Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019168463.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_673, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
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Found at i:58 original size:11 final size:11
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Indices: 29--64 Score: 58
Period size: 10 Copynumber: 3.5 Consensus size: 11
19 TTCTTATTAT
29 ATATTA-AATA
1 ATATTATAATA
39 ATATT-TAATA
1 ATATTATAATA
49 ATATTATAATA
1 ATATTATAATA
60 ATATT
1 ATATT
65 GAATTATTAT
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 0, Indels: 3
0.89 0.00 0.11
Matches are distributed among these distances:
10 14 0.58
11 10 0.42
ACGTcount: A:0.53, C:0.00, G:0.00, T:0.47
Consensus pattern (11 bp):
ATATTATAATA
Found at i:1174 original size:176 final size:172
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Indices: 955--1439 Score: 411
Period size: 176 Copynumber: 2.7 Consensus size: 172
945 AAATTCATTA
* * * * *
955 CTTATTAATTGTTAGAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTCCAAATAAGACTATATCAATAG
1 CTTATTAATT-TTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGACTATATCAAAAA
* *
1020 AACTAATTGTTTTATGACAAAACAAAGGGTTATAACAATATGAAATAAATAATTGTTAAAT-TCT
65 AACTAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGGTTATAACAAT-TGAAATAAATAATTGTTAAATAGC-
**** *
1084 TATAACTAATTAAACTAGTTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCT
127 T-TAACTAATTAAACTAGTTCAACAAATAAATTTATTTTTCAAATCT
* * * * * *
1131 CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAACAAAATTATATTAACAA
1 CTTATTAATTTT-AAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGACTATATCAA-AA
* * ** * * *
1196 AAAC-ATTTTTTTTATGACAAAATAAAAGAATATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCATATAG
64 AAACTAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGGTTATAAC-AATTGAAATAAATAATTGTT-AAATAG
* * *
1260 CTTAACTATTTGAACTGGTTCAACAAATAAATTTATTTTTCAAATCT
126 CTTAACTAATTAAACTAGTTCAACAAATAAATTTATTTTTCAAATCT
* * * * * * *
1307 CTTAATTATTAATTTTTATAATATTATTAGATTAGTATTATTTTCTTTCAAATAAG-CTTGTATG
1 C----TTATTAA-TTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGAC-TATATC
* * * *
1371 AACATAAA-TAATTGTTTTATGACAAAGAAAAAGGTTATAATGACTTGAAATATATAATTGTTTA
60 AA-AAAAACTAATTGTTTTATGACAAA-AAAAAGGTTATAA-CAATTGAAATAAATAATTG-TTA
1435 AATAG
121 AATAG
1440 TCATAATTAT
Statistics
Matches: 243, Mismatches: 51, Indels: 26
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
175 2 0.01
176 130 0.53
177 10 0.04
178 1 0.00
180 93 0.38
181 7 0.03
ACGTcount: A:0.43, C:0.08, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (172 bp):
CTTATTAATTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGACTATATCAAAAAA
ACTAATTGTTTTATGACAAAAAAAAGGTTATAACAATTGAAATAAATAATTGTTAAATAGCTTAA
CTAATTAAACTAGTTCAACAAATAAATTTATTTTTCAAATCT
Found at i:1421 original size:180 final size:178
Alignment explanation
Indices: 837--1701 Score: 500
Period size: 180 Copynumber: 4.9 Consensus size: 178
827 CCTTGTAATT
* * * * * * *
837 CAAAAACAAGTGTTTTGTGACAAAA-TAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTATTCAAAT
1 CAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAAT
* * *** *
901 AGTCATAACTATTTGTAA-TGG-TCAGGCCAACGGATTCATTTTTTAAAT-TCATTACTTATTAA
66 AG-CTTAACTATTTG-AACTGGTTCA-GCAAATAAATTTATTTTTTAAATCTC-TTA-TTATTAA
* * * * *
963 TTGTTAGAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTCCAAATAAGAC-TATATCAA
126 TTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTTTTCAAATAAG-CTTATATCAA
* * * * ** * *
1017 TAGAACTAATTGTTTTATGACAAAACAAAGGGTTATAACAATATGAAATAAATAATTGTT-AAAT
1 CAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAAT
* * * * ** *
1081 -TCTTATAACTAATTAAACTAGTTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTC---TTATTAATTT
66 AGC-T-TAACTATTTGAACTGGTTCAGCAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTATTAATTT
* * * * ** *
1142 TCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAACAAAATTATATTAA
129 TTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTTTC-AAATAAGCTTATATCAA
* * * * ** * *
1193 CAAAAACATTTTTTTTATGACAAAATAAAAGAATATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCATAT
1 CAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAAT
* *
1258 AGCTTAACTATTTGAACTGGTTCAACAAATAAATTTATTTTTCAAATCTCTTAATTATTAATTTT
66 AGCTTAACTATTTGAACTGGTTCAGCAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTT-ATTATTAATTTT
* * * * *
1323 TATAATATTATTAGATTAGTATTATTTTCTTTCAAATAAGCTTGTATGAA
130 TAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-TTTCAAATAAGCTTATATCAA
* * * * *
1373 CATAAATAATTGTTTTATGACAAAGA-AAAAGGTTATAATGACTTGAAATATATAATTGTTTAAA
1 CAAAAATAATTGTTTTATGACAAA-ACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAA
* * * * ** *
1437 TAGTCATAATTATTTGAAC-AGTTCAG----TAAA--CA---GAT-AATCTCCTACTTATTAATT
65 TAG-CTTAACTATTTGAACTGGTTCAGCAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTATTAATT
* * * * * * * * *
1491 TTTGAAATATTAATAAACTAATATTATTTTATTCTAATTAGGCTTGTATGAT
128 TTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTTTC-AAATAAGCTTATATCAA
* * * * * * *
1543 GAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTTCAAAATGATTTCAAAATAGATAATTGTCCAA
1 CAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTT-ATAATGATTT-GAAATAAATAATTATTCAA
* * * * ** * * ** *
1607 ATGACCATAAATATTTGAACTGATTCGATAAAAT-GATTTATATTTTAAATCTCCAACTTCTTAA
64 AT-AGCTTAACTATTTGAACTGGTTC-AGCAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTATTAA
* * *
1671 TTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTT
126 TTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTT
1702 CTCAATTTTT
Statistics
Matches: 524, Mismatches: 126, Indels: 68
0.73 0.18 0.09
Matches are distributed among these distances:
169 8 0.02
170 87 0.17
171 31 0.06
172 4 0.01
173 1 0.00
174 1 0.00
175 5 0.01
176 132 0.25
177 5 0.01
178 3 0.01
179 2 0.00
180 154 0.29
181 46 0.09
182 45 0.09
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (178 bp):
CAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAAT
AGCTTAACTATTTGAACTGGTTCAGCAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTATTAATTTTT
AAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTTTCAAATAAGCTTATATCAA
Found at i:1709 original size:36 final size:36
Alignment explanation
Indices: 1664--1737 Score: 130
Period size: 36 Copynumber: 2.1 Consensus size: 36
1654 AATCTCCAAC
*
1664 TTCTTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTAT
1 TTCTCAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTAT
*
1700 TTCTCAATTTTTGAAATATTGATAAAGTAATATTAT
1 TTCTCAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTAT
1736 TT
1 TT
1738 TATTTTGGAT
Statistics
Matches: 36, Mismatches: 2, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
36 36 1.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.04, G:0.07, T:0.50
Consensus pattern (36 bp):
TTCTCAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTAT
Found at i:2275 original size:163 final size:162
Alignment explanation
Indices: 1979--2276 Score: 377
Period size: 163 Copynumber: 1.8 Consensus size: 162
1969 ATGTTAGAAT
** * * *
1979 GATTTGAAATAGATAATTATTATAATAGTCTTAACTATTTGATCTGGTTCAACAAATAATTTATT
1 GATTTGAAATAGATAATTATTATAATAGTCAGAACTATTTGATCTGGTCCAACAAATAATATAGT
* * ***
2044 TTTTAAATCTCTTATTAATTTTTAGAATATTATTGGTTTAGCAATATTTTACTCCGAATAAGTTT
66 TTTTAAATCTCTTATTAATTTTCAAAATATTATTAAATTAGCAATATTTTACTCCGAATAAGTTT
2109 GTATGGACTTATGACAGAACAAAGATCATATC
131 GTATGGACTTATGACAGAACAAAGATCATATC
* *
2141 GATTTGAGATAGATAATTATTCA-AATAGTCAGAACTATTTGAAT-TGGTCCAATAAATAGATAT
1 GATTTGAAATAGATAATTATT-ATAATAGTCAGAACTATTTG-ATCTGGTCCAACAAATA-ATAT
* * * **
2204 AGTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTCAAAATATTGA-TAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA
63 AGTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTCAAAATATT-ATTAAATTAGCAATATTTTACTCCGAATAA
*
2268 TTTTGTATG
127 GTTTGTATG
2277 AATAGAAACA
Statistics
Matches: 114, Mismatches: 18, Indels: 7
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
162 48 0.42
163 65 0.57
164 1 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.08, G:0.12, T:0.44
Consensus pattern (162 bp):
GATTTGAAATAGATAATTATTATAATAGTCAGAACTATTTGATCTGGTCCAACAAATAATATAGT
TTTTAAATCTCTTATTAATTTTCAAAATATTATTAAATTAGCAATATTTTACTCCGAATAAGTTT
GTATGGACTTATGACAGAACAAAGATCATATC
Found at i:2389 original size:177 final size:181
Alignment explanation
Indices: 2117--2683 Score: 538
Period size: 181 Copynumber: 3.2 Consensus size: 181
2107 TTGTATGGAC
* * * * *
2117 TTATGACAGAACAAA-GATCATATCGATTTGAGATAGATAATTATTCAAATAGTCAGAACTATTT
1 TTATGACAAAACAAAGGATCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTT
** * * *
2181 GAATTGGTCCAATAAATAGATATAGTTTTT-AA-A-TCT-CTTATTAATTTTCAAAATATTGATA
66 GAATTACTCCAATAAACAAATATAGTTTTTAAATATTCTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATA
* *
2242 AATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA-TTTTGTATGAATAGAAACAATTGGT
131 AATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTCT-TATGAATAGAAACAATTGGT
* * *
2293 TTATTACAAAACAAAGGATCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAGTCATAATTATTT
1 TTATGACAAAACAAAGGATCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTT
** * * * ** *
2358 GAATTCACT-CGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTTTTGAAATTTTAAT
66 GAATT-ACTCCAATAAACAAATATAGTTTTTAAATATTCTACTTATTAATTTTCAAAATATTAAT
2422 AAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTCTTATGAATAGAAACAATTGGT
130 AAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTCTTATGAATAGAAACAATTGGT
* * * *
2474 TTATGACAAAACAAAAGG-TCATAACAATTTGAAATAGATAATCATTCAAGTGGTCATAATTATT
1 TTATGACAAAAC-AAAGGATCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTA-T
* * * * * * * **
2538 TTGAA-CAGGCT-CAAAAAACAAATTTA--TTTTATATATTTTTCTTAGTAATCTTT-GGAATAT
64 TTGAATTA--CTCCAATAAACAAATATAGTTTTTAAATATTCTACTTATTAAT-TTTCAAAATAT
* * * *
2598 TAGTAAACTTA-TATTATTTTA-TTTGAAATAAGCT-TGTACGAATAGAAACCATTGTT
126 TAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTG-AATAAGCTCT-TATGAATAGAAACAATTGGT
* *
2654 TTATGGCAAAACAAAAGG-TCATAACTATTT
1 TTATGACAAAAC-AAAGGATCATAACGATTT
2684 AAACTTGTTT
Statistics
Matches: 331, Mismatches: 45, Indels: 26
0.82 0.11 0.06
Matches are distributed among these distances:
176 13 0.04
177 63 0.19
178 3 0.01
179 6 0.02
180 97 0.29
181 122 0.37
182 27 0.08
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.11, T:0.40
Consensus pattern (181 bp):
TTATGACAAAACAAAGGATCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTT
GAATTACTCCAATAAACAAATATAGTTTTTAAATATTCTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATA
AATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTCTTATGAATAGAAACAATTGGT
Found at i:2464 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 2217--2683 Score: 568
Period size: 181 Copynumber: 2.6 Consensus size: 179
2207 TTTTAAATCT
** * **
2217 CTTATTAATTTTCAAAATATTGATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGTATGAATAG
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAG
* * * *
2282 AAACAATTGGTTTATTACAAAAC-AAAGGATCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAG
66 AAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGG-TCATAACAATTTGAAATAAATAATCATTCAAATAG
***
2346 TCATAATTA-TTTGAATTCA-CTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATATTTTA
130 TCATAATTATTTTGAA--CAGCTCAAAAAACAAATTTA--TTTTAAATATTTTA
*
2398 CTTATTAATTTTTGAAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTCT-TATGAATA
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCT-TGTATGAATA
* * *
2462 GAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATCATTCAAGTGG
65 GAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATCATTCAAATAG
* *
2527 TCATAATTATTTTGAACAGGCTCAAAAAACAAATTTATTTTATATATTTTT
130 TCATAATTATTTTGAACA-GCTCAAAAAACAAATTTATTTTAAATATTTTA
* * * * *
2578 CTTAGTAATCTTTGGAATATTAGTAAACTTA-TATTATTTTA-TTTGAAATAAGCTTGTACGAAT
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTG-AATAAGCTTGTATGAAT
* * * *
2641 AGAAACCATTGTTTTATGGCAAAACAAAAGGTCATAACTATTT
64 AGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTT
2684 AAACTTGTTT
Statistics
Matches: 250, Mismatches: 28, Indels: 17
0.85 0.09 0.06
Matches are distributed among these distances:
179 5 0.02
180 99 0.40
181 120 0.48
182 26 0.10
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (179 bp):
CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAG
AAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATCATTCAAATAGT
CATAATTATTTTGAACAGCTCAAAAAACAAATTTATTTTAAATATTTTA
Found at i:3212 original size:302 final size:299
Alignment explanation
Indices: 2766--3340 Score: 740
Period size: 302 Copynumber: 1.9 Consensus size: 299
2756 ATTATTTTAT
* * * * * *
2766 TTTGAATAAGCCTATATGAATTGATATAATTGTTTTATGGCAAAACAAAAGGTCATAACGATTTG
1 TTTGAATAAGCCTATATGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTG
* * ** * * *
2831 AAATAGATAATTATTTAGATAGTTATTACTATTTGAACTTATTCGATAAACATATTTATTTTTTA
66 AAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTTATTCGATAAACAGATTCATTTTTTA
* *
2896 AATCTTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTA-ATATTATTTTAATCCAAATAAGCTA
131 AATCTTTCACTTATTAATTGTTGAAA-ATTAATAAATTAGA-ATTATGTTAATCCAAATAAGCTA
* *
2960 ATATGAACAAAAATAATTGCTTTATGACAAAACAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATT
194 ATATGAACAAAAACAATTGCTTTATGACAAAA-AAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATT
*
3025 GTTCAAATAGTCATAACTATTCAAAATTATTTGGTAAACAGA
258 ATTCAAATAGTCATAACTATTCAAAATTATTTGGTAAACAGA
* * * * *
3067 TTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAATACAAAAGGTTATAGCAATTT
1 TTTG-AATAAGCCTATATGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTT
* * *
3132 GAACTAGATAATTATTCAAATAGCCATAATTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTCATTTTTT
65 GAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTTATTCGATAAACAGATTCATTTTTT
* * * * *
3197 AAAT-TTCTCACTTATTAATTTTTGGAAATTAATAAATTAGAATTATGTTATTCTAAATAAGCTT
130 AAATCTT-TCACTTATTAATTGTTGAAAATTAATAAATTAGAATTATGTTAATCCAAATAAGCTA
* * * * * * **
3261 GTATGAACAAAAACAATTGTTTTGTGAGAAAATAAAGGGTCATAACGATTTGAAATAGGTAATTA
194 ATATGAACAAAAACAATTGCTTTATGACAAAAAAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTA
3326 TTCAAATAGTCATAA
259 TTCAAATAGTCATAA
3341 TTGTTTGCAT
Statistics
Matches: 232, Mismatches: 39, Indels: 7
0.83 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
300 42 0.18
301 64 0.28
302 126 0.54
ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (299 bp):
TTTGAATAAGCCTATATGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTG
AAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTTATTCGATAAACAGATTCATTTTTTA
AATCTTTCACTTATTAATTGTTGAAAATTAATAAATTAGAATTATGTTAATCCAAATAAGCTAAT
ATGAACAAAAACAATTGCTTTATGACAAAAAAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATT
CAAATAGTCATAACTATTCAAAATTATTTGGTAAACAGA
Found at i:3697 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 3676--3708 Score: 50
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
3666 TAACAATTTG
3676 AAATAG-ATAATTATTC
1 AAATAGCATAATTATTC
3692 AAATAGTCATAATTATT
1 AAATAG-CATAATTATT
3709 TGAAATAGTT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
18 9 0.60
ACGTcount: A:0.48, C:0.06, G:0.06, T:0.39
Consensus pattern (17 bp):
AAATAGCATAATTATTC
Found at i:3698 original size:182 final size:180
Alignment explanation
Indices: 3071--3712 Score: 591
Period size: 180 Copynumber: 3.5 Consensus size: 180
3061 AACAGATTTG
* * * * * *
3071 AAATAAGCTTGTATGAATAGAAAA-AATTATTTTATGACAATACAAAAGGTTATAGCAATTTGAA
1 AAATAAACTTATATGAACA-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAA
* * * *
3135 CTAGATAATTATTCAAATAGCCATAATTATTTGAACTTGT-TCGATAAACAGATTCATTTTTTAA
65 ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTAT-GACAAACAGATTCATTTTTTAA
* * *
3199 AT-TTCTCACTTATTAATTTTTGGAA-ATTAATAAATTAGAATTATGTTATTCT
129 ATCTT-TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA-AATTATTTTATTCT
* * * * * * * *
3251 AAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTGTGAGAAAATAAAGGGTCATAACGATTTGAAA
1 AAATAAACTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAA
* * * * * * * *
3316 TAGGTAATTATTCAAATAGTCATAATTGTTTGCATTGGTCAAGCCAAA-AGATACATTTTCTAAA
66 TAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGT-ATGACAAACAGATTCATTTTTTAAA
** ** * * *
3380 TCCATTACTTATTAATTTTCAAAATATGAATAAATTAGCATTACTTTATTCT
130 TCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA-AATTATTTTATTCT
* * * * *
3432 GAATAAGA-TTATATGAACATAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAATGGTTATAACGATTTGAA
1 AAATAA-ACTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAA
* ** * * * * * * *
3496 A-A-TTTTTTTTGGTTAAATAGTTATAACTAATTGAACTGGTATGGCAAACAGATTTATTTTTTT
65 ATAGATAATTAT--TCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTATGACAAACAGATTCA-TTTTTT
*
3559 AAATCTTTTA-TGTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCC
127 AAATCTTTTACT-TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAA-ATTATTTTATTCT
* ** * * *
3614 AAACAAACTTCCATGAATAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAA
1 AAATAAACTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAA
3679 TAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAA
66 TAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAA
3713 ATAGTTTTGT
Statistics
Matches: 363, Mismatches: 84, Indels: 28
0.76 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
179 8 0.02
180 120 0.33
181 110 0.30
182 120 0.33
183 1 0.00
184 4 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (180 bp):
AAATAAACTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAA
TAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTATGACAAACAGATTCATTTTTTAAAT
CTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAAATTATTTTATTCT
Found at i:3716 original size:19 final size:18
Alignment explanation
Indices: 3671--3717 Score: 62
Period size: 19 Copynumber: 2.7 Consensus size: 18
3661 GGTAATAACA
3671 ATTTGAAATAG-ATAATT
1 ATTTGAAATAGTATAATT
*
3688 A-TTCAAATAGTCATAATT
1 ATTTGAAATAGT-ATAATT
3706 ATTTGAAATAGT
1 ATTTGAAATAGT
3718 TTTGTAAACA
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 2, Indels: 4
0.81 0.06 0.13
Matches are distributed among these distances:
16 8 0.32
17 1 0.04
18 7 0.28
19 9 0.36
ACGTcount: A:0.45, C:0.04, G:0.11, T:0.40
Consensus pattern (18 bp):
ATTTGAAATAGTATAATT
Found at i:3729 original size:182 final size:181
Alignment explanation
Indices: 3071--3712 Score: 575
Period size: 182 Copynumber: 3.5 Consensus size: 181
3061 AACAGATTTG
* * * * * *
3071 AAATAAGCTTGTATGAATAGAAAA-AATTATTTTATGACAATACAAAAGGTTATAGCAATTTGAA
1 AAATAAACTTATATGAACA-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAA
* * * * *
3135 CTAGATAATTATTCAAATAGCCATAATTATTTGAACTTG-TTCGATAAACAGATTCATTTTTTAA
65 ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTTAGACAAACAGATTCATTTTTTAA
* * *
3199 AT-TTCTCACTTATTAATTTTTGGAA-ATTAATAAATTAGAATTATGTTATTCT
130 ATCTT-TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA-AATTATTTTATTCT
* * * * * * * *
3251 AAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTGTGAGAAAATAAAGGGTCATAACGATTTGAAA
1 AAATAAACTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAA
* * * * ** * * *
3316 TAGGTAATTATTCAAATAGTCATAATTGTTTGCATTGGTCAAGCCAAA-AGATACATTTTCTAAA
66 TAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTTAGACAAACAGATTCATTTTTTAAA
** ** * * *
3380 TCCATTACTTATTAATTTTCAAAATATGAATAAATTAGCATTACTTTATTCT
131 TCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA-AATTATTTTATTCT
* * * * *
3432 GAATAAGA-TTATATGAACATAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAATGGTTATAACGATTTGAA
1 AAATAA-ACTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAA
* ** * * * * * * * *
3496 A-A-TTTTTTTTGGTTAAATAGTTATAACTAATTGAACTGGTAT-GGCAAACAGATTTATTTTTT
65 ATAGATAATTAT--TCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTTAGACAAACAGATTCA-TTTTT
*
3558 TAAATCTTTTA-TGTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCC
127 TAAATCTTTTACT-TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAA-ATTATTTTATTCT
* ** * * *
3614 AAACAAACTTCCATGAATAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAA
1 AAATAAACTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAA
3679 TAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAA
66 TAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAA
3713 ATAGTTTTGT
Statistics
Matches: 361, Mismatches: 87, Indels: 26
0.76 0.18 0.05
Matches are distributed among these distances:
179 8 0.02
180 118 0.33
181 110 0.30
182 120 0.33
183 1 0.00
184 4 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (181 bp):
AAATAAACTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAA
TAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTTAGACAAACAGATTCATTTTTTAAA
TCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAAATTATTTTATTCT
Found at i:4260 original size:179 final size:178
Alignment explanation
Indices: 3734--6452 Score: 1064
Period size: 179 Copynumber: 15.0 Consensus size: 178
3724 AACAGAATTG
* * * * * *
3734 TTATGA-CTTTTTATTTTGTAATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCGGATTAAAA
1 TTATGACCATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC-GAATAAAA
* *** * * * * *
3798 TAATATTAATTTATTAATATTTTGACAATTAACAAGTGAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAC
65 TAATA-TAATTTATTAAAATTCCAAAAATTAATAAAT-AAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTAT
* ** * * * * *
3863 CAAACAAGTTCAAATAGTCAAGACTATTTGGATAATTATCTATTTCAAATAA
128 CGAGTAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * * *
3915 TTATGACC----TATTTTGTAATAAAATAATTGATTC-AGTTAACATAAGTTTATTTGAAATAAA
1 TTATGACCATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCG-AATAAA
* * * * * * * * *
3975 ATAGCTCTAATTTATTAATATACCAAAAATTAATGAGTAAGAGAATTCAAAAAATGAATCTGTTT
64 ATA-ATATAATTTATTAAAATTCCAAAAATTAATAAATAA-A-AATTTAAAAAATAAATATGTTT
** ** * * * * *
4040 ATTAAACAAGTTCAAATAGATATGACTATCTAAATAATTATCTATTTCAAAACA
126 ATCGAGTAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* *
4094 TTATGACCA-TTTGTTTTGTCATAAAATAATTAGTTT-TGTTCATGCAAGCTTATTTCGAATAAA
1 TTATGACCATTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-GTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCGAATAAA
* *
4157 ATAATATAAATTTATTAAAACTCCAAAAATTAATAAATAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTTT
64 ATAATAT-AATTTATTAAAATTCCAAAAATTAATAAATAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTAT
*
4222 TGAGTACATTC-AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
128 CGAGTA-ATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* ** * * *
4273 TTATGA-CAATTTGTTTTGTCATAAACCAATTATTTCTATTCATACAAGCTTACTCAAAATAAAA
1 TTATGACCATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC-GAATAAAA
* * ** * * * * *
4337 TAATATTAATTTATTAATATTTCTTAAATTGATAAGTAAAAGTTTAAATAATAAATTTGTTTATC
65 TAATA-TAATTTATTAAAATTCCAAAAATTAATAAATAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTATC
* * * * * *
4402 GAGCAAGTTCAAATAGTTATTACTATTTGAATAATTATATATTTTAAATCT
129 GAGTAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * *
4453 TTATGA-TATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTAACACAAGTTTATTTGGAATAAAA
1 TTATGACCATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCGAATAAAA
* * * **
4517 TAATACTAATTTATT--ATTTCCAAAAATTAATAAGTTAGAGGTTTAAAAAATAAATATGTTTAT
65 TAATA-TAATTTATTAAAATTCCAAAAATTAATAA-ATAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTAT
* * * * ** * * ** *
4580 CGAATAGGTTTAAATAGTCATCTCCATTTGATCTGTTATTTATTTCAAATCA
128 CGAGTA-ATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * ** *
4632 TTAT-AACATTTTGTTTTATTATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTAGAATAAAAT
1 TTATGACCATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAATAAAAT
* * * ** * *
4696 AATACCAATTTATTAATATTTCAAAAA-T--T-AATAAGGATTT-AAAAATAAATGTGTTTTTCG
66 AATA-TAATTTATTAAAATTCCAAAAATTAATAAATAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTATCG
* * * * * *
4756 AAGTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTGTTTTAAATTA
130 -AGTAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * * *
4806 TTCTAATC-TTTTGTTTAGTCAAAAAATAATTGTTTC-AGTTCATACATGCTTATTCAAAATATA
1 TTATGACCATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTC-GAATAAA
* * * * * **
4869 GTAATACTAATTTATTAAAATT-TAGAAAATGAAT-AA-GAAATTTTAAAAAA-ATCTAT-TTAC
64 ATAATA-TAATTTATTAAAATTCCA-AAAATTAATAAATAAAAATTTAAAAAATAAATATGTT--
* *
4929 TGAAT-AAGTTCAAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCA
125 T--ATCGAG-T--AA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * * * *
4988 TTATGACC-TTTT-ATTTATCATAAAACAATTGTTTCAATACAAAAAAG-TTTTTCCAAAATAAA
1 TTATGACCATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATT-C-GAATAAA
** * * * * * ** **
5050 ATAATATTGCTTTATTAATATTTCAAAATTTAAGAAGTTGGAGTTTTAAAAAATAAATCA-GTTT
64 ATAATA-TAATTTATTAAAATTCCAAAAATTAATAA-ATAAAAATTTAAAAAATAAAT-ATGTTT
* * * * * * * **
5114 ATCAAATTATTCAAATAATTATGGCCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTG
126 ATCGAGTAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * *
5167 TTATGAAC-TTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTTTCA-TCATACAAGCCTATTTGGAATAAA
1 TTATGACCATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTA-TTCGAATAAA
* * * * * * * *
5230 ATAATACAAATTTACTAATATTTCAAAAATTAAT--A-AAAGATTTAAAAAGTTAATTTGTTTAT
64 ATAATA-TAATTTATTAAAATTCCAAAAATTAATAAATAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTAT
* **** * * **
5292 TGAACCCGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATATATTTCAAATTG
128 CG-AGTAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * * * *
5344 TTAT-AGTC-TTTTGTTATCTCATAAAACAATTATTTCTATTCACATAAGTTTATTCAAAATAAA
1 TTATGA-CCATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC-GAATAAA
* * * * *** * * * *
5407 ATGATACTAATATAATAATATTTTGAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTCTTTA
64 ATAATA-TAATTTATTAAAATTCCAAAAATTAATAAATAA-AAATTTAAAAAATAAATATGTTTA
** * * * * * * * *
5472 CTAAACTAGTTCAAATATTTAAGGCTATATGAACAATTCTTTATTTCAAATCA
127 -TCGAGTAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * *
5525 TTATGA-CATTTTGTTTTGTCGTAAAACAATT-TTTTTCATTTCTTAGTAAG-TTATTCGGAATA
1 TTATGACCATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCT-A-TTCATA-CAAGCTTATTC-GAATA
* * * * * * ** * *
5587 AAGTAAAACAAATTTATTAATATTTCAAAACTTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAAATAATTCA-G
62 AAATAATA-TAATTTATTAAAATTCCAAAAATTAATAAATAA-AAATTT-AAAAAATAAAT-ATG
** * ** * *
5651 TTTGCCTAACCAGTTCAAATA-TTATGAACTATTTGAATAATTAATCTATTTCAAATCA
123 TTTATC-GAGTAATTCAAATAGTTATG-ACTATTTGAACAATT-ATCTATTTCAAATCA
* * * * * * * * ** *
5709 TTATGTATCCTATTACT-TTCTATCAATAACA-AA-TGTTTTTGTACATATAAATTTGTATCGGA
1 TTATG-A-CC-ATT-TTGTTTTGTC-ATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTAT-TC-G-
* * *** * * * *
5771 AATAAAATAATATATAGGTTATTAATATTTTGAAAATTAAGAAGT--AGATTTAAAAAGTAAA-A
58 AATAAAATAATATA-A-TTTATTAAAATTCCAAAAATTAATAAATAAAAATTTAAAAAATAAATA
** ** * * * *
5833 TTGTTTACTAAAACCAATTC-AATCACATTATAACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCA
121 -TGTTTA-T-CGAGTAATTCAAAT-A-GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * *
5895 TTATGACCA-TTTGTATTGTCAAAAAAAAATAATTATTTCTGTTCATACAATCTTATTCGAATAT
1 TTATGACCATTTTGTTTTGTC---ATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAATA-
* * *** * * *
5959 AAAGTAATACTAATTTATCAATATT-TTGAAATTAATAAGTAATAGATTTAAAAAATAAATCA-A
62 AAA-TAATA-TAATTTATTAAAATTCCAAAAATTAATAAATAA-AAATTTAAAAAATAAAT-ATG
*** ** * * *
6022 TTGGCCTGACCAATACAAATAGTTATGACTGTTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA
123 TTTATC-GAGTAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * *
6079 TTATGA-TATTTTGTTTTATCACAAAATAATTGTTTC-ATCACAAACAAATTGTTTCTATT-GTA
1 TTATGACCATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTAT-TCATAC-AA--G-CT-TATTCG-A
* *
6141 CTAGCTTATTTGAAATAATATAATTCTATTATATTAATATTCTAAAAATTAAT-AAT--AGATTT
59 --A---TA----AAATAATATAATT-TA-T-TA--AA-ATTCCAAAAATTAATAAATAAAAATTT
* * ** * ** * * *
6203 AAAAAATAAATCTGTTTATTGAACAAGTACAAATAACTATGATTATTTGAATAATTATTTATTTC
109 AAAAAATAAATATGTTTATCGAGTAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* *
6268 TAATCG
173 AAATCA
* * * * * *
6274 CTATAACC-TTTTGTTTTGTCCTAAAACAAAAT-TTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAA
1 TTATGACCATTTTGTTTTGTCATAAAA-TAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCGAATAAA
* * * * * * *
6337 ATTATGCA-AATTTATTAATATT-CAGACAACTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATT
64 ATAAT--ATAATTTATTAAAATTCCA-AAAATTAATAAATAAAA-ATTTAAAAAATAAATATGTT
* * * *
6400 TATCGAATAAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAAT
125 TATCGAGTAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
6453 TGTTATGATT
Statistics
Matches: 1946, Mismatches: 444, Indels: 296
0.72 0.17 0.11
Matches are distributed among these distances:
173 1 0.00
174 90 0.05
175 39 0.02
176 28 0.01
177 136 0.07
178 126 0.06
179 364 0.19
180 210 0.11
181 237 0.12
182 193 0.10
183 73 0.04
184 100 0.05
185 42 0.02
186 89 0.05
187 22 0.01
188 32 0.02
189 28 0.01
190 2 0.00
191 6 0.00
192 6 0.00
193 7 0.00
194 11 0.01
195 84 0.04
196 5 0.00
197 1 0.00
198 5 0.00
199 9 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (178 bp):
TTATGACCATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAATAAAAT
AATATAATTTATTAAAATTCCAAAAATTAATAAATAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGA
GTAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
Found at i:5552 original size:538 final size:528
Alignment explanation
Indices: 3748--5555 Score: 1556
Period size: 538 Copynumber: 3.4 Consensus size: 528
3738 GACTTTTTAT
* ** * *
3748 TTTGTAATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCGGATTAAAATAATATTAATTTATT
1 TTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATT
* * * * *
3813 AATATTTTGACAATTAACAAGTGAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAAT
66 AATATTTTGAAAATTAATAA-T-AAAG-TTTAAAAAATAAATTTCTTTA-TAAACAAGTTCAAAT
* * * * * * * * * * *
3878 AGTCAAGACTATTTGGATAATTATCTATTTCAAATAATTATGAC---CTATTTTGTAATAAAATA
127 AGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTAAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACA
* * * * ** * *
3940 ATTGATTC-AGTTAACATAAGTTTATTTGAAATAAAATAGCT-CTAATTTATTAATATACCAAAA
192 ATTGTTTCTA-ATAAAAAAAGTTTATTCAAAATAAAATA-ATACTAATTTATT-AT-TTCCAAAA
* * * * * * *
4003 ATTAATG-AGTAAGAGAATTCAAAAAATGAATCTGTTTATTAAACAAGTTCAAATAGAT-AT-GA
253 ATTAA-GAAGTTAGAG-GTTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAA-TAGTTCAAATA-ATCATCG-
* * * * * *
4065 CTATCTAAATAATTATCTATTTCAAAACATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAATAATTAGTTT
313 CCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTA-TTT
* * * * * *
4130 TGT-TCATGCAAGCTTATTTCGAATAAAATAATATAAATTTATTAAAACTCCAAAAATTAATAAA
377 T-TATCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT--A
* ** *
4194 TAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTTTTGAGTACATTC-AATAGTTATGACTATTTGAACAATT
439 -AAAGATTT-AAAAATAAATATG-TTTTTGAACACGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
* * *
4258 ATCTATTTCAAATCATTAT-GACAATTTG
501 ATCTATTTCAAATTATTATAGTC-TTTTG
* * *
4286 TTTTGTCATAAACCAATTATTTCTATTCATACAAGCTTACTCAAAATAAAATAATATTAATTTAT
1 -TTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * * * *
4351 TAATATTTCT-TAAATTGATAAGTAAAAGTTTAAATAATAAATTTGTTTATCGAGCAAGTTCAAA
65 TAATATTT-TGAAAATTAATAA-T-AAAGTTTAAAAAATAAATTTCTTTAT-AAACAAGTTCAAA
* * * * * *
4415 TAGTTATTACTATTTGAATAATTATATATTTTAAATCTTTATGATATTTTGTTTTGTCATAAAAT
126 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTAAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAAC
* * * ***
4480 AATTGTTTCTATTAACACAAGTTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTATTTCCAAAAATT
191 AATTGTTTCTAATAAAAAAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTATTTCCAAAAATT
* * * * *
4545 AATAAGTTAGAGGTTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAATAGGTTTAAATAGTCATCTCCATTTG
256 AAGAAGTTAGAGGTTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAATA-GTTCAAATAATCATCGCCATTTG
** * * * * *
4610 -ATCTGTTATTTATTTCAAATCATTAT-AACATTTTGTTTTATTATAAAATAATTGTTTCTATTC
320 AAT-AATTATCTATTTCAAATCATTATGAAC-TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTTA-TC
** * *
4673 ATACAAAATTA-TTAGAATAAAATAATACCAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-AAGGATTT
382 ATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAAAGATTT
* * * * * *
4736 AAAAATAAATGTGTTTTTCGAAGTA-GTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTGTTTT
447 AAAAATAAATATGTTTTT-GAA-CACGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* *
4800 AAATTATTCTAATCTTTTG
510 AAATTATTATAGTCTTTTG
* * * * * *
4819 TTTAGTCAAAAAATAATTGTTTC-AGTTCATACATGCTTATTCAAAATATAGTAATACTAATTTA
1 TTT-GTCATAAAACAATTATTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTA
* * * * * ** ** *
4883 TTAAAATTTAGAAAATGAATAAGAAATTTTAAAAAAATCTATTTACTGAATAAGTTCAAAGTTCA
64 TTAATATTTTGAAAATTAATAATAAAGTTT-AAAAAATAAATTT-CTTTATAA--AC-AAGTTCA
* * * *
4948 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTT-ATTTATCATAAA
124 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTAAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAA
* ** *
5012 ACAATTGTTTC-AATACAAAAAAGTTT-TTCCAAAATAAAATAATATTGCTTTATTAATATTTCA
189 ACAATTGTTTCTAATA-AAAAAAGTTTATT-CAAAATAAAATAATACTAATTTATT-AT-TTCCA
* * * * *
5075 AAATTTAAGAAGTTGGAGTTTTAAAAAATAAATCA-GTTTATCAAATTA-TTCAAATAATTATGG
250 AAAATTAAGAAGTTAGAGGTTTAAAAAATAAAT-ATGTTTATCAAA-TAGTTCAAATAATCATCG
** * *
5138 CCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAACTTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTT
313 CCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTT
* * *
5203 TCATCATACAAGCCTATTTGGAATAAAATAATACAAATTTACTAATATTTCAAAAATTAATAAAA
378 T-ATCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAAA
* * * * *
5268 GATTTAAAAAGTTAATTTGTTTATTGAACCCGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATAT
442 GATTTAAAAA-TAAATATGTTT-TTGAACACGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
*
5333 ATTTCAAATTGTTATAGTCTTTTG
505 ATTTCAAATTATTATAGTCTTTTG
* * * * * * *
5357 TTATCTCATAAAACAATTATTTCTATTCACATAAGTTTATTCAAAATAAAATGATACTAATATAA
1 TT-TGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAT
*
5422 TAATATTTTGAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTCTTTACTAAACTAGTTCAAA
65 TAATATTTTGAAAATTAATAA-TAA-AG-TTTAAAAAATAAATTTCTTTA-TAAACAAGTTCAAA
* * * * * * * *
5487 TATTTAAGGCTATATGAACAATTCTTTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCGTAAAAC
126 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTAAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAAC
5552 AATT
191 AATT
5556 TTTTTCATTT
Statistics
Matches: 1020, Mismatches: 201, Indels: 97
0.77 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
531 11 0.01
532 32 0.03
533 123 0.12
534 49 0.05
535 122 0.12
536 90 0.09
537 112 0.11
538 293 0.29
539 107 0.10
540 19 0.02
541 61 0.06
542 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (528 bp):
TTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATT
AATATTTTGAAAATTAATAATAAAGTTTAAAAAATAAATTTCTTTATAAACAAGTTCAAATAGTT
ATGACTATTTGAACAATTATATATTTAAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
TTTCTAATAAAAAAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTATTTCCAAAAATTAAGAA
GTTAGAGGTTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAATAGTTCAAATAATCATCGCCATTTGAATAAT
TATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTTATCATACAAGCT
TATTTAGAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAAAGATTTAAAAATAAA
TATGTTTTTGAACACGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATA
GTCTTTTG
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*
6089 TTGTTTTATCACAAA-ATAA
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*
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*
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AATTATTAATAAAAAATA
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1 TTA
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* * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * *
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*
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* ** * *
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*
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TTACTATTATTTT
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*
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*
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TAAAATATTTAAAGT
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8567 TGTTAATAAC
*
8577 TAAAATTTTTAAAGTTTAAATATTTAAAT
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** *
8606 TAAAATATTTAATTTTTATTATTTAA
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* * * * *
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** * *
8941 TAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAACAAC
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* * * * * **
9006 TAAGTGATTTAAAAAGTTAATTTCTTTATCGAATTAGTTCAAATAGTCATGT
130 TAAGAGATTTAAAAAGTAAATCTATTTATCAAACAAGTTCAAATAGTCATGT
* * * * *
9058 CCATTTAAAAAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGCTTTTTCATAAAACAATTCTTTC
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** * * ** **
9123 T-GTTCATGGAAAATTATTCAAAATAAAAAAAATATTGATTTATTAACATTCTGAAAATTAATGA
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* * *
9187 GTAAGAGATTTGAAAAGATAAATCTATTTA-CTAAACAAGTTCAAATAGTTATGT
129 CTAAGAGATTTAAAAAG-TAAATCTATTTATC-AAACAAGTTCAAATAGTCATGT
* * * *
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1 CTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATGACA-TTTTGCTTTTTCATAAAACAATTCTTT
* * * * * * *
9305 TAG-T-ATA-AAAGCTTATGCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATT---AA
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*
9364 -TAAGAGATTTAAAAAATAAATC
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AGTTCATACAAAATTATTCAAAATAAAAAAAAACTAATTTATTAACATTCCAAAAATTAACAACT
AAGAGATTTAAAAAGTAAATCTATTTATCAAACAAGTTCAAATAGTCATGT
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9433 TTTCAAATCA
* **
9443 TTATTACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTCCAACATACAAGCTTA-TT-AAATAAAAT
1 TTATTACCTTTTATTTTGTCAAAAAACAATTGCCTTCCAACATACAAGCTTATTTGAAATAAAAT
9506 TG
66 TG
*
9508 TTATTA-CTTTTCTTTCTGTCAAAAAACAATTGCCTTCCAACATACAAGCTTATTTGAAATAAAA
1 TTATTACCTTTTATTT-TGTCAAAAAACAATTGCCTTCCAACATACAAGCTTATTTGAAATAAAA
9572 T
65 T
9573 AATACTAATT
Statistics
Matches: 58, Mismatches: 4, Indels: 4
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Matches are distributed among these distances:
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TTATTACCTTTTATTTTGTCAAAAAACAATTGCCTTCCAACATACAAGCTTATTTGAAATAAAAT
TG
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9629 TTGCTAAACC
*
9639 AGTTTAAATAATTATGACT
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* *
9658 AGTTCAAATAGTTATTACT
1 AGTTCAAATAATTATGACT
9677 A
1 A
9678 TTTGAACAAT
Statistics
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AGTTCAAATAATTATGACT
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Indices: 11560--11615 Score: 62
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11550 TTTGAACACG
11560 TTTAAATAGTTATGACTA
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* *
11578 TTTAAACAATTAT--CTA
1 TTTAAATAGTTATGACTA
*
11594 TTTCAAATTGTTATGACTA
1 TTT-AAATAGTTATGACTA
11613 TTT
1 TTT
11616 GTTTTGTGAT
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 5, Indels: 5
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TTTAAATAGTTATGACTA
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Indices: 11061--12824 Score: 1324
Period size: 181 Copynumber: 9.7 Consensus size: 182
11051 TAGATAATTG
* * *** *
11061 TTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCA-ACAAGCTTATTCGGATTAAAAT
1 TTATGACTTTTTGTTTGGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTTAAAATAAAAT
* * * * * *
11125 AATATTAGTTTATTAATATTTCGATAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTT-GC
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* * *
11189 TGAATAAGTTCAAATAGTT-TAACTATTTGAATAATTAACTATTTCAAATCA
131 TGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * *
11240 TTATGACCTTTTT-TTTGTTAATAAAACAATTGTTT-TAGTTAATATAAA--TTATTAAAAATAA
1 TTATGA-CTTTTTGTTTGGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATA-AAAGCTTATTTAAAATAA
* * * * * **
11301 AATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATGAATGAGCAAAAGAATTAAAAAA-AAATGAATTT
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* * * *
11365 GTTTACTGAAAAAGTTCAAATAGTTATGACTATCTAAACAATTATCTATTTCAACA-CA
127 -TAT-CTGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA-ATCA
* * * ** * *
11423 TTAGGACTTTTTATTTTGTCA-AAAAGCAATTGGATCTATTCATGAAAGCTTATTTCAAATAAAA
1 TTATGACTTTTTGTTTGGTCATAAAA-CAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTTAAAATAAAA
* * * *
11487 TAATA-TAAATTTATTAATA-TTCAAAAAATTAATAAATAATA-ATTTAAACAATAAATTTATTT
65 TAATACT-AATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTT
* * * * * * **
11549 TTTTGAACACGTTTAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTG
128 ATCTGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * * *
11604 TTATGACTATTTGTTTTGTGATAAATCACTTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAAT
1 TTATGACTTTTTGTTTGGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTTAAAATAAAAT
* * * *
11669 AATATTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGA-TT-AAAAAGAAATCTATTTACC
66 AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATC
* * * * *
11732 AG-GTGAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATTTATTTCAAATCA
131 TGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * *
11783 TTATGA-TCTTTTCTTTGGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGTTTATTTGAAATAAAA
1 TTATGACT-TTTTGTTTGGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTTAAAATAAAA
* * ** *
11847 TAATATTAATTTATTAATA-TTCTAAAATTAATAAGTTGAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAG
65 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAT
* * * * * * *
11911 C-AAACAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACTATTATCTATTTCAAATCG
130 CTGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * *
11963 TTATGACATTTTGTTTTGTTGTAAAATAATACCAA-TGATTTACAATAATTGGTATTCATACAAA
1 TTATGACTTTTTG-TTTG--GT--CATAA-AACAATTG-TTT-C---------TATTCATA-AAA
* * *
12027 -ATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTATTATTTCAAAAATTAATAAG-----GATTT-A
48 GCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAA
* * * * * * * * *
12085 AAAACAAATGTGTTTGTC-GAATTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATATGTTTCA
113 AAAATAAATCTATTTATCTGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA
*
12149 ACTCA
178 AATCA
* * * * * * ** * *
12154 TTCTGACTTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTC-AGCTCATACATGCCAATTTGAAATATAA
1 TTATGACTTTTTGTTTGGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATAAAAGCTTATTTAAAATAAAA
* * * * *
12218 TAATACTAATTTATTAACATTTAAAAAATTAATAAGCAAGAA-A-TTAAAAAGCACAAATCAATT
65 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAA--ATAAATCTATT
* * * * *
12281 TA-CTGAACAAGTTAAAATTGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATCA
127 TATCTGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* ** * * *
12336 TTATGACTTTTTATTTTATCATAAAACAGTTGTTTC-AGTGCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAA
1 TTATGACTTTTTGTTTGGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATAAAAGCTTATTTAAAATAAAA
* * * * *
12400 TAATA-TTACTTATTAATATTTCAAAAATTGATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTA
65 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTA-TTTA
* * * ** * * *
12463 TC-AAATCAGTTCAAATAATTACAACCATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCA
129 TCTGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * * *
12516 TTATGAAC-ATTTGCTTGGTCATAAACCAATTGTTTTTTTTTTTTTATCATACAAGCCTATTCAA
1 TTATG-ACTTTTTGTTTGGTCATAAAACAATTG------TTTCTAT-TCATAAAAGCTTATTTAA
* * * * ** *
12580 ATTAAAATAAAACTAATTTACTAATATTTCAAAAATTAAAAAGTAGGAGAGTTAAAAAATAAATC
58 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATC
* * ** * *
12645 TGTTTA-CCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATTA
123 TATTTATCTGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * *
12704 TTATAACCTTTTGTTAT-GTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGTTTATTAAAAATAAAA
1 TTATGACTTTTTGTT-TGGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTTAAAATAAAA
* * * *
12768 TAATACT-ATTGTAATAATA-TTCTAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATTAAAT
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12825 AAATTAGATT
Statistics
Matches: 1241, Mismatches: 264, Indels: 158
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (182 bp):
TTATGACTTTTTGTTTGGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTTAAAATAAAAT
AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATC
TGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
Found at i:12404 original size:182 final size:175
Alignment explanation
Indices: 12028--12801 Score: 449
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12018 TCATACAAAA
* *
12028 TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTATTATTTCAAAAATTAATAAGGATTTAAAAACAAA
1 TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGGATTAAAAAACAAA
*** * ** * * * * *
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* * *
12158 GACTTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAGCTCATACATGC
131 GACTTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAGCTCATAAAAGC
** ** * * *
12203 CAATTTGAAATATAATAATACTAATTTATTAACATTTAAAAAATTAATAAGCAAGAAATTAAAAA
1 TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG---G--ATTAAAAA
* * * *
12268 GCACAAATCAATTTACT-GAACAAGTTAAAATTGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTAAA
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* *
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* * *
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1 TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAG-GA-TTAAAA
* * * * * * * * * * *
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* * * * **** *
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* * * * *
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1 TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT---AA-TAAG-GA-TTAAAA
* ** * * * * *
12637 AATAAATCTGTTTAC-CGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAA
60 AACAAATCAATTT-CTCGAACAAGTTAAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATATATTTAAAA
* * * * * * *
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* * *
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TCAATTTCTCGAACAAGTTAAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATATATTTAAAATCATTAT
GACTTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAGCTCATAAAAGC
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12983 GATTTTTACT
*
12993 TAATTATTATTATA-T-ATTTATA
1 TAATTAATATTATATTAATTTATA
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TAATTAATATTATATTAATTTATA
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**
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1 TAATAATTAATATAATAT
* *
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TAATAATTAATATAATAT
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Done.