size:712
Alignment explanation
Indices: 14731--16402 Score: 1615
Period size: 712 Copynumber: 2.3 Consensus size: 712
14721 ATTTATTTAG
* * * * * * * *
14731 AATAAGCTTGTATAAATATAAACAATT-ATTTAATGACAAAACAAAAGGTCAAAACAATTTGAAA
1 AATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGCTTT-ATGACAAAACAAAAAGTTATAACAATTTAAAA
* * * * * * * * *
14795 TAGATAATTATTAAAATACTCAATAACTATTTAAATTTGT-ATGACAA-ATATATTCATTTTTTA
65 CAGATAATTGTTCAAATA-TC-ATAAATATTTGAACTGGTCAAGA-AACA-A-ATTTATTTTTTA
* * * ** * ** * *** *
14858 AATTTCTTAC-TCATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTTGTGTTATTTTATTTTGAATAAGCCT
125 AATCTCCTACAT-ATTAATTATTAAAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTCCAAATAAGACT
* * **
14922 GTATGAACTAATACAATTGTTTTATGATTAAACAAATGGTCATAAAGATTTGAAATCAATAATTA
189 GTAT-AA--AA-A-AATTATTTTATGATAAAACAAATGGTCATAAAGATTTGAAAAAAATAATTA
* * * * * * *
14987 TTTAATAGTTATGATTATTTGAACTTGTTCAATAAACATATTCATTTTTATAATTTTTATTATTA
249 TTAAATACTTATAAATATTTGAACTAGTTCAATAAACAAATTCATTTTTATAATTCTTATTATTA
* * *
15052 ATTGTTAAAATATTAATAAATTAATAGTATTTCAATCCAAATAGCTTGTATGAACAAAAATAATT
314 ATTGTTAAAATATTAATAAATTAATAGTATTTCAATCCAAAAAACTTATATGAACAAAAATAATT
* *
15117 ATTTTATGACAAGCAAAAGGTCATAACAATTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
379 ATTTTATGACAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAATAAATAATTGTACAAATAGTCATAACTATT
* * * * *
15182 TGAACTTATTCGATAAATAAATTTTTTTTTTAAATTCTTTTTACATATTAATTATTTTAATATTA
444 TGAACTGATTCGAAAAATAAATTGTTTTTTTAAATTCTTCTTACATATTAATTATTTAAATATTA
* * ** * * **
15247 TGAATTTGTATTACTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGCAAATATTATTTTATGACAAAAC
509 TGAAATTATATTACTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTATTTTACAACAAAAC
* * * * *
15312 AAAAGGTTTATAACGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCA
574 AAAAGGTTCATAACGATTTAAAATAAAGAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTAAACTTGTTCA
15377 ATAAACAGATTCATTTTTTAAATCTATTACTTATTAACTTTTAGAATTTTTAACAATTAGAATTA
639 ATAAACAGATTCATTTTTTAAATCTATTACTTATTAACTTTTAGAATTTTTAACAATTAGAATTA
15442 TGTTATTTC
704 TGTTATTTC
* * * * * *
15451 AATAAGCTTGTATGAACATAAACAATTGTTTTGTGATAAAACAAAAGGTTATAACTATTTAAAAC
1 AATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAACAATTTAAAAC
* * * * * * * *
15516 AGATAATTGTTGAACTATCATAAATATTTGCATTGGTCAAGCAACAGATTTATTTTTTAAATTTG
66 AGATAATTGTTCAAATATCATAAATATTTGAACTGGTCAAGAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC
* * * * * *
15581 TTGCTTATTACTTTTTATAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTTCCAAATAAGACTGTATAA
131 CTACATATTAATTATTAAAATATTAATAAATTAGCATTACTTTA-TTCCAAATAAGACTGTATAA
* *
15646 AAAAATTATTTTATGATAAAACAAATGGTCATAGCA-ATTTGAAAAAAATAATTGTTCAAATACT
195 AAAAATTATTTTATGATAAAACAAATGGTCATA-AAGATTTGAAAAAAATAATTATT-AAATACT
* * *
15710 TGTAAATA-TTGAACTAGTT-AGTAAACAAATTTATTTTT-TAATTCTTACTTATTAATT-TTCA
258 TATAAATATTTGAACTAGTTCAATAAACAAATTCATTTTTATAATTCTTA-TTATTAATTGTT-A
* * * * *
15771 AAATATTAATGAATTAATATTATTT-ATTCCAAACAAACTTATTTGAACAAAAA-CATTAGTTTT
321 AAATATTAATAAATTAATAGTATTTCAATCCAAA-AAACTTATATGAACAAAAATAATTA-TTTT
* * *
15834 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTACAAATAGTCATAATTA-TTGA
384 ATGAC-AAACAAAAGGTCATAACAATTT-AAATAAATAATTGTACAAATAGTCATAACTATTTGA
*
15898 ACTGGTTCGAAAAATAGAATTAGTTTTTTTAAA-TC-TCTTAC-TGA-TAATT-TTTGAAATATT
447 ACTGATTCGAAAAATA-AATT-GTTTTTTTAAATTCTTCTTACAT-ATTAATTATTT-AAATATT
* *
15958 AAT-AAATTAT-TTATTTTATTCCAAATAAG-TTAGTA-GAATTGAAAAAAATTA-TTTACAACA
