Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019167886.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_153, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 64300
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.12, T:0.38
Found at i:592 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 131--715 Score: 630
Period size: 180 Copynumber: 3.2 Consensus size: 180
121 GATTAGGTAA
* *
131 ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATATATAATTCTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACT
1 ACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAA-TATTTGAACT
* * * *
196 AGTTAGGTAAATAGAATTATTTTTTAAATATCTTATTTATTATTTTTTGAAATATTAGTAAATTC
65 AGTTAGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAGTAAATT-
* * * *
261 A-TTTTATTTTATTCCAAATAGGCTAGTATGAATTTCAAACAAA-ACCTCT-TTTTATG
129 AGTTTTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA----AAA-AAATA-AT-TGTTTTATG
* * * **
317 AC-AAACAAAA-G-CATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTTATATAGTTTTAATATTTGAACTA
1 ACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAATATTTGAACTA
* * * * * * * * * *
379 GCTCGGCAAACAAATTTATTTTTTAATTCTCTTAGTTATTAACTTTTGGAATATT-GTCAGATTA
66 GTTAGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAGT-AAATTA
* *
443 GTGTTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAAAAAAAATAATTGTTTTATG
130 GTTTTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAAAAAAATAATTGTTTTATG
* * * * * *
494 ACAAACCAAAAGGTTATAACGATTTGAAGTTTACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATT
1 ACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAA-TATTTGAACT
* *
559 AGTTTGGTAAATAGATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA
65 AGTTAGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAGTAAATTA
*** *
623 GTTTTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAATCA-TGTTTTATG
130 GTTTTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAAAAAAATAATTGTTTTATG
* *
673 ATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAATATATAATTGTTC
1 ACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTG-AAATATATAATTGTTC
716 TAAACCACTT
Statistics
Matches: 328, Mismatches: 61, Indels: 26
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
176 1 0.00
177 13 0.04
178 11 0.03
179 32 0.10
180 116 0.35
181 27 0.08
182 84 0.26
183 33 0.10
184 1 0.00
185 8 0.02
186 2 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.09, G:0.11, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
ACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAATATTTGAACTA
GTTAGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAGTAAATTAG
TTTTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAAAAAAATAATTGTTTTATG
Found at i:965 original size:169 final size:165
Alignment explanation
Indices: 554--975 Score: 469
Period size: 164 Copynumber: 2.5 Consensus size: 165
544 ATAACTATTT
* *
554 GAATTAGTTTGGTAAATAGATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATA
1 GAATTAGTTTGGTAAAAAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATAAATTTTTGAAATATTAATA
* * * *
618 AATTAGTTTTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAATCATGTTTTATGATAAAACAAA
66 AATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTGAAATCATATTTTATAATAAAACAAA
** *
683 AGGTCATAATGATTTGAAAATATATAATTGTTCTA
131 AGGTCATAAAAATTTGAAAATAGATAATTGTTCTA
** * ** * * * * * *
718 -AACCACTTCAGCAAACAA-TTTTATTCTTGAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTG-AATATTAT
1 GAATTAGTTTGGTAAA-AAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA-TAAATTTTTGAAATATTAA
* *
780 TAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAACTGAAA-CAATTATTTTATAATAAAG
64 TAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTGAAATC-A-TATTTTATAATAAAA
* *
844 CGAAAGGTTATAAAAATTTG-AAATAGATAATTGTTCAAATA
127 CAAAAGGTCATAAAAATTTGAAAATAGATAATTGTTC---TA
* * * * *
885 GGAATTGGTTTGGTAAAAAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATAAATGTTTGAAACATTAAC
1 -GAATTAGTTTGGTAAAAAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATAAATTTTTGAAATATTAAT
950 AAATTAGTATTATTTTATTTCAAATA
65 AAATTAGTATTATTTTATTTCAAATA
976 GGTGTGTATG
Statistics
Matches: 205, Mismatches: 41, Indels: 19
0.77 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
163 14 0.07
164 83 0.40
165 36 0.18
167 2 0.01
168 10 0.05
169 60 0.29
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (165 bp):
GAATTAGTTTGGTAAAAAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATAAATTTTTGAAATATTAATA
AATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTGAAATCATATTTTATAATAAAACAAA
AGGTCATAAAAATTTGAAAATAGATAATTGTTCTA
Found at i:1033 original size:169 final size:167
Alignment explanation
Indices: 554--1232 Score: 477
Period size: 169 Copynumber: 4.0 Consensus size: 167
544 ATAACTATTT
* *
554 GAATTAGTTTGGTAAATAGATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATA
1 GAATTAGTTTGGTAAAAAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATAAATTTTTGAAATATTAATA
* * * *
618 AATTAGTTTTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAATC-A-TGTTTTATGATAAAACA
66 AATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATG-A-TAAAAACAATTATTTTATGATAAAACA
* ** *
681 AAAGGTCATAATGATTTGAAAATATATAATTGTTC---TA
129 AAAGTTCATAAAAATTTG-AAATAAATAATTGTTCAAATA
** * ** * * * * * *
718 -AACCACTTCAGCAAACAA-TTTTATTCTTGAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTG-AATATTAT
1 GAATTAGTTTGGTAAA-AAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA-TAAATTTTTGAAATATTAA
* * * * *
780 TAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGA-ACTGAAACAATTATTTTATAATAAAG
64 TAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGATA--AAAACAATTATTTTATGATAAAA
* *
844 CGAAAGGTT-ATAAAAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
127 C-AAAAGTTCATAAAAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATA
* * * * *
885 GGAATTGGTTTGGTAAAAAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATAAATGTTTGAAACATTAAC
1 -GAATTAGTTTGGTAAAAAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATAAATTTTTGAAATATTAAT
* *
950 AAATTAGTATTATTTTATTTCAAAT-AGGTGTGTATGATAAAAACAATTATTTTATGACAAAACA
65 AAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCT-TGTATGATAAAAACAATTATTTTATGATAAAACA
* * *
1014 AAATTTTCATAACAATTTGAACTAAATAATTGTTCAAATGCCCA
129 AAA-GTTCATAAAAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAAT----A
* * * * * *
1058 TAATTA-TTTGAACCAATTTGACAAACTGACTTATTTTGTAAATCTCTAACTTATCAAA-TTTTG
1 GAATTAGTTTG-------GT-A-AAA-AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT-AAATTTTTG
* * * * *** * **
1121 AAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATATCAAATAAGCTTTTATGAATTGGAATAATGGTTTTA
55 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATG-ATAAAAACAATTATTTTA
* *** * *
1186 TGATAAAACAAAAGGTCATATTTATTTTAAATAGATAATTGTTCAAA
119 TGATAAAACAAAAGTTCATAAAAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAA
1233 CAGTCATAAC
Statistics
Matches: 393, Mismatches: 86, Indels: 55
0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
163 17 0.04
164 75 0.19
165 30 0.08
166 5 0.01
167 5 0.01
168 35 0.09
169 93 0.24
170 1 0.00
171 4 0.01
172 4 0.01
173 1 0.00
178 1 0.00
179 1 0.00
180 3 0.01
181 88 0.22
182 30 0.08
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (167 bp):
GAATTAGTTTGGTAAAAAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATAAATTTTTGAAATATTAATA
AATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGATAAAAACAATTATTTTATGATAAAACAAA
AGTTCATAAAAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATA
Found at i:2205 original size:181 final size:178
Alignment explanation
Indices: 1604--4910 Score: 2085
Period size: 181 Copynumber: 18.5 Consensus size: 178
1594 TTTTGAATCT
* * * * **
1604 CTTATTAAATTTTGAAATATTAA-AAATTAGTATTATTTTCTTTTGAATAATTTTGTATGAATC-
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAA-CA
* * * * * * * *
1667 --AATAATTGTTTTATGAC-AAA-AAAATGTCATAA-CAGTTTGAAACAAATGATAGTTCAAATG
65 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * **
1727 GAT-ATGACTATTTGATCT-TATTCAATTAACAGATTTA-TTTTTCAATCTCCAA
129 G-TCATAACTATTTGAACTGT-TTGAA--AACATATTTATTTTTTAAATCT-TTA
** * *
1779 CTTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAAATAAAATTGTATAAAT
1 CTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAAC
* * * * * **
1842 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATTATAACGATTTGAAATAAATAATCATTCAAATA
64 AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * *
1907 GTCACAACTATTTAAAACTCTTTTAGTAAACAAATTTAGTTTTTAAATCTTTTA
129 GTCATAACTATTT-GAACT-GTTT-GAAAACATATTTATTTTTTAAATC-TTTA
* * * * * ** *
1961 TTTAATAATTTTTGGAATTTTAATAAATTAGTATAATTTTATTCCGAATAAGCTTTTATGAACAA
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACAA
* * *
2026 AAAAAATTGATTTATGACAAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTCTTCAAATAG
66 AAACAATTGTTTTATGAC-AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* *
2091 TCATAATTATTTGAACGTGTTTAGAAAATATATTTATTTTTTTAAAT-TTTA
130 TCATAACTATTTGAAC-TGTTT-GAAAACATATTTA-TTTTTTAAATCTTTA
* *
2142 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGCATGAACA
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACA
* * * * * *
2206 TAACCAATTATTTTATGGA-AAAACAAAAGGTAATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTCAGATA
65 AAAACAATTGTTTTAT-GACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * *
2270 GTCATAACTATTTGAACATATTCGATAAATAAATTCATTTTTTAATTCTCTTA
129 GTCATAACTATTTGAAC-TGTTTGA-AAACATATTTATTTTTTAAATCT-TTA
* * * * * * *
2323 CTCATTAATTTTTGGAATATTTATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAAATAAACATATATGAACT
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAACA
* * * * * * *
2387 AAAACAATTGTTTTATTATAAAATAAAAGGTTACAATGATTTGAAATACATAATTATTCAAATAG
65 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * *
2452 TCATGACTATTTGAATTTGTTTGAAAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTA
130 TCATAACTATTTGAA-CTGTTTG-AAAACATATTTATTTTTTAAATC-TTTA
* *
2504 CTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATT-TCAAATAAGCTTGTATGAACA
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAACA
* * ** *
2568 AAAAAAATTCTTTTATGACAAAACAAAAGAGTCAATAACAATTT-AAATAAATAATTGTTCAAAT
65 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-GTC-ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
** * *
2632 AGTCATAAAAGATTTGAACTTGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTG
128 AGTCAT-AACTATTTGAAC-TGTTT-GAAAACATATTTATTTTTTAAATC-TTTA
* *
2687 CTTATTAATTGTCTT--AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCGAAATAAGCTTCTATGAAC
1 CTTATTAATT-T-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAAC
* ** * * * * *
2750 AGAAA-AATCATTTTATGACAAAACAAATGGTTATAGT-AGTTTCAAATAGATAAATTGTTGAAA
64 AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA-TTTGAAATAGAT-AATTGTTCAAA
* * * *
2813 TAGACA-AAC---TTG---T-TTCAGTAAACA-ATTCATTTTTTAAATCTCTTA
127 TAGTCATAACTATTTGAACTGTT-TGAAAACATATTTATTTTTTAAATCT-TTA
* * * * * * *
2858 ATTATTAATTTTTGGAATATTAATAACTTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACTG
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAAC--
* * * ** * *
2923 AATAA-TATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATATAT-ATGTATTCAAAT
64 AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAAT-TGTTCAAAT
** * * * * ** *
2986 AACCATGACTGTTTGATCTAGTTCGATAAACATATTTATTTTAAAAAATTTTTTA
128 AGTCATAACTATTTGAACT-GTTTGA-AAACATATTTATTTT-TTAAA-TCTTTA
* * * * * *
3041 GTTATTAATTATTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCTGAACAAGCTTGTATAAATA
1 CTTATTAATT-TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACA
* * * * ** * * * * * *
3106 AAAACTATTATTTTATAACAAAA-AAAAAGTCATAAACAATTTGGAAGAAATAATTGCTGAAATT
65 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT-AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * * *
3170 GTCATAACTATTTGAAGTGGTTCGATAATAGACTTATTTCTTTAAA-C-CT-
129 GTCATAACTATTTGAACT-GTTTGAAAACATATTTATTT-TTTAAATCTTTA
* * * * * * * *
3219 CTTATTAA-TTTTG-AATATTAGTATATTAGTATT-TTTTTTTCCAAACAAACTTATATGAATAA
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACAA
** ** *
3281 AAACTTTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATATT
66 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * *
3346 CATAATTATTTGAACTAGTTAAGTAAACAAAATTGTTTTTTAAATCCTTTA
131 CATAACTATTTGAACT-GTT-TGAAAACATATTTATTTTTTAAAT-CTTTA
* * * * * * * **
3397 CATATTAATTTCTAAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTATGAATAAGCTAGTATGAATT
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACA
* * * * *
3461 GAAA-AATTATTTTATGGCAAAATAAAA-G------TGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAG
65 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * *
3518 TCCTTAATTATTGGAATTAGTTTGGCAAAGA-AAATTTATTTTTTTAAATCTCTTA
130 T-CATAACTATTTGAACT-GTTT-G-AAA-ACATATTTA-TTTTTTAAATCT-TTA
* * *
3573 GTTATTAATTTTTAGAATATATT-AT--ATTAGTATTA-TTTATTC-GAATAAACTTGTATGAAC
1 CTTATTAATTTTT-GAA-ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAAC
* * * * * * * * * *
3633 AAAAATAATTGTTTTATGACAGAACACAAGGTTAGAATGATTAGAAGTATACAATTATTCAAATA
64 AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * *
3698 GTTATAATTATTTAAACTGATTTGATAAATAGATTTATTTGTTAAATCTTATA
129 GTCATAACTATTTGAACTG-TTTGA-AAACATATTTATTTTTTAAATCTT-TA
* * *
3751 CTTATTAAATTTTT-AAAGATTAATAAATTAGTATTA-TTTATTCTGAATAAACTTGTATGATA-
1 CTTATT-AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGA-AC
* ** * * ** *
3813 AAAAATAATTGTTACATGAC-AAACAAAATGTAATAACAATTTTTGAAATAGATAATTGTTGAAA
64 AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA--TTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * * * * ** *
3877 TGGCCATAATTATTTTAAATGATTTGGTAA-ATGGATTTATTTTTTTAAATCACTTA
127 TAGTCATAACTATTTGAACTG-TTTGAAAACAT--ATTTA-TTTTTTAAATC-TTTA
* * * * * **
3933 CTTATTAATTTTT-AGAATATTAAT-AATTAGTATTATTTAATTTTGAACAAGCTTGTGTGAATT
1 CTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACA
* * * **
3996 GAAACAATTTTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCGTATAG
65 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
** * * * *
4061 TTTTAATTGTTTAAACTGCTTTGACAAACATAATTATTTTTTAAATCTCTTA
130 TCATAACTATTTGAACTG-TTTGA-AAACATATTTATTTTTTAAATCT-TTA
* * * * * * **
4113 GTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGCATTATTTTATTCTGAATATGCTTATATGAACTG
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACAA
* * * * * * *
4178 AAA-AATTATTTTATAATAGAATAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGGTAA-TGTTCAAATAG-
66 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * *
4240 --GAACTA-AT--A-TAG--T--AAATAGATTTATTTTTCAAATCTCCTAA
131 CATAACTATTTGAACT-GTTTGAAAACATATTTATTTTTTAAATCT--TTA
* * * * * * **
4281 C-AATTACTTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGATTAGGCTTATATG-ATGA
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACAA
* ** * * **
4343 AAACTAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAGTTTGTAATGATTTGAAATAAATAATTATTTGAA-AG
66 AAAC-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * *
4406 GCAATAATTATTTGAA-TCGATTTGATAAA-TTGACTTATTTTTTAAAT-TTCTAA
130 TC-ATAACTATTTGAACT-G-TTTGA-AAACAT-ATTTATTTTTTAAATCTT-T-A
* * * * * * * **
4459 CTTATCAATTTTTGAACTATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTAGATAAACTTTTATGAACTG
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACAA
* * * * * * *
4524 AAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGT-ATATTTATTTTAAATAGATAATTATTTAAAAAGT
66 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * *
4588 CATAACTATTTAAACT-TACTCCGTAAACAGATTTATTTTCTTAAATTTTTT
131 CATAACTATTTGAACTGT--T-TGAAAACATATTTATTTT-TTAAATCTTTA
** *
4639 GGTATTAATTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAAATAAGCTTGTATGAACT
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAAC-
* * * * * * *
4702 AAAAAAAATTATTTTATGACTAAACAAAA-GTAATAATGATTTAAAATAGATAATTGCTCTAATA
64 AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * *
4766 ATCTTAACTATTTGAATTTGTTCGGCAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTA
129 GTCATAACTATTTGAA-CTGTT-TGAAAACATATTTATTTTTTAAATCT-TTA
* * * * * * * *
4819 CTTATTAATTTTT-AGAATATTATTAATTTAGCAATATTTTACTCCAAATGAGCTTGTGTGAACA
1 CTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACA
4883 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
65 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
4911 ATCTTAACAA
Statistics
Matches: 2462, Mismatches: 507, Indels: 321
0.75 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
165 4 0.00
166 70 0.03
167 45 0.02
168 3 0.00
169 2 0.00
170 7 0.00
171 71 0.03
172 20 0.01
173 90 0.04
174 134 0.05
175 76 0.03
176 72 0.03
177 14 0.01
178 60 0.02
179 152 0.06
180 501 0.20
181 574 0.23
182 262 0.11
183 254 0.10
184 49 0.02
185 2 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (178 bp):
CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACAA
AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
CATAACTATTTGAACTGTTTGAAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTA
Found at i:2815 original size:17 final size:18
Alignment explanation
Indices: 2793--2826 Score: 52
Period size: 17 Copynumber: 1.9 Consensus size: 18
2783 TAGTAGTTTC
*
2793 AAATAGATAAA-TTGTTG
1 AAATAGACAAACTTGTTG
2810 AAATAGACAAACTTGTT
1 AAATAGACAAACTTGTT
2827 TCAGTAAACA
Statistics
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0.88 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
17 10 0.67
18 5 0.33
ACGTcount: A:0.47, C:0.06, G:0.15, T:0.32
Consensus pattern (18 bp):
AAATAGACAAACTTGTTG
Found at i:3335 original size:174 final size:178
Alignment explanation
Indices: 3042--3359 Score: 405
Period size: 174 Copynumber: 1.8 Consensus size: 178
3032 AATTTTTTAG
** * *
3042 TTATTAATTATTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCTGAACAAGCTTGTATAAATAA
1 TTATTAATTATTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCAAACAAACTTATATAAATAA
* *
3107 AAACTATTATTTTATAACAAAAAAAAAGTCATAAACAATTTGGAAGAAATAATTGCTGAAAT-TG
66 AAACTATTATTTTATAACAAAAAAAAAGTCATAAACAATTTGAAAGAAATAATTGCTCAAATAT-
3171 TCATAACTATTTGAAGTGGTTCGATAATAGACTTATTTCTTTAAACCTC
130 TCATAACTATTTGAAGTGGTTCGATAATAGACTTATTTCTTTAAACCTC
* * ** *
3220 TTATTAA-T-TTTG-AATATTAGTATATTAGTATT-TTTTTTTCCAAACAAACTTATATGAATAA
1 TTATTAATTATTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCAAACAAACTTATATAAATAA
* * * * * * *
3281 AAACTTTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT-AACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAT
66 AAACTATTATTTTATAACAAAA-AAAAAGTCATAAACAATTTGAAAGAAATAATTGCTCAAATAT
*
3345 TCATAATTATTTGAA
130 TCATAACTATTTGAA
3360 CTAGTTAAGT
Statistics
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TTATTAATTATTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCAAACAAACTTATATAAATAA
AAACTATTATTTTATAACAAAAAAAAAGTCATAAACAATTTGAAAGAAATAATTGCTCAAATATT
CATAACTATTTGAAGTGGTTCGATAATAGACTTATTTCTTTAAACCTC
Found at i:4400 original size:17 final size:18
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Indices: 4375--4421 Score: 60
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4365 CAAAAGTTTG
* *
4375 TAATGATTTGAAA-TAAA
1 TAATTATTTGAAAGGAAA
*
4392 TAATTATTTGAAAGGCAA
1 TAATTATTTGAAAGGAAA
4410 TAATTATTTGAA
1 TAATTATTTGAA
4422 TCGATTTGAT
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 3, Indels: 1
0.87 0.10 0.03
Matches are distributed among these distances:
17 12 0.46
18 14 0.54
ACGTcount: A:0.47, C:0.02, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (18 bp):
TAATTATTTGAAAGGAAA
Found at i:4626 original size:180 final size:180
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Indices: 4440--4910 Score: 468
Period size: 180 Copynumber: 2.6 Consensus size: 180
4430 ATAAATTGAC
* * *
4440 TTATTTTTTAAATTTCTAACTTATCAATTTTTGAACTATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTA
1 TTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTGAA-TATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCA
* * * * * * * *
4505 GATAAACTTTTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGA-TAAAACAAAAGGT-ATATTTATTTTAA
65 AATAAACTTGTATGAACTAAAAAAAATTATTTTATGACT-AAACAAAA-GTAATAATGATTTAAA
* *
4567 ATAGATAATT-ATTTAAAAAGTCATAACTATTTAAACTTACTCCGTAAACAGAT
128 ATAGATAATTGATCTAAAAA-TCATAACTATTTAAACTTACTCCGCAAACAGAT
*** * *
4620 TTATTTTCTTAAATTT-TTTGGTATTAATTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCA
1 TTATTTT-TTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTGAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCA
*
4684 AATAAGCTTGTATGAACTAAAAAAAATTATTTTATGACTAAACAAAAGTAATAATGATTTAAAAT
65 AATAAACTTGTATGAACTAAAAAAAATTATTTTATGACTAAACAAAAGTAATAATGATTTAAAAT
* * * * * ** * *
4749 AGATAATTGCTCTAATAATCTTAACTATTTGAATTTGTTCGGCAAACATAT
130 AGATAATTGATCTAAAAATCATAACTATTTAAACTTACTCCGCAAACAGAT
* * ** * * * *
4800 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTATTAATTTAGCAATATTTTACTCCA
1 TTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCA
* * * * * *
4865 AATGAGCTTGTGTGAAC-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
65 AATAAACTTGTATGAACTAAAAAAAATTATTTTATGACTAAACAAAA
4911 ATCTTAACAA
Statistics
Matches: 240, Mismatches: 44, Indels: 14
0.81 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
179 50 0.21
180 135 0.56
181 55 0.23
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.08, T:0.43
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TTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTGAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCAA
ATAAACTTGTATGAACTAAAAAAAATTATTTTATGACTAAACAAAAGTAATAATGATTTAAAATA
GATAATTGATCTAAAAATCATAACTATTTAAACTTACTCCGCAAACAGAT
Found at i:4926 original size:706 final size:687
Alignment explanation
Indices: 3935--5630 Score: 1609
Period size: 706 Copynumber: 2.4 Consensus size: 687
3925 ATCACTTACT
* * * * * *
3935 TATTAATTTTTAGAATATTAAT-AATTAGTATTATTTAATTTTGAACAAGCTTGTGTGAATTGAA
1 TATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAA
* *
3999 ACAATTTTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCGT-ATAGTT
66 ACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGCTC-TAATAG-T
* * * * * *
4063 TTAATTGTTTAAACTGCTTTGACAAACATAATTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGA
128 TTAACTATTTAATCTG-TTTGGCAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA
* ** * ** *
4128 AATATTATTAAATTAGCATTATTTTATTCTGAATATGCTTATATGAACTGAAA-AATTATTTTAT
192 AATATTATTAATTTAGCATTATTTTATTCCAAATA-GCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTAT
* * * * * * *
4192 AATAGAATAAAAGGT-TATAATGATTTGAAATAGGTAATGTTCAAATAGGAACTAATATAGTAAA
256 GACAAAACAAAAGATCT-TAATAATTTGAAATAGGTAATGTTCAAATA-GAAC--AGAT--T---
* *
4256 TAGATTTATTTTTCAAATCTCCTAACAATTACTTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
312 TAG-----TTTTT-AAATCT-CT---AATTAATTTTTGAAATATTAAAAAATTAGTATTATTTTA
* * * ** *
4320 TTCTGATTAGGCTTATATG-ATGAA-AACTAATTGTTTTATGAC-AAACAAAA-GTTTGTAATGA
367 TTCTGAATAAGCTTATATGAAT-AAGAAC-AATTGTTTTACGACAAAACAAAATG-TCATAACGA
* * * * ***
4381 TTTGAAATAAATAATTATTTGAAAGGCA-ATAATTATTTGAA-TCGATTTGATAAATTGACTTAT
429 TTTGAAATAAATAA-TAGTTCAAAGGAACATAACTATTTGAACTCG-TTTGATAAACAAACTTAT
* * * *
4444 T-TTTTAAATTTCTAACTTATCAATTTTT-GAACTATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTAGA
492 TCTTTT-AATCTCCAACTTATCAATTTTTAGAA-TATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCAAA
* * * * *** **
4507 TAAACTTTTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGT-ATATTTATTTTAAATA
555 TAAAATTGTATGAA-TAG-AACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATAATAACAATTAGAAATA
* * *
4570 GATAATTATTTAAAAAGTCATAACTATTTAAACTTACTCCGTAAACAGATTTATTTTCTTAAAT-
617 AATAATTATTCAAAAAGTCATAACTATTTAAACTTACTCCGTAAACAAATTTATTTT-TTAAATA
4634 TTTT-TGG
681 TTTTAT-G
* * *
4641 TATTAATTTTT-GAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTAAA
1 TATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAGA
* * * * *
4705 AAAAATTATTTTATGACTAAACAAAAGTAATAATGATTTAAAATAGATAATTGCTCTAATAATCT
65 AACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGCTCTAATAGT-T
* *
4770 TAACTATTTGAATTTGTTCGGCAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AG
129 TAACTATTT-AATCTGTTTGGCAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-
* * *
4834 AATATTATTAATTTAGCAATATTTTACTCCAAATGAGCTTGTGTGAACAAAAACAATTGTTTTAT
192 AATATTATTAATTTAGCATTATTTTATTCCAAAT-AGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTAT
* * *
4899 GACAAAACAAAA-ATCTTAACAATTTGAACT--G----GTTC-GATA-AACAGATTTAGTTTTTA
256 GACAAAACAAAAGATCTTAATAATTTGAAATAGGTAATGTTCAAATAGAACAGATTTAGTTTTTA
* * ** *
4955 AATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAAAAAATTAGTATTATTTTATTCTTAATAATTTTGTATG
321 AATCTCTAATTAATTTTTGAAATATTAAAAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTATATG
** * *
5020 AATAAGGGCAATTGTTTTACGACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATGATAGTTCAA
386 AATAAGAACAATTGTTTTACGACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAAATAATAGTTCAA
* * * * * *
5085 ATGAACATGACTATTTGAACTTGTTTGATTAACAAATTTATTCTTTTAATCTCCAACTTATTAAT
451 AGGAACATAACTATTTGAACTCGTTTGATAAACAAACTTATTCTTTTAATCTCCAACTTATCAAT
* * *
5150 TTTTAGAATATTAATATATTAGTATTATTTTGTTTCAAATAAAATTGTATGAATAGAACAATTGT
516 TTTTAGAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCAAATAAAATTGTATGAATAGAACAATTGT
* *
5215 TTTATGACAAAACAAAGATAATAACAATTAGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
581 TTTATGACAAAACAAAGATAATAACAATTAGAAATAAATAATTATTCAAAAAGTCATAACTATTT
* ** * *
5280 AAACTTGCTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATATTTTATT
646 AAACTTACTCCGTAAACAAATTTATTTTTTAAATATTTTATG
* * * * *
5322 TAATAATTTTTGGGAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTTATTCCGAATAGGCTTTTATGAATAG
1 TATTAATTTTT-GGAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAG
* * *
5387 AAACAATTAATTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGACTTGAAATAGATAATT-CTTCAAATAG
64 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGC-TCTAATAG
* * * * * * *
5451 TTACAACTATTCAAATGTGTTTAGAAAACATATTTATTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATTTTT
127 TT-TAACTATT-TAATCTGTTTGGCAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
* * * * *
5515 GAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGCATGAACAAAACCAATTGTTT
190 GAAATATT-ATTAATTTAGCATTATTTTATTCCAAAT-AGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTT
* * * *
5579 TATGACAAAACAAAAGTTCATAATATTTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
253 TATGACAAAACAAAAGATCTTAATAATTTGAAATAGGTAA-TGTTCAAATAG
5631 TCATAACTAT
Statistics
Matches: 811, Mismatches: 138, Indels: 95
0.78 0.13 0.09
Matches are distributed among these distances:
680 21 0.03
681 157 0.19
682 113 0.14
683 137 0.17
684 115 0.14
685 5 0.01
690 3 0.00
691 4 0.00
692 3 0.00
693 1 0.00
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699 3 0.00
700 4 0.00
704 1 0.00
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707 45 0.06
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (687 bp):
TATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAA
ACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGCTCTAATAGTTTA
ACTATTTAATCTGTTTGGCAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATA
TTATTAATTTAGCATTATTTTATTCCAAATAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAA
AACAAAAGATCTTAATAATTTGAAATAGGTAATGTTCAAATAGAACAGATTTAGTTTTTAAATCT
CTAATTAATTTTTGAAATATTAAAAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTATATGAATAA
GAACAATTGTTTTACGACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAAATAATAGTTCAAAGGAA
CATAACTATTTGAACTCGTTTGATAAACAAACTTATTCTTTTAATCTCCAACTTATCAATTTTTA
GAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCAAATAAAATTGTATGAATAGAACAATTGTTTTAT
GACAAAACAAAGATAATAACAATTAGAAATAAATAATTATTCAAAAAGTCATAACTATTTAAACT
TACTCCGTAAACAAATTTATTTTTTAAATATTTTATG
Found at i:5708 original size:362 final size:359
Alignment explanation
Indices: 4915--11137 Score: 3408
Period size: 362 Copynumber: 17.2 Consensus size: 359
4905 ACAAAAATCT
* * * * *
4915 TAACAATTTGAACTGGTTCGATAAACAGATTTAGTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAA
1 TAACTATTTGAACTTGTT-GGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAA
* * * ** *
4976 ATATTAAAAAATTAGTATTATTTTATTCTTAATAA-TTTTGTATGAATA-AGGGCAATTGTTTTA
65 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTT-TATGAATAGA-AACAATTATTTTA
* * * * * *
5039 CGACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATGA-TAGTTCAAAT-GAACATGACTATTTG
128 TGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAATAG-TCATAACTATTTG
* * * **
5102 AACTTGTTT-GATTAACAAATTTATTCTTTT-AATCTCCAACTTATTAATTTTT-AGAATATTAA
191 AACTTGTTTAGA-AAATATATTTATT-TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAA
* * ** * *
5164 TATATTAGTATTATTTTGTTTCAAATAAAATTGTATGAATAGAACAATTGTTTTATGACAAAAC-
253 TAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAACAATTGTTTTATGACAAAACA
* * * * *
5228 AAAGATAATAACAATTAGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCA
318 AAAGGTCATAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * * * * *
5271 TAACTATTTAAACTTGCTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATATTTTATTTAATAATTTTTGGG
1 TAACTATTTGAACTTG-TTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GA
* * * *
5336 AATTTTAATAAATTAGTATTATTTTTATTCCGAATAGGCTTTTATGAATAGAAACAATTAATTTA
64 AATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTCTGAATAAGCTTTTATGAATAGAAACAATTATTTTA
* * * * *
5401 TGACAAAACAAAAGGTCATAATGACTTGAAATAGATAATTCTTCAAATAGTTACAACTA-TTCAA
128 TGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * *
5465 ATGTGTTTAGAAAACATATTTATTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA
193 CT-TGTTTAGAAAATATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA
*
5529 TTTA-TATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGCATGAACAAAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAA
257 -TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAA
*
5593 AGTTCATAATATTTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
320 AGGTCATAATA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * * * * *
5634 TAACTATTTGAACATGTTCAGTAAACATATTCATTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTGGA
1 TAACTATTTGAACTTGTT-GGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAA
* * * * *
5699 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATAAACT-GAAACAATCATTTTAT
65 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTTTATGAA-TAGAAACAATTATTTTA-
* * * * **
5763 TG-CAAAACAAAAAGTTACAATGATTTAAAATAGATAATTATTTGAATAGTCATAACTATTTGAA
128 TGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * *
5827 CTTGTTCAGTAAGTATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT-ATTTATTGAAATATTAATAAA
193 CTTGTTTAGAAAATATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT-TTGAAATATTAATAAA
* * * *
5891 TTAATATTATTTTA-ATCTATATAAGCTTATAT-AATCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA
257 TTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAA-C-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA
* * * *
5954 AAAGTCATAATAATTTAAAATAAAAAATTGTTCAAATAGTCA
319 AAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
** * * * *
5996 TAAAGATTTGAATTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA---TTG--
1 TAACTATTTGAACTTGTT-GGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAA
* * * * *
6056 -TA--AAT---TT-GTATTATTTTATT-TGAAATAAGCTTGTATAAATATAAAAAAATCATTTTA
65 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTG-AATAAGCTTTTATGAATA-GAAACAATTATTTTA
* * * ** * * * *
6113 TGATAGAACAAAAGGTTATAGCGATTTCAAATAGATAATTATTGAAATAGTTATAATTATTT-AG
128 TGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGA-
** * * * ** *
6177 ACTTGTTCGGTAAATATATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTCAAAACATTAATAAC
192 ACTTGTTTAGAAAATATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAA-
* ** * ** * * *
6242 A-TAGTATTAATTTATTTCAAATAATTTTATATGAATTGAAATATATTTTTTTATGACAAAAAAA
256 ATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-CAAAACA-ATTGTTTTATGACAAAACAA
* * * *
6306 AAGATCATAACAGTTTGAAATAGATATTTATTCAAATAGTCA
319 AAGGTCATAATA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * ** * * ** * * * **
6348 TGACTATTTGATCAAGTTTGGTAAATATATTTATTTTAAAAATTTTTTACTTATTAATTGTCAAA
1 TAACTATTTGAACTTG-TTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAA
* ** * *
6413 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACTATTATTTTATG
65 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTTTATGAATAGAAACAATTATTTTATG
* * ** * ** *
6478 ATAGATA-AAAA-GTCATAACAATTTGAAATAAATAATTCCTCAAATAGTTATAACTATTTGAAC
130 ACA-AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * *
6541 TGGTTT-GATAAATAAATTTATTTTTTAAA--TCTT--TTATTAATTTTTGAAATATTAATAGAT
194 TTGTTTAGA-AAATATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAT
* * * * * **
6601 TAGTATTTTTTTATTTTGAAA-AAACTTATATAAACAAAA-ATATT-TATTTCACAACAAAACAA
258 TAGTATTATTTTA-TTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAACA-ATTGT-TTT-ATGACAAAACAA
*
6663 AAGGTCATAAGGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
319 AAGGTCATAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * * * *
6705 TAATTATTTGAACTGGTTAGGTACACATAA-TTACTTTTTAAATCTCTTACCTATTAATTTTTTA
1 TAACTATTTGAACTTGTT-GGTAAACA-AATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA
* * * * * *
6769 AATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTCTAAATAAGCTATTATGAATTGAAAAAATTGTTTTA
64 AATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTTTATGAATAGAAACAATTATTTTA
* * * * * *
6833 TGGCGAAACAAAA----AT-A--ATTTAAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAA
128 TGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * * * * * * *
6891 CTAGTTTGGCAGATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTATTATAT
193 CTTGTTTAGAAAATATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAT
* * * *
6956 TAGTATTATTTTATTTCAAA-ATAGCTTGGATGAACAAAAATAATTGTTTTATGATAGAACAAAA
258 TAGTATTATTTTATTTCAAATA-AGCTTGTATGAAC-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
* * * * *
7020 GGTTATAATGATTTGAAGTATACAATTGCTCAAATAGTCA
321 GGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * *** *
7060 TAACTATTTTAACTAAT-TTGGTGAATGGATTTATTTTGTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA
1 TAACTATTTGAACT--TGTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA
* * * * * *
7124 AAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATA-CAATCA-AAACAATTATTATA
64 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTTTATGAAT-AGAAACAATTATTTTA
* * * * * *
7187 TGACCAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTGAAATGGCCATAATTATTTGAA
128 TGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * * * * * * * * **
7252 C-TGACTTGGTAAACAGATTGACTTTTTAAATCACTTAATTATTAGTTTTCAAAATATTAATAAA
193 CTTG-TTTAGAAAATATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA
** * *
7316 TTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACGAAA
257 TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAC-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
* *** * * *
7381 GGTCAGAATGATTTTCGATAGACAACTGTTTAAATAGTCA
321 GGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * *
7421 TAACTATTTGAATTTGTTTGGTAAA-AAAATTATTTTTTTAAA-CT-TTTCTTTATTAATTTTTG
1 TAACTATTTGAACTTG-TTGGTAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTAC-TTATTAATTTTTG
* * * ** * *
7483 AAATATTAAGAAATTAATATTATTTTATTTTGGTTAAGCTATTATGAACT-GAAACAATTGTTTT
63 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTTTATGAA-TAGAAACAATTATTTT
* * * *
7547 ATGTCAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATA-ATTAATTTTTCAAATAGTCATGACTATTTG
127 ATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGA-TAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTG
* ** ** * * * * * *
7611 AATTTGTCCA-ATAAATGGATTTCTTTTTTCAAATATTTTGCTTATTAATTTTTCAAATTTTAAT
191 AACTTGTTTAGA-AAATATATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT
** * * ** * * *
7675 AAATTGAG-ATTATTTTATACCAAATAAGCATGTAAGATATGAAACAAATATTTTATGACTAAAC
254 AAATT-AGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGA-ACAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * * * **
7739 AAAAGGTTAGAATGATTTAAAATAGATAATTATT-ATAATAGTTT
317 AAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCA-AATAGTCA
* * ** * *
7783 TAACTATTTAAACTGGTTTGACAAATAAATTTCTTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAA
1 TAACTATTTGAACTTG-TTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAA
* * * * * * * *
7844 ATATTATTAAATTAATATTATTTT-TAACCGAATAAGCTTCTATG-ATCAGAAATAATTGTTTTC
65 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TCTGAATAAGCTTTTATGAAT-AGAAACAATTATTTTA
* * ** * ** * * *
7907 TAACAAAGC-AAAGACCTTAACAATTTGAGACTA-ATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGA
128 TGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA-AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* **
7970 A-TTAGTTT-GATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTCCTAATTTTTGAAATATTAATA
192 ACTT-GTTTAGA-AAATATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATA
** ** * *
8033 AATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGGTCAAAAACAATTATTTTACGACAAAA-AA
255 AATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAC-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA
* * *
8097 AAGGTCATAATGATTTGAAACAGATAATCGTTCAAAT-GACAA
319 AAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-A
* * * *
8139 TAATTACTTT-AA-TTGATTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAAT-TTTTTCTTATT-ATTTTAG
1 TAACTA-TTTGAACTTG-TT-GGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-T
* * * * *
8200 GAGATATTAATAAATTAATATTATTTTATT-TCAACTAAGCTTTTATTAACT-TAAACAATTATT
62 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAA-TAAGCTTTTATGAA-TAGAAACAATTATT
* ** * ** * * * * * * *
8263 TTATAACAAATTAAAAGGTTATAACAATTTTAAATACACAATTGTTCAAATGGT-A-AACAGACT
125 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAC-TATT
* * * * * * *
8326 T--ATTTTTTTA-AATATCTTTCTCATTAATTTTTTGAATGCTAATAAATTA-TTATTAATTTAT
189 TGAACTTGTTTAGAA-A---ATAT-ATTTATTTTTTAAAT-C---T--CTTACTTATTAATTT-T
* * * ** * *
8387 TCTAAATAAGCTTGTTTGAATAAA--AGGTCATAACAATTTGAAAT-AAATAA--ATGT-T-AAT
242 T-GAAAT-A------TT-AATAAATTA-GT-AT---TATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAC
* ** * *** ** * *
8445 AAATTA-ATATTATTTTATTTCGAATA-AACTTGT-ATGAACTA--AAACAAT-TATTATATGAA
293 AAA--ACA-ATTGTTTTATGAC-AAAACAAAAGGTCAT-AA-TATTTGA-AATAGATAAT-TG--
**
8504 TAAACAATAGGTCA
348 TTCA-AATA-GTCA
* * * *** ** * * * * *
8518 -AAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATACTCTTAACTATTTGAA-CTGGTTCAGCAAACAT
1 TAACT-ATTTGAACTTG-TTGGTAAAC-AA-A-T-TT-ATTTTTTAAATCT-CTT------ACTT
* * * * * * * * * * *
8581 ATTTATTTTTTAAATCTCCTATTAATTTTTGTAATATTATTAAATT-AGTATTA-TTTTTATCTG
52 ATTAATTTTTGAAATAT--TAATAA-ATTAGTATTATT-TT--ATTCTGAATAAGCTTTTA--TG
* * ** * * *
8644 CATAAGCTTGGATGATCAAAAATAATTATTTTATGAGAAAAC-AAAGATCATAATGATTTGAGAT
109 ---AA---TAGA--AACAATT------ATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT
* * * * * * **
8708 TGATATTTGTTCAAATAGTCGTAACTATTTGAA-TCGGTTT-GAAAAAATAGTTTTAAGTTTTAA
160 AGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTTAGAAAATATA--TTTATTTTTTAA
* ** * * * * *
8771 ATCTCTTACTTCTTAATTTTCAAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTCAGATAAGTTTTT
222 ATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGT
* ** * *
8836 ATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-TGAAGCTCATAATGACTTTAAGTAAATAGAATGA
287 ATGAAC-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT-A-TTT--G-AAATAG-ATAA
* * *
8900 TTATTTAAAAAGTCA
345 TTGTTCAAATAGTCA
* * ** * * * *
8915 -AATCT-TTTTAACTTTTTCAATAAACAGATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATGTTTC
1 TAA-CTATTTGAACTTGTT-GGTAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
* * * *
8978 AAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACT-GAAATAATTATTTT
63 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTTTATGAA-TAGAAACAATTATTTT
* * * ** * * * * *
9042 AT-ATCTAAACAAAAGGTTAGAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCTAACAGTCTTAACTATTTG
127 ATGA-CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * * * * * *
9106 AACTAGCTT-GACAAACA-AATT-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTATTA
191 AACTTGTTTAGA-AAATATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATA
* * * * * ***
9168 AATTGGTATTATTTTAATAT-GAATAAGCCTGTCTGAA-AAGGAACAATTGTTTTATGATGGAA-
255 AATTAGTATTATTTT-ATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAA--AACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * * * * *
9230 TAAAGATCATAACGT-TTTGAGATAGATAATTATTCAAATGGTTA
317 AAAAGGTCATAA--TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
