Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019168468.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_68, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 134064
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.12, T:0.38
Warning! 3000 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 2 of 2
Found at i:108296 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 107898--109376 Score: 1095
Period size: 181 Copynumber: 8.3 Consensus size: 179
107888 ATTTATTTTT
* * * * * * * * *
107898 TATTATTAAATTAGTATTATCTTA-ATCGGAATTAGCTTATATTAAAAGAAACAACTGTTTTATG
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
* * * * *
107962 ACAAAA-TAAAGATCATAACGATTTGAGATAGATAATTATTCAAGTAGTCATAACTATTTGAA-T
65 ACAAAACAAAAG-TCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAA-AAGACATAACTATTTGAACT
* * * * *
108025 TGATT-CAGTAAACAAATTTAGTTTTT-AATCTC-TA---ATTAATTTTTAAAA
128 TGTTTGC--TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAA
* ** *
108073 CATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTAAATAATTTTGTATGAAGAGAAACAATTGTTTTATG
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
** * * *
108137 ACAAAACAAAATGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAAGGGACATAACTATTTGAACG
65 ACAAAACAAAA-GTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAA-AGACATAACTATTTGAACT
** *
108202 TGTTTGCTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCAACCTATTAATTTTTAGAA
128 TGTTTGCTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAA
** *
108254 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAAATTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA
* * * * * * *
108319 CAAAACAAAATATCATAGCTATTTGAAATAAATAATTATTCAAATGGTCTTAACTATTTG-A---
66 CAAAACAAAA-GTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAA-AGACATAACTATTTGAACTT
* * *
108380 GTTTGCTCAATCATCGAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAA
129 GTTTGCT-AA--ATAG-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAA
* * * *
108435 TACTAATAAATTAGTATTATTTTGTTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGGTTTATGA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA
* * * *
108500 CAAAATAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATAATTATTCAAATA-ATCATAACTATTTGAACG
66 CAAAACAAAAG-TCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAA-AGA-CATAACTATTTGAACT
* * *
108564 TGTTTAG-AAAATATATTTATTTTTTAAATTTC-TACTTATTAATTTTT-GAAA
128 TGTTT-GCTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AA
** * * *
108615 TATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTGGAATAACCGTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTGTG
1 TATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
* * * * * * * *
108679 ACAAAACAAGAGGTCAAAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTAGATAGTA-AGAACTATTTAAAA
65 ACAAAACAA-AAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCA-AAAG-ACATAACTATTTGAAC
* * * *
108743 TTGTTCGGTAAACTA-ATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAA-TTTTAGGAA
127 TTGTTTGCTAAA-TAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA-GAA
* * * * *
108796 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-AGAATAAGCCTATATGAATTGATACAATTATTTTA-G
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCA-AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
* ** ** *
108859 A-ATCAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATGGCTATTTGGA
65 ACA--AAACAAAA-GTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAA-AGACATAACTATTTGAA
* * * * * *
108923 CTT-TTTAGGTAGACATATTTA-TTTTTAAA-ATC-TACTTATT-A-TTTGAGGAAA
126 CTTGTTT-GCTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA-G-AA
* * * * * * *
108974 TATTAATAAATTAATATTATTTTA-ATCTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAA-TATTTTAT-
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
* ** * * *
109036 ----AA-AAAAGTCGTAATGATTTAAAATAAATAATTATTCAAATA-ATCATAACTATTTAAACT
65 ACAAAACAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAA-AGA-CATAACTATTTGAACT
* * * * * * *
109095 TATTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATGTTTTTATTTTTTTAATTGTTTA-AA
128 TGTTTGCTAAATAGATTTATTTTTTAAAT-CTCTTA-CTTATTAATT-TTTAGAA
* * * * *
109149 TATTAATAAATTTGTGTTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGCAAA-ATTTGTTTTATA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAG-AAACAATTGTTTTATG
* * * *
109213 ACAAAACAAAAGGTTATAGCAATTTGAAATAGATAATTGA-T-AAATAGTCATAACTATTTTAAC
65 ACAAAACAAAA-GTCATAACAATTTGAAATAGATAATT-ATTCAAA-AGACATAACTATTTGAAC
** * * *
109276 TTGTTCAAC-AAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGGAA
127 TTGTT-TGCTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAA
** * * *
109329 TATTAATAAGCTAGAATTATGTTATTTCAAATAAACTTGTATGAATAG
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAG
109377 GTTTAGATCC
Statistics
Matches: 1047, Mismatches: 187, Indels: 135
0.76 0.14 0.10
Matches are distributed among these distances:
170 51 0.05
171 14 0.01
172 2 0.00
173 1 0.00
174 2 0.00
175 102 0.10
176 73 0.07
177 34 0.03
178 57 0.05
179 8 0.01
180 214 0.20
181 406 0.39
182 55 0.05
183 20 0.02
184 3 0.00
185 4 0.00
186 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (179 bp):
TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA
CAAAACAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAAAGACATAACTATTTGAACTTGT
TTGCTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAA
Found at i:108805 original size:361 final size:359
Alignment explanation
Indices: 107944--109376 Score: 1276
Period size: 361 Copynumber: 4.0 Consensus size: 359
107934 TTATATTAAA
* * * * *
107944 AGAAACAACTGTTTTATGACAAAATAAAGATCATAACGATTTGAGATAGATAATTATTCAAGTAG
1 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGATCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAG
* * * *
108009 TCATAACTATTT-GAATTGATTCAGTAAACAAATTTAGTTTTT-AATCTC-TA---ATTAATTTT
66 TCATAACTATTTAAAATTG-TTCAATAAACTAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * * ** *
108068 TAAAACATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTAAATAATTTTGTATGAAGAGAAACAATTGTT
130 TAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTT
* ** * **
108132 TTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAAGGGA-CATAACTATT
194 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAA-TAATCATAACTATT
* * * *
108196 TGAACGTGTTT-GCTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCAACCTATTAATTTTT-AGAATATTA
258 TGAACGTGTTTAG-AAAATAGATTTATTTTTTAAAT-TTCTACTTATTAATTTTTGA-AATATTA
* *
108259 ATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAAATTGTATGAAT
320 ATAAATTTA-TATTATTTTATTT-GAATAAACTTGTATGAAT
* * * * *
108300 AGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATATCATAGCTATTTGAAATAAATAATTATTCAAATG
1 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATA
* * ** * * * * *
108365 GTCTTAACTATTTGAGTTTGCTCAATCATCGAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT
65 GTCATAACTATTTAAAATTGTTCAATAAACTAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * * *
108430 TGGAATACTAATAAATTAGTATTATTTTGTTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGGTT
130 TAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTT
* * * *
108495 TATGACAAAATAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTG
195 TATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTG
*
108560 AACGTGTTTAGAAAATATATTTATTTTTTAAATTTCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA
260 AACGTGTTTAGAAAATAGATTTATTTTTTAAATTTCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA
* *
108625 TTTATATTATTTTATTTGGAATAACCGTGTATGAAT
325 TTTATATTATTTTATTT-GAATAAACTTGTATGAAT
* * * * * * * *
108661 AGAAACAATTGTTTTGTGACAAAACAAGAGGTCAAAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTAGATA
1 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA-AGATCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATA
* * ** * *
108726 GTAAGAACTATTTAAAATTGTTCGGTAAACTAATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAA-TTT
65 GTCATAACTATTTAAAATTGTTCAATAAACTAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * * * * *
108790 TAGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAGAATAAGCCTATATGAATTGATACAATTATT
130 TA-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTT
* * * **
108855 TTA-GA-ATCAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATGGCTAT
194 TTATGACA--AAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCATAACTAT
* * * * * * * **
108918 TTGGAC-TTTTTAGGTAGACATATTTA-TTTTTAAA-ATCTACTTATT-ATTTGAGGAAATATTA
257 TTGAACGTGTTTA-GAAAATAGATTTATTTTTTAAATTTCTACTTATTAATTT-TTGAAATATTA
* * * *
108979 ATAAATTAATATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAAC
320 ATAAATTTATATTATTTT-ATTTGAATAAACTTGTATGAAT
* * * * * * *
109020 AAAAATAA-TATTTTAT----AAA-AAAG-TCGTAATGATTTAAAATAAATAATTATTCAAATAA
1 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGATCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAG
* * * * * * *
109078 TCATAACTATTTAAACTTATTCGATAAA-TAGATTTATTTTTTAAATGTTTTTATTTTTTTAATT
66 TCATAACTATTTAAAATTGTTCAATAAACTA-ATTTATTTTTTAAAT-CTCTTA-CTTATTAATT
* * *
109142 GTTTA-AATATTAATAAATTTGTGTTATTTTATTT-GAAATAAGCTTGTATGAATAGCAAA-ATT
128 -TTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTGTATGAATAG-AAACAAT
* * * *
109204 TGTTTTATAACAAAACAAAAGGTTATAGCAATTTGAAATAGATAATTGA-T-AAATAGTCATAAC
190 TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATT-ATTCAAATAATCATAAC
* * * * * * *
109267 TATTTTAACTTGTTCA-ACAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGGAATA
254 TATTTGAACGTGTTTAGA-AAATAGATTTATTTTTTAAATTTC-TACTTATTAATTTTTGAAATA
** * * *
109331 TTAAT-AAGCTAGAATTATGTTATTTCAAATAAACTTGTATGAAT
317 TTAATAAATTTA-TATTATTTTATTT-GAATAAACTTGTATGAAT
109375 AG
1 AG
109377 GTTTAGATCC
Statistics
Matches: 868, Mismatches: 172, Indels: 75
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
350 2 0.00
351 62 0.07
352 31 0.04
353 104 0.12
354 16 0.02
355 45 0.05
356 26 0.03
357 61 0.07
358 18 0.02
359 60 0.07
360 24 0.03
361 268 0.31
362 147 0.17
363 4 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (359 bp):
AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGATCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAG
TCATAACTATTTAAAATTGTTCAATAAACTAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTT
ATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTGA
ACGTGTTTAGAAAATAGATTTATTTTTTAAATTTCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAT
TTATATTATTTTATTTGAATAAACTTGTATGAAT
Found at i:109823 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 109799--109832 Score: 50
Period size: 16 Copynumber: 2.1 Consensus size: 16
109789 AAGAAAATTC
*
109799 AAAAAGGAAAAGAAAT
1 AAAAAGGAAAAAAAAT
*
109815 AAAATGGAAAAAAAAT
1 AAAAAGGAAAAAAAAT
109831 AA
1 AA
109833 TGATTCAGCT
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 2, Indels: 0
0.89 0.11 0.00
Matches are distributed among these distances:
16 16 1.00
ACGTcount: A:0.76, C:0.00, G:0.15, T:0.09
Consensus pattern (16 bp):
AAAAAGGAAAAAAAAT
Found at i:110074 original size:56 final size:54
Alignment explanation
Indices: 109891--110100 Score: 251
Period size: 57 Copynumber: 3.7 Consensus size: 54
109881 TTTGTACAAG
* * * *
109891 GAAAATTGATACTTTCAACTTTTCCCCAAAATATTTTTTTGAAACTTTAATTTCGA
1 GAAAATTGATACTTTCAACTTTT-CTCAAAATATTTTTTAGAAAC-TTATTTTCAA
* *
109947 GAAAAATTGATATTTTCAACTTTTCCTCAAAAAACCTTTTTTAGAAA-TTATTTTCAAA
1 G-AAAATTGATACTTTCAACTTTT-CTCAAAATA--TTTTTTAGAAACTTATTTTC-AA
110005 GAAAATTGATACTTTCAACTTTTCTCGAAAATATTTTTTAGAAAACTTATTTTCAA
1 GAAAATTGATACTTTCAACTTTTCTC-AAAATATTTTTTAG-AAACTTATTTTCAA
*
110061 GGAAATTGATACTTTCAACTTTTTCTCAAAAATATTTTTT
1 GAAAATTGATACTTTCAAC-TTTTCTC-AAAATATTTTTT
110101 TTTGGAATTT
Statistics
Matches: 136, Mismatches: 10, Indels: 15
0.84 0.06 0.09
Matches are distributed among these distances:
55 8 0.06
56 27 0.20
57 89 0.65
58 2 0.01
59 10 0.07
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.07, T:0.43
Consensus pattern (54 bp):
GAAAATTGATACTTTCAACTTTTCTCAAAATATTTTTTAGAAACTTATTTTCAA
Found at i:110143 original size:5 final size:5
Alignment explanation
Indices: 110133--110166 Score: 50
Period size: 5 Copynumber: 6.4 Consensus size: 5
110123 ATCATTTTAA
110133 AAAAT AAAAT AAAAT AAAAT AAGGAAT AAAAT AA
1 AAAAT AAAAT AAAAT AAAAT AA--AAT AAAAT AA
110167 TTCTATTAAT
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 0, Indels: 4
0.87 0.00 0.13
Matches are distributed among these distances:
5 22 0.81
7 5 0.19
ACGTcount: A:0.76, C:0.00, G:0.06, T:0.18
Consensus pattern (5 bp):
AAAAT
Found at i:110192 original size:10 final size:10
Alignment explanation
Indices: 110177--110210 Score: 52
Period size: 10 Copynumber: 3.4 Consensus size: 10
110167 TTCTATTAAT
110177 ATAATAATAA
1 ATAATAATAA
110187 ATAATAAT-A
1 ATAATAATAA
110196 ATAATTAATAA
1 ATAA-TAATAA
110207 ATAA
1 ATAA
110211 GAAAAAGGAA
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 0, Indels: 3
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
9 5 0.23
10 12 0.55
11 5 0.23
ACGTcount: A:0.68, C:0.00, G:0.00, T:0.32
Consensus pattern (10 bp):
ATAATAATAA
Found at i:110195 original size:13 final size:13
Alignment explanation
Indices: 110177--110206 Score: 51
Period size: 13 Copynumber: 2.3 Consensus size: 13
110167 TTCTATTAAT
110177 ATAATAATAAATA
1 ATAATAATAAATA
*
110190 ATAATAATAATTA
1 ATAATAATAAATA
110203 ATAA
1 ATAA
110207 ATAAGAAAAA
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 1, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
13 16 1.00
ACGTcount: A:0.67, C:0.00, G:0.00, T:0.33
Consensus pattern (13 bp):
ATAATAATAAATA
Found at i:110961 original size:6 final size:6
Alignment explanation
Indices: 110952--110977 Score: 52
Period size: 6 Copynumber: 4.3 Consensus size: 6
110942 AAGAAAGAAA
110952 AAAAAT AAAAAT AAAAAT AAAAAT AA
1 AAAAAT AAAAAT AAAAAT AAAAAT AA
110978 CAGATAAATA
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
6 20 1.00
ACGTcount: A:0.85, C:0.00, G:0.00, T:0.15
Consensus pattern (6 bp):
AAAAAT
Found at i:111042 original size:21 final size:22
Alignment explanation
Indices: 110987--111047 Score: 81
Period size: 21 Copynumber: 2.8 Consensus size: 22
110977 ACAGATAAAT
*
110987 ATATTAATAGATAACTAAAAGA
1 ATATTAATAGATAAATAAAAGA
*
111009 A-AATAATTAGATAAATAAAA-A
1 ATATTAA-TAGATAAATAAAAGA
111030 ATATTAATAGATAAATAA
1 ATATTAATAGATAAATAA
111048 TAATAATAAT
Statistics
Matches: 34, Mismatches: 3, Indels: 5
0.81 0.07 0.12
Matches are distributed among these distances:
21 17 0.50
22 17 0.50
ACGTcount: A:0.64, C:0.02, G:0.07, T:0.28
Consensus pattern (22 bp):
ATATTAATAGATAAATAAAAGA
Found at i:111043 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 111008--111056 Score: 53
Period size: 17 Copynumber: 2.8 Consensus size: 17
110998 TAACTAAAAG
111008 AAAATAATTAGATAAATAA
1 AAAAT-ATTA-ATAAATAA
*
111027 AAAATATTAATAGATAA
1 AAAATATTAATAAATAA
* *
111044 ATAATAATAATAA
1 AAAATATTAATAA
111057 TCATAATAAT
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 4, Indels: 2
0.81 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
17 17 0.65
18 4 0.15
19 5 0.19
ACGTcount: A:0.67, C:0.00, G:0.04, T:0.29
Consensus pattern (17 bp):
AAAATATTAATAAATAA
Found at i:111051 original size:3 final size:3
Alignment explanation
Indices: 111029--111083 Score: 56
Period size: 3 Copynumber: 17.7 Consensus size: 3
111019 ATAAATAAAA
* * * *
111029 AAT ATT AAT AGAT AAAT AAT AAT AAT AAT CAT AAT AAT CAT AAT CAT
1 AAT AAT AAT A-AT -AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT
111076 AAT AAT AA
1 AAT AAT AA
111084 ATGAAAAATA
Statistics
Matches: 42, Mismatches: 8, Indels: 4
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
3 37 0.88
4 4 0.10
5 1 0.02
ACGTcount: A:0.60, C:0.05, G:0.02, T:0.33
Consensus pattern (3 bp):
AAT
Found at i:111284 original size:18 final size:17
Alignment explanation
Indices: 111261--111298 Score: 51
Period size: 17 Copynumber: 2.2 Consensus size: 17
111251 AACTTGACAC
111261 TTTTTGCTTTTCTTT-TTT
1 TTTTTG-TTTT-TTTGTTT
111279 TTTTTGTTTTTTTGTTT
1 TTTTTGTTTTTTTGTTT
111296 TTT
1 TTT
111299 GTCAAAATTT
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 0, Indels: 3
0.86 0.00 0.14
Matches are distributed among these distances:
16 3 0.16
17 10 0.53
18 6 0.32
ACGTcount: A:0.00, C:0.05, G:0.08, T:0.87
Consensus pattern (17 bp):
TTTTTGTTTTTTTGTTT
Found at i:111447 original size:41 final size:41
Alignment explanation
Indices: 111316--111743 Score: 285
Period size: 41 Copynumber: 10.2 Consensus size: 41
111306 TTTTGGTCAA
* * * *
111316 AGCTCCTTTAAGCAGAGACTCAACGACTTTGAGTAAAATAAACAA
1 AGCTCCTCTAATCAGAGGCTCAACGACTTTG-G-AAAAT-AA-AT
* * * *
111361 AACTCCTCTAAACAGAGGCTCCACAACTTT-GAAAATAAAT
1 AGCTCCTCTAATCAGAGGCTCAACGACTTTGGAAAATAAAT
* *
111401 GGCTCCTTTAATCAGAGGCTCAACGACTTTGGAAAATAAAT
1 AGCTCCTCTAATCAGAGGCTCAACGACTTTGGAAAATAAAT
* *
111442 GGCTCCTCTAATCAGAGGCTCAACGACTTTGAAAAATAAAT
1 AGCTCCTCTAATCAGAGGCTCAACGACTTTGGAAAATAAAT
* * *
111483 AAAGCTCCTCTAAAT-AGAGGCTCAATGACTTTGAAAAATAGA-
1 --AGCTCCTCT-AATCAGAGGCTCAACGACTTTGGAAAATAAAT
* * * ** * *
111525 AGCCTCCCCTAATCATAGACTTGACGGACTTTGAAAAATAAACAA
1 AG-CTCCTCTAATCAGAGGCTCAAC-GACTTTGGAAAAT-AA-AT
* *
111570 AGCTCCTCTAATCAGAGGCTCAACAACTTTGGAAAAAACTAAACAA
1 AGCTCCTCTAATCAGAGGCTCAACGACTTTGG--AAAA-T-AA-AT
* * * * *
111616 AACTCCTCTAATCAGAGGCTCGATGAC-TTGAAAAATAACAA
1 AGCTCCTCTAATCAGAGGCTCAACGACTTTGGAAAATAA-AT
* * * * *
111657 AGCTCCTCTAAGT-AGAGGCACCACAACTTTTGAAAGTAAAT
1 AGCTCCTCTAA-TCAGAGGCTCAACGACTTTGGAAAATAAAT
* * * * * *
111698 TGCTCCTCTAAACAGAGGCACCACAACTTT-GAAAGTAAAT
1 AGCTCCTCTAATCAGAGGCTCAACGACTTTGGAAAATAAAT
111738 -GCTCCT
1 AGCTCCT
111744 TGACAATCAT
Statistics
Matches: 319, Mismatches: 48, Indels: 38
0.79 0.12 0.09
Matches are distributed among these distances:
39 6 0.02
40 40 0.13
41 116 0.36
42 28 0.09
43 45 0.14
44 21 0.07
45 33 0.10
46 30 0.09
ACGTcount: A:0.39, C:0.22, G:0.15, T:0.23
Consensus pattern (41 bp):
AGCTCCTCTAATCAGAGGCTCAACGACTTTGGAAAATAAAT
Found at i:111521 original size:84 final size:85
Alignment explanation
Indices: 111363--111731 Score: 319
Period size: 84 Copynumber: 4.4 Consensus size: 85
111353 ATAAACAAAA
* * ** *
111363 CTCCTCTAAACAGAGGCTCCACAACTTTG-AAAAT-AA-ATGGCTCCT-TTAATCAGAGGCTCAA
1 CTCCTCTAATCAGAGGCTCCACGACTTTGAAAAATAAACAAAGCTCCTCTAAATCAGAGGCTCAA
* *
111424 CGACTTTGGAAAATAAATGG
66 CAACTTTGAAAAATAAATGG
* *
111444 CTCCTCTAATCAGAGGCTCAACGACTTTGAAAAATAAATAAAGCTCCTCTAAAT-AGAGGCTCAA
1 CTCCTCTAATCAGAGGCTCCACGACTTTGAAAAATAAACAAAGCTCCTCTAAATCAGAGGCTCAA
** *
111508 TGACTTTGAAAAATAGAA-GC
66 CAACTTTGAAAAATA-AATGG
* * * **
111528 CTCCCCTAATCATAGACTTGACGGACTTTGAAAAATAAACAAAGCTCCTCT-AATCAGAGGCTCA
1 CTCCTCTAATCAGAGGCTCCAC-GACTTTGAAAAATAAACAAAGCTCCTCTAAATCAGAGGCTCA
***
111592 ACAACTTTGGAAAAAACTAAACAAAA
65 ACAACTTT-G-AAAAA-T-AA-ATGG
* * * * *
111618 CTCCTCTAATCAGAGGCTCGATGAC-TTGAAAAAT-AACAAAGCTCCTCTAAGT-AGAGGCACCA
1 CTCCTCTAATCAGAGGCTCCACGACTTTGAAAAATAAACAAAGCTCCTCTAAATCAGAGGCTCAA
* *
111680 CAACTTTTG-AAAGTAAATTG
66 CAAC-TTTGAAAAATAAATGG
* * *
111700 CTCCTCTAAACAGAGGCACCACAACTTTGAAA
1 CTCCTCTAATCAGAGGCTCCACGACTTTGAAA
111732 GTAAATGCTC
Statistics
Matches: 236, Mismatches: 36, Indels: 30
0.78 0.12 0.10
Matches are distributed among these distances:
81 26 0.11
82 26 0.11
83 10 0.04
84 52 0.22
85 51 0.22
86 1 0.00
87 32 0.14
88 16 0.07
89 5 0.02
90 17 0.07
ACGTcount: A:0.39, C:0.23, G:0.15, T:0.23
Consensus pattern (85 bp):
CTCCTCTAATCAGAGGCTCCACGACTTTGAAAAATAAACAAAGCTCCTCTAAATCAGAGGCTCAA
CAACTTTGAAAAATAAATGG
Found at i:111587 original size:85 final size:84
Alignment explanation
Indices: 111313--111675 Score: 274
Period size: 85 Copynumber: 4.3 Consensus size: 84
111303 AAATTTTGGT
* * * *** * *
111313 CAAAGCTCCTTTAAGCAGAGACTCAACGACTTTGAGTAAAATAAACAAAACTCCTCTAAACAGAG
1 CAAAGCTCCTCTAATCAGAGGCTCAACGACTTTGA--AAAAT-AA-ATGCCTCCCCTAATCAGAG
* * *
111378 GCTCCACAACTTTG-AAAAT-AA
62 ACTCAACGACTTTGAAAAATAAA
** * * * * *
111399 -ATGGCTCCTTTAATCAGAGGCTCAACGACTTTGGAAAATAAATGGCTCCTCTAATCAGAGGCTC
1 CAAAGCTCCTCTAATCAGAGGCTCAACGACTTTGAAAAATAAATGCCTCCCCTAATCAGAGACTC
111463 AACGACTTTGAAAAATAAA
66 AACGACTTTGAAAAATAAA
* * *
111482 TAAAGCTCCTCTAAAT-AGAGGCTCAATGACTTTGAAAAATAGAA-GCCTCCCCTAATCATAGAC
1 CAAAGCTCCTCT-AATCAGAGGCTCAACGACTTTGAAAAATA-AATGCCTCCCCTAATCAGAGAC
**
111545 TTGACGGACTTTGAAAAATAAA
64 TCAAC-GACTTTGAAAAATAAA
* *** *
111567 CAAAGCTCCTCTAATCAGAGGCTCAACAACTTTGGAAAAAACTAAACAAAACTCCTCTAATCAGA
1 CAAAGCTCCTCTAATCAGAGGCTCAACGACTTT-G-AAAAA-T-AA-ATGCCTCCCCTAATCAGA
* * *
111632 GGCTCGATGAC-TTGAAAAAT-AA
61 GACTCAACGACTTTGAAAAATAAA
111654 CAAAGCTCCTCTAAGT-AGAGGC
1 CAAAGCTCCTCTAA-TCAGAGGC
111676 ACCACAACTT
Statistics
Matches: 231, Mismatches: 32, Indels: 27
0.80 0.11 0.09
Matches are distributed among these distances:
81 27 0.12
82 7 0.03
83 7 0.03
84 52 0.23
85 76 0.33
86 1 0.00
87 27 0.12
88 12 0.05
89 5 0.02
90 17 0.07
ACGTcount: A:0.40, C:0.22, G:0.15, T:0.23
Consensus pattern (84 bp):
CAAAGCTCCTCTAATCAGAGGCTCAACGACTTTGAAAAATAAATGCCTCCCCTAATCAGAGACTC
AACGACTTTGAAAAATAAA
Found at i:111703 original size:128 final size:126
Alignment explanation
Indices: 111316--111731 Score: 387
Period size: 128 Copynumber: 3.3 Consensus size: 126
111306 TTTTGGTCAA
* * * * * *
111316 AGCTCCTTTAAGCAGAGACTCAACGACTTTGAGTAAAATAAACAAAACTCCTCTAAACAGAGGCT
1 AGCTCCTCTAATCAGAGGCTCAACAACTTTGA-AAAAATAAACAAAACTCCTCTAATCAGAGGCT
* ** ** * *
111381 CCACAACTTTG-AAAATAAATGGCTCCTTTAATCAGAGGCTCAACGACTTTGGAAAATAAAT
65 CAATGACTTTGAAAAATAAAAAGCTCCTCTAATCAGAGGCTCAACGACTTTTGAAAATAAAT
* * * *
111442 GGCTCCTCTAATCAGAGGCTCAACGACTTTG-AAAAATAAATAAAGCTCCTCTAAAT-AGAGGCT
1 AGCTCCTCTAATCAGAGGCTCAACAACTTTGAAAAAATAAACAAAACTCCTCT-AATCAGAGGCT
* * * * **
111505 CAATGACTTTGAAAAAT-AGAAGCCTCCCCTAATCATAGACTTGACGGAC-TTTGAAAAATAAAC
65 CAATGACTTTGAAAAATAAAAAG-CTCCTCTAATCAGAGGCTCAAC-GACTTTTG-AAAAT-AA-
*
111568 AA
125 AT
111570 AGCTCCTCTAATCAGAGGCTCAACAACTTTGGAAAAAACTAAACAAAACTCCTCTAATCAGAGGC
1 AGCTCCTCTAATCAGAGGCTCAACAACTTT-GAAAAAA-TAAACAAAACTCCTCTAATCAGAGGC
* * * * *
111635 TCGATGAC-TTGAAAAATAACAAAGCTCCTCTAAGT-AGAGGCACCACAACTTTTGAAAGTAAAT
64 TCAATGACTTTGAAAAATAA-AAAGCTCCTCTAA-TCAGAGGCTCAACGACTTTTGAAAATAAAT
* * * *
111698 TGCTCCTCTAAACAGAGGCACCACAACTTTGAAA
1 AGCTCCTCTAATCAGAGGCTCAACAACTTTGAAA
111732 GTAAATGCTC
Statistics
Matches: 234, Mismatches: 41, Indels: 29
0.77 0.13 0.10
Matches are distributed among these distances:
124 35 0.15
125 26 0.11
126 35 0.15
127 6 0.03
128 56 0.24
129 3 0.01
130 23 0.10
131 46 0.20
132 4 0.02
ACGTcount: A:0.40, C:0.22, G:0.15, T:0.23
Consensus pattern (126 bp):
AGCTCCTCTAATCAGAGGCTCAACAACTTTGAAAAAATAAACAAAACTCCTCTAATCAGAGGCTC
AATGACTTTGAAAAATAAAAAGCTCCTCTAATCAGAGGCTCAACGACTTTTGAAAATAAAT
Found at i:117353 original size:180 final size:178
Alignment explanation
Indices: 117026--119484 Score: 1299
Period size: 180 Copynumber: 13.7 Consensus size: 178
117016 TACAACTCGT
* * * *
117026 AAGCTTGTATGAACTA-AAATAATTATTATATGACTAAACAA-AAGGTCAAAATGATTTG-AAAT
1 AAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGA--AAA-AATAAGGTCATAAT-ATTTGAAAAT
* ** * * * * * *
117088 AGATAATTATTTTAGTAGTCCTAACTATTTAAACTAGTTCGATAGAC--ATATATTTTTTAAA--
61 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATC
* *
117149 TCTT--TTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAATATTATTTTTATCTAAA
126 TCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTTATCTAAA
* * * *
117200 AAGGCTTGTATGATTAGAAACAATTGTTTTATGAGAAAATAAGGATCATAACTATTTGAGATTA-
1 AA-GCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAAAAAATAAGG-TCATAA-TATTTGAAAATAG
* * * ** * * * * *
117264 ATATTTGTTCAAATAGTCATTATTAAGTGAACTAGTTCGAAAAACAACTTTAGTTTTTAAATCTT
63 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC
* * * * * * *
117329 TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAGTAAAGTAGTATTTTTTTTTATTTTGGAT
128 TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATA-TTATTTTTA-TCT-AAA
* * * * *
117383 AAGTTTTTATGAACT-GAAACAAATGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATGACTTT--ACAT
1 AAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGA-AAAA-ATAAGGTCATAAT-A-TTTGAAAAT
*
117445 AGATAATTGTTTAAATAGTCA-AATCTATTTGAACTTGTTC-AGTAAAC-AA--T-TTTTTT-AA
61 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAACTTGTTCGA-TAAACAAATTTATTTTTTAAA
* * * * *
117503 TCTCTTGCTCATTAATTTTTCAAATGTTAATAAATTACTATTATTGTCTT-T-TGAATA
124 TCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATT-T-TTATCT-AA-A
* * * * *
117560 AA-CTTGTATGAACT-GAAATAATTATTTTATGACTTAACAA-AAGGTTAGAATGATTTG-AAAT
1 AAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGA---AAAAATAAGGTCATAAT-ATTTGAAAAT
* * * * ** *
117621 AAATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTGTTTGAA-TTGGTTCGGCAAACACATTTATTTTTTAAAT
61 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAAT
* * * *
117685 CTCTTACTTATTAATTTTTTGGAATATTATTAAATTAATA-TATTTTAATCTGAAT
125 CTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTTATCT-AAA
* * * * *
117740 AAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTTTTTTATGACAAAATAAAGATCATAATGATTTG-AGATAGA
1 AAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAAAAAAT-AAGGTCATAAT-ATTTGAAAATAGA
* * * * * * * * * *
117804 CATTTATTTAAATAGTCACAACTGTTTGAA-ATGTTTCCATAAATAAATTTAGTTTTTAAA--TC
64 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC
* * * * *
117866 -T-CTTATTCATTTTTAAAATATTAATAGATCAATATTA-GTTTATTCTAAA
128 TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTTA-TCTAAA
** * * * * *
117915 TAATTTTGCATAAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTT-CAAATA
1 -AAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA-AAAA-ATAAGGTCATAA-TATTTGAAAATA
* * * *
117979 GATGATTGTTCAAATGGAT-ATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATC
62 GATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATC
* * *
118043 T-TCTA-TCTATTAATTTTT-ATAATATTAATAAATTAGT-TTTTTTTTATTCCCAATA
126 TCT-TACT-TATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAATATTATTTTTA-T-CTAA-A
* * * *
118098 AA-CCTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTT-TAAATAA
1 AAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA-AAAA-ATAAGGTCATAA-TATTTGAAAATAG
* * * * ** *
118161 ACAATTGTGCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTGCTCGATAAACGGATTTA-TTTTTAAATCTT
63 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC
* * * * *
118225 TTACTTATCAATTTTTGGAATATTAATAAACTAGTATTA-TTTTATTTCAAA
128 TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTTATCT-AAA
* * * * * *
118276 TATGCTTTTATAAACTA-AAACAATTGGTTTACGACAAAACAAAAGGTCATAAATATTT-AAAAT
1 -AAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGA-AAAA-ATAAGGTCAT-AATATTTGAAAAT
* * *
118339 AGATAATTGATCAAATAGTCACAACTATTTGAA-TGTGTTC---AAA-AAACTTATATTTTTAAA
61 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTCGATAAACAAATTTAT-TTTTTAAA
* * * ** *
118399 T-T-TTTCTTATTAATTTTTGGAATATTAACAAATTTGTATTA-TTTTATTTAAA
124 TCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTTATCTAAA
* * * * * *
118451 ATAGGCTTGTATGAATGGAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAGCA-ATTTG-AT
1 A-A-GCTTGTATGAATAG-AAACAATTGTTTTATGA-AAAA-ATAAGGTCATA--ATATTTGAAA
* * * * * *
118514 ATAGATAACTATTCAAACAGTCATAACTAGTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTCATTTTTTAAA
59 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAA
* *
118579 TCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGA-ATTATCTTATT-T-TAGAT
124 TCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA-ATATTAT-TT-TTATCTA-AA
** * ** *
118635 AAGCTTGTACAAAT-GAGACAATTGTTTTGCGATAAAATAAAAGGTCATAATGATTT-AAAATAG
1 AAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA-AAAA-ATAAGGTCATAAT-ATTTGAAAATAG
* * * * * * *
118698 ATAATTATTAAAACAATCATAACTATTTGCAC-TGGTCAGGCT-AACAAATTTATTTTTTAAATC
63 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC--GATAAACAAATTTATTTTTTAAATC
* ** * *
118761 -CGTTACTTATTAATTTTT-AGAATGTTAATAAATTAGCATTACTTTATTAT-GAAT
126 TC-TTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAATATTA-TTT-TTATCTAAA
* * * * * *
118815 AAGAC-TGTATGAATAGAAACATTTCTTTTTTGACAAAATAAATGGTCATCATTATTTG-AAGTA
1 AAG-CTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAAAAAAT-AA-GGTCAT-AATATTTGAAAATA
* * * ** * *
118878 AATAATAGTTCAAATAGTTATAACTAACTGAACTGGCTTAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATC
62 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATC
* ** *
118942 TCTTACTTCTTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATT-TTTTTATTCCAAAA
126 TCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTTA-T-CTAAA
* * * * * *
118996 AAACTTATATGAATA-AAAGCATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATGATGATTTG-AAATA
1 AAGCTTGTATGAATAGAAA-CAATTGTTTTATGA-AAAA-ATAAGGTCATAAT-ATTTGAAAATA
* * * * * * *
119059 GATAATTGTTCAAACAGTGATGATTATTTGAACTAGTTCGACAAACAAAATTA-TTTTTAAATCT
62 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCT
* * * *
119123 CTTACTTACTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTATTTTA-TTTTATTTTAAA
127 CTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTTA-TCTAAA
* * * * * *
119175 TAAG-TTACTAAGAACT-GATAA-AATTATTTTACGACAAAACAAAAGGTCCTAATGATTT-AAA
1 -AAGCTT-GTATGAA-TAGA-AACAATTGTTTTATGA-AAAA-ATAAGGTCATAAT-ATTTGAAA
* * * * * * * * * *
119236 ATAAAAAATTATTCATATAGTCTTAATTATTTGAACTAGTTC-AGTAGATACATTTATTTTTTAA
59 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA-TAAACAAATTTATTTTTTAA
* * * * * *
119300 ATCAT-TTAGTTATTAA-TTTTCATAATATTATTACATTAGTATTA-TTTTATTTCAAA
123 ATC-TCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAATATTATTTTTATCT-AAA
* * * * * * * * *
119356 TAAACTTTTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACATAACAA-AAAGTTATAACAATTTG-ATAT
1 -AAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA-A-AA-AATAAGGTCATAA-TATTTGAAAAT
* * * * * * *
119419 ATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGCTCAATAAATAGATTTATTTTTTACATC
61 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATC
119484 T
126 T
119485 TGTTGGATTA
Statistics
Matches: 1783, Mismatches: 356, Indels: 286
0.74 0.15 0.12
Matches are distributed among these distances:
172 2 0.00
173 6 0.00
174 47 0.03
175 62 0.03
176 181 0.10
177 146 0.08
178 66 0.04
179 32 0.02
180 533 0.30
181 518 0.29
182 121 0.07
183 54 0.03
184 13 0.01
185 2 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (178 bp):
AAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAAAAAATAAGGTCATAATATTTGAAAATAGATA
ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA
CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTTATCTAAA
Found at i:117771 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 117025--119453 Score: 1773
Period size: 181 Copynumber: 13.5 Consensus size: 181
117015 CTACAACTCG
* * * * * *
117025 TAAGCTTGTATGAACTA-AAATAATTATTATATGACTAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATA
1 TAAGCTTGTATGAA-AAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA
* ** * * * * * * *
117089 GATAATTATTTTAGTAGTCCTAACTATTTAAACTAGTTCGATAGAC--ATATATTTTTTAAA--T
65 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCT
* *
117150 CTT--TTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAATATTATTTT-TATCTAAA
130 CTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAATATTATTTTAT-TTTAAA
** * *
117200 -AAGGCTTGTATGATTAGAAACAATTGTTTTATGA-GAAA-ATAAGGATCATAACT-ATTTGAGA
1 TAA-GCTTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG-TCATAA-TGATTTGA-A
* * * * ** * ** * *
117261 TTA-ATATTTGTTCAAATAGTCATTATTAAGTGAACTAGTTCGAAAAACAACTTTAGTTTTTAAA
62 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAA
* * * * * * **
117325 TCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAGTAAAGTAGTATTTTTTTTTATTTTGGA
127 TCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTA--ATATTATTTTATTTTAAA
* * ** * * *
117382 TAAGTTTTTATGAACTGAAACAAATGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATGACTTT-ACATA
1 TAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA-TTTGAAATA
* * *
117446 GATAATTGTTTAAATAGTCA-AATCTATTTGAACTTGTTCAGTAAAC-AA--T-TTTTTT-AATC
65 GATAATTGTTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATC
* * ** * * * * *
117505 TCTTGCTCATTAATTTTTCAAATGTTAATAAATTACTATTATTGTCTTTTGAA
129 TCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTAAA
* ** * * ** * * *
117558 TAAACTTGTATGAACTGAAATAATTATTTTATGACTTAACAAAAGGTTAGAATGATTTGAAATAA
1 TAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAG
* * * * * *
117623 ATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTGTTTGAATTGGTTCGGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTC
66 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC
* * * *
117688 TTACTTATTAATTTTTTGGAATATTATTAAATTAATA-TATTTTAATCTGAA
131 TTACTTATTAA-TTTTTGGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTAAA
* * * *
117739 TAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTTTTTTATGACAAAA-TAAAGATCATAATGATTTGAGATAG
1 TAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAG
* * * * * * * * ** * *
117803 ACATTTATTTAAATAGTCACAACTGTTTGAAATGTTTCCATAAATAAATTTAGTTTTTAAA--TC
66 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC
* ** * * * *
117866 -T-CTTATTCATTTTTAAAATATTAATAGATCAATATTAGTTTATTCTAAA
131 TTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTAAA
** * * *
117915 TAATTTTGCAT-AAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTCAAATA
1 TAAGCTTGTATGAAA-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA
* * * *
117979 GATGATTGTTCAAATGGAT-ATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATC
65 GATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATC
** * * * ***
118043 T-TCTA-TCTATTAATTTTTATAATATTAATAAATTAGTTTTTTTTTATTCCCAA
129 TCT-TACT-TATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTAAA
* * * *
118096 TAAACCTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTTAAATA
1 TAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATA
* * * * * * * **
118160 AACAATTGTGCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTGCTCGATAAACGGATTTA-TTTTTAAATCT
65 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCT
* * * * *
118224 TTTACTTATCAATTTTTGGAATATTAATAAACTAGTATTATTTTATTTCAAA
130 CTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTAAA
* * * * *
118276 TATGCTTTTAT-AAACTA-AAACAATTGGTTTACGACAAAACAAAAGGTCATAAAT-ATTTAAAA
1 TAAGCTTGTATGAAA--AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT-AATGATTTGAAA
* * *
118338 TAGATAATTGATCAAATAGTCACAACTATTTGAA-TGTGTTC---AAA-AAACTTATATTTTTAA
63 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTG-GTTCGGTAAACAAATTTAT-TTTTTAA
* * ** *
118398 AT-T-TTTCTTATTAATTTTTGGAATATTAACAAATTTGTATTATTTTATTTAAAA
126 ATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTAAA
* ** * * * *** *
118452 TAGGCTTGTATGAATGGAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAGCAATTTGATATA
1 TAAGCTTGTATGAAAAG-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA
* * * * * *
118517 GATAACTATTCAAACAGTCATAACTAGTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTCATTTTTTAAATCT
65 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCT
* *
118582 CTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGA-ATTATCTTATTTTAGA
130 CTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTA-ATATTATTTTATTTTAAA
* * * ** * * *
118634 TAAGCTTGTA-CAAATGAGACAATTGTTTTGCGATAAAATAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAG
1 TAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAG
* * * * *
118698 ATAATTATTAAAACAATCATAACTATTTGCACTGG-TCAGGCT-AACAAATTTATTTTTTAAATC
66 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTC-GG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATC
* * ** * * *
118761 -CGTTACTTATTAATTTTTAGAATGTTAATAAATTAGCATTACTTTATTATGAA
129 TC-TTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTAAA
* * * * * * * * *
118814 TAAGAC-TGTATGAATAGAAACATTTCTTTTTTGACAAAATAAATGGTCATCATTATTTGAAGTA
1 TAAG-CTTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA
* * * ** *
118878 AATAATAGTTCAAATAGTTATAACTAACTGAACTGGCTT-AGTAAACAAATTTATTTTTTAAATC
65 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGG-TTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATC
* *** * **
118942 TCTTACTTCTTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTTTTTTATTCCAAA
129 TCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTAAA
* * * * * * *
118995 AAAACTTATATGAATAA-AAGCATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATGATGATTTGAAATA
1 TAAGCTTGTATGAA-AAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA
* * * * * ** *
119059 GATAATTGTTCAAACAGTGATGATTATTTGAACTAGTTCGACAAACAAAATTA-TTTTTAAATCT
65 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCT
* * * *
119123 CTTACTTACTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTATTTTATTTTATTTTAAA
130 CTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTAAA
* * ** * * * *
119175 TAAG-TTACTAAGAACTGATAA-AATTATTTTACGACAAAACAAAAGGTCCTAATGATTTAAAAT
1 TAAGCTT-GTATGAAAAGA-AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT
* * * * * * * * * * *
119238 AAAAAATTATTCATATAGTCTTAATTATTTGAACTAGTTCAGTAGATACATTTATTTTTTAAATC
64 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATC
* *** * * * *
119303 AT-TTAGTTATTAATTTTCATAATATTATTACATTAGTATTATTTTATTTCAAA
129 -TCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTAAA
* * * * * * ** *
119356 TAAACTTTTATGAACAA-AAATAATTGTTTTATGACATAACAAAAAGTTATAACAATTTGATATA
1 TAAGCTTGTATGAA-AAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA
*
119420 TATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
65 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
119454 AGCTCAATAA
Statistics
Matches: 1757, Mismatches: 414, Indels: 160
0.75 0.18 0.07
Matches are distributed among these distances:
173 5 0.00
174 50 0.03
175 54 0.03
176 213 0.12
177 139 0.08
178 48 0.03
179 15 0.01
180 520 0.30
181 537 0.31
182 120 0.07
183 48 0.03
184 8 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
TAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAG
ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC
TTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTAAA
Found at i:118480 original size:538 final size:534
Alignment explanation
Indices: 117031--119270 Score: 1414
Period size: 538 Copynumber: 4.2 Consensus size: 534
117021 CTCGTAAGCT
* * * * * * *
117031 TGTATGAACTAAAATAATTATTATATGACTAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATT
1 TGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAGAATGATTTGAAATAAACAATT
* *** * * * * * * * * *
117096 ATTTTAGTAGTCCTAACTATTTAAACTAGTTCG--ATAGACATATATTTTTTAAA--TCTT--TT
66 GTGCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGCTCGACAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT
* * * * **
117155 ATTAA-TTTTTGGAATATTATTAAATTAATATTATTTTTATCTAAA-AAGGCTTGTATGATTAGA
131 ATCAATTTTTTGGAATATTAATAAACTAATA-TATTTTAATCTAAATAA-GCTTGTATGAAAAGA
* * * * * * * *
117218 AACAATTGTTTTATGAGAAAATAAGGATCATAACT-ATTTGAGATTA-ATATTTG-TTCAAATAG
194 AACAATTGGTTTACGACAAAAAAAAGATCATAA-TGATTT-AAAATAGA-AATTGATTCAAATAG
** * ** * *
117280 TCATTATTAAGTGAACTAG-TTCGAAAAACAACTTTAGTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT
256 TCACAACTATTTGAAAT-GTTTC-CAAAACAACTTTAGTTTTTAAAT-TTTT-CTTATTAATTTT
* * * ** * *
117344 TGAAATATTAGTAAAGTAGTATTTTTTTTTATTTTGGATAAGTTTTTATGAACTGAAACAAA-TG
317 TGAAATATTAATAAATTAGTA--TTATTTTA-TTTAAATAAGTTTGTATGAA-TGAAAAAAATTG
* * * *
117408 TTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATGACTTTACATAGATAATTGTTTAAATAGTCA-AATCTA
378 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGA-TTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA-CTA
* * *
117472 TTTGAACTTGTTCAGTAAACAA--T-TTTTTT-AATCTCTTGCTCATTAATTTTTCAAATGTTAA
441 TTTGAACTTGTTCGGTAAACAATTTATTTTTTAAATCTCTTACT-ATTAATTTTT-AAATATTAA
* * *** *
117533 TAAATTACTATTATTGTCTTTTGAATAAACT
504 TAAATTAGTATTATTGTATTCCCAATAAACC
* ** * *
117564 TGTATGAACTGAAATAATTATTTTATGACTTAACAAAAGGTTAGAATGATTTGAAATAAATAATT
1 TGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAGAATGATTTGAAATAAACAATT
* * * * * *
117629 GTTCTAATAGTCTTAACTGTTTGAATTGGTTCGGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT
66 GTGCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGCTCGACAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT
* * * *
117694 ATTAATTTTTTGGAATATTATTAAATTAATATATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAAAAGAAA
131 ATCAATTTTTTGGAATATTAATAAACTAATATATTTTAATCTAAATAAGCTTGTATGAAAAGAAA
** * * * * * * *
117759 CAATTTTTTTATGACAAAATAAAGATCATAATGATTTGAGATAGACATTTATTTAAATAGTCACA
196 CAATTGGTTTACGACAAAAAAAAGATCATAATGATTTAAAATAGAAATTGATTCAAATAGTCACA
* * * * * *
117824 ACTGTTTGAAATGTTTCCATAAATAAATTTAGTTTTTAAA--TCTCTTATTCATTTTTAAAATAT
261 ACTATTTGAAATGTTTCCA-AAACAACTTTAGTTTTTAAATTTTTCTTATTAATTTTTGAAATAT
* * * * * * * *
117887 TAATAGATCAATATTAGTTTATTCTAAATAATTTTGCATAAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACA
325 TAATAAATTAGTATTATTTTATT-TAAATAAGTTTGTATGAATGA-AAAAAATTGTTTTATGACA
* *
117951 AAACAAAAGGTCATAACGATTTCAAATAGATGATTGTTCAAATGGAT-ATAACTATTTGAACTTG
388 AAACAAAAGGTCATAACGATTT-AAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTTG
118015 TTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCT-TCTATCTATTAATTTTTATAATATTAATAAATTAG
451 TTCGGTAAACA-ATTTATTTTTTAAATCTCT-TA-CTATTAATTTTTA-AATATTAATAAATTAG
* * *
118079 TTTTTTTTTATTCCCAATAAACC
512 TATTATTGTATTCCCAATAAACC
* * *
118102 TGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTTAAATAAACAA
1 TGTATGAACT-GAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAGAA-TGATTTGAAATAAACAA
* ** *
118165 TTGTGCAAATAGTCATAACTATTTGAAATT-GCTCGATAAACGGATTTA-TTTTTAAATCTTTTA
64 TTGTGCAAATAGTCATAACTATTTG-AATTGGCTCGACAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* * * *
118228 CTTATCAA-TTTTTGGAATATTAATAAACTAGTATTATTTT-ATTTCAAATATGCTTTTAT-AAA
128 CTTATCAATTTTTTGGAATATTAATAAACTAATA-TATTTTAATCT-AAATAAGCTTGTATGAAA
*
118290 CTA-AAACAATTGGTTTACGACAAAACAAAAGGTCATAAAT-ATTTAAAATAGATAATTGA-TCA
191 --AGAAACAATTGGTTTACGACAAAA-AAAAGATCAT-AATGATTTAAAATAGA-AATTGATTCA
118352 AATAGTCACAACTATTTG-AATGTGTT-CAAAA-AACTTATA-TTTTTAAATTTTTCTTATTAAT
251 AATAGTCACAACTATTTGAAATGT-TTCCAAAACAACTT-TAGTTTTTAAATTTTTCTTATTAAT
* * * * *
118413 TTTTGGAATATTAACAAATTTGTATTATTTTATTTAAAATAGGCTTGTATGAATGGAAAAAAATT
314 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-AAATAAGTTTGTATGAAT-GAAAAAAATT
* * * * * * * *
118478 GTTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAGCAATTTGATATAGATAACTATTCAAACAGTCATAACTA
377 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTT-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
* * *
118543 GTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTA
441 TTTGAACTTGTTCGGTAAAC-AATTTATTTTTTAAATCTCTTAC-TATTAATTTTT-AAATATTA
* ** * *
118608 ATAAATTAGAATTATCT-TATT-TTAGATAAGCT
503 ATAAATTAGTATTAT-TGTATTCCCA-ATAAACC
* * * * ** * * * * * *
118640 TGTA-CAAATGAGACAATTGTTTTGCGATAAAATAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATT
1 TGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAGAATGATTTGAAATAAACAATT
* ** * * * * * * *
118704 ATTAAAACAATCATAACTATTTGCACTGG-TCAGGCTAACAAATTTATTTTTTAAATC-CGTTAC
66 GTGCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGCTC-GACAAACACATTTATTTTTTAAATCTC-TTAC
* * * * * * * * *
118767 TTATTAA-TTTTTAGAATGTTAATAAATTAGCAT-TACTTTATTATGAATAAGAC-TGTATGAAT
129 TTATCAATTTTTTGGAATATTAATAAACTA--ATATATTTTAATCTAAATAAG-CTTGTATGAAA
* ** ** * * * * * * * *
118829 AGAAACATTTCTTTTTTGACAAAATAAATGGTCATCATTATTTGAAGTAAATAATAG-TTCAAAT
191 AGAAACAATTGGTTTACGACAAAA-AAAAGATCATAATGATTTAAAATAGA-AATTGATTCAAAT
* * ** * * *** * * * *
118893 AGTTATAACTAACTGAACTGGCTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTCTTAATTT
254 AGTCACAACTATTTGAAAT-GTTTCCAAAACAACTTTAGTTTTTAAAT-T-TTTCTTATTAATTT
** * * * * ** * * *
118958 TCAAAATATTAATAAATTAATATTTTTTTATTCCAAAAAAACTTATATGAAT-AAAAGCATTTGT
316 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TAAATAAGTTTGTATGAATGAAAA-AAATTGT
* * * * * * *
119022 TTTATGACAAAACAAAAGGTAATGATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAACAGTGATGATTATT
379 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTT-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* ** * *
119087 TGAACTAGTTCGACAAACAAAATTA-TTTTTAAATCTCTTACTTACTAATTTTTGAAATATTAAT
443 TGAACTTGTTCGGTAAAC-AATTTATTTTTTAAATCTCTTAC-TATTAATTTTT-AAATATTAAT
* * *** **
119151 AAATTTA-TTTTATTTTATTTTAAAT-AAGT
505 AAA-TTAGTATTATTGTATTCCCAATAAACC
* * * ** * *
119180 TACTAAGAACTGATAA-AATTATTTTACGACAAAACAAAAGGTCCTAATGATTTAAAATAAAAAA
1 T-GTATGAACTGA-AACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAGAATGATTTGAAATAAACAA
* * * * *
119244 TTATTCATATAGTCTTAATTATTTGAA
64 TTGTGCAAATAGTCATAACTATTTGAA
119271 CTAGTTCAGT
Statistics
Matches: 1360, Mismatches: 267, Indels: 151
0.76 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
531 1 0.00
532 10 0.01
533 173 0.13
534 4 0.00
535 55 0.04
536 42 0.03
537 207 0.15
538 427 0.31
539 133 0.10
540 38 0.03
541 69 0.05
542 149 0.11
543 52 0.04
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (534 bp):
TGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAGAATGATTTGAAATAAACAATT
GTGCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGCTCGACAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT
ATCAATTTTTTGGAATATTAATAAACTAATATATTTTAATCTAAATAAGCTTGTATGAAAAGAAA
CAATTGGTTTACGACAAAAAAAAGATCATAATGATTTAAAATAGAAATTGATTCAAATAGTCACA
ACTATTTGAAATGTTTCCAAAACAACTTTAGTTTTTAAATTTTTCTTATTAATTTTTGAAATATT
AATAAATTAGTATTATTTTATTTAAATAAGTTTGTATGAATGAAAAAAATTGTTTTATGACAAAA
CAAAAGGTCATAACGATTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGG
TAAACAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTATTAATTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTGT
ATTCCCAATAAACC
Found at i:119213 original size:361 final size:357
Alignment explanation
Indices: 117025--119484 Score: 1737
Period size: 361 Copynumber: 6.9 Consensus size: 357
117015 CTACAACTCG
* * * * *
117025 TAAGCTTGTATGAACTA-AAATAATTATTATATGACTAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATA
1 TAAG-TTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG-AATA
* ** * * * * * *
117089 GATAATTATTTTAGTAGTCCTAACTATTTAAACTAGTTC-GATAGAC--ATATATTTTTTAAA--
63 AATAA-TATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATC
*** * * *
117149 TCTT--TTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAATATTATTTT-TATCTAAA-AAGGCTTGTA
126 TCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTC-AAATAA-ACTTGTA
* * * * * *
117210 TGATTAGAAACAATTGTTTTATGA-GAAA-ATAAGGATCATAACT-ATTTGAGATTA-ATATTTG
189 TAAATA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG-TCATAA-TGATTTGA-AATAGATAATTG
* * ** * * * *
117271 TTCAAATAGTCATTATTAAGTGAACTAGTTCGAAAAACAACTTTAGTTTTTAAATCTTTTACTTA
250 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGACAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * *
117336 TTAATTTTTGAAATATTAGTAAAGTAGTATTTTTTTTTATTTTGGA
315 TTAATTTTTGAAATATTAATAAA-T--TATTTTATTTTATTTTGAA
* * *
117382 TAAGTTTTTATGAACT-GAAACAAATGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATGACTTT-ACAT
1 TAAG-TTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA-TTTGA-AT
* * *
117445 AGATAATTGTTTAAATAGTCA-AATCTATTTGAACTTGTTCAGTAAAC-AA--T-TTTTTT-AAT
62 AAATAA-TATTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAAT
* * * * * * **
117504 CTCTTGCTCATTAATTTTTC-AAATGTTAATAAATTACTATTATTGTCTTTTGAATAAACTTGTA
125 CTCTTACTTATTAA-TTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTA
* * * * ** * * *
117568 TGAACTGAAATAATTATTTTATGACTTAACAAAAGGTTAGAATGATTTGAAATAAATAATTGTTC
189 T-AAATAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * * * * * *
117633 TAATAGTCTTAACTGTTTGAATTGGTTCGGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTA
253 AAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGACAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTA
* * * * * *
117698 ATTTTTTGGAATATTATTAAATTAATATATTTTAATCTGAA
318 A-TTTTTGAAATATTAATAAATTATTTTATTTTATTTTGAA
* * * *
117739 TAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTTTTTTATGACAAAA-TAAAGATCATAATGATTTGAGATAG
1 TAAG-TTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA-ATA-
* * * * * * *
117803 ACAT-TTATTTAAATAGTCACAACTGTTTGAA-ATGTTTCCA-TAAATAAATTTAGTTTTTAAAT
63 A-ATAATATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TT-CAGTAAACAAATTTATTTTTTAAAT
* * * ** *
117865 CTCTTA-TTCA-T--TTTT-AAAATATTAATAGATCAATATTAGTTTA-TTCTAAATAATTTTGC
125 CTCTTACTT-ATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTC-AAATAAACTTGT
* * *
117924 ATAAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTCAAATAGATGATTGTT
188 ATAAATA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTT
* * ** *
117989 CAAATGGAT-ATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCT-TCTA-TCT
252 CAAATAG-TCATAACTATTTGAACTAGTTCGACAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCT-TACT-T
* ***
118051 ATTAATTTTT-ATAATATTAATAAATTAGTTTTTTTTTATTCCCAA
314 ATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTA-TTTTATTTTATTTTGAA
** *
118096 TAAACCTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTTAAATA
1 T-AAGTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TGA-TTTGAATA
* * * **
118160 AACAAT-TGTGCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTGCTC-GATAAACGGATTTA-TTTTTAAAT
63 AATAATAT-T-CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAAT
* * *** * * ** *
118222 CTTTTACTTATCAATTTTTGGAATATTAATAAACTAGTATTATTTTATTTCAAATATGCTTTTAT
125 CTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTAT
* * * *
118287 AAACTAAAACAATTGGTTTACGACAAAACAAAAGGTCATAAAT-ATTTAAAATAGATAATTGATC
190 AAA-TAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT-AATGATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * * *
118351 AAATAGTCACAACTATTTGAA-T-G-T-GTTCAAA-AAACTTATATTTTTAAAT-T-TTTCTTAT
253 AAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCG-ACAAACAAATTTAT-TTTTTAAATCTCTTACTTAT
* * **
118409 TAATTTTTGGAATATTAACAAATT-TGTATTATTTTATTTAAAA
316 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAT-T-TTATTTTATTTTGAA
* * * * * ***
118452 TAGGCTTGTATGAATGGAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAGCAATTTGATATA
1 TAAG-TTGTATGAATAG-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA-ATA
* * * * *
118517 GATAACTATTCAAACAGTCATAACTAGTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTCATTTTTTAAATCT
63 AATAA-TATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCT
*** * * * * *
118582 CTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGA-ATTATCTTATTTTAGATAAGCTTGTACA
127 CTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTA-ATATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATA
* * ** * * * * *
118646 AATGAGACAATTGTTTTGCGATAAAATAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTATTAAAA
191 AATAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * * * * *
118711 CAATCATAACTATTTGCACT-GGTCAGGCTAACAAATTTATTTTTTAAATC-CGTTACTTATTAA
256 TAGTCATAACTATTTGAACTAGTTC-GACAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC-TTACTTATTAA
* ** * *
118774 TTTTT-AGAATGTTAATAAATTAGCATTACTTTATTATGAA
319 TTTTTGA-AATATTAATAAATTA-TTTTATTTTATTTTGAA
* * * * * * * *
118814 TAAGACTGTATGAATAGAAACATTTCTTTTTTGACAAAATAAATGGTCATCATTATTTGAAGTAA
1 TAAG-TTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA-TAA
* ** *
118879 ATAATAGTTCAAATAGTTATAACTAACTGAACTGGCTT-AGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCT
64 ATAATA-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCT
* * * * * *
118943 CTTACTTCTTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTTTTTTATTCCAAAAAAACTTATATGA
127 CTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATAA
* * *
119008 ATAAAAGCATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATGATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
192 ATAAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * * * * *
119073 CAGTGATGATTATTTGAACTAGTTCGACAAACAAAATTA-TTTTTAAATCTCTTACTTACTAATT
256 TAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGACAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
*
119137 TTTGAAATATTAATAAATTTATTTTATTTTATTTTAAA
321 TTTGAAATATTAATAAA-TTATTTTATTTTATTTTGAA
* * * * * *
119175 TAAGTTACTAAGAACT-GATAA-AATTATTTTACGACAAAACAAAAGGTCCTAATGATTTAAAAT
1 TAAGTT-GTATGAA-TAGA-AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTT-GAAT
* * * * * * * *
119238 AAAAAATTATTCATATAGTCTTAATTATTTGAACTAGTTCAGTAGATACATTTATTTTTTAAATC
62 AAATAA-TATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATC
* * * * * *
119303 AT-TTAGTTATTAATTTTCATAATATTATTACATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTTTAT
126 -TCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTAT
* * * * ** * *
119367 GAACA-AAAATAATTGTTTTATGACATAACAAAAAGTTATAACAATTTGATATATATAATTGTTC
190 -AA-ATAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * * * * *
119431 AAATAGTCATAACTATTTGAACTAGCTCAATAAATAGATTTATTTTTTACATCT
253 AAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGACAAACAAATTTATTTTTTAAATCT
119485 TGTTGGATTA
Statistics
Matches: 1652, Mismatches: 346, Indels: 205
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
354 3 0.00
355 13 0.01
356 134 0.08
357 476 0.29
358 194 0.12
359 94 0.06
360 54 0.03
361 518 0.31
362 162 0.10
363 4 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (357 bp):
TAAGTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAATAAAT
AATATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA
CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATAAATAA
AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
ATAACTATTTGAACTAGTTCGACAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA
AATATTAATAAATTATTTTATTTTATTTTGAA
Found at i:121422 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 121169--124888 Score: 1862
Period size: 180 Copynumber: 20.7 Consensus size: 179
121159 AATAAAAATG
* *
121169 ACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTT-AGAA
1 ACTATTTGAACTTGTTCGATAAA-AAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AA
** * * *
121233 TATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAATAAAATTTTATGAATAGAAAGAATTATTTTATGA
64 TATTAATAAATTAATATTATTTTATT-TAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA
* ** * *
121298 CAAAACAAAAGATCATAACAATCTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATA
128 CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
* * * * * *
121350 ACTATTTAAACTCGCTCGATAAAAAGATTTATTTTTTAAATCTTTTTCTTATTAACTTTTGAAAT
1 ACTATTTGAACTTGTTCGATAAAAA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAT
* * *
121415 TTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAG-TTGTATGAATAGAAACAATTAG-TTTATGA
65 ATTAATAAATTAATATTATTTTATT-TAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATT-GTTTTATGA
* *
121478 CAAAACAAATGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
128 CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
* * * * *
121530 ACTATTTGAA-TGTGTTC-AGTAAACAAATTTATTTTTAAAAT-TTTTGC-TATTAACTTTTGGA
1 ACTATTTGAACT-TGTTCGA-TAAA-AAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAA
* * * * * * * * *
121591 ATATTAATTAATTTATATTATTTTATTCGAAATAAGCTAGGATGAATCGAACCATTTGTTTTCTG
63 ATATTAATAAATTAATATTATTTTATT-TAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
* * * * * *
121656 ATAAAAGAAAAGGTCATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTCAGATAGTCAAA
127 ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
* * * * ** * * *
121709 ACTCTTTGAATTTGTTC-AGTAAATAGATTCATTTTTCTAGTTCTCTTAATCATTAATTTTTGGA
1 ACTATTTGAACTTGTTCGA-TAAA-AAATTTATTTTT-TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAA
* * * * * *
121773 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTACTTCAAATAAGCTTATGTTAACT-GAAACAGTTGTTTTAT
63 ATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TTTAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTAT
* * * *
121837 TACAAAATAAAAGATCA-AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATG
126 GACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
* * * * * * **
121890 ACTATTTGAAATTATTC-AGTAAACATATTTATTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTGTCAAAA
1 ACTATTTGAACTTGTTCGA-TAAA-AAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAA
* * * * *
121954 TATTAATAAATTAAGATTATTTTAATTTGAATAAGCTTATATGAAAAGAAATAATTGTTTTATGA
64 TATTAATAAATTAATATTATTTT-ATTTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA
* * * * **
122019 CAAAACAAAAAGTCATAATAATTTGTTGCTTAAATAGTCATAATGATTTAAACTTATGTGGTGA
128 CAAAACAAAAGGTCATAATGA--T-TTG---AAATAG--ATAATTATTCAAA--TA-GTCAT-A
* * *** * * * * * *
122083 ACAGATTT--A-TT-TT--TTAAATCTTTTAATTATTAATTGTCTTA-ATATTAATAAATTT---
1 AC-TATTTGAACTTGTTCGATAAAAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT--TTTTGAA
* ** * *** * * * * * * **
122138 ATATTATTTTATCCGAAATAGGCTTGTATGAATAGATGAACTCTTTTTATG-ACA-AAACAAAAG
63 ATATTAATAAAT---TAATATTATTTTAT--TTAAAT-AA-GC-TTGTATGAATAGAAACAATTG
* *** * *
122201 -GTTAT-AGCATTTCTAAATA-G--ATAATTG-TTT-AAATAG-TCATAATT---AT--T--TA
120 TTTTATGA-CAAAAC-AAA-AGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
* * * * *
122250 A--ACTTG---TT-TT-G-TAAATAGTTTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGGAAT
1 ACTATTTGAACTTGTTCGATAAAAAATTT-ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAT
* * ** * * * *
122307 ATTAACAACTTGGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAACTA-AAATAATTTTTTTATGA
65 ATTAATAAATTAATATTATTTTATTT-AAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGA
* ** * * * *
122371 CAAAA-AAAA-GTCGTAACAATTTAAAACAGATAATTATTCAAATAGTTATG
128 CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
* * * * * *
122421 ACTATTTGATCTAGTTC-AGTAAACATATTTATTTTTAAAAT-TTTTAACTTATTAATTGTTGAA
1 ACTATTTGAACTTGTTCGA-TAAA-AAATTTATTTTTTAAATCTCTT-ACTTATTAATTTTTGAA
* * * *
122484 ATAATAATAAATTAATATTATTTTAATTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACTATTGTTTTATA
63 ATATTAATAAATTAATATTATTTT-ATTTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
* * * * ***
122549 ATAGAATAAAA-GTCAGAATGATTTGAAATA-ATTAATTGCACAAATAGTCATA
127 ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGA-TAATTATTCAAATAGTCATA
** *
122601 ACTATTTGAA-TTAGTTTAATAAAAAGATTTA-TTTTTAAATCTC-TA---ATTAATTTCTGAAA
1 ACTATTTGAACTT-GTTCGATAAAAA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAA
* * * * * *
122660 TACTAATAAA-T--T-TT-TTTTA-TTACAATCAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTATG
64 TATTAATAAATTAATATTATTTTATTTA-AAT-AAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
* * **
122719 AAAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
127 ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
* * * * *
122772 A-TCATTAGAACTAGTTAGGTAAATAGAA-TTATTTTTT-AATCTCTTACTTATTAATTTTTCAA
1 ACT-ATTTGAACTTGTTCGATAAA-A-AATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAA
* * * * * *
122834 ATATCT-ATAAATTCATTTTATTTTATTTCAAATAAGCTAGTTTGAATTGAAAAAATTGTTTTAT
63 ATAT-TAATAAATTAATATTATTTTATTT-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTAT
* * ** * * *
122898 GACAAGACAAAAGGTCGTAACAATTTGAAATAGATAATTATTTATATAGTCTTA
126 GACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
* * * * * ** *
122952 ACAAATTGAACTAGTTTGACAAACAAATTTAAATTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAAT
1 ACTATTTGAACTTGTTCGATAAA-AAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAT
* * * * * * * * * * *
123017 GTTATTAGATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACATGTATGAACATG-AATAATTATTTTATAA
65 ATTAATAAATTAATATTATTTTATTT-AAATAAGCTTGTATGAATA-GAAACAATTGTTTTATGA
* * * * * * *
123081 TAAAACAAAATGTTTATTTTGTAAACAATTGATTTGAAGTATAGAATTCTTCAAATAGTCATA
128 CAAAACAAAA-G--------GT-CATAA-TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
*
123144 ACTATTTGAA-TTGGTTC-AGTAAACAA-TT-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAA
1 ACTATTTGAACTT-GTTCGA-TAAAAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAA
* * * * * *
123205 GATT-ATGAAATTAGTATTATTTTATTCCAAACATGCTTGTATGATATA-AAACAATTGTTATAT
64 TATTAAT-AAATTAATATTATTTTATT-TAAATAAGCTTGTATGA-ATAGAAACAATTGTTTTAT
* * * *
123268 GATC-AAACAAAAGGTAACAATGATTTGAAATAGATAATTATTGAAAT-GACGATA
126 GA-CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC-ATA
* ** * * * *
123322 ATTATTTGAACTAATTTGGTAAACAAATTCACTTTTTAAA--TC--ACTTATTAATTTTTGAAAT
1 ACTATTTGAACTTGTTCGATAAA-AAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAT
* * *
123383 ATTAATAAATTACTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACA-AAAGCGATTGTTTTATGA
65 ATTAATAAATTAATATTATTTTATTT-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-CAATTGTTTTATGA
* * * * **
123447 CAAAACAAAAGGTCATAAGGATTTTAAATAAATAATTATTTAAATAGTTGTA
128 CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
* * * * *
123499 AATATTTGAATTTGTTCGGTAAACAAATTTACTTTTTTAAA-CTCTTGCTTATTAATTTTTAAAA
1 ACTATTTGAACTTGTTCGATAAA-AAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAA
* * ** * * * *
123563 TATTAAGAAATTATTATTATTTTATTTTGGATATGCTTTTATGAATCGAAACAATTGTTTTATGT
64 TATTAATAAATTAATATTATTTTA-TTTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA
* * * * *
123628 CAAAACAAAATGTCATAATGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAATCATA
128 CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
* * * * * **
123680 ACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTCAAAT-TTTTGCTTATTAATTTTCCAAA
1 ACTATTTGAACTTGTTCGATAAA-AAATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAA
* * *** * * * * * * *
123744 TGTTACTAAATTTGGATTATTTTATTCCAAATGAGCTTGTAAG-ATATGAAATAAATATTTTTTG
64 TATTAATAAATTAATATTATTTTATT-TAAATAAGCTTGTATGAATA-GAAACAATTGTTTTATG
* ** * * * * **
123808 ACTAAACAAAATATCAAAATGATCTGAAATAGATAATTATTCTAATGGTTTTA
127 ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
* * ** * * * *
123861 ATTATTTGAAC-TGATTTTGCA-AGCATATTT-TTTTTTAAATCTCCTAGTTAGTAATTTTTGAA
1 ACTATTTGAACTTG--TTCG-ATAAAAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAA
* * **** * * * *
123923 ATATTATTAAATTAGTATTATTTTTAACCGAATAAGCTTCTATG-ATAAAAAATAATTGTTTAAT
63 ATATTAATAAATTAATATTA-TTTTATTTAAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTAT
* * * * * * *
123987 GACAAAACAAAA-ATCTTAACGATTTGAGATTG-TAAATTGTTCAAATATTCATA
126 GACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGAT-AATTATTCAAATAGTCATA
* * *
124040 CCTATTTGAA-TTAGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTCAAA
1 ACTATTTGAACTT-GTTCGATAAA-AAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAA
* * * * *
124104 TAATAATAAATTATTATTATTATTATATTTTGAATAAGCTTGTATG-ATCAAAAACAATTATTTT
64 TATTAATAAATTA--A-TATTATTTTA-TTTAAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTT
* * * * * * * *
124168 ATGACAAAACAAAAGCTCATAACGATTTCAAATTGAAAATCATTTAAAT-GCCCATA
124 ATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG-TCATA
* ** * * * * * *
124224 ATTATTTTTAC-TGATTC-AGTAAACAGATTTATTTTTAAAATTTTTTAGTTATTAATTTTAGAA
1 ACTATTTGAACTTG-TTCGA-TAAA-AAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAA
* * *** * *
124287 ATATTAATACATTAGTATTATTTTATTCTGTCTAAGCTTGTACT-AACT-GAAATAATTATTTTA
63 ATATTAATAAATTAATATTATTTTATT-TAAATAAGCTTGTA-TGAA-TAGAAACAATTGTTTTA
* * * * * **
124350 TGACAAATCAAATGGTTATAATGATTTTAAATAGACAATTGCTCAAATAG-CAATA
125 TGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC-ATA
* **
124405 ACTATTTGAAC---TTC--T------TTAATTTTTTAAATCTCTTTTTGTAATTAATTTTTTG-A
1 ACTATTTGAACTTGTTCGATAAAAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACT-T-ATTAA-TTTTTGAA
* * * * * *
124458 ATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAGCT-GAAAGAATTGTTTTAT
63 ATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TTTAAATAAGCTTGTATGA-ATAGAAACAATTGTTTTAT
* * * * * *
124522 AACCAAA-AAAAGGCCAAAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCTTA
126 GACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
* * * * *
124575 ACCATTTGAACTTATTAGATAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTACTT-TCTAATTTTTAAAA
1 ACTATTTGAACTTGTTCGATAAA-AAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT-TAATTTTTGAAA
* * * * ** * * *
124639 TATTATTGAATTAGTATTATTTAAATCCAAATAAACTTGTATGAACA-AAACAATTGTTTTACGA
64 TATTAATAAATTAATATTATTT-TATTTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA
* * * * * * *
124703 CAAAGCAAAAGGTTATAA-CAGTTTGAAATAAATAATTGTTCATATAGTCTTA
128 CAAAACAAAAGGTCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
* * * * * * * ** * **
124755 ACTATTTGAACTAGTTCAACAATTAGATTTATTTTTTAATTTTCTTGGTTATTAAGTTTCAAAAT
1 ACTATTTGAACTTGTTCGATAA-AAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAT
** * * * * ** * *
124820 ATTTTTAAAATAGTATTATATTATTTTGAATAAAATAGTATGAATA-AAACCAATTGTTTGATGA
65 ATTAATAAATTAATATTATTTTA-TTTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-CAATTGTTTTATGA
124884 CAAAA
128 CAAAA
124889 ATAATTGTTC
Statistics
Matches: 2695, Mismatches: 635, Indels: 418
0.72 0.17 0.11
Matches are distributed among these distances:
160 8 0.00
161 5 0.00
162 15 0.01
163 13 0.00
164 32 0.01
165 13 0.00
166 7 0.00
167 11 0.00
168 3 0.00
169 21 0.01
170 85 0.03
171 120 0.04
172 19 0.01
173 8 0.00
174 1 0.00
175 42 0.02
176 10 0.00
177 133 0.05
178 117 0.04
179 281 0.10
180 636 0.24
181 607 0.23
182 112 0.04
183 53 0.02
184 91 0.03
185 11 0.00
186 8 0.00
187 23 0.01
188 18 0.01
189 103 0.04
190 20 0.01
191 14 0.01
192 49 0.02
193 2 0.00
194 4 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (179 bp):
ACTATTTGAACTTGTTCGATAAAAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATA
TTAATAAATTAATATTATTTTATTTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAA
AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
Found at i:121536 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 121169--124888 Score: 2213
Period size: 181 Copynumber: 20.7 Consensus size: 180
121159 AATAAAAATG
* *
121169 ACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTT-AGAA
1 ACTATTTGAACTTGTTCGATAAA-AAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AA
* * ** * * *
121233 TATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAATAAAATTTTATGAATAGAAAGAATTATTTTATGA
64 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA
* ** * *
121298 CAAAACAAAAGATCATAACAATCTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATA
129 CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
* * * * * *
121350 ACTATTTAAACTCGCTCGATAAAAAGATTTATTTTTTAAATCTTTTTCTTATTAACTTTTGAAAT
1 ACTATTTGAACTTGTTCGATAAAAA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAT
*
121415 TTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAG-TTGTATGAATAGAAACAATTAG-TTTATGA
65 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATT-GTTTTATGA
* *
121478 CAAAACAAATGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
129 CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
* * * * *
121530 ACTATTTGAA-TGTGTTC-AGTAAACAAATTTATTTTTAAAAT-TTTTGC-TATTAACTTTTGGA
1 ACTATTTGAACT-TGTTCGA-TAAA-AAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAA
* * * * * * * *
121591 ATATTAATTAATTTA-TATTATTTTATTCGAAATAAGCTAGGATGAATCGAACCATTTGTTTTCT
63 ATATTAA-TAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTAT
* * * * * *
121655 GATAAAAGAAAAGGTCATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTCAGATAGTCAAA
127 GACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
* * * * ** * * *
121709 ACTCTTTGAATTTGTTC-AGTAAATAGATTCATTTTTCTAGTTCTCTTAATCATTAATTTTTGGA
1 ACTATTTGAACTTGTTCGA-TAAA-AAATTTATTTTT-TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAA
* * * *
121773 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTACTT-CAAATAAGCTTATGTTAACT-GAAACAGTTGTTTTA
63 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTA
* * * *
121836 TTACAAAATAAAAGATCA-AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATG
126 TGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
* * * * * * **
121890 ACTATTTGAAATTATTC-AGTAAACATATTTATTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTGTCAAAA
1 ACTATTTGAACTTGTTCGA-TAAA-AAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAA
** * * *
121954 TATTAATAAATTAAG-ATTATTTTAATT-TGAATAAGCTTATATGAAAAGAAATAATTGTTTTAT
64 TATTAATAAATT-AGTATTATTTT-ATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTAT
* * **
122017 GACAAAACAAAAAGTCATAAT-AATT----T-G-T--TGCTT-AAATAGTCATA
127 GACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
* * * * * * * **
122061 A-TGATTTAAACTTATGT-GGTGAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTAAT-TATTA---ATTGT
1 ACT-ATTTGAACTTGT-TCGAT-AA-A-A--AATTTATT---T-TTTAAATCTCTTACTTATTAA
* * *
122120 CTTA----ATATTAATAAATTTA-TATTATTTTA-TCCGAAATAGGCTTGTATGAATAGATGAAC
55 TTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCC-AAATAAGCTTGTATGAATAGA--AAC
* * * *
122179 --TCT-TTTTATGACAAAACAAAAGGTTAT-A-GCATTTCTAAATAGATAATTGTTTAAATAGTC
116 AAT-TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG-ATTT-GAAATAGATAATTATTCAAATAGTC
122239 ATA
178 ATA
* * * * * * *
122242 ATTATTTAAACTTGTTTTG-TAAATAGTTTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGGAA
1 ACTATTTGAACTTG-TTCGATAAAAAATTT-ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAA
* * * * * * * *
122306 TATTAACAACTTGGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAACTA-AAATAATTTTTTTATG
64 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATG
* ** * * * *
122370 ACAAAA-AAAA-GTCGTAACAATTTAAAACAGATAATTATTCAAATAGTTATG
128 ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
* * * * * *
122421 ACTATTTGATCTAGTTC-AGTAAACATATTTATTTTTAAAAT-TTTTAACTTATTAATTGTTGAA
1 ACTATTTGAACTTGTTCGA-TAAA-AAATTTATTTTTTAAATCTCTT-ACTTATTAATTTTTGAA
* * ** *
122484 ATAATAATAAATTAATATTATTTTAATT-TGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACTATTGTTTTAT
63 ATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTAT
* * * * * ***
122548 AATAGAATAAAA-GTCAGAATGATTTGAAATA-ATTAATTGCACAAATAGTCATA
127 GACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGA-TAATTATTCAAATAGTCATA
** *
122601 ACTATTTGAA-TTAGTTTAATAAAAAGATTTA-TTTTTAAATCTC-TA---ATTAATTTCTGAAA
1 ACTATTTGAACTT-GTTCGATAAAAA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAA
* * * * * * *
122660 TACTAATAAA-T--T-TT-TTTTATTAC-AATCAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTATG
64 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAAT-AAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
* * **
122719 AAAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
128 ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
* * * * *
122772 A-TCATTAGAACTAGTTAGGTAAATAGAA-TTATTTTTT-AATCTCTTACTTATTAATTTTTCAA
1 ACT-ATTTGAACTTGTTCGATAAA-A-AATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAA
* * * * * *
122834 ATATCT-ATAAATTCA-TTTTATTTTATTTCAAATAAGCTAGTTTGAATTGAAAAAATTGTTTTA
63 ATAT-TAATAAATT-AGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTA
* * ** * * *
122897 TGACAAGACAAAAGGTCGTAACAATTTGAAATAGATAATTATTTATATAGTCTTA
126 TGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
* * * * * ** *
122952 ACAAATTGAACTAGTTTGACAAACAAATTTAAATTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAAT
1 ACTATTTGAACTTGTTCGATAAA-AAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAT
* * * * * * * * * * *
123017 GTTATTAGATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACATGTATGAACATG-AATAATTATTTTATAA
65 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATA-GAAACAATTGTTTTATGA
* * * * * * *
123081 TAAAACAAAATGTTTATTTTGTAAACAATTGATTTGAAGTATAGAATTCTTCAAATAGTCATA
129 CAAAACAAAA-G--------GT-CATAA-TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
*
123144 ACTATTTGAA-TTGGTTC-AGTAAACAA-TT-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAA
1 ACTATTTGAACTT-GTTCGA-TAAAAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAA
* * * *
123205 GATT-ATGAAATTAGTATTATTTTATTCCAAACATGCTTGTATGATATA-AAACAATTGTTATAT
64 TATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGA-ATAGAAACAATTGTTTTAT
* * * *
123268 GATC-AAACAAAAGGTAACAATGATTTGAAATAGATAATTATTGAAAT-GACGATA
127 GA-CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC-ATA
* ** * * * *
123322 ATTATTTGAACTAATTTGGTAAACAAATTCACTTTTTAAA--TC--ACTTATTAATTTTTGAAAT
1 ACTATTTGAACTTGTTCGATAAA-AAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAT
* * * *
123383 ATTAATAAATTACTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACA-AAAGCGATTGTTTTATGA
65 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-CAATTGTTTTATGA
* * * * **
123447 CAAAACAAAAGGTCATAAGGATTTTAAATAAATAATTATTTAAATAGTTGTA
129 CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
* * * * *
123499 AATATTTGAATTTGTTCGGTAAACAAATTTACTTTTTTAAA-CTCTTGCTTATTAATTTTTAAAA
1 ACTATTTGAACTTGTTCGATAAA-AAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAA
* * **** * * * *
123563 TATTAAGAAATTATTATTATTTTATTTTGGATATGCTTTTATGAATCGAAACAATTGTTTTATGT
64 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA
* * * * *
123628 CAAAACAAAATGTCATAATGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAATCATA
129 CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
* * * * * **
123680 ACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTCAAAT-TTTTGCTTATTAATTTTCCAAA
1 ACTATTTGAACTTGTTCGATAAA-AAATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAA
* * * * * * * * * *
123744 TGTTACTAAATTTGGATTATTTTATTCCAAATGAGCTTGTAAG-ATATGAAATAAATATTTTTTG
64 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATA-GAAACAATTGTTTTATG
* ** * * * * **
123808 ACTAAACAAAATATCAAAATGATCTGAAATAGATAATTATTCTAATGGTTTTA
128 ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
* * ** * * * *
123861 ATTATTTGAAC-TGATTTTGCA-AGCATATTT-TTTTTTAAATCTCCTAGTTAGTAATTTTTGAA
1 ACTATTTGAACTTG--TTCG-ATAAAAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAA
* * * * * * *
123923 ATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TAACCGAATAAGCTTCTATG-ATAAAAAATAATTGTTTAA
63 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TCCAAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTA
* * * * * * *
123986 TGACAAAACAAAA-ATCTTAACGATTTGAGATTG-TAAATTGTTCAAATATTCATA
126 TGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGAT-AATTATTCAAATAGTCATA
* * *
124040 CCTATTTGAA-TTAGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTCAAA
1 ACTATTTGAACTT-GTTCGATAAA-AAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAA
* * *** * *
124104 TAATAATAAATTATTATTATTATTATATTTTGAATAAGCTTGTATG-ATCAAAAACAATTATTTT
64 TATTAATAAATTAGTATTA-T-TT-TATTCCAAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTT
* * * * * * * *
124168 ATGACAAAACAAAAGCTCATAACGATTTCAAATTGAAAATCATTTAAAT-GCCCATA
125 ATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG-TCATA
* ** * * * * * *
124224 ATTATTTTTAC-TGATTC-AGTAAACAGATTTATTTTTAAAATTTTTTAGTTATTAATTTTAGAA
1 ACTATTTGAACTTG-TTCGA-TAAA-AAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAA
* **** * *
124287 ATATTAATACATTAGTATTATTTTATTCTGTCTAAGCTTGTACT-AACT-GAAATAATTATTTTA
63 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTA-TGAA-TAGAAACAATTGTTTTA
* * * * * **
124350 TGACAAATCAAATGGTTATAATGATTTTAAATAGACAATTGCTCAAATAG-CAATA
126 TGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC-ATA
* **
124405 ACTATTTGAAC---TTC--T------TTAATTTTTTAAATCTCTTTTTGTAATTAATTTTTTG-A
1 ACTATTTGAACTTGTTCGATAAAAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACT-T-ATTAA-TTTTTGAA
* * *** * *
124458 ATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAGCT-GAAAGAATTGTTTTAT
63 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGA-ATAGAAACAATTGTTTTAT
* * * * * *
124522 AACCAAA-AAAAGGCCAAAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCTTA
127 GACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
* * * * *
124575 ACCATTTGAACTTATTAGATAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTACTT-TCTAATTTTTAAAA
1 ACTATTTGAACTTGTTCGATAAA-AAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT-TAATTTTTGAAA
* * * * * * *
124639 TATTATTGAATTAGTATTATTTAAATCCAAATAAACTTGTATGAACA-AAACAATTGTTTTACGA
64 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA
* * * * * * *
124703 CAAAGCAAAAGGTTATAA-CAGTTTGAAATAAATAATTGTTCATATAGTCTTA
129 CAAAACAAAAGGTCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
* * * * * * * ** * **
124755 ACTATTTGAACTAGTTCAACAATTAGATTTATTTTTTAATTTTCTTGGTTATTAAGTTTCAAAAT
1 ACTATTTGAACTTGTTCGATAA-AAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAT
** * * *** ** * *
124820 ATTTTTAAAATAGTATTATATTATTTTGAATAAAATAGTATGAATA-AAACCAATTGTTTGATGA
65 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-CAATTGTTTTATGA
124884 CAAAA
129 CAAAA
124889 ATAATTGTTC
Statistics
Matches: 2740, Mismatches: 603, Indels: 392
0.73 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
169 23 0.01
170 87 0.03
171 205 0.07
172 26 0.01
173 13 0.00
174 7 0.00
175 53 0.02
176 14 0.01
177 140 0.05
178 114 0.04
179 331 0.12
180 666 0.24
181 673 0.25
182 110 0.04
183 49 0.02
184 94 0.03
188 2 0.00
189 82 0.03
190 6 0.00
191 6 0.00
192 39 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
ACTATTTGAACTTGTTCGATAAAAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATA
TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACA
AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
Found at i:122235 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 122214--122251 Score: 51
Period size: 18 Copynumber: 2.2 Consensus size: 17
122204 ATAGCATTTC
*
122214 TAAATAG-ATAATTGTT
1 TAAATAGCATAATTATT
122230 TAAATAGTCATAATTATT
1 TAAATAG-CATAATTATT
122248 TAAA
1 TAAA
122252 CTTGTTTTGT
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 1, Indels: 2
0.86 0.05 0.09
Matches are distributed among these distances:
16 7 0.37
18 12 0.63
ACGTcount: A:0.47, C:0.03, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (17 bp):
TAAATAGCATAATTATT
Found at i:122767 original size:711 final size:716
Alignment explanation
Indices: 121169--123686 Score: 1585
Period size: 711 Copynumber: 3.5 Consensus size: 716
121159 AATAAAAATG
* * ** * * * * *
121169 ACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAA-ATTTATTTTTTAAAT-CTCTAACTTATTAATTTTTAGA
1 ACTATTTGAAATTATTCAATAAA-AAGATTTATTTTTTAAATATTCT-ACTAATTAATTGTCAAA
* * * * * * *
121232 ATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTA-AATAAAATTTTATGAATAGAAAGAATTATTTTAT
64 ATACTAATAAA-T--TATTATTTTAAT-TACAATAAACTTATATGAAAAGAAACAATTGTTTTAT
* * *
121296 GACAAAACAAAAGATCATAACAATCTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAAC
125 GACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAA-TATTTAAAC
** *
121361 TCGCTCGATAAAAAGATTTATTTTTTAAATCTTTTTCTTATTAACTTTTGAAATTTTAATAAATT
189 TCGCTCGATAAAAAGATTTATTTTTTAAATCTTTTAATTATTAACTTTTGAAATATTAATAAATT
*
121426 AGTATTATTTTATTCCAAATAAGTTGTATGAATAGAAACAATTAGTTTATGACAAAACAAATGGT
254 AGTATTATTTTATTCCAAATAAGTTGTATGAATAGAAACAATTA-TTTATGACAAAACAAAAGGT
*
121491 CATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATGTGTTCAGTAAACAA
318 CATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATGTGTTCAGTAAACAA
** * *
121556 ATTTATTTTTAAAATTTTTGCTATTAACTTTTGGAATATTAATTAATTTATATTATTTTATTCGA
383 ATTTATTTTTAAAATTTTAACTATTAACTTTTGGAATATTAATCAATTGATATTATTTTATTCGA
** * * * *** * *
121621 AATAAGCTAGGATGAATCGAACCATTTGTTTTCTGATAAAAGAAAAGGTCATAATGTTTTGAAAT
448 AATAAGCTAGGATGAATAAAACAATTTGTTTTATGACAAAAGAAAAGGTCATAACAATTTAAAAC
* * * * * ** *
121686 AGATAATTGTTCAGATAGTCAAAACTCTTTGAATTTGTTCAGTAAATAGATTCATTTTTCTAGTT
513 AGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAATTAGTTCAGTAAACAGATTCATTTTTAAAATT
* * * * * *
121751 CTCTTAATCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTACTTCAAATAAGCTTATGT
578 CTCTTAATCATTAATTGTTGAAATAATAATAAATTAATATTATTTTAATTCAAATAAGCTTATAT
* * **
121816 TAACTGAAACAGTTGTTTTATTACAAAATAAAAGATCAAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAA
643 GAACTGAAACAGTTGTTTTATAACAAAATAAAAGATCAAATGATTTGAAATAGATAATTACACAA
*
121881 ATAGTCATG
708 ATAGTCATA
* * * * *
121890 ACTATTTGAAATTATTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTGTCAAAAT
1 ACTATTTGAAATTATTCAATAAAAAGATTTATTTTTTAAATATTCTACTAATTAATTGTCAAAAT
* ** * *
121955 ATTAATAAATTAAGATTATTTTAATTTGAATAAGCTTATATGAAAAGAAATAATTGTTTTATGAC
66 ACTAATAAATT---ATTATTTTAATTACAATAAACTTATATGAAAAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * **
122020 AAAACAAAAAGTCATAATAA-TT----T-G-T--TGCTT-AAATAGTCATAATGATTTAAACTTA
128 AAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAT-ATTTAAAC-T-
* * * * *
122075 TG-T-GGTGAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTAATTATTAA-TTGTCT-TAATATTAATAAAT
190 CGCTCGATAAAAAGATTTATTTTTTAAATCTTTTAATTATTAACTT-T-TGAAATATTAATAAA-
* **
122136 TTA-TATTATTTTA-TCCGAAATAGGCTTGTATGAATAGATGAACTCTT-TTTATGACAAAACAA
252 TTAGTATTATTTTATTCC-AAATAAG-TTGTATGAATAGA--AACAATTATTTATGACAAAACAA
* * * * **
122198 AAGGTTAT-A-GCATTTCTAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAATTATTTAAACT-TGTTTT
313 AAGGTCATAATG-ATTT-GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAA-TGTGTTCA
* * * * * *
122260 GTAAA-TAGTTTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGGAATATTAA-CAACTTGGTAT
375 GTAAACAAATTT-ATTTTTAAAAT-T-TTAACTATTAACTTTTGGAATATTAATCAA-TTGATAT
* *
122323 TATTTTATTTCG-AATAAGCTTA-TATGAACTAAAATAATTT-TTTTATGACAAAA-AAAA-GTC
436 TATTTTA-TTCGAAATAAGC-TAGGATGAA-TAAAACAATTTGTTTTATGACAAAAGAAAAGGTC
* * ** *
122383 GTAACAATTTAAAACAGATAATTATTCAAATAGTTATGACTATTTG-ATCTAGTTCAGTAAACAT
498 ATAACAATTTAAAACAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAAT-TAGTTCAGTAAACAG
* *
122447 ATTTATTTTTAAAATT-T-TTAACTTATTAATTGTTGAAATAATAATAAATTAATATTATTTTAA
562 ATTCATTTTTAAAATTCTCTTAA-TCATTAATTGTTGAAATAATAATAAATTAATATTATTTTAA
** * * *
122510 TTTGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACTA-TTGTTTTATAATAGAATAAAAG-TCAGAATGATT
626 TTCAAATAAGCTTATATGAACT-GAAAC-AGTTGTTTTATAACAAAATAAAAGATCA-AATGATT
*
122572 TGAAATA-ATTAATTGCACAAATAGTCATA
688 TGAAATAGA-TAATTACACAAATAGTCATA
* *
122601 ACTATTTG-AATTAGTTTAATAAAAAGATTTA-TTTTT-AA-A-TCT-CTAATTAATT-TCTGAA
1 ACTATTTGAAATTA-TTCAATAAAAAGATTTATTTTTTAAATATTCTACTAATTAATTGTC-AAA
*
122659 ATACTAATAAATT-TT-TTTT-ATTACAATCAAACTTATATGAACAA-AAACATTTGTTTTATGA
64 ATACTAATAAATTATTATTTTAATTACAAT-AAACTTATATGAA-AAGAAACAATTGTTTTATGA
* *
122720 AAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATCA-TTAGAACT
127 CAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAT-ATTTA-AACT
* * * * * * * * * *
122784 AGTTAGGTAAATAGAATTATTTTTT-AATCTCTTACTTATTAATTTTTCAAATATCT-ATAAATT
190 CGCTCGATAAAAAGATTTATTTTTTAAATCTTTTAATTATTAACTTTTGAAATAT-TAATAAATT
* * * * * * * *
122847 CA-TTTTATTTTATTTCAAATAAGCTAGTTTGAATTGAAAAAATTGTTTTATGACAAGACAAAAG
254 -AGTATTATTTTATTCCAAATAAG-TTGTATGAATAGAAACAATT-ATTTATGACAAAACAAAAG
* ** * * * * * * * * *
122911 GTCGTAACAATTTGAAATAGATAATTATTTATATAGTCTTAACAAATTGAACTAGT-TTGA-CAA
316 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC-TATTTAAAT-GTGTTCAGTAA
* ** * * * *
122974 ACAAATTTAAATTTT-AAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATGTT-ATTAGATT-AGTATTAT
379 ACAAATTT-ATTTTTAAAAT-T-TTAACTATTAACTTTTGGAATATTAATCA-ATTGA-TATTAT
* * * * * * * * * * *
123036 TTTATTTCG-AATAAAC-ATGTATGAACATGAATAA-TTATTTTATAATAAAACAAAATGTTTAT
439 TTTA-TTCGAAATAAGCTA-GGATGAATA-AAACAATTTGTTTTATGACAAAAGAAAA-GGTCA-
*** * * *
123098 TTTGTAAACAATTGATTTGA-AGTATAGAATTCTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCA
499 ----T-AACAATT--TAAAACAG-AT--AATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAATTAGTTCA
* * * * * * *
123162 GTAAACA-ATT--TTTTTTAAA-TCTCTTACTTATTAATTTTTGAAA-GATTATGAAATTAGTAT
554 GTAAACAGATTCATTTTTAAAATTCTCTTAATCATTAATTGTTGAAATAATAAT-AAATTAATAT
* * * * * * * * * *
123222 TATTTT-ATTCCAAACATGCTTGTATGATA-TAAAACAATTGTTATATGATC-AAACAAAAGGTA
618 TATTTTAATT-CAAATAAGCTTATATGA-ACTGAAACAGTTGTTTTAT-AACAAAATAAAAGATC
*** *
123284 ACAATGATTTGAAATAGATAATTATTGAAAT-GACGATA
680 A-AATGATTTGAAATAGATAATTACACAAATAGTC-ATA
* * * *** * * * * **
123322 ATTATTTGAACTAATTTGGTAAACAA-ATTCACTTTTT-AA-A-TC-ACTTATTAATTTTTGAAA
1 ACTATTTGAAATTATTCAATAAA-AAGATTTATTTTTTAAATATTCTACTAATTAATTGTCAAAA
* * * * * *
123382 TATTAATAAATTACTATTATTTT-ATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAA-AAGCGATTGTTTTAT
65 TACTAATAAA-T--TATTATTTTAATTAC-AATAAACTTATATGAA-AAGAAACAATTGTTTTAT
** * * * ** * *
123445 GACAAAACAAAAGGTCATAAGGATTTTAAATAAATAATTATTTAAATAGTTGTAAATATTTGAAT
125 GACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT-AATATTTAAAC
* * * * ** * * *
123510 TTGTTCGGTAAACAA-ATTTACTTTTTTAAA-CTCTTGCTTATTAATTTTTAAAATATTAAGAAA
189 TCGCTCGATAAA-AAGATTTA-TTTTTTAAATCTTTTAATTATTAACTTTTGAAATATTAATAAA
* **** * * * * *
123573 TTATTATTATTTTATTTTGGATATGCTTTTATGAATCGAAACAATTGTTTTATGTCAAAACAAAA
252 TTAGTATTATTTTATTCCAAATAAG-TTGTATGAATAGAAACAATT-ATTTATGACAAAACAAAA
* * * *
123638 TGTCATAATGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTT
315 GGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
123687 GAACTTGTTT
Statistics
Matches: 1432, Mismatches: 253, Indels: 218
0.75 0.13 0.11
Matches are distributed among these distances:
700 6 0.00
701 48 0.03
702 6 0.00
705 2 0.00
706 24 0.02
707 3 0.00
708 7 0.00
709 10 0.01
710 210 0.15
711 283 0.20
712 159 0.11
713 10 0.01
714 63 0.04
715 13 0.01
716 1 0.00
718 2 0.00
719 16 0.01
720 79 0.06
721 174 0.12
722 43 0.03
723 39 0.03
724 2 0.00
725 1 0.00
726 2 0.00
727 100 0.07
728 127 0.09
729 2 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (716 bp):
ACTATTTGAAATTATTCAATAAAAAGATTTATTTTTTAAATATTCTACTAATTAATTGTCAAAAT
ACTAATAAATTATTATTTTAATTACAATAAACTTATATGAAAAGAAACAATTGTTTTATGACAAA
ACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATATTTAAACTCGCTCG
ATAAAAAGATTTATTTTTTAAATCTTTTAATTATTAACTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
TTTTATTCCAAATAAGTTGTATGAATAGAAACAATTATTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA
TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATGTGTTCAGTAAACAAATTTATTT
TTAAAATTTTAACTATTAACTTTTGGAATATTAATCAATTGATATTATTTTATTCGAAATAAGCT
AGGATGAATAAAACAATTTGTTTTATGACAAAAGAAAAGGTCATAACAATTTAAAACAGATAATT
ATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAATTAGTTCAGTAAACAGATTCATTTTTAAAATTCTCTTAAT
CATTAATTGTTGAAATAATAATAAATTAATATTATTTTAATTCAAATAAGCTTATATGAACTGAA
ACAGTTGTTTTATAACAAAATAAAAGATCAAATGATTTGAAATAGATAATTACACAAATAGTCAT
A
Found at i:122917 original size:531 final size:532
Alignment explanation
Indices: 120672--124764 Score: 2002
Period size: 531 Copynumber: 7.6 Consensus size: 532
120662 CACTATCAAA
* * *** * * * *
120672 TTTTGAAATATTAATAAGTAATATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGTATTGAAACAATTGT
1 TTTTGAAATATTAATAAATTATATTATTTTATTTCAAATAAGCTATT-TGAACTGAAAAAATTGT
** * * * * *
120737 TTTACAATAAAAATAAAAGGATCATAACAATTTTAAATAGATAATTATTCAAAAAGTCATAACTA
65 TTTATGA-CAAAACAAAAGG-TCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTA
* * ** * * *
120802 TTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTT-TTTTTTTAAT-TTCTTTCTTATTAAGTT-TCT-AAATG
128 TTTGATCTAGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAA-TTGT-TGAAATA
* * * ** * *
120863 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCATGTATGAACTA-AAAAAATTATTTTATGAC
190 TTAATAAATTAATATTATTTTAATTTGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACTATTGTTTTAT-AA
* ** ** * * *
120927 T-AAACAAAAGGTCAGAACGATTTGAAATAGA-TAATTTTTCTCATAGGCTTAACTATTTGAGCT
253 TAAAACAAAA-GTCAGAATGATTTGAAATA-ATTAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTGA-AT
* * * * * * * * **
120990 AGTTTAGCAAACACATTAATTTTTAAATCT-T-TATTAATTTTTAAAATAGTAATAAATTGGTAT
315 TGTTTAGTAAAAAGATTTATTTTTAAATCTCTATATTAATTTCTGAAATATTAATAAATTTATAT
** * * *
121053 TATTTTATTTCAAATAATTTTGTATGAATACCAATTATTTTGAATAATTGGTATTATTTTATGAT
380 TATTTTA--TCAAATAAGCTTATATG-A-A-CAA--A-----AA-CA----T-TTGTTTTATGAT
* * * * * * *** * *
121118 GAAACAAAATGTCATGATA-G-TTCGAAATAGATGA-TAGTTTAAATAAAAATGA-CTATTTGAA
427 AAAACAAAAGGTTAT-A-ACGATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAATAGTCATAATC-ATTAGAA
* * * * * *
121179 CTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATTAAT
488 CTAGTTAGGTAAATAGATTCATTTTTT-AATCTCTTACTTATTAAT
** * *
121225 TTTT-AGAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TTCTAAATAAAATTTTATGAA-TAGAAAGAA
1 TTTTGA-AATATTAATAAATT-ATATTATTTTATTTC-AAATAAGCTATT-TGAACT-GAAAAAA
* * * * *
121287 TTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATCTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAAC
61 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAAC
* * * * *
121352 TATTTAAACTCGCTC-GATAAA-AAGATTTATTTTTTAAATCTTTTTCTTATTAACTT-TTGAAA
126 TATTTGATCTAGTTCAG-TAAACAA-ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTGTTGAAA
* * ** *
121414 TTTTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCCAAATAAG-TTGTATGAATAGAAACAATTAG-TTTAT
188 TATTAATAAATTAATATTATTTTAATT-TGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACTATT-GTTTTAT
* * * * *
121476 GACAAAACAAATGGTCATAATGATTTGAAATAGA-TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
251 AATAAAACAAA-AGTCAGAATGATTTGAAATA-ATTAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * * * *
121540 TGTGTTCAGTAAACAA-ATTTATTTTTAAAATTTTTGCTATTAACTTT-TGGAATATTAATTAAT
314 T-TGTTTAGTAAA-AAGATTTATTTTT-AAATCTCT-ATATTAA-TTTCTGAAATATTAATAAAT
* * * * *
121603 TTATATTATTTTATTCGAAATAAGC-TAGGATGAATC-GAACCATTTGTTTTCTGATAAAAGAAA
374 TTATATTATTTTA-TC-AAATAAGCTTA-TATGAA-CAAAAACATTTGTTTTATGATAAAACAAA
* * * * * * * * *
121666 AGGTCATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTCAGATAGTCAAAACTC-TTTGAATTTGTTCA-GT
435 AGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAA-TCATTAGAACTAGTT-AGGT
* * *
121729 AAATAGATTCATTTTTCTAGTTCTCTTAATCATTAAT
498 AAATAGATTCATTTTT-TA-ATCTCTTACTTATTAAT
* * * *
121766 TTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTACTTCAAATAAGCTTATGTT-AACTGAAACAGTT
1 TTTTGAAATATTAATAAATTA-TATTATTTTATTTCAAATAAGC-TAT-TTGAACTGAAAAAATT
* * * ** * *
121830 GTTTTATTACAAAATAAAAGATCA-AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTA
63 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTA
* * **
121894 TTTGAAAT-TA-TTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTGTCAAAATAT
128 TTTG--ATCTAGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTTGAAATAT
* * * * *
121957 TAATAAATTAAGATTATTTTAATTTGAATAAGCTTATATGAAAAGAAA-TAATTGTTTTATGACA
191 TAATAAATTAATATTATTTTAATTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACT-ATTGTTTTATAATA
* ** * * *
122021 AAACAAAA---AG--TCA--T--AATAATTTGTTGCTTAAATAGTCATAA-TGATTTAAACTTAT
255 AAACAAAAGTCAGAATGATTTGAAATAATTAATTGCTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAA-TTGT
* * * * * *
122076 GTGGTGAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTAATTATTAATTGTCT-TAATATTAATAAATTTAT
318 TTAGTAAAAAGATTTA-TTTTTAAATC-TCT-A-TATTAATT-TCTGAAATATTAATAAATTTAT
* * * * * *
122140 ATTATTTTATCCGAAATAGGCTTGTATGAATAGATGAAC-TCT-TTTTATGACAAAACAAAAGGT
378 ATTATTTTAT-C-AAATAAGCTTATATGAACA-A-AAACATTTGTTTTATGATAAAACAAAAGGT
* * * * * * **
122203 TATAGC-ATTTCTAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAATTATTTA-AACTTGTTTTGTAAAT
439 TATAACGATTT-GAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATCA-TTAGAACTAGTTAGGTAAAT
* *
122266 AGTTTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAAT
502 AGATTCATTTTTT-AATCTCTTACTTATTAAT
* * * * * *
122298 TTTTGGAATATTAACAACTTGGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAACT-AAAATAATT
1 TTTTGAAATATTAATAAATT-ATATTATTTTATTTCAAATAAGC-TATTTGAACTGAAAA-AATT
* * * * *
122362 TTTTTATGACAAAA-AAAA-GTCGTAACAATTTAAAACAGATAATTATTCAAATAGTTATGACTA
63 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTA
* * *
122425 TTTGATCTAGTTCAGTAAACATATTTATTTTTAAAAT-TTTTAACTTATTAATTGTTGAAATAAT
128 TTTGATCTAGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTT-ACTTATTAATTGTTGAAATATT
*
122489 AATAAATTAATATTATTTTAATTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACTATTGTTTTATAATAGA
192 AATAAATTAATATTATTTTAATTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACTATTGTTTTATAATAAA
* *
122554 ATAAAAGTCAGAATGATTTGAAATAATTAATTGCACAAATAGTCATAACTATTTGAATTAGTTTA
257 ACAAAAGTCAGAATGATTTGAAATAATTAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTGAATT-GTTTA
* *
122619 ATAAAAAGATTTATTTTTAAATCTCTA-ATTAATTTCTGAAATACTAATAAATTT-T-TT-TTAT
321 GTAAAAAGATTTATTTTTAAATCTCTATATTAATTTCTGAAATATTAATAAATTTATATTATT-T
* * *
122680 TA-C-AATCAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTATGAAAAAACAAAAGGTTATAACAATT
385 TATCAAAT-AAGCTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTTATAACGATT
122743 TGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATCATTAGAACTAGTTAGGTAAATAGAATT-ATTTT
449 TGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATCATTAGAACTAGTTAGGTAAATAG-ATTCATTTT
122807 TTAATCTCTTACTTATTAAT
513 TTAATCTCTTACTTATTAAT
* * *
122827 TTTTCAAATATCT-ATAAATTCATTTTATTTTATTTCAAATAAGCTAGTTTGAATTGAAAAAATT
1 TTTTGAAATAT-TAATAAATT-ATATTATTTTATTTCAAATAAGCTA-TTTGAACTGAAAAAATT
* * * * *
122891 GTTTTATGACAAGACAAAAGGTCGTAACAATTTGAAATAGATAATTATTTATATAGTCT-TAACA
63 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT-TATAACT
* * * * ** * * * *
122955 AATTGAACTAGTT-TGACAAACAAATTTAAATTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATGT
127 ATTTGATCTAGTTCAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTTGAAATAT
* * * * * * *
123019 TATTAGATTAGTATTATTTT-ATTTCGAATAAACATGTATGAACATG-AA-TAATTATTTTATAA
191 TAATAAATTAATATTATTTTAATTT-GAATAAGCTTGTATGAATA-GAAACT-ATTGTTTTATAA
* * *
123081 TAAAACAAAATGTTTATTTTGTAAACAATTGATTTGAAGT-ATAGAATT-CTTCAAATAGTCATA
253 TAAAACAAAA-G-TCA----G-----AA-TGATTTGAAATAAT-TAATTGC-TCAAATAGTCATA
* * * *
123144 ACTATTTGAATTGGTTCAGTAAACA-ATTT-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAGA
304 ACTATTTGAATT-GTTTAGTAAAAAGATTTATTTTTAAATCTC-TA--TATTAATTTCTGAAATA
* * * * * *
123207 TT-ATGAAA-TTAGTATTATTTTATTCCAAACATGCTTGTATGATA-TAAAACAATTGTTATATG
365 TTAAT-AAATTTA-TATTATTTTA-T-CAAATAAGCTTATATGA-ACAAAAACATTTGTTTTATG
* * * * * * * *
123269 ATCAAACAAAAGGTAACAATGATTTGAAATAGATAATTATTGAAAT-GACGATAATTATTTGAAC
425 ATAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC-ATAATCATTAGAAC
* * * * * *
123333 TAATTTGGTAAACAAATTCACTTTTTAA-ATC--ACTTATTAAT
489 TAGTTAGGTAAATAGATTCATTTTTTAATCTCTTACTTATTAAT
*
123374 TTTTGAAATATTAATAAATTACTATTATTTTATTTCAAATAAGCT-TGTATGAAC--AAAAGCGA
1 TTTTGAAATATTAATAAATTA-TATTATTTTATTTCAAATAAGCTAT-T-TGAACTGAAAA--AA
** * * * * *
123436 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAGGATTTTAAATAAATAATTATTTAAATAGTTGTAAA
61 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAAC
* * * * * *
123501 TATTTGAAT-TTGTTCGGTAAACAAATTTACTTTTTTAAA-CTCTTGCTTATTAATTTTTAAAAT
126 TATTTG-ATCTAGTTCAGTAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTTGAAAT
* * * * * * * * *
123564 ATTAAGAAATTATTATTATTTTATTTTGGATATGCTTTTATGAATCGAAACAATTGTTTTAT-GT
189 ATTAATAAATTAATATTATTTTAATTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACTATTGTTTTATAAT
* * * * *
123628 CAAAACAAAATGTCATAATGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTT
254 -AAAACAAAA-GTCAGAATGATTTGAAATAATTAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TT
* * * * * *
123693 GTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTCAAATTTTTGCT-TATTAATTT-TCCAAATGTTACTAAATT
316 GTTTAGTAAAAAGATTTA-TTTTT-AAA--TCT-CTATATTAATTTCT-GAAATATTAATAAATT
** * * * * *
123756 TGGATTATTTTATTCCAAATGAGCTTGTAAGATATGAAATAA-ATAT-TTTT-TGACT-AAACAA
375 TATATTATTTTA-T-CAAATAAGCTTATATGA-A-CAAA-AACATTTGTTTTATGA-TAAAACAA
** * * * * * * ** * * ** *
123817 AATATCAAAATGATCTGAAATAGATAATTATTCTAATGGTTTTAATTATTTGAACT-GATTTTGC
434 AAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATCATTAGAACTAG-TTAGGT
** * * * * *
123881 AAGCATATT-TTTTTTTAAATCTCCTAGTTAGTAAT
498 AAATAGATTCATTTTTT-AATCTCTTACTTATTAAT
* ** * *
123916 TTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TAACCGAATAAGCT-TCTATG-A-TAAAAAATA
1 TTTTGAAATATTAATAAATTA-TATTATTTTAT-TTCAAATAAGCTAT-T-TGAACT-GAAAA-A
* * * * * * *
123977 ATTGTTTAATGACAAAACAAAA-ATCTTAACGATTTGAGATTG-TAAATTGTTCAAATA-TTCAT
60 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGAT-AATTATTCAAATAGTT-AT
* * * * *
124039 ACCTATTTGAAT-TAGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTCAA
123 AACTATTTG-ATCTAGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTTGAA
* * * * *
124103 ATAATAATAAATTATTATTATTATTATATTTTGAATAAGCTTGTATG-ATCAAAAACAATTATTT
187 ATATTAATAAATTAATATTATT-TTA-A-TTTGAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACTATTGTTT
* * * * * * * * *
124167 TATGACAAAACAAAAGCTCATAACGATTTCAAATTGAAAATCATT--T-AAAT-GCCCATAATTA
248 TATAATAAAACAAAAG-TCAGAATGATTTGAAA-T--AATTAATTGCTCAAATAG-TCATAACTA
** * * * * *
124228 TTTTTACTGATTCAGTAAACAGATTTATTTTTAAAATTTTTTAGTTATTAATTT-TAGAAATATT
308 TTTGAATTG-TTTAGTAAAAAGATTTATTTTT-AAA-TCTCTA--TATTAATTTCT-GAAATATT
* *** * ** * * * *
124292 AATACA-TTAGTATTATTTTATTCTGTCTAAGCTTGTACT-AACTGAAATAATTATTTTATGACA
367 AATAAATTTA-TATTATTTTA-TC-AAATAAGCTTATA-TGAACAAAAACATTTGTTTTATGATA
* * * * * ** *
124355 AATCAAATGGTTATAATGATTTTAAATAGACAATTGCTCAAATAG-CAATAA-CTATTTGAACT-
428 AAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC-ATAATC-ATTAGAACTA
* **
124417 -TCT---T---TA-A-T--TTTTTAAATCTCTTTTTGTAATTAATT
491 GT-TAGGTAAATAGATTCATTTTTTAATCTCTTACT-T-ATTAA-T
* * ** * *
124452 TTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTTTGAATAAGCT-TGTATGAGCTGAAAGAATT
1 TTTTGAAATATTAATAAATTA-TATTATTTTATTTCAAATAAGCTAT-T-TGAACTGAAAAAATT
* * * * * *
124515 GTTTTATAACCAAA-AAAAGGCCAAAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCT-TAACC
63 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT-TATAACT
* * * * *
124578 ATTTGAACTTA-TT-AGATAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTACTT-TCTAATTTTTAAAAT
127 ATTTGATC-TAGTTCAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTAT-TAATTGTTGAAAT
* * * * *** * * * ** *
124640 ATTATTGAATTAGTATTATTTAAATCCAAATAAACTTGTATGAACA-AAACAATTGTTTTACGAC
189 ATTAATAAATTAATATTATTTTAATTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACTATTGTTTTATAAT
* * * * * * * *
124704 AAAGCAAAAGGTTATAA-CAGTTTGAAATAAATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAA
254 AAAACAAAA-GTCAGAATGA-TTTGAAATAATTAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
124765 CTAGTTCAAC
Statistics
Matches: 2796, Mismatches: 522, Indels: 466
0.74 0.14 0.12
Matches are distributed among these distances:
528 12 0.00
529 84 0.03
530 115 0.04
531 386 0.14
532 119 0.04
533 135 0.05
534 27 0.01
535 175 0.06
536 61 0.02
537 15 0.01
538 10 0.00
539 131 0.05
540 238 0.09
541 234 0.08
542 108 0.04
543 75 0.03
544 173 0.06
545 26 0.01
546 10 0.00
547 212 0.08
548 14 0.01
549 7 0.00
550 95 0.03
551 10 0.00
552 148 0.05
553 88 0.03
554 42 0.02
555 5 0.00
556 38 0.01
557 3 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (532 bp):
TTTTGAAATATTAATAAATTATATTATTTTATTTCAAATAAGCTATTTGAACTGAAAAAATTGTT
TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTT
GATCTAGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATA
AATTAATATTATTTTAATTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACTATTGTTTTATAATAAAACAA
AAGTCAGAATGATTTGAAATAATTAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGTTTAGTAAA
AAGATTTATTTTTAAATCTCTATATTAATTTCTGAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATCAA
ATAAGCTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATA
GATAATTATTCAAATAGTCATAATCATTAGAACTAGTTAGGTAAATAGATTCATTTTTTAATCTC
TTACTTATTAAT
Found at i:123313 original size:16 final size:18
Alignment explanation
Indices: 123292--123327 Score: 58
Period size: 18 Copynumber: 2.1 Consensus size: 18
123282 TAACAATGAT
123292 TTGAAAT-A-GATAATTA
1 TTGAAATGACGATAATTA
123308 TTGAAATGACGATAATTA
1 TTGAAATGACGATAATTA
123326 TT
1 TT
123328 TGAACTAATT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 0, Indels: 2
0.90 0.00 0.10
Matches are distributed among these distances:
16 7 0.39
17 1 0.06
18 10 0.56
ACGTcount: A:0.44, C:0.03, G:0.14, T:0.39
Consensus pattern (18 bp):
TTGAAATGACGATAATTA
Found at i:123819 original size:728 final size:723
Alignment explanation
Indices: 122402--123804 Score: 1511
Period size: 728 Copynumber: 1.9 Consensus size: 723
122392 TAAAACAGAT
* * *
122402 AATTATTCAAATAGTTATGACTATTTGATCTAGTTCAGTAAACATATTTATTTTTAAAATTTTTA
1 AATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGATCTAGTTCAGTAAACATATTTATTTTTAAAATTCTTA
**
122467 ACTTATTAATTGTTGAAATAATAATAAATTAATATTATTTTAATTTGAATAAGCTTGTATGAATA
66 ACTTATTAATTGTTGAAATAATAATAAATTAATATTATTTTAATTCCAATAAGCTTGTATGAATA
* * * * * * *
122532 GAAACTATTGTTTTATAATAGAATAAAAGTCAGAATGATTTGAAATAATTAATTGCACAAATAGT
131 GAAACAATTGTTATATAATAGAACAAAAGTAACAATGATTTGAAATAATTAATTACACAAATAGA
* * * *
122597 CATAACTATTTGAATTAGTTTAATAAAAAGATTTATTTTTAAATCTCTAATTAATTTCTGAAATA
196 CATAACTATTTGAACTAATTTAATAAAAAGATTCATTTTTAAATCACTAATTAATTTCTGAAATA
122662 CTAATAAATTTTTTTTATTACAATCAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTATGAAAAAACA
261 CTAATAAATTTTTTTTATTACAATCAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTATGAAAAAACA
* *
122727 AAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATCATTAGAACTAGTTAGGT
326 AAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAATCATTAGAACTAGTTAGGT
* * * *
122792 AAATAGAATTATTTTTTAATCTCTTACTTATTAATTTTTCAAATATCTATAAATTCATTTTATTT
391 AAACAGAATTATTTTTTAAACTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATCTAGAAATTCATTTTATTT
* * *
122857 TATTTCAAATAAGCTAGTTTGAATTGAAAAAATTGTTTTATGACAAGACAAAAGGTCGTAACAAT
456 TATTTCAAATAAGCTAGTTTGAATCGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAAT
* * * * *
122922 TTGAAATAGATAATTATTTATATAGTCTTAACAAATTGAACTAGTTTGACAAACAAATTTAAATT
521 TTGAAATAAATAATTATTCAAATAATCATAACAAATTGAACTAGTTTGACAAACAAATTTAAATT
** * * * * *
122987 TTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATGTTATTAGATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAAC
586 TTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTCCAAATGTTACTAAATTAGGATTATTTTATTCCAAATAAAC
* *
123052 ATGTATGAACATGAATAATTATTTTATAATAAAACAAAATGTTTATTTTGTAAACAATTGATTTG
651 ATGTAAGAACATGAATAAATATTTTATAATAAAACAAAATGTTTATTTTGTAAACAATTGATTTG
123117 AAGTATAG
716 AAGTATAG
* *
123125 AATTCTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAT-TGGTTCAGTAAACA-ATTT-TTTTT-AAATCTCT
1 AATTATTCAAATAGTCATAACTATTTG-ATCTAGTTCAGTAAACATATTTATTTTTAAAAT-TCT
* * * *
123186 T-ACTTATTAATTTTTGAAA-GATTATGAAATTAGTATTATTTT-ATTCCAA-ACATGCTTGTAT
64 TAACTTATTAATTGTTGAAATAATAAT-AAATTAATATTATTTTAATTCCAATA-A-GCTTGTAT
* *
123247 GATATA-AAACAATTGTTATATGATCA-AACAAAAGGTAACAATGATTTGAAATAGA-TAATTAT
126 GA-ATAGAAACAATTGTTATATAAT-AGAACAAAA-GTAACAATGATTTGAAATA-ATTAATTAC
** * ** *
123309 TGAAAT-GACGATAATTATTTGAACTAATTTGGTAAACAA-ATTCACTTTTTAAATCACTTATTA
187 ACAAATAGAC-ATAACTATTTGAACTAATTTAATAAA-AAGATTCA-TTTTTAAATCACTAATTA
* * * * * *
123372 ATTTTTGAAATATTAATAAATTACTATTATTTTATTTCAAAT-AAGCTTGTATGAACAAAAGCGA
249 ATTTCTGAAATACTAATAAA-T--T-TT-TTTTATTAC-AATCAAACTTATATGAACAAAAAC-A
* ** * * **
123436 -TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAGGATTTTAAATAAATAATTATTTAAATAGTTGTAA
307 TTTGTTTTATGAAAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCAT-A
* * * * *
123500 AT-ATTTGAATTTGTTCGGTAAACA-AATTTACTTTTTTAAACTCTTGCTTATTAATTTTTAAAA
371 ATCATTAGAACTAGTTAGGTAAACAGAA-TTA-TTTTTTAAACTCTTACTTATTAATTTTTAAAA
*** * * *
123563 TAT-TAAGAAATT-ATTATTATTTTATTTTGGATATGCT-TTTATGAATCGAAACAATTGTTTTA
434 TATCT-AGAAATTCATT-TTATTTTATTTCAAATAAGCTAGTT-TGAATCGAAAAAATTGTTTTA
* * ** * * * *
123625 TGTCAAAACAAAATGTCATAATGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAA
496 TGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAATCATAACAAATTGAA
* ** * * ** *
123690 CTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTCAAAT-T-TTTGCTTATTAATTTTCCAAATGTTACTAA
561 CTAGTTTGACAAACAAATTTAAATTTT-AAATCTCTTAG-TTATTAATTTTCCAAATGTTACTAA
* * * * *
123753 ATTTGGATTATTTTATTCCAAATGAGCTTGTAAG-ATATGAAATAAATATTTT
624 ATTAGGATTATTTTATTCCAAATAAACATGTAAGAACATG-AATAAATATTTT
123805 TTGACTAAAC
Statistics
Matches: 554, Mismatches: 98, Indels: 51
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
718 1 0.00
719 10 0.02
720 69 0.12
721 63 0.11
722 41 0.07
723 38 0.07
724 2 0.00
725 1 0.00
726 4 0.01
727 111 0.20
728 210 0.38
729 4 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (723 bp):
AATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGATCTAGTTCAGTAAACATATTTATTTTTAAAATTCTTA
ACTTATTAATTGTTGAAATAATAATAAATTAATATTATTTTAATTCCAATAAGCTTGTATGAATA
GAAACAATTGTTATATAATAGAACAAAAGTAACAATGATTTGAAATAATTAATTACACAAATAGA
CATAACTATTTGAACTAATTTAATAAAAAGATTCATTTTTAAATCACTAATTAATTTCTGAAATA
CTAATAAATTTTTTTTATTACAATCAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTATGAAAAAACA
AAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAATCATTAGAACTAGTTAGGT
AAACAGAATTATTTTTTAAACTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATCTAGAAATTCATTTTATTT
TATTTCAAATAAGCTAGTTTGAATCGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAAT
TTGAAATAAATAATTATTCAAATAATCATAACAAATTGAACTAGTTTGACAAACAAATTTAAATT
TTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTCCAAATGTTACTAAATTAGGATTATTTTATTCCAAATAAAC
ATGTAAGAACATGAATAAATATTTTATAATAAAACAAAATGTTTATTTTGTAAACAATTGATTTG
AAGTATAG
Found at i:125016 original size:155 final size:155
Alignment explanation
Indices: 124732--125029 Score: 366
Period size: 155 Copynumber: 1.9 Consensus size: 155
124722 AGTTTGAAAT
** * * * *
124732 AAATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCAACAATTAGATTTATTTTTTAATTT
1 AAATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCAACAAACACATTTATGTTTTAAATC
** * * * * *
124797 TCTTGGTTATTAAGTTTCAAAATATTTTTAAAATAGTATTATATTATTTTGAATAAAATAGTATG
66 TCTTACTTATTAAGTTTCAAAATATTATTAAAATAGCAATATATTACTCTGAATAAAATAGTATG
124862 AATA-AAACCAATTGTTTGATGACAA
131 AATAGAAA-CAATTGTTTGATGACAA
*
124887 AAATAATTGTTC-TACTAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCAGCAAACACATTTATGTTTTAAAT
1 AAATAATTGTTCATA-TAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCAACAAACACATTTATGTTTTAAAT
* * * ** * * *
124951 CTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTATTAATTTAGCAATATTTTACTCTGAATAAACTTGTAT
65 CTCTTACTTATTAAGTTTCAAAATATTATTAAAATAGCAATATATTACTCTGAATAAAATAGTAT
125016 GAATAGAAACAATT
130 GAATAGAAACAATT
125030 ACTTTATGAG
Statistics
Matches: 119, Mismatches: 22, Indels: 4
0.82 0.15 0.03
Matches are distributed among these distances:
154 2 0.02
155 114 0.96
156 3 0.03
ACGTcount: A:0.38, C:0.09, G:0.09, T:0.44
Consensus pattern (155 bp):
AAATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCAACAAACACATTTATGTTTTAAATC
TCTTACTTATTAAGTTTCAAAATATTATTAAAATAGCAATATATTACTCTGAATAAAATAGTATG
AATAGAAACAATTGTTTGATGACAA
Found at i:130811 original size:23 final size:25
Alignment explanation
Indices: 130759--130812 Score: 67
Period size: 23 Copynumber: 2.2 Consensus size: 25
130749 ATATAGACAA
*
130759 ATTTGCTTGTGCTTGACATGCATAT
1 ATTTGATTGTGCTTGACATGCATAT
* *
130784 GTTTGATTGTGCTT-A-ATTCATAT
1 ATTTGATTGTGCTTGACATGCATAT
130807 ATTTGA
1 ATTTGA
130813 CTAGCATATG
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 4, Indels: 2
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
23 12 0.48
24 1 0.04
25 12 0.48
ACGTcount: A:0.22, C:0.11, G:0.19, T:0.48
Consensus pattern (25 bp):
ATTTGATTGTGCTTGACATGCATAT
Found at i:130892 original size:38 final size:38
Alignment explanation
Indices: 130841--130913 Score: 137
Period size: 38 Copynumber: 1.9 Consensus size: 38
130831 CTTGTGTTGG
*
130841 ATTAGGATGCATAAATTGAGGGGGAGTTTTGCCATCGA
1 ATTAGGATGCATAAATTAAGGGGGAGTTTTGCCATCGA
130879 ATTAGGATGCATAAATTAAGGGGGAGTTTTGCCAT
1 ATTAGGATGCATAAATTAAGGGGGAGTTTTGCCAT
130914 GCATCGCTTA
Statistics
Matches: 34, Mismatches: 1, Indels: 0
0.97 0.03 0.00
Matches are distributed among these distances:
38 34 1.00
ACGTcount: A:0.30, C:0.10, G:0.30, T:0.30
Consensus pattern (38 bp):
ATTAGGATGCATAAATTAAGGGGGAGTTTTGCCATCGA
Done.