Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019168470.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_7, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
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Length: 26282861
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.15, T:0.35
Warning! 74000 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 132 of 133
Found at i:26066985 original size:13 final size:13
Alignment explanation
Indices: 26066960--26066992 Score: 50
Period size: 13 Copynumber: 2.6 Consensus size: 13
26066950 ACAAAAAGTG
*
26066960 AAAA-AAAATAAA
1 AAAAGAAAAGAAA
26066972 AAAAGAAAAGAAA
1 AAAAGAAAAGAAA
26066985 AAAAGAAA
1 AAAAGAAA
26066993 GACTTAATCT
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12 4 0.21
13 15 0.79
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Consensus pattern (13 bp):
AAAAGAAAAGAAA
Found at i:26068144 original size:86 final size:86
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Indices: 26067997--26068322 Score: 311
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26067987 GAAGCATTTG
* * * * * * *
26067997 CGAATCTAGAACCTTTATGAAACTCGAAATTTTAAGAATCTTACATTCTTGCAAATCTAAAAATC
1 CGAATCTAGAACCTTTGTGAAACTTGAAATCTTATGAATATTTCATTCTTACAAATCTAAAAATC
*
26068062 TTTGTCAACTTGAAACCTTTA
66 TTTGTCAACCTGAAACCTTTA
* * * *
26068083 CCAATCTA-AAACTTCTGTGAAACTTGAAATCTTACGAATATTTCATTCTTACAAATCTAAAAGT
1 CGAATCTAGAACCTT-TGTGAAACTTGAAATCTTATGAATATTTCATTCTTACAAATCTAAAAAT
* *
26068147 -TCTTGTGAACCTGAAACTTTTA
65 CT-TTGTCAACCTGAAACCTTTA
* * * * *
26068169 CGAA-CTTAGAACCTTAGTGAAA-TCTAAAATCTTGTGAATCTTTCATTCTTACAAATCTAAAAG
1 CGAATC-TAGAACCTTTGTGAAACT-TGAAATCTTATGAATATTTCATTCTTACAAATCTAAAAA
*
26068232 TCCTTG-CGAACCTGAAACCTTTA
64 TCTTTGTC-AACCTGAAACCTTTA
* * * * * * ***
26068255 TGAATTTAGAACCTTTATGAAACTTGAAATCTTGTGAATATTCCATTATTGTGAATCTAAAAATC
1 CGAATCTAGAACCTTTGTGAAACTTGAAATCTTATGAATATTTCATTCTTACAAATCTAAAAATC
26068320 TTT
66 TTT
26068323 CCAAAATTTT
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Consensus pattern (86 bp):
CGAATCTAGAACCTTTGTGAAACTTGAAATCTTATGAATATTTCATTCTTACAAATCTAAAAATC
TTTGTCAACCTGAAACCTTTA
Found at i:26069537 original size:3 final size:3
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26069519 AAGTTGATTT
* * * * ** *
26069529 TTA TTA TTA CTA TTA CTA TTA TTA TTT TTG TTA TTA ACA TTA TTA TTTG
1 TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA -TTA
* * * * *
26069578 TTA TTA TTG GTA TTA TTA ATA TCA -TA TTA -TG TTA TTA TTA -TA TTA
1 TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA
*
26069623 -TA TTA -TA TTA TTA TT- TTA TTA TTC TTA TT
1 TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TT
26069652 TTTTTTTCTT
Statistics
Matches: 88, Mismatches: 25, Indels: 14
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2 10 0.11
3 76 0.86
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Consensus pattern (3 bp):
TTA
Found at i:26069621 original size:5 final size:5
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26069581 TTATTGGTAT
* * *
26069591 TATTAA TATCA TATTA TGTTA TTATTA TATTA TATTA TATTA TTATTT
1 TATT-A TATTA TATTA TATTA -TATTA TATTA TATTA TATTA -TATTA
26069639 TATTA T
1 TATTA T
26069645 TCTTATTTTT
Statistics
Matches: 40, Mismatches: 6, Indels: 5
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Matches are distributed among these distances:
5 29 0.73
6 11 0.28
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Consensus pattern (5 bp):
TATTA
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Period size: 19 Copynumber: 2.3 Consensus size: 18
26070378 CCGATCACAG
26070388 TTTTTTTTTTCATTTTAT
1 TTTTTTTTTTCATTTTAT
* *
26070406 TTTTATTTTTTGATTTTGT
1 TTTT-TTTTTTCATTTTAT
26070425 TTTTTT
1 TTTTTT
26070431 ATCATTTTAT
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 2, Indels: 2
0.85 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
18 6 0.27
19 16 0.73
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Consensus pattern (18 bp):
TTTTTTTTTTCATTTTAT
Found at i:26070453 original size:26 final size:24
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Period size: 24 Copynumber: 2.4 Consensus size: 24
26070414 TTTGATTTTG
* *
26070424 TTTTTTTATCATTTTATATTTTAAG
1 TTTTTTTATCAATTT-TATTTTAAC
* *
26070449 TTTTTATCTCAATTTTATTTTAAC
1 TTTTTTTATCAATTTTATTTTAAC
26070473 TTTTTTTAT
1 TTTTTTTAT
26070482 TGTTTATTTT
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 6, Indels: 1
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Matches are distributed among these distances:
24 15 0.56
25 12 0.44
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Consensus pattern (24 bp):
TTTTTTTATCAATTTTATTTTAAC
Found at i:26071372 original size:12 final size:13
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Period size: 12 Copynumber: 3.2 Consensus size: 13
26071347 ATAACAACAT
26071357 ATATACT-TATAC
1 ATATACTATATAC
*
26071369 ATATA-TATATAT
1 ATATACTATATAC
26071381 ATATACATATATAC
1 ATATAC-TATATAC
26071395 ATA
1 ATA
26071398 CACATACATG
Statistics
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14 9 0.38
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Consensus pattern (13 bp):
ATATACTATATAC
Found at i:26071375 original size:8 final size:8
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26071343 CGTTATAACA
26071353 ACATATAT
1 ACATATAT
* *
26071361 ACTTATAC
1 ACATATAT
*
26071369 ATATATAT
1 ACATATAT
*
26071377 ATATATAT
1 ACATATAT
26071385 ACATATAT
1 ACATATAT
26071393 ACATA
1 ACATA
26071398 CACATACATG
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 6, Indels: 0
0.84 0.16 0.00
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8 31 1.00
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Consensus pattern (8 bp):
ACATATAT
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Period size: 18 Copynumber: 5.2 Consensus size: 18
26071345 TTATAACAAC
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1 ATATATACTTATACATAT
26071373 ATATATA-TATATACATAT
1 ATATATACT-TATACATAT
* ** *
26071391 ATACATACACATACATGT
1 ATATATACTTATACATAT
* * *
26071409 TTATATA-TGA-ATATAT
1 ATATATACTTATACATAT
* * *
26071425 GTAAATACATATACATAT
1 ATATATACTTATACATAT
26071443 ATAT
1 ATAT
26071447 GTGCATGTAT
Statistics
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Consensus pattern (18 bp):
ATATATACTTATACATAT
Found at i:26071381 original size:14 final size:14
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Indices: 26071353--26071397 Score: 51
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26071343 CGTTATAACA
26071353 ACATATATACT-TAT
1 ACATATATA-TATAT
26071367 ACATATATATATAT
1 ACATATATATATAT
*
26071381 --ATATACATATAT
1 ACATATATATATAT
26071393 ACATA
1 ACATA
26071398 CACATACATG
Statistics
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12 11 0.41
13 1 0.04
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Consensus pattern (14 bp):
ACATATATATATAT
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26072578 GAATATTTTA
* * * *
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1 TTTAAAGTTTTGGATTTGAGGGTTTTGA-AATTTTGGATTTAGG--T
* *
26072635 TTTAAAGTTTTGGATTTTAGGGTTTTGAAATTTTGGGTTTAGGT
1 TTTAAAGTTTTGGATTTGAGGGTTTTGAAATTTTGGATTTAGGT
26072679 TTTAAAGGTTTTGGGATTTG
1 TTTAAA-GTTTT-GGATTTG
26072699 GATTTAAAGG
Statistics
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44 7 0.13
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Consensus pattern (44 bp):
TTTAAAGTTTTGGATTTGAGGGTTTTGAAATTTTGGATTTAGGT
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Indices: 26072588--26072697 Score: 71
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26072578 GAATATTTTA
* *
26072588 TTTAAGGTTTTGGCT
1 TTTAGGGTTTTGGAT
*
26072603 TTGAGGGTTTTGAGAT
1 TTTAGGGTTTTG-GAT
* *
26072619 TTTTGGATTTTGGACT
1 TTTAGGGTTTTGGA-T
**
26072635 TTTAAAGTTTTGGAT
1 TTTAGGGTTTTGGAT
*
26072650 TTTAGGGTTTTGAAAT
1 TTTAGGGTTTTG-GAT
*
26072666 TTT-GGGTTTAGG-T
1 TTTAGGGTTTTGGAT
*
26072679 TTTAAAGGTTTTGGGAT
1 TTT-AGGGTTTT-GGAT
26072696 TT
1 TT
26072698 GGATTTAAAG
Statistics
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Consensus pattern (15 bp):
TTTAGGGTTTTGGAT
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26072578 GAATATTTTA
* * *
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1 TTTAAAGTTTTGGATTTTAGGGT
* * *
26072611 TTTGAGATTTTTGGATTTT-GGACT
1 TTT-AAAGTTTTGGATTTTAGG-GT
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1 TTTAAAGTTTTGGATTTTAGGGT
*
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1 TTT-AAAGTTTTGGATTTTAGGGT
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1 TTTAAA-GTTTT-GGATTT
26072698 GGATTTAAAG
Statistics
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0.72 0.12 0.16
Matches are distributed among these distances:
20 3 0.04
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TTTAAAGTTTTGGATTTTAGGGT
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Alignment explanation
Indices: 26072606--26072674 Score: 52
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26072596 TTTGGCTTTG
*
26072606 AGGGTTTTGAGATTTT
1 AGGGTTTTGAAATTTT
* * * *
26072622 TGGATTTTGGACTTTT
1 AGGGTTTTGAAATTTT
** *
26072638 AAAGTTTTG-GATTTT
1 AGGGTTTTGAAATTTT
26072653 AGGGTTTTGAAATTTT
1 AGGGTTTTGAAATTTT
26072669 -GGGTTT
1 AGGGTTT
26072675 AGGTTTTAAA
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Matches: 38, Mismatches: 14, Indels: 3
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15 17 0.45
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AGGGTTTTGAAATTTT
Found at i:26072690 original size:22 final size:22
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Indices: 26072634--26072740 Score: 80
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26072624 GATTTTGGAC
*
26072634 TTTTAAA-GTTTTGGATTTTAGGG
1 TTTTAAAGGTTTTGG-GTTTA-GG
26072657 TTTTGAAA--TTTTGGGTTTAGG
1 TTTT-AAAGGTTTTGGGTTTAGG
26072678 TTTTAAAGGTTTTGGGATTT-GG
1 TTTTAAAGGTTTTGGG-TTTAGG
* * *
26072700 ATTTAAAGGTTTTTGTTTTAAGG
1 TTTTAAAGGTTTTGGGTTT-AGG
* *
26072723 -TTTAGAGGTTTAGGGTTT
1 TTTTAAAGGTTTTGGGTTT
26072741 TGACTTTAGA
Statistics
Matches: 70, Mismatches: 8, Indels: 13
0.77 0.09 0.14
Matches are distributed among these distances:
20 3 0.04
21 9 0.13
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24 3 0.04
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Consensus pattern (22 bp):
TTTTAAAGGTTTTGGGTTTAGG
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26072912 TGTATAAAAA
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1 TTTATTATT
* *
26072931 ATTAGTATT
1 TTTATTATT
*
26072940 ATTATTATT
1 TTTATTATT
26072949 TTTATT-TT
1 TTTATTATT
26072957 TTTATTA
1 TTTATTA
26072964 ACTTTTAATA
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 4, Indels: 2
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8 8 0.29
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Consensus pattern (9 bp):
TTTATTATT
Found at i:26073181 original size:29 final size:29
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Indices: 26073149--26073204 Score: 87
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26073139 TTTTCTTTTA
26073149 TTTATT-TTTTAAATTTATTTTATTATTGT
1 TTTATTATTTT-AATTTATTTTATTATTGT
*
26073178 TTTATTATTTTAGTTTATTTTATTATT
1 TTTATTATTTTAATTTATTTTATTATT
26073205 ATTTAAAAAA
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 1, Indels: 2
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29 21 0.84
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TTTATTATTTTAATTTATTTTATTATTGT
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Indices: 26073168--26073208 Score: 50
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26073158 TAAATTTATT
26073168 TTATTATTGTT-
1 TTATTATT-TTA
26073179 TTATTATTTTA
1 TTATTATTTTA
*
26073190 GT-TTATTTTA
1 TTATTATTTTA
26073200 TTATTATTT
1 TTATTATTT
26073209 AAAAAATTGA
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 2, Indels: 4
0.81 0.06 0.12
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10 11 0.42
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TTATTATTTTA
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Indices: 26074047--26074093 Score: 58
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26074037 ATTTATTTAT
* *
26074047 GTTTTTTTTTGTTAATTTTTTGG
1 GTTTTTTTCTGGTAATTTTTTGG
*
26074070 GTTTGTTTTCTGGTGATTTTTTGG
1 GTTT-TTTTCTGGTAATTTTTTGG
26074094 CTTTCTAATG
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 3, Indels: 1
0.83 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
23 4 0.20
24 16 0.80
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GTTTTTTTCTGGTAATTTTTTGG
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Indices: 26074783--26074883 Score: 75
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26074773 TATATATCTC
26074783 TACATATATATA
1 TACATATATATA
*
26074795 TACATGTATATA
1 TACATATATATA
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1 TACATATATATA
**
26074817 TACATATACGTA
1 TACATATATATA
**
26074829 T--ATATAGGTA
1 TACATATATATA
*
26074839 TACGTATATATA
1 TACATATATATA
** * *
26074851 TGTATGTAACATA
1 TACATAT-ATATA
26074864 TACATATATATA
1 TACATATATATA
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1 TACATATA
26074884 CGTATATATA
Statistics
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TACATATATATA
Found at i:26074795 original size:6 final size:6
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Indices: 26074766--26074925 Score: 61
Period size: 6 Copynumber: 26.8 Consensus size: 6
26074756 CAATGTCTAC
* * * * * * *
26074766 ATATAT GTATAT ATCTCT ACATAT ATATAT ACATGT ATATAT ACATAT
1 ATATAT ATATAT ATATAT ATATAT ATATAT ATATAT ATATAT ATATAT
* * * ** ** * * *
26074814 ATATAC ATATAC GTATAT ATAGGT ATACGT ATATAT ATGTAT GTA-AC
1 ATATAT ATATAT ATATAT ATATAT ATATAT ATATAT ATATAT ATATAT
* * * * ** **
26074861 ATATAC ATATAT ATATAC ATATAC GTATAT ATAGGT ATACGT ATATAT
1 ATATAT ATATAT ATATAT ATATAT ATATAT ATATAT ATATAT ATATAT
* * *
26074909 ATGTAT GTATAT GTATA
1 ATATAT ATATAT ATATA
26074926 CCCAAACTTG
Statistics
Matches: 112, Mismatches: 41, Indels: 2
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Matches are distributed among these distances:
5 3 0.03
6 109 0.97
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Consensus pattern (6 bp):
ATATAT
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26074776 ATATCTCTAC
*
26074786 ATATATATATACATGT
1 ATATATATATATATGT
**
26074802 ATATATACATATATATAC
1 ATATAT--ATATATATGT
*
26074820 ATATACGTATATATAGGT
1 ATATA--TATATATATGT
**
26074838 ATACGTATATATATGT
1 ATATATATATATATGT
* * * *
26074854 ATGTAACATATACATAT
1 ATAT-ATATATATATGT
* *
26074871 ATATATACATATACGT
1 ATATATATATATATGT
** *
26074887 ATATATAGGTATACGT
1 ATATATATATATATGT
26074903 ATATATAT
1 ATATATAT
26074911 GTATGTATAT
Statistics
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ATATATATATATATGT
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26074756 CAATGTCTAC
26074766 ATATATGTAT
1 ATATATGTAT
* * *
26074776 ATATCTCTAC
1 ATATATGTAT
26074786 ATATA--TAT
1 ATATATGTAT
*
26074794 ATACATGTAT
1 ATATATGTAT
*
26074804 ATATA--CAT
1 ATATATGTAT
*
26074812 ATATA--TAC
1 ATATATGTAT
*
26074820 ATATACGTAT
1 ATATATGTAT
*
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1 ATATATGTAT
** *
26074840 ACGTATATAT
1 ATATATGTAT
*
26074850 ATGTATGTA-
1 ATATATGTAT
* **
26074859 ACATATACAT
1 ATATATGTAT
* *
26074869 ATATATATAC
1 ATATATGTAT
*
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1 ATATATGTAT
*
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1 ATATATGTAT
** *
26074899 ACGTATATAT
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*
26074909 ATGTATGTAT
1 ATATATGTAT
26074919 AT
1 AT
26074921 GTATACCCAA
Statistics
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Consensus pattern (10 bp):
ATATATGTAT
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Period size: 16 Copynumber: 7.2 Consensus size: 16
26074795 TACATGTATA
* **
26074805 TATACATATATATACA
1 TATACGTATATATATG
*
26074821 TATACGTATATATAGG
1 TATACGTATATATATG
26074837 TATACGTATATATATG
1 TATACGTATATATATG
* *
26074853 TAT--GTA-ACATATA
1 TATACGTATATATATG
* **
26074866 CATA--TATATATACA
1 TATACGTATATATATG
*
26074880 TATACGTATATATAGG
1 TATACGTATATATATG
26074896 TATACGTATATATATG
1 TATACGTATATATATG
26074912 TAT
1 TAT
26074915 GTATATGTAT
Statistics
Matches: 77, Mismatches: 13, Indels: 8
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13 9 0.12
14 11 0.14
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Consensus pattern (16 bp):
TATACGTATATATATG
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Indices: 26075053--26075184 Score: 84
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26075043 CAATGTCTAC
* * * * * * *
26075053 ATATAT GTATAT ATCTCT ACATAT ATATAT ACATAT ATACAT ATACAT
1 ATATAT ATATAT ATATAT ATATAT ATATAT ATATAT ATATAT ATATAT
* * * * * ** * *
26075101 ACATAT ATATAC GTATAC CTATAT ATACGT ATATGT ATATAT ATGTAT
1 ATATAT ATATAT ATATAT ATATAT ATATAT ATATAT ATATAT ATATAT
** * *
26075149 ACGTTT ATACAT ATATAT ATATAT ATATAT ATATAT
1 ATATAT ATATAT ATATAT ATATAT ATATAT ATATAT
26075185 GAGAATTGTA
Statistics
Matches: 95, Mismatches: 31, Indels: 0
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6 95 1.00
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Consensus pattern (6 bp):