*** * * * **
9274 TAACTATTTGAAC-TGTTTCAAAAAACAGATTTAGTTTTTAAA--T-GT-CTTATTAATTTTCAA
1 TAACTATTTGAACTTG-TT-GGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA
* * * * * * *
9334 AATATTAATAGATCATTATTATTTTAATATGAATAA--TTTTGCATCAACAGAAACAATTATTTT
64 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTTT--ATGAATAGAAACAATTATTTT
* * * * *
9397 ATGACAAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGCTAA-TAGTTCAAATGGACATGACTATTT
127 ATGAC-AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * * * ** **
9461 GAACTTTTTTGGTAAATAGATTTATATTTT-AATCTCCAACTTATTAATTTTTTTAATATTAATA
190 GAACTTGTTTAGAAAATATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATA
** ** ** * *
9525 GGTTAGTATTATTTTATTTTGAATAAAATTGTATTAATAGAAACAATTGTTTTATGA-ACAAA-A
255 AATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACA-AAACAATTGTTTTATGACA-AAACA
* * * * *
9588 AAAGATCATAATGATTTGACATAAATAATTATTCAAATAGTTA
318 AAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * * * *
9631 TAACTATTTGAACTCGCTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGA
1 TAACTATTTGAACTTG-TTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAA
* * * ** **
9696 ATTTTAATAAATTACTATTCTTTTATTCCAAATAA-CTTGTTATGAATAGAAACAATTGGTTTAT
65 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTT-TTATGAATAGAAACAATTATTTTAT
* * * *
9760 GACAAAACAAAAGGTGATAATGATCTAAAATATATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
129 GACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * * * * *
9825 GTT-TTCAGAAAACATATTTATTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGGAATTTTAATAAAT
194 -TTGTTTAGAAAATATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAT
* * * *
9888 TACTATTCTTTTATTCCAAATAA-CTTGTTATGAACAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAA
258 TAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTG-TATGAACA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
* * * *
9952 GGTGATAATGATCTAAAATATATAATTGTTCAAATAGTCA
321 GGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * * * * * * *
9992 AAACTATTTGAGCGTGTTCAGAAAACATATTTATTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGGA
1 TAACTATTTGAACTTGTT-GGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAA
** ** * *
10056 ATATTAATAAATTTA-TATCGTTTTATTC-GAAATAAGCTTGCATGAATAGAACCAATTGTTTTA
65 ATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCTG-AATAAGCTTTTATGAATAGAAACAATTATTTTA
* * * * *
10119 TGACAAAAGAAAAGGTCATAATGTTTTGAAATATATAATTGTTCAGATAGTCATAACTATTTGAA
128 TGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * * * * * * *
10184 CATATTTGGTAAATAGATTCATTTTTTAATTCTCTTACTCATTAA-TTTTCACAATATTAATAAA
193 CTTGTTTAGAAAATATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAA
* * *
10248 TTAGTATTATTTTATTT-AAATAAGCTTATATGAATGAAAACAATTGTTTTATTACAAAACAAAA
257 TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-CAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
* *
10312 GGTCACAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA
321 GGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * * * * *
10352 TGACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACATATTTATTTTTCAAAATCTTTTACTCATT-ATTTGTAG
1 TAACTATTTGAACTTG-TTGGTAAACAAATTTATTTTT-TAAATCTCTTACTTATTAATTT-TTG
* * * * **
10416 AAATATTAATCAAGTAATATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTT-TGAATAGAAACAATTGCTTT
63 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTT-TTATGAATAGAAACAATTATTTT
* * ** * * **
10480 ATGACAAAATAAAAAGTCATAACAATTTAAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAAAGATTTGA
127 ATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * * * * *
10545 ACGTATTCA-ATAAAAATATTTATTTTTTAAATCTTTTGCTTATTAATTGTCTT--AATGTTAAT
192 ACTTGTTTAGA-AAATATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-T-TTGAAATATTAAT
* * * * * **
10607 ATATTTA-TATTATTTTA-ATCGAAGTAAGCTTGTATGAACAAAAAAAATCATTTATTGACAAAA
254 A-AATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAACAAAACAATTGTTTTA-TGACAAAA
* *
10670 CAAAAGGTTATAGCA-ATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
316 CAAAAGGTCATA--ATATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * * *
10715 TAATTATTTAAACTTGTTCGGTAAA-AAGATTCATTTTTTAAATCTCGTAATTATTAATTTTT-A
1 TAACTATTTGAACTTGTT-GGTAAACAA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA
** * * * * *
10778 GAATATTAATAGCTTAGTATTATTTTATTTTGAATAA-TTTTATATTAACT-GAAATAATTTTTT
64 -AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTT-TATGAA-TAGAAACAATTATTT
* *
10841 TATGACAAAACAAAA-G-------G-TTTGAAATAGATATTTATTCAAAAAGTCATAACTA-TTG
126 TATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * * * * * * * * * * * * *
10896 ATCTAGTCTGGTAAACATATTTATTTTTAAAATTTTTTATTTATTAACTATTGAAATTTTAATAC
191 AACTTGTTTAGAAAATATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAA
* * * * ** * * * *
10961 ATTAGTATAATTTCAATCCAAATGGGCTTATATGAACATAAACTATTGTTTTTATAACAGAACAA
256 ATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACA-AAACAATTG-TTTTATGACAAAACAA
* * * **
11026 AAAGTCATAATAATTTAAAATAAATAATTACTCAAATAGTCA
319 AAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * ** * *
11068 TAACTATTTAAACTGGTTTAATAAACATATTTAATTTTTAAATCTC--A--TATTAA-TTTTGAA
1 TAACTATTTGAACTTG-TTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAA
11128 ATATTAATAA
65 ATATTAATAA
11138 TTATGACAAA
Statistics
Matches: 4513, Mismatches: 1025, Indels: 666
0.73 0.17 0.11
Matches are distributed among these distances:
348 14 0.00
349 10 0.00
350 32 0.01
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354 46 0.01
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358 131 0.03
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365 10 0.00
366 20 0.00
367 54 0.01
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369 1 0.00
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373 3 0.00
374 9 0.00
375 22 0.00
376 21 0.00
377 5 0.00
378 14 0.00
379 13 0.00
380 13 0.00
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385 2 0.00
386 15 0.00
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392 21 0.00
393 13 0.00
394 10 0.00
395 26 0.01
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398 6 0.00
399 2 0.00
400 5 0.00
401 2 0.00
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412 5 0.00
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CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
GTTTAGAAAATATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG
TATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
TAATATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
Found at i:5710 original size:181 final size:178
Alignment explanation
Indices: 4915--11137 Score: 2602
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4905 ACAAAAATCT
* * * * *
4915 TAACAATTTGAACTGGTTCGATAAACAGATTTAGTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAA
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* * ** * ** *
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* * * * *
5040 GACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATGATAGTTCAAAT-GAACA
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* * * * **
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1 TAACTATTTGAACTTG-TTGGTAAACATATTTATT-TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA
* * ** * *
5155 GAATATTAATATATTAGTATTATTTTGTTTCAAATAAAATTGTATGAATAGAACAATTGTTTTAT
64 -AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAACAATTGTTTTAT
* * * * *
5220 GACAAAAC-AAAGATAATAACAATTAGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCA
128 GACAAAACAAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * * * * * *
5271 TAACTATTTAAACTTGCTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATATTTTATTTAATAATTTTTGGG
1 TAACTATTTGAACTTG-TTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GA
* * * * * * **
5336 AATTTTAATAAATTAGTATTATTTTTATTCCGAATAGGCTTTTATGAATAGAAACAATTAATTTA
64 AATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACA-AAACAATTGTTTTA
* * *
5401 TGACAAAACAAAAGGTCATAATGACTTGAAATAGATAATTCTTCAAATAGTTA
127 TGACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * * * * *
5454 CAACTA-TTCAAATGTGTTTAGAAAACATATTTATTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGA
1 TAACTATTTGAACT-TG-TTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA
*
5517 AATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGCATGAACAAAACCAATTGTTTTA
64 AATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAA-CAATTGTTTTA
*
5581 TGACAAAACAAAAGTTCATAATATTTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
127 TGACAAAACAAAAGGTCATAATA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * * * *
5634 TAACTATTTGAACATGTTCAGTAAACATATTCATTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTGGA
1 TAACTATTTGAACTTGTT-GGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAA
** * * * * **
5699 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATAAACTGAAACAATCATTTTATT
65 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAC-AAAACAATTGTTTTA-T
* * * * * **
5764 G-CAAAACAAAAAGTTACAATGATTTAAAATAGATAATTATTTGAATAGTCA
128 GACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* ** *
5815 TAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAGTATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT-ATTTATTGA
1 TAACTATTTGAACTTGTT-GGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT-TTGA
* * * *
5879 AATATTAATAAATTAATATTATTTTA-ATCTATATAAGCTTATAT-AATCAAAAACAATTGTTTT
64 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAA-C-AAAACAATTGTTTT
* * * *
5942 ATGACAAAACAAAAAGTCATAATAATTTAAAATAAAAAATTGTTCAAATAGTCA
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** * * * *
5996 TAAAGATTTGAATTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA---TTG--
1 TAACTATTTGAACTTGTT-GGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAA
* * * * **
6056 -TA--AAT---TT-GTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATAAATATAAAAAAATCATTTTAT
65 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTAT-GA-ACAAAACAATTGTTTTAT
* * * ** * * * *
6114 GATAGAACAAAAGGTTATAGCGATTTCAAATAGATAATTATTGAAATAGTTA
128 GACAAAACAAAAGGTCATA-ATATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * * **
6166 TAATTATTT-AGACTTGTTCGGTAAATATATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTCAA
1 TAACTATTTGA-ACTTGTT-GGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA
* * ** * ** * *
6230 AACATTAATAACA-TAGTATTAATTTATTTCAAATAATTTTATATGAATTGAAATATATTTTTTT
64 AATATTAATAA-ATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-CAAAACA-ATTGTTTT
* * * * *
6294 ATGACAAAAAAAAAGATCATAACAGTTTGAAATAGATATTTATTCAAATAGTCA
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* * ** * ** * * * **
6348 TGACTATTTGATCAAGTTTGGTAAATATATTTATTTTAAAAATTTTTTACTTATTAATTGTCAAA
1 TAACTATTTGAACTTG-TTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAA
* * * * *
6413 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACTATTATTTTATG
65 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACA-AAACAATTGTTTTATG
* * * * ** *
6478 ATAGATA-AAAA-GTCATAACAATTTGAAATAAATAATTCCTCAAATAGTTA
129 ACA-AAACAAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * *
6528 TAACTATTTGAACTGGTTTGATAAATAAATTTATTTTTTAAA--TCTT--TTATTAATTTTTGAA
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* * * * * *
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** *
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* * * * * * *
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* *
6770 ATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTA-TTCTAAATAAGCTAT-TATGAATTGAAAA-AATTGTTT
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* * * * *
6831 TATGGCGAAACAAAA----AT-A-ATTTAAAATAGATAATTGTTCATATAGTCT
125 TATGACAAAACAAAAGGTCATAATATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * * * * *
6879 TAACTATTTGAACTAGTTTGGCAGATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGGA
1 TAACTATTTGAACTTG-TTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAA
* * * *
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* * * * * * *
7008 GATAGAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAGTATACAATTGCTCAAATAGTCA
128 GACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * *** *
7060 TAACTATTTTAACTAAT-TTGGTGAATGGATTTATTTTGTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA
1 TAACTATTTGAACT--TGTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA
* ** * * * * *
7124 AAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATA-CAATCAAAACAATTATTATAT
64 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-CAAAACAATTGTTTTAT
* * * * * *
7188 GACCAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTGAAATGGCCA
128 GACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * * * * * **
7240 TAATTATTTGAAC-TGACTTGGTAAACAGATTGACTTTTTAAATCACTTAATTATTAGTTTTCAA
1 TAACTATTTGAACTTG--TTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA
** *
7304 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTAT
64 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAC-AAAACAATTGTTTTAT
* * *** * * *
7369 GACAAAACGAAAGGTCAGAATGATTTTCGATAGACAACTGTTTAAATAGTCA
128 GACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * *
7421 TAACTATTTGAATTTGTTTGGTAAA-AAAATTATTTTTTTAAA-CT-TTTCTTTATTAATTTTTG
1 TAACTATTTGAACTTG-TTGGTAAACATATTTA-TTTTTTAAATCTCTTAC-TTATTAATTTTTG
* * **** *
7483 AAATATTAAGAAATTAATATTATTTTATTTTGGTTAAGCTAT-TATGAACTGAAACAATTGTTTT
63 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCT-TGTATGAAC-AAAACAATTGTTTT
* * *
7547 ATGTCAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATA-ATTAATTTTTCAAATAGTCA
126 ATGACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGA-TAATTGTTCAAATAGTCA
* * *** *** * * * * *
7601 TGACTATTTGAATTTGTCCAATAAATGGATTTCTTTTTTCAAATATTTTGCTTATTAATTTTTCA
1 TAACTATTTGAACTTGT-TGGTAAACATATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA
* ** * * ** * *
7666 AATTTTAATAAATTGAG-ATTATTTTATACCAAATAAGCATGTAAGATATGAAACAAATATTTTA
64 AATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGA-ACAAAACAATTGTTTTA
* * * * * **
7730 TGACTAAACAAAAGGTTAGAATGATTTAAAATAGATAATTATT-ATAATAGTTT
127 TGACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCA-AATAGTCA
* * ** * * *
7783 TAACTATTTAAACTGGTTTGACAAATAAATTTCTTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAA
1 TAACTATTTGAACTTG-TTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAA
* * ** * * * * *
7844 ATATTATTAAATTAATATTATTTT-TAACCGAATAAGCTTCTATGATCAGAAATAATTGTTTTCT
65 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTCAAATAAGCTTGTATGAACA-AAACAATTGTTTTAT
* * ** * * * *
7908 AACAAAGC-AAAGACCTTAACAATTTGAGACTA-ATAATTGTTTAAATAGTCA
128 GACAAAACAAAAGGTCATAA-TATTTGA-AATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* **
7959 TAACTATTTGAA-TTAGTTTGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTCCTAATTTTTGA
1 TAACTATTTGAACTT-G-TTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA
** ** * *
8023 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGGTCAAAAACAATTATTTTAC
64 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAC-AAAACAATTGTTTTAT
* * *
8088 GACAAAA-AAAAGGTCATAATGATTTGAAACAGATAATCGTTCAAAT-GACAA
128 GACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-A
* * * * *
8139 TAATTACTTT-AA-TTGATTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAAT-TTTTTCTTATT-ATTTTAG
1 TAACTA-TTTGAACTTG-TT-GGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-T
* * * * * * *
8200 GAGATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAACTAAGCTTTTATTAACTTAAACAATTATTTT
62 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAC-AAAACAATTGTTTT
* ** * * * * * *
8265 ATAACAAATTAAAAGGTTATAACAATTTTAAATACACAATTGTTCAAATGGT-A
126 ATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * ** * * * *
8318 -AACAGACTT--A-TT-TTTTTAAATATCTTTCTCATTAATTTTTTGAATGCTAATAAATTA-TT
1 TAAC-TATTTGAACTTGTTGGT-AA-A-C---AT-ATTTATTTTTTAAAT-C---T--CTTACTT
* * * **
8377 ATTAATTTATTCTAAATAAGCTTGTTTGAATAAA--AGGTCATAACAATTTGAAAT-AAATAA--
52 ATTAATTT-TT-GAAAT-A------TT-AATAAATTA-GT-AT---TATTTTATTTCAAATAAGC
* * * ** * *** ** *
8437 ATGT-T-AATAAATTA-ATATTATTTTATTTCGAATA-AACTTGT-ATGAACTA--AAACAAT-T
102 TTGTATGAACAAA--ACA-ATTGTTTTATGAC-AAAACAAAAGGTCAT-AA-TATTTGA-AATAG
* **
8494 ATTATATGAATAAACAATAGGTCA
160 ATAAT-TG--TTCA-AATA-GTCA
* * * *** ** * * * * *
8518 -AAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATACTCTTAACTATTTGAA-CTGGTTCAGCAAACAT
1 TAACT-ATTTGAACTTG-TTGGTAAAC--ATA-T-TT-ATTTTTTAAATCT-CTT------ACTT
* * * * * * * * * * * * ***
8581 ATTTATTTTTTAAATCTCCTATTAATTTTTGTAATATTATTAAATT-AGTATTA-TTTTTATCTG
52 ATTAATTTTTGAAATAT--TAATAA-ATTAGTATTATT-TT-ATTTCA-AATAAGCTTGTATGAA
* * * * ** ** * *
8644 CATAAGC--TTG---GATGATCAAAA-ATAA--TTATTTTATGAGAAA-ACA-AA--GATCATAA
111 CA-AAACAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAGGTCATAATATTTGAAATAGATAATTGTTCA-AA
**
8697 TGATTTGAGA
173 T-A---GTCA
* * * * * * *** * *
8707 TTGA-TATTTGTTCAAATAG-TCGT-AAC-TATTTGAATCGGTTTGAAA--AAATAGTT-TTAAG
1 -TAACTATTTG---AACTTGTTGGTAAACATATTT--AT--TTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
* * ** * * *** ** * * * * *
8765 TTTT-AAATCTCTTACT-TCTTAATTTTCAAAATATTAAT-AAAGTAATATTATTTTATTTC-AG
58 TTTTGAAA--TATTAATAAATTAGTATT-ATTTTATT--TCAAA-TAAGCTTGTATGA--ACAAA
* * * * * * *
8826 ATAAGT-TTTTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAATGAAGCTCATAATGACTTTAAGTA
115 ACAATTGTTTTATG-AC-AAAACAA------AAGGTC---AT-AA--T-AT-TTGA----AA-TA
* * * * **
8890 AATAGAATGATTATTTAAAAAGTCA
159 GATA-ATTGTTCAAAT----AGTCA
* * ** * * * *
8915 -AATCT-TTTTAACTTTTTCAATAAACAGATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATGTTTC
1 TAA-CTATTTGAACTTGTT-GGTAAACATATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
* ** * * *
8978 AAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAATAATTATTTTA
63 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAC-AAAACAATTGTTTTA
* * * * * * * *
9043 T-ATCTAAACAAAAGGTTAGAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCTAACAGTCT
127 TGA-CAAAACAAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* ** * * *
9096 TAACTATTTGAACTAGCTTGACAAACA-AATT-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGA
1 TAACTATTTGAACTTG-TTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAA
* * * * * *
9159 ATATTATTAAATTGGTATTATTTTAATAT-GAATAAGCCTGTCTGAA-AAGGAACAATTGTTTTA
65 ATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAA--AACAATTGTTTTA
*** * * * * * *
9222 TGATGGAA-TAAAGATCATAACGT-TTTGAGATAGATAATTATTCAAATGGTTA
127 TGACAAAACAAAAGGTCATAA--TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
*** * * * **
9274 TAACTATTTGAAC-TGTTTCAAAAAACAGATTTAGTTTTTAAA--T-GT-CTTATTAATTTTCAA
1 TAACTATTTGAACTTG-TT-GGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA
* * * * * ** * * *
9334 AATATTAATAGATCATTATTATTTTAATAT-GAATAATTTTGCATCAACAGAAACAATTATTTTA
64 AATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTCAAATAAGCTTGTATGAACA-AAACAATTGTTTTA
* * * * *
9398 TGACAAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGCTAATAGTTCAAATGGACA
127 TGAC-AAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * * * ** **
9452 TGACTATTTGAACTTTTTTGGTAAATAGATTTATATTTT-AATCTCCAACTTATTAATTTTTTTA
1 TAACTATTTGAAC-TTGTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAA
** ** ** * *
9516 ATATTAATAGGTTAGTATTATTTTATTTTGAATAAAATTGTATTAATAGAAACAATTGTTTTATG
65 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACA-AAACAATTGTTTTATG
* * * * *
9581 A-ACAAA-AAAAGATCATAATGATTTGACATAAATAATTATTCAAATAGTTA
129 ACA-AAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * * * *
9631 TAACTATTTGAACTCGCTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGA
1 TAACTATTTGAACTTG-TTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAA
* * * * * *
9696 ATTTTAATAAATTACTATTCTTTTATTCCAAATAA-CTTGTTATGAATAGAAACAATTGGTTTAT
65 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTG-TATGAACA-AAACAATTGTTTTAT
* * * * *
9760 GACAAAACAAAAGGTGATAATGATCTAAAATATATAATTATTCAAATAGTCA
128 GACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * * *
9812 TAACTATTTGAACGTT-TTCAGAAAACATATTTATTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGG
1 TAACTATTTGAAC-TTGTT-GGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA
* * * * *
9875 AATTTTAATAAATTACTATTCTTTTATTCCAAATAA-CTTGTTATGAACAGAAACAATTGGTTTA
64 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTG-TATGAACA-AAACAATTGTTTTA
* * * *
9939 TGACAAAACAAAAGGTGATAATGATCTAAAATATATAATTGTTCAAATAGTCA
127 TGACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * * * * * *
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1 TAACTATTTGAACTTGTT-GGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAA
** * * *
10056 ATATTAATAAATTTA-TATCGTTTTA-TTCGAAATAAGCTTGCATGAATAGAACCAATTGTTTTA
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* * * *
10119 TGACAAAAGAAAAGGTCATAATGTTTTGAAATATATAATTGTTCAGATAGTCA
127 TGACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * * * *
10172 TAACTATTTGAACATAT-TTGGTAAATAGATTCATTTTTTAATTCTCTTACTCATTAA-TTTTCA
1 TAACTATTTGAAC-T-TGTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA
* *
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* * *
10299 TTACAAAACAAAAGGTCACAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA
127 TGACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * * * *
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1 TAACTATTTGAACTTG-TTGGTAAACATATTTATTTTT-TAAATCTCTTACTTATTAATTT-TTG
* * * * * * * *
10416 AAATATTAATCAAGTAATATTATTTTA-ATCTGAATAAGCTTGTTTGAATAGAAACAATTGCTTT
63 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAACA-AAACAATTGTTTT
* * * * * *
10480 ATGACAAAATAAAAAGTCATAACAATTTAAAATAAATAATTATTCAAATAGTCA
126 ATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
** * * ** * * *
10534 TAAAGATTTGAACGTATTCAATAAAAATATTTATTTTTTAAATCTTTTGCTTATTAATTGTCTT-
1 TAACTATTTGAACTTGTT-GGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-T-TTG
* * * * * * **
10598 -AATGTTAATATATTTA-TATTATTTTA-ATCGAAGTAAGCTTGTATGAACAAAAAAAATCATTT
63 AAATATTAATA-AATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAACAAAACAATTGTTTT
* *
10660 ATTGACAAAACAAAAGGTTATAGCA-ATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
126 A-TGACAAAACAAAAGGTCATA--ATATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * * * * *
10715 TAATTATTTAAACTTGTTCGGTAAAAAGATTCATTTTTTAAATCTCGTAATTATTAATTTTT-AG
1 TAACTATTTGAACTTGTT-GGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-
** ** ** * * * * *
10779 AATATTAATAGCTTAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTATATTAACTGAAATAATTTTTTTAT
64 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAC-AAAACAATTGTTTTAT
* * *
10844 GACAAAACAAAAGG--------TTTGAAATAGATATTTATTCAAAAAGTCA
128 GACAAAACAAAAGGTCATAATATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * * * * * *
10887 TAACTA-TTGATCTAGTCTGGTAAACATATTTATTTTTAAAATTTTTTATTTATTAACTATTGAA
1 TAACTATTTGAACTTGT-TGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAA
* * * * * * ** * *
10951 ATTTTAATACATTAGTATAATTTCAATCCAAATGGGCTTATATGAACATAAACTATTGTTTTTAT
65 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACA-AAACAATTG-TTTTAT
* * * * * **
11016 AACAGAACAAAAAGTCATAATAATTTAAAATAAATAATTACTCAAATAGTCA
128 GACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * ** *
11068 TAACTATTTAAACTGGTTTAATAAACATATTTAATTTTTAAATCTC--A--TATTAA-TTTTGAA
1 TAACTATTTGAACTTG-TTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAA
11128 ATATTAATAA
65 ATATTAATAA
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Statistics
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Consensus pattern (178 bp):
TAACTATTTGAACTTGTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAA
TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAACAATTGTTTTATGAC
AAAACAAAAGGTCATAATATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
Found at i:6162 original size:16 final size:17
Alignment explanation
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6131 TAGCGATTTC
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1 AAATAG-TATAATTATT
6174 TAGACTTGTT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.48, C:0.00, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (17 bp):
AAATAGTATAATTATTG
Found at i:7117 original size:894 final size:896
Alignment explanation
Indices: 4915--11137 Score: 2203
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4905 ACAAAAATCT
* * * * * *
4915 TAACAATTTGAACTGGTTC-GATAAACAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTA--T-TAATTT-TTGA
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* * * * ** * ***
4975 AATATTAAAAAATTAGTATTATTTTATTCTTAATAATTTTGTATGAAT-AAGGGCAATTGTTTTA
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* ** * * ** * * * **
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* * ** **
5103 ACTTGTTTGATTAACAAATTTATTCTTTT-AATCTCCAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAT
189 ACTAGTTCGACAAACAAATTTATT-TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GAATATT-ATAT
* ** * * * * *
5167 ATTAGTATTATTTTGTTTCAAATAAAATTGTATGAATAGAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAA
251 ATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAAAAAAAAATTGTTTTATGATAGAACAAAA
* * * * * *
5231 GATAATAACAATTAGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGCTTGGTAAA
316 GGTTATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTTAACTTGTTTGGTAAA
* * * * * * **
5296 TAAATTTATTTTTTAAATATTTTATTTAATAATTTTTGGGAATTTTAATAAATTAGTATTATTTT
381 TAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAA-TTTTCGAAACATTAATAAATTAGTATTA-TTT
* * * * * *
5361 TATTCCGAATAGGCTTTTATGAATAGAAACAATTAATTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGAC
444 TATTTCAAATAGACTTTTATGAATAGAAACAATTAATTTATGACAAAAAAAAAGATCATAAAGAC
* * **
5426 TTGAAATAGATAATTCTTCAAATAGTTACAACTATTCAAATGTGTTTAGAAAACATATTTATTTT
509 TTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCACAACTATTCAAATAAGTTTAGAAAACATATTTATTTT
* * ** * *
5491 TAAAATTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTTCAAATAAGCT
574 AAAAATTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTTATATTATTTTAATCCAAATAAGCT
* * * *
5556 TGCATGAACAAAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAATATTTTGAAATAGATAATT
639 TGCATGAACAAAACCAATTATTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACAATTTGAAATAAATAATT
** * *
5621 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACATGTTCAGTAAACATATTCATTTTTTAATTCTCTTACTC
704 CCTCAAATAGTCATAACTATTTGAACATGTTCAGTAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTA-TC
* * **
5686 ATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATAAACTGAAA
768 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAAAAACTTATATAAACAAAAA
* *** * * **
5751 CAATCATTTTATTGCAAAACAAAAAGTTACAATGATTTAAAATAGATAATTATTTGAATAGTCA
833 CAATCATTTCACAACAAAACAAAAAGTCACAAGGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA
* * * * * *
5815 TAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAGTATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTATTTATTGAA
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*
5880 ATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTATATAAGCTTATATAATCAAAAACAATTGTTTTATG
66 ATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTAAATAAGCTTATATAATCAAAAACAATTGTTTTATG
*
5945 ACAAAACAAAAAGTCATAATAATTTAAAATAAAAAATTGTTCAAATAGTCATAAAGATTTGAATT
131 ACAAAAC--AAA--CATAATAATTTAAAATAAAAAATTGTTCAAATAGTCATAAAGATTTGAACT
* * * *
6010 TGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA---TTG--TA--A-AT-TT-GT
192 AGTTCGACAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAATATTATATATTAGT
* * **
6065 ATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATAAATATAAAAAAATCATTTTATGATAGAACAAAAGGTT
257 ATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-A-AAAAAAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTT
* * * * * * * * *
6130 ATAGCGATTTCAAATAGATAATTATTGAAATAGTTATAATTA-TTTAGACTTGTTCGGTAAATAT
320 ATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTTA-ACTTGTTTGGTAAATAA
* * *
6194 ATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTCAAAACATTAATAACA-TAGTATTAATTTATT
384 ATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTCGAAACATTAATAA-ATTAGTATTATTTTATT
* * * ** *
6258 TCAAATA-ATTTTATATGAATTGAAATATATTTTTTTATGACAAAAAAAAAGATCATAACAG-TT
448 TCAAATAGACTTT-TATGAATAGAAACA-ATTAATTTATGACAAAAAAAAAGATCATAA-AGACT
* ** ** * * *
6321 TGAAATAGATATTTATTCAAATAGTCATGACTATT-TGATCAAGTTTGGTAAATATATTTATTTT
510 TGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCACAACTATTCAAAT-AAGTTTAGAAAACATATTTATTTT
6385 AAAAATTTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTAATCCAAATAAG
574 AAAAA-TTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTAATCCAAATAAG
* * * * *
6449 CTTGTATGAATAGAAA-CTATTATTTTATGATAGATA-AAAAG-TCATAACAATTTGAAATAAAT
637 CTTGCATGAACA-AAACCAATTATTTTATGACA-AAACAAAAGTTCATAACAATTTGAAATAAAT
* * * *
6511 AATTCCTCAAATAGTTATAACTATTTGAAC-TGGTT-TGATAAATAAATTTATTTTTTAAATCT-
700 AATTCCTCAAATAGTCATAACTATTTGAACAT-GTTCAG-TAAACAAATTCATTTTTTAAATCTC
* *
6573 TT-T-ATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTTTTTTATTTTGAAAAAACTTATATAAAC
763 TTATCATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAAAAACTTATATAAAC
* * * * * * *
6636 AAAAATATTTATTTCACAACAAAACAAAAGGTCATAAGGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
828 AAAAACAATCATTTCACAACAAAACAAAAAGTCACAAGGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATA
6701 GTCA
893 GTCA
*
6705 TAATTATTTGAACTGGTT-AGGTACA-CATAATTACTTTTTAAATCTCTTACCTATTAATTT-TT
1 TAACTATTTGAACTGGTTCA-GTA-AGCATAATTACTTTTTAAATCTCTTACCTATT-ATTTATT
* * * * **
6767 TAAATATTAATAAATTCATTTTATTTTATTCTAAATAAGC-TATTATGAATTGAAAA-AATTGTT
63 GAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTAAATAAGCTTA-TAT-AATCAAAAACAATTGTT
* * * * * * **
6830 TTATGGCGAAAC-AA-A-AATAATTTAAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAAC
126 TTATGACAAAACAAACATAATAATTTAAAATAAAAAATTGTTCAAATAGTCATAAAGATTTGAAC
* * * * *
6892 TAGTTTGGCAGATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTATTATATT
191 TAGTTCGACAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GAATATTA-TATATT
* *
6957 AGTATTATTTTATTTCAAA-ATAGCTTGGATGAACAAAAATAATTGTTTTATGATAGAACAAAAG
254 AGTATTATTTTATTTCAAATA-AGCTTGTATGAA-AAAAAAAATTGTTTTATGATAGAACAAAAG
* * * * * ** *
7021 GTTATAATGATTTGAAGTATACAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTTAACTAATTTGGTGAAT
317 GTTATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTTAACTTGTTTGGTAAAT
** * * * *
7086 GGATTTATTTTGTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
382 AAATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTCGAAACATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
** * * * * * * * * *
7151 TTTGAATAAACTTATA-CAATCA-AAACAATT-ATTATATGACCAAACAAAAGGTAATAATGATT
447 TTCAAATAGACTTTTATGAAT-AGAAACAATTAATT-TATGACAAAAAAAAAGATCATAAAGACT
* * * * * * * * * * * * *
7213 TGAAATAGATAATTATTGAAATGGCCATAATTATTTGAACTGA-CTTGGTAAACAGATTGACTTT
510 TGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCACAACTA-TTCAAATAAGTTTAGAAAACATATTTA-TTT
* ** * * * * ***
7277 T-TAAATCACTTAATTATTAGTTTTCAAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTGAATAA
573 TAAAAAT-TTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTAATCCAAATAA
* * * * * * ** *** * *
7340 ACTTGTATGAACTAAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACGAAAGGTCAGAATGATTTTCGATAGAC
636 GCTTGCATGAAC-AAAACCAATTATTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACAATTTGAAATAAAT
* ** * ** ** * *
7404 AACTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAATTTGTTTGGTAAAAAAATT-ATTTTTTTAAACTTTT
700 AATTCCTCAAATAGTCATAACTATTTGAACATGTTCAGTAAACAAATTCA-TTTTTTAAA--TCT
* * *** * *
7468 CTT-T-ATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAATATTATTTTATTTTGGTTAAGC-TATTATGA
762 CTTATCATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAAAAACTTA-TATAA
** ** * *** * * * * *
7530 ACTGAAACAATTGTTTTATGTCAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATA-ATTAATTTTTCAA
826 ACAAAAACAATCATTTCACAACAAAACAAAAAGTCACAAGGATTTAAAATAGA-TAATTATTCAA
7594 ATAGTCA
890 ATAGTCA
* * * * * * * * * * *
7601 TGACTATTTGAATTTGTCCAATAA--ATGGATTTCTTTTTTCAAATATTTTGCTTATTAATTT-T
1 TAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAGCAT-AATTAC-TTTTT-AAATCTCTTACCTATT-ATTTAT
* * * * * * * * * *
7663 TCAAATTTTAATAAATTGAGATTATTTT-ATACCAAATAAGCATGTA-AGAT-ATGAAACAAATA
62 TGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAAT-CTAAATAAGCTTATATA-ATCA-AAAACAATTG
* * * * * ** **
7725 TTTTATGACTAAACAAA-AGGTTAGAATGATTTAAAATAGATAATTATT-ATAATAGTTTTAACT
124 TTTTATGACAAAACAAACA---T--AATAATTTAAAATAAAAAATTGTTCA-AATAGTCATAAAG
* * * * *
7788 ATTTAAACTGGTTTGACAAATAAATTTCTTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATT
183 ATTTGAACTAGTTCGACAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG-AATATT
* * ** * * * * * * * *
7849 ATTAAATTAATATTATTTT-TAACCGAATAAGCTTCTATGATCAGAAATAATTGTTTTCTAACA-
247 A-TATATTAGTATTATTTTAT-TTCAAATAAGCTTGTATGA-AAAAAAAAATTGTTTTATGATAG
** * * * *
7912 AAGC-AAAGACCT-TAACAATTTGAGACT-AATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAA-TT
309 AA-CAAAAG-GTTATAACGATTTGA-AATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTTAACTT
* * * * ** * *
7973 AGTTTGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTCCTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA
371 -GTTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTCGAAACATTAATAAATTA
** * * * * *
8038 GTATTATTTTATTTTGAATA-AGCTTGTATG-GTCAAAAACAATTATTTTACGAC-AAAAAAAAG
435 GTATTATTTTATTTCAAATAGA-CTTTTATGAAT-AGAAACAATTAATTTATGACAAAAAAAAAG
* * * * ** * * * * * * ** *
8100 GTCATAATGATTTGAAACAGATAATCGTTCAAAT-GACAATAATTACTTTAATTGA-TTCGGTAA
498 ATCATAAAGACTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC-ACAACTA-TTCAAATAAGTTTAGAAA
* ** * * * *
8163 ACAAATTTATTTTTTAAATTTTTTCTTATT-ATT-TTAGGAGATATTAATAAATTAATATTATTT
561 ACATATTTATTTTAAAAATTTTTACTTATTAATTGTCA--AAATATTAATAAATTTATATTATTT
* * * ** * * * **
8226 TATTTCAACTAAGCTTTTATTAACTTAAA-CAATTATTTTATAACAAATTAAAAGGTT-ATAACA
624 TAATCCAAATAAGCTTGCATGAAC-AAAACCAATTATTTTATGACAAAACAAAA-GTTCATAACA
* * * ** *
8289 ATTTTAAATACACAATTGTTCAAATGGT-A-AAC-A---G-AC----T---T------A-T--TT
687 ATTTGAAATAAATAATTCCTCAAATAGTCATAACTATTTGAACATGTTCAGTAAACAAATTCATT
* * ** * * *
8331 TTTTAAATATCTTTCTCATTAATTTTTTG-AATGCTAATAAATTATTATTAATTTATTCT-AAAT
752 TTTTAAATCTC-TTATCATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAA-
* * * * * * * * * * * * **
8394 AAGCTTGTTTGAATAAAAGGTCATAACAATTTGA-AATAAATAAATGTTAATAAATTA-ATATTA
814 AAACTTATATAAACAAAA--ACA-ATC-ATTTCACAACAAA-ACA----AA-AAGTCACA-AGGA
* ** * * * * **
8457 TTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAACTAAAACAA
868 TTTAAAATAG-AT-AA-TTAT-TCAAAT-AGTC-A
* * * * *
8492 TTATTATATGAATAAACAATAGG-TCA-AAATG-ATTTGAAATAGATAATTATTCT-AATACTCT
1 TAACTAT-T---TGAAC--T-GGTTCAGTAA-GCA--T--AAT---TACTT-TT-TAAAT-CTCT
* *** * **
8553 TAACTATTTGAACTGGTTCAGCAAACATATTTATTTTTTAAATCTCCTATTAATTTTTGTAATAT
48 TACCTA-TT--A-T--TT-ATTGAA-ATA-TTA----ATAAAT-TAATATT-A--TTT-T-A-A-
* * * * * * * *
8618 TATTAAATTAGTATTATTTTTATCTGCATAAGCTTGGATGATCAAAAATAATTATTTTATGAGAA
92 T-CTAAATAAG-CTTA--TATA-AT-CA-AA------A--A-C---AAT-T--GTTTTATGACAA
* * * ** * * * ** *
8683 AACAAAGATCATAATGATTTGAGATTGATATTTGTTCAAATAGTCGTAACTATTTGAA-TCGGTT
135 AAC-AA-A-CATAATAATTTAAAATAAAAAATTGTTCAAATAGTCATAAAGATTTGAACT-AGTT
* ** * ** * * *
8747 TGA-AAA-AATAGTTTTAAGTTTTAAATCTCTTACTTCTTAATTTTCAAAATATTAATAAAGTAA
196 CGACAAACAA-A--TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TGAATATT-ATATATTAG
* * * ** * * * *
8810 TATTATTTTATTTCAGATAAGTTTTTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACA-AA-ATGAAGCT
256 TATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-AAAAAAAATTGTTTTATGATAGAACA-AAAGGT
* * * * * * **
8873 CATAATGACTTTAAGTAAATAGAATGATTATTTAAAAAGTCA-AATCT-TTTTAACTT-TTTCAA
319 TATAACGA-TTT--G-AAATA-AATAATTGTTCAAATAGTCATAA-CTATTTTAACTTGTTT-GG
* * * * **
8935 TAAACAGATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATGTTTC-AAATGTTAATAAATTAGTATT
377 TAAATAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTAATTATTAAT-TTTCGAAACATTAATAAATTAGTATT
** * * * * * * *
8999 ATTTTATTTTGAATA-AGCTTGTATGAACT-GAAATAATTATTTTAT-ATCTAAACAAAAGGTTA
440 ATTTTATTTCAAATAGA-CTTTTATGAA-TAGAAACAATTAATTTATGA-CAAAAAAAAAGATCA
* * * * * * ** * * *
9061 GAACA-ATTTGAAATAAATAATTGTTCTAACAGTCTTAACTATTTGAACT-AGCTT-GACAAACA
502 TAA-AGACTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCACAACTA-TTCAAATAAGTTTAGA-AAACA
* * * *** * **
9123 AATTT-TTTT-TAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTGGTATTATTTTAAT
564 TATTTATTTTAAAAAT-TTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTTATATTATTTTAAT
*** * * *** * * **
9186 ATGAATAAGCCTGTC-TGAA-AAGGAA-CAATTGTTTTATGATGGAA-TAAAGATCATAACGTTT
628 CCAAATAAGCTTG-CATGAACAA--AACCAATTATTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACAATT
* * ** * * ** * * *
9247 TGAGATAGATAATTATTCAAATGGTTATAACTATTTGAAC-TGTTTCAAAAAACAGATTTAGTTT
690 TGAAATAAATAATTCCTCAAATAGTCATAACTATTTGAACATG-TTCAGTAAACAAATTCATTTT
* ** * * * * * * **
9311 TTAAATGTC-T-T-ATTAATTTTCAAAATATTAATAGATCATTATTATTTTAATATGAATAATTT
754 TTAAATCTCTTATCATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAAAAACT
** * * * * ** * * * *
9373 TGCATCAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGCTAA-
819 TATATAAACAAAAACAATCATTTCACAAC-AAAACAAAAAGTCACAAGGATTTAAAATAGATAAT
* *
9437 TAGTTCAAATGGACA
883 TA-TTCAAATAGTCA
* ** ** ** *
9452 TGACTATTTGAACTTTTTTGGTAA--ATAGATTTA-TATTTT-AATCTCCAACTTATTAATTT-T
1 TAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAGCATA-A-TTACT-TTTTAAATCTCTTACCTATT-ATTTAT
** ** * * * * ** * *
9512 TTTAATATTAATAGGTTAGTATTATTTTATTTTGAATAAAATTGTATTAAT-AGAAACAATTGTT
62 TGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTAAATAAGCTTATA-TAATCAAAAACAATTGTT
* * * * * * * **
9576 TTATGAACAAAAAAAGATCATAATGATTTGACATAAATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTG
126 TTATG-ACAAAACAA-A-CATAATAATTTAAAATAAAAAATTGTTCAAATAGTCATAAAGATTTG
* * * * * * *
9641 AACTCGCTTAG-TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATTTTAATA
188 AACTAG-TTCGACAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GAATATT-ATA
* * * * * * * * *
9705 AATTACTATTCTTTTATTCCAAATAA-CTTGTTATGAATAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACA
250 TATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTG-TATGAA-AAAAAAAATTGTTTTATGATAGAACA
* * * * * * * **
9769 AAAGGTGATAATGATCTAAAATATATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACGTT-TTCAG
313 AAAGGTTATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTTAAC-TTGTTTGG
* * * * * * * * ** * *
9833 AAAACATATTTATTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGGAATTTTAATAAATTACTATTCT
377 TAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTCGAAACATTAATAAATTAGTATTAT
* * ** * * * *
9897 TTTATTCCAAATA-ACTTGTTATGAACAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTGATAAT
442 TTTATTTCAAATAGACTT-TTATGAATAGAAACAATTAATTTATGACAAAAAAAAAGATCATAAA
* * * * ** **** *
9961 GA-TCTAAAATATATAATTGTTCAAATAGTCAAAACTATTTGAGCGTGTTCAGAAAACATATTTA
506 GACT-TGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCACAACTATTCAAATAAGTTTAGAAAACATATTTA
* * *** ** * *
10025 TTTTTAAAATTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTATATCGTTTTATTCGAAATA
570 TTTTAAAAATTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTTATATTATTTTAATCCAAATA
* * * * * *** *
10090 AGCTTGCATGAATAGAACCAATTGTTTTATGACAAAAGAAAAGGTCATAATGTTTTGAAATATAT
635 AGCTTGCATGAACAAAACCAATTATTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACAATTTGAAATAAAT
** * * ** * * *
10155 AATTGTTCAGATAGTCATAACTATTTGAACATATTTGGTAAATAGATTCATTTTTTAATTCTCTT
700 AATTCCTCAAATAGTCATAACTATTTGAACATGTTCAGTAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTT
* * *
10220 ACTCATTAA-TTTTCACAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTT-AAATAAGCTTATATGAA
765 A-TCATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAA-AAACTTATATAAA
** ** * ** * * *
10282 TGAAAACAATTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTCACAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
827 CAAAAACAATCATTTCACAACAAAACAAAAAGTCACAAGGATTTAAAATAGATAATTATTCAAAT
10347 AGTCA
892 AGTCA
* * * * * * * *
10352 TGACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACATATTTA-TTTTTCAAAATCTTTTA-CTCATTATTTGTA
1 TAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAGCATAATTACTTTTT--AAATCTCTTACCT-ATTATTTATT
* * * * * * *
10415 GAAATATTAATCAAGTAATATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTTTGAAT-AGAAACAATTGCTT
63 GAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTAAATAAGCTTATAT-AATCAAAAACAATTGTTT
