Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019168432.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_645, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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tuple sizes 0,4,5,7
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Found at i:142 original size:45 final size:45
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Indices: 3--3930 Score: 5072
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1 GA
3 CACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGC-GGCGGTTGCCTCGAG
1 CACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGAG
*
47 CACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGC-GG-GGTTGCCTCGAC
1 CACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGAG
90 CACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGAG
1 CACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGAG
135 CACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGC-GGCGGTTGCCTCGA-
1 CACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGAG
* * *
178 CCCCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGCTTGCCTCGAC
1 CACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGAG
223 CACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGC--GCAGGTTGCCTCGAG
1 CACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGC-GGTTGCCTCGAG
267 CACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGAG
1 CACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGAG
* *
312 CACCATCGGCACACACTGGGCCCTGGTGC-GG-GGTTGCCTCGAC
1 CACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGAG
355 CACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGAG
1 CACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGAG
400 CACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGC-GGCGGTTGCCTCGA-
1 CACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGAG
* * *
443 CCCCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGCTTGCCTCGAC
1 CACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGAG
488 CACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGAG
1 CACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGAG
533 CACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGAG
1 CACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGAG
* *
578 CACCATCGGCACACACCGGGCCCTGGT---GG-GGTTGCCTCGAG
1 CACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGAG
*
619 CACCATCGGCACACGTTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGAG
1 CACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGAG
664 CACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGAG
1 CACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGAG
*
709 CACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGC-GG-GGTTGCCTCGAC
1 CACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGAG
752 CACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGG-T---T---G
1 CACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGAG
* * *** * *
790 --CCATCGGCACACGCTGGG-CGTGCGGGCGCTTGCTCGACCCATCG-G
1 CACCATCGGCACACGCTGGGCCCTG-GTGCGGGCGGTTG--CC-TCGAG
** * * ** **
835 CA-CA-CGCTGGGC-C-CTGGTGCGGCAGGTTGC-CTCGAAG-CACCATCG-G
1 CACCATCG--GCACACGCTGG-GC-CCTGG-TGCGGGCG--GTTGCC-TCGAG
881 CA-CA--------CGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGAG
1 CACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGAG
* *
917 CACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGCTTGCCTCGAC
1 CACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGAG
962 CACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGC-GGCAGGTTGCCTCGAG
1 CACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGC-GGTTGCCTCGAG
*
1007 CACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGCTTGCCTCGA-
1 CACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGAG
* *
1051 CCCCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGAC
1 CACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGAG
* * *
1096 CACCATCGGCACACGCTGGGCCTTGGTGCGGGCGCTTGCCTCGAC
1 CACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGAG
* *
1141 CACCATCGGC-CACGCTGGGCCCTGGTGCGGTCGGTTGCCTCGAC
1 CACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGAG
*
1185 CACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGAC
1 CACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGAG
1230 CACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGC-GGCAGGTTGCCTCGAG
1 CACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGC-GGTTGCCTCGAG
1275 CACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGAG
1 CACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGAG
*
1320 CACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGCTTGCCTCGA-
1 CACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGAG
* * *
1364 CCCCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGCTTGCCTCGAC
1 CACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGAG
* * *
1409 CA-CATCGGCCCACGCTGGGCCCTGGTGCGGTCGGTTGCCTCGAC
1 CACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGAG
*
1453 CACCATCGGCACACGCTGGG-CCTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGAC
1 CACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGAG
*
1497 CACCATCGGCACACGCTGGG-CCTGGTGCGGGCGGTTTCCTCGAG
1 CACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGAG
* * *
1541 CACCATCGGCACACGCTCGGCCCTGGTGCGGGCGCTTGCCTCGAC
1 CACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGAG
*
1586 CACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGCTTGCCTCGAG
1 CACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGAG
1631 CACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGC-GGCAGGTTGCCTCGAG
1 CACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGC-GGTTGCCTCGAG
*
1676 CACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGCTTGCCTCGAG
1 CACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGAG
* *
1721 CACCATCGGCACACGCTGAGCCCTGGTGCGGGC-GTTGCCTCGAT
1 CACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGAG
*
1765 CACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGC-GACAGGTTGCCTCGAG
1 CACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGC-GGTTGCCTCGAG
* *
1810 CACCATCGGCACACGCTGAGCCCTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGAC
1 CACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGAG
* * * *
1855 CTCCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTACGGGCGCTTGCCTCGAC
1 CACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGAG
1900 CACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGC-GGCAGGTTGCCTCGAG
1 CACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGC-GGTTGCCTCGAG
*
1945 CACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTACGGGCGGTTGCCTCGAG
1 CACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGAG
1990 CACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGC-GGCAGGTTGCCTCGAG
1 CACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGC-GGTTGCCTCGAG
*
2035 CACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGGGTGCCTCGAG
1 CACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGAG
* * * * * ** *
2080 CACCATCGGCACACACCAGGGCCTTGTTGCAGAAGGTTGCCTCGAC
1 CACCATCGGCACAC-GCTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGAG
2126 CACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGAG
1 CACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGAG
* *
2171 CACCATCGGCACACACTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGAC
1 CACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGAG
* * *
2216 CTCCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGC-GGCAGCTTGCCTCGAC
1 CACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGC-GGTTGCCTCGAG
** *
2261 CACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGTAGGTTGCCTCGAC
1 CACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGAG
* * *
2306 CACCATCGGCACACTCTGGACCCTGGTGCGGGCGGGTGCCTCGAG
1 CACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGAG
* * ** *
2351 CACCATCGGCACACACCAGGGCCCTGGTGCGGAAGGTTGCCTCGAC
1 CACCATCGGCACAC-GCTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGAG
2397 CACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGAG
1 CACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGAG
*
2442 CACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGAC
1 CACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGAG
* * *
2487 CTCCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGCTTGCCTCGAC
1 CACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGAG
2532 CACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGC-GGCAGGTTGCCTCGAG
1 CACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGC-GGTTGCCTCGAG
* * * ** *
2577 CACCATCGGCACACACCAGGGCCTTGGTGCGGAAGGTTGCCTCGAC
1 CACCATCGGCACAC-GCTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGAG
*
2623 CACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTGCCTTGAG
1 CACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGAG
* * *
2668 CACCATC-GCACACGCTGGGCCCTGGAGCAGGCGGTTGCCTCGAC
1 CACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGAG
* * *
2712 CTCCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGCTTGCCTCGAC
1 CACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGAG
* *
2757 CACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGC-AGCAGGTTGCCTAGAG
1 CACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGC-GGTTGCCTCGAG
* *
2802 CACCATCGGCACACTCTGGGCCCTGGTGCGGGCGGGTGCCTCGAG
1 CACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGAG
* * ** *
2847 CACCATCGGCACACACCAGGGCCCTGGTGCGGAAGGTTGCCTCGAC
1 CACCATCGGCACAC-GCTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGAG
2893 CACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGAG
1 CACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGAG
*
2938 CACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGAC
1 CACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGAG
* * *
2983 CTCCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTCGCGGGCCGCTTTGCCTCGAC
1 CACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGT-GCGGG-CG-GTTGCCTCGAG
*
3031 CACCATTCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGGAGGGCGGTTGCCTCGAG
1 CACCA-TCGGCACACGCTGGGCCCTGGT-GCGGGCGGTTGCCTCGAG
*
3078 CACCATCCGGCACACGCTTGGGCCCTGGTGCGGGCGGGTGCCTCGAG
1 CACCAT-CGGCACACGC-TGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGAG
* ** **
3125 CCACCATCCGGCACACGGTCACCAGGGCCCTGGTAAGGAAGGTATGCCTCGATG
1 -CACCAT-CGGCACAC-G----CTGGGCCCTGGTGCGGGCGGT-TGCCTCGA-G
*
3179 CTACCATCGGCACACAGTTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGTAG
1 C-ACCATCGGCACAC-GCTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTGCCTCG-AG
*
3227 CACCATCGAGCACACGCTGGGCCCTTGGGTGCGGGCGGGTG-CTCGAG
1 CACCATCG-GCACACGCTGGGCCC-T-GGTGCGGGCGGTTGCCTCGAG
* * ** *
3274 CACCGAGTCGGCCTACACAACCAGGGCCC-GGTGCGGAAGGTTGCCTCGAC
1 CACC-A-TCGG-C-ACAC--GCTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGAG
* *
3324 CACCATCCGGCACACGCTGGGCCCTTGGTGAGGGCGGTTGCCATCGGG
1 CACCAT-CGGCACACGCTGGGCCC-TGGTGCGGGCGGTTGCC-TCGAG
** * * * ** ***
3372 ACACGC-T-GGCGTGACAC-GGGCGCT--TAC-CTC-GACCCCATCG-G
1 -CAC-CATCGGC-ACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTGCC-TCGAG
** * * *** * ** *
3413 CA-CA-CGCTGGGC-C-CTGGTGCGGCAGGTGTTTGC--CT--CAAGCAC
1 CACCATCG--GCACACGCTGG-GC-CCTGGTGCGGGCGGTTGCCTCG-AG
* ** *
3455 CATCGGC-ACA--CGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTGCCCTCGAG
1 CACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTG-CCTCGAG
* *
3498 CACCATCGGCACACGCTGGGCCCCTGGTGCGGGCGCTTGCCTCGAC
1 CACCATCGGCACACGCTGGG-CCCTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGAG
3544 CACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGC-GGCAGGTTGCCTCGAG
1 CACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGC-GGTTGCCTCGAG
* *
3589 CACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGCTTGCCTCGAC
1 CACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGAG
* *
3634 CCCCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGAC
1 CACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGAG
* * *
3679 CACCATCGGCACACGCTGGGCCTTGGTGCGGGCGCTTGCCTCGAC
1 CACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGAG
* * *
3724 CACCATCGGCCCACGCTGGGCCCTGGTGCGGTCGGTTGCCTCGAC
1 CACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGAG
*
3769 CACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGAC
1 CACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGAG
* **
3814 CACCATCGGCACACTCTGGGCCCTGGTGCGGAAGGTTG-CTCGAG
1 CACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGAG
3858 CACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGAG
1 CACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGAG
3903 CACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTG
1 CACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTG
3931 GGTTTAGGCA
Statistics
Matches: 3452, Mismatches: 293, Indels: 277
0.86 0.07 0.07
Matches are distributed among these distances:
35 7 0.00
36 31 0.01
37 7 0.00
38 5 0.00
39 15 0.00
40 8 0.00
41 47 0.01
42 11 0.00
43 188 0.05
44 537 0.16
45 2039 0.59
46 230 0.07
47 112 0.03
48 76 0.02
49 79 0.02
50 14 0.00
52 21 0.01
53 19 0.01
54 6 0.00
ACGTcount: A:0.12, C:0.37, G:0.35, T:0.16
Consensus pattern (45 bp):
CACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGAG
Found at i:4537 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 4524--4566 Score: 86
Period size: 21 Copynumber: 2.0 Consensus size: 21
4514 CTCCATCCGC
4524 TGGCGCATGGCCTCCATGCCA
1 TGGCGCATGGCCTCCATGCCA
4545 TGGCGCATGGCCTCCATGCCA
1 TGGCGCATGGCCTCCATGCCA
4566 T
1 T
4567 CTCGCAAAGT
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 22 1.00
ACGTcount: A:0.14, C:0.37, G:0.28, T:0.21
Consensus pattern (21 bp):
TGGCGCATGGCCTCCATGCCA
Found at i:4572 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 4526--4572 Score: 76
Period size: 21 Copynumber: 2.2 Consensus size: 21
4516 CCATCCGCTG
*
4526 GCGCATGGCCTCCATGCCATG
1 GCGCATGGCCTCCATGCCATC
4547 GCGCATGGCCTCCATGCCATC
1 GCGCATGGCCTCCATGCCATC
*
4568 TCGCA
1 GCGCA
4573 AAGTCAGAAC
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 2, Indels: 0
0.92 0.08 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 24 1.00
ACGTcount: A:0.15, C:0.40, G:0.26, T:0.19
Consensus pattern (21 bp):
GCGCATGGCCTCCATGCCATC
Found at i:5599 original size:45 final size:45
Alignment explanation
Indices: 5543--5927 Score: 510
Period size: 45 Copynumber: 8.5 Consensus size: 45
