Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019168434.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_647, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 20776
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Found at i:162 original size:21 final size:20
Alignment explanation
Indices: 112--169 Score: 62
Period size: 21 Copynumber: 2.8 Consensus size: 20
102 ATCCCTTTAA
112 GAGGGGATCGATCACTTACCT
1 GAGGGGATCGATC-CTTACCT
* * **
133 TAGGTGATCGATCCTCTATGT
1 GAGGGGATCGATCCT-TACCT
154 GAGGGGATCGATCCTT
1 GAGGGGATCGATCCTT
170 TTTTTGGAAA
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 6, Indels: 3
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
20 3 0.10
21 27 0.90
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Consensus pattern (20 bp):
GAGGGGATCGATCCTTACCT
Found at i:2617 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 2402--5885 Score: 2445
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2392 TTCTTATTAT
* * *
2402 AATAATA-TAAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGATATTTGAAAAATAAATTTGTT
1 AATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTT
** * *
2466 TACTGAACCAATTCTTATGGTTAAGACTATTAT-AACAATTATCTATTTCAAATCGTT-TGGACC
65 TACTGAACCAATTCAAATAGTTATGACTATT-TGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT-GACC
* * * * *
2529 TTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTAAGTTCATACAAGCTTATTGGGAATAA
128 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAA
* * * *
2583 ATTAATACTAATTTATTGATATTTCTAAAATTAATAAGTAACAGATTTAAAAAATAAATTTGTTT
1 AATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTT
** * * * * * * **
2648 A-TCGATTCAGTTAAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTTTCTATTTCAAATCACTATGACC-T
66 ACT-GAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTT
** * *** *
2711 TTGTTTTGTTGTAAAATAATTGTTTTTTTTATCATAAAAGCTTATTTGAAATAA
130 TTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCAGT-TCATACAAGCTTATTTGAAATAA
* ** **
2765 AATAATATTAATACATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAACCTGTTT
1 AATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTT
* * ** * * * *
2830 A-TCCAACCATTTTGAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCAATATCAAATCATTATGATC-T
66 ACT-GAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTT
* * * * * **
2893 TTGTCTTGTCAT-AAATAATTGTTTCTGATCATAGAAGCTTATTTG-GTTAAA
130 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAAT-AA
* * * *
2944 AATAATATTAATTTAATAATATTCCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTT
1 AATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTT
* * * ** ** * * *
3005 A-TCAAACTAGTTCAAATAGTTAAAACTATAAGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTTTGACCTT
66 ACT-GAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTT
* * * * * *
3069 TT-TCTAGTCATAAAATATTTGTTTCATTTCATACAA-ATATATTT-AGAATAA
130 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCT-TATTTGA-AATAA
* * * *
3120 AATAAT-CTTAATATATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGAATTGAAAAAATAAATTTG
1 AATAATAC-TAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAG-ATTTAAAAAATAAATTTG
* * * * * * *
3183 TTTAC-CAAACAAGCTAAAATAGTTATGACTATTTGATCAATTA-CTTATTTAAAATTGTTATGA
63 TTTACTGAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC-TATTTCAAATCGTTATGA
* * **
3246 CC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTA-TCCAAAGTAA
126 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAA-TAA
* * * * * *
3301 AATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTATTGAGCAAAAGATTAAAAAAATAAATCTGTTT
1 AATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTT
* * * * * *
3366 TCT-AACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTATATTTAAAATCATTATGA-CTTG
66 ACTGAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTT-
* * * * *
3429 TTTTTTTGTCATAAAACAATTGCTTCA-TTCGTACAAGTTTGTTTGAAATAA
130 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAA
* ** * * * *
3480 AATAATAATAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGT---A-ATTTAAAAAGTGAATATATTT
1 AATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTT
** * * * * * * * * *
3541 ACCAAATCATTTTAAATAATTATGGCTATTTGAATAATTATTTATTTTAAATCGTTATGAACTTT
66 ACTGAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTT
* * * *
3606 TGTTTTGTCAAAAAACAATTGTTTTTCA--ACATACAAGCTTACTCGAAATAA
131 TGTTTTGTCATAAAACAATTG--TTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAA
* * * *
3657 AACAACACTAATTTATTAATATGTT-AAAATTTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAAATAAATTTGT
1 AATAATACTAATTTATTAATAT-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATTTGT
* * * * * *
3721 TTATTG----AA--C---TAG-T-T-CCTATTT-AAGTAATTACCTATTTCAAATCGTTATAAAC
64 TTACTGAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-CAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC
* * * * * * *
3773 TTTTGTTCTATTATAAAATAATTATTTCAATTTATACAAGCTTATTTGAAATAA
128 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAA
* * * * * * *
3827 AGTAATAATAATTTAGT-AT-TTT-AAAAATTAATAACTAAAATATTTAAAAAATAAATTTATTT
1 AATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTT
* **** * * * ** * **
3889 -GTCGAAGTTGTTCAAACAGTTAAGATTACATGAATAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTT
66 ACT-GAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTT
* ** *
3953 TTGTTTTGTCATAAAATAATCATTTCAGTTTATACAAGCTTATTTGAAATAA
130 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAA
* * * * * * * *
4005 AATGATACAAATTTCTTAATATTCCAAAAATTAATAAGT----GATTTAAAAAGTGAATATGCTT
1 AATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTT
* * * * * * * * *
4066 A-TCGAATCATTTCAAACAATTATG-GTCATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCCTTTTCACCT
66 ACT-GAACCAATTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCT
* * * * * **
4129 TTTGTTTGGTCATATAACAAATGTTTTTA-TTCATTCAAGCTTATTCAAAATAA
129 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAA
* * * *
4182 AATGACACTAATTTATTAATCTTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT
1 AATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTT
* * * * * * * *
4243 ATTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTATACTTCAAATTGTTATAACCTTT
66 ACTGAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTT
* * * *
4308 TGTTCTATCATAAAACAATTATTTCTA-TTTATACAAGCTTATTT-AGAATAA
131 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTTGA-AATAA
* ** * * * *
4359 AATAATACTAATCTAACAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGAATT-AAAAATAAATTTATTT
1 AATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTT
* * * * * *** * *
4423 -GTCGAACTAGTTCAAATATTTAAGACTATAACAACAATCATCTATTTCAAAACGTTATGACCTT
66 ACT-GAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTT
* * * * * * *
4487 TTATTTTGTCATAAAACAATT-TTTGAATTCATGCTAGCATA-TTCAGAATAA
130 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGA-AATAA
* * *
4538 AATAA-AATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA-AATTTTCTA
1 AATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGT-
* * * * * *
4601 TTCACTTAACCAATTCAAATAATTATGACTATTCGAACAATTATCTATTTCAAATTGTT-TCAAT
64 TT-ACTGAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT-GAC
* *** * * *
4665 CTTTTG-TTTGTCATAAAACAAATGTTTTTTTTTTCATATAAGTTTGTTT-AGAATAA
127 CTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AAT-TGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGA-AATAA
* * * * * * *
4721 AGTAATACTAATCTATTAATATTTC-GAAA--ACTAA-TAAGAGATTTAAATAATAAATCTATTT
1 AATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTT
* * * * * * * * * *
4782 ATTAAACTAGTTCAAATAGTTATAACTATTTG-ACAAATTATTTATTTCTAATCTTTATAACTTT
66 ACTGAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC-AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTT
* * * * ** * * * * * *
4846 TTGTTCTATTATAAAAGAATTACTCCTGTCCATACAAGCTTATTCGGATTAA
130 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAA
** * * * *
4898 AATAATACTAAATTT-TTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAAAATTT-AAAAATAAATATGT
1 AATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-AAGAGATTTAAAAAATAAATTTGT
* * * * * * * * * **
4961 TTGCCGAACTAGA-TCAATTAGTCATGACTATATGAATATTTATCTATTTTAAATTATTATGACC
64 TTACTGAACCA-ATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC
* * ** * *
5025 TTTTATTTTATCATAAAGGAATTGTTTCAGTTCATATAAGTTTA-TTGAAATAA
128 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAA
* * ** * *
5078 AATAATGCTAATTTATTAGTATTTTGAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAATTTGTTT
1 AATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTT
* * * * * * *
5143 -GTCGAA-CAAGTTTAAATAATTATGA-TAATTTGAACAATTATCTATTTGAAATTGCTATAACC
66 ACT-GAACCAA-TTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC
* * * * *
5205 TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTTATGTTCATACAAGCCTATTTCAAATAA
128 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCA-GTTCATACAAGCTTATTTGAAATAA
* * *
5260 AATAATA-TAAATTTATTAATA-TT-AAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATA
1 AATAATACT-AATTTATTAATATTTCAA-A-AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTG
* * * * *
5322 TTTATTGAA-CAAGTTCAAATTGTTATGACTATTTAAATAATTATTTATTTCAAA-CTGTTATGA
63 TTTACTGAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC-GTTATGA
* *
5385 -CTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAA
126 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAA
* * * *
5440 AA-AAT--TAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAATAGATTTTAAAAATAAATATGTTT
1 AATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTT
* * * *
5502 ACCGAA-CAAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTT
66 ACTGAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTT
** ** * * *
5566 TTGTTTCAT-ATAAAACAATTGCATCAGTTTATATAAGCTTATTCGAAATAA
130 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAA
* * * * * *
5617 AATAATATTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTATTGAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATT
1 AATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTT
* * * * *
5681 TACT-AAACAAGTTCAAATAGTTGA-GACTATTTGAACAATTTTCTATTTTAAATCATTATGACA
65 TACTGAACCAA-TTCAAATAGTT-ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC
* ** **
5744 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTCCAAATAA
128 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAA
* * * * *
5798 AATAATA-TAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAAGAAGTAA-AAATTTTAAAAAATAAATCTAT
1 AATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATTTGT
**
5861 TTTTTGAA-CACATTCAAATAGTTAT
64 TTACTGAACCA-ATTCAAATAGTTAT
5886 CACCTTTTGT
Statistics
Matches: 2598, Mismatches: 569, Indels: 272
0.76 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
165 1 0.00
166 17 0.01
167 20 0.01
168 6 0.00
169 4 0.00
170 79 0.03
171 1 0.00
172 2 0.00
173 3 0.00
174 3 0.00
175 101 0.04
176 126 0.05
177 471 0.18
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180 461 0.18
181 546 0.21
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183 39 0.02
184 4 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
AATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTT
ACTGAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTT
TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAA
Found at i:4133 original size:177 final size:174
Alignment explanation
Indices: 2490--5831 Score: 1090
Period size: 177 Copynumber: 18.7 Consensus size: 174
2480 TTATGGTTAA
** * * **
2490 GACTATTAT-AACAATTATCTATTTCAAATCGTT-TGGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTG
1 GACTATT-TCAACAATTATCTATTTCAAATTATTAT-AACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-AATCA
* * ** * * * * *
2553 TTTAAGTTCATACAAGCTTATTGGGAATAAATTAATACTAATTTATTGATATTTCTAAAATTAAT
63 TTTCA-TTTATACAAGCTTATT-TAAATAAAATGATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAAT
* * * * *
2618 AAGTAACAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCG-ATTCAGTTAAAATAATTAT
126 AAG----AGATTTAAAAAATAAATATGCTTATCGAACT-AGTTCAAACAATTAT
* * * * * * * ** **
2671 GGCCATTTGAACAATTTTCTATTTCAAATCACTATGACC-TTTGTTTTGTTGTAAAATAATTGTT
1 GACTATTTCAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-AA-TCAT
** * * * ** *
2735 TTTTTTATCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATACATTAATATTTCAAAAATTAAT
64 TTCATT-T-ATACAAGCTTATTT-AAATAAAATGATACTAATTTATTAATATTCCAAAAA-T--T
** * * * * ** * *
2800 AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAACCTGTTTATCCAACCATTTTGAATAGTTAT
123 AA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATATGCTTATCGAACTAGTTCAAACAATTAT
* * * * * * * * **
2853 GACTATTTGAACAATTATCAATATCAAATCATTATGATC-TTTGTCTTGTCATAAATAATTGTTT
1 GACTATTTCAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAATCATTT
* * *** * * *
2917 C-TGATCATAGAAGCTTATTTGGTTAAAAATAATATTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAA
66 CAT--TTATACAAGCTTATTTAAAT-AAAATGATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAA
* * * * * *
2981 GAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTAA
128 GAGATTTAAAAAATAAATATGCTTATCGAACTAGTTCAAACAATTAT
* *** * * * * * * * **
3028 AACTATAAGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTTTGACCTTTT-TCTAGTCATAAAATATTTGTT
1 GACTATTTCAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-AATCATT
* * * * *
3092 TCATTTCATACAA-ATATATTTAGAATAAAATAAT-CTTAATATATTAACATTCAAAAAATTAAT
65 TCATTT-ATACAAGCT-TATTTA-AATAAAATGATAC-TAATTTATTAATATTCCAAAAATTAAT
* * * * * * * * * *
3155 AAGCAAGAGAATTGAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGCTAAAATAGTTAT
126 ----AAGAG-ATTTAAAAAATAAATATGCTTATCGAACTAGTTCAAACAATTAT
* * * * * **
3209 GACTATTTGATCAATTA-CTTATTTAAAATTGTTATGACC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT
1 GACTATTTCAACAATTATC-TATTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-AATCAT
* * ** * *
3272 TTCAATTCATAAAAGCTTATCCAAAGTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTATTG
64 TTC-ATTTATACAAGCTTATTTAAA-TAAAATGATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTA---
* * * * * * * * * *
3337 AGCAAAAGATTAAAAAAATAAATCTG-TTTTCTAACAAATTCAAATAGTTAT
124 A-TAAGAGATTTAAAAAATAAATATGCTTATCGAACTAGTTCAAACAATTAT
* * * * * * * ***
3388 GACTATTTGAACAATTGTATATTTAAAATCATTATGA-CTTGTTTTTTTGTCATAAAACAATTGC
1 GACTATTTCAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAACCTT-TTGTTTTGTCATAAAA-AATCAT
** * * * * ***
3452 TTCATTCGTACAAGTTTGTTTGAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAA
64 TTCATTTATACAAGCTTATTT-AAATAAAATGATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAA
* * ** * * * * *
3517 GTA-ATTTAAAAAGTGAATATATTTA-CCAAATCATTTTAAATAATTAT
128 G-AGATTTAAAAAATAAATATGCTTATCGAACT-AGTTCAAACAATTAT
* * * * * ** * *
3564 GGCTATTTGAATAATTATTTATTTTAAATCGTTATGAA-CTTTTGTTTTGTCAAAAAACAATTGT
1 GACTATTTCAACAATTATCTATTTCAAATTATTAT-AACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-AA-T-C
* ** ** ** * * *
3628 TTTTCA-ACATACAAGCTTACTCGAAATAAAACAACACTAATTTATTAATATGT-TAAAATTTAA
62 ATTTCATTTATACAAGCTTA-TTTAAATAAAATGATACTAATTTATTAATAT-TCCAAAAATTAA
* * * *
3691 TAAGTAGGAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTATTGAACTAGTTC---CTATT-T
125 T-A--A-GAGATTT-AAAAAATAAATATGCTTATCGAACTAGTTCAAACAATTAT
* * ** * * * * *
3742 -A--A-GT----AATTACCTATTTCAAATCGTTATAAACTTTTGTTCTATTATAAAATAATTATT
1 GACTATTTCAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-AATCATT
* * * * *
3799 TCAATTTATACAAGCTTATTTGAAATAAAGTAATAATAATTTAGT-AT-TT-TAAAAATTAATAA
65 TC-ATTTATACAAGCTTATTT-AAATAAAATGATACTAATTTATTAATATTCCAAAAA-T--TAA
* * * ** * * * * *
3861 CTAAAATATTTAAAAAATAAATTTATTTGTCGAAGTTGTTCAAACAGTTAA
125 -TAAGAGATTTAAAAAATAAATATGCTTATCGAACTAGTTCAAACAATTAT
* ** * * *
3912 GATTACATGAATAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATCATT
1 GACTATTTCAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-AATCATT
* *
3977 TCAGTTTATACAAGCTTATTTGAAATAAAATGATACAAATTTCTTAATATTCCAAAAATTAATAA
65 TCA-TTTATACAAGCTTATTT-AAATAAAATGATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAA
* * * *
4042 GTGATTTAAAAAGTGAATATGCTTATCGAA-TCATTTCAAACAATTAT
128 GAGATTTAAAAAATAAATATGCTTATCGAACT-AGTTCAAACAATTAT
* ** * * * **
4089 G-GTCATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCCTTTTCACCTTTTGTTTGGTCATATAACAAATGT
1 GACT-ATTTCAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTTTGTCATA-AA-AAATCA
* * * * * * *
4153 TTTTATTCATTCAAGCTTATTCAAAATAAAATGACACTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATA
63 TTTCATTTATACAAGCTTATT-TAAATAAAATGATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATA
* * * * *
4218 AGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAACTAGTTCAAATAGTTAT
127 AGAGATTTAAAAAATAAATATGCTTATCGAACTAGTTCAAACAATTAT
* * * * * * * *
4266 GACTATTTGAACAATTGTATACTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTATT
1 GACTATTTCAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-AATCATT
* * **
4331 TCTATTTATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATCTAACAATATTCCAAAAATTAATAA
65 TC-ATTTATACAAGCTTATTTA-AATAAAATGATACTAATTTATTAATATTCCAAAAA-T--TAA
* * ** * * * *
4396 CTAAGAGAATT-AAAAATAAATTTATTTGTCGAACTAGTTCAAATATTTAA
125 -TAAGAGATTTAAAAAATAAATATGCTTATCGAACTAGTTCAAACAATTAT
** * *** * * *
4446 GACTATAACAACAATCATCTATTTCAAAACGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAAT-TTT
1 GACTATTTCAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-AATCATT
* * * * * * * * *
4510 TGAATTCATGCTAGCATATTCAGAATAAAAT-AAAATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
65 T-CATTTATACAAGCTTATTTA-AATAAAATGATACT-AATTTATTAATATTCCAAAAA-T--TA
* * * * * *
4574 AGTAAGAGATTT-AAAAA-AAATTTTC-TATTCACTTAACCAATTCAAATAATTAT
124 A-TAAGAGATTTAAAAAATAAATATGCTTA-T--C-GAACTAGTTCAAACAATTAT
* *
4627 GACTA-TTCGAACAATTATCTATTTCAAATTGTT-TCAATCTTTTG-TTTGTCATAAAACAAATG
1 GACTATTTC-AACAATTATCTATTTCAAATTATTAT-AACCTTTTGTTTTGTCAT-AAA-AAAT-
** ** * * * * * * * * *
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* * ** ** * *
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* * * * * * * * *
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1 GACTATTTCAAC-AATTATCTATTTCAAAT-TATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-AATCA
* * * ** * * *** *
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* * ** * ** * *
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* * * * * * * * * **
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* * * * * * * ** *
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* * * * * * *
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125 TAAGAGATTTAAAAAATAAATATGCTTATCGAACTAGTTCAAACAATTAT
* * ** **
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1 GACT-ATTTCAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-AATCAT
* * *
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** * * ***
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* * * * * * **
5348 GACTATTTAAATAATTATTTATTTCAAACTGTTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTT
1 GACTATTTCAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-AATCATT
* * *
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65 TCAT-TT-ATACAAGCTTATTT-AAATAAAATGATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATA
* * * * * * *
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* * * ** * **
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1 GACTATTTCAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-AA-T-CA
* * * * *
5589 --TCAGTTTATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCTAAAAATTATT
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* * ** * * * *
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* * * * * * *
5705 GACTATTTGAACAATTTTCTATTTTAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATT
1 GACTATTTCAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-AATCATT
* * *
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* *
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** * * * *
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* * * * * *
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** * * ** * *
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* * * * * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* *
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* *
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* *** * * * * *
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* * * * * ** *
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* * ** ** * * *
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126 AAATGTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCTAT
* * * * * *
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* * * * * * *** *
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* * * * * *
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* * * * **
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* * * *** *
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* * * * *** *
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* * * * *** *
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1 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTT-AGTCATA-AACAATTGTT-TTAGTTTATACAAGCTTATT
* * * * * * * * *
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* * ** *
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126 AAATGTGTTTACTAAAC-AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCTAT
* * * * * * * *
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1 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTT-TAGTCAT-AAACAATTGTTTTAGTTTATACAAGCTTATTC
* ** * * *
8245 TAGAATAAAATAAT-CTAA-TGA-T---ATTCCAAAAATTAATAA-CTAAGAGAATTCAAAAATA
64 TA-AATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTAAAAAATTAATAAGC-AAAAGATTTAAAAAATA
* * * * * * ** * *
8303 AATTTATTTGCTGAACTAGTTCAAATATTTAAAACTATATGAACAA-T-T-TAT
127 AATGTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCTAT
* * * * * * **
8354 TTC-AATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAA-ATAGGTTTGTTTGAATTCATATTAGCTTAT
1 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAACA-A---TTGTTTTAGTTTATACAAGCTTAT
* * * * * * *
8417 T-TGGAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAGTAAGTAAGAGATTTAAAAAA
62 TCT-AAATAAAATAATACT-AATTTATTAACATTTAAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAA
* * * * * * * * *
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125 TAAATGTGTTTA-CTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCTAT
* * * * * * * *
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1 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTAGTCAT-AAACAATTGTTTTAGTTTATACAAGCTTATTCT
* * * * *
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* * * ** *
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* * * * *
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1 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTT-TAGTCAT-AAACAATTGTTT-TAGTTTATACAAGCTTATT
** * ** ** * * *
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* * * * * * * *
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127 AATGTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCTAT
* * * * * * * *
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1 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTAGTCAT-AAACAATTGTTTTAGTTTATACAAGCTTATTCT
* * * * * *
8957 AAATAAAATAATACTAATTTATTAACAATAAAAAAATTGATAA-TAAAGAGATTTAAAAAGTGAA
65 AAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTAAAAAATTAATAAGCAAA-AGATTTAAAAAATAAA
* * * * * * *
9021 TCTGTTTACTGAACAAATTTAAATAATTAGGACTATTTGAATAATTATCTAT
129 TGTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCTAT
* * * * * * * * *
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* * * * * * * * * *
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* * * * * ** *
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* * * * * * *
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* * * * ** * * *
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* * * * * * *
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* * * *
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* * * ** *
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1 TTCAAATCGTTATGACCTTT-TGTTTAGTCAT-AAACAATTGTTT-TAGTTT-ATACAAGCTTAT
* * * * * * ** *
10387 T-TGGATTATAATAATACTAATATAATAATATTCCAAAAATTAAT-A--AAGAGATTTAAAAAAT
62 TCT-AAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTAAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAAT
* * * * *
10448 AAATGTGTTTGCCAAGCCAA-TTCAAATAGTTAAGACTA-TTAAAATAATTATCTAT
126 AAATGTGTTTACTAA-ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAA-AATTATCTAT
* * * * *
10503 TTCAAATTGTTTTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTTAGTTCATACAAGCTTATT-T
1 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTAGTCAT-AAACAATTGTTTTAGTTTATACAAGCTTATTCT
* * * *
10567 AGAATAAAATAATACCAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATGAGCAAGAGATTTAAAACAATAA
65 A-AATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTAAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAA-AATAA
* * * *
10632 ATCTGTTTACCAAACAAGTTGAAATAGATT-TGACTATTTGAACAATTATCTAT
128 ATGTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAAAAATTATCTAT
* * * * * *
10685 TT-AAAGTCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAACCTTATT-
1 TTCAAA-TCGTTATGACCTTTTGTTTAGTCAT-AAACAATTGTTTTAGTTTATACAAGCTTATTC
* * * * * * * * *
10748 TGAAATAAAATTATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATCATTATGC-AAGGATTTAAAAACTAA
64 T-AAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTAAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAATAA
* ** * * * * *
10812 A-GCTATTTTTTGAACCACTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAAA-TATCAAT
128 ATG-TGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-AAATTATCTAT
* * * ** *
10865 CTCAAATCGTTATGATC-ATTGTTTTCTCATAAAACAAAATT-TTTT-TTTATCATACAAGCTTA
1 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTAGTCAT-AAAC--AATTGTTTTAGTT-T-ATACAAGCTTA
* * * * *
10927 TTC-AGATAAAAATAATACTAATTTAATAATA-TTATGATAATTAATAAG----AGATTTAAAAA
61 TTCTAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAACATTTA-AAAAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAA
* * * * * * *
10986 ATAAATGTGTTTATCGAATC-AGTTTAAATAGTTAAGATTATTAGAATAATTATCTAT
124 ATAAATGTGTTTA-CTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCTAT
* * * * * * * * *
11043 TTCAAATCATTTTGACCTTTTTTTTAGTTATATAATAATTATTTCAATTTGTACAAGCTTATT-T
1 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTAGTCATA-AACAATTGTTTTAGTTTATACAAGCTTATTCT
* * **
11107 GGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCATGAGATTTGAAAAAATAA
65 -AAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTAAAAAATTAATAAGCAAAAGATTT-AAAAAATAA
* * * * * *
11172 ATCTATTTACTAATCATGTTCAAATAGTTATGACTATTTCAACAATTATCTAT
128 ATGTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCTAT
* * * * * * * * * *
11225 TTAAAATCATTATGATCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAGGTTATCCA
1 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTAGTCAT-AAACAATTGTTTTAGTTTATACAAGCTTATTCT
* * **
11290 AAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAATAAAT
65 AAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTAAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * *
11351 -TAGTTTATTGAATCAA-TTCAAATAATCATGGCCATTT-AAACAACTATCTAT
130 GT-GTTTACT-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAA-AATTATCTAT
* * * * *** * * ***** * *
11402 TTTAAATCATTTTTATAATTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTCAACATAAAAGCTTTTTCT
1 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTAGTCAT-AAACAATTGTTTTAGTTTATACAAGCTTATTCT
* * * *
11467 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAGAATTAATAAG----AGATTTAAAAAAGAAAT
65 AAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTAAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAATAAAT
* * ** * *
11528 CTATTTGTTGATACAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
130 GTGTTTACT-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCTAT
* * * * * * *
11579 TTCAAATTGTTAT-AACTTTTGTTCAATAAAAAAAAAATTGTTTCTA-TTTATACAAGCTTACTT
1 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTAGT-CATAAACAATTGTTT-TAGTTTATACAAGCTTA-TT
** * * * * * **
11642 -GGAATAAAATAATAATATTTTAGTAATATTCT-GAAAATTAATAA-CTATGAGATTTAAAAAAT
63 CTAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATT-TAAAAAATTAATAAGC-AAAAGATTTAAAAAAT
** * * *
11704 AAATCCGTTTACTAAACCAA-TTCAAATAGTT-TAGACTATATGAAAATTTATTTAT
126 AAATGTGTTTACTAAA-CAAGTTCAAATAGTTAT-GACTATTTGAAAAATTATCTAT
** * * * * * * * * * * * *
11759 TTCAAATTATTATAACCATCTATTTTGTCATAAAACAAATATTTAAGCTCATAGAAGTTTAATT-
1 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTAGTCAT-AAACAATTGTTTTAGTTTATACAAGCTT-ATTC
** * * * * * * * * *
11823 GGAATAGAATAAAATTAATATATTAATATTTCAAAAATTTATAAG----AGATTTAGAAAATAAT
64 TAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTAAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAATAAA
* * * * * * * *
11884 TCTATTTACGAAACTAGTTCAAATAATTATAACTATTTGCACAATTATCTAT
129 TGTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCTAT
* * * * * * * ** * ** *
11936 TGCAAATCGTTTTTACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTAATATGAGTTTGCTCG
1 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTAGTCAT-AAACAATTGTTTTAGTTTATACAAGCTTATTCT
* ** * * * *
12001 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATCAA-TAAGATATTTAAAAAGTAAA
65 AAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTAAAAAATTAAT-AAGCAAAAGATTTAAAAAATAAA
* ** * * * * *
12065 TCTACTTGCCAAACCATTTCAAATAGTTTTGACTATTT-AAATAATTATCTAT
129 TGTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAA-AATTATCTAT
* * * * * * * * **
12117 TTCAAATCATTATAAACTTTTATTTTGTCATCATACAATTGGTTCTA-TTTATACTATTTTATTC
1 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTAGTCAT-AAACAATT-GTTTTAGTTTATACAAGCTTATTC
* * * * ** * * *
12181 GAAATAAAATAATACAAATTTAATAATATTTTGAAACTTAATAACCAAGAA-AATTAAAAAATAA
64 TAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTAAAAAATTAATAAGCAA-AAGATTTAAAAAATAA
* ** * * * * *
12245 ATCTAATTGCCAAACCAA-TTCAAATAGTTAAGACTATGT-AAATGATTATCTAT
128 ATGTGTTTACTAAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAA-AATTATCTAT
* * * * * * *
12298 TTCAAATTGTTATGA-CTTTTTTTTTGTCATAAAATAATTATTTT-GTTTGTAGAAGCTTATTC-
1 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTAGTCAT-AAACAATTGTTTTAGTTTATACAAGCTTATTCT
* * * *
12360 ATATTAAAATAATACTAATTTCA-TAATAATTAAAAAAGTAATAAG----AGATTTAAAAAATAA
65 A-AATAAAATAATACTAATTT-ATTAACATTTAAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAATAA
* * * * * * * * * * * *
12420 TTTTGTTTGTCGAATC-ATTTCAAATGGTTAAGACTATTAGAATAATTATATAC
128 ATGTGTTT-ACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCTAT
* * * * * * *
12473 TTCAAAT-GTTTTGACCATTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTATT-G
1 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTAGTCAT-AAACAATTGTTTTAGTTTATACAAGCTTATTCT
* * *
12536 AGAATAAATTAATACTAATTTATTAACATTTGAAAAATTAATAAG-AAAGAAATTTAAAAAATAA
65 A-AATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTAAAAAATTAATAAGCAAA-AGATTTAAAAAATAA
* * * * * ** * *
12600 ATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATTATTATTTGAGCAGTTGTCTAT
128 ATGTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCTAT
* * * ** * * *
12653 TTAAAATCATTATAACCTTCTAATTT-GTCATAAAACAATTGTTTCAGTTAATACAAGCTTAGAT
1 TTCAAATCGTTATGACCTT-TTGTTTAGTCAT-AAACAATTGTTTTAGTTTATACAAGCTTA-TT
** * ***
12717 -GGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCCTAAATTAATAAG---AA-ATTTAAAAAATAA
63 CTAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTAAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAATAA
* * * * ** **
12777 ATCTGTTTACCAAATC-AGTTAAAATAATTATGGTTATTTGAGTAATTATCTAT
128 ATGTGTTTACTAAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCTAT
* * * * *
12830 TTCAAATCATTATGACTTTTTATTTGGTCATAAAACAATTATTTT--TTATCATACAAGCTTATT
1 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTAGTCAT-AAACAATTGTTTTAGTT-T-ATACAAGCTTATT
* * * * * * * * *
12893 C-GAA-AAAATAATAATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAGGTAACAGATTTATACAATAA
63 CTAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTAAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAATAA
* * * * * *
12956 ATTTGTTTACTGAAC-TGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCAAT
128 ATGTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCTAT
* * ** * * *
13008 CTCAAATCATTAAAATC-TTTG-TT-GTCATAAAACAATTGTTGCTTA--TGATAGAAGCTTATT
1 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTAGTCAT-AAACAATTGTT--TTAGTTTATACAAGCTTATT
*** * * * **
13068 -TGGTTAAAAATAATATTAATTTAATAATATTTTGAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAATA
63 CTAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAACATTTAAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAATA
* * * * * ** * * *
13128 AATATCTTTGCTAAACCAGTTCAAATGGTTAAAAATATTAGAATAATTATCTAT
127 AATGTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCTAT
* * * *
13182 TTCAAATCATTCA-AACCTTTTGTTTAGTCATAAA-ATATTTGTTTCATGTCT-TACAAGCTTAT
1 TTCAAATCGTT-ATGACCTTTTGTTTAGTCATAAACA-A-TTGTTTTA-GTTTATACAAGCTTAT
* * * ** **
13244 T-TGGAATAAAATAATCCAAATTTACGAACATTTGGAAAATTAATAAGCAAAAGATTTGAAAAAA
62 TCT-AAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTAAAAAATTAATAAGCAAAAGATTT-AAAAAA
* * * * * * * *
13308 GAAATTTTTTTATTGAACAAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTAAT-TAT
125 TAAATGTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATT-ATCTAT
* * * * * *
13364 ATAAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGACATAAAACAATTG
1 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTAGTCAT-AAACAATTG
13405 CTTCAATTCA
Statistics
Matches: 5733, Mismatches: 1243, Indels: 749
0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
158 1 0.00
160 31 0.01
161 6 0.00
162 5 0.00
163 4 0.00
165 10 0.00
166 1 0.00
168 6 0.00
169 38 0.01
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171 54 0.01
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174 66 0.01
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185 6 0.00
186 22 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (180 bp):
TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAACAATTGTTTTAGTTTATACAAGCTTATTCTA
AATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTAAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAATAAATG
TGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCTAT
Found at i:9283 original size:359 final size:356
Alignment explanation
Indices: 5873--15227 Score: 5055
Period size: 359 Copynumber: 26.3 Consensus size: 356
5863 TTTGAACACA
* * *
5873 TTCAAAT-AGTTATCACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTGTTCATACAAGCATA-TT
1 TTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTT
* * *
5936 CGAAATAAAATAATACTAGTTTATTAATATTCCA-AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATA
65 AG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATT--ATGAAATTAATAAGT--AA-ATTTAAAAAATA
* * * ** * * * * * *
6000 AATCTATTTACTGAGCAAGTTTAACTAGTTATGACCATTTGAACAATTATTTATTTTAAATAGTT
124 AATATGTTTACTAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTT
* * ** * * **
6065 ATGATCTTTTGTTTTTTAATAAAA-TGTTGTTTCTA-TTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATA
189 ATGAT-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTTATACAAGCTTATTTGAAATAAAATA
* *** * * *
6128 ATACTAATTTATTAAAATTTTGAAAACTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTG
252 ATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTG
* * * * * * *
6193 AACAAGTTCAAATAATCATAACCATTTGAATAATTATCTAA
316 AACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
** * * * ** *
6234 TTCAAATTGTTATGACATTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATGCAAAATTATTCA
1 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTA
* * * * * * * * * *
6299 AAATAAAATAGTATTGATCTATTAAAATTTTGAAAATTAATAAG-AGATTTCAAAACTAAATCA-
66 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTATG-AAATTAATAAGTAAATTTAAAAAATAAAT-AT
* * * * * * *
6362 GTTTACTGAATTAA-TTCAAATAGTTTTAACTATTTGAATAGTTATCTATCGT-AAATCGTTAAG
129 GTTTACT-AAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAATCGTTATG
* * * * * * *
6425 ATCTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTC--TTTCCACATAAGCTTATTCGAATTGAAATAATA
192 ATTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTT--ATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATA
* * ** * * * ** *
6488 TTAATTTAATAATATTTTAAAAATTAATCAATAAGATATTTAAAAAATAAATGTGTTTGTTAAAC
255 CTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAAT-AATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAAC
* * ** * *
6553 CAGTTCAAATAGTTAAAACTATTAT-AAAAATTATCTAG
319 AAATTCAAATAGTTATGACTATT-TGAACAATTATCTAT
* * ** * ** * ** *
6591 TTCAAATCGTTTTGATTTTTTGTTTAGTCATAAATTAATTATTTCAATTTATACAAGCTTATTCT
1 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATT-T
* * ** * *
6656 A-AATAAAATAATACTACTTTATTAACATTTAAAAAATTAGTAAGCAAAAGATTTAAAAGAATAA
65 AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTATGAAATTAATAAG--TAA-ATTTAAAA-AATAA
* * * * * **
6720 ATCTATTTAC--CA-AA-CTCAAATAGATT-TGACTATTTGAGCAATTATCTATTT-AAAGTCAC
125 ATATGTTTACTAAATAAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCGT
* * * * * *
6779 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAACTTTTTTGAAAT---AT-
188 TATGA-TTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTTATACAAGCTTATTTGAAATAAAATA
* * * * **
6840 -TAC---TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAACTAAAGCTATTTTTTG
252 ATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTG
* * * *
6901 AA-ATAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAAATATCAAT
316 AACA-AATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * *
6942 CTCAAATCGTTATGA--TATTTATTTTCTCATATAACAATTGTTTCTGATT-ATACAAGCTTA-T
1 TTCAAATCATTATGACCT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTG-TTCATACAAGCTTATT
* * * * * * *
7003 TCGGATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCA-AAAATCAATAAG-AGATTTAAAAAAGAAA
64 TAGAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATT--ATGAAATTAATAAGTAAATTTAAAAAATAAA
* * * * * * * * * * *
7066 -AGTGCTTGCTGAACT-AGTTTAAATAGTTAAGATTATTGGAATAATTATTTATTTCAAATTGAT
126 TA-TGTTTACT-AAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTT
* * * * * * * * *
7129 CTGACCTTTTGGTTAGTCATATAATAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTA-TTGGAATAAAATAA
189 ATGA-TTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTTATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAA
* ** * * *
7193 TACTAATTTATTAACATTTGAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTGAATAAATAAATTTGTTTACTG
253 TACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAA-TAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTACTG
* *
7258 AACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
316 AACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * * *
7299 TTAAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTTATGCATGCTTATTC
1 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-GTTCATACAAGCTTATTT
* * ** *
7363 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAACACACAAG-AAATTTAAAAAATAA
65 AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-ATGAAATT---A-ATAAGTAAATTTAAAAAATAA
* * * * ***
7427 AT-TCGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAGAATTATCTCTTTAAAATAAAT
125 ATAT-GTTTACTAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTT
* * * * * *
7491 ATGAACTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCAGTTCATA-AAGTTTTATTTCAAATAAAAT-
189 ATG-ATTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTTATACAAG-CTTATTTGAAATAAAATA
* * ** * * * *
7554 ATATTACTTTAATTAATATTTAAAAAATGATTAAGTTAGAGATTT-AAAAAT-AA-GTATTTAC-
252 ATACTAATTT-ATTAATATTCCAAAAATTAATAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACT
* * ** * *
7615 CAA-ATGATTTTAATA-TTATGGC-CTTTGAACAATTATCTAT
315 GAACA-AATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
** * * * *
7655 TTCAAATTGTTAACGTGA-ATTTTG--TTGT-ATAAAAC-ATTGTTTC---ACAT-CATGCCTAT
1 TTCAAATCATT-A--TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTAT
* * * ** *
7711 TTGGAAATAAAAATAATACTTA-TTATTAATATT-TCAAACATTTTTAGTGTAGAA-TTAAAAAA
63 TTAG-AAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTAT-GAA-ATTAATA-AGTA-AATTTAAAAAA
** * * * *
7773 TAAA-A----T-CT--AT---TTACTGACA-TT-T-CCTA-TTGAACACTTATCTATTTCAAATT
122 TAAATATGTTTACTAAATAAGTT-CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
* * * * * ** *
7823 GTTAATAAGACTTTTTGTTCTAT-ATAAAAATAATTTTTTTAGTTTTCATTTAAGCTTATTTGGA
186 GTT-AT--GA-TTTTTGTTTTGTCAT-AAAACAATTGTTTCAG-TTT-ATACAAGCTTATTTGAA
* *
7887 ATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCTAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT
244 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCT
* ** * * ***
7952 GTTTACCAAATC-AATTCAAATAATTATTG-TTATGCCAACAATTATCTAT
308 ATTTACTGAA-CAAATTCAAATAGTTA-TGACTATTTGAACAATTATCTAT
* ** * * * ** * *
8001 TTCAAAT-AGTTATTACCTTTTGTTTCATCATATAAGAATT-TTATTTGAACATTCAAGCTTTTT
1 TTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT-TCTGTTCATACAAGCTTATT
* * * * * * *
8064 TGGAATAAATTAATATTAATTTATTAATCTT-TCAAAAATTAGTAGGTAAGAGATTTAAAAAATA
64 TAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTAT--GAAATTAATAAGT-A-A-ATTTAAAAAATA
* ** * *
8128 AATCTGTTTACTAAACTAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATAAACTTCAAATCAT
124 AATATGTTTACTAAA-TAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGT
* * * * * ** * *
8192 TATAACTTTTTGTTCTATCATAAAATAATTATTTTTGTTCATACAAGTTTATTT-AGAATAAAAT
188 TATGA-TTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTTATACAAGCTTATTTGA-AATAAAAT
* * * * *
8256 AAT-CT-A---A-TGATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGAATTCAAAAATAAATTTATTTGCT
251 AATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACT
* * * ** *
8315 GAACTAGTTCAAATATTTAAAACTATATGAACAA-T-T-TAT
315 GAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
** * * * *** **
8354 TTC-AATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAATAGGTTTGTTTGAATTCATATTAGCTTATT
1 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA--ATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATT
* * * * *
8418 TGGAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAGTAAGTAAGAGATTTAAAAAAC
64 TAGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTAT--GAAATTAATAAGT-A-A-ATTTAAAAAAT
* * * ** * * * *
8481 AATTCTATTTACCTAACCAA-TTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCA
123 AAATATGTTTA-CTAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCG
* * * * * * *
8545 TTATTACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTT-TGTTCATATAAGTTTATTTGAAATAAAGT
187 TTATGA-TTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTTATACAAGCTTATTTGAAATAAAAT
* * *
8609 AATACTAATCTATTAATATTTCAAAAA-T--TAATAAGTGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-TC
251 AATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACT-
* * * * *
8670 AAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAGCAATTATTTAT
315 GAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * * *
8712 TTCAAATCATTATGACTTTTTGTTCTATTATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTA-TTG
1 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTA
* * *
8776 GATTAAAATAATACTAATTTATTAGTATTTTGACAATTAATAAGTAAAAAAGTTT-AAAAATAAA
66 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTATGA-AATTAATAAGT---AAA-TTTAAAAAATAAA
* * * * * * *
8840 TATGTTTACTAAACT-AGATCAAATAATCATGACAACTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTA
126 TATGTTTACTAAA-TAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA
* * * **
8904 TGATCTTTTCTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTTATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAAT
190 TGAT-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTTATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAAT
* * ** * * * *
8969 ACTAATTTATTAACAATAAAAAAATTGATAATAAAGAGATTTAAAAAGTGAATCTGTTTACTGAA
254 ACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAT-AAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAA
* * * *
9034 CAAATTTAAATAATTAGGACTATTTGAATAATTATCTAT
318 CAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * *
9073 TTGAAAT-AGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAGAATTTTTTTTGTTCAT-CTAAGCTTATT
1 TTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATAC-AAGCTTATT
* * * * * * *
9136 TTGAATAAAATAATACAAATTTATCAATATTAAGAAATTAACAAGTAAACTATAAAAAATTAATA
64 TAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTATGAAATTAATAAGTAAA-TTTAAAAAATAAATA
* * * * * * *
9201 TGTTTACTAAATAAGTTCAAATCGTTATGGCCATTTGAGCAATTATTTATTTCAACTTGTTATGA
128 TGTTTACTAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA
* ** * * * *
9266 CTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTTATACAAGTTTA-TTCAGATTAAAATAATAT
193 -TTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTTATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATAC
* *** * * * * **
9330 TAATTTATAAATATTTTGACAATTAATAGGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACA
256 TAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATA-ATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACA
* * * * * *
9395 AGTTCAATTAGTCATGACTATTTGAATAATTATATCT
320 AATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * *
9432 TTCAAATCATTATGACCTTTTCTTTTGTAATAAAACACTTTTTTCAGTTCATATAAGCTTATTT-
1 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTA
* * * * *
9496 GAAGTAAGATAATACTAATTTATTAATATTCTGAAAATTAATGAA-TAAGAACATTGAGAAAA-G
66 GAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTATG-AAATTAAT-AAGT---AA-ATTTAAAAAATA
** * *
9559 AATATGTTTACCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATCTGAACAATTATCTATTTCAAAACGTT
124 AATATGTTTACTAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTT
* * * *
9624 ATGATATTTTGTTTTGTCATAAAAACAATTGGTTCTA-TTCT-TGCAAGCTTATTTCAAATAATA
189 ATGAT-TTTTGTTTTGTCAT-AAAACAATTGTTTC-AGTT-TATACAAGCTTATTTGAAATAAAA
* * * * *
9687 TAAT-TTAAATTTATTAATATTCCAAATATTAATAAGTGAA-A-TTTTAAAAAATAAATATGTTT
250 TAATACT-AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAA-T-AAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTT
* * * * *
9749 TCTGAATACATTCAAATATTTATGACTATTTGAAGAATTATCTAT
312 ACTGAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * *
9794 TTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTATCATAAACCAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTT-TTTT
1 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTA
* *
9858 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCCA-AAAATTAATAAGTGAAAGATTTAAAAAATAA
66 G-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATT--ATGAAATTAATAAGT--AA-ATTTAAAAAATAA
* * * * * ** *
9922 GTCTATTTACCAAGTAAGTTCAAATAGTTATG-CTATTTGAATGATTATTTATTTCAAATCGTTA
125 ATATGTTTACTAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA
* * * **
9986 TGATCATTT-TTTT-TCATAAAGCAATTGTTTCTA-TTCATACAATTTTATTTGAAATAAAATAA
190 TGAT-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTTATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAA
* * * * ** * * *
10048 TACTAATTTAGTAGTAGTCTAAAAATTAATAAGTTCGAGATTTAAAAAGTAAATTTGTTTACTGA
253 TACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGA
* * * * *
10113 ACAAGTTCAAATATTTATGTCCATTTGAACTATTATCTAT
317 ACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * ** *
10153 TTCAAATCATAATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTCA
1 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTA
* * * * *
10218 GACTAAAATAATGCT-ATTCTATTAATATTTTGATAATTAATAAG-AGATTTAAAAACA-AAATC
66 GAATAAAATAATACTAATT-TATTAATATTATGA-AATTAATAAGTAAATTTAAAAA-ATAAATA
* * * *
10280 TATTTACCGAAAT-AGTTCAAATA-TTCATGACTATTTGAACAATTATCTA----AAATCTTTGT
128 TGTTTA-CTAAATAAGTTCAAATAGTT-ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT
* * * * * * *
10339 GATCTTTATTTTGTCATAAAACAAGTGTTTC-TTTTCATACAAGCTTATTTGGATTATAATAATA
191 GATTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTT-ATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATA
* * * * * *
10403 CTAATATAATAATATTCCAAAAATTAAT-A-AAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGC-CAAGC
255 CTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAA-C
* * ** *
10465 CAATTCAAATAGTTAAGACTATTAAAATAATTATCTAT
319 AAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
** * * * *
10503 TTCAAATTGTTTTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTT-TAGTTCATACAAGCTTATTT
1 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-GTTCATACAAGCTTATTT
* * ** * *
10567 AGAATAAAATAATACCAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATGAGCAAGAGATTTAAAACAATAA
65 AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-ATGAAATTAATAAG-TA-A-ATTTAAAA-AATAA
* * * * *
10632 ATCTGTTTACCAAACAAGTTGAAATAGATT-TGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAAGTCAT
125 ATATGTTTACTAAATAAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCGT
* * * * *
10695 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAACCTTATTTGAAATAAAATT
188 TATGA-TTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTTATACAAGCTTATTTGAAATAAAATA
* * * * * * **
10760 ATACTACTTTATTAATATTTCAAAAA-TCATTATGCAAG-GATTTAAAAACTAAAGCTATTTTTT
252 ATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAT--AAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACT
* * * * *
10823 GAACCACTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATCAAT
315 GAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * * *
10865 CTCAAATCGTTATGATC-ATTGTTTTCTCATAAAACAAAATT-TTTTTTTATCATACAAGCTTAT
1 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC--AATTGTTTCTGT-TCATACAAGCTTAT
* * *
10928 TCAG-ATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTATGATAATTAATAAG-AGATTTAAAAAATAAA
63 TTAGAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTATGA-AATTAATAAGTAAATTTAAAAAATAAA
* * * * * * * * * *
10991 TGTGTTTA-TCGAATCAGTTTAAATAGTTAAGATTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTT
126 TATGTTTACT-AAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA
* * * * * * * *
11055 TGACCTTTTT-TTTAGTTATATAATAATTATTTCAATTTGTACAAGCTTATTTGGAATAAAATAA
190 TGA--TTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTTATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAA
* * * *
11119 TACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCATGAGATTTGAAAAAATAAATCTATTTACT-
253 TACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAA-TAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTACTG
** *
11183 AATCATGTTCAAATAGTTATGACTATTTCAACAATTATCTAT
316 AA-CAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * **
11225 TTAAAATCATTATGATCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATAAAAGGTTATCC
1 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-GTTCATACAAGCTTATTT
* * * *
11289 AAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAG-AGATTTAAAAAATAAAT-T
65 AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTATG-AAATTAATAAGTAAATTTAAAAAATAAATAT
* * * * * * * * * * * *
11352 AGTTTATTGAATCAA-TTCAAATAATCATGGCCATTTAAACAACTATCTATTTTAAATCATTTTT
129 -GTTTACTAAAT-AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATG
* * ** * *
11416 ATAATTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTCA--ACATAAAAGCTT-TTTCTAAATAAAATAA
192 AT-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG--TTTCAGTTTATACAAGCTTATTT-GAAATAAAATAA
* * * **
11478 TACTAATTTATTAATATTTCAAGAA-T--TAATAAGAGATTTAAAAAAGAAATCTATTTGTTGAT
253 TACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGA-
11540 AC-AATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
317 ACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
** * *** * * * * * * *
11579 TTCAAATTGTTAT-AACTTTTGTTCAATAAAAAAAAAATTGTTTCTATTTATACAAGCTTACTTG
1 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTA
* * * * *
11643 GAATAAAATAATAATATTTTAGTAATATTCTGAAAATTAATAACTATGAGATTTAAAAAATAAAT
66 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTATG-AAATTAATAAGTA--A-ATTTAAAAAATAAAT
** * * * **
11708 CCGTTTACTAAACCAA-TTCAAATAGTT-TAGACTATATGAA-AATTTATTTATTTCAAATTATT
127 ATGTTTACTAAA-TAAGTTCAAATAGTTAT-GACTATTTGAACAA-TTATCTATTTCAAATCGTT
* ** * * * * * * * * * * * *
11770 ATAACCATCTATTTTGTCATAAAACAAATATTTAAGCTCATAGAAGTTTAATTGGAATAGAATAA
189 ATGA-TTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTTATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAA
* * * * * *
11835 AATTAATATATTAATATTTCAAAAATT--T-ATAAGAGATTTAGAAAATAATTCTATTTAC-GAA
253 TACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTG-A
* * * * *
11896 ACTAGTTCAAATAATTATAACTATTTGCACAATTATCTAT
317 ACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * * * ** *
11936 TGCAAATCGTTTTTACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTAATATGAG-TT-TGCT
1 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTAT-TT
* * *
11999 CGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATCAA-TAAGATATTTAAAAAGTA
65 AG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTATG-AAATTAAT-AAGT-A-A-ATTTAAAAAATA
* ** * * ** * * * * *
12063 AATCTACTTGCCAAACCATTTCAAATAGTTTTGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCATT
124 AATATGTTTACTAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTT
* * * * * * * ** *
12128 ATAAACTTTTATTTTGTCATCATACAATTGGTTCTA-TTTATACTATTTTATTCGAAATAAAATA
189 AT-GATTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTTATACAAGCTTATTTGAAATAAAATA
* * *** * * * * * * **
12192 ATACAAATTTAATAATATTTTGAAACTTAATAACCAAGAAAATTAAAAAATAAATCTAATTGCCA
252 ATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTG
* * * * **
12257 AACCAATTCAAATAGTTAAGACTATGTAAATGATTATCTAT
316 AACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
** * * * ** * *
12298 TTCAAATTGTTATGA-CTTTTTTTTTGTCATAAAATAATTATTT-TGTTTGTAGAAGCTTATTCA
1 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTA
* * ** * * * *
12361 TATTAAAATAATACTAATTTCA-TAATAATTAAAAAAGTAATAAG-AGATTTAAAAAATAATTTT
66 GAATAAAATAATACTAATTT-ATTAAT-ATTATGAAATTAATAAGTAAATTTAAAAAATAAATAT
* * * * * * * * * * *
12424 GTTT-GTCGAATCATTTCAAATGGTTAAGACTATTAGAATAATTATATACTTCAAAT-GTTTTGA
129 GTTTACT-AAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA
** * * * * *
12487 CCATTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTA-TTGAGAATAAATTAATAC
193 -TTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTTATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATAC
* ** * * **
12551 TAATTTATTAACATTTGAAAAATTAATAAGAAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACA
256 TAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACA
* * * * * *
12616 AGTTCAAATAGTTATTATTATTTGAGCAGTTGTCTAT
320 AATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * ** * * ** *
12653 TTAAAATCATTATAACCTTCTAATTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTAATACAAGCTTAGATG
1 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTA
* *
12718 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCCTAAATTAATAAG-AAATTTAAAAAATAAATCT
66 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTAT--GAAATTAATAAGTAAATTTAAAAAATAAATAT
* * * * ** ** *
12781 GTTTACCAAATCAGTTAAAATAATTATGGTTATTTGAGTAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
129 GTTTACTAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-
* * * * * *
12846 TTTTTATTTGGTCATAAAACAATTATTT--TTTATCATACAAGCTTATTCG-AA-AAAATAATAA
193 TTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTT-T-ATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAC
* * * * * * *
12907 TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAGGTAACAGATTTATACAATAAATTTGTTTACTGAAC-
256 TAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATA-ATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACA
** * * *
12971 TGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCAAT
320 AATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* ** * * * *
13008 CTCAAATCATTAAAATC-TTTG--TTGTCATAAAACAATTGTTGCT-TATGATAGAAGCTTATTT
1 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGT-TCATACAAGCTTATTT
** * * * *
13069 -GGTTAAAAATAATATTAATTTAATAATATTTTGAAAATTAATAAG-AGATTTAAAAAATAAATA
65 AGAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTATG-AAATTAATAAGTAAATTTAAAAAATAAATA
* * ** * ** * * * * *
13132 TCTTTGCTAAACCAGTTCAAATGGTTAAAAATATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCA-A
128 TGTTTACTAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTT-ATG
* * * * * * *
13196 ACCTTTTGTTTAGTCATAAAATATTTGTTTCATGTCT-TACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATC
192 A-TTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCA-GTTTATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATA
* ** * *** * * * * * *
13260 CAAATTTACGAACATTTGGAAAATTAATAAGCAAAAGATTTGAAAAAAGAAATTTTTTTATTGAA
255 CTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAA-TAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTACTGAA
* * *
13325 CAAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTAAT-TAT
318 CAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT-ATCTAT
* * * * * ** * **
13364 ATAAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGACATAAAACAATTGCTTCAATTCATAAAAGCTTATCCA
1 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTA
* * * * *
13429 -AA-ATAACAA-A--AA---ATTAATA--A-G----TAA-GAGT---TTAAAAAAATAAATTTGT
66 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTATGAAATTAATAAGTAAATTTAAAAAATAAATATGT
* * * *** * * * *
13475 TTACCAAACAAATTTTGATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATTGTTATGACAT
131 TTACTAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-TT
* * * * *
13540 TTTGTTCTGTCCTAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAAATAATTCTAA
195 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTTATACAAGCTTATTTGAAAT-AAAATAATACTAA
* * * ** ** *
13605 TTTATTAATATTCCAAAAATTAATAACT----GATTTAAAAAGTGAATCTATTTTCCAAATTAGT
259 TTTATTAATATTCCAAAAATTAATAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAAT
* * * *
13666 TTAAAT-GATTGTG-GTCATTTCAACAATTATCTAT
323 TCAAATAG-TTATGACT-ATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * *
13700 TTCAAATCGTTATTACCTTTTGTTTGGTCATATAACAATTGTTT-TTTATCATACAAGCTTATTC
1 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGT-TCATACAAGCTTATTT
* * * * * * *
13764 AAAATAAAAT-A-A-TAATTTATTAATCTT-TCAAAAATTAATAAG-AGATTTACAAAATGAATT
65 AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTAT--GAAATTAATAAGTAAATTTAAAAAATAAATA
* * * * * * *
13824 TGTTTACTGAACTAA--TCAAGTAGTTATGACTATTTGACCAATTCTATACTTCAAAT-GTTATA
128 TGTTTACT-AAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATG
* * * ** * * *
13886 ACCTTTTGTTATGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACGAGCTTATTCT-AAATAAAACAATA
192 A-TTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTTATACAAGCTTATT-TGAAATAAAATAATA
* * * * * * * **
13950 CTAATCTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGGGATTTAAAAATTAAATTTGTTTGCCAAAC
255 CTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAAC
* * * * * *
14015 TAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAATAATTATCTAA
319 AAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* ** * * **
14053 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTCTCATCATAAAAGAATTTTTTTCAATTCATACTAA-CTTATT
1 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTGTTTCTGTTCATAC-AAGCTTATT
* * ** * * **
14117 TGGAATAAAATAAAAAGAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAG-AGA--TAAAAAA-ATTT
64 TAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTAT--GAAATTAATAAGTAAATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * *
14177 TTATTTATCTAAAT-GGTTCAAATAATTATGATTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT
127 ATGTTTA-CTAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT
* * * ** * * * *
14241 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAATGTTTTTGCTCATATAAG-TT-TGTTCAGAATAAAATAA
191 GA-TTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTTATACAAGCTTAT-TTGA-AATAAAATAA
* * * *
14304 TACTAATCTATTAATATTTCAAAAA-T--TAATAAGAGATTT-AAAAATAAATCTGTTTA-TCAA
253 TACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACT-GA
* * * * * *
14364 ACCAGTTCAAATAGTTATGAATATTT-AAGTAAATATTTAT
317 ACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-CAATTATCTAT
* * * * * * * * *
14404 TTCAAATCATTGTGACTTTTTGTTCTATTATAAAACAATAGTTTCTATTCATACGAGCTTATTCA
1 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTA
* * *
14469 -AATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAACAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAA
66 GAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTATGA-AATTAATAAGT---AAATTTAAAAAATAAA
* * * * *
14533 TATGTTTACTGAACT-AGATCAAATAGTCATGACTCTTT-AATAATTATCTATTTCAAATCGTTA
126 TATGTTTACT-AAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA
* * ** * * * *
14596 TGACCTTTTGTTTTTTCATAAAA-AATTACTTCAATTCATATAAGGTTATTTGAAATAAAATAAT
190 TGA-TTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTTATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAAT
* * * * *
14660 ACT-ATGTTATTAATATTCCTAAAATTAATAATTGAGAGATTTAAAAAATGAATTTATTTATTGA
254 ACTAAT-TTATTAATATTCCAAAAATTAATAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGA
* * * *
14724 ACAAGTTTAAATAATTATTG-CCATTTGAACAATTAT-TGAT
317 ACAAATTCAAATAGTTA-TGACTATTTGAACAATTATCT-AT
** * * * * * ** * **
14764 TTGGAATTACTATAACCTTTTGGTTTGGCATAAAATTATT-TTATTTGTTCATATTAGCTTATTT
1 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT-TCTGTTCATACAAGCTTATTT
* *
14828 CA-AATAAAATAATACAAATTTATTAATATTAAGACAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAA
65 -AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTATGA-AATTAATAAGT--AA-ATTTAAAAAATAA
* * * * * * * *
14892 ATCTGTTTA-TCGAACAAGTTCAAATCA-TTATGACTATTTAAAGAAATATTTATTTTAAATTC-
125 ATATGTTTACT-AAATAAGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCG
** * * * *
14954 TTATGACTTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TCCATCCGAGCTTATTCGAATTAAA
187 TTATGA--TTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTTATACAAGCTTATTTGAAATAAA
* * * * * *
15018 ATAATATTAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAACA-ATAT-T-CTT
249 ATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAA-TAAGAGATTTAAAAA-ATAAATCTATTT
* * * * * * * *
15080 ACCGAACAAGTTTAAATAATCATAACTATTTGAATAATTTGAATAATTGTCTAG
312 ACTGAACAAATTCAAAT-A--GT---TA--TGACT-ATTTGAACAATTATCTAT
* * ** * ***
15134 TTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCAATTTAGGTAAGCTTATTT-
1 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTA
15198 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
66 G-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
15228 CCAAAAATTA
Statistics
Matches: 6977, Mismatches: 1578, Indels: 869
0.74 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
335 24 0.00
336 96 0.01
337 13 0.00
338 33 0.00
339 7 0.00
340 141 0.02
341 55 0.01
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* * * * * * * * ** *
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* * *
2486 TTAAGACTATTAT-AACAATTATCTATTTCAAATCGTT-TGGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATA
128 TTAAGACTATT-TGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTAT-GACCTTTT-TTTTGTCATAAAACA
* * * * * * *
2549 ATTGTTTAAGTTCATACAAGCTTATTGGGAATAAATTAATACTAATTTATTGATATTTC-TAAAA
190 ATTTTTTCAGTTCATATAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAAA
* * * * * *
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* * ** *
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* * **
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** * ** * **
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441 T-A-A-ATTTAAAAAATAAATATGTTTACT-AAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA
* * * * *
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* * ** * * * *
2901 TCAT-AAATAATTGTTTCTGATCATAGAAGCTTATT-TGGTTAAAAATAATATTAATTTA-ATAA
1 TCATAAAACAATTATTT-TTTTCATACAAGCTTATTCAGATT-AAAATAATACTAATTTATA-AA
* * * *
2963 TATTCCAAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAATAAATGTGTTTATCAAACTAGTTCAAATAG
63 TATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAG
* ** * * * * *
3024 TTAAAACTATAAGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTTTGACCTTTTTCTAGTCATAAAA-TATT
128 TTAAGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTTTTTGTCATAAAACAATT
* * * * * *
3088 TGTTTCATTTCATACAA-ATATATTTAGAATAAAATAAT-CTTAATATATTAACATTCAAAAAAT
193 T-TTTCAGTTCATATAAGCT-TATTTGGAATAAAATAATAC-TAATTTATTAATATTCAAAAAAT
* * * ** * * *
3151 TAATAAGCAAGAGAATTGAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGCTAAAATAGTTATGACTATT
255 TAATAA-TAAGAG-ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAATTATGACTATT
* * ** ***
3216 TGATCAATTA-CTTATTTAAAATTGTTATGACC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATT
318 TGAACAATTATC-TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTT
** *** * * *
3279 CATAAAAGCTTA-TCCAAAGTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTATTGAGCAAA
382 CATCTAAGCTTATTTTGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAG--TA
* * * *
3343 AGATTAAAAAAATAAATCTGTTTTCTAACA-AA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGT
443 A-ATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAA-ATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * *
3406 ATATTTAAAATCATTATGACTTGTTT-TTTTG
506 CTATTTCAAATCATTATGACTT-TTTGTTTTA
** ** * * * * * * *
3437 TCATAAAACAATTGCTTCATTCGTACAAGTTTGTT-TGAAATAAAATAATAATAATTTATTAATA
1 TCATAAAACAATTATTTTTTTCATACAAGCTTATTCAG-ATTAAAATAATACTAATTTATAAATA
*** * * * * *
3501 TTTTGAAAATTAATAAGT---A-ATTTAAAAAGTGAATATATTTACCAAATC-ATTTTAAATAAT
65 TTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAA-CAAGTTCAAATAGT
* * * * * *
3561 TATGGCTATTTGAATAATTATTTATTTTAAATCGTTATGAACTTTTGTTTTGTCAAAAAACAATT
129 TAAGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTT-TTTTGTCATAAAACAA-T
* * * * * * * * *
3626 GTTTTTCA--ACATACAAGCTTACTCGAAATAAAACAACACTAATTTATTAATATGT-TAAAATT
192 -TTTTTCAGTTCATATAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT-TCAAAAAAT
* * * * *
3688 TAATAAGTAGGAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTATTGAACTAGTTC--CT-ATT-T-A--A--
255 TAATAA-TAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAATTATGACTATT
* * * * * * * * * * *** *
3744 -G--TAATTACCTATTTCAAATCGTTATAAACTTTTGTTCTATTATAAAATAATTATTTCAATTT
318 TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTC
* * * * *
3806 ATAC-AAGCTTA-TTTGAAATAAAGTAATAATAATTTAGT-AT-TTTAAAAATTAATAACTAAAA
383 AT-CTAAGCTTATTTTG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGT--AA
* * * * * * * * * ** *
3867 TATTTAAAAAATAAATTTATTTGTCGAAGT-TGTTCAAACAGTTAAGATTACATGAATAATTATC
444 -ATTTAAAAAATAAATATGTTT-ACTAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * *
3931 TATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTG
507 TATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTA
* * * * * * * * *
3961 TCATAAAATAATCATTTCAGTTT-ATACAAGCTTATT-TGAAATAAAATGATACAAATTTCTTAA
1 TCATAAAACAATTATTT--TTTTCATACAAGCTTATTCAG-ATTAAAATAATACTAATTTATAAA
* * ** * * * *
4024 TATTCCAAAAATTAATAAGT----GATTTAAAAAGTGAATATGCTTATCGAATC-ATTTCAAACA
63 TATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTA-CCAAACAAGTTCAAATA
* * * * * * * * * *
4084 ATTATG-GTCATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCCTTTTCACCTTTTGTTTGGTCATATAACA
127 GTTAAGACT-ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTT-TTTTGTCATAAAAC-
*** * * *
4148 AATGTTTTT-A-TTCAT-TCAAGCTTATTCAAAATAAAATGACACTAATTTATTAATCTTTC-AA
189 AAT-TTTTTCAGTTCATAT-AAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-ATTCAAA
* * *
4209 AAA-T--TAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTA
251 AAATTAATAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAATTATGACTA
* * * ** * * * * * *
4271 TTTGAACAATTGTATACTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTATTTCTAT
316 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGT
* * * ** *
4336 TTATAC-AAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATCTAACAATATTCCAAAAATTAATAACTAA
381 TCAT-CTAAGCTTATTTTGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGT-A
* * * * * * * * *** *
4400 GAGAATT-AAAAATAAATTTATTTGTCGAACT-AGTTCAAATATTTAAGACTATAACAACAATCA
443 -A-ATTTAAAAAATAAATATGTTT-ACTAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* * * * *
4463 TCTATTTCAAAACGTTATGACCTTTTATTTTG
505 TCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTA
** * * * * * *
4495 TCATAAAACAATT-TTTGAATTCATGCTAGCATATTCAGAATAAAATAA-AATGAATTTATTAAT
1 TCATAAAACAATTATTT-TTTTCATACAAGCTTATTCAGATTAAAATAATACT-AATTTATAAAT
* * * * * * *
4558 ATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA-AATTTTCTATTCACTTAACCAA-TTCAAAT
64 ATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAA--ATATATTTAC-CAAACAAGTTCAAAT
* * * * * * * *
4621 AATTATGACTATTCGAACAATTATCTATTTCAAATTGTT-TCAATCTTTTGTTTGTCATAAAACA
126 AGTTAAGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTAT-GACCTTTTTTTTGTCATAAAAC-
*** * * * * * *
4685 AATGTTTTTTTTTTCATATAAGTTTGTTTAGAATAAAGTAATACTAATCTATTAATATTTC--GA
189 AAT-TTTTTCAGTTCATATAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAA
* * * * * * * *
4748 AA--ACTAATAAGAGATTTAAATAATAAATCTATTTATTAAACTAGTTCAAATAGTTATAACTAT
252 AATTAATAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAATTATGACTAT
* * * * * * * * * ** **
4811 TTG-ACAAATTATTTATTTCTAATCTTTATAACTTTTTGTTCTATTATAAAAGAATTACTCCTGT
317 TTGAAC-AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGT
* ** * ** *
4875 CCATAC-AAGCTTATTCGGATTAAAATAATACTAAATTT-TTAATATTTTGACAATTAATAAGTA
381 TCAT-CTAAGCTTATTTTGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGT-
* * * * * * * * *
4938 AAAAAATTT-AAAAATAAATATGTTTGCCGAACT-AGATCAATTAGTCATGACTATATGAATATT
442 ---AAATTTAAAAAATAAATATGTTT-ACTAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
* * * *
5001 TATCTATTTTAAATTATTATGACCTTTTATTTTA
503 TATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTA
** * ** * * * * * * *
5035 TCATAAAGGAATTGTTTCAGTTCATATAAGTTTATTGA-AATAAAATAATGCTAATTTATTAGTA
1 TCATAAAACAATTATTT-TTTTCATACAAGCTTATTCAGATTAAAATAATACTAATTTATAAATA
*** * * * * * ** * * *
5099 TTTTGAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAATTTGTTTGTCGAACAAGTTTAAATAATT
65 TTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTT
* * * * * * *
5164 ATGA-TAATTTGAACAATTATCTATTTGAAATTGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT
130 AAGACT-ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTT-TTTTGTCATAAAACAATT
* * * ** *
5228 TTTTTATGTTCATACAAGCCTATTTCAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATT-AAGACAAT
193 TTTTCA-GTTCATATAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCAA-AAAAT
* * * * **
5291 TAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTATTGAACAAGTTCAAATTGTTATGACTATTT
255 TAATAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTT
* * * * * *
5356 AAATAATTATTTATTTCAAA-CTGTTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTGTTC
319 GAACAATTATCTATTTCAAATC-ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTC
*
5419 ATAC-AAGCTTA-TTTGAAATAAAA-AAT--TAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAT
383 AT-CTAAGCTTATTTTG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGT-A-
* ** * * * *
5479 AGATTTTAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATAATTATC
443 A-ATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * *
5544 TATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTCA
507 TATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTA
*** * * * *
5574 T-ATAAAACAATTGCATCAGTTT-ATATAAGCTTATTC-GAAATAAAATAATATTAATTTATTAA
1 TCATAAAACAATT--ATTTTTTTCATACAAGCTTATTCAG-ATTAAAATAATACTAATTTATAAA
* * * * * * *
5636 TATTCTAAAAATTATTGAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTACTAAACAAGTTCAAATAG
63 TATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAG
* * * * * *
5701 TTGAGACTATTTGAACAATTTTCTATTTTAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
128 TTAAGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTT-TTTTGTCATAAAACAAT
* * *** *
5766 TATTTT-TGTTCATACAAGCTTATTCCAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTCCAAAAAT
192 T-TTTTCAGTTCATATAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCAAAAAAT
* * * ** * *
5829 TAAGAAGTAA-AAATTTTAAAAAATAAATCTATTTTTTGAACACA-TTCAAATAGTTATCACCT-
255 TAATAA-TAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACA-AGTTCAAATAATTATGA-CTA
* ** * * **
5891 TTTG------T-T-T-TGTC--AT-A--A--ACCAATTGTTTCTGTTCATACAAGC-A-TATTCG
316 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT-TG-TCATA-AAACAATTGTTTT
*** * ** * * * * * ** * *
5938 AAATAAAATAATAC-TAGTTT--AT-TAAT-ATTCCAA-AAATTAATAAGT-AAAAGATTTAAAA
378 TGTTCATCTAA-GCTTATTTTGAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-ATTCAAAA-A-TTAATA
* * *** * * ** * *
5996 AATAAATCTATTTACTGAGCAAG--T--T---TAA---C---TAGTTATGACCATTTGAACAATT
439 AGTAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
* * *
6048 ATTTATTTTAAAT-AGTTATGA-TCTTTTGTTTTT
504 ATCTATTTCAAATCA-TTATGACT-TTTTGTTTTA
* ** * * * * *
6081 TAATAAAA-TGTTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAA-
1 TCATAAAACAATTATTT-TTTTCATACAAGCTTATTCAGATTAAAATAATACTAATTTA-TAAAT
*** * ** * * ** *
6144 ATTTTGAAAACTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAAT
64 ATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAGT
* * * * *
6209 CATA-ACCATTTGAATAATTATCTAATTCAAATTGTTATGACATTTTATTTTGTCATAAAACAAT
129 TA-AGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTT-TTTTGTCATAAAACAAT
* * ** ** *** * * * * * ***
6273 TGTTTCTGTTCATGCAAAATTATTCAAAATAAAATAGTATTGATCTATTAAAATTTTGAAAA-T-
192 TTTTTCAGTTCATATAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTA
* * * * * * *
6336 -TAATAAGAGATTTCAAAACTAAATCAGTTTACTGAATTAA-TTCAAATAGTTTTAACTATTTGA
257 ATAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAA-CAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGA
* * * * * * * *
6399 ATAGTTATCTATCGT-AAATCGTTAAGATC-TTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTT-TCCA
321 ACAATTATCTAT-TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TTGTTCA
* * * * *
6461 -CATAAGCTTA-TTCGAATTGAAATAATATTAATTTAATAATATTTTAAAAATTAATCAA-TAAG
384 TC-TAAGCTTATTTTGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAAT-AAGT-A-
* ** ** ** *
6523 ATATTTAAAAAATAAATGTGTTTGTTAAACCAGTTCAAATAGTTAAAACTATTAT-AAAAATTAT
443 A-ATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATT-TGAACAATTAT
* * * *
6587 CTAGTTCAAATCGTTTTGATTTTTTG-TTTA
506 CTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTA
** * * * *
6617 GTCATAAATTAATTATTTCAATTT-ATACAAGCTTATTCTA-AATAAAATAATACTACTTTATTA
1 -TCATAAAACAATTATTT--TTTTCATACAAGCTTATTC-AGATTAAAATAATACTAATTTATAA
* ** * * *
6680 ACATTTAAAAAATTAGTAAGCAAAAGATTTAAAAGAATAAATCTATTTACCAAAC----TCAAAT
62 ATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAA-AATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAAT
* ** **
6741 AGATT-TGACTATTTGAGCAATTATCTATTT-AAAGTCACTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
126 AG-TTAAGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAA-TCGTTATGACCTTTT-TTTTGTCATAAAA
* * * *
6804 CAATTGTTTT-AGTTCATAAAAACTT-TTT----TGAAAT-AT--TACTTTATTAATATTTC-AA
188 CAATT-TTTTCAGTTCATATAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAA
* * * * ** *
6859 AAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAACTAAAGCTATTTTTTGAA-ATAGTTCAAATAGTTATGAC
251 AAATTAATAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACA-AGTTCAAATAATTATGAC
* * * * * * * * *
6923 TATTTGAATAAATATCAATCTCAAATCGTTATGA--TATTTATTTTCTCATATAACAATTGTTTC
314 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT
* * * *
6986 TGATT-ATAC-AAGCTTA-TTCGGATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATCAATA
378 TG-TTCAT-CTAAGCTTATTTTGAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATT-CAAAAATTAATA
* * * * * * * * * *
7048 AG-AGATTTAAAAAAGAAA-AGTGCTTGCTGAACT-AGTTTAAATAGTTAAGATTATTGGAATAA
439 AGTAAATTTAAAAAATAAATA-TGTTTACT-AAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA
* * * * *
7110 TTATTTATTTCAAATTGA-TCTGACCTTTTG-GTTA
502 TTATCTATTTCAAA-TCATTATGACTTTTTGTTTTA
* * * * * * * *
7144 GTCATATAATAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATT-GGAATAAAATAATACTAATTTATTAAC
1 -TCATAAAACAATTATTTT-TTTCATACAAGCTTATTCAGATTAAAATAATACTAATTTATAAAT
** * * * * ** *
7208 ATTTGAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTGAATAAATAAATTTGTTTACTGAACAAGTTTAAATAG
64 ATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAG
* * * *
7273 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
128 TTAAGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTT-TTTTGTCATAAAACAAT
* ** * *** *
7338 TGTTTT-AGTTTATGCATGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATT
192 T-TTTTCAGTTCATATAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATT
* * * * *
7402 AACACACAAGAAATTTAAAAAATAAAT-TCGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTT
256 AATA-ATAAGAGATTTAAAAAATAAATCT-GTTTACTGAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTT
* * * * * * * * **
7466 GAAGAATTATCTCTTTAAAATAAATATGAACTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCAGTTCA
319 GAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCA
* * ** * * * * *
7531 T-AAAGTTTTATTTCAAATAAAAT-ATATTACTTTAATTAATATTTAAAAAATGATTAAGTTAGA
384 TCTAAG-CTTATTTTGAATAAAATAATACTAATTT-ATTAATA-TTCAAAAATTAATAAG-TA-A
* * * ** * *
7594 GATTT-AAAAATAAGTA--TTTACCAAATGA-TTTTAATA-TTATGGC-CTTTGAACAATTATCT
444 -ATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
** * *
7653 ATTTCAAATTGTTAACGTGA-ATTTTG--TTG
508 ATTTCAAATCATT-A--TGACTTTTTGTTTTA
* ** * * * * * * *
7682 T-ATAAAAC-A-T-TGTTTCACAT-CATGCCTATTTGGAAATAAAAATAATACTTA-TTATTAAT
1 TCATAAAACAATTATTTTTTTCATACAAGCTTA-TT-CAGATTAAAATAATACTAATTTATAAAT
* * * * ** * * * *
7741 ATTTCAAACATT-TTTAGT-GTAGAATTAAAAAATAAAATCTATTT-----AC----TGACAT--
64 ATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT-AAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAG
* * * * *
7793 TT---CCTA-TTGAACACTTATCTATTTCAAATTGTTAATAAGA-CTTTTTGTTCTAT-ATAAAA
128 TTAAGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTT-AT--GACCTTTTT-TT-TGTCAT-AAA
* * * * **
7852 ATAATTTTTTTAGTTTTCATTTAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCT
187 ACAATTTTTTCAG--TTCATATAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAA
**
7917 AAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAATCAA-TTCAAATAATTATTG
250 AAAATTAATAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAA-CAAGTTCAAATAATTA-TG
* *** * ** * *
7981 -TTATGCCAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATTACCTTTTGTTTCATCATATAAGAATT-TT
312 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
** * * * *
8043 ATTTGAACAT-TCAAGCTT-TTTTGGAATAAATTAATATTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAG
376 -TTTGTTCATCT-AAGCTTATTTT-GAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-ATTCAAAAATTAA
* *
8106 TAGGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACTAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGA
437 TAAGT-A-A-ATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAA-TAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA
** * * *
8170 ACAATTATAAACTTCAAATCATTATAACTTTTTGTTCTA
498 ACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTA
* * * * *
8209 TCATAAAATAATTATTTTTGTTCATACAAGTTTATTTAGAATAAAATAAT-CT-A---AT-GATA
1 TCATAAAACAATTATTTTT-TTCATACAAGCTTATTCAGATTAAAATAATACTAATTTATAAATA
* * * * * * ** * *
8268 TTCCAAAAATTAATAACTAAGAGAATTCAAAAATAAATTTATTTGCTGAACTAGTTCAAATATTT
65 TTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTT
* * * * * * *
8333 AAAACTATATGAACAA-T-T-TATTTC-AATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAATAGGTT
130 AAGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTT-TTTTGTCATAAAACA-ATT
* * * *
8394 TGTTTGAATTCATATTAGCTTATTTGGAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTC-AAAAAT
193 T-TTTCAGTTCATATAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATA-TTCAAAAAAT
* * * * *
8457 TAGTAAGTAAGAGATTTAAAAAACAATTCTATTTACCT-AACCAA-TTTAAATAATTATGACTAT
255 TAATAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CTGAA-CAAGTTCAAATAATTATGACTAT
* * * *
8520 TTGAACAATTATATATTTCAAATCATTATTACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATG-TTTTGTT
317 TTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTT
* * * * *
8584 CATATAAGTTTA-TTTGAAATAAAGTAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-GA
382 CATCTAAGCTTATTTTG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAA
* * * *
8647 TTTAAAAAATAAATCTATTTA-TCAAACT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAGCAATTATTT
445 TTTAAAAAATAAATATGTTTACT-AAA-TAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
*
8710 ATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTCTA
508 ATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTA
* * * * *
8739 TTATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATT-GGATTAAAATAATACTAATTTATTAGTA
1 TCATAAAACAATTATTT-TTTTCATACAAGCTTATTCAGATTAAAATAATACTAATTTATAAATA
*** * * * * * * *
8803 TTTTGACAATTAATAAGTAAAAAAGTTT-AAAAATAAATATGTTTACTAAACTAGATCAAATAAT
65 TTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGA-TTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAGT
* * * * * * *
8867 CATGACAACTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGATCTTTTCTTTTGTCATAAAATAATT
129 TAAGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTT-TTTTGTCATAAAACAATT
* * *** * * * *
8932 GTTTCAGTTTATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACAATAAAAAAATTGA
193 TTTTCAGTTCATATAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAA
* * * * *
8997 TAATAAAGAGATTTAAAAAGTGAATCTGTTTACTGAACAAATTTAAATAATTAGGACTATTTGAA
258 TAAT-AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAA
* * * * *
9062 TAATTATCTATTTGAAAT-AGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAGAATTTTTTTTGTTCATC
322 CAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATC
* * * *
9126 TAAGCTTATTTTGAATAAAATAATACAAATTTATCAATATT-AAGAAATTAACAAGTAAACTATA
386 TAAGCTTATTTTGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAA-AAATTAATAAGTAAA-TTTA
* * * * * *
9190 AAAAATTAATATGTTTACTAAATAAGTTCAAATCGTTATGGCCATTTGAGCAATTATTTATTTCA
449 AAAAATAAATATGTTTACTAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA
* ** *
9255 ACTTGTTATGACTTTTTGTTTTG
514 AATCATTATGACTTTTTGTTTTA
* * *
9278 TCATAAAACAATTATTTTTGTTTATACAAGTTTATTCAGATTAAAATAATATTAATTTATAAATA
1 TCATAAAACAATTATTTTT-TTCATACAAGCTTATTCAGATTAAAATAATACTAATTTATAAATA
*** * * * *
9343 TTTTGACAATTAATAGGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAATTAGTC
65 TTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTT
* * * * * *
9408 ATGACTATTTGAATAATTATATCTTTCAAATCATTATGACCTTTTCTTTTGTAATAAAACACTTT
130 AAGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTT-TTTTGTCATAAAACAATTT
* **
9473 TTTCAGTTCATATAAGCTTATTT-GAAGTAAGATAATACTAATTTATTAATATTCTGAAAATTAA
194 TTTCAGTTCATATAAGCTTATTTGGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAA
* * * * * * * * *
9537 TGAATAAGAACATTGAGAAAA-GAATATGTTTACCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATCTGA
258 T-AATAAG-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGA
* * ** * * * *
9601 ACAATTATCTATTTCAAAACGTTATGATATTTTGTTTTGTCATAAAAACAATTGGTTCTATTCTT
321 ACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAAACAATTGTTTTTGTTCAT
** * * *
9666 GC-AAGCTTATTTCAAATAATATAAT-TTAAATTTATTAATATTCCAAATATTAATAAGTGAAAT
385 -CTAAGCTTATTTTGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGT-AAA-
* * * *
9729 TTTAAAAAATAAATATGTTTTCTGAATACA-TTCAAATATTTATGACTATTTGAAGAATTATCTA
445 TTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAATA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
9793 TTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTA
509 TTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTA
* * * * ** *
9821 TCATAAACCAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTT-TTTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAA
1 TCATAAAACAATTATTT-TTTTCATACAAGCTTATTCAG-ATTAAAATAATACTAATTTA-TAAA
* * * **
9885 -ATTCCAAAAATTAATAAGTGAAAGATTTAAAAAATAAGTCTATTTACCAAGTAAGTTCAAATAG
63 TATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAG
* * * * * *
9949 TTATG-CTATTTGAATGATTATTTATTTCAAATCGTTATGATCATTTTTTT-TCATAAAGCAATT
128 TTAAGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTTTTTGTCATAAAACAATT
* * ** * * * * *
10012 GTTTCTA-TTCATACAATTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAGTAGTAGTCTAAAAATTA
193 TTTTC-AGTTCATATAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTA
** * * * * *
10076 ATAAGTTCGAGATTTAAAAAGTAAATTTGTTTACTGAACAAGTTCAAATATTTATGTCCATTTGA
257 ATAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGA
* * * * *
10141 ACTATTATCTATTTCAAATCATAATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATA
321 ACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCAT-
** ** * * ** * *
10206 C-AAAATTATTCAGACTAAAATAATGCT-ATTCTATTAATATTTTGATAATTAATAAG-AGATTT
385 CTAAGCTTATTTTGAATAAAATAATACTAATT-TATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAATTT
* * *
10268 AAAAACA-AAATCTATTTACCGAAAT-AGTTCAAATA-TTCATGACTATTTGAACAATTATCTA-
448 AAAAA-ATAAATATGTTTA-CTAAATAAGTTCAAATAGTT-ATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * *
10329 ---AAATCTTTGTGA-TCTTTATTTTG
510 TTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTA
* * ** * *
10352 TCATAAAACAAGTGTTTCTTTTCATACAAGCTTATTTGGATTATAATAATACTAATATA-ATAAT
1 TCATAAAACAATTATTT-TTTTCATACAAGCTTATTCAGATTAAAATAATACTAATTTATA-AAT
* * * * *
10416 ATTCCAAAAATTAAT-A--AAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCAAGCCAA-TTCAAATAG
64 ATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAA-ACAAGTTCAAATAG
** * * * *
10477 TTAAGACTATTAAAATAATTATCTATTTCAAATTGTTTTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAAT
128 TTAAGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTT-TTTTGTCATAAAACAAT
* * * *
10542 TATTTT-AGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACCAATTTATTAACATTCAAAAAATT
192 T-TTTTCAGTTCATATAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATT
** ** *
10606 AATGAGCAAGAGATTTAAAACAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTGAAATAGATT-TGACTATT
256 AAT-AATAAGAGATTTAAAA-AATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATA-ATTATGACTATT
**
10670 TGAACAATTATCTATTT-AAAGTCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTT
318 TGAACAATTATCTATTTCAAA-TCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTT
** * * * * * * *
10734 CATAAAACCTTA-TTTGAAATAAAATTATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATCATTATGCAAG
382 CATCTAAGCTTATTTTG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAA-
* * * ** * * *
10798 GATTTAAAAACTAAAGCTAT-TTT-TTGAACCACTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATAT
444 -ATTTAAAAAATAAA--TATGTTTACTAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * ** *
10861 CAATCTCAAATCGTTATGA-TCATTGTTTTC
506 CTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTA
* *
10891 TCATAAAACAAAATTTTTTTTTATCATACAAGCTTATTCAGATAAAAATAATACTAATTTA-ATA
1 TCATAAAAC--AATTATTTTTT-TCATACAAGCTTATTCAGATTAAAATAATACTAATTTATA-A
*** * * * * * *
10955 ATATTATGATAATTAATAAG----AGATTTAAAAAATAAATGTGTTTATCGAATC-AGTTTAAAT
62 ATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTA-CCAAACAAGTTCAAAT
* * * * * * *
11015 AGTTAAGATTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTTTTTTAGTTATATAATA
126 AGTTAAGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTTTTT-GTCATAAAACA
* * ** * *
11080 ATTATTTCAATTTGTACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAAT
190 ATTTTTTCAGTTCATATAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAAT
* * * * *
11145 TAATAAGCATGAGATTTGAAAAAATAAATCTATTTACT-AATCATGTTCAAATAGTTATGACTAT
255 TAATAA-TAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACTGAA-CAAGTTCAAATAATTATGACTAT
* * * * *
11209 TTCAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGATCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTT
317 TTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTT
** * **** * ** *
11274 CATAAAAGGTTATCCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAG-AGAT
382 CATCTAAGCTTATTTTGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAT
* * * * * * * *
11338 TTAAAAAATAAAT-TAGTTTATTGAATCAA-TTCAAATAATCATGGCCATTTAAACAACTATCTA
446 TTAAAAAATAAATAT-GTTTACTAAAT-AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* * * * *
11401 TTTTAAATCATTTTTA-TAATTTGTTTTG
509 TTTCAAATCATTATGACT-TTTTGTTTTA
* * ** * * * *
11429 TCATAAAATAATTGTTTTTCAACATAAAAGCTTTTTCTA-AATAAAATAATACTAATTTATTAAT
1 TCATAAAACAATTATTTTT-TTCATACAAGCTTATTC-AGATTAAAATAATACTAATTTATAAAT
* * * * *** *
11493 ATTTCAAGAATTAATAAG----AGATTTAAAAAAGAAATCTATTTGTTGATACAA-TTCAAATAG
64 ATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTT-ACCAAACAAGTTCAAATAG
* * * * *** * * *
11553 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTAT-AACTTTTGTTCAATAAAAAAAAAAT
128 TTAAGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTT-TTTTGTCATAAAACAAT
* * * * * * * **
11617 TGTTTCTA-TTTATACAAGCTTACTTGGAATAAAATAATAATATTTTAGTAATATTCTGAAAATT
192 TTTTTC-AGTTCATATAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATT
* * * * *
11681 AATAACTATGAGATTTAAAAAATAAATCCGTTTACTAAACCAA-TTCAAATAGTT-TAGACTATA
256 AATAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAA-CAAGTTCAAATAATTAT-GACTATT
* * * * * * * * ** *
11744 TGAA-AATTTATTTATTTCAAATTATTATAACCATCTATTTTGTCATAAAACAAATATTTAAGCT
318 TGAACAA-TTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTT
** * * * * * * * * *
11808 CATAGAAGTTTAATTGGAATAGAATAAAATTAATATATTAATATTTCAAAAATTTATAAG-AGAT
382 CATCTAAGCTTATTTTGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAT
* * * * * * * *
11872 TTAGAAAATAATTCTATTTACGAAACT-AGTTCAAATAATTATAACTATTTGCACAATTATCTAT
446 TTAAAAAATAAATATGTTTACTAAA-TAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * *
11936 TGCAAATCGTTTTTACTTTTTGTTTTG
510 TTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTA
* * ** * ** * *
11963 TCATAAAACAATTGTTTTTGTTAATATGAGTTTGCTC-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
1 TCATAAAACAATTATTTTT-TTCATACAAGCTTATTCAG-ATTAAAATAATACTAATTTATAAAT
*** * * * * * * * *
12027 ATTTTGAAAATTAATCAA-TAAGATATTTAAAAAGTAAATCTACTTGCCAAACCATTTCAAATAG
64 ATTCCAAAAATTAAT-AAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAG
** * * * * * *
12091 TTTTGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAAACTTTTATTTTGTCATCATACAAT
128 TTAAGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTT-TTTTGTCATAAAACAAT
** * ** * * * * *** *
12156 TGGTTCTA-TTTATACT-ATTTTATTCGAAATAAAATAATACAAATTTAATAATATTTTGAAACT
192 TTTTTC-AGTTCATA-TAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAAT
* * * ** * ** * * *
12219 TAATAACCAAGAAAATTAAAAAATAAATCTAATTGCCAAACCAA-TTCAAATAGTTAAGACTATG
255 TAATAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAA-CAAGTTCAAATAATTATGACTATT
* ** ** * * * *
12283 TAAATGATTATCTATTTCAAATTGTTATGA-CTTTTTTTTTGTCATAAAATAATT-ATTTTGTTT
318 TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTC
* ** * * * * *
12346 GTAGAAGCTTATTCAT-ATTAAAATAATACTAATTTCA-TAATAATTAAAAAAGTAATAAG-AGA
383 ATCTAAGCTTATT-TTGAATAAAATAATACTAATTT-ATTAAT-ATTCAAAAATTAATAAGTAAA
* * * * * * * * * * *
12408 TTTAAAAAATAATTTTGTTT-GTCGAATCATTTCAAATGGTTAAGACTATTAGAATAATTATATA
445 TTTAAAAAATAAATATGTTTACT-AAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* * * **
12472 CTTCAAAT-GTTTTGACCATTTG-TTTA
509 TTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTA
* ** * * * * * *
12498 GTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTATTGAGAATAAATTAATACTAATTTATTAAC
1 -TCATAAAACAATTATTT-TTTTCATACAAGCTTATTCAGATTAAAATAATACTAATTTATAAAT
** * *
12563 ATTTGAAAAATTAATAAG-AAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAG
64 ATTCCAAAAATTAATAAGTAAA-AGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAG
** * ** * * * * * **
12627 TTATTATTATTTGAGCAGTTGTCTATTTAAAATCATTATAACCTTCTAATTTGTCATAAAACAAT
128 TTAAGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTT-TTTTTTGTCATAAAACAAT
* * * ** **
12692 TGTTTCAGTTAATACAAGCTTAGATGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-CTAAA-T
192 TTTTTCAGTTCATATAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAAATT
* ** * **
12755 --TAATAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAATC-AGTTAAAATAATTATGGTTATTTG
256 AATAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAA-CAAGTTCAAATAATTATGACTATTTG
** * * * *
12817 AGTAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTATTTGGTCATAAAACAATTATTTTT-TATCA
320 AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGT-TCA
* * *
12881 TAC-AAGCTTA-TTCGAA-AAAATAATAATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAGGTAACAG
384 T-CTAAGCTTATTTTGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGT-A-A-
* * * * * * *
12943 ATTTATACAATAAATTTGTTTACTGAACT--GTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCA
444 ATTTAAAAAATAAATATGTTTACT-AAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * * *
13006 ATCTCAAATCATTA-AAATCTTTG--TTG
508 ATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTA
* * * * * * * *
13032 TCATAAAACAATTGTTGCTTATGATAGAAGCTTATT-TGGTTAAAAATAATATTAATTTA-ATAA
1 TCATAAAACAATTATT-TTTTTCATACAAGCTTATTCAGATT-AAAATAATACTAATTTATA-AA
*** * * * * *
13095 TATTTTGAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAATAAATATCTTTGCTAAACCAGTTCAAATGG
63 TATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAG
* * * * * * *
13156 TTAAAAATATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCA-AACCTTTTGTTTAGTCATAAAA-TA
128 TTAAGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTT-ATGACCTTTT-TTTTGTCATAAAACAA
* * * * ** * ***
13219 TTTGTTTCA-TGTCTTACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATCCAAATTTACGAACATTTGGAAAA
191 TTT-TTTCAGT-TCATATAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAA
* * * * * * *
13283 TTAATAAGCAAAAGATTTGAAAAAAGAAATTTTTTTATTGAACAAGTTTAAATAATTATGACTAT
254 TTAATAA-TAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAATTATGACTAT
* * * * * ***
13348 TTGAACAATTAAT-TATATAAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGACATAAAACAATTGCTTCAAT
317 TTGAACAATT-ATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGT
** ** * * *
13412 TCATAAAAGCTTA---T--CCAAAAT-A-AC-AA---A--AA-ATT-AATAAGTAA-GAGT---T
381 TCATCTAAGCTTATTTTGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAAAT
* * * * * *** *
13458 TAAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAATTTTGATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTCTATT
446 TTAAAAAATAAATATGTTTACTAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* ** * * *
13523 TAAAATTGTTATGACATTTTGTTCTG
511 TCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTA
* * ** * * * * *
13549 TCCTAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAAATAATTCTAATTTATTAAT
1 TCATAAAACAATTATTT-TTTTCATACAAGCTTA-TTCAGATTAAAATAATACTAATTTATAAAT
* * * * * ** *
13614 ATTCCAAAAATTAATAACT----GATTTAAAAAGTGAATCTATTTTCCAAATTAGTTTAAAT-GA
64 ATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAG-
** * * * * * *
13674 TTGTG-GTCATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATTACCTTTTGTTTGGTCATATAACAA
128 TTAAGACT-ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTT-TTTTGTCATAAAACAA
* * *** *
13738 TTGTTTT--TTATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAAT-A-A-TAATTTATTAATCTTTC-AAAA
191 TT-TTTTCAGT-TCATATAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-ATTCAAAAA
* * * * *
13797 A-T--TAATAAGAGATTTACAAAATGAATTTGTTTACTGAACTAA--TCAAGTAGTTATGACTAT
253 ATTAATAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAAC-AAGTTCAAATAATTATGACTAT
* * * * * * * *
13857 TTGACCAATTCTATACTTCAAAT-GTTATAACCTTTTGTTATGTCATAAAACAATTATTTTTGTT
317 TTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTT
* * * * * * *
13921 CATAC-GAGCTTATTCTAAATAAAACAATACTAATCTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAG
382 CAT-CTAAGCTTATTTTGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGTAA-
* * * * * * *
13985 GGATTTAAAAATTAAATTTGTTTGCCAAACT-AGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAATAATTAT
444 --ATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAA-TAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * *
14049 CTAATTCAAATCATTATGACCTTTTGTCTCA
506 CTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTA
* ** * * ** *
14080 TCATAAAAGAATT-TTTTTCAATTCATACTAA-CTTATTTGGAATAAAATAAAAAGAATTTATTA
1 TCATAAAACAATTATTTTT---TTCATAC-AAGCTTATTCAGATTAAAATAATACTAATTTATAA
* ** * * **
14143 ATATTTCAAAAATTAATAAG----AGA--TAAAAAA-ATTTTTATTTATCTAAA-TGGTTCAAAT
62 ATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTA-CCAAACAAGTTCAAAT
* * * * * * *
14200 AATTATGATTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATA
126 AGTTAAGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTT-TTTTGTCATAAAA-C
* * * ** *
14265 AATGTTTTT--GCTCATATAAGTTTGTTCAGAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTC-AAA
189 AAT-TTTTTCAGTTCATATAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAA
* * * *
14327 AA-T--TAATAAGAGATTT-AAAAATAAATCTGTTTA-TCAAACCAGTTCAAATAGTTATGAATA
252 AATTAATAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-GAACAAGTTCAAATAATTATGACTA
* * * * * * * * * * *
14387 TTT-AAGTAAATATTTATTTCAAATCATTGTGACTTTTTGTTCTATTATAAAACAATAGTTTCTA
316 TTTGAA-CAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTG
* ** * *
14451 TTCATAC-GAGCTTA-TTCAAATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAACAATTAATAAGT
380 TTCAT-CTAAGCTTATTTTGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGT
* * * * * *
14514 AAAAAATTTTAAAAATAAATATGTTTACTGAACT-AGATCAAATAGTCATGACTCTTT-AATAAT
442 ---AAATTTAAAAAATAAATATGTTTACT-AAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
* * *
14577 TATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTT
503 TATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTA
*** * * * * *
14611 TCATAAAA-AATTACTTCAATTCATATAAGGTTATT-TGAAATAAAATAATACT-ATGTTATTAA
1 TCATAAAACAATTA-TTTTTTTCATACAAGCTTATTCAG-ATTAAAATAATACTAAT-TTATAAA
* * * * * * *** * *
14673 TATTCCTAAAATTAATAATTGAGAGATTTAAAAAATGAATTTATTTATTGAACAAGTTTAAATAA
63 TATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAG
* * * ** *** * * * **
14738 TTATTG-CCATTTGAACAATTAT-TGATTTGGAATTACTATAACCTTTTGGTTTGGCATAAAATT
128 TTA-AGACTATTTGAATAATTATCT-ATTTCAAATCGTTATGACCTTTT-TTTTGTCATAAAACA
* * ** * *
14801 ATTTTATT-TGTTCATATTAGCTTATTTCAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATT-AAGACA
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* * *
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253 ATTAATAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-GAACAAGTTCAAATAATTATGACTA
* * * * * * *
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* * ** * * *
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* ** * * * *
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* * * * * *
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494 TTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTA
* * * *** * * *
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* * * *
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** * * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * *
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* * ** * * ** * * *
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* * * ** * * *
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* * * * * **
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* * * * * **
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* *
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* * * * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * ** ** * * * *
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* * ** * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * ** *
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* *
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* * * * * * *
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* * * *** * *
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** * * * * * ***
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* * * * * * *
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188 ATG-ATTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCTTACAAG-CTTATTTCAAATAATAT
* * ** * * * *
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250 AATACTAATTT-ATTAATATTCCAAAAATTAATAA--T-GAAATTTAAAAAATAAATATGTTTAC
* * ** * * * * *
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311 TGAACA-CATTCAAATAATTAAGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATAGTT-A--T-AACC
* ** * * * **
7674 TTTTG--TTGT-ATAAAAC-A-T-TGTTT-CACATCATGCCTATTTGGAAATAAAAATAATACTT
371 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATCAAGCTTATTTTG-AAT-AAAATAATACAA
* * * * ** * * *
7732 A-TTATTAATATTTCAAACATT-TTTAGTGTAGAATTAAAAAATAAAATCTATTTA-C---T--G
434 ATTTATTAA-AATTCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAAT-TAATCTGTTTACCAAATAAG
* * * * ** * *
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* ** * *
7845 T-ATAAAAATAATT-TTTTTAGTTTTCATTTAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAAT
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* * * *
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* * *** * *
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* * ** * * * * * * *
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* * * ** * * *
8063 TTGGAA-TAAATTAATATTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAGTAGGTAAG-AGATTTAAAAAA
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* ** * ** *
8126 TAAATCTGTTTACTAAACTAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATAAACTTCAAATC
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* * * * * * * * * * * *
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* * * *
8254 ATAAT-CT-A---A-TGATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGAA-TTCAAAAATAAATTTATTT
248 ATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAA-T--GA-AATTTAAAAAATAAATATGTTT
* * * * * * * *
8312 GCTGAACTA-GTTCAAATATTTAAAACTATATGAACAA-T-T-TATTTC-AATTGTTATGACCTT
309 ACTGAAC-ACATTCAAATAATTAAGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATAGTTATAACCTT
* * * * * * **
8372 TTGTTTTGTTATAAAATAGGTT-TGTTTGAATTCAT-ATTAGCTTATTTGGAATAAAATAAAATG
373 TTGTTTTGTCATAAAACA-ATTATTTTTG--TTCATCA--AGCTTATTTTGAATAAAATAATACA
* * * * **
8435 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAGTAAGTAAGAGATTTAAAAAA-CAATTCTATTTACCTAACC
433 AATTTATTAA-AATTCAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATTAA-TCTGTTTACC-AAAT
* * * * *
8499 AA-TTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTATTACTTTTTGTTTTG
494 AAGTTCAAATAGTTATGGCTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTG
* * *
8563 TCATAAAACAA--ATGTTTTGTTCATATAAGTTTATTTGAAATAAAGTAATACTAATCTATTAAT
559 TCATAAAACAATTAT-TTTTGTTCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTA-TAAT
* * * *
8626 ATTTCAAAAATTAATAAGT-GATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTAT
622 ATTTTAAAAATTAATAAGTAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTAT
** *
8690 GACTATTTGAGCAATTATTTAT
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* * * * *
8712 TTCAAATCATTATGACTTTTTGTTCTATTATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTGG
1 TTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTAATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTGA
* *
8777 ATTAAAATAATACTAATTTATTAGTATTTTGACAATTAATAAGTAA-AAAAGTTTAAAAATAAAT
66 ACTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGA-AATTAATAA-TAAGAAAA-TTTAAAAA-AAAT
** * * * * *
8841 ATGTTTACTAAACT-AGATCAAATAATCATGAC-AACTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTA
127 ATGTTTACCGAA-TAAGTTCAAAT-ATTATGACTATC-TGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA
* * * *
8904 TGATCTTTTCTTTTGTCATAAAATAATTGTTTC-AGTT-TATATAAGCTTA-TTCAAAATAAAAT
189 TGAT-TTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCT-TACAAGCTTATTTC-AAATAATAT
* * ** * * * * *
8966 AATACTAATTTATTAACAATAAAAAAATTGATAATAAAGAGATTTAAAAAGTGAATCTGTTTACT
250 AATACTAATTTATTAATATTCCAAAAA-T--TAATAATGAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACT
* * * *
9031 GAACAAATTTAAATAATTAGGACTATTTGAATAATTATCTATTTGAAATAGTTATAACCTTTTGT
312 GAACACATTCAAATAATTAAGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATAGTTATAACCTTTTGT
* * *
9096 TTTGTCATAAAAGAATTTTTTTTGTTCATCTAAGCTTATTTTGAATAAAATAATACAAATTTATC
377 TTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATC-AAGCTTATTTTGAATAAAATAATACAAATTTATT
* * * * * * *
9161 AATATT-AAGAAATTAACAAGTAAA-CTATAAAAAATTAATATGTTTACTAAATAAGTTCAAATC
441 AAAATTCAA-AAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATTAATCTGTTTACCAAATAAGTTCAAATA
* * * **
9224 GTTATGGCCATTTGAGCAATTATTTATTTCAACTTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAA
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* * * * * *
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* * *
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*
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* * * * *
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* * * * * *
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*
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* * *
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* * *
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* * * * ** *
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* * * * * * *
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* * * * ** **** * * *
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* *
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* * * * * *
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* * * * * * *
10987 TAAATGTGTTTATCGAATCAGTTTAAATAGTTAAGATTAT-TAGAATAATTATCTATTTCAAATC
123 -AAATATGTTTACCGAATAAGTTCAAATA-TTATGACTATCT-GAACAATTATCTATTTCAAATC
* * * * * * * * **
11051 ATTTTGACCTTTTT-TTTAGTTATATAATAATTATTTCAATT-TGTACAAGCTTATTTGGAATAA
185 GTTATGA--TTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCT-TACAAGCTTATTTCAAATAA
* * * * * *
11114 AATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCATGAGATTTGAAAAAATAAATCTATT
247 TATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAAT-A--ATGAAATTT-AAAAAATAAATATGTT
** * * * * * * *
11179 TACT-AATCATGTTCAAATAGTTATGACTATTTCAACAATTATCTATTTAAAATCA-TTATGATC
308 TACTGAA-CACATTCAAATAATTAAGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATAACC
* * * * * **** * *
11242 ATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAGGTTATCCAAAATAAAATAATACTAC
371 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCAT-CAAGCTTATTTTGAATAAAATAATACAAA
* ** * ***
11307 TTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAG---AGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTATTGAATCAA-
435 TTTATTAA-AATTCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATTAATCT-GTTTACCAAAT-AAG
* * * * * * * * * *
11367 TTCAAATAATCATGGCCATTTAAACAACTATCTATTTTAAATCATTTTTA-TAATTTGTTTTGTC
497 TTCAAATAGTTATGGCTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACT-TTTTGTTTTGTC
* * *** *
11431 ATAAAATAATTGTTTTTCAACATAAAAGCTTT-TTCT-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
561 ATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAG-TTTATT-TGAAATAAAATAATACTAATTTA-TAATA
* * * * *** *
11494 TTTCAAGAATTAATAAG-AGATTTAAAAAAGAAATCTATTTGTTGATACAA-TTCAAATAGTTAT
623 TTTTAAAAATTAATAAGTAGATTTAAAAAATAAATATATTT-ACCAAACAAGTTCAAATAGTTAT
* *
11557 GACTATTTGAACAATTATCTAT
687 GACTATTTGAATAATTATATAT
** * *** * * * *
11579 TTCAAATTGTTATAAC-TTTTGTTCAATAAAAAAAAAATTGTTTCTATTTATACAAGCTTACTTG
1 TTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTAATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTA-TT-
* * * * * *
11643 GAA-TAAAATAATAATATTTTAGTAATATTCTGAAAATTAATAACTATG-AGATTTAAAAAATAA
64 GAACTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTG-AAATTAATAA-TAAGAAAATTTAAAAAA-AA
** * * * *
11706 -ATCCGTTTACTAAACCAA-TTCAAATAGTT-TAGACTATATGAA-AATTTATTTATTTCAAATT
126 TAT--GTTTACCGAA-TAAGTTCAAATA-TTAT-GACTATCTGAACAA-TTATCTATTTCAAATC
* * ** * * * * * * * * * **
11767 ATTATAACCATCTATTTTGTCATAAAACAAATATTT-AAGCTCATAGAAGTTTAATTGGAATAGA
185 GTTATGA-TTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCTTACAAGCTTATTTCAAATA-A
* * * * * * * * * *
11831 -ATAAAATTAATATATTAATATTTCAAAAATTTATAA-GAGATTTAGAAAATAATTCTATTTAC-
247 TATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAATGAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACT
* * * * * * *
11893 GAA-ACTAGTTCAAATAATTATA-ACTATTTGCACAATTATCTATTGCAAATCGTTTTTACTTTT
312 GAACAC-A-TTCAAATAATTA-AGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATAGTTATAACCTTT
* * * * *
11956 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTAAT-ATGAG-TT-TGCTCGAAATAAAATAATACTAA
374 TGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATCA--AGCTTAT-TTTG-AATAAAATAATACAAA
* ** * * * ** * ** *
12018 TTTATTAATATTTTGAAAATTAATCAA-TAAGATATTTAAAAAGTAAATCTACTTGCCAAACCAT
435 TTTATTAA-AATTCAAAAATTAAT-AAGTAA-AGATTTAAAAAATTAATCTGTTTACCAAATAAG
* * * * * * *
12082 TTCAAATAGTTTTGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAAAC-TTTTATTTTGTC
497 TTCAAATAGTTATGGCTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTAT-GACTTTTTGTTTTGTC
* * ** * * * * * * *
12146 ATCATACAATTGGTTCTATTTATACTATTTTATTCGAAATAAAATAATACAAATTTAATAATATT
561 ATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTT-ATAATATT
* * ** * * * *
12211 TTGAAACTTAATAACCAAGAAAATTAAAAAATAAATCTAATTGCCAAACCAA-TTCAAATAGTTA
625 TTAAAAATTAATAA-GTAG--ATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAA-CAAGTTCAAATAGTTA
* * * * *
12275 AGACTATGTAAATGATTATCTAT
686 TGACTATTTGAATAATTATATAT
** * * * * ** * *
12298 TTCAAATTGTTATGAC-TTTTTTTTTGTCATAAAATAATTATTT-TGTTTGTAGAAGCTTATTCA
1 TTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTAATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTGA
* * * *
12361 TATTAAAATAATACTAATTTCA-TAATA-ATT-AAA-AAAGTAATAAG-AGATTTAAAAAATAAT
66 -ACTAAAATAATACTAATTT-ATTAATATTTTGAAATTAA-TAATAAGAAAATTTAAAAAA-AA-
* ** * * * * * * * *
12421 TTTGTTTGTCGAATCATTTCAAATGGTTAAGACTAT-TAGAATAATTATATACTTCAAAT-GTTT
126 TATGTTTACCGAATAAGTTCAAAT-ATTATGACTATCT-GAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA
** * * * * * *
12484 TGACCATTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTA-TTGAGAATAA-ATTA
189 TGA-TTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCTTACAAGCTTATTTCA-AATAATA-TA
* ** * * * **
12547 ATACTAATTTATTAACATTTGAAAAATTAATAAGAAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACCA
251 ATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAAT---AATGAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACTG
* ** * ** * * * * *
12612 AACA-AGTTCAAATAGTTATTATTATTTGAGCAGTTGTCTATTTAAAATCA-TTATAACCTTCTA
313 AACACA-TTCAAATAATTAAGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATAACCTTTTG
* * ** * ** * *
12675 ATTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTAATACAAGCTTAGATGGAATAAAATAATACTAATTTAT
376 TTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCAT-CAAGCTTATTTTGAATAAAATAATACAAATTTAT
* ** * * *
12740 TAATATTTCCTAAATTAATAAG--AA-ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAATCAGTTAAAAT
440 TAA-AATTCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATTAATCTGTTTACCAAATAAGTTCAAAT
* * ** * * *
12802 AATTATGGTTATTTGAGTAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTATTTGGTCATAAAACA
504 AGTTATGGCTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACA
* * * *
12867 ATTATTTTT-TATCATACAAGCTTATTCG-AA-AAAATAATAATAATTTATTAATATTTCAAAAA
569 ATTATTTTTGT-TCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTA-TAATATTTTAAAAA
* * * * * ** * *
12929 TTAATAGGTAACAGATTTATACAATAAATTTGTTTACTGAAC-TGTTCAAATAATTATGACTATT
632 TTAATAAGT---AGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATT
12993 TGAATAATTATCA-AT
694 TGAATAATTAT-ATAT
* * * * * * *
13008 CTCAAATCATTA--AAATCTTTG--TTGTCATAAAACAATTGTTGCT-TATGATAGAAGCTTATT
1 TTCAAATCATTATGACAT-TTTGTTTTGTAATAAAACAATTATTTCTAT-TCATACAAGCTTA-T
** * * * *
13068 TG-GTTAAAAATAATATTAATTTAATAATATTTTGAAA--ATTAATAAG-AGATTTAAAAAATAA
63 TGAACT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAATTAATAATAAGAAAATTT-AAAAA-AA
* * ** ** * ** * * *
13129 ATATCTTTGCTAAACCAGTTCAAATGGTTAAAAATAT-TAGAATAATTATCTATTTCAAATCATT
125 ATATGTTTACCGAATAAGTTCAAAT-ATTATGACTATCT-GAACAATTATCTATTTCAAATCGTT
* * * * * * ** *
13193 CA-AACCTTTTGTTTAGTCATAAAATATTTGTTTC-ATGTCTTACAAGCTTATTTGGAATAAAAT
188 -ATGA-TTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAT-TCTTACAAGCTTATTTCAAATAATAT
* * ** * *** * * *
13256 AATCCAAATTTACGAACATTTGGAAAATTAATAA-GCAAAAGATTTGAAAAAAGAAATTTTTTTA
250 AATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAATG---AA-ATTT-AAAAAATAAATATGTTTA
* * * * * * * *
13320 TTGAACA-AGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTAAT-TATATAAAATCA-TTATGACTT
310 CTGAACACA-TTCAAATAATTAAGACTATTTGAATAATT-ATCTATTTCAAAT-AGTTATAACCT
* * ** * *
13382 TTTGTTTTGACATAAAAC-A--A---TTG--CTTCAA--TTCA---T-AA-AAGCTTATCCAAA-
372 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATCAAGCTT-ATTTTGAATAAAATAATACAAAT
* * * * *
13431 --A-TAACA---AAAAATTAATAAGT-AAGAGTTTAAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAATT
436 TTATTAAAATTCAAAAATTAATAAGTAAAGA-TTT-AAAAAATTAATCTGTTTACCAAATAAGTT
*** * * * * ** * * *
13489 TTGATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATTGTTATGACATTTTGTTCTGTCCTA
499 CAAATAGTTATGGCTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATA
* *** * * **
13554 AAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAAATAATTCTAATTTATTAATATTCC
564 AAACAATTATTTTTGTTCATACAAGTTTATTTGAAAT-AAAATAATACTAATTTA-TAATATTTT
* * * * * ** * * *
13619 AAAAATTAATAACT-GATTTAAAAAGTGAATCTATTTTCCAAATTAGTTTAAAT-GATTGTG-GT
627 AAAAATTAATAAGTAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAG-TTATGACT
* * *
13681 CATTTCAACAATTATCTAT
691 -ATTTGAATAATTATATAT
* * * * * * * * *
13700 TTCAAATCGTTATTACCTTTTGTTTGGTCATATAACAATTGTTT-TTTATCATACAAGCTTATTC
1 TTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTAATAAAACAATTATTTCTAT-TCATACAAGCTTATTG
* * * * *
13764 AA--AATAA-AATAATAATTTATTAAT-CTTTCAAA--AATTAATAAG-AGATTTACAAAATGAA
65 AACTAA-AATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAATTAA-TAATAAGAAAATTTA-AAAA-AAA
* * * * * * * *
13822 TTTGTTTACTGAACTAA--TCAAGTAGTTATGACTATTTGACCAATTCTATACTTCAAAT-GTTA
126 TATGTTTACCGAA-TAAGTTCAAATA-TTATGACTATCTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA
* * * * * * * * * * *
13884 TAACCTTTTGTTATGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACGAGCTTA-TTCTAAATAAAACAA
189 TGA-TTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCTTACAAGCTTATTTC-AAATAATATAA
* * * * * *
13948 TACTAATCTAATAATATTCCAAAAATTAATAACT-AAGGGATTTAAAAATTAAATTTGTTTGC-C
252 TACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAA-TGAA---ATTTAAAAAATAAATATGTTTACTG
* * * *
14011 AA-ACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAATAATTATCTAATTCAAATCA-TTATGACCTTTT
313 AACAC-A-TTCAAATAATTAAGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATAACCTTTT
* ** * * * *
14074 GTCTCATCATAAAAGAATT-TTTTTCAATTCATACTAA-CTTATTTGGAATAAAATAA-AAAGAA
375 GTTTTGTCATAAAACAATTATTTTT--GTTCAT-C-AAGCTTATTTTGAATAAAATAATACA-AA
* * * * * *
14136 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG---AGA-TAAAAAAATT--TTTATTTATCTAAAT-GGT
435 TTTATTAA-AATTCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATTAATCTGTTTA-CCAAATAAGT
* ** * * *
14194 TCAAATAATTATGATTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
498 TCAAATAGTTATGGCTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCAT
* * * * * * * *
14259 AAAATAAATGTTTTTGCTCATATAAGTTT-GTTCAGAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTT
563 AAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGTTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTA-TAATATTT
* * * * * *
14323 CAAAAATTAATAAG-AGATTT-AAAAATAAATCTGTTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATGAAT
626 TAAAAATTAATAAGTAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACT
* *
14386 ATTT-AAGTAAATATTTAT
691 ATTTGAA-TAATTATATAT
* * * * * *
14404 TTCAAATCATTGTGACTTTTTGTTCTATTATAAAACAA-TAGTTTCTATTCATACGAGCTTATTC
1 TTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTAATAAAACAATTA-TTTCTATTCATACAAGCTTATT-
* * *
14468 AAATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAACAATTAATAAGTAA-AAAATTTTAAAAATAA
64 GAACTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGA-AATTAATAA-TAAGAAAA-TTTAAAAA-AA
* * * * * *
14532 ATATGTTTACTGAACT-AGATCAAATAGTCATGACTCT-TTAATAATTATCTATTTCAAATCGTT
125 ATATGTTTACCGAA-TAAGTTCAAATA-TTATGACTATCTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTT
* * * ** * * * * * *
14595 ATGACCTTTTGTTTTTTCATAAAA-AATTACTTCAATTCATATAAGGTTATTTGAAATAAAATAA
188 ATGA-TTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCTTACAAGCTTATTTCAAATAATATAA
* * * * *
14659 TACT-ATGTTATTAATATTCCTAAAATTAATAATTGAGAGATTTAAAAAATGAATTTATTTATTG
252 TACTAAT-TTATTAATATTCCAAAAATTAATAA-TGA-A-ATTTAAAAAATAAATATGTTTACTG
* * * * * * *
14723 AACA-AGTTTAAATAATTATTG-CCATTTGAACAATTAT-TGATTTGGAATTA-CTATAACCTTT
313 AACACA-TTCAAATAATTA-AGACTATTTGAATAATTATCT-ATTT-CAAATAGTTATAACCTTT
* * ** **
14784 TGGTTTGGCATAAAATTATT-TTATTTGTTCAT-ATTAGCTTATTTCAAATAAAATAATACAAAT
374 TGTTTTGTCATAAAACAATTATT-TTTGTTCATCA--AGCTTATTTTGAATAAAATAATACAAAT
* * * * * *
14847 TTATTAATATT-AAGACAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGT
436 TTATTAAAATTCAA-A-AATTAATAAGT-AAAGATTTAAAAAATTAATCTGTTTACCAAATAAGT
* * * * *
14911 TCAAATCA-TTATGACTATTTAAAGAAATATTTATTTTAAATTC-TTATGACTTTTTTGTTTTGT
498 TCAAAT-AGTTATGGCTATTTGAACAATTATTTATTTCAAA-TCATTATGAC-TTTTTGTTTTGT
* * * * * * * * * *
14974 CATAAAACAATTGTTTCTATCCATCCGAGCTTATTCGAATTAAAATAATATTAATTTATTAATAT
560 CATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTA-TAATAT
* * * * * * *
15039 TTCAACAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAA-CAATAT-TCTTACCGAACAAGTTTAAATAATC
624 TTTAAAAATTAATAAGT---AGATTTAAAAAATAAATATAT-TTACCAAACAAGTTCAAATAGTT
* *
15101 ATAACTATTTGAATAATTTGAATAATTGTCTAG
685 ATGACTATTTGAATAA-TT--AT-A-----TAT
* * * * * ***
15134 TTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCAATTTAGGTAAGCTTATTTG
1 TTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTAATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTA-TTG
*
15199 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
65 AACTAAAATAATACTAATTTATTAATATT
15228 CCAAAAATTA
Statistics
Matches: 6676, Mismatches: 1439, Indels: 1032
0.73 0.16 0.11
Matches are distributed among these distances:
687 1 0.00
688 17 0.00
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731 3 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (708 bp):
TTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTAATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTGA
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TTACCGAATAAGTTCAAATATTATGACTATCTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATTTT
TATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCTTACAAGCTTATTTCAAATAATATAATACTAATTT
ATTAATATTCCAAAAATTAATAATGAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACACATTCAAAT
AATTAAGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATAGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA
ATTATTTTTGTTCATCAAGCTTATTTTGAATAAAATAATACAAATTTATTAAAATTCAAAAATTA
ATAAGTAAAGATTTAAAAAATTAATCTGTTTACCAAATAAGTTCAAATAGTTATGGCTATTTGAA
CAATTATTTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATAC
AAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATAATATTTTAAAAATTAATAAGTAGATTTAAAA
AATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATATAT
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Alignment explanation
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7864 GTTTTCATTT
** * * *
7874 AAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCTAAAATTAATAACTAAGAGATTT
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* * ***
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62 AAAAAATAAATCTGTTTACCGAAAT-AGTTCAAAT-ATTA-TGACTATTTGAACAATTATCTATT
* * ** * * * * *
8002 TCAAAT-AGTTATTACCTTTTGTTTCATCATATAAGAATT-TTATTTGA-ACATTC
124 TCAAATCA-TTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT-TCT-ATTCATAC
* ** * * * *
8055 AAGCTTTTTTGGAATAAATTAATATTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAGTAGGTAAGAGATTT
1 AAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTA--A--TAAGAGATTT
* * ** *
8120 AAAAAATAAATCTGTTTA-CTAAACTAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATAAACTT
62 AAAAAATAAATCTGTTTACCGAAA-TAGTTCAAATA-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* * * * * * * *
8184 CAAATCATTATAACTTTTTGTTCTATCATAAAATAATTATTTTTGTTCATAC
125 CAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAC
* * * ** *
8236 AAGTTTATTTAGAATAAAATAAT-CT-A---A-TGATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGAATT
1 AAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTT
* * * * * * ** *
8295 CAAAAATAAATTTATTTGCTGAACTAGTTCAAATATTTAAAACTATATGAACAA-T-T-TATTTC
62 AAAAAATAAATCTGTTTACCGAAATAGTTCAAATA-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
** * * * * ** *
8357 -AATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAATAGGTTTGTTTGAATTCATAT
126 AAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACA--ATTGTTTCTATTCATAC
* ** * *
8409 TAGCTTATTTGGAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAGTAAGTAAGAGATT
1 AAGCTTATTCAGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTTAAAAA-T--TAA-TAAGAGATT
* * * * ** * * *
8473 TAAAAAACAATTCTATTTACCTAACCAATTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATATATTT
61 TAAAAAATAAATCTGTTTACCGAAATAGTTCAAAT-ATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* * * * *
8538 CAAATCATTATTACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTT-TGTTCATAT
125 CAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAC
* * * * * *
8589 AAGTTTATT-TGAAATAAAGTAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTGATTTAAA
1 AAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGAGATTTAAA
* * * *
8653 AAATAAATCTATTTATC-AAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAA
65 AAATAAATCTGTTTACCGAAA-TAGTTCAAATA-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
* * * * *
8717 ATCATTATGACTTTTTGTTCTATTATAAAACAATTATTTCTATTCATAC
128 ATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAC
* * * * * *
8766 AAGCTTATT-GGATTAAAATAATACTAATTTATTAGTATTTTGACAATTAATAAGTAAAAAAGTT
1 AAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG----AGA-TT
* * * * * * *
8830 T-AAAAATAAATATGTTTA-CTAAACTAGATCAAATAATCATGACAACTTGAATAATTATCTATT
61 TAAAAAATAAATCTGTTTACCGAAA-TAGTTCAAAT-ATTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
** * * * *
8893 TCAAATTGTTATGATC-TTTTCTTTTGTCATAAAATAATTGTTTC-AGTTTATAT
124 TCAAATCATTATGA-CATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATAC
* * * **
8946 AAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACAATAAAAAAATTGATAATAAAGAGATTT
1 AAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAA-T--TAAT-AAGAGATTT
* * * * * * *
9011 AAAAAGTGAATCTGTTTACTGAACA-AATTTAAATAATTAGGACTATTTGAATAATTATCTATTT
62 AAAAAATAAATCTGTTTACCGAA-ATAGTTCAAAT-ATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* * * * * * *
9075 GAAAT-AGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAGAATTTTTTTTGTTCAT-C
125 CAAATCA-TTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAC
** * * * * *
9126 TAAGCTTATTTTGAATAAAATAATACAAATTTATCAATA--TTAAGAAATTAACAAGTAAACTAT
1 -AAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAA-AAATTAATAAG-AGA-TTT
* * * * * * * *
9189 AAAAAATTAATATGTTTA-CTAAATAAGTTCAAATCGTTATGGCCATTTGAGCAATTATTTATTT
62 AAAAAATAAATCTGTTTACCGAAAT-AGTTCAAAT-ATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* ** * * * * *
9253 CAACTTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTTATAC
125 CAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAC
* * * * * * *
9305 AAGTTTATTCAGATTAAAATAATATTAATTTATAAATATTTTGACAATTAATAGGTAAAAGATTT
1 AAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATT-A-A--TAAGAGATTT
* * * * * * * *
9370 AAAAAATAAATATATTTACC-AAACAAGTTCAATTAGTCATGACTATTTGAATAATTATATCTTT
62 AAAAAATAAATCTGTTTACCGAAA-TAGTTCAAATA-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* * * * * *
9434 CAAATCATTATGACCTTTTCTTTTGTAATAAAACACTTTTTTC-AGTTCATAT
125 CAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATAC
* * * * *
9486 AAGCTTATT-TGAAGTAAGATAATACTAATTTATTAATATTCTGAAAATTAATGAATAAGAACAT
1 AAGCTTATTCAGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATT-T-TAAA--AATTAATAAG-AGAT
* * * * *
9550 TGAGAAAA-GAATATGTTTACCG-AATAAGTTCAAATAGTTATGACTATCTGAACAATTATCTAT
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* * * * * *
9613 TTCAAAACGTTATGATATTTTGTTTTGTCATAAAAACAATTGGTTCTATTCTTGC
123 TTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCAT-AAAACAATTGTTTCTATTCATAC
* * ** * *
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1 AAGCTTA-TTCAGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAA--GAGA-TT
* * * * *
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* * * *
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** * **
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1 AAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAA--G--AGATT
* * * ** *
9912 TAAAAAATAAGTCTATTTACC-AAGTAAGTTCAAATAGTTATG-CTATTTGAATGATTATTTATT
61 TAAAAAATAAATCTGTTTACCGAAAT-AGTTCAAATA-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* *
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124 TCAAATCATTATGA-CATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAC
** * * * * *
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1 AAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAA----GAGATT
* * * * * *
10090 TAAAAAGTAAATTTGTTTACTGAACA-AGTTCAAATATTTATGTCCATTTGAACTATTATCTATT
61 TAAAAAATAAATCTGTTTACCGAA-ATAGTTCAAATA-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
*
10154 TCAAATCATAATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAC
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** * * * *
10207 AAAATTATTCAGACTAAAATAATGCT-ATTCTATTAATATTTTGATAATTAATAAGAGATTTAAA
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*
10271 AACA-AAATCTATTTACCGAAATAGTTCAAATATTCATGACTATTTGAACAATTATCTA----AA
65 AA-ATAAATCTGTTTACCGAAATAGTTCAAATATT-ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
** * * *
10331 ATC-TT-TGTGATCTTTATTTTGTCATAAAACAAGTGTTTCTTTTCATAC
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** * * * * **
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1 AAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAAT-AAGAGATTTAAA
* * ** * * ** *
10444 AAATAAATGTGTTTGCC-AAGCCAATTCAAATAGTTAAGACTATTAAAATAATTATCTATTTCAA
65 AAATAAATCTGTTTACCGAA-ATAGTTCAAATA-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
** * * * * *
10508 ATTGTTTTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTT-TAGTTCATAC
128 ATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATAC
* * * **
10557 AAGCTTATTTAGAATAAAATAATACCAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATGAGCAAGAGATTT
1 AAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAAT----AAGAGATTT
* *
10622 AAAACAATAAATCTGTTTACC-AAACAAGTTGAAATAGATT-TGACTATTTGAACAATTATCTAT
62 AAAA-AATAAATCTGTTTACCGAAA-TAGTTCAAAT--ATTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* *
10685 TT-AAAGTCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATAA
123 TTCAAA-TCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATAC
* * * * * *
10739 AACCTTATT-TGAAATAAAATTATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATCATTATGCAAG-GATT
1 AAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAAT--TAAT--AAGAGATT
* * * *** ** * * * * *
10802 TAAAAACTAAAGCTATTTTTTGAACCACTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATCAATCT
61 TAAAAAATAAATCTGTTTACCGAAATAGTTCAAATA-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* * * *
10867 CAAATCGTTATGATCA--TTGTTTTCTCATAAAACAAAATT-TTTTTTTATCATAC
125 CAAATCATTATGA-CATTTTGTTTTGTCATAAAAC--AATTGTTTCTAT-TCATAC
* * * *
10920 AAGCTTATTCAG-ATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTATGATAATTAATAAGAGATTTAAA
1 AAGCTTATTCAGAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGAGATTTAAA
* * * * * * *
10984 AAATAAATGTGTTTATCG-AATCAGTTTAAATAGTTAAGATTATTAGAATAATTATCTATTTCAA
65 AAATAAATCTGTTTACCGAAAT-AGTTCAAATA-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
* * * * * * * **
11048 ATCATTTTGACCTTTT-TTTTAGTTATATAATAATTATTTCAATTTGTAC
128 ATCATTATGACATTTTGTTTT-GTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAC
** * **
11097 AAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCATGAGATTT
1 AAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAAT-A--A-GAGATTT
* * *
11162 GAAAAAATAAATCTATTTA-C-TAATCATGTTCAAATAGTTATGACTATTTCAACAATTATCTAT
62 -AAAAAATAAATCTGTTTACCGAAAT-A-GTTCAAATA-TTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* *
11225 TTAAAATCATTATGATCA-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATAA
123 TTCAAATCATTATGA-CATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATAC
* * * * *
11279 AAGGTTATCCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGAGATTTAAAA
1 AAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAA
** * * * * * * *
11344 AATAAAT-TAGTTTATTG-AATCAATTCAAATAATCATGGCCATTTAAACAACTATCTATTTTAA
66 AATAAATCT-GTTTACCGAAAT-AGTTCAAAT-ATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
* * * * * * * *
11407 ATCATTTTTATAATTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTCA-ACATAA
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* * *
11456 AAGCTTTTTCTA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAGAATTAATAAGAGATTTAAA
1 AAGCTTATTC-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGAGATTTAAA
* * *** * * *
11520 AAAGAAATCTATTTGTTGATACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA
65 AAATAAATCTGTTTACCGAAATAGTTCAAATA-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA
** * *** * * * *
11585 TTGTTATAAC-TTTTGTTCAATAAAAAAAAAATTGTTTCTATTTATAC
129 TCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAC
* * * * * *
11632 AAGCTTACTT-GGAATAAAATAATAATATTTTAGTAATATTCTGAAAATTAATAACTATGAGATT
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* * * * * *
11696 TAAAAAATAAATCCGTTTA-CTAAACCAATTCAAATAGTT-TAGACTATATGAA-AATTTATTTA
61 TAAAAAATAAATCTGTTTACCGAAA-TAGTTCAAATA-TTAT-GACTATTTGAACAA-TTATCTA
* * * * * * * * *
11758 TTTCAAATTATTATAACCA-TCTATTTTGTCATAAAACAAATATTT-AAGCTCATAG
122 TTTCAAATCATTATGA-CATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATAC
* * * * * * * * *
11813 AAGTTTAATT-GGAATAGAATAAAATTAATATATTAATATTTCAAAAATTTATAAGAGATTTAGA
1 AAGCTT-ATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGAGATTTAAA
* * * * *
11877 AAATAATTCTATTTA-CGAAACTAGTTCAAATAATTATAACTATTTGCACAATTATCTATTGCAA
65 AAATAAATCTGTTTACCGAAA-TAGTTCAAAT-ATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
* * * * * * * *
11941 ATCGTTTTTACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTAATAT
128 ATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAC
* * ** * *
11990 GAGTTTGCTC-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATCAATAAGATATT
1 AAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTT--AAA--AATTAATAAGAGATT
* ** * * * * * *
12054 TAAAAAGTAAATCTACTTGCC-AAACCATTTCAAATAGTTTTGACTATTTAAATAATTATCTATT
61 TAAAAAATAAATCTGTTTACCGAAA-TAGTTCAAATA-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* * * * * *
12118 TCAAATCATTAT-AAACTTTTATTTTGTCATCATACAATTGGTTCTATTTATAC
124 TCAAATCATTATGACA-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAC
* ** * * * * * *
12171 TATTTTATTC-GAAATAAAATAATACAAATTTAATAATATTTTGAAACTTAATAACCAAGAAAAT
1 AAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAAT----AAGAGATT
** * * * * * * **
12235 TAAAAAATAAATCTAATTGCC-AAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATGTAAATGATTATCTATT
61 TAAAAAATAAATCTGTTTACCGAAA-TAGTTCAAATA-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
** * * * * ** *
12299 TCAAATTGTTATGAC-TTTTTTTTTGTCATAAAATAATTATTT-TGTTTGTAG
124 TCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAC
* * * * *
12350 AAGCTTATTCATATTAAAATAATACTAATTTCA-TAATAATTAAAAAAGTAATAAGAGATTTAAA
1 AAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTT-ATTAATATTTTAAAAATTAATAAGAGATTTAAA
* * ** * * * * * * *
12414 AAATAATTTTGTTTGTCG-AATCATTTCAAATGGTTAAGACTATTAGAATAATTATATACTTCAA
65 AAATAAATCTGTTTACCGAAAT-AGTTCAAAT-ATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
* * * * *
12478 AT-GTTTTGACCA-TTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATAA
128 ATCATTATGA-CATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAC
* * * *
12526 AAGCTTATTGAGAATAAATTAATACTAATTTATTAACATTTGAAAAATTAATAAGAAAGAAATTT
1 AAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG--AG--ATTT
* * * * * * *
12591 AAAAAATAAATCTATTTACC-AAACAAGTTCAAATAGTTATTATTATTTGAGCAGTTGTCTATTT
62 AAAAAATAAATCTGTTTACCGAAA-TAGTTCAAATA-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* * * * ** *
12655 AAAATCATTATAACCTTCTAATTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTAATAC
125 CAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATAC
* * *** *
12707 AAGCTTAGAT-GGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCCTAAATTAATAAGAAATTTAAA
1 AAGCTTA-TTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGAGATTTAAA
* ** **
12771 AAATAAATCTGTTTACC-AAATCAGTTAAAATAATTATGGTTATTTGAGTAATTATCTATTTCAA
65 AAATAAATCTGTTTACCGAAAT-AGTTCAAAT-ATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
* * * * *
12835 ATCATTATGACTTTTTATTTGGTCATAAAACAATTATTT-TTTATCATAC
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* * *
12884 AAGCTTATTC-GAA-AAAATAATAATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAGGTAACAGATTT
1 AAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATT-A-A--TAAGAGATTT
* * * * * * * *
12947 ATACAATAAATTTGTTTACTGAACT-GTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCAATCTC
62 AAAAAATAAATCTGTTTACCGAAATAGTTCAAAT-ATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * *
13011 AAATCATTA--AAATCTTTG--TTGTCATAAAACAATTGTTGCT-TATGATAG
126 AAATCATTATGACAT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAT-TCATAC
* ** * * *
13059 AAGCTTATT-TGGTTAAAAATAATATTAATTTAATAATATTTTGAAAATTAATAAGAGATTTAAA
1 AAGCTTATTCAGAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGAGATTTAAA
* * * * * * ** * * *
13123 AAATAAATATCTTT-GCTAAACCAGTTCAAATGGTTAAAAATATTAGAATAATTATCTATTTCAA
65 AAATAAATCTGTTTACCGAAA-TAGTTCAAAT-ATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
* * * * * *
13187 ATCATTCA-AACCTTTTGTTTAGTCATAAAATATTTGTTTC-ATGTCTTAC
128 ATCATT-ATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAT-TCATAC
** * * ** * **
13236 AAGCTTATTTGGAATAAAATAATCCAAATTTACGAACATTTGGAAAATTAATAAGCAAAAGATTT
1 AAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG----AGATTT
* * * ** *
13301 GAAAAAAGAAATTTTTTTATTGAACA-AGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTAAT-TAT
62 -AAAAAATAAATCTGTTTACCGAA-ATAGTTCAAAT-ATTATGACTATTTGAACAATT-ATCTAT
* * * * * * *
13364 ATAAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGACATAAAACAATTGCTTCAATTCATAA
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* * * ** * *
13418 AAGCTTATCCA-AA-ATAACAA-A--AA---ATTAATA-AGTAAGAGTT--T---A-A---AAA-
1 AAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAA
* * * *** * *
13464 AATAAATTTGTTTACC-AAACAAATTTTGATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAA
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** * * *
13528 TTGTTATGACATTTTGTTCTGTCCTAAAACAATTGTTTCAATTCATAC
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* * ** **
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1 AAGCTTATTCAG-AAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGAGATTTAA
* * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * * * * * * *
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66 AATAAATCTGTTTACCGAAATAGTTCAAATA-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
* * * * * * *
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* * * * ** *
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1 AAGCTTATTC-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAA-T--TAA-TAAGAGATT
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* * ** * * *
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** * ** *
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** * * * * * * *
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* * * *
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** * * * * * * ** * * *
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* * *
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* * * * *
14880 TTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACA-AGTTCAAATCATTATGACTATTTAAAGAAATATTTA
59 TTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAA-ATAGTTCAAAT-ATTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* * * *
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* * * * *
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15252 TAAAAAAATAAATCTATTTATCGAA
60 TTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAA
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Statistics
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ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (176 bp):
AAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAA
AATAAATCTGTTTACCGAAATAGTTCAAATATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
ATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAC
Found at i:12118 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 12097--12129 Score: 50
Period size: 17 Copynumber: 2.0 Consensus size: 17
12087 ATAGTTTTGA
12097 CTATTT-AAATAATTAT
1 CTATTTCAAATAATTAT
*
12113 CTATTTCAAATCATTAT
1 CTATTTCAAATAATTAT
12130 AAACTTTTAT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 1, Indels: 1
0.88 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
17 9 0.60
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.00, T:0.48
Consensus pattern (17 bp):
CTATTTCAAATAATTAT
Found at i:13502 original size:158 final size:159
Alignment explanation
Indices: 13279--13583 Score: 389
Period size: 158 Copynumber: 1.9 Consensus size: 159
13269 GAACATTTGG
* * *** *
13279 AAAATTAATAAGCAAAAGATTTGAAAAAAGAAATTTTTTTATTGAACAAGTTTAAATAATTATGA
1 AAAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAAAGAAATTTGTTTACCAAACAAATTTAAATAATTATGA
* *
13344 CTATTTGAACAATTAAT-TATATAAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGACATAAAACAATTGCTT
66 CTATTTGAACAATT-ATCTATATAAAATCATTATGACATTTTGTTCTGACATAAAACAATTGCTT
13408 CAATTCATAAAAGCTTATCCAAAATAACAA
130 CAATTCATAAAAGCTTATCCAAAATAACAA
* * * ** *
13438 AAAATTAATAAGTAAGAG-TTTAAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAATTTTGATAGTTATGA
1 AAAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAAAGAAATTTGTTTACCAAACAAATTTAAATAATTATGA
* * ** * * *
13502 CTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATTGTTATGACATTTTGTTCTGTCCTAAAACAATTGTTTC
66 CTATTTGAACAATTATCTATATAAAATCATTATGACATTTTGTTCTGACATAAAACAATTGCTTC
*
13567 AATTCATACAAGCTTAT
131 AATTCATAAAAGCTTAT
13584 TTGAAATAAA
Statistics
Matches: 123, Mismatches: 22, Indels: 3
0.83 0.15 0.02
Matches are distributed among these distances:
157 1 0.01
158 106 0.86
159 16 0.13
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.09, T:0.38
Consensus pattern (159 bp):
AAAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAAAGAAATTTGTTTACCAAACAAATTTAAATAATTATGA
CTATTTGAACAATTATCTATATAAAATCATTATGACATTTTGTTCTGACATAAAACAATTGCTTC
AATTCATAAAAGCTTATCCAAAATAACAA
Found at i:16333 original size:180 final size:179
Alignment explanation
Indices: 15486--17186 Score: 766
Period size: 180 Copynumber: 9.5 Consensus size: 179
15476 TGAATGTTCC
* * *
15486 AAAACCAATTGTTTCTATTCATACAAA-ATTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTACTATT
1 AAAA-CAATTGTTTC-AGTCATA-AAATCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-TT
* * * * * *
15550 TTGAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAACTAAATCTCTTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTAA
62 TTCAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACTAGTTCAAATAGTTAT
** * * * * ** * * *
15611 GGTTATTTGAATAATTATCTATCTCAAATTG-T-TATGATCTTTGTTCTATCCT
127 GACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGCTATAACAT-TTTATTTTATCAT
* * * * * * * * * * *
15663 AAAACATTTATTTCTATTCATACAAGCTTATTC-GAAGAAAATATTGCTAAATTAATAA-TATTC
1 AAAACAATTGTTTC-AGTCATAAAATCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATTTTTC
* * * * * * *
15726 TAAACATTAATAAGT-AAGGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGTTGAACCAGTTCAAATAGTTAAG
65 -AAA-ATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACTAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * * *
15790 ACTGTTAGAACAATT-TC------AAATTGTTATGACCTTTT-GTTTAGTCAT
128 ACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGCTATAACATTTTATTTTA-TCAT
* * * * *
15835 AAAATAATTGCTTCAGCTCAT-ACATACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAA-TATT
1 AAAACAATTGTTTCAG-TCATAAAAT-CTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATTTTT
* * *
15898 CAAAAAATTAATAAGTAAGAA-A-TT-AAAAA-AAA-CTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTT
64 C--AAAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACTAGTTCAAATAGTTA
* *
15958 TGACTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATCGCTATGACATTTTTATTTTATCAT
126 TGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGCTATAACA-TTTTATTTTATCAT
* * * * *
16013 AAAATAATTGTTTCAGTTCATAAAATCTTATT-TGAAGTAAAATAATATTACTTTATTAATATTA
1 AAAACAATTGTTTCAG-TCATAAAATCTTATTCAGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAAT-TTT
* * * * * * *
16077 TAAAAATTGATAAGTTAGAGATTTAAAACATAAATC-AGTTTATCG-ATTCAGTTCAAATAATTA
63 TCAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTA-TTTATCGAACT-AGTTCAAATAGTTA
* * * * * * *
16140 TGGCCATTTGAACAATTATCTATTTTAGATCGTTATTAACA-TTTATTTTGTTAT
126 TGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGCTA-TAACATTTTATTTTATCAT
*
16194 AAAACAATTTTTTTTCA-TCATAAAAGTC-TATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATTTT
1 AAAACAA--TTGTTTCAGTCATAAAA-TCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATTTT
* * *
16257 TCAAAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATAGAACTAGTTCAAATAGTAATG
63 TCAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACTAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * ** * *
16322 ACTGTTTGAACAATTATATA-TTACAGATTGTTATAACCCTTTGTTCTGA-CAT
128 ACTATTTGAACAATTATCTATTTA-AAATCGCTATAACATTTTATT-TTATCAT
* * * * * * * * *
16374 AAAATAATTATTTCTATTCATATAAGCTTATTCATAATAAAATAATACTAATGTAATAA-TATTC
1 AAAACAATTGTTTC-AGTCATAAAATCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATTTTTC
** * * * ** * * * *
16438 TAAAGATTAAT-AGCTAAGTGATATAAAAACT-AATTTATTTGCCAAACCAATTCAAATAGTTAA
65 -AAA-ATTAATAAG-TAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACTAGTTCAAATAGTTAT
* * * * ** * * * * * * *
16501 GGCTATATGAACAATTGTTTATTTCCAATTGCTGTGACCTTTTGTTTTGTCGT
127 GACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGCTATAACATTTTATTTTATCAT
* * * * * * *
16554 AAAACAACT-TTTCAATTCTTACTAA-CTTATTC-GAAATAAAATAAAACAAATTTATTAATATT
1 AAAACAATTGTTTC-AGTCATA-AAATCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATTTT
* * * * * * * * * * *
16616 TCAAAAAATTAATCAGTAAAAGGTTTAAAAAATAATTTTGTTTGTTGAACCAATTTAAATAATTA
63 TC--AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACTAGTTCAAATAGTTA
* * * * * * *
16681 TGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTCTATCAT
126 TGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGCTATAACATTTTATTTTATCAT
* * ** * * * * *
16735 AAAACAAAATATTTTTGTTCATATAAT-TTGTTC-GAAATAAAAAAATACTAATCTATTAATATT
1 AAAAC-AATTGTTTCAG-TCATAAAATCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATTTT
* * *
16798 TCAAAATT--TAA-TAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACCAATTCAAATAGTTATG
63 TCAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACTAGTTCAAATAGTTATG
* * * * ** * * *
16860 AATATTT-AGCAATTATTTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGATCTGT-T-AT
128 ACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGCTATAACATTTT-AT-TTTATCAT
* ** * * * * * *
16911 AAAACAATAGTTTTTGTTCATAGAAGT-TTGTTTAGATTAATATAATGCTAATTTATTAATTTTT
1 AAAACAATTGTTTCAG-TCATA-AAATCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAA-TTTT
* * * ** * * * *
16975 TGACAATTAATTAGTAAAA-ATTTTTTAAAATAAATATGTTTATCGACCTAGATCAAATAGTTAT
63 TCAAAATTAATAAGTAAAAGA-TTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACTAGTTCAAATAGTTAT
* * * ** * * * *
17039 GACTATTTGAATAATTATCAATTTCAAATCATTATGACCTTTTTTTTTGTCAT
127 GACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGCTATAACATTTTATTTTATCAT
* * * * ** * * * *
17092 AAAAAAATTATTTCAATTCATATAAGATTATTCAAAATAAAATAATA-TTATGTTATTAATATTC
1 AAAACAATTGTTTC-AGTCATAAAATCTTATTCAGAATAAAATAATACTAAT-TTATTAATTTTT
* ** *
17156 CAAAAATTAATAATTAGGAGATTTTAAAAAT
64 C-AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
17187 GAACTTATTA
Statistics
Matches: 1170, Mismatches: 274, Indels: 156
0.73 0.17 0.10
Matches are distributed among these distances:
170 35 0.03
171 16 0.01
172 33 0.03
173 41 0.04
174 8 0.01
175 45 0.04
176 85 0.07
177 80 0.07
178 127 0.11
179 64 0.05
180 282 0.24
181 243 0.21
182 93 0.08
183 18 0.02
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (179 bp):
AAAACAATTGTTTCAGTCATAAAATCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATTTTTCA
AAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACTAGTTCAAATAGTTATGACT
ATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGCTATAACATTTTATTTTATCAT
Found at i:16915 original size:176 final size:180
Alignment explanation
Indices: 16583--16942 Score: 437
Period size: 177 Copynumber: 2.0 Consensus size: 180
16573 TACTAACTTA
* * *
16583 TTCGAAATAAAATAAAACAAATTTATTAATATTTCAAAAAATTAATCAGTAAAAGGTTTAAAAAA
1 TTCGAAATAAAATAAAACAAATCTATTAATATTTC-AAAAATT-ATCAATAAAAGATTTAAAAAA
* * * * ** * * *
16648 TAATTTTGTTTGTTGAACCAATTTAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCG
64 TAAATCTATTTATCAAACCAATTCAAATAATTATGAATATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCA
* *
16713 TTATGACCTTTTGTTCTATCATAAAACAAAATA-TTTTTGTTCATATAA-TTTG
129 TTATGACCTTTTGATCTATCATAAAAC--AATAGTTTTTGTTCATAGAAGTTTG
*
16765 TTCGAAATAAAA-AAATACTAATCTATTAATATTTC-AAAATT-T-AATAAAAGATTTAAAAAAT
1 TTCGAAATAAAATAAA-ACAAATCTATTAATATTTCAAAAATTATCAATAAAAGATTTAAAAAAT
* * *
16826 AAATCTATTTATCAAACCAATTCAAATAGTTATGAATATTT-AGCAATTATTTATTTCAAATCAT
65 AAATCTATTTATCAAACCAATTCAAATAATTATGAATATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* * *
16890 TATGACTTTTTGATCTGTTATAAAACAATAGTTTTTGTTCATAGAAGTTTG
130 TATGACCTTTTGATCTATCATAAAACAATAGTTTTTGTTCATAGAAGTTTG
16941 TT
1 TT
16943 TAGATTAATA
Statistics
Matches: 154, Mismatches: 21, Indels: 12
0.82 0.11 0.06
Matches are distributed among these distances:
174 4 0.03
175 14 0.09
176 48 0.31
177 49 0.32
178 1 0.01
180 6 0.04
181 3 0.02
182 29 0.19
ACGTcount: A:0.43, C:0.09, G:0.07, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
TTCGAAATAAAATAAAACAAATCTATTAATATTTCAAAAATTATCAATAAAAGATTTAAAAAATA
AATCTATTTATCAAACCAATTCAAATAATTATGAATATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATT
ATGACCTTTTGATCTATCATAAAACAATAGTTTTTGTTCATAGAAGTTTG
Found at i:16985 original size:718 final size:708
Alignment explanation
Indices: 15515--17167 Score: 1582
Period size: 718 Copynumber: 2.3 Consensus size: 708
15505 CATACAAAAT
* * *
15515 TATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTACTATTTTGAAAA-T--T-AATAAGAGATTTAAAAA
1 TATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-TTTTCAAAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAA
* * * ** *
15576 CTAAATCTCTTTATCA-AACCAGTTCAAATAGTTAA-GGTTATTTGAATAATTATCTATCTCAAA
65 ATAAATCTATTTAT-AGAACTAGTTCAAATAG-TAATGACTATTTGAATAATTATATAT-TCAAA
* * * * * * *
15639 TTGTTATGA-TCTTTGTTCT-ATCCTAAAACATTTATTTCTATTCATACAAGCTTATTC-GAAGA
127 TTGTTATGACCCTTTGTTCTGA-CATAAAAAAATTATTTCTATTCATATAAGCTTATTCAAAATA
* * * * *
15701 AAATATTGCTAAAT-TAATAATATTCTAAACATTAATAAGTAAGGATTTAAAAAATAAATGTGTT
191 AAATAATACT-AATGTAATAATATTCTAAAAATTAAT-AGTAAGGATATAAAAAATAAATGTATT
*** * * *
15765 TGTTGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTGTTAGAACAATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTA
254 TGCCAAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTTCAAATTGCTATGACCTTTTGTTTA
* * * *
15830 GTCATAAAATAATTGCTTCAGCTCATACATACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
319 GTCATAAAACAATT-CTTCAACTCATACATACTTATTCAAAATAAAATAAAACAAATTTATTAAT
* *
15895 ATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAAATTAAAAAAAACTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTTTG
383 ATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAAATTAAAAAAAACTATTTACCGAACAAGTTCAAATAATTATG
* * * * * * *
15960 ACTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATCGCTATGACATTTTTATTTTATCATAAAATAATTGTT
448 ACTATTTAAACAATTATCTATTTAAAATCGCTATGACACTTTTATTCTATCATAAAAAAAATATT
* * * * * *
16025 TCAGTTCATAAAATCTTATTTGAAGTAAAATAATATTACTTTATTAATATTATAAAAATTGATAA
513 TCAGTTCATAAAATCTTATTCGAAATAAAAAAATACTAATCTATTAATATTATAAAAATT-ATAA
* * * * ** * **
16090 GTTAGAGATTTAAAACATAAATCAGTTTATCGATTCAGTTCAAATAATTATGGCCATTTGAACAA
577 GTAAAAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTATCAAACCAATTCAAATAATTATGAACATTTGAACAA
* * * **
16155 TTATCTATTTTAGATCGTTATTAACATTTATTTTGTTATAAAACAATTTTTTTTCATCATAAAAG
642 TTATCTATTTCAAATCATTATTAACATTTATTTTGTTATAAAACAATAGTTTTTCATCATAAAAG
16220 TC
707 TC
16222 TATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATTTTTCAAAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAA
1 TATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATTTTTCAAAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAA
* * *
16287 TAAATCTATTTATAGAACTAGTTCAAATAGTAATGACTGTTTGAACAATTATATATTACAGATTG
66 TAAATCTATTTATAGAACTAGTTCAAATAGTAATGACTATTTGAATAATTATATATT-CAAATTG
* * *
16352 TTATAACCCTTTGTTCTGACATAAAATAATTATTTCTATTCATATAAGCTTATTCATAATAAAAT
130 TTATGACCCTTTGTTCTGACATAAAAAAATTATTTCTATTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAAT
* * *
16417 AATACTAATGTAATAATATTCTAAAGATTAATAGCTAAGTGATATAAAAACT-AATTTATTTGCC
195 AATACTAATGTAATAATATTCTAAAAATTAATAG-TAAG-GATATAAAAAATAAATGTATTTGCC
* * *
16481 AAACCAATTCAAATAGTTAAGGCTA-TATGAACAATTGTTTATTTCCAATTGCTGTGACCTTTTG
258 AAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATTA-GAAC-A------ATTTCAAATTGCTATGACCTTTTG
* * * * *
16545 TTTTGTCGTAAAACAACTT-TTCAATTCTTAC-TAACTTATTCGAAATAAAATAAAACAAATTTA
315 TTTAGTCATAAAACAA-TTCTTCAACTCATACAT-ACTTATTCAAAATAAAATAAAACAAATTTA
* * * * ***
16608 TTAATATTTCAAAAAATTAATCAGTAA-AAGGTTTAAAAAATAATTTTGTTTGTTGAACCAA-TT
378 TTAATA-TTCAAAAAATTAATAAGTAAGAA--ATTAAAAAA-AA--CTATTTACCGAA-CAAGTT
* * * *
16671 TAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAC-CTTTTGTTCTATCAT
436 CAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTAAAATCGCTATGACACTTTTATTCTATCAT
** * *
16735 AAAACAAAATATTTTTGTTCATATAAT-TTGTTCGAAATAAAAAAATACTAATCTATTAATATT-
501 AAAA-AAAATATTTCAGTTCATAAAATCTTATTCGAAATAAAAAAATACTAATCTATTAATATTA
* *
16798 TCAAAATT-TAA-TAAAAGATTTAAAAAATAAATCTA-TTTATCAAACCAATTCAAATAGTTATG
565 TAAAAATTATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATC-AGTTTATCAAACCAATTCAAATAATTATG
* * * *
16860 AATATTT-AGCAATTATTTATTTCAAATCATTA-TGAC-TTT-TTGATCTGTTATAAAACAATAG
629 AACATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTAACATTTATT--T-TGTTATAAAACAATAG
** * *
16921 TTTTTGTTCATAGAAGTT
691 TTTTTCATCATAAAAGTC
* * * * * * * * * **
16939 TGTTTAGATTAATATAATGCTAATTTATTAATTTTTTGACAATTAATTAGTAAAA-ATTTTTTAA
1 TATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAA-TTTTTCAAAATTAATAAATAAAAGA-TTTAAAA
* * * * * *
17003 AATAAATATGTTTATCGACCTAGATCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCA-ATTTCAAA
64 AATAAATCTATTTATAGAACTAGTTCAAATAGTAATGACTATTTGAATAATTAT-ATA-TTCAAA
** * * * * * *
17067 TCATTATGACCTTTTTTTTTGTCATAAAAAAATTATTTCAATTCATATAAGATTATTCAAAATAA
127 TTGTTATGACCCTTTGTTCTGACATAAAAAAATTATTTCTATTCATATAAGCTTATTCAAAATAA
* * *
17132 AATAATA-TTATGTTATTAATATTCCAAAAATTAATA
192 AATAATACTAATG-TAATAATATTCTAAAAATTAATA
17168 ATTAGGAGAT
Statistics
Matches: 772, Mismatches: 134, Indels: 69
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
706 8 0.01
707 32 0.04
709 6 0.01
710 70 0.09
711 48 0.06
712 70 0.09
713 11 0.01
714 2 0.00
715 3 0.00
716 4 0.01
717 80 0.10
718 244 0.32
719 60 0.08
720 10 0.01
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722 45 0.06
723 67 0.09
724 3 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (708 bp):
TATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATTTTTCAAAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAA
TAAATCTATTTATAGAACTAGTTCAAATAGTAATGACTATTTGAATAATTATATATTCAAATTGT
TATGACCCTTTGTTCTGACATAAAAAAATTATTTCTATTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATA
ATACTAATGTAATAATATTCTAAAAATTAATAGTAAGGATATAAAAAATAAATGTATTTGCCAAA
CCAATTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTTCAAATTGCTATGACCTTTTGTTTAGTCATAA
AACAATTCTTCAACTCATACATACTTATTCAAAATAAAATAAAACAAATTTATTAATATTCAAAA
AATTAATAAGTAAGAAATTAAAAAAAACTATTTACCGAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTA
AACAATTATCTATTTAAAATCGCTATGACACTTTTATTCTATCATAAAAAAAATATTTCAGTTCA
TAAAATCTTATTCGAAATAAAAAAATACTAATCTATTAATATTATAAAAATTATAAGTAAAAGAT
TTAAAAAATAAATCAGTTTATCAAACCAATTCAAATAATTATGAACATTTGAACAATTATCTATT
TCAAATCATTATTAACATTTATTTTGTTATAAAACAATAGTTTTTCATCATAAAAGTC
Found at i:17224 original size:87 final size:87
Alignment explanation
Indices: 17133--17304 Score: 240
Period size: 87 Copynumber: 2.0 Consensus size: 87
17123 TCAAAATAAA
* * *
17133 ATAATATTATGTTATTAATATTCCAAAAATTAATAATTAGGA-GATTTTAAAAATGAA-CTTATT
1 ATAATACTATGTTATTAATATTCCAAAAATTAATAACTA-AATGATTTTAAAAATGAATC-TATT
* *
17196 AACCGAACAAGTTTAAATAATTTT
64 AACCAAAAAAGTTTAAATAATTTT
* * *
17220 ATAATACTATGTTATTAATATTCTAAAAATTTATAACTAAATGATTTTAAAAATGAATCTATTTA
1 ATAATACTATGTTATTAATATTCCAAAAATTAATAACTAAATGATTTTAAAAATGAATCTATTAA
17285 CCAAAAAAGTTTAAATAATT
66 CCAAAAAAGTTTAAATAATT
17305 ATGACCATTT
Statistics
Matches: 75, Mismatches: 8, Indels: 4
0.86 0.09 0.05
Matches are distributed among these distances:
86 1 0.01
87 73 0.97
88 1 0.01
ACGTcount: A:0.47, C:0.07, G:0.06, T:0.40
Consensus pattern (87 bp):
ATAATACTATGTTATTAATATTCCAAAAATTAATAACTAAATGATTTTAAAAATGAATCTATTAA
CCAAAAAAGTTTAAATAATTTT
Found at i:17985 original size:14 final size:15
Alignment explanation
Indices: 17964--17997 Score: 50
Period size: 15 Copynumber: 2.3 Consensus size: 15
17954 ATTAATGTTT
* *
17964 TAAAAAATTAATAAG
1 TAAAAATTTAATAAA
17979 TAAAAATTTAATAAA
1 TAAAAATTTAATAAA
17994 TAAA
1 TAAA
17998 TATATTTTTT
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 2, Indels: 0
0.89 0.11 0.00
Matches are distributed among these distances:
15 17 1.00
ACGTcount: A:0.68, C:0.00, G:0.03, T:0.29
Consensus pattern (15 bp):
TAAAAATTTAATAAA
Found at i:18045 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 18019--18071 Score: 56
Period size: 17 Copynumber: 3.0 Consensus size: 18
18009 AACACGTTCA
*
18019 AATAGTTATGACTATTTG
1 AATAATTATGACTATTTG
*
18037 AATAATTAT--CTATTTCA
1 AATAATTATGACTATTT-G
*
18054 AATCATTATGACTATTTG
1 AATAATTATGACTATTTG
18072 TTTTGACATA
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 4, Indels: 6
0.74 0.11 0.16
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.21
17 8 0.29
18 8 0.29
19 6 0.21
ACGTcount: A:0.36, C:0.09, G:0.09, T:0.45
Consensus pattern (18 bp):
AATAATTATGACTATTTG
Found at i:18051 original size:181 final size:178
Alignment explanation
Indices: 17291--19332 Score: 1375
Period size: 181 Copynumber: 11.4 Consensus size: 178
17281 TTTACCAAAA
* * * ** *** * *
17291 AAGTTTAAATAATTATGACCATTTGAACAATTAT-TGATTTGGAATTGCTATAACCTTTTGGTTT
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT-ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTT
** * * * * *
17355 GTCATAAATGATTTTTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACAAATTTATTAA-
65 GTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATA-TAATTTATTAAT
* * * * *
17419 TATTAAGACAATTAATTAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAAC
129 TTTTAA-AAAATTAATAAGTAAAA-ATTT-AAAAATAAATATGTTTATCGAAC
* * * ** * *
17472 AAGTTCAAATCA-TTATGATTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTTTTGTGACTTTTTTGTTT
1 AAGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC-CTTTTGTTT
* * * * * * ** * *
17536 TATCATAAAATAATTGTTTTTGTCCATATGAA-CTTATTTGGATTAATATAATATTAATTTATTA
64 TGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATA-CAAGCTTATTTCAAATAAAATAATA-TAATTTATTA
* * * *
17600 ATATTTT-GACAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAA-AAATATGTTTACCAAAC
127 AT-TTTTAAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAATAAATATGTTTATCGAAC
* * * * *
17651 AAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTACTTCAAATCATTGTGACCTTTTATTTTG
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
* * ** * * *
17716 TAATAAAACAATTGTTTCAATTCATGTAAGCTTATTTGAAATAAAAAAATATTAATTTATTAATA
66 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATA-TAATTTATTAATT
** * * * * *
17781 TTCCAAAAA-TAA-AGAGTAAGAAATTAAAAAAATAAATCTATTT-GCTGACC
130 TTTAAAAAATTAATA-AGTAA-AAATT-TAAAAATAAATATGTTTATC-GAAC
* * *
17831 AAATTCAAATAGTTATGACTATCTAAACAATTATCTATTTCTAAA-CATTATGACCTTTTGTTTT
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC-AAATCATTATGACCTTTTGTTTT
* * * * *
17895 GTCATTAAACAATTGGTTCTATCCATGCAAGCTTATTTCAGATAAAATAATATAAATTTATTAAT
65 GTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATAT-AATTTATTAAT
* * *
17960 GTTTTAAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAATAAATAAATATATTTTTTGAAC
129 -TTTTAAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAA-AAATAAATATGTTTATCGAAC
* *
18012 ACGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CTATTTGTTTT
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCT-TTTGTTTT
* * * * * * * * * * *
18076 GACATAAACCAATTGTTTATGTTCA-AAAAACATTATTTGAAATACAATAATGCTCACTTATTAA
65 GTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGC-TTATTTCAAATAAAATAAT-ATAATTTATTAA
* ** * * *
18140 -TATTCCAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATCTGTTTATTGAGC
128 TTTTTAAAAAATTAATAAGTAAAA-A-TTTAAAAATAAATATGTTTATCGAAC
* * *
18192 GAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGATCC------TTT
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CCTTTTGTTTT
*
18251 GTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAG-TT-TGTTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTA
65 GTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTAT-TTC-AAATAAAATAATA-TAATTTATTA
* * ** * * * *
18314 ATATTCT-AAAAGTTAATAAGTTGTAGATTTAAAACATTAATATGTTTTTTGAAC
127 AT-TTTTAAAAAATTAATAAG-TAAAAATTTAAAA-ATAAATATGTTTATCGAAC
* * * * * * * *
18368 AAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACTATTATCTATCTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTA
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * ** * *
18433 CCGTAAAACAATTATTTCTATTCATGCAAAATTATTT-AGAATAAGATAATATGAATTTATTACT
66 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCA-AATAAAATAATAT-AATTTATTAAT
* * * * * * * *
18497 ATTTCAAAAATTAATAAG---AGATTTAAAACCTAAATCTTTTTACCAAACC
129 TTTTAAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAA-ATAAATATGTTTATCGAA-C
* * * *
18546 AA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGATC-TCTATTTTG
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * * * * * * *
18609 TCCTAAAATATTTATTTCTATTCGTACAAGCTTATTT-AGAGTAAAATATTGCTAAATTAATAAT
66 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCA-AATAAAATAAT-ATAATTTATTAAT
* * ** * *
18673 ATTT-AAACATTAATAAGTAAGGATTTAAAAAATAAATATGTTT-GCTAACC
129 TTTTAAAAAATTAATAAGTAAAAATTT-AAAAATAAATATGTTTATCGAA-C
* * * * * ** * *
18723 CAGTTCAAATAGTGAAGA-TGTTAGAACAATT-TCTATTTCAAATTGTTCTGACCTTTTGTTTAG
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * * *
18786 TTATAAAATAATTGCTTC-AGCTCATACATGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
66 TCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATA-TAATTTATTAAT
* * * * *
18850 ATTCAAAAAATTAAATAAATTAAGGAAAATT-AAAA-AAATTTGTTTATCGAAC
129 TTTTAAAAAATT-AAT-AAGTAA--AAATTTAAAAATAAATATGTTTATCGAAC
* * * * * * *
18902 AAATTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAACAATTACCCATTTAAAATCATCATGACCTTTTTATTT
1 -AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC-TTTTGTTT
* * * * *
18967 TATCATAAAACAAATGTTTC-AGTTCATAAAAGCTTA-TCCGAAATAAAATAATATTACTTTATT
64 TGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATA-TAATTTATT
* * * *
19030 AATATTATAAAAAATTGATAAGTTAGAGATTTAAAACATAAATCA-GTTTATCGAATC
126 AAT-TTTTAAAAAATTAATAAG-TAAAAATTTAAAA-ATAAAT-ATGTTTATCGAA-C
* * * * *
19087 AA-TTCAAATAATTATGA-TCATTTGAATAATTATCTTTTTCAAATCATTATTAACTTTTGTTTT
1 AAGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTT
** * * *
19150 GTCA-ATAAATGATTGTTTTTCA-TCATACACA-CATATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATT
65 GTCATA-AAACAATTGTTTCT-ATTCATACA-AGCTTATTTCAAATAAAATAATA-TAATTTATT
* * * *
19212 AATATTTAAAAAATTAATAAGTAGTAGAATTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAAC
126 AATTTTTAAAAAATTAATAAGTA--AAAATTTAAAAATAAATATGTTTATCGAAC
* * ** *
19267 TAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTG
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
19332 T
66 T
19333 ACTATTTGAA
Statistics
Matches: 1460, Mismatches: 312, Indels: 178
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
173 1 0.00
174 4 0.00
175 64 0.04
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177 158 0.11
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185 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (178 bp):
AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATATAATTTATTAATTT
TTAAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAATAAATATGTTTATCGAAC
Found at i:18057 original size:361 final size:359
Alignment explanation
Indices: 17376--19332 Score: 1489
Period size: 361 Copynumber: 5.4 Consensus size: 359
17366 TTTTTTTTTG
* * * *
17376 TTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATT--AAGACAATTAATTAGT
1 TTCATACAAACTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAA-A-AA-TAATAAGT
* * ** * * *
17439 AA-AAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATCA-TTATGATTATTTGAATAA
63 AAGAA-ATTAAAAAAATAAATCTGTTTA-TGAACAAATTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAA
* ** * * * * * * * * *
17502 TTATTTATTTCAAATTTTTGTGACTTTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTTTGTCCATATGA
125 TTATCTATTTCAAATCATTATGAC-CTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATA-CA
** * * * * *
17567 A-CTTATTT-GGATTAATATAATATTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTT
188 AGCTTATTTCAAAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGT-AAAGATTT
*** *
17630 -AAAA-AAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTACTTCA
252 AAAAATAAATATGTTTATTGAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCA
* *
17693 AATCATTGTGACCTTTTATTTTGTAATAAAACAATTGTTTCAA
317 AATCATTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCAA
** * * *
17736 TTCATGTAAGCTTATTTGAAATAAAAAAATATTAATTTATTAATATTCCAAAAATAA-AGAGTAA
1 TTCATACAAACTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATAATA-AGTAA
* * * * *
17800 GAAATTAAAAAAATAAATCTATTTGCTGACCAAATTCAAATAGTTATGACTATCTAAACAATTAT
65 GAAATTAAAAAAATAAATCTGTTT-ATGAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * * *
17865 CTATTTCTAAA-CATTATGACCTTTTGTTTTGTCATTAAACAATTGGTTCTATCCATGCAAGCTT
129 CTATTTC-AAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTT
* * *
17929 ATTTC-AGATAAAATAATATAAATTTATTAATGTTTTAAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAATAA
193 ATTTCAAAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTT-AAAAATTAATAAGTAAAGATTTAA-AA
* * * *
17993 ATAAATATATTTTTTGAACACGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATC
256 ATAAATATGTTTATTGAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATC
* *
18058 ATTATGA-CTATTTGTTTTG-ACATAAACCAATTGTTT-ATG
321 ATTATGACCT-TTTGTTTTGTA-ATAAAACAATTGTTTCA-A
* * * * * *
18097 TTCA-AAAAACATTATTTGAAATACAATAATGCTCACTTATTAATATTCCAAAATTAATAAGTAA
1 TTCATACAAAC-TTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATAATAAGTAA
** * * * *
18161 -AAGATTTTAAAAATAAATCTGTTTATTGAGCGAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
65 GAA-ATTAAAAAAATAAATCTGTTTA-TGAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* *
18225 TTTATTTCAAATCATTATGATCC------TTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAG-T
128 TCTATTTCAAATCATTATGA-CCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCT
* * **
18283 T-TGTTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCTAAAAGTTAATAAGTTGTAGATTTAA
192 TAT-TTCAAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG-TAAAGATTTAA
* * * * *
18346 AACATTAATATGTTTTTTGAACAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACT-ATTATCTATCTCA
254 AA-ATAAATATGTTTATTGAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAA-TAATTATCTATTTCA
* * **** * *
18410 AATCGTTATGACATTTTGTTTTACCGTAAAACAATTATTTCTA
317 AATCATTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCAA
* * * * *
18453 TTCATGCAAAATTATTT-AGAATAAGATAATA-TGAATTTATTACTATTTCAAAAAT--TAA-TA
1 TTCATACAAACTTATTTGA-AATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCCAAAAATAATAAGTA
* * ** * ** *
18513 AGAGATTTAAAACCTAAATCTTTTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
64 AGAAATTAAAAAAATAAATCTGTTTA-TGAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* * * * * * * *
18578 TCTATCTCAAATCATTATGATC-TCTATTTTGTCCTAAAATATTTATTTCTATTCGTACAAGCTT
128 TCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTT
* * * * * * *
18642 ATTT-AGAGTAAAATATTGCTAAA-TTAATAATA-TTTAAACATTAATAAGTAAGGATTTAAAAA
193 ATTTCAAAATAAAATAAT-ATAAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAGATTT-AAAA
** * * * * * *
18704 ATAAATATGTTTGCT-AACCCAGTTCAAATAGTGAAGA-TGTTAGAACAATT-TCTATTTCAAAT
256 ATAAATATGTTTATTGAA-CAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT
** * * * * * *
18766 TGTTCTGACCTTTTGTTTAGTTATAAAATAATTGCTTCAG
320 CATTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCAA
* ** * *
18806 CTCATACATGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAAATAAATT
1 TTCATACAAACTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAA-T-AAT-AAGT
*
18871 AAGGAAAATTAAAAAAAT---T-TGTTTATCGAACAAATTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAACA
63 AA-G-AAATTAAAAAAATAAATCTGTTTAT-GAACAAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * * * *
18932 ATTACCCATTTAAAATCATCATGACCTTTTTATTTTATCATAAAACAAATGTTTC-AGTTCATAA
124 ATTATCTATTTCAAATCATTATGACC-TTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATAC
* * * * * * *
18996 AAGCTTA-TCCGAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTATAAAAAATTGATAAGTTAGAGAT
187 AAGCTTATTTCAAAATAAAATAATATAAATTTATTAATATT-TTAAAAATTAATAAG-TAAAGAT
* * *
19060 TTAAAACATAAATCA-GTTTATCGAATCAA-TTCAAATAATTATGA-TCATTTGAATAATTATCT
250 TTAAAA-ATAAAT-ATGTTTATTGAA-CAAGTTCAAATAGTCATGACT-ATTTGAATAATTATCT
* * * **
19122 TTTTCAAATCATTATTAACTTTTGTTTTGTCAAT-AAATGATTGTTTTTC-A
311 ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT-AATAAAACAATTG--TTTCAA
* * **
19172 -TCATACACACATATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGT-A
1 TTCATACAAACTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAA-TAATAAGTAA
* * *
19235 GTAGAATT-AAAAAATAAATTTGTTTATCGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
65 G-A-AATTAAAAAAATAAATCTGTTTAT-GAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
* ** * *
19299 ATATATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGT
127 ATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGT
19333 ACTATTTGAA
Statistics
Matches: 1259, Mismatches: 258, Indels: 157
0.75 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
352 1 0.00
353 150 0.12
354 18 0.01
355 54 0.04
356 198 0.16
357 66 0.05
358 123 0.10
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360 113 0.09
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367 3 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (359 bp):
TTCATACAAACTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATAATAAGTAAG
AAATTAAAAAAATAAATCTGTTTATGAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
ATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATT
TCAAAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAATAAA
TATGTTTATTGAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTAT
GACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCAA
Found at i:19356 original size:49 final size:49
Alignment explanation
Indices: 19284--19378 Score: 163
Period size: 49 Copynumber: 1.9 Consensus size: 49
19274 AATAGTTATG
*
19284 ACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGT
1 ACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATTGTTATAACCATTTGTTTTGT
* *
19333 ACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCATTTGTTT
1 ACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATTGTTATAACCATTTGTTT
19379 GGTCATAAAA
Statistics
Matches: 43, Mismatches: 3, Indels: 0
0.93 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (49 bp):
ACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATTGTTATAACCATTTGTTTTGT
Found at i:19934 original size:181 final size:177
Alignment explanation
Indices: 19601--19969 Score: 394
Period size: 181 Copynumber: 2.1 Consensus size: 177
19591 AATTCTAACA
*
19601 TATTAATATTTCAAAATTAATAAGTAAGATTTAAAAAATGAATTTATTTATAGAATAAGTTCAAA
1 TATTAATA-TTCAAAATTAAAAAGTAAGATTTAAAAAATGAATTTATTTATAGAATAAGTTCAAA
* * **
19666 TACTTATGACTATTTGAACAATTATCTTTTTCAAATTGCTATAACCTTTTGCTTTGTTATAAAAC
65 TACCTATGACAATTTGAACAATTATCTTTTTCAAATCACTATAACCTTTTGCTTTGTTATAAAAC
19731 ATTTTTTTCTATTCAGACAAGCTTATTTCA-AATAAAAAAACATAAATT
130 ATTTTTTTCTATTCAGACAAGCTTA-TTCAGAATAAAAAAACATAAATT
* * *
19779 TATTAATATTCAACAATTAAAAAATTAAAGATTTAGAAAAAT-AATTT-TTTTTACTTAATAAGT
1 TATTAATATTCAA-AATT-AAAAAGT-AAGATTTA-AAAAATGAATTTATTTATA--GAATAAGT
* * * * *
19842 TTAAATACCTATGACAATTTGAACAATTAT-TTATTT-AAATCATTATGA-CTTTT-TTTTTTTA
60 TCAAATACCTATGACAATTTGAACAATTATCTT-TTTCAAATCACTATAACCTTTTGCTTTGTTA
* * * * * *
19903 TCATAAACAATTGTTTTT-TGTTCATACAAGCTTATTCAGATTAAAACAATATTAATT
124 T-A-AAAC-ATT-TTTTTCTATTCAGACAAGCTTATTCAGAATAAAAAAACATAAATT
19960 TATTAATATT
1 TATTAATATT
19970 TTGACAAATA
Statistics
Matches: 160, Mismatches: 19, Indels: 21
0.80 0.09 0.10
Matches are distributed among these distances:
177 5 0.03
178 19 0.12
179 16 0.10
180 31 0.19
181 84 0.52
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ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.06, T:0.44
Consensus pattern (177 bp):
TATTAATATTCAAAATTAAAAAGTAAGATTTAAAAAATGAATTTATTTATAGAATAAGTTCAAAT
ACCTATGACAATTTGAACAATTATCTTTTTCAAATCACTATAACCTTTTGCTTTGTTATAAAACA
TTTTTTTCTATTCAGACAAGCTTATTCAGAATAAAAAAACATAAATT
Found at i:20079 original size:314 final size:314
Alignment explanation
Indices: 19699--20308 Score: 788
Period size: 314 Copynumber: 1.9 Consensus size: 314
19689 ATCTTTTTCA
* * *
19699 AATTGCTATAACCTTTTGCTTTGTTATAAAACATTTTTTTCTATTCAGACAAGCTTATTTCAAAT
1 AATTGCTATAACCTTTTGCTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTATTCAGACAAGCTTATTCCAAAT
* * * *
19764 AAAAAAACATAAATTTATTAATATTC-AACAATTAAAAAATTAAAGATTTAGAAAAAT-AAT-TT
66 AAAAAAACACAAATTTATTAATATTCAAACAATTAAAAAA-TAAA-AATTAAAAAAATCAATCTA
* * * * * * * *
19826 TTTTTACTTAATAAGTTTAAAT-ACCTATGACAATTTGAACAATTATTTATTT-AAA-TCATTAT
129 TTTAT-C-AAACAAGCTCAAATCA-CTATAACAATTTAAACAACTATTTATTTCAAATTC-TTAT
* *
19888 GACTTTTTTTTTTTATCAT-AAACAATTGTTTTTTGTTC-ATACAAGCTTATTC-AGATTAAAAC
190 GACTTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTG-TTCTTG-TCAATACAAGCTTATTCGA-ATTAAAAC
**
19950 AATATTAATTTATTAATATTTTGACAAATAATAAGTAAAAGATTTGAGCAATTATCGATTTGG
252 AATATTAATTTATTAATATTTCAACAAATAATAAGTAAAAGATTTGAGCAATTATCGATTTGG
* * *
20013 AATTGCTATAATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTATTTAGACAAGCTTATTCCAAAT
1 AATTGCTATAACCTTTTGCTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTATTCAGACAAGCTTATTCCAAAT
*
20078 AAAATAACACAAATTTATTAATATTCAAACAATTAAAAAATAAAAATTAAAAAAATCAATCTATT
66 AAAAAAACACAAATTTATTAATATTCAAACAATTAAAAAATAAAAATTAAAAAAATCAATCTATT
* * * *
20143 TATCAAACAAGCTCAAATCATTATAACTATTTAAATAGCTATTTATTTCAAATTCTTATGACTTT
131 TATCAAACAAGCTCAAATCACTATAACAATTTAAACAACTATTTATTTCAAATTCTTATGACTTT
* * *
20208 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTCTTGTCAATACGAGCTTATTCGAATTAAAATAATATTAAT
196 TTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTCTTGTCAATACAAGCTTATTCGAATTAAAACAATATTAAT
* *
20273 TTATTAATATTTCAATAATTAATAAGTAAAAGATTT
261 TTATTAATATTTCAACAAATAATAAGTAAAAGATTT
20309 AAAAGATATA
Statistics
Matches: 255, Mismatches: 32, Indels: 18
0.84 0.10 0.06
Matches are distributed among these distances:
313 43 0.17
314 182 0.71
315 30 0.12
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.07, T:0.42
Consensus pattern (314 bp):
AATTGCTATAACCTTTTGCTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTATTCAGACAAGCTTATTCCAAAT
AAAAAAACACAAATTTATTAATATTCAAACAATTAAAAAATAAAAATTAAAAAAATCAATCTATT
TATCAAACAAGCTCAAATCACTATAACAATTTAAACAACTATTTATTTCAAATTCTTATGACTTT
TTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTCTTGTCAATACAAGCTTATTCGAATTAAAACAATATTAAT
TTATTAATATTTCAACAAATAATAAGTAAAAGATTTGAGCAATTATCGATTTGG
Done.