Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019168450.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_661, whole genome shotgun sequence
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Found at i:373 original size:182 final size:178
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Indices: 130--714 Score: 588
Period size: 181 Copynumber: 3.2 Consensus size: 178
120 GATTAGGTAA
* * * *
130 ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATATATAATTCTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACT
1 ACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTTATAAATATTTGAACT
* *
195 AGTTAGGTAAATAGAATTATTTTTTAAATATCTTATTTATTATTTTTTGAAATATTAGTAAATTC
66 AGTTAGGTAAATAGAATTATTTTTTAAATCTCTTA-TTATTAATTTTTG-AATATTAGTAAATT-
* * *
260 A-TTTTATTTTATTCCAAATAGGCTAGTATGAATTCAAACAAACCTCTTTTATG
128 AGTTTTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TCAAACAAA--TCTTTTATG
* * * *
313 ACAAAACAAAA-GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTTATATAGTTTTAAATATTTGAACT
1 ACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTTATAAATATTTGAACT
* * * * * * * * * *
377 TGCTCGGCAAACA-AATTTATTTTTTAATTCTCTTAGTATTAACTTTTGGAATATTATTAGATTA
66 AGTTAGGTAAATAGAA-TTATTTTTTAAATCTCTTATTATTAA-TTTTTGAATATTAGTAAATTA
* * * *
441 GTGTTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAA-CAAAAATAATTGTTTTATG
129 GTTTTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATCAAACA-AA-TCTTTTATG
* * * * * * * *
492 ACAAACCAAAAGGTTATAGCGATTTGAAGTTTACAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATT
1 ACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTTATAAATATTTGAACT
** **
557 AGTTTCGTAAATAGCTTTATTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAATATTAGTAAATTA
66 AGTTAGGTAAATAGAATTA-TTTTTTAAATCTCTTA-TTATTAATTTTTGAATATTAGTAAATTA
* *
622 GTTTTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAATC--ATCATTTTATG
129 GTTTTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TCAAA-CAAATC-TTTTATG
* * * *
673 ATAAAACAAAAAGTCATAATGATTTAAAATATATAATTGTTC
1 ACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATATATAATTGTTC
715 TGAATCACTT
Statistics
Matches: 321, Mismatches: 69, Indels: 26
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
179 23 0.07
180 56 0.17
181 147 0.46
182 81 0.25
183 14 0.04
ACGTcount: A:0.38, C:0.09, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (178 bp):
ACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTTATAAATATTTGAACT
AGTTAGGTAAATAGAATTATTTTTTAAATCTCTTATTATTAATTTTTGAATATTAGTAAATTAGT
TTTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATCAAACAAATCTTTTATG
Found at i:875 original size:164 final size:166
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Indices: 572--972 Score: 470
Period size: 164 Copynumber: 2.4 Consensus size: 166
562 CGTAAATAGC
* *
572 TTTATTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAGTAAATTAGTTTTATTTTATTT
1 TTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * * **
636 CGAATAAGCTTGTATGAACTGAAATCATCATTTTATGATAAAACAAAAAGTCATAATGATTTAAA
65 CAAATAAGCTTATATGAACTGAAAACATCATTTTATAATAAAACAAAAAGTCATAACAATTTAAA
* *
701 ATATATAATTGTT-CT-GAATCACTTCAGCAAACAA-T
130 ATAGATAATTGTTACTGGAATCACTTCAGCAAA-AAGA
*
736 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTC
1 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC
* * * * * *
801 AAATAAGCTTATATGAACT-AAAACAATTATTTTATAATAAAGCGAAAGGTTATAACAATTTGAA
66 AAATAAGCTTATATGAACTGAAAAC-ATCATTTTATAATAAAACAAAAAGTCATAACAATTTAAA
*** * *
865 ATAGATAATTGTTCAAACTGGAATTGGTTCGGTAAAAAGA
130 ATAGATAATTGTT---ACTGGAATCACTTCAGCAAAAAGA
* * * * *
905 TTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATAAATGTTTGAAATATTAACAAATTAGTATTATTTTATTTC
1 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC
970 AAA
66 AAA
973 ATAGTTGTGT
Statistics
Matches: 202, Mismatches: 27, Indels: 11
0.84 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
163 33 0.16
164 92 0.46
168 4 0.02
169 73 0.36
ACGTcount: A:0.38, C:0.08, G:0.09, T:0.44
Consensus pattern (166 bp):
TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC
AAATAAGCTTATATGAACTGAAAACATCATTTTATAATAAAACAAAAAGTCATAACAATTTAAAA
TAGATAATTGTTACTGGAATCACTTCAGCAAAAAGA
Found at i:995 original size:169 final size:169
Alignment explanation
Indices: 563--1052 Score: 418
Period size: 164 Copynumber: 2.9 Consensus size: 169
553 AATTAGTTTC
* * * * * ** *
563 GTAAATAGCTTTATTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAGTAAATTAGTTTT
1 GTAAAAAGATTTA-TTTTTTAAATCTCCTACTTATAAATGTTTGAAATATTAACAAATTAGTATT
* * * * *
627 ATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAATC-ATCATTTTATGAT-A-AAACAAAAAG-TC
65 ATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAAC--AAAACAATTATTTT-TAATAACAAAC-AAAAGTTC
** * * *** *
688 ATAATGATTTAAAATATATAATTGTT----CT-GAATCACTTCA
126 ATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAACTGGAATTGGTTCG
* * * * * * **
727 GCAAACAA-TTTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATT
1 GTAAA-AAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATAAATGTTTGAAATATTAACAAATTAGTATT
* *
791 ATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTAAAACAATTATTTTATAAT-A-AAGCGAAAGGTT-A
65 ATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAAC-AAAACAATTATTTT-TAATAACAAAC-AAAAGTTCA
*
853 TAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAACTGGAATTGGTTCG
127 TAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAACTGGAATTGGTTCG
896 GTAAAAAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATAAATGTTTGAAATATTAACAAATTAGTATTA
1 GTAAAAAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATAAATGTTTGAAATATTAACAAATTAGTATTA
* * * *
961 TTTTATTTCAAA-ATAGTTGTGTATGATA-AAAACAATTGTTTTTAATGAACAAACAAAATTTCA
66 TTTTATTTCAAATA-AGCT-TATATGA-ACAAAACAATTATTTTTAAT-AACAAACAAAAGTTCA
*
1024 TAACAATTTGAACTAAATAATTGTTCAAA
127 TAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAA
1053 TGCCCCATAA
Statistics
Matches: 271, Mismatches: 38, Indels: 27
0.81 0.11 0.08
Matches are distributed among these distances:
163 34 0.13
164 93 0.34
165 2 0.01
168 9 0.03
169 89 0.33
170 12 0.04
171 32 0.12
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (169 bp):
GTAAAAAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATAAATGTTTGAAATATTAACAAATTAGTATTA
TTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACAAAACAATTATTTTTAATAACAAACAAAAGTTCATAAC
AATTTGAAATAAATAATTGTTCAAACTGGAATTGGTTCG
Found at i:1329 original size:177 final size:179
Alignment explanation
Indices: 1143--1468 Score: 403
Period size: 179 Copynumber: 1.8 Consensus size: 179
1133 ATAAAGTAAT
* * * * * * *
1143 ATTATTTTATTTCAAATAAGCTTTTATGAATTG-GATAATGGTTTTATGA-TAAA-ACAAAGGTC
1 ATTATTTTATTTCAAACAAGCATATATGAACTGAAAAAATGATTTTATGACTAAACA-AAAGGTC
* *** *
1205 ATATTTATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTTGAT-AAACA
65 AGAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-TAACTATTTGAA-TTGGTTTG-TCAAACA
* * *
1268 GATTTAT-TTTTTAATTTCTTATGTATTAATTTTCTAAATGTAATAAATTAGC
127 CATTTATATTTTAAATCTCTTATGTATTAATTTTCTAAATGTAATAAATTAGC
* *
1320 ATTATTTTATTTCAAACAAGCATATATGAACTGAAAAAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTTA
1 ATTATTTTATTTCAAACAAGCATATATGAACTGAAAAAATGATTTTATGACTAAACAAAAGGTCA
**
1385 GAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCTGATAGTCTAACTATTTGAATTGGTTTGTCAAACACATT
66 GAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTAACTATTTGAATTGGTTTGTCAAACACATT
1450 TATATTTTAAATCTCTTAT
131 TATATTTTAAATCTCTTAT
1469 TAATTTTTAA
Statistics
Matches: 124, Mismatches: 19, Indels: 10
0.81 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
177 32 0.26
178 40 0.32
179 51 0.41
180 1 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.08, G:0.11, T:0.43
Consensus pattern (179 bp):
ATTATTTTATTTCAAACAAGCATATATGAACTGAAAAAATGATTTTATGACTAAACAAAAGGTCA
GAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTAACTATTTGAATTGGTTTGTCAAACACATT
TATATTTTAAATCTCTTATGTATTAATTTTCTAAATGTAATAAATTAGC
Found at i:2742 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 1603--3140 Score: 1325
Period size: 180 Copynumber: 8.6 Consensus size: 181
1593 TTTTGAATCT
* * * * ** **
1603 CTTATAAAATTTTGAAATATTAA-AAATTAGTATTATTTTCTTTTGAATAATTTTGTATGAATC-
1 CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAGAATAAGCTTGTATGAA-CA
* * * * * *
1666 --AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAAAAAATGATAGTTCAAATGG
65 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * ***
1729 AT-ATGACTATTTGATCTTATTCGATTAACAGATTTA-TTTTTCAATCTCCAA
130 -TCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTA
* ** *
1780 CTTATTAA-TTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCA-AATAAAATTGTAT-AAGT
1 CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCAGAATAAGCTTGTATGAA-C
* ** * * *
1842 AGAAACAATT-TTTTATGACAAAACAAAATATTATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATA
64 AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * *
1906 GTCACAACTATTTAAACTCTTTTAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTA
129 GTCATAACTATTTGAACT-TGTTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTA
* * * * * * *
1959 TTTAATAATTTTTGGAATTTTAATAAATAAGTATAATTTCATTCCGAATAAGCTT-TATGAAC-A
1 CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAGAATAAGCTTGTATGAACAA
* ** *
2022 AAACAATTGATTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTCTTCAAATAGT
66 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * *
2087 CATAAATATTTGAACGTGTTCAGA-AAATATATTTATTTTTTAAAT-TTTTA
131 CATAACTATTTGAACTTGTTC-GATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTA
* ** * *
2137 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATACCTTTA-TATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGCATGAACA
1 CTTATTAATTTTTGGAATATTAATA-AATTAGTATTATTTTATTCAGAATAAGCTTGTATGAACA
* * * * *** * * *
2201 TAACCAATTATTTTATGGA-AAAACAAAAGGTAATAATGTTTTAAAATAGATAATTGTTTAGATA
65 AAAACAATTGTTTTAT-GACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * *
2265 GTCATAACTATTTGAACATATTCGATAAATA-ATTCATTTTTTAATTCTCTTT-
129 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCT-TTTA
* * * * * *
2317 CTAATTAATTTTTGGAATATTTATAAATTAGTATTATTTTATTTCA-AATAAACATATATGAACT
1 CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCAGAATAAGCTTGTATGAACA
* * * * ** * *
2381 AAAACAATTGTTTTATTATAAAACAAAAGGTTACAATGATTTGAAATACATAATTATTCAAATAG
65 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * *
2446 TCATGACTATTTGAACTTGTTCGAAAAATATATTTATTTTTTAAAATCTTTTA
130 TCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACATATTTATTTTTT-AAATCTTTTA
* * *
2499 CTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCA-AATAAGCTTGTATGAACA
1 CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCAGAATAAGCTTGTATGAACA
* * * *
2563 AAAACAATTCTTTTATGACAAAA-TAAAGAGTCATAACAATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATA
65 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-GTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
** * * *
2627 GTCATAAAGATTTGAACTTGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTG
129 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTA
** *
2680 CTTATTAATTTTTTTAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAGAATAAGCTTCTATGAACAG
1 CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAGAATAAGCTTGTATGAACA-
* ** * * ** * * *
2745 AAGA-AATCATTTTATGACAAAACAAATGGTTATAGTAGTTTCAAATAGATAAATTGTTGAAATA
65 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGAT-AATTGTTCAAATA
* *
2809 G-----AC-A----AACTTGTTC-AGTAAACA-ATTCATTTTTTAAATCTCTTA
129 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA-TAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTA
* * * ** * **
2851 ATTATTAATTTTTGGAATATTAATAACTTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACTG
1 CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAGAATAAGCTTGTATGAACAA
* * * * *
2916 ACATAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGAT-ATGTATTCAAATAA
66 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAAT-TGTTCAAATAG
** * * * * ***
2980 TCGCAACTGTTTGATCTAGTTCGATAAACATATTTATTTTTAAAAAAATTTA
130 TCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTA
* * * * * * *
3032 GTTATTAATTATTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCGAACAAGCTTGTATGAATAA
1 CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAGAATAAGCTTGTATGAACAA
* * *
3097 AAACTATTATTTTATAAC-AAA-AAAAGGTCATAACAATTTGAAAT
66 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAAT
3141 GGTTCGATAA
Statistics
Matches: 1102, Mismatches: 212, Indels: 92
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 2 0.00
170 10 0.01
171 111 0.10
172 14 0.01
175 2 0.00
176 15 0.01
177 36 0.03
178 128 0.12
179 164 0.15
180 255 0.23
181 202 0.18
182 163 0.15
ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAGAATAAGCTTGTATGAACAA
AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
CATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTA
Found at i:2809 original size:17 final size:18
Alignment explanation
Indices: 2787--2820 Score: 52
Period size: 17 Copynumber: 1.9 Consensus size: 18
2777 TAGTAGTTTC
*
2787 AAATAGATAAA-TTGTTG
1 AAATAGACAAACTTGTTG
2804 AAATAGACAAACTTGTT
1 AAATAGACAAACTTGTT
2821 CAGTAAACAA
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 1, Indels: 1
0.88 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
17 10 0.67
18 5 0.33
ACGTcount: A:0.47, C:0.06, G:0.15, T:0.32
Consensus pattern (18 bp):
AAATAGACAAACTTGTTG
Found at i:2931 original size:352 final size:350
Alignment explanation
Indices: 1779--3140 Score: 1193
Period size: 352 Copynumber: 3.8 Consensus size: 350
1769 TCAATCTCCA
* * ** *
1779 ACTTATTAATTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAAATTGTAT-AAGT
1 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACT
** * *
1842 AGAAACAA-TTTTTTATGACAAAACAAAATATTATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATA
66 A-AAACAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAAATAATTATTCAAATA
* * * * * ** *
1906 GTCACAACTATTTAAACTCTTTTAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTATTTAATAATTT
130 GTCACAACGATTTGAACT-TGTTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTGCTTATTAATTT
* * * * * *
1970 TTGGAATTTTAATAAATAAGTATAATTTCATTCCGAATAAGCTTTATGAACAAAACAATTGA-TT
194 TTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAGAATAAGCTTTATGAACAAAA-AA-TCATTT
* * * *
2034 TATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTCTTCAAATAGTCATAAATATTTG
257 TATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATT--AA-A---ATAGACA--T-
*
2099 AACGTGTTCAGAAAATATATTTATTTTTTAAAT-TTTT
313 AACTTGTTCAGAAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTT
** * *
2136 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATACCTTTATATTATTTTA-TTCAAAATAAGCTTGCATGAAC
1 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAAC
* * * *** * * * *
2200 -ATAACCAATTATTTTATGGA-AAAACAAAAGGTAATAATGTTTTAAAATAGATAATTGTTTAGA
65 TA-AAACAATTTTTTTAT-GACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAAATAATTATTCAAA
* * * * * * * *
2263 TAGTCATAACTATTTGAACATATTCGATAAATA-ATTCATTTTTTAATTCTCTTT-CTAATTAAT
128 TAGTCACAACGATTTGAACTTGTTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCT-TTTGCTTATTAAT
* * * *
2326 TTTTGGAATATTTATAAATTAGTATTATTTTATTTCA-AATAAACATATATGAACTAAAACAATT
192 TTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCAGAATAAGC-TTTATGAAC-AAAA-AATC
* * * * *
2390 GTTTTATTATAAAACAAAAGGTTACAATGATTTGAAATACATAATTATTCAAATAGTCATGACTA
253 ATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATT-AAA-A-T-A-GAC-A
2455 TTTGAACTTGTTC-GAAAAATATATTTATTTTTTAAAATCTTTT
312 --T-AACTTGTTCAG-AAAATATATTTATTTTTT-AAATCTTTT
* *
2498 ACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACA
1 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACT
* * *
2563 AAAACAATTCTTTTATGACAAAA-TAAAGAGTCATAACAATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATA
66 AAAACAATTTTTTTATGACAAAACAAAAG-GTCATAACAATTTAAAATAAATAATTATTCAAATA
* * * *
2627 GTCATAAAGATTTGAACTTGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTGCTTATTAATTTT
130 GTCACAACGATTTGAACTTGTTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTGCTTATTAATTTT
**
2692 TTTAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAGAATAAGCTTCTATGAACAGAAGAAATCATTT
195 TGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAGAATAAGCTT-TATGAACA-AA-AAATCATTT
* * * * *
2757 TATGACAAAACAAATGGTTATAGT-AGTTTCAAATAGATAAATTGTTGAAATAGACA-AACTTGT
257 TATGACAAAACAAAAGGTTATAATGA-TTTGAAATAGAT-AATTATTAAAATAGACATAACTTGT
* * * *
2820 TCAGTAAACA-ATTCATTTTTTAAATCTCTT
320 TCAGAAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTT
* * * ** *
2850 AATTATTAATTTTTGGAATATTAATAACTTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACT
1 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACT
* * * * *
2915 GACATAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGAT-ATGTATTCAAATA
66 AAAACAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAAATAAT-TATTCAAATA
* * * * * ** *
2979 ATCGCAACTG-TTTGATCTAGTTCGATAAACATATTTATTTTTAAAAAAATTTAG-TTATTAATT
130 GTCACAAC-GATTTGAACTTGTTCGATAAACATATTTATTTTT-TAAATCTTTTGCTTATTAATT
* * * * * * *
3042 ATTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCGAACAAGCTTGTATGAATAAAAACTATTAT
193 TTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAGAATAAGCTT-TATGAACAAAAA--ATCAT
* * **
3107 TTTATAAC-AAA-AAAAGGTCATAACAATTTGAAAT
255 TTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAAT
3141 GGTTCGATAA
Statistics
Matches: 824, Mismatches: 143, Indels: 83
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
350 18 0.02
351 8 0.01
352 211 0.26
353 22 0.03
354 13 0.02
355 1 0.00
356 1 0.00
357 18 0.02
358 100 0.12
359 85 0.10
360 82 0.10
361 11 0.01
362 139 0.17
363 108 0.13
364 7 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (350 bp):
ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACT
AAAACAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAAATAATTATTCAAATAG
TCACAACGATTTGAACTTGTTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTGCTTATTAATTTTT
GGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAGAATAAGCTTTATGAACAAAAAATCATTTTATG
ACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTAAAATAGACATAACTTGTTCAGAA
AATATATTTATTTTTTAAATCTTTT
Found at i:3697 original size:180 final size:178
Alignment explanation
Indices: 3146--4859 Score: 880
Period size: 180 Copynumber: 9.7 Consensus size: 178
3136 GAAATGGTTC
* *
3146 GATAAATAGATTTATTTCTTTAAA-C-C-T-CTTATTAA-TTTT-GAATATTAGTATATTAGTAT
1 GATAAATAGATTTATTT-TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTATTAAATTAGTAT
* ** * * * * * *
3205 T-TTTTTTCCAAACAAACTTATATGAATA-AAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
65 TATTTATTCTGAATAAACTTGTAT-AA-ACAAAATAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAAGTAATA
** * *
3268 ACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA-TTCATAATTATTTGAACT-AGTT
127 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTT-ATAATTATTTAAACTGATTT
* * * * * * * *
3319 AAGTAAACAAAATTATTTTTTAAATC-CTTTACATATTAATTTCTAAAATATTAATAAATTCA-T
1 GA-TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTTTTAGAATATTATTAAATT-AGT
* * * * *** *
3382 TTTATTTTATTATGAATAAGCTAGTATGAATTGAAA-AATTATTTTATG----AC-AAAA-TAA-
63 ATTA-TTTATTCTGAATAAACTTGTAT-AAACAAAATAATTGTTTTATGACAAACAAAAAGTAAT
* ** * *
3439 AAGTGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCT-TAATTATTGGAA-TTAGTT
126 AA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-TATAATTATTTAAACTGATTT
* * * * * * *
3492 CAGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTAGATTATTATTATATTAGTAT
1 GA-TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTATTAAATTAGTAT
* * * *
3557 TATTTCATT-TGAATAAACTTGTATAAACAAAAGTAATTGTTTTATGACAGAACACAAGGTTAGA
65 TATTT-ATTCTGAATAAACTTGTATAAACAAAA-TAATTGTTTTATGACA-AACAAAAAGTAATA
* * * *
3621 ATGATTTGAAGTATACAATTATTCAAATAGTTATAATTATTTAAACTGATTT
127 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTAAACTGATTT
* * *
3673 GATAAATAGATTTATTTGTTAAATCT-TATACTTATTAAATTTTTA-AAGATTACTAAATTAGTA
1 GATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCT-TACTTATT-AATTTTTAGAATATTATTAAATTAGTA
** *
3736 TTATTTATTCTGAATAAACTTGTATGATAA-AAAATAATTGTTACATGACAAACAAAATGTAATA
64 TTATTTATTCTGAATAAACTTGTAT-A-AACAAAATAATTGTTTTATGACAAACAAAAAGTAATA
** * * ** *
3800 ACAATTTTGGAAATAGATAATTGTTGAAATGGCCATAATTATTTGAACTGATTT
127 ATGA-TTT-GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTAAACTGATTT
* * *
3854 GGTAAATGGATTTATTTTTTAAA--TC--ACTTATTAATTTTTAGAATATTAAT-AATTAGTATT
1 GATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTATTAAATTAGTATT
* * * * * * * *
3914 ATTTAATTTTGAACAAGCTTGTGTGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAA
66 ATTT-ATTCTGAATAAACTTGTATAAAC-AAAATAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAAGTAATAA
* * * *
3979 TGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCT-TAATTGTTTAAACCGCTTT
128 TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-TATAATTATTTAAACTGATTT
* * *
4030 GACAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTT-GAAATATTATTAAATTAGTAT
1 GATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTATTAAATTAGTAT
** * * * * * * * **
4094 TATTTTATTCTGAATATGCTTATATGAACTGAAAAT--TTATTTTATAATAGAATAAAAGGTTGT
65 TA-TTTATTCTGAATAAACTTGTATAAAC--AAAATAATTGTTTTATGACA-AACAAAAAGTAAT
* * * *
4157 AACGATTTGAAATAGATAA-TGTTCAAATAG----GA--A-CT-AA-T-A-TA
126 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTAAACTGATTT
* ** * *
4198 G-TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACAAATTACTTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATT
1 GATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTATTAAATTAGTATT
** * * ** **
4261 ATTTCATTCTGAATAGGCTTATATGATGAAAACTAATTGTTTTATGACAAAC-AAAAGTTTGTAA
66 ATTT-ATTCTGAATAAACTTGTATAAACAAAA-TAATTGTTTTATGACAAACAAAAAG-TAATAA
* * * * ** * *
4325 TAATTTGAAATAGATAATTATTTGAAA-GGCAATAGTTATTTGAA-TCGATTT
128 TGATTTGAAATAGATAATT-GTTCAAATAGTTATAATTATTTAAACT-GATTT
* * * * * * *
4376 GATAAATTGACTTATTTTTTAAATTTCTAACTTATCAATTTTT-GAACTATTAATAAAGTAGTAT
1 GATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAA-TATTATTAAATTAGTAT
* * * * * * * *
4440 TATTTTATT-TCAGATAAATTTTTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGT-AT
65 TA-TTTATTCTGA-ATAAACTTGTATAAAC-AAAATAATTGTTTTATGA-CAAACAAAAAGTAAT
* * * * * * * * * * *
4503 ATTTATTTTAAATAGATAATTATTTAAAAAGTCATAACTATTTAAACTTACTC
126 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTAAACTGATTT
* * * * *** * * * *
4556 CATAAACAAATTTATTTTTTAAAAT-TTTTTGGTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTCGTAT
1 GATAAATAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTATTAAATTAGTAT
* * * * * * *
4620 TATTTTATT-TCAAATAAGCTTGTATGAACTTAAAAAAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCA
65 TA-TTTATTCT-GAATAAACTTGTATAAAC--AAAATAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAAGTAA
* * * * * * * * * *
4684 CAATGATTTAAAATAGATAATTGCTCTAATAATCT-TAACTATTTGAATTGGTTC
125 TAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-TATAATTATTTAAACTGATTT
** * * * * * *
4738 GGCAAACATATTTATTTTTTATATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTATTAATTTAGCAAT
1 GATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTATTAAATTAGTATT
* ** * * * * *
4803 ATTTTACTCCAAATGAGCTTGTGTGAACAAAACAATTGTTTTATGACCAAACAAAAA
66 A-TTTATTCTGAATAAACTTGTATAAACAAAATAATTGTTTTATGA-CAAACAAAAA
4860 TCTTAACAAT
Statistics
Matches: 1189, Mismatches: 262, Indels: 173
0.73 0.16 0.11
Matches are distributed among these distances:
164 4 0.00
165 8 0.01
166 63 0.05
167 47 0.04
168 7 0.01
171 7 0.01
172 21 0.02
173 116 0.10
174 20 0.02
175 9 0.01
176 77 0.06
177 55 0.05
178 24 0.02
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180 348 0.29
181 176 0.15
182 118 0.10
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (178 bp):
GATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTATTAAATTAGTATT
ATTTATTCTGAATAAACTTGTATAAACAAAATAATTGTTTTATGACAAACAAAAAGTAATAATGA
TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTAAACTGATTT
Found at i:4333 original size:166 final size:167
Alignment explanation
Indices: 4037--4342 Score: 422
Period size: 166 Copynumber: 1.8 Consensus size: 167
4027 TTTGACAAAC
* *** * *
4037 AGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAT
1 AGATTTATTTTTTAAATCTCCTACAAATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTCAT
* * * *
4102 TCTGAATATGCTTATATGAACTGAAAATTTATTTTATAATAGAATAAAAGGTTGTAACGATTTGA
66 TCTGAATAGGCTTATATGAACTGAAAATTTATTTTATAACAGAACAAAAGGTTGTAACAATTTGA
4167 AATAGATAATGTTCAAATAGGAACTAATATAGTAAAT
131 AATAGATAATGTTCAAATAGGAACTAATATAGTAAAT
*
4204 AGATTTATTTTTTAAATCTCCTACAAATTACTTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTCAT
1 AGATTTATTTTTTAAATCTCCTACAAATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTCAT
* * * *
4268 TCTGAATAGGCTTATATG-A-TGAAAACTAATTGTTTTATGACA-AACAAAAGTTTGTAATAATT
66 TCTGAATAGGCTTATATGAACTGAAAA-T--TTATTTTATAACAGAACAAAAGGTTGTAACAATT
4330 TGAAATAGATAAT
128 TGAAATAGATAAT
4343 TATTTGAAAG
Statistics
Matches: 121, Mismatches: 15, Indels: 7
0.85 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
164 6 0.05
165 2 0.02
166 71 0.59
167 42 0.35
ACGTcount: A:0.40, C:0.06, G:0.11, T:0.43
Consensus pattern (167 bp):
AGATTTATTTTTTAAATCTCCTACAAATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTCAT
TCTGAATAGGCTTATATGAACTGAAAATTTATTTTATAACAGAACAAAAGGTTGTAACAATTTGA
AATAGATAATGTTCAAATAGGAACTAATATAGTAAAT
Found at i:4776 original size:182 final size:179
Alignment explanation
Indices: 4387--4858 Score: 450
Period size: 182 Copynumber: 2.6 Consensus size: 179
4377 ATAAATTGAC
* * *
4387 TTATTTTTTAAATTTCTAACTTATCAA-TTTTTGAACTATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTC
1 TTATTTTTTAAA-TTCTTACTTATTAATTTTTTGAA-TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC
* ** * * * * * *
4451 AGATAAATTTTTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGA-TAAAACAAAAGGTATATTTATTTTAAA
64 AAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACT-AAACAAAAGGTACAATGATTTAAAA
* *
4515 TAGATAATTATTTAAAAAGTCATAACTATTTAAACTTACTCCATAAACAAAT
128 TAGATAATTATCTAAAAAGTCATAACTATTTAAACTTACTCCACAAACAAAT
* *** * *
4567 TTATTTTTTAAAATTTTTTGGTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTCGTATTATTTTATTTCA
1 TTATTTTTT-AAATTCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCA
* *
4632 AATAAGCTTGTATGAACTTAAAAAAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCACAATGATTTAAAA
65 AATAAGCTTGTATGAAC-TAAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGT-ACAATGATTTAAAA
* * * * ** ** *
4697 TAGATAATTGCTCTAATAA-TCTTAACTATTTGAA-TTGGTTCGGCAAACATAT
128 TAGATAATT-ATCTAAAAAGTCATAACTATTTAAACTT-ACTCCACAAACAAAT
* * * * * * * *
4749 TTATTTTTTATATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTATTAATTTAGCAATATTTTACTCCA
1 TTATTTTTTAAAT-TCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCA
* * *
4814 AATGAGCTTGTGTGAAC-AAAACAATTGTTTTATGACCAAACAAAA
65 AATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAA
4859 ATCTTAACAA
Statistics
Matches: 234, Mismatches: 50, Indels: 16
0.78 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
180 81 0.35
181 43 0.18
182 104 0.44
183 6 0.03
ACGTcount: A:0.39, C:0.09, G:0.08, T:0.43
Consensus pattern (179 bp):
TTATTTTTTAAATTCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAA
ATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTACAATGATTTAAAATAG
ATAATTATCTAAAAAGTCATAACTATTTAAACTTACTCCACAAACAAAT
Found at i:5178 original size:321 final size:325
Alignment explanation
Indices: 4557--5196 Score: 731
Period size: 321 Copynumber: 2.0 Consensus size: 325
4547 AACTTACTCC
* ** * * *
4557 ATAAACAAATTTATTTTTTAAAATTTTTTGGTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTCGTATTA
1 ATAAACAAATTTAGTTTTTAAAATTTTTT-GTATTAATTTTTAAAATATTAAAAAATTAGTATTA
* *
4622 TTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTTAAAAAAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCACAA
65 TTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAC-TAAAAAAATTATTTTACGACAAAACAAAAGGTCACAA
* * * * *
4687 TGATTTAAAATAGATAATTGCTCTAATAATCTTAACTATTTGAATTGGTTCGGCAAACATATTTA
129 TGATTTAAAATAGATAATAGCTCAAATAATCATAACTATTTGAATTGGTTCGACAAACAAATTTA
* ** *
4752 TTTTTTATATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTATTAATTTAGCAATATTTTACTCCAAAT
194 TTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAATTTAGCAATATTTTACTCCAAAT
* ** * * **
4817 GAGCTTGTGTGAACAAAACAATTGTTTTATGACCAAACAAAA-ATCTTAACAATTTGAACTGGTT
259 AAAATTGTATGAACAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATAATAACAATTTGAACTGGTT
4881 CG
324 CG
*
4883 ATAAACAGATTTAGTTTTT-AAA-TTTTT-TATTAATTTTTAAAATATTAAAAAATTAGTATTAT
1 ATAAACAAATTTAGTTTTTAAAATTTTTTGTATTAATTTTTAAAATATTAAAAAATTAGTATTAT
* ** * * * *
4945 TTTA-TTCTTAATAATTTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTACGACAAAACAAAATGTCATAA
66 TTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAACTA-AAAAAATTATTTTACGACAAAACAAAAGGTCACAA
* * * * **
5008 TGATTTGAAATAGATGATAGTTCAAATGAA-CATGACTATTTGAACTT-GTTCGATTAACAAATT
129 TGATTTAAAATAGATAATAGCTCAAAT-AATCATAACTATTTGAA-TTGGTTCGACAAACAAATT
* * * ** * *
5071 TATTTTTTAAATCTCCAATTTATTAATTTTTAGAATATTAAT-ATATTAGTATTATTTTGTTTCG
192 TATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAT-TTAGCAATATTTTACTCCA
* *
5135 AATAAAATTGTATGAATAGAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATAATAACAATTTGAA
256 AATAAAATTGTATGAACAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATAATAACAATTTGAA
5197 ATAAATAATT
Statistics
Matches: 261, Mismatches: 47, Indels: 16
0.81 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
320 4 0.02
321 166 0.64
322 66 0.25
324 5 0.02
325 3 0.01
326 17 0.07
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (325 bp):
ATAAACAAATTTAGTTTTTAAAATTTTTTGTATTAATTTTTAAAATATTAAAAAATTAGTATTAT
TTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTAAAAAAATTATTTTACGACAAAACAAAAGGTCACAATG
ATTTAAAATAGATAATAGCTCAAATAATCATAACTATTTGAATTGGTTCGACAAACAAATTTATT
TTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAATTTAGCAATATTTTACTCCAAATAA
AATTGTATGAACAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATAATAACAATTTGAACTGGTTCG
Found at i:5228 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 4863--6626 Score: 1336
Period size: 181 Copynumber: 9.9 Consensus size: 180
4853 ACAAAAATCT
* * * * *
4863 TAACAATTTGAACTGGTTCGATAAACAGATTTAGTTTTTAAA--TTTT--TTATTAATTTTTAAA
1 TAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-GA
* * ** * *
4924 ATATTAAAAAATTAGTATTATTTTA-TTCTTAATAATTTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTAC
65 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTAT
* * *
4988 GACAAAACAAAATG-TCATAATGATTTGAAATAGATGATAGTTCAAAT-GAACA
129 GACAAAACAAAA-GATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCA
* * *** *
5040 TGACTATTTGAACTTGTTCGATTAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCAATTTATTAATTTTTAGA
1 TAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-GA
* * ** *
5105 ATATTAATATATTAGTATTATTTTGTTTCGAATAAAATTGTATGAATAG-AACAATTGTTTTATG
65 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATG
* ** *
5169 ACAAAACAAAAGATAATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCA
130 ACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * * *
5220 TAACTATTTAAACTTGCTT-GGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTTTTATTTAATAATTTTTGG
1 TAACTATTTGAACTTG-TTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-G
* * * *
5284 AATTTTAATAAATTAGTATTATTTTTATTTCGAATAGGCTTTTATGAATAGAAACAATTAATTTA
64 AATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTA
* * * * *
5349 TGACAAAACAAAAAGGTCATAATGACTTGAAATAGATAATTCTTTAAATAGTTA
128 TGACAAAAC-AAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * ** * * *
5403 TAACTA-TTCAAATGTGTTTAAAAAACATATTTATTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGA
1 TAACTATTTGAACT-TGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG-
* * * *
5466 AATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGCATGAACA-AAACCAATTGTTTT
64 AATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-CAATTATTTT
* *
5529 ATCACAAAA-AAAAGTTCATAAT-ATTTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
127 ATGACAAAACAAAAGATCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* ** * * * *
5582 TAACTATTTGAACATGTTC-AGTAAACATGTTCATTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTGG
1 TAACTATTTGAACTTGTTCGA-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-G
* * * * *
5646 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATAAACT-GAAACAATCATTTTA
64 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTTA
* * * **
5710 TTG-CAAAACAAAA-AGTCACAATGATTTAAAATAGATAATTATTTGAATAGTCA
128 -TGACAAAACAAAAGA-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * *
5763 TGACTATTTGAACTTGTTC-AGTAAGCATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT-ATTTATTG
1 TAACTATTTGAACTTGTTCGA-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTT-TTG
* * * * * *
5826 AAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-ATCTATATAAGCTTATAT-AATCAAAAACAATTGTTT
64 -AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGA-ATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTATTT
* * * *
5889 TATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTAAAATA-AAAATTTGTTCAAATAGTCA
126 TATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAA-TTGTTCAAATAGTCA
** * *
5944 TAAAGATTTGAATTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATATTTTACTTATTAA---TTG--
1 TAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAA
* * * * *
6004 TA--AAT---TT-TTATTATTTTATTT-GAAATAAGCTTGTATAAATATAAAAAAATCATTTTAT
66 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTGTATGAATA-GAAACAATTATTTTAT
* * * * ** * * *
6062 GATAGAACAAAAGGTTATAGCGATTTCAAATAGATAATTGTTGAAATAGTTA
129 GACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * * * * * **
6114 TAATTATTT-AGACTTGTTCGGTAAATATATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTCAA
1 TAACTATTTGA-ACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT-TG
* * * * ** * * * *
6178 AACATTAATAACA-TAGTAATACTTTATTTCAAATAATTTTATATGAATTGAAATATATTTTTTT
64 AATATTAATAA-ATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACA-ATTATTTT
* * * *
6242 ATGACAAAAGAAAAGATCATAATGGTTTGAAATAGATATTTATTCAAATAGTCA
127 ATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * ** * * * ** **
6296 TGACTATTTGATCAAGTT-TAGTAAATATATTTATTTTAAAAAAT-TTTTACTTATTAATTGTCA
1 TAACTATTTGAACTTGTTCGA-TAAACAAATTTATTTT-TTAAATCTTTTACTTATTAATT-TTT
* * * * * * *
6359 AAATATTAATAAATAAGTATTATTTTAATCCAAAGAAGCTTGTATGAATAGAAACTATTATTTTA
63 GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTA
* * ** * ** *
6424 TGATAGATA-AAAAG-TCATAACAATTTGAAATAAATAATTCCTCAAATAGTTA
128 TGACA-AAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * *
6476 TAACTATTTGAACTGGTTTGATAAATAAATTTATTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTTGAA
1 TAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG-A
* * * * * * * * * * *
6537 ATATTAATAGATTAGTATTTTTTTATTTTG-ATCAAACTTATATAAACAAAAATATTTATTTTAC
65 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAAT-AAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTAT
* * *
6601 AACAAAACAAAAGGTCATAAGGATTT
129 GACAAAACAAAAGATCATAATGATTT
6627 TGTCACAAAA
Statistics
Matches: 1257, Mismatches: 259, Indels: 142
0.76 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
169 23 0.02
170 103 0.08
171 3 0.00
173 4 0.00
175 6 0.00
176 64 0.05
177 47 0.04
178 8 0.01
179 74 0.06
180 271 0.22
181 365 0.29
182 219 0.17
183 70 0.06
ACGTcount: A:0.41, C:0.07, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
TAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAA
TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGA
CAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
Found at i:6964 original size:119 final size:119
Alignment explanation
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6734 ATTAAACAAG
* *
6744 TTCAAATAGTTATGGCTATTTGAACAATTATCTATTTCAATTTGCTATAACCTTTTGTATTGCCA
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*
6809 TAAAATAATTTTTCTATTCATACAAGCTTATCTCAAATCTATTTACTGAATAAT
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* * * * * *
6863 TTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGCTATAACCTTTTGTATTGCCA
* *
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66 TAAAACAATT--TTTCTATTCATACAAGCTTATCTCAAAT
6966 TAAAATAATA
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TAAAACAATTTTTCTATTCATACAAGCTTATCTCAAATCTATTTACTGAATAAT
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6833 AGCTTATCTC
* * * * * * *
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* * *
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* * ** * *
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* * * * * *
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* * * ** * * *
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* * *
7154 AATACTAACTTATTACTATTTCAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAAT
130 AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* * *
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1 AAATCTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGT
* *** * *
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* * * * * *
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* * ** * * * **
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1 AAATCTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGT
* * ** * * * *
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66 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATA
* * * *
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* * ** * * * *
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** * ** *
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* *
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* * * * * *
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1 AAATCTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGT
* * * *
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* * ** * * *
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* * * * *
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1 AAATCTGTTTA-CTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCG
* * * * ** * *
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65 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACA-AGCTTATTCAAAAT-AAA
* * * *
8041 ATAATATTATTTTATTAACA-TTCAGAAAATTAATAAGCAAGCA-ATTTAAAAACAT
128 ATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGTAAG-AGATTTAAAAA-AT
* * * ** *
8096 AAATCTGTTAACCAAACAAGTTTAAATAACTATGACTATTTGAACAATTATC-ATTTTAAAATCG
1 AAATCTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATCG
* * * * *
8160 TTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTCAT-TTCATAAAACCTTATCCAAAATAAAA
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* * * ** * *
8224 TAATATTACTTTATTAATATTTCAAAAATTGAA-AATTTGGAAATTTAAAACAT
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** * * * * *
8277 AAATCAATTTATTCAATCAA-TTCAAATAGTTATGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
1 AAATCTGTTTACT-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCG
* * * ** * * * *
8341 TTTTGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATCATACAAGCCTATTTAGAATAAAAA
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*
8406 AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGGAGA-TT-----AT
130 AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* * * * * * *
8452 ---T-TGTTTACTGAGCCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAGTGGT
1 AAATCTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGT
* * * *
8513 TATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTATGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATA
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* ** * * * * *
8578 ATATTAAACTAATAATATTAT-GAAAATTAATAATTATGAGATTT-GAAAAT
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* ** * * * * * * **
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1 AAATCTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCG
* * * * * * *
8692 TTATGTA-CTTTTGTTTTGTCGTAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTTAAAATAAAA
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* * **
8756 TAATATTGATTTATTAATATTTTGAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAAT
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* * * * * * * * * *
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1 AAATCTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGT
** * * * * * *** *
8870 TATGACGATTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTGATACAATCTTATTTGGAATAAAGTA
66 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATA
* * * *
8935 ATGCTAATTTATTAATA-ATCTAAAAATTAATAAGTAACAGATTTAAATAAT
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* ** * * * * * *
8986 GAATCTGTTCGCCT-GACCAGTGCAAATAGTTATGACTGTTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA
1 AAATCTGTT-TACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCG
* * * *
9050 TTATGACCTTTTATTTTGTCACAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAACTTATTCAAAATAACAT
65 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAAT
* * * *
9115 AATTCTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAACT
130 AATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* * * *
9167 GAATTTGTTTA-TCGAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCG
1 AAATCTGTTTACT-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCG
** * * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * *
9348 AAATCTGTTTA-TCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATTAA-TATTTATTTCAAATC
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* * * ** *
9411 ATTATGACCTTTTGTTTTGCCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGGATTAAAA
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* * ** * * *
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* * * * * * * * *
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1 AAATCTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGT
** * * * *
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* * * *
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* * * *
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1 AAATCTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA-TTATCTATTTCAAATCG
* * * **
9773 TTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATAT-TGAATAAAA
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** * *
9837 TAATAGAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTTAAAAAT
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* * * *
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1 AAATCTGTTTACTAAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC-AAATC
* * * * * **
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64 GTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAA
* * *
10018 TAATACTATTTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
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* ***** * * * *
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1 AAATCTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGT
* * * * * * *
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* * *
10201 ATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAACTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAAT
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* * ** * * * * * * * *
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1 AAATCTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGT
* * * **
10317 TATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTGTTCATGCAAAATTATTCAAAATAAAATA
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* * ** *
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* *
10429 AAATCTATTTACTGAAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATCTT-AAATC
1 AAATCTGTTTACT-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAATC
* * * * * * * * *
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*
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* * * * * **
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1 AAATCTGTTTACT-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTA-TTTG--A-ACAATTATCTATTTCAA
** * ** * * * **
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* * * * * * *
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* *
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* * *** * * *
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1 AAATCTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGT
* * * * *** *
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66 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATA
* * *
10954 ATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAAT
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* * * * * * *
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1 AAATCTGTTTACT-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCG
* * * * * ** * *
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65 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAAT
* * * ** *
11134 AATATTTATCTATTAATATTTTGAAAA-T--TAA-TAAGAGATTT-AAAACT
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* ** * * * *
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* * * * *
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* * *
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* * ** * * * *
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* * ** * * ** ** * *
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* * *
11489 TAACACTAATTTATTAACA-TTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAGAT
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* * * * * * *
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* *
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* * ** * * * * *
11726 AAAACTATTTTTTGAATCAA-TTTAAATAGTTATGACTAGTTAAACAAATATC-ATTCTCAAA-C
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* * * * * *** *
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* * *
11846 TAATAATAATTTA-TAAGATTTTAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAAT
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* * * * * * * * * *
11894 AAATATGTTTGCTGAACTAGTTCGAATAATTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCAT
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* * * * ** * * * *
11959 TTTAATCATTTGTTTAATCATATAATAATTGTTT-TAGTTCATACAAACTTATTCTAAATAAAAT
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*
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Statistics
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* * * *
8297 TTCAAATAGTTATGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTTTGAACTTTTGTTTTGTCA
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* ** *
8362 TAAAACAATTGTTTTTCATCATACAAGCCTATTTAGAATAAAAAAATACTAATTTATTAATATT-
66 TAAAACAATTGTTTTTCATCATACAAGCCTATTGAGAATAAAAAAATACTAAACTAATAATATTA
8426 TCAAAAATTAATAAGTAGGAGATTATTTGTTTACTGAGCCAG
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* * **
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** * * *
8532 ATAAAACAATT-TTTTATGTTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATATTAAACTAATAATA
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* * *
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* * * *
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* * * * * * * *
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* ** * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * * * * *
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* * * * ** *
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* * * * *
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* * * * * *
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* ** * * * * *
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* * * * * * * * **
8062 TCAGAAAATTAATAAGCAAGCA-ATTTAAAAACATAAATCTGTTAACCAAACAAGTTTAAATAAC
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* * *
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* * * * *
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* ** ** *
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* * * * *
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** * * *
8427 CAAAAATTAATAAGTAGGAGA--T------T--ATTTGTTTA-CTGAGCCAGTTCAAATAATTAT
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* * * * * *
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* ** * * * ** *
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* * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * *
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* * *** ** *
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* * *
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* * * *
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66 TAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-
* * * *
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* * * * * *
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* * *
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* *
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1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-TAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
* ** * * *
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* * * * * *
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* * * * *
9625 ATC-ATTTCATATAGGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATACTCTAAAAATTAAT
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* * * *
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*
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* * *
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* *
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191 TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC-AAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAAT
* * * * * *
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255 TGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTA
* * ****
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* * * * *
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* * * * * *
10155 ATAAAGCAATTGTTTCTATTAACATAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
65 ATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * ** * * * * *
10220 CTAAAAACTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATTTGCTTACCGAACAAGTTTAAATAATCAT
130 -TAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTAT
* * * * * * *
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* * ** * * *
10350 TCTGTTCATGCAAAATTA-TTCAAAATAAAATAATACTAATCTACTAATATTTTGAAAATTAATA
259 TCTATTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATA
* *
10414 AG----AGATTTAAAAACTAAATCTATTTACTGAAAC-AG
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* *
10449 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATCTT-AAATCGTTATG--CTTTTCATTTTGT
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTAT-TTCAAATCATTATGACCTTTT-GTTTTGT
* * * * * * * * *
10511 CACAAAAAAATTGTTTCTTTTCGTACCAGCTTATTTAGATTAAAATAATACTAATTTAATAATAT
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* * * * * *
10576 TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGTCAAACTAGGTCAAATAGTTA
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* ** * * ** * *
10641 AGACTATTTTGTCATA-AAACA-C-A-TTCAAAGTTATTATTAGTTAAACAATTATTTATTTCAA
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* ** * * * *
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* * * * *
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*
10832 TTA-CTAAGCAAG
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*** * * * *
10844 TTCAAATAGTTATGACTGGATGAACAAGTATTTATTTCAAAT-AGTTATGATCTTTTGTTTTGTC
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * *** *
10908 ATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGTTTATTTGGAATAAAAGAATACTAATTTATTAATATT
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* ** * * *
10973 TTAAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAAATAAGTTCAAATAGTCAT
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* * * * * *
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* * ** * * * *
11103 TCTATTTATGCAAAATTATTT-AGAATAAAATAATATTTATCTATTAATATTTTGAAAATTAATA
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* * * *
11167 AG----AGATTTAAAACTAAATCTATTTTTTGAAACAA-
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* * *
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* * * * *
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* * *
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** * * * * * * *
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* * ** * * * *
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* * **
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* * * * *
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*** * * * * * * * *
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* * ** * * * *
11685 CTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAACTAAAACTATTTTTTGAATCAA-TTT
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* * * ** * *
11749 AAATAGTTATGACTAGTTAAACAAATATC-ATTCTCAAA-CATTATGATC-TTTGTTTTCTC-TA
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* ** * * *
11810 AAATAATTGTTTCTGA-TCAT----GCTTATTT-GGATTAAATAATAATAATTTA-TAAGATTTT
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* * * *
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* * * * * * * * **
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* * * * *
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** * * *** *** * * * *
12043 TATTTATTTCAA-ATTGTTATAACTTTTTGTTCAAAT-AGTTAAGACTATAT-GAACAA-TT-AT
130 TA-AAAATT-AATA-AG-TA-AAAGATTT-AAAAAATAAATT-TG--TTTATCGAACAAGTTCAA
* * * * * ** ** ** * * **** **
12103 TTA-TTCA-AAGTGTTATG-AC--TT-T-TATTT-TAGCTCATACAAGCGCATTCGAAACAGAAT
186 ATAGTT-ATGACTATT-TGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA-C-CTTTTGTTTTATCAT
* * * * * * ** * * *
12160 AAAACTAATT-TATTAATATTTCA-A-AA-ATT-TAT-AAGTAAAAGATTTAGAAAATAATT-CT
247 AAAAC-AATTGT-TT-CTA-TTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATA-ATACTAATTTATTAAT
* ** * * *
12218 A-TTACGAAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAAT-AATCTATTTCAAATCATTAA-T
307 ATTTA--AAA--A-TT--AATAAGTA-AAAGATTT-AAAAATAAATCTGTTT---ATCA--AACA
*
12280 AC
358 AG
**** * ** * * ** * *
12282 TTTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTG-TTAATATAAGTTTGTTCAAAATAAAATAATACT-A
1 TTCAAATAGT--TATGAC-----TATTTGAATAAT-TATCTAT-TTC-AAAT--CAT--TA-TGA
* * * * * **** * * * * ****
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* * * * * * * * ** * **** * *
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* * *** * ** * ** * * *
12469 TTG-TCATCAAACAA-TT-GGTTATGTTCAT-ACTATTTTATTTGGAATAAAATAATACTAATT-
165 TTGTTTATCGAACAAGTTCAAATA-GTT-ATGACTATTTGA---ACAATTATCTATTTCAAATTG
* * ** ** * * * *
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* ** * * *
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12715 TTCAAATAATTA-AAGCTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTTTTTACCTTTTGTTTAGT
1 TTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * * * * *
12779 CATAAAATATTTGTTTCAT-ATCTTACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATCCAAATTTATTGACA
64 CATAAAACAATTGTTTC-TGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * * *
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* * * * **
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* * * * * *
13033 ATTAATAAGTAAGAG-TTTAAAAAAATAATTTTTTTTACCAAACAAA
315 ATTAATAAGTAAAAGATTT--AAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAG
** * ** * *
13079 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACGATTGTCTATTGAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTTA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * *
13144 CAAAATAATTGTTTCAT-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATGATACTAATTTATTAATATT
66 TAAAACAATTGTTTC-TGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * * * *
13208 CTAAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAGTGAATCTGTTTA-CCATATC-AGTTTAAATAATT
130 -TAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGA-A-CAAGTTCAAATAGTT
* * * * * * ** * ** * *
13267 ATGGCCATTTCAATAATTATGTATTTCGAATCATTATTACCTTTTGTTTGGTTATATAACAATTG
192 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTG
* ** * * * *
13332 TTT-TTTATCATACAAATTTATTTGAAAAAAAATAATACTAATTTATTCATCTTTCAAAAATTAA
257 TTTCTAT-TCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAA
** * * * ** *
13396 TAAAAGATGTTTACTGAACCAGTT-AAAATAATTATGACTATTTAAACAA-
320 T---A-A-G--TA---AAAGATTTAAAAATAAATCTGTTTA-TCAAACAAG
** * * ** * ** ** * *
13445 TT-GTATACTTCA--AATCATTAT-AACCATT-T-T-GTTC-TGTCA-TAAAACAATTAT-TTTT
1 TTCAAATAGTT-ATGACT-ATT-TGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC-CTTTTGTTTT
* * ** * * *
13500 GTTCATACAAGC--TT-ATT-TG-AAATA-AA----A-T---AATACTAAT-ATAATAATA----
62 G-TCATA-AAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATA-AAATAATACTAATTTATT
* * * * * *
13546 --T-TTTGAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGTTGAACTAA-TTCTAAT
124 AATATTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAAC-AAGTTCAAAT
* * * *
13607 AATTAAGACCATATT-AACAATTATCTATTTCAAATTG---T----TTTTGTTTTGTCATAAAAC
188 AGTTATGACTAT-TTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAAC
* * * * *
13664 AATTTTTTCAATTCATACTAGCTTA-TTCGGAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTCAAA
252 AATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTT-AAA
* * * * * * *
13727 ATTTAATATGTAAGAGATTTAAAAAATAATTTTGTTTACCTAATC-AG
314 AATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATCTGTTTATC-AAACAAG
* * * *
13774 TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTCCAAATCATTATGACC-TTTATTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * *
13838 TAAAATAA--ATAT-T-TT--T----G----TTCAGAATAAAAAAATACTAATTTATTAATATTT
66 TAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * * * *
13889 CAAAAATTAATAAG----AGATTTAGAAAATAAATCTATTTACCAAAACAA-TTCAAATAGTTAT
131 -AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATC-GAACAAGTTCAAATAGTTAT
* * * * *
13949 GACTATTT-AAGCAATTATTTATTTCAAATTATTATGA--TTTT-TTTCTATTATAAAATAATAG
194 GACTATTTGAA-CAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTT-TATCATAAAACAATTG
* * *
14010 TTTCTATTCATACAAACTTA-TTCAGATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAACAATTAA
257 TTTCTATTCATACAAGCTTATTTCA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAA
* * * ** *
14074 TAA--AAAAAATTTTCAAAAGTAAATATGTTTATTGAACTAG
320 TAAGTAAAAGA-TTT-AAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAG
* * * * ** *
14114 ATCAAATAGTCATGACTATTTGAATAAATATCTATTTGAAATTGTTATGACCTTTGGTTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * *
14179 TAAAAAAAATTATTTCAGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAGTTATTAATATT
66 T-AAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * * * * * *
14244 TCAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAATATATTTA-CTGAACAAGTTTAAATAATTG
130 T-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATC-GAACAAGTTCAAATAGTTA
* * * * *
14308 TGACTATTTTAACAATTATCTATTTGAAATTGCTATAACCTTTTGTTTTGTCAT---ACAA--G-
193 TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGT
* *
14367 -----------C---CTT-TTTCTAATAAAATAATACAAATTTATTAATA-TTAAGACAATTAAT
258 TTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAA-A-AATTAAT
* * * * *
14416 AAGTAAAATATTTAAAAAATAAATATGTTCACCGAACAAG
321 AAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAG
* ** * * ** *
14456 TTTAAATCTTTATAACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * *** * *
14521 TAAAACAATTGTTTCTATTTATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTT
66 TAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * * * *
14586 CAACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTT-TCTGAATAAATTCAAATAGTCAT
131 -AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATC-GAACAAGTTCAAATAGTTAT
* * * * * * * *
14650 GACTATTTGAATAATTGTTTAGTTT-AAATTATTGTGACCTTTTATTTTGT-AGTAAAACGATTG
194 GACTATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCA-TAAAACAATTG
* * * * * ** *
14713 TTTCAACTCATATAAGCTTATCTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAATTAATG
257 TTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATA
* * * * * * *
14778 AGTAAGAGAATTAAAAAATGAATATGTTTACCGAACATG
322 AGTAAAAG-ATTTAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAG
* * * * *
14817 TTTAAATAGTTATGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGGCCTTTTGTTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * *
14882 TAAAACAATTGGTTCTATTCATGCAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATAT
66 TAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATAT
* * * * *
14945 TTCAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAATAAGTATGTTTTTTGAACACGTTCAAATAGTTA
129 TT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTA
* * *
15009 TGACTATTTGAACAATTATCTACTTCAAATTGTTATGTCCTTTTGTTTTATCATAAATCAATTGT
193 TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTG-
* * * * * * ***
15074 TTTTTTTTCATAAAAGCTTA-TTCGAAATAAAAGAATACTAATTTCTTAAAAGACCAAAAATTAA
257 TTTCTATTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAA
* * ** **
15138 TAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTATTTA-CCTAGGAG
320 TAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAG
* * ** *
15178 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAA-CTGTTATGATATTTTGATTTGTC
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATC-ATTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * *** * ** *
15242 ATAAAATAGTTGTTTCCAATAATACAAATTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
65 ATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * ** * *
15307 CTAAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTCATAAAACAAGTTCAAATGGTCAT
130 -TAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTAT
* * * *
15372 -ATCCATTTGAACTATTATCTATTTCAAATAGTTATGACAC-TTTGTTTTATCATCAAACAAATT
194 GA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAC-CTTTTGTTTTATCATAAAAC-AATT
**
15435 GTTTCTATTCATACAAAATTA-TTCAGAA-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTA
256 GTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTA
* * *
15498 ATAAG----AGATTTAAAAACAAAATCTATTTATCGAACCAA-
319 ATAAGTAAAAGATTTAAAAA-TAAATCTGTTTATC-AAACAAG
* * * * ** *
15536 -TCTAAATAGTTATGAGTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGATC-TTCATTTGGTC
1 TTC-AAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * * * *** * * * * *
15599 ATAAAATAATTATTTTTAG-TCACACTAGCTTATTTGGAGTAAAATATTGCTAAATTAATAATAT
65 ATAAAACAATTGTTTCT-GTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * *
15663 TCTAAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAATAAATATGCTTATAGAACTAGTTCAAATAGTTA
129 T-TAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTA
* * *** * * *
15724 AGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAACCATTCTAACCTTTTG-TTTAGTCATAAAATAATT-
193 TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTA-TCATAAAACAATTG
* * * * * * * *
15787 TTTTTAGCTCATACATGCTTATTTGAAATAAAATGATACTAATTTTATTAACT-TGTAGAACATC
257 TTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAA-TTTATTAA-TATTTA-AAAATT
* * * * *
15851 AA-AA-CACAAGAAATTTTAAAAAATAAATGTGTTTACCAAAAAAG
318 AATAAGTA-AA-AGA-TTT-AAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAG
* * * * * * * * *
15895 TTTAAATAGTTACGACAATTTAAATAATTATCTATTTAAAATAAATATAACCTTTTGTTTTATCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * * * * *
15960 TAAAACAATTGTTTCAGTTTGA-AAAAGCTTATTCGAGATAAAATAATATTATTTTATTAAAATT
66 TAAAACAATTGTTTCTG-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * * * * * ** * *
16024 TCAAAAAATTGATGAGTTAGATATTTAAAAATTAAGTCAGTTTATC-AA-ATTGATTCAAATAAT
130 T--AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAACA-AG-TTCAAATAGT
* * * * * * *
16087 TGT-AGCCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAACTTTTCTTTTGTCATAAAACAAT
191 TATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAAT
* * * ***
16151 TGTTTTTCA-TCATATAAGCCTATTTGGGATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT
255 TGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATT
* ** *
16215 AATAAATAGGAGATTTAAAAAATAAAT-TCGTTTA-C-TA-AA-
318 AATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATCT-GTTTATCAAACAAG
* * * * * * * ** *
16254 -T----TGGTT-T--CTATTTGAACAATTATCTATTTTAATTGC--TATAACCTATTATTAAGTT
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT-CATTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * * * *
16309 GTAAAATAA-TGTTT-TAGTTTATATAAGCATATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATAT
65 ATAAAACAATTGTTTCT-GTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * ** * *
16372 TCTAAAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTT-GCTGAAGTAGTTCTAACAGTT
129 T-TAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATC-GAACAAGTTCAAATAGTT
* * * * * *
16436 AAGACTATATGAACAATTATCTGTTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAGAACAATTG
192 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTG
** * * **
16501 TTTC-AGTTTGTAGAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTTAAATTTTA
257 TTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTA
* * * *
16564 ATAAGT----GATTTAAAAAGTGAATTTGTTTGA-CGAATCTA-
319 ATAAGTAAAAGATTTAAAAA-TAAATCTGTTT-ATC-AAACAAG
* * * ** * * * * * **
16602 TTCAAATAATTATGGCCAGGTCAATAATTATCTATTTCAAGT-ATTATTACATTTTGCTTCATCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * ** * * * * * *
16666 TATAACAATT-TTATTTG-AAAGTTCAATCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTACTAATCT
66 TAAAACAATTGTT-TCTGTTCA-TACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * *
16729 TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CTG-ACTTAGTTCAAATAGT
129 TT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATC-GAAC-AAGTTCAAATAGT
* ** * * * * *
16792 TTTGACTATTTGAACAATTATAAACTTT-AAATCGTTATAACATTTTGTTTTTTCATAAAATAAT
191 TATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAAT
* * * ** * ** * * *
16856 TATTTTTATTCATACAAGTTTATTTGGAATAAAATAACACCGATCTAATAATATTCCAAAAATTA
255 TGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTA
* * * * * * *
16921 ATAACTAAGAGAATTAAAAA-AAATTTCTTTGTCAAACTAG
319 ATAAGTAAAAGATTTAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAG
* * * *
16961 TTCAAATATTTAAGACTA-TAGAATAATTATCTACTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * * * *** *
17025 TAAAATAAGCTTTTTTTTAATTCATACTAGATTATTTGGAATAAAATAA-AATGAATTTATTAAT
66 TAAAACAA--TTGTTTCT-GTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAAT
* *
17089 ATTTCAAAACTTAATAAGTAACAGATTTAAAAAAT-AATTCTGTTTA-CGTAACCAA-TTCAAAT
127 ATTT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATT-TGTTTATCG-AA-CAAGTTCAAAT
* * * ** * * * * *
17151 AATTATGACTAATTGAATACCTATCTATTTCAAATCGTTATTAACTTTTGTTTTGTCATAAAATA
188 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAA-C
* * * * *
17216 AATT-TTTTTGTTCATATAAG-TT-TGTTCGAAATAAAGTAATACTAATATATTAATATTTTAAA
252 AATTGTTTCTATTCATACAAGCTTAT-TTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAA
* * *
17278 AATTAATAAGT----GATTTAAAAATTAAATCTATTTATTAAACTAG
314 AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAA-TAAATCTGTTTATCAAACAAG
** *
17321 TTCAAATAGTTAT-ACATATTTGAGCAATTATTTATTTCAA
1 TTCAAATAGTTATGAC-TATTTGAATAATTATCTATTTCAA
17361 CTTGCCAGCT
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CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTC
TATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGTA
AAAGATTTAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAG
Found at i:11886 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 11861--11898 Score: 58
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11851 ATAATTTATA
* *
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11881 AGATTTAAAAAATAAATA
1 AGATTTAAAAAATAAATA
11899 TGTTTGCTGA
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Matches are distributed among these distances:
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AGATTTAAAAAATAAATAAG
Found at i:12517 original size:181 final size:178
Alignment explanation
Indices: 12157--12552 Score: 426
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12147 TTCGAAACAG
* *
12157 AATAAAACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTTATAAGTAAAAGATTTAGAAAATAATTCTATT
1 AATAATACTAATTTATTAATATTT-AGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAGAAAATAATTCTATT
* *
12221 ACGAAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATAATCTATTTCAAATCATTAATACTTTT
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* * *
12286 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTAATATAAGTTTGTTCAAAATAA
130 TTTTGTCATAAAACAATTGGTTATGTTAATATAAGTTTATTCAAAATAA
* * * *
12335 AATAATACTAACTTATTAATATTTAGAAAATTAATTAGTAAGAGATTTA-AAAAGTGAA-TCTGT
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* * * * * * *
12398 TTACCAAACCATTTCAAATAGTTTTGAA-AATTTGGATAATTATCTATTTCAAATCGTT-ATAAC
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* * * ***
12461 CTTTTATTTTGTCATCAAACAATTGGTTATGTTCATACT-ATTTTATTTGGAATAA
125 CTTTT-TTTTGTCATAAAACAATTGGTTATGTTAATA-TAAGTTTATTCAAAATAA
* * *
12516 AATAATACTAATTTAATAATATTTTGAAACTTAATAA
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12553 CCAAGAAAGT
Statistics
Matches: 180, Mismatches: 29, Indels: 15
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Matches are distributed among these distances:
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181 70 0.39
182 1 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (178 bp):
AATAATACTAATTTATTAATATTTAGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAGAAAATAATTCTATTA
CCAAACCAGTTCAAATAATTATAACAATTTGAACAATAATCTATTTCAAATCATTAATACTTTTT
TTTGTCATAAAACAATTGGTTATGTTAATATAAGTTTATTCAAAATAA
Found at i:12953 original size:182 final size:178
Alignment explanation
Indices: 12587--13398 Score: 584
Period size: 181 Copynumber: 4.5 Consensus size: 178
12577 CGTTAAGATC
* * * * * *
12587 TTTGTTTTGTAATAAAATAATTGATTTTGA-TCATAGAAGGTTATTC-AATTAAATATAATGCTA
1 TTTGTTTAGT-ATAAAATAATTG--TTTCATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAA-ATAATACTA
* * * * * * ** *
12650 ATTTAATAATATTTCAAAAATTATTAAGTAAGAGATTT-ATAATATAAATGTATTTGCTGAACCA
62 ATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAG-TTTAAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAA
* * * * * * * ** * *
12714 GTTCAAATAATTA-AAGCTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTTTTTACCT
125 ATTCAAACAGTTATGA-CTATTTGAACAATTGTCTATTGAAAATCA-TTATGACCT
* * * *
12769 TTTGTTTAGTCATAAAATATTTGTTTCATATCTTACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATCCAAAT
1 TTTGTTTAGT-ATAAAATAATTGTTTCAT-TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAT
* * * ** *
12834 TTATTGACATTCAAAAAATTAATAAGCTAA-AGGTTTGAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAG
64 TTATTAATATTC-AAAAATTAATAAG-TAAGA-GTTTAAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAA
* * * *
12898 TTTAAACAGTTATGACTATTTGAACAATTGTTTTTTTAAAATCATTATGACCT
126 TTCAAACAGTTATGACTATTTGAACAATTGTCTATTGAAAATCATTATGACCT
* * * * *
12951 TTTGTTTTAATATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAGTACTAAT
1 TTTG-TTTAGTATAAAATAATTGTTTCA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAT
* * * *
13016 TTCTTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGTTTAAAAAAATAATTTTTTTTACCAAACAAATT
64 TTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGTTTAAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAATT
* * *
13081 CAAATAGTTATGACTATTTGAACGATTGTCTATTGAAAATCGTTATGACCT
128 CAAACAGTTATGACTATTTGAACAATTGTCTATTGAAAATCATTATGACCT
* * *
13132 TTTGTTTTGTTACAAAATAATTGTTTCATTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATGATACTAAT
1 TTTGTTTAG-TATAAAATAATTGTTTCA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAT
* * * * *
13197 TTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG--AGA-TTT-AAAAAGTGAATCTGTTTACCATATC-AGT
64 TTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGTTTAAAAAAATAAATCTATTTACCA-AACAAAT
* * * * * * * * * *** *
13257 TTAAATAATTATGGCCATTTCAATAATTATGTATTTCGAATCATTATTACCT
127 TCAAACAGTTATGACTATTTGAACAATTGTCTATTGAAAATCATTATGACCT
* * * ** ** *
13309 TTTGTTTGGTTATATAACAATTGTTTTTTATCATACAAATTTATTTGAAAA-AAAATAATACTAA
1 TTTGTTTAG-TATAAAATAATTGTTTCAT-TCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACTAA
* *
13373 TTTATTCATCTTTCAAAAATTAATAA
63 TTTATTAAT-ATTCAAAAATTAATAA
13399 AAGATGTTTA
Statistics
Matches: 512, Mismatches: 100, Indels: 41
0.78 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
176 1 0.00
177 121 0.24
178 14 0.03
179 3 0.01
180 10 0.02
181 150 0.29
182 139 0.27
183 73 0.14
184 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (178 bp):
TTTGTTTAGTATAAAATAATTGTTTCATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTT
ATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAAGAGTTTAAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAATTCAA
ACAGTTATGACTATTTGAACAATTGTCTATTGAAAATCATTATGACCT
Found at i:13557 original size:163 final size:162
Alignment explanation
Indices: 13253--13561 Score: 379
Period size: 163 Copynumber: 1.9 Consensus size: 162
13243 TTTACCATAT
* * * * * * * *
13253 CAGTTTAAATAATTATGGCCATTTCAATAATTATGTATTTCGAATCATTATTACCTTTTGTTTGG
1 CAGTTAAAATAATTATGACCATTTAAACAATTATATACTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTGG
* * * * * * * *
13318 TTATATAACAATTGTTTTTTATCATACAAATTTATTTGAAAAAAAATAATACTAATTTATTCATC
66 TCATAAAACAATTATTTTTTATCATACAAACTTATTTGAAAAAAAATAATACTAATATAATAATA
13383 TTTCAAAAATTAATAAAAGATGTTTACTGAAC
131 TTTCAAAAATTAATAAAAGATGTTTACTGAAC
* *
13415 CAGTTAAAATAATTATGACTATTTAAACAATTGTATACTTCAAATCATTATAACCATTTTGTTCT
1 CAGTTAAAATAATTATGACCATTTAAACAATTATATACTTCAAATCATTATAACC-TTTTGTT-T
* *
13480 -GTCATAAAACAATTATTTTTGT-TCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATATAATA
64 GGTCATAAAACAATTATTTTT-TATCATACAAACTTATTTGAAAAAAAATAATACTAATATAATA
**
13543 ATATTTTGAAAATTAATAA
128 ATATTTCAAAAATTAATAA
13562 CTAAGAGATT
Statistics
Matches: 122, Mismatches: 22, Indels: 5
0.82 0.15 0.03
Matches are distributed among these distances:
162 45 0.37
163 75 0.61
164 2 0.02
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.07, T:0.42
Consensus pattern (162 bp):
CAGTTAAAATAATTATGACCATTTAAACAATTATATACTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTGG
TCATAAAACAATTATTTTTTATCATACAAACTTATTTGAAAAAAAATAATACTAATATAATAATA
TTTCAAAAATTAATAAAAGATGTTTACTGAAC
Found at i:13784 original size:174 final size:174
Alignment explanation
Indices: 13471--13815 Score: 414
Period size: 174 Copynumber: 2.0 Consensus size: 174
13461 ATTATAACCA
** * *
13471 TTTTGTTCTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAA
1 TTTTGTTCTGTCATAAAACAATTATTTTAATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAATAA
* **
13536 TATAATAATATTTTGAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGTTGAACTAAT
66 TATAATAATATTTTCAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTCCTGAACTAAT
* *
13601 TCTAATAATTAAGACCATATT-AACAATTATCTATTTCAAATTGT
131 TCAAATAATTAAGACCAT-TTGAACAATTATCTATTCCAAATTGT
* * *
13645 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTCAATTCATACTAGCTTATTCGGAATAAAATAA-AATG
1 TTTTGTTCTGTCATAAAACAATTATTTT-AATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAAT-
* * ** *
13708 AATTTATTAATA-TTTCAAAATTTAATATGTAAGAGATTTAAAAAATAATTTTGTTTACCT-AA-
64 AATATAATAATATTTTCAAAA-TTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTT-CCTGAAC
* * *
13770 TCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTCCAAAT
127 T-AATTCAAATAATTAAGACCATTTGAACAATTATCTATTCCAAAT
13816 CATTATGACC
Statistics
Matches: 145, Mismatches: 20, Indels: 12
0.82 0.11 0.07
Matches are distributed among these distances:
173 16 0.11
174 128 0.88
175 1 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (174 bp):
TTTTGTTCTGTCATAAAACAATTATTTTAATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAATAA
TATAATAATATTTTCAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTCCTGAACTAAT
TCAAATAATTAAGACCATTTGAACAATTATCTATTCCAAATTGT
Found at i:14241 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 13855--14362 Score: 448
Period size: 182 Copynumber: 2.8 Consensus size: 181
13845 AATATTTTTG
* * * * * *
13855 TTCAGAATAAAAAAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA-T--TAATAAGAGATTTAGAAAATA
1 TTCAAAATAAAATAATACTAAGTTATTAATATTTCAAAAATTAATAATAAAAAATTTAAAAAATA
* ** * * * * * * *
13917 AATCTATTTACCAAAACAA-TTCAAATAGTTATGACTATTT-AAGCAATTATTTATTTCAAATTA
66 AATATATTTA-CTGAACAAGATCAAATAATCATGACTATTTGAA-CAAATATCTATTTGAAATTG
* * * *
13980 TTATGA--TTT--TTTTCT-ATTATAAAATAA-TAGTTTCTA-TTCATACAAACTTA
129 CTATAACCTTTGGTTTTGTCA-TA-AAAAAAATTA-TTTC-AGTTCATACAAACTTA
* * * * * *
14030 TTCAGATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAA-AAAAAATTTTCAAAAGT
1 TTCAAAATAAAATAATACTAAGTTATTAATATTTCAAAAATTAATAATAAAAAA-TTTAAAAAAT
* * * * * *
14094 AAATATGTTTATTGAACTAGATCAAATAGTCATGACTATTTGAATAAATATCTATTTGAAATTGT
65 AAATATATTTACTGAACAAGATCAAATAATCATGACTATTTGAACAAATATCTATTTGAAATTGC
* * *
14159 TATGACCTTTGGTTTTGTCATAAAAAAAATTATTTCAGTTCATATAAGCTTA
130 TATAACCTTTGGTTTTGTCATAAAAAAAATTATTTCAGTTCATACAAACTTA
* *
14211 TTCAAAATAAAATAATACTAAGTTATTAATATTTCAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAAT
1 TTCAAAATAAAATAATACTAAGTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-TAAAAAATTTAAAAAAT
* * * ** * *
14276 GAATATATTTACTGAACAAGTTTAAATAATTGTGACTATTTTAACAATTATCTATTTGAAATTGC
65 AAATATATTTACTGAACAAGATCAAATAATCATGACTATTTGAACAAATATCTATTTGAAATTGC
*
14341 TATAACCTTTTGTTTTGTCATA
130 TATAACCTTTGGTTTTGTCATA
14363 CAAGCCTTTT
Statistics
Matches: 270, Mismatches: 48, Indels: 23
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
175 37 0.14
176 1 0.00
177 8 0.03
178 59 0.22
179 2 0.01
180 4 0.01
181 65 0.24
182 89 0.33
183 5 0.02
ACGTcount: A:0.44, C:0.09, G:0.07, T:0.40
Consensus pattern (181 bp):
TTCAAAATAAAATAATACTAAGTTATTAATATTTCAAAAATTAATAATAAAAAATTTAAAAAATA
AATATATTTACTGAACAAGATCAAATAATCATGACTATTTGAACAAATATCTATTTGAAATTGCT
ATAACCTTTGGTTTTGTCATAAAAAAAATTATTTCAGTTCATACAAACTTA
Found at i:14305 original size:522 final size:520
Alignment explanation
Indices: 12817--15424 Score: 1574
Period size: 522 Copynumber: 5.0 Consensus size: 520
12807 GCTTATTCAA
* * * * * *
12817 AATAAAATAATCCAAATTTATTGACATTCAA-AAAATTAATAAGCTAAAGGTTTGAAAAAATAAA
1 AATAAAAAAATACAAATTTATTAATATT-AAGACAATTAATAAG---AAGATTT-AAAAAATAAA
* * ** * * * * * * *
12881 TCTATTTACTGAACAAGTTTAAACAGTTATGACTATTTGAACAATTGTTTTTTTAAAATCATTAT
61 TATATTCACCAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTATTAT
* * * * * *
12946 GACCTTTTGTTTTAAT-ATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATA-AAAGCTTATCCAAAATAAAATA
126 GACTTTTTGTTCT-ATCATAAAACAATAGTTTCTA-TTCATACAAA-CTTATTCAGATTAAAATA
* * * * * * * * *
13008 GTACTAATTTCTTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGTTTAAAAAA-ATAATTTTTTTTACC
188 ATACTAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGAAAAAATTTAAAAAATA-AATATGTTTT-CT
* * * ** * * * ** *
13072 AAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACGATTGTCTA-TTGAAAATCGTTATGACCTTTTG
251 GAATAAATTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAAATATCTAGTT-TAAATTATTATGACCTTTGG
* * * * * * *
13136 TTTTGTTACAAAATAATTGTTTCATTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATGATACTAATTTAT
315 TTTTGTCATAAAACAATTATTTCAATTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAT
* * *
13201 TAATA-TTCTAAAAATT-A-A-TAAGAGATTTAAAAAGTGAATCTGTTTACCAT-ATC-AGTTTA
380 TAATATTTC-AAAAATTAATATTAAGAGATTTAAAAAATGAATATGTTTA-C-TGAACAAGTTTA
* * * * * * * * * *
13260 AATAATTATGGCCATTTCAATAATTATGTATTTCGAATCATTATTACCTTTTGTTTGGTTATATA
442 AATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* ***
13325 ACAATTGTTTTT--
507 AAAAACCTTTTTCG
* * * ** ** * * * *** **
13337 TATCATACAAAT--TTATTTGAAAAAAAATAATACTAATT--TATTCATCTTTCAAAAATTAATA
1 AAT-AAAAAAATACAAATTT-ATTAATATTAAGAC-AATTAATAAGAAGATTT--AAAA--AAT-
* * * ** * * * * * * * * *
13398 AAAGATGTTTACTGAACCAGTTAAAATAATTATGACTATTTAAACAATTGTATACTTCAAATCAT
58 AAATATATTCACCAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTAT
* * * * * * * *
13463 TATAACCATTTTGTTCTGTCATAAAACAATTA-TTTTTGTTCATACAAGCTTATT-TGAAATAAA
123 TATGA-CTTTTTGTTCTATCATAAAACAA-TAGTTTCTATTCATACAAACTTATTCAG-ATTAAA
* * * * * * *
13526 ATAATACTAATATAATAATATTTTGAA-AATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTT
185 ATAATACTAATTTATTAATA-TTTCAACAATTAATAA-GAAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTT
* * * * * * * *
13590 GT-TGAACT-AATTCTAATAATTAAGACCATATT-AACAATTATCTA-TTTCAAATT-GT-T---
248 -TCTGAA-TAAATTCAAATAGTCATGACTAT-TTGAATAAATATCTAGTTT-AAATTATTATGAC
* ** *
13646 -TTT-GTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCAATTCATACT-AGCTTATTCGGAATAAAATAA-AAT
309 CTTTGGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAATTCATA-TAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT
* *
13707 GAATTTATTAATATTTCAAAATTTAATATGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATTTTGTTTACCT-AA
373 -AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAT-TAAGAGATTTAAAAAATGAA-TATGTTTA-CTGAA
* * *
13770 TC-AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTCCAAATCATTATGACC-TTTATTT
434 -CAAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT
**
13833 TGTCATAAAATAAATATTTTTGTTCAG
498 TGTCATAAAA-AAA-ACCTTT-TTC-G
* * *
13860 AATAAAAAAATACTAATTTATTAATATTTCAA-A-AATTAATAAG-AGATTTAGAAAATAAATCT
1 AATAAAAAAATACAAATTTATTAATA-TT-AAGACAATTAATAAGAAGATTTAAAAAATAAATAT
* *
13922 ATTTACCAAAACAA-TTCAAATAGTTATGACTATTT-AAGCAATTATTTATTTCAAATTATTATG
64 ATTCACC-AAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAA-CAATTATTTATTTCAAATTATTATG
* *
13985 A-TTTTT-TTCTATTATAAAATAATAGTTTCTATTCATACAAACTTATTCAGATTAAAATAATAC
127 ACTTTTTGTTCTATCATAAAACAATAGTTTCTATTCATACAAACTTATTCAGATTAAAATAATAC
* *
14048 TAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAA-AAAAAATTTTCAAAAGTAAATATGTTTAT-TGAAC
192 TAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGAAAAAA-TTTAAAAAATAAATATGTTT-TCTGAA-
* *
14111 TAGA-TCAAATAGTCATGACTATTTGAATAAATATCTA-TTTGAAATTGTTATGACCTTTGGTTT
254 TAAATTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAAATATCTAGTTT-AAATTATTATGACCTTTGGTTT
* * *
14174 TGTCATAAAAAAAATTATTTCAGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAGTTATTA
318 TGTCAT-AAAACAATTATTTCAATTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTA
*
14239 ATATTTCAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAATATATTTACTGAACAAGTTTAAATA
382 ATATTTCAAAAATTAAT-ATTAAGAGATTTAAAAAATGAATATGTTTACTGAACAAGTTTAAATA
* * * *** * *
14304 ATTGTGACTATTTTAACAATTATCTATTTGAAATTGCTATAACCTTTTGTTTTGTCAT---ACAA
446 ATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAA
* *
14366 GCCTTTTTCT
511 ACCTTTTTCG
* *
14376 AATAAAATAATACAAATTTATTAATATTAAGACAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAAATA
1 AATAAAAAAATACAAATTTATTAATATTAAGACAATTAATAAG---AAGATTTAAAAAATAAATA
* * * ** * *
14441 TGTTCACCGAACAAGTTTAAATCTTTATAACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA
63 TATTCACCAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTATTATGA
* * * * * ** *
14506 CTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTTATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATATT
128 CTTTTTGTTCTATCATAAAACAATAGTTTCTATTCATACAAACTTATTCAGATTAAAATAATACT
*
14571 AATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTTCTGAATAA
193 AATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAG-AAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTTCTGAATAA
* * * * **
14636 ATTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTGTTTAGTTTAAATTATTGTGACCTTTTATTTTGT-
257 ATTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAAATATCTAGTTTAAATTATTATGACCTTTGGTTTTGTC
* * *
14700 AGTAAAACGATTGTTTCAACTCATATAAGCTTA-TCTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
322 A-TAAAACAATTATTTCAATTCATATAAGCTTATTC-AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * * *
14764 -TTCCAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAATGAATATGTTTACCGAACATGTTTAAATAGTT
385 TTTCAAAAATTAAT-ATTAAGAGATTTAAAAAATGAATATGTTTACTGAACAAGTTTAAATAATT
* * *
14828 ATGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGGCCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
449 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-AA---
*
14893 GTTCTATTCATGCAAGCTTATTTCA
510 -----A---A--C---CTT-TTTCG
* * * *
14918 AATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTCAA-A-AATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAGT
1 AATAAAAAAATACAAATTTATTAATA-TT-AAGACAATTAATAAG--AAGATTTAAAAAATAAAT
* ***** * * * * *
14981 ATGTTTTTTGAACACGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTACTTCAAATTGTTATG
62 ATATTCACCAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTATTATG
* * * * * * * * *
15046 TCCTTTTGTTTTATCATAAATCAATTGTTTTTTTTTCATA-AAAGCTTATTC-GAAATAAAAGAA
127 ACTTTTTGTTCTATCATAAAACAATAG-TTTCTATTCATACAAA-CTTATTCAG-ATTAAAATAA
* * *** * * * * *
15109 TACTAATTTCTTAAAAGACCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCT-
189 TACTAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAG-AAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTT-TCTG
** * * * * * * ** * *
15173 -AGGAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTA-TTTCAAACTGTTATGATATTTTGA
252 AATAAATTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAAATATCTAGTTT-AAATTATTATGACCTTTGGT
* * * * * ** *
15236 TTTGTCATAAAATAGTTGTTTCCAA-TAATACAAATTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAT
316 TTTGTCATAAAACAATTATTT-CAATTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * * *
15300 TAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTT-AGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTCA-TAAAACAAGTTC
380 TAATATTTC-AAAAATTAAT-A-TTAAGAGATTTAAAAAATGAATATGTTTACT-GAACAAGTTT
** * * * *
15362 AAATGGTCAT-ATCCATTTGAACTATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACAC-TTTGTTTTATCA
441 AAATAATTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGAC-CTTTTGTTTTGTCA
15424 T
503 T
15425 CAAACAAATT
Statistics
Matches: 1657, Mismatches: 312, Indels: 216
0.76 0.14 0.10
Matches are distributed among these distances:
513 8 0.00
514 127 0.08
515 76 0.05
516 45 0.03
517 26 0.02
518 125 0.08
519 30 0.02
520 134 0.08
521 234 0.14
522 303 0.18
523 104 0.06
524 18 0.01
525 3 0.00
533 1 0.00
538 1 0.00
540 3 0.00
541 203 0.12
542 207 0.12
543 7 0.00
544 2 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (520 bp):
AATAAAAAAATACAAATTTATTAATATTAAGACAATTAATAAGAAGATTTAAAAAATAAATATAT
TCACCAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTATTATGACTT
TTTGTTCTATCATAAAACAATAGTTTCTATTCATACAAACTTATTCAGATTAAAATAATACTAAT
TTATTAATATTTCAACAATTAATAAGAAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTTCTGAATAAATTC
AAATAGTCATGACTATTTGAATAAATATCTAGTTTAAATTATTATGACCTTTGGTTTTGTCATAA
AACAATTATTTCAATTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA
AAATTAATATTAAGAGATTTAAAAAATGAATATGTTTACTGAACAAGTTTAAATAATTATGACTA
TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAAACCTTTTTCG
Found at i:14364 original size:341 final size:341
Alignment explanation
Indices: 14017--15063 Score: 849
Period size: 341 Copynumber: 3.0 Consensus size: 341
14007 TAGTTTCTAT
* *
14017 TCATACAA-ACTTATTC-AGATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-ACAATTAATAAAA
1 TCATACAAGACTTATTCTA-A-TAAAATAATACAAATTTATTAATA-TTAAGACAATTAATAAAA
* * * ** * *
14079 AAAAT-TTTCAAAAGTAAATATGTTTATTGAACTAGATCAAATAGTCATGACTATTTGAATAAAT
63 AAAATATTTAAAAAATAAATATGTTCACCGAACAAGATCAAATAGTCATAACTATTTGAATAAAT
* *
14143 ATCTATTTGAAATTGTTATGACCTTTGGTTTTGTCATAAAAAAAATTATTTC-AGTTCATATAAG
128 ATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTGGTTTTGTCAT-AAAAAAATTATTTCTA-TTCATACAAG
* *
14207 CTTATTCAAAATAAAATAATACTAAGTTATTAATATTTCAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAA
191 CTTATTCAAAATAAAATAATACTAAGTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAA
*
14272 AAATGAATATATTTACTGAACAAGTTTAAATAATTGTGACTATTTTAACAATTATCTATTTGAAA
256 AAATAAATATATTTACTGAACAAGTTTAAATAATTGTGACTATTTTAACAATTATCTATTTGAAA
14337 TTGCTATAACCTTTTGTTTTG
321 TTGCTATAACCTTTTGTTTTG
* * **
14358 TCATACAAGCCTTTTTCTAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTAAGACAATTAATAAGTAAA
1 TCATACAAGACTTATTCTAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTAAGACAATTAATAAAAAAA
* * ** * * *
14423 ATATTTAAAAAATAAATATGTTCACCGAACAAGTTTAAATCTTTATAACTATTTGAATAATTATT
66 ATATTTAAAAAATAAATATGTTCACCGAACAAGATCAAATAGTCATAACTATTTGAATAAATATC
* * * * *
14488 TATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTTATACAAGCTTAT
131 TATTTCAAATTGTTATGACCTTTGGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTCTATTCATACAAGCTTAT
*** * * * *
14553 TTGGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATA
196 TCAAAATAAAATAATACTAAGTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATA
* * * * * * ** * * * * **
14618 AATATGTTTTCTGAATAAATTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTGTTTAGTTT-AAATTAT
261 AATATATTTACTGAACAAGTTTAAATAATTGTGACTATTTTAACAATTATCTA-TTTGAAATTGC
* * *
14682 TGTGACCTTTTATTTTG
325 TATAACCTTTTGTTTTG
* *
14699 T-AGTAAAACGATTGTTTCAACTCATATAAGCTTATCTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
1 TCA-T---AC-A-AG-----A--C-T-T-A---T-TCT--AATAAAATAATACAAATTTATTAAT
* * ** * * * * * * * *
14763 ATTCCA-A-AATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAATGAATATGTTTACCGAACATGTTTAAATAG
44 ATT-AAGACAATTAATAAAAAAAATATTTAAAAAATAAATATGTTCACCGAACAAGATCAAATAG
* * * * * *** * * *
14826 TTATGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGGCCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
108 TCATAACTATTTGAATAAATATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTGGTTTTGTCATAAAAAAAT
** * *
14891 TGGTTCTATTCATGCAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTCAAAAAT
173 TATTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACT-AAGTTATTAATATTTCAAAAAT
* * ** * * * *
14954 TAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAATAAGTATGTTTTTTGAACACGTTCAAATAGTTATGACTATTT
236 TAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACTGAACAAGTTTAAATAATTGTGACTATTT
* * * * ** *
15018 GAACAATTATCTACTTCAAATTGTTATGTCCTTTTGTTTTA
301 TAACAATTATCTATTTGAAATTGCTATAACCTTTTGTTTTG
15059 TCATA
1 TCATA
15064 AATCAATTGT
Statistics
Matches: 574, Mismatches: 99, Indels: 50
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
340 4 0.01
341 189 0.33
342 90 0.16
343 1 0.00
344 2 0.00
345 1 0.00
346 1 0.00
353 1 0.00
354 1 0.00
355 1 0.00
357 1 0.00
359 3 0.01
360 81 0.14
361 167 0.29
362 30 0.05
363 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (341 bp):
TCATACAAGACTTATTCTAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTAAGACAATTAATAAAAAAA
ATATTTAAAAAATAAATATGTTCACCGAACAAGATCAAATAGTCATAACTATTTGAATAAATATC
TATTTCAAATTGTTATGACCTTTGGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTCTATTCATACAAGCTTAT
TCAAAATAAAATAATACTAAGTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATA
AATATATTTACTGAACAAGTTTAAATAATTGTGACTATTTTAACAATTATCTATTTGAAATTGCT
ATAACCTTTTGTTTTG
Found at i:14399 original size:160 final size:160
Alignment explanation
Indices: 14216--14522 Score: 402
Period size: 160 Copynumber: 1.9 Consensus size: 160
14206 GCTTATTCAA
* * * *
14216 AATAAAATAATACTAAGTTATTAATATTTCAA-A-AATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAA
1 AATAAAATAATACAAAGTTATTAATA-TT-AAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA
* * * * * *
14279 TATATTTACTGAACAAGTTTAAATAATTGTGACTATTTTAACAATTATCTATTTGAAATTGCTAT
64 TATATTCACCGAACAAGTTTAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGCTAT
14344 AACCTTTTGTTTTGTCATACAAGCCTTTTTCT
129 AACCTTTTGTTTTGTCATACAAGCCTTTTTCT
* *
14376 AATAAAATAATACAAATTTATTAATATTAAGACAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAAATA
1 AATAAAATAATACAAAGTTATTAATATTAAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATA
* ** * * * *
14441 TGTTCACCGAACAAGTTTAAATCTTTATAACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA
66 TATTCACCGAACAAGTTTAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGCTATAA
*
14506 CTTTTTGTTTTGTCATA
131 CCTTTTGTTTTGTCATA
14523 AAACAATTGT
Statistics
Matches: 125, Mismatches: 20, Indels: 4
0.84 0.13 0.03
Matches are distributed among these distances:
158 2 0.02
159 3 0.02
160 120 0.96
ACGTcount: A:0.43, C:0.08, G:0.07, T:0.41
Consensus pattern (160 bp):
AATAAAATAATACAAAGTTATTAATATTAAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATA
TATTCACCGAACAAGTTTAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGCTATAA
CCTTTTGTTTTGTCATACAAGCCTTTTTCT
Found at i:14664 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 14358--17288 Score: 1791
Period size: 181 Copynumber: 16.3 Consensus size: 181
14348 TTTTGTTTTG
** *
14358 TCATACAAGCCTT-TTTCTAATAAAATAATACAAATTTATTAATA-TT-AAGACAATTAATAAGT
1 TCATACAAG-CTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA-A-AATTAATAAGT
* ** * * * * ** *
14420 AAAATATTTAAAAAATAAATATGTTCACCGAACAAGTTTAAATCTTTATAACTATTTGAATAATT
63 AAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTTCTGAATAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATT
* * *
14485 ATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAT
128 ATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAT
* * * *
14539 TTATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAA
1 TCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAA
* * *
14604 AGATTTAAAAAATAAATATGTTTTCTGAATAAATTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTGTT
66 AGATTTAAAAAATAAATATGTTTTCTGAATAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATC
** * * * * *
14669 TAGTTT-AAATTATTGTGACCTTTTATTTTGT-AGTAAAACGATTGTTTCAAC
131 TA-TTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA-TAAAACAATTGTTTCTAT
* * ** * * *
14720 TCATATAAGCTTATCTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCCAAAATTAATGAGTAAG
1 TCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAA
* * * * * ** * * *
14784 AGAATTAAAAAATGAATATGTTTACCGAACATGTTTAAATAGTTATGACTATTAGAACAATTATC
66 AGATTTAAAAAATAAATATGTTTTCTGAATAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATC
* * * *
14849 TATTTCAAAACATTATGGCCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTAT
131 TATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAT
* **
14900 TCATGCAAGCTTATTTCAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
1 TCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
* * * ** *
14964 AA-ATTTAAAAAATAAGTATGTTTTTTGAACACGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
65 AAGATTTAAAAAATAAATATGTTTTCTGAATAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTAT
* * * * * * *
15028 CTACTTCAAATTGTTATGTCCTTTTGTTTTATCATAAATCAATTGTTTTTTTT
130 CTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCTAT
* * * * * * ***
15081 TCATAAAAGCTTATTCGAAATAAAAGAATACTAATTTCTTAAAAGACCAAAAATTAATAAGTAAA
1 TCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAA
* * * ** *
15146 AGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCT--AGGAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTAT
66 AGATTTAAAAAATAAATATGTTT-TCTGAATAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTAT
* ** * * * * *
15209 TTATTTCAAA-CTGTTATGATATTTTGATTTGTCATAAAATAGTTGTTTCCAA
130 CTATTTCAAATC-GTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAT
* ** * * *
15261 TAATACAAATTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTTA
1 TCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAA
* * * * * *
15325 GAGATTTAAAAAATAAAT-T-TGTTCAT-AAAACAAGTTCAAATGGTCAT-ATCCATTTGAACT-
65 AAGATTTAAAAAATAAATATGTTTTC-TGAATA-AA-TTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAA-TA
* * *
15385 ATTATCTATTTCAAATAGTTATGACAC-TTTGTTTTATCATCAAACAAATTGTTTCTAT
125 ATTATCTATTTCAAATCGTTATGAC-CTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTCTAT
** **
15443 TCATACAAAATTATTCAGAA-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG----
1 TCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAA
* * ** * *
15503 AGATTTAAAAACA-AAATCTATTTATC-GAACCAA-TCTAAATAGTTATGAGTATTTGAACAATT
66 AGATTTAAAAA-ATAAATATGTTT-TCTGAATAAATTC-AAATAGTTATGACTATTTGAATAATT
* * * ** * * * * *
15565 ATCTATCTCAAATCATTATGATC-TTCATTTGGTCATAAAATAATTATTTTTAG
128 ATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAT
* * * * * * *
15618 TCACACTAGCTTATTTGGAGTAAAATATTGCTAAATTAATAATA-TTCTAAAAATTAATAAG---
1 TCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAA
* * * * * *
15679 -AGATTTAAAAAATAAATATGCTTAT-AGAACT-AGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATT
65 AAGATTTAAAAAATAAATATG-TTTTCTGAA-TAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATT
* * * * * * * *
15741 ATCTATTTCAAACCATTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATT-TTTTTAGC
128 ATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-T
* * * * * * *
15795 TCATACATGCTTATTTGAAATAAAATGATACTAATTTTATTAACT-TGT-AGAACATCAA-AA-C
1 TCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAA-TTTATTAA-TATTTCA-AAAATTAATAAGT
* * * * * * * * *
15856 ACAAGAAATTTTAAAAAATAAATGTGTTTAC-CAAAAAAGTTTAAATAGTTACGACAATTTAAAT
63 A-AA-AGA-TTTAAAAAATAAATATGTTTTCTGAATAAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAAT
* *** * *
15920 AATTATCTATTTAAAATAAATATAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTC-AGTT
124 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA--T
* * * * * * * * *
15979 TGA-AAAAGCTTA-TTCGAGATAAAATAATATTATTTTATTAAAATTTCAAAAAATTGATGAGTT
1 TCATACAAGCTTATTTGGA-ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTA
* * * * * ** * * *
16042 AGATATTTAAAAATTAAGTCA-GTTTATC-AAATTGATTCAAATAATTGT-AGCCATTTGAATAA
64 AAAGATTTAAAAAATAAAT-ATGTTT-TCTGAATAAATTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAATAA
* * *
16104 TTATCTATTTCAAATCGTTATGAACTTTTCTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA-
126 TTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-AT
* * * * **
16160 TCATATAAGCCTATTTGGGATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAGG
1 TCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAA
* * *
16225 AGATTTAAAAAATAAAT-TCG--TT-T-ACTAAA-T----TGGTT-T--CTATTTGAACAATTAT
66 AGATTTAAAAAATAAATAT-GTTTTCTGAATAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTAT
* * * * * * ** ** *
16277 CTATTT-TAATTGCTATAACCTATTATTAAGTTGTAAAATAA-TGTTT-TAGT
130 CTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-T
* * * *** * *
16327 TTATATAAGCATATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATA-TTCTAAAAATTAATAACTAA
1 TCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAA
* * * * * * * *
16391 AAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCTGAAGT-AGTTCTAACAGTTAAGACTATATGAACAATTA
65 AAGATTTAAAAAATAAATATGTTTTCTGAA-TAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTA
* *
16455 TCTGTTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAGAACAATTGTTTC-AGT
129 TCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-T
** * *** * * **
16508 TTGTAGAAGCTTATTCAAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTTAAATTTTAATAAGT---
1 TCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAA
* * * * ** * * * ** *
16570 -GATTTAAAAAGTGAATTTGTTTGAC-GAATCTATTCAAATAATTATGGCCAGGTCAATAATTAT
66 AGATTTAAAAAATAAATATGTTT-TCTGAATAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTAT
* * * * * ** *
16633 CTATTTCAAGT-ATTATTACATTTTGCTTCATCATATAACAATT-TTAT-T-T
130 CTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT-TCTAT
** * * * * *
16682 GAAAGTTCAATCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTACTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTA
1 -TCA-TACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
* * * * * * * *
16747 AGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGACTTAGTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAACAATTA
64 AAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTTCTGAATAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTA
** * * * * * *
16812 TAAACTTT-AAATCGTTATAACATTTTGTTTTTTCATAAAATAATTATTTTTAT
129 TCTA-TTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAT
* * ** * * * * *
16865 TCATACAAGTTTATTTGGAATAAAATAACACCGATCTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAG
1 TCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAA
* * * * * * * *
16930 AGAATT-AAAAA-AAATTTCTTTGTC-AAACT-AGTTCAAATATTTAAGACTA-TAGAATAATTA
66 AGATTTAAAAAATAAATATGTTT-TCTGAA-TAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTA
* * * * *
16990 TCTACTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAGCTTTTTTTTAAT
129 TCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA--TTGTTTCT-AT
* * * *
17046 TCATACTAGATTATTTGGAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTCAAAACTTAATAAGTAA
1 TCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
* * * * ** * * **
17110 CAGATTTAAAAAATAATTCTGTTTAC-GTAACCAATTCAAATAATTATGACTAATTGAATACCTA
65 AAGATTTAAAAAATAAATATGTTTTCTG-AATAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTA
* * * * *
17174 TCTATTTCAAATCGTTATTAACTTTTGTTTTGTCATAAAATAAATT-TTTTTGT
129 TCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-CAATTGTTTCTAT
* * * * * * * *
17227 TCATATAAGTTTGTTCGAAATAAAGTAATACTAATATATTAATATTTTAAAAATTAATAAGT
1 TCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
17289 GATTTAAAAA
Statistics
Matches: 2134, Mismatches: 491, Indels: 250
0.74 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
165 1 0.00
166 4 0.00
167 74 0.03
168 24 0.01
169 21 0.01
170 1 0.00
171 3 0.00
172 5 0.00
174 1 0.00
175 28 0.01
176 194 0.09
177 162 0.08
178 64 0.03
179 62 0.03
180 400 0.19
181 688 0.32
182 204 0.10
183 143 0.07
184 53 0.02
185 2 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (181 bp):
TCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAA
AGATTTAAAAAATAAATATGTTTTCTGAATAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATC
TATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAT
Found at i:15093 original size:361 final size:360
Alignment explanation
Indices: 14376--17286 Score: 1876
Period size: 361 Copynumber: 8.1 Consensus size: 360
14366 GCCTTTTTCT
* * * *
14376 AATAAAATAATACAAATTTATTAATATT-AAGACAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAAAT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAA-A-AATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * ** * * ***
14440 ATGTTCACCGAACAAGTTTAAATCTTTATAACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATG
64 TTGTTTACCGAAC-AGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAACATTATG
* * ** *
14505 ACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTTATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATAT
128 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATA-
*
14570 TAATTTATTAATATTTC-AACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTTCTGAAT
192 TAATTTATTAATATTTCTAAAAATTAATAAGT-AAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTTCTGAA-
* * * * * * ** * *
14634 AAATTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTGTTTAGTTT-AAATTATTGTGACCTTTTATTTT
255 CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTT
* ** * *
14698 GT-AGTAAAA-CGATTG-TTTCAACTCATATAAGCTTA-TCTAA
319 GTCA-TAAAATCAATTGTTTTTTATTCATATAAGCTTATTC-GA
* * * * * *
14738 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAATGAATAT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTT
* * *
14803 GTTTACCGAACATGTTTAAATAGTTATGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGGC
66 GTTTACCGAACA-GTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAACATTATGAC
* *
14868 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTATTCATGCAAGCTTATTTCAAATAAAATAATATAA
130 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATAT-A
* * *
14933 ATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAGTATGTTTTTTGAACACG
194 ATTTATTAATATTTCTAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTTCTGAACA-G
* * * *
14997 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTACTTCAAATTGTTATGTCCTTTTGTTTTATCA
258 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* *
15062 T-AAATCAATTGTTTTTTTTTCATAAAAGCTTATTCGA
323 TAAAATCAATTGTTTTTTATTCATATAAGCTTATTCGA
* * * ** * *
15099 AATAAAAGAATACTAATTTCTTAAAAGACCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATT
* * ** * * *
15164 TATTTACCTAGGAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTC-AAACTGTTATGA
65 TGTTTACCGAACAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAAC-ATTATGA
** * * * * * * **
15228 TATTTTGATTTGTCATAAAATAGTTGTTTCCAATAATACAAATTTA-TTCGAAATAAAATAATAC
129 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATA-
* * *
15292 TAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAAT-T-TGTTCATAAA
192 TAATTTATTAATATTTCTAAAAATTAATAAG-TAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTTC-T-GA
* * * * *
15354 ACAAGTTCAAATGGTCAT-ATCCATTTGAACTATTATCTATTTCAAATAGTTATGACAC-TTTGT
254 AC-AGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAC-CTTTTGT
* * * * **
15417 TTTATCATCAAA-CAAATTG-TTTCTATTCATACAAAATTATTC-A
316 TTTGTCATAAAATC-AATTGTTTTTTATTCATATAAGCTTATTCGA
15460 GAA-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA-T--T-AATAAGAGATTTAAAAACA-AAA
1 -AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAA-ATAAA
* * * * * * * * *
15519 TCTATTTATCGAACCAATCTAAATAGTTATGAGTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTAT
63 TTTGTTTACCGAA-CAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAACATTAT
* ** * * * * * * * ** * *
15584 GATC-TTCATTTGGTCATAAAATAATTATTTTTAGTCACACTAGCTTATTTGGAGTAAAATATTG
127 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAAT-
* * * * *
15648 CTAAATTAATAATA-TTCTAAAAATTAATAAG---AGATTTAAAAAATAAATATGCTTAT-AGAA
191 ATAATTTATTAATATTTCTAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATATG-TTTTCTGAA
* * * * * * *
15708 CTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAACCATTCTAACCTTTTGTTTA
255 C-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTT
* * * *
15773 GTCATAAAAT-AA-T-TTTTTTAGCTCATACATGCTTATTTGA
319 GTCATAAAATCAATTGTTTTTTA-TTCATATAAGCTTATTCGA
* * * * *
15813 AATAAAATGATACTAATTTTATTAACT-TGT-AGAACATCAA-AACACAAGAAATTTTAAAAAAT
1 AATAAAATAATACTAA-TTTATTAA-TAT-TCA-AAAATTAATAA-ATAAGAGA-TTTAAAAAAT
* * * * * * *
15875 AAATGTGTTTACCAAAAAAGTTTAAATAGTTACGACAATTTAAATAATTATCTATTT-AAAATAA
60 AAATTTGTTTACC-GAACAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAA-CA
* * * * * *
15939 ATATAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTC-AGTTTGA-AAAAGCTTA-TTCGAGATAA
123 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA--TTCATACAAGCTTATTTC-AAATAA
* * * * * * * * *
16001 AATAATATTATTTTATTAAAATTTCAAAAAATTGATGAGTTAGATATTTAAAAATTAAGTCA-GT
185 AATAATA-TAATTTATTAATATTTCTAAAAATTAATAAG-TAAAGATTTAAAAAATAAAT-ATGT
* ** * * * * *
16065 TTATC-AAATTGATTCAAATAATTGT-AGCCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAA
247 TT-TCTGAACAG-TTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAC
* * * * *
16128 CTTTTCTTTTGTCATAAAA-CAATTGTTTTTCA-TCATATAAGCCTATTTGG
309 CTTTTGTTTTGTCATAAAATCAATTGTTTTTTATTCATATAAGCTTATTCGA
* *
16178 GATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAGGAGATTTAAAAAATAAATT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATT
* * * * * ** *
16243 CGTTTA-CTAA-A---T---TGGTT-T--CTATTTGAACAATTATCTATTTTAATTGC--TATAA
65 TGTTTACCGAACAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAA-AACATTATGA
* * ** ** * * * *
16295 CCTATTATTAAGTTGTAAAATAA-TGTTT-TAGTTTATATAAGCATA-TTCAAAATAAAATAATA
129 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATA
* * * *
16357 CTAATTTAATAATA-TTCTAAAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCTGAA
192 -TAATTTATTAATATTTCTAAAAATTAATAAGT-AAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTTCTGAA
* * * * * *
16421 GTAGTTCTAACAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTGTTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTT
255 -CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTT
* * ** * *
16486 GTCATAGAA-CAATTG--TTTCAGTTTGTAGAAGCTTATTCAA
319 GTCATAAAATCAATTGTTTTTTA-TTCATATAAGCTTATTCGA
* ** * * * *
16526 AATAAAATAAAACTAATTTATTAATATT-TTAAATT--TTAATAAGTGATTTAAAAAGTGAATTT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTT
* * * * ** * ** *
16588 GTTTGA-CGAATCTA-TTCAAATAATTATGGCCAGGTCAATAATTATCTATTTC-AAGTATTATT
66 GTTT-ACCGAA-C-AGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAACATTATG
* * ** * ** * *
16650 ACATTTTGCTTCATCATATAACAATT-TTAT-T-TGAAAGTTCAATCTTATTT-AGAATAAAATA
128 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT-TCTAT-TCA-TACAAGCTTATTTCA-AATAAAATA
* * * *
16711 ATACTAATTTACTAATCTTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT
189 ATA-TAATTTATTAATATTTCTAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATATGTTTTCT
* ** * *
16775 G-ACTTAGTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAACAATTATAAACTTT-AAATCGTTATAACATTTT
252 GAAC--AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATCGTTATGACCTTTT
* * * * * *
16838 GTTTTTTCATAAAAT-AATT-ATTTTTATTCATACAAGTTTATTTGG
314 GTTTTGTCATAAAATCAATTGTTTTTTATTCATATAAGCTTATTCGA
* ** * * * *
16883 AATAAAATAACACCGATCTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGAATT-AAAAA-AAATT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATT
* ** * * * * * * *
16946 TCTTTGTCAAACTAGTTCAAATATTTAAGACTA-TAGAATAATTATCTACTTCAAATCATTATGA
65 TGTTTACCGAAC-AGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAACATTATGA
* * * * * ** *
17010 CCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAGCTTTTTTTTAATTCATACTAGATTATTTGGAATAAAATAAA
129 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA--TTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAAT
* * * *
17075 ATGAATTTATTAATATTTC-AAAACTTAATAAGTAACAGATTTAAAAAATAATTCTGTTTAC-GT
191 AT-AATTTATTAATATTTCTAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATATGTTTTCTG-
* * * * ** * *
17138 AACCAATTCAAATAATTATGACTAATTGAATACCTATCTATTTCAAATCGTTATTAACTTTTGTT
253 AA-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTT
* * * *
17203 TTGTCATAAAAT-AAAT-TTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTCGA
317 TTGTCATAAAATCAATTGTTTTTTATTCATATAAGCTTATTCGA
* * *
17245 AATAAAGTAATACTAATATATTAATATTTTAAAAATTAATAA
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAA
17287 GTGATTTAAA
Statistics
Matches: 1971, Mismatches: 446, Indels: 264
0.74 0.17 0.10
Matches are distributed among these distances:
344 25 0.01
345 4 0.00
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347 4 0.00
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351 25 0.01
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364 26 0.01
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367 6 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (360 bp):
AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTT
GTTTACCGAACAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAACATTATGACC
TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATATAAT
TTATTAATATTTCTAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTTCTGAACAGTTC
AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
AATCAATTGTTTTTTATTCATATAAGCTTATTCGA
Found at i:15688 original size:176 final size:177
Alignment explanation
Indices: 15463--15828 Score: 420
Period size: 176 Copynumber: 2.1 Consensus size: 177
15453 TTATTCAGAA
* * * *
15463 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAACA-AAATCTATTTA
1 AAAATAATACTAAATTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAA-ATAAATATACTTA
* * * * * * *
15527 TCGAACCAA-TCTAAATAGTTATGAGTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGATC-TT
65 TAGAACCAATTC-AAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATCTCAAACCATTATAACCTTT
* * *
15590 CATTTGGTCATAAAATAATTATTTTTAG-TCACAC-TAGCTTATTTGGAGT
129 CATTTAGTCATAAAATAATT-TTTTTAGCTCACACAT-GCTTATTTGAAAT
* * *
15639 AAAATATTGCTAAATTAATAATA-TTCTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATATGCTTA
1 AAAATAATACTAAATTAATAATATTTC-AAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATATACTTA
* * * * *
15703 TAGAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAACCATTCTAACCTTTT
65 TAGAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATCTCAAACCATTATAACCTTTC
* *
15768 GTTTAGTCATAAAATAATTTTTTTAGCTCATACATGCTTATTTGAAAT
130 ATTTAGTCATAAAATAATTTTTTTAGCTCACACATGCTTATTTGAAAT
*
15816 AAAATGATACTAA
1 AAAATAATACTAA
15829 TTTTATTAAC
Statistics
Matches: 157, Mismatches: 27, Indels: 11
0.81 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
175 4 0.03
176 105 0.67
177 47 0.30
178 1 0.01
ACGTcount: A:0.43, C:0.11, G:0.08, T:0.38
Consensus pattern (177 bp):
AAAATAATACTAAATTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATATACTTAT
AGAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATCTCAAACCATTATAACCTTTCA
TTTAGTCATAAAATAATTTTTTTAGCTCACACATGCTTATTTGAAAT
Found at i:17482 original size:133 final size:133
Alignment explanation
Indices: 17243--17493 Score: 360
Period size: 133 Copynumber: 1.9 Consensus size: 133
17233 AAGTTTGTTC
* * * ** *
17243 GAAATAAAGTAATACTAATATATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTGATTTAAAAATTAAATCTA
1 GAAATAAAATAATACTAATATATTAATAGTTCAAAAATTAATAAGACATTTAAAAAATAAATCTA
* * *
17308 TTTATTAAACTAGTTCAAATAGTTATACATATTTGAGCAATTATTTATTTCAACTTGCCAGCTTT
66 TTTACTAAACTAGTTCAAATAGTTATACATATTTGAACAATTATCTATTTCAACTTGCCAGCTTT
17373 TTT
131 TTT
* * * *
17376 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAGTTCAACAATTAATAAGACATTTAAAAAATAAATTTG
1 GAAATAAAATAATACTAATATATTAATAGTTCAAAAATTAATAAGACATTTAAAAAATAAATCTA
*
17441 TTTGCTAAACTAGTTCAAATAGTTATGAC-TATTTGAACAATTATCTATTTCAA
66 TTTACTAAACTAGTTCAAATAGTTAT-ACATATTTGAACAATTATCTATTTCAA
17494 ATTGTTGTAA
Statistics
Matches: 103, Mismatches: 14, Indels: 2
0.87 0.12 0.02
Matches are distributed among these distances:
133 101 0.98
134 2 0.02
ACGTcount: A:0.44, C:0.09, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (133 bp):
GAAATAAAATAATACTAATATATTAATAGTTCAAAAATTAATAAGACATTTAAAAAATAAATCTA
TTTACTAAACTAGTTCAAATAGTTATACATATTTGAACAATTATCTATTTCAACTTGCCAGCTTT
TTT
Found at i:17660 original size:179 final size:178
Alignment explanation
Indices: 17367--18249 Score: 504
Period size: 179 Copynumber: 4.9 Consensus size: 178
17357 TCAACTTGCC
* * * *
17367 AGCTTTTTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAGTTC-AACAATTAATAAGACATTTAAAA
1 AGCTTATTAGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAGTTCTAAAAATTAATAAAACATTTAAAA
* * * * * *
17431 AATAAATTTGTTTGCTAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
66 AATAAATATGTTTGCTAAACCAGTTCAAATAGCTAAGACGATATGAACAATTATCTATTTCAAAT
* * * * *
17496 TGTTGTAACTCTTTT-TTTCTGTTATAAAA-ATTTGTTTCTATTCATAAA
131 TGTTATAAC-CTTTTGTTT-TGTCATAAAATAATTGTTTCAACTCATAAA
* *
17544 AGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTAATAATA-TTCTAAAAATTAATAACTAAGATTTA
1 AGCTTATT-AGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAGTTCTAAAAATTAATAA--AACATTT-
* * *
17607 AAAAAATGAATATGTTTG-TCAACCAGTTCAAATAGCTAAGACGATATGAACAATTATTTATTTC
62 AAAAAATAAATATGTTTGCTAAACCAGTTCAAATAGCTAAGACGATATGAACAATTATCTATTTC
* *
17671 AAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAACTCATACA
127 AAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAACTCATAAA
* * * * * ** * * *
17723 AGCTTATTTGAAATAGAATAAAATTAATTTATTAATATTTCT-AAAATTTTTAAGAGATTTAGAA
1 AGCTTATTAGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAGTTCTAAAAATTAATAAAACATTTAAAA
* * * * * * ** * *
17787 AATAATTTTATTTACTGAACTAGTTTCAAATAATTATA-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
66 AATAAATATGTTTGCTAAACCAG-TTCAAATAGCTA-AGACGATATGAACAATTATCTATTTCAA
* * * * * **** *
17851 ATCGCTATTACTTTTTTGTTTTGTAATAAAATAATTGTTTTTGTTAATATAA
129 ATTGTTATAAC-CTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAACTCATA-AA
* * * ** * *
17903 A-TTTGTTTGAAATAAAATTGTACTAATTTATTAACA-TT-TAGAAAATTAATCAGTAAGAGATT
1 AGCTTATTAGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAGTTCTA-AAAATTAAT-A--AA-ACATT
* * * * * * * ** * * * *
17965 T---AAGTAAATTTGCTTGCCAAACTATTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATGTATTT
61 TAAAAAATAAATATGTTTGCTAAACCAGTTCAAATAGCTAAGACGATATGAACAATTATCTATTT
** * ** * * * * * **
18027 CAAATCATTATAACCTTTTATTTTGTCAGCAAACAATTGGTTCTATTTATACT
126 CAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAACTCATAAA
** * * * * * * *
18080 ATTTTATTCA-AAATAAAGTAATACTAATTTAATAATATTTC-GAAACTTAATAACCAAGAAAAT
1 AGCTTATT-AGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAGTTCTAAAAATTAAT-A--AA-ACATT
* ** * * * **
18143 TAAAAAATAAATCTAATTGCCT-AACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAACGGTTATCTATT
61 TAAAAAATAAATATGTTTG-CTAAACCAGTTCAAATAGCTAAGACGATATGAACAATTATCTATT
** * * *
18207 TCAAATCATTATGACCTTTTCTTTTGTCATAAAAGAATTGTTT
125 TCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTT
18250 TGTTTGTACA
Statistics
Matches: 551, Mismatches: 126, Indels: 54
0.75 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
176 15 0.03
177 57 0.10
178 129 0.23
179 221 0.40
180 39 0.07
181 82 0.15
182 2 0.00
183 6 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (178 bp):
AGCTTATTAGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAGTTCTAAAAATTAATAAAACATTTAAAA
AATAAATATGTTTGCTAAACCAGTTCAAATAGCTAAGACGATATGAACAATTATCTATTTCAAAT
TGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAACTCATAAA
Found at i:17967 original size:672 final size:671
Alignment explanation
Indices: 16702--17952 Score: 1559
Period size: 672 Copynumber: 1.9 Consensus size: 671
16692 TCTTATTTAG
** *
16702 AATAAAATAATACTAATTTACTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
1 AATAAAATAATACTAATTTACTAATAGTTCAAAAATT-ATAAGTAAGACATTTAAAAAATAAATC
* *
16767 TGTTTACTGACTTAGTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAACAATTATAAACTTTAAATCGTTATAA
65 TGTTTACTAACTTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATAAACTTTAAATCGTTATAA
* * * **
16832 CATTTTGTTTTTTCATAAAATAATTATTTTTATTCATACAAGTTTATTTGGAATAAAATAACACC
130 CATTTTGTTTTTTCATAAAATAATTATTTCTATTCATAAAAGCTTATTCAGAATAAAATAACACC
* * *
16897 GATCTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGAATTAAAAAAAATTTCTTTGTCAAACTAGT
195 AATCTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGAATTAAAAAAAATATCTTTGTCAAACCAGT
** * *
16962 TCAAATATTTAAGACTATAGAATAATTATCTACTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
260 TCAAATAGCTAAGACGATAGAACAATTATCTACTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
* * * * *
17027 AAATAAGCTTTTTTTTAATTCATACTAGATTATTTGGAATAAAATAAAATGAATTTATTAATATT
325 AAATAA-C-TTGTTTCAACTCATACAAGATTATTTGAAATAAAATAAAATGAATTTATTAATATT
*
17092 TCAAAACTTAATAAGTAACAGATTTAAAAAATAATTCTGTTTACGTAACCAATTCAAATAATTAT
388 TCAAAACTT-AT-AGTAACAGATTTAAAAAATAATTCTATTTACGTAACCAATTCAAATAATTAT
* * * * *
17157 GACTAATTGAATACCTATCTATTTCAAATCGTTATTAACTTTTGTTTTGTCATAAAATAAATTTT
451 AACTAATTGAACAACTATCTATTTCAAATCGCTATTAACTTTTGTTTTGTAATAAAATAAATTTT
* * * *
17222 TTTGTTCATATAAGTTTGTTCGAAATAAAGTAATACTAATATATTAATATTTTAAAAATTAATAA
516 TTTGTTAATATAAATTTGTTCGAAATAAAATAATACTAATATATTAACATTTTAAAAATTAATAA
*
17287 GTGATTTAAAAATTAAATCTATTTATTAAACTAGTTCAAATAGTTATACATATTTGAGCAATTAT
581 GAGATTTAAAAATTAAATCTATTTATTAAACTAGTTCAAATAGTTATACATATTTGAGCAATTAT
17352 TTATTTCAACTTGCCAGCTTTTTTGA
646 TTATTTCAACTTGCCAGCTTTTTTGA
* * *
17378 AATAAAATAATACTAATTTATTAATAGTTCAACAA-T-TAA-TAAGACATTTAAAAAATAAATTT
1 AATAAAATAATACTAATTTACTAATAGTTCAAAAATTATAAGTAAGACATTTAAAAAATAAATCT
* ** * *
17440 GTTTGCTAAAC-TAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATTGTTGTA
66 GTTTACT-AACTTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATAAACTTT-AAATCGTTATA
* * *
17503 AC-TCTTT-TTTTCTGTTATAAAA-ATTTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTCAGAATAAAATAA
129 ACAT-TTTGTTTT-T-TCATAAAATAATTATTTCTATTCATAAAAGCTTATTCAGAATAAAATAA
* * * * * *
17565 TACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAATAACT-A-AGATTTAAAAAAATGAATATGTTTGTC-
191 CACCAATCTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGAATT-AAAAAA--AATATCTTTGTCA
* * **
17627 AACCAGTTCAAATAGCTAAGACGATATGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTT
253 AACCAGTTCAAATAGCTAAGACGATA-GAACAATTATCTACTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
* * *
17692 TTGTCATAAAATAA-TTGTTTCAACTCATACAAGCTTATTTGAAATAGAATAAAATTAATTTATT
317 TTGTCATAAAATAACTTGTTTCAACTCATACAAGATTATTTGAAATAAAATAAAATGAATTTATT
* * * * * *
17756 AATATTTCTAAAA-TT-T-TTAAGAGATTTAGAAAATAATTTTATTTAC-TGAACTAGTTTCAAA
382 AATATTTC-AAAACTTATAGTAACAGATTTAAAAAATAATTCTATTTACGT-AACCA-ATTCAAA
* *
17817 TAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGCTATT-ACTTTTTTGTTTTGTAATAAA
444 TAATTATAACTAATTGAACAACTATCTATTTCAAATCGCTATTAAC--TTTTGTTTTGTAATAAA
* ** *
17881 AT-AATTGTTTTTGTTAATATAAATTTGTTTGAAATAAAATTGTACTAATTTATTAACA-TTTAG
507 ATAAATT-TTTTTGTTAATATAAATTTGTTCGAAATAAAATAATACTAATATATTAACATTTTA-
17944 AAAATTAAT
570 AAAATTAAT
17953 CAGTAAGAGA
Statistics
Matches: 491, Mismatches: 68, Indels: 40
0.82 0.11 0.07
Matches are distributed among these distances:
665 1 0.00
666 31 0.06
667 51 0.10
668 71 0.14
670 57 0.12
671 19 0.04
672 160 0.33
673 69 0.14
675 1 0.00
676 31 0.06
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (671 bp):
AATAAAATAATACTAATTTACTAATAGTTCAAAAATTATAAGTAAGACATTTAAAAAATAAATCT
GTTTACTAACTTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATAAACTTTAAATCGTTATAAC
ATTTTGTTTTTTCATAAAATAATTATTTCTATTCATAAAAGCTTATTCAGAATAAAATAACACCA
ATCTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGAATTAAAAAAAATATCTTTGTCAAACCAGTT
CAAATAGCTAAGACGATAGAACAATTATCTACTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
AATAACTTGTTTCAACTCATACAAGATTATTTGAAATAAAATAAAATGAATTTATTAATATTTCA
AAACTTATAGTAACAGATTTAAAAAATAATTCTATTTACGTAACCAATTCAAATAATTATAACTA
ATTGAACAACTATCTATTTCAAATCGCTATTAACTTTTGTTTTGTAATAAAATAAATTTTTTTGT
TAATATAAATTTGTTCGAAATAAAATAATACTAATATATTAACATTTTAAAAATTAATAAGAGAT
TTAAAAATTAAATCTATTTATTAAACTAGTTCAAATAGTTATACATATTTGAGCAATTATTTATT
TCAACTTGCCAGCTTTTTTGA
Found at i:17996 original size:357 final size:354
Alignment explanation
Indices: 17367--18306 Score: 792
Period size: 357 Copynumber: 2.6 Consensus size: 354
17357 TCAACTTGCC
* *
17367 AGCTTTTTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAGTTCAACAATTAATAAGACATTTAAAAA
1 AGCTTATTTGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATAGTTCAACAATTAATAAGACATTTAAAAA
* * * * *
17432 ATAAATTTGTTTGCTAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATT
66 ATAAATTTATTTACTAAACTAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
* * * * *
17497 GTTGTAACTCTTTTTTTCTGTTATAAAAATTTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTCAGAATAAAA
131 GCTATAACTCTTTTTTTCTGTAATAAAAAATTGTTTCTATTAATAAAAGCTTATTCAGAATAAAA
* * *
17562 TAATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAATAACTAAGATTTAAAAAAATGAATATGTTTGTC
196 TAATACTAATTTAATAACATTCTAAAAATTAATAACTAAGATTTAAAAAAAT--ATATGCTTGCC
* ** * *
17627 AACCAGTTCAAATAGCTAAGACGATATGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTT
259 AACCAGTTCAAATAGCTAAGACGATATGAACAATTATGTATTTCAAATCATTATAACCTTTTATT
17692 TTGTCATAAAATAATTGTTTCAACTCATACA
324 TTGTCATAAAATAATTGTTTCAACTCATACA
* * * ** * *
17723 AGCTTATTTGAAATAGAATAAAATTAATTTATTAATATTTCTAA-AATTTTTAAGAGATTTAGAA
1 AGCTTATTTGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATAGTTC-AACAATTAATAAGACATTTAAAA
* *
17787 AATAATTTTATTTACTGAACTAGTTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA
65 AATAAATTTATTTACTAAACTAG-TTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA
* * * * * * *
17852 TCGCTATTACT-TTTTTGTTTTGTAATAAAATAATTGTTTTTGTTAATATAAA-TTTGTT-TGAA
129 TCGCTATAACTCTTTTT-TTCTGTAATAAAA-AATTGTTTCTATTAATA-AAAGCTTATTCAG-A
** * * * **
17914 ATAAAATTGTACTAATTTATTAACATT-TAGAAAATTAATCAGTAAGAGATTTAAGTAAAT-T-T
190 ATAAAATAATACTAATTTAATAACATTCTA-AAAATTAATAACT-A-AGATTTAAAAAAATATAT
* * * ** * * *
17976 GCTTGCCAAACTATTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATGTATTTCAAATCATTATAAC
252 GCTTGCC-AACCAGTTCAAATAGCTAAGACGATATGAACAATTATGTATTTCAAATCATTATAAC
** * * * * * *
18041 CTTTTATTTTGTCAGCAAACAATTGGTTCTATTTATACT
316 CTTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAACTCATACA
** ** * * * * * * *
18080 ATTTTATTCAAAATAAAGTAATACTAATTTAATAATATTTCGAAACTTAA-TAACCAAGAAAATT
1 AGCTTATTTGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATAGTTC--AAC--AATTAA-TAAGACATTT
* ** * * **
18144 AAAAAATAAATCTAATTGCCT-AACTAGTTCAAATAGTTA-AGACTATATGAACGGTTATCTATT
61 AAAAAATAAAT-TTATTTACTAAACTAGTTCAAATAATTATA-ACTATTTGAACAATTATCTATT
** * * * ** *
18207 TCAAATCATTATGAC-CTTTTCTTT-TGTCATAAAAGAATTGTTT-TGTTTGTACAAGCTTATTC
124 TCAAATCGCTATAACTCTTTT-TTTCTGTAATAAAA-AATTGTTTCTATTAATAAAAGCTTATTC
* * *
18269 A-AATTAAAATAATACTAATTTAAAAATATTTTAAAAAT
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18307 AAACTTGTTT
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AGCTTATTTGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATAGTTCAACAATTAATAAGACATTTAAAAA
ATAAATTTATTTACTAAACTAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
GCTATAACTCTTTTTTTCTGTAATAAAAAATTGTTTCTATTAATAAAAGCTTATTCAGAATAAAA
TAATACTAATTTAATAACATTCTAAAAATTAATAACTAAGATTTAAAAAAATATATGCTTGCCAA
CCAGTTCAAATAGCTAAGACGATATGAACAATTATGTATTTCAAATCATTATAACCTTTTATTTT
GTCATAAAATAATTGTTTCAACTCATACA
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Alignment explanation
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18953 TTGACATTCA
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* *
19028 TGACTACTTAAACAATTATTTATTTCAAAATTGGTATGACC-TTTTGTTTTGACATAAAACAATT
65 TGACTACTTAAACAATTATCTATTT-AAAATTGGTATGACCTTTTTATTTTGACATAAAACAATT
*
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129 ATTCCAGTTCATT-AAGCTTACTCCAAA-T-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTC
* * * * * *
19149 AAAAATTTAATAAGTAAGAG-TTT-TAAAAA-TAAATTTGTTTAGCGAA-CAATTCAAATAGTTA
1 AAAAA-TTAATAAGTAAAAGATTTGAAAAAATTAAATCTGCTTACCGAATAAATTCAAATAGTTA
* * * * *
19210 TGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATGACCTTTTTATTTTGTCATAAAACAATTG
65 TGACTACTTAAACAATTATCTATTTAAAATTGGTATGACCTTTTTATTTTGACATAAAACAATTA
** * ** * * * *
19275 TTTTAGTTCATTAGGCTTACTTGAAATAAAGTAATGCTAATTTATTGATATTCC
130 TTCCAGTTCATTAAGCTTACTCCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC
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Statistics
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AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTGAAAAAATTAAATCTGCTTACCGAATAAATTCAAATAGTTAT
GACTACTTAAACAATTATCTATTTAAAATTGGTATGACCTTTTTATTTTGACATAAAACAATTAT
TCCAGTTCATTAAGCTTACTCCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC
Found at i:19411 original size:16 final size:16
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19364 TATAAAATCA
*
19374 ATTTAAATAATTATCC
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*
19390 ATTTTCAACAATTATCC
1 A-TTTCAATAATTATCC
19407 ATTTCAATAATTGTTATCC
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19426 ATTTCAATAATTATCC
1 ATTTCAATAATTATCC
* *
19442 ATTTAAATAATTATGGTC
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*
19460 ATTTCAACAATTATCC
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19476 ATTTCAA
1 ATTTCAA
19483 ATTGATATTA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (16 bp):
ATTTCAATAATTATCC
Found at i:19438 original size:35 final size:35
Alignment explanation
Indices: 19383--19482 Score: 139
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19373 AATTTAAATA
19383 ATTATCCATTTTCAACAATTATCCATTTCAATAATT
1 ATTATCCA-TTTCAACAATTATCCATTTCAATAATT
* * *
19419 GTTATCCATTTCAATAATTATCCATTTAAATAATT
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**
19454 ATGGT-CATTTCAACAATTATCCATTTCAA
1 ATTATCCATTTCAACAATTATCCATTTCAA
19483 ATTGATATTA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
34 22 0.39
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Consensus pattern (35 bp):
ATTATCCATTTCAACAATTATCCATTTCAATAATT
Found at i:19930 original size:181 final size:177
Alignment explanation
Indices: 19465--20324 Score: 657
Period size: 180 Copynumber: 4.8 Consensus size: 177
19455 TGGTCATTTC
* * * * **
19465 AACAATTATCCATTTCAAATTGATATTAACCTTTTGTTTGGTCATATAACAATTATTTTTTTTAT
1 AACAATTATCTATTTCAAATTGTTA-TAACCTTTTGTTT-GTCATAAAACAA-TAATTTTAAT-T
* ** * *
19530 CATACAAACTTATTCTGAATAAAATAATACTAATTTATTAATCTTTC--AAATT--TAATAAGAG
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* ** * *
19591 ATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACCAATTCAAATAGTTTATGATTATTTG
126 A-TTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAATTCAAATAG-TTATGACTATATG
* * * * * *
19645 AATAATTGTATACTTCAATTTGTTATAA-CTTTTGTTCT-ACAT-AAACAATTAA-TTTATATTC
1 AACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTT-TGTCATAAAACAA-TAATTTTA-ATTC
* * * * * *
19706 ATACAAGCTTA-TACAAAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTTAGA
63 ATACAAGCTTATTA-AGAATAAAATAA-AATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-TAAGA
* *
19770 GATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCCATT-AAATAGTTAAGACTATATG
125 GA-TTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATATG
*
19823 AACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTCTTGTCATAAAACAATAATTTTCAATTCA
1 AACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGT-TTGTCATAAAACAATAATTTT-AATTCA
* * *
19888 TACTAGCTTATTAAGAATCAAATAAAATGAATTTATTAATATTT-AAAAAATAATAAATAAGAGA
64 TACAAGCTTATTAAGAATAAAATAAAAT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-AATAAGAGA
* * * ** * *
19952 TTAAAAAAAATAATTCT-ATTACCTAATTAATTCAAATAATTATGACTATGTG
127 TTAAAAAATA-AATT-TGTTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATATG
* ** *
20004 AACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAAAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-AGGTTTATGTTC
1 AACAATTATCTATTTCAAATTGTTAT-AACCTTTTG-TTTGTCATAAAACAATAATTTTA-ATTC
* * * * * *
20068 A-ATAAGTTTGTTCAGAATAAAATAATATTAATCTATTAATATTTCAAAAA-T--TAATAAGAGA
63 ATACAAGCTTATTAAGAATAAAATAA-AATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAATAAGAGA
* * ** * * * * *
20129 TTAAAAAATAAATCTATTTGTCAAAGCAGTTCAAACAGTTATGACTATCTA
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* ** * * *
20180 AACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTT-TGCTATAAAACAATAGTTTT-ATTCA
1 AACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTGT-C-ATAAAACAATAATTTTAATTCA
* * * * *
20243 TACAAGCTTATTAA-ATTAAAAT-ATATAATTTATTAAAATTTTAAAAATTAATAAGTAA-AAAT
64 TACAAGCTTATTAAGAATAAAATAAAATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-TAAGAGAT
* *
20305 CTTAAAAATAAATATGTTTA
128 -TAAAAAATAAATTTGTTTA
20325 ACGAACTACA
Statistics
Matches: 543, Mismatches: 102, Indels: 74
0.76 0.14 0.10
Matches are distributed among these distances:
172 19 0.03
173 3 0.01
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Consensus pattern (177 bp):
AACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTGTCATAAAACAATAATTTTAATTCATA
CAAGCTTATTAAGAATAAAATAAAATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAATAAGAGATTAA
AAAATAAATTTGTTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATATG
Done.