Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
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Statistics
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* * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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** * * * *
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* * * *** * * * *
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* *
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* * * * ** * *
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1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTCA-ATAAACAGATTTA-
* * * **
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64 TTTTTAGATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAATAAGCT
*
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* * * * *
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192 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAAAAAATAGATTAAT-TTTTAAATCTTCAACTT
*
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256 ATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAATAGAAA
* *
13189974 CAATTCTTTTATGAAAAAACAAAGGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAATCAT
321 CAATTGTTTTATGAAAAAACAAAGGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAATCAT
* * * *
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386 AACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTATTTT--AAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGGAA
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448 TATTAATAAATGAGTATTATTTTATTTTGAATAA-GTTTTTTGAATAGAAACAATTGGTTTATGA
*
13190168 CAAAACAAATGGTCACAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-TATAACTATTTGAACA
512 CAAAACAAATGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCT-TAACTATTTGAAC-
* * *
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**
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704 TCATAATG
* * * * * ***
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1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAAC-TAGTTCAATAAACAGATTTA-
*
13190432 TTTTTTA-ATTCTCTTACTCTTTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAAAA
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** * * * * * *
13190496 TAAGCTTACATGAATTGAAACAATTGTTTTATTACAAAACAAACGGTCACAATGATTTGAAGTAA
122 TAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAA-AGTCATAATGATTTGAAATAG
* * ** * * * * ** *
13190561 ACATATATTTTTTAAT--TCTTTTACT-TATT--ACTTG-TCAAAATATTA-ATAAATTAATATT
186 ATA-ATA-GTTCAAATAGTC-ATAACTAT-TTGAACTTGTTCAAAA-AATAGATTAATTTTTA-A
* * * ** * ** * * * ** *** * *
13190619 ATTTTGATCCGAATAAGTTCATATGGATA-GAA-ACAATT-ATTTTATGATAAAAC-AAAAAAGT
245 ATCTTCAACTTATTAA-TTTTTA-GAATATTAATA-AATTAATATTATTTTATTTCGAATAAACT
** * ** * * ** ** * * * *
13190680 CATAAGAATTTTAAAAAAAT-AATTAT---TCAA-ATA-G-TCATAACGATTTGAACT---T-GT
307 TGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAGGATCATAACAATTTGAAATAAATAAT
** * * * * * * * *
13190734 TCGGT-AAACAGAT--TTATTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAATTG-TCTTAATATTATAAATT
371 T-ATTCAAATA-ATCATAACTATTTGAA-CTTGTT-C-GATAAATAGAT-TT-AT-TT-TAAATT
* * * * ** * ****
13190794 TGTA-TTATT--TTATTTGAAAGAAGCTTGTATGAACAAAAAGAAAATCATTTTATGACAAACCA
427 TTTACTTATTAATT-TTTG---GAA-----TATTAA-TAAATGAGTATTATTTTAT-TTTGA--A
* *** * ** * * * * ** *
13190856 AAAGGTTTACCGATTCCAAATCAATAATTGTTCAAATGGTCATAA-TTAT--TTA-AACTTG-TT
479 TAA-GTTTTTTGAATAGAAA-CAAT--TGGTT--TAT-GACAAAACAAATGGTCATAAC--GATT
* * * * * * * ** *
13190916 TGGTAAATAGATTCATTTTTAAAATCATTTAATTATTAATTTTTAGAA-TATTAATAACACAGTA
535 T-G-AAATAGA-TAATTGTTCAAAT-A-GT-CTTA--ACTATTT-GAACTGGT--T--CA-A-CA
* * *
13190980 TTATATAATTATTTAAACTTGTTCGGTAAATATATTCATT-TTTA-AAATCTCCTAGTTATTAAT
585 --A-ATAA--ATTT--A-TT-TT---T-AA-A-ATTC-TTACTTATTAAT-T--T--TTA-GAA-
* * * * ** * *
13191043 TTTTTGAATATTAATAACATAGTATTATTTTATTTCAAATAACCTCATATGAACTG--A-AA-TA
627 -TATT-AATA--AAT---TTAGTATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGAACAGAAATAATTG
* *** ** **** *
13191104 ATTT-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
684 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCA--TAAT---G
* * * * * * * *
13191136 ATTTGAAATTGATAATTATTCACAA-AAT-AGTGACTATTTGATCTAATTCAATAAACATATTTA
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCA-AATAGTCA-TAACTATTTAAACTAGTTCAATAAACAGATTTA
* * * ** * * *
13191199 TTTTTAAAATGTTTTACTTATTAATTATCAAAATATTAATAAATTAGTATTATATTATATGAACA
64 TTTTT---A-GATCT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAATA
** * * *
13191264 AGCTTGTATGAATAGAAACTGTTATTTTATAA-AAGAACAAAAAGTCATAATGATTTTAAATAAA
124 AGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATAACAA-AAC-AAAAGTCATAATGATTTGAAATAGA
* * * * ** * * *
13191328 TAATTGCTT-AAATATTTATAACTATTTGAACTGGTTTGATAAACAGATTTATTTTTAAATC-T-
187 TAATAG-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAAAAAATAGATTAATTTTTAAATCTTC
* * * * *
13191390 --CTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTTCAAACAAACTTATATGAA
251 AACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAA
* * * * * * *
13191452 CAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAGGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAA-
315 TAGAAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAGGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAAT
* * * ** * * * * *
13191516 AAGTCATAATTATTTAAAC-TGATTTGCCAAACATAATTACTTTTTAAACCTCTTA-TTGATTAA
380 AA-TCATAACTATTTGAACTTG-TTCGATAAATAGATTTA--TTTTAAA-TTTTTACTT-ATTAA
* ** * * ** *
13191579 TTTTTTGAAATATTAATAAATTTGA-T-TTATTTTATTTCAAATAAATTAGTAAGAATTA-AAAA
439 -TTTTTGGAATATTAATAAA--TGAGTATTATTTTATTTTGAATAAGTT-TTTTGAA-TAGAAAC
* * * *
13191641 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAT-GTAATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCATATA-TCCT
499 AATTGGTTTATGACAAAAC-AAATGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-CT
* * **
13191704 TAACTATGTGAACTGGTTCAACAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTGGTTATTAATTTTTAGA
562 TAACTATTTGAACTGGTTCAACAAATAAATTTATTTTTAAAAT-TCTTACTTATTAATTTTTAGA
* * * * * **
13191769 ATATTATTACA-TTGGTATTATTTTATTACGAGTAAGCTTGTACAAACAGAAATAATTGTTTTAT
626 ATATTAATAAATTTAGTATTATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAACAGAAATAATTGTTTTAT
* * * **
13191833 GTCAAAACAAATGGTTATAACA
690 GACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * * * * *
13191855 ATTTGAAGTATATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTCGATAAAAAGATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTCAATAAACAGATTTA-T
* * * * *
13191920 TTTTAAATCTTCTATTTATTAA-TTTTGAAAAATTAATAAATTTA-TTTTCTTTTATTCCGAATA
65 TTTTAGATC-TC---TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATT-TGAATA
* * * * **
13191983 GGCTTGTATG-ATGAAAAATAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGTTAATAACAATTTGAAATAGA
124 AGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAG-TCATAATGATTTGAAATAGA
* * * * * ** * * *
13192047 TAATTGTCCAAATGGTTATAATTATTTGAACTAATTTAATAAACT-GATTTATGTTTTAAATC-T
187 TAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAA-AAAATAGATTAAT-TTTTAAATCTT
* * * * * * * *
13192110 CTAACTTATCAATTTTTATAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGAACAAAATTTTACGA
250 C-AACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGA
* ** * ** * * *
13192175 ATTGAAACAATTACTTTATGATAAAATA-AAATG-TCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCA
314 ATAGAAACAATTGTTTTATGA-AAAA-ACAAAGGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCA
* * * * * *
13192238 AATAGTCAAAATTATTTGAAGTTGTTCGATAAACAGATTT-TTTTTAATTTCTTACTTATTAATT
377 AATAATCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTATTTTAAATTT-TTACTTATTAATT
* * * * * * * * *
13192302 TTTTGATTTGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCATGTATT-AGCT-GAAGCAAT
441 TTTGGA-ATATTAATAAATGAGTATTATTTTATTTTGAATAAG--TTTTTTGA-ATAGAAACAAT
** * * * * ** *
13192365 TATTTTATGACTAAACAAAAGGT--T-A-GAATAG-TTTA-A-AATTGTTCTAATAGTCTTAACT
502 TGGTTTATGACAAAACAAATGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAACT
* * * * * *
13192423 ATTTGAACTAGTTCAGCAAACATATTTATTTTT-AAATCCTTA-TTATTAATGTTTAGAATATT-
567 ATTTGAACTGGTTCAACAAATAAATTTATTTTTAAAATTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTA
* * * * * * * *
13192485 ATTAATTTAGTAATATTTTACTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAAATGTTTTAGGATAGA
632 ATAAATTTAGTATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAATAATTGTTTTATGACAAA
13192550 ACAAATA--TCATAATG
696 ACAAA-AGGTCATAATG
* * * * ***
13192565 ATTTGAGATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAATTCAGTAATGGGATTTAGT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTCAATAAACAGATTTA-T
* ** * * **
13192630 TTTTAAATCTCTTATTAATTTTCAAAATAGTAGTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTT
65 TTTTAGATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAATAAGCTT
* * * ** **
13192695 TTATGAATAGAAACAATTGTTTTACAACAAAACAAAATGACATAACAATTCAAAATAGATAATAG
129 GTATGAATAGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAA-GTCATAATGATTTGAAATAGATAATAG
* * * * *** * *
13192760 TTAAAATGGACATGACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTAATTTTTTAAATCTTTAACTTA
193 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAAAAAATAGATTAA-TTTTTAAATCTTCAACTTA
* * *
13192825 TTAATTTTT-CAA-A-TAATAAATTAATATTATTTTGTTCCGAATAAACTTGTATGAATAGAAAC
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* * * * * *
13192887 AATTGTTTTATG-ACAAACAAAAGTTAATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATCATCATA
322 AATTGTTTTATGAAAAAACAAAGGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAATCATA
* *
13192951 ACTATTTG-ACTCGTTCGATAAATAGATTTATTTTTAAATTTTTTATTTATTAA-TTTTGGAATA
387 ACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTA-TTTTAAA-TTTTTACTTATTAATTTTTGGAATA
* * *
13193014 TTAATAACTTA-TATTATTTTATTTTGAATAAGGTTTTTTGAATAGAAACAATTGGTTTATTACA
450 TTAATAAATGAGTATTATTTTATTTTGAATAA-GTTTTTTGAATAGAAACAATTGGTTTATGACA
* * *
13193078 AAACAAATGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATACTCATAACTATTTGAAC-GTG
514 AAACAAATGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTG-G
* ** * * *
13193142 TTCAAAAAATTGATTTATTTTTAAAATTTTTACTTATTAATTTTTGGAACATTAATAAATTTA-T
578 TTCAACAAATAAATTTATTTTTAAAATTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTTAGT
* * * * * *
13193206 ATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGCATGAATAGAACTAATTTTTTTATGACAAAGCAAGAA-GTT
643 ATTATTTTATTTG-AATAAGCTTGTATGAACAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAA-AAGGTC
13193270 ATAATG
706 ATAATG
* * * * *
13193276 TTTTGAAATAGATAATTATTTAGATAGTCATAACTATTTGAAA-TTGTTCAATAAACAGATTTAT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-AAACTAGTTCAATAAACAGATTTAT
* * *
13193340 TTTTTGAATTCTCTTACTCTTTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAT
65 TTTTAG-A-TCTCTTA----TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAAT
*** * * * *
13193405 AAGCTTACGTGAATTGAAACAATTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTCACAATGATTTGAAGTAGA
123 AAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAA-GTCATAATGATTTGAAATAGA
* * *** * * *
13193470 TAATTA-TTCAAATAGTCATGACTATTTGAATTTGTTC-GGTAA-ACATT--TTTTAAAATCTTT
187 TAA-TAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAAAAAATAGATTAATTTTTAAATCTTC
* * ** *
13193530 TACTTATTAATTGTT-GAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTT-GAATATGCTTGTATGG
251 AACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAATATTATTTT-ATTTCGAATAAACTTGTATGA
* * ** * *
13193593 AGAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAAGTCATAAGAATTTGAATTAAATAATTATTCAA
314 ATAGAAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAGGA-TCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAA
* * * * * * *
13193658 ATAGTCAAAACAATTTGAACTTGTT-TAGTAAACATATTTATTTTTTTAAATCTTTTACTTACTA
378 ATAATCATAACTATTTGAACTTGTTCGA-TAAATAGATTTA---TTTTAAAT-TTTTACTTATTA
** * * *** * * * * * *
13193722 ATTGTCTT--AATATTAATAAATTTGCATTATGTTATTCAAAATAGGCTTGTATAAACAGAAAAA
438 ATT-T-TTGGAATATTAATAAATGAGTATTATTTTATTTTGAATAAG-TTTTTTGAATAGAAACA
*** * * * * * ** * * *
13193785 ATCATTTTATGACAAACCAAAAGGTTATAGCAATTCCAAATCGATAGTTGTTCAAAT-GATCATA
500 ATTGGTTTATGACAAAACAAATGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCTTA
* * * **** * * * *
13193849 ATTATTTAAACTTGTTTGGTAAATAGATTCATTTTT-AAATCTCTTAATTATTAATTTTTATAAT
564 ACTATTTGAACTGGTTCAACAAATAAATTTATTTTTAAAAT-TCTTACTTATTAATTTTTAGAAT
** * * *
13193913 ATTAATAACA--CCGTATTATTTTATTTTGAATAACCTTATATGAACTGAAATAGATT-TTTTAT
628 ATTAATAA-ATTTAGTATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAATA-ATTGTTTTAT
**
13193975 GACAAAACAAAAGGTCATAACA
690 GACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * * * * ** *
13193997 ATTTAAAATAGATAATTATTCACATAGTCATAAGTATTTGATCTAGTTTGATAAACATATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTCAATAAACAGATTTATT
* * * * ** * *
13194062 TTAAAAAATTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTAATATTTTAATATGAATAA
66 TT--TAGA--TCT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTGAATAA
* * * * * * *
13194127 GCTTGTATGGATAGAAACTATTGTTTTATAACAGAACAAAAGGTCACAACGATTTTAAATAAATA
125 GCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAA-GTCATAATGATTTGAAATAGATA
* * ** * * *
13194192 A-ATGCTT-AAATATTCATACCTATTTGAA-TTGGTTTGATAAATAAATTTATTTTTTAAATC-T
189 ATA-G-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCAAAAAATAGA-TTAATTTTTAAATCTT
* * * * * *
13194253 ---CTTATTAATTTTT-G---A--AAT--ATTAATA-GA--TTAGTCCTAAACAAACTTATAT-A
250 CAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTC-GAATAAACTTGTATGA
* * * * * ** * *
13194303 AGCAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAATG-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCA
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* * * * *
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377 AATAATCATAACTATTTGAACTTG-TTCGATAAATAGATTTAT-TTTAAAT-TTTTACTTATTAA
** * * * * * *
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** * * ** * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * *
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* * * * *
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TGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCAACAA
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* *
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* * *
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*
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AATATTAATAACACAGTATTAT
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** * ** *
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* * * * * *
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* *
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* * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * ** * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * * ** * * *
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* * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * ** * *
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* * * * * *
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* ** * * * ** * * * * *
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* * * * *
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* ** *
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* * * * * * * * **
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * *
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* ** * ***
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* * *
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** * ** * * * **
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64 TAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAG
* * * * * * * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * *
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* * ** *
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* * * * * * *
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* ** * **
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** *
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1 ATTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTG-A
* * * * * *
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* * * * * **
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* * ** *
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1 A-TTTTT-AAATCTTTTACT-TATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-G
*** * * * * *
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* * * * * *
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* * * *
13193517 -TTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTTGAAT
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * * * ** * * * * **
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* * * * * * * *
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* * * **
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* * **
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* * * * * *
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* * * *
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128 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTT-GATAAACAGATTT
* *
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* * * ** *
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* * * * *
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* * ** * * * *
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1 A-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAA
* * * * * * * *
13194648 TAAGCTTGTACGAACAGAAATAATTGTTTTATGATATAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAGTAT
64 TAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAG
* * * *
13194713 AAAATTGTTCAAATAATCATACCTATTTAAACTG
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ATTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAATA
AGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGAT
AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGATAAACAGATTT
Found at i:13191861 original size:181 final size:179
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* * * * *
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* * * * *
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*
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* * *
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191 GAACTTGTTCAATAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACT-TATTAATTTTTAGAATATTAA
* ** ** *
13193379 TAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTACGTGAATTGAAACAATTGTTTTATTACAAAAC
254 TAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * * * * * * *
13193444 AAAAGGTCACAATGATTTGAAGTAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAATTTGTTCGG
319 AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGA
*
13193509 TAAAC-A-TT-TTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTT
384 TAAACAATTTATTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTT
* * *
13193571 TAATTTGAATATGCTTGTATGGAGAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAAGTCATAAGAA
449 TAATTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAAGTCATAAGAA
* * *
13193636 TTTGAATTAAATAATTATTCAAATAGTC
513 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * * * * * *
13193664 AAAACAATTTGAACTTGTTTAGTAAACATATTTATTTTTTTAAATCTTTTACTTACTAATTGTCT
1 ATAACTATTTAAACTTGTTCAGTAAACATATTTACTTTTTAAAATCTCTTACTTATTAATT-T-T
** * ** * * * *
13193729 T--AATATTAATAAATTTGCATTATGTTATTCAAAATAGGCTTGTATAAACAGAAAAAATCATTT
64 TAAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTTGAAATA-ACTTGTATGAATAG-AAAAATTATTT
* * * * * ** * * * *
13193792 TATGACAAACCAAAAGGTTATAGCAATTCCAAATCGATAGTTGTTCAAAT-GATCATAATTATTT
127 TATGACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG-TCATAACTATTT
* *** * * * *
13193856 AAACTTGTTTGGTAAATAGATTCA-TTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTATAATATTAATA
191 GAACTTGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATA
** * * * *
13193920 ACA-CCGTATTATTTTATTTTGAATAACCTTATATGAACTGAAATAGATT-TTTTATGACAAAAC
256 A-ATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAACAGAAACA-ATTGTTTTATGACAAAAC
* * * * * * *
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319 AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGA
* ** * *
13194048 TAAACATATTTATTTTAAAAAAT-TTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTAATA
384 TAAACA-ATTTATTTT--TAAATCTTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAATATTA
* * * * * * *
13194112 TTTTAATATGAATAAGCTTGTATGGATAGAAACTATTGTTTTATAACAGAACAAAAGGTCACAAC
446 TTTTAATTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAA-
* * * *
13194177 G-ATTTTAAATAAATAAATGCTT-AAATATTC
510 GAATTTGAAATAGATAATTG-TTCAAATAGTC
* * * * * *
13194207 ATACCTATTTGAA-TTGGTT-TGATAAATAAATTTA-TTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTT
1 ATAACTATTTAAACTT-GTTCAG-TAAACATATTTACTTTTTAAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * ** * * * *
13194265 TGAAATATTAATAGA-TTAGTCCTA----A----ACA-AACTTATAT-AAGCA-AAAACATTTGT
64 TAAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTGAAATAACTTGTATGAA-TAGAAAA-A-TTAT
* * *
13194318 TTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATT
125 TTTATGACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATT
* * * * * * *
13194383 TGAAC-TGTTTAGGTAAATATA-TT-TTCTTT-AATCTTTTACTTATT-ATTTTTAAAATATTAA
190 TGAACTTGTTCA-ATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAA
* ** *
13194443 TAAATTCA-TTTTATTTTATTTCGAA-AAG-TTAGTATGAATTGAGAA-AATTCTTTTATGACAA
254 TAAATT-AGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTA-TATGAACAGA-AACAATTGTTTTATGACAA
* ** * * * * * *
13194504 GACAAAAGGTCATAAAAATTTGAATTAGATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTT
316 AACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTT
* * * * * * * * *
13194569 C-ATCAATCAAATTTATTTTTTAAATCCTTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTATTAGACTAGTA
381 CGAT-AAAC-AATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAATA
* * * * * * * *
13194633 TTGTTTT-ATTTAGAATAAGCTTGTACGAACAGAAATAATTGTTTTATGATATAACAAAAGGTTA
443 TTATTTTAATTT-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCA
* * * *
13194697 TAACG-ATTTGAAGTATAAAATTGTTCAAATAATC
507 TAA-GAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
*
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1 ATAACTATTTAAACT
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ACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
TGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTA
GTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
CATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGATAAACAA
TTTATTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTTG
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* * * * *
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* ** * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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128 TG-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGG
* * *
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** * * *
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** * * * * * **
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130 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGG
* * * * **
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* *
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64 ATTTTA-TTTGAAATAAGCTTATATGAAC--AAATAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * * * *
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* * * * * **
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1 TAAATAGATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * * * * *
13196421 TTAATATG-AATAAGCTTGTACGGATAGAAACT--ATTGTTTTATAACAGAACAAAAAGTCACAA
66 TTTATTTGAAATAAGCTTATA-TGA-ACAAA-TAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * * * * * * *
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128 TGATTTGAAATAGATAATTG-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGG
* *
13196536 TAAATAAATTTATTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
1 TAAATAGATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * *
13196597 TTTATCCT-AAACAAACTTATATGAGCAAA-AACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
66 TTTAT-TTGAAATAAGCTTATATGAACAAATAA-A-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * *
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128 TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGG
* *
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1 TAAATAGATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTA
* * * * *
13196773 TTTTATTCTG-AATAAG-TTAGTATGAATTGAGA-AAATTCTTTTATGACAAGACAAAAGGCCAT
65 TTTTATT-TGAAATAAGCTTA-TATGAA--CAAATAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
** * * * * * *
13196835 AAAAATTTGAATTAGATAATTGTTCATATAATCTTAACTATTTGAACTGGTTCAG
126 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGG
* * * * ** * * * *
13196890 -CAATCAAACTTATTTTTTAAATCCCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTATTAGATTAGTATTT
1 TAAAT-AGATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTA--T
* * * *
13196954 TTTTTTATTT-AGAATAAGCTTGTATGAACAGAA-ATAATTGTTTTATGACATAACAAAAGGTTA
63 TATTTTATTTGA-AATAAGCTTATATGAACA-AATA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
* * * * * *
13197017 TAATGATTTGAAGTATAAAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGGTTCGA
125 TAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGG
* * * * * ** * * *
13197073 TAAACATATTCATTTTTTACATCCCTTAGTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTATTATTAT
1 TAAATAGATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * * * * *
13197138 TTTATTTCAAATAAGCTTGTATGATCAAAAATAATTGTTATATAATC-AAAGAAAATGTGATAAT
66 TTTATTTGAAATAAGCTTATATGAACAAATA-AATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAGGTCATAAT
* * * * * * ** *
13197202 GATTTTAAATAAATAATTGTTGAAAT-GACCTTAATTATTTGAACTAATTTGG
129 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTTGTTCGG
* * * * ** * *
13197254 CAAACATATTCACTTTTT-AAATCACTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGAATTA
1 TAAATAGATTTA-TTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* *
13197318 TTTTATTTTG-AATAAGCTTGTATGAACTGAAAT-AATTGTTTTTTGACAAAACAAAAGGTCATA
65 TTTTA-TTTGAAATAAGCTTATATGAAC--AAATAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * *** * *
13197381 ACGATTTTAAATAGACAATTGTTCAAAT-GTCATAACTATCAAAATTTGTTCGA
127 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGG
* * * **
13197434 CAAATAAATTTATTTTTTAAA-CTTTGGCTTATTAATTTTT
1 TAAATAGATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTT
13197474 TTTTTTATTT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
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TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGG
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Indices: 13195456--13197473 Score: 1611
Period size: 361 Copynumber: 5.6 Consensus size: 358
13195446 CATTAATTTT
* * * *
13195456 TAAATAAATTTATTTTTTAAAAT-T-TTACTTATTAATTTCTGGAACATTTATAAATTTA-TATT
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* * ** * * *
13195518 ATTTTA-TTTGAAATAAGCTTGAATGAATAGAACCAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCGTA
63 ATTTTATTTTG-AATAAGCTTGTATGAACAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * * *
13195582 ATGTTTTGACATAGATAATTGTT-AAGATAGTTATAACTATTTGAGCTTGTTCGATAAATAGATT
127 ATGATTTGAAATAGATAATTATTCAA-ATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATT
* * * * *
13195646 TATTTTTTAATTCTCTTACTTTTTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAA
191 TATTTTTAAATT-TTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAA
* *** * * * *
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255 ATAAGCTTATATGAACAAATA-AATTATTTTATAAC-AAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAA-T
* * * * * * *
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317 AGATAATTGTTCAAATAATCATAATTATTTGAACTGGTTCAG
* * * * * * * * * * *
13195817 TAAACATA-T-TTTTTTAAAACTTTTACTTTTTAACTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTACT
1 TAAATAAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * * *
13195880 ATAATCTGAATAAGCTTGTAT-AGACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAA-G
66 TTATTTTGAATAAGCTTGTATGA-ACAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * *
13195943 AATTTAAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACAATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTAT
130 -ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTAT
* *
13196008 TTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTTTCT-TAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTGAAAT
194 TTTT-AAATTTTTTACTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAAT
* * * ** *
13196072 AAGCTTATATGAACAAATAAATCATTTTATGACAAACCAAAAGGTTATAACGATTCCAAATCGAT
257 AAGCTTATATGAACAAATAAATTATTTTATAACAAA-CAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAGAT
*** * * *
13196137 AATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTAAACTTGTTAAG
321 AATTGTTCAAATAATCATAATTATTTGAACTGGTTCAG
* * * **
13196175 TAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTATAATATTAATAACA-CCGTATTA
1 TAAATAAATT-ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAA-ATTAGTATTA
* * *
13196239 TTTTATTTTGAATAACCTTATATGAACTGAAATAGATT-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
64 TTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAATA-ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * * * * *
13196303 CGATTTGAAATAGATAATTATTCACATAGTCATAAATATTTGATCTAGTTCGGTAAACATATTTA
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* * ** * *
13196368 TTTTAAAAATTTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTAATATG-AAT
193 TTTT-TAAATTTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAAT
* * * * * *
13196432 AAGCTTGTACGGATAGAAACT--ATTGTTTTATAACAGAACAAAAAGTCACAACGATTTTAAATA
257 AAGCTTATA-TGA-ACAAA-TAAATTATTTTATAACA-AACAAAAGGTCATAACGATTTTAAATA
* * * ** *
13196495 AATAAATGCTT-AAATATTCATACCTATTTGAACTGGTT-TG
318 GATAATTG-TTCAAATAATCATAATTATTTGAACTGGTTCAG
13196535 ATAAATAAATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATT
1 -TAAATAAA-TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATT
** * * * * * * * *
13196595 ATTTTATCCTAAACAAACTTATATGAGCAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
63 ATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* *
13196660 TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAAC-TGTTTAGGTAAATAGATTT
128 TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAATAGATTT
* * *
13196724 -TCTTT-AATCTTTTACTTATT-ATTTTTGAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTCTG-A
192 ATTTTTAAATTTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATT-TGAA
* * * * * ** * *
13196784 ATAAG-TTAGTATGAATTGAGA-AAATTCTTTTATGACAAGACAAAAGGCCATAAAAATTTGAAT
255 ATAAGCTTA-TATGAA--CAAATAAATTATTTTATAACAA-ACAAAAGGTCATAACGATTTTAAA
* * *
13196847 TAGATAATTGTTCATATAATCTTAACTATTTGAACTGGTTCAG
316 TAGATAATTGTTCAAATAATCATAATTATTTGAACTGGTTCAG
* * * * * *
13196890 -CAATCAAACTTATTTTTTAAATCCCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTATTAGATTAGTATTT
1 TAAAT-AAA-TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTA--T
* * * *
13196954 TTTTTTATTTAGAATAAGCTTGTATGAACAGAAATAATTGTTTTATGACATAACAAAAGGTTATA
62 TATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * * * * * * *
13197019 ATGATTTGAAGTATAAAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGGTTCGATAAACATATTC
127 ATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTT
* *** * * * *
13197084 ATTTTTTACATCCCTTAGTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTATTATTATTTTATTTCAAA
192 A-TTTTTAAATTTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAA
* * * * * * * * * *
13197149 TAAGCTTGTATGATCAAAAATAATTGTTATATAATCAAAGAAAATGTGATAATGATTTTAAATAA
256 TAAGCTTATATGAACAAATA-AATTATTTTATAA-CAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAG
* * * * ** **
13197214 ATAATTGTTGAAATGACCTTAATTATTTGAACTAATTTGG
319 ATAATTGTTCAAATAATCATAATTATTTGAACTGGTTCAG
* * * * * * *
13197254 CAAACATATTCACTTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGAATTAT
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* * *
13197319 TTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAATAATTGTTTTTTGACAAAACAAAAGGTCATAACG
65 TTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * *** * ** *
13197384 ATTTTAAATAGACAATTGTTCAAAT-GTCATAACTATCAAAATTTGTTCGACAAATAAATTTATT
130 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTA-T
* **
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TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTT
TTAAATTTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGC
TTATATGAACAAATAAATTATTTTATAACAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAGATAATTG
TTCAAATAATCATAATTATTTGAACTGGTTCAG
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Statistics
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AAATAGCATAATTATTC
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* * * *
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** * * * * *
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* * * *
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* * * * *** *
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* * *
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* * *
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*
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* * * * **
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* * *** * *
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* * * * * *
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* * * **
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708 AAATCCCTTAATTATTAATTTTTATAAGATTAATAACACAGTATTATTTTATTTCAAATAACCTT
** * * *
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* * * * * * ***
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* *** * * * *
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* * * * * *
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66 AGAAA-TAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAGATAATTG-TTAAAT
* * * *
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* * * *
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* * *
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* * * * **
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322 ACTTG-TTAGGTAAACAGATTTT-TTTAAAACTTTTACTTATTAACTGTCAAAATATTAATAAAT
* * * * * * *
13196765 TCATTTTATTTTATTCTGAATAAG-TTAGTAT-GA-ATTGAGAA-AATTCTTTTATGACAAGACA
385 TAATATTACTATAATCTGAATAAGCTT-GTATAGACA---AAAACAATTCTTTTATGACAAAACA
* * * * * * * *
13196826 AAAGGCCATAAAAATTTGAATTAGATAATTGTTCATATAATCTTAACTATTTGAACTGGTTCAG-
446 AAAAGCCATAAAAATTTAAAATAAATAATTATTCAAATAATCATAACAATTTGAACTGGTTCAGT
* * * * *
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511 AAAT-AAACTTATTTTTAAAATCCCTTACTTATTAATTTTCT-GAATATTAATAAATTAGTA--T
* * **
13196954 TTTTTTATTT-AGAATAAGCTTGTATGAACAGAA-ATAATTGTTTTATGACATAA-CAAAAGGTT
572 TATTTTATTTGA-AATAAGCTTATATGAACA-AATA-AATCATTTTATGACA-AACCAAAAGGTT
* ** * * * * *
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633 ATAACGATTCCAAATAGAAAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTAAACTGGTTAAG-TAAACAG
* * * *
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697 ATTCATTTTTTAAATCCCTTAATTATTAATTTTT-ATAAGATTAATAACA-CAGTATTATTTTAT
* * * * * * *
13197143 TTCAAATAAGCTTGTATGATCAAAAATA-ATTGTTATATAATC-AAAGAAAATGTGATAATGATT
760 TTCAAATAACCTTATATGAACAAAAATAGATT-TTATATAA-CAAAACAAAAGGTCATAACGATT
* * * * * *
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*
13197270 T-TAAATCAC
886 TAAAAATCAC
*
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1 TTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAA
* *
13197344 CT-GAAATAATTGTTTTTTGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAGACAATTGTTCAAA
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*** * * *
13197408 T-GTCATAACTATCAAAATTTGTTCGACAAATAAATTTATTTTTTAAACTTTGGCTTATTAATTT
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13197472 TT
190 TT
13197474 TTTTTTATTT
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TCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAA
TATTAATAAATTAGTATTATTTTATCTCAAACAAACTTACATGAACAAAAACAATTATTTTATCA
CAAAACAAAAGGTCACAATGATTTAAAGTAGACAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTT
GTTAGGTAAACAGATTTTTTTAAAACTTTTACTTATTAACTGTCAAAATATTAATAAATTAATAT
TACTATAATCTGAATAAGCTTGTATAGACAAAAACAATTCTTTTATGACAAAACAAAAAGCCATA
AAAATTTAAAATAAATAATTATTCAAATAATCATAACAATTTGAACTGGTTCAGTAAATAAACTT
ATTTTTAAAATCCCTTACTTATTAATTTTCTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAA
TAAGCTTATATGAACAAATAAATCATTTTATGACAAACCAAAAGGTTATAACGATTCCAAATAGA
AAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTAAACTGGTTAAGTAAACAGATTCATTTTTTAAATCCCT
TAATTATTAATTTTTATAAGATTAATAACACAGTATTATTTTATTTCAAATAACCTTATATGAAC
AAAAATAGATTTTATATAACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATA
GCCATAAATATTTGAACTAATTCGGCAAACATATTCATTTTAAAAATCAC
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13197308 ATTAGAATTA
* *
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* *
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131 TTTTCAAATCTTTGGCTTATTAATTTTTTT
* * * * *
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* * * ** **
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*
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TTTTCAAATCTTTGGCTTATTAATTTTTTT
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*
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* * *
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1 GATGCATAAATTAAGGGGGAGTTTT
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* * * * * * *
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* * * * * **
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* * * *
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* * ** *
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* * * * * **
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* * ** *
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* ** * *
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* * * * * *
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** *
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* *** * * *
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* * * * * *
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** * *
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** ** * * * *
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* * * *
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* * * *
13207181 GCTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATGATCATAACGA
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* * * * * *
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* * * * ** ** * **
13207362 ACCTTGTATGAACTAAAATAGTCATGATATGACTAAACAAAAGGTCAAAATTA
128 AGCTTGTATGAA-AAAAACAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAGGTCATAACGA
* * ** * * *
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* * * * * *
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** * * * * * * * * **** *
13207590 CATGAGATTGATATTTGTTTAAATAGTCATAACTATTTTAAGTGATTCAAAAAACA-ACTTTATT
1 TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAATAGA-TTTATT
* * * *
13207654 TTTTAAATATCTTGCATATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTT-AGATA
65 TTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGA-ATA
* * ** *
13207718 AGGTTTTATGAATTGAAACAATTGTTTGATGACAAAACAAAAGGTCATAA
128 AGCTTGTATGAA-AAAAACAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAGGTCATAA
13207768 TGACTTTAGA
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* * * ** * ** * *
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128 TAACTATTTGAAATGGTTCGACAAACA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA-G
* ** * * *
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* ** * * * * *
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* **** * * *
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* * * *
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1 TATTAA--TTTTGAAATATTAATAAATTAAT-TTTATTTATT-TCAAATAAGCTTGTATG-ATTG
* * * * *
13206302 AAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCAA-AACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
61 AAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT-AATAACGATTTAAAATAAATAATTATTTAAATAG
* * * * ** * *
13206366 TCAAAACTATTTGAAATGGTTTGGCAAGCAAATTTACATTTTAAATCTCTTACTGATTAATTTTG
125 TCATAACTATTTGAAATGGTTCGACAAAC-AATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
* *
13206431 A-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAACAAACTTATATTAACAAAAACAATTGTTTT
189 AGAATATTAATAAA-TAGTATTATTTTATTTTGAA-AAGCTTATATAAAC-AAAACAATTGTTTT
** * * *
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251 ATGGCA-AAACAAAAGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTGT-TAAATAGTCATAACTATTTGA
* *** * * *
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314 AACGGTTTAACAAACAGAATTATTTTCTAAATCTCT
* *
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1 TAT-TAATTTTGAAATATTAATAAATTAATTTTATT-TATTTCAAATAAGCTTGTATGA-TTGAA
* * * * *
13206660 ATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTAAAATAAATAATTTTTTATATAGTCT
63 ATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACGATTTAAAATAAATAATTATTTAAATAGTCA
* * * * *
13206725 TAACTGTTTCAACTGGTTCGACAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCATAATTATTAATTTTTAGA
128 TAACTATTTGAAATGGTTCGACAAACA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGA
* * *
13206790 ATATTACTAAATCATTATTATTTTATTTTGAAAAGGCTTGTATAAACAGAAACAATTGTTTTATG
192 ATATTAATAAAT-AGTATTATTTTATTTTGAAAA-GCTTATATAAACA-AAACAATTGTTTTATG
* * * * * * *
13206855 GTAGAACAAAAGTTATAACAATTTGAAATAGCTAATTGTTCAAATAATCATAACTATTT-AAACT
254 GCAAAACAAAAGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTGTT-AAATAGTCATAACTATTTGAAACG
* * * *
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318 GT-TTAACAAACAGAATTAT-TTTCTAAATCTCT
*
13206952 TATTAATTCTTGAAATATTAATAAATT-ATTATTATTT-TATT-AAGTAAAAGCTTGTATG-TTG
1 TATTAATT-TTGAAATATTAATAAATTAATT-TTATTTAT-TTCAA--ATAAGCTTGTATGATTG
* * * * * *
13207013 AAAAGTAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGATAAT-ATGATCTAAAATACATAGTTATTTAAATA
61 -AAA-TAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACGATTTAAAATAAATAATTATTTAAATA
* * * * * * * * *
13207077 GCCATGATTATTTGAATTGATTCAATAAACTAATTTATTTTTTAAATTTCTTGCTTATTAATTTT
124 GTCATAACTATTTGAAATGGTTCGACAAAC-AATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * *
13207142 T-GAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATTGTT
188 TAG-AATATTAATAAA-TAGTATTATTTTATTTT-GAAAAGCTTATATAAAC-AAAACAATTGTT
* * * * * *
13207206 TTATGACAAAACAAATGATCATAACGATTTTAAATAGATAATTGTTGAAATAGTCATAATTACTT
249 TTATGGCAAAACAAAAG-TAATAACGATTTGAAATAGATAATTGTT-AAATAGTCATAACTATTT
* *** * * *
13207271 G-AACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTCAAATCTCGTGCT
312 GAAAC-GGTTTAACAAACAGAATTATTTTCT-AAA--TC-T-CT
* * * * * * *
13207314 TATTAATTTTTTG-AATGTCAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAACCTTGTATGAACTAA
1 TATTAA--TTTTGAAATATTAATAAATTAATTTTA-TTTATTTCAAATAAGCTTGTATG-ATTGA
* ** ** * ** * *
13207378 AATAGTCATGATATGACTAAACAAAAGGTCAA-AATTATTTGAAATAGATAATTATTCT-AATAG
62 AATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT-AATAACGATTTAAAATAAATAATTATT-TAAATAG
* * ** * * * * * *
13207441 TCTTAACTATTTGAACTAATTTG-TAAACACATTTAATTTTT--ATATC-T-CTTATTAATTATC
125 TCATAACTATTTGAAATGGTTCGACAAACA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
* * * * * *
13207501 A-AAGTATTATTAAATTAGTATTATTTT-TATCTGAAAAAGCTTGTTTGATAA-AAAATAATTAT
189 AGAA-TATTAATAAA-TAGTATTATTTTAT-TTTG-AAAAGCTTATAT-A-AACAAAACAATTGT
* * * ** * * *
13207563 TTTATAAG-AAAAC-AAAGATCATAACAACATGAGATTGATATTTGTTTAAATAGTCATAACTAT
248 TTTAT-GGCAAAACAAAAG-TAATAACGATTTGAAATAGATAATTG-TTAAATAGTCATAACTAT
* ** * * * * * *
13207626 TTTAAGTGATTCAAAAAACA-ACTTTATTTTTTAAATATCTTGCA
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* * * * * * *
13207670 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTAGATAAGGTTTTATGAATTGAA
1 TATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAATTTTA-TTTATTTCAAATAAGCTTGTATG-ATTGAA
* * *
13207735 ACAATTGTTTGATGACAAAACAAAAGGTCATAA
63 ATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAA
13207768 TGACTTTAGA
Statistics
Matches: 1203, Mismatches: 251, Indels: 156
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Matches are distributed among these distances:
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CTATTTGAAATGGTTCGACAAACAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATAT
TAATAAATAGTATTATTTTATTTTGAAAAGCTTATATAAACAAAACAATTGTTTTATGGCAAAAC
AAAAGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTAAATAGTCATAACTATTTGAAACGGTTTAACA
AACAGAATTATTTTCTAAATCTCT
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* * * *** * **
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129 TAATTATTTGAATTGATTCAATAAATAGATTTATTTTTTAAATTTCTTGCTTATTAATTTTTGAA
* * ** * *
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194 ATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCAGATAAGCTTTTATGAACTTAAACAATTGTTTTATG
** * * * *
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259 ACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* *
13206202 TGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTA
324 TGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCATACTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTA
* * * *
13206267 GTATTAATTTGTTCTC-AATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGG
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* * * ** *
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517 AATTTA-ATTTTTAAATCTC-T
* * *
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1 --T-ATTAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAA-AAGCTTGTATGATA-A
* ** * * * *
13206481 AAAACAATTGTTTTATGGCAT-AATGAAAAG-TAATAAGGATTTGAAATAGATAATTGTGTAAAT
61 AAAATAATTGTTTTAT-G-ATAAAACAAAAGATAATAATGATCTGAAATAGATAATTATTTAAAT
* * * * * * * *
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124 AGTCATAATTATTTGAAT-TGATTCAATAAATAGATTTATTTTTTAAATTTCTTGCTTATTAATT
* * * * * * *
13206604 TTTGAAATATTAATAAATTAATTTTATTCTATTTCAAATAAGCTTCTATG-ACTTAAATAATTGT
188 TTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCAGATAAGCTTTTATGAACTTAAACAATTGT
* * * * * * * * *
13206668 TTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTAAAATAAATAATTTTTTATATAGTCTTAACTGTT
253 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * ** * * * * *
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318 TGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCATACTTATTAATTTTTTGAATGTTAAT
* * * * * *
13206798 AAATCATTATTATTTTATTTTGAAA-AGGCTTGTATAAAC-AGAAACAATTGTTTTATG-GTAGA
383 AAATTAGTATTATTTTA-TTTCAAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACTA-A
* * * * * * *
13206860 ACAAAA-GTTATAACAATTTGAAATAGCTAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTAAACTGTATT
445 ACAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-AATT
** * * *
13206924 AACAACCATATTT-CTATTTTAAATCTCT
509 TGCAAACAAATTTAAT-TTTTAAATCTCT
* ** * *
13206952 TATTAATTCTTGAAATATTAATAAATTATTATTATTTTATTAAGTAAAAGCTTGTATGTTGAAAA
1 TATTAATT-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG-AAAAGCTTGTATGATAAAAA
* * * * *
13207017 GTAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGATAAT-ATGATCTAAAATACATAGTTATTTAAATAGCCA
64 ATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGATAATAATGATCTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCA
*
13207081 TGATTATTTGAATTGATTCAATAAACTA-ATTTATTTTTTAAATTTCTTGCTTATTAATTTTTGA
129 TAATTATTTGAATTGATTCAATAAA-TAGATTTATTTTTTAAATTTCTTGCTTATTAATTTTTGA
** *
13207145 AATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTAT
193 AATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCAGATAAGCTTTTATGAACTTAAACAATTGTTTTAT
* * * * *
13207210 GACAAAACAAATGATCATAACGATTTTAAATAGATAATTGTTGAAATAGTCATAATTACTTGAAC
258 GACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * * *
13207275 TTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTCAAATCTCGTGCTTATTAATTTTTTGAATGTCAATAAAT
323 TTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTT-AAATCTCATACTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAAT
* * * ** **
13207340 TAGTATTATTTTATTTCAAATAACCTTGTATGAACTAAAATAGTCATGATATGACTAAACAAAAG
387 TAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAG
** * * *
13207405 GTCAAAATTATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTAATTTGTAAACA
452 GTCAAAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAATTTGCAAACA
* *
13207470 CATTTAATTTTTATATCTCT
517 AATTTAATTTTTAAATCTCT
* * * * *
13207490 TATTAATTATCAAAGTATTATTAAATTAGTATTATTTT-TATCTGAAAAAGCTTGTTTGATAAAA
1 TATTAATTTTGAAA-TATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTTG-AAAAGCTTGTATGATAAAA
* * * * * * * * * *
13207554 AATAATTATTTTATAAGAAAAC-AAAGATCATAA-CAACATGAGATTGATATTTGTTTAAATAGT
63 AATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGATAATAATGATC-TGAAATAGATAATTATTTAAATAGT
* * * * * * *
13207617 CATAACTATTTTAAGTGATTCAAAAAACA-ACTTTATTTTTTAAATATCTTGCATATTAATTTTT
127 CATAATTATTTGAATTGATTCAATAAATAGA-TTTATTTTTTAAATTTCTTGCTTATTAATTTTT
* *
13207681 GAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTAGATAAGGTTTTATGAA-TTGAAACAATTGTTT
191 GAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCAGATAAGCTTTTATGAACTT-AAACAATTGTTT
* * * * * * *
13207745 GATGACAAAACAAAAGGTCATAATGACTTTAGATAGATTTGAAACAATTGTTCATAT-GACAAAA
255 TATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAGA--T-----AATTGTTCAAATAGTCATAA
* * ** * * * * *** *
13207809 CAATTGTTGTA--TGAACTG-AAATA-A-TTATTTTAT-GA-CT-AAAC--A--AA-AGGTTAAA
313 CTA-T-TTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCATACTTATTAATTTTTTGAA
* * * * * *
13207861 CCGATT--TGAAA-TAGATAATTATTTAATAGTCATAACTATTTGATTTGGT-TCG-GC-AAATA
376 -TG-TTAAT-AAATTAG-T-ATTATTTTAT-TTCA-AA-TA--AG-CTT-GTAT-GAACTAAA-A
* * * * ** * *** *** * * * **
13207920 CATTTATTTTTTAAATCTCTTACTAATTTTTGGAA-TATTATTATATTAG-T-ATTATTTTAAT-
427 CAATTGTTTTAT-GA-CT-AAACAAAAGGTCAAAACAATT-TGA-AATAGATAATTATTCAAATA
* * * ** *
13207981 CTGAATAAGCT-TGTATGAA--AA---G-AAAC-ACTTGT--TTTGGTCATAAAGATTT
487 GT-CATAA-CTAT-T-TGAACTAATTTGCAAACAAATT-TAATTT--T--TAAATCTCT
* * * ** * * *
13208030 TAGATAATTGTTCAAATAGTAATAAA-TA-T-TTGA-ACTATTTTGGTAAATAGATT-T-TGTTT
1 TA-TTAATT-TTGAAATATTAATAAATTAGTATT-ATTTTATTTT-G-AAA-AGCTTGTATGATA
** * * * * * * * ** *
13208089 TTAAAT-CTCT-TATTAATTATCAAAATATTAATAGATCAAT-ATTATTTTATTTTGAATAATTT
60 AAAAATAAT-TGT-TTTATGAT-AAAACA--AA-AGAT-AATAATGATCTGAAATAG-ATAA-TT
** * ** * * * *
13208151 CACATGAATAGAAACAATTGTTT-TA-TGA--CAA-AACA-AAATTTCATTACAATTTGAAATAG
116 -ATTTAAATAGTCATAATTATTTGAATTGATTCAATAA-ATAGATTT-ATT----TTT----T--
* ** * * * * * ** * *
13208210 ATAATAGTTCAAATGGATATGACTATTTGAACTTGTTCAATAAACAAAT-TTATTTTTTAAATCT
168 A-AAT--TTC--TTGCTTATTAATTTTTGAA-ATATT-AATAAAGTAGTATTA--TTTT--ATTT
* * ** * * ** * *
13208274 CAAACTTATTA-ATGTTTAAAATACTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATA-AAATTGTAT
222 CAGA--TA--AGCT-TTTATGA-ACT--TAAA-CA--ATTGTTTTATGACAAA-ACAAA-AG-GT
* *
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273 -CAT---AACGA---TTT--T----AAAT---AG---AT-A--A-TTG---T---TCAA--A-T-
* * * * **
13208401 AAATAGTCATAACTATTTAAACTTGCTT-GGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT
305 -AGT---CATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCATACTTATT
* * * * *
13208465 CATTTTTTGAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAA-AAGCTTTTATGAGC-AGAAAC
365 AATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTCAAATAAGCTTGTATGAACTA-AAAC
* * * *
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428 AATTGTTTTATGACT-AAACAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT
* * *** * * *
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492 AACTATTTGAAC-TAATT-TGCAAACAAATTTAATTTTT-AAA-TCT-CT
* * *
13208641 TATTAACTTTTGAAATATTAATAAATTTA-AATTATTTTA-TTTGAAATAAGCTTGCATGA-ATA
1 TATTAA-TTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTG-AA-AAGCTTGTATGATAAA
* * * * * * *
13208703 GAATCAATTGTTTTATGATAAAACAAATGGTCATAATGTTTTGAAATAGATAATTATTTAGATAG
62 AAAT-AATTGTTTTATGATAAAACAAAAGATAATAATGATCTGAAATAGATAATTATTTAAATAG
* * * * * * * *
13208768 TCATAACTATTTAAACTT-ATT-AAGTAAACATATTCT-TTTTTTAATTTTCTTACTCATTATTT
126 TCATAATTATTTGAA-TTGATTCAA-TAAATAGATT-TATTTTTTAAATTTCTTGCTTATTAATT