508 -ATGAAATTATATTACTTTATTCCAAATAAGCTT-GTATGAATAG-AAAAAATTATTTTACAACA
* * * * *
16018 AAACAAAAGG-TCATAATGATTTGAAATAAAGAATTGTTCATATAGCCTTAACTATTTAAATTTC
570 AAACAAAAGGTTCATAACGATTTAAAATAAAGAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTAAACTT-
* * * * * *
16082 GTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAA-TTTTCATAATATTATT-AC-AT
634 GTTCAATAAACAGATTCATTTTTTAAATCTATTACTTATTAACTTTT-AGAAT-TT-TTAACAAT
* * *
16144 TAGTATTATTTTATTATG
696 TAGAATTATGTTATT-TC
* * * *
16162 AATAAGCTTGTATGAACAGAAAGAATTGCTTTATGACAGAACAAAAAGTTATAACAATTTGAAAT
1 AATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAACAATTTAAAAC
* *
16227 ATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTC-AGTAAACAAATTTA-TTTTTAAAT
66 AGATAATTGTTCAAATA-TCATAAATATTTGAACTGG-TCAAG-AAACAAATTTATTTTTTAAAT
* * * *
16290 CTCCTACATATTAATTATTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAAT-AGGCTTATA
128 CTCCTACATATTAATTATTAAAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTCCAAATAAGAC---TG
* * *
16354 TGATGAAAAAAATTATTTTATGA-AAAA-AAAAGTTCATAACGATTTGAAA
190 T-AT-AAAAAAATTATTTTATGATAAAACAAATGGTCATAAAGATTTGAAA
16403 TAGATTATTT
Statistics
Matches: 786, Mismatches: 132, Indels: 75
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
709 47 0.06
710 83 0.11
711 132 0.17
712 156 0.20
713 130 0.17
714 52 0.07
715 30 0.04
717 52 0.07
718 31 0.04
719 5 0.01
720 65 0.08
721 3 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (712 bp):
AATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAACAATTTAAAAC
AGATAATTGTTCAAATATCATAAATATTTGAACTGGTCAAGAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC
CTACATATTAATTATTAAAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTCCAAATAAGACTGTATAAA
AAAATTATTTTATGATAAAACAAATGGTCATAAAGATTTGAAAAAAATAATTATTAAATACTTAT
AAATATTTGAACTAGTTCAATAAACAAATTCATTTTTATAATTCTTATTATTAATTGTTAAAATA
TTAATAAATTAATAGTATTTCAATCCAAAAAACTTATATGAACAAAAATAATTATTTTATGACAA
ACAAAAGGTCATAACAATTTAAATAAATAATTGTACAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCG
AAAAATAAATTGTTTTTTTAAATTCTTCTTACATATTAATTATTTAAATATTATGAAATTATATT
ACTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTATTTTACAACAAAACAAAAGGTTCATA
ACGATTTAAAATAAAGAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTAAACTTGTTCAATAAACAGATTC
ATTTTTTAAATCTATTACTTATTAACTTTTAGAATTTTTAACAATTAGAATTATGTTATTTC
Found at i:18778 original size:179 final size:177
Alignment explanation
Indices: 14012--19157 Score: 2362
Period size: 182 Copynumber: 28.6 Consensus size: 177
14002 TCCTAATCCA
* * * * * * * *
14012 AATAAGCTTTTATGAA-AAAATCAATTGTTTT-TTAAAAAATAATGATGATCATAATAATTTGAG
1 AATAAGCTTGTATGAATAAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAA--AAGGTCATAACAATTTGAA
* * * *
14075 ATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTAGTTCGATAACA-A-ATTTAGTTTTT-A
63 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAA-ATATATTTA-TTTTTAA
* * * * *
14137 AA-TCT-CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAA-TAAGTATTATTTTATCCTG
126 AATTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAATTTA-TATTATTTTATTCAG
** * * * * *** *
14187 AATAATTTTGTAAGAACAAAATAATTTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGTTTTAAAAT
1 AATAAGCTTGTATGAATAAAACAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAAT
* * ** * * * *
14252 AGATAATTGTTCAAATGGGCATGAACTATTTTGAAAACTAT-TT-GGTGAACAGATTTATTTTTT
65 AGATAATTGTTCAAATAGTCAT-AACTA-TTTG--AACT-TGTTCAATAAATATATTTATTTTTA
** ** * * * * *
14315 AGGTCTCCCACCTATTAAATTTCAGAATATTAATAAGTTAGTATTATTTTATTCTA-