5533 GGGCGTGACA
* * *
5543 CGGGCGCTTGCCTCGACCACCATCGGCACCCACTGGGCCCTGGTG
1 CGGGCGGTTGCCTCGAGCACCATCGGCACACACTGGGCCCTGGTG
* * *
5588 CGGGTGCTTGCCTCGAGCACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTG
1 CGGGCGGTTGCCTCGAGCACCATCGGCACACACTGGGCCCTGGTG
* *
5633 CTGGCGGTTGCCTCGAGCACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTG
1 CGGGCGGTTGCCTCGAGCACCATCGGCACACACTGGGCCCTGGTG
* *
5678 CGGGCGGTTGCCCTCGAACACCATCGGCACA-AGC-CGGCCCTTGGTG
1 CGGGCGGTTG-CCTCGAGCACCATCGGCACACA-CTGGGCCC-TGGTG
5724 CGGGCGGTTGCCTCGAGCACCATCGGCACACACTGGGCCCTGGTG
1 CGGGCGGTTGCCTCGAGCACCATCGGCACACACTGGGCCCTGGTG
* *
5769 CGGGCGGTTGCCTCGACCACCATCGGCACA-AGC-CGGCCCTTGGTG
1 CGGGCGGTTGCCTCGAGCACCATCGGCACACA-CTGGGCCC-TGGTG
*
5814 CGGGCGGTTGCCTCGAGCACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTG
1 CGGGCGGTTGCCTCGAGCACCATCGGCACACACTGGGCCCTGGTG
* * *
5859 CGGACGGTTGCCTCGAGCACCATGGGCACACGCT-GGCCCTTGGTG
1 CGGGCGGTTGCCTCGAGCACCATCGGCACACACTGGGCCC-TGGTG
** *
5904 CGGGCTCTTGCCTCGACCACCATC
1 CGGGCGGTTGCCTCGAGCACCATC
5928 AGCAGAAGAT
Statistics
Matches: 305, Mismatches: 25, Indels: 20
0.87 0.07 0.06
Matches are distributed among these distances:
44 11 0.04
45 248 0.81
46 46 0.15
ACGTcount: A:0.12, C:0.37, G:0.34, T:0.17
Consensus pattern (45 bp):
CGGGCGGTTGCCTCGAGCACCATCGGCACACACTGGGCCCTGGTG
Found at i:5717 original size:90 final size:90
Alignment explanation
Indices: 5543--5927 Score: 574
Period size: 90 Copynumber: 4.3 Consensus size: 90
5533 GGGCGTGACA
* * * * *
5543 CGGGCGCTTGCCTCGACCACCATCGGCACCCACTGGGCCCTGGTGCGGGTGCTTGCCTCGAGCAC
1 CGGGCGGTTGCCTCGAGCACCATCGGCACACACTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGAGCAC
* *
5608 CATCGGCACACGCTGGGCCC-TGGTG
66 CATCGGCACAAGC-CGGCCCTTGGTG
* * *
5633 CTGGCGGTTGCCTCGAGCACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTGCCCTCGAACA
1 CGGGCGGTTGCCTCGAGCACCATCGGCACACACTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTG-CCTCGAGCA
5698 CCATCGGCACAAGCCGGCCCTTGGTG
65 CCATCGGCACAAGCCGGCCCTTGGTG
*
5724 CGGGCGGTTGCCTCGAGCACCATCGGCACACACTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGACCAC
1 CGGGCGGTTGCCTCGAGCACCATCGGCACACACTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGAGCAC
5789 CATCGGCACAAGCCGGCCCTTGGTG
66 CATCGGCACAAGCCGGCCCTTGGTG
* *
5814 CGGGCGGTTGCCTCGAGCACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGACGGTTGCCTCGAGCAC
1 CGGGCGGTTGCCTCGAGCACCATCGGCACACACTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGAGCAC
* * *
5879 CATGGGCACACGCTGGCCCTTGGTG
66 CATCGGCACAAGCCGGCCCTTGGTG
** *
5904 CGGGCTCTTGCCTCGACCACCATC
1 CGGGCGGTTGCCTCGAGCACCATC
5928 AGCAGAAGAT
Statistics
Matches: 271, Mismatches: 22, Indels: 4
0.91 0.07 0.01
Matches are distributed among these distances:
90 192 0.71
91 79 0.29
ACGTcount: A:0.12, C:0.37, G:0.34, T:0.17
Consensus pattern (90 bp):
CGGGCGGTTGCCTCGAGCACCATCGGCACACACTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGAGCAC
CATCGGCACAAGCCGGCCCTTGGTG
Found at i:5854 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 5543--5927 Score: 610
Period size: 181 Copynumber: 2.1 Consensus size: 180
5533 GGGCGTGACA
* * *
5543 CGGGCGCTTGCCTCGACCACCATCGGCACCCACTGGGCCCTGGTGCGGGTGCTTGCCTCGAGCAC
1 CGGGCGCTTGCCTCGACCACCATCGGCACACACTGGGCCCTGGTGCGGGCGCTTGCCTCGACCAC
* * *
5608 CATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCTGGCGGTTGCCTCGAGCACCATCGGCACACGCTGGGCCC
66 CATCGGCACAAGCTCGGCCCTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGAGCACCATCGGCACACGCTGGGCCC
*
5673 TGGTGCGGGCGGTTGCCCTCGAACACCATCGGCACAAGCCGGCCCTTGGTG
131 TGGTGCGGACGGTTG-CCTCGAACACCATCGGCACAAGCCGGCCCTTGGTG
* * *
5724 CGGGCGGTTGCCTCGAGCACCATCGGCACACACTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGACCAC
1 CGGGCGCTTGCCTCGACCACCATCGGCACACACTGGGCCCTGGTGCGGGCGCTTGCCTCGACCAC
5789 CATCGGCACAAGC-CGGCCCTTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGAGCACCATCGGCACACGCTGGGCC
66 CATCGGCACAAGCTCGGCCC-TGGTGCGGGCGGTTGCCTCGAGCACCATCGGCACACGCTGGGCC
* * * *
5853 CTGGTGCGGACGGTTGCCTCGAGCACCATGGGCACACGCTGGCCCTTGGTG
130 CTGGTGCGGACGGTTGCCTCGAACACCATCGGCACAAGCCGGCCCTTGGTG
*
5904 CGGGCTCTTGCCTCGACCACCATC
1 CGGGCGCTTGCCTCGACCACCATC
5928 AGCAGAAGAT
Statistics
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180 57 0.31
181 129 0.69
ACGTcount: A:0.12, C:0.37, G:0.34, T:0.17
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CGGGCGCTTGCCTCGACCACCATCGGCACACACTGGGCCCTGGTGCGGGCGCTTGCCTCGACCAC
CATCGGCACAAGCTCGGCCCTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGAGCACCATCGGCACACGCTGGGCCC
TGGTGCGGACGGTTGCCTCGAACACCATCGGCACAAGCCGGCCCTTGGTG
Found at i:9427 original size:40 final size:40
Alignment explanation
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Period size: 40 Copynumber: 2.0 Consensus size: 40
9373 ACCGCGGGGG
*
9383 CGGGATGCGCGAGCCGACCCAGGATCCCGCTGCTGGTCCC