ATATAT
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Indices: 26075050--26075184 Score: 75
Period size: 10 Copynumber: 13.9 Consensus size: 10
26075040 ATTCAATGTC
*
26075050 TACATATATG
1 TACATATATA
* * *
26075060 TATATATCTC
1 TACATATATA
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1 TACATATATA
* *
26075080 TATACATATA
1 TACATATATA
*
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1 TACATATATA
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1 TACATATATA
*
26075110 TAC----GTA
1 TACATATATA
*
26075116 TACCTATATA
1 TACATATATA
*
26075126 TACGTATATGTA
1 TAC--ATATATA
* *
26075138 TATATATGTA
1 TACATATATA
*
26075148 TACGT-T-TA
1 TACATATATA
26075156 TACATATATA
1 TACATATATA
*
26075166 TATATATATA
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*
26075176 TATATATAT
1 TACATATAT
26075185 GAGAATTGTA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TACATATATA
Found at i:26075182 original size:16 final size:16
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Indices: 26075053--26075184 Score: 84
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26075043 CAATGTCTAC
* *
26075053 ATATATGTATATATCT
1 ATATATATATATATAT
* * *
26075069 CTACATATATATATAC
1 ATATATATATATATAT
* *
26075085 ATATATACATATACAT
1 ATATATATATATATAT
* **
26075101 ACATATATATACGTAT
1 ATATATATATATATAT
** **
26075117 ACCTATATATACGTAT
1 ATATATATATATATAT
* *
26075133 ATGTATATATATGTAT
1 ATATATATATATATAT
** * *
26075149 ACGTTTATACATATAT
1 ATATATATATATATAT
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1 ATATATATATATATAT
26075181 ATAT
1 ATAT
26075185 GAGAATTGTA
Statistics
Matches: 89, Mismatches: 27, Indels: 0
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Matches are distributed among these distances:
16 89 1.00
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Consensus pattern (16 bp):
ATATATATATATATAT
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Indices: 26083825--26085791 Score: 2279
Period size: 357 Copynumber: 5.5 Consensus size: 355
26083815 TTAAACATAT
* * * * * * *
26083825 CGCCACACAAATTTTAACACAGTTATTGAAGGCGTATATCCAAAAAAAATGCCTTTAATAATTCC
1 CGCCACAAAAATTCTAACACTGTTATTGAAAGCGTATATCCAAGAAAGATGCCTTTAATAATTTC
* * * *
26083890 TATCA-ATGTTTGTATATAATTAGTGAAGGTC-GTTGCAGAAAACAACACCTTCAATAATTTTTT
66 TATCACA-GTTTGTAGATAATTACTGAAGG-CAATTGCAGATAACAACACCTTCAATAA--TTTT
** * * *
26083953 TTAAAATTTTTTTTTCGGATTATTAAAGGCGTCTTTTATTATGACATGCCTTCAATATGCCACGA
127 TTAAAAAATTTTTTT-GGATTATTAAAGGCATCTTTTATTATGACACGCCTTCAATATACCACGA
* ** ** * *
26084018 TGGTTATGAAAGGTGTTTATT-CGAAAAGATGCCTTCAATATACCTTTAAACTTAGTAATCTATT
191 TGGTAATGAAAGACGTTTATTAAAAAAAG-TACCTTCAATATACCTTTAAACTTAGTAATCCATT
* * * * * **
26084082 ACTGAAGGTGTTTATTAATAACAGACGCCTTTAAAATTTTTTCA-TGAAAAATTTTGGGAATTAT
255 ACTGAAGGCGTTTGTTAATAACAAACGCCTTCAAAATTTTTTCACT-AAATATTTTAAGAATTAT
*
26084146 TAAAAGCGTCTTCTACTGTAAAATACCTTTTATATAC
319 TAAAGGCGTCTTCTACTGTAAAATACCTTTTATATAC
*
26084183 CGTCACAAAAAATT-TAACACTGTTATTGAAAGCGTATATCCAAGAAAGATGCCTTTAATAATTT
1 CGCCAC-AAAAATTCTAACACTGTTATTGAAAGCGTATATCCAAGAAAGATGCCTTTAATAATTT
* * * * * *
26084247 CTATCACAATTTGTGGATAATTACTGAAAGCAATTGTAGATAACAACACTTTTAATAATTTCTTT
65 CTATCACAGTTTGTAGATAATTACTGAAGGCAATTGCAGATAACAACACCTTCAATAATTT-TTT
* * *
26084312 AAAAGAATTTTTTTGGATTATTAAAGGCATCTTTTATTATGACACGCCTTCAATATATCGCAATG
129 AAAA-AATTTTTTTGGATTATTAAAGGCATCTTTTATTATGACACGCCTTCAATATACCACGATG
*
26084377 GTAATGAAAGACGTTTATTAAAAAAAGTACATTCAATATACCTTTAAACTTAGTAATCCATTACT
193 GTAATGAAAGACGTTTATTAAAAAAAGTACCTTCAATATACCTTTAAACTTAGTAATCCATTACT
* * *
26084442 GATGGCGTTTGCTAATAACAAACGCCTTCAAAATTTTTTCACTAAATATTTTAAGAATTAGTAAA
258 GAAGGCGTTTGTTAATAACAAACGCCTTCAAAATTTTTTCACTAAATATTTTAAGAATTATTAAA
* * *
26084507 GGTGTCTTCTATTGTAAAATACCTTCTATATAC
323 GGCGTCTTCTACTGTAAAATACCTTTTATATAC
* * *
26084540 CGCCACACAAATTCTAACACTGTTATTGAAGGCATATATCCAAGAAAGATGCCTTTAATAATTTC
1 CGCCACAAAAATTCTAACACTGTTATTGAAAGCGTATATCCAAGAAAGATGCCTTTAATAATTTC
* * * * *
26084605 TATCATAGTATGTAGATAATTACTGAAGGTAATTGCATATAACAACGCCTTCAATAATTTTTCTA
66 TATCACAGTTTGTAGATAATTACTGAAGGCAATTGCAGATAACAACACCTTCAATAATTTTT-TA
** * *
26084670 AAAGTTTTTTTTTGGATTATTAAAGGCATATTTTATTATAACACGCCTTCAATATACCACGATGG
130 AAA-AATTTTTTTGGATTATTAAAGGCATCTTTTATTATGACACGCCTTCAATATACCACGATGG
* *
26084735 TAAT-AGAAGGCGTTTATTAAAAAAAGGTACCTTCAATATACTTTTAAACTTAGTAATCCATTAC
194 TAATGA-AAGACGTTTATTAAAAAAA-GTACCTTCAATATACCTTTAAACTTAGTAATCCATTAC
* * * *
26084799 TGAAGGCGTTTATTATTAACAAACGCCTTCAAAATTTTTTCCCCAAATATTTTAAGAATTATTAA
257 TGAAGGCGTTTGTTAATAACAAACGCCTTCAAAATTTTTTCACTAAATATTTTAAGAATTATTAA
* *
26084864 AGGCATCTTTTACTGTAAAATACCTTTTATATA-
322 AGGCGTCTTCTACTGTAAAATACCTTTTATATAC
* * * * * *
26084897 TGCCACACAAATTCTAATATTGCTATT-AAAGGCGTATATTCAAGAAAGATGCCTTTAATAATTT
1 CGCCACAAAAATTCTAACACTGTTATTGAAA-GCGTATATCCAAGAAAGATGCCTTTAATAATTT
* * ** * ** *
26084961 CTATCACAGTTTGTATATAATTACTAAAGGCGGTTGCAAATAACAATGCCTTTAATAATTTTTCT
65 CTATCACAGTTTGTAGATAATTACTGAAGGCAATTGCAGATAACAACACCTTCAATAATTTTT-T
* * *
26085026 -AAAAATTTTTTTCAGATTATTAAAGACAT-TTTTATTATGACACGCTTTCAATATACCACGATG
129 AAAAAATTTTTTT-GGATTATTAAAGGCATCTTTTATTATGACACGCCTTCAATATACCACGATG
* * *
26085089 GTAATGAAAG-CTATTTATTAAAAAAAGCT-CATTCAATATACCTTTAAATTTAGTAATCCATTA
193 GTAATGAAAGAC-GTTTATTAAAAAAAG-TACCTTCAATATACCTTTAAACTTAGTAATCCATTA
* * * * * * *
26085152 CTGAAGACATTTGTTAATAACAAACACCTTTAAAATTTTCTCACTAAATTTTTTAAAAATTATTA
256 CTGAAGGCGTTTGTTAATAACAAACGCCTTCAAAATTTTTTCACTAAATATTTTAAGAATTATTA
* *
26085217 AAGGCGTCTTCTACTGTAAAATACCTTCTGTATAC
321 AAGGCGTCTTCTACTGTAAAATACCTTTTATATAC
* * * * ** *
26085252 CGCTACACAAATTCTAATACTGTTATT-AAAG-GATATATCTAAGAAAGATGTATTTAATAATTC
1 CGCCACAAAAATTCTAACACTGTTATTGAAAGCG-TATATCCAAGAAAGATGCCTTTAATAATTT
* * * **
26085315 CTATCACAATTTGTAGATAATTACTGAAGGTAATTACAGATAACAATGCCTTCAATAATTTTTTG
65 CTATCACAGTTTGTAGATAATTACTGAAGGCAATTGCAGATAACAACACCTTCAATAATTTTTT-
** * * * * *
26085380 AAAATTTTTTTTTTGAATTATTAAAGGCGTCTTTTATTATGACATGCCTTTAATATACCATGATG
129 AAAA-AATTTTTTTGGATTATTAAAGGCATCTTTTATTATGACACGCCTTCAATATACCACGATG
* * * * * * *
26085445 ATAATGGAAGATGTTTATTAAAAAATGCACCTTCAATATACTTTTAAACTTAGTAATCCTTTACT
193 GTAATGAAAGACGTTTATTAAAAAAAGTACCTTCAATATACCTTTAAACTTAGTAATCCATTACT
* * * * *
26085510 GAAGGCGTTTGTTAATAATAGATGCCTTCAAAAATTTTTCACTAAATATTTTGAGAATTATTAAA
258 GAAGGCGTTTGTTAATAACAAACGCCTTCAAAATTTTTTCACTAAATATTTTAAGAATTATTAAA
*
26085575 GGTGTCTTCTACTGTAAAATACCTTTTATATAC
323 GGCGTCTTCTACTGTAAAATACCTTTTATATAC
** * * * * *
26085608 CATCATACAAATTTTAACACTGTTATTGAAAGTGTATATCCAAGAAAGATGCTTTTAATAATTTC
1 CGCCACAAAAATTCTAACACTGTTATTGAAAGCGTATATCCAAGAAAGATGCCTTTAATAATTTC
* *** * * *
26085673 TATCACAGTTTGTATATAATTACTGAAGGTGGTTGCAAATAATAACACCTTCAACAATTTTCTTA
66 TATCACAGTTTGTAGATAATTACTGAAGGCAATTGCAGATAACAACACCTTCAATAATTTT-TT-
* * * ** *
26085738 AAAAAATTTTCTCGGATTATTAAATGTGTCTTTTATTATGACACGCATTCAATA
129 AAAAAATTTTTTTGGATTATTAAAGGCATCTTTTATTATGACACGCCTTCAATA
26085792 ATTTGTTATA
Statistics
Matches: 1372, Mismatches: 210, Indels: 55
0.84 0.13 0.03
Matches are distributed among these distances:
353 2 0.00
354 197 0.14
355 102 0.07
356 226 0.16
357 602 0.44
358 236 0.17
359 7 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (355 bp):
CGCCACAAAAATTCTAACACTGTTATTGAAAGCGTATATCCAAGAAAGATGCCTTTAATAATTTC
TATCACAGTTTGTAGATAATTACTGAAGGCAATTGCAGATAACAACACCTTCAATAATTTTTTAA
AAAATTTTTTTGGATTATTAAAGGCATCTTTTATTATGACACGCCTTCAATATACCACGATGGTA
ATGAAAGACGTTTATTAAAAAAAGTACCTTCAATATACCTTTAAACTTAGTAATCCATTACTGAA
GGCGTTTGTTAATAACAAACGCCTTCAAAATTTTTTCACTAAATATTTTAAGAATTATTAAAGGC
GTCTTCTACTGTAAAATACCTTTTATATAC
Found at i:26085692 original size:711 final size:710
Alignment explanation
Indices: 26083825--26085791 Score: 2571
Period size: 711 Copynumber: 2.8 Consensus size: 710
26083815 TTAAACATAT
* * * * * * *
26083825 CGCCACACAAATTTTAACACAGTTATTGAAGGCGTATATCCAAAAAAAATGCCTTTAATAATTCC
1 CGCCACACAAATTCTAACACTGTTATTAAAGGCATATATCCAAGAAAGATGCATTTAATAATTCC
* * ** * *
26083890 TATCAATGTTTGTATATAATTAGTGAAGGTCGTTGCAGAAAACAACACCTTCAATAATTTTTTTT
66 TATCAA-GTTTGTAGATAATTACTGAAGGTAATTGCAGATAACAACGCCTTCAATAA--TTTTTT
* *
26083955 AAAATTTTTTTTTCGGATTATTAAAGGCGTCTTTTATTATGACATGCCTTCAATATGCCACGATG
128 AAAATTTTTTTTTTGGATTATTAAAGGCGTCTTTTATTATGACATGCCTTCAATATACCACGATG
* * * * *
26084020 GTTATGAAAGGTGTTTATTCGAAAAGATG-CCTTCAATATACCTTTAAACTTAGTAAT-CTATTA
193 GTAATGGAAGGTGTTTATT-AAAAAAATGACCTTCAATATACTTTTAAACTTAGTAATCCT-TTA
* * * *
26084083 CTGAAGGTGTTTATTAATAACAGACGCCTTTAAAATTTTTTCA-TGAAAAATTTTGGGAATTATT
256 CTGAAGGCGTTTATTAATAACAGACGCCTTCAAAATTTTTTCACT-AAATATTTTGAGAATTATT
* * * *
26084147 AAAAGCGTCTTCTACTGTAAAATACCTTTTATATACCGTCACAAAAAATTTAACACTGTTATTGA
320 AAAGGCGTCTTCTACTGTAAAATACCTTTTATATACCATCA-ACAAATTTTAACACTGTTATTGA
* **
26084212 AAGCGTATATCCAAGAAAGATGCCTTTAATAATTTCTATCACAATTTGTGGATAATTACTGAAA-
384 AAGCGTATATCCAAGAAAGATGCCTTTAATAATTTCTATCACAGTTTGTATATAATTACT-AAAG
** * * *
26084276 GCAATTGTAGATAACAACACTTTTAATAATTTCTT-TAAAAGAATTTTTTT-GGATTATTAAAGG
448 GCGGTTGCAAATAACAACACCTTTAATAATTT-TTCTAAAA-AATTTTTTTCGGATTATTAAA-G
* * * *
26084339 CATCTTTTATTATGACACGCCTTCAATATATCGCAATGGTAATGAAAGACGTTTATTAAAAAAAG
510 CATCTTTTATTATGACACGCATTCAATATACCACAATGGTAATGAAAGACATTTATTAAAAAAAG
* * * *
26084404 TACATTCAATATACCTTTAAACTTAGTAATCCATTACTGATGGCGTTTGCTAATAACAAACGCCT
575 TACATTCAATATACCTTTAAACTTAGTAATCCATTACTGAAGACATTTGCTAATAACAAACACCT
* * * *
26084469 TCAAAATTTTTTCACTAAATATTTTAAGAATTAGTAAAGGTGTCTTCTATTGTAAAATACCTTCT
640 TCAAAATTTTCTCACTAAATATTTTAAAAATTAGTAAAGGCGTCTTCTACTGTAAAATACCTTCT
26084534 ATATAC
705 ATATAC
* * *
26084540 CGCCACACAAATTCTAACACTGTTATTGAAGGCATATATCCAAGAAAGATGCCTTTAATAATTTC
1 CGCCACACAAATTCTAACACTGTTATTAAAGGCATATATCCAAGAAAGATGCATTTAATAATTCC
* *
26084605 TATCATAGTATGTAGATAATTACTGAAGGTAATTGCATATAACAACGCCTTCAATAATTTTTCTA
66 TATCA-AGTTTGTAGATAATTACTGAAGGTAATTGCAGATAACAACGCCTTCAATAATTTTT-TA
* * * * *
26084670 AAAGTTTTTTTTTGGATTATTAAAGGCATATTTTATTATAACACGCCTTCAATATACCACGATGG
129 AAATTTTTTTTTTGGATTATTAAAGGCGTCTTTTATTATGACATGCCTTCAATATACCACGATGG
* * * *
26084735 TAATAGAAGGCGTTTATTAAAAAAAGGTACCTTCAATATACTTTTAAACTTAGTAATCCATTACT
194 TAATGGAAGGTGTTTATTAAAAAAATG-ACCTTCAATATACTTTTAAACTTAGTAATCCTTTACT
* * * * *
26084800 GAAGGCGTTTATTATTAACAAACGCCTTCAAAATTTTTTCCCCAAATATTTTAAGAATTATTAAA
258 GAAGGCGTTTATTAATAACAGACGCCTTCAAAATTTTTTCACTAAATATTTTGAGAATTATTAAA
* * * * * *
26084865 GGCATCTTTTACTGTAAAATACCTTTTATATATGCCA-C-ACAAATTCTAATATTGCTATT-AAA
323 GGCGTCTTCTACTGTAAAATACCTTTTATATA--CCATCAACAAATTTTAACACTGTTATTGAAA
*
26084927 GGCGTATATTCAAGAAAGATGCCTTTAATAATTTCTATCACAGTTTGTATATAATTACTAAAGGC
386 -GCGTATATCCAAGAAAGATGCCTTTAATAATTTCTATCACAGTTTGTATATAATTACTAAAGGC
** *
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* *
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* * *
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* * *
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* * * *
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* * *
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* * * *
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*
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* * * *
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*
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* * * *
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* * * * * **
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* * *
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* *
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* ** ** *
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* * *
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TTG
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CAT
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* *
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* *
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* *
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* *
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*
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**
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26176095 ATTAATTTTG
* *
26176105 ATAATTTAAAATATAATACA-ATCAC
1 ATAATTTAAAATAAAATAAAGATCAC
* * *
26176130 ATAATATAAAAATAAAATAAAGATGAT
1 ATAAT-TTAAAATAAAATAAAGATCAC
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1 ATAATTTAAAAT
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ATAATTTAAAATAAAATAAAGATCAC
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26176157 ATAATTTAAA
26176167 ATTTTAATAAAAATTATATAT
1 ATTTTAATAAAAATTATATAT
** *
26176188 A-TTTAATAAAATAAAAAATAT
1 ATTTTAATAAAA-ATTATATAT
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1 ATTTTAATA-A-AAATTAT-ATAT
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1 AT
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ATTTTAATAAAAATTATATAT
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* * * *
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1 TGTAGCATCTAGATTATAGTACCCAAATACCTTTAATTATACTTTAATCAAATCAAATAATACAA
* *
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* * ** *
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1 TGTAGCATCTAGATTATAGTACC-CAAATACCTTTAATTATACTTTAATCAAATCAAATAATACA
* * * * *
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26178049 TATTCCTATG
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TGTAGCATCTAGATTATAGTACCCAAATACCTTTAATTATACTTTAATCAAATCAAATAATACAA
AATATCTATTTATAAAATACCCATTACCATTCCTAAATCATTTATGTTCTCGTGTATGTCCATCT
ATACA
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26180099 AAATCTTCAA
* *
26180109 CTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCGAATAAACTTGTATGAATAG
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* * * *
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* * *
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131 CATAACTATTTAAACTCTCTCAATAAACAAATTCATTTTT-AAATTTCTTACTTATTAATTTTTG
* * * *
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*
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* * * ** * *
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* * * * *
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128 AGTCATAACTATTTAAAC-TCTCTCAATAAACAAATTCAT-TTTTAAATT-TCTTACT-TATTAA
* *
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189 TTTTTGAAATATTAATAAATTAATAATATTTTATTTCCAATAAGCTTATATGAACTCAAACAATT
* * * ** *
26180724 GTTTTATTATAAAGCAAAGGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTA
254 GTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTA
26180771 GTTACATAGC
Statistics
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CTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAACTTGCATGAATAG
AAACAAGTATTTTATGACAAAACAAAAGAACATAATGATTTAAAATAAATAATTGTTTAAATAGT
CATAACTATTTAAACTCTCTCAATAAACAAATTCATTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTGA
AATATTAATAAATTAATAATATTTTATTTCCAATAAGCTTATATGAACTCAAACAATTGTTTTAT
GACAAAACAAAAAGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTACTTGAAT
GTGTTTAGAAAATAGATTTATTTTTTAAATTTTTG
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26180012 AATAGATTTT
** * * * * * **
26180022 GTCATAATGATTTGAAA-AGATAACAGTTCAAATGGATATGACTATTTGAACTTATTTGATAACA
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* **
26180086 -AAATTTATTCTTTAAATCTTCAACTTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAATATTATTTT
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*
26180149 ATTCCGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAATAAAAG
126 ATTCC-AATAAACTT-TATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAG
*** * * * * * *
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1 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTTATAACTATTTGAACTGT-TCAATAAAT
*
26180267 AAATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAT
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* * * *
26180332 TTCGAATAAGCTTTTATGAATAGAAACAATTAGTTTATGACAAAACAAAAA
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* * * * * *
26180383 GTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTACTTGAATGTGTTTAGA-AAA
1 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTTATAACTATTTGAA-CTGTTCA-ATAAA
* *
26180447 TAGATTTATTTTTTAAATTTTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTATATTATTTTAT
64 TAGATTTA-TTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAT
* * * * * *
26180512 TCAAATTAAACTTGCATGAATAGAACCAAGTATTTTATGATAAAACGAAAG
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* * *
26180563 GCCATAAT-ATTTTAAAATAGATAATTGTTTAGATAGTTATAACTATTTGAACATGTTCAATAAA
1 GTCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTTATAACTATTTGAAC-TGTTCAATAAA
* * *
26180627 TAGATTCATATTTT-AATTCTCTTACTCT-TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAATATTT
64 TAGATTTAT-TTTTAAATT-T-TTACT-TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTT
* * * * * * * *
26180690 TATTTCCAATAAGCTTATCTGAACT-CAAACAATTGTTTTATTATAAAGCAAAGG
125 TA-TTCCAATAAACTT-TATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAG
26180744 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATT
1 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATT
26180770 AGTTACATAG
Statistics
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GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTTATAACTATTTGAACTGTTCAATAAATA
GATTTATTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCC
AATAAACTTTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAG
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26180795 AACATATGTA
* * * * * *
26180805 TAATTGTCGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAAATCCGAATAACCTTGCATGAATAGAAAC
1 TAATTGTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-AATTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAAC
* * *
26180870 AATTA-TTT-T------A-AAAA-GTCATAACAAATTGAAATAAATAATTATTTAAATAGTCATG
65 AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAGTCATA
* * *
26180925 ACGATTTGAACGT-GTTTAATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACCTT-T
130 ACTATTTGAAC-TAGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATTTTTTA-CTTAT
* * * * * *
26180977 TAATTGTCT-TAATATTAATAAATTTGTACTATTTT-TTTCGAAATAAGCTTGTCTGAACAAAAA
1 TAATTGT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCG-AATAAGCTTGTATGAAC-AGAA
* * * *** * * ** * * *
26181040 AAAATTATGTTATGATAAAACAAATTATTACAGTGATTTCAAATAGATAATTATTTAAATAGTTA
63 ACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAGTCA
* * * * * * * * *
26181105 TAATTATTTAAAATTA-TTTAATAAACAGATTCATTTTTTTAAATCTTTAAATTAT
128 TAACTATTT-GAACTAGTTTGATAAATAGATTTA-TTTTTTAAATTTTTTACTTAT
* * * * **
26181160 AAAATT-TTGAAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAATTGAAAC
1 -TAATTGTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAAC
* * * *
26181224 AATTCTTTTGA-GACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCCT
65 AATTATTTT-ATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAGTCAT
* * * * * *
26181288 GACTATTTGATCTAGTTCGATAAACATATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTAT
129 AACTATTTGAACTAGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATTTTTTACTTAT
* * *
26181341 TAATTGTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTCAAATAAACTTGTATGAACAGAAACA
1 TAATTGTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACA
* * * *
26181406 ATTGTTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATCTA-TTAAATAGTCATA
66 ATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAAT-TATTTAAATAGTCATA
* * *
26181470 ACTATTTGAACTGGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTGAA---TCT-CTTAT
130 ACTATTTGAACTAGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATTTTTTACTTAT
* * * * * * * * * * * *
26181518 TAATTTTTAAAATATTAATAGATTGGTATTACTTTATTTTGGACAAACTTATATGAACAAAAACA
1 TAATTGTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACA
* * * * * * * * *
26181583 TTTGTGTAATAACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATATATAATTATTCAAATAGGT-TTA
66 ATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTTAAATA-GTCATA
* ** * * * *
26181647 ATTATTTGAACT-GGCTAAGTAAATAAAATTATTTTTTAAATTTTTTGCTTAT
130 ACTATTTGAACTAGTTTGA-TAAATAGATTTATTTTTTAAATTTTTTACTTAT
* * * * ** *
26181699 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTT-ATTCTGAATAGGGTAATATGAATTA-AA
1 TAATTGTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTAATTC-GAATAAGCTTGTATGAA-CAGAA
* * * *
26181761 AAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC-ATTTTGAAATAAATAATTAGTCATATAGTC
63 ACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGA-TTTGAAATAAATAATTATTTAAATAGTC
* * * * * * * *
26181825 TTAAATATTT-AGACTAGGTCGATAAATAAATTTATTTTTT-AATTCTCTTAGTTAA
127 ATAACTATTTGA-ACTAGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATT-TTTTACTTAT
* * * * * *
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1 TAATTGTT-GAAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTAATTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAA
* * * * * * * * * * * *
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64 CAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAGTCAT
* * *
26182004 AACTATTTGAA-TTGATTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATTTATTACTTAT
129 AACTATTTGAACTAG-TTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATTTTTTACTTAT
* * * * * * * * *
26182057 TAATTTTTAAAAAATTAATAAATGAGTAGTATTTT-ATTCCGAACAAGCTTGAATGATCAAAAAC
1 TAATTGTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATT-CGAATAAGCTTGTATGAACAGAAAC
* * * * * * * * *
26182121 ATTTGTTATATGACCAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTGAAATGATTCA
65 AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTT-AAAT-AGTC-
* * * * * *
26182186 ATAAACAAATT-CACT--TTT--TAAAT-CACTTA---CTT--A----TTA---AT
127 AT-AACTATTTGAACTAGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATTTTTTACTTAT
* * * ** **
26182224 T--TT-T-GAAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTCGAATTAGCTTGTATGAACTTAAATG
1 TAATTGTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACA
* * * * * *
26182285 ATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAACTGTTTATATAATCTTAA
66 ATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAGTCATAA
** * * * *
26182350 CTATTTGAACT-GCTTCAACAAATAGATTTATTGTTTAAATCTTTTAGTTAT
131 CTATTTGAACTAG-TTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATTTTTTACTTAT
* * * **
26182401 TAATT-TTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATTGAAACA
1 TAATTGTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACA
* ** * * **
26182465 ATTATTTTATAACGGAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGGT-A--A-TT--AT--TCA-AA
66 ATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAGTCATAA
* * * * * * * *
26182521 -TA--GGAGCTGGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAGTATTCTATTTAT
131 CTATTTGAACTAGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATTTTTTACTTAT
* * * * **
26182569 TAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTT-ATTCCGAATAGGCTTGTATGATGA-AAAC
1 TAATTGTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATT-CGAATAAGCTTGTATGAACAGAAAC
* ** * * * *
26182632 GAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGGTTCATAATAATTTAAAATAAATAATTGTTGAAAT-GACC
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* * ** * * * ***
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127 ATAACTATTTGAACTAG-TTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATTTTTTACTTAT
* * * * * **
26182750 TAATTTTTGAAATAATAATCAATTATTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACTA-AAAC
1 TAATTGTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCGAATAAGCTTGTATGAAC-AGAAAC
* * * * * * * * *
26182814 AGTTGTTTTA-GTA-AAAAGC-AAAGGTCATATCGATTTTAAATATATAACTGTTCAAATAGTCG
65 AATTATTTTATG-ACAAAA-CAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAGTCA
* * * * * * *
26182876 TAACTATTTTAATTTGTTTAGA-AAAAAAATTTATTTTTTTAAATCTTTTACGTAT
128 TAACTATTTGAACTAGTTT-GATAAATAGATTTA-TTTTTTAAATTTTTTACTTAT
* * * * * *
26182931 TAATT-TTTAAGATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTTGGATAAGTTTTTATGAACTGAAAC
1 TAATTGTTGAA-ATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAAC
** * * * * * * * **
26182995 AATTATTTTATGTTAAAATAAAAGGTAATAGCAATTTTAAATAAGTAATTGTCCAAATAGTCA-A
65 AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAGTCATA
* * * * * * *
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130 ACTATTTGAACTAGTTTGA-TAAATAGATTTATTTTTT-AAAT-TT--TTTACTTAT
* * ** * * * * * * * * * *
26183113 TGATTATTTTATTCTGAATAACTT-GTATTATATGAA-ACAAAT-A--TTTTATG-AC-TAAACA
1 TAATTGTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACA
* * * **** ** ** ** * * * *
26183171 A-AATGTCA-GAACAATTTGAAATAT-ATAATTATTCT--AATAGTTTTAACTATTCGAATTGGT
66 ATTATTTTATG-ACAAAACAAAAGGTCATAACGATT-TGAAATA--AATAATTATT-TAAATAG-
* * * *
26183231 TTGATAAACACATTT--A-T--TTT-TTAAAT---TTCTAGTTTATT-AATTTTTGGAATA-TTA
125 -TCAT-AAC-TATTTGAACTAGTTTGATAAATAGATT-TA-TTTTTTAAATTTTT----TACTTA
26183285 T
181 T
* * * * ** * * * * * ** * *
26183286 TAAAT-TAGTATTATTTTTAACTAAATA-AACTTCCATGATCAGAAACAATTG-TTTTATG-ACA
1 TAATTGTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAAT--TC-G-AATAA--GCTTGTATGAACA
** * * * * *
26183347 -AAACAA-GCTTGTATGATAAAAAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAATGTTATAGTTATTTG
60 GAAACAATTATTTTATGACAAAACAA-AA--G----GT--CATAAC-----------G--ATTTG
* * * * * * * *
26183410 AAATAGATAATTGTTTAAA-CGATCATAATTATTTAAACT-GATTTGGTAAACAAATTTATTTTT
103 AAATAAATAATTATTTAAATAG-TCATAACTATTTGAACTAG-TTTGATAAATAGATTTATTTTT
* *
26183473 TAAATATCTTACTTAT
166 TAAATTTTTTACTTAT
* * * * * *
26183489 TAATT-TTATAAATATTAAGAAATTAGTATTTTTTTTATTCCATATAAACTTGTA-GTAACTAG-
1 TAATTGTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCGA-ATAAGCTTGTATG-AAC-AGA
* * * * * ** * * * * *
26183551 AACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGATCTTAACAATTTTAAATCGACAATTGTTCAAATAATA
62 AACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAGTC
* * * *
26183616 ATAATTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTATTTATTTAAATCTCTTT-CTTAT
127 ATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAATAGATTTATTT-TTTAAAT-TTTTTACTTAT
* * * * * *
26183672 TAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTAATTT-ATTCTAAATAAACTTGTATGAACTGAAA
1 TAA-TTGTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTC-GAATAAGCTTGTATGAACAGAAA
* * * * * * *
26183735 CAATTGTTTTATGATC-AAACGAAAA-GTCAAAATGATTTGAAATATATAATTGTTTTAATAATC
64 CAATTATTTTATGA-CAAAAC-AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAGTC
* * * * ****
26183798 TTAACCATTTGAACTAGTTT-AGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCCCGTACTTAT
127 ATAACTATTTGAACTAGTTTGA-TAAATAGATTTATTTTTTAAATTTTTTACTTAT
* * * * * * * * *
26183853 TAATTTTTGAAATATTATTAAATTTGTATTATTTTTATTCAAATAAACTTGTACGAATA-AAATA
1 TAATTGTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACA
* * * * ** * * * **
26183917 ATTATATTATGACAAAGCAAAATGTCATAATGATTTGAAATTGATAATCATTCATATAGTTTTAA
66 ATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAGTCATAA
* ** * **
26183982 CTATTTGAACT-GATTCGGCAACT-GAATTTA-TTTTT-AATTTTCTTTGTTAT
131 CTATTTGAACTAG-TTTGATAAATAG-ATTTATTTTTTAAATTTT-TTACTTAT
* * * * * ** *
26184032 TAAGT-TTCAGAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-ATTCCAAACAAAATAGTATGAACA-AAA
1 TAATTGTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATT-CGAATAAGCTTGTATGAACAGAAA
* * * * * * * * * *
26184094 CCAATTGTTTGAAGACAAAACAAAATGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTA
64 -CAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAGTCA
* * * *
26184159 TAATTATTTGAACT-GATTTGATAAATAGAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
128 TAACTATTTGAACTAG-TTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATTTTTTACTTAT
* * * * * * * ** *
26184213 AAAATT-TTGAATTATTAATAAATTAGTTTTATTTTATTTCGAATAAACTTATATGAGCTTAAAT
1 -TAATTGTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAAC
* * * * * * * *
26184277 AATTATTTTATGATAAAACAAAAAGTCATAACAATTTAAAATAGATAATTATTCATATAGTCTTA
65 AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAGTCATA
* * ** * * * *
26184342 ACTGTTTAAACTAGTTCAACAAACAGATTTATTTTTTAAATCTATTA-TGTAT
130 ACTATTTGAACTAGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATTTTTTACT-TAT
* * * * * *
26184394 GAATT-TTTAGAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-ATTCTAAATAAACTTGTATGAACAAAAA
1 TAATTGTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTC-GAATAAGCTTGTATGAACAGAAA
* * ** * * * * * *
26184457 TAATTATTTTATGACATAACAAAATATTATAACAATTTGAAATAATTAATTATTCAAGTAGTTAT
64 CAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAGTCAT
* * * * * *
26184522 AACTATTTAAACTAGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAA---TCT-CTTAC
129 AACTATTTGAACTAGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATTTTTTACTTAT
* * * * *** *
26184571 TAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTGTATGTTGAAAAACA
1 TAATTGTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACA
* * *
26184636 ATTGTTTTATAACAAAA-AGAAAGGTAATAACGATTT
66 ATTATTTTATGACAAAACA-AAAGGTCATAACGATTT
26184672 CATTTCAAAT
Statistics
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ATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAGTCATAA
CTATTTGAACTAGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATTTTTTACTTAT
Found at i:26181443 original size:685 final size:687
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26180114 TAATTTTTAG
* *
26180124 AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTAT
1 AATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCGAATAAACTTGCATGAATAGAAACAATTATTTTA-
* * *
26180189 GACAAAATAAAAGAAGATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTAAAC
65 GACAAAAT-AAAGAAGACAA-GATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAGTCATAACGATTTAAAC
* *
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128 TCTCTCAATAAACAAATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATT
* * * * *
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* * * * *
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* *** * *
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* * * * *
26180514 AAATTAAACTTGCATGAATAGAACCAAGTATTTTATGATAAAACGAAAGGCCATAATATTTTAAA
387 AAATTAAACTTACATGAATAGAAACAAGTATTTTATGACAAAACAAAAGGCCATAAGATTTTAAA
* * * *
26180579 ATAGATAATTGTTTAGATAGTTATAACTATTTGAACATGTTCAATAAATAGATTCATATTTTAAT
452 ATAGATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGAACATGTTCAATAAACAGATTCATATTTTAAT
* * * * * *
26180644 TCTCTTACTCTTTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAATATTTTATTTCCAATAAGCTTATC
517 TCTCTTACTCTTTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAATAATATTTTAATTCAAATAAACTTATA
* * * * ** *
26180709 TGAACTCAAACAATTGTTTTATTATAAAGCAAAGGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTAGTT
582 TGAACACAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTAGTT
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647 ACATAGCAAACTTTTTCGGTAAACATATGTATAATTGTCGA
*
26180815 AATATTAATAAATTAATATTATTTTAAATCCGAATAACCTTGCATGAATAGAAACAATTATTTTA
1 AATATTAATAAATTAATATTATTTT-AATCCGAATAAACTTGCATGAATAGAAACAATTATTTTA
* * * * *
26180880 -A-AAAGT-CA-TA-ACAA-A-TTGAAATAAATAATTATTTAAATAGTCATGACGATTTGAACGT
65 GACAAAATAAAGAAGACAAGATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAGTCATAACGATTTAAAC-T
* * * * *
26180938 GT-TTAATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACCTT-TTAATTGTCTT-AATATTAATAAAT
129 CTCTCAATAAACAAATTTATTTTTAAAATCTTTTA-CTTATTAATT-T-TTAAATATTAATAAAT
** * *
26181000 TTGTACTATTTT-TTTCGAAATAAGCTTGTCTGAACAAAAAAAAATTA-TGTTATGATAAAACAA
191 TAATACTATTTTATTTCG-AATAAGCTTGTATGAA-AAAAAAAAATTAGT-TTATGACAAAACAA
* * * * * * *
26181063 ATTA-TTACAGTGATTTCAAATAGATAATTATTTAAATAGTTATAATTATTTAAAAT-TATTTA-
253 A-AAGTCACAATAATTTCAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTACTT-AAATGTATTTAG
*
26181125 ATAAACAGATTCATTTTTTTAAATCTTTAAATTATAAAATTTTGAAATATTAATAAATTTGTATT
316 A-AAACAGATTCA-TTTTTTAAAT-TTTAAATTATAAAATTTTGAAATATTAATAAATTTATATT
* * * * * * **
26181190 ATTTTATTTCGAA-TAAGCTTATATGAATTGAAACAATTCTTTTGA-GACAAAACAAAAGGTTAT
378 ATTTTA-TTCAAATTAAACTTACATGAATAGAAACAAGTATTTT-ATGACAAAACAAAAGGCCAT
* * * * * *
26181253 AACGA-TTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCCTGACTATTTGATC-TAGTTCGATAAACATA
441 AA-GATTTTAAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGAACAT-GTTCAATAAACAGA
* * *
26181316 TTTAT-TTTTAAAATT-TTTTACT-TATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAA
504 TTCATATTTT--AATTCTCTTACTCT-TTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAATAATATTTTAA
* *
26181378 TTCAAATAAACTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTG
566 TTCAAATAAACTTATATGAACACAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTG
26181443 AAATAAATAAT
631 AAATAAATAAT
26181454 CTATTAAATA
Statistics
Matches: 532, Mismatches: 87, Indels: 46
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
681 5 0.01
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689 4 0.01
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ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (687 bp):
AATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCGAATAAACTTGCATGAATAGAAACAATTATTTTAG
ACAAAATAAAGAAGACAAGATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAGTCATAACGATTTAAACTCT
CTCAATAAACAAATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAATATTAATAAATTAATA
CTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAAAAAAAAAATTAGTTTATGACAAAACAAAAAGTCAC
AATAATTTCAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTACTTAAATGTATTTAGAAAACAGATT
CATTTTTTAAATTTTAAATTATAAAATTTTGAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCAAAT
TAAACTTACATGAATAGAAACAAGTATTTTATGACAAAACAAAAGGCCATAAGATTTTAAAATAG
ATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGAACATGTTCAATAAACAGATTCATATTTTAATTCTC
TTACTCTTTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAATAATATTTTAATTCAAATAAACTTATATGAA
CACAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTAGTTACAT
AGCAAACTTTTTCGGTAAACATATGTATAATTGTCGA
Found at i:26181632 original size:358 final size:353
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Period size: 358 Copynumber: 6.0 Consensus size: 353
26180869 CAATTATTTT
* * * * * * *
26180879 AAAAAGTCATAACAAATTGAAATAAATAATTATTTAAATAGTCATGACGATTTGAACGTGTTTAA
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* * ** *
26180944 TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACCTT-TTAATTGTCT-TAATATTAATAAATTTGTACT
63 TAAATAGATTTATTTTTTAAATTTTTTA-CTTATTAATTGT-TGAAATATTAATAAATTAATATT
* * * * * * *
26181007 ATTTTTTTCGAAATAAGCTTGTCTGAACAAAAAAAAATTATGTTATGATAAAACAAATTA-TTAC
