Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019168470.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_7, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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Warning! 74000 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 66 of 133
Found at i:13293151 original size:67 final size:67
Alignment explanation
Indices: 13293054--13293191 Score: 240
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13293044 TATCTATTTT
13293054 AAATCATTATTACCTTTCATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCAACATACAAGCTTATTTGAAA
1 AAATCATTATTACCTTTCATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCAACATACAAGCTTATTTGAAA
13293119 TA
66 TA
* ** *
13293121 AAATCGTTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCAACCTACAAGCTTATTTGAAA
1 AAATCATTATTACCTTTCATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCAACATACAAGCTTATTTGAAA
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66 TA
13293188 AAAT
1 AAAT
13293192 AATTCTAATT
Statistics
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AAATCATTATTACCTTTCATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCAACATACAAGCTTATTTGAAA
TA
Found at i:13293497 original size:181 final size:181
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Indices: 13293121--13295916 Score: 1899
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13293111 ATTTGAAATA
* *** * *
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1 AAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGAAA
* * * * *
13293186 TAAAATAATTCTAATTTATTAATCTT-TCAAGAA-T--T-AGTAAGAGATATAAAAAAATAAATC
66 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGAT-TTAAAAAATAAATT
* * * *
13293246 TATTTA-CTAAACTAGTTCAAATAGTTATA-TCTATTTGAATAGTTATCTATTTC
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* * * * * *
13293299 AAAAT-GTTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGTTTATTCAAA
1 -AAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGAA
* * * *
13293363 ATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTGATAACTAAGAGATTTAAGAAATAAATTT
65 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTT
* * * *
13293428 GTTTATCGAACCAGTTCAAATAATTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTC
130 ATTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * * *
13293480 AAATCGTTATGACCTTTTCTTTTGTCCTAAAACAATTCTTTTAGCTCATACAAGTTTATTCGAAA
1 AAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGAAA
* * * *
13293545 TAAAATAAAACTAATTTGTTAATATATCT--AAATT--TTA-TAAGAGATTTAAAAAGT-AATTC
66 TAAAATAATACTAATTTATTAATAT-TCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT-
** * * *
13293604 TATTTGCCAAATCAATTCAAATAAG-T-A-ACT-TGTCTGAACAATTATTTATTTC
129 TATTTATCAAACCAGTTCAAAT-AGTTAAGACTAT-T-TGAACAATTATCTATTTC
* * * * * * * * *
13293656 AAATCATTCTTACTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTCAAAA
1 AAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGAAA
* *
13293721 TAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAAATTAATCAA-TAAGAGATTTAAAAAGTAAATC
66 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAAT-AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT
* * ** * *
13293784 TATTTACCAAACCATTTCAAATAGTTTTGGCTATTTGAATAATTATCTATTTC
129 TATTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * * * * ** * *
13293837 AAATCATTATAATCTTTTGTTTTGTCATCAAACAATTGGTTATG-TCTATACTATTTTATTTGGA
1 AAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTC-ATACAAGCTTATTCGAA
* * * * * ** * ** * *
13293901 ATAAAATAATA-TGAATTTAATAATATTTTGAAACTTAAGAACCATGA-AAATAAAAATTAAATC
65 ATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT
** * * * *
13293964 TAACTA-CTAAACCAATTCAAATAGTTAAAACTATATT-AACTATTATCAATTTC
129 TATTTATC-AAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTAT-TTGAACAATTATCTATTTC
* **
13294017 AAATTGTTATGACCTTTT-TTTTGTCATAAAACAAATT-TTTTTGTTTGTACAAGCTTATTC-AT
1 AAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGA-
* * * *
13294079 ATTAAAATAATACAAATTTAATAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTGAAAAATAAAT
64 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * ** * *
13294143 TTGTTTA-CTGAACTAGTTCATGTGGTTAAAACTATTAT-AACAATTATCTATTTC
128 TTATTTATC-AAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATT-TGAACAATTATCTATTTC
* * * * * ** * * * * *
13294197 AAATTGTTTTGA-TTTGTTGTCTAGTCATAAAACAATTGTTTAAGTTCAAATAGGCTTAATCAAA
1 AAATCGTTATGACCTT-TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGAA
* * * * * *
13294261 ATAAATTAATACTAATTTAATAACATT-TGAAAATTAATAAGAAAGAGATTTTAAAAAATAAATC
65 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATT
** * * ** * * *
13294325 TATTTATTGAACAAGTTCAAAAAGTTATTACTATATGAACAATTGTCTATTTA
129 TATTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * *** * *
13294378 AAATTGTTACGAACTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAATT-AGTACAAGGTTATAT-GG
1 AAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCA-TACAAGCTTAT-TCGA
* * *
13294441 AATAAAATAATACTATTTTATTAATATTTCT-AAAATCAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATATAT
64 AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * * * * * *
13294505 TTGTTTACCGAATCAATTAAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTATTTATTTC
128 TTATTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * *
13294559 AAATCATTATGACC-TTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTTTTTTATCATACAAGCTAATTTGA
1 AAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTTGT-TCATACAAGCTTATTCGA
* *
13294623 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAAT
64 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * *
13294687 TTGTTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACGATTATCAATCTC
128 TTATTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * * * * * *
13294741 AAATCGGTATGATC-TTTATTTTGCCATAAAAAAATTGTTTCTGATCATAAAAGCTTATTCG-AT
1 AAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGAAA
* * * *
13294804 TAAAAATAAAACTAATTTAATAATATTCCAAAAA-T--TAAG-AAGAGATTTAAAAAATAAATAT
66 T-AAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTT
* ** * * * * *
13294865 GTTTATCAAATTAGTTCAAATATTTAAAACTATTAGAATAATTACCTATTTC
130 ATTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * ** * * *
13294917 AAATCATTTTGA-CTTTT-TTTAT-TCATAAAGTATTTGTTTCAT-ATCATACAAGCTTATTCGA
1 AAATCGTTATGACCTTTTGTTT-TGTCATAAAACAATTGTTT-TTGTTCATACAAGCTTATTCGA
** ** * * *
13294978 AATAAAATAAGCCTAATAAATTAACATTCTAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTGAAAAAATAAAT
64 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAAT
* * * * *
13295043 TTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGATATGACTATTTGAACAATTA-CTTATTTA
128 TTATTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATC-TATTTC
* * * * ** ** * * *
13295097 AAATTGTTATGACC-TTTGTTTTGTTATATAATAATCATTTCGGTTCATAAAAGCTTATCCAAAA
1 AAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGAAA
* * *
13295161 TAAAATAATGCTAATTTATTAACATT-TCAAATATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAATAAATC
66 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAAT-
** * * * * * * **
13295225 TT-TTT-T-TGACCAAATTCAAATAGCTATGACTATTTGAACAGTTATATCTTAA
128 TTATTTATCAAACC-AGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * ** ** * * *
13295277 AAATCATTATGACCTTTTATTTTATCATAAAATAATTGCCTTAATTCATATATGCTTATTTGAAA
1 AAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGAAA
* * * *
13295342 TAAAATATAATAATAATTTATTAATATTCTAAAAATTAACAAGTAAGTA-ATTTAAAAAGTGAAT
66 T-AAA-ATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAG-AGATTTAAAAAATAAAT
* ** * * ** * *
13295406 CTATTTATGGAATC-GTTCAAATACTTGTGGCTATTTCAACAATTATCTATTTC
128 TTATTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * ** *
13295459 AAATTGTTATGAACTTTTGTTTTGCCATAAAACAATTATTTTTCATCATACAAGCTTATT-TAGA
1 AAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGA-A
* * * * *
13295523 ATAAAAAAATACTAATTTATTAAAATGTC-AAAAATAAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATA
65 ATAAAATAATACTAATTTATTAATAT-TCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT
* * * * *
13295587 TGTTTA-CTAAACCAATTC--CTAGTT--G---A---G--TAATTACCTATTTC
129 TATTTATC-AAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * * * * *
13295628 AAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATTATAAAATAATTG-TTTTGATTTATACAAGCTTACTC-AT
1 AAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTG-TTCATACAAGCTTATTCGA-
* * * * * *
13295691 AATAAAATTATACTAATTCAATAATATT-TCAAAAATTAGTAACTAAAAGATTTAAAAAAT-AAT
64 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* ** * **
13295754 TCTGTTTCCCAAAGCAGTTCAAATAGTTAAGACTAAATGAACAATTATCTATTTC
128 T-TATTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * ** ***
13295809 AAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAAATCATTTCAATTCATACAAGCTTATTCGAA
1 AAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGAA
* * * *
13295874 ATAAAATGATACAAATTTATTAATATTCAAAAAATTAGTAAGT
65 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGT
13295917 GATTTAAAAA
Statistics
Matches: 2043, Mismatches: 464, Indels: 217
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
168 8 0.00
169 116 0.06
170 1 0.00
171 5 0.00
173 1 0.00
174 3 0.00
175 63 0.03
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183 45 0.02
184 4 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (181 bp):
AAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGAAA
TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTA
TTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
Found at i:13293505 original size:426 final size:429
Alignment explanation
Indices: 13292739--13293550 Score: 1011
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13292729 TTTTAATTCA
13292739 TACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGA
1 TACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATT-ATAAGTAAGAGA
* * * * * *
13292804 TTTGAAAAAATAAATTTGTTTACTGAGCATGTTCAAATAGTCATGATTATTTCAACAATTATCTA
65 TATAAAAAAATAAATCTATTTACTAAACATGTTCAAATAGTCATGATTATTTCAACAATTATCTA
* * * *
13292869 TTTAAAATTGTTATTAACTTTTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGCTTATAAAAGCTTATCC
130 TTTAAAATTGTTATTAACTTTTGTTCTATCATAAAACAATTATTTCAGCTTATAAAAGCTTATCC
* * * ** *
13292934 AAAATAAAATAGTACTATTTTATCAATATTTTAAAGGTTAATAACTAAGATATTTAAAAAATAAA
195 AAAATAAAATAATACTATTTAATCAATATTCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * * * *
13292999 TTACTTTATCGAATCAGTTCAAATACTTATATTCATTTGAATAATTATCTATTTTAAATCATTAT
260 TTACTTTATCGAACCAGTTCAAATAATTAGACTCATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT
* * * *
13293064 TACCTTTCATTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-TCAACATACAAGCTTATTTGAAATAAAATCGT