1 CGGGATGCGCGAGCCGACCAAGGATCCCGCTGCTGGTCCC
* * *
9423 CGGGATGCGCGAGCCGGCCAAGGATCCCTCTGTTGGTCCC
1 CGGGATGCGCGAGCCGACCAAGGATCCCGCTGCTGGTCCC
9463 C
1 C
9464 CTCGGTCGGT
Statistics
Matches: 37, Mismatches: 4, Indels: 0
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Matches are distributed among these distances:
40 37 1.00
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Consensus pattern (40 bp):
CGGGATGCGCGAGCCGACCAAGGATCCCGCTGCTGGTCCC
Found at i:10522 original size:45 final size:45
Alignment explanation
Indices: 10473--10828 Score: 412
Period size: 45 Copynumber: 7.9 Consensus size: 45
10463 GTACGGGCAC
* * * * **
10473 TTGCCTCGACCTCCATCGGCACAAGCTAGGCCCTGGTGTGGGTTG
1 TTGCCTCGACCACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGG
* * * *
10518 TTGCCTCGATCACCATCGGCACATGCTGAGCCTTGGTGCGGGCGG
1 TTGCCTCGACCACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGG
* * * * *
10563 TTGCCTCGAGCACCATCGGCAGACCCTGGGCCCTGGAGCGGCCGG
1 TTGCCTCGACCACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGG
* ** * *
10608 TTGCCCCGATAAACCATCGGCACACGCTCGGCCCTGGTGCGGGCGC
1 TTGCCTCGA-CCACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGG
*
10654 TTGCCTCGACCACCATCGGCACACGCTGGGTCCTGGTGC-GGCAGG
1 TTGCCTCGACCACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGC-GG
* *
10699 TTGCCTCGATCACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTACGGGCGG
1 TTGCCTCGACCACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGG
* * *
10744 TAGCC-CTATCACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGG
1 TTGCCTCGACCACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGG
* * *
10788 TTGCC-CCAGCACCATCGGCACACGTTGGGCCCTGGTGCGGG
1 TTGCCTCGACCACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGG
10829 TGTCACGCCC
Statistics
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TTGCCTCGACCACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGG
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Alignment explanation
Indices: 10485--10828 Score: 417
Period size: 136 Copynumber: 2.5 Consensus size: 133
10475 GCCTCGACCT
* * * * * *
10485 CCATCGGCACAAGCTAGGCCCTGGTGTGGGTTGTTGCCTCGATCACCATCGGCACATGCTGAGCC
1 CCATCGGCACACGCTAGGCCCTGGTGCGGG-CGTTGCCTCGACCACCATCGGCACACGCTGGGCC
* *
10550 TTGGTGCGGGC-GGTTGCCTCGAGCACCATCGGCAGACCCTGGGCCCTGG-AGCGGCCGGTTGCC
65 -TGGTGCGGGCAGGTTGCCTCGAGCACCATCGGCACACCCTGGGCCCTGGTA-CGGCCGGTAG-C
10613 CCGATAAA
127 CCGAT-AA
*
10621 CCATCGGCACACGCTCGGCCCTGGTGCGGGCGCTTGCCTCGACCACCATCGGCACACGCTGGGTC
1 CCATCGGCACACGCTAGGCCCTGGTGCGGGCG-TTGCCTCGACCACCATCGGCACACGCTGGG-C
* * *
10686 CTGGTGC-GGCAGGTTGCCTCGATCACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTACGGGCGGTAGCCC
64 CTGGTGCGGGCAGGTTGCCTCGAGCACCATCGGCACACCCTGGGCCCTGGTACGGCCGGTAGCCC
* *
10750 TATCA
129 GATAA
* * * *
10755 CCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTGCC-CCAGCACCATCGGCACACGTTGGGCC
1 CCATCGGCACACGCTAGGCCCTGGTGCGGGC-GTTGCCTCGACCACCATCGGCACACGCTGGG-C
10819 CTGGTGCGGG
64 CTGGTGCGGG
10829 TGTCACGCCC
Statistics
Matches: 183, Mismatches: 19, Indels: 14
0.85 0.09 0.06
Matches are distributed among these distances:
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CCATCGGCACACGCTAGGCCCTGGTGCGGGCGTTGCCTCGACCACCATCGGCACACGCTGGGCCT
GGTGCGGGCAGGTTGCCTCGAGCACCATCGGCACACCCTGGGCCCTGGTACGGCCGGTAGCCCGA
TAA
Found at i:11860 original size:21 final size:21
Alignment explanation
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Period size: 21 Copynumber: 2.0 Consensus size: 21
11797 ACTTTGCGAG
11807 ATGGCATGGAGGCCATGCGCC
1 ATGGCATGGAGGCCATGCGCC
11828 ATGGCATGGAGGCCATGCGCC
1 ATGGCATGGAGGCCATGCGCC
11849 A
1 A
11850 GCGGATGGAG
Statistics
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1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 22 1.00
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ATGGCATGGAGGCCATGCGCC
Found at i:16956 original size:44 final size:45
Alignment explanation
Indices: 16755--17899 Score: 1918
Period size: 45 Copynumber: 26.0 Consensus size: 45
16745 GCCCGTGACA
* *
16755 CGGGCGCTTGCCTCGACCACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTG
1 CGGGCGGTTGCCTCGAGCACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTG
*
16800 C-GGCAGGTTGCCTCGACCACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTG
1 CGGGC-GGTTGCCTCGAGCACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTG
*
16845 CGGGCGGTTGCCTCGACCACCATCGGCACACGCT-GGCCCTGGTG
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*
17019 CGGGCGGTTGCCTCGACCACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTG
1 CGGGCGGTTGCCTCGAGCACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTG
*
17064 C-GG-GGTTGCCTCGACCACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTG
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17107 C--GCGGTTGCCTCGAGCACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTG
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17150 CGGGCGGTTGCCTCGA-C-CCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTG
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*
17193 C-GGCGGTTGCCTCGACCACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTG
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* *
17237 CGGGCGCTTGCCTCGACCACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTG
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1 CGGGC-GGTTGCCTCGAGCACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTG
*
17327 CGGGCGGTTGCCTCGACCACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTG
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17372 C-GGCAGGTTGCCTCGAGCACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTG
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17417 CGGGCGGTTGCCTCGAGCACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTG
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17462 CGGG-GGTTGCCTCGAGCACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTG
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17506 CGGGCGGTTGCCTCGAGCACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTG
1 CGGGCGGTTGCCTCGAGCACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTG
*
17551 CGGGCGCTTGCCTCGA-CACCATCGGCACACGCT-GGCCCTGGTG
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1 CGGGC-GGTTGCCTCGAGCACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTG
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1 CGGGCGGTTGCCTCGAGCACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTG
17682 C-GGCAGGTTGCCTCGAGCACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTG
1 CGGGC-GGTTGCCTCGAGCACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTG
*
17727 C-GGCGGTTGCCTCGAGCACCATCGGCACACACTGGGCCCTGGTG
1 CGGGCGGTTGCCTCGAGCACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTG
*
17771 C--GAGGTTGCCTCGA-CACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTG
1 CGGGCGGTTGCCTCGAGCACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTG
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1 CGGGCGGTTGCCTCGAGCACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTG
17900 GGTTTAGGCA
Statistics
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0.94 0.01 0.05
Matches are distributed among these distances:
41 17 0.02
42 84 0.08
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ACGTcount: A:0.12, C:0.37, G:0.35, T:0.16
Consensus pattern (45 bp):
CGGGCGGTTGCCTCGAGCACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTG
Found at i:17033 original size:88 final size:90
Alignment explanation
Indices: 16755--17899 Score: 1918
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16745 GCCCGTGACA
* * *
16755 CGGGCGCTTGCCTCGACCACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGC-GGCAGGTTGCCTCGACCA
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*
16845 CGGGCGGTTGCCTCGACCACCATCGGCACACGCT-GGCCCTGGTGCGGGC--TTGCCTCGA-CAC
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66 CATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTG
16931 CGGGCGGTTGCCTCGA-CACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGA-CAC
1 CGGGCGGTTGCCTCGAGCACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGAGCAC
16994 CATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTG
66 CATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTG
* *
17019 CGGGCGGTTGCCTCGACCACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGC-GG-GGTTGCCTCGACCAC
1 CGGGCGGTTGCCTCGAGCACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGAGCAC
17082 CATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTG
66 CATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTG
17107 C--GCGGTTGCCTCGAGCACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGA-C-C
1 CGGGCGGTTGCCTCGAGCACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGAGCAC
17168 CATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTG
66 CATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTG
* * *
17193 C-GGCGGTTGCCTCGACCACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGCTTGCCTCGACCAC
1 CGGGCGGTTGCCTCGAGCACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGAGCAC
17257 CATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTG
66 CATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTG
*
17282 C-GGCAGGTTGCCTCGAGCACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGACCA
1 CGGGC-GGTTGCCTCGAGCACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGAGCA
17346 CCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTG
65 CCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTG
17372 C-GGCAGGTTGCCTCGAGCACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGAGCA
1 CGGGC-GGTTGCCTCGAGCACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGAGCA
17436 CCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTG
65 CCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTG
17462 CGGG-GGTTGCCTCGAGCACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGAGCAC
1 CGGGCGGTTGCCTCGAGCACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGAGCAC
17526 CATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTG
66 CATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTG
*
17551 CGGGCGCTTGCCTCGA-CACCATCGGCACACGCT-GGCCCTGGTGC-GGCAGGTTGCCTCGAGCA
1 CGGGCGGTTGCCTCGAGCACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGC-GGTTGCCTCGAGCA
17613 CCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTG
65 CCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTG
17639 CGGGCGGTTGCCTCGA-CACCATCGGCACACGCT-GGCCCTGGTGC-GGCAGGTTGCCTCGAGCA
1 CGGGCGGTTGCCTCGAGCACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGC-GGTTGCCTCGAGCA
17701 CCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTG
65 CCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTG
* *
17727 C-GGCGGTTGCCTCGAGCACCATCGGCACACACTGGGCCCTGGTGC--GAGGTTGCCTCGA-CAC
1 CGGGCGGTTGCCTCGAGCACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGAGCAC
17788 CATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTG
66 CATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTG
17813 C-GG-GGTTGCCTCGAGCACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGAGCAC
1 CGGGCGGTTGCCTCGAGCACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGAGCAC
17876 CATCGGCA-ACGCTGGGCCCTGGTG
66 CATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTG
17900 GGTTTAGGCA
Statistics
Matches: 1022, Mismatches: 13, Indels: 43
0.95 0.01 0.04
Matches are distributed among these distances:
85 57 0.06
86 159 0.16
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91 2 0.00
ACGTcount: A:0.12, C:0.37, G:0.35, T:0.16
Consensus pattern (90 bp):
CGGGCGGTTGCCTCGAGCACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGAGCAC
CATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTG
Found at i:18424 original size:11 final size:11
Alignment explanation
Indices: 18392--18426 Score: 52
Period size: 11 Copynumber: 3.2 Consensus size: 11
18382 CGGTCAGGTT
* *
18392 CTCCGGCGGTA
1 CTCCGGCGATG
18403 CTCCGGCGATG
1 CTCCGGCGATG
18414 CTCCGGCGATG
1 CTCCGGCGATG
18425 CT
1 CT
18427 GTCCCGAGTG
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 2, Indels: 0
0.92 0.08 0.00
Matches are distributed among these distances:
11 22 1.00
ACGTcount: A:0.09, C:0.37, G:0.34, T:0.20
Consensus pattern (11 bp):
CTCCGGCGATG
Found at i:18646 original size:45 final size:45
Alignment explanation
Indices: 18597--19508 Score: 1137
Period size: 45 Copynumber: 20.4 Consensus size: 45
18587 GTACGGGCAC
* * * **
18597 TTGCCTCGACCGCCATCGGCACAAGCTGGGCCCTGGTGTGGGTTG
1 TTGCCTCGACCACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGG
* * * * *
18642 TTGCCTCGATCACAATCGGCACATGCTGAGCCTTGGTGCGGGCGG
1 TTGCCTCGACCACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGG
* * * *
18687 TTGCCTCGAGCACCATCGGCAGACCCTGGGCCCTGGTGCGGCCGG
1 TTGCCTCGACCACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGG
* *
18732 TTGCC-CGACCACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGGGCGGGCGC
1 TTGCCTCGACCACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGG
* * *
18776 TTGCCCCCAGCACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGG
1 TTGCCTCGACCACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGG
* * *
18821 TTCCCTCGACCACCATCGGCACACGTTGGGCCCTGGTCCGGGCGG
1 TTGCCTCGACCACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGG
* * * *
18866 TTACCCCCAGCACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGC--
1 TTGCCTCGACCACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGG
* * * *
18909 TTGCCCCCAGCACCATCGGCACACGCAGGGCCCTGGTGCGGGCGG
1 TTGCCTCGACCACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGG
* * * * **
18954 TTGCCCCGAACACCATCGGCACAAGC-CGGCCCTTGGTGCGGGCTC
1 TTGCCTCGACCACCATCGGCACACGCTGGGCCC-TGGTGCGGGCGG
*
18999 TTGGCTCGACCACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGG
1 TTGCCTCGACCACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGG
* * *
19044 TTGCCTCGAACACCATCGGCACACGC-CGGCCCTTGGTGCGGCCGG
1 TTGCCTCGACCACCATCGGCACACGCTGGGCCC-TGGTGCGGGCGG
* * * *
19089 TTGCCTCGACCACCATC-GCACACGCTCGGCCTTGGTGGAGGGCGC
1 TTGCCTCGACCACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGT-GCGGGCGG
* * *
19134 TTGCCTCGACCACCATCGGCACACGGCTCGGCCTTGGTGCGGGCGC
1 TTGCCTCGACCACCATCGGCACAC-GCTGGGCCCTGGTGCGGGCGG
*
19180 TTGCCTCGACCACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGC
1 TTGCCTCGACCACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGG
* *