* * * * * * * *
13208830 TTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATCTTACTTCAAATAAGCTTATATGAAACTGAAACAAGTG
188 TTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCAGATAAGCTTTTATG-AACTTAAACAATTG
* ** * * *
13208895 TTTTATTACAAATGAAAAGGTCAT-ACTGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTA
252 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC-GATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
* ** * ** ** * *
13208959 TTTGAACTTGTTCGGTAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTTCTTATTAATCATTAAAATATTT
316 TTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCATACTTATTAATTTTTTGAATGTTA
* * * * ** * *
13209024 ATAAATTAATTTTATTTTAATCCAAATAAATTTGTATGAA-TAAAAATAATTGTTTTATGACAAA
381 ATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACT-AAAACAATTGTTTTATGACTAA
* * * * * * * **
13209088 ACAAAAAGTCATAACAAGTTGAAATAAATAATTGCTT-AAATAGCCATAACGATTTGAACTCGTT
445 ACAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAGATAATT-ATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAATT
* * *
13209152 TGGTAAACATATTT-ATCTTTTAAATATTTTACT
509 T-GCAAACAAATTTAAT-TTTT-AA-A-TCT-CT
* * * *** *
13209185 TATTAATTGTCT-TAATATTAATAAATTTGTGTTATTTTATTCAAAATAAGCTTAG-ATGAACAA
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13209248 AAACAAAATTCTTTTATGACAAAACAAAATATTATAGCT-ATGTTAAATAGATAATTATTCAAAA
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* * * * * ** *
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124 AGTCATAATTATTTGAA-TTGATTCAATAAATAGATTTATTTTTTAAATTTCTTGCTTATTAATT
* * * * * * * * *
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* * * * * * * *
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252 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* * ** * * * * ** * *** *
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317 TTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCATACTTATTAATTTTTTGAATGTTAA
* * *
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382 TAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACTA-AA
* * * * * * *
13209633 CAAAAAGTCATAATAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCGTAACTGTTTGAACTAGTTTG
446 CAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAATTTG
* * * **
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511 -CAAACAAATTTAATTTT-TAAATCTCT
* * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * * * * * *
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127 CATAATTATTTGAATTGATTCA-ATAAATAGATTTATTTTTTAAATTTCTTGCTTATTAATTTTT
* * * * ** * *
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191 GAAATATTAATAAAGT-AGTATTATTTTATTTCAGATAAGCTTTTATGAACTT-AAAC-AA-TTG
* * * * * ** *
13209980 TTTTATGACAAAACAAAATGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTTTTCATATAGTTTTAAATAT
252 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* ** * * * * * * * *
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317 TTGAACTT-GTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCATACTTATTAATTTTTTGAATGTTA
* * * * * * * *
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381 ATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACTA-
* * * * ** * * * * *
13210172 AACAAATGCT-ATAACAATTTGAAGTTTATAATTGTTTAAATAGTCATAACCATTTGAATTAGTT
444 AACAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAATT
* * *
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* * *** * * * *
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1 TATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TTGAAAAGCTTGTATGAT-AAAA
* * ** * * * * * *
13210333 AA-AATTCTTATATGACGAAACAAAAGGTAATAAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTGACATAGC
63 AATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGATAAT-AATGATCTGAAATAGATAATTATTTAAATAGT
* * * ** * * * * * *
13210396 CACAATTATTTGAACTAATTCGGTAACTATATTCACTTTTTAAA--TC--ACTTATTAAATTTT-
127 CATAATTATTTGAATTGATTCAATAAATAGATTTATTTTTTAAATTTCTTGCTTATTAATTTTTG
* * * * * *
13210456 AGAATGTTAATAAATTAGTTTTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTT-TGAACTAAAACGATTGTTT
192 A-AATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCAGATAAGCTT-TTATGAACTTAAACAATTGTTT
** * * * * * *
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* ** ** * * * ** *
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319 GAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCA-TACTTATTAATTTTTTGAATGTTAAT
* * * * * * * *
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* * * * * * *
13210712 GAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG----GA--A-TTG--GT--TTGG
446 CAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAATTTG
* * * *
13210766 TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCTATT
511 CAAACAAATTTAATTTTTAAATCT-C---T
* ** *
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* * ** * ** * * * * * *
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63 AATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGATAATAATGATCTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTC
*** * * * * ** * *
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128 ATAATTATTTGAATTGATTCAATAAATAGATTTATTTTTTAAATTTCTTGCTTATTAATTTTTGA
* * * *
13210989 AATATTAATAAAGTAATGTTATTTTATTTCGGATAAGCTTTTATGAA-TTGAAACAACTGTTTTA
193 AATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCAGATAAGCTTTTATGAACTT-AAACAATTGTTTTA
* * * *** * * * *
13211053 TGATAAAACACAATGTCATATTTATTTTAAATAGAT-ATTGTTCAAACAATTATAATTATTTGAA
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* * * * * * * * *
13211117 CTTGTTTGGTAAACAAATTT-TTTTTAAAAAATTTCTTA-TGTATTAATTTTCTAAATTTTAATA
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** * * *
13211180 AATTAGTATTATTTTATTTTGACTAAGCATGTATGAACTGAAAA-AATTATTTTATGACTAAACA
384 AATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACT-AAAACAATTGTTTTATGACTAAACA
* * * ** * * * **
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*
13211309 AAACACATTT-ATATTTTAAATCTCT
512 AAACAAATTTAAT-TTTTAAATCTCT
* * * * *
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Statistics
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TAATTTTTAAATCTCT
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** * * * **
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* * * * ** *
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* * * *
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* * * * *
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** * * *
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* * * *** *
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* * * *
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* * * ***
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* * * * * ** * *
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* * * * * * *
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* * ** * *
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* * * *
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* * ** * * * * * * **
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* * * *
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* * * * * * *
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* * * *
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* * * ** * * *
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* * * * * * * * *
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* * *
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* * * * * * * * ** * *
13209476 TAGATAATTATTTAAGTTGTCATGATTATTTGATCTAGTTTAGTAAACATATTTATTTTTAAAAT
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* * * ** * *
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* * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * **
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* * * * * * * * * *
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* * * * *
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** * * ** *
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* * * * * * *
13211084 TAGAT-ATTGTTCAAACAATTATAATTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTT-TTTTTAAAAA
1 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTT--TAA
* * ** * *
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* * * *
13211210 GTATGAACT-GAAAAAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA
127 GTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAA
* * ** * * * * * * * *
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1 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAAT
* * * * * ** *
13211330 CTCTTA-TTAGT--TTTTAG-AATATTATTAATTTAGCATTATTTTA-CCCGTAATGAA-CTTGT
66 CTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAAT-AAGCTTGT
* * * * *
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* * * * * **
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* * * * *
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* * * * *
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* ** *
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* * * * *
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* * ** * *
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* * * * *
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* * ** *** * *
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* * * * *
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*
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* * * ** *
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* * * *
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** * * * * * ** *
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* * * * *
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* * * * *
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* *
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* * ** * *
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * ***
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* *
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * ** * * * *
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* * * * *
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* * *
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* * * * * * * *
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* ** * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * **
13210152 AAATAATTGTTTTATGATAGAAC-AAATG-CTATAACAATTTGAAGTTTATAATTGTTTAAATAG
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* * * * * *
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* * * *
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** * * * * * * *
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* * * * * ** * * * * *
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* * * * * * *
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** * * * * *
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* * * * * * * * * *
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* * *
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* * * * * * ** * * * *
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* ** * *
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* ** **
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** * * * * *
13210861 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAATTTTATAACAATTTGAAATAGATGATTGTTTAAGTGGCCAT
193 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCAT
* * * * * * * * * * *
13210926 AATTATTTGAACCAATTTAATAAA-TTGACTTATTTTTTAAATCTCTAACATATCAATTTTTGAA
258 AACTATTTAAACTAGTTTAGTAAACAT-ATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG-A
* * * ** *
13210990 ATATTAATAAAGTAATGTTATTTTATTTC-GGATAAGCTT-TT
320 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCAAAATAAGCTTAGT
* * * * * * ** * *
13211031 ATGAATTGAAACAACTGTTTTATGATAAAACACAATGTCATATTTATTTTAAATAGAT-ATTGTT
1 ATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTATT
* * * * ** * * * *
13211095 CAAACAATTATAATTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTT-TTTTTAAAAAATTTC-TTATGT
66 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATATATTTATTTTT--TAAATCTCTTTAT-T
* * * * *
13211158 ATTAATTTTCT-AAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGACTAAGCATGTATGAACTGAA
128 ATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAACTTGTATGAACT-AA
* * * * * * * *
13211222 AA-AATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAGTTATTCT-GATAAT
191 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT-TAAATAGT
* * * * * * * *
13211285 CTTAGCTATTTGAACTGGTTTGGCAAACACATTTATATTTTAAATC---T-CTTATTAGTTTTTA
255 CATAACTATTTAAACTAGTTTAGTAAACATATTTAT-TTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-
* * * ** **
13211346 GAATATTATTAATTTAGCATTATTTTACCCGTAATGAA-CTT-GT
318 GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAAAAT-AAGCTTAGT
* * * * *
13211389 AT-AAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAGATAATAACGATTTGAA
1 ATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAA
13211440 CTGGTTTGAT
Statistics
Matches: 2284, Mismatches: 527, Indels: 231
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
347 26 0.01
348 15 0.01
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* * *
13209797 TTTTATGATAAAACAAAAAGTAATAATGATTTGAAACATATAATTGTTCAAATAGTCAAAATTAT
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** *
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*
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* * * * * **
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* * * * * * * *
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* *
13210108 ATTAGATT-AGTGTTATTTTATTC
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13210131 TTAATAAACT
Statistics
Matches: 124, Mismatches: 24, Indels: 6
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (183 bp):
TTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAACGATTTGAAACAGATAATTGTTCAAATAGTCAAAATTAT
TTAAACTGGTTAGACAAACATAATTACTTTTTAAATCTCTTACTTACTAAATTTTGAAATATTAA
TAAATTCATGTTATTTTATTCCACATAAGCTAGTATGAATTCAAACAAACCTA
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Indices: 13208166--13214301 Score: 2838
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13208156 GAATAGAAAC
** * * *
13208166 AATTGTTTTATGACAAAACAAAATTTCATTACAATTTGAAATAGATAA-TAGTTCAAATGGAT-A
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* * ** * *
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* * *
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120 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAATA-AAACAATTGTTTT-A
* * * * * *
13208357 TAACCAAA-TAAAAGACCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAA
183 TGACAAAACAAAAAG-TCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAA
* * *
13208421 ACTTGCTTGGTAAACA-AATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTCATTTTTTGAATTTTAATAA
247 AC-TGGTTGGTAAACATAA-TTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATT-AATTTTTGAATATTAATAA
* ** * * ** *
13208485 ATTAGTATTATTTTATTTTGAAA-AAGCTTTTATGAGCAGAAAC-AATTGGTTTATGATAAAACA
308 ATTA-TATTATTTTA--TTCAAATAAGCTAGTATGAACAAAAACAAATTATTTTATGACAAAACA
* * * * * *
13208548 AAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTTTTCAAATAGTCATAACTGTTTGAA-CGTGTTCAA
370 AAATGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTTTTCAAATAGTCATAAATATTTAAATTG-GTTC-A
* * * *
13208612 AAAACATATTTATTTTTTAAAAT-T-TTACTTATTAACTTTTGAAATATTAATAAATTTA-AATT
433 AAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTCTTA-TTATTAAATTTTGGAATATTAATAAA-TTAGTATT
* * *
13208674 ATTTTATTTGAAATAAGCTTGCATGAA-TAGAATCAATTGTTTTATGATAAAACAAATGGTCATA
495 ATTTTATTT-TAATAAGCTTGTATGAACTAAAAT-AATTGTTTTATGATAAAACAAATGGTCATA
*** * * *
13208738 ATGTTTTGAAATAGATAATTATTTAGATAGTCATAACTATTTAAACTTA-TTAAGTAAACATATT
558 ACAATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTAGTTTAGTAAACATATT
* * * * * *
13208802 CTTTTTTTAATTTTCTTACTCATTATTTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATCTTACTT-CA
622 -ATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCCA
13208866 AATAAGCTT-ATATG-AAACTGAAA
685 AATAAGCTTGA-ATGTAAA-T--AA
* * * * *
13208889 CAAGTGTTTTATTACAAATGAAAAGGTCATACTGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT
1 -AATTGTTTTA-TACAAA-CAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT
* * * *
13208954 GACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTTCTTATT-AATCATTAAA
63 AACTATTTGAACTAGTTCGGTAAATATATTTA-TTTTTAAATC----ACTTATTAAAT--TTTAA
* * * * * * *
13209018 ATATTTATAAATTAATTTTATTTTAATCCAAATAAATTTGTATGAATAAAAATAATTGTTTTATG
121 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAAT-AAAACAATTGTTTTATG
* * * * *
13209083 ACAAAACAAAAAGTCATAACAAGTTGAAATAAATAATTGCTT-AAATAGCCATAACGATTTGAAC
185 ACAAAACAAAAAGTCATAACTATTTGAAATAAATAATTG-TTCAAATAGTCATAACTATTTAAAC
* * *
13209147 TCGTTTGGTAAACATATTTATCTTTTAAATATTTTACTTATTAATTGTCTT-AATATTAATAAAT
249 T-GGTTGGTAAACATAATTAT-TTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-T-TTGAATATTAATAAA-
* * *
13209211 TTGTGTTATTTTATTCAAAATAAGCTTAG-ATGAACAAAAACAAAATTCTTTTATGACAAAACAA
309 TTATATTATTTTATTC-AAATAAGC-TAGTATGAACAAAAAC-AAATTATTTTATGACAAAACAA
* * * * * * * * *
13209275 AATATTATAGCTATGTT-AAATAGATAATTATTCAAAAAGTCCTAATTATTTAAATTTGTTCAGT
371 AATGTTATAACGAT-TTGAAATAGATAATTTTTCAAATAGTCATAAATATTTAAATTGGTTCA-A
* * * * * * *
13209339 AAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTTATTAATAATTTTTGGATTGTTAATAAATTAGTATTATT
434 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTC-TTATTATTAAATTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * *
13209404 TTATTTTGAATAAGCTTATATGAACTAAAAGAATTCTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAA
498 TTATTTT-AATAAGCTTGTATGAACTAAAATAATTGTTTTATGATAAAACAAATGGTCATAACAA
* * * * *
13209469 TTTAAAATAGATAATTATTTAAGTTGTCATGATTATTTG-ATCTAGTTTAGTAAACATATTTATT
562 TTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGAAT-TAGTTTAGTAAACATA-TTATT
* * * ** *
13209533 TTTAAAATTTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAA
625 TTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAA
* *
13209598 GCTTGTATGAATAAA-AC
690 GCTTGAATG--TAAATAA
* * * *
13209615 AATTGTTTTATAATAGAACAAAAAGTCATAATAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCGTA
1 AATTGTTTTAT-ACA-AACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
* * * * * * *
13209680 ACTGTTTGAACTAGTTTGATAAAGAGATTTATTTTCTAAATCAGTTATTAATTTTTCAAATATTA
64 ACTATTTGAACTAGTTCGGTAAATATATTTATTTT-TAAATCACTTATTAAATTTT-AAATATTA
* * * * * * * *
13209745 GTAGATTAGTATTACTTTA-TTCTGAATAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTATGATAAA
127 ATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAACTTGTATGAA-TAAAACAATTGTTTTATGACAAA
* * * * *
13209809 ACAAAAAGTAATAA-TGATTTGAAACATATAATTGTTCAAATAGTCAAAATTATTTAAACTGGTT
190 ACAAAAAGTCATAACT-ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGGTT
* * *
13209873 AGGTAAACATAATTACTTTTTAAATCTCTTACTTACTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCATTT
254 -GGTAAACATAATTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATT-ATAT
* *** *
13209938 TATTTTATTCCACATAAGCTAGTATGAATTCAAACAAACCTATTTTATGACAAAACAAAATGTTA
315 TATTTTATT-CAAATAAGCTAGTATGAACAAAAACAAA-TTATTTTATGACAAAACAAAATGTTA
* ** * *
13210003 TAACGATTTGAAATAGATAATTTTTCATATAGTTTTAAATATTTTAATTGGTTCGACAAACAAAT
378 TAACGATTTGAAATAGATAATTTTTCAAATAGTCATAAATATTTAAATTGGTTC-AAAAACAAAT
* * * *
13210068 TTATTTTTTAATTCTCTTAGTTATTAAATTTTGGAATATTATTAGATTAGTGTTATTTTATTCTT
442 TTATTTTTTAAATCTCTTA-TTATTAAATTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TT
* * * * * *
13210133 AATAAACTTGTGTGAACAAAAATAATTGTTTTATGATAGAACAAATGCT-ATAACAATTTGAAGT
505 AATAAGCTTGTATGAACTAAAATAATTGTTTTATGATAAAACAAATGGTCATAACAATTTGAAAT
** * * * *
13210197 TTATAATTGTTTAAATAGTCATAACCATTTGAATTAGTTTAGCAAACAGATTATTTTTTAAATTT
570 AGATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGAATTAGTTTAGTAAACATATTATTTTTTAAATTT
* * * * *
13210262 CTTATTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAAAAAGTTTGAATGT
635 CTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGAATG-
13210327 TCAAATAA
699 T-AAATAA
* * * * * * * *
13210335 AATTCTTATATGACGAAACAAAAGGTAATAA-ATATTTGAAATAGATAATTGTTGACATAGCCAC
1 AATTGTTTTAT-AC-AAACAAAAGGTCATAATA-ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT
* * * * *
13210399 AATTATTTGAACTAATTCGGTAACTATATTCACTTTTTAAATCACTTATTAAATTTTAGAATGTT
63 AACTATTTGAACTAGTTCGGTAAATATATTTA-TTTTTAAATCACTTATTAAATTTTA-AATATT
* * * *
13210464 AATAAATTAGTTTTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTTTGAACTAAAACGATTGTTTTATGACAAA
126 AATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAA-TAAAACAATTGTTTTATGACAAA
** * * * * * * **
13210529 GTAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTTGTTCATATAGTCTTAATTGTTTAAACTACTT
190 ACAAAAAGTCATAACTATTTGAAATAAATAA-TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGGTT
* * * * * *
13210594 CG-ACAA-ATAGATTTATTTTTTAAATATATTAGTTATTAATTTTTAGAATACTATTAAATTAGT
254 GGTA-AACATA-A-TTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTA-T
* * ** * * * ** * *
13210657 ATTATTTTATTTCGAATAAGTCTA-TACGAACTGAAAC-AATTATTTTGTAATAGTAGAAAAGGT
313 ATTATTTTA-TTCAAATAAG-CTAGTATGAACAAAAACAAATTATTTTATGACAAAACAAAATGT
* * * * * *
13210720 TATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG----GAAT-TGGT---TTGG-T---AAATAG
376 TATAACGATTTGAAATAGATAATTTTTCAAATAGTCATAAATAT-TTAAATTGGTTCAAAAACAA
* * ** *
13210773 ATTTATTTTTTAAATCTCCTATTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
440 ATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTATTAAATTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * * * *
13210838 CAA-ATAGGTGTGTATG-A-TAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAT-TTTATAACAATTT
504 TAATA-AGCT-TGTATGAACT-AAAATAATTGTTTTATGATAAAAC-AAATGGTCATAACAATTT
* * * * * * ** * * *
13210899 GAAATAGATGATTGTTTAAGTGGCCATAATTATTTGAACCAATTTAATAAA-TTGACTTATTTTT
565 GAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGAATTAGTTTAGTAAACAT-A-TTATTTTT
* * * * * * * * **
13210963 TAAATCTCTAACATATCAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAATGTTATTTTATTTCGGATAAGCT
628 TAAATTTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCT
** *
13211028 TTTATG-AATTGAAA
693 TGAATGTAAAT--AA
* * * * * * * * * * *
13211042 CAACTGTTTTATGATAAAACACAATGTCATATTTATTTTAAATAGAT-ATTGTTCAAACAATTAT
1 -AATTGTTTTAT-A-CAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT
* * * * * **
13211106 AATTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTT-TTTTTAAAAAATTTCTTATGTATTAATTTTCTA
63 AACTATTTGAACTAGTTCGGTAAATATATTTATTTTT---AAATCACTTAT-TA--AA-TTT-TA
* ** * * * *
13211170 AATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGACTAAGCATGTATGAACTGAAAA-AATTATTTTA
120 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAA-T-AAAACAATTGTTTTA
* * * * * * ** * * * *
13211234 TGACTAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAGTTATTCTGATAATCTTAGCTATTTGAA
183 TGACAAAACAAAAAGTCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAA
* * * * * *
13211299 CTGGTTTGGCAAACACATTTATATTTTAAATC---T-CTTATTAGTTTTTAGAATATTATTAATT
248 CTGG-TTGGTAAACATAATTAT-TTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAAT
* ** * * * * *
13211360 TAGCATTATTTTACCCGTAATGAA-CTTGTATAAATAGAAAC-AATTATTTTATGACAAAAC-AA
310 TA-TATTATTTTATTC-AAAT-AAGCTAGTATGAACAAAAACAAATTATTTTATGACAAAACAAA
* * *
13211422 A-GATAATAACGA-TT----T-G--AA-----C---T-G----------GT---TT-G---ATAA
372 ATG-TTATAACGATTTGAAATAGATAATTTTTCAAATAGTCATAAATATTTAAATTGGTTCAAAA
* * * **
13211452 ACAGATTTAGTTTTTAAA--TCTT-TTATTAATTTTTAAAATATTAA-AATATTAGTATTATTTT
436 ACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTATTAAATTTTGGAATATTAATAA-ATTAGTATTATTTT
** * * ** *
13211513 ATTTCGGATAA-TTTCGTATGAA-TAAAAATAATTGTTTTACGGCAAAACAAAAT-GTCATTACA
500 ATTT-TAATAAGCTT-GTATGAACT-AAAATAATTGTTTTATGATAAAAC-AAATGGTCATAACA
** * * * * * * * * * *
13211575 ATTTGAAATAGACGA-CAGTTCAAATGGACATGATTATTTGCACTT-GTTCAGTAAATAGATTTA
561 ATTTGAAATAGATAATTA-TTTAAATAGTCATAACTATTTG-AATTAGTTTAGTAAACATA-TTA
* *
13211638 TTTTTTAAATCTTC-AACTTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTGTTCCAA
623 TTTTTTAAAT-TTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAA
** * *
13211701 ATAAAATTGTATGAGTAGAA-AC
686 ATAAGCTTGAAT--GTA-AATAA
* * * *
13211723 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATA
1 AATTGTTTTAT-AC-AAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
* * * * * *
13211788 ACTATTTAAACT-CTCTTGGTAAATAGACTTATTTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAA
64 ACTATTTGAACTAGT-TCGGTAAATATA-TT-TATTTTTAAATC----ACTTATTAAATTTT-AA
* * * * * *
13211852 ATTTTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTGAACAAACTTTTATGAACAAAAACAATTGATTTAT
121 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAACTTGTATGAA-TAAAACAATTGTTTTAT
* * * *
13211916 GACAAAACAAAAAATCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTCTTCAAAGAGTCATAACTATTTGAA
184 GACAAAACAAAAAGTCATAACT-ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-AA
* * * * *
13211980 TA-TGTTTAGAAAACATATTTATTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTTAATATTAATAAAT
247 -ACTGGTTGGTAAACATAATTATTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAATATTAATAAA-
* * * * *
13212043 TTATATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGCATGAAC-ATAACCAATTATTTTATGACAAAACAAAA
309 TTATATTATTTTA-TTCAAATAAGCTAGTATGAACAAAAACAAATTATTTTATGACAAAACAAAA
* * * * * *
13212107 TGTAATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACA-TGCTCGTC--
373 TGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTTTTCAAATAGTCATAAATATTT-AA-ATTGGT--TCAA
* * * ** *
13212169 AAACAAATTCATTTTTTAATTCTCTTACTCATTAGTTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATT
434 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTATTAAATTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * * * * * * * * **
13212234 TTATTTCGAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTATTTTATTACAAAACAAAAGCTTACAATGA
498 TTATTT-TAATAAGCTTGTATGAACTAAAATAATTGTTTTATGATAAAACAAATGGTCATAACAA
* * **
13212299 TTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATCACTATTTGAACTT-GTTCAAAAAAACATATTTAT
562 TTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTAGTT-TAGTAAACATA-TTA-
* * ** * * ***
13212363 TTTTTTAAATCTT-TTACTTTTTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATAGTATTTTATTTTGAA
623 TTTTTTAAAT-TTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAA
* * * *
13212427 TAAGCTTGTACGAACAAAAA
687 TAAGCTTGAATGTA-AATAA
* * * * * *
13212447 CAATTGCTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAA-AAATAATTGTTCAAATATTCAT
1 -AATTGTTTTAT-AC-AAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT
** * * * * * *
13212511 AAAGATTTAAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAAACTTTTACTTATT-AATTATCCT-
63 AACTATTTGAACTAGTTCGGTAAATATATTTA-TTTTT-AAA---TCACTTATTAAATT-T--TA
* ** ** ** **
13212574 AATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTAAAAATAAGTTTGTATGAGCAGAAA-AATCATTTTAT
120 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAATA-AAACAATTGTTTTAT
** ** * * * * * * * *
13212638 -AGCAAAACAAAGGGTTGTAACAATTTCAAATAGATAATTGTTGACATAGTTATAATTGTTTAAA
184 GA-CAAAACAAAAAGTCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAA
** * * * **
13212702 CTTATTCGATAAACA-AATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGGAATATTAATACC
248 CTGGTT-GGTAAACATAATT-A-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAA
* * *** ** * * *
13212766 TTAATATTATTTTATTTCGAATAAGGTTA-TATGAA-TTGAAGTAATTTTTTTATAACAGAACAA
309 TT-ATATTATTTTA-TTCAAATAA-GCTAGTATGAACAAAAACAAATTATTTTATGACAAAACAA
* * * * * * **
13212829 AAAGTCATAAGGATTTGAAATAGAT-ATTTATTCAAATAGTCATGACTATTT-GATCTAATTCGA
371 AATGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTT-TTCAAATAGTCATAAATATTTAAAT-TGGTTC-A
* * * * ***
13212892 TAAAC--ATATATTTTTT-AATTTTTTAGTTATT-AATTATCAAAATATTAATAAATTAGTATTA
433 AAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTATTAAATT-TTGGAATATTAATAAATTAGTATTA
*** * **
13212953 TTTTAATCCGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACT-ATTGTTTTA-G-CAAAACAAAAAGTCATA
496 TTTT-ATTTTAATAAGCTTGTATGAACTA-AAA-TAATTGTTTTATGATAAAACAAATGGTCATA
* * ** * * * * * *
13213014 ACAATTTGAAAGAAATAATTGCTCAAATAGTCAT-ACATATTTAAACTGGTTT-GATAAATAAAT
558 ACAATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATAAC-TATTTGAATTAGTTTAG-TAAACATA-
* ** * * *
13213077 TTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTAAAATATTAATCGATTACT-TT-TTTTTTTTC-
620 TTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCA
*
13213135 -A-AAG-TT-ATATG-AACAAAA
685 AATAAGCTTGA-ATGTAA-ATAA
* * * ** * *
13213153 ACATTTATTTTATGATAAAACAAACGGTCATAACGATTTGAAATAGATAACTATTCAAATATTCA
1 A-A-TTGTTTTAT-A-CAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA
* * * * * * *
13213218 TAATTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAAAATTATTTTTTAAATC-CTTTACATATTAATTTCTGA
62 TAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAATATATTTA-TTTTTAAATCAC-TT--AT-TAAATTT-T-A
* * * * * *
13213282 AACATTAATAAATTCA-TTTTATTTTA-TTCTGAATAAA-TTAATATGAATTGAAA-TATTGTTT
120 AATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTC-AAATAAACTT-GTATGAA-TAAAACAATTGTTT
* * * * *
13213343 TATGACAAAACGAAAA--C----C-ATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTG
181 TATGACAAAACAAAAAGTCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTA
* ** * * * *** *
13213401 AATTAATTTTGTAAACA-AATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTGTCAAAATATTATTA
246 AACT-GGTTGGTAAACATAA-TTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-TTTGAATATTAATA
* ** * * * * * * *
13213465 TATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGTTTGTATGAACAAAAA-TAATTGTTTTATGATAGAATA
307 AATTA-TATTATTTTA-TTCAAATAAGCTAGTATGAACAAAAACAAATTATTTTATGACAAAACA
* * * * *
13213529 AAAGGTTATAACGATTTGAAGA-ATACAATTGTTT-AAATAGTCATAACTATTTAAACTGGTTCA
370 AAATGTTATAACGATTTGAA-ATAGATAATT-TTTCAAATAGTCATAAATATTTAAATTGGTTCA
* * * ** * ** *
13213592 ATAAATAGATTTATGTTTTAAATCTCACACTTATT-AATTTTTGAACGTT-A-AAATTAGTGTTA
433 A-AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTATTAAATTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * * * *
13213654 TTTTATTTCGAATAAACATGTATGATA-AAAAATAATTGTTATATGA-CAAACAAA-GCATAATA
496 TTTTATTT-TAATAAGCTTGTATGA-ACTAAAATAATTGTTTTATGATAAAACAAATG-GTCATA
* * * * * * * * **
13213716 ACGATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATGGCCATAATTATTT-AAATAGATTTGGTAAACGGATT
558 ACAATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGAATTAG-TTTAGTAAACATATT
* * * * *
13213780 CACTTTTTAAA--TC--ACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AATTAAGTTTTTTTTTCTTTCA
622 -ATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTCCA
* *
13213840 AATAAGCTTGTATGAACTAAA-AC
685 AATAAGCTTGAATG---TAAATAA
* * * * * * * *
13213863 AATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCATATAGTCTTA
1 AATTGTTTTAT-AC-AAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
* * * * * * * *
13213928 ACTATTTAAACTACTTTGGCAAATAGATTTATATTTTAAATCTCTTAGTTGTTAATTTTTGGAAT
64 ACTATTTGAACTAGTTCGGTAAATATATTTAT-TTTTAAATCACTTA----TTAAATTTT-AAAT
* * ** * * * * * *
13213993 ATTATTAAATTAGTACTATTTTATTTTGAATAAACTTATATGATCTAAAATAATTATTTTATAAT
123 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGA-ATAAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * * * *
13214058 AGAATAAAAGGTTATAA-TGATTTGAAA-AAGATAATTTTTCAAATAG---GAACTA-GT---C-
187 AAAACAAAAAGTCATAACT-ATTTGAAATAA-ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACT
* * * *
13214113 ---TGATAAACAT-ATTCATTTTTTAAATCTTTTACATATTAATTTTTAAAATACTAATAAATTA
250 GGTTGGTAAACATAATT-A-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTA
* * ** ** *
13214174 GTATTATTTTATTTCGAATAGGCTTA-TATG-ATGAAAAGTAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-
312 -TATTATTTTA-TTCAAATAAGC-TAGTATGAACAAAAACAAATTATTTTATGACAAAACAAAAT
* * * * *
13214236 GTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA-AGGCCATAATTATTTGAATTGATTCAATAA
374 GTT-ATAACGATTTGAAATAGATAATTTTTCAAATA-GTCATAAATATTTAAATTGGTTCAA-AA
13214300 AC
436 AC
13214302 TAGCTTATCT
Statistics
Matches: 4182, Mismatches: 905, Indels: 670
0.73 0.16 0.12
Matches are distributed among these distances:
678 3 0.00
679 45 0.01
680 185 0.04
681 165 0.04
682 13 0.00
683 75 0.02
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685 8 0.00
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690 2 0.00
692 2 0.00
693 1 0.00
697 1 0.00
698 2 0.00
700 10 0.00
701 216 0.05
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703 35 0.01
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715 6 0.00
716 22 0.01
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723 202 0.05
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725 209 0.05
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728 9 0.00
730 3 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (705 bp):
AATTGTTTTATACAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAC
TATTTGAACTAGTTCGGTAAATATATTTATTTTTAAATCACTTATTAAATTTTAAATATTAATAA
ATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAATAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
AGTCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGGTTGGTAAAC
ATAATTATTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTATATTATTTTATTCA
AATAAGCTAGTATGAACAAAAACAAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTTATAACGATTTGAAA
TAGATAATTTTTCAAATAGTCATAAATATTTAAATTGGTTCAAAAACAAATTTATTTTTTAAATC
TCTTATTATTAAATTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAATAAGCTTGTATGAA
CTAAAATAATTGTTTTATGATAAAACAAATGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTTAAAT
AGTCATAACTATTTGAATTAGTTTAGTAAACATATTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTT
TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGAATGTAAATAA
Found at i:13211762 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 13211427--13214301 Score: 1971
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13211417 AACAAAGATA
* * * *
13211427 ATAACGATTTGAACTGGTT-TGATAAACAGATTTAGTTTTTAAATC--TT--TTATTAATTTTTA
1 ATAACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTA
* * * * *
13211487 AAATATTAA-AATATTAGTATTATTTTATTTCGGATAA-TTTCGTATGAATAAAAATAATTGTTT
65 GAATATTAATAA-ATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTT-GTATGAACAAAAACAATTGTTT
* * * ** ** ** * *
13211550 TACGGCAAAACAAAATG-TCATTACAATTTGAAATAGACGACAGTTCAAATGGAC
128 TATGACAAAACAAAA-GATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * * **
13211604 ATGATTATTTGCACTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTCAACTTATTAATTTTTAG
1 ATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAG
* * * ** ** *
13211669 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTGTTCCAAATAAAATTGTATGAGTAGAAACAATTGTTTTAT
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* * * *
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* * * *
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* * * * * * * ** *
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* * * ** *
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* * *
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* * * * * ** *
13217778 TCATAAAACAATTATTTCAATTCATAAAAACTTATTTGAAATAAAATAATACTAGTTTATTAATA
1 TCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * * * ** * *
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* * * * * * * * *
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* ** *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * * *
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** * * ** *
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* * *
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* * * * *
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1 TCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * *
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66 TTTCAAAAATTAATAAGTAAGA-ATTTAAAAAATAAATCTA-TTTACCGAAT-AAGTTCAAATAG
* * * * * * * *
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128 TTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
** * *
13218496 TCATAAAACAATTGTTTTTCAG--CATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTAATTAA
1 TCATAAAACAATTG-TTTT-AGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* ** ** *
13218559 TATTTCAAGAATTAATAAG--AG-ATTTAAAAAATAAATCGCTTTATTGAACT-AGTTTAAATAG
64 TATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAA-TAAGTTCAAATAG
* * * * * *
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128 TTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * * *
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1 TCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
** * * * * *
13218737 ATTTTGAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT-GC-TATACCAGTTCAAAAA
65 ATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA-ATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAATA--AGTTCAAATA
* * * * * * ** * *
13218800 GGTAAGACTATATGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATAAAGTTTTATTTTA
127 GTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * * ** * * * * * *
13218854 TCACAAAAAAACTATTTCAACTCACACAAACTTATTCAGAATAGAATAAAACTAATGTATTAATA
1 TCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * *** * * * ** *
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* * * * * * *
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* * * * **
13219035 TCATAAAACAATTGTTTTTGTTAATATAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
1 TCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * ** * *
13219100 TTT-AGAAAATTAATCAA-TAAGAAATTTAAAAAGTAAATCTACTTACCAAACCATTTTAAATAG
66 TTTCA-AAAATTAAT-AAGTAAG-AATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAATAAGTTCAAATAG
* * * * * * *
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128 TTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
* * ** * ** * * *
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1 TCATAAAACAAT-TGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATT-AA
* *** * * * * * ** * *
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* * * * ** * ** **
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13219409 G
180 G
* * ** * * *
13219410 TCGTAAAACAATTGCTTT-GTTTGTACAAGCTTATTC-AGATTAAATAATACTAATTTAATAATA
1 TCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * * *
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* * * * * *
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* * * * *
13219588 TTATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTAAAAAAAAAATAATACTAATTTATTAAGA
1 TCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * * ** *
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* * * ** **
13219717 ATTATTATTTGGAA-AATGT-T-TATTTCAAATCATTACAACCTTTTAATTTG
130 ATGACTATTT-GAATAAT-TATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * * ** * *
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1 TCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* ** * * * * *
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* * * * *
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* * * *
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1 TCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * ** ** * *
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* * * * * **
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* * * ** *
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* * * * **
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* * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * * *
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1 TCATAAAACAATTGTTTT-AGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* ** * * * * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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1 TCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * * * * * *
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* * * * * *
13220799 TATGGCCATTTCAATAATTATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTTGTTTGG
129 TATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
* * * ** *
13220851 TTATATAACAATTTTTTTCTTATCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
1 TCATAAAACAATTGTTTTAGT-TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * ** *
13220916 CTTTCAAAAATTAATAAG--AG-ATCTAAAAAATAAATATATTTACTAGACCAA-TTTAAATAGT
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* * * * * * * *
13220977 TATAACTATTTGAACAATTGTATACTTT-AAATCGTTATAAGCTTTTGTTCTA
129 TATGACTATTTGAATAATTATCTA-TTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * * * * * *
13221029 TCATAAAATAATTATTTCTA-TTCATATAATCATATTCAAAACAAAATAATGCTAATCTAATAAT
1 TCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * * * *
13221093 A-TTCATAAAATTAATAACTAAGAGATTTCAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACCAA-TAT-AAAT
65 ATTTCA-AAAATTAATAAGTAAGA-ATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAA-TAAGT-TCAAAT
* * * * *
13221155 AGTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTA
126 AGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * * * * * *
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1 TCATAAAA-CAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCA-AAATAAAATAATACT-AATTTATTA
* * * *
13221272 ATATTTCAAAAACTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAATTATATTTA
63 ATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA-ATTTAAAAAATAAATCTATTTA
13221320 TCCATTTCAA
Statistics
Matches: 2873, Mismatches: 713, Indels: 271
0.74 0.18 0.07
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174 5 0.00
175 17 0.01
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*** * * * *
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13217483 TATTCCAAAAATTAGTAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATATGTTTATCGAACCAGTCCAAATAG
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* * * * * *
13217548 TTAAGACTATTAGAATAACTATCTATTTCAAATCGCTT-TGACC-----CTTTGTCATAAAACAA
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* * * * * *
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*
13217672 AAT--GTATAGGAGATTTAATAAAATAAATTTGTTTACTAAA-CAAGTTCAAATAGATT-TGACT
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* * * *
13217733 ATTTGAACAATTATCTATTT-AAAGTCATTATGACATTTTGTTTTG
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* * * * *
13217778 TCATAAAACAA-T-TATTTCAATTCATAAAAACTTATTTGAAATAAAATAATACTAGTTTATTAA
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** * * * * * *
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64 TATTAAAAAAATTAATAAGCAAGA-ATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAACA-AGTTCAAATA
* * * * * * * *
13217904 GTTATAAATATTTGAACAAATATCAATCTGAAATCGTTATGATC-TTTGTTTTCTCATAAAACAA
127 GTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTAAATCATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAA
* * ** *
13217968 TTGTTTCTA-ATCATACAAGCTTATTCGGATAAAAATAATACTAATTTAATAATA-TTCTAAAAA
191 TTGTTT-TAGTTCATAAAAGCTTATTCAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAA
* * * *
13218031 TTAAT-A--CA-AGATTTAAAAAATAAATGT-GTTTGCCAAATCAGTTCAAATAGTTAAGACTAT
253 TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTT-ACAAATCAATTCAAATAGTTATGACTAT
* * * *
13218091 TAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTTTGTTTAG
316 TTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTG
* * * * *
13218134 TCACATAAGAATTGTATCATTTCAT-AT--AAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTA
1 TCATAAAACAATTGT-T--TTTCATCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTA
* * * *
13218196 ACATTAAAAAAATTAATAAGCATGAATTTGAAAAAATAAATCTATTTATTGAATAAGCTCAAATA
63 ATATTAAAAAAATTAATAAGCAAGAATTT-AAAAAATAAATCTATTTATTGAACAAGTTCAAATA
* * *
13218261 GTTATGACTATTTCAATAATTATCTATTTAAACTCATTATGACCATTTGTTTTGTCATTAAACAA
127 GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAA-TCATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAA
* * *
13218326 TTGTTTTAGTTCATAAAATCTTATCCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATT
191 TTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT
* * * * * * *
13218391 AATAAGTAAGAGATTTGAAAAATAAATTAGTTTGCGGAATCAATTCAAATAATTATGGCCATTCG
255 AATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTAGTTTAC-AAATCAATTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * * *
13218456 AAGAAATATCTATTTCAAATCATTATTACCTATTGTTTTG
319 AATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTG
* * * *
13218496 TCATAAAACAATTGTTTTTCAGCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTAATTAATA
1 TCATAAAACAATTGTTTTTCATCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
** * ** * *
13218561 TTTCAAGAATTAATAAG--AG-ATTTAAAAAATAAATCGCTTTATTGAACTAGTTTAAATAGTTA
66 TTAAAAAAATTAATAAGCAAGAATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTA
* * ** * * **
13218623 CGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCATTTGTTCTAACATAAAACAATTGT
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* * * * **
13218688 TTCTA-TTCATATAAGCTTATTCAGAATAAAATTATACTAACTTAGTAATATTTTGAAAATTAAT
195 TT-TAGTTCATAAAAGCTTATTCA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
* * * * * * * * *
13218752 AACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT-GTTTGCTATACCAGTTCAAAAAGGTAAGACTATATGAA
258 AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTAC-AAATCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAA
* * ** * *
13218816 TAATTATTTATTTCAAATTGTTATAAAGTTTTATTTTA
321 TAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTG
* ** * * * * * * * *
13218854 TCACAAAA-AA-ACTATTTCAACTCACACAAACTTATTCAGAATAGAATAAAACTAATGTATTAA
1 TCATAAAACAATTGTTTTTC-A-TCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * *** * * *** *
13218917 TATTTCAAAAAATT-ATTAGTAAAAGATTTAGCTAACAATTCTATTTACCAAACCAGTTCAAATA
64 TA-TTAAAAAAATTAATAAGCAAGA-ATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAACAAGTTCAAATA
* * * * *
13218981 ATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTCCAAATCATTATTA-CATTTTGCTTTGTCATAAAACA
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* * * * *
13219045 ATTGTTTTTGTTAATATAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AGAAAA
190 ATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAA
* * * * * * *
13219109 TTAATCAA-TAAGAAATTTAAAAAGTAAATCTA-CTTACCAAACCATTTTAAATAGTTTTGACTA
253 TTAAT-AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTA-CAAATCAATTCAAATAGTTATGACTA
* * * * *
13219172 TTTAAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATAACATTTTATTTTG
315 TTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTG
* * * ** ** * ** ** * * *
13219216 TCATCAAACAATCGGTCCTGTTCATACTATTTTATTCGAAATAAAATAGTACTATTTTATTCAAA
1 TCATAAAACAATTGTTTTTCATCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATT-AAT
* * * * * * ** ****
13219281 ATAAAATAATACTATTTTAATAATATTCCACAACAAAATTAAAAAAAAAAACTAACTGCCAAACT
65 ATTAAA-AA-A--A--TTAAT-A-A----GCAA-GAATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAAC-
* * * * *
13219346 AA-TTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATAATCTATTTTTAATCATTATGA-TATTT-TCCTT
116 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTTAAATCATTATGACCATTTGT--TT
* * ** * * * *
13219408 TGTCGTAAAACAATTGCTTT-GTTTGTACAAGCTTATTCAGATTAAATAATACTAATTTAATAAT
178 TGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * *
13219472 ATTTCAATAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTA-TTTACCAAATCAATTCATATGG
243 ATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA-TTAGTTTA-CAAATCAATTCAAATAG
* * * * *
13219536 TTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATTGCTT-TAACCTTCT-TTTAG
306 TTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCG-TTATAACCTTTTGTTTTG
* * *
13219588 TTATAAAACAATTG--TTTCAGTTCATACAAGCTTATTAAAAAAAAAATAATACTAATTTATTAA
1 TCATAAAACAATTGTTTTTCA--TCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * * *
13219651 GATGT--AGAAATTAATAAGAAAGTGATTTAAAAAATAAATTTATTTATGGAACAAGTTCAAATA
64 TAT-TAAAAAAATTAATAAGCAAG-AATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAACAAGTTCAAATA
* * ** * **
13219714 GTTATTATTATTTGGAA-AATGT-T-TATTTCAAATCATTACAACCTTTTAATTTGTCATAAAAC
127 GTTATGACTATTT-GAACAAT-TATCTATTT-AAATCATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAAC
* * * * * * ** * * * **
13219776 AATTGTTTCAATTAATACAAGATTAGATGGAACAAAATAATATTAATTTATTAATGTTTCCTAAA
189 AATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA
* * * * * * * *
13219841 TTAGTAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATTAGTTTATCGAATCAGTTAAAATAATTATGGCCATT
253 TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTAGTTTA-CAAATCAATTCAAATAGTTATGACTATT
* * * *
13219906 TGAATGATTATATATTTTAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
317 TGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTG
* * * *
13219948 TCATAAAATAATTCTTTTTGATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
1 TCATAAAACAATTGTTTTTCATCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
** * * * * * * *
13220013 TTTCAAAAATTAATAAGTAATAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATTGAACCAGTTTAAATAGCT
66 TTAAAAAAATTAATAAGCAAGA-ATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAACAAGTTCAAATAGTT
* * * * * * *
13220078 ATAACTCTTTGAACAATTATCAATCTCAAATCGTTA-AATTC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATC
130 ATGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTAAATCATTATGA-CCATTTGTTTTGTCATAAAACAAT-
* * * ** *
13220141 ATTTTTTA--TCATAGAAGTTTATTCACTTAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATT
192 -TGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATTCAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT
* * * * * * *
13220204 AATAAGTAAGATATTTAAAAATTAAATGT-GTTTGCAAAACTAGTTCAAATAGTT-TAAACTACT
255 AATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTACAAATC-AATTCAAATAGTTAT-GACTATT
* * * * *
13220267 AGAATAATTATCTATTTGAAATCGTTATGACCTTTTATTTAG
317 TGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTG
* * * * * * * *
13220309 TCATAAAATATTTGTTTCAT-ATCTTTCAAGCTTATTTAAAATAAAATAATCCAAATTTATTAAC
1 TCATAAAACAATTGTTT-TTCATCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * ** *
13220373 ATTCAAAAAATTAGTAAGCAAG-ATTTGAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAGATAGT
65 ATTAAAAAAATTAATAAGCAAGAATTT-AAAAAATAAATCTATTTATTGAACAAGTTCAAATAGT
* * * * ** *
13220437 TATGACTATTTGAACAATTATTTATTTAAGTTCGTTATGACCTTTTGTTTTAACATAAAATAATT
129 TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAA-ATCATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATT
* * * **
13220502 -TTTTAAGTTCATAAAAGCTTATCCAAATAAAATAATACTAATTTCTTAATGTTTTGAAAATTAA
193 GTTTT-AGTTCATAAAAGCTTATTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA
* *
13220566 TAAGCAAGAG-TTTAAAAAAATAAATTTGTTTACCAAA-CAAATTCAAATAGTTATGACTATTTG
257 TAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATTAGTTTA-CAAATC-AATTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * * *
13220629 AACAATTATCTATTTAAAATTGTTATGACTTTTTTGTTTTG
319 AATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAAC-CTTTTGTTTTG
* * * * *
13220670 TCATAAAACAA-T-TATTTCAGTGCATACAAGTTTATTCAAAATGAAATAATAATAATTTATTAA
1 TCATAAAACAATTGTTTTTCA-T-CATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * * * * * *
13220733 TAATACAAAAATTAATAAGTAAGTTATTTAAAAAGTTAATTTGTTTACTGAATCAA-TTCAAATA
64 TATTAAAAAAATTAATAAGCAAG-AATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAA-CAAGTTCAAATA
* * * * * * * * * *
13220797 ATTATGGCCATTTCAATAATTATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTTGTTTGGTTATATAACAA
127 GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAATCATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAA
* ** * *
13220862 TTTTTTTCTTATCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAAA-
191 TTGTTTTAGT-TCATAAAAGCTTATTCA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAT
* * * * *
13220926 T--TAA-TAAGAGATCTAAAAAATAAATATA-TTTACTAGACCAATTTAAATAGTTATAACTATT
254 TAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTAC-AAATCAATTCAAATAGTTATGACTATT
* * * * * *
13220987 TGAACAATTGTATACTTT-AAATCGTTATAAGCTTTTGTTCTA
317 TGAATAATTATCTA-TTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTG
* * * * * * * * * * *
13221029 TCATAAAATAATTATTTCT-ATTCATATAATCATATTCAAAACAAAATAATGCTAATCTAATAAT
1 TCATAAAACAATTGTTTTTCA-TCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * * ****
13221093 ATTCATAAAATTAATAA-CTAAGAGATTTCAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACCAA-TAT-AAAT
65 ATTAAAAAAATTAATAAGC-AAGA-ATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAA-CAAGT-TCAAAT
* * * * *
13221155 AGTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAATA
126 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAATCATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAA-C
* * * *** * * *
13221220 AAAT-TTTCAATTCATCCTAGCCTATTACGAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTCAAAA
189 AATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATT-CAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAA
* *
13221283 ACTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAA
252 ATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
13221311 TTATATTTAT
Statistics
Matches: 2748, Mismatches: 628, Indels: 310
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
354 3 0.00
355 6 0.00
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376 5 0.00
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (358 bp):
TCATAAAACAATTGTTTTTCATCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
TTAAAAAAATTAATAAGCAAGAATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTA
TGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAATCATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
TTAGTTCATAAAAGCTTATTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
TAAGAGATTTAAAAAATAAATTAGTTTACAAATCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATT
ATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTG
Found at i:13219274 original size:25 final size:25
Alignment explanation
Indices: 13219239--13219299 Score: 104
Period size: 25 Copynumber: 2.4 Consensus size: 25
13219229 GGTCCTGTTC
*
13219239 ATACTATTTTATTCGAAATAAAATA
1 ATACTATTTTATTCAAAATAAAATA
*
13219264 GTACTATTTTATTCAAAATAAAATA
1 ATACTATTTTATTCAAAATAAAATA
13219289 ATACTATTTTA
1 ATACTATTTTA
13219300 ATAATATTCC
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 3, Indels: 0
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (25 bp):
ATACTATTTTATTCAAAATAAAATA
Found at i:13220132 original size:361 final size:358
Alignment explanation
Indices: 13219451--13221319 Score: 1379
Period size: 361 Copynumber: 5.2 Consensus size: 358
13219441 TATTCAGATT
* * *
13219451 AAATAATACTAATTTAATAATATTT-CAATAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAATTTA
1 AAATAATACTAATTTATTAATGTTTCCAA-AATTAATAAGTAAGAA-ATTTAAAAAATAAATATA
* * * * * * * *
13219514 -TTTACCAAATC-AATTCATATGGTTA-AGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATTGCTT-T
64 GTTTA-CAAAACAAATTCAAATAGTTATA-ACTATTTGAACAATTATATATTTTAAATCG-TTAT
* * * * * * * *
13219575 AACCTTCT-TTTAGTTATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTAAAAAAAAAATAAT
126 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTA--TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAAT
* * * *
13219638 ACTAATTTATTAAGATGT-AGAAATTAATAAGAAAGT-GATTTAAAAAATAAATTTATTTA-TGG
189 ACTAATTTATTAATAT-TCAAAAATTAATAAGTAA-TAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACT-G
* * *
13219700 AACAAGTTCAAATAGTTATTATTATTTGGAA-AATGT-T-TATTTCAAATCATTACAACCTTTTA
251 AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTT-GAACAAT-TATCTATTTCAAATCATTACAACCTTTTG
* * *
13219762 ATTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTAATACAAGATTAGATGGAACA
314 TTTTGTCATAAAACAATT-TTTCAATTAATACAAGCTT--ATCGAACA
* * *
13219810 AAATAATATTAATTTATTAATGTTTCCTAAATTAGTAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAAT-TAGT
1 AAATAATACTAATTTATTAATGTTTCCAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATATAGT
* * * * * ** * **
13219874 TTATCGAATC-AGTTAAAATAATTATGGCCATTTGAATGATTATATATTTTAAATCGTTATGACC
66 TTA-CAAAACAAATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATATATTTTAAATCGTTATGACC
* *
13219938 TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTCTTTTTGATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
130 TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCT-ATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
* *
13220003 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAATAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATTGAACCAGT
194 TTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAATAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAGT
* * * * * * * *
13220068 TTAAATAGCTATAACTCTTTGAACAATTATCAATCTCAAATCGTTA-AA-TTCTTTGTTTTGTCA
258 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTACAACCT-TTTGTTTTGTCA
** * * *
13220131 TAAAACAATCATTTTTTA-TCATAGAAGTTTATTC--ACTTAA
322 TAAAACAAT--TTTTCAATTAATACAAGCTTA-TCGAAC---A
* * * * * *
13220171 AAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGATATTTAAAAATTAAATGT-GT
1 AAATAATACTAATTTATTAATGTTTCCAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATATAGT
* * * * * * * *
13220235 TTGCAAAACTAGTTCAAATAGTT-TAAACTACTAGAATAATTATCTATTTGAAATCGTTATGACC
66 TTACAAAACAAATTCAAATAGTTAT-AACTATTTGAACAATTATATATTTTAAATCGTTATGACC
* * * * * * * * *
13220299 TTTTATTTAGTCATAAAATATTTGTTTCATATCTTTCAAGCTTATTTAAAATAAAATAATCCAAA
130 TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTC-TATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
* * * * *
13220364 TTTATTAACATTCAAAAAATTAGTAAG-CA-AGATTTGAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAG
194 TTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAATAGATTT-AAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAG
* * * * ** **
13220427 TTCAGATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTT-AAGTTCGTTATGACCTTTTGTTTTAAC
257 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA-ATCATTACAACCTTTTGTTTTGTC
* * * * * *
13220491 ATAAAATAATTTTTTAAGTTCATAAAAGCTTATCCAAATA
321 ATAAAACAATTTTTCAA-TTAATACAAGCTTAT-CGAACA
* ** * * *
13220531 AAATAATACTAATTTCTTAATGTTTTGAAAATTAATAAGCAAG-AGTTTAAAAAAATAAAT-TTG
1 AAATAATACTAATTTATTAATGTTTCCAAAATTAATAAGTAAGAAATTT-AAAAAATAAATATAG
* * * * *
13220594 TTTACCAAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATGACT
65 TTTACAAAACAAATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATATATTTTAAATCGTTATGAC-
* * * * *
13220659 TTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTC-AGTGCATACAAGTTTATTCAAAATGAAATAATAAT
129 CTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTA-T-CATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT
* * * *
13220723 AATTTATTAATAATACAAAAATTAATAAGTAAGT-TATTTAAAAAGTTAATTTGTTTACTGAATC
192 AATTTATTAAT-ATTCAAAAATTAATAAGTAA-TAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAA-C
* * * * * ** *
13220787 AA-TTCAAATAATTATGGCCATTTCAATAATTATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTTGTTTGG
254 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTACAACCTTTTGTTTTG
* * *** *
13220851 TTATATAACAATTTTTTTCTTATCATACAAGCTTATTCAGAATA
319 TCATAAAACAATTTTTCAATTA--ATACAAGCTTA-TC-GAACA
* * *
13220895 AAATAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAG--AG--ATCTAAAAAATAAATATA-T
1 AAATAATACTAATTTATTAATGTTTCCAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATATAGT
* * * * * * * *
13220955 TTACTAGACCAATTTAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTGTATACTTTAAATCGTTATAAGCT
66 TTACAAAACAAATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATATATTTTAAATCGTTATGACCT
* * * * * * *
13221020 TTTGTTCTATCATAAAATAATTATTTCTATTCATATAATCATATTCAAAACAAAATAATGCTAAT
131 TTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTA-TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAT
* * * * * * **
13221085 CTAATAATATTCATAAAATTAATAACTAAGAGATTTCAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACCAA-T
195 TTATTAATATTCA-AAAATTAATAAGTAATAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAA-CAAGT
* * ** *
13221149 AT-AAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCA
258 -TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTACAACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * * * *
13221213 TAAAATAAAATTTTCAATTCATCCTAGCCTATTACGAATA
322 TAAAA-CAATTTTTCAATTAATACAAGCTTA-T-CGAACA
* * * * * * *
13221253 AAATAA-AATGAATTTATTAATATTTCAAAAACTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAATTATA-
1 AAATAATACT-AATTTATTAATGTTTCCAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATATAG
13221316 TTTA
65 TTTA
13221320 TCCATTTCAA
Statistics
Matches: 1204, Mismatches: 242, Indels: 125
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
357 2 0.00
358 57 0.05
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364 40 0.03
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (358 bp):
AAATAATACTAATTTATTAATGTTTCCAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATATAGT
TTACAAAACAAATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATATATTTTAAATCGTTATGACCT
TTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATT
TATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAATAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAGTTCA
AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTACAACCTTTTGTTTTGTCATAAA
ACAATTTTTCAATTAATACAAGCTTATCGAACA
Found at i:13221255 original size:901 final size:890
Alignment explanation
Indices: 13217461--13221310 Score: 2823
Period size: 901 Copynumber: 4.3 Consensus size: 890
13217451 TTATTCGGAT
* * * * *
13217461 TAAAACAATACTATTTTAATAATATTCCAAAAATTAGTAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATATG
1 TAAAATAATACTAATTTAATAATATT-CAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAATAAATTTG
** * * * * * *
13217526 TTTATCGAACCAGTCCAAATAGTTAAGACTAT-TAGAATAACTATCTATTTCAAATCGCTT-TGA
64 TTTGCCAAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATAT-GAACAATTATCTATTTCAAATC-ATTATGA
* * * * *
13217589 CCCTTTG-----TCATAAAACAATTATTTT-AGTTCATAGAAGCCTAATCAGAATAAAATAATAC
127 CCTTTTGTTTTATCATAAAACAA-AATTTTCA-TTCATACAAGCTTATTC-GAATAAAATAATAC
* * * *
13217648 TAATTTATTAACATTT-TAAAAATTAATGTATAGGAGATTTAATAAAATAAATTTGTTTACTAAA
189 TAATTTATTAACATTTCAAAAAATT-A-GTA-AGAAGATTTAA-AAAATAAATCTGTTTACCAAA
** * *
13217712 CAAGTTCAAATAGATT-TGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAAGTCATTATGACATTTTGTT
250 CAAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TTGTTATAACCTTTTGTT
** * * * *
13217775 TTGTCATAAAACAATTATTTCAATTCATAAAAACTTATTTGAAATAAAATAATACTAGTTTATTA
313 TTAACATAAAACAATTATTTTAATTCATAAAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTA
* * * * * ** * * *
13217840 ATATTTTAAAAACTAATAAGCAAGAGATTTGAAAACTAAAACTATTTTTGAAA-TAGCTCGAATA
378 ATATTTTGAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACGAAACAAGTTCAAATA
* * * * * * * * *
13217904 GTTATAAATATTTGAACAAATATCAATCTGAAATCGTTATGA-TCTTTGTTTTCTCATAAAACAA
443 GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTATTTTGTCATAAAACAA
* * * * * *
13217968 TTGTTTCTAATCATACAAGCTTATTCGGATAAAAATAATACTAATTTAATAAT-ATTCTAAAAAT
508 TTATTTCAAATCATACAAGCTTATTC--AAAAAAATAATAATAATTTATTAATAATTCAAAAAAT
* * * * * * *
13218032 TAAT-A-CAAG-ATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCAAATCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAG
571 TAATAAGTAAGAATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAATCAGTTCAAATAATTATGACCATTTG
* * * * * * *
13218094 AATAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTTTGTTTAGTCACATAAGAA-TTGTATCATT-TC
636 AATAATTATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTTGTTT-GTCATAAAACAATTTTTTTC-TTATC
* * ** *
13218157 ATATAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTAAAAAAATTAATAAGCATGAA
699 ATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-AAG-A
* ** * * * * * *
13218222 TTTGAAAAAATAAATCTATTTATTGAATAAGCTCAAATAGTTATGACTATTTCAATAATTATCTA
762 TTT-AAAAAATAAATCTATTTATAGACCAA-TTTAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATATA
* * * * ** * *
13218287 TTTAAACTCATTATGACCATTTGTTTTGTCATTAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAATCTTATCC
825 TTTAAA-TCGTTAT-AACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATCATTTTA-TTCATATAATCTTATTC
13218352 AAAA
887 AAAA
* * *
13218356 TAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTGAAAAATAAATTAG
1 TAAAATAATACTAATTTAATAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATTTG
** * * * * * * * *
13218421 TTTGCGGAATCAATTCAAATAATTATGGCCAT-TCGAAGAAATATCTATTTCAAATCATTATTAC
64 TTTGCCAAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATAT-GAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* * ** * * *
13218485 CTATTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA-GCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATT
128 CTTTTGTTTTATCATAAAACAA--AATTTTCATTCATACAAGCTTATTCG-AATAAAATAATACT
* * * * *** *
13218549 AATTAATTAATATTTC-AAGAATTAATAAG-AGATTTAAAAAATAAATC-GCTTTATTGAACTAG
190 AATTTATTAACATTTCAAAAAATTAGTAAGAAGATTTAAAAAATAAATCTG-TTTACCAAACAAG
* * * * *
13218611 TTTAAATAGTTACGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCATTTGTTCTAACA
254 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTAACA
* * * * *
13218676 TAAAACAATTGTTTCT-ATTCATATAAGCTTA-TTCAGAATAAAATTATACTAACTTAGTAATAT
319 TAAAACAATTATTT-TAATTCATAAAAGCTTATTTCA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * * * * *
13218739 TTTGAAAATTAATAA-CTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTGCTATACCAGTTCAAAAAGGT
382 TTTGAAAATTAATAAGC-AAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACGAAACAAGTTCAAATAGTT
* * * * * * ** * * * *
13218803 AAGACTATATGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATAAAGTTTTATTTTATCACAAAAAAACTA
446 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTATTTTGTCATAAAACAATTA
* * * * * *
13218868 TTTCAACTCACACAAACTTATTCAGAATAGAATAA-AACTAATGTATTAATATTTCAAAAAATT-
511 TTTCAAATCATACAAGCTTATTCA-AA-AAAATAATAA-TAATTTATTAATAATTCAAAAAATTA
* * *** * * * * *
13218931 ATTAGTAAAAGATTTAGCTAA-CAATTCTATTTACCAAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTG
573 ATAAGTAAGA-ATTTAAAAAATAAATT-TGTTTACCAAATCAGTTCAAATAATTATGACCATTTG
* * * *
13218995 AACAATTATCTATTCCAAATCATTATTACATTTTGCTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTA--
636 AATAATTATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTTG-TTTGTCATAAAACAATT-TTTTTCTTATC
* * * *
13219058 ATATAAGTTTATT-TGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AGAAAATTAATCAATAAG
699 ATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAAT-AAGAAG
* * * * * * * * * *
13219121 AAATTTAAAAAGTAAATCTACTTACCAAACCATTTTAAATAGTTTTGACTATTTAAATAATTATT
761 --ATTTAAAAAATAAATCTATTTA-TAGACCAATTTAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATA
* * * * ** * *
13219186 TATTTCAAATTGTTATAACATTTTATTTTGTCATCAAACAATCGGTCCTGTTCATACT-ATTTTA
823 TATTT-AAATCGTTATAAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATC-ATTTTATTCATA-TAATCTTA
*
13219250 TTCGAAA
884 TTCAAAA
* * * * ** * * * *
13219257 TAAAATAGTACTATTTTATTCAAAATAAAATAATACTATTTTAATAATATTCCACAACAAAATTA
1 TAAAATAATACTAATTTAAT-AATAT-TCA-AA-A--A--TTAAT-A-AGT----AA-GAGATTT
* ** *** * * **
13219322 AAAAAAAAAACTAACTGCCAAACTAATTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATAATCTATTTTT
51 AAAAATAAATTTGTTTGCCAAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCA
** ** * * ** **
13219387 AATCATTATGATATTTTCCTTTGTCGTAAAAC--AATTGCTTTGTTTGTACAAGCTTATTC-AGA
116 AATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAAAATT--TTCATTCATACAAGCTTATTCGA-A
* * * * *
13219449 TTAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAATAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAATTT
178 TAAAATAATACTAATTTATTAACATTTCAA-AA--AATTAGTAAGAAGATTTAAAAAATAAATCT
* * * * * *
13219513 ATTTACCAAATCAA-TTCATATGGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATTGCTT-TA
240 GTTTACCAAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTG-TTATA
* ** * * * * ** *
13219576 ACC--TTCTTTTAGTTATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTAAAAAAAAAATAATA
303 ACCTTTTGTTTTA-ACATAAAACAATTATTTTAATTCATAAAAGCTTATTTCAAATAAAATAATA
* * * * * * * *
13219639 CTAATTTATTAAGATGTAG-AAATTAATAAGAAAGTGATTTAAAAAATAAATTTATTTATGGAAC
367 CTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACGAAAC
* * * ** * *
13219703 AAGTTCAAATAGTTATTATTATTTGGAA-AATGT-T-TATTTCAAATCATTACAACCTTTTAATT
432 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTT-GAACAAT-TATCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTATTT
* * * * ** * *
13219765 TGTCATAAAACAATTGTTTCAATTAATACAAGATTAGATGGAACAAAATAATATTAATTTATTAA
495 TGTCATAAAACAATTATTTCAAATCATACAAGCTT--ATTCAAAAAAATAATAATAATTTATTAA
** ** * * * * *
13219830 TGTTTC-CTAAATTAGTAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATTAGTTTATCGAATCAGTTAAAATA
558 TAATTCAAAAAATTAATAAGTAAG-AATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAATCAGTTCAAATA
* * * * * * *
13219894 ATTATGGCCATTTGAATGATTATATATTTTAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAA
622 ATTATGACCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTTG-TTTGTCATAAAACAA
* * *
13219959 TTCTTTT-TGATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAT
686 TTTTTTTCTTATCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAT
* * * * * *
13220023 TAATAAGTAATAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATTGAACCAGTTTAAATAGCTATAACTCTTT
751 TAATAAG--A-AGATTTAAAAAATAAATCTATTTATAG-ACCAATTTAAATAGTTATAACTATTT
* * *
13220088 GAACAATTATCA-ATCTCAAATCGTTA-AATTCTTTGTTTTGTCATAAAACAATCATTTTTTATC
812 GAACAATTAT-ATAT-TTAAATCGTTATAACT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATCATTTTAT-TC
* **
13220151 ATAGAAGT-TTATTC-ACT
873 ATATAA-TCTTATTCAAAA
* *
13220168 TAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGATATTTAAAAATTAAATGT
1 T-AAAATAATACTAATTTAATAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA-TAAATTT
* * * * * *
13220233 GTTTGCAAAACTAGTTCAAATAGTTTAA-ACTACTA-GAATAATTATCTATTTGAAATCGTTATG
63 GTTTGCCAAACCAATTCAAATAG-TTAAGACTA-TATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * ** * * **
13220296 ACCTTTT-ATTTAGTCATAAAA-TATTTGTTTCATATCTTTCAAGCTTATTTAAAATAAAATAAT
126 ACCTTTTGTTTTA-TCATAAAACAAAAT-TTTCAT-TCATACAAGCTTA-TTCGAATAAAATAAT
* * *
13220359 CCAAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAGTAAGCAAGATTTGAAAAAATAAATCTGTTTACCGAA
187 ACTAATTTATTAACATTTCAAAAAATTAGTAAG-AAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACCAAA
* * * *
13220423 CAAGTTCAGATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTT-AAGTTCGTTATGACCTTTTGTTT
250 CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATT-GTTATAACCTTTTGTTT
* * *
13220487 TAACATAAAATAATT-TTTTAAGTTCATAAAAGCTTA-TCCAAATAAAATAATACTAATTTCTTA
314 TAACATAAAACAATTATTTTAA-TTCATAAAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTA
* * * * *
13220550 ATGTTTTGAAAATTAATAAGCAAGAG-TTTAAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAATTCAAAT
378 ATATTTTGAAAATTAATAAGCAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTACGAAACAAGTTCAAAT
* * *
13220614 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATGACTTTTTTGTTTTGTCATAAAAC
442 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAC-TTTTTATTTTGTCATAAAAC
* * *
13220679 AATTATTTC-AGTGCATACAAGTTTATTCAAAATGAAATAATAATAATTTATTAATAATAC-AAA
506 AATTATTTCAAAT-CATACAAGCTTATTCAAAA--AAATAATAATAATTTATTAATAATTCAAAA
* * * ** * *
13220742 AATTAATAAGTAAGTTATTTAAAAAGTTAATTTGTTTACTGAATCAATTCAAATAATTATGGCCA
568 AATTAATAAGTAAG-AATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAATCAGTTCAAATAATTATGACCA
* * *
13220807 TTTCAATAATTATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTTGTTTGGTTATATAACAATTTTTTTCTT
632 TTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTTGTTT-GTCATAAAACAATTTTTTTCTT
*
13220872 ATCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAG-AG
696 ATCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAG
* * *
13220936 ATCTAAAAAATAAATATATTTACTAGACCAATTTAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTGTATA
761 ATTTAAAAAATAAATCTATTTA-TAGACCAATTTAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATATA
* * * * *
13221001 CTTTAAATCGTTATAAGCTTTTGTTCTATCATAAAATAATTATTTCTATTCATATAATCATATTC
825 -TTTAAATCGTTATAA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATCATTT-TATTCATATAATCTTATTC
13221066 AAAA
887 AAAA
* * * *
13221070 CAAAATAATGCTAATCTAATAATATTCATAAAATTAATAACTAAGAGATTTCAAAAATAAATTTG
1 TAAAATAATACTAATTTAATAATATTCA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATTTG
13221135 TTTGCCAAACCAATAT-AAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
64 TTTGCCAAACCAAT-TCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* * * * *
13221199 CTTTTGTTTTATCATAAAATAAAATTTTCAATTCATCCTAGCCTATTACGAATAAAATAA-AATG
128 CTTTTGTTTTATCATAAAACAAAATTTTC-ATTCATACAAGCTTATT-CGAATAAAATAATACT-
* * *
13221263 AATTTATTAATATTTCAAAAACTAATAAATAAG-AGATTTAAAAAATAA
190 AATTTATTAACATTTC-AAAA--AATTAGTAAGAAGATTTAAAAAATAA
13221311 TTATATTTAT
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TGCCAAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTT
TTGTTTTATCATAAAACAAAATTTTCATTCATACAAGCTTATTCGAATAAAATAATACTAATTTA
TTAACATTTCAAAAAATTAGTAAGAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAAT
AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTAACATAAAACA
ATTATTTTAATTCATAAAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAAT
TAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACGAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTT
GAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTCAAATCA
TACAAGCTTATTCAAAAAAATAATAATAATTTATTAATAATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAATT
TAAAAAATAAATTTGTTTACCAAATCAGTTCAAATAATTATGACCATTTGAATAATTATCTATTT
CAAATCATTATTACCTTTTGTTTGTCATAAAACAATTTTTTTCTTATCATACAAGCTTATTCAGA
ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAGATTTAAAAAATAAATCTATT
TATAGACCAATTTAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATATATTTAAATCGTTATAACTTTTG
TTTTGTCATAAAACAATCATTTTATTCATATAATCTTATTCAAAA
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13219441 TATTCAGATT
* * * * *
13219451 AAATAATACTAATTTAATAATATT-TCAATAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAAATAAATTTA
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* * * *
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* * * * * * * * * * *
13219575 AAC-C--TTCTTTTAGTTATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTAAAAAAAAAATAA
125 GACTCTTTTGTTTTA-TCATAAAAAAAATATTTCAATGCATACAAGCCTATTCAAAATAAAATAA
* * ** * * * * * *
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189 TAATAATTTATTAATAATACAAAAACTAATAA-ATAAGAGATTTAAAAAGTTAATTTGTTTACT-
* **** * **
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252 GAATCAA-TTCAAATAATTATGGCCATTT-CAATAAT-TATCTATTTCAAATCATTATGACCTTT
* * * * * ** * **
13219760 TAATTT-GTCATAAAACAATTGTTTCA-ATTAATACAAGATTAGAT-GGAACAAAATAATATTAA
314 T-ATTTAGTCATAAAATATTTGTTTCATA-TCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACAAA
** ** * *
13219822 TTTATTAATGTTTC-CTAAATTAGTAAGTAAGAAAT-TTAAAAAATAAAT-TAGTTTATC-GAAT
376 TTTATTAA-CATTCAAAAAATTAATAAG-AAG--ATCTGAAAAAATAAATATA-TTTA-CAGAA-
* * ** * ** * *
13219883 C-AGTTAAAATAATTATGGCCATTTGAATGATTATATATTTTAA-ATCGTTATGACCTTTTGTTT
434 CAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATATA-TTTAAGATCGTTATAACCTTTTGTTC
** * * * * *
13219946 TGTCATAAAATAATTCTTTT-TGATCATACAAGCTTATTCAAAATA
498 TAACATAAAATAATT-TTTTAAGTTCATAAAAGCATA-TCAAAACA
* * * * *
13219991 AAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAATAGATTT-AAAAAATAAATTTG
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*** * * * * * * * * * * * *
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* * ** * ** **
13220117 TC-TTTGTTTTGTCAT-AAAACAATCATTTTTTAT-CATAGAAGTTTATTC-ACTTAAAAATAAT
128 TCTTTTGTTTTATCATAAAAAAAAT-A-TTTCAATGCATACAAGCCTATTCAAAAT-AAAATAAT
* * * * * * * * * *
13220178 ACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGATATTTAAAAA-TTAAATGTGTTTGC-AA
190 AATAATTTATTAATAATACAAAAACTAATAAATAAGAGATTTAAAAAGTT-AATTTGTTTACTGA
* * * ** * * ** * *
13220241 AACTAGTTCAAATAGTT-TAAACTACTAGAATAATTATCTATTTGAAATCGTTATGACCTTTTAT
254 ATC-AATTCAAATAATTAT-GGCCATTTCAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTAT
* * * *
13220305 TTAGTCATAAAATATTTGTTTCATATCTTTCAAGCTTATTTAAAATAAAATAATCCAAATTTATT
317 TTAGTCATAAAATATTTGTTTCATATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACAAATTTATT
* * * * * *
13220370 AACATTCAAAAAATTAGTAAGCAAGATTTGAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAGATA
382 AACATTCAAAAAATTAATAAG-AAGATCTGAAAAAATAAATATATTTACAGAACAAGTTCAAATA
* * * * *
13220435 GTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTAAGTTCGTTATGACCTTTTGTTTTAACATAAAATAA
446 GTTATAACTATTTGAACAATTATATATTTAAGATCGTTATAACCTTTTGTTCTAACATAAAATAA
* * *
13220500 TTTTTTAAGTTCATAAAAGCTTATCCAAATA
511 TTTTTTAAGTTCATAAAAGCATATCAAAACA
* ** * *
13220531 AAATAATACTAATTTCTTAATGTTTTGAAAATTAATAAGCAAGAGTTTAAAAAAATAAATTTGTT
1 AAATAATACTAATCTAATAATATTATGAAAATTAATAAGCAAGAGTTTAAAAAAATAAATTTGTT
* * ** *
13220596 TACCAAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATGACTTT
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* * * * ** *
13220661 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAGTGCATACAAGTTTATTCAAAATGAAATAATAATAAT
131 TTTGTTTTATCATAAAAAAAATATTTCAATGCATACAAGCCTATTCAAAATAAAATAATAATAAT
* * **
13220726 TTATTAATAATACAAAAATTAATAAGTAAGTTATTTAAAAAGTTAATTTGTTTACTGAATCAATT
196 TTATTAATAATACAAAAACTAATAAATAAGAGATTTAAAAAGTTAATTTGTTTACTGAATCAATT
* * * *
13220791 CAAATAATTATGGCCATTTCAATAATTATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTTGTTTGGTTATA
261 CAAATAATTATGGCCATTTCAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTAGTCATA
* * * * *
13220856 TAACA-ATTTTTTTCTTATCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATCTTT
326 -AA-ATATTTGTTTCATATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACAAATTTATTAA-CATT
* *
13220920 C-AAAAATTAATAAG-AGATCT-AAAAAATAAATATATTTACTAGACCAA-TTTAAATAGTTATA
388 CAAAAAATTAATAAGAAGATCTGAAAAAATAAATATATTTAC-AGAACAAGTTCAAATAGTTATA
* * *
13220981 ACTATTTGAACAATTGTATACTTTAA-ATCGTTATAAGCTTTTGTTCTATCATAAAATAATTATT
452 ACTATTTGAACAATTATATA-TTTAAGATCGTTATAACCTTTTGTTCTAACATAAAATAATT-TT
* *
13221045 TCT-A-TTCATATAATCATATTCAAAACA
515 T-TAAGTTCATAAAAGCATA-TCAAAACA
* *
13221072 AAATAATGCTAATCTAATAATATTCAT-AAAATTAATAA-CTAAGAGATTT-CAAAAATAAATTT
1 AAATAATACTAATCTAATAATATT-ATGAAAATTAATAAGC-AAGAG-TTTAAAAAAATAAATTT
* * *
13221134 GTTTGCCAAACCAATAT-AAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
63 GTTTACCAAACAAAT-TCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGA
* * * *
13221198 C-CTTTTGTTTTATCATAAAATAAAAT-TTTCAATTCATCCTAGCCTATT-ACGAATAAAATAA-
127 CTCTTTTGTTTTATCATAAAA-AAAATATTTCAATGCATACAAGCCTATTCA-AAATAAAATAAT
* *
13221259 AATGAATTTATTAATATTTCAAAAACTAATAAATAAGAGATTTAAAAA
190 AAT-AATTTATTAATAATACAAAAACTAATAAATAAGAGATTTAAAAA
13221307 ATAATTATAT
Statistics
Matches: 1050, Mismatches: 209, Indels: 114
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (541 bp):
AAATAATACTAATCTAATAATATTATGAAAATTAATAAGCAAGAGTTTAAAAAAATAAATTTGTT
TACCAAACAAATTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACTCT
TTTGTTTTATCATAAAAAAAATATTTCAATGCATACAAGCCTATTCAAAATAAAATAATAATAAT
TTATTAATAATACAAAAACTAATAAATAAGAGATTTAAAAAGTTAATTTGTTTACTGAATCAATT
CAAATAATTATGGCCATTTCAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTAGTCATA
AAATATTTGTTTCATATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACAAATTTATTAACATTCAA
AAAATTAATAAGAAGATCTGAAAAAATAAATATATTTACAGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTA
TTTGAACAATTATATATTTAAGATCGTTATAACCTTTTGTTCTAACATAAAATAATTTTTTAAGT
TCATAAAAGCATATCAAAACA
Found at i:13221947 original size:180 final size:177
Alignment explanation
Indices: 13221547--13222161 Score: 534
Period size: 180 Copynumber: 3.4 Consensus size: 177
13221537 GCAATAGTTT
* * * ** * *
13221547 TGTTTATACAAGCTTATTCAGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAACAATTAGTAAGT
1 TGTTCATACAAGCTTTTTC-GAATAAAATAATACAAATTTATTAATA-TT-AAAAATTAATAAGT
* * * * * * * * *
13221612 AAAAAATTTAAAAACATAAATATGTTTATCAAACTA-TATCAAATAGTCATGACAATTTG---AA
63 AAAAGATTTAAAAA-ATAAATCTATATACCAAACAAGT-TCAAATAATTATGACTATTTGAACAA
* * * *
13221673 TAAT-TGTTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTG-CTATAAATATTATTCT-
126 TTATCTATTTGAAATTGCTATGACCTTTTGTTTTGTC-ATAAATATTATTCTC
* * *
13221723 AGTTCATATAAACTTATTT-GAAATAAAATAATACTAAA-TTATTAATATTCCAAAAATTAATAA
1 TGTTCATACAAGCTT-TTTCG-AATAAAATAATAC-AAATTTATTAATATT--AAAAATTAATAA
* * * * * * *
13221786 TTAAGAGATTTAAAAATTGAATCTATATATCAAACAAGTTTAAATAATTATGACTATTTGGACAA
61 GTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATATACCAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAA
*
13221851 TTATCTATTTGAAATTGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAATGATT-TTCTC
126 TTATCTATTTGAAATTGCTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAT-ATTATTCTC
13221903 TGTTCATACAAGCTTCTTTCGAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTAAGACAATTAATAAGT
1 TGTTCATACAAGCTT-TTTCGAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTAA-A-AATTAATAAGT
* * * *
13221968 AAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATCATTATGACTATTTGAACAATT
63 AAAAGATTTAAAAAATAAATCTATATACCAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATT
* * * * * *
13222033 ATTTATTTTAACTT-CTTATGACTTTTTGTTTTGTCATATAACAATTGTT-TC
128 ATCTATTTGAAATTGC-TATGACCTTTTGTTTTGTCATA-AA-TATTATTCTC
* * ** * *
13222084 TGTTCATACAAGCTTATTCAGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGT
1 TGTTCATACAAGCTTTTTC-GAATAAAATAATACAAATTTATTAATA--TTAAAAATTAATAAGT
13222149 AAAAGATTTAAAA
63 AAAAGATTTAAAA
13222162 TATACATATG
Statistics
Matches: 361, Mismatches: 55, Indels: 41
0.79 0.12 0.09
Matches are distributed among these distances:
175 35 0.10
176 56 0.16
177 4 0.01
178 7 0.02
179 41 0.11
180 142 0.39
181 71 0.20
182 2 0.01
183 3 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (177 bp):
TGTTCATACAAGCTTTTTCGAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTAAAAATTAATAAGTAAA
AGATTTAAAAAATAAATCTATATACCAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATC
TATTTGAAATTGCTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAATATTATTCTC
Found at i:13222149 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 13221390--13222282 Score: 763
Period size: 181 Copynumber: 5.0 Consensus size: 180
13221380 AGTTTGTTTG
* * *
13221390 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-AG---GAGACTTAAAAAAATAAA
1 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAGA-TTTAAAAAATAAA
* * * * * *
13221451 TTTGTTTATCAAACCAGTTTAAGTAGTTATGACTATTTGAGCAATTATTTACTTCAAATCATTAT
65 TATGTTTATCAAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAATTC-TTAT
* * * * * *
13221516 AACTTTTTGTTCTAT--TATCAAGCAATAGTTT-TGTTTATACAAGCTTATTCA
129 GACCTTTTGTTTTGTCATAT-AA-CAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCA
* * * *
13221567 GATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAACAATTAGTAAGTAAAAAATTTAAAAACATAAA
1 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAA-ATAAA
* * * * * * *
13221632 TATGTTTATCAAACTA-TATCAAATAGTCATGACAATTTG---AA-TAATTGTTTCAAATTGTTA
65 TATGTTTATCAAACAAGT-TTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTC-AATTCTTA
* * * *
13221692 TGACCTTTTGTTTTG-C-TATAA-ATATT-ATTCTAGTTCATATAAACTTATT-T
128 TGACCTTTTGTTTTGTCATATAACA-ATTGTTTCT-GTTCATACAAGCTTATTCA
* * * * * * *
13221742 GAAATAAAATAATACTAAATTATTAATATTCCAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAATTGAA
1 G-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA
* * * * * * *
13221807 TCTATATATCAAACAAGTTTAAATAATTATGACTATTTGGACAATTATCTATTTGAAATTGC-TA
65 TATGTTTATCAAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTT-CAATT-CTTA
* ** *
13221871 TAACCTTTTGTTTTGTCATA-AATGATT-TTCTCTGTTCATACAAGCTTCTTTC-
128 TGACCTTTTGTTTTGTCATATAACAATTGTT-TCTGTTCATACAAGCTT-ATTCA
* *
13221923 GAATAAAATAATACAAATTTATTAATA-TTAAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA
1 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-ACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA
* * * * *
13221987 TCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATCA-TTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTTAACTTCTTA
65 TATGTTTATCAAACAAGTTTAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAA-TTCTTA
*
13222051 TGACTTTTTGTTTTGTCATATAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCA
128 TGACCTTTTGTTTTGTCATATAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCA
* * ** * *
13222104 GATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAATATACAT
1 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
* ** * ** ** * *
13222169 ATGTTTTTTGAACAAGTTTAAATAGTCATGACTATTTGAGTAATTACCTATTTCAAATTATTTTG
66 ATGTTTATCAAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTC-AATTCTTATG
* * * *
13222234 ACCTTTTCTTTTGTAATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATATAAGCTTATT
130 ACCTTTTGTTTTGTCATATAACAATTGTTTCT-GTTCATACAAGCTTATT
13222283 TAATGTAAAT
Statistics
Matches: 575, Mismatches: 105, Indels: 68
0.77 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
174 3 0.01
175 36 0.06
176 66 0.11
177 61 0.11
178 9 0.02
179 31 0.05
180 150 0.26
181 213 0.37
182 6 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
ATGTTTATCAAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAATTCTTATGA
CCTTTTGTTTTGTCATATAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCA
Found at i:13222669 original size:181 final size:178
Alignment explanation
Indices: 13222317--13224139 Score: 1085
Period size: 181 Copynumber: 10.1 Consensus size: 178
13222307 ATTTTCTTGG
** * * ** **
13222317 CTATTAAGTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAA-ATAATATGAACCT
1 CTATTAA-TTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAA-AAAGCTTGTATGAACGA
* * * * * * * * *
13222381 TAACAATTGTTTGATGACAACATAAAAGGTTATAATGATTTAAAATAGATAATT-ATTCAAATAG
64 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGACTCAAATAG
* * * * ** *
13222445 TCAAAACTATTCGAAATAGTTTCGTAAGCAA-ATTTACTTTTTAAATCTCCTA
129 TCATAACTATT-TAAATTGATTC--AAAAAAGATTTATTTTTTAAATCTCCTA
* *
13222497 CTAATTAATTCTTCAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAAAAGCTTGTATG-TCGA
1 CT-ATTAATT-TTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAAAAGCTTGTATGAACGA
* * * * *
13222561 AAAGCAATTTTTTTATGACAAAACAATTGGTAATAACGATTTAAAATAGATAGTTGACT-AAATA
64 AAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGACTCAAATA
* * * * *
13222625 GCCATAATTATTTGAATTGATTCAACAAAATGATTTATTTTTTAAATATCTTA
128 GTCATAACTATTTAAATTGATTCAA-AAAA-GATTTATTTTTTAAATCTCCTA
* * * * * * *
13222678 CATATTAATTTTCAAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTGGGATAAGCTTTTATGAACTA
1 C-TATTAATTTT-TAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAAAAGCTTGTATGAACGA
* * * *
13222743 AAACAATTGTTTGATGACAAAACAAATGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTG-TTCAAATAG
64 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGACTCAAATAG
* * * * *
13222807 TCATAACTATTTAAACTT-ATTCGGTAAATAGATTTAATTTTTCAAATCTCATG
129 TCATAACTATTTAAA-TTGATTC--AAAAAAGATTT-ATTTTTTAAATCTCCTA
* * * * *
13222860 CTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTGGTATTATTTTA-TTTCAAATAAGCTTGTATTAACT
1 C-TATTAA-TTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAA-AAGCTTGTATGAAC-
* * * * * * * *
13222924 G-AAACACTTATTATATTACTAAACAAAAT-GTCAAAACGATTTGAAATAGATAATT-AATCTAA
62 GAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAATGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGACTCAAA
* * * ** * *
13222986 TAGTCTTAACTATTTGAATTGGTTCGGTAAACGCATTTGTTTTTTAAATCT-CT-
126 TAGTCATAACTATTTAAATTGATTC-AAAAAAG-ATTTATTTTTTAAATCTCCTA
* * * **
13223039 -TATTAGTTTTTAGAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TATCCAAATAAGCTTGTATGATTA-
1 CTATTAATTTTTA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAA-AAGCTTGTATGA--AC
* * * * * *
13223101 G-AAACAATTGTTTTATGAGAAAACAAA-GATCATAATGATTT-AAGATTGAT-ATTTATTCAAA
62 GAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCATAACGATTTGAA-ATAGATAATTGACTCAAA
* * * * * ** * * * * * *
13223162 TAGTTATCACCACTTGAGCTGGTTCAAAAAACAGCTTTAGTTGTTAAATCTCTTG
126 TAGTCATAACTATTTAAATTGATTC-AAAAA-AGATTTATTTTTTAAATCTCCTA
* * * * *
13223217 CTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAAGTGGTATTATTTTATTTTAGATAAA-CTTTTATGAACT
1 C-TATTAATT-TTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTT-GAAAAAGCTTGTATGAAC-
* *
13223281 G-AAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAT-GTCATAACGACTTT-AAATAGCTAATT-ACTCAA
62 GAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAATGGTCATAACGA-TTTGAAATAGATAATTGACTCAA
* * * * * *
13223342 AGAGTCAGATCTATCTAAACTT-ATTTAGTAAACAA-ATTTATTTTTTTTAAATCTCTTA
125 ATAGTCATAACTATTTAAA-TTGATTCA--AAA-AAGATTTA--TTTTTTAAATCTCCTA
* * * * *
13223400 CTCATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTACTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTA
1 CT-ATTAA-TTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAAAAGCTTGTATGAACGA
* * * * * * * * *
13223465 AAATAATTGTTTTATGACTAAACAACTGATCAGAATGATTCGAAATAGATAATTG-TTCTAATAG
64 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGACTCAAATAG
* * * * * *
13223529 TCTTAACTATTTAAACTGGTTCAGCAAACACATTTATTTTCTAAATCT-CT-
129 TCATAACTATTTAAATTGATTCA--AAAAAGATTTATTTTTTAAATCTCCTA
* * * * * * *
13223579 -TATAAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTCTAATCTGAATAAA-CTTGTATGAA-AA
1 CTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAA-AAAGCTTGTATGAACGA
** * * * *
13223641 GAAACAATTGTTTTATGACAAAGTAAA-GATCATAACGATTTGAGATAGATAATTG-TTTAAATA
64 -AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGACTCAAATA
* * * * *
13223704 GTAATAAATATTTAAATTGTTTCGATAAATAGATTTAGTTTTTAAATCT-CT-
128 GTCATAACTATTTAAATTGATTC-A-AAAAAGATTTATTTTTTAAATCTCCTA
* * * ** *
13223755 -TATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTCTATTCT-AAATAATTTTGCATGAAC-A
1 CTATTAATTTT-TAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAA-AAGCTTGTATGAACGA
* ** * *
13223817 GAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAACGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTG-TTCATATA
64 -AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGACTCAAATA
* * * ** **
13223881 GACATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAGCAGATTTATTTTTTAAATCTCCTA
128 GTCATAACTATTT-AAATTGATT-CAAAAAAGATTTATTTTTTAAATCTCCTA
* * *
13223934 CATATTAATTTTTATAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAA-CTTGCATGAA-T
1 C-TATTAATTTTTA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAA-AAAGCTTGTATGAACG
* * * * *
13223997 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAACA-GATCATAACTATTTTAAATAAATAATT-ATTCAAA
63 A-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAA-ATGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGACTCAAA
* * * * **
13224060 CAAG-CATAACTATTTGAACTTG-TTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAACCTTTTAA
126 -TAGTCATAACTATTT-AAATTGATTCA--AAAAAGATTTATTTTTTAAATCTCCT-A
* *
13224116 TTATTAATTTTTGGAATATTAATA
1 CTATTAATTTTT-AAATATTAATA
13224140 TGCTTGTATG
Statistics
Matches: 1292, Mismatches: 266, Indels: 169
0.75 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
174 1 0.00
175 9 0.01
176 207 0.16
177 189 0.15
178 16 0.01
179 3 0.00
180 85 0.07
181 473 0.37
182 170 0.13
183 137 0.11
184 2 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (178 bp):
CTATTAATTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAAAAGCTTGTATGAACGAAA
ACAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGACTCAAATAGTC
ATAACTATTTAAATTGATTCAAAAAAGATTTATTTTTTAAATCTCCTA
Found at i:13223452 original size:540 final size:534
Alignment explanation
Indices: 13222656--13224504 Score: 1627
Period size: 540 Copynumber: 3.5 Consensus size: 534
13222646 TCAACAAAAT
* * *
13222656 GATTTATTTTTTAAATATCTTACATATTAATTTTCAAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATT
1 GATTTAGTTGTTAAAT-TCTT-CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATT
** * * * *
13222721 TGGGATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTGATGACAAAAC-AAATGGTCATAATGATTTT
64 TTAGATAAACTTTTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAT-GTCATAACGA-TTT
* * *
13222785 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTATTCGGTAAATAGATTTAATTTTTC
127 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTATTTGGTAAACAGATTT-ATTTTTT
* * **
13222850 AAATCTCATGCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTGGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTT
191 AAATCTCATAC-TATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTT
* * * * *
13222915 GTATTAACTGAAACACTTATTATATTACTAAACAAAATG-TCAAAACGATTTGAAATAGATAATT
255 GTATGAACTAAAACAATTATTATATGACTAAAC-AAATGATCAAAACGATTCGAAATAGATAATT
* * * * * * * *
13222979 AATCTAATAGTCTTAACTATTTGAATTGGTTCGGTAAACGCATTTGTTTTTTAAATCTCTTATTA
319 AATCTAATAGTCTTAACTATTTAAACTGGTTCAGCAAACACATTTATTTTCTAAATCTCTTATAA
* * * * **
13223044 GTTTTTAGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTATCCAAATAAGCTTGTATGATTAGAAACAAT
384 ATTTTTAGAATATTATTAAATTAGTATTATTCTAATCCAAATAAACTTGTATGAAAAGAAACAAT
* * * * * * *
13223109 TGTTTTATGAGAAAACAAAGATCATAATGATTTAAGATTGATATTTATTCAAATAGTTATCACCA
449 TGTTTTATGACAAAACAAAGATCATAACGATTTAAGATAGATAATTATTCAAATAGTAATAAACA
* *
13223174 CTTGAGCTGGTTCAAAAAACA
514 CTTAAACTGGTTCAAAAAACA
* * *
13223195 GCTTTAGTTGTTAAATCTCTTGCTTATTAATTGTT-GAAATATTAATAAAGTGGTATTATTTTAT
1 GATTTAGTTGTTAAAT-TCTT-CTTATTAATT-TTCAAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTAT
*
13223259 TTTAGATAAACTTTTATGAACTGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACGACTTT
63 TTTAGATAAACTTTTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACGA-TTT
* ** * * * * * *
13223324 AAATAGCTAATTACTCAAAGAGTCAGATCTATCTAAACTTATTTAGTAAACAAATTTATTTTTTT
127 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTATTTGGTAAACAGATTTA--TTTTT
* *
13223389 TAAATCTCTTACTCATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTACTATTATTTTATTTTGAATAAGCT
190 TAAATCTCATACT-ATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCT
* * * * * *
13223454 TGTATGAACTAAAATAATTGTTTTATGACTAAACAACTGATCAGAATGATTCGAAATAGATAATT
254 TGTATGAACTAAAACAATTATTATATGACTAAACAAATGATCAAAACGATTCGAAATAGATAATT
**
13223519 GTTCTAATAGTCTTAACTATTTAAACTGGTTCAGCAAACACATTTATTTTCTAAATCTCTTATAA
319 AATCTAATAGTCTTAACTATTTAAACTGGTTCAGCAAACACATTTATTTTCTAAATCTCTTATAA
* **
13223584 ATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTCTAATCTGAATAAACTTGTATGAAAAGAAACAAT
384 ATTTTTAGAATATTATTAAATTAGTATTATTCTAATCCAAATAAACTTGTATGAAAAGAAACAAT
** * * * *
13223649 TGTTTTATGACAAAGTAAAGATCATAACGATTTGAGATAGATAATTGTTTAAATAGTAATAAATA
449 TGTTTTATGACAAAACAAAGATCATAACGATTTAAGATAGATAATTATTCAAATAGTAATAAACA
* * * * * *
13223714 TTTAAATTGTTTCGATAAATA
514 CTTAAACTGGTTCAAAAAACA
* * * *
13223735 GATTTAGTTTTTAAA-TC-TCTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTCTATTCT
1 GATTTAGTTGTTAAATTCTTCTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTT
* * * *
13223798 AAAT-AA-TTTTGCATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAACGTCATAACGATTTGA
66 AGATAAACTTTT--ATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACGATTT-A
* * * * *
13223861 AATAGATAATTGTTCATATAGACATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAGCAGATTTATTTTTTAA
128 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTATTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAA
* * * *
13223926 ATCTCCTACATATTAATTTTTAT-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAACTTG
193 ATCTCATAC-TATTAATTTTT-TGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTG
* * * * * * ** *
13223990 CATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAACA-GATCATAACTATTTTAAATAAATAATT
256 TATGAACTA-AAACAATTATTATATGACTAAACAA-ATGATCAAAACGATTCGAAATAGATAATT
* * * * * * * * * * *
13224053 ATTCAAACAAG-CATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAA-C-CTT-TT
319 AATCTAA-TAGTCTTAACTATTTAAACTGGTTCAGCAAACACATTTATTTTCTAAATCTCTTATA
* * * * *
13224114 AATTATT---A-A-T-TT---TT-GGAATA-T-TAAT----AT--GCTTGTATGAATAGAAACAA
383 AATTTTTAGAATATTATTAAATTAGTATTATTCTAATCCAAATAAACTTGTATGAAAAGAAACAA
* * * * * * * * * *
13224161 TTGGTTTAGGACAAAACAAAAGGTTATAACTATTTAAAATAAATGATTGTTCAAAT-GATCAT-A
448 TTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAACGATTTAAGATAGATAATTATTCAAATAG-TAATAA
* * * *
13224224 ACTATTTGAAC-GTGTTTAGAAAACA
511 AC-ACTTAAACTG-GTTCAAAAAACA
* * *
13224249 GATTTATGTT-TTAAAATT-TTACTTATTAATTTTTACAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTA
1 GATTTA-GTTGTT-AAATTCTT-CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAA-GTAGTATTATTTTA
* * * * * * * * * *
13224311 TTTGAAATAATCTTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTTTTGACAAAACAATATATTATAATGATT
62 TTTTAGATAAACTTTTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACGATT
* * * * * * * * *
13224375 TGAAATAGAAAATTATCCAAAGAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATA-ACTATATTTT
126 T-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTATTTGGTAAACAGA-TTTATTTT
* * * *
13224439 TTAAATCTCTTATTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAATAAG
189 TTAAATCTCATA-CTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG-AATAAG
13224504 C
252 C
13224505 CTAAAATAAT
Statistics
Matches: 1085, Mismatches: 193, Indels: 85
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
513 35 0.03
514 53 0.05
515 8 0.01
516 3 0.00
517 184 0.17
518 10 0.01
519 7 0.01
520 1 0.00
521 4 0.00
522 2 0.00
525 2 0.00
526 1 0.00
527 1 0.00
528 1 0.00
531 7 0.01
532 3 0.00
533 3 0.00
534 158 0.15
535 11 0.01
536 126 0.12
537 1 0.00
538 3 0.00
539 156 0.14
540 305 0.28
ACGTcount: A:0.39, C:0.09, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (534 bp):
GATTTAGTTGTTAAATTCTTCTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTT
AGATAAACTTTTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACGATTTAAAT
AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTATTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATC
TCATACTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGA
ACTAAAACAATTATTATATGACTAAACAAATGATCAAAACGATTCGAAATAGATAATTAATCTAA
TAGTCTTAACTATTTAAACTGGTTCAGCAAACACATTTATTTTCTAAATCTCTTATAAATTTTTA
GAATATTATTAAATTAGTATTATTCTAATCCAAATAAACTTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTTA
TGACAAAACAAAGATCATAACGATTTAAGATAGATAATTATTCAAATAGTAATAAACACTTAAAC
TGGTTCAAAAAACA
Found at i:13224100 original size:717 final size:712
Alignment explanation
Indices: 13222382--13224139 Score: 1756
Period size: 717 Copynumber: 2.4 Consensus size: 712
13222372 TATGAACCTT
* * * *
13222382 AACAATTGTTTGATGACAACATAAAAGGTTATAATGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTC
1 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAATGATTT-AAATAGATAATTATTCAAATAGTC
* * * * *
13222447 AAAACTATTCGAAATAGTTTCGTAAGCAAATTTACTTTTTAAATCTCCTACTAATTAATTCTTCA
64 ATAACTATTTGAACTAGTTTAGTAAGCAGATTTACTTTTTAAATCTCCTACT-ATTAATTCTTCA
*
13222512 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAA-AAAGCTTGTATG--TCGAAAAGCAATTTTTT
128 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAATAAA-CTTGTATGAAT-G-AAA-CAATTGTTT
** * * * * *
13222574 TATGACAAAACAATTGGTAATAACGATTTAAAATAGATAGTTGACT-AAATAGCCATAATTATTT
188 TATGACAAAACAA-AAGTCATAACGATTTTAAATAGATAATT-ACTCAAAAAGCCATAACTATTT
** * * *
13222638 GAA-TTGATTCAACAAAATGATTTATTTTTTAAATATCTTACATATTAATTTTCAAAATATTAAT
251 GAACTTG-TTCAGTAAAA-GATTTATTTTTTAAATCTCTTAC-TATTAATTTTTAGAATATTAAT
* * *
13222702 AAAGTAGTATTATTTTATTTGGGATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTGATGACAAAACA
313 AAAGTACTATTATTTTATTTGGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTGATGACAAAACA
* * ** * * *
13222767 AATGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTATTCGGT
378 AATGATCAGAATGATTCGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGATTCAGC
* * * * * *
13222832 AAATAGATTTAATTTTTCAAATCTCATGCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTGGTATTAT
443 AAACACATTTAATTTTTCAAA-CTCATGCTTATAAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * ** * *
13222897 TTTATTTCAAATAAGCTTGTATTAACTGAAACACTTATTATATTACTAAACAAAATGTCAAAACG
507 TTAATCTCAAATAAACTTGTATGAAAAGAAACAATTATTATATGACTAAACAAAATGTCAAAACG
** * * * *
13222962 ATTTGAAATAGATAATTAATCTAATAGTCTTAACTATTTGAATTGGTTCGGTAAACGCATTTGTT
572 ATTTGAAATAGATAATTAATCTAATAGTAATAAATATTTAAATTGGTTCGATAAAAGCATTTGTT
* * * * *
13223027 TTTTAAATCTCTTATTAGTTTTTAGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTATCCAAATAAGCTT
637 TTTTAAATCTCTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTATATCCAAATAAGCTT
* **
13223092 GTATGATTAGA
702 GCATGAACAGA
* * * *
13223103 AACAATTGTTTTATGAGAAAAC-AAAGATCATAATGATTTAAGATTGATATTTATTCAAATAGTT
1 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-TCATAATGATTTAA-ATAGATAATTATTCAAATAGTC
* * * * * * ** * * * * * * * *
13223167 ATCACCACTTGAGCTGGTTCAAAAAACAGCTTTAGTTGTTAAATCTCTTGCTTATTAATTGTTGA
64 ATAACTATTTGAACTAGTTTAGTAAGCAGATTTACTTTTTAAATCTCCTAC-TATTAATTCTTCA
* * * * *
13223232 AATATTAATAAAGTGGTATTATTTTATTTTAGATAAACTTTTATGAACTGAAATAATTGTTTTAT
128 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGA-ATAAACTTGTATGAA-TGAAACAATTGTTTTAT
* * * * * * * *
13223297 GACAAAACAAAATGTCATAACGACTTTAAATAGCTAATTACTCAAAGAGTCAGATCTATCTAAAC
191 GACAAAACAAAA-GTCATAACGATTTTAAATAGATAATTACTCAAAAAGCCATAACTATTTGAAC
* * * * *
13223362 TTATTTAGTAAACAAATTTATTTTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTTGAATGTTAATAAA
255 TTGTTCAGTAAA-AGATTTA--TTTTTTAAATCTCTTACT-ATTAATTTTTAGAATATTAATAAA
* * * * * *
13223427 TTACTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAATAATTGTTTTATGACTAAACAACT
316 GTACTATTATTTTATTTGGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTGATGACAAAACAAAT
* * *
13223492 GATCAGAATGATTCGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTAAACTGGTTCAGCAAA
381 GATCAGAATGATTCGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGATTCAGCAAA
*
13223557 CACATTT-A-TTTTCTAAA-TC-T-CTTATAAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTCT
446 CACATTTAATTTTTC-AAACTCATGCTTATAAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATT-T
* * * ** *
13223617 AATCT-GAATAAACTTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTTATGAC-AAAGTAAA-GATCATAACGA
509 AATCTCAAATAAACTTGTATGAAAAGAAACAATTATTATATGACTAAACAAAATG-TCAAAACGA
* * * *
13223679 TTTGAGATAGATAATT-GTTTAAATAGTAATAAATATTTAAATTGTTTCGATAAATAG-ATTTAG
573 TTTGAAATAGATAATTAATCT-AATAGTAATAAATATTTAAATTGGTTCGATAAA-AGCATTT-G
* *
13223742 -TTTTTAAATCTCTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTCTAT-TCTAAATAAT
635 TTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATT-TATATCCAAATAAG
*
13223805 TTTGCATGAACAGA
699 CTTGCATGAACAGA
* * * * *
13223819 AACAATTATTTTATGACAAAACAAAACGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGAC
1 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAATGATTT-AAATAGATAATTATTCAAATAGTC
* * * *
13223884 ATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAGCAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACATATTAATT-TTTA
64 ATAACTATTTGAACTAGTTTAGTAAGCAGATTTACTTTTTAAATCTCCTAC-TATTAATTCTTCA
*
13223948 TAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAACTTGCATGAATAGAAACAATTGTTTTA
128 -AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAATAAACTTGTATGAAT-GAAACAATTGTTTTA
* * * *
13224013 TGACAAAACAACAGATCATAACTATTTTAAATAAATAATTATTCAAACAAG-CATAACTATTTGA
190 TGACAAAACAAAAG-TCATAACGATTTTAAATAGATAATTACTCAAA-AAGCCATAACTATTTGA
* * * *
13224077 ACTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAACCTTTTAATTATTAATTTTTGGAATATTAATA
253 ACTTGTTCAGTAAA-AGATTTATTTTTTAAATCTCTT-ACTATTAATTTTTAGAATATTAATA
13224140 TGCTTGTATG
Statistics
Matches: 834, Mismatches: 172, Indels: 68
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
715 36 0.04
716 150 0.18
717 259 0.31
718 12 0.01
719 12 0.01
720 178 0.21
721 33 0.04
722 153 0.18
723 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (712 bp):
AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTCATAATGATTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT
AACTATTTGAACTAGTTTAGTAAGCAGATTTACTTTTTAAATCTCCTACTATTAATTCTTCAAAT
ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAATAAACTTGTATGAATGAAACAATTGTTTTATGACAA
AACAAAAGTCATAACGATTTTAAATAGATAATTACTCAAAAAGCCATAACTATTTGAACTTGTTC
AGTAAAAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTATTAATTTTTAGAATATTAATAAAGTACTATTAT
TTTATTTGGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTGATGACAAAACAAATGATCAGAATG
ATTCGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGATTCAGCAAACACATTTAAT
TTTTCAAACTCATGCTTATAAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTAATCTCAAATAA
ACTTGTATGAAAAGAAACAATTATTATATGACTAAACAAAATGTCAAAACGATTTGAAATAGATA
ATTAATCTAATAGTAATAAATATTTAAATTGGTTCGATAAAAGCATTTGTTTTTTAAATCTCTTA
TTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTATATCCAAATAAGCTTGCATGAACAGA
Found at i:13224161 original size:156 final size:155
Alignment explanation
Indices: 13223986--13224294 Score: 420
Period size: 156 Copynumber: 2.0 Consensus size: 155
13223976 TCTGAATAAA
* * * *
13223986 CTTGCATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAACAGATCATAACTATTTTAAATAAATAA
1 CTTGCATGAATAGAAACAATTGGTTTAGGACAAAACAAAAGATCATAACTATTTAAAATAAATAA
