Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019168469.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_69, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 131203
ACGTcount: A:0.43, C:0.08, G:0.07, T:0.42
File 3 of 3
Found at i:93352 original size:39 final size:40
Alignment explanation
Indices: 93264--93354 Score: 100
Period size: 39 Copynumber: 2.3 Consensus size: 40
93254 TAAATTATAA
* *
93264 ATATTAATAATTATTTTAATGAATATTTTAATAATCAATTT
1 ATATT-ATTATTATTTTAATGAATATTGTAATAATCAATTT
*
93305 AT-TAATTATTATTTTAAT-AA-ATTAGTAATAAT-AATATT
1 ATATTATTATTATTTTAATGAATATT-GTAATAATCAAT-TT
93343 ATATTATTATTA
1 ATATTATTATTA
93355 CTAATAACAT
Statistics
Matches: 43, Mismatches: 4, Indels: 8
0.78 0.07 0.15
Matches are distributed among these distances:
37 6 0.14
38 13 0.30
39 21 0.49
40 1 0.02
41 2 0.05
ACGTcount: A:0.45, C:0.01, G:0.02, T:0.52
Consensus pattern (40 bp):
ATATTATTATTATTTTAATGAATATTGTAATAATCAATTT
Found at i:94008 original size:21 final size:20
Alignment explanation
Indices: 93962--94000 Score: 51
Period size: 21 Copynumber: 1.9 Consensus size: 20
93952 ATCTCAATTT
* *
93962 ATAAATATAATATAGTTACA
1 ATAATTATAATATAATTACA
93982 ACTAATTATAATATAATTA
1 A-TAATTATAATATAATTA
94001 TTAATAATAA
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 2, Indels: 1
0.84 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
20 1 0.06
21 15 0.94
ACGTcount: A:0.54, C:0.05, G:0.03, T:0.38
Consensus pattern (20 bp):
ATAATTATAATATAATTACA
Found at i:94022 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 93984--94051 Score: 65
Period size: 17 Copynumber: 4.2 Consensus size: 17
93974 TAGTTACAAC
93984 TAATT-ATAATA-TA-A
1 TAATTAATAATACTATA
*
93998 TTATTAATAATAACTATA
1 TAATTAATAAT-ACTATA
* *
94016 -AATTAATTATATTATA
1 TAATTAATAATACTATA
94032 TAATTAATAA-ACTATA
1 TAATTAATAATACTATA
94048 TAAT
1 TAAT
94052 AATTTATTAT
Statistics
Matches: 43, Mismatches: 6, Indels: 8
0.75 0.11 0.14
Matches are distributed among these distances:
14 4 0.09
15 5 0.12
16 15 0.35
17 18 0.42
18 1 0.02
ACGTcount: A:0.53, C:0.03, G:0.00, T:0.44
Consensus pattern (17 bp):
TAATTAATAATACTATA
Found at i:94047 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 94005--94051 Score: 53
Period size: 16 Copynumber: 3.0 Consensus size: 16
93995 TAATTATTAA
94005 TAAT-AACTATA-AAT
1 TAATAAACTATATAAT
* *
94019 TAATTATATTATATAAT
1 TAA-TAAACTATATAAT
94036 TAATAAACTATATAAT
1 TAATAAACTATATAAT
94052 AATTTATTAT
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 4, Indels: 4
0.76 0.12 0.12
Matches are distributed among these distances:
14 3 0.12
15 1 0.04
16 16 0.62
17 6 0.23
ACGTcount: A:0.53, C:0.04, G:0.00, T:0.43
Consensus pattern (16 bp):
TAATAAACTATATAAT
Found at i:94060 original size:31 final size:30
Alignment explanation
Indices: 93997--94069 Score: 89
Period size: 31 Copynumber: 2.4 Consensus size: 30
93987 TTATAATATA
93997 ATTATTAA-TAATAACTATAAATTAATTAT
1 ATTATTAATTAATAACTATAAATTAATTAT
94026 ATTATATAATTAATAAACTATATAA-TAATT-T
1 ATTAT-TAATTAAT-AACTATA-AATTAATTAT
94057 ATTATTATATTAA
1 ATTATTA-ATTAA
94070 AATATCTATT
Statistics
Matches: 39, Mismatches: 0, Indels: 8
0.83 0.00 0.17
Matches are distributed among these distances:
29 5 0.13
30 5 0.13
31 15 0.38
32 12 0.31
33 2 0.05
ACGTcount: A:0.51, C:0.03, G:0.00, T:0.47
Consensus pattern (30 bp):
ATTATTAATTAATAACTATAAATTAATTAT
Found at i:94865 original size:31 final size:30
Alignment explanation
Indices: 94793--94865 Score: 85
Period size: 31 Copynumber: 2.3 Consensus size: 30
94783 TGATTTAATA
94793 ATTTATATAATTATAAATAATTTTGAAATTT
1 ATTTATAT-ATTATAAATAATTTTGAAATTT
* *
94824 AATTATTATATTAT-AATAATATTTGATATTAT
1 ATTTA-TATATTATAAATAAT-TTTGAAATT-T
94856 ATTTATATAT
1 ATTTATATAT
94866 AGTTAAGTAT
Statistics
Matches: 36, Mismatches: 3, Indels: 6
0.80 0.07 0.13
Matches are distributed among these distances:
30 6 0.17
31 22 0.61
32 8 0.22
ACGTcount: A:0.44, C:0.00, G:0.03, T:0.53
Consensus pattern (30 bp):
ATTTATATATTATAAATAATTTTGAAATTT
Found at i:99303 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 97442--99303 Score: 1352
Period size: 181 Copynumber: 10.4 Consensus size: 179
97432 AGTCTTTTGA
* * * * * *
97442 TAAAAAATGGAATCGGTTTACTGAACAAGTTTAAATAGTGATAACTATTTGAACAATTATTTATT
1 TAAAAAAT-AAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* * * * *
97507 TCAAATCATTATGACCTTCTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTCT-GTTCATACAAGCTTATTTC
65 TCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTTAGTTCATACAAGCTTA-TTC
* * **
97571 -AAATAAAATAAT--TAA---ATTAATATTCCAAAATTTAATAAGGAAAAATT
128 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAA-TTAATAAGTAAGGATT
* * ** * * *
97618 TTAAAAATAAATTTGTTTTTTGAACATGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTT
1 TAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* * * * * ** * *
97683 CTAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTGATAAACCAATTTTTTTTGCCCATACAAACATATTTCG-
66 CAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTAGTTCATACAAGCTTA-TTCGA
* **
97747 AATAAAATAAT--TAAATTTATTAATATTCCAAAATTTAATAAGTAAAAATT
130 AATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAA-TTAATAAGTAAGGATT
* * ** * *
97797 TTAAAAATAAATTTGTTTTTTGAACATGTTCAAATA-TATCTGACTATTTGAACAATTATCTATT
1 TAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGT-TATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* * * * * * *
97861 TCAAATAGTTATGCCCTTTTGTTTTGTGATGAACCAATTGTTTCT-G-TCTATATAAGCTTATTC
65 TCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTTAGTTC-ATACAAGCTTATTC
* * * *
97924 AAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAACAATTAATAAGTAAAAGATT
128 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA-AATTAATAAGT-AAGGATT
* * * * * * * *
97978 TAAAAAATAAATCTGTTTA-TCAAGTAAGCTCAAATAGTTATAATTGTTTGAAAAAATT-TTTAT
1 TAAAAAATAAATCTGTTTACTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG-AACAATTATCTAT
* * ** * * * *
98041 TTCTAATAGTTATGATATTTTGTTTTGTCATAAAACGATTATTTCTA-TTCATACAAGTTTATGC
64 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTTAGTTCATACAAGCTTATTC
* * * * *
98105 AAAATAAAAAAATACTACTTTATTAATATTTTGC-AAATTAATAGGTAGGAGATT
128 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTT-CAAAATTAATAAGTAAG-GATT
** * * * *
98159 TAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTAGAACAATTATCTATTT
1 TAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* * * * * *
98224 CAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAACTGTTTCT-GTTCATA-TAGAATTATTCA
66 CAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTTTTTTAGTTCATACAAG-CTTATTCG
** * *
98287 AAATAAAATAATTTTGATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGT---GATT
129 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTCAAAATTAATAAGTAAGGATT
* * ** * * * *
98336 TAAAAACTAAATCTATTTACCAAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATCTATCT
1 TAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* * * * * *** * *
98401 CAAATCATAATGATC-TTTGTTTTGTCATACAACAATTGTTTCCTTTCATACAAGTTTATTTGAA
66 CAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCGAA
* * *
98465 TTAAAATGATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAAT--G--A-GATT
131 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAATTAATAAGTAAGGATT
* * * * * ** *
98510 TTAAAAATAAATATG-TTAGCCGAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATCAGAATAATTATCTATT
1 TAAAAAATAAATCTGTTTA-CTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* * * * *
98574 TCAAATCATGCTAT--CCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTT
65 TCAAATC--GTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTAGTTCATACAAGCTTATTC
* * *
98637 GGAATAAAATAATACTAATTTATTAACA-TTCAAAA--AATTAAGGCAAGAGATT
128 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAATTAA-TAA-GTAAG-GATT
* * * * * * * *
98689 TAAAAAAATAGATGTGTTTACTAAACAATTTTAAATAGATATGACTATTTAAATAATTATCTATT
1 T-AAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* ** * * * * * * * * *
98754 TAAAATTATTTTGACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTAATAAAAACTTA-TCTA
65 TCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTAGTTCATACAAGCTTATTC-G
* * *
98818 AAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTATTAAGCAAGAGATT
129 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAATTAATAAGTAAG-GATT
* * * * * * *
98871 TAAAAACTAAAGCTGTTT-TTCAA-AGTAGTTCTAATAGTTATGACTATTTAAACAAATAT-TAA
1 TAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACA--AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT-A
* * * *
98933 TCTCAAATCATTATGATC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTACCTT-AT--AAGCTTAT
63 TTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTTA-GTTCATACAAGCTTAT
* * *
98994 TC-AGATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATT
126 TCGAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTCAAAATTAATAAGTAAG-GATT
* * * * * * * * *
99050 TAAAAAATAAATGTGTTTGCCGATC-AGTCCAAATAGTTAAGATTATTAGAATAATTATCTATTT
1 TAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* ** * *
99114 CAAATCGTTATAACCTTTTGTTTAATCATAAAATAATTTTTTTAGTTCATATAAGCTTATTCGAA
66 CAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCGAA
* *
99179 A-GAAATAATACTAATTTATTAACT-TTTGAAAGATTAATAAG-AAGGCTATT
131 ATAAAATAATACTAATTTATTAA-TATTTCAAA-ATTAATAAGTAAGG--ATT
* * *
99229 TGAAAAACTAAATTTGTTTACTGAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
1 T-AAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
*
99294 TAAAATCGTT
65 TCAAATCGTT
99304 GTGAATTTAA
Statistics
Matches: 1356, Mismatches: 255, Indels: 145
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
171 2 0.00
172 1 0.00
173 7 0.01
174 67 0.05
175 176 0.13
176 71 0.05
177 76 0.06
178 68 0.05
179 266 0.20
180 217 0.16
181 368 0.27
182 32 0.02
183 4 0.00
184 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (179 bp):
TAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
CAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCGAA
ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAATTAATAAGTAAGGATT
Found at i:99488 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 99446--99490 Score: 65
Period size: 22 Copynumber: 2.0 Consensus size: 22
99436 TTAATTATTG
*
99446 TTATTAATTAATATTAGTTAAT
1 TTATTAATTAACATTAGTTAAT
99468 TTATTAATTAACATTTA-TTAAT
1 TTATTAATTAACA-TTAGTTAAT
99490 T
1 T
99491 AGTAAATTAA
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 1, Indels: 2
0.88 0.04 0.08
Matches are distributed among these distances:
22 18 0.86
23 3 0.14
ACGTcount: A:0.40, C:0.02, G:0.02, T:0.56
Consensus pattern (22 bp):
TTATTAATTAACATTAGTTAAT
Found at i:99518 original size:30 final size:30
Alignment explanation
Indices: 99480--99552 Score: 73
Period size: 29 Copynumber: 2.5 Consensus size: 30
99470 ATTAATTAAC
99480 ATTT-ATTAATTAGTAAA-TTAATAATATATA
1 ATTTAATTAATTAGTAAATTTAAT-ATA-ATA
* *
99510 A-TTAATTAA-TATTTAATTTAATATAATA
1 ATTTAATTAATTAGTAAATTTAATATAATA
*
99538 ATTTAATAAATTAGT
1 ATTTAATTAATTAGT
99553 GTTATTTTAT
Statistics
Matches: 35, Mismatches: 4, Indels: 8
0.74 0.09 0.17
Matches are distributed among these distances:
28 4 0.11
29 17 0.49
30 14 0.40
ACGTcount: A:0.49, C:0.00, G:0.03, T:0.48
Consensus pattern (30 bp):
ATTTAATTAATTAGTAAATTTAATATAATA
Found at i:99539 original size:13 final size:13
Alignment explanation
Indices: 99505--99545 Score: 50
Period size: 13 Copynumber: 3.2 Consensus size: 13
99495 AATTAATAAT
99505 ATATAATTAA-TTA
1 ATATAA-TAATTTA
*
99518 ATAT-TTAATTTA
1 ATATAATAATTTA
99530 ATATAATAATTTA
1 ATATAATAATTTA
99543 ATA
1 ATA
99546 AATTAGTGTT
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 2, Indels: 4
0.80 0.07 0.13
Matches are distributed among these distances:
11 3 0.12
12 7 0.29
13 14 0.58
ACGTcount: A:0.51, C:0.00, G:0.00, T:0.49
Consensus pattern (13 bp):
ATATAATAATTTA
Found at i:99543 original size:18 final size:17
Alignment explanation
Indices: 99495--99544 Score: 59
Period size: 18 Copynumber: 2.9 Consensus size: 17
99485 TTAATTAGTA
99495 AATTAATAATATATAA-TT
1 AATTAATAAT-T-TAATTT
99513 AATTAAT-ATTTAATTT
1 AATTAATAATTTAATTT
99529 AATATAATAATTTAAT
1 AAT-TAATAATTTAAT
99545 AAATTAGTGT
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 0, Indels: 6
0.83 0.00 0.17
Matches are distributed among these distances:
15 3 0.10
16 6 0.21
17 6 0.21
18 14 0.48
ACGTcount: A:0.52, C:0.00, G:0.00, T:0.48
Consensus pattern (17 bp):
AATTAATAATTTAATTT
Found at i:99807 original size:23 final size:22
Alignment explanation
Indices: 99762--99816 Score: 69
Period size: 23 Copynumber: 2.5 Consensus size: 22
99752 AAATATTTAA
*
99762 TATAATTAATAAATTATTTATT
1 TATAATTAATAAATTATTAATT
99784 TATAATTAAGTATAA-TATTAATT
1 TATAATTAA-TA-AATTATTAATT
99807 TATAA-TAATA
1 TATAATTAATA
99817 CAAATTGTGT
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 1, Indels: 5
0.83 0.03 0.14
Matches are distributed among these distances:
21 2 0.07
22 12 0.40
23 14 0.47
24 2 0.07
ACGTcount: A:0.49, C:0.00, G:0.02, T:0.49
Consensus pattern (22 bp):
TATAATTAATAAATTATTAATT
Found at i:99910 original size:27 final size:26
Alignment explanation
Indices: 99860--99922 Score: 72
Period size: 27 Copynumber: 2.3 Consensus size: 26
99850 ATTGTATATT
* * *
99860 TTAATAAATTTATTACAATTAAATTAG
1 TTAATAATTTTATAACAATCAAA-TAG
*
99887 TTAATAATTTTATAATAATCAAATAG
1 TTAATAATTTTATAACAATCAAATAG
99913 TATAATAATT
1 T-TAATAATT
99923 AAATGTATAT
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 4, Indels: 2
0.84 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
26 4 0.13
27 27 0.87
ACGTcount: A:0.49, C:0.03, G:0.03, T:0.44
Consensus pattern (26 bp):
TTAATAATTTTATAACAATCAAATAG
Found at i:99918 original size:16 final size:15
Alignment explanation
Indices: 99897--99931 Score: 52
Period size: 16 Copynumber: 2.3 Consensus size: 15
99887 TTAATAATTT
99897 TATAATAATCAAATAG
1 TATAATAATCAAAT-G
*
99913 TATAATAATTAAATG
1 TATAATAATCAAATG
99928 TATA
1 TATA
99932 TGTGAATAGT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 1, Indels: 1
0.90 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
15 5 0.28
16 13 0.72
ACGTcount: A:0.54, C:0.03, G:0.06, T:0.37
Consensus pattern (15 bp):
TATAATAATCAAATG
Found at i:100096 original size:13 final size:13
Alignment explanation
Indices: 100074--100107 Score: 50
Period size: 13 Copynumber: 2.6 Consensus size: 13
100064 TAAATAATAA
*
100074 AAATTAAATATTT
1 AAATTTAATATTT
*
100087 TAATTTAATATTT
1 AAATTTAATATTT
100100 AAATTTAA
1 AAATTTAA
100108 AAATTTATTA
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 3, Indels: 0
0.86 0.14 0.00
Matches are distributed among these distances:
13 18 1.00
ACGTcount: A:0.50, C:0.00, G:0.00, T:0.50
Consensus pattern (13 bp):
AAATTTAATATTT
Found at i:100587 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 100555--100597 Score: 61
Period size: 22 Copynumber: 2.0 Consensus size: 22
100545 ATATAACAAT
*
100555 TATTATTGTATTAATTT-AATAA
1 TATTATAGTATT-ATTTGAATAA
100577 TATTATAGTATTATTTGAATA
1 TATTATAGTATTATTTGAATA
100598 TAACTAAAAG
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 1, Indels: 2
0.86 0.05 0.09
Matches are distributed among these distances:
21 4 0.21
22 15 0.79
ACGTcount: A:0.40, C:0.00, G:0.07, T:0.53
Consensus pattern (22 bp):
TATTATAGTATTATTTGAATAA
Found at i:100694 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 100670--100716 Score: 60
Period size: 16 Copynumber: 2.9 Consensus size: 16
100660 CCTTAATAAT
*
100670 TTAAAAAATTATTTAG
1 TTAATAAATTATTTAG
*
100686 TTAATAAATAATTTAG
1 TTAATAAATTATTTAG
100702 -TAATTAAATTATTTA
1 TTAA-TAAATTATTTA
100717 AAATTATATA
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 3, Indels: 2
0.84 0.09 0.06
Matches are distributed among these distances:
15 3 0.11
16 24 0.89
ACGTcount: A:0.49, C:0.00, G:0.04, T:0.47
Consensus pattern (16 bp):
TTAATAAATTATTTAG
Found at i:100784 original size:26 final size:27
Alignment explanation
Indices: 100702--100784 Score: 77
Period size: 26 Copynumber: 3.1 Consensus size: 27
100692 AATAATTTAG
100702 TAATTA-AATTATTTAA-AATTATATAA
1 TAATTATAATTATTTAACAATTAT-TAA
* *
100728 TTA-TATAATTATTTATACTTATTAATT-A
1 TAATTATAATTATTTA-AC-AATT-ATTAA
100756 TAATTATAATTA-TTAACAATTATTAA
1 TAATTATAATTATTTAACAATTATTAA
100782 TAA
1 TAA
100785 CTAATTAAAA
Statistics
Matches: 46, Mismatches: 4, Indels: 14
0.72 0.06 0.22
Matches are distributed among these distances:
25 5 0.11
26 18 0.39
27 3 0.07
28 6 0.13
29 12 0.26
30 2 0.04
ACGTcount: A:0.48, C:0.02, G:0.00, T:0.49
Consensus pattern (27 bp):
TAATTATAATTATTTAACAATTATTAA
Found at i:101208 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 101182--101216 Score: 52
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 18
101172 AACATATTAA
101182 ATAAATAATTTAAATATC
1 ATAAATAATTTAAATATC
* *
101200 ATAATTAATTTTAATAT
1 ATAAATAATTTAAATAT
101217 TATTAATAAA
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 2, Indels: 0
0.88 0.12 0.00
Matches are distributed among these distances:
18 15 1.00
ACGTcount: A:0.51, C:0.03, G:0.00, T:0.46
Consensus pattern (18 bp):
ATAAATAATTTAAATATC
Found at i:101642 original size:27 final size:25
Alignment explanation
Indices: 101579--101642 Score: 67
Period size: 27 Copynumber: 2.4 Consensus size: 25
101569 AATTTTCAAG
*
101579 ATTAAATTATATAAATATTATTAAT
1 ATTATATTATATAAATATTATTAAT
101604 ATTACTAGTTATATAAATAGTTTATTAAT
1 ATTA-TA-TTATATAAATA--TTATTAAT
101633 AATT-TATTAT
1 -ATTATATTAT
101643 TAATTATATA
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 1, Indels: 8
0.79 0.02 0.19
Matches are distributed among these distances:
25 4 0.12
26 1 0.03
27 15 0.45
28 2 0.06
29 8 0.24
30 3 0.09
ACGTcount: A:0.45, C:0.02, G:0.03, T:0.50
Consensus pattern (25 bp):
ATTATATTATATAAATATTATTAAT
Found at i:102029 original size:26 final size:27
Alignment explanation
Indices: 101977--102050 Score: 69
Period size: 26 Copynumber: 2.6 Consensus size: 27
101967 AATTACATTT
* *
101977 ATAATATAATTAATTGAATATTAAATTATTA
1 ATAATTTAATT-ATT-AA-ATT-AATTAATA
* *
102008 ATAGTTT-ATTGTTAAATTAATTAATA
1 ATAATTTAATTATTAAATTAATTAATA
102034 ATAATTTAATTATTAAA
1 ATAATTTAATTATTAAA
102051 CAAAAGGCTT
Statistics
Matches: 36, Mismatches: 6, Indels: 6
0.75 0.12 0.12
Matches are distributed among these distances:
26 13 0.36
27 11 0.31
28 2 0.06
29 2 0.06
30 3 0.08
31 5 0.14
ACGTcount: A:0.49, C:0.00, G:0.04, T:0.47
Consensus pattern (27 bp):
ATAATTTAATTATTAAATTAATTAATA
Found at i:102408 original size:19 final size:18
Alignment explanation
Indices: 102359--102409 Score: 57
Period size: 19 Copynumber: 2.7 Consensus size: 18
102349 TTAATTTCAT
102359 TAAATTATAATTATTTTAA
1 TAAATTATAA-TATTTTAA
* *
102378 TAAATAATAATATTATTTA
1 TAAATTATAATATT-TTAA
*
102397 TATATTATAATAT
1 TAAATTATAATAT
102410 ATAATATTAT
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 4, Indels: 2
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
18 4 0.15
19 23 0.85
ACGTcount: A:0.49, C:0.00, G:0.00, T:0.51
Consensus pattern (18 bp):
TAAATTATAATATTTTAA
Found at i:102426 original size:25 final size:25
Alignment explanation
Indices: 102380--102432 Score: 81
Period size: 25 Copynumber: 2.1 Consensus size: 25
102370 TATTTTAATA
*
102380 AATAATAATATTATTTATATATTAT
1 AATAATAATATTATTTACATATTAT
102405 AATATATAATATTATTT-CATATTAT
1 AATA-ATAATATTATTTACATATTAT
102430 AAT
1 AAT
102433 CGTATTAGTA
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 1, Indels: 2
0.90 0.03 0.07
Matches are distributed among these distances:
25 14 0.54
26 12 0.46
ACGTcount: A:0.47, C:0.02, G:0.00, T:0.51
Consensus pattern (25 bp):
AATAATAATATTATTTACATATTAT
Found at i:102937 original size:18 final size:16
Alignment explanation
Indices: 102911--102950 Score: 53
Period size: 18 Copynumber: 2.4 Consensus size: 16
102901 ATACAAATAC
*
102911 TTATTATAAATATTTTT
1 TTATAATAAA-ATTTTT
102928 ATTATAATAAAATTTTT
1 -TTATAATAAAATTTTT
102945 TTATAA
1 TTATAA
102951 GTTATATACT
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 1, Indels: 2
0.88 0.04 0.08
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.29
17 6 0.29
18 9 0.43
ACGTcount: A:0.42, C:0.00, G:0.00, T:0.57
Consensus pattern (16 bp):
TTATAATAAAATTTTT
Found at i:103052 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 103028--103083 Score: 60
Period size: 20 Copynumber: 2.7 Consensus size: 21
103018 ATTAGTTTAA
*
103028 TAATAAAATAATTATTGTTAT
1 TAATAAAATAATTATTATTAT
* *
103049 TAAT-AAATAATTATAATAAT
1 TAATAAAATAATTATTATTAT
* *
103069 TATTATAATAATTAT
1 TAATAAAATAATTAT
103084 ATTGTTATAT
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 5, Indels: 2
0.81 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
20 16 0.55
21 13 0.45
ACGTcount: A:0.52, C:0.00, G:0.02, T:0.46
Consensus pattern (21 bp):
TAATAAAATAATTATTATTAT
Found at i:103075 original size:12 final size:12
Alignment explanation
Indices: 103035--103083 Score: 53
Period size: 12 Copynumber: 3.9 Consensus size: 12
103025 TAATAATAAA
* *
103035 ATAATTATTGTT
1 ATAATAATTATT
*
103047 ATTAATAAATAATT
1 A-TAAT-AATTATT
103061 ATAATAATTATT
1 ATAATAATTATT
103073 ATAATAATTAT
1 ATAATAATTAT
103084 ATTGTTATAT
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 4, Indels: 4
0.79 0.10 0.10
Matches are distributed among these distances:
12 18 0.58
13 8 0.26
14 5 0.16
ACGTcount: A:0.49, C:0.00, G:0.02, T:0.49
Consensus pattern (12 bp):
ATAATAATTATT
Found at i:103091 original size:29 final size:28
Alignment explanation
Indices: 103058--103148 Score: 75
Period size: 29 Copynumber: 3.3 Consensus size: 28
103048 TTAATAAATA
103058 ATTATAATAATTATTATAATAATTATATT
1 ATTATAATAATTATTATAATAATT-TATT
* *
103087 GTTAT-ATAATTTATTAATAATTATTTATT
1 ATTATAATAA-TTATT-ATAATAATTTATT
* *
103116 ATT-TAATAA--ATTA-ATTATTTTATT
1 ATTATAATAATTATTATAATAATTTATT
*
103140 ATAATAATA
1 ATTATAATA
103149 CATATTTCAA
Statistics
Matches: 51, Mismatches: 7, Indels: 12
0.73 0.10 0.17
Matches are distributed among these distances:
24 10 0.20
25 6 0.12
26 3 0.06
28 5 0.10
29 19 0.37
30 8 0.16
ACGTcount: A:0.45, C:0.00, G:0.01, T:0.54
Consensus pattern (28 bp):
ATTATAATAATTATTATAATAATTTATT
Found at i:103778 original size:21 final size:20
Alignment explanation
Indices: 103738--103780 Score: 52
Period size: 21 Copynumber: 2.1 Consensus size: 20
103728 AATAAATACT
*
103738 ATAATTAATTATTTATAATA
1 ATAATTAATTATTCATAATA
103758 ATAATTTAATTAATTCA-AATA
1 ATAA-TTAATT-ATTCATAATA
103779 AT
1 AT
103781 TGTTAATAGA
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 1, Indels: 3
0.83 0.04 0.12
Matches are distributed among these distances:
20 4 0.20
21 12 0.60
22 4 0.20
ACGTcount: A:0.51, C:0.02, G:0.00, T:0.47
Consensus pattern (20 bp):
ATAATTAATTATTCATAATA
Found at i:103890 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 103844--103890 Score: 58
Period size: 23 Copynumber: 2.0 Consensus size: 23
103834 TATTTAATAG
* * *
103844 ATTATTAGTTTTTAATCTAATTT
1 ATTATTAATTTTAAATATAATTT
*
103867 ATTATTAATTTTAAATATATTTT
1 ATTATTAATTTTAAATATAATTT
103890 A
1 A
103891 GTTTACAATA
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 4, Indels: 0
0.83 0.17 0.00
Matches are distributed among these distances:
23 20 1.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.02, G:0.02, T:0.60
Consensus pattern (23 bp):
ATTATTAATTTTAAATATAATTT
Found at i:104141 original size:27 final size:24
Alignment explanation
Indices: 104082--104147 Score: 82
Period size: 27 Copynumber: 2.7 Consensus size: 24
104072 CTTGTTTAGT
104082 ATTAATTATATAA-T-TAAATTAA
1 ATTAATTATATAATTATAAATTAA
104104 ATTAATTTATATAATTATAAATTAATA
1 ATTAA-TTATATAATTATAAATT-A-A
104131 ATTATATTATATAATTA
1 ATTA-ATTATATAATTA
104148 AATACTTATT
Statistics
Matches: 38, Mismatches: 0, Indels: 7
0.84 0.00 0.16
Matches are distributed among these distances:
22 5 0.13
23 8 0.21
24 1 0.03
25 6 0.16
26 1 0.03
27 16 0.42
28 1 0.03
ACGTcount: A:0.52, C:0.00, G:0.00, T:0.48
Consensus pattern (24 bp):
ATTAATTATATAATTATAAATTAA
Found at i:104156 original size:16 final size:15
Alignment explanation
Indices: 104110--104167 Score: 52
Period size: 16 Copynumber: 4.0 Consensus size: 15
104100 TTAAATTAAT
104110 TTATATAATTATAA-A
1 TTATATAATTA-AATA
104125 TTA-ATAATT--ATA
1 TTATATAATTAAATA
104137 TTATATAATTAAATA
1 TTATATAATTAAATA
* *
104152 CTTATTTAATTTAATA
1 -TTATATAATTAAATA
104168 ACAATTATTA
Statistics
Matches: 36, Mismatches: 2, Indels: 9
0.77 0.04 0.19
Matches are distributed among these distances:
11 1 0.03
12 4 0.11
13 6 0.17
14 6 0.17
15 6 0.17
16 13 0.36
ACGTcount: A:0.48, C:0.02, G:0.00, T:0.50
Consensus pattern (15 bp):
TTATATAATTAAATA
Found at i:104410 original size:33 final size:31
Alignment explanation
Indices: 104364--104458 Score: 104
Period size: 33 Copynumber: 3.0 Consensus size: 31
104354 AAATTATAAT
*
104364 TATAATATTAATAATTTGTTAATAATAATTTA
1 TATAATATTAATAATTTATTAA-AATAATTTA
* * *
104396 TAATACTATTAATAATATATTAAAAATAA-TAA
1 T-ATAATATTAATAATTTATT-AAAATAATTTA
104428 TATAATA-TAATAATTATATTAAAATAATTTA
1 TATAATATTAATAATT-TATTAAAATAATTTA
104459 AAATGTATAA
Statistics
Matches: 52, Mismatches: 7, Indels: 9
0.76 0.10 0.13
Matches are distributed among these distances:
30 14 0.27
31 11 0.21
32 4 0.08
33 21 0.40
34 2 0.04
ACGTcount: A:0.54, C:0.01, G:0.01, T:0.44
Consensus pattern (31 bp):
TATAATATTAATAATTTATTAAAATAATTTA
Found at i:104425 original size:17 final size:16
Alignment explanation
Indices: 104405--104455 Score: 61
Period size: 14 Copynumber: 3.2 Consensus size: 16
104395 ATAATACTAT
104405 TAATAATATATTAAAAA
1 TAATAATATATT-AAAA
* *
104422 TAATAATATAATATAA
1 TAATAATATATTAAAA
104438 TAAT--TATATTAAAA
1 TAATAATATATTAAAA
104452 TAAT
1 TAAT
104456 TTAAAATGTA
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 4, Indels: 3
0.81 0.11 0.08
Matches are distributed among these distances:
14 12 0.40
16 7 0.23
17 11 0.37
ACGTcount: A:0.61, C:0.00, G:0.00, T:0.39
Consensus pattern (16 bp):
TAATAATATATTAAAA
Found at i:104454 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 104365--104455 Score: 57
Period size: 22 Copynumber: 4.2 Consensus size: 22
104355 AATTATAATT
*
104365 ATAATATTAATAATT-TGTTAATA
1 ATAATA-TAATAATTATATTAA-A
*
104388 ATAAT-TTATAA-TACTATT--A
1 ATAATATAATAATTA-TATTAAA
* ** * *
104407 ATAATATATTAAAAATAATAAT
1 ATAATATAATAATTATATTAAA
104429 ATAATATAATAATTATATTAAA
1 ATAATATAATAATTATATTAAA
104451 ATAAT
1 ATAAT
104456 TTAAAATGTA
Statistics
Matches: 50, Mismatches: 12, Indels: 13
0.67 0.16 0.17
Matches are distributed among these distances:
19 6 0.12
20 8 0.16
21 6 0.12
22 25 0.50
23 5 0.10
ACGTcount: A:0.55, C:0.01, G:0.01, T:0.43
Consensus pattern (22 bp):
ATAATATAATAATTATATTAAA
Found at i:104562 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 104512--104567 Score: 58
Period size: 17 Copynumber: 3.2 Consensus size: 17
104502 TAATTTATAG
*
104512 TATTAATTACATTATAATA
1 TATTAA-TATATTATAA-A
* * *
104531 TATTTATTTAGTATAAA
1 TATTAATATATTATAAA
104548 TATTAATATATTATAAA
1 TATTAATATATTATAAA
104565 TAT
1 TAT
104568 ATATTAAATT
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 7, Indels: 2
0.77 0.18 0.05
Matches are distributed among these distances:
17 18 0.60
18 7 0.23
19 5 0.17
ACGTcount: A:0.46, C:0.02, G:0.02, T:0.50
Consensus pattern (17 bp):
TATTAATATATTATAAA
Found at i:104585 original size:18 final size:21
Alignment explanation
Indices: 104547--104585 Score: 57
Period size: 21 Copynumber: 2.0 Consensus size: 21
104537 TTTAGTATAA
104547 ATATTAATATATTATAAATAT
1 ATATTAATATATTATAAATAT
104568 ATATTAA-AT-TTA-AAATAT
1 ATATTAATATATTATAAATAT
104586 TAAATTATTT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 0, Indels: 3
0.86 0.00 0.14
Matches are distributed among these distances:
18 6 0.33
19 3 0.17
20 2 0.11
21 7 0.39
ACGTcount: A:0.54, C:0.00, G:0.00, T:0.46
Consensus pattern (21 bp):
ATATTAATATATTATAAATAT
Found at i:104786 original size:20 final size:21
Alignment explanation
Indices: 104748--104799 Score: 65
Period size: 20 Copynumber: 2.6 Consensus size: 21
104738 CATAATATTT
104748 TAATTAA-ATT-TGTTTAATAA
1 TAATTAATATTATG-TTAATAA
*
104768 TGA-TAATATTATGTTAATAA
1 TAATTAATATTATGTTAATAA
104788 TAATTAATATTA
1 TAATTAATATTA
104800 ATATAATTTA
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 2, Indels: 5
0.79 0.06 0.15
Matches are distributed among these distances:
19 3 0.11
20 14 0.52
21 10 0.37
ACGTcount: A:0.46, C:0.00, G:0.06, T:0.48
Consensus pattern (21 bp):
TAATTAATATTATGTTAATAA
Found at i:104811 original size:13 final size:15
Alignment explanation
Indices: 104770--104814 Score: 51
Period size: 15 Copynumber: 3.1 Consensus size: 15
104760 TTTAATAATG
*
104770 ATAAT-ATTATGTTA
1 ATAATAATTATATTA
104784 ATAATAATTAATATTA
1 ATAATAATT-ATATTA
104800 AT-ATAATT-TATTA
1 ATAATAATTATATTA
104813 AT
1 AT
104815 TTTAAATTTG
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 1, Indels: 5
0.82 0.03 0.15
Matches are distributed among these distances:
13 7 0.25
14 5 0.18
15 9 0.32
16 7 0.25
ACGTcount: A:0.49, C:0.00, G:0.02, T:0.49
Consensus pattern (15 bp):
ATAATAATTATATTA
Found at i:104923 original size:12 final size:12
Alignment explanation
Indices: 104899--104947 Score: 50
Period size: 12 Copynumber: 4.2 Consensus size: 12
104889 TAAATCTAAG
104899 ATAATTAATAATA
1 ATAATT-ATAATA
*
104912 TTAATTATAATA
1 ATAATTATAATA
104924 ATAATTA-AAT-
1 ATAATTATAATA
*
104934 A-AATTATACTA
1 ATAATTATAATA
104945 ATA
1 ATA
104948 TAATTATTTA
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 3, Indels: 7
0.75 0.08 0.17
Matches are distributed among these distances:
9 5 0.17
10 3 0.10
11 4 0.13
12 13 0.43
13 5 0.17
ACGTcount: A:0.57, C:0.02, G:0.00, T:0.41
Consensus pattern (12 bp):
ATAATTATAATA
Found at i:105243 original size:13 final size:13
Alignment explanation
Indices: 105227--105288 Score: 65
Period size: 13 Copynumber: 4.7 Consensus size: 13
105217 ATAACATTAA
105227 TAATTATATAAAT
1 TAATTATATAAAT
*
105240 TAATTATAT-TAT
1 TAATTATATAAAT
*
105252 TAATT-TAAAATAT
1 TAATTATATAA-AT
105265 ACTAATTATATAAAT
1 --TAATTATATAAAT
105280 TAATTATAT
1 TAATTATAT
105289 TATTAATTTA
Statistics
Matches: 40, Mismatches: 4, Indels: 10
0.74 0.07 0.19
Matches are distributed among these distances:
11 2 0.05
12 7 0.17
13 20 0.50
15 7 0.17
16 4 0.10
ACGTcount: A:0.50, C:0.02, G:0.00, T:0.48
Consensus pattern (13 bp):
TAATTATATAAAT
Found at i:105256 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 105199--105296 Score: 51
Period size: 16 Copynumber: 5.7 Consensus size: 16
105189 TATAATATTT
105199 TATTATT-ATT-ATTA
1 TATTATTAATTAATTA
* *
105213 TATAATAACATTAA-TA
1 TATTATTA-ATTAATTA
105229 -ATTATATAAATTAATTA
1 TATTAT-T-AATTAATTA
105246 TATTATTAATTTAAAATATA
1 TATTATTAA-TT--AAT-TA
105266 CTAATTATATAAATTAATTA
1 -T-ATTAT-T-AATTAATTA
105286 TATTATTAATT
1 TATTATTAATT
105297 TAAAATATAC
Statistics
Matches: 65, Mismatches: 4, Indels: 28
0.67 0.04 0.29
Matches are distributed among these distances:
14 5 0.08
15 4 0.06
16 16 0.25
17 8 0.12
18 10 0.15
19 4 0.06
20 4 0.06
21 4 0.06
22 5 0.08
23 3 0.05
24 2 0.03
ACGTcount: A:0.48, C:0.02, G:0.00, T:0.50
Consensus pattern (16 bp):
TATTATTAATTAATTA
Found at i:105272 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 105247--105312 Score: 79
Period size: 22 Copynumber: 3.2 Consensus size: 22
105237 AATTAATTAT
105247 ATTATTAATTTAAAATATACTA
1 ATTATTAATTTAAAATATACTA
*
105269 ATTATATAAATT--AAT-TA-T-
1 ATTAT-TAATTTAAAATATACTA
105287 ATTATTAATTTAAAATATACTA
1 ATTATTAATTTAAAATATACTA
105309 ATTA
1 ATTA
105313 AATAACTTAA
Statistics
Matches: 36, Mismatches: 2, Indels: 12
0.72 0.04 0.24
Matches are distributed among these distances:
17 5 0.14
18 5 0.14
19 4 0.11
20 4 0.11
21 4 0.11
22 9 0.25
23 5 0.14
ACGTcount: A:0.50, C:0.03, G:0.00, T:0.47
Consensus pattern (22 bp):
ATTATTAATTTAAAATATACTA
Found at i:105281 original size:40 final size:40
Alignment explanation
Indices: 105227--105326 Score: 182
Period size: 40 Copynumber: 2.5 Consensus size: 40
105217 ATAACATTAA
105227 TAATTATATAAATTAATTATATTATTAATTTAAAATATAC
1 TAATTATATAAATTAATTATATTATTAATTTAAAATATAC
105267 TAATTATATAAATTAATTATATTATTAATTTAAAATATAC
1 TAATTATATAAATTAATTATATTATTAATTTAAAATATAC
* *
105307 TAATTAAATAACTTAATTAT
1 TAATTATATAAATTAATTAT
105327 TTGGTTATTA
Statistics
Matches: 58, Mismatches: 2, Indels: 0
0.97 0.03 0.00
Matches are distributed among these distances:
40 58 1.00
ACGTcount: A:0.50, C:0.03, G:0.00, T:0.47
Consensus pattern (40 bp):
TAATTATATAAATTAATTATATTATTAATTTAAAATATAC
Found at i:105305 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 105244--105305 Score: 54
Period size: 18 Copynumber: 3.2 Consensus size: 18
105234 ATAAATTAAT
105244 TATATTATTAATTTAAAATA
1 TATATTATTAATTT-AAA-A
* *
105264 TACTAATTATATAAATT-AAT
1 TA-T-ATTAT-TAATTTAAAA
105284 TATATTATTAATTTAAAA
1 TATATTATTAATTTAAAA
105302 TATA
1 TATA
105306 CTAATTAAAT
Statistics
Matches: 34, Mismatches: 4, Indels: 10
0.71 0.08 0.21
Matches are distributed among these distances:
17 5 0.15
18 11 0.32
19 1 0.03
20 4 0.12
21 3 0.09
22 5 0.15
23 5 0.15
ACGTcount: A:0.50, C:0.02, G:0.00, T:0.48
Consensus pattern (18 bp):
TATATTATTAATTTAAAA
Found at i:105323 original size:13 final size:13
Alignment explanation
Indices: 105227--105326 Score: 55
Period size: 13 Copynumber: 7.5 Consensus size: 13
105217 ATAACATTAA
*
105227 TAATTATATAAAT
1 TAATTATATAACT
*
105240 TAATTATATTA-T
1 TAATTATATAACT
*
105252 TAATTTAAAATATAC-
1 TAA-TT-ATATA-ACT
*
105267 TAATTATATAAAT
1 TAATTATATAACT
*
105280 TAATTATATTA-T
1 TAATTATATAACT
*
105292 TAATTTAAAATATAC-
1 TAA-TT-ATATA-ACT
*
105307 TAATTAAATAACT
1 TAATTATATAACT
105320 TAATTAT
1 TAATTAT
105327 TTGGTTATTA
Statistics
Matches: 68, Mismatches: 9, Indels: 20
0.70 0.09 0.21
Matches are distributed among these distances:
12 11 0.16
13 39 0.57
14 10 0.15
15 8 0.12
ACGTcount: A:0.50, C:0.03, G:0.00, T:0.47
Consensus pattern (13 bp):
TAATTATATAACT
Found at i:106126 original size:14 final size:14
Alignment explanation
Indices: 106107--106152 Score: 58
Period size: 14 Copynumber: 3.2 Consensus size: 14
106097 TATTTTTAAC
106107 TAATTATTATAA-A
1 TAATTATTATAATA
106120 TATATTATTATAATA
1 TA-ATTATTATAATA
*
106135 TAATTATTTTATATA
1 TAATTATTATA-ATA
106150 TAA
1 TAA
106153 ATAATTATAT
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 1, Indels: 4
0.85 0.03 0.12
Matches are distributed among these distances:
13 2 0.07
14 18 0.62
15 9 0.31
ACGTcount: A:0.48, C:0.00, G:0.00, T:0.52
Consensus pattern (14 bp):
TAATTATTATAATA
Found at i:106136 original size:19 final size:18
Alignment explanation
Indices: 106109--106160 Score: 60
Period size: 17 Copynumber: 3.1 Consensus size: 18
106099 TTTTTAACTA
106109 ATTAT-TATAAATATATT
1 ATTATATATAAATATATT
106126 ATTATA-ATATAAT-TATT
1 ATTATATATA-AATATATT
106143 -TTATATATAAATA-ATT
1 ATTATATATAAATATATT
106159 AT
1 AT
106161 ATTGTTATTT
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 0, Indels: 10
0.75 0.00 0.25
Matches are distributed among these distances:
16 11 0.37
17 16 0.53
18 3 0.10
ACGTcount: A:0.48, C:0.00, G:0.00, T:0.52
Consensus pattern (18 bp):
ATTATATATAAATATATT
Found at i:106396 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 106366--106414 Score: 71
Period size: 23 Copynumber: 2.1 Consensus size: 23
106356 CTTTATTAAT
106366 TTTATTTAATTAATAAATATTTA
1 TTTATTTAATTAATAAATATTTA
* * *
106389 TTTATTTATTTAGTAATTATTTA
1 TTTATTTAATTAATAAATATTTA
106412 TTT
1 TTT
106415 TAAATAAATA
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 3, Indels: 0
0.88 0.12 0.00
Matches are distributed among these distances:
23 23 1.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.00, G:0.02, T:0.63
Consensus pattern (23 bp):
TTTATTTAATTAATAAATATTTA
Found at i:107125 original size:19 final size:20
Alignment explanation
Indices: 107103--107141 Score: 53
Period size: 19 Copynumber: 2.0 Consensus size: 20
107093 AAAAAGCAAC
* *
107103 AATTAATTAATTAT-ATTAT
1 AATTAAATAAATATAATTAT
107122 AATTAAATAAATATAATTAT
1 AATTAAATAAATATAATTAT
107142 TTATTAATCG
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 2, Indels: 1
0.85 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
19 12 0.71
20 5 0.29
ACGTcount: A:0.54, C:0.00, G:0.00, T:0.46
Consensus pattern (20 bp):
AATTAAATAAATATAATTAT
Found at i:107747 original size:182 final size:181
Alignment explanation
Indices: 107223--110985 Score: 1638
Period size: 181 Copynumber: 20.7 Consensus size: 181
107213 TTATTAATAA
** * * * * *
107223 TTATTAATATTTTGAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-TCGAACA-AA
1 TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-GAA-ATAG
* * * * * * * * *
107286 TTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACAATTATCTACTTGAAA-CGTTATGACCGTTTGTTTTA-TC
64 TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG-TTTAGTC
* * * *
107349 ATAAAACAAACT-ATTCA-TTCA-A-AA--TTATTCAGAATAAAATAATACCAAT
128 ATAAAAC-AATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAT
* ** * * * * * * * *
107398 CTATTAATATTTTGAAACTTAAT----AAGAGATTCAAAAACTAAGTCTGTTCA-AGAAAACATT
1 TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTG-AAATAGT
* *
107458 TCAAATAGTTATA-ACTATTTGAACAATTATCTATCTT-AAATCATTATGATCTTTAT-TTT-GT
65 TCAAATAGTTA-AGACTATTAGAACAATTATCTAT-TTCAAATCATTATGACCTTT-TGTTTAGT
* ** * *
107519 CATAAAACAAATGTTTCTTTTCATACAAGCTTATTCAGACTAAAATAATACTAAT
127 CATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAT
* * * * * * * *
107574 TTAATAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAATAATAAATGTGTCTGCTGAAATAAT
1 TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAA-AATAAATCTGTTTACTGAAATAGT
* * * * *
107639 TCAAATTGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTTTGACCATTTGTTTAGGCTT
65 TCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCAT
* * *
107704 AAAACAATTATTTTAGTTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAAT
130 AAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAT
* * * *
107756 TTATTAACATTTGAAAAATTAATGAGCAAGAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACA-AG
1 TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACTGAA-ATAG
* ** * *
107820 TTCAAATAGATT-TGACTATTTA-AACAATTATCTATTT-AAAGTTGTTATGACTTTTTGTTTTG
64 TTCAAATAG-TTAAGACTA-TTAGAACAATTATCTATTTCAAA-TCATTATGACCTTTTGTTTAG
* * * *
107882 TCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAACTTA-TCTGAAATAAAATAATACTACT
126 TCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTC-AAAATAAAATAATACTAAT
* * * * **
107938 TTACTAATATTTCAAAAATTAACAAGCAAGAGATTTAAAAACTAAATCTATTTACT-AGACCAGT
1 TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGA-AATAGT
* * * * *
108002 TCAAATAGTTATGACTATTTGATCAATTATCT-TTCTCAAATCATTATGATC-TTTGTTTTGTCA
65 TCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATT-TCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCA
* *** * * * *
108065 TAAAACAATTGCTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGGAGTAAAATATTGCTAAA
129 TAAAACAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAT
* * * * * * ** *
108118 CTAATAATA-TTCTAAAATTAATAAGTACGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGTTGAACTAGTT
1 TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAAATAGTT
* * *
108182 CAAATAGTTAAGACTATTATAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTTTGTTTAGTCATA
66 CAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCATA
* * * * *
108247 AAATAATTGTTTCAATTCATACATGCTTATTCGAAATAAAATAATACTATT
131 AAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAT
* * * *
108298 TTATTAATA-TTCAAAAAATTAATAAGCAAAAAATTTTAAAAAATAAATCTGTTTAC-AAAACAA
1 TTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGCAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAAA-TA
* * * * * *
108361 ATTCAAATAGTTAGGACTATTAGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTCTAATA
63 GTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTC
* * * *
108426 ATAAAACAATTGTTTCAGTTTTATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATATTAAT
128 ATAAAACAATTGTTTCAG-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAT
* *** * * ** * *
108481 TTATTAATATTTCAAAAATTAAGAAGTTGGAAATTGAAAAAATAAATCAATCTA-TAAAATCAGT
1 TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAAAT-AGT
* * * * * ** * *
108545 TCAAATAATTATGACAATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA-ATATTTGTTTTA-TT
65 TCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCT-TTTG-TTTAGTC
* * * *
108608 ATAAAACAATTGTTTTTCA--TCATATAAGCCTATTCAGAATAAACTAATACTAAT
128 ATAAAACAATTG--TTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAT
** ** * ** * * * *
108662 AAACATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATCATATAAGTCTATTCAGAATAAA-ATAAT
1 --TTATTAATATT-TC---AAA-AA---TTAATAAGCA-A-GAG---ATTTA-AA-AAATA-AAT
* * * * * *
108726 ACTAAG-TTA-T-TAATATTTCAAAAATTATTGAGTAAAAGA-T-TTA-AAAAATAAATCTGTTT
48 -CT--GTTTACTGAAATAGTTC---AA--A-T-AGT-TAAGACTATTAGAACAAT-TATCT-ATT
* * * ** * ** * * *
108785 ATCGAA-CTAGTTCA-AACAGTTTTGACTA-T-TTGAACAATTATATATTTCCA-ATCATTATAA
100 -TCAAATC-A-TT-ATGAC-CTTTTGTTTAGTCAT-AA-AACAAT-TGTTT-CAGTTCA-TACAA
* * **** * *
108845 CCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTATGT
155 GC--TT-ATTCAAAATAAAATAA-TA-CTA-AT
* * * * * *
108878 TTATACAAGCT-TATTCAGAATAAAATAATACTAATCTAATA-ATATTATGAAAATCAATAACTA
1 TTAT-TAA--TAT-TTC---A-AAAAT--TAATAAGC-AAGAGAT-TTA-AAAAAT-AA-ATCT-
** * * * * * * **
108941 AG-AGATTTAAA-AATT-AAATTTGTTTGCCAA-ACCAATT-G---AATTATCTATTTCAAGTGG
50 -GTTTACTGAAATAGTTCAAA-TAG-TT---AAGA-CTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * ** * * *
108998 TTATGACCTTTTTGTTT--TCTAGTAAAATAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTCAAAATAA
108 TTATGACC-TTTTGTTTAGTC-A-TAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAA
109061 AATAATA-TGAAT
170 AATAATACT-AAT
* * * * * *
109073 TTATTAATATTTTAAAAATCAAT----AAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTCAC-CAAACCAGT
1 TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAAA-TAGT
* * * * * * * *
109133 TCAATTAGTTATA-ACAATTTGAACAATTATTTATTTTAAATCGTTATGACCATTTGTTTTGTCA
65 TCAAATAGTTA-AGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCA
* * * * * ***
109197 TGAAACAATTTTTTCTA-TTGATACAATCTTATTCAAAATAAAGTAACGTTAAT
129 TAAAACAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAT
** * * * ** ** *
109250 TTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAATTAATAGATTTAAAAAATGAATCTATTGGCCT-AACCAA
1 TTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTT-TACTGAAATAG
* ** * * * * * * *
109313 TGCAAATAGTTTTGACTGTTTGAACAACTATCTATTTGAAATCATTACGACCTTTTATTTTGTCA
64 TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCA
* * ** *** ** *
109378 CAAAACAATTGTTTCTGTTCCCACAAGCTTATTTGGAATAACTTAATTCTAAT
129 TAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAT
* * * * * * * *
109431 TTATTAATATTCCAAATATTAATAAGTAAGACATTTAAAAACTGAA-CTTGTTTA-TCAAATAAA
1 TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATC-TGTTTACTGAAAT-AG
* * * * * **
109494 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAGCAATTACCTATTTCAAATCACTAT-AGCCTTTTGTTTTCTC
64 TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CCTTTTGTTTAGTC
* * * * *
109558 ATAAAATAATTTTTTCTA-TTTATACAAGCTTATTTC-AATTAAAATAATACAAAT
128 ATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACTAAT
* * * * * *
109612 TTATTAATA-TTCAAACAATTAATAAGTAAAAGAATTAAAAAACAAATCTATTTACTG-AATAAA
1 TTATTAATATTTCAAA-AATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAAAT-AG
* * * *
109675 TTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGA-CTCTTTGTTTTA-T
64 TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCT-TTTG-TTTAGT
* ** * * * *** * * *
109738 CATAAAACAATTATTTTTGTTTATAGAAACTTATTTGGATTAAAGTAATATTAAT
127 CATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAT
* * * * * *
109793 TTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAGATTTCAAAAATAAATATTTTTACCT--AATAAG
1 TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CTGAAAT-AG
* * * * **
109856 TTCAAATAGTCATA-ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTCATTTCA-T
64 TTCAAATAGTTA-AGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT-AGT
* * * * *
109919 CATAAAACAATTATATCAGTTCATATAGGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAAT
127 CATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAT
* * * *
109974 TTATTAATA-TTCAAAAAATTAATGAGCAAGAGATTTAAAAAATGAATCT-ATTGCTG-AATAAG
1 TTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAAAT-AG
* * * * * * * * *
110036 TTCGAATTGTTATGACTATTTGAACAATTTTCTATTTCAAATCATTATAACATTTTATTTTGTCA
64 TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCA
* ** * *
110101 TAAAATAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCCAAATAAAATAATATTAAT
129 TAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAT
* * * * *
110154 TTATTAATA-TTCTAAAA--AA-AAG-AAAAAATTTTAAAAATAAATC----TATTGAACACT--
1 TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAA-A-TAG
* * * * * *
110208 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATGTATTTCAAAT-AGCTATGATCTTTTGTTTTGTC
64 TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTAGTC
* * * * *
110272 ATAAACCAATTGTTTCTA-TTCATACAAACGTACTCAAAATAAAATAATACTAGT
128 ATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAT
* * *
110326 TTATTAATATTCCAAAGATTAAT-----A-AGATTTAAAAAATAAGTCTGTTTACT-AAGCA-AG
1 TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAA--ATAG
* * * * *
110383 TTTAAATAGTTATTATG-CTTGTTTGAACAATTATTTATTTCAAAT-AGTTATGATCTTTTGTTT
64 TTCAAATAGTTA--A-GAC-TATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTT
* * * *
110446 TGTCATAAAAAAATTGTTTCTA-TTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATATTAAT
124 AGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAT
* * * * * *
110504 TTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAGGTAGGAGATTT-AAAAATAAATTTGTTTAC-CAAACAAG
1 TTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAAA-TAG
* * * * ** *
110566 TTCAAATA-TTCATGTCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTTTA
64 TTCAAATAGTT-AAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTC
** * * * *
110630 ATAAAACAATTGTTTTTGTTCATGC-AGAATTATTCAAAACAAAAAAAATACTAAT
128 ATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAG-CTTATTCAAAA-TAAAATAATACTAAT
* * ** * * * * * *
110685 ATGTTAATATTTTGAAAATT-AT---TAAGAGATTTAAAAACTAAATTTGTTGACAGAAACAGTT
1 TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAAATAGTT
* * ** * * * * * *
110746 TAAGTAGTTTTGATTATGT-GAAGAATTATCTATCTCAAATCATTAAGATCTTTAT-TTCA-TCA
66 CAAATAGTTAAGACTAT-TAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTT-TGTTTAGTCA
** * ** * * *
110808 TAAAACAATTGTTTCTTTTCATATAAATTTATTCAGATTAAAATAATAGTAAT
129 TAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAT
* * * * * *
110861 TTAATAATA-TTCTAAAAATTTAATAAGTAAGATATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCG-AATCA
1 TTATTAATATTTC-AAAAA-TTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAAAT-A
* * * *
110924 GTTCCAAA-AGTTAAGACTATTAGAACAATTATATGTTTCAAATCGTTTTGACCTTTTGTTTA
63 GTT-CAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTA
110986 ATTCATACAA
Statistics
Matches: 2748, Mismatches: 608, Indels: 458
0.72 0.16 0.12
Matches are distributed among these distances:
170 5 0.00
171 87 0.03
172 125 0.05
173 8 0.00
174 11 0.00
175 62 0.02
176 71 0.03
177 110 0.04
178 206 0.07
179 106 0.04
180 362 0.13
181 813 0.30
182 420 0.15
183 100 0.04
184 16 0.01
186 2 0.00
187 3 0.00
188 7 0.00
189 1 0.00
191 3 0.00
192 3 0.00
193 2 0.00
194 2 0.00
195 6 0.00
196 5 0.00
197 5 0.00
198 21 0.01
199 6 0.00
200 3 0.00
201 7 0.00
202 9 0.00
203 20 0.01
204 12 0.00
205 8 0.00
206 16 0.01
207 15 0.01
208 15 0.01
209 5 0.00
210 13 0.00
211 10 0.00
212 7 0.00
213 13 0.00
214 5 0.00
215 8 0.00
216 10 0.00
217 4 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.11, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (181 bp):
TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAAATAGTT
CAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCATA
AAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAT
Found at i:108445 original size:542 final size:545
Alignment explanation
Indices: 107457--108660 Score: 1481
Period size: 542 Copynumber: 2.2 Consensus size: 545
107447 AAGAAAACAT
* * * * *
107457 TTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATCTTAAATCATTATGATCTTTATTTTGTCAT
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGATCAATTATCTTTCTCAAATCATTATGATCTTTGTTTTGTCAT
* * * ** *
107522 AAAACAAATGTTTCTTTTCATACAAGCTTATTCAGACTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTT
66 AAAACAATTGCTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGACTAAAATAATACTAAACTAATAATATTCT
* *
107587 AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAATAATAAATGTGTCTGCTGAAATAATTCAAATTGTTAAG
131 AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAATAATAAATATGTCTGCTGAAATAATTCAAATAGTTAAG
* * *
107652 ACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTTTGACCATTTGTTTAGGCTTAAAACAATTATTT
196 ACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACCATTTGTTTAGGCATAAAACAATTATTT
* * * ** *
107717 TAGTTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTGAAAAATTAATGAG
261 CAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAG
* * * ** * *
107782 CAAGAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGATTTGACTATTTAAACAA
326 CAAAAAATTTAAAAAAATAAATCTGTTTACAAAACAAATTCAAATAGATTGGACTATTTAAACAA
* ** * * ** *
107847 TTATCTATTTAAAGTTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAG-TTCATAAAA
391 TTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTCTAATAATAAAACAATTGTTTCAGTTTCATAAAA
** * * *
107911 ACTTATCTGAAATAAAATAATACTACTTTACTAATATTTCAAAAATTAACAAGCAAGAGATTTAA
456 ACTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTACTAATATTTCAAAAATTAACAAGCAAGAAATTGAA
* * * *
107976 AAACTAAATCTATTTACT-AGACCAG
521 AAAATAAATCAATCTA-TAAAACCAG
108001 TTCAAATAGTTATGACTATTTGATCAATTATCTTTCTCAAATCATTATGATCTTTGTTTTGTCAT
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGATCAATTATCTTTCTCAAATCATTATGATCTTTGTTTTGTCAT
** * * *
108066 AAAACAATTGCTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAGTAAAATATTGCTAAACTAATAATATTCT
66 AAAACAATTGCTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGACTAAAATAATACTAAACTAATAATATTCT
** * * * *
108131 -AAAATTAATAAGTACGAGATTTAAAA-AATAAATATGTTTGTTGAACTAGTTCAAATAGTTAAG
131 AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAATAATAAATATGTCTGCTGAAATAATTCAAATAGTTAAG
* * * * *
108194 ACTATTATAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTT
196 ACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACCATTTGTTTAGGCATAAAACAATTATTT
* * * *
108259 CAATTCATACATGCTTATTCGAAATAAAATAATACTATTTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAG
261 CAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAG
*
108324 CAAAAAATTTTAAAAAATAAATCTGTTTACAAAACAAATTCAAATAG-TTAGGACTA-TTAGAAC
326 CAAAAAATTTAAAAAAATAAATCTGTTTACAAAACAAATTCAAATAGATT-GGACTATTTA-AAC
*
108387 AATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTCTAATAATAAAACAATTGTTTCAGTTTTATAA
389 AATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTCTAATAATAAAACAATTGTTTCAGTTTCATAA
* * * * ***
108452 AAGCTTATCCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAGAAGTTGGAAATTG
454 AAACTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTACTAATATTTCAAAAATTAACAAGCAAGAAATTG
*
108517 AAAAAATAAATCAATCTATAAAATCAG
519 AAAAAATAAATCAATCTATAAAACCAG
* * ** * *
108544 TTCAAATAATTATGACAATTTGAAT-AATTATCTATT-TCAAATTGTTATGAATATTTGTTTTAT
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTG-ATCAATTATCT-TTCTCAAATCATTATG-ATCTTTGTTTTGT
* * * * * * *
108607 TATAAAACAATTGTTTTTCA-TCATATAAGCCTATTCAGAATAAACTAATACTAA
63 CATAAAACAATTGCTTCT-ATTCATACAAGCTTATTCAGACTAAAATAATACTAA
108661 TAAACATTTG
Statistics
Matches: 559, Mismatches: 93, Indels: 16
0.84 0.14 0.02
Matches are distributed among these distances:
541 5 0.01
542 241 0.43
543 142 0.25
544 170 0.30
545 1 0.00
ACGTcount: A:0.43, C:0.11, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (545 bp):
TTCAAATAGTTATGACTATTTGATCAATTATCTTTCTCAAATCATTATGATCTTTGTTTTGTCAT
AAAACAATTGCTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGACTAAAATAATACTAAACTAATAATATTCT
AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAATAATAAATATGTCTGCTGAAATAATTCAAATAGTTAAG
ACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACCATTTGTTTAGGCATAAAACAATTATTT
CAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAG
CAAAAAATTTAAAAAAATAAATCTGTTTACAAAACAAATTCAAATAGATTGGACTATTTAAACAA
TTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTCTAATAATAAAACAATTGTTTCAGTTTCATAAAA
ACTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTACTAATATTTCAAAAATTAACAAGCAAGAAATTGAA
AAAATAAATCAATCTATAAAACCAG
Found at i:108682 original size:70 final size:70
Alignment explanation
Indices: 108596--108730 Score: 234
Period size: 70 Copynumber: 1.9 Consensus size: 70
108586 TGTTATGAAT
* *
108596 ATTTGTTTTATTATAAAACAATTGTTTTTCATCATATAAGCCTATTCAGAATAAACTAATACTAA
1 ATTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTCATCATATAAGCCTATTCAGAATAAAATAATACTAA
108661 TAAAC
66 TAAAC
* *
108666 ATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATCATATAAGTCTATTCAGAATAAAATAATACTAA
1 ATTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTCATCATATAAGCCTATTCAGAATAAAATAATACTAA
108731 GTTATTAATA
Statistics
Matches: 61, Mismatches: 4, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
70 61 1.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.12, G:0.07, T:0.41
Consensus pattern (70 bp):
ATTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTCATCATATAAGCCTATTCAGAATAAAATAATACTAA
TAAAC
Found at i:108697 original size:18 final size:19
Alignment explanation
Indices: 108662--108697 Score: 56
Period size: 19 Copynumber: 1.9 Consensus size: 19
108652 TAATACTAAT
*
108662 AAACATTTGTTTTGTCATA
1 AAACAATTGTTTTGTCATA
108681 AAACAATTGTTTT-TCAT
1 AAACAATTGTTTTGTCAT
108698 CATATAAGTC
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 1, Indels: 1
0.89 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
18 4 0.25
19 12 0.75
ACGTcount: A:0.33, C:0.11, G:0.08, T:0.47
Consensus pattern (19 bp):
AAACAATTGTTTTGTCATA
Found at i:109286 original size:337 final size:339
Alignment explanation
Indices: 108679--109290 Score: 762
Period size: 337 Copynumber: 1.8 Consensus size: 339
108669 TGTTTTGTCA
* *
108679 TAAAACAATTGTTTTTCATCATATAAGTCTATTCAGAATAAAATAATACTAAGTTATTAATATTT
1 TAAAACAAATGTTTTTCATCATATAAGTCTATTCAAAATAAAATAATACTAAGTTATTAATATTT
* * * * * * * *
108744 CAAAAATTATTGAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACTAGTTCAAACAGTTTTG
66 CAAAAATCA-T-AGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTCACCAAACCAGTTCAAACAGTTATA
* * * *
108809 ACTATTTGAACAATTATATATTTCCAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTT
129 ACAATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTATAACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT
* * * * *
108874 ATGTTTATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTATGAAAATCAATAAC
194 ATATTGATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAACACTAATCTAATAATATTATAAAAATCAATAAC
108939 TAAGAGATTTAAAAATTAAATTTGTTTGCCAAACCAATTGAATTATCTATTTCAAGTGGTTATGA
259 TAAGAGATTTAAAAATTAAATTTGTTTGCCAAACCAATTGAATTATCTATTTCAAGTGGTTATGA
109004 CCTTTTTGTTTTCTAG
324 CCTTTTTGTTTTCTAG
* ** * * *
109020 TAAAATAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTCAAAATAAAATAATA-TGAATTTATTAATATT
1 TAAAACAAATGTTTTTCATCATATAAGTCTATTCAAAATAAAATAATACT-AAGTTATTAATATT
* * **
109084 TTAAAAATCA-A-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTCACCAAACCAGTTCAATTAGTTATAA
65 TCAAAAATCATAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTCACCAAACCAGTTCAAACAGTTATAA
* * * * * * *
109147 CAATTTGAACAATTATTTATTTTAAATCGTTATGACCATTTGTTTTGTCATGAAACAATTTTTTC
130 CAATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTATAACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTA
* * ** * * * * *
109212 TATTGATACAATCTTATTCAAAATAAAGTAACGTTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAATT
195 TATTGATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAACACTAATCTAATAATATTATAAAAATCAATAACT
*
109277 AATAGATTTAAAAA
260 AAGAGATTTAAAAA
109291 ATGAATCTAT
Statistics
Matches: 224, Mismatches: 46, Indels: 6
0.81 0.17 0.02
Matches are distributed among these distances:
337 160 0.71
338 1 0.00
340 1 0.00
341 62 0.28
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (339 bp):
TAAAACAAATGTTTTTCATCATATAAGTCTATTCAAAATAAAATAATACTAAGTTATTAATATTT
CAAAAATCATAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTCACCAAACCAGTTCAAACAGTTATAAC
AATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTATAACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTAT
ATTGATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAACACTAATCTAATAATATTATAAAAATCAATAACTA
AGAGATTTAAAAATTAAATTTGTTTGCCAAACCAATTGAATTATCTATTTCAAGTGGTTATGACC
TTTTTGTTTTCTAG
Found at i:109773 original size:362 final size:359
Alignment explanation
Indices: 109020--111222 Score: 1578
Period size: 362 Copynumber: 6.2 Consensus size: 359
109010 TGTTTTCTAG
* * * * * * * *
109020 TAAAATAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTCAAAATAAAATAATATGAATTTATTAATATT-
1 TAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTC
** * * * * ** * *
109084 TTAAA--AATCAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTCACCAAACCAGTTCAATTAGTTATA
66 CAAAATTAAT-AAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATATGTTTACCAAATAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * * *
109146 ACAATTTGAACAATTATTTATTTTAAATCGTTATGACCATTTGTTTTGTCATGAAACAATTTTTT
129 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTCTCATAAAACAATTTTTT
* * * *** *
109211 CTATTGATACAATCTTATTCAAAATAAAGTAACGTTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAT
194 CTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAG
* * ** * * * * *
109276 TAATAGATTTAAAAAATGAATCTATTGGCCTAACCAATGCAAATAGTTTTGACTGTTTGAACAAC
258 TAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATT-TACTAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
* * *
109341 TATCTATTTGAAATCATTACGAC-CTTTTATTTTGTCA
322 TATTTATTTCAAATCATTATGACTCTTTTATTTTGTCA
* ** * * **
109378 CAAAACAATTGTTTCTGTTCCCACAAGCTTATTTGGAATAACTTAAT-TCTAATTTATTAATATT
1 TAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAT-TAATTTATTAATATT
* * * * *
109442 CCAAATATTAATAAGTAAGACATTTAAAAACTGAACT-TGTTTATCAAATAAATTCAAATAGTTA
65 CCAAA-ATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAA-T-AAATATGTTTACCAAATAAGTTCAAATAGTTA
* * * *
109506 TGACTATTTGAGCAATTACCTATTTCAAATCACTAT-AGCCTTTTGTTTTCTCATAAAATAATTT
127 TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CCTTTTGTTTTCTCATAAAACAATTT
* * *
109570 TTTCTATTTATACAAGCTTATTTC-AATTAAAATAATACAAATTTATTAATATTCAAACAATTAA
191 TTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAA-AATTAA
* * * *
109634 TAAGTAAAAGAATTAAAAAACAAATCTATTTACTGAATAAATTTAAATAGTTATGACTATTTGAA
254 TAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACT-AACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAA
* *
109699 CAATTATTTATTTCAAATCATTATGACTC-TTTGTTTTATCA
318 CAATTATTTATTTCAAATCATTATGACTCTTTTATTTTGTCA
* * * * * * * * * *
109740 TAAAACAATTATTTTTGTTTATAGAAACTTATTTGGATTAAAGTAATATTAATTTATTAATATTT
1 TAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTC
* * * *
109805 CAACAATTAATAAGTAAAAGATTTCAAAAATAAATATTTTTACCTAATAAGTTCAAATAGTCATA
66 CAA-AATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATATGTTTACCAAATAAGTTCAAATAGTTATG
* * ** * *
109870 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC-TTTCATTTCATCATAAAACAATTATA
129 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTC-TCATAAAACAATTTTT
* * * *
109934 TC-AGTTCATATAGGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATG
193 TCTA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATA
* * * * * * * *
109998 AGCAAGAGATTTAAAAAATGAATCTA-TTGCTGAATAAGTTCGAATTGTTATGACTATTTGAACA
256 AGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACT-AACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* *
110062 ATT-TTCTATTTCAAATCATTATAAC-ATTTTATTTTGTCA
320 ATTATT-TATTTCAAATCATTATGACTCTTTTATTTTGTCA
* * *
110101 TAAAATAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCCAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTC
1 TAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTC
* * * * * * *
110166 TAAAA--AA-AAG-AAAAAATTTTAAAAATAAATCTATTGAAC-ACT---TTCAAATAGTTATGA
66 CAAAATTAATAAGTAAAAGA-TTTAAAAATAAATATGTTTACCAAATAAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * * *
110223 CTATTTGAACAATTATGTATTTCAAAT-AGCTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTT
130 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTCTCATAAAACAATTTTTT
* * * * *
110287 CTATTCATACAAACGTACTCAAAATAAAATAATACTAGTTTATTAATATTCCAAAGA-T--TAA-
194 CTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAG
* * * * * *
110348 T--AAGATTTAAAAAATAAGTCTGTTTACTAAGCAAGTTTAAATAGTTATTATGCTTGTTTGAAC
258 TAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAA-CAAATTCAAATAGTTATGA--C-TATTTGAAC
*
110411 AATTATTTATTTCAAAT-AGTTATGA-TCTTTTGTTTTGTCA
319 AATTATTTATTTCAAATCA-TTATGACTCTTTTATTTTGTCA
* * * *
110451 TAAAAAAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTC
1 TAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTC
* * ** * *
110516 TAAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATA-TTCATG
66 -CAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAATAAATATGTTTACCAAATAAGTTCAAATAGTT-ATG
* * * *
110580 TCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTTTAATAAAACAATTGTTT
129 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTCTCATAAAACAATT-TTT
* * * * * * * **
110645 T-TGTTCATGC-AGAATTATTCAAAACAAAAAAAATACTAATATGTTAATATTTTGAAAATT-AT
193 TCTATTCATACAAG-CTTATTCAAAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAAT
* * * * * * * * * *
110707 ---TAAGAGATTTAAAAACTAAATTTGTTGAC-AGA-AACAGTTTAAGTAGTTTTGATTATGTGA
255 AAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTA-ACAA-A-TTCAAATAGTTATGACTATTTGA
* * * * **
110767 AGAATTATCTATCTCAAATCATTAAGA-TC-TTTATTTCATCA
317 ACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACTCTTTTATTTTGTCA
* * ** * * *
110808 TAAAACAATTGTTTCTTTTCATATAAATTTATTC-AGATTAAAATAATAGTAATTTAATAATATT
1 TAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATATTAATTTATTAATATT
* * * * * * *
110872 CTAAAAATTTAATAAGTAAGATATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCGAATCAGTTCCAAA-AGTT
65 C-CAAAA-TTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATATGTTTACCAAATAAGTT-CAAATAGTT
* * * * * *
110936 AAGACTATTAGAACAATTATATGTTTCAAATCGTTTTGACCTTTTG---T-T--T------A---
126 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTCTCATAAAACAATTT
* * * *
110986 -----ATTCATACAAGCTTATTCATAATAAAGTAATACTAATTTATTAACATTAAAAAATTTAAT
191 TTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAA-TTAAT
* * * * * * *
111046 GAGCAAGAGATTT-AAAAA-AAATCTATTTATCGAACAAGTTTAAATAGATT-TGACTAGTTGAA
255 AAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-CTAACAAATTCAAATAG-TTATGACTATTTGAA
* * *
111108 CAATTATTTATTT-AAAGTCGTTA-GAC-CTTTTGTTTTGACA
318 CAATTATTTATTTCAAA-TCATTATGACTCTTTTATTTTGTCA
* * * * * * * *
111148 TAAAACAATTGTTTCAGTTAATAAAAACTTATCCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTT
1 TAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATA-TT
*
111213 CAAAAATTAA
65 CCAAAATTAA
111223 AAAGCAAGTT
Statistics
Matches: 1473, Mismatches: 292, Indels: 179
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
337 6 0.00
338 20 0.01
339 27 0.02
340 105 0.07
341 12 0.01
342 12 0.01
346 19 0.01
347 19 0.01
349 4 0.00
350 99 0.07
351 7 0.00
352 103 0.07
353 11 0.01
354 20 0.01
355 7 0.00
356 22 0.01
357 81 0.05
358 169 0.11
359 94 0.06
360 15 0.01
361 182 0.12
362 421 0.29
363 18 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (359 bp):
TAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTC
CAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAATAAATATGTTTACCAAATAAGTTCAAATAGTTATGAC
TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTCTCATAAAACAATTTTTTCT
ATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAA
AAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATT
TATTTCAAATCATTATGACTCTTTTATTTTGTCA
Found at i:112573 original size:363 final size:360
Alignment explanation
Indices: 111400--115051 Score: 1228
Period size: 363 Copynumber: 10.2 Consensus size: 360
111390 GCCGAACCAG
* * * * * *
111400 TTCAAATAGTTGAGACGATTAGAATAATT-TTTAATTTCAAAT-CGTTTTGACCTTTTGTTTAGT
1 TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCT-ATTTAAAATAC-TTATGACCTTTTGTTTAGT
** * * * * * *
111463 CATGTAATAATTGTTTCAATTCATACAAGCCTATTCAAAATAAATTAAAACTAATTTAATAATAT
64 CATAAAACAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAACACTAATTTAATAACAT
* * * * ** * * * *
111528 TT-GAAAAATTAATAAGCAAGA-GATTTGAAAAAATAGCT-TAGTTGATTGAACAAGCTCAAATA
129 TTCG-AAAATTAATAACCAA-ATAAATTAAAAAAATAAATCTA-TTTACTAAACAAGTTCAAATA
* * * * * ** * * *
111590 GTTATGACTATTTGAACAATTATCAATTTAAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCAT-AAACAA
191 ATGAAGACTATATGAATAATTATTTATTCAAAATCATTATGACCTTTTCTTTTGACATAAAACAA
* * * * * * * * *
111654 TTATTTTAGTTCCTAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTACTGTATTAATATTTCAAAAGTT
256 TTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATAATTCAAAAATG
* * ** *
111719 AATAAG--AGA-TTTAAAAAATAAATTAGTTTATCGTATC-AA
321 AATAAGCAAGAGCTT--AAAATAAATTTGTTTA-CCAAACAAA
* * * * * * * ** * * **
111758 TTTAAATAATTATGGCCATTTA-AACAACTATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTATTTTCTC
1 TTCAAATAGTTAAGACTA-TTAGAACAATTATCTATTTAAAATACTTATGACCTTTTGTTTAGTC
* * * * * *
111822 ATAAAACAATTGTTTTTCAA-T-ATAGAAGATTATTCGAAATAAAATAACACTAATTTACTAATA
65 ATAAAACAA-T-TATTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAACACTAATTTAATAACA
* * * *
111885 TTTC-AAGAATTAATAA-GAGAT---TT-AAAAAGTAAATCTATTTACCAAACCAA-TTCAAATA
128 TTTCGAA-AATTAATAACCAAATAAATTAAAAAAATAAATCTATTTACTAAA-CAAGTTCAAATA
* * * * * * * * * * *
111943 GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC-ATAT-GTTATAACC-TTT-TGTT--C-TAAGACA
191 ATGAAGACTATATGAATAATTATTTA-TTCAAAATCATTATGACCTTTTCTTTTGACATAAAACA
* ** * **** * * *
112001 ATTTTTTTTGTTCATATAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAGTAATATTTTAGAAAA
255 ATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATAATTCA-AAAA
* * * * * *
112066 TTAATCAA-TAAGAGATTTAAAAAGTAAATATGTTT-CCAAAACCAT
319 TGAAT-AAGCAAGAG-CTT-AAAA-TAAATTTGTTTACC-AAACAAA
** * * * * ** * * * *
112111 TTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATAACTTTTTATTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTAAAATACTTATGACCTTTTGTTTAGTCA
* ** * * * ** * *
112176 TCAAACAATTGGTCCTATTCATACTA-CTTTATTCAAAATAAAATAACGTTGATTTAATAATATT
66 TAAAACAATTATTTCAATTCATACAAGC-TTATTCAAAATAAAATAACACTAATTTAATAACATT
* * * *
112240 TCGAAACTTAATAACCAAGA-AAATTAAAAAAATAAATCTAATTGT-C-AAACCAGTTTAAATAG
130 TCGAAAATTAATAACCAA-ATAAATTAAAAAAATAAATCT-ATT-TACTAAACAAGTTCAAATAA
* * * * * * *
112302 TTAAGACTATATGAATGATTATTTGTTCCAAATCGTTATGACCTTTTTCTTTTGTCGTAAAACAA
192 TGAAGACTATATGAATAATTATTTATTCAAAATCATTATGACC-TTTTCTTTTGACATAAAACAA
* * ** * * *
112367 TTGTTTCA-TTCATACAAGCTTATTCTTATTAAAATAATGCTAATTTAATAATATTTCAAAAATG
256 TTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATAATTCAAAAATG
* * ** * *
112431 AATAAGTAAGAGATTTAAAACATAAATTTGTTTATTGAATC-AG
321 AATAAGCAAGAG-CTT-AAA-ATAAATTTGTTTA-CCAAACAAA
* ** * * *
112474 TTCCAATTTTTAAGATTATTAGAACAGTTATCTATTTGAAATCACTT-TGACCTTTTGTTTAGTC
1 TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTAAAAT-ACTTATGACCTTTTGTTTAGTC
* * * *
112538 ATAAAACAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAATTAATACTAATTTATTAACATT
65 ATAAAACAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAACACTAATTTAATAACATT
* ** * * * * * *
112603 TGGAAAATTAATAAGGAAATGATTTGAAAAAGTAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAATGA
130 TCGAAAATTAATAACCAAATAAATTAAAAAAATAAATCTATTTACTAAACAAGTTCAAATAATGA
* * * *
112668 TGACTATTTGAATAATTATTTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGACATAAAACAATTGT
195 AGACTATATGAATAATTATTTATTCAAAATCATTATGACCTTTTCTTTTGACATAAAACAATTGT
** *
112733 TTCAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTCTTAATAATTCAAAAATTAATA
260 TTCAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATAATTCAAAAATGAATA
112798 AGCAAGAGCTTAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAA
325 AGCAAGAGCTTAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAA
* * * ** * *
112834 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTTA
1 TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTAAAATACTTATGACCTTTTGTTTAGTCA
* * * * *
112899 TAAAACAATTGTTTGAATTCATACAAGCTTAGTCAAAATAAAATAATACTAATTT-ATTACTATT
66 TAAAACAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAACACTAATTTAATAAC-ATT
* * * ** * * * * **
112963 TC-AAAA--AATTAA-TAAGT-GATTTCAAAAGTGAATCTGTTTA-TCGAATTAGTTCAAATAAT
130 TCGAAAATTAA-TAACCAAATAAATTAAAAAAATAAATCTATTTACT-AAACAAGTTCAAATAAT
* * * * * * * * * * * * *
113022 TATGGCCATTTTAACAATTATTTATTTC-AAATCGTTATAACCTTTTGTTTGGTCATATAACAAT
193 GAAGACTATATGAATAATTATTTA-TTCAAAATCATTATGACCTTTTCTTTTGACATAAAACAAT
* * * * * * **
113086 TGATTT--TTATCATATATG-TCTATTCAAAATAAAATAATAGTAATTTATTAATCTTTCAAAAA
257 TG-TTTCAGT-TCATAAAAGCT-TATCCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATAATTCAAAAA
* * * * *
113148 TTAATAAGTAAGAGATTTAAAA-AAATCTT-TTTACCAAACTAG
319 TGAATAAGCAAGAG-CTTAAAATAAAT-TTGTTTACCAAACAAA
* * * * * * * *
113190 TTTAAATATTTATGACTATTTGAACAATTATATACTTCAAAT-CGTTATGACCTTTTGTTT-TTC
1 TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTAAAATAC-TTATGACCTTTTGTTTAGTC
* * * * *
113253 TATAAAACAATTATTT-ATGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATATAAAAATA
65 -ATAAAACAATTATTTCA-ATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAACACTAATTTAATAACA
* * * * * * * * * * * * * *
113317 TTCCTAAAATTAA-AAGCTAAGAGATTTAAAATATAAATTTATTTGCCACACTAGTTCAAATAGT
128 TTTCGAAAATTAATAACCAAATAAATTAAAAAAATAAATCTATTTACTAAACAAGTTCAAATAAT
* * * * * * *
113381 TAAGACCATATAAACAATTATCTATTTC-AAATC---AT----TTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
193 GAAGACTATATGAATAATTATTTA-TTCAAAATCATTATGACCTTTTCTTTTGACATAAAACAAT
* * * ** **** * * * * *
113438 TTTTTTAATTCATACTAGCTTATTTGGAATAAAATAAAATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTA
257 TGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATAATTCAAAAATGA
* * * * * * *
113503 ATATGTAAAAGATTTAAAAAATAATTTTGTTTACCTAACCAA
322 ATAAGCAAGAG-CTT--AAAATAAATTTGTTTACCAAACAAA
* * * * * *
113545 TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTACCTATTTCAAAT-CGTTATGACTTTTTGTTTTA-T
1 TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTAAAATAC-TTATGACCTTTTG-TTTAGT
* * *** * * * * * * * *
113608 CATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTCAAAATAAAATAATATTAATCTATTAATAT
64 CATAAAACAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAACACTAATTTAATAACAT
* * * ** ** * *
113673 TTCAAAAATTAATAA-TAGAT---TTTTAAAAATAAATCTATTTTTTAAACCAGTTTAAA-AAGT
129 TTCGAAAATTAATAACCAAATAAATTAAAAAAATAAATCTATTTACTAAACAAGTTCAAATAA--
* * ** * ** * *
113733 TG-TGACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATTC-TTATGATTTTTTGTTCTATTAC--AAAAC
192 TGAAGACTATATGAATAATTATTTA-TTCAAAATCATTATGACCTTTTCTT-T-TGACATAAAAC
** * * * * * * * * ** *
113794 AA-TAATGCTGCTCATAAAAGCTTGTTCAAATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGATAA
254 AATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATAATTCAAAAA
* * ** * * *
113858 TTAATAAGCAAAAAATTTTAAAAATAAATATGTTTA-TAAAAAAA
319 TGAATAAGC--AAGAGCTT-AAAATAAATTTGTTTACCAAACAAA
* * * * * * * * * * *
113902 ATCAAATAGTCATGACTATTTGAATAAGTATTTATTTTAAAT-CATTATGACATTTTATTTTGTC
1 TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTAAAATAC-TTATGACCTTTTGTTTAGTC
* * * ** ** * ** * * *
113966 ATAGAA-AATTATTTTAGTTTGTATTAGCTTGTTCAAAATAAAATATTACTAAGTTATTAATA-T
65 ATAAAACAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAACACTAATTTAATAACATT
* ** * * * * * * ** * *
114029 TCTGAAAATTAACAA-TTAAGAGATTTAAAAAATGAATATGTTTACCGAACAAGTTTAAATAATT
130 TC-GAAAATTAATAACCAAATAAATTAAAAAAATAAATCTATTTACTAAACAAGTTCAAATAATG
* * * * ** * * * * * * *
114093 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTGAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCACCAAAAGATTT
194 AAGACTATATGAATAATTATTTATTCAAAATCATTATGACCTTTTCTTTTGACA-TAAAACAATT
* * **** ** *
114158 TTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTTTAATAAAATAATAC-AATTTTTTAAT-ACT-AAGACAAT
258 GTTTC-AGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATAATTCAA-A-AAT
* * * * * *
114219 TAATAGGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAG
320 GAATAAGCAAGAG-CTT--AAAATAAATTTGTTTACCAAACAAA
** * * * ** * *
114263 TTCAAATCTTTATGACTAATT-GAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA-CTTTCTATTTTGT
1 TTCAAATAGTTAAGACT-ATTAGAACAATTATCTATTTAAAATACTTATGACCTTT-TGTTTAGT
* * * *** * * * *
114326 CATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATATTAATTT-ATAAATA
64 CATAAAACAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAACACTAATTTAAT-AACA
* ** * * * * * **
114390 TTTC-AACAAATAATAAGTAAA-ATATTTAAAAGATAAATATGTTTACCGAACAAGTTCAAATAA
128 TTTCGAA-AATTAATAACCAAATAAATTAAAAAAATAAATCTATTTACTAAACAAGTTCAAATAA
**** * * * * * * *
114453 TCTTTACTATTTGAATAATTATCTATTTC-AAATCATTGTGACCATTTGTTTTGTAAAAAAAACA
192 TGAAGACTATATGAATAATTATTTA-TTCAAAATCATTATGACCTTTTCTTTTG-ACATAAAACA
* *** * *
114517 ATTGTTTCAGTTCATATAAA-ATTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-ATTCTAGAA
255 ATTGTTTCAGTTCATA-AAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATAATTC-AAAA
* * * * * * **
114580 ATTAATGAGTAAGGGAAGCTAAAAATTAATCTGTTTACCAAACATG
318 ATGAATAAGCAA--G-AGCTTAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAA
* * * **
114626 TTCAAATAGTTATGACCATCT-GAACAATTATCTATTTCAAA-ACATTATGACCTTTTGTTTTCT
1 TTCAAATAGTTAAGACTAT-TAGAACAATTATCTATTTAAAATAC-TTATGACCTTTTGTTTAGT
** ** * * *
114689 CATAAAACAATTGGTTCTGTTCA-AGCAAACTTATTTC-AAATAAAATAATA-TAAATTTATTAA
64 CATAAAACAATTATTTCAATTCATA-CAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAACACT-AATTTAATAA
* ** *** * *
114751 TATTTAAAAAAATTAA-AAATTAA-AAATTAAAAAAATAAATATATTTTA-TGAACACA-TTCAA
126 CATTT-CGAAAATTAATAACCAAATAAATTAAAAAAATAAATCTA-TTTACTAAACA-AGTTCAA
* * * * * * * * *
114812 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC-AAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAA
188 ATAATGAAGACTATATGAATAATTATTTA-TTCAAAATCATTATGACCTTTTCTTTTGACATAAA
* ** * *
114876 CCAATTGTTTCTA-TTCATAAAAGCTTATTTAGAATAAAAATAATACTAATTTATTAA-AATTCC
252 ACAATTGTTTC-AGTTCATAAAAGCTTATCCAAAAT-AAAATAATACTAATTTAATAATAATT-C
* * * * * * * ** *
114939 AAAAATTAATAGGTAAAAGATTTAAAAAAAGTAAATTTGTTTATCGAGTAAG
314 AAAAATGAATAAGCAAGAG-CTT---AAAA-TAAATTTGTTTACCAAACAAA
* * * * * *
114991 TTCAAATAGTTATGACTCTTTGAACAATTATTTATTTCAAAT-CGTTATGGCCTTTTGTTTA
1 TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTAAAATAC-TTATGACCTTTTGTTTA
115052 TTAATTTTTG
Statistics
Matches: 2569, Mismatches: 568, Indels: 307
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
347 1 0.00
348 53 0.02
349 8 0.00
350 5 0.00
351 15 0.01
352 144 0.06
353 170 0.07
354 18 0.01
355 139 0.05
356 333 0.13
357 95 0.04
358 221 0.09
359 170 0.07
360 177 0.07
361 101 0.04
362 232 0.09
363 529 0.21
364 74 0.03
365 82 0.03
366 2 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (360 bp):
TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTAAAATACTTATGACCTTTTGTTTAGTCA
TAAAACAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAACACTAATTTAATAACATTT
CGAAAATTAATAACCAAATAAATTAAAAAAATAAATCTATTTACTAAACAAGTTCAAATAATGAA
GACTATATGAATAATTATTTATTCAAAATCATTATGACCTTTTCTTTTGACATAAAACAATTGTT
TCAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATAATTCAAAAATGAATAA
GCAAGAGCTTAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAA
Found at i:112751 original size:182 final size:180
Alignment explanation
Indices: 111229--115657 Score: 3001
Period size: 181 Copynumber: 24.7 Consensus size: 180
111219 TTAAAAAGCA
* * * * * * *
111229 AGTTATGACTATTTGAACAAATATCAATCTCAAATCATTATGATC-TTTGCTTTCTCATAAAACA
1 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA
* * * * *
111293 ATTGTTTCTA-ATCATACAAGCTTATTCAG-ATAAAAATAATACTAATTAAATAATATTCCAAGA
66 ATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTCAGAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAA
* * * * * *
111356 ATTAGTAAG---AGATTTAAAAAAAATAAATGTATTTGCCGAACCAGTTCAAAT
129 ATTAATAAGTAAAGATTT--AAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAAT
* * * * * * **
111407 AGTTGA-GACGATTAGAATAATT-TTTAATTTCAAATCGTTTTGACCTTTTGTTTAGTCATGTAA
1 AGTT-ATGACTATTTGAACAATTATCT-ATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
* * * * * * * *
111470 TAATTGTTTCAATTCATACAAGCCTATTCAAAATAAATTAAAACTAATTTAATAATATTTGAAAA
64 CAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAA
* ** * * *
111535 ATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAAATAGCT-TAGTTGATTGAACAAGCTCAAAT
129 ATTAATAAGTAA-AGATTT-AAAAAATAAATAT-GTTTACTGAACAAGTTCAAAT
* * * *
111589 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCAATTTAAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCAT-AAACA
1 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA
* * * * * * * * *
111653 ATTATTTTAGTTCCTAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTACTGTATTAATATTTCAAAAGT
66 ATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAT
* *
111718 TAATAAG---AGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTA-TCGTATCAA-TTTAAAT
131 TAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATAT-GTTTACT-G-AACAAGTTCAAAT
* * * * * * * * *
111765 AATTATGGCCATTTAAACAACTATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTATTTTCTCATAAAACA
1 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA
* * * * * *
111830 ATTGTTTTTCA-AT-ATAGAAGATTATTC-GAAATAAAATAACACTAATTTACTAATATTTCAAG
66 ATTG--TTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA
* * * **
111892 AATTAATAAG---AGATTTAAAAAGTAAATCTATTTACCAAACCAA-TTCAAAT
128 AATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAA-CAAGTTCAAAT
* * *
111942 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCATAT-GTTATAACCTTTTG---T-TC-TAAGACA
1 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA
* ** * ** * *
112001 ATTTTTTTTGTTCATATAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAGTAATATTTTAGAAAA
66 ATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAA
* * ** * *
112066 TTAATCAA-TAAGAGATTTAAAAAGTAAATATGTTTCCAAAACCATTTCAAAT
130 TTAAT-AAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAAT
* * * * * * * *
112118 AGTTTTGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATAACTTTTTATTTTGTCATCAAACA
1 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA
* * * * *** * * *
112183 ATTGGTCCTA-TTCATACTA-CTTTATTCAAAATAAAATAACGTTGATTTAATAATATTTCGAAA
66 ATTGTTTC-AGTTCATACAAGC-TTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAA
* ** * * * * * * *
112246 CTTAATAACCAAGAAAATTAAAAAAATAAATCTAATTGT-C-AAACCAGTTTAAAT
129 ATTAATAA-GTA-AAGATTTAAAAAATAAATAT-GTT-TACTGAACAAGTTCAAAT
* * ** * * * * *
112300 AGTTAAGACTATATGAATGATTATTTGTTCCAAATCGTTATGACCTTTTTCTTTTGTCGTAAAAC
1 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC-TTTTGTTTTGTCATAAAAC
** * * *
112365 AATTGTTTCA-TTCATACAAGCTTATTCTTATTAAAATAATGCTAATTTAATAATATTTCAAAAA
65 AATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA
* * * * *
112429 TGAATAAGTAAGAGATTTAAAACATAAATTTGTTTATTGAATC-AGTTCCAAT
130 TTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAA-CAAGTTCAAAT
** * * * * * * *
112481 TTTTAAGATTATTAGAACAGTTATCTATTTGAAATCACTT-TGACCTTTTGTTTAGTCATAAAAC
1 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC-GTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC
* * * * **
112545 AATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAATTAATACTAATTTATTAACATTTGGAAAA
65 AATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA
* * *
112610 TTAATAAGGAAATGATTTGAAAAAGTAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAAT
130 TTAATAAGTAAA-GATTT-AAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAAT
* * * * * * *
112663 AATGATGACTATTTGAATAATTATTTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGACATAAAACA
1 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA
* * * * *
112728 ATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTCTTAATAATTCAAAAAT
66 ATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAT
* * * ** *
112793 TAATAAG-CAAGAGCTT--AAAATAAATTTGTTTACCAAACAAATTCAAAT
131 TAATAAGTAAAGA-TTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAAT
* * * *
112841 AGTTATGACTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAACA
1 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA
* * * * *
112906 ATTGTTTGAATTCATACAAGCTTAGTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTACTATTTCAAAAAA
66 ATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAA
* * * * **
112971 TTAATAAGT---GATTTCAAAAGTGAATCTGTTTA-TCGAATTAGTTCAAAT
130 TTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACT-GAACAAGTTCAAAT
* * * * * * * *
113019 AATTATGGCCATTTTAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTGGTCATATAACA
1 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA
* * * * * *
113084 ATTGATTT--TTATCATATATG-TCTATTCAAAATAAAATAATAGTAATTTATTAATCTTTCAAA
66 ATTG-TTTCAGT-TCATACAAGCT-TATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA
* * ** * *
113146 AATTAATAAGTAAGAGATTT--AAAA-AAATCTTTTTACCAAACTAGTTTAAAT
128 AATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAAT
* * *
113197 ATTTATGACTATTTGAACAATTATATACTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTT-TCTATAAAAC
1 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTC-ATAAAAC
* * * ** * *
113261 AATTATTT-ATGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATATAAAAATATTCCTAAA
65 AATTGTTTCA-GTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAA
* * * * * *
113325 ATTAA-AAGCTAAGAGATTTAAAATATAAATTTATTTGC-CACACTAGTTCAAAT
129 ATTAATAAG-TAA-AGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGA-ACAAGTTCAAAT
* * * *
113378 AGTTAAGACCATATAAACAATTATCTATTTCAAATC---AT----TTTTGTTTTGTCATAAAACA
1 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA
* * * * ** * *
113436 ATTTTTTTAATTCATACTAGCTTATTTGGAATAAAATAAAATTAATTTATTAATATTTCAAAAAT
66 ATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAT
* * *
113501 TAATATGTAAAAGATTTAAAAAATAATTTTGTTTACCT-AACCAA-TTCAAAT
131 TAATAAGT-AAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA-CTGAA-CAAGTTCAAAT
* * * *
113552 AATTATGACTATTTGAACAATTACCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTATCATAAAACA
1 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA
* ** * * * * * *
113617 AATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTCAAAATAAAATAATATTAATCTATTAATATTTCAAAAAT
66 ATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAT
* * * ** * * * *
113682 TAATAA-T--AGATTTTTAAAAATAAATCTATTTTTTAAACCAGTTTAAAA
131 TAATAAGTAAAGA-TTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAAT
* * * ** * * * *
113730 AGTTGTGACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATTC-TTATGATTTTTTGTTCTATTACAAAAC
1 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC
** * * * * * ** *
113794 AA-TAATGCTGCTCATAAAAGCTTGTTCA-AATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGATA
65 AATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAA
* * * * * **
113857 ATTAATAAGCAAAAAATTTTAAAAATAAATATGTTTA-TAAAAAAAATCAAAT
129 ATTAATAAG-TAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAAT
* * * * * * * * *
113909 AGTCATGACTATTTGAATAAGTATTTATTTTAAATCATTATGACATTTTATTTTGTCATAGAA-A
1 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA
* * ** ** * * * * *
113973 ATTATTTTAGTTTGTATTAGCTTGTTCAAAATAAAATATTACTAAGTTATTAATA-TTCTGAAAA
66 ATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAA
* * * * *
114037 TTAACAATTAAGAGATTTAAAAAATGAATATGTTTACCGAACAAGTTTAAAT
130 TTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAAT
* * * * *
114089 AATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTGAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCACCAAAAG
1 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA-TAAAAC
* * *** * *
114154 ATTTTTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTTTAATAAAATAATAC-AATTTTTTAATA-CT-AAGA
65 AATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA-A
* * **
114215 CAATTAATAGGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAAT
128 -AATTAATAAGT-AAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAAT
** * * * * *
114270 CTTTATGACTAATTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA-CTTTCTATTTTGTCATAAAAT
1 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTT-TGTTTTGTCATAAAAC
** * * *
114334 AATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATATTAATTTATAAATATTTCAACA
65 AATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA-A
* * *
114398 AA-TAATAAGTAAAATATTTAAAAGATAAATATGTTTACCGAACAAGTTCAAAT
128 AATTAATAAGT-AAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAAT
* * * * * * * *
114451 AATCT-TTACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTGTGACCATTTGTTTTGTAAAAAAAA
1 AGT-TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT-CATAAAA
* ** * *
114515 CAATTGTTTCAGTTCATATAAAATTATT-TGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAG
64 CAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AA
* * ** * * ** *
114578 AAATTAATGAGTAAGGGAAGCT-AAAAATTAATCTGTTTACCAAACATGTTCAAAT
127 AAATTAATAAGTAA-AG-ATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAAT
* * * * *
114633 AGTTATGACCATCTGAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGACCTTTTGTTTTCTCATAAAACA
1 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA
* * * *
114698 ATTGGTTCTGTTCA-AGCAAACTTATTTCA-AATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTAAAA
66 ATTGTTTCAGTTCATA-CAAGCTTA-TTCAGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTT-CAA
* * * * *
114760 AAATTAAAAATTAAAAATTAAAAAAATAAATATATTTTA-TGAACACA-TTCAAAT
127 AAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATAT-GTTTACTGAACA-AGTTCAAAT
* * *
114814 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAACCA
1 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA
* * * *
114879 ATTGTTTCTA-TTCATAAAAGCTTATTTAGAATAAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCCAAAA
66 ATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTCAGAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAA
* * **
114943 ATTAATAGGTAAAAGATTTAAAAAAAGTAAATTTGTTTA-TCGAGTAAGTTCAAAT
129 ATTAATAAGT-AAAGATTT-AAAAAA-TAAATATGTTTACT-GAACAAGTTCAAAT
* * * * ****
114998 AGTTATGACTCTTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGGCCTTTTGTTTAT-TAATTTTTG
1 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTT-TGTCA-TAAAA
* ** ** * * * * *
115062 CTTATTCG-AACAAAT-ATTAATAAGTTTGTTCATAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTC
64 C-AATT-GTTTCAGTTCA-T-ACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC
* * * *
115125 AAAAATTAATAA-T--AGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTATCAGACCAA-TTCAAAA
125 AAAAATTAATAAGTAAAGATTT-AAAAAATAAATATGTTTA-CTGAACAAGTTCAAAT
* * * * * * *
115179 AGTTGTGACTATTT-AAGCAATTATTTATTTCAAATTC-TTATGACTTTTTGTTCTATTACAAAA
1 AGTTATGACTATTTGAA-CAATTATCTATTTCAAA-TCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
** ** * * * * **
115242 CAATAATTTTTGCTCATAAAAGCTTATTTAGATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAA
64 CAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAA
* * * * ** *
115307 ATTAACAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTCA-TCAAACAAAATCAGAT
129 ATTAATAAGT-AAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACT-GAACAAGTTCAAAT
* * * * * * * *
115360 AGTCATGACTATTTGAATAAGTATTTATTTCAAATTGTTATGTCCTTTTATTGTGTCATAAAA-A
1 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA
* * ** * * * * *
115424 ATTATTTTAGTTCATATTAGCTTGTTC-GAAATAAAATATTATTAAGTTATTAATA-TTCTGAAA
66 ATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAA
* * * *
115487 ATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAATATGTTT-GTCGAACAAGTTTAAAT
129 ATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATATGTTTACT-GAACAAGTTCAAAT
* * * ** * *
115540 AATTATGATTATTTGAACAATTATCTATTT-GAATCACTATAACCTTTTGTTTTGTCACCAAAA-
1 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA-TAAAAC
* *
115603 GATTTTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTCA-AATAAAATAATAC-AATTTATTAATA
65 AATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTA-TTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
115658 CTAAGACAAT
Statistics
Matches: 3341, Mismatches: 733, Indels: 353
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
169 3 0.00
170 1 0.00
171 48 0.01
172 11 0.00
173 3 0.00
174 129 0.04
175 14 0.00
176 149 0.04
177 224 0.07
178 553 0.17
179 265 0.08
180 322 0.10
181 827 0.25
182 611 0.18
183 54 0.02
184 67 0.02
185 6 0.00
186 41 0.01
187 13 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (180 bp):
AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA
ATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAT
TAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAAT
Found at i:113147 original size:356 final size:357
Alignment explanation
Indices: 111231--121912 Score: 4196
Period size: 360 Copynumber: 29.5 Consensus size: 357
111221 AAAAAGCAAG
* * * * * * *
111231 TTATGACTATTTGAACAAATATCAATCTCAAATCATTATGATC-TTTGCTTTCTCATAAAACAAT
1 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCAT-AAACAAT
* * * * * * * * *
111295 TGTTTCTAATCATACAAGCTTA-TTCAGATAAAAATAATACTAATTAAATAATATTCCAAGAA-T
65 TGTTTTTATTCATAAAAGCTTATTTAAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT
* * * * * * *
111358 --T-AGTAAGAGATTTAAAAAAAATAAATGTATTTGCCGAACCAGTTCAAATAGTTGA-GACGAT
129 AATAAGTAAAAGATTT---AAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTT-ATGACTAT
* * * * * ** *
111419 TAGAATAATT-TTTAATTTCAAATCGTTTTGACCTTTTGTTTAGTCATGTAATAATTGTTTCAAT
190 TTGAACAATTATCT-ATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAAT
* * * * *
111483 TCATACAAGCCTATTCAAAATAAATTAAAACTAATTTAATAATATTT-GAAAAATTAATAAGCAA
254 TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAATTAAT----AA
* ** * * * *
111547 GAGATTTGAAAAAATAGCT-TAGTTGATTGAACAAGCTCAAATAG
315 GTGATTT-AAAAAATAAATAT-GTTTATCGAACAAGTTCAAATAA
* * * *
111591 TTATGACTATTTGAACAATTATCAATTTAAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAACAATT
1 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAACAATT
* * ** * * *
111656 -ATTTTAGTTCCTAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTACTGTATTAATATTTCAAAAGTTA
66 GTTTTTA-TTCATAAAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTA
* ** * * * * * *
111720 ATAAG----AGATTTAAAAAATAAATTAGTTTATCGTATCAA-TTTAAATAATTATGGCCATTTA
130 ATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATTTGTTTA-CCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * * *
111780 AACAACTATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTATTTTCTCATAAAACAATTGTTTTTCAA-T-
193 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG--TTTCAATTC
* * * * * * *
111843 ATAGAAGATTATTCGAAATAAAATAACACTAATTTACTAATATTTC-AAGAATTAATAAGAGATT
256 ATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAATTAATAAGTGATT
* * * * * *
111907 TAAAAAGTAAATCTATTTACCAAACCAA-TTCAAATAG
321 TAAAAAATAAATATGTTTATCGAA-CAAGTTCAAATAA
* *
111944 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCATAT-GTTATAACCTTTTG---T-TC-TAAGACAAT
1 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAA-ACAAT
* * * ** * *
112003 TTTTTTTGTTCATATAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAGTAATATTTTAGAAAATT
65 TGTTTTTATTCATAAAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATT
* * * * *
112068 AATCAA-TAAGAGATTTAAAAAGTAAATATGTTT-CCAAAACCATTTCAAATAGTTTTGACTATT
129 AAT-AAGTAAAAGATTTAAAAA-TAAATTTGTTTACC-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATT
* * * * * * * * * *
112131 TGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATAACTTTTTATTTTGTCATCAAACAATTGGTCCTATTC
191 TGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTC
* *** * * * *
112196 ATACTA-CTTTATTCAAAATAAAATAACGTTGATTTAATAATATTTCGAAACTTAA-TAACCAAG
256 ATACAAGC-TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAA--AAATTAA-TAAG
** * * ** * * * * *
112259 AAAATTAAAAAAATAAATCTAATTGTCAAACCAGTTTAAATAG
316 -TGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAA
* * ** * * * * * * *
112302 TTAAGACTATATGAATGATTATTTGTTCCAAATCGTTATGACCTTTTTCTTTTGTCGTAAAACAA
1 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACC-TTTTGTTTTGTCAT-AAACAA
* * * * * *
112367 TTG-TTTCATTCATACAAGCTTATTCT-TATTAAAATAATGCTAATTTAATAATATTTCAAAAAT
64 TTGTTTTTATTCATAAAAGCTTATT-TAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAT
* * ** * * ** * *
112430 GAATAAGTAAGAGATTTAAAACATAAATTTGTTTATTGAATC-AGTTCCAATTTTTAAGATTATT
128 TAATAAGTAAAAGATTTAAAA-ATAAATTTGTTTA-CCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATT
* * * * * *
112494 AGAACAGTTATCTATTTGAAATCACTT-TGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCAATT
191 TGAACAATTATCTATTTCAAATC-GTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATT
* * * **
112558 CATACAAGCTTATTCAGAATAAATTAATACTAATTTATTAACATTT-GGAAAATTAATAAGGAAA
255 CATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAATTAATAA-G---
* *
112622 TGATTTGAAAAAGTAAATCTGTTTA-CTGAACAAGTTCAAATAA
316 TGATTT-AAAAAATAAATATGTTTATC-GAACAAGTTCAAATAA
* * * * * *
112665 TGATGACTATTTGAATAATTATTTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGACATAAAACAAT
1 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCAT-AAACAAT
* ** * *
112730 TG-TTTCAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTCTTAATAATTCAAAAATT
65 TGTTTTTA-TTCATAAAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT
* * * *
112794 AATAAGCAAGAG-CTT-AAAATAAATTTGTTTACCAAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGA
129 AATAAGTAAAAGATTTAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA
* * * * *
112857 ACAATTGTCTATTTAAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTGAATTCATA
194 ACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATA
* * *
112922 CAAGCTTAGTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTACTATTTCAAAAAATTAATAAGTGATTTCA
259 CAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAATTAATAAGTGATTTAA
* * * **
112987 AAAGTGAATCTGTTTATCGAATTAGTTCAAATAA
324 AAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAA
* * * * * *
113021 TTATGGCCATTTTAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTGGTCATATAACAAT
1 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATA-AACAAT
* * * * *
113086 TGATTTTTA-TCATATATG-TCTATTCAAAATAAAATAATAGTAATTTATTAATCTTTCAAAAAT
65 TG-TTTTTATTCATAAAAGCT-TATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAT
* * * *
113149 TAATAAGTAAGAGATTT-AAAA-AAATCTT-TTTACCAAACTAGTTTAAATATTTATGACTATTT
128 TAATAAGTAAAAGATTTAAAAATAAAT-TTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTT
* * * *
113211 GAACAATTATATACTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTT-TCTATAAAACAATTATTT-ATGTT
192 GAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTC-ATAAAACAATTGTTTCA-ATT
* ** **
113274 CATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATATAAAAATA-TTCCTAAAATTAAAAGCTAAG
255 CATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAATT--AA--TAAG
* * * * * * * *
113338 AGATTTAAAATATAAATTTATTT-GCCACACTAGTTCAAATAG
316 TGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGA-ACAAGTTCAAATAA
* * * *
113380 TTAAGACCATATAAACAATTATCTATTTCAAATC---AT----TTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
1 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCAT-AAACAAT
** ** * *
113438 T-TTTTTAATTCATACTAGCTTATTTGGAATAAAATAAAATTAATTTATTAATATTTCAAAAATT
65 TGTTTTT-ATTCATAAAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT
* * * *
113502 AATATGTAAAAGATTTAAAAAATAATTTTGTTTACCTAACCAA-TTCAAATAATTATGACTATTT
129 AATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATTTGTTTACC-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTT
* * * * ***
113566 GAACAATTACCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTATCATAAAACAAATGTTTTTGTTCA
192 GAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCA
* * * * *
113631 TATAAGTTTGTTCAAAATAAAATAATATTAATCTATTAATATTTC-AAAAATTAATAA-TAGATT
257 TACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAATTAATAAGT-GA-T
* * * * ** * *
113694 TTTAAAAATAAATCTATTTTTTAAACCAGTTTAAA-AA
320 TTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAA
* * * * **
113731 GTTGTGACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATTC-TTATGATTTTTTGTTCTAT-TACA-AAA
1 -TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCATTATAACCTTTTGTT-T-TGT-CATAAA
** ** ** * * * ** *
113793 CAA-TAATGCTGCTCATAAAAGCTTGTTCAAATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGATA
61 CAATTGTTTTTATTCATAAAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAA
* * * * * ** *
113857 ATTAATAAGCAAAAAATTTTAAAAATAAATATGTTTA-TAAAAAAAATCAAATAGTCATGACTAT
126 ATTAATAAGTAAAAGA-TTTAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTAT
* * * * * * * * * * *
113921 TTGAATAAGTATTTATTTTAAATCATTATGACATTTTATTTTGTCATAGAA-AATTATTTTAGTT
190 TTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATT
** ** * * * * *
113985 TGTATTAGCTTGTTCAAAATAAAATATTACTAAGTTATTAATATTCTGAAAATTAA-CAATTAAG
255 CATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAA--AATTAA-TAAG
* * * *
114049 AGATTTAAAAAATGAATATGTTTACCGAACAAGTTTAAATAA
316 TGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAA
* * *
114091 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTGAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCACCAAA-AGA
1 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCA-TAAACA-A
* * ** * *
114155 TTTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTTTAATAAAATAATAC-AATTTTTTAATA-CT-AAGACA
64 TTGTTTT-TATTCATAAAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA-A-A
* ** *
114217 ATTAATAGGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATCTTTATGACTAA
126 ATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTAT
* * * * *
114282 TTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA-CTTTCTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTAT
190 TTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTT-TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAAT
*** * * * *
114346 TCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATATTAATTTATAAATATTTCAACAAA-TAATAAGTAA
254 TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAATTAATAAGT--
* * *
114410 AATATTTAAAAGATAAATATGTTTACCGAACAAGTTCAAATAA
317 --GATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAA
* * * * * * *
114453 TCT-TTACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTGTGACCATTTGTTTTGTAAAAAAAACA
1 T-TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGT--CATAAACA
* * * *
114517 ATTG-TTTCAGTTCATATAAA-ATTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAGA
63 ATTGTTTTTA-TTCATA-AAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAA
* ** ** * * * *
114579 AATTAATGAGTAAGGGAAGCTAAAAATTAATCTGTTTACCAAACATGTTCAAATAGTTATGACCA
125 AATTAATAAGTAAAAG-ATTTAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTA
* * * * * **
114644 TCTGAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGACCTTTTGTTTTCTCATAAAACAATTGGTTCTGT
189 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAAT
* * * *
114709 TCA-AGCAAACTTATTTC-AAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTAAAAAAATTAAAAAT
254 TCATA-CAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAAATTAATAAG
* * * *
114771 TAAAAATTAAAAAAATAAATATATTTTAT-GAACACA-TTCAAATAG
316 T---GATTTAAAAAATAAATAT-GTTTATCGAACA-AGTTCAAATAA
114816 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAAT
1 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAA-CAAT
* * * *
114881 TGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTTAGAATAAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCCAAAAATT
65 TGTTTTTATTCATAAAAGCTTATTTAAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT
* * * ** *
114946 AATAGGTAAAAGATTTAAAAAAAGTAAATTTGTTTATCGAGTAAGTTCAAATAGTTATGACTCTT
129 AATAAGTAAAAGATTT--AAAAA-TAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATT
* * * **** * **
115011 TGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGGCCTTTTGTTTAT-TAATTTTTGCTTATTCG-AACA
191 TGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTT-TGTCA-TAAAAC-AATT-GTTTCA
* * * * * *
115074 AAT-ATTAATAAGTTTGTTCATAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTC-AAAAATTAATAA
252 ATTCA-T-ACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAATTAATAA
* *
115137 -TAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTATCAGACCAA-TTCAAA-AA
315 GT-GATTT-AAAAAATAAATATGTTTATC-GAACAAGTTCAAATAA
* * * *
115180 GTTGTGACTATTT-AAGCAATTATTTATTTCAAATTC-TTATGACTTTTTGTTCTAT-TACA-AA
1 -TTATGACTATTTGAA-CAATTATCTATTTCAAA-TCATTATAACCTTTTGTT-T-TGT-CATAA
** ** * * **
115241 ACAATAATTTTTGCTCATAAAAGCTTATTTAGATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAA
60 ACAATTGTTTTTATTCATAAAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA
* * * * * ** * *
115306 AATTAACAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTCATCAAACAAAATCAGATAGTCATGACTA
125 AATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTA
* * * * * * * * * *
115371 TTTGAATAAGTATTTATTTCAAATTGTTATGTCCTTTTATTGTGTCATAAAA-AATTATTTTAGT
189 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAAT
** * * * * * *
115435 TCATATTAGCTTGTTCGAAATAAAATATTATTAAGTTATTAATATTCTGAAAATTAA-TAATTAA
254 TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAA--AATTAA-TAA
* * * *
115499 GAGATTTAAAAAATGAATATGTTTGTCGAACAAGTTTAAATAA
315 GTGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAA
* * * *
115542 TTATGATTATTTGAACAATTATCTATTT-GAATCACTATAACCTTTTGTTTTGTCACCAAA-AGA
1 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCA-TAAACA-A
* * *
115605 TT-TTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATAC-AATTTATTAATA-CT-AAGACA
64 TTGTTTT-TATTCATAAAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA-A-A
* *** * * * * *
115666 ATT-ATAAATGATTATCTATTTCAAATCGTTATGACATTTTCTTTTGTCTTAGAACAATTGTTTT
126 ATTAAT-AA-G-TAAAAGATTT-AAA----AAT-A-AATTT-GTTT-AC-CA-AACAA--G----
* * * * * * * * **
115730 ATTCATATAAGTTTAT-TCGAATT-AA-AATAATACTAATTTAATAAT-ATTTTGAAAATTAATA
171 -TTCAAAT-AG-TTATGACTATTTGAACAATTAT-CT-ATTTCA-AATCGTTATG-ACCTT--T-
* *** * * * *
115791 AGTAAAAGAT-TTAAAA-AATAG-TT--ATGT-TTACCAAAGC--AGTTCAAATGGTTAAGAATA
226 TGT-TTTG-TCATAAAACAATTGTTTCAAT-TCATA-C-AAGCTTA-TTCAAA---ATAA-AATA
* * * * ** * * * * * *
115848 TTA-GAA-TTATTTTATATTGCAAATCATT-TTGACCTTGTGCTTAGTCATAAAACAACTAT-TT
281 ATACTAATTTA-TTAATATTTCAAAAAATTAAT-A---AGTGATT--T-AAAAAATAAATATGTT
*
115909 CAATTC-ATACAAGCTTATTCAAAATAAA
338 -TA-TCGA-ACAAG----TTC-AAAT-AA
* * *** * ** * **
115937 TTAAT-ACTAATTTATTAACATTTAGAAGATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAAATAAATTTG-T
1 TT-ATGACT-A-TT-TGAACAATTA-TCTATT--T--CAAA-TCA-TT-ATAACCT---TTTGTT
* * * * ** ***
116000 TTGCCAAACAAGTTCAAATAGTTATTATT-ATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCGCTATAACC
51 TTGTCATA-AA---C-AATTGTTTTTATTCA--T-AA-AA-GCT-TATTTAAAAT-AAAATAA--
** * * * *** * * * * *
116064 TTTTGATTTGTCATAAAACAATTGT-TTCAGTTAATACAAGCTTAGACGAAATAAAATAATACAA
102 TACT-AATT-T-AT-TAA-TATT-TCAAAAATTAAT--AAG--TAAAAG-ATTTAAA-AATA-AA
* * * * * *
116128 TTTTGTTAATATTTCC-TA-AA-TT--AATAAG-TAAGA-AATTTAAAAAATAAATCTATTT-AT
154 -TTTGTT--TA---CCAAACAAGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAAT-TATCTATTTCA-
* ** ** * * * ** ** * * * * *
116185 TGAATCAATTA--AAATAAT-TATGGCCATTTGAATGATTATCTACTACAAATCATTATGATGTT
210 --AATC-GTTATGACCTTTTGTTTTGTCA-TAAAACAATTGT-T--T-CAATTCA-TA-CAAG-C
* **** ** ** * * * *
116247 TTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTTATTATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAAT-ACTAAT
264 TT-ATTCAAAATAAAATAATACTAATTTA-T-T--AA---TATTTCAAA-AAATTAATAAGTGAT
** ** * * * *
116311 TTATTAATATTTAAA-AAATTAATAAGTAACAAATTTAAAAAAATAAA
320 TTA--AA-AAATAAATATGTTTAT-CG-AAC-AAGTT---CAAAT-AA
* * * * **** *
116358 TT-TGTTTACCGAATCAATTTAAATAATTATGACTATTT-GAA-CAATTATTAA--TCTCAAATC
1 TTATG---A-C---T--ATTTGAACAATTAT--CTATTTCAAATC-ATTA-TAACCTTTTGTTTT
* * * *
116418 GTTA-AAATC-TTTGTTTTGCCATAAAACAATTGTTTCTGATTATAGAAGCTTA-TTCAATTAAA
53 GTCATAAA-CAATTGTTTT----T------A----TTC--A-TA-A-AAGCTTATTTAAAAT-AA
* * * *
116480 AATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTT
97 AATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATTTGTTT
** * ** * * * ** * * *
116545 ACC-AACCTGATTTAAATAGTTAAAACTATTAGAATAATTATATATTTCAAATTATTCTAACCTC
161 ACCAAACAAG-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTT
** * * * * * *
116609 TTGTTTAATCATAAAATATTTGTTTC-ATATCTTACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATCCAAAT
225 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAAT-TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAT
* * * * * * * *
116673 TTAATGAACA-TTCAGAAAATTAATAAGCAAAAT-ATTTGAAACAATAAATCTATCTACCGAACA
289 TT-ATTAATATTTCAAAAAATTAATAAG-----TGATTT-AAAAAATAAATATGTTTATCGAACA
* * *
116736 AGCTAAAATAG
347 AGTTCAAATAA
* * * * * * * *
116747 TTATTACTATTTAAAAAATTATTTATTTAAAATCATTATGACCTTTTATTTTGACATAAAACAAT
1 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCAT-AAACAAT
** * ** * * *
116812 TGTTTCAATTCATAAAAACTTATCCAAAACAAAATAATACTAATTTTTTAATATTTCCAAAATTA
65 TGTTTTTATTCATAAAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTA
* * * *
116877 ATAAGCAAGAG-TTTAAAAAATTAAATTTGTTTACTAAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTG
130 ATAAGTAAAAGATTT-AAAAA-TAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * * *
116941 AACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTCTG-CTATAAAATAATGGTTTCAATTCA
193 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTC-ATAAAACAATTGTTTCAATTCA
* ** *
117005 TACAAACTTATTTGAAACAAAATAATACTAA-TTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTGATTT
257 TACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAATTAATAAGTGATTT
* * **
117068 AAAAAATAAAATCTATTTATCGAATTAGTTCAAATAA
322 AAAAAAT-AAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAA
* * * *
117105 TTATGTCCATTTCAACAATTATCTATCTT-AAATCATTATTACCTTTTG-TTTGATCATATAACA
1 TTATGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTG-TCATA-AACA
* * * *
117168 ATTGTTTTT-TCTCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAGTACTAATTTATTAA-ACTTTCAAAA
63 ATTGTTTTTAT-TCATAAAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTCAAAA
* * * * *
117231 ATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATTAATCTGTTTATCAAACCAA-TTCAAATAGTTATGATTA
126 ATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATTTGTTTACCAAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTA
* * * * * * * * * *
117295 TTTGAACAATTGTATACTTCAAATCTTTATAACCTTTTGTTATGTCATGAAGCAATTATTTCTAT
189 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAAT
* ** * * * * * *
117360 TCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAGTACTAATCTAATAAAATTTTAAAAATTAATAACTAAG
254 TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA--ATTAA-TAAG
* * * * * *
117425 AGATTTAAAAAATTAATTTGTTT-GCTAA-ATCAGTTCAAATAG
316 TGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACA--AGTTCAAATAA
* ** * *
117467 TTAAGACTA--CAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
1 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCAT-AAACAAT
* * * * * * *
117530 T-TTTTCAACTCATAAAAGCTCATTCAGAATAGAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAAA-T
65 TGTTTT-TATTCATAAAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT
* * * * * *
117593 -AT-A-TAAGAGATTTAGAAAAT-AATTCTATTTACTAAAC-CGATTCAAATAATTATAACTATT
129 AATAAGTAAAAGATTTA-AAAATAAATT-TGTTTACCAAACAAG-TTCAAATAGTTATGACTATT
* * ** * ***
117653 TGAATAATTATCTATTTCAGATTATTATTG-CTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTT
191 TGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA-TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATT
* * * * ** * *
117717 AATATAAGTTTGTTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTT-AGAAAATTAATCAGTAAG
255 CATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAATT-A--A-TAAG
* * * * * * * * *
117781 AGATTTAAAAAGTAAAT-CGCTTAACAAACCATTTCAAATAG
316 TGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAA
* * * ** * * * * *
117822 TTATGACTATTTGAGCAATTATTTCTTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTCTATTATAAAACAAT
1 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCAT-AAACAAT
* * * * * * * * ** *
117887 AGTTTCTATTCATATAAGCTTACTCAGACTAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTTGACAATTA
65 TGTTTTTATTCATAAAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTA
* * ** * * *
117952 ATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATATGTTTACTGAACTAGATCAAATAGTCATGACTATTTGA
130 ATAAGTAAAAGA-TTTAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA
* * * * * * * * *
118017 ATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACATTTTCTTTTGTAATAAAAGAATTATTTCAATTTATA
194 ACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATA
* ** * * * *
118082 TAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAAGTTGTTAATA-TTCCAAAAATTAATAATTAAAAGAT
259 CAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAATTAATAAGT----GAT
** * * * *
118146 TTAAAAAACGATTCTATTTATCGAGCAAGTT-ACAATAA
320 TTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTCA-AATAA
* * * *
118184 TTATGACTATTTGAACAATTATGTATTTGAAATCACTATAACCTTTTGCTTTGTCATAAA-ATTA
1 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAACA--A
* * * * ** * *
118248 CTT-TTTCTATTTATACAAGCCTATTTTTATTAAAATAATACAAATTTATTAATA-TT-AAGACA
64 -TTGTTTTTATTCATAAAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA-A-A
* * * ** * *
118310 ATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTTGAATTGTTATGACTTT
126 ATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTAT
** * ** * * * *
118375 TTG---TTTTATC-A--TAAAAT-AAT-TG----TTT-CTAT-TCATACAAGC--TT-ATTCATA
190 TTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATA-AAACAATTGTTTCA-A
* * * ** * * *** * * * * * * *
118423 TTAAAATAATATTTATTTATTAATATTTTGATAATTAA-TAAGTAAAAATTTTAAAAAATAAAT-
253 TTCATACAA-GCTTATTCA-AAATAAAATAAT-ACTAATTTA-TTAATATTTCAAAAAATTAATA
*** *
118486 A-TG-TTT-ACCGA-ACA-A-G--T-TC-AA-ATAG-TC------
314 AGTGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACA-AGTTCAAATAA
* * * ** *
118513 --ATGATTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTCATAATAAAACAAT
1 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCAT-AAACAAT
* ** ** * * *
118576 TATTTCAATTCATGTAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTCTTAATATTTTAAAAATTA
65 TGTTTTTATTCATAAAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTA
* * * * * *
118641 A-AGAGTAAGAGAATTAAAAAATGAATTTGTTTACCGAATAAGTTCAAATAGTTATGAGTATCTT
130 ATA-AGTAAAAG-ATTTAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTAT-TT
* * * * * ** *
118705 -AA-AAATATCTATTTCAAAACATTATGACTTTTTGATTTGTCATAAAACAATTGGTTT-TGTTT
192 GAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTCAATTC
* * *
118767 ATGCAAGCTTATTTC-CAATAAAATAATA-TAAATTGATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAA
256 ATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAAATTAATAAGT--
* * * * * *
118829 GAATTTAAAAGATAAATCTATTTTTTGAATTC-A-TT-AAATAG
317 G-ATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAA--CAAGTTCAAATAA
* * ** *
118870 TTATGACTATTTGAACAATTTTCTATTTCAAATCGTTATGGCCATTTGTTTTGTCATAAACCAA-
1 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAA-CAAT
* * ** **
118934 T-TTGTTATGGTCA-AACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-GCTCAAAAA
65 TGTTTTTAT--TCATAA-AAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA
* **
118996 TTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAGTAAGTTCAAATAGTTATGACTATT
127 TTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATT
* * * * * * *
119061 TGAATAATTATTTATTTCAAGTTGTTATGATCTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATT
191 TGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATT
* *** * * *
119126 CATACAAGTTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTGTTATTA-TT-ATAAAAATTAATAAATTA
255 CATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAAATTAAT-AAGT-
* * * * * * **
119189 AAGATTTTAAAAATTAATCTATTTACCGAATAAGTTCAAATGG
317 --GATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAA
* * * * * ** * * * *
119232 TCAAGTCCATTTAAATTATTATCTATTTTAAATCGTTA-AGACATTTTGTTTTGTCTTAAAACAA
1 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATA-ACCTTTTGTTTTGTCAT-AAACAA
* * * *
119296 TTGTTTCTATTCATACAAA-ATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTACTATTTCAAAAAT
64 TTGTTTTTATTCATA-AAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAT
* * * * * **
119360 TAATAAG----ACATTTAAAAACTAAATCTCTTTATCGAACCGGTTCAAATAGTTATGACTATTT
128 TAATAAGTAAAAGATTTAAAAA-TAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTT
* * * * * ** *
119421 GAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGA-TTTTTGTTTTGTCCTAAAACATTTGGTTT-TGTTT
192 GAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTCAATTC
* ** * * ** * * * *
119484 ATACAAGTTTATTCTGAGTAAAATATTGTTAAATTAATAATA-TTCTAAAAATTACTAAGTAAGA
256 ATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAATTAATAAGT--G-
* *** * * *
119548 ATTTAAAAAATAAATGTGTTCGCCAAACTAA-TGCAAATAG
318 ATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAAC-AAGTTCAAATAA
** * * * ** * * *
119588 TTAAT-ACTATCAGAATAATTATCTATTTCGAATCATTTTGGCCATTTGTTTAGTCATAAAATAA
1 TT-ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCAT-AAACAA
** * * * * *
119652 TTGTTTCAATTTATACATA-CTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATGAACATTT-AGAAAA
64 TTGTTTTTATTCATA-AAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAA
* * *
119715 TTAATAAGCAAGAA-ATTTTTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAG--AT-AC
127 TTAATAAGTAA-AAGA---TTT-AAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
* * * * * *
119776 TATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACTTTTTATTTTATCATAAAACATTTGTTTCA
187 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCA
* * * * * * *
119841 ATTTATAAAAGCTTATAT-GAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTTAAAAATTGATAATT
252 ATTCATACAAGCTTAT-TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAAT--TAA-T
* * *
119905 TAGAGATTTAAAACATAAATTAT-TTTATCGAATCAA-TTCAAATAA
313 AAGTGATTTAAAAAATAAA-TATGTTTATCGAA-CAAGTTCAAATAA
* * * *
119950 TTATGGCCATTTGAGCAATTATTTATTT-AAATCATTATGAA-CTTTTGTTTT-TCCATAAAACA
1 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT-AACCTTTTGTTTTGT-CAT-AAACA
* **
120012 ATTGTTTTTCA-TCATAAAAGCCTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTAT-AAAA
63 ATTGTTTTT-ATTCATAAAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAA
* * * * *
120075 ATTAATAAGTAAGAGATTTAAAACATAAATCTGTTTATCGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTAT
126 ATTAATAAGTAAAAGATTTAAAA-ATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTAT
* * * * * * * * *
120140 TTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGCTATGTCATAAAATAATTATATCTATT
190 TTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATT
* ** * ** * * *
120205 TATACAAGCTTATTTGAAATGAAATAATGTTAATGTAATAATATTATGAAAATTAA-TAACTAAG
255 CATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAA--AATTAA-TAAG
* * * * * * *
120269 AGATTTGAAAAATAAATTTGTTTGTTGAACTAGTTCAAATAC
316 TGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAA
* * * * * * * *
120311 TTA-AAGCTACATT-AACAATTCTTTATTTTAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATA
1 TTATGA-CTA-TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCAT-AAACA
* * * * * * * *
120374 ATT-TATTTAGTTCTTACTAA-CTTATTCAAAATAAAATAA-AATAAATTTATTAGTACTTGAAA
63 ATTGTTTTTA-TTCATA-AAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAA
* * * * * ** * * *
120436 AACTAATCAGTAAGAA-ATTTGAAAAATAATTTTGATTGCTGAACCAGTTTAAATAATTATGACT
125 AATTAATAAGTAA-AAGATTT-AAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACT
* * * * **
120500 ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATCACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTA
188 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAA
* * * * * * * * * *
120565 TTTA-AGTAAGTTTGTTTAGAATAAAATAATATTAATTTATTAACATTTTGAAATTTAA-TAAGT
253 TTCATA-CAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTCAAA--AAATTAA-T
* * * * *
120628 AAGAGAATTAAAAAATAAATTTGTTTA-CTAAACCAGTTC-AATAA
313 AAGTGATTTAAAAAATAAATATGTTTATC-GAACAAGTTCAAATAA
* * * * * * * *
120672 GTTATAACTATTTGAA-TATTATTTATTTCAAAAT-ACTATGACC-ATTGTTTGGTCATAAAATA
1 -TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC-AAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCAT-AAACA
* * * * *
120734 ATTGTTTCTATTCAT-ATAGTCTTATTTAGAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATA-TTCTAAAA
63 ATTGTTTTTATTCATAAAAG-CTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAA
** * * ** *** * *
120797 ATTAATAAGTAATGGATTTAAAAAATGAATATGTTGGCTTGACTAA-TGCAAATAGTTATAACTA
126 ATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATTTGTTTACCAAAC-AAGTTCAAATAGTTATGACTA
* * * ** * * * * *
120861 TTTGAACAATTATTTGA-TTCAAA-CTATTATAACCTTTTGTTTCATGACAAAACAATTATTACT
189 TTTGAACAATTATCT-ATTTCAAATC-GTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCA
* ** * ** * * * *
120924 GTTTGTGCAAGCTTATTTGAAATAACATAATTCTAATTTATTAATA-TTCCAAAAGTTAATAAGT
252 ATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAATTAATAAG-
* * * *
120988 AATAGATTTAAAAAAATGAATTTGTTTATCGAACAAGTTTAAATAG
316 --T-GATTT-AAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAA
* * *
121034 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC-AA--ATTGTGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAAT
1 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCAT-AAACAAT
* *
121096 T-TTTTCTACTCATACAAGC----TT---AT----T-A-A-T-A--T-TTAA-A---C---AATT
65 TGTTTT-TATTCATAAAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT
* * * * *
121135 AATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAATAAGTTCAAATAGTTATGATTATCTG
129 AATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * * * * *** ***
121200 AATAATTATTTATTTTAAATCATTATGA-CTTTAT-TTTTATCATAAAATAATCACTTGTGTTCA
193 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTT-TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCA
* * * * * * ***
121263 TACAAGCTTATTCAGATTAAAATAATATTAATTTAATAATATTTCAACAATTAATAAAAAAAAAA
257 TACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA-AA--AATTAATAAGTGA
* * * *
121328 TTT-AACAATAAATATGTTTACCTAACAAGTTCAAATAG
319 TTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAA
* ** * * * **
121366 TCACAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTCATCATTAAACAAT
1 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCA-TAAACAAT
* * * * * *
121431 TG-TATCAGTTCATATAAGCTTATTTGAAA-AAAATAATACTAATTTTTTAATATTCCAAAAATT
65 TGTTTTTA-TTCATAAAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT
* * * * **** *
121494 AATGAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATTTATTTATTGTACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTG
129 AATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* ***
121559 AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCAT
193 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCAT
*** * *
121624 ACAAGCTTATTTTGAATAAAATGATA-TAAATTTATTAATATTTC-AAAAATTACTAAGTAGAAA
258 ACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAAATTAATAAGT-G--A
* * *
121687 TTTAAAAAATAAATATGTTT-TCTAAACACA-TTTAAATAG
319 TTTAAAAAATAAATATGTTTATC-GAACA-AGTTCAAATAA
* * *
121726 TTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGCTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAA
1 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAA-CAA
* * * * **
121790 TTATTTCTATTCATACAAA-CTTATTTGAAATAAACTAATACTAATTTACCAATATTTCAAAAAT
64 TTGTTTTTATTCATA-AAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAT
* * * *
121854 TAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAGCAAGCTCAAATAGTTATGA
128 TAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGA
121913 TTGTTTGACA
Statistics
Matches: 7782, Mismatches: 1841, Indels: 1397
0.71 0.17 0.13
Matches are distributed among these distances:
326 3 0.00
327 136 0.02
328 11 0.00
329 7 0.00
330 1 0.00
332 58 0.01
333 4 0.00
334 65 0.01
335 115 0.01
336 7 0.00
337 12 0.00
338 21 0.00
339 18 0.00
340 8 0.00
341 11 0.00
342 5 0.00
343 8 0.00
344 6 0.00
345 5 0.00
346 6 0.00
347 14 0.00
348 60 0.01
349 29 0.00
350 20 0.00
351 25 0.00
352 155 0.02
353 178 0.02
354 21 0.00
355 175 0.02
356 631 0.08
357 280 0.04
358 658 0.08
359 546 0.07
360 924 0.12
361 821 0.11
362 914 0.12
363 626 0.08
364 303 0.04
365 178 0.02
366 21 0.00
367 26 0.00
368 33 0.00
369 5 0.00
370 1 0.00
371 5 0.00
373 1 0.00
377 4 0.00
378 8 0.00
379 22 0.00
380 14 0.00
381 24 0.00
382 10 0.00
383 17 0.00
384 15 0.00
385 17 0.00
386 8 0.00
387 4 0.00
388 10 0.00
389 10 0.00
390 6 0.00
392 7 0.00
393 10 0.00
394 8 0.00
395 11 0.00
396 8 0.00
397 8 0.00
398 10 0.00
399 3 0.00
400 17 0.00
401 4 0.00
402 2 0.00
403 3 0.00
404 8 0.00
405 2 0.00
406 4 0.00
407 12 0.00
408 13 0.00
409 33 0.00
410 24 0.00
411 8 0.00
412 9 0.00
413 13 0.00
414 21 0.00
415 17 0.00
416 17 0.00
417 14 0.00
418 17 0.00
419 17 0.00
420 11 0.00
421 19 0.00
422 13 0.00
423 16 0.00
424 6 0.00
425 19 0.00
426 23 0.00
427 13 0.00
428 5 0.00
429 9 0.00
430 2 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (357 bp):
TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAACAATT
GTTTTTATTCATAAAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA
TAAGTAAAAGATTTAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACA
AGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAATTAATAAGTGATTTAAAA
AATAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAA
Found at i:113471 original size:174 final size:174
Alignment explanation
Indices: 112359--113687 Score: 389
Period size: 178 Copynumber: 7.4 Consensus size: 174
112349 TCTTTTGTCG
* * ** * ** * * *
112359 TAAAACAATTGTTT-CATTCATACAAGCTTATTCTTATTAAAATAATGCTAATTTAATAATATTT
1 TAAAACAATTATTTATATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAAAACTAATATAAAAATATTC
* * * * * * * * **
112423 CAAAAATGAATAAGTAAGAGATTTAAAACATAAATTTGTTTA-TTGAATCAGTTCCAATTTTTAA
66 CAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCT-AACCAATTCAAATAATTAA
** * * * *
112487 GATTAT-TAGAACAGTTATCTATTTGAAATCACTTTGACCTT-TTGTTTAGTCA
130 GACCATATA-AACAATTACCTATTTCAAATCA-TTT----TTGTT-TTT-CT-A
* * * * ** *
112539 TAAAACAATTATTTCA-ATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAATTAATACTAATTTATTAACATT
1 TAAAACAATTATTT-ATATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAAAACTAATATAAAAATATT
*** * * * * *
112603 TGGAAAATTAATAAGGAAATGATTTGAAAAAGTAAATCTGTTTA-CTGAA-CAAGTTCAAATAAT
65 CCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAAATAAATTTATTTACCT-AACCAA-TTCAAATAAT
* * * * * * ** * *
112666 GATGACTATTTGAATAATTATTTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGAC-A
127 TAAGACCATATAAACAATTACCTATTTCAAATC---AT----TTTTGTTTT-TCTA
* * * * * * ***
112721 TAAAACAATTGTTTCA-GTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTCTTAATAAT
1 TAAAACAATTATTT-ATATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAAAACTAATATAAAAAT-AT
* * * * * * *
112785 T-CAAAAATTAATAAGCAAGAG-CTT--AAAATAAATTTGTTTACCAAACAAATTCAAATAGTTA
64 TCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCTAACCAATTCAAATAATTA
* * * * ** * *
112846 TGACTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGT-TA
129 AGACCATATAAACAATTACCTATTTCAAA---TCAT----TTTTGTTTT-TCTA
* * * * ** *
112899 TAAAACAATTGTTTGA-ATTCATACAAGCTTAGTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTACTATT
1 TAAAACAATTATTT-ATATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAAAACTAATATAAAAATA-T
* * * * * * * * ** *
112963 TCAAAAAATTAATAAGT----GATTTCAAAAGTGAATCTGTTTATCGAATTAGTTCAAATAATTA
64 TCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCTAACCAATTCAAATAATTA
* * * * ** *
113024 TGGCCATTTTAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTGGTC-A
129 AGACCATATAAACAATTACCTATTTCAAATC---AT----TTTTGTTT-TTCTA
* * * * * * * ** *
113077 TATAACAATTGATTTTTA-TCATATATG-TCTATTCAAAATAAAATAATAGTAATTTATTAATCT
1 TAAAACAATT-ATTTATATTCATACAAGCT-TATTCAAAATAAAATAAAACTAATATAAAAATAT
* * * * * * *
113140 TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT--AAAA-AAATCTT-TTTACCAAACTAGTTTAAATATTT
64 TCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT-TTATTTACCTAACCAATTCAAATAATT
* * * * ** *
113201 ATGACTATTTGAACAATTATATACTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTTCTA
128 AAGACCATATAAACAATTACCTATTTCAAATC---AT----TTTTGTTTTTCTA
* *
113255 TAAAACAATTATTTATGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATATAAAAATATTC
1 TAAAACAATTATTTATATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAAAACTAATATAAAAATATTC
* * * * * * *
113320 CTAAAATTAA-AAGCTAAGAGATTTAAAATATAAATTTATTTGCC-ACACTAGTTCAAATAGTTA
66 CAAAAATTAATAAG-TAAAAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCTA-ACCAATTCAAATAATTA
*
113383 AGACCATATAAACAATTATCTATTTCAAATCATTTTTGTTTTGTC-A
129 AGACCATATAAACAATTACCTATTTCAAATCATTTTTGTTTT-TCTA
* * *** * * **
113429 TAAAACAATT-TTTTTAATTCATACTAGCTTATTTGGAATAAAATAAAATTAATTTATTAATATT
1 TAAAACAATTATTTAT-ATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAAAACTAATATAAAAATATT
* * * * *
113493 TCAAAAATTAATATGTAAAAGATTTAAAAAATAATTTTGTTTACCTAACCAATTCAAATAATTAT
65 CCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCTAACCAATTCAAATAATTAA
* * *
113558 GACTATTTGAACAATTACCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTATC-A
130 GACCATATAAACAATTACCTATTTCAAATC------A-TTTTTGTTTT-TCTA
* * * * * * * * * * ** *
113610 TAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTCAAAATAAAATAATATTAATCTATTAATATTT
1 TAAAACAATTATTTATATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAAAACTAATATAAAAATATTC
113675 CAAAAATTAATAA
66 CAAAAATTAATAA
113688 TAGATTTTTA
Statistics
Matches: 916, Mismatches: 173, Indels: 119
0.76 0.14 0.10
Matches are distributed among these distances:
173 4 0.00
174 132 0.14
175 7 0.01
176 2 0.00
177 28 0.03
178 369 0.40
179 25 0.03
180 20 0.02
181 192 0.21
182 123 0.13
183 4 0.00
184 5 0.01
185 3 0.00
188 2 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (174 bp):
TAAAACAATTATTTATATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAAAACTAATATAAAAATATTC
CAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCTAACCAATTCAAATAATTAAG
ACCATATAAACAATTACCTATTTCAAATCATTTTTGTTTTTCTA
Found at i:113615 original size:711 final size:704
Alignment explanation
Indices: 111229--121876 Score: 3264
Period size: 718 Copynumber: 14.7 Consensus size: 704
111219 TTAAAAAGCA
* * * * *
111229 AGTTATGACTATTTGAACAAATATCAATCTCAAATCATTATGATCTTTGCTTTCTCATAAAACAA
1 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC--TAT-AT-TTTGTTTTGTCATAAAACAA
* * * * * * *
111294 TTGTTTCTAA-TCATACAAGCTTATTCAG-ATAAAAATAATACTAATTAAATAATATTCCAAGAA
62 TT-TTTTTAATTCATAAAAGCTTATTTAGAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA
* * * *
111357 -T--TA-GTAAGAGATTTAAAAAAAATAAATGTATTTGCCGAACC-AGTTCAAATAGTTGA-GAC
125 TTAATAGGTAAAAGATTT--AAAAAATAAATTTGTTTACC-AACCAAGTTCAAATAGTT-ATGAC
* * * * * * ** *
111416 GATTAGAATAATT-TTTAATTTCAAATCGTTTTGACCTTTTGTTTAGTCATGTAATAATTGTTTC
186 TATTTGAACAATTATCT-ATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * * * * * * *
111480 AATTCATACAAGCCTATTCAAAATAAATTAAAACTAATTTAATAATATTT-GAAAAATTAATAAG
250 TATTCATACAAGCTTAGTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAAATTAATAAG
* * * * * * *
111544 CAAGAGATTTGAAAA--AATAGCTTAGTTGATTGAACAAGCTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
315 ---TAGATTTTAAAAGTAA-ATC-T-GTTTATCGAACAAGTTCAAATAATT-TGACTATTTGAAC
** * * * *
111607 AATTATCAATTTAAAATCATTATGACCTTTTATTTTGT-CATAAACAATT-ATTTT-AGTTCCTA
373 AATTATTTATTTCAAATC-TTATGACCTTTTGTTTAGTACA-AAACAATTGATTTTCA--TCATA
* * * * *
111669 AAAG-CTTATCCAAAATAAAATAATACTACTGTATTAATATTTC-AAAAGT--TAA-TAAGAGAT
434 TAAGTC-TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-TTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAT
** * * * * * * * * *
111729 TTAAAAAATAAAT-TAGTTTATCGTATCAATTTAAATAATTATGGCCATTTAAACAACTATCTAT
497 TT--AAAA-AAATCT-GTTTA-CCAAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATAT
** * * * * *
111793 TTCAAATTGTTATTACCTTTT-ATTTTCTCATAAAACAATT-GTTT-TTCAATATAGAAGATTAT
557 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTTCT-ATAAAACAATTATTTTGTTC---ATACAAGCTTAT
* * * *
111855 TCGAAATAAAATAACACTAATTTACTAATATT-TCAAGAATT--AA-TAAGAGATTTAAAAAGTA
618 TCAAAATAAAATAATACTAA-TTATTAATATTCT-AA-AATTAAAATTAAGAGATTTAAAAAATA
* * * *
111916 AATCTATTTACCAAACCAATTCAAAT
680 AATTTATTTGCCACA-CAGTTCAAAT
* * **** *
111942 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCATATGT-TATAACCTTTTGTTC-TAAGACAATTT
1 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCTATATTTTGTTTTG-TCATAAAACAATTT
** * * * *
112005 TTTTTGTTCATATAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAGTAATATTTTAGAAAATTAA
65 TTTTAATTCATAAAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAA
* * * * * *
112070 TCA-ATAAGAGATTTAAAAAGTAAATATGTTT-CCAAAACC-ATTTCAAATAGTTTTGACTATTT
129 T-AGGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACC--AACCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTT
* * * * * * * * *
112132 GAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATAACTTTTTATTTTGTCATCAAACAATTGGTCCTATTCA
191 GAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCA
* * ** * * * * *
112197 TACTA-CTTTATTCAAAATAAAATAACGTTGATTTAATAATATTTCGAAACTTAA-TAACCAAGA
256 TACAAGC-TTAGTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTC-AAA--AAATTAA-TAAGT
* ** * ** * * * * * * * **
112260 AAATTAAAAAAATAAATCTAATTGTCAAACCAGTTTAAATAGTTAAGACTATATGAATGATTATT
316 AGATTTTAAAAGTAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAATT-TGACTATTTGAACAATTATT
* * * * *
112325 TGTTCCAAATCGTTATGACCTTTTTCTTTTGT-CGTAAAACAATTG--TTTCATTCATACAAG-C
380 TATTTCAAATC-TTATGACC-TTTTGTTTAGTAC--AAAACAATTGATTTTCA-TCATATAAGTC
** * * * *
112386 TTATTCTTATTAAAATAATGCTAATTTAATAATATTTCAAAAATGAATAAGTAAGAGATTTAAAA
440 -TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-TTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAA
* ** * * ** * * * * * *
112451 CATAAATTTGTTTATTGAATCAGTTCCAATTTTTAAGATTATTAGAACAGTTATCTATTTGAAAT
502 -A-AAATCTGTTTA-CCAAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAAT
* ** *
112516 CACTT-TGACCTTTTGTTTAGTC-ATAAAACAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTCAGAATA
564 CA-TTATGACCTTTTGTTT-TTCTATAAAACAATTATTT-TGTTCATACAAGCTTATTCAAAATA
* * ** * *
112579 AATTAATACTAATTTATTAACATT-TGGAAAATTAATAAGGAA-ATGATTTGAAAAAGTAAATCT
626 AAATAATACTAA-TTATTAATATTCT--AAAATTAA-AATTAAGA-GATTT-AAAAAATAAATTT
* * *
112642 GTTTACTGA-ACAAGTTCAAAT
685 ATTTGC-CACAC-AGTTCAAAT
* * * * * *
112663 AATGATGACTATTTGAATAATTATTTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGACATAAAACA
1 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC--TAT-A--TTTTGTTTTGTCATAAAACA
* * * ** * * *
112728 ATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTCTTAATAATTCAAAAAT
61 ATTTTTTTAATTCATAAAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAT
* * * * * *
112793 TAATAAGCAAGAG-CTT--AAAATAAATTTGTTTACCAAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTT
126 TAATAGGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAACCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTT
* * * * **
112855 GAACAATTGTCTATTTAAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTGAATTCA
191 GAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCA
* *
112920 TACAAGCTTAGTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTACTATTTCAAAAAATTAATAAGT-GATT
256 TACAAGCTTAGTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAAATTAATAAGTAGATT
* * ** * * *
112984 TCAAAAGTGAATCTGTTTATCGAATTAGTTCAAATAATTATGGCCATTTTAACAATTATTTATTT
321 TTAAAAGTAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAATT-TGACTATTTGAACAATTATTTATTT
* * * *
113049 CAAATCGTTATAACCTTTTGTTTGGT-CATATAACAATTGATTTTTATCATATATGTCTATTCAA
385 CAAATC-TTATGACCTTTTGTTTAGTACA-A-AACAATTGATTTTCATCATATAAGTCTATTCAA
* *
113113 AATAAAATAATAGTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAATCTTT
447 AATAAAATAATACTAATTTATTAAT-TTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAATCTGT
* * * *
113178 TTACCAAACTAGTTTAAATATTTATGACTATTTGAACAATTATATACTTCAAATCGTTATGACCT
511 TTACCAAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTATGACCT
113243 TTTGTTTTTCTATAAAACAATTATTTATGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAT
575 TTTGTTTTTCTATAAAACAATTATTT-TGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAT
** * *
113308 ATAAAAATATTCCTAAAATTAAAAGCTAAGAGATTTAAAATATAAATTTATTTGCCACACTAGTT
639 -TATTAATATT-CTAAAATTAAAA-TTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTGCCACAC-AGTT
113373 CAAAT
700 CAAAT
* * * *
113378 AGTTAAGACCATATAAACAATTATCTATTTCAAATC-AT-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTT
1 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCTATATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTT
** * * *
113441 TTTAATTCATACTAGCTTATTTGGAATAAAATAAAATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
66 TTTAATTCATAAAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
* * *
113506 TGTAAAAGATTTAAAAAATAATTTTGTTTACCTAACCAA-TTCAAATAATTATGACTATTTGAAC
131 GGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACC-AACCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * * * * *
113570 AATTACCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTATCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATA
195 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACA
* *
113635 AG-TTTGTTCAAAATAAAATAATATTAATCTATTAATATTTC-AAAAATTAATAA-TAGATTTTT
260 AGCTTAG-TCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAAATTAATAAGTAGA-TTTT
* * * ** * * *
113697 AAAAATAAATCTATTTTTTAAACCAGTTTAAA-AAGTTGTGACTATTTGAGCAATTATTTATTTC
323 AAAAGTAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAA-TT-TGACTATTTGAACAATTATTTATTTC
** * * * * * *
113761 AAATTCTTATGATTTTTTGTTCTATTACAAAACAA-TAATGCTGC-TCATAAAAG-CTTGTTCAA
386 AAA-TCTTATGACCTTTTGTT-TAGTACAAAACAATTGAT-TTTCATCATATAAGTC-TATTCAA
* ** * * * * *
113823 ATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGATAATTAATAAGCAAAAAATTTTAAAAATAAATA
447 AATAAAATAATACTAATTTATTAAT-TTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTT-AAAA-AAATC
** * ** * * * * *
113888 TGTTTATAAAAAAAATCAAATAGTCATGACTATTTGAATAAGTATTTATTTTAAATCATTATGAC
508 TGTTTACCAAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTATGAC
* * * ** ** * *
113953 ATTTTATTTTGTC-ATAGAA-AATTATTTTAGTTTGTATTAGCTTGTTCAAAATAAAATATTACT
573 CTTTTGTTTT-TCTATAAAACAATTATTTT-GTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT
* * * *
114016 AAGTTATTAATATTCTGAAAATTAACAATTAAGAGATTTAAAAAATGAATATGTTTACCGA-ACA
636 AA-TTATTAATATTCT-AAAATTAA-AATTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTGCC-ACAC-
*
114080 AGTTTAAAT
696 AGTTCAAAT
* * *
114089 AATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTGAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCACCAAAA-
1 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC--TAT-A--TTTTGTTTTGTCA-TAAAAC
* * * ** * *
114153 GATTTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTTTAATAAAATAATAC-AATTTTTTAATA-CT-AAGA
60 AATTTTTTT-AATTCATAAAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA-A
* **
114215 CAATTAATAGGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATCTTTATGACT
123 -AATTAATAGGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAACCAAGTTCAAATAGTTATGACT
* * * * *
114280 AATTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA-CTTTCTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTCT
187 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTT-TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT
* *** * * *
114344 ATTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATATTAATTTATAAATATTTCAACAAA-TAATAAGT
251 ATTCATACAAGCTTAGTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAAATTAATAAGT
* * * * *
114408 AAAATATTTAAAAGATAAATATGTTTACCGAACAAGTTCAAATAATCTTTACTATTTGAATAATT
316 -AGAT-TTTAAAAG-TAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAAT-TTGACTATTTGAACAATT
* * * * *
114473 ATCTATTTCAAATCATTGTGACCATTTGTTTTGTAAAAAAAACAATTG--TTTCAGTTCATATAA
377 ATTTATTTCAAATC-TTATGACCTTTTGTTTAGT--ACAAAACAATTGATTTTCA--TCATAT-A
* ** * * * * **
114536 AAT-TATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAGAAATTAATGAGTAAGGGAAGCT
436 AGTCTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATTTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAG-ATTT
* * *
114600 AAAAATTAATCTGTTTACCAAACATGTTCAAATAGTTATGACCATCTGAACAATTATCTATTTCA
499 AAAAA--AATCTGTTTACCAAACA-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCA
* * * *
114665 AAACATTATGACCTTTTG-TTTTCTCATAAAACAATTGGTTCTGTTCA-AGCAAACTTATTTC-A
561 AATCATTATGACCTTTTGTTTTTCT-ATAAAACAATT-ATTTTGTTCATA-CAAGCTTA-TTCAA
* *
114727 AATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATT-TAAAAAAATTAAAAATTAA-AAATTAAAAAAATAA
622 AATAAAATAATACT-AA-TTATTAATATTCT---AAAATT-AAAATTAAGAGATTTAAAAAATAA
* *
114789 ATATATTTTATG-AACACA-TTCAAAT
681 AT-T-TATT-TGCCACACAGTTCAAAT
*
114814 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAACCA
1 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC--TAT-A--TTTTGTTTTGTCATAAAACA
* * *
114879 ATTGTTTCT-ATTCATAAAAGCTTATTTAGAATAAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCCAAAA
61 ATT-TTTTTAATTCATAAAAGCTTATTTAGAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAA
* * **
114943 ATTAATAGGTAAAAGATTTAAAAAAAGTAAATTTGTTTATCGAGTAAGTTCAAATAGTTATGACT
124 ATTAATAGGTAAAAGATTT-AAAAAA-TAAATTTGTTTACCAACCAAGTTCAAATAGTTATGACT
* * * * **** * *
115008 CTTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGGCCTTTTGTTTAT-TAATTTTTGCTTATTCG-A
187 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTT-TGTCA-TAAAAC-AATT-GTT
* * * * * *
115071 ACAAATATT-A-ATAAG-TTTGTTCATAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTC-AAAAATT
248 TC---TATTCATACAAGCTTAG-TCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAAATT
* * * *
115132 AATAA-TAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTATCAGACCAA-TTCAAA-AAGTTGTGACTATTT-
309 AATAAGTAGATTT-TAAAAGTAAATCTGTTTATC-GAACAAGTTCAAATAA-TT-TGACTATTTG
* * *
115193 AAGCAATTATTTATTTCAAATTCTTATGACTTTTTGTTCTATTACAAAACAA-TAATTTTTGC-T
370 AA-CAATTATTTATTTCAAA-TCTTATGACCTTTTGTT-TAGTACAAAACAATTGA-TTTT-CAT
* * * * ** * *
115256 CATAAAAG-CTTATTTAGATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAACAAGTAAA
430 CATATAAGTC-TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-TTTCAAAAATTAATAAGTAAG
* * * * ** * * * * *
115320 AAATTTAAAAAATAAATATGTTCATCAAACAAAATCAGATAGTCATGACTATTTGAATAAGTATT
493 AGATTT--AAAA-AAATCTGTTTACCAAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATA
** * * * ** *
115385 TATTTCAAATTGTTATGTCCTTTTATTGTGTC-ATAAAA-AATTATTTTAGTTCATATTAGCTTG
554 TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT-TTTCTATAAAACAATTATTTT-GTTCATACAAGCTTA
* * *
115448 TTCGAAATAAAATATTATTAAGTTATTAATATTCTGAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAAT
617 TTCAAAATAAAATAATACTAA-TTATTAATATTCT-AAAATTAA-AATTAAGAGATTTAAAAAAT
* * * * *
115513 GAATATGTTTGTCGA-ACAAGTTTAAAT
679 AAATTTATTTG-CCACAC-AGTTCAAAT
* * * *
115540 AATTATGATTATTTGAACAATTATCTATTT-GAATCACTATAACCTTTTGTTTTGTCACCAAAA-
1 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT--CTAT-A--TTTTGTTTTGTCA-TAAAAC
* * *
115603 GATTTTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTTCA-AATAAAATAATAC-AATTTATTAATA-CT-AAG
60 AATTTTTT-TAATTCATAAAAGCTTATTT-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA-
* * * *** ** * * * * *
115663 ACAATTATAAATGATTATCTATTTCAAATCGTTATGACATTTTCTTTTGTCTTAGAACAATTGTT
122 A-AATTA-ATA-GGTAAAAGATTT-AAA---AAAT-A-AATTT-GTTT-AC-CA-ACCAA--G--
* * * * * * * * **
115728 TTATTCATATAAGTTTAT-TCGAATT-AA-AATAATACTAATTTAATAAT-ATTTTGAAAATTAA
170 ---TTCAAAT-AG-TTATGACTATTTGAACAATTAT-CT-ATTTCA-AATCGTTATG-ACCTT--
* *** * * * * ** *
115789 TAAGTAAAAGAT-TTAAAA-AATAGTTATGT-TT-A-CCAAAGC--AGTTC-AAATGGTTAAGAA
224 T-TGT-TTTG-TCATAAAACAATTGTT-TCTATTCATAC-AAGCTTAG-TCAAAAT--AAAATAA
* * * ** * * * * *
115846 TATTAGAATTATTTTATATTGCAAATCATT-TTGACCTTGT-GCTTAGTCATAAAA--CAA-CTA
281 TATTA-ATTTA-TTAATATTTCAAAAAATTAAT-A---AGTAGATT--T--TAAAAGTAAATCTG
* *
115906 TTTCAATTC-ATACAAGCTTATTCAAAATAAATTAAT-ACTAATTTATTAACATTTAGAAGATTA
336 TTT--A-TCGA-ACAAG----TTC-AAAT-AATT--TGACT-A-TT-TGAACAATT-----ATT-
**** ** ** * * * *
115969 ATAAGAAAGAGAT-TTAAAAAAATAAATTTGTTT-G--CCAAACAAGTTCAAATAGTTATTATTA
380 -TATTTCA-A-ATCTT-ATGACCT---TTTGTTTAGTACAAAACAA-TT--GAT--TT-TCATCA
* * *** ** * *
116030 TTTGAATAATTATCTATTTAAAATCGCTATAACCTTTTGATTTGTCATAAAACAATTGTTTC---
432 --T--ATAA--GTCTATTCAAAAT-AAAATAA--TACT-AATT-T-AT----TAA-T-TTTCAAA
* * ** * ** **** * * *
116092 AGTTAATACAAGCTTAGACGAAATAAAATAATACAATTTTGTTAATATTTCCTAAATTAATAAGT
479 AATTAAT--AAG-TAAGA-GATTTAAAAAAAT-CTGTTTACCAAACAGTT-C-AAA-TAGT---T
* * * * * * * * *
116157 AAGA-AATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAATCAATTAAAATAATTATGGCCATTTGAATGAT
533 ATGACTATTTGAACAAT---TATATAT--T---TC-----AAATCATTATGACC-TTT---TGTT
* *
116221 TATCTACTACAAATCATTATGATGTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTTATTATACAAGC
581 TTTCTA-TA-AAA-CA--AT--------------T-AT----T--TTG-----T-TCATACAAGC
** * * *
116286 TTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAAATTAATAAGTAACAAATTTAAA
614 TTATTCAAAATAAAATAATACTAA-TTATTAATATTCT--AAAATTAA-AATTAAGAGATTT-AA
* * * *
116350 AAAATAAATTTGTTTACCGA-ATCAATTTAAAT
674 AAAATAAATTTATTTGCC-ACA-CAGTTCAAAT
* * * *
116382 AATTATGACTATTTGAACAATTAT-TAATCTCAAATCGTTAAAATCTTTGTTTTGCCATAAAACA
1 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCT-ATTTCAAATC--T-ATAT-TTTGTTTTGTCATAAAACA
* * * * * * *
116446 ATTGTTTCTGATT-ATAGAAGCTTATTCA-ATTAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAA
61 ATT-TTTTTAATTCATAAAAGCTTATTTAGAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAA
* * * * * **
116509 ATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTACCAACC-TGATTTAAATAGTTAAAACTA
124 ATTAATAGGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAACCAAG-TTCAAATAGTTATGACTA
* * * ** * * * ** * *
116573 TTAGAATAATTATATATTTCAAATTATTCTAACCTCTTGTTTAATCATAAAATATTTGTTTC-AT
188 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAT
* * * *** * * *
116637 ATCTTACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATCCAAATTTAATGAACA-TTCAGAAAATTAATAAGC
253 -TCATACAAGCTTAGTCAAAATAAAATAATATTAATTT-ATTAATATTTCAAAAAATTAATAAG-
* * * * * * * * * * * *
116701 AAAATATTTGAAACAATAAATCTATCTACCGAACAAGCTAAAATAGTTATTACTATTTAAAAAAT
315 TAGAT-TTT-AAA-AGTAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAATT-TGACTATTTGAACAAT
* * *
116766 TATTTATTTAAAATCATTATGACCTTTTATTTTG-ACATAAAACAATTG--TTTCAATTCATA-A
376 TATTTATTTCAAATC-TTATGACCTTTTGTTTAGTAC--AAAACAATTGATTTTC-A-TCATATA
** * * * * *
116827 AAACTTATCCAAAACAAAATAATACTAATTTTTTAATATTTCCAAAATTAATAAGCAAGAG-TTT
436 AGTC-TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-TTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
* * * *
116891 AAAAAATTAAATTTGTTTACTAAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
499 --AAAA--AAATCTGTTTACCAAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTT
* * * * ** ** * **
116956 AAAATCATTATGACCTTTTGTTCTGCTATAAAATAATGGTTTCAATTCATACAAACTTATTTGAA
559 CAAATCATTATGACCTTTTGTTTTTCTATAAAACAATTATTT-TGTTCATACAAGCTTATTCAAA
* * * *
117021 ACAAAATAATACTAATTATTAATATTTCAAAAATT--AA-TAAGTGATTTAAAAAATAAAATCTA
623 ATAAAATAATACTAATTATTAATA-TTCTAAAATTAAAATTAAGAGATTTAAAAAAT-AAATTTA
* * *
117083 TTTATCGA-ATTAGTTCAAAT
686 TTT-GCCACA-CAGTTCAAAT
* * * * *
117103 AATTATGTCCATTTCAACAATTATCTATCTT-AAATCATTATTACCTTTTG-TTTGATCATATAA
1 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAATC--TA-TA--TTTTGTTTTG-TCATAAAA
* * *
117166 CAATTGTTTTT--TCTCATACAAGTTTATTT-GAAATAAAATAGTACTAATTTATTAA-ACTTTC
59 CAATT-TTTTTAAT-TCATAAAAGCTTATTTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTC
* * * * *
117227 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATTAATCTGTTTATCAAACCAA-TTCAAATAGTTATG
120 AAAAATTAATAGGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-CCAACCAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * * * * * *
117291 ATTATTTGAACAATTGTATACTTCAAATCTTTATAACCTTTTGTTATGTCATGAAGCAATTATTT
184 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * ** * * * * * *
117356 CTATTCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAGTACTAATCTAATAAAATTT-TAAAAATTAATAA
249 CTATTCATACAAGCTTAGTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAAATTAATAA
* * * * * * * * * **
117420 CTAAGAGATTTAAAAAATTAATTTGTTT-GCTAA-ATCAGTTCAAATAGTTAAGACTA--CAAAC
314 GT---AGATTTTAAAAGTAAATCTGTTTATCGAACA--AGTTCAAATAATT-TGACTATTTGAAC
* * * *
117481 AATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT--TTTTCAACTCATA
373 AATTATTTATTTCAAATC-TTATGACCTTTTGTTTAGT-ACAAAACAATTGATTTTC-A-TCATA
* * * *
117544 AAAG-CTCATTCAGAATAGAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAAA-T-AT-A-TAAGAGAT
434 TAAGTCT-ATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-TTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAT
* * * * * * *
117604 TTAGAAAATAATTCTATTTACTAAACCGATTCAAATAATTATAACTATTTGAATAATTATCTATT
497 TTA-AAAA-AA-TCTGTTTACCAAACAG-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATT
* * * * * * * * *
117669 TCAGATTATTATTG-CTTTTTGTTTTGTC-ATAAAACAATTGTTTTTGTTAATATAAGTTTGTTT
558 TCAAATCATTA-TGACCTTTTGTTTT-TCTATAAAACAATT-ATTTTGTTCATACAAGCTTATTC
* * * * *
117732 GAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATT-TAGAAAATTAATCAGTAAGAGATTTAAAAAGTAA
620 AAAATAAAATAATACTAA-TTATTAATATTCT--AAAATTAA-AATTAAGAGATTTAAAAAATAA
*** ** * *
117796 A-TCGCTTAACAAACCATTTCAAAT
681 ATTTATTTGCCACA-CAGTTCAAAT
* * * * * * *
117820 AGTTATGACTATTTGAGCAATTATTTCTTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTCTATTATAAAACA
1 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-T-CTAT-A--TTTTGTTTTGTCATAAAACA
* * * * * * * ** *
117885 ATAGTTTCT-ATTCATATAAGCTTACTCAGACTAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTTGACAA
61 AT-TTTTTTAATTCATAAAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA
* * * * * * * *
117949 TTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATATGTTTACTGAA-CTAGATCAAATAGTCATGACTAT
125 TTAATAGGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTAC-CAACCAAGTTCAAATAGTTATGACTAT
* * * * * * * * *
118013 TTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACATTTTCTTTTGTAATAAAAGAATTATTTCAATT
189 TTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATT
* * * ** * * * * *
118078 TATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAAGTTGTTAATA-TTCCAAAAATTAATAATTAAA
254 CATACAAGCTTAGTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAAATTAATAAGT---
* *** * * *
118142 AGATTTAAAAAACGATTCTATTTATCGAGCAAGTT-ACAATAATTATGACTATTTGAACAATTAT
316 AGATTTTAAAAGTAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCA-AATAATT-TGACTATTTGAACAATTAT
* * * * * * *
118206 GTATTTGAAATCACTATAACCTTTTGCTTT-GT-CATAA-AATT-ACTTTTTCTATTTATACAAG
379 TTATTTCAAATC-TTATGACCTTTTG-TTTAGTACAAAACAATTGA--TTTTC-A-TCATATAAG
* *** * * * *
118267 CCTATTTTTATTAAAATAATACAAATTTATTAATATT-AAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAA
438 TCTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATTTTCAA-A-AATTAATAAGTAAGAGATTT--
* * ** * *
118331 AAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTTGAATTGTTATGACTTTTTG-----TT-T-TA--TCAT
499 AAAA-AAATCTGTTTACCAAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCA-
* * * *
118387 AA--A--AT-A---ATTG--TTTCTATTCATAC-A--A----GCTT-ATTC-A---TATT-AAAA
561 AATCATTATGACCTTTTGTTTTTCTA-TAAAACAATTATTTTG-TTCATACAAGCTTATTCAAAA
* * * * * * * * * * * * ** * *
118429 TAATAT-TTATTTATTAAT-ATTTTGAT-AATTAATAAGTAAAAATTTTAAAAAATAAATATGTT
624 TAAAATAATACTAATTATTAATATT-CTAAAATTAAAATTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATT
*
118491 TACCGA-ACAAGTTCAAAT
688 TGCC-ACAC-AGTTCAAAT
* * * ** *
118509 AGTCATGATTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTCATAATAAAACA
1 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC--TAT-A--TTTTGTTTTGTCATAAAACA
* * ** * *
118574 ATTATTTCAATTCATGTAAGCTTATTT-GAAATAAAATAATACTAATTTCTTAATATTTTAAAAA
61 ATTTTTTTAATTCATAAAAGCTTATTTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA
* * * * *
118638 TTAA-AGAGTAAGAGAATTAAAAAATGAATTTGTTTACCGAA-TAAGTTCAAATAGTTATGAGTA
125 TTAATAG-GTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACC-AACCAAGTTCAAATAGTTATGACTA
* * * * *
118701 TCTT-AA-AAATATCTATTTCAAAACATTATGACTTTTTGATTTGTCATAAAACAATTGGTTT-T
188 T-TTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTCT
* * * * * * *
118763 GTTTATGCAAGCTTATTTC-CAATAAAATAATATAAATTGATTAATATTTC-AAAAATTAATAAG
251 ATTCATACAAGCTTA-GTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAAATTAATAAG
* * * * *
118826 TAAGAATTTAAAAGATAAATCTATTTTTTGAATTC-A-TT-AAATAGTTATGACTATTTGAACAA
315 T-AGATTTTAAAAG-TAAATCTGTTTATCGAA--CAAGTTCAAATAATT-TGACTATTTGAACAA
* * * * ** * *
118888 TT-TTCTATTTCAAATCGTTATGGCCATTTGTTTTGT-CATAAACCAATTTG-TTATGGTCAAAC
375 TTATT-TATTTCAAATC-TTATGACCTTTTGTTTAGTACA-AAA-CAA-TTGATTTTCATCATAT
* * ** *
118950 AAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATGCTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTA
435 AAGTCTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-
* * * *
119015 AAAAATAAATTTGTTTACCGAGTA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTC
499 -AAAA-AAATCTGTTTACC-A-AACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTC
* ** * * * * ***
119079 AAGTTGTTATGATCTTTTTGTTTTATC-ATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTGG
560 AAATCATTATGA-CCTTTTGTTTT-TCTATAAAACAATTATTT-TGTTCATACAAGCTTATTCAA
* * * * *
119143 AATAAAATAATACTAATTTGTTATTATTATAAAAATTAATAAATTAA-AGATTTTAAAAATTAAT
622 AATAAAATAATACTAA-TTATTAATATTCT-AAAATT-A-AAATTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * *
119207 CTATTTACCGA-ATAAGTTCAAAT
683 TTATTTGCC-ACA-CAGTTCAAAT
* * * * * * ** * * *
119230 GGTCAAGTCCATTTAAATTATTATCTATTTTAAATCGTTAAGACATTTTGTTTTGTCTTAAAACA
1 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC--T---ATATTTTGTTTTGTCATAAAACA
* * * * *
119295 ATTGTTTCT-ATTCATACAAA-ATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTACTATTTCAAAA
61 ATT-TTTTTAATTCATA-AAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAA
* * * * * * *
119358 ATT-A-A--TAAGACATTTAAAAACTAAATCTCTTTATCGAACC-GGTTCAAATAGTTATGACTA
124 ATTAATAGGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-CCAACCAAGTTCAAATAGTTATGACTA
* * * * * *
119418 TTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGA-TTTTTGTTTTGTCCTAAAACATTTGGTTT-TG
188 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTCTA
* * * ** * * * * * * *
119481 TTTATACAAGTTTATTCTGAGTAAAATATTGTTAAATTAATAATA-TTCTAAAAATTACTAAGTA
252 TTCATACAAGCTTAGTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAAATTAATAAGT-
* * * *** * * * ** *
119545 AGAATTTAAAAAATAAATGTGTTCGCCAAACTAA-TGCAAATAGTTAAT-ACTATCAGAATAATT
316 AG-ATTTTAAAAGTAAATCTGTTTATCGAAC-AAGTTCAAATAATT--TGACTATTTGAACAATT
* * * * * * * *
119608 ATCTATTTCGAATCATTTTGGCCATTTGTTTAGTCATAAAATAATTG--TTTCAAT-TTATACA-
377 ATTTATTTCAAATC-TTATGACCTTTTGTTTAGT-ACAAAACAATTGATTTTC-ATCATATA-AG
* * * *
119669 TACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATGAACATTT-AGAAAATTAATAAGCAAGAAATTT
438 T-C-TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAA-TTTTCA-AAAATTAATAAGTAAGAGA---
* *
119733 TTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAG--AT-ACTATTTGAACAATTATCTAT
496 TTT--AAAA-AAATCTGTTTACCAAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATAT
* * * * * ** * *
119795 TTAAAATCATTATGACTTTTTATTTTATC-ATAAAACATTTGTTTCAATTTATAAAAGCTTATAT
557 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTT-TCTATAAAACAATTATTT-TGTTCATACAAGCTTAT-T
* * * * * * *
119859 -GAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTTAAAAATTGATAATTTAGAGATTTAAAACATAA
619 CAAAATAAAATAATACTA-ATTATTAATATTCT-AAAATT-AAAATTAAGAGATTTAAAAAATAA
* * *
119923 A-TTATTTTATCGA-ATCAATTCAAAT
681 ATTTA-TTT-GCCACA-CAGTTCAAAT
* * * * *
119948 AATTATGGCCATTTGAGCAATTATTTATTT-AAATCATTATGAACTTTTGTTTT-TCCATAAAAC
1 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC--TAT--A-TTTTGTTTTGT-CATAAAAC
* * *
120011 AATTGTTTTTCA-TCATAAAAGCCTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTAT-AAA
60 AATT-TTTTTAATTCATAAAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAA
* * * * * *
120074 AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAACATAAATCTGTTTATCGAA-CTAGTTCAAATAGTTATGACT
123 AATTAATAGGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-CCAACCAAGTTCAAATAGTTATGACT
* * * * * * * *
120138 ATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGCTATGTCATAAAATAATTATATCTA
187 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA
* * ** * * * * *
120203 TTTATACAAGCTTATTTGAAATGAAATAATGTTAATGTAATAATATTATGAAAATTAA-TAACTA
252 TTCATACAAGCTTAGTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATT-TCAAAA--AATTAA-TA
* * * * * * * ** *
120267 AG-AGATTTGAAAAATAAATTTGTTTGTTGAACTAGTTCAAATACTTAAAGCTACATT-AACAAT
313 AGTAGATTTTAAAAGTAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAATTTGA-CTA-TTTGAACAAT
* * * * * * *** * *
120330 TCTTTATTTTAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTATTTAGTTCTTACTAAC
376 TATTTATTTCAAATC-TTATGACCTTTTGTTTAGT-ACAAAACAATTGATTTTCATCATA-TAAG
* * * * * * *
120395 T-TATTCAAAATAAAATAA-AATAAATTTATTAGTACTTGAAAAACTAATCAGTAAGAAATTTGA
438 TCTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAAT-TTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-A
* * * * * * * * *
120458 AAAATAATTTTGATTGCTGAACCAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAA
500 AAAA-AA-TCTGTTTAC-CAAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAA
* * * * * * * *
120523 ATCATTATCACCTTTTGTTTTGTC-ATAAAACAAATGT-TTTTATTTA-AGTAAGTTTGTTTAGA
562 ATCATTATGACCTTTTGTTTT-TCTATAAAAC-AAT-TATTTTGTTCATA-CAAGCTTATTCAAA
* * * * * *
120585 ATAAAATAATATTAATTTATTAACATTTTGAAATTTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAATTT
623 ATAAAATAATACTAA-TTATTAATATTCT-AAAATTAA-AATTAAGAGATTTAAAAAATAAATTT
* * * *
120650 GTTTACTAAACCAGTTC-AAT
685 ATTTGCCACA-CAGTTCAAAT
* * * ** * *
120670 AAGTTATAACTATTTGAA-TATTATTTATTTCAAAATACTATGACCATTGTTTGGTCATAAAATA
1 -AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC-AAAT-CTAT-A-TTTTGTTTTGTCATAAAACA
* * * *
120734 ATTGTTTCT-ATTCAT-ATAGTCTTATTTAGAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATA-TTCTAAA
61 ATT-TTTTTAATTCATAAAAG-CTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAA
* ** * * ** ** * * *
120796 AATTAATAAGTAATGGATTTAAAAAATGAATATGTTGGCTTGACTAA-TGCAAATAGTTATAACT
123 AATTAATAGGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTAC-CAACCAAGTTCAAATAGTTATGACT
* * * ** * * * *
120860 ATTTGAACAATTATTTGA-TTCAAA-CTATTATAACCTTTTGTTTCATGACAAAACAATTATTAC
187 ATTTGAACAATTATCT-ATTTCAAATC-GTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* ** * * ** * * *
120923 TGTTTGTGCAAGCTTATTTGAAATAACATAAT-TCTAATTTATTAATA-TTCCAAAAGTTAATAA
250 TATTCATACAAGCTTAGTCAAAATAAAATAATAT-TAATTTATTAATATTTCAAAAAATTAATAA
* * * * * *
120986 GTAATAGATTTAAAAAAATGAATTTGTTTATCGAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACA
314 G---TAGATTT-TAAAAGTAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAATT-TGACTATTTGAACA
* * * * * *
121051 ATTATCTATTTCAAA--TTGTGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATT--TTTTCTACTCATACA
374 ATTATTTATTTCAAATCTTATGACCTTTTGTTTAGT-ACAAAACAATTGATTTTC-A-TCATATA
*
121112 AG-C--TT----AT----T-A-A-T-ATTTA--AA----C---AATTAATAAGTAAAAGATTTAA
436 AGTCTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT--
* * * * * * *
121153 AAAATAAATTTGTTTATCGAATA-AGTTCAAATAGTTATGATTATCTGAATAATTATTTATTTTA
499 AAAA-AAATCTGTTTA-CCAA-ACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCA
* * * *
121217 AATCATTATGA-CTTTAT-TTTTATC-ATAAAATAATCACTTGTGTTCATACAAGCTTATTCAGA
561 AATCATTATGACCTTT-TGTTTT-TCTATAAAACAATTA-TTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAA
* * * ** * * * *
121279 TTAAAATAATATTAATTTAATAATATT-TCAACAATTAATAAAAAAAAAATTT-AACAATAAATA
623 ATAAAATAATACTAA-TTATTAATATTCT-AA-AATTAA-AATTAAGAGATTTAAAAAATAAATT
* *
121342 TGTTTACCTA-ACAAGTTCAAAT
684 TATTTGCC-ACAC-AGTTCAAAT
* ** * ** *
121364 AGTCACAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTCATCATTAAACA
1 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC--TAT-A--TTTTGTTTTGTCATAAAACA
* * * * * * * *
121429 ATTGTATCAGTTCATATAAGCTTATTT-GAAAAAAATAATACTAATTTTTTAATATTCCAAAAAT
61 ATTTTTTTAATTCATAAAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAT
* * * *** *
121493 TAAT-GAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATTTATTTATTGTA-CAAGTTCAAATAGTTATAACTAT
126 TAATAG-GTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-CCAACCAAGTTCAAATAGTTATGACTAT
* * *
121556 TTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTT
189 TTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATT
* *** * * *
121621 CATACAAGCTTATTTTGAATAAAATGATATAAATTTATTAATATTTC-AAAAATTACTAAGTAGA
254 CATACAAGCTTAGTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAAATTAATAAGTAG-
* * * * * * *
121685 AATTTAAAAAATAAATATGTTT-TCTAAACACA-TTTAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTAT
318 -ATTTTAAAAGTAAATCTGTTTATC-GAACA-AGTTCAAATAATT-TGACTATTTGAACAATTAT
* * *
121748 CTATTTCAAATAGC-TATGACCTTTTGTTTTGT-CATAAACCAATT-A-TTTCTATTCATACAA-
379 TTATTTCAAAT--CTTATGACCTTTTGTTTAGTACA-AAA-CAATTGATTTTC-A-TCATATAAG
* ** * ** *
121808 ACTTATTTGAAATAAACTAATACTAATTTACCAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAA
438 TC-TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-TTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAA
121873 AAAA
501 AAAA
121877 TAAATTTGTT
Statistics
Matches: 7480, Mismatches: 1709, Indels: 1488
0.70 0.16 0.14
Matches are distributed among these distances:
685 62 0.01
686 93 0.01
687 19 0.00
688 116 0.02
689 177 0.02
690 11 0.00
691 10 0.00
692 69 0.01
693 65 0.01
694 271 0.04
695 145 0.02
696 9 0.00
697 4 0.00
698 6 0.00
699 2 0.00
702 5 0.00
703 5 0.00
704 6 0.00
705 11 0.00
706 5 0.00
707 9 0.00
708 135 0.02
709 15 0.00
710 92 0.01
711 492 0.07
712 145 0.02
713 81 0.01
714 122 0.02
715 105 0.01
716 289 0.04
717 539 0.07
718 562 0.08
719 328 0.04
720 159 0.02
721 416 0.06
722 544 0.07
723 562 0.08
724 133 0.02
725 232 0.03
726 206 0.03
727 202 0.03
728 136 0.02
729 33 0.00
730 15 0.00
731 39 0.01
732 1 0.00
733 8 0.00
735 1 0.00
737 1 0.00
739 8 0.00
740 16 0.00
741 26 0.00
742 13 0.00
743 11 0.00
744 7 0.00
745 3 0.00
747 8 0.00
748 4 0.00
749 5 0.00
750 7 0.00
752 2 0.00
754 4 0.00
755 6 0.00
756 7 0.00
757 10 0.00
758 2 0.00
759 5 0.00
760 5 0.00
761 12 0.00
764 3 0.00
766 13 0.00
767 5 0.00
768 2 0.00
769 3 0.00
770 8 0.00
771 6 0.00
772 3 0.00
773 4 0.00
774 10 0.00
775 1 0.00
776 7 0.00
777 15 0.00
778 20 0.00
779 11 0.00
780 6 0.00
781 2 0.00
782 4 0.00
783 2 0.00
784 5 0.00
785 2 0.00
786 5 0.00
787 11 0.00
788 21 0.00
789 11 0.00
790 6 0.00
792 10 0.00
793 6 0.00
794 2 0.00
795 4 0.00
796 6 0.00
797 2 0.00
798 3 0.00
799 6 0.00
800 14 0.00
802 3 0.00
805 11 0.00
806 3 0.00
807 6 0.00
808 5 0.00
809 6 0.00
810 8 0.00
811 7 0.00
812 1 0.00
813 1 0.00
814 1 0.00
815 6 0.00
816 8 0.00
817 4 0.00
818 19 0.00
819 20 0.00
820 12 0.00
821 3 0.00
822 13 0.00
823 14 0.00
824 9 0.00
825 5 0.00
828 1 0.00
829 1 0.00
830 2 0.00
831 2 0.00
832 1 0.00
833 1 0.00
834 4 0.00
835 4 0.00
836 3 0.00
837 2 0.00
840 5 0.00
841 74 0.01
842 90 0.01
843 28 0.00
844 2 0.00
845 2 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (704 bp):
AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCTATATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTT
TTTAATTCATAAAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
GGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAACCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
ATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAA
GCTTAGTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAAATTAATAAGTAGATTTTAAA
AGTAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAATTTGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATC
TTATGACCTTTTGTTTAGTACAAAACAATTGATTTTCATCATATAAGTCTATTCAAAATAAAATA
ATACTAATTTATTAATTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAATCTGTTTACCAAACA
GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTTCT
ATAAAACAATTATTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTATTAATATTCT
AAAATTAAAATTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTGCCACACAGTTCAAAT
Found at i:114768 original size:7 final size:7
Alignment explanation
Indices: 114758--114783 Score: 52
Period size: 7 Copynumber: 3.7 Consensus size: 7
114748 TAATATTTAA
114758 AAAAATT
1 AAAAATT
114765 AAAAATT
1 AAAAATT
114772 AAAAATT
1 AAAAATT
114779 AAAAA
1 AAAAA
114784 AATAAATATA
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
7 19 1.00
ACGTcount: A:0.77, C:0.00, G:0.00, T:0.23
Consensus pattern (7 bp):
AAAAATT
Found at i:116625 original size:362 final size:359
Alignment explanation
Indices: 115676--118346 Score: 2105
Period size: 362 Copynumber: 7.4 Consensus size: 359
115666 ATTATAAATG
* * * * * * *
115676 ATTATCTATTTCAAATCGTTATGACATTTTCTTTTGTCTTAGAACAATTGTTT-TATTCATATAA
1 ATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAA
* * * ** *
115740 GTTTATTCGAATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAA
66 GCTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAA
** * * * * * * * * * *
115805 AAAATAGTTATGTTTACCAAAGC-AGTTCAAATGGTTAAGAATATTAGAATTATTTTATATTGCA
130 AAAATAAATCTGTTTA-CAAACCGA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCA
* * * * * * **
115869 AATCATTTTGACCTTGTGCTTAGTCATAAAACAACT-ATTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAA
193 AATCATTATAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGATTTCTATT-ATACAAGCTTATTTGAAA
* * * * *
115933 TAAATTAATACTAATTTATTAACATTTAGAAGATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAAATAAATTT
257 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAA-AGATTT-AAAAAATAAATTT
* * * * *
115998 GTTTGCC-AAACAAGTTCAAATAGTTATTATTATTTGAATA
320 GTTTACCGAATCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* ** * *
116038 ATTATCTATTTAAAATCGCTATAACCTTTTGATTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTAATACA
1 ATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACA
** * ** *
116102 AGCTTAGACGAAATAAAATAATAC-AATTTTGTTAATATTTCCTAAATTAATAAGTAAGAAATTT
65 AGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAA-TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
* ** * * * * * * * * *
116166 AAAAAATAAATCTATTTATTGAATCAATTAAAATAATTATGGCCATTTGAATGATTATCTACTAC
128 AAAAAATAAATCTGTTTA-CAAACCGATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTC
* ** * * * *
116231 AAATCATTATGATGTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTTATTATACAAGCTTATTTGAAA
192 AAATCATTATAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGATTTCTATTATACAAGCTTATTTGAAA
*
116296 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAACAAATTTAAAAAAATAAATTT
257 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAA-AGATTT-AAAAAATAAATTT
* *
116361 GTTTACCGAATCAATTTAAATAATTATGACTATTTGAACA
320 GTTTACCGAATCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * * *
116401 ATTAT-TAATCTCAAATCGTTAAAATC-TTTGTTTTGCCATAAAACAATTGTTTCTGATT-ATAG
1 ATTATCT-ATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATAC
* * *
116463 AAGCTTATTCAATTAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
64 AAGCTTATTCAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
* * * ** * *
116528 AAAAAATAAATGTGTTTACCAACCTGATTTAAATAGTTAAAACTATTAGAATAATTATATATTTC
128 AAAAAATAAATCTGTTTACAAACC-GATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTC
* * * * * * *
116593 AAATTATTCTAACCTCTTGTTTAATCATAAAATATTTG-TTTCATATCT-TACAAGCTTATTCGA
192 AAATCATTATAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGATTTC-TAT-TATACAAGCTTATTTGA
* * * * * * * * *
116656 AATAAAATAATCCAAATTTAATGAACATTCAGAAAATTAATAAGCAAAATATTTGAAACAATAAA
255 AATAAAATAATACTAATTT-ATTAATATTTAAAAAATTAATAAG-TAAAGATTT-AAAAAATAAA
* * * * * * * *
116721 TCTATCTACCGAA-CAAGCTAAAATAGTTATTACTATTTAAAAA
317 TTTGTTTACCGAATCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * * * *
116764 ATTATTTATTTAAAATCATTATGACCTTTTATTTTGACATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAA
1 ATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAA
* * * * * *
116829 ACTTATCCAAAACAAAATAATACTAATTTTTTAATATTTCCAAAATTAATAAGCAAGAG-TTTAA
66 GCTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAA
* ** * *
116893 AAAATTAAATTTGTTTACTAAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAA
130 AAAA-TAAATCTGTTTAC-AAACCGATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCA
* * * * *
116958 AATCATTATGACCTTTTGTTCT-G-CTATAAAATAA-TGGTTTCAATTCATACAAACTTATTTGA
193 AATCATTATAACCTTTTGTT-TAGTC-ATAAAACAATTGATTTCTATT-ATACAAGCTTATTTGA
* * *
117020 AACAAAATAATACTAA-TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT---GATTTAAAAAATAAAATC
255 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAAT-AAATT
* * * * * * * *
117081 TATTTATCGAATTAGTTCAAATAATTATGTCCATTTCAACA
319 TGTTTACCGAATCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * *
117122 ATTATCTATCTT-AAATCATTATTACCTTTTG-TTTGATCATATAACAATTGTTT-TTTCTCATA
1 ATTATCTAT-TTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTG-TCATAAAACAATTGTTTCTAT-TCATA
* * *
117184 CAAGTTTATTTGAAATAAAATAGTACTAATTTATTAA-ACTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAT
63 CAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAT
* * * * * * *
117248 TTAAAAAATTAATCTGTTTATCAAACCAATTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTGTATACT
126 TTAAAAAATAAATCTGTTTA-CAAACCGATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATT
* * * *
117313 TCAAATCTTTATAACCTTTTG-TTATGTCATGAAGCAATT-ATTTCTATTCATACAAGTTTATTT
190 TCAAATCATTATAACCTTTTGTTTA-GTCATAAAACAATTGATTTCTATT-ATACAAGCTTATTT
* * * * * * *
117376 GAAATAAAATAGTACTAATCTAATAAAATTTTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATTAA
253 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAA
* ** * * **
117441 TTTGTTTGCTAAATCAGTTCAAATAGTTAAGACTA--CAAACA
317 TTTGTTTACCGAATCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * * *
117482 ATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCAACTCATAAAA
1 ATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAA
* * * *
117547 GCTCATTCAGAATAGAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAAA-T-AT-A-TAAGAGATTTAG
66 GCTTATTCA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAA
* * * * *
117608 AAAATAATTCTATTTACTAAACCGATTCAAATAATTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAG
130 AAAATAAATCTGTTTAC-AAACCGATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAA
* ** * * * * * * *
117673 ATTATTATTGCTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTTGTTAATATAAGTTTGTTTGAAAT
194 ATCATTATAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGATTTCTATT-ATACAAGCTTATTTGAAAT
* * * * * *
117737 AAAATAATATTAATTTATTAATATTTAGAAAATTAATCAGTAAGAGATTTAAAAAGTAAA-TCGC
258 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATTTGT
* * * * *
117801 TTAACAAACCATTTCAAATAGTTATGACTATTTGAGCA
322 TTACCGAATCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * ** * * * * * * *
117839 ATTATTTCTTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTCTATTATAAAACAATAGTTTCTATTCATATAA
1 ATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAA
* * * ** * * * *
117904 GCTTACTCAGACTAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAAATTTTA
66 GCTTATTCA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAA
* * * *
117969 AAAATAAATATGTTTACTGAACTAGA-TCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCA
130 AAAATAAATCTGTTTAC-AAAC-CGATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCA
* * * * * * *
118033 AATCATTATAACATTTTCTTTTGTAATAAAAGAATT-ATTTCAATTTATATAAGCTTATTTGAAA
193 AATCATTATAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGATTTCTA-TTATACAAGCTTATTTGAAA
* * ** * **
118097 TAAAATAATACTAAGTTGTTAATATTCCAAAAATTAATAATTAAAAGATTTAAAAAA-CGATTCT
257 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGT-AAAGATTTAAAAAATAAATT-T
* * * *
118161 ATTTATCG-AGCAAGTT-ACAATAATTATGACTATTTGAACA
320 GTTTACCGAATCAA-TTCA-AATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * * * *
118201 ATTATGTATTTGAAATCACTATAACCTTTTGCTTTGTCATAAAATTACTT-TTTCTATTTATACA
1 ATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-CAATTGTTTCTATTCATACA
* ** * * *
118265 AGCCTATTTTTATTAAAATAATACAAATTTATTAATA-TT-AAGACAATTAATAAGTAAAAGATT
65 AGCTTA-TTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA-A-AATTAATAAGTAAGAGATT
118328 TAAAAAATAAATCTGTTTA
127 TAAAAAATAAATCTGTTTA
118347 TCGAACAAGT
Statistics
Matches: 1830, Mismatches: 407, Indels: 144
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
355 27 0.01
356 159 0.09
357 108 0.06
358 241 0.13
359 46 0.03
360 88 0.05
361 174 0.10
362 421 0.23
363 368 0.20
364 192 0.10
365 6 0.00
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (359 bp):
ATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAA
GCTTATTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAA
AAATAAATCTGTTTACAAACCGATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT
CATTATAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGATTTCTATTATACAAGCTTATTTGAAATAAA
ATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTAC
CGAATCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
Found at i:117669 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 117637--117669 Score: 50
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
117627 AACCGATTCA
117637 AATAATTATAACTATTTG
1 AATAATTAT-ACTATTTG
117655 AATAATTAT-CTATTT
1 AATAATTATACTATTT
117670 CAGATTATTA
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
18 9 0.60
ACGTcount: A:0.42, C:0.06, G:0.03, T:0.48
Consensus pattern (17 bp):
AATAATTATACTATTTG
Found at i:118371 original size:181 final size:177
Alignment explanation
Indices: 115676--121912 Score: 1905
Period size: 181 Copynumber: 34.9 Consensus size: 177
115666 ATTATAAATG
* * * * * * *
115676 ATTATCTATTTCAAATCGTTATGACATTTTCTTTTGTCTTAGAACAATTGTTT-TATTCATATAA
1 ATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTT-GTTTGTCATAAAACAATT-TTTCTATTCATACAA
* * * * *
115740 GTTTATTCGAATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAA
64 GCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA--TTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAA
** * * * * * * * **
115805 AAAATAGTTATGTTTACCAAAGC-AGTTCAAATGGTTAAGAATATTAGAATT
127 AAAATAAATCTGTTTATCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * * * * * *
115856 ATTTTATATTGCAAATCATTTTGACCTTGTGCTTAGTCATAAAACAACTATTTCAATTCATACAA
1 ATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTG-TTTGTCATAAAACAA-TTTTTCTATTCATACAA
** * * *
115921 GCTTATTCAAAATAAATTAATACTAATTTATTAACATTTAGAAGATTAATAAG-AAAGAGATTTA
64 GCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTA-AAAATTAATAAGTAAA-AGATTT-
* ** * * * *
115985 AAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACAAGTTCAAATAGTTATTATTATTTGAATA
125 AAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* ** *
116038 ATTATCTATTTAAAATCGCTATAACCTTTTGATTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTAATACA
1 ATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTG-TTTGTCATAAAACAATT-TTTCTA-TTCATACA
*** * **
116102 AGCTTAGACGAAATAAAATAATAC-AATTTTGTTAATATTTCCTAAATTAATAAGTAAGAA-ATT
63 AGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAA-TTTATTAATA-TT-AAAAATTAATAAGTAA-AAGATT
* * * * * * **
116165 TAAAAAATAAATCTATTTATTGAATCAA-TTAAAATAATTATGGCCATTTGAATG
124 TAAAAAATAAATCTGTTTATCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * ** * *
116219 ATTATCTACTACAAATCATTATGATGTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTTATT-ATACA
1 ATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTG-TTTGTCATAAAACAA-T-TTTTCTATTCATACA
116283 AGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAACAA-ATTT
63 AGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TT-AAAAATTAATAAGTAA-AAGATTT
* * * *
116347 AAAAAAATAAATTTGTTTACCGAATCAA-TTTAAATAATTATGACTATTTGAACA
125 -AAAAAATAAATCTGTTTATCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * * *
116401 ATTAT-TAATCTCAAATCGTTAAAATC-TTTGTTTTGCCATAAAACAATTGTTTCTGATT-ATAG
1 ATTATCT-ATTTCAAATCATTATAACCTTTTG-TTTGTCATAAAACAATT-TTTCT-ATTCATAC
* * * *
116463 AAGCTTA-TTCAATTAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
62 AAGCTTATTTGAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATT--AAAAATTAATAAGTAAAAGATT
* * ** * ** * *
116527 TAAAAAATAAATGTGTTTA-CCAACCTGATTTAAATAGTTAAAACTATTAGAATA
124 TAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAG-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * * * * *
116581 ATTATATATTTCAAATTATTCTAACCTCTTGTTTAATCATAAAATATTTGTTTC-ATATCTTACA
1 ATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTT-GTCATAAAACAATT-TTTCTAT-TCATACA
* * * * * * *
116645 AGCTTATTCGAAATAAAATAATCCAAATTTAATGAACATTCAGAAAATTAATAAGCAAAATATTT
63 AGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTT-ATTAATATT-A-AAAATTAATAAGTAAAAGATTT
* * * * * * * * *
116710 GAAACAATAAATCTATCTACCGAACAAGCTAAAATAGTTATTACTATTTAAAAA
125 -AAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * * * *
116764 ATTATTTATTTAAAATCATTATGACCTTTTATTTTGACATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAA
1 ATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTT-GTTTGTCATAAAACAATT-TTTCTATTCATACAA
* *** * * * * *
116829 ACTTATCCAAAACAAAATAATACTAATTTTTTAATATTTCCAAAATTAATAAGCAAGAG-TTTAA
64 GCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAA
* * *
116893 AAAATTAAATTTGTTTA-CTAAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
127 AAAA-TAAATCTGTTTATC-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * *
116945 ATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTCTG-CTATAAAATAATGGTTTCAATTCATACA
1 ATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTT-TGTC-ATAAAACAAT-TTTTCTATTCATACA
* *
117009 AACTTATTTGAAACAAAATAATACTAA-TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT----GATTTA
63 AGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTA
* ** * * * *
117069 AAAAATAAAATCTATTTATCGAATTAGTTCAAATAATTATGTCCATTTCAACA
126 AAAAAT-AAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * *
117122 ATTATCTATCTT-AAATCATTATTACCTTTTGTTTGATCATATAACAATTGTTT-TTTCTCATAC
1 ATTATCTAT-TTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTG-TCATAAAACAATT-TTTCTAT-TCATAC
* * *
117185 AAGTTTATTTGAAATAAAATAGTACTAATTTATTAA-ACTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
62 AAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA--TT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATT
* * *
117249 TAAAAAATTAATCTGTTTATCAAACCAA-TTCAAATAGTTATGATTATTTGAACA
124 TAAAAAATAAATCTGTTTATCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * * *
117303 ATTGTATACTTCAAATCTTTATAACCTTTTGTTATGTCATGAAGCAATTATTTCTATTCATACAA
1 ATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTT-TGTCATAAAACAATT-TTTCTATTCATACAA
* * * * * * *
117368 GTTTATTTGAAATAAAATAGTACTAATCTAATAAAATTTTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAA
64 GCTTATTTGAAATAAAATAATACTAAT-TTAT-TAATATTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAA
* * * * * **
117433 AAAATTAATTTGTTT-GCTAA-ATCAGTTCAAATAGTTAAGACTA--CAAACA
127 AAAATAAATCTGTTTATCGAACA--AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * *
117482 ATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCAACTCATAAAA
1 ATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTG-TTTGTCATAAAACAA-TTTTTCTATTCATACAA
* * * * *
117547 GCTCA-TTCAGAATAGAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAAA-T-AT-A-TAAGAGATTTA
64 GCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTA
* * * * * * * *
117607 GAAAATAATTCTATTTA-CTAA-ACCGATTCAAATAATTATAACTATTTGAATA
126 AAAAATAAATCTGTTTATCGAACA-AG-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * ** * * * * *
117659 ATTATCTATTTCAGATTATTATTGCTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTAATATAA
1 ATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTG-TTTGTCATAAAACAATT-TTTCTATTCATACAA
* * * * *
117724 GTTTGTTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTAGAAAATTAATCAGTAAGAGATTTAA
64 GCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTA-AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAA
* * * * * * *
117789 AAAGTAAATC-GCTTAACAAACCATTTCAAATAGTTATGACTATTTGAGCA
127 AAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * ** * * * * * *
117839 ATTATTTCTTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTCTATTATAAAACAATAGTTTCTATTCATATAA
1 ATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTT-TGTCATAAAACAAT-TTTTCTATTCATACAA
* * * * * * * *
117904 GCTTA-CTCAGACTAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAAATTTT
64 GCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATA--TTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTA
* * * * *
117968 AAAAATAAATATGTTTA-CTGAACTAGATCAAATAGTCATGACTATTTGAATA
126 AAAAATAAATCTGTTTATC-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * * * *
118020 ATTATCTATTTCAAATCATTATAACATTTTCTTTTGTAATAAAAGAATTATTTCAATTTATATAA
1 ATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTT-GTTTGTCATAAAACAATT-TTTCTATTCATACAA
* * *
118085 GCTTATTTGAAATAAAATAATACTAAGTTGTTAATATTCCAAAAATTAATAATTAAAAGATTTAA
64 GCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT--AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAA
** * * * *
118150 AAAACGATTCTATTTATCGAGCAAGTT-ACAATAATTATGACTATTTGAACA
127 AAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCA-AATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * * *
118201 ATTATGTATTTGAAATCACTATAACCTTTTGCTTTGTCATAAAATTACTTTTTCTATTTATACAA
1 ATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTG-TTTGTCATAAAA-CAATTTTTCTATTCATACAA
* ** * *
118266 GCCTATTTTTATTAAAATAATACAAATTTATTAATATTAAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAA
64 GCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTAA-A-AATTAATAAGTAAAAGATTTAA
** * * *
118331 AAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTTGAATTGTTATGACTTTTTGTTTTATCATAAA
127 AAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG-------A-ACA
* * * * * * * ** * * * *
118390 ATAAT-TGTTTCTATTCA-TACAAGC--TTATTCAT-ATTAAAATAA-TATT-TATTTAT-TAA-
1 ATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTGTCA-TAAAACAATTTTTCTATTCATACAAG
* ** * * * * * *
118446 --TATTTTGATAAT-TAATAAGTAAAAATTT-TAAAAAATAAATATGT-TTACCG-AACAAG-TT
65 CTTA-TTTGA-AATAAAATAA-TACTAATTTATTAATATTAAAAAT-TAATA-AGTAA-AAGATT
* * * * * * * * * *
118504 CAAATAGTCATGAT-TATTTGAAT-AATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCT-TTTGTTTCAT
124 TAAAAAAT-A-AATCTGTTT--ATCGA--A-CAAGTTCAAAT-AGTTATGA-CTATTTG---AAC
118565 A
177 A
* * * * * * ** *
118566 ATAAAACAATTATTTCAATTCA-TGTAAGC--TTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTCTTAAT
1 AT-TATC---TATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTGTCATAAAACAAT--T--TTTC-T-AT
** ** ** * * * * * ** *
118628 ATTTTA-AAAATTA-AAGAGTAAGAGAATTAAAAAATGAATTTGTT--TACCGAATAAGTTCAA-
56 -TCATACAAGCTTATTTGA--AATA-AAAT-AATACT-AATTTATTAATA-TTAA-AAATT-AAT
** * * * * *
118688 ATAGTTATGAGTATCTT-AAAAAT--ATCT-ATT-TC-AA-AA---CATTATGACTTTTTGA-TT
112 A-AG-TAAAAG-AT-TTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCA-AAT-A-GTTATGACTA
*
118742 TGTCATAAAACA
170 T-T--T-GAACA
** * * * * * * ** * *
118754 ATT-GGT-TTT---GT--TTATGCAAGC--TTATTT-CCAATAAAATAA--TATAAATTGAT-TA
1 ATTATCTATTTCAAATCATTAT--AACCTTTTGTTTGTC-ATAAAACAATTTTTCTATTCATACA
* ** * * ** ***
118806 A---TATTTCAAA-AATTAATAAGTAAGAATTTA--AA-A-GATAAATCT-AT-TTTTTGA-ATT
63 AGCTTATTTGAAATAA--AATAA-TACTAATTTATTAATATTAAAAAT-TAATAAGTAAAAGATT
* ** ** * ** * * * * * * *
118860 CATTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTTTC---TATTTCA-AATCGT-TATG-GCC
124 TAAAAAATAAATCTGTTTA-TCGAACAA-GTTCAAATAGTT-ATGA-C-TATTTGAACA
* * * * *
118913 ATT-TGT-TTT---GTCA-TA-AACCAATTTGTTATGGTC---AAACAAGTTTATTCGA--AATA
1 ATTATCTATTTCAAATCATTATAACC-TTTTGTT-T-GTCATAAAACAA-TTT-TTCTATTCATA
* * * ** * * ** *
118966 -AA-ATAATACT--AATTTATTAATGCTCAA-AAATTAATAAGTAAAAGATTTAA-AA--AATAA
61 CAAGCTTAT-TTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAAT-ATTAAAA-A-TTAATAAGTAA-AA
* ** *
119023 -A-T-----------T-TGTTTACCGAGTAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATA
120 GATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * ** * * *
119067 ATTATTTATTTCAAGTTGTTATGATCTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACA
1 ATTATCTATTTCAAATCATTAT-AACCTTTTG-TTTGTCATAAAACAATT-TTTCTATTCATACA
* * * * * * *
119132 AGTTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTGTTATTATTATAAAAATTAATAAATTAAAGATTTT
63 AGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-T-TAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTA
* * * * * * * * * * **
119197 AAAAATTAATCTATTTACCGAATAAGTTCAAATGGTCAAGTCCATTTAAATT
126 AAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * *
119249 ATTATCTATTTTAAATCGTTA-AGACATTTTGTTTTGTCTTAAAACAATTGTTTCTATTCATACA
1 ATTATCTATTTCAAATCATTATA-ACCTTTTG-TTTGTCATAAAACAATT-TTTCTATTCATACA
** ** * *
119313 AAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTACTATTTCAAAAATTAATAAG----ACATTTA
63 AGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTA
* * **
119374 AAAACTAAATCTCTTTATCGAACCGGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
126 AAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * * * *
119426 ATTATCTATCTCAAATCATTATGA-TTTTTGTTTTGTCCTAAAAC-ATTTGGTTTTGTTTATACA
1 ATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTG-TTTGTCATAAAACAATTT--TTCTATTCATACA
* * * ** * * * *
119489 AGTTTATTCTG-AGTAAAATATTGTTAAATTAATAATATTCTAAAAATTACTAAGTAAGA-ATTT
63 AGCTTATT-TGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-T-TAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT
* *** * * ** *
119552 AAAAAATAAATGTGTTCGCCAAACTAA-TGCAAATAGTTAAT-ACTATCAGAATA
125 AAAAAATAAATCTGTTTATCGAAC-AAGTTCAAATAGTT-ATGACTATTTGAACA
* * ** * * * *
119605 ATTATCTATTTCGAATCATTTTGGCCATTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAATTTATACAT
1 ATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTT-GTCATAAAACAATT-TTTCTATTCATACA-
** * * *
119670 A-CTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATGAACATTTAGAAAATTAATAAGCAAGAA-ATTT
63 AGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTA-AAAATTAATAAGTAA-AAGA---
*
119733 TTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CTAAACAAGTTCAAATAG--AT-ACTATTTGAACA
122 TTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * * * * * *
119786 ATTATCTATTTAAAATCATTATGACTTTTTATTTTATCATAAAACATTTGTTTCAATTTATAAAA
1 ATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTT-GTTTGTCATAAAACAATT-TTTCTATTCATACAA
* * * * * * *
119851 GCTTATATGAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTTAAAAATTGATAATTTAGAGATTTAA
64 GCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA--TTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAA
* * * * * *
119916 AACATAAAT-TATTTTATCGAATCAA-TTCAAATAATTATGGCCATTTGAGCA
127 AAAATAAATCT-GTTTATCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * *
119967 ATTATTTATTT-AAATCATTATGAA-CTTTTGTTTTTCCATAAAACAATTGTTTTTCA-TCATAA
1 ATTATCTATTTCAAATCATTAT-AACCTTTTGTTTGT-CATAAAACAATT-TTTCT-ATTCATAC
* * *
120029 AAGCCTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTATAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
62 AAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-T-TAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT
* *
120094 AAAACATAAATCTGTTTATCGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
125 AAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* ** * * * *
120147 ATTATTTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGCTATGTCATAAAATAATTATATCTATTTATACAA
1 ATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTG-TTTGTCATAAAACAATT-TTTCTATTCATACAA
* ** * * * * *
120212 GCTTATTTGAAATGAAATAATGTTAATGTAATAATATTATGAAAATTAATAACTAAGAGATTTGA
64 GCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTA--AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAA
* * * * * * *
120277 AAAATAAATTTGTTTGTTGAACTAGTTCAAATACTTA-AAGCTACATT-AACA
127 AAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGA-CTA-TTTGAACA
* * * * * * *
120328 ATTCTTTATTTTAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTATT-TAGTTCTTACT
1 ATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTG-TTTGTCATAAAACAATTT-TTCTA-TTCATAC-
** * * * *
120392 AA-CTTATTCAAAATAAAATAA-AATAAATTTATTAGTACTTGAAAAACTAATCAGTAAGAA-AT
62 AAGCTTATTTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATA-TT-AAAAATTAATAAGTAA-AAGAT
* * * * * * * * *
120454 TTGAAAAATAATTTTGATT-GCTGAACCAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAATA
123 TTAAAAAATAAATCTGTTTATC-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * *
120509 ATTATCTATTTCAAATCATTATCACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTT-TATTTA-AGT
1 ATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTG-TTTGTCATAAAAC-AAT-TTTTCTATTCATA-C
* * * * * * * *
120572 AAGTTTGTTT-AGAATAAAATAATATTAATTTATTAACATTTTGAAATTTAATAAGTAAGAGAAT
62 AAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATT-A-ATATTAAAAATTAATAAGTAAAAGATT
* * * * *
120636 TAAAAAATAAATTTGTTTA-CTAAACCAGTTC-AATAAGTTATAACTATTTGAA-T
124 TAAAAAATAAATCTGTTTATC-GAACAAGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACA
* * * * * *
120689 ATTATTTATTTCAAAAT-ACTATGACC-ATTGTTTGGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATA-T
1 ATTATCTATTTC-AAATCATTATAACCTTTTGTTT-GTCATAAAACAATT-TTTCTATTCATACA
* * **
120751 AGTCTTATTT-AGAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAATGGATT
63 AG-CTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-T-TAAAAATTAATAAGTAAAAGATT
* * ** * * *
120815 TAAAAAATGAATATGTTGGCTTG-ACTAA-TGCAAATAGTTATAACTATTTGAACA
124 TAAAAAATAAATCTGTT-TATCGAAC-AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * * * ** *
120869 ATTATTTGA-TTCAAA-CTATTATAACCTTTTGTTTCATGACAAAACAATTATTACTGTTTGTGC
1 ATTATCT-ATTTCAAATC-ATTATAACCTTTTGTTT-GTCATAAAACAATT-TTTCTATTCATAC
* * * *
120932 AAGCTTATTTGAAATAACATAATTCTAATTTATTAATATTCCAAAAGTTAATAAGTAATAGATTT
62 AAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT--AAAAATTAATAAGTAAAAGATTT
* * *
120997 AAAAAAATGAATTTGTTTATCGAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACA
125 -AAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * *
121051 ATTATCTATTTC-AA--ATTGTGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTACTCATACAA
1 ATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTT-GTTTGTCATAAAACAA-TTTTTCTATTCATACAA
* * * * * * * ** * **
121113 GCTTA-TT-AATATTTAAACAATTAATAA-GTA-AAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGA-
64 GCTTATTTGAA-A-TAAAATAA-TACTAATTTATTAATA-TT-AAAAATTAATAAG-TAAAAGAT
* * ** * * * ** * * *
121173 ATAAGTTCAAATAGTTATGATTATCTGAATAA-TT-ATTTA-TTTTAAATCATTATG-AC-
123 TTAA---AAAATAAATCTGTTTATC-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACT-ATT-TGAACA
* * * ** * * * * * * *
121229 TTTAT-T-TTT---ATCATAAAATAATCACTTGTGT-TCATACAAGC--TTATTCAGATTAAAAT
1 ATTATCTATTTCAAATCAT--TATAACCTTTTGTTTGTCATA-AAACAATTTTTC-TATTCATAC
** * * * ** *
121286 AATATTAATTT--AATAATAT-TTCAAC-AA-TTAATAA-AAAAAAAATTTAACAA-TAAATATG
62 AAGCTT-ATTTGAAATAAAATAAT--ACTAATTTATTAATATTAAAAA-TTAATAAGTAAA-A-G
*** * * * *
121344 -TTTACCTAA-CAA---G--T-TC-AA-ATAG-TCACAACTA-TT-TGAATAATT-ATC-
121 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACA-AGTTCA-AA-TAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * * *
121389 ------TATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTCATCATTAAACAATTGTATC-AGTTCATATA
1 ATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTT-GTCATAAAACAATT-TTTCTA-TTCATACA
* * *
121447 AGCTTATTTGAAA-AAAATAATACTAATTTTTTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTA
63 AGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT--AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTA
* * * * * *
121511 AAAAATGAATTTATTTATTGTACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACA
126 AAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * *
121563 ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAA
1 ATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTG-TTTGTCATAAAACAATT-TTTCTATTCATACAA
* * *
121628 GCTTATTTTG-AATAAAATGATA-TAAATTTATTAATATTTCAAAAATTACTAAGTAGAA-ATTT
64 GCTTA-TTTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATA-TT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTT
* * * *
121690 AAAAAATAAATATGTTT-TCTAAACACA-TTTAAATAGTTATAACTATTTGAACA
125 AAAAAATAAATCTGTTTATC-GAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * *
121743 ATTATCTATTTCAAAT-AGCTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTATTTCTATTCATACA
1 ATTATCTATTTCAAATCA-TTATAACCTTTTG-TTTGTCATAAAACAATT-TTTCTATTCATACA
* * **
121807 AACTTATTTGAAATAAACTAATACTAATTTACCAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTA
63 AGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTA
* * *
121872 AAAAATAAATTTGTTTATCGAGCAAGCTCAAATAGTTATGA
126 AAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGA
121913 TTGTTTGACA
Statistics
Matches: 4545, Mismatches: 1053, Indels: 917
0.70 0.16 0.14
Matches are distributed among these distances:
151 3 0.00
152 5 0.00
153 9 0.00
154 9 0.00
155 3 0.00
156 7 0.00
157 18 0.00
158 3 0.00
159 40 0.01
160 37 0.01
161 31 0.01
162 31 0.01
163 35 0.01
164 19 0.00
165 11 0.00
166 22 0.00
167 25 0.01
168 10 0.00
169 7 0.00
170 6 0.00
171 16 0.00
172 19 0.00
173 7 0.00
174 17 0.00
175 54 0.01
176 105 0.02
177 298 0.07
178 134 0.03
179 345 0.08
180 812 0.18
181 1711 0.38
182 429 0.09
183 122 0.03
184 50 0.01
185 4 0.00
186 6 0.00
187 6 0.00
188 21 0.00
189 8 0.00
190 7 0.00
191 2 0.00
192 5 0.00
193 2 0.00
194 5 0.00
195 14 0.00
196 6 0.00
197 2 0.00
198 1 0.00
199 5 0.00
200 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (177 bp):
ATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTGTCATAAAACAATTTTTCTATTCATACAAGC
TTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAA
TAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
Found at i:118401 original size:146 final size:146
Alignment explanation
Indices: 118227--118503 Score: 387
Period size: 146 Copynumber: 1.9 Consensus size: 146
118217 CACTATAACC
* * * **
118227 TTTTGCTTTGTCATAAAATTACTTTTTCTATTTATACAAGCCTATTTTTATTAAAATAATACAAA
1 TTTTGCTTTATCATAAAATTAATTTTTCTATTCATACAAGCCTATTCATATTAAAATAATACAAA
* *
118292 TTTATTAATATTAAGACAATTAATAAGTAAAAGA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAG
66 TTTATTAATATTAAGACAATTAATAAGTAAAA-ATTTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAG
118356 TTTGAATTGTTATGACT
130 TTTGAATTGTTATGACT
* * ***
118373 TTTTGTTTTATCATAAAA-TAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCATATTAAAATAATATTT
1 TTTTGCTTTATCATAAAATTAATT-TTTCTATTCATACAAGCCTATTCATATTAAAATAATACAA
** *
118437 ATTTATTAATATTTTGATAATTAATAAGTAAAAATTTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAG
65 ATTTATTAATATTAAGACAATTAATAAGTAAAAATTTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAG
118502 TT
130 TT
118504 CAAATAGTCA
Statistics
Matches: 114, Mismatches: 15, Indels: 4
0.86 0.11 0.03
Matches are distributed among these distances:
145 5 0.04
146 109 0.96
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.07, T:0.44
Consensus pattern (146 bp):
TTTTGCTTTATCATAAAATTAATTTTTCTATTCATACAAGCCTATTCATATTAAAATAATACAAA
TTTATTAATATTAAGACAATTAATAAGTAAAAATTTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGT
TTGAATTGTTATGACT
Found at i:118792 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 118365--121119 Score: 2044
Period size: 181 Copynumber: 15.3 Consensus size: 180
118355 GTTTGAATTG
* * * * *
118365 TTATGACTTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCATATTAAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTTATACAAGCTTATTTCA-AATAAAA
* * * * * *
118429 TAATATTTATTTATTAATATTTTGATAATTAATAAGTAA-AAATTTTAAAAAATAAATATGTTTA
64 TAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATTTGTTTA
* * * *
118493 CCGAACAAGTTCAAATAGTCATGATTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA
128 CCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
** * * * * ** *
118546 TTATGACCTTTTGTTTCATAATAAAACAATTATTTCAATTCATGTAAGCTTATTTGAAATAAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTTATACAAGCTTATTTCAAATAAAAT
* * *
118611 AATACTAATTTCTTAATATTTTAAAAATTAA-AGAGTAAGAGAATTAAAAAATGAATTTGTTTAC
65 AATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATA-AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTAC
* * *
118675 CGAATAAGTTCAAATAGTTATGAGTATCTT-AA-AAATATCTATTTCAAAACA
129 CGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTAT-TTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * *
118726 TTATGACTTTTTGATTTGTCATAAAACAATTGGTTTTGTTTATGCAAGCTTATTTCCAATAAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTTATTTATACAAGCTTATTTCAAATAAAAT
* * * * * **
118791 AATA-TAAATTGATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA-ATTTAAAAGATAAATCTATTTTT
65 AATACT-AATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTAC
* * * *
118854 TGAATTCA-TT-AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTTTCTATTTCAAATCG
129 CGAA-TAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * *
118905 TTATGGCCATTTGTTTTGTCATAAACCAATT-TGTTATGGTCAAACAAGTTTA-TTCGAAATAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAT--TTATACAAGCTTATTTC-AAATAAA
** * *
118968 ATAATACTAATTTATTAAT-GCTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA
63 ATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA
* * * * **
119032 CCGAGTAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAGTTG
128 CCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * **
119085 TTATGATCTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTGGAATAAAA
1 TTATGA-CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTTATACAAGCTTATTTCAAATAAAA
* * * * * * * *
119150 TAATACTAATTTGTTATTATTATAAAAATTAATAAATTAA-AGATTTTAAAAATTAATCTATTTA
64 TAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAAT-AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA
* * * * * * ** * *
119214 CCGAATAAGTTCAAATGGTCAAGTCCATTTAAATTATTATCTATTTTAAATCG
128 CCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * **
119267 TTAAGACATTTTGTTTTGTCTTAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAAATTA-TTCAAAATAAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTTATACAAGCTTATTTC-AAATAAAA
* * * * * * *
119331 TAATACTAATTTATTACTATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGACATTTAAAAACTAAATCTCTTTAT
64 TAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTAC
*** *
119392 CGAACCGGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCA
129 CGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * *
119444 TTATGA-TTTTTGTTTTGTCCTAAAACATTTGGTTTTGTTTATACAAGTTTA-TTCTGAGTAAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTTATTTATACAAGCTTATTTC-AAATAAAA
* ** * * * * * **
119507 TATTGTTAAATTAATAATATTCTAAAAATTACTAAGTAAGA-ATTTAAAAAATAAATGTGTTCGC
64 TAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTAC
* * ** * *
119571 CAAACTAA-TGCAAATAGTTAAT-ACTATCAGAATAATTATCTATTTCGAATCA
129 CGAA-TAAGTTCAAATAGTT-ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * *
119623 TTTTGGCCATTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAATTTATACATA-CTTA-TTCAAAATAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTTATACA-AGCTTATTTC-AAATAAA
* * * * *
119686 ATAATACTAATTTATGAACA-TTTAGAAAATTAATAAGCAAGAAATTTTTTAAAAAATAAATCTG
63 ATAATACTAATTTATTAATATTTTA-AAAATTAATAAGTAAGAGA---TTTAAAAAATAAATTTG
** * *
119750 TTTACTAAACAAGTTCAAATAG--AT-ACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCA
124 TTTACCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * * *
119804 TTATGACTTTTTATTTTATCATAAAACATTTGTTTCAATTTATAAAAGCTTATATGAAATAAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTTATACAAGCTTATTTCAAATAAAAT
* * * * * * *
119869 AATATTACTTTATTAATATTTTAAAAATTGATAATTTAGAGATTTAAAACATAAATTAT-TTTAT
65 AATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT-TGTTTAC
* * * * *
119933 CGAATCAA-TTCAAATAATTATGGCCATTTGAGCAATTATTTATTT-AAATCA
129 CGAAT-AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * **
119984 TTATGAACTTTTGTTTT-TCCATAAAACAATTGTTTT-TCATCATAAAAGCCTATTTGGAATAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGT-CATAAAACAATTGTTTTAT--TTATACAAGCTTATTTCAAATAAA
* * *
120047 ATAATACTAATTTATTAATATTATAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAACATAAATCTGTTTA
63 ATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA
* * **
120112 TCGAACT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTG
128 CCGAA-TAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * * *
120165 TTATAACCTTTTGCTATGTCATAAAATAATTATATCTATTTATACAAGCTTATTTGAAATGAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT-TTTATTTATACAAGCTTATTTCAAATAAAAT
** * * * * * * ***
120230 AATGTTAATGTAATAATATTATGAAAATTAATAACTAAGAGATTTGAAAAATAAATTTGTTTGTT
65 AATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACC
* * * * * * *
120295 GAACT-AGTTCAAATACTTA-AAGCTACATT-AACAATTCTTTATTTTAAATCG
130 GAA-TAAGTTCAAATAGTTATGA-CTA-TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
*
120346 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-TATTTAGTTCT-TACTAA-CTTA-TTCAAAATA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT-TTTA-TT-TATAC-AAGCTTATTTC-AAATA
* * * * * * * * * *
120407 AAATAA-AATAAATTTATTAGTACTTGAAAAACTAATCAGTAAGAAATTTGAAAAATAATTTTGA
61 AAATAATACT-AATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGT
* * ** * * *
120471 TTGCTGAACCAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA
125 TTACCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * *
120527 TTATCACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTATTTA-AGTAAGTTTGTTT-AGAATAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTATTTATA-CAAGCTTATTTCA-AATAAA
* * * * *
120590 ATAATATTAATTTATTAACATTTTGAAATTTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAATTTGTTTA
63 ATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA
** ** * * *
120655 CTAAACCAGTTC-AATAAGTTATAACTATTTGAA-TATTATTTATTTCAAAAT-A
128 CCGAATAAGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC-AAATCA
* * * * * *
120707 CTATGACC-ATTGTTTGGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATA-TAGTCTTATTT-AGAATAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTTATACAAG-CTTATTTCA-AATAAA
* * * * * *
120769 GTAATGCTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAATG-GATTTAAAAAATGAATATGTTG
63 ATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAA-GAGATTTAAAAAATAAATTTGTTT
* * * * * *
120833 GCTTGACTAA-TGCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTGA-TTCAAA-CTA
127 AC-CGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT-ATTTCAAATC-A
* ** * * * * * * * * *
120887 TTATAACCTTTTGTTTCATGACAAAACAATTATTACTGTTTGTGCAAGCTTATTTGAAATAACAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT-TTATTTATACAAGCTTATTTCAAATAAAAT
* ** * * * *
120952 AATTCTAATTTATTAATATTCCAAAAGTTAATAAGTAATAGATTTAAAAAAATGAATTTGTTTAT
65 AATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATTTGTTTAC
* *
121017 CGAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC-AA--A
129 CGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * *
121066 TTGTGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTACTCATACAAGCTTATT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTTATACAAGCTTATT
121120 AATATTTAAA
Statistics
Matches: 2044, Mismatches: 432, Indels: 198
0.76 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
176 65 0.03
177 75 0.04
178 75 0.04
179 342 0.17
180 433 0.21
181 853 0.42
182 159 0.08
183 12 0.01
184 30 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTATTTATACAAGCTTATTTCAAATAAAATA
ATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCG
AATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
Found at i:119999 original size:361 final size:360
Alignment explanation
Indices: 118365--121912 Score: 2537
Period size: 361 Copynumber: 9.9 Consensus size: 360
118355 GTTTGAATTG
* * * * *
118365 TTATGACTTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCATATTAAAA
1 TTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTTATACAAGCTTATTTGA-AATAAAA
* * * *
118429 TAATATTTATTTATTAATATTTTGATAATTAATAAGTAA-AAATTTTAAAAAATAAA-TATGTTT
65 TAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATTAT-TTT
* * * * *
118492 ACCGAA-CAAGTTCAAATAGTCATGATTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTT
128 ATCGAATCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTT
** * * ** **
118556 TTGTTTCATAATAAAACAATTATTTCAATTCATGTA-AGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAAT
192 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACATA-CTTATTCAAAATAAAATAATACTAAT
* * * * *
118620 TTCTTAATATTTTAAAAATTAA-AGAGTAAGAGAA-TTAAAAAATGAATTTGTTTACCGAATAAG
256 TTATTAATA-TTTAAAAATTAATA-AGTAAGA-AATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAG
* * *
118683 TTCAAATAGTTATGAGTATCTT-AA-AAATATCTATTTCAAAACA
318 TTCAAATAG-TATGACTAT-TTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * **
118726 TTATGACTTTTTGATTTGTCATAAAACAATTGGTTT-TGTTTATGCAAGCTTATTTCCAATAAAA
1 TTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTCTATTTATACAAGCTTATTTGAAATAAAA
* * * *
118790 TAATATAAATTGATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA-ATTTAAAAGATAAATCTATTTT-
65 TAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TATTTTA
* * * *
118853 TTGAATTC-ATT-AAATAGTTATGACTATTTGAACAATT-TTCTATTTCAAATCGTTATGGCCAT
129 TCGAA-TCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATT-TATTTCAAATCATTATGACCTT
* * * *
118915 TTGTTTTGTCATAAACCAATT-TGTT--ATGGTCAAACA-AGTTTATTCGAAATAAAATAATACT
192 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGT-TTCAAT--TCATACATA-CTTATTCAAAATAAAATAATACT
** * * * **
118976 AATTTATTAATGCTCAAAAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAGTAA
253 AATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGTAAGAA-ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAA
* * * **
119040 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAGTTG
317 GTTCAAATAG-TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * *
119085 TTATGATCTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTGGAATAAAA
1 TTATGA-CTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTTATACAAGCTTATTTGAAATAAAA
* * * * * * *
119150 TAATACTAATTTGTTATTATTATAAAAATTAATAAATTAA-AGATTTTAAAAATTAATCTA-TTT
65 TAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAAT-AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TATTTT
* * * * * * * ** * * * * *
119213 ACCGAAT-AAGTTCAAATGGTCAAGTCCATTTAAATTATTATCTATTTTAAATCGTTAAGACATT
128 ATCGAATCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTT
* * * *
119277 TTGTTTTGTCTTAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATT
192 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACATACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATT
* * * * **
119342 TATTACTATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGACATTTAAAAACTAAATCTCTTTA-TCGAACCGGTT
257 TATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-GAACAAGTT
*
119402 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCA
320 CAAATAG-TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * *
119444 TTATGA-TTTTTGTTTTGTCCTAAAACATTTGGTTT-TGTTTATACAAGTTTATTCTG-AGTAAA
1 TTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTCTATTTATACAAGCTTATT-TGAAATAAA
* * * * * * * * *
119506 ATATTGTTAAATTAATAATATTCTAAAAATTACTAAGTAAGA-ATTTAAAAAATAAA-TGTGTTC
64 ATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTATTTTA
* * * * ** * * * * * *
119569 GCCAAACTAATGCAAATAGTTAAT-ACTATCAGAATAATTATCTATTTCGAATCATTTTGGCCAT
129 TCGAATC-AATTCAAATAGTT-ATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTT
* * *
119633 TTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAATTTATACATACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATT
192 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACATACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATT
* * * *
119698 TATGAACATTTAGAAAATTAATAAGCAAGAAATTTTTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACAAG
257 TATTAATATTTA-AAAATTAATAAGTAAGAAA---TTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAG
*
119763 TTCAAATAG-AT-ACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCA
318 TTCAAATAGTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * *
119804 TTATGACTTTTTATTTTATCATAAAACATTTGTTTCAATTTATAAAAGCTTATATGAAATAAAAT
1 TTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTTATACAAGCTTATTTGAAATAAAAT
* * * * *
119869 AATATTACTTTATTAATATTTTAAAAATTGATAATTTAGAGATTTAAAACATAAATTATTTTATC
66 AATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTATTTTATC
* * * * *
119934 GAATCAATTCAAATAATTATGGCCATTTGAGCAATTATTTATTT-AAATCATTATGAACTTTTGT
131 GAATCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT
* * ***
119998 TTT-TCCATAAAACAATTGTTTTTC-A-TCATA-AAAGCCTATTTGGAATAAAATAATACTAATT
196 TTTGT-CATAAAACAATTG--TTTCAATTCATACATA-CTTATTCAAAATAAAATAATACTAATT
* * *
120059 TATTAATATTATAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAACATAAATCTGTTTA-TCGAACTAGTT
257 TATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-GAACAAGTT
* **
120123 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTG
320 CAAATAG-TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * * *
120165 TTATAACCTTTTGCTATGTCATAAAATAATTATATCTATTTATACAAGCTTATTTGAAATGAAAT
1 TTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTTATACAAGCTTATTTGAAATAAAAT
* * * * * * * *
120230 AATGTTAATGTAATAATATTATGAAAATTAATAACTAAGAGATTTGAAAAATAAATT-TGTTTGT
66 AATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTAT-TTTAT
* * * * * * * *
120294 TGAA-CTAGTTCAAATACTTA-AAGCTACATT-AACAATTCTTTATTTTAAATCGTTATGACCTT
130 CGAATC-AATTCAAATAGTTATGA-CTA-TTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTT
* * * * *
120356 TTGTTTTGTCATAAAATAATT-TATTTAGTTCTTAC-TAACTTATTCAAAATAAAATAA-AATAA
192 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGT-TTCAATTCATACAT-ACTTATTCAAAATAAAATAATACT-A
* * * * * * * * * *
120418 ATTTATTAGTACTTGAAAAACTAATCAGTAAGAAATTTGAAAAATAATTTTGATTGCTGAACCAG
254 ATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAG
* * *
120483 TTTAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA
318 TTCAAAT-AGTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * *
120527 TTATCACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTATTTA-AGTAAGTTTGTTT-AGAATAAA
1 TTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTTATA-CAAGCTTATTTGA-AATAAA
* * * *
120590 ATAATATTAATTTATTAACATTTTGAAATTTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAATT-TGTTT
64 ATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTAT-TTT
* * * * * *
120654 A-CTAAACCAGTTC-AATAAGTTATAACTATTTGAA-TATTATTTATTTCAAAAT-ACTATGACC
128 ATC-GAATCAATTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTC-AAATCATTATGACC
* * * * * * * * *
120715 -ATTGTTTGGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATATAGT-CTTATTTAGAATAAAGTAATGCTA
190 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACA-TACTTATTCAAAATAAAATAATACTA
* * * **
120778 ATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAATG-GATTTAAAAAATGAATATGTTGGCTTG-ACT
254 ATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAA-GAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC-TGAAC-
* * *
120841 AA-TGCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTGA-TTCAAA-CTA
315 AAGTTCAAATAG-TATGACTATTTGAACAATTATCT-ATTTCAAATC-A
* * ** * * * * * * * *
120887 TTATAACCTTTTGTTTCATGACAAAACAATTATTACTGTTTGTGCAAGCTTATTTGAAATAACAT
1 TTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTTATACAAGCTTATTTGAAATAAAAT
** * * *
120952 AAT-TCTAATTTATTAATATTCCAAAAGTTAATAAGTAATAGATTTAAAAAAATGAATT-TGTTT
66 AATAT-TAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATTAT-TTT
* * *
121015 ATCGAA-CAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC-AA--ATTGTGACCTT
128 ATCGAATCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTT
* * *
121076 TTATTTTGTCATAAAACAA---TTT---TT--T-C-TAC----TC---AT---ACAA-GC----T
192 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACATACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATT
* *
121116 TATTAATATTTAAACAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-TCGAATAAGT
257 TATTAATATTTAAA-AATTAATAAGTAAGAA-ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-GAACAAGT
* * * * *
121179 TCAAATAGTTATGATTATCTGAATAATTATTTATTTTAAATCA
319 TCAAATAG-TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * *** * * * * *
121222 TTATGACTTTAT-TTTTATCATAAAATAATCACTTGTGTTCATACAAGCTTA-TTCAGATTAAAA
1 TTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTTATACAAGCTTATTTGA-AATAAAA
* * * ** * * *
121285 TAATATTAATTTAATAATATTTCAACAATTAATAAAAAAAAAATTT-AACAATAAA-TATGTTTA
65 TAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTAT-TTTA
* * * ** * * *
121348 CCTAA-CAAGTTCAAATAGTCACAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTT
129 TCGAATCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTT
** * * * * **
121412 TGTTTCATCATTAAACAATTGTATCAGTTCATATA-AGCTTATTTGAAA-AAAATAATACTAATT
193 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACATA-CTTATTCAAAATAAAATAATACTAATT
* * * * * * * * *
121475 TTTTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATTTATTTATTGTACAAGTTC
257 TATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTC
*
121540 AAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
321 AAATAG-TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * *
121581 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTTG-AATAAAA
1 TTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTTATACAAGCTTA-TTTGAAATAAAA
* * * * *
121645 TGATATAAATTTATTAATATTTCAAAAATTACTAAGT-AGAAATTTAAAAAATAAA-TATGTTT-
65 TAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTAT-TTTA
* * * * * *
121707 TCTAAACACATTTAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGCTATGACCTT
129 TCGAATCA-ATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCA-TTATGACCTT
* * * * ** *
121771 TTGTTTTGTCATAAACCAATTATTTCTATTCATACAAACTTATTTGAAATAAACTAATACTAATT
192 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACATACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATT
** * * *
121836 TACCAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-TCGAGCAAGC
257 TATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAA-ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-GAACAAGT
121899 TCAAATAGTTATGA
319 TCAAATAG-TATGA
121913 TTGTTTGACA
Statistics
Matches: 2515, Mismatches: 510, Indels: 324
0.75 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
331 1 0.00
332 53 0.02
333 6 0.00
334 77 0.03
335 111 0.04
336 1 0.00
338 2 0.00
339 2 0.00
340 2 0.00
341 2 0.00
343 3 0.00
344 1 0.00
345 1 0.00
346 1 0.00
349 2 0.00
350 1 0.00
352 2 0.00
354 6 0.00
355 7 0.00
356 122 0.05
357 82 0.03
358 104 0.04
359 313 0.12
360 551 0.22
361 570 0.23
362 428 0.17
363 61 0.02
364 3 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (360 bp):
TTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTTATACAAGCTTATTTGAAATAAAAT
AATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTATTTTATC
GAATCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT
TTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACATACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATT
AATATTTAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATA
GTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
Found at i:120519 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 120487--120519 Score: 50
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
120477 AACCAGTTTA
120487 AATAATTATGACTATTTG
1 AATAATTAT-ACTATTTG
120505 AATAATTAT-CTATTT
1 AATAATTATACTATTT
120520 CAAATCATTA
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
18 9 0.60
ACGTcount: A:0.39, C:0.06, G:0.06, T:0.48
Consensus pattern (17 bp):
AATAATTATACTATTTG
Found at i:121366 original size:179 final size:180
Alignment explanation
Indices: 121115--121910 Score: 892
Period size: 180 Copynumber: 4.4 Consensus size: 180
121105 TCATACAAGC
* *
121115 TTATTAATATTT-AAACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAATAAGT
1 TTATTAATATTTCAAA-AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCTAACAAGT
* * * * * *
121179 TCAAATAGTTATGATTATCTGAATAATTATTTATTTTAAATCATTATGA-CTTTAT-TTTTATCA
65 TCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTT-TGTTTTATCA
* * * * * * *
121242 TAAAATAATCACTTGTGTTCATACAAGCTTATTCAGATTAAAATAATATTAAT
129 TAAAACAATTATTTCTGTTCATACAAGCTTATT-TGAATAAAATAATACTAAT
* * ** * * * *
121295 TTAATAATATTTCAACAATTAATAAAAAAAAAATTT-AACAATAAATATGTTTACCTAACAAGTT
1 TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCTAACAAGTT
* * * * * *
121359 CAAATAGTCACAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTCATCATT
66 CAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATA
* * * * *
121424 AAACAATTGTATCAGTTCATATAAGCTTATTTGAAAAAAATAATACTAAT
131 AAACAATTATTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGAATAAAATAATACTAAT
* * * * * * *
121474 TTTTTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATTTATTTAT-TGTACAAGT
1 TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCT-AACAAGT
*
121538 TCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
65 TCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCAT
* * *
121603 AAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATGATA-TAAAT
130 AAAACAATTATTTCTGTTCATACAAGCTTA-TTTGAATAAAATAATACT-AAT
* * *
121655 TTATTAATATTTCAAAAATTACTAAGTAGAA-ATTTAAAAAATAAATATGTTT-TCTAAACACA-
1 TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCT-AACA-AG
* * *
121717 TTTAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGCTATGACCTTTTGTTTTGTC
64 TTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTATC
* * * *
121781 ATAAACCAATTATTTCTATTCATACAAACTTATTTGAAATAAACTAATACTAAT
128 ATAAAACAATTATTTCTGTTCATACAAGCTTATTTG-AATAAAATAATACTAAT
** * * *
121835 TTACCAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAGCAAGCT
1 TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCTAACAAGTT
121900 CAAATAGTTAT
66 CAAATAGTTAT
121911 GATTGTTTGA
Statistics
Matches: 512, Mismatches: 89, Indels: 29
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
179 113 0.22
180 317 0.62
181 80 0.16
182 2 0.00
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.07, T:0.40
Consensus pattern (180 bp):
TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCTAACAAGTT
CAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATA
AAACAATTATTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGAATAAAATAATACTAAT
Found at i:123711 original size:181 final size:177
Alignment explanation
Indices: 123063--124090 Score: 806
Period size: 180 Copynumber: 5.8 Consensus size: 177
123053 AATTTAGTAT
* * * ** * * * *
123063 GATTTGAAATAAATAAATGTTCAAATTGTTATAACTAATTGAACT-AGTAT-GGTAAATAGATTT
1 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTGAATTGA-T-TCGATAAACAGATTT
* *
123126 ATTTATTAAA--TCT-CTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAA
64 ATTTTTTAAATCTCTACTTATTAATTTTT-ATAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-AAA
* * * ** * * *
123187 CAAACTTATATGAACAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT
127 TAAGCTTGTATGATGAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAAC
* * * * * *
123239 GATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGCCTTAACTATTTGAATTGGTTCGGTAAACAAATTTAT
1 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTGAATTGATTCGATAAACAGATTTAT
* * * * * *
123304 TTTTTAAATCTATCAGTTATTAAATTTCATAATATTACTAGATTAGTATTATTTTATTTCAAATA
66 TTTTTAAATCTCT-ACTTATTAATTTTTATAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-AAATA
* * * * *
123369 GGCTTGTATGAAGATAAATAATTATTTTATGAGAAAACAAAAG--GT--C
129 AGCTTGTATGATGA-AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGTCATAAC
* * * * *
123415 GA-TTGAAAATATATAATTGTTCAACTAGTC--AACTATTTGAACTGATTTGATAAACAGATTTA
1 GATTTG-AAATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTGAATTGATTCGATAAACAGATTTA
* *
123477 TTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATGTTTCA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAA
65 TTTTTTAAATCT-CTACTTATTAAT-TTTTATAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TAAA
* *
123541 TAGGCTTGTATGATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAAC
127 TAAGCTTGTATGATG-AAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAG-TCATAAC
* * * **
123594 GATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATGGCCATAATTATTTGAATTGATTCGATAAATTGATTTAT
1 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTGAATTGATTCGATAAACAGATTTAT
* * * * *
123659 GTTTTAAATCTCTAACTTATCAATTTTTATAATATTAATAAAATAATATTATTTTATTTTAGATA
66 TTTTTAAATCTCT-ACTTATTAATTTTTATAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTAAATA
* * *
123724 AGCTTTTATGAACTG-AAACAATTATTTTATGATAAAATATAAAGTCATAAC
129 AGCTTGTATG-A-TGAAAACAATTATTTTATGACAAAACA-AAAGTCATAAC
* * * * * * * *
123775 GATTTTAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCAAAAATATTTGAACTT-ATTTGGTAAATAGATTT-
1 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTGAA-TTGATTCGATAAACAGATTTA
* * * *
123838 TTTTTCT-AATTTCTTACTTAATAATTTTT-TGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGA
65 TTTTT-TAAATCTC-TACTTATTAATTTTTAT-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTAA
* * *
123901 ATAAGCATGTATGAGTTG-AAGCAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCGA-AAC
126 ATAAGCTTGTATGA--TGAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAA-GTC-ATAAC
* * ** * * * * * *
123955 AATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAATCTTAACTATTTGAACTGATT-TAGCAAACACATTGA
1 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTGAATTGATTCGA-TAAACAGATTTA
* * * * * * *
124019 TTTTTTAAATC-CTTACTTATTAATGTTTAGAATATTATTAATTTAGCAATATTTTACTTTGAAT
65 TTTTTTAAATCTC-TACTTATTAATTTTTATAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTAAAT
124083 AAGCTTGT
128 AAGCTTGT
124091 TGAACAGAAA
Statistics
Matches: 688, Mismatches: 125, Indels: 74
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
174 114 0.17
175 12 0.02
176 77 0.11
177 1 0.00
178 3 0.00
179 29 0.04
180 244 0.35
181 197 0.29
182 9 0.01
183 2 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (177 bp):
GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTGAATTGATTCGATAAACAGATTTAT
TTTTTAAATCTCTACTTATTAATTTTTATAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAAATAAG
CTTGTATGATGAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGTCATAAC
Found at i:124027 original size:361 final size:354
Alignment explanation
Indices: 123115--124055 Score: 920
Period size: 355 Copynumber: 2.6 Consensus size: 354
123105 ACTAGTATGG
* * * * *
123115 TAAATAGATTTATTTATTAAATCTCTTA-TTAAT--T-TTTGAAATATTAATAAATTAATATTAT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTAATAATGTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * ** * * *
123176 TTTATT-TCAAACAAACTTATATGAACAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
66 TTTATTCT-GAATAAGCATGTATGATGAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * **
123240 ATTTGAAATAGATAATTATTC-ATATAGCCTTAACTATTTGAATTGGTTCGGTAAACAAATTTAT
130 ATTTGAAATAGATAATTGTTCTA-ATAGCCTTAACTATTTGAATTGATTTAGTAAACAAATTTAT
* * * * * * * * *
123304 TTTTTAAATCTATCAGTTATTAAATTTCATAATATTACTAGATTAGTATTATTTTATTTCAAATA
194 TTTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTTATAATATTAATAAAATAATATTATTTTATTTCAAATA
* * * *
123369 GGCTTGTATGAAGATAAATAATTATTTTATGAGAAAACAAAAGGTCGATTGAAAATATATAATTG
259 AGCTTGTATGAAGATAAACAATTATTTTATGAGAAAACAAAAGATCGATTGAAAATAGATAATTG
* *
123434 TTCAACTAGTCAACTATTTGAACTGATTTGA
324 TTCAAATAGTCAAATATTTGAACTGATTTGA
*
123465 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATGTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTAT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTAATAATGTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * *
123530 TTTATTCTGAATAGGCTTGTATGATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACG
66 TTTATTCTGAATAAGCATGTATGATG-AAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * * ***
123595 ATTTGAAATAGATAATTGTT-TAAATGGCCATAATTATTTGAATTGA-TTCGATAAATTGATTTA
130 ATTTGAAATAGATAATTGTTCT-AATAGCCTTAACTATTTGAATTGATTTAG-TAAACAAATTTA
* * * *
123658 TGTTTTAAATCTCTAACTTATCAATTTTTATAATATTAATAAAATAATATTATTTTATTTTAGAT
193 TTTTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTTATAATATTAATAAAATAATATTATTTTATTTCAAAT
* * * * **
123723 AAGCTTTTATGAA-CTGAAACAATTATTTTATGATAAAATATAAAGTCATAACGATTTTAAATAG
258 AAGCTTGTATGAAGAT-AAACAATTATTTTATGAGAAAACA-AAAG--AT--CGATTGAAAATAG
* * *
123787 ATAATTGTTTAAATAGTCAAAAATATTTGAACTTATTTGG
317 ATAATTGTTCAAATAGTC--AAATATTTGAACTGATTTGA
* * * * ** *
123827 TAAATAGATTT-TTTTTCT-AATTTCTTACTTAATAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTA
1 TAAACAGATTTATTTTT-TAAATCTCCTACTTAATAATGTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * *
123890 TTTTATTTTGAATAAGCATGTATGAGTTG-AAGCAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCGA-A
65 TTTTATTCTGAATAAGCATGTATGA--TGAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTC-ATA
* ** * * * *
123953 ACAATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAATCTTAACTATTTGAACTGATTTAGCAAACACATTG
127 ACGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGCCTTAACTATTTGAATTGATTTAGTAAACAAATTT
* * *
124018 ATTTTTTAAATC-CTTACTTATTAATGTTTAGAATATTA
192 ATTTTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTTATAATATTA
124056 TTAATTTAGC
Statistics
Matches: 481, Mismatches: 87, Indels: 36
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
350 25 0.05
351 4 0.01
353 1 0.00
354 45 0.09
355 167 0.35
356 5 0.01
358 1 0.00
360 48 0.10
361 150 0.31
362 33 0.07
363 2 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (354 bp):
TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTAATAATGTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTAT
TTTATTCTGAATAAGCATGTATGATGAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGA
TTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGCCTTAACTATTTGAATTGATTTAGTAAACAAATTTATTT
TTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTTATAATATTAATAAAATAATATTATTTTATTTCAAATAAG
CTTGTATGAAGATAAACAATTATTTTATGAGAAAACAAAAGATCGATTGAAAATAGATAATTGTT
CAAATAGTCAAATATTTGAACTGATTTGA
Found at i:125693 original size:181 final size:177
Alignment explanation
Indices: 125376--125850 Score: 528
Period size: 181 Copynumber: 2.7 Consensus size: 177
125366 TGGTAAATAG
* * * *
125376 ATTTATTTAT-TAAATCTCTTACTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATT-TCG
1 ATTTATTT-TGTAAATCTCTTATTAATATTTCAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTAT-G
* * * * * * ** ** *
125439 AACAAACTTATATGAACAAAAACATTTTTTTTACAACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT
64 AATAAGCTTGTATGAAGAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTGGAAAT
* * * * *
125504 AAATAATTATTCATATAGCCATAACTATTTGAATTGGTTTGGTAAACAA
129 AAATAATTATTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTGATTCGATAAACAA
* * * *
125553 ATTTATTTTTTAAATCTATCAATTATTAA-ATTTCATAATATTACTAGATTAGTATTATTTTGTT
1 ATTTATTTTGTAAATC--TC--TTATTAATATTTCA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* *
125617 -TCGAATAAGCTTGTGTGAAGATAAAA-AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTG
61 AT-GAATAAGCTTGTATGAAGA-AAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTG
* * *
125680 GAAATATATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCGATAAACAG
124 GAAATAAATAATTATTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTGATTCGATAAACAA
*
125734 ATTTATTTTGTAAATCTCTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTATGAA
1 ATTTATTTTGTAAATCTCTTATTAATATTTCAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTATGAA
* * * *
125799 TAGGCTTGTATGATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAA
66 TAAGCTTGTATGAAGAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
125851 TGATTTGAAA
Statistics
Matches: 249, Mismatches: 39, Indels: 20
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
176 5 0.02
177 90 0.36
178 6 0.02
179 4 0.02
180 4 0.02
181 136 0.55
182 4 0.02
ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (177 bp):
ATTTATTTTGTAAATCTCTTATTAATATTTCAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTATGAA
TAAGCTTGTATGAAGAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTGGAAATAA
ATAATTATTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTGATTCGATAAACAA
Found at i:126171 original size:28 final size:27
Alignment explanation
Indices: 126140--126212 Score: 67
Period size: 31 Copynumber: 2.4 Consensus size: 27
126130 TATATATTCA
126140 AATAATATATTTAATTATTATT-ATATAT
1 AATAATATATTTAATT-TTATTAAT-TAT
126168 AATAATTATAATCATTAATTTTATTAATTAT
1 AATAA-TAT-AT--TTAATTTTATTAATTAT
126199 AAGTAATACTATTT
1 AA-TAATA-TATTT
126213 TATAAAAATA
Statistics
Matches: 38, Mismatches: 0, Indels: 13
0.75 0.00 0.25
Matches are distributed among these distances:
28 5 0.13
29 5 0.13
30 2 0.05
31 14 0.37
32 12 0.32
ACGTcount: A:0.45, C:0.03, G:0.01, T:0.51
Consensus pattern (27 bp):
AATAATATATTTAATTTTATTAATTAT
Found at i:126287 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 126245--126297 Score: 60
Period size: 16 Copynumber: 3.3 Consensus size: 17
126235 TATCTTATAC
*
126245 ATTATATTTAATAATATA
1 ATTATAGTTAATAAT-TA
126263 A--ATAGTTAATAATTA
1 ATTATAGTTAATAATTA
126278 ATTATA-TTAATAATT-
1 ATTATAGTTAATAATTA
126293 ATTAT
1 ATTAT
126298 TATCTATTTT
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 1, Indels: 7
0.80 0.03 0.17
Matches are distributed among these distances:
15 8 0.25
16 20 0.62
17 3 0.09
18 1 0.03
ACGTcount: A:0.49, C:0.00, G:0.02, T:0.49
Consensus pattern (17 bp):
ATTATAGTTAATAATTA
Found at i:126472 original size:14 final size:14
Alignment explanation
Indices: 126439--126481 Score: 50
Period size: 14 Copynumber: 3.0 Consensus size: 14
126429 AAATATCGAT
* *
126439 AATTAAATAATAAA
1 AATTAAATATTTAA
126453 AATTAAATATTTAA
1 AATTAAATATTTAA
*
126467 ATTTAAATTATTTAA
1 AATTAAA-TATTTAA
126482 TTATTAACAT
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 3, Indels: 1
0.86 0.10 0.03
Matches are distributed among these distances:
14 18 0.72
15 7 0.28
ACGTcount: A:0.58, C:0.00, G:0.00, T:0.42
Consensus pattern (14 bp):
AATTAAATATTTAA
Found at i:126799 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 126482--127419 Score: 750
Period size: 181 Copynumber: 5.1 Consensus size: 181
126472 AATTATTTAA
** * * * * *
126482 TTATTAACATTAAAAAAATTAATAAGCAAAAGATATGAAAAAATAAATCTGTTTACCAATCAAGT
1 TTATTAACATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGAT-TTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACAAGT
* * *
126547 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAAGT-GTTATGACCTTTTGTTTTGACA
65 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAA-TCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * *
126611 AAAAACAATTATTTCAGTTCATAAAAGTTTATCCAAAATAAAATAATACTAAT
129 TAAAACAATTATTTCAATTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAT
* * *
126664 TTCTTAACATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAG-TTTAAAAAAATTAATTTGTTTACTAAACAAAT
1 TTATTAACATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTT-AAAAAATAAATTTGTTTACTAAACAAGT
*
126728 TCAAATATTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
65 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * * * *
126793 AAAACAATTGTTTCAATTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAGTAAG
130 AAAACAATTATTTCAATTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAT
* * * * * * * * **
126845 TTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGTGATTTAAAAAAT-GATTCTATTCACTGAATTAGT
1 TTATTAACATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATT-TGTTTACTAAACAAGT
* * * * * * * * *
126909 TAAAATAATTAAGGCTATTTCAACAATTATCTATTTGAAATCAATATTACCTTTTGTTTGGTCAT
65 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * ** * * *
126974 ATAACAATTGTTTTTA-TCATACAAGC---TTCAGAATAAAATAATACTAGT
130 AAAACAATTATTTCAATTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAT
** * * * ***
127022 TTATTAATC-TTTCAAAAGCTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATTTATTTA-TCAAACCCT
1 TTATTAA-CATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACT-AAACAAG
* * * * * *
127085 TTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATGTATAGTTTAAATCAGTTATTTAAAAAATAAACCTT
64 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTTAAA--A-TCA-TT-----AT-GACC--
* * * * *
127150 TTTTGTTCTGTCATAAAACAATTA-TTCATGTTCATGCAAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATT
116 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCA-ATTCAT-AAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT
127214 AAT
179 AAT
* * * * * * * * *
127217 CTAATAATACTAT-GAAAATTAATAA-CTAAGAGATTTTAAAAATAAATTTGTTTGCTGAACCAG
1 TTATTAACA-TTTCAAAAATTAATAAGC-AAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACAAG
* * * * * *
127280 TTTAAATAGTTAAGATTATATGAACAATTATCTATTTTAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
64 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* ** * * *
127345 TAAAACAATTTTTTCAATTCATACTAGGTTATTCAGAATAAAATAA-AATGAAT
129 TAAAACAATTATTTCAATTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT-AAT
*
127398 TTATTAATATTTCAAATAATTA
1 TTATTAACATTTCAAA-AATTA
127420 TGATTTTTTG
Statistics
Matches: 592, Mismatches: 130, Indels: 68
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
176 1 0.00
177 86 0.15
178 8 0.01
180 19 0.03
181 271 0.46
182 64 0.11
183 4 0.01
184 3 0.01
185 2 0.00
187 2 0.00
188 3 0.01
189 2 0.00
190 22 0.04
191 5 0.01
192 5 0.01
194 5 0.01
195 87 0.15
196 3 0.01
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (181 bp):
TTATTAACATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACAAGTT
CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
AAACAATTATTTCAATTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAT
Found at i:127609 original size:23 final size:25
Alignment explanation
Indices: 127579--127628 Score: 68
Period size: 23 Copynumber: 2.1 Consensus size: 25
127569 TTAAGATAAT
*
127579 TAATAATAAATT-A-TAAGTATTTA
1 TAATAATAAATTAATTAAATATTTA
*
127602 TAATAATAATTTAATTAAATATTTA
1 TAATAATAAATTAATTAAATATTTA
127627 TA
1 TA
127629 TTTTAATTAA
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 2, Indels: 2
0.85 0.07 0.07
Matches are distributed among these distances:
23 11 0.48
24 1 0.04
25 11 0.48
ACGTcount: A:0.52, C:0.00, G:0.02, T:0.46
Consensus pattern (25 bp):
TAATAATAAATTAATTAAATATTTA
Found at i:127756 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 127731--127769 Score: 53
Period size: 17 Copynumber: 2.4 Consensus size: 17
127721 TTTAATTATT
* *
127731 TTATTATAAATATGTAA
1 TTATAATAAATATATAA
127748 TTATAATAAATATATAA
1 TTATAATAAATATATAA
127765 -TATAA
1 TTATAA
127770 CCACATGGAT
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 2, Indels: 1
0.87 0.09 0.04
Matches are distributed among these distances:
16 5 0.25
17 15 0.75
ACGTcount: A:0.54, C:0.00, G:0.03, T:0.44
Consensus pattern (17 bp):
TTATAATAAATATATAA
Found at i:128521 original size:27 final size:29
Alignment explanation
Indices: 128460--128532 Score: 75
Period size: 27 Copynumber: 2.7 Consensus size: 29
128450 TGTATTTCTA
*
128460 ATATAATATTTATTAATAACCTATTACTT
1 ATATAATATTTATTAATAACCTATTAATT
*
128489 AT-TAAT-TTTATT-ATAA-TTATATAATT
1 ATATAATATTTATTAATAACCTAT-TAATT
*
128515 ATATAATA-TAATTAATAA
1 ATATAATATTTATTAATAA
128533 ATACTAAGTA
Statistics
Matches: 37, Mismatches: 3, Indels: 9
0.76 0.06 0.18
Matches are distributed among these distances:
25 3 0.08
26 10 0.27
27 14 0.38
28 8 0.22
29 2 0.05
ACGTcount: A:0.47, C:0.04, G:0.00, T:0.49
Consensus pattern (29 bp):
ATATAATATTTATTAATAACCTATTAATT
Found at i:128804 original size:28 final size:29
Alignment explanation
Indices: 128736--128812 Score: 88
Period size: 28 Copynumber: 2.6 Consensus size: 29
128726 ATGTAGTTTC
128736 TATTAATATAGTTAATATTATCAAATAATAA
1 TATTAAT-TA-TTAATATTATCAAATAATAA
128767 TATTAATTATTAATATT-T-AAATTAATAA
1 TATTAATTATTAATATTATCAAA-TAATAA
*
128795 TA-TAATTTATTTATATTA
1 TATTAA-TTATTAATATTA
128813 CTAGATTTAT
Statistics
Matches: 42, Mismatches: 1, Indels: 8
0.82 0.02 0.16
Matches are distributed among these distances:
27 6 0.14
28 19 0.45
29 8 0.19
30 2 0.05
31 7 0.17
ACGTcount: A:0.48, C:0.01, G:0.01, T:0.49
Consensus pattern (29 bp):
TATTAATTATTAATATTATCAAATAATAA
Found at i:129107 original size:14 final size:14
Alignment explanation
Indices: 129069--129110 Score: 57
Period size: 15 Copynumber: 2.9 Consensus size: 14
129059 TAACAATTTA
129069 ATATATTTAATATT
1 ATATATTTAATATT
*
129083 AATATAATTAATATT
1 -ATATATTTAATATT
*
129098 ATATTTTTAATAT
1 ATATATTTAATAT
129111 AATAATTTTA
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 3, Indels: 1
0.86 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
14 11 0.46
15 13 0.54
ACGTcount: A:0.45, C:0.00, G:0.00, T:0.55
Consensus pattern (14 bp):
ATATATTTAATATT
Found at i:129119 original size:14 final size:14
Alignment explanation
Indices: 129090--129131 Score: 50
Period size: 14 Copynumber: 3.0 Consensus size: 14
129080 ATTAATATAA
* *
129090 TTAATATTATATTT
1 TTAATATAATAATT
129104 TTAATATAATAATT
1 TTAATATAATAATT
129118 TTAA-ATAATCAATT
1 TTAATATAAT-AATT
129132 AAATATCTTA
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 2, Indels: 2
0.86 0.07 0.07
Matches are distributed among these distances:
13 5 0.20
14 20 0.80
ACGTcount: A:0.45, C:0.02, G:0.00, T:0.52
Consensus pattern (14 bp):
TTAATATAATAATT
Found at i:129491 original size:11 final size:11
Alignment explanation
Indices: 129475--129527 Score: 51
Period size: 11 Copynumber: 5.1 Consensus size: 11
129465 CTAATAATTA
129475 TTATAAATATT
1 TTATAAATATT
129486 TTATAAAT-TT
1 TTATAAATATT
129496 TTAGTAAATA--
1 TTA-TAAATATT
* *
129506 TTATTAATAAT
1 TTATAAATATT
129517 TTAT-AATATT
1 TTATAAATATT
129527 T
1 T
129528 GATTTATAGT
Statistics
Matches: 36, Mismatches: 2, Indels: 9
0.77 0.04 0.19
Matches are distributed among these distances:
9 5 0.14
10 14 0.39
11 17 0.47
ACGTcount: A:0.43, C:0.00, G:0.02, T:0.55
Consensus pattern (11 bp):
TTATAAATATT
Found at i:129734 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 129692--129738 Score: 59
Period size: 16 Copynumber: 3.1 Consensus size: 17
129682 TTATTAATAA
129692 TATAATTAA-AA-TA-T
1 TATAATTAATAATTAGT
129706 T-TAATTAATAATTAGT
1 TATAATTAATAATTAGT
129722 TATAATT-ATAATTAGT
1 TATAATTAATAATTAGT
129738 T
1 T
129739 TTATGAATAA
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 0, Indels: 6
0.83 0.00 0.17
Matches are distributed among these distances:
13 7 0.24
14 3 0.10
15 2 0.07
16 12 0.41
17 5 0.17
ACGTcount: A:0.47, C:0.00, G:0.04, T:0.49
Consensus pattern (17 bp):
TATAATTAATAATTAGT
Found at i:129925 original size:9 final size:9
Alignment explanation
Indices: 129908--129951 Score: 54
Period size: 9 Copynumber: 5.0 Consensus size: 9
129898 TACTAATTTA
*
129908 TATATTTAT
1 TATAATTAT
129917 TATAATTAT
1 TATAATTAT
*
129926 TA-AATAAT
1 TATAATTAT
*
129934 TATAATAAT
1 TATAATTAT
129943 TATAATTAT
1 TATAATTAT
129952 ATTAAGGTAT
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 3, Indels: 2
0.86 0.08 0.06
Matches are distributed among these distances:
8 7 0.23
9 24 0.77
ACGTcount: A:0.48, C:0.00, G:0.00, T:0.52
Consensus pattern (9 bp):
TATAATTAT
Found at i:130115 original size:13 final size:13
Alignment explanation
Indices: 130099--130128 Score: 51
Period size: 13 Copynumber: 2.3 Consensus size: 13
130089 AATTATATAA
*
130099 TATTATAATAGTT
1 TATTATAATAGCT
130112 TATTATAATAGCT
1 TATTATAATAGCT
130125 TATT
1 TATT
130129 TCAAATAAAA
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 1, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
13 16 1.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.03, G:0.07, T:0.53
Consensus pattern (13 bp):
TATTATAATAGCT
Found at i:130246 original size:19 final size:20
Alignment explanation
Indices: 130224--130261 Score: 51
Period size: 19 Copynumber: 1.9 Consensus size: 20
130214 TAAATTAATT
*
130224 ATATTATTA-ATTAATTTAA
1 ATATAATTATATTAATTTAA
*
130243 ATATAATTATATTATTTTA
1 ATATAATTATATTAATTTA
130262 TAATTTGTAA
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 2, Indels: 1
0.84 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
19 8 0.50
20 8 0.50
ACGTcount: A:0.45, C:0.00, G:0.00, T:0.55
Consensus pattern (20 bp):
ATATAATTATATTAATTTAA
Found at i:130266 original size:31 final size:30
Alignment explanation
Indices: 130180--130266 Score: 81
Period size: 31 Copynumber: 2.9 Consensus size: 30
130170 TATTGAACTA
* *
130180 TAATATTATT-TATTA-TTTATAGTTTAAAT
1 TAATATAATTATATTATTTTATA-ATTAAAT
* *
130209 TAATATAAATTA-ATTATATTATTAATTAATT
1 TAATAT-AATTATATTATTTTA-TAATTAAAT
130240 TAAATATAATTATATTATTTTATAATT
1 T-AATATAATTATATTATTTTATAATT
130267 TGTAAATTAT
Statistics
Matches: 47, Mismatches: 5, Indels: 10
0.76 0.08 0.16
Matches are distributed among these distances:
29 6 0.13
30 7 0.15
31 19 0.40
32 15 0.32
ACGTcount: A:0.44, C:0.00, G:0.01, T:0.55
Consensus pattern (30 bp):
TAATATAATTATATTATTTTATAATTAAAT
Found at i:130267 original size:27 final size:26
Alignment explanation
Indices: 130206--130258 Score: 88
Period size: 27 Copynumber: 2.0 Consensus size: 26
130196 TTATAGTTTA
*
130206 AATTAATATAAATTAATTATATTATT
1 AATTAATTTAAATTAATTATATTATT
130232 AATTAATTTAAATATAATTATATTATT
1 AATTAATTTAAAT-TAATTATATTATT
130259 TTATAATTTG
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 1, Indels: 1
0.93 0.04 0.04
Matches are distributed among these distances:
26 12 0.48
27 13 0.52
ACGTcount: A:0.49, C:0.00, G:0.00, T:0.51
Consensus pattern (26 bp):
AATTAATTTAAATTAATTATATTATT
Done.