19225 TTG-CTCGAGCA-CATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCTGGCGG
1 TTGCCTCGACCACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGG
*
19268 TTGCCTCGAGCACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGG
1 TTGCCTCGACCACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGG
* *
19313 TTGCCTCGAACACCATCGGCACAAGC--GGCCCTTGGTGCGGGCGG
1 TTGCCTCGACCACCATCGGCACACGCTGGGCCC-TGGTGCGGGCGG
*
19357 TTGCCTCGAGCACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGG
1 TTGCCTCGACCACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGG
* *
19402 TTGCCTCGACCACCATCGGCACAAGC-CGGCCCTTGGTGCGGGCGG
1 TTGCCTCGACCACCATCGGCACACGCTGGGCCC-TGGTGCGGGCGG
* * **
19447 TTGCCTCGAGCACCATGGGCACACGCT-GGCCCTTGGTGCGGGCTC
1 TTGCCTCGACCACCATCGGCACACGCTGGGCCC-TGGTGCGGGCGG
19492 TTGCCTCGACCACCATC
1 TTGCCTCGACCACCATC
19509 AGCAGAAGAT
Statistics
Matches: 766, Mismatches: 84, Indels: 34
0.87 0.10 0.04
Matches are distributed among these distances:
43 79 0.10
44 116 0.15
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ACGTcount: A:0.12, C:0.37, G:0.34, T:0.16
Consensus pattern (45 bp):
TTGCCTCGACCACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGG
Found at i:19498 original size:179 final size:178
Alignment explanation
Indices: 18590--19508 Score: 1149
Period size: 179 Copynumber: 5.1 Consensus size: 178
18580 CCCTTCGGTA
* * * ** *
18590 CGGGCACTTGCCTCGACCGCCATCGGCACAAGCTGGGCCC-TGGTGTGGGTTGTTGCCTCGATCA
1 CGGGCGCTTGCCTCGACCACCATCGGCACAAGC--GGCCCTTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGACCA
* * * * *
18654 CAATCGGCACATGCTGAGCCTTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGAGCACCATCGGCAGAC-CCTGGGC
64 CCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGAGCACCATCGGCACACGCC--GGC
* * *
18718 CCTGGTGCGGCCGGTTGCC-CGACCACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGGG
127 CCTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGAGCACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTG
* * * * *
18769 CGGGCGCTTGCCCCCAGCACCATCGGCACACGCTGGGCCC-TGGTGCGGGCGGTTCCCTCGACCA
1 CGGGCGCTTGCCTCGACCACCATCGGCACAAGC--GGCCCTTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGACCA
* * * * * *
18833 CCATCGGCACACGTTGGGCCCTGGTCCGGGCGGTTACCCCCAGCACCATCGGCACACGCTGGGCC
64 CCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGAGCACCATCGGCACACGC-CGGCC
* * *
18898 CTGGTGCGGGC--TTGCCCCCAGCACCATCGGCACACGCAGGGCCCTGGTG
128 CTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGAGCACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTG
* * * ** *
18947 CGGGCGGTTGCCCCGAACACCATCGGCACAAGCCGGCCCTTGGTGCGGGCTCTTGGCTCGACCAC
1 CGGGCGCTTGCCTCGACCACCATCGGCACAAG-CGGCCCTTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGACCAC
*
19012 CATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGAACACCATCGGCACACGCCGGCCCT
65 CATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGAGCACCATCGGCACACGCCGGCCC-
* * * *
19077 TGGTGCGGCCGGTTGCCTCGACCACCATC-GCACACGCTCGGCCTTGGTGG
129 TGGTGCGGGCGGTTGCCTCGAGCACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGT-G
* * *
19127 AGGGCGCTTGCCTCGACCACCATCGGCACACGGCTCGG-CCTTGGTGCGGGCGCTTGCCTCGACC
1 CGGGCGCTTGCCTCGACCACCATCGGCACA-AG--CGGCCCTTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGACC
* *
19191 ACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGCTTG-CTCGAGCA-CATCGGCACACGCTGGGC
63 ACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGAGCACCATCGGCACACGC-CGGC
*
19254 CCTGGTGCTGGCGGTTGCCTCGAGCACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTG
127 CCTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGAGCACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTG
* * *
19306 CGGGCGGTTGCCTCGAACACCATCGGCACAAGCGGCCCTTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGAGCACC
1 CGGGCGCTTGCCTCGACCACCATCGGCACAAGCGGCCCTTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGACCACC
* *
19371 ATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGACCACCATCGGCACAAGCCGGCCCTT
66 ATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGAGCACCATCGGCACACGCCGGCCC-T
*
19436 GGTGCGGGCGGTTGCCTCGAGCACCATGGGCACACGCT-GGCCCTTGGTG
130 GGTGCGGGCGGTTGCCTCGAGCACCATCGGCACACGCTGGGCCC-TGGTG
*
19485 CGGGCTCTTGCCTCGACCACCATC
1 CGGGCGCTTGCCTCGACCACCATC
19509 AGCAGAAGAT
Statistics
Matches: 642, Mismatches: 80, Indels: 36
0.85 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
176 3 0.00
177 75 0.12
178 156 0.24
179 273 0.43
180 71 0.11
181 61 0.10
182 3 0.00
ACGTcount: A:0.13, C:0.37, G:0.34, T:0.16
Consensus pattern (178 bp):
CGGGCGCTTGCCTCGACCACCATCGGCACAAGCGGCCCTTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGACCACC
ATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGAGCACCATCGGCACACGCCGGCCCTG
GTGCGGGCGGTTGCCTCGAGCACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTG
Done.