Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019168435.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_648, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
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ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Found at i:798 original size:17 final size:17
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Indices: 776--808 Score: 66
Period size: 17 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
766 ACAATTGTTT
776 TATGACAAAATAAAAAG
1 TATGACAAAATAAAAAG
793 TATGACAAAATAAAAA
1 TATGACAAAATAAAAA
809 TAATTAATTA
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
17 16 1.00
ACGTcount: A:0.67, C:0.06, G:0.09, T:0.18
Consensus pattern (17 bp):
TATGACAAAATAAAAAG
Found at i:1130 original size:182 final size:177
Alignment explanation
Indices: 820--1746 Score: 720
Period size: 177 Copynumber: 5.2 Consensus size: 177
810 AATTAATTAA
* * * * ** * * *
820 TTGAAAGAGATAATTGTTTAAATAGTTATAATTATTTGAACTGGTTTAGTAAATAGAATTATTTT
1 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTATTCAATAAATA-ATTTATTTT
* * * * * *
885 CTAAATCTCTTATAAATT--TTTTA-AATATTAATAAATTAGTTTTACTCTATTCCGAATAAGCT
64 TTAAATCTCTTCT-TATTAATTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCT
* * *
947 TGTATGAGTTGCAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAAT
128 TGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAAT
* * * * ** * **
997 TTGAGATAAATAATTGTTCATATAGTCTTAACTGCTTGAATTGGTTCAGCAAATGAATTTATTTT
1 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATT-ATTCAATAAAT-AATTTATTTT
* *
1062 TTAAAATCTCTTAGC-TATTAATTTTCAGAATATTACTAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAA
64 TT-AAATCTCTT--CTTATTAATTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAA
* * * * * *
1126 GCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATTATAGAACAAAATGTTATAACAAT
125 GCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAAT
* * *
1179 ATGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCAATAAACATATTTATTTT
1 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTATTCAATAAATA-ATTTATTTT
** * * * * * *
1244 TTAAAGGTC--C-TATTAATTTTTGAAATATTAGTAAATTAATATTATTTTATTTCAAACAAGCT
64 TTAAATCTCTTCTTATTAATTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCT
* * * *
1306 TATATG--TTGAAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTAATAACAAA
128 TGTATGAATTG--AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAAT
* * * * *
1356 TTGAAATAGATAGTTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAACTTATTCAGTAAACTAATTTATTTT
1 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTATTCAATAAA-TAATTTATTTT
* * * * * ** *
1421 TTAAATTTTTTACTTATTAACTTTT-GAAATAATAATAAAGTAGTATTATTTTCTTTTGGATAAG
64 TTAAATCTCTT-CTTATTAA-TTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAG
* * * **
1485 CTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGAT
126 CTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAAT
* * * *
1537 TTTAAATCA-ATAATTGTTCAAATAGTCATAACT-TTT---TGA--CAATAAACAAATTTACCTT
1 TTGAAAT-AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTATTCAATAAA-TAATTTA-TTT
* * * * *
1595 TTCAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGGAATGTTAATAAATTAGTATTATTCTATTCTGAATAAG
63 TTTAAATCTCTT-CTTATTAA-TTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAG
* * * * * * * *
1660 CTTGTATGAACTGAGACAATTATTATAGGACTAAA-AAAAGGTTAGAACAAT
126 CTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAAT
* * *
1711 TTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATT
1 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
1747 AATTTTTGAA
Statistics
Matches: 602, Mismatches: 121, Indels: 56
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
173 1 0.00
174 52 0.09
175 85 0.14
176 5 0.01
177 194 0.32
178 14 0.02
180 8 0.01
181 110 0.18
182 131 0.22
183 2 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.09, G:0.11, T:0.41
Consensus pattern (177 bp):
TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTATTCAATAAATAATTTATTTTTT
AAATCTCTTCTTATTAATTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGT
ATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAAT
Found at i:1877 original size:133 final size:133
Alignment explanation
Indices: 1610--1879 Score: 330
Period size: 133 Copynumber: 2.0 Consensus size: 133
1600 ATCTCTTGCT
* * * * * *
1610 TATTAATTTTTGGAATGTTAATAAATTAGTATTATTCTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACTGAG
1 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTCTATTCTAAATAAGCTTGTATGAAATGAA
* * * * *
1675 ACAATTATTATAGGACTAAAAAAAGGTTAGAACAATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTT
66 ACAATTATTATAGAACAAAAAAAAGGTCAGAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCTA
1740 AAC
131 AAC
* * *
1743 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATT-TCAAATAAGTTTTTATGAAATGA
1 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTCTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAAATGA
* * * *
1807 AACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACGACTTT-AAATAGATAATTATTCAAATAGT
65 AACAATTATTATAGAACAAAA-AAAAGGTCAGAAC-AATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
1871 -TAAAC
128 CTAAAC
1876 TATT
1 TATT
1880 TGAACTTGTT
Statistics
Matches: 116, Mismatches: 18, Indels: 6
0.83 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
132 1 0.01
133 78 0.67
134 33 0.28
135 4 0.03
ACGTcount: A:0.43, C:0.07, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (133 bp):
TATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTCTATTCTAAATAAGCTTGTATGAAATGAA
ACAATTATTATAGAACAAAAAAAAGGTCAGAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCTA
AAC
Found at i:2011 original size:179 final size:180
Alignment explanation
Indices: 1743--4526 Score: 1877
Period size: 179 Copynumber: 15.5 Consensus size: 180
1733 TAGTCTTAAC
* * *
1743 TATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTTTATGAA-ATG
1 TATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-AAATAAGCTTGTATGAATA-G
* * *
1806 AAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACGACTTT-AAATAGATAATTATTCAAATAG
63 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * *
1870 TTA-AACTATTTGAACTTGTTTGATAAATAAATTTATTTTTTAAATCTTTTGCT
127 TTATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACT
* * * *
1923 CATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTACTATTA-TTTATTCTTAATAAGCTTGTATGAATTA-A
1 TATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TAAATAAGCTTGTATGAA-TAGA
* * * * * * * **
1986 AATAATTATTTTATTACTAAACAAAATGTCGA-AACAATTTGAAATAGATAATTATTTTAATA-T
64 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC-ATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * *
2049 CT-TAACTATTTGAACTAGTTT-AGCAAATACATTTATTTTTCAAAGC---T-CT
128 -TATAACTATTTGAACTTGTTTGA-TAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACT
* * * *
2098 TATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCTAAATAAGCTTGTATGAAAAGAA
1 TATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTAAATAAGCTTGTATGAATAGAA
* * ** * *
2163 ACATTTGTTTTATGATAAATTAAATA--TCACAACGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATA-TT
65 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTT
* * *** * * * *
2225 AATAATTATTTAAACTACATCGATAAACAGATGTAGTTTTTAAATC---T-CT
129 -ATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACT
** * * ** *
2274 TATTAA-TTTTAAAATATTAATAAATTAGCATTATTTT-TTTGAATAATTTTGCATGAATAGAAA
1 TATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAA
* * * * **
2337 CAATTTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTTATATGGACA
66 CAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTA
* * ** * *
2402 TGACTATTTGAACTTGTTTAATAAACA-AAAT-TTTTTTAAATCTTCTACC
130 TAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACT
* * * *
2451 TATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAACTTGCAAGAATAGAA
1 TATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TAAATAAGCTTGTATGAATAGAA
* * * * * * * * * **
2516 ATAATTGTTTTACGATAAAATAAAAGATTATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAACAGGCA
65 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTA
* * * * *
2581 TAGCTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAAATATTTTACT
130 TAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACATATTTATTTTTT-AAATCTTTTACT
* * * *
2633 TATT-ATTTTTGGAATATTAATAAACTAGTATTA-TTTATTTTGAATACGCTTGTATGAATAGAA
1 TATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTAAATAAGCTTGTATGAATAGAA
* * * **
2696 ATAATTGGTTTATGACAGAACAAAAGGTCATAATTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTA
65 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTA
* ** *
2761 TAACTATTTGAACGTGCTCAGA-AAACATATTTA-TTTTTAAA-ATTTTACT
130 TAACTATTTGAACTTG-TTTGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACT
* *
2810 TATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAACAGA
1 TATTAATTTTTTGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTT-AAATAAGCTTGTATGAATAGA
* * * * ** * * * * * *
2874 AGCAATTATTTTATTACAAAAAAAAATATCATAACGATTTGGAATAAAAAATTGTTTATACAGTT
64 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTT
* * * * *
2939 ATAACAATTTAAACTTGTTT-AGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACT
129 ATAACTATTTGAACTTGTTTGA-TAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACT
* * * * *
2991 CATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCCTATATGAGCTA-
1 TATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-AAATAAGCTTGTATGA-ATAG
* * * *
3054 ATATAATTGTTTTATGATGAAACAAAAGGTTCAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTAT
63 AAACAATTG-TTT-T-ATG--ACAAAA----CAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGT
* * * * ** * *
3119 TGAAATAGTTATGACTATTTAAACTTGGTCAATAAACATATTTATTTTTAAAATCTATTACT
119 TCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACT
* ** * * * * *
3181 TATTAA-TTATCAACATGTTAATAAATTAATATTATTTTAATTTGAATAAGCTTGTATGAACAAA
1 TATTAATTTTTTGA-ATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTAAATAAGCTTGTATGAATAGA
* * * * * * *
3245 AACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATATTTATTTAAATAATC
64 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTT
* * * * * ** * * *
3310 ACAATTTTTTGAATTTATTCAATAAACATAGTTATTTTTTAAGTCTTTTATT
129 ATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACT
* * * * *
3362 TATTCATTGTCTGAATATTAATAAATTTGTATTATTTTAATTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAA
1 TATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTAAATAAGCTTGTATGAATAGAA
* * * * * * *
3427 AAAATTATTTTATGACAAAA-AAAAGG-CTATAGCAATTTGAAATAGGTAATTGTTCAAATAATC
65 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC-ATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTT
** ** * * **
3490 ATAACTATTTGTGCTTGTTCAATAAACAGATTTAGTTTTTAAATCTCGTACT
129 ATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACT
* * ** *
3542 TATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGAATTATGCTATTTTGAAT-A---T-TAT--A-A-AA
1 TATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTAAATAAGCTTGTATGAATAGAA
* ** * *
3598 ACAATTGTTTTTTGATTAAATAAAAGGTCATAACGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTTA
65 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTA
* * * * ** *** * * **
3663 TAATTGTTTGCACTGGTCAGGCCAATATATTCATTTTTTAAATCCATTACT
130 TAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACT
* * * * * * *
3714 TATTAGTTTTTAGAATATTAATAAATTAGCATTATTTTATTTCAAATAAGATTGCATCAATAGAG
1 TATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-AAATAAGCTTGTATGAATAGAA
* ** * * * *
3779 ACAATTGTTTTATAACAAAA-ATATTGGTTATAACGA-TTGAAAATAAATAATTATTCAAATTGT
65 ACAATTGTTTTATGACAAAACA-AAAGGTCATAACGATTTG-AAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * *
3842 TATAACTAATTGAACTGGTTTGGTAAACATA--TATATTTTAAATC---T-CT
128 TATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACT
* ** * * ** * * * *
3889 TAATAATTTTTAAAATATTAATAATTTAATATTATTTTATTCCGAACAAACTTATATGAACCA-A
1 TATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TAAATAAGCTTGTATGAA-TAGA
* * ** *
3953 AACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAGTCATTCATATAGCC
64 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG--
* ** * * *
4018 TT-T-ACTACTTGAA-TTGGTTTGGCAAACA-AATT-TTTTTTAAATCTCTTAGT
127 TTATAACTATTTGAACTT-GTTTGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACT
* * * * *
4068 TATTAATTTTCAT-AATATTATTAGATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACATA
1 TATTAATTTT-TTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-AAATAAGCTTGTATGAATAGA
* * * ** * * * *
4132 AATAATTATTTTATGATAAAACAAAAAATTATAACGATTTGAAATATATAATTGTTTAAATAGTC
64 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTT
* ** * * * * **
4197 ATAATTATTTGAACAAGTTCGCTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACT
129 ATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACT
* * * * * **
4249 CATTAA-TTTTTGAAATACTAATAAATTAGTATTACTTTTATTCCAAATAGGTTTAAATG-AT-G
1 TATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATT-TAAATAAGCTTGTATGAATAG
* ** * * * * *
4311 AAAAGTAATTGTTTTATGACAAAACAAAAATTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTTAGATG
63 -AAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
** * ** ** **
4376 GCCATAATTATTTGAAC-TGATTCAATAAATTTATTTATTTTTTAAATCTTCAACT
126 GTTATAACTATTTGAACTTG-TTTGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACT
* * * * ** * *
4431 TCTCAA-TTTTTGAAATATTAATAAACTAATATTATTTTATTTTTGATAAGCTTTTATGTACT-G
1 TATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTAAATAAGCTTGTATG-AATAG
* * * *
4494 AAATAATTGTTTTATTATAAAATAAAAGGTCAT
63 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
4527 TATGATTTTA
Statistics
Matches: 2042, Mismatches: 457, Indels: 209
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
171 20 0.01
172 106 0.05
173 36 0.02
174 22 0.01
175 263 0.13
176 89 0.04
177 29 0.01
178 69 0.03
179 409 0.20
180 281 0.14
181 395 0.19
182 166 0.08
183 3 0.00
184 2 0.00
185 6 0.00
186 6 0.00
187 3 0.00
188 1 0.00
189 5 0.00
190 126 0.06
191 5 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
TATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAA
CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTAT
AACTATTTGAACTTGTTTGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACT
Found at i:4726 original size:27 final size:27
Alignment explanation
Indices: 4688--4739 Score: 86
Period size: 27 Copynumber: 1.9 Consensus size: 27
4678 AAACAAAAGG
*
4688 TCGTAACAATTTGAAATAGATAATTGT
1 TCGTAACAATTTGAAATAAATAATTGT
*
4715 TCGTAACGATTTGAAATAAATAATT
1 TCGTAACAATTTGAAATAAATAATT
4740 ATTCTAATAG
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 2, Indels: 0
0.92 0.08 0.00
Matches are distributed among these distances:
27 23 1.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (27 bp):
TCGTAACAATTTGAAATAAATAATTGT
Found at i:5406 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 4968--8325 Score: 2421
Period size: 181 Copynumber: 18.7 Consensus size: 180
4958 AACAAAATTG
* * * * *
4968 TTATGACTTTTTGTTTTGTTATAAAAAAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAAT
* * * * * * *
5033 AATATTAATTTATTAATATTTT-ACAATTAATAAGTAAAAGACTT-AAAAA-GAATATGTTTACC
65 AATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAATCTATTTACT
* * * * *
5095 GAACAAGTTCAAATAATCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA
130 AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * *
5146 TTGTGACCTTTTGTTTTGT-ATAAAACAATTGTTTCAGTTAATATAAGCTTATTT-GAAATAAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TGTTCATACAAGCTTATTTAG-AATAAAA
* ** * * * *
5209 TAAT-TCTAATTTATTAACATACTAAAAATTAATGAGTGAGAGAATTAAAAAATGAATCTATTTG
64 TAATAT-TAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAATCTATTTA
* * * * * *
5273 CCAAACAAGTTCAATTAGTTATGACTATCTAAACAATTATCTATTTTAAAACA
128 CTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * *
5326 TTATGACCATTTGTTTTATCATAAAATAATTGGTTTTGTTCATGCAAGCTTATTTAGAATAAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTTGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAAT
* * ** * * * * *
5391 AATATAAATTTATTAA-AATTCCAAAATTAATAAG-AA-AAAATTTAAAAAATAACTATGTTTTC
65 AATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGAA-TTAAAAAATAAATCTATTTAC
* * * *
5453 TGAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATCTGAACAATTATCTATTTCAAATCG
129 TAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
** *
5505 TTATGACAATTTGTTTTGTCAT-AAACTAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTT-TGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAA
* * * * * *
5569 TAATACTAATTTATTAATA-TTTATAAAATTAATAAGTAAAATATTTAAATAATAAATCTGTTTA
64 TAATATTAATTTATTAATATTTTA-AAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAATCTATTTA
* * * * * *
5633 CTGAGCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAGTTATATATTTCAAATCG
128 CTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * * *
5686 TTATGATCTTTTTATTTTGTCATAAAATAGTTATTTCTATTCATACAAGTTTATTTGGAATAAAA
1 TTATGA-CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAA
* * * * * * * *
5751 TAACACTAATTAATTATTATTCTAAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC
64 TAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAATCTATTTAC
* * * **
5816 TGAACAAGTTCAAATAGTCA--ATCCATTTGAACTGTTAT-TAATTTCAAAT-A
129 TAAACAAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCT-ATTTCAAATCA
* * * * * **
5866 GTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTCTATTCGTACAAAATTATTTAGAATAAAA
1 -TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAA
** * * * **
5931 TAATACCAATTTATTACTATTTTAAAAA-T--TAA-TAAG-G-ATTTAAAAATAAATGTATTTTT
64 TAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAATCTATTTAC
* * * * * * ** * **
5990 TGAACCAA-TTTAAATAGTTAAGACTGTTAGGATGATTATCTATTCCAAATTG
129 T-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * * * *
6042 TTTTGA-TTTTTGTTTAGTAAAAAAATAATTGTTTTAGTGCATACATA-CTTA-TTCGAAATATA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-GTTCATACA-AGCTTATTTAG-AATAAA
* * * *
6104 ATAATACTAATTTATTAAAATTTAAAAAATTAATAAGTAAGA-AATTTAAAAA-AAA--TATTTA
63 ATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAATCTATTTA
* * * * * **
6165 CTAAATAAGTTCTAATAGTTATGACTGTTCGAACAATTATCTATTTAAAATTG
128 CTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
** * * * * * * ** * * * *
6218 TTATGATATTTTATTTTATCATAAAACAACTATTTCAGTAT-ATAAAATTTTAGTCAAAATTAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TGT-TCATACAAGCTTATTTAGAATAAAA
* * * * * * *
6282 TAATATTACTTTATTAATATTTCAATAATTGATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAA-GTAGTTTA
64 TAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAATCTA-TTTA
** * * *
6346 -TCAAATTAGTTCAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
128 CT-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * ** *** *
6399 TTATGAACTTTTGTTTTATTGTAAAACAATTGTTTT-TCATCATACAAGC-CCCTTCGAAATAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTGT--TCATACAAGCTTATTTAG-AATAAA
* * * * * * *
6462 ATAATATTAATTTTTTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAGTTAATTTGTTTA
63 ATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAATCTATTTA
* * * * * * **
6527 TTGAACCAGTTGAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATATATTTCAAATTG
128 CTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * *
6580 TTATAACCTTTTGTTATCTCATAAAACAATTATTTCTGTTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAAT
* ** * * * * * * * *
6645 AATACTAATGCAATAATATTATGAAAATTAATAACTATGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACT
65 AATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAATCTATTTACT
* ** * * ** * * *
6710 GAAGTAGTTTAAATAGTTAAGGGTATATGAAC-ATTTTTTATTTCAAATCA
130 AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * ** * *
6760 TTATAACCTTTTGGTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCTTAGTAGCATATTCAGAATAAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-GTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAAT
** * * * * * * * * *
6825 AA-AACAACTTTATTAATATTTCAAGACTTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAACAATTATGTTTGC
65 AATATTAA-TTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAATCTATTT-A
* * ** * * *
6889 CT-AACTAGTTCAAACAACTATGATTATTTGAATAATTATCTATTTCAGATCA
128 CTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * *
6941 TTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTTAGAATAAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAAT
* * * * * *
7006 AATAATAATTTATTAATATTTTGAAAATTAAGAAGTAAGA-AATTTAAAAATAAATTTGTTTACT
65 AATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAATCTATTTACT
* * * * *
7070 AAACCAGTTCAATTAGTTATAACTATTTGAACAATCATTTATTTCAAATCA
130 AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * * * * *
7121 TTACGACCATCTGTTTTGTCATAAAACAATTATTCTATTCATA-TAGTCTAATTTGGAATAAAGT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTGTTCATACAAG-CTTATTTAGAATAAAAT
** * * * * *
7185 AATGCTAATTTATTAATATTTTGAAAACTAATAAGTAACA-AATTTAAAGAATGAAA-CTATTGG
65 AATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGAA-TTAAAAAAT-AAATCTATT-T
* * * *
7248 CCT-GACTAGTGCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
127 ACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * **
7301 TTATGACCTTTTGTTTTATCACAAAATAATTGTTTCTATTCGTATAAGCTTATTT-GAATAATGT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAAT
* * * * * *
7365 AAT-TCTATTTTATTAATATTCTAAAAATCAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTAT
65 AATAT-TAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAATCTATTTAC
* * * *
7429 TGAACAAGTAT-AAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAAATCG
129 TAAACAAGT-TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATCA
** * * * * * *
7482 CCATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAAATATTCTATTCATAAAAGCTTATTTCA-AATAAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTTGTTCATACAAGCTTATTT-AGAATAAAA
* * * * * * * *
7546 TTACATAAATTTATTAATA-TTTAGACACA-TAATAAGTAAAAG-ATT-TAAAA-AAATTTGTTT
64 TAATATTAATTTATTAATATTTTA-A-AAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAATCTATTT
* * * *
7606 ACCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATCTGAACAATTAGT-TATTTCAAATCT
127 ACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA-TCTATTTCAAATCA
* * * * * * * * *
7660 TTAAGACTTTTTATTTTGTCATGACACAATTGTTTTTCTTCATACAAGCCTATTTGGATTAAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAAT
* * ** * *
7725 AATATTAATTTATTAATATTTTAAAAGTTAATAAGTAAAAG-ATTTTAAAATAAATATATTTACC
65 AATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAATCTATTTACT
* * * * * *
7789 AAACAAGTTTAAAGAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTTCAAATCG
130 AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATCA
* * *** * * **
7841 TTATGACCTTTTATTTTATCATAAAACAATTGTATCAATTCATATAGGCTTATTCGGAATAAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT-TTTGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAAT
* * ** * * *
7906 -ATCATTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATGAGTAAGAGGTTTAAAAAAATGAATTTGTTTA
65 AAT-ATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGAATT-AAAAAATAAATCTATTTA
* * *
7970 CTGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTA
128 CTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * *
8023 TTATAACCTTTTGTTTT-TCATAAAATAATTGTTTCTGTTCATACAGGCTTATTCT-GAATAAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TGTTCATACAAGCTTATT-TAGAATAAAA
* ** * * * * * *
8086 TAAT-TAAATTTATTAATATTCCAAAATTTAATAAGTAA-A-AATTTAAAAATTAATTTTTTTTC
64 TAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAATCTATTTAC
* * *
8148 -AAACACA-TTCAAATAGTTTTAACTATTTGAACAATCATCTATTTCAAAT-A
129 TAAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
** * * * * *
8198 GTTATGACCTTTTGTTTTGTGGTAAACCAATTGTTTCTATCCATACAAGCTTATTCAAAATAAAA
1 -TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAA
** * *
8263 TAATATTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTT
64 TAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAATCTATTT
8326 TATTCTGTCA
Statistics
Matches: 2522, Mismatches: 553, Indels: 208
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
173 4 0.00
174 89 0.04
175 34 0.01
176 115 0.05
177 184 0.07
178 181 0.07
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180 649 0.26
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182 201 0.08
183 58 0.02
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATA
ATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAATCTATTTACTA
AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
Found at i:9009 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 8773--10236 Score: 1060
Period size: 180 Copynumber: 8.2 Consensus size: 180
8763 TAGTCGTGAT
* * * * *
8773 CTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTA
1 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTACATACAA-ATTATTCGAAATAAAATAATACTA
* * * * * *
8838 TTTTATTAAGATTTTGCAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAG
65 ATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAG
* * *
8903 TTCAAATAGTCATG-TTCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGAC
130 TTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* * *
8954 CTTTTGTTTTGT-AGTAAAACAAATGTTTCTGTACATACAGAATTATTCAAAATAAAATAATATT
1 CTTTTGTTTTGTCA-TAAAACAATTGTTTCTGTACATACA-AATTATTCGAAATAAAATAATACT
* * * * ** *
9018 GATTTATTAGTATTTTGAAAATTAAT----AAGAGATTTAAAAACTAAATTTATTTACTGAACCA
64 AATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAA
* * * *
9079 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTACAAATCGTAATGAT
129 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* * * ** * * *
9131 C-TTTATTTTGTCATACAACAATTGTTTCTTTTCACATA-AGCTTATTTG-ATTAAAATGATACT
1 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-TGT-ACATACAAATTATTCGAAATAAAATAATACT
* * * * * * * ** * *
9193 AATTTAATAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATATGCTTGTCGAACTA
64 AATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAA
* * * *
9258 GTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTAAC
129 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* * * * * *
9310 CTTTTGTTTAGTCATAAAACAATT-ATTCTAGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACT
1 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-GTACATACAA-ATTATTCGAAATAAAATAATACT
* **
9374 AATTTATTAACA-TTTGAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAA-AAATCCGTTTA-CAGAAC
64 AATTTATTAATATTTTG-AAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCA-AAC
* * * * * * ** * *
9436 AATTTCAATTAGATATGACTATTTGAACAGTTATTTATTTAAAATTGTTTTAAC
127 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* * * * * *
9490 CTTTTTATTTTTTCACAAAACAATTGTTTCAGTTA-ATAAAAACTTA-TCGAAATAAAATAATAG
1 C-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTG-TACATACAAA-TTATTCGAAATAAAATAATAC
* ** ** * * * * * * *
9553 TACTTTATTAATATTTCAAAAATTACGAAGCAAAAGATTTAAAAACTAAAGTTATTTTCTGAAGC
63 TAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTAC-CAAAC
* * * * * * *
9618 -AGTTCTAGTAGTTATGACTATTTGAACAAATATCAATCTCAAATCGTTATGAT
127 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* * *** ** *
9671 C-TTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTG-ATCATATAAGGCGATTCG-GGTAAAAATAAAAC
1 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTA-CATACAA-ATTATTCGAAAT-AAAATAATAC
* * * * * *
9733 TAATTTAATAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCTGAATC
63 TAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTAC-CAAAC
* * * * * *
9798 AA-TTCAAATAGTTAAGATTATTAGAATAATTGTCTATTTCAAATCATTTTGA-
127 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* * * * ** ** * *
9850 CTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTATTTCAGTTTATACAAGCTATTTGAAAGAAAATAATACTAA
1 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTACATACAAATTATTCGAAATAAAATAATACTAA
*** * **
9915 TTTATTAACT-TTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAA
66 TTTATTAA-TATTTTGAAAATTAATAAGCAAGAGATTT-AAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAA
* * * * *
9979 GTTCAAATAGCTATAATTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCATTATGAAC
129 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG-AC
* * * * * * * *
10032 TTTTTTTTTTGTCATAAAACAATCGTTTCAGTTCACA-AAAGTTTATCCAAAATAAAATAATACT
1 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTACATACAAA--TTATTCGAAATAAAATAATACT
* * * ** * *
10096 ACTTTATTAATATTTTGAAAA-T--TAA-CAATATATTTAAAAAATAAATCAGTTTACTGAATC-
64 AATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTAC-CAAACA
* * * * * *
10156 AGTTTAAATAATTATGGA-TATTTAAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATTAC
128 AGTTCAAATAGTTAT-GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
** *
10209 CTTTCATTTTGTCATAAAAAAATTGTTT
1 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
10237 TTCAACATGC
Statistics
Matches: 1000, Mismatches: 239, Indels: 92
0.75 0.18 0.07
Matches are distributed among these distances:
175 32 0.03
176 27 0.03
177 103 0.10
178 68 0.07
179 174 0.17
180 324 0.32
181 201 0.20
182 38 0.04
183 33 0.03
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (180 bp):
CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTACATACAAATTATTCGAAATAAAATAATACTAA
TTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGT
TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
Found at i:9837 original size:541 final size:531
Alignment explanation
Indices: 8773--10236 Score: 1675
Period size: 541 Copynumber: 2.7 Consensus size: 531
8763 TAGTCGTGAT
* * *
8773 CTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTA-TTCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACT
1 CTTTTGTTTAGTCATAAAATAATT-ATTCTAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACT
* * * * * * *
8837 ATTTTATTAAGATTTTG-CAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCA-AAC
65 AATTTATTAACA-TTTGAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CAGAAC
* * * *
8900 AAGTTCAAATAGTCATG-TTCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTT
128 AAGTTCAAATAGT-ATGATT-ATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTATTTTAACCTTTTTTTTT
* * * * *
8964 GT-AGTAAAACAAATGTTTCTG-TACATACAGAATTATTCAAAATAAAATAATATTGA-TTTATT
191 TTCA-TAAAACAATTGTTTCAGTTA-ATA-AAAATTA-TCAAAATAAAATAATACT-ACTTTATT
* * * *
9026 AGTATTTTGAAAATTAATAAGAGATTTAAAAACTAAATTTATTTACTGAACCAGTTCAAATAGTT
251 AATATTTTGAAAATTAACAAAAGATTTAAAAACTAAA-TTATTTACTGAACCAGTTCTAATAGTT
* *
9091 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTACAAATCGTAATGATCTTTATTTTGTCATACAACAATTGT
315 ATGACTATTTGAACAATTATCTATT-CAAATCGTTATGATCTTTATTTTGTCATAAAACAATTGT
** * * * * *
9156 TTCTTTTCACATAAGCTTATTTGATTAAAATGATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAATAA
379 TTCTGATCACATAAGCTGATTGGATAAAAATAAAACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAATAA
*
9221 GTAAGAAATTTAAAAAATAAATATGCTTGTCGAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAA
444 GTAAGAAATTTAAAAAATAAATATGCTTGTCGAACTAATTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAA
9286 TTATCTATTTCAAATCATTCTAA
509 TTATCTATTTCAAATCATTCTAA
* *
9309 CCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTCTAGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACT
1 -CTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTATTCTAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACT
*
9374 AATTTATTAACATTTGAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAA-AAATCCGTTTACAGAACAA
65 AATTTATTAACATTTGAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACAGAACAA
* * * * * *
9438 TTTCAATTAGATATGACTATTTGAACAGTTATTTATTTAAAATTGTTTTAACCTTTTTATTTTTT
130 GTTCAAATAG-TATGATTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTATTTTAACCTTTTT-TTTTTT
* * *
9503 CACAAAACAATTGTTTCAGTTAATAAAAACTTATCGAAATAAAATAATAGTACTTTATTAATATT
193 CATAAAACAATTGTTTCAGTTAATAAAAA-TTATCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATT
** * * *
9568 TCAAAAATTACGAAGCAAAAGATTTAAAAACTAAAGTTATTTTCTGAAGCAGTTCTAGTAGTTAT
257 TTGAAAATT---AA-CAAAAGATTTAAAAACTAAA-TTATTTACTGAACCAGTTCTAATAGTTAT
* *
9633 GACTATTTGAACAAATATCAATCTCAAATCGTTATGATCTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTT
317 GACTATTTGAACAATTATCTAT-TCAAATCGTTATGATCTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * *
9698 CTGATCATATAAGGC-GATTCGGGTAAAAATAAAACTAATTTAATAATATTTTGAAAATTAATAA
381 CTGATCACATAA-GCTGATT-GGATAAAAATAAAACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAATAA
* * * * *
9762 GTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTG-CTGAA-TCAATTCAAATAGTTAAGATTATTAGAAT
444 GTAAGAAATTTAAAAAATAAATATGCTTGTC-GAACT-AATTCAAATAGTTAAGACTATTAGAAC
* * *
9825 AATTGTCTATTTCAAATCATTTTGA
507 AATTATCTATTTCAAATCATTCTAA
* *
9850 CTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTATT-TCAGTTTATACAAGC-TATTTGAAAGAAAATAATACT
1 CTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTATTCT-AGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACT
* *
9913 AATTTATTAAC-TTTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAAATAAATCTGTTTACTGAAC
65 AATTTATTAACATTT-GAAAAATTAATAAGCAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACAGAAC
* * * *
9977 AAGTTCAAATAGCTATAATTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCATTATGAA-CTTTTTTTTT
128 AAGTTCAAATAG-TATGATTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTATT-TTAACCTTTTTTTTT
* * * *
10041 TGTCATAAAACAATCGTTTCAGTTCACAAAAGTTTATCCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAA
191 T-TCATAAAACAATTGTTTCAGTTAATAAAA-ATTAT-CAAAATAAAATAATACTACTTTATTAA
* * * * * *
10106 TATTTTGAAAATTAACAATATATTTAAAAAATAAATCAGTTTACTGAATCAGTT-TAAATAATTA
253 TATTTTGAAAATTAACAAAAGATTTAAAAACTAAATTA-TTTACTGAACCAGTTCT-AATAGTTA
* * * * *
10170 TGGA-TATTTAAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATTACCTTTCATTTTGTCATAAAAAAATTG
316 T-GACTATTTGAACAATTATCTA-TTCAAATCGTTATGATCTTT-ATTTTGTCATAAAACAATTG
10234 TTT
378 TTT
10237 TTCAACATGC
Statistics
Matches: 789, Mismatches: 106, Indels: 62
0.82 0.11 0.06
Matches are distributed among these distances:
535 3 0.00
536 104 0.13
537 117 0.15
538 74 0.09
539 83 0.11
540 165 0.21
541 204 0.26
542 39 0.05
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (531 bp):
CTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTATTCTAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTA
ATTTATTAACATTTGAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACAGAACAAG
TTCAAATAGTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTATTTTAACCTTTTTTTTTTTCAT
AAAACAATTGTTTCAGTTAATAAAAATTATCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTTGA
AAATTAACAAAAGATTTAAAAACTAAATTATTTACTGAACCAGTTCTAATAGTTATGACTATTTG
AACAATTATCTATTCAAATCGTTATGATCTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGATCACAT
AAGCTGATTGGATAAAAATAAAACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTA
AAAAATAAATATGCTTGTCGAACTAATTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCA
AATCATTCTAA
Found at i:10292 original size:67 final size:67
Alignment explanation
Indices: 10196--10332 Score: 184
Period size: 67 Copynumber: 2.0 Consensus size: 67
10186 TATTTATTTC
* ** **
10196 AAATCGTTATTACCTTTCATTTTGTCATAAAAAAATTGTTTTTCAACATGCAAGCTTATTTGAAA
1 AAATCGTTAGTACCTTTCATTTTGTCATAAAAAAATAATTTTTCAACACACAAGCTTATTTGAAA
10261 TA
66 TA
* * * * *
10263 AAATTGTTAGTACTTTTCATTTTGTCATAAAACAATAATTTTTGAACACACAAGTTTATTTGAAA
1 AAATCGTTAGTACCTTTCATTTTGTCATAAAAAAATAATTTTTCAACACACAAGCTTATTTGAAA
10328 TA
66 TA
10330 AAA
1 AAA
10333 CAATACTAAT
Statistics
Matches: 60, Mismatches: 10, Indels: 0
0.86 0.14 0.00
Matches are distributed among these distances:
67 60 1.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (67 bp):
AAATCGTTAGTACCTTTCATTTTGTCATAAAAAAATAATTTTTCAACACACAAGCTTATTTGAAA
TA
Found at i:10857 original size:604 final size:602
Alignment explanation
Indices: 9767--10870 Score: 1272
Period size: 604 Copynumber: 1.8 Consensus size: 602
9757 AATAAGTAAG
* ** * * *
9767 AGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCTGAATCAATTCAAATAGTTAAGATTATTAGAATAATTGTC
1 AGATTCAAAAAATAAATCCGTTTACTGAATCAATTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATC
* * *
9832 TATTTCAAATCATTTTGACTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTATTTCAGTTTATACAAGCTATTT
66 TATTTCAAATCATTATAACTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTATTTCAGTTTATACAAGCTATTC
* * *
9897 GAAAGAAAATAATACTAATTTATTAACTTTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAAATAA
131 GAAAGAAAATAATACTAAATTAATAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAAATAA
* * *
9962 ATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGCTATAATTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCATTA
196 ATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGCTAAAACTATATGAATAATTATCTATTTAAAATCATTA
* * * *
10027 TGAACTTTTTTTTTTGTCATAAAACAATCGTTTCAGTTCACAAAAGTTTATCCAAAATAAAATAA
261 TGAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATCATTTCAGCTCACAAAAGTTTATCCAAAATAAAATAA
* * * * * * *
10092 TACTACTTTATTAATATTTTGAAAATTAACAATATATTTAAAAAATAAATCAGTTTACTGAATCA
326 AACTAATTTATTAATATTTTCAAAATTAACAAGAGATTTAAAAAATAAATCACTTTACTGAACCA
* * *
10157 GTTTAAATAATTATGGATATTTAAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATTACCTTTCATTTTGTC
391 GTTTAAATAATTATGAATATTTAAACAATTATATATTTCAAATCGTTATAACCTTTCATTTTGTC
* * **
10222 ATAAAAAAATTGTTTTTCAACATGCAAGCTTATTTGA-AATAAAATTGTTAGTACTTTTCATTTT
456 ATAAAAAAATTATTTCTCAACATAAAAGCTTATTT-ATAATAAAATTGTTAGTACTTTTCATTTT
10286 GTCATAAAACAATAATTTTTGAACACACAAGTTTATTTGAAATAAAACAATACTAATTTATTAAT
520 GTCATAAAACAATAATTTTTGAACACACAAGTTTATTTGAAATAAAACAATACTAATTTATTAAT
10351 ATTTCAAGAATTAGTACT
585 ATTTCAAGAATTAGTACT
* * *
10369 AGATTCAAAAAATAAATCCGTTTACTGTAT-AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTAT
1 AGATTCAAAAAATAAATCCGTTTACTGAATCAA-TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTAT
* ** * ** **
10433 CTATTTTAAATTGTTATAACTTTT-TATTCTGTCATAAAATAATTATTTTTGTTCATATA-AATT
65 CTATTTCAAATCATTATAACTTTTGT-TT-AGTCATAAAATAATTATTTCAGTT--TATACAAGC
* * *
10496 TATTCGAAATAAAATAATACTAAATTAATAACATTCTAAAAATTCATAA-CTAAGAGATTT-AAA
126 TATTCGAAAGAAAATAATACTAAATTAATAACATTCAAAAAATTAATAAGC-AAGAGATTTGAAA
* * *
10559 AAATAAATTTGTTT-CTTGAA-ATAGTTCAAATAGTTAAAACTATATGAATAATTATTTATTATT
190 AAATAAATCTGTTTAC-TGAACA-AGTTCAAATAGCTAAAACTATATGAATAATTA--T-CTATT
* ** * * *
10622 TCAAATTGTTAT-AACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTATTTCAGCTCATC-CAAGTTTA-CT
250 TAAAATCATTATGAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATCATTTCAGCTCA-CAAAAGTTTATC-
* * * *
10684 CATAATAAAATAAAATTAATTTATTAATA-TTTCAAAATTTTA-TAGAGATTTAAAAAATAATAT
313 CAAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTTCAAAA-TTAACAAGAGATTTAAAAAATAA-AT
* * * *
10747 TAC-TTA-TCGAACC-GATTTAAATAATTAT-AACTATTTGAACAATTATATATTTCAATTTGTT
376 CACTTTACT-GAACCAG-TTTAAATAATTATGAA-TATTTAAACAATTATATATTTCAAATCGTT
* ** * * *
10808 ATAACTTTTTGTTTTTTCATAAAATAATTATTTCT-ATTCATAAAAGCTTATTTATAATAAAAT
438 ATAACCTTTCATTTTGTCATAAAAAAATTATTTCTCA-ACATAAAAGCTTATTTATAATAAAAT
10871 AATACTAATC
Statistics
Matches: 412, Mismatches: 70, Indels: 38
0.79 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
601 3 0.01
602 75 0.18
603 75 0.18
604 170 0.41
605 75 0.18
606 14 0.03
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.07, T:0.42
Consensus pattern (602 bp):
AGATTCAAAAAATAAATCCGTTTACTGAATCAATTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATC
TATTTCAAATCATTATAACTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTATTTCAGTTTATACAAGCTATTC
GAAAGAAAATAATACTAAATTAATAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAAATAA
ATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGCTAAAACTATATGAATAATTATCTATTTAAAATCATTA
TGAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATCATTTCAGCTCACAAAAGTTTATCCAAAATAAAATAA
AACTAATTTATTAATATTTTCAAAATTAACAAGAGATTTAAAAAATAAATCACTTTACTGAACCA
GTTTAAATAATTATGAATATTTAAACAATTATATATTTCAAATCGTTATAACCTTTCATTTTGTC
ATAAAAAAATTATTTCTCAACATAAAAGCTTATTTATAATAAAATTGTTAGTACTTTTCATTTTG
TCATAAAACAATAATTTTTGAACACACAAGTTTATTTGAAATAAAACAATACTAATTTATTAATA
TTTCAAGAATTAGTACT
Found at i:10867 original size:176 final size:178
Alignment explanation
Indices: 10326--10927 Score: 532
Period size: 176 Copynumber: 3.4 Consensus size: 178
10316 GTTTATTTGA
* * * *
10326 AATAAAACAATACTAATTTATTAATATTTCAAGAATTAGT-ACT---AGATTCAAAAAATAAA-T
1 AATAAAATAATACTAATTTAATAATATTT-AAAAATTA-TAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATT
* * * * *
10386 CCGTTTACTGTATA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATTGTTAT
64 AC-TTT-CTG-AAAGAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATATATTTCAAATTGTTAT
* * * * *
10450 AACTTTTTATTCTGTCATAAAATAATTATTTTTGTTCATATAAA-TTTATTCGA-
126 AACTTTTTGTTTTTTCATAAAATAATTATTTCTATTCATA-AAAGTTTATTC-AT
* *
10503 AATAAAATAATACTAAATTAATAACATTCTAAAAATTCATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATT
1 AATAAAATAATACTAATTTAATAATATT-TAAAAATT-ATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATT
** * * *
10568 TGTTTCTTGAAATAGTTCAAATAGTTAAAACTATATGAATAATTATTTATTATTTCAAATTGTTA
64 ACTTTC-TGAAAGAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTA--TA-TATTTCAAATTGTTA
* * * ** *
10633 TAACCTTTTGTTTTGTT-ATAAAACAATTATTTC-AGCTCATCCAAGTTTACTCAT
125 TAACTTTTTGTTTT-TTCATAAAATAATTATTTCTA-TTCATAAAAGTTTATTCAT
* * * * *
10687 AATAAAATAAAATTAATTTATTAATATTTCAAAATT-TTA-T-AGAGATTTAAAAAATAATATTA
1 AATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTAAAAATTATAACTAAGAGATTTAAAAAATAA-ATTA
* * * * *
10749 CTTATC-GAACCGA-TTTAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATATATTTCAATTTGTTATAA
65 CTT-TCTGAA-AGAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATATATTTCAAATTGTTATAA
* *
10812 CTTTTTGTTTTTTCATAAAATAATTATTTCTATTCATAAAAGCTTATTTAT
128 CTTTTTGTTTTTTCATAAAATAATTATTTCTATTCATAAAAGTTTATTCAT
* * **
10863 AATAAAATAATACTAATCTAATAATATTTTGACTATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATT
1 AATAAAATAATACTAATTTAATAATA-TTTAAAAATT-ATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATT
10928 TGTTTAACTA
Statistics
Matches: 341, Mismatches: 58, Indels: 49
0.76 0.13 0.11
Matches are distributed among these distances:
175 2 0.01
176 77 0.23
177 41 0.12
178 5 0.01
179 47 0.14
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181 70 0.21
182 1 0.00
183 11 0.03
184 72 0.21
185 1 0.00
ACGTcount: A:0.43, C:0.09, G:0.06, T:0.42
Consensus pattern (178 bp):
AATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTAAAAATTATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTAC
TTTCTGAAAGAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATATATTTCAAATTGTTATAACTT
TTTGTTTTTTCATAAAATAATTATTTCTATTCATAAAAGTTTATTCAT
Found at i:11477 original size:18 final size:20
Alignment explanation
Indices: 11451--11497 Score: 53
Period size: 18 Copynumber: 2.4 Consensus size: 20
11441 TTTGAAATAT
*
11451 ATAATTATTCAAA-TAGT-A
1 ATAACTATTCAAACTAGTCA
*
11469 ATAACTATTTAAACTAGTCCA
1 ATAACTATTCAAACTAGT-CA
11490 ATAACTAT
1 ATAACTAT
11498 ATTTATTTTT
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 2, Indels: 3
0.83 0.07 0.10
Matches are distributed among these distances:
18 11 0.46
19 4 0.17
21 9 0.38
ACGTcount: A:0.47, C:0.13, G:0.04, T:0.36
Consensus pattern (20 bp):
ATAACTATTCAAACTAGTCA
Found at i:12412 original size:718 final size:723
Alignment explanation
Indices: 10958--12626 Score: 1783
Period size: 718 Copynumber: 2.3 Consensus size: 723
10948 CAGGCCAATA
** * * ** *
10958 GATTTATTTTTTAAATC-CGTTACTTATTAAATTTTT-GAATA-TCAATAAATTAGCATTACTTT
1 GATTTATTTTTTAAATCTC-CAACTTA-TCAATTTTTAGAATAGT-AATAAAGTAATATTATTTT
* * * *
11020 ATTCCAAATAAGA-TTGTATCAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAAC-AAATGGTCATAATGA
63 ATTTCGAATAA-ACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAAGGTCATAATGA
* * * * * *
11083 TTTGAAATAAATAATTATTCAAATTGTTATAACTACTTGAA-TTGGTTTGGTAAACAAATTTATT
127 TTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTAATTGAACTT-GTTTGATAAATAGATTTATT
* *
11147 TTTTT-AA--TC-TCTTATTAATTTTTAAAATATTAAT-AAATTAATATTATTTTATTTAAAACA
191 TTTTTAAATTTCTTCTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAAATTAACATTATTTTATTTAAAACA
* * *
11207 AACTTATATGAACAAAAATATTTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAGATCAAAATAGAT
256 AACTTATATGAACAAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAGAACAGATCAAAATAGAT
*
11272 AATTACTCATATAGCCATAACTATTTGACTTGGTTCAACAAACAAATCTATTGTTTAAATCTCTT
321 AATTACTCATATAGCCATAACTATTTAACTTGGTTCAACAAACAAATCTATTGTTTAAATCTCTT
** * * * **
11337 TGTTATTGATTTTCATAATATTATTAGATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTCGTTTGAACA
386 ACTTATTAATTTTCATAATATTACTAGATTAGTATTATTTTATTCTAAACAAGCTCGCATGAACA
* * * *
11402 TAAATAATTGTTTTATGACAAACTAAAAGATTATAACAATTTGAAATATATAATTATTCAAATAG
451 GAAATAAATGTTTTATGACAAAC-AAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAG
** * * *
11467 TAATAACTATTTAAACTAGTCCAATAACTATATTTATTTTTTAATTCTCCTACTTATTAATTTTT
515 TAATAACTATTTAAACTAGTCCAATAAAAAGATTTAGTTTTTAA-TATCCTACTTATTAATTTTT
* * * *
11532 GAAATCTTAATAAATTAGTATTATTTTATTATGAATAAACTTGTACGATGAAAAACAATTGTTTT
579 GAAATATTAATAAACTAATATTATTTTATTATGAATAAACTTGTAAGAT-AAAAACAATTGTTTT
* * * *
11597 ATAACAAAACAAAAGTTCATAACGACTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCTATAATTATTTGA
643 ACAACAAAACAAAAGTTCATAACAACTTGAAATAGATAATAGTTCAAATGGCTATAACTATTTGA
*
11662 ACTTATTCGAGAAACT
708 ACTGATTCGAGAAACT
*
11678 GATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTCTCAATTTTT-GAAATAGTAATAAAGTAATATTATTTTAT
1 GATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATCAATTTTTAG-AATAGTAATAAAGTAATATTATTTTAT
* * * *
11742 TTTGGAT-AAGTTTTATTGAACT-GAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAAGGTCATAATGAT
65 TTCGAATAAACTTGTA-TGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAAGGTCATAATGAT
* * *
11805 TTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAATTGAACTTGTTTGATAAATAGATTTATTTT
128 TTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTAATTGAACTTGTTTGATAAATAGATTTATTTT
* * * **
11870 TTTAAAATTTCTTCCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAAATT-ACATTATTTTATTTCAAATT
193 TTT-AAATTTCTT-CTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAAATTAACATTATTTTATTTAAAACA
* * * * **
11934 AGCTTGTATGAACTGAAAAAAACATT-TTTTATGAC-AAA-AAAAGGTTAGAAC-GTTTTGAAAT
256 AACTTATATGAAC--AAAAAAA-ATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAGAACAG-ATCAAAAT
* * * ** * * *
11995 AGATAATTATTC-TAATAGTCTTAACTATTATAAC-TGGTTCGGCAAATACATTTATT-TTTAAA
317 AGATAATTACTCAT-ATAGCCATAACTATT-TAACTTGGTTCAACAAACAAATCTATTGTTTAAA
* * * * *
12057 TCTCTTACTTATTAATTTTTATAATATTACTAGTTTATTATTATTTTACTT-TGAACAAGCTTGC
380 TCTCTTACTTATTAATTTTCATAATATTACTAGATTAGTATTATTTTA-TTCTAAACAAGCTCGC
* * *
12121 ATGAATAGAAATAAATGTTTTATGACAAA-ACAAAGATCAT-ACTATTTGAGATAAATAATTATT
444 ATGAACAGAAATAAATGTTTTATGACAAACA-AAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTATT
* ** * ****
12184 GAAATAGTCTTAACTATTTAAACTTGTTTGGTAAAAAGATTTAGTTTTTAA-AT-CT-CTTATTA
508 CAAATAGTAATAACTATTTAAACTAGTCCAATAAAAAGATTTAGTTTTTAATATCCTACTTATTA
* **
12246 ATTTTTGAAATATTAAT-AACTAATATTATTTTATTTTGAATAATTTTGTAAGA-ATAAAACAAT
573 ATTTTTGAAATATTAATAAACTAATATTATTTTATTATGAATAAACTTGTAAGATA-AAAACAAT
* * * * **
12309 TGTTTTACAACAAAATAAAA-TGTCATAATAATTTGAAATAGATTATAGTTCAAATGGAC-ATGG
637 TGTTTTACAACAAAACAAAAGT-TCATAACAACTTGAAATAGATAATAGTTCAAATGG-CTATAA
*
12372 CTATTTGAACTGGTTCG-GCAAA-T
700 CTATTTGAACTGATTCGAG-AAACT
* * * * *
12395 ATATTTATTTTTTAAATCTTCAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTAT
1 -GATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATCAATTTTTAGAATAGTAATAAAGTAATATTATTTTAT
* * * *
12460 TTCGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGATCATAACGATTT
65 TTCGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAAGGTCATAATGATTT
* * * *
12525 GAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-CTCATTAAATAGATTTA-CTTT
130 GAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTAATTGAACTTGTTTGA-TAAATAGATTTATTTTT
*
12588 TTAAATCTT-TTACTTATTAATTTTTAGAATTTTAATAAA
194 TTAAAT-TTCTT-CTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAA
12627 CTAGTATTAT
Statistics
Matches: 792, Mismatches: 124, Indels: 70
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
716 31 0.04
717 14 0.02
718 230 0.29
719 52 0.07
720 95 0.12
721 76 0.10
722 3 0.00
723 2 0.00
724 60 0.08
725 10 0.01
726 84 0.11
727 107 0.14
728 11 0.01
729 15 0.02
730 2 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (723 bp):
GATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATCAATTTTTAGAATAGTAATAAAGTAATATTATTTTATT
TCGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAAGGTCATAATGATTTG
AAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTAATTGAACTTGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTT
AAATTTCTTCTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAAATTAACATTATTTTATTTAAAACAAACTT
ATATGAACAAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAGAACAGATCAAAATAGATAATTA
CTCATATAGCCATAACTATTTAACTTGGTTCAACAAACAAATCTATTGTTTAAATCTCTTACTTA
TTAATTTTCATAATATTACTAGATTAGTATTATTTTATTCTAAACAAGCTCGCATGAACAGAAAT
AAATGTTTTATGACAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTAATAA
CTATTTAAACTAGTCCAATAAAAAGATTTAGTTTTTAATATCCTACTTATTAATTTTTGAAATAT
TAATAAACTAATATTATTTTATTATGAATAAACTTGTAAGATAAAAACAATTGTTTTACAACAAA
ACAAAAGTTCATAACAACTTGAAATAGATAATAGTTCAAATGGCTATAACTATTTGAACTGATTC
GAGAAACT
Found at i:12560 original size:182 final size:180
Alignment explanation
Indices: 10957--17116 Score: 3743
Period size: 181 Copynumber: 34.5 Consensus size: 180
10947 TCAGGCCAAT
* * * *
10957 AGATTTATTTTTTAAATCCGT-TACTTATTAAATTTTTGAATATCAATAAATTAGCATTACTTTA
1 AGATTTATTTTTTAAAT-CTTCTACTTATT-AATTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * * * * *
11021 TTCCAAATAAGATTGTATCAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAATGGTCATAATGATTT
64 TTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTT
* * * * * *
11086 GAAATAAATAATTATTCAAATTGTTATAACTACTTGAATTGGTTTGGTAAAC
129 GAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAAC
* * * *
11138 AAATTTATTTTTTTAA---TCT-CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAT
1 AGATTTATTTTTTAAATCTTCTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * * * * * * * *
11199 TTAAAACAAACTTATATGAACAAAAATATTTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAGA-TC
65 TTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC-GATTT
* * * * ***
11263 AAAATAGATAATTACTCATATAGCCATAACTATTTG-ACTTGGTTCAACAAAC
129 GAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGGTTCGGTAAAC
* * * ** * * *
11315 AAATCTATTGTTTAAATC-TCTTTGTTATTGATTTTCAT-AATATTATTAGATTAGTATTATTTT
1 AGATTTATTTTTTAAATCTTC-TACTTATTAATTTT--TGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
* * * * * * * *
11378 A-TTCTAAATAAGCTCGTTTGAACATAAATAATTGTTTTATGAC-AAACTAAAAGATTATAACAA
63 ATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAACGA
* * * * * **
11441 TTTGAAATATATAATTATTCAAATAGTAATAACTATTTAAACTAGTCCAAT-AAC
126 TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAAC
* * * *
11495 TATATTTATTTTTTAATTCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATCTTAATAAATTAGTATTATTTTA
1 -AGATTTATTTTTTAAATCTTCTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * * * * * *
11560 TTAT-GAATAAACTTGTACG-ATGAAAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGTTCATAACGAC
64 TT-TCAAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGAT
* * * **
11623 TTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-GGCTATAATTATTTGAACTTATTCGAG-AAAC
127 TTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTGGTTCG-GTAAAC
* * * * * * * *
11677 TGATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTCTCAATTTTTGAAATAGTAATAAAGTAATATTATTTTAT
1 AGATTTATTTTTTAAATCTTCTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
*** * * *
11742 TTTGGATAAG-TTTTATTGAACT-GAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAAGGTCATAATGAT
65 TTCAAATAAGCTTGTA-TGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAACGAT
* * * * * * *
11805 TTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAATTGAACTTGTTTGATAAAT
127 TTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAAC
* * *
11859 AGATTTATTTTTTTAAAAT-TTCTTCCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAAATTA-CATTATT
1 AGATTTA-TTTTTT-AAATCTTC-TACTTATTAA-TTTTTGAATATTAAT-AAATTAGTATTATT
* * * * *
11922 TTATTTCAAATTAGCTTGTATGAACTGAAAAAAACATT-TTTTATGAC-AAA-AAAAGGTTAGAA
61 TTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-T-AGAAACA-ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * * *
11984 CGTTTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTAT-AACTGGTTCGGCAAAT
123 CGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATT-TGAACTGGTTCGGTAAAC
* * * ** *
12042 ACATTTA-TTTTTAAATC-TCTTACTTATTAATTTTTATAATATTACTAGTTTATTATTATTTTA
1 AGATTTATTTTTTAAATCTTC-TACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * * * * * *
12105 CTTT-GAACAAGCTTGCATGAATAGAAATAAATGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCAT-ACTATT
64 -TTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATT
* * * * * * * *
12167 TGAGATAAATAATTATTGAAATAGTCTTAACTATTTAAACTTGTTTGGTAAAA
128 TGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAAC
* * *
12220 AGATTTAGTTTTTAAA---TCT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AACTAATATTATTTTAT
1 AGATTTATTTTTTAAATCTTCTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
** ** * ** * * **
12280 TTTGAATAATTTTGTAAGAATA-AAACAATTGTTTTACAACAAAATAAAATGTCATAATAATTTG
65 TTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTG
* * * ** * *
12344 AAATAGATTA-TAGTTCAAATGGACATGGCTATTTGAACTGGTTCGGCAAAT
130 AAATAGATAATTA-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAAC
* * *
12395 ATATTTATTTTTTAAATCTTCAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTAT
1 AGATTTATTTTTTAAATCTTCTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * *
12460 TTCGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGATCATAACGATTT
65 TTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAACGATTT
* * * ** *
12525 GAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGCTCATTAAAT
129 GAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAAC
* * * *
12577 AGATTTACTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATTTTAATAAACTAGTATTATTTTTA
1 AGATTTATTTTTTAAATCTTCTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTA
* * * * * * * **
12642 TTTCGAATAAGGTTTTATGAACAAAAACATTTAG-TTTATAACAAAACAAAAAATCATATA--AT
64 TTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATT-GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA-ACGAT
* * * *
12704 TTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACAATTTGAAC-GTGTTCAG--AA-
127 TTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTG-GTTCGGTAAAC
* * * *
12755 A-A--CA----TT---TGTT-T-CTTATTAATTTCTAGAATATTAATAAATTTA-AATTATTTTA
1 AGATTTATTTTTTAAATCTTCTACTTATTAATTT-TTGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTA
* * * * * ** * *
12807 -CTCAAAATAAGCTTGCATGAACA-AAACCAATTGTTTTGTGGCAAAATGAAAGATCATAA-TAT
64 TTTC-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGA-
* * * * * ** ** *
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126 TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAAC
** * * * *
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* * * * * * * *
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* * * *
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127 TTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAAC
* * * * * *
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1 AGATTTATTTTT-TAAATCTTCTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTT-
* * * * * * *
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63 ATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAACGAT
* ** * * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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130 AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAAC
* * * * ** * *
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1 AGATTTATTTTTTAAATCTTCTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * * * * * *
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* *** * *
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* * * * * * * * *
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* * *
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* * * *
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* * * * **
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* * * * *
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1 AGATTTATTTTTTAAATCTTC-TACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * * * * * *
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* *
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* ** * * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * **
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1 AGATTTATTTTTTAAAT--CTTCTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
* * * *
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* * *
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* * * * * ***
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* * * * *** * * *
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1 AGATTTATTTTTTAAATCTTCTACT-TATTAATTTTTGAA-TATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * * * * ***
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* * * *
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* * * * * *
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** * * * *
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* * * * * * * * * * *
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* * * ** * * ** *
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* * *
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* ** * * *
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* * * * * **
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* * * *
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*
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*
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Found at i:15312 original size:20 final size:19
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* * * * *
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* * * * * * * * * *
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* *** * *
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* * **
11208 ACTTATATGAACAAAA-ATATTTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAGA-TCAAAATAGA
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11271 TAATTACTCATATAGCCATAACTATTTGACTTGGTTCAACA
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* * * * * * * * * *
11312 AACAAATCTATTGTTTAAATCTCTTT-GTTATTGATTTTCATAATATTATTAGATTAGTATTATT
1 AATAGATTTATT-TTTAAAT-T-TTTACTCATTAATTTTTA-AATATTAATAAATTTGTATTATT
* * * * * *
11376 TTA-TTCTAAATAAGCTCGTTTGAACATA-AATAATTGTTTTATGAC-AAACTAAAAGATTATAA
62 TTATTTC-AAATAAACTTGTATG-A-ATAGAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAA
* * * * * * * * *
11438 CAATTTGAAATATATAATTATTCAAATAGTAATAACTATTTAAACTAGTCCAAT-AACTATATTT
123 CGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCGATAAAC-AGATTC
* * * * * * *
11502 ATTTTTTAATTCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATCTTAATAAATTAGTATTATTTTATTAT-GA
187 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCGGAATATTAAT-AATTAATATTATTTTATT-TCAA
* * * * *
11566 ATAAACTTGTACG-ATGAAAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGTTCATAACGACTTGAAAT
250 ATAAACTTATATGAAT--AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAAT
* * * * * * *
11630 AGATAATTGTTCAAAT-GGCTATAATTATTTGAACTTATTCGAGAA
313 AGATAATTATTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAA-ATGTT-AAAAA
* *** * * * **
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1 AATAGATTTA-TTTTTAAAT-TTTTAC-TCATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTTGTATTATT
*** * * *
11738 TTATTTTGGAT-AAGTTTTATTGAACT-GAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAAGGTCATAA
62 TTATTTCAAATAAACTTGTA-TGAA-TAG-AACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAA
* * * * * * *
11801 TGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAATTGAACTTGTTTGATAAATAGATTTA
123 CGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCGATAAACAGATTCA
* * ** * *
11866 TTTTTTTAAAATTTCTTCCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAAATT-ACATTATTTTATTTCA
188 -TTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTCGGAATATTAAT--AATTAATATTATTTTATTTCA
* * * * * * *
11930 AATTAGCTTGTATGAACTGAAAAAAACATT-TTTTATGAC-AAA-AAAAGGTTAGAACGTTTTGA
249 AATAAACTTATATGAA-T--AAAACA-ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGA
* * * ****
11992 AATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTAT-AACTGGTTCGGCA
310 AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATT-TGAAAT-GTTAAAAA
* * * * * *
12039 AATACATTTATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTATAATATTACT-AGTTTATTATTATTT
1 AATAGATTTATTTTTAAAT-TTTTACTCATTAATTTTTA-AATATTAATAAATTT-GTATTATTT
* * * * * * * *
12103 TACTTT-GAACAAGCTTGCATGAATAGAAATAAATGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCAT-ACTA
63 TA-TTTCAAATAAACTTGTATGAATAG-AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGA
* * * * * * * * * *
12165 TTTGAGATAAATAATTATTGAAATAGTCTTAACTATTTAAACTTGTTTGGTAAAAAGATTTAGTT
126 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCGATAAACAGATTCATTT
* * * ** **
12230 TTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAACTAATATTATTTTATTTTGAATAATT
191 TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCGGAATATTAATAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAAC
* * ** * * ** *
12291 TTGTAAGAATAAAACAATTGTTTTACAACAAAATAAAATGTCATAATAATTTGAAATAGATTA-T
256 TTATATGAATAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATT
* * ** * ****
12355 AGTTCAAATGGACATGGCTATTTGAACTGGTTCGGCA
321 A-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAAAT-GTTAAAAA
* ** * **
12392 AATATATTTATTTTTTAAATCTTCAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTT
1 AATAGATTTA-TTTTTAAAT-TTTTACTCATTAATTTTTA-AATATTAATAAATTTGTATTATTT
* * *
12457 TATTTCGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGATCATAACGA
63 TATTTCAAATAAACTTGTATGAATAG-AACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAACGA
* * * * * * *
12522 TTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGCTC-ATTAAATAGATTTACT
126 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCGA-TAAACAGATTCATT
* ** * * * *
12586 TTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATTTTAATAAACTAGTATTATTTTTATTTCGAATA
190 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCGGAATATTAAT-AATTAATATTA-TTTTATTTCAAATA
** * * * * **
12651 AGGTTTTATGAACAAAAACATTTAG-TTTATAACAAAACAAAAAATCATATA--ATTTGAAATAG
253 AACTTATATGAA-TAAAACAATT-GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA-ACGATTTGAAATAG
* * * * * *
12713 ATAATTGTTTAAATAGTCATAACAATTTGAACGTGTT--CAG
315 ATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-ATGTTAAAAA
* * * * **
12753 AA-A-A--CA---TT---TGTTT-CTTATTAATTTCTAGAATATTAATAAATTTAAATTATTTTA
1 AATAGATTTATTTTTAAATTTTTACTCATTAATTTTTA-AATATTAATAAATTTGTATTATTTTA
* * * * * * * ** * *
12807 -CTCAAAATAAGCTTGCATGAACAAAACCAATTGTTTTGTGGCAAAATGAAAGATCATAA-TATT
65 TTTC-AAATAAACTTGTATGAATAGAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGA-T
* * * * * * * * *
12870 TTAAAATAGATAATTGTTTAGATAGTCCTAACTATTTGAACTTATTCAATAAATAGATTCTTTTT
127 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCGATAAACAGATTCATTTT
** * * * * *
12935 TTAGTTCTCTTAGTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAATAATATTTTACTTCAAATAAAC
192 TTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCGGAATATTAAT-AATTAATATTATTTTATTTCAAATAAAC
* * * * * *
13000 TTATATGAACTGAAACAATTGTTTTATTACAAAAGAAAAGATCATAATGACTTGAAATAGATAAT
256 TTATATGAA-TAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAAT
* * * ****
13065 TATTCAAATAGTCATGATTATTTGAACTTGTTTGGTA
320 TATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-ATGTTAAAAA
* * * * **
13102 AACATATTTATTTTTAAAAATTTTTTACTTATTAATTATTGAAATATTAATAAATTAATATTATT
1 AATAGATTTATTTTT--AAA-TTTTTACTCATTAATT-TTTAAATATTAATAAATTTGTATTATT
* * * *
13167 TTAATTT-GAATAAACTTGTATAAATATAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGG-CGTAAC
62 TT-ATTTCAAATAAACTTGTATGAATA-GAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAAC
* * * *
13230 --------A-AG----TTG---AAATAGTTATAATTATTTAAACTTTTTC-AGTAAACAAATTCA
124 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCGA-TAAACAGATTCA
* * * * * ** *
13278 TATTTTTAAATTTCTTTA-TTATTGATTTTTGGATTACTAATAAATTAGCATTATTTTATTTCGA
188 T-TTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTTTCGGAATATTAAT-AATTAATATTATTTTATTTCAA
* * * * *
13342 ATAAGCTTATATGAATTGAAACAATTCTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA
250 ATAAACTTATATGAA-TAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATA
* * * * ** * **
13407 GATAATTATTCAAAAAATCATGATTATTTGATCTAGTTCAGTA
314 GATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAAT-GTTAAAAA
* * * * * * * * * *
13450 AACATATTTGTTTTTTAAA-TTTTACTTATCAGTTGCTGAAATAATAATAAATTAGTATTATTTT
1 AATAGATTT-ATTTTTAAATTTTTACTCATTAATT-TTTAAATATTAATAAATTTGTATTATTTT
* * * * * * * * * *
13514 AATCCAAATAAGC--ATAT--AT-GAACAATTATTTTATAACAGAACAAAAAGTCGTAACGATAT
64 ATTTCAAATAAACTTGTATGAATAGAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTT
* * * * * * * * *
13574 GAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCAAAACTATTTGAACTAGTTTGATAAATAAATTTATTTTTT
129 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCGATAAACAGATTCATTTTTT
* ** * * * *
13639 AAA--TC-T-CTTATTAATATTCAAAATATTAATAGATTAGTATTACTTTATTCCAAACAAACTT
194 AAATCTCTTACTTATTAATTTTCGGAATATTAATA-ATTAATATTATTTTATTTCAAATAAACTT
* * * * * * *
13700 ATATGAACAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTAAAATAAATAATTGT
258 ATATGAATAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTAT
* * * ***
13765 TCAAATAATCATAATTATTTGAACTAGTTAGGTA
323 TCAAATAGTCATAACTATTTGAAAT-GTTAAAAA
* * * **
13799 AATAGAATTATTTTTTAAATCTCTTA--CATTTAATTTCTGAAATATTAATAAATTCAT-TTCAT
1 AATAGATTTA-TTTTTAAAT-TTTTACTCA-TTAATTT-TTAAATATTAATAAATTTGTATT-AT
* * * * *
13861 TTTA-TTCTGAATAAGCTAT-TATGAATTAAAAAAAAAACTTATTTTATGACAAAACAAAAGGTC
61 TTTATTTC-AAATAAACT-TGTATGAA-T---AGAACAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * * * * * * *
13924 ATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGTCTTAAATATTTGAA-TGAGTTTGACAAACAA
119 ATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACT-TGTTCGATAAACAG
* * * * * * *
13988 ATTTATTTTTTAATTCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTATTAGATTAGTATTATTTTATTT
183 ATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCGGAATATTAATA-ATTAATATTATTTTATTT
** * * * * * *
14053 CAAATAAGTTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAGATTATAACAATTTGAA
247 CAAATAAACTTATATGAA-TAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAA
* ** * * * ** * *
14117 GTTTACAATTGTTCAAATAGTTATTGCTATAT-CAA---T--AAA
311 ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATGTTAAAAA
* * * * *
14156 CA-A-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTT
1 AATAGATTTA-TTTTTAAAT-TTTTACTCATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTTGTATTATTT
* * * * * * *
14219 TATTTCGAATAAAATTGAATG-TTCA-AACAAAATTGTTATATGACAAAACAAAAGGTAATAACA
63 TATTTCAAATAAACTTGTATGAAT-AGAAC--AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * * * * *
14282 ATTTGAAATAGATAACTGTTGACATAGCCATAATTATTTGAA-TTGATTCGATAAACAGATTCAC
125 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTG-TTCGATAAACAGATTCAT
** ** ** * *
14346 TTGCTAAATAACTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAATA
189 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCGGAATATTAAT-AATTAATATTATTTTATTTCAAATA
* * * * * * *
14410 AGCTTCTATGAACTGAAACAATTGTTTTGTGATAAAACAAATA-GTCATAACGATTTTAAAGAGA
253 AACTTATATGAA-TAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAACGATTTGAAATAGA
* * * * * ****
14474 TAATTATTCATATAGTCTTAACTGTTTGAACTACTTTGGCA
316 TAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAAT-GTTAAAAA
* * * * * * * *
14515 AACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAGTTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTT
1 AATAGATTTA-TTTTTAAAT-TTTTACTCATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTTGTATTATTT
* * * * ** ** * * *
14580 TATTCCAAATAAGCTTATATGAACT-GAAATAATAATTTTACAATAGAACAAAAGGTTATAAC-A
63 TATTTCAAATAAACTTGTATGAA-TAG-AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGA
* * * * * * * *
14643 ATTGAAAATAGATAATTGTCCAAATAG-GA-ACCGA-TT---C-----AG-TAAACAAATTTATT
126 TTTG-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCGATAAACAGATTCATT
* * * * *
14696 TTTTAAATCTCCTT-CTAATTAATTTTTGAAATTTTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATA
190 TTTTAAATCT-CTTACTTATTAATTTTCGGAATATTAAT-AATTAATATTATTTTATTTCAAATA
** * * * **
14760 GGCTTGTATG-ATGAAAAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGCTTGTAACGATTTGAAATAGA
253 AACTTATATGAAT--AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGA
* * * * * ** ***
14824 TAATTGTTTAAATGGCCATAATTATTTG-AA--CCAATTC
316 TAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATGTTAAAAA
* * * * ** * * * **
14861 GAT-G-TATT-TTTTTAAATCTCTAAT-ATATCAAAAATTGAAGTATTAATAAAGTAATATTATT
1 AATAGAT-TTATTTTTAAATTTTTACTCAT-T--AATTTTTAAATATTAATAAATTTGTATTATT
* * * * * * * ***
14922 ATA-TTCTAGATAAGCTTTTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAAGTCATATTT
62 TTATTTC-AAATAAACTTGTATGAATAG-AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * * * *
14986 ATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGACAAACAAATTTATT
125 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCGATAAACAGATTCATT
* * ** ** ** * **
15051 TTTTAAAATTTGTTGTTTATTAATTTTCTAAATGCTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATA
190 TTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTCGGAATATTAAT-AATTAATATTATTTTATTTCAAATA
* *** * * * * * * * *
15116 AGCACGTGTGAATGGAAAA-TACTATTTTATGAC-AAGCAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAAA
253 AACTTATATGAAT--AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGA
* * * * * * ****
15179 TAATTGTTCTAATATTCGA-AAGTATTAGAATTGGTTTGGCA
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* * * * * * *
15220 AACAAATTTATTTTTTAAA---TCACTTATTAATTTTTAGAATATT-ATTAATTTATCAATATTT
1 AATAGATTTA-TTTTTAAATTTTTACTCATTAATTTTTA-AATATTAATAAATTTGT-ATTATTT
* * * * * * * *
15281 TACTCCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGCTTTATGACAAAA-AAATA--TCATAATGA
63 TATTTCAAATAAACTTGTATGAA-TAGAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAACGA
* * * * * ** * *
15343 TTTGAGATAGATAATTGTTCAAAAAAATCATAATTATTTGAA-TTGGTTTAATATACAGATTAAG
126 TTTGAAATAGATAATTGTTC-AAATAGTCATAACTATTTAAACTT-GTTCGATAAACAGATTCA-
* * * * **
15407 TTTTTT-AA--TCTT--TTATTAATTTTTGAAATACTAATAAATTAGA-ATTATTCTATTTTGAA
188 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCGGAATATTAAT-AATTA-ATATTATTTTATTTCAAA
** * * * * *
15466 TAATTTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTACGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGATATAG
251 TAAACTTATATGAATA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAG
* ** ** * ****
15531 ATAA-TAGTTCAAATGGAT-ATGTCTATTTGAGCTTTTTCGGTA
315 ATAATTA-TTCAAATAG-TCATAACTATTTGA-AATGTTAAAAA
* * *** * *
15573 AACAAATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTCGTATTATTT
1 AATAGATTTA-TTTTTAAAT-TTTTACTCATTAATTTTTA-AATATTAATAAATTTGTATTATTT
* * * * *
15638 TATTTCAAATAAACTTGTATGAATAAGAACAATTGTTTTATAATAAAACAGAAGATTATAACGAT
63 TATTTCAAATAAACTTGTATGAAT-AGAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGAT
* * * * * *
15703 TTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTCGCTCAATAAACAGATTTATTTT
127 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCGATAAACAGATTCATTTT
* * * * *
15768 TTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATTTTAATAAGTTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGC
192 TTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCGGAATATTAATAA-TTAATATTATTTTATTTCAAATAAAC
* * * *
15833 TTTTATGAATAGAAACGATTGGTTTATGACCAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAAT
256 TTATATGAATA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAAT
15898 TATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAAGTGTTAAAAA
320 TATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAA-TGTTAAAAA
* * *
15935 AATATATTTATTTTTAAATTTTTACTCATTAATTTTTGAAATATTACTAAATTTTTATTATTTTA
1 AATAGATTTATTTTTAAATTTTTACTCATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTTGTATTATTTTA
* * * * * * * *
16000 TTTGAAATAAGCTTGCATGAGTAGAACCAGA-TGTTTTATGAGAAAACAAAATGTCATAATGTTT
65 TTTCAAATAAACTTGTATGAATAGAA-CA-ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATT
* * * *
16064 TAAAATAGATAATTGTTCAGATAGTCATAACTATTTAAACATGTTCGATAAAAAGATTCATTTTT
128 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCGATAAACAGATTCATTTTT
* * * * *
16129 TAATTCTCTTTCTCATTAA-TTTCTGGAATATTAATACATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGC
193 TAAATCTCTTACTTATTAATTTTC-GGAATATTAATA-ATTAATATTATTTTATTTCAAATAAAC
* * *
16193 TTATATGAACTAAAACAATTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTCACAATGATTTGAAATAGATAAT
256 TTATATGAA-TAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAAT
* * ***
16258 AATTCATATAGTCATAACTATTTGAACATGTTCGGTAA
320 TATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-ATGTT-AAAAA
* ** * * * **
16296 CA-AGATTCCTTTTTTAATTCTCTTTCTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAATATTATTT
1 AATAGATTTATTTTTAAATT-T-TTACTCATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTTGTATTATTT
* * * * *
16360 TATTTCAAATAACCTTATATGAACT-GAAACAATTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTCACAATGA
63 TATTTCAAATAAACTTGTATGAA-TAG-AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGA
* * * * * * * *
16424 TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATGACTAGTTGAACTTGTTTGGA-AAACATATTTATT
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* * * * * * * *
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* * * * * * * * * *
16549 TAAACATGTATGACA-AAAATAATTATTTTACGACAAAAAAAAAAAGTCATACCAATTTCAAATA
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* * ** * *
16613 AATAATTTTTCAAATAGTCATAAAGATTTGAAATTGTTCAATA
314 GATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAA-TGTTAAAAA
* * *
16656 AATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTATTTATTAATTGTCTT-AATATTAAT-AAGTTGTATTATT
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* ** * * *
16719 TTA-TTCAAAATAAACTTGTATGAATAGAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGCAA
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* * *
16783 TTTCG-AATAGATAATTG-TCGAAATAGTCAAAATTATTTAAACTTGTTCGACAAACAGATTCAT
126 TTT-GAAATAGATAATTGTTC-AAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCGATAAACAGATTCAT
* ** **
16846 TTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTCATAATATTAATAACTTAATATTATTTTATTTTGAATA
189 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCGGAATATTAATAA-TTAATATTATTTTATTTCAAATA
* * * * *
16911 AACTTACATGAATTGAAATAATT-TTTTAAGACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGAT
253 AACTTATATGAA-TAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGAT
* * ** * **
16975 AATTATTCCAAATAGTCTTGACTATTTGATCTAGTTCAGTA
317 AATTATT-CAAATAGTCATAACTATTTGAAAT-GTTAAAAA
* * * * * * * *
17016 AACATATTTACTTTTAAAATTAATTACTTATCAATTGTCTAAATATTAATAAATTAGTATTATTT
1 AATAGATTTA-TTTTTAAATT-TTTACTCATTAATT-TTTAAATATTAATAAATTTGTATTATTT
** * * *
17081 TAACTCAAATAAGCATATATGAATAGAAACAATTGT
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17117 CAAAACTATT
Statistics
Matches: 4484, Mismatches: 1022, Indels: 594
0.74 0.17 0.10
Matches are distributed among these distances:
338 5 0.00
339 25 0.01
341 4 0.00
342 7 0.00
343 96 0.02
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Consensus pattern (355 bp):
AATAGATTTATTTTTAAATTTTTACTCATTAATTTTTAAATATTAATAAATTTGTATTATTTTAT
TTCAAATAAACTTGTATGAATAGAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGA
AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCGATAAACAGATTCATTTTTTAA
ATCTCTTACTTATTAATTTTCGGAATATTAATAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAACTTATA
TGAATAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCA
AATAGTCATAACTATTTGAAATGTTAAAAA
Found at i:17440 original size:180 final size:176
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17119 AAACTATTTG
* * * * * *
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* * * * * * * *
17191 ATTAATATATCAATATTACTTTATTTCGAACACA-TTTATATGAA-CAAAAACATTTATTTTATG
65 ATTAATAAAT-TATATTATTTTATTT-AAATA-AGCTTGTATGAATCAAAAA-A-TTGTTTTATG
*
17254 ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCAT
125 ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* *
17306 AATTATTTGAACTAGTTAGGTAAACAGAATTGTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTGAAAT
1 AACTATTTGAACTAGTTA-GTAAACAGAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTGAAAT
* * *
17371 ATTAATAAATTCAT-TTTTTTTACTTTAAATAAGCTAGTATGAATTCAAAAAACTTATTTTATGA
65 ATTAATAAATT-ATATTATTTTA-TTTAAATAAGCTTGTATGAA-TCAAAAAA-TTGTTTTATGA
* * *
17435 CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGTCTTT
126 CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-AT
* * ** * *
17487 AAATATTTAAACTAGTTCAACAAACA-AATTTATTTTTT-AATTTCTTAGTTATTAATTTTTGAA
1 AACTATTTGAACTAGTT-AGTAAACAGAA-TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTGAA
* * * *
17550 ATATTATTAGATTAGCATTATTTTATTCTAAATAAACTTGTATGAA-CAAAAATAATTGTTTTAT
63 ATATTAATAAATTA-TATTATTTTATT-TAAATAAGCTTGTATGAATC-AAAA-AATTGTTTTAT
* * * ** * * * *
17614 GATAGAACAAAAGGTTATAACAATTCGAAGT-TACAATTGTTCAAATAGTCAT
124 GACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * *
17666 -A-TATTTAAACTAGTTCAGTAAACA-AATTTATTTTTTAAATCTCTT-GTTA--ATTTTTGAAA
1 AACTATTTGAACTAGTT-AGTAAACAGAA-TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTGAAA
* * * * * * *
17725 GATTAACAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTGGAATG-ATAAAAAAACGATTGTTATAT
64 TATTAATAAATTA-TATTATTTTATT-TAAATAAGCTTGTATGAAT-CAAAAA--ATTGTTTTAT
* * * * * * *
17789 GACTAAACAAAAGGCCATAAT-TTTTAGTAAACAAATAATTGTTCATATAGTCCT
124 GACAAAACAAAAGGTCATAATGATTT-G-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * * * ** * * *
17843 AATTGTTTGAA-TTGTTTTAGCAAATAGGTTTATTTTTTTGAATCTCCTT-GTTATTAATTTTCA
1 AACTATTTGAACTAG--TTAGTAAACAGAATTA-TTTTTTAAATCT-CTTACTTATTAATTTT-G
* * * * * * *
17906 AAATAATATTAAATTAGTATTTTTTTATTCCAAAGAAGCTTATATGAA-CTAAAACAATTATTTT
61 AAATATTAATAAATTA-TATTATTTTATT-TAAATAAGCTTGTATGAATC-AAAA-AATTGTTTT
* * * * * *
17970 ATAATAGAACAAAAAGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG----
122 ATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * *
18021 -AC-------ACTAGTTCAGTACACA-AATTTTTTTTTTAAA-CTTCCTACTTATTAATTTTTGA
1 AACTATTTGAACTAGTT-AGTAAACAGAA-TTATTTTTTAAATC-TCTTACTTATTAA-TTTTGA
* * * *
18076 AATATTAATAAATTAGTATTGTTTTATTTTGAATAGGCTTGTATG-ATGAAAATAATTGTTTTAT
62 AATATTAATAAATTA-TATTATTTTA-TTTAAATAAGCTTGTATGAATCAAAA-AATTGTTTTAT
* ** * * * **
18140 GACAAAACAAAAGTTTGTAA-CAGTTTGAAATAGATAATTATTCAAGTAACCAT
124 GACAAAACAAAAGGTCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * * * * * **
18193 AATTATTTAAACCAATTTGATAAACTGACTTATTTTTTAAATCT-TTAACTTATTGGTTTTTGAA
1 AACTATTTGAACTAGTTAG-TAAACAGAATTATTTTTTAAATCTCTT-ACTTATT-AATTTTGAA
* * * *
18257 ATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTCAGATAAGCTTTTATGAA-CTAAGACAATTGTTTTAT
63 ATATTAATAAA-TTATATTATTTTATTT-AAATAAGCTTGTATGAATC-AA-AAAATTGTTTTAT
* * * * * *
18321 GATAAAACAAAAGGTCATATTTATTCT-AAATAGATAATTGTTTAAATATTTAT
124 GACAAAACAAAAGGTCATAATGATT-TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * * * * * * *
18374 GACAATTTGAAATTGTTCAATAAACAGATTTATTTTTAAAATTTCTT-GTCTATTAATTTTTTG-
1 AACTATTTGAACTAGTT-AGTAAACAGAATTATTTTTTAAATCTCTTACT-TATTAA--TTTTGA
* * * * *
18437 AATGTTAATAAATTAGTGTTATTTTATTTTGAATAAGCATGTATGAA-CTAAAACAATTATTTTA
62 AATATTAATAAATTA-TATTATTTTA-TTTAAATAAGCTTGTATGAATC-AAAA-AATTGTTTTA
* * * * * * *
18501 TGACTAAACAAAAGATAAGAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTT
123 TGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * *
18555 AACTATTTGAATTAGTTCGGTAAACA-AATTTATTTTTTAAAT-TCTTTCTT-TT--TTTAG-AA
1 AACTATTTGAACTAGTT-AGTAAACAGAA-TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTGAAA
* * * * * * * * * * * *
18614 TATTATTAATTTAGCAATATTTTACTCTAATTAAGTTTGTATCAA-CAGAAGCAGTTGTTTTGTT
64 TATTAATAAATTA-TATTATTTTA-TTTAAATAAGCTTGTATGAATCA-AA-AAATTGTTTTATG
* * ** * * *
18678 ACAAAA-TAAAGATCATAACAATTTGAGATAGATAATTGCTCAAATAGCCAT
125 ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * * * * *
18729 AAGTATTTGAACTAGTTCGATAAATAGATTTAATTCTTAAATCTCTTA-TTA--ATTTTTGAAAT
1 AACTATTTGAACTAGTTAG-TAAACAGAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTGAAAT
** *
18791 ATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAATAATTTTGTATGAAT-AGAAACAATCGTTTTATGA
65 ATTAATAAATT-ATATTATTTTATT-TAAATAAGCTTGTATGAATCA-AAA-AATTGTTTTATGA
* * ** *
18855 CAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATATATAATAATTCAAATAGACAT
126 CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * * ** *
18906 GACTATTTGAACTTGTTCGATAAACA-AATTTATTTTTAAAATCTCCAACCTATTAATTATT-AG
1 AACTATTTGAACTAGTTAG-TAAACAGAA-TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTGA-
** *
18969 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAAATTGTATGAAT-AGAAACAATTATTTTA
62 AATATTAATAAATTA-TATTATTTTATTT-AAATAAGCTTGTATGAATCA-AAA-AATTGTTTTA
* **
19033 TGACAAAAC---A----A-AATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAAGGGTCAT
123 TGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * *
19079 AACTATTTGAACTCACTCAGTAAATAG-ATATATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAA
1 AACTATTTGAACT-AGTTAGTAAACAGAAT-TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTGAA
* * * * *
19143 ATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTATATAAGCTTTTATGAA-GAGAAAAATTGGTTTATG
63 ATATTAATAAATTA-TATTATTTTATT-TAAATAAGCTTGTATGAATCA-AAAAATTGTTTTATG
** * *
19207 ACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTAT
125 ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * * * *
19259 AACTATTTGAACGT-GTTTAGAAAACATATTTATTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAACTATT--A
1 AACTATTTGAAC-TAG-TTAGTAAACAGAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTGAA
* * * *
19320 ATATTAATAAATTTATATTATTTTATTTGAAATAAACTTGCATGAA-CAAAATCAATTTTTTTAC
63 ATATTAATAAA-TTATATTATTTTATTT-AAATAAGCTTGTATGAATCAAAA--AATTGTTTTAT
** * * * * *
19384 GATTAAACTAAATGTCATAATGTTTTGAAATAGATAATTATTCAGATAGTCAT
124 GACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * * *
19437 AACTATTTGAA-TATGTTCTGTAAATAG-ATTAATTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTAT
1 AACTATTTGAACTA-GTT-AGTAAACAGAATT-ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTGA-
* * * *
19500 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTGAAACAGTTGTTTTAT
62 AATATTAATAAATTA-TATTATTTTATTT-AAATAAGCTTGTATGAA-TCAAAAAATTGTTTTAT
* * * *
19565 TA-AAAA-AAAA-GTCACAATGATTTGAAATA-ATTAATTATTCAAATATTCAT
124 GACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGA-TAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * * * * * * *
19615 GACTATTTGTACTTGTTGGATAAACATAATTATTTTTAAAATTTTTTACTTATT-ATTTGTCAAA
1 AACTATTTGAACTAGTTAG-TAAACAGAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT-T-GAA
* ** *
19679 ATATTAACAAATTAATATT-TTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTATTTTAT
63 ATATTAATAAATT-ATATTATTTT-ATTTAAATAAGCTTGTATGAATCA-AAA-AATTGTTTTAT
** * *
19742 GACAAAACAAAAAGGTCATAAAAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAATCAT
124 GACAAAAC-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
** * * * *
19796 AAAGATTTGAACTTGTTTAGTAAACA-AATT-TATTTTTATATCTTTTACTTATTAATTGTAT-T
1 AACTATTTGAACTAG-TTAGTAAACAGAATTAT-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-T-TGA
* * * **
19858 AATATGAATAAATTTATATTATTTTATTTAAAATAAGTTTGTATGAATAGAAAAAAATCATTTTA
62 AATATTAATAAA-TTATATTATTTTATTT-AAATAAGCTTGTATGAAT--CAAAAAATTGTTTTA
* ** * *
19923 TGATAAAACAAAAGG-CAATAGCGATTTCAAATAGATAATTGCTCAAATAGTCAT
123 TGACAAAACAAAAGGTC-ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * * * * *
19977 AATTATTTAAACTTA-TTCATTAAATAGATTTATTTTTTAAATATCTTAATTATTAAGTTTT-AG
1 AACTATTTGAAC-TAGTT-AGTAAACAGAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTGA-
* * * * * ** *
20040 AATATTGATAACTTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACTGAAATTATTTTTTTAT
62 AATATTAATAAATTA-TATTATTTTA-TTTAAATAAGCTTGTATGAA-TCAAAAAATTGTTTTAT
* * * *
20105 GATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCAT
124 GACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * * * * * * * *
20158 GACTATTTGATCTAGTTCGGTAAGCATATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTGTAGAAA
1 AACTATTTGAACTAGTT-AGTAAACAGAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTGAAA
** * ** * *
20223 TATTAATAAAATGGTATTATTTTAATCGAATAAGCATGTATGAA-CAAAAACTATTGTTTTATAA
64 TATTAAT-AAATTATATTATTTTATTTAAATAAGCTTGTATGAATCAAAAA--ATTGTTTTATGA
* * ** * *
20287 TAGAAA-AAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAAT-ATTGCTCAAATAGTCAT
126 CA-AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * * * *
20337 AACTATTTAAACT-GATTTGATGAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTA--ATTTTTGAAA
1 AACTATTTGAACTAG-TTAG-TAAACAGAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTGAAA
* * ** * * *
20398 TATTAATAGATTAGTATTCTTTTATTCCGAACAAACTTATATGAA-CAAAAACATTTGTTTTATG
64 TATTAATAAATTA-TATTATTTTATT-TAAATAAGCTTGTATGAATCAAAAA-A-TTGTTTTATG
* * * *
20462 ATAAAACGAAAGGTCATAGCT-ATTTGAAAAAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
125 ACAAAACAAAAGGTCATA-ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * * ** *
20514 AATTATTTGAACTGGTTAGGTAAA-A-AATTATTTTTTTAAACCTCTTACATATTAATTTTTTAG
1 AACTATTTGAACTAGTTA-GTAAACAGAATTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTGAAA
* * * * * * **
20577 TATGAATAAATTCATTTTAATTTATTTTGAATAAG-TTAGTGTGAATTGAAAATTTTGTTTTATG
64 TATTAATAAATT-ATATTATTTTA-TTTAAATAAGCTT-GTATGAA-TCAAAAAATTGTTTTATG
20641 ACAAAA
125 ACAAAA
20647 AAATGATTTT
Statistics
Matches: 2589, Mismatches: 551, Indels: 400
0.73 0.16 0.11
Matches are distributed among these distances:
167 1 0.00
168 55 0.02
169 53 0.02
170 14 0.01
171 2 0.00
172 18 0.01
173 119 0.05
174 126 0.05
175 122 0.05
176 135 0.05
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178 208 0.08
179 174 0.07
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184 45 0.02
185 2 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (176 bp):
AACTATTTGAACTAGTTAGTAAACAGAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTGAAATA
TTAATAAATTATATTATTTTATTTAAATAAGCTTGTATGAATCAAAAAATTGTTTTATGACAAAA
CAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
Found at i:19519 original size:358 final size:360
Alignment explanation
Indices: 17129--20646 Score: 2177
Period size: 358 Copynumber: 9.9 Consensus size: 360
17119 AAACTATTTG
* * * * *
17129 AACTATTTGAACTTGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAA--TCT-CTTATTAATTTTTGAGAT
1 AACTATTTGAACTTGTTTGATAAACATATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTATT-AAAT
* * * * * * * *
17191 ATTAATATA-TCAATATTACTTTATTTCGAACACA-TTTATATGAACAAAA-ACATTTATTTTAT
65 ATTAATAAATTTAGTATTATTTTATTTCAAATA-AGCTTGTATGAACAAAACA-ATTT-TTTTAT
* * *
17253 GACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAATTATTTGAAC
127 GATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * *
17318 TA-GTT-AGGTAAACAGAATT-GTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTGA-AATATTAATAA
192 TATGTTCA-GTAAACAG-ATTAATTTTTTAATTCTCTTACTTATTAATTTTTATAATATTAATAA
* * * * *
17379 ATTCA-T-TTTTTTTACTT-TAAATAAGCTAGTATGAATTCAAAA-AACTTATTTTATGACAAAA
255 ATT-AGTATTATTTTA-TTCTGAATAAGCTTGTATGAA--GAAAACAA-TTGTTTTATGACAAAA
* * *
17440 CAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGTCTTT
315 CAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC-AT
* * * ** * * * *
17487 AAATATTTAAACTAGTTCAACAAACAAATTTATTTTTT-AATTTCTTAGTTATTAATTTTTGAAA
1 AACTATTTGAACTTGTTTGATAAACATATTTATTTTTTAAATTT-TTACTTATTAATTATT-AAA
* * * * * *
17551 TATTATTAGA-TTAGCATTATTTTA-TTCTAAATAAACTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTAT
64 TATTAATAAATTTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAAC-AAAACAATTTTTTTAT
* * ** * * * * *
17614 GATAGAACAAAAGGTTATAACAATTCGAAGT-TACAATTGTTCAAATAGTCAT-A-TATTTAAAC
127 GATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * * * * *
17676 TA-GTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAA--ATC-T-CTTGTTAATTTTTGA-AAGATTAACAAA
192 TATGTTCAGTAAACAGATTAATTTTTTAATTCTCTTACTTATTAATTTTT-ATAATATTAATAAA
** * * * * * *
17735 TTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTGGAATGATAAAAAAACGATTGTTATATGACTAAACAAA
256 TTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATG--AAGAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA
* ** * * * * *
17800 AGGCCATAA-TTTTTAGTAAACAAATAATTGTTCATATAGTCCT
319 AGGTCATAACGATTT-G-AAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT
* * * ** * * *
17843 AATTGTTTGAA-TTGTTTTAGCAA-ATAGGTTTATTTTTTTGAATCTCCTT-GTTATTAATT-TT
1 AACTATTTGAACTTGTTTGATAAACATA--TTTA-TTTTTTAAAT-T-TTTACTTATTAATTATT
* * * * * * *
17904 CAAAATAATATTAAA-TTAGTATTTTTTTATTCCAAAGAAGCTTATATGAACTAAAACAATTATT
61 --AAATATTAATAAATTTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAC-AAAACAATTTTT
* * * * *
17968 TTATAATAGAACAAAAAGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-----AC-----
123 TTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * **
18023 --ACTA-GTTCAGTACACAAATTTTTTTTTTAAACTTC-C-TACTTATTAATTTTTGA-AATATT
188 GAACTATGTTCAGTAAACAGATTAATTTTTT-AA-TTCTCTTACTTATTAATTTTT-ATAATATT
* * * * *
18082 AATAAATTAGTATTGTTTTATTTTGAATAGGCTTGTATGATGAAAATAATTGTTTTATGACAAAA
250 AATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAAGAAAACAATTGTTTTATGACAAAA
* ** * **
18147 CAAAAGTTTGTAAC-AGTTTGAAATAGATAATTATTCAAGTAACCAT
315 CAAAAGGTCATAACGA-TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT
* * *** * * ** *
18193 AATTATTTAAACCAATTTGATAAAC-TGACTTATTTTTTAAATCTTTAACTTATTGGTTTTTGAA
1 AACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAT-ATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTATT-AA
* * * * * *
18257 ATATTAATAAA-GTAATATTATTTTATTTCAGATAAGCTTTTATGAACTAAGACAATTGTTTTAT
63 ATATTAATAAATTTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAC-AAAACAATTTTTTTAT
* * * * * * *
18321 GATAAAACAAAAGGTCATATTTATTCT-AAATAGATAATTGTTTAAATATTTATGACAATTTGAA
127 GATAAAACAAAAGGTCATAATGATT-TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * * * *
18385 AT-TGTTCAATAAACAGATTTATTTTTAAAATT-TCTT-GTCTATTAATTTTT-TGAATGTTAAT
191 CTATGTTCAGTAAACAGATTAATTTTT-TAATTCTCTTACT-TATTAATTTTTAT-AATATTAAT
* * * * * *
18446 AAATTAGTGTTATTTTATTTTGAATAAGCATGTATGAACTAAAACAATTATTTTATGACTAAACA
253 AAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAA-GAAAACAATTGTTTTATGACAAAACA
* * * * * *
18511 AAAGATAAGAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTT
317 AAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT
* * *
18555 AACTATTTGAA-TTAGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATTCTTT-C-T-TT--TT-TTAGA
1 AACTATTTGAACTT-GTTTGATAAACATATTTATTTTTTAAATT-TTTACTTATTAATTATTA-A
* * * * * * * * * * *
18613 ATATT-ATTAATTTAGCAATATTTTA-CTCTAATTAAGTTTGTATCAACAGAAGCAGTTGTTTTG
63 ATATTAATAAATTTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAACA-AAACAATTTTTTTA
* * * * ** * * * *
18676 TTACAAAA-TAAAGATCATAACAATTTGAGATAGATAATTGCTCAAATAGCCATAAGTATTTGAA
126 TGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * *
18740 CTA-GTTC-GATAAATAGATTTAA-TTCTTAA--ATC-T-CTTATTAATTTTTGA-AATATTAAT
191 CTATGTTCAG-TAAACAGA-TTAATTTTTTAATTCTCTTACTTATTAATTTTT-ATAATATTAAT
* * ** * *
18797 AAATTAATATTATTTTATTCTAAATAATTTTGTATGAATAGAAACAATCGTTTTATGACAAAACA
253 AAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAAGA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACA
* * * * *
18862 AAATGTCATAATGATTTGAAATATATAATAATTCAAATAGACAT
317 AAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT
* * * * *** *
18906 GACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTAAAATCTCCAACCTATTAATTATTAGAA
1 AACTATTTGAACTTGTTTGATAAACATATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTATTA-AA
** * *
18971 TATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAAATTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATG
64 TATTAATAAATTTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACA-AAACAATTTTTTTATG
* * **
19035 -----ACAAAA---CAAAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAAGGGTCATAACTATTTGAACT
128 ATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * * *
19092 CA--CTCAGTAAATAGA-TATATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA-AATTTTAATAA
193 -ATGTTCAGTAAACAGATTA-ATTTTTTAATTCTCTTACTTATTAATTTTT-ATAATATTAATAA
* *
19153 ATTAGTATTATTTTATTCT-ATATAAGCTTTTATGAAGAGAAA-AATTGGTTTATGACAAAACAA
255 ATTAGTATTATTTTATTCTGA-ATAAGCTTGTATGAAGA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAA
* *
19216 AAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTAT
318 AAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT
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19259 AACTATTTGAACGTGTTTAGA-AAACATATTTATTTTTAAAATTTTTACTTATTAACTATT-AAT
1 AACTATTTGAACTTGTTT-GATAAACATATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTATTAAAT
* * * *
19322 ATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTGAAATAAACTTGCATGAACAAAATCAATTTTTTTACGA
65 ATTAATAAATTTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAA-CAATTTTTTTATGA
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19386 TTAAACTAAATGTCATAATGTTTTGAAATAGATAATTATTCAGATAGTCATAACTATTTGAA-TA
129 TAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTA
* * *
19450 TGTTCTGTAAATAGATTAATTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTATAATATTAATAAATTA
194 TGTTCAGTAAACAGATTAATTTTTTAATTCTCTTACTTATTAATTTTTATAATATTAATAAATTA
* * * *
19515 GTATTATTTTATT-TCAAATAAGCTTATATGAACTG-AAACAGTTGTTTTATTA-AAAA-AAAA-
259 GTATTATTTTATTCT-GAATAAGCTTGTATGAA--GAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
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19575 GTCACAATGATTTGAAATA-ATTAATTATTCAAATATTCAT
321 GTCATAACGATTTGAAATAGA-TAATTATTCAAATAGTCAT
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19615 GACTATTTGTACTTGTTGGATAAACATAATTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTATTTGTCAAAA
1 AACTATTTGAACTTGTTTGATAAACATATTTATTTTTTAAA-TTTTTACTTATTAATTAT-TAAA
* * * * * *
19680 TATTAACAAA-TTAATATT-TTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATG
64 TATTAATAAATTTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACA-AAACAATTTTTTTATG
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19743 ACAAAACAAAAAGGTCATAAAAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAATCATAAAGATTTGAAC
128 ATAAAAC-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * * * * *
19808 T-TGTTTAGTAAACAAATTTA-TTTTT-ATATCTTTTACTTATTAA-TTGTATTAATATGAATAA
192 TATGTTCAGTAAACAGATTAATTTTTTAAT-TCTCTTACTTATTAATTTTTA-TAATATTAATAA
* * * ** *
19869 ATTTA-TATTATTTTATT-TAAAATAAGTTTGTATGAATAGAAAAAAATCATTTTATGATAAAAC
255 A-TTAGTATTATTTTATTCT-GAATAAGCTTGTATG-A-AGAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * **
19932 AAAAGG-CAATAGCGATTTCAAATAGATAATTGCTCAAATAGTCAT
316 AAAAGGTC-ATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT
* * * * * * * *
19977 AATTATTTAAACTT-ATTCATTAAATAGATTTATTTTTTAAATATCTTAATTATTAAGTT-TTAG
1 AACTATTTGAACTTGTTTGA-TAAACATATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAA-TTATTA-
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20040 AATATTGAT-AACTTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACTGAAATTATTTTTTTA
62 AATATTAATAAATTTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAC-AAAACAATTTTTTTA
* * * * *
20104 TGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCATGACTATTTGAT
126 TGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * * * * * *
20169 CTA-GTTCGGTAAGCATATTTATTTTTAAAATT-TTTTACTTATTAA-TTGTAGAAATATTAATA
191 CTATGTTCAGTAAACAGATTAATTTTT-TAATTCTCTTACTTATTAATTTTTA-TAATATTAATA
* * * * * * * *
20231 AAATGGTATTATTTTAATC-GAATAAGCATGTATGAACAAAAACTATTGTTTTATAATAGAAA-A
254 AATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAA-GAAAACAATTGTTTTATGACA-AAACA
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20294 AAAAGTCATAACAATTTGAAATAAAT-ATTGCTCAAATAGTCAT
317 AAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT
* * * *
20337 AACTATTTAAAC-TGATTTGATGAACATATTTATTTTTTAAA--TCT-CTTATTAATTTTTGAAA
1 AACTATTTGAACTTG-TTTGATAAACATATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTATT-AAA
* * * * * * *
20398 TATTAATAGA-TTAGTATTCTTTTATTCCGAACAAACTTATATGAACAAAA-ACATTTGTTTTAT
64 TATTAATAAATTTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAACA-ATTT-TTTTAT
* * * *
20461 GATAAAACGAAAGGTCATAGCT-ATTTGAAAAAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAA
127 GATAAAACAAAAGGTCATA-ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
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20525 CT-GGTT-AGGTAAA-AAATTATTTTTTTAAACCTCTTACATATTAATTTTT-TAGTATGAATAA
191 CTATGTTCA-GTAAACAGATTAATTTTTTAATTCTCTTACTTATTAATTTTTATAATATTAATAA
* * * * **
20586 ATTCA-TTTTAATTTATTTTGAATAAG-TTAGTGTGAATTGAAAA-TTTTGTTTTATGACAAAA
255 ATT-AGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTT-GTATGAA--GAAAACAATTGTTTTATGACAAAA
20647 AAATGATTTT
Statistics
Matches: 2483, Mismatches: 507, Indels: 344
0.74 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
348 3 0.00
349 141 0.06
350 146 0.06
351 184 0.07
352 27 0.01
353 148 0.06
354 109 0.04
355 153 0.06
356 308 0.12
357 116 0.05
358 383 0.15
359 132 0.05
360 82 0.03
361 203 0.08
362 256 0.10
363 89 0.04
364 1 0.00
365 2 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (360 bp):
AACTATTTGAACTTGTTTGATAAACATATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTATTAAATA
TTAATAAATTTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAACAATTTTTTTATGATA
AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTATG
TTCAGTAAACAGATTAATTTTTTAATTCTCTTACTTATTAATTTTTATAATATTAATAAATTAGT
ATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAAGAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
AACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT
Done.