325 GACCTTTCATTTTGTCATAAAACAATTCTTTTAGC-ACATACAAGCTTATTCGAAATAAAATCGT
13293128 TATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCAACC
389 TATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCAACC
* * *
13293169 TACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATTCTAATTTATTAATCTTTC-AAGAA-T-T-AGTAAGAGA
1 TACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAA-CATTCAAAAAATTATAAGTAAGAGA
* * * *
13293230 TATAAAAAAATAAATCTATTTACTAAAC-TAGTTCAAATAGTTAT-ATCTATTTGAATAGTTATC
65 TATAAAAAAATAAATCTATTTACTAAACAT-GTTCAAATAGTCATGAT-TATTTCAACAATTATC
** * *
13293293 TATTTCAAAA-TGTTA-TAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTATTTTTG-TTCATACAAGTT
128 TATTT-AAAATTGTTATTAA-CTTTTGTTCTATCATAAAACAATTATTTCAGCTT-ATAAAAGCT
* * *
13293355 TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAAT-AATATTCTAAAAATTGATAACTAAGAGATTTAAGA
190 TATCCAAAATAAAATAATACT-ATTTAATCAATATTCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAA
**
13293419 AATAAATTTGTTTATCGAACCAGTTCAAATAATTAAGACT-ATATGAACAATTATCTATTTCAAA
254 AATAAATTACTTTATCGAACCAGTTCAAATAATT-AGACTCATATGAACAATTATCTATTTCAAA
* * * *
13293483 TCGTTATGACCTTTTC-TTTTGTCCTAAAACAATTCTTTTAGCTCATACAAGTTTATTCGAAATA
318 TCATTATGACC-TTTCATTTTGTCATAAAACAATTCTTTTAGCACATACAAGCTTATTCGAAATA
13293547 AAAT
382 AAAT
13293551 AAAACTAATT
Statistics
Matches: 325, Mismatches: 47, Indels: 24
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
425 8 0.02
426 251 0.77
427 19 0.06
429 1 0.00
430 42 0.13
431 4 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.11, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (429 bp):
TACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTATAAGTAAGAGAT
ATAAAAAAATAAATCTATTTACTAAACATGTTCAAATAGTCATGATTATTTCAACAATTATCTAT
TTAAAATTGTTATTAACTTTTGTTCTATCATAAAACAATTATTTCAGCTTATAAAAGCTTATCCA
AAATAAAATAATACTATTTAATCAATATTCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
TACTTTATCGAACCAGTTCAAATAATTAGACTCATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
ACCTTTCATTTTGTCATAAAACAATTCTTTTAGCACATACAAGCTTATTCGAAATAAAATCGTTA
TTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCAACC
Found at i:13295214 original size:718 final size:709
Alignment explanation
Indices: 13293121--13303632 Score: 3604
Period size: 717 Copynumber: 14.9 Consensus size: 709
13293111 ATTTGAAATA
* * * * *
13293121 AAATCGTTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCAACCTACAAGCTTATTTGAAA
1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTTATCATACAAGCTTATTTGAAA
* * * * * * *
13293186 TAAAATAATTCTAATTTATTAATCTTTCAAGAATTAGTAAG--AGATATAAAAAAATAAATCTAT
66 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTAAAAAATAAATCTAT
* * *
13293249 TTACTAAACTAGTTCAAATAGTTAT-ATCTATTTGAA-TAGTTATCTATTTCAAAATGTTATAAC
131 TTACTAAACTAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACTA-TTATCAATTTCAAATTGTTATGAC
** * * * *
13293312 CTTTTGTTCTATCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTA
194 CTTTT-TT-TGCCATAAAAAAATTATTTTTGATCATACAAGCTTATTCAATA-AAAATAATACTA
* * * * *
13293377 ATTTAATAATATTCTAAAAATTGATAACTAAGAGATTTAAGAAATAAATTTGTTTATCGAACCAG
256 ATTTAATAATATTCCAAAAATT-ATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACTAG
* *
13293442 TTCAAATAATTAAGACTA-TATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTCTTT-TGT
320 TTCAAATAATTAAAACTATTA-GAACAATTATCTATTTCAAATCGTTTTGA-CTTTT-TTTAT-T
* * ** * ** *
13293505 CCTAAAACAATTCTTTTAGCTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAAAACTAATTTGTTAATAT
381 CATAAAACAATT-GTTTAATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAAAACTAATTAATTAACAT
* * * *
13293570 ATCTAAATTTTATAAG---AGATTTAAAAAGT-AATTCTATTTGCCAAATCAA-TTCAAATA-AG
445 -TCTAAAATTAATAAGAAAAGATTTAAAAAATAAATT-TATTTACCAAA-CAAGTTCAAATAGA-
* * ** * * * *
13293629 TA-ACT-TGTCTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTCTTACTTTTTGTTTTATCATAAAACAAT
506 TATACTAT-T-TGAACAATTACTTATTTAAAATTGTTATGAC-TTTTGTTTTGTCATAAAATAAT
** * * * * *
13293692 TGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTA
568 TGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATACAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-CAAAATTA
* * * * *
13293757 ATCAA-TAAGAGATTTAAAAAGTAAATCTATTTACCAAACCATTTCAAATAGTTTTGGCTATTTG
632 AT-AAGTAAGAGATTTAAAAAATATATTTATTTACC-AA-CAATTCAAATAGTTATGGCTATTTG
* *
13293821 AATAATTATCTATTTC
694 AACAATTATATATTTC
* * * * * * * ** *
13293837 AAATCATTATAATCTTTTGTTTTGTCATCAAACAATTG-GTTATGTCTATACTATTTTATTTGGA
1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTTATC-ATACAAGCTTATTTGAA
* ** * * ** * *
13293901 ATAAAATAATA-TGAATTTAATAATATTTTGAAACTTAAGAACCATGAAAA-TAAAAATTAAATC
65 ATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA-AAAAATTAAAAAATAAATC
** * * **
13293964 TAACTACTAAACCAATTCAAATAGTTAAAACTATATT-AACTATTATCAATTTCAAATTGTTATG
128 TATTTACTAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTAT-TTGAACTATTATCAATTTCAAATTGTTATG
* * ** *
13294028 ACCTTTTTTTTGTCATAAAACAAATT-TTTTTGTTTGTACAAGCTTATTCATATTAAAATAATAC
192 ACC-TTTTTTTGCCATAAAA-AAATTATTTTTGATCATACAAGCTTATTCA-ATAAAAATAATAC
* * * *
13294092 AAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTGAAAAATAAATTTGTTTA-CTGAAC
254 TAATTTAATAATATTCCAAAAATT-ATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATC-GAAC
** ** * *
13294156 TAGTTCATGTGGTTAAAACTATTATAACAATTATCTATTTCAAATTGTTTTGA-TTTGTTGTCTA
317 TAGTTCAAATAATTAAAACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTTTGACTTT-TT-T-TA