* * * * *
13224051 TTATTCAAACAAGCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAACCTTTTAA
66 TTATTCAAACAAGCATAACTATTTGAACGTGTTCAGAAAACAGATTTATGTTTTAAA-ATTTTAA
**
13224116 TTATTAATTTTTGGAATATTAATATG
130 TTATTAATTTTTACAATATTAATATG
* * * *
13224142 CTTGTATGAATAGAAACAATTGGTTTAGGACAAAACAAAAGGTTATAACTATTTAAAATAAATGA
1 CTTGCATGAATAGAAACAATTGGTTTAGGACAAAACAAAAGATCATAACTATTTAAAATAAATAA
* ** * * *
13224207 TTGTTCAAATGATCATAACTATTTGAACGTGTTTAGAAAACAGATTTATGTTTTAAAATTTTACT
66 TTATTCAAACAAGCATAACTATTTGAACGTGTTCAGAAAACAGATTTATGTTTTAAAATTTTAAT
13224272 TATTAATTTTTACAATATTAATA
131 TATTAATTTTTACAATATTAATA
13224295 AATTTATATT
Statistics
Matches: 132, Mismatches: 21, Indels: 1
0.86 0.14 0.01
Matches are distributed among these distances:
155 27 0.20
156 105 0.80
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.10, T:0.39
Consensus pattern (155 bp):
CTTGCATGAATAGAAACAATTGGTTTAGGACAAAACAAAAGATCATAACTATTTAAAATAAATAA
TTATTCAAACAAGCATAACTATTTGAACGTGTTCAGAAAACAGATTTATGTTTTAAAATTTTAAT
TATTAATTTTTACAATATTAATATG
Found at i:13224341 original size:336 final size:337
Alignment explanation
Indices: 13223810--13224475 Score: 891
Period size: 336 Copynumber: 2.0 Consensus size: 337
13223800 ATAATTTTGC
* * * *
13223810 ATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAACGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTT
1 ATGAACAGAAACAATTAGTTTAGGACAAAACAAAACGTCATAACGATTTAAAATAAATAATTGTT
* * * * * *
13223875 CATATAGACATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAGCAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACATATT
66 CAAATAGACATAACTATTTGAACGTGTTTAGAAAACAGATTTATTTTTAAAATCTCCTACATATT
*
13223940 AATTTTTATAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAACTTGCATGAATAGAAACAA
131 AATTTTTACAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAACTTGCATGAATAGAAACAA
* * *
13224005 TTGTTTTATGACAAAACAACAGATCATAACT-ATTTTAAATA-AATAATTATTCAAACAAG-CAT
196 TTATTTTATGACAAAACAACAGATCATAA-TGATTTGAAATAGAA-AATTATCCAAA-AAGTCAT
* *
13224067 AACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGA-TTTATTTTTTAAACCTTTTAATTATTAATTTTTGGA
258 AACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATA-ACTATATTTTTTAAACCTCTTAATTATTAATTTTTGGA
13224131 ATATTAATATGCTTGT
322 ATATTAATATGCTTGT
* * * * * *
13224147 ATGAATAGAAACAATTGGTTTAGGACAAAACAAAAGGTTATAACTATTTAAAATAAATGATTGTT
1 ATGAACAGAAACAATTAGTTTAGGACAAAACAAAACGTCATAACGATTTAAAATAAATAATTGTT
* *
13224212 CAAAT-GATCATAACTATTTGAACGTGTTTAGAAAACAGATTTATGTTTTAAAAT-T-TTACTTA
66 CAAATAGA-CATAACTATTTGAACGTGTTTAGAAAACAGATTTAT-TTTTAAAATCTCCTACATA
* *
13224274 TTAATTTTTACAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATT-TGAAATAATCTTGTATGAATAGAA
129 TTAATTTTTACAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCTG-AATAAACTTGCATGAATAGAA
* * * * *
13224337 ACAATTATTTTTTGACAAAACAATATATTATAATGATTTGAAATAGAAAATTATCCAAAGAGTCA
192 ACAATTATTTTATGACAAAACAACAGATCATAATGATTTGAAATAGAAAATTATCCAAAAAGTCA
* * *
13224402 TAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAACTATATTTTTTAAATCTCTTATTTATTAATTTTTGGA
257 TAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAACTATATTTTTTAAACCTCTTAATTATTAATTTTTGGA
13224467 ATATTAATA
322 ATATTAATA
13224476 AATTAGTATT
Statistics
Matches: 287, Mismatches: 34, Indels: 17
0.85 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
335 6 0.02
336 176 0.61
337 97 0.34
338 8 0.03
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (337 bp):
ATGAACAGAAACAATTAGTTTAGGACAAAACAAAACGTCATAACGATTTAAAATAAATAATTGTT
CAAATAGACATAACTATTTGAACGTGTTTAGAAAACAGATTTATTTTTAAAATCTCCTACATATT
AATTTTTACAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAACTTGCATGAATAGAAACAA
TTATTTTATGACAAAACAACAGATCATAATGATTTGAAATAGAAAATTATCCAAAAAGTCATAAC
TATTTGAACTTGTTCAGTAAATAACTATATTTTTTAAACCTCTTAATTATTAATTTTTGGAATAT
TAATATGCTTGT
Found at i:13225073 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 13224506--13225729 Score: 822
Period size: 181 Copynumber: 6.8 Consensus size: 180
13224496 GAAATAAGCC
* * * * * *
13224506 TAAAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAAATTGAGAAGT-TGAAGATTTAAAAAATAAATCA
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAG-AGATTTAAAAAATAAATCT
**** * * * ** * * * ** *
13224570 GTTTATTGAATCAGTTCAAATAATTATGACCATTTGAATAATTATCTATTTGAAATTATTATGAA
64 GTTTGCCAAACCAATTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTAACTATTTCAAATCGTTATGAC
* ** ** ** * *
13224635 CTTTTGTTTTG-CTATAAAGCAATTGTTTTTCATCACACAAGCCTATTTAGAA
129 CTTTTGTTTTGTC-ATAAAACAAAAGTTTTTGTTCACACAAGTTTATTCAAAA
* * *
13224687 TAAAATAATACTAATTTATTAGTATTTCAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAAT-AATATG
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTG
** ** * * * * *
13224751 CCTATCAAACCAGTTCAAATAATTATGATTATTT-ACACAATTATA-TATTTCAAATAGTGATAA
65 TTTGCCAAACCAATTCAAATAGTTATGATTATTTGA-ACAATTA-ACTATTTCAAATCGTTATGA
* * * * * * *
13224814 CATTTTGTTTTGTCATAAAGCAATTA-TTTATGTTCAAACAAGCTTATTCAGAA
128 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-AAGTTTTTGTTCACACAAGTTTATTCAAAA
* * * * *
13224867 TAAAGTAATACTAATCTAATAATATTATAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTG
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTG
* * * * *
13224932 TTTGCCAAACCAATTCAAATAGTTACGGTTATGTGAACAATTAACTATTTTAAATCGTTATGGCC
65 TTTGCCAAACCAATTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTAACTATTTCAAATCGTTATGACC
* * *
13224997 TTTTGTTTTATCATAAAACAAAAGTTTTTGTTCACAGAAGTTTGTTCAAAA
130 TTTTGTTTTGTCATAAAACAAAAGTTTTTGTTCACACAAGTTTATTCAAAA
13225048 TAAAATAA-ACTTAATTTATTAATATTTTAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCT
1 TAAAATAATAC-TAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT
* * * * * ** *
13225108 ATTTACCAAACTAATTCAATTAATTAT-ATTGATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA
64 GTTTGCCAAACCAATTCAAATAGTTATGATT-ATTTGAACAATTAACTATTTCAAATCGTTATGA
* * * * * ***
13225172 CCATTTGCTTTGTCATAAAAC--AATTTTTCTATTGACACAA-TCTTATTTGGAA
128 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAAAGTTTT-TGTTCACACAAGT-TTATTCAAAA
* * * *
13225224 TAAAGTAATGCTAATTTATTAATATTCTAAAAATTATTAAGTAATG-GATTTAAAAAATTAATCT
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAA-GAGATTTAAAAAATAAATCT
** * ** * * * * * * * *
13225288 G-TTGGTATGATTAGTACAAATAGTTATAATTGTTTGAACAGTTATCTATTTTAAATCATTATGA
64 GTTTGCCA-AACCAATTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTAACTATTTCAAATCGTTATGA
* * ** * * *
13225352 CCTTTTGTTTTATCACAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAG-CTAATCAAGAA
128 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAAAGTTTTTGTTCACACAAGTTTATTCAA-AA
* * * * *
13225405 TAACATAATTCTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAACTAAATTTG
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTG
** * * * ** *
13225470 TTTGCGGAA-CAAGTTCAAATGGTTATGATTTTTTGAACAATTACCTATTTCAAATCACTATAAC
65 TTTGCCAAACCAA-TTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTAACTATTTCAAATCGTTATGAC
* **** * *
13225534 CTTTTGTTTTGTCATAAAATATTTTTTTTCTATTCATACAAGCTTGT-TTC-AAA
129 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAAAAGTTTT-TGTTCACACAAG-TT-TATTCAAAA
* * * * * * *
13225587 TAAAATAGTA-TAAATTTATTAATATTCAGACAACTAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAAATAT
1 TAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT
* * * * *
13225651 GTCTACCAAA-TAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATA-TATTTCAAATCATTATG
64 GTTTGCCAAACCAA-TTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTA-ACTATTTCAAATCGTTATG
* *
13225714 ACTTTTTATTTTGTCA
127 ACCTTTTGTTTTGTCA
13225730 AATAGTCATA
Statistics
Matches: 827, Mismatches: 177, Indels: 77
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
175 9 0.01
176 42 0.05
177 90 0.11
178 3 0.00
179 7 0.01
180 227 0.27
181 305 0.37
182 140 0.17
183 1 0.00
184 2 0.00
185 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (180 bp):
TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGT
TTGCCAAACCAATTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTAACTATTTCAAATCGTTATGACCT
TTTGTTTTGTCATAAAACAAAAGTTTTTGTTCACACAAGTTTATTCAAAA
Found at i:13225310 original size:357 final size:357
Alignment explanation
Indices: 13224604--13225445 Score: 833
Period size: 357 Copynumber: 2.3 Consensus size: 357
13224594 TATGACCATT
* * * * * * * * ** **
13224604 TGAATAATTATCTATTTGAAATTATTATGAACTTTTGTTTT-GCTATAAAGCAATTGTTTTTCAT
1 TGAACAATTAACTATTTTAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATC-ACAAAACAAAAGTTTTTGTT
** *
13224668 CACACAAGCCT-ATTTAGAATAAAATAATAC-TAATTTATTAGTATTTCAAAAATTAATAAGTAG
65 CACACAAG-CTAATCAAGAATAAAATAA-ACTTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-A--A-
* * *
13224731 GAGATTTAAAAAATAATATGCCTATCAAACCAGTTCAAATAATTATGATTATTTACACAATTATA
124 GAGATTTAAAAAATAATATACCTACCAAACCAATTCAAATAATTATGATTATTTACACAATTATA
* * *
13224796 TATTTCAAATAGTGATAACATTTTGTTTTGTCATAAAGCAATTATTTATGTTCAAACAAGCTTAT
189 TATTTCAAATAGTGATAACATTTTGCTTTGTCATAAAACAATTATTTATATTCAAACAAGCTTAT
13224861 TCAGAATAAAGTAATACTAATCTAATAATATTATAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATA
254 TCAGAATAAAGTAATACTAATCTAATAATATTATAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATA
* * **
13224926 AATTTGTTTGCCAAACCAATTCAAATAGTTACGGTTATG
319 AATCTGTTTGCCAAACCAATACAAATAGTTACAATTATG
* * *
13224965 TGAACAATTAACTATTTTAAATCGTTATGGCCTTTTGTTTTATCATAAAACAAAAGTTTTTGTTC
1 TGAACAATTAACTATTTTAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCACAAAACAAAAGTTTTTGTTC
* * ** *
13225030 ACAGAAGTTTGTTCAA-AATAAAATAAACTTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGAGATT
66 ACACAAG-CTAATCAAGAATAAAATAAACTTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATT
* ** * * *
13225094 TAAAAAATAAATCTATTTACCAAACTAATTCAATTAATTAT-ATTGATTTGA-ACAATTATTTAT
130 TAAAAAAT-AATATACCTACCAAACCAATTCAAATAATTATGATT-ATTT-ACACAATTATATAT
* * * * * * * *
13225157 TTCAAATTGTTATGACCA-TTTGCTTTGTCATAAAACAATT-TTTCTATTGACACAATCTTATTT
192 TTCAAATAGTGAT-AACATTTTGCTTTGTCATAAAACAATTATTTATATTCAAACAAGCTTATTC
* * * * * * * *
13225220 GGAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATATTCTAAAAATTATTAAGTAATG-GATTTAAAAAATTA
256 AGAATAAAGTAATACTAATCTAATAATATTATAAAAATTAATAACTAA-GAGATTTAAAAAATAA
** * ** * * * *
13225284 ATCTG-TTGGTATGATTAGTACAAATAGTTATAATTGTT
320 ATCTGTTTGCCA-AACCAATACAAATAGTTACAATTATG
* * **
13225322 TGAACAGTTATCTATTTTAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCACAAAACAATTGTTTTTGTTC
1 TGAACAATTAACTATTTTAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCACAAAACAAAAGTTTTTGTTC
* * *
13225387 ATACAAGCTAATCAAGAATAACAT-AATTCTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
66 ACACAAGCTAATCAAGAATAAAATAAACT-TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
13225446 TAAAAGATTT
Statistics
Matches: 393, Mismatches: 77, Indels: 26
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
356 12 0.03
357 207 0.53
358 72 0.18
359 4 0.01
360 3 0.01
361 92 0.23
362 3 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (357 bp):
TGAACAATTAACTATTTTAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCACAAAACAAAAGTTTTTGTTC
ACACAAGCTAATCAAGAATAAAATAAACTTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTT
AAAAAATAATATACCTACCAAACCAATTCAAATAATTATGATTATTTACACAATTATATATTTCA
AATAGTGATAACATTTTGCTTTGTCATAAAACAATTATTTATATTCAAACAAGCTTATTCAGAAT
AAAGTAATACTAATCTAATAATATTATAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGT
TTGCCAAACCAATACAAATAGTTACAATTATG
Found at i:13226245 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 13225727--13229223 Score: 2547
Period size: 181 Copynumber: 19.4 Consensus size: 181
13225717 TTTTATTTTG
* * * * *
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* * * * ** ** * *
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* *
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* ** * * *
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* * *
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* *
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* * * * *
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* * * * * *
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* *
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* * * * * * * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * **
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* ** * * *
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* ** * * * * ** *
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* * * *
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* * * * ** * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * *
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* * ** ** ** *
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* ** **
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* ** * * * *
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* * * * * *
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* * * * ** * * * *
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* * * * ** * *
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* * * ** *
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* ** * * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * * * ***
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * * * *
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* * ** ** * *
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129 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGT
* * * * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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129 C-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGT
** *
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* * * *
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** * *
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* * * * * * * * *
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* * * * *
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* * * * *
13229089 ATAATTATTTTATTACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAACTAGATAATTAT
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* * * * * * *
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1 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTAGGTAAATAGATTTATTTTTT--AAATCTCTTACTT
* *
13229208 ATTAATTATTGAAATA
64 ATTAATTTTTGGAATA
13229224 ATTAGTTATA
Statistics
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* * * * * * ** * * * *
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** * * * * *
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* * * * * *
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*
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* * * * * *
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* ** ** * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* ** * *
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** ** * *
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* * * ** * *
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* * *
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* * * * * * *
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* * * *
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* * ** * * * *
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* ** * * * *
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* * * * *
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1 AAAATTAATAAGTAAGAA-ATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACTAAATAAGTTCAAA-TAGTTAT
** * * * *
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* * * ** * *
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* * *
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* * * * * **
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* * * * *
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** *
13231160 AAAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAAATAAATCAATTTACCAAATAAGTTCAAATAGTTATA
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* * * * *
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* ** *
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* ** ** *
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* * ** * ** * * *
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* * * * * *
13231513 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTTAAAAATAAATGTATTTGCTAAACTAA-TTCAAATAGTTAAGA
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* * * * *
13231577 CTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATT-GTT
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* ** **
13231641 T-CAGTTCATACAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACT-ATTCTATTAACATTCAA
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* * * * * * *
13231695 AAAATTAATAAGCAAGAAATTTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAATTCAAATAGTCAAGT
1 AAAATTAATAAGTAAGAAA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAATAAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * ** * * *
13231760 CTATTTCAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGGCCTTTCATTTTATAATAAAACAATT-GTTT
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* ** * * * *
13231824 -TAGTTCATAAAAGCTTATGCAAAATAAAATAATATTACTTTACTAATATTTTA
130 GTA-TTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-TTTCA
* *
13231877 GAAATTAAGAAGT
1 AAAATTAATAAGT
13231890 TGGAGATTTT
Statistics
Matches: 1574, Mismatches: 323, Indels: 180
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Matches are distributed among these distances:
169 21 0.01
170 50 0.03
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172 2 0.00
173 20 0.01
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Consensus pattern (181 bp):
AAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAATAAGTTCAAATAGTTATGAC
TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTG
TATTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATTTTCA
Found at i:13230404 original size:358 final size:360
Alignment explanation
Indices: 13229723--13231858 Score: 1569
Period size: 358 Copynumber: 6.0 Consensus size: 360
13229713 TAGTAAAAAC
* ** * *
13229723 AAAATTAATAAGCATGAG-TTTAAAAAA-AAATT-GTTTAC-CAAACAAATTCAAATAGTTACT-
1 AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTCGTTTACTGAAAC-AGTTCAAATAGTTA-TG
* * * * * * ** * * * * * *
13229783 ATTATTAGAACAATTGTTTATATGAAATTGTTATTACTTTTTTTTTTGTTATAAAACAATTGTTA
64 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTATTTTATCATAAAACAATTATTT
* * * * * * *
13229848 C-AGTTCATACAAACTTATTCAAAATAAAGTAACACTAATTTATTGATATTTCAAATATTAATAA
129 CTAGTTCATACAAGCTTATT-TAAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
* * * * * * *
13229912 GTAAGAAATTTAAAAAGTGAATCTTTTTACTAAATTAGTTCAAATAATTATGACCATTTCAACAA
193 GTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTCAACAA
* * * * * * * **
13229977 TTATCCATTTTAAATCATTATTACTTTTTGTTTGGTCATATAACGATTATTTTTTA-TCATACAA
258 TTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTCAATTCATACAA
13230041 GCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATTTTGCA
322 GCTTATTCAAAATAAAATAATA-TAATTTATTAATTTT-CA
* * * * *
13230082 AAAATTAAT-AGCAAGAGATTTAAAAAATAAATTCGTTTATTGAATCAGTTTAAATAGTTATGAC
1 AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTCGTTTACTGAAACAGTTCAAATAGTTATGAC
* ** ** * *
13230146 TATTTGAACAA-TGT-TAGATCAAATTGTTATAACTTTTTATTTTATTATAAAA-AATTATTTCT
66 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTATTTTATCATAAAACAATTATTTCT
* * * *
13230208 A-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTGATCTAATAATATTACAAAAATTAATAATT
131 AGTTCATACAAGCTTATTT-AAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
* * * * * *
13230272 AAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTT-GTCGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATATGAACAAT
195 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-AAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTCAACAAT
** * **
13230336 TATCTATTTCAAATCATTACAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTCAATTCATATTAGC
259 TATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCAATTCATACAAGC
* *
13230401 TTATT-ATGAATAAAATAAAATGAATTTATTAATATTTCA
324 TTATTCA-AAATAAAATAATAT-AATTTATTAAT-TTTCA
* * * *
13230440 AAAATTAATAAGTAATAGATTTAAAAAAT-AATTACGTTTAACT-AACCAGATCAAATAATTATG
1 AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATT-CGTTT-ACTGAAACAGTTCAAATAGTTATG
* * * * *
13230503 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTACGA-TTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-AAGCT
64 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTATTTTATCATAAAACAATTA--T
* * * * *
13230566 TT-T-GTTCATATAAGTTTGTTTAGATTAAAATAATACTAATCTACTAATATTTCAAAAA-T--T
127 TTCTAGTTCATACAAGCTTATTTA-AATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAAT
* * * * * *
13230626 AA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAAAC-AATTTAAATTGTTATGACTATTTGAG
191 AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CTAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTCAA
* ** * * * ** *
13230689 CAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACATTTTGTTATGTTATAAAACAATAGTTTCTATTCATAC
255 CAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCAATTCATAC
*** * * * *
13230754 AAG-TATATTTGGATTAAAACAATGATAATTTATTATTATTTCT
320 AAGCT-TATTCAAAATAAAATAAT-ATAATTTATTAAT-TTTCA
* * *
13230797 ATAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAATAAATAT-GTTTAC-CAAACAAGTTCAAATTA-TCA
1 AAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAAATAAAT-TCGTTTACTGAAAC-AGTTCAAA-TAGTTA
** * * * * *
13230859 TGACTATTTGAGTAATTATCTATTTCAAATCATTTTGACTTTTTCTTTTGTAATAAAACAATTGT
62 TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTATTTTATCATAAAACAATTAT
* * ** * * *
13230924 TT-AAGTTCATATAAGCTTATTTGATGTAAAATAATACTAATTTATTAACATTCCAAAAATTAAT
127 TTCTAGTTCATACAAGCTTATTT-AAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAAT
* * * * * * *
13230988 GAGTAAGAGAATTAAAAAA-GAATCTGTTTACCAAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATCTAAA
191 AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTCAA
* * * * *
13231052 CAATTAT-TGATTTCAAAACATAATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTT--GTTGAT
255 CAATTATCT-ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTCAATTCAT
* * *
13231114 GCAATGCTTTTTTC-AAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTCAA
318 ACAA-GC-TTATTCAAAATAAAATAATAT-AATTTATTAATTTTC-A
* * *
13231160 AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAATAAA-TCAATTTAC-CAAATAAGTTCAAATAGTTAT
1 AAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAAATAAATTC-GTTTACTGAAA-CAGTTCAAATAG-T-T
* * *
13231223 ATGACTATTTAAACAATTAT-TCATTTCAAATCATTATGACATTTTATTTTATCGTAAAACAATT
61 ATGACTATTTGAACAATTATCT-ATTTCAAATCATTATGACTTTTTATTTTATCATAAAACAATT
* * ** *
13231287 ATTTTTA-TTTATACAAAATTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA-T-
125 ATTTCTAGTTCATACAAGCTTATTTA-AATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTA
* ** * * *
13231349 -TAA-TAAGAGATTT--AAAAT---T-TGTTTATTGGACCAGTTCAAATAGTTATTACTATTTTA
189 ATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTCA
* * * ** * * * *
13231406 ATAAATATCTATCTCAAATTGTTATGATC-TTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATA
254 ACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCAATTCATA
* ** * * ** * * *
13231470 CAAGCTCATAT-GGAGTAAAATATATCTAAACTAATAATATTCT
319 CAAGCTTAT-TCAAAATAAAATA-ATATAATTTATTAATTTTCA
* * * * * *
13231513 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTTAAAAATAAATGT-ATTTGCT-AAACTAATTCAAATAGTTAAG
1 AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT-TCGTTTACTGAAAC-AGTTCAAATAGTTATG
* * * * *
13231576 ACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACCTTTT-GTTTAGTCATAAAATAATTGT
64 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG-ACTTTTTATTTTA-TCATAAAACAATTAT
** * *
13231640 TTC-AGTTCATACAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTATTCTATTAACA-TTCAAAAAATTAA
127 TTCTAGTTCATACAAGCTTAT-TTAAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTC-AAAAATTAA
* * * * * * * *
13231703 TAAGCAAGAAATTTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAATTCAAATAGTCAAGTCTATTTCA
190 TAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTCA
* * ** * * *
13231768 ACAATTATCTATTTAAAATCATTATGGCCTTTCATTTTATAATAAAACAATTGTTTT-AGTTCAT
254 ACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTCAATTCAT
* *
13231832 AAAAGCTTATGCAAAATAAAATAATAT
318 ACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAT
13231859 TACTTTACTA
Statistics
Matches: 1416, Mismatches: 271, Indels: 177
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
350 42 0.03
351 62 0.04
352 29 0.02
353 27 0.02
354 48 0.03
355 56 0.04
356 12 0.01
357 162 0.11
358 272 0.19
359 180 0.13
360 35 0.02
361 104 0.07
362 88 0.06
363 183 0.13
364 14 0.01
365 101 0.07
366 1 0.00
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (360 bp):
AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTCGTTTACTGAAACAGTTCAAATAGTTATGAC
TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTATTTTATCATAAAACAATTATTTCT
AGTTCATACAAGCTTATTTAAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
AGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTCAACAATTA
TCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCAATTCATACAAGCTT
ATTCAAAATAAAATAATATAATTTATTAATTTTCA
Found at i:13230826 original size:539 final size:536
Alignment explanation
Indices: 13229821--13231832 Score: 1721
Period size: 539 Copynumber: 3.7 Consensus size: 536
13229811 TGTTATTACT
* * * * * * * * * * *
13229821 TTTTTTTTTGTTATAAAACAATTGTTACAGTTCATACAAACTTATTCA-AAATAAAGTAACACTA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAATTCATATAAGCTTATT-ATGAGTAAAATAA-AATA
* * * * * * * *
13229885 ATTTATTGATATTTCAAATATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAGTGAATCTTTTTACTAAATTAG
64 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCGTTTAACTAAACTAG
* * * * * * * *
13229950 TTCAAATAATTATGACCATTTCAACAATTATCCATTTTAAATCATTATTACTTTTTGTTTGGTCA
129 ATCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * *
13230015 TATAACGATTA-TTTTTTATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATTTT
194 TAAAAC-AATAGTTTTGT-TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATCTATTAATATT
** *
13230079 GC-AAAAATTAAT-AGCAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TCGTTTATTGAATCAGTTTAAATAGTT
257 -CAAAAAATTAATAAG--A-AGATTTAAAAAATAAATCT-GTTTATCAAAACAGTTTAAATAGTT
* ** * *
13230141 ATGACTATTTGAACAA-T-GTTAGATCAAATTGTTATAACTTTTTATTTTATTATAAAA-AATTA
317 ATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACATTTTATTTTATTATAAAACAATTA
* * * * *
13230203 TTTCTATTCATACAAGCT-TATTTGAAATAAAATAATACTGATCTAATAATATTACAAAAATTAA
382 TTTCTATTCATACAAG-TATATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA
* * *
13230267 TAATTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTGTCGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATATGAA
446 TAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATTTATTTG-CGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA
* **
13230332 CAATTATCTATTTCAAATCATTACAACC
509 TAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* * *
13230360 TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTCAATTCATATTAGCTTATTATGAATAAAATAAAATGAA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAATTCATATAAGCTTATTATGAGTAAAATAAAAT-AA
* * *
13230425 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAATAGATTTAAAAAATAATTACGTTTAACT-AACCAG
65 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-CGTTTAACTAAACTAG
* * *
13230489 ATCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTACGA-TTTTTGTTTTGTCA
129 ATCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * * * * *
13230553 TAAAACAAAAGCTTTTGTTCATATAAGTTTGTTTAGATTAAAATAATACTAATCTACTAATATTT
194 TAAAACAATAG-TTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATCTATTAATA-TT
* *
13230618 C-AAAAATTAATAAG-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAAACAATTTAAATTGTTATGAC
257 CAAAAAATTAATAAGAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAAACAGTTTAAATAGTTATGAC
* * * *
13230681 TATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACATTTTGTTATGTTATAAAACAA-TAGTTTC
322 TATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACATTTTATTTTATTATAAAACAATTA-TTTC
* * * * *
13230745 TATTCATACAAGTATATTTGGATTAAAACAATGA-TAATTTATTATTATTTCTATAATTAATAAG
386 TATTCATACAAGTATATTTGGAATAAAATAAT-ACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
* * * * * *
13230809 TAAAAGATTTAAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATTA-TCATGACTATTTGAGTA
450 T-AAAGATTT-AAAAAATAAATTTATTT-GCGAACAAGTTCAAA-TAGTTATGACTATTTGAATA
* *
13230873 ATTATCTATTTCAAATCATTTTGACT
511 ATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* * * *
13230899 TTTTCTTTTGTAATAAAACAATTGTTT-AAGTTCATATAAGCTTATT-TGATGTAAAATAATACT
1 TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAA-TTCATATAAGCTTATTATGA-GTAAAATAA-AAT
* * * * * * *
13230962 AATTTATTAACATTCCAAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAA-GAATCTGTTT-ACCAAAAT
63 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC-GTTTAACTAAACT
* * * * * *
13231025 AAGTTCAAATAGTTATGACTATCTAAACAATTAT-TGATTTCAAAACATAATGACCTTTTGTTTT
127 -AGATCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCT-ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTT
* * * * * *
13231089 GTCATAAAACAATTGGTTTGTTGATGCAATGCTTTTTTC-AAATAAAATAATA-TAAATTTATTA
190 GTCATAAAACAATAGTTTTGTTCATACAA-GC-TTATTCAAAATAAAATAATACT-AATCTATTA
** * *
13231152 ATATTCAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAATAAATCAATTTACCAAATA-AGTTCAAA
252 ATATTCAAAAAATTAATAAG---AAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTATCAAA-ACAGTTTAAA
* * ** **
13231216 TAGTTATATGACTATTTAAACAATTATTCATTTCAAATCATTATGACATTTTATTTTATCGTAAA
312 TAG-T-TATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACATTTTATTTTATTATAAA
* * * *
13231281 ACAATTATTTTTATTTATACAA-AATTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA
375 ACAATTATTTCTATTCATACAAGTA-TATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA
*** * *
13231345 AAATTAATAAG---AGATTT--AAAATTTGTTTA-TTG-G-ACCAGTTCAAATAGTTATTACTAT
439 AAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATTTATTTGCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTAT
* * * ** *
13231402 TTTAATAAATATCTATCTCAAATTGTTATGATC
504 TTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* * * **
13231435 -TTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTCA-TATGGAGTAAAATATATCTA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAATTCATATAAGCTTATTAT-GAGTAAAATA-AAATA
** * * * **
13231498 AACTAATAATA-TTCTAAAATTAATAAGTAAGAGATTTTAAAAATAAAT-GTATTTGCTAAACTA
64 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCGT-TTAACTAAACTA
* * * *
13231561 -ATTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACCTTTTGTTTAG
128 GA-TCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG-ACCTTTTGTTTTG
* * * * * *
13231625 TCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTATTCTATTAACA
191 TCATAAAACAATAGTTT-TGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATCTATTAATA
* *
13231690 TTCAAAAAATTAATAAGCAAGAAATTTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAA-A-TTCAAATA
255 TTCAAAAAATTAATAAG-AAG--A-TTTAAAAAATAAATCTGTTTA-TCAA-AACAGTTTAAATA
* * * * * * ** * * * *
13231753 GTCAAGTCTATTTCAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGGCCTTTCATTTTATAATAAAACAA
314 GTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACATTTTATTTTATTATAAAACAA
*
13231818 TTGTTT-TAGTTCATA
379 TTATTTCTA-TTCATA
13231833 AAAGCTTATG
Statistics
Matches: 1189, Mismatches: 223, Indels: 128
0.77 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
532 2 0.00
533 66 0.06
534 76 0.06
535 211 0.18
536 64 0.05
537 41 0.03
538 143 0.12
539 353 0.30
540 75 0.06
541 4 0.00
543 6 0.01
544 6 0.01
545 28 0.02
546 4 0.00
547 108 0.09
548 2 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (536 bp):
TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAATTCATATAAGCTTATTATGAGTAAAATAAAATAAT
TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCGTTTAACTAAACTAGAT
CAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
AAACAATAGTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTCAAA
AAATTAATAAGAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAAACAGTTTAAATAGTTATGACTATT
TGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACATTTTATTTTATTATAAAACAATTATTTCTATTC
ATACAAGTATATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAGA
TTTAAAAAATAAATTTATTTGCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATT
TCAAATCATTATGACC
Found at i:13231754 original size:183 final size:181
Alignment explanation
Indices: 13231383--13231858 Score: 505
Period size: 182 Copynumber: 2.6 Consensus size: 181
13231373 ATTGGACCAG
** * * * * ** * *
13231383 TTCAAATAGTTATTACTATTTTAATAAATATCTATCTCAAATTGTTATGATC-TTTGTTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTAAGACTATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCA
* *** * *
13231447 TAAAATAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTCATATGGAGTAAAAT-ATATCTAAACTAATAATAT
66 TAAAATAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATACAAAATAAAATAATATCTAAACTAATAACAT
* * * * * *
13231510 TCTAAAATTAATAAGTAAGAGATTTTAAAAATAAATGTATTTGCTAAACTAA
130 TCAAAAATTAATAAGCAAGAAATTTTAAAAATAAATCTATTTACTAAACAAA
**
13231562 TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACCTTTTGTTTAGTC
1 TTCAAATAGTTAAGACTATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG-ACCTTTTGTTTAGTC
* ** *
13231627 ATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATCCAAAATAAAATAATA-CTATTCTATTAACAT
65 ATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATACAAAATAAAATAATATCTAAACTAATAACAT
* *
13231691 TCAAAAAATTAATAAGCAAGAAATTTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAA
130 TC-AAAAATTAATAAGCAAGAAATTTT-AAAAATAAATCTATTTACTAAACAAA
* * * *
13231745 TTCAAATAGTCAAGTCTATTTCAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGGCCTTTCAT-TTTA-T
1 TTCAAATAGTTAAGACTATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTT--TGTTTAGT
* * * * *
13231808 AATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATGCAAAATAAAATAATAT
64 CATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATACAAAATAAAATAATAT
13231859 TACTTTACTA
Statistics
Matches: 248, Mismatches: 40, Indels: 14
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
179 40 0.16
180 3 0.01
181 60 0.24
182 75 0.30
183 69 0.28
184 1 0.00
ACGTcount: A:0.43, C:0.11, G:0.08, T:0.38
Consensus pattern (181 bp):
TTCAAATAGTTAAGACTATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCA
TAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATACAAAATAAAATAATATCTAAACTAATAACATT
CAAAAATTAATAAGCAAGAAATTTTAAAAATAAATCTATTTACTAAACAAA
Found at i:13232599 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 13232119--13242636 Score: 2875
Period size: 181 Copynumber: 57.7 Consensus size: 180
13232109 TTATCATTCA
* * * * * * ** *
13232119 TATTTGAACTGGTTTGGTAATTAAACTTATTTTTTAATTTTTTTGGTTATTAAGTTTTAAAATAT
1 TATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATAT
* * *** * ** ** ** * *
13232184 TATTAAATTAGTATTATTTCATTCCAAACAAAATAATAT-AAACAGACCAATTGTTTGATGACAA
66 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATGA-AACAATTGTTTTATGACAA
* * * * * * *
13232248 AA-TAAAAGCTTATAAAGATTTGTAACAGTTAATTATTCAAATAGTCAAAAC
130 AACAAAAAG-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAC
* ** * *
13232299 TATTTGAA-ATGTTTGGTAAGCAGATTTACTTTTTAAATCTCTTA-TTGATTAATTTTCT-AAAT
1 TATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTT-ATTAATTTT-TAAAAT
* * * * * * * **
13232361 ATCAATAAATTAGTATTACTTTATTTTAAACAAACTTATATTAACAAAAACAATTGTTTTATGAC
64 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA-TGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * * * *
13232426 AAAACAAAAAGTAATAATGATTTGAAACAAATAATTGTTCAAATAATTATAAT
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1 TATTTGAACTTGTTTGGTAAATAG-ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATA
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129 AAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC-ATAAC
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1 TA--T---TT-G----AACT-TGT---TTGG--T--AAAT-AGATTTATTTTTTAAATCTTTTAC
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1 --TATTTGA-ACTTG-TTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAAT-CT-TTTACTTA-TT-AA-TT-
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* *** * * * * *
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* **** * * * *
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* * * * * *
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66 TAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTTGAATAAGCTTGTATGAAT--GAAACAATTGTTTTATGAC
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13237361 AAAACAAAGA-TCTTAACGATTT-AAGATTGATAATTATTCAAATAGTCATAAC
128 AAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAA-ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAC
* * *** * * * * * *
13237413 TATTTAAACTAGTTCAATAAACAGATTTGTTTCTTAAATCTCTTACTTATCAATTTTTGAAATAT
1 TATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATAT
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13237478 TAATAAACT-CTATTA-TTTATTTCGATTAAACTTGTATGATAAAAAACAATTATTTTATGACAA
66 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGA-ATGAAACAATTGTTTTATGACAA
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13237541 AACAAAAGGTCATAACAATTTAAAACAGATAACCGTTCAAATGGCCATAAT
130 AACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAC
* ** ** * * * **
13237592 TATTTTAACTAATTCAGTAAAAAAATTTA-TTTTTAAAT-TTCTTACATATTAATTTCAAAAATA
1 TATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAATTTTTAAAATA
* ** * * *
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65 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA-TGAAACAATTGTTTTATGACA
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* *
13237772 TATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTTAAACCTCTTACTTATTAATTTTCT-AAAT
1 TATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTA-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT-TAAAAT
* * * * * *
13237836 ATT-TTTAATTAGTATTAATTTATTTTAAATAAGCTTGCATCAACTGAAACAATTGTTTTATGAC
64 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA-TGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * * *
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128 AAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT-AAC
* ** * * *
13237954 -ATTTAAACTAATTTAGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTCAAAAT-
1 TATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-AAAATA
* * *** * * * * *
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65 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGA-ATGAAACAATTGTTTTATGACA
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13238133 TATTTGAACTGGTTTAG-AAAGTTATAATTATGATTTTGTCT-AGTCAAATAATTA-TAACTATT
1 TATTTGAACTTGTTTGGTAAA--TA-GATT-T-ATTTT-T-TAAATCTTTTACTTATTAA-T-TT
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173 GT-CATAA-C
* * *** ** * * *
13238325 GATTTAAAAAGTAAATATGTTTACCAAA-CCATTTCAAATAGTTTT-GA-CTATTT-C--AATAA
1 TATTT-----G-AACT-TGTTTGGTAAATAGATTT---AT-TTTTTAAATCT-TTTACTTATTAA
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13238384 TTATTTCAAATAGTT-ATGACCT--T-TTATTTTGTCATTAAACAA--TTGGTTTTG-TTCATAC
54 TT-TTTAAAATA-TTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTTGAATAAGCTT-G-TATGAATGAAAC
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13238442 TATT-TTGAATAAGCTTATATGTACTGTACA-ATTG-TTT--TATA-ACAA--A-ACAAA-AGGT
114 AATTGTTTTATGA-C-AAAACAAAAAGT-CATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA-GT
*
13238497 AATAAC
175 CATAAC
* * * * * * * * * * * * * *
13238503 GATTTTAAATAGACAATTGTTCTAATAGTAGTAACTATTTGAATTTGTTCGATAAAC-AAGTTTA
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* * ** * * * ** * * * *
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*** * * * * * ** * *
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*
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* * * *** * * * * *
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1 TATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATTT-TTAAAAT
* * * *** * * * *
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* * ** * * * *
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* * * * * *
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* * **** * * *
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* * ** * * * *
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127 CAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAC
* * *** * * * * * * ***
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** * *
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* * * * * * * *
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* * * **
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1 TATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTA---TTTTTTAAATCT-TTTAC-TTATTAATTTTTAA
* * * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * *** **
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* * * * * * *
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* * * * * * * * *
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1 TATTTGAACTTGTT-TGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTAC-TTATTAATTTTTAAAAT
* * * * ** ** * * * *
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64 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATG-A-ATGAAACAATTGTTTTATGA
* * * * * *
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127 CAAAACAAAAAG-TCATAATGATTTGAAATAGA-TAATTATTCAAATAGTCATAAC
* ** * *
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1 TATTTGAACTTG-TTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTT-ATTAATTTT-TAAAA
* * * * * ** * *
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* * * * *
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127 CAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAC
* * * * *
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1 TATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAATTTTTAAAATA
* * ** * * * * * *
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* ** * * * *
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128 AAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT-AGTCATAAC
* * * * * *
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1 TATTTGAACTT-GTTTGGTAAATAGA-TTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAAT
* * * * * * ** * * * *
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* * * **
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* ** * ***
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* * * *
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* * * * *
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* * ** * *
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** * * *
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* * * *
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* * *
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* * * * * * * * *
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* * * ** * * * ** * *
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* * * ** * * *
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* * * * * * *
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1 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TAGAATAAGC-TATATGAACTGAAAC
* * * ** * * *
13232772 AATTGTTTTATGA-TATAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAAATAATTATTTAAATTGTCAT
64 AATTGTTTTATGACTAAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT
* * * * * **
13232836 AACTATTTGTAA-TGGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATC---T-GTTATTAATTCCTAAA
129 AACTATTTG-AACTTGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAA
* ** * * * * *
13232896 ACATTAATAAATTAGGATTATTTT-ATTTCAAATAAGCTTGTGTG-TTGAAAAACAATTGTTTTA
193 ATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCT-GAATAAGCTTGTATGAAT-AAAAACAATTATTTTA
* * * * * * * * *** ** *
13232959 TGACAAAACAAAAGGT-AGCAATGATTTGAAATAGATAGTTGTCCAAGTGGCCATAGTTATTTGA
256 CGACAAAAAAAAAAGTCA--AATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTAA
** * * ** *
13233023 A-TTGATTCAATAAACTA-ATTTATTTTTTAAA-TCTCTTAT
319 ACTTG-TTCGGTAAAC-AGA-TTA---TATAAATTTTCACAA
* * * * * * * *
13233062 TAATTTTTCACATATTAATAAAGTAG-ATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACTAAAATA
1 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAGAATAAGC-TATATGAACTGAAACA
* * * * * *
13233126 ATTGTCTTATGAC-AAAA-TAAAGCGTCATAATGATTTTAAATTGATAATTCTTCAAATAGTCAT
65 ATTGTTTTATGACTAAAACAAAAG-GTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT
* * ***** * ** * **
13233189 AACTATTTAAACTTATTCACCGGACACATTTATTTTTTCAAATCTCATGCTTATTAATTTTTTCA
129 AACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACATATTTATTTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAA
* * * * * * * *
13233254 ATGTTAATAAATTAGTA-TATTTT-ATTTCGAGTAAGCTTATGTGAACT-GAAACAATTATTATA
193 ATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCT-GAATAAGCTTGTATGAA-TAAAAACAATTATTTTA
* * * * * * * * * * **
13233316 TGACTAAACAAAATGTCAAAATTATTTGAAATAGATAATTATTCTAATATTCTTAACAATTCGAA
256 CGACAAAAAAAAAAGTC-AAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTAAA
* * * * ** *
13233381 CTGGTTTGGCAAACACATT-TAT-TTTTTAAATCACTTAT
320 CTTGTTCGGTAAACAGATTATATAAATTT---TCAC--AA
* * * * * * *
13233419 TAATTTTTGGAATATTATTAAACTGGTATTATTTTTATCTA-AATAAGCTTGTATGATCCT-AAA
1 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTAGAATAAGC-TATATGA-ACTGAAA
* * * * * * * * * * *
13233482 CAATTGTTTTATGA-GAAAA-TAAAGATCACAACGATTTGAGATTGATATTTGTTCAAATATTTA
63 CAATTGTTTTATGACTAAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA
* * * * * * * *
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128 TAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACATA--TTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTA
*** * * * * * * *
13233609 AAATATTAATAGGGTAGTATTA-TTTAATTTTGAATAAGTTTTTATGAACT-GAAACAATTGTTC
191 AAATATTAATAAATTAATATTATTTTAA-TCTGAATAAGCTTGTATGAA-TAAAAACAATTATTT
** * * * * * * * *
13233672 TATAACAAAACAAAAGGTCATAATGGCTTT-AAATAGACAATTGTTCAAATAGTTA-AATCTATT
254 TACGACAAAAAAAAAAGTCA-AAT-GATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAATCATAA-CTATT
* * * * * *
13233735 TCAGCTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTTAAATCTTTTGCTCAT
316 TAAACTTGTTCGGTAAACAGA-TTA----TATAAA--TTTT-CACAA
* * * * *
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1 TAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAGAATAAGC-TATATGAACTGAAAC
* * *
13233846 AATTGTTTTATGACT-AAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTT
64 AATTGTTTTATGACTAAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT
* * * * * * * * * *
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129 AACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAA
* * * * * * * * *
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194 TATTAATAAATTAATATTATTTTAATCT-GAATAAGCTTGTATGAATAA-AAACAATTATTTTAC
* * * * * *
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257 GACAAAAAAAAAAGTCA-AATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTAAAC
** *
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321 T-TGTTCGGTAAACAGA-TTA---TATAAAT-TTTCACAA
** * * * * * * * *
13234139 TAATTTTCAAAATATTATTATATCAATATTATTTTATTCTA-AATAA-ATTTGCATAAACAGAAA
1 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TAGAATAAGCTAT--ATGAACTGAAA
* * * * * *
13234202 CATTTGCTTTATGAC-AAAACAAAAGCTCATAATGAATTGAAATAGATAATTATTCAAAT-GAAC
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* **
13234265 ATGAA-TATTTGAACTTGTTCGGTAAAAATATTTATTTTTTAAATCTCCTA-TATATTAATTTTT
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* * * * * *
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* * *
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* *
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* **
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* * * * * *
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66 TTGTTTTATGACTAAA-ACAAAAGGTCA-AAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT
* ** * * * * *
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129 AACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAA
* * * *
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194 TATTAATAAATTA-ATATTATTTTAATCTG-AATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTATTTTAC
* * * * * *
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257 GACAAAAAAAAAAGTCA-AATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTAAAC
*
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* * * * *
13234836 TAATTTTTGGAATATTATTCAATTAGTATTATTTTATTTAGAATAAGGCTATATGAATTGAAAAA
1 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAGAATAA-GCTATATGAACTGAAACA
* * * * * * * *
13234901 ATTATTTTATGA-TGAAACAAAAGGTCACAATGGTTTGAAATAAAAAATTATTCAAATAGTTATG
65 ATTGTTTTATGACTAAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
* * * * *
13234965 ACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACATATTTATTTTTAAAATATTTTATTTATTAATTGTCAAAAT
130 ACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAAT
* * * *
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195 ATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTATTTTACGAC
* *
13235095 AAAAAAAAAAGTC-AATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTAT
260 AAAAAAAAAAGTCAAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTAAACTTGT
*
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CTATTTGAACTTGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATA
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AAAAAAAAAGTCAAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTAAACTTGTT
CGGTAAACAGATTATATAAATTTTCACAA
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* *
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* * * * *
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1 TAATTATTCAAATA-ATCATAACTATTCGAACTT-ATTTGGTAAATAAATTT-CTTTTTT-AAAT
* *
13235293 CTCTTACTTATTACTT-TTTGAAATATTAATAAATT
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TACTTATTAATTGTCTAAATATTAATAAATTTGTATTATTT
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* * * * * * *
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* * * *
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* * *
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* * * * **
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1 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTAATTGAACTGGTTTGA-TAAA-CGAATTTATTTTT
* * * * *
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* * * * *
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*** * * *
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* * * *
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* * * * * *
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** * *
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AATCTCTTATTATAAAATTTCAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTA
TGAACAGAAATAATTGTTTTATGACAACAAAAAGTAATAAAGAATTG
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*
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1 ATAACTATTTAAATTGGT
13236102 TTGGTAAATA
Statistics
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ATAACTATTTAAATTGGTC
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13236289 TGTAATAATA
* * * * * * * *
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* *
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* * *
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* *
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* * * * ** *
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* * ** * * *
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* * * * * * ** * * * *
13236658 ATTTAAAATAGATAATTATTCAAATGGGCATGAGTATTTGAAC-TAATTCGATAAACAAATTAAC
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* * * *
13236722 TTTTTAATTCACTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAAT-AAGGTTTATTTTATTTCAAAT
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* * *
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126 AAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACG
* * * * *
13236837 ATTTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-ATATTTTTTTGGTAAACAAATTTA
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* * * * * ** * *
13236901 TTTTTTAAAACTTTTGCTTATTAA-TTTTGGAAATATTAAGAAATTTGTATTATTTTATTCCAGA