125 AAAT-T-TTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAATTTA-TATTATTTTATTC-AG
* * * ** * * *
14371 AATAAACTTGTAAGAATAGAAACAATTCTTTTATGGGAAAAAAAAAGATCATAACTATTTGAAAT
1 AATAAGCTTGTATGAATA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAAT
* * * * **** * *** * *
14436 AAATAATTGTTTAAACAATCATAACTATTT-AA-AAAATAAATTTGTTTATTGAGCTTGCTCAAT
65 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAATATATTTA--TT--T---T
* * * * ** * **
14499 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTT-ACTTATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG
123 TAA-AATTTTACTTATT-AAT-TTTTAAAATATTAATAATTTA-TATTATTTTATTCAG
** * * *
14557 AATAAATTTGTATGAATAAAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAATA--TTATAACTA-TTGAAA
1 AATAAGCTTGTATGAAT-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAACAATTTGAAA
* * * * * * *
14619 TAAATAATTGTTTAAATAGTTACAATTATTTGAA-TATGTT-AGA-ATATATATTTATTTTTTAA
64 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTCA-ATAAATATATTTATTTTTAAA
* * ** *
14681 ATTTCTACATAGTAATTTTTGGAATATTAATAATTTATA-TA-TTTATTTAG
127 ATTT-TACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAATTTATATTATTTTATTCAG
* * * *
14731 AATAAGCTTGTATAAATATAAACAATTATTTAATGACAAAACAAAAGGTCAAAACAATTTGAAAT
1 AATAAGCTTGTATGAATA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAAT
* * * * * * * *
14796 AGATAATTATTAAAATACTCAATAACTATTTAAATTTGTAT-GACAAATATATTCATTTTTTAAA
65 AGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTTGT-TCAATAAATATATTTA-TTTTTAAA
* * ** * * **
14860 TTTCTTACTCATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTTGTGTTATTTTATTTTG
127 ATT-TTACTTATTAATTTTTAAAATATTAAT-AATTTATATTATTTTATTCAG
* * ** *
14913 AATAAGCCTGTATGAACTAATACAATTGTTTTATGATTAAACAAATGGTCATAA-AGATTTGAAA
1 AATAAGCTTGTATGAA-TAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA-ATTTGAAA
* * * * * * *
14977 TCA-ATAATTATT-TAATAGTTATGATTATTTGAACTTGTTCAATAAACATATTCATTTTTATAA
64 T-AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAATATATTTATTTTTA-AA
* * * * * *
15040 TTTTTA-TTATTAATTGTTAAAATATTAATAAATTAATAGTATTTCAATCCA-
127 ATTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAAT-AATTTATATTATTT-TATTCAG
* * * *
15091 AAT-AGCTTGTATGAACAAAAATAATTATTTTATGAC-AAGCAAAAGGTCATAACAATTT-AAAT
1 AATAAGCTTGTATGAA-TAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAAT
* * * * *
15153 AAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGATAAATAAATTTTTTTTTTAAATT
65 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAATATA-TTTATTTTTAAA--
* * * * * *
15218 CTTTTTACATATTAATTATTT-TAATATT-ATGAATTTGTATTACTTTATT-TG
127 -ATTTTACTTATTAATT-TTTAAAATATTAAT-AATTTATATTATTTTATTCAG
* * * * *
15269 AAATAAGCTTGTATGAATAGCAAA-TATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTTATAACGATTTAA
1 -AATAAGCTTGTATGAATA--AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG-TCATAACAATTTGA
* * * *
15333 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACAGATTCATTTTTTAA
62 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAATATATTTATTTTTAAA
* * * * * *
15398 ATCTATTACTTATTAACTTTTAGAATTTTTAACAA-TTAGAATTATGTTATTTC--
127 AT-T-TTACTTATTAATTTTTA-AAATATTAATAATTTA-TATTATTTTA-TTCAG
* * * * * * *
15451 AATAAGCTTGTATGAACATAAACAATTGTTTTGTGATAAAACAAAAGGTTATAACTATTTAAAAC
1 AATAAGCTTGTATGAATA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAAT
* * * * * ** * * *
15516 AGATAATTGTTGAACTA-TCATAAATATTTGCA-TTGGTCAAGCAACAGATTTATTTTTTAAATT
65 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAATATATTTA-TTTTTAAAAT