* * * * * * * *
13294220 GTCATAAAACAATTGTTTAAGTTCAAATAGGCTTAATCAAAATAAATTAATACTAATTTAA-TAA
379 TTCATAAAACAATTGTTTAA-TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAAAACTAA-TTAATTAA
* *** *
13294284 CATT-TGAAAATTAATAAGAAAGAGATTTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAACAAGTTCAAAAA
442 CATTCT-AAAATTAATAAGAAA-AGA-TTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACAAGTTCAAATA
* * * *
13294348 GTTATTACTATATGAACAATT-GTCTATTTAAAATTGTTACGAACTTTTGTTTTGTCATAAAATA
504 GATA-TACTATTTGAACAATTACT-TATTTAAAATTGTTATG-ACTTTTGTTTTGTCATAAAATA
* * * *** *
13294412 ATTGTTTCAATT-AGTACAAGGTTATATGGAATAAAATAATACTATTTTATTAATATTTCTAAAA
566 ATTGTTTCAGTTCA-TAAAAGCTTATACAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAA
* * * * *
13294476 TCAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATATATTTGTTTACCGAATCAATTAAAATAATTATGGCCATT
629 TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATATATTTATTTACC-AA-CAATTCAAATAGTTATGGCTATT
*
13294541 TGAACAATTATTTATTTC
692 TGAACAATTATATATTTC
* *
13294559 AAATCATTATGACC-TTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTTTTTTATCATACAAGCTAATTTGA
1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG--TTTTTTATCATACAAGCTTATTTGA
*
13294623 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATT
64 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAAA-TTAAAAAATAAATC
* * * * *
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128 TATTTACT-AAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACTATTATCAATTTCAAATTGTTATG
* * * * * *
13294752 ATCTTTATTTTGCCATAAAAAAATTGTTTCTGATCATAAAAGCTTATTCGATTAAAAATAAAACT
192 ACCTTT-TTTTGCCATAAAAAAATTATTTTTGATCATACAAGCTTATTC-AATAAAAATAATACT
* *
13294817 AATTTAATAATATTCCAAAAA-T-TAAG-AAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAATTAG
255 AATTTAATAATATTCCAAAAATTATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACTAG
* * * *
13294879 TTCAAATATTTAAAACTATTAGAATAATTACCTATTTCAAATCATTTTGACTTTTTTTATTCATA
320 TTCAAATAATTAAAACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTTTGACTTTTTTTATTCATA
** * * ** *
13294944 AAGTATTTGTTTCATATCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAAGCCTAATAAATTAACATTCTA
385 AAACAATTGTTTAAT-TCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAAAACTAATTAATTAACATTCT-
13295009 AAAATTAATAAGCAAAAGATTTGAAAAAATAAATTTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGATATGA
448 AAAATTAATAAG-AAAAGATTT-AAAAAATAAATTTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGATAT-A
* * * ** *
13295074 CTATTTGAACAATTACTTATTTAAAATTGTTATGACCTTTGTTTTGTTATATAATAATCATTTCG
510 CTATTTGAACAATTACTTATTTAAAATTGTTATGACTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCA
* * *
13295139 GTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATGCTAATTTATTAACATTTCAAATATTAATAAGTA
575 GTTCATAAAAGCTTATACAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA-ATTAATAAGTA
* * * * *
13295204 AGAGATTTAAAAAAATAAATCTTTTTTTGACC-A-AATTCAAATAGCTATGACTATTTGAACAGT
639 AGAGATTT-AAAAAAT--ATATTTATTT-ACCAACAATTCAAATAGTTATGGCTATTTGAACAAT
* **
13295267 TATATCTTAA
700 TATATATTTC
* * * ** * * *
13295277 AAATCATTATGACCTTTTATTTTATCATAAAATAATTG-CCTTAATTCATATATGCTTATTTGAA
1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTTA-TCATACAAGCTTATTTGAA
* * * * * *
13295341 ATAAAATATAATAATAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAACAAGTAAGTAATTTAAAAAGTGAA
65 AT-AAA-ATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAA-AAAATTAAAAAATAAA
* * * * * * * *
13295405 TCTATTTA-TGGAA-TCGTTCAAATACTTGTGGCTATTTCAACAATTATCTATTTCAAATTGTTA
126 TCTATTTACT-AAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACTATTATCAATTTCAAATTGTTA
* * * *
13295468 TGAACTTTTGTTTTGCCATAAAACAATTATTTTTCATCATACAAGCTTATTTAGAATAAAAA-AA
190 TG-ACCTTT-TTTTGCCATAAAAAAATTATTTTTGATCATACAAGCTTA-TT-CAATAAAAATAA
* * * *
13295532 TACTAATTTATTAAAATGT-CAAAAATAAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATATG-TT-T--
251 TACTAATTTAATAATAT-TCCAAAAAT-TATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCG
** * ** * * * *
13295592 -ACTA----AACCAATT---CCTAGTT-GAGTAATTACCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGT
314 AACTAGTTCAAATAATTAAAACTA-TTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTTTGA-CTTTT-T
* * * * * *
13295648 TCTATT-ATAAAATAATTGTTTTGATTTATACAAGCTTACTC-ATAATAAAATTATACTAATTCA
376 T-TATTCATAAAACAATTG-TTTAATTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAAAACTAATT-A
* * * * * *
13295711 A-TAATATTTCAAAAATTAGTAACTAAAAGATTTAAAAAAT-AATTCTGTTTCCCAAAGC-AGTT
437 ATTAACA-TTCTAAAATTAATAA-GAAAAGATTTAAAAAATAAATT-TATTTACCAAA-CAAGTT
* * ** *
13295773 CAAATAGTTAAGACTAAATGAACAATTA-TCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
498 CAAATAGAT-ATACTATTTGAACAATTACT-TATTTAAAATTGTTATGA-CTTTTGTTTTGTCAT
* ** * * * * * *
13295837 AAAAAAAATCATTTCAATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATGATACAAATTTATTAATA-TT
560 -AAAATAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATACAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * * *
13295901 CAAAA--AAT---T---AG----------TA-AGTGATTTA--AA-AAGT--GA-A-TT-T-G--
624 CAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATATATTTATTTACCAACAATTCAAATAGTTATGGCT
*
13295936 -TTT-AACAA--AT-CATTTC
689 ATTTGAACAATTATATATTTC
* * * * ** * * **
13295952 AAATCATTATTACCTTTTGTTTGGTCATATAACAAATGTTTTCGATTATTCAAGCTTATTCAAAA