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* * * ** * * *
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* * *
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* * * *
13237082 TTTTTTGAATCTTTTGCTTATTAATTTTTTGAA-AGTTAATAAATTTCAATTATTTTA-TTCTAA
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* * * ** * * *
13237145 ATAAGCTTGTAAGATA-TGAAACAAATATTTT-TGACTGAATAAAAGGTT-AGAACA
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* * * ** * * ** *
13237199 ATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTTTTAACTATTTGAACTGGTTCAACAAACACATTTATT
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* * * * * *
13237264 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTATTAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TAATCGAATA
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* * * * * * *
13237328 AGTTTCTTTGATCAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCTTAACG
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* * * * * * *
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* * * * *
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* ** * * *
13237506 AACTTGTATGATA-AAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA
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* * ** * * * * ** * * *
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* * ** * * ***
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* * * * *
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* * * * * *
13237738 ATTTTAAATAGACAATTATTAAAATAGTAATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATT
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* * * * * *
13237803 TTTTTAAACCTCTTACTTATTAATTTTCTA-AATATT-TTTAATTAGTATTAATTTATTTTAAAT
64 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TAGAATATTAATAAATCA--ATTATTTTATTTCAAAT
* * * * *
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126 AAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGT-TCATAACG
* * * * ** * *
13237919 ATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAAAC-ATTTAAACTAATTTAGTAAATAAATTTAT
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* * * * *
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* * * * * * *
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** * *
13242162 -AATTTGTTTTTTAAATGTTTTA-TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTT-
64 GAATTAATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA--TAGTATTATTTTA
* * * * *
13242223 CTTCGAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACGATTATTTTATGAGAAAACAAAATGTCATAACAAT
127 TTTC-AAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC-AT
* * * *
13242287 TTGACGATTTGACATAGATAATTGCTCAAATAGTTAAAACTATTTGAACT--TGTTCGATAAA-A
189 TT---GA----A-ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-AACTAAT-TTAG-TAAACA
* * * * ** * **
13242349 TGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCAATAATTTTTGGAATATTATTTTATTAGTATTATTTTAT
243 -AATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * * ** *
13242414 TTC-GAATAAGGCTATATGT-ACTA-ATACAATTGTTTTATGATGAAACAAAATGTC
306 TCCAG-ATAA-GTTTTAT-TAAC-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
** * * * * * * *
13242468 ATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACA-T
1 ATAACAATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGATAAACAGA
* * * * * * *
13242532 ATTTATTTTTTAAAATATTTTACTTACTAACTATTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-A
66 ATTAATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TAGTATTATTTTATT
*
13242596 TCGAAATAATCTTGTATGAA-TAAAAACAATTGTTTTATGAC
129 TC-AAATAAGCTTGTATGAACT-AAAACAATTGTTTTATGAC
13242637 TATTTGAACT
Statistics
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ATTAATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATAGTATTATTTTATTTC
AAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACATTTGAAAT
AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAACTAATTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCT
CTTACTTATTAATTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAGATAAGTTTTATTAAC
AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
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13236335 TTTGATCTGA
** * * *
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1 TTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAAACTCTTACTTATTAATTTTGGAAATATTAAGAAAGTAGT
** ** *
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** * *
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* * *
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** * * * * * **
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261 AAGCTTGCAAGAACAAAAACAAATATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAGAACAATTTAAAATAGA
* * * * * *
13236670 TAATTATTCAAATGGGCATGAGTATTTGAACTAATTCGATAAACAAATTAACTTTTTAATTCACT
326 TAATTATTCAAATAGGCATAACTATTTGAACTAATTCAACAAACAAATTAACTTTTTAAATCACT
* * ** *
13236735 TAGTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATAAGGT-TTA-TTTTATTTCAAATAAGCTTATATGA
391 TACTTATTAATTATTAAAATATTAATAAATAA-GTATTATTTTTA-ATCAAATAAGCTTATATGA
* *
13236798 ACTA-AAACAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAGGTCATAAC-ATTTTTAA-ATAGACAATTGTTC
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515 AAATAGTCATAACTATTTATATTTT
* * * *
13236884 TTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAAACTTTTGCTTATTAATTTTGGAAATATTAAGAAATTTGT
1 TTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAAACTCTTACTTATTAATTTTGGAAATATTAAGAAAGTAGT
* * * * *
13236949 ATTATTTTATTCCAGATAAGCTTTTATAAATTGAAACAATTCCTCTATGTCAAAACAAAA-TGTC
66 ATTATTGTATTCCAAATAAGCTTTTAT--ACTAAAACAATTCCTCTATGACAAAACAAAAGT-TC
* *
13237013 ATAACAATTTTAAATAAATAATTGTTC-AAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCGA-TAAA-A
128 ATAACAATTTTAAATAAATAATTG-TCGAAATAATCATAACTATTTGAACTTGTT-GAGTAAATA
* * *
13237075 GAATTTATTTTTTGAA-TCTTTTGCTTATTAATTTTTTGAA-AGTTAATAAATTTCAATTATTTT
191 G-ATTTATTTTTTCAATTCTCTTGCTTATTAATTTTTAGAACA-TTAATAAA--TCAATTATTTT
* ** ** * *
13237138 ATTCTAAATAAGCTTGTAAGATA-TGAAACAAATATTTT-TGACTGAATAAAAGGTTAGAACAAT
252 ATTCTAAATAAGCTTGCAAGA-ACAAAAACAAATATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAGAACAAT
* * *** ** * * *
13237201 TTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTTTTAACTATTTGAACTGGTTCAACAAACACATTTATTTT
316 TTAAAATAGATAATTATTCAAATAGGCATAACTATTTGAACTAATTCAACAAACAAATTAACTTT
* * * * *
13237266 TTAAATCTCTTACTTATTAATTATTAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTAATCGAATAAGT
381 TTAAATCACTTACTTATTAATTATTAAAATATTAATAAATAAGTATTATTTTTAATCAAATAAGC
* * * * * *
13237331 TTCTTTGATCAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGATCTTAACGATTTAAGATTGATAATT
446 TTATATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGATCATAACGATTTAAGATAGACAATT
* * **
13237396 ATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAG
511 ATTCAAATAGTCATAACTATTTATATTTT
*** * * * * * * * * *
13237425 TTCAATAAACAGATTTGTTTCTTAAATCTCTTACTTATCAATTTTTGAAATATTAATAAACT-CT
1 TTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAAACTCTTACTTATTAATTTTGGAAATATTAAGAAAGTAGT
* * * * * ** * *
13237489 ATTATT-TATTTCGATTAAACTTGTATGATA-AAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTC
66 ATTATTGTATTCCAAATAAGCTT-T-T-ATACTAAAACAATTCCTCTATGACAAAACAAAAGTTC
* * * ** *** * * ** * * *
13237552 ATAACAATTTAAAACAGATAACCGTTC-AAATGGCCATAATTATTTTAACTAATTCAGTAAAAAA
128 ATAACAATTTTAAATAAATAATTG-TCGAAATAATCATAACTATTTGAACTTGTTGAGTAAATAG
* * * ** * * *
13237616 ATTTA-TTTTTAAATT-TCTTACATATTAATTTCAAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
192 ATTTATTTTTTCAATTCTCTTGCTTATTAATTTTTAGAACATTAATAAATCA--ATTATTTTA-T
* * ** ** * * * * * * *
13237679 TCGT--CTAAGCTTGTATTAACTGATACAATTGTTTTATAACAAATCAAAAGGTTATAA-AGATT
254 TC-TAAATAAGCTTGCAAGAACAAAAACAAATATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAGAACA-ATT
* * * ** ** **** * * **
13237741 TTAAATAGACAATTATTAAAATAGTAATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTT
317 TAAAATAGATAATTATTCAAATAGGCATAACTATTTGAACTAATTCAACAAACA-AATTAACTTT
* * * * * * *
13237806 TTAAACCTCTTACTTATTAATT-TTCTAAATATT-TTTAATTAGTATTAATTTATT--TTAAATA
381 TTAAATCACTTACTTATTAATTATT-AAAATATTAATAAATAAGTATT-ATTT-TTAATCAAATA
** * * * * *
13237867 AGCTTGCATCAACTGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAA-ATGTCAGAATGATTTGAA-ATAG
443 AGCTTATATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGA--TCATAACGATTT-AAGATAG
* * * * * * **
13237930 ATAATTGTTCTAATAGTCTTAAAC-ATTTAAACTAA
505 ACAATTATTCAAATAGTCAT-AACTATTTATATTTT
* * * ** ** *
13237965 TTTAGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTCAAA-ATTTACTAAATTAG
1 TTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAAACTCTTACTTATTAATTTTGGAAATA-TTAAGAAAGTAG
* * * * * * * ** * * *
13238029 TATTATTTTAATCCAAATAAGATTGTACAGATAAAATAATTATTTTATGACAAAATAAAAAG-TA
65 TATTATTGTATTCCAAATAAGCTTTTATA-CTAAAACAATTCCTCTATGACAAAA-CAAAAGTTC
* * * ** *
13238093 ATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAATCATAATTATTTGAACT
128 ATAACAATTTTAAATAAATAATTGTCGAAATAATCATAACTATTTGAACT
13238143 GGTTTAGAAA
Statistics
Matches: 997, Mismatches: 216, Indels: 90
0.77 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
536 2 0.00
537 1 0.00
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543 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (539 bp):
TTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAAACTCTTACTTATTAATTTTGGAAATATTAAGAAAGTAGT
ATTATTGTATTCCAAATAAGCTTTTATACTAAAACAATTCCTCTATGACAAAACAAAAGTTCATA
ACAATTTTAAATAAATAATTGTCGAAATAATCATAACTATTTGAACTTGTTGAGTAAATAGATTT
ATTTTTTCAATTCTCTTGCTTATTAATTTTTAGAACATTAATAAATCAATTATTTTATTCTAAAT
AAGCTTGCAAGAACAAAAACAAATATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAGAACAATTTAAAATAGA
TAATTATTCAAATAGGCATAACTATTTGAACTAATTCAACAAACAAATTAACTTTTTAAATCACT
TACTTATTAATTATTAAAATATTAATAAATAAGTATTATTTTTAATCAAATAAGCTTATATGAAC
AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGATCATAACGATTTAAGATAGACAATTATTCAAATAG
TCATAACTATTTATATTTT
Found at i:13237656 original size:178 final size:180
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13237333 CTTTGATCAG
* * * * ** ** *
13237343 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGATCTTAACGATTTAAGATTGATAATTATTCAAATAGTC
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* * * * * ***
13237408 ATAACTATTTAAACTAGTTCAATAAACAGATTTGTTTCTTAAATCTCTTACTTATCAATTTTTGA
66 ATAACTATTTAAACTAATTCAATAAAAAAATTTATTTCTTAAATCTCTTACATATCAATTTCAAA
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131 AATATTAATAAACTACTATTATTTTATTTCG-TCTAAACTTGTATGATAAA
* * *
13237521 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAACAGATAACCGTTCAAATGGC
1 AAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAACAATTTAAAACAGATAACCATTCAAATAGC
* * * * *
13237586 CATAATTATTTTAACTAATTCAGTAAAAAAATTTATTT-TTAAATTTCTTACATATTAATTTCAA
65 CATAACTATTTAAACTAATTCAATAAAAAAATTTATTTCTTAAATCTCTTACATATCAATTTCAA
* * *
13237650 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGTCTAAGCTTGTAT
130 AAATATTAATAAACTACTATTATTTTATTTCGTCTAAACTTGTAT
13237695 TAACTGATAC
Statistics
Matches: 142, Mismatches: 28, Indels: 6
0.81 0.16 0.03
Matches are distributed among these distances:
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179 67 0.47
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ACGTcount: A:0.42, C:0.11, G:0.07, T:0.40
Consensus pattern (180 bp):
AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAGATCATAACAATTTAAAACAGATAACCATTCAAATAGCC
ATAACTATTTAAACTAATTCAATAAAAAAATTTATTTCTTAAATCTCTTACATATCAATTTCAAA
AATATTAATAAACTACTATTATTTTATTTCGTCTAAACTTGTATGATAAA
Found at i:13238036 original size:900 final size:900
Alignment explanation
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Period size: 900 Copynumber: 2.0 Consensus size: 900
13236347 TGGTAAACTG
* *
13236357 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTGTATTT
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* * * *
13236422 TAAATAAGCTTTTATACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAATGATTTTAAAT
66 CAAATAAGCTTTGATACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTTAAAT
* * * * * * *
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131 AGATAATTGTCGAAATAATCATAACTATTTAAACTAGTTCAATAAACAGATTTATTTCTTCAAAT
* * * * **
13236552 CTCTTGCTTATTAATTTTTAGAACATTAATAAATCAATTTTTTTATTTTGAATAATTTTGCATGA
196 CTCTTACTTATCAATTTTTAGAACATTAATAAATCAATTTATTTATTTCGAATAAACTTGCATGA
* * ** * **
13236617 ACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACACAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTATTCAAA
261 ACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAACAGATAACCATTCAAA
* * * **
13236682 TGGGCATGAGTATTTGAACTAATTCGATAAACAAATTAACTTTTTAATTCACTTAGTTATTAATT
326 TGGCCATAAGTATTTGAACTAATTCGATAAAAAAATTAACTTTTTAATTCACTTACATATTAATT
****
13236747 TTTGGAATATTAATAAATAAGGTTTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTAAAACAATTGT
391 TCAAAAATATTAATAAATAAGGTTTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTAAAACAATTGT
* * * * *
13236812 TTTATGACAAACAAAAGGTCATAACATTTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
456 TTTATAACAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGACAATTATTAAAATAGTAATAACTATTT
* * * * *
13236877 ATATTTTTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAAACTTTTGCTTATTAATTTTGGAAATATTAAGA
521 ATACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAAACTCTTACTTATTAATTTTCGAAATATTAAGA
* * * ** * *
13236942 AATTTGTATTATTTTATTCCAGATAAGCTTTTATAAATTGAAACAATTCCTCTATGTCAAAACAA
586 AATTAGTATTAATTTATTCCAAATAAGCTTGCATAAACTGAAACAATTCCTCTATGACAAAACAA
* * * *
13237007 AATGTCATAACAATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCGATA
651 AATGTCAGAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTAAACTTGTTAGATA
* * * ** *
13237072 AAAGAATTTATTTTTTGAATCTTTTGCTTATTAATTTTTTGAAAGTTAATAAATTTCAATTATTT
716 AAAGAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTCAAAAGTTAATAAATTACAATTATTT
* * * ** * *
13237137 TATTCTAAATAAGCTTGTA-AGATATGAAACAAATATTTT-TGACTGAATAAAAGGTTAGAACAA
781 TAATCCAAATAAGATTGTACAGATA--AAACAAATATTTTATGACAAAATAAAAAGTAAGAACAA
* **
13237200 TTTGAAATAGATAATTATTCT-AATAGTTTTAACTATTTGAACTGGTTCAACAAACAC
844 TTTGAAATAGATAATTATT-TAAATAATCATAACTATTTGAACTGGTTCAACAAACAC
* *
13237257 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTATTAAAATATTATTAAATTAGTATTATT-T-TTA
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTATTAAAATATTAATAAAGTAGTATTATTGTATT-
* *
13237320 ATCGAATAAGTTTCTTTGAT-C-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCTTAACGA-T
65 -TCAAATAAG---CTTTGATACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATT
* * * *
13237381 TTAAGATTGATAATTATTC-AAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTCAATAAACAGATTTGTTT
125 TTAA-ATAGATAATT-GTCGAAATAATCATAACTATTTAAACTAGTTCAATAAACAGATTTATTT
* * *
13237445 CTT-AAATCTCTTACTTATCAATTTTT-GAAATATTAATAAACTCTA-TTATTTATTTCGATTAA
188 CTTCAAATCTCTTACTTATCAATTTTTAG-AACATTAATAAA-TCAATTTATTTATTTCGAATAA
*
13237507 ACTTGTATGATA-AAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAACAGAT
251 ACTTGCATGA-ACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAACAGAT
* * * * *
13237571 AACCGTTCAAATGGCCATAATTATTTTAACTAATTC-AGTAAAAAAATTTA-TTTTTAAATT-TC
315 AACCATTCAAATGGCCATAAGTATTTGAACTAATTCGA-TAAAAAAATTAACTTTTT-AATTCAC
* *** * *
13237633 TTACATATTAATTTCAAAAATATTAATAAATTA-GTATTATTTTATTTCGTCTAAGCTTGTATTA
378 TTACATATTAATTTCAAAAATATTAATAAATAAGGT-TTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGA
* * *
13237697 ACTGATACAATTGTTTTATAACAAATCAAAAGGTTATAA-AGATTTTAAATAGACAATTATTAAA
442 ACTAAAACAATTGTTTTATAACAAA-CAAAAGGTCATAACA-ATTTTAAATAGACAATTATTAAA
* * *
13237761 ATAGTAATAACTATTTGA-ACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTTAAACCTCTTACTTATTA
505 ATAGTAATAACTATTT-ATACTTGTTTGGTAAACAAATTTA-TTTTTTAAAACTCTTACTTATTA
* *** ** *
13237825 ATTTTCTAAATATT-TTTAATTAGTATTAATTTATTTTAAATAAGCTTGCATCAACTGAAACAAT
568 ATTTTCGAAATATTAAGAAATTAGTATTAATTTATTCCAAATAAGCTTGCATAAACTGAAACAAT
** * * ** * *
13237889 TGTTTTATGACTAAACAAAATGTCAGAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCT-TAAA
633 TCCTCTATGACAAAACAAAATGTCAGAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGT-TAT-AA
13237953 C-ATTTAAACTAAT-TTAG-TAAATA-AATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTCAA
696 CTATTTAAACT--TGTTAGATAAA-AGAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTCAA
* * ** * *
13238014 AATTTACTAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGATTGTACAGATAAAATAATTATTTTATGA
758 AAGTTAATAAATTACAATTATTTTAATCCAAATAAGATTGTACAGATAAAACAAATATTTTATGA
* * * *
13238079 CAAAATAAAAAGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAATCATAATTATTTGAACTG
823 CAAAATAAAAAGTAAGAACAATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAATCATAACTATTTGAACTG
13238144 GTT
888 GTT
13238147 TAGAAAGTTA
Statistics
Matches: 738, Mismatches: 126, Indels: 52
0.81 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
898 4 0.01
899 93 0.13
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ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (900 bp):
ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTATTAAAATATTAATAAAGTAGTATTATTGTATTT
CAAATAAGCTTTGATACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTTAAAT
AGATAATTGTCGAAATAATCATAACTATTTAAACTAGTTCAATAAACAGATTTATTTCTTCAAAT
CTCTTACTTATCAATTTTTAGAACATTAATAAATCAATTTATTTATTTCGAATAAACTTGCATGA
ACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAACAGATAACCATTCAAA
TGGCCATAAGTATTTGAACTAATTCGATAAAAAAATTAACTTTTTAATTCACTTACATATTAATT
TCAAAAATATTAATAAATAAGGTTTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTAAAACAATTGT
TTTATAACAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGACAATTATTAAAATAGTAATAACTATTT
ATACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAAACTCTTACTTATTAATTTTCGAAATATTAAGA
AATTAGTATTAATTTATTCCAAATAAGCTTGCATAAACTGAAACAATTCCTCTATGACAAAACAA
AATGTCAGAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTAAACTTGTTAGATA
AAAGAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTCAAAAGTTAATAAATTACAATTATTT
TAATCCAAATAAGATTGTACAGATAAAACAAATATTTTATGACAAAATAAAAAGTAAGAACAATT
TGAAATAGATAATTATTTAAATAATCATAACTATTTGAACTGGTTCAACAAACAC
Found at i:13240522 original size:539 final size:538
Alignment explanation
Indices: 13239779--13242613 Score: 1416
Period size: 539 Copynumber: 5.2 Consensus size: 538
13239769 TTAAAACAAT
* * * * * * *
13239779 TAATTATTCGAATAGTCAAAACTATTTGAAATGATTTGGTAAGCAGATTTACTTTTTAAATCTCT
1 TAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATGGTTTAGTAAACACATTTATTTTTTAAATCTC-
* * * * *
13239844 TATTGATTAATTTTCTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAACAAACTTATAT-TAA
65 --TT-ATTAATTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGT-T
* ** * * * * *
13239908 CAAAAACTAT-TGTTCTATGACAAAACAAAAAGTAATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
125 CAAAAACAATCACTT-TATGACAAAACAAAAAGTAATAACAATTTGAAATAAATAACTATCCAAA
** ***
13239972 TAGTTATAATTATATGAACTAG-TTTGGTAAA-TAGAATTATTTTCTAAA-CTTCTTACTTATAA
189 TAGCCATAATTATATGAA-TAGATTCAATAAACT-GAATTATTTTCTAAATC-TCTTACTTATAA
* * ** * *
13240034 ATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTTTTATTCTA-TTCCAACGAAGCTTGTATGAGTTGAAATAA
251 ATTTTTAAAATATTAATAAAGTAG-ATTATTCTATTTCCAA-GAAGCTTGTATGAAATAAAACAA
* * * *
13240098 TTATTTTATAATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCATATCA-TCTTAA
314 TTATTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAACTATTCAAAT-AGTCATAA
** * * *
13240162 TTATTTGAA-TTGGTTTGGCAAATGGATTTTATTTTTT-AAATCTCTTAG-TTATTAACTTTTAG
378 CAATTTGAACTT-GTTCGGCAAATGCA-TTTATTTTTTCAAATCTCAT-GCTTATTAACTTTTAG
** * * * * *
13240224 AATTTTACTAAATTAATATTATTTTA-TTCTGAATATGCTTGTATAAAC-AAAAAAATTATTTTG
440 AATGGTAATAAATTAATATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTATATAAACTAAAAAAATTATTATA
* *
13240287 TGA-TAGAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGA
504 TGACTA-AACAAAAGGTCAGAACAATTTGAAATAGA
*
13240322 TAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGTAATGGTTTAGTAAACACATTTATTTTTTAAATCTCT
1 TAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATGGTTTAGTAAACACATTTATTTTTTAAATCTCT
* * *
13240387 TATTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGGATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGTTGAAAA
66 TATTAATT-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGTTCAAAA
* * * *
13240452 ACAATCACTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAAATAGCTATCCAAATTGCCA
130 ACAATCACTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAACAATTTGAAATAAATAACTATCCAAATAGCCA
* * * * * *
13240517 TAATTATTTGAATTGATTCAATAAACTGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTAA
195 TAATTATATGAATAGATTCAATAAACTGAATTATTTTCTAAATCTCTTACTTATAAATTTTTAAA
* *** * * * *
13240582 ATATTAATAAAGTAGATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAAATAAAACAATTGTTTTATGA
260 ATATTAATAAAGTAGATTATTCTATTTCCAAGAAGCTTGTATGAAATAAAACAATTATTTTATAA
* * ** * ** *
13240647 CAACATAAAAGGTCATAATGATTTTAAATTGATAACTGTTCAAATAGTCATAACAATTTGAACTT
325 CAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAACTATTCAAATAGTCATAACAATTTGAACTT
* * * * *
13240712 GTTCGGTAGATTCATTTATTTTTTCAAATCTCATGCTTATTAATTTTTTGAATGGTAATAAATTA
390 GTTCGGCAAATGCATTTATTTTTTCAAATCTCATGCTTATTAACTTTTAGAATGGTAATAAATTA
* * * * * *
13240777 GTATTATTTTATTTCGAGTAAGCTTATATGAACTGAAACAATTATTATATGACTAAACGAAAGGT
455 ATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATAAACTAAAAAAATTATTATATGACTAAACAAAAGGT
**
13240842 CAGAATGATTTGAAATAGA
520 CAGAACAATTTGAAATAGA
* * * * * *
13240861 TAATTATTCTAATATTCTTAACTATTT-AAAGTGGTTCAGCAAACACATTTATTTTTTAAATCAC
1 TAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAA-TGGTTTAGTAAACACATTTATTTTTTAAATCTC
* * * * *
13240925 TTATTAATTTTTGTAATATTATTAAATTAATATTTTTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGATCAAA
65 TTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGTTCAAA
* * * * * ** * ** ** * ***
13240989 AACAACCATTTTATGAGAAAACAAAGA-TCATAATGATTTGAGATCGATATTTATTCAAATATTT
129 AACAATCACTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAACAATTTGAAATAAATAACTATCCAAATAGCC
* * * * ** * * *
13241053 ATAACTATTTGAACT-GGTTCAA-AAAATAGCTTTAGTTTT-TGAATCTCTTACTTGTTAATTTT
194 ATAATTATATGAA-TAGATTCAATAAACT-GAATTA-TTTTCTAAATCTCTTACTTATAAATTTT
* * * ** * * * * *
13241115 TGAAATATTAATAGAGTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGTTTTTAT-AAATTGAAACAATTGTT
256 TAAAATATTAATAAAGTAG-ATTATTCTATTTCCAAGAAGCTTGTATGAAA-TAAAACAATTATT
* *** * * * * *
13241179 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGGCTTT-AAATAGATAATTGTTCAAACAGTCA-AATCTAT
319 TTATAACAAAACAAAAGGTCATAA-CAATTTGAAATAAATAACTATTCAAATAGTCATAA-CAAT
* * * *** * * * *
13241242 TTCAACTTGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTCAAATC-CTTTGCTCATTAATTTTTCA-AATGT
382 TTGAACTTGTTCGGCAAATGCATTTATTTTTTCAAATCTC-ATGCTTATTAACTTTT-AGAATGG
* * * * * * * * * *
13241305 TAATAAATTAGTATT-TTTTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATTGAAATAATTGTTTTATGAC
445 TAATAAATTAATATTATTTTAT-TTC-GAATAAGCTTATATAAACTAAAAAAATTATTATATGAC
* *
13241369 TAAACAAAAGGTCAAAACAATTTGAATTAGA
508 TAAACAAAAGGTCAGAACAATTTGAAATAGA
* * * ** * * * *
13241400 TAATTGTTCTAATAGTCTTATGTATTTAAAATGGTTTGGCAAACATATTTATTTTTTAAATCTCT
1 TAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATGGTTTAGTAAACACATTTATTTTTTAAA--TC-
* * * * * * ** **
13241465 TACTTATTAATTTTTGGAATTTTATTAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTACTATG-AA
63 T-CTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGTTC
* * * * * * ** * * * * *
13241529 AAGAAACAATTATTTTATAACAAAATAAATA-TCATAATGATTTGAGATAAAAAATTGTTCAAAT
126 AA-AAACAATCACTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAACAATTTGAAATAAATAACTATCCAAAT
* * * * * *** * *
13241593 AGTCATAACTATTTGAATTGTTTTGGTAAAC-AAATTTAGCTTT-TAAATCTCTTA--T-T-AA-
190 AGCCATAATTATATGAATAGATTCAATAAACTGAA-TTA-TTTTCTAAATCTCTTACTTATAAAT
* * * * * ** *
13241651 TTTTCAAATATTATTATA-TCAGCATTATT-T-TGTTCTAAATAATTTTGCATG-AATAGAAACA
253 TTTTAAAATATTAATAAAGT-AG-ATTATTCTAT-TTC-CAAGAAGCTTGTATGAAATA-AAACA
* * * * ** * * * * * *
13241712 ATTGTTTTATGATAAAACAAAGGGTCATAATGA-TTGAAAATAGATAATTGTTCAAATGGACATG
313 ATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTG-AAATAAATAACTATTCAAATAGTCATA
* * * ** *** * * * *
13241776 ACTATTTAAACTTTTTCGATAAAAATATTTATTTTTT-AAATCTCCTACCTATTAATTTTTAGAA
377 ACAATTTGAACTTGTTCGGCAAATGCATTTATTTTTTCAAATCTCATGCTTATTAACTTTTAGAA
** * * * * *
13241840 TATTAATAAATTAGTATT-TTTTATTCCGAATAAACTTGTATGAA-TAGAAAAAATTATCT-TAT
442 TGGTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATAAACTA-AAAAAATTAT-TATAT
* * * * * ** * *
13241902 CACAAAACAAATGATCATAACTTTTTAAAATAAA
505 GACTAAACAAAAGGTCAGAACAATTTGAAATAGA
* * * * *
13241936 TAATTGTTCAAACT-GTCATAACTATTT-AAACTTGCTTGGTAAACA-ATTTATTTTTAAAATTT
1 TAATTATTCAAA-TAGTCATAACTATTTGAAA-TGGTTTAGTAAACACATTTATTTTTTAAA---
* * * * * *
13241998 TTTACTTGTTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATCATTTTATTTCGAATATGCTTGTATGA
61 TCT-CTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGT
* *** * * ** * * * * **
13242063 ACAAAAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAGAGGCCATGACTATTTGAAATAGATAATTATTTAA
124 TC-AAAAACAATCACTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAACAATTTGAAATAAATAACTATCCAA
* * * * * * * *
13242128 ATAGTCATAACTATTTGAACGT-G-TTCAGA-AAAC-AAATTTGTTTTTTAAATGTTTTA-TTAT
188 ATAGCCATAATTATATGAA--TAGATTCA-ATAAACTGAA-TTATTTTCTAAATCTCTTACTTAT
* * * * * *
13242188 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTTATATTATT-T-TCTTCGAAATAAGCTTGTATG-AATAGAA
249 AAATTTTTAAAATATTAATAAA-GTAGATTATTCTAT-TTC-CAAGAAGCTTGTATGAAATA-AA
* * * * * *
13242250 ACGATTATTTTATGAGAAAACAAAATGTCATAACAATTTGACGATTTGACATAGA-TAATTGCTC
310 ACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGA--A-AT-AAATA-ACT-A-T--TC
* * * ** * * * * *
13242314 AAATAGTTAAAACTATTTGAACTTGTTCGATAAAATG-ATTCATTTTTT-AAATCTCTTACTCAA
366 AAATAGTCATAACAATTTGAACTTGTTCG-GCAAATGCATTTATTTTTTCAAATCTCATGCTTAT
* * ** * ** * ** * *
13242377 TAATTTTTGGAATATTATTTTATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGGC-TATATGTACTAATAC
430 TAACTTTTAGAATGGTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAA-GCTTATATAAACTAAAAA
* * * * ** *
13242441 AATTGTTTTATGA-TGAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAAA
494 AATTATTATATGACT-AAACAAAAGGTCAGAACAATTTGAAATAGA
* * * * *
13242486 TAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAAATATT
1 TAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATGGTTTAGTAAACACATTTATTTTTT--AA-A-T
* * * * *
13242551 TTACTTACTAACTATTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-ATCGAAATAATCTTGTATG
62 CT-CTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTGTATG
13242614 AATAAAAACA
Statistics
Matches: 1836, Mismatches: 368, Indels: 167
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
535 67 0.04
536 113 0.06
537 181 0.10
538 394 0.21
539 531 0.29
540 21 0.01
541 78 0.04
542 5 0.00
543 99 0.05
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546 1 0.00
547 1 0.00
549 73 0.04
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553 2 0.00
554 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.09, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (538 bp):
TAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATGGTTTAGTAAACACATTTATTTTTTAAATCTCT
TATTAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGTTCAAAAA
CAATCACTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAACAATTTGAAATAAATAACTATCCAAATAGCCAT
AATTATATGAATAGATTCAATAAACTGAATTATTTTCTAAATCTCTTACTTATAAATTTTTAAAA
TATTAATAAAGTAGATTATTCTATTTCCAAGAAGCTTGTATGAAATAAAACAATTATTTTATAAC
AAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAACTATTCAAATAGTCATAACAATTTGAACTTG
TTCGGCAAATGCATTTATTTTTTCAAATCTCATGCTTATTAACTTTTAGAATGGTAATAAATTAA
TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATAAACTAAAAAAATTATTATATGACTAAACAAAAGGTC
AGAACAATTTGAAATAGA
Found at i:13240575 original size:720 final size:704
Alignment explanation
Indices: 13238469--13242594 Score: 2355
Period size: 720 Copynumber: 5.7 Consensus size: 704
13238459 TATGTACTGT
* * * * *
13238469 ACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTAATAACGATTTTAAATAGACAATTGTTCTAATAGTAG
1 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAA
* * * * * *
13238534 TAACTATTTGAATTTGTTCGATAAACA-AGTTTATTTTTTAAA-CTCATGCTTATTAA-TTTTTG
66 TAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGA-ATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTG
* * * ** * * *
13238596 AAATATTAAAAAATTAGTATTATTTATTTTGGATAAGCTTTTATGACCTGAAACAATTATTTTAT
130 -AATGTTAATAAATTAGTTTTATTTA-TTTCAAGAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTAT
* * * * * * * * * *
13238661 GGCA-AAACAAAAAGTTATAACAATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-AA
193 --AATAAACAAAAGGTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATA-TCTTAACTATTTGAA
* ** * **
13238724 AT--TTATTCCATAAACAGATTTATTTTTTCAAATCTTTTGC-TTATTAATTTGCTG-AACGTTA
255 CTGGTT-TAGCA-AAA-A-ATTTATTTTTT-AAATC---T-CATTATTAATTT-TTGAAATATTA
* *** ** * * * ** * *
13238785 ATAAATTTGGATTATTTTATTCCAAATAAGATTGTAAGATATGAAGCAAA-TAGTTTATGACTAA
310 TTAAATTAATATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGA-A-CAAAAAAATTATTTTATGACAAA
* * * * * * *
13238849 ACAAAATGTCATAAAAATTTGAAATAGAAAATTATTCTAATAGAT-TTTACTATTTGAATTGGTT
373 ACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTGGTT
* * *
13238913 C-GATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTATTAAATTAGTG
437 CAGATAAACA-CTTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTGA-AATATTAATAAATTAG-G
** * **
13238977 -TTATTTT-TAACCAAATAAGC-TTATGTGATCAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
495 ATTATTTTAT-TTCAAATAAGCTTTATGTGA--A-AAACAA-TACTTTATGACAAAACAAAAGGT
* * * * * *
13239039 CATAATGATTTGAAATAAATAATCGT-TGAAATGGCCATAATTATTTTAACTGAGTCAATAAACA
555 AATAATGATTTGAAATAAATAA-C-TATCAAATAGCCATAATTATTTGAAATGATTCAATAAACA
* * * * * ***
13239103 AATTTATTTTTAAAATTTTTTATTTAATAATTTAGGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
618 GATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTATTAATTTTCTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * *
13239168 TTGTCTAAGCTTGTATTAACTAAA
682 TTGAC-AAGCTTATATTAACAAAA
* * * *
13239192 ACAATTGTTTTATG--AAATCAAAAGGTTATAATGATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAATAA
1 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAA
* * * *
13239255 TAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTTTTAAATCTCTTTCTTTGTTAATTTT
66 TAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGA---ATTATTTTTTAAATCTCTTAC-TTATTAATTTT
* * * * * * *
13239320 TTGAATGTTAGTAAATTAGTATTAATTTATTATGAATAAGCTAGTATAAACTAAAACAATTATTT
127 TTGAATGTTAATAAATTAGT-TTTATTTATT-TCAAGAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTT
* * * *
13239385 TATAACTAAACAAAAGCTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTTTTCTAATTGTCTTAACCATTTG
190 TATAA-TAAACAAAAGGTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTATTCTAA-TATCTTAACTATTTG
* * *
13239450 AACCGATTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC-TTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATT
253 AACTGGTTTAGCAAA-AAATTTATTTTTTAAATCTCATTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATT
* * ** * * *
13239514 AGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAACAAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAAGGT
317 AATATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGT
* * * * * * * * * *
13239579 TATAACGATTTGAAATAGATTATCATTCATACAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCAGCTATTAG
382 CATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAGATA-AAC
* * * **
13239644 AC-TTATTTTTTAATTTTTTTCATTATTAAGTTTTGAAATATTATTAAATTATTATTATTTTATT
446 ACTTTATTTTTTAA---ATCTC-TTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGGATTATTTTATT
** * ** * * * *
13239708 CTC-AATAA-AATAATGTGAACATAACCAATTGTTTGATAACAAAATAAAAGCTTATAATGATTT
506 -TCAAATAAGCTTTATGTGAA-A-AA-CAATACTTT-ATGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTT
* * * * * * * * *** * *
13239771 AAAACAATTAATTATTCGAATAGTCAAAACTATTTGAAATGATTTGGTAAGCAGATTTACTTTTT
566 GAAATAAATAACTA-TCAAATAGCCATAATTATTTGAAATGATTCAATAAACAGATTTATTTTTT
* *
13239836 AAATCTCTTATTGATTAATTTTCTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAACAAACTT
630 AAATCTCTTATT-ATTAATTTTCTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG-ACAAGCTT
13239901 ATATTAACAAAA
693 ATATTAACAAAA
* * * * * *
13239913 ACTATTGTTCTATGACAAAACAAAAAGTAATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTA
1 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAA
* * * * * * **
13239978 TAATTATATGAACTAGTTTGGTAAATAGAATTATTTTCTAAA-CTTCTTACTTATAAATTTTTAA
66 TAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGAATTATTTTTTAAATC-TCTTACTTATTAATTTTTTG
* * ** *
13240042 AATATTAATAAATTAGTTTTATTCTATTCCAACGAAGCTTGTATGAGTTGAAATAATTATTTTAT
130 AATGTTAATAAATTAGTTTTATT-TATTTCAA-GAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTAT
* * * *
13240107 AATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTC-ATATCATCTTAATTATTTGAA
193 AAT-AAACAAAAGGTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTATTCTA-AT-ATCTTAACTATTTGAA
* * * * * * *
13240171 TTGGTTTGGCAAATGGATTTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAACTTTT-AGAATTTTACTAA
255 CTGGTTTAGCAAA--AAATTTATTTTTTAAATCTC--A-TTATTAATTTTTGA-AATATTATTAA
* * * * *
13240235 ATTAATATTATTTTATTCTGAATATGCTTGTATAAACAAAAAAATTATTTTGTGATAGAACAAAA
314 ATTAATATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAA
* *
13240300 GGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGTAA-TGGTTTAG-TA
379 GGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTG-AACTGGTTCAGATA
13240363 AACACATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGGATTATTTTATT
443 AACAC-TTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATT-TTGAAATATTAATAAATTAGGATTATTTTATT
*
13240428 TCAAATAAGCTTGTATGTTGAAAAACAATCACTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACGATTTGA
506 TCAAATAAGCTT-TATG-TGAAAAACAAT-ACTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGA
* * * *
13240493 AATAAATAGCTATCCAAATTGCCATAATTATTTGAATTGATTCAATAAACTGATTTATTTTTTAA
568 AATAAATAACTAT-CAAATAGCCATAATTATTTGAAATGATTCAATAAACAGATTTATTTTTTAA
* * * *
13240558 ATCTCTTACTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAAGTAG-ATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTT
632 ATCTCTTA-TTATTAATTTTCTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTT-GACAAGCTTAT
*
13240622 ATGAA-ATAAA
695 ATTAACA-AAA
* * * * * *
13240632 ACAATTGTTTTATGACAACATAAAAGGTCATAATGATTTTAAATTGATAACTGTTCAAATAGTCA
1 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAA
* * ** * * *
13240697 TAACAATTTGAACTTGTTCGGTAGATTCATTTATTTTTTCAAATCTCATGCTTATTAATTTTTTG
66 TAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGAATTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTTG
* * * * *
13240762 AATGGTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAGTAAGCTTATATGAACTGAAACAATTATTATAT
130 AATGTTAATAAATTAGTTTTA-TTTATTTCAAG-AAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTAT
* * * * * *
13240827 GACTAAACGAAAGGTCAGAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATATTCTTAACTATTTAAAG
193 -AATAAACAAAAGGTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATA-TCTTAACTATTTGAAC
* * * *
13240892 TGGTTCAGCAAACACATTTATTTTTTAAATCAC-TTATTAATTTTTGTAATATTATTAAATTAAT
256 TGGTTTAGCAAA-AAATTTATTTTTTAAATCTCATTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAAT
* * ** * *
13240956 ATTTTTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGATCAAAAACAACCATTTTATGAGAAAAC-AAAGATCA
320 ATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAA-AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
** * * * * * * *
13241019 TAATGATTTGAGATCGATATTTATTCAAATATTTATAACTATTTGAACTGGTTCA-AAAAATAGC
384 TAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAGATAAACA-C
* * * * * *
13241083 TTTAGTTTTTGAATCTCTTACTTGTTAATTTTTGAAATATTAATAGAGTAGTATTATTTTATTTT
448 TTTATTTTTTAAATCTCTTA----TTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGGATTATTTTATTTC
* * * * ** * *
13241148 GAATAAG-TTTTTATAAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGGCTTT-A
508 AAATAAGCTTTATGTGAA---AAACAA-TACTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAAT-GATTTGA
* * * * * * * *** *
13241211 AATAGATAATTGTTCAAACAGTCA-AATCTATTTCAACTTG-TTTGGTAAACATATTTATTTTTT
568 AATAAATAACT-ATCAAATAGCCATAAT-TATTTGAA-ATGATTCAATAAACAGATTTATTTTTT
* * ** *
13241274 CAAATC-CTT-TGCTCATTAATTTT-TCAAATGTTAATAAATTAGTATTTTTTTTATTCTAAATA
630 -AAATCTCTTAT--T-ATTAATTTTCT-AAATATTAATAAATTAGTA-TTATTTTATT-TTGACA
* * ***
13241336 AGCTTGTATGAATTGAA
688 AGCTTATATTAACAAAA
* * ** * * * *
13241353 ATAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCAA-AACAATTTGAATTAGATAATTGTTCTAATAGTC
1 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT-AATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTA
* ** * * * * * * * * *
13241417 TTATGTATTTAAAATGGTTTGGCAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGG
65 ATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTG
* * * * * * ** **
13241482 AATTTTATTAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTACTATGAAAAGAAACAATTATTTTAT
130 AATGTTAATAAATTAGTTTTA-TTTATTTC-AAGAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTAT
* ** * * * * * * * * *
13241547 AACAAA-ATAAATATCATAATGATTTGAGATAAAAAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAT
193 AATAAACA-AAAGGTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATA-TCTTAACTATTTGAAC
* * * ** * * * **
13241611 TGTTTTGGTAAACAAATTTAGCTTTTAAATCTC-TTATTAA-TTTTCAAATATTATTATATCAGC
256 TGGTTTAGCAAA-AAATTTATTTTTTAAATCTCATTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAAT
* * ** * * * * * *
13241674 ATTATTTTGTTCTAAATAATTTTGCATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAGGGTCA
320 ATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACA-AAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
** * * * * * ** *
13241739 TAATGA-TTGAAAATAGATAATTGTTCAAATGGACATGACTATTTAAACTTTTTC-GATAAAAAT
384 TAACAATTTG-AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAGATAAACA-
* * * *
13241802 ATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATT-TTTTATTC
447 CTTTATTTTTTAAATCT-CT---TATTAATTTTGA-AATATTAATAAATTAGGATTATTTTATTT
* * * * * * * *
13241866 CGAATAAACTTGTATGAATAGAAAAA-ATTA-TCTTATCACAAAACAAATGATCATAACT-TTTT
507 CAAATAAGCTT-TATG--T-GAAAAACAATACT-TTATGACAAAACAAAAGGTAATAA-TGATTT
* * * * * * **
13241928 AAAATAAATAATTGTTCAAACT-GTCATAACTATTT-AAACTTGCTT-GGTAAACA-ATTTATTT
566 GAAATAAATAACT-ATCAAA-TAGCCATAATTATTTGAAA--TGATTCAATAAACAGATTTATTT
* * * * * *
13241989 TTAAAATTTTTTACTTGTTAATTTT-TAAAATATTAATAAATTAGTATCATTTTATTTCGA-ATA
627 TTTAAATCTCTTA-TTATTAATTTTCT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGACA-A
* *
13242052 TGCTTGTATGAACAAAAA
689 -GCTTATATTAAC-AAAA
* * ** * * * * *
13242070 ACAATTGGTTTATGACAAAACAAGAGGCCATGACT-ATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTC
1 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAAT-AATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTA
* * * * * * *
13242134 ATAACTATTTGAACGTGTTCAGAAAACA-AATTTGTTTTTTAAATGTTTTA-TTATTAA-TTTTT
65 ATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGAA-TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTT
* * * *
13242196 GAAATATTAATAAATTTA-TATTATTT-TCTTCGAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACGATTAT
129 G-AATGTTAATAAA-TTAGTTTTATTTAT-TTC--AAGAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTAT
* * ** *
13242258 TTTATGAGA-AAACAAAATGTCATAACAATTTGACGATTTGACATAGATAATTGCTCAAATAGT-
188 TTTAT-A-ATAAACAAAAGGTC---A-AA----ACGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATA-TC
* * * *
13242321 TAAAACTATTTGAACTTG-TTCG-ATAAAATGATTCATTTTTTAAATCTC-TTACTCAATAATTT
242 T-TAACTATTTGAACTGGTTTAGCA-AAAA--ATTTATTTTTTAAATCTCATTA-T---TAATTT
* ** * * * * * *
13242383 TTGGAATATTATTTTATTAGTATTATTTTATT-TCGAATAAGGC-TATATGTACTAATACAATTG
299 TTGAAATATTATTAAATTAATATTATTTTATTCT-GAATAA-GCTTGTATGAAC-AAAAAAATTA
** * ** * *
13242446 TTTTATGATGAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTTATAACTAT
361 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
* * * * * * *
13242511 TTGAACTTGTT-TGGTAAACATATTTATTTTTTAAAATATTTTACTTACTAACTATTGAAATATT
426 TTGAACTGGTTCAGATAAACA-CTTTATTTTTT--AA-A-TCT-CTTATTAA-TTTTGAAATATT
*
13242575 AATAAATTAGTATTATTTTA
484 AATAAATTAGGATTATTTTA
13242595 ATCGAAATAA
Statistics
Matches: 2667, Mismatches: 568, Indels: 327
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
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733 1 0.00
734 4 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.09, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (704 bp):
ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAA
TAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTGA
ATGTTAATAAATTAGTTTTATTTATTTCAAGAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATAAT
AAACAAAAGGTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATATCTTAACTATTTGAACTGGTT
TAGCAAAAAATTTATTTTTTAAATCTCATTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAATATTATT
TTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAAT
TTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAGATAAACACTTTATTTT
TTAAATCTCTTATTAATTTTGAAATATTAATAAATTAGGATTATTTTATTTCAAATAAGCTTTAT
GTGAAAAACAATACTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAAATAACTATCAAAT
AGCCATAATTATTTGAAATGATTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTATTAATTTT
CTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGACAAGCTTATATTAACAAAA
Found at i:13242142 original size:18 final size:17
Alignment explanation
Indices: 13242102--13242146 Score: 56
Period size: 18 Copynumber: 2.6 Consensus size: 17
13242092 AGAGGCCATG
13242102 ACTATTTGAAATAGATA
1 ACTATTTGAAATAGATA
*
13242119 ATTATTT-AAATAGTCATA
1 ACTATTTGAAATAG--ATA
13242137 ACTATTTGAA
1 ACTATTTGAA
13242147 CGTGTTCAGA
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 2, Indels: 4
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Matches are distributed among these distances:
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17 6 0.26
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ACGTcount: A:0.44, C:0.07, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (17 bp):
ACTATTTGAAATAGATA
Found at i:13242766 original size:106 final size:107
Alignment explanation
Indices: 13242630--13242829 Score: 278
Period size: 106 Copynumber: 1.9 Consensus size: 107
13242620 AACAATTGTT
* * * *
13242630 TTATGACTATTTGAACTTATTTGGTAAATAGATTTCTTTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATTGT
1 TTATAACTATTTGAACTGATTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAAATCTATTACTTATTAATT-T
*
13242694 TTG-AATATTAATAAATTTGTATTACTTTAATTGTTCAAATAG
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* * **
13242736 TTATAACTATTTGAACTGCTTTGGTCAATAGATTTATTTTTTAAAATCTATTACTTATTGCTTTT
1 TTATAACTATTTGAACTGATTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAAATCTATTACTTATTAATTTT
* *
13242801 TGAAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTA
66 TGAAATATTAATAAATTAGTATTACTTTA
13242830 TTTCAAATAT
Statistics
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0.85 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
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TTATAACTATTTGAACTGATTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAAATCTATTACTTATTAATTTT
TGAAATATTAATAAATTAGTATTACTTTAATTGTTCAAATAG
Found at i:13243058 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 13242721--13243473 Score: 654
Period size: 181 Copynumber: 4.2 Consensus size: 180
13242711 TGTATTACTT
* * *
13242721 TAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACT-GCTTTGGTCAATAGATTTATTTTTTAAAATCT
1 TAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAAATAG-TTTGATAAATAGATTTATTTTTT-AAATCT
* ** **
13242785 ATTACTTATTGCTTTTTGAAAT-TTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATATGCTTGA-AT
64 CTTACTTATTAATTTTT-AAATATTT-ATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTT-ATAT
* * * ** *
13242848 GATCAAAAACAATTTTTTTAT-AAAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGA
126 GAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTAAAATAGA
* * **
13242902 TAATTATTCAAATAGTTGA-AACTATTTGAAAT-GATTTGGTAAATAGATTTACCTTTTAAATCT
1 TAATTGTTCAAATAGTT-ATAACTATTTGAAATAG-TTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCT
* * * *
13242965 CTTACTAATTAATTTTCTAAATATTTATAAATTAGTATTATATTATTTCAAACAAACTTATATAA
64 CTTACTTATTAATTTT-TAAATATTTATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATGA
* *
13243030 ACAAAAACAATTTTTTTATGACAAAACAAAA-AGTAATAACAATTTAAAATAGA
128 ACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGA-TCATAACAATTTAAAATAGA
* * ***
13243083 TAATTATTCAAATAGTTATAACTATTT-AAACTAGTTTGATAAATAGAAGTT-TTTAAAAAATCT
1 TAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAAA-TAGTTTGATAAATAG-ATTTATTTTTTAAATCT
* * * * * * *
13243146 CTTCCTTATTAAATTTTGAAATATTAACAAATTAGTTTTATTTTATTCTGAAA-AAACTTGTATG
64 CTTACTTATT-AATTTTTAAATATTTATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAAATAAACTTATATG
* ** * * *
13243210 AGCTGAAATAATTGTTTTATGACAAAA-GAAAGGTCATAACAATTTAAAATAGA
127 AACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTAAAATAGA
* * ** * * *
13243263 TAATTGTTCATATAGTCT-TAACTATTTGAACTAGTTCAACAAATGGATTTATTTTTTATATCTC
1 TAATTGTTCAAATAGT-TATAACTATTTGAAATAGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTC
* * * * *
13243327 TTAGTTATGAATTTTCGT-ACTA-TTATTAAATTAGTATTATTTT-TTTCTAAATAAATTTGTAT
65 TTACTTATTAATTTT--TAAATATTTA-TAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAACTTATAT
* * * * * * * ** *
13243389 GAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAATAGAAGGTTATAATTATTCAAAATAGA
126 GAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTAAAATAGA
*
13243444 TAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAA
1 TAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAA
13243474 CTGTTCATAA
Statistics
Matches: 470, Mismatches: 79, Indels: 46
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
178 1 0.00
179 17 0.04
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182 15 0.03
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
TAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAAATAGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCT
TACTTATTAATTTTTAAATATTTATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATGAACA
AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTAAAATAGA
Found at i:13243328 original size:180 final size:179
Alignment explanation
Indices: 13242959--13243480 Score: 507
Period size: 180 Copynumber: 2.9 Consensus size: 179
13242949 TTTACCTTTT
* * * * * * *
13242959 AAATCTCTTACTAATTAATTTTCTAAATATTTATAAATTAGTATTATATTATT-TCAAACAAACT
1 AAATCTCTTACTTATAAATTTTCGAAATATTAACAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAACT
* * * * * * *
13243023 TATATAAACAAAAACAATTTTTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAACAATTTAAAATAGATAATT
65 TGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGGTAATAACAATTTAAAATAGATAATT
* * ** *
13243088 ATTCAAATAGTTATAACTATTTAAACTAGTTTGATAAATAGAAGTTTTTAAA
129 GTTCAAATAGTT-TAACTATTTGAACTAGTTCAACAAATAGAAGTTTTTAAA
* *
13243140 AAATCTCTTCCTTATTAAATTTT-GAAATATTAACAAATTAGTTTTATTTTATTCTGAAA-AAAC
1 AAATCTCTTACTTA-TAAATTTTCGAAATATTAACAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAAC
* * *
13243203 TTGTATGAGCT-GAAATAATTGTTTTATGACAAAAGAAAGGTCATAACAATTTAAAATAGATAAT
64 TTGTATGA-ATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAAAAAAGGTAATAACAATTTAAAATAGATAAT
* * * ***
13243267 TGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCAACAAAT-GGATTTATTTTTT
128 TGTTCAAATAGT-TTAACTATTTGAACTAGTTCAACAAATAGAAGTT-TTTAAA
* * * * * ** * *
13243320 ATATCTCTTAGTTATGAATTTTCGTACTATTATTAAATTAGTATTATTTTTTTCTAAATAAATTT
1 AAATCTCTTACTTATAAATTTTCGAAATATTAACAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAACTT
* * ** *
13243385 GTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAATAGAAGGTTATAATTATTCAAAATAGATAATTG
66 GTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGGTAATAACAATTTAAAATAGATAATTG
*
13243450 TTCAAATAGTAATAACTATTTGAACT-GTTCA
130 TTCAAATAGT-TTAACTATTTGAACTAGTTCA
13243481 TAACTATTTA
Statistics
Matches: 281, Mismatches: 51, Indels: 19
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
179 15 0.05
180 138 0.49
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182 11 0.04
ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (179 bp):
AAATCTCTTACTTATAAATTTTCGAAATATTAACAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAACTT
GTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAAAAAAGGTAATAACAATTTAAAATAGATAATTGT
TCAAATAGTTTAACTATTTGAACTAGTTCAACAAATAGAAGTTTTTAAA
Found at i:13243658 original size:65 final size:66
Alignment explanation
Indices: 13243560--13243695 Score: 193
Period size: 65 Copynumber: 2.1 Consensus size: 66
13243550 AATTAATATT
13243560 ATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGTTGAAAAACAATTGCCTTATAACAAAATGAAAGGTAATAA
1 ATTTTATTT-AAATAAGCTTGTATGTTGAAAAACAATTGCCTTATAACAAAATGAAAGGTAATAA
13243625 CA
65 CA
* * * ** * *
13243627 ATTTTATTT-AATAATCTTTTATGTTGGAAAACAATTGTTTTATGATAAAATGAAAGGTAATAAC
1 ATTTTATTTAAATAAGCTTGTATGTTGAAAAACAATTGCCTTATAACAAAATGAAAGGTAATAAC
13243691 A
66 A
13243692 ATTT
1 ATTT
13243696 GAAACAGATA
Statistics
Matches: 62, Mismatches: 7, Indels: 2
0.87 0.10 0.03
Matches are distributed among these distances:
65 53 0.85
67 9 0.15
ACGTcount: A:0.43, C:0.07, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (66 bp):
ATTTTATTTAAATAAGCTTGTATGTTGAAAAACAATTGCCTTATAACAAAATGAAAGGTAATAAC
A
Found at i:13244285 original size:180 final size:178
Alignment explanation
Indices: 13243655--13244401 Score: 611
Period size: 180 Copynumber: 4.2 Consensus size: 178
13243645 TTATGTTGGA
* ** * * *
13243655 AAACAATTGTTTTATGATAAAATGAAAGGTAATAACAATTTGAAACAGATAATTATTCAAATAGC
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
* * * *
13243720 CATAATTATTTG-ATCTGATTTGGTAAACTAATTTATTTTTTAAATC-T-CTTATTAATTTTTGA
66 AATAACTATTTGAAT-TGATTTGGTAAACAAATTAATTTTTTAAATCTTACTTATTAATTTTTGA
* * * * * *
13243782 AACA-TAAGGAAAGTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTAT-ACTA
130 AATATTAA-GAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATAACTG
* * *** * *
13243830 AAACAATTGTTTTATGGCAAAACAAAAGTTCATAATGGTTTTAAATAGATAATTATTCAAATAAT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
** * *** *
13243895 CTTAACTATTTGAACTTG-TTTAGTAAATGGATTTATTTTTTCAAATATCTTACTTATTAATTTT
66 AATAACTATTTGAA-TTGATTTGGTAAACAAATTAATTTTTT--AA-ATCTTACTTATTAATTTT
** * * * ** * *
13243959 CAAAATGTTAATAAA-TAGTATT-TCTTTATTTTGAATAATTTTGCATAAATAG
127 TGAAATATTAAGAAATTAGTATTAT-TTTATTTCGAATAAGCTTGTATAACT-G
* ** * * *
13244011 AAACAATTGTTTTATGGCAAAACAAAACATCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-GG
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
* * * * *
13244075 ACATGACTATTTGAATTGATTCGATAAACAAATTAACTTTTTAAATCACTTAGTTATTAATTTTT
66 A-ATAACTATTTGAATTGATTTGGTAAACAAATTAATTTTTTAAAT--CTTACTTATTAATTTTT
* * *
13244140 GGAATATTAATAAATTAGTTTTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTG
128 GAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTAT-AACTG
* * *
13244192 AAACAATTG-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAAATTTAAAATAGAGAATTGA-TCAAATAG
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATT-ATTCAAATAG
* * * * * * *
13244255 TAATAAATATTTAAATTTATTTGGTAAACAAATTTATTTTTTTTAACTTTTGCTTATTAA-TTTT
65 TAATAACTATTTGAATTGATTTGGTAAACAAA-TTA-ATTTTTTAAATCTTACTTATTAATTTTT
* * * *
13244319 GAAAATATTAAGACATTAGTATTATTTTA-TTCTAGATAAGCTTTTATAAATTG
128 G-AAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTCGA-ATAAGCTTGTAT-AACTG
* * *
13244372 AAACAATTCTTCTATGTCAAAACAAAAGGT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
13244402 TGTTTAATAA
Statistics
Matches: 454, Mismatches: 93, Indels: 44
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
175 81 0.18
176 3 0.01
177 3 0.01
178 6 0.01
179 36 0.08
180 171 0.38
181 142 0.31
182 12 0.03
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.11, T:0.41
Consensus pattern (178 bp):
AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
AATAACTATTTGAATTGATTTGGTAAACAAATTAATTTTTTAAATCTTACTTATTAATTTTTGAA
ATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATAACTG
Found at i:13244395 original size:361 final size:355
Alignment explanation
Indices: 13243686--13244398 Score: 751
Period size: 361 Copynumber: 2.0 Consensus size: 355
13243676 ATGAAAGGTA
* * * * *
