Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019168436.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_649, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 20661
ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.10, T:0.40
Found at i:1534 original size:157 final size:160
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Indices: 1224--1540 Score: 604
Period size: 157 Copynumber: 2.0 Consensus size: 160
1214 CTTTTATGAA
1224 CTAAAGCAATTGTTTTATGAAAAAAACAAAAAGTCATAATGATTTTAAATAATTAATTGTTTTAA
1 CTAAAGCAATTGTTTTATGAAAAAAACAAAAAGTCATAATGATTTTAAATAATTAATTGTTTTAA
1289 ATAGTCATTAACTATTTGAGCTTATTTGGTAAACAGATTTATTTTTCAAATCTCTAGCTTATTAA
66 ATAGTCATTAACTATTTGAGCTTATTTGGTAAACAGATTTATTTTTCAAATCTCTAGCTTATTAA
1354 TTTTTTGAATGTTAATATATTAGGATTATT
131 TTTTTTGAATGTTAATATATTAGGATTATT
*
1384 CTAAAGCAATTGTTTTATG-ACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTTAAATAATTAATTG-TTTAA
1 CTAAAGCAATTGTTTTATGAAAAAAACAAAAAGTCATAATGATTTTAAATAATTAATTGTTTTAA
1447 ATAGTCA-TAACTATTTGAGCTTATTTGGTAAACAGATTTATTTTTCAAATCTCTAGCTTATTAA
66 ATAGTCATTAACTATTTGAGCTTATTTGGTAAACAGATTTATTTTTCAAATCTCTAGCTTATTAA
1511 TTTTTTGAATGTTAATATATTAGGATTATT
131 TTTTTTGAATGTTAATATATTAGGATTATT
1541 TTATTCTGAA
Statistics
Matches: 156, Mismatches: 1, Indels: 3
0.98 0.01 0.02
Matches are distributed among these distances:
157 87 0.56
158 12 0.08
159 38 0.24
160 19 0.12
ACGTcount: A:0.38, C:0.08, G:0.11, T:0.44
Consensus pattern (160 bp):
CTAAAGCAATTGTTTTATGAAAAAAACAAAAAGTCATAATGATTTTAAATAATTAATTGTTTTAA
ATAGTCATTAACTATTTGAGCTTATTTGGTAAACAGATTTATTTTTCAAATCTCTAGCTTATTAA
TTTTTTGAATGTTAATATATTAGGATTATT
Found at i:4320 original size:180 final size:181
Alignment explanation
Indices: 3903--6467 Score: 2030
Period size: 181 Copynumber: 14.2 Consensus size: 181
3893 AAGGCTAACA
*** * * *
3903 AAATAGATAATTATTTTTATAGTTTTAACTATTTGAACTGGTTCGATAAACACATTTATTTTTTA
1 AAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTA
** *
3968 AA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTG
66 AATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTG
** * * * * * ** *
4029 TATGATA-AAAAATAATTGTTTGATAACAAAACAAATGGTTATCGTTATTTG
131 TATGA-ACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
* * ** * * *
4080 GAATAGATAATTATTCAAATTGCCATAATTATTT-AA-TTGATTTGATAAACAAATTTATTTTTT
1 AAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTG-TTCGATAAACAGATTTATTTTTT
* * * * *
4143 AAATCTCTTACTTATTAATTTTAGAAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATATCATATAAACTC
65 AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTT
* * *
4208 GTATTAACTGAAACAATTGTTTTATGA-AAAAGCAAAAGGT-ATAGTGATTTT
130 GTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAAGGTCATAATGATTTG
* * * * * * *
4259 AAGTAGACAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAGCTTGGTCGATAAATAGACTTATTTTCTT
1 AAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTT-TT
* * * * * *
4324 AAATCTCTTTCTTTTTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTAATTTA-TTCTGAATAAGC
65 AAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAAC
* * * * *
4387 TTGCATGAATTGAAACAATTGCTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAATGATTTG
128 TTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
* * ** * * * * *
4441 AAACAGATAATTGTTCTGATAG-TATTAA-TCATATAAACTAGTTCAATAAACA-AATT-TTTTT
1 AAATAGATAATTATTCAAATAGTTA-TAACT-ATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTT
** * * * * *
4502 TAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTATTAAATTTGTATTATTTTAATCCAAATAAGCT
64 TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACT
* * * * *
4567 TATACGAACT-AAAAAATTGTTTTATGAGAAAACAAATGGTCATAATGATTTG
129 TGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
* * * * * ** *
4619 AAATTGATAATCATTCATATAGTCT-TAACTATTTGAACTCGTTCAATAATTAGATTTATCTTTT
1 AAATAGATAATTATTCAAATAGT-TATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTT
* * ** * * * * *
4683 AATTTTCTTGGTTATTAAGTTTCGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAAATA
65 AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTT
** * * * * * * *
4748 GTACAAACCGAACCAATCGTTTGATGACCAAACAAAAAGTTATAATGATTTG
130 GTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
* * * ** * * * * *
4800 AAATAGATAATTATTCATATAGTCAAAACTACATGAAATGGTTTGGTAAACCGATTTATTTTTTA
1 AAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTA
* * ** * *
4865 AATCTCTTACTGATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAACAAACTTA
66 AATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTG
* * *
4930 TATGAAC-AAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTAATAATGATTTG
131 TATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
* * * * * * *
4979 AAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTTATAATTATTTGAACTGATTTGGTAAATAGA
1 AAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGA-ACTT-GTT---C-GA-----TAAACAGA
* * * * *
5044 ATTATTTTTTAAATCTCTTACATATTAAATTTTGAAATATTAACAAATTAGTTTTATTTTATTTC
55 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC
* * * * * * * *
5109 GAATAAACTTGTAT-AAGATGAAATAATTGTTTTATGATAGAATAAAAGGTTATAACGATTTG
120 AAATAAACTTGTATGAA-CTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
* * * * * *
5171 AAATAGATAACTATTCAAATAGTCT-TTACTGTTGGAA-TTGATTC-AGCAAACGGATTTATTTT
1 AAATAGATAATTATTCAAATAGT-TATAACTATTTGAACTTG-TTCGA-TAAACAGATTTATTTT
* * *
5233 TTAAATCTCTTAGTTATGAATTTTT-ATAATATTATTAAATTAGTATTATTTTA-TTCTAAATAA
63 TTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAA
* * * * * **
5296 ACTTGTATGAACAGAAATAATTATTTTATGA-TAAACAAAAGGTTATAACAATTTG
126 ACTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
* * * * * *
5351 AGATAGATAACTATTCAAATAGTCATAACTATTT-AAATTATTTCGATAAATAGATTTA-TTTTT
1 AAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTT-GTTCGATAAACAGATTTATTTTTT
* *
5414 AAATCTCTTAC----TAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTT
65 AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTT
* * * * *
5475 GTATG--TTGAAAAAGAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTAATAACGATTTG
130 GTATGAACTG--AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
* * * * ** * *
5527 AAAAATATAATTATTCGAATGGCCATAATTATTTGAAC-TGATTCGATAAACTGATTTATTTTTT
1 AAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTG-TTCGATAAACAGATTTATTTTTT
* *** *
5591 AAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTT
65 AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAAC-T
* * * * * ** *
5652 TTTATGAATTGAAACAATTTTTTTATGACAAAAAAAAAGTTCATAACAATTTT
129 TGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
* * * * * * *
5705 CAATAGATAATTTTTCAAATAATAATAACTATTTGAGCTTGTTTGATAAACATATTTATTTTTTC
1 AAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTT-
* * * **
5770 AAATATCTTGCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACT
65 AAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACT
* * * * * *
5834 TATATGAACTAAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTTAAAATGATTTG
129 TGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
* * * * * * * *
5887 AAATAGATAATTATTCTAATAGTCT-TAACTGTTTGAA-ATGATTCAACAAATACATTTAGTTTT
1 AAATAGATAATTATTCAAATAGT-TATAACTATTTGAACTTG-TTCGATAAACAGATTTATTTTT
* * * *
5950 TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTA-ATCTGAATAAGC
64 TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAAC
* * * * * *
6014 TTGTATGATA-AGAAACAATTTTTTTATAACAAAAC-AAAGATCATAGTAATTTG
128 TTGTATGA-ACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
* * * * * * * * *
6067 AGATTA-ATATTTGTTCAAATGGTCAGAACTATTTGAACTAGTTCAGA-AAACAGCTTTAGTTTT
1 A-AATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTC-GATAAACAGATTTATTTTT
* * * ** *
6130 TAAATCTCTTGCTTAATAATTGTTGAAATATTAATGAAA-TAGTATTATTTTATTTCGGATAAAT
64 TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAAC
* * * *
6194 TTTTATGAATTGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTT
128 TTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
* * * * *
6248 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATATCTATTTGAACTTGTTAGGTAAACATG-TTAATTGTTT
1 AAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACA-GATTTATT-TTT
* * * *
6312 TAAATCTCTTGCTTATTAGTTTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTCATTTCAAATAAGC
64 TAAATCTCTTACTTATTA-ATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAAC
* * * * *
6376 TTGTATGAACTAAAATAATTGTTTTTTGACTAAACAAAA-GTCAGAATGATTTG
128 TTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
* * *
6429 AAATAGATAATTGTTCTAATAATCT-TAACTATTTGAACT
1 AAATAGATAATTATTCAAATAGT-TATAACTATTTGAACT
6468 GGATTGGCAA
Statistics
Matches: 1896, Mismatches: 402, Indels: 176
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
173 2 0.00
174 1 0.00
175 64 0.03
176 93 0.05
177 78 0.04
178 165 0.09
179 161 0.08
180 398 0.21
181 506 0.27
182 228 0.12
183 47 0.02
184 6 0.00
185 2 0.00
187 1 0.00
189 2 0.00
190 79 0.04
191 24 0.01
192 38 0.02
193 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (181 bp):
AAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTA
AATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTG
TATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
Found at i:4945 original size:361 final size:358
Alignment explanation
Indices: 3928--6467 Score: 1938
Period size: 361 Copynumber: 7.0 Consensus size: 358
3918 TTTATAGTTT
* * * *
3928 TAACTATTTGAACTGGTTCGATAAACACATTTATTTTTTAA-ATC-T-CTTATTAATTTTTGAAA
1 TAACTATTTGAACTAGTTCGATAAATAGATTTATTTTTAAATATCTTGCTTATTAA-TTTTGAAA
* * ** * * *
3990 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGATA-AAAAATAATTGTTTGATA
65 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGA-ACTGAAACAATTGTTTTATG
* ** * * * * * *
4054 ACAAAACAAATGGTTATCGTTATTTGGAATAGATAATTATTCAAATTGCCATAATTATTT-AATT
129 ACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAAT
* * ** ** *
4118 GATTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAGAAATATTAATAAATTT
194 GATTCGGTAAACCGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTA
* * * * * *
4183 GTATTATTTTATATC-ATATAAACTCGTATTAACTGAAACAATTGTTTTATGA-AAAAGCAAAAG
259 GTATTATTTTAT-TCTAAATAAGCTTGTATGAAC-AAAAAAATTGTTTTATGACAAAA-C-AAAG
* * * * * ** *
4246 GT-ATAGTGATTTTAAGTAGACAATTGTTCAAATAGTTA
320 GTCATAATAATTTGAAATAGATAATCATTCAAATAGTCA
* * * * * * *
4284 TAACTATTTGAGCTTGGTCGATAAATAGACTTATTTTCTTAAATCTCTTTCTTTTTAATTTTTTG
1 TAACTATTTGAACTAGTTCGATAAATAGATTTA-TTT-TTAAATATCTTGCTTATTAA--TTTTG
* * * * * *
4349 -AATGTTAATAAATTAGTATTAATTTA-TTCTGAATAAGCTTGCATGAATTGAAACAATTGCTTT
62 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAACTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTT
* * * * * ** *
4412 ATGACTAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAACAGATAATTGTTCTGATAGT-ATTAA-TCATAT
126 ATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA-TAACT-ATTT
** * * ** *
4475 -AAACT-AGTTCAATAAA-CAAATT-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAT
189 GAAA-TGA-TTCGGTAAACCGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTAAATATTAA
* * * * * * *
4536 TAAATTTGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTATACGAACTAAAAAATTGTTTTATGAGAAAACA
252 TAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACA
* * * *
4601 AATGGTCATAATGATTTGAAATTGATAATCATTCATATAGTCT
317 AA-GGTCATAATAATTTGAAATAGATAATCATTCAAATAGTCA
* * * * * * *
4644 TAACTATTTGAACTCGTTCAATAATTAGATTTATCTTTTAATTTTCTTGGTTATTAAGTTTCGAA
1 TAACTATTTGAACTAGTTCGATAAATAGATTTAT-TTTTAAATATCTTGCTTATTAA-TTTTGAA
* * * * ** * * * *
4709 ATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAAATAGTACAAACCGAACCAATCGTTTGATG
64 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATG
* * * * **
4774 ACCAAACAAAAAGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGTCAAAACTACATGAAAT
129 ACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAAT
* * *
4839 GGTTTGGTAAACCGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTGATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTA
194 GATTCGGTAAACCGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTA
* * * * * * *
4904 GTATTATTTTATTTTGAACAAACTTATATGAACAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTAA
259 GTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAGGTCA
* * ** *
4969 TAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTA
324 TAATAATTTGAAATAGATAATCATTCAAATAGTCA
* * * * * * * *
5004 TAATTATTTTATAATTATTTGAACTGATTTGGTAAATAGAATTATTTTTTAAATCTCTTACATAT
1 TAACTA-TTT-GAACTAGTT---C-GA-----TAAATAGATTTA-TTTTTAAATATCTTGCTTAT
* * * *
5069 TAAATTTTGAAATATTAACAAATTAGTTTTATTTTATTTCGAATAAACTTGTAT-AAGATGAAAT
54 T-AATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAA-CTGAAAC
* * * * * * *
5133 AATTGTTTTATGATAGAATAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAACTATTCAAATAGTCTTT
117 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
* * * * * * * *
5198 ACTGTTGGAATTGATTCAGCAAACGGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATGAA-TTTTTATAA
182 ACTATTTGAAATGATTCGGTAAACCGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTA-AA
* * * *
5262 TATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAACTTGTATGAACAGAAATAATTATTTTATGA
246 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACA-AAAAAATTGTTTTATGA
* * * *
5327 -TAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAGATAGATAA-CTATTCAAATAGTCA
310 CAAAAC-AAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATC-ATTCAAATAGTCA
* * * *
5376 TAACTATTTAAATTATTTCGATAAATAGATTTATTTTT-AA-ATC-T-CTTACTAATTCTTGAAA
1 TAACTATTTGAACTAGTTCGATAAATAGATTTATTTTTAAATATCTTGCTTATTAATT-TTGAAA
* * * *
5437 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATG--TTGAAAAAGAATTGTTTTAT
65 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAACTG--AAACAATTGTTTTAT
* * * * * * * * * *
5500 GATAAAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAAAATATAATTATTCGAATGGCCATAATTATTTGAAC
128 GACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAA
* * * *
5565 TGATTCGATAAACTGATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGT
193 TGATTCGGTAAACCGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATT
* ** * ** * * *
5626 AGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTTATGAATTGAAACAATTTTTTTATGACAAAAAAAAAG
258 AGTATTATTTTATTCTAAATAAGC-TTGTATGAA-CAAAAAAATTGTTTTATGAC-AAAACAAAG
* * ** ** * *
5691 TTCATAACAATTTTCAATAGATAATTTTTCAAATAATAA
320 GTCATAATAATTTGAAATAGATAATCATTCAAATAGTCA
* * * * *
5730 TAACTATTTGAGCTTGTTTGATAAACATATTTATTTTTTCAAATATCTTGCTTATTAATTTTTTG
1 TAACTATTTGAACTAGTTCGATAAATAGATTTA-TTTTT-AAATATCTTGCTTATTAA--TTTTG
* * * * *
5795 -AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATGAACTAAAACAATTATTTTA
62 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTA
* * * * *
5859 TGACTAAACAAAAGGTTAAAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTGTTTGAA
127 TGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
*** * * * *
5924 ATGATTCAACAAATAC-ATTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAA
192 ATGATTCGGTAAA-CCGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAA
* * * * *
5988 TTAGTATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGATA-AGAAACAATTTTTTTATAACAAAACAAA
256 TTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGA-ACA-AAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAA
* * * * ** *
6052 GATCATAGTAATTTGAGATTA-ATATTTGTTCAAATGGTCA
319 GGTCATAATAATTTGA-AATAGATAATCATTCAAATAGTCA
* * * * *
6092 GAACTATTTGAACTAGTTCAGA-AAACAGCTTTAGTTTTTAAATCTCTTGCTTAATAATTGTTGA
1 TAACTATTTGAACTAGTTC-GATAAATAGATTTA-TTTTTAAATATCTTGCTTATTAATT-TTGA
* * * * *
6156 AATATTAATGAAA-TAGTATTATTTTATTTCGGATAAATTTTTATGAATTGAAATAATTGTTTTA
63 AATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTA
* * * * *
6220 TGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATATCTATTTGAA
127 TGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * * *
6285 CTTG-TTAGGTAAA-C-ATGTTAATTGTTTTAAATCTCTTGCTTATTAGTTTTTTGAATATTAAT
192 -ATGATTCGGTAAACCGAT-TT-ATT-TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTAAATATTAAT
* * * *
6347 AAATTAGTATTATTTCATT-TCAAATAAGCTTGTATGAACTAAAATAATTGTTTTTTGACTAAAC
253 AAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAAC-AAAAAAATTGTTTTATGACAAAAC
* * * ** * * *
6411 AAAAGTCAGAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAATCT
316 AAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATCATTCAAATAGTCA
6454 TAACTATTTGAACT
1 TAACTATTTGAACT
6468 GGATTGGCAA
Statistics
Matches: 1732, Mismatches: 369, Indels: 160
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
352 38 0.02
353 29 0.02
354 62 0.04
355 12 0.01
356 164 0.09
357 6 0.00
358 16 0.01
359 147 0.08
360 323 0.19
361 349 0.20
362 214 0.12
363 31 0.02
364 49 0.03
365 1 0.00
366 3 0.00
367 1 0.00
370 16 0.01
371 215 0.12
372 56 0.03
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (358 bp):
TAACTATTTGAACTAGTTCGATAAATAGATTTATTTTTAAATATCTTGCTTATTAATTTTGAAAT
ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGAC
AAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATGA
TTCGGTAAACCGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGT
ATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAGGTCATA
ATAATTTGAAATAGATAATCATTCAAATAGTCA
Found at i:6616 original size:152 final size:151
Alignment explanation
Indices: 6340--6619 Score: 347
Period size: 152 Copynumber: 1.8 Consensus size: 151
6330 GTTTTTTGAA
* * *
6340 TATTAATAAATTAGTATTATTTCATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTAAAATAATTGTTTTTTGA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTAATATCAAATAAGCTTGTATGAAC-AAAACAATTGTTTTTTGA
* *
6405 CTAAACAAAAGTCAGAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAATCTTAACTATTTGAACTGG
65 CTAAACAAAAGTCAGAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAATCATAACTATTTGAACTGG
6470 ATTGGCAAAACACATTTAATTT
130 ATTGGCAAAACACATTTAATTT
* *
6492 TATTATTAAATTAGTATTATCTTAATAT-GAATAAGCTTGTATGAA-AAGAAGCAATT-TTTTTA
1 TATTAATAAATTAGTATTAT-TTAATATCAAATAAGCTTGTATGAACAA-AA-CAATTGTTTTT-
* ** *
6554 TGAC-AAA-ATAAAGATCATAACGATTTGAGCTAGATAATTGTT-TAAGTAGTCATAACTATTTG
62 TGACTAAACA-AAAG-TCAGAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAA-TAATCATAACTATTTG
6616 AACT
124 AACT
6620 AATTCAGTAA
Statistics
Matches: 110, Mismatches: 11, Indels: 14
0.81 0.08 0.10
Matches are distributed among these distances:
150 3 0.03
151 17 0.15
152 85 0.77
153 5 0.05
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (151 bp):
TATTAATAAATTAGTATTATTTAATATCAAATAAGCTTGTATGAACAAAACAATTGTTTTTTGAC
TAAACAAAAGTCAGAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAATCATAACTATTTGAACTGGA
TTGGCAAAACACATTTAATTT
Found at i:7240 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 6521--9311 Score: 1769
Period size: 181 Copynumber: 15.6 Consensus size: 179
6511 TCTTAATATG
* * * * * **
6521 AATAAGCTTGTATGAAAAGAAGCAATTTTTTTATGAC-AAAATAAAGATCATAACGATTTGAGCT
1 AATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAAGGTCATAACGATTTGAAAT
* * ** * * * * *
6585 AGATAATTGTTTAAGTAGTCATAACTATTTGAACTAATTCAGTAAACATATTAAGTTTTTAAATC
66 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATC
* ** * **
6650 -TT--TGATTAATTTTCAAAATATTAGTAAATCAATATTATTTTATTCT-A
130 TTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATT-TGA
** * * *
6697 AATAATTTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTACGACAAAATAAAAGGTCATAA-GATTTGAATT
1 AATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAAGGTCATAACGATTTGAAAT
* * * *
6761 AGATAATTATTCAAATCGACATGACTATTTGAATTTGTTT-GTTAAATAGATTTATTTTTTAAAT
66 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTTAG-TAAATAGATTTATTTTTTAAAT
** *
6825 CTCCAAC-CATTAATTTTT-AGAATATTAAT-AA-TTAGTATTATTTTATTTCG-
129 CT-TTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTT-GA
* * * * * ** * *
6875 AATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAATATCATAACTA-TTCAAAT
1 AATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAAGGTCATAACGATTTGAAAT
* * * * * *
6939 AAATAATTATTCAAACAGTCATAACTATTTGAGCTTG-CTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAAT
66 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA-ATTGTTTAG-TAAATAGATTTATTTTTTAAAT
* * * *
7003 CTTTTACTTAATAATTTTTGGAATACTAAT-AA-TTAGTATTATTTTATTTCA
129 C-TTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTGA
* *
7054 AATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGGTTTATGACAAAAAAAAAGGGTCATAACTATTTGAAA
1 AATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAA-GGTCATAACGATTTGAAA
* * * * * *
7119 TAAATAATTGTTCAAATAGTTATAACTGTTTGAATGTGTTTAGAAAATATATTTATTTTTAAAAT
65 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAT-TGTTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAAT
*
7184 -TTTGACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTATATTATTCTATTTGA
129 CTTT-ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTTGA
* * * *
7235 AATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAGAAGGTCAAAATGATTTGAAAT
1 AATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAAGGTCATAACGATTTGAAAT
* * * * * *
7300 AGATAATTGCTCAAATAG-CAATGACTATTT-AAGCTGGTTCGATAAATAGATTCATTTTTTAAA
66 AGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAA-TTGTTTAG-TAAATAGATTTATTTTTTAAA
* * * *
7363 TCTCTTACTCATTAATTTTAGGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCA
128 TCT-TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTGA
* * * * ** * *
7416 AAAAAGCCTATATGAACTA-ATACAATTGTTTTAAAATC-AAACAAAAGGTCATAACGACTTGAA
1 AATAAGCTTGTATGAAC-AGAAACAATTGTTTTATGA-CAAAAAAAAAGGTCATAACGATTTGAA
* * * * *
7479 ATAGATAATTATTCAAATAGTTATGACTATTTGGACTT-TTTCAGTAAATAGATTTATTTTTAAA
64 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-GAATTGTTT-AGTAAATAGATTTATTTTTTAA
* * *
7543 ATCTTTTACTTATT-ATTTGTCAAAGTATTAATAAATTAATATTATTTTAATTTG-
127 ATC-TTTACTTATTAATTTTTGAAA-TATTAATAAATTTATATTATTTT-ATTTGA
* * * * *
7597 AATAAGCTTGTGTGAACAAAAATAATTG-TTTATGA-AAAAATAAAAAGTCATAACGATTTAAAA
1 AATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAA-AAAAGGTCATAACGATTTGAAA
* * * *
7660 TAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-TTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAA
65 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTTAG-TAAATAGATTTATTTTTTAAA
* * * * *
7724 TATTTTATTTTTTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTTGTGTTATTTTATTTGA
128 T-CTTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTTGA
* * * *
7777 AATAAGCTTGTATGAATAGCAAA-AATTGTTTTAT-ACCAAAATAAAAAAGAT-ATAGCAATTTG
1 AATAAGCTTGTATGAACAG-AAACAATTGTTTTATGA-C-AAA-AAAAAAGGTCATAACGATTTG
* * * * * * *
7839 AGATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACCATTTTAACTTGTTCAGTAAACATATTCT-TTTTTT
62 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTTAGTAAATAGATT-TATTTTTT
** * * *
7903 AAAATC--T-CTTATTAATTTTTTG-AATATTAAT-AAGCTAGAATTATGTTATTTCA
125 -AAATCTTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTGA
* * * * * * * * *
7956 AATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGATTTGTGATAACACAAAAGGTTATAATGATTTGAAAT
1 AATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAAGGTCATAACGATTTGAAAT
* * * * * ** * *
8021 ATATAATTGTTCAAACAATCATAAATATTTGCATTAG-GCAGGCT-AACAGATTCA-TTTTTAAA
66 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATT-GTTTA-G-TAAATAGATTTATTTTTTAAA
* * * * * * * * *
8083 TTCAATTAGTTATTAAATTTTAAGAATAATAAT-AAGTTAGCAATTACTTTATTCCG-
128 -TC-TTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTTA--TATTATTTTATT-TGA
* * * ** **
8139 AATAAGATTGTATG-ACTAGAAACATTTATTTTATGACAAAACAACTA-GTCATAATAATTTGAA
1 AATAAGCTTGTATGAAC-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAAGGTCATAACGATTTGAA
* * * ** * *
8202 ATAAATAATTGTTCAAATAGTTA-AACTAATTGAGCTGATTTAGTAAACA-ATTTATTTTTTAAC
64 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTG-TTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAA
* ** * *
8265 TCTCTTATTTATTAA-TTTCAAAATAGTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGA
128 TCT-TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATT-TGA
* * * * * *
8318 ACA-AA-TTTATTTGAA-A-AAA-AATTTTATTTTATGACAAAACAAAAAGGTCAGAACGATTTA
1 A-ATAAGCTTGTATGAACAGAAACAA--TTGTTTTATGACAAAA-AAAAAGGTCATAACGATTTG
* * * * * * *** *
8378 AAATCGATAATTGCTCAAATAGTCATAAGTA-TTGAGCTGGTTCAACGAATGGA-TTATTTTTTA
62 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA-ATTGTTTAGTAAATAGATTTATTTTTT-
* * * *
8441 AAATCTCTTACTAATT--TTTTTGAAATATTAATAGATTTGTTTTATTTTATTTTG-
125 AAATCT-TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTATATTATTTTA-TTTGA
* * * ** * * *
8495 AATAAG-TTACTAAGAACTA-AAAAAATTGTTTTACAATAAAATAAAAGGTCGTAACGATTTGAA
1 AATAAGCTT-GTATGAAC-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAAGGTCATAACGATTTGAA
* * * ** * * * * *
8558 ATAAAGAATTGTTCATATACCCTTAACTATTTGAATTGGTT--CAAATAAATTTATTGTTTAAAT
64 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGTTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAAT
* * * * *
8621 CTCTTAGTTATTAA-TTTTGAAAATATTATTATA-GTAGTGTTATTTTATTTCG-
129 CT-TTACTTATTAATTTTTG-AAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTT-GA
* * * * * * * * *
8673 AATAAGCTTGTACGAACATAAATAATTGTTTTATGATAGAACACAAGGTTATAACAATTTGAAAT
1 AATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAAGGTCATAACGATTTGAAAT
* * * * * * *
8738 ATAAAATTATTCAAATAGTCATAACCATTTGAACTGGTTCAGTAAACAGATTTA-TTTTTAAATC
66 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATC
* * * **
8802 TCCTACTTATTAATTTTT--TACA-T-ATAAA-TTACTATTATTTTATTCCA
130 T-TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTGA
* * * * * * * *
8849 AATAGGATTGTATGATA-A-AAAAAATTGTTTTATTACAAAACAAAAGTTTATAATGATTTGAAA
1 AATAAGCTTGTATGA-ACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAAGGTCATAACGATTTGAAA
* * * * * ** * *
8912 TAGATAATTGTTCGAATGGCCATAATTA-TTGAACTAATTCGATAAATTGATTTATTTTTTAAAT
65 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGTTTAG-TAAATAGATTTATTTTTTAAAT
** * * * * *
8976 CTCCAACTTATCAATTTTTAAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTA
129 CT-TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTTGA
* ** * * * * * *
9028 GATAAGCTAT-TATGAATTGAAACAATTGTTTTATGATAAAATAAAAGGTCATAATGGTTTTAAG
1 AATAAGCT-TGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAAGGTCATAACGATTTGAAA
* * *
9092 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTTAAT
65 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAAT
* * * ***
9157 -TTCATGCTTATTAATTTTTTAAATGTTAATAAAACAATATTATTTTATTTTG-
129 CTT--TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTATATTATTTTA-TTTGA
* * * * * *
9209 AATAAGCATGTATGAACTA-AAACAATTATTTTATAACTAAACAAAAGGTCAAAACGATTTGAAA
1 AATAAGCTTGTATGAAC-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAAGGTCATAACGATTTGAAA
* *
9273 TAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAATTGTT
65 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGTT
9312 CGACAGACAC
Statistics
Matches: 2036, Mismatches: 446, Indels: 262
0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
173 2 0.00
174 15 0.01
175 85 0.04
176 143 0.07
177 82 0.04
178 411 0.20
179 259 0.13
180 336 0.17
181 487 0.24
182 121 0.06
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184 4 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (179 bp):
AATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAAGGTCATAACGATTTGAAAT
AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGTTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCT
TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTTGA
Found at i:7480 original size:361 final size:360
Alignment explanation
Indices: 6521--9311 Score: 1954
Period size: 361 Copynumber: 7.8 Consensus size: 360
6511 TCTTAATATG
* * * * * * * **
6521 AATAAGCTTGTATGAAAAGAAGCAATTTTTTTATGACAAAA-TAAAGATCATAACGATTTGAGCT
1 AATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT
* * ** * * * *
6585 AGATAATTGTTTAAGTAGTCATAACTATTTGAA-CTAATTC-AGTAAACATATTAAGTTTTTAAA
66 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-AAGCTGGTTCGA-TAAATAGATTTATTTTTTAAA
* *** * * * **
6648 --TCTT--TGATTAATTTTCAAAATATTAGTAAATCAATATTATTTTA-TTCTAAATAATTTTGT
129 TCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGT
** * * *
6708 ATGAAC-AGAAACAATTGTTTTACGACAAAATAAAAGGTCATAA-GATTTGAATTAGATAATTAT
193 ATGAACTA-AAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGT
* ** * * * ** *
6771 TCAAATCGACATGACTATTTGAATTTGTTT-GTTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCAAC-CA
257 TCAAATAGTTATAACTATTTGAA-TTGTTTAG-TAAATATATTTATTTTTAAAATCT-TTACTTA
6834 TTAATTTTT-AGAATATTAAT-AA-TTAGTATTATTTTATTTCG-
319 TTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTT-GA
* * * ** *
6875 AATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAATATCATAACT-A-TTCAAA
1 AATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAA
* * * * * *
6938 TAAATAATTATTCAAACAGTCATAACTATTTGAGCTTGCTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAAT
65 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAGCTGGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAAT
* * *
7003 CTTTTACTTAATAATTTTTGGAATACTAAT-AATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTAT
130 CTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTAT
* * * * *
7067 GAAC-AGAAACAATTGGTTTATGACAAAAAAAAAGGGTCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTT
195 GAACTA-AAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAA-GGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTT
* *
7131 CAAATAGTTATAACTGTTTGAATGTGTTTAGAAAATATATTTATTTTTAAAAT-TTTGACTTATT
258 CAAATAGTTATAACTATTTGAAT-TGTTTAGTAAATATATTTATTTTTAAAATCTTT-ACTTATT
*
7195 AATTTTTGAAATATTAATAAATTTATATTATTCTATTTGA
321 AATTTTTGAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTTGA
* * * *
7235 AATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAGAAGGTCAAAATGATTTGAAAT
1 AATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT
* * *
7300 AGATAATTGCTCAAATAG-CAATGACTATTTAAGCTGGTTCGATAAATAGATTCATTTTTTAAAT
66 AGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTAAGCTGGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAAT
* * * * *
7364 CTCTTACTCATTAATTTTAGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAAAAGCCTATAT
130 CTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTAT
* * * *
7429 GAACTAATACAATTGTTTTAAAATC-AAACAAAAGGTCATAACGACTTGAAATAGATAATTATTC
195 GAACTAAAACAATTGTTTTATAA-CAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * *
7493 AAATAGTTATGACTATTTGGACTT-TTTCAGTAAATAGATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATT
259 AAATAGTTATAACTATTT-GAATTGTTT-AGTAAATATATTTATTTTTAAAATC-TTTACTTATT
* * *
7557 -ATTTGTCAAAGTATTAATAAATTAATATTATTTTAATTTG-
321 AATTTTTGAAA-TATTAATAAATTTATATTATTTT-ATTTGA
* * * * * * * *
7597 AATAAGCTTGTGTGAACAAAAATAATTG-TTTATGAAAAAATAAAAAGTCATAACGATTTAAAAT
1 AATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT
* ** * *
7661 AAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTTTTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAAT
66 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-AAGCTGGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAAT
* * * * * * * *
7725 ATTTTATTTTTTAATTTTTTGAATATTAATAAATTTGTGTTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTAT
130 CTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTAT
* * * * * * *
7790 GAA-TAGCAAA-AATTGTTTTATACCAAAATAAAAAAGAT-ATAGCAATTTGAGATAGATAATTA
195 GAACTA--AAACAATTGTTTTATAAC-AAA-ACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTG
* * * * * *
7852 TTCAAATAGTCATAACCATTTTAACTTGTTCAGTAAACATATTCTTTTTTTAAAATC--T-CTTA
256 TTCAAATAGTTATAACTATTTGAA-TTGTTTAGTAAATATATT-TATTTTTAAAATCTTTACTTA
** * * *
7914 TTAATTTTTTG-AATATTAAT-AAGCTAGAATTATGTTATTTCA
319 TTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTGA
* * * * * *
7956 AATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGATTTGTGATAACACAAAAGGTTATAATGATTTGAAAT
1 AATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT
* * * * *** * * *
8021 ATATAATTGTTCAAACAATCATAAATATTT--GCATTAGGCAGGCT-AACAGATTCA-TTTTTAA
66 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAGC--T-GGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAA
* ** * * * * * * *
8082 AT-TCAATTAGTTATTAAATTTTAAGAATAATAATAAGTTAGCAATTACTTTATTCCGAATAAGA
128 ATCTC--TTACTTATT-AATTTTTGGAATATTAATAAATTAG-TATTATTTTATTTCAAATAAGC
* * * * ** *
8146 TTGTATG-ACTAGAAACATTTATTTTATGACAAAACAACTA-GTCATAATAATTTGAAATAAATA
189 TTGTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATAACAAAACAA-AAGGTCATAACGATTTGAAATAGATA
* ** * * *
8209 ATTGTTCAAATAGTTA-AACTAATTGAGCTGATTTAGTAAACA-ATTTATTTTTTAACTCTCTTA
252 ATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATTG-TTTAGTAAATATATTTATTTTTAAAATCT-TTA
* ** * *
8272 TTTATTAA-TTTCAAAATAGTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGA
315 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATT-TGA
* * * * * * * *
8318 ACA-AA-TTTATTTGAA-A-AAA-AATTTTATTTTATGACAAAACAAAAAGGTCAGAACGATTTA
1 A-ATAAGCTTGTATGAACAGAAACAA--TTGTTTTATGATAAAAC-AAAAGGTCATAATGATTTG
* * * * * ** *
8378 AAATCGATAATTGCTCAAATAGTCATAAGTA-TTGAGCTGGTTCAACGAATGGA-TTATTTTTTA
62 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAGCTGGTTCGATAAATAGATTTATTTTTT-
* * * * * **
8441 AAATCTCTTACTAATT--TTTTTGAAATATTAATAGATTTGTTTTATTTTATTTTGAATAAG-TT
126 AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTT
* * * * * * * * *
8503 ACTAAGAACTAAAAAAATTGTTTTACAATAAAATAAAAGGTCGTAACGATTTGAAATAAAGAATT
191 -GTATGAACTAAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATT
* ** * * * *
8568 GTTCATATACCCT-TAACTATTTGAATTGGTT--CAAATAAATTTATTGTTT-AAATCTCTTAGT
255 GTTCAAATA-GTTATAACTATTTGAATTGTTTAGTAAATATATTTATT-TTTAAAATCT-TTACT
* * * *
8629 TATTAA-TTTTGAAAATATTATTATA-GTAGTGTTATTTTATTTCG-
317 TATTAATTTTTG-AAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTT-GA
* * * * * * **
8673 AATAAGCTTGTACGAACATAAATAATTGTTTTATGATAGAACACAAGGTTATAACAATTTGAAAT
1 AATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT
* * * * *
8738 ATAAAATTATTCAAATAGTCATAACCATTTGAA-CTGGTTC-AGTAAACAGATTTA-TTTTTAAA
66 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-AAGCTGGTTCGA-TAAATAGATTTATTTTTTAAA
* * * * * * *
8800 TCTCCTACTTATTAATTTTT--TACA-T-ATAAATTACTATTATTTTATTCCAAATAGGATTGTA
129 TCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTA
* * * * *
8861 TG-A-TAAAAAAAATTGTTTTATTACAAAACAAAAGTTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTT
194 TGAACT-AAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTT
* * ** * * ** * * **
8924 CGAATGGCCATAATTA-TTGAACTAATTCGATAAAT-TGATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTAT
258 CAAATAGTTATAACTATTTGAATTGTTTAG-TAAATAT-ATTTATTTTTAAAATCT-TTACTTAT
* * * * *
8987 CAATTTTTAAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTA
320 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTTGA
* ** * * * *
9028 GATAAGCTAT-TATGAATTGAAACAATTGTTTTATGATAAAATAAAAGGTCATAATGGTTTTAAG
1 AATAAGCT-TGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAA
* * * * *
9092 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTTAAT
65 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAGCTGGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAAT
* * * ** * ** * ** *
9157 TTCATGCTTATTAATTTTTTAAATGTTAATAAAACAATATTATTTTATTTTGAATAAGCATGTAT
130 CTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTAT
* * * *
9222 GAACTAAAACAATTATTTTATAACTAAACAAAAGGTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCT
195 GAACTAAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCA
9287 AATAGTCT-TAACTATTTGAATTGTT
260 AATAGT-TATAACTATTTGAATTGTT
9312 CGACAGACAC
Statistics
Matches: 1889, Mismatches: 428, Indels: 232
0.74 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
352 10 0.01
353 58 0.03
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ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (360 bp):
AATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT
AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAGCTGGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATC
TCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATG
AACTAAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
ATAGTTATAACTATTTGAATTGTTTAGTAAATATATTTATTTTTAAAATCTTTACTTATTAATTT
TTGAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTTGA
Found at i:8647 original size:178 final size:178
Alignment explanation
Indices: 6710--8818 Score: 597
Period size: 178 Copynumber: 11.7 Consensus size: 178
6700 AATTTTGTAT
* * * * * * * * *
6710 GAACAGAAACAATTGTTTTACGACAAAATAAAAGGTCATAA-GATTTGAATTAGATAATTATTCA
1 GAACATAAAAAATTGTTTTACAATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATATAAAATTATTCA
* * * * * * * ** *
6774 AAT-CGACATGACTATTTGAATTTGTT-TGTTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCAAC-CATT
66 AATAC-CCATAACCATTTGAACTGGTTCAG--AAACAGATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATT
* * * * * *
6836 AATTTTTAGAATATTAATA-ATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTAT
127 AATTTTGA-AATATTAATAGAGTAGTGTTATTTTATTTCGAATAAGCTTCTAA
* * * * ** ** * *
6888 GAATAGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAATATCATAACTA-TTCAAATA-AATAATTATTC
1 GAACATAAAAAATTGTTTTACAATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATATAA-AATTATTC
* ** * * * * * * * *
6951 AAACAGTCATAACTATTTGAGCTTGCTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTAATA
65 AAATACCCATAACCATTTGAACTGGTTC-AGAAACAGATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTA
* * * * * * *
7016 ATTTTTGGAATACTAATA-ATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTAT
128 A-TTTTGAAATATTAATAGAGTAGTGTTATTTTATTTCGAATAAGCTTCTAA
* * * * *
7067 GAACAGAAACAATTGGTTTATGACAA-AAAA-AAAGGGTCATAACTATTTGAAATA-AATAATTG
1 GAACATAAAAAATT-GTTT-T-ACAATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATATAA-AATTA
*** ** * * *
7129 TTCAAATAGTTATAACTGTTTGAA-TGTGTTTAGAAAATATATTTATTTTTAAAAT-T-TTGACT
62 TTCAAATACCCATAACCATTTGAACTG-GTTCAG-AAACAGATTTATTTTT-AAATCTCTT-ACT
* * * * * *
7191 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTCTATTT-GAAATAAGCTTGTAT
123 TATTAA-TTTTGAAATATTAATAGA-GTAGTGTTATTTTATTTCG-AATAAGCTTCTAA
* * ** * * * * ** * * **
7248 GAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAGAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTGCTCA
1 GAACATAAAAAATTGTTTTACAATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATATAAAATTATTCA
* * * * * * * *
7313 AATAGCAATGACTATTT-AAGCTGGTTCGATAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTA
66 AATACCCATAACCATTTGAA-CTGGTTC-AGAAACAGATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTA
* * * * * * * * *
7377 ATTTTAGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAAAAGCCTATAT
128 ATTTT-GAAATATTAATAGAGTAGTGTTATTTTATTTCGAATAAGCTTCTAA
* * * * * * *
7429 GAAC-TAATACAATTGTTTTAAAATCAAACAAAAGGTCATAACGACTTGAAATAGATAATTATTC
1 GAACATAA-AAAATTGTTTTACAATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATATAAAATTATTC
*** * * * ** * *
7493 AAATAGTTATGACTATTTGGACTTTTTCAGTAAATAGATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATT-
65 AAATACCCATAACCATTTGAACTGGTTCAG-AAACAGATTTATTTTT-AAATCTCTTACTTATTA
* * * * * * **
7557 ATTTGTCAAAGTATTAATAAATTAATATTATTTTAATTT-GAATAAGCTTGTGT
128 ATTT-TGAAA-TATTAATAGAGTAGTGTTATTTT-ATTTCGAATAAGCTTCTAA
* * * * * *
7610 GAACA-AAAATAATTG-TTTATGAA-AAAATAAAAAGTCATAACGATTTAAAATA-AATAATTGT
1 GAACATAAAA-AATTGTTTTA-CAATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATATAA-AATTAT
** * ** * * * * * *
7671 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTTTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATATTTTATTTTT
63 TCAAATACCCATAACCATTTGAACTGGTTC-AGAAACAGATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTAT
* * * * *
7736 TAATTTTTTG-AATATTAATAAATTTGTGTTATTTTATTT-GAAATAAGCTTGTAT
126 TAA--TTTTGAAATATTAATAGAGTAGTGTTATTTTATTTCG-AATAAGCTTCTAA
* ** * * * * *
7790 GAATAGCAAAAATTGTTTTATACCAA-AATAA-AAAAGAT-ATAGCAATTTGAGATAGATAATTA
1 GAACATAAAAAATTG-TTT-TA-CAATAA-AACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATATAAAATTA
** * * * *
7852 TTCAAATAGTCATAACCATTTTAACTTGTTCAGTAAACATATTCTTTTTTTAAAATCTCTTA-TT
62 TTCAAATACCCATAACCATTTGAACTGGTTCAG-AAACAGATT-TATTTTT-AAATCTCTTACTT
** * * * * *
7916 AATT--TTTTG-AATATTAATA-AGCTAGAATTATGTTATTTCAAATAAACTTGTAT
124 -ATTAATTTTGAAATATTAATAGAG-TAGTGTTATTTTATTTCGAATAAGCTTCTAA
* * * * *** * * ** * *
7969 GAATAGAAACAATTGATTTGTGATAACACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATATATAATTGTTCA
1 GAACATAAAAAATTGTTTTACAATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATATAAAATTATTCA
* ** ** * * * * *
8034 AACAATCATAAATATTTGCATTAGG--CAGGCTAACAGATTCATTTTTAAAT-TCAATTAGTTAT
66 AATACCCATAACCATTTGAACT-GGTTCA-G-AAACAGATTTATTTTTAAATCTC--TTACTTAT
* * ** * * * * *
8096 TAAATTTTAAGAATAATAATA-AGTTAGCAATTACTTTATTCCGAATAAGATTGTAT
126 T-AATTTTGA-AATATTAATAGAG-TAG-TGTTATTTTATTTCGAATAAGCTTCTAA
* * ** * * * *
8152 G-AC-TAGAAACATTTATTTTATGACAAAACAACTA-GTCATAATAATTTGAAATA-AATAATTG
1 GAACATA-AAA-AATTGTTTTACAATAAAACAA-AAGGTCATAACAATTTGAAATATAA-AATTA
*** * * * * * * *
8213 TTCAAATAGTTA-AACTAATTGAGCTGATTTAGTAAACA-ATTTATTTTTTAACTCTCTTATTTA
62 TTCAAATACCCATAACCATTTGAACTGGTTCAG-AAACAGATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTA
** * * * * * * ** * **
8276 TTAATTTCAAAATAGTAATAAATTAATATTATTTTA-TTCTGAACAAATTTATTT
125 TTAATTTTGAAATATTAATAGAGTAGTGTTATTTTATTTC-GAATAAGCTTCTAA
* * ** * * * * ** * **
8330 GAA-A-AAAAATTTTATTTTATGACAAAACAAAAAGGTCAGAACGATTTAAAATCGATAATTGCT
1 GAACATAAAAA-ATTGTTTTACAATAAAAC-AAAAGGTCATAACAATTTGAAATATAAAATTATT
** ** * ** *
8393 CAAATAGTCATAAGTA-TTGAGCTGGTTCA-ACGAATGGA-TTATTTTTTAAAATCTCTTACTAA
64 CAAATACCCATAACCATTTGAACTGGTTCAGA--AACAGATTTA-TTTTT-AAATCTCTTACTTA
* * * * *
8455 TT-TTTTTGAAATATTAATAGATTTGTTTTATTTTATTTTGAATAAG-TTACTAA
125 TTAATTTTGAAATATTAATAGAGTAGTGTTATTTTATTTCGAATAAGCTT-CTAA
* * * *
8508 GAAC-TAAAAAAATTGTTTTACAATAAAATAAAAGGTCGTAACGATTTGAAATA-AAGAATTGTT
1 GAACAT-AAAAAATTGTTTTACAATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATATAA-AATTATT
* * * * *
8571 CATATACCCTTAACTATTTGAATTGGTTCA-AATA-A-ATTTATTGTTTAAATCTCTTAGTTATT
64 CAAATACCCATAACCATTTGAACTGGTTCAGAA-ACAGATTTATT-TTTAAATCTCTTACTTATT
* * * *
8633 AATTTTGAAAATATTATTATAGTAGTGTTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTAC
127 AATTTTG-AAATATTAATAGAGTAGTGTTATTTTATTTCGAATAAGCTTCTAA
* ** * * *
8686 GAACATAAATAATTGTTTTATGATAGAACACAAGGTTATAACAATTTGAAATATAAAATTATTCA
1 GAACATAAAAAATTGTTTTACAATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATATAAAATTATTCA
** *
8751 AATAGTCATAACCATTTGAACTGGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTAAATCTCCTACTTATTAAT
66 AATACCCATAACCATTTGAACTGGTTCAG-AAACAGATTTATTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
8816 TTT
130 TTT
8819 TTACATATAA
Statistics
Matches: 1505, Mismatches: 313, Indels: 224
0.74 0.15 0.11
Matches are distributed among these distances:
175 2 0.00
176 25 0.02
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ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (178 bp):
GAACATAAAAAATTGTTTTACAATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATATAAAATTATTCA
AATACCCATAACCATTTGAACTGGTTCAGAAACAGATTTATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
TTGAAATATTAATAGAGTAGTGTTATTTTATTTCGAATAAGCTTCTAA
Found at i:9810 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 9340--19422 Score: 3412
Period size: 181 Copynumber: 55.4 Consensus size: 181
9330 TTTAAATCCT
* * *
9340 TAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCCATTTAC
1 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC
** * * * * * *
9405 CAAACCAA-TTCAAATAGTTATAACTATTTAAACAATTGTATACTTCAAATCGTTATAACCTTTT
66 TGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTT
* * * * * * * * *
9469 GTTTCGTAATAAAACAATTATTTTTGTTCATACTAGCTTATTCAAAAAAATAA
130 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAA-AA
* * * * * * * *
9522 TAATACTAATCTAATAATATTCCTAAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTTTTTA-
1 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC
* * * * *
9586 TCGAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATATAAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTT
66 T-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTT
* * *
9651 GTTTTGACATAAAACAACTT-TTTCAATTCATACTAGCTTATTTAGAATAAAA
130 GTTTTGTCATAAAACAA-TTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAA
* * *
9703 TAA-AATAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATCAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTCTATTTA
1 TAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA
* * * * * *
9767 CTTAACTACTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATGACCTTTT
65 CTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTT
* * * * * * *
9832 ATTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTT-GAAATAAAA
130 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAG-AATAAAA
* * ** *
9884 TAATACTAA-TTATTTACATTTTGAAAATTAAT-AGCTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA
1 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA
** * * * * * *
9947 CCAAACAAGTTTAAATAGTCATGTCCATTTGAACAATTATCTATTTGAAATCGTTATAACCTTTT
65 CTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTT
* * * *
10012 GTTTTATCATAAAATAATCTG-TTC-ATT-A-A-AA-ATTATTTAGACTAAAA
130 GTTTTGTCATAAAACAAT-TGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAA
* * * * * * * * * * *
10059 TAATATTGATCTATTAATATTT-TAGAA--ACTCA-TAAGAGATTTAAAAACTAAATTTGTTCAC
1 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC
* * ** * *
10120 -GACAGCAA-TTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTACCTATCCCAAATTGTTATGATC-TT
66 TGA-A-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTT
* * * *
10182 TATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTTTTCATACAAGCTTATTCA-AATTACAA
129 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAA-TAAAA
* * ** * * * *
10235 TAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAACAATAGATTAAAAAAAATAAGTGT-TTGT
1 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATT-TAAAAAATAAATCTATT-T
** * ** * * * *
10299 --TGAATTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAAAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTT
64 ACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTT
* * * *
10362 T-TTTTAGTCATAAAACAATTATTTC-AGTTTATGCAAGCTTATTTAAAATAAAA
129 TGTTTT-GTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAA
* * * * * *
10415 TAATACTAATTTATTAACATTTGAAAATTTAATGAGCAAGAGATTTAAAAACATAAACCTATTTA
1 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA-ATAAATCTATTTA
* * * * * * *
10480 CTGAACAAGTTCAAATAGATT-TGACTATTTGAATAGTTTTCTATTT-AAAGACATTACGAACTT
65 CTGAACAAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCGTTATGACCTT
* * * * * * *
10543 TTGTTTTCTCAAAAAATAATTGTTT-TAGTTCATAAAAACTTATTCAAAATAAAA
128 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAA
* * * * *
10597 TAATACTACTTTACTAATATTTTAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAACTAAATCTATTTA-
1 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC
* * * * * *
10661 TCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACT-TTTAAATAATTATCTATCTCAAATCATTATGATC-TTT
66 T-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTT
* * * *
10724 GTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATCCATACAAGCTTATTTGGAGTAAAA
130 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAA
* * ** * * * * * *
10776 TATTGCTAAACTAATAATA-GTCTAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGC
1 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC
* ** * * * * * * *
10840 CGAACCCGTTCAAATAGTTAAGACCATTAGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTCTAACCTTTTA
66 TGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTG
** * *
10905 TTTAATCATAAAATAATTATTT-TAGTTCATACAAGCTTATTT-GAACTAAAA
131 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTAGAA-TAAAA
* * * * *
10956 TAATACTATTTTATTAACATTT-AGAAAATTAAGAAGCAAGAAATTTTAAAAAATAAATCTATTT
1 TAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTATTT
** * *
11020 ACCAAACAATTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAACTTGTTATGACCTT
64 ACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCGTTATGACCTT
* * ** * * ** * *
11084 TTGTTTTATAAT-AAACAATTGTTTC-AGTTTTTAAAAGTTTATCCAAAATAACA
128 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAA
* * ** *
11137 TAATATTAATTTATTAGTATTTCAAAAATTCAA-AAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATCAATTTA
1 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT-AATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA
* * * * * * *
11201 -TCAA-ATCAGTTCAAATAATTATGGCAATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAACAT
65 CTGAACA--AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTT
* * * * *
11264 TTATTTTGCCATAAAACAATTGTTTTTCATT-ATA-AAGCCTATTTGGAATAAAA
128 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAA
* ** *
11317 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAATTAATGAGTTCGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA
1 TAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA
* * * * * *
11382 -TCGAACTAGTTCAAATAGTTATGAATATTTGAACTATTATATATTTCAAATCATTATAACCTTT
65 CT-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTT
* * * *
11446 TATTTTGTCATAAAACAATTATTTATATTCATACAAGCTTA-TTCGAAATAAAA
129 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAG-AATAAAA
* * * * ** * * *
11499 TAATACTAATCTAATAATATTAT-GAAAATTAGTATCTAAGAGATTT-AAAAATAAGTTTGTTT-
1 TAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA
* * * * * * *
11561 GTCAA-ATGAGTTCAAATAGTTAAGGCTATATGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTT
65 CTGAACA--AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTT
* * * * * * * * * *
11625 TTGCTTTGTCATAAAAAAAATGTTTTTCTTCATATAAGTTTGTTCATAATAAAA
128 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAA
* **
11679 TAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAAT--G--AGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC
1 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC
* * * * * * * * *
11740 TGAACCAGTTCAAATAGTTATAAC-AATTCAGACAAGTATTTATTGCAAATCATTATGACCATTT
66 TGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA-ACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTT
* * * * ** *
11804 GTTTTATCATAAAATAATTTTTTCTATTAATAC-AGTCTTATTCGGAATAAAG
130 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG-CTTATTTAGAATAAAA
* * * * * * *
11856 TAATGCTAATTAATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTAACAGATTT-AAAAATGAATTTGTTGG
1 TAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATT-T
* * * * * * **
11919 CCTGACCAA-TGCAAATAGTTTTGATTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATAATTATGACCTTT
64 ACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTT
* * * ** *
11983 TGTTTTGTC--ACAACAATTGTTTCTATTCCTATAAGCTTATTCGGAATAACA
129 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAA
* * *
12034 TAATTCTAATTTATTAATA-TTCTTAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAACTAAAT-TCATTT
1 TAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT-ATTT
* * ** * * * * *
12093 ATTGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAGTAAGTGATTACCTATTTTAAATTGCTATAAC
64 ACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTT--G-AA-CAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAC
* * * * * *
12158 ATTTGGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTCAATTCATACAAGCTTATTTTA-ATTAAAA
125 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTTAGAATAAAA
* * * * *
12215 AAATA-TAAATTTATTAATA-TTCAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAACAACTCTATTT
1 TAATACT-AATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTT
* * * * * *
12278 ATTGAATAAATTCAAACAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGA-CTTT
64 ACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTT
* ** * * * * * *
12342 CTGTTTTGTCAAAAAATTATTTTTTTTGTTCATAGAAGCTTATTTGGATTAAAA
129 -TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAA
* * * * * * *
12396 TAATA-TTATTTATTAATATTTCAACAATTAATGAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATATGTTTAC
1 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC
* * * * * *
12460 CGTACAAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACATTTTG
66 TGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTG
** * * * * * * * *
12525 TTTCATCATAAAACAATTATATCTGTTAATATAGGCTTATTCAAAATAAAA
131 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAA
* * * *
12576 TAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGCAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTAC
1 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC
* ** * * * *
12641 CGAACAAGTTTGAATAGTTATGACTATTTGAACAATTTTTTATTTCAAATCATTATGACATTTTG
66 TGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTG
* * * * *
12706 TTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTCATATAAGATTATTCCA-AATAAAA
131 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATT-TAGAATAAAA
* * * *
12757 TAATA-TAAATTTATTAATATTCCAAAAAATTATTAAGTAA-AAATTTTAAAAATAAATCTATTT
1 TAATACT-AATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTT
* * * * *
12820 TCTAAACACA-TTCAAATAGTTATGACTATTTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTAATGAGCT
64 ACTGAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTA-TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCT
* ** * *
12884 TTTGTTTTGCCATAAGCCACTTGTTTCTATTCATACAAGCATATTCTA-AATAAAA
127 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATT-TAGAATAAAA
* *
12939 TAATACTAGTTTATTAATATTTC-AAAATT--TAA-T-A-AGATTTAAAAAAATAAATCTGTTTA
1 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTA
* * * * * * *
12998 CCGAGCAAGTTTAAATAGTTATTATGCCTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATGATCT
65 CTGAACAAGTTCAAATAG---TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCT
* * * * * * * *
13063 TTTTTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTTATATAAGTTTATTCAAAATAAAA
127 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAA
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* * * * *
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* * * * * ** * ** * ***** *
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1 TAATACT-AATTTATTAATATT-TC---AAA-AATT-AATAAG-TAAGA-GA-TTTA----AAA-
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51 AATAA-A-T-CT-ATTTACTGAACAAGTT--CAAA-TAGT---TATGACTATTTGAACAA-T-TA
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* * * * * *
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* ** ** * * * ** *
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* * ** * *
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* * *
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1 TAATACT--AAT-TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATT
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* *
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* * * * *
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1 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTATTT-
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15363 TGATTAGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTAATACAAGCTTAGATGGAATAAAA
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* * * * * *
15416 TAATACTAATTTACTAATACTTACTAAAA-TAATAAGTAAGAAACTTAAAAAATAAATCTGTTTA
1 TAATACTAATTTATTAATA-TTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA
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65 CT-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTT
* *
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* * ** * *
15597 TAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAAATGTTTAT
1 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC
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15723 TTGTTTTGTCAAAAAACAATTGATTTTTA-TCAGAGAAGCTTATTT-GGTTAAAAA
128 TTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAAT-AAAA
* * * *
15777 TAATACTAA--T-TT-A-A--T-AAAAATTAATAAGTAAGAAATTTACAAAATAAATGTGTTTAC
1 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC
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66 TGA-ACAAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCT-ATTTCAAATCGTTATGACCTT
* * * * * * *
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* * * **
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1 TAATACT-AATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGA-GATTT-AAAAAATAAATCTAT
* * *
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* * ** *
16076 TTTTGTTTTGACATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAA
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* * * *
16132 TAACACTAATTTATTAATAATTCAAAAATTAATAAGCAAGAG-TTT--AAAATAAAT-TGTTTAC
1 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC
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16193 TAAACAAATTTAAATTGTTATGACTATTTGAACAATTGTCTATTT-AAATCGTTATGACCTTTTA
66 TGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTG
* * ** * * *
16257 TTTTGTCATAAAATAATTATTTGAATTCATACAAGCTTAGTCAAAATAAAA
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* * * * * * * *
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1 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC
** * * * * *
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66 TGAA-CAAGTTCAAATAGTT-ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTT
* * * * * * *
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* * * * *
16480 TAATAGTAATTTATTAATCTTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTA
1 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTA
* * * * * ** * *
16545 CCGAACCAA-TTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATT-GCATACTAAAAATTGTTATAACCTT
65 CTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC-TATTTCAAATCGTTATGACCTT
* * * * * * * * *
16608 TTGTTCTATCATAAAACAATTATTTTTGTTCACATAAGCTTATTCAAAATAAAA
128 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAA
* ** * * * * * *
16662 TAATACTAATATAAAAATATTCCAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAACAAATTTGTTTGC
1 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC
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* * * * *
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* * * * * *
16836 TAA-AATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATATGTATGAGATTTAAAAAATAATTTTGTTTG
1 TAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTT-
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64 ACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTT
* * * * * * * * *
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* ** *
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1 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC
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* * ** * * * * * *
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* * * * * *
17193 TAATTCTATTTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTACA-AAATTTAAAAAATAAATATGTTTA
1 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA-AGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA
* * * * * * * * *
17257 CTGAACTAGATCAAATAGTCATAATTATTT-ATATAAGTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTT
65 CTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA-ACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTT
* * * *
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* * *
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65 CT-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTT
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17501 TGTTTTGTCACCAAATGATCTTTTTCTGTTCACATAAGCTTATTTTGAATAAAA
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1 TAATACTAATTTATTAATATTTCAA-A-AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTT
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64 ACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTT
* *
17681 TAGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCA-AATTAAAA
129 T-GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAA-TAAAA
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64 ACTGAACAAGTTCAAATAGT-TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTT
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* * * * * *
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* * * * * * * * **
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* * *
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* * * *
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* * * * * * * ** **
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65 CT-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTT
** * * * * * *
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* *
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** * * * * * * * *
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* * * * * **
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1 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC
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18588 GTTTTGTCGTAAAACAATTATTTCTATTTATACAAAATTATTCAAAAT-AAA
130 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAA
* * *
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1 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC
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66 T-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTT
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18816 TATTGCTAAATTAATAATA-TTCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTG
1 TAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA
* * * * * * * **
18880 CTGAGCCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTCTAAATATTT
65 CTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT-GACCTTT
* * * * *
18945 TGTTTAGTCATAAAATAATT-TTGC-AGTTCATACATGCTTATTCGAGAAT-AAA
129 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATT-TAGAATAAAA
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18997 TAATACTAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAACAAAAAATTTTAAAAAATAAATTTGTTT
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** * **
19061 ACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTT-ATAAGAAG-TATGACCT
64 ACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA-AA-TCGTTATGACCT
* * * * * *
19124 TTTATTTTATCATAGAACGATTGTTTC-AGTTCATAAAAGCTTATGT-GAAATAAAA
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* ** *
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19241 TA-TCGAATC-ACTTCAAATAATTATGGCCATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAAAC
63 TACT-GAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC
* * * * *
19304 -TTTGATTTTGTCTTAAAACAATTGTTTTTCA-TCATACAAGCCTATTCAAAAT-AAA
126 TTTTG-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAA
* *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * ** * * *** *
11084 TTGTTTTATAAT-AAACAATTG-TTTCAGTTTTTAAAAGTTTATCCAAAATAACA
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* * * ** *
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* * * * * * * *
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64 CCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTT
* * * *
11265 TATTTTGCCATAAAACAATTGTTTTTCATT-ATA-AAGCCTATTTGGAATAAAA
128 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTT-ATTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAA
* * ** *
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * * * ** * * * **
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* * * * *
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* *
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* * * * * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * **
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* * * * * **
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* * * * * *
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* *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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** * * * * *
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* ** * * * * *
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* * * * * * * * *
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** * * *
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** * * * *
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65 CGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTG
* * * * **
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** * * *
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* ** * * * *
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* * *
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* * * * * *
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* * * * * * **
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* * *
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* * * *
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* *
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* * *
9703 TAA-AATAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATCAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTCTATTTA
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** * * * ** *
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* * * * * *
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* * * * * *
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258 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATA
* * * * *
10023 AAATAATCT-GTTCATT-A-A-AA-ATTATTTAGACTAAAA
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* * * * * * * * * * *
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* *
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* * ** * * * * *
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* ** * * * *
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* *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
10670 TTCAAATAGTTATGACT-TTTAAATAATTATCTATCTCAAATCATTATGATC-TTTGTTTTATCA
256 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCA
* * ** *
10733 TAAAACAATTGTTTCTATCCATACAAGCTTATTTGGAGTAAAA
321 TAAAACAATTATTTC-ATTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAA
* * ** * * * * * *
10776 TATTGCTAAACTAATAATA-GTCTAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGC
1 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC
* * * * * * ** *
10840 CGAACCCGTTCAAATAGTTAAGACCATTAGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTCT-AACCTTTT
66 CAAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAA-CTTTT
* ** * * * * * *
10904 ATTTAATCATAAAATAATT-ATTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGAACTAAAATAATACTATTTT
130 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-TTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTT
* * * * * * * *
10968 ATTAACA-TT-TAGAAAATTAAGAAGCAAGAAATTTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAATT
194 ATTAATATTTCTA-AAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACTAGT
* *
11031 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAACTTGTTATGACCTTTTGTTTTATAA
257 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCGTTATGACCTTTTGTTTTATCA
* ** * * ** *
11095 T-AAACAATTGTTTCAGTTTTTAAAAGTTTATCCAAAATAACA
321 TAAAACAATTATTTCA-TTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAA
* * ** *
11137 TAATATTAATTTATTAGTATTTCAAAAATTCAA-AAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATCAATTTA
1 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT-AATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA
* * * * * * *
11201 TCAAATCAGTTCAAATAATTATGGCAATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAACATTT
65 CCAAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTT
* * * * *
11266 ATTTTGCCATAAAACAATTGTTTTTCATT-ATA-AAGCCTATTTGGAATAAAATAATACTAATTT
130 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTT-ATTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTT
* * ** *
11329 ATTAATATTTCAAAAAATTAATGAGTTCGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACTAGTTC
194 ATTAATATTTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACTAGTTC
* * * * * * *
11394 AAATAGTTATGAATATTTGAACTATTATATATTTCAAATCATTATAACCTTTTATTTTGTCATAA
259 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAA
* **
11459 AACAATTATTTATATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAA
324 AACAATTATTT-CATTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAA
* * * * ** * * * *
11499 TAATACTAATCTAATAATATTAT-GAAAATTAGTATCTAAGAGATTT-AAAAATAAGTTTGTTTG
1 TAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA
* * * * * * *
11562 TCAAATGAGTTCAAATAGTTAAGGCTATATGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
65 CCAAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTT
* * * * * * *
11627 GCTTTGTCATAAAAAAAATGTTTTTCTTCATATAAGTTTGTTC-ATAATAAAATAATATTAATTT
130 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATATAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTT
* *
11691 ATTAATATTT-TGAAAATTAAT--G--AGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-CTGAACCAGTT
194 ATTAATATTTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATC-GAACTAGTT
* * * * * * * *
11750 CAAATAGTTATAAC-AATTCAGACAAGTATTTATTGCAAATCATTATGACCATTTGTTTTATCAT
258 CAAATAGTTATGACTATTTGA-ACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCAT
* * * *** *
11814 AAAATAATTTTTTCTATTAATAC-AGTCTTATTCGGAATAAAG
322 AAAACAATTATTTC-ATTCATACAAG-CTTATTTAAAATAAAA
* * * * * * **
11856 TAATGCTAATTAATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTAACAGATTT-AAAAATGAATTTGTTGG
1 TAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA
** * * * * * * * *
11919 CCTGACCAATGCAAATAGTTTTGATTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATAATTATGACCTTTT
65 CCAAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTT
* * * * * *
11984 GTTTTGTC--ACAACAATTGTTTCTATTCCTATAAGCTTATTCGGAATAACATAATTCTAATTTA
130 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTA
* * *
12047 TTAATA-TTCTTAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAACTAAAT-TCATTTATTGAA-TAAGTT
195 TTAATATTTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT-ATTTATCGAACT-AGTT
** * * * * * * * *
12105 CAAATAGTTATGACTATTTAAGTAAGTGATTACCTATTTTAAATTGCTATAACATTTGGTTTTGT
258 CAAATAGTTATGACTATTT--G-AA-CAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTAT
* * * *
12170 CATAAAATAATTTTTTCAATTCATACAAGCTTATTTTAATTAAAA
319 CATAAAACAATTATTTC-ATTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAA
* * * * *
12215 AAATA-TAAATTTATTAATA-TTCAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAACAACTCTATTT
1 TAATACT-AATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTT
*** * * * *
12278 ATTGAATAAATTCAAACAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATG-ACTTT
64 ACCAAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTT
* ** * * * * * * *
12342 CTGTTTTGTCAAAAAATTATTTTTTTTGTTCATAGAAGCTTATTTGGATTAAAATAATA-TTATT
129 -TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATT
* * * * * * * * *
12406 TATTAATATTTC-AACAATTAATGAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATATGTTTACCGTACAAGTT
193 TATTAATATTTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACTAGTT
* * * * *
12470 CAAATAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTCATCATA
258 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATA
* * * * * *
12535 AAACAATTATATCTGTTAATATAGGCTTATTCAAAATAAAA
323 AAACAATTATTTC-ATTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAA
* * * *
12576 TAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGCAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTAC
1 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC
* ** * *
12641 CGAA-CAAGTTTGAATAGTTATGACTATTTGAACAATTTTTTATTTCAAATCATTATG-ACATTT
66 CAAATC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAAC-TTT
* * * * *
12704 TGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTCATATAAGATTATTCCAAATAAAATAATA-TAAATT
129 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACT-AATT
* * * * * * *
12768 TATTAATATTCCAAAAAATTATTAAGTAA-AAATTTTAAAAATAAATCTATTT-TCTAAAC-ACA
193 TATTAATATTTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATC-GAACTA-G
* * * **
12830 TTCAAATAGTTATGACTATTTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTAATGAGCTTTTGTTTTGCC
256 TTCAAATAGTTATGACTA-TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATC
** * * *
12895 ATAAGCCACTTGTTTCTATTCATACAAGCATATTCT-AAATAAAA
320 ATAAAACAATTATTTC-ATTCATACAAGCTTATT-TAAAATAAAA
* *
12939 TAATACTAGTTTATTAATATTTC-AAAATT--TAA-T-A-AGATTTAAAAAAATAAATCTGTTTA
1 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTA
* * * * * *
12998 CC-GAGCAAGTTTAAATAGTTATTATGCCTATTTGAACAATTATTTATTTCAAAT-AGTTATGAT
65 CCAAATC-AGTTCAAATAG---TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGAA
* * * * * * *
13061 CTTTTTTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTTATATAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTA
125 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTA
* * **** *
13126 ATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAGGTAGGAGATTTTTCTATTAAA---ATTT-T-GAA--A
190 ATTTATTAATATTTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACTA
* * * ** * * *
13183 ATTAATAAGAGATTTAAAAACTAAATTT-ATTTACAGA--A-ATAGTTT-AAATAGTTATGA-AT
255 GTTCA-AATAG--TT-ATGACT--ATTTGA---ACA-ATTATCTA-TTTCAAATCGTTATGACCT
* * * * *
13242 ATGTGAACAATTATCTATCTTAAATCATTATGATCTTATTTCA-TCATAAAACAATTGTTTCTTT
309 -TTTG-----TT-T-TATCATAAA--A-CA--A--TTATTTCATTCAT---ACAA--GCTT-ATT
* * **
13306 TCATATAAGC
353 TAAAATAAAA
* * ** * * * *
13316 TTATTCGGATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAA-TAAGAGATTTAAAGAAT
1 TAATACTAATT-TATTAATA-T--TTCAA-AA-A-TT----AA-TAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* * * * * **
13380 AAATGTATTTACTAAATCAGTTCAAATAGTTAGGACTATTAGAACAATTATCCATTTCAAATTGT
54 AAATCTATTTACCAAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* * * * * * * * * * *
13445 TTTGACCTATTGTTTTCTTATAAAACAATTATTTTAATTCATACAAGCTTCTTCAAGAATGAAAT
119 TATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATATAAGCTTATTCGA-AATAAAAT
* * * * *
13510 AGTACTAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATGAG-AAGAGATTTAAAAAA-AAATCTATTTTG
183 AATACTAATTTATTAATATTTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA-TTTA
* * *
13572 TCGAACAAGTTCGAATAGATT-TGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAAGTCATTA-GACCTT
247 TCGAACTAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCGTTATGACCTT
* * * **
13634 TTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAACTTATCCAAAATAAAA
310 TTGTTTTATCATAAAACAATTATTTC-ATTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAA
* * * *
13688 TAATACTACTTTATTAAT-TTTCAAAAATTAAAAAGCAAGTTATGACTATTTGAATAAAT--ATC
1 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG--A-G---ATTT-AAAAAATAAATC
* * * * * * * **
13750 AATCTT---AAATCA-TT-ATGAT-CTT-TG--TTTTCTCATAAAATAAT-TATTTCTGATCA-T
59 TAT-TTACCAAATCAGTTCA-AATAGTTATGACTATT-TGA-ACAATTATCTATTTCAAATCATT
* * **** * * * **
13804 A-CAAGCTTATTCAG-ATAAAAATAATACTAATT-TATTAATATTC-TA-AAAC-TAGTAAGAGA
120 ATGAA-CTT-TT--GTTTTGTCATAAAAC-AATTGT-TT-TTATTCATATAAGCTTA-TTCGA-A
* * * * *
13863 CTTAAAA-AA-AATAA---ATGT-GT-TTGCTAAACCAATTTAA-ATAGTTAAGA-CTATT--AA
176 -ATAAAATAATACTAATTTAT-TAATATTTCTAAA--AA-TTAATA-AG-TAAGAGAT-TTAAAA
* * * * * * * ** * * * * *
13917 AATAATTTTTAATT-TC-AAATCATTTTAACCT--TT-TGTTTA-GTCATAGAATAAT-TGTTT-
233 AATAA-ATCTATTTATCGAACT-AGTTCAA-ATAGTTATGACTATTTGA-ACAATTATCTATTTC
* * *** ** * * **
13974 TAGT--TTAT-ACAAGCTTACTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCA-A-AAAATTA
294 AAATCGTTATGAC---CTT--TTGTTTTATCATAAAAC-AA-TTATT-TCATTCATACAAGCTT-
**
14034 ATAAGCAAGAGATTTGAAAA
350 AT--TTAA-A-A--T-AAAA
* * * * * * * *
14054 -AATA--AAATTGTT--TA-TTGAACAAATTTGAAT-AGTTATGATGATTTGAACAAT-TATCAA
1 TAATACTAATTTATTAATATTTCAA-AAA-TT-AATAAG-TAAGA-GATTTAAAAAATAAATCTA
* *** * ** * **
14111 TTTA--AAATCA-TT-ATGACCTTTTTG--T-TTTGCCATA-AACAAT-TATTTTAGTTCA-TA-
61 TTTACCAAATCAGTTCA-AATAGTTATGACTATTTG--A-ACAATTATCTATTTCAAATCATTAT
***** *** * * * ** *
14165 -AAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTATTGTATTAATATTTCA-A-AAG-TTAATAAGAGATTT
122 GAA-CTT-T-TGTTTTGTCATAAAACAATTGT-TT-TTA-TTCATATAAGCTT-ATTCGA-A-AT
* * * * ** * *
14226 AAAA-AATAAATCAATTCAAATAATTATGGCCATT-TAAACAACTAACTATTTCA-A-ATTGTTA
178 AAAATAAT-ACT-AATT-TATTAA-TAT-----TTCTAAA-AATTAA-TAAGTAAGAGATT-TAA
** * *** * * * * * ** *
14287 TTACTTTTTGT-TTTCTCCTAAAGGAA-TTGCTTTCCAATATAG--AAGCCTATTCAAAATAAAA
231 AAAATAAATCTATTTAT-C-----GAACTAG--TT-CAA-ATAGTTATGACTATT--TGA-ACAA
* * ** * * * ***** * ** * *
14348 TAATACTTATTTAATAATATTTCAAGA-ATTAATAACAAAT-TTAAAA-AA-TAAATCTGTTTAT
283 TTAT-C-TATTTCA-AATCGTT-ATGACCTT-TTGTTTTATCATAAAACAATTATTTC-ATTCAT
* * * * *
14409 -CAAAC-CAGTTCAAAT--AG
342 ACAAGCTTATTTAAAATAAAA
* * * * * * *** *
14426 TTATGACT-ATTTGAACAATATCTATTTC-AAATTGTTATAACCT-TTTG-TTCTATCATAAAAC
1 TAAT-ACTAATTT----ATTA-ATATTTCAAAAAT-TAATAA-GTAAGAGATT-TA--A-AAAAT
* * * ** * * * *
14487 AATTGTTTTTGTTCATAA-AAGGCTATTCGGAATAAAATAAT-ACTAATTTAGTAATATTCTAAA
54 AAATCTATTT-ACCA-AATCA-G---TTC--AA-ATAGTTATGACT-ATTT-G--A-A--C---A
* * * *
14550 ATTAATAACTAAGAAATTT-AAA--A-AATAAATCTATTTGCTAAACTAGTTCATTACATGAACA
100 ATT-AT--CT-----ATTTCAAATCATTATGAA-CT-TTTG-T---TTTG-TCA-TA-A--AACA
* * * * * ** **** * * * ** ** *
14611 ATTATTTAT-TTCAAAT-TG-TT-GT-GACCTTTTGT-TTTCTCATAAAACAATTGTCTTCGTTA
146 ATTGTTTTTATTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAA-TAT-TTC--TA
* * ** * * * * * *
14670 ATATAAGTTTATTCGAAATAA-A-ATATTACTAATTTACTAATATTT-TAGAA--AATT--AATC
207 A-A-AA--TTAAT--AAGTAAGAGAT-TTAAAAAATAAAT-CTATTTATCGAACTAGTTCAAAT-
* * * * * * *** * *
14728 AG-TAAGA-GATTT-AAAAAGTAAATCTATTTACTAAACCATT-T--CAAATAGTTTTGACCATT
263 AGTTATGACTATTTGAACAA-T-TATCTATTT-C-AAATCGTTATGACCTTTTGTTTT-ATCA--
* ** * * * * *** *
14787 TGACTAATTATCTATTTCTAATCATTATAACTACTTGTTTTGTTATCAAA
321 T-A-AAACAAT-TATTTC-ATTCA-TACAA--GCTT-ATTTAAAATAAAA
* ** ** * * * ** *
14837 CAATTGGTCCTGTTCA-TACTATTTTATTCAAAATAAAATAA-TACTA-ATTTAAGAATATTCTA
1 TAA-TACTAAT-TT-ATTAATATTTCA---AAAAT-TAATAAGTAAGAGATTTAA-AA-A--ATA
* * * * * * * *
14899 AAACTTAATAACCAAGA-AAATTAAAAAATAAATCTAATTGTCGAACTAGTTCAAATAGTTAAGA
55 AATC-TATTTACCAA-ATCAGTT--CAAAT-AGT-T-A---T-G-ACTA-TT----T-G--AACA
* * ** * *
14963 CTGTATAAACAATTATCTGTTTCAAATTGTTATGACCTTTTTCTTTTGTCATAAAACAATTG-TT
100 AT-TAT---C---TAT-T-TC--AAATCATTATGAAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* *** * * * * *
15027 TTATTCATACAAGCTT-TTTTTATTAAAATAATGCAAATTTAATAATATTT-TGAAAATTAATAA
153 TTATTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCTAAAAATTAATAA
* * * * * * * * * * * *
15090 ATAAGATATTTAAAAAAT-AATTTTTTTGTTGAA-TCAATTGAAATGGTTAAGATTATTAGAACA
218 GTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * * * *
15153 ATTATCTATTTGAAATCATTCTAACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAA
282 ATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCA-TTCATACAA
* * *
15218 GCCTATTTAGAATAAAT
346 GCTTATTTAAAATAAAA
* * * * *
15235 TAATACTAATTTATTAACA-TTCAAAATTTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTA
1 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTA
* * * * * * * * *
15299 ACGAA-CAAGTTTAAATAGTTATTATTATTTGAACAAATGTCTATTTAAAATCGTTAT-AACCTT
65 CCAAATC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAA-CTT
* * * * * * *
15362 TTGATTAGTCATAAAACAATTG-TTTCAGTTAATACAAGCTTAGAT-GGAATAAAATAATACTAA
128 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-TTCATATAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACTAA
* * * * * *
15425 TTTACTAATACTTACT-AAAA-TAATAAGTAAGAAACTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAATTA
191 TTTATTAATA-TTTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACTA
* * * * ** * * * *
15488 GTTAAAATAATTAT-AGTCGTTTGAATGATTATCTATTTAAAATCATTTTGACCTTTTGTTTTGT
255 GTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTAT
* * * *
15552 CATAAAACAATTGTTT-TTGATCATACAAGCTTATATGAAATAAAA
319 CATAAAACAATTATTTCAT--TCATACAAGCTTATTTAAAATAAAA
* * ** * *
15597 TAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAAATGTTTAT
1 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC
** * * * * *
15662 TGAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTAT-TAATCTT-AAGTCGTTAAG-A-TAT
66 CAAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT-AT-TTCAAATCATTATGAACT-T
* * * * **
15723 TTGTTTTGTCAAAAAACAATTGATTTTTA-TCAGAGAAGCTTATTTG-GTTAAAAATAATACTAA
128 TTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTTATTCATATAAGCTTATTCGAAAT-AAAATAATACTAA
* * * * * *
15786 --T-TT-A-A----TAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTACAAAATAAATGTGTTTA-CTGAGCCA
191 TTTATTAATATTTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATC-GAACTA
* * * * * * *
15841 ATTCAAATAGTTA-AAGCTATTAGAATAATTAT-TAATTTCGAATCGTTTTGACCTTTTG-TGTA
255 GTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCT-ATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTA
* * * ** *
15903 GTCATAAAATATTTGTTTCATATTTTACAAGCTTATTCAAAATAAAA
318 -TCATAAAACAATTATTTCAT-TCATACAAGCTTATTTAAAATAAAA
* * * **
15950 TAAT-CTAAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGGAA-ATGATTTGCAAAAATAAATCCGT
1 TAATACT-AATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGA-GATTT-AAAAAATAAATCTAT
* * * * * * *
16012 TTATCGAA-CAAGTTCAAATAGTGATGACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATCGTTATGACC
62 TTACCAAATC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAAC
* * * * * *
16076 TTTTGTTTTGACATAAAACAATTG-TTTCAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAACACTA
126 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-TTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTA
* * * * *
16140 ATTTATTAATAATTC-AAAAATTAATAAGCAAGAG-TTT--AAAATAAAT-TGTTTA-CTAAACA
190 ATTTATTAATATTTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATC-GAACT
* * * * * *
16199 AATTTAAATTGTTATGACTATTTGAACAATTGTCTATTT-AAATCGTTATGACCTTTTATTTTGT
254 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTAT
* * * *
16263 CATAAAATAATTATTTGAATTCATACAAGCTTAGTCAAAATAAAA
319 CATAAAACAATTATTT-CATTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAA
* * * * * * * *
16308 TAATACTAATTTATTAACATTCCAAAAATTAATAAGCAAGTGATTTAAAAAGTGAATATGTTTAC
1 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC
* * * *
16373 CAAATCAGTTCAAATAATTAATGTC-ATTTAAACAATTATCAATTTC-AA--A-T-TG----TTT
66 CAAATCAGTTCAAATAGTT-ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTT
* * * * * * * * *
16428 GCTTGGTCGTATAGCAATTGTTTTTTATT-ATATATGTTTATTTGAAATAAAATAATAGTAATTT
130 GTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTTATTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTT
* * * * * * *
16492 ATTAATCTTT-AAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACCAATT
194 ATTAATATTTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTATCGAACTAGTT
* * * * ** * * *
16556 TAAATAGTTATGACTATTTGAATAATT-GCATACTAAAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATCAT
258 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC-TATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCAT
** * * *
16620 AAAACAATTATTTTTGTTCACATAAGCTTATTCAAAATAAAA
322 AAAACAATTA-TTTCATTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAA
* ** * * * * * *
16662 TAATACTAATATAAAAATATTCCAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAACAAATTTGTTTGC
1 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC
* * *
16727 CAAA-CTAGTTCAAATAATTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTC-AA--ATTAT----TTTT
66 CAAATC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTT
* * * * *
16784 GTTTTGTCATAAACCAATT-TTTTCAATTCATACT-AGCTTATTTGGAATAAAATAA-AATGAAT
130 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-TATTCATA-TAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACT-AAT
* * * * * ** *
16846 TTATTAATATTTC-AAAAATTAATATGTATGAGATTTAAAAAATAATTTTGTTTGCCTAACTAGT
192 TTATTAATATTTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACTAGT
* * ** * *
16910 TCAAATAATTATGACTATTTGAGCAATTATCTATTTCAAATCACTATGACCATTTGTTTTGTCAT
257 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCAT
** * * * * *
16975 AAAACAAATGT-TTTTGTCCATATAAGTTTGTTCAAAATAAAA
322 AAAAC-AAT-TATTTCATTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAA
* ** * *
17017 TAAAACTAA-TCCTTAATATTTCAAAAATTAATAA-T---AGATTTAAAAAATAAATATATTTAT
1 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC
* * * ** * **
17077 CAAACCAGTTCAAA-AGGTTATGACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATTGTTATTATTTTTT
66 CAAATCAGTTCAAATA-GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTT
* * ** * * * * * * *
17141 CTTTTGTCACAAAACAATAATTTATGTTCATAAAAACTTATTC-AGATTAAAATAATTCTATTTT
130 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATATAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTT
* * * * *
17205 ATTAATATTTC-AACAATTAATAAGTACA-AAATTTAAAAAATAAATATGTTTA-CTGAACTAGA
194 ATTAATATTTCTAAAAATTAATAAGTA-AGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATC-GAACTAGT
* * * * * * * *
17267 TCAAATAGTCATAATTATTT-ATATAAGTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
257 TCAAATAGTTATGACTATTTGA-ACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCA
* * * * *
17331 TAAAA-AGATTATTTTAGTTCATATAAGCCTATTCAAAGTAAAA
321 TAAAACA-ATTATTTCA-TTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAA
* * *
17374 TAATA-TAAGTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTA
1 TAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA
* * * * * * ***
17437 TCGAA-CAAGTTTAAATAATTACGACTATTTGAACAATTATCTATTTGAAATTGCTAT-AACCTT
65 CCAAATC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAA-CTT
** ** * * *
17500 TTGTTTTGTCACCAAATGATCT-TTTTCTGTTCACATAAGCTTATTTTG-AATAAAATAATA-TA
128 TTGTTTTGTCATAAAACAAT-TGTTTT-TATTCATATAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACTA
* * * * * *
17562 ATTTATTAATA--T-TAAGACAATTAATAGGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAAC
190 ATTTATTAATATTTCTAA-A-AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAAC
* ** * * * * *
17624 AAGTTCAAATCTTTATAACTAATTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTAT-AACTTTTAGTTTT
253 TAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTT-GTTTT
* * *
17688 GTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAATTAAAA
317 ATCATAAAACAATTATTTC-ATTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAA
* * * * * * * * * * *
17735 TAATATTAATATATAAAAATTTTGACAAA-TAATGAGTAAAAGATTTTAAAAAA-ATATATGTTT
1 TAATACTAATTTATTAATA-TTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTATTT
* * * * * *
17798 ACC-GAGCAAGTTCAAATAGTCT-TGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTGTGACCT
64 ACCAAATC-AGTTCAAATAGT-TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACT
* * * * *
17861 TTTGTTTTATAATAAAATAATTG-TTTTAGTTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAACAATACTAA
127 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-TTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAA
* * * * * *
17925 TTTAGTAATA-TTCTAAAAATTAATCAGTAAGAGAATTAAAAAATTAATCTGTTTA-CTAAAC-A
191 TTTATTAATATTTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATC-GAACTA
* * * * * * ** *
17987 TGTTCAAATAGTTATTACTATCTGGATAATTATCTATTTCAAAACATTATGATATTTTGTTTTGT
255 -GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTAT
** * * *
18052 CATAAAACAATTGGTTCTGTTCATGCAAGCTTATTGT-GAATAAAA
319 CATAAAACAATTATTTC-ATTCATACAAGCTTATT-TAAAATAAAA
* * * * *
18097 TAATA-TAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA-ATATTTAAAAAATAAATATGTTTT
1 TAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA
* * * * * * * * * *
18160 TCGAA-CACGTTCAAATATTTGTCACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAGTCGTTA-CAATTTT
65 CCAAATCA-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAA-CTT
** * * * *
18223 TTGTTTTGTCATAAATTAATTGTTTTTGTTCATAAAAGCTTACTCAAAATAAAATAATACTAATT
128 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATT
* * * * *
18288 TATTAAAATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGT
193 TATTAATATTTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACTAGT
* * * * * * * * * *
18352 TTAAGTAGTTATAACTCTTTGAACAATTATTTCTTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTTAT
257 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCAT
* * * ** * *
18417 AAAATAATTATTTCTATTTATGCAATTTTATTTGAGATAAAA
322 AAAACAATTATTTC-ATTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAA
* ** * * *
18459 TAACACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATCCATTCAT
1 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC
* * * * * * **
18524 CGAA-CAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAGCTATTATCTATTTCAAATGGTTAT-AACATTT
66 CAAATC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAAC-TTT
* * * * * ** *
18587 TGTTTTGTCGTAAAACAATTATTTCTATTTATACAAAATTATTCAAAAT-AAATAATACTAATTT
129 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTT
* * ** *
18651 ATTAATATTTC--AAAAGT--TAA-TAAGAGATTTAAAAATTAAATCTATTTATTAAAACCAGTT
194 ATTAATATTTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-TCGAACTAGTT
* * * * * *
18711 CAAATAGTTATGACTACTTCAACAATTATCTATCTCAAATTGTTATGATC-TTTGTTTTGTCATA
258 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATA
* * *
18775 AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAGTAAAA
323 AAACAATTATTTC-ATTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAA
* * * * * * * *
18816 TATTGCTAAATTAATAATA-TTCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTG
1 TAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA
** ** * * * * * * *
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* * ** * *
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129 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-TTCATATAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAAT
* * ** * * * * * * *
19007 TTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAACAAAAAATTTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAG
192 TTATTAATATTTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACTAG
* ** *
19071 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTT-ATAAGAAG-TATGACCTTTTATTTTAT
256 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA-AA-TCGTTATGACCTTTTGTTTTAT
* * * * * *
19134 CATAGAACGATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATGTGAAATAAAA
319 CATAAAACAATTATTTCA-TTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAA
* ** *
19179 TAATATTGCTTTATTAATATTTCAAAAATTGAA-AAGATAA-AGATTTAAAAAATAAGT-TAGTT
1 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT-AATAAG-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA-TT
* * * * * * * * *
19241 TATCGAATCACTTCAAATAATTATGGCCATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAAAC-T
63 TACCAAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTT
* * * * *
19305 TTGATTTTGTCTTAAAACAATTGTTTTTCA-TCATACAAGCCTATTCAAAAT-AAATAATAGTAA
128 TTG-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTT-ATTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAA
*
19368 TTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAATAAATAAATCTATTTATCGAAC
191 TTTATTAATATTTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAAC
19429 CAATTTCTGT
Statistics
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CAATTATTTCATTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAA
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13170 TAAAATTTTG
* * * * * *
13180 AAAATTAATAAGAGATTTAAA-AACTAAATTTATTTACAGAAAT-AGTTTAAATAGTTATGAATA
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* * * * **
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64 TTTGAACAATTATCTAT-TTAAATCATTA-GACCTATTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAAT
* * * *
13306 TCATATAAGCTTATTC-GGATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCA
127 TCATAAAAGCTTATTCAAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCA
* *
13355 AAAATTAATAAGAGATTTAAAGAATAAATGTATTTACTAAATCAGTTCAAATAGTTAGGACTATT
1 AAAATTAATAAGAGATTTAAAGAAAAAATCTATTTACTAAATCAGTTCAAATAGTTAGGACTATT
* * ** * * * * *
13420 AGAACAATTATCCATTTCAAATTGTTTTGACCTATTGTTTTCTTATAAAACAATTATTTTAATTC
66 TGAACAATTATCTATTT-AAA-TCATTAGACCTATTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAATTC
* * * * *
13485 ATACAAGCTTCTTCAAGAATGAAATAGTACTAATTTATTAACATTCAA
129 ATAAAAGCTTATTCAAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-A
** * * *
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*
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* * * *
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1 AAAATTAA
13719 AAAGCAAGTT
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Matches are distributed among these distances:
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AAAATTAATAAGAGATTTAAAGAAAAAATCTATTTACTAAATCAGTTCAAATAGTTAGGACTATT
TGAACAATTATCTATTTAAATCATTAGACCTATTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAATTCAT
AAAAGCTTATTCAAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCA
Found at i:13839 original size:137 final size:137
Alignment explanation
Indices: 13593--13851 Score: 319
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13583 CGAATAGATT
* * *
13593 TGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAGTCATTAGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTT
1 TGACTATTTGAACAAATATCAATTTAAAGTCATTAGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATT
* *
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131 CAAGTTA
* * * *
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1 TGACTATTTGAACAAATATCAAT-TTAAAGTCATTA-GACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTA
* * * * * *
13793 TTTCTGA-TCATACAAGCTTATTC-AGATAAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAA
64 TTTC-AATTCATAAAAACTTATCCAAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAA
13852 CTAGTAAGAG
Statistics
Matches: 103, Mismatches: 15, Indels: 8
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TCAATTCATAAAAACTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAAAAAG
CAAGTTA
Found at i:14653 original size:169 final size:169
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Indices: 14437--14763 Score: 449
Period size: 169 Copynumber: 1.9 Consensus size: 169
14427 TATGACTATT
* * *
14437 TGAACAATATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTGTTTTTGTTCA
1 TGAACAATATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTGTCTTCGTTAA
* *
14502 TAAAAGGCTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTAGTAATATTCT-AAAATTAATAACTAAGAAA
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*
14566 TTTAAAAAATAAATCTATTTGCTAAACTAGTTCATTACA
131 TTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACTAGTTCATTACA
* * * * *
14605 TGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTGTGACCTTTTGTTTTCTCATAAAACAATTGTCTTCGTTA
1 TGAACAA-TATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTGTCTTCGTTA
* ** * * * *
14670 ATATAAGTTTATTCGAAATAAAATATTACTAATTTACTAATATTTTAGAAAATTAATCAGTAAGA
65 ATAAAAGGCTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTACTAATATTCTA-AAAATTAATAACTAAGA
* *
14735 GATTTAAAAAGTAAATCTATTTACTAAAC
129 AATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAAC
14764 CATTTCAAAT
Statistics
Matches: 136, Mismatches: 20, Indels: 3
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (169 bp):
TGAACAATATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTGTCTTCGTTAA
TAAAAGGCTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTACTAATATTCTAAAAATTAATAACTAAGAAA
TTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACTAGTTCATTACA
Found at i:18450 original size:543 final size:542
Alignment explanation
Indices: 14341--19415 Score: 3574
Period size: 542 Copynumber: 9.4 Consensus size: 542
14331 GCCTATTCAA
* * * * *
14341 AATAAAATAATACTTATTTAATAATATTTCAAGAATTAATAA--CAA-ATTTAAAAAATAAATCT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATAT
14403 GTTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA-TATCTATTTCAAATTGTTATAAC
66 GTTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAA-
* * * * * **
14467 CTTTTGTTCTATCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATAAAAGGC-TATTCGGAATAAAATAATACT
130 TTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAA-GCTTATTCAAAATAAAATAATACT
* * * * * * * ** *
14531 AATTTAGTAATA-TTCTAAAATTAATAACTAAGAA-ATTTAAAAAATAAATCTATTTGCTAAACT
194 AATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACA
* ** * * *
14594 AGTTC----A--T-T-AC-A--TGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTGTGACCTTTTGTTTTCT
258 AGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGT
* * * * * * * *
14648 CATAAAACAATTGTCTTC--GTTAATATAAGTTTATTCGAAATAAAATATTACTAATTTACTAAT
323 CATAAAATAATTAT-TTCTAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * * *
14711 ATTTTAGAAAATTAATCAGTAAGAGATTTAAAAAGTAAATCTATTTACTAAACCATTTCAAATAG
387 ATTCTA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAG
* * * * * * * *
14776 TTTTGACCATTT-GACTAATTATCTATTTCTAATCATTATAAC-TACTTGTTTTGTTATCAAACA
451 TTATGACTATTTGGAC-AATTATCTATTTCAAATCACTATGACAT-TTTGTTTTGTCATAAAACA
* * * ** **
14839 ATTGGTCCTGTTCATACTATTTTATTCAA
514 ATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCTG
** * ** * *
14868 AATAAAATAATACTAATTTAAGAATA-TTCTAAAACTTAATAACCAAGAAAATTAAAAAATAAAT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAAT
* ** * * * * * * * *
14932 CTAATTGTCGAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTGTATAAACAATTATCTGTTTCAAATTGTTATG
64 ATGTTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTAT-
* * * * *** * *
14997 ACCTTTTTCTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTTATTCATACAAGCTT-TTTTTATTAAAATAATG
128 A-ATTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATA
* * * ** * * * * * ***
15060 CAAATTTAATAATATTTTGAAAATTAATAAATAAGATATTTAAAAAAT-AATTTTTTTGTTGAAT
192 CTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAA-
* * * * * * * * *
15124 CAA-TTGAAATGGTTA-AGATTATTAGAACAATTATCTATTTGAAATCATTCT-AACATTTTGTT
256 CAAGTTCAAATAGTTATA-ACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGATC-TTTTGTT
* * * *
15186 TTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCCTATTT-AGAATAAATTAATACTAATTTAT
319 TTGTCATAAAATAATTATTTCTAGTTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTAT
* * * * * *
15249 TAACATTC-AAAATTTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTAAC-GAACAAGTTTA
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* * * * * * ** * * * *
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* * * *
15377 ACAATTGTTTCAGTTAATACAAGCTTAGAT-GG
511 ACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTA-TTCTG
* * * * *
15409 AATAAAATAATACTAATTTACTAATACTTACTAAAA-TAATAAGTAAGAAACTTAAAAAATAAAT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTCAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAAT
* * ** * * * * ** * ** *
15473 CTGTTTATCGAATTAGTTAAAATAATTAT-AGTCGTTTGAATGATTATCTATTTAAAATCATTTT
64 ATGTTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTAT
** * * *
15537 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGATCATACAAGCTTATAT-GAAATAAAATAAT
128 -AATTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTAT-TCAAAATAAAATAAT
* * * **
15601 ACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAAATGTTTATTGAA
191 ACTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAA
* * * * * * * * *
15666 CCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATTAATCTT-AAGTCGTTAAGAT-ATTTGTTT
256 CAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATTTAT-TTCAAATCATTATGATCTTTTGTTT
* * * * * **
15729 TGTCAAAAAACAATTGATTTTTA--TCAGAGAAGCTTATTTG-GTTAAAAATAATACTAA--T-T
320 TGTCATAAAATAATT-ATTTCTAGTTCATACAAGCTTATTTGAAAT-AAAATAATACTAATTTAT
* * * **
15788 T-A-A---TAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTACAAAATAAATGTGTTTACTGAGCCAA-TTCAA
383 TAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-AAACAAGTTCAA
* * * * * ** * * * *
15847 ATAGTTA-AAGCTATTAGAATAATTAT-TAATTTCGAATCGTTTTGACCTTTTGTGTAGTCATAA
447 ATAGTTATGA-CTATTTGGACAATTATCT-ATTTCAAATCACTATGACATTTTGTTTTGTCATAA
* * * * **
15910 AATATTTGTTTCATATT-TTACAAGCTTATTCAA
510 AACAATTGTTTC-TGTTCATACAAGCTTATTCTG
* * *
15943 AATAAAATAAT-CTAAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGGAAATGATTTGCAAAAATAA
1 AATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAA-GATTT-AAAAAATAA
** * * * * * *
16006 ATCCGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTGATGACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATCGTTA
62 ATATGTTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTA
** * * ** * * *
16071 TGACCTTTTGTTTTGACATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAAC
127 T-AATTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAAT
* * **
16136 ACTAATTTATTAATAA-TTCAAAAATTAATAAGCAAGAG-TTT--AAAATAAAT-TGTTTACTAA
191 ACTAATTTATTAA-AATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGA
* * * * * * * * * *
16196 ACAAATTTAAATTGTTATGACTATTTGAACAATTGTCTATTT-AAATCGTTATGACCTTTTATTT
255 ACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTT
* * * **
16260 TGTCATAAAATAATTATTT-GAATTCATACAAGCTTAGTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTA
320 TGTCATAAAATAATTATTTCTAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTA
* * * * * * * *
16324 ACATTCCAAAAATTAATAAGCAAGTGATTTAAAAAGTGAATATGTTTACCAAATC-AGTTCAAAT
385 ATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAA-CAAGTTCAAAT
* * ** * * * * * *
16388 AATTAATGTC-ATTTAAACAATTATCAATTTC-AA--A-T-TG----TTTGCTTGGTCGTATAGC
449 AGTT-ATGACTATTTGGACAATTATCTATTTCAAATCACTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAAC
* * * * *
16443 AATTGTTT-TTTATTATATATGTTTATT-TG
513 AATTGTTTCTGT-TCATACAAGCTTATTCTG
* * *
16472 AAATAAAATAATAGTAATTTATTAATCTTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAATAAA
1 -AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AGATTT-AAAAAATAAA
* * * * * * * * **
16537 TTTGTTTACCGAACCAATTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATT-GCATACTAAAAATTGTTA
63 TATGTTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC-TATTTCAAATTGTTA
* * * * *
16601 TAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTATTTTTGTTCACATAAGCTTATTCAAAATAAAATAAT
127 TAA-TTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAAT
* * * * * * *
16666 ACTAA--TATAAAAATATTCCAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAACAAATTTGTTTGCCA
191 ACTAATTTATTAAAAT-TT-CAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCG
* * * * *
16729 AACTAGTTCAAATAATTA-AGACTATATGAACAATTATCTATTTC-AA--A-T-T-AT-TTTTGT
254 AACAAGTTCAAATAGTTATA-ACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGT
** * * * * *
16786 TTTGTCATAAACCAATTTTTTC-AATTCATACTAGCTTATTTGGAATAAAATAA-AATGAATTTA
318 TTTGTCATAAAATAATTATTTCTAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACT-AATTTA
* * * * * *
16849 TTAATATT-TCAAAAATTAATATGTATGAGATTTAAAAAATAATTTTGTTTGCCT-AACTAGTTC
382 TTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT-ACTAAACAAGTTC
*
16912 AAATAATTATGACTATTT-GAGCAATTATCTATTTCAAATCACTATGACCA-TTTGTTTTGTCAT
445 AAATAGTTATGACTATTTGGA-CAATTATCTATTTCAAATCACTATGA-CATTTTGTTTTGTCAT
* * * * * * **
16975 AAAACAAATGTTTTTGTCCATATAAGTTTGTTCAA
508 AAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCTG
* **
17010 AATAAAATAAAACTAA-TCCTTAATATTTCAAAAATTAATAA-T--AGATTTAAAAAATAAATAT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATAT
* * *
17071 ATTTATCAAACCAGTTCAAA-AGGTTATGACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATTGTTATTA
66 GTTTATCAAACCAGTTCAAATA-GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTA-TA
* * * * * * * * * *
17135 TTTTTTCTTTTGTCACAAAACAATAATTTATGTTCATAAAAACTTATTCAGATTAAAATAATTCT
129 ATTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT
* * * * *
17200 ATTTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTACAAA-ATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACT
194 AATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGTA-AAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACA
* * * * *
17264 AGATCAAATAGTCATAATTATTT-ATATAAGTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
258 AGTTCAAATAGTTATAACTATTTGA-ATAATTATTTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTG
* * * *
17328 TCATAAAA-AGATTATTT-TAGTTCATATAAGCCTA-TTCAAAGTAAAATAATA-TAAGTTATTA
322 TCATAAAATA-ATTATTTCTAGTTCATACAAGCTTATTTGAAA-TAAAATAATACTAATTTATTA
* * * * *
17389 ATATTCTAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTA-TCGAACAAGTTTAAAT
385 ATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-AAACAAGTTCAAAT
* * * * ** * * ** **
17453 AATTACGACTATTTGAACAATTATCTATTTGAAATTGCTATAACCTTTTGTTTTGTCACCAAATG
449 AGTTATGACTATTTGGACAATTATCTATTTCAAATCACTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACA
* * * *
17518 ATCTTTTTCTGTTCACATAAGCTTATTTTG
514 AT-TGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCTG
*
17548 AATAAAATAATA-TAATTTATTAATA-TT-AAGACAATTAATAGGTAAAAGATTTAAAAAATAAA
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA-A-AATTAATAAGT-AAAGATTTAAAAAATAAA
* * * ** * * *
17610 TTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATCTTTATAACTAATTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTAT
63 TATGTTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTAT
* * * *
17675 AACTTTTAGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAATTAAAATAATA
128 AA-TTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATA
* * * * * * *
17740 TTAATATATAAAAATTTTGACAAA-TAATGAGTAAAAGATTTTAAAAAA-ATATATGTTTACCGA
192 CTAATTTATTAAAA-TTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGA-TTTAAAAAATAAATATGTTTACCGA
* * * *
17803 GCAAGTTCAAATAGTCT-TGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTGTGACCTTTTGTT
255 ACAAGTTCAAATAGT-TATAACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTT
* * * * * *
17867 TTATAATAAAATAATTGTTT-TAGTTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAACAATACTAATTTAGT
319 TTGTCATAAAATAATTATTTCTAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATT
* * * *
17931 AATATTCTAAAAATTAATCAGTAAGAGAATTAAAAAATTAATCTGTTTACTAAACATGTTCAAAT
384 AATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACAAGTTCAAAT
* * * * * *
17996 AGTTATTACTATCTGGATAATTATCTATTTCAAAACATTATGATATTTTGTTTTGTCATAAAACA
449 AGTTATGACTATTTGGACAATTATCTATTTCAAATCACTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACA
* * *
18061 ATTGGTTCTGTTCATGCAAGCTTATTGTG
514 ATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCTG
* *
18090 AATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAATATTTAAAAAATAAATA
1 AATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATA
* * * * * * * * *
18154 TGTTTTTCGAA-CACGTTCAAATATTTGTCACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAGTCGTTACA
65 TGTTTATCAAACCA-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATA
** * * *
18218 ATTTTTTGTTTTGTCATAAATTAATTGTTTTTGTTCATAAAAGCTTACTCAAAATAAAATAATAC
129 A-TTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAC
* * *
18283 TAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAAC
193 TAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGA-TTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAAC
* * * * *
18348 AAGTTTAAGTAGTTATAACTCTTTGAACAATTATTTCTTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTG
257 AAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTG
* * * ** * *
18413 TTATAAAATAATTATTTCTA-TTTATGCAATTTTATTTGAGATAAAATAACACTAATTTATTAAT
322 TCATAAAATAATTATTTCTAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
** ** * *
18477 ATT-TCAAAAATTAATAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATCCATTCA-TCGAACAAGTTCAAATA
387 ATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-AAACAAGTTCAAATA
* * * * *** * *
18540 GTCATGTCCATTT-GAGCTATTATCTATTTCAAATGGTTATAACATTTTGTTTTGTCGTAAAACA
450 GTTATGACTATTTGGA-CAATTATCTATTTCAAATCACTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACA
* * * ** **
18604 ATTATTTCTATTTATACAAAATTATTCAA
514 ATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCTG
* * *
18633 AAT-AAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAGTTAATAAG---AGATTTAAAAATTAAATCT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATAT
* * * * * *
18694 ATTTATTAAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTACTTCAACAATTATCTATCTCAAATTGTTATGA
66 GTTTA-TCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAA
* * * * ** * * *
18759 TCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAGTAAAATATTGCTA
130 TTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTA
* * * * * * * * * *
18824 AATTAATAATA-TTCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCTGAGCCA
195 ATTTATTAAAATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACAA
* * * * * * *
18888 GTTCAAATAGTTA-AGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTCTAAATATTTTGTTTAG
259 GTTCAAATAGTTATA-ACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTAT-GATCTTTTGTTTTG
* * *
18952 TCATAAAATAATT-TTGC-AGTTCATACATGCTTATTCGAGAAT-AAATAATACTAATTTATTAA
322 TCATAAAATAATTATTTCTAGTTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * ** * * * *
19014 CATTCAAAAAATTAATAAACAAAAAATTTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATA
386 TATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACAAGTTCAAATA
* * ** * * * * * *
19079 GTTATGACTATTTGAACAATTATATATTT-ATAAGAAGTATGACCTTTTATTTTATCATAGAACG
450 GTTATGACTATTTGGACAATTATCTATTTCA-AATCACTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACA
* * *
19143 ATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTA-TGTG
514 ATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCTG
* ** *
19171 AAATAAAATAATATTGCTTTATTAATATTTCAAAAATTGAA-AAGATAAAGATTTAAAAAATAAG
1 -AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT-AATAAG-TAAAGATTTAAAAAATAAA
* * * * * * * *
19235 T-TAGTTTATCGAATCACTTCAAATAATTATGGCCATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA
63 TAT-GTTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTA
** * * ** *
19299 TAAACTTTGATTTTGTCTTAAAACAATTGTTTTTCATCATACAAGCCTATTCAAAAT-AAATAAT
127 TAATTTTTG-TTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAAT
* * * *
19363 AGTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAATAAATAAAT
191 ACTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
19416 CTATTTATCG
Statistics
Matches: 3576, Mismatches: 781, Indels: 366
0.76 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
526 3 0.00
527 44 0.01
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529 10 0.00
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544 70 0.02
545 2 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (542 bp):
AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATAT
GTTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAAT
TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
TTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGT
TCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCAT
AAAATAATTATTTCTAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC
TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATG
ACTATTTGGACAATTATCTATTTCAAATCACTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
CTGTTCATACAAGCTTATTCTG
Found at i:19452 original size:124 final size:125
Alignment explanation
Indices: 19317--19552 Score: 303
Period size: 125 Copynumber: 1.9 Consensus size: 125
19307 GATTTTGTCT
* * * *
19317 TAAAACAATTGTTTTTCATCATACAAGCCTATTCAAAAT-AAATAATAGTAATTTATTAATATTT
1 TAAAACAATTGTTTTACATCATACAAGCCTATTCAAAATAAAATAATAATAATTTAATAATATTC
*
19381 CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAATAAATAAATCTATTTATCGAACCAATTTCTGTTA
66 CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACCAATTTCTGTTA
* ** * * * ***
19441 TAAAATAATTGTTTTAGTTCATATAAGCTTTTTTGGAATAAAATAATAATAATTTAATAATATTC
1 TAAAACAATTGTTTTACATCATACAAGCCTATTCAAAATAAAATAATAATAATTTAATAATATTC
* * * *
19506 CAAAAATTGATAATTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTGTCGAA
66 CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAA
19553 GTGGTTCAAA
Statistics
Matches: 93, Mismatches: 18, Indels: 1
0.83 0.16 0.01
Matches are distributed among these distances:
124 29 0.31
125 64 0.69
ACGTcount: A:0.45, C:0.08, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (125 bp):
TAAAACAATTGTTTTACATCATACAAGCCTATTCAAAATAAAATAATAATAATTTAATAATATTC
CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACCAATTTCTGTTA
Found at i:20053 original size:668 final size:666
Alignment explanation
Indices: 18772--20058 Score: 1390
Period size: 668 Copynumber: 1.9 Consensus size: 666
18762 TTGTTTTGTC
* **
18772 ATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAGTAAAATATTGCTAAATTAATAATATT
1 ATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAGTAAAATAATAATAAATTAATAATATT
* * *
18837 CTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCTGAGCCAGTTCAAATAGTTAA
66 CCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTGCTGAGCCAGTTCAAATAATTAA
* *** * * *
18902 GACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTCTAAATATTTTGTTTAGTCATAAAATAATTTT
131 GACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAAAAATTATAAACATTTTGTTTAGTCATAAAACAATTTT
* *
18967 GCAGTTCATACATGCTTATTCGAGAATAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAA
196 GCAG-TCATACAAGCCTATTCGAGAATAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAA
19032 ACAAAAAATTTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
260 ACAAAAAATTTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTA-GACTATTTGAACA
* * * * * * *
19097 ATTATATATTTATAAGAAGTATGACCTTTTATTTTATCATAGAACGATTGTTTCAGTTCATAAAA
324 ATTATAAATTCATAAGAAGTATAACCTTTTATTCTATCATAAAACAATTATTTCAGTTCATAAAA
* * ** * * *
19162 GCTTATGTGAAATAAAATAATATTGCTTTATTAATATTTCAAAAATTGAAAAGATAAAGATTTAA
389 GCTTATGTAAAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTTCAAAAATTGAAAAGATAAAGAATTAA
* * * *** *
19227 AAAATAAGTTAGTTTATCGAATCACTTCAAATAATTATGGCCATTTAAACAATTATCTATTTCAA
454 AAAATAAATTACTTTATCGAACCACTTCAAATAATTAAAACCATATAAACAATTATCTATTTCAA
* *
19292 ATCGTTATAAACTTTGATTTTGTCTTAAAACAATTGTTTTTCATCATACAAGCCTATTCAAAATA
519 ATCGTTATAAACTTTGATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTAATCATACAAGCCTATTCAAAATA
*
19357 AATAATAGTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAATAAATAAATCTATTT
584 AATAAAAGTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAATAAATAAATCTATTT
19422 ATCGAACCAATTTCTGTT
649 ATCGAACCAATTTCTGTT
* * * *
19440 ATAAAATAATTGTTT-TAGTTCATATAAGCTTTTTTGGAA-TAAAATAATAATAATTTAATAATA
1 ATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTT-GAAGTAAAATAATAATAAATTAATAATA
* * **
19503 TTCCAAAAATTGATAATTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTG-TCGAAG-TGGTTCAAATAA
64 TTCCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTGCT-G-AGCCAGTTCAAATAA
* * ** * * *
19566 TTAAGACTA-TATGAACAATTATCTGTTTATAAAAAATTAT-GGCCTTTTGTTTGGTCATATAAC
127 TTAAGACTATTA-GAACAATTATCTATTT-CAAAAAATTATAAACATTTTGTTTAGTCATAAAAC
** * * *
19629 AATTTTTTTA-TCATTCAAGCCTATTTG-GAATAAAATAATACTAATTTATTAATCTTTC-AAAA
190 AA-TTTTGCAGTCATACAAGCCTATTCGAGAAT-AAATAATACTAATTTATTAA-CATTCAAAAA
** * * * *
19691 ATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACTAGTTCAAATACG-TA-ACTA
252 ATTAATAAACAAAAAATTTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATA-GTTAGACTA
* ** * * **
19753 TTTGAACAATTGTAAACTTCA-AATCATTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTATTTTTG
316 TTTGAACAATTATAAA-TTCATAAGAAGTATAACCTTTTATTCTATCATAAAACAATTATTTCAG
* * *
19817 TTCATACAATCTTAT-TCAAAATAAAATAATACTAATCTAATAATA-TTCTGAAAATT-AATAA-
380 TTCATAAAAGCTTATGT-AAAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTTC-AAAAATTGAA-AAG
* * * * * * * *
19878 CTATGAGAATTAAAAAATAAATTTCTTTGTCGAACCAGTTCAAATATTTAAAACTATATGAACAA
442 ATA-AAGAATTAAAAAATAAATTACTTTATCGAACCACTTCAAATAATTAAAACCATATAAACAA
* * * *
19943 TTATCTATTTCAAATCGTTATGAACTTTTG-TTTTAG-CATAAAATAAGTTTTTTTTGAATTTAT
506 TTATCTATTTCAAATCGTTATAAAC-TTTGATTTT-GTCATAAAACAA-TTGTTTTT-AA-TCAT
* * ***
20006 ACTAGCTTATTTGGAATAAAATAAAA-TGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA
566 ACAAGCCTATTCAAAAT-AAATAAAAGT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAA
20059 CAAAAGATTT
Statistics
Matches: 505, Mismatches: 92, Indels: 44
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
663 8 0.02
664 175 0.35
665 15 0.03
666 43 0.09
667 71 0.14
668 177 0.35
669 16 0.03
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.09, T:0.39
Consensus pattern (666 bp):
ATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAGTAAAATAATAATAAATTAATAATATT
CCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTGCTGAGCCAGTTCAAATAATTAA
GACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAAAAATTATAAACATTTTGTTTAGTCATAAAACAATTTT
GCAGTCATACAAGCCTATTCGAGAATAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAA
CAAAAAATTTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTAGACTATTTGAACAAT
TATAAATTCATAAGAAGTATAACCTTTTATTCTATCATAAAACAATTATTTCAGTTCATAAAAGC
TTATGTAAAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTTCAAAAATTGAAAAGATAAAGAATTAAAA
AATAAATTACTTTATCGAACCACTTCAAATAATTAAAACCATATAAACAATTATCTATTTCAAAT
CGTTATAAACTTTGATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTAATCATACAAGCCTATTCAAAATAAA
TAAAAGTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAATAAATAAATCTATTTAT
CGAACCAATTTCTGTT
Found at i:20261 original size:176 final size:179
Alignment explanation
Indices: 19440--20521 Score: 737
Period size: 180 Copynumber: 6.0 Consensus size: 179
19430 AATTTCTGTT
* * * * * *
19440 ATAAAATAATTGTTTTAGTTCATATAAG-CTTTTTTGGAATAAAATAATAATAATTTAATAATAT
1 ATAAAAAAATTATTTTTGTTCATATAAGTCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * * ** *** *
19504 TCCAAAAATTGATAATTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTGTCGAAGTGGTTCAAATAATTA
66 TTCAAAAATTAATAA--GAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACCAGTTCAAATAACTA
* * * * * * * *
19569 AGACTATATGAACAATTATCTGTTTATAAAAAATTATGGCCTTTTGTTTGGTC
129 TGACTATTTGAACAATTATCTATTT-CAAATAGTTAT-GACTTTTGTTTTGTC
* * * * *
19622 ATATAACAATT-TTTTT-ATCAT-TCAAG-CCTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATC
1 ATAAAAAAATTATTTTTGTTCATAT-AAGTCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * *
19683 TTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACTAGTTCAAAT-ACG
65 TTTCAAAAATTAATAAG--AGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACCAGTTCAAATAAC-
* ** * * * *
19747 TA--ACTATTTGAACAATTGTAAACTTCAAATCA-TTATAACCTTTTGTTCTATC
127 TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGA-CTTTTGTTTTGTC
* * *** * *
19799 ATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAA-TCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATCTAATAATA-
1 ATAAAAAAATTATTTTTGTTCATATAAGTCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * * * ** **
19862 TTCTGAAAATTAATAACTATGAGAATTAAAAAATAAATTTCTTTGTCGAACCAGTTCAAATATTT
66 TTC-AAAAATTAATAA-GA-GAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACCAGTTCAAATAACT
** * *
19927 AAAACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAACTTTTGTTTTAG-C
128 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATG-ACTTTTGTTTT-GTC
* * * *
19980 ATAAAATAAGTTTTTTTTGAATTTATACT-AG-CTTATTTGGAATAAAATAA-AATGAATTTATT
1 ATAAAA-AAATTATTTTTG--TTCATA-TAAGTCTTATTTGGAATAAAATAATACT-AATTTATT
* * * *
20042 AATATTTCAAAAATTAACAA-A-AGATTTCAAAAATAATTCTATTTACCTAACCAGTTCAAATAA
61 AATATTTCAAAAATTAATAAGAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACCAGTTCAAATAA
*
20105 CTATGACTATTTGAACAGTTATCTATTTCAAATAGTTAT-ATCTTTTGTTTTGTC
126 CTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGA-CTTTTGTTTTGTC
* * *
20159 ATAAAAAAAATATTTTTGTTCATATAAGTTTTGTTTGGAATAAAATAATACT-ATTCTA-TAATA
1 ATAAAAAAATTATTTTTGTTCATATAAGTCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATT-TATTAATA
** * ** * **
20222 TTTTGAAAATTAATAAGA-AGATTT-AAAAATAAATCTATTTA-TGAAATGAGTTGAAATAGTTA
65 TTTCAAAAATTAATAAGAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCG-AACCAGTTCAAATAACTA
* * *
20284 TGACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATAGTTATGACTTGTT-TTTTGTT
129 TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACTT-TTGTTTTGTC
* * * ** *
20335 ATAAAAACTAATTGTTTCTGTTCATACAA-TCTTATTCAGATTAAAATAATACTAATTTATTAAT
1 ATAAAAA--AATTATTTTTGTTCATATAAGTCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * * * ** ** *
20399 ATTTCAATAATTAGTAAGTAAAAATTTTAAAAATAAA-CATGTTTATTGAAATAAATT-AAAT-A
64 ATTTCAAAAATTAATAAG-AGAGATTTAAAAAATAAATC-TATTTACCG-AACCAGTTCAAATAA
* * *
20461 GTAATGACTATTTGAATAATTAT-TAATTTCAAATCCGTTATGACCTTTTGTTTTGTTC
126 CT-ATGACTATTTGAACAATTATCT-ATTTCAAAT-AGTTATGA-CTTTTGTTTTG-TC
20519 ATA
1 ATA
20522 TAAGCTTATT
Statistics
Matches: 717, Mismatches: 132, Indels: 100
0.76 0.14 0.11
Matches are distributed among these distances:
175 1 0.00
176 106 0.15
177 77 0.11
178 77 0.11
179 103 0.14
180 164 0.23
181 92 0.13
182 38 0.05
183 10 0.01
184 46 0.06
185 3 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (179 bp):
ATAAAAAAATTATTTTTGTTCATATAAGTCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
TTCAAAAATTAATAAGAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACCAGTTCAAATAACTATG
ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACTTTTGTTTTGTC
Found at i:20470 original size:181 final size:177
Alignment explanation
Indices: 19656--20517 Score: 480
Period size: 176 Copynumber: 4.8 Consensus size: 177
19646 AGCCTATTTG
*
19656 GAATAAAATAATACTAATT-TATTAAT-CTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
1 GAATAAAATAATACT-ATTCTA-TAATATTTTC-AAAATTAATAAG-AA-A-ATTT-AAAAATAA
* * * * * * * ** *
19719 ATTTGTTTACCGAACT-AGTTCAAATACGT-A--ACTATTTGAACAATTGTAAACTTCAAATCA-
59 ATCTATTTA-TGAAATAAATTGAAATA-GTAATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAAT-AG
* * * * * *
19779 TTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAA-TCTTATTCA
121 TTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAAAAAATATTTTTGTTCATACAAGTCTTATTCA
* * * * * *
19835 AAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTCTGAAAATTAATAACTATGAGAATTAAAAAATAAAT
1 GAATAAAATAATACTATTCT-ATAATATTTTCAAAATTAAT-A--A-GAAAATTTAAAAATAAAT
* * * ** * * * * * * *
19900 TTCTTTGTCG-AACCAGTTCAAATATTTAA-AACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA
61 CTATTTAT-GAAATAAATTGAAATA-GTAATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATAGTTA
* * ** * * * **
19963 TGAACTTTTGTTTTAG-CATAAAATAAGTTTTTTTTGAATTTATACTAG-CTTATTTG
124 TGACCTTTTGTTTT-GTTATAAAA-AAAATATTTTTG--TTCATACAAGTCTTATTCA
* * * *
20019 GAATAAAATAA-AATGAATT-TATTAATA-TTTCAAAAATTAACAA-AAGATTTCAAAAATAATT
1 GAATAAAATAATACT--ATTCTA-TAATATTTTC-AAAATTAATAAGAAAATTT-AAAAATAAAT
*** ** * * * * *
20080 CTATTTACCTAACCAGTTCAAATAACT-ATGACTATTTGAACAGTTATCTATTTCAAATAGTTAT
61 CTATTTATGAAATAAATTGAAAT-AGTAATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATAGTTAT
* * * * * **
20144 -ATCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAAATATTTTTGTTCATATAAGTTTTGTTTG
125 GACCTTTTGTTTTGTTATAAAAAAAATATTTTTGTTCATACAAGTCTTATTCA
* *
20196 GAATAAAATAATACTATTCTATAATATTTTGAAAATTAATAAGAAGATTTAAAAATAAATCTATT
1 GAATAAAATAATACTATTCTATAATATTTTCAAAATTAATAAGAAAATTTAAAAATAAATCTATT
* * * *
20261 TATGAAATGAGTTGAAATAGTTATGACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATAGTTATGA-CTT
66 TATGAAATAAATTGAAATAGTAATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATGACCTT
*
20325 GTT-TTTTGTTATAAAAACTAAT-TGTTTCTGTTCATACAA-TCTTATTCA
131 -TTGTTTTGTTATAAAAA-AAATAT-TTT-TGTTCATACAAGTCTTATTCA
* *
20373 GATTAAAATAATACTAATT-TATTAATA-TTTCAATAATTAGTAAGTAAAAATTTTAAAAATAAA
1 GAATAAAATAATACT-ATTCTA-TAATATTTTCAA-AATTAATAAG--AAAA-TTTAAAAATAAA
* * * *
20436 -CATGTTTATTGAAATAAATT-AAATAGTAATGACTATTTGAATAATTATTAATTTCAAATCCGT
60 TC-TATTTA-TGAAATAAATTGAAATAGTAATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAAT-AGT
20499 TATGACCTTTTGTTTTGTT
122 TATGACCTTTTGTTTTGTT
20518 CATATAAGCT
Statistics
Matches: 542, Mismatches: 93, Indels: 92
0.75 0.13 0.13
Matches are distributed among these distances:
175 2 0.00
176 102 0.19
177 64 0.12
178 42 0.08
179 78 0.14
180 70 0.13
181 99 0.18
182 29 0.05
183 17 0.03
184 37 0.07
185 2 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (177 bp):
GAATAAAATAATACTATTCTATAATATTTTCAAAATTAATAAGAAAATTTAAAAATAAATCTATT
TATGAAATAAATTGAAATAGTAATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATGACCTT
TTGTTTTGTTATAAAAAAAATATTTTTGTTCATACAAGTCTTATTCA
Done.