1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTTATCATACAAGCTTATTTGAAA
* * * *
13296017 TAAAATTATACTAATTTATTAATTTTTCAAAAATTAATAAG---AGATTTAAAAAATAAATCTAT
66 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTAAAAAATAAATCTAT
* * * * *
13296079 TTATTGAACCAGTCCAAATAGTTATGACTATTTG----------AA---C-AATTGTTATAACCT
131 TTACTAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACTATTATCAATTTCAAATTGTTATGACC-
* * *
13296130 TTTCTTTTGTCATAAAATAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGAA-ATAAAATAATACTAA
195 TTT-TTTTGCCATAAAAAAATTATTTTTGATCATACAAGCTTATTC-AATA-AAAATAATACTAA
* * * * * * * * * * **
13296194 TCTAATAATATTCTAAAAGTTAATAACTAAGGGAATT-AAAAATAAATTTGCTTGTTGAACCGGT
257 TTTAATAATATTCCAAAAATT-ATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACTAGT
* * * * *
13296258 TCAAATATTTAAGACTATAATAACAATTATCTATTTCAAAAT-GTTATGACCTTTTGTTT-TGTC
321 TCAAATAATTAAAACTATTAGAACAATTATCTATTTC-AAATCGTTTTGA-CTTTT-TTTAT-TC
* * * ** * *
13296321 ATAAAATAAAATT-TTCAATTCATACTAGCTTATTC-AGAATAAAAT-AAGTTGAATTTATTAAT
382 AT-AAA-ACAATTGTTTAATTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAAAACT-AATTAATTAAC
* * * *
13296383 ATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA-ATAA-TTACGTTTACCTAACCAA-TTTAAA
443 A-TTCTAAAATTAATAAG-AAAAGATTTAAAAAATA-AATTTA--TTTACC-AAACAAGTTCAAA
* ** * *
13296445 TA-ATTATGACTATTTGAACAATTA-TCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAT
502 TAGA-TAT-ACTATTTGAACAATTACT-TATTTAAAATTGTTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAA
* * * * * * * * * * *
13296508 ACAAATGTTTTTA-TTCATATAAGTTTGTTCAAAATGAAGTAATACTAATCTATTAATATTTTGA
563 ATAATTG-TTTCAGTTCATAAAAGCTTATACAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTCA
* * * * * * *
13296572 AAACTAATAAG--AGA-TTTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAGCCAATTCAAATAATTATGACT
626 AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATATATTTATTTACCAA--CAATTCAAATAGTTATGGCT
*
13296634 ATTTGATA-AATTATTTATTTC
689 ATTTGA-ACAATTATATATTTC
** * * * * *
13296655 AAATCGCTATGACTTTTTGTTTTATTATAAAACAATTG-TTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAA
1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTTA-TCATACAAGCTTATTTGAA
* ** * * *
13296719 TTAAAATAATACTAATTTATT-ATATTTTGACAATCAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATCT
65 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAAA-TTAAAAAATAAATCT
** * * * * * * *
13296783 ATTTACCGAACTAGATCAATTAGTCATGACTATATGAA-TAATTACCTATTTCAAATCGTTATGA
129 ATTTACTAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACT-ATTATCAATTTCAAATTGTTATGA
** * * * ** * * * * *
13296847 CCTTTTGTTTTATCATTAAAGAATT-GTTTCAATTCAAATAAGTTTATTGAA-ATAAAATAACAC
193 CC-TTT-TTTTGCCATAAAAAAATTATTTTTGA-TCATACAAGCTTATTCAATA-AAAATAATAC
* * ** * * * * *
13296910 CAATTT-ATAAATAATCTGAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAGAAACT--ATTTGTTTACCGGA
254 TAATTTAAT-AATATTCCAAAAATT-ATAAGTAAGAGATTTAA-AAAATAAATATGTTTATCGAA
* * ** * * * * * * * *
13296972 CAAGTTTAAATAATTATGA-TAATTTGAATAATTATCTGTTTGAAATTGCTATAACCTTTTGTCT
316 CTAGTTCAAATAATTAAAACT-ATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTTTGA-CTTTT-T-T
* * * * * * *
13297036 T-GTCATAAAATAATTTTTTTAGTTCATACAAGCCTCT-TTTG-TATAAAATAAAA-TAAATTTA
377 TATTCATAAAACAA-TTGTTTAATTCATACAAG-CT-TATTCGAAATAAAATAAAACT-AATTAA
* ** * * *
13297097 TTAATATTAAAATAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTT--TAAACAAGTTCAA
438 TTAACATTCTAA-AATTAATAAG-AAAAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACAAGTTCAA
* * * * *
13297160 ATCA-TTATGACTATTTGAACTATTATTTATTTTAAATTGTTATGACTTTT-TATTTAGCCATAA
501 AT-AGATAT-ACTATTTGAACAATTACTTATTTAAAATTGTTATGACTTTTGT-TTT-GTCATAA
* * * * * * *
13297223 AACAATTGTTTCTA-TTCGT-ACAGCTTATTCAGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCA
562 AATAATTGTTTC-AGTTCATAAAAGCTTATACAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA
* * * * * * **
13297286 ACAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATAAC
626 A-AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATATATTTATTTACC-AACAA-TTCAAATAGTTATGGC
* *
13297351 TATTTGAATAATTATCTATTTC
688 TATTTGAACAATTATATATTTC
** * * * * * **
13297373 AAATCATTATGACCTTTTGTTTCAT-ATAAAATAA-T-TTTATCAGTTCATA-TAGGTTATTCAA
1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTTA--TCATACAAGCTTATTTGA
* * * * * *
13297434 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTATTGAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATC
64 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AAAATTAAAAAATAAATC
* * * * * * * *
13297499 TATTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGATCAATTTTCTATTTCCAATTGTTATGA
128 TATTTACTAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACTATTATCAATTTCAAATTGTTATGA
* * * * * * *
13297564 CATTTTTTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCAAACAAGCTTAATCCAA-ATAGAATAATA-
193 C--CTTTTTTTGCCATAAAAAAATTATTTTTGATCATACAAGCTT-ATTCAATA-AAAATAATAC
* ** * * * * * *
13297627 TAAATTTATTAATATTTGAAAAATTAATAAGTAA-AAATTAAAAAAATAAATCTATTTTTTGAAC
254 T-AATTTAATAATATTCCAAAAATT-ATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAAC
* * * * * * *** *
13297691 -ACATTCAAAT-AGT-----TA-T-G-AC-CTTTTGT-TTTGCATAAACCAATTG----TTTCTA
317 TA-GTTCAAATAATTAAAACTATTAGAACAATTATCTATTT-CA-AATCGTTTTGACTTTTTTTA
* * * * * * * *** *