13243686 ATAACAATTTGAAACAGATAATTATTCAAATAGCCATAATTATTTGATCTGATTTGGTAAACTAA
1 ATAACAATTTGAAACAGATAATTATTCAAATAGACATAACTATTTGATCTGATTCGATAAACAAA
* * * *
13243751 TTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAACATAAGGAAAGTAGTATTATTTTATTTTGGAT
66 TTAACTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAACATAAGGAAAGTAGTATTATTTTATTTCGAAT
* * * *** * *
13243816 AAGCTTTTATACTAAAACAATTGTTTTATGGCAAAACAAAAGTTCATAATGGTTTTAAATAGATA
131 AAGCTTGTATACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAAATTTAAAATAGAGA
** * * * ***
13243881 ATTATTCAAATAATCTTAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAATGGATTTATTTTTTCAAATATCTT
196 ATTATTCAAATAATAATAAATATTTAAACTTATTTAGTAAACAAATTTATTTTTTCAAATATCTT
* * *
13243946 ACTTATTAATTTTCAAAATGTTAATAAATAGTATTTCTTTATTTTGAATAATTTTGCATAAATAG
261 ACTTATTAATTTTCAAAATATTAAGAAATAGTATTTCTTTATTTAGAATAATTTT-CATAAATAG
* *
13244011 AAACAATTGTTTTATGGCAAAACAAAACATC
325 AAACAATTCTTCTATGGCAAAACAAAACATC
* * * * *
13244042 ATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGACATGACTATTTGAAT-TGATTCGATAAACAA
1 ATAACAATTTGAAACAGATAATTATTCAAATAGACATAACTATTTG-ATCTGATTCGATAAACAA
* * * * * *
13244106 ATTAACTTTTTAAATCACTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTAA-TAAATTAGTTTTATTTTATT
65 ATTAACTTTTTAAAT--C-T-CTTATTAATTTTTGAAACA-TAAGGAAAGTAGTATTATTTTATT
*
13244170 TCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTG-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAAATTTAA
125 TCGAATAAGCTTGTAT--ACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAAATTTAA
* * *
13244234 AATAGAGAATTGA-TCAAATAGTAATAAATATTTAAATTTATTTGGTAAACAAATTTATTTTTTT
188 AATAGAGAATT-ATTCAAATAATAATAAATATTTAAACTTATTTAGTAAACAAATTTA-TTTTTT
* * * * *
13244298 TAACT-T-TTGCTTATTAATTTTGAAAATATTAAGACATTAGTATTAT-TTTATTCTAG-ATAAG
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* *
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AACAATTCTTCTATGGCAAAACAAAACATC
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** *
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* * * *
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1 AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAACAAACAGATT
* * * * * * **
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* * * **
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** * * * * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * ** * * *
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** * * * * **** * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * **
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* * * *
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AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAACAAACAGATT
TATTCTTAAATCTCTAACTTACTAAGTTTTAAAATATTAATAAATTAGTAATGTTTTATATCAAA
TAAACTTGTATGATAAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGATTTT
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AATAATTATACTATTTG
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* * * *
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* * * * *
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* *
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*
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* * * * **
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* * * *
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* ** * *
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* * * *
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TTTTTTTATTATAAAACAATAGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAAAATAAATT
TATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAATATAAAAAAAAAAATATGTTTACTAAACCAGATCAAA
AATCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGATGTTTTGTTTTTTTTTTTGTTC
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* *
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* * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * ** *
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1 GAATAAAATAATATATATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG-TA-AAAT-TTAAAAAATAAA
* * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * ** * * * *
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* * * *
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* * * * *
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* *
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* * *
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1 -GAATAAAATAATATATA-TTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGT-AAA-ATTTAAAAAATA
* * * * * **
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61 AATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTT
* * * * * *
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** * *
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1 G-AATAAAATAATATAT-ATTTATTAATATTCTAAAAA-TTAATA-AGT-A-A-AATTTAAAAAA
* * * * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * *
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1 GAATAAAATAATATATATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAATTTAAAAAATAAATCT
* ** * * * *
13248041 ATTTTTTGAACATGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATCATGAC
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* * * *
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* *
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* *** * * * * * *
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* * *
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* * * * *
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** * * * * *
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* ** ** *
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* * * *
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* * * *
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* * * * * ** *
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* * * *
13248686 GAATAAAATAAAATAAATTTATTAATATT-TCCAAAATTAATCAA-TAAGAGATTTAATAAATAA
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* * * * * * * *
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62 ATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTA
* * * * * * *
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* * * * *
13248866 AAAATAAATTAATAT-TAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAA
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* * *
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** ** * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * *
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* *
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* * *
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* * * * * * * *
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** * * * * *
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* * * *
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1 G-AATAAAATAATA-TATATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAA-A-ATTTAAAAAATAA
* * * * * *
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62 ATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTA
* * * * * *
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127 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATATTC
* * * * *
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** * * * * **
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* *
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* * *
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1 G-AATAAAATAATATATATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGT-AAA-ATTTAAAAAATAAA
* * * * * * * * *
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63 TCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTAT
* * * * *
13250243 GATCTTTTGTTTTTTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTAT-TTA
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* * * *
13250295 GAATAAAATAATAT-TAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAA
1 GAATAAAATAATATAT-ATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTA--AAATTTAAAAAATAAA
** * * * *
13250359 TCTGTTTACCAAAAAAAGTTCAAATAGTTAT-ATCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAGTCGTT
63 TCTGTTTA-CTGAACAAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTT
** * * * ** **
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* * * * *
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1 -GAATAAAATAATATAT-ATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAATTTAAAAAATAAAT
* * **
13250538 CTGTTTATTGAACCAA-TTCAAATAGTTATGACCATTCAAATAATTATC
64 CTGTTTACTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATC
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* * * *
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* ** * * ** * *
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* * * * * * * **
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* * * * * * *
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* * * ** * * **
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* ** * * * *
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* * * *
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* ** * *
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* ** * * * **
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* * *
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * *
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** * * * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * ** * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * *
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* * * * * *
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* * * ** * * *
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* * * * * * * *
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*** * ** * * *
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* * *
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* * *** * *
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** * * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * **
13248441 CTATTATCTATTTTAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTTGTAAAACAATTGTTTCTATTCATAC
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** ** * *
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* * * * * *
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* * ** * **
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* * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * *** * * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* *
13249047 GAATAAAGTAAT-GCTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG-TAATGGATTTAAAAAA-AG
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** * **
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* ** * * * * *
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* * * * *
13249217 TAGCTTATTTGAAATAACATAAT-TCTAATTTATTAATATTTTAGAAATTAAT-A--AATA-ATT
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* * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * *
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* *
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* * * * * * * *
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** ** * * * * *
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* * * * *
13249754 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAG-CAAGAGATTTAAAAAATGAA
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*
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* * * * * * *
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* * * * *
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*** * *
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** *
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* * * *
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* * * * *
13250179 TTGTTTACCGAGCAAGCTCAAATAGTTAAGGCTATTTGAAA
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* * * * * *
13250220 AATTATTTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTTTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACA
1 TATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACA
* * * * **
13250285 AGTTTATTTAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAGGTAGGAGATTTA
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* ** * *
13250350 AAAAATAAATCTGTTTACCAAAAAAAGTTCAAATAGTTAT-ATCCATTTGAACAATTATCTATTT
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* * * * * ** ** * *
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* * * * *
13250479 ATAAAATAATATTGATTTATTAATATTTTCAAAATTAAT-A---AAAGATTTAAAAACTAAATCT
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** * **
13250540 GTTTATTGAACCAA-TTCAAATAGTTATGACCATTCAAA
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* * * * * * * * *
13250578 TAATTATCCATCTAAAATTATTCTGATC-TTTATTTTGTCATAGAACAATT-TTT-T-TTCATAT
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* * * *
13250639 AAACTTATTT-GAATTAAGATAATACTAATTTAATAATA
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* *
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* ** * * *
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* * * ** ***
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* * * *
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** * * * * * *
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* * *
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*
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* * * *
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* * * * * * * *
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1 ATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTATTTTAGTTCAAACAAGCTTATT
* *
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* * * *
13252266 AATCTATTTTTTAAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATGTATATTTAAAATCATT
130 AATCTATTTATCAAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATGTAAATCTAAAATCATT
* *
13252331 ATGACCTTTTTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAAT
195 ATGACCTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAAT
* * * *
13252396 AATAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTGATTTAAAAAGTGAATCTATTTACCAAATCAA
260 AATAATTAAATAATATTCTAAAAATTAATAAGTGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAATCAA
** ** * * *
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325 TTCAAATAATTAAAACAATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACCTTTATTTAGTCA
* ** * *
13252526 TAAAACAATTGTTTTTCATCATACAAGCGTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
390 TAAAACAATTGTTTATCATCATACAAGCGTATTCAAAATAAAATAATACTAATATATTAACATTT
* ** ** *
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455 CAAAAATCAATAGAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAA-CAGTTAAATATTTGGCATT
*
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* * * * * *
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1 ATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTA-TTTTAGTTCAAACAAGCTTAT
* * * *
13252723 TTAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATA
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* * ** * * * *** ** * * **
13252788 AATTTGTTTGCCGAAGC-AGTTCAAATAGTTAAGACTGCATGAAC-AAT-TATTGTTTCAAATTG
130 AATCTATTTATC-AAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATGTA-AATCTAAAATCA
* ** * * *
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193 TTATGACC-TTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTCAATTC-ATAAAAGCTTATTCAAAATAAAA
* * * * *
13252914 TAATACA-AATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTGATTTAAAAAGTGAATTTATTTACCA
256 TAATA-ATAATTAAATAATATTCT-AAAAATTAATAAGTGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCA
* * *** * ** ** * *
13252977 AATC-ATGTCTAATAATCATTGCCATTTCAACAATTATCTATTTCAAATTGTTAT-TACCTTTTG
319 AATCAAT-TCAAATAATTAAAACAATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACC-TTTA
* * * * * * * * * * *
13253040 TTTGGTCATATAACAAATGTTTTTGATCATTCAAGCTTATT-AGGAATAAAATGACACTAATTTA
382 TTTAGTCATAAAACAATTGTTTATCATCATACAAGCGTATTCA-AAATAAAATAATACTAATATA
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446 TTAA-CATTTCAAAAATCAATAG-AAGAGATTTAAAAAATAAAT-TTGTTTACT-GAAC-AGTT-
*
13253163 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATT-TTAT
505 AAATA-TT-TGGC-ATTT-AACAATTATT-T
* * * * * * * ***
13253193 ACTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAAAAAATTATTTCTA-TTCATTGAAGCTTA
1 ATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTTAT-AAAACAATTATTT-TAGTTCAAACAAGCTTA
** * * * *
13253257 TTTGAAATAAAATAATACTAATCTAATAATTTTTCAAAAATTAATAACTAAGAGAATT--AAAAT
64 TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAAT
* * * * * * * * * *
13253320 AAATTTGTTTGA-CGAACTAGTTCAAATATTTAAGACTATAAT-AACAAGTATTTTATATC-AAA
129 AAATCTATTT-ATCAAACAAATTCAAATAGTTATGACTAT-TTGAACAA--A-TGTAAATCTAAA
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13253382 A-CGTTATTACCTTTTGTTTTATCATAAACAAAA-T-TTTCAATTCATACTAGCTTATTTGGAAT
189 ATCATTATGACC-TTTGTTTTGTCATAAA-AAAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTATTCAAAAT
* * * * * *
13253444 AAAATTA-AATGAATTTATTAATATT-TCAAGAATTAATAAGTAAGATATTTAAAAAAATAATTT
252 AAAATAATAAT-AATTAAATAATATTCT-AAAAATTAATAAGT--G--ATTT-AAAAAATAAATC
* * * ** * ** *
13253507 TGTTTACCTAACCAATTCAAATAATTAGGACTATTTTAACAATTAT-TATTTTAAATCATTATG-
310 TATTTACCAAATCAATTCAAATAATTAAAACAATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
* * * * ** * ** * *** *
13253570 ACCTTTTTGTTTTGTCATAAAGCAAATGTTT-TGTTCATATAAGTTTGTTTGGAATAAAGTAATA
375 ACC--TTTATTTAGTCATAAAACAATTGTTTATCATCATACAAGCGTATTCAAAATAAAATAATA
* ** ** ** **
13253634 CTAATTTATT-ACTATTTTGAAAAT---T-----TTATTTATCAAA-CCA---G-TT-C--AA-A
438 CTAATATATTAAC-ATTTCAAAAATCAATAGAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACA
* * *
13253681 -TT--GT-TATGACTATTTAACAAATTATTT
502 GTTAAATATTTGGC-ATTTAAC-AATTATTT
* * * * * *
13253708 ATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTCTATTATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTAT
1 ATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTATTT-TAGTTCAAACAAGCTTAT
* * ** * * * * *
13253772 TCTAATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGACAATCAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATA
65 TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATA
* * * * * * * * * ** * * *
13253837 AATATGTTTATCGAACTAGA-TCAATTAGTCATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCGT
130 AATCTATTTATCAAAC-AAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATGTAAATCTAAAATCAT
* * * * *
13253901 TATGACTTATTGTTTTGTCATAAAAGAATTGTTTCAATTCATATAAGTTTATTCGAAATAAAATA
194 TATGACCT-TTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATA
* * * * * * * *
13253966 ATACA-AATT-TATCAATATTTTGAAAATTAATAATTAAGAGATTAAAAAAATGAATTTGTTTAC
258 ATA-ATAATTAAAT-AATATTCT-AAAA--ATTAA-TAAGTGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC
* * * ** * * * *
13254029 TAGA-CAAGTTTAAATAATTATGACAATTTGAACAATTATTTATTTAAAATCACTAT-AACCTTT
317 CAAATCAA-TTCAAATAATTAAAACAATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACC-TT
* * * ** * *
13254092 TGTTTTA-TCATAAAATAAATT-TTTTTGTTCATACAAGCTTATTTC-GAATAAAATAATA-TAA
380 T-ATTTAGTCATAAAA-CAATTGTTTATCATCATACAAGCGTA-TTCAAAATAAAATAATACT-A
* * * * *
13254153 ATTTATTAATA-TT-AAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATTGAACA
441 ATATATTAACATTTCAA-A-AATCAAT-AG-AAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAAC-
* **
13254216 AGTTCAAATTATTATGACTATTTGAGTAATTATTT
501 AGTT-AAA-TATT-TGGC-ATTT-AACAATTATTT
* ** * ** * ** *
13254251 TTTTCAAATTATTATGACTTTTTGTTTTGCCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATCCAAGGTTAT
1 ATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTATTT-TAGTTCAAACAAGCTTAT
* * * ** * *
13254315 TGAAATTAAAATAATATTAATTTATTAAT-TTTTGACAATTAATAAGT-AGAAGATTTTAAAAAA
65 TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAACTAAG-AGA-TTT-AAAAA
* * * * * * * *
13254378 ATAAATATGTTTA-CTAAACAAGTTGAAATAG--A-GACAATTTGAA-TAAT-TAATTATTTCAA
127 ATAAATCTATTTATC-AAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATGTAA--ATCTAAA
* * * **
13254437 ATCATTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCAGTTCA-AATAAGCTTATTTGAAAT
189 ATCATTATGACC-TTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTCAATTCATAA-AAGCTTATTCAAAAT
* * * * * * * *
13254501 AAAATAATACTAATTTATTAATATTATGAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAATGAATCTAT
252 AAAATAATAATAATTAAATAATATTCTAAAAATT-A--A-TAAGTGATTTAAAAAATAAATCTAT
** * * ** * * *
13254566 TTGTC-AACCATATTCAAATAGTTATGACTATCT-GAACAATTATCTATTTTAAAACATTATG-A
313 TTACCAAATCA-ATTCAAATAATTAAAACAAT-TAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAA
* * * * * ** * * * ***
13254628 CCTTTTGTTTTGTCACAAAATAATTGTTTTTTTTAATGCAAGCTTATTTTGAATAAAATAATA-T
376 CC-TTTATTTAGTCATAAAACAATTGTTTATCATCATACAAGCGTATTCAAAATAAAATAATACT
* * * * * * * *
13254692 AAATTTATTAATATTCCAAAAAGT-AATAAGTAA-AAATTTTAAAAATAAATATGTTTTCTTATT
440 -AATATATTAACATTTCAAAAA-TCAAT-AG-AAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGA--
* * **
13254755 AC-TTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTACCT
499 ACAGTT-AAATA-TT-TGGC-ATTT-AACAATTATTT
** * * *
13254791 ATTTCAAATCGTTATGACAATTTGTTTTGTCATAAATCAATTGTTTCTA-TTCATAA-AAGCTTA
1 ATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTATTT-TAGTTCA-AACAAGCTTA
* * *
13254854 TATCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAA
64 T-TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAA
* * * * * * * * * ** * * *
13254919 TAAATCTATTTACCGAGCGAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCG
128 TAAATCTATTTATCAAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATGTAAATCTAAAATCA
* * * * ** *
13254984 TTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGATTCTATTCATTCAAGCTTATTCGAAATAAAAT
193 TTATGA-CCTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAAT
* * * * * *
13255049 AATACTAATTTATTAATATTCTAAAAGTTAATAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATTTATTCACC
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* * * * * *
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* * * *** * *
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380 TATTTAGTCATAAAACAATTGTTTATCA-TCATACAAGCGTATTCAAAATAAAATAATACTAATA
* * * * * *
13255234 TATTAATATTTCAAAAATTAAT--AAGAGATTTAAAAACTAAATCTATTTA-TCACACTAGTTCA
444 TATTAACATTTCAAAAATCAATAGAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGA-AC-AGTT-A
* *
13255296 AATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCT
506 AATA-TT-TGGC-ATTT-AACAATTATTT
* * * * * * * *
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1 ATTTCAAATCGTTATGACCTTT-TGTTTTGTTATAAAACAATTATTTTAGTTCAAACAAGCTTAT
*** * * * * * * * * *
13255388 TTGGAGTAAAATATTGCTAAATTAATAATATAAT-AAAAATTGATAAGTAAGAGATTTAAACAAT
65 TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT-TTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAAT
* * * ** * * * * * * * *
13255452 AAATGTGTTTGTTGAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAA-ATAT-TATCTATTTCAAATC
129 AAATCTATTTATCAAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATGTA--AATCTAAAATC
* * * * * * * *
13255515 GTTTTGACCTTT-TATCTAGTCATAAAATAATTTTTTCAATTCATACATGCTTATTCCAAATAAA
192 ATTATGACCTTTGT-T-TTGTCATAAAAAAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAA
* * * * * * * * *
13255579 ATTATATTAATTTATTAACATT-TAGAAAATTAATAAGCAAGAAATTAAAAAATATAAATTTGTT
255 ATAATAATAATTAAATAATATTCTA-AAAATTAATAAG--TG--ATTTAAAAA-ATAAATCTATT
** * ** * * * * *
13255643 TACTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATAAATATG-ACC
314 TACCAAATCAA-TTCAAATAATTAAAACAATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACC
* * * * * *
13255706 TTTTGTTTTA-TCATAAAACAATTG-TT-TCAGTTTATAAAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAT
378 -TTT-ATTTAGTCATAAAACAATTGTTTATCA--TCATACAAGCGTATTCAAAATAAAATAATAC
* * * * * * * *
13255768 TACTTTATTAATATTTCAAAAATTGACA-AGTTAGAGAGTT-AAAAATAAGTTAGTTTA-TCGAA
439 TAATATATTAACATTTCAAAAA-TCA-ATAG-AAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACT-GAA
13255830 TCAGTTTAAATAATTATGGCAATTTCAACAATTA-TT
500 -CAG-TTAAAT-ATT-TGGC-ATTT-AACAATTATTT
* * * * * *** * *
13255866 ATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTCATCATACAAGCATATT
1 ATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTATTTTAGTTCAAACAAGCTTATT
* * * ** *
13255931 TAGAATAACATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAGGT-AGCAAATTTAAAAAATA
66 CAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAACTAAG-AGATTTAAAAAATA
* * ** * * * * *
13255995 AATCTATTTATCGAACTAGCTC--CTA-TT-TGAATAATT-ATC-TAT-T---TC--AAATCATT
130 AATCTATTTATCAAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATGTAAATCTAAAATCATT
* * * * * * * * * **
13256048 ATGACCTTT-TATTCT-ATTATAAATAATTGTTTTAGTTTATATAAGATTTTTTGAAATAAAATA
195 ATGACCTTTGTTTTGTCA-TA-AAAAAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATA
** * * * * * * * * * *
13256111 ATGCTAGTTTAATAATATTTTAAAAATGAATAACTGAGAGATTT-AAAATTAAATTTGTTTGCCG
258 ATAATAATTAAATAATATTCTAAAAAT---TAA-TAAGTGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCA
* * * * * * * * *
13256175 AAGCAATTCAAACAATTAAGAC-CTTATGAATAATTATCTATTTCGAATTATTATGAAACTTTGT
319 AATCAATTCAAATAATTAAAACAATTA-GAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACCTTT-A
* * *
13256239 TTTA-TCATAAAAAAATTG-TT-TCAGTTCATACAAGCCTATTCAAAATAAAATAATTCTAAGT-
382 TTTAGTCATAAAACAATTGTTTATCA--TCATACAAGCGTATTCAAAATAAAATAATACTAA-TA
* * * ** * *
13256300 TATTAATATTTCAAAAATTAAT--AAGTA-ACTTAAAATGTGATTTTGTTTACTGAATCAGTTGA
444 TATTAACATTTCAAAAATCAATAGAAG-AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAA-CAGTT-A
* *
13256362 AATAATTATGGCCATGTCAACAATTATCT
506 AAT-ATT-TGG-CAT-TTAACAATTATTT
* * * * * * * * ** **
13256391 ATTTCAAATCATTATTATCTTTTGTTTGGTCATATAACAATCATTTTTGAACATTCAAGCTTATT
1 ATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTATTTTAGTTCAAACAAGCTTATT
* * * *
13256456 CGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAA
66 CAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAA
* *
13256521 ATGTATTTACCAAAC
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13256536 TAGACTTCAA
Statistics
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0.75 0.14 0.11
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Consensus pattern (530 bp):
ATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTATTTTAGTTCAAACAAGCTTATT
CAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAA
ATCTATTTATCAAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATGTAAATCTAAAATCATTA
TGACCTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATA
ATAATTAAATAATATTCTAAAAATTAATAAGTGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAATCAAT
TCAAATAATTAAAACAATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACCTTTATTTAGTCAT
AAAACAATTGTTTATCATCATACAAGCGTATTCAAAATAAAATAATACTAATATATTAACATTTC
AAAAATCAATAGAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAGTTAAATATTTGGCATTTA
ACAATTATTT
Found at i:13254016 original size:181 final size:180
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13253652 GAAAATTTTA
* * *
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* * * * *
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* * * * *
13253791 ATTTATTAATATTTTGACAATCAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATATG
129 ATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTG
* * * * *
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1 TTTATCGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACT
* * * * *
13253908 TATTGTTTTGTCATAAAAGAATTGTTTCAATTCATATAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACAAA
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* * * * *
13253973 TTTATCAATATTTTGAAAATTAATAATTAAGAGATTAAAAAAATGAATTTG
130 TTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTG
* * * * * * * *
13254024 TTTA-CTAGACAAGTTTAAATAATTATGACAATTTGAACAATTATTTATTTAAAATCACTATAAC
1 TTTATCGA-ACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGA-
* * * *
13254088 CTTTTGTTTTATCATAAAATAAATT-TTTTTGTTCATACAAGCTTATTTCG-AATAAAATAATA-
64 CTTTTGTTTTGTCATAAAA-CAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATAC
** * * *
13254150 TAAATTTATTAATATTAAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTG
127 T-AATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTG
* * ** * *
13254205 TTTATTGAACAAGTTCAAATTA-TTATGACTATTTGAGTAATTATTTTTTTCAAATTATTATGAC
1 TTTATCGAACTAGTTCAAA-TAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGAC
* * * *
13254269 TTTTTGTTTTGCCATAAAACAATTGTTTCTATTCATCCAAGGTTATT-GAAATTAAAATAATATT
65 -TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAA-TAAAATAATACT
* *
13254333 AATTTATTAAT-TTTTGACAATTAATAAGT-AGAAGATTTTAAAAAAATAAATATG
128 AATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAG-AGA-TTT-AAAAAATAAATCTG
* * * * * *
13254387 TTTA-CTAAACAAGTTGAAATAG--A-GACAATTTGAATAATTAATTATTTCAAATCATTATGAC
1 TTTATC-GAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGA-
* * * *
13254448 CTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTC-AGTTCAAATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACT
64 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACT
* * * * *
13254512 AATTTATTAATATTATGAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAATGAATCTA
128 AATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTG
* * * * *
13254565 TTTGTC-AACCATA-TTCAAATAGTTATGACTATCTGAACAATTATCTATTTTAAAACATTATGA
1 TTTATCGAA-C-TAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGA
* * * * * * *
13254628 CCTTTTGTTTTGTCACAAAATAATTGTTTTTTTTAATGCAAGCTTATTTTG-AATAAAATAATA-
64 -CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATAC
*** * * * *
13254691 TAAATTTATTAATATTCCAAAAAGTAATAAGTAA-AAATTTTAAAAATAAATATG
127 T-AATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTG
** * * ** *
13254745 TTT-TCTTATTACTTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTACCTATTTCAAATCGTTATGAC
1 TTTATCGAACTA-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGAC
* * * *
13254809 AATTTGTTTTGTCATAAATCAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATATCAAAATAAAATAATACT
65 -TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTAT-TCGAAATAAAATAATACT
* ** * *
13254874 AATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTA
128 AATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTG
* * * * * *
13254927 TTTACCGAGCGAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCGTTATGATC
1 TTTATCGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGA-C
* *
13254992 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGATTCTATTCATTCAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAA
65 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAA
* ** * *
13255057 TTTATTAATATTCT-AAAAGTTAATAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATTTA
130 TTTATTAATATTTTGAAAA-TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTG
* * * * * * * * *
13255108 TTCACCAAACAAGTTCAAATAGTTATG------TCAACTATTATCTATTTTAAACCATTATGACA
1 TTTATCGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGAC-
* * **
13255167 TTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATATAAAATTATTC-ATAATAAAATAATACTA
65 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTA
* * * *
13255231 ATTTATTAATA-TTTCAAAA--ATTAA-TAAGAGATTTAAAAACTAAATCTA
129 ATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTG
* * *
13255279 TTTATC-ACACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGA-
1 TTTATCGA-ACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGAC
* * * * * * * * * * *
13255342 TTTGTATTTTGTCATCAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTTTTTGGAGTAAAATATTGCTA
65 TTT-TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTA
* * ** * * * *
13255407 AATTAATAATATAATAAAAATTGATAAGTAAGAGATTTAAACAATAAATGTG
129 ATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTG
* * * * * * *
13255459 TTTGTTGAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAA-ATATTATCTATTTCAAATCGTTTTGAC
1 TTTATCGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA-ATTATTTATTTCAAATCATTATGA-
* * * * * * * * * *
13255523 CTTTTATCTAGTCATAAAATAATTTTTTCAATTCATACATGCTTATTCCAAATAAAATTATATTA
64 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTA
* * * * * *
13255588 ATTTATTAACATTTAGAAAATTAATAAGCAAGAAATTAAAAAATATAAATTTG
129 ATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA-ATAAATCTG
* * * * *
13255641 TTTA-CTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATAAATATGAC
1 TTTATC-GAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGA-
* * * *
13255705 CTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTC-AGTTTATAAAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATT
64 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACT
* ** * * * * *
13255769 ACTTTATTAATATTTCAAAAATTGACAAGTTAGAGAGTT-AAAAATAAGT-TAG
128 AATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT-G
* * * * *
13255821 TTTATCGAA-TCAGTTTAAATAATTATGGCAATTTCAACAATTA-TTATTTCAAATCATTATGAA
1 TTTATCGAACT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATG-A
* * * * *
13255884 CTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTCA-TCATACAAGCATATT-TAGAATAACATAATAC
64 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATAC
** * * *
13255947 TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAGGT-AGCAAATTTAAAAAATAAATCTA
127 TAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAG-AGATTTAAAAAATAAATCTG
* * *
13256001 TTTATCGAACTAG--C---------T-CCTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
1 TTTATCGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGA-C
* * * * * * * * * * *
13256054 TTTTATTCTATTAT-AAATAATTGTTT-TAGTTTATATAAGATTTTTTGAAATAAAATAATGCTA
65 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTA
* * * * * * * *
13256117 GTTTAATAATATTTTAAAAATGAATAACTGAGAGATTT-AAAATTAAATTTG
129 ATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTG
** * * * * * * * * *
13256168 TTTGCCGAAGC-AATTCAAACAATTAAGACCT-TATGAATAATTATCTATTTCGAATTATTATGA
1 TTTATCGAA-CTAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATG-
* * * * *
13256231 AAC-TTTGTTTTATCATAAAAAAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCCTATTCAAAATAAAATAATT
63 -ACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATA
* ** * ** * * *
13256294 CTAAGTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT---A-ACTTAAAATGTGATTTTG
126 CTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTG
* * * * * * * *
13256345 TTTA-CTGAA-TCAGTTGAAATAATTATGGCCATGTCAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTA
1 TTTATC-GAACT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGA
* * ** * * *
13256408 TCTTTTGTTTGGTCATATAACAATCATTTTTGA-ACATTCAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAC
64 -CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAC
* ** *
13256472 TAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
127 TAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
13256523 GTATTTACCA
Statistics
Matches: 2141, Mismatches: 423, Indels: 232
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
166 1 0.00
167 19 0.01
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174 4 0.00
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ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
TTTATCGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACT
TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAAT
TTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTG
Found at i:13255097 original size:722 final size:708
Alignment explanation
Indices: 13253700--13259023 Score: 3217
Period size: 713 Copynumber: 7.6 Consensus size: 708
13253690 CTATTTAACA
* *
13253700 AATTATTTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTCTATTATAAAACAATTGTTTCTATTCATACA
1 AATTA-TTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACA
* ** * * *
13253765 AGCTTATTCTA-ATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGACAATCAATAAGTAA-AAAATT
65 AGCTTATT-TAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-AGTAAGAGAATT
* * * * * * * *
13253828 TAAAAAATAAATATGTTTATCGAACTAGA-TCAATTAGTCATGACTATTTGAATAATTATTTATT
128 TAAAAAATAAATCTATTTATC-AACCATATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* * * ** * * *
13253892 TCAAATCGTTATGACTTATTGTTTTGTCATAAAAGAATTGTTTCAATTCATATAAGTTTA-TTCG
192 TCAAATCATTATGACTT-TTGTTTTGTCACAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTTTG
* * * * * ** *
13253956 AAATAAAATAATACAAATTTATCAATATTTTGAAAATTAATAATTAAGAGATTAAAAAAATGAAT
256 -AATAAAATAATATAAATTTATTAATATTATAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTTAAAAATAAAT
* * * * * * * **
13254021 TTGTTTACTAGACAAGTTT-AAATAATTATGACAATTTGAACAATTATTTATTTAAAATCACTAT
320 ATGTTTTCT-G--AACTTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT
* * * * *
13254085 AACCTTTTGTTTTATCATAAAATAAATTTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTCGAATAAAATAATA
382 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAAT-AATTTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATA
* *
13254150 TAAATTTATTAATA-TTAAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATTGAA
445 T-AATTTATTAAAATTTAA-A-AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAA
* * *
13254214 CAAGTTCAAATTA-TTATGACTATTTGAGTAATTATTTTTTTCAAATTATTATGACTTTTTGTTT
507 CAAGTTCAAA-TAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATAATTATGAC-TTTTGTTT
* * *
13254278 TGCCATAAAACAATTGTTTCTATTCATCCAAGGTTATT-GAAATTAAAATAATATTAATTTATTA
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* * * * * * *
13254342 ATTTTTGACAATTAATAAGTAGAAGATTTTAAAAAAATAAATATGTTTACTAAACAAGTTGAAAT
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*
13254407 AGAGACAATTTGAAT
696 A-AG-CAATTTCAAT
* * * * *
13254422 AATTAATTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTC-AGTTCAAAT
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*
13254486 AAGCTTATTT-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTAT-GAAAATTAATGAGTAAGAGAA
64 AAGCTTATTTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAAT-AGTAAGAGAA
* * *
13254549 -TTAAAAAATGAATCTATTTGTCAACCATATTCAAATAGTTATGACTATCTGAACAATTATCTAT
126 TTTAAAAAATAAATCTATTTATCAACCATATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * *
13254613 TTTAAAACATTATGACCTTTTGTTTTGTCACAAAATAATTGTTTTTTTTAATGCAAGCTTATTTT
191 TTCAAATCATTATGA-CTTTTGTTTTGTCACAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTTT
** * *
13254678 GAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTCCAAAAAGTAATAAGTAA-AAATTTTAAAAATAAAT
255 GAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTATAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTTAAAAATAAAT
* *
13254742 ATGTTTTCTTATTACTTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTACCTATTTCAAATCGTTATG
320 ATGTTTTCTGA--ACTTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATG
** *
13254807 ACAATTTGTTTTGTCAT-AAATCAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATATCAAAATAAAATAAT
383 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAAT-AATT-TTTCTATTCATACAAGCTTAT-TC-AAATAAAATAAT
* * * *
13254871 ACTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAG
444 A-TAATTTATTAAAATTT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAA
* * **
13254936 CGAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTT
507 CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATAATTATGA-CTTTTGTTTT
* * *
13255001 GTCATAAAACAATTGATTCTATTCATTCAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
571 GTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAAT
13255066 A-TTCTAAAAGTTAATAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATT-TATTCACCAAACAAGTTCAAAT-
636 ATTTC-AAAA-TTAATAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATTGT-TT-ACCAAACAAGTTCAAATA
** *
13255128 AGTTATGTCAACT
697 AGCAATTTCAA-T
* * * * *
13255141 -ATTATCTATTTTAAACCATTATGACATTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATATA
1 AATTAT-TATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACA
** * *
13255205 AAATTATTCATAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT-A-A-TAAGAG-ATTTA
65 AGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAGTAAGAGAATTTA
* * *
13255266 AAAACTAAATCTATTTATC-A-CACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATCT
130 AAAAATAAATCTATTTATCAACCA-TA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* * *
13255329 CAAATCATTATGA-TTTGTATTTTGTCATC-AAACAATTATTTTTGTTCATACAAGCTT-TTTTG
193 CAAATCATTATGACTTT-TGTTTTGTCA-CAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTTT-
* * * * * *
13255391 GAGTAAAATATTGCTAAA-TTAATAATATAATAAAAATTGATAAGTAAGAGA-TTTAAACAATAA
255 GAATAAAATAAT-ATAAATTTATTAATATTATAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTTAAA-AATAA
* * *
13255454 ATGTGTTTGT-TGAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAA-ATATTATCTATTTCAAATCGT
318 ATATGTTT-TCTGAACT--TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA-ATTATCTATTTCAAATCGT
* * * * * * *
13255517 TTTGACCTTTTATCTAGTCATAAAATAATTTTTTCAATTCATACATGCTTATTCCAAATAAAATT
379 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAA-TTTTTCTATTCATACAAGCTTATT-CAAATAAAATA
* * *
13255582 ATATTAATTTATTAACATTTAGAAAATTAATAAGCAAGAA-ATTAAAAAATATAAATTTGTTTAC
442 ATA-TAATTTATTAAAATTTA-AAAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAA-ATAAATTTGTTTAC
* * * *
13255646 TGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATAAATATGACCTTTTG
503 TGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATAATTATGA-CTTTTG
* * * *
13255711 TTTTATCATAAAACAATTGTTTC-AGTTTATAAAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTACTTTA
567 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTA
* * * * * * * *
13255775 TTAATATTTCAAAAATTGACAAGTTAGAGAGTT-AAAAATAAGTTAGTTTATCGAATC-AGTTTA
631 TTAATATTTC-AAAATTAATAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATT-GTTTA-CCAAACAAGTTCA
*
13255838 AATAATTATGGCAATTTCAAC
693 AAT-A--A--GCAATTTCAAT
*
13255859 AATTATTATTTCAAATCATTATGA-ACTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTCA-TCATAC
1 AATTATTATTTCAAATCATTATGACA-TTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATAC
* *
13255922 AAGCATATTTAGAATAACATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAGGT-AGCA-AAT
64 AAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA-GTAAG-AGAAT
* * * *
13255985 TTAAAAAATAAATCTATTTAT---CGA-A--C---TAG--CT-CCTATTTGAATAATTATCTATT
127 TTAAAAAATAAATCTATTTATCAACCATATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* * * * * * * * *
13256038 TCAAATCATTATGACCTTTTATTCTATTA-TAAATAATTG-TTTTAGTTTATATAAGATT-TTTT
192 TCAAATCATTATGA-CTTTTGTTTTGTCACAAAACAATTGTTTTTA-TTCATACAAGCTTATTTT
* * * * * * * *
13256100 GAAATAAAATAATGCT-AGTTTAATAATATTTTAAAAATGAATAACTGAGAGA-TTTAAAATTAA
255 G-AATAAAATAAT-ATAAATTTATTAATATTATAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTTAAAAATAA
* * * * * * * * * * **
13256163 ATTTGTTTGCCGAAGCAATTCAAACAATTAAGACCT-TATGAATAATTATCTATTTCGAATTATT
318 ATATGTTTTCTGAA-C-TTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTT
* * * *
13256227 ATGAAAC-TTTGTTTTATCATAAAAAAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCCTATTCAAAATAAAAT
380 ATG-ACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-TTTCTA-TTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAAT
* * * * ** * *
13256290 AATTCTAAGTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT---A-ACTTAAAATGTGATTTTGTTTACT
441 AA-TATAATTTATTAAAATTT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACT
* * * * * * * * * *
13256351 GAATC-AGTTGAAATAATTATGGCCATGTCAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTATCTTTTG
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* * ** * * * *
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* *** *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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** * * * *
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* * * * * * *
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* * * * *** * *
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* * * *
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* * * * * * * *
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* * *
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* * * * * * **
13258468 TCAAATCATTATGA-CATTTGTTTTGTCGTAAACCAATTATTTTTATTCATACAAAATTATTCAG
1 TCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAG
* ** *
13258532 AATAAAATAACACTAATTTATTAATACTTCAAAAATTAATAAG---AGATTTAAAACCTAAATTT
66 AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATCT
* ** * * * * *
13258594 GTTTATCAGACCAA-TTAAAATAGTTAAGACTATTTGAATAATTATCTATC
130 GTTTA-CCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATT
** * * ** * * **
13258644 TCAAATCATTATGATATTTT-TTTTGTTATAAAACAATTGTTTCTATTTGTACGAGCTTTTTTGG
1 TCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAG
* * * * * * * * *
13258708 AGTAAAATATTATTACA-CTAATAATATTCTAAAATCAATAACTAAGAGATTT-AAAAA-AAATA
66 AATAAAATAATACTA-ATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATC
*** ** * * * *
13258770 TGTTTGTTGAACCAGTTCGAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTT-TT
129 TGTTTACCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT-TTATT
* * * * * * *
13258821 TAAAATCATTATGACCTTTTATTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACATGCTTATTCAA
1 TCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAG
* ** * * *
13258886 AATAAAATAATACTATTTTATTAGCATTTAGAAAATTAATAAG-AAA-TTTTAAACAATAAATCT
66 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCA-AAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATCT
* ** * * * *
13258949 ATTTATTGAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCTATT
130 GTTTACCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATT
* * *
13258999 TAAAATCGTTATGACCTTTTCTTTT
1 TCAAATCATTATGACCTTTTGTTTT
13259024 ACAATATGTT
Statistics
Matches: 1298, Mismatches: 274, Indels: 123
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.00
170 51 0.04
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183 6 0.00
184 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (179 bp):
TCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAG
AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATCTG
TTTACCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATT
Found at i:13258229 original size:531 final size:538
Alignment explanation
Indices: 13257211--13259023 Score: 1344
Period size: 531 Copynumber: 3.4 Consensus size: 538
13257201 ATGGAATAGA
* * * *
13257211 TCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTT-ATGTTCATATAAGCTTATTTG
1 TCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCA-ATTCATATAAGCTTATTTG
* * * *
13257275 AAATAAAATAATACTAAGTTATTAATATTCCA-AAAATTAATAATTAAGAG-ATTTAAAAAATGA
65 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT--ATAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAAAT-A
* ** * * * * * **
13257338 ATCTATTTA-CCAAACAAATTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTGAAATCGCT
127 ATCTGTTTATTGAAA-AAGTTCAAATAGTTATGACAATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATT
* * ** **
13257402 ATAACCTTTCGTTTTGTCATAAAATGATTTTTTCTGTTCATACAAGTTTATTTTGAATAAAATAA
191 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTGTTCATACAA---TA---TGAATAAAATAA
*
13257467 TACAAATTTATTAATATTAAGACAATTAATAAGTACAATATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGA
250 TACAAATTTATTAATATTAAGACAATTAATAAGTACAATATTTAAAAAATAAATATATTTACCGA
* * * * * * *
13257532 ATAAGTTCAAATCGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAACTAGTTATAACTTTTTTATT
315 ACAAGTTCAAATAGTTATGACAATTTGAACAATTATCTATATCAAATAGTTATAACTCTTTTATT
* * ** * * * **
13257597 TTTTCCTAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGATTAAAATAATTTTAATTTATTA
380 TTGTCATAAAACAATTGTTAATATTCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATGCTAATTTATTA
* *** * * * * ***
13257662 ATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATACGTTTGTGGAA-TAAGTTCAAAT
445 AAATTCCAAAAATTAATAAGAAAAAGATTAAAAAAATAAATACGTCT-ACCAAGTAAGTTCAAAT
*
13257726 AGTCATGACTATTTGAATAATTA-TCTA-TT
509 AGTCATGACTATTTGAACAATTACT-TAGTT
* * *
13257755 TCAAATCATTATGACATTTTCTTTTGTAATAAAATAATTGTTTCAACTT-ATATAAGCCTATTTG
1 TCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAA-TTCATATAAGCTTATTTG
* * *
13257819 AAGTAAAAT-ATACTAATTTATTGATATTTTAGAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAAATAAT
65 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTATA-AAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAAATAAT
* *
13257883 CTGTTTATTGAAAAAGTTCAAATAGTTATGACAATTT-AACAATTATCTATTTCAAAACATTATG
129 CTGTTTATTGAAAAAGTTCAAATAGTTATGACAATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATG
* * * *
13257947 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTGTTTATGC-A-A-GAATAAAATAATATACATTT
194 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTGTTCATACAATATGAATAAAATAATACAAATTT
* * * **
13258009 ATTAATATTCCAA-A-AATTAATATGTA-AA-AGTTTAAAAAATAAATATGTTTTCTTAACACA-
259 ATTAATATT--AAGACAATTAATAAGTACAATA-TTTAAAAAATAAATATATTTACCGAACA-AG
* * *
13258069 TTCAAATAGTTTTGACAATTTGAACAATTATCTATATCAAATCA-TTATGAC-CTTTTGTTTTGT
320 TTCAAATAGTTATGACAATTTGAACAATTATCTATATCAAAT-AGTTATAACTCTTTTATTTTGT
* *
13258132 CATAAACCAATTGTTAATGTTCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATGCTAATTTATTAAAAT
384 CATAAAACAATTGTTAATATTCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATGCTAATTTATTAAAAT
* * *
13258197 TCCAAAAATTAATAAGAAAAAGATTAAAAAAATAAATATGTCTACCAAGTGAGTTCAAATAGTTA
449 TCCAAAAATTAATAAGAAAAAGATTAAAAAAATAAATACGTCTACCAAGTAAGTTCAAATAGTCA
13258262 TGACTATTTGAACAATTACTTAGTT
514 TGACTATTTGAACAATTACTTAGTT
* * * * * **
13258287 T-AAATCATTATAATATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCAA
1 TCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAATTCATATAAGCTTATTTGA
* * * * * *
13258351 AATAAGATAATACTAATTTTTTATTATTATAAAATTAATGAGT-TGTAGACTTAAAAAATTAATC
66 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTATAAAATTAATGAGTAAG-AGAATTAAAAAAATAATC
* * * * **
13258415 TGTTTATTGAATAAGTTCAAAGAGTTATATGTCCATTTGAATTATTATTTATTTCAAATCATTAT
130 TGTTTATTGAAAAAGTTCAAATAG-T-TATGACAATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTAT
* * * ** * * *
13258480 GA-CATTTGTTTTGTCGTAAACCAATTATTTTTATTCATACAAAATTATTCAGAATAAAATAACA
193 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTGTTCATAC--AA-TA-T--GAATAAAATAATA
* * ** * * *
13258544 CTAATTTATTAATACTTCAA-A-AATTAATAAG----AGATTTAAAACCTAAATTTGTTTATCAG
252 CAAATTTATTAATA-TT-AAGACAATTAATAAGTACAATATTTAAAAAATAAATATATTTA-CCG
* * * * * * * *
13258603 ACCAA-TTAAAATAGTTAAGACTATTTGAATAATTATCTATCTCAAATCA-TTATGA-TATTTT-
314 AACAAGTTCAAATAGTTATGACAATTTGAACAATTATCTATATCAAAT-AGTTATAACTCTTTTA
* ** ** * * * *** * * ** *
13258664 TTTTGTTATAAAACAATTGTTTCTATTTGTACGAGCTTTTTTGGAGTAAAATATTATTACA-CTA
378 TTTTGTCATAAAACAATTGTTAATATTCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATGCTA-ATTTA
* * * * ** * * * * *** ** *
13258728 ATAATATT-CTAAAATCAATAACTAAGAGATT-TAAAAA-AAATATGTTTGTTGAA-CCAGTTCG
442 TTAAAATTCCAAAAATTAATAAGAAAAAGATTAAAAAAATAAATACGTCT-ACCAAGTAAGTTCA
* * * *
13258789 AATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTT--TT
506 AATAGTCATGACTATTTGAACAATTA-CTTAGTT
* * * * * * * **
13258821 TAAAATCATTATGACCTTTTATTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACATGCTTATTCAA
1 TCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAATTCATATAAGCTTATTTGA
* * * *
13258886 AATAAAATAATACTATTTTATTAGCAT-TTAGAAAATT-A--A-TAAGA-AATTTTAAACAATAA
66 AATAAAATAATACTAATTTATTA--ATATTATAAAATTAATGAGTAAGAGAA-TTAAAAAAAT-A
* * * * * *
13258945 ATCTATTTATTGAACAAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTAAAATCGTT
127 ATCTGTTTATTGAA-AAAGTTCAAATAGTTATGACAATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATT
*
13259009 ATGACCTTTTCTTTT
191 ATGACCTTTTGTTTT
13259024 ACAATATGTT
Statistics
Matches: 1025, Mismatches: 200, Indels: 100
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
530 5 0.00
531 272 0.27
532 107 0.10
533 102 0.10
534 30 0.03
535 114 0.11
536 20 0.02
537 20 0.02
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540 5 0.00
541 1 0.00
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545 3 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (538 bp):
TCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAATTCATATAAGCTTATTTGA
AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTATAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAAATAATCT
GTTTATTGAAAAAGTTCAAATAGTTATGACAATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGAC
CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTGTTCATACAATATGAATAAAATAATACAAATTTAT
TAATATTAAGACAATTAATAAGTACAATATTTAAAAAATAAATATATTTACCGAACAAGTTCAAA