* * * * * *
15579 TGTTGCTTATTACTTTTTATAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTTCCA-
129 T-TTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAATTTA-TATTATTTTA-TT-CAG
* * * * *
15631 AATAAGAC-TGTAT--A-AAAA-AATTATTTTATGATAAAACAAATGGTCATAGCAATTTGAAAA
1 AATAAG-CTTGTATGAATAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAAT
* * ** * * * * * *
15691 AAATAATTGTTCAAATACTTGTAAATA-TTGAACTAGTT-AGTAAACAAATTTATTTTT-TAATT
65 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAATATATTTATTTTTAAAATT
* *
15753 CTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATGAATTAATATTA-TTTATTCCA-
130 -TTACTTATTAATTTTTAAAATATTAAT-AATTTATATTATTTTATT-CAG
* * * * * *
15802 AACAAACTTATTTGAACAAAA-ACATTAGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA
1 AATAAGCTTGTATGAATAAAACA-ATT-GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAA
* * * * * *
15866 TAGATAATTGTACAAATAGTCATAATTA-TTGAACTGGTTCGAA-AAATAGAATTAGTTTTTTTA
64 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC-AATAAATATATTTA--TTTTTAA
* * *
15929 AATCTCTTACTGA-TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAT-TTATTTTATTCCA-
126 AAT-T-TTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAATTTATATTATTTTATT-CAG
* * ** **
15981 AATAAG-TTAGTA-GAATTGAAAAAAATT-ATTTACAACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA
1 AATAAGCTT-GTATGAA-T-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAA
* * * * * * * * * *
16043 ATAAAGAATTGTTCATATAGCCTTAACTATTTAAATTTCGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAA
63 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCAATAAATATATTTATTTTTAAA
* * * *
16108 ATCTCTTAGTTATTAATTTTCATAATATTATTACA-TTAGTATTATTTTATT-ATG
127 AT-T-TTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATA-ATTTA-TATTATTTTATTCA-G
* * * * * *
16162 AATAAGCTTGTATGAACAGAAAGAATTGCTTTATGACAGAACAAAAAGTTATAACAATTTGAAAT
1 AATAAGCTTGTATGAATA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAAT
* * * * *
16227 ATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAACAAATTTATTTTT-AAATC
65 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAATATATTTATTTTTAAAAT-
* * * *
16291 TCCTACATATTAATTATTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCA-
129 T-TTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAATTTA-TATTATTTTATT-CAG
* * * * * *
16342 AATAGGCTTATATG-ATGAAAAAAATTATTTTATGA-AAAA-AAAAGTTCATAACGATTTGAAAT
1 AATAAGCTTGTATGAAT-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAAT
* * * * * *
16404 AGATTATTTGTTCAAATGGCCCATAATTATTTAAAC-TGATAT-GATAAACTGA-A-TTATGTTT
65 AGA-TAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTTG-T-TCAATAAA-T-ATATTTAT-TTT
* * * * * **
16465 T-AAATCTATAACTTATCAATTTTTTAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTG
123 TAAAAT-T-TTACTTATTAATTTTTAAAATATTAAT-AATTTATATTATTTTATTCAG
* * * ** * * * ** *
16522 GATAAGCTTTTATAAACGGAAGCAATTGTTTTATGATAAAATAAAAGGTCATAATGATTTTAAAT
1 AATAAGCTTGTATGAA-TAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAAT
* * * *
16587 AGATAATTGTTTTAAATAGTCATAACTATTTGAATTTGTTTGAA-AAACATATTTTATTTTTTAA
65 AGATAATTG-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCAATAAATATA-TTTA-TTTTTAA
* ** * * * *
16651 AATTTTTTGCTTATTAATTTTT-TGATGTTAATAAATTAGAATTATTTTATT-TG
126 AA--TTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAATTTA-TATTATTTTATTCAG
* * * * ** * * *
16704 AATAAGCATGTATGAACTAAAACAACTATTTCAAAACTAAAA-AAAAGGCCAAAACGATTATTTA
1 AATAAGCTTGTATGAA-TAAAACAATTGTTTTATGAC-AAAACAAAAGGTCATAAC-A--ATTTG