126 ATTTTATTCGAAATAAGCTTGTATGAAC-AAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAA-AAGTCAT
* * * * * * * ** * *
26181071 AGTGATTTCAAATAGATAATTATTTAAATAGTTATAATTATTTAAAATTATTTAATAAACAGATT
189 AATGATTTGAAATAAATAATTAGTTAAATAGTCATAAATATTT-AACTGGTTTGATAAATAGATT
* * * * * *
26181136 CATTTTTTTAAATCT-TTAAATTATAAAATTTTGAAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTC
253 TA-TTTTTT-AATCTCTT--AGT-T-AATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTT
* ** * *
26181200 GAATAAGCTTATATGAATTGAAACAATTCTTTTGA-GACAAAAC
312 GAATAAACTTATATGAACAGAAAC-ATT-TTTTAATAACAAAAC
* * * * * * **
26181243 AAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCCTGACTATTTGATCTAGTTCGA
1 AAAAGGTCATAACTATTTGAAATATATAATTATTCAAATAGT--TAACTATTTGAACT-GTTTAA
* * *
26181308 TAAACATATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAATATTAT
63 TAAATAGATTTATTTTTTAAATTTTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAATATTAT
* * * * *
26181373 TTTAATTC-AAATAAACTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAAT
128 TTT-ATTCGAAATAAGCTTGTATGAACAAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAAT
*
26181437 GATTTGAAATAAATAATCTA-TTAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGATAAATAGATTTA
192 GATTTGAAATAAATAAT-TAGTTAAATAGTCATAAATATTT-AACTGGTTTGATAAATAGATTTA
* * * * *
26181501 TTTTTTGAATCTCTTA-TTAATTTTTAAAATATTAATAGATTGGTATTACTTTATTTTGGACAAA
255 TTTTTT-AATCTCTTAGTTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAA
* *
26181565 CTTATATGAACAAAAACATTTGTGTAATAACAAAAC
319 CTTATATGAACAGAAACATTT-TTTAATAACAAAAC
* **
26181601 AAAAGGTCATAACTATTTGAAATATATAATTATTCAAATAGGTTTAATTATTTGAACTGGCTAAG
1 AAAAGGTCATAACTATTTGAAATATATAATTATTCAAATA-G-TTAACTATTTGAACTGTTTAA-
* * * * * *
26181666 TAAATAAAATTATTTTTTAAATTTTTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCATTTTAT
63 TAAATAGATTTATTTTTTAAATTTTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAATATTAT
* * ** ** *
26181731 TTTATTCTG-AATAGGGTAATATGAATTAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-
128 TTTATTC-GAAATAAGCTTGTATGAACAAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAAT
* * * * * *
26181794 CATTTTGAAATAAATAATTAGTCATATAGTCTTAAATATTTAGACTAGG-TCGATAAATAAATTT
192 GA-TTTGAAATAAATAATTAGTTAAATAGTCATAAATATTTA-ACT-GGTTTGATAAATAGATTT
*
26181858 ATTTTTTAATTCTCTTAGTTAATAATTTTCAAAATATT-ATCATATTAGTATTATTTTATTTTGA
254 ATTTTTTAA-TCTCTTAGTTAAT--TTTT-AAAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTTTGA
* * * * * * *
26181922 ATAAACATGTATGAACAGAAATAATTATTTT-ATTATAGAAT
314 ATAAACTTATATGAACAGAAA-CATT-TTTTAATAACAAAAC
* * * * * **
26181963 AGAAGGTTATAA-TGATTTGAAGTATACAATTATTCAAATA--TAACTATTTGAATTGATTTGGT
1 AAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATATATAATTATTCAAATAGTTAACTATTTGAACTG-TTTAAT
* * * * * * *
26182025 AAATAGATTTATTTTTTAAATTTATTACTTATTAATTTTTAAAAAATTAATAAATGAGTAGTATT
64 AAATAGATTTATTTTTTAAATTTTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAATATTATT
* * * * * * * * * *
26182090 TTATTCCG-AACAAGCTTGAATGATCAAAAACATTTGTTATATGACCAAACAAAAGGTAATAATG
129 TTATT-CGAAATAAGCTTGTATGAACAAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATG
* * * * *
26182154 ATTTGAAATAGATAATT-GTTTGAAATGATTCAATAAACAAATTCACT--TTT--T--A-A-A-T
193 ATTTGAAATAAATAATTAG-TT-AAAT-AGTC-ATAAA-TATTTAACTGGTTTGATAAATAGATT
* * * * * *
26182209 CA---CTT-A---CTTA-TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTCGAATTA
253 TATTTTTTAATCTCTTAGTTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA
* * ** * *
26182266 GCTTGTATGAACTTAAATGATTATTTT-ATGACAAAAC
318 ACTTATATGAACAGAAA-CATT-TTTTAATAACAAAAC
* * * * * * *
26182303 AAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAAATAACTGTTTATATAATCTTAACTATTTGAACTGCTTCA
1 AAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATATATAATTATTCAAAT-A-GTTAACTATTTGAACTG-TTTA
* * * * * *
26182367 ACAAATAGATTTATTGTTTAAATCTTTTAGTTATTAATT-TTGAAATATTATTAAATTAGTATTA
62 ATAAATAGATTTATTTTTTAAATTTTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAATATTA
*** * * ** * *
26182431 TTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTATTTTATAACGGAACAAAAGGTTATAA
127 TTTTA-TTCGAAATAAGCTTGTATGAACAAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAA
** ** ** * *
26182495 CAATTTGAAATAGGT-A--A-TT--AT--TC--AAATA-GGAGCTGGTTCGATAAATAGATTTAT
191 TGATTTGAAATAAATAATTAGTTAAATAGTCATAAATATTTAACTGGTTTGATAAATAGATTTAT
* * **
26182549 TTTTTAAGTATTCTATTTA-TTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCGAAT
256 TTTTT-A--A-TCT-CTTAGTTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAT
** * ** *
26182613 AGGCTTGTATGATGA-AAACGAATTGTTTT-ATGACAAAAC
316 AAACTTATATGAACAGAAAC--ATT-TTTTAATAACAAAAC
* * * * ** * * *
26182652 -AAAGGTTCATAA-TAATTTAAAATAAATAATTGTTGAAATGACCATAATTATTTAAACTGATTC
1 AAAAGG-TCATAACT-ATTTGAAATATATAATTATTCAAAT-A-GTTAACTATTTGAACTG-TTT
* * * *** * * * *
26182715 AATAAATATATTCACTTTTTAAATCAATTACTTATTAATTTTTGAAATAATAATCAATTATTATT
61 AATAAATAGATTTATTTTTTAAATTTTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAATATT
** * * * * *
26182780 ATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAGTTGTTTTA-GTA-AAAAGC-AAAGGTCAT
126 ATTTTATTCGAAATAAGCTTGTATGAACAAAAAAAATTATTTTATG-ACAAAA-CAAAAAGTCAT
* * * * * * * * *
26182842 -ATCGATTTTAAATATATAACT-GTTCAAATAGTCGTAACTATTTTAATTTGTTTAGA-AAAAAA
189 AAT-GATTTGAAATAAATAATTAGTT-AAATAGTCATAAATA-TTTAACTGGTTT-GATAAATAG
* * *
26182904 ATTTATTTTTTTAAATCTTTTACGTATTAATTTTTAAGATATTAATAAATTAGTATTATTTTAAT
250 ATTTA-TTTTTT-AATCTCTTA-G--TTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* ** * *
26182969 TTGGATAAGTTTTTATGAACTGAAACAATTATTTTA
310 TTGAATAAACTTATATGAACAGAAAC-ATT-TTTTA
26183005 TGTTAAAATA
Statistics
Matches: 1377, Mismatches: 291, Indels: 189
0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
328 2 0.00
329 1 0.00
330 5 0.00
332 1 0.00
333 2 0.00
334 1 0.00
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ACGTcount: A:0.41, C:0.07, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (353 bp):
AAAAGGTCATAACTATTTGAAATATATAATTATTCAAATAGTTAACTATTTGAACTGTTTAATAA
ATAGATTTATTTTTTAAATTTTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTT
ATTCGAAATAAGCTTGTATGAACAAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATT
TGAAATAAATAATTAGTTAAATAGTCATAAATATTTAACTGGTTTGATAAATAGATTTATTTTTT
AATCTCTTAGTTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATAT
GAACAGAAACATTTTTTAATAACAAAAC
Found at i:26181849 original size:539 final size:516
Alignment explanation
Indices: 26181164--26183005 Score: 1402
Period size: 539 Copynumber: 3.5 Consensus size: 516
26181154 AATTATAAAA
* *
26181164 TTTTGAAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAATTGAAACAATTC
1 TTTTGAAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTCGAAT-AGCTTATATGAATT-AAAAAATTA
* * * * * *
26181229 TTTTGA-GACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCCTGACTA
64 TTTT-ATGACAAAACAAAAGGTCATAAC-ATTTGAAATAAATAATTAGTTATATAGTCTTAACTA
* * *
26181293 TTTGATCTAGTTCGATAAACATATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTA
127 TTTGA-CTAGTTCGATAAATAAATTTATTTTT-AAATTTTTTAGTTATTAATT-TTGAAATATTA
* * * *
26181358 ATAAATTAATATTATTTTAATTCAAATAAACTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATAACAAAA
189 ATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATAACAGAA
* * *
26181423 CAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATCTATTAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTG
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* * * *
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** * *
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*
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* *** *
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** * * *
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* *
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* * * * *
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* ** * * * *
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* * * * * * * *
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* *
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* * * *
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* * *
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* **
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* * *
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* * * *
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* * ** *
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** ** * * *
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254 CAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAAATAATTATT-AAATAGTATAACTATTTGAACTGATTTGA
* * * * *
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318 TAAATAGATTTATTTTTTAA--ATTACTACTTATTAATTTTTAAAAAATTAATAAATGAGTAGTA
* * ** * ** * * *
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381 CTTTATTCCGAACAAACTTGAATGAACAAAAAC-ATTTGTTATATAACAAAACAAAAGG------
* * * * *
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*
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* * ** * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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** ** * *
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AGATAATTATTTGAAATGATGCAATAAAAAAATTCACTTTTTAAATCACTTACTTATTAAT
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* **
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CG
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*
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*
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AACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAAT
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TAAACAAAAGG
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* * * ** * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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** * * * * *
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* * * * * * * *
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** * * **
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* ** * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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** * *
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* * * * *
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* * * *
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* *
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* * * * * * *
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* * *
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* ** ** * * * * *
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*
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Statistics
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CATAACTATTTGAACTTAGTTTGGAAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
TGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAG
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * * * *
26187777 -AAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATA-AAAGAGTTGTTTATAT
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** * * * * *
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* * *
26187896 TATTAATTTTCAAAA-ATT-TTACCA-TAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGAATGAATAGA
1 TATTAATTTTTAAAATATTAATA-AATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGAATGAATAGA
* * * * * *
26187958 AATAATTATTTTATGATAAACAAAAGGTTATAATAATTTGAAATATATAATTATTCAAATAGTAA
65 AACAATTATTTTATGAAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA
* ** * * *
26188023 TAATTATTTGAACTAGTTCGTAAGCAAATTTATTTTTCAAATCTCTTGCC
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* * * *
26188073 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAGGCTTGTATG-AT-GAA
1 TATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGAATGAATAG-A
* ** * *
26188136 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-GAC
65 AACAATTATTTTATGA-AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG-T
* * * ** *
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* * ** * * ** * ** *
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* * * * *
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65 AACAATTATTTTATGA-AAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
* * * * * * *
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128 CATAACTATTTGAACTAGTTCGTAAATAAATTTATTTTT-TAAATCTCTTACT
* * * * * * ** *
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1 TATTAAT-TTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGAATGAA-TA
* ** * * * *
26188492 GAAACAATTATTTTCTAGCTAAACCAAAGGTTAGAATGATTTGAAATAGATAA-TAGTTCTAATA
63 GAAACAATTATTTTAT-GAAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAATA
* * * * * *
26188556 GTC-TTACTTATTTGAACTGATTTGGCAAACACATTTATTTTTTAAATC-CTTACT
126 GTCATAAC-TATTTGAACT-AGTTCGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACT
* * * * ** * * * *
26188610 TATT-ATATTTTAGAATATTATTAATTTAGCAACATTTTACTCTGAATAAACTTGTATGAATAGA
1 TATTAAT-TTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGAATGAATAGA
* * * * * * *
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65 AACAATTATTTTATGA-AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC
* * * * * * * *
26188738 ATAACTATTTAAACTAATTTGGTAAAGAGATTCA-GTTTTAAA-ATC-T-CT
129 ATAACTATTTGAACT-AGTTCGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACT
* * ** *
26188786 TATTAATTTTCAAAATAGTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAATTTTGTAA-GAATAAA
1 TATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTG-AATGAATAGA
* * * * * *
26188850 AATAATTATTTTATTGTAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATATATAA-TAGTTCAAATGGA
65 AACAATTATTTTA-TGAAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAATAGT
* * * *
26188914 CATGACTATTTGAACTTGTTGGGTAAATAAATTTATTTTTTAAAACT-TTACAT
128 CATAACTATTTGAACTAGTT-CGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAC-T
* * * * * * * *
26188967 AATTAATTTCTAGAATATTAGTAAATTAGTAATATTTTATTCCAAATAAACTTGAATGGATAGAA
1 TATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGAATGAATAGAA
* * * * *
26189032 ATAATTGTTTTAT-AACAAA-AAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCA
66 ACAATTATTTTATGAA-AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA
* * * * **
26189095 TAACTATTTAAACTTGCATAGTAAATGGATTTATTTTTTAAAAT-T-TTACT
130 TAACTATTTGAACTAG-TTCGTAAATAAATTTATTTTTT-AAATCTCTTACT
*** * * *
26189145 TATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGGATAAGTTTGTATGAACAGAA
1 TATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGAATGAATAGAA
** * * * *
26189210 ACAATTGCTTTATGACAAAACAAATGGTCAT-ACGATTTGGAATATATAATTATTCAAATAGTCA
66 ACAATTATTTTATGA-AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA
* *** *
26189274 TAACTATATGAA-TATGTTTAAAAAATAGATTTATTTTTTAAAAT-T-TTACT
130 TAACTATTTGAACTA-G-TTCGTAAATAAATTTATTTTTT-AAATCTCTTACT
* * ** * * * *
26189324 CATTAATTATTGGAATATTAATAAATTTA-TAATATTTTATTCAAAATAAGCTTGCATGAACA-A
1 TATTAATTTTTAAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGAATGAATAGA
* * * *** *
26189387 AACCAATTGTTTTATG-ACAA-AAAAGGTCATAATGTTTTGAAATAGATAATTATTTGGATAATC
65 AA-CAATTATTTTATGAAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC
*
26189450 ATAACTATATGAACT
129 ATAACTATTTGAACT
26189465 TGTTTGATAA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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AACTATTTGAACTAGTTCGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACT
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26188336 AATAAAAGTT
*
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1 CATAATTATTTTAAATAG
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1 CATAATTATTTTAAATAG
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1 -CATAATTATTT
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Statistics
Matches: 24, Mismatches: 1, Indels: 5
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CATAATTATTTTAAATAG
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26188335 AAATAAAAGT
*
26188345 TCATAACTATTTTAAATAG
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26188364 --ATAATTATTTAAATAG
1 TCATAATTATTTAAATAG
26188380 TCATAATTATTTAAA
1 TCATAATTATTTAAA
26188395 CTTGTTCAGT
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 1, Indels: 5
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.46, C:0.06, G:0.04, T:0.44
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TCATAATTATTTAAATAG
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26187592 ACAAAAATAT
* * * * * * * *
26187602 TTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATTATTTGAAATCGATTATTACTCAAAAAGTTATAAT
1 TTATTTTATGAC-AAA-AAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAC
* * *** * * *
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64 TATTTAAACTAG-TTAG-TAAATGGATTTATTTTTAAAAT-TCTTGCTTATTAATTTTTAAAATA
* * * ** * * *
26187731 TGAATAAATTTGTTTTATTTTATTCTGAATAAGTTAGTAAGAACTA-AAAAAATTATTTTATGAC
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* * * * * * ** * *
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190 AAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATA-A-TAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATT
* * * * * * * *
26187859 GA-TTCATCAAATAAATTTAGTTTTGAAATCTCTTAGTTATTAATTTTCA-AAAATT-TTACCA-