TAGTTATGACAATTTGAACAATTATCTATATCAAATAGTTATAACTCTTTTATTTTGTCATAAAA
CAATTGTTAATATTCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATGCTAATTTATTAAAATTCCAAAA
ATTAATAAGAAAAAGATTAAAAAAATAAATACGTCTACCAAGTAAGTTCAAATAGTCATGACTAT
TTGAACAATTACTTAGTT
Found at i:13258946 original size:894 final size:889
Alignment explanation
Indices: 13257210--13259023 Score: 1988
Period size: 894 Copynumber: 2.0 Consensus size: 889
13257200 TATGGAATAG
* * * **
13257210 ATCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTATGTTCATATAAGCTTATTTG
1 ATCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTAATGTTCATACAAACTTATTCA
* ** * * *
13257275 AAATAAAATAATACTAAGTTATTAATATTCCAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAAT
66 AAATAAAATAATACTAAGTTATTAAAATTCCAAAAATTAATAAGAAAAAGATTAAAAAAATAAAT
* * * * *
13257340 CTATTTACCAAACAAATTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTGAAATCGCTATA
131 ATATCTACCAAACAAATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTACTTATTTGAAATCACTATA
* * * * ***
13257405 ACCTTTCGTTTTGTCATAAAATGATTTTTTCTGTTCATACAAGTTTATTTTGAATAAAATAATAC
196 ACATTTCGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATAC
* *
13257470 AAATTTATTAATATTAAGACAATTAATAAGTACAATATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAATA
261 AAATTTATTAATATTAAGACAATTAATAAGTACAAGACTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAATA
** * * * *
13257535 AGTTCAAATCGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAACTAGTTATAACTTTTTTATTTTT
326 AGTTCAAAGAGTTATGACCATTTGAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATAAC-TATTTATTTTG
* ** * ***
13257600 TCCTAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGATTAAAATAATTTTAATTTATTAATA
390 TCCTAAAACAATTATTTCTATTCATACAAAATTATTCAGAATAAAATAACACTAATTTATTAATA
* ** * * * * *
13257665 TTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATACGTTTGTGGAATAAGTTCAAATAGTC
455 CTTCAAAAATTAATAAG---AAGATTTAAAAAATAAATACGTTTATAGAACAAGTTAAAATAGTC
* * *
13257730 ATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTCTTTTGTAATAAAATAATTG
517 AAGACTATTTGAATAATTATCTATCTCAAATCATTATGACATTTTCTTTTGTAATAAAACAATTG
* * * * * * *
13257795 TTTCAACTTATATAAGCCTATTTGAAGTAAAATATACTAATTTATTGATATTTTAGAAATTAATG
582 TTTCAACTTATACAAGCCTATTTGAAGTAAAATATACTAATCTAATAATATTCTAGAAATCAATA
* * * *
13257860 AGTAAGAGAATTAAAAAAATAATCTGTTTATTGAAAAAGTTCAAATAGTTATGACAATTTAACAA
647 ACTAAGAGAATTAAAAAAATAATATGTTTATTGAAAAAGTTCAAATAGTTAAGACAATTGAACAA
* * * *
13257925 TTATCTATTTCAAAACATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTGTTTATGCAAG
712 TTATCTATTTCAAAACATTATGACCTTTTATTTAGTCATAAAACAATTGGTTCAGTTTATGCAAA
* *
13257990 AATAAAATAATATACATTTATTAATATTCCAAAAATTAATATGTAAAAGTTTAAAAAATAAATAT
777 AATAAAATAATATACATTTATTAACATTCCAAAAATTAATAAG-AAAAGTTTAAAAAATAAATAT
* * * * *
13258055 GTTT-TCTTAACACATTCAAATAGTTTTGACAATTTGAACAATTATCTAT
841 ATTTAT-TGAACAAATTCAAATAGTTATGACAATTTGAAAAATTATCTAT
** *
13258104 ATCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTAATGTTCATACAAACTTATTCA
1 ATCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTAATGTTCATACAAACTTATTCA
* *
13258169 AAATAAAATAATGCTAATTTATTAAAATTCCAAAAATTAATAAGAAAAAGATTAAAAAAATAAAT
66 AAATAAAATAATACTAAGTTATTAAAATTCCAAAAATTAATAAGAAAAAGATTAAAAAAATAAAT
* *** * * *
13258234 ATGTCTACCAAGTGAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTACTTAGTTT-AAATCATTAT
131 ATATCTACCAAACAAATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTACTTA-TTTGAAATCACTAT
* * *
13258298 AATATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCAAAATAAGATAATA
195 AACATTTCGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATA
* * * * *** * * **
13258363 CTAATTTTTTATTATTATA-A-AATTAATGAGTTGTAGACTTAAAAAATTAATCTGTTTATTGAA
260 CAAATTTATTAATATTA-AGACAATTAATAAGTACAAGACTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAA
* ** * *
13258426 TAAGTTCAAAGAGTTATATGTCCATTTGAATTATTATTTATTTCAAATCA-TTATGAC-ATTTGT
324 TAAGTTCAAAGAG-T-TATGACCATTTGAACAATTATTTATTTCAAAT-AGTTATAACTATTTAT
* * *
13258489 TTTGTCGTAAACCAATTATTTTTATTCATACAAAATTATTCAGAATAAAATAACACTAATTTATT
386 TTTGTCCTAAAACAATTATTTCTATTCATACAAAATTATTCAGAATAAAATAACACTAATTTATT
** ** *
13258554 AATACTTCAAAAATTAATAAG-AGATTTAAAACCTAAATTTGTTTATCAGACCAA-TTAAAATAG
451 AATACTTCAAAAATTAATAAGAAGATTTAAAAAATAAATACGTTTAT-AGAACAAGTTAAAATAG
* * *
13258617 TTAAGACTATTTGAATAATTATCTATCTCAAATCATTATGATATTTT-TTTTGTTATAAAACAAT
515 TCAAGACTATTTGAATAATTATCTATCTCAAATCATTATGACATTTTCTTTTGTAATAAAACAAT
* * * * * * * *
13258681 TGTTTCTATTTGTACGAGCTTTTTTGGAGTAAAATATTATTACA-CTAATAATATTCTA-AAATC
580 TGTTTCAACTTATACAAGCCTATTTGAAGTAAAATA-TACTA-ATCTAATAATATTCTAGAAATC
* * ** * *
13258744 AATAACTAAGAG-ATTTAAAAAA-AATATGTTTGTTGAACCAGTTCGAATAGTTAAGACTATTAG
643 AATAACTAAGAGAATTAAAAAAATAATATGTTTATTGAAAAAGTTCAAATAGTTAAGACAATT-G
* * * *
13258807 AATAATTATCT-TTTTAAAATCATTATGACCTTTTATTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCA
707 AACAATTATCTATTTCAAAA-CATTATGACCTTTTATTTAGTCATAAAACAATTGGTTCAGTT--
* * * *
13258871 TACATGCTTATTCAAAATAAAATAATACTA-TTTTATTAGCATT-TAGAAAATTAATAAG-AAAT
769 T--ATGC--A---AAAATAAAATAATA-TACATTTATTAACATTCCA-AAAATTAATAAGAAAAG
* * *
13258933 TTTAAACAATAAATCTATTTATTGAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCTAT
825 TTTAAAAAATAAATATATTTATTGAACAAATTCAAATAGTTATGACAATTTGAAAAATTATCTAT
* * * *
13258998 TTAAAATCGTTATGACCTTTTCTTTT
1 ATCAAATCATTATGACCTTTTGTTTT
13259024 ACAATATGTT
Statistics
Matches: 756, Mismatches: 142, Indels: 44
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
886 39 0.05
887 56 0.07
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889 86 0.11
890 5 0.01
891 4 0.01
893 120 0.16
894 313 0.41
895 39 0.05
896 35 0.05
897 2 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (889 bp):
ATCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTAATGTTCATACAAACTTATTCA
AAATAAAATAATACTAAGTTATTAAAATTCCAAAAATTAATAAGAAAAAGATTAAAAAAATAAAT
ATATCTACCAAACAAATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTACTTATTTGAAATCACTATA
ACATTTCGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATAC
AAATTTATTAATATTAAGACAATTAATAAGTACAAGACTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAATA
AGTTCAAAGAGTTATGACCATTTGAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATAACTATTTATTTTGT
CCTAAAACAATTATTTCTATTCATACAAAATTATTCAGAATAAAATAACACTAATTTATTAATAC
TTCAAAAATTAATAAGAAGATTTAAAAAATAAATACGTTTATAGAACAAGTTAAAATAGTCAAGA
CTATTTGAATAATTATCTATCTCAAATCATTATGACATTTTCTTTTGTAATAAAACAATTGTTTC
AACTTATACAAGCCTATTTGAAGTAAAATATACTAATCTAATAATATTCTAGAAATCAATAACTA
AGAGAATTAAAAAAATAATATGTTTATTGAAAAAGTTCAAATAGTTAAGACAATTGAACAATTAT
CTATTTCAAAACATTATGACCTTTTATTTAGTCATAAAACAATTGGTTCAGTTTATGCAAAAATA
AAATAATATACATTTATTAACATTCCAAAAATTAATAAGAAAAGTTTAAAAAATAAATATATTTA
TTGAACAAATTCAAATAGTTATGACAATTTGAAAAATTATCTAT
Found at i:13261084 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 13261061--13261096 Score: 63
Period size: 18 Copynumber: 2.0 Consensus size: 18
13261051 ATTGAAATAG
13261061 TTATGACTATTTGAACAA
1 TTATGACTATTTGAACAA
*
13261079 TTATGATTATTTGAACAA
1 TTATGACTATTTGAACAA
13261097 CTATATATTT
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 1, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
18 17 1.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.11, T:0.42
Consensus pattern (18 bp):
TTATGACTATTTGAACAA
Found at i:13261798 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 13261079--13262455 Score: 1079
Period size: 181 Copynumber: 7.7 Consensus size: 180
13261069 ATTTGAACAA
* * * * * * ** *
13261079 TTATGATTATTTGAACAACTATATATTTCAAACCATTATAACCTTTTGTTTTAACATAAGACAAT
1 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
* * ** * * * * *
13261144 TATTTTAATTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATCTAATAGTATTATGAAAATTA
66 T-TTTTTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATTCTAATTTATTAATATTTTGAAAATTA
* * * * * *
13261209 ACAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTTTTTGCCAAACTAGTTCAAATAG
130 ATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAG
* * * * * * *
13261260 -TAAGGCTATATAAAGAATTAT-TAATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCGTAAAACAA
1 TTATGACTATTTGAACAATTATCT-ATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAAC-A
* * * * * * *
13261323 ATGTTTTTGTTCAAATAAGTTTGTTT-AGAATAAAATAATAT-TAATTTATTAATATTTTTAAAA
64 ATTTTTTTATTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAAT-TCTAATTTATTAATATTTTGAAAA
* * *
13261386 -T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTGCCAAACTAA-TTCAATTAT
127 TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAAC-AAGTTCAAATAG
* * * * *
13261436 TTATAACAATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCA-TTTGTTTTGTCATAAAACAG
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* * * * * *
13261500 TTGTTTCTA-TGATA-TAGTTTTATTT-AGAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATATTTTGAAAA
65 TT-TTTTTATTCATACAAG-CTTATTTGA-AATAAAATAATTCTAATTTATTAATATTTTGAAAA
* * ** * * *
13261562 TTAATATGTAACG-GATTTAAAAAATGAATCTATTGGCTTAACCAA-TGCAAATAG
127 TTAATAAGTAA-GAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC-CAAACAAGTTCAAATAG
* * *
13261616 TTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCACAAAATAAT
1 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
* *
13261681 TTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAACATAATTCTAATTTGTTAATATTTTGAAAATTA
66 TTTTT-TATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATTCTAATTTATTAATATTTTGAAAATTA
* * * * *
13261746 ATAAGTAAGAGATTTAAAAATTAAAGCTATTTATCGAACAAGTTCGAATAG
130 ATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAG
* * * * * * * *
13261797 TTATGACTATTTGAACAATTACCAATTTCAAACCACTA-AACCTTTTTTTTTTTGTCATAAAAGA
1 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-C-ATTTTGTTTTGTCATAAAACA
* * * * *** *
13261861 ATTTTTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTCAATTAAAATAATAT-AAATTTATTAATATTCACACA
64 A--TTTTTTTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAAT-TCTAATTTATTAATATTTTGAAA
* * * **
13261925 ATTAATAAGTAAAAGATTTAGAAAATAAATCTATTTATCAAGTAAGTTCAAATAG
126 ATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAG
* * * * * * *
13261980 TTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTAATAACTTTTTTGTTTTATCATAAAATAA
1 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC-ATTTTGTTTTGTCATAAAACAA
* * * * * *
13262045 TTATTTTTGTTCGTATAAGCTTATTTGAATTAAAATAATAT-TAATTTATTAATATGTTGACAAT
65 TT-TTTTTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAAT-TCTAATTTATTAATATTTTGAAAAT
* * *
13262109 TAATAAGTAA-AGATGTT-ATAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAG
128 TAATAAGTAAGAGAT-TTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAG
* * * * ** * **
13262161 TCATAACCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTCATCCA-AAAACAA
1 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGT-CATAAAACAA
* * * * * * *
13262225 TTGTATTAGTTCATATAGGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-TTTCTAAAAAT
65 TTTTTTTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATTCTAATTTATTAATATTT-TGAAAAT
* ** *
13262289 TAATGAA-TAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTACTGAACAAGTTGAAATAG
128 TAAT-AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAG
* * * * *
13262342 TTATGACTATTTAAACAATTTTTTATTTCAAATCATTATGATATTTTGTTTTGTCAT---GC-A-
1 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
* * *
13262402 -TTTCTATTCGTACAAGCTTATTTTGAAA-AAAATAATAT-AAATTTATTAATATTT
66 TTTTTTATTCATACAAGCTTA-TTTGAAATAAAATAAT-TCTAATTTATTAATATTT
13262456 CAATAGTTAT
Statistics
Matches: 959, Mismatches: 194, Indels: 92
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
174 30 0.03
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181 262 0.27
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183 142 0.15
184 9 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
TTTTTTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATTCTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAA
TAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAG
Found at i:13261936 original size:183 final size:182
Alignment explanation
Indices: 13261079--13262398 Score: 909
Period size: 180 Copynumber: 7.3 Consensus size: 182
13261069 ATTTGAACAA
* * * * ** * *
13261079 TTATGATTATTTGAACAACTATATATTTCAAACCATTATAACC--TTTTGTTTTAACATAAGACA
1 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTTTGTTTTGTCATAAAATA
* ** * * * * *
13261142 ATTATTTTAATTCATACAAGTTTA-TTCAAAATAAAATAATACTAATCTAATAGTATT-ATGAAA
66 ATTTTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCA-GAAA
* * * * ** * *
13261205 ATTAACAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTTTTTGCCAAACTAGTTCAAATAG
129 ATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATCTATTTATCGAACAAGTTCAAATAG
* * * * * * * *
13261260 -TAAGGCTATATAAAGAATTAT-TAATTTCAAATCATTATGACC--TTTTGTTTTGTCGTAAAAC
1 TTATGACTATTTGAACAATTATCT-ATTTCAAATCATTATAACCTTTTTTGTTTTGTCATAAAAT
* * * * * * ***
13261321 AAATGTTTTTGTTCAAATAAGTTTGTTT-AGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTTAAA
65 AATTTTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTCA-AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCAGAAA
** * * *
13261385 A-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTGCCAAACTAA-TTCAATTAT
129 ATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATCTATTTATCGAAC-AAGTTCAAATAG
* * * * * * *
13261436 TTATAACAATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACC--ATTTGTTTTGTCATAAAACA
1 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTTTGTTTTGTCATAAAATA
* * * * * * * * ** **
13261499 GTTGTTTCT-ATGATA-TAGTTTTATTT-AGAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATATTTTGAAA
66 ATTTTTTTTGTTCATACAAG-CTTATTTCA-AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCAGAAA
* * ** * *
13261561 ATTAATATGTAACG-GATTTAAAAAATGAATCTA-TTGGCTTAACCAA-TGCAAATAG
129 ATTAATAAGTAA-GAGATTT-AAAAATAAATCTATTTATC-GAA-CAAGTTCAAATAG
* * * *
13261616 TTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-C-ATTTTGTTTTGTCACAAAATA
1 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTTTGTTTTGTCATAAAATA
* * * * * **
13261679 ATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAACATAAT-TCTAATTTGTTAATATTTTGAAAA
66 ATTTTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATAT-TAATTTATTAATATTCAGAAAA
* *
13261743 TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATTAAAGCTATTTATCGAACAAGTTCGAATAG
130 TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA-TAAATCTATTTATCGAACAAGTTCAAATAG
* * * * * *
13261797 TTATGACTATTTGAACAATTACCAATTTCAAACCACTA-AACCTTTTTTTTTTTGTCATAAAAGA
1 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTTTGTTTTGTCATAAAATA
* * * *
13261861 ATTTTTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTCAATTAAAATAATATAAATTTATTAATATTCACACAA
66 A-TTTTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCAGAAAA
* *
13261926 TTAATAAGTAAAAGATTTAGAAAATAAATCTATTTATC-AAGTAAGTTCAAATAG
130 TTAATAAGTAAGAGATTTA-AAAATAAATCTATTTATCGAA-CAAGTTCAAATAG
* * * *
13261980 TTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTAATAA-CTTTTTTGTTTTATCATAAAATA
1 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTTTGTTTTGTCATAAAATA
* * * * * * *
13262044 ATTATTTTTGTTCGTATAAGCTTATTTGAATTAAAATAATATTAATTTATTAATATGT-TGACAA
66 ATTTTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATATTAATTTATTAATAT-TCAGAAAA
* * * * *
13262108 TTAATAAGTAA-AGATGTTATAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAG
130 TTAATAAGTAAGAGAT-TTAAAAATAAATCTATTTATCGAACAAGTTCAAATAG
* * * * ** * ** *
13262161 TCATAACCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACC--TTTTGTTTCATCCA-AAAAC
1 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTTTGTTTTGT-CATAAAAT
* * * * * * *
13262223 AATTGTATTAGTTCATATAGGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATTTTCTA-AA
65 AATTTTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTC-AGAA
* *
13262286 AATTAATGAA-TAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTA-CTGAACAAGTTGAAATAG
128 AATTAAT-AAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATCTATTTATC-GAACAAGTTCAAATAG
* * * * *
13262342 TTATGACTATTTAAACAATTTTTTATTTCAAATCATTATGA--TATTTTGTTTTGTCAT
1 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTTTGTTTTGTCAT
13262399 GCATTTCTAT
Statistics
Matches: 921, Mismatches: 172, Indels: 92
0.78 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
175 2 0.00
176 81 0.09
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178 1 0.00
179 13 0.01
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181 247 0.27
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184 7 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (182 bp):
TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTTTGTTTTGTCATAAAATA
ATTTTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCAGAAAAT
TAATAAGTAAGAGATTTAAAAATAAATCTATTTATCGAACAAGTTCAAATAG
Found at i:13262202 original size:545 final size:540
Alignment explanation
Indices: 13261087--13262361 Score: 1222
Period size: 545 Copynumber: 2.4 Consensus size: 540
13261077 AATTATGATT
* * * * * * * * * * *
13261087 ATTTGAACAACTATATATTTCAAACCATTATAACCTTTTGTTTTA-ACATAAGACAATTATTTTA
1 ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTCATCCA-AAAACAATTGTATTA
* * * * * * * * * *
13261151 ATTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATCTAATAGTATTATGAAAATTAA-CAACT
65 GTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATTTTCTAAAAATTAATGAA-T
** * * ** * * * * * *
13261215 AAGAGATTTAAAAAATAAATTTTTTTGCCAAACTAGTTCAAATAG-TAAGGCTATATAAAGAATT
129 AAGAGATTTAAAAAATAAAGCTATTTACTGAACAAGTTGAAATAGTTATGACTATTTAAACAATT
** * * * * * * * * * *
13261279 ATTAATTTCAAATCATTATGACC--TTTTGTTTTGTCGTAAAACAA-ATGTTTTTGTTCAAATAA
194 ACCAATTTCAAACCACTA-AACCTTTTTTTTTTTGTCATAAAAGAATTTTTTTTTGTTCATACAA
* * * * ***
13261341 GTTTGTTT-AGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTTAAAATTAATAAGAGATTTAAAAA
258 GCTTATTTCA-ATTAAAATAATATAAATTTATTAATATTCACAAAATTAATAAGAGATTTAAAAA
* * *
13261405 ATAAATCTATTTGCCAAACTAATTCAATTATTTATAACAATTTGAACAATTATTTATTTCAAATC
322 ATAAATCTATTTACCAAACTAATTCAAATAGTTATAACAATTTGAACAATTATTTATTTCAAATC
* * * * * * *
13261470 GTTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAGTTGTTTCTATGATATAGTTTTATTTAGAATAAAGT
387 GTAATAACCATTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCTATGATATAGTCTTATTTAGAATAAAAT
* * * * * * *
13261535 AATGCTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATATGTAACGGATTTAAAAAATGAATCTATTGGCT
452 AATACTAATTTATTAATATGTTGAAAATTAATAAGTAACAGATTTAAAAAATAAATATATTGACT
* * * * *
13261600 TAACCAATGCAAATAGTTATGACT
517 CAAACAATGCAAATAGTCATAACC
** * * *
13261624 ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGT-CACAAAATAATTTTTTCT
1 ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTCATCCA-AAAACAATTGTAT-T
* * * * *
13261688 A-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAACATAATTCTAATTTGTTAATATTT-TGAAAATTAAT-AA
64 AGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-TTTCTAAAAATTAATGAA
* *
13261750 GTAAGAGATTTAAAAATTAAAGCTATTTA-TCGAACAAGTTCG-AATAGTTATGACTATTTGAAC
128 -TAAGAGATTTAAAAAATAAAGCTATTTACT-GAACAAGTT-GAAATAGTTATGACTATTTAAAC
13261813 AATTACCAATTTCAAACCACTAAACCTTTTTTTTTTTGTCATAAAAGAATTTTTTTTTGTTCATA
190 AATTACCAATTTCAAACCACTAAACCTTTTTTTTTTTGTCATAAAAGAATTTTTTTTTGTTCATA
*
13261878 CAAGCTTATTTCAATTAAAATAATATAAATTTATTAATATTCACACAATTAATAAGTAAAAGATT
255 CAAGCTTATTTCAATTAAAATAATATAAATTTATTAATATTCACAAAATTAATAAG----AGATT
* * * * *
13261943 TAGAAAATAAATCTATTTATC-AAGTAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATT
316 TAAAAAATAAATCTATTTACCAAACTAA-TTCAAATAGTTATAACAATTTGAACAATTATTTATT
** * * *
13262007 TCAAATCGTAATAACTTTTTTGTTTTATCATAAAATAATTATTTTTGTTCG-TATAAG-CTTATT
380 TCAAATCGTAATAAC-CATTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCT-AT-GATAT-AGTCTTATT
* * *
13262070 T-GAATTAAAATAATATTAATTTATTAATATGTTGACAATTAATAAGTAA-AGATGTT-ATAAAT
441 TAGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATGTTGAAAATTAATAAGTAACAGAT-TTAAAAAAT
* * *
13262132 AAATATGTTTAC-CAAACAAGTTCAAATAGTCATAACC
504 AAATATATTGACTCAAACAA-TGCAAATAGTCATAACC
** *
13262169 ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTCATCCAAAAACAATTGTATTAG
1 ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTCATCCAAAAACAATTGTATTAG
* *
13262234 TTCATATAGGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATTTTCTAAAAATTAATGAATAA
66 TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATTTTCTAAAAATTAATGAATAA
* *
13262299 GAGATTTAAAAAATGAATCTATTTACTGAACAAGTTGAAATAGTTATGACTATTTAAACAATT
131 GAGATTTAAAAAATAAAGCTATTTACTGAACAAGTTGAAATAGTTATGACTATTTAAACAATT
13262362 TTTTATTTCA
Statistics
Matches: 596, Mismatches: 113, Indels: 50
0.79 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
537 135 0.23
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539 18 0.03
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541 1 0.00
543 5 0.01
544 79 0.13
545 211 0.35
546 55 0.09
547 3 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (540 bp):
ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTCATCCAAAAACAATTGTATTAG
TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATTTTCTAAAAATTAATGAATAA
GAGATTTAAAAAATAAAGCTATTTACTGAACAAGTTGAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTAC
CAATTTCAAACCACTAAACCTTTTTTTTTTTGTCATAAAAGAATTTTTTTTTGTTCATACAAGCT
TATTTCAATTAAAATAATATAAATTTATTAATATTCACAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAA
ATCTATTTACCAAACTAATTCAAATAGTTATAACAATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTAA
TAACCATTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCTATGATATAGTCTTATTTAGAATAAAATAATA
CTAATTTATTAATATGTTGAAAATTAATAAGTAACAGATTTAAAAAATAAATATATTGACTCAAA
CAATGCAAATAGTCATAACC
Found at i:13263177 original size:176 final size:173
Alignment explanation
Indices: 13262457--13265906 Score: 1137
Period size: 181 Copynumber: 19.4 Consensus size: 173
13262447 TTAATATTTC
* * * * *
13262457 AATAGTTATAACTATTTGAATTGATTCAATAAATAGATTTAGTTTTGAA-ATCT-CTTATTAATT
1 AATAGTCATAACTATTTGAACTG-TTCAAAAAATAGATTT--TTTT-AATTTTTACTTATTAATT
* * ** ** * * *
13262520 TTTGAAATAGTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGTATGGATATAAGCAATTGT
62 TTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGT
** * ** * * * *
13262585 TTTACAACAAAACAAAATATCATAATGATTTGAAATAGATAATAGCTCA
127 TTTATGATAAAA-AAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAAATAATTGTTTA
* * * ** * * * **
13262634 AATGGACATGACTATTTGAACATGTTTGATAAACAGATTAACTTTTAAAATCTTCAACTTATTAA
1 AATAGTCATAACTATTTGAAC-TGTTCAAAAAATAGATT---TTTT-TAAT-TTTTACTTATTAA
* * ** * *
13262699 TTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAATAGAAATAATT
60 TTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATT
* * * *
13262764 GTTTTAGGATAAAATAAAGGATTATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTTA
125 GTTTTATGATAAAAAAAAGG-TCATAA-TATTTGAAATAAATAATTGTTTA
** * *
13262815 AATAGTCATAACTATTTGAACTCACTCAATAAATAGATTTATTTTAAAAATCTTTTATTTATTAA
1 AATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTCAAAAAATAGATTT-TTTT---AAT-TTTTACTTATTAA
* ** * *
13262880 -TTTTGGAATATTAATAAATTAGGATTATTTTATTGCAAATAAGGTT-TTTGAATAGAAACAATT
60 TTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATT
* * *
13262943 GGTTTATGACAAAACAAATA-GTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCA
125 GTTTTATGATAAAA-AAA-AGGTCATAAT-ATTTGAAATAAATAATTGTTTA
13262994 AATAGTCATAACTATTTGAACGTGTTCAAAAAATAGATTTTTTTATATTTTTACTTATTAATTTT
1 AATAGTCATAACTATTTGAAC-TGTTCAAAAAATAGATTTTTTTA-ATTTTTACTTATTAATTTT
* * * * *
13263059 TGGAACATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTAAAATAAGCTTGCATGAATAGTACCAATTGTTT
64 TGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTT
* * *
13263124 TATGATAAAAAAAAGGTCATAATATTTTAAAATAGATAATTATTTA
129 TATGATAAAAAAAAGGTCATAATA-TTTGAAATAAATAATTGTTTA
* **
13263170 GATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACATATTTATTTTTTTAATTCTCTTACTCT-TT
1 AATAGTCATAACTATTTGAAC-TGTTC-A-AAA-A-ATAGATTTTTTTAATT-T-TTACT-TATT
* * * * ** * *
13263234 AGTTTTTGGAATATTAAAAAATTAGTATTATTTTATTT-GAACAATTTTTTATG-ACA-AAACAA
58 AATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAA
* * * * * * * * * * **
13263296 ------AATG-T--CACAATGAT-TTGA-A-GT-AGAT-AATTA-T-TCAA
123 TTGTTTTATGATAAAAAAAAGGTCATAATATTTGAAATAAATAATTGTTTA
* * * * *
13263331 ATA-C-TCATGACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAAT
1 A-ATAGTCATAACTATTTGAAC-TGTTCA--AAAAATAGATTTTTTTAAT-TTTTACTTATTAAT
* *** * * * ** * ** * * *
13263394 TGTCAAAATATTAATAGATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGGTCATAAGGATAGAAATAATTG
61 TTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTG
* * * * *
13263459 TTTTATGACAAAACAAAAAAGTCATAAGAATTTGAAATAAATAGTTGTTCA
126 TTTTATGA-TAAA-AAAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAAATAATTGTTTA
* * *
13263510 AATAGTCACAACAATTTGAACTTGTTCAGTAAAA-AGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTA
1 AATAGTCATAACTATTTGAAC-TGTTCA-AAAAATAGA--T-TTTTTT-AAT-TTTTACTTATTA
* * * * *
13263574 ATTGTCTT--AATATTAAAAAATTTGTATTATTTTATTCAAGATAAGCTTGTATGAACAGAAACA
59 ATT-T-TTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACA
** * ** * * ** ** *
13263637 ATCATTTTATGACAAGCAAAAGGTTATAGTGATTCCAAATTGATAATTGTTCA
122 ATTGTTTTATGATAAAAAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAAATAATTGTTTA
* * * * ** *
13263690 AATAGTCATAATTAGTTAAATTTGTTCAGTAAATAGATGCATTTTTTAAATCTCTTGA-TTATTA
1 AATAGTCATAACTATTTGAA-CTGTTCAAAAAATAGAT---TTTTTT-AAT-T-TTTACTTATTA
** * ** ** *
13263754 ATTTTCAGAATATTAATAACA-TAGTATTACCTTATATGAATTGGAATAATTTTTTTATGACA-A
59 ATTTTTGGAATATTAATAA-ATTAGTATTA--TT-T-T-ATTTAAAATAA-GCTTGTATGA-ATA
* ** * * **** * * * * *
13263817 -AAA-AATAGGCCATAACGATTTGCAATA-G--ATAAT-TATTCAAATAGTCATAACTATTTGA
116 GAAACAAT-TG-TTTTATGATAAAAAAAAGGTCATAATAT-TTGAAATA--AATAATTGTTT-A
** * *
13263875 TCTAGTTCCGTAAACATATTT--A-T-TT------TTA-A-------AATTTTTACTTATTAATT
1 AATAG-T-CAT-AAC-TATTTGAACTGTTCAAAAAATAGATTTTTTTAATTTTTACTTATTAATT
* *** * * * *
13263922 GTCAAAATACTAATAAATTAGTATTATTTTAATCT-AAATAAGCTTGTATGAACAGAAACTATTG
62 TTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTAAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTG
* * * *
13263986 TTTTATAACAGAATAAAAA-GTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGCTTA
126 TTTTATGATA-AA-AAAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAAATAATTGTTTA
* * * * ** * * *
13264036 AATATTCATAACTATTTGAACCGGTTGATAAACATATTTATTTTTTAA-ATAT-CTTTTTAATTT
1 AATAGTCATAACTATTTGAA-CTGTTCA-AAAAATAGAT-TTTTTTAATTTTTACTTATTAATTT
*** * ** * * * *
13264099 TCAAAATAATAATATTTTAGTATTATTTTATTCTGAACA-AA-CTTATATGAACAAAAAC-ATAT
63 TTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-T-AAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAAT-T
** * * * *
13264161 GTTTTATGGCAAAACAAAAGGTCATGATGATTTGAAATAGATAATTATTCA
125 GTTTTATGATAAAA-AAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAAATAATTGTTTA
* * * * * * *
13264212 AACAATCATAATTATTTGAACTAGTTCGGCAAACAAA-ATTATTTTTTAAATCTCTTACTGATTA
1 AATAGTCATAACTATTTGAACT-GTT---CAAA-AAATA-GATTTTTTTAAT-TTTTACTTATTA
* * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * ** * * *
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1 AATAGTCATAACTATTTGAACT-G-TT--CAAA-AAATAGATTTTTTTAAT-TTTTACTTATTAA
* * * * ** * * *
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* * * * * * *
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* ** * **
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1 AATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTCAAAAAATAGA--T-TTTTTT-AAT-TTTTACTTATTAA
* ** * * * *
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60 TTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAAAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAAT
* * * * * *
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* * * * * * * * * *
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1 AATAGTCATAACTATTTGAACTG--TTCAAAAAATAGATTT-T-T-TT-AAT-TTTTACTTATTA
** * * * * * * *
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* * * * **
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124 TGTTTTATGATAAAA-AAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAAATAATTGTTTA
* * ** ***
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* ** * * * *
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* * * *
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* * * * ** * * **
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1 AATAGTCATAACTATTTGAACT--GTT--CAAA-AAATAGATTTTTTTAATTTTTACTTATTAAT
* * * * * * * ** * * * *
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* * * * * * *
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* ** * * *
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* * ** ** *
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* * * * * * *
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127 TTTATGATAAAA-AAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAAATAATTG-TT--TA
* * ** **
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1 AAT--AG----T---CATAACTATTTGAAC-TGTTCAAAAAATAGA-T--TTTTTT-AAT-TTTT
* * ** *
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* * * * *
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* ** * *
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1 AATAGTCATAACTATTTGAACT--GTT-CAAAAAATAGATT-TTTTT-AA-T-TTTTACTTATTA
** * *
13265722 A-TTTTGGAATATTAATAAATTA-TATTATTTTATTTTGAATAAGGGTT-TTTGAATAGAAACAA
59 ATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAAAATAA-GCTTGTATGAATAGAAACAA
* * * * * *
13265784 TTGGTTTATGACAAAATAAATGGTCAT-ATCGATTTGAAATAGATAATTATTCA
123 TTGTTTTATGATAAAA-AAAAGGTCATAAT--ATTTGAAATAAATAATTGTTTA
* * * *
13265837 AATAGTTATTACTATTTGAACATGTTTAAAAAATAGATTTATTTTTTAAATTTTTTCTTATTAAT
1 AATAGTCATAACTATTTGAAC-TGTTCAAAAAATAGA--T-TTTTTT-AATTTTTACTTATTAAT
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*
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * ***
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* *** * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * **
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* * * * ** * * *
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* * * *
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* *
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117 TTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAA
13265602 C
181 C
* * * * * *
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* * * * * *
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*** * *
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* * * * * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * * * **
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* * * * * * * * *
13263928 ATACTAATAAATTAGTATTATTTTAATCTAAATAAGCTTGTATGAA-CAGAAACTATTGTTTTAT
128 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAGGATTGTATGAATGAAAAACAATTGTTTTAT
* * * * **
13263992 AACAGAATA-AAAAG-TCATAACGATTTGAAATAAATAATTGCTT-AAATATTCATAACTATTTG
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* * * * * * * * * * *
13264054 AACCGGTTGA-TAAACATATTTATTTTTTAAATATCT---TT-TTAATTTTCAAAATAATAATAT
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* * ** * * * * *
13264114 TTTAGTATTATTTTATTCTGAACAAACTTATATGAACAAAAAC
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* * * * * *
13264157 -ATATGTTTTATGGCAAAACAAAAGGTCATGATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAACAATCAT
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* ** * * *
13264221 AATTATTTGAACTAGTTCGGCAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTACTGATTAATTTTTGAAA
65 AACTATTTGAACTAGTT-GATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAA
* * ** * * *
13264286 TATTAAT-AATT-TTTTTATTTTATTTCAAATAAG-TTAGTAAGAACT-AAAAA-AATTATTTTA
129 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAGGATT-GTATGAA-TGAAAAACAATTGTTTTA
* * * * * * * *
13264346 TGACAAAACGAAAGGTCATAATGAATTGAATAAAGA-AA-TGTTCATATAGCCTTAGCTATTTGA
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* * * * * *
13264409 ACTGGTTTAGCAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTAGAATATTATTACA
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* * *
13264474 TTAATATTATTTTATTCCAAATAATCTTATATGAATAGAAAT
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* * * * * ** * * *
13264516 AATTATTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATATATAATTATTCAAATAGTTATA
1 AATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* *
13264581 ACTATTTGAACTAGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAAT
66 ACTATTTGAACTAG-TTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAT
*
13264646 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAGGATTGTATG-ATGAAAAATAATTGTTTTATGA
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* * * * *
13264710 CAAAACAAAAGTTAATAACGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAATTG
195 CAAAACAAAAGTTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTG
* * * * * *
13264775 ATTT-GATAAACT-GATTTATATATTAAATCTCTAACTTATCAATTTTTATAATATTAATAAAAT
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* * * * *
13264838 AATATTATTTTATTTCAAATATGCTTTTATGAATTGAACC
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* * * * * * *
13264878 AATTGTTTTATGATAAAATAAAAGGTCATAGTGATTTTAGATAGATAATTGTCCAAATAATCAAA
1 AATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * * ***
13264943 ACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGA--T-TTTTTT-AATTTCTTAAAAATTAATGTTTTG-AA
66 ACTATTTGAACTAGTTGA-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT-TTTTGAAA
* * * * *
13265003 TATTAATAAATTAGTATTTTTTTATTTTGAATAAGCA-TGTATGAGCTG--AAGCAATTATTTTA
129 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAT-AGGATTGTATGA-ATGAAAAACAATTGTTTTA
* * * * * * *
13265065 TGACTATACAAAAGGTCAA-AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTAA
192 TGACAAAACAAAA-GTTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTGA
* * * * * * * *
13265129 ACTAATTTAGCAAACACATTTATTTTATAAATC-CTTACTTATTAATGTTTAGAATATTATTAAT
256 ACTGATTTAGCAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAA
** * * * * *
13265193 TTAGCAATATTTTACTCCAAATAAGCTTGTATGAACATAAAT
321 TTAATATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAC
* * * *
13265235 AAATGTTTTAAGACAGAAT-AAAGAT-ATAATGATTT-AAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
1 AATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAA-ATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * *
13265297 AACTATTTGAATTAGTTCAGTAAAGAGATTTAGTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAA
65 AACTATTTGAACTAGTTGA-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAA
* * *** * * *
13265358 TAGTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCGAAATAATTTTGTATGAAT-AGAAACATTTGTTTTAC
129 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG-AATAGGATTGTATGAATGAAAAACAATTGTTTTAT
* * * * *
13265421 GACAAAACAAAATGTT-ATAATAATTTGAGATAGATAATAGATTAATAAATGGAGAAAATGGACA
193 GACAAAACAAAA-GTTAATAATGATTTGAAATAGATAATTG-TT--CAAAT-------A--GCCA
* * *
13265485 TGACTATTTGAACTTG-TTTAGTAAATAGATTAATTTTTTAAATCT-TCAACTTATTAATTTTTA
245 TAACTATTTGAAC-TGATTTAGCAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCT-AACTTATTAATTTTTA
* * *
13265548 GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATAT-CGAATAAACTTGTATGAATAGAAAC
308 GAATATTAATAAATTAATATTATTTTAT-TCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAC
* * * *
13265603 AATTGTTTTATGACAAAATAAAGGGTCAAAATGAATTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATA
1 AATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * * *
13265668 ACTATTTGAACTCACTTGGTAAACATATTTA-TTTTTAAAGTCTTTTACTTATTAA-TTTTGGAA
66 ACTATTTGAACT-AGTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAA-TCTCTTACTTATTAATTTTTGAAA
* * * *
13265731 TATTAATAAATTA-TATTATTTTATTTTGAATAAGGGTT-TTTGAAT-AGAAACAATTGGTTTAT
129 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAT-AGGATTGTATGAATGAAAAACAATTGTTTTAT
* * * * * ** *
13265793 GACAAAATAAATGGTCAT-ATCGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATTACTATTTGAA
193 GACAAAACAAAAGTTAATAAT-GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTGAA
** * **
13265857 CATG-TTTAAAAAATAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTTCTTATTAATTTTT
257 C-TGATTTAGCAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTT
13265906 GAAACTATTG
Statistics
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Consensus pattern (362 bp):
AATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
ACTATTTGAACTAGTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATA
TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAGGATTGTATGAATGAAAAACAATTGTTTTATGAC
AAAACAAAAGTTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTGA
TTTAGCAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAAT
ATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAC
Found at i:13265633 original size:548 final size:534
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13263791 GAATTGGAAT
* * * ** * *
13263801 AATTTTTTTATGACAAAA-AAATAGGCCATAACGATTTGCA-ATAGATAATTA-TTCAAATAGTC
1 AATTGTTTTACGACAAAACAAA-AGGTCATAATAATTTG-AGATAGATAA-TAGTACAAATAATC
* * * ** * * * * * * * * *
13263863 ATAACTATTTGATCTAGTTCCGTAAACATATTTATTTTTAAAATTTTTACTTATTAATTGTCAAA
63 AAAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAATAGA-TTATTTTTTAAATCTTCAATTATTAATTTTTAGA
* * * * * * * *
13263928 ATACTAATAAATTAGTATTATTTTAATCTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACTATTGTTTTATA
127 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC-GAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATG
* * * * * * *
13263993 ACAGAATAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGCTT-AAATATTCATAACTATTTGAAC
191 ACAAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAAATAATTG-TTCAAATAGTCTTAACTATTTGAAC
*** * * * * **
13264057 -CGGTTGATAAACATATTTATTTTTTAAATATC-T--TT-TTAATTTTCAAAATAATAATATTTT
255 TAATTTG-TAAACACATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-AGAATATTAATAAATT
* * * ** * * * * * *
13264117 AGTATTATTTTATTCTGAACAA-ACTTATATGAACAAAAACATATGTTTTATGGCAAAACAAAAG
317 AGCAATATTTTACTCCAAATAAGA-TTGTATGAACAAAAATAAATGTTTTAAGACAAAACAAAAG
* * * * * * ** * * **
13264181 GTCATGATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAACAATCATAATTATTTGAACT-AGTTCGGCAAA
381 ATAATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTGAATTGAGTTC-ATAAA
* * * * * * * ** *
13264245 CAAAATTATTTTTTAAATCTCTTACTGATTAATTTTTGA-AATATTAAT--AATTTTTTTATTTT
445 CAGATTTATATATTAAA-CTC-TACTTATCAATTTTT-ATAATAGTAATAAAATAATATTATTTT
** * * *
13264307 ATTTCAAATAAGTTAGTAAGAACTA-AAAA
507 ATTTCAAATATCTT-TTATGAA-TAGAAAC
* * * * * **
13264336 AATTATTTTATGACAAAACGAAAGGTCATAATGAA-TTGA-ATAAAGA-AAT-GTTCATATAGCC
1 AATTGTTTTACGACAAAACAAAAGGTCATAAT-AATTTGAGAT--AGATAATAGTACAAATAATC
** * * * * * *
13264397 TTAGCTATTTGAACTGGTTTAGCAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTAG
63 AAAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAATAGA-TTATTTTTTAAATCT-TCAATTATTAATTTTTAG
* * * * * * *
13264462 AATATTATTACATTAATATTATTTTATTCCAAATAATCTTATATGAATAGAAATAATTATTTTAT
126 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-CGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTAT
* * * * ** * *
13264527 GATAGAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATATATAATTATTCAAATAGT-TATAACTATTTGAA
190 GACAAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCT-TAACTATTTGAA
* * * * *
13264591 CTAGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAT
254 CTAATTTG-TAAACACATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAG-AATATTAATAAAT
* * * *** * ** * *
13264656 TAGTATTATTTTATTTTGAATAGGATTGTATGATGAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
316 TAGCAATATTTTACTCCAAATAAGATTGTATGAACAAAAATAAATGTTTTAAGACAAAACAAAAG
* * * * * *
13264721 TTAATAACGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAATTGATTTGATAAAC
381 ATAATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTGAATTGAGTTCATAAAC
* *
13264786 TGATTTATATATTAAATCTCTAACTTATCAATTTTTATAATATTAATAAAATAATATTATTTTAT
446 AGATTTATATATTAAA-CTCT-ACTTATCAATTTTTATAATAGTAATAAAATAATATTATTTTAT
* *
13264851 TTCAAATATGCTTTTATGAATTGAACC
509 TTCAAATAT-CTTTTATGAATAGAAAC
* * * * * * * *
13264878 AATTGTTTTATGATAAAATAAAAGGTCATAGTGATTTTAGATAGATAATTGTCCAAATAATCAAA
1 AATTGTTTTACGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAGATAGATAATAGTACAAATAATCAAA
* * **
13264943 ACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGA-T-TTTTTTAATTTCTT-AAAAATTAATGTTTT-GAAT
66 ACTATTTGAACTTGTTTAGTAAATAGATTATTTTTTAA-ATCTTCAATTATTAAT-TTTTAGAAT
* * * * * *
13265004 ATTAATAAATTAGTATTTTTTTATTTTGAATAAGCATGTATGAGCT-GAAGCAATTATTTTATGA
129 ATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCGAATAAACTTGTATGA-ATAGAAACAATTATTTTATGA
* * * * *
13265068 CTATACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTAAACTA
192 CAAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTA
* * *
13265133 ATTTAGCAAACACATTTATTTTATAAATC-CTTACTTATTAATGTTTAGAATATTATTAATTTAG
257 ATTT-GTAAACACATTTATTTT-TAAATCTCTTACTTATTAAT-TTTAGAATATTAATAAATTAG
* * * *
13265197 CAATATTTTACTCCAAATAAGCTTGTATGAACATAAATAAATGTTTTAAGACAGAA-TAAAGAT-
319 CAATATTTTACTCCAAATAAGATTGTATGAACAAAAATAAATGTTTTAAGACAAAACAAAAGATA
* * *
13265260 ATAATGATTT-AAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATT-AGTTCAGTAAAGA
384 ATAACGATTTGAA-ATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTGAATTGAGTTCA-TAAACA
* * * *
13265323 GATTTAGT-TTTTAAA-TCT-CTTATTAATTTTTGA-AATAGTAATAAATTAGTATTATTTTA-T
447 GATTTA-TATATTAAACTCTACTTATCAATTTTT-ATAATAGTAATAAAATAATATTATTTTATT
13265383 TCGAAATAAT-TTTGTATGAATAGAAAC
510 TC-AAAT-ATCTTT-TATGAATAGAAAC
* * * *
13265410 ATTTGTTTTACGACAAAACAAAATGTTATAATAATTTGAGATAGATAATAGATTAATAAATGGAG
1 AATTGTTTTACGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAGATAGATAATAG--T-ACAAAT----
**
13265475 AAAATGGACATGACTATTTGAACTTGTTTAGTAAATAGATTAATTTTTTAAATCTTCAACTTATT
59 --AAT---CAAAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAATAGATT-ATTTTTTAAATCTTCAA-TTATT
13265540 AATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATATCGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAA
117 AATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TCGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAA
* * * * *
13265605 TTGTTTTATGACAAAATAAAGGGTCAAAATGAATTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
181 TTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCTTAAC
* * * * *
13265670 TATTTGAACTCACTTGGTAAACATATTTATTTTTAAAGTCTTTTACTTATTAATTTTGGAATATT
246 TATTTGAACT-AATTTGTAAACACATTTATTTTTAAA-TCTCTTACTTATTAATTTTAGAATATT
13265735 AATAAATTA
309 AATAAATTA
13265744 TATTATTTTA
Statistics
Matches: 1120, Mismatches: 223, Indels: 117
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Matches are distributed among these distances:
531 6 0.01
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Consensus pattern (534 bp):
AATTGTTTTACGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAGATAGATAATAGTACAAATAATCAAA
ACTATTTGAACTTGTTTAGTAAATAGATTATTTTTTAAATCTTCAATTATTAATTTTTAGAATAT
TAATAAATTAGTATTATTTTATTCGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAA
ACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTAATTT
GTAAACACATTTATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAGAATATTAATAAATTAGCAATATT
TTACTCCAAATAAGATTGTATGAACAAAAATAAATGTTTTAAGACAAAACAAAAGATAATAACGA
TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTGAATTGAGTTCATAAACAGATTTATAT
ATTAAACTCTACTTATCAATTTTTATAATAGTAATAAAATAATATTATTTTATTTCAAATATCTT
TTATGAATAGAAAC
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13266201 AAATTGATTA
13266211 AAAGTTTTGAATTGACAAAACAAAAATTTACCTAACTTGAATCAAACTCTTATAATCTTAAATTG
1 AAAGTTTTGAATTGACAAAACAAAAATTTACCTAACTTGAATCAAACTCTTATAATCTTAAATTG
13266276 AACATT
66 AACATT
* *
13266282 AAAGTTTTGAATTGACAAAATAAAAATTTGCCTAACTTGAATCAAACTCTTATAATCTTAAATTG
1 AAAGTTTTGAATTGACAAAACAAAAATTTACCTAACTTGAATCAAACTCTTATAATCTTAAATTG
13266347 AACATT
66 AACATT
13266353 TTTTCAACCT
Statistics
Matches: 69, Mismatches: 2, Indels: 0
0.97 0.03 0.00
Matches are distributed among these distances:
71 69 1.00
ACGTcount: A:0.44, C:0.13, G:0.08, T:0.35
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AAAGTTTTGAATTGACAAAACAAAAATTTACCTAACTTGAATCAAACTCTTATAATCTTAAATTG
AACATT
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13266672 AAATGGATAA
*
13266682 AAGGGATTGATCCCCTTA-CAT
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* *
13266703 AAGGGATCGATCACCTAAGCAT
1 AAGGGATTGATCCCCTAAGCAT
13266725 --GGGATTGATCCC
1 AAGGGATTGATCCC
13266737 TCCTTTAAAA
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 5, Indels: 3
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Matches are distributed among these distances:
20 10 0.36
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AAGGGATTGATCCCCTAAGCAT
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Indices: 13275401--13278028 Score: 1816
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13275391 GAATTGAGAA
* * * **
13275401 AATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTAAACT-AGTTCAACAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCT
1 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGA-TTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCT
* * * * **
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65 TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-
* * * * * * *
13275530 ATAAATAATTGTTTTATGACATAACAACAGGTTATAATGATTTGAAGTATAT
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* *
13275582 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGATTTAGTAAACAGATTTATATTTTAAATCTCTT
1 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGATTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTT
* *** * * * *
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66 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGA-AA
* * * * * * *
13275712 AAAATAATTGTTATATGACCAAATAAAAGGTGATAACGATTTGAAATAAAT
130 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGAT
* * * * *** * * * * * * *
13275763 AATTGTTGAAACT-GCCTTAATTATTTGGGCTGATTCAGCAAATAGATTCACTTTTTAAATCACT
1 AATTGTTCAAA-TAGTCATAACTATTTAAACTGATTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCT
* * * * ** * *
13275827 TAATTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATAAGAATTATTTTATTTTGAATAAGGTTGCATGAAT
65 TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-
* * * * * * *
13275892 TGAAGCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTTAAATAAAAT
129 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAAT-AGAT
* * **
13275945 AAATGTTCAAATAGTCATAACTA-TTAGAATTTTTTTTA-TAAACAAATTTATTTTTTAAAAT-T
1 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTA-AA-CTGATTTAGTAAACAAATTTATTTTTT-AAATCT
* * *** *
13276007 CTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGA
63 CTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGA
* * * * * *
13276072 ACTGAAACAATTGTTTTATGTCAAAACAAAATGTTATAACGATTTTACATAAAT
128 A-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGAT
* * * * * *
13276126 AATTGCTT-AAATAGTTAAAATTATTTGAACTTG-TTTGGTAAACAAATTTATTTTTTCAAATAT
1 AATTG-TTCAAATAGTCATAACTATTTAAAC-TGATTTAGTAAACAAATTTATTTTTT-AAATCT
* * * ** * * * * *
13276189 TTTGCATATTAATTTTCCAAATATTCATAAATTTGGATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTAAGA
63 CTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGA
* * ** *
13276254 GATGAAACAAATAATTTATGACTAAACAAAAGGTCTA-AACGATTTGAAATA-AT
128 -AAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT-TATAACGATTTGAAATAGAT
* * ** * * * * *
13276307 AATTATTCTAATAGTTTTAACTATTTGAATTGGTTTAGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTT
1 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGATTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTT
* * ** * * *
13276372 ACTTATTAATTTTTGAAATACTATTAAATTAGTATTATATTTA-ACCAAATAATCTTCTATGATT
66 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT-TTTATTTCAAATAAGCTTGTATGA-A
* * * * *
13276436 AGAAATAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATTTTAACGATTTGAGATTGAT
129 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGAT
* * ** * * * * *
13276487 AATTGTTCGAATAGTCATAACTATTTAAACTGGTTCGGTAAATAGATTTATTATTTAAATTTGTT
1 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGATTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTT
* * * * *
13276552 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATCAATTAGTATTATTTTATTTCGACTAAGCATATATGATCA
66 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGA--A
* * * * * **
13276617 A-ATATAATTATTTT-TGACAAAATAAAATGTTATAATAATTTGAAATAGAT
129 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGAT
* ** * * * * * * * * *
13276667 TATCATTCAAATGGCCATAATTTTTTTAATTGATTTGGTAAACAAA-TT-TTTTTAAAAGTTTCT
1 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGATTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAA-TCTCT
** ** *
13276730 TACTTATTAATTTAGGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCATCTAAGCTTGTATTAAC
65 TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-
* * * * * * * *
13276795 TGAAACAATTATTTTATGATAAATCAAAAGTTTATAACGATTTTAAATATAC
129 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGAT
* * * * * *
13276847 AATTGTTCAAATAATAATAACTATTTGAACT--TGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATATT
1 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGAT-TTAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC
* * * **
13276910 TTTCTTATTAATTTTTGAAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA
64 TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA
* * * * * *
13276975 TTGAAACAATAGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAGTATAT
129 -AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGAT
* * * * * * * *
13277028 AATTATTCTAATAGTCTTAACCATTTGGAA-TGATTCAAT-AACAAATTTATTTTTTGAATCTCT
1 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-AAACTGATTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCT
* * * * *
13277091 TGCTTATTAGTTTTTTAAATATT-ATAAATTAGTATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTA-CAAA
65 TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAA
* * * * * * *
13277154 CAAAACAATTATTTTGTGACAAAAGAAAAAGTCATAACGATTTAAAATAGAT
130 -GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGAT
**** * * * * * * * ** * * * * *
13277206 AACCACTCATATAGTCTTAACCATTTGAATTGATTCAGCAATTATATAT-TTTTTTAATTTTCCT
1 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGATTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTT
** * ** * * * ** * *
13277270 GGTTATTAAGTTTCAAAATATTATTAAATTTGTATTATTTTATTCCAAATAAAATAGTATAAATA
66 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-A
* * * * * *
13277335 GAACCAACTGTTTGATGACAAATA-AAAAGGTTATAATGATCTAAAATAGAT
130 GAAACAATTGTTTTATGACAAA-ACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGAT
* * * * * * * * * * * *
13277386 AATTATTCAAATTGTCAAAATTATCTAAAATGGTTTGGCAAGCAGATTTACTTTTTAAATCTCTT
1 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGATTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTT
* * * * *
13277451 ACTGATTAATTTTCT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAACAAACTTATATTAAT
66 ACTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-
* * * * *
13277515 AAAAACAATTGTTTTATGAGAAAACAAAAAGTAATAACAATTTGAAATAGAT
129 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGAT
* * * * * * * * *
13277567 AATTGTGCAAATAGTTATAATTATTTGAATTGGTTTCA-TAAATAAAATTATTTTCTAAATCTCT
1 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGATTT-AGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCT
* * * * * * * *
13277631 TACTTATAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATTTTATTCTATTTCGAATAGGCTTGCATGAGC
65 TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGA-A
* * * ** *
13277696 TGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATTATAATAATTTGAAATAAAT
129 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGAT
* * * * * * * ***
13277748 AATTATTCATACAATCTTAACTATTTGAAA-T-AGTTCCA-CAAATGGATTTATTTTTTAAATCT
1 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-AAACTGA-TT-TAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCT
* * * * * * *
13277810 CATAGTTATT-ATTTTTTAGAATATTACTAAATTATTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATG
63 CTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATG
* * * * *
13277874 AGTATAAACAATTG-TTTATGATAGAACAAAA-GTTATAACAATTTGAAATAGAT
127 A-AAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGAT
* * * * * * *
13277927 AATTGTTCAAATACTCATAACTATTTAAACTGGTTCAGTAAATAGATTTCTTTTTTAAA--T-AT
1 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGATTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTT
* * *
13277989 -CTTATTAATTATTGAAATACTAATAAATTAGCATTATTTT
66 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
13278029 TAATATCTAG
Statistics
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Consensus pattern (180 bp):
AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGATTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTT
ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAAG
AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGAT
Found at i:13276836 original size:539 final size:532
Alignment explanation
Indices: 13275401--13278030 Score: 1526
Period size: 539 Copynumber: 4.9 Consensus size: 532
13275391 GAATTGAGAA
* * * * * *
13275401 AATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTAAACTAGTTCAACAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTT
1 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TGGTTC-ATAAA-TAATTTA-TTTTTAAATCTCTT
* * * * * *
13275466 AGTTATTAATTTTTGGAATATTATTAGATTAGTATTATTTTATTTCGTATAAGCTTGTATGAATA
62 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACA
* * * * * * ****
13275531 TAAATAATTGTTTTATGACATAACAACAGGTTATAATGATTTGAAGTATATAATTGTTCAAATAG
127 -AAATAATTATTTTATGACAAAACAA-AAGTTATAATAATTTGAAATAGATAACCACTCAAATAG
* * * * * * * * * * * *
13275596 TCATAACTATTTAAACTGATTTAGTAA-ACAGATTTATATTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTT
190 CCATAACCATTTGAATTGATTCAGCAATACA-AATT-T-TTTTAAGTTTCCTACTTATTAAGTTT
** *** * * * * *
13275660 TGACCGATTAATGAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGATTTTATGAT-AAA-AAATAATTGT
252 CAAAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATAATGAAACAAAT-A-T-T
* * * * * * * *** *
13275723 TATATGACCAAAT-AAAAGGTGATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTGAAACT-GCCTTAATTA
314 T-TATGA-TAAATCAAAAGTTTATAACGATTTAAAATAGATAATTATTCAAA-TAGTAATAACTA
*** * * * * * * * * *
13275786 TTTGGGCTGATTCAGCAAATAGATTCACTTTTTAAATCACTTAATTATTAATTTTTGGAATATTA
376 TTTGAATTGGTTTAGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTA
* * ** ** ** *
13275851 ATAAATAAGAATTAT-TTTATTTTGAATAAGGTTGCATGAATT-GAAGCAATTGTTTTATGACAA
441 ATAAATTAGTATTATATTTATTTCAAATAAACTTATATG-ATTAGAAACAATTGTTTTATGACAA
* * * * **
13275914 AACAAAAAGTCATAACAATTTTAAATAAAAT
505 AACAAAGA-TAATAACGA-TTTGAAT-TGAT
* * ** * *
13275945 AAATGTTCAAATAGTCATAACTATTAGAATTTTTTTTATAAACAAATTTATTTTTTAAAAT-TCT
1 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA--TGGTTCATAAA-TAATTTA-TTTTT-AAATCTCT
* * * * *
13276009 TGCTTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAAC
61 TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAC
* * * * ** * * * *** *
13276074 TGAAACAATTGTTTTATGTCAAAACAAAATGTTATAACGATTTTACATAAATAATTGCTTAAATA
126 -AAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAA-GTTATAATAATTTGAAATAGATAACCACTCAAATA
** * ** ** * * * * *
13276139 GTTAAAATTATTTGAACTTG-TTTGGTAA-ACAAATTTATTTTTTCAAATATT-TTGCATATTAA
189 GCCATAACCATTTGAA-TTGATTCAGCAATACAAA--T-TTTTTT-AAGT-TTCCTACTTATTAA
* * * * *
13276201 TTTTCCAAATATTCATAAATTTGGATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTAAGAGATGAAACAAAT
248 GTTTCAAAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGT-ATA-ATGAAACAAAT
* * * * **
13276266 AATTTATGACTAAA-CAAAAGGTCTA-AACGATTTGAAATA-ATAATTATTCTAATAGTTTTAAC
311 ATTTTATGA-TAAATCAAAA-GTTTATAACGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTAATAAC
* *
13276328 TATTTGAATTGGTTTAGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATAC
374 TATTTGAATTGGTTTAGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATAT
* ** * * *
13276393 TATTAAATTAGTATTATATTTA-ACCAAATAATCTTCTATGATTAGAAATAATTGTTTTATGACA
439 TAATAAATTAGTATTATATTTATTTCAAATAAACTTATATGATTAGAAACAATTGTTTTATGACA
**
13276457 AAACAAAGATTTTAACGATTTGAGATTGAT
504 AAACAAAGATAATAACGATTTGA-ATTGAT
* * * * *
13276487 AATTGTTCGAATAGTCATAACTATTTAAACTGGTTCGGTAAATAGATTTATTATTTAAATTTGTT
1 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TGGTTC-ATAAATA-ATTTATT-TTTAAATCTCTT
* * * * *
13276552 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATCAATTAGTATTATTTTATTTCGACTAAGCATATATGATCA
62 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACA
* * * * *
13276617 AATATAATTATTTT-TGACAAAATAAAATGTTATAATAATTTGAAATAGATTATCATTCAAATGG
127 AA-ATAATTATTTTATGACAAAACAAAA-GTTATAATAATTTGAAATAGATAACCACTCAAATAG
*** * ** * *
13276681 CCATAATTTTTTTAATTGATTTGGTAA-ACAAATTTTTTTAAAAGTTTCTTACTTATTAA-TTT-
190 CCATAACCATTTGAATTGATTCAGCAATACAAATTTTTTT--AAGTTTCCTACTTATTAAGTTTC
* * ** *
13276743 AGGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCATCTAAGCTTGTATTAACTGAAACAATTATT
253 A--AAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTA-TAA-TGAAACAAATATT
* * * * *
13276808 TTATGATAAATCAAAAGTTTATAACGATTTTAAATATACAATTGTTCAAATAATAATAACTATTT
314 TTATGATAAATCAAAAGTTTATAACGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTAATAACTATTT
* * * * * *
13276873 GAACTT-G-TTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATATTTTTCTTATTAATTTTTGAAATGTTAA
379 GAA-TTGGTTTAG-CAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAA
** * * * *
13276936 TAAATTAGTATTA-ATTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATT-GAAACAATAGTTTTATGACTAA
442 TAAATTAGTATTATATTTATTTCAAATAAACTTATATG-ATTAGAAACAATTGTTTTATGACAAA
* *
13276999 ACAAAAGGTCATAACGATTTGAAGTAT-AT
506 AC-AAAGATAATAACGATTTGAA-T-TGAT
* * * * * *
13277028 AATTATTCTAATAGTCTTAACCATTTGGAATGATTCAATAACA-AATTTATTTTTTGAATCTCTT
1 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-GAATGGTTC-ATAA-ATAATTTA-TTTTTAAATCTCTT
* * * * * **
13277092 GCTTATTAGTTTTTTAAATATT-ATAAATTAGTATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTACAAACA
62 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACA
* * * * ** * * *
13277156 AAACAATTATTTTGTGACAAAAGAAAAAGTCATAACGATTTAAAATAGATAACCACTCATATAGT
127 AAATAATTATTTTATGACAAAA-CAAAAGTTATAATAATTTGAAATAGATAACCACTCAAATAGC
* * * * **
13277221 CTTAACCATTTGAATTGATTCAGCAATTATATATTTTTTTAATTTTCCTGGTTATTAAGTTTCAA
191 CATAACCATTTGAATTGATTCAGCAA-TACAAATTTTTTTAAGTTTCCTACTTATTAAGTTTCAA
* ** * * * * *
13277286 AATATTATTAAATTTGTATTATTTTATTCCAAATAAAATAGTATAAATAGAACCAACTGTTTGAT
255 AATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTAT-AAT-GAAACAAATATTTTAT
* * * * * * * * *
13277351 GACAAATAAAAAGGTTATAATGATCTAAAATAGATAATTATTCAAATTGTCAA-AATTATCTAAA
318 GATAAATCAAAAGTTTATAACGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGT-AATAACTATTTGAA
* * * * * *
13277415 ATGGTTTGGCAAGCAGATTTACTTTTTAAATCTCTTACTGATTAATTTTCT-AAATATTAATAAA
382 TTGGTTTAGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAA
* * * * *
13277479 TTAGTATTAT-TTTATTTCAAACAAACTTATATTAATAAAAACAATTGTTTTATGAGAAAACAAA
446 TTAGTATTATATTTATTTCAAATAAACTTATATGATTAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA
* * *
13277543 AAGTAATAACAATTTGAAATAGAT
511 GA-TAATAACGATTTG-AATTGAT
* * * *
13277567 AATTGTGCAAATAGTTATAATTATTTGAATTGGTTTCATAAATAAAATTATTTTCTAAATCTCTT
1 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TGG-TTCATAAAT-AATTTATTTT-TAAATCTCTT
* * * * * * *
13277632 ACTTATAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATTTTATTCTATTTCGAATAGGCTTGCATGAGCT
62 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAC-
* * * ** * * * *
13277697 GAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATTATAATAATTTGAAATAAATAATTATTCATACAA
126 AAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAG-TTATAATAATTTGAAATAGATAACCACTCAAATAG
* * * * ** ** * * * * **
13277762 TCTTAACTATTTGAAAT-AGTTCCA-CAAATGGATTTATTTTTTAAATCTCATAGTTATTATTTT
190 CCATAACCATTTGAATTGA-TT-CAGC-AATACAAAT-TTTTTTAAGTTTCCTACTTATTAAGTT
* * * *
13277825 TTAGAATATTACTAAATTAT-TATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAGTAT-AAAC-AAT-
251 TCAAAATATTAATAAATT-TGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTAT-A--ATGAAACAAATA
* * * * *
13277886 TGTTTATGATAGAA-CAAAAG-TTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATACTCATAACT
312 T-TTTATGATA-AATCAAAAGTTTATAACGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTAATAACT
* * * * * * * * * *
13277949 ATTTAAACTGGTTCAGTAAATAGATTTCTTTTTTAAA--T-AT-CTTATTAATTATTGAAATACT
375 ATTTGAATTGGTTTAGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATT
* *
13278010 AATAAATTAGCATTATTTTTA
440 AATAAATTAGTATTATATTTA
13278031 ATATCTAGAA
Statistics
Matches: 1632, Mismatches: 372, Indels: 170
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
536 1 0.00
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540 203 0.12
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549 4 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (532 bp):
AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATGGTTCATAAATAATTTATTTTTAAATCTCTTACTT
ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAT
AATTATTTTATGACAAAACAAAAGTTATAATAATTTGAAATAGATAACCACTCAAATAGCCATAA
CCATTTGAATTGATTCAGCAATACAAATTTTTTTAAGTTTCCTACTTATTAAGTTTCAAAATATT
AATAAATTTGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATAATGAAACAAATATTTTATGATAAATC
AAAAGTTTATAACGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTAATAACTATTTGAATTGGTTTAG
CAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
ATTTATTTCAAATAAACTTATATGATTAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGATAATAACG
ATTTGAATTGAT
Found at i:13277472 original size:720 final size:714
Alignment explanation
Indices: 13275984--13277986 Score: 1786
Period size: 720 Copynumber: 2.8 Consensus size: 714
13275974 TTTTTTTTAT
* *
13275984 AAACAAATTTATTTTTTAAAATTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTATTATT
1 AAACAAATTTA-TTTTT-AAATTCTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATT
** * *
13276049 TTATTTTGGA-TAAGCTTTTATGAACTGAAACAATTGTTTTATG-TCAAAACAAAA-TGTTATAA
63 TTA-TTTCAACTAAGCTTATATTAACTGAAACAATTGTTTTATGAT-AAAACAAAAGT-TTATAA
* * * *
13276111 CGATTTTACATAAATAATTGCTT-AAATAGTTAA-AATTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATT
125 CGATTTTAAATAAATAATTG-TTCAAATA-ATAATAATTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATT
* * ** * * * * * *
13276174 TATTTTTTCAAATATTTTGCATATTAATTTTCCAAATATTCATAAATTTGGATTATTTTATTCCA
188 TATTTTTT-AAATATTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAATTTATTTCG
* *
13276239 AATAAGCTTGTAAGAGATGAAACAAATA-ATTTATGACTAAACAAAAGGTC-TAAACGATTTGAA
252 AATAAGCTTGTATGA-ATGAAAC-AATAGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCAT-AACGATTTGAA
* * * *
13276302 ATAATAATTATTCTAATAGTTTTAACTATTT-GAATTGGTTTAGCAAACACATTTATTTTTTAAA
314 ATAATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGGAA-TGATTCA-CAAACAAATTTATTTTTTAAA
* * * * * *
13276366 TCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATACTATTAAATTAGTATTATATTTAA-CCAAATAATCTTCT
377 TCTCTTGCTTATT-ATTTTTTAAATATTACTAAATTAGTATTAT-TTTAATTCAAATAAGCTTCT
** ** * * * ** * * * ****
13276430 ATGATTAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAGATTTTAACGATTTGAGATTGATAATTGTTC
440 ACAAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAATCATAACGATTTAAAATAGATAACCACTC
* * * * **
13276495 GAATAGTCATAACTATTTAAACTGGTTCGGTAAATAGATTTATTATTTAAATTTGTTACTTATTA
505 GAATAGTCATAACCATTTAAACTGATTCAGCAAATAGATTTATTATTTAAATTTCCTACTTATTA
* ** * * * * * *
13276560 ATTTTTGAAATATTAATCAATTAGTATTATTTTATTTCGACTAAGCATATATGATCAAATATAAT
570 AGTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAA-CATATATGATCAAATAGAAC
* * * * * * *
13276625 TATTTTTGACAAAATAAAATGTTATAATAATTTGAAATAGATTATCATTCAAATGGCCATAATTT
634 AATTTTTGACAAAATAAAAGGTTATAATAATCTAAAATAGATAATCATTCAAATGGCCAAAATTA
* * * *
13276690 TTTTAATTGATTTGGT
699 TCTAAAATGATTTGGC
* **
13276706 AAACAAATTT-TTTTAAAAGTTTCTTACTTATTAATTTAGGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
1 AAACAAATTTATTTTTAAA--TTCTTACTTATTAATTT-TTAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * *
13276770 TTATTTCATCTAAGCTTGTATTAACTGAAACAATTATTTTATGATAAATCAAAAGTTTATAACGA
63 TTATTTCAACTAAGCTTATATTAACTGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGTTTATAACGA
* * *
13276835 TTTTAAATATACAATTGTTCAAATAATAATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTT
128 TTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAATAATAATTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTT
* * *
13276900 TTTAAATATTTTTCTTATTAATTTTTGAAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTTTGAATAAG
193 TTTAAATATTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAATTTATTTCGAATAAG
*
13276965 CTTGTATGAATTGAAACAATAGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAGTATATAA
258 CTTGTATGAA-TGAAACAATAGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATA-ATAA
* *
13277030 TTATTCTAATAGTCTTAACCATTTGGAATGATTCA-ATAACAAATTTATTTTTTGAATCTCTTGC
321 TTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGGAATGATTCACA-AACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTGC
*
13277094 TTATTAGTTTTTTAAATATTA-TAAATTAGTATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTACAAACA-A
385 TTATTA-TTTTTTAAATATTACTAAATTAGTATTATTTTAATTCAAATAAGCTTCTACAAACAGA
* *
13277157 AACAATTATTTTGTGACAAAAGAAAAAGTCATAACGATTTAAAATAGATAACCACTC-ATATAGT
449 AACAATTATTTTATGACAAAACAAAAA-TCATAACGATTTAAAATAGATAACCACTCGA-ATAGT
* * * * * * **
13277221 CTTAACCATTTGAATTGATTCAGCAATTATATATT-TT-TTTAATTTTCCTGGTTATTAAGTTTC
512 CATAACCATTTAAACTGATTCAGCAAATAGAT-TTATTATTTAAATTTCCTACTTATTAAGTTTC
* *
13277284 AAAATATTATTAAATTTGTATTATTTTATTCCAAATAA-A-ATA-GTAT-AAATAGAACCAACTG
576 AAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAACATATATG-ATCAAATAGAA-CAA-T-
* * * *
13277345 TTTGATGAC-AAATAAAAAGGTTATAATGATCTAAAATAGATAATTATTCAAATTGTCAAAATTA
637 TTT--TGACAAAAT-AAAAGGTTATAATAATCTAAAATAGATAATCATTCAAATGGCCAAAATTA
*
13277409 TCTAAAATGGTTTGGC
699 TCTAAAATGATTTGGC
* * *
13277425 AAGCAGATTTACTTTTTAAATCTCTTACTGATTAATTTTCTAAATATTAATAAATTAGTATTATT
1 AAACAAATTTA-TTTTTAAAT-TCTTACTTATTAATTTT-TAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * *
13277490 TTATTTCAAAC-AAACTTATATTAA-TAAAAACAATTGTTTTATGAGAAAACAAAAAG-TAATAA
63 TTATTTC-AACTAAGCTTATATTAACT-GAAACAATTGTTTTATGATAAAAC-AAAAGTTTATAA
* * * * * * * *
13277552 CAATTTGAAATAGATAATTGTGCAAATAGTTATAATTATTTGAA-TTGGTTTC-ATAAATAAAAT
125 CGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAATAATAATTATTTGAACTT-G-TTCGATAAACAAATT
* * * * * *
13277615 TATTTTCTAAATCTCTTACTTATAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAAT-TTTATTCTATTTCG
188 TATTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAATT-TATTTCG
* * * * * * * * **
13277679 AATAGGCTTGCATGAGCTGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATTATAATAATTTGAAAT
252 AATAAGCTTGTATGA-ATGAAACAATAGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAAT
* ***
13277744 AAATAATTATTCATACA-A-TCTTAACTATTTGAAAT-AGTTCCACAAATGGATTTATTTTTTAA
316 -AATAATTATTC-TA-ATAGTCTTAACTATTTGGAATGA-TT-CACAAACAAATTTATTTTTTAA
* *
13277806 ATCTCATAG-TTATTATTTTTTAGAATATTACTAAATTATTATTATTTT-ATTCCAAATAAGCTT
376 ATCTC-TTGCTTATTATTTTTTA-AATATTACTAAATTAGTATTATTTTAATT-CAAATAAGCTT
* ** ** * * * * * * * * ****
13277869 ATATGAGTATAAACAATT-GTTTATGATAGAACAAAAGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGT
438 CTACAAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAATCATAACGATTTAAAATAGATAACCAC
* * * * * * *
13277933 TCAAATACTCATAACTATTTAAACTGGTTCAGTAAATAGATTTCTTTTTTAAAT
503 TCGAATAGTCATAACCATTTAAACTGATTCAGCAAATAGATTTATTATTTAAAT
13277987 ATCTTATTAA
Statistics
Matches: 1045, Mismatches: 185, Indels: 102
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
714 8 0.01
715 6 0.01
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717 3 0.00
718 83 0.08
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720 419 0.40
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723 8 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (714 bp):
AAACAAATTTATTTTTAAATTCTTACTTATTAATTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
TTTCAACTAAGCTTATATTAACTGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGTTTATAACGATTT
TAAATAAATAATTGTTCAAATAATAATAATTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTT
AAATATTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAATTTATTTCGAATAAGCTT
GTATGAATGAAACAATAGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAATAATTATT
CTAATAGTCTTAACTATTTGGAATGATTCACAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTA
TTTTTTAAATATTACTAAATTAGTATTATTTTAATTCAAATAAGCTTCTACAAACAGAAACAATT
ATTTTATGACAAAACAAAAATCATAACGATTTAAAATAGATAACCACTCGAATAGTCATAACCAT
TTAAACTGATTCAGCAAATAGATTTATTATTTAAATTTCCTACTTATTAAGTTTCAAAATATTAA
TAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAACATATATGATCAAATAGAACAATTTTTGACAAAATAA
AAGGTTATAATAATCTAAAATAGATAATCATTCAAATGGCCAAAATTATCTAAAATGATTTGGC
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* * * * * *
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* ** ** * * *
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** * ** * * * **** *
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* * * *
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* * ** ** *
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* * * * * *
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129 TCAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAA-AATAAATCTATTTAC-CAA-ACAAG
* * * * * * * *
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* * * * *
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65 ATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * * * * *
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* * * * *
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* **
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** * * * *
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** * * ** * *
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* * * *
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** * * * * * * * *
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* * * * * * * * *
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* *
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* * * * * * *
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1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTT-GTC
* * * * *
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* ** * * ** *
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* * * * * * *
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* * * ** * * **
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* * * *
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** * * * *
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* * * * * *
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*
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* * * * * * * * *
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* * * * * *
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** * * * * * * *
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* * * * * * *
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1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * ** * * *
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** * * **
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130 C-AAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAG
* * ** * * *
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1 -TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTC
* * * *
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* *
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126 ATTTCAA-A-AATTAATAAG-AAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAG
* ** * * *
13281279 TTTAAATCTTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * *
13281344 TAAAACAATTATTTCT-GTTCATATAAGTTTATTCA-AATTAGAATAATATTAATTTATTAATAT
66 TAAAACAATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATT-AGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATAT
** * * * * * * ***
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128 TTCAAAAATTAATAAG-AAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAG
* * ** * * * * * *
13281460 TTAAAATCGCCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTGTGACCTTTTCTTTTGTAA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * *
13281525 TAAAATAATTGTTTCAGTTCATATAAGCTTATTTGAAATAAATTAATACTAATTTATTAATA-TT
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* * * * *
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Statistics
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* *
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* * * *
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** * **
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* *
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* * * * * * * * *
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* **
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* * * * * * *
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* ** * * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* ** *
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127 AATAATACTAATTTATTAATATTTA-AAAATTAAT-AA-GAAAAGATTTAAAAAAT
* * * * *
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13282669 AGTTATTGAA
Statistics
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ATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGAAAAGATTTAAAAAAT
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* * * * *
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* * * * *
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* * *
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*
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* *** * * * *
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**** *
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* * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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129 GTCATAACAATTTGAAAAAAATAATTGTTCAAACAATCATAACTATTTGAACT
* * * * * * * * *
13283246 TATTCGGTAAATAGA-TCATATTTT-AAATCTCTTACTCAATAATTTTTGAAATATTAATCATTT
1 TGTTCGATAAACAGATTTAT-TTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT
* * * * ** * *
13283309 ACTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAGCAGATTCAATTATTTTATGATGGAACAAAAGG
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** * * * * * *
13283374 TCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATTATGACTATTTGAACT
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* * ** * **
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** ** * *
13283491 AAATTATTTTAACCCAAATAAGCTTGTATAAACA-AAAGCAATTGTTTTATGA-GAAAACAAAAG
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13283554 CAATTGTTTT
Statistics
Matches: 539, Mismatches: 110, Indels: 38
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Matches are distributed among these distances:
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GTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGACGAAACAAAAGGT
CATAACAATTTGAAAAAAATAATTGTTCAAACAATCATAACTATTTGAACT
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* * *
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* * * *
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* * *
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126 GAAAAAAATAATTGTCCAAACAATCATAACTATTTGAACTTGATTGATAAACAATATATTTTTAA
* * * * * * ** * *
13282911 AATTTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTGTTATTTTATTTTGAATATGCTTG
191 AATCTCTTACTCAATAATTTTTGAAATATTAATAAATTACTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTA
* * *
13282976 TATGAACAGAAACAATTAGTTTATGACAAAATAAAAGGTCAT-GTGTATTTAAAATAAATAATTG
256 TATGAACAGAAACAATTAGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG-ATTTAAAATAAATAATTA
* *
13283040 TTCAAATCATCATAACTATTTGAACATGTTTAGAAAACAA
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1 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTC
* * * *
13283144 AAAATAAACTTGTATAAACATAAATAATTATTTTATGGCAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAA
65 CAAATAAACTTGTATAAACATAAACAATTATTTTATGG-AAAACAAAAGATCATAACAATGTGAA
* * * * * * *
13283209 ATAGATAATTGTCCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTTATTCGGTAAATAGATCATA-TTTT-A
129 AAAAATAATTGTCCAAACAATCATAACTATTTGAACTTGATT-GATAAACA-AT-ATATTTTTAA
* *
13283271 AATCTCTTACTCAATAATTTTTGAAATATTAATCATTTACTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTA
191 AATCTCTTACTCAATAATTTTTGAAATATTAATAAATTACTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTA
* ** * *** * *
13283336 TATGAGCAGATTCAATTATTTTATGATGGAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTAT
256 TATGAACAGAAACAATTAGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAAATAATTAT
* * * * * *
13283401 TCAAATAATTATGACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAT
321 TCAAATAATCATAACTATTTGAACATGTTCAGAAAACAA
*** ** * * **
13283440 ATTTATTTCAAAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAAAATTATTTTAACC
1 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-TTTAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTC
* *
13283505 CAAATAAGCTTGTATAAACA-AAAGCAATTGTTTTATGAGAAAACAAAAG
65 CAAATAAACTTGTATAAACATAAA-CAATTATTTTATG-GAAAACAAAAG
13283554 CAATTGTTTT
Statistics
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AAATAAACTTGTATAAACATAAACAATTATTTTATGGAAAACAAAAGATCATAACAATGTGAAAA
AAATAATTGTCCAAACAATCATAACTATTTGAACTTGATTGATAAACAATATATTTTTAAAATCT
CTTACTCAATAATTTTTGAAATATTAATAAATTACTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGA
ACAGAAACAATTAGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAAATAATTATTCAAA
TAATCATAACTATTTGAACATGTTCAGAAAACAA
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1 AAACAAAAGCAATTGTTTTATGAGA
*
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1 AAACAAAA
13283578 AGTCATAATG
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AAACAAAAGCAATTGTTTTATGAGA
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13283861 ATCTTTTACT
*
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* *
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*
13283929 CATT-ATTTTA
1 TATTAATTTTA
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Statistics
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TATTAATTTTAGAAATATTAACAAATTTG
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13283890 AACAATTTTG
** * * ** *
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * * *
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1 TATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTAAA
* * * *
13284142 ACAATTGTCTTATG-CTAAACA-AAAGGTCAAAACAATTTGAAATAGATAATTATTCTAGTAGTT
66 ACAATTGTTTTATGACAAAACAGAAA-GTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCTA-TAGTA
* * * *
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129 TTAACTATTTGAATTGGTTCGGTAAAATAAATTATTTTTTAAATCTCTTA-T
* * * * *
13284257 TATTAATTTTCAAAATATTATTAAATTTGTATTATTTTAATGT-GAATAACCTTGTATGAAC-AA
1 TATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTAA
** * *
13284320 AA-AATTTGTTTTATGACAAAACAGAAAGTCATAATGATTTGAAATTGATAATCATTCATATAGT
65 AACAA-TTGTTTTATGACAAAACAGAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTC-TATAGT
* * * * * *
13284384 ATTGA-TATTTGAACTGGTTC---AACAATTAAATT-TTTTTTTATTTTCTTGGT
128 ATTAACTATTTGAATTGGTTCGGTAA-AA-TAAATTATTTTTTAAATCTCTT-AT
* * ** *
13284434 TATTAAGTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTA-TTCTAAATAAAATAGTATGAAC-AA
1 TATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAACTAA
* * * * * *
13284497 AACCAATTGTATGATGACAAAACAAAAAGTTATAACCATTTGAAATTA-ATAATCATTCATATAG
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* * *
13284561 TATTTGACTATTTGAACTAGTTCGG
127 TA-TTAACTATTTGAATTGGTTCGG
13284586 CAATTAGAAA
Statistics
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TATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTAAA
ACAATTGTTTTATGACAAAACAGAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCTATAGTATT
AACTATTTGAATTGGTTCGGTAAAATAAATTATTTTTTAAATCTCTTAT
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13284436 TTAAGTTTCA
* *
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* * ** *
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*
13284576 ACTAGTTCGGCAATTAG
130 AATAGTTCGGCAATTAG
* *** *
13284593 AAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAAATAATATGAATGGAACCAATTATTTGA
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* * *
13284658 TTACAAAATAAAAAGGTTATAACAATTTGAAA-TAGATAATTATTCAAATAGTCA-AAACTATTT
66 TGACAAAACAAAAA-GTTATAACAATTTGAAATTA-ATAATCATTCAAATAGT-ATAAACTATTT
13284721 CAAATAGTT
128 CAAATAGTT
13284730 TGCTAAACAG
Statistics
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AAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAAATAATATGAACAAAACCAATTATATGA
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ATAGTTCGGCAATTAG
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13284583 CGGCAATTAG
* * ** ** * * * *
13284593 AAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAAATAATATGAA-TGGAACCAATTATTTG
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* * * * *
13284657 ATTACAAAATAAAAAGGTT-ATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTT
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* * * * * * * *
13284721 CAAATAGTTTGCTAAACAGATTTACTTTTTAAATCTCTTACTAATTAAGTTTCT
128 GAACTTGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTT
* * * * *
13284775 -AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAACAAACTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTA
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTA
* * * * * *
13284839 TGACAAAACAAAAAG-TAATAAC-ATCTGAAATAGATTATTATTCAAATAGTTATAATTATTTGA
66 TGACAAAAC-AAAAGTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * ** * * *
13284902 ACTAGTTCGATAAATAGA-AAATTTTTTTAATCTCTT-CTTATAAAATTTTG
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* * * * * * * *
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* ** * * * * *
13285015 TATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATTGCTAATTGTTCACATAGTCTTAACT-GTTG
64 TATGACAAAACAAAAGTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * ** * * * *
13285079 AACTAGTTTGACAAGCAGATTTATTTTTTAAATCTCATAGTTATAAATTTTCA
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* * ** ** *
13285132 AAATATTATTATATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAATTTGTATGAAC-ATAAA-TATTGTTTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTGTTTT
* * *
13285195 AT-ATTAAAACAAAAGGTTC-TAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTT
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* * * * * * *
13285258 GAACTGGTTTGATAAACAAATTCATTTCTT-AAT-TC-T-CTTACTAATTCTTG
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** **** *
13285308 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGTTGAAAAACAATTATTTTA
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTA
* ** * * * * *
13285373 TGATAAAATGAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCATAACTATTTG-A
66 TGACAAAACAAAAGTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* *
13285437 -TATGATTTGGTAAACTA-ATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAA
131 CT-TG-TTTGATAAA-TAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-T
* * *
13285490 AAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTT-T-TGTAAGCTGAAACAATTGTTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATG-AA-CTAAAACAATTGTTT
** * * *
13285553 TATGACAAAACAAAAGTTCATAAAAATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTG
64 TATGACAAAACAAAAGTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * * * * * *
13285618 AACTTGTTAGGTAAAAAGATTTATTTTTGCAAATCTCTAACTTACTAATTTTCA
129 AACTTGTTTGATAAATAGATTTATTTTT-TAAATCTCTTACTTATTAATTTT-T
* * * **
13285672 AAATGTTAATAAATCAGTATTATTCTATTTTGAATAATTTTGCT-TGAA-TAGAAACAATTGTTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTG-TATGAACTA-AAACAATTGTTT
* * * * * *
13285735 TATGACAAAACAAAA-TGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATGGACATGATTATTT
64 TATGACAAAACAAAAGT-TCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * *
13285799 GAAC-TGATTTTG-TAAACA-AATTATCTTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTT
128 GAACTTG--TTTGATAAATAGATTTAT-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
* *
13285852 GGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTATTT
1 -AAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTT
* * * * * * * *
13285917 TATAATAAAACAAAAAG-TCATAACAATTTTAAATAGACAATTATTCAAATAGTCGTAATTATTT
64 TATGACAAAAC-AAAAGTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * * * *
13285981 GAATTTATTT-AGTAAATAAACTTATTTTTTTAAA-CTCTTGCTTATTGATTTTGT
128 GAACTTGTTTGA-TAAATAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-T
* * * *
13286035 AAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATAAACTAAAACAATT-TTTTA
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTT-
* * *
13286099 ATGTCAAAACAAAAGTTCATAACGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
65 ATGACAAAACAAAAGTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * * * *
13286164 ACTTGTTCGGTAAAGAGATTTATTTTTCAAATCTTTTGCTTATTAATTTTTT
130 ACTTGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTT
* * * * * * * * * * * *
13286216 GAATGTTAATAAATTTGGATTATTCTATTCTAAACAAGCTTGTAAGATA-TGAAACAAATATTTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGA-ACTAAAACAATTGTTTT
* * * * ** *
13286280 -TGACTAAATA-AAAAGTT-AGAACGATTTGAAATAGATAATTATTCTACTAGTTTTAACTACTT
65 ATGAC-AAA-ACAAAAGTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * *
13286342 GAAC-TGGTTCATCAAACACATTTCATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTT
128 GAACTTGTTTGAT-AAATAGATTT-ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
* **** * *
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1 -AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTTGAATAAGCTTGTATGAACTAA-AACAATTGTT
* * * * * *
13286455 TTATGACAAAA-TAAAGATCTTAACGATTTGAGATTGATAATTGTTCAAATGGTCATAACTATTT
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* * ** * *
13286519 GATCTGGTTCAATAAATAGATTTATTTCTTAAATCTCTTACTTACTAATTTTT
128 GAACTTGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
* * * * * *
13286572 GAAATATTAATAAATTAGCATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATGATCAAAAACAATTATTTT
1 -AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTT
* ** * * * *
13286637 ATGACAAAACAAAAAG-TCATAACAATTTGAAATAGATAATCATTCAAATGGCCATAATTATTTT
65 ATGACAAAAC-AAAAGTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
** ** * * * ***
13286701 AACTAATTCAATAAATAGATTTATTTTTTAAATTTATTACTTATCAATTCAGG
129 AACTTGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTT
* ** * *
13286754 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGTCTAAGCTTGTAT-AATTGAAACAATTG-TTTA
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTA
* * * * * * * *
13286817 TGA-AAACTCAAAAGGTAATAACGATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAGTAATAAATATTTAA
66 TGACAAA-ACAAAAGTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * * * *
13286881 ACCTGTTTGGTAAAAATATTTAGTTTTTTAAATCTCTTTCTTAGTAATTTTTT
130 ACTTGTTTGATAAATAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTT
* * * *
13286934 GAATGTTAATAAATTATTATTAATTTATTATT-AATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTT
* * * * ** * * *
13286998 ATAACTAAACAAAAGGTT-AGAACGATTTGAAATAGATAATTATTCTGATAGTCTTAACCATGTG
65 ATGACAAAACAAAA-GTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* *
13287062 AAC-TGATTCGATAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
129 AACTTG-TTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
* * * * * * * * *
13287114 GAACTATTATTAAATT-GTAATTATTTTAATCTAAATAAGCATGTATCAA-AAAAACAATTCTTT
1 -AAATATTAATAAATTAGT-ATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTT
* * * * * * * * *
13287177 TACGATAAAACTATAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATCGTTCATATAGTCTTAACTATTTG
64 TATGACAAAACAAAAGTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* ** * * * * * ** *
13287242 AACTAGTTCAACAATTAGATTTATTTTTT-ATTTTTTTGGTTATTAAGTTTT
129 AACTTGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
** * *** ** * *
13287293 AGAATATTTTTGAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAAATAGTATGAAC-AAAACCAATTGTAT
1 A-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAA-CAATTGTTT
* * * * *
13287357 GATGACAAAATAAAAGGTT-ATAATGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTT
64 TATGACAAAACAAAA-GTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * *
13287421 GAAATGGTTTGATAAATAGATTTACTTTTTAAATCAT-TTACTGT-TTAATTTTTT
128 GAACTTGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATC-TCTTACT-TATTAA-TTTTT
* * * ** * * * * * * *
13287475 AAAAATTAGTAAATTAGTATTATTTTGTTTCAAACAAACTTATATAAACAAAAAAAATTATTTTA
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTA
* * * * * *
13287540 TGACAAAACAAAAAGTAC-TAATGATTTAAAATAAATTAA-TGTTCAAATAGTTATAATTATTTG
66 TGACAAAAC-AAAAGTTCATAACGATTTGAAATAGA-TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
*
13287603 AACTGGTTTG
129 AACTTGTTTG
13287613 GTAATTTATA
Statistics
Matches: 2232, Mismatches: 494, Indels: 225
0.76 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
175 1 0.00
176 78 0.03
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184 5 0.00
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Consensus pattern (180 bp):
AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTA
TGACAAAACAAAAGTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
CTTGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
Found at i:13287402 original size:17 final size:18
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** * * **
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* * *
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* * * *
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* * * * * *
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* *
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* * * * * * *
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* * * * * * * *
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* *
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* * * *
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* *
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* * * * *
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* *
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* ** * *
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* *
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** * * * * *
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* * * * * * * * * * *
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* * * * * * *
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* ** * * * *
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255 AAATAATATTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAGA-GATTTAAAAAATAAAGTATTT
** * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* * ** * * * *
13289330 AAAAAATAAATTTGTTTACCAAATGAGTTCAAATAGTTATGATTATTTAAATAATTATCTATTTA
125 AAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * * * * *
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* * * * *
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* * * **
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* *
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* * * **
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* * * **
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* ** * * ** * *
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* * * * * *
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* * * **
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* ** * * * **
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* * * *
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* * * *
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* *
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** * * * * * *
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1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCATATA
* * * *
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64 AGCTTA-TTTAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAA-AATTAA-AAGTAAAAGATTTA
* * * * *
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* * * *
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* * * *
13290891 AAAATAATATTAATTTATTAATATT-TAGATAATTAATAAGCAAAAGATTT-TAAAATAAA-TAT
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* * * * *
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317 -TTTA-TCAACATAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAAC
* * ** ** *
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* * ** *
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62 TAAGCTTATTTA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAAA-AGTAAAAGATT
* * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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* *
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* *
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* * *
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* * * * *
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* * *
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*
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* ** * * *
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* * * * * * *
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* * ** * *
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* * * * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* * ** * * * *
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** * * * *
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* * * * *
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* * *
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * *
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* ** * * * *
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* **
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* * * * * * * * * * * *
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* * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* ** * ** * ** * * *
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* * * *
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* * * ** *
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* * * * * *
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* * * * * * * * * *
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* * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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187 ATCTATTTCAAATCG-T-TATCCTTTTGTTTTGCCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCT
** * * * * *
13290703 TATTTTAAATAAAATAATACAAATTTGTTAATA-TTCAAATAATTAATAAGTAAAAATTTTAAAA
250 TATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAA-AATTAATAAGTAAAGATTTAAAAA
* * * *
13290767 ATAAATCTGTTTATCGAATAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTTAAATC
314 ATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATC
* * * * * *
13290832 ATTATGA-C-TTTGTTTTTTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTTGGATTAAAA
379 GTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAA
* * * * * * **
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* * * *
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* * * * * * ** ** *
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** * * **
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65 -TTCATGCAAGCTTA--TA-AATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA-AGT
* * * *
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185 TTAT
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Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TCATGCAAGCTTATAAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGAATT
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AAATCGTTATCCTTTTGTTTTGCCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATA
AAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT
ACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTT
TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTA
TTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGCTGAACAAGTTCAA
ATAGTTATGACTA
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Matches are distributed among these distances:
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* *
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* * * * * *
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* * * * ** *
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* * * ** * * *
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* * * * *
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** * * *
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* ** ***
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* *
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ATTTCAAATGTTATGACTTTTATTTTGTCATAA
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* * * *
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* ** ** * * *
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* * * ** *
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* *
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* * * * *
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*
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* * ** * *
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* * *
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* * * *
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*
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* * *
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* *
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* * * * *
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* * **
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* * * *
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* * * * ** *
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* * * * * * * *
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TGATTGTTAAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTATTTT
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* ** *
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* * * * * *
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* ** **
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* *
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* *
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* * *
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* *
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66 ATTTA
13291956 TTGAATCAAT
Statistics
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TTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGACTATTCA
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* * * ** *
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* * * *
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* * * * **
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* * * * ** *
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* * *** * * *
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* * * *
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* * * * *
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* ** * * * *
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* * * * * *
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* ** *
13292757 AAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTGA
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* * * * * * *
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** * * * * * * **
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* * * ** *
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128 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGT-TTTA
* * * * * * *
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* * **
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64 AAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTT-AATTCATACAAGCTTATTT-
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126 AAATAAAAT
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AAAAATAAATGTGTTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTAA
AATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAATTCATACAAGCTTATTTAAATA
AAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGTTTTA
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* * * * * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * * ** *
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* * ** * ** * **
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* * * * * * * *
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* * * *
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*** * * * * * *
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* * * * * * *
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* * *
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*
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* * * ** *
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* * * ** * * *
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** ** * * **
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* * * * * *
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** * **
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** * ** * *
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* *
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* * * ** * * *
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* * ** * ** *
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110 ATAA-TACTAAT-TT-AT-TAA---TATTCAAAA-AATTAATAAGTAAGAGATTTAA-AA-A--A
* * *
13293391 TAAAAATTGATAACTAAGA
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* * * * ** * * * *
13293410 GATTTAAGAAATAAATTTGTTTATCGAACCAGTTCAAATAATTAAGACTATATGAACAATTATCT
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* * * * ** *
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* * * * * *
13293540 CGAAATAAAATAAAACTAATTTGTTAATATATC--TAAATT--TTA-TAAGAGATTTAAAAAGT-
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* * **
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* * * * *
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* ** * * * *
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* * * * **
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* * * * * *
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*** * * ** * ** * * *** *
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* ** * * * ** * *
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** ** * * * *
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*
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* * * * ** * *
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* ** * * * *
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* * * *
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* ** *
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* * **
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* * ** * * *
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* * * * * *
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* * * *
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1 CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATTAA-CTTTTATTTT
* * * * * * * * * *
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* * * * **
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* ** * * * *
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* * *
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* * * ** *
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* *
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* * * ** *
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* * * *
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* * * * * * *
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* * *
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* * *
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* * * *
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* * *
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13293115 GAAATAAAAT
127 GAAATAAAAT
13293125 CGTTATTACC
Statistics
Matches: 407, Mismatches: 74, Indels: 34
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
359 3 0.01
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362 30 0.07
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Consensus pattern (360 bp):
AAAAAATAAATGTCTTTACCGAATCAGTTCAAATACTTAAGACTATTGGAATAATTATCTATTTA
AAATCATTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAATTCATACAAGCTTATTTGAAA
TAAAATAATACTAATTTATTAACATTTCAAAAATTAATAAACAAGAGATTTAAAAAATAAAGCTA
TTTACTGAACCAGTTCAAATAGTCATAACTATTTCAACAAATATCAATCTTAAATCGTTATAATT
TTTGTTTTGTCATAAAAAATTGTTTCAGATCATAAAAGCTTATCAAAATAAAAATAATACTAATT
TAATAATATTTTGAAAATTAATAACTAAAAGTTTT
Done.