13297740 TTCATACAAGCATATTTGAAATAAAATAATATTAA-TTTATT--AATATTCCA-AAAATTAA-TA
379 TTCATA-AAACA-A-TTG--TTTAATTCATA-CAAGCTTATTCGAA-ATAAAATAAAACTAATTA
* * *** ** * * * *
13297800 AGTAAAAGATT-TAAAA--AATAA-ATTTG-TTT--ACCATACA---AGTT--CAAATAATTATG
437 A-T-TAACATTCTAAAATTAATAAGAAAAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACAAGT-T-
* * * * * ** ** * ** *
13297853 ACTATTTGA-ACAATTATTTG---TTTTAAATAGTTATGATCT-TT-TG----T---TTTCTCAT
498 -CAAATAGATA-TACTATTTGAACAATTACTTATTTAAAAT-TGTTATGACTTTTGTTTTGTCAT
* * * * * * * *
13297905 AAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGTTTATTCAGAATAAAATAATGCTAACTTATTAAAATTC
560 AAAATAATTGTTTC-AGTTCATAAAAGCTTATACAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-
* * * * * * * * * *
13297969 TGAAAATGAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCGAATAATTATG
623 TCAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATATATTTATTTAC-CAACAA-TTCAAATAGTTATG
* * *
13298034 TCAATTTGAACAATTATCTATTTC
686 GCTATTTGAACAATTATATATTTC
** * ** ** ** **
13298058 AAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-AAATG-TTCCTATTCATGGAAAATTATTCAAA
1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTTA-TCATACAAGCTTATTTGAA
* * * ** * * * * * *
13298121 ATAAAATAATATTGATCTATTAAT-TTTTTAAAATCAATAAG---AGATTTAAAAACTAAATATG
65 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTAAAAAATAAATCTA
* * ** ** ** *
13298182 TTTATCGAAAC-AATTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-TAATTATTTATCACAAATAATTAAGA
130 TTTA-CTAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACT-ATTATCAATTTCAAATTGTTATGA
* *** * * *
13298245 TCTTTATTTTGTTGTAAAAAAAATTGTTTCTT--TCCATATAAGCTTATTCAAATTAAAATAATA
193 CCTTT-TTTTGCCAT-AAAAAAATTATTT-TTGAT-CATACAAGCTTATTC-AATAAAAATAATA
* *
13298308 CTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAATCAA-AAAGAGATTTAAAAAAT-AA-ATG--TAT----
253 CTAATTTAATAATATTCCAAAAATT-AT-AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAA
* ** * * * * * *
13298364 -TA-TTC---GAA-CCAGACTATTATAATAATTATCTAATTCAAATTGTTCTGACTGTTTGTTTA
316 CTAGTTCAAATAATTAAAACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTTTGACT-TTT-TTTA
* * * * * * * * *
13298423 GTCATAAAACAATTATTTTAGTTTATACAAGCTTATTCAAAATAAAAATAATATTAATTTATTCA
379 TTCATAAAACAATT-GTTTAATTCATACAAGCTTATTCGAAAT-AAAATAAAACTAATTAATTAA
** * * * * *
13298488 CATTAAAAAAATTAGTGAGCAAAAGATTT-TAAAA-AAATCTATTTACCAAAC----TCAAATAA
442 CATT-CTAAAATTAATAAG-AAAAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACAAGTTCAAATAG
* * * * * *
13298547 ATTTGACTATTTGAATAATTA-TCTATTTGAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAA
505 ATAT-ACTATTTGAACAATTACT-TATTTAAAATTGTTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAATAA
* * ** *
13298611 TTTTTTCAGTTCATAAAAACTCT-T------T-TGA-AATACTACTTTATTAATATTTCAAAAAT
567 TTGTTTCAGTTCATAAAAGCT-TATACAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAT
* * * * * * *
13298667 TAATAAGCAAGAGATTTAAAAACTAAAGCTGTT-TTT-CAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTGT
630 TAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATATA--T-TTATTTACCAA-CAATTCAAATAGTTATGGCTAT
* * *
13298730 TTAAACAAATATCA-ATCTC
691 TTGAACAATTAT-ATATTTC
* * * * * * * *
13298749 AAATCATTATGATC-TTCGTTTTGT--TATAATAATTGTTTTTTATTATACAAACTCATTT-AGA
1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTTATCATACAAGCTTATTTGAAA
* * * * *
13298810 TAAAAATAATACTAATTTAATAATTTTTCAAAAATTAATAAG---AGATTTAAAAAAGAAAAT-T
66 T-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTAAAAAA-TAAATCT
* * * * * * * *
13298871 -TTTGCCTGAGCGAGTTCAAATAGTTACGACTATTAGAA-TAATTAT-ATATTTCAAATCGTTCT
129 ATTT-ACTAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACT-ATTATCA-ATTTCAAATTGTTAT
* * * * ** * *
13298933 GACCTTTTGTTTAGTCATATAATAATT-GTTTCAATTCATTCAAGCTTATTCAAAATAAAATAAT
191 GACCTTTT-TTT-GCCATAAAAAAATTATTTTTGA-TCATACAAGCTTATTCAATA-AAAATAAT
* * ** * *
13298997 ACTAATTTATTAACATTTGAAAAA--ATAA-TAAGAGATTTGAAAAAA-AAATTTGTTTACCGAA
252 ACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATATGTTTATCGAA
* * *** * * * * *
13299058 CAAGTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAACAATTATCAATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTT-
316 CTAGTTCAAATAATTAAAACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTTTGA-CTTTT-TTTA
* * * * * * * * * * *
13299122 TGTCATAAAACAATTGTTTATTTTATAAAATCTGATCCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAAT
379 T-TCATAAAACAATTGTTTAATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAAAACTAATTAATTAAC
* * * * * *
13299187 ATTTTGAAAGA-CAATAAGCAAGAGATTTAAAAAA-AAA-TTAGTTCACCGAATCAA-CTCAAAT
443 ATTCT-AAA-ATTAATAAG-AAAAGATTTAAAAAATAAATTTA-TTTACC-AAACAAGTTCAAAT
* * * ** * **
13299248 A-ATTATAGCCATTTGAACAACTA-TCTATTTCAAATCATTATTACCTTTTGTTTTGTTGTAAAA
503 AGA-TATA-CTATTTGAACAATTACT-TATTTAAAATTGTTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAA
* * * *** * *
13299311 CAATTGTTTTTCA--ACATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAGTTTATTAATATTTTAA
564 TAATTG--TTTCAGTTCATAAAAGCTTATACAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA
* * * * * * *
13299374 GAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAGTAAATCTGTTTACCATACTAGTTCAAATGGTTATGACT
627 -AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATATATTTATTTACCA-AC-AATTCAAATAGTTATGGCT
* *
13299435 ATTTAAACAATT-TCTATTTC
689 ATTTGAACAATTATATATTTC
* * * *