* * * * * *** * *
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* * * * *
16832 AAGTCTTCAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCG
125 AAAT-TT-TACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAATTTA-TATTATTTTATTCAG
* * * * * * * ** *
16888 AATAAACTTTTATAAATAGAAACAATTGCTTTATGATAAAAAAAAAGATCATAATGACTTGAAAT
1 AATAAGCTTGTATGAATA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAAT
* * * * * *
16953 AAATAATTATTTCAAATGGTCATAACAATTTGAACTTGCTCAAT-AACATATTTATTTTTTAAAT
65 AGATAATT-GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAATATATTTA-TTTTTAAA-
* * * * * **
17017 CTTTTACTTAATAA-TTTTAAAGTATTAATAAATTAATGTTATTTTATTTTG
127 ATTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAAT-AATTTATATTATTTTATTCAG
* * * * * * * * **
17068 AATGAGCTTGTTTGAGTAGAATAAATGATTTATGACCAAAACAAATGGTCATAATGA-TTGAAAT
1 AATAAGCTTGTATGAATAAAACAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAAT
** * * * *
17132 AGATAATTACTC-TATAGTCATAATTATTTGAA-TGTGTTTAGA-AAATATA-TT-TTTTT-AAT
65 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTCA-ATAAATATATTTATTTTTAAAA
* * *
17191 TTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATCTATATTATTTTATTCAA
128 TTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAAT-AATTTATATTATTTTATTCAG
* * ** ***
17242 AATAAGCTTGCATCAATAGAGCCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGTTTTGAAAT
1 AATAAGCTTGTATGAATA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAAT
* * * * * * * * * * * **
17307 AGATAATTTTTTAGATACTCATAATTATTTTAATTTGTTTAGTAAACATATTCATTTTTTTAATT
65 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAATATATTTATTTTTAAAATT
* *
17372 CACTTACTCT-TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCA-
130 ---TTACT-TATTAATTTTTAAAATATTAAT-AATTTATATTATTTTA-TTCAG
* * * * * **
17424 AATAAGCCTATATGAACTAAAACAATTGTTTTATTACAAAACAAATGGTCACAATGATTTGAAAA
1 AATAAGCTTGTATGAA-TAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTG-AAA
* * ** * * * **
17489 AAGATAATTATTCAAATAGTCATGGCTATTTGAACTTATTCGATAAACATATTTATTTTTTAATC
64 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAATATATTTA-TTTTTAAAA
* * ** * * **
17554 TTTTAGTTATTAATCATCCAAAATATTAATAAATTAATATTA-TTTAATCCT
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* * * * * * * * * *
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1 AATAAGCTTGTATGAATAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATA
* * * * * * * *
17670 AATAATTGTTTAAATAATCATAACAATTTAAACTTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCT
66 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAATATATTTA-TTTTTAAA-AT
* * * *
17735 TTTATTTATTAGTTGTCTT--AATATTAGTAAATTTATATTA-TTTATT-TG
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* * * * * * * *** *
17783 AAATAAGCTTATGTG-TTCAAATA-AATTATTTTAT-ATTAAAACAAAAGTTTTATAGTGATTTC
1 -AATAAGCTTGTATGAAT-AAA-ACAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAG-GTCATAACAATTTG
* * *
17845 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTATTCGATAAACT-TA-TT-TTTTTA
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* * *
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* * * *
17961 AATAAGCTTATATCAACT--AA-ATTTGTTTT-TGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAAT
1 AATAAGCTTGTATGAA-TAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAAT
* * * *** *
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* * * * * *
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* * * * ** *
