Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019168468.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_68, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 134064
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.12, T:0.38
Warning! 3000 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 1 of 2
Found at i:417 original size:180 final size:177
Alignment explanation
Indices: 14--4941 Score: 1713
Period size: 180 Copynumber: 27.8 Consensus size: 177
4 GTAAACAAAA
* * *
14 TTATTTTTTAAATCCTTTACATATTAATTTCTAAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTAT
1 TTATTTTTTAAAT-CTTTACTTATTAATTT-TTAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATT-T
* *** * * *
78 GAATAAGCTAGTATGAATTGAAA-AATTATTTTATGACAAA-ATAA----A-AGTGATTTGAAAT
62 GAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAAT
* * * ** * * ** * *
136 AGATAATTGTTCATATAGTCT-TAACTATTGGAA-TTAGTTGGCAAACAAAT
127 AGATAATTATTCAAATAGT-TATAATTATTTAAACTGATTTGATAAATAGAT
* * *
186 TTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTAGAATATTATTATATTAGTATTATTTTATTTGA
1 TTATTTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTTTTA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGA
* * * *
251 ATAAACTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAGAACACAAGGTTAGAATGATTTGAAGTA
64 ATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACA-AACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATA
* *
316 TACAATTATTCAAATAGTTATAATTATTTAAACTGATTTGATAAATAGAT
128 GATAATTATTCAAATAGTTATAATTATTTAAACTGATTTGATAAATAGAT
* * *
366 TTATTTGTTAAATCTTATACTTATTAAATTTTTAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCG
1 TTATTTTTTAAATCTT-TACTTATT-AATTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TG
* ** * * **
431 AATAAACTTGTATGATA-AAAAATAATTGTTACATGACAAACAAAACGTAATAACAATTTTTGAA
63 AATAAGCTTGTATGA-ACAAAAATAATTGTTTTATGACAAACAAAAGGTTATAATGA--TTTGAA
* * ** * * *
495 ATAGATAATTATTGAAATGGCCATAATTATTTGAACTGATTTGGTAAATGGAT
125 ATAGATAATTATTCAAATAGTTATAATTATTTAAACTGATTTGATAAATAGAT
* *
548 TTATTTTTTAAATCACTTACTTATTAA-TTTTAGAATATTAAT-AATTAGTATTATTTAATTTTG
1 TTATTTTTTAAATC-TTTACTTATTAATTTTTA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTG
* ** * * * *
611 AACAAGCTTGTATGAACTGAAACAATT-TTTTATGA-AAAAAAAAAGTCATAATGATTTGAAATA
63 AATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATA
* * * * * * *
674 GATAATTATTCATATAGTCT-TAATTGTTTAAATTGCTTCT-ACAAACAAAT
128 GATAATTATTCAAATAGT-TATAATTATTTAAACTGATT-TGATAAATAGAT
* *
724 TTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTTG
1 TTATTTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTG
* * ** * * * *
789 AATATGCTTATATGAACTGAAA-AATTATTTTATAATAGAATAAAAGGTTATAATGATTTGAAAT
63 AATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACA-AACAAAAGGTTATAATGATTTGAAAT
* * * * * *
853 AGATAA-TGTTC-AA-A--TATGA--A-CT-AA-T-A--TAATAAACATAT
127 AGATAATTATTCAAATAGTTATAATTATTTAAACTGATTTGATAAATAGAT
* ** * *
891 TTATTTTTTAAATCTCCTACAAATTACTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGA
1 TTATTTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGA
* * ** * ** * *
956 ATAGGCTTATATGATGAAAACTAATTGTTTTATGACAAACAAAATTTTGTAATAATTTGAAATAG
64 ATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAG
* * ** * * * *
1021 ATAATTATTTGAAA-GGCAATAGTTATTTGAA-TCGATTTGATAAATTGAC
129 ATAATTA-TTCAAATAGTTATAATTATTTAAACT-GATTTGATAAATAGAT
* * * *
1070 TTATTTTTTAAAT-TTCTAACTTATCAATTTTTGAACTATTAAT--ACTAGTATTATTTTATTTC
1 TTATTTTTTAAATCTT-T-ACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTG
* * ** * * * * * *
1132 AGATAAACTTTTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGG-CATATTTATTTTAAA
63 A-ATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGA-CAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAA
* * * * **
1196 TAGATAATTATTCAAAAAGTCATAACTATTTAAACTTACTCCG-TAAATAGAT
126 TAGATAATTATTCAAATAGTTATAATTATTTAAACTGA-TTTGATAAATAGAT
* ** * * * *
1248 TTATTTTTTAAAATTTTTTTTGTATTATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCA
1 TTATTTTTT-AAATCTTTACT-TATTAATTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-G
* * * ** *
1313 AATAAGCTTGTATGAACTAAAAAAAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAA
63 AATAAGCTTGTATGAAC-AAAAATAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAA
* * * * * * * * * * *
1378 TAGATAA-TAGCTCTAATAATCT-TAACTATTTGAATTGGTTCGACAAACATAT
126 TAGATAATTA-TTCAAATAGT-TATAATTATTTAAACTGATTTGATAAATAGAT
* * * * * * ***
1430 TTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTATTAATTTAGCAATACTTTACTCCA
1 TTATTTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTTTTA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTG
* * * * *
1495 AATGAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-ATCT-CAATGATTTGAAC
63 AATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAGGT-TATAATGATTTGAAA
* ** * * * *
1558 TAG-T--TCGA-T-AAACGGATT-TAGTT-TTTAAATCT--CTT-ATTAAT--TT
126 TAGATAAT-TATTCAAATAG-TTATAATTATTTAAA-CTGATTTGATAAATAGAT
** * *** * * * * * ***
1601 TTGAAATATTAAAAAATTA-GTATT-A--TTTGATTATTAAT-AATT-TTA-TA-TTAATACAAA
1 TT-ATTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAA
* * * * * * *
1658 CAATTG-TTTTATG-ACAAAACAAAATATCATAACGATT-TGA-AATAGATGATA-GTTCAAATG
65 TAA--GCTTGTATGAACAAAA-ATAAT-T-GT----TTTATGACAA-ACA--AAAGGTT---AT-
* * * * * * * *
1718 AACGTGACTATTTGAACTTGTTCGATCAAT-AAAT--TTAT--TT-TTTAAATCTCCAACTT-AT
114 AA--TG---ATTTGAAATAGAT-AATTATTCAAATAGTTATAATTATTTAAA-CT--GATTTGAT
* *
1776 TAAT--TT
170 AAATAGAT
** * * * *
1782 TTAGAATGTTAATAT-ATTA-GTATT-ATTTTGT---T-TTGAATAAAATT-GTATGA----A-T
1 TTA-TTTTTTAA-ATCTTTACTTATTAATTTT-TAAATATT-AAT-AAATTAGTATTATTTTATT
* * * ** * * * *** *
1834 AGAACAATTG-TTTTATG-ACAAAACA-AAAAG-ATAATAACAATTTGAAA---TA-AATAATTG
61 TGAATAA--GCTTGTATGAACAAAA-ATAATTGTTTTATGACAA-ACAAAAGGTTATAATGA-T-
* * * * ** * * ** *
1891 TTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGCTCGGTAA--A--TAAATTTATTTTTTAAAT---C
120 TTGAAATAG--ATAATTATTCAAA-TAG-T-TATAATTATTTAAACTGATTTGATAAATAGAT
* * * *
1947 TT-TTATTT-AA----TA---A-T--TTTTGAAATTTTAATAAATTGGTATTATTTTTATTCTGA
1 TTATTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATT-TGA
* * * * * ** * *
2000 ATAGGCTTTTATGAATAGAAACAATTAATTTATGACAAAACAAAAAGGTCATAATGACTTGAAAT
64 ATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGAC-AAAC-AAAAGGTTATAATGATTTGAAAT
* * * * *
2065 AGATAATTCTTCAAATAGTTATAACTATTCAAACGTG-TTTAGA-AAACATAT
127 AGATAATTATTCAAATAGTTATAATTATTTAAAC-TGATTT-GATAAATAGAT
* *
2116 TTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA-TATTATTTTATTTCAA
1 TTATTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GA
* * ** *
2180 ATAAGGTTGCATGAACAAAACCAATTGTTTTATCACAAAACAAAA-GTTCATAAT-ATTTTGAAA
64 ATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAGGTT-ATAATGA-TTTGAAA
* * * * * *
2243 TAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACATG-TTCGATAAACATAT
126 TAGATAATTATTCAAATAGTTATAATTATTTAAAC-TGATTTGATAAATAGAT
* * * * *
2295 TCATTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTGGTATTATTTTATTTTG
1 TTATTTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTG
* * * ** * * * *
2360 AATAAACTTATATAAACTGAAACAATTGTTTTATTG-CAAAACAAAAGGTCACAATGATTTAAAA
63 AATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTA-TGAC-AAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAA
** * * * * * ** *
2424 TAGATAATTATTTGAATAGTCATGACTATTTGAACTTGATTAG-TAAGCATAT
126 TAGATAATTATTCAAATAGTTATAATTATTTAAAC-TGATTTGATAAATAGAT
* * * *
2476 TTATTTTTGAAATCTTTACTTATT-ATTTATTGAAATATTAATAAGTTAATATTATTTTAATCT-
1 TTATTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTT-TT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTG
* * * * * * *
2539 ATATAGGCTTATAT-AATCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATAATTTAAA
63 A-ATAAGCTTGTATGAA-CAAAAATAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAGGTTATAATGATTTGAA
* * * * ** * *
2603 ATAAAAAATTATTCAAATAGTCATAAATATTTGAATTTG-TTCGATAAACAGAT
125 ATAGATAATTATTCAAATAGTTATAATTATTT-AAACTGATTTGATAAATAGAT
*
2656 TTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA---TT--GTA--AAT---TT-GTATTATTTTATTTGAA
1 TTATTTTTTAAATC-TTTACTTATTAATTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTG-A
* * ** * ** *
2710 ATAAGCTTGTATAAATATTAAAA-AATCATTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAGCGATTTCAAA
64 ATAAGCTTGTATGAACA--AAAATAATTGTTTTATGACA-AACAAAAGGTTATAATGATTTGAAA
* * * * * *
2774 TAGATAATTGTTGAAATAGTTATAATTATTTAGACTTG-TTCGGTAAATATAT
126 TAGATAATTATTCAAATAGTTATAATTATTTAAAC-TGATTTGATAAATAGAT
* * * * *
2826 TCATTTTTAAAATCTCTTAATTATTAGTTTTTAAAATATTAATAACA-TAGTATTACTTTATTTC
1 TTATTTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAA-ATTAGTATTATTTTATTT-
** * * * * * * * *
2890 GAATAATTTTATATGAATTGAAATATACTT-TTTTATGACAAAAGAAAAGATCATAATGGTTTGA
62 GAATAAGCTTGTATGAA--CAAAAATAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAGGTTATAATGATTTGA
* * * * * * * *
2954 AATAGATATTTATTCAAATAGTTATGACTATTTGATC-AAGTTTGGTAAATATAT
124 AATAGATAATTATTCAAATAGTTATAATTATTTAAACTGA-TTTGATAAATAGAT
* ** * ** ***
3008 TTAATTTAAAAACTTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCA
1 TTATTTTTTAAA-TCTTTACTTATTAATT-TTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTG
* * * * * * * * * **
3073 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACT-ATTATTTTATGATAGATAAAAAGTCAGAACAATTTGAAAT
63 AATAAGCTTGTATGAACA-AAAATAATTGTTTTATGACAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAAT
* * * * * *
3137 AAATGATT-TCTCAAATAGTTATAACTATTTGAAC-AAGTTTGATAAATAAAT
127 AGATAATTAT-TCAAATAGTTATAATTATTTAAACTGA-TTTGATAAATAGAT
* * * *
3188 TTATTTTTTAAATC--T-CTTATTAATTTTTTAAAAATTAATAGATTAGTATTTTTTTTGTTTTG
1 TTATTTTTTAAATCTTTACTTATTAA-TTTTTAAATATTAATAAATTAGTA-TTATTTT-ATTTG
* * * * * * ** * * *
3250 AACAAACTTATATAAACAAAAATATTTATTTTACAACAAGA-AAAAGGTCACAAGGATTTGAAAT
63 AATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAA-ACAAAAGGTTATAATGATTTGAAAT
* * * * * * *
3314 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAATTGGTTAGGTGAACATA-A-
127 AGATAATTATTCAAATAGTTATAATTATTTAAACTGATTTGAT-AA-ATAGAT
* * * *
3365 TTACTTTTTAAATCTCTTACATATTAAATTTTGAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTCT
1 TTATTTTTTAAATCT-TTACTTATT-AATTTTTAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATT-T
* * * *
3429 AAATAAGCTAT-TATGAACTGAAAA-AATTGTTTTATGGCAAAACAAAA----AT-A--ATTTAA
62 GAATAAGCT-TGTATGAAC-AAAAATAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAGGTTATAATGATTTGA
* * * * * ** * *
3485 AATAGATAATTGTTTATATAGTCT-TAACTATTTGAACT-AGTTTGGCAAACAAAT
124 AATAGATAATTATTCAAATAGT-TATAATTATTTAAACTGA-TTTGATAAATAGAT
* * * * *
3539 TTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTATTATATTAGTATTATTTTATTTCA
1 TTATTTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGA
* * *
3604 AAACAGCTTGGATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAGAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAGT
64 ATA-AGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACA-AACAAAAGGTTATAATGATTTGAAAT
* * * * * * * *
3669 ATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTTAACTAATTTGGTAAA-CGAAT
127 AGATAATTATTCAAATAGTTATAATTATTTAAACTGATTTGATAAATAG-AT
* *
3720 TTATTTTGTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG
1 TTATTTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTG
* * * * * * **
3785 AATAAACTTATA-CAATC-AAAACAATTATTATATGACCAAACAAAAGGAAATAATGATTTGAAA
63 AATAAGCTTGTATGAA-CAAAAATAATTGTTTTATGA-CAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAA
* * ** * * * * *
3848 TAGATAATTATTGAAATCGCCATAATTATTTGAGCTGACTTGGTAAACAGAT
126 TAGATAATTATTCAAATAGTTATAATTATTTAAACTGATTTGATAAATAGAT
* * * * *
3900 TGACTTTTTAAATCACTTAATTATTAGTTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG
1 TTATTTTTTAAATC-TTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTG
* ** * * * * * ** *
3965 AATAAACTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTGTGACAAAACGAAAGGTTAGAACAATTTTG-GA
63 AATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAGGTTATAATGA-TTTGAAA
* * * * * * * * * * *
4029 TAGACAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAATTTAATT-AGTAAA-AAAA
126 TAGATAATTATTCAAATAGTTATAATTATTTAAACTGATTTGA-TAAATAGAT
*
4080 TTATTTTTTTAAACTCTTGT--TTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTT
1 TTA-TTTTTTAAA-TCTT-TACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TT
* *** * * * *
4143 TGGATAAGCTAT-TATGAATTGAAACAATTGTTTTATGTCAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTA
61 TGAATAAGCT-TGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAGGTTATAATGATTTGA
* * ** * *
4207 AATA-ATTAATTCTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATTTG-TCTGATAAATGGAT
124 AATAGA-TAATTATTCAAATAGTTATAATTATTT-AAACTGATTTGATAAATAGAT
* * * **
4261 TTATTTTTTCAAATAGTTTGCTTATTAATTTTTCAAATTTTAATAAATTGAG-ATTATTTTAACC
1 TTATTTTTT-AAAT-CTTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATT-AGTATTATTTT-ATT
** * * **** * * * * *
4325 CAAATAAGCATGTAAGATTTGAAACAAATATTTTATGACTAAACAAAAGGTTAGAATGATTTAAA
61 TGAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAGGTTATAATGATTTGAA
* * * * * ** * * *
4390 ATAGATAATTATTCTAATAGTTTTAACTATTTGAACTGGTTCAACAAACAAAT
125 ATAGATAATTATTCAAATAGTTATAATTATTTAAACTGATTTGATAAATAGAT
* * * * *
4443 TTCTTTTTTAAATC-TT--TTATTAATTTTTTAAATATTATTAAATTAATATTATTTTTAATCGA
1 TTATTTTTTAAATCTTTACTTATTAA-TTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTGA
* * * * ** *
4505 ATAAGCTTCTATGATCAGAAATAATTGTTTTATGACAAA-ACAAAGATCT-TAACAATTTGAGAC
64 ATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAACA-AAAGGT-TATAATGATTTGA-AA
* * * * * * *
4568 TA-ATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTTGATAAACATAT
126 TAGATAATTATTCAAATAGTTATAATTATTTAAACTGATTTGATAAATAGAT
*
4619 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTACTAATTTTTGAAATATTAAT-AATTAGTATTATTTTATTTTG
1 TTATTTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTG
** * * * * **
4683 AATAAGCTTGTATGGTCAAAAACAATTATTTTATGACAAAAAAAAGGTCATAACAATTTGAAATA
63 AATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATA
** ** * * * *
4748 GATAATCGTTCAAAT-GACCATAATTACTTT-AATTGA-TTCAGTAAACAAAT
128 GATAATTATTCAAATAG-TTATAATTA-TTTAAACTGATTTGA-TAAATAGAT
* * * * *
4798 TTATTTTTAAAAT-TTTTCTTATT-ATTTTAAGAGATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCA
1 TTATTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTTTA-A-ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGA
* * ** * * * **
4861 ACTAAGCCTGTATTAACTTAAACAATTATTTTATGACAAATCAAAAAGTTATAACAACTTT-AAA
64 A-TAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAA-CAAAAGGTTATAATGA-TTTGAAA
* *
4925 TAGACAATTGTTCAAAT
126 TAGATAATTATTCAAAT
4942 GGTAAACAGA
Statistics
Matches: 3637, Mismatches: 794, Indels: 643
0.72 0.16 0.13
Matches are distributed among these distances:
154 4 0.00
155 6 0.00
156 10 0.00
157 2 0.00
158 2 0.00
160 1 0.00
161 16 0.00
162 32 0.01
163 21 0.01
164 14 0.00
165 30 0.01
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167 66 0.02
168 16 0.00
169 33 0.01
170 105 0.03
171 40 0.01
172 78 0.02
173 33 0.01
174 127 0.03
175 16 0.00
176 182 0.05
177 225 0.06
178 256 0.07
179 349 0.10
180 823 0.23
181 551 0.15
182 480 0.13
183 23 0.01
184 3 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (177 bp):
TTATTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAT
AAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGAT
AATTATTCAAATAGTTATAATTATTTAAACTGATTTGATAAATAGAT
Found at i:1016 original size:166 final size:167
Alignment explanation
Indices: 716--1025 Score: 412
Period size: 166 Copynumber: 1.9 Consensus size: 167
706 TTGCTTCTAC
* *** *
716 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATT
1 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACAAATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * *
781 TTATTTTGAATATGCTTATATGAACTGAAAAATTATTTTATAATAGAATAAAAGGTTATAATGAT
66 TTATTCTGAATAGGCTTATATGAACTGAAAAATTATTTTATAACAGAACAAAAGGTTATAATAAT
846 TTGAAATAGATAATGTTCAAATATGAACTAATATAAT
131 TTGAAATAGATAATGTTCAAATATGAACTAATATAAT
* *
883 AAACATATTTATTTTTTAAATCTCCTACAAATTACTTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATT
1 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACAAATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * ** *
947 TTATTCTGAATAGGCTTATATG-A-TGAAAACTAATTGTTTTATGACA-AACAAAATTTTGTAAT
66 TTATTCTGAATAGGCTTATATGAACTG-AAA--AATTATTTTATAACAGAACAAAAGGTTATAAT
1009 AATTTGAAATAGATAAT
128 AATTTGAAATAGATAAT
1026 TATTTGAAAG
Statistics
Matches: 123, Mismatches: 17, Indels: 7
0.84 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
164 2 0.02
165 4 0.03
166 70 0.57
167 47 0.38
ACGTcount: A:0.42, C:0.06, G:0.09, T:0.44
Consensus pattern (167 bp):
AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACAAATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
TTATTCTGAATAGGCTTATATGAACTGAAAAATTATTTTATAACAGAACAAAAGGTTATAATAAT
TTGAAATAGATAATGTTCAAATATGAACTAATATAAT
Found at i:1296 original size:524 final size:523
Alignment explanation
Indices: 394--1385 Score: 1232
Period size: 524 Copynumber: 1.9 Consensus size: 523
384 ACTTATTAAA
*
394 TTTTTAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAACTTGTATGATAAAAAATAATTG
1 TTTTTAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAACTTATATGATAAAAAATAATTG
*
459 TTACATGACAAACAAAACGTAATAACAATTTTTGAAATAGATAATTATTGAAATGGCCATAATTA
66 TTACATGACAAACAAAACGTAATAACAA-TTTTGAAATAGATAATTATTGAAATGGCAATAATTA
* * * *
524 TTTGAACTGATTTGGTAAATGGATTTATTTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTAGAATATTAA
130 TTTGAACTGATTTGATAAATGGACTTATTTTTTAAATCACTAACTTATCAATTTTAGAATATTAA
* *
589 TAATTAGTATTATTTAATTTTGAACAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTTTTTATGAAAAAAAAA
195 TAACTAGTATTATTTAATTTAGAACAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTTTTTATGAAAAAAAAA
* * * * * * * *
654 AGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGTCTTAATTGTTTAAATTGCTTCTACAAA
260 AGGCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAAAGTCATAACTATTTAAATTACTCCTA-AAA
*
719 CAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTA
324 CAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
** * * * * **
784 TTTTGAATATGCTTATATGAACT-GAAAAATTATTTTAT-AATAGAATAAAAGGTTATAATGATT
389 TTTCAAATAAGCTTATATGAACTAAAAAAATTATTTTATGAATA-AACAAAAGGTCATAACAATT
*
847 TGAAATAGATAATGTTCAAATATGAACTAATATAATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCCTACA
453 TAAAATAGATAATGTTCAAATATGAACTAATATAATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCCTACA
912 AATTAC
518 AATTAC
* * * ** * *
918 TTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAGGCTTATATGATGAAAACTAATTG
1 TTTTTAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAACTTATATGATAAAAAATAATTG
** ** ** * *
983 TTTTATGACAAACAAAATTTTGTAATAA-TTTGAAATAGATAATTATTTGAAA-GGCAATAGTTA
66 TTACATGACAAACAAAACGTAATAACAATTTTGAAATAGATAATTA-TTGAAATGGCAATAATTA
* ** *
1046 TTTGAA-TCGATTTGATAAATTGACTTATTTTTTAAATTTCTAACTTATCAATTTTTGAACTATT
130 TTTGAACT-GATTTGATAAATGGACTTATTTTTTAAATCACTAACTTATCAATTTTAGAA-TATT
* *
1110 AAT-ACTAGTATTATTTTATTTCAGATA-AA-CTTTTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGATAA
193 AATAACTAGTATTATTTAATTT-AGA-ACAAGCTTGTATGAACTGAAACAATT-TTTTATGA-AA
* * * *
1172 AACAAAAGGCATATTTATTTTAAATAGATAATTATTCAAAAAGTCATAACTATTTAAACTTACTC
254 AAAAAAAGGCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAAAGTCATAACTATTTAAA-TTACTC
* * * ** * *
1237 CGT-AAATAGATTTATTTTTTAAAAT-TTTTTTTGTATTATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGT
318 C-TAAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTCTTAGT-TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGT
* *
1299 ATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTAAAAAAAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTC
380 ATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACT-AAAAAAATTATTTTATGAATAAACAAAAGGTC
1364 ATAACAATTTAAAATAGATAAT
444 ATAACAATTTAAAATAGATAAT
1386 AGCTCTAATA
Statistics
Matches: 394, Mismatches: 60, Indels: 26
0.82 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
521 1 0.00
522 111 0.28
523 25 0.06
524 191 0.48
525 20 0.05
526 43 0.11
527 3 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.07, G:0.09, T:0.43
Consensus pattern (523 bp):
TTTTTAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAACTTATATGATAAAAAATAATTG
TTACATGACAAACAAAACGTAATAACAATTTTGAAATAGATAATTATTGAAATGGCAATAATTAT
TTGAACTGATTTGATAAATGGACTTATTTTTTAAATCACTAACTTATCAATTTTAGAATATTAAT
AACTAGTATTATTTAATTTAGAACAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTTTTTATGAAAAAAAAAA
GGCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAAAGTCATAACTATTTAAATTACTCCTAAAACA
AATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
TCAAATAAGCTTATATGAACTAAAAAAATTATTTTATGAATAAACAAAAGGTCATAACAATTTAA
AATAGATAATGTTCAAATATGAACTAATATAATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCCTACAAAT
TAC
Found at i:1879 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 1550--4941 Score: 1796
Period size: 180 Copynumber: 18.9 Consensus size: 181
1540 AATCTCAATG
* * ** *
1550 ATTTGAACTAGTTCGATAAACGGATTTAGTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATT
1 ATTTAAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATT
* * ** * *
1611 AAAAAATTAGTATTATTTGATTATT-AATAATTTTATATTAATACAAACAATTGTTTTATGACAA
66 AATAAATTAGTATTATTTTATT-TTGAATAAACTTATATGAATA-GAACAATTGTTTTATGACAA
* * * * *
1675 AAC-AAAATATCATAACGATTTGAAATAGATGATAGTTCAAAT-GAACGTGACT
129 AACAAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAG-ACATAACT
* * * ** *
1727 ATTTGAACTTGTTCGATCAATAAATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTT-AGAATGT
1 ATTTAAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATAT
* * * *
1791 TAATATATTAGTATTATTTTGTTTTGAATAAAATTGTATGAATAGAACAATTGTTTTATGACAAA
65 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATGAATAGAACAATTGTTTTATGACAAA
* * * *
1856 ACAAAAAGATAATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
130 ACAAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGACATAACT
* * * * * * *
1908 ATTTAAACTTGCTCGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTTTTATTTAATAATTTTTGAAATTTT
1 ATTTAAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATT
* * ** * **
1973 AATAAATTGGTATTATTTTTATTCTGAATAGGCTTTTATGAATAGAAACAATTAATTTATGACAA
66 AATAAATTAGTATTA-TTTTATTTTGAATAAACTTATATGAATAG-AACAATTGTTTTATGACAA
* ** * ** **
2038 AACAAAAAGGTCATAATGACTTGAAATAGATAATTCTTCAAATAGTTATAACT
129 AACAAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGACATAACT
* * * * *
2091 ATTCAAACGTGTTTAGA-AAACATATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGAAATAT
1 ATTTAAACTTG-TTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATAT
** ** ** * * *
2154 TAATAAATTA-TATTATTTTATTTCAAATAAGGTTGCATGAACAAAACCAATTGTTTTATCACAA
65 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATGAATAGAA-CAATTGTTTTATGACAA
* * * *
2218 AAC-AAAAGTTCATAATATTTTGAAATAGATAATTA-TTCAAATAGTCATAACT
129 AACAAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAA-TAGTTCAAATAGACATAACT
* * * * * * *
2270 ATTTGAACATGTTCGATAAACATATTCATTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTGGAATATT
1 ATTTAAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATT
* *
2335 AATAAATTGGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATAAACT-GAAACAATTGTTTTATTG-CA
66 AATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATGAA-TAG-AACAATTGTTTTA-TGACA
* * ** * ** * *
2398 AAAC-AAAAGGTCACAATGATTTAAAATAGATAATTA-TTTGAATAGTCATGACT
128 AAACAAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAA-TAGTTCAAATAGACATAACT
* * * * *
2451 ATTTGAACTTGATTAG-TAAGCATATTTATTTTTGAAATCT-TTACTTATT-ATTTATTGAAATA
1 ATTTAAACTTG-TTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT-TTGAAATA
* * * * ** *
2513 TTAATAAGTTAATATTATTTTAATCT-ATATAGGCTTATAT-AATCAAAAACAATTGTTTTATGA
64 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGA-ATAAACTTATATGAAT--AGAACAATTGTTTTATGA
* * * * * *
2576 CAAAACAAAAAG-TCATAATAATTTAAAATAAAAAATTA-TTCAAATAGTCATAAAT
126 CAAAACAAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAA-TAGTTCAAATAGACATAACT
* * * *
2631 ATTTGAATTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA---TTG---TA--
1 ATTTAAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATT
* * * * * ** *
2688 AAT---TT-GTATTATTTTA-TTTGAAATAAGCTTGTATAAATATTAAAAAATCATTTTATGATA
66 AATAAATTAGTATTATTTTATTTTG-AATAAACTTATATGAATA--GAACAATTGTTTTATGACA
* * * * * * * * ** *
2748 GAAC-AAAAGGTTATAGCGATTTCAAATAGATAATTGTTGAAATAGTTATAATT
128 AAACAAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGACATAACT
* * * * * * * * *
2801 ATTTAGACTTGTTCGGTAAATATATTCATTTTTAAAATCTCTTAATTATTAGTTTTTAAAATATT
1 ATTTAAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATT
* * ** * *
2866 AATAACA-TAGTATTACTTTATTTCGAATAATTTTATATGAATTGAA-ATATACTTTTTTATGAC
66 AATAA-ATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATGAATAGAACA-AT--TGTTTTATGAC
* *** * ** *
2929 AAAA-GAAAAGATCATAATGGTTTGAAATAGATATTTA-TTCAAATAGTTATGACT
127 AAAACAAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATA-ATAGTTCAAATAGACATAACT
* * ** * * * * * * * * * **
2983 ATTTGATCAAGTTTGGTAAATATATTTA-ATTTAAAAACTTTTTACTTATTAATTGTCAAAATAT
1 ATTTAAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATC-TCTTACTTATTAATTTTTGAAATAT
* *** * * * * *
3047 TAATAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACTATTATTTTATGA-TA
65 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATGAATAG-AACAATTGTTTTATGACAA
* * * * * * **
3111 GATAAAAAG-TCAGAACAATTTGAAATAAATGAT-TTCTCAAATAGTTATAACT
129 AACAAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATAGT-TCAAATAGACATAACT
* ** * * * *
3163 ATTTGAACAAGTTTGATAAATAAATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTTAAAAATT
1 ATTTAAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATT
* * * * * * *
3224 AATAGATTAGTATTTTTTTTGTTTTGAACAAACTTATAT-AA-ACAAAAATAT-TTATT-TTACA
66 AATAAATTAGTA-TTATTTTATTTTGAATAAACTTATATGAATAGAACAAT-TGTT-TTATGACA
* * * ** * * *
3285 ACAAGAAAAAGGTCACAAGGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATT
128 A-AACAAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGACATAACT
* * * * * * *
3340 ATTTGAA-TTGGTTAGGTGAACATAA-TTACTTTTTAAATCTCTTACATATTAAATTTTGAAATA
1 ATTTAAACTT-GTTCGATAAACA-AATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATA
* * * * *
3403 TTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTCTAAATAAGC-TATTATGAACT-GAAAAAATTGTTTTATG
64 TTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTA-TATGAA-TAG-AACAATTGTTTTATG
* * * * * * *
3465 GCAAAAC--AAA-A--AT---AATTTAAAATAGATAATTGTTTATATAGTCTTAACT
125 ACAAAACAAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGACATAACT
* * * ** * *
3514 ATTTGAACTAGTTTGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATT
1 ATTTAAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATT
* * * ** * * *
3579 ATTATATTAGTATTATTTTA-TTTCAA-AACAGCTTGGATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACA
66 AATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA-A-CTTATATGAA-TAGAACAATTGTTTTATGACA
* * * ** * * * *
3642 GAAC-AAAAGGTTATAATGATTTGAAGTATATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
128 AAACAAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGACATAACT
* ** * * * * *
3695 ATTTTAACTAATTTGGTAAACGAATTTATTTTGTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAGATT
1 ATTTAAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATT
* * * * *
3760 AATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATA-CAATCAAAACAATTATTATATGACCAA
66 AATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATGAAT-AGAACAATTGTTTTATGACAAA
* * ** * * * *
3824 ACAAAAGGA-AATAATGATTTGAAATAGATAATTA-TTGAAATCGCCATAATT
130 ACAAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAA-TAGTTCAAATAGACATAACT
* * * * * * * * *
3875 ATTTGAGC-TGACTT-GGTAAACAGATTGACTTTTTAAATCACTTAATTATTAGTTTTTGAAATA
1 ATTTAAACTTG--TTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATA
* * *
3938 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAACT-GAAACAATTATTTTGTGAC
64 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATGAA-TAG-AACAATTGTTTTATGAC
* * * * * * * * *
4002 AAAAC-GAAAGGTTAGAACAATTTTG-GATAGACAATTGTTTAAATAGTCATAACT
127 AAAACAAAAAGATCATAACAA-TTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGACATAACT
* * * * * **
4056 ATTTGAATTTAATTAG-TAAA-AAAATTATTTTTTTAAA-CTCTTGTTTATTAATTTTTGAAATA
1 ATTTAAACTT-GTTCGATAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATA
* * * * *
4118 TTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGC-TATTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGTC
64 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTA-TATGAATAG-AACAATTGTTTTATGAC
* ** * ** **
4182 AAAAC-AAAAGGTCATAATGATTTTAAATA-ATTAATTCTTCAAATAGTTATAACT
127 AAAACAAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGA-TAATAGTTCAAATAGACATAACT
* * *** * * *
4236 ATTTGAATTTG-TCTGATAAATGGATTTATTTTTTCAAATAGT-TTGCTTATTAATTTTTCAAAT
1 ATTTAAACTTGTTC-GATAAACAAATTTATTTTTT-AAAT-CTCTTACTTATTAATTTTTGAAAT
* ***** * * * * * * * *
4299 TTTAATAAATTGAG-ATTATTTTAACCCAAATAAGCATGTAAGATTTGAAACAAATATTTTATGA
63 ATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATGAATAG-AACAATTGTTTTATGA
* * * * ** * * ***
4363 CTAAAC-AAAAGGTTAGAATGATTTAAAATAGATAATTA-TTCTAATAGTTTTAACT
126 CAAAACAAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAA-TAGTTCAAATAGACATAACT
* * * * * *
4418 ATTTGAACTGGTTCAACAAACAAATTTCTTTTTTAAA--TCTT--TTATTAATTTTTTAAATATT
1 ATTTAAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATT
* * * * * * *
4479 ATTAAATTAATATTATTTT-TAATCGAATAAGCTTCTATG-ATCAGAAATAATTGTTTTATGACA
66 AATAAATTAGTATTATTTTAT-TTTGAATAAACTTATATGAAT-AG-AACAATTGTTTTATGACA
* * *
4542 AAAC--AAAGATCTTAACAATTTGAGACTA-ATAATTA-TTCAAATAGTCATAACT
128 AAACAAAAAGATCATAACAATTTGA-AATAGATAA-TAGTTCAAATAGACATAACT
* * * *
4594 ATTTGAA-TTGGTTTGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTACTAATTTTTGAAATAT
1 ATTTAAACTT-GTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATAT
* * *
4658 TAAT-AATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGGTCAA-A-AACAATTATTTTATGAC
65 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATAT-G--AATAGAACAATTGTTTTATGAC
* * *
4720 -AAA-AAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATCGTTCAAAT-GACCATAATT
127 AAAACAAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGA-CATAACT
* * * *
4773 ACTTT-AA-TTGATTC-AGTAAACAAATTTATTTTTAAAAT-T-TTTCTTATT-ATTTTAAGAGA
1 A-TTTAAACTTG-TTCGA-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TGAAA
* * * * * * *
4832 TATTAATAAATTAATATTATTTTA-TTTCAACTAAGCCTGTATTAACTTA-AACAATTATTTTAT
62 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAA-TAAACTTATATGAA--TAGAACAATTGTTTTAT
* * * *
4895 GACAAATCAAAAAG-TTATAACAACTTT-AAATAGACAATTGTTCAAAT
124 GACAAAACAAAAAGATCATAACAA-TTTGAAATAGATAATAGTTCAAAT
4942 GGTAAACAGA
Statistics
Matches: 2532, Mismatches: 519, Indels: 326
0.75 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
168 3 0.00
169 26 0.01
170 95 0.04
172 2 0.00
173 12 0.00
174 130 0.05
175 15 0.01
176 108 0.04
177 199 0.08
178 77 0.03
179 232 0.09
180 618 0.24
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183 121 0.05
184 2 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (181 bp):
ATTTAAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATT
AATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATGAATAGAACAATTGTTTTATGACAAAA
CAAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGACATAACT
Found at i:2615 original size:361 final size:360
Alignment explanation
Indices: 1550--5601 Score: 2581
Period size: 361 Copynumber: 11.4 Consensus size: 360
1540 AATCTCAATG
* * ** *
1550 ATTTGAACTAGTTCGATAAACGGATTTAGTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATT
1 ATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATT
* * ** * * *
1611 AAAAAATTAGTATTATTTGATTATT-AATAATTTTATATTAA-TACAAACAATTGTTTTATGACA
66 AATAAATTAGTATTATTTTATT-TTGAATAAGCTTATATGAACT-GAAACAATTATTTTATGACA
** * * * * * *
1674 AAACAAAATATCATAACGATTTGAAATAGATGA-TAGTTCAAAT-GAACGTGACTATTTGAACTT
129 AAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTA-TTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTT
* * * * ** * *
1737 GTTCGATCAATAAATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTT-AGAATGTTAATATATTA
192 GTT-GGTAAACATATTTATTTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTA
* * ** * *
1801 GTATTATTTTGTTTTGAATAAAATTGTATGAAT--AGAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAG
254 GTATTATTTTATTCT-AATAAGCTTGTATGAATCAAAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAAG
* * * * *
1864 ATAATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
317 GTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACT
* * * * * * *
1908 ATTTAAACTTGCTCGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTTTTATTTAATAATTTTTGAAATTTT
1 ATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATT
* * * * *
1973 AATAAATTGGTATTATTTTTATTCTGAATAGGCTTTTATGAA-TAGAAACAATTAATTTATGACA
66 AATAAATTAGTATTA-TTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACT-GAAACAATTATTTTATGACA
* * * * ** *
2037 AAACAAAAAGGTCATAATGACTTGAAATAGATAATTCTTCAAATAGTTATAACTATTCAAACGTG
129 AAAC-AAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
* * *
2102 TTTAGAAAACATATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA-TA
193 -TTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTA
* * * * * * *
2166 TTATTTTATTTCAAATAAGGTTGCATGAA-CAAAACCAATTGTTTTATCACAAAACAAAAGTTCA
257 TTATTTTA-TTCTAATAAGCTTGTATGAATCAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
*
2230 TAATATTTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACT
321 TAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACT
* * * * * * *
2270 ATTTGAACATGTTCGATAAACATATTCATTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTGGAATATT
1 ATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATT
* * * *
2335 AATAAATTGGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATAAACTGAAACAATTGTTTTATTG-CAA
66 AATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTATTTTA-TGACAA
* ** *
2399 AACAAAAGGTCACAATGATTTAAAATAGATAATTATTTGAATAGTCATGACTATTTGAACTTGAT
130 AACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-T
* * * * *
2464 TAGTAAGCATATTTATTTTTGAAATCTTTACTTATT-ATTTATTGAAATATTAATAAGTTAATAT
194 TGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTT-TTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* * * * *
2528 TATTTTAATCTATATAGGCTTATAT-AATCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCAT
258 TATTTTATTCTA-ATAAGCTTGTATGAATCAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * *
2592 AATAATTTAAAATAAAAAATTATTCAAATAGTCATAAAT
322 AATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACT
* * * *
2631 ATTTGAATTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA---TTG---TA--
1 ATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATT
* * * * * * *
2688 AAT---TT-GTATTATTTTA-TTTGAAATAAGCTTGTATAAATATTAAAAAATCATTTTATGATA
66 AATAAATTAGTATTATTTTATTTTG-AATAAGCTTATATGAA-CTGAAACAATTATTTTATGACA
* * ** * * * * *
2748 GAACAAAAGGTTATAGCGATTTCAAATAGATAATTGTTGAAATAGTTATAATTATTT-AGACTTG
129 AAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGA-ACTTG
* * * * * *
2812 TTCGGTAAATATATTCATTTTTAAAATCTCTTAATTATTAGTTTTTAAAATATTAATAACA-TAG
193 TT-GGTAAACATATTTATTTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAA-ATTAG
* * ** * * * * * * *
2876 TATTACTTTATTTCGAATAATTTTATATGAATTGAAATATACTT-TTTTATGACAAAAGAAAAGA
255 TATTATTTTA-TTCTAATAAGCTTGTATGAA-TCAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGG
** * * *
2940 TCATAATGGTTTGAAATAGATATTTATTCAAATAGTTATGACT
318 TCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACT
* ** * * * * * * * * **
2983 ATTTGATCAAGTTTGGTAAATATATTTA-ATTTAAAAACTTTTTACTTATTAATTGTCAAAATAT
1 ATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATC-TCTTACTTATTAATTTTTGAAATAT
* *** * * *
3047 TAATAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACTATTATTTTATGATA
65 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACT-GAAACAATTATTTTATGACA
* * ** * * * * **
3111 GATA-AAAA-GTCAGAACAATTTGAAATAAATGATT-TCTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAA
129 -AAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTAT-TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* * * * * *
3173 GTTTGATAAATAAATTTATTTTTTAAATC--T-CTTATTAATTTTTTAAAAATTAATAGATTAGT
192 G-TTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGT
* * * * * * * * * ** *
3235 ATTTTTTTTGTTTTGAACAAACTTATAT-AAACAAAAATATTTATTTTACAACAAGA-AAAAGGT
256 A-TTATTTTATTCT-AATAAGCTTGTATGAATCAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGT
* ** * *
3298 CACAAGGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATT
319 CATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACT
* * * * *
3340 ATTTGAA-TTGGTTAGGTGAACATAA-TTACTTTTTAAATCTCTTACATATTAAATTTTGAAATA
1 ATTTGAACTT-GTTCGGTAAACA-AATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATA
* * * * * *
3403 TTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTCTAAATAAGC-TATTATGAACTGAAAAAATTGTTTTATGG
64 TTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTA-TATGAACTGAAACAATTATTTTATGA
* * * * *
3466 CAAAACAAAA----AT-A--ATTTAAAATAGATAATTGTTTATATAGTCTTAACTATTTGAACTA
127 CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* * * * * *
3524 GTTTGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTATTATATTAG
192 G-TTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG
* * * * *
3589 TATTATTTTATT-TCAAAACAGCTTGGATGAA-CAAAAATAATTGTTTTATGACAGAACAAAAGG
255 TATTATTTTATTCT-AATA-AGCTTGTATGAATCAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGG
* * * * *
3652 TTATAATGATTTGAAGTATATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
318 TCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACT
* ** * * * *
3695 ATTTTAACTAATTTGGTAAACGAATTTATTTTGTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAGATT
1 ATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATT
* * * * *
3760 AATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATA-CAA-TCAAAACAATTATTATATGACCA
66 AATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACT-GAAACAATTATTTTATGACAA
** * * * * * *
3823 AACAAAAGGAAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTGAAATCGCCATAATTATTTGAGC-TGAC
130 AACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG--
* * * * * *
3887 TTGGTAAACAGATTGACTTTTTAAATCACTTAATTATTAGTTTTTGAAATATTAATAAATTAGTA
193 TTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATC-TTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTA
* * ** * * *
3952 TTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAA-CTGAAACAATTATTTTGTGACAAAACGAAAGGTTA
257 TTATTTTATTCT-AATAAGCTTGTATGAATCAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
* * * * * *
4016 GAACAATTTTG-GATAGACAATTGTTTAAATAGTCATAACT
321 TAATAA-TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACT
* * * * **
4056 ATTTGAATTTAATT-AGTAAA-AAAATTATTTTTTTAAA-CTCTTGTTTATTAATTTTTGAAATA
1 ATTTGAACTT-GTTCGGTAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATA
* * * * *
4118 TTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGC-TATTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGTC
64 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTA-TATGAACTGAAACAATTATTTTATGAC
* * * *
4182 AAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATA-ATTAATTCTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATTT
128 AAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGA-TAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* *** * * * *
4246 GTCTGATAAATGGATTTATTTTTTCAAATAGTTTGCTTATTAATTTTTCAAATTTTAATAAATTG
192 GT-TGGTAAACATATTTATTTTTT-AAAT-CTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-
** * * * *** * *
4311 AG-ATTATTTTAACCCAAATAAGCATGTAAG-ATTTGAAACAAATATTTTATGACTAAACAAAAG
253 AGTATTATTTT-ATTCTAATAAGCTTGTATGAATCAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * * **
4374 GTTAGAATGATTTAAAATAGATAATTATTCTAATAGTTTTAACT
317 GTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACT
* *** * *
4418 ATTTGAACTGGTTCAACAAACAAATTTCTTTTTTAAA--TCTT--TTATTAATTTTTTAAATATT
1 ATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATT
* * * * * * * * *
4479 ATTAAATTAATATTATTTT-TAATCGAATAAGCTTCTATGATCAGAAATAATTGTTTTATGACAA
66 AATAAATTAGTATTATTTTAT-TTTGAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTATTTTATGACAA
* * ** * *
4543 AAC-AAAGATCTTAACAATTTGAGACTA-ATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGG
130 AACAAAAGGTCATAATGATTT-AAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-G
* *
4605 TTTGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTACTAATTTTTGAAATATTAAT-AATTAGT
193 -TTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGT
* *
4669 ATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATG-GTCAAAAACAATTATTTTATGACAAAA-AAAAGGTC
256 ATTATTTTATTCT-AATAAGCTTGTATGAATCAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* ** * *
4732 ATAACAATTTGAAATAGATAATCGTTCAAAT-GACCATAATT
320 ATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG-TCATAACT
* * * * *
4773 ACTTT-AA-TTGATTCAGTAAACAAATTTATTTTTAAAAT-T-TTTCTTATT-ATTTTAAGAGAT
1 A-TTTGAACTTG-TTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TGAAAT
* * * * * *
4833 ATTAATAAATTAATATTATTTTA-TTTCAACTAAGCCTGTATTAACTTAAACAATTATTTTATGA
63 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAA-TAAGCTTATATGAACTGAAACAATTATTTTATGA
* * * ** * * *
4897 CAAATCAAAAAGTTATAACAACTTT-AAATAGACAATTGTTCAAATGGT-A-AAC-A---G-AC-
127 CAAAACAAAAGGTCATAATGA-TTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * **
4953 ------T-----TA--T-TTTTTTAAATATTTTTCTTATTAATTTTTTG-AATGCTAATAAATTA
191 TGTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAAT-CTTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTA
* * * *** * *
5003 TTATTAATTTATTCTGAATAAGCTAGTATGAA-CTGGAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGG
254 GTATTATTTTATTCT-AATAAGCTTGTATGAATCAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGG
* * * ** * *
5067 TCAAAATGATTTCAAATAGATAATGGTTCTAATAGTCTTAA-T
318 TCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACT
*** * * * *
5109 CATTTTGAACCAATTCAGT-AATAAATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTTAAAATA
1 -A-TTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATA
* * ** ** * * *
5173 TTATTAAATTAGTATTATTTTAATCAGAATAAGCTTATACAAAC-AAAACAATTGTTTTACGACA
64 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTATTTTATGACA
* ** * * * * * *
5237 AAAGAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAGATAATTGTTTATATAGTCTTAACTATTTAAACTGGT
129 AAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGT
** * * * * ** * * *
5302 CCG-ACAA-TTAGATT-TTTTTTAATTTTCTTGGTTATTAAGTTTTAAAATGTT-ATCAAATTAG
194 TGGTA-AACATA-TTTATTTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AAATTAG
* * ** * * * * ** * * *
5363 CATTATTTTATTTCAAATAAAATAGTAT-AA-CAGAACCAATTGTTTGCTTACAAAATAAAAAGT
255 TATTATTTTA-TTCTAATAAGCTTGTATGAATCAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGT
* ** *
5426 TATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACT
319 CATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACT
* * ** **
5468 ATTTGAAATTATTTAGTAAACAAA-TT-TTTTTTAAATCTCTTACGAATTAATTTTCT-AAATAT
1 ATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TGAAATAT
* * * ** * * *
5530 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATCTTAACCAAAACAATTGTGTTATGCCAA
65 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTATTTTATGACAA
5595 AACAAAA
130 AACAAAA
5602 CGTCTTAACA
Statistics
Matches: 2900, Mismatches: 628, Indels: 333
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
335 26 0.01
336 60 0.02
337 62 0.02
338 63 0.02
339 42 0.01
340 11 0.00
341 1 0.00
343 1 0.00
345 2 0.00
348 4 0.00
349 30 0.01
350 86 0.03
351 111 0.04
352 94 0.03
353 17 0.01
354 65 0.02
355 218 0.08
356 135 0.05
357 271 0.09
358 242 0.08
359 151 0.05
360 176 0.06
361 445 0.15
362 369 0.13
363 123 0.04
364 90 0.03
365 5 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (360 bp):
ATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATT
AATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTATTTTATGACAAA
ACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTG
GTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
TTTATTCTAATAAGCTTGTATGAATCAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATA
ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACT
Found at i:5084 original size:158 final size:157
Alignment explanation
Indices: 4801--5095 Score: 339
Period size: 158 Copynumber: 1.9 Consensus size: 157
4791 AACAAATTTA
* *
4801 TTTTTAAAATTTTTCTTATTATTTTAAGAGATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAACTAA
1 TTTTTAAAATTTTTCTTATTATTTTAAGAGATACTAATAAATTAATATTAATTTATTTCAACTAA
* * * *
4866 GCCTGTATTAACTTAAACAATTATTTTATGACAAATCAAAAAGTTATAACAACTTTAAATAGACA
66 GCCTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACAAATCAAAAAGTCAAAACAACTTTAAATAGACA
*
4931 ATTGTTCAAATGGTAAACAGACTTATT
131 ATGGTTCAAATGGTAAACAGACTTATT
** * * *
4958 TTTTTAAATATTTTTCTTATTAATTTTTTGA-ATGCTAATAAATTATTATTAATTTATTCTGAA-
1 TTTTTAAA-ATTTTTCTTATT-ATTTTAAGAGATACTAATAAATTAATATTAATTTATT-TCAAC
* * * **
5021 TAAG-CTAGTATGAACTGGAACAATTGTTTTATGACTAAA-CAAAAGGTCAAAATGA-TTTCAAA
63 TAAGCCT-GTATGAACTGAAACAATTATTTTATGAC-AAATCAAAAAGTCAAAACAACTTT-AAA
*
5083 TAGATAATGGTTC
125 TAGACAATGGTTC
5096 TAATAGTCTT
Statistics
Matches: 114, Mismatches: 18, Indels: 11
0.80 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
157 13 0.11
158 88 0.77
159 13 0.11
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (157 bp):
TTTTTAAAATTTTTCTTATTATTTTAAGAGATACTAATAAATTAATATTAATTTATTTCAACTAA
GCCTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACAAATCAAAAAGTCAAAACAACTTTAAATAGACA
ATGGTTCAAATGGTAAACAGACTTATT
Found at i:6438 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 5681--8181 Score: 1737
Period size: 181 Copynumber: 13.9 Consensus size: 181
5671 TGAAATAAAT
* * * * * * *
5681 AAATGTTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTAAAAAAATTATTAT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCT-GAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTT
* * * * ** * * *
5745 ATGA-ATAAATAATAGGTCAGAACGATTTGAAATAGATAATTATTTTAATACTCTTAATTATTTG
65 ATGACA-AAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* ** * *
5809 AACTGGTTCAGCAAACATATTTATTTTTTAAATCTC---C-TATTAATTTTTG
129 AACTAGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
* * * * * * ** * *
5858 GAATATTATTAATTTAGTATTATTTTTATCTGCATAAGCTTGGATGATA-AAAAATAATTATTTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGA-ACTGAAACAATTGTTTT
* * * * * * ** *
5922 ATGAGAAAAC-AAAGATCATAATGA-TTAAAGATTGATATTTGTTCAAATAGTTGTAACTATTTA
65 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAA-ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* ** * * * * **
5985 AACTGGTTCAGAAAACAGTTTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTCTTAATTTTCA
129 AACTAGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
* * * * * * *
6038 AAATATTAATAAAGTAATATTATTTT-ATTTCAGATAAGTTTTTATGAACTGAAATAATTGTTTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCTGA-ATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTT
* * * * * * *
6102 ATGAC-AAA-TAAAGCTCATAATGACTTTAAGTAATTAGAATGATTGTTTAAAAAGTCA-AATCT
65 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACGA-TTT--G-AAATAG-ATAATTGTTCAAATAGTCATAA-CT
* * * ** * * * *
6164 TTTTTAACT-TTTTCAATAAACAAATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATGTTTC
124 ATTTGAACTAGTTT-GGTAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
* * *
6223 AAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAATAATTGTTTTA
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTA
* * * * * * * *
6288 T-ATCTAAACAAAAGGTTAGAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCTAACAGTCTTAACTATTTGA
66 TGA-CAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * *
6352 ACTAGCTTGGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTT
130 ACTAGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
* * * ** *
6404 TAATATTATTAAATTGGTATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAAAAGGAACAATTGTTTTA
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTA
* * * * * * *
6469 TGACAAAA-TAAAGATCATAACGTTTTGAGATAGATAATTATTCAAATGGTTATAACTATTTGAA
66 TGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
*** * * * **
6533 CTA-TTTCAAAAAACAAATTTAGTTTTTAAA--T-AT-CTTATTAATTTTCA
131 CTAGTTT-GGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
* * * * ** * * * *
6580 AAATATTAATAGATCAATATTATTTTAATATGAATAATTTTGCATCAACAGAAACAATTATTTTA
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTA
* * * * * * *
6645 TGACAAAACAAAAAGTTATAATGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATGGACATGACTATTTGAA
66 TGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * ** *
6710 CTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATTTCCAACTTATTAATTTTTT
131 CTAGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
* * * ** *
6761 TAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAAATTGTATTAA-TAGAAACAATTGTTTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTGTTTT
* * * * * *
6825 AT-AAACAAACAAAAGATCATAACGATTTGACATAAATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTG
65 ATGACA-AAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * * * *
6889 AACTCA-CTCGGTAAATAGTTTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG
129 AACT-AGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
* * * * ** * * *
6942 GAATTTTAATAAATTACTATTATTTTATTCCAAATAAG-TTGTTATGAGCAGAAACAATTGGTTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCTGAATAAGCTTG-TATGAACTGAAACAATTGTTTT
* * * * *
7006 ATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATCTAAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
65 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
**** * *
7071 ACGT-GTTCCAAAAACATATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTG
130 AC-TAGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
* * * ** * *
7122 GAATATTAATAAATTTA-TATTGTTTTATTCAAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAACCAATTATTT
1 AAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTGTTT
* * * * *
7185 TATGACAAAAGAAAAGGTCATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTTAGATAGTCATAACTATTTG
64 TATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * *
7250 AACATA-TTTGGTAAATAGATTCATTTTCTT--A---C--AC--ATTAA-TTTTC
129 AAC-TAGTTTGGTAAACAGATTTATTTT-TTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
* * * * *
7294 AGAATATTAATAAACTAGTATTATTTT-ATTTCAAATAAGCTTATATGAAC-GAAAACAATTATT
1 A-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCT-GAATAAGCTTGTATGAACTG-AAACAATTGTT
* * * * * *
7357 TTATTACAAAACAAAAGGTCACAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTT
63 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * * * * *
7422 GAACTTGTTTAGTAGACATATTTATTTTTTTAAATCTTTTACTCATT-ATTTGTAG
128 GAACTAGTTTGGTAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT-TTG
* * * * * *
7477 AAATATTAATCAATTACTATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTTTGGA-TAGAAACAATTGCTTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTGTTTT
* * * * * * **
7541 ATGACAAAATAAAAAGTCATAACAATGTCAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAAAGATTTGA
65 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * * *
7606 ACTTA-TTCGATAAAAATATTTATTTTTAAAATC-CTTTACTTATTAATTGTCTT-
130 AC-TAGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATT-T-TTG
* * * * *
7659 -AATATTAATATATTTA-TATTATTTTAATC-GAAATAAGCTTGTGTGAAC-AAAAAAATT-ATT
1 AAATATTAATA-AATTAGTATTATTTTAATCTG-AATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTT
* * * * *
7719 TATTGACAAAACAAAAGGTTATAGCAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTT
64 TA-TGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * * *
7784 AAACTTGTTCGGTAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTT-
128 GAACTAGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
** * * * ** * * * *
7837 AGAATATTAATATCTTAGTATTATTTTATTTTTAATAATTTTATATTAACTGAAATAATTTTTTT
1 A-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTT
* * * * * *
7902 ATGACAAATCAAAAGGTCATAATGATTCGAAATAGATATTTATTCAAAAAGTCATAACTATTTGA
65 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * * * * * *
7967 TCTAGTTTGGTAAACATATTTATTTTTAAAATTTTTTATTTATTAACTATTG
130 ACTAGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
* * * * * *
8019 AAATTTTAATAAATTAGTATAATTTTAATCCGAATGAGCTTATATGAACAT-AAACTATTGTTTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAAC-TGAAACAATTGTTTT
* ** * * * * ** *
8083 ATAACGGAACAAAAAGTCA-AACAATTTAAAATAAATAATTACTCAAATAGTCATAACTATTTAA
65 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* ** * *
8147 ACTGGTTTAATAAATAGATTTAATTTTTAAATCTC
130 ACTAGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTC
8182 ATATTAATAG
Statistics
Matches: 1817, Mismatches: 421, Indels: 169
0.75 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
172 9 0.00
173 125 0.07
174 4 0.00
175 7 0.00
176 136 0.07
177 118 0.06
178 11 0.01
179 34 0.02
180 459 0.25
181 589 0.32
182 168 0.09
183 22 0.01
184 36 0.02
185 79 0.04
186 9 0.00
187 11 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (181 bp):
AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTA
TGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
CTAGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
Found at i:7695 original size:716 final size:711
Alignment explanation
Indices: 6179--7982 Score: 1806
Period size: 716 Copynumber: 2.5 Consensus size: 711
6169 AACTTTTTCA
* * * * ** * *
6179 ATAAACAAATTTATTTTTTTAAAT-CTCTTACTCATTAATGTTTCAAATGTTAATAAATTAGTAT
1 ATAAATAATTTTA-TTTTTAAAATCCT-TTACTTATTAAT-TTTTGAATATTAATAAATTACTAT
* * * *
6243 TATTTTATTCTG-AATAAGCTTGTATGAACTGAAATAATTGTTTTAT-ATCTAAACAAAAGGTTA
63 TATTTTATTC-GAAATAAGCTTGTATGAACAGAAAAAATTGATTTATGA-CAAAACAAAAGGTTA
* ** * * * * *
6306 GAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCTAACAGTCTTAACTATTTGAACTAGCTTGGCAAACACAT
126 TAACAATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-G-TT-CCAAACACAT
** * ** * *
6371 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTTAATATTATTAAATTGGTATTATTTTAATCTG
188 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCTA
* * * * * *
6436 AATAAGCTTGTATGAAAAGGAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAGATCATAACGTTTTGAGATA
253 AATAAGCTTGTATGAATA-GAACAATTATTTTATGACAAAAAAAAGGTCATAATGTTTTGAAATA
* * *** *
6501 GATAATTATTCAAATGGTTATAACTATTTGAACTATTTCAAAAAACAAATTTAGTTTTTAAATAT
317 GATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTATTT-GGTAAACAAATTCAGTTTTT--ATAT
** * * ** *
6566 CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAGATCAATATTATTTTAATATGAATAATTTTGCATCAACAG
379 CACATTAATTTTCAAAATATTAATAAATCAATATTATTTTAATATAAATAAGCTTACATCAACAG
* * * *
6631 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAATGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATGGA
444 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCACAATGATTTGAAATAAATAATAGTTCAAATAGA
* * * **
6696 CATGACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATTTCCAACTTATTAATTTTTT
509 CATGACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATTTCCAACTCATTAATTTTAG
* * * ** *
6761 TAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAAATTGTATTAATAGAAACAATTGTTTTA
574 AAATATTAATAAATTACTATTATTTTAATCCGAATAAAATTGTATTAATAGAAACAATTGCTTTA
* * * * * **
6826 TAAACAAACAAAAGATCATAACGATTTGACATAAATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAA
639 TAAACAAACAAAAGATCATAACAATGTCAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAAAGATTTGAA
6891 CTCACTCG
704 CTCACTCG
* * * * *
6899 GTAAATAGTTTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATTTTAATAAATTACTATTA
1 ATAAATAATTTTATTTTTAAAATCCTTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTACTATTA
* * * *
6964 TTTTATTCCAAATAAG-TTGTTATGAGCAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAA
65 TTTTATTCGAAATAAGCTTG-TATGAACAGAAAAAATTGATTTATGACAAAACAAAAGGTTATAA
* * *
7028 CAATCTAAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACGTGTTCCAAAAACATATTTA
129 CAATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGTTCC--AAACACATTTA
* * * *
7093 TTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTATATTGTTTTATTCAAAAT
191 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCTAAAT
7157 AAGCTTGTATGAATAGAACCAATTATTTTATGACAAAAGAAAAGGTCATAATGTTTTGAAATAGA
256 AAGCTTGTATGAATAGAA-CAATTATTTTATGACAAAA-AAAAGGTCATAATGTTTTGAAATAGA
* * * * *
7222 TAATTGTTTAGATAGTCATAACTATTTGAACATATTTGGTAAATAGATTCA-TTTTCT-TA-CAC
319 TAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TATTTGGTAAACAAATTCAGTTTT-TATATCAC
* * * * *
7284 ATTAATTTTCAGAATATTAATAAA-CTAGTATTATTTT-ATTTCAAATAAGCTTATATGAAC-GA
382 ATTAATTTTCAAAATATTAATAAATC-AATATTATTTTAATAT-AAATAAGCTTACATCAACAG-
* *
7346 AAACAATTATTTTATTACAAAACAAAAGGTCACAATGATTTGAAATAAATAATTA-TTCAAATAG
444 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCACAATGATTTGAAATAAATAA-TAGTTCAAATAG
* * * **
7410 TCATGACTATTTGAACTTGTTTAGTAGACATATTTATTTTTTTAAATCTT-TTACTCATT-ATTT
508 ACATGACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAGATTTA-TTTTTTAAAT-TTCCAACTCATTAATTT
* ** *
7473 GTAGAAATATTAATCAATTACTATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGT-TTGGATAGAAACAATTG
571 -TAGAAATATTAATAAATTACTATTATTTTAATCCGAATAAAATTGTATT-AATAGAAACAATTG
*
7537 CTTTATGACAA-AATA-AAAAG-TCATAACAATGTCAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAAA
634 CTTTAT-A-AACAA-ACAAAAGATCATAACAATGTCAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAAA
* *
7599 GATTTGAACTTATTCG
696 GATTTGAACTCACTCG
*
7615 ATAAA-AATATTTATTTTTAAAATCCTTTACTTATTAATTGTCTT-AATATTAATATATTTA-TA
1 ATAAATAAT-TTTATTTTTAAAATCCTTTACTTATTAATT-T-TTGAATATTAATA-AATTACTA
* *
7677 TTATTTTAATCGAAATAAGCTTGTGTGAACA-AAAAAATT-ATTTATTGACAAAACAAAAGGTTA
62 TTATTTTATTCGAAATAAGCTTGTATGAACAGAAAAAATTGATTTA-TGACAAAACAAAAGGTTA
* * * * * * *
7740 TAGCAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTTGTTCGGTAAACAGAT
126 TAACAATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGTTC--CAAACACAT
* * *
7805 TCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTAGAATATTAAT--ATCTTAGTATTATTTTATTT
188 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAAT-TTA-TATTATTTTATTC
* ** * * * * * * *
7868 TTAATAATTTTATATTAACT-GAAATAATTTTTTTATGACAAATCAAAAGGTCATAATGATTCGA
251 TAAATAAGCTTGTATGAA-TAG-AACAATTATTTTATGACAAA-AAAAAGGTCATAATGTTTTGA
* * *
7932 AATAGATATTTATTCAAAAAGTCATAACTATTTGATCTAGTTTGGTAAACA
313 AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTA-TTTGGTAAACA
7983 TATTTATTTT
Statistics
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0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (711 bp):
ATAAATAATTTTATTTTTAAAATCCTTTACTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTACTATTAT
TTTATTCGAAATAAGCTTGTATGAACAGAAAAAATTGATTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACA
ATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTCCAAACACATTTATTTTT
TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCTAAATAAGCT
TGTATGAATAGAACAATTATTTTATGACAAAAAAAAGGTCATAATGTTTTGAAATAGATAATTAT
TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTATTTGGTAAACAAATTCAGTTTTTATATCACATTAATTTT
CAAAATATTAATAAATCAATATTATTTTAATATAAATAAGCTTACATCAACAGAAACAATTATTT
TATGACAAAACAAAAAGTCACAATGATTTGAAATAAATAATAGTTCAAATAGACATGACTATTTG
AACTTGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATTTCCAACTCATTAATTTTAGAAATATTAATAA
ATTACTATTATTTTAATCCGAATAAAATTGTATTAATAGAAACAATTGCTTTATAAACAAACAAA
AGATCATAACAATGTCAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAAAGATTTGAACTCACTCG
Found at i:8131 original size:361 final size:361
Alignment explanation
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5676 TAAATAAATG
* * * * *
5686 TTAATAA-ATTAGTATTATTTTATT-TCAAATAAGCTTGTATGAACTA-AAAAAATTATTATATG
1 TTAATAATATTAGTATTATTTTATTCT-GAATAAGCTTGTATTAA-TAGAAACAATTGTTTTATG
* * * * * ** * * *
5748 AATAAAT-AATAGGTCAGAACGATTTGAAATAGATAATTATTTTAATACTCTTAATTATTTGAAC
64 -ACAAATCAAAAGGTCATAACGATTCGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * * * * * * * * *
5812 -TGGTTCAGCAAACATATTTATTTTTTAAAT-C--T-CCTATTAATTTTTGGAATATTATTAATT
128 AT-ATTCGGTAAATATATTTATTTTTAAAATCCTTTACTTATTAACTATT-GAATATTAATAAAT
* *** ** * * * *
5872 TAGTATTATTTTTATCTGCATAAGCTTGGATGATAAAAAATAATTATTTTATGAGAAAAC-AAAG
191 TAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTATATGA-ACAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* ** ** * * ** * * * *
5936 ATCATAATGA-TTAAAGATTGATATTTGTTCAAATAGTTGTAACTATTTAAACTGGTTCAGAAAA
255 GTCATAACAATTTAAA-ATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAA
* * * * * *
6000 CAGTTTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTCTTAATTTTCAAAATA
319 CAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTAGAATA
* * * * * * *
6043 TTAATAA-AGTAATATTATTTTATT-TCAGATAAGTTTTTATGAACT-GAAATAATTGTTTTATG
1 TTAATAATATTAGTATTATTTTATTCTGA-ATAAGCTTGTATTAA-TAGAAACAATTGTTTTATG
* * * * * * * * *
6105 ACAAAT--AAAGCTCATAATGACTTTAAGTAATTAGAATGATTGTTTAAAAAGTCA-AATCTTTT
64 ACAAATCAAAAGGTCATAACGA--TT-CG-AAATA-AATAATTATTCAAATAGTCATAA-CTATT
* * * ** * * * * * * *
6167 TTAACTTTTTCAATAAACAAATTTATTTTTTTAAAT-CTCTTACTCATTAA-TGTTTCAAATGTT
123 TGAACATATTCGGTAAATATATTTA-TTTTTAAAATCCT-TTACTTATTAACT-ATT-GAATATT
* ** * * * *
6230 AATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAATAATTGTTTTAT-ATCTA
184 AATAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTATATGAAC-AAAACAATTGTTTTATGA-CAA
* * ** * * * * * * *
6294 AACAAAAGGTTAGAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCTAACAGTCTTAACTATTTGAACTAGCT
247 AACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT
* * * * **
6359 TGGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTTAATA
312 TAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTAGAATA
* * * * * *
6409 TTATTAA-ATTGGTATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAAAAGGAACAATTGTTTTATGAC
1 TTAATAATATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATTAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * * * *
6473 AAA--ATAAAGATCATAACGTTTTGAGATAGATAATTATTCAAATGGTTATAACTATTTGAAC-T
66 AAATCA-AAAGGTCATAACGATTCGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACAT
*** * * * * * *
6535 ATTTCAAAAAACAAATTTAGTTTTT-AAA---TAT-CTTATTAA-TTTTCAAAATATTAATAGAT
130 A-TTCGGTAAATATATTTA-TTTTTAAAATCCTTTACTTATTAACTATT--GAATATTAATAAAT
* * *** ** ** * * *
6594 CAATATTATTTTAATATGAATAATTTTGCATCAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAA
191 TAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTATATGAACA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* ** * * * * * *
6659 GTTATAATGATTTGAAATAGATAA-TAGTTCAAATGGACATGACTATTTGAACTTGTTTGGTAAA
255 GTCATAACAATTTAAAATAAATAATTA-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAA
* * * **
6723 TAGATTTATTTTTTAAATTTC-CAACTTATTAATTTTTTTAATA
319 CAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAA-TTATTAATTTTTAGAATA
* ** *
6766 TTAATAA-ATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAAATTGTATTAATAGAAACAATTGTTTTATAAA
1 TTAATAATATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATTAATAGAAACAATTGTTTTAT-GA
* * * *
6830 CAAA-CAAAAGATCATAACGATTTGACATAAATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAAC-T
65 CAAATCAAAAGGTCATAACGATTCGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACAT
* * * * * *
6893 CACTCGGTAAATAGT-TTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATTTTAATAAATT
130 -ATTCGGTAAATA-TATTTATTTTTAAAATCCTTTACTTATTAACTATT-GAATATTAATAAATT
* * * * *
6957 ACTATTATTTTATTCCAAATAAG-TTGTTATGAGCAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAG
192 AGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTT-ATATGAACA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * * * *
7021 GTTATAACAATCTAAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACGTGTTCCA-AAAA
255 GTCATAACAATTTAAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT-TAGTAAA
* * * *
7085 CATATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGGAATA
319 CAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTAGAATA
* ** * * *
7127 TTAATAA-ATTTA-TATTGTTTTATTCAAAATAAGCTTGTATGAATAGAACCAATTATTTTATGA
1 TTAATAATA-TTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATTAATAGAAACAATTGTTTTATGA
** * * * * * * *
7190 CAAAAGAAAAGGTCATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTTAGATAGTCATAACTATTTGAACAT
65 CAAATCAAAAGGTCATAACGATTCGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACAT
* * * * * * * *
7255 ATTTGGTAAATAGATTCATTTTCTTACA--CATTAATT-TT--C-A--GAATATTAATAAACTAG
130 ATTCGGTAAATATATTTATTTT-TAAAATCCTTTACTTATTAACTATTGAATATTAATAAATTAG
* * * *
7312 TATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACGAAAACAATTATTTTATTACAAAACAAAAGGTC
194 TATTATTTTAATCCAAATAAGCTTATATGAAC-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* ** * * * *
7377 ACAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTTGTTTAGTAGACATA
258 ATAACAATTTAAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAGA
* * * *
7442 TTTATTTTTTTAAATCTTTTACTCATT-ATTTGTAGAAATA
323 TTTA-TTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTAG-AATA
* * * * * *
7482 TTAATCA-ATTACTATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGT-TTGGATAGAAACAATTGCTTTATGA
1 TTAATAATATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATT-AATAGAAACAATTGTTTTATGA
* * * **
7545 CAAAAT-AAAAAGTCATAACAATGTC-AAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAAAGATTTGAAC
65 C-AAATCAAAAGGTCATAACGAT-TCGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * * * * * *
7608 TTATTCGATAAAAATATTTATTTTTAAAATCCTTTACTTATTAATTGTCTTAATATTAATATATT
128 ATATTCGGTAAATATATTTATTTTTAAAATCCTTTACTTATTAACTAT-TGAATATTAATA-AAT
* * * * *
7673 TA-TATTATTTTAATCGAAATAAGCTTGTGTGAACAAAAAAATT-ATTTATTGACAAAACAAAAG
191 TAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTATATGAACAAAACAATTGTTTTA-TGACAAAACAAAAG
* * * * * * * **
7736 GTTATAGCAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTTGTTCGGTAAAC
255 GTCATAACAATTTAAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAAC
*
7801 AGATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTAGAATA
320 AGATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTAGAATA
* * * ** * * *
7843 TTAAT-ATCTTAGTATTATTTTATTTTTAATAATTTTATATTAACT-GAAATAATTTTTTTATGA
1 TTAATAATATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATTAA-TAGAAACAATTGTTTTATGA
* * * * *
7906 CAAATCAAAAGGTCATAATGATTCGAAATAGATATTTATTCAAAAAGTCATAACTATTTGATC-T
65 CAAATCAAAAGGTCATAACGATTCGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACAT
* * ** * *
7970 AGTTTGGTAAACATATTTATTTTTAAAATTTTTTATTTATTAACTATTGAAATTTTAATAAATTA
130 A-TTCGGTAAATATATTTATTTTTAAAATCCTTTACTTATTAACTATTG-AATATTAATAAATTA
* * * * * ** *
8035 GTATAATTTTAATCCGAATGAGCTTATATGAACATAAACTATTGTTTTATAACGGAACAAAAAGT
193 GTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTATATGAACA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
* * * * *
8100 CA-AACAATTTAAAATAAATAATTACTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGGTTTAATAAATAG
257 CATAACAATTTAAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAG
*
8164 ATTTAATTTTTAAATCTC
322 ATTTATTTTTTAAATCTC
8182 ATATTAATAG
Statistics
Matches: 1686, Mismatches: 372, Indels: 158
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Matches are distributed among these distances:
352 1 0.00
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ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (361 bp):
TTAATAATATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATTAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
AAATCAAAAGGTCATAACGATTCGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACATA
TTCGGTAAATATATTTATTTTTAAAATCCTTTACTTATTAACTATTGAATATTAATAAATTAGTA
TTATTTTAATCCAAATAAGCTTATATGAACAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
ACAATTTAAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAGATTT
ATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTAGAATA
Found at i:8779 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 8758--8790 Score: 50
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8748 TAATGATTTT
8758 AAATAG-ATAATTATTC
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8774 AAATAGTCATAATTATT
1 AAATAG-CATAATTATT
8791 TGAACTTATT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
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AAATAGCATAATTATTC
Found at i:8793 original size:181 final size:182
Alignment explanation
Indices: 8476--8975 Score: 510
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8466 TCTACTTATT
* * * *** *
8476 AATTTTTGAAATATTAGTAAATTACTATTATTTTATTTTGAATTGGCTTGTATGACGAA-AAGCA
1 AATTTTTGAAATATTAATAAAATAATATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGA--AATAAACA
* * * * * * *
8540 ATTGTTTTATGATAGAACAAAAGTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATGGCCATAA
64 ATTGTTTTATGATAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAA
** *
8605 CTATTTGAACTAATTCAATAAACTGATTTATTTTT-TAAATCTCC-AACTT-CTC
129 CTATTTGAACTAATTCAATAAACAAATTTATTTTTGTAAAT-TCCTAACTTACTA
* * *
8657 AATTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGGATAAACTTTTATGAAATGAAACAA
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* * *
8722 TTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAT
65 TTGTTTTATGATAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAC
* ** ** *
8787 TATTTGAACTTATTCGGTAAACAAATTTATTTTTGTAAATTCCTTGCTTATTA
130 TATTTGAACTAATTCAATAAACAAATTTATTTTTGTAAATTCCTAACTTACTA
* * * ** *
8840 AATTTCT-AAATGTTAATAAAATATTATTATTTTATTTCAAATAAA-TATGTATGAACTAAAACA
1 AATTTTTGAAATATTAATAAAATAATATTATTTTATTTTGAATAAACT-TGTATGAAAT-AAACA
* * * * * * *
8903 ATTATTTTATGACT-AAACAAAATATTAGAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAACAGTCTTA
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128 ACTATTTGA
8976 TTGGTTTAGC
Statistics
Matches: 265, Mismatches: 47, Indels: 13
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Matches are distributed among these distances:
179 2 0.01
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ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (182 bp):
AATTTTTGAAATATTAATAAAATAATATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAAATAAACAAT
TGTTTTATGATAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACT
ATTTGAACTAATTCAATAAACAAATTTATTTTTGTAAATTCCTAACTTACTA
Found at i:9678 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 8992--12852 Score: 2995
Period size: 181 Copynumber: 21.6 Consensus size: 180
8982 TAGCAAATAC
* * * * * * * *
8992 ATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCAAAACAATTTTATATAGATAATTATTCAAATAGTCACAT
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* * *** * * *
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* * ** *
9121 GAATGTTAAT--A-TAGTATTA-TTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACT-GAAATA
125 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACA
* * * * * * *
9173 ATTATTTTATGACTAAA-AAAAGGTTAAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAA
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* * * * *
9237 CTATTTGAACTAGTTTGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTACTAATTTTCAAA-AT
66 CTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAAAATAT
* * * * * *
9301 TATTAAATTAGTATCATTTTA-ATTGAATAAGCTTATGTGAAAAGAAACA
131 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACA
* * * * *
9350 ATTGTTGTATGACAAAA-TAAAGATCATTACGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* ** * *
9414 CTATATGAA-TTGGTTCAGTAAACAGATTTAGTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTCAAAAT
66 CTATTTGAACTT-GTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-AAAAT
* * *
9474 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA-TTCTGTATGAACAGAAATA
129 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCT-TGTATGAATAGAAACA
* * * *
9526 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGACATGA
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* * *
9591 CTATTTGAAGTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTGTAAAATA
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* * *
9656 TTAATAAAGTAGTATTATTTTATTCTGAATAAACTTGTATGAATAGAAACA
130 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACA
* * * * * * * * *
9707 A------T-TGACAAAACAAAAGATTATTACTATTTGAAATAAAAAATTGTTTAAACAGTAATAA
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* * ** * * * * ** *
9765 CTGTTTGAGCTTACTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATATTTTACTTAGTAATATTTGGAATT
66 CTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT-TTTAAAATA
** *
9830 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGGATAGAAACA
130 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACA
* * * * * * *
9881 ATTGGTTTATCAC-AAACAAAAAGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTAAAA
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* * * * * * **
9945 CTATTTGTA-TGTGTTTAGAAAATAAATTTATTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAAATTTTGGAAT
66 CTATTTGAACT-TGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT-AATTTTAAAAT
* *
10008 ATTAATAAATT--TAATTATTTTA-TTCGAAATAAGCTTGTATG-A-ACAAACA
129 ATTAATAAATTAGT-ATTATTTTATTTTG-AATAAGCTTGTATGAATAGAAACA
* * * * *
10057 ATTATCTTATGACAAAACAAAAGGTCATAGCAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAA
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
** * * **
10122 CTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTCATTTTTTTAAATCTCTTACCAATTAATTTTCAAAAT
66 CTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-AAAAT
* * * * *
10187 ATTAATAAATTAGTGA-TATTTTATTTCGAATAAGCCTATATGAATTGATACA
129 ATTAATAAATTAGT-ATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACA
* * * * *
10239 ATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATGA
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* * *
10304 CTATTTGAACTTG-TTGAGTAAACATATTTA-TTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAAT
66 CTATTTGAACTTGTTTG-GTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTAAAAT
* * * * * *
10367 ATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTGAATAGGCTTGTATGAAGAAAAACA
129 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACA
* * * *
10419 ATTGTTTCATGACAAAACAAAAAGT-ATTAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCA-A
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA-TAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * * *
10482 ACTATTTGAACTTATTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT-ATGTGTCT-AC
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*
10545 ATATTAATAAATT--TATGTAATTTTA-TTTGAAATAAGCTTGTATGACTAGAAA-A
127 ATATTAATAAATTAGTAT-T-ATTTTATTTTG-AATAAGCTTGTATGAATAGAAACA
* * *
10598 TTTTGTTTTATGAC-AAACAAAAAG-CTATAGCGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
1 -ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC-ATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * * * *
10661 AATTATTT-ATATTTGTTCGGTAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTA-TTA--ATTTTTATAA
64 AACTATTTGA-ACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAAAA
* * * ** * *
10722 TATTAATAAAATAGAATTATGTTA-TTCAAATAAGCTTGTACGAATAGAATCA
128 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACA
* * * * *
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1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* * * * * * * * * *
10838 CTATTTGCAC-----TGGTCAAGCCAA--CA--GTTTCAAGC-C-AACTTATTAGCTTTCAAAAT
66 CTATTTGAACTTGTTTGGT-AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTA-ATTTTAAAAT
* * * * *
10892 ATTAATAAATTAGCATTATTTTATTTCT-AATAAGAC-TATATAAACAGAAATA
129 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-TGAATAAG-CTTGTATGAATAGAAACA
* * * * * * *
10944 ATTGTTTTATCACAAAACAAATGGTCATAATGATTTAAAATAAATAATTGTTGAAATAGTTATAA
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* * * * * * * * *
11009 CTGA-TTAAACTGGTTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATTTTTTACTTTTTAATTTACAAAAT
66 CT-ATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT-TAAAAT
* *** * * * * *
11073 ATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAACAAACTTATATGAACAAAAACA
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* * * *
11125 TTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATAA
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* * * * * * *
11190 TTATTTGAACTGGTTAGGCAAACATAA-ATGTTTTTTAAATCTCTTACTTATTGAGA-TTTGAAA
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* * * * * *
11253 TATTAATAAATTA-TTTTATTTTATTTTGAATAA-ATTACTAAGAATTGAAAAA
128 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTT-GTATGAATAGAAACA
*** ** * * * * * * * *
11305 AAAATTTTACAACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAAGAAATGTTCATATAGCCTTAA
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* * * * * *
11370 CTATTTGAACTAGTTTAGCAAACAAATTTATTTTTTAAGTCTCTTAGTTATTAAGTTTTAGAATA
66 CTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTAAAATA
* * * * * *
11435 TTATTACATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTGTGAATAGAAATA
130 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACA
** * * * * * * *
11486 ATCATTTTATGAGATAACGAAAGGTTATAACAATTTGAAATATATAATTATTCAAATAGTCATAA
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* * * * * *
11551 CTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAGATTAACTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATA
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* *
11616 TTAGTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATG-ATGAAAAACA
130 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACA
* * * * *
11667 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCTTAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCATAA
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* * ** * *** * *
11732 TTATTTAAACTAATTTGATAAATTGATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATCAATTTTAGAAATA
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* * * * * * * * * *
11797 TTAATAAAGTAATATTATTTTATATCGATTAAACTTTTGTGTACTA-AAATA
130 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATG-AATAGAAACA
* * * * * * * * *
11848 GTTATTTTATGATAAAATAAAATGTCATAACGATTTTAAATAGATAATTATTTAAATAGTCTTAA
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* * * ** *
11913 CTATTTGAACTTATTTGATAAATAAA--T-TTTTTTAAA--T-TT-CTTATTAATTTTCTTAATG
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* * *
11971 TTAATAAATTAGTATTATTATATTTTGAATAAGCATGTATGAATTGAAACA
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* * * * * * * * * *
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1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* * * * *
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* * * ** * *
12145 AGTAATAAATTGGTATTATTTTATTCTGAATAATTTTGTATGAATAAAAAAA
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* * * ** * * *
12197 ATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATAGATAACAGTTCAAATGGACATGA
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
*** * * *
12262 CTATTTGAACTTGTTCAATAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTTAGAATA
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* ** *
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* * * * *
12378 ATTGTTTTATGATAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATATATAACTATTCAAATAGTCATAA
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* * * * * * * *
12443 CTATTTGAACTTGCTCGATAAATAGATTTATTATTTAAATCTTTTATTTATTAATTTTAGAAATA
66 CTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTA-AAATA
* * * * *
12508 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGCATGAGTAGAAAAA
130 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACA
* * * ** **
12559 ATTGGTTTATAACAAAATAAATTGTTTTAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* * * * *** * * * *
12624 TTATTTGAACGTGTTTAGAAAATGTATTTATGTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTAGAATT
66 CTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTAAAATA
*** * *
12688 TTAATAAATTTA-TATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGCATGAACA-AAACCA
130 TTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-CA
* * ** * * ***
12739 ATTATTTTATGACAAAACAAATGGTCATATTGTTTTGAAATAGATAATTATTTTGATAGTCATAA
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* * * *
12804 CTAATTGAACTT-TTTCGATAAACAAATTCATTTTTTTAATTCTCTTACT
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12853 CATGCTTATA
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CTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAAAATAT
TAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACA
Found at i:11183 original size:16 final size:18
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11199 CTGGTTAGGC
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ATTTGAAATAGCATAATT
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1580 TTTTAAATCT
* * ** ** * *
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* * * *
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64 GAAACAATTGTTTTATGA-AAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATATATAATTA-TTCAAATA
* * * * * **
1717 GAACGTGACTATTTGAACTTGTTCGATCAATAAATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTT
127 G-TCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * * ** ** * *
1782 TT-AGAATGTTAATATATTAGTATTATTTTGTTTTGAATAAAATTGTATGA-ATAGAACAATTGT
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* ** *
1845 TTTATGACAAAACAAAAAGATAATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
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* ** * * * * * * * *
1910 TTAAACT-TGCTCGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTTTTATTTAATAATTTTTGAAATTTTA
317 TTGAACTAT--TTAGAAAAT-GATTTATTTTTTAAAT-TCTAACTTATTAATTTTAGAAATATTA
** ** * * * *
1974 ATAAATTGGTATTATTTTTATTCTGAATAGGCTTTTATGAATAGAAACAATTAATTTATGACAAA
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* * * * **
2039 ACAAAAAGGTCATAATGACTTGAAATAGATAATTCTTCAAATAGT-TATAACTATTCAAACGTGT
439 A-AAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCT-TAACTATTTGAAC-T-T
* * ** **
2103 TTAGAAAACATATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA-TAT
500 TTTGATAA-ATAAAT-TTTTTTAAA-TTTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTAT
* * ** * * * * *
2167 TATTTTATTTCAAATAAGGTTGCATGAACA-AAACCAATTGTTTTATCACAAAACAAAAGTTCAT
562 TATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAATAGAAA-CAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCAA
* * * * ** *
2231 AA-TATTTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACAT-GTTCGATAAACATA
626 AACGA-TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCTTATCTATTTGAAC-TGGTTAGGCAAACAAA
* * *** ** *
2294 TTCATTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTGGTATTATTTTATTTT
689 TTTA-TTTTTAAATCTC---CT-ATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCT
** * * * * * * ** *
2359 GAATAAACTTATATAAACT-GAAACAATTGTTTTATTG-CAAAACAAAAGGTCACAATGATTTAA
749 GAATAATTTTGTATGAA-TAAAAAAAATTATTTTA-TGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGA
* ** * * * * * * *
2422 AATAGATAATTA-TTTGAATAGTCATGACTATTTGAACTTGATTAGTAAGCATATTTATTTTTGA
812 AATAAATAA-TAGTTCAAATAGACATAACTATTTGAACTTGTTTAATAAACAAATTTATTTTTTA
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876 AATCTCTTA
* * * * ** *
2494 CTTATT-ATTTATT-GAAATATTAATAAGTTAATATTATTTTAATCTATATAGGCTTATAT-AAT
1 CTTATTAATTT-TTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCGA-ATAAACTTGTATGAAT
* ** * * *
2556 CAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-AGTCATAATAATTTAAAATAAAAAATTATTCAAA
63 -AGAAACAATTGTTTTATGA-AAAACAAAAGA-TCATAACGATTTGAAATATATAATTATTCAAA
* * * *
2620 TAGTCATAAATATTTGAATTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA--
125 TAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
* * *
2683 -TTG---TA--AAT---TT-GTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATAAATATTAAAA-AATC
190 TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTAT-GATA--AAAACAATT
** * * ** * * * *
2737 ATTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAGCGATTTCAAATAGATAATTGTTGAAATAGTTATAATTA
252 GGTTTATGACAAAACAAAA-GTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
* * * *
2802 TTT-AGACT-TGTTCGGTAAATAT-ATTCATTTTTAAAATCTCTTAA-TTATTAGTTTTTA-AAA
316 TTTGA-ACTAT-TT-AG-AAA-ATGATTTATTTTTTAAAT-TC-TAACTTATTA-ATTTTAGAAA
* * ** * * *
2862 TATTAATAACA-TAGTATTACTTTATTTCGAATAATTTTATATGAATTGAAATATACTT-TTTTA
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* * * *
2925 TGACAAAAGAAAA-GATCATAATGGTTTGAAATAGATATTTATTCAAATAGT-TATGACTATTTG
433 TGACAAAA-AAAATG-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCT-TAACTATTTG
* ** * * * *
2988 ATCAAGTTTGGTAAATATATTTAATTTAAAAACTTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAA
495 AAC-TTTTTGATAAATAAATTT--TTT-TAAA--TTTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAA
* * * * * * *
3053 ATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACTATTATTTTATGATAGATA-AA
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* * * * * ** * *
3117 AAG-TCAGAACAATTTGAAATAAATGATT-TCTCAAATAGT-TATAACTATTTGAACAAGTTTGA
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* * * * * * *
3179 TAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTTAAAA-ATTAATAGATTAGTATTTTTTT
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* * * ** * * * * * ** * * **
3243 TGTTTTGAACAAACTTATATAAACAAAAATATTTATTTTACAACAAGA-AAAAGGTCACAAGGAT
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* * * * * * * *
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808 TTGAAATAAATAATAGTTCAAATAGACATAACTATTTGAACTTGTTTA-ATAAACA-AATTTATT
3370 TTTTAAATCTCTTA
871 TTTTAAATCTCTTA
* * * * *
3384 CATATTAAATTTT-GAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTCTAAATAAGCTAT-TATGAA
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* * * * * * *
3446 CT-GAAAAAATTGTTTTATGGCAAAAC-AAA-A--AT-A--ATTTAAAATAGATAATTGTTTATA
62 -TAGAAACAATTGTTTTAT-GAAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATATATAATTATTCAAA
* * * ** *
3503 TAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTTGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATT
125 TAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
* * * * * *
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* * * *
3632 TTTTATGACAGAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAGTATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
253 GTTTATGACAAAACAAAA-GTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* * * * * * * *
3697 TTTAACTAATTTGGTAAACGAATTTATTTTGTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAA
317 TTGAACT-ATTTAGAAAATG-ATTTATTTTTTAAAT-TCTAACTTATTAATTTTAGAAATATTAA
* * * * * * *
3762 TAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATA-CAATCAAAACAATTATTATATGACCAAAC
379 TAAATTAATATTATTTTA-TTCGAATAAACTTGTATGAA-CAAAATAATTATTTTATGA-CAAAA
* ** * * * * * * ** *
3826 AAAAGGAAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTGAAATCGCCATAATTATTTGAGCTGACTTGG
441 AAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCTTAACTATTTGAACT-TTTTGA
* * * * * **
3891 TAAACAGATTGACTTTTTAAATCACTTAATTATTAGTTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
505 TAAATAAATT---TTTTTAAAT--TTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * * * *
3956 TTTATTTTGAATAAACTTGTATGAACT-GAAACAATTATTTTGTGACAAAACGAAAGGTTAGAAC
565 TTTATTTCGAATAAGCTTATATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCAAAAC
* * * * * * * * ** * *
4020 AATTTTG-GATAGACAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAATTTAATTA-GTAAAAAAATTA
629 GA-TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCTTATCTATTTGAA-CTGGTTAGGCAAACAAATT-
* ** ** * * * *
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691 TATTTTTAAA-TC-T-CCTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAAT
* * ** * * * ** *
4148 AAGCTAT-TATGAATTGAAACAATTGTTTTATGTCAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAA
753 AA-TTTTGTATGAATAAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAA
* ** ** * * * *** *
4212 TTAATTCTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATTTGTCTGATAAATGGATTTATTTTTTCAAATAG
817 ATAATAGTTCAAATAGACATAACTATTTGAACTTGTTTAATAAACAAATTTATTTTTT-AAAT-C
*
4277 T-TTG
880 TCTTA
* ** * * * * *
4281 CTTATTAATTTTTCA-AATTTTAATAAATTGAG-ATTATTTTAACCCAAATAAGCATGTAAGATT
1 CTTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATT-AGTATTATTTT-ATTCGAATAAACTTGTATGAAT
* * * * * * * * * * *
4344 TGAAACAAATATTTTATGACTAAACAAAAGGTTAGAATGATTTAAAATAGATAATTATTCTAATA
63 AGAAACAATTGTTTTATGA-AAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATATATAATTATTCAAATA
** * * * *
4409 GTTTTAACTATTTGAACTGGTTCAACAAACAAATTTCTTTTTTAAA--TCTT--TTATTAATTTT
127 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * * * * * * * *
4470 TTAAATATTATTAAATTAATATTATTTT-TAATCGAATAAGCTTCTATGATCAGAAATAATTGTT
192 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTCAAATAAGCTTGTATGAT-AAAAACAATTGGT
** * *
4534 TTATGACAAAAC-AAAGATCT-TAACAATTTGAGACTA-ATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
255 TTATGACAAAACAAAAG-T-TATAATGATTTGA-AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* * * * * *
4596 TTGAATTGGTTTGATAAACAT-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTACTAATTTTTGAAATATTA
317 TTGAACT-ATTT-AGAAA-ATGATTTATTTTTTAAAT-TCTAACTTATTAATTTTAGAAATATTA
* * * ** *
4660 AT-AATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGGTCAAAAACAATTATTTTATGACAAAA
378 ATAAATTAATATTATTTTA-TTCGAATAAACTTGTATGAAC-AAAATAATTATTTTATGACAAAA
* ** ** * * * * *
4724 AAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATCGTTCAAAT-GACCATAATTACTTT-AA-TTGATT
441 AAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAG-TCTTAACTA-TTTGAACTT-TTT
* * * *
4786 CAGTAAACAAATTTATTTTTAAAATTTTTCTTATT-ATTTT-AAGAGATATTAATAAATTAATAT
503 GA-TAAATAAA-TT-TTTTT-AAATTTTACTTATTAATTTTCAA-A-ATATTAATAAATTAGTAT
* * * * * *
4849 TATTTTATTTC-AACTAAGCCTGTATTAACT-TAAACAATTATTTTATGACAAATCAAAA-AGTT
562 TATTTTATTTCGAA-TAAGCTTATATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGA-TC
* * * * * * * *******
4911 ATAACAACTTT-AAATAGACAATTGTTCAAAT-G-GTAAAC-A---G-AC---TTATTTTTTTAA
624 AAAACGA-TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCTTATCTATTTGAACTGGTTAGGCAAACAA
*** ** * *
4965 A--TA-TTTT---TCT--TATTAATTTTTTGAATGCTAATAAATTATTATTAATTTATTCTGAAT
688 ATTTATTTTTAAATCTCCTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAAT
** * ** * * * * ** * *
5022 AAGCTAGTATGAACT-GGAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAATGATTTCAAATAG
753 AATTTTGTATGAA-TAAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAA
* * * * *** * * *
5086 ATAATGGTTCTAATAGTCTTAA-TCATTTTGAACCAATTCAGT-AATAAATTTATTTTTTAAATC
817 ATAATAGTTCAAATAGACATAACT-A-TTTGAACTTGTTTAATAAACAAATTTATTTTTTAAATC
*
5149 TCTAA
880 TCTTA
* * * * * ** *
5154 CTTATTAATTTTTAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCAGAATAAGCTTATACAAACA-
1 CTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC-GAATAAACTTGTATGAATAG
* * * * * * * * *
5218 AAACAATTGTTTTACGACAAAAGAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAGATAATTGTTTATATAGT
65 AAACAATTGTTTTATGA-AAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATATATAATTATTCAAATAGT
* * * * * ** * * * ** * *
5283 CTTAACTATTTAAACTGGTCCGACAATTAGA-TT-TTTTTTAATTTTCTTGGTTATTAAGTTTTA
129 CATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
* * ** * * * * *
5346 AAATGTT-ATCAAATTAGCATTATTTTATTTCAAATAAAATAGTATAACAGAACCAATT-GTTTG
194 AAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGATAAAAACAATTGGTTT-
* * * * * *
5409 CTTACAAAATAAAAAGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGA
257 ATGACAAAA-CAAAAGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG-
* * ** * * ** **
5474 AATTATTTAGTAAACAAATT-TTTTTTAAATCTCTTACGAATTAATTTTCTAAATATTAATAAAT
320 AACTATTTAGAAAATGATTTATTTTTTAAAT-TCTAACTTATTAATTTTAGAAATATTAATAAAT
* * * * * * * * * *
5538 TAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATCTTAACCAAAACAATTGTGTTATGCCAAAACAAAAC
384 TAATATTATTTTA-TTCGAATAAACTTGTATGAA-CAAAATAATTATTTTATGACAAAA-AAAAT
* ** * * * * *
5603 GTCTTAACAATTTG-AATAAATAATTGTTCATATAGTCTT-A--A-TTG-----TTTGA-ACA-A
446 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCTTAACTATTTGAACTTTTTGATAAATA
** ** * * * * * *
5656 AAGGTCATAACAATTTGA---AATAA--AT--AAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAA
511 AATTTTTTTA-AATTTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGA
* * * * * * *
5714 ATAAGCTTGTATGAACTA-AAAAAATTATTATATGA-ATAAATAATAGGTCAGAACGATTTGAAA
575 ATAAGCTTATATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGACA-AAACAAAAGATCAAAACGATTTGAAA
** * *
5777 TAGATAATTATTTTAATACTCTTAAT-TATTTGAACTGGTTCA-GCAAACATATTTATTTTTTAA
638 TAGATAATTATTCAAATAGTCTT-ATCTATTTGAACTGGTT-AGGCAAACAAATTTA-TTTTTAA
*** * * * * ** *
5840 ATCTCCTATTAATTTTTGGAATATTATTAATTTAGTATTATTTT-TATCTGCATAAGCTTGGATG
700 ATCTCCTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAT-TCTGAATAATTTTGTATG
* * ** * ** * *
5904 -ATAAAAAATAATTATTTTATGAGAAAAC-AAAGATCATAATGA-TTAAAGATTGATATTTGTTC
764 AATAAAAAA-AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAA-ATAAATAATAGTTC
*** * * * ** *
5966 AAATAGTTGTAACTATTTAAACTGGTTCAGA-AAACAGTTTTAGTTTTTAAATCTCTTA
827 AAATAGACATAACTATTTGAACTTGTTTA-ATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* * * * * ** *
6024 CTTCTTAATTTTCAAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTC-AGATAAGTTTTTATGAACT
1 CTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCGA-ATAAACTTGTATGAA-T
* * * * * * * * * *
6088 -GAAATAATTGTTTTATGACAAA-TAAAGCTCATAATGACTTTAAGTAATTAGAATGATTGTTTA
63 AGAAACAATTGTTTTATGAAAAACAAAAGATCATAACGA-TTT--G-AAATA-TATAATTATTCA
* * * * * *
6151 AAAAGTCA-AATCTTTTTTAACTTTTTCAATAAACAAATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTCATT
123 AATAGTCATAA-CTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATT
* * * * * *
6215 AATGTTTCAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTGAATAAGCTTGTATGA-ACTGAAAT
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* * * * * * *
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248 AATTGGTTTATGA-CAAAACAAAA-GTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * * ***
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311 AACTATTTGAACTA-TTTAG-AAA-ATGATTTATTTTTTAAAT-TCTAACTTATTAATTTTAGAA
* ** * * * *
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372 ATATTAATAAATTAATATTATTTTATTC-GAATAAACTTGTATGAACAA--AATAATTATTTTAT
* * * * * *
6470 GACAAAATAAA-GATCATAACGTTTTGAGATAGATAATTATTCAAATGGT-TATAACTATTTGAA
434 GACAAAAAAAATG-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCT-TAACTATTTGAA
** * * * * *
6533 CTATTTCAAAAAACAAATTTAGTTTTTAAA-TAT-CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAGATCA
497 CT-TTTTGATAAATAAA-TT--TTTTTAAATTTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTA
* * ** ** * *
6596 ATATTATTTTAATAT-GAATAATTTTGCATCAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAA-A
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* * * * * * * * *
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622 -TCAAAACGATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAATAGTC-TTATCTATTTGAACTGGTTAGGCAA
* * * *** *
6722 ATAGATTTATTTTTTAAATTTCCAACTTATTAATTTTTTTAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
684 ACAAATTTA-TTTTTAAATCT-C--C-TATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTT
* ** * * * * * * *
6787 ATTTTGAATAAAATTGTATTAATAGAAACAATTGTTTTAT-AAACAAACAAAAGATCATAACGAT
744 ATTCTGAATAATTTTGTATGAATAAAAAAAATTATTTTATGACA-AAACAAAAGGTCATAACAAT
* ** *** *** * **
6851 TTGACATAAATAATTA-TTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTCACTCGGTAAATAGTTTTATTT
808 TTGAAATAAATAA-TAGTTCAAATAGACATAACTATTTGAACTTGTTTAATAAACAAATTTATTT
*
6915 TTTAAATCTTTTA
872 TTTAAATCTCTTA
* * * * * **
6928 CTTATTAATTTTTGGAATTTTAATAAATTACTATTATTTTATTCCAA-ATAAGTTGTTATGAGCA
1 CTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCGAATA-AACTTG-TATGAATA
* * * * * * *
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* * * * *
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128 TCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
* * * * **
7121 GGAATATTAATAAATTTA-TATTGTTTTA-TTCAAAATAAGCTTGTATGAATAGAACCAATTATT
193 GAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATG-ATAAAAACAATTGGT
* * * * *
7184 TTATGACAAAAGAAAAGGTCATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTTAGATAGTCATAACTATTT
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* * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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442 AAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCTTAACTATTTGAACTT-TTTGA-
* * * *
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505 TA-A-ATA--AATTTTTTTAAA--TTTTACTTATTAATTT-TCA-AAATATTAATAAATTAGTAT
* * * * * ** * *
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562 TATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGA-TCAA
* * * * * * *** ** * **
7561 AACAATGTCAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAAAGATTTGAACTTATTCGATAAA-AATAT
626 AACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCTTATCTATTTGAACTGGTTAGGCAAACAA-AT
* * ** * * *
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** * * * * *
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750 -AATAATTTTGTATGAATAAAAAAAATTATTTTA-TGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAA
* * * * * *** * *
7752 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTTGTTCGGTAAACAGATTCATTTTTTAAA
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878 TCTCTTA
* ** ** ** * *
7824 ATTATTAATTTTTAGAATATTAATATCTTAGTATTATTTTATTTTTAATAATTTTATATTAACT-
1 CTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCGAATAAACTTGTATGAA-TA
* * * * * * * * *
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* * * * * * * * * * *
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128 TCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
* * * * * * * * *
8018 GAAATTTTAATAAATTAGTATAATTTTAATCCGAATGAGCTTATATGA-ACATAAACTATTGTTT
193 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGATA-A-AAACAATTGGTT
* ** * ** * * ** *
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256 TATGACAAAAC-AAAAGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* *
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320 AACT-ATTTAGA-AAAT-GATTTATTTTTTAAAT
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TAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAA
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CAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAATAATTTTGTATGAATAAAAAAAATTATTT
TATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATAGTTCAAATAGACATAACTATTTG
AACTTGTTTAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA
Found at i:13521 original size:177 final size:178
Alignment explanation
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13097 AGAACTATTT
* * *
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* * * *
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* *
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* ** ** *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * ****
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127 AAAAATTAAAAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGATTGCCAAACCAATG
* *
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Found at i:13788 original size:119 final size:119
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* * *
13640 TCAAATAGTTATGGCTATTTGAACAATTATCTATTTCAATTTGCTATAACCTTTT-TTATTGTCA
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* * * *
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* * *
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13861 TAAAATAATA
Statistics
Matches: 89, Mismatches: 10, Indels: 6
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Matches are distributed among these distances:
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TCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGCTATAACCTTTTGTTTTGTCAT
AAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAATCTATTTACTGAATAATG
Found at i:14140 original size:181 final size:182
Alignment explanation
Indices: 13759--17532 Score: 2972
Period size: 181 Copynumber: 21.1 Consensus size: 182
13749 CTGAATAATG
* * * **
13759 TCAAATAGTTATGATTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
1 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * * * * * *
13824 AAAACAATTATTTTTGTTCATACTAGCTTATTC-AAATTAAAATAATATTAATTTGTTAATATTT
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** * * *
13888 TGAAAATTAATAAGTAAAAGATATAAAAAATAAATATGTTTAC-AGAACAAGT
131 CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTA-AACAAGT
* * * * **
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* * * * * * ** *
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*
14070 CAAAAATTAATGAA-TAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTACTAAACAAGT
131 CAAAAATTAAT-AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACAAGT
* *
14122 TC-AATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGCCAT
1 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* *
14186 AAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTCG--AATAAAATAATA-TGAATTTACTAATAT
66 AAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCGAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATAT
* * * * * * ** * *
14248 TCCAAAGATTAATAAGTAA-AAATATAAAAAATAAATATATTTTTTGAACACGT
129 TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACAAGT
* * * * * *
14301 TCAAATAGTTATGGCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTGATGACTTTTTCTTTTGCCAT
1 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * * * * *
14366 AAAACAATTATTTTTATTCATAAAAGCTTA-TC-AGAATAAAAT-A-A-TAATTTATTAAAATTC
66 AAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * * ***
14426 CAAAAATTAATAAGTAAAAGA-TT-AAAAA-AAATTTTTTTAACT-AGTTAGT
131 CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT-ACTAAACAAGT
* * * * * ** *
14475 TCAAATAGTTATGAATATTTAAATAATTATTTATTTTAAATTGTTATGATCTTTTGTTTTGTCAT
1 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* ** * *
14540 AAAACAATTGTTTCTATTCATTCAAAATTATT-TAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
66 AAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
** * * *
14604 TGAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAACTAAATTTGTTTACTAGACAA-T
131 CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACAAGT
* * * * *** *
14651 TCAAATAGTTAAGAGTATTTGAATAATTATCTATCTCAAATTGGTATGATC-TTTGTTTTGTCAT
1 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * * * * * * ** *
14715 TAAATAATTGTTTCTA-TCTATACAAACTTATTCG-GAGTAAAATATTGCTAAACTAATAATATT
66 AAAACAATTGTTTCTATTC-ATACAAGCTTATTCGAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * * * *
14778 TTAAAAATT--T-A-TAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTT-GTCGAACCAGT
130 TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-AAACAAGT
* * ** * * * * *
14827 TCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTCTAACCTTTTATTTAGTTAT
1 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * * * *
14892 AAAATAATTGTTTCAATTCATACATA-CTTATTCG-AAATAAAATAATATTATTTTATTAACA-T
66 AAAACAATTGTTTCTATTCATACA-AGCTTATTCGAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * *
14954 TCAGAAAATTAATAAGCAAGCA-ATTTAAAAACATAAATTTGTTAACCAAACAAGT
130 TCA-AAAATTAATAAGTAAG-AGATTTAAAAA-ATAAATCTGTTTACTAAACAAGT
* * * * ** *
15009 TTAAATAATTATGACTATTTGAACAGTTATC-ATTTTAAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCA
1 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * *
15073 TAAAATAATTGTTTC-ATTTCATAAAAGCTTA-TCCAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATAT
65 TAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCGAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* ** * * ** * * *
15136 TTCAAAAATTGAA-AATTTGGAAATTTAAAACATAAATCAATTTATTCAATCGA-T
129 TTCAAAAATT-AATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-AAACAAGT
* * * * * *
15190 TCAAATAGTTATGGCCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTTTGAACTTTTGTTTTGACAT
1 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * *
15255 AAAACAATTGTTTTTCA-TCATACAAGCCTATTTAGAATAA-AAAA-AATACTAATTTATTAATA
66 AAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTA-TTCGAA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* *
15317 TTTCAAAAATTAATAAGTAGGAGA-TT-----AT---T-TGTTTACTGAATC-AGT
128 TTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-AAACAAGT
* * * * * *
15362 TCAAATAATTATGACTATTTGGACAATTATATATTTCAAGTCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCAT
1 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * * * * *
15427 AAAACAATTTTTTATGTTCATACAAGCTTATTCG-AAATAAAATAATATTAATCTAATAATATTA
66 AAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-
* * * * * ** * *
15491 T-GAAAATTAATAATTATGAGATTT-GAAAATAAATTTGTTTGTTGAACTAGT
130 TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACAAGT
* * * * * * * *
15542 TCAAATAATTA-AAGCTATATGAATAATTATCCATTTCAAATAATTTTGTA-CTTCTGTTTTGTC
1 TCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG-ACCTTTTGTTTTGTC
* * * * * * * * * *
15605 GTAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTT-TAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATAT
64 ATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * *
15669 TTTAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACTAGT
129 TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACAAGT
* * * * * *
15719 TC-AATGAGTTATAACAATTTAAACAATTATTTATTTCATATCATTATGACCATTTGTTTTGTCA
1 TCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * * * *
15783 TAAAACAATTATTTCTATTGATAC-AGTCTTATTTG-GAATAAAGTAATGCTATTTTATTAATA-
65 TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG-CTTATTCGAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * ** * *
15845 TTCTAAAAATTAATAAGTAACAGATTTAAATAATAAATCTGTTGGCCT-GACCAGT
129 TTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTT-TACTAAACAAGT
* * * * * * *
15900 GCAAATAGTTATGATTGTTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTGTCAC
1 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* ** *
15965 AAAACAATTGTTTTCTATTCATACAAGCTTATTC-AGAATACCATAATTCTAATTTATTAATA-T
66 AAAACAATTG-TTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * * * *
16028 TCTAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAACTGAATTTGCTTA-TCGAACAAGT
130 TC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-AAACAAGT
* * *** * * *
16082 TTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTACCTATTTCAAATCGCCATAACCTTTTATTTTATCAT
1 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * * * * * *
16147 AAAATAATT-TTTGCTATTCTTATAAGCTTATTTC--AATTAAAATAATGCAAAGTTATT-ATCA
66 AAAACAATTGTTT-CTATTCATACAAGCTTA-TTCGAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-A
* * * * *
16208 -TTCAGACAATTAATAAGTAAAAGATTCAAAAAATAAATCTGTTTACCAAATAAGT
128 TTTCA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACAAGT
* * * *
16263 TCAAATAGTTATGACTATTTGAATAAATATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGCCAT
1 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * * * * *
16328 AAAATAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCG-AATTAAAATAATATTAGTTTATTAATATTA
66 AAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-
* * * * *
16392 T-GACAATTAATAAGTATA-AGATTTTAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGT
130 TCAAAAATTAATAAGTA-AGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACAAGT
* * * * * * *** **
16444 TTAAATAGTTATAATTATTTAAATAATAATCTATTTCAAATTGCTATGACCTTTTGTTTCATCAT
1 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * * * *
16509 -AAACAATTGTATC-ATTTCATATAGGCTTATT-TAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-C
66 AAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCGAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * * * *
16570 TCTAAAAATTAATGAGAAAAAGATTTAAAAAATGAATCTATTTACCAAACAAGT
130 TC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACAAGT
* *
16624 TCAAATAGTTATGACTATTTGAA-AA--AT-TA--T-ATAT--TTATGACCTTTTGTTTTGTCAA
1 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * * *
16680 AAAATAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATATTG--AATAAAATAATA-TAAATTTATTAATAT
66 AAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTAT-TCGAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATAT
* * * ** * *
16742 TCCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATCTATTTTTTGAACACGT
129 TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACAAGT
* *
16795 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTCATGACCTTTTGTTTTATCA
1 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * *
16859 T-AAACGAATTGTTTTTGTTCATACAAGCGTATTTG-AAATAAAATAATACTATTTTATTAATAT
65 TAAAAC-AATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * ** * ***
16922 TCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTAATTACCACGTAAGT
129 TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACAAGT
* * * * *
16976 TCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATCATTTATTTCAAAT-AGTTAAGATCTTTTGTTTTGTCA
1 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * *
17040 -AAAAGCAATTG-TTCTATTCACATAAGTTTATTC-AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-
65 TAAAA-CAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * * *
17101 TTCTAAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAAAT-TGCTTATTGAACAAGT
129 TTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AAATCTGTTTACTAAACAAGT
* * * * * ** *
17156 TCAAATAATCATGTCCATTTGAATAATTATCTGCTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCAT
1 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * * * ** * *
17221 AAAATAATTGTTTCTGTTCTTGCAAAATTATTC-AAAATAAAATAATACTAATCTACTAATATTT
66 AAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
** * * *
17285 TGAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAACTAAATCTATTTACTGAAA-TAGT
131 CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-AAACAAGT
* * *
17333 TCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATCTT-AAATCATTATG-CTTTTTATTTTGTCA
1 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * * * *
17396 TAAAACAATTGTTTCTTTTCGTACCAGCTTATT-TAGATTAAAATAATACTAATTTAATAATATT
65 TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * * *
17460 TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCAAACTAGC
130 TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACAAGT
*
17513 TCAAATAGTTAAGACTATTT
1 TCAAATAGTTATGACTATTT
17533 TGTCATAAAA
Statistics
Matches: 2873, Mismatches: 579, Indels: 283
0.77 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
169 2 0.00
170 5 0.00
171 107 0.04
172 154 0.05
173 6 0.00
174 100 0.03
175 119 0.04
176 228 0.08
177 259 0.09
178 37 0.01
179 62 0.02
180 616 0.21
181 753 0.26
182 403 0.14
183 20 0.01
184 2 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (182 bp):
TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
AAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACAAGT
Found at i:17519 original size:357 final size:357
Alignment explanation
Indices: 13738--19443 Score: 3524
Period size: 352 Copynumber: 16.0 Consensus size: 357
13728 AGCTTATCTC
* * * * * **
13738 AAATCTATTTACTG-AATAATGTCAAATAGTTATGATTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATTG
1 AAATCTATTTACTGAAATAGT-TCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA
* * *
13802 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT-TTGTTCATACTAGCTTATTCA-AATTAAA
65 TTATG-CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTT-TTCATACAAGCTTATTTAGAA-TAAA
* * ** * * *
13865 ATAATATTAATTTGTTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAAAGATATAAAAAATAAATATGTTTA
127 ATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA
* * * * *
13930 -CAGAACAAGTTTAAATAGTAATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTT
192 CCA-AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTT
** * * * ** * **
13994 TGTTTCATCATAAAATAATTGTATCAATTCATATAGGCTTATTCGAAAAAAAAATAATACTAGCT
256 TGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTC-AAAATAAAATAATACTAATT
*
14059 TATTACTATT-TCAAAAATTAATGAATAAGAGATTTAAAAAAT
320 TATTAATATTCT-AAAAA-T--T-AATAAGAGATTTAAAAAAT
* * * * *
14101 GAATCTGTTTACT-AAACAAGTTC-AATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
1 AAATCTATTTACTGAAA-TAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA
* * *
14164 TTATGACCTTTTGTTTTGCCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTCGAATAAAAT
65 TTATG-CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTTTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAAT
* * * * * * * **
14229 AATA-TGAATTTACTAATATTCCAAAGATTAATAAGTAA-AAATATAAAAAATAAATATATTTTT
129 AATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTAC
** * * * * *
14292 TGAACACGTTCAAATAGTTATGGCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTGATGACTTTTTC
193 CAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTG
* * * * *
14357 TTTTGCCATAAAACAATTATTTTTATTCATA-AAAGCTTA-TCAGAATAAAAT-A-A-TAATTTA
258 TTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAA-CTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTA
* *
14417 TTAAAATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGA-TT-AAAAA-
322 TTAATATTCTAAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAAT
* * ** * * * * **
14454 AAATTTTTTTAACT-AGTTAGTTCAAATAGTTATGAATATTTAAATAATTATTTATTTTAAATTG
1 AAATCTATTT-ACTGAAATAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA
* * * **
14518 TTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATTCAAAATTATTTAGAATAAAAT
65 TTATG-CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTTTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAAT
** * *
14583 AATACTAATTTATTAATATTTTGAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAACTAAATTTGTTTACT
129 AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACC
* * * * * * * *
14644 AGACAA-TTCAAATAGTTAAGAGTATTTGAATAATTATCTATCTCAAATTGGTATGATC-TTTGT
194 AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGT
* ** * * * ** *
14707 TTTGTCATTAAATAATTGTTTCTA-TCTATACAAACTTATTCGGAGTAAAATATTGCTAAACTAA
259 TTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTC-ATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAT
* *
14771 TAATATTTTAAAAATTTATAAGAGATTTAAAAAAT
323 TAATATTCTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAAT
* * ** * * * **
14806 AAATATATTT-GTCGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATTG
1 AAATCTATTTACT-GAAATAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * ** *
14870 TTCTAACCTTTTATTTAGTTATAAAATAATTGTTTCAATTCATACATA-CTTA-TTCGAAATAAA
65 TTAT-GCCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTTTTCATACA-AGCTTATTTAG-AATAAA
* * * *
14933 ATAATATTATTTTATTAACA-TTCAGAAAATTAATAAGCAAGCA-ATTTAAAAACATAAATTTGT
127 ATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGTAAG-AGATTTAAAAA-ATAAATTTGT
* * * * * *
14996 TAACCAAACAAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAGTTATC-ATTTTAAAATTGTTATGACC
189 TTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATCGTTATGACC
* * *
15060 TTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTC-ATTTCATA-AAAGCTTATCCAAAATAAAATAATATT
253 TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTA-TTCATACAAA-CTTATTCAAAATAAAATAATACT
* * *
15123 ACTTTATTAATATT-TCAAAAATTGAA-AATTTGGAAATTTAAAACAT
316 AATTTATTAATATTCT-AAAAATT-AATAA----GAGATTTAAAAAAT
* ** * * *
15169 AAATCAATTTA-TTCAATCGATTCAAATAGTTATGGCCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA
1 AAATCTATTTACTGAAATAG-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * *
15233 TTTTGAACTTTTGTTTTGACATAAAACAATTGTTT-TTCATCATACAAGCCTATTTAGAATAAAA
65 TTATG-CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTT-TTCATACAAGCTTATTTAGAAT-AAA
* *
15297 AAAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGGAGA--T------T--ATTTGTTTA
127 ATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA
* * * * * * *
15352 CTGAATC-AGTTCAAATAATTATGACTATTTGGACAATTATATATTTCAAGTCGTTATAACCTTT
192 C-CAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTT
* * * * * * * *
15416 TGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTATGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATCT
256 TGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTT
* * * *
15481 AATAATATTATGAAAATTAATAATTATGAGATTT-GAAAAT
321 ATTAATATTCTAAAAATTAAT-A--A-GAGATTTAAAAAAT
* * ** * * * * * *
15521 AAATTTGTTTGTTGAACTAGTTCAAATAATTA-AAGCTATATGAATAATTATCCATTTCAAATAA
1 AAATCTATTTACTGAAATAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * * *
15585 TTTTGTACTTCTGTTTTGTCGTAAAACAAATGTTT-TTGTTCATATAAGTTTGTTTAGAATAAAA
65 TTATG-CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTT-TTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAA
* *
15649 TAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTAC
128 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTAC
* * * * * * * *
15710 CAAACTAGTTC-AATGAGTTATAACAATTTAAACAATTATTTATTTCATATCATTATGACCATTT
193 CAAACAAGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTT
* * * ** *** * * *
15774 GTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTGATACAGTCTTATTTGGAATAAAGTAATGCTATTTTA
257 GTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTA
*
15839 TTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAACAGATTTAAATAAT
322 TTAATATTCTAAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAAT
* ** ** * * * *
15879 AAATCTGTTGGCCTG-ACCAGTGCAAATAGTTATGATTGTTTGAATAATTATCTATTTCAAATCG
1 AAATCTATT-TACTGAAATAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * **
15943 TTATGACCTTTTATTTTGTCACAAAACAATTGTTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATACCA
65 TTATG-CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCTTTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAA
* * * * *
16008 TAATTCTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAACTGAATTTGCTTA
128 TAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA
* * * * ** *
16072 TCGAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTACCTATTTCAAATCGCCATAACCTTTT
192 CCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTT
* * * * * * * * *
16137 ATTTTATCATAAAATAATT-TTTGCTATTCTTATAAGCTTATTTC-AATTAAAATAATGCAAAGT
257 GTTTTGTCATAAAATAATTGTTT-CTATTCATACAAACTTA-TTCAAAATAAAATAATACTAATT
* *
16200 TATT-ATCATTC-AGACAATTAATAAGTAAAAGATTCAAAAAAT
320 TATTAAT-ATTCTA-AAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAAT
* * * *
16242 AAATCTGTTTAC-CAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAAATATTTATTTCAAATCA
1 AAATCTATTTACTGAAAT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA
* * *
16306 TTATGACCTTTTGTTTTGCCATAAAATAATTGTTT-TTGTTCATACAAGCTTA-TTCGAATTAAA
65 TTATG-CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTT-TTCATACAAGCTTATTTAGAA-TAAA
* * * * * *
16369 ATAATATTAGTTTATTAATATTAT-GACAATTAATAAGTATA-AGATTTTAAAAATAAATATGTT
127 ATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTA-AGAGATTTAAAAAATAAATTTGTT
** * * * * * * * *
16432 TACTGAACAAGTTTAAATAGTTATAATTATTTAAATAATAATCTATTTCAAATTGCTATGACCTT
190 TACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTT
** * * * ** *
16497 TTGTTTCATCAT-AAACAATTGTATC-ATTTCATATAGGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAAT
255 TTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTA-TTCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAAT
* *
16560 TTATTAATACTCTAAAAATTAATGAGAAAAAGATTTAAAAAAT
319 TTATTAATATTCTAAAAATTAAT----AAGAGATTTAAAAAAT
* * * *
16603 GAATCTATTTAC-CAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-AA--AT-TA--T-ATAT--
1 AAATCTATTTACTGAAA-TAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA
* *
16658 TTATGACCTTTTGTTTTGTCAAAAAATAATTGTTT-TTGTTCATACAAGCTTATATT-GAATAAA
65 TTATG-CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTT-TTCATACAAGCTTAT-TTAGAATAAA
* * * *
16721 ATAATA-TAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATCTATTT
127 ATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTT
**** * * *
16784 TTTGAACACGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTCATGACCTTT
191 ACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTT
* ** * * * * ** *
16849 TGTTTTATCATAAACGAATTGTTTTTGTTCATACAAGCGTATTTGAAATAAAATAATACTATTTT
256 TGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTT
*
16914 ATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
321 ATTAATATTCTAAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAAT
* * ** * * * *
16955 AAATCTAATTAC-CACGTAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATCATTTATTTCAAAT-A
1 AAATCTATTTACTGAAAT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * * *
17018 GTTAAGATCTTTTGTTTTGTCA-AAAAGCAATTG-TTCTATTCACATAAGTTTATTCAAAATAAA
65 -TTATG-CCTTTTGTTTTGTCATAAAA-CAATTGTTTCTTTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAA
* * * *
17081 ATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAAATTGCTT
127 ATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTT
*** * * * * * ** * *
17145 ATTGAACAAGTTCAAATAATCATGTCCATTTGAATAATTATCTGCTTCAAATCATTATGATCTTT
191 ACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTT
* * * * *
17210 TGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTGTTCTTGCAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATCT
256 TGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTT
* * * *
17275 ACTAATATTTTGAAAATTAATAAGAGATTTAAAAACT
321 ATTAATATTCTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAAT
17312 AAATCTATTTACTGAAATAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATCTT-AAATCA
1 AAATCTATTTACTGAAATAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTAT-TTCAAATCA
* * * * *
17376 TTATGCTTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTTTTCGTACCAGCTTATTTAGATTAAAATA
65 TTATGCCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTTTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATA
* * *
17441 ATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCA
130 ATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCA
* * * ** *
17506 AACTAGCTCAAATAGTTAAGACTATTTTGTCATA-AAACA-C-A-TTCAAATAGTTATTATTAGT
195 AACAAGTTCAAATAGTTATGACTA-TTTG--A-ACAATTATCTATTTCAAATCG---TTA-T-G-
* ** * * * * *
17567 TAAACAATTATTTATTTCA-AATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTGTT
250 --ACCTTTTGTTT-TGTCATAA-A---AT-A---ATTG--TT-TC-T------A----TTC-ATA
* * * * *
17631 CAAACATGTGTATTCGAAATAAAATAATGCTAGTTTATTCATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAA
289 CAAAC---T-TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG----A
17696 GATTTTAAAAAAAT
346 GA-TTT-AAAAAAT
* *** * * *
17710 AAATCTATTTACTGAGCA-AGTTCAAATAGTTATGACTGGATGAACAAGTATTTATTTCAAAT-A
1 AAATCTATTTACTGA-AATAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * *
17773 GTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGTTTATTTGGAATAAAA
65 -TTATG-CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTTTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAA
* * *
17838 GAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA
128 TAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA
* * * * * *
17902 TCAAACAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAGTTGTTATGACCTTTT
192 CCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTT
* * * * * * * * * *
17967 GTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCTATTTATGCAAAATTATTTAGAATAAAATAATATTTATCTA
257 GTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTA
* * *
18032 TTAATATTTTGAAAATTAATAAGAGATTT-AAAACT
322 TTAATATTCTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAAT
** * * * *
18067 AAATCTATTTTTTGAAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACT-ATTATCTATCTCAAATCG
1 AAATCTATTTACTGAAATAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-TAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * *
18131 TTATGATCTTTAT-TTTT-TTATAAAACAATTGTTTCTTTTAATACAACCTTATTCA-AATTAAA
65 TTATG-CCTTT-TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTTTTCATACAAGCTTATTTAGAA-TAAA
* * * * *
18193 ATAATACTAATTTAATAATATTACAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTG
127 ATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA
* * ** * * * *
18258 CTGAACCAA-TTCAAATAGTTAACACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTCTGACATTT
192 C-CAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTT
** ** * * * ** *
18322 TGTTTAATCATAAAGCAATTATTTCAATCCATACAAGTTTATTCAAAACAAAATAATACTAATTT
256 TGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTT
* *
18387 ATTAACATTCAAAAAATTAATAAACAAGAGATTTAAAAAGAT
321 ATTAATATTCTAAAAATTAAT----AAGAGATTTAAAAA-AT
* * *
18429 AAATCTGTTTA-TCGAACA-AGTTTAAATAGATT-TGACTATTTGAACAATCAATCTAACTATTT
1 AAATCTATTTACT-GAA-ATAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTG---AAT-AAT-TATCTATTT
* * * *** * * **
18491 -AAAGTCATTATGACCTTTT-CTTCGATCATAAAATAATTGTTTCAGCTCATAGAAACTTA-TCC
58 CAAA-TCATTATG-CCTTTTGTTTTG-TCATAAAACAATTGTTTCTTTTCATACAAGCTTATTTA
* * **
18553 GAAATAAAATAATACTACTTTACTAATATTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAGCTAA
120 G-AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-A
* * * * * *
18618 AACTATT-TTT-CGAATCAA-TTTAAATAGTTATGACTATTTAAACAAATATC-ATTCCCAAATC
182 AA-T-TTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT-TCAAATC
* * * * * ***
18679 ATTATGATC-TTTGTTTTCTCTTAAAATAATTGTTTCTGA-TCAT----GCTTATT-TGGAT-AA
244 GTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCT-ATTCATACAAACTTATTCAAAATAAA
* *
18736 ATAATAATAATTTAATAATATTCTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAAT
308 ATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAAT
* * * * * * * * *
18786 AAATATGTTTGCCGAACTAGTTCGAATAATTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCAT
1 AAATCTATTTACTGAAATAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCAT
* * * ** * * ** * * *
18851 TTTAACCATTTGTTTAATCATATAATAATTGTTTCAGTTCATACAAACTTATTCAAAATAAAATA
66 TAT-GCCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTTTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATA
* ** * * *
18916 ATACTAATTTATTAACATTT-----ATT--TATTTCA-A-ATTGT----TAT-AACTT-TTT---
130 ATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATT-TAAAAAATAAATTTGTTTACC
* * * *
18963 ------GTTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATTTA-TTCAAAGT-GTTATGA-CTTTTA
194 AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCGTTATGACCTTTTG
* * ** *
19019 TTTTAGCTCAT---ACAA--G-TGC-ATT--T--GGA---A--CAGAAT---A-AA-ACTAATTT
258 TTTT-G-TCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTT
* * *
19063 ATTAATATTTCAAAAATTTATAAGTAAGAGATTTAGAAAAT
321 ATTAATA-TTCTAAAA-AT-TAA-TAAGAGATTTAAAAAAT
* * * * * *
19104 AATTCTA-TTAC-CAAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
1 AAATCTATTTACTGAAA-TAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA
* * * *
19167 TTAAT-AC-TTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TTGTTAATATAAG-TT-TGTTCGAAATAA
65 TT-ATGCCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTT-TTCATACAAGCTTAT-TTAG-AATAA
* * *
19226 AATAATACTAATTTATTAATATTT-AGAAAATTAATTAGTAAGAGATTTAAAAAGTGAATTTGTT
126 AATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTT
* * * * * *
19290 TACCAAACCATTTCAAATAGTTTTGACTATTTGGATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTT
190 TACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTT
* * * * * * * ** ***
19355 TTATTTTGTCATCAAACAATTGGTTATGTTCATACTATTTTATTTGGAATAAAATAATACTAATT
255 TTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATT
* * * *
19420 TAATAATATTTTGAAACTTAATAA
320 TATTAATATTCTAAAAATTAATAA
19444 CCAAGAAAAT
Statistics
Matches: 4165, Mismatches: 865, Indels: 635
0.74 0.15 0.11
Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (357 bp):
AAATCTATTTACTGAAATAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCAT
TATGCCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTTTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAA
TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAA
ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTT
TGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
TATTCTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAAT
Found at i:17968 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 17547--18930 Score: 1032
Period size: 181 Copynumber: 7.7 Consensus size: 181
17537 ATAAAACACA
* * * * *
17547 TTCAAATAGTTATTATTAGTTAAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * * ** * * *
17612 TAAACCAATTGTTTCTGTTCAAACATGTGTATTCGAAATAAAATAATGCTAGTTTATTCATATTC
66 TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC
* * * * *
17677 CAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAAAATAAATCTATTTA-CTGAGCAAG
131 TAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTT-AAAAAATAAATCTGTTTATC-AAACAAG
*** * * *
17730 TTCAAATAGTTATGACTGGATGAACAAGTATTTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* ** *
17795 TAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGTTTATTTGGAATAAAAGAATACTAATTTATTAATATTC
66 TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC
* * *
17860 TAAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAAACAAG
131 TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAG
* * * * * *
17911 TTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAGTTGTTATGACCTTTTGTTTTGTTA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * ** * * * * *
17976 TAAAACAATTGTTTCTATTTATGCAAAATTATTTAGAATAAAATAATATTTATCTATTAATATTT
66 TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC
* * * * *
18041 TGAAAA-T--TAA-TAAGAGATTT-AAAACTAAATCTATTTTTTGAAACAA-
131 TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT-GTTTATCAAACAAG
* * * * *
18087 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACTATTATCTATCTCAAATCGTTATGATCTTTAT-TTTT-TT
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTT-TGTTTTGTC
* * ** * * *
18150 ATAAAACAATTGTTTCTTTTAATACAACCTTATTCAAATTAAAATAATACTAATTTAATAATATT
65 ATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * * *
18215 AC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGCTGAACCAA-
130 -CTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT-ATCAAACAAG
** * * * * **
18267 TTCAAATAGTTAACACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTCTGACATTTTGTTTAATCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * * * *
18332 TAAAGCAATTATTTCAATCCATACAAGTTTATTCAAAACAAAATAATACTAATTTATTAACATTC
66 TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC
* ** *
18397 AAAAAATTAATAAACAAGAGATTTAAAAAGATAAATCTGTTTATCGAACAAG
131 TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA-ATAAATCTGTTTATCAAACAAG
* * * *
18449 TTTAAATAGATT-TGACTATTTGAACAATCAATCTAACTATTTAAAGTCA-TTATGACCTTTT-C
1 TTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAAT-TATCT-A-T-TTCAAA-T-AGTTATGACCTTTTGT
* * * * ** *** *
18511 TTCGATCATAAAATAATTGTTTC-AGCTCATAGAAACTTATCCGAAATAAAATAATACTACTTTA
59 TTTG-TCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGTTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTA
* * ** * * * *
18575 CTAATATTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAGCTAAAACTATTTTTCGAATCAA-
122 TTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-AAACAAG
* * * * * *
18636 TTTAAATAGTTATGACTATTTAAACAAATATC-ATTCCCAAATCA-TTATGATC-TTTGTTTTCT
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT-TCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * ** * *
18698 CTTAAAATAATTGTTTCTGA-TCAT----GCTTATTT-GGAT-AAATAATAATAATTTAATAATA
64 CATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGTTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* ** * *
18756 TTCTAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGCCGAACTAG
128 TTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAG
* * * * * * * * **
18806 TTCGAATAATTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCA-TTTTAACCATTTGTTTAATC
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * ** *
18870 ATATAATAATTGTTTC-AGTTCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
65 ATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGTTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
18931 CATTTATTTA
Statistics
Matches: 954, Mismatches: 205, Indels: 90
0.76 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 4 0.00
170 59 0.06
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ACGTcount: A:0.41, C:0.11, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (181 bp):
TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC
TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAG
Found at i:19270 original size:177 final size:181
Alignment explanation
Indices: 19049--19443 Score: 484
Period size: 181 Copynumber: 2.2 Consensus size: 181
19039 TTTGGAACAG
* *
19049 AATAAAACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTTATAAGTAAGAGATTTAGAAAA-T-AATTCT-
1 AATAATACTAATTTATTAATATTT-AGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA-AAAAGTGAATT-TG
19110 ATTACCAAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA-ATA-
63 ATTACCAAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATA-AC
* * *
19173 C-TTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTAATA-TAAGTTTGTTCGAAATAA
127 CTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGGTTATGTTAATACT-AGTTTATTCGAAATAA
* *
19226 AATAATACTAATTTATTAATATTTAGAAAATTAATTAGTAAGAGATTTAAAAAGTGAATTTGTTT
1 AATAATACTAATTTATTAATATTTAGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAGTGAATTTGATT
* * * * * * *
19291 ACCAAACCATTTCAAATAGTTTTGACTATTTGGATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTT
66 ACCAAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTT
* * * * *
19356 TATTTTGTCATCAAACAATTGGTTATGTTCATACTATTTTATTTGGAATAA
131 TATTTTGTCATAAAACAATTGGTTATGTTAATACTAGTTTATTCGAAATAA
* * *
19407 AATAATACTAATTTAATAATATTTTGAAACTTAATAA
1 AATAATACTAATTTATTAATATTTAGAAAATTAATAA
19444 CCAAGAAAAT
Statistics
Matches: 186, Mismatches: 23, Indels: 14
0.83 0.10 0.06
Matches are distributed among these distances:
176 5 0.03
177 46 0.25
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182 1 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (181 bp):
AATAATACTAATTTATTAATATTTAGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAGTGAATTTGATT
ACCAAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTT
TATTTTGTCATAAAACAATTGGTTATGTTAATACTAGTTTATTCGAAATAA
Found at i:19896 original size:488 final size:481
Alignment explanation
Indices: 19056--19937 Score: 1024
Period size: 488 Copynumber: 1.8 Consensus size: 481
19046 CAGAATAAAA
* *
19056 CTAATTTATTAATATTTCAAAAATTTATAAGTAAGAGATTTAGAAAATAATTCTATTACCAAACC
1 CTAATTTAATAATATTTCAAAAATTTATAAGTAAGAGATTTAGAAAATAAATCTATTACCAAACC
*
19121 AGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAATACTTTTTTTGTCAT
66 AGTTCAAATAATTATAACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAATACTTTTTTTGTCAT
* * * * * * * *
19186 AAAACAATTGTTTTTGTTAATATAAGTTTGTTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTA
131 AAAACAATTGTTTATATT-ATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACAAATTTATTAACATTCA
* * * * * * * *
19251 GAAAATTAATTAGTAAGAGATTTAAAAAGTGAATTTGTTTACCAAACCATTTCAAATAGTTTTGA
195 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAATTTCAAATAGTTATGA
* * * * * *
19316 CTATTTGGATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTATTTTGTCATCAAACAATTGGTTA
260 CTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTATTTTATCATAAAACAATTGGTTA
** ** **** ** *
19381 TGTTCATACTATTTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTGAAACTTAATAACC
325 TGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAACC
19446 AAGAAAATTATCAATATCAAATCGTTAAGATCTTTGTTTTGTAATAAAATAATTGATTTTGATCA
390 AAGAAAATTATCAATATCAAATCGTTAAGATCTTTGTTTTGTAATAAAATAATTGATTTTGATCA
19511 TAGAAGGTTATTCAATTAAATATAATG
455 TAGAAGGTTATTCAATTAAATATAATG
* * * * **
19538 CTAATTTAATAATATTTCAAAAA-TTATTAAGTAAGAGATTTATAATATAAATGTATTTGCTGAA
1 CTAATTTAATAATATTTCAAAAATTTA-TAAGTAAGAGATTTAGAAAATAAATCTA-TTACCAAA
* * **
19602 CCAGTTCAAATAGTTA-AAGCTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTTTTTACCTTTTGTT
64 CCAGTTCAAATAATTATAA-CTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTAATA-CTTTT-TT
* * *
19666 TAGTCATAAAATATTTGTTTCATATCT-TACAAGCTTATTC-AGAATAAAATAATCCAAATTTAT
125 T-GTCATAAAACAATTGTTT-ATAT-TATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACAAATTTAT
* **
19729 TAACATTCAAAAAATTAATAAGCTAA-AGGTTTGAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTT-
186 TAACATTCAAAAAATTAATAAG-TAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTACCAAACAA-TTTC
* * *
19792 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTAAT-ATA
248 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTATTTT-ATCATA
* * **
19856 AAACAATTGTTTCA-GTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAGTACTAATTTCTTAATATTTC
312 AAACAATTGGTT-ATGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTC
*
19920 AAAAATTAATAAGCAAGA
376 AAAAATTAATAACCAAGA
19938 GTTTAAAAAA
Statistics
Matches: 325, Mismatches: 60, Indels: 24
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
481 3 0.01
482 48 0.15
483 47 0.14
484 4 0.01
485 5 0.02
486 4 0.01
487 68 0.21
488 140 0.43
489 6 0.02
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (481 bp):
CTAATTTAATAATATTTCAAAAATTTATAAGTAAGAGATTTAGAAAATAAATCTATTACCAAACC
AGTTCAAATAATTATAACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAATACTTTTTTTGTCAT
AAAACAATTGTTTATATTATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACAAATTTATTAACATTCAA
AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAATTTCAAATAGTTATGAC
TATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTATTTTATCATAAAACAATTGGTTAT
GTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAACCA
AGAAAATTATCAATATCAAATCGTTAAGATCTTTGTTTTGTAATAAAATAATTGATTTTGATCAT
AGAAGGTTATTCAATTAAATATAATG
Found at i:20046 original size:180 final size:181
Alignment explanation
Indices: 19478--20288 Score: 687
Period size: 182 Copynumber: 4.5 Consensus size: 181
19468 CGTTAAGATC
* * * * * * * *
19478 TTTGTTTTGTAATAAAATAATTGATTT-TGATCATAGAAGGTTATTC-AATTAAATATAATGCTA
1 TTTGTTTTGTTATAAAATAATTG-TTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAA-ATAGTACTA
* * * * * * * ** *
19541 ATTTAATAATATTTCAAAAATTATTAAGTAAGAGATTT-ATAATATAAATGTATTTGCTGAACCA
64 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAG-TTTAAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAA
* * * * ** * *
19605 GTTCAAATAGTTA-AAGCTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTTTTTACCT
128 ATTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTGAAAATCA-TTATGACCT
* * * * * * * *
19660 TTTGTTTAGTCATAAAATATTTGTTTCA-TATCTTACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATCCAAA
1 TTTGTTTTGTTATAAAATAATTGTTTCAGT-TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAGTACTAA
* * **
19724 TTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGCTAA-AGGTTTGAAAAAATAAATCTATTTACTGAACA
65 TTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGC-AAGA-GTTTAAAAAAATAAATCTATTTACCAAACA
* * * *
19787 AGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATCATTATGACCT
127 AATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTGAAAATCATTATGACCT
** * * *
19842 TTTGTTTTAATATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAGTACTAAT
1 TTTGTTTTGTTATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAGTACTAAT
* * *
19907 TTCTTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGTTTAAAAAAAT-AATTTTTTTACCAAACAAATT
66 TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGTTTAAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAATT
* *
19971 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTCTATTGAAAATCGTTATGACCT
131 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTGAAAATCATTATGACCT
*
20022 TTTGTTTTGTTACAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAAT-GATACTAA
1 TTTGTTTTGTTATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAG-TACTAA
* * * * *
20086 TTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG--AGA-TTT-AAAAAGTGAATCTATTTACCATATC-AG
65 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGTTTAAAAAAATAAATCTATTTACCA-AACAAA
* * * * * * * *** *
20146 TTTAAATAATTATGGCCATTTCAATAATTATGTATTTCGAATCATTATTACCT
129 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTGAAAATCATTATGACCT
* * * ** * ** *** *
20199 TTTGTTTGGTTATATAACAATTGTTTTTGATCATACAAATTTATTTGGAATAAAATAATACTAAT
1 TTTGTTTTGTTATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAGTACTAAT
*
20264 TTATTAATCTTTCAAAAATTAATAA
66 TTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
20289 AAGATGCTTA
Statistics
Matches: 518, Mismatches: 96, Indels: 35
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
176 6 0.01
177 129 0.25
178 5 0.01
179 1 0.00
180 143 0.28
181 19 0.04
182 144 0.28
183 70 0.14
184 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
TTTGTTTTGTTATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAGTACTAAT
TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGTTTAAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAATT
CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTGAAAATCATTATGACCT
Found at i:20253 original size:177 final size:179
Alignment explanation
Indices: 19478--24277 Score: 2130
Period size: 181 Copynumber: 26.9 Consensus size: 179
19468 CGTTAAGATC
* * * * ** * *
19478 TTTGTTTTGTAATAAAATAATTGATTT-TGATCATAGAAGGTTATTC-AATTAAATATAATGCTA
1 TTTGTTTTGTTATAAAACAATTG-TTTCAGATCATACAAACTTATTCAAAATAAA-ATAATACTA
* * * * * * *
19541 ATTTAATAATATTTCAAAAATTATTAAGTAAGAGATTT-ATAATATAAATGTATTT-GC-TGAAC
64 ATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG--A-AGATTTAAAAAAAT-AATCTATTTACCAT-AAC
* * * * * * * *
19603 CAGTTCAAATAGTTA-AAGCTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTTTTTACCT
124 AAGTTTAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCA-TTATGACCT
* * * * * * * * * *
19660 TTTGTTTAGTCATAAAATATTTGTTTCATATCTTACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATCCAAAT
1 TTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCAGATCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAAT
* * * *
19725 TTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCTAAAGGTTTGAAAAAATAAATCTATTTA-C-TGAACAA
66 TTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG---AAGATTTAAAAAAAT-AATCTATTTACCAT-AACAA
*
19788 GTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATCATTATGACCT
126 GTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCT
** * * *
19842 TTTGTTTTAATATAAAACAATTGTTTCAGTTCATA-AAAGCTTATCCAAAATAAAATAGTACTAA
1 TTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCAGATCATACAAA-CTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
* * * * *
19906 TTTCTTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGTTTAAAAAAATAATTTTTTTACCA-AACAAAT
65 TTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG-AAGA-TTTAAAAAAATAATCTATTTACCATAACAAGT
* * * *
19970 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTCTATTGAAAATCGTTATGACCT
128 TTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCT
* * * * *
20022 TTTGTTTTGTTACAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATGATACTAAT
1 TTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCAGATCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAAT
* *
20087 TTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG-AGATTT-AAAAAGTGAATCTATTTACCATATC-AGTTT
66 TTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGAAGATTTAAAAAAAT-AATCTATTTACCATAACAAGTTT
* * * * * * ** *
20149 AAATAATTATGGCCATTTCAATAATTATGTATTTCGAATCATTATTACCT
130 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCT
* * ** * ***
20199 TTTGTTTGGTTATATAACAATTGTTTTTGATCATACAAATTTATTTGGAATAAAATAATACTAAT
1 TTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCAGATCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAAT
* * *
20264 TTATTAATCTTTCAAAAATTAATAA-AAG----------AT--GC---TTA-C-TGAACCAA-TT
66 TTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGAAGATTTAAAAAAATAATCTATTTACCAT-AA-CAAGTT
* * * * * * *
20310 TAAATAATTATGACTATTTAAACAATTGTATACTTCAAATCATTATAACCT
129 TAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCT
* * * * * * **
20361 TTTGTTCTGTCATAAAACAATTATTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAAT
1 TTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCAGATCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAAT
* * *** * * * ** *
20426 ATAATAATATTTTGAAAATTAATAACTAAGAGATTT-AAAAAATAAATTTGTTT--GTTGAACTA
66 TTATTAATATTCCAAAAATTAATAA--GA-AGATTTAAAAAAAT-AATCTATTTACCAT-AACAA
* * * *
20488 GTTCT-AATAATTAAGACTATATT-AACAATTATCTATTT-CAA--A-T-TG--TT
126 GTT-TAAATAGTTATGACTAT-TTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCT
* * * * ** *
20535 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCA-ATTCATACTAGCTTATTCGGAATAAAATAA-AATGA
1 TTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCAGA-TCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATACT-A
* * * * *
20598 ATTTATTAATATTTCAAAATTTAATATGTAAGAGATTT-AAAAAATAATTTTGTTTACC-TAATC
64 ATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG--A-AGATTTAAAAAAATAA-TCTATTTACCATAA-C
* * *
20661 -AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCT
124 AAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCT
* * * * * ** * * * ** * * *
20716 TTT-ATTTGTCATAAAATAAATATTTTTGTTTATATAAGTTTGTTCAGAATAAAAAAATACTAAT
1 TTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCAGATCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAAT
* * * *
20780 CTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-AGATTT-AAAAAATAAATCTATTTACCAAAACAA-TTC
66 TTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGAAGATTTAAAAAAAT-AATCTATTTACCATAACAAGTTT
* * * *
20842 AAATAGTTATGACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATTATTATGA--T
130 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCT
* * * * *
20890 TTT-TTTCTGTTATAAAATAATAGTTTCTA-TTCATACAAACTTATTCAGATTAAAATAATACTA
1 TTTGTTT-TGTTATAAAACAATTGTTTC-AGATCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTA
* * * ** * * * * *
20953 ATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAATTTTCAAAAGTAAATATGTTTA--TTGAACT
64 ATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG--AAGATTTAAAAAAAT-AATCTATTTACCAT-AACA
* * * * * * **
21016 AGATCAAATAGTCATGACTATTTGAATAAATATCTATTTGAAATTGTTATGACCT
125 AGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCT
* * * * * * * *
21071 TTGGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTCAGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAG
1 TTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCAGATCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAAT
* * *
21136 TTATTAATATTTCAAAAATTAATAATTAAGAGATTT-AAAAAATGAATATATTTA-C-TGAACAA
66 TTATTAATATTCCAAAAATTAATAA--GA-AGATTTAAAAAAAT-AATCTATTTACCAT-AACAA
* * * * *** *
21198 GTTTAAATAATTGTGACTATTTTAACAATTATCTATTTGAAATTGCTATAACCT
126 GTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCT
* ** * * * * *
21252 TTTGTTTTGTCATAAAATGATTTTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTC-TAATAAAATAATACAA
1 TTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTC-AGATCATACAAACTTA-TTCAAAATAAAATAATACTA
*
21315 ATTTATTAATATT--AAGACAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAAATAA-ATATGTT--CACTG
64 ATTTATTAATATTCCAA-A-AATTAATAAG---AAGATTTAAAAAAATAATCTAT-TTACCA-T-
** * * * ** *
21374 AACAAGTTTAAATCTTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTT
121 AACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCT
* * * * ** * *
21433 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTTATACAAGCTTATTCGGATTAAAATAATATTAA
1 TTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTC-AGATCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
* * * ** *
21497 TTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAAATAA-ATATGTTTTC-TGAATA
65 TTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG---AAGATTTAAAAAAATAATCTAT-TTACCAT-AACA
* * * * * * * *
21559 AATTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTGTTTATTTAAAATTATTGTGACCT
125 AGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCT
* * *
21614 TTTGTTTTG-TAGTAAAACAATTGTTTCA-ACTCATATAAGCTTA-TCTGAAATAAAATAATACT
1 TTTGTTTTGTTA-TAAAACAATTGTTTCAGA-TCATACAAACTTATTC-AAAATAAAATAATACT
* * * * *
21676 AATTTATTAATATTCC-AAAATTAATGAGTAAGAGAATT-AAAAAATGAATATGTTTACC-GAAC
63 AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG--A-AGATTTAAAAAAAT-AATCTATTTACCATAAC
* *
21738 ATGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAA-CATTATGGCCT
124 AAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAAATCATTATGACCT
* * * * *
21794 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTA-TTCATGCAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATA-TA
1 TTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTC-AGATCATACAAACTTA-TTCAAAATAAAATAATACT-
* * * ***
21856 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTT-AAAAAATAA-GTATGTT-TTTTGAAC
63 AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG--AAGATTTAAAAAAATAATCTAT-TTACCAT-AAC
* * * * ** *
21918 ACGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTACTTCAAATTGTTATGTCCT
124 AAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCT
* * * * *
21974 TTTGTTTTGTCATAAATCAATTGTTT-TGTTCATA-AAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAA
1 TTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCAGATCATACAAA-CTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
* ** * **
22037 TTTCTTAA-AGACC-AAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAAATAAAT-TGTTTACC-T-AGGA
65 TTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG---AAGATTTAAAAAAAT-AATCTATTTACCATAACAA
* * * * ** **
22096 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGATAT
126 GTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCT
* * * * **
22150 TTTGTTTTGTCATAAAACAGTTGTTTCCA-TTCATACAAAATTTATTTGAAATAAAATAATACTA
1 TTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTT-CAGATCATAC-AAACTTATTCAAAATAAAATAATACTA
* * * * * *
22214 ATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTGGAGATTT-AAAAAATAAATTTGTTCA-CAAAACA
64 ATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAA---GAAGATTTAAAAAAAT-AATCTATTTACCATAACA
* * * * * *
22277 AGTTCAAATGGTCAT-ATCCATTTGAACTATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACAC-
125 AGTTTAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCA-TTATGAC-CT
* * * *
22332 TTTGTTTTATCATCAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAAAC-TATTC-AAATAAAATAATACTA
1 TTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTC-AGATCATAC-AAACTTATTCAAAATAAAATAATACTA
* * *
22394 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-AGATTTAAAAACAA-AATCTATTTATCGA-ACCAA-
64 ATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGAAGATTTAAAAA-AATAATCTATTTA-CCATAACAAG
* * * * *
22455 TTCAAATAGTTATGAGTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGATC-
127 TTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCT
** * * * * * * ** * * *
22507 TTCATTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTA-TTCACACTAGCTTATTCGGAGTAAAATATTGCTAA
1 TTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTC-AGATCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
* * * * * * * *
22571 ATTAATAATATTCTAAAAATTAATAA-TAGATTT-AAAAAATAA-ATATTCTTA-TAGAACCAGT
65 TTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGAAGATTTAAAAAAATAATCTA-T-TTACCATAACAAGT
* * * * * * *
22632 TCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAACCATTCTAACCT
128 TTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCT
* * * * * * ** ** *
22684 TTTGTTTAGTCATAAAATAATTTTTTTAGCTCATACATGCTTATTTGAAATAAAATGATACTAAT
1 TTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCAGATCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAAT
* * * * * *
22749 TTATTAACATGT--AGAACATCAATACACAAGAAATTTTAAAAAATAAATCTGTTTACCA-AACA
66 TTATTAATAT-TCCA-AAAATTAATA-AGAAG--ATTTAAAAAAAT-AATCTATTTACCATAACA
* * * * *
22811 AGTTTAAATAGTTATGACGATTTAAACAATTATCTATTTAAAATAAATATAACCT
125 AGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCT
* * * * * * *
22866 TTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAG-T-TTGAAAAAGCTTATTCGAGATAAAATAATATTA
1 TTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCAGATCAT-ACAAA-CTTATTCAAAATAAAATAATACTA
* * * * * * * * *
22929 TTTTATTAAAATTTCAAAAATTGATGAGTTAGATATTTAAAAATTAAGTC-AGTTTATCA-AATC
64 ATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG-AAGAT-TTAAAAAAATAA-TCTA-TTTACCATAA-C
* * * * * * * * *
22992 GA-TTCAAATAATTGT-AGCCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAACT
124 AAGTTTAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCT
* * *** * * * ***
23047 TTTCTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATCATATAAGCCTATTCGGGATAAAATAATACTAAT
1 TTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCAGATCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAAT
* * ** *
23112 TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAGGAGATTT-AAAAAATAA---A-TT-CGTTTAC----
66 TTATTAATATTCCAAAAATTAAT--A-AGAAGATTTAAAAAAATAATCTATTTACCATAACAAGT
* * * *
23167 -TAAATGGTT-T--CTATTTGAACAATTATCTATTTCAATTGC--TATAACCT
128 TTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAAT-CATTATGACCT
* * * * * * * * *
23214 ATTGTTATGTTATAAAATAA-TGTTTTAGTTTATATAAGCATATTCAAAATAAAATAATACTAAT
1 TTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCAGATCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAAT
* * * * * * **
23278 TTAATAATATTCTAAAAATTAATAACTAAAAGATTT-AAAAAATAAATTTGTTT-GC-TGAAGTA
66 TTATTAATATTCCAAAAATTAAT-A--AGAAGATTTAAAAAAAT-AATCTATTTACCAT-AACAA
* * * * * *
23340 GTTCT-AACAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTGTTTCAAATCGTTATGACCT
126 GTT-TAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCT
* * * * * * *
23394 TTTGTTTTGTCATAGAACAATCGTTTCAGTTCGTACAAGCTTATTC-AAATAAAATAA-AATAAT
1 TTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCAGATCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAAT
* * * * * * * *
23457 TTATTAATATTTCAAAATTTAATAAGTAAGTGATTT-AAAAAGTGAATCTGTTTGTCGA-ATCTA
66 TTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG-AA--GATTTAAAAAAAT-AATCTATTT-ACCATAACAA
* * * * * * * * *
23520 -TTCAAATAATTATGGCCATGTCAATAATTATCTATTTCAAATCATTATTACCT
126 GTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCT
* ** * * ** * * * * *
23573 TTTGCTTCATCATATAACAATT-TTATTTGA-AAGTTCAATCTTATTTAGAATAAAATAATACTA
1 TTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTT-TCAGATCA-TACAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTA
* * * *
23636 ATTTACTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAAT-T-GTTA-C-TAACT
64 ATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG--A-AGATTTAAAAAAAT-AATCTATTTACCATAAC-
* * * ** * * * * *
23696 TAGTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAACAATTATAAACTTGAAATCGTTATAACAT
124 AAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCT
* * * * * ** *** * *
23752 TTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTTA-TTCATACAAGTTTATTTGGAATAAAATAACACTGA
1 TTTGTTTTGTTATAAAACAATT-GTTTCAGATCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
* * * * * * ** * *
23816 TCTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGAATT-AAAAAATAAATTTCTTTGTC-GAACCA
65 TTTATTAATATTCCAAAAATTAATAA--GA-AGATTTAAAAAAAT-AATCTATTTACCATAACAA
* * * * * *
23879 GTTCAAATATTTAAGACTA-TAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCT
126 GTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCT
* * * * * ***
23932 TTTGTTTTGTCATAAAATAAGTTTTTTTTTTA-ATTCATACTAGA-TTATTTGGAATAAAATAA-
1 TTTGTTTTGTTATAAAACAA----TTGTTTCAGA-TCATAC-AAACTTATTCAAAATAAAATAAT
* * * *
23994 AATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAAATAATTCTGTTTA-CGT
60 ACT-AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG--AAGATTTAAAAAAATAA-TCTATTTACCAT
* * * * * * * * *
24058 AACCTAGTTCAAATAATTATGACTAATTGAAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATTAACT
121 AA-CAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTG-AACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCT
* * * ** * * ** * ** *
24119 TTTTTTTTGTCATAAAA-AAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTCGGAATAAAGTAATACTAA-
1 TTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCAGATCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAAT
* * * * *
24182 -TATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-TGATTT-AAAAATTAAATCTATTTTATCA-AACTAGTT
66 TTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGAAGATTTAAAAAAAT-AATCTA-TTTACCATAACAAGTT
* * *
24243 CAAATAGTTAT-ACCTATTTGAGCAATTATTTATTT
129 TAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTT
24278 CAACATACAA
Statistics
Matches: 3666, Mismatches: 710, Indels: 491
0.75 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
160 1 0.00
161 2 0.00
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163 1 0.00
165 4 0.00
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169 1 0.00
170 2 0.00
171 9 0.00
173 6 0.00
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187 44 0.01
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Consensus pattern (179 bp):
TTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCAGATCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAAT
TTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGAAGATTTAAAAAAATAATCTATTTACCATAACAAGTTTA
AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCT
Found at i:20415 original size:162 final size:162
Alignment explanation
Indices: 20146--20450 Score: 396
Period size: 162 Copynumber: 1.9 Consensus size: 162
20136 ACCATATCAG
* * * * * * * *
20146 TTTAAATAATTATGGCCATTTCAATAATTATGTATTTCGAATCATTATTACCTTTTGTTTGGTTA
1 TTTAAATAATTATGACCATTTAAACAATTATATACTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTGGTCA
* * * * * * * *
20211 TATAACAATTGTTTTTGATCATACAAATTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATCTTT
66 TAAAACAATTATTTCTGATCATACAAACTTATTTGAAATAAAATAATACTAATATAATAATATTT
20276 CAAAAATTAATAAAAGATGCTTACTGAACCAA
131 CAAAAATTAATAAAAGATGCTTACTGAACCAA
* *
20308 TTTAAATAATTATGACTATTTAAACAATTGTATACTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTCT-GTC
1 TTTAAATAATTATGACCATTTAAACAATTATATACTTCAAATCATTATAACCTTTTGTT-TGGTC
* *
20372 ATAAAACAATTATTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATATAATAATATT
65 ATAAAACAATTATTTCTGATCATACAAACTTATTTGAAATAAAATAATACTAATATAATAATATT
**
20437 TTGAAAATTAATAA
130 TCAAAAATTAATAA
20451 CTAAGAGATT
Statistics
Matches: 120, Mismatches: 22, Indels: 2
0.83 0.15 0.01
Matches are distributed among these distances:
162 119 0.99
163 1 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.07, T:0.42
Consensus pattern (162 bp):
TTTAAATAATTATGACCATTTAAACAATTATATACTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTGGTCA
TAAAACAATTATTTCTGATCATACAAACTTATTTGAAATAAAATAATACTAATATAATAATATTT
CAAAAATTAATAAAAGATGCTTACTGAACCAA
Found at i:21142 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 20296--24280 Score: 3081
Period size: 181 Copynumber: 22.3 Consensus size: 180
20286 TAAAAGATGC
* * * * * * * * * *
20296 TTACTGAACCAATTTAAATAATTATGACTATTTAAACAATTGTATACTTCAAATCATTATAACCT
1 TTACTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCT
* * * * *
20361 TTTGTTCTGTCATAAAACAATTATTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAAT
66 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAAT
* * ** * *
20426 ATAATAATATTTTGAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGT
131 TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATATGT
** * * * *
20477 TTGTTGAACTAGTTCTAATAATTAAGACTATATT-AACAATTATCTATTTCAAA----T-TG--T
1 TTACTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTAT-TTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC
* * * *
20534 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCAATTCATACT-AGCTTATTCGGAATAAAATAA-AATG
65 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATA-TAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACT-
* * * *
20597 AATTTATTAATATTTCAAAATTTAATATGTAAGAGATTTAAAAAATAATTTTGT
128 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATATGT
* *
20651 TTACCT-AA-TCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
1 TTA-CTGAACT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAC
* * * * ** * * * *
20714 CTTTT-ATTTGTCATAAAATAAATATTTTTGTTTATATAAGTTTGTTC-AGAATAAAAAAATACT
64 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATATAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACT
* * *
20777 AATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG---AGATTTAAAAAATAAATCTAT
128 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATATGT
** * * * **
20827 TTACCAAAAC-AATTCAAATAGTTATGACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATTATTATGA--
1 TTA-CTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC
* * * * * *
20889 TTTT-TTTCTGTTATAAAATAATAGTTTCTA-TTCATACAAACTTATTC-AGATTAAAATAATAC
65 TTTTGTTT-TGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATATAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATAC
* * * *
20951 TAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAATTTTCAAAAGTAAATATGT
127 TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAGA-TTTAAAAAATAAATATGT
* * * * * * *
21006 TTATTGAACTAGATCAAATAGTCATGACTATTTGAATAAATATCTATTTGAAATTGTTATGACCT
1 TTACTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCT
* * * * *
21071 TTGGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTCAGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAG
66 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAAT
* * *
21136 TTATTAATATTTCAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAATATAT
131 TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATATGT
* * * * * * * * *
21187 TTACTGAACAAGTTTAAATAATTGTGACTATTTTAACAATTATCTATTTGAAATTGCTATAACCT
1 TTACTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCT
** * * * *
21252 TTTGTTTTGTCATAAAATGATTTTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTC-TAATAAAATAATACAA
66 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATATAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACTA
21315 ATTTATTAATA-TT-AAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGT
129 ATTTATTAATATTTCAA-A-AATTAATAAGT-AAAGATTTAAAAAATAAATATGT
* * * ** * * * *
21368 TCACTGAACAAGTTTAAATCTTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTT
1 TTACTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCT
* * * * *
21433 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTTATACAAGCTTATTCGGATTAAAATAATATTAA
66 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAA
*
21497 TTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGT
130 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-AAAGATTTAAAAAATAAATATGT
* * * * * * * ** *
21549 TTTCTGAA-TAAATTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTGTTTATTTAAAATTATTGTGACC
1 TTACTGAACT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC
**
21613 TTTTGTTTTGT-AGTAAAACAATTGTTTCAACTCATATAAGCTTA-TCTGAAATAAAATAATACT
65 TTTTGTTTTGTCA-TAAAACAATTGTTTCAGTTCATATAAGCTTATTC-GAAATAAAATAATACT
* * * *
21676 AATTTATTAATA-TTCCAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAATGAATATGT
128 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATATGT
* * * * *
21729 TTACCGAAC-ATGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGGCC
1 TTACTGAACTA-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC
* **
21793 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTA-TTCATGCAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATA-T
65 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATATAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACT
* *
21855 AAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAGTATGT
128 -AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATATGT
** * * *
21909 TTTTTGAAC-ACGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTACTTCAAATTGTTATGTCC
1 TTACTGAACTA-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC
* * *
21973 TTTTGTTTTGTCATAAATCAATTGTTT-TGTTCATAAAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAA
65 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAA
* ** *
22037 TTTCTTAA-A-GACCAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT-TGT
130 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-AAAGATTTAAAAAATAAATATGT
** * * * **
22086 TTACCT--AGGAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGATA
1 TTA-CTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC
* * ** *
22149 TTTTGTTTTGTCATAAAACAGTTGTTTCCA-TTCATACAAAATTTATTTGAAATAAAATAATACT
65 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-CAGTTCATA-TAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACT
** *
22213 AATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATTTGT
128 AATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAG-TAAAGATTTAAAAAATAAATATGT
* ** * * * * * *
22267 TCACAAAACAAGTTCAAATGGTCAT-ATCCATTTGAACTATTATCTATTTCAAATAGTTATGACA
1 TTACTGAACTAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAC-
* * * *
22331 C-TTTGTTTTATCATCAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAAAC-TATTC-AAATAAAATAATAC
64 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATA-TAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAC
* *
22392 TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG---AGATTTAAAAACA-AAATCTAT
127 TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAA-ATAAATATGT
* * * * * *
22443 TTA-TCGAACCAATTCAAATAGTTATGAGTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGATC
1 TTACT-GAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC
** * * * * * *
22507 -TTCATTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTA-TTCACACT-AGCTTATTCGGAGTAAAATATTGCT
65 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATA-TAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACT
* *
22569 AAATTAATAATA-TTCTAAAAATTAATAA-T--AGATTTAAAAAATAAATAT-T
128 AATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATATGT
* * * * * * *
22618 CTTA-TAGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAACCATTCTAAC
1 -TTACT-GAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAC
* * * * * * * * *
22682 CTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTTTTTTAGCTCATACATGCTTATTTGAAATAAAATGATACTA
64 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTA
* * * * * * *
22747 ATTTATTAACATGT-AGAACATCAATACA-CAAGAAATTTTAAAAAATAAATCTGT
129 ATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATA-AGTAA-AGA-TTTAAAAAATAAATATGT
** * * * * * *** *
22801 TTACCAAACAAGTTTAAATAGTTATGACGATTTAAACAATTATCTATTTAAAATAAATATAACCT
1 TTACTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCT
* * * * * *
22866 TTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAGTTTGA-AAAAGCTTATTCGAGATAAAATAATATTAT
66 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAG-TTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAA
* * * * * * *
22930 TTTATTAAAATTTCAAAAATTGATGAGTTAGATATTTAAAAATTAAGTCA-GT
130 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-TAAAGATTTAAAAAATAAAT-ATGT
* * * * * * * *
22982 TTA-TCAAATCGATTCAAATAATTGT-AGCCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAA
1 TTACTGAACTAG-TTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAC
* * **
23045 CTTTTCTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA--TCATATAAGCCTATTCGGGATAAAATAATAC
64 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG--TTTCAGTTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAC
* *
23108 TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAGGAGATTTAAAAAATAAAT-TCG-
127 TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA-AAGATTTAAAAAATAAATAT-GT
* * * *
23162 TT--T--AC----T-AAATGGTT-T--CTATTTGAACAATTATCTATTTC-AATTGCTATAACCT
1 TTACTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCT
* * * * * * * *
23214 ATTGTTATGTTATAAAATAA-TGTTTTAGTTTATATAAGCATATTCAAAATAAAATAATACTAAT
66 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAAT
* * *
23278 TTAATAATA-TTCTAAAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGT
131 TTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGT-AAAGATTTAAAAAATAAATATGT
* * * * * * *
23329 TTGCTGAAGTAGTTCTAACAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTGTTTCAAATCGTTATGACCT
1 TTACTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCT
* * * * *
23394 TTTGTTTTGTCATAGAACAATCGTTTCAGTTCGTACAAGCTTATTC-AAATAAAATAA-AATAAT
66 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAAT
* * * * *
23457 TTATTAATATTTCAAAATTTAATAAGTAAGTGATTTAAAAAGTGAATCTGT
131 TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATATGT
* * * * * * * * *
23508 TT-GTCGAATCTA-TTCAAATAATTATGGCCATGTCAATAATTATCTATTTCAAATCATTATTAC
1 TTACT-GAA-CTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAC
* ** * * * *
23571 CTTTTGCTTCATCATATAACAATTTTATTTGAAAGTTCA-AT---CTTATT-TAGAATAAAATAA
64 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAA--TTGTTT--CAGTTCATATAAGCTTATTCGA-AATAAAATAA
* *
23631 TACTAATTTACTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TG-
124 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATATGT
* ** * * * *
23687 TTACT-AACTTAGTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAACAATTATAAACTTGAAATCGTTATAACA
1 TTACTGAAC-TAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC
* * * * * * * * *
23751 TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTTA-TTCATACAAGTTTATTTGGAATAAAATAACACTG
65 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTCAGTTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTA
* * * * * * *
23815 ATCTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGAATTAAAAAATAAATTTCT
129 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATATGT
* * * * * * *
23868 TT-GTCGAACCAGTTCAAATATTTAAGACTA-TAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
1 TTACT-GAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC
* * * * * * *
23931 TTTTGTTTTGTCATAAAATAAGTTTTTTTTTTAATTCATACT-AGATTATTTGGAATAAAATAA-
65 TTTTGTTTTGTCATAAAACAA----TTGTTTCAGTTCATA-TAAGCTTATTCGAAATAAAATAAT
* * *
23994 AATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAAATAATTCTGT
125 ACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAGATTT-AAAAAATAAATATGT
* * * *
24052 TTAC-GTAACCTAGTTCAAATAATTATGACTAATTGAAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATTA
1 TTACTG-AA-CTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG-AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA
* * * ** * * * *
24116 ACTTTTTTTTTGTCATAAAA-AAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTCGGAATAAAGTAATACT
63 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACT
*
24180 AA--TATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT---GATTTAAAAATTAAATCTAT-T
128 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAA--TATGT
* * *
24229 TTA-TCAAACTAGTTCAAATAGTTAT-ACCTATTTGAGCAATTATTTATTTCAA
1 TTACT-GAACTAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
24281 CATACAAGCT
Statistics
Matches: 3072, Mismatches: 563, Indels: 344
0.77 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
164 4 0.00
165 3 0.00
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170 1 0.00
171 7 0.00
172 1 0.00
173 5 0.00
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182 263 0.09
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186 4 0.00
187 44 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (180 bp):
TTACTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCT
TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAAT
TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATATGT
Found at i:22582 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 22560--22598 Score: 53
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22550 TTCGGAGTAA
22560 AATATTGCT-AAATTAAT
1 AATATT-CTAAAATTAAT
22577 AATATTCTAAAAATTAAT
1 AATATTCT-AAAATTAAT
22595 AATA
1 AATA
22599 GATTTAAAAA
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 0, Indels: 3
0.87 0.00 0.13
Matches are distributed among these distances:
16 2 0.10
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Consensus pattern (17 bp):
AATATTCTAAAATTAAT
Found at i:23494 original size:179 final size:180
Alignment explanation
Indices: 23177--24280 Score: 833
Period size: 179 Copynumber: 6.1 Consensus size: 180
23167 TAAATGGTTT
* * * * * *
23177 CTATTTGAACAATTATCTATTTC-AATTGCTATAACCTATTGTTATGTTATAAAATAATGTTTTA
1 CTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATGTTTTA
* * * * *
23241 GTTTATATAAGCATATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATA-TTCTAAAAATTAATAACT
66 GTTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGT
* * * * * *
23305 AAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCTGAA-GTAGTTCTAACAGTTAAGA
129 AAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCTGAACCTAGTTCAAATAATTATGA
* * * * *
23356 CTATATGAACAATTATCTGTTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAGAACAATCGTTTC
1 CTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAT-GTTTT
* * *
23421 AGTTCGTACAAGCTTATTCAAATAAAATAA-AATAATTTATTAATATTTCAAAATTTAATAAGTA
65 AGTTCATACAAGCTTATTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
* * * * * *
23485 AGTGATTTAAAAAGTGAATCTGTTTG-TCGAATCTA-TTCAAATAATTATGG
130 AGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCT-GAACCTAGTTCAAATAATTATGA
* * * * * * * ** * *
23535 CCATGTCAATAATTATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTTGCTTCATCATATAACAA--TTTTA
1 CTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATGTTTTA
* * * * * * *
23598 TTTGAAAGTTCAATCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTACTAATCTTTCAAAAATTAATAA
66 GTT--CA-TACAAGCTTATTCA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
* * * *
23663 GTAAGAGATTTAAAAAATAAA-TTG-TTACT-AACTTAGTTCAAATAGTTTTGA
127 GTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCTGAACCTAGTTCAAATAATTATGA
* ** * * * *
23714 CTATTTGAACAATTATAAACTTGAAATCGTTATAACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTT
1 CTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAA-T-GTTT
* ** * * * * * *
23779 TA-TTCATACAAGTTTATTTGGAATAAAATAACACTGATCTAATAATATTCCAAAAATTAATAAC
64 TAGTTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
* * * *
23843 TAAGAGAATTAAAAAATAAATTTCTTTG-TCGAACC-AGTTCAAATATTTAAGA
128 TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCT-GAACCTAGTTCAAATAATTATGA
* * * *
23895 CTATA-GAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAGTTTTTT
1 CTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAA-----TG
* * * ** *
23959 TTTTAATTCATACTAGATTATTTGGAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA
61 TTTTAGTTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAA
*
24023 TAAGTAA-AGATTTAAAAAA-ATAATTCTGTTTAC-GTAACCTAGTTCAAATAATTATGA
124 TAAGTAAGAGATTTAAAAAATA-AATT-TGTTTGCTG-AACCTAGTTCAAATAATTATGA
* * *
24080 CTA-ATTGAAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATTAA-CTTTTTTTTTGTCATAAAAAAATGTT
1 CTATA-TG-AACAATTATCTATTTCAAATCGTTA-TAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATGTT
* * * * * *
24143 TTTGTTCATATAAGTTTGTTCGGAATAAAGTAATACTAA--TATTAATATTTCAAAAATTAATAA
63 TTAGTTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
* * * ** * * *
24206 GT----GATTTAAAAATTAAATCTATTTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTAT-A
127 GTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCTGAACCTAGTTCAAATAATTATGA
* * *
24255 CCTATTTGAGCAATTATTTATTTCAA
1 -CTATATGAACAATTATCTATTTCAA
24281 CATACAAGCT
Statistics
Matches: 737, Mismatches: 146, Indels: 88
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
175 16 0.02
176 33 0.04
177 13 0.02
178 6 0.01
179 257 0.35
180 132 0.18
181 86 0.12
182 33 0.04
183 31 0.04
184 65 0.09
185 18 0.02
186 1 0.00
187 44 0.06
188 2 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
CTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATGTTTTA
GTTCATACAAGCTTATTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
GAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCTGAACCTAGTTCAAATAATTATGA
Found at i:24399 original size:129 final size:132
Alignment explanation
Indices: 24166--24405 Score: 321
Period size: 129 Copynumber: 1.8 Consensus size: 132
24156 GTTTGTTCGG
* ** * *
24166 AATAAAGTAATACTAATATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTGATTTAAAAATTAAATCTATTTT
1 AATAAAATAATACTAATATTAATATTTCAAAAATTAATAAGACATTTAAAAATTAAATATATTTG
* *
24231 ATCAAACTAGTTCAAATAGTTATACCTATTTGAGCAATTATTTATTTCAACATACAAGCTTTTTT
66 ATCAAACTAGTTCAAATAGTTATACCTATTTGAACAATTATCTATTTCAACATACAAGCTTTTTT
24296 GA
131 GA
* *
24298 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAGAATTAATAAGACA-TTAAAAA-T-AATATGTT
1 AATAAAATAATACTAA--TATTAATATTTCAAAAATTAATAAGACATTTAAAAATTAAATATATT
*
24360 TGCT-AAACTAG-TCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATT
64 TGATCAAACTAGTTCAAATAGTTAT-ACCTATTTGAACAATTATCTATT
24406 CAAATTGTTA
Statistics
Matches: 95, Mismatches: 10, Indels: 9
0.83 0.09 0.08
Matches are distributed among these distances:
129 31 0.33
130 8 0.08
131 8 0.08
132 16 0.17
133 7 0.07
134 25 0.26
ACGTcount: A:0.45, C:0.09, G:0.07, T:0.39
Consensus pattern (132 bp):
AATAAAATAATACTAATATTAATATTTCAAAAATTAATAAGACATTTAAAAATTAAATATATTTG
ATCAAACTAGTTCAAATAGTTATACCTATTTGAACAATTATCTATTTCAACATACAAGCTTTTTT
GA
Found at i:24580 original size:303 final size:310
Alignment explanation
Indices: 23979--24583 Score: 693
Period size: 303 Copynumber: 2.0 Consensus size: 310
23969 TACTAGATTA
* *
23979 TTTGGAATAAAATAAAATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAAAT
1 TTTGAAATAAAATAAAATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG--AACATTT-AAAAAAT
* * *
24044 AATTCTGTTTACGTAACCTAGTTCAAATAATTATGACTAATTGAAATAATTATCTATTTCAAATC
63 AATTATGTTTACGTAAACTAGTTCAAATAATTATGACTAATTGAAACAATTATCTATTTCAAATC
* * * * * * * *
24109 GTTATTAACTTTTTTTTTGTCATAAAAAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTCGGAATAAAGT
128 GTTATTAACTTTTTTTCTATCATAAAAAAATGTTTATGTTCATAAAAGCTTATTCAGAATAAAAT
* * * *
24174 AATACTAATATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTGATTTAAAAATTAAATCTATTTTATCAAACT
193 AATACTAATATTAATATTTCAAAAATTAATAACTGATTTAAAAAATAAATC-AGTTTATCAAACC
* * * * *
24239 AGTTCAAATAGTTATACCTATTTGAGCAATTATTTATTTCAACATACAAGCTTT
257 AGTTCAAATAGCTATAACTATATAAACAATTATTTATTTCAACATACAAGCTTT
* *
24293 TTTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAGAATTAATAAG-ACA-TT-AAAAATAA
1 TTTGAAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAACATTTAAAAAATAA
* * * *
24354 -TATGTTTGC-TAAACTAG-TCAAATAGTTATGACTATTTG-AACAATTATCTA-TTCAAATTGT
65 TTATGTTTACGTAAACTAGTTCAAATAATTATGACTAATTGAAACAATTATCTATTTCAAATCGT
* *
24414 TA-T-ACTCTTTTTTCTATTAT-AAAAATTGTTTATG-TCATAAAAGCTTATTCAGAATAAAATA
130 TATTAACT-TTTTTTCTATCATAAAAAAATGTTTATGTTCATAAAAGCTTATTCAGAATAAAATA
* *
24475 ATACTAAT-TTAATAATATTCTAAAAATTAATAACTAAGATTTAAAAAATGAAT-ACGTTTGTCA
194 ATACTAATATTAAT-AT-TTC-AAAAATTAATAACT--GATTTAAAAAATAAATCA-GTTTATCA
24538 AACCAGTTCAAATAGCTA-AGACTATATAAACAATTATTTATTTCAA
253 AACCAGTTCAAATAGCTATA-ACTATATAAACAATTATTTATTTCAA
24584 ATTGTTATGA
Statistics
Matches: 250, Mismatches: 32, Indels: 29
0.80 0.10 0.09
Matches are distributed among these distances:
299 5 0.02
300 32 0.13
301 18 0.07
302 26 0.10
303 55 0.22
304 25 0.10
305 19 0.08
306 7 0.03
307 7 0.03
308 8 0.03
310 2 0.01
311 2 0.01
314 42 0.17
315 2 0.01
ACGTcount: A:0.43, C:0.09, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (310 bp):
TTTGAAATAAAATAAAATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAACATTTAAAAAATAAT
TATGTTTACGTAAACTAGTTCAAATAATTATGACTAATTGAAACAATTATCTATTTCAAATCGTT
ATTAACTTTTTTTCTATCATAAAAAAATGTTTATGTTCATAAAAGCTTATTCAGAATAAAATAAT
ACTAATATTAATATTTCAAAAATTAATAACTGATTTAAAAAATAAATCAGTTTATCAAACCAGTT
CAAATAGCTATAACTATATAAACAATTATTTATTTCAACATACAAGCTTT
Found at i:24898 original size:654 final size:668
Alignment explanation
Indices: 23621--24934 Score: 1569
Period size: 654 Copynumber: 2.0 Consensus size: 668
23611 TCTTATTTAG
* *
23621 AATAAAATAATACTAATTTACTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT
1 AATAAAATAATACTAATTTACTAATATTTCAAAAATT-ATAAGTAAGACATTTAAAAAATAAATT
* *
23686 GTTACTAACTTAGTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAACAATTATAAACTTGAAATCGTTATAACA
65 GTTACTAACTTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATAAACTTCAAATCGTTATAACA
* * * * ** *
23751 TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTTATTCATACAAGTTTATTTGGAATAAAATAACACTGA
130 TTTTGTTTTATCATAAAATAATTATGTTTATTCATAAAAGCTTATTCAGAATAAAATAACACTAA
* *
23816 TCTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGAATTAAAAAATAAATTTCTTTGTCGAACCAGT
195 TCTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGAATTAAAAAATAAATTACTTTGTCAAACCAGT
** * *
23881 TCAAATATTTAAGACTATAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
260 TCAAATAGCTAAGACTATAAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
* * * *
23946 AAATAAGTTTTTTTTTTAATTCATACTAGATTATTTGGAATAAAATAAAATGAATTTATTAATAT
325 AAATAA----TTTATTTAACTCATACAAGATTATTTGAAATAAAATAAAATGAATTTATTAATAT
*
24011 TTCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAAATAATTCTGTTTACGTAACCTAGTTCAAATAATT
386 TTCAAAAATTAATAAG--AAGATTTAAAAAAATAATTCTATTTACGTAACCTAGTTCAAATAATT
* *
24076 ATGACTAATTGAAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATTAACTTTTTTTTTGTCATAAAAAAATG
449 ATAACTAATTGAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATTAACTTTTTTTTTGTCATAAAAAAATG
* * * * * *
24141 TTTTTGTTCATATAAGTTTGTTCGGAATAAAGTAATACTAATATTAATATTTCAAAAATTAATAA
514 TTTTTGTTAATATAAATCTGTTCGAAATAAAATAATACTAATATTAATATTTAAAAAATTAATAA
* * ** * *
24206 GTGATTTAAAAATTAAATCTATTTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTAT-ACCTATTTGAGCAATT
579 GAGATTT--AAAGTAAATCTAGCTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATT
*
24270 ATTTATTTCAACATACAAGCTTTTTTGA
641 ATCTATTTCAACATACAAGCTTTTTTGA
* *
24298 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAGAA-T-TAA-TAAGACA-TT-AAAAAT-AATAT
1 AATAAAATAATACTAATTTACTAATATTTCAAAAATTATAAGTAAGACATTTAAAAAATAAAT-T
* ** *
24357 GTTTGCTAAAC-TAG-TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTCAAATTGTTAT-A
65 G-TTACT-AACTTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATAAACTTCAAATCGTTATAA
* *
24418 C-TCTTT-TTTCTATTAT-AAA-AA-T-TGTTTATGTCATAAAAGCTTATTCAGAATAAAATAAT
128 CAT-TTTGTTT-TATCATAAAATAATTATGTTTAT-TCATAAAAGCTTATTCAGAATAAAATAAC
* * * *
24477 ACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAATAACT-A-AGATTTAAAAAATGAA-TACGTTTGTCAA
190 ACTAATCTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGAATTAAAAAATAAATTAC-TTTGTCAA
* **
24539 ACCAGTTCAAATAGCTAAGACTATATAAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTT
254 ACCAGTTCAAATAGCTAAGACTATA-AAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT
* * *
24604 TGTCATAAAATAA-TTATTTAACTCATACAAGCTTATTTGAAATAGAATAAAATTAATTTATTAA
318 TGTCATAAAATAATTTATTTAACTCATACAAGATTATTTGAAATAAAATAAAATGAATTTATTAA
* *
24668 TATTTCTAAAATT-ATAAG-AGATTT-AGAAAATAATTCTATTTAC-TGAA-CTAGTTCAAATAA
383 TATTTCAAAAATTAATAAGAAGATTTAAAAAAATAATTCTATTTACGT-AACCTAGTTCAAATAA
*
24728 TT-TAACT-ATTG-AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATT-ACTTTTTTGTTTTGTCATAAAAC
447 TTATAACTAATTGAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATTAAC-TTTTT-TTTTGTCATAAAAA
* **
24789 AAT-TGTTTTGTTAATATAAATCTGTTTGAAATAAAATTGTACTAATTTATTAATATTTAAAAAA
510 AATGT-TTTTGTTAATATAAATCTGTTCGAAATAAAATAATACTAA--TATTAATATTTAAAAAA
* *
24853 TTAATCAGTAAGAGATTT-AAGTAAATCT-GCTTGCCAAACTAGTTCAAATAGTTTTGACTATTT
572 TT-A--A-TAAGAGATTTAAAGTAAATCTAGCTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTT
*
24916 GAATAATTATCTATTTCAA
633 GAACAATTATCTATTTCAA
24935 ATCATTATAA
Statistics
Matches: 554, Mismatches: 64, Indels: 61
0.82 0.09 0.09
Matches are distributed among these distances:
650 2 0.00
651 32 0.06
652 52 0.09
653 4 0.01
654 78 0.14
655 30 0.05
656 6 0.01
657 1 0.00
658 9 0.02
659 5 0.01
660 56 0.10
663 2 0.00
664 44 0.08
665 54 0.10
666 55 0.10
667 2 0.00
668 7 0.01
669 9 0.02
670 14 0.03
671 38 0.07
672 9 0.02
673 9 0.02
674 3 0.01
676 1 0.00
677 32 0.06
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (668 bp):
AATAAAATAATACTAATTTACTAATATTTCAAAAATTATAAGTAAGACATTTAAAAAATAAATTG
TTACTAACTTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATAAACTTCAAATCGTTATAACAT
TTTGTTTTATCATAAAATAATTATGTTTATTCATAAAAGCTTATTCAGAATAAAATAACACTAAT
CTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGAATTAAAAAATAAATTACTTTGTCAAACCAGTT
CAAATAGCTAAGACTATAAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
AATAATTTATTTAACTCATACAAGATTATTTGAAATAAAATAAAATGAATTTATTAATATTTCAA
AAATTAATAAGAAGATTTAAAAAAATAATTCTATTTACGTAACCTAGTTCAAATAATTATAACTA
ATTGAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATTAACTTTTTTTTTGTCATAAAAAAATGTTTTTGT
TAATATAAATCTGTTCGAAATAAAATAATACTAATATTAATATTTAAAAAATTAATAAGAGATTT
AAAGTAAATCTAGCTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA
ACATACAAGCTTTTTTGA
Found at i:25114 original size:180 final size:179
Alignment explanation
Indices: 24281--25777 Score: 1008
Period size: 178 Copynumber: 8.5 Consensus size: 179
24271 TTTATTTCAA
* *
24281 CATACAAGCTTTTTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAGAATTAAT----AAG
1 CATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCGAA-AATTAATAAGCAAG
* * ** **
24341 -ACATT-AAAAAT-AATATGTTTGCTAAACTAG-TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
65 AAAATTAAAAAATAAATCTGTTTGCCGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTA-TTGAATGATTATC
** * *
24402 TA-TTCAAATTGTTAT-ACTCTTTT-TTCTATTAT-AAA-AATTG-TT-TATGT
129 TATTTCAAATCATTATGAC-CTTTTGTT-TGTCATAAAACAATTGTTTCTAT-T
* * *
24449 CATAAAAGCTTATTC-AGAATAAAATAATACTAATTTAATAATA-TTCTAAAAATTAATAA-CTA
1 CATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-GAAAATTAATAAGC-A
* * * * * * * * **
24511 AG--ATTTAAAAAATGAATAC-GTTTGTCAAACCAGTTCAAATAGCTAAGACTATATAAACAATT
63 AGAAAATTAAAAAATAAAT-CTGTTTGCCGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTAT-TGAATGATT
* ** * * * *
24573 ATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTT-AACT
126 ATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG-TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATT
* * * * *
24627 CATACAAGCTTATTTGAAATAGAATAAAATTAATTTATTAATATTTCTAAAATT-ATAAG--AG-
1 CATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCGAAAATTAATAAGCAAGA
* * * * * * * * **
24688 -ATTTAGAAAATAATTCTATTTACTGAACTAGTTCAAATAATT-TAACTATTGAACAATTATCTA
66 AAATTAAAAAATAAATCTGTTTGCCGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTGAATGATTATCTA
* * * *
24751 TTTCAAATCGTTATTACTTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TGTT
131 TTTCAAATCATTATGAC-CTTTTG-TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATT
* * * ** ** * *
24801 AATATAAATCTGT-TT-GAAATAAAATTGTACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATCAGTAA
1 CATA-CAAGCT-TATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCGAAAATTAATAAGCAA
* * * * * * *
24864 G-AGATT--TAAGTAAATCTGCTTGCCAAACTAGTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTAT
64 GAAAATTAAAAAATAAATCTGTTTGCCGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTA-TTGAATGATTAT
* ** *
24926 CTATTTCAAATCATTATAACCTTTTAGTTTGTCAGCAAACAATTGGTTCTATT
128 CTATTTCAAATCATTATGACCTTTT-GTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATT
* * ** * * *
24979 TATACTATTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCGAAACTTAATAACCAAGA
1 CATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCGAAAATTAATAAGCAAGA
** * * *
25044 AAATT-AAAAATAAATCTAATTGCCCAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAATGATTATCT
66 AAATTAAAAAATAAATCTGTTTGCCGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTAT-TGAATGATTATCT
* *
25108 ATTTCAAATCATTATGACCTTTTCTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TGTT
130 ATTTCAAATCATTATGACCTTTT-GTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATT
** ** * * * *
25158 TGTACAAGCTTATTC-AAATTAAAATAATACTAATTTAAAAATATTT-TAAAATTATTAAGTACG
1 CATACAAGCTTATTCGAAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCGAAAATTAATAAGCAAG
* * ** * * * * *
25221 -AGATTTAAAAATAAA-CTTGTTTATCGAATTAGTTC-AATGGTTAAGACTATTAAAATAATTAT
65 AAAATTAAAAAATAAATC-TGTTTGCCGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATT-GAATGATTAT
* * *
25283 CTATTTCAAATCGTT-TGACCTTTTATTGAGTC--AAAACAATTGTTTC-AGTT
128 CTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT-TGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TT
* * * * *
25333 CATACAAGCTTATT-TAGAATAAATTAATACTAATTTATTAACATTTGGAAAATTAATAAGAAAG
1 CATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCGAAAATTAATAAGCAAG
* * * * * * * * * *
25397 -AGATTAAAAAATAAATCTATTTTGCTGAACAAGTTAAAATAATTATTATTTTTTAA-GAATTAT
65 AAAATTAAAAAATAAATCT-GTTTGCCGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTGAATG-ATTAT
* * *
25460 CTATTTAAAATCATTATAACCTTTTGATTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATT
128 CTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG-TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATT
* * * **
25513 AATACAAGCTTAGATAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCCTAAATTAATAAGCAAG
1 CATACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCGAAAATTAATAAGCAAG
* * * * * * * *
25577 AAATTTAAAAAATAAACCTGGTTTACCGAATTAGTTAAAATAATTATGGCCACTTGAATGATTAT
65 AAAATTAAAAAATAAATCT-GTTTGCCGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTA-TTGAATGATTAT
* * *
25642 CTATTTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTTCATAAAACAATTGTTTTTGA-T
128 CTA-TTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATT
* * * * * *
25695 CATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTGATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAACA
1 CATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCGAAAATTAATAAGCAAGA
* * *
25760 GATTTAAACAATAAATCT
66 AAATTAAAAAATAAATCT
25778 ATTTATCGAA
Statistics
Matches: 1053, Mismatches: 210, Indels: 118
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
167 4 0.00
168 44 0.04
169 2 0.00
171 2 0.00
172 9 0.01
173 42 0.04
174 107 0.10
175 99 0.09
176 78 0.07
177 115 0.11
178 179 0.17
179 54 0.05
180 155 0.15
181 40 0.04
182 101 0.10
183 22 0.02
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (179 bp):
CATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCGAAAATTAATAAGCAAGA
AAATTAAAAAATAAATCTGTTTGCCGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTGAATGATTATCTA
TTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATT
Found at i:25125 original size:531 final size:526
Alignment explanation
Indices: 24454--25788 Score: 1263
Period size: 534 Copynumber: 2.5 Consensus size: 526
24444 TATGTCATAA
* *
24454 AAGCTTATTC-AGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAATAACTAAG--ATT
1 AAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTAATAATATT-TCAAAATTAATAACCAAGAAATT
* * * * ** *
24516 TAAAAAATGAATACGTTTGTCAAACCAGTTCAAATAGCTAAGACTATATAAACAATTATTTATTT
64 TAAAAAATAAAT-C-TTTGCCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAATGATTATCTATTT
* * *
24581 CAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTAACTCATACAAGCTTATTTGAAA
127 CAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTAA-TCATACAAGCTTATTTAAAA
* * * *
24646 TAGAATAAAATTAATTTATTAATATTTCTAAAATTATAAGAGATTTAGAAAAT-AATTCTATTTA
191 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCTAAAATTATAAGAGATTTA-AAAATAAACT-TATTTA
* * * *
24710 -CTGAACTAGTTCAAATAATTTA-ACTATT-GAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATTACTTTT
254 TC-GAACTAGTTC-AATAATTAAGACTATTAAAACAATTATCTATTTCAAATCGTT-TGAC-CTT
* ** * * *
24772 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TGTTAATATAAATCTGT-TTGA-AATAAAATT-GTACTA
315 TTATTGAGTC--AAAACAATTGTTTCAGTTAATA-AAAGCT-TATTGAGAAT-AAATTAATACTA
* * * * * *
24833 ATTTATTAATATTTAAAAAATTAATCAGTAAGAGATT-TAAGTAAATCT-GCTTGCCAAACTAGT
375 ATTTATTAACATTTAAAAAATTAATAAGAAAGAGATTAAAAATAAATCTAGCTTGCCAAACAAGT
* * * *
24896 TCAAATAGTT-TTGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTT-AGTTTGTC
440 TAAAATAATTATT-A-TATTTGAAGAATTATCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTGA-TTTGTC
* * *
24959 AGCAAACAATTGGTTCTATTTATAC
502 AGAAAACAATTGGTTCAATTAATAC
* ** * *
24984 TATTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCGAAACTTAATAACCAAGAAAATT
1 AAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTC-AAAATTAATAACCAAGAAATTT
*
25049 -AAAAATAAATCTAATTGCCCAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAATGATTATCTATTTC
65 AAAAAATAAATCT--TTGCCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAATGATTATCTATTTC
* * * ** ** * *
25113 AAATCATTATGACCTTTTCTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTGTTTGTACAAGCTTATTCAAATT
128 AAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-ATTTAATCATACAAGCTTATTTAAAAT
** *
25178 AAAATAATACTAATTTAAAAATATTT-TAAAATTATTAAGTACGAGATTTAAAAATAAACTTGTT
192 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCTAAAATTA-T-A--A-GAGATTTAAAAATAAACTTATT
* ** *
25242 TATCGAATTAGTTCAATGGTTAAGACTATTAAAATAATTATCTATTTCAAATCGTTTGACCTTTT
252 TATCGAACTAGTTCAATAATTAAGACTATTAAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTTGACCTTTT
* * *
25307 ATTGAGTCAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAATTAATACTAATTTATT
317 ATTGAGTCAAAACAATTGTTTCAGTTAATAAAAGCTTATTGAGAATAAATTAATACTAATTTATT
** ** **
25372 AACATTTGGAAAATTAATAAGAAAGAGATTAAAAAATAAATCTATTTTGCTGAACAAGTTAAAAT
382 AACATTTAAAAAATTAATAAGAAAGAGATT-AAAAATAAATCTAGCTTGCCAAACAAGTTAAAAT
* * *
25437 AATTATTATTTTTTAAGAATTATCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTGATTTGTCATAAAACAA
446 AATTATTATATTTGAAGAATTATCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTGATTTGTCAGAAAACAA
*
25502 TTGTTTCAATTAATAC
511 TTGGTTCAATTAATAC
* * * * *
25518 AAGCTTAGATAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCCTAAATTAATAAGCAAGAAATT
1 AAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTT-CAAAATTAATAACCAAGAAATT
* * * ** * * * * *
25582 TAAAAAATAAACCTGGTTTACCGAATTAGTTAAAATAATTATGGCCACT-TGAATGATTATCTAT
64 TAAAAAATAAA--T-CTTTGCCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTA-TATGAATGATTATCTA-
* * * *
25646 TTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTT-TCATAAAACAATTGTTTTTGATCATATAAGCTTATTC
124 TTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-T-TATTTAATCATACAAGCTTATTT
* *
25710 AAAATAAAATAATACTAATTGATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAACAGATTTAAACAATAAA
187 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCTAAAATT-ATAAG----AGATTTAAA-AATAAA
25775 -TCTATTTATCGAAC
246 CT-TATTTATCGAAC
25789 CTTTTGTTTA
Statistics
Matches: 655, Mismatches: 107, Indels: 77
0.78 0.13 0.09
Matches are distributed among these distances:
529 2 0.00
530 59 0.09
531 149 0.23
532 53 0.08
533 15 0.02
534 151 0.23
535 68 0.10
536 48 0.07
537 74 0.11
538 19 0.03
539 17 0.03
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (526 bp):
AAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAATTAATAACCAAGAAATTTA
AAAAATAAATCTTTGCCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAATGATTATCTATTTCAAA
TTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTAATCATACAAGCTTATTTAAAATAAAA
TAATACTAATTTATTAATATTTCTAAAATTATAAGAGATTTAAAAATAAACTTATTTATCGAACT
AGTTCAATAATTAAGACTATTAAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTTGACCTTTTATTGAGTCA
AAACAATTGTTTCAGTTAATAAAAGCTTATTGAGAATAAATTAATACTAATTTATTAACATTTAA
AAAATTAATAAGAAAGAGATTAAAAATAAATCTAGCTTGCCAAACAAGTTAAAATAATTATTATA
TTTGAAGAATTATCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTGATTTGTCAGAAAACAATTGGTTCAAT
TAATAC
Found at i:25815 original size:127 final size:127
Alignment explanation
Indices: 25661--25905 Score: 291
Period size: 127 Copynumber: 1.9 Consensus size: 127
25651 AATTATTATG
* *
25661 ACCTTTTGTTTTTCATAAAACAATTGTTTT-TGATCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAC
1 ACCTTTTGTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAT-ATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAAT-C
* * * *
25725 T-AATTGATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAACAGATTT-AAACAATAAATCTATTTATCGA
64 TAAATTGATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTGAAAAAATAAATCTATTTATCGA
* * * ***
25787 ACCTTTTGTTTAGTCATAAAATATTTGTTTTATATCTTACAAGCTTATTTGCAATAAAATAATCT
1 ACCTTTTGTTT-GTCATAAAACAATTGTTTTATATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATCT
* * *
25852 AAATTTATTGACATTCAAAAAATTACTAAGCAAAAGATTTGAAAAAATAAATCT
65 AAATTGATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTGAAAAAATAAATCT
25906 GCTTACCGAA
Statistics
Matches: 99, Mismatches: 15, Indels: 8
0.81 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
126 16 0.16
127 70 0.71
128 13 0.13
ACGTcount: A:0.43, C:0.11, G:0.07, T:0.39
Consensus pattern (127 bp):
ACCTTTTGTTTGTCATAAAACAATTGTTTTATATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATCTA
AATTGATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTGAAAAAATAAATCTATTTATCGA
Found at i:26304 original size:178 final size:175
Alignment explanation
Indices: 25887--26433 Score: 494
Period size: 178 Copynumber: 3.1 Consensus size: 175
25877 CTAAGCAAAA
** ** * * * *
25887 GATTTGAAAAAATAAATCTGCTTACCGAATAAATTCAAATAGTTATGACTACTT-AGACAATTAT
1 GATTT-AAAAAATAAATCTATTTACTAAACAAATTCAAATAATTATGACCATTTCA-ACAATTAT
* * * **
25951 TTATTTAAAATTGGTATGACCTTTTGTTTTGACATAAAACAATTATTCCAGTTCAT-TAAAGCTT
64 CTATTTAAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTAGTTCATAT-AAGCTT
** * * *
26015 ATCCAAATTAA-AATACTAATTTCTTATTATTTCAAAAATTAATAAGT
128 ATTGAAATAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
* * * * * *
26062 AAGAGTTTAAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
1 --GA-TTT-AAAAAATAAATCTATTTACTAAACAAATTCAAATAATTATGACCATTTCAACAATT
* * *
26127 ATCTATTTAAAATTGTTATGACCTTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATATAGGC
62 ATCTATTTAAAATTGTTATGACC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTAGTTCATATAAGC
** *
26192 TTACTTGAAATAAAGTAATGTTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGT
126 TTA-TTGAAATAAA-TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
* * * *
26244 GATTTAAAAAGTGAATCTATTTA-TAAA-ATCAATTTAAATAATTATGGCCATTTCAACAATTAT
1 GATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACA--AATTCAAATAATTATGACCATTTCAACAATTAT
* * * * * ** * *
26307 CCATTTCAAATTGTTATTACCTTTTGTTTGGTCATATAACAATTATTTTTTTATCATACAAACTT
64 CTATTTAAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTAGT-TCATATAAGCTT
* * *
26372 ATTCG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAATTTAATAAGA
128 ATT-GAAAT-AAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
*
26421 GGTTTAAAAAATA
1 GATTTAAAAAATA
26434 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 305, Mismatches: 53, Indels: 24
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
176 1 0.00
177 76 0.25
178 147 0.48
179 40 0.13
180 10 0.03
182 31 0.10
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (175 bp):
GATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACAAATTCAAATAATTATGACCATTTCAACAATTATCT
ATTTAAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTAGTTCATATAAGCTTATT
GAAATAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
Found at i:27770 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 27434--27923 Score: 509
Period size: 181 Copynumber: 2.7 Consensus size: 181
27424 NNNNNNNNNN
** * * ** * ** **
27434 TTAATAAATTTGTATTATTTTATTCAAAATAAGCTCGTATGAATAGAAAAAAATCATTTTATGAC
1 TTAATAAATTAATATTATTTTAATCTAAATAAGCTTATATGAACAG-AAACTATTGTTTTATGAC
* * * * * *
27499 AAAACAAAAGGTTATAACGATTTCAAATAGATAATTGTTCAAACAGTCATAATTATTTAAACTTG
65 AAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG
* *
27564 TTCGTTAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATT-TTCAGAATA
130 TTCGGTAAACAAATTCATGTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTGTTCA-AATA
* * * * * * *
27616 TTGATAACTTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACCGAAA-TGATTTTTTTATGAC
1 TTAATAAATTAATATTATTTTAATCTAAATAAGCTTATATGAACAGAAACT-ATTGTTTTATGAC
* * * *
27680 AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGATCTAG
65 AAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG
* * * * * *
27745 TTCGGTAAGA-ATATTTATGTTTTAAATTTTTTAGTTATTAATTGTTGAAATA
130 TTCGGTAA-ACAAATTCATGTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTGTTCAAATA
* * * *
27797 TTAATAAATTGATATTATTTTAATCTAAATAAGCTTGTATGGACAGAAACTATTGTTTTATAACA
1 TTAATAAATTAATATTATTTTAATCTAAATAAGCTTATATGAACAGAAACTATTGTTTTATGACA
* * * * * *
27862 CAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAAATGCTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
66 AAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
27924 GGTTTGATAA
Statistics
Matches: 251, Mismatches: 53, Indels: 9
0.80 0.17 0.03
Matches are distributed among these distances:
181 211 0.84
182 40 0.16
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (181 bp):
TTAATAAATTAATATTATTTTAATCTAAATAAGCTTATATGAACAGAAACTATTGTTTTATGACA
AAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGT
TCGGTAAACAAATTCATGTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTGTTCAAATA
Found at i:29675 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 29264--38216 Score: 4609
Period size: 181 Copynumber: 49.3 Consensus size: 180
29254 TCAAGGCTAA
* * * *
29264 CAAATAGTCATAA-TGATTTGAACTTGTGT-GGTGAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTA
1 CAAATAGTCATAACT-ATTTGAACTAGT-TCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * * * * * * *
29327 TTAATTATCTTG--TTAGTAATAAATTTGAATTATTTTATCT-GAAATAGGCTTGTATAAACAGA
64 TTAATT-T-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTGTATGAACTGA
* * * ** *
29389 TGA-AATCT-TTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGCAATTCCAAATAGATAATTGTT
126 -AACAAT-TGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATT
* ** * * * * *
29445 TAAATAGTCATAGTTATTTAAACTCA-TTTGGTAAATAGTTTTA-TTTTTAAATCTCTTAATTAT
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACT-AGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
* * * * * *
29508 TAA-TTTTGGAATATTAACAACTTAGTATTATTTTATTTCGAATAACCTTATATGAACTGAAATA
65 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACA
*
29572 ATT-TTCTTATGACAAAACAAAAGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATT
130 ATTGTT-TTATGACAAAACAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATT
* * * * * * * * * *
29623 CAAATAGCCATGACTATTTGATCTAGTTTGGTAAGGCATATTTATGTTTTAAATTTTTTAATTAT
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAA-ACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
* * * * *
29688 TAA--TTGGCAAATAATAATAAATTAGTATTGTTTTA-ATCTAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAA
65 TAATTTTTG-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAACT-GAA
* * *** * ** *
29749 ACTATTGTTTTATAATGGAACAAAAAGTCAAAATGATTTGAAATA-ATTAATTACT
127 ACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGTCATAACAATTTGAAATAGA-TAATTATT
* * * * *
29804 CAAATAGTTATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAAAAGATTTATTTTTAAAATCTCTTA--TA--
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
* * * * * * * **
29865 AATTTTTGTAATATTAATAGATTTGTATTATTTTA-TTCTAAACAAACTTATATGAACAAAAAC-
66 AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAACTGAAACA
* * * *
29928 A-TATTTTATGACAAAACAAAGGTTATAACATTTTGAAATAGATAATTATT
130 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATT
* * * * * *
29978 CAAATAGTCATAATTATTAGAACTGGTTAGGTAAACATAATTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATT
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
* * * * * * *
30039 AATTTTTGCAATATTAATAAATTCA-TTTTAGATTT-TTTCAAATAAGCTAGTATGAATTGAAAA
66 AATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTA-TTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAAC
* * *
30102 AATTGTTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTT
129 AATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATT
* * * * * * ** * * * *
30155 TATATAGTCTTAACAAATTGAACTAGTTTGACAAAAACATTTAATTTTTAAATCTCTTAGTTATT
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
* * * * * *
30220 AATTTTTGAAATATTATTAGATTAGTATTATTTTATTTTGAACAAGCATGTATGAACAT-AAATA
66 AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAC-TGAAACA
* * * * * * * * * **
30284 ATTATTTTATAATAGAACAAAAGGTTTATTTTGTAAATAATTGATTTGAAGTATACAATTCCT
130 ATTGTTTTATGACAAAACAAAA-G-TCA-----T-AA-CA---ATTTGAAATAGATAATTATT
** *
30347 CAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GATTCAATAAACA-A-AT-TTTTTTAAATCTCTTACTTAT
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
* * * * *
30408 TAATTTTTGAAAGATTAAGAAATTAGCATTATTTTA-TTCTGAATAAGTTTGTATGATA-TAAAA
65 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGA-ACTGAAA
* * * * *
30471 TAATTGTTATATGATC-AAACAAAAGGTAACAACGATTTGAAATAGATAATTATT
128 CAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAA-GTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATT
* * * * * *
30525 GAAATGGTGATAATTATTTGAACTAATTTGGTAAACAGATTCT-TTTTTTAAA--TC--ACTTAT
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACAGATT-TATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
* * * *
30585 TAATTTTTGGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTAGGAACTGAAGCA
65 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACA
* *
30650 ATTGTTTTAAGACAAAACAAAAGGTCATAACAAATTT-AAATAGATAATTGTT
130 ATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAAC-AATTTGAAATAGATAATTATT
* * *
30702 TAAATAGTCATAACTATTTGAATTTA-TTCGGTAAACAAATTTATTTTTTTAAA-CTCTTACTTA
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTAGTTCGGTAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * * * * * * * *
30765 TTAATTTTTAAAATATAAAGAAATTATTATTATTTTATTTTGGATATGCTTTTATGAATTGAAAC
64 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAAC
* * * * * * *
30830 AATTGTTATATGTCAAAATGAAAGGTCATAACAATTTTAAATAAATAATTGTT
129 AATTGTTTTATGACAAAA-CAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATT
* * ** * ** *
30883 CAAATAATTATAACTATTTGAACTTA-TTCAATAAACATATTTATTTTTTCAAATCT-TTTGTTT
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TAGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTA
* * * * * *
30946 TTAAATTTTTCAAATGTTAATAAATTTG-ATTATGTTATTTTGAATAAGCTTGTAAGATA-TGAA
64 TT-AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGA-ACTGAA
* * * * ** * * * *
31009 ATAAATATTTTTTGACTTAACAAAATATCAAAACAATCTGTAATAGATAATTATT
127 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATT
* * ** * *** * * * *
31064 CTAATGGTTTTAATTATTTGAACTAGTGATGCAAGCACATTTAATTTTTAAA--TC-T-CTTATT
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
* * * * * ** *
31125 AATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTAATT-GAATAAGCTTCTATGATCAAAAATA
66 AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACA
* * * ** * * * *
31189 ATTGTTTAATGGCAAAACAAAAATGTTAACAATTTGAGATTGAAAATTGTT
130 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATT
* * *
31240 CAAATAGTCGTAACTATTTGAATTGGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
* * * ** *
31305 AATTTTTCAAATATTAATAAATTATTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTAT-AGTTAAAAACA
66 AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACA
* * *
31369 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGCTCATAACGATTTCAAATAGATAATCATT
130 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-TCATAACAATTTGAAATAGATAATTATT
* * * ** ** * * *
31421 CAAATGGCCATAATTATTTTTACT-GATTCAATAAACAAATTTAATTTTTAAATTTCTTACTTAT
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
*** * ** *
31485 TAATTTCAAAAATATTAATAAATTAATATT-TTTTGA-TTCTGTTTAA-ATTGTACT-AACTGAA
65 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTC-GAATAAGCTTGTA-TGAACTGAA
* * * ** * ** * * *
31546 GCAATTGTTTTATGGCAAATCAATTGGTTATAATGATTTTAAATAGACAATTACT
127 ACAATTGTTTTATGACAAAACAA-AAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATT
* * * * * **
31601 CAAATAGTAATTACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTTTAATCTCTTTTTGTA
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACT-T-
* *
31666 ATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTGA-TTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGA
63 ATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT-ATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTGA
* ** * *
31729 AACAATTGTTTTATAAGTAAACAAAAGGTCAGAACAATTTCAAATAGATAATTATT
126 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATT
* * * * *
31785 CTAATAGTCTTAACCATTTGAACTTA-TTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAA--TCTTACTTAT
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TAGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
* * * * * * * * * * *
31847 CAATTTTTAAAACATTATTGAATTAGTATTATTTAAATCCTAATAAGCTTGTACGAAC-AAAACA
65 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACA
* * * * *
31911 ATTGTTTTACGATAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGACATAGATAATCATT
130 ATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATT
** * * ** ** * * **
31963 CATGTAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCGACAATTAGATTTATTTTTTAATTTTCTTGGTTATT
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
* ** * * * ** * *
32028 AAGTTTCAAAATATTATTAAATTAATATTATTTTA-TTCTAAATAAAATAGTATGAA-TAGAACC
66 AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAACT-GAAAC
* * ** * *
32091 AATTGTTTGATGAC-AAACTAAAATGTTATAATGATTAGAAATATATAATTATT
129 AATTGTTTTATGACAAAAC-AAAA-GTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATT
* * * * * * * * *
32144 CAAATAGTCAAAACTATTTGAAATAGTTTGATAAGCAAATTTACTTTTTAATTCTCTTACTGATT
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
* * * * * **
32209 AATTTTCT-AAATATTAATAAATTAGTGTTATTTTCTTTCGAATAAACTTATATTAACAAAAACA
66 AATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACA
* * ** * *
32273 ATTATTTTATGACAAAACATAAAGTAATAATGATTTCAAATAAATAATTATT
130 ATTGTTTTATGACAAAACA-AAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATT
* * ** * * * *
32325 CAAATAGTTATAATTATTCAAACTAATTTGGTAAACATAATTATTTTCTT-AATC-CTTTACTTA
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACAGATTTATTTT-TTAAATCTC-TTACTTA
* * * * * * *
32388 TAAATTTTTGAAATATTAA-AAATTAATTTTATTCTATTTCGAATAAGCTTGTATGATCTTAAAT
64 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAAC
* * *
32452 AATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCATAACAATTTGAAATAAATATTTATT
129 AATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATT
* * * * * * **
32505 CATATGGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCAGCAAACAGATTTATTTTTTAAATATCTTTGTTATT
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
* *
32570 AATTTTT-AGAATATTACTAAATTAGTATTATTTTA-TTCTGAATAAGCTTGTATGGATA-TAAA
66 AATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTAT-GA-ACTGAA
* * * * *
32632 ACAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAACAATTTAAAATAGGTAATTATT
127 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATT
* * * *
32687 CATATAATCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAACAGATATATTTTTTAAA--TC-T-CTTATT
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
* * * * *
32748 AATTCTTGAAATATTAATGAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATG--TTGAAAACA
66 AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTG-AAACA
* ** * *
32811 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAGTTGTT
130 ATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATT
* * * *
32863 CAAATGGCCATAATTATTTGAACT-GATTCGGTAAACTA-ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTA
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTCGGTAAAC-AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * * * * * *
32926 ATAACTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTT-GGATAAGATTTTATGAACTAAAAC
64 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAAC
* * * * ** ** *
32990 AACTATTTTATGATAAAACAAATGGTCA-AATGATTTTTAATAAATAATTATT
129 AATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATT
* * * * * *
33042 TAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATATTTTCAAATCTCATGCTTAT
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACAGATTTAT-TTTTTAAATCTCTTACTTAT
* * * *
33107 TAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATTGAAAC
65 TAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAAC
* * * * *
33171 AATTATTGTATAACTAAACAAAAGGTC-TGAGCAATTTGAAATAGATAATTATT
129 AATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCAT-AACAATTTGAAATAGATAATTATT
* * * * *
33224 CTAATAGTCTTAACTATTTAAACTAGTTCGGTAAACACATTAATTTTTTAAA--TC-T-CTTATT
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
* * * **
33285 AATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTAATTTTA-TTCGAATAAGCTTATATGATCAAAAACA
66 AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT-ATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACA
* * ** * * * *
33349 ATTGTTTTATGAGAAAACAAAAATCATAATGATTTGAGATTGATATTTCTT
130 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATT
* * * * * *
33400 CAAATAGTCATAACTATTTAAACTGGTTTGGAAAACA-ACTTTAGTTTTTAAATCTCTTGCTTAT
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACAGA-TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
* * * *
33464 TAATTTTTGAAATATTAA-AAAGGTATTATTATTTTATTTC-AGATAAGTTTGTATGAACTAAAA
65 TAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCGA-ATAAGCTTGTATGAACTGAAA
* * *
33527 CAATTGTTTTGTGATAAAACAAAAGGTCATAACAACTTT-AAATAGATAATTGTT
128 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACAA-TTTGAAATAGATAATTATT
* * * * *
33581 CAAATAGTCA-AATCTATTTAAACTTGTTCGGTAAATAGATTTACTTTTTTAAATCTCCTACCTA
1 CAAATAGTCATAA-CTATTTGAACTAGTTCGGTAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTA
** * * * *
33645 TTAATTTTCAAAATATTAATAAAATAATATTATTTTAATAT-GAATAAACTTGTATGAA-TAGAA
64 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTCGAATAAGCTTGTATGAACT-GAA
* * * * **
33708 AGAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAATCATAACTATTTGAAATAAATAATCGTT
127 ACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATT
* * * *
33763 CAAATAGTCATAA-TGATATGAACTTGCTT-GGTAAACATATTTATTTTTTAAAAT-TTTTACTT
1 CAAATAGTCATAACT-ATTTGAACTAG-TTCGGTAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTT
* * * *
33825 ATTAATTTTTTGGAATATTAATAAAATATTATTATTTTATTTCAAATACA-CTTGTATGAA-TAG
63 ATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATA-AGCTTGTATGAACT-G
* * *
33888 AAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTT
125 AAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAA-GTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATT
* ** * * * *
33946 CAAATAGTCATAACTATTTGAA-TATGTTTAGAAAAACAAATTTATTTTTAAAAT-TTTTGCTTA
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTA-G-TTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* *
34009 TTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTA-TTCGAAATAAGCTTATATGAACAT-A
64 TTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTGTATGAAC-TGA
* * *
34071 AACAATTATTTTATGACACAACAAAGGTCATAAC-ATTTGAAATAGATAATTATT
126 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATT
* * * * * * * *
34125 CAAATGGTCATAACCATTTGAACTTGTCCGGTAAACATATTCATATTTTAAATCTCTTACTCATT
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
* * * * *
34190 AATTTTTGGAATATTAATAAGTTAGTATTATTTTTATTTCAAATAAGCCT-AAGTGAACT-AATA
66 AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTCGAATAAGCTTGTA-TGAACTGAA-A
* ** ** *
34253 CAATTGTTTTAGGGATGAAACAAAAGGTCATTGCAATTTGAAATAGATAATTTTT
128 CAATTGTTTTA-TGACAAAACAAAA-GTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATT
* * * * *** * * * * *
34308 CAAATAGTTATGA-GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACTTGTTC
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-T--TCGGT-AAACAGATT-T-A-TTTTTTAA-AT-CTC
* * * * * * ** * * * *
34371 AGTAACATATTTATTTTTGAAAACCTTTTACTTTTTAATT-GTCAAAATATTA-AT-AAATTAAT
57 --TTACTTATTAATTTTTG-AAA--TATTA---ATAAATTAGT-ATTATTTTATTTCGAA-TAAG
* * * * * * * ** * * ** *
34433 ATTATTTTAATCT-AAATAAACTTGTGTGA--ACAAAATCAATTGTTTTATGACAAAAT-AAAAA
112 CTTGTATGAA-CTGAAA-CAA-TTGTTTTATGACAAAA-CAAAAG--TCATAACAATTTGAAATA
**
34494 GTCATAACGATTT
171 G--ATAATTA-TT
** * * * * * **
34507 GGAATAAGTAATTGTTTAAATAGTCAT-AA-TTGATTCGATAAACTTATTTATTTTTTTAAATCT
1 CAAAT-AGTCA-----TAACTA-T-TTGAACTAG-TTCGGTAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCT
** * * * * * ** * * * *
34570 CCAACTTCTCAAATTTTGAAATATGAATAAAGTAACATTATTTTATTTTGGATAAGATTTTATGA
56 CTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGA
* * ** * * *
34635 ATTGAAACAATTATTTTATGTTAAAATAAAATGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTAT
121 ACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACAATTTGAAATAGATAATTAT-T
* ** * * * ** * ***
34697 -AAATTGAAACAATTATTTTATGACTA-AACAAATGGTCAAA-ATGATTTGAAATAGCTAATTAT
1 CAAATAGTCATAACTATTTGA--ACTAGTTC----GGT-AAACA-GATTT--ATTTTTTAA--AT
* * * * * * * * * **
34759 -TCTAAAAGTT-TTAACTATTTGAACTGGTTCAGAAA-CA-TATT-TATTT-TTT-AAAT-CTCT
54 CTCT--TACTTATTAA-TTTTTGAAAT-ATTAATAAATTAGTATTAT-TTTATTTCGAATAAGCT
* * * * * * * ** * *
34816 TACTTATTAATTTTTAAA-ATATTATTAATTTAGTAATATTTTACTCTGAATAAG-CTTGTACGA
114 T--GTATGAA--CTGAAACA-ATT-GT--TTTA-TGACA----AAAC--AA-AAGTCAT-AAC-A
** * * *
34879 A-TAAAAACA-ATTACTTTATGAGAAA
161 ATTTGAAATAGA-TA-ATTAT-----T
* * * * * * * * * * * *
34904 AAAAAAGATCATAACAATTTTAGATATATAATT-GTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAA-CTGG
1 CAAATAG-TCATAACTATTT--GA-A-CTAGTTCGGT-AAACAGAT--TTATTTTTTAAATCT-C
* * * * ** * * * * * * * *
34966 TTCAATAAATAGATTTAGTTTTTTAAATCTCTTCTTAATTTTTGAAATATTAATAAATTGGTACT
57 TT-ACT---T--A-TTAATTTTTGAAA--TATTAATAA-ATTAGTATTATT--TTATTTCG-AAT
** * * * ** * **
35031 -A-CTT-TAT--TTTG-AATAATT-TTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTACAGAAAAACAAAAT
109 AAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATG-ACA-AAACAAAAG---T-C---ATAACAATTT
*
35089 AAAATAATGATTTGAAATAGCTAATAGTT
165 GAAAT-A-GA--T---A-A--T--TA-TT
* * * * * * * **
35118 CGAATAGACTTGACTATTTGAACTTGTT-GAGTGAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTAT
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCG-GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
* * **
35182 TAATTTTT-AGAATATTAATAAATTGGTATTATTCTATTTCGAATAAATTTGTAT-AACTAGAAA
65 TAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACT-GAAA
* * * * * *
35245 CAATTGTTTTATAAGAAGACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTT
128 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-TCATAACAATTTGAAATAGATAATTATT
* ** * * * * *
35299 CAAATAGTCATAACTATTCGAACCGGCTCAGTAAACATATTTTATTTTTTAAAATATTTTACTTA
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACAGA-TTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTA
* ** * * **
35364 TTAATTTTTGAAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATAGCAAATAAGCTTTTTATGAACAAAAA
64 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGC-TTGTATGAACTGAAA
* * * * *
35429 TAATTAG-TTTATAACGAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATGGATAATTGTT
128 CAATT-GTTTTATGACAAAACAAAAG-TCATAACAATTTGAAATAGATAATTATT
* * * * *
35483 CAAATAGAT-ATAATTATTTGAACGT-GTGT-AGAAAACATATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTT
1 CAAATAG-TCATAACTATTTGAAC-TAGT-TCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT
* * * * *
35544 ATTAATTTTTGTAACATTAATCAATTTA-TATTATTTTATTT-GAAATAAGCTTGCATGAAC-AA
63 ATTAATTTTTGAAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTGTATGAACTGA
* *** * *
35606 AACCTATTGTTTTATGACAAAACAAAAGCTCATAATGTTTTAAAATAGATAACTATT
126 AA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-TCATAACAATTTGAAATAGATAATTATT
* * * * * * * *
35663 TAGATAGTCATAGCTATTTGAGCTTA-TTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAGTCTCTTACTCAT
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TAGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
* * * * *
35727 TAA---TT--AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATTTGAATTGAAACC
65 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACA
* * *** *
35787 GTTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTCATAATTTTTTGAAATAGTTAATTATT
130 ATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATT
* * * * * * *
35839 CAAAT-GATCATGATTATTTCAATTTGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTTAAATCTTTTACTTA
1 CAAATAG-TCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTA
* ** * *
35903 TTAATTGTCAAAATATTAAT-AATTAGTATTATTTTA-ATCGGAATAACCTTGTATGAACAT-AA
64 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAAC-TGAA
* * *
35965 ACAATTGTTTTATAACAAAAAAAAAAAGAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATT
127 ACAATTGTTTTATGAC---AAAACAAA-AGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATT
* * * * * *
36023 CAAATAGTCATAAC-ATTTGACCTTGTTTGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
* * * **
36087 AATTGTCTT--AATATTAATAATTTTGTATTATTTTATTT-GAAATAAGCTTGTATGAGCAAAAA
66 AATT-T-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTGTATGAACTGAAA
* * * * * * * *
36149 AAATTATTTTATGTCAAAACAAAATGTTATAGCAATTTCAAATAAATAATTGTT
128 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATT
* * * *
36203 CAAATAGTCATAA-TCATTTAAACTTA-TTCGATAAATAGA--TACTTTTTTAAATCTCTTAATT
1 CAAATAGTCATAACT-ATTTGAAC-TAGTTCGGTAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTT
* * * * * *
36264 ATTAATTTTTGGAATATTAATAAACTGGTATTATTTTATTTCGAATAAAG-TTATATAAACCGAA
63 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAAT-AAGCTTGTATGAACTGAA
* * * * **
36328 ACAAATCTTTTATGACAAAAGAAAGGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATT
127 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATT
* * * * * * * * *
36383 TAAATAATTATGACCATTTGATCTAGTTCGATAAACATATTTATTTTTTAAAAT-TTTTACTTAT
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTAT
* * * * * *
36447 TAATTGTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-ATCAAAATAAGCATGTATGAACAGAAAC
65 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAACTGAAAC
* * * *** * *** *
36511 AAATGTTTTATAATAGGGCAAAAAGTCAAAATGTTTTGAAATAAATAATT-TGT
129 AATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTAT-T
* * * *
36564 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAA--TC-TA-TTATT
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
* * * * * *
36625 AATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTACTTTATTAT-AAATAAACTTATATGAAC-AACAAC
66 AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCGAATAAGCTTGTATGAACTGA-AAC
* * ** * *
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129 AATTGTTTTA-TGACAAAACAAAA-GTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATT
* * * * ** *
36741 CAAATAGTCATAATTATTTGAATTGGTTAGGTAAACAGAAATATTTTTTAAAATATCTTACTTAT
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTAT
* * * * * *
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65 TAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTA-TTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAA
* * * * *
36870 -ATTTGTTTTGTGACAAAGA-AAAAGGTCATAACATTTTGGAATAGATAATTGTT
128 CAATTGTTTTATGACAAA-ACAAAA-GTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATT
* * * * * * * * *
36923 CATATAATCTTAAATATTTGAACTGGTT-TGTCAAACAAATTTA--TTTTAATTCTCTTAGTTAT
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGT-AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
* * * * * * *
36985 TAATTTTT-AGAATATTATTATATTTGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAAT
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* * * *
37049 AATTGTTTTGTGAAAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAGTA-A-ACA--ATT
129 AATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACAATTTGAAATAGATA-ATTATT
* * * * * *
37099 CAAATAGTTATAATTATTTGAACTAGTTTGATGAACAGATTTATTTTTTAAATCGCTTACTTATT
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
* * * **
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66 AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGA-ACTGAAAC
* * * * *** *
37227 ACTTGTTATATGACCAAACAAAAGGTAATAATGGTTTGAAATAGATGAA-TGTT
129 AATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACAATTTGAAATAGAT-AATTATT
* * * * * * * * *
37280 GAAATGGCCATAATTATTTGAAAT-GATTCAGTAAATAGATTCACTTTTTAAA--TC--ACTTAT
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
* * * * *
37340 TAATTTTTGGAATGTTAATAAATTTGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACA
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* **
37405 ATTGTTTTATGACAAAACAAAATTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATT
130 ATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATT
*** * * * ** * * *
37457 TGTATTGTCTTAACTATTTAAACT-GCTTCGACAAACAAATTTATTTTTTAAATCCCTTAGTTAT
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
* * * *
37521 TAA-TTTTCATAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTTTATGAACTGAAAC
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* * * ** *
37585 AATT-ATTTA-GA-ATAGAATAAAAAGTTATAATGATTTGAAATAGGTAATTATT
129 AATTGTTTTATGACA-A-AA-CAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATT
* * * * *
37637 C--A-A---AT-A--A---GAACTACTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATATTTTACTTATT
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
* * * *
37690 AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAACAGGCTTGTATG-A-TGAAAAAC
66 AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTG--AAAC
* ** *
37753 AATTGTTTTATGACAAAAC-AATGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTT
129 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-TCATAACAATTTGAAATAGATAATTATT
* * * * * * *
37805 GAAATAGCCATAATTATTTGAA-TTGATTTGGTAAACAGATTCACTTTTTAAA--TC--ACTTAT
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
* * *
37865 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTATTATTATTTTATTTCAAATAAGCTT-TAATGAATTGAAAC
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* * ** * * * *
37929 AATTGTTTTATGATAAAACAAAATATCATAATGATTTTAAATATACAATTGTT
129 AATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATT
* *** * *
37982 CAAATAGTCATAACTATTTGAATTTA-TTCAAAAAACACATTTATTTTTTAAAATCTCTTGCTTA
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTAGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTA
* * * * * * *
38046 TTAATTTTTGAAATATTAAAAAATTGGTATTATTTTATTTTGGATAACCTTTTATAAACT-AAAG
64 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAA-
* *
38110 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTTAAA-A-ATCAATCT-TT
128 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-TCATAACAATTTGAAATAGAT-AAT-TATT
* * *
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1 CAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TAGTTCGGTAAACAGA-TTTATTTTTT-AAAT
38217 GTTAATGTAT
Statistics
Matches: 6709, Mismatches: 1560, Indels: 1006
0.72 0.17 0.11
Matches are distributed among these distances:
166 2 0.00
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* * * * * * * * *
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* * * * * * * * *** *
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* ** * * **
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* * * * ** * **
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* * * * * *
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* * *
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* * * * * *
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* * * * ** *
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* * * * * * * *
30121 AAAAA-GTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTTATATAGTCTTAACAAATTGAACT-AGTTT
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** * * * * *
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* * ** * * * * * *
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* * * * **
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* * * * * * **
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* * *
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* * * * * * * *
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* *
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* * * ** * *
30606 ATTAATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTAGGAACTGAAGCAATTGTTTTAAGACAAAAC-AA
128 ATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGATCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA
* *
30670 AAGGTCATAACAAATTT-AAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAATTTATTCGGT
193 AAGGT-ATAAC-AATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGATTCGGT
* * *
30734 AAACAAATTTATTTTTTTAAA-CTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATAAAGAAATTATTATTAT
256 AAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTATTATTAT
* * * * * * * **
30798 TTTATTTTGGATATGCTTTTATGAATTGAAACAATTGTTATATGTCAAAATGAAAGGTCATAACA
320 TTTATTTTGAATAAGCTTGTAT-AGTTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA
* * * * * * *
30863 ATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACTTATTCAATAAACATATTTATT
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* * * * * * *
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* * * * *
30989 ATAAGCTTGTAAGATATGAAATAAATA
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* * ** * * ** * * * * * *
31016 TTTTTTGACTTAACAAAATATCAAAACAATCTGTAATAGATAATTATTCTAATGGTTTTAATTAT
1 TTTTATGAC-AAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTATT-ACTAT
* * * * * *
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* * * * *
31145 ATTAGTATTATTTTTAATT-GAATAAGCTTCTATGATCAAAAATAATTGTTTAATGGCAAAACAA
128 ATTAGTATTA-TTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGATCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA
* * * * * *
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* *
31273 AACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAATTATTATTATTT
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* *
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* * * * * ** * *
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* **
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*
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* ** * * *
31553 TTTTATGGCAAATCAATTGGTTATAATGATTTTAAATAGACAATTACTCAAATAGTAATTACTAT
1 TTTTATGACAAA-CAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT-ATTACTAT
* * * *
31618 TTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTTTAATCTCTTTTTGTAATTAATTTTTTGAATGT
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* * ** * **
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122 TAATAAATTAGTATT-ATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGATCAAAAACAATTGTTTTATGACA
* * * * * *
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186 AAACAAAAAGGT-ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTG
* * * * * * *
31810 ATTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAA--TCTTACTTATCAATTTTTAAAACATTATTGAATTAG
249 ATTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAT
* ** * ** * *
31873 TATTATTTAAATCCT-AATAAGCTTGTA-CGAACAAAACAATTGTTTTACGATAAAACAAAAGGT
314 TATTATTT-TATTTTGAATAAGCTTGTATAG-TTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
* * * ** * * * * **
31936 TATAACAATTTGACATAGATAATCATTCATGTAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCGACAATTAG
377 CATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCAATAAACAG
* ** *
32001 ATTTATTTTTTAATTTTCTTGGTTATTAAGTTTC-AAAATATTATTAAATTAATATTATTTTATT
442 ATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAA-TTTCTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATT
* * * *
32065 CTAAATAAAATAGTATGAATAGAACCAATTG
506 CTGAATAAGATTGTATGAAT-GAAACAATTG
* * * * **
32096 TTTGATGACAAACTAAAATGTTATAATGATTAGAAATATATAATTATTCAAATAGTCAAAACTAT
1 TTTTATGACAAAC-AAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT-ATTACTAT
* * * * * * *
32161 TTGAAATAGTTTGATAAGCAAATTTACTTTTTAATTCTCTTACTGATTAATTTTCT-AAATATTA
64 TTGAACTAGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTC-T--T-ATTAATTTT-TGGAATATTA
* * * * * * *
32225 ATAAATTAGTGTTATTTTCTTTCGAATAAACTTATATTAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAA
124 ATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGATCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAA
* ** * * * * * ** * * *
32290 CATAAA-GTAATAATGATTTCAAATAAATAATTATTCAAATAGTTATAATTATTCAAACTAATTT
189 CAAAAAGGT-ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGATTC
*
32354 GGTAAACATAA-TTATTTTCTT-AATC-CTTTACTTATAAATTTTTGAAATATTAA-AAATTAAT
253 GGTAAACA-AATTTATTTT-TTAAATCTC-TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AT
* * * * *
32415 T-TTATTCTATTTCGAATAAGCTTGTAT-GATCTTAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGT
314 TATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATAG-T-TAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
* * * * * **
32478 CATAACAATTTGAAATAAATATTTATTCATATGGTCTTAACTATTTGAACT-AGTTCAGCAAACA
377 CATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGA-TTCAATAAACA
* ** * * * *
32542 GATTTATTTTTTAAATATCTTTGTTATTAATTTTTAGAATATTACTAAATTAGTATTATTTTATT
441 GATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTCTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATT
* *
32607 CTGAATAAGCTTGTATGGATATAAAACAATTG
506 CTGAATAAGATTGTAT-GA-ATGAAACAATTG
* ** * * * * *
32639 TTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAACAATTTAAAATAGGTAATTATTCATATAATCATAACTAT
1 TTTTATGACA-AACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT-ATTACTAT
* * * *
32704 TTGAACTAGTTTGGTAAACAGATATATTTTTTAAATCTCTTATTAATTCTTGAAATATTAATGAA
64 TTGAACTAGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAA
* * **
32769 TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATG-TTGAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAA
129 TTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGATCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
** * * * * *
32832 AGGTAATAATGATTTGAAATAGATAGTTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAACTGATTCGGTAA
194 AGGT-ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGATTCGGTAA
* * * * * *
32897 ACTAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTAATAACTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTT
258 ACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTATTATTATTTT
* * * ** * * * * **
32962 A-TTTGGATAAGATTTTATGAACTAAAACAACTATTTTATGATAAAACAAATGGTCA-AATGATT
323 ATTTTGAATAAGCTTGTAT-AGTTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATT
** * * ** *
33025 TTTAATAAATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAATAGATTTATATT
387 TGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGATTCAATAAACAGATTTAT-TT
* * * * * ** * * **
33089 TTCAAATCTCATGCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAG
450 TTTAAATTTCTTACTTATTAATTTCTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAATAAG
* *
33154 CTTGTATGAATTGAAACAATTA
515 ATTGTATGAA-TGAAACAATTG
* * * * * *
33176 TTGTATAACTAAACAAAAGG-TCTGA-GCAATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACT
1 TTTTATGAC-AAACAAAAGGTTATAATG--ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTATT-ACT
* * * * * *
33239 ATTTAAACTAGTTCGGTAAACACATTAATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTATTA
62 ATTTGAACTAGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGGAATATTAATA
* *
33304 AATTAGTATTAATTTTA-TTCGAATAAGCTTATATGATCAAAAACAATTGTTTTATGAGAAAACA
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** * * * * * * * *
33368 AAAA--TCATAATGATTTGAGATTGATATTTCTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGGTTTGG
191 AAAAGGT-ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGATTCGG
* * * * *
33431 AAAACAACTTTAGTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAA-AAAGGTATTATTA
255 TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTATTATTA
* * ** * *
33495 TTTTA-TTTCAGATAAGTTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTGTGATAAAACAAAAGGTCATAA
319 TTTTATTTTGA-ATAAGCTTGTAT-AGTTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * ** *
33559 CAACTTT-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA-AATCTATTTAAACTTG-TTCGGTAAATAGAT
382 CAA-TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAAC-TGATTCAATAAACAGAT
* * * * * *
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444 TTA-TTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTCT-AAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTC
*
33685 TGAATAA-ACTTGTATGAATAGAAAGAATTG
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** * * ** *
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1 TTTTATGAC-AAACAAAAGGTTATAA-TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT-ATTACT-
* * * * *
33778 ATATGAACTTGCTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAAATTTTTACTTATTAATTTTTTGGAATAT
62 ATTTGAACTAGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTT-AAA--TCT-CTTATTAA-TTTTTGGAATAT
* * * * *
33843 TAATAAAATATTATTATTTTATTTCAAATACA-CTTGTATGAAT-AGAAACAATTGGTTTATGAC
122 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATA-AGCTTGTATG-ATCAAAAACAATTGTTTTATGAC
*
33906 AAAACAAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATAT
185 AAAACAAAAAGGT-ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAT-T
* * ** * * * *
33971 GTTTAGAAAAACAAATTTATTTTTAAAAT-TTTTGCTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATT-
248 GATTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA
* * ** * *
34034 TATATTATTTTA-TTCGAAATAAGCTTATAT-GAACATAAACAATTATTTTATGACACAAC-AAA
313 T-TATTATTTTATTTTG-AATAAGCTTGTATAG-TTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
* * * **
34096 GGTCATAAC-ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGTCATAACCATTTGAACTTG-TCCGGTAA
374 GGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGATTCAATAA
* * * * * * ** * *
34159 ACATATTCATATTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAGTTAGTATTATTTT
438 ACAGATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTCTAAAATATTAATAAATTAATATTA-TTT
* ** *
34224 TATT-TCAAATAAGCCT-AAGTGAACT-AATACAATTG
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* * * * *
34259 TTTTAGGGATGAAACAAAAGGTCAT--TGCAATTTGAAATAGATAATTTTTCAAATAGTTATGA-
1 TTTTA-TGA-CAAACAAAAGGTTATAATG--ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG-TATTAC
* * ** * * * * * *
34321 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACTTGTTCAGTAACATATTTAT
61 TATTTGAACTAG-T--TTGGT-AAACAGATT-T-A-TTTTTTAA----ATC--T--CTTATTAAT
* * * * ** * * * ** * * *
34385 TTTTGAAAACCTTTTACTTTTTAATT-GTCAAAATATTA-AT-AAATTAATATTATTTTAATCTA
111 TTTTG-GAA--TATTA---ATAAATTAGT-ATTATTTTATTTCGAA-TAAGCTT-GTATGATC-A
* * * ** * * ** *
34447 AATAA-ACTTGTGTGA--ACAAAATC-AATTGTTTTATGACAAAAT-AAAAAGTCATAACGATTT
166 AA-AACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAAAG--GTATAACAATTTGAAATAG--AT-A--A-TT
* * * * * * * **
34507 GGAATAAGTAATTGT-TTAAATAGTCAT-AATTGATTCGATAAACTTATTTATTTTTTTAAATCT
221 -G-TTCA--AATAGTCATAACTA-T-TTGAATTGATTCGGTAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCT
** * * * * * ** * * *
34570 CCAACTTCTCAAATTTTGAAATATGAATAAAGTAACATTATTTTATTTTGGATAAGATTTTATGA
279 CTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTATTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTAT-A
* * * ** * * * *
34635 ATTGAAACAATTATTTTATGTTAAAATAAAATGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTAT-AA
343 GTTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTAT-TCAA
* ** * * * **
34699 ATTGAAACAATTATTTTATGACT-AAACAAATGGTCAAA-ATGATTTGAAATAGCTAATTATTCT
407 ATAGTCATAACTATTTGA--ACTGATTC-AA---T-AAACA-GA-TT----TA--T--TT-TT-T
* * * *** *
34762 AAAAGTTT-TAAC-TATTTGAACTGGTTCAGAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTA
453 -AAA-TTTCTTACTTA-TT-AA-T--TTC-TAAA-ATATTAATAAATT-AA--TATTA-TT-TT-
* * * * ** ** *
34825 ATTTTTAA-AATA-T-TATTAATTTAGTAA-TA
503 ATTCTGAATAAGATTGTATGAATGAAACAATTG
** * * * * * ** * * ** *
34854 TTTTACT--CTGA-ATAAGCTTGT-ACGAATAAAAACA-ATTACTTTATGAGAAAAAAAAAGATC
1 TTTTA-TGACAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGA-TA-ATTAT-----TCAAATAG-T-
* * * * * * * * * *
34914 ATAACAATTTTAGATA-TA-TAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAA-CTGGTTCAATAAA
56 ATTACTATTT--GA-ACTAGT--TTGGT-AAACAGAT--TTATTTTTTAAATCT-CTT--ATTAA
* * ** ** * *
34975 TAGATTT--AGT-TTTTTAAATCTCTTCTTAATTTTTGAAATATT--AATAA-ATTGGTACT-AC
110 T--TTTTGGAATATTAATAAAT-TAGTATT-A-TTTT---AT-TTCGAATAAGCTT-GTA-TGA-
* ** * * ** *
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163 -TCA---AAAACAA--TTGT-T-T-T-------A-TG----AC---AAAACAAAA-AGGTATAAC
* * * * * * * * * *
35097 GATTTGAAATAGCTAATAGTTCGAATAGACTTGACTATTTGAACTTG-TT-GAGTGAATAGATTT
203 AATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGATTCG-GTAAACAAATTT
** ** * *
35160 ATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTGGTATTATTCTATTTCGA
266 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTATTATTATTTTATTTTGA
** ** * * * * *
35224 ATAAATTTGTATAACTAGAAACAATTGTTTTATAAGAAGACAAAAGATCATAACGATTTGAAATA
330 ATAAGCTTGTATAGTTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATA
* * * * ** * *
35289 AATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTCGAACCGGCTCAGTAAACATATTTTATTTTTTAAAAT
394 GATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCAATAAACAGA-TTTATTTTTT-AAAT
* * * * * * * *
35354 ATT-TTACTTATTAATTTTTGAAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATAGC-AAATAAGCTTTT
457 -TTCTTACTTATTAATTTCTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAT-TCTGAATAAG-ATTG
** *
35417 TATGAACAAAAATAATTAG
519 TATGAA-TGAAACAATT-G
* * * ** * * * *
35436 -TTTATAACGAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATGGATAATTGTTCAAATAGATATAATTAT
1 TTTTATGAC-AAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG-TATTACTAT
* * * * * * *
35500 TTGAACGT-GTGTAGAAAACATATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTGTAACATTAA
64 TTGAAC-TAGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAA--TCT-CTTATTAATTTTTGGAATATTAA
* * * * *
35564 TCAATTTA-TATTATTTTATTT-GAAATAAGCTTGCATGAACAAAACCTATTGTTTTATGACAAA
125 T-AAATTAGTATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTGTATGATCAAAAACAATTGTTTTATGACAAA
* *** * * * * * * *
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188 ACAAAAAGGT-ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA-ATTGAT
* * * *
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251 TCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTATTA
** * * * * ** *
35750 TTATTTTATTTCAAATAAGCTTATTTGAATTGAAACCGTTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTCAT
316 TTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTAT-AGTTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
*** * * * * * ** *
35815 AATTTTTTGAAATAGTTAATTATTCAAAT-GATCATGATTATTTCAATTTG-TTCGGTAAACATA
380 AACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG-TCATAACTATTTGAA-CTGATTCAATAAACAGA
* *
35878 TTTATTTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAATTGTC-AAAATATTAAT-AATTAGTATTATTTTAA
443 TTTA-TTTTTTAAAT-TTCTTACTTATTAATT-TCTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAT
* **
35940 TCGGAATAACCTTGTATGAACAT-AAACAATTG
505 TCTGAATAAGATTGTATG-A-ATGAAACAATTG
* * * ** * *
35972 TTTTATAACAAAAAAAAAAAGAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAAC
1 TTTTATGAC---AAACAAAAG-GTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT-ATTAC
* * * *
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61 TATTTGAACTAGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATC---T-CTTATTAATT-T-TTGGAAT
* * * * * *
36099 ATTAATAATTTTGTATTATTTTATTT-GAAATAAGCTTGTATGAGCAAAAAAAATTATTTTATGT
120 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTGTATGATCAAAAACAATTGTTTTATGA
* * * * * *
36163 CAAAACAAAATGTTATAGCAATTTCAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAA-TCATTTAAACT
184 CAAAACAAAAAGGTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAA-T
* * * * * *
36227 T-ATTCGATAAATAGA--TACTTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGGAATATTAATAAAC
247 TGATTCGGTAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAT
** * * **** * * * *
36289 TGGTATTATTTTATTTCGAATAAAG-TTATATAAACCGAAACAAATCTTTTATGACAAAAGAAAG
311 TATTATTATTTTATTTTGAAT-AAGCTTGTAT-AGTTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
** * * * * * * *
36353 GGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAATTATGACCATTTGATCT-AGTTCGATAA
374 GGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGA-TTCAATAA
* *
36417 ACATATTTATTTTTTAAAATTT-TTACTTATTAATTGT-TGAAATATTAATAAATTAATATTATT
438 ACAGATTTATTTTTT-AAATTTCTTACTTATTAATT-TCTAAAATATTAATAAATTAATATTATT
* ** * *
36480 TTAATCAAAATAAGCA-TGTATGAACAGAAACAAATG
501 TTATTCTGAATAAG-ATTGTATGAA-TGAAACAATTG
* * ** * * * * * *
36516 TTTTATAATAGGGCAAAAAGTCAAAATGTTTTGAAATAAATAATT-TGTCAAATAGTCATAACTA
1 TTTTATGACA-AACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTAT-TCAAATAGT-ATTACTA
* * * * * *
36580 TTTGAACTGGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTATTATTAATTTTTGAAATATTAATAG
63 TTTGAACTAGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGGAATATTAATAA
* * * * * * *
36645 ATTAGTATTACTTTATTAT-AAATAAACTTATATGAACAACAACATTTGTTTTACT-ACAAAAC-
128 ATTAGTATTATTTTATT-TCGAATAAGCTTGTATGATCAAAAACAATTGTTTTA-TGACAAAACA
** * * * *
36707 AAAAGGTTATAATGACTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAATTGGTTAGG
191 AAAAGG-TATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGATTCGG
* * * *
36772 TAAACAGAA-ATATTTTTTAAAATATCTTACTTATTAATTTTTGCAATATTAGTAAATTCATT-T
255 TAAACA-AATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-ATTAT
** * * * * *
36835 TATTTTTATTTCAAATAAGCTAGTATGAATTGAAA-ATTTGTTTTGTGACAAAGA-AAAAGGTCA
317 TA-TTTTATTTTGAATAAGCTTGTAT-AGTTAAAACAATTGTTTTATGACAAA-ACAAAAGGTCA
* * * * * * * * ** *
36898 TAACATTTTGGAATAGATAATTGTTCATATAATCTTAAATATTTGAACTGGTT-TGTCAAACAAA
379 TAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCAAT-AAACAGA
* * * * * **
36962 TTTA--TTTT-AATTCTCTTAGTTATTAATTTTTAGAATATTATTATATTTGTATTATTTTATTC
443 TTTATTTTTTAAATT-TCTTACTTATTAATTTCTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTC
** * * *
37024 CAAATAAGCTTGTATGAACAGAAATAATTG
507 TGAATAAGATTGTATGAA-TGAAACAATTG
* * ** * * *
37054 TTTTGTGAAAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAGTA-A-ACA--ATTCAAATAGTTATAATTA
1 TTTTATG-ACAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATA-ATTATTCAAATAG-TATTACTA
* * * *
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* * * * * *
37180 ATAAATTAGTATTATTGTA-TTCTGAATAAGCTTGAATGATAAAAAACACTTGTTATATGACCAA
124 ATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGATCAAAAACAATTGTTTTATGACAAA
*** * * * * *
37244 AC-AAAAGGTAATAATGGTTTGAAATAGATGAA-TGTTGAAATGGCCATAATTATTTGAAATGAT
188 ACAAAAAGGT-ATAACAATTTGAAATAGAT-AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGAT
* * * * * * *
37307 TCAGTAAATAGATTCACTTTTTAAA--TC--ACTTATTAATTTTTGGAATGTTAATAAATT-TGT
251 TCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAT-T
** ** **
37367 ATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATTTCA
315 ATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTAT-AGTTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
** *** * * * * * * *
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** * * * *
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* * *
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508 -GAATAAGATTGTATGAA-TGAAACAATTG
* * * * *
37589 ATTTA-GAATAGAATAAAAAGTTATAATGATTTGAAATAGGTAATTATTC--A-A--A-TA--A-
1 TTTTATG-ACA-AACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTATTACTAT
* * * * * *
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* * * * *
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* * ** * * * *
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* * *
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** * * * **
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** * * * * * * * *
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* * * * * ** * *
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** * *
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* * * * *
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1 TTTTATGAC-AAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGAT-AAT-TATTCAAATAGT-ATTACT
* * * *
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** * * * * * * *
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125 TAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGATCA-AAAACAATTGTTTTATGACAAA
* * * * ** * ** *
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* ** * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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* *
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* * *
38590 CATATAA-ACTTGTATTAACTAAAACAATTG
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* * *** * * *
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1 TTTTATG-ACAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG-TATTACTAT
* * * * * *
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* * * ** *
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* * * * * *
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* * * * *
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* ** * ** * * *
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312 AT-TATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATAG-TTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * * * *
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* * * ** * * * *
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* * * * *
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* * * **
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* * * * *
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* * * * *
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** * * * * *
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188 ACAAAAAGGT-ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGATT
* * * * * *
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252 CGGTAAACAAAT-TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA-TT
* * * * * *
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TGAATGAAACAATTG
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*
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*
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Statistics
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Found at i:34749 original size:64 final size:64
Alignment explanation
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34624 AGATTTTATG
* * *
34634 AATTGAAACAATTATTTTATGTTAAAATAAAATGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTATA
1 AATTGAAACAATTATTTTATGCTAAAATAAAATGTCAAAACAATTTGAAATAGATAATTGTATA
* ** *
34698 AATTGAAACAATTATTTTATGACT-AAA-CAAATGGTCAAAATGATTTGAAATAGCTAATT
1 AATTGAAACAATTATTTTATG-CTAAAATAAAAT-GTCAAAACAATTTGAAATAGATAATT
34757 ATTCTAAAAG
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AATTGAAACAATTATTTTATGCTAAAATAAAATGTCAAAACAATTTGAAATAGATAATTGTATA
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* *
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1 TAA
35368 TTTTTGAAAT
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TAAACATATTTTACTTAT
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* ** *
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** * * *
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* * * * *
34866 TAAGCTTGTACGAATAAAAACAATTACTTTATGAGAAAAAAAAAGATCATAACAATTTTAGATAT
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* * * *
34931 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAATAAATAGATTTAGTTTTTTAAATCT
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*
34996 CTTCTTAATTTTTGAAATATTAATAAATTGGTACTACTTTATTTTGAATAATTTTGTATGAATAG
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* * * * * *
35094 AATGATTTGAAATAGCTAA-TAGTTCGAATAGACTTGACTATTTGAACTTGTTGAGTGAATAGAT
1 AATGATTTGAAATAGCTAATTA-TTCGAAAAGACTTAACTATTTGAACTGGTTCAG-AAACAGAT
* * * *
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64 TTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTAATATTCTACTCT-
* * * ** * * *
35222 GAATAAATTTGTA-TAACTAGAAACAATTGTTTTATAAGAAGACAAAAGATCATAACGATTTGAA
128 GAATAAACTTGTACGAA-TAAAAACAATTACTTTATAAGAAAAAAAAAGATCATAACAATTTGAA
* *
35286 ATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTCGAACCGGCTCAGTAAACATATTTTA-TTTTTTA
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* *
35350 AAATATTTTACTTATTAATTTTTGAAATTTTAATAAATT
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ATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTAATATTCTACTCTGAA
TAAACTTGTACGAATAAAAACAATTACTTTATAAGAAAAAAAAAGATCATAACAATTTGAAATAA
ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTCGAACCGGCTCAATAAACAGATTTAGTTTTTTAAATCT
CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTGTACTACTTATTTTGAATAATTTTGTATGAATAGAA
ACAATTGTTTTACAGAAAAACAAAATAAAAT
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34693 GTATAAATTG
* * * * * * *
34703 AAACAATTATTTTATGACTAAACAAATGGTCAAAATGA-TTTGAAATAGCTAATTATTCTAAA-A
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** * * * *
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* * * * * *
34830 TAAAATATTATTAATTTAGTAATATTTTA-CTCTGAATAAGCTTGTACGAAT
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* ** * * * * * * * *
34881 AAAAACAATTACTTTATGAGAAAAAAAAAGATCATAACAATTTT-AGATATATAATTGTTCAAAT
1 --AAACCATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAA-TATTTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
* * * * * *
34945 AGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAATAAATAGATTTAGTTTTTTAAATCTCTT-CTTAATT-TT
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* * * * ** **
35008 TGAAATATTAATAAATTGGTACTACTTTATTTTGAATAATTTTGTATGAAT
125 TGTAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAT
* * **** * *
35059 AGAAACAATTGTTTTACAGA-AAAACAAAATAAAATAATGA-TTTGAAATAGCTAA-TAGTTCGA
1 --AAACCATTGTTTTATA-ACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTTGAAATAGATAATTA-TTCAA
* * * * * * ***
35121 ATAGACTTGACTATTTGAACTTGTT-GAGTGAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAA
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* * * * **
35185 TTTTTAGAATATTAATAAATTGGTATTATTCTATTTCGAATAAATTTGTAT-AACT
124 -TTGT--AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-T
* * * * * * *
35240 AGAAACAATTGTTTTATAAGAAGACAAAAGATCATAACGA-TTTGAAATAAATAATTGTTCAAAT
1 --AAACCATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAA-TATTTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
* ** * *
35304 AGTCATAACTATTCGAACCGGCTC-AGTAAACATATTTTATTTTTTAAAATATTTTACTTATTAA
63 AGTCATAA-TATTTGAACTTGTTCGA-TAAACATA-TTTATTTTTT-AAATCTTTTACTTATTAA
* * ** * *
35368 TTTTTGAAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATAGCAAATAAGCTTTTTATGAACAA
124 ---TTGTAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGC-TTGTATG-A-AT
** * * * * * *
35426 AAATAATTAG-TTTATAACGAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATGGATAATTGTTCAAATAG
1 AAACCATT-GTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAATATTTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
* *
35490 AT-ATAATTATTTGAACGTGTGTAGA-AAACATATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTT
65 -TCATAA-TATTTGAACTTGT-TCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA---
* * * * *
35552 TTGTAACATTAATCAATTTA-TATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGCATGAACA
124 TTGTAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-T
* * * * * * *
35605 AAACCTATTGTTTTATGACAAAACAAAAGCTCATAATGTTTTAAAATAGATAACTATTTAGATAG
1 AAACC-ATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAATATTTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
* * * * * * *
35670 TCATAGCTATTTGAGCTTATTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAGTCTCTTACTCATTAA-T-TA
65 TCATA-ATATTTGAACTTGTTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTA
* *
35733 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATTTGAATT
129 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-T
* * * *
35781 GAAACCGTTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTCATAATTTTTTGAAATAGTTAATTATTCAAAT-G
1 -AAACCATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAATATTTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
* * * *
35845 ATCATGATTATTTCAATTTGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTG
65 -TCAT-AATATTTGAACTTGTTCGATAAACATATTTA-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTG
* * *
35910 TCAAAATATTAAT-AATTAGTATTATTTTA-ATCGGAATAACCTTGTATGAACAT
127 T---AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATG-A-AT
* * * * *
35963 AAACAATTGTTTTATAACAAAAAAAAAAAGAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAAT
1 AAACCATTGTTTTATAAC--AAAACAAAAG-GTCATAATATTTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
* * *
36028 AGTCATAACATTTGACCTTGTTTGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGT
63 AGTCATAATATTTGAACTTGTTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTG-
* * * *
36093 CTTAATATTAATAATTTTGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAGCAA
127 --TAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGA--AT
** * ** * * ** * * * *
36146 AAAAAATTATTTTATGTCAAAACAAAATGTTATAGCAATTTCAAATAAATAATTGTTCAAATAGT
1 AAACCATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAATATTTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
* * ** * *
36211 CATAATCATTTAAACTTATTCGAT-AA-ATAGATACTTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTT
66 CATAAT-ATTTGAACTTGTTCGATAAACATATTTA-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA---TT
* * * * * * *
36274 GGAATATTAATAAACTGGTATTATTTTATTTCGAATAAAG-TTATATAAACCG
126 GTAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAT-AAGCTTGTATGAA--T
* * * * * * * *
36326 AAACAAATCTTTTATGACAAAAGAAAGGGTCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTATTTAAATAA
1 AAACCATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
* ** * *
36390 TTATGACCATTTGATCTAGTTCGATAAACATATTTATTTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATTGT
65 TCAT-AATATTTGAACTTGTTCGATAAACATATTTATTTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATTG-
* * * *
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127 T--AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATG-A-AT
* * * *** * * * *
36507 AAACAAATGTTTTATAATAGGGCAAAAAGTCAAAATGTTTTGAAATAAATAATT-TGTCAAATAG
1 AAACCATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAATATTTTGAAATAGATAATTAT-TCAAATAG
* * * * * * *
36571 TCATAACTATTTGAACTGGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTATTA-TTAATT-TTTGA
65 TCATAA-TATTTGAACTTGTTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTT-ATTAATTGT
* * * * *
36634 AATATTAATAGATTAGTATTACTTTATTAT-AAATAAACTTATATGAAC
128 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAAATAAGCTTGTATGAAT
* * * *
36682 AACAACATTTGTTTTACT-ACAAAACAAAAGGTTATAATGA-CTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
1 AA-ACCA-TTGTTTTA-TAACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTTGAAATAGATAATTATTCAAA
* * * ** * *
36745 TAGTCATAATTATTTGAA-TTGGTTAGGTAAACAGAAATATTTTTTAAAATATCTTACTTATTAA
62 TAGTCATAA-TATTTGAACTT-GTTCGATAAACATATTTATTTTTT-AAATCTTTTACTTATTAA
* * * *
36809 TTTTTGCAATATTAGTAAATTCA-TTTTATTTTTATTTCAAATAAGCTAGTATGAATT
124 ---TTGTAATATTAATAAATT-AGTATTA-TTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-T
* * * * * *
36866 GAAA--ATTTGTTTTGTGACAAAGA-AAAAGGTCATAACATTTTGGAATAGATAATTGTTCATAT
1 -AAACCA-TTGTTTTATAACAAA-ACAAAAGGTCATAATATTTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
* * * * * * * *
36928 AATCTTAAATATTTGAACTGGTTTG-TCAAACAAATTTA--TTTTAATTCTCTTAGTTATTAATT
63 AGTCAT-AATATTTGAACTTGTTCGAT-AAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-T
* * * * * *
36990 TTTAGAATATTATTATATTTGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAG
125 TGT--AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATG-A-AT
** * * * * *
37045 AAATAATTGTTTTGTGAA-AAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAGTA-A-ACA--ATTCAAATA
1 AAACCATTGTTTTAT-AACAAAACAAAAGGTCATAATATTTTGAAATAGATA-ATTATTCAAATA
* * * * * **
37105 GTTATAATTATTTGAACTAGTTTGATGAACAGATTTATTTTTTAAATCGCTTACTTATTAATTTT
64 GTCATAA-TATTTGAACTTGTTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA---T
* * * * * *
37170 TGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTGTA-TTCTGAATAAGCTTGAATGATAA
125 TGTAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGA-AT
* * * * * ** * * *
37222 AAAACACTTGTTATATGACCAAACAAAAGGTAATAATGGTTTGAAATAGATGAA-TGTTGAAATG
1 AAACCA-TTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAATATTTTGAAATAGAT-AATTATTCAAATA
* * * * * * ** *
37286 GCCATAATTATTTGAA-ATGATTC-AGTAAATAGATTCACTTTTTAAATCACTTA-TTAATT-TT
64 GTCATAA-TATTTGAACTTG-TTCGA-TAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTT-ATTAAT
* * *
37347 TGGAATGTTAATAAATTTGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACT
125 TGTAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-T
* * ** *** *
37399 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATTTCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTATTTGTATT
1 -AAACCATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* * * * ** *
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64 GTCATAA-TATTTGAACTTG-TTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA--T
* * *
37527 TCATAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTTTATGAACT
125 T-GTAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-T
* * * * * * * * *
37580 GAAACAATT-ATTTAGAATAGAATAAAAAGTTATAATGA-TTTGAAATAGGTAATTATTC--A-A
1 -AAACCATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
** * * *
37640 ---AT-A-A---GAACTACTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTTTT
64 GTCATAATATTTGAACTTGTTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA---TT
* * * * *
37697 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAACAGGCTTGTATGATGAA
126 GTAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGA--AT
* * * * * *
37749 AAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AATGTTCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTGTTGAAATAG
1 AAACCATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
* * * * * * ** *
37812 CCATAATTATTTGAA-TTGATTTGGTAAACAGATTCACTTTTTAAATCACTTA-TTAATT-TTTG
65 TCATAA-TATTTGAACTTG-TTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTT-ATTAATTG
* *
37874 AAATATTAATAAATTATTATTATTTTATTTCAAATAAGCTT-TAATGAATT
127 TAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGT-ATGAA-T
* * * ** * * *
37924 GAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAATATCATAATGATTTT-AAATATACAATTGTTCAAATA
1 -AAACCATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* * * * * * *
37988 GTCATAACTATTTGAATTTATTCAAAAAACACATTTATTTTTTAAAATCTCTTGCTTATTAATTT
64 GTCATAA-TATTTGAACTTGTTCGATAAACATATTTATTTTTT-AAATCTTTTACTTATTAA---
* * * *** * * *
38053 TTGAAATATTAAAAAATTGGTATTATTTTATTTTGGATAACCTTTTATAAACT
124 TTGTAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-T
* * * *
38106 AAAGCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTT-AAA-A-ATCAATCT-TTCAAA
1 AAA-CCATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAA-TATTTTGAAATAGAT-AAT-TATTCAAA
* * * * * * *
38167 TAGTCATAACTACTTGAGCTTATTCGGTAAATA-AGTTTATTTTTTCAAA--TGTTAATGTATTA
62 TAGTCATAA-TATTTGAACTTGTTCGATAAACATA-TTTATTTTTT-AAATCTTTTACT-TATTA
* ** * * * * * * * * * * ** * *
38229 GGATTATTTTGTT-CTAAATAAG-CTTGTATGATATGAAACAAATATTTTATGACT
123 --ATTGTAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAA-TAAGCTTGTATGAAT
* * * * ** *
38283 AAA-AATAG--GT-T---AGAAC--AA--T--T--TA-----AAATAGATAATTATTCTTATGGT
1 AAACCATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAATATTTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
** * * * **
38328 TTTAACTATTTGAA-TTGGTTTGACAAACACATTTATTTTTTAAATCTCATACTTATTAATTTTT
66 CATAA-TATTTGAACTT-GTTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA---TT
* * *
38392 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGATAAAA
126 GTAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATG---AAT
* * * * ** * * * *
38445 AAACAATTATTTTATAACAAAACAAATGGTTATAGCAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATTGC
1 AAACCATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAATATTTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
** * *
38510 CATAATTATTT-AACTAATTCGATAAACAAATTTTATTTTTTAAATCTCTTAC---TT-A-T-TA
66 CATAA-TATTTGAACTTGTTCGATAAACATA-TTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTA
* * * * *
38568 ATA--AAT---TT-GAATTATTTTATTCCATATAAACTTGTATTAACT
129 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-T
* *
38610 AAAACAATTGTTTTATGAA-AAAACAAAAGGTCATAGCA-ATTTT-AAATAGACAATT-TTCAAA
1 -AAACCATTGTTTTAT-AACAAAACAAAAGGTCATA--ATATTTTGAAATAGATAATTATTCAAA
* * * * *
38671 TAGTTATAACTATTTGAACTTTTTCGATAAATAGATTTATTTTCTTAAATCTCTTT-CTTTTTAA
62 TAGTCATAA-TATTTGAACTTGTTCGATAAACATATTTATTTT-TTAAATCT-TTTACTTATTAA
* * * * * *
38735 TTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTTCGAGTAAGCTTGTATAAATT
124 --TTGT-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-T
* * * ** * * * * * *
38791 GAAACAATTGCTTTTATGATAAAACAAAATATCAAAACAATTTAAAATAGATAATTGTTCTAATA
1 -AAACCATTG-TTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAATATTTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* * * * * *
38856 GT-ATTAATCATATAAACTGGTTCGATAAACA-ATTT-TTTTTT-GATCTCTTACTTATTAGTTT
64 GTCA-TAAT-ATTTGAACTTGTTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTA--AT
* * * * * *
38917 TGAAATATTATTAAATTTGTATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTACGAACA
125 TGTAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-T
** * * * * * *
38969 AAAAAATTATTTTATGACAAAACAAATGGTCATAACTA-TTTGAAATAGATAATCATTCATATAA
1 AAACCATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAA-TATTTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
* * * * ** * * * **
39033 TCTTAACTATTTGAACTCGTTCAACAATTAGATTTATCTTTT-AATTTTCTTGGTTATTAAGTTT
65 TCATAA-TATTTGAACTTGTTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAA---T
* * * ** * *
39097 TGAAATTTTATTAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAAATAGTATGAAC
125 TGTAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAT
* * * * *
39148 AGAACCAATTGTTTGATGACAAAACAAAAAGTTAT-ATGA-TTTGAAATAGATAATTATTCATAT
1 A-AACC-ATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
* * * * * *
39211 AGTCAAAACTATTTGAAATGGTT-TAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTGATTAATT
63 AGTCATAA-TATTTGAACTTGTTCGA-TAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA--
* * * * *
39275 TTCTAATTATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAACAAACTTATATGAACAA
124 TTGTAA-TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATG-A-AT
* * * * * *
39330 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAATGA-TTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG
1 AAACCATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
* * * * * *
39394 TTATAATTATTTTAAC-TGATTTGATAAATAGTA-TTATTTTTTAAATCTCTTA--TA-AAATTT
65 TCATAA-TATTTGAACTTG-TTCGATAAACA-TATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA--T
* * * *
39454 TGAAATATTAACAAATTAGTTTTATTTTA-TTCTAAATAAACTT-TATGA
125 TGTAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGA
39502 GCTGAAATAA
Statistics
Matches: 3547, Mismatches: 783, Indels: 583
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Matches are distributed among these distances:
155 1 0.00
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* * * **
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* * * * *** **
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* * * ** * * * *
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* * * * *
34961 ACTGGTTCAATAAATAGATTTAGTTTTTTAAATCTCTT-CTTA--ATTTTTGAAATATTAATAAA
250 ACTAGTTCGATAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTGAAATATTAATAAA
* * * ** ** * *
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* * * * * * * *
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* *
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437 TAAATAGATTTATTTTTTAAATCT---ACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * *
35213 TTCTATTTCGAATAAATTTGTAT-AACTAGAAACAATTGTTTTATAAGAAGACAAAAGATCATAA
498 TTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAACTAGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * * *
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563 CGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGG-TTAGATAAACATA-AT
* * **
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626 TATTTTTT-AAATATCTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCA
* *
35406 AATAAGCTTTTTATGAACAAAAAT
689 AATAAGC-TTGTATG-ACAAAAAA
* * * *
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1 AATTATTTTATGACAAAACAAAAG-TCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCAT
* * * * * *
35494 AATTATTTGAACGTGTGTAGAAAACATATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGTAA
64 AA-TATTTGAACTTGT-TAGATAA-ATA-ATATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGGAA
* * * * * *
35558 CATTAATCAATTTATATTATTTTATTT-GAA-ATAAGCTTGCATGAA-CAAAACCTATTGTTTTA
125 TATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTCGAATA-AAGCTTGTATGAACCGAAA-CAATTGTTTTA
* * * * * *
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188 TGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAA-TATTTAAATAGTTATA-CTATTTGAA
* *
35685 CTTA-TTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAGTCTCTTACTCATTAA--TT--AATATTAATAAAT
251 C-TAGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTGAAATATTAATAAAT
* * * ** *
35745 TAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATTTGAATTGAAACCGTTGTTTTATTACAAAACAAAAG
315 TAGTATTATTTTA-TTCAAATAAGCTTGTATGAA-AGAAACAATTGTTTTATAAC-AAACAAAAG
* * * * * * * *
35810 GTCATAATTTTTTGAAATAGTTAATTAT-TCAAATGATCATGATTATTTCAATTTGTTCG-GTAA
377 GTCAAAATGTTTTGAAATAGATAATT-TGTCAAATG-TCATAACTATTTGAACTTGTTTGAGTAA
* * * **
35873 ACATATTTATTTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAAT-AATTAGTATTATTT
440 ATAGATTTA-TTTTTTAAATC---TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTT
* * * * *
35937 TA-ATCGGAATAACCTTGTATGAAC-ATAAACAATTGTTTTATAACAAAAAAAAAAAGAGTCATA
501 TATTTC-AAATAAACTTGTATGAACTAGAAACAATTGTTTTATAAC--AAAACAAAAG-GTCATA
* * * * *
36000 ACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAAC-ATTTGACCTTGTTTGATAAACATATTT
562 ACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTAGATAAACATAATT
* * * * *
36064 ATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTT-AATATTAATAATTTTGTATTATTTTATTTGAA
627 ATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATT-T-TTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAA
36128 ATAAGCTTGTATGAGCAAAAAA
690 ATAAGCTTGTATGA-CAAAAAA
* * * * *
36150 AATTATTTTATGTCAAAACAAAATGTTATAGCAATTTCAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATA
1 AATTATTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * *
36215 ATCATTTAAACTTATTCGATAAATAGATACTTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGGAATA
65 AT-ATTTGAACTTGTTAGATAAATA-ATA-TTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGGAATA
* * * * * *
36280 TTAATAAACTGGTATTATTTTATTTCGAATAAAG-TTATATAAACCGAAACAAATCTTTTATGAC
127 TTAATAAATTTGTATTATTTTATTTCGAATAAAGCTTGTATGAACCGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * *
36344 AAAAGAAAGGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAATTATGACCATTTGATCTAG
192 AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAA-TATTTAAATAGTTAT-ACTATTTGAACTAG
* * *
36409 TTCGATAAACATATTTATTTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAA
255 TTCGATAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATT-TTGAAATATTAATAAATTAG
* * * * ** *
36473 TATTATTTTAATCAAAATAAGCATGTATGAACAGAAACAAATGTTTTATAATAGGGCAAAAAGTC
318 TATTATTTTATTC-AAATAAGCTTGTATGAA-AGAAACAATTGTTTTATAACA-AACAAAAGGTC
* *
36538 AAAATGTTTTGAAATAAATAATTTGTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGA-TAAATAG
380 AAAATGTTTTGAAATAGATAATTTGTCAAAT-GTCATAACTATTTGAACTTGTTTGAGTAAATAG
* *
36602 ATTTATTTTTTAAATCTA-TTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTACTTTATTAT-A
444 ATTTATTTTTTAAATCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCA
* * * * *
36665 AATAAACTTATATGAAC-A-ACAACATTTGTTTTACT-ACAAAACAAAAGGTTATAATGACTTGA
508 AATAAACTTGTATGAACTAGA-AACAATTGTTTTA-TAACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGA
* * * * * * *
36727 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAATTGGTTAGGTAAACAGAAATATTTTTTAA
571 AATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTAGATAAACATAATTATTTTTT-A
* *
36792 AATATCTTACTTATTAATTTTTGCAATATTAGTAAATTCA-TTTTATTTTTATTTCAAATAAGCT
635 AATATCTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATT-AGTATTA-TTTTATTTCAAATAAGCT
* **
36856 AGTATGA-ATTGAAA
697 TGTATGACA-AAAAA
* * * * * * * *
36870 ATTTGTTTTGTGACAAAGA-AAAAGGTCATAACATTTTGGAATAGATAATTGTTCATATAATCTT
1 AATTATTTTATGACAAA-ACAAAA-GTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * * * *
36934 AAATATTTGAACTGGTTTG-TCAAACAA-ATTTATTTTAATTCTCTTAGTTATTAATTTTTAGAA
64 -AATATTTGAACTTGTTAGAT-AAATAATA-TT-TTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGGAA
* * * * * * *
36997 TATTATTATATTTGTATTATTTTATTCCAAAT-AAGCTTGTATGAACAGAAATAATTGTTTTGTG
125 TATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTCGAATAAAGCTTGTATGAACCGAAACAATTGTTTTATG
* * ** * * *
37061 AAAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAGTA-A-ACA-ATTCAAATAGTTATAATTATTTGAACT
190 ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATA-ATATTTAAATAGTTAT-ACTATTTGAACT
* * * * *
37123 AGTTTGATGAACAGATTTATTTTTTAAATCGCTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTA
253 AGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTA
* * * * * * *
37188 GTATTATTGTATTCTGAATAAGCTTGAATGATAAAAAACACTTGTTATATGACCAAACAAAAGGT
317 GTATTATTTTATTC-AAATAAGCTTGTATGA-AAGAAACAATTGTTTTAT-AACAAACAAAAGGT
* * * * * *
37253 -AATAATGGTTTGAAATAGATGAATGTTG--AAATGGCCATAATTATTTGAA-ATGATTCAGTAA
379 CAA-AATGTTTTGAAATAGAT-AAT-TTGTCAAAT-GTCATAACTATTTGAACTTGTTTGAGTAA
* * * * *
37314 ATAGATTCACTTTTTAAATC-ACTTATTAATTTTTGGAATGTTAATAAATTTGTATTATTTTATT
440 ATAGATTTATTTTTTAAATCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * ** *
37378 TCAAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATTTCATAATGATTTG
505 TCAAATAAACTTGTATGAACTAGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTG
* *** * * * * * *
37442 AAATAGATAATTATTTGTATTGTCTTAACTATTTAAACTGCTTCGACAAACA-AATTTATTTTTT
570 AAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTAGATAAACATAA-TTATTTTTT
** * *
37506 AAATCCCTTAGTTATTAATTTTCAT-AATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCT
634 AAATATCTTACTTATTAATTTT--TGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCT
* ** *
37570 TTTATGAACTGAAAC
697 TGTATG-ACAAAAAA
* * ** * *
37585 AATTA-TTTA-GA-ATAGAATAAAAAGTTATAATGATTTGAAATAGGTAATTATTCAAATA---A
1 AATTATTTTATGACA-A-AA-CAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * * * * * * * *
37644 -GA-A-CT--ACTTCGATAAATAGAT-TTATTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTTTTGAAATA
63 TAATATTTGAACTT-GTTAGATAAATAATATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGGAATA
* * * ****
37703 TTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCCAA-ACAGGCTTGTATGATGAAAAACAATTGTTTTATGA
127 TTAATAAATTTGTATTATTTTATTTCGAATA-AAGCTTGTATGAACCGAAACAATTGTTTTATGA
* * ** *
37766 CAAAAC-AATGTTCATAATGATTTGAAATAGATAAT-TGTTGAAATAGCCATAATTATTTGAA-T
191 CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATAT-TT-AAATAGTTAT-ACTATTTGAACT
* * * * * *
37828 TGATTTGGTAAACAGATTCACTTTTTAAA--TC--ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT
253 AG-TTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATT
* *
37889 ATTATTATTTTATTTCAAATAAGCTT-TAATGAATTGAAACAATTGTTTTATGATA-AAACAAAA
316 AGTATTATTTTA-TTCAAATAAGCTTGT-ATGAA-AGAAACAATTGTTTTAT-A-ACAAACAAAA
** * * * * *
37952 TATCATAATGATTTT-AAATATACAA-TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TT-TATTCAA
376 GGTCAAAATG-TTTTGAAATAGATAATTTG-TCAAAT-GTCATAACTATTTGAACTTGT-TTGAG
* * * * * *
38013 AAAACACATTTATTTTTTAAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAAAAAATTGGTATTA
437 TAAATAGATTTATTTTTT-AAA--TC-TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
*** * * * * * *
38078 TTTTATTTTGGATAACCTTTTATAAACTA-AAGCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAA
498 TTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAACTAGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * ** * *
38142 CGATTT-TAA-AAATCAATCT-TTCAAATAGTCATAACTACTTGAGCTTATTCGGT-AA-ATAA-
563 CGATTTGAAATAAAT-AAT-TATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTAGATAAACATAAT
* * ** * *
38201 -GTTTATT---T-T-TT-C--A--AA----TG----TTAATGTATTAGGATTATTTT-GTTCTAA
626 TATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AA
* *
38246 ATAAGCTTGTATGATATGAAACA
690 ATAAGCTTGTATGACA--AAAAA
* * * * * * ** * **
38269 AA-TATTTTATGACTAAAA-ATAGGTTAGAACAATTTAAAATAGATAATTATTCTTATGGTTTTA
1 AATTATTTTATGAC-AAAACAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * * * *
38332 ACTATTTGAA-TTGGTTTGACAAACACATTTATTTTTTAAATCTCATACTTATTAATTTTTGAAA
65 A-TATTTGAACTT-GTTAGATAAATA-A--TATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGGAA
* *** *
38396 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAAT-AAGCTTGTATGATAAAAAAACAATTATTTTAT
125 TATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTCGAATAAAGCTTGTATGA-ACCGAAACAATTGTTTTAT
* * * *** * ** *
38460 AACAAAACAAATGGTTATAGCAATTTGAAATAGATAAT-TGTTCAAATTGCCATAATTATTT-AA
189 GACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATAT-TT-AAATAGTTAT-ACTATTTGAA
*
38523 CTAATTCGATAAACAAATTTTATTTTTTAAATCTCTTAC---TT-A--TT--AATA--AAT---T
251 CTAGTTCGATAAACAAA-TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTGAAATATTAATAAAT
* * * * *
38575 T-GAATTATTTTATTCCATATAAACTTGTATTAACTA-AAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAA
315 TAGTATTATTTTATT-CAAATAAGCTTGTATGAA--AGAAACAATTGTTTTAT-AACAAACAAAA
* *
38638 GGTCATAGCAA--TTTT-AAATAGACAATTT-TCAAATAGTTATAACTATTTGAACTT-TTTCGA
376 GGTCA-A--AATGTTTTGAAATAGATAATTTGTCAAAT-GTCATAACTATTTGAACTTGTTT-GA
* * *
38698 -TAAATAGATTTATTTTCTTAAATCTCTTTCTTTTTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTAT
436 GTAAATAGATTTATTTT-TTAAA--TC-TACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* * * * * * * * **
38761 TAATTTATTTCGAGTAAGCTTGTAT-AAATTGAAACAATTGCTTTTATGATAAAACAAAATATCA
496 TATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAACTAGAAACAATTG-TTTTATAACAAAACAAAAGGTCA
* * * * * * * * *
38825 AAACAATTTAAAATAGATAATTGTTCTAATAGT-ATTAA-TCATATAAACTGGTTCGATAAAC--
560 TAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCA-TAACT-ATTTGAACTGGTTAGATAAACAT
** * * * * *
38886 AATT-TTTTTTTGATCTCTTACTTATT-AGTTTTGAAATATTATTAAATTTGTATTATTTTAATT
623 AATTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
*
38949 CAAATAAGCTTGTACGA-ACAAAAA
687 CAAATAAGCTTGTATGACA-AAAAA
* * ** * * *
38973 AATTATTTTATGACAAAACAAATGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATCATTCATATAATCTTA
1 AATTATTTTATGACAAAACAAA-AGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * * * * ** * *
39038 ACTATTTGAACTCGTTCA-ACAATTAGATTTATCTTTTAATTTTCTTGGTTATTAAGTTTTGAAA
65 A-TATTTGAACTTGTT-AGATAAATA-A--TATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGGAA
* * * * * * * * *
39102 TTTTATTAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAA-ATAGTATGAACAGAACCAATTGTTTGATG
125 TATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTCGAATAAAGCTTGTATGAACCGAAACAATTGTTTTATG
* * * * * * *
39166 ACAAAACAAAAAGTTAT-ATGATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGTCAAAACTATTTGAAAT
190 ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAA-TATTTAAATAGT-TATACTATTTGAACT
* * * * * *
39230 GGTT-TAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTGATTAATTTTCTAATTATTAATAAATT
253 AGTTCGA-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-GAAATATTAATAAATT
* * * * * *
39294 AGTATTATTTTATTTCAAACAAACTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAG
316 AGTATTATTTTA-TTCAAATAAGCTTGTATGAA-AGAAACAATTGTTTTATAAC-AAACAAAAGG
* * * * *
39359 T-AATAATGATTTGAAATAAATAA-TTGTTCAAATAGTTATAATTATTTTAAC-TGATTTGA-TA
378 TCAA-AATGTTTTGAAATAGATAATTTG-TCAAAT-GTCATAACTATTTGAACTTG-TTTGAGTA
* * * *
39420 AATAG-TATTATTTTTTAAATCT-CTTATAAAATTTTGAAATATTAACAAATTAGTTTTATTTTA
439 AATAGAT-TTATTTTTTAAATCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * **
39483 -TTCTAAATAAACTT-TATGAGCT-GAAATAATTG-TTT-T---AATGCAAAA---CA-AA--A-
503 TTTC-AAATAAACTTGTATGAACTAGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACGAT
* * * * * ** * *
39533 -TG-------T--TTA-T---ATAGTCTTAATTGTTTGAATTGGTTTA-ACAAACGGATTTCTTT
567 TTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGG-TTAGATAAACATAATTATTT
* * * * *
39583 TTTAAATCTTTTAGTTATGAATTTTTAGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTA-TTCTAAATAA
631 TTTAAATATCTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAA
* *
39647 ACTTGTATGAACAAAAAT
694 GCTTGTATG-ACAAAAAA
* * * * *
39665 AATTGTTTTATGAC-AAACAAATGGTTATAACAATTTGAAATACATAGTTGTTCAAATAGTC---
1 AATTATTTTATGACAAAACAAA-AGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * *
39726 --A--T-AAC----T--AT---T--TA-TTTTTAGATCTC----TTACTAATTCTTGAAATATTA
65 ATATTTGAACTTGTTAGATAAATAATATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGGAATATTA
* * * * ***** * *
39770 ATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAAT-AATCTTGTATGTTGAAAAATAATTGTTTTATGATAAA
130 ATAAATTTGTATTATTTTATTTCGAATAAAGCTTGTATGAACCGAAACAATTGTTTTATGACAAA
* ** * ** * * * ** * *
39834 ACAAAAGGTAATAACAATTTAAAATTTATAACTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAA-TTGATT
195 ACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAA-TATTTAAATAGTTAT-ACTATTTGAACTAG-TT
* * * *
39898 CGATAAACTAATTTATTTTTTAAACCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGAAT
257 CGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
*** * * * * *
39963 TATTTTATTTTGGATAAGCTTTTGTGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCAT
321 TATTTTA-TTCAAATAAGCTTGTATGAA--AGAAACAATTGTTTTATAAC-AAACAAAAGGTCAA
* * * * * * * *
40027 AATAATTTT-AAGTAGATAA-TTGTTCAAATAATAATAACTATTTGAGCCTGTTTG-GTAAACAT
382 AAT-GTTTTGAAATAGATAATTTG-TCAAAT-GTCATAACTATTTGAACTTGTTTGAGTAAATAG
* * * *
40089 AATTATTTGTTCAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTA-
444 ATTTATTT-TTTAAA--TC-TACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * * * * * * *
40152 TTCTAAATAAGCTTGTATGAA-TTGAAACAATTATTTTATGACTAAATAAAAGGTTAGAATGATT
504 TTC-AAATAAACTTGTATGAACTAGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACGATT
* * * * * * * * ** * *
40216 TGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCCTGA-TCACTTGAAATGATTCGGCAAACACATTTATTTT
568 TGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAACTGGTTAGATAAACATAATTATTTT
* * * * * *
40280 TTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGCATTATTTTAATTCGAATAAGC
632 TTAAATATCTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGC
* * *
40345 TTATATGATAAGAAAT
696 TTGTATGACAA-AAAA
* * * * * * **
40361 AGTT-CTTTATTGACAAAAC-AAAGATCATAGCGATTTGAGATTGATCTTTGTTCAAAT-GATCA
1 AATTATTTTA-TGACAAAACAAAAG-TCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCA
* * * * * * **
40423 TAACTATTTGAA-TTGGTTTGAAAAATAGCTTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTAATAATTTTTTA
63 TAA-TATTTGAACTT-GTTAGATAAATA---ATATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGG
* * * * * * * *
40487 AATATTAATGAAA-TAGTATTATTTTATTTTGGATAAA-TTTTTATGAACTGAAATAGTTGTTTT
123 AATATTAAT-AAATTTGTATTATTTTATTTCGAATAAAGCTTGTATGAACCGAAACAATTGTTTT
* * * *
40550 ATGACAAAACAAAAAGTCATTATGATTTTAAATAGATAAT-TGTTCAAATGGTTATATCTATTTG
187 ATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATAT-TT-AAATAGTTATA-CTATTTG
* * * * * * *
40614 AACTTGTTAGGTAAACATATTAATTTTTTTAAATCACTTGCTTATTAATTTTTTG-AATATTAAT
249 AACTAGTTCGATAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA--TTTTGAAATATTAAT
* * * * *
40678 AAATTAGTATTATTTTATTTCAAAGAAGATTGTATGAACTGAAATAATTGTTTTATGACTAAACA
311 AAATTAGTATTATTTTA-TTCAAATAAGCTTGTATGAA-AGAAACAATTGTTTTATAAC-AAACA
* *
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AATTATTTTATGACAAAACAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
TATTTGAACTTGTTAGATAAATAATATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGGAATATTAA
TAAATTTGTATTATTTTATTTCGAATAAAGCTTGTATGAACCGAAACAATTGTTTTATGACAAAA
CAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATATTTAAATAGTTATACTATTTGAACTAGTTCGAT
AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTT
TATTCAAATAAGCTTGTATGAAAGAAACAATTGTTTTATAACAAACAAAAGGTCAAAATGTTTTG
AAATAGATAATTTGTCAAATGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGAGTAAATAGATTTATTTTTTA
AATCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTAT
GAACTAGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTC
AAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTAGATAAACATAATTATTTTTTAAATATCTTACTTATTA
ATTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGACAAAAAA
Found at i:37785 original size:168 final size:167
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37467 TAACTATTTA
* * * *
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* * *
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*
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* * * ** *
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* * *
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* *
37769 AACAATGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATA
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37811 GCCATAATTA
Statistics
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ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.42
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AACTACTTCGACAAACAAATTTATTTTTTAAATACCTTACTTATTAATTTTCATAATATTAATAA
ATTAGTATTATTTTATTCCAAACAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTAAATAGAATAAAAA
GTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAAG
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Alignment explanation
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Period size: 358 Copynumber: 17.2 Consensus size: 357
34692 TGTATAAATT
* * * * * *
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** * * *
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* * * * * ** * * **
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* * * ** * * *
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* * * * * *
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259 GAATTGATTCGATAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAT
* * * ** **
35024 TGGTACTACTTTATTTTGAATAATTTTGTATGAATA
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* * ** * * *
35060 GAAACAATTGTTTTACAGA-AAAACAAAATAAAATAATGATTTGAAATAGCTAATAGTTCGAATA
1 GAAACAATTGTTTTA-TGATAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * * * **
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* * * * ** *
35189 T-AGAATATTAATAAATTGGTATTATTCTATTTCGAATAAATTTGTAT-AACTAGAAACAATTGT
130 TGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAAC-AAAAACAATTGT
* * * * * *
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193 TTTATGACAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* ** ** * * *
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** *
35381 AATAAATTAGTATTATTTTATAGCAAATAAGCTTTTTATGAACA
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* * * ** ** *
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1 GAAACAATT-GTTTTATGATAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * *
35489 GAT-ATAATTATTTGAACGTGTGT-AGA-AAACATATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAAT
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* * * ** * * *
35550 TTTTGTAACATTAATCAATTTA-TATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGCATGAACAAAACCTATT
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* * * * * * * *
35614 GTTTTATGACAAAACAAAAGCTCATAATGTTTTAAAATAGATAACTATTTAGATAGTCATAGCTA
191 GTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
* * * * * * *
35679 TTTGAGCTT-ATTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAGTCTCTTACTCATTAATT--AATATTAAT
256 TTTGA-ATTGATTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCACTTATTAATT-TTTGAAATATTAAT
* *
35741 AAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATTTGAATT
319 AAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTT-TATGAATA
** * * * ** * *
35781 GAAACCGTTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTCATAATTTTTTGAAATAGTTAATTATTCAAAT-G
1 GAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * ** * * *
35845 ATCATGATTATTTCAATTTGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTG
66 -TCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
** * ** * *
35910 TCAAAATATTAAT-AATTAGTATTATTTTAATCGGAATAACCTTGTATGAACATAAACAATTGTT
129 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTT
* * * ** * *
35974 TTATAACAAAAAAAAAAAGAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAAC-A
194 TTATGAC--AAAACAAAAG-TTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
* * *
36038 TTTGACCTTG-TTTGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTT--AATA
256 TTTGA-ATTGATTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATC----ACTTATTAATT-T-TTGAAATA
* * * **
36100 TTAATAATTTTGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAGCA
314 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTT-TATGAATA
* * * * *** * *
36145 AAAAAAATTATTTTATG-TCAAAACAAAATG-TTATAGCAATTTCAAATAAATAATTGTTCAAAT
1 GAAACAATTGTTTTATGAT-AAAACAAAA-GATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * *
36208 AGTCATAA-TCATTTAAACTTATTCGATAAATAGA--TACTTTTTTAAATCTCTTAATTATTAAT
64 AGTCATAACT-ATTTGAACTTGTTCAATAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
* * * * * * * ** *
36270 TTTTGGAATATTAATAAACTGGTATTATTTTATTTCGAATAAAG-TTATATAAACCGAAACAAAT
127 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAAT-AAGCTTGTATGAACAAAAACAATT
* * * * * * * * * *
36334 CTTTTATGACAAAAGAAAGGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAATTATGACCA
191 GTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
* * *
36399 TTTG-ATCT-AGTTCGATAAACATATTTATTTTTTAAAATTTTTACTTATTAATTGTTGAAATAT
256 TTTGAAT-TGA-TTCGATAAACAGATTTATTTTTT-AAA---TCACTTATTAATTTTTGAAATAT
* * * *
36462 TAATAAATTAATATTATTTTA-ATCAAAATAAGCATGTATGAACA
315 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGC-TTTATGAATA
* * *** * * *
36506 GAAACAAATGTTTTATAATAGGGCAAAA-AGTCAAAATGTTTTGAAATAAATAATT-TGTCAAAT
1 GAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGA-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGT-TCAAAT
* ** *
36569 AGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAA--TC-TA-TTATTAATTT
64 AGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * ** * * * *
36630 TTGAAATATTAATAGATTAGTATTACTTTATTATAAATAAACTTATATGAACAACAACATTTGTT
129 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTT
* *
36695 TTACT-ACAAAACAAAAGGTT-ATAATGACTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTAT
194 TTA-TGACAAAACAAAA-GTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* * * ** *
36758 TTGAATTGGTTAGGTAAACAGAAATATTTTTTAAAATATCTTACTTATTAATTTTTGCAATATTA
257 TTGAATTGATTCGATAAACAGATTTATTTTTT--AA-ATC--ACTTATTAATTTTTGAAATATTA
* * * *
36823 GTAAATTCA-TTTTATTTTTATTTCAAATAAGCTAGTATGAATT
317 ATAAATT-AGTATTA-TTTTATTTCAAATAAGCT-TTATGAATA
* * * * * * *
36866 GAAA-ATTTGTTTTGTGACAAAGA-AAAAGGTCATAA-CATTTTGGAATAGATAATTGTTCATAT
1 GAAACAATTGTTTTATGATAAA-ACAAAAGATCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * ** * * *
36928 AATCTTAAATATTTGAACTGGTT-TGTCAAACAAATTTA--TTTTAATTCTCTTAGTTATTAATT
64 AGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAAT-AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
* * * * *
36990 TTT-AGAATATTATTATATTTGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAATAATTG
128 TTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTG
* * ** * * * * *
37054 TTTTGTGAAAAAACAAAAGGTT-ATAACAATTTGAAGTAAACAA---TTCAAATAGTTATAATTA
192 TTTTATGACAAAACAAAA-GTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
* * * *
37115 TTTGAACT-AGTTTGATGAACAGATTTATTTTTTAAATCGCTTACTTATTAATTTTTGAAAGATT
256 TTTGAATTGA-TTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAAT--C--ACTTATTAATTTTTGAAATATT
* * *
37179 AATAAATTAGTATTATTGTA-TTCTGAATAAGCTTGAATG-ATAA
316 AATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTT-TATGAAT-A
* * * ** * * * * *
37222 AAAACACTTGTTATATGACCAAACAAAAGGTAATAATGGTTTGAAATAGATGAA-TGTTGAAATG
1 GAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGAT-AATTGTTCAAATA
* * * * * * *
37286 GCCATAATTATTTGAA-ATGATTCAGTAAATAGATTCACTTTTTAAA--TC--ACTTATTAATTT
65 GTCATAACTATTTGAACTTG-TTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * * * *
37346 TTGGAATGTTAATAAATTTGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTT
129 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTT
* * *** * *
37411 TTATGACAAAACAAAATTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTTGTATTGTCTTAACTATTT
194 TTATGACAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * * * * * * *
37476 AAACTGCTTCGACAAACAAATTTATTTTTTAAATCCCTTAGTTATTAATTTTCATAATATTATTA
259 GAATTGATTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCACTTA-TTA--ATTTTTGA-AATATTAATA
37541 AATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTTTATGAACT-
320 AATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGC-TTTATGAA-TA
* * * *
37580 GAAACAATT-ATTTA-GAATAGAATA-AAAAG-TTATAATGATTTGAAATAGGTAATTATTCAAA
1 GAAACAATTGTTTTATG-ATA-AA-ACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * * * *
37641 TA---AGAAC----T--AC---TTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATATTTTACTTATTAATT
63 TAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
* * **
37694 TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAACAGGCTTGTATGATGAAAAACAATTGT
128 TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGT
* * * *
37759 TTTATGACAAAAC-AATGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATAGCCATAATTATT
193 TTTATGACAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * * *
37823 TGAATTGATTTGGTAAACAGATTCACTTTTTAAATCACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAT
258 TGAATTGATTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAT
* *
37888 TATTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTTAATGAATT
323 TAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTT-ATGAATA
* * * *
37924 GAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAATATCATAATGATTTTAAATATACAATTGTTCAAATAG
1 GAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * *
37989 TCATAACTATTTGAATTTATTCAAAAAACACATTTATTTTTTAAAATCTCTTGCTTATTAATTTT
66 TCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * **** * * * * *
38054 TGAAATATTAAAAAATTGGTATTATTTTATTTTGGATAACCTTTTATAAACTAAAGCAATTGTTT
130 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTT
* * * *
38119 TATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTTAAA-A-ATCAATCT-TTCAAATAGTCATAACTACT
195 TATGACAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGAT-AAT-TGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * * * * **
38181 TGAGCTT-ATTCGGTAAATA-AGTTTATTTTTTCAA--A--TGTTAA----TG---TATT-A-GG
258 TGA-ATTGATTCGATAAACAGA-TTTATTTTTTAAATCACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAA
* * * ** * ** **** *
38231 ATTA-TTTTGTTCTAAATAAGCTTGTATG-AT--AT-
321 ATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTTATGAATA
* * * * * * ** * * ** *
38263 GAAACAAATATTTTATGACT-AAA-AATAGGTTAGAACAATTTAAAATAGATAATTATTCTTATG
1 GAAACAATTGTTTTATGA-TAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
** ** * * *
38326 GTTTTAACTATTTGAA-TTGGTTTGACAAACACATTTATTTTTTAAATCTCATACTTATTAATTT
65 GTCATAACTATTTGAACTT-GTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * * *
38390 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGATAAAAAAACAATTAT
129 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGA-ACAAAAACAATTGT
* * *** * * *
38455 TTTATAACAAAACAAATGGTT-ATAGCAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATTGCCATAATTAT
193 TTTATGACAAAACAAA-AGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* * * *
38519 TT-AACTAATTCGATAAACAAATTTTATTTTTTAAATCTCTTACTT-A---TT--AATA--AAT-
257 TTGAATTGATTCGATAAACAGA-TTTATTTTTTAAATCACTTA-TTAATTTTTGAAATATTAATA
* * * * *
38574 --TT-GAATTATTTTATTCCATATAAACTTGTATTAACTA
320 AATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTT-TATGAA-TA
* * *** * *
38611 -AAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGGTCATAGCAATTTTAAATAGACAATT-TTCAAATAG
1 GAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * *
38674 TTATAACTATTTGAACTTTTTCGATAAATAGATTTATTTTCTTAAATCTCTTTCTTTTTAATTTT
66 TCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACAGATTTATTTT-TTAAATCTCTTACTTATTAA-TTT
* * * * * * ***
38739 TTG-AATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTTCGAGTAAGCTTGTATAAATTGAAACAATTGCT
129 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTG-T
* * ** * *
38803 TTTATGATAAAACAAAA-TATCAAAACAATTTAAAATAGATAATTGTTCTAATAGT-ATTAA-TC
193 TTTATGACAAAACAAAAGT-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA-TAACT-
* * * * * * *
38865 ATATAAACTGGTTCGATAAACA-ATTT-TTTTTT-GATCTCTTACTTATTAGTTTTGAAATATTA
255 ATTTGAATTGATTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCACTTA-TTA--ATTTTTGAAATATTA
* * * * *
38927 TTAAATTTGTATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTACGAACA
317 ATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTT-TATGAATA
* * * * * ** *
38969 -AAAAAATTATTTTATGACAAAACAAATGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATCATTCATATA
1 GAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGATCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * ** * * * ** *
39032 ATCTTAACTATTTGAACTCGTTCAACAATTAGATTTATCTTTTAATTTTCTTGGTTATTAAGTTT
65 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * * ** * * *
39097 TGAAATTTTATTAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAAATAGTATGAACAGAACCAATTGTTT
130 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTT
* * * *
39162 GATGACAAAACAAAAAGTT-AT-ATGATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGTCAAAACTATTT
195 TATGACAAAAC-AAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * * * *
39225 GAAATGGTT-TAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTGATTAATTTTCT-AATTATTAA
259 GAATTGATTCGA-TAAACAGATTTATTTTTTAAATC----ACTTATTAATTTT-TGAAATATTAA
* * *
39288 TAAATTAGTATTATTTTATTTCAAACAAACTTATATGAACA
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* * * *
39329 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-AGTAATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATA
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* * * ** * *
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128 TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGT
* *
39516 TTTAATG-CAAAAC---A----A-AATG-TTT---AT--AT-A--G-TC------T--TAATTGT
193 TTT-ATGACAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* ** * * * * *
39554 TTGAATTGGTTTAACAAACGGATTTCTTTTTTAAATCTTTTAGTTATGAATTTTT-AGAATATTA
257 TTGAATTGATTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATC----ACTTATTAATTTTTGA-AATATTA
* * *
39618 TTAAATTAGTATTATTTTA-TTCTAAATAAACTTGTATGAACA
317 ATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTT-TATGAATA
* * * * * * ** * *
39660 AAAATAATTGTTTTATGA-CAAACAAATGGTTATAACAATTTGAAATACATAGTTGTTCAAATAG
1 GAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* ** ** * * * * * * *
39724 TCATAACTATTT--A-TT-TTTAGAT-CTCTTACTAATTCTTGAAA--TATTAATAAATTAGTAT
66 TCATAACTATTTGAACTTGTTCA-ATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACT-TATTA--AT
** * * * * *** * *
39782 TATTT----TATT-CCAAA-TAATCTTGTATGT-TGAAAAATAATTG-TTTTATG-A-TAAAACA
127 T-TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT-TTTATTCCAAATAA--GCTTGTATGAACAAAAACA
** * * * *** * * *
39837 AAAG-GTAATAACAATTTAAAA-TTTATAACTG--TTCAAATGGCCATAA----T----------
188 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAA-TGATTTGAAATAG--ATAATTGTTCAAATAGTCA
39884 ----TATTTGAATTGATTCGATAAACTA-ATTTATTTTTTAAACCTCTTACTTATTAATTTTTGA
250 TAACTATTTGAATTGATTCGATAAAC-AGATTTATTTTTTAAA--TC--ACTTATTAATTTTTGA
* * *** *
39944 AATATTAATAAAGTAGAATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTGTGAACTA
310 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGC-TTTATGAA-TA
* * * * * *
39994 -AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAATAATTTTAAGTAGATAATTGTTCAAATAA
1 GAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * *** * * * *
40058 TAATAACTATTTGAGCCTGTTTGGTAAACATAATTATTTGTTCAAATCTCTTGCTTATTAATTTT
66 TCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACAGATTTATTT-TTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTT
* * *** *
40123 TTG-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTATT
129 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTT
* * * * * * * *
40187 TTATGACTAAATAAAAGGTT-AGAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCCTGA-TCAC
194 TTATGACAAAACAAAA-GTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT-AT
* ** * *
40250 TTGAAATGATTCGGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAT
257 TTGAATTGATTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATC----ACTTATTAATTTTTGAAATATTAA
* * *
40315 TAAATTAGCATTATTTTAATTCGAATAAGCTTATATG-ATAA
318 TAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTT-TATGAAT-A
* * * * ** * * **
40356 GAAATAGTT-CTTTATTGACAAAAC-AAAGATCATAGCGATTTGAGATTGATCTTTGTTCAAAT-
1 GAAACAATTGTTTTA-TGATAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * *
40418 GATCATAACTATTTGAA-TTGGTTTGAA-AAATAGCTTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTAATAAT
65 G-TCATAACTATTTGAACTT-G-TTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
* **** ** * ** * *
40481 TTTTTAAATATTAATGAAA-TAGTATTATTTTATTTTGGATAAATTTTTATGAACTGAAATAGTT
127 TTTTGAAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATT
* * * * *
40545 GTTTTATGACAAAACAAAAAG-TCATTATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATGGTTATATCT
191 GTTTTATGACAAAAC-AAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* * * *
40609 ATTTGAACTTG-TTAGGTAAACATATTAATTTTTTTAAATCACTTGCTTATTAATTTTTTG-AAT
255 ATTTGAA-TTGATTCGATAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCA----CTTATTAA-TTTTTGAAAT
* *
40672 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAGAAGATTGTATGAACT-
313 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTT-TATGAA-TA
* * * *
40718 GAAATAATTGTTTTATGACT-AAACAAAAGGTCAGAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATA
1 GAAACAATTGTTTTATGA-TAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
*
40782 GTC-TTACTTATTTGAACT
65 GTCATAAC-TATTTGAACT
40800 ACATCGGCAA
Statistics
Matches: 4404, Mismatches: 993, Indels: 680
0.72 0.16 0.11
Matches are distributed among these distances:
324 6 0.00
325 4 0.00
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328 11 0.00
329 1 0.00
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366 4 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (357 bp):
GAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
TCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTT
ATGACAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
ATTGATTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG
TATTATTTTATTTCAAATAAGCTTTATGAATA
Found at i:38699 original size:166 final size:166
Alignment explanation
Indices: 38396--38735 Score: 411
Period size: 166 Copynumber: 2.0 Consensus size: 166
38386 ATTTTTGAAA
* * *
38396 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGATAAAAAAACAATTATTTTATA
1 TATTAATAAATTAGAATTATTTTATTTCCAATAAACTTGTAT-ATAAAAAAACAATTATTTTATA
* * * * *
38461 ACAAAACAAATGGTTATAGCAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATTGCCATAATTATTTAACTA
65 ACAAAACAAAAGGTCATAGCAATTTGAAATAGACAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTAACTA
38526 ATTCGATAAACAAATTTTATTTT-TTAAATCTCTTACT
130 ATTCGATAAACAAA-TTTATTTTCTTAAATCTCTTACT
* * *
38563 TATTAATAAATTTGAATTATTTTA-TTCCATATAAACTTGTAT-TAACTAAAACAATTGTTTTAT
1 TATTAATAAATTAGAATTATTTTATTTCCA-ATAAACTTGTATATAA-AAAAACAATTATTTTAT
* **
38626 GAA-AAAACAAAAGGTCATAGCAATTTTAAATAGACAATT-TTCAAATAGTTATAACTATTTGAA
64 -AACAAAACAAAAGGTCATAGCAATTTGAAATAGACAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTT-AA
** * * *
38689 CTTTTTCGATAAATAGATTTATTTTCTTAAATCTCTTTCT
127 CTAATTCGATAAACAAATTTATTTTCTTAAATCTCTTACT
*
38729 TTTTAAT
1 TATTAAT
38736 TTTTTGAATG
Statistics
Matches: 148, Mismatches: 20, Indels: 11
0.83 0.11 0.06
Matches are distributed among these distances:
165 28 0.19
166 85 0.57
167 35 0.24
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.07, T:0.43
Consensus pattern (166 bp):
TATTAATAAATTAGAATTATTTTATTTCCAATAAACTTGTATATAAAAAAACAATTATTTTATAA
CAAAACAAAAGGTCATAGCAATTTGAAATAGACAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTAACTAA
TTCGATAAACAAATTTATTTTCTTAAATCTCTTACT
Found at i:39223 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 38569--39394 Score: 536
Period size: 180 Copynumber: 4.6 Consensus size: 180
38559 TACTTATTAA
* * * * * * * *
38569 TAAATTTGAATTATTTTATTCCATATAAACTTGTATTAACTAAAACAATTGTTTTATGAAAAAAC
1 TAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAAATAGTATGAAC-AAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * *** * * * * * * ** *
38634 AAAAGGTCATAGCAATTTTAAATAGACAATT-TTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTTTTCGA
65 AAAAAGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGTCAAAACTATTTGAAATCGTTCAA
* * * * * * * *
38698 TAAATAGATTTATTTTCTTAAATCTCTTT-CTTTTTAATTTTTTG-AATGTTAA
130 CAAACAAATTTATCTT-TTAAATCT-TTTACTTATTAA-GTTTTGAAATTTTAT
* * * ** * * ** *
38750 TAAATTAGTATTAATTTATTTCGAGTAAGCTTGTATAAATTGAAACAATTGCTTTTATGATAAAA
1 TAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAAATAGTATGAA-CAAAACAATTG-TTTTATGACAAAA
** * * * *
38815 CAAAATA-TCAA-AACAATTTAAAATAGATAATTGTTC-TAATAGT-ATTAA-TCATAT-AAACT
64 CAAAA-AGT-AATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAT-ATAGTCA-AAACT-ATTTGAAA-T
* * * ** * *
38874 GGTTCGATAAAC-AATTT-T-TTTTTGATCTCTTACTTATT-AGTTTTGAAATATTAT
123 CGTTCAACAAACAAATTTATCTTTTAAATCTTTTACTTATTAAGTTTTGAAATTTTAT
* * ** * * * *
38928 TAAATTTGTATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTACGAACAAAAAAATTATTTTATGACAAAACA
1 TAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAAATAGTATGAACAAAACAATTGTTTTATGACAAAACA
** * * * ** *
38993 AATGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATCATTCATATAATCTTAACTATTTGAACTCGTTCAA
66 AAAAGTAATAA-TGATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGTCAAAACTATTTGAAATCGTTCAA
** * * **
39057 CAATTAGATTTATCTTTT-AATTTTCTTGGTTATTAAGTTTTGAAATTTTAT
130 CAAACAAATTTATCTTTTAAATCTT-TTACTTATTAAGTTTTGAAATTTTAT
* *
39108 TAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAAATAGTATGAACAGAACCAATTGTTTGATGACAAAAC
1 TAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAAATAGTATGAACA-AAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * * *
39173 AAAAAGTTAT-ATGATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGTCAAAACTATTTGAAATGGTTTAG
65 AAAAAGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGTCAAAACTATTTGAAATCGTTCAA
* * * ** *
39237 TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTGATTAA-TTTTCTAATTATTAA
130 CAAACAAATTTATCTTTTAAATCTTTTACTTATTAAGTTTTGAAATT-TTAT
* *
39288 TAAATTAGTATTATTTTATTTCAAACAAACTTA-TATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAA
1 TAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAA-ATAGTATGAAC-AAAACAATTGTTTTATGACAAAA
* * *
39352 CAAAAAGTAATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGT
64 CAAAAAGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGT
39395 TATAATTATT
Statistics
Matches: 508, Mismatches: 107, Indels: 60
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
175 1 0.00
176 55 0.11
177 20 0.04
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179 31 0.06
180 185 0.36
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183 25 0.05
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
TAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAAATAGTATGAACAAAACAATTGTTTTATGACAAAACA
AAAAGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGTCAAAACTATTTGAAATCGTTCAAC
AAACAAATTTATCTTTTAAATCTTTTACTTATTAAGTTTTGAAATTTTAT
Found at i:39969 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 39748--40776 Score: 850
Period size: 181 Copynumber: 5.7 Consensus size: 180
39738 TTTTAGATCT
* * * * *
39748 CTTACTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAATCTTGTATG-TTGA
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGACTG-
* * ** * ** * *
39812 AAAATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTAATAACAATTTAAAATTTATAACTGTTCAAATGG
65 -AAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGA
* * *
39877 CCATAATTATTTGAATTGATTCGATAAACTA-ATTTATTTTTTAAACCTCTTA
129 TCATAATTATTTGAATTG-TTCGGTAAACTACATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* * *** * * *
39929 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGAATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTGTGAACTA
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATG-ACTG
* * * * * *
39994 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAATAATTTTAAGTAGATAATTGTTCAAATAAT
65 AAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGAT
* * ** * * *
40059 AATAACTATTTGAGCCTGTTTGGTAAACATA-A-TTATTTGTTCAAATCTCTTG
130 CATAATTATTTGA-ATTGTTCGGTAAAC-TACATTTATTT-TTTAAATCTCTTA
* *
40111 CTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTAAATAAGCTTGTATGAAT
1 CTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATG-AC
* * * * * * * *
40174 TGAAACAATTATTTTATGACTAAATAAAAGGTTAGAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAAT-
63 TGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATG
* * * * * * *
40238 AGTCCTGATCACTTGAAATGATTCGGCAAAC-ACATTTATTTTTTAAATCTTTTA
128 A-TCATAATTATTTGAATTG-TTCGGTAAACTACATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* * * * *
40292 CTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGCATTATTTTAATTCGAATAAGCTTATATGA-TAA
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGACT--
* * * ** * * **
40356 GAAATAGTT-CTTTATTGACAAAAC-AAAGATCATAGCGATTTGAGATTGATCTTTGTTCAAATG
64 GAAATAATTGTTTTA-TGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATG
* * * * *
40419 ATCATAACTATTTGAATTGGTT-TGAAAAATAGC-TTTAGTTTTTAAATCTCTTA
128 ATCATAATTATTTGAATT-GTTCGGTAAACTA-CATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* * *** ** *
40472 CTTAATAATTTTTTAAATATTAATGAAA-TAGTATTATTTTATTTTGGATAAATTTTTATGAACT
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATG-ACT
* * * * *
40536 GAAATAGTTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATTATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATGG
64 GAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGA
* * * * * *
40601 TTAT-ATCTATTTGAACTTGTTAGGTAAAC-ATATTAATTTTTTTAAATCACTTG
129 TCATAAT-TATTTGAA-TTGTTCGGTAAACTACATTTA-TTTTTTAAATCTCTTA
* *
40654 CTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAGAAGATTGTATGAACT
1 CTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATG-ACT
* *
40718 GAAATAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCAGAATGATTTGAAATAGATAATTGTTC
64 GAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTC
40777 TAATAGTCTT
Statistics
Matches: 668, Mismatches: 148, Indels: 63
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
179 5 0.01
180 136 0.20
181 261 0.39
182 254 0.38
183 12 0.02
ACGTcount: A:0.38, C:0.08, G:0.11, T:0.43
Consensus pattern (180 bp):
CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGACTGA
AATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGATC
ATAATTATTTGAATTGTTCGGTAAACTACATTTATTTTTTAAATCTCTTA
Found at i:40799 original size:182 final size:180
Alignment explanation
Indices: 39763--40797 Score: 855
Period size: 182 Copynumber: 5.7 Consensus size: 180
39753 TAATTCTTGA
* * *
39763 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAATCTTGTATG--TTGAAAAATAATTGTTTT
1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTG--AAATAATTGTTTT
* * ** * ** * * * * *
39826 ATGATAAAACAAAAGGTAATAACAATTTAAAATTTATAACTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGA
64 ATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTACTTATTTGA
* *
39891 ATTGATTCGATAAAC-TAATTTATTTTTTAAACCTCTTACTTATTAA-TTTTTG
129 ATTG-TTCGGTAAACAT-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTG
* * *** * * * *
39943 AAATATTAATAAAGTAGAATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTGTGAACTAAAACAATTGTTTTA
1 -AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAATAATTGTTTTA
* * * * * * *
40008 TGACAAAACAAAAGTTCATAATAATTTTAAGTAGATAATTGTTCAAATAATAATAAC-TATTTGA
65 TGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-CTTACTTATTTGA
** * * * *
40072 GCCTGTTTGGTAAACATAATTATTTGTTCAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTTG
129 -ATTGTTCGGTAAACATATTTATTT-TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTG
* * * *
40126 AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTAAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTATTTTA
1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAACTGAAATAATTGTTTTA
* * * * * * * * *
40190 TGACTAAATAAAAGGTTAGAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCCTGA-TCACTTGA
65 TGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-CTTACTTATTTGA
* * * *
40254 AATGATTCGGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTTG
129 ATTG-TTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTG
* * * * * * * *
40306 AAATATTATTAAATTAGCATTATTTTAATTCGAATAAGCTTATATGATA-AGAAATAGTT-CTTT
1 -AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGA-ACTGAAATAATTGTTTT
* ** * * ** *
40369 ATTGACAAAAC-AAAGATCATAGCGATTTGAGATTGATCTTTGTTCAAAT-GATCATAAC-TATT
64 A-TGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TC-TTACTTATT
* * * * *
40431 TGAATTGGTT-TG-AAAAATAGCTTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTAATAATTTTTTA
126 TGAATT-GTTCGGTAAACATA--TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTG
*** ** * *
40487 AATATTAATGAAA-TAGTATTATTTTATTTTGGATAAATTTTTATGAACTGAAATAGTTGTTTTA
1 AATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAATAATTGTTTTA
* * * *
40551 TGACAAAACAAAAAGTCATTATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATGGT-TATA-TCTATTTG
65 TGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCT-TACT-TATTTG
* * * *
40614 AACTTGTTAGGTAAACATATTAATTTTTTTAAATCACTTGCTTATTAATTTTTTG
128 AA-TTGTTCGGTAAACATATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTG
* *
40669 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAGAAGATTGTATGAACTGAAATAATTGTTTTAT
1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAATAATTGTTTTAT
* * *
40734 GACTAAACAAAAGGTCAGAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTACTTATTTGAA
66 GACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTACTTATTTGAA
40798 CTACATCGGC
Statistics
Matches: 669, Mismatches: 149, Indels: 71
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
178 5 0.01
179 5 0.01
180 127 0.19
181 242 0.36
182 275 0.41
183 15 0.02
ACGTcount: A:0.38, C:0.08, G:0.11, T:0.43
Consensus pattern (180 bp):
AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAATAATTGTTTTAT
GACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTACTTATTTGAAT
TGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTG
Found at i:40914 original size:25 final size:27
Alignment explanation
Indices: 40885--40934 Score: 86
Period size: 25 Copynumber: 1.9 Consensus size: 27
40875 ACAATTGTTT
40885 TATGACAAAATAAAG-A-TCATAACGA
1 TATGACAAAATAAAGTAGTCATAACGA
40910 TATGACAAAATAAAGTAGTCATAAC
1 TATGACAAAATAAAGTAGTCATAAC
40935 TATTTGAATT
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 0, Indels: 2
0.92 0.00 0.08
Matches are distributed among these distances:
25 15 0.65
26 1 0.04
27 7 0.30
ACGTcount: A:0.54, C:0.12, G:0.12, T:0.22
Consensus pattern (27 bp):
TATGACAAAATAAAGTAGTCATAACGA
Found at i:41229 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 40929--42307 Score: 1062
Period size: 181 Copynumber: 7.7 Consensus size: 180
40919 ATAAAGTAGT
* * *
40929 CATAACTATTTGAA-TTGATT-CAGTAAACAGATTTAGTTTTTAAATCTC-TA---ATTAATTTT
1 CATAACTATTTGAACTTGTTTGC--TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * ** *
40988 TAAAACATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTAAATAATTTTGTATGAAGAGAAACAATTGTT
64 TAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTT
* * *
41052 TTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAAGGGA
128 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAA-GGA
** *
41106 CATAACTATTTGAACTTGTTTGCTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCAACCTATTAATTTTTA
1 CATAACTATTTGAACTTGTTTGCTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA
** *
41171 GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAAATTGTATGAATAGAAACAATTATTTTA
66 GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTA
** * * *
41236 TGACAAAACAAAATATCATAGCT-ATTTGAAATAAATAATTATTCAAATGGT
131 TGACAAAACAAAAGGTCATA-ATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAA-GGA
* *
41287 CATAACTATTTG-A---GTTTGCTCAATCATCGGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT
1 CATAACTATTTGAACTTGTTTGCT-AA--AT-AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
* * * * *
41348 TTTGGAATACTAATAAATTAGTATTATTTTGTTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGG
62 TTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGT
* * **
41413 TTTATGACAAAATAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAA
127 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TAATTTGAAATAGATAATTATTCAAAGGA
* * *
41467 TCATAACTATTTGAA-TGTGTTTAG-AAAATATATTTATTTTTTAAATTTC-TACTTATTAATTT
1 -CATAACTATTTGAACT-TGTTT-GCTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* ** * * *
41529 TT-GAAATATTAATAAATTTA-TACTATTTTATTTGGAATAACCGTGTATGAACAGAAACAATTT
63 TTAG-AATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAA-TT
* * * * * * *
41592 TTTTTTTGACAAAACAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATGGATAATTGTTCAGATAGTA
125 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCA-A-AGGA
* * * * * *
41650 -AGAACTATTTAAAATTGTTCAG-TAAACTA-ATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAA-TTT
1 CATAACTATTTGAACTTGTT-TGCTAAA-TAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * * * *
41711 TAGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-AGAATAAGCCTATATGAATTGATACAATTAT
64 TA-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCA-AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGT
** * * *
41775 TTTAAAATC-AAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
127 TTTATGA-CAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAA-GGA
* ** * * * * * *
41830 TATGGCTATTTGGACTT-TTTAGGTAAACATATTTA-TTTTTAAA-ATC-TACTTATT-A-TTTG
1 CATAACTATTTGAACTTGTTT-GCTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
* * * * * *
41889 AGGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTT-GAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAA-TAT
65 A-G-AATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGT
* * * * **
41952 TTTAT----AAA-AAAA-GTCGTAATGATTTAAAATAAATAATTATTCAAATAA
127 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAAGGA
* * * * * * * * * *
42000 TCATAACTATTTAAACTTATTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATGTTTTTATTTTTTTAATTG
1 -CATAACTATTTGAACTTGTTTGCTAAATAGATTTATTTTTTAAAT-CTCTTA-CTTATTAATT-
* * * *
42065 TTTA-AATATTAATAAATTTGTGTTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGCAAA-ATTTG
62 TTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAG-AAACAATTG
* * ** * *
42128 TTTTATAACAAAACAAAAGGTTATAGCAATTTGAAATAGATAATTGA-T-AAATAGT
126 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATT-ATTCAAA-GGA
* ** * *
42183 CATAACTATTTTAACTTGTTCAAC-AAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTT
1 CATAACTATTTGAACTTGTT-TGCTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
* ** * * * *
42247 GGAATATTAATAAGCTAGAATTATGTTATTTCAAATAAACTTGTATGAATAGAAATAATTG
65 AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTG
42308 ATTTGTGATA
Statistics
Matches: 969, Mismatches: 168, Indels: 127
0.77 0.13 0.10
Matches are distributed among these distances:
171 52 0.05
172 14 0.01
173 3 0.00
174 1 0.00
175 6 0.01
176 44 0.05
177 69 0.07
178 58 0.06
179 18 0.02
180 130 0.13
181 436 0.45
182 107 0.11
183 23 0.02
184 3 0.00
185 4 0.00
186 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
CATAACTATTTGAACTTGTTTGCTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA
GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTA
TGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAAGGA
Found at i:41504 original size:362 final size:361
Alignment explanation
Indices: 40925--42311 Score: 1285
Period size: 362 Copynumber: 3.9 Consensus size: 361
40915 CAAAATAAAG
* * * * *
40925 TAGTCATAACTATTT-GAATTGATTCAGTAAACAGATTTAGTTTTTAAATC---T-CTAATTAAT
1 TAGTCATAACTATTTAAAATTG-TTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAAT
** * * ** *
40985 TTTTAAAACATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTAAATAATTTTGTATGAAGAGAAACAATT
65 TTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATT
* * ** * **
41049 GTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAAGGGA-CATAACT
129 GTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAA-TAATCATAACT
* * *
41113 ATTTGAACTTGTTT-GCTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCAACCTATTAATTTTTAG-AATA
193 ATTTGAACTTGTTTAG-AAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTAGAAATA
* *
41176 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAAATTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACA
257 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGACA
*
41241 AAACAAAATATCATAGCTATTTGAAATAAATAATTATTCAAA
322 AAACAAAA-GTCATA-CTATTTGAAATAAATAATTATTCAAA
* * ** * * * **
41283 TGGTCATAACTATTTGAGTTTGCTCAATCATCGGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT
1 TAGTCATAACTATTTAAAATTGTTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT
* * *
41348 TTTGGAATACTAATAAATTAGTATTATTTTGTTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGG
66 TTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGT
* * * *
41413 TTTATGACAAAATAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAATCATAACTATT
131 TTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCATAACTATT
* *
41478 TGAA-TGTGTTTAGAAAATATATTTATTTTTTAAAT-TTCTACTTATTAATTTTT-GAAATATTA
196 TGAACT-TGTTTAGAAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTAGAAATATTA
* ** * * * *
41540 ATAAATTTA-TACTATTTTATTTGGAATAACCGTGTATGAACAGAAACAATTTTTTTTTTGACAA
260 ATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAACAGAAACAA-TTATTTTATGACAA
* * ** * *
41604 AACAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATGGATAATTGTTCAGA
323 AACAAAA-GTC-ATACTATTTGAAATAAATAATTATTCAAA
* * * * * * *
41645 TAGTAAGAACTATTTAAAATTGTTCAGTAAACTAATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATT
1 TAGTCATAACTATTTAAAATTGTTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT
* * * * * * *
41710 TTAGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAGAATAAGCCTATATGAATTGATACAATTAT
66 TTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGT
* * * **
41775 TTTAAAATC-AAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATGGCTAT
131 TTTATAA-CAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCATAACTAT
* * * * * *
41839 TTGGACTT-TTTAGGTAAACATATTTA-TTTTTAAA-AT-CTACTTATT-A-TTTGAGGAAATAT
195 TTGAACTTGTTTA-GAAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTA-GAAATAT
* * * * *
41898 TAATAAATTAATATTATTTTAATTT-GAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAA-TATTTTAT----
258 TAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTCAAATAAACTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGACA
* * *
41957 AAA-AAAAGTCGTAATGATTTAAAATAAATAATTATTCAAA
322 AAACAAAAGTCATACT-ATTTGAAATAAATAATTATTCAAA
* * * * * * *
41997 TAATCATAACTATTTAAACTTATTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATGTTTTTATTTTTTTAA
1 TAGTCATAACTATTTAAAATTGTTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAAT-CTTTTA-CTTATTAA
* * *
42062 TTGTTT-AAATATTAATAAATTTGTGTTATTTTATTT-GAAATAAGCTTGTATGAATAGCAAA-A
64 TT-TTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTGTATGAATAG-AAACA
* * * *
42124 TTTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTTATAGCAATTTGAAATAGATAATTGA-T-AAATAGTCATA
126 ATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATT-ATTCAAATAATCATA
* * * * * *
42187 ACTATTTTAACTTGTTCA-ACAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTT-GGA
190 ACTATTTGAACTTGTTTAGA-AAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTAGAA
** * * * *
42250 ATATTAATAAGCTAGAATTATGTTATTTCAAATAAACTTGTATGAATAGAAATAATTGATTT
254 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAACAGAAACAATT-ATTT
42312 GTGATAACTA
Statistics
Matches: 834, Mismatches: 156, Indels: 78
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
351 1 0.00
352 62 0.07
353 37 0.04
354 108 0.13
355 10 0.01
356 50 0.06
357 2 0.00
358 52 0.06
359 7 0.01
360 54 0.06
361 80 0.10
362 363 0.44
363 8 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (361 bp):
TAGTCATAACTATTTAAAATTGTTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT
TTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGT
TTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCATAACTATT
TGAACTTGTTTAGAAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTAGAAATATTAA
TAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAAC
AAAAGTCATACTATTTGAAATAAATAATTATTCAAA
Found at i:41709 original size:543 final size:529
Alignment explanation
Indices: 40928--42311 Score: 1435
Period size: 543 Copynumber: 2.6 Consensus size: 529
40918 AATAAAGTAG
* * * * *
40928 TCATAACTATTTGAATTGATTCAGTAAACAGATTTAGTTTTTAAA--TCT-CTAATTAATTTTTA
1 TCATAACTATTTGAATTG-TTTAGAAAACAAATTTATTTTTTAAATTTCTACTTATTAATTTTT-
* ** *
40990 AAACATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCT-AAATAATTTTGTATGAAGAGAAACAA-TTGTT
64 AAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATT-TGAAATAACCTTGTATGAACAGAAACAATTTGTT
* ** * * *
41052 TTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTATTCAA-AGGGACATAACTATT
127 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAATA-GTA-ATAACTATT
* * * **
41116 TGAACTTGTT-TGCTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCAAC-CTATTAATTTTTAGAATATTA
190 TAAACTTGTTCAG-TAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTC-ATTAATTTTTAGAATATTA
* **
41179 ATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAAATTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGA-CAAA
253 ATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTAAAATC-AA
* * * *
41243 ACAAAATATCATAGCTATTTGAAATAAATAATTATTCAAATGGTCATAACTATTT-GA-GTTT-G
317 ACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGGACGTTTAG
* * ** *
41305 CTCAATCATCGGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGG-AATACTAATAAATTAG
382 CT-AAACAT---ATTTATTTTTAAAATC---TACTTATT-ATTTGAGGAAATACTAATAAATTAA
* * *
41369 TATTATTTT-GTTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAAT-TGGTTTATGACAAAATAAAAGG
439 TATTATTTTAATTT-GAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATAT--TTTAT----AAA-AAAA-G
*
41432 TCATAACT-ATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAA
495 TCATAA-TGATTTAAAATAAATAATTATTCAAATAA
* *
41467 TCATAACTATTTGAATGTGTTTAGAAAATATATTTATTTTTTAAATTTCTACTTATTAATTTTTG
1 TCATAACTATTTGAAT-TGTTTAGAAAACAAATTTATTTTTTAAATTTCTACTTATTAATTTTT-
* * * *
41532 AAATATTAATAAATTTATACTATTTTATTTGGAATAACCGTGTATGAACAGAAACAATTTTTTTT
64 AAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTTGAAATAACCTTGTATGAACAGAAACAATTTGTTTT
* * * *
41597 TTGACAAAACAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATGGATAATTGTTCAGATAGTAAGAACTATTTAA
129 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCA-ATAGTAATAACTATTTAA
*
41662 AATTGTTCAGTAAACTA-ATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAA-TTTTAGGAATATTAATA
193 ACTTGTTCAGTAAA-TAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTA-GAATATTAATA
* * * * *
41725 AATTAGTATTATTTTATTT-AGAATAAGCCTATATGAATTGATACAATTATTTTAAAATCAAACA
256 AATTAGTATTATTTTATTTCA-AATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTAAAATCAAACA
* * * ** * *
41789 AAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATGGCTATTTGGACTTTTTAGGT
320 AAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGGAC-GTTTAGCT
*
41854 AAACATATTTATTTTTAAAATCTACTTATTATTTGAGGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA
384 AAACATATTTATTTTTAAAATCTACTTATTATTTGAGGAAATACTAATAAATTAATATTATTTTA
* *
41919 ATTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATATTTTATAAAAAAAGTCGTAATGATTTAAAATAA
449 ATTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATATTTTATAAAAAAAGTCATAATGATTTAAAATAA
41984 ATAATTATTCAAATAA
514 ATAATTATTCAAATAA
* * * * * *
42000 TCATAACTATTTAAACTT-ATTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATGTTTTTATTTTTTTAATT
1 TCATAACTATTTGAA-TTGTTTAGA-AAACAAATTTATTTTTTAAA--TTTCTA-CTTATTAATT
* * * * *
42064 GTTTAAATATTAATAAATTTGTGTTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGCAA-AATTTG
61 -TTTAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTTGAAATAACCTTGTATGAACAGAAACAATTTG
* * * * * *
42128 TTTTATAACAAAACAAAAGGTTATAGCAATTTGAAATAGATAATTGATAAATAGTCATAACTATT
125 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAATAGTAATAACTATT
* ** * * *
42193 TTAACTTGTTCAACAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGGAATATTAAT
190 TAAACTTGTTCAGTAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTAGAATATTAAT
** * * *
42258 AAGCTAGAATTATGTTATTTCAAATAAACTTGTATGAATAGAAATAATTGATTT
255 AAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATT-ATTT
42312 GTGATAACTA
Statistics
Matches: 706, Mismatches: 106, Indels: 70
0.80 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
532 5 0.01
533 67 0.09
534 105 0.15
535 64 0.09
536 54 0.08
537 3 0.00
539 48 0.07
540 57 0.08
541 8 0.01
542 62 0.09
543 212 0.30
544 10 0.01
545 1 0.00
546 8 0.01
547 2 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (529 bp):
TCATAACTATTTGAATTGTTTAGAAAACAAATTTATTTTTTAAATTTCTACTTATTAATTTTTAA
ATATTAATAAATTTATATTATTTTATTTGAAATAACCTTGTATGAACAGAAACAATTTGTTTTAT
GACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAATAGTAATAACTATTTAAACT
TGTTCAGTAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTA
GTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTAAAATCAAACAAAAGAT
CATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGGACGTTTAGCTAAACATA
TTTATTTTTAAAATCTACTTATTATTTGAGGAAATACTAATAAATTAATATTATTTTAATTTGAA
TAAGCTTGTATGAACAAAAACAATATTTTATAAAAAAAGTCATAATGATTTAAAATAAATAATTA
TTCAAATAA
Found at i:42975 original size:58 final size:56
Alignment explanation
Indices: 42844--43056 Score: 266
Period size: 58 Copynumber: 3.7 Consensus size: 56
42834 TTTGTAAAAG
* * * * * *
42844 GAAAATTGATACTTTCAACTTTTCCCCAAAATATTTTTTTGAAACTTTAATTTC-GA
1 GAAAATTGATACTTTCAACTTTTCCTCAAAAAATTTTTTAGAAA-ATTATTTTCAAA
*
42900 GAAAAATTGATATTTTCAACTTTTCCTCAAAAAACCTTTTTTAGAAAATTATTTTCAAA
1 G-AAAATTGATACTTTCAACTTTTCCTCAAAAAA--TTTTTTAGAAAATTATTTTCAAA
* *
42959 GAAAATTGATACTTTCAACTTTTCCTCGAAAATATTTTTTAGAAAACTTATTTTCAAG
1 GAAAATTGATACTTTCAACTTTTCCTC-AAAAAATTTTTTAGAAAA-TTATTTTCAAA
*
43017 GAAAATTGATACTTTCAACTTTTTCTCAAAAATATTTTTT
1 GAAAATTGATACTTTCAACTTTTCCTCAAAAA-ATTTTTT
43057 TTTGGAATTT
Statistics
Matches: 138, Mismatches: 12, Indels: 12
0.85 0.07 0.07
Matches are distributed among these distances:
56 1 0.01
57 45 0.33
58 75 0.54
59 17 0.12
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.07, T:0.43
Consensus pattern (56 bp):
GAAAATTGATACTTTCAACTTTTCCTCAAAAAATTTTTTAGAAAATTATTTTCAAA
Found at i:43079 original size:58 final size:56
Alignment explanation
Indices: 42844--43080 Score: 230
Period size: 58 Copynumber: 4.1 Consensus size: 56
42834 TTTGTAAAAG
* * * *
42844 GAAAATTGATACTTTCAACTTTTCC-CCAAAATATTTTTTTGAAACTTTAATTTCGA
1 GAAAATTGATACTTTCAACTTTTCCTCAAAAATATTTTTTAGAAA-TTTTATTTAGA
* * *
42900 GAAAAATTGATATTTTCAACTTTTCCTCAAAAA-ACCTTTTTTAGAAAATTATT-TTCAAA
1 G-AAAATTGATACTTTCAACTTTTCCTCAAAAATA--TTTTTTAG-AAATT-TTATTTAGA
* **
42959 GAAAATTGATACTTTCAACTTTTCCTCGAAAATATTTTTTAGAAAACTTATTTTCA-A
1 GAAAATTGATACTTTCAACTTTTCCTCAAAAATATTTTTTAGAAATTTTA-TTT-AGA
* * *
43016 GGAAAATTGATACTTTCAACTTTTTCTCAAAAATATTTTTTTTTGGAATTTTATTTAGA
1 -GAAAATTGATACTTTCAACTTTTCCTCAAAAATA--TTTTTTAGAAATTTTATTTAGA
43075 GAAAAT
1 GAAAAT
43081 CATTTTAAAA
Statistics
Matches: 149, Mismatches: 18, Indels: 26
0.77 0.09 0.13
Matches are distributed among these distances:
55 2 0.01
56 4 0.03
57 35 0.23
58 74 0.50
59 18 0.12
60 16 0.11
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.08, T:0.43
Consensus pattern (56 bp):
GAAAATTGATACTTTCAACTTTTCCTCAAAAATATTTTTTAGAAATTTTATTTAGA
Found at i:43145 original size:3 final size:3
Alignment explanation
Indices: 43132--43171 Score: 55
Period size: 3 Copynumber: 13.0 Consensus size: 3
43122 AATTCTAATC
43132 TAA TAAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAAA TAA T-A TAA TAA
1 TAA T-AA TAA TAA TAA TAA TAA TAA T-AA TAA TAA TAA TAA
43172 ATAAGAAAAA
Statistics
Matches: 34, Mismatches: 0, Indels: 6
0.85 0.00 0.15
Matches are distributed among these distances:
2 2 0.06
3 26 0.76
4 6 0.18
ACGTcount: A:0.68, C:0.00, G:0.00, T:0.33
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TAA
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* *
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* *
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AAT
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* *
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* *
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** * *
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**
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* * *
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* * * * * **
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1 TTTTTTTTTC
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*
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1 AAATG
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*
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1 AA
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*
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*
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*
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1 ATAATAAT
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* * * * ** * *
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* * *
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* * * * *
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127 ATAAG-CTTGTATGAAC-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATA
* * * * ***
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1 ATTTGAAAT-AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCGGTAAACAAATTTA-
* ** * *
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64 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAT
* * * * * * * *
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129 AAGCTTGTATGAACAAAA-ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATA
* * * * * * * * ** *
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1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCGGTAAACAAATTTATT
* * * * *
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* * * * *
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131 GCTT--GTATGAAC-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATA
* * * * * * * *
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1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCGGTAAACAAATTTATT
* * * * ** *
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* * * * * *
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* * * * *
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1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA-ACTATTTGAACTGATTCGGTAAACAAATTTAT
* * *
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65 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATA
* * ** * *
59297 GGTTTGTATGATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAA-C
130 AGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATA
* * * * * * ** ***
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1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCGGTAAACAAATTTATT
** * * * *
59413 TTTTAAATCTCCAACTTATCAATTTTT-AGAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGGATA
66 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATA
* * * * *
59477 AGCTTTTAT-AAGC-TAAACAATTGTTTTATGATAAAATAAAAGGTCATAACA
130 AGCTTGTATGAA-CAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATA
* * * * * * *
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1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGATTCGGTAAACAAATTTAT
* * * * * *
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65 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAT
* * ** * * * * * **
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129 AAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATA
* * * * * * *
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1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCGGTAAACAAATTTATT
* * * * * *
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66 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATA
* * * * * * * *
59832 AGCTTCTATGAATAGAAATAATTGTTTTAGGATAAAAC-AAAGATCATAACA
130 AGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATA
* * * * * * * *
59883 ATTTCAGATAAATAATTGTTTAAATAGTTATAACTATTTGAACTGATTCGGTAAAGAGATTTAGT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCGGTAAACAAATTTATT
* *
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66 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA
** * * ** * * ** * *
60008 TTTTGTATGAATAAAAATAATTGTTTTACAATAAAATAAAATATCAAAACA
131 GCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATA
* ** ** * * * * *
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1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGATTCGGTAAACAAATTTAT
* * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCGGTAAACAAATTTATT
* * * *
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66 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG-AATA
* * **
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130 AGCTTGTATGAACAA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATA
* * * * *** **
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1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTGATTCGGTAAACAAATTTAT
* * * *
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65 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTG-AA
* * * * * *
60531 TAAGCCTGCATGAACAAAACCAATTGTTTTACGACAAAACAAAATGCCATAATA
128 TAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATA
* ** * * *
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1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGATTCGGTAAACAAATTTA-
* * * **
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64 TTTTTTAAATCTCTTACT-TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAA
* * ** * * * * *
60713 TAAGTTTATATGAACTGAAACAATTATTTTATTACAAAACAAAAAGTCACAATG
128 TAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATA
* * * * ** *
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1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCGGTAAACAAATTTATT
* * ** * *
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** *
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130 AGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAATA
* * * *
60948 ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAA-TGATTCGAACTTG-TTCGGTAAATAGATTTA
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAAC-TGATTCGGTAAACAAATTTA
* * * ***
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* ** * * * ***
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127 ATAAGCTTGTATGAACA-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATA
** * * * * * * *
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1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCGGTAAACAAATTTATT
* * * * **
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* * ** * * * *
61257 AAGTTTATATGAACTGAAATAATT-TTTTTTTACAAAACAAAAGGTCATAATG
129 AAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATA
* * * * * *
61309 ATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATTACAATTTG-A-TGTAGTTCGATAAACATATTTA
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTG-A-TTCGGTAAACAAATTTA
* * *
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64 TTTTTTAA-ATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATA-TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGA
* * * * *
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127 ATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAGGT-CATAATA
* * * * * *** * *
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1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCGGTAAACAAATTTATT
* * *
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* * * ** * *
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131 GCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG-TCATAATA
* * * * *
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1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCGGTAAACA-AATTTAT
* *
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* ** ** ** * *
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127 ATAAGCTTGTATGAA-CAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATA
* * *
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1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GATTCGGTAAACAAATTTAT
* * * * * *
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65 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATA
* * * * * * **
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130 AGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATA
* * * * * * * * * *
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1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCGGTAAACAAATTTATT
* *
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* * * * *
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130 AGCTTGTATG-AACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATA
* * * * * * * * **
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1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCGGTAAACAAATTTATT
* * * *
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* * * *
62322 AGCTTATATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAACA
130 AGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATA
* *
62374 ATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTTG-TTCGGTAAACAAATTTAT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTGATTCGGTAAACAAATTTA-
* * * *
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64 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAT
*** * * *
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* * * * * ** *
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1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCGGTAAACAAATTTA-T
* * * * * ***
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* * * * * * *
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127 ATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATA
* * * ** * * * * *
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1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCGGTAAACAAATTTATT
* ****
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* ** * * * * ** *
62865 AGCTTCTATGATTAGAAACAACTGTTTTATGGCAAAA-TAAAGGTTTTAATG
130 AGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATA
* * * * * * * *
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* * *
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* * *
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129 AAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATA
* ** * * * * * * *
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1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCGGTAAACAAATTTATT
* * ** * *
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66 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGA-ATA
* *** * * *
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130 AGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATA
* * * * * * * * * *
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1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGATTCGGTAAACAAATTTAT
* * ** * * *
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** * ** * * **
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* ** * * * * *
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1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCGGTAAACAAATTTATT
* * * * ** *
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** * *
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131 GCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATA
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1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCGGTAAACAAATTTATT
* * ** * * * **
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** * * * * * ** * * *
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* * * * * * *
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1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGA-TTCGGTAAACAAATTTAT
* * * ** ** *
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** * * * * * **
63945 AATTTATATTAACAAAAACAGTTGTTTTATGACAAAACAAAAAAGTAATAACG
130 AGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAATA
* * *
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1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGA-TTCGGTAAACA-AATTTA
* * * * **
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64 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAT
*** * *
64113 AAGCTTGTATGAGTTAAAATAATTATTTTATGACAAAA-AAAAGGTCATAATA
129 AAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATA
* * * * * * * ** ** *
64165 ATTTGAAATAAATAATTGTTTATATAGTCTTAACTATTTGAATTGGTTTGACAAACGTATTCATT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCGGTAAACAAATTTATT
* * * *
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* * * * * *
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130 AGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACA-AAACAAAAG-GTCATAATA
* ** * **
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1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGA-TTCGGTAAACAAATTTAT
* * ** *
64407 TTTTTAAA--T-GT-CTTATTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAAA
65 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATA
64468 AGCTTGTATG
130 AGCTTGTATG
64478 TTGAAATAAA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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GCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATA
Found at i:59854 original size:175 final size:175
Alignment explanation
Indices: 59607--60357 Score: 450
Period size: 175 Copynumber: 4.2 Consensus size: 175
59597 TAATTTCTTG
** * * **
59607 CTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAAATAGTATTATTTTATTTTGAGTAAGCATATATGAACTG
1 CTTATTAA-TTTTTGAATACTAATAAATTAGTATTATTTTACTTTGAACAAGCATATATGAACTG
* * * * *
59672 AAATAATTATTTTATGACT-AAACAAAAGGTTAGAACGATTTGAAACAAATAATTGTTCT-AATA
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*
59735 GTCT-TAACTATTTGAACTG-TTCGGCAAACACATCTATTTTTTAAATC-
127 GT-TATAACTATTTGAACTGATTCGGCAAACACATCTAGTTTTTAAATCT
* * * * *
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* * * *
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64 GAAATAATTATTTTAGGATAAAACAAAGATCAGAACAATTTCAAACAAATAATTGTTTAAATAGT
* * * *
59911 TATAACTATTTGAACTGATTCGGTAAAGAGATTTAGTTTTTAAATCT
129 TATAACTATTTGAACTGATTCGGCAAACACATCTAGTTTTTAAATCT
* * *** *
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* * ** * * * * * ** *
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64 -GAAATAATTATTTTAGGATAAAA-CAAAGATCAGAACAATTTCAAACAAATAATTGTTTAAATA
*** * * * * * *
60085 CACATGACTATTTGAACTTG-TTCCGTAAATAGAT-TAATTTTTTAAATCTT
127 GTTATAACTATTTGAAC-TGATTCGGCAAACACATCT-AGTTTTTAAATC-T
* * * * * * * *
60135 CAACTTATTAATTTTTAGAACATTAATAAATTAATATTATTATA-TTCTGAATAAACTTGTATGA
1 ---CTTATTAATTTTT-GAATACTAATAAATTAGTATTATTTTACTT-TGAACAAGCATATATGA
* * * * * * ** * *
60199 A-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGAGCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTTAA
61 ACT-GAAATAATTATTTTAGGATAAAAC-AAAGATCAGAACAATTTCAAACAAATAATTGTTTAA
* * * * * * * * *
60263 ATAGTCATAACAATTTAAACTCACTCGGTAAACAAATTTA-TTTTTAAATGTTTT
124 ATAGTTATAACTATTTGAACTGATTCGGCAAACACATCTAGTTTTTAAA---TCT
* *
60317 ACTTATTAATTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
1 -CTTATTAATTTTTGAATACTAATAAATTAGTATTATTTTA
60358 TTCGAAATAA
Statistics
Matches: 463, Mismatches: 89, Indels: 44
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
173 2 0.00
174 56 0.12
175 126 0.27
176 102 0.22
177 3 0.01
179 24 0.05
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181 91 0.20
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TAACTATTTGAACTGATTCGGCAAACACATCTAGTTTTTAAATCT
Found at i:62326 original size:172 final size:171
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61962 TTTATTTTGT
* * * * * * * * * *
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* * * *** * * * * *
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* *
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* *
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* * * *
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* * *
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* ** * * * *
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1 ATAAGCTTATATGAAAAAAAACAATTGTTATATGACAAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATA
*
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66 GATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTT
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ATAAGCTTATATGAAAAAAAACAATTGTTATATGACAAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATA
GATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTAAACTGATTTTATAAATAGATTTTAAATCACTTATT
AAATTTTGAAAGATTAATAAATTAGCATTACTTTATTCGAA
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* *
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* * * *
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* * * * ** * * *
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1 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTT-AGTAAACAGATTTATTTT
* * * * * * * *
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* * * * * *
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* * ** * *
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1 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-AGTTAGTAAACAGATTTATTTT
* * * *
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* * * ** * * *
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* ** * * * * * * * *
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1 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTAG-TAAACAGATTTATTT
* * * ***
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* * * * *
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129 CTTGTATGAA-TAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGAT
* * * * * * *
65379 TTGAAACAGATAATTGTTCATATAGTCTTAACTGTTAT-AACTACTTCAGCAAACAAATTTATTT
1 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT-TGAACTAGTT-AGTAAACAGATTTATTT
* * * * * ***
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* * * * * * * * * *
65507 TGCTTATATAAACT-AAAAC-ATTATTTTATAACATAACAATAGGTTATAGC-AA
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*
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1 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTAGTAAACAG-ATTTATTTT
* * * * *
65612 TTAAATCTCCTATTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATCCCGAATAGGC
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* * *
65677 TTATATG-ATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAGAAAAGTTCATAACGAT
130 TTGTATGAAT-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGAT
* * * * * * * * *
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1 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTAG-TTAG-TAAACAGATTTATT
* * * * * * *
65791 TTTTAAATATCTAACTCATCAATTTTTGAAATTTTAATAAAATAATATTATTTTA-TCTCAAATA
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* * * * * ***
65855 AGCTT-TTTCAA-ACTGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTTATATTTAGT
127 AGCTTGTATGAATA--AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGA-T
* * * * * *
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1 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTAGTAAACAGATTTATTTT
* * * * * * * *
65974 TTAAAATTTCTT-GTGTATTGATGTTCT-ACATGTTAATAAATTAGTATAATTTTATTTCAAATA
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* ** * * * * * * *
66037 AGCATGTATGAGCGAAAAA-AATTATTTTATGACTAGACAAAAGGTTAGAATGGT
127 AGCTTGTATGA-ATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGAT
* * * * * * *
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1 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-T-TAGTAAACAGATTTATTT
* * * *
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* * ** * *
66215 GCTAGTGA-GAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-TGAAGATCATAATGAT
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* * * * * *
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1 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTAG-TAAACAGATTTAT-TT
***
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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1 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTAG-TTAGTAAACAGATTTA-TT
** *
66509 TTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATA
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** ** * ** *
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127 AGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGAT
* * * **
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1 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTA-GTAAACAGATTTATTTT
* * *** * * ***
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* * * *** *
66756 TTTTATGAACAAAAACAATTGATTTATGACAAAACAAAATAACATAACAAT
130 TTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGAT
* * * ** * *
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1 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TAG-TT-AGTAAACAGATTTATT
* **
66871 TTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTGAAATA
63 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCCAAATA
* * * * * *
66934 AGCTTGCATGAATAGAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGCCATAATGTT
127 AGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGAT
* * * * *
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1 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTA-GTT-AGT-AAACAGATTTATT
* * * * * *
67052 TTTTAATTCTCTTTCTCATTAA-TTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAGATAA
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* ** * * **
67116 GCTTATAT-AAGTTGAAACAATTGTTTTACT-ACAAAACAAAATGTCACAATAAT
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* * * * * * * * *
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1 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTAGTT-AGTAAACAGATTTATTT
* * * *
67233 TTTAAATC-CTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTACTAAATTAATATTATTTTAATT-GAAATA
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* * * *
67296 AGCTTGTATAAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAAT
127 AGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGAT
* * * * ** * * ** *
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1 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTT-AGTAAACAGATTTATTTT
* * * ** *
67415 TTAAATCTTTTATTTATTAATTGTCTT--AATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTAGACATAA
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* ** * * *
67478 GCTTGTATGAACAGAAAA-AATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGCAAT
128 GCTTGTATGAATA-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGAT
* * * * * * * * *
67531 TTCAAATAGATAATTGTTAAAATAGTCACAATTATTTAAACTTA-TTCAATAAATATATTCATTT
1 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TAGTT-AGTAAACAGATTTATTT
* * * *** *
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* * * * * *
67660 CTTATATGAACT-GAAATAATTTTTTTATGACAAAACCAAAGGTCATAACAAT
129 CTTGTATGAA-TAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGAT
* * * * * * * *
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1 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTT-AGTAAACAGATTTA-TTT
** * * * **
67777 TGAAAAT-TTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCTGAATAAG
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* * * * * ** * **
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* * * * * *
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1 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG--TTAGTAAACAGATTTATTT
* * ** * *
67954 TTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTTTTTTATTCTGAACAAA
64 TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAG
* * * ** * * * *
68015 CTTATATAAACAAAAGTATTTATTTTATGAC-AAATAAAAGGTCATAATGAT
129 CTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGAT
* * * *
68066 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTTAACTCA-TTAGGTAAACAAAATTA-TT
1 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-AGTTA-GTAAACAGATTTATTT
* * * * * *
68129 TTTAAATCTTTTACATATTAAATTTTGAAATATTAATAAATTCATTTTTATTTTATTCCGAATAA
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* * *
68194 GCTAGTATGAATTGAAAA-AATTGTTTTAGGACAAAACAAAA----AT-A--AT
128 GCTTGTATGAA-TAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGAT
* * * ** *
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* * * ** * ** *
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64 TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAG
* * * * * *
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129 CTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGAT
* * * * *
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Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Found at i:65441 original size:362 final size:360
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* * * * *
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* * *
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* *
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* * * * *
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* * * * * * * *
64871 TTGAACCGGTTCAATAAAGAAATTTATTTTTTAATTCTCTT
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* * * * * * * *
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* * ** * * * **
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66 -AAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAA-GGAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTC-AATA
* *
65041 GT-TAAAACTATTTGAACTAAGTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
128 GTCT-TAACTATTTGAACT-AGTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * * *
65105 TTGAAAGATTAGTAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAA-GA-T-TGAACTTTCAAATAAAA-T
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* ** * * *
65166 TGTTATATGATGAAGCAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATGGAC-ATGGCCATAAT
254 TATTATATGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTAT--ACTATAGCCATAAA
* * *
65230 TATTTGAATAGATTCGACAAACAGATTCACTTTTTAAATCGCTT
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* ** * * *
65274 ACTTATTAAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTTTTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTACGAACT
1 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTTTTATTTTATTCCGAATAAACTTATATGAACT
* * * *
65339 GAAACAATTGTTCTATGACAAAACAAAAGGACATAACAATTTGAAACAGATAATTGTTCATATAG
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* * * * *
65404 TCTTAACTGTTAT-AACTACTTCAGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTAGTTATTAATTTT
129 TCTTAACTATT-TGAACTAGTT-AGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * * *** * ** *
65468 T-AGAATATCATTAAATTGGTATTATTTTTATTTTGAAT-ATGCTTAT--A-T-AAACTAAAACA
192 TGA-AATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTCCAAATAACGAGTATGAATTCAAA-AAAAAC-
* * * * * * *
65527 TTATTTTATAACATAACAATAGGTTAT-A-GCAATTGAAATAGATAA-T-T-GT-T---C--AAA
253 TTATTATATGACAAAACAAAAGGTAATAATG-ATTTGAAATAGATAATTATACTATAGCCATAAA
* * ** * * * * *
65581 TA---GAAACCGATTTAGTAAACGAATTTATTTTTTAAATCTCCT
317 TATTTG-AACAGATTCAACAAACAAATTCACTTTTTAAATCGCTT
* * * ** ***
65623 ATTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATCCCGAATAGGCTTATATGATGA
1 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTTTTATTTTATTCCGAATAAACTTATATGAACT
* * ** * * *
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66 AAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAG-GAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAATA-G
* * * * ** * * * * * *
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129 TCT-TAACTATTTGAACTAG-TTAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * * * *
65816 TTGAAATTTTAATAAAATAATATTATTTTA-TCTCAAATAA-G-CT-T--TTTCAAACTGAAACA
191 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC-CAAATAACGAGTATGAATTCAAA---AAA-A
* * * * * * * * * * *
65875 A-TTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTTATATTTAGTTT-AAATAGGTAATTGTTTA-AATCGTCA
251 ACTTATTATATGACAAAACAAAAGGTAATAATGA-TTTGAAATAGATAA-T-TATACTATAGCCA
* * * **** * * * **
65937 TAACTATTTAAACTTG-TTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAAATTTCTT
313 TAAATATTTGAAC-AGATTCAACAAACAAATTCACTTTTT-AAATCGCTT
* * * * * * * * * * * * *
65986 -GTGTATTGATGTTCT-ACATGTTAATAAATTAGTATAATTTTATTTCAAATAAGCATGTATGAG
1 ACT-TATTAAT-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTTTTATTTTATTCCGAATAAACTTATATGAA
* * * * * * *** *
66049 CGAAAAAAATTATTTTATGACTAGACAAAAGGTTAGAATGGTTTGAAACAGATAATTGTTCTAAT
64 CTAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGG-AATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTC-AAT
* * * *
66114 AGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCTA-TAAGCATATTTACTTTTTAAA--TCTT--TTATTAATT
127 AGTCTTAACTATTTGAACTAG-T-TAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
* * * * * * *
66174 TTT-AGAATATTATTAATTTAGTAATATTTTACTCCAAATAAGCTAGTGA-GAA-T-AGAAACAA
190 TTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAA-CGAGT-ATGAATTCAAAAAAAA
* * ** * * * * * *
66235 -TTGTTTTATGACAAAA-TGAAGATCATAATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATA-CTCATA
252 CTTATTATATGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATAC-TATAGC-CATA
* ** * * * * * *
66297 ACTATTTGAATTGGTTCGATAAATAGATTTTA-TTTTTAAAT--C-T
315 AATATTTGAACAGATTCAACAAACA-AATTCACTTTTTAAATCGCTT
* ** *** *
66340 -CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAGTTTTTTTATGAA-
1 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTTTTATTTTATTCCGAATA-AACTTATATGAAC
* * * * * *
66403 TAGAAACAATTGTTTGATGATAAAAC-AAAGTGTCATAACTATTTGAAATAGATAATAGTTCAAA
65 TA-AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAG-G-AATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTC-AA
* * * * * * * **
66467 TGGAT-ATGACCATTTGAACTTGTTTTGTGAACAAATTTATTTTTTTAAATCTCCAACTTATTAA
126 TAG-TCTTAACTATTTGAACTAG-TTAGTAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA
* *** ** *
66531 TTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAATTTGTATGAA-T-GGAAACA
188 TTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAAT-AACGAGTATGAATTCAAAAAAA
** * ** * * * *
66593 ACTGT-TT-TATGACAAAACAAAATATCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCAT
251 ACT-TATTATATGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATAC-TATAGCCAT
* * ** * * * **
66656 AATTATTTGAAC---TCCTAGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTT
314 AAATATTTGAACAGATTC-A-ACAAACAAATTCACTTTTTAAATCGCTT
* *** * * * ** * * *
66702 ACATATTAATTTTTGGTCTTTTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTTTATGAACA
1 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTTTTATTTTATTCCGAATAAACTTATATGAACT
** * * *
66767 AAAACAATTGA-TTTATGACAAAACAAAATAACATAACAATTCGAAGTAGATAATTATTCAAATA
66 AAAACAATT-ATTTTATGACAAAACAAAAGGA-ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTC-AATA
* ** * * *
66831 GTCATAACTATTTGAACGT-GTTTAAAAAAACATACTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATT
128 GTCTTAACTATTTGAAC-TAG-TT-AGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
** ** * * **
66894 TTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGCATGAA-T-AGAACCAA-
190 TTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCCAAATAA-CGAGTATGAATTCAAAAAAAAC
* * ** * * * * * *
66955 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGCCATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
253 TTATTATATGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATAC-TATAGCCATAAA
* * * * * * *
67020 TAATTAAACATG-TTCGGTA-AAACATATTCATTTTTTAATTCTCTT
317 TATTTGAACA-GATTC--AACAAACAAATTCACTTTTTAAATCGCTT
* * * * * *
67065 TCTCATTAA-TTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AGATAAGCTTATAT-AAG
1 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTTTTATTTTATTCCGA-ATAAACTTATATGAA-
* * * ** * * * * * *
67127 TTGAAACAATTGTTTTACT-ACAAAACAAAATGTCACAATAATTTAAAATAAACAATTATTCAAA
64 CTAAAACAATTATTTTA-TGACAAAACAAAA-GGAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTC-AA
** * * * *
67191 TAGTAATGACTATTTGAATTTA-TTCAGAAAACATATTTATTTTTTAAATC-CTTTACTTATTAA
126 TAGTCTTAACTATTTGAA-CTAGTT-AGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC-TTACTTATTAA
* * * * ** * * *
67254 TTGTTGAAATATTACTAAATTAATATTATTTTAATT-GAAATAAGCTTGTAT-AAAT-AGAAACA
188 TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCCAAATAA-CGAGTATGAATTCAAAAAAA
* * * * ** * * * * **
67316 A-TTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAAAAGTTATA
251 ACTTATTATATGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATAC-TATAGCCATA
* * ** * * * * * **
67380 AAGATTTGAACTTG-TTCGGCGAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTT
315 AATATTTGAAC-AGATTCAACAAACAAATTCACTTTTTAAATCGCTT
* * * * * *
67426 ATTTATTAATTGTCTT--AATATTAATAAATTTGTATTATTTTATT-AGACATAAGCTTGTATGA
1 ACTTATTAATT-T-TTGAAATATTAATAAATTAGTTTTATTTTATTCCGA-ATAAACTTATATGA
* * * * * *
67488 AC-AGAAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGCAATTTCAAATAGATAATTGTTAAA
63 ACTA-AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGG-AATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT-CA
** * * * * * * *
67552 ATAGTCACAATTATTTAAACTTA-TTCAATAAATATATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAA
125 ATAGTCTTAACTATTTGAAC-TAGTT-AGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA
* * ** * * * ** *
67616 TTTTTGAAATATCAATAACTTAGTATTATTTTATTTTGAATTAGCTTA-TATGAA--CTGAAATA
188 TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCCAAATAAC-GAGTATGAATTCAAAAAAA
* * * * ** * * * * * *
67678 A-TTTTTTTATGACAAAACCAAAGGTCATAACAATTTCAAATAGATATTTATTCAAATAGTCATG
251 ACTTATTATATGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATAC-TATAGCCATA
* * * * * * * * **
67742 ACTAGTTGATCTAG-TTAAATAAACATATTTACTTTTGAAAAT-TTTT
315 AATATTTGAAC-AGATTCAACAAACAAATTCACTTTT-TAAATCGCTT
* * * * ** * *
67788 ACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCTGAATAAGTTTCTAT-AAAT
1 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTTTTATTTTATTCCGAATAAACTTATATGAACT
* * * ** * * *
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* * * * * *
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128 GTCTTAACTATTTGAACTAG--TTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * * * * ** *
67974 TTGAAATATTAATAGATTAGTATTTTTTTATTCTGAACA-AACTTA-TAT-AA-AC-AAAAGTAT
191 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC-CAA-ATAAC-GAGTATGAATTCAAAAAAAAC
* * * * * * * *
68034 TTATTTTATGAC-AAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAT
253 TTATTATATGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATAC-TATAGCCATAAA
* ** ** **
68098 TATTTTAACTCATT-AGGTAAACAAAATT-A-TTTTTAAATCTTTT
317 TATTTGAACAGATTCA-ACAAAC-AAATTCACTTTTTAAATCGCTT
* * * *
68141 ACATATTAAATTTTGAAATATTAATAAATTCATTTTTATTTTATTCCGAATAAGC-TAGTATGAA
1 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTTTTATTTTATTCCGAATAAACTTA-TATGAA
* * * *
68205 TTGAAAA-AATTGTTTTAGGACAAAAC-AAA--AAT---AATTTGAAATAGATAATTGTTAATAT
64 CT-AAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCA-AT
* * ** * * *
68263 AGTCTTAATTATTAGAACTAGTTCAACAAACAAATTTATTTTTTTAATCTCCTAGTTATTAATTT
127 AGTCTTAACTATTTGAACTAGTT-AGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
** * ** * ** *
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* * * * * * * * * *
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** * **
68454 ATTT--A-A-ATT---------GGTTCA----GTAAATATCTT
318 ATTTGAACAGATTCAACAAACAAATTCACTTTTTAAATCGCTT
* * * * * * *
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1 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTTTTATTTTATTCCGAATAAACTTATATGAACT
* * * * ** ** * * *
68543 AAAACAATTGTTATATAACCAAACAAAAGGTAATAATGATTCAAAATACATAATTATTGAAATAG
66 AAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGG-AATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT-CAATAG
* * * * * * * * * * *
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129 TCTTAACTATTTGAACTAG-T-TAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * * *** ** ** *
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192 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAA-CGAGTATGAATTCAAAAAAAACTTA
* * * * * ** * * * * *
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256 TTATATGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATAC-TATAGCCATAAATAT
** * * * *
68794 TTGAATTTGTTTGGTAA-AAA-AAATT-ATTTTTTTAAA-CTCTT
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* * ** ** * * *
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1 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTTTTATTTTATTCCGAATAAACTTATATGAACT
* * * * * ** * *
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66 AAAACAATTATTTTATGA-CAAAACAAAAGG-AATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTC-AATA
* * * * * *
68964 GTCATAACTATTTAAACTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTCAAACCT-TTAGCTTATTAATT
128 GTCTTAACTATTTGAACTAGTT-AGTAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTCTTA-CTTATTAA-T
* * * * ** ** * * *
69028 TTTTG-AATGTTAATAAGTTTGGATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTAAG-ATAT-GAAACAAA
189 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAA-CGAGTATGAAT-TCAAAAAAAA
* * * * **
69090 --TATTTTATGACTAAACAAAAGGTAAAAAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGCTTTA
252 CTTATTATATGACAAAACAAAAGGT-AATAATGATTTGAAATAGATAATTATACT-ATAGCCATA
* * * * *** * * *
69153 ACTATTTGAACTGGTTCAGCAAATGCATTTA-TATTATAAATCTCTT
315 AATATTTGAACAGATTCAACAAACAAATTCACT-TTTTAAATCGCTT
* * * * * * *
69199 ACTTAATAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGCATTATATTTAATT--GAATAACCTTCTATGAT
1 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG--TTTTATTTTATTCCGAATAAACTTATATGAA
*
69262 C-AAAATCAATTATTTTATTACAAAACAAA
64 CTAAAA-CAATTATTTTATGACAAAACAAA
69291 GATCTTAACG
Statistics
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ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (360 bp):
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TGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATACTATAGCCATAAATATTTGAAC
AGATTCAACAAACAAATTCACTTTTTAAATCGCTT
Found at i:69108 original size:182 final size:178
Alignment explanation
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Period size: 182 Copynumber: 4.5 Consensus size: 178
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* * *** ** * **
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* * * ** * * *
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* * * * * *
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* * *
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* * * * * *
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* * ** * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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1 TTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGGATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGA-ACTG
* * * *
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65 AAACAATTATTTTAT-ACTAAACAAAAGGT-AATAATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAG
* * * * * * *
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* * * * * * *
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1 TTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAGGATTAT-TTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACT
* *
69263 AAAATCAATTATTTTATTACAAAACAAA
64 GAAA-CAATTATTTTA-TACTAAACAAA
69291 GATCTTAACG
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (178 bp):
TTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGGATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGA
AACAATTATTTTATACTAAACAAAAGGTAATAATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA
TAACTATTTAAACTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAACTTTGC
Found at i:69656 original size:178 final size:180
Alignment explanation
Indices: 69325--69729 Score: 441
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69315 ATTTTCTTGG
* * * * * * *
69325 TTATTAAGTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAAATAGTATGAACATA
1 TTATTAATTTTCTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTGTTCCGAACAAAATAGTATGAACAAA
* *
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*
69455 AAAACTATTTTAAATGGTTTGGTAA-ACAAATTCACTTTT-TAAATCTCGTA-
131 AAAACTATTTGAAATGGTTTGGTAATA-AAATT-A-TTTTCTAAATCTCGTAC
* * *
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* * * * *
69569 AAAACAATTGTTTTATGAC-AAA-AAAA-G-TATTAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
64 AAAACAACTGTTTGATGACAAAACAAAAGGTTA-TAACGATTTGAAATAGATAATTATCCAAATA
* * * * * *
69630 GTTATAATTATTTGAATTGGTTTGGTAATAGAATTATTTTCTAAATCTCTTAC
128 GTCAAAACTATTTGAAATGGTTTGGTAATAAAATTATTTTCTAAATCTCGTAC
* * *
69683 TTATAAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTTTTATTCTGTTCCGAA
1 TTATTAATTTTCT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTGTTCCGAA
69730 TTTGCTTGTA
Statistics
Matches: 190, Mismatches: 28, Indels: 17
0.81 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
176 5 0.03
177 52 0.27
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ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
TTATTAATTTTCTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTGTTCCGAACAAAATAGTATGAACAAA
AACAACTGTTTGATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTATCCAAATAGTC
AAAACTATTTGAAATGGTTTGGTAATAAAATTATTTTCTAAATCTCGTAC
Found at i:70678 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 69838--72235 Score: 963
Period size: 181 Copynumber: 13.2 Consensus size: 180
69828 TAAATAAATG
* * ** * * * *
69838 TTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTCGAATAAGTTTGTATGAACTGAAACAATTATTATATGAT
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTAATTT-AAATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTTATAAA
* * * * * * * ** * * *
69902 TAAACAATGGTTAAAATGATTTGAAATAGATAATTA-TTGTAATAGTCTTAATTATTCGAATTGG
65 AAAAAAAAGATCATAACGATTTGAAATAGATAA-TAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGG
** * * * *
69966 TTTGGCAAACATATTTATTTTTTAAATC---T-GTTATTAATTTTTAGAATA
129 TTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATA
* ** ** ** * * *
70014 TTATTAAATTTTTATTATTTT-ATCCAAATAAGC----ATGATCAGAAAAAATTATTTTA-AGAG
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTAATTTAAATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTTATA-AA
* * * * *
70073 AAAACAAAGATCATAATGATTTGAGAAT-GATATTTA-TTTAAATAGTCATAACTATTTAAATTG
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* ** * * * * *
70136 ATTCAAAAAATAGTTTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATA
128 GTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATA
* * * ** * * *** * ****
70189 TTAGTAAAGTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGTTTCTATGAGCTGAAACAATTATTTTATGTGG
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTAATTTAAATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTTATAAAA
* * * * * *
70254 AAGAAAAGGTCATAATGACTTT-AAATAGTTAGATTGATTGTTTAAATAGTCA-AATCTATTTAA
66 AAAAAAAGATCATAACGA-TTTGAAATAGATA-A-T-A--GTTCAAATAGTCATAA-CTATTTGA
* * * * *
70317 ACTT-GTTC-GATAAACAGATTTATCTTTTAAGATCTCTTGCTTATTAATTTTTTGAATG
124 A-TTGGTTCAG-TAAACAGATTTATTTTTTAA-ATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATA
* * * ** * *
70375 TTAATAAATTAGTATTATTTT-GTTCTGAATAAACTTGTATGAATTGAAATAATTGCTTTATGAT
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTAATT-TAAATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTTAT-A-
* * * * * * * ** *
70439 TAAACAAAATG-TCAGAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTGTTATCTATTTGAATTG
63 AAAAAAAAAAGATCATAACGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTG
* *
70503 GTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAAGTTTTT-TAATA
128 GTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTTGGAATA
* * * * *
70556 TTATTAAACTAGTATTATTTTAATTTGAATAAGGTTGTATTAAAAGAAACAATTGTTTTATAAAA
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTAATTTAAATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTTATAAAA
* *
70621 AAAATAAAGATCATAACGATTTGAGATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGTT
66 AAAA-AAAGATCATAACGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGT
** * * ***
70686 TCAAAAAATAGATTT-TGTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTCAAAATA
130 TCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATA
* * * ** * *
70732 TTAATAGATAAATATTATTTT-ATTCTAAATAATTTTGCAT-AAATAAAAACAATTGTTTTATAA
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTAATT-TAAATAAGCTTGTATGAAA-AGAAACAATTGTTTTATAA
* * * * * * *
70795 CAAAACAAAAGGTCATAACAACTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGACATGACTATTTGAACTT
64 -AAAAAAAAAGATCATAACGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TT
* * * ** * * *
70860 GTTTGA-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTGCCTATTAATTTTTAGAATA
127 GGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATA
* * * * * * *
70913 TTAATAAATTAGTATTCTTTT-ATTCCAAATAAACTTGTATCAATAGAAATAATTGTTTTATGAC
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTAATT-TAAATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTTAT-AA
* * * * * ***
70977 AAAATAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATACTTGTTCATCCAGTCATAACTATTTGAACTTG
64 AAAAAAAAAGATCATAACGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTG
* *
71042 CTT-AGTAAATAGATTTATTTTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATA
128 GTTCAGTAAACAGATTTA-TTTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATA
* * * * * * *
71096 TGAATAAACTAGCATTATTTT-ATTTCAAATACA-CATGTTTGAACAGAAACAATTGGTTTATGA
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTAATTT-AAATA-AGCTTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTTAT-A
* * ** * * * * *
71159 CAAAACAAAATG-TCATAATTATTTGAAATAAATAATTA-TTTAACTAATAATAACTATTTGAAT
63 -AAAAAAAAAAGATCATAACGATTTGAAATAGATAA-TAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAT
* * * * * * * * ** * **
71222 GTGTTTTA-TGACAAAATATCTTAACTATTT-GAGCTAGTTTGGCAAACACATTTATTTTTTAAA
126 -TGGTTCAGT-A-AACAGAT-TT-ATTTTTTAAATCT--TTT-----ACTTATTAATTTTTGGAA
71285 TCTCTTA
179 -----TA
* * * * * * * * * * ** * * * ***
71292 CTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGCATTA-TTTTTATCTAAATAAGC--TAGTACGA-
1 -TTAATAA-ATTAGTATTATT-TTAATTTA-AATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTTAT
* * ** **** *
71353 AAAGAAACAATTTTTTATGA-CAAAATAAAAAGCATAATGATTTAAGATAGATAATTATTCAAAT
62 AAA-AAA-AA-----AAAGATC---ATAACGATTTGAA--A--T-AGATA-AT-A--GTTCAAAT
* ** * * *
71417 AGTCATAACTATTTGAACTATTTTAGTAAATAGATTTAGTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTT
108 AGTCATAACTATTTGAATTGGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTT
***
71478 TCAAAATA
173 TTGGAATA
* * * * ** * * * * *
71486 TTAGTAGATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGCAAGAACAGAAACAATTATTTTATGACA
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTAATTTAAATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTTAT-AAA
* * ** * * * *
71551 AAACAAAAGATCATAATGATTTGAAGCAGATAATTA-TTCAAATGGACATGATTATTTGAACTT-
65 AAAAAAAAGATCATAACGATTTGAAATAGATAA-TAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTG
* * ** * *
71614 GTTCAATAAGCA-ATTTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTTAGAATA
128 GTTCAGTAAACAGA-TTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATA
* * * * * * * *
71667 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATGTGAATAG-AACAATTGCTTTT-TGAC
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTAATTTAAATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTG-TTTTATAAA
* * * * * * *
71730 AAACAAAAGATCTTAACTATTTGAAATA-ATGATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACT--T
65 AAAAAAAAGATCATAACGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGT
* * *
71792 ACGGTAAA-AAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATA
130 TCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATA
* * *
71842 TTAATAAAATAGTATTATTTT-ATTTCAAATACGCTTGTATGAACAA-AAACAATTGGTTTATGA
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTAATTT-AAATAAGCTTGTATGAA-AAGAAACAATTGTTTTAT-A
* * * * * *
71905 TAAAACAAAAGGTCATGACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TG
63 AAAAAAAAAAGATCATAACGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTG
* *
71969 TGTTCA-AAAATAGA-TTATTTTTTTAAA--TTTTACTTATTAATTTTTGGAATA
128 -GTTCAGTAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATA
* * *
72020 TTAATAAATTA-TATTTATTTTTTATTCAATATAAGCTTGTATGAACAA-AAACAATTATTTTAT
1 TTAATAAATTAGTA-TTA-TTTTAATTTAA-ATAAGCTTGTATGAA-AAGAAACAATTGTTTTAT
* * * * *
72083 GACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAA-ATTTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
62 -AAAAAAAAAAAGATCATAACGATTTGAAATAGATAATA-GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * * * *
72147 CTT-GTTCAGTAAATAAATTCATTTTTTAAATCTCTTT-CTCATTAA-TTTTAGAGTA
125 -TTGGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCT-TTTACTTATTAATTTTTGGAATA
*
72202 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGC
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTAATTTAAATAAGC
72236 CTGATTTCTG
Statistics
Matches: 1681, Mismatches: 401, Indels: 276
0.71 0.17 0.12
Matches are distributed among these distances:
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172 3 0.00
174 4 0.00
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177 94 0.06
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Consensus pattern (180 bp):
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AAAAAAAGATCATAACGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTT
CAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATA
Found at i:70854 original size:357 final size:354
Alignment explanation
Indices: 69838--72233 Score: 1127
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69828 TAAATAAATG
* * ** * * * *
69838 TTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTCGAATAAGTTTGTATGAACTGAAACAATTATTATATGAT
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTAATTT-AAATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTTATAAA
* * * * * * * ** * * *
69902 TAAACAATGGTTAAAATGATTTGAAATAGATAATTA-TTGTAATAGTCTTAATTATTCGAA-TTG
65 AAAATAAAGATCATAACGATTTGAAATAGATAA-TAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-
* * * * * * * ***
69965 GTTTGGCAAACATATTTATTTTTTAAATCTGTTATTAATTTTTAGAATATTATTAAATTTTTATT
128 G-TTAGTAAATAGA-TTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTCAGAATATTAATAAATAAGTATT
** * * ** * * *
70030 ATTTTATCCAAATAA----GCATGATCAGAAAA-AATTATTTTAAGAGAAAAC-AAAGATCATAA
191 ATTTTATTTAAATAATCTTGCATAAACA-AAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
** * * * * * * *
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* *
70152 TAGTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GAAATA
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* * * ** * * *** * ***
70189 TTAGTAAAGTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGTTTCTATGAGCTGAAACAATTATTTTATGTGG
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTAATTTAAATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTTAT-AAA
* * * * * *
70254 AAGA-AAAGGTCATAATGACTTT-AAATAGTTAGATTGATTGTTTAAATAGTCA-AATCTATTTA
65 AAAATAAAGATCATAACGA-TTTGAAATAGATA-A-T-A--GTTCAAATAGTCATAA-CTATTTG
* * * ** *
70316 AACTTGTTCGATAAACAGATTTATCTTTTAAGATCTCTTGCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATA
123 AACTTGTTAG-TAAATAGA-TTATTTTTTAA-A--TC-T-CTTATTAATTTTCAGAATATTAATA
* * * * * * *** * * **
70381 AATTAGTATTATTTTGTTCTGAATAAACTTGTATGAATTGAAATAATTGCTTTATGATTAAACAA
181 AATAAGTATTATTTTATT-TAAATAATCTTGCATAAACAAAAACAATTGGTTTATGACAAAACAA
* * * *** *
70446 AATGTCAGAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTGTTATCTATTTGAATTGGTTCAGTA
245 AAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGACATAACTATTTGAATTGGTTCA-TA
*
70511 AACATA-TTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAAGTTTTT-TAATA
309 AACATATTTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTTAGAATA
* * * * *
70556 TTATTAAACTAGTATTATTTTAATTTGAATAAGGTTGTATTAAAAGAAACAATTGTTTTATAAAA
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTAATTTAAATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTTAT-AAA
*
70621 AAAATAAAGATCATAACGATTTGAGATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGT
65 AAAATAAAGATCATAACGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-
** * * *
70685 TTCAAAAAATAGATT-TTGTTTTAAATCTCTTATTAATTTTCAAAATATTAATAGATAAATATTA
129 TT-AGTAAATAGATTATT-TTTTAAATCTCTTATTAATTTTCAGAATATTAATAAATAAGTATTA
* * * *
70749 TTTTATTCTAAATAATTTTGCATAAATAAAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAAC
192 TTTTATT-TAAATAATCTTGCATAAACAAAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
* * * * *
70814 AACTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGACATGACTATTTGAACTTGTTTGATAAACA-AATTTA
256 AATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGACATAACTATTTGAA-TTGGTTCATAAACATATTTTA
** * *
70878 TTTTTTAAATCTCCTGCCTATTAATTTTTAGAATA
320 TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATA
* * * * * * * *
70913 TTAATAAATTAGTATTCTTTT-ATTCCAAATAAACTTGTATCAATAGAAATAATTGTTTTATGAC
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTAATT-TAAATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTTATAAA
* * * * ***
70977 AAAATAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATACTTGTTCATCCAGTCATAACTATTTGAACTTG
65 AAAAT-AAAGATCATAACGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
** *
71042 CTTAGTAAATAGATTTATTTTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATGAATAAACT-
129 -TTAGTAAATAGA-TTA-TTTTTT-AAATC---T-CTTATTAATTTTCAGAATATTAATAAA-TA
* * ** * * *
71106 AGCATTATTTTATTTCAAATACA-CATGTTTGAACAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAT
185 AGTATTATTTTATTT-AAATA-ATCTTGCATAAACAAAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAG
** * * * * * * *
71170 GTCATAATTATTTGAAATAAATAATTATTTAACTA-ATAATAACTATTTGAATGTGTTTTATGAC
248 GTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGA-CATAACTATTTGAAT-TGGTTCAT-A-
* * * * * * **
71234 AAAATATCTTAACTATTTGAGCTAGTTTGGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTA-CTTA
309 AACATAT-TT---TA-TT----T--TTT---AAA-TCTTTTACTTATT-AAT-TTTTAGAATA
* * * * * * * * * * * **
71296 TTAAT--TTTTGAAATATTATTAAATTAGCATTA-TTTTTATCTAAATAAGCTAGTACGAAAAGA
1 TTAATAAATTAGTATTATT-TTAATTTA-AATAAGCTTGTA--TGAA-AAG--A-AAC-AATTG-
* * * * * *
71358 AACAATTTTTTATGACAAA-ATAA-A-AAGCATAATGATTT-AAGATAGATAATTA-TTCAAATA
56 -----TTTTATA-AAAAAATA-AAGATCA-TA-AC-GATTTGAA-ATAGATAA-TAGTTCAAATA
* * *
71418 GTCATAACTATTTGAACTATTTTAGTAAATAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTCAAA
109 GTCATAACTATTTGAACT-TGTTAGTAAATAGA-TTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTCAGA
* * * * * * **
71483 ATATTAGTAGATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGCA-AGAACAGAAACAATTATTTTAT
172 ATATTAATAAATAAGTATTATTTTA-TTTAAATAATCTTGCATA-AACAAAAACAATTGGTTTAT
* ** ** * * * *
71547 GACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAGCAGATAATTATTCAAATGGACATGATTATTTGAAC
235 GACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGACATAACTATTTGAA-
* ** *
71612 TT-GTTCAATAAGCA-ATTTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTTAGAATA
299 TTGGTTC-ATAAACATATTTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATA
* * * * * * *
71667 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATGTGAATAG-AACAATTGCTTTT-TGAC
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTAATTTAAATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTG-TTTTAT-AA
* * * * * *
71730 AAACA-AAAGATCTTAACTATTTGAAATA-ATGATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTT-
64 AAAAATAAAGATCATAACGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
*** * **
71792 ACGGTAAA-AAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAA-ATAGT
129 TTAGTAAATAGA-TTATTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTCAGAATATTAATAAATA-AGT
** * * *
71855 ATTATTTTATTTCAAATACGCTTGTATGAACAAAAACAATTGGTTTATGATAAAACAAAAGGTCA
188 ATTATTTTATTT-AAATAATCTTGCATAAACAAAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
* * * *
71920 TGACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TGTGTTCA-AAA-ATAG
252 TAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGACATAACTATTTGAATTG-GTTCATAAACATAT
* *
71982 ATTATTTTTTTAAA--TTTTACTTATTAATTTTTGGAATA
316 TTTA-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATA
* * *
72020 TTAATAAATTA-TATTTATTTTTTATTCAATATAAGCTTGTATGAACAA-AAACAATTATTTTAT
1 TTAATAAATTAGTA-TTA-TTTTAATTTAA-ATAAGCTTGTATGAA-AAGAAACAATTGTTTTAT
* * * *
72083 GACAAAACA-AAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAA-ATTTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
62 -A-AAAAAATAAAGATCATAACGATTTGAAATAGATAATA-GTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* *
72146 ACTTGTTCAGTAAATAAATTCATTTTTTAAATCTCTTTCTCATTAATTTT-AGAGTATTAATAAA
124 ACTTGTT-AGTAAATAGATT-ATTTTTTAAATCTC--T-T-ATTAATTTTCAGAATATTAATAAA
*
72210 TTAGTATTATTTTATTTTAAATAA
183 TAAGTATTATTTTA-TTTAAATAA
72234 GCCTGATTTC
Statistics
Matches: 1545, Mismatches: 358, Indels: 275
0.71 0.16 0.13
Matches are distributed among these distances:
351 69 0.04
352 29 0.02
353 41 0.03
354 16 0.01
355 63 0.04
356 181 0.12
357 284 0.18
358 51 0.03
359 14 0.01
360 45 0.03
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362 16 0.01
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368 26 0.02
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370 7 0.00
371 15 0.01
372 16 0.01
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378 4 0.00
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385 2 0.00
386 2 0.00
387 3 0.00
388 3 0.00
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393 1 0.00
394 8 0.01
395 15 0.01
396 52 0.03
397 2 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (354 bp):
TTAATAAATTAGTATTATTTTAATTTAAATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTTATAAAA
AAATAAAGATCATAACGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT
AGTAAATAGATTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTCAGAATATTAATAAATAAGTATTATTTT
ATTTAAATAATCTTGCATAAACAAAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTT
GAAATAGATAATTGTTCAAATAGACATAACTATTTGAATTGGTTCATAAACATATTTTATTTTTT
AAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATA
Found at i:70902 original size:538 final size:540
Alignment explanation
Indices: 69834--71126 Score: 1278
Period size: 538 Copynumber: 2.4 Consensus size: 540
69824 GAAATAAATA
** * *
69834 AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCGAATAAGTTTGTATGAACTGAAACAATT-ATTAT
1 AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAATAAACTTGTATGAATTGAAATAATTGATT-T
* ** * * *
69897 ATGATTAAAC--AATGGTTAAAATGATTTGAAATAGATAATTATTGTAATAGTCTTAAT-TATTC
64 ATGATTAAACAAAAT-GTCAAAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTT-ATCTATTT
* * *
69959 GAATTGGTTTGGCAAACATATTTATTTTTTAAATC---T-GTTATTAATTTTTAGAATATTATTA
127 GAATTGG-TTAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTATTA
* ** * * *
70020 AATTTTTATTATTTT-ATCCAAATAAGCATGATCAGAAAAAATTATTTTAAGAGAAAACAAAGAT
191 AACTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCATGATAAGAAAAAATTATTTTAAAAAAAAACAAAGAT
* * *
70084 CATAATGATTTGAGAATGATATTTATTTAAATAGTCATAACTATTTAAATTGATTCAAAAAATAG
256 CATAACGATTTGAGAATGATATATATTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTGATTCAAAAAATAG
** * * *
70149 TTTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAGTAAAGTAGTATTATTTTATTT
321 TTTTAGTTTTTAAA-CTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTC
** ** * **** * **
70214 TGGATAAGTTTCTATGAGCTGAAACAATTATTTTATGTGGAAGAAAAGGTCATAATGACTTTAAA
385 TAAATAAGTTTCTATGAAATAAAACAATTATTTTATACAAAACAAAAGGTCATAACAACTTTAAA
* * * *
70279 TAGTTAGATTGATTGTTTAAATAGTCAAATCTATTTAAACTTGTTCGATAAACAGATTTATCTTT
450 TAG-TAGATTAATTGTTCAAATAGACAAATCTATTTAAACTTGTTCGATAAACAAATTTATCTTT
* * *
70344 TAAGATCTCTTGCTTATTAATTTTTTG
514 TAAGATCTCCTGCCTATTAATTTTTAG
* *
70371 AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTGTTCTGAATAAACTTGTATGAATTGAAATAATTGCTTTAT
1 AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAACTTGTATGAATTGAAATAATTGATTTAT
* *
70436 GATTAAACAAAATGTCAGAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTGTTATCTATTTGAAT
66 GATTAAACAAAATGTCAAAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTATCTATTTGAAT
*
70501 TGGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAAGTTTTT-TAATATTATTAAAC
131 TGGTT-AGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTTAGAATATTATTAAAC
*** ** * * *
70565 TAGTATTATTTTAATTTGAATAAGGTTGTATTAAAAGAAACAATTGTTTTATAAAAAAAATAAAG
194 TAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCATG-A-T--AAGAAAAAATTATTTTA-AAAAAAAACAAAG
* *
70630 ATCATAACGATTTGAG-ATAGATA-ATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGTTTCAAAAA
254 ATCATAACGATTTGAGAAT-GATATATA-TTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTGATTCAAAAA
*
70693 ATAGATTTT-G-TTTTAAA-TC-T-CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAGA-TAAATATTATTT
317 ATAG-TTTTAGTTTTTAAACTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAAGT-AATATTATTT
* *
70752 TATTCTAAATAATTTTGC-AT-AAATAAAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACA
380 TATTCTAAATAAGTTT-CTATGAAAT-AAAACAATTATTTTAT-ACAAAACAAAAGGTCATAACA
* * * *
70815 AC-TTGAA-A-TAGA-TAATTGTTCAAATAGACATGA-CTATTTGAACTTGTTTGATAAACAAAT
442 ACTTTAAATAGTAGATTAATTGTTCAAATAGACA-AATCTATTTAAACTTGTTCGATAAACAAAT
*
70875 TTATTTTTTAA-ATCTCCTGCCTATTAATTTTTAG
506 TTATCTTTTAAGATCTCCTGCCTATTAATTTTTAG
* * ** * * *
70909 AATATTAATAAATTAGTATTCTTTTATTCCAAATAAACTTGTATCAATAGAAATAATTGTTTTAT
1 AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAACTTGTATGAATTGAAATAATTGATTTAT
** * * * * * * *
70974 GACAAAATAAAA-GATCATAACTATTTGAAATAAATACTTGTTC--ATCCAGTCATAACTATTTG
66 GATTAAACAAAATG-TCAAAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCTAAT--AGTCTTATCTATTTG
* * * * * *
71036 AACTTGCTTAGTAAATAGATTTATTTTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATGAAT
128 AA-TTGGTTAGTAAACATATTTA-TTTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTATT
* * *
71101 AAACTAGCATTATTTTATTTCAAATA
190 AAACTAGTATTATTTTAATCCAAATA
71127 CACATGTTTG
Statistics
Matches: 627, Mismatches: 97, Indels: 61
0.80 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
536 2 0.00
537 67 0.11
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539 68 0.11
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541 1 0.00
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545 3 0.00
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548 67 0.11
549 4 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (540 bp):
AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAACTTGTATGAATTGAAATAATTGATTTAT
GATTAAACAAAATGTCAAAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTATCTATTTGAAT
TGGTTAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTATTAAACTA
GTATTATTTTAATCCAAATAAGCATGATAAGAAAAAATTATTTTAAAAAAAAACAAAGATCATAA
CGATTTGAGAATGATATATATTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTGATTCAAAAAATAGTTTTA
GTTTTTAAACTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTCTAAATA
AGTTTCTATGAAATAAAACAATTATTTTATACAAAACAAAAGGTCATAACAACTTTAAATAGTAG
ATTAATTGTTCAAATAGACAAATCTATTTAAACTTGTTCGATAAACAAATTTATCTTTTAAGATC
TCCTGCCTATTAATTTTTAG
Found at i:71584 original size:754 final size:747
Alignment explanation
Indices: 70510--71972 Score: 2022
Period size: 754 Copynumber: 1.9 Consensus size: 747
70500 TTGGTTCAGT
* * * *
70510 AAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAAGTTTTTTAATATTATTAAACTAGTATTATT
1 AAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAGTTTTTAAATATTATTAAACTAGCATTATT
* * * * ** * *
70575 TTAATTTGAATAAGGTTGTATTAAAAGAAACAATTGTTTTATAAAAAAAATAAAGATCATAACGA
66 TTAATCTAAATAAGCTAGTACGAAAAGAAACAATTGTTTTATAAAAAAAATAAAAAGCATAACGA
* * * *
70640 TTTGAGATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGTTTCAAAAAATAGATTTTGTT
131 TTTAAGATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTATTTCAAAAAATAGATTTAGTT
70705 TTAAATCTCTTATTAATTTTCAAAATATTAATAGATAAATATTATTTTATTCTAAATAATTTTGC
196 TTAAATCTCTTATTAATTTTCAAAATATTAATAGATAAATATTATTTTATTCTAAATAATTTTGC
* * * * *
70770 ATAAATAAAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACAACTTGAAATAGATAATTGTT
261 ATAAACAAAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGATCATAACAACTTGAAACAGATAATTATT
** *
70835 CAAATAGACATGACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTGCCTATT
326 CAAATAGACATGACTATTTGAACTTGTTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATT
* * *
70900 AATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTCTTTTATTCCAAATAAACTTGTATCAATAGAAATAA
391 AATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTATATCAATAG-AACAA
* **
70965 TTG-TTTTATGACAAAATAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAAT-ACTTGTTCATCCAGTCATA
455 TTGCTTTT-TGAC-AAACAAAAGATCATAACTATTTGAAAT-AATGA-TTGTTCAAACAGTCATA
* *
71028 ACTATTTGAACTTGCTTAGTAAATAGATTTATTTTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGA
516 ACTATTTGAACTTAC--AGTAAA-AAATTTA-TTTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGA
* * *
71093 ATATGAATAAACTAGCATTATTTTATTTCAAATACACATGTTTGAACAGAAACAATTGGTTTATG
576 ATATGAATAAAATAGCATTATTTTATTTCAAATACACATGTATGAACAAAAACAATTGGTTTATG
* * * *
71158 ACAAAACAAAATGTCATAATTATTTGAAATAAATAATTATTTAACTAATAATAACTATTTGAATG
641 ACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAATAATAACTATTTGAATG
71223 TGTTTTATGACAAAATATCTTAACTATTTGAGCTAGTTTGGC
706 TGTTTTATGACAAAATATCTTAACTATTTGAGCTAGTTTGGC
*
71265 AAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTATTAAATTAGCATTAT
1 AAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAGTTTTT-AAATATTATTAAACTAGCATTAT
* * * *
71329 TTTTATCTAAATAAGCTAGTACGAAAAGAAACAATT-TTTTAT-GACAAAATAAAAAGCATAATG
65 TTTAATCTAAATAAGCTAGTACGAAAAGAAACAATTGTTTTATAAAAAAAATAAAAAGCATAACG
* **
71392 ATTTAAGATAGATAATTA-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTATTTTAGTAAATAGATTTAG
130 ATTTAAGATAGATAA-TAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTATTTCAAAAAATAGATTTAG
* * * * *
71456 TTTTTAAATCTCTTATTAATTTTCAAAATATTAGTAGATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATTT
194 -TTTTAAATCTCTTATTAATTTTCAAAATATTAATAGATAAATATTATTTTATTCTAAATAATTT
* * ** * *
71521 TGCA-AGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAGCAGATAAT
258 TGCATA-AACAAAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGATCATAACAACTTGAAACAGATAAT
* * * *
71585 TATTCAAATGGACATGATTATTTGAACTTGTTCAATAAGCAATTTTATTTTTTAAATCTCCTACC
322 TATTCAAATAGACATGACTATTTGAACTTGTTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACC
*** * *
71650 TATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATGTGAATAGAA
387 TATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTATATCAATAGAA
* * *
71715 CAATTGCTTTTTGACAAACAAAAGATCTTAACTATTTGAAATAATGATTGTTCAAATAGTTATAA
452 CAATTGCTTTTTGACAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAATAATGATTGTTCAAACAGTCATAA
* *
71780 CTATTTGAACTTACGGTAAAAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTA
517 CTATTTGAACTTACAGTAAAAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATGA
* * * *
71845 ATAAAATAGTATTATTTTATTTCAAATACGCTTGTATGAACAAAAACAATTGGTTTATGATAAAA
582 ATAAAATAGCATTATTTTATTTCAAATACACATGTATGAACAAAAACAATTGGTTTATGACAAAA
* * * * *
71910 CAAAAGGTCATGACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATGTGTT
647 CAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAATAATAACTATTTGAATGTGTT
71973 CAAAAATAGA
Statistics
Matches: 621, Mismatches: 81, Indels: 21
0.86 0.11 0.03
Matches are distributed among these distances:
746 143 0.23
747 6 0.01
748 6 0.01
749 5 0.01
751 30 0.05
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754 241 0.39
755 82 0.13
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (747 bp):
AAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAGTTTTTAAATATTATTAAACTAGCATTATT
TTAATCTAAATAAGCTAGTACGAAAAGAAACAATTGTTTTATAAAAAAAATAAAAAGCATAACGA
TTTAAGATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTATTTCAAAAAATAGATTTAGTT
TTAAATCTCTTATTAATTTTCAAAATATTAATAGATAAATATTATTTTATTCTAAATAATTTTGC
ATAAACAAAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGATCATAACAACTTGAAACAGATAATTATT
CAAATAGACATGACTATTTGAACTTGTTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATT
AATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTATATCAATAGAACAAT
TGCTTTTTGACAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAATAATGATTGTTCAAACAGTCATAACTAT
TTGAACTTACAGTAAAAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATGAATAA
AATAGCATTATTTTATTTCAAATACACATGTATGAACAAAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAA
AGGTCATAACTATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAATAATAACTATTTGAATGTGTTTTATGA
CAAAATATCTTAACTATTTGAGCTAGTTTGGC
Found at i:71866 original size:356 final size:354
Alignment explanation
Indices: 71272--72235 Score: 1023
Period size: 356 Copynumber: 2.7 Consensus size: 354
71262 GGCAAACACA
* * *
71272 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGCATTATTTTTATCT
1 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTT-TTT
* * *
71337 AAATAAGC-TA-GTACGAAAAGAAACAATTTTTTATGACAAA-ATAAAAAGCATAATGATTT-AA
64 AAATAAACTTATGT--GAAAAG-AACAATTTTTTATGACAAACA-AAAGATCATAATGATTTGAA
* * *
71398 GATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTATTTTAGTAAATAGATTTAGTTTTTAA
125 -ATAGATAATT-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TTTCAGTAAATAAATTTATTTTTTAA
* * * * * **
71463 ATC---TCTTATTAATTTTCAAAATATTAGTAGATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGCA
187 ATCTTTTCTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGCA
* * *
71525 AGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCAT-AATGATTTGAAGCAGATAATTATT
252 AGAACAAAAACAATTAGTTTATGACAAAACAAAAGATCATGAAT-ATTTGAAACAGATAATTATT
* * * *
71589 CAAATGGACATGATTATTTGAACT-TGTTCAATAAGCA-AT
316 CAAATAGACATAACTATTTGAA-TGTGTTCAA-AAACAGAT
* *
71628 TTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTT
1 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-TTTT
* * *
71693 GAATAAACTTATGTGAATAGAACAATTGCTTTT-TGACAAACAAAAGATCTTAACT-ATTTGAAA
64 AAATAAACTTATGTGAAAAGAACAATT--TTTTATGACAAACAAAAGATCATAA-TGATTTGAAA
* * * *
71756 TA-ATGATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAAC-TTACGGTAAA-AAATTTATTTTTTAAATC
126 TAGATAATT-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTTTCAGTAAATAAATTTATTTTTTAAATC
* * * * * *
71818 TTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTCAAATACGCTTGTATG
190 TTTT-CTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGCAAG
* * * * * *
71883 AACAAAAACAATTGGTTTATGATAAAACAAAAGGTCATGACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
254 AACAAAAACAATTAGTTTATGACAAAACAAAAGATCATGAATATTTGAAACAGATAATTATTCAA
* *
71948 ATAGTCATAACTATTTGAATGTGTTCAAAAATAGAT
319 ATAGACATAACTATTTGAATGTGTTCAAAAACAGAT
*
71984 TAT-TTTTTTAAAT-T-TTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTA-TATTTATTTTTTAT
1 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTA-TTATTTTTT-T
* * * * *
72045 TCAATATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
63 T-AA-ATAAACTTATGTGAA-AAGAACAATT-TTTTATGAC-AAACAAAAGATCATAATGATTTG
*
72110 AAATAGATAAATTTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAAATTCATTTTTTA
123 AAATAGAT-AATTTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-TTCAGTAAATAAATTTATTTTTTA
* *
72175 AATCTCTTTCTCATTAA-TTTTAGAGTATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGC
186 AATCT-TTTCTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGC
72236 CTGATTTCTG
Statistics
Matches: 507, Mismatches: 71, Indels: 56
0.80 0.11 0.09
Matches are distributed among these distances:
352 20 0.04
353 46 0.09
354 2 0.00
355 67 0.13
356 228 0.45
357 38 0.07
358 28 0.06
359 4 0.01
360 46 0.09
361 25 0.05
362 3 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (354 bp):
TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTTTTAA
ATAAACTTATGTGAAAAGAACAATTTTTTATGACAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGAT
AATTTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTTTCAGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTTTTCT
TATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGCAAGAACAAAA
ACAATTAGTTTATGACAAAACAAAAGATCATGAATATTTGAAACAGATAATTATTCAAATAGACA
TAACTATTTGAATGTGTTCAAAAACAGAT
Found at i:72111 original size:180 final size:179
Alignment explanation
Indices: 71276--72235 Score: 911
Period size: 180 Copynumber: 5.4 Consensus size: 179
71266 AACACATTTA
* * *
71276 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GAAATATTATTAAATTAGCATTA-TTTTTATCTAA
1 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTTTTTC-AA
* * * *
71339 ATAAGCTAGTACGAA-AAGAAACAATT-TTTTATGACAAAATAAAAAG-CATAATGATTT-AAGA
64 ATAAGCTTGTATGAACAA-AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA-A
* *
71400 TAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAT-TTTAGTAAATAGATT-T
127 TAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTCA-AAAATA-ATTAT
* * * * * *
71454 AGTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTCAAAATATTAGTAGATTAGTATTATTTTATTTT-GA
1 -TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-TTTTCAA
** * * * * **
71514 ATAATTTTGCAAGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAGCA
64 ATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA
* * * * ** *
71579 GATAATTATTCAAATGGACATGATTATTTGAACTTGTTCAATAAGCAATTTT
129 GATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAA-AAATAATTAT
* * *
71631 ATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTT-GA
1 -TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-TTTTCAA
* * * * * * * *
71695 ATAAACTTATGTGAA-TAGAACAATTGCTTTT-TGAC-AAACAAAAGATCTTAACT-ATTTGAAA
64 ATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATT-ATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAA
* * * * *
71756 TA-ATGATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTACGGT-AAAAA-ATTTA-
127 TAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT--GTTCAAAAATAATTAT
* * * *
71807 TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTCAAAT
1 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTTTTCAAAT
* ** * *
71872 ACGCTTGTATGAACAAAAACAATTGGTTTATGATAAAACAAAAGGTCATGACT-ATTTGAAATAG
66 AAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT-AATGATTTGAAATAG
*
71936 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TGTGTTCAAAAATAGATTAT
130 ATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTCAAAAATA-ATTAT
*
71987 TTTTTTAAAT-T-TTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTA-TATTTATTTTTTATTCAA
1 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTA-TTATTTTTT-TTCAA
72049 TATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT
64 -ATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT
*
72114 AGATAAATT-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAAATTCA-
128 AGAT-AATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCA-AAAAT-AATT-AT
* * *
72168 TTTTTTAAATCTCTTTCTCATTAA-TTTTAGAGTATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTT-AAA
1 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-TTTTCAAA
72231 TAAGC
65 TAAGC
72236 CTGATTTCTG
Statistics
Matches: 647, Mismatches: 92, Indels: 83
0.79 0.11 0.10
Matches are distributed among these distances:
174 3 0.00
175 115 0.18
176 39 0.06
177 97 0.15
178 103 0.16
179 46 0.07
180 121 0.19
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182 31 0.05
183 13 0.02
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (179 bp):
TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTTTTCAAAT
AAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGA
TAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAAAAATAATTAT
Found at i:74364 original size:26 final size:25
Alignment explanation
Indices: 74335--74392 Score: 89
Period size: 26 Copynumber: 2.3 Consensus size: 25
74325 TCTGGTCCGA
74335 GCTTAGACTGGGAATGAACTCTGTAT
1 GCTTAGACTGGGAATGAACTC-GTAT
*
74361 GCTTAGATTGGGAATGAACTCGTAT
1 GCTTAGACTGGGAATGAACTCGTAT
*
74386 GCCTAGA
1 GCTTAGA
74393 TCAACCTACA
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 2, Indels: 1
0.91 0.06 0.03
Matches are distributed among these distances:
25 10 0.33
26 20 0.67
ACGTcount: A:0.28, C:0.16, G:0.28, T:0.29
Consensus pattern (25 bp):
GCTTAGACTGGGAATGAACTCGTAT
Found at i:76159 original size:45 final size:45
Alignment explanation
Indices: 76109--76210 Score: 143
Period size: 45 Copynumber: 2.3 Consensus size: 45
76099 GTGTTACCTT
* *
76109 GATCACCATCGATAGAAGATGACCCTTGGTGCGAA-CGGTTGCCTC
1 GATCACCATCGATAGAAGATGACCCCTGGTAC-AAGCGGTTGCCTC
* *
76154 GATCACCATCGGTAGAAGATGGCCCCTGGTACAAGCGGTTGCCTC
1 GATCACCATCGATAGAAGATGACCCCTGGTACAAGCGGTTGCCTC
*
76199 GAACACCATCGA
1 GATCACCATCGA
76211 CAAGTGCTGG
Statistics
Matches: 50, Mismatches: 6, Indels: 2
0.86 0.10 0.03
Matches are distributed among these distances:
44 2 0.04
45 48 0.96
ACGTcount: A:0.25, C:0.28, G:0.26, T:0.20
Consensus pattern (45 bp):
GATCACCATCGATAGAAGATGACCCCTGGTACAAGCGGTTGCCTC
Found at i:76355 original size:45 final size:45
Alignment explanation
Indices: 76255--76477 Score: 150
Period size: 45 Copynumber: 5.0 Consensus size: 45
76245 AGCTGGTGCG
* * * ** *
76255 GGCGGTTACCTCGACCACCATCGACATGTGCTAGGCCTTGGT-AA
1 GGCGGTTGCCTCGAACACCATCGGCAAATGCTGGGCCTTGGTGAA
*** * *
76299 GGGCACATGCCTTGAACACCATCGGTAAATGCTGGGCCTTGGTGAA
1 -GGCGGTTGCCTCGAACACCATCGGCAAATGCTGGGCCTTGGTGAA
* ** * *
76345 GGCGGTTGCCTCGATCACCATCGATAGAA-GAT-GGCCATTGGT-AC
1 GGCGGTTGCCTCGAACACCATCGGCA-AATGCTGGGCC-TTGGTGAA
* * * **
76389 GG-GTAGTTACCTCGAACACCATTGGCACATGCTGGGCCTTGGTGCG
1 GGCG--GTTGCCTCGAACACCATCGGCAAATGCTGGGCCTTGGTGAA
* * *
76435 GGCGGTTGCCTCGAACACCATCGGCACATACTGGGACTTGGTG
1 GGCGGTTGCCTCGAACACCATCGGCAAATGCTGGGCCTTGGTG
76478 CGGGCATATA
Statistics
Matches: 137, Mismatches: 32, Indels: 18
0.73 0.17 0.10
Matches are distributed among these distances:
43 1 0.01
44 8 0.06
45 117 0.85
46 10 0.07
47 1 0.01
ACGTcount: A:0.21, C:0.26, G:0.30, T:0.22
Consensus pattern (45 bp):
GGCGGTTGCCTCGAACACCATCGGCAAATGCTGGGCCTTGGTGAA
Found at i:76476 original size:90 final size:89
Alignment explanation
Indices: 76248--76483 Score: 222
Period size: 90 Copynumber: 2.6 Consensus size: 89
76238 TACCTCGAGC
* * ** * * * *
76248 TGGTGCGGGCGGTTACCTCGACCACCATCGACATGTGCTAGGCCTTGGTAAGGGCACATGCCTTG
1 TGGTGCGGGCGGTTGCCTCGAACACCATCGACACATACT-GGCCTTGGTACGGGCACATACCTCG
*
76313 AACACCATCGGTAAATGCTGGGCCT
65 AACACCATCGGCAAATGCTGGGCCT
** * * * * * **
76338 TGGTGAAGGCGGTTGCCTCGATCACCATCGATAGA-AGATGGCCATTGGTACGGGTAGTTACCTC
1 TGGTGCGGGCGGTTGCCTCGAACACCATCGACACATA-CTGGCC-TTGGTACGGGCACATACCTC
* *
76402 GAACACCATTGGCACATGCTGGGCCT
64 GAACACCATCGGCAAATGCTGGGCCT
* * *
76428 TGGTGCGGGCGGTTGCCTCGAACACCATCGGCACATACTGGGACTTGGTGCGGGCA
1 TGGTGCGGGCGGTTGCCTCGAACACCATCGACACATACT-GGCCTTGGTACGGGCA
76484 TATATCTCAA
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TGGTGCGGGCGGTTGCCTCGAACACCATCGACACATACTGGCCTTGGTACGGGCACATACCTCGA
ACACCATCGGCAAATGCTGGGCCT
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83370 TATCTATTTC
* **
83380 AAATCGTTATTACCTTTCATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCAACATACAAGCTTT-TTTCAA
1 AAATCGTTAGTACCTTTCATTTTGTCATAAAACAATAATTTTTCAACATACAAG-TTTATTTCAA
83444 ATA
65 ATA
* * * * *
83447 AAATTGTTAGTACTTTTCGTTTTGTCATAAAACAATAATTTTTGAACATACAAGTTTATTTGAAA
1 AAATCGTTAGTACCTTTCATTTTGTCATAAAACAATAATTTTTCAACATACAAGTTTATTTCAAA
83512 TA
66 TA
83514 AAAT
1 AAAT
83518 AATACTAATT
Statistics
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AAATCGTTAGTACCTTTCATTTTGTCATAAAACAATAATTTTTCAACATACAAGTTTATTTCAAA
TA
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83483 AATTTTTGAA
* *
83493 CATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAGAATTAGT-AT--GAG
1 CATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTAA-AATTA-TAATAAGAG
* * * * * *
83555 ATTCAAAAAATAAATCTATTTACTG-A--AGTTCAAACAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
64 ATTTAAAAAATAAATTTATTTACGGAACCAATTCAAATAGTTAT-ACTATTTGAACAATTATATA
* * *
83617 TTTCAAATTGTTACAACCTTTTGTTCTATTATAAAATAATTATTTCTATT
128 TTTTAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTATTATAAAATAATTATTTCTATT
* * * * *
83667 CATATAAATTTATTTGAAATAAAATAATATTAAATTAATAATATTCTAAAAATTCATAACTAAGA
1 CATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATT-TTAAAATT-ATAA-TAAGA
* * * * *
83732 GATTTAAAAAATAAATTTGTTT--GTCAATCCAATTCAAATAGTTAAGACTATATGAATAATTAT
63 GATTTAAAAAATAAATTTATTTACG-GAA-CCAATTCAAATAGTT-ATACTATTTGAACAATTA-
* * * *
83795 CTATTATTTTAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTATTTCAACT
124 -TA-TATTTTAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTATTATAAAATAATTATTTCTATT
* * * *
83851 CATCCAAGTTTA-TTCATAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTTAAAATT-T-A-AAGAGA
1 CATACAAGTTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTAAAATTATAATAAGAGA
* *
83912 TTTAAAAAAT-AATGTTATTTACGGAACCACTTCAAATAATTATACCTATTTGAACAATTATATA
65 TTTAAAAAATAAAT-TTATTTACGGAACCAATTCAAATAGTTATA-CTATTTGAACAATTATATA
* * * * *
83976 TTTTAATTTGTTATAACCTTTTGTTTTCTAATAAAATTATTATTTTTATT
128 TTTTAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTATTATAAAATAATTATTTCTATT
* * *
84026 CATACAAGCTTATTT-AGAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTTTGACAATTAATAACTAAG
1 CATACAAGTTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTT-AAAATT-ATAA-TAAG
*
84090 AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA
62 AGATTTAAAAAATAAATTTATTTA
84114 ACTGTTTGTA
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Consensus pattern (177 bp):
CATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTAAAATTATAATAAGAGAT
TTAAAAAATAAATTTATTTACGGAACCAATTCAAATAGTTATACTATTTGAACAATTATATATTT
TAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTATTATAAAATAATTATTTCTATT
Found at i:84105 original size:359 final size:356
Alignment explanation
Indices: 83447--84112 Score: 848
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83437 TTTTCAAATA
* * *
83447 AAATTGTTAGTACTTTTCGTTTTGTCATAAAACAATAATTTTTGAACATACAAGTTTATTTGAAA
1 AAATTGTTAGTACTTTTCGTTTTGTCATAAAACAAT-ATATTTCAACATACAAGTTTATTTCAAA
* *
83512 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAGAATTAGTATGAGATTCAAAAAATAAATCTATTTA
65 TAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAGAATTAG-AAGAGATTCAAAAAATAAATCTATTTA
* * * *
83577 CTGAAGTTCAAACAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTACAACCTTTTGTT
129 CGGAACTTCAAACAATTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATTGTTACAACCTTTTGTT
* * * *
83642 CTATTATAAAATAATTATTTCTATTCATATAAATTTATTTGAAATAAAATAATATTAAATTAATA
194 CTATAATAAAATAATTATTTCTATTCATACAAACTTATTTGAAATAAAATAATACTAAATTAATA
*
83707 ATATTCTAAAAATTCATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGTCAATCCAATTCAAATA
259 ATATTCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGTCAATCCAATTCAAATA
83772 GTTAAGACTATATGAATAATTATCTATTATTTT
324 GTTAAGACTATATGAATAATTATCTATTATTTT
* *
83805 AAATTGTTA-TAACCTTTT-GTTTTGTTATAAAACAAT-TATTTCAACTCATCCAAGTTTA-TTC
1 AAATTGTTAGT-A-CTTTTCGTTTTGTCATAAAACAATATATTTCAA--CATACAAGTTTATTTC
* * *
83866 ATAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTTAA-AATTTA-AAGAGATTTAAAAAAT-AATGTT
62 A-AATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAGAA-TTAGAAGAGATTCAAAAAATAAAT-CT
* * * *
83928 ATTTACGGAACCACTTCAAATAATTAT-ACCTATTTGAACAATTATATATTTTAATTTGTTATAA
124 ATTTACGG-A--ACTTCAAACAATTATGA-CTATTTGAACAATTATATATTTCAAATTGTTACAA
* * * * *
83992 CCTTTTGTTTTCTAATAAAATTATTATTTTTATTCATACAAGCTTATTT-AGAATAAAATAATAC
185 CCTTTTGTTCTATAATAAAATAATTATTTCTATTCATACAAACTTATTTGA-AATAAAATAATAC
* * *
84056 T-AATCTAATAATATTTTGACAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTT
249 TAAAT-TAATAATATTCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTT
84113 AACTGTTTGT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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AAATTGTTAGTACTTTTCGTTTTGTCATAAAACAATATATTTCAACATACAAGTTTATTTCAAAT
AAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAGAATTAGAAGAGATTCAAAAAATAAATCTATTTACG
GAACTTCAAACAATTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATTGTTACAACCTTTTGTTCT
ATAATAAAATAATTATTTCTATTCATACAAACTTATTTGAAATAAAATAATACTAAATTAATAAT
ATTCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGTCAATCCAATTCAAATAGT
TAAGACTATATGAATAATTATCTATTATTTT
Found at i:85173 original size:180 final size:180
Alignment explanation
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Period size: 181 Copynumber: 46.6 Consensus size: 180
84588 CAATTATTTT
* * * * * * ** *
84598 ATGATTTGAAATATATTATTATTCAAATAGTAATAACTATTTAAACTGGTCTT--GTAAGTATAT
1 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT--TATTCAGTAAACAGAT
* * * * *
84661 TTA-TTTTTCAATTCTCCTACTTATTAGTTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCC
64 TTATTTTTTAAATT-TCTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC
* * * *
84725 AAATAAACTTGTATG-A-TGAAAAACAATTGTTTTATAACAAAATAAAAAGTTCATA
127 AAATAAGCTTGTATGAACT-AAAAA-AATTGTTTTATGACAAAA-CAAAAGGTCATA
* * * * * * *
84780 ACTAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATGGCCATAATTATTTGAACTAATTC-GATAAACTGAT
1 A-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAG-TAAACAGAT
* ** * * * * * **
84844 TTATTTTTTAAATCTCCAACTTCTCAAATTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTT
64 TTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCA
* * * * * * * *
84909 GATAAG-TTTTATTAAACTAAAATAATTGTTTTATTATAAAACAAAAGTTTATA
128 AATAAGCTTGTA-TGAACTAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
** *
84962 ACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAGTAAACAGATTT
1 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAGTAAACAGATTT
* * *
85027 ATTTTTTAAATTTCTTGCTTGTTAATTTTTGAATGTTAATAAAATTA-TATTATTTTATTTCAAA
66 ATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTGAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTTCAAA
* *** * *
85091 TTAGCTTGTATGAACTAAAAAAAAAATTTTCTGACAAAACAAAAGGTCAGA
130 TAAGCTTGTATGAACTAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * ** * * *
85142 ATGATTTGAAATAGACAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTAT-AACTGGTTCAGCAAGCACATT
1 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT-TGAACTTATTCAGTAAACAGATT
* * ** *
85206 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTATTAGTTTAGCATTATTTTATTT-AG
65 TATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCA-
* * **
85270 AATAAGCTTGCATGAA-TAGAAACAATTTGTTTTATGACAAAAC-AAAGACCATA
128 AATAAGCTTGTATGAACTA-AAA-AAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * * *
85323 CT-ATTTGAGATAGGTAATTGTTGAAATAGTCATAACTATTTAAAC-TAGGTT-AGTAAACAAAT
1 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTA--TTCAGTAAACAGAT
** * * *
85385 TTAGCTTTTAAA--T-GT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTACTTGA-TTCT
64 TTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-
* * * * ** * *
85445 GAAT-AGTTTTATATGAA-TAAAACAATTGTTTTACAAC-AAACAAAATGCCATA
127 AAATAAG-CTTGTATGAACTAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * * * *
85497 ATGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATGGACATGACTATTTGAA-TT-TGTGAGGCAAACATAT
1 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTAT-TCA-GTAAACAGAT
* ** * **
85560 TTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG
64 TTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCA
* * * * * **
85625 ATTAAACTTATTTGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATATCATA
128 AATAAGCTTGTATGAACTA-AAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * **
85678 ATAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTCGTTC-GTTAAACAGATT
1 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAG-TAAACAGA-T
* *
85742 TTATTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAATTTTTAGAATTTTAATAAATTAGTATTATTTCTATTC
64 TTATTTTTTAAAT-TTCTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTT-TATTT
* * * * ** *
85806 CGAATAAGTTTTTATG-AGTAAAAACAATTAG-TTTATGATGAAACAAAAGATCAT-
126 CAAATAAGCTTGTATGAACTAAAAA-AATT-GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* *
85860 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TGTGTTTAG--AA-A-A--
1 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TATTCAGTAAACAGATT
* * * * **
85918 CA---TTT---TTT-TT-CTTATTAATTTCTGGAATATTAAGAAATTTA-AATTATTTTATTCAA
65 TATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTT-TTGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCA
* * * * * *
85974 AATAAGCTTGCATGAAC-AAAACCAATTATTTTGTGGCAAAACGAAAGGTCATA
128 AATAAGCTTGTATGAACTAAAA-AAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * ** **
86027 ATGTTTTAAAATAGATAATTGTTCATATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAATGGATTC
1 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAGTAAACAGATT-
** * * *
86092 T-TTTTTT-TGTTCTCTTACTCATTAATTTTTGAA-A-T-AT---TAAGTATTATTTTACTTCAA
65 TATTTTTTAAATT-TCTTACTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAA
* * * * * * * *
86149 ATAAACTTATATGAACTGAAACAATTATTTTATTACAAAAGAAAAAGTCATA
129 ATAAGCTTGTATGAACTAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * ** * *
86201 ATGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATGACTATTTGAACTTATTTGGCAAACATATTT
1 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAGTAAACAGATTT
* * * *
86266 ATTTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAATTGTCGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-ATCT
66 A-TTTTTTAAAT-TTCTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-
* * * * *
86329 AAATAAACTTGTATGAAC-AGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAAGCCATA
127 AAATAAGCTTGTATGAACTA-AAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
** * * *** * * ** *
86383 ACAAGTTGAAATAAATAATTACACAAATAGTTATAAC-ATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTT
1 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAGTAAACAGATTT
* * *
86447 ATTTTTTAAATCTT-TTACATTTTTAATTGTCTT-AATATTAATAAATTTG-ACTTATATTATTT
66 ATTTTTTAAAT-TTCTTAC-TTATTAATT-T-TTGAATATTAATAAATTAGTA-TTATTTTATTT
* * * * * *
86509 GAAATAAGATTGTATGAA-TAGATAAAATTCTTTTGTGACAAAACAAAAGGTTATA
126 CAAATAAGCTTGTATGAACTA-AAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
*** * * * * * *
86564 GCAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAACAGTCATAATTATTTAAACTTTTTCAGTAAACAGATTC
1 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAGTAAACAGATTT
* * *
86629 ATCTTTTTAAATTTCTTTA-TTATTAATTTTTGAATTACTAGTAAATTAGTATTATTTTATTTCG
66 AT-TTTTTAAATTTC-TTACTTATTAATTTTTGAA-TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCA
* * * *
86693 AATAAGCTTATATGAACT-GAAACATTTTTGTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
128 AATAAGCTTGTATGAACTAAAAAAATTGTT-TTATGACAAAACAAAAGGTCATA
** * * * * * * * * *
86746 ACAATTTGAAATAGACAATTATTCAAAAAATCATGATTATTTGATC-CAGTTCAGTAAACATATT
1 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTA-TTCAGTAAACAGATT
* * * * *
86810 TATTTTTTAAA-TT-TTAGTTATCAATTGTTGCAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAGTCCAA
65 TATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAA
* * * * * * *
86873 ATAAGCATGTATGAA-TAGAAACAATTATTTTATAATAGAACAAAAAGTCATA
129 ATAAGCTTGTATGAACTA-AAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * * * **
86925 ACGATTTAAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCAAAACTATTTGAAC-TAGTT-TGATAAGTAGAT
1 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTA-TTCAG-TAAACAGAT
* * *
86988 TTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATATTTGAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTTCG
64 TTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCA
* * * * * *
87049 AACAAACTTATATGAAC-AAAAGCATTTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATA
128 AATAAGCTTGTATGAACTAAAA-AAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * * *
87102 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAATCATAATTATTTGAACTGGA-T-AGGTAAATAGAA
1 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TATTCA-GTAAACAGAT
* * * * * *
87165 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTTATTTTTAAAATATTAATAAGTTCA-TTTTATTTTATTCC
64 TTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTC
* * * *
87229 AAGTAAGCTAT-TATG-ATTCAAAAATACTTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
127 AAATAAGCT-TGTATGAACT-AAAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * * * * * * *
87284 ACGATTTGAAATCGATAATTGTTCATATAGTCTTAAATATTGGAACTGATTC-GACAAATAAATT
1 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAG-TAAACAGATT
* *
87348 TATTTTTT-AATTCTCTTAGCTT-TTAATTTTCAT-AATATTATTATATTAGTATTATTTTATTT
65 TATTTTTTAAATT-TCTTA-CTTATTAATTTT--TGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * * *
87410 CGAATAAGCTTGTGTGAAC-AAAAATAATTGTTTTATTACAAAACAACAGGTTATA
126 CAAATAAGCTTGTATGAACTAAAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
** * ** * ** * *
87465 ACAATTTGAAGTTTACAATTGTTCAAATAGTCATTGCTATTTGAAC-TAGTTCGGTAAATAGATT
1 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTA-TTCAGTAAACAGATT
* * * * *
87529 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAAGATTAATAAA-TAGTATTATTGTATTCCAA
65 TATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAA
** * ** * * * * *
87593 ATAAAATTGAATGTTCGAATACAATTGTTATATGACAAAACAAAAGGTAATA
129 ATAAGCTTGTATGAACTAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
** * *
87645 ACAATTTGAAATAGATAATTGAT-AACAT-GATCATAATTATTTGAA-TTGATTC-GATAAACAG
1 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAA-ATAG-TCATAACTATTTGAACTT-ATTCAG-TAAACAG
* * **
87706 ATTCACTTTTT-AATAACTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
62 ATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
** * * * * *
87770 TGAATAAGCTTCTATGACCTAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAATGGTCATA
126 CAAATAAGCTTGTATGAACTAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * * * **
87825 ATGATATCAAGTAGATAATTGTTC-AATAGTCTTAACTGTTTGAGC-TACTTCAACAAACAGATT
1 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTA-TTCAGTAAACAGATT
* * * * *
87888 TATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTGGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCCAA
65 TATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTT-TGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAA
* * * * * * * * *
87953 ATAAGCTTATATGAATTGAAACAATTATTTTATGATAGAACAAAAGGTTACA
129 ATAAGCTTGTATGAACTAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
** * * * * *
88005 ACAATTTAAAATAGATAATTGTTTAAATA--C--GA--A-TTG-----ATTCAGTAAATAGATAT
1 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAGTAAACAGATTT
* * * * * * *
88058 ATTTTTTAAATCTCCTT-CCTATTAATTTTTGAAAATTTGATAAATTAATACTATTTTATTCCAA
66 ATTTTTTAAAT-TTCTTACTTATTAATTTTTGAATA-TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAA
* * * * **
88122 ATAGGCTTGTATG-A-TGAAAAACAATTATTTTATGAAAAAACAAAAGTTTGTA
129 ATAAGCTTGTATGAACT-AAAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * *
88174 ATGATTTGAAATATATAATTGTTCAAAT-GACCATAATTATTTGAAC----T-AGT--TC-GATT
1 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTTATTCAGTAAACAGATT
* * * * *
88230 TATTTTTTAAATCTC-TAATATATCAATTTTTGAAGTATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTCA
65 TATTTTTTAAATTTCTTACT-TATTAATTTTTGAA-TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCA
* * * * * * *
88294 GATATGCTTTTATAAATTGAAAAAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATA
128 AATAAGCTTGTATGAACTAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * * *
88347 TTTATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT-TGATAAACAAATT
1 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAG-TAAACAGATT
* ** * ** **
88411 TATTTTTTAAAATTTGTTGTTTATTAATTTCTGAATGCTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGA
65 TATTTTTT-AAATTTCTTACTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAA
* * * * * * *
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* * ** * * ** * *
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* * * * *
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** **
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* * * * * * * *
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*
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** * * * ** *
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** * * * * * * ** * *
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* * * *
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* ** * * * * * *
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* * * *
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* * * *
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** * ** * * * * *
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* **
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* * * * *
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* * * * * **
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* * *
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* *
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* *** * *
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** * * *
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* * * *
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* * * * * * ** *
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* *** * * *
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* * * * * * *
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*** * ** * * *
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** *
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** *
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* * * * * * * *
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* * * * *
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** * * * * *
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*
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** * ** * * *
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* *** * * **
89610 ATATATAACAATTCAGATAGTCATAACTATTTGAA-TATGTTAGGT-AACAAGATTCCTTTTTTA
127 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTTGGTAAAC-AGATTTATTTTTTA
* * * * * *
89673 ATTCTCTTTCTCATTAATTTTTGGAATATTAAAAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTA
190 AAT-T-TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTG
* * * * *
89738 TATGAACTA-AAATAATTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTCACAATGATTTGAAATAGATAATTA
253 TATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTG
* * * * * * *
89802 TTCAAATAATTATTACTAGTTGAACTT-GTTCAAAAAACATATT
317 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGGTTCGATAAACAAATT
* * * ** * * *
89845 TATTTTTTAAATATTCCACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATT-TTGTTAATTGA
1 TATTTTTTAAATCTT-TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT-TTATTTCA
* * * * * * * * *
89909 AATAAACATGTATG-ATAGAAACAATTATTTTATGATAAAATAAAAAGTCATACCAATTTGAAAT
64 AATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAAT
* ** *** *
89973 AAATAAATT-TTCAAATAGTCATAAAGATTTGATA-TTGTTCAATAAATAGATTTATTTTTTAAA
129 AGAT-AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA-ACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAA
** *
90036 TCTTTTACTTATTAATTGCCTG-AATATTAATAAATTTGTATTA-TTT-TTTCAAAATAAGCTTG
192 --TTTTACTTATTAATT-TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTG
* * * * * *
90098 -ATGAACAGAAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGTGATTTCAAATAGATAATTG-
253 TATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGT
* * * *
90161 TCAAAATAGTCAAAATTATTTAAACTT-GTTCGACAAACAAATT
318 TC-AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGGTTCGATAAACAAATT
* * * * *
90204 CATTTTTTTAATCTCTTAATTATTAA-TTTTCATAATATTAATAACTTAGTATTATTTTATTTCA
1 TATTTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCA
** * * * * * *
90268 AATAAGCTTGTATGAATTGAAATAATTTTTTTTATGACAAAAGAAAATGTCGTAACCATTTGAAA
64 AATAAGCTTGTATGAACAGAAACAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA
* * * * * * *
90333 TAGATAATTAG-TCAAATAGTCATGACTATTTGATCTAGTTCGGTAAGCATATATATTTTTTAAA
128 TAGATAATT-GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAA
* * * *** * *
90397 TTTTTTACTTATTAGTTATTGAAATATTAATAAATTGGTATTATTTTAAACCGAATAAGCTTATA
192 --TTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTA
* * * * * * ** * * **
90462 TGAATAAAAACTATTGTCTTATAACAAAAAAAAAGGTCATAACAATTTG--ATAAATATTTGCAC
255 TGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTC
* *
90525 AAATAGTCATAACGATTTGAACTT-GTTCGGTAAACAAATT
320 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGGTTCGATAAACAAATT
* * * *
90565 TATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTGTCTT--AATATTAATAAATTTGTATTATTGT-TTTC
1 TATTTTTTAAA-TCTTTACTTATTAATT-T-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC
* * * ** * * * * * *
90627 AAAATAAGTTTGTATGAATAGAAAAAAATCATTTTATGGCAAAACAAAATGTTATAGCAATTTCA
63 -AAATAAGCTTGTATGAACAG-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGA
* * * * *
90692 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTTGTTTGTTAAATAGATTCATTTTTTAA
126 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAA
* ** * *
90757 ATCTCTTAATTATTAATTTTT-AGAATATTAATAGCTTAGTATTATTTTATTTCAAATATGCTTA
191 AT-T-TTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTG
* ** * *
90821 TATGAACCA-AAATGATT-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTA
253 TATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTG
* * * * *
90884 TTCAAATAGTCATGACTATTTGATCTAT--TTCGGTAAGCATATT
317 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGGTTCGATAAACAAATT
* * * * * *
90927 TATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTGGTATTATTTTAATCCAA
1 TATTTTTTAAA-TCTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAA
* * * * * * *
90992 ATAAGCTTGTATGAACAAAAACTATTGTTTTATAATAGAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATA
65 ATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATA
* * * ** *
91057 AATAATTGCTCAAATAATCATAACTATTTGAACTAATTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAA--T
130 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATTT
** * * * * ** * ** *
91120 CCCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTCTTTTATTCCGAGCAAACTTACATGAAC
195 TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAT
* * * * * * * *
91185 AAAAACATTTGTTTTATGACAGAACAAAAGGTTATAGCT-ATTTGAAAAAGATAATTATTCAAAT
260 AGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA-ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * * *
91249 AGTCATAATTATTTAAAC-TGGTTAGGTAAATAGAA-A
324 AGTCATAACTATTTGAACTTGGTTCGATAAACA-AATT
* * *** * * *
91285 TACTTTTTAAATCTCTTACATATTAATTTTT-TTGTATGAATAAATTCACT-TTATTTTATTCCA
1 TATTTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTCA
* ** * *
91348 AATAAG-TTAGTGTGAATTGAAAAAATTGTTTTATGAGAAAACAAAA----AT---GATTTGAAA
64 AATAAGCTT-GTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA
** * * * * *
91405 TAGATAAGGGTTCATATAGT-ATTAACTATTTGAACTAGTTTAGCAAACAAATTTATTTTTTAAA
128 TAGATAATTGTTCAAATAGTCA-TAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAA
* * * ** * **
91469 TCTCTAAATTATTAATTTTTGGAATATTTTTATATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTA
192 T-T-TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTA
* * * * * * * * * * *
91534 TAAACAGAAATAATTTTTTTATGACAGAACGAAAGGTTATAACT-ATTTGAAGTATACAATTATT
255 TGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * *
91598 CAAATAGTCATAGCTATTTAAAC-TGGTGT-GGTAAATAAATT
319 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGGT-TCGATAAACAAATT
*** * *
91639 TATTTTTTAAATC--T-CTTATTAATTTTTGAGGGATTAATAAATTACTATTATTTTA-TTCTGA
1 TATTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AA
* * * * * * * ** *
91700 ATAAACTTTGTAT-AATAAAAAACAATTGTTATATAACCAAACAAAAGGTTATAGTGATTTAAAA
65 ATAAGC-TTGTATGAA-CAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA
* * * * * * *
91764 TAGATAATTGTTAAAATGGCCACAATTATTTGAAC-TGATTTGGTAAACCGATTTACTTTTTAAA
128 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAA
* ** *
91828 TTACTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAGTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTTTA
192 TT--TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTA
* * * * *
91893 TGAATTGAAACAATTTTTTTATGACAAAAAAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGACAATTGTTC
255 TGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * * * *
91958 AAATAAG-CGTAACTATTTGAATTTGTTTAG-TAAACTAATT
320 AAAT-AGTCATAACTATTTGAACTTGGTTCGATAAACAAATT
* * * **
91998 TATTTTTTTAAA-CTATTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTATTCTTTTATTTTG
1 TA-TTTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCA
* * * * * *
92062 GATAAGCTTTTATAAACTA-AAACAATTATTTTAT-ATCAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAA
64 AATAAGCTTGTATGAAC-AGAAACAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAA
* * * * *
92125 ATAAATAATTGTTCAAATAGTAATCACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTCAA
127 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTT-AA
* * * * * * *
92190 ACTTTTCCTTACTAATTTTTCAAATGTTAATAAATTTG-ATTATTTTATTTCAAATAAGATTATA
191 A-TTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTA
* * * * * * * *
92254 AG-ATATGAAACAAATATTTTCTAACTAAAA-AAAAGGTTAGAATGATTT-AAACTATATAATTA
255 TGAATA-GAAACAATTATTTTATGAC-AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAA-TAGATAATTG
* ** * *
92316 TTCTAATAGTTTTAACTATTTGAAC-TGGTTCG-CAAACACATT
317 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGGTTCGATAAACAAATT
* * **
92358 TATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TAACTA
1 TATTTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-A
* * * * *
92422 AATAAGCTT-TATGATCAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-TAAAGATCTTAACGATTTG-GAT
64 AATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAAT
* * * * *
92484 TGATAATTGCTCAAATAGTCATAATTATTTGAA-TTAATTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAAT
129 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAAT
*
92548 CTCTTACTT-TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTAT
193 -T-TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTAT
* * * * * *
92612 G-ATAAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAACGTCATAACGATTTGAAATAGATAATCGTTC
256 GAAT-AGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * * * * ****
92676 ATATAGTC-TTACTATTTGAA-ATGGTT-TAGCAATTTGATT
320 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGGTTCGA-TAAACAAATT
* * ** * * * ** * **
92715 TATTTTTTAATTTTCTTGGTTGTTAAGTGTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTTGA
1 TATTTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAA
** * * * * * * * * *
92780 ATAAAATAGTATGAATAGAACCAATTGTTTGATGACAAAATAAAAGGTTATAATGAATTGGAATA
65 ATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATA
* * * *** * * *
92845 GATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTAAAAGGGTTTGGTAAATAGTTTTACTTTTTAAATCT
130 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAAT-T
* *
92910 CTTACTGATTAATTTTTTAAATATTAATAAA
194 -TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA
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Statistics
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TAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAG
ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATTTT
ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATA
GAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
TCATAACTATTTGAACTTGGTTCGATAAACAAATT
Found at i:93800 original size:176 final size:176
Alignment explanation
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Period size: 176 Copynumber: 4.8 Consensus size: 176
92942 GGTTCGAATG
* * ** * * * ** * *
92952 ATTTAAAATAGATAATTATTTTAATGGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCGGCAAATACATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTAGTTCGATAAATAAATTTAAT
* * * *
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* * * *
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129 TTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTCATAATA
* * *
93127 GATTTGAGAAT-GATATTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAGA-AAATAACTTT
1 -ATTTGA-AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTAGTTC-GATAAATAAATTT
* * * *
93190 -AGTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTGTTATTTTATT-TCGA
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* * *
93253 ATAAGTTTTTATGAA-ATGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACA
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* *
93308 ACTTT-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA-AATCTATTTGAACTT-GTTTGATAAATAGATTT
1 A-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAA-TTAGTTCGATAAATAAATTT
*
93370 ATTTTATTTAAATCTCTTGCTCATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTACA-ATTATTTTATTC
63 A-ATT-TTTAAATCTC-T--T-ATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTA-ATATTATTTTATTC
* * * * * * *
93433 TGAATAAGCTTGGATGAACTGAAATAATTGTTTTATGA-ATAAACAAAAGGTAAGAATG
120 TGAATAAGTTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACA-AAACAAAA-GTCATAATA
* * * * * *
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1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTAG-TTCGATAAATAAATTTAA
* * * * ** * *
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* * *
93618 TTTGTATGAACAGAAGCATTTGTTTTATTACAAAACAAATA-TCATAATA
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* * * *
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* * *
93732 TCTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAACTAATATTATTTTATTCTGAATAATTTT
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93797 GTAT
131 GTAT
93801 AAATAAAGAT
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0.76 0.12 0.11
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TTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAATAAGTTT
GTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTCATAATA
Found at i:93849 original size:142 final size:142
Alignment explanation
Indices: 93667--93929 Score: 325
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93657 TATCATAATA
* ** * *
93667 ATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAAGTATTTGAA-TTGGTTC-GATAAATAAATTTA
1 ATTTGAAATAGATAATAATTCAAATAGACATAAGTATTTGAACTT-GTTCAG-TAAACAAATTTA
*
93730 ATTCTTAAATCT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAACTAATATTATTTTATTCTGAATAAT
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93794 TTTGTATAAATAAAG
128 TTTGTATAAATAAAG
* * * * *
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1 ATTTGAAATAGATAATAATTCAAATAGACATAAGTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTAAT
* * *
93874 TTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
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93930 TTAAATAAAA
Statistics
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Consensus pattern (142 bp):
ATTTGAAATAGATAATAATTCAAATAGACATAAGTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTAAT
TCTTAAATCTACTTATTAATTTTAGAATATTAATAAACTAATATTATTTTATTCTGAATAATTTT
GTATAAATAAAG
Found at i:94477 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 93803--95285 Score: 1224
Period size: 181 Copynumber: 8.3 Consensus size: 180
93793 TTTTGTATAA
* * * * * * * * *
93803 ATAAAGATTTGAAATAGATAATAATTCAAATAGACATGATTATTTGAACTTGTTCAGTAAGCATA
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***
93868 TTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAA-TTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-
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* ** * * * *
93931 TAAATAAAATTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACTAAAGATC
129 AAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * ** * ** * ** *
93983 AAAATGATTTGAAATAAATAATTATTTGAATGGTCATAACTATTCAAACTCGCTCAGTAAACAAA
1 ATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TAG-TTGGTAAACATA
* * * *
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** * * ** *
94112 TGAATAAGCTTTTATGAA-TGAAACAATTGGCTTATGACAAAACTAAAGGTC
129 AAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * *
94163 ATAACAATTTG-AA-AAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACGT-GTTCAGAAAACAT
1 ATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA--TAGTT-GGTAAACAT
94225 ATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTT-TT
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* *
94287 TCAAAATAAGCTTGCATGAACAGAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
127 TCAAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * * * * *
94341 ATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTCAGATAGTCATAACTATTTGAATAAGATTGGTAAATAGA
1 ATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAT-AG-TTGGTAAACATA
* * * *
94406 TTAATTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC
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* * * *
94471 -AAATAAGCTTATATAAACTGAAACAATTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTC
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* * * * * * * *
94522 ACAATGATTTGAAATAATTAATTATTCAAATACTCATGACCATTTGAACTTGTTCGATAAACATA
1 ATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TAGTT-GGTAAACATA
* * * * *
94587 TTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATT-ACTTGTCGAAATATTAAT-AATTAATATT-TTTTA-AT
64 TTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
** ** * *
94647 CTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGATGAAACAAAAGATT
128 CAAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * ** * *** *
94700 ATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAGTCATAAAGATTTG-A-ACTTGGT---CGGGTA
1 ATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATAGTTGGTAAACATATT
* * * *
94760 GATTTATTAGATCTTTTACTTATTAATTGTCTT--AATATTAATAAATTTGTATTATTTTA-TTC
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* * ** *
94822 AAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTT
129 AAAATAAGCTTGTATGAACAG--AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * * * * * * * * *
94876 ATAACGATTTCAAAGAGATAATTATTCGAACAATCATAATTATTTAAACTTGTTTGTTAAACAAA
1 ATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TAG-TTGGTAAACATA
* * * * * * *
94941 TTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTCAGAATATTGATAACTTAATATTATTTTATTT-
64 TTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC
** * * ** * *
95005 TGAATAAGCTTATATGAACCGAAATGATTTTTTTATGATAAAACAAAAGGTC
129 AAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * *
95057 ATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATATTCATGACTATTTGATCTAGTTCGGTAAGA-AT
1 ATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGA-ATAGTT-GGTAA-ACAT
* * * * *
95121 ATTTATGTTTTAAATTTTTTAGTTGTTAATTGTT-GAAATATTAATAAATT-GATATTATTTTA-
63 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAG-TATTATTTTAT
* * * * * * *
95183 ATCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACTATTGTTTTATAACACAACAAAAAGTC
126 TTCAAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * ** *
95238 ATAACAATTTGAAATAAATAAATGCTCAAATAGTCTTAACTATTTGAA
1 ATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
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ATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATAGTTGGTAAACATATT
TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAA
AATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
Found at i:95013 original size:535 final size:533
Alignment explanation
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93861 AAGCATATTT
*
93871 ATTTTTTAAATCTC-CAACTTATTAATTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAA
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** * * *
93935 TAAAATTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGACAAAACTAAAGATCAAAATGATTTGAAATA
65 TAAGCTTATATGAACT-GAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAAT-
** ** * ** * * *
93999 AATAATTATTTGAATGGTCATAACTATTCAAACTCGCTC-AGTAAACAAATTTATTTTTTAAATC
128 AATAATTATTCAAATACTCATGACTATTTGAACTAGTTCGA-TAAACATATTTA-TTTTTAAATC
* * * * * * *
94063 TTTTACTTATTAATTTTTGGAATTTTAATAAATTATTATTATTATATTCTGAATAAGCTTTTATG
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* ** * * *
94128 AATGAAACAATTGGCTTATGACAAAACTAAAGGTCATAACAATTTG-AA-AAATAATTGTTCAAA
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* * * *
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321 TAGTCATAACTATTTGAACTTGGTCAG---ACATA-TGATTTATTAAATTTTTACTTATTAATTT
* ** **
94256 TTAGAATATTAATAAATTTATATTATTTTTTTCAAAATAAGCTTGCATGAACAGAACCAATTGTT
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* * * * * * *
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* * *
94386 GAATAAGATTGGTAAATAGATTA
511 AAATAAGATTGGTAAACAAATTA
* * * *
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1 ATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAA-TTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAA
* * * *
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* *
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130 -TAATTATTCAAATACTCATGACTATTTGAACTAGTTCGATAAACATATTTATTTTTAAATCTTT
* *
94604 TACTTATTACTTGTCGAAATATTAAT-AATTAATATT-TTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAAC
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** * *
94667 AGAAACAATTGTTTTATGATGAAACAAAAGATTATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATA
258 AGAAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATA
** ** *
94732 GTCATAAAGATTTGAACTTGGTC-G-GGTA-GATTTATTAGATCTTTTACTTATTAATTGTCTT-
323 GTCATAACTATTTGAACTTGGTCAGACATATGATTTATTAAAT-TTTTACTTATTAATT-T-TTA
* * *
94793 AATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAAAATCATTTT
385 AATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGCATGAACAG--AAAAAATCATTTT
* *
94858 ATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTCAAAGAGATAATTATTC-GAACAATCATAATTATTTA
448 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTCAAAGAGATAATTATTCAG-ACAATCATAACTATTTA
* * * *
94922 AACT-TGTTTGTTAAACAAATTC
512 AA-TAAGATTGGTAAACAAATTA
* * * *
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1 ATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAA
* ** * * * *
95009 TAAGCTTATATGAACCGAAATGATTTTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAG
65 TAAGCTTATATGAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATA-
* * * *
95074 ATAATTATTCAAATATTCATGACTATTTGATCTAGTTCGGTAAGA-ATATTTATGTTTTAAATTT
129 ATAATTATTCAAATACTCATGACTATTTGAACTAGTTCGATAA-ACATATTTAT-TTTTAAATCT
* * * **
95138 TTTAGTTGTTAATTGTTGAAATATTAATAAATTGATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGA
192 TTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGA
* * * *
95203 ATAGAAACTATTGTTTTAT-AACACAACAAAA-AGTCATAACAATTTGAAATAAATAAATGCTCA
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*
95266 AATAGTCTTAACTATTTGAACT
319 AATAGTCATAACTATTTGAACT
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Consensus pattern (533 bp):
ATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAAT
AAGCTTATATGAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAAT
AATTATTCAAATACTCATGACTATTTGAACTAGTTCGATAAACATATTTATTTTTAAATCTTTTA
CTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAAAGA
AACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTC
ATAACTATTTGAACTTGGTCAGACATATGATTTATTAAATTTTTACTTATTAATTTTTAAATATT
AATAAATTTATATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGCATGAACAGAAAAAATCATTTTATGACAAA
ACAAAAGGTCATAACGATTTCAAAGAGATAATTATTCAGACAATCATAACTATTTAAATAAGATT
GGTAAACAAATTA
Found at i:96943 original size:181 final size:180
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Indices: 96621--100781 Score: 2950
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96611 TCAAGGCTAA
* * * *
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* * * * * * * *
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* * * ** *
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* ** * * * * *
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1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACT-ATTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
* * * * * *
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65 AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAA
*
96932 TT-TTCTTATGACAAAACAAAA-GTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATT
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* * * * * * * * * *
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1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTA-TTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
**** * * * *
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* * *** * * ** *
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* * * * *
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1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTA-TTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
* * * * * * * * **
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* * *
97287 A-TATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACATTTTGAAATAGATAATTATT
129 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATT
* * * * * *
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1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACT-ATTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
* * * * * *
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65 AATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTA-TTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAAC
* * *
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128 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATT
* * * * * * ** * * * *
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1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTA-TTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
* * * * * *
97577 AATTTTTGAAATATTATTAGATTAGTATTATTTTATTTTGAACAAGCATGTATGAACAT-AAATA
65 AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAC-TGAAACA
* * * * * * * * * **
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129 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG-TCA-----T-AA-CA---ATTTGAAATAGATAATTATT
** *
97704 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCAATAAACA-A-AT-TTTTTTAAATCTCTTACTTATT
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACT-ATTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
* * * * *
97766 AATTTTTGAAAGATTAAGAAATTAGCATTATTTTA-TTCTGAATAAGCTTGTATGATA-TAAAAT
65 AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGA-ACTGAAAC
* * * **
97829 AATTGTTATATGATC-AAACAAAAGGTAACAATGATTTGAAATAGATAATTATT
128 AATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATT
* * * * * *
97882 GAAATGGTGATAATTATTTGAACTAATTTGGTAAACAGATTCATTTTTTAAA--TC--ACTTATT
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACT-ATTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
* * * *
97943 AATTTTTGGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTAGGAACTGAAGCAA
65 AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAA
* * *
98008 TTGTTTTAAGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTT
130 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATT
* * *
98059 TAAATAGTCATAACTATTTGAATTTATTCGGTAAACAAATTTATTTTTTTAAA-CTCTTACTTAT
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTATTCGGTAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTAT
* * * * * * * * *
98123 TAATTTTTAAAATATAAAGAAATTATTATTATTTTATTTTGGATATGCTTTTATGAATTGAAACA
64 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACA
* * ** * * *
98188 ATTGTTATATGTCAAAATGAAAGGTCATAACAATTTTAAATAAATAATTGTT
129 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATT
* * ** * * ** *
98240 CAAATAATTATAACTATTTGAACTTATTCAATAAACATATTTATTTTTTCAAATCTTTTGTTTTT
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TATTCGGTAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTAT
** * * * * * *
98305 TAATTTTCCAAATGTTAATAAATTTG-ATTATGTTATTTTGAATAAGCTTGTAAGATA-TGAAAT
64 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGA-ACTGAAAC
* * * ** ** * * *
98368 AAATATTTTTTGACTTAACAAAATATCAAAACAATCTGTAATAGATAATTATT
128 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATT
* * ** * * * * * *
98421 CTAATGGTTTTAATTATTTGAACTAGT-GACGCAAGCACATTTAATTTTTAAA--TC-T-CTTAT
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTATTCG--GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
* * * * * ** *
98481 TAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTATAATT-GAATAAGCTTCTATGATCAAAAAT
64 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTT-TATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAAC
* * * * * *
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128 AATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATT
*
98597 CAAATAGTCGTAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTA-TTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
* * * ** *
98662 AATTTTTTAAATATTAATAAATTATTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTAT-AGTTAAAAACA
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* * * *
98726 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGCTCATAACGATTTCAAATAGATAATCATT
129 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATT
* * * ** ** * * *
98778 CAAATGGCCATAATTATTTTTACTGATTCAATAAACAAATTTAATTTTTAAATTTCTTACTTATT
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACT-ATTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
*** * ** **
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* * ** * ** * * *
98906 AATTGTTTTATGGCAAATCAATTGGTTATAATGATTTTAAATAGACAATTACT
128 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATT
* * * ** * * *
98959 CAAATAGTAATTACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTTGAATCTCTTTTCGTA
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TATTCGGTAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTC-TTAC-TT
* * *
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* * * ** *
99087 AACAATTGTTTTATAACTAAACAAAAGGTCAGAATGATTTTAAATAGATAATTATT
125 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATT
* * * * * *
99143 CTAATAGTCTTAACCATTTGAACCTATTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAA--TCTTACTTATC
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTATTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
* * * * * * * * * *
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* * * * *
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130 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATT
** * * ** ** * * **
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1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACT-ATTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
* ** * * ** * *
99386 AAGTTTCAAAATATTATTAAATTAATATTATTTTA-TTCTGAATAAAATAGTATGAA-TAGAACC
65 AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAACT-GAAAC
* ** * * * * *
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128 AATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATT
* * * * * * * * *
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1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTA-TTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
* * * * * * **
99567 AATTTTCT-AAATATTAATAAATTAGTGTTATTTTCTTTCAAATAAACTTATATTAACAAAAACA
65 AATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACA
* * ** *
99631 ATTATTTTATGACAAAACATAAA-GTAATAATGATTTGAAATAAATAATTATT
129 ATTGTTTTATGACAAAACA-AAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATT
* * ** * *
99683 CAAATAGTTATAATTATTCAAACTAATTGGGTAAACAGAATTATTTTCTT-AATC-CTTTACTTA
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACT-ATTCGGTAAACAGATTTATTTT-TTAAATCTC-TTACTTA
* * * * * *
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63 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAAC
* * *
99810 AATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCATAACAATTTGAAATAAATATTTATT
128 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATT
* * * * * * * **
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1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTA-TTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
* *
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* * * * *
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* * * * *
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1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTA-TTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
* * * * *
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* ** * *
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129 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATT
* * * * * *
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1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACT-ATTCGGTAAAC-AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
* * * * * *
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* * * * ** * *
100349 ACTATTTTATGATAAAACAAATGGTCA-AATGATTTTAAATAAATAATTATT
129 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATT
* * * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * **
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* * ** * * * *
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*
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* * * *
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* *** ** ** * * ** *
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* * * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * *
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* * * ** * * ** *
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* ** * *
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* *
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* * * * * * *
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* * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * *** * * *
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* * **
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* * * *
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* * ** * *
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* * * * * * ** * * * *
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* * * * *
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* * *
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* * * * * * *
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*
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* * *
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* * * * * **
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* * * ** *
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* * * * * * *
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*
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* * * * * * * *
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* * * * *
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* * ** * *
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* * * *
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* * * * * * *
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* * * * **
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* * ** ** * ** * **
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* * * * * * *
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** * * * * * *
99459 TGAC-AAACTAAAATATTATGACGATTAGAAATATATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGA
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* * * * * *
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* * *** * * * * *
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* * *
99650 TAAAGTAATAATGATTTG
699 -AAGGTCATAATGATTTT
* ** * ** *
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1 AAATAAATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTATTCAGTAAACAGATTTATTTT-TT
* * * * * *
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* * * * * * * * *
99795 TGTATGATCTTAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCATAACAATTTGAAATAAATATTT
129 TGTATGAACTGAAACAATTATTTTATAACTAAACAAAAGGTCAGAACAATTTGAAATAAATAATT
* ** * *
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194 ATTCTA-ATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCAGCAAACACATTTAATTTTT-AA-ATC-TTCT
* *
99924 TATTAATTTTT-AGAATATTACTAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGGAT-AT
255 TATTAATTTTTGA-AATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTAT-GATCA-
* * * * * *
99987 AAAACAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAACAATTTAAAATAGGTAATTATTCATATAA
317 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG-T-TAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
* * * *
100052 TCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAATAGATATATTTTTTAAATCT-CTTATTAATTCTTGAA
380 TCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTACTTATTAATTTTTGAA
* * * *
100116 ATATTAATGAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGTTGAAAACAATTGTTTTATGA
445 ATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGTTAAAAACAATTGTTTTATGA
* * * * * *
100181 CAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAGTTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAACTG
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* * * * * * * *
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* *
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703 TCATAATGATTTT
* * * * * *
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** * * *
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* * * *
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* *
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* *
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* * ** * * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * * ** * * * * * * * *
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* ** ** * * *
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* * ** **
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** * * *
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* * * ***
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* * * * * * *
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* * * * **
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* * * * * *
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* *** *
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* * * *
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* * * ** * * * *
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* * * * * * * *
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* * * **
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* * * * * * * * * *
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* ** * * * * * *
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** * * * * * * ** *
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* * * *** *
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* * * * * * ** *
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*
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* ** * * * * * *
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* ** *** * * * * ** * * *
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* * * * * * * ** * * *
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* **** * * *
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*** *
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* * * ** * * * *
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* * * * * * ** *
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338 AACAAAAGGT--TAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTT
* * * * *
102425 CAGTAAACATATTTTATTTTTTAAAATATTTTACTTATTAATTTTTGAAATTTTAATAAATTAGT
401 CGGTAAACAGA-TTTATTTTTT--AA-A-TCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAAT
** * * * ** * * * *
102490 ATTATTTTATAGCAAATAAGCTTTTATGAACAAAAATAATTGGTTTATAACAAAACAAAAGATCA
461 ATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATG-TTAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
* * * ** * * *
102555 TAACAATTTGAAATGGATAATTGTTCAAATAGATATAATTATTTGAACGTG-TGTAGA-AAACAT
525 TAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAACTATTTGAAC-TGAT-TCGATAAACAA
* ** * *
102618 ATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGTAACATTAATCAATTTA-TATTATTTTA-T
588 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATT
* ** ** * * *
102680 TTGAAATAAGCTTGCATGAAC-AAAACCTATTGTTTTATGAT-AAAA-CAAAAGCTCATAATG-T
652 TTG-GATAAAATTTTATGAACTAAAA-CAATTATTTTATG-TCAAAATC-AAAGGTCATAATGAT
102741 TTT
713 TTT
* * * * * * * *
102744 AAAATAGATAACTATTTAGATAGTCATAGCTATTTGAGCTTATTC-GATAAACAAATTTATTTTT
1 -AAATAAATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTATTCAG-TAAACAGATTTATTTTT
* * * * * *
102808 T-AAGTCTCTTACTCATTAA----TT-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGC
64 TCAAATCTTTTGCTTATTAATTTTTTAAATGTTAATAAATTAGTATTA-TTTATTTCGAATAAGC
* * * ** * * * * *** **
102867 TTATTTGAATTGAAACCGTTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTCATAATTTTTTGAAATAGTTAAT
128 TTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATAACTAAACAAAAGGTCAGAACAATTTGAAATAAATAAT
* ** * * * * * * * * * * *
102932 TAATAAAATAATCATGATTATTTCAATTTGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTTAAATCTTTTAC
193 TATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCAGCAAACACATTTA-ATTTTTAAATC--TT-C
* ** * * * * *
102997 TTATTAATTGTCAAAATATTAAT-AATTAGTATTATTTTAATCCGAATAACCTTGTATGAACATA
254 TTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGATCAAA
* * * * *
103061 AACAATTGTTTTATAACAAAAAAAAAAGAGTTATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTGAAATAG
319 AACAATTGTTTTATGAC-AAAACAAAAG-G-T-TAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
* * * *
103126 TCATAAC-ATTTG-ACTTTGTTTGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGT
380 TCATAACTATTTGAAC-TAGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATC---TACTTATTAATT-T
* ** * ** * *
103189 CTT--AATATTAATAATTTTGTATTATTTTATTT-GAAAAAAGCTTGTATGAGCAAAAAAAATTA
440 -TTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAA-CTTGTATG-TTAAAAACAATTG
* * * * * * * * *
103251 TTTTATGTCAAAACAAAATGTTATAGCAATTTCAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAA-TCA
502 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAACT-A
* * * * * **
103315 TTTAAACTTATTCGATAAATAGA--TACTTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGGAATATT
566 TTTGAACTGATTCGATAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATT
* * * * * * * ** * * *
103378 AATAAACTGGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTATATAAACCGAAACAAATCTTTTATGACAAA
630 AATAAATTAGTATTATTTTATTTTGGATAAAATTTTATGAACTAAAACAATTATTTTATGTCAAA
* *
103443 A-GAAAGGGTCATAATGATTTG
695 ATCAAA-GGTCATAATGATTTT
* * * * * * *
103464 AAATAGATAATTATTTAAATAATTATGACCATTTGATC-TAGTTC-GATAAACATATTTATTTTT
1 AAATAAATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTA-TTCAG-TAAACAGATTTATTTTT
* * * * * * *
103527 TAAAAT-TTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTT-TAATCGAAATAAG
64 TCAAATCTTTTGCTTATTAATTTTTTAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTAT-TTCG-AATAAG
* * * * * * * *
103590 CATGTATGAACAGAAACAAATGTTTTATAA-TAGGAA-AAAAAGTCAAAATATTTTGAAATAAAT
127 CTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATAACTA--AACAAAAGGTCAGAACAATTTGAAATAAAT
* * * * * * * *
103653 AATT-TGTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTT-TGATAAATAGATTTATTTTTTAAATC-T
190 AATTAT-TCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCAG-CAAACACATTTAATTTTTAAATCTT
* * * * * * * * * * *
103715 ATTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTACTTTATTATAAACAAACTTATATGAACAA
253 CTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGATCAA
* * *
103780 CAACATTTGTTTTACT-ACAAAACAAAAGGTTATA-ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
318 AAACAATTGTTTTA-TGACAAAACAAAAGGTTA-ACA--ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* * * * **
103843 GTCATAATTATTTGAATTGGTTAGGTAAACAGAAATATTTTTTAAAATATCTTACTTATTAATTT
379 GTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTT--AA-ATC-TACTTATTAATTT
* ** * * * * * * *
103908 TTGCAATATTAGCAAATTCATTTTATTTTTATTTCAAATAAGCTAGTATGAATT-GAAA-ATTTG
440 TTGAAATATTAATAAATTAATATTA-TTTTATTTCGAATAAACTTGTATG--TTAAAAACAATTG
* * * ** * *
103971 TTTTGTGACAAAGA-AAAAGGTCATAAC-ATTTTGAAATAGATAATTGTTCATATAATCTTAAAT
502 TTTTATGACAAA-ACAAAAGGTCATAACGA-TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAACT
* * * * *
104034 ATTTGAACTGGTTTG-TCAAACAAATTTA-TTTTTAATTCTCTTAGTTATTAATTTTTAGAATAT
565 ATTTGAACTGATTCGAT-AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATAT
* * * **** ** * * * * *
104097 TATTATATTTGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAAC-AGAAATAATTGTTTTGTG-AA
629 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGGATAAAATTTTATGAACTA-AAACAATTATTTTATGTCA
* * ** *
104160 AAAACAAAAGGTTATAACAATTTG
693 AAATC-AAAGGTCATAATGATTTT
* * * * *
104184 AAGTAAA-CA--ATTCAAATAGTTATAATTATTTGAAC-TAGTT-TGATGAACAGATTTATTTTT
1 AAATAAATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTA-TTCAG-TAAACAGATTTATTTTT
** * *
104244 T-AAATCGCTTACTTATTAATTTTTGAAA-GATTAATAAATTAGTATTATTGTA-TTCTGAATAA
64 TCAAATCTTTTGCTTATTAATTTTTTAAATG-TTAATAAATTAGTATTATT-TATTTC-GAATAA
* ** * * * * * * * *** *
104306 GCTTGAATGATA-AAAAACACTTGTTATATGACCAAACAAAAGGTAATAATGGTTTGAAATAGAT
126 GCTTGTATGA-ACTGAAACAATTATTTTATAACTAAACAAAAGGTCAGAACAATTTGAAATAAAT
* ** * * * * * * * * * * *
104370 GAA-TGTTGAAATGGCCATAATTATTTGAAAT-GATTCAGTAAATAGATTCATTTTTTAAATC-A
190 -AATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTAG-TTCAGCAAACACATTTAATTTTTAAATCTT
* * * * * * * *
104432 CTTATTAATTTTTGGAATGTTAATAAATTTGTATTATTTT-ATTTCAAATAAGCTTGTATGAACT
253 CTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCT-GAATAAGCTTGTATGATCA
** * *** *
104496 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTTGTATTG
317 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT--TAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
* * ** * *
104561 TCTTAACTATTTAAACT-GCTTCGACAAACAAATTTATTTTTTAAATCCCTTAGTTATTAA-TTT
380 TCATAACTATTTGAACTAG-TTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAAT--C-TACTTATTAATTTT
* * * * * *
104624 TCATAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTTTATG--AACTGAAACAATT-
441 TGA-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGTTAA---AAACAATTG
* * * * * * *
104686 ATTTA-GA-ATAGAATAAAAAGTTATAATGATTTGAAATAGGTAATTATTCAAATA---AGAAC-
502 TTTTATGACA-A-AACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAACT
* * * * *
104745 ---T--AC---TTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTTTTGAAATATT
565 ATTTGAACTGATTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATT
**** * *** * *** * *
104802 AATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAACAGGCTTGTATGATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAA
630 AATAAATTAGTATTATTTTATTTTGGATAAAATTTTATGAACTAAAACAATTATTTTATGTCAAA
* * *
104867 A-CAATGTTCATAATGATTTG
695 ATCAAAGGTCATAATGATTTT
* * * ** * ** * *
104887 AAATAGATAATTGTTGAAATAGCCATAATTATTTGAA-TTGATTTGGTAAACAGATTCACTTTTT
1 AAATAAATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTT-ATTCAGTAAACAGATTTATTTTTT
* * * * **
104951 -AAATC----ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTATTATTATTTTATTTAAAATAAGCT
65 CAAATCTTTTGCTTATTAATTTTTTAAATGTTAATAAATTAGTATTA-TTTATTTCGAATAAGCT
* * * ** * ** * * *
105011 T-TAATGAATTGAAACAATTTTTTTATGA-TAAAACAAAATATCATAATGATTTTAAATATACAA
129 TGT-ATGAACTGAAACAATTATTTTATAACT-AAACAAAAGGTCAGAACAATTTGAAATAAATAA
* * ** * ** *
105074 TTGTTCAAATAGTCACAACTATTTGAATTTA-TTCAAAAAACACATTTATTTTTTAAAATCTCTT
192 TTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAA-CTAGTTCAGCAAACACATTTAATTTTT-AAA--TCTT
** * * * * * * *
105138 GCTTATTAATTTTTGAAATATTAAAAAATTGGTATTATTTT-ATTTCAGATAACCTTTTATAAAC
253 -CTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCTGA-ATAAGCTTGTATGATC
* * * * *
105202 TAAAGCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTTAAA-A-ATCAATCT-TTCAAA
316 AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT--TAACAATTTGAAATAGAT-AAT-TATTCAAA
* * * *
105264 TAGTCATAACTACTTGAGCTTA-TTCGGTAAACA-AGTTTATTTTTTCAA---A--TGTTAA---
377 TAGTCATAACTATTTGAAC-TAGTTCGGTAAACAGA-TTTATTTTTTAAATCTACTTATTAATTT
** * * * * * * ***
105319 -TG---TATT-A-GGA-T--TATT-TTGT-TCT-AAATAAGCTTGTATGATATGAAACAAACATT
440 TTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGTTA-AAAACAATTGTT
* * * * * * ** * ***
105372 TTATGACTAAA-AATAGGTTAGAACAATTTAAAATAGATAATTATTCTTATGGTTTTAACTATTT
504 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAACTATTT
* * * ** * *
105436 GAACTGGTTTGACAAACACTTTTATTTTTTAAATCTCATACTTATTAATTTTTGAAATATTAATA
569 GAACTGATTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATA
* * ** * ** **
105501 AATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGATAAAAAAACAATTATTTTATAACAAAA-C
634 AATTAGTATTATTTTATTTTGGATAAAATTTTATGA-ACTAAAACAATTATTTTATGTCAAAATC
* *** *
105565 AAATGGTTATAGCAATTTG
698 AAA-GGTCATAATGATTTT
* * * ** * * *
105584 AAATAGATAATTGTTCAAATTGCCATAATTATTT-AACTAATTC-GATAAACAAATTTTATTTTT
1 AAATAAATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTATTCAG-TAAACAGA-TTTATTTTT
* * * * *
105647 T-AAATCTCTTACTTATTAA-----TAAAT-TT-GT--A-T--TA-T-TTTA-TTCCATATAAAC
64 TCAAATCTTTTGCTTATTAATTTTTTAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTATTTCGA-ATAAGC
* * * * * * * *
105696 TTGTATTAA-TAAAACAATTGTTTTATGAA--AAACAAAAGGT-ATAGCAATTTTAAATAGACAA
128 TTGTATGAACTGAAACAATTATTTTAT-AACTAAACAAAAGGTCAGAACAATTTGAAATAAATAA
** * * * * *
105757 TT-TTC-AATAGT-TATAACTATTTGAACTTTTTC-GTAAATAGATTTATTTTCTTAATCTCTTT
192 TTATTCTAATAGTCT-TAACTATTTGAACTAGTTCAGCAAACACATTTAATTT-TTAA-ATC-TT
* * * * * * *
105818 CTTTTTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTAATTT-ATTTCGAGTAAGCTTGTATAAAT
253 CTTATTAA-TTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCT-GAATAAGCTTGTAT-GAT
** * * * *
105881 -TGAAACAATTGCTTTTATGATAAAACAAATA--TAAACAATTTGAAAATAGATAATTGTTCTAA
315 CAAAAACAATTG-TTTTATGACAAAACAAA-AGGTTAACAATTTG-AAATAGATAATTATTCAAA
* * * * * ** *
105943 TAGT-ATTAA-TCATATAAACTGGTTCGATAAACA-ATTT-TTTTTGATCTCTTACTTATT-AGT
377 TAGTCA-TAACT-ATTTGAACTAGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATC-TACTTATTAATT
* ** * * * ** * *
106003 TTTGAAATATTATTAAATTTGTATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTGCG-AACAAAAAAATTGT
439 TTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGTTA-AAAACAATTGT
** * * * ** *
106067 TTTATGACAAAACAATTGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATCATTCATATAATCTTAACTATT
503 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAACTATT
* * ** * * * * ** * * * *
106132 TGAACTCG-TTCAACAATTAGATTTATCTTTTAATTTTCTTGGTTATTAAGTTTTGAAATGTTAT
568 TGAACT-GATTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAA
*** ** * * * *
106196 TAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAAATAGTATGAAC-AGAACCAATTGTTTGATGACAAAA
632 TAAATTAGTATTATTTTATTTTGGATAAAATTTTATGAACTA-AAACAATTATTTTATGTCAAAA
* * *
106260 -CAAAAAGTTAT-ATGATTTG
696 TC-AAAGGTCATAATGATTTT
* * * * * ** * *
106279 AAATAGATAATTATTCATATAGTCAAAACTATTTGAAATGGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTT-
1 AAATAAATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTATTCAGTAAACAGATTTATTTTTTC
* * * * * * * *
106343 AAATCTCTTACTGATTAATTTTCTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAACAAACTT
66 AAATCTTTTGCTTATTAATTTTTTAAATGTTAATAAATTAGTATTA-TTTATTTCGAATAAGCTT
* ** * * * * * * ** *
106408 ATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAATGATTTGAAATAAATAATTG
130 GTATGAACTGAAACAATTATTTTATAACTAAACAAAAGGTCAGAACAATTTGAAATAAATAATTA
* * * *
106473 TT-TAAATAGT-TATAATTATTTTAACT-GATTC-G-ATAA-ATAGTATTATTTTTTAAATC-TC
195 TTCT-AATAGTCT-TAACTATTTGAACTAG-TTCAGCA-AACACA-T-TTAATTTTTAAATCTTC
* * ** * * * * * **
106531 TTATAAAATTTTGAAATATTAACAAACTAGTTTTATTTTATTCTAAATAAACTT-TATGAGT-TG
254 TTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGA-TCAA
*
106594 AAATAATTGTTTTAATG------C--AA----AAC-A----AAAT-G-T--TTA-T---ATAGTC
318 AAACAATTGTTTT-ATGACAAAACAAAAGGTTAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC
* * * * * **** * *
106634 TTAATTGTTTGAATTGGTTTAACAAAC-GAATTTATTTTTTAAATCTTTTAGTTATGAATTTTT-
382 ATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACAG-ATTTATTTTTTAAATC---TACTTATTAATTTTTG
* * * ** *
106697 AGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTA-TTCTAAATAAACTTGTATGAACAAAAATAATTGTTT
443 A-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTC-GAATAAACTTGTATG-TTAAAAACAATTGTTT
* * * * * *
106761 TATGACAAAACAAATGGTTATAACAATTTGAAATACATAGTTGTTCAAATAG---T--C-A--T-
505 TATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAACTATTTG
* * *
106817 -A---A--C--T------ATTTA-TTTTTAGATCTCTTAC----TAATTCTTGAAATATTAATAA
570 AACTGATTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAA
**** ** * **** * *
106863 ATTAGTATTATTTTATTCCAAATAATCTTGTATGTTGAAAAATAATTGTTTTATGAT-AAAA-CA
635 ATTAGTATTATTTTATTTTGGATAAAATTTTATGAACTAAAACAATTATTTTATG-TCAAAATC-
* ** *
106926 AAAGGTAATAACAATTTA
698 AAAGGTCATAATGATTTT
** * * * ** *
106944 AAATTTATAACTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAA-TTGATTC-GATAAACTA-ATTTATTTT
1 AAATAAATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTT-ATTCAG-TAAAC-AGATTTATTTT
* * * * * * * * *
107006 TT-AAACCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAATAGAATTATTTTATTTTGGATAAG
63 TTCAAATCTTTTGCTTATTAATTTTTTAAATGTTAATAAATTAGTATTA-TTTATTTCGAATAAG
* * * * * * * * * * * *
107070 CTTTTGTGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAATAATTTTAAGTAGATAA
127 CTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATAACTAAACAAAAGGTCAGAACAATTTGAAATAAATAA
* * * ** * * ** * * *
107135 TTGTTCAAATAATAATAACTATTTGAGCTTGTTTGGTAAACATAATT-ATTTGTTCAAATCTCTT
192 TTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCAGCAAACACATTTAATTT-TT-AAA--TCTT
* * * *
107199 GCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAAT
253 -CTTATTAA-TTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATG-AT
** * * * * *
107263 -TGAAACAATTATTTTATGACTAAATAAAAGGTTAGA-ATGATTTAAAATAGATAATTATTCTAA
315 CAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTA-ACA--ATTTGAAATAGATAATTATTCAAA
* * * * * ** *
107326 TAGTCCTGACCACTTGAAAT-GATTC-G---ACA-A--TAAATCTT---T-TACTTATTAATTTT
377 TAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTACTTATTAATTTT
* ** * * * * * * *
107379 TGAAATATTATTAAATTAGCATTATTTTAATTCGAATAAGCTTATATGATAAGAAATAGTT-CTT
441 TGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGTTAA-AAACAATTGTTT
* ** * * ** * *
107443 TATTGACAAAAC-AAAGATCATAGTGATTTGAGATTGATCTTTGTTCAAAT-GATCATAACTATT
505 TA-TGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG-CCATAACTATT
* * * * * ** * * * *
107506 TGAATTGGTTTGAAAAATAGCTTTAGTTTTTAAATCTCTTGCTTAATAATTTTTTAAATATTAAT
568 TGAACTGATTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAAT
* * * * * *
107571 GAAA-TAGTATTATTTTATTTCGGATAAATTTTTATGAACTGAAATAGTTATTTTATGACAACAA
633 -AAATTAGTATTATTTTATTTTGGATAAAATTTTATGAACTAAAACAATTATTTTATGTCAA-AA
**
107635 --AAA-GTCATTTTGATTTT
696 TCAAAGGTCATAATGATTTT
* * * * * * *
107652 AAATAGATAATTGTTCAAATGGTTATATCTATTTGAACTTGTT-AGGTAAACATATTAATTTTTT
1 AAATAAATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTATTCA-GTAAACAGATTTATTTTTT
* * * * *
107716 TAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCT
65 CAAATCTTTTGCTTATTAATTTTTTAAATGTTAATAAATTAGTATTA-TTTATTTCGAATAAGCT
* * * * ** *
107781 TGTATGAATTGAAATAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCAGAATGATTTGAAATAGATAATT
129 TGTATGAACTGAAACAATTATTTTATAACTAAACAAAAGGTCAGAACAATTTGAAATAAATAATT
* *
107846 ATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGATCGGCAAA-AC-------------A----C--ATT
194 ATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCAGCAAACACATTTAATTTTTAAATCTTCTTATT
* * * * * * *
107891 TATTTTT----TATTATTAAATTAGTATTATCTTAATCGGAATTAGCTTATATTA-AAAGAAACA
259 AATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGATCAA-AAACA
* * * * * *
107951 ACTGTTTTATGACAAAA-TAAAGATCATAACGATTTGAGATAGATAATTATTCAAGTAGTCATAA
323 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT--TAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAA
* * * * * * *
108015 CTATTTGAA-TTGATTCAGTAAACAAATTTAGTTTTT-AATCT-CTAATTAATTTTTAAAACATT
386 CTATTTGAACTAG-TTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTACTTATTAATTTTTGAAATATT
* * ** *
108077 AATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTAAATAATTTTGTATG-AAGAGAAACAATTGTTTTATGACA
450 AATAAATTAATATTATTTTATTTC-GAATAAACTTGTATGTTA-A-AAACAATTGTTTTATGACA
* * * ** *
108140 AAACAAAATGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAAGGGACATAACTATTTGAACGTG-
512 AAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAACTATTTGAAC-TGA
* * * * ** * *
108204 TTTGCTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCAACCTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGT
576 TTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGT
*** * * **
108269 ATTATTTTATTTCAAATAAAATTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGACAAAA-CAAAATAT
641 ATTATTTTATTTTGGATAAAATTTTATGAACTA-AAACAATTATTTTATGTCAAAATC-AAAGGT
* *
108332 CATAGCT-ATTTG
704 CATA-ATGATTTT
* ** ** * * *
108344 AAATAAATAATTATTCAAATGGTCT-TAACTATTTGAGTTTGCTCAATCATC-GAATTTATTTTT
1 AAATAAATAATTATTCAAATAGT-TATAACTATTTGAACTTATTCAGTAAACAG-ATTTATTTTT
* ** ** *
108407 T-AAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATACTAATAAATTAGTATTATTTTGTTTCGAATAAGC
64 TCAAATCTTTTGCTTATTAATTTTTTAAATGTTAATAAATTAGTATTA-TTTATTTCGAATAAGC
** * * * * * *
108471 TTGTATGAA-TAGAAACAATTGGTTTATGACAAAATAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATAA
128 TTGTATGAACT-GAAACAATTATTTTATAACTAAACAAAAGGTCAGAACAATTTGAAATAAATAA
* * * * * * * * *
108535 TTATTCAAATAATCATAACTATTTGAACGT-GTTTAGAAAATATATTTATTTTTTAAATTTCTAC
192 TTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAAC-TAGTTCAGCAAACACATTTAATTTTTAAA--TCTTC
* * * *
108599 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTT-ATTTGGAATAACCGTGTATGAAT-
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* * * * ** * * *
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* *
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** * * * ** *
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* * * ** * * *
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*
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* * * * **
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* *
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* *
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* *
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* *
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* * * * * * *
100256 CTAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTAATAACTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTA
256 CAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTATTATTATTTTA
* * * ** * * * * **
100321 -TTTGGATAAGATTTTATGAACTAAAACAACTATTTTATGATAAAACAAATGGTCA-AATGATTT
321 TTTTGAATAAGCTTGTAT-AGTTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTT
* * ** *
100384 TAAATAAATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAATAGATTTATATTT
385 GAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGATTCAATAAACAGATTTAT-TTT
* * * * ** * **
100448 TCAAATCTCATGCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGC
448 TTAAATTTCTTGCTTATTAATTTCTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGC
*
100513 TTGTATGA-ATTGAAACAATTA
513 TTGTATGATA-TGAAACAATTG
* * * * * * * *
100534 TTGTATAACTAAACAAAAGGTCT-GAGCAATTTGAAATAAATAATTATTCTAATAGTCTTAACTA
1 TTTTATGAC-AAACAAAAGGT-TATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT-ATAACTA
* * * *
100598 TTTGAACTAGTTCGGTAAACACATTAATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTATTAA
63 TTTGAACTAGTT-AGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAA
* *
100663 ATTAGTATTAATTTTA-TTCGAATAAGCTTATATGATCAAAAACAATTGTTTTATGAGAAAACAA
127 ATTAGTATT-ATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA
* * * * * * * * * *
100727 AA-ATCATAATGATTTGAGATTGATATTTCTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGGTTTGGAA
191 AAGGT-ATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-ATTCGG-T
* * * * * * * *
100791 AAACAACTTTAGTTTTTATTAAT-T-TTA-TCAGATAAGTTTGTATGAACTAATTTTGGACAATT
253 AAACAAATTTA-TTTTT-TAAATCTCTTACTTA-TTAA-TTT-T-T-AA--AATATT-AATAAAT
* * ** * ** *** * ** **
100853 TATTAATAAATAAATATT-AAT---CTT-TATTTCTTCATTTCATATTATTTTA--ACTTGTATG
308 TATT-ATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTA-TAGTT-AAAACA-ATTGTTTTATGAC--AAAAC
* * * * **** *
100911 AATA-G--A-AACTATTTGAAA-AAATAATGTAATGT-TAATA-T-ATGAATTCAAAACAAAT-A
367 AAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAAT-T-AT-TCAAATAGTCAT-AACT-ATTTGAACTGA
* * * * * **
100967 TTAGAATATAATA-ATATTATGATTTT--ATTTCAT-CATAAAGGTCTATATTTGAAATAGATAA
427 TT-CAATA-AACAGAT-TTAT-TTTTTAAATTTCTTGC-T-TA--T-TA-ATTTCTAA-A-AT-A
** ** * ** * *
101028 TTGTTCAAA-TAGTCA-TA-ACTATT-TGAATATG-TT-TA--A-GGGAAACCAAATA
479 TTAAT-AAATTAGT-ATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGATATGAAA-CAATTG
* * ***** ** * * * *
101077 ATTTCT-A-AAATTTTTGGGCCTTTATTAATCTTTTTGGAGATCATTATAATTAGTT-ATGATTG
1 TTTTATGACAAA-CAAAAGG---TTA-TAA-CGATTT-GAAAT-A-GATAATTA-TTCA-AATAG
** * * * * * **
101139 TAT-TTTATTCGAAATAAGCTTATATGAACATAAACA-A-TTATTTTATGACA-CAACAAAGGTC
55 TATAACTATTTGAACT-AG--T-TA-G----TAAACAGATTTATTTT-TTAAATC-TCTTA--T-
** * * * * * **
101200 ATAACATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGTCATAACCATTTGAACTTGTCCGGTAA-ACATA
106 -TAATTTTTGAAATA-TTAA-TA---AATTAGT-AT---TATTT-TA-TT-T-C-G-AATA-AGC
* **** * * * ** * * * * *
101264 TTCATATTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTT-TGGA-ATATTAATAAGTTAGTATTATTTTTAT
154 TT-ATA---TGAA-CAAAAAC-AATT-GTTTTAT-GACAAAACAA-AAGGTA-TAATAATTTGAA
* * * * * * * *** * * *
101327 TTCAAATAA--G-CCTAAGTGAACTAAT-AC-AATTGTTTTA-T-GATGAAACAAAAGGTCATTG
209 AT-AGATAATTGTTC-AAAT--AGTCATAACTATTTGAACTATTCGGT-AAAC-AAA-TTTATT-
* *** * * * * * * * **
101385 CAATTTGAAAT-AGATAATTTTTCAAATAGTTATGAGAT-TTGAAATAGATAATTATTCA-AATA
266 ---TTTTAAATCTCTTACTTATT--AAT--TTTTAAAATATT--AATAAATTATTATT-ATTTTA
* * * * * * **** * **
101447 GTTATGACT-A-TTTGAACTTGTTCAGTAACATATT-TATTT-TG--AAAAC--CTTTTACTTTT
321 -TTTTGAATAAGCTTGTA-TAGTT-A-AAACA-ATTGT-TTTATGACAAAACAAAAGGT-CATAA
* ** * * * *
101504 TAA-TTGTCA-AAAT-ATTAAT-AAAT--TAAT-ATTATTTTAATCT-A---AATAAAC---TTG
379 CAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTGATTCAATAAACAGATT-
* ***** *** * * *** * * * * *
101555 TGTGAACAAAATCAATTGTTTTATGACA-AAATAAAA-AGTCATAACGATTAGGAATAAGTAATT
442 TATTTTTTAAATTTCTTG-CTTATTA-ATTTCTAAAATATTAATAA--ATTA-GTATTA-T-TTT
* * * * * *
101618 GTT-TAAAT-AGTCAT-AATTGAT-TCGATAAACTTATTTA
500 ATTCTGAATAAG-CTTGTA-TGATAT-G--AAAC--AATTG
* * * ** * * * *
101655 TTTTTTTA-AATCTCCAA-CTTCTCAA--ATTTTGAAATATGAATAA--AGT-AACAT--TAT-T
1 TTTTATGACAAAC-AAAAGGTTAT-AACGA-TTTGAAATA-G-ATAATTATTCAA-ATAGTATAA
* * * * * *
101710 TTATTTTGGA-TAAGATTTTATGAATTGAAACA-A-TTATTTTATGTTAAAATAAAATGTCATAA
60 CTA-TTTGAACT-AG---TTA-G---T-AAACAGATTTA-TTT-T-TT-AAAT---CTCTTATTA
* * * * * ** * * *
101772 CAATTTT-AAATA--GAT-AATT-GTATAAATTGA-AAC-AATTA--TTTTATG-AC-TAAACAA
108 -ATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAACAAAAACAA
** * * * * **
101826 -------ATG----GTCAAAA-------TGATTTGAAATAGCTAATTATTCTAATAGTTTTAACT
172 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
** * ** * ***
101873 ATTTGAACTGGTGCAAAAAC---ATATTTATTT----TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAA
237 A-TT----T-GAAC-TATTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAA
* * * * * * * * **
101931 AATATTATTAATTTAGTAATATTTTACTCTGAATAAGCTTGTA-CGAATAGAAACAATTACTTTA
295 AATATTAATAAATTATTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATAG-TTA-AAACAATTGTTTTA
* * * * * * * *
101995 TGAGAAAAAAAAAGATCATAACAATTTTAGATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAA
358 TGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * * *
102060 CTGGTTCAATAAATAGATTTAGTTTTTTAAA--TC-T-CTTCTTAATTTTTGAAATATTAATAAA
423 CTGATTCAATAAACAGATTTA-TTTTTTAAATTTCTTGCTTATTAATTTCTAAAATATTAATAAA
* * * * **
102121 TTGGCACTACTTTATTCTGAATAATTTTGTATGA-ATAGAAACAATTG
487 TTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGATAT-GAAACAATTG
* **** * * * *
102168 TTTTA-CAGCAAAACAAAATAAAATAATGATTTGAAATAGCTAA-TAGTTCGAATAG-ACTTGAC
1 TTTTATGA-C-AAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAATAGTA--TAAC
* * *
102230 TATTTGAACTTGTTTAGTGAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTT-AGAATA
61 TATTTGAACTAG-TTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCT----CTTATTAATTTTTGA-AATA
* ** * * * * *
102294 TTAATAAATTGGTATTATTTTATTTCGAATAAATTTGTAT-AAGTAGAAACAATTGTTTTATAAG
120 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAA-CAAAAACAATTGTTTTATGAC
* * ** * * **
102358 AAGACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTCGAACCGG
184 AAAACAAAAGGT-ATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTA
* * * * * * *
102423 CTCAGTAAACATATTTTATTTTTTAAAATATTTTACTTATTAATTTTTGAAATTTTAATAAATTA
247 TTCGGTAAACA-AATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTA
* **** * *** * * * *
102488 GTATTATTTTATAGCAAATAAGCTTTTATGAACAAAAATAATTGGTTTATAACAAAACAAAAGAT
310 TTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTAT-AGTTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
** * *
102553 CATAACAATTTGAAATGGATAATTGTTCAAATAGAT-ATAATTATTTGAACGTG-TGT-AGA-AA
374 CATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAG-TCATAACTATTTGAAC-TGAT-TCA-ATAA
* * * ** * *
102614 ACATATTTATTTTTTAAATTT-TTACTTATTAATTTTTGTAACATTAATCAATTTA-TATTATTT
435 ACAGATTTATTTTTTAAATTTCTTGCTTATTAATTTCTAAAATATTAAT-AAATTAGTATTATTT
* ** *
102677 TATT-TGAAATAAGCTTGCATGA-ACAAAACCTATTG
499 TATTCTG-AATAAGCTTGTATGATATGAAA-CAATTG
* * * * * * * * * *
102712 TTTTATGATAAAACAAAAGCTCATAATGTTTTAAAATAGATAACTATTTAGATAGTCATAGCTAT
1 TTTTATGA-CAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT-ATAACTAT
* * * * * * *
102777 TTGAGCTTA-TTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAGTCTCTTACTCATTAATT--AATATTAATA
64 TTGAAC-TAGTTAG-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATT-TTTGAAATATTAATA
* * *** ** *
102839 AATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATTTGAATTGAAACCGTTGTTTTATTACAAAACAA
126 AATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA
** * ** * * * * * * *
102904 AAGGTCATAATTTTTTGAAATAGTTAATTAATAAAATAATCATGATTATTTCAATTTGTTCGGTA
191 AAGGT-ATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTATTCGGTA
* * * * *
102969 AACATATTTATTTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAAT-AATTAGTATTATT
254 AACAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTATTATTATT
* ** * ** * * *
103033 TTAATCCGAATAACCTTGTAT-GAACATAAACAATTGTTTTATAACAAAAAAAAAAGAGTTATAA
318 TTATTTTGAATAAGCTTGTATAG-TTA-AAACAATTGTTTTATGAC-AAAACAAAAG-GTCATAA
* * ** *
103097 CAATTTGAAATAAATAATTGTTGAAATAGTCATAAC-ATTTG-ACTTTG-TTTGATAAACATATT
379 CAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC--TGATTCAATAAACAGATT
* * * *
103159 TATTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAATTGTCT-TAATATTAATAATTTTGTATTATTTTATT-T
442 TATTTTTTAAAT-TTCTTGCTTATTAATT-TCTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT
* * * * *
103221 GAAAAAAGCTTGTATGAGCA-AAAAAAATTA
505 G-AATAAGCTTGTATGA-TATGAAACAATTG
* * * * * * *
103251 TTTTATGTCAAAACAAAATGTTATAGCAATTTCAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAA-TCA
1 TTTTATGAC-AAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT-ATAACT-A
* * * *
103315 TTTAAACTTA-TTCGATAAATAGA--TACTTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGGAATAT
63 TTTGAAC-TAGTTAG-TAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTC----TTATTAATTTTTGAAATAT
* * * * ** * *
103377 TAATAAACTGGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTATATAAACCGAAACAAATCTTTTATGACAA
121 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAA
* * * * * * * * * *
103442 AAGAAAGGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAATTATGACCATTTGATCTAGTT
186 AACAAAAGGT-ATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTA-TT
* * * * * *
103507 CGATAAACATATTTATTTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAATA
249 CGGTAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTATTA
* * * ** * * *
103571 TTATTTTA-ATCGAAATAAGCATGTAT-GAACAGAAACAAATGTTTTATAATAGGAAA-AAAA-G
313 TTATTTTATTTTG-AATAAGCTTGTATAG-TTA-AAACAATTGTTTTATGACA--AAACAAAAGG
* * * * ** *
103632 TCAAAATATTTTGAAATAAATAATT-TGTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGATAAAT
373 TCATAACAATTTGAAATAAATAATTAT-TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCAATAAAC
* * * * *
103696 AGATTTATTTTTTAAA--TC-T-ATTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTACTTTAT
437 AGATTTATTTTTTAAATTTCTTGCTTATTAATTTCTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * * * ** *
103757 TATAAACAAACTTATATGA-ACAACAACATTTG
502 TCTGAATAAGCTTGTATGATATGA-AACAATTG
* * *
103789 TTTTACT-ACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTA
1 TTTTA-TGAC-AAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT-ATAACTA
* * ** *
103853 TTTGAATTGGTTAGGTAAACAGAAATATTTTTTAAAATATCTTACTTATTAATTTTTGCAATATT
63 TTTGAACTAGTTA-GTAAACAGATTTATTTTTT--AA-ATC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATT
** * * *** * *
103918 AGCAAATTCA-TTTTATTTTTATTTCAAATAAGC-TAGTATGAATTGAAA-ATTTGTTTTGTGAC
122 AATAAATT-AGTATTA-TTTTATTTCGAATAAGCTTA-TATGAACAAAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * * *
103980 AAAGA-AAAAGGTCATAACATTTTGAAATAGATAATTGTTCATATAATCTTAAATATTTGAACTG
184 AAA-ACAAAAGGT-ATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-
* * * * * * *
104044 GTT-TGTCAAACAAATTTA-TTTTTAATTCTCTTAGTTATTAATTTTTAGAATATTATTATATT-
246 ATTCGGT-AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTA
*** ** * * *
104106 TGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTAT-GAACAGAAATAATTGTTTTGTGAAAAAACAAAAG
310 T-TATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATAG-TTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * * ** *
104170 GTTATAACAATTTGAAGTAAA-CA--ATTCAAATAGTTATAATTATTTGAACT-AGTTTGATGAA
372 GTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGA-TTCAATAAA
** * * * * *
104231 CAGATTTATTTTTTAAATCGCTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTGTA
436 CAGATTTATTTTTTAAATTTCTTGCTTATTAATTTCTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* ** *
104296 TTCTGAATAAGCTTGAATGATAAAAAACACTTG
501 TTCTGAATAAGCTTGTATGATATGAAACAATTG
* * * * * * * * *
104329 TTATATGACCAAACAAAAGGTAATAATGGTTTGAAATAGATGAA-TGTTGAAATGGCCATAATTA
1 TTTTATGA-CAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGAT-AATTATTCAAATAG-TATAACTA
* * * * * *
104393 TTTGAAAT-GATTCAGTAAATAGATTCATTTTTTAAATCACTTATTAATTTTTGGAATGTTAATA
63 TTTGAACTAG-TT-AGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATA
* * * *
104457 AATTTGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA
126 AATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA
** ** * *** * * * * **
104522 AATTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTTGTATTGTCTTAACTATTTAAACTGCTTCGACA
191 AAGGT-ATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-ATTCGGTA
* * * * * *
104587 AACAAATTTATTTTTTAAATCCCTTAGTTATTAATTTTCATAATATTATTAAATTAGTATTATTT
254 AACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTATTATTATTT
** * ** * * * * * **
104652 TATTTCAAATAAGCTTTTATGAACTGAAACAATT-ATTTA-GA-ATAGAATAAAAAGTTATAATG
319 TATTTTGAATAAGCTTGTAT-AGTTAAAACAATTGTTTTATGACA-A-AACAAAAGGTCATAACA
** * * *
104714 ATTTGAAATAGGTAATTATTCAAATA---AGAAC----T--AC---TTCGATAAATAGATTTATT
381 ATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCAATAAACAGATTTATT
* * * ** *
104767 TTTTAAATATT-TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAACA
446 TTTTAAAT-TTCTTGCTTATTAATTTCTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATA
* *
104831 GGCTTGTATGATGA-AAAACAATTG
510 AGCTTGTATGAT-ATGAAACAATTG
* * * * * * *
104855 TTTTATGACAAA-ACAATGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATAGCCATAATTAT
1 TTTTATGACAAACAAAAGGTT-ATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG-TATAACTAT
* * * * * *
104919 TTGAATTGATTTGGTAAACAGATTCACTTTTTAAATCACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA
64 TTGAACT-AGTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA
* ** *** * *
104984 TTATTATTATTTTATTTAAAATAAGCTT-TAATGAATTGAAACAATTTTTTTATGATAAAACAAA
128 TTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTAT-ATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA
** * * * * * * ***
105048 ATATCATAATGATTTTAAATATACAATTGTTCAAATAGTCACAACTATTTGAATTTATTCAAAAA
192 AGGT-ATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTATTCGGTAA
* * * * **
105113 ACACATTTATTTTTTAAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAAAAAATTGGTATTATTT
255 ACAAATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTATTATTATTT
* * * ** * * *
105178 TA-TTTCAGATAACCTTTTATAAACTAAAGCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGA
319 TATTTTGA-ATAAGCTTGTAT-AGTTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAA
* * * * **
105242 TTT-TAA-AAATCAATCT-TTCAAATAGTCATAACTACTTGAGCTTATTCGGTAAACA-AGTTTA
382 TTTGAAATAAAT-AAT-TATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCAATAAACAGA-TTTA
* * * * *
105303 -----T---TTT-TT-C--A--AATGT-T---A-A-T-GT--ATTAGGATTATTTTGTTCTAAAT
444 TTTTTTAAATTTCTTGCTTATTAATTTCTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAAT
***
105345 AAGCTTGTATGATATGAAACAAACA
509 AAGCTTGTATGATATGAAACAATTG
* * * * ** * *
105370 TTTTATGACTAAA-AATAGGTTAGAACAATTTAAAATAGATAATTATTCTTATGGTTTTAACTAT
1 TTTTATGAC-AAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG-TATAACTAT
* * * **
105434 TTGAACTGGTTTGACAAACACTTTTATTTTTTAAATCTCATACTTATTAATTTTTGAAATATTAA
64 TTGAACTAGTTAG-TAAACAGATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAA
* * * *
105499 TAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGATAAAAAAACAATTATTTTATAACAAAA
124 TAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGA-ACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAA
* ** * * *
105564 CAAATGGTTATAGCAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATTGCCATAATTATTT-AACTAATTCG
188 CAAAAGG-TATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-ATTCG
* *
105628 ATAAACAAATTTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA----T-AAAT-TT-GT--ATTATT-TT
251 GTAAACAAA-TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTATTATT
** * * *
105683 ATTCCA---T--ATAAACTTGTATTA-ATAAAACAATTGTTTTATGA-AAAACAAAAGGT-ATAG
315 ATTTTATTTTGAATAAGCTTGTA-TAGTTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * * ** * *
105740 CAATTTTAAATAGACAATT-TTC-AATAGTTATAACTATTTGAACTTTTTC-GTAAATAGATTTA
379 CAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCAATAAACAGATTTA
* * * * ** * *
105802 TTTTCTT-AATCTCTTTCTTTTTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATT-TCGA
444 TTTT-TTAAATTTCTTGCTTATTAATTTCTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GA
* *
105865 GTAAGCTTGTAT-AAATTGAAACAATTG
507 ATAAGCTTGTATGATA-TGAAACAATTG
* * * *
105892 CTTTTATGATAAA-ACAAA---TATAAACAATTTGAAAATAGATAATTGTTCTAATAGTATTAA-
1 -TTTTATGACAAACA-AAAGGTTAT-AACGATTTG-AAATAGATAATTATTCAAATAGTA-TAAC
* * * * * *
105952 TCATATAAACTGGTTCGATAAACA-A-TT-TTTTTT-GATCTCTTACTTATTAGTTTTGAAATAT
61 T-ATTTGAACTAGTTAG-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTA--ATTTTTGAAATAT
* * * * * **
106013 TATTAAATTTGTATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTGCGAACAAAAA-AATTGTTTTATGACAA
121 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAA
** ** * * * *
106077 AACAATTGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATCATTCATATAATCTTAACTATTTGAACTCGT
186 AACAAAAGGT-ATAA-TAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-AT
*** ** * * * * ** * * * * *
106141 TCAACAATTAGATTTATCTTTTAATTTTCTTGGTTATTAAGTTTTGAAATGTTATTAAATTAGTA
248 TCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTATTA
** ** * * * * *
106206 TTATTTTATTTCAAATAAAATAGTAT-G-AACAGAACCAATTGTTTGATGACAAAACAAAAAGTT
313 TTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATAGTTA-A-AA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
** * * * * * * * *
106269 AT-ATGATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGTCAAAACTATTTGAAATGGTTTAGTAAACAAA
375 ATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCAATAAACAGA
* * *
106333 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTGATTAATTTTCT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-
440 TTTATTTTTTAAATTTCTTGCTTATTAA-TTTCTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
* * * * **
106396 TCAAACAAACTTATATGA-ACAAAAACAATTG
504 T-GAATAAGCTTGTATGATA-TGAAACAATTG
* * * * * * *
106427 TTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAGTTATAATTAT
1 TTTTATGAC-AAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG-TATAACTAT
* * * * * *
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* * * * **** *
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* * * ** * *
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* * * * * * *
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* * * *** * * *
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* * * * * *
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** ** *** * * * ** * *
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* ** * * * **
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* * * * * * * * *
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* *
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* * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * ** * *
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* * * * * * * * *
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** * * * * * * * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * ** * * ** *
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* * * * * * * * *
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* * * * ** *
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** * * * * *
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** * * * **
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* ** * * *
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* * * * ** * * * *
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* * ** * * *
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* * * * * * *
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* * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * * * *
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188 CAAAAGGT-ATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-GAACTATTCG
* * * * *
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* * * * * * * *
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* * ** * * * * * *
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* * * * *
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* *
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** * * * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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** * * *
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*** * * * * **
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* * * * * * * * *
102944 CATGATTATTTCAATTTGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTC
66 CATAACTATTTGAA-CTGTT-AGAAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT
* ** *
103009 AAAATATTAATAA-TTAGTATTATTTTAATCCG-AATAACCTTGTATGAACA
128 GAAATATTAATAATTTA-TATTATTTT-ATTTGAAATAAGCTTGTATGAACA
* * * ** * *
103059 TAAACAATTGTTTTATAACAAAAAAAAAAGAGTTATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTGAAAT
1 -AAACAATTGTTTTATGAC-AAAACAAAAGA-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* *
103124 AGTCATAAC-ATTTG-ACTTTGTTTGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT
63 AGTCATAACTATTTGAAC--TGTTAGA-AAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT
* * *
103187 GTCTT--AATATTAATAATTTTGTATTATTTTATTTGAAAAAAGCTTGTATGAGCAA
125 -T-TTGAAATATTAATAA-TTTATATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAAC-A
* * * * *** * *
103242 AAAAAATTATTTTATGTCAAAACAAAATG-TTATAGCAATTTCAAATAAATAATTGTTCAAATAG
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * *
103306 TCATAA-TCATTTAAACTTATTCGATAAATAGA--TACTTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTT
65 TCATAACT-ATTTGAAC-TGTTAGA-AAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTT
* * ** * * * *
103368 TTGGAATATTAATAAACTGGTATTATTTTATTTCG-AATAAACTTATATAAACCG
126 TTGAAATATTAAT-AATTTATATTATTTTATTT-GAAATAAGCTTGTATGAA-CA
* * * * * * * *
103422 AAACAAATCTTTTATGACAAAAGAAAGGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAAT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * * *
103487 TATGACCATTTGATCTAGTTCGATAAACATATTTATTTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATTGTT
66 CATAACTATTTGAACT-GTTAGA-AAACAGATTTATTTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATTTTT
* * * *
103551 GAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCGAAATAAGCATGTATGAACA
128 GAAATATTAAT-AATTTATATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAACA
* * * * *
103602 GAAACAAATGTTTTATAATAGGAAA-AAAAG-TCAAAAT-ATTTTGAAATAAATAATT-TGTCAA
1 -AAACAATTGTTTTATGACA--AAACAAAAGATCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTGT-TCAA
* *
103663 ATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATC---TA-TTATTAAT
61 ATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTAGA-AAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAAT
* * * *
103724 TTTTGAAATATTAATAGA-TTAGTATTACTTTATTAT-AAACAAACTTATATGAACA
124 TTTTGAAATATTAATA-ATTTA-TATTATTTTATT-TGAAATAAGCTTGTATGAACA
* * *
103779 ACAACATTTGTTTTACT-ACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
1 A-AACAATTGTTTTA-TGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * ** * *
103843 GTCATAATTATTTGAATTGGTTAGGTAAACAGAAATATTTTTTAAAATATCTTACTTATTAATTT
64 GTCATAACTATTTGAACT-GTTA-GAAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATTT
* * * * * **
103908 TTGCAATATTAGCA-AATTCATTTTATTTTTATTTCAAATAAGCTAGTATGAATTG
126 TTGAAATATTA--ATAATTTATATTA-TTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAA-CA
* * * * *
103963 AAA-ATTTGTTTTGTGACAAAGA-AAAAGGTCATAA-CATTTTGAAATAGATAATTGTTCATATA
1 AAACAATTGTTTTATGACAAA-ACAAAAGATCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * * * * *
104025 ATCTTAAATATTTGAACTGGTTTGTCAAACAAATTTA-TTTTTAATTCTCTTAGTTATTAATTTT
64 GTCATAACTATTTGAACT-GTTAG-AAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT
* * **
104089 T-AGAATATTATTATATTTGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACA
127 TGA-AATATTAATA-ATTTATATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAACA
* * * * * ** * * *
104141 GAAATAATTGTTTTGTGAAAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAGTAAACAA---TTCAAATAG
1 -AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * **
104203 TTATAATTATTTGAACTAGTTTGATGAACAGATTTATTTTTTAAATCGCTTACTTATTAATTTTT
65 TCATAACTATTTGAACT-GTTAGA-AAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT
* * * * *
104268 GAAAGATTAATAAATTAGTATTATTGTATTCTG-AATAAGCTTGAATGATAAA
128 GAAATATTAATAATTTA-TATTATTTTATT-TGAAATAAGCTTGTATGA-ACA
* * * * * * * *
104320 AAACACTTGTTATATGACCAAACAAAAGGTAATAATGGTTTGAAATAGATGAA-TGTTGAAATGG
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGAT-AATTGTTCAAATAG
* * * * * *
104384 CCATAATTATTTGAAATGATTCAGTAAATAGATTCATTTTTTAAATC----ACTTATTAATTTTT
65 TCATAACTATTTGAACTG-TT-AGAAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT
* * * *
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128 GAAATATTAAT-AATTTATATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAAC-A
** * * *** *
104497 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTTGTATTGT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * ** * *
104562 CTTAACTATTTAAACTGCTTCGACAAACAAATTTATTTTTTAAATCCCTTAGTTATTAA-TTTTC
66 CATAACTATTTGAACTG-TTAGA-AAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG
* * * * *
104626 ATAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTTTATGAACTG
129 A-AATATTAATAATTTA-TATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAAC-A
* * * * *
104678 AAACAATT-ATTTA-GA-ATAGAATAAAA-AGTTATAATGATTTGAAATAGGTAATTATTCAAAT
1 AAACAATTGTTTTATGACA-A-AACAAAAGA-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * *
104739 A---AGAACTACTT---C-G--A-TAAATAGATTTATTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTTTT
63 AGTCATAACTATTTGAACTGTTAGAAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT
* ** * *
104794 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAACAGGCTTGTATGATGA-A
128 GAAATATTAATAATTTA-TATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGA--ACA
* * * *
104846 AAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AATGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATAGC
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * *
104910 CATAATTATTTGAATTGATTTGGTAAACAGATTCACTTTTTAAATC----ACTTATTAATTTTTG
66 CATAACTATTTGAACTG--TTAGAAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG
* * **
104971 AAATATTAATAAATTATTATTATTTTATTTAAAATAAGCTT-TAATGAATTG
129 AAATATTAATAATTTA-TATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGT-ATGAA-CA
* * * * * *
105022 AAACAATTTTTTTATGATAAAACAAAATATCATAATGATTTTAAATATACAATTGTTCAAATAGT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * * *
105087 CACAACTATTTGAATTTATTCAAAAAACACATTTATTTTTTAAAATCTCTTGCTTATTAATTTTT
66 CATAACTATTTGAA-CTGTT-AGAAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATTTTT
* ** * * * * *
105152 GAAATATTAAAAAATTGGTATTATTTTATTTCAGATAACCTTTTATAAACTA
128 GAAATATT-AATAATTTATATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAAC-A
* * *
105204 AAGCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTTAAA-A-ATCAATCT-TTCAAATA
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGAT-AAT-TGTTCAAATA
*
105266 GTCATAACTACTTGA
64 GTCATAACTATTTGA
105281 GCTTATTCGG
Statistics
Matches: 2598, Mismatches: 527, Indels: 349
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Matches are distributed among these distances:
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169 11 0.00
170 4 0.00
171 8 0.00
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174 2 0.00
175 10 0.00
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184 7 0.00
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Consensus pattern (177 bp):
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CATAACTATTTGAACTGTTAGAAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAA
ATATTAATAATTTATATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAACA
Found at i:104068 original size:358 final size:357
Alignment explanation
Indices: 101872--106620 Score: 1405
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101862 TAGTTTTAAC
* * * *
101872 TATTTGAACTGG--TGCAAAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATA
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* * * * * * * * * ** *
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* * * ** * * * * * * * *
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* * * **
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* * * * *** * * * ** *
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* ** * * * * *
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* * * * *
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1 TATTTGAACTGGTTTGA-TAAACAAATTTATTTTTTAATATCT--TA-TTATTAATTTTTGA-AA
* * * * * *
102292 TATTAATAAATTGGTATTATTTTATTTCGAATAAATTTGTAT-AAGTAGAAACAATTGTTTTATA
61 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-AAATAAACTTATATGAA-CA-AAACAATTGTTTTATG
* * * * * * * * * **
102356 AGAAGACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTCGAACC
123 ACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATT-TTCAAATAGTTATAATTATTTGAATT
* * * * * *
102421 GGCTCAG-TAAACATATTTTATTTTTTAAAATATTTTACTTATTAATTTTTGAAATTTTAATAAA
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* * * * * * * * * *
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249 TTAATATTATTTTAATCG-AAATAAGCATGTATGAACAGAAACAAATGTTTTATAATAAGAAAAA
* * ** *
102548 AAGATCATAACAATTTGAAATGGATAA-TTGTTCAAATAGAT-ATAAT
313 AAG-TCAAAACATTTTGAAATAAATAATTTG-TCAAATA-ATCATAAA
* * * * *
102594 TATTTGAAC-GTGTGTAGA-AAACATATTTATTTTTTAA-ATTTTTACTTATTAATTTTTGTAAC
1 TATTTGAACTG-GT-TTGATAAACAAATTTATTTTTTAATA-TCTTA-TTATTAATTTTTGAAAT
* * ** *
102656 ATTAATCAATTTA-TATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGCATGAACAAAACCTATTGTTTTATGA
62 ATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTT-AAATAAACTTATATGAACAAAA-CAATTGTTTTATGA
* * * * * * * ** *
102720 TAAAACAAAAGCTCATAATGTTTTAAAATAGATAACTATTT-AGATAGTCATAGCTATTTGAGCT
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* * * * *
102784 TA-TTCGATAAACAAATTTATTTTTT-AAGTCTCTTACTCATTAA---TT--AATATTAATAAAT
186 TAGTTAGATAAACAGATTTATTTTTTAAAAT-TCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAACAAAT
* * * * * ** *** * *
102842 TAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTATTTGAATTGAAACCGTTGTTTTATTACAA-AACAAA
250 TAATATTATTTTA-ATCGAAATAAGCATGTATGAACAGAAACAAATGTTTTATAATAAGAA-AAA
* * ** ** ** * * *
102905 AGGTCATAATTTTTTGAAATAGTTAATTAATAAAATAATCATGAT
313 AAGTCAAAACATTTTGAAATAAATAATTTGTCAAATAATCATAAA
* * * * * * * **
102950 TATTTCAATTTGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTTAA-ATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAAT
1 TATTTGAACTGGTTTGATAAACAAATTTA-TTTTTTAATATC--TTA-TTATTAATTTTTGAAAT
*** * * *
103014 ATTAAT-AATTAGTATTATTTTAATCCGAATAACCTTGTATGAACATAAACAATTGTTTTATAAC
62 ATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTAAATAAACTTATATGAACA-AAACAATTGTTTTATGAC
* ** * * * * *
103078 AAAAAAAAAAGAGTTATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTGAAATAGTCATAA-CATTTGACTT
125 -AAAACAAAAG-GTTATAATGATTTGAAATAGATAATT-TTCAAATAGTTATAATTATTTGAATT
* * * * * *
103142 TGTTTGATAAACATATTTATTTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATTGTCTT--AATATTAATAAT
187 AGTTAGATAAACAGATTTATTTTTTAAAAT-TCTTACTTATTAATT-T-TTGAAATATTAACAAA
** * * * * * * * *
103204 TTTGTATTATTTTATTTGAAAAAAGCTTGTATGAGCA-AAAAAAATTATTTTAT-GTCAA-AACA
249 TTAATATTATTTTAATCGAAATAAGCATGTATGAACAGAAACAAA-TGTTTTATAAT-AAGAA-A
* * * * * * *
103266 AAATGTTATAGCAATTTCAAATAAATAA-TTGTTCAAATAGTCAT-AA
311 AAAAGTCAAAACATTTTGAAATAAATAATTTG-TCAAATAATCATAAA
* ** * * * * *
103312 TCATTTAAACTTATTCGATAAATAGA--TACTTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGGAAT
1 T-ATTTGAACTGGTTTGATAAACAAATTTA-TTTTTT-AATATCTT-ATTATTAATTTTTGAAAT
* * * * * * *
103375 ATTAATAAACTGGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTATATAAACCGAAACAAATCTTTTATGAC
62 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-AAATAAACTTATATGAA-CAAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * * * **
103440 AAAAGAAAGGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAATTATGACCATTTG-ATCTA
125 AAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATT-TTCAAATAGTTATAATTATTTGAAT-TA
* * * * *
103504 GTTCGATAAACATATTTATTTTTTAAAATTTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAA
188 GTTAGATAAACAGATTTATTTTTTAAAATTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAACAAATTAA
*
103569 TATTATTTTAATCGAAATAAGCATGTATGAACAGAAACAAATGTTTTATAATAGGAAAAAAAGTC
253 TATTATTTTAATCGAAATAAGCATGTATGAACAGAAACAAATGTTTTATAATAAGAAAAAAAGTC
* * *
103634 AAAATATTTTGAAATAAATAATTTGTCAAATAGTCATAAC
318 AAAACATTTTGAAATAAATAATTTGTCAAATAATCATAAA
* *
103674 TATTTGAACTGGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAA-ATC-TATTATTAATTTTTGAAATATTA
1 TATTTGAACTGGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAATATCTTATTATTAATTTTTGAAATATTA
* * * *
103737 ATAGATTAGTATTACTTTATTATAAACAAACTTATATGAACAACAACATTTGTTTTACT-ACAAA
66 ATAAATTAGTATTATTTTATT-TAAATAAACTTATATGAACAA-AACAATTGTTTTA-TGACAAA
* *
103801 ACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAATTGGTTA
128 ACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATT-TTCAAATAGTTATAATTATTTGAATTAGTTA
* ** * * * *
103866 GGTAAACAGAAATATTTTTTAAAATATCTTACTTATTAATTTTTGCAATATTAGCAAATTCATTT
192 GATAAACAGATTTATTTTTTAAAAT-TCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAACAAATTAATAT
* ** ** * *
103931 TATTTTTATTTC-AAATAAGC-TAGTATGAATTGAAA-ATTTGTTTTGTGACA-AAG-AAAAAGG
256 TA-TTTTA-ATCGAAATAAGCAT-GTATGAACAGAAACAAATGTTTTAT-A-ATAAGAAAAAAAG
* * * *
103991 TCATAACATTTTGAAATAGATAA-TTGTTCATATAATCTTAAA
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*
104033 TATTTGAACTGGTTTG-TCAAACAAATTTA-TTTTTAATTCTCTTAGTTATTAATTTTT-AGAAT
1 TATTTGAACTGGTTTGAT-AAACAAATTTATTTTTTAA-TATCTTA-TTATTAATTTTTGA-AAT
* * * * * * * * *
104095 ATTATTATATTTGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAATAATTGTTTTGTGAA
62 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TAAATAAACTTATATGAACA-AAACAATTGTTTTATGAC
** * * * *
104160 AAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAGTAAACAA--TTCAAATAGTTATAATTATTTGAACTAGT
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* * * * * *
104223 TTGATGAACAGATTTATTTTTT-AAATCGCTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGT
190 TAGATAAACAGATTTATTTTTTAAAAT-TCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAACAAATTAAT
* * * * * ** * ** * *
104287 ATTATTGTATTCTG-AATAAGCTTGAATGATA-AAAAACACTTGTTATATGACCAA-ACAAAAGG
254 ATTATTTTAATC-GAAATAAGCATGTATGA-ACAGAAACAAATGTTTTAT-AATAAGAAAAAAAG
* * *** *
104349 T-AATA-ATGGTTTGAAATAGATGAATGTTG--AAATGGCCATAAT
316 TCAAAACAT--TTTGAAATAAAT-AAT-TTGTCAAATAATCATAAA
* * * * * * * *
104391 TATTTGAAAT-GATTCAGTAAATAGATTCATTTTTTAA-ATC--ACTTATTAATTTTTGGAATGT
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* * *
104452 TAATAAATTTGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAA
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* * *** * * * *
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* * * * * * **
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189 -TTAGATAAACAGATTTATTTTTTAAAAT-TCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAACAAATT
* * * * * *
104642 AGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTTTATGAACTGAAAC-AAT-TATTTAGAAT-AGAATAAA
251 AATATTATTTTA-ATCGAAATAAGCATGTATGAACAGAAACAAATGT-TTTATAATAAGAA-AAA
* ** **
104703 AAGTTATAATGA-TTTGAAATAGGTAA--T-T---AT--TC--AAA
313 AAGTCA-AAACATTTTGAAATAAATAATTTGTCAAATAATCATAAA
* ** * * * *
104738 TA--AGAACTACTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTTTTGAAATAT
1 TATTTGAACTGGTTTGATAAACAAATTTATTTTTT-AATATCTTA-TTATTAATTTTTGAAATAT
* * ** *
104801 TAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAACAGGCTTGTATGATGA-AAAACAATTGTTTTATGACA
64 TAATAAATTAGTATTATTTTATT-TAAATAAACTTATATGA--ACAAAACAATTGTTTTATGACA
* * **
104865 AAAC--AATGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATAGCCATAATTATTTGAATT-G
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* * * * * *
104927 ATTTGGTAAACAGATTCACTTTTT-AAA-TC--ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAT
189 -TTAGATAAACAGATTTATTTTTTAAAATTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAACAAATTAA
* ** * ** * * *
104988 TATTATTTTATTTAAAATAAGC-TTTAATGAATTGAAACAATTTTTTTATGATAA-AACAAAATA
253 TATTATTTTAATCGAAATAAGCATGT-ATGAACAGAAACAAATGTTTTATAATAAGAA-AAAA-A
** * * * * *
105051 -TCATAATGATTTT-AAATATACAA-TTGTTCAAATAGTCACAAC
315 GTCA-AAACATTTTGAAATAAATAATTTG-TCAAATAATCATAAA
* ** ** * * * *
105093 TATTTGAATTTATTCAAAAAACACATTTATTTTTTAAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATA
1 TATTTGAACTGGTTTGATAAACAAATTTATTTTTT--AATATCTT-ATTATTAATTTTTGAAATA
* * * * * * *
105158 TTAAAAAATTGGTATTATTTTATTTCAGATAACCTTTTATAAACTAAAGCAATTGTTTTATGACA
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* * * * * * * *
105223 AAACAAAAGATCATAACGATTTTAAA-A-ATCAATCTTTCAAATAGTCATAACTACTTGAGCTTA
126 AAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGAT-AAT-TTTCAAATAGTTATAATTATTTGA-ATTA
* * * * * *
105286 -TTCGGTAAACA-AGTTTATTTTTTCAAA-TGTTAATGTATTAGGATTATTT----TGTT--CTA
188 GTTAGATAAACAGA-TTTATTTTTTAAAATTCTTACT-TATTA--ATT-TTTGAAATATTAAC-A
** * * * * * * * *
105342 AA-TAAGCTTGTATGATAT-GAAACAAACAT-T-T-TA-TG--ACTAA------A-AAT-AG---
247 AATTAATATTATTTTA-ATCGAAATAAGCATGTATGAACAGAAACAAATGTTTTATAATAAGAAA
* * * * * ** ** ** *
105388 ----GTTAGAACAATTTAAAATAGATAATTAT-TCTTATGGTTTTAAC
311 AAAAGTCAAAACATTTTGAAATAAATAATT-TGTCAAATAATCATAAA
* **
105431 TATTTGAACTGGTTTGACAAACACTTTTATTTTTTAA-ATCTCATACTTATTAATTTTTGAAATA
1 TATTTGAACTGGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAATATCT--TA-TTATTAATTTTTGAAATA
* * * * * *
105495 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGATAAAAAAACAATTATTTTATAAC
63 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-AAATAAACTTATATG--AACAAAACAATTGTTTTATGAC
* *** * ** * *
105560 AAAACAAATGGTTATAGCAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATTGCCATAATTATTT-AACTAA
125 AAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATT-TTCAAATAGTTATAATTATTTGAATTAG
* *
105624 TTCGATAAACAAATTTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAA----T--AA-A-T------TT-
189 TTAGATAAACAGA-TTTATTTTTTAAAAT-TCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAACAAATTA
* * * * * * * * * * *
105673 GTATTATTTTATTCCATATAAACTTGTATTAATA-AAACAATTGTTTTATGAA-AA-ACAAAAGG
252 ATATTATTTTAATCGAAATAAGCATGTATGAACAGAAACAAATGTTTTAT-AATAAGAAAAAAAG
* * * * * * *
105735 T-ATAGCAATTTT-AAATAGACAATTT-TC-AATAGTTATAAC
316 TCAAAAC-ATTTTGAAATAAATAATTTGTCAAATAATCATAAA
* * * * * *
105774 TATTTGAACT-TTTTCG-TAAATAGATTTATTTTCTTAATCTCTTTCTTTTTAATTTTTTG-AAT
1 TATTTGAACTGGTTT-GATAAACAAATTTATTTT-TTAATATC-TTATTATTAA-TTTTTGAAAT
* * * * * * * **
105836 GTTAATAAATTAGTATTAATTTATTTCGAGTAAGCTTGTATAAATTGAAACAATTGCTTTTATGA
62 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-AAATAAACTTATATGAA-CAAAACAATTG-TTTTATGA
* ** * * * *
105901 TAAAAC-AAA---TATAAACAATTTGAAAATAGATAATTGTTCTAATAG-TATTAATCATATAAA
124 CAAAACAAAAGGTTAT-AATGATTTG-AAATAGATAATT-TTCAAATAGTTA-TAATTATTTGAA
* * * * * **
105961 CTGGTTCGATAAACA-A-TT-TTTTTT--GATCTCTTACTTATT-AGTTTTGAAATATTATTAAA
185 TTAGTTAGATAAACAGATTTATTTTTTAAAAT-TCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAACAAA
** * ** * *
106020 TTTGTATTATTTTAATTC-AAATAAGCTTGTGCGAACA-AAA-AAATTGTTTTATGACAA-AACA
249 TTAATATTATTTTAA-TCGAAATAAGCATGTATGAACAGAAACAAA-TGTTTTATAATAAGAA-A
*** * * * * * *
106081 ATTGGTCATAAC-TATTTGAAATAGATAATCAT-TCATATAATCTTAAC
311 AAAAGTCAAAACAT-TTTGAAATAAATAAT-TTGTCAAATAATCATAAA
* ** * ** * * * * * *
106128 TATTTGAACTCGTTCAACAATTAGATTTATCTTTTAATTTTCTTGGTTATTAAGTTTTGAAATGT
1 TATTTGAACTGGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAA-TATCTT-ATTATTAATTTTTGAAATAT
* * * *
106193 TATTAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAA-ATAGTATGAACAGAACCAATTGTTTGATGACA
64 TAATAAATTAGTATTATTTTATTT-AAATAAACTTA-TATGAACA-AAACAATTGTTTTATGACA
* * * * * * *
106257 AAACAAAAAGTTAT-ATGATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGTCAAAACTATTTGAAATGGT
126 AAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATT-TTCAAATAGTTATAATTATTTGAATTAG-
* * *
106321 TTAG-TAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTGATTAATTTTCT-AAATATTAATAAATTA
189 TTAGATAAACAGATTTATTTTTTAAAAT-TCTTACTTATTAATTTT-TGAAATATTAACAAATTA
* * * * * * * * * *
106383 GTATTATTTTATTTC-AAACAAACTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAA-AACAAAAA
252 ATATTATTTTA-ATCGAAATAAGCATGTATGAACAGAAACAAATGTTTTATAATAAGAA-AAAAA
* * * * *
106446 GT-AATA-ATGATTTGAAATAAATAA-TTGTTTAAATAGTTATAAT
315 GTCAAAACAT--TTTGAAATAAATAATTTG-TCAAATAATCATAAA
* * * * * * * *
106489 TATTTTAACTGATTCGATAAA-TAGTATTATTTTTTAA-ATC-TCTTATAAAATTTTGAAATATT
1 TATTTGAACTGGTTTGATAAACAAAT-TTATTTTTTAATATCTTATTATTAATTTTTGAAATATT
* * * *** *
106551 AACAAACTAGTTTTATTTTATTCTAAATAAACTT-TATGAGTTGAAATAATTGTTTTAATG-CAA
65 AATAAATTAGTATTATTTTATT-TAAATAAACTTATATGA-ACAAAACAATTGTTTT-ATGACAA
106614 AACAAAA
127 AACAAAA
106621 TGTTTATATA
Statistics
Matches: 3378, Mismatches: 717, Indels: 594
0.72 0.15 0.13
Matches are distributed among these distances:
326 1 0.00
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330 1 0.00
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Consensus pattern (357 bp):
TATTTGAACTGGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAATATCTTATTATTAATTTTTGAAATATTA
ATAAATTAGTATTATTTTATTTAAATAAACTTATATGAACAAAACAATTGTTTTATGACAAAACA
AAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTTTCAAATAGTTATAATTATTTGAATTAGTTAGATA
AACAGATTTATTTTTTAAAATTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAACAAATTAATATTATTT
TAATCGAAATAAGCATGTATGAACAGAAACAAATGTTTTATAATAAGAAAAAAAGTCAAAACATT
TTGAAATAAATAATTTGTCAAATAATCATAAA
Found at i:104882 original size:168 final size:167
Alignment explanation
Indices: 104574--104907 Score: 383
Period size: 168 Copynumber: 2.0 Consensus size: 167
104564 TAACTATTTA
* * * *
104574 AACTGCTTCGACAAACAAATTTATTTTTTAAATCCCTTAGTTATTAATTTTCATAATATTATTAA
1 AACTACTTCGACAAACAAATTTATTTTTTAAATACCTTACTTATTAATTTTCATAATATTAATAA
* * *
104639 ATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTTTATGAACTGAAACAATTATTTAGAATAGAATAAAA
66 ATTAGTATTATTTTATTCCAAACAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTA-AATAGAATAAAA
*
104704 AGTTATAATGATTTGAAATAGGTAATTATTCAAATAAG
130 AGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAAG
* * * ** *
104742 AACTACTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATA
1 AACTACTTCGACAAACAAATTTATTTTTTAAATACCTTACTTATTAA-TTTTCATAATATTAATA
* * *
104806 AATTAGTATTATTTTATTCCAAACAGGCTTGTATG-A-TGAAAAACAATTGTTT-TAT-GACA-A
65 AATTAGTATTATTTTATTCCAAACAAGCTTGTATGAACTG--AAACAATTATTTAAATAGA-ATA
* *
104866 AACAATGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATA
127 AA-AA-GTT-ATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
104908 GCCATAATTA
Statistics
Matches: 140, Mismatches: 19, Indels: 14
0.81 0.11 0.08
Matches are distributed among these distances:
165 5 0.04
166 7 0.05
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169 5 0.04
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (167 bp):
AACTACTTCGACAAACAAATTTATTTTTTAAATACCTTACTTATTAATTTTCATAATATTAATAA
ATTAGTATTATTTTATTCCAAACAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTAAATAGAATAAAAA
GTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAAG
Found at i:104994 original size:176 final size:178
Alignment explanation
Indices: 104779--105244 Score: 494
Period size: 182 Copynumber: 2.6 Consensus size: 178
104769 TTAAATATTT
* *
104779 TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAACAGGCTTGTATGATG
1 TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAAAACAAGCTT-TA--ATG
** * *
104844 AA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAATGT-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTGAAAT
63 AATAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATATCATAATGATTTGAAATAGACAATTGTTCAAAT
* * **** *
104907 AGCCATAATTATTTGAATTGATTTGGTAAACAGATTCACTTTTT-AAA-TC
128 AGCCACAACTATTTGAATTGATTCAAAAAACACATTCACTTTTTAAAACTC
* * *
104956 -ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTATTATTATTTTATTTAAAATAAGCTTTAATGAAT
1 TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAAAACAAGCTTTAATGAA-
* * * *
105020 TGAAACAATTTTTTTATGATAAAACAAAATATCATAATGATTTTAAATATACAATTGTTCAAATA
65 T-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATATCATAATGATTTGAAATAGACAATTGTTCAAATA
* * * *
105085 GTCACAACTATTTGAATTTATTCAAAAAACACATTTATTTTTTAAAATCTC
129 GCCACAACTATTTGAATTGATTCAAAAAACACATTCACTTTTTAAAA-CTC
* * * * * * * *
105136 TTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAAAAAATTGGTATTATTTTATTTC-AGATAACCTTTTATAA
1 -TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCAAAACAAGCTTTAATGA
* *
105200 ACTAAAGCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTT
64 A-TAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAATATCATAATGATTT
105245 TAAAAATCAA
Statistics
Matches: 240, Mismatches: 38, Indels: 17
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
173 5 0.02
175 2 0.01
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ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (178 bp):
TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAAAACAAGCTTTAATGAAT
AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATATCATAATGATTTGAAATAGACAATTGTTCAAATAGC
CACAACTATTTGAATTGATTCAAAAAACACATTCACTTTTTAAAACTC
Found at i:106200 original size:180 final size:179
Alignment explanation
Indices: 105986--106470 Score: 544
Period size: 180 Copynumber: 2.7 Consensus size: 179
105976 ATTTTTTTTG
* * *
105986 ATCTCTTACTTATT-AGTTTTGAAATATTATTAAATTTGTATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGT
1 ATCTCTTACTTATTAAGTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGT
** ***
106050 GCGAACAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAATTGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATCATT
66 ATGAACAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCAT-A-TGATTTGAAATAGATAATCATT
** * ** *
106114 CATATAATCTTAACTATTTGAACTCGTTCAACAATTAGATTTATCTTTTAA
129 CATATAATCAAAACTATTTGAAATCGTTCAACAAACAAATTTATCTTTTAA
* * ** * * *
106165 TTTTCTTGGTTATTAAGTTTTGAAATGTTATTAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAAATAGT
1 ATCTCTTACTTATTAAGTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGT
** * * *
106230 ATGAACAGAACCAATTGTTTGATGACAAAACAAAAAGTTATATGATTTGAAATAGATAATTATTC
66 ATGAACA-AAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATATGATTTGAAATAGATAATCATTC
* * * ** *
106295 ATATAGTCAAAACTATTTGAAATGGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAA
130 ATATAATCAAAACTATTTGAAATCGTTCAACAAACAAATTTATCTTTTAA
* * * * *
106345 ATCTCTTACTGATTAA-TTTTCTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAACAAACTTA
1 ATCTCTTACTTATTAAGTTTT-GAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTG
* *
106409 TATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAATGATTTGAAATAAATAAT
65 TATGAACAAAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCAT-ATGATTTGAAATAGATAAT
106471 TGTTTAAATA
Statistics
Matches: 251, Mismatches: 49, Indels: 10
0.81 0.16 0.03
Matches are distributed among these distances:
179 17 0.07
180 190 0.76
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ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (179 bp):
ATCTCTTACTTATTAAGTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGT
ATGAACAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATATGATTTGAAATAGATAATCATTCA
TATAATCAAAACTATTTGAAATCGTTCAACAAACAAATTTATCTTTTAA
Found at i:106632 original size:150 final size:153
Alignment explanation
Indices: 106471--106782 Score: 332
Period size: 154 Copynumber: 2.1 Consensus size: 153
106461 AATAAATAAT
* * * * *
106471 TGTTTAAATAGT-TATAATTATTTTAACTGATTCGATAAATAGTA-TTATTTTTTAAATCTCTTA
1 TGTTTATATAGTCT-TAATTATTTGAACTGATTCAACAAA-AGAATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* ****
106534 -TA-AAATTTTGA-AATATTAACAAACTAGTTTTATTTTATTCTAAATAAACTT-TATGAGTTGA
64 GTATAAATTTTGAGAATATTAACAAACTAGTATTATTTTATTCTAAATAAACTTGTATGAACAAA
106595 AATAATTGTTTTAATG-CAAAACAAAA
129 AATAATTGTTTT-ATGACAAAAC-AAA
* * * * * *
106621 TGTTTATATAGTCTTAATTGTTTGAATTGGTTTAACAAACGAATTTATTTTTTAAATCTTTTAGT
1 TGTTTATATAGTCTTAATTATTTGAACTGATTCAACAAAAGAATTTATTTTTTAAATCTCTTAG-
* * ** *
106686 TATGAATTTTTAGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAACTTGTATGAACAAAA
65 TATAAATTTTGAGAATATTAACAAACTAGTATTATTTTATTCTAAATAAACTTGTATGAACAAAA
106751 ATAATTGTTTTATGACAAAACAAA
130 ATAATTGTTTTATGACAAAACAAA
*
106775 TGGTTATA
1 TGTTTATA
106783 ACAATTTGAA
Statistics
Matches: 132, Mismatches: 22, Indels: 12
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
149 2 0.02
150 47 0.36
151 1 0.01
152 2 0.02
153 7 0.05
154 49 0.37
155 24 0.18
ACGTcount: A:0.39, C:0.06, G:0.09, T:0.46
Consensus pattern (153 bp):
TGTTTATATAGTCTTAATTATTTGAACTGATTCAACAAAAGAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGT
ATAAATTTTGAGAATATTAACAAACTAGTATTATTTTATTCTAAATAAACTTGTATGAACAAAAA
TAATTGTTTTATGACAAAACAAA
Found at i:106977 original size:153 final size:153
Alignment explanation
Indices: 106699--106977 Score: 405
Period size: 153 Copynumber: 1.8 Consensus size: 153
106689 GAATTTTTAG
* *
106699 AATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAACTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTAT
1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTAT
* * * ** *
106764 GACAAAACAAATGGTTATAACAATTTGAAATACATAGTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTATTT
66 GACAAAACAAAAGGTAATAACAATTTAAAATACATAACTGTTCAAATAGCCATAACTATTTATTT
106829 TTAGATCTCTTACTAATTCTTGA
131 TTAGATCTCTTACTAATTCTTGA
* ***
106852 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAATCTTGTATGTTGAAAAATAATTGTTTTAT
1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTAT
* ** * *
106917 GATAAAACAAAAGGTAATAACAATTTAAAATTTATAACTGTTCAAATGGCCATAATTATTT
66 GACAAAACAAAAGGTAATAACAATTTAAAATACATAACTGTTCAAATAGCCATAACTATTT
106978 GAATTGATTC
Statistics
Matches: 109, Mismatches: 17, Indels: 0
0.87 0.13 0.00
Matches are distributed among these distances:
153 109 1.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (153 bp):
AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTAT
GACAAAACAAAAGGTAATAACAATTTAAAATACATAACTGTTCAAATAGCCATAACTATTTATTT
TTAGATCTCTTACTAATTCTTGA
Found at i:107093 original size:181 final size:182
Alignment explanation
Indices: 106852--107316 Score: 454
Period size: 181 Copynumber: 2.6 Consensus size: 182
106842 TAATTCTTGA
* * * * **** *
106852 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAATCTTGTATGTTGAAAAATAATTGTTTTAT
1 AATATTAATAAAATAGAATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTAT
** ** * *
106917 GATAAAACAAAAGGTAATAACAATTTAAAATTTATAACTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGA-A
66 GATAAAACAAAAGGTAATAACAATTTAAAATAGATAACTGTTCAAATAACAATAACTATTTGAGA
*
106981 TTGATTCGATAAAC-TAATTTATTT-TTTAAACCTCTTACTTATTAA-TTTTTG
131 TTG-TTCGATAAACATAA-TTATTTGTTCAAACCTCTTACTTATTAATTTTTTG
* ** * *
107032 AAATATTAATAAAATAGAATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTGTGAACTAAAACAATTGTTTTA
1 -AATATTAATAAAATAGAATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTA
* * * * * * * *
107097 TGACAAAACAAAAGTTCATAATAATTTTAAGTAGATAATTGTTCAAATAATAATAACTATTTGAG
65 TGATAAAACAAAAGGTAATAACAATTTAAAATAGATAACTGTTCAAATAACAATAACTATTTGAG
* * * * *
107162 CTTGTTTGGTAAACATAATTATTTGTTCAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTTG
130 ATTGTTCGATAAACATAATTATTTGTTCAAACCTCTTACTTATTAATTTTTTG
* * * * * *
107215 AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTATTTTAT
1 AATATTAATAAAATAGAATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTAT
* * * **
107280 GACT-AAATAAAAGGTTAGAATGATTTAAAATAGATAA
66 GA-TAAAACAAAAGGTAATAACAATTTAAAATAGATAA
107317 TTATTCTAAT
Statistics
Matches: 226, Mismatches: 53, Indels: 9
0.78 0.18 0.03
Matches are distributed among these distances:
181 114 0.50
182 106 0.47
183 6 0.03
ACGTcount: A:0.41, C:0.07, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (182 bp):
AATATTAATAAAATAGAATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTAT
GATAAAACAAAAGGTAATAACAATTTAAAATAGATAACTGTTCAAATAACAATAACTATTTGAGA
TTGTTCGATAAACATAATTATTTGTTCAAACCTCTTACTTATTAATTTTTTG
Found at i:107253 original size:182 final size:178
Alignment explanation
Indices: 106852--107870 Score: 737
Period size: 182 Copynumber: 5.7 Consensus size: 178
106842 TAATTCTTGA
* * * *
106852 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAATCTTGTATG-TTGAAAAATAATTGTTTTA
1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTTTATGAAT--AAAATAATTGTTTTA
* * ** * ** * * * *
106916 TGATAAAACAAAAGGTAATAACAATTTAAAATTTATAACTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAA
64 TGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * *
106981 TTGATTCGATAAAC-TAATTTATTTTTTAAACCTCTTACTTATTAA-TTTTTG
129 TTG-TTTGGTAAACATAA-TTA-TTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTTG
* * * ** * *
107032 AAATATTAATAAAATAGAATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTGTGAACTAAAACAATTGTTTTA
1 -AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTTTATGAA-TAAAATAATTGTTTTA
* * * * *
107097 TGACAAAACAAAAGTTCATAATAATTTTAAGTAGATAATTGTTCAAATAATAATAACTATTTGAG
64 TGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA-
*
107162 CTTGTTTGGTAAACATAATTATTTGTTCAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTTG
128 ATTGTTTGGTAAACATAATTATTT-TT-AAATCTCTTGCTTATTAATTTTTTG
* * * * *
107215 AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTATTTTAT
1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTTTATGAA-TAAAATAATTGTTTTAT
* * * * * * * * * * * *
107280 GACTAAATAAAAGGTTAGAATGATTTAAAATAGATAATTATTCTAATAGTCCTGACCACTTGAAA
65 GACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAT
* * * *
107345 TGATTCG---AC---A--A----TAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTTG
130 TGTTTGGTAAACATAATTATTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTTG
* * * * * *
107381 AAATATTATTAAATTAGCATTATTTTAATTC-GAATAAGCTTATATG-ATAAGAAATAGTT-CTT
1 -AATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCTAAATAAGCTTTTATGAAT-A-AAATAATTGTTT
* * * * * **
107443 TATTGACAAAAC-AAAGATCATAGTGATTTGAGATTGATCTTTGTTCAAAT-GATCATAACTATT
62 TA-TGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATT
* * * *
107506 TGAATTGGTTT-G-AAAAATAGCTTTAGTTTTTAAATCTCTTGCTTAATAATTTTTTA
125 TGAATT-GTTTGGTAAACATA--ATTA-TTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTTG
** ** * * *
107562 AATATTAATGAAA-TAGTATTATTTTATT-TCGGATAAATTTTTATGAACTGAAATAGTTATTTT
1 AATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTTTATGAA-TAAAATAATTGTTTT
* ** * * *
107625 ATGAC--AACAAAAAGTCATTTTGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATGGTTATATCTATTTGA
63 ATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
*
107688 ACTTGTTAGGTAAACAT-ATTAATTTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTTG
128 A-TTGTTTGGTAAACATAATT-A--TTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTTG
* *
107742 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAAATAAGCTTGTATGAATTGAAATAATTGTTTTA
1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTTTATGAA-TAAAATAATTGTTTTA
* * * * * *
107806 TGACTAAACAAAAGGTCAGAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAA
64 TGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
107871 CTAGATCGGC
Statistics
Matches: 652, Mismatches: 141, Indels: 89
0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
165 2 0.00
166 51 0.08
167 67 0.10
168 6 0.01
173 1 0.00
175 2 0.00
178 7 0.01
179 52 0.08
180 149 0.23
181 136 0.21
182 172 0.26
183 7 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.11, T:0.43
Consensus pattern (178 bp):
AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTTTATGAATAAAATAATTGTTTTATG
ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATT
GTTTGGTAAACATAATTATTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTTG
Found at i:107718 original size:180 final size:181
Alignment explanation
Indices: 107532--107872 Score: 463
Period size: 180 Copynumber: 1.9 Consensus size: 181
107522 ATAGCTTTAG
**
107532 TTTTTAAATCTCTTGCTTAATAATTTTTTAAATATTAATGAAA-TAGTATTATTTTATTTCGGAT
1 TTTTTAAATCTCTTGCTTAATAATTTTTTAAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTTCAAAT
* * * *** *
107596 AAATTTTTATGAACTGAAATAGTTATTTTATGAC-AACAAAAAGTCATTTTGATTTTAAATAGAT
65 AAACTTGTATGAACTGAAATAATTATTTTATGACAAACAAAAAGTCAGAATGATTTGAAATAGAT
* * *
107660 AATTGTTCAAATGGT-TATATCTATTTGAACTTGTTAGGTAAACATATTAATT
130 AATTATTCAAATAGTCT-TAACTATTTGAACTTGTTAGGTAAACATATTAATT
* *
107712 TTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATA
1 TTTTTAAATCTCTTGCTTAATAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATA
* * * *
107777 AGCTTGTATGAATTGAAATAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCAGAATGATTTGAAATAGAT
66 AACTTGTATGAACTGAAATAATTATTTTATGAC-AAACAAAAAGTCAGAATGATTTGAAATAGAT
*
107842 AATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACT
130 AATTATTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACT
107873 AGATCGGCAA
Statistics
Matches: 138, Mismatches: 19, Indels: 6
0.85 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
179 3 0.02
180 84 0.61
182 50 0.36
183 1 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.07, G:0.11, T:0.45
Consensus pattern (181 bp):
TTTTTAAATCTCTTGCTTAATAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATA
AACTTGTATGAACTGAAATAATTATTTTATGACAAACAAAAAGTCAGAATGATTTGAAATAGATA
ATTATTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTTGTTAGGTAAACATATTAATT
Done.