13299455 AAATTATTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTGT-TCATACAAGCTTATTTGGA
1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTT-TATCATACAAGCTTATTTGAA
* * * * * **
13299519 ATAAAATAATGCTAATTTAGTAATA-TTCTAAAAATTAAAAACTAAAAGATCTAAAGCATAAATC
65 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAAAT-TAAAAAATAAATC
** * * * ** * ** *
13299583 CGTTT-GTCAAA-TAGTTCCAACAGTTAAAACTATATGAA-TAATTATTTATTTCAAGTTGTTAT
128 TATTTACT-AAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACT-ATTATCAATTTCAAATTGTTAT
* * ** * * * * *
13299645 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCAGTTCATACAAGGTTATTTGAAT-AGAATAAAA
191 GACC-TTT-TTTTGCCATAAAAAAATTATTTTTGATCATACAAGCTTA-TTCAATAAAAATAATA
* * * * * * *
13299709 CTAATTT-ATAAATATTTCAAAATTTTATAAGTAAGGGATTTTAGAAAATAATTCTATTTA-CTG
253 CTAATTTAAT-AATATTCCAAAA-ATTATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATATGTTTATC-G
* * * * *
13299772 AACCAATTCAAATAACTATAACTATTTA-AACAATTATCTATTTCAAGTCGTTATT-ACTTTTTT
314 AACTAGTTCAAATAATTAAAACTA-TTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTT-TTGACTTTTTT
* ** * * * * * *
13299835 TTTGGTCATAAAACAATTGCTTTTGTTAATATAAGTTTGTTCGAAATAAAATAATACTAATTTAT
377 TAT--TCATAAAACAATTG-TTTAATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAAAACTAATTAAT
* * * * * * *
13299900 TAATAATTAC-AAAATTAATCAATAAGAGATTTAAAAAGTAAATTTGTTTACAAAAC-ATTTCAA
439 TAA-CATT-CTAAAATTAAT-AAGAAAAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACAAGTTCAA
* * * * * * * *
13299963 ATAGTTTTGACTATTTGAATATTTA-TCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTATTTTGTCATCAA
501 ATAGATAT-ACTATTTGAACAATTACT-TATTTAAAATTGTTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAA
* ** ** **** * *
13300027 ATAATTGGTTGT-ACTT-ATACTATTTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTG
563 ATAATT-GTT-TCAGTTCATAAAAGCTTATACAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TC
** * * * * * *
13300090 AAACA-TAATAACCAAGAAAATTAAAAAATAAATTTAATTATCTAACCATTCAAATAGTTA----
625 AAA-ATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATATATTTATTTA-CCAACAATTCAAATAGTTATGGC
* *
13300150 -A---G-ACGATTATCTATTTC
688 TATTTGAACAATTATATATTTC
** * * * *
13300167 AAATTGTTATGACCTTTTCTTTTGTCGTAAAACAATTGTTTTGT-TCATGCAAGCTTATTCT--A
1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTTATCATACAAGCTTATT-TGAA
* * * * * *
13300229 ATTAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATATGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTT
65 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AAAATTAAAAAATAAATCT
* ** * * * * * * * ** *
13300294 GTTTACCGAA-TCAATTCAATTGGTTAAGATTATTAGAA-TAATTATCTATTTCAAATCATTTTG
129 ATTTACTAAACT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACT-ATTATCAATTTCAAATTGTTATG
* * * * * **
13300357 AGCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATT-TTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAGA-ATAAGTTAAT
192 ACCTTTT-TTT-GCCATAAAAAAATTATTTT-TGATCATACAAGCTTATTCA-ATA-AAAATAAT
* * *
13300420 ACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAG-AA-AGATATT----AA-AAA-A-----AT--A
252 ACTAATTTAATAATATTCCAAAAATT-ATAAGTAAGAGAT-TTAAAAAATAAATATGTTTATCGA
* *
13300470 A--A--TC---T-ATT-----TATT-GAAC-A--A---ATTTCAAGTTGTTTTGACCTTTTGTTT
315 ACTAGTTCAAATAATTAAAACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTTTGA-CTTTT-TTT
* * * * * * *
13300515 AGTAATAAAATAATTGTATCAGTTCATACATA-CTTATTC-AAACTAAAATAATACTAATTTATT
378 ATTCATAAAACAATTGT-TTAATTCATACA-AGCTTATTCGAAA-TAAAATAAAACTAATTAATT
* * * * *
13300578 AATATTCAAAAAATTAATAAGCAATAA-A-TTAAAAAATAAA-TCAGTATACTGAAA-AAGTTCA
440 AACATTC-TAAAATTAATAAG-AA-AAGATTTAAAAAATAAATTTA-TTTAC-CAAACAAGTTCA
* ** * ** * *
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* * * * **
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* * * ** * * *
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* **
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** * * * * * **
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* * * * * * *
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* * ** * * *
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** * ** * * * * **
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* * * ** * * * * * *
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* * * * ** * * * * *
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* * * * * * * * * *
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* * * ** *
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* * * * * * * * * **
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** *
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* * ** *
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* * * * * *
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* * * * ** * * *
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* * * * * * *
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* * * * * ** * *
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* *
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* * * * * * * *
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* * *
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* * * * *
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* * * * *** *
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* * * * * * * *
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** * ** * * *** *
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* * * * * * * *
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* * * * * *
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* * *
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* ** * * *
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** * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * **
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* * * * ** *
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* * *
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*** * * * * * * * * ** **
13296472 ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT-TTAGTCATAATACAAATGTTTTTATTCATATAAGTTTGT
187 ATTTCAAATTGCTATAACATTTTGTCTT-GTCATAAAACAATTATTTTTGTTCAAACAAGCCTAA
* * * * * ** * * * *
13296536 TCAAAATGAAGTAATACT-AATCTATTAATATTTTGAAAACTAATAAG--AGATTTTAAAAAATA
251 TCCAAATAAAATAA-AATAAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAAAATTAAAAAAATA
* * *
13296598 AATCTATTTATCAAGCCAA-TTCAAATAATTATGACTATTTGATAAATTATTTATTTCAAATCGC
315 AATATGTTT-T-AA-ACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGATAAATTATTTATTTCAAATCGC
* **
13296662 TATGACTTTTTGTTTTATTATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAATTAAAATA
377 TATGACTTTTTGATTTACCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAATTAAAATA
** * *
13296727 ATACTAATTTATTATATTTTGACAATCAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATCTATTTACCGA
442 ATACTAATTTATTATATTTCAACAATCAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATATATTTACCAA
* * *
13296792 ACTAGATCAATTAGTCATGACTATATGAAT
507 ACAAGATCAAATAGTCATAACTATATGAAT
* * *
13296822 AATTACCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATTAAAGAATTGTT-TCAATTCAAAT
1 AATTACCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTCAT-ATAAAAGAATT-TTATCAATTCAAAT
* * *
13296886 AAGTTTATT-GAAATAAAATAACACCAATTTATAAATAATCTGAAAATTAATAACTAAGAGATTT
64 -AGGTTATTCAAAATAAAATAACACCAATTTATAAATAATCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTT
* * * * * *
13296950 AAGAAACT-ATTTGTTTACCGGACAAGTTTAAATAATTATGA-TAATTTGAAT-AATTATCTGTT
128 AA-AAAATAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAATTATGACT-ATTTG-ATCAATTATCTATT
* * * * ** **
13297012 TGAAATTGCTATAACCTTTTGTCTTGTCATAAAATAATT-TTTTTAGTTCATACAAGCCTCTTTT
190 TCAAATTGCTATAACATTTTGTCTTGTCATAAAACAATTATTTTT-GTTCAAACAAGCCTAATCC
** *
13297076 GTATAAAATAAAATAAATTTATTAATA-TTAAAATAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA
254 AAATAAAATAAAATAAATTTATTAATATTTAAAA-AATTAATAAGTAAAA-ATTAAAAAAATAAA
* * * * *
13297140 TATGTTTTAAACAAGTTCAAATCATTATGACTATTTGA-ACTATTATTTATTTTAAATTGTTATG
317 TATGTTTTAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGATA-AATTATTTATTTCAAATCGCTATG
*
13297204 ACTTTTT-ATTTAGCCATAAAACAATTGTTTCTATTCGTAC-AGCTTATTC-AGATTAAAATAAT
381 ACTTTTTGATTTA-CCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGA-ATTAAAATAAT
* * * *
13297266 ATTAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATATGTTTACCAAA
444 ACTAATTTATT-ATATTTCAACAATCAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATATATTTACCAAA
* *
13297331 CAAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAT
508 CAAGATCAAATAGTCATAACTATATGAAT
* * * *
13297360 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTCATATAAAATAATTTTATCAGTTCATATAG
1 AATTACCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTCATATAAAAGAATTTTATCAATTCAAATAG
* * * * * * * *
13297425 GTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTATTGAGTAAGAGATTTAAA
66 GTTATTCAAAATAAAATAACACCAATTTATAAATAATCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAA
** * * *
13297490 AAATGAATCTATTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGATCAATTTTCTATTTCCAA
131 AAAT-AATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGATCAATTATCTATTTCAAA
* * * * * *
13297555 TTGTTATGACATTTTTTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCAAACAAGCTTAATCCAAATAG
195 TTGCTATAACATTTTGTCTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCAAACAAGCCTAATCCAAATAA
* * *
13297620 AATAATATAAATTTATTAATATTTGAAAAATTAATAAGTAAAAATTAAAAAAATAAATCTATTTT
260 AATAAAATAAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAAAATTAAAAAAATAAA--TATGTT
* *
13297685 TTGAACACA-TTCAAATAGTTATGAC
323 TTAAACA-AGTTCAAATAATTATGAC
13297710 CTTTTGTTTT
Statistics
Matches: 730, Mismatches: 126, Indels: 65
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
536 29 0.04
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538 309 0.42
539 94 0.13
540 76 0.10
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (536 bp):
AATTACCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTCATATAAAAGAATTTTATCAATTCAAATAG
GTTATTCAAAATAAAATAACACCAATTTATAAATAATCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAA
AAATAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGATCAATTATCTATTTCAAAT
TGCTATAACATTTTGTCTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCAAACAAGCCTAATCCAAATAAA
ATAAAATAAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAAAATTAAAAAAATAAATATGTTTTA
AACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGATAAATTATTTATTTCAAATCGCTATGACTTTTTGAT
TTACCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAATTAAAATAATACTAATTTATTA
TATTTCAACAATCAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGATCAAATAG
TCATAACTATATGAAT
Found at i:13297700