18137 AATAAGC-T-TA-G-ATGAAATAATT-TTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTACGATAAAACAAA
1 AATAAGCTTGTATGAATAAAACAATTGTTTTATG-ACA-AAACAAAAG--GT-C-AT--AAC--A
* * * * *
18197 ATGTCATAATGATTTGAATTGGTAATAGTTCAAAT-GGCATGGACTATTTGAAACCTCTAGTTCA
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** * * * ** * *
18261 GCAAATAAATTTATTTTTTTAAAA-TTT-C-CAATAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTG
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18323 TTTTATTTCA-
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* * * *
18333 AATAA-ATTGTATGAATAAAAATTAAATTGTTTTATGATAAAACCAAAAAGATCATAACAATTTT
1 AATAAGCTTGTATGAAT-AAAA--CAATTGTTTTATGACAAAA-C-AAAAGGTCATAACAA-TTT
* * * * * * ** * *
18397 GAAATAAATAATTATTTAAATAG-CATAACAATTTGAAACTCGCTCCGGTAAACAGATTTATTTT
60 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG-AACTTG-TTCAATAAATATATTTATTTT
*
18461 TAAAATCTTTACTTATTAATTTTTAGAAAT-TTAATAAAATTAGTTATTATTTTATTCTA-
123 TAAAAT-TTTACTTATTAATTTTTA-AAATATTAAT-AATTTA--TATTATTTTATTC-AG
* * *
18520 AAT-AGCCTTTTATGAACAAAAACAATTAG-TTTATGACAAAAC-AAAGGTTATAACAATTTGAA
1 AATAAG-CTTGTATGAA-TAAAACAATT-GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAA
* * *
18582 ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACGTGTTCAAAAAATATATTTATTTTTAAAA
63 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAATATATTTATTTTTAAAA
* ** *
18647 TTTTGCTTATTAATTTTTGGAATATTAGTCAATTTATATTATTTTATTCAG
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*
18698 AATAAGCTTGTATGAATAGGAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAAT
1 AATAAGCTTGTATGAATA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAAT
* * * * * *
18763 AGATAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAATAGATTCATTTTTTAAATC
65 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAATATATTTATTTTTAAAAT-
* * **
18828 TCTTACTCATTAAGTTTTGGAATATTAAT-A---A-ATTATTTTATTTCA-
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* * * ** * *
18873 AATAAGCCTAG-ATGAACTAATACAATTGTTTTTTGATGAAACAAAAGGTCATAATGACTTTGAA
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* * * * *** *
18937 ATAAATAATTATTCAAATAGTTATTACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATATA-TTATTTTTTAAA
63 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAATATATTTATTTTTAAAA
* * *
19001 TCTTTACTT-TTAATTATTAAATTGTCCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTAATCCA-
128 T-TTTACTTATT-A--ATT---TT-T--AAAATATTAAT-AATTTATATTATTTTATTCAG
* * * * * * * **
19060 AATAA-CTTGTATGAACAAAAATAATTATTTTATGATAGAA-AAAA-GTAAAAATGATTTG-AAT
1 AATAAGCTTGTATGAA-TAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAAT
*
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GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAATATATTTATTTTTAAAATTT
TACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAATTTATATTATTTTATTCAG
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* * * * *
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* * *** * * * * * *
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* * ** * *
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* *
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* * ** * * * *
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* *
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*
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*
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* ** * * * *
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* *
18961 TACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATATATTATTTTTTAAATCTTTACT
65 AACTATTTGAACTTGTTTAGTAAATATATTATTTTTTAAATCTTTACT
19009 TTTAATTATT
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Consensus pattern (176 bp):
AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTAATA
ACTATTTGAACTTGTTTAGTAAATATATTATTTTTTAAATCTTTACTCATTAAGTTTTGGAATAT
TATCAATTAAATTATTTTATTCAGAATAAGCTAGTATGAATAGAAC
Found at i:20385 original size:29 final size:28
Alignment explanation
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20342 ATAATATGGA
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*
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* *
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Statistics
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0.72 0.06 0.22
Matches are distributed among these distances:
25 8 0.14
26 9 0.15
27 19 0.32
28 8 0.14
29 14 0.24
30 1 0.02
ACGTcount: A:0.47, C:0.02, G:0.03, T:0.49
Consensus pattern (28 bp):
ATTATTATTTATAATATAATGTAAATAT
Found at i:20425 original size:25 final size:26
Alignment explanation
Indices: 20397--20451 Score: 67
Period size: 25 Copynumber: 2.2 Consensus size: 26
20387 TTTATAAACT
*
20397 ATATTATATATAAGTAATATTT-ATA
1 ATATTATAAATAAGTAATATTTAATA
* * *
20422 ATATTGTAAATAATTATTATTTAATA
1 ATATTATAAATAAGTAATATTTAATA
20448 ATAT
1 ATAT
20452 ATTAATTTCT
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 4, Indels: 1
0.83 0.13 0.03
Matches are distributed among these distances:
25 18 0.72
26 7 0.28
ACGTcount: A:0.47, C:0.00, G:0.04, T:0.49
Consensus pattern (26 bp):
ATATTATAAATAAGTAATATTTAATA
Found at i:20433 original size:18 final size:19
Alignment explanation
Indices: 20366--20438 Score: 61
Period size: 18 Copynumber: 4.1 Consensus size: 19
20356 TTATCTTATA
20366 ATATA-ATGTAAATATATT
1 ATATATATGTAAATATATT
*
20384 ATAT-T-TATAAACTATATT
1 ATATATATGTAAA-TATATT
*
20402 ATATATAAGT-AATAT-TT
1 ATATATATGTAAATATATT
20419 ATA-ATATTGTAAATA-ATT
1 ATATATA-TGTAAATATATT
20437 AT
1 AT
20439 TATTTAATAA
Statistics
Matches: 44, Mismatches: 4, Indels: 14
0.71 0.06 0.23
Matches are distributed among these distances:
16 3 0.07
17 12 0.27
18 25 0.57
19 3 0.07
20 1 0.02
ACGTcount: A:0.48, C:0.01, G:0.04, T:0.47
Consensus pattern (19 bp):
ATATATATGTAAATATATT
Found at i:20470 original size:22 final size:21
Alignment explanation
Indices: 20444--20498 Score: 60
Period size: 22 Copynumber: 2.6 Consensus size: 21
20434 ATTATTATTT
*
20444 AATAATATATTAATTTCTAAA
1 AATAATATATTAATTTATAAA
*
20465 ATATAATA-ATATAATTTATTAA
1 A-ATAATATAT-TAATTTATAAA
20487 AATAAT-TATTAA
1 AATAATATATTAA
20499 ATAATATAAT
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 2, Indels: 7
0.76 0.05 0.18
Matches are distributed among these distances:
20 3 0.10
21 10 0.34
22 16 0.55
ACGTcount: A:0.55, C:0.02, G:0.00, T:0.44
Consensus pattern (21 bp):
AATAATATATTAATTTATAAA
Found at i:20509 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 20469--20517 Score: 52
Period size: 16 Copynumber: 3.2 Consensus size: 16
20459 TCTAAAATAT
20469 AATAATATAATTTATT-
1 AATAATATAA-TTATTA
20485 -A-AA-ATAATTATTA
1 AATAATATAATTATTA
20498 AATAATATAATTATTTA
1 AATAATATAATTA-TTA
20515 AAT
1 AAT
20518 TGTTTATTTA
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 0, Indels: 9
0.76 0.00 0.24
Matches are distributed among these distances:
12 5 0.18
13 4 0.14
14 3 0.11
15 3 0.11
16 7 0.25
17 6 0.21
ACGTcount: A:0.55, C:0.00, G:0.00, T:0.45
Consensus pattern (16 bp):
AATAATATAATTATTA
Done.