* * * *
10479 TATGACAAAATAAAAAGTCATAACAATTTAAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAAAGATTTG
127 TATGAC-AAA-ACAAA--CATAATAATTTAAAATAAAAAATTGTTCAAATAGTCATAAAGATTTG
* * * * *
10544 AACGTA-TTCAATAAA-AATATTTATTTTTTAAATCTTTTGCTTATTAATTGTCTT-AATGTTAA
188 AAC-TAGTTCGACAAACAA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-T-TTGAATATT-A
* * ** * *
10606 TATATTTA-TATTATTTTA-ATCGAAGTAAGCTTGTATGAACAAAAAAAA-TCATTTATTGACAA
248 TATA-TTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAA-AAAAAAAATTGTTTTA-TGATAG
* * * * * *
10668 AACAAAAGGTTATAGCAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTTGTT
309 AACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTTAACTTGTT
* * * * * **
10733 CGGTAAA-AAGATTCATTTTTTAAATCTCGTAATTATTAATTTT-TAGAATATTAATAGCTTAGT
374 TGGTAAATAA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTCGA-AACATTAATAAATTAGT
** * * * **
10796 ATTATTTTATTTTGAATA-ATTTTATATTAACT-GAAATAATTTTTTTATGAC------AAA-A-
437 ATTATTTTATTTCAAATAGACTTT-TATGAA-TAGAAACAATTAATTTATGACAAAAAAAAAGAT
** * * * * ** * * *
10851 CA-AAAGGTTTGAAATAGATATTTATTCAAAAAGTCATAACTATTGATCT-AGTCTGGTAAACAT
500 CATAAAGACTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCACAACTATTCAAATAAGTTTAGAAAACAT
* * * * ** * * * *
10914 ATTTATTTTTAAAATTTTTTATTTATTAACTATTGAAATTTTAATACA-TTAGTATAATTTCAAT
565 ATTTA-TTTTAAAAATTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTAAT
** ** * * * * *
10978 CCAAATGGGCTTATATGAACATAAA-CTATTGTTTTTATAACAGAACAAAAAG-TCATAATAATT
628 CCAAATAAGCTTGCATGAACA-AAACCAATT-ATTTTATGACAAAAC-AAAAGTTCATAACAATT
* * * * * * * *
11041 TAAAATAAATAATTACTCAAATAGTCATAACTATTTAAAC-TGGTTTAATAAACATATTTAATTT
690 TGAAATAAATAATTCCTCAAATAGTCATAACTATTTGAACAT-GTTCAGTAAACAAATTCATTTT
11105 TTAAATCTC--AT-ATTAA-TTTTGAAATATTAATAA
754 TTAAATCTCTTATCATTAATTTTTGAAATATTAATAA
11138 TTATGACAAA
Statistics
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ATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTAAATAAGCTTATATAATCAAAAACAATTGTTTTATG
ACAAAACAAACATAATAATTTAAAATAAAAAATTGTTCAAATAGTCATAAAGATTTGAACTAGTT
CGACAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAATATTATATATTAGTATTA
TTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAAAAAAAAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAACG
ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTTAACTTGTTTGGTAAATAAATTTATT
TTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTCGAAACATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAG
ACTTTTATGAATAGAAACAATTAATTTATGACAAAAAAAAAGATCATAAAGACTTGAAATAGATA
ATTATTCAAATAGTCACAACTATTCAAATAAGTTTAGAAAACATATTTATTTTAAAAATTTTTAC
TTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTTATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGCATGAACAAA
ACCAATTATTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACAATTTGAAATAAATAATTCCTCAAATAGTC
ATAACTATTTGAACATGTTCAGTAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTATCATTAATTTTTGAA
ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAAAAACTTATATAAACAAAAACAATCATTTCACA
ACAAAACAAAAAGTCACAAGGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA
Found at i:11716 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 11695--11727 Score: 50
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11685 TAATGATTTT
11695 AAATAG-ATAATTATTC
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1 AAATAG-CATAATTATT
11728 TGAACTTATT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
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Consensus pattern (17 bp):
AAATAGCATAATTATTC
Found at i:11807 original size:174 final size:174
Alignment explanation
Indices: 11479--11813 Score: 415
Period size: 174 Copynumber: 1.9 Consensus size: 174
11469 GTATGATGAA
* * * * *
11479 AAACAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATGGC
1 AAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGC
*** * *
11544 CATAACTATTTGAACTAATTCAATAAACTGGTTTTATTTTTTAAATCTCCAACTTCTCAATTTTT
66 CATAACTATTTGAACTAATTCAATAAACTAAATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTCTAAATTTCT
* *
11609 GAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGGATAAACTATG
131 GAAATATTAACAAAATAATATTATTTTATTTTGGATAAACTATG
* *
11653 AAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGT
1 AAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGC
* * * ** *
11718 CATAATTATTTGAACTTATTCGATAAAC-AAATTTATTTTTGTAAAT-TCCTTGCTTATTAAATT
66 CATAACTATTTGAACTAATTCAATAAACTAAATTTATTTTT-TAAATCTCC-AACTT-CTAAATT
* **
11781 TCT-AAATGTTAACAAAATGTTATTATTTTATTT
128 TCTGAAATATTAACAAAATAATATTATTTTATTT
11814 CAAATAAATA
Statistics
Matches: 135, Mismatches: 23, Indels: 6
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
173 12 0.09
174 116 0.86
175 7 0.05
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (174 bp):
AAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGC
CATAACTATTTGAACTAATTCAATAAACTAAATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTCTAAATTTCT
GAAATATTAACAAAATAATATTATTTTATTTTGGATAAACTATG
Found at i:12616 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 11933--13341 Score: 1180
Period size: 181 Copynumber: 7.9 Consensus size: 180
11923 AAATACATTG
* * ** * * * * *
11933 TTTTATGACAAAATAAAAGGTCAAAACAATTTTATATAGATAATTATTCAAATAGTCATATCTAA
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA-AACTAT
** * ** * * * *
11998 TTGAAAGTGTTCAATAAACGGATTTATTTTTTTTAAATCTGTTGCTTTATTAATTTTTC-GAATG
65 TTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTA--TTTTTTAAATCTCTTAC-TTATTAA-TTTTCAAAATA
* *
12062 TTAAT--A-TAGTATTA-TTTATTTC-AAGTAAGCTTGTATGAACTGAAATAATTA
126 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAA-TAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTA
** * * * * *
12113 TTTTATGATTAAA-AAAAGGTTAAAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTAT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-AAACTAT
* * * * *
12177 TTGAACTAGTT-TGACAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAA-ATTA
65 TTGAACTTGTTCAG-TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTA
* * * * * * *
12240 TTAAATTAGTATCATTTTA-ATCGAATAAGCTTATGTGAAAAGAAACAATTG
129 ATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTA
* * * * *
12291 TTGTATGACAAAA-TAAAGATCATTATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA-AACTAT
* * *
12355 ATGAA-TTGGTTCAGTAAATAGATTTAGTTTTTACA--TC-T-CTTATTAATTTTCAAAATATTA
65 TTGAACTT-GTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTA
* * * * * *
12415 ACAAATCAGTATTATTTTATTTTGAATAA-TTATGTATGAACAGAAATAATTG
129 ATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCT-TGTATGAACAGAAACAATTA
* *
12467 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGACAAGACTAT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAA-ACTAT
* ** ** * * * *
12532 TCGAGGTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTGCAAAATATTAA
65 TTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAA
* * * *
12597 TAAAGTAGTATTATTTTA-TTCTGAATAAACTTGTACGAATAGAAACAATTA
130 TAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTA
* * * * *
12648 TTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACT-ATTTGAAATAAAAAATTGTTTAAACAGT-AATACCT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAA-A-CT
* ** * * **
12711 ATTTGAGCTTACTC-GATAAATAGATTTATTTTTTAACA-CTTTTACTTAGTAATATTT-GGAAT
63 ATTTGAACTTGTTCAG-TAAATAGATTTATTTTTTAA-ATCTCTTACTTATTAAT-TTTCAAAAT
* * * * *
12773 TTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGGATAGAAACAATTG
125 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTA
* * * * *
12829 GTTTATCAC-AAACAAAAAGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTAGAACTA
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA-AACTA
* * * * **
12892 TTTGAA-TGTGTTTAGAAAATAAATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAAATTTT-GGAATAT
64 TTTGAACT-TGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT-AATTTTCAAAATAT
*
12954 TAATAAATT--TAATTGTTTTATTT-GAAATAAGCTTGTATGAAC--AAACAATTA
127 TAATAAATTAGT-ATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTA
* *** *
13005 TCTTATGACAAAACAAAAGGTCATAGCAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA-AACTAT
* * * * ** *
13070 TTGAACTTGTTCAATAAACATATTCATTTTTTTAAATCTCTTACCAACTAATTTTCAAAATATTA
65 TTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTA
* * ** *
13135 ATAAATTAGTGA-TATTTTATTTCGAATAAGCCTATATG-ATTGATACAATTA
129 ATAAATTAGT-ATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTA
* * * *
13186 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATGACTAT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA-AACTAT
* * * *
13251 TTGAACTTGTTCAGTAAATATATTTA-TTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAA
65 TTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAA
* * *
13315 TAAATTAATATTATTTTAATCCGAATA
130 TAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATA
13342 GGCTATGCAA
Statistics
Matches: 998, Mismatches: 182, Indels: 99
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
174 17 0.02
175 30 0.03
176 61 0.06
177 152 0.15
178 149 0.15
179 173 0.17
180 109 0.11
181 298 0.30
182 9 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAAACTATT
TGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAAT
AAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTA
Found at i:13015 original size:538 final size:534
Alignment explanation
Indices: 12198--13335 Score: 1259
Period size: 538 Copynumber: 2.1 Consensus size: 534
12188 TGACAAACAT
* * *
12198 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAA-ATTATTAAATTAGTATCATTTTAATC
1 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT-AAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATC
* * * * * *
12262 GAATAAGCTTATGTGAAAAGAAACAATTGTTGTATGACAAAATAAAGATCATTATGATTTGAGAT
65 AAATAAGCTTATATGAAAAGAAACAATTGTTGTATCACAAAAAAAAGATCATAATGATTTGAAAT
* * * * *
12327 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATATGAATTGGTTCAGTAAATAGATTTAGTTTTTACATC
130 AGATAATTATTCAAATAGTCAGAACTATATGAATTGGTTCAGAAAATAAATTTAGTTTTTAAATC
*
12392 TCTTATTAATTTTCAAAATATTAACAAATCAGTATTATTTTATTTTGAATAATTATGTATGAACA
195 TCTTATTAATTTTCAAAATATTAACAAATCAG-ATTATTTTATTTTGAATAACTATGTATGAACA
* * * ** * *
12457 GAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGG
259 -AAACAATTATCTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
** *** * * *
12522 ACA-AGACTATTCGAGGTTGTTTGGTAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTT
323 ACATA-ACTATTCGAACTTGTTCAATAAACAGATTCATTTTTTTAAATCTCCTACCAACTAATTT
* *
12585 GCAAAATATTAATAAAGTAGT-ATTATTTTA-TTCTGAATAAACTTGTACGAATAGAAACAATTA
387 GCAAAATATTAATAAAGTAGTGA-TATTTTATTTC-GAATAAACCTATACG-ATAGAAACAATTA
* * *
12648 TTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAAAAATTGTTTAAACAGTAAT-ACCTA
449 TTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAAAAAATTATTCAAACAGTAATGA-CTA
*
12712 TTTGAGCTTACTC-GATAAATAG
513 TTTGAACTTACTCAG-TAAATAG
* ** * *
12734 ATTTATTTTTTAACA-CTTTTACTTAGTAATATTTGGAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATT
1 ATTTATTTTTTAA-ATCTTTTACTTATTAAT-TTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-A
* * *
12798 TCAAATAAGCTTGTATGGATAGAAACAATTGGTT-TATCACAAACAAAAAG-TCATAACT-ATTT
63 TCAAATAAGCTTATATGAAAAGAAACAATT-GTTGTATCACAAA-AAAAAGATCATAA-TGATTT
* * * *
12860 GAAATAGATAATTATTCAAATAGTTAGAACTATTTGAA-TGTGTTTAGAAAATAAATTTATTTTT
125 GAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAGAACTATATGAATTG-GTTCAGAAAATAAATTTAGTTTT
* ** * * *
12924 TAAATTTTTACTTATTAAATTTT-GGAATATTAATAAATTTA-ATTGTTTTA-TTTGAAATAAGC
189 TAAA--TCT-CTTATT-AATTTTCAAAATATTAACAAA-TCAGATTATTTTATTTTG-AATAA-C
*
12986 T-TGTATGAAC-AAACAATTATCTTATGACAAAACAAAAGGTCATAGCAATTTGAAATAGATAAT
247 TATGTATGAACAAAACAATTATCTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAAT
* * * *
13049 TATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACATATTCATTTTTTTAAATCTCTTAC
312 TATTCAAATAGACATAACTATTCGAACTTGTTCAATAAACAGATTCATTTTTTTAAATCTCCTAC
* * * * * *
13114 CAACTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTGATATTTTATTTCGAATAAGCCTATATGATTGAT
377 CAACTAATTTGCAAAATATTAATAAAGTAGTGATATTTTATTTCGAATAAACCTATACGATAGAA
* * * * *
13179 ACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTA
442 ACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAAAAAATTATTCAAACAGTAA
** *
13244 TGACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAT
507 TGACTATTTGAACTTACTCAGTAAATAG
* *
13272 ATTTA-TTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATC
1 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATC
13336 CGAATAGGCT
Statistics
Matches: 499, Mismatches: 80, Indels: 46
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
536 31 0.06
537 72 0.14
538 265 0.53
539 77 0.15
540 28 0.06
541 18 0.04
542 8 0.02
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (534 bp):
ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCA
AATAAGCTTATATGAAAAGAAACAATTGTTGTATCACAAAAAAAAGATCATAATGATTTGAAATA
GATAATTATTCAAATAGTCAGAACTATATGAATTGGTTCAGAAAATAAATTTAGTTTTTAAATCT
CTTATTAATTTTCAAAATATTAACAAATCAGATTATTTTATTTTGAATAACTATGTATGAACAAA
ACAATTATCTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGACA
TAACTATTCGAACTTGTTCAATAAACAGATTCATTTTTTTAAATCTCCTACCAACTAATTTGCAA
AATATTAATAAAGTAGTGATATTTTATTTCGAATAAACCTATACGATAGAAACAATTATTTTATG
ACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAAAAAATTATTCAAACAGTAATGACTATTTGAACT
TACTCAGTAAATAG
Found at i:13211 original size:358 final size:357
Alignment explanation
Indices: 11934--13332 Score: 1263
Period size: 358 Copynumber: 3.9 Consensus size: 357
11924 AATACATTGT
* * * * * * *
11934 TTTATGACAAAATAAAAGGTCAAAACAATTTTATATAGATAATTATTCAAATAGTCATATCTAAT
1 TTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATT
** * * * * *
11999 TGAAAGTGTTCAATAAACGGATTTATTTTTTTTAAATCTGTTGCTTTATTAATTTTTC-GAATGT
66 TGAACTTGTTCAATAAACAGATTTA--TTTTTTAAATCTCTTAC-TTATTAA-TTTTCAAAATAT
* * **
12063 TAAT--A-TAGTATTA-TTTATTTC-AAGTAAGCTTGTATGAACTGAAATAATTATTTTATGATT
127 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAA-TAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGACA
* * * * * *
12123 AAA-AAAAGGTTAAAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCT-TAACTATTTGAACTAG
191 AAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT-TAGAACTATTTGAACTTG
* * *
12186 TTT-GACAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAAATTATTAAATTAGT
255 TTTAGA-AAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTGAAATATTAATAAATTAG-
* * * * * *
12250 ATCATTTTAATCGAATAAGCTTATGTGAAAAGAAACAATTG
318 ATTATTTTATTTGAATAAGCTTGTATG-AAAGAAACAATTA
* * ** * *
12291 TTGTATGACAAAA-TAAAGATCATTATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
1 TT-TATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
* * * * *
12355 ATGAA-TTGGTTCAGTAAATAGATTTAGTTTTTACA--TC-T-CTTATTAATTTTCAAAATATTA
65 TTGAACTT-GTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTA
* * * * * *
12415 ACAAATCAGTATTATTTTATTTTGAATAA-TTATGTATGAACAGAAATAATTGTTTTATGACAAA
129 ATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCT-TGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAA
* * * ** * **
12479 ACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGACA-AGACTATTCGAGGTTGTT
193 ACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTAGA-ACTATTTGAACTTGTT
* * * * * *
12543 TGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAA-TTTGCAAAATATTAATAAAGTAGTA
257 TAGAAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTG--AAATATTAATAAATTAG-A
* *
12607 TTATTTTATTCTGAATAAACTTGTACGAATAGAAACAATTA
319 TTATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAA-AGAAACAATTA
* * * * * * * *
12648 TTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAAAAATTGTTTAAACAGTAATACCTAT
1 -TTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
* ** * * * * ** *
12713 TTGAGCTTACTCGATAAATAGATTTATTTTTTAACA-CTTTTACTTAGTAATATTT-GGAATTTT
65 TTGAACTTGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAA-ATCTCTTACTTATTAAT-TTTCAAAATATT
* * * ** *
12776 AATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGGATAGAAACAATTGGTTTATCAC-AA
128 AATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAA
* *
12840 ACAAAAAGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTAGAACTATTTGAA-TGTGTT
193 ACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTAGAACTATTTGAACT-TGTT
* * * *
12904 TAGAAAATAAATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAAATTTTGGAATATTAATAAATTTA-AT
257 TAGAAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT-AATTTTGAAATATTAATAAA-TTAGAT
* *
12967 TGTTTTATTTGAAATAAGCTTGTATG-AACAAACAATTA
320 TATTTTATTTG-AATAAGCTTGTATGAAAGAAACAATTA
* *
13005 TCTTATGACAAAACAAAAGGTCATAGCAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
1 T-TTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
* * ** *
13070 TTGAACTTGTTCAATAAACATATTCATTTTTTTAAATCTCTTACCAACTAATTTTCAAAATATTA
65 TTGAACTTGTTCAATAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTA
* * ** *
13135 ATAAATTAGTGA-TATTTTATTTCGAATAAGCCTATATG-ATTGATACAATTATTTTATGACAAA
129 ATAAATTAGT-ATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAA
13198 ACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATG-ACTATTTGAACTTGTT
193 ACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTA-GAACTATTTGAACTTGTT
* * * * * * *
13262 CAGTAAATATATTTA-TTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATAT
257 TAGAAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATT-AGAT
13326 TATTTTA
320 TATTTTA
13333 ATCCGAATAG
Statistics
Matches: 845, Mismatches: 153, Indels: 86
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
349 5 0.01
350 14 0.02
351 1 0.00
352 2 0.00
353 9 0.01
354 43 0.05
355 90 0.11
356 29 0.03
357 207 0.24
358 236 0.28
359 36 0.04
360 22 0.03
361 79 0.09
362 68 0.08
363 4 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (357 bp):
TTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATT
TGAACTTGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAAT
AAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACA
AAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTAGAACTATTTGAACTTGTTTAGA
AAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTGAAATATTAATAAATTAGATTATTTT
ATTTGAATAAGCTTGTATGAAAGAAACAATTA
Found at i:15291 original size:25 final size:23
Alignment explanation
Indices: 15246--15291 Score: 56
Period size: 25 Copynumber: 1.9 Consensus size: 23
15236 CTCTCTCTGT
* *
15246 CATTTAGTCAATGTGTTAAAGCC
1 CATTTAGTCAATGTCTCAAAGCC
15269 CATTTAGTGCCAATGTCTCAAAG
1 CATTTAGT--CAATGTCTCAAAG
15292 GAATGCTACC
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 2, Indels: 2
0.83 0.09 0.09
Matches are distributed among these distances:
23 8 0.42
25 11 0.58
ACGTcount: A:0.30, C:0.20, G:0.17, T:0.33
Consensus pattern (23 bp):
CATTTAGTCAATGTCTCAAAGCC
Found at i:21784 original size:67 final size:67
Alignment explanation
Indices: 21705--21838 Score: 250
Period size: 67 Copynumber: 2.0 Consensus size: 67
21695 ATAGTTGGAG
*
21705 CCCTTAGTGAATTCCATCAAGTAAAGCTAATGATTAGAGGCATCGGGGTCACAACACCCTCGACC
1 CCCTTAGTGAATTCCATCAAGTAAAGCTAATGATTAGAGGCATCGGGGCCACAACACCCTCGACC
21770 TA
66 TA
*
21772 CCCTTAGTGAATTCCATCAGGTAAAGCTAATGATTAGAGGCATCGGGGCCACAACACCCTCGACC
1 CCCTTAGTGAATTCCATCAAGTAAAGCTAATGATTAGAGGCATCGGGGCCACAACACCCTCGACC
21837 TA
66 TA
21839 TCTTAAACTT
Statistics
Matches: 65, Mismatches: 2, Indels: 0
0.97 0.03 0.00
Matches are distributed among these distances:
67 65 1.00
ACGTcount: A:0.31, C:0.28, G:0.20, T:0.22
Consensus pattern (67 bp):
CCCTTAGTGAATTCCATCAAGTAAAGCTAATGATTAGAGGCATCGGGGCCACAACACCCTCGACC
TA
Found at i:27669 original size:177 final size:177
Alignment explanation
Indices: 26959--38164 Score: 3169
Period size: 181 Copynumber: 62.0 Consensus size: 177
26949 ATTGGTTTAT
* * * * * * *
26959 GTCATAACGATCTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGACATAATTATTTGAACTAGCTT-GGCAAA
1 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACT-GATTCGGTAAA
* * * * *
27023 CAGAATTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAATTTA-TTTTATTTTATTTT
65 CAGATTTATTTTTTAAATCACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC
* * * * ** *
27087 GAATAAG-TTACTAAGAACTGAAA-AATTGTTCTACAAC-AAACCAAAG
130 AAATAAGCTT-GTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
*** * * * ** * * * ** *
27133 GTTCATACCAATTTTGAAATA-AGAATTATTCATATAAACTTAACTATTTGAACTGGTTTAGCAA
1 G-TCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGATTCGGTAA
* * * * *
27197 ACAAATTTATTTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTT-AGAATATTATTACATTGGTATTATT
64 ACAGATTTA-TTTTTTAAA--TC--ACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * *
27261 TTA-TTCTGAATAAACTTGTGTGAA-TAGAAATAATTG-TTT-TGACATAACAAAAG
123 TTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * * * *
27314 GTTATAATAATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATGGTTTGGTAAAC
1 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGATTCGGTAAAC
* * * * *
27379 ATACTTT-TTTTTAAAATCTTTTACATATTAATTTTTGAAATAATAGTAAATTAGTATTATTTTA
66 AGA-TTTATTTTTTAAATC----ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * * * * * *
27443 TTTCGAATAAGCTTGAATG-ATTAAAAGCATTTGTTATATGACCAAACAAAAG
126 TTTCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * * * *
27495 GTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATGGCCCTAATTTTTTGAAATGATTCGGTAAAC
1 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGATTCGGTAAAC
* *
27560 AGATTCATTTTTTAAATCACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTCA
66 AGATTTATTTTTTAAATCACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCA
* * *
27625 AATAAGCTTATATGAACTGAAACGATTGTTTTATGAGAAAACAAAAG
131 AATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * * * *
27672 GTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAATCTTAAATGTTTGAACT-ACTTCGGCAAA
1 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGA-TTCGGTAAA
* * * *
27736 TAGATTTATTTATTTAAAT-ATCTTAGTTATTAATTTTGAAATATTATTAAATTAATATTATTTT
65 CAGATTTATTT-TTTAAATCA-CTTA-TTA--ATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
* * * * * * * * *
27800 ATTTCGAATAAACATATGTGAACTGAAACAATTATTTTAT-AGTAGAATAAAAG
125 ATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAG
* * * * * * * * **
27853 ATTATGACGATTTCAAATAGGTAATTATTCAAATAG----GA--A-TT--A--G-TTCAATAAAC
1 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGATTCGGTAAAC
*
27906 ATATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
66 AGATTTATTTTTTAAA--T-C-ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * *
27971 TCCAAATAGGTTTGTATG-A-TGAAAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAG
127 TTCAAATAAGCTTGTATGAACTG--AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* ** * * * * *
28022 TTCATAATGATTTGAAATAGATAATCATTGAAATGGCCAGAATTATTTGAA-TCGATTCGGTGAA
1 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACT-GATTCGGTAAA
* * * * * * *
28086 CAAATTCACTTTTTAAATCACTTATTAATTTTAGGAATATT-ATAAACTATTATTATTTTATTTC
65 CAGATTTATTTTTTAAATCACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC
* * * * *
28150 AAATAAGCTTGTAAGAACTAAAACAATTATATTATGATAAAACAAAAG
130 AAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * * **
28198 GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATTA-CCAAAATTATTTTAATTGATTTAGTAAA
1 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA-TAGTCATAATTATTTGAACTGATTCGGTAAA
* * * * * *
28262 AAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTAGAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTCC
65 CAGATTTATTTTTTAAATCACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC
* * * * *
28327 ATATAAGCTTGTATTAACTAAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAG
130 AAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * * ** * * * *
28375 GTCATAATGATTTTAAATA-AGTAATTGTTCAAATATTCATAACTAGATGAGCTTATTTGGCAAA
1 GTCATAATGATTTGAAATAGA-TAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGATTCGGTAAA
* * * * *
28439 CAAATTTATTTTTTCAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATATATTAGGATTATTT
65 CAGATTTATTTTTT-AAA--TC--ACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTT
* *
28503 TATTTCAAATAAGCTTGTATGATA-TGAAACAAATATTTTATGACTAAAAC--AAG
124 TATTTCAAATAAGCTTGTATGA-ACTGAAACAATTGTTTTATGAC-AAAACAAAAG
* * * *
28556 GTCA-AACGATTTGAAATAGATAATTATTC---TA---AT-AGT-TTT--ACT-ATTC-GAAAAC
1 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGATTCGGTAAAC
* *
28608 ACATTTATTTTTTAAATCTA-TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTT
66 AGATTTATTTTTTAAATC-ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC
* * * * ** * * *
28672 GAATAAGCTTGTCTTATCAAAAACAATTGGTTTATAACAAAATAAAAG
130 AAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * * * **
28720 GTTAGAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCATAATTACTTT-TACTGATTCAATAAA
1 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTA-TTTGAACTGATTCGGTAAA
* ** * * *
28784 CAAATTTATTTTTTAAATCTGTTATTAATTTTAGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCC
65 CAGATTTATTTTTTAAATCACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC
** * * *
28849 ATTTAAGCATGTATTAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAG
130 AAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
** * * * * * * * *
28897 GTCATAACAATTTTAAATGGATAATTGTTCAAACAGTAATGATTATTTGAACTTATTCAGTAAAT
1 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGATTCGGTAAAC
* * * * * ** * * *
28962 AGATTTATTGTTTTAAATCTC-T-TT-CTTATT-AATTTTTAA-ATTTTACTATTAATTTATTCC
66 AGATTTATT-TTTTAAATCACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC
* * * *
29022 AAACAAACTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAG
130 AAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * * * * *
29070 GTTAAAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACCTA--TGAACTGGTTTGGTAAA
1 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA-TTATTTGAACTGATTCGGTAAA
* * * * * *
29133 TAAATATATTTTTTAAATGTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTTGTATTATCTTA
65 CAGATTTATTTTTTAAA--TC--ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
*** * *** *** * *
29198 AACCAATTAAGCTTGTATGAAAAAAAAGTTTTGTTTTATGATATAACAAAAG
126 TTTCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * ** * * * ** **
29250 GTCATAAAGATTTGAAATTGATAATCATTCATATAGTCTTAATTATTTGAACTGGTTCATTAATT
1 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGATTCGGTAAAC
* * ** * * ** *
29315 AGATTAATTTTTTAATTTTCTTGTTTATTAAGTTTTGAAATATTATTAAATTAACATTATTTCAT
66 AGATTTATTTTTTAA--ATC--ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* ** * *
29380 TAT-GAATAAAATAGTATGAA-T-ATAACCAATTGTTTGATGACAAAACAAAAG
127 T-TCAAATAAGCTTGTATGAACTGA-AA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * * * * * * *
29431 GTTATAATGATTTAAAAAAGATAACTATTACAAATAGTCAAAACTATTTGAAATGGTTTGGTAAA
1 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTT-CAAATAGTCATAATTATTTGAACTGATTCGGTAAA
* *
29496 CAGATTTACTTTTTAAATCTTTTACTGATTAATTTTCT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
65 CAGATTTATTTTTTAAATC----ACTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
* * * * * * *
29560 ATTTCAAACAAACTTATATGAA-TAAAAACAATTTTTTTATGACAAAATAAAAA
125 ATTTCAAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * * * * *
29613 GTAATAATGATTTGAAATAGGTAATTGTTTAAATAGTTATAATTATTTAAACTGGTTTGGTAAAT
1 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGATTCGGTAAAC
* * * * *
29678 AGAATTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATAAAATTTTGAAATATTAACAAATTAGTTTTATTTTAT
66 AGATTTATTTTTTAAATCACTTA--T-T-AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * * * * * **
29743 TCCAAGTAAACTTATATGAGCTGAAATAATTGTCTTAAAACAAAACAAAAG
127 TTCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * * ** * ***
29794 GTCATAATGATATGAAATAGATGATTGTTCATATAGTTTTAACTATTTGAACT-AGTTCAACAAA
1 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGA-TTCGGTAAA
* ** * *
29858 CAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATGAATTTTCAAAATATTATTACATTAGTATTATTTTA
65 CAGATTTATTTTTTAAATCACTTA--T-T-AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
** * * * * *
29923 TTTTGAATAAACTTGTGTGAGCAGAAATAATTGTTTTATG-CAAAACAAAAG
126 TTTCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* ** * * *
29974 GTTATAACAATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAATCATAATTATTTAAACT-AGTTCGGTAAA
1 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGA-TTCGGTAAA
* * * * * * *
30038 TAGATTTAATTTTTAAATCAATTACTAATTCTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTT
65 CAGATTTATTTTTTAAATCACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC
* * * * *
30103 AAACAAGTTTGTATG--TTGAAAAACAATTGTTTTATTACAAAACAAAAA
130 AAATAAGCTTGTATGAACTG--AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* *
30151 GT-AT--T-A----ACAAT---T--TTGTTCAAAT-GGCTATAATTATTTGAACTGATTTGGTAA
1 GTCATAATGATTTGA-AATAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAATTATTTGAACTGATTCGGTAA
*** **** * * * * ** * * * ** * *
30202 ATTTATTGATATTCAAAAAATTAATAAGTAACGGATTTAAAAAATGAATTTATTGGCCTGACCAA
64 ACAGATT--TATTTTTTAAATCACTTATTAA--TTTTTGAAATATTAATAAATTAG--T----AT
*** * * * * *** * ** * *
30267 TACAAATAGTTAAAACAA-ATT-TAT-TTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATAGTCAAAATATTAT
119 TA-TTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAA-CAATT-GTT-TT-AT-GACAAAACA--A-
*
30329 TAG
175 AAG
* * * * * * * * ** ***
30332 ATTAGT-ATTATTTTATTATAAATAAGCTTCTGT-GAATAGAAATAATTATTTTATGAAAAAACA
1 GTCA-TAATGATTTGA-AATAGATAA--TTGT-TCAAATAGTCATAATTA--TT-TG--AACTGA
*** * * *
30395 AAAGGTTATAACAAATTGAAATATATAATTGTTCAAA-GAGTTA-TAATTATTT-AAACTGATTC
56 TTCGG-TA-AACAGATT----TAT-T--TT-TT-AAATCACTTATTAATT-TTTGAAA-T-ATT-
* * * ** * * * * * *
30457 GAT-AAGTAATATTATTTT-TTAAATCTCTATAA-ATT-TTTCAAAT-ATTAATAAATTAATTTT
106 AATAAATTAGTATTATTTTATT---TC-AAATAAGCTTGTATGAACTGA--AA-CAATT-GTTTT
*** ** **
30517 AT--TTTATTATGA-
163 ATGACAAAACAAAAG
** * * * ** * *
30529 GT-A-AACTCGGATTTG-GCTGAAATAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTTA--T-AAC-AAT
1 GTCATAA-T--GATTTGAAAT-AGATAATTG-TTCA-AA-TAGTCATAA--TTATTTGAACTGAT
** * * *** * * * * * * * * ** *
30587 TCGAAATAATAAAAAAATTATTCATAT-AGTT-TTAACTATTTGAACTGTTTCAAGAAACAAAT-
57 TCGGTA-AACAGATTTATTTTTTAAATCACTTATTAA-TTTTTGAAAT-ATT-AATAAATTAGTA
* * * * * * *
30649 TTATTTTTTAAATCTTTTAGTTATGAA-TTTTTA-GAA-TGTTATTAATTTAGTATTATTTTATT
118 TTA--TTTT--A--TTTCA--AAT-AAGCTTGTATGAACTG--A--AA--CA--ATTGTTTTATG
* *
30711 TC-AAA-TAAA-
166 ACAAAACAAAAG
* * * * * * * * * *
30720 TTTAT-ATGAATAGAAAGA-ATTATTTTATGACAAA-A-TAAAAAGTTA--T-AAC-AATT---T
1 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGT-T--CAAATAGTCATAA-TTATTTGAACTGATTCGGT
* * * * * * * * ** * *
30774 AAA-ATAAATAATTATTCAAAT-AGTCA-TAACTATTTGTACTTATTCAGTAAA-CAG-ATTTAT
62 AAACA-GATTTATTTTTTAAATCACTTATTAA-TTTTTG-AAATATT-AATAAATTAGTA-TTA-
* * * * * * **
30834 TTTTTGAATCTCATACTAATTCTTGAAATATTAA-T-AAATTAGTACTGTTTTATTTCAAATA-A
121 -TTTT--ATTTCA-AATAA-GCTTG---TATGAACTGAAA-CA--ATTGTTTTATGACAAA-ACA
**
30896 ACTTGTG
174 A---AAG
* * *** * * * * * *
30903 TGTTCAAAAATTA-TTGTTTTATGACACAATG---AAACGTACTAACAATTTTATTTCAAATAGC
1 -G-TC-ATAATGATTTGAAATA-GATA-ATTGTTCAAA--TAGTCATAA--TTATTT--GA-A-C
* ** ** * ** * **
30964 TTGCATGTTGAAAAACA-ATTT-TTTATGACAAAATGAAAGGTAATAACGATTTGAAATA--AAT
53 -TG-AT-TCGGTAAACAGATTTATTT-T--TTAAAT--CACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAAT
* * * * * * *
31025 -AATT-GT-TTAAATATCCATAATT--AATAAAG-TAGTATTATTTTATTTTGGATA-AA--CTT
109 AAATTAGTATT--AT-T--TTATTTCAAAT-AAGCTTGTATGA----A--CT-GAAACAATTGTT
* * *
31081 TTGTGAACTAAAACAATTGTTTTAT
161 TTATG-AC-AAAACAA------AAG
* * ** * * * **
31106 GACAAAACAAAAGTTCAT-AACGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAGCTATTTGAA
1 GTC-ATA-ATGA-TT--TGAA--A---T--AGA--TAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAA
* * * * *
31170 CTTG-TTCAGTAAACATATTTATTTTTCAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTTG-AA-AGTAAT-A
52 CT-GATTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAA--TC--ACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAA
* * * * *
31231 ATTAGTATTATTTTCTTTCAAAT-AGCTTGTATGAACTAAAATAATTATTTTATGACTAAAC-AA
111 ATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA
31294 A-
176 AG
* * * * * * * *
31295 GTCAAAATGATTTGAAATAGACAATTATTCTAATAATCTTAACTATTTGAATTGATTCGGTAAAC
1 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGATTCGGTAAAC
* * * * *
31360 ACATTTATTTTTTAATCTCTTACTTATTAA-TTTTCAAATATTATTAAATTAGTTTTATTTT-TA
66 AGATTTATTTTTTAA-ATC--ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-
** * * * * * *
31423 CCCGAATCAGCTTATATGATCAAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-TAAAG
127 TTCAAATAAGCTTGTATGAAC-TGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * * * * * * * * * *
31474 ATCATAACGATTTGAGATTG-TATTTGTTCAAATAGTCATAACTACTAGAATTGCTTCAGAAAAT
1 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGATTCGGTAAAC
* * * *
31538 AGCTTTAGTTTTTAAATCTCTTATTTAATAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTAT
66 AGATTTATTTTTTAAATCACTTA--T--TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
** * * * * * *
31603 TT-TGATAAGTTTTTATTAATTGAAACAATTGTTTTGTGACAAAATAAAAG
127 TTCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
** * * * * **
31653 GTTCA-AACAATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCAT-ATGTAATTGAAATTG-TTTAGTA
1 G-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAT-TATTTG-AACTGATTCGGTA
* * *
31715 AACAAATTT-TGTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTATT
63 AACAGATTTAT-TTTTTAAA--TC--ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * *
31779 TTA-TTCCAATAAGCTTGTATGAACT-AGAATAATTGTTTTATGACTAAACAAAAG
123 TTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTGA-AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * * * * * ** *
31833 GTTAGAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTCAACT-AGTTTGACAAG
1 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGA-TTCGGTAAA
* * * * *
31897 CATATTCATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTAG-AATATTATTAAATTAGTATCA-TTTA
65 CAGATTTATTTTTTAAA--TC--ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * * ** * *
31960 -ATCAAAT-A-CTTATGTGAAAAGAAACAATTGTTGTATGACAAAA-TAAAG
126 TTTCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * * ** * * * *
32008 ATCATTACGATTTGCGATAGATAATTATTCAAATAGTTATAATTATTTGAACTGGTTCCGTAATA
1 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGATTCGGTAA-A
* * ** * * *
32073 -A-ATTTAGTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTCAAAAATACTAATAAATCAATATTATTTTATTT
65 CAGATTTATTTTTTAAATCACTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * *
32136 -GAATAA-TTCTGTATGTA-TAGAAACAATTGTTTTCCT-ACAAAACAAAAG
129 CAAATAAGCT-TGTATGAACT-GAAACAATTGTTTT-ATGACAAAACAAAAG
* * * * ** *
32184 GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-GAACATGACTATTTGAACTTCTTTGGTAAA
1 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAATTATTTGAACTGATTCGGTAAA
* * *** * * *
32248 CAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTGCAAAATCTTAATAAAATAGAATTATTTTA
65 CAGATTTATTTTTTAAA--T-C-ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
** * * * * * *
32313 TTT-TGATAAGTTTTTATTAATTGAAACAATTGTTTTGTGACAAAATAAAAG
126 TTTCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
** * * * * **
32364 GTTCA-AACAATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCAT-ATGTAATTGAAATTG-TTTAGTA
1 G-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAT-TATTTG-AACTGATTCGGTA
* * *
32426 AACAAATTT-TGTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTATT
63 AACAGATTTAT-TTTTTAAA--TC--ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * *
32490 TTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACT-AGAATAATTGTTTTATGACTAAACAAAAG
123 TTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTGA-AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * * * * ** *
32545 GTTAGAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACT-AGTTTGACAAG
1 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGA-TTCGGTAAA
* * * *
32609 CATATTCATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTT-AGAATATTATTAAATTAGTATCATTTT
65 CAGATTTATTTTTTAAA--TC--ACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTT
* * * ** * *
32673 A-ATCAAAT-A-CTTATGTGAAAAGAAACAATTGTTGTATGACAAAA-TAAAG
125 ATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * * ** * * * * *
32722 ATCATTACGATTTGTGATAGATAATTATTCAAATAGTTATAATTATTTGAACTGGTTCCGTAAAT
1 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGATTCGGTAAAC
* * * ** * * * **
32787 AAATTTAGTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTCAAAATACTAATAAATCAATATTATTTTATTTTG
66 AGATTTATTTTTTAAATCACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCA
* * *
32852 AATAA-TTCTGTATGTA-TAGAAACAATTGTTTTCCT-ACAAAACAAAAG
131 AATAAGCT-TGTATGAACT-GAAACAATTGTTTT-ATGACAAAACAAAAG
* * * * ** *
32899 GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-GAACATGACTATTTGAACTTCTTTGGTAAA
1 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAATTATTTGAACTGATTCGGTAAA
* * *** * * *
32963 CAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTGCAAAATCTTAATAAAATAGAATTATTTTA
65 CAGATTTATTTTTTAAA--T-C-ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
*
33028 TTTCAAATAAACTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
126 TTTCAAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * * * * * * * *
33080 ATCACGACTG-TTTGAAATAAAAAATTGCTT-AAACAGTCATAACTATTTGAGCTTACTCAGTAA
1 GTCA-TAATGATTTGAAATAGATAATTG-TTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGATTCGGTAA
** *
33143 ATGGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTACTATTTT
64 ACAGATTTATTTTTTAAATC----ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
* * *
33208 ATTTCGAATAAGCTTGTATCG-A-TAGAAGCAATTG-GTTA--ACACAAAC-AAAG
125 ATTTCAAATAAGCTTGTAT-GAACT-GAAACAATTGTTTTATGACA-AAACAAAAG
* * * * * *
33258 GTCATAACT-ATTTGAAATAGATTATTGTTTAAATAGTTAAAACTATTTGAA-TG--T-GTTGAA
1 GTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGATTCGGT-AA
* * * * * * * *
33318 AAAAAATTAATTTTTAAATTTTACTTATTAAATTTTGGAATATTAATAAATT--TAATTATTTAA
64 ACAGATTTATTTTTTAAA--TCACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGT-ATTATTTTA
** ** *
33381 TTTGGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATT-ATTTATGAC-AAAC-AAAG
126 TTTCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* ** * * *
33430 GTTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTC-AATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCAGTAAA
1 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAAC-TGATTCGGTAAA
* ** *
33493 CAGATTCATTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATGA-TATTT
65 CAGATTTA-TTTTTTAAA--TC--ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGT-ATTATTT
* * * * * * * * * *
33557 GATTCCGAATAAGCCTATATGAATTGATACAAGTGTTTTATGACACAATAAAAG
124 TATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * * * * * *
33611 GTTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATGACTCTTTAAACTTG-TTTGGTAAA
1 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAAC-TGATTCGGTAAA
* * * * * *
33675 TATATTTA-TTTTAAAATCTTTTACTTATTAACTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA
65 CAGATTTATTTTTTAAATC----ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * * *** * * * *
33739 ATCCAAATAGGCTTGTATGAAGAAAAACAATTGTGTCATGACAAAATAAAAA
126 TTTCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * * *
33791 GTCTTAATGATTTGAAATA-ACTAATTATTCAAATAGATCATAACTATTTGAACTTATTTGATAA
1 GTCATAATGATTTGAAATAGA-TAATTGTTCAAATAG-TCATAATTATTTGAACTGATTCGGTAA
* * *
33855 ACAAATTT-TTTTTTAAATCTTTTTCTTATT-ATGTGTCT-AAATATTAATAAATT--TATGTAA
64 ACAGATTTATTTTTTAAATC----ACTTATTAAT-T-TTTGAAATATTAATAAATTAGTAT-T-A
* * * **
33915 TTTTCTTTGAAATAAGCTTTTATGAA-TAGAATA-TTTTGTTTTATGACAAAACAAAAG
121 TTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACT-GAA-ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* ** * * * **
33972 GTTATAGCGATTTAAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAATTATTTGTACTTG-TTCAATAAA
1 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAAC-TGATTCGGTAAA
* * * * * * * **
34036 TAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTGATTTTCAGAATATTAATAAAATAGAATTACGTTA
65 CAGATTTATTTTTTAAATCACTTA-TTAAT--TTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * * * **
34101 -TTCAAATAAGCTTATACGAA-TAGAAACAATTATTTTGTGATGAAACAAAAG
126 TTTCAAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * **
34152 GTCATTATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGCACT-AGTCAGGCCAA
1 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGATTC-GGTAAA
* * * * * * * *
34216 TAGTTTTCATTCTTTACATTTGTTACTTATT-AGTTTTGAAAATATTAATAAATTAGCATTACTT
65 CAGATTT-ATTTTTTA-A---ATCACTTATTAATTTTTG-AAATATTAATAAATTAGTATTATTT
* * * * * *
34280 TATTCCAAATTAGAC-TATATGAACAG-AATAATTGTTTTATGACAAAACAAATG
124 TATTTCAAATAAG-CTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * * * * * **
34333 GTCGTAATGATTTGAAATAAATGACTGTTCAAATAGTTATAACTAATTGAAC-AAGTTTAGTAAA
1 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGA-TTCGGTAAA
* * ** *
34397 CATATTTA--TTTTAAATTTCTTACTTCTTAATTTTCAAAAATATTAATAAATTATTATTATTTT
65 CAGATTTATTTTTTAAA--TC--ACTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
* * * * * * *
34460 ATTCCAAACAAACTTATATGAAC-AAAACATTTGTTTTATGACTAAACAAAAG
125 ATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * * *
34512 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCATAATTGTTTGAACTGGTTAGGCAAAC
1 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGATTCGGTAAAC
* * * * * * * *
34577 ATAATTGTTTCTTAAATCTCTTATTAAGTTTTGAAATATTAATAAATTTGTTTTATTTTA-TTCT
66 AGATTTATTTTTTAAATCACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-
* * ** * * * ** *
34641 GAATATGCTACTAAGAACTAAAAAAATTGTTTTATTTC-AAA-TAAA-
130 AAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* ** * * * ** * * ** * *
34686 CTTGT-ATGAATAGAAACA-ATTGTTTTGTGACAAAACAAAAGATCACGACTATTTGAAATAAAA
1 GTCATAATGATTTGAAATAGA-T-AATTGT-TC---A-AATAG-TCATAATTATTTGAACT----
* * * * * * * ** * *
34749 AATT-GCTCAAACAGTCATAACTATCTGAGCTTACTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATATT-
54 GATTCGGT-AAACAG--AT--TTAT-T----TT-TTAAAT-CACTTATTAATTTTTGAAATATTA
* * * ** * * * ** * *
34812 -TTACTTATGAATT-TTTGGAATATTAAT-AAATTAATATTATTTTATTTCG-AATAA--GCTTC
107 ATAAATTA-GTATTATTT----TATT--TCAAA-TAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTG-TTT
* **
34871 TATGGCTAGAAACAATTG
162 TATGAC-A-AAACAAAAG
* * * * * * * * * *
34889 GTTTACCACAAAACAAAAGGTCATCACTATTTGAAATAGATGGTTGTTCAAATAGTTAAAACTAT
1 G--T----C---A-TAATGAT-TTGA--A-AT-AGATA-A---TTGTTCAAATAGTCATAATTAT
* * * ** * * *
34954 TTGAA-TGTGTTC-G-AAA-AAAATTAAGTTTTAAATTTTTACTTATTAAATTTTGGAATATTAA
47 TTGAACTG-ATTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAA---TCACTTATTAATTTTTGAAATATTAA
*
35015 TAAATT--TAATTATTTTA-TTCAGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGACAA
108 TAAATTAGT-ATTATTTTATTTCA-AATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGACAA
35076 AACAAAAG
170 AACAAAAG
** * * * *
35084 GTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAGTAAAC
1 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGATTCGGTAAAC
* * ** *
35149 AGATTCATTTTTTTTAAATCTCTTCCTCATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATGA-TATTT
66 AGATT--TATTTTTTAAATCAC-T--T-ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGT-ATTATTT
** * * * * *
35213 TATTTCGGATAAGCCTATATGAATTGATACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAG
124 TATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
** *
35267 GTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATCTATTTCAAATCGTTATGACTCTTT
1 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG---TC-A--T--AA----T-T-A---TTT
* * * * * *
35332 AAACTTG-TTCGGTAAATATATTTA-TTTTAAAATCTTTTACTTATTAACTTTTAAAATATTAAT
49 GAAC-TGATTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATC----ACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT
* * *** * **
35395 AAATTTA-TATTATTTTA-ATCAAAATAGGCTTGTATGAAGAAAAACAATTGTGTCCTGACAAAA
109 AAA-TTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAA
* *
35458 TAAAAA
172 CAAAAG
* * * * *
35464 GTCTTAATGATTTGAAATA-ACTAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGAT-AA
1 GTCATAATGATTTGAAATAGA-TAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGATTCGGTAAA
*
35527 -A-ATTT-TTTTTTAAAAATCTTTTACTTATT-ATGTGTCT-AAATATTAATAAATT--TATGTA
65 CAGATTTATTTTTT--AAATC----ACTTATTAAT-T-TTTGAAATATTAATAAATTAGTAT-T-
* * ** *
35585 ATTTTATTTGAAATAAGCTTTTATGAA-TAGAATA-TTTTGTTTTATGACCAAACAAAAG
120 ATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACT-GAA-ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* ** * **
35643 GTTATAGCGA-TTGAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGTACTTG-TTCAATAA
1 GTCATAATGATTTG-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAAC-TGATTCGGTAA
* * * * * * * *
35706 ATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTGATTTTCAGAATATTAATAAAAATAGAATTACTT
64 ACAGATTTATTTTTTAAATCACTTA-TTAAT--TTTTGA-AATATTAAT-AAATTAGTATTATTT
* * * * * *
35771 TA-TTCAAATAAGCTTATA-CAAATAGAAACAATTATTTTGTGATAAAACAAAAG
124 TATTTCAAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * **
35824 GTCATTATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGCACT-AGTTAGGCCAA
1 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGA-TTCGGTAAA
* * * * * *
35888 TAG-TTTCATTCTTTAAATTTGTTACTTATT-AGTTTTGAAAATATTAATAAATTAGCATTACTT
65 CAGATTT-ATTTTTTAAA----TCACTTATTAATTTTTG-AAATATTAATAAATTAGTATTATTT
* * * * * *
35951 TATTCCAAATTAGAC-TATATGAACAG-AATAATTGTTTTATGACAAAACAAATG
124 TATTTCAAATAAG-CTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
** * * * * * **
36004 GTTGTAATGATTTGAAATAAATGATTGTTCAAATAGTTATAACTAATTGAACTG-TTTAGTAAAC
1 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGATTCGGTAAAC
* * ** *
36068 ATATTTA-TTTTTAAATTTCTTACTTCTTAATTTTCAAAATATTAATAAATTATTATTATTTTAT
66 AGATTTATTTTTTAAA--TC--ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * * ** * *
36132 TCCAAACAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTATGACTAAACAAAAAG
127 TTCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAG
* * * * * * *
36184 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAACAATCATAATTGTTTGAACTGGTTAGGCAAAC
1 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGATTCGGTAAAC
* * * * * *
36249 ATAATTGTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAGTTTTGAAATATTAATAAATTTGTTTTATTTTA-
66 AGATTTATTTTTTAAA--TC--ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * ** * * * *
36313 TTCTGAATATGCTACTAAGAACTAAAAAAATTGTTTTACGACAAAACAAAAG
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* ** * ** * ** * *
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1 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGA-TTCGGTAAA
* * * * * **
36427 CAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTCATAATATTATTGCATTAGTATTATTTTA
65 CAGATTTATTTTTTAAATCACTTA-TTA--ATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
** * * * * * *
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126 TTTCAAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * ** * * * **
36544 GTTATTACAATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATTACTATTTGAACT-AGTTTAGTAAA
1 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGA-TTCGGTAAA
* * * *
36608 TAGATTAACTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTCAA-AAATTAATATTATTTT
65 CAGATTTATTTTTTAAA--TC--ACTTATTAATTTTTGAAATATT-AATAAATTAGTATTATTTT
** * * * * * *
36672 ATTTTGAAGAGGCTTGTATG-A-TGAAAAATAATTGTTTTACGATAAAAGAAAAG
125 ATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTG--AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * * * * *
36725 TTCATAACGATTGGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAACTAATTTGATAAAC
1 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGATTCGGTAAAC
* * * * * *
36790 TGATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATCAATTATTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTAAT
66 AGATTTATTTTTTAAA--TC--ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
** * * * * * * * * *
36855 TTTGAATAAACTTTTAT-ATATTGAAATAGTTATTTTATGATAAAAAAAAAT
127 TTCAAATAAGCTTGTATGA-ACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* ** * * * * ** *
36906 ATCATAACAATTTAAAATAGATAATTGTTCAAACAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAATAAAT
1 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGATTCGGTAAAC
** * * * *
36971 A-A-TT-TTTTAAAAATTTCTTACTTATTAATTTTTTAAATTTTAATAAATTAGTATTCTTATAT
66 AGATTTATTTTTTAAA--TC--ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * * * *
37033 TTCGAATAAG-TATGTATGAATTGAAACAATTATTTTTTTACTAAACAAAAG
127 TTCAAATAAGCT-TGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * ** * ** * * * * * * * *** *
37084 ATCAAAACAATTTGGAATAGATAATCATTCTAACAGTCTTAACTATTTAAATTGGTTCAAAAAAT
1 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGATTCGGTAAAC
* * ** * * *
37149 ACATTTA-TTTCTAAATC-CTTATTAATTTTCAAAATAGTAATAAATTGGTGTTATTTTA-TTCT
66 AGATTTATTTTTTAAATCACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-
** * *
37211 AAATAATTTTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAT
130 AAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* ** * * * * *
37259 GTCATAACGATTTGAAATTA-ATAACAGTCCAAATGGACATGACTATTTGAACTTG-TTCGGTAA
1 GTCATAATGATTTGAAA-TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAAC-TGATTCGGTAA
* * *
37322 ACAGATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTTAAAATAATAATAAATTAGTGTTATTTT
64 ACAGATTTATTTTTTAAA--TC--ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
* * * * * * *
37387 ATTCCAAATAAACTTGTATGAA-TAAAAATAACTATTTTATGACAAAATAAAAG
125 ATTTCAAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * * * * *
37440 ATCATAACGATTTGAAATATATAACTATTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTGCTT-GGTAAA
1 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAAC-TGATTCGGTAAA
* * *
37504 TAGATTTATTATTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
65 CAGATTTATTTTTTAAATC----ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * * **
37569 TTCCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAATT
126 TTTCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
** * * * * *
37621 GTCATAACAATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACGTG-TTCAGAAAA
1 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAAC-TGATTCGGTAAA
* ** * *
37685 CATATTTATTTTTTAAATTTTTTCTTATTAA-TTTTGGAATTTTAATAAATTTA-TATTATTTTA
65 CAGATTTATTTTTTAAA---TCACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTA
* * * * *
37748 -TTCTAAATAAGCTTGCATGAAC-AAAACCAATTATTTTATGATAAAACAAATG
126 TTTC-AAATAAGCTTGTATGAACTGAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * * * * * *
37800 GTCATAATGTTTTAAAATAGATAATTATTTAGATAGTCATAACTAATTGAACTTG-TTTGGCAAA
1 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAAC-TGATTCGGTAAA
* * * * * * * *
37864 GAAATTCATTTTTTTAATTCTCTCACTCATTAATTTTT-AGTATGTTAATAAATTAGAATTATTT
65 CAGATTTA-TTTTTTAA----ATCACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTT
* * *
37928 TATTTCAAATAAGCTTATATTAACTGAAACAATTGTTTTAT-ACAAAACAGAAG
124 TATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * *
37981 GTCACAATGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATGATTATTTGAACTTG-TTCGGTAAA
1 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAAC-TGATTCGGTAAA
* * * ** *
38045 C--ATAT-TTTTTTAAGTCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA
65 CAGATTTATTTTTTAAATC----ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * * ** * *
38107 ATCCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATT-TTTTATAACAAAACAAAAA
126 TTTCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
38158 GTCATAA
1 GTCATAA
38165 CAATTTTGTT
Statistics
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GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGATTCGGTAAAC
AGATTTATTTTTTAAATCACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCA
AATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
Found at i:27902 original size:15 final size:16
Alignment explanation
Indices: 27864--27900 Score: 58
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1 TTCAAATAGGTAATTA
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Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (16 bp):
TTCAAATAGGTAATTA
Found at i:28277 original size:176 final size:179
Alignment explanation
Indices: 27901--28580 Score: 693
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27891 ATTAGTTCAA
* *
27901 TAAACATATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
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* * *** * * *
27966 TTTATTCCAAATAGGTTTGTATGATGAAAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGTTCATAATG
64 TTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACG
** * ** * * *
28031 ATTTGAAATAGATAATCATTGAAATGGCCAGAATTATTTGAATCGATTCGG
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* * * * * *
28082 TGAACAAATTCACTTTTTAAA-TC-ACTTATTAATTTTAGGAATATT-ATAAACTATTATTATTT
1 TAAACAAATTTATTTTTTAAACTCTACTTATTAATTTTAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTT
* * * * *
28144 TATTTCAAATAAGCTTGTAAGAACTAAAACAATTATATTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGAT
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* *
28209 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATTACCAAAATTATTTTAATTGATTTAG
131 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATTACCAAAATTATTTGAATTGATTTGG
* *
28258 TAAAAAAATTTATTTTTTAAA-TCT-CTTATTAATTTTAGAAATATTAATAGATTAGTATTATTT
1 TAAACAAATTTATTTTTTAAACTCTACTTATTAATTTTAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTT
* * *
28321 TATTCCATATAAGCTTGTATTAACTAAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAATGAT
66 TATTCCAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACGAT
* * * * ** *
28386 TTTAAATA-AGTAATTGTTCAAA-TATTCATAACTAGATGAGCTT-ATTTGG
131 TTGAAATAGA-TAATTGTTCAAATTA-CCAAAATTATTTGA-ATTGATTTGG
* * * * * *
28435 CAAACAAATTTATTTTTTCAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATATATTAGGATT
1 TAAACAAATTTATTTTTT-AAA-CTC-TACTTATTAA-TTTTAGAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * *
28499 ATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGATA-TGAAACAAATATTTTATGACTAAAAC--AAGGTCA-
62 ATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGA-ACTAAAACAATTATTTTATAAC-AAAACAAAAGGTCAT
28560 AACGATTTGAAATAGATAATT
125 AACGATTTGAAATAGATAATT
28581 ATTCTAATAG
Statistics
Matches: 415, Mismatches: 70, Indels: 29
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (179 bp):
TAAACAAATTTATTTTTTAAACTCTACTTATTAATTTTAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTT
TATTCCAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACGAT
TTGAAATAGATAATTGTTCAAATTACCAAAATTATTTGAATTGATTTGG
Found at i:28679 original size:522 final size:522
Alignment explanation
Indices: 27020--30163 Score: 1928
Period size: 522 Copynumber: 5.9 Consensus size: 522
27010 CTAGCTTGGC
* * *
27020 AAACAGAATT-ATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAATTTA-TTTTATTTTA
1 AAACA-AATTCATTTTTTAAATCACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
** * * * * * *
27083 TTTTGAATAAG-TTACTAAGAACTGAAA-AATTGTTCTA-CAACAAACCAAAGGTTCATACCAAT
65 TTTCAAATAAGCTT-GTAAGAACTAAAACAATTGTT-TATGAA-AAACAAAAGG-TCATAACGA-
* * * * ** * * *
27145 TTTGAAATA-AGAATTATTCATATAAACTTAACTATTTGAACTGGTTTAGCAAACAAATTTATTT
125 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAACCAAAATTATTTGAACTGATTCAGCAAACAAATTTA-TT
* * ** *
27209 TTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTAG-AATATTATTACATTGGTATTATTTTATTCTGAATA
189 TTTTAAATCTC----TTATTAA-TTTTAGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTC-CAATA
* * * * * * * * *
27273 AACTTGTGTGAA-TAGAAATAATT-GTTT-TGACATAACAAAAGGTTATAATAATTTGAAATATA
248 AACATGTATGAACTA-AAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATA-A
* ** *
27335 -TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATGGTTTGGTAAACATACTTT-TTTTTAAAATCT
311 GTAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAACATA-TTTATTTTTTAAATCT
* * * * * * *
27398 TTTACATATTAATTTTTGAAATAATAGTAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGAATGA
375 CTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGA
* * * *
27463 T-TAAAAGCATTTGTTATATGACCAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTGAA
440 TATAAAA-CAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAA---TT---
* * *
27527 ATGGCCCTAAT-TTTTTGAAATGATTCGGT
498 AT---TCTAATAGTTTT-AACT-ATTCGGT
* *
27556 AAACAGATTCATTTTTTAAATCACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTGTATTATTTTAT
1 AAACAAATTCATTTTTTAAATCACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * * * *
27621 TTCAAATAAGCTTATATGAACTGAAACGATTGTTTTATGAGAAAACAAAAGGTCAAAATGATTTG
66 TTCAAATAAGCTTGTAAGAACTAAAACAATTG-TTTATGA-AAAACAAAAGGTCATAACGATTTG
* ** * * * *
27686 AAATAGATAATTGTTCATATAATCTTAAA-TGTTTGAACT-ACTTCGGCAAATAGATTTATTTAT
129 AAATAGATAATTGTTCAAATAA-CCAAAATTATTTGAACTGA-TTCAGCAAACAAATTTATTT-T
* * *
27749 TTAAATATCTTAGTTATTAATTTT-GAAATATTATTAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAAC
191 TT-AA-ATC-T-CTTATTAATTTTAGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TTCCAATAAAC
* * * ** * * * * * * * *
27813 ATATGTGAACTGAAACAATTATTTTATAGTAGAATAAAAGATTATGACGATTTCAAATAGGTAAT
251 ATGTATGAACTAAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAAGTAAT
* * * * * *
27878 TATTCAAATAG---GAATTAGTT---C--A----ATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCCTACT
316 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACT
* *
27931 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAGGTTTGTATGATGA-AA
381 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAT-ATAA
* * * * * * **
27995 AACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATCATTGAAATGGCC
445 AACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCTAAT----
*
28060 AGAATTATTTGAATCGATTCGGT
506 AG---T-TTT-AA-CTATTCGGT
* * * * * *
28083 GAACAAATTCACTTTTTAAATCACTTATTAATTTTAGGAATATT-ATAAACTATTATTATTTTAT
1 AAACAAATTCATTTTTTAAATCACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
*
28147 TTCAAATAAGCTTGTAAGAACTAAAACAATTATATTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTG
66 TTCAAATAAGCTTGTAAGAACTAAAACAATTGT-TTATGA-AAAACAAAAGGTCATAACGATTTG
* * * * * *
28212 AAATAGATAATTGTTCAAATTACCAAAATTATTTTAATTGATTTAGTAAAAAAATTTATTTTTTA
129 AAATAGATAATTGTTCAAATAACCAAAATTATTTGAACTGATTCAGCAAACAAATTTATTTTTTA
* * * * *
28277 AATCTCTTATTAATTTTAGAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTCCATATAAGCTTGTATT
194 AATCTCTTATTAATTTTAGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCA-ATAAACATGTATG
**
28342 AACTAAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAAGTAATTGTTCAA
258 AACTAAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAAGTAATTGTTCAA
* ** * * * *
28407 ATATTCATAACTAGATGAGCTTATTTGGCAAACAAATTTATTTTTTCAAATCTCTTGCTTATTAA
323 ATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAACATATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAA
* * * * * *
28472 TTTTTTG-AATGTTAATATATTAGGATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGATATGAAACAAA
387 -TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGATATAAAACAAT
* * *
28536 TATTTTATGACTAAA-ACAAGGTCA-AACGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTTTT-ACT
451 TGTTTTATGACTAAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTTTTAACT
*
28598 ATTC-GA
516 ATTCGGT
* *
28604 AAACACATTTATTTTTTAAATCTA-TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
1 AAACAAATTCATTTTTTAAATC-ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
** *** * * * * * *
28668 TTTTGAATAAGCTTGTCTTATCAAAAACAATTGGTTTATAACAAAATAAAAGGTTAGAACGATTT
65 TTTCAAATAAGCTTGTAAGAACTAAAACAATT-GTTTATGA-AAAACAAAAGGTCATAACGATTT
** * * **
28733 GAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCATAATTACTTT-TACTGATTCAATAAACAAATTTATTTTT
128 GAAATAGATAATTGTTCAAATAACCAAAATTA-TTTGAACTGATTCAGCAAACAAATTTATTTTT
* * *
28797 TAAATCTGTTATTAATTTTAGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCATTTAAGCATGTA
192 TAAATCTCTTATTAATTTTAGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCA-ATAAACATGTA
* * * *
28862 TTAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAAT-GGATAATTGTT
256 TGAACTAAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAAG-TAATTGTT
* * * * ** * * *
28926 CAAACAGTAATGATTATTTGAACTTATTCAGTAAATAGATTTATTGTTTTAAATCTCTTTCTTAT
320 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAACATATTTATT-TTTTAAATCTCTTACTTAT
* * * *
28991 TAATTTTT--AA-A-T--T---TTACTATTAATTTATTCCAAACAAACTTGTATGA-ACTAAAAC
384 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGATA-TAAAAC
*
29046 AATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTTAA-AACGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTT
448 AATTGTTTTATGACTAAACAAAAGG-TAATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAG--TT
* *
29110 AACCTATGAACTGGTTTGGT
510 ----T-T-AACT-ATTCGGT
* * *
29130 AAATAAATAT-ATTTTTTAAATGTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTTGTATTAT
1 AAACAAAT-TCATTTTTTAAA--TC--ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* *** * * ** *** * *
29194 CTTAAACCAATTAAGCTTGTATGAAAAAAAAGTTTTGTTTTATGATATAACAAAAGGTCATAAAG
61 TTTATTTCAAATAAGCTTGTAAGAACTAAAACAATTG-TTTATGA-AAAACAAAAGGTCATAACG
* ** * ** ** * ** ** * *
29259 ATTTGAAATTGATAATCATTCATATAGTCTTAATTATTTGAACTGGTTCATTAATTAGATTAATT
124 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAACCAAAATTATTTGAACTGATTCAGCAAACAAATTTATT
* * * * * **
29324 TTTTAATTTTCTTGTTTATTAAGTTTT-GAAATATTATTAAATTAACATTATTTCATTATGAATA
189 TTTTAA--ATC-T-CTTATTAA-TTTTAGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATT-CCAATA
* * * * * ** *
29388 AA-ATAGTATGAA-TATAACCAATTGTTTGATGACAAAACAAAAGGTTATAATGA-TTTAAAAAA
248 AACAT-GTATGAACTA-AAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAA
* * * * ** * *
29450 GATAACTATTACAAATAGTCAAAACTATTTGAAATGGTTTGGTAAACAGATTTACTTTTTAAATC
311 G-TAATTGTT-CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATC
* * * * * *
29515 TTTTACTGATTAATTTTCT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAACAAACTTATAT
374 TCTTACTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTAT
* * * * * * *
29579 GA-ATAAAAACAATTTTTTTATGACAAAATAAAAAGTAATAATGATTTGAAATAGGTAATTGTT-
438 GATAT-AAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTATTC
* *
29642 TAAATAGTTATAATTATTTAAACTGGTTTGGT
502 T-AATAG-------T-TTT-AACT-ATTCGGT
* * * * *
29674 AAATAGAATT-ATTTTTTAAATCTCTTAGTTATAAAATTTTGAAATATTAACAAATTAGTTTTAT
1 AAACA-AATTCATTTTTTAAATCACTTA--T-T-AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * * * * ** *
29738 TTTATTCCAAGTAAACTTATATGAGCTGAAATAATTGTCTTAAAACAAAACAAAAGGTCATAATG
61 TTTATTTCAAATAAGCTTGTAAGAACTAAAACAATTGT-TTATGA-AAAACAAAAGGTCATAACG
* * * ***** * * *
29803 ATATGAAATAGATGATTGTTCATATAGTTTTAACTATTTGAACT-AGTTCAACAAACAGATTTAT
124 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAACCAAAATTATTTGAACTGA-TTCAGCAAACAAATTTAT
* * * **
29867 TTTTTAAATCTCTTAGTTATGAATTTTCA-AAATATTATTACATTAGTATTATTTTATTTTGAAT
188 TTTTTAAATCTCTTA--T-T-AATTTT-AGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TTCCAAT
* * * * * * * *
29931 AAACTTGTGTGAGC-AGAAATAATTGTTTTAT-GCAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAAT-A
247 AAACATGTATGAACTA-AAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAA
* * * * * * * *
29993 GATAATAGTTCAAATAATCATAATTATTTAAAC-TAGTTCGGTAAATAGATTTAATTTTTAAA--
311 G-TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTA-TTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATC
* * * * ** * *
30055 TC--AATTACTAATTCTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAACAAGTTTGTATG
374 TCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATG
* * * * * *
30118 TTGA-AAAACAATTGTTTTATTACAAAACAAAAAGTATTAACAATTT
439 AT-ATAAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTAATAACGATTT
30164 TGTTCAAATG
Statistics
Matches: 2081, Mismatches: 397, Indels: 258
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
512 1 0.00
513 49 0.02
514 5 0.00
515 32 0.02
516 1 0.00
517 2 0.00
518 4 0.00
520 2 0.00
521 61 0.03
522 382 0.18
523 12 0.01
524 6 0.00
525 19 0.01
526 136 0.07
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528 7 0.00
529 8 0.00
530 130 0.06
532 2 0.00
533 35 0.02
534 130 0.06
535 117 0.06
536 60 0.03
537 92 0.04
538 154 0.07
539 54 0.03
540 14 0.01
541 2 0.00
542 52 0.02
543 118 0.06
544 213 0.10
545 7 0.00
548 1 0.00
549 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (522 bp):
AAACAAATTCATTTTTTAAATCACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
TTCAAATAAGCTTGTAAGAACTAAAACAATTGTTTATGAAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAA
ATAGATAATTGTTCAAATAACCAAAATTATTTGAACTGATTCAGCAAACAAATTTATTTTTTAAA
TCTCTTATTAATTTTAGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAATAAACATGTATGAAC
TAAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAAGTAATTGTTCAAATA
GTCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGATATAAAACAATTGTTT
TATGACTAAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTTTTAACTATTCG
GT
Found at i:29668 original size:363 final size:361
Alignment explanation
Indices: 29032--29722 Score: 768
Period size: 363 Copynumber: 1.9 Consensus size: 361
29022 AAACAAACTT
* * * * * *
29032 GTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTTAAAACGATTTGAAATAGATAATTG
1 GTATGAACTAAAACAATTGTTTGATGACAAAACAAAAGGTTAAAACGATTTAAAAAAGATAACTA
* * * * * * * *
29097 TTCTAATAGTCTTAACCTATGAACTGGTTTGGTAAATAAATATATTTTTTAAATGTCTTACTTAT
66 TTCAAATAGTCTAAAACTATGAAATGGTTTGGTAAACAAATATACTTTTTAAATCTCTTACTGAT
* * ** * * *
29162 TAATTTTTGAAATATTATTAAATTTGTATTATCTTAAACCAATTAAGCTTGTATGAAAAAAAAGT
131 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATCTTAAACCAAACAAACTTATATGAAAAAAAAGA
* * * * * *
29227 TTTGTTTTATGATATAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATTGATAATCATTCATATAGTCTTAA
196 TTTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAAAGATTTGAAATAGATAATCATTCAAATAGTCTTAA
* * * * * * *
29292 TTATTTGAACTGGTTCATTAATTAG-ATTAATTTTTTAATTTTCTT-GTTTATTAAGTTTTGAAA
261 TTATTTAAACTGGTTCAGTAAATAGAATT-ATTTTTTAAATCTCTTAG-TTATAAAATTTTGAAA
29355 TATTATTAAATTAACATTATTTCATTATGAATAAAATA
324 TATTATTAAATTAACATTATTTCATTATGAATAAAATA
* * *
29393 GTATGAA-TATAACCAATTGTTTGATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTAAAAAAGATAACT
1 GTATGAACTA-AAACAATTGTTTGATGACAAAACAAAAGGTTAAAACGATTTAAAAAAGATAACT
* * *
29457 ATTACAAATAGTC-AAAACTATTTGAAATGGTTTGGTAAACAGATTTACTTTTTAAATCTTTTAC
65 ATT-CAAATAGTCTAAAACTA--TGAAATGGTTTGGTAAACAAATATACTTTTTAAATCTCTTAC
* ***
29521 TGATTAATTTTCT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAACAAACTTATATGAATAA
127 TGATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATCTTAAACCAAACAAACTTATATGAA-AA
* * * ** *
29585 AAACA-ATTT-TTTTATGACAAAATAAAAAGTAATAATGATTTGAAATAGGTAATTGTTTAAATA
190 AAA-AGATTTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAAAGATTTGAAATAGATAATCATTCAAATA
**
29648 GT-TATAATTATTTAAACTGGTTTGGTAAATAGAATTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATAAAATT
254 GTCT-TAATTATTTAAACTGGTTCAGTAAATAGAATTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATAAAATT
29712 TTGAAATATTA
318 TTGAAATATTA
29723 ACAAATTAGT
Statistics
Matches: 268, Mismatches: 52, Indels: 18
0.79 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
360 2 0.01
361 60 0.22
362 9 0.03
363 183 0.68
364 13 0.05
365 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.07, G:0.11, T:0.42
Consensus pattern (361 bp):
GTATGAACTAAAACAATTGTTTGATGACAAAACAAAAGGTTAAAACGATTTAAAAAAGATAACTA
TTCAAATAGTCTAAAACTATGAAATGGTTTGGTAAACAAATATACTTTTTAAATCTCTTACTGAT
TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATCTTAAACCAAACAAACTTATATGAAAAAAAAGA
TTTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAAAGATTTGAAATAGATAATCATTCAAATAGTCTTAA
TTATTTAAACTGGTTCAGTAAATAGAATTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATAAAATTTTGAAATA
TTATTAAATTAACATTATTTCATTATGAATAAAATA
Found at i:30789 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 30279--38170 Score: 3932
Period size: 181 Copynumber: 43.7 Consensus size: 181
30269 CAAATAGTTA
* ** * * * *
30279 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATAGTCAAAATATTATTAGATTAGTATTATT
1 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * * * *
30344 TTATTAT-AAATAAGCTTCTGTGAATAGAAATAATTATTTTATGAAAAAACAAAAGGTTATAACA
66 TTATT-TCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTTATAACG
* * * * * * *
30408 AATTGAAATATATAATTGTTCAAAGAGTTATAATTATTTAAACTGATTC-G-
130 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTTCAGT
** * *
30458 ATAAGTAATATTATTTTTTAAATCTC-TA--TA--AATTTTTCA-AATATTAATAAATTAATTTT
1 A-AACAAAT-TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * * ** * * *
30517 ATTTTATTAT-GAGTAAACTCGGATTTGGCT-GAAATAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTTA
63 ATTTTATT-TCAAATAAGCT-TG-TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTTA
* * * * **
30580 TAACAATTCGAAATA-ATAAAAAAATTATTCATATAGTTTTAACTATTTGAACTGTTTCAAG-
125 TAACGATTTGAAATAGAT-----AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTTC-AGT
* * * * * *
30641 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTAGTTATGAATTTTTAGAATGTTATTAATTTAGTATTATT
1 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATT
** * * * * *
30706 TTATTTCAAATAAATTTATATGAATAGAAAGAATTATTTTATGACAAAATAAAAAGTTATAACAA
66 TTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTTATAACGA
* * * *
30771 TTTAAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGTACT-TATTCAGT
131 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGT-TTCAGT
* * * * * *
30822 AAACAGATTTATTTTTTGAATCTC--A--TACTAATTCTT-GAAATATTAATAAATTAGTACTGT
1 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * ** * * *
30882 TTTATTTCAAATAAACTTGTGTG-TTCAAAAATTATTGTTTTATGACACAATGAAACG-TACTAA
65 TTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTTA-TAA
* * * ** * ** * * * * ** **** *
30945 CAATTT-TATTTCA-AATAGCTTGCATGTTG-AAAAACAATTTTTTA-TGACAAAAT
128 CGATTTGAAATAGATAATTG-TT-CAAATAGTCATAACTA-TTTGAACTGTTTCAGT
** * ** * *** * * * * ** *
30998 GAAAGGTAA-TAACGATTTGAAAT-AAATAATTGTTTAA-ATAT-CCATAATTAATAAAGTAGTA
1 -AAA-CAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTT-ATTAATTTTTAGAAT-ATTAATAAATTAGTA
*** * * * *
31059 TTATTTTATTTTGGATAAACTTTTGTGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTTC
61 TTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTT-
* * * *
31122 ATAACGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAGCTATTTGAACT-TGTTCAGT
124 ATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGT-TTCAGT
* * * * *
31180 AAACATATTTATTTTTCAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTTGAA-AGTAAT-AATTAGTATTATT
1 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * * * * *
31243 TTCTTTCAAAT-AGCTTGTATGAACTA-AAATAATTATTTTATGACTAAA-CAAA-GTCAAAATG
66 TTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTTATAACG
* * * * * * * *
31304 ATTTGAAATAGACAATTATTCTAATAATCTTAACTATTTGAATTGATTCGGT
130 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTTCAGT
* * * *
31356 AAACACATTTATTTTTT-AATCTCTTACTTATTAATTTTCA-AATATTATTAAATTAGTTTTATT
1 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATT
** * * * * *
31419 TT-TACCCGAATCAGCTTATATG-ATCAAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAT-AAAGATCATAA
66 TTAT-TTCAAATAAGCTTGTATGAAT--AGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTTATAA
* * * * * * * *
31481 CGATTTGAGATTG-TATTTGTTCAAATAGTCATAACTACTAGAATTGCTTCAGA
128 CGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTTCAGT
* ** * * * *
31534 AAATAGCTTTAGTTTTTAAATCTCTTATTTAATAATTTTT-GAAATATTAATAAAGTAGTATTAT
1 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTAT
** * * * * *
31598 TTTATTT-TGATAAGTTTTTATTAATTGAAACAATTGTTTTGTGACAAAATAAAAGGTTCA-AAC
65 TTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTT-ATAAC
* * * ** * *
31661 AATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATATGTAATTGAAATTGTTT-AGT
129 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG-AACTGTTTCAGT
*
31714 AAACAAATTT-TGTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTCA-AATATTAATAAATTAGTATTA
1 AAACAAATTTAT-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * *
31777 TTTTA-TTCCAATAAGCTTGTATGAACTAG-AATAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTTAGAA
64 TTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTTATAA
** * * * * *
31840 TAATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTCAACTAGTTTGA-C
128 CGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTTCAGT
* * * * * *
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1 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * * * * *
31957 TTA-ATCAAAT-A-CTTATGTGAAAAGAAACAATTGTTGTATGACAAAAT-AAAGATCATTACGA
66 TTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTTATAACGA
** * * * * *
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131 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTTCAGT
* * * * * * *
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1 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TAGAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * *
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65 TTTATTTCAAATAAGCT-TGTATGAATAGAAACAATTGTTTT-ATGACAAAATAAAAGGTTATAA
* * **
32191 CGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-GAACATGACTATTTGAACT-TCTTTGGT
128 CGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTGT-TTCAGT
* * ** * * * *
32245 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTGCAAAATCTTAATAAAATAGAATTATT
1 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATT
** * * * * * *
32310 TTATTT-TGATAAGTTTTTATTAATTGAAACAATTGTTTTGTGACAAAATAAAAGGTTCA-AACA
66 TTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTT-ATAACG
* * ** * *
32373 ATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATATGTAATTGAAATTGTTT-AGT
130 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG-AACTGTTTCAGT
*
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1 AAACAAATTTAT-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * *
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** * * * *
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128 CGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTTCAGT
* * * * * *
32606 AAGCATATTCATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTATTAAATTAGTATCATT
1 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * * * * *
32671 TTA-ATCAAAT-A-CTTATGTGAAAAGAAACAATTGTTGTATGACAAAAT-AAAGATCATTACGA
66 TTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTTATAACGA
** * * * * *
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131 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTTCAGT
* * * * * * *
32783 AAATAAATTTAGTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTCAAAATACTAATAAATCAATATTATT
1 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATT
** * * * * *
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66 TTATTTCAAATAAGCT-TGTATGAATAGAAACAATTGTTTT-ATGACAAAATAAAAGGTTATAAC
* * **
32907 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-GAACATGACTATTTGAACT-TCTTTGGT
129 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTGT-TTCAGT
* * ** * * * *
32960 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTGCAAAATCTTAATAAAATAGAATTATT
1 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * **
33025 TTATTTCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCACGACTG
66 TTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTTATAAC-G
* * * * *
33090 -TTTGAAATAAAAAATTGCTT-AAACAGTCATAACTATTTGAGCT-TACTCAGT
130 ATTTGAAATAGATAATTG-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGT-TTCAGT
*** * *
33141 AAATGGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTAGTACTAT
1 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * *
33205 TTTATTTCGAATAAGCTTGTATCG-ATAGAAGCAATTG-GTTA--ACACAAA-CAAAGGTCATAA
65 TTTATTTCAAATAAGCTTGTAT-GAATAGAAACAATTGTTTTATGACA-AAATAAAAGGTTATAA
* * * * *
33265 CTATTTGAAATAGATTATTGTTTAAATAGTTAAAACTATTTGAA-TGTGTT--G-
128 CGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGT-TTCAGT
* * * * *
33316 AAAAAAAATTAATTTTTAAAT-T-TTACTTATTAAATTTTGGAATATTAATAAATT--TAATTAT
1 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGT-ATTAT
* ** * * * * *
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65 TTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTTATAACG
*
33439 ATTTGAAATAGATAATTATTC-AATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTCAGT
130 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGT-TTCAGT
* * * * *
33490 AAACAGATTCATTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATGA-TA
1 AAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGT-ATTA
* * * * * * * * *
33554 TTTGATTCCGAATAAGCCTATATGAATTGATACAAGTGTTTTATGACACAATAAAAGGTTATAAC
64 TTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTTATAAC
* * * * * *
33619 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATGACTCTTTAAACTTGTTT-GGT
129 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGTTTCAGT
* * * * * * *
33672 AAATATATTTA-TTTTAAAATCTTTTACTTATTAACTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATT
1 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * * * * * *
33736 TTAATCCAAATAGGCTTGTATGAAGAAAAACAATTGTGTCATGACAAAATAAAAAGTCT-TAATG
66 TTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGT-TATAACG
* * *
33800 ATTTGAAATA-ACTAATTATTCAAATAGATCATAACTATTTGAACTTATTTGA-T
130 ATTTGAAATAGA-TAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAAC-TGTTTCAGT
* * *
33853 AAACAAATTT-TTTTTTAAATCTTTTTCTTATT-ATGTGTCTA-AATATTAATAAATT--TATGT
1 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT-T-TTTAGAATATTAATAAATTAGTAT-T
* * * ** *
33913 AATTTTCTTTGAAATAAGCTTTTATGAATAGAATA-TTTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTAT
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* * * * * *
33977 AGCGATTTAAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAATTATTTGTACT-TGTTCAAT
126 AACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGT-TTCAGT
* * * * * * * **
34033 AAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTGATTTTCAGAATATTAATAAAATAGAATTACG
1 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * ** * * * *
34098 TTA-TTCAAATAAGCTTATACGAATAGAAACAATTATTTTGTGATGAAACAAAAGGTCATTATGA
66 TTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTTATAACGA
* *
34162 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGCACTAG--TCAGGC
131 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTTCA-GT
* * ** * * * * * * * * *
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1 AAACAAATTT-ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * * * ** *
34278 TTTATTCCAAATTAGAC-TATATGAACAG-AATAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCGTAAT
65 TTTATTTCAAATAAG-CTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTTATAAC
* * * * * *
34341 GATTTGAAATAAATGACTGTTCAAATAGTTATAACTAATTGAACAAGTTT-AGT
129 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGTTTCAGT
* * * * * *
34394 AAACATATTTA--TTTTAAATTTCTTACTTCTTAATTTTCAAAAATATTAATAAATTATTATTAT
1 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TAGAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * * * * * *
34457 TTTATTCCAAACAAACTTATATGAACA-AAACATTTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAATG
65 TTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTTATAACG
* * * * * *
34521 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCATAATTGTTTGAACTGGTT-AGGC
130 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTTCA-GT
* * * * * *
34573 AAACATAA-TTGTTTCTTAAATCTCTTA-TTA--AGTTTTGA-AATATTAATAAATTTGTTTTAT
1 AAACA-AATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * ** * * ** * *
34633 TTTA-TTCTGAATATGCTACTAAGAACTA-AAAAAATTGTTTTATTTC-AAAT-AAA-CTTGT-A
65 TTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTTATAA
* * * * ** * ** ** * * *
34692 TGAATAGAAACA-ATTGTTTTGTGACAAA-A--CA-AAAGATCACG-ACTATTTGAAAT
128 CGATTTGAAATAGA-T-AATTGT-TCAAATAGTCATAACTAT-TTGAACTGTTT-CAGT
** ** * * * * * * * * * ***
34745 AAA-AAATTGCTCAAACAGTCATAACTATCTGAGCTTACTCA---GTAAACAGATTTATTTTTTA
1 AAACAAATT--T---A-TTTTTTAAATCTCTTA-CTTATTAATTTTTAGA-ATATTAATAAATTA
* * ** * * **
34806 --AATATTTTACTTAT-GAAT--TTTTGGAATATTAATA-AATTA-ATATTATTTTATTTCGAAT
58 GTATTATTTTA-TT-TCAAATAAGCTT-G--TATGAATAGAA--ACA-ATTGTTTTATGAC-AA-
** * * * * *** * * ** *
34864 AAGCTTCTATGGCTAGAAAC-AATTGGTTTACCACAA---AACAAA-AGGTCATCACTATTTGAA
113 AA---TAAAAGGTTA-TAACGATTTGAAATA-GATAATTGTTCAAATA-GTCATAACTATTTG--
*
34924 ATAGATGGTTGTTCAAATAGTT
170 A-A-CT-G-T-TTC----AG-T
* ** **** *
34946 AAA-ACTATTTGAATGTGTTCGAAAAAAATTAAGTT-TTAAATTTTTACTTATTAAATTTTGGAA
1 AAACA-AATTT--AT-T-TTTTAAATCTCTT-ACTTATT-AA----T--TT-TT--A-----GAA
*
35009 TATTAATAAATT--TAATTATTTTA-TTCAGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTAT
45 TATTAATAAATTAGT-ATTATTTTATTTCA-AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTAT
* * * *
35071 GACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAAC
108 GACAAAATAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
35136 T-TATTCAGT
173 TGT-TTCAGT
* * * * * * *
35145 AAACAGATTCATTTTTTTTAAATCTCTTCCTCATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATGA-T
1 AAACAAATT--TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGT-ATT
** * * * * *
35209 ATTTTATTTCGGATAAGCCTATATGAATTGATACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAA
63 ATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTTATAA
* * * * * **
35274 CAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT--TATCTATTTCAAATCGTTATGACTCTTT
128 CGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-G-T-T---TCAGT
* * * *
35332 AAACTTGTTCGGTAAATATATTTATTTTAAAATCTTTTACTTATTAACTTTTAAAATATTAATAA
1 AAA------C---AAATTTA-TT-TTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAA
* * * * * **
35397 ATTTA-TATTATTTTA-ATCAAAATAGGCTTGTATGAAGAAAAACAATTGTGTCCTGACAAAATA
54 A-TTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATA
* *
35460 AAAAGTCT-TAATGATTTGAAATA-ACTAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TATT-
117 AAAGGT-TATAACGATTTGAAATAGA-TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGT-TTC
*
35521 TG-
179 AGT
* * *
35523 ATA-AAATTT-TTTTTTAAAAATCTTTTACTTATT-ATGTGTCTA-AATATTAATAAATT--TAT
1 AAACAAATTTATTTTTT--AAATCTCTTACTTATTAAT-T-TTTAGAATATTAATAAATTAGTAT
* * ** * *
35582 GTAATTTTATTTGAAATAAGCTTTTATGAATAGAATA-TTTTGTTTTATGACCAAACAAAAGGTT
62 -T-ATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAA-ACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTT
* * * *
35646 ATAGCGA-TTGAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGTACT-TGTTCAAT
124 ATAACGATTTG-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGT-TTCAGT
* * * * * * * *
35704 AAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTGATTTTCAGAATATTAATAAAAATAGAATTAC
1 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAAT-AAATTAGTATTAT
* ** * * * * * * *
35769 TTTA-TTCAAATAAGCTTATACAAATAGAAACAATTATTTTGTGATAAAACAAAAGGTCATTATG
65 TTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTTATAACG
*
35833 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGCACTAG-TT-AG-
130 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTTCAGT
** * * * * * * *
35883 -GCCAATAGTTTCATTCTTTAAATTTGTTACTTATTAGTTTTGAAAATATTAATAAATTAGCATT
1 AAACAA-A-TTT-ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * * * * * *
35947 ACTTTATTCCAAATTAGAC-TATATGAACAG-AATAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTTGTA
63 ATTTTATTTCAAATAAG-CTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTTATA
* * * * *
36010 ATGATTTGAAATAAATGATTGTTCAAATAGTTATAACTAATTGAACTGTTT-AGT
127 ACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTTCAGT
* * * * * *
36064 AAACATATTTA-TTTTTAAATTTCTTACTTCTTAATTTTCAAAATATTAATAAATTATTATTATT
1 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * * * * * *
36128 TTATTCCAAACAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTATGACTAAACA-AAAAGGTCATAAT
66 TTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC-AAA-ATAAAAGGTTATAAC
* * * * * * *
36192 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAACAATCATAATTGTTTGAACTGGTT-AGGC
129 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTTCA-GT
* * * *
36245 AAACATAA-TTGTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAGTTTT-GAAATATTAATAAATTTGTTTTA
1 AAACA-AATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTA
* * ** * * * *
36308 TTTTA-TTCTGAATATGCTACTAAGAACTA-AAAAAATTGTTTTACGACAAAACAAAAGGTTATA
64 TTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTTATA
* ** * ** * * *
36371 ATGATTTGAAATA-A-AAAAGTTCATATACCCTTAACCATTTAAACTAG-TTCAGT
127 ACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTTCAGT
* * * * **
36424 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTCATAATATTATTGCATTAGTATTATT
1 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATT
** * * * * * ** * *
36489 TTATTTTGAATAAACTTGTGTGAATAGAAATAATTGTTTTATGAGATAACGAAAGGTTATTACAA
66 TTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTTATAACGA
* *
36554 TTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATTACTATTTGAACTAGTTT-AGT
131 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTTCAGT
* * * * *
36605 AAATAGATTAACTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GAAATATTCAA-AAATTAATATTA
1 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATT-AATAAATTAGTATTA
** * * * * * * *
36668 TTTTATTTTGAAGAGGCTTGTATG-ATGAAAAATAATTGTTTTACGATAAAAGAAAA-GTTCATA
64 TTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTT-ATA
* * * * * *
36731 ACGATTGGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAACTAATTTGA-T
127 ACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTTCAGT
** * * * * *
36786 AAACTGATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATCAATTATT-GAAATATTAATAAAGTAATATTAT
1 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTAT
* ** * * * * * * * * ** *
36850 TTAATTTTGAATAAACTTTTAT-ATATTGAAATAGTTATTTTATGATAAAAAAAAATATCATAAC
65 TTTATTTCAAATAAGCTTGTATGA-ATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTTATAAC
* * * *
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* ** * * *
36967 AAA-TAA-TT-TTTTAAAAATTTCTTACTTATTAATTTTTTA-AATTTTAATAAATTAGTATTCT
1 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * * * * * * *
37028 TATATTTCGAATAAG-TATGTATGAATTGAAACAATTATTTTTTTACTAAACAAAAGATCAAAAC
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* * ** * * * * * * **
37092 AATTTGGAATAGATAATCATTCTAACAGTCTTAACTATTTAAATTGGTTCAAA
129 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTTCAGT
* * * * * * * *
37145 AAATACATTTA-TTTCTAAA--TC---CTTATTAATTTTCAAAATAGTAATAAATTGGTGTTATT
1 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATT
** * * * *
37204 TTA-TTCTAAATAATTTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACG
66 TTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTTATAACG
** * * * * *
37268 ATTTGAAATTA-ATAACAGTCCAAATGGACATGACTATTTGAACT-TGTTCGGT
130 ATTTGAAA-TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGT-TTCAGT
* * * * *
37320 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTTAAAATAATAATAAATTAGTGTTATT
1 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * * * * *
37385 TTATTCCAAATAAACTTGTATGAATAAAAATAACTATTTTATGACAAAATAAAAGATCATAACGA
66 TTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTTATAACGA
* * * * * *
37450 TTTGAAATATATAACTATTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTGCTT-GGT
131 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGTTTCAGT
* * * *
37501 AAATAGATTTATTATTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTAGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
1 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * ** * *
37565 TTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAATTGTCATAACA
65 TTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTTATAACG
* * *
37630 ATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAAC-GTGTTCAGA
130 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGT-TTCAGT
* * * * *
37682 AAACATATTTATTTTTTAAAT-TTTTTCTTATTAA-TTTTGGAATTTTAATAAATTTA-TATTAT
1 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAA-TTAGTATTAT
* * * * * * *
37744 TTTA-TTCTAAATAAGCTTGCATGAACA-AAACCAATTATTTTATGATAAAACAAATGGTCATAA
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* * * * * * * * *
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128 CGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGTTTCAGT
* * * * * * * *
37861 AAAGAAATTCATTTTTTTAATTCTCTCACTCATTAATTTTTAGTATGTTAATAAATTAGAATTAT
1 AAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * * *
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65 TTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTTATAAC
* * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * * * *
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Statistics
Matches: 5901, Mismatches: 1387, Indels: 852
0.72 0.17 0.10
Matches are distributed among these distances:
170 10 0.00
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Consensus pattern (181 bp):
AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATT
TTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTTATAACGA
TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTTCAGT
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30871 ATTAGTACTG
** ** * *
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1 TTTTATTTCAAATAAACTTGCATGTTCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAATGAAACGTAATAAC
30946 AA
66 AA
* * *
30948 TTTTATTTCAAAT-AGCTTGCATGTTGAAAAACAATT-TTTTATGACAAAATGAAAGGTAATAAC
1 TTTTATTTCAAATAAACTTGCATGTTCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAATGAAACGTAATAAC
*
31011 GA
66 AA
31013 TTT
1 TTT
31016 GAAATAAATA
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TTTTATTTCAAATAAACTTGCATGTTCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAATGAAACGTAATAAC
AA
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32427 ACAAATTTTG
* * *
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* * * * *
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65 AGCTTGTATGAACAAAAACAATTGATTTATGACTAAACAAAAGGTTAGAACAATTTGAAATAGAT
* * * * *
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130 AATTATTCTAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTAGACAAGCAGATTCATTTTTTAAATCTCTT
* * * * * * *
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195 ACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATCATTTGAATCAAATACCTATATGAAAAGAA
* * **
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* * *
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* *** * * * * * *
32827 AATAAATCAATATTATTTTATTTTGAATAATTCTGTATGTATAGAAACAATTGTTTTCCTACAAA
390 AATAAATCAATATTATTTTAATCCAAATAACTCTGTATGAAGAAAAACAATTGTTGTCATACAAA
* * * *
32892 ACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGAACATGACTATTTGAACTTCTTT
455 ACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGAACATAACTATTTGAACTTATTT
* * * *
32957 GGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTGCAAAATCTTAATAAAATAGAATT
520 GATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATGTGCAAAATATTAATAAAATAG-ATA
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584 ATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCA-GA
* * *
33087 -CTG-TTTGAAATAAAAAATTGCTTAAACAGTCATAACTATTTG-AGCTTACTCAGTAAATGGAT
648 GC-GATTTAAAATAAAAAATTGCTTAAACAGTCATAACTATTTGTA-CTTACTCAATAAATAGAT
* * *
33149 TTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTACTATTTTATTTC
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33278 ATTATTGTTTAAATAGTTAAAACTATTTGAATGTGTTGAAAAAAAATTAA
840 ATTATTGTTTAAATAGTTAAAACTATTTGAATGTGTTGAAAAAAAATTAA
** ***
33328 TTTTTAAAT-T-TTACTTATTAAATTTTGGAATATTAATAAATTTA-ATTATTTAATTTGGAATA
1 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAAATTTTCAAATATTAATAAA-TTAGATTATTTAATTCCAAATA
*
33390 AGCTTGTATGAACAAAAACAATT-ATTTATGAC-AAAC-AAAGGTTATAACAATTTGAAATAGAT
65 AGCTTGTATGAACAAAAACAATTGATTTATGACTAAACAAAAGGTTAGAACAATTTGAAATAGAT
*
33452 AATTATTC-AATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTA-AA-CAGATTCATTTTTTTAAATCT
130 AATTATTCTAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTT-AG-ACAAGCAGATTCA-TTTTTTAAATCT
* *
33514 CTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATGAT-ATTTGATTCCGAATAAGCCTATATG
192 CTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAAT-ATCATTTGAAT-CAAAT-A-CCTATATG
** * * * * *
33578 AATTGATACAAGTGTTTTATGACACAATAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAA
253 AAAAGAAACAAGTGTTGTATGACAAAAT-AAAGATCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAA
* * * ** *
33643 ATAGTTATGACTCTTTAAACTTGTTTGGTAAATATATTTA-TTTTAAAATCTTTTACTTATTAAC
317 ATAGTTATAACTATTTAAACTGGTTCCGTAAATAAATTTAGTTTTAAAATC---T-CTTATTAA-
* * *
33707 TTTT-AAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAGGCT-TGTATGAAGAAAAACAAT
377 TTTTCAAAATACTAATAAATCAATATTATTTTAATCCAAATA-ACTCTGTATGAAGAAAAACAAT
* * * *
33770 TG-TGTCATGACAAAATAAAAAGTCTTAATGATTTGAAATA-ACTAATTATTCAAATAGATCATA
441 TGTTGTCAT-ACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGA-TAATTATTCAAAT-GAACATA
** * * *
33833 ACTATTTGAACTTATTTGATAAACAAATTT-TTTTTTAAATCTTTTTCTTATT-ATGTGTCTAAA
503 ACTATTTGAACTTATTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATGTG-CAAAA
* * * * * **
33896 TATTAATAAATTTATG-TAATTTTCTTTGAAATAAGCTTTTATGAATAGAATA-TTTTGTTTTAT
567 TATTAATAAA-ATA-GATAATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAATAGAA-ACAATTGTTTTAT
* * * * * * * *
33959 GACAAAACAAAAGGTTATAGCGATTTAAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAATTATTTGTAC
629 GACAAAACAAAAGATCAGAGCGATTTAAAATAAAAAATTGCTTAAACAGTCATAACTATTTGTAC
** * *
34024 TTGTTCAATAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTGATTTTCAGAATATTAATAAAAT
694 TTACTCAATAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAGAATATTAATAAATT
* * ** * * * ** *** *
34089 AGAATTACGTTA-TTCAAATAAGCTTATA-CGAATAGAAACAATTATTTTGTGATGAAACAAAAG
759 AGTACTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATCG-ATAGAAGCAATT-GGTTAACA-CAAAC-AAAG
* * * * * * *** *
34152 GTCATTA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGCACTAGTCAGGCCAA
820 GTCATAACT-ATTTGAAATAGATTATTGTTTAAATAGTTAAAACTATTTG-AAT-GTGTTG-AAA
* *** *
34216 TAGTTTTCA
881 AAAAATTAA
* * * * *
34225 TTCTTTACATTTGTTACTTATT-AGTTTTGAAAATATTAATAAATTAGCATTACTTT-ATTCCAA
1 TT-TTTAAATCTCTTACTTATTAAATTTT-CAAATATTAATAAATTAG-ATTA-TTTAATTCCAA
* * * * * * * * **
34288 ATTAGAC-TATATGAAC-AGAATAATTGTTTTATGACAAAACAAATGG-TCGTAATGATTTGAAA
62 ATAAG-CTTGTATGAACAAAAACAATTGATTTATGACTAAACAAAAGGTTAG-AACAATTTGAAA
* * * * * * * * * *
34350 TAAATGACTGTTCAAATAGTTATAACTAATTGAACAAGTTTAGTA-AA-CATATT--TATTTTAA
125 TAGATAATTATTCTAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTAG-ACAAGCAGATTCATTTTTTAA
* * * * * * * *
34411 ATTTCTTACTTCTTAATTTTCAAAAATATTAATAAATTATTATTATTTTATTCCAAACAAACTTA
188 ATCTCTTACTTATTAATTTTC-AAAATATTAATAAATTAATATCATTTGAAT-C-AA-ATACCTA
* ** * * *
34476 TATGAACA-AAACATTTGTTTTATGACTAAACA-AAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTA
249 TATGAAAAGAAACAAGTGTTGTATGAC-AAA-ATAAAGATCATAACGATTTGAAATAGATAATTA
34539 TTCAAATA
312 TTCAAATA
34547 ATCATAATTG
Statistics
Matches: 991, Mismatches: 174, Indels: 98
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (889 bp):
TTTTTAAATCTCTTACTTATTAAATTTTCAAATATTAATAAATTAGATTATTTAATTCCAAATAA
GCTTGTATGAACAAAAACAATTGATTTATGACTAAACAAAAGGTTAGAACAATTTGAAATAGATA
ATTATTCTAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTAGACAAGCAGATTCATTTTTTAAATCTCTTA
CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATCATTTGAATCAAATACCTATATGAAAAGAAA
CAAGTGTTGTATGACAAAATAAAGATCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATA
ACTATTTAAACTGGTTCCGTAAATAAATTTAGTTTTAAAATCTCTTATTAATTTTCAAAATACTA
ATAAATCAATATTATTTTAATCCAAATAACTCTGTATGAAGAAAAACAATTGTTGTCATACAAAA
CAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGAACATAACTATTTGAACTTATTTG
ATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATGTGCAAAATATTAATAAAATAGATAAT
TTTATTTCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCAGAGCG
ATTTAAAATAAAAAATTGCTTAAACAGTCATAACTATTTGTACTTACTCAATAAATAGATTCATT
TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGTACTATTTTATTTCGAATAA
GCTTGTATCGATAGAAGCAATTGGTTAACACAAACAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATTATT
GTTTAAATAGTTAAAACTATTTGAATGTGTTGAAAAAAAATTAA
Found at i:34739 original size:540 final size:534
Alignment explanation
Indices: 33155--36350 Score: 1534
Period size: 540 Copynumber: 5.8 Consensus size: 534
33145 GGATTTATTT
* * * * * * * *
33155 TTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG-AAATATTAATAAATTAGTACTATTTTATTTCGAATAA
1 TTTAAATATTTTACTTATT-AGTTTTGAAAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTCCAAATTA
* * * *
33219 G-CTTGTATCG-ATAGAAGCAATTG-GTTA--ACACAAAC-AAAGGTCATAACT-ATTTGAAATA
65 GACTTATAT-GAACAGAA-CAATTGTTTTATGACA-AAACAAAAGGTCGTAA-TGATTTGAAATA
* * * * * * * * * * *
33277 GATTATTGTTTAAATAGTTAAAACTATTTG-A-ATGTGTT-GAAAAAAAATTAATTTTTAAA-TT
126 AATGATTGTTCAAATAGTTATAACTAATTGAACAAGT-TTAGTAAACATATTTAGTTTTAAATTT
** * * *** * * *
33338 TTACTTATTAAATTTT-GGAATATTAATAAATTTAATTATTTAATTTGGAATAAGCTTGTATGAA
190 TTACTTATT-AATTTTCAAAATATTAATAAATTTTATTATTTTATTCCAAACAAACTTATATGAA
* * * *
33402 CAAAAACAATT-ATTTATGAC-AAAC-AAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTC-AAT
254 C-AAAACATTTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
* * * * * * *
33463 AGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACA-GATTCATTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
318 AATCATAATTATTTGAACTGGTT-AGCAAACATAATT--GTTTTTTAAATCTCTTA-TTA--AGT
* * ** * * * * * * * *
33527 TTTCAAAATATTAATAAATTAATGATATTTGATTCCGAATAAGCCTATATGAATTGATACAAGTG
377 TTT-GAAATATTAATAAATTAGTTTTATTTTATTCTGAATAAG-CTATAAGAACTAAAAAAATTG
* * * * * *
33592 TTTTATGA-CACAATAAA-AGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTAT-T-C-A-AATAGTTAT
440 TTTTAT-ATCA-AATAAACATG-TAT---GAATTGAAATAGAT-TTTTTGTACAACAAAAGTCAT
* * * ** **
33651 GACTCTTTAAACTTG-TTTGGTAAATA-TATTT-ATT-
498 GACTATTTGAACTAGCTCAGGCCAATAGT-TTTCATTC
* * * ** * *
33685 TTAAAATCTTTTACTTATTAACTTTT-AAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAA-TA
1 TTTAAATATTTTACTTATT-AGTTTTGAAAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTCCAAATTA
* * * * * * * * * *
33748 GGCTTGTATGAAGAAAAACAATTGTGTCATGACAAAATAAAAAGTCTTAATGATTTGAAATAACT
65 GACTTATATGAA-CAGAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCGTAATGATTTGAAATAAAT
* * * * * * **
33813 AATTATTCAAATAGATCATAACTATTTGAACTTA-TTT-GATAAACAAATTTTTTTTTAAATCTT
129 GATTGTTCAAATAG-TTATAACTAATTGAAC-AAGTTTAG-TAAACATATTTAGTTTTAAAT-TT
* * * * ** * * *
33876 TTTCTTATT-ATGTGTCTAAATATTAATAAA-TTTATGTAATTTTCTTTGAAATAAGCTTTTATG
190 TTACTTATTAAT-TTTCAAAATATTAATAAATTTTAT-T-ATTTTATTCCAAACAAACTTATATG
* * * * * * * * *
33939 AATAGAATATTTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGCGATTTAAAATAGATAATTGTTTAA
252 AACAAAACA-TTTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAA
* * * * * *
34004 ATAGTCATAATTATTTGTACTTGTT--CAATAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTG
316 ATAATCATAATTATTTGAACTGGTTAGCAA-ACATA-ATT-GTTTTTTAAATCTCTTA-TTA-AG
* * ** ** * * *
34067 ATTTTCAGAATATTAATAAAATAGAATTACGTTATTC-AAATAAGCTTATACGAA-TAGAAACAA
376 -TTTTGA-AATATTAATAAATTAGTTTTATTTTATTCTGAATAAGC-TATAAGAACTA-AAAAAA
* * * * * ** * *
34130 TTATTTTGTGATGAAACAAAAGGTCAT-TATGATTTGAAATAGA-TAATTGTTC-A-AATAGTCA
437 TTGTTTTAT-ATCAAA-TAAA---CATGTATGAATTGAAATAGATTTTTTGTACAACAAAAGTCA
* *
34191 TAACTATTTGCACTAG-TCAGGCCAATAGTTTTCATTC
497 TGACTATTTGAACTAGCTCAGGCCAATAGTTTTCATTC
*
34228 TTTACAT-TTGTTACTTATTAGTTTTGAAAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTCCAAATTA
1 TTTAAATATT-TTACTTATTAGTTTTGAAAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTCCAAATTA
* *
34292 GAC-TATATGAACAGAATAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCGTAATGATTTGAAATAAATG
65 GACTTATATGAACAGAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCGTAATGATTTGAAATAAATG
*
34356 ACTGTTCAAATAGTTATAACTAATTGAACAAGTTTAGTAAACATATTTA-TTTTAAATTTCTTAC
130 ATTGTTCAAATAGTTATAACTAATTGAACAAGTTTAGTAAACATATTTAGTTTTAAATTT-TTAC
*
34420 TTCTTAATTTTCAAAAATATTAATAAATTATTATTATTTTATTCCAAACAAACTTATATGAACAA
194 TTATTAATTTTC-AAAATATTAATAAATT-TTATTATTTTATTCCAAACAAACTTATATGAACAA
*
34485 AACATTTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATC
257 AACATTTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATC
* *
34550 ATAATTGTTTGAACTGGTTAGGCAAACATAATTGTTTCTTAAATCTCTTATTAAGTTTTGAAATA
322 ATAATTATTTGAACTGGTTA-GCAAACATAATTGTTTTTTAAATCTCTTATTAAGTTTTGAAATA
* * *
34615 TTAATAAATTTGTTTTATTTTATTCTGAATATGCTACTAAGAACTAAAAAAATTGTTTTATTTCA
386 TTAATAAATTAGTTTTATTTTATTCTGAATAAGCTA-TAAGAACTAAAAAAATTGTTTTATATCA
* * * * *
34680 AATAAACTTGTATGAATAGAAACA-ATTGTTTTGTGACAAAACAAAAGATCACGACTATTTGAAA
450 AATAAACATGTATGAATTGAAATAGATT-TTTTGT-AC--AACAAAAG-TCATGACTATTTGAAC
* * *
34744 TAAAAAATTGCTCAAACAGTCATAACTATCTGAGCTTACTCAGTAAACAGATTTATT
510 T-----A--GCT----CAGGC----C-A-AT-AG-TT--T---T---C--A--T-TC
* * * * ** * * *
34801 TTTTAA-ATATTTTACTTATGAATTTTTG-GAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAAT
1 TTTAAATAT-TT-TACTTAT-TAGTTTTGAAAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTCCAAAT
* * * * ** * *
34864 AAG-CTTCTATG-GCTAGAAACAATTGGTTTACCACAAAACAAAAGGTCATCACT-ATTTGAAAT
63 TAGACTTATATGAAC-AG-AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCGT-AATGATTTGAAAT
* * * * * * * * *
34926 AGATGGTTGTTCAAATAGTTAAAACTATTTG-A-ATGTGTTCG-AAAAAAATTAAGTTTTAAATT
125 AAATGATTGTTCAAATAGTTATAACTAATTGAACAAGT-TTAGTAAACATATTTAGTTTTAAATT
** * * * *
34988 TTTACTTATTAAATTTT-GGAATATTAATAAATTTAATTATTTTATT-CAGAATAAGCTTGTATG
189 TTTACTTATT-AATTTTCAAAATATTAATAAATTTTATTATTTTATTCCA-AACAAACTTATATG
* * * * * * *
35051 AATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTAA
252 AACA-AAACATTTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAA
* * ** * *
35116 ATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAGTAAACAGATTCATT-TTTTTTAAATCTCTTCCTCATT
316 ATAATCATAATTATTTGAACTGGTT-AGCAAAC--A-TAATTGTTTTTTAAATCTC-T--T-ATT
* * ** * * * * * *
35180 AA-TTTTCAAAATATTAATAAATTAATGATATTTTATT-TCGGATAAGCCTATATGAATTGATAC
373 AAGTTTT-GAAATATTAATAAATTAGTTTTATTTTATTCT-GAATAAG-CTATAAGAACTAAAAA
* *
35243 AATTGTTTTATGA-CAAAATAAA-AGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTA
435 AATTGTTTTAT-ATC-AAATAAACATGT-AT--GAA-TTGAAATAGAT--TT-TT----T-G-TA
* * * * * * * **
35306 TCTATTTCAAATCGTTATGACTCTTTAAACTTGTTC-GGTAAATA-TATTT-ATT-
485 -C-A--ACAAA-AGTCATGACTATTTGAACTAGCTCAGGCCAATAGT-TTTCATTC
* * * * * * *
35358 TTAAAATCTTTTACTTATTAACTTTT-AAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTAAT-CAAAAT
1 TTTAAATATTTTACTTATT-AGTTTTGAAAATATTAATAAA-TTAGCATTACTTTATTCCAAATT
* * * * * ** * * * *
35420 AGGCTTGTATGAAGAAAAACAATTGTGTCCTGACAAAATAAAAAGTCTTAATGATTTGAAATAAC
64 AGACTTATATGAA-CAGAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCGTAATGATTTGAAATAAA
* * * * *
35485 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTA-TTT-GATAAA-AT-TTT-TTTTTAAAAATC
128 TGATTGTTCAAATAGTTATAACTAATTGAAC-AAGTTTAG-TAAACATATTTAGTTTT--AAAT-
* * ** * * *
35545 TTTTACTTATT-ATGTGTCTAAATATTAATAAA-TTTATGTAATTTTATTTGAAATAAGCTTTTA
188 TTTTACTTATTAAT-TTTCAAAATATTAATAAATTTTAT-T-ATTTTATTCCAAACAAACTTATA
* * * * * * *
35608 TGAATAGAATATTTTGTTTTATGACCAAACAAAAGGTTATAGCGA-TTGAAAATAGATAATTGTT
250 TGAACAAAACA-TTTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAACGATTTG-AAATAGATAATTATT
* * * * *
35672 CAAATAGTCATAATTATTTGTACTTGTT--CAATAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTA
313 CAAATAATCATAATTATTTGAACTGGTTAGCAA-ACATA-ATT-GTTTTTTAAATCTCTTA-TTA
* * * ** * *
35735 TTGATTTTCAGAATATTAATAAAAATAGAATTACTTTATTC-AAATAAGCTTATACA-AA-TAGA
374 -AG-TTTTGA-AATATTAAT-AAATTAGTTTTATTTTATTCTGAATAAGC-TATA-AGAACTA-A
* * * * * * ** * *
35797 AACAATTATTTTGTGATAAAACAAAAGGTCAT-TATGATTTGAAATAGA-TAATTGTTC-A-AAT
432 AAAAATTGTTTTAT-ATCAAA-TAAA---CATGTATGAATTGAAATAGATTTTTTGTACAACAAA
* * *
35858 AGTCATAACTATTTGCACTAG-TTAGGCCAATAG-TTTCATTC
492 AGTCATGACTATTTGAACTAGCTCAGGCCAATAGTTTTCATTC
35899 TTTAAAT-TTGTTACTTATTAGTTTTGAAAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTCCAAATTA
1 TTTAAATATT-TTACTTATTAGTTTTGAAAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTCCAAATTA
* * *
35963 GAC-TATATGAACAGAATAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTTGTAATGATTTGAAATAAATG
65 GACTTATATGAACAGAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCGTAATGATTTGAAATAAATG
* *
36027 ATTGTTCAAATAGTTATAACTAATTGAAC-TGTTTAGTAAACATATTTATTTTTAAATTTCTTAC
130 ATTGTTCAAATAGTTATAACTAATTGAACAAGTTTAGTAAACATATTTAGTTTTAAATTT-TTAC
*
36091 TTCTTAATTTTCAAAATATTAATAAATTATTATTATTTTATTCCAAACAAACTTATATGAACAAA
194 TTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATT-TTATTATTTTATTCCAAACAAACTTATATGAAC-AA
* *
36156 AACATTTGTTTTATGACTAAACAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAACAAT
257 AACATTTGTTTTATGACTAAAC-AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAAT
*
36221 CATAATTGTTTGAACTGGTTAGGCAAACATAATTGTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAGTTTTG
321 CATAATTATTTGAACTGGTTA-GCAAACATAATTGTTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAAGTTTTG
* *
36286 AAATATTAATAAATTTGTTTTATTTTATTCTGAATATGCTACTAAGAACTAAAAAAATTGTTTTA
381 AAATATTAATAAATTAGTTTTATTTTATTCTGAATAAGCTA-TAAGAACTAAAAAAATTGTTTTA
36351 CGACAAAACA
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Consensus pattern (534 bp):
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ACTTATATGAACAGAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCGTAATGATTTGAAATAAATGA
TTGTTCAAATAGTTATAACTAATTGAACAAGTTTAGTAAACATATTTAGTTTTAAATTTTTACTT
ATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTTTATTATTTTATTCCAAACAAACTTATATGAACAAAACA
TTTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCATAA
TTATTTGAACTGGTTAGCAAACATAATTGTTTTTTAAATCTCTTATTAAGTTTTGAAATATTAAT
AAATTAGTTTTATTTTATTCTGAATAAGCTATAAGAACTAAAAAAATTGTTTTATATCAAATAAA
CATGTATGAATTGAAATAGATTTTTTGTACAACAAAAGTCATGACTATTTGAACTAGCTCAGGCC
AATAGTTTTCATTC
Found at i:36185 original size:360 final size:357
Alignment explanation
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35333 AACTTGTTCG
*
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* * * * * * ** * * *
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* *
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190 TTTATTTTTT--AAAT-TTCTTACTTATTAAT-T-T-TGAAATATTAATAAATTAGTAT-T-ATT
** * * * * * *
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247 TTATTCCAAATAAGC-TATATGAACAAAATA-ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGA
* * *
35653 -TTGAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGTACTTGTTCA
310 TTTG-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGTTTA
* * * * * * * *
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1 GTAAATATATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAAT-AAATTAGTATT
* * ** * * * *
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65 ATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * **
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130 CGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTAGGAAAATAGTTT-A
* * * * *
35896 TTCTTTAAATTTGTTACTTATTAGTTTTGAAAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTCCAAAT
194 TTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTG-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAAT
* * * * * *
35961 TAGACTATATGAACAGAATAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTTGTAATGATTTGAAATAAAT
258 AAG-CTATATGAACAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGAT
* * *
36026 GATTGTTCAAATAGTTATAACTAATTGAACTGTTTA
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* * *
36062 GTAAACATATTTA-TTTTTAAATTTCTTACTTCTTAATTTTCAAAATATTAATAAATTATTATTA
1 GTAAATATATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * * *
36126 TTTTATTCCAAACAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTATGACTAAACAAAAAGGTCATAA
66 TTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAA
* * * * * * * *
36191 TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAACAATCATAATTGTTTGAACTGGTTAGGCAAACATA-ATT
130 CGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTAGG-AAA-ATAGTTT
* * * * **
36255 GTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAGTTTTGAAATATTAATAAATTTGTTTTATTTTATTCTGAA
193 ATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAA
* * * * *
36320 TATGCTACTAAGAACTAAAAAAATTGTTTTACGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATA-
257 TAAGCTA-TATGAAC-AAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAG
** * ** * * * *
36384 A-AAAAGTTCATATACCCTTAACCATTTAAACTAGTTCA
320 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTTA
* * * * * * **
36422 GTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTCATAATATTATTGCATTAGTATTA
1 GTAAATATATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTA
*** * * * * * * * *
36487 TTTTATTTTGAATAAACTTGTGTGAATAGAAATAATTGTTTTATGAGATAACGAAAGGTTATTAC
66 TTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
* * * * *
36552 AATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATTACTATTTGAACTAGTTTA-GTAAATAGATTAA
131 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTAGGAAAATAG-TTTA
* * * ***
36616 CTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTCAA-AAATTAATATTATTTTATTTTGAA
194 TTTTTTAAATTTCTTACTTATTAA-TTTTGAAATATT-AATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAA
* * * * * * *
36680 GAGGCTTGTATGATGA-AAAATAATTGTTTTACGATAAAAGAAAA-GTTCATAACGATTGGAAAT
257 TAAGC-TATATGA--ACAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTT-ATAACGATTTGAAAT
* * * *
36743 AGATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAACTAATTT-
318 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTTA
* * * * * * *
36783 GATAAACT-GATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATCAATTATT-GAAATATTAATAAAGTAATA
1 G-TAAA-TATATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATT-TTCAAAATATTAATAAATTAGTA
* *** * * * * * * * * **
36846 TTATTTAATTTTGAATAAACTTTTAT-ATATTGAAATAGTTATTTTATGATAAAAAAAAATATCA
63 TTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGA-ATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
* * *
36910 TAACAATTTAAAATAGATAATTGTTCAAACAGTCATAACTATTTGAACTTA-TTCA--ATAAATA
127 TAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TAGTT-AGGA-AAATA
* ** * * * * *
36972 -ATT-TTTTAAAAATTTCTTACTTATTAATTTTTTAAATTTTAATAAATTAGTATTCTTATATTT
189 GTTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
* ** * * * * * * * * * *
37035 CGAATAAG-TATGTATGAATTGAAACAATTATTTTTTTACTAAACAAAAGATCAAAACAATTTGG
253 CAAATAAGCTA--TATGAA-CAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGA
** * * * * * *
37099 AATAGATAATCATTCTAACAGTCTTAACTATTTAAATTGGTTCA
315 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTTA
** * * * * *
37143 AAAAATACATTTA-TTTCTAAA--TC---CTTATTAATTTTCAAAATAGTAATAAATTGGTGTTA
1 GTAAATATATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTA
* ** * *
37202 TTTTATTCTAAATAATTTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAAC
66 TTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
** * * * * * * * *
37267 GATTTGAAATTA-ATAACAGTCCAAATGGACATGACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTA
131 GATTTGAAA-TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTAGGAAAATAG-TTTA
* * * * *
37331 TTTTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTTAAAATAATAATAAATTAGTGTTATTTTATTCCAAAT
194 TTTTTTAAATTTCTTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAAT
* * * * * * * * *
37396 AAACTTGTATGAATAAAAATAACTATTTTATGACAAAATAAAAGATCATAACGATTTGAAATATA
258 AAGC-TATATGAA-CAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGA
* * * * *
37461 TAACTATTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTGCTTG
321 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGTTTA
* *
37499 GTAAATAGATTTATTATTTAAATCTT-TTACTTATTAATTTT-AGAAATATTAATAAATTAGTAT
1 GTAAATATATTTATTTTTTAAAT-TTCTTACTTATTAATTTTCA-AAATATTAATAAATTAGTAT
* * **
37562 TATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAATTGTCATA
64 TATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * *
37627 ACAATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACGT-GTTCAGAAAACATA-T
129 ACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TAGTT-AGGAAA-ATAGT
* * * *
37690 TTATTTTTTAAATTT-TTTCTTATTAATTTTGGAATTTTAATAAATTTA-TATTATTTTATTCTA
191 TTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCCA
* * * * * * * *
37753 AATAAGCT-TGCATGAACAAAACCAATTATTTTATGATAAAACAAATGGTCATAATGTTTTAAAA
255 AATAAGCTAT--ATGAACAAAA-TAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAA
* * * * *
37817 TAGATAATTATTTAGATAGTCATAACTAATTGAACTTGTTTG
317 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGTTTA
* * * * * * * * ** * *
37859 GCAAAGAAATTCATTTTTTTAATTCTCTCACTCATTAATTTTTAGTATGTTAATAAATTAGAATT
1 GTAAATATATTTATTTTTTAAATT-TCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * *
37924 ATTTTATTTCAAATAAGCTTATATTAACT-GAAACAATTGTTTTAT-ACAAAACAGAAGGTCACA
65 ATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * * * * * * * *
37987 ATGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATGATTATTTGAACTTGTTCGGTAAACA-TAT-
129 ACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTAGGAAAATAGTTTA
* ** * * *
38050 TTTTTTAAGTCTT-TTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCGAA
194 TTTTTTAAAT-TTCTTACTTATTAATT-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAA
* * * * * *
38114 TAAGCTTGTATGAACAAAAACAATT-TTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAACAATTT
257 TAAGC-TATATGAAC-AAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTT
38171 TGTTGGCAGA
Statistics
Matches: 1941, Mismatches: 435, Indels: 187
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
352 3 0.00
353 115 0.06
354 3 0.00
355 2 0.00
356 138 0.07
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363 11 0.01
364 9 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (357 bp):
GTAAATATATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTA
TTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTAGGAAAATAGTTTATT
TTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAG
CTATATGAACAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATT
GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTTA
Found at i:36381 original size:541 final size:533
Alignment explanation
Indices: 35349--38170 Score: 2014
Period size: 541 Copynumber: 5.2 Consensus size: 533
35339 TTCGGTAAAT
* *
35349 ATATTTA-TTTTAAAATCTT-TTACTTATTAACTTTTAAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTT
1 ATATTTATTTTTTAAAT-TTCTTACTTATTAA-TTTTAAAATATTAATAAA-TTAGTATTACTTT
* * * * * * ** * ** * **
35411 AATCAAAAT-AGGCTTGTATGAAGAAAAACAATTGTGTCCTGACAAAATAAAAAGTCTTAATGAT
63 ATTCCAAATAAGACTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCATAACAAT
* *
35475 TTGAAATAACTAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TATTTGATAAA-AT-TTT-TTT
128 TTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGT-TTAG-TAAACATATTTATTT
* *
35536 TTAAAAATCTT-TTACTTATT-ATGTGTCTAAATATTAATAAA-TTTATGTAATTTTATT-TGAA
191 TT--AAAT-TTCTTACTTATTAAT-TTTCAAAATATTAATAAATTTTAT-T-ATTTTATTCT-AA
* * * ** * * *
35597 ATAAGCTTTTATGAATAGAATA-TTTTGTTTTATGACCAAAC-AAAAGGTTATAGCGA-TTGAAA
249 ATAAGCTTGTATGAACA-AAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAAGGTCATAACGATTTG-AA
* * *
35659 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGTACTTG-TT--CAATAAATAGATTCATTTTTT
312 ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTTGGCAA-ACATA-ATT-ATTTTTT
* * * * * *
35721 AAATCTCTTACTTATTGATTTTCAGAATATTAATAAAAATAGAATTACTTTATTC-AAATAAGCT
374 AAATCTCTAACTTATTAATTTTGA-AATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGC-
* * * *
35785 TATACAAATAGAAACAATTATTTTGTGATAAAACAAAAGGTCATTATGATTTGAAATAGATAATT
436 TATA-AAATA-AAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATT
*
35850 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGCACTAGTTAGGCCA
499 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTT-GG-CA
* * * *
35887 ATAGTTTCATTCTTTAAATTTGTTACTTATTAGTTTTGAAAATATTAATAAATTAGCATTACTTT
1 ATA-TTT-ATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTT-AAAATATTAATAAATTAGTATTACTTT
* * * ** **
35952 ATTCCAAATTAGAC-TATATGAACAG-AATAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTTGTAATGAT
63 ATTCCAAATAAGACTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCATAACAAT
* * *
36015 TTGAAATAAATGATTGTTCAAATAGTTATAACTAATTGAACTGTTTAGTAAACATATTTATTTTT
128 TTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTTAGTAAACATATTTATTTTT
* * * *
36080 AAATTTCTTACTTCTTAATTTTCAAAATATTAATAAATTATTATTATTTTATTCCAAACAAACTT
193 AAATTTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATT-TTATTATTTTATTCTAAATAAGCTT
* * *
36145 ATATGAACAAAAACATTTGTTTTATGACTAAACAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATT
257 GTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATT
* * * * * * *
36210 ATTCAAACAATCATAATTGTTTGAACTGGTTAGGCAAACATAATTGTTTTTTAAATCTCTTACTT
322 ATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTTGGCAAACATAATTATTTTTTAAATCTCTAACTT
* * * *
36275 ATTAAGTTTTGAAATATTAATAAATTTGTTTTATTTTATTCTGAATATGCTACTAAGAACTAAAA
387 ATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTA-TAA-AA-TAAAA
* * * ** * ** *
36340 AAATTGTTTTACGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATA-A-AAAAGTTCATATACCCTT
448 AAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * *
36403 AACCATTTAAACTAGTTCAGTAAACA
513 AACTATTTGAACTAGTT--G---GCA
* * * * ** *
36429 A-ATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTCATAATATTATTGCATTAGTATTATTTTAT
1 ATATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTT-AAAATATTAATAAATTAGTATTACTTTAT
*** * * * * * * *
36493 TTTGAATAA-ACTTGTGTGAATAGAAATAATTGTTTTATGAGATAACGAAA-GGTTATTACAATT
65 TCCAAATAAGACTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAATGGTCATAACAATT
* * * * *
36556 TGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATTACTATTTGAACTAGTTTAGTAAATAGATTAACTTTT
129 TGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTTAGTAAACATATTTA-TTTT
* ** * * * * *
36621 TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTCAA-AAATTAATATTATTTTATTTTGAAGAGGC
192 TAAATTTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATT-AATAAATT-TTATTATTTTATTCTAAATAAGC
** * * * *
36685 TTGTATGATGAAAAATAATTGTTTTACGA-TAAA-AGAAAAGTTCATAACGATTGGAAATAGATA
255 TTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACTAAACA-AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATA
* * * ** ** *
36748 ATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAACTAATTTGATAAAC-TGATTTATTTTTTAAATCTCTA
319 ATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTTGGCAAACAT-AATTATTTTTTAAATCTCTA
* * * * * * * * *
36812 ACTTATCAATTATTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTAATTTTGAATAAACTTTTATATATT
383 ACTTATTAATT-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGC---TATAAAAT
* * * * * ** ** * *
36877 GAAATAGTTATTTTATGATAAAAAAAAATATCATAACAATTTAAAATAGATAATTGTTCAAACAG
444 AAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
36942 TCATAACTATTTGAACTTA-TT--CA
509 TCATAACTATTTGAAC-TAGTTGGCA
* * * *
36965 ATAAATAATTTTTTAAAAATTTCTTACTTATTAATTTTTTAAATTTTAATAAATTAGTATT-CTT
1 AT-ATTTATTTTTT--AAATTTCTTACTTATTAA-TTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTACTT
* * ** * * * * * * *
37029 ATATTTCGAATAAG--TATGTATGAATTGAAACAATTATTTTTTTACTAAACAAAAGATCAAAAC
62 -TATTCCAAATAAGACT-TGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCATAAC
* * ** * * * * * * ** * *
37092 AATTTGGAATAGATAATCATTCTAACAGTCTTAACTATTTAAATTGGTTCAAAAAATACATTTAT
125 AATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTTAGTAAACATATTTAT
* * * *
37157 TTCTAAA--TC---CTTATTAATTTTCAAAATAGTAATAAATTGGTGTTATTTTATTCTAAATAA
189 TTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATT-TTATTATTTTATTCTAAATAA
** * * * * *
37217 TTTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAATGTCATAACGATTTGAAATTA-A
253 GCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAAGGTCATAACGATTTGAAA-TAGA
* * * * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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* * *
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* *
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1 AT--ATTTATTTTTTAAAT-TTCTTACTTATTAATTTTA-AAATATTAATAAATTAGTATTACTT
* *
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* * * * *
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127 TTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGTTTAGTAAACATATTTA-TT
* ** *
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190 TTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTT-TATTATTTTATTCTAAATAAG
* * * * * * *
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254 CTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACTAAACA-AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGAT
* * * * * *
37822 AATTATTTAGATAGTCATAACTAATTGAACTTGTTTGGCAAAGA-AATTCATTTTTTTAATTCTC
318 AATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTTGGCAAACATAATT-A-TTTTTTAAATCTC
* * * * * *
37886 TCACTCATTAATTTTTAGTATGTTAATAAATTAGAATTATTTTATT-TCAAATAAGCTTATATTA
381 TAACTTATTAATTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGC-TATA--A
* * * * * * * *
37950 ACTGAAACAATTGTTTTAT-ACAAAACAGAAGGTCACAATGATTTAAAATAGATAATTATTCAAA
441 AATAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * * * *
38014 TAGTTATGATTATTTGAACTTGTTCGGTA
506 TAGTCATAACTATTTGAACTAGTT-GGCA
** * * * *
38043 A-ACATATTTTTTTAAGTCTT-TTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTT
1 ATATTTA-TTTTTTAAAT-TTCTTACTTATTAATT-TTAAAATATTAATAAATTAGTATTACTTT
* * * * **
38106 AATCCGAATAAG-CTTGTATGAACAAAAACAATT-TTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAACAAT
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38169 TT
128 TT
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CCAAATAAGACTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCATAACAATTTG
AAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTTAGTAAACATATTTATTTTTAAA
TTTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTTTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTAT
GAACAAAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTC
AAATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTTGGCAAACATAATTATTTTTTAAATCTCTAACTTATTA
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TTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
GAACTAGTTGGCA
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* *
38387 TGAATAATTATTTATTTCAAATCGTTA
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*
38414 TGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTA
1 TGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA
38441 TGA
1 TGA
38444 CCTTTTGTTT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA
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38430 TCAAATTGTT
* * * * * **** ***
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*
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* *
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*
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* * * * *
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*
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AATAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAGAAAGTAGAAGATTTAAAAAATAAATCAATTTACCGA
ACCAGTTCAAATAATTATGACCATTTTAAAATCATA
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38595 TAAAATCATA
* * * * **
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* * * **
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * * * * **
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* * * * * * * *
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* * ** * * * **
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* * ** * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * * * *
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1 ATGACC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTC-ATTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAAT
* * * * * **
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* ** * * * * * * *
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* ** * * * * * **
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1 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTCATTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAA
* * * * * *
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* * ** * *
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131 ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTT
* * * *
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* * * * * * * *
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64 AATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAT
* * * * * * * * * *
39809 CGAATAAATTCAAAAAATTGTGACTATTTAAATAAATATTTATTTCAAATCGTT
128 CAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTT
* * ** * *
39863 ATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAATTAAAATAA
1 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTCATTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAA
* * ** * * * * * **
39928 TATTAATTTATTAACATTTTGATAATTAATAAGTAACAAATTTTAAAAATAAATATGTTTATTGA
66 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAA
* * * *
39993 CCAAGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTT
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* ** * ** * * *
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1 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTCA-TTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATA
* * * * *
40108 ATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATCAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCA
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* * * * * * * *
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** * * ** * *
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1 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTC-ATTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATA
*
40288 ATA-TAAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTAA-A-ATTCT-AAAAATAAATATGTTT-
65 ATACT-AATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATT-TAAAAAATAAATCTGTTTA
* * * * * **
40347 TCTGAGCACGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATAATT
127 TC-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTT
* * * * *
40403 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATT-GTTTCTATTCATACAAGCGTATTCAAAA-CAAATA
1 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTC-ATTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATA
* * * * * ** *
40466 ATACTAGTTTATTAATATTCCAAAAA-TAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGGTTGCCG
65 ATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCA
* * * * *
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130 AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCT-ATTTCAAATTGTT
** * * * * *
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1 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTC-ATTCA-TACAAGCT-TATTTAAAATAAAA
* *
40644 TAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAGGT-AGAAGATTTTTAAAAA-AAATCTGTT
63 TAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAG-AGA-TTTAAAAAATAAATCTGTT
* * * * * * * * *
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125 TATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG-AATAATTATCTATTTCAAATTGTT
* * * ** * *
40763 ATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTCTATTCATGCAAAATTATTCAAAATAAAGTA
1 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTC-ATTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATA
* * * *
40827 ATACTAATTTATTAATATTTTAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAACTACATCTGTTTACCG
65 ATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-
* * * * * * * * *
40888 ATATAA-TTTAAATAATTATTAATATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCGTT
129 AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTT
* * * * * * * * *
40940 GTGA--TATTTATTTTATCATAAAGCAATT-GTTTCTTTTCATACAAGCTTATTCAGATTAAAAT
1 ATGACCT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTC-ATTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAAT
** * * * * * *
41002 AATACTAATTTAACAATATTCCAAAAATTAATAAG---CA-CTTTGAAAAATAAATGTGTTT-GC
64 AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC
* * ** *
41062 TAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAAAATAATTATCTATTTCAAATTATT
129 -AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTT
* * * * * * *
41116 TTGACATTTTGTTTAGTAATAAAACAATTATTTTAATTCACACAAGCTTATTCAAAATAAAATAA
1 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTCATTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAA
* * * * * *
41181 TAGTAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATGAGCAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCA
66 TACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCA
* * *
41245 AACAAGTTCAAATAGATT-TAACTATTTGAATAACTATCTATTT-AAAGTCGTT
130 AACAAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAA-TTGTT
* * * *
41297 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTA-TTTCATTTCATAAAAACTTATTTGAAATAAAATA
1 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTCA-TTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATA
*
41361 ATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
65 ATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
41393 GTTATGACTA
Statistics
Matches: 2037, Mismatches: 482, Indels: 176
0.76 0.18 0.07
Matches are distributed among these distances:
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174 9 0.00
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TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAA
ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTT
Found at i:40755 original size:719 final size:712
Alignment explanation
Indices: 38658--41392 Score: 1744
Period size: 715 Copynumber: 3.8 Consensus size: 712
38648 AAGCTTATCA
* *
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* * * * * * **** * * * * *
38722 ATCAATTTATCGAATCAGTTCAAATAATTGTGGCCATCTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTA
61 ATCTATTTACCGAAACAATTTAAATAATTATTAATATATAAACAATTATCTATCTCAAATCGTTA
* * * * * ** ** * ** *
38787 TGA-ACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTACTTTTCATCATTTAAGCCTATTTGGAATAAAGTAA
126 TGATA--TTTATTTTATAATAAAACAATTGCTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAA
* * * * *
38851 TACTAATTTATTAGTATT-TCAAAAATTAATGAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAGC-
189 TACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTA--AAATTT-AAAAATAAATATGTTT-TCT
* * * * * * * **
38914 AAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATATATTTCAAATTGTTATAATTTTTTGT
249 AAAC-AGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGT
* * * * * * *
38979 TTTATCATAAAATAATTATTTATGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATCTAAT
313 TTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAAA-AAAATAATACTAATTTATT
** * * * * * * *
39044 AATATTATGAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAA-AATGTAT--TTGCCAAACCAATTC-AA
376 AATATT-CCAAAAATAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAA-ATATGGTTACCGAACAAATTCAAA
** * * * * * ** * * * *
39105 GTAGTAAAGGCTATATGAATGACTATCT-ATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
439 AAACT-ATGACTATTTAAACAAATAT-TGATTTCAAATAGTTATGACCTTTTATTTTATCATAAA
* * * * * * * * * * *
39169 ACAAATGTTT-TGGTTCATATAAGTTTGTTCGAAA-TAAAATAATATTAAATTATTAATATTTTG
502 ACAATTATTTCT-ATTCATACAAGCTTATTC-AAATTAAAATAATACTAATTTATTAACATTCTA
* * * * * *
39232 AAAATT-AT---TAAGAGA-TTT-AAAATATATATGTTTACC-AAAACAGTTCAATTAGTTATAA
565 AAAATTAATAAGTAACAAATTTTAAAAATAAATATGTTTACCGAACA-AGTTCAAATAGTCATAA
* * * * * * * * * * * *
39290 CAATTTGAATAATTATTTATTTCCAATCGTTATAACCAATATT-TTT-GTTATAAAACAATTGTC
629 CCATTCGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACC--TCTTGTTTCATCATAAAACAATTATA
*** * ** *
39353 TCTATTGATGCAATCTTATTT
692 TCTACCCATACAAAATTATTC
* * * * *
39374 GAAATAAAATAATGCTAATTTATTAATA-TTCTAAAAACTAATAAGTAATGGATTTTAAAAATGA
1 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAG--A--GATTTAAAAAATAA
* * ** * * ** ** * * * * * * *
39438 ATATGTTGGCCTG-ACCAGTGCAAA-CGTTA-TAATTGTTTGAATAATTATATATTTCAAATTGT
61 ATCTATTTACC-GAAACAATTTAAATAATTATTAA-TATATAAACAATTATCTATCTCAAATCGT
* ** * * * * * **
39500 TATGACCT-TTTATTTAATCAA-AAAACAATTATTTTTATTCGTACAAGTTTATTCAAAATAGCA
124 TATGA--TATTTATTTTAT-AATAAAACAATTGCTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAA
* * *
39563 TAATTCTAATTTATTAATATT-TAAAAAATTAATAAGTAAGATATTTAAAAACTAAATCTATTTA
186 TAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAA-A-ATTTAAAAA-TAAATATGTTT-
* * * ** * **
39627 T-TAAACAAGTACAAATAGTTATGATTATTTGACCAATTACCTATTTCAAATTGCTAT-AGCCTT
246 TCTAAAC-AGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTATTATGA-CCTT
* * * * *
39690 TT-TTTTGTCATAAAATAATTTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAATTAAAATAATACAAAT
309 TTGTTTTGTCATAAAACAA-TTATTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAA-AAAAATAATACTAAT
* * * * * * *
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371 TTATTAATATTCCA-AAAAT-AATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGGTTACCGAACAAAT
* * * * * *
39818 TCAAAAAATTGTGACTATTTAAATAAATATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTGTCAT
434 TCAAAAAACTATGACTATTTAAACAAATATTGATTTCAAATAGTTATGACCTTTTATTTTATCAT
* * * * *
39883 AAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAATTAAAATAATATTAATTTATTAACATTTT
499 AAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAATTAAAATAATACTAATTTATTAACATTCT
* * ** * *
39948 GATAATTAATAAGTAACAAATTTTAAAAATAAATATGTTTATTGACCAAGTTTAAATAGTCATAA
564 AAAAATTAATAAGTAACAAATTTTAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTCATAA
* * *
40013 CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTCTTGTTTCATCATAAAACAATTATATC
629 CCATTCGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTCTTGTTTCATCATAAAACAATTATATC
* *** *
40078 -AGCCCATATAGGCTTATTT
694 TA-CCCATACAAAATTATTC
* *
40097 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATCAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
1 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAT---T-AATAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * *
40162 TTTATTTACC-AAACAAGTTTAAATAGTTA-TAACTATATAAACAATTTTTTAT-TCCAAATTG-
62 TCTATTTACCGAAACAA-TTTAAATAATTATTAA-TATATAAACAATTATCTATCT-CAAATCGT
* * *
40223 TATGATATTTTGTTTTGTAATAAAATAATTGCTTCTGTTCATACAAGCTTATTTCA-AATAAAAT
124 TATGATA-TTTATTTTATAATAAAACAATTGCTTCTGTTCATACAAGCTTA-TTCAGAATAAAAT
*
40287 AATA-TAAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAATTCTAAAAATAAATATGTTTTCTG
187 AATACT-AATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAATT-TAAAAATAAATATGTTTTCTA
* * *
40351 AGCACGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATAATTATGACCTTTTGTT
250 AACA-GTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTT
* * * *
40416 TTGTCATAAACCAATTGTTTCTATTCATACAAGCGTATTCAAAACAAATAATACTAGTTTATTAA
314 TTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAA-AAATAATACTAATTTATTAA
* * * * *
40481 TATTCCAAAAATAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGGTTGCCGAACAAGTTCAAATAGC
378 TATTCCAAAAATAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGGTTACCGAACAAATTCAAAAAAC
* * * * ** * *
40546 TATGCCTGTTTGAACAATTATTGATTTCAAATAGTTATGATGTTTTGTTTTATCGTAAAACAATT
443 TATGACTATTTAAACAAATATTGATTTCAAATAGTTATGACCTTTTATTTTATCATAAAACAATT
* *
40611 ATTTCTATT-ATTGCAAG-TGTATTCAGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAAT
508 ATTTCTATTCA-TACAAGCT-TATTCA-AATTAAAATAATACTAATTTATTAACATTCTAAAAAT
* * * * **
40673 TAATAGGTAGA-AGATTTTTAAAAA-AAATCTGTTTACCGAACAAGTTCACATAGTCATGTCCA-
570 TAATAAGTA-ACA-AATTTTAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTCATAACCAT
* * * ** * * *
40735 TCGAAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAT
633 TCG-AACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTCTTGTTTCATCATAAAACAATTATATCTAC
* *
40800 TCATGCAAAATTATTC
697 CCATACAAAATTATTC
* * * * *
40816 AAAATAAAGTAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAACTACATCTG
1 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA
* * * * *
40881 TTTACCGATATAATTTAAATAATTATTAATATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCGTTGTGATA
66 TTTACCGAAACAATTTAAATAATTATTAATATATAAACAATTATCTATCTCAAATCGTTATGATA
* * * * *
40946 TTTATTTTATCATAAAGCAATTGTTTCTTTTCATACAAGCTTATTCAGATTAAAATAATACTAAT
131 TTTATTTTATAATAAAACAATTGCTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAAT
** * * * * *
41011 TTAACAATATTCCAAAAATTAATAAG--CACTTTGAAAAATAAATGTGTTTGCTAAACTAGTTCA
196 TTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAATTT-AAAAATAAATATGTTTTCTAAAC-AGTTCA
** * * * *
41074 AATAGTTA-AGACTATTAAAATAATTATCTATTTCAAATTATTTTGACATTTTGTTTAGTAATAA
259 AATAGTTATA-ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * *
41138 AACAATTATTT-TAATTCACACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAGTAATTTATTAACATTCAA
323 AACAATTATTTCT-ATTCATACAAGCTTATTC-AAA-AAAATAATACTAATTTATTAATATTCCA
* * * ** * * * * * *
41202 AAAATTAATGAGCAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTCAAATAGA-TTTAA
385 AAAA-TAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGGTTACCGAACAAATTCAAA-AAACTATGA
* * * * * * *
41266 CTATTTGAATAACTATCT-ATTT-AAAGTCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATT
448 CTATTTAAACAAATAT-TGATTTCAAA-TAGTTATGACCTTTTATTTTATCATAAAACAATTATT
* * * * *
41329 TC-ATTTCATAAAAACTTATTTGAAA-TAAAATAATACTACTTTATTAATATT-TCAAAAATTAA
511 TCTA-TTCATACAAGCTTA-TTCAAATTAAAATAATACTAATTTATTAACATTCT-AAAAATTAA
41391 TA
573 TA
41393 GTTATGACTA
Statistics
Matches: 1609, Mismatches: 323, Indels: 175
0.76 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
712 3 0.00
713 109 0.07
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715 512 0.32
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726 1 0.00
727 5 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (712 bp):
AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA
TTTACCGAAACAATTTAAATAATTATTAATATATAAACAATTATCTATCTCAAATCGTTATGATA
TTTATTTTATAATAAAACAATTGCTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAAT
TTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAATTTAAAAATAAATATGTTTTCTAAACAGTTCAAA
TAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC
AATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATA
ATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGGTTACCGAACAAATTCAAAAAACTATGACTATTTAA
ACAAATATTGATTTCAAATAGTTATGACCTTTTATTTTATCATAAAACAATTATTTCTATTCATA
CAAGCTTATTCAAATTAAAATAATACTAATTTATTAACATTCTAAAAATTAATAAGTAACAAATT
TTAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTCATAACCATTCGAACAATTATCTATTT
CAAATTGTTATGACCTCTTGTTTCATCATAAAACAATTATATCTACCCATACAAAATTATTC
Found at i:41177 original size:534 final size:527
Alignment explanation
Indices: 38760--41392 Score: 1991
Period size: 534 Copynumber: 4.9 Consensus size: 527
38750 TGTGGCCATC
* * * **
38760 TGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTACTTT-TCAT
1 TGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATG-ACTTTTATTTTGTCATAAAACAATT-GTTTCTTTT
** * * * * *
38824 CATTTAAGCCTATTTGGAA-TAAAGTAATACTAATTTATTAGTATTTCAAAAATTAATGAGTAGG
64 CATACAAGCTTA-TT-CAATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAAT-A--A-G
* * * * * * * *
38888 AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAGC-AAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTAAACAATTAT
123 -CATTTAAAAAATAAATATGTTT-GCTGAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAATAATTAT
* * * ** * * *
38952 ATATTTCAAATTGTTATAATTTTTTGTTTTATCATAAAATAATTA-TTTATGTTCATACAAGCTT
186 CTATTTCAAATTATTATGACCTTTTG-TTTATAATAAAACAATTATTTTA-ATTCATACAAGCTT
** * * * * *
39016 ATTTGAAATAAAATAATACTAATCTAATAATA-TTATGAAAATTAATAACTAAGAGATTT-AAAA
249 ATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTA-AAAAATTAATGAGTAA-AGATTTAAAAA
* * * * * * * ** *
39079 A-AAATGTATTTGCCAAACCAA-TTCAAGTAGTAAAGGCTATATGAATGACTATCTATTTCAAAT
312 ATAAATCTATTTACCAAA-CAAGTTCAAATAGTTATGTCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
* * * * * ** *
39142 CGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTT-TGGTTCATATAAGTTTGTTCGAAATAA
376 TGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCT-ATTCATACAAAATTATTCGAAATAA
* * * *
39206 AATAATATTAAATTATTAATATTTTGAAAATTATTAAGAGATTT-AAAATATATATGTTTACC-A
440 AATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAATA-ATATGTTTACCGA
* * * *
39269 AAACAGTTCAATTAGTTA-TAACAATT
504 ATA-A-TTCAAATAATTATTAA-TATT
* * * *** * * * *
39295 TGAATAATTATTTATTTCCAATCGTTATAACCAATATTTTTGTTATAAAACAATTGTCTCTATTG
1 TGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTA-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTTTTC
* * * * * * *
39360 ATGCAATCTTATTTGAAATAAAATAATGCTAATTTATTAATATTCTAAAAACTAATAAGTAATGG
65 ATACAAGCTTA-TTCAATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAA-T--TAA-TAA-GC
* * * * * * * * *
39425 ATTTTAAAAATGAATATGTTGGCCTG-ACCAGTGCAAA-CGTTATA-ATTGTTTGAATAATTATA
124 ATTTAAAAAATAAATATGTTTG-CTGAACAAGTTCAAATAGTTA-AGACTATTTGAATAATTATC
* * * * *
39487 TATTTCAAATTGTTATGACCTTTTATTTAATCAA-AAAACAATTATTTTTATTCGTACAAGTTTA
187 TATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTT-AT-AATAAAACAATTATTTTAATTCATACAAGCTTA
** * * * *
39551 TTCAAAATAGCATAATTCTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGATATTTAAAAACT
250 TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATGAGTAA-AGATTTAAAAAAT
** * * *
39616 AAATCTATTTATTAAACAAGTACAAATAGTTATGAT-TATTTGACCAATTACCTATTTCAAATTG
314 AAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATG-TCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTG
* * ** * *
39680 CTAT-AGCCTTTT-TTTTGTCATAAAATAATTTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAATTAAA
378 TTATGA-CCTTTTGTTTTGTCATAAAATAA-TTGTTTCTATTCATACAAAATTATTCGAAATAAA
* ** * * *
39743 ATAATACAAATTTATTAATATTCAGACAATGAATAAATAAAAGACTTAAAAAATAACTATGTTTA
441 ATAATACTAATTTATTAATATT-TTA-AA--AATTAATAAGAGA-TTTAAAAATAA-TATGTTTA
* * * * *
39808 TCGAATAAATTCAAAAAATTGTGACTATT
500 CCGAAT-AATTCAAATAATTATTAATATT
* * *
39837 TAAATAAATATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TTGTT
1 TGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-CTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTT-TT
* * *** *
39901 CATACAAGCTTATTCAAATTAAAATAATATTAATTTATTAACATTTTGATAATTAATAAGTAACA
64 CATACAAGCTTATTC-AATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG---C-
* ** * * *
39966 AATTTTAAAAATAAATATGTTTATTGACCAAGTTTAAATAGTCATA-ACTATTTGAATAATTATC
124 -ATTTAAAAAATAAATATGTTTGCTGAACAAGTTCAAATAGTTA-AGACTATTTGAATAATTATC
* * * * * *** * *
40030 TATTTCAAATTGTTATGACCTCTTGTTTCATCATAAAACAATTATATCAGCCCATATAGGCTTAT
187 TATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTT-ATAATAAAACAATTATTTTAATTCATACAAGCTTAT
** * *
40095 TTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATCAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATA
251 TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATGAGTAA-AGATTTAAAAAATA
* * ** * * * * *
40160 AATTTATTTACCAAACAAGTTTAAATAGTTATAACTATATAAACAATTTTTTATTCCAAATTG-T
315 AATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGTCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTT
** * * * **
40224 ATGATATTTTGTTTTGTAATAAAATAATTGCTTCTGTTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATA
380 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAAATTA-TTCGAAATAAAATA
* * * *
40288 ATA-TAAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAATTCTAAAAATAAATATGTTTTCTGA
444 ATACT-AATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG--AGATT-TAAAAAT-AATATGTTTACCGA
** * *
40352 GCACGTTCAAATAGTTA-TAACTATT
504 ATA-ATTCAAATAATTATTAA-TATT
* ** * * *
40377 TGAATAATTATCTATTTTAAATAATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTATTC
1 TGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-CTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTTTTC
* * *
40442 ATACAAGCGTATTCAA-AACAAATAATACTAGTTTATTAATATTCCAAAAATAATAAGTAAAAG-
65 ATACAAGCTTATTCAATTA-AAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAAT--TAA-T--AAGC
* * * * * * * *
40505 ATTTAAAAAATAAATTTGGTTGCCGAACAAGTTCAAATAGCTATGCCTGTTTGAACAATTAT-TG
124 ATTTAAAAAATAAATATGTTTGCTGAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAATAATTATCT-
** ** *
40569 ATTTCAAA-TAGTTATGATGTTTTGTTTTATCGTAAAACAATTATTTCT-ATT-ATTGCAAG-TG
188 ATTTCAAATTA-TTATGACCTTTTG-TTTATAATAAAACAATTATTT-TAATTCA-TACAAGCT-
* *
40630 TATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAAT-AGGTAGAAGATTTTTA
248 TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAAATTAATGA-GTA-AAGA-TTTAA
* * * * * * *
40693 AAAA-AAATCTGTTTACCGAACAAGTTCACATAGTCATGTCCA-TCGAAACAATTATTTATTTCA
309 AAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGTCTATTTG-AACAATTATCTATTTCA
* * * *
40756 AATTGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATGCAAAATTATTCAAAAT
373 AATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTCGAAAT
* *
40821 AAAGTAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAACTACATCTGTTTAC
438 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAA-TA-ATATGTTTAC
*
40886 CGATATAATTTAAATAATTATTAATATT
501 CGA-ATAATTCAAATAATTATTAATATT
* * * * *
40914 TGAACAATTATCTATCTCAAATCGTTGTGA-TATTTATTTTATCATAAAGCAATTGTTTCTTTTC
1 TGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACT-TTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTTTTC
**
40978 ATACAAGCTTATTCAGATTAAAATAATACTAATTTAACAATATTCCAAAAATTAATAAGCACTTT
65 ATACAAGCTTATTCA-ATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGCA-TTT
* * * * **
41043 GAAAAATAAATGTGTTTGCTAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAAAATAATTATCTATTTC
128 AAAAAATAAATATGTTTGCTGAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAATAATTATCTATTTC
* * *
41108 AAATTATTTTGACATTTTGTTTAGTAATAAAACAATTATTTTAATTCACACAAGCTTATTCAAAA
193 AAATTATTATGACCTTTTGTTTA-TAATAAAACAATTATTTTAATTCATACAAGCTTATTCAAAA
* * * *
41173 TAAAATAATAGTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATGAGCAAAAGATTTAAAAAATAAATCTA
257 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATGAG-TAAAGATTTAAAAAATAAATCTA
* ** * * *
41238 TTTATCAAACAAGTTCAAATAGATT-TAACTATTTGAATAACTATCTATTT-AAAGTCGTTATGA
321 TTTACCAAACAAGTTCAAATAG-TTATGTCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TTGTTATGA
* *
41301 CCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTC-ATTTCATA-AAAACTTATTTGAAATAAAATAATA
384 CCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTA-TTCATACAAAA-TTATTCGAAATAAAATAATA
* *
41364 CTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
447 CTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATA
41393 GTTATGACTA
Statistics
Matches: 1650, Mismatches: 349, Indels: 199
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
532 3 0.00
533 25 0.02
534 374 0.23
535 154 0.09
536 147 0.09
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538 206 0.12
539 131 0.08
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541 16 0.01
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543 197 0.12
544 4 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (527 bp):
TGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTTTTCA
TACAAGCTTATTCAATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGCATTTAAA
AAATAAATATGTTTGCTGAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAA
TTATTATGACCTTTTGTTTATAATAAAACAATTATTTTAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAA
ATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATGAGTAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC
CAAACAAGTTCAAATAGTTATGTCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTG
TTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAT
TAATATTTTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAATAATATGTTTACCGAATAATTCAAATAATTAT
TAATATT
Found at i:41830 original size:489 final size:491
Alignment explanation
Indices: 40910--41881 Score: 1260
Period size: 489 Copynumber: 2.0 Consensus size: 491
40900 TAATTATTAA
* * * *
40910 TATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCGTTGTGATATTTATTTTATCATAAAGCAATTGTTTCTT
1 TATTTGAACAAATATCAATCTCAAATCGTTATGATATTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTCTT
* * *
40975 TTCATACAAGCTTATTCAGATTAAAATAATACTAATTTAACAATATTCCAAAAATTAATAAGCAC
66 TTCATAAAAGCTTATTCAGATCAAAAAAATACTAATTTAACAATATTCCAAAAATTAATAAGCAC
* * * *
41040 TTTGAAAAATAAATGTGTTTGCTAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAAAATAATTATCTAT
131 TTTAAAAAATAAATGTATTTGCCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAAAATAATTATCTAT
* * *
41105 TTCAAATTATTTTGACATTTTGTTTAGTAATAAAACAATTATTTTAATTCACACAAGCTTATTCA
196 TTCAAATTATTCTAACATTTTGTTTAGTAATAAAACAATTATTTCAATTCACACAAGCTTATTCA
* * *
41170 AAATAAAATAATAGTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATGAGCAAAAGATTTAAAAAATAAAT
261 AAATAAAATAATACTAATTTATTAACATGCAAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAATAAAT
* * * *
41235 CTATTTATCAAACAAGTTCAAATAGATTTAACTATTTGAATAACTATCTATTTAAAGTCGTTATG
326 CTATTTATCAAACAAGTTCAAAAAGATTTAACTATTTGAACAACTATCTATTTAAAATCATTATG
* * ** *
41300 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCATTTCATAAAAACTTATTTGAAATAAAATAATAC
391 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATAAAAACTTATCCGAAAGAAAATAATAC
41365 TACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAGTTATGAC
456 TACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAGTTATGAC
* *
41401 TATTTGAACAAATATCAATCTCAAAT-GATTATGATATTTGTTTTCTCATAAAACAATTGTTT-T
1 TATTTGAACAAATATCAATCTCAAATCG-TTATGATATTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTCT
** * * * *
41464 TTATCATAAAAGCTTATTTGGA-CAAAAAAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAGTGAG-
65 TT-TCATAAAAGCTTATTCAGATCAAAAAAATACTAATTTAACAATATTCCAAAAATTAATAAGC
* * *
41527 A-TTTAAAAAAATATATGTATTTGCCGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATC
129 ACTTT-AAAAAATAAATGTATTTGCCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAAAATAATTATC
* * ** * * * * *
41591 TATTTCAAATTGTTCTAACCTTTT-TTTAGTCCTATAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTAT
193 TATTTCAAATTATTCTAACATTTTGTTTAGTAATAAAACAATTATTTCAATTCACACAAGCTTAT
* * * * * *
41655 TTAGAATAGAATAATACTAATTTATTAACATGCCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAGAT
258 TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATGCAAAAAATTAATAAGCAAAAGATTT-AAAAAAT
* * * * *
41720 AAATTTGTTTA-CTGAACAAGTTCAAAAAG-TTATGACTATTTGAACAATTAT-TGATTTAAAAT
322 AAATCTATTTATC-AAACAAGTTCAAAAAGATT-TAACTATTTGAACAACTATCT-ATTTAAAAT
* * *
41782 CATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATCCGAAAGAAA
384 CATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATAAAAACTTATCCGAAAGAAA
* *
41847 ATAATACTACTTTATTATTATTTCAAAAGTTAATA
449 ATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
41882 AGTAAGAGAT
Statistics
Matches: 412, Mismatches: 62, Indels: 16
0.84 0.13 0.03
Matches are distributed among these distances:
488 88 0.21
489 215 0.52
490 39 0.09
491 70 0.17
ACGTcount: A:0.42, C:0.11, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (491 bp):
TATTTGAACAAATATCAATCTCAAATCGTTATGATATTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTCTT
TTCATAAAAGCTTATTCAGATCAAAAAAATACTAATTTAACAATATTCCAAAAATTAATAAGCAC
TTTAAAAAATAAATGTATTTGCCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAAAATAATTATCTAT
TTCAAATTATTCTAACATTTTGTTTAGTAATAAAACAATTATTTCAATTCACACAAGCTTATTCA
AAATAAAATAATACTAATTTATTAACATGCAAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAATAAAT
CTATTTATCAAACAAGTTCAAAAAGATTTAACTATTTGAACAACTATCTATTTAAAATCATTATG
ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATAAAAACTTATCCGAAAGAAAATAATAC
TACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAGTTATGAC
Found at i:42125 original size:358 final size:356
Alignment explanation
Indices: 41389--45845 Score: 1138
Period size: 358 Copynumber: 12.5 Consensus size: 356
41379 TTCAAAAATT
* * * * * * *
41389 AATAGTTATGACTATTTGAACAAATATCAATCTCAAATGATTATGATA-TTTGTTTTCTCATAAA
1 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACATTTTGTTTTGTCATAAA
* * *
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* * * * * *
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129 AAATTAATAGCTAAGAGATTT-AAAAAATAAAT-TCATTTACCGAACCAATTCAAACAATTAAGA
* * * * * * * * * *
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192 CCATAT-GAACAACTATCTATCTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTA-TCATAAAACAATTATT
** * * * * * ***
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* * *
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* * * *
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1 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT-ATTTCAAATCATTATAACATTTTGTTTTGTCATAA
** * * *
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** * * * * *
41873 AAGTTAATAAG-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTGGTTTACTGAA-TAAGTTCAAATAATTATGG
130 AA-TTAAT-AGCTAAGAGATTTAAAAAATAAATTCATTTACCGAACCAA-TTCAAACAATTAAGA
* * * * *
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192 CCATATGAACAACTATCTATCTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTA--TT
* * * * * *
42001 TCAA-CATATAAGCTTGTT-TGAAATAAAATAATATTAATTTACTAATATTTCAAAAATTAATAA
255 TCAACCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAAAACTAATTTACTAATATTTAAAAAATTAATAA
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* ** * * *
42102 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCATATTGTTATAACATTTTGTTCTATAATAAA
1 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACATTTTGTTTTGTCATAAA
* * * * *
42167 AAAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAGTAATATTTTGA
66 ACAATTGTTT-TAGTTCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTCA
* * *
42231 AAATTAATAGCTAAGAGATTTAAAAAATAAATTCATTTGCCGAACCAATTCAAACAGTTAAGACT
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* * *
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* * * * *
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* * * * *
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* ** * * * *
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1 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAAC-ATTTTGTTTTGTCATAA
* * * * * *
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65 AACAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TT-TC
* * * * * * ** * * **** ** *
42589 AAACCAATAAAAAATGTTATGACTATTTGAGCAAT-TATTTATTT--C-AAATTGTTTTAAC-TT
128 -AA--AAT-TAATA-GCTAAGA-GATTTAAAAAATAAATTCATTTACCGAACCAATTCAAACAAT
** * ** * * ** * ** *
42649 TTGGTTCTGTTATAAAACAA-TAGT-T-TCT---GTT-TATACAAGCTTATTTGGATTA-AATTA
187 TAAG-AC-CATAT-GAACAACTA-TCTATCTCAAATTGT-TATGA-CCT-TTTGTTTTATCA-TA
* * * * * **
42706 ATACCAATT-TATT-AA-TATTTCAA-C--AAT--GAAT-AAGTAAAA--AATTT--TAA-AAAT
244 A-AACAATTAT-TTCAACCA-TACAAGCTTATTCAGAATAAAATAAAACTAATTTACTAATATTT
** * * * * * * * * *
42757 AAATATGCTTACCA-AACTAGA-TCAAATAGTCATGAT-TGTTTGAATAATTATCTATTTCA
306 AAA-A-AATTA--ATAA-GAGATTTAAAAAAT-A-AATCTGTTT-ACTGA--A-CCAGTTCA
* * *** * ** * ** *
42816 AATCA-TTATGACT-TTT----TATTTTCTCATAAAAAAATCATTTTGGTTCAAATGAGCTTAT-
1 AAT-AGTTATGACTATTTGAACAATTATCT-AT-TTCAAATCATTAT--AAC-ATTTTG-TTTTG
* ** * * * * **
42874 TCA-AAATAAAATAATACTAAGTT-AT-TAA---TATTTGAAA-ATTAATAATTAAGAGATTTAA
59 TCATAAA-ACAATTGT-TTTAGTTCATAAAAGCTTATTTGAAATA-AAATAA-TACTA-ATTT-A
** ** *** * * * *
42932 AAAATAAATC-TGTTTAAT-G--AACAAATTTAAATAATGATGATT-ATTT---GAA-CAATT--
118 TTAATATTTCAAAATTAATAGCTAAGAGATTTAAAAAAT-A-AATTCATTTACCGAACCAATTCA
* * * * * * * * ** *
42986 ATCTATT-TGA-AAT-TGCTATAACCT-T-T-TGT----TTAGTTATAAAATGATT-TTTT-T--
181 AACAATTAAGACCATATG-AACAA-CTATCTATCTCAAATT-GTTATGACCT-TTTGTTTTATCA
* * * * * *
43037 T----C---TA-TTC-A-TA--GAAGTTTATTTCA-AATAAAATAATA-TAAAGTTATTAATA-T
242 TAAAACAATTATTTCAACCATACAAGCTTA-TTCAGAATAAAATAAAACT-AATTTACTAATATT
* * * * * *
43087 TAAGACAATTAATAAGTAAAAGATCTAACAAATAAATCTATTTACTAAACAAGTTCA
305 TAA-AAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACCAGTTCA
** * * ** *
43144 AATCTTTATG-TTAATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAA
1 AATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACATTTTGTTTTGTCATAA
* * * * * * * *
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65 AACAATTGTTTTA-GTTCATAAAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC
* * ** *** *
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128 AA-AATTAAT-AGCTAAGAGATTTAAAAAATAAATTCA--TTTACCGAACCAA-TTCAAACAATT
* ** * * * * * ** * * * * *
43332 ATGAGTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTGTGACTTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTG
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* ** * * * * *
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* * *
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* * * *
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* ** *
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* * *** * * *
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* * * * * * ** *
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* *** * * ** * * * * **
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* * * * * *
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** ** * * * * *
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* ** * *
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* * * *
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* * * * * ** * * ** * * **
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* *** ** * ***
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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** * * * * * *
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* * *
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* * * * * * *
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* * ** ** * *
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* * * * * * * * * *
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* * * * ** * * *
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* * * ** * *
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* * * *
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* ** * * * * **
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* * * * * * ** * *
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* * **
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* * * * * ** * * *
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1 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACATTTTGTTTTGTCA-TAA
* **** * ** * **
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* * ** ** * * * * *
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130 AATTAATAGCTAAGAGATTTAAAAAATAAATTCATTTACCGAACCAATTCAAACAATTAAGACCA
* * * * * * * * *
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195 TATGAACAACTATCTATCTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTC-AA
* * *
45560 TCATACAAGCTTATTC-GAAATAAAATAATACTAATTTAGTAATATTCTGAAAATTAA-TAACTA
259 CCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAAAACTAATTTACTAATATT-T-AAAA--AATTAA-TA
** * * *
45623 AGAGATTTAAAAAATAAATCCATTT-GTCAAACCAATTCA
318 AGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-GAACCAGTTCA
* * * * * ** * *
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1 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT-AACATTTTGTTTTGTCATAA
* ** * * * ** * * * * *
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* * * * * * *
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45846 TAACTATTTG
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Statistics
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AATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTATTTACTGAACCAGTTCA
Found at i:43608 original size:180 final size:178
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* * * * * * *
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* * * * * * ** * * *
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* ** * * ** * * *
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* * * *
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* * * * *** * * *
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1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * * * * *
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* * * *
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** * * ** *
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1 AAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
* * * * * * * *
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* * *
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* * * * * * * *
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1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* *
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* *
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* * *
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1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCT-TTTGTTTTGTCATA
* * *
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* * * * *
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* * ** * *
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1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * * * * * *
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* * * *
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* ** ** * * * * *
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1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
** * *
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* * * * * *
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129 AAATTAATAAGTAAGAGA-TTT-AAAAAATAAATCTATTTATCGAAC-AGTTC
* * ** * * *
44045 AAATAGTCATGTCTATTTGAATTATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTATTTTATCATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
** * ** *
44110 AATGATTGTTTCTATTAATACAAAATTATTCAGAAT-AAATAATACTAATTTACTAATATTT---
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* * * * *
44171 -TTTAATTAA-TAAGAGATTTAAGAATTAAATATATTTATCGAACCAATTC
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* * * * *
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1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * * *
44284 AACAATTGCTTT-TGTTCATACAAGCTTATTCAAAGTAAAATATTACTAAATTAATAATATTCTA
66 AACAATTG-TTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TA
* * * * *
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128 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA-TTTATCGAA-CAGTTC
* * * * * * *
44400 AAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTTAAATCATTCTTACCTTTTATTTAGTCATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * * *
44465 AACAATTATTTC-AGTTCATACAAGATTATTCAAAATAAAATAATAGTAATTTATTAACT-TTCA
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* * *
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* * * * *
44583 AAATA-TATTTGACTATTTGAATAATTATTTATTT-AAAGTCCTTATGACCTTTTATTTTGTCAT
1 AAATAGT-TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * * *
44646 AAAACAATTGTTTC-ATTTCATA-AACTCTTATTCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAACATT
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* * * *
44709 TCAAAAATTAATAAGCAAGAAATTT-AAAACTAAAGT-TGTTT-TCTGAACTAGTTC
126 T-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA-TCTATTTATC-GAAC-AGTTC
* * * * *
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1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * ** * * *
44827 AATAATTATTTCTAACCATATAAGCTTATTC-AGATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCA
66 AACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGA-AT-AAAATAATACTAATTTATTAATATT-TA
* * * * ** *
44891 ACAATTAGT--G-AA-AGATTTTAAAAATAAATATATTTGCCAAACCAGTTC
128 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAA-CAGTTC
* * * * * * * * *
44939 AAATAGCTAAGACTATTAGAATAATTATATATTTCAAATCATTCTAACCTTTTGTTTAGTCCCTA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT-CATA
* * * * *
45004 TAATAATTGTTT-TCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTC
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* * * * * *
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* * * * *
45122 AAAGAGTTATTACAATTTGAACAATTATCGATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * * * * * * * *
45187 AATGAATTATTT-TAGTTCACAAAAGCTTATTCAAAAGAAAATAGTGCTACTTTATTATTATTTC
66 AA-CAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTC-GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-
* * * *
45251 GAAAGTTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATC-AGTTTA-CTAAATAAGTTC
127 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA-TTTATC-GAA-CAGTTC
* * * * * ** * *
45303 AAATAATTATGGCCATTTGAACAACTATCTATTTCATATTGTTATTACCTTTTGTTATGT-ACTA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA-TA
* * * * * ** *
45367 AAGCAATTGTTTTTCA-ACATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTACAAATATTTC
65 AAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTC-GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTA
* * * * **
45431 AAAATT--TAA-TAAGAGTTTTAAAAAATAAATTTGTTTA-CTAAACCAAATC
128 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATC-GAA-CAGTTC
** * * * * * *
45480 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACATTTTATTCTATAATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * *
45545 AACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAGTAATATTCTGA
66 AACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAA
* * * * *
45610 AAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCCATTTGTCAAACCAATTC
129 AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAA-CAGTTC
* * * * * ** * *
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1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* ** * * * * * * *
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66 AACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTC-GAATAAAATA-ATACTAATTTATTAATATTT-
* * *
45789 AAAAA-T--T-A-TAAGAGATTTAGAAAATAATTTTATTTATCGAACCAGTTC
127 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAA-CAGTTC
* * *
45837 AAATAATTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
45885 ACCAGAGTGT
Statistics
Matches: 2475, Mismatches: 510, Indels: 244
0.77 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
173 2 0.00
174 34 0.01
175 91 0.04
176 152 0.06
177 149 0.06
178 36 0.01
179 223 0.09
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184 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (178 bp):
AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
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ATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACAGTTC
Found at i:43920 original size:540 final size:543
Alignment explanation
Indices: 42600--45884 Score: 2648
Period size: 539 Copynumber: 6.1 Consensus size: 543
42590 AACCAATAAA
* * * * * *
42600 AAAT-GTTATGACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATTGTT-TTAACTTTTGGTTCTGTTATA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTC-GTCATA
* * ** * * * *
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* * * * ** * * * *
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130 AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGAC
* * * * * *
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* ** * * * *
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* * * * * * *
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* *** * * * * * * *
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* *
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* * * * *
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** * * * *
43143 AAATCTTTATG-TTAATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATA
1 AAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTCGTCATA
* * * * * *
43207 AAATAATTGTTTATGTTTATACAAGCTCATTCAGATTAAAAA-AATATTAATTTATTAATATTTC
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* * *** * * *
43271 AACAAA-TAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAACATGTTTATTGAACAAGTTCAAATGGTCATG
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* * * * * * *
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* *
43400 TAGTTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG
258 TAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG
* * * * *
43465 TAAGAGAATT-AAAAAATTAATCTATTTATCGAACATGTTCAAATAGTTATGACTA-TTAAACAA
323 TAAGAGATTTGAAAAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA
* * * *
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388 TTATCTATTTCAAATCATTATGACCT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAGTTCATACA
* *
43591 AGCTTATTTC-GAATAAAATAATATAAAATTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTA
452 AGCTTA-TTCAAAATAAAATAATAT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTA
* **
43655 AAAAATAAATATGTTTTTTGAACACGTTC
515 AAAAATAAATATATTTACTGAACACGTTC
* * *
43684 AAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTGAAATTGTTATGAGCTTTTGTTTCGTCATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTCGTCATAA
* * * ** * *
43749 ACCAATTGTTTCTGTTCATAAAAGTTTATTTGGA-AAAAATGATACTAATTTATTAAAATTCCAA
66 AACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAGATAAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAA
* * * * * * *
43813 AAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAGTAAATCTATTTACCGAGCGAGTTCGAATAGTTATGACC
131 AAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACT
* * * * * * *
43878 CTTCAAATAATTATTTATTTCAAATCATTTTGA-TCTTTTGTTTTGTCGT-AAACAATTGTTTCT
196 ATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACT-TTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTT-T
** * *
43941 A-TTCATACAATTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATGAATATTCTAAAAATTAATAAGT
259 AGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGT
* * * * * * * * * **
44005 -TGAGATTTTGAAAAAATAATTCTGTCTACCGAACAAGTTTAAATAGTCATGTCTATTTGAATTA
324 AAGAGA-TTTGAAAAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA
* * * ** *
44069 TTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTATTTTATCATAAAATGATTGTTTCTA-TTAATACAA
388 TTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAGTTCATACAA
** * * *** * *
44133 AATTATTCAGAAT-AAATAATACTAATTTACTAATATTT-TTTAATTAATAAG---AGATTTAAG
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* *
44193 AATTAAATATATTTA-TCGAAC-CAATTC
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* * * ** * * *
44220 AAATACTTATGACTATTTGAATAATTATCTATCTCAAATCATTATGATC-TTTGTTTTGTAATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTCGTCATAA
* * * * *
44284 AACAATTGCTTT-TGTTCATACAAGCTTATTCAAAGT-AAAATATTACTAAATTAATAATATTCT
66 AACAATTG-TTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAGA-TAAAAATAATACTAATTTATTAATATTCC
* * * * *
44347 AAAAAATAATAAG-AAAGAGATTTAAAAAATAAATGA-GTTTACCGAACCAATTCAAATAGTTAA
129 AAAAATTAATAAGTAAA-AGATTTAAAAAATAAAT-ATATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTAT
* * * * * *
44410 GACTA-TTAGAACAATTATCTATTTTAAATCATTCTTACCTTTTATTTAGTCATAAAACAATTAT
192 GACTATTTA-AATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTATTTTGTCATAAAACAATTAT
* * * * *
44474 TTCAGTTCATACAAGATTATTCAAAATAAAATAATAGTAATTTATTAACT-TTCAAAAAATTAAT
256 TTTAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAA-TATTCTAAAAATTAAT
* * * *
44538 GAGCAAGAGATTTAAATAAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTCAAATA-TATTTGACTATTTG
320 AAGTAAGAGATTTGAA-AAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTCAAATAGT-TATGACTATTTG
* * * * *
44602 AATAATTATTTATTT-AAAGTCCTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-ATTTC
383 AACAATTATCTATTTCAAA-TCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAGTTC
* * * *
44665 ATA-AACTCTTATTCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAACATTTCAAAAATTAATAAGCAAGA
447 ATACAA-GCTTATTCAAAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-A
* * *
44729 AATTT-AAAACTAAAGT-TGTTTTCTGAACTA-GTTC
509 AATTTAAAAAATAAA-TATATTTACTGAAC-ACGTTC
* * * ** *
44763 AAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATCAATCTCAAATCATTATGATC-TTTGTTTTC-TCATA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTG-TTTCGTCATA
* * *** * *
44826 AAATAATTATTTCTAACCATATAAGCTTATTCAGATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCA
65 AAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAGATAAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCA
* * * * * *
44891 ACAA-T--T-AGTGAAAGATTTTAAAAATAAATATATTTGCCAAACCAGTTCAAATAGCTAAGAC
130 AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGAC
* * * * * * * * * *
44952 TA-TTAGAATAATTATATATTTCAAATCATTCTAACCTTTTGTTTAGTCCCTATAATAATTGTTT
195 TATTTA-AATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTATTTTGT-CATAAAACAATTATTT
* * *
45016 TCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTC-CAAAATTAATAA
258 T-AGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAA
* * * * * * *
45080 GCAAGAGATTTGAAAATATAAATTTGTTTA-CTAAACAAGTTCAAAGAGTTATTACAATTTGAAC
322 GTAAGAGATTTGAAAAAATAAATCTATTTATC-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * * *
45144 AATTATCGATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATGAATTATTT-TAGTTCACA
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* * * * * * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * *** * * ** *
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* * * * * **
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* * ** * * * * *
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* *
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* * * * * *
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* * ** * * * ** *
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* * * * * *
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* * *
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* * * **
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* * * * * *
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* * ** * * *
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* * * * ** ** *
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* * * * * * *
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** *
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* * * * * * * * * *** *
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* * * * * * * * * *
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* * * * *
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* ** * * * ** * *
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* * * ** **
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* * * * *
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* * * * * *** *
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* * * *
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1 AAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTA
* * ** * * * *
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* * * * * * * * * *
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* * * * * * ** ** * *
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1 AAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTA
* * * * * * *
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* ** * * * * * ** ** *
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1 AAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTA-TTTTTT
* * * * * * ** * ** *
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* * ** * * * * * * *** *
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* * * * * * * * * * **
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1 AAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTA
* *
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66 AATCTCTTAATT-ATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC-AAACTAAAC
* * * * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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66 AATCTCTTAATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCAAACTAAAC-T
** * * * * * *
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1 AAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTA
* * * * *** **
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* * * * * * *** *
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** * * * * *
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* * * * * *
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* ** * * * * * * ** *
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* * * *
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* * * * * * * * *** *
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* * * * * * * * *
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* ** * * * ** * **
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* * * * * * *
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* * * * * ** ** *
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* * * *
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* * * * ** * * **
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* ** * * * * *
48311 GAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAACTTTTTGAACTAGTTTGTTAAACGGATTTATTTTTT
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* * * * *
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* * * * *
48545 -TTATTTTTTAAATCTCTTACATATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCAATTTTGTTTT-TCC
64 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTC
* * * * * *
48608 AAATAAGCTAGTATGAATTGCAAAAAAATTGTTTTACGACAAAACAAAA----AT--T-ATTTGA
127 TAATAAGCTTGTATGAACTG--AAACAATTGTTTTATGA-TAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA
* * ** * * * * *
48666 AATAGATAATTGTTCATATAGTTTTAACTATTTGAACTAGTTTGGCAAATAAATTTGTATTTTAA
189 AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGA--T-T-TTTTAA
** ** * * *
48731 AT-TTCTTAATTATTAATTTTAAGAATATT-TTCATATTAGTATTGTTTTATTTTGAATAAGCTT
250 ATCTT-TTTCTTATTAATTTTTTGAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTT
* * *
48794 GTATGAATAT-AAATAATTGTTTTATGGCAAAACAAAAGGTTAT
313 GTATGAAT-TGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
** * * * * * * * * *
48837 AATGATTTGAATTATACAATTGCTT-AAATAGTTATAACTATTTAAACTAGTTCGGTATAA-AGA
1 AACAATTTGAAATAGATAATT-ATTCAAATAGCTATAACTATTTGAACTAATTCGATA-AACAAA
* * * *
48900 -TT-TTTTTAAAATCTCTTACTTATTATTTTTTGAAAGATTAATAAATTACTATTATTTTATTTC
64 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTA-ATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTC
* ** ** * ** * * *
48963 AAATAAAATAATATG-A-TAAAAATCAATTGTTACATGACCAAACAAAAGGTAATAACGATTTGA
127 TAATAAGCTTGTATGAACT-GAAA-CAATTGTTTTATGA-TAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA
** * * * * * *
49026 AATAGATAATTGCTGAAAT-GACCATAATTATTTAAAC-TGAATCGGTAAATAGATTCACCTTTT
189 AATAGATAATTATTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAACAGATT----TTTT
* * *** * * *
49089 AAA----TTGCTCATTAATTTTCAAAATAGTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGACTAAGTTT
248 AAATCTTTTTCTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTT
* * *
49150 GTATGAATTCAAACAATTGCTTTATAACAAAACAAAAGGTCAT
313 GTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * ** * * ** *
49193 AAC-ATTTTAAATAGACAATTGCTCAAAT-GGTCATAACTATTTGAATTTGTGCGATAAACAAAT
1 AACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGCT-ATAACTATTTGAACTAATTCGATAAACAAAT
* ** * * *
49256 TTA--TTTTCAA-CTCTTGGTTATTAATTTTTGAATTATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTA
65 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTA
* * * *
49318 GATAAGCTTTTTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGTTAAAACAAAAGGTCATAATAATTTTAAA
129 -ATAAGC-TTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGAT-AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAA
* * * *
49383 TA-ATTAATTATTTAAATAGTCATCACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTCAA
191 TAGA-TAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAG----ATTTTTT-AA
* * * *
49447 ATCATTTCCTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTTAG-ATTATTTTATTTTAAAAAAGCTTG
250 ATCTTTTTCTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTG
* * * * * *
49511 TA-AAATATGAAACAAATATTTTATGACTAAATAAAAGGTCAA
314 TATGAAT-TGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
** * * * * * * * * ** *
49553 AATGATTTGAAATAGATATTTATTCTAATAGTTCTAACTATTTAAATTGACTCGGCAAACACATT
1 AACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGCTATAACTATTTGAACTAATTCGATAAACAAATT
* * * * *
49618 TA-TTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTAATCAA
66 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTCTA
* * * * * * * *
49682 ATAAGCCTCTATG-ATTAGAAACAATTGTTTTATGACAAA-ACAAAGATCTTAACGATTTGAGAT
129 ATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGATAAACA-AAAGGTCATAATGATTTGAAAT
* * * * ** *
49745 TGATAATTGTTCAAACAATCATAACTATTTGAACTAATTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATC
192 AGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAAC--A--GATTTTTTAAATC
* * * *
49810 TCTTACTTATTAA-ATTTTGAGATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGTTTGTAT
253 TTTTTCTTATTAATTTTTTGA-ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTAT
* *
49874 G-A-TGAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCAT
317 GAATTG--AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* *
49913 AACAATTTGAAATAGATAATCT-TTCAAATGGCTATAATTATTCT-AACTAATTCGATAAACAAA
1 AACAATTTGAAATAGATAAT-TATTCAAATAGCTATAACTATT-TGAACTAATTCGATAAACAAA
* * *
49976 TTTATTTTTTAAGTTTCTTACTTATT-ATTTTAGTAAGTATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
64 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-G-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-
** * * * * *
50040 CTTCTAAGCTTGTATTAACTGAAACAATTGTTTTGTGATAAATTAAAAGGTTATAATGATTTTAA
126 CTAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGATAAA-CAAAAGGTCATAATGATTTGAA
* * * *
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190 ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTTTTAAATCTT
* * * *
50170 TTTCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTCTGAATAAGCTTGTATAAA
255 TTTCTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA
* * * *
50235 CTGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAATGGTCAG
320 TTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * * * *
50271 AACGATTTCAAATAGATAACTATTCTAATAATCT-TAACCATTTGAACTAATTCGATAAACAAAT
1 AACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT-AGCTATAACTATTTGAACTAATTCGATAAACAAAT
* * * * * *
50335 TTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGAATTACTTTAATCAG
65 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC-T
* *
50400 AATAAGCTTGTATGAA-TAAAAC-ATTGTTTTATGATAAAAGAAAAAGGTCATAATGATTTGAAA
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* * * * * * * * *
50463 TAGATAATCATTCATACAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCAGTAATTAGATTTATTTTTTTAAT
191 TAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAA--ACA--GATTTTTTAAAT
* * *** * *
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252 CTTTTT--CTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAT-AAGCTTG
* * * * * * * *
50591 TATGAATAGGACCAATTGTCTGATGACAAAATAAAAAGTTAT
314 TATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
** * * * ** * * *
50633 AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG-TCAAAACTATTTAAAATGGTT-TAGTAAATAGA
1 AACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGCT-ATAACTATTTGAACTAATTCGA-TAAACAAA
** *
50696 TTTACGTTTTAAATCTCTTA-TTGATTAATTTTTTGAAATATTACTAAATTAGTATTATTTTATT
64 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTT-ATTAA--TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * * ** *
50760 CTGAATAAACTTATATGAA-TAGAAAAAATTGTCTTATGATAGAACAAAAGGTTATAACAATATG
126 CT-AATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGATA-AACAAAAGGTCATAATGATTTG
* * *
50824 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTATACAGATTTTTTTTTAA
188 AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGA---TTTTTTAA
* * * * *
50889 ATC----TCTTATTAA-TTCTTGAAATATTAGTAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTC
250 ATCTTTTTCTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTG
* * *
50949 TAT--ATTGAAAAGCAATTGTTTTGTGAGAAAACAAAAGGTAAT
314 TATGAATTG-AAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * * * * * *
50991 AACAATTTGAAATAGATAGTTATTTAAATGGCCATAATTATTTGAACTAACATAG-TAAACTAAT
1 AACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGCTATAACTATTTGAACTAA-TTCGATAAACAAAT
* * *
51055 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAACTTTTGAAATATTAATACAGTAGTATTATTTTATTTTG
65 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-
* * * * * * * * *
51120 GATAAGTTTTTGTGAACTAAAACAATTG-TTTATGACAAAACAAAAAGTCGTAATGATTTTAAAT
128 AATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGA-TAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT
* * **
51184 TGATAATTATTCAGATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAAAGTTATTTTTTCAAAT
192 AGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAAC--AG--ATTTTTT-AAAT
* * * *
51249 C----TCTTATTAATTTTTTGAATTTTATTAAATTAGTTTTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTAT
252 CTTTTTCTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTAT
* * * * *
51310 GAATTGAAACAATTATTATATGACTAAACAAAAGGTTAG
317 GAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * *
51349 AATAATTTGAAATTA-AAAATTATTCTAATAGTCT-TAAATATTTGAACTA
1 AACAATTTGAAA-TAGATAATTATTCAAATAG-CTATAACTATTTGAACTA
51398 GTTCAGTAAA
Statistics
Matches: 2542, Mismatches: 572, Indels: 330
0.74 0.17 0.10
Matches are distributed among these distances:
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351 2 0.00
352 8 0.00
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Consensus pattern (355 bp):
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AAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGATAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGAT
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ATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAA
CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
Found at i:50922 original size:720 final size:712
Alignment explanation
Indices: 47814--57520 Score: 4204
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47804 ACTTGTTTGG
** * * *
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* * * * * * * *
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** * * * * * * * *
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124 TAATAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGAT
* * * * *
48004 TCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTAGAATATTAATAACTTAGTAATATTTTATTTCA
189 T-TTTTTTTAAATCTC----TTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGA
* ** * * * * * * ** * *
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249 ATA--AGCTTGTATAAAATGAAACAATTGTTTTATGACT-AAACAAAAGGTCAAAACGA-TTTGA
* * * * * * ** *** * **
48132 AATAAATACTTACTCAAATAGTCATGACTATTTGATTTTGTTCAGTAAACATATTTATTTTAAAA
310 AATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTAAATC-GTAAACAAATTTATTTTTTAA
* * * * * *
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374 A-TATCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCAGAATAAGCTTC
* * ** * * **
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** * * * * *
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497 TTATTCAAACAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAG-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* ** * * * * * **
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561 CTTATTAAATTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAA-TAAGTTAGTATGATGA
* * * * * * * *
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* * ** * *
48511 G-TCATAATTATT-TGAACCGGTTAGG
689 GCT-AAAACTATTCT-AA-CAATTCGA
** * * *
48536 TAAACAGAA-TTATTTTTTAAATCTCTTACATATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCAATTTT
1 TAAACA-AATTTACGTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATT
* * * * * * *
48600 GTTTT-TCCAAATAAGC-TAGTATGAATTGCAAAAAAATTGTTTTACGACAAAACAAAA----AT
64 ATTTTATTCTAATAAGCTTA-TATGAACTG--AAACAATTGTTTTATGA-TAAACAAAAGGTTAT
* * ** * * * *
48659 --T-ATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTTTTAACTATTTGAACTAGTTTGGCAAATAAATT
125 AATAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATT
* * * * *
48721 TGTATTTTAAATTTCTTAATT-ATTAATTTTAAGAATATT-TTCATATTAGTATTGTTTTATTTT
190 T-TTTTTTAAATCTCTT-ATTAATT--TTTT--GAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTA-TTT
* * * * * * *
48784 GAATAAGCTTGTATGAATAT-AAATAATTGTTTTATGGCAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAA
247 GAATAAGCTTGTAT-AAAATGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAACGATTTGAA
* * * * * * ** * *
48848 TTATACAATTGCTT-AAATAGT-TATAACTATTTAAACTAGTTCGGTATAA-AGA-TT-TTTTTA
311 ATAGATAATT-ATTCTAATAGTCT-TAACTATTTGAACTAAATC-GTA-AACAAATTTATTTTTT
* * * * * * **
48908 AAATCTCTTACTTATTATTTTTTGAAAGATTAATAAATTACTATTATTTTATTTCA-AATAAAAT
372 AAATATCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTA-ATCAGAATAAGCT
** ** * * * * *
48972 AATATG-ATAAAAATCAATTGTTACATGACCAAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAAT
436 TCTATGAAT-AAAA-CAATTGTTTTATGA-AAAAAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATTGATAAT
** * * * * * * * * * **
49036 TGCTGAAA-TGACCATAATTATTTAAACT-GAATCGGTAAATAGATTCACCTTTTAAAT-TGC-T
498 TATTCAAACAG-TCATAACTATTTGAACTAG-TTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCT-CTT
* * * *
49097 -C--ATTAATTTTCAAAATAGTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGACTAAGTTTGTATGAAT-
560 ACTTATTAAATTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGTTAGTATG-ATG
** * * * * * *
49158 TCAAACAATTG-CTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAAC-ATTTTAAATAGACAAT-TGCTCAAA
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* **
49220 TGG-TCATAACTATT-TGAA-TTTGTGCGA
687 TGGCT-AAAACTATTCT-AACAAT-T-CGA
* ** * *
49247 TAAACAAATTTA--TTTTCAA-CTCTTGGTTATTAATTTTTGAATTATTAAGAAATTAGTATTAT
1 TAAACAAATTTACGTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * *
49309 TTTATTTTAGATAAGCTTTTTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGTTAAAACAAAAGGTCATAAT
66 TTTATTCTA-ATAAGC-TTATATGAACTGAAACAATTGTTTTATGAT-AAACAAAAGGTTATAAT
* * * *
49374 AATTTTAAATA-ATTAATTATTTAAATAGTCATCACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTA
128 AATTTTAAATAGA-TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTT-
*
49438 TTTTTTCAAATCATTTCCTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTTAG-ATTATTTTATTTTAA
191 TTTTTT-AAATC---T-CTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTA-TTTGA
* * * * *
49502 AAAAGCTTGTA-AAATATGAAACAAATATTTTATGACTAAATAAAAGGTCAAAATGATTTGAAAT
249 ATAAGCTTGTATAAA-ATGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAACGATTTGAAAT
* * * * * * *
49566 AGATATTTATTCTAATAGT-TCTAACTATTTAAATTGACTCGGCAAACACATTTA-TTTTTAAAT
313 AGATAATTATTCTAATAGTCT-TAACTATTTGAACTAAATC-GTAAACAAATTTATTTTTTAAAT
*
49629 ATCTTACTTATTAATTTTT-AGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTAATCA-AATAAGCCTCT
376 ATCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTATTAAATTAGTATTA-TTTTAATCAGAATAAGCTTCT
* * * * * * * *
49692 ATGATTAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGATCTTAACGATTTGAGATTGATAATTGTTC
439 ATGAATA-AAACAATTGTTTTATGAAAAAAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATTGATAATTATTC
* * * *
49757 AAACAATCATAACTATTTGAACTAATTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTA
503 AAACAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTA
** * * *
49822 AATTTTGAGATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGTTTGTATGATGAAAAATAAT
568 AATTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGTTAGTATGATGAAAAACAAT
* * * *
49887 TGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATCTTTCAAATGGCTATAATT
633 TGTCTGATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATCTTTCAAATGGCTAAAACT
49952 ATTCTAACTAATTCGA
698 ATTCTAAC-AATTCGA
** * * * *
49968 TAAACAAATTTATTTTTTAAGTTTCTTACTTATT-ATTTTAGTAAGTATTAATAAATTAGTATTA
1 TAAACAAATTTACGTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG-AAATATTAATAAATTAGTATTA
** * * * *
50032 TTTTATTCCTTCTAAGCTTGTATTAACTGAAACAATTGTTTTGTGATAAATTAAAAGGTTATAAT
65 TTTTATT-CTAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTGTTTTATGATAAA-CAAAAGGTTATAAT
* *
50097 GATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTTT
128 AATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTTT
** *** * * *
50162 TAGATCTTTTTCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTCTGAATAAGCT
193 T-TTTAAATCTCTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAATAAGCT
* * * * *
50227 TGTATAAACTGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAATGGTCAGAACGATTTCAAATAGATAACT
256 TGTATAAAATGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAACGATTTGAAATAGATAATT
* * *
50292 ATTCTAATAATCTTAACCATTTGAACTAATTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATATCTTACTT
321 ATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTAAATCG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATATCTTACTT
* * *
50357 ATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGAATTACTTTAATCAGAATAAGCTTGTATGAATAAAAC
385 ATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCAGAATAAGCTTCTATGAATAAAAC
* * * *
50422 -ATTGTTTTATGATAAAAGAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATCATTCATACAGTCTT
450 AATTGTTTTATGA-AAAA-AAAAAGGTCATAATGATTTGAAATTGATAATTATTCAAACAGTCAT
* ** * * * *
50486 AACTATTTGAACTGGTTCAGTAATTAGATTTATTTTTTTAATTTTTTTGAC-TATTAAGTTTCAA
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* ** *
50550 AATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAAG-TAGTATGAAT-AGGACCAATTGTCTG
576 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAT-AAGTTAGTATG-ATGAAAAACAATTGTCTG
* * ** *
50613 ATGACAAAATAAAAAGTTATAATGATTTGAAATAGATAAT-TATTCAAATAG-TCAAAACTATT-
639 ATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATCT-TTCAAATGGCT-AAAACTATTC
**
50675 TAA-AATGGTTTA
702 TAACAAT--TCGA
* * *
50687 GTAAATAGATTTACGTTTTAAATCTCTTA-TTGATTAATTTTTTGAAATATTACTAAATTAGTAT
1 -TAAACAAATTTACGTTTTAAATCTCTTACTT-ATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* * *
50751 TATTTTATTCTGAATAAACTTATATGAA-TAGAAAAAATTGTCTTATGATAGAACAAAAGGTTAT
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* * * * * *
50815 AACAATATGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTATACAGATT
125 AATAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATT
* * *
50880 TTTTTTTAAATCTCTTATTAA-TTCTTGAAATATTAGTAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAA
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* * * ** *
50944 GCTTCTAT--ATTGAAAAGCAATTGTTTTGTGAGAAAACAAAAGGT-AATAACAATTTGAAATAG
253 GCTTGTATAAAATG-AAA-CAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCAA-AACGATTTGAAATAG
* * * * * * * *
51006 ATAGTTATT-TAAATGGCCATAATTATTTGAACTAACATAGTAAACTAATTTATTTTTTAAATCT
315 ATAATTATTCT-AATAGTCTTAACTATTTGAACTAA-ATCGTAAACAAATTTATTTTTTAAATAT
* * * * * ** * * * *
51070 CTTACTTATTAACTTTTGAAATATTAATACAGTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGTTTTTGTGA
378 CTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCAGAATAAGCTTCTATGA
* * *
51135 ACTAAAACAATTG-TTTATGACAAAACAAAAA-GTCGTAATGATTTTAAATTGATAATTATTCAG
443 A-TAAAACAATTGTTTTATGA-AAAA-AAAAAGGTCATAATGATTTGAAATTGATAATTATTCAA
* * * * *
51198 ATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAAAGTTATTTTTTCAAATCTCTTA-TTAATT-
505 ACAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTT-ATTA
** * * * *
51261 --TTT-TGAATTTTATTAAATTAGTTTTATTTTATTCTGAATAAGCTT-GTATGAATTG--AAAC
568 AATTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAG-TTAGTATG-A-TGAAAAAC
* * * * * * * * *
51320 AATTAT-TATATGACTAAACAAAAGGTTAGAATAATTTGAAATTA-A-AA--ATT---AT-TCT-
630 AATTGTCT-GATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAA-TAGATAATCTTTCAAATGGCTA
*
51375 -AA-TAGTCTTAA-ATATT---
693 AAACTATTC-TAACA-ATTCGA
* * * * * *
51391 TGAACTAGTTCA-G---TAAA-----TAC----TAATTTTT-AGAACATTATTAAATTAGTATTA
1 TAAACAAATTTACGTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * * *
51442 TTTTTATCCAAATAAGCTTGTATG-ATTAGAAACAATTGTTGTATGAGAAAACAAATA--TCATA
65 -TTTTATTCTAATAAGCTTATATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGA-TAAACAAA-AGGTTATA
* * * * * * * * **
51504 ATGATTTGAGATTGATATTTGTTCAAATAGTCATAACATGCTTTTTAA-TTATTGAAATATTAAT
126 ATAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC-T--ATTTGAACTTGTT----TGGTAA-
* * * ** * * *
51568 AAAGTAGTATTTTTTT--ATTTCGGA-TAATTTTTGATGAAT-TGAA-ACAATTA-TTTTATGTC
183 ACAG-A-TTTTTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTT--TGAATATTAATA-AATTAGTATTAT-TT
* ** * * ** * * ** * * * *
51627 AAAAT-AA-AAGGTCT-AATAACTTTAAATAAATAATTGT-T--C---A-AATA-GTCAAATCTA
242 TATTTGAATAAGCT-TGTATAAAATGAAA-CAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAACGA
* * * ** ** * *
51681 TTTGAACTTG-T--TCTA-T-GAATAGT-TT---T-TTT----TAAATC-TCTTACTCATTAAAT
305 TTTGAAATAGATAAT-TATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTAAATCGT-AAACAAATTTATT
* * * * * * * * * * * * * *
51731 TTTT-GA-ATGTTAATAAATT-AGTATT--ACT-TTATTCTGAATAAGT-TTGTATAAATTAAAA
368 TTTTAAATATCTTACT-TATTAATTTTTGAAATATTA-T-TAAATTAGTATTATTTTAATCAGAA
** * * *
51789 TAA---T-TAT-TTTA-------TG----ACT---AAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAACAT-
430 TAAGCTTCTATGAATAAAACAATTGTTTTA-TGAAAAAAAAAAGGTCATAATGATTTGAAA-TTG
* * * * * ** * *
51834 AAAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTAGAACTAGTTTGGCAAAC--ACTT-TTTTTT-AATCTC
493 ATAATTATTCAAACAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTC
* * *** * * * * *
51895 TTACTTTTTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCTAAATAAGTTTGTATGA-
558 TTACTTATTAAATTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGTTAGTATGAT
* * * ** * * * ** * *
51959 AAAGAAACAATTGTTTTATGATGAAATAAAGA-TCGTAATGATTTGAGATAGATAATTCTTT-AC
623 GAA-AAACAATTGTCTGATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAA-TCTTTCAA
* ** *
52022 ATAG-TCAAAACTATT-TAAACTGTTTCTA
686 ATGGCT-AAAACTATTCT-AAC-AATTCGA
** *
52050 T-AACAAATTTA-GTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTCAAAATATTAATATATTAGTATTA
1 TAAACAAATTTACG-TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* ** ** ** * * * * *
52109 TTTTATTTTGAATAATTTTGCATGAACAAAAATAATTGTTTTATTAAAAAATAAAAGGTCATAAT
65 TTTTATTCT-AATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTGTTTTA-TGATAAACAAAAGGTTATAAT
* * * * * * *
52174 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGACA-AGACTTTTTGAACTTGTTTGGTGAACATATTTT
128 AATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA-ACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTT
*** * *
52238 ATTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTCAAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTGTTTTGAAT
192 -TTTTTAAATCT-CT---TATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTGAAT
* * * * * * * * *
52303 AAACTTGTAT-GAATAGAAACAATTGTTTTACGACAAAACAAAAGATCATAACTATTGGAAA-AA
251 AAGCTTGTATAAAAT-GAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAACGATTTGAAATAG
* * * * * * * *
52366 ATAATTGTTCAAATAGGTATAATAACTATTTAAACTTACTCAGTAAATAGATTTATTTTTT-AA-
315 ATAATTATTCTAATA-GTCT--TAACTATTTGAACTAAATC-GTAAACAAATTTATTTTTTAAAT
* * * * * *
52429 A---T-CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAACTAGTATTATTTTATTTC-GAATACGCTTGTA
376 ATCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTA-ATCAGAATAAGCTTCTA
* * ** *
52489 TGAATAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATACATAATTCTT
440 TGAATA-AAACAATTGTTTTATGA-AAAAAAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATTGATAATTATT
* * * * * * * *
52553 TAAATAGTCGTAACTACTTGAAC-ATGTTCAGAAAATAGATTTA-TTTTTATAAT-TTTTTCTTA
502 CAAACAGTCATAACTATTTGAACTA-GTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTA-AATCTCTTACTTA
* *** * * * **
52615 TTAATTTTTTGGAATATTAACAAATTAATATTATTTTATTTGGAATAAGCTT-GTATGAACAAAA
565 TTAA-ATTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAG-TTAGTATGATGAAAA
* * * * * * **
52679 A-AATTATTTTATGACAAAAC-AAATGTCATAACGATTTGAAATAGAAAAT-TGTTCAAAT-AAT
628 ACAATTGTCTGATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATCT-TTCAAATGGCT
* * * **
52740 CATAACAATTCAAACTTGTTC-A
692 -AAAACTATTCTAAC-AATTCGA
* * ** * ** * *
52762 GTAAATAAATTCATTTTTTAAATCTCTTGCCCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATAAGTATTA
1 -TAAACAAATTTACGTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * *
52827 TTTTATTTCAAATAAGCCTATATGAATTGATACAATTGTTTTATGATGAAACAAAAAGGTTATAA
65 TTTTA-TTCTAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTGTTTTATGAT-AAAC-AAAAGGTTATAA
** * * * * *
52892 CGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACTT-TTTAGGTAAACATATTT
127 TAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTT-GGTAAACAGATTT
* * * * * ***
52956 GTTTTTGAAATCTCTTACTT-ATTAATTGTTGAAATATTGATAAATTAATATTACTCTAATCCAA
191 -TTTTTTAAATCTCTTA-TTAATT--TT-TTG-AATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTGA
* * * * * * * * *
53020 ATAAGCTTCTAT-GAA-CAAA-AACTATTTTATGACAAAAC-AAAGAGTCATAATGATTTAAAAT
249 ATAAGCTTGTATAAAATGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAG-GTCAAAACGATTTGAAAT
* * * * * * * * * * *
53081 AAATAATTGTTCAAATAGT-TATAA-TATTGGAATTTATTCGGT-AATAGAGTTGTTTTTTAAAT
313 AGATAATTATTCTAATAGTCT-TAACTATTTGAACTAAATC-GTAAACAAATTTATTTTTTAAAT
* * * * * * * *
53143 CTTTTACTTATTAAGTGTTTG-GATATTAATAAATTTGTATTATTTTAAT-TGAAATAAGCTTGT
376 ATCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCAG-AATAAGCTTCT
* * * * *** * * **
53206 ATGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATTGCGATTTGAAATAGGTAATTGCT
439 ATGAATA-AAACAATTGTTTTATGA-AAAAAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATTGATAATTATT
* * * * * * * *
53271 CAAATAGTCATAACTGTTTGAATTTATTTGA-TAAACAGATTCAGTTTTTAAATCTTTTACTTAT
502 CAAACAGTCATAACTATTTGAA-CTAGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
* *** ** ** *** ** **
53335 TAATTTTTGGAATATTAATAAATTAAAATTAAATTATTCCAAATAAGCTT-GTGGGAACAAAAAC
566 TAAATTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAG-TTAGTATGATGAAAAAC
* * ** * * *
53399 AATTGCTTTG-TGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGAT-ATTTGTTCCAATAG-TC
630 AATTG-TCTGATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATCT-TTCAAATGGCT-
* * *
53461 AAAATTATT-T-GC-ATT-GG
692 AAAACTATTCTAACAATTCGA
* * ** *
53478 TCAAGCCAATGAATTCATTTTTTAAGTC-CATTACTTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTA
1 T-AA-AC-A--AATTTACGTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTA
** * * * * * * *
53541 ACATTACTTTATTCTGAATAAGATTGTATCAA-TAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAATA-
59 GTATTATTTTATTCT-AATAAGCTTATATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGA-TAAACAAA-AG
* * ** * * * * *
53604 GTCATAACAATTAGAAATAAATAATTGTTCAAATTGTTATAACTAATTAAAC-TGATTTGGTAAA
120 GTTATAATAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTTGGTAAA
* * ** * *
53668 TTA-ATTTATTTTTTAAATATCTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAGTTAATATTATTTTATTA
184 -CAGATTT-TTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-
* * * * * * * *
53732 AGAACAAACTTATATGAACAA--AAACATTTGTTTTACT-ACAAAACAAAAAGGTCATAACCATT
246 TGAATAAGCTTGTAT-AA-AATGAAACAATTGTTTTA-TGACTAAAC-AAAAGGTCAAAACGATT
* * * * * *** * * *
53794 TGAAACAGATAATTATTC-ATATAGGCTTCACTAATTGAATTGGTTTGGCAAACAAATTTACTTT
307 TGAAATAGATAATTATTCTA-ATAGTCTTAACTATTTGAACT-AAATCGTAAACAAATTTATTTT
* * * * * *
53858 TTAAATCTCTTAGTTATTAA-TTTTCATAATATTATTAGATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAG
370 TTAAATATCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCAGAATAAG
* * * * * * **
53922 TTTGTATGAACATAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAT-ATA
434 CTTCTATGAATA-AAACAATTGTTTTATGA-AAAAAAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT-TGATA
* * * *
53986 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTA
496 ATTATTCAAACAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* * * ** * * *
54051 CTCAATAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTACTATTTTATTCTGAATAGGCTTA-TATGATGA
561 CTTATTAAATTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAG-TTAGTATGATGA
* * *
54115 AAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAATGTTCATAACAATTTGAAATAGATAAT-TGTTCAAAT
625 AAAACAATTGTCTGATGACAAAACAAAAAG-TCATAACAATTTGAAATAGATAATCT-TTCAAAT
* * * * **
54178 TGCCATAATTATT-TAAACTGGTTCGA
688 GGCTAAAACTATTCT-AAC-AATTCGA
* *** ** * ** * *
54204 TTAATTGATTTATTTTTTCAATCTCCAACTTCTTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTAT
1 TAAACAAATTTACGTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * * * * * * * * * *
54269 TTCATTTTGGATAAGCTTTTATGATCTGAAATAATTATGTTATTATAAAATAAAATGTCACAATG
66 TTTATTCT-AATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTGTTTTATGAT-AAACAAAAGGTTATAATA
* * * *
54334 ATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCCTAACTATTTGAATTTGTTCGGTAAACAAATTTATT
129 ATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTT-TT
* *
54399 TTTTAAACTTTTTTGCTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTAGAATA
193 TTTTAAA----TCT-CTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAATA
* * * * *
54464 AGCATGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTTAGAACGATTTGAAATAGAT
252 AGCTTGTATAAAATGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAACGATTTGAAATAGAT
* * * ** * *
54529 AATTGTTCTAATAGTCTTGACTATTTGAATTAGTTCGGCAAACATATTTATTTTTTAAA-ACTCT
317 AATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTAAATC-GTAAACAAATTTATTTTTTAAATA-TCT
* ** * * * *
54593 TACTTATTAATTTTAG-AATATTATTAGTTTAGCAATATTTTACTCCA-AATATGCTTCTATGAA
380 TACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAAT-CAGAATAAGCTTCTATGAA
* * * * * * * * *
54656 TAGAAGCAATTGTTTTATGACAAAACAAAGATCAGAATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATA
444 TA-AAACAATTGTTTTATGAAAAAAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATTGATAATTATTCAAACA
* * * * * *
54721 GTCATAACTATTTGAACT-GGTCTAGTAAATAGATTTAGTTTTTAAATCTTTTGCTTATTAATTT
508 GTCATAACTATTTGAACTAGTTC-AGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAATT
** * * * * ** *
54785 TTGAAATATTAGTAAAGTAGTATTATTTTATTTTGGATACGTTTTTATGA-GCTAAAACAATTGT
572 TCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGTTAGTATGATG-AAAAACAATTGT
* * * * *
54849 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAACTTT-AAATAGATAAT-TGTTCAAAT-ACTCAAATCT
636 CTGATGACAAAACAAAAAGTCATAACAA-TTTGAAATAGATAATCT-TTCAAATGGCT-AAAACT
**
54911 ATT-TGTTC--TTC-A
698 ATTCT-AACAATTCGA
** * * * * *
54923 GTAAACAAATTTATTTTTTTAAATCTCTTGCTGATTAATTTTTCAAATGTTAATAAGTTAGTATT
1 -TAAACAAATTTA-CGTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * * * * *
54988 ACTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACTAAAATAATTGTTTTATGCCTAAACAAAAGGTCAAAA
64 ATTTTATTCT-AATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTGTTTTATG-ATAAACAAAAGGTTATAA
* * * * * * ** *
55053 TGATTTGAAATTGATAATTGTTCTAATAGTCTTAATTATTTGAA-TTAGTTTGACAAACACATTT
127 TAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTTGGTAAACAGATTT
* * * *
55117 ATTATTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTGTTTTAATCTA
191 -TT-TTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTG
* * *
55181 AATAAGCTTGTATGAAAA-GAAACAATTG-TTTATGAC-AAA-ATAAAGATCATAACGATTTGAG
248 AATAAGCTTGTAT-AAAATGAAACAATTGTTTTATGACTAAACA-AAAGGTCAAAACGATTTGAA
* * * *** * * * * *
55242 ATAGATAATTATTCAAATAGT-TATAACAATTTGAAATGTTTTCTTGAATAGATTTAGTTTTT-A
311 ATAGATAATTATTCTAATAGTCT-TAACTATTTGAACT-AAATCGTAAACAAATTTATTTTTTAA
** * * *
55305 A-ATC-T-CTTATTAATTTTCAAAATATTAATATATTAGTATTATTTTATTCTA-AATAA--TT-
374 ATATCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATC-AGAATAAGCTTC
* * * * * * * *
55363 T-TGAAT--GACTAGTTTGTTTTATGCAAAACAAAAGGTCATGATGATTTCAAATAGATAATTTT
438 TATGAATAAAAC-A-ATTGTTTTATGAAAAAAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATTGATAATTAT
* * * * *
55425 TCAAACA-TACATGACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTA
501 TCAAACAGT-CATAACTATTTGAACTAGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * * * * * **
55489 TTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAACAAAACTTA-TATGAACAAAA
565 TTAAATTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG-A-ATAAGTTAGTATGATGAAAA
* * * * * * **
55553 ACATTTGTTTTATGACAAAACAGAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAAT-TATTCAAATAAC-
628 ACAATTGTCTGATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATCT-TTCAAATGGCT
* * * * *
55616 ATAATTATT-TGAACTAGTTAGG
692 AAAACTATTCT-AAC-AATTCGA
* * *
55638 TAAACGAAA-TTA-TTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCA-TTTT
1 TAAAC-AAATTTACGTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATT
* * * * *
55700 ATTTTATTCCAAATAAGC-TAGTATAAATTGAAAAAAATTGTTTTATG-TCAAAACAAAAGGTCA
64 ATTTTATT-CTAATAAGCTTA-TATGAACTG-AAACAATTGTTTTATGAT--AAACAAAAGGTTA
* * * * * * * * * * *
55763 TAACAATTTGAAATAGATAATTGGTCATATAGTCTTAACTATTTAAACTGGTTCGGCAAAAAAAT
124 TAATAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGAT
* * * *
55828 TTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAGTTTTTGGAATATTATTATATTAATATTATTTTATTTTG
189 TT-TTTTTTAAATCTCTTA-TTA--A-TTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTG
* * * * * * * * *
55893 AATAAGCTAGTATGAACAA--AAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAATGATTTCAA
248 AATAAGCTTGTAT-AA-AATGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAACGATTTGAA
* * * * *** * * ** * *
55956 GTATACAATTGTT-TAAATAGTAAAAACTATTTAAATTGATTTGGTAAGCAAATTTATTTTTTAA
311 ATAGATAATTATTCT-AATAGTCTTAACTATTTGAACT-AAATCGTAAACAAATTTATTTTTTAA
* * * * * * * * * *
56020 ATCTCTTACTCATTAATTTTTAAAAGATTAATAAATTATTATTATTTTATTTC-GATTAAACTTG
374 ATATCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTA-ATCAGAATAAGCTTC
* * * * * * *
56084 TATG-ATAAAAAGCAATTGTTATATGACCAAACAAAAGCTAATAACGATTTGAAATAGATAATTA
438 TATGAAT-AAAA-CAATTGTTTTATGA-AAAAAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATTGATAATTA
* * ** * * * * * * * * *
56148 CTGAAATGGCCATAATTATTTGAGCTGGTTCGGTAAACATATTCACTTTTTAAGTCAT-TTACTT
500 TTCAAACAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATC-TCTTACTT
*
56212 ATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTT-GTATGAATTG--
564 ATTAAATTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAG-TTAGTATG-A-TGAA
* * * * * * * * * *
56274 ATACAAATGTTTTATTACCAAAGAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAAT-TGTTCAAATAG
626 AAACAATTGTCTGATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATCT-TTCAAATGG
* * *
56338 -TCAAACTATT-TAA-ATTTATTTGG
690 CTAAAACTATTCTAACA---ATTCGA
* * * *
56361 TAAACAAATTTA-TTGTTTAAAACTCTTCCTTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTATTA
1 TAAACAAATTTACGT-TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * *
56425 TTTTATTTTGGATAAGATTTTATGAACCGAAATAATTGTTTTATG-TCAAAACAAAAGGTTATAA
65 TTTTATTCT-AATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTGTTTTATGAT--AAACAAAAGGTTATAA
* * * * *
56489 TGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-AACTTGCTTGATAAACATATTTA
127 TAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGA--T-
* * * *
56553 TTTTTTTTCAAATCTTTTGCTTATTAATTTTTT-AAAACTAATAAATTTGGATTATTTTATTCT-
189 TTTTTTTT-AAATC---T-CTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TG
* * *
56616 AGATAAGCTTGTA-AGATATAAAACCAA-TATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAACGATTTGA
248 A-ATAAGCTTGTATA-AAATGAAA-CAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAACGATTTGA
* * ** * * * *
56679 AATAGATAATTATTCCAATAGTTTTAACTATTTGAACTAGTTCGACAAACACAGTTATGTTTT-A
310 AATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTAAATCG-TAAACAAATTTATTTTTTAA
*
56743 A-ATC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTAACCA-AATAAGCTTC
374 ATATCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTA-TTTTAATCAGAATAAGCTTC
* * * * **
56804 TAAT-ACCA-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGATCTTAAAAATTT-AAGATTGATAATT
438 T-ATGA--ATAAAACAATTGTTTTATGAAAAAAAAAAGGTCATAATGATTTGAA-ATTGATAATT
* * * ** *
56866 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TT
499 ATTCAAACAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT
* * *
56930 AATT---TTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTT-GTATGATAAAA
564 -ATTAAATTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAT-AAGTTAGTATGATGAAA
* * * * ** *
56990 AATAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATCGATAAT-TGTTCAAATGGC
627 AACAATTGTCTGATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATCT-TTCAAATGGC
* * * * * *
57054 CATAATTATTTTAACTGATTCGG
691 TAAAACTATTCTAAC-AATTCGA
* * * **
57077 TAAA-ATATTTA-TTTTTAAAAAT-TTTTACTTATTAATTTAGGAAATATTAATAAATTAGTATT
1 TAAACAAATTTACGTTTT--AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * * *
57139 ATTTTATTCCATCTAAGC-TAGTATTAATTGAAACAATTATTTTATGACAAATCAAAAGGTTATA
64 ATTTTATTCTA-ATAAGCTTA-TATGAACTGAAACAATTGTTTTATGATAAA-CAAAAGGTTATA
* * * * * * * * *
57203 ACAATTCTAAATAGACAATTGTTCACATAGTAATAACCATTTGAATTTATTCGGTAAACAGATTT
126 ATAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTT
* * * *
57268 ATTTCTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTCTAAA
191 -TTTTTTAAA--TC--TCTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAA
* * * * * * *
57333 TAAGCATGTATGAACTAAAACAATTATTTTTTGACTAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAG
250 TAAGCTTGTATAAAATGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAACGATTTGAAATAG
* * * * * * * *
57398 ATAAGTGTTCTAATAGTCTTAACCATTTGAACTAATTCAATAATCAAATTTATTTTTTAGATCTC
315 ATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTAAATC-GTAAACAAATTTATTTTTTAAATATC
* * *
57463 TTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAGTTATTATTATTTTAATCTGAATAAGCTT
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* * * * * *** *
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* * ** *
56816 CAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCTTAAAAATTT-AAGATTGATAATTGTTCAAATAGTCA
64 -AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAA-ATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * *
56879 TAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTA
127 TAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
*
56928 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGATA-AAAAA
1 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGA-ACAAAAA
* * * * *
56992 TAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATCGATAATTGTTCAAATGGCCAT
64 -AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * * *
57057 AATTATTTTAAC-TGATTCGGTAAA-ATATTTATTTTTAAAAAT-TTTTACTTA
128 AACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAACAAATTTATTTTT-TAAATCTCTTACTTA
** ** * * * ** *
57108 TTAATTTAGGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCATCTAAGCTAGTATTAATTGAAAC
1 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGA-ATAAGCTTGTATGAA-CAAAAA
* * * * * * *
57173 AATTATTTTATGACAAATCAAAAGGTTATAACAATTCT-AAATAGACAATTGTTCACATAGTAAT
64 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATT-TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * * * *
57237 AACCATTTGAATTTATTCGGTAAACAGATTTATTTCTTAAATCTCTTTCTTA
128 AACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * * *
57289 TTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTCTAAATAAGCATGTATGAACTAAAA
1 TTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAAC-AAAA
* * * * * * * * *
57353 CAATTATTTTTTGACTAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAAGTGTTCTAATAGTCTT
63 AAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* ** ** * *
57418 AACCATTTGAACTAATTCAATAATCAAATTTATTTTTTAGATCTCTTACTTA
128 AACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * * * * * * *
57470 TTAATTTTTGAAATATTATTAAGTTATTATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTACGCACATAATA
1 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAAA
* * * *
57535 ATTGTTTTTTCACAAAAC-AATGAGTCACAACGATTTGAAATAGATAATTGTT
65 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTT
57587 ATAATAACAA
Statistics
Matches: 4638, Mismatches: 1024, Indels: 397
0.77 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
170 13 0.00
171 74 0.02
172 2 0.00
173 4 0.00
174 12 0.00
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ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (179 bp):
TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAAAA
TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
TATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
Found at i:57979 original size:182 final size:181
Alignment explanation
Indices: 57592--57980 Score: 415
Period size: 181 Copynumber: 2.1 Consensus size: 181
57582 TTGTTATAAT
* * * * *
57592 AACAATTATTATATGACAAAATAAAAAATAATAACGATTTGAAATATATAGTTGTTCAAATGGCC
1 AACAATTATTATATGACAAAACAAAAAATAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCC
* * * *
57657 ATAATCATTTGAACTGATTTGGTAAACTGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAACTTTTGA
66 ATAAGCATTTGAACTGATTCGATAAACTAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAACTTTTGA
**** * *
57722 AAATTAATAAAGTAGCATTATTTTTATTTTGGATAAGCTTTTATAAACTAA
131 AAATTAATAAAGTAGCATTATTTTTATTCCAAATAAGCATATATAAACTAA
* * * * * * * **
57773 AACACTTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTTAAATATTC
1 AACAATTATTATATGACAAAACAAAAAATAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCC
* *
57838 ATAAGCATTTGAACTTG-TTCGATAAA-TAAATTTATTTTTTCAAATCTCTTGCTTATTAATTTT
66 ATAAGCATTTGAAC-TGATTCGATAAACT-AATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAA-CTT
** * * * * *
57901 TTGAATGTTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTCCAAATAAGCATATATGAATTGA
127 TTGAAAATTAATAAAGTAGCATTATTTTTATTCCAAATAAGCATATATAAACTAA
*
57955 AACAATTATTATATGACTAAACAAAA
1 AACAATTATTATATGACAAAACAAAA
57981 GGTCAGAACA
Statistics
Matches: 167, Mismatches: 37, Indels: 7
0.79 0.18 0.03
Matches are distributed among these distances:
180 1 0.01
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ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
AACAATTATTATATGACAAAACAAAAAATAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCC
ATAAGCATTTGAACTGATTCGATAAACTAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAACTTTTGA
AAATTAATAAAGTAGCATTATTTTTATTCCAAATAAGCATATATAAACTAA
Found at i:59923 original size:180 final size:180
Alignment explanation
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Period size: 181 Copynumber: 10.6 Consensus size: 180
58158 ATAATATTAC
* * * *
58168 TTATTAATATT-TCAAAATTTGATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTA-TCAA-ATT
1 TTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT-GTTTACTGAACA--
* * * * * *
58229 AGTTCAAAAAATTATGGCCATTTGAATAATTATCTATTTCAACTCA-TTATGAAC-TTTTGTTTT
62 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTAT-AACATTTTGTTTT
* * * *
58292 GTCATAAAACAACTGTTTTTCA-TCATACAAGCCTA-TTCGATATAAAATTTTATAATACTAAT
125 GTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTTAGA-AT-AAA----A-AATACTAAT
* * * * *
58354 TTACTAATATT-TAAAAAATTAATAAGTAGGAGATGTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACTAGT
1 TTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGT
* * * *
58418 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATTA-TTATAACCTTTTGTTATGTTA
65 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TAGTTATAACATTTTGTTTTGTCA
* * * * *
58482 TAGAACAATTATTTCTGTTCATACAAGTTTA-TTCGAAATAAAATAATACTAAT
129 TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAG-AATAAAA-AATACTAAT
* * * * * * * * * **
58535 GTAATAATATTTTGAAAATTAATAACTAAGAGGTTTAAAAAATAAATGTATTTGCCAAACCAA-T
1 TTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAA-CAAGT
* * * * * * * * * * *
58599 TTAAATAGCTAAGACTATATGAACAATTCTTTATTTTAAGTCA-TTATTACCTTTTGTTTTGTCG
65 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATAACATTTTGTTTTGTCA
* * * * * * *
58663 TAAAATAATT-TTTTTAGTTCTTAGTAA-CTTATTCAGAATAAAATAAAACAAAT
129 TAAAACAATTGTTTCTA-TTCATA-CAAGCTTATTTAGAATAAAA-AATACTAAT
* * * ** *
58716 TTATTAATATT-TCAAAAA-T--T-AGTAAGGGATTTAAAAAATAACTTTGTTTACCAAACTAGT
1 TTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGT
* * * ***
58776 TCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATTAC-CTTTG---AAACA
65 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATAACATTTTGTTTTGTCA
**** * * *
58836 -AAAGTTTTTGTTTC-A-TCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAGTTTATTTGAAGTAAAATA
129 TAAAACAATTGTTTCTATTCAT---AC-AA-G-----CTT-ATTTAG---A-AT-AA--AAAATA
* *
58898 ATATT
176 CTAAT
* * * * * * *
58903 AATTTATTAATATTTTGAAAA-TAAAAAATAAGAGATTTAAAATATAAATTTGTTTACTAAACCA
1 ---TTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAA-CA
* * * * * * *
58967 A-TTCAATTAGTTAT-ACTATTTGAACCATTATTTATTTTAAATTGTGATGACCA-TTTGTTTTG
62 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTAT-AACATTTTGTTTTG
* * * *
59029 TCATAAAAGAATTGTTTCTATTCATAC-AGTCTTATTTAGAATAAAGTAATGCTACT
126 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG-CTTATTTAGAATAAA-AAATACTAAT
* * * *
59085 TTATTAACATTCTAAAAATTAATAAGTAACG-GATTTAAAAAATGAA----TTTATTGGACAAGT
1 TTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAA-GAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGT
* * * * *
59145 GCAAATAGTTATGACTGTTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA-TTATAACCTTTTGTTTTATCA
65 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATAACATTTTGTTTTGTCA
* * * * * *
59209 CAAAAGAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATCTAAAATAAGATAATTCTAAT
129 TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAA-AAAATACTAAT
* * *
59262 TTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATTTGTTTACCGAACAAGTT
1 TTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTT
* * * * *
59327 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAAGTA-CTATATCAAATTGCTATAACTTTTTGTTTTGTCATA
66 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATAACATTTTGTTTTGTCATA
* * * *
59391 AAAAAAAT-TTTCTATTCATACAAGCTTATTTTA-AATAAAATAATTCAAAT
131 AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTTAGAATAAAA-AATACTAAT
** * * * *
59441 TTGCTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTTAAAAA-AAA---GTTTTCT-AAGCACA-
1 TTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAA-CA-AG
* * * * * *
59499 TTCAAATATTTATGACTATTTGATCAACTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGCCA
64 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATAACATTTTGTTTTGTCA
* *
59564 TAAAGA-AATTGTTTCTATTCATACAAGCATATTT-GAAATAAAATAATACTAGT
129 TAAA-ACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAG-AATAAAA-AATACTAAT
* * * * *
59617 TTATTAATATTCCAAAAATTGATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAGCAAGTT
1 TTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTT
* * * * * * *
59682 CAAATAGTTATGATTGTTTGAACAATTGTTTGTTTAAAATAGTTATGATC-TTTTGTTTTGTCAT
66 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTAT-AACATTTTGTTTTGTCAT
* * *
59746 AAAACAATTGTTTCTATTCAAACAAGTTTATTTGGAATAAAAAATACTAAT
130 AAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAAAATACTAAT
* * * *
59797 TTATTAATATTTTAAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTT
1 TTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTT
* * * * * * * *
59862 TAAATAGTTATGTCCATTTGAGCAATTATCTATTTGAAATCGTTATAACATTTTCTTTTGTCATT
66 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATAACATTTTGTTTTGTCATA
* ** * ** * * *
59927 AAACAATTGTTTCTGTTTGTGAAAAAATT-TTTAGAATAATATAATAATGAT
131 AAACAATTGTTTCTATTCAT-ACAAGCTTATTTAGAATAA-AAAATACTAAT
* * * *
59978 TTATTAATATTTTAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTT-AAAAATAATTTTGTTTA-TGGAA-ATGG
1 TTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-GAACA-AG
* * * * *
60036 TTCAAATAGTTATGACTAATTAAACAATTATCCATCTCAAATCGTTAT
64 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTAT
60084 GATCTTTATC
Statistics
Matches: 1368, Mismatches: 271, Indels: 192
0.75 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
170 3 0.00
172 7 0.01
173 9 0.01
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175 44 0.03
176 143 0.10
177 214 0.16
178 20 0.01
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184 2 0.00
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190 16 0.01
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199 4 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (180 bp):
TTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTT
CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATAACATTTTGTTTTGTCATA
AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAAAATACTAAT
Found at i:60041 original size:356 final size:355
Alignment explanation
Indices: 58891--60064 Score: 1057
Period size: 356 Copynumber: 3.3 Consensus size: 355
58881 TTATTTGAAG
* * * * * * *
58891 TAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAATAAAAAATAAGAGATTTAAAATATAAATTTGT
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGT
* * * * * * * *
58956 TTA-C-TAAACCAATTCAATTAGTTAT-ACTATTTGAACCATTATTTATTTTAAATTGTGATGAC
66 TTACCGGAAA--AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTTTATTTAAAATTGTTATGAA
* * * *
59018 CATTTGTTTTGTCATAAAAGAATTGTTTCTATTCATAC-AGTCTTATTTAGAATAAAGTAATGCT
129 CTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTCTATTCATACAAGT-TTATTTAGAATAAA-AAATACT
* * * * *
59082 ACTTTATTAACATTCTAAAAATTAATAAGTA-ACGGATTTAAAAAAT-GA-ATTTATTGGACAAG
192 AATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAGA--GATTTAAAAAATAAATATTTACTGAACAAG
* * * * *
59144 TGCAAATAGTTATGACTGTTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTATCA
255 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCA
* * ** * *
59209 CAAAAGAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATCTAAAA
320 TAAAA-AATTGTTTCTATTCATAAAAAATT-TTTAGAA
* * *
59247 TAAGATAATTCTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATTTG
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATT-ATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTG
* * * *
59312 TTTACC-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA--GTACTATATCAAATTGCTAT-A
65 TTTACCGGAA-AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGT-TTATTTAAAATTGTTATGA
* * *
59373 ACTTTTTGTTTTGTCATAAAAAAAAT-TTTCTATTCATACAAGCTTATTTTA-AATAAAATAATT
128 AC-TTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTA-TTTAGAATAAAA-AATA
* ** * * * *
59436 CAAATTTGCTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTTAAAAAA-AAGT-TTT-CT-AAGCA
190 CTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAGAGA-TTTAAAAAATAAATATTTACTGAA-CA
* * * * *
59497 CA-TTCAAATATTTATGACTATTTGATCAACTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTG
253 -AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTG
* ** *
59561 CCATAAAGAAATTGTTTCTATTCATACAAGCATATTT-GAAA
317 TCATAAA-AAATTGTTTCTATTCATA-AAAAATTTTTAG-AA
* * * *
59602 TAAAATAATACTAGTTTATTAATATTCCAAAAATTGATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTG
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATT-ATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTG
* * * * * *
59667 TTTACC-GAGCAAGTTCAAATAGTTATGATTGTTTGAACAATTGTTTGTTTAAAATAGTTATGAT
65 TTTACCGGA-AAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTTTATTTAAAATTGTTATGAA
* * *
59731 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAAACAAGTTTATTTGGAATAAAAAATACTAA
129 CTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTAGAATAAAAAATACTAA
* *
59796 TTTATTAATATTTTAAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGT
194 TTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTA-GAGATTTAAAAAATAAA--TATTTACTGAACAAGT
* * * * * * *
59861 TTAAATAGTTATGTCCATTTGAGCAATTATCTATTTGAAATCGTTATAACATTTTCTTTTGTCAT
256 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCA-
* * **
59926 TAAACAATTGTTTCTGTTTGTGAAAAAATTTTTAGAA
320 TAAAAAATTGTTTCTATTCAT-AAAAAATTTTTAGAA
* * * * *
59963 TAATATAATAATGATTTATTAATATTTTAAAAA-T-TAA-TAAGAGATTT-AAAAATAATTTTGT
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGT
* * * *
60024 TTA-TGGAAATGGTTCAAATAGTTATGACTAATTAAACAATT
66 TTACCGGAAA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
60065 ATCCATCTCA
Statistics
Matches: 656, Mismatches: 125, Indels: 74
0.77 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
354 1 0.00
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ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (355 bp):
TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGT
TTACCGGAAAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTTTATTTAAAATTGTTATGAACT
TTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTAGAATAAAAAATACTAATT
TATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAGAGATTTAAAAAATAAATATTTACTGAACAAGTTCAAA
TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAA
ATTGTTTCTATTCATAAAAAATTTTTAGAA
Found at i:60408 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 60384--60413 Score: 51
Period size: 15 Copynumber: 2.0 Consensus size: 15
60374 TGACCCAAAT
60384 TCACCATCAACACAA
1 TCACCATCAACACAA
*
60399 TCACCTTCAACACAA
1 TCACCATCAACACAA
60414 GATTTGGATT
Statistics
Matches: 14, Mismatches: 1, Indels: 0
0.93 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
15 14 1.00
ACGTcount: A:0.43, C:0.40, G:0.00, T:0.17
Consensus pattern (15 bp):
TCACCATCAACACAA
Found at i:60819 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 60785--60819 Score: 52
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 18
60775 AAAGCATAAG
**
60785 GTGACATTTGATTTTATT
1 GTGACATTTGACATTATT
60803 GTGACATTTGACATTAT
1 GTGACATTTGACATTAT
60820 CTTACAATAA
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 2, Indels: 0
0.88 0.12 0.00
Matches are distributed among these distances:
18 15 1.00
ACGTcount: A:0.26, C:0.09, G:0.17, T:0.49
Consensus pattern (18 bp):
GTGACATTTGACATTATT
Found at i:61360 original size:201 final size:198
Alignment explanation
Indices: 60647--61404 Score: 646
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60637 TTAATGATGT
* * * * ** *
60647 TAATTGTGTCACTAATACTGTGATGATTTATCTTTCATTACT-A-ATA-TA-ATTTTATCATTTA
1 TAATTATGTCACAAATACTATGATGATTTACCTTTTGTCACTAATATATTAGATTTTATCATTTA
* * * * * * * ** * * * **
60708 TTTAGTTATGATTAAATCATTTAATGACCTTTTT-TT-ATATATATCTAATG-AATCTAATGTCA
66 TTTTGTGACGATTATAGCCTTAAATGATGTTTTTCTTCATAAATAGCTAATGAAAACTAACATCA
* *
60770 CAAAAAAAGCATAAGGTGACATTTGATTTTATTGTGACATTTGACATTATCTTACAATAATTTGT
131 CAAAAAAAGCATAAGGTGACATTTGATTTTATTGTCACATTTGACA-TATCTTACAATCA-TTGT
*
60835 GACAA
194 GACGA
* * * * ** *
60840 TAATTGTGTCACCAATATTGTGACAATTTATCTTTTGTCACTAATATATTAGATTTTATCATTTA
1 TAATTATGTCACAAATACTATGATGATTTACCTTTTGTCACTAATATATTAGATTTTATCATTTA
* * * * **
60905 TTTTGTGATGGTTATAGCCTTCAATGATGTTTTTCTTCATAAATAACTAACAAAAACTAACATCA
66 TTTTGTGACGATTATAGCCTTAAATGATGTTTTTCTTCATAAATAGCTAATGAAAACTAACATCA
* ** * * *
60970 TAAAAAAAGCATAAGGTGATGTGTAATTTTATTG-CACATTTGACAATATCTTATAATCATTGGT
131 CAAAAAAAGCATAAGGTGACATTTGATTTTATTGTCACATTTGAC-ATATCTTACAATCATT-GT
*
61034 GATGA
194 GACGA
* * ** * *
61039 TAATTATGTCACAAATTCTATAATGATTTACCTTTCATCA-TAAACATATCAGATTTTATCATTT
1 TAATTATGTCACAAATACTATGATGATTTACCTTTTGTCACT-AATATATTAGATTTTATCATTT
* * * * * * **
61103 ATTTTGTGACGATTATAGCCTTTAACGATGTTTTTGTTTATAAATAGTTGATGAAAACTAATGTC
65 ATTTTGTGACGATTATAGCCTTAAATGATGTTTTTCTTCATAAATAGCTAATGAAAACTAACATC
* * *
61168 ACAAAAATTAACGCATAAGGTGACGTTTGATTTTATTGTCACAATAGACAT-TCTTAACAATCAT
130 ACAAAAA--AA-GCATAAGGTGACATTTGATTTTATTGTCACATTTGACATATCTT-ACAATCAT
61232 TGAT-AGCGA
191 TG-TGA-CGA
* * *
61241 TAATT-TGTCACTAATACTATGATGATTTACCTTTTGTCACTAATATATTAGGTTTTCTCATTT-
1 TAATTATGTCACAAATACTATGATGATTTACCTTTTGTCACTAATATATTAGATTTTATCATTTA
* *
61304 TTTATGTGACAAATATAGCCTTAAATGACT-TTTTT-TTCCATAAATAGCTAATGAAAACTAACA
66 TTT-TGTGACGATTATAGCCTTAAATGA-TGTTTTTCTT-CATAAATAGCTAATGAAAACTAACA
* *
61367 TCACAAAAAAAAAAACATAAGGTGACATTTTATTTTAT
128 TCAC---AAAAAAAGCATAAGGTGACATTTGATTTTAT
61405 CATCACGGTA
Statistics
Matches: 453, Mismatches: 88, Indels: 40
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
193 35 0.08
194 1 0.00
195 3 0.01
196 2 0.00
197 38 0.08
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201 125 0.28
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204 5 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.11, T:0.41
Consensus pattern (198 bp):
TAATTATGTCACAAATACTATGATGATTTACCTTTTGTCACTAATATATTAGATTTTATCATTTA
TTTTGTGACGATTATAGCCTTAAATGATGTTTTTCTTCATAAATAGCTAATGAAAACTAACATCA
CAAAAAAAGCATAAGGTGACATTTGATTTTATTGTCACATTTGACATATCTTACAATCATTGTGA
CGA
Found at i:62098 original size:180 final size:177
Alignment explanation
Indices: 61902--62284 Score: 412
Period size: 177 Copynumber: 2.1 Consensus size: 177
61892 GATTTTAACA
* * * * * * *
61902 ATTTGAGATTGATAATTGTTTAACTAGTCATAACTAT-TTGAATTGGTTCAGTAAACAGATTTAT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATGTT-AACTGATTCAGTAAACAGATTTAT
** * * **
61966 TGTTTAAATTTGTTACCTATTAATTTTTGAAATATTAATCAATTAGTATTATTTTATTTTGA-AT
65 TGTTTAAA--T-TT-CCTATTAATTTAGGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TTCCATAT
* *
62030 AAGCTTGTA-TGATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATG
125 AAGCTTGTATTAATAAAAACAATTATTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATG
* * * ** *
62082 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGCCATAATTATGTTAACTGATTTGGTAAACATATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATGTTAACTGATTCAGTAAACAGATTTATT
* * * *
62147 TTTTTAATTTCTTATTAATTTAGGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCATTTAAGCTT
66 GTTTAAATTTCCTATTAATTTAGGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCATATAAGCTT
** * * *
62212 GTATTAATTGAAACAATTATTTTATGACAAATTAAAATGTTATAATG
131 GTATTAATAAAAACAATTATTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATG
*
62259 ATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATA
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
62285 ATAATAATAA
Statistics
Matches: 167, Mismatches: 33, Indels: 9
0.80 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
175 3 0.02
176 46 0.28
177 61 0.37
178 1 0.01
180 54 0.32
181 2 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.06, G:0.11, T:0.44
Consensus pattern (177 bp):
ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATGTTAACTGATTCAGTAAACAGATTTATT
GTTTAAATTTCCTATTAATTTAGGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCATATAAGCTT
GTATTAATAAAAACAATTATTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATG
Found at i:63265 original size:177 final size:180
Alignment explanation
Indices: 62933--63265 Score: 390
Period size: 177 Copynumber: 1.9 Consensus size: 180
62923 AATTGGTTCG
* ** * *
62933 GTAAACAGATTTATTGTTTAAATTTGTTACCTATTAATTTTTGAAATATTAATCAATTAGTATTA
1 GTAAACAGATTTATTGTTTAAATATGTTACCTATTAATTTAGGAAATATTAATAAATTAATATTA
** * * * *
62998 TTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGATAAAAAACAATTGTTTTGTGACAAAATAAAAGGTCATAAT
66 TTTTATTTCCAATAAACTTGTAT-ATAAAAAACAATTATTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAAC
63063 AATTTCAAATAGATAATTATTCAAATGGCCATAATTATTTTAACTGATTTC
130 AATTTCAAATAGATAATTATTCAAATGGCCATAATTATTTTAACTGATTTC
*
63114 GTAAACAGATTTATT-TTTAAA-AT-TT-CTTATTAATTTAGGAAATATTAATAAATTAATATTA
1 GTAAACAGATTTATTGTTTAAATATGTTACCTATTAATTTAGGAAATATTAATAAATTAATATTA
* * * * * *
63175 TTTTA-TTCCATTTAAACTTGTAT-TAATTGAAATAATTATTTTATGACAAATTAAAATGTTATA
66 TTTTATTTCCA-ATAAACTTGTATATAA--AAAACAATTATTTTATGACAAAATAAAAGGTCATA
* * * *
63238 ACGATTTTAAATTGATAATTGTTCAAAT
128 ACAATTTCAAATAGATAATTATTCAAAT
63266 AATAATAATA
Statistics
Matches: 127, Mismatches: 22, Indels: 10
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
175 3 0.02
176 3 0.02
177 97 0.76
178 2 0.02
179 1 0.01
180 6 0.05
181 15 0.12
ACGTcount: A:0.40, C:0.07, G:0.09, T:0.44
Consensus pattern (180 bp):
GTAAACAGATTTATTGTTTAAATATGTTACCTATTAATTTAGGAAATATTAATAAATTAATATTA
TTTTATTTCCAATAAACTTGTATATAAAAAACAATTATTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAACA
ATTTCAAATAGATAATTATTCAAATGGCCATAATTATTTTAACTGATTTC
Found at i:63498 original size:488 final size:488
Alignment explanation
Indices: 61884--64300 Score: 4159
Period size: 487 Copynumber: 5.0 Consensus size: 488
61874 TTTTATACAA
* *
61884 AAAACAAAGATTTTAACAATTTGAGATTGATAATTGTTTAACTAGTCATAACTATTTGAATTGGT
1 AAAACAAAGATTTTAACAAATTGAGATTTATAATTGTTTAACTAGTCATAACTATTTGAATTGGT
*
61949 TCAGTAAACAGATTTATTGTTTAAATTTGTTACCTATTAATTTTTGAAATATTAATCAATTAGTA
66 TCGGTAAACAGATTTATTGTTTAAATTTGTTACCTATTAATTTTTGAAATATTAATCAATTAGTA
*
62014 TTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAT-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCAT
131 TTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGATAAAAAACAATTGTTTTGTGACAAAATAAAAGGTCAT
* * *
62078 AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGCCATAATTATGTTAACTGATTTGGTAAACATATT
196 AATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGCCATAATTATTTTAACTGATTTGGTAAACAGATT
*
62143 TATTTTTTTAATTTCTTATTAATTTAGGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCATTTAA
261 TATTTTTTAAATTTCTTATTAATTTAGGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCATTTAA
* *
62208 GCTTGTATTAATTGAAACAATTATTTTATGACAAATTAAAATGTTATAATGATTTTAAATAGATA
326 GCTTGTATTAATTGAAATAATTATTTTATGACAAATTAAAATGTTATAACGATTTTAAATAGATA
*
62273 ATTGTTCAAATAATAATAATAACTATTTAAACTTGCTCAGCAAATAGATTTATTTTTTTAAATTA
391 ATTGTTCAAATAATAATAATAACTATTTAAACTTGCTCAGCAAACAGATTTATTTTTTTAAATTA
62338 GTATTATTTTTAACCGAATAATGATTCTATGAC
456 GTATTATTTTTAACCGAATAATGATTCTATGAC
*
62371 AAAATAAAGATTTTAACAAATTGAGATTTATAATTGTTTAACTAGTCATAACTATTTGAATTGGT
1 AAAACAAAGATTTTAACAAATTGAGATTTATAATTGTTTAACTAGTCATAACTATTTGAATTGGT
62436 TCGGTAAACAGATTTATTGTTTAAATTTGTTACCTATTAATTTTTGAAATATTAATCAATTAGTA
66 TCGGTAAACAGATTTATTGTTTAAATTTGTTACCTATTAATTTTTGAAATATTAATCAATTAGTA
*
62501 TTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGATAAAAAAACAATTGTTTTGTGACAAAATAAAAGGTCA
131 TTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAT-AAAAAACAATTGTTTTGTGACAAAATAAAAGGTCA
* * * *
62566 TAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGTCGTAATTATTTTAACTGA-TTGGCAAATAGAT
195 TAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGCCATAATTATTTTAACTGATTTGGTAAACAGAT
*
62630 TTATTTTTTAAATTTCTTATT-ATTTAGGAAATATTAACAAATTAATATTATTTTATTCCATTTA
260 TTATTTTTTAAATTTCTTATTAATTTAGGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCATTTA
*
62694 AGC----ATTAATTGAAATAATTATTTTATGACAAATTAAAATGTTATAACAATTTTAAAT--AT
325 AGCTTGTATTAATTGAAATAATTATTTTATGACAAATTAAAATGTTATAACGATTTTAAATAGAT
* *
62753 AATTGTTCAAATAATAATAATAACTATTTGAACTTGCTCAGTAAACAGATTTATTTTTTTAAAAT
390 AATTGTTCAAATAATAATAATAACTATTTAAACTTGCTCAGCAAACAGATTTATTTTTTT-AAAT
62818 TAGTATTATTTTTAACCGAATAATGATTAGAAACAACTATTTTATGAC
454 TAGTATTATTTTTAACCGAATAATGATT--------C-----TATGAC
62866 AAAACAAAGATTTTAAC-AATTGAGATTTATAATTGTTTAACTAGTCATAACTATTTGAATTGGT
1 AAAACAAAGATTTTAACAAATTGAGATTTATAATTGTTTAACTAGTCATAACTATTTGAATTGGT
62930 TCGGTAAACAGATTTATTGTTTAAATTTGTTACCTATTAATTTTTGAAATATTAATCAATTAGTA
66 TCGGTAAACAGATTTATTGTTTAAATTTGTTACCTATTAATTTTTGAAATATTAATCAATTAGTA
62995 TTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGATAAAAAACAATTGTTTTGTGACAAAATAAAAGGTCAT
131 TTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGATAAAAAACAATTGTTTTGTGACAAAATAAAAGGTCAT
* *
63060 AATAATTTCAAATAGATAATTATTCAAATGGCCATAATTATTTTAACTGATTTCGTAAACAGATT
196 AATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGCCATAATTATTTTAACTGATTTGGTAAACAGATT
*
63125 TATTTTTAAAATTTCTTATTAATTTAGGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCATTTAA
261 TATTTTTTAAATTTCTTATTAATTTAGGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCATTTAA
* *
63190 ACTTGTATTAATTGAAATAATTATTTTATGACAAATTAAAATGTTATAACGATTTTAAATTGATA
326 GCTTGTATTAATTGAAATAATTATTTTATGACAAATTAAAATGTTATAACGATTTTAAATAGATA
*
63255 ATTGTTCAAATAATAATAATAACTATTTAAACTTGCTCAGCAAATAGATTTATTTTTTTAAATTA
391 ATTGTTCAAATAATAATAATAACTATTTAAACTTGCTCAGCAAACAGATTTATTTTTTTAAATTA
63320 GTATTATTTTTAACCGAATAATGATTCTATGAC
456 GTATTATTTTTAACCGAATAATGATTCTATGAC
*
63353 AAAATAAAGATTTTAACAAATTGAGATTTATAATTGTTTAACTAGTCATAACTATTTGAATTGGT
1 AAAACAAAGATTTTAACAAATTGAGATTTATAATTGTTTAACTAGTCATAACTATTTGAATTGGT
*
63418 TCGGTAAACAGATTTATTATTTAAATTTGTTACCTATTAATTTTTGAAATATTAATCAATTAGTA
66 TCGGTAAACAGATTTATTGTTTAAATTTGTTACCTATTAATTTTTGAAATATTAATCAATTAGTA
63483 TTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGATAAAAAACAATTGTTTTGTGACAAAATAAAAGGTCAT
131 TTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGATAAAAAACAATTGTTTTGTGACAAAATAAAAGGTCAT
* *
63548 AATAATTTGAAAATAGATAATTATTCAAATGGCCATAATTATTTTAACTCATTTGGTAAACAAAT
196 AATAATTTG-AAATAGATAATTATTCAAATGGCCATAATTATTTTAACTGATTTGGTAAACAGAT
*
63613 TTATTTTTGAAATTTCTTATTAATTTAGGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATT-CATTTA
260 TTATTTTTTAAATTTCTTATTAATTTAGGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCATTTA
* *
63677 AGCTTGTACTAATTGAAATAATTATTTTATGACAAATTAAAATGTTATAACAATTTTAAATAGAT
325 AGCTTGTATTAATTGAAATAATTATTTTATGACAAATTAAAATGTTATAACGATTTTAAATAGAT
* *
63742 AATTGTTCAAATAATAATAATAACTATTTAAACTTGCTCAGCAAACAAATTTATTTTTTAAAATT
390 AATTGTTCAAATAATAATAATAACTATTTAAACTTGCTCAGCAAACAGATTTATTTTTTTAAATT
* *
63807 AGTATTATTTTTAACC-AATAATGATTTTATTAC
455 AGTATTATTTTTAACCGAATAATGATTCTATGAC
63840 AAAACAAAGATTTTAACAAATTGAGATTTATAATTGTTTAACTAGTCATAACTATTTGAATTGGT
1 AAAACAAAGATTTTAACAAATTGAGATTTATAATTGTTTAACTAGTCATAACTATTTGAATTGGT
63905 TCGGTAAACAGATTTATTGTTTAAATTTGTTACCTATTAATTTTTGAAATATTAATCAATTAGTA
66 TCGGTAAACAGATTTATTGTTTAAATTTGTTACCTATTAATTTTTGAAATATTAATCAATTAGTA
63970 TTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAT-AAAAACAATTGTTTTGTGACAAAATAAAAGGTCAT
131 TTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGATAAAAAACAATTGTTTTGTGACAAAATAAAAGGTCAT
* *
64034 AATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGCCGTAATTATTTTAACTGATTTGGTAAACATATT
196 AATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGCCATAATTATTTTAACTGATTTGGTAAACAGATT
64099 TA-TTTTTAAATTTC-TATTAATTTAGGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCATTTAA
261 TATTTTTTAAATTTCTTATTAATTTAGGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCATTTAA
*
64162 GCTTGTATTAATTGAAATAATTA-TTTATGACAAATTAAAATGTTAGAACGATTTTAAATAGATA
326 GCTTGTATTAATTGAAATAATTATTTTATGACAAATTAAAATGTTATAACGATTTTAAATAGATA
*
64226 ATTGTTCAAATAATAATAATAATAACTATTTGAACTTGCTCAGCAAACAG-TTTA-TTTTTTAAA
391 ATTGTTC--A-AATAATAATAATAACTATTTAAACTTGCTCAGCAAACAGATTTATTTTTTTAAA
64289 TTAGTATTATTT
453 TTAGTATTATTT
Statistics
Matches: 1836, Mismatches: 64, Indels: 63
0.94 0.03 0.03
Matches are distributed among these distances:
481 59 0.03
482 32 0.02
483 138 0.08
484 60 0.03
485 60 0.03
486 81 0.04
487 393 0.21
488 359 0.20
489 189 0.10
490 1 0.00
492 1 0.00
493 83 0.05
494 170 0.09
495 66 0.04
499 53 0.03
500 32 0.02
501 59 0.03
ACGTcount: A:0.40, C:0.07, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (488 bp):
AAAACAAAGATTTTAACAAATTGAGATTTATAATTGTTTAACTAGTCATAACTATTTGAATTGGT
TCGGTAAACAGATTTATTGTTTAAATTTGTTACCTATTAATTTTTGAAATATTAATCAATTAGTA
TTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGATAAAAAACAATTGTTTTGTGACAAAATAAAAGGTCAT
AATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGCCATAATTATTTTAACTGATTTGGTAAACAGATT
TATTTTTTAAATTTCTTATTAATTTAGGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCATTTAA
GCTTGTATTAATTGAAATAATTATTTTATGACAAATTAAAATGTTATAACGATTTTAAATAGATA
ATTGTTCAAATAATAATAATAACTATTTAAACTTGCTCAGCAAACAGATTTATTTTTTTAAATTA
GTATTATTTTTAACCGAATAATGATTCTATGAC
Done.