253 GATTTGAT-AAATAGATTTATTTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTTT-AGAATATTAATA-AAT
* *
26187920 -TAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGAATGAATAGAAATAA
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* * * * * * *
26187963 TTATTTTATGATAAACAAAAGGTTATAATAATTTGAAATATATAATTATTCAAATAGTAATAATT
1 TTATTTTATGACAAA-AAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACT
* * **** * * *
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65 ATTTAAACTAGTTAGTAAATGGATTTATTTTTAAAAT-TCTTGCTTATTAATTTTTAAAATATTA
* * ** *
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129 ATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGTTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAA
* * * *
26188157 CAAAATTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-GACCATAATTATTTGAATTGATTT
194 CAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAATTGATTT
* * * * ** *
26188221 GATAAATTGATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATCT-GTTTTTGAAATATTAAT-AAGGTAATA
258 GATAAATAGATTTATTTTTTAAATCT-TTACTTAT-TAATTTTAG-AATATTAATAAATTTAGTA
* * ** * ** *
26188284 TTATTTTATTTTGGATAAGTTTTTATGAATTGAAACAA
320 ATATTTTATTCTAAATAAGCTTGAATGAATAGAAACAA
* * * * *
26188322 TTTTTTTATGATAAAATAAAAGTTCATAACT-ATTTTAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATAA
1 TTATTTTATGA-CAAA-AAAAGATCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAA
* * * * * * * *
26188386 TTATTTAAACTTGTTCAGTAAATTGA-TT-TTTGT-AATTTCTTGCTTATTAATATTCT-CAATG
63 CTATTTAAACTAGTT-AGTAAATGGATTTATTTTTAAAATTCTTGCTTATTAAT-TTTTAAAATA
* * * * ** * *
26188447 TTAAAAAATTAGTATTATCTTATTTCGAATAAGAATGTATGAACTGAAACAATTATTTTCT-AGC
126 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGTTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGA-C
* * * * * * * *
26188511 TAAACCAAAGGTTAGAATGATTTGAAATAGATAATAGTTCTAATAGTC-TTACTTATTTGAACTG
190 AAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAAC-TATTTGAATTG
** * * * *
26188575 ATTTGGCAAACACATTTATTTTTTAAATCCTTACTTATTATATTTTAGAATATT-ATTAATTTAG
254 ATTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTACTTATTA-ATTTTAGAATATTAATAAATTTAG
* * * * * *
26188639 CAACATTTTACTCTGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAA
318 TAATATTTTATTCTAAATAAGCTTGAATGAATAGAAACAA
* * * * *
26188679 ATATTTTAGGACAAAATAAAGATCATAACGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
1 TTATTTTATGACAAAA-AAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACT
* * * * * *
26188744 ATTTAAACTAATTTGGTAAA-GAGATTCAGTTTTAAAA-TC-T-CTTATTAATTTTCAAAATAGT
65 ATTTAAACT-AGTTAGTAAATG-GATTTATTTTTAAAATTCTTGCTTATTAATTTTTAAAATATT
* * * * * * *
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128 AATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGTTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTA-TGACAA
* * * *
26188869 AACAAAATGTCATAATGATTTGAAATATATAATAGTTCAAATGGACATGACTATTTGAACTTG-T
192 AACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGAT
* * * * * *
26188933 TGGGTAAATAAATTTATTTTTTAAAACTTTACATAATTAATTTCTAGAATATTAGTAAA-TTAGT
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* * * *
26188997 AATATTTTATTCCAAATAAACTTGAATGGATAGAAATAA
319 AATATTTTATTCTAAATAAGCTTGAATGAATAGAAACAA
* * * *
26189036 TTGTTTTATAACAAAAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
1 TTATTTTATGACAAAAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTA
* * *
26189101 TTTAAACTTGCATAGTAAATGGATTTATTTTTTAAAATT-TTACTTATTAATTTTTAAAATATTA
66 TTTAAACTAG-TTAGTAAATGGATTTA-TTTTTAAAATTCTTGCTTATTAATTTTTAAAATATTA
** **
26189165 ATAAATTAGTATTATTTTATTCCGGATAAGTTTGTATGAACAGAAACAATTGCTTTATGACAAAA
129 ATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGTTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAA
* * * *
26189230 C-AAATGGTCAT-ACGATTTGGAATATATAATTA-TTCAAATAGTCATAACTATATGAATATG-T
194 CAAAAT-GTCATAATGATTTGAAATAGATAA-TAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAT-TGAT
* * * *
26189291 TTAAAAAATAGATTTATTTTTTAAAAT-TTTACTCATTAATTATTGGAATATTAATAAATTTA-T
256 TTGATAAATAGATTTATTTTTT-AAATCTTTACTTATTAATT-TTAGAATATTAATAAATTTAGT
* * *
26189354 AATATTTTATTCAAAATAAGCTTGCATGAACA-AAACCAA
319 AATATTTTATTCTAAATAAGCTTGAATGAATAGAAA-CAA
* * *
26189393 TTGTTTTATGAC-AAAAAAGGTCATAATGTTTTGAAATAGATAATTATT
1 TTATTTTATGACAAAAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATT
26189441 TGGATAATCA
Statistics
Matches: 1181, Mismatches: 247, Indels: 105
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
355 3 0.00
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ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (357 bp):
TTATTTTATGACAAAAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTA
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AAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGTTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACA
AAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGATTTGAT
AAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTTAGAATATTAATAAATTTAGTAATATTT
TATTCTAAATAAGCTTGAATGAATAGAAACAA
Found at i:26191238 original size:181 final size:179
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Indices: 26190311--26192784 Score: 1465
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26190301 TACTCGATTA
* * * * * *
26190311 AAAATAATACTAACTTAATAATA-TTCAAAATATTAATAAGTAAGATATTTAAAAAATAAATGTA
1 AAAATAATACAAATTTATTAATATTTCAAAA-ATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTG
* ** * ** * * * * * * * *
26190375 TTTGTTAAACCAATTTAAATAGTTAAAATTATTAGAATAATTATATATTACAAATCGTTCTCACT
65 TTTATCGAA-CAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACT
* ** * * * * * *
26190440 TTTTCTTTAGTTGTACAATATTTGTTTCAT-ATCTTACAAGCTTATTC-AGAAT
129 TTTTGTTT-GTCATAAAATAATTGTTT-TTGTTCATATAAGCTTATTCGA-AAT
* * * * * * *
26190492 AAAATAATCCAAAGTTATTAACA-TTCAAAAAATAAATAAGCAAAAGATTTGAAAAAATAAATCT
1 AAAATAATACAAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATTT
* * ** * *
26190556 GTTTA-CTGAATAAGTTCCAATAGTCGTGACTATTTGAACAATTATTTATGTAAAATCATTATGA
64 GTTTATC-GAACAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGA
* ** * * * *
26190620 CCTTTAT-TTTAACATAAAACAATTGTTTTGGTTCATAAAAGCTTA-TCTAAAAT
127 -CTTTTTGTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGTTCATATAAGCTTATTC-GAAAT
* *
26190673 AAAATATTACAAATTTCTTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG-TTTAAAAAATAAATTTGT
1 AAAATAATACAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGT
* * * * * * ** *
26190737 TTATCGAATAAATTCAAAAAGTTATGACTATTTAAACAACTGTTTATTTAAAATTGTTCTGACTT
66 TTATCGAA-CAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACTT
** * *** * ** *
26190802 TTTGTTTTGTCATAAAGCAGTTGTTTCAATTCATACAAATTTATTCAAAAT
130 TTTG-TTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGTTCATATAAGCTTATTCGAAAT
*** * * * * * * *
26190853 AAAATAATATTGATTTCTGAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGTGATTTAAAACATGAATCTAT
1 AAAATAATACAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGT
* * * * * * * * * * *
26190918 TTATTGAATTAGTTCAAATAATT-TGCCTATTTCAAAAATTATCTATTTTAAATCATTATTACCT
66 TTATCGAA-CAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACTT
* ** ** * * * *
26190982 TTTGTTTGGTCATATAGCAATTACTTTTGATCACACCT-A-TTTATTCAAAAT
130 TTTGTTT-GTCATAAAATAATTGTTTTTGTTCATA--TAAGCTTATTCGAAAT
**
26191033 AAAATAATATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGT
1 AAAATAATACAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGT
* * * * * *
26191098 TTACCGAAGCAATTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTATACTTCAAATCATTATAACTT
66 TTATCGAA-CAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACTT
* * * * * *
26191163 TTTGTTCTATTATAAAACAATTATTTTTGTTTATATAAGCTTATTTGAAAT
130 TTTGTT-TGTCATAAAATAATTGTTTTTGTTCATATAAGCTTATTCGAAAT
* * * * *
26191214 AAAATAATACAAATCTAATAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAACATAAATTTAT
1 AAAATAATACAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGT
* * * ** * * * * *
26191279 TTGTCGAACCAGTTCAAATAGTTAGGGTTATATGAATAGTT-TTCTATTTCAATTCGTTAT-ACT
66 TTATCGAA-CAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATT-TATTTCAAATCATTATGACT
* *
26191342 AATCTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-TTTTTAATTCATACT-AGCTTATTCAAAAT
129 --T-TTTG-TTTGTCATAAAATAATTGTTTTT-GTTCATA-TAAGCTTATTCGAAAT
* * * * * * * * *
26191397 AAAATAAAATAAAATTATTAGTGTTTTAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAA-CAATTTAT
1 AAAATAATACAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGT
** * * * * * * *
26191461 TTA-CTTTACTAGTTCAAATAATTATGACT-TTTGAACAATTATTTATTTTAAATCGTTGTGGCC
66 TTATC-GAAC-AATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACT
* * * * *
26191524 TTTTG-TTGTCATAAGAAAAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTCAAAAT
129 TTTTGTTTGTCATAA-AATAATTGTTTTTGTTCATATAAGCTTATTCGAAAT
* * *
26191575 AAAATAATACTAATATATTAATGTTTC-AAAATTAATAAG--AGA-A-TTAAAAAATAAATTTGT
1 AAAATAATACAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGT
** ** **
26191635 TTATC-AAGTCAGCTCAAATAG-TATGACTATTTGAGTAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACT
66 TTATCGAA--CAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACT
* ** * *
26191698 TTTTGCTTTGTTATAAAATAATAATTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGAATT
129 TTTTG-TTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGTTCATATAAGCTTATTCGAAAT
* * ** * * * * *
26191750 AAAAAAATACTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAATAAAAAAATTT-AAAAATAAATATG
1 AAAATAATACAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-AAGAGATTTAAAAAATAAATTTG
* * * * * * * * *
26191814 TTTACCTAACTAGA-TCAAATAATCATGACTATTTTAATAATTATCTATTTTAAATCGTTATGAC
65 TTTATCGAAC-A-ATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGAC
* * * *
26191878 TTTTTGTTTATCATAAAATAATTGTTTTAGTTGATATAAACTTATTCGAAAT
128 TTTTTGTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGTTCATATAAGCTTATTCGAAAT
** * * *
26191930 AAAATAATAGC-AAGCTATTAATA-TTCAAGAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAATCT
1 AAAATAATA-CAAATTTATTAATATTTCAA-AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTT
* * * * * * * * * * *
26191993 ATTTA-CTGAATAAGTTTAAATAATTATGACTACTTAAACAATTATCTATTTGAAATTACTA-CA
64 GTTTATC-GAACAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGA
* * * *
26192056 CCTTTTGCTTTGTCATAAAATGATT-TTTTCTGTTCATAGAAACTTATTTCG-AAT
127 CTTTTTG-TTTGTCATAAAATAATTGTTTT-TGTTCATATAAGCTTA-TTCGAAAT
*** * *
26192110 AAAATAATTTGAATTTATTAATA-TT-AAGATAATTAATAAGTAAAAGATGTAAAAAATAAATTT
1 AAAATAATACAAATTTATTAATATTTCAA-A-AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTT
** * * * * **
26192173 GTTCT-TTTAATAAGTTCAAATTG-T-TGACTATTT-AAGCAATTTTTTATTTCAACTTTTTATG
64 GTT-TATCGAACAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-CAATTATTTATTTCAAATCATTATG
* * * * *
26192234 ACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTTGGATT
126 ACTTTTTG-TTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGTTCATATAAGCTTATTCGAAAT
* * * *
26192289 AAAATAAT--TAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGT
1 AAAATAATACAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGT
* * * *
26192352 TTATCGAACAAGTTTAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATAACTT
66 TTATCGAACAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACTT
* ** **
26192417 TTTCTTTTGT-AGT-AAATCAATCATTTCAGTTCATATAAGCTTA-T-----T
130 TTT-GTTTGTCA-TAAAAT-AATTGTTTTTGTTCATATAAGCTTATTCGAAAT
* * * * *
26192462 ----TGATACAAA---ATTAATATTTCAAAAATTAATTAGTAAGAGAATTAAAAAA-ATATATGT
1 AAAATAATACAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGT
* * * ** *
26192519 TTA-CTAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTA-TCGAAACAATTATCAATTTCAAAACATTATGAC
66 TTATC-GAACAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTG-AACAATTATTTATTTCAAATCATTATGAC
* * * *
26192582 ATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGGTTTTGTTTATATAGGCTTATTTC-AAAT
128 TTTTTG-TTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGTTCATATAAGCTTA-TTCGAAAT
* * ** * * *
26192635 AAAATACTATAAATTTATTAATATGCCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTAAAAAAATAAATATGT
1 AAAATAATACAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGT
* * * * * * * * * * **
26192699 TT-TCTTAACATGTTCAAATAATTATGAATATTTGAATAACTGTCTATTTTATATTGTTATGACT
66 TTATC-GAACA-ATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACT
* *
26192763 TTTTGTTTTGTCGTAAACTAAT
129 TTTTG-TTTGTCATAAAATAAT
26192785 CGTACTTGCT
Statistics
Matches: 1787, Mismatches: 403, Indels: 207
0.75 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
166 3 0.00
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184 3 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (179 bp):
AAAATAATACAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGT
TTATCGAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACTTT
TTGTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGTTCATATAAGCTTATTCGAAAT
Found at i:26193707 original size:182 final size:181
Alignment explanation
Indices: 26193519--26193854 Score: 412
Period size: 182 Copynumber: 1.9 Consensus size: 181
26193509 TTGTTTAGTT
* ** * **
26193519 ATAAAACAATTATTTCAGTTCATAC-AGCCTTATTTAGAATAAGTTAATACT-AATTTATTAATA
1 ATAAAACAATTATTTCAGTTAATACAAG-CTTAGATAGAACAAAATAATA-TAAATTTATTAATA
* * * *
26193582 -TTCAAAAAATTAATAAG-AAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTGTTGAACAAGTTCAAATA
64 TTTC-AAAAATTAATAAGTAAA-A-AATTAAAAAAATAAATATATTTATTGAACAAGTTAAAATA
* * **
26193645 GTTATTATTATTTG-ACAAATTATCTATTTAAAATTGTTATAATATTTTGATTTGTC
126 ATTATGACCATTTGAAC-AATTATCTATTTAAAATTGTTATAATATTTTGATTTGTC
*
26193701 ATAAAACAATTGTTTCAGTTAATACAAGCTTAGATAGAACAAAATAATATAAATTTATTAATATT
1 ATAAAACAATTATTTCAGTTAATACAAGCTTAGATAGAACAAAATAATATAAATTTATTAATATT
** **
26193766 TCCTAAATTAATAAGTAAAAAATTAAAAAAATAAATATATTTATTGAATTAGTTAAAATAATTAT
66 TCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTAAAAAAATAAATATATTTATTGAACAAGTTAAAATAATTAT
26193831 GACCATTTGAACAATTATCTATTT
131 GACCATTTGAACAATTATCTATTT
26193855 CCAAACAAAA
Statistics
Matches: 130, Mismatches: 19, Indels: 11
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Matches are distributed among these distances:
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182 65 0.50
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ACGTcount: A:0.46, C:0.07, G:0.07, T:0.39
Consensus pattern (181 bp):
ATAAAACAATTATTTCAGTTAATACAAGCTTAGATAGAACAAAATAATATAAATTTATTAATATT
TCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTAAAAAAATAAATATATTTATTGAACAAGTTAAAATAATTAT
GACCATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATAATATTTTGATTTGTC
Found at i:26195301 original size:357 final size:360
Alignment explanation
Indices: 26194508--26195485 Score: 827
Period size: 357 Copynumber: 2.7 Consensus size: 360
26194498 TAAGTTTTGG
* ** * * * *
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1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-GAAAATAATTGTTTTAT
* * * * * *
26194573 AATAAAATAAAAATGTTATAATGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAATCGAAACTATTTGAA
65 GACAAAATAAAAATGTAATAATAATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAATCGAAACTATTAGAA
** * *
26194638 ATGATTTGGTAAGCAAATTTACTTTTTAAATCTTTTAGTGGTTAATTTTCTAAATATTAATAAAT
130 ATGATTTGACAAGCAAATTTACTTTTTAAATCTCTTAGTGATTAATTTTCTAAATATTAATAAAT
* * * * *
26194703 TAATATTATTTTGTTTTGAACAAACTTATATTAACAAAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAA
195 TAATATTATTTTATTCTAAACAAACTTATATGAACAAAAACAATTGTATTATAACAAAACAAAAA
* * * * * *
26194768 GTAATAACGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTTATAATTATTTAAACTGATTCGATAAAT
260 GTAATAACAATTTGAAATAGACAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTAAACTGATTAGATAAAC
* *
26194833 AGAATTATTTTCTAAATCTCCTACATATAAAATTTTGA
325 AGAATTATTTTCTAAATATCCT--ATATAAAATTTTAA
* * * * * *
26194871 AATATTAATAAATTTGTTTTATTCTATTAT-AAAGAAGCTTGTATCAACTAAAATAATTGTTTTA
1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAAATAAGCTTGTATGAA-GAAAATAATTGTTTTA
* * ** *
26194935 TGACAAAATAAAAA-GTAAT-ATCAATTTGAAATAAATAATTGTTCATATAATCTTAACTGTTAG
64 TGACAAAATAAAAATGTAATAAT-AATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAATCGAAACTATTAG
** * * * * *
26194998 ATTTGGTTTGACAAGCGAAA-TTATTTTTTATATCTCTTAGTTATTAATTTT-TAGAATATTACT
128 AAATGATTTGACAAGC-AAATTTACTTTTTAAATCTCTTAGTGATTAATTTTCTA-AATATTAAT
* * * *
26195061 AAATTAATATTATTTTATTCTAAATAAACTTGTATGAACAGAAACAA-TGTATTATAATAAAACA
191 AAATTAATATTATTTTATTCTAAACAAACTTATATGAACAAAAACAATTGTATTATAACAAAACA
** * * *
26195125 AAAAGTTGTAACAATTTG-AAT-GTACAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTAG
256 AAAAGTAATAACAATTTGAAATAG-ACAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTAAACT-GATTAG
* * *
26195188 -TAAACA-AATTTATTTTTTAAATAT-CT-TATTAATTCTTTAA
319 ATAAACAGAA-TTATTTTCTAAATATCCTATATAAAAT-TTTAA
** *
26195228 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGTTGAAAAATAATTATTTTAT
1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAG-AAAATAATTGTTTTAT
** ** * * * * * * *
26195293 GACAAAAT-AAACGGTAATAACGATTTAAAATAGATAGTTGTTGAAATGA-CAAAAATTATTTGA
65 GACAAAATAAAAATGTAATAATAATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAATC-GAAACTATTAGA
* * ** **** * * * *
26195356 ACTGATTCGGTAAATTGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT-TGAAATATTAAT-A
129 AATGATTTGACAAGCAAATTTACTTTTTAAATCTCTTAGTGATTAATTTTCT-AAATATTAATAA
* * ** * ** * * * *
26195419 TTGTAATATTATTTTATTTTGGATAAGTTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA
193 AT-TAATATTATTTTATTCTAAACAAACTTATATGAACAAAAACAATTGTATTATAACAAAACAA
26195484 AA
257 AA
26195486 TGGTCATAAT
Statistics
Matches: 489, Mismatches: 109, Indels: 39
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
356 14 0.03
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359 5 0.01
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364 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.07, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (360 bp):
AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAGAAAATAATTGTTTTATG
ACAAAATAAAAATGTAATAATAATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAATCGAAACTATTAGAAA
TGATTTGACAAGCAAATTTACTTTTTAAATCTCTTAGTGATTAATTTTCTAAATATTAATAAATT
AATATTATTTTATTCTAAACAAACTTATATGAACAAAAACAATTGTATTATAACAAAACAAAAAG
TAATAACAATTTGAAATAGACAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTAAACTGATTAGATAAACA
GAATTATTTTCTAAATATCCTATATAAAATTTTAA
Found at i:26195460 original size:538 final size:539
Alignment explanation
Indices: 26194478--26195485 Score: 1169
Period size: 538 Copynumber: 1.9 Consensus size: 539
26194468 TTATATTTAT
* * * * *
26194478 TTTTTTATTTTCTTGGTGATTAAGTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATA
1 TTTTTTATTCTCTTAGTGATTAAGTTTTAGAATATTACTAAATTAATATTATTTTATTTCAAATA
* * **
26194543 AAATAGTATGAACGAAACTAATTGTCTGATAATAAAATAAAAATGTTATAATGATTTAAAATAGA
66 AAATAGTATGAACGAAACTAATTGTATGATAATAAAACAAAAATGTTATAACAATTTAAAATAGA
* * * * *
26194608 TAATTGTTCAAATAATCGAAACTATTTGAAATGATTTGGTAAGCAAATTTACTTTTTAAATCTTT
131 CAATTGTTCAAATAATCGAAACTATTTGAAATGATTTAGTAAACAAATTTACTTTTTAAATATCT
* **
26194673 TAGTGGTTAATTTTCTAAATATTAATAAATTAATATTATTTTGTTTTGAACAAACTTATATTAAC
196 TA---GTTAATTTTCTAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAACAAACTTATATTAAC
* * *
26194738 AAAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAAGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATA
258 AAAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAAGTAATAACGATTTAAAATAGATAATTATTGAAATA
** *
26194803 GTTATAATTATTTAAACTGATTCGATAAATAGAATTATTTTCTAAATCTCCTACATATAAAATTT
323 GCAAAAATTATTTAAACTGATTCGATAAATAGAATTATTTTCTAAATCTCCTACATATAAAATTT
*
26194868 TGAAATATTAATAAATTTGTTTTATTCTATTATAAAGAAGCTTGTATCAACTAAAATAATTGTTT
388 TGAAATATTAAT-AATTTGTTTTATTCTATTATAAAGAAGCTTGTATCAACTAAAACAATTGTTT
*
26194933 TATGACAAAATAAAAAGTAATATCAATTTGAAATAAATAATTGTTCATATAATCTTAACTGTTAG
452 TATGACAAAACAAAAAGTAATATCAATTTGAAATAAATAATTGTTCATATAATCTTAACTGTTAG
26194998 ATTTGGTTTGACAAGCGAAATTA
517 ATTTGGTTTGACAAGCGAAATTA
* *
26195021 TTTTTTATATCTCTTAGTTATTAATTTTTAGAATATTACTAAATTAATATTATTTTA-TTCTAAA
1 TTTTTTAT-TCTCTTAGTGATTAAGTTTTAGAATATTACTAAATTAATATTATTTTATTTC-AAA
* * * * *
26195085 TAAACTTGTATGAACAGAAAC-AA-TGTATTATAATAAAACAAAAA-GTTGTAACAATTT-GAAT
64 TAAAATAGTATGAAC-GAAACTAATTGTATGATAATAAAACAAAAATGTTATAACAATTTAAAAT
* * * * *
26195146 -GTACAATTGTTTAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTGGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAA
128 AG-ACAATTGTTCAAATAATCGA-AACTATTTGAAATGATTTAGTAAACAAATTTACTTTTTAAA
* * * *
26195209 TATCTTA-TTAATTCTT-TAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTAT
191 TATCTTAGTTAATT-TTCT-AAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAACAAACTTATAT
** * * * ** * *
26195272 GT-TGAAAAATAATTATTTTATGACAAAATAAACGGTAATAACGATTTAAAATAGATAGTTGTTG
254 -TAACAAAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAAGTAATAACGATTTAAAATAGATAATTATTG
* * * * * ** * *
26195336 AAAT-GACAAAAATTATTTGAACTGATTCGGTAAATTGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT
318 AAATAG-CAAAAATTATTTAAACTGATTCGATAAATAGAATTATTTTCTAAATCTCCTACATATA
* * * ** * * * *
26195400 AATTTTTGAAATATTAAT-A-TTGTAATATTATTTTATTTTGGATAAGTTTTTATGAACTAAAAC
382 AAATTTTGAAATATTAATAATTTGT--T-TTATTCTATTATAAAGAAGCTTGTATCAACTAAAAC
26195463 AATTGTTTTATGACAAAACAAAA
444 AATTGTTTTATGACAAAACAAAA
26195486 TGGTCATAAT
Statistics
Matches: 385, Mismatches: 68, Indels: 29
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
535 4 0.01
536 1 0.00
537 9 0.02
538 206 0.54
539 1 0.00
540 2 0.01
541 59 0.15
542 10 0.03
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544 59 0.15
545 5 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.07, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (539 bp):
TTTTTTATTCTCTTAGTGATTAAGTTTTAGAATATTACTAAATTAATATTATTTTATTTCAAATA
AAATAGTATGAACGAAACTAATTGTATGATAATAAAACAAAAATGTTATAACAATTTAAAATAGA
CAATTGTTCAAATAATCGAAACTATTTGAAATGATTTAGTAAACAAATTTACTTTTTAAATATCT
TAGTTAATTTTCTAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAACAAACTTATATTAACAAA
AACAATTATTTTATAACAAAACAAAAAGTAATAACGATTTAAAATAGATAATTATTGAAATAGCA
AAAATTATTTAAACTGATTCGATAAATAGAATTATTTTCTAAATCTCCTACATATAAAATTTTGA
AATATTAATAATTTGTTTTATTCTATTATAAAGAAGCTTGTATCAACTAAAACAATTGTTTTATG
ACAAAACAAAAAGTAATATCAATTTGAAATAAATAATTGTTCATATAATCTTAACTGTTAGATTT
GGTTTGACAAGCGAAATTA
Found at i:26196074 original size:180 final size:181
Alignment explanation
Indices: 26193857--26198916 Score: 2418
Period size: 181 Copynumber: 28.2 Consensus size: 181
26193847 ATCTATTTCC
* * ** * * *
26193857 AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAGTCGTTCAAAT-GACCATAATTATTTTAA-TT-
1 AAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTTA
* * ** *
26193919 GATTCA-ATAAACATG-TTTATTTTTTAAAT-TTCTTACTTATTAATTTAAGAAATATTAATAAA
65 G-TTTAGA-AAATA-GATTTA-TTTTTAAATCTT-TTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAA
* ** * * * * *
26193981 TTAGTATTATTTTATTCTGTTTAAGCTTGTATTAGCTGAAACAATTATTTTATGATA
125 TTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACA
* ** * * * * * *
26194038 AATCAAAATATTATAACAATTTTAAATAGATAAATT-TTTAAATAATAATAACTATTTGAACTT-
1 AAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGAT-AATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTA
* * *
26194101 GTTCA-ATAAATAGATATATTTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTT-GAATCTTAATAAATT
65 GTTTAGA-AAATAGAT-T-TATTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATT
** * * * * * * *
26194160 AGTATTAACTTATTCTAAATAAGCATGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATAACT
127 AGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACA
* * * * * * * *
26194215 AAACAAAAGATTAAAATGATTT-AAAGTAAATAATTATTCTAATAGTCTTAACCATTTGAA-TT-
1 AAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAA-TAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTA
* * * * * * * * *
26194277 GATTCAGTAAATA-ATTTTTTTTTAAAAATCTATTACCTATTAATATTCGAAATATTATTAAATT
65 G-TTTAGAAAATAGATTTATTTTT--AAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATT
* * *
26194341 AGTATTATTTTAATTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAAATCAATTGTTTTACT-ACA
127 AGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTA-TGACA
* ** * * * * *
26194395 AAAGAAAATATCATAATGATTTTGAAATGGATAATCATTCATATAGTC-TAAACCATTTGAAC-T
1 AAACAAAAGGTCATAAT-AATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT-AACTATTTGAACTT
* * * * ** * ** * * *
26194458 AGTTTTGCAATTATATTTATTTTTTTATTTTCTTGGTGATTAAGTTTTGGAATATTATTAAATTA
64 AGTTTAGAAAATAGATTTATTTTTAAATCTT-TTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTA
** ** * * * * * *
26194523 GTATTATTTTATTTCAAATAAAATAGTATGAAC-GAAACTAATTGTCTGATAATA
128 GTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAAC-AATTGTTTTATGACA
* * * * * * * * *
26194577 AAATAAAAATGTTATAATGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAATCGA-AACTATTTGAAATG
1 AAA-CAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTT
* * ** * * ** *
26194641 A-TTTGGTAAGCAAATTTACTTTTTAAATCTTTTAGTGGTTAATTTTCT-AAATATTAATAAATT
64 AGTTTAGAAAATAGATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT-TGGAATATTAATAAATT
* * * * * * * *
26194704 AATATTATTTTGTTTTGAACAAACTTATATTAACAAAAACAATTGTTTTATAACA
127 AGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACA
* * ** * * * *
26194759 AAACAAAAAGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTTATAATTATTTAAAC-T-G
1 AAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTAG
* * * ** * * * * *
26194822 ATTCGATAAATAGAATTATTTTCTAAATCTCCTACATATAAAATTTTGAAATATTAATAAATTTG
66 TTTAGA-AAATAGATTTATTTT-TAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAG
* * * * * * *
26194887 TTTTATTCTATTATAAAGAAGCTTGTATCAACTAAAATAATTGTTTTATGACA
129 TATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACA
* * * * * * * * * * * *
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1 AAACAAAAGGTCATAAT-AATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTA
* ** * * * * * *
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* * * * * * *
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* ** * * * * *
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1 AAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAG-ATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTA
* * * * **
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** **** * *
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1 AAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTTA
** * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* ** * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* ** * * * *
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* * *** *
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* * *
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* ** * *
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* * * * ** * * *
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* * ** * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * *
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* * * *
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* ** * *
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** * * * ** * *
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* * * *
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* **
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*** * * *
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1 AAACAAAAGGTCATAA-TAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTA
**** * *
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* *
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* * * * * *
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1 AAACAA-AAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTT
* * * ** * *
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** * * * *
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* ** * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * *
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Statistics
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* * * * * * * **
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26194508 AATATTATTAAATTAGTATTATTTTATT-TCAAATAAAATAGTATGAAC-GAAACTAATTGTCTG
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* * * * * * * **
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* * * * * * * * *
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250 ATAAAGA-TCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTTT
* * * *
26194825 CGATAAATAGAATTA-TTTTCTAAATCTCCTACATATAA-AA-TTTTGAAATATTAATAAATTTG
314 AGA-AAATAGATTTAGTTTT-TAAATCT--TAC-T-TAATAATTTTTAAAATATTAATAAATTAG
* * * ** * * * * * * *
26194887 TTTTATTCTATTATAAAGAAGCTTGTATCAACTA-AAATAATTGTTTTATGACAAAATAAAAAGT
373 TATTATTTTATTTTGGATAAGTTTTTATGAACTAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
* * * * * * * * * * *
26194951 AAT-ATCAATTTGAAATAAATAATTGTTCATATAATCTTAACTGTTAG-ATTTGGTTT-G-ACAA
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* * * *
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* * * * *
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* * ** * * ** * *
26195115 T-AATAAAACAAAAAGTTGTAACAATTT-GAATGTACAATTGTT-TAAATAGTCATAACTATTTG
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* * * * * **
26195177 AACTGGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATATCTTA--T-TAATTCTTTAAAATATTAATAA
127 AACTAGTTTGGTAAATATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATAATT-TTTGGAATATTAATAA
* * ** * *
26195239 ATTAGTATTATTTT-ATTTCAAATAAGCTTGTATGTTGAAAAATAATTATTTTATGACAAAATAA
191 ATTAGTATTATTTTAATTT-GAATAAGCTTATATG-AAAAAAACAATTGTTTTATGACAAAATAA
* * * * * * * * * * * ** *
26195303 ACGGTAATAACGATTTAAAATAGATAGTTGTTGAAAT-GACAAAAATTATTTGAACTGATTCGGT
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* * * * * *
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* *** * * *
26195495 TGATTTTTGATAGATAATTATTCAAATGGTCATAACTGTTTGAATTTATTTAGTATATAGATTTA
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* * *
26195560 TTTTTTAAATTTTCATGCTCATTAATTTTTTG
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* * * * * *
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* * * * * ** * * * *
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65 GAATGAACAAAAGGTCATAACGATTTAAAATAAATAATTGTTATAATAGTCTTAACTATTTGAAC
* * *
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* * * * * * * * *
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* * * *
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1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTATTCTAAATAAGCTTGTATAAACTGAAACAATTATTTTATG
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* * *
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* ** * * * *
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*
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513 ATCTCCATTC--ATTAATTTTTTG
* * * ** * *
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1 AATATTAATAAATTAGTA--TTATTTATTCTAAATAAGCTTGTATAAACT-GAAACAATTATTTT
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* *** * * *
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* * * * * *
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* **
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* * * * ** * *
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316 AAAATAGATTTAGTTTTT-AAA-TCTTACTTAATAATTTTTAAAATATTAATAAA-TTAGTATTA
* * * * * *
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378 TTTTAT-TTTGGA-TAAGTTTTTATGAACTAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * * * *
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441 AATAATTT-AAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTAGT-AA-AGAT
* * * *
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503 T-ATTAT-TTAAATCTC-CATTCATTAATTTTTTG
* * **
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1 AATATTAATA-AATTAGTATTAT-TTATTCT-AAATAAGCTTGTATAAACTGAA-ACAATTATTT
* * * * * *
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*** * * * * * * *
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* *** *
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* ***
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315 G-AAA-ATAGATTTAGTTTTTAAATCTTACTTAA-TA--ATTT-TTAAAATATTAATAAA-TTAG
* * * * * * * *
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373 TATTATTTTATTTTG-GATAAGTTTTTATGAACTAG-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
** * * * * * * * *
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436 GTCATAATAATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTAG-TA-A
*
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* * * *
26197736 AAATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTCTGAATCAA-C-T-TATAAACAGAAACAATTGTTTT
1 -AATATTAATAAATTAGTATTAT-TTATTCTAAAT-AAGCTTGTATAAACTGAAACAATTATTTT
* ** * * * * **** *
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* ** * ** * * * *
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* * * ** *
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* * * * * * * *
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* * * * * * * * *
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* *** * ** * * * * *
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375 TTATTTTATTTTGGATAAGTTTTTATGAACTAGAAACA-A-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
* * * * * ** *
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* * * * **
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64 TGAATG-AA-CAAAAGGTCATAACGATTTAAAATAAATAATTGTT-ATAATAGTCTTAA-CTATT
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125 TGAACTA-GTTTGGTAAATATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA-TAATTTTTGGAATATTAA
* * * *
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188 TAAATTAGTATTATTTTAATT-TGAATAAGCT-TATATG-AAAAAAACAATTGTTTTATGA-CA-
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248 A-AATAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTGT
* * * ** * * * *
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311 TTTAGAAAATAGATTTAGTTTTTAAATCTTACTTAATAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTAT
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376 TATTTTATTTTGGATAAGTTTTTATGAACTAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
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441 AATAATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTAG-T-AA-AGA-
*
26198772 TTATT-TGTTAAATCTCCTAGTT-ATTGA-TTTTTG
502 TTATTAT-TTAAATCTCC-A-TTCATTAATTTTTTG
* * * * * * * ** *
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1 -AATATTAATAAATTAGTATT-ATTTATTCTAAATAAGCTTGTATAAACT-GAAACAATTATTTT
* * * * * *
26198869 AT-AACTAAAC-AAAGGTTATAACAATTTCAAATATATAATTG------T--TC--AA--A-TGG
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* * * *
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127 -AACTAGTTTGGTAAATATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATAATTTTTGGAATATTAATAA
* ** * * *
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191 ATTAGTATTATTTTAA-TTTGAATAAGCTTATATGA-AAAAAACAAT---TGTTTTATGACAAAA
* ** * * * *
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251 TAAA-GATCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACT-G-TT
* * * ** * * * * *
26199102 CTATAAACTA-ACCTATTTTTTAAATCTCTAAGTT-ATCTATTTTTGAAATATTAATAAAGT-GA
312 TTAGAAAATAGATTTAGTTTTTAAATCT-T-ACTTAAT-AATTTTTAAAATATTAATAAATTAG-
* * * * *
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373 TATTATTTTATTTTGGATAAGTTTTTATGAACTAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
* * * * * * * * *
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438 CATAATAATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTAGT-AA-AG
* * ** *
26199293 ATTTATTTTTTTTAAATTTCTTGTTTATTAATTTTTTG
501 A-TTA--TTATTTAAATCTC-CATTCATTAATTTTTTG
* * * *
26199331 AATATTAATAAATTAGTATTGTTTTATT-TCAAATAAAG-ATGTATGAACTGAAAAAATTATTTT
1 AATATTAATAAATTAGTATT-ATTTATTCT-AAAT-AAGCTTGTATAAACTGAAACAATTATTTT
* * * * * * * * *
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* ** * * * * * * * *
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* * * * * * * * * *
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192 TTAGTATTATTTTAATTTGAATAAGCTTATATGAA-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAG
* * * * * * *
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256 ATCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTTTAGAAAA
* * * * * * *
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320 TAGATTTAGTTTTTAAATCTTACTTAATAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
*** * * * * * * *
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* * * * * * * *
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449 AAAATAGATAATTA-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTAGT-AA-AGA-TTATTATT
* * * * *
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510 TAAATCTC-CATTCATTAATTTTTTG
* * * * * ** *
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1 AATATTAATAAATTAGTATTA-TTTATTCTAAATAAGCTTGTATAAACT-GAAACAATTATTTTA
* * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * ** * * *
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* * * * *
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* * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * ** * * * * *
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* * * * * * * * * * **
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434 AGGTCATAATAATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTAGT-A
** * *
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498 A-AGATT-ATTATTTAAATCTC-CATTCATTAATTTTTTG
* * * * * * ** *
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* * * * * * * * * *
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* ** * * * *** *
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* * * * * * * *
26201141 ATTAGTATTATTTTATTTTAAATTAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTAT-ATTAGAACAA
191 ATTAGTATTATTTTAATTTGAATAAGCTTATATGAA-AAAAACAATTGTTTTATGA-CA-AA-AT
* ** * *
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252 AAAGATCATAACAATTTGAAATAG-ATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTTTA
* * * * *
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315 GA-AAATAGATTTAGTTTTT-AAATCTTACTTAATAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * * * * * * *
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378 TTTTATTTTGGATAAGTTTTTATGAACTAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * * * * * * *
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443 TAATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAC-TATTTGAACTTA-TTTAGTAAAGATTAT
*
26201455 TATTTGTTAAATCT--ATT-ATTAA-ATTTTG
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* * * * * * * *
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** * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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Statistics
Matches: 5586, Mismatches: 1225, Indels: 832
0.73 0.16 0.11
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510 48 0.01
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*
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* * * * * * * *
26199540 TGAATAAGTTTGTATGAATAGAAACAAATGTTTTAAGACAAAACAAAGATCATAATAATTTGAGA
65 TGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATG--AAAA-AAAGATTATAACAATTTAAAA
* * * * * *
26199605 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTTAGCTAGTTTGGTAAATAGA
127 TAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAATAGA
* * * * *
26199656 TTTAGTTTTTAAATCTC---C-TATTAATTTTT-GAAATATTAACAAATTATTGTTATTTAATTT
1 TTTATTTTTTAAATCTCTTACATATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
** ** * * * * * * *
26199716 AAAATAATTTTGTATAAATAAAAACAATAGTTTTACGATAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAA
65 TGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGA-AAAA-AAGAT-T-ATAACAATTTAAA
* * * * * * * * *
26199781 ATAGATAA-TAGTTTAAATAGACATGATTATTTGAACTTATTTGGTAAACATA
126 ATAAATAATTA-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAATAGA
* * ** * *
26199833 TTTATTTTTTAAATATCTAATTTATTAATATTTAGAAAATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTT
1 TTTATTTTTTAAATCTCTTACATATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTT
* * ** * * * *
26199898 GAATAAACTTGTATGAATAGAAGTAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAC
66 GAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATG---AAA-AAAAGATTATAACAATTTAAAA
* * * * * *
26199963 TATATAATTGTAT-AAATAGTCGTAACTATTTGAACTCGTTT-AGTAAACAAA
127 TAAATAATTAT-TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGA-TAAATAGA
* * * * * *
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1 TTTATTTTTTAAATCTCTTACATATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * * * * * * * * * *
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* * * * * *
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125 AATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT-TGATAAATAGA
* * * *
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1 TTTATTTTTTAAATCTCTTACA-TATTAATTTTTAGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATT
* * *
26200257 TCGAAATAAGCTTGCATGAACA-AAACCAATTGTTTTATGACAAAAGACA-ATGTCATAA-TATT
64 TTG-AATAAGCTTGTATGAACAGAAA-CAATTGTTTTATGA-AAAA-A-AGAT-T-ATAACAATT
* * * * *
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* * * * * *
26200376 -TT-TTTTTT-ATTCTCTTACTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATGAGTAGTAGTTTACTT
1 TTTATTTTTTAAATCTCTTACATATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
** * * * * * **
26200437 CAAATAAGTTTATAAGAACTGAAACAATTG-TTTATTGTAAAAGAAA-AGTCATAATGATTTAAA
65 TGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTA-TG-AAAA-AAAGA-TTATAACAATTTAAA
* * * * * * *
26200500 ATAGATAATTATTTAAATAGTCATGACTATTTAAACTTGTTTGGTAAACATA
126 ATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAATAGA
* * * * * * * * *
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1 TTTATTTTTTAAATCTCTTACATATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * * * ** * *
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* * ** * *
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124 AAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAACTTGTTTGATAAA-TAGA
* * * * *
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1 TTTATTTTTTAAATCTCTTACATATTAATT-T-TTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * * *
26200795 TTGAAATAAGCCTGTATGAATAGAAAAAATTATTTTATGATAAAATAAAAAAGGTTATAATAATT
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* * * * * * * * * * *
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* *** *
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* * * ** * * ** *
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* * * * * * * *
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** * ** * * * *
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1 TTTATTTTTTAAATCTCTTACATATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTT
* * * * *
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66 GAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATT-GTTT-TA-T-GAA-AAAAAGATTATAACAATTTAAA
* * ** * * * *
26201224 TTGAATAATTGCTCAAATAGTTATAACTATTTAAACTAGTTTGATAAATAAA
126 ATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAATAGA
* * * * * *
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** * * * * * * * * *
26201337 GAATAAATTTATAAGAACAAAAACATTTATTTTACGACAAAACAAAAGGTTATAAGAATTTGAAA
66 GAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATG---AAA-AAAAGATTATAACAATTTAAAA
** * * * * * * *
26201402 TAGCTAATTGTTTAAATAGTAAT-ACTTATTTGAACTAG-TTAAGTAAACATA
127 TAAATAATTATTCAAATAGTCATAAC-TATTTGAACTTGTTTGA-TAAATAGA
* * * * * * * *
26201453 ATTATTTGTTAAATCTATT--AT-TAAATTTTGA-AATATTAATAAATTTGTTTTATTTTATTCC
1 TTTATTTTTTAAATCTCTTACATATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-T
** * * * * * * * * * *
26201514 AAAATGAGCTAGTACGAATTATAAAAAAACTTATTTTATGAAAAAATAAAAGGTAATAACAATTG
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* * * * * * * * ** *
26201579 AAAATAAATAATTGTTTATATAATCTTAAATATTTGAACTAGTTCGGCAAATAAA
123 AAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAATAGA
* * * ** * * * * *
26201634 TTTATTTTTTAATTTTCGTAGTTATTAATTTTTGGAATATTATTAGATTAGTATTAGTTTATTCT
1 TTTATTTTTTAAATCTCTTACATATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTT
* * * *
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66 GAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGA
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GAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGAAAAAAAGATTATAACAATTTAAAATAAA
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*
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*
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Statistics
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CATAATTATTTGAAATAG
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* * *
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* * * * * * *** *
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* * * * * *
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** *
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* * * ** * *
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* * * * * * *
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* * * *
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* * *
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* * *
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* * * * *
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* * *
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709 AAACATATT
* *
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* * *
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* * * * * *
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* * ** * *
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194 TTCTTACTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAAG-ATG
* * *
26200090 TATGAA-TAAAAACAATTGGTATATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTGAAATAGATAATT
256 TATGAACTAAAAA-AATTAGTATATGACAAAACAAAAGGTCAGAA-GACTTTGAAATAGATAATT
**
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319 GATTCAA-TAGTCATAACTATTTGAACTG-GTT-AGACAAACAAATTTATTATTT-AAATCCTTA
* * *
26200215 ATTATTAATT-TTAAGAATATTAATAAATTTA-AATTATTTTATTC-GAAATAAGCTTGCATGAA
380 ATGATTAATTATT-AGAATATT-ATAAATTTAGAAATATTTTACTCTG-AATAAGCTTGCATGAA
* * * *
26200277 CA-AAACCAATTGTTTTATGACAAAAGACAATG-TCATAAT-ATTTGAAATAAATAATTATTCAG
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*
26200339 ATAGTCATAACTATTTTAACTTA-TTTGATGAAAAAGATTT-TTTTT-ATTCTCTTACTTATTAA
504 ATAGTCATAACTATTTTAAC-TAGTTTGAT-AAAAAGATTTATTTTTAAATCTC---C-TATTAA
* * *
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563 TTTTTGAAATATTAACAAATGA-TAGTTA-TTTAACTTAAAATAAGTTTATATA-AA-TAAAAAC
* * * ** *
26200462 AATTG-TTTATTG-TAAAAGAAAA-GTCATAATGATTTAAAATAGATAATTATTTAAATAGTCAT
624 AATAGTTTTA-CGATAAAACAAAATGTCATAACAATTTAAAATAGATAATTATTTAAATAGACAT
*
26200524 GACTATTTAAACTTGTTTGGTAAACATATT
688 GACTATTTAAACTTATTTGGTAAACATATT
* * * * * * * * *
26200554 TA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTATCGAAATATTAGTAAATGAATATTATTTTAATATGA
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* * ** * *
26200618 ATAAACTTGTATGAATATAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAAAGTCACAATAAGTTGAAGT
66 ATAAACTTGTATGAATA-AAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGA-TCATAACGATTTGAAAT
* * * * * * * ** **
26200683 AAATTATTGCT-CAAATAATCATAA-TGATTTGAACTTGTTCGATAAACTGATTTATTTTTT-AA
129 AGATAATT-ATATAAATAGTCATAACT-AATTGAACTCGTTAAATAAACAAATTTATTTTTTAAA
* * * * *
26200745 ATATT-TTACTTATTAATTATCTT-AATATTAATAAATTTGTATTAGTTTATTTGAAAT-AAGCC
192 AT-TTCTTACTTATTAATT-TTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAAG-A
* * * * * * * * * *
26200807 TGTATGAA-TAGAAAAAATTATTTTATGATAAAATAAAAAAGGTTATAATAATTTCAAATATATA
254 TGTATGAACTA-AAAAAATTAGTATATGA-CAAA-ACAAAAGGTCAGAAGACTTTGAAATAGATA
* * * * * * * * ** * *
26200871 A-TAATTTAAACAATCATAATTATTTAAACTTGTTCGGTAAACAGATTCATT-TTTAAATCTCTT
316 ATTGA-TTCAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTAGACAAACAAATTTATTATTTAAATC-CTT
** * * * * * * * * **
26200934 TTTTATTAATTTTTAGATTATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGTTTATATGAAC
379 AATGATTAATTATTAGAATATT-ATAAATTTAGAAATATTTTACTCTGAATAAGCTTGCATGAAC
* ** * * * ** * * * * * *
26200998 TGAATTAATTCTTTTATGTTAAAATAAAAAGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTTTTCAAATA
443 AGAAACAAATGTTTTAAGACAAAACAAAGA-TCATAATAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATA
* * * * * * * * ** *
26201063 GTCATGATTATTTGATCTAGTTTGGTAAATATATTTATTTTAAAAAT-TTTTATTTATTAATTGT
507 GTCATAACTATTTTAACTAGTTTGATAAAAAGATTTATTTT-TAAATCTCCTATTAATT--TT-T
* * * * * * * * * * * * *
26201127 CAAAATATTGATAAATTAGTA-TTATTTTATTTTAAATTAGCTTGTATGAACAGAAACAATTA-T
568 -GAAATATTAACAAATGA-TAGTTATTTAACTTAAAATAAGTTTATATAAATAAAAACAA-TAGT
* * * * * ** * ** *
26201190 TTTA-TATTAGAACAAAAAGTCATAACAATTT-GAATTGAATAATTGCTCAAATAGTTATAACTA
630 TTTACGA-TAAAACAAAATGTCATAACAATTTAAAATAG-ATAATTATTTAAATAGACATGACTA
* * *
26201253 TTTAAAC-TAGTTTGATAAATAAATT
693 TTTAAACTTA-TTTGGTAAACATATT
* * * * *
26201278 TATTTTTGAAATCTCTTA-TTACT-A-TTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTACTTTATTTCGA
1 TATTTTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGA
* * * * * * *
26201339 ATAAATTTATAAGAACAAAA-ACATTTATTTTACGACAAAACAAAAGGTTATAA-GAATTTGAAA
66 ATAAACTTGTATGAATAAAATA-A-TTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACG-ATTTGAAA
* * * * * * * *
26201402 TAGCTAATTGTTTAAATAGTAAT-ACTTATTTGAACTAGTTAAGTAAACATAA-TTATTTGTT-A
128 TAGATAATTATATAAATAGTCATAAC-TAATTGAACTCGTTAAATAAACA-AATTTATTTTTTAA
* * * *
26201464 AA--TC-TA-TTATTAA-ATTTTGAAATATTAATAAATTTGTTTTATTTTATTCCAAA
191 AATTTCTTACTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAA
26201517 ATGAGCTAGT
Statistics
Matches: 1336, Mismatches: 260, Indels: 176
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Matches are distributed among these distances:
714 3 0.00
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ACGTcount: A:0.41, C:0.07, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (717 bp):
TATTTTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGA
ATAAACTTGTATGAATAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAG
ATAATTATATAAATAGTCATAACTAATTGAACTCGTTAAATAAACAAATTTATTTTTTAAAATTT
CTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAAGATGTATGA
ACTAAAAAAATTAGTATATGACAAAACAAAAGGTCAGAAGACTTTGAAATAGATAATTGATTCAA
TAGTCATAACTATTTGAACTGGTTAGACAAACAAATTTATTATTTAAATCCTTAATGATTAATTA
TTAGAATATTATAAATTTAGAAATATTTTACTCTGAATAAGCTTGCATGAACAGAAACAAATGTT
TTAAGACAAAACAAAGATCATAATAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTT
AACTAGTTTGATAAAAAGATTTATTTTTAAATCTCCTATTAATTTTTGAAATATTAACAAATGAT
AGTTATTTAACTTAAAATAAGTTTATATAAATAAAAACAATAGTTTTACGATAAAACAAAATGTC
ATAACAATTTAAAATAGATAATTATTTAAATAGACATGACTATTTAAACTTATTTGGTAAACATA
TT
Found at i:26200531 original size:538 final size:542
Alignment explanation
Indices: 26199922--26201289 Score: 1314
Period size: 538 Copynumber: 2.5 Consensus size: 542
26199912 GAATAGAAGT
* ** * * * * * * *
26199922 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAACTATATAATTGTATAAATAGTCGTA
1 AATTCTTTTATGTTAAAAAAAAAG-TCATAATGATTTGAAATAGATAATT-TTTAAATAGTCATG
* * * * *
26199987 ACTATTTGAACTCGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTTTTGAAAT
64 ACTATTTGAACTAGTTTGGTAAACATATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTATCGAAAT
* * * ** * *
26200052 TTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGGATAAGTTTTTATGAATAAAAACAATTGGTATATGAC
129 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTATGAATAAACTTGTATGAATAAAAACAATTAGTATATGAC
* * ** * * * *
26200117 AAAAC-AAAAGGTCATAATGATTTTGAAATAGATAATTATTCAACTAGTCATAACT-ATTTGAAC
194 AAAACAAAAAAGTCACAAT-AAGTTGAAATAAATAATTACTCAAATAATCATAA-TGATTTGAAC
*
26200180 GTGTTCAGA-AAACAAATTTATTTTTAAAAT-TTTTAATTATTAATTTTAAGAATATTAATAAAT
257 GTGTTC-GATAAACAAATTTATTTTTAAAATATTTTAATTATTAATTATAAGAATATTAATAAAT
* * * * * * *
26200243 TTAAATTATTTTATTCGAAATAAGCTTGCATGAACA-AAACCAATTGTTTTATGA-CAAA-AGAC
321 TTAAATTAGTTTATTCGAAATAAGCCTGCATGAACAGAAA-AAATTATTTTATGATAAAATAAAA
* * * * * * * *
26200305 AATGTCATAAT-ATTTGAAATAAATAATTATTCAGATAGTCATAACTATTTTAACTTATTTGATG
385 AAGGTCATAATAATTTCAAATAAATAATAATTCAAACAATCATAACTATTTAAACTTATTCGAT-
* *
26200369 AAAAAGATT-TTTTTTATTCTCTTACTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATGAGTAGTAGTT
449 AAAAAGATTATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATGAGTAGTAGTT
26200432 TACTTCAAATAAGTTTATAAGAACTGAAAC
513 TACTTCAAATAAGTTTATAAGAACTGAAAC
* * *
26200462 AATT-GTTTAT-TGTAAAAGAAAAGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATG
1 AATTCTTTTATGT-TAAAAAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATT-TTTAAATAGTCATG
* * *
26200525 ACTATTTAAACTTGTTTGGTAAACATATTTATTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATTATCGAAAT
64 ACTATTTGAACTAGTTTGGTAAACATATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTATCGAAAT
* * * * * * * *
26200589 ATTAGTAAATGAATATTATTTTAATATGAATAAACTTGTATGAATATAAATAATTATTTTATGAC
129 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTATGAATAAACTTGTATGAATAAAAACAATTAGTATATGAC
* * * *
26200654 AAAACAAAAAAGTCACAATAAGTTGAAGTAAATTATTGCTCAAATAATCATAATGATTTGAACTT
194 AAAACAAAAAAGTCACAATAAGTTGAAATAAATAATTACTCAAATAATCATAATGATTTGAACGT
** * * *** *
26200719 GTTCGATAAACTGATTTATTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTATCTTAATATTAATAAATTTG
259 GTTCGATAAACAAATTTATTTTTAAAATATTTTAATTATTAATTATAAGAATATTAATAAATTTA
* * * *
26200784 TATTAGTTTATTTGAAATAAGCCTGTATGAATAGAAAAAATTATTTTATGATAAAATAAAAAAGG
324 AATTAGTTTATTCGAAATAAGCCTGCATGAACAGAAAAAATTATTTTATGATAAAATAAAAAAGG
* * * * * * *
26200849 TTATAATAATTTCAAATATATAATAATTTAAACAATCATAATTATTTAAACTTGTTCGGTAAACA
389 TCATAATAATTTCAAATAAATAATAATTCAAACAATCATAACTATTTAAACTTATTCGATAAAAA
** * * * * *
26200914 GATTCATTTTTAAATCTCTTTTTTATTAATTTTTAGATTATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
454 GATT-ATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATGAGTAGTAGTTTACTT
** * **
26200979 TGAATAAGTTTATATGAACTGAATT
518 CAAATAAGTTTATAAGAACTGAAAC
*
26201004 AATTCTTTTATGTTAAAATAAAAAGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTTTTCAAATAGTCATG
1 AATTCTTTTATGTTAAAA-AAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTTTT-AAATAGTCATG
* * * * * * *
26201069 ATTATTTGATCTAGTTTGGTAAATATATTTA-TTTTAAAAATTTTTATTTATTAATTGTCAAAAT
64 ACTATTTGAACTAGTTTGGTAAACATATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTATCGAAAT
* * * * * * * * *
26201133 ATTGATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATTAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTAT-AT
129 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTATGAATAAACTTGTATGAATAAAAACAATTAGTATATGA-
* * * * * * * * * * *
26201197 TAGAAC-AAAAAGTCATAACAATTTGAATTGAATAATTGCTCAAATAGTTATAACT-ATTTAAAC
193 CAAAACAAAAAAGTCACAATAAGTTGAAATAAATAATTACTCAAATAATCATAA-TGATTTGAAC
* * *
26201260 -TAGTTTGATAAATAAATTTATTTTTGAAAT
257 GT-GTTCGATAAACAAATTTATTTTTAAAAT
26201290 CTCTTATTAC
Statistics
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AATTCTTTTATGTTAAAAAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTTTTAAATAGTCATGAC
TATTTGAACTAGTTTGGTAAACATATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTATCGAAATAT
TAATAAATTAGTATTATTTTATTATGAATAAACTTGTATGAATAAAAACAATTAGTATATGACAA
AACAAAAAAGTCACAATAAGTTGAAATAAATAATTACTCAAATAATCATAATGATTTGAACGTGT
TCGATAAACAAATTTATTTTTAAAATATTTTAATTATTAATTATAAGAATATTAATAAATTTAAA
TTAGTTTATTCGAAATAAGCCTGCATGAACAGAAAAAATTATTTTATGATAAAATAAAAAAGGTC
ATAATAATTTCAAATAAATAATAATTCAAACAATCATAACTATTTAAACTTATTCGATAAAAAGA
TTATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATGAGTAGTAGTTTACTTCAA
ATAAGTTTATAAGAACTGAAAC
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* * * * * *
26199832 ATTTATTTTTTAAATATCTAATTTATTAATATTTAGAAAATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
1 ATTTATTTTTTAATTTTCT-ACTTATTAAT-TTTTGAATATTAATAAATTAGTATTAGTTTA-TT
** * * * *
26199897 TGAATAAACTTGTATGAATAGAAGTAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAGATCATAACGATTTGA
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* ** * * * * * *
26199961 ACTATATAATTGTATAAATAGTCGTAACTATTTGAACTCGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTAAA
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* *
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* *
26200091 ATGAATAAAAACAATTGGTATATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTGAAATAGATAATTAT
256 ATGAATAAAAACAATTCGTATATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTTGAAATAGATAATTAT
* *
26200156 TCAACTAGTCATAACTATTTGAACGTGTTCAGAAAACAAATTTATTTTTAAAATTTTTAATTATT
321 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACGTGTTCAGAAAACAAATTTATTTTAAAAATTTTTAATTATT
*
26200221 AATTTTAAGAATATTAATAAATTTAAATTATTTTATTCGAAATAAGCTTGCATGAACAAAACCAA
386 AATTTCAAGAATATTAATAAATTTAAATTATTTTATTCGAAATAAGCTTGCATGAACAAAACCAA
* * * * * * *
26200286 TTGTTTTATGACAAAAGACAATGTCATAATATTTGAAATAAATAATTATTCAGATAGTCATAACT
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* * *
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* * ** * * *
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* * **
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* * *
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* * * * * *
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* * * * *
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839 TTGAAATAAATAATTGCTCAAATAATCATAATGATTTGAACTAGTTCGACAAACTA
*
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1 ATTTATTTTTT-AAT-TTTCTACTTATTAATT-T-TTGAATATTAATAAATTAGTATTAGTTTAT
* * * * *
26200795 TTGAAATAAGCCTGTATGAATAGAAAAAATTATTTTATGATAAAATAAAAAAGGTTATAATAATT
62 TTG-AATAAACTTGTATGAATAGAAAAAATT-TTTTATGATAAAA-AAAAAAGATCATAACAATT
* * * * *
26200860 TCAAATATATAATAATTTAAACAATCATAATTATTTAAACTTGTTCGGTAAACAGATTCATTTTT
124 TCAAATATATAATAATATAAACAATCATAACTATTTAAACTCGTTCAGTAAACAAATTCATTTTT
* *
26200925 -AAATCTCTTTT-TTATTAATTTTT-AGATTATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAG
189 AAAAT-T-TTTTATTATTAATTTTTGAAATT-TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAG
* ** * * ** * *
26200987 TTTATATGAACT-GAATTAATTCTTTTATGTTAAAATAAAAAGTTATAATGA-TTTGAAATAGAT
251 TTTATATGAA-TAAAAACAATTCGTATATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTTGAAATAGAT
* * * * ** * * *
26201050 AATTTTTCAAATAGTCATGATTATTTGATC-TAGTTTGGTAAATATATTTATTTTAAAAATTTTT
315 AATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACGT-GTTCAGAAAACAAATTTATTTTAAAAATTTTT
* * * ** * *
26201114 ATTTATTAATTGTCAA-AATATTGATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTAAATTAGCTTGTATGAA
379 AATTATTAATT-TCAAGAATATTAATAAATTTA-AATTATTTTATTCGAAATAAGCTTGCATGAA
* * * * *
26201177 CAGAAA-CAATTATTTTAT-ATTAGAACAAAAAGTCATAACAATTTGAATTGAATAATTGCTCAA
442 CA-AAACCAATTATTTTATGA-CAAAACAAAAAGTCATAA-AATTTGAAATAAATAATTACTCAA
*
26201240 ATAGTTATAACTATTTAAAC-TAGTTTGAT-AAATAA-ATTTATTTTTGAAATCTCTTA-TTACT
504 ATAGTCATAACTATTTAAACTTA-TTTGATGAAA-AAGATTT-TTTTT--AATCTCTTACTTACT
* * * * *
26201301 -A-TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTACTTTATTTCGAATAAATTTATAAGAACAAAAACATT
564 AATTTTGAAATATTAATAAATGAGTAGTACTTTACTTCAAATAAATTTATAAGAACAAAAACAAT
* * * * *
26201364 TATTT-TACGACAAAACAAAAGGTTATAA-GAATTTGAAATAGCTAATTGTTTAAATAGTAAT-A
629 TGTTTAT-CG-CAAAACAAAA-GTCATAATG-ATTTAAAATAGATAATTATTTAAATAGTAATGA
* *
26201426 CTTATTTGAACTAGTTAAGTAAACATAATTATTTGTTAAATCTATTA-TTA-AATT-TTGAAATA
690 C-TATTTAAACTAGTTAAGTAAACATAATTATTT-TTAAATCTATTACTTATAATTATCGAAATA
*** * * * *
26201488 TTAATAAATTTGTTTTATTTTATTCCA-AAATGAGCTAGTACGAATTATAAAAAAACTTATTTTA
753 TTAATAAATGAATATTATTTTAAT--ATAAATAAACTAGTACGAA-TAT-AAAAAA-TTATTTTA
* * * * * *
26201552 TGA-AAAA-ATAAAAGGTAATAACAA-TTGAAAATAAATAATTGTTTATATAATCTTAAAT-ATT
813 TGACAAAACA-AAAAAGTAACAACAAGTTG-AAATAAATAATTGCTCAAATAATCAT-AATGATT
*
26201613 TGAACTAGTTCGGCAAA-TAA
875 TGAACTAGTTCGACAAACT-A
* * *
26201633 ATTTATTTTTTAATTTTCGTAGTTATTAATTTTTGGAATATTATTAGATTAGTATTAGTTTATTC
1 ATTTATTTTTTAATTTTC-TACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTAGTTTATT-
*
26201698 TGAATAAACTTGTATGAATA-AAAATAATTGTTTATGATA
63 TGAATAAACTTGTATGAATAGAAAA-AATTTTTTATGATA
26201737 GAACAAAATG
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ATTTATTTTTTAATTTTCTACTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTAGTTTATTTGA
ATAAACTTGTATGAATAGAAAAAATTTTTTATGATAAAAAAAAAAGATCATAACAATTTCAAATA
TATAATAATATAAACAATCATAACTATTTAAACTCGTTCAGTAAACAAATTCATTTTTAAAATTT
TTTATTATTAATTTTTGAAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGTTTATATGAA
TAAAAACAATTCGTATATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTTGAAATAGATAATTATTCAAA
TAGTCATAACTATTTGAACGTGTTCAGAAAACAAATTTATTTTAAAAATTTTTAATTATTAATTT
CAAGAATATTAATAAATTTAAATTATTTTATTCGAAATAAGCTTGCATGAACAAAACCAATTATT
TTATGACAAAACAAAAAGTCATAAAATTTGAAATAAATAATTACTCAAATAGTCATAACTATTTA
AACTTATTTGATGAAAAAGATTTTTTTTAATCTCTTACTTACTAATTTTGAAATATTAATAAATG
AGTAGTACTTTACTTCAAATAAATTTATAAGAACAAAAACAATTGTTTATCGCAAAACAAAAGTC
ATAATGATTTAAAATAGATAATTATTTAAATAGTAATGACTATTTAAACTAGTTAAGTAAACATA
ATTATTTTTAAATCTATTACTTATAATTATCGAAATATTAATAAATGAATATTATTTTAATATAA
ATAAACTAGTACGAATATAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAAAGTAACAACAAGTTGAAAT
AAATAATTGCTCAAATAATCATAATGATTTGAACTAGTTCGACAAACTA
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26201699 GAATAAACTT
* * * * *
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26201815 GTAT
1 GTAT
26201819 ACAATTGTTC
Statistics
Matches: 51, Mismatches: 5, Indels: 2
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Matches are distributed among these distances:
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GTATGAAAAAAAATAATTGTTTATAACAAAACAAAAAGTTATAATGATTTAAA
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*
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*
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* *
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1 CAAAAAAACC
26204864 CAAAAAA
1 CAAAAAA
26204871 TTTTCCAAAT
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 5, Indels: 2
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
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* * *
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* *
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26208651 TCACTAGATC
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ATTGATATATCAACTATATTGAGATAGTTATTAAAATCATCGTCCATGAGTCAAACAAG
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* * **
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*
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* * * **
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* *
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1 TTTTAGGGTTTAGAGGGTTT-AAGGTTTTAA
* *
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1 TTTTAGGGTTTAGAGGGTTTAAGGTTTTAA
** *** * **
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1 TTTTAGGGTTTAGAGGGTTTAAGGTTTTAA
* * * *
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1 TTTTAGGGTTTAGAGGGTTTAAGGTTTTAA
* * * *
26211539 TTTTAGAGTTTTGGGGGTTT-AGAGTTTTGA
1 TTTTAGGGTTTAGAGGGTTTAAG-GTTTTAA
* *
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*
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1 TTTTAGGGTTTAG
26211610 GGTTTAGTTT
Statistics
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26211319 GTTCTAAGAG
* ** *
26211329 TTTTAGGGTTTAAAGGGTTTTAGGGCTTAGATTTTAGGGTTTAGAGGGTTTAAGGTTCTAATTTT
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** *
26211394 AGGGTTTACAAGGTTTAGACTTTTGT
64 AAAGTTTACAAGATTTAGACTTTTGT
* *
26211420 TTTTAGGGTTAAA-GGTTTAAAGGTTTTAGTTTTAGGGTTTGGAGGGTTTAAGGTTTTGATTTTA
1 TTTTAGGGTTAAAGGGTTT-AAGGTTTTAGTTTTAGGGTTTGGAGGGTTTAAGGTTCTAATTTTA
* * **
26211484 AAGTTTAGAATATTTAGGGTTTTGT
65 AAGTTTACAAGATTTAGACTTTTGT
* * *
26211509 TTTTAAGGTTTAAAGGGTTTAGGGTTTTAGTTTTAGAGTTTTGG-GGGTTTA
1 TTTT-AGGGTTAAAGGGTTTAAGGTTTTAGTTTTAG-GGTTTGGAGGGTTTA
26211560 GAGTTTTGAT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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AGTTTACAAGATTTAGACTTTTGT
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26211566 TGATTATAGG
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*
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1 GTTTT
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Statistics
Matches: 23, Mismatches: 1, Indels: 3
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Matches are distributed among these distances:
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GTTTTGGGGTTTAAGGTTTA
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26211513 AAGGTTTAAA
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1 GGGTTTAGGG-TTTAGTTTTAGA-TTTT-G
* *
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* *
26211574 GGGTTTTGGGTTTAAGGTTTAGATTTTG
1 GGGTTTAGGGTTT-AGTTTTAGATTTTG
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26211628 GAAGGATTTA
Statistics
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GGGTTTAGGGTTTAGTTTTAGATTTTG
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*
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GTTTAGATTTTAGGATTTGAAGGATTTAAA
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*
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* *
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TATTTGTTTTATTTTGTATTTTATATTTTTG
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ATAAATAAAAAA
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*
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CTCGAA
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*
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* *
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*
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AATAATATAAATAAA
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*
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*
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AAATTTTAATAAAAATTAAAAAT
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* *
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*
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CAACAGTTGCAGCAGCCTCAGCAGCTT
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26222121 TCACCTTTAA
26222131 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
1 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
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AT
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*
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66 CTTTTATTTATTTT
*
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66 CTTTTATTTATTTT
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1 G
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CTTTTATTTATTTT
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*
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*
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**
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1 TTTATCTATTAAAAAAAAA
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*
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26229210 TACATGTCTA
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1 AAACATTATAATTT
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1 AAACATTATAATTT
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1 AAACA
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26237575 ATAATATAAATTTAAAATTTAATA
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*
26237599 ATAATTATATTT-AAATTTAATA
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1 ATAATT
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ATAATTAAATTTAAAATTTAATA
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Indices: 26237587--26237633 Score: 51
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26237577 AATATAAATT
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*
26237597 TAATAATTATAT
1 TAA-AATT-TAA
*
26237609 TTAAATTTAA
1 TAAAATTTAA
26237619 TAAAATTTAA
1 TAAAATTTAA
26237629 -AAAAT
1 TAAAAT
26237634 ATTTTATATT
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* * * *
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1 TATAATTTTTAT-ATAAAATAAAATATGAATA
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1 TATAATTTTTATATAAAATAAAATATGAATA
*
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Indices: 26237656--26237714 Score: 84
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* *
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26237686 ATAAAATATGAATACATAAATTTTTATAT
1 ATAAAATATGAATACAT-AATTTTTATAT
26237715 TTTATACATA
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Matches: 25, Mismatches: 2, Indels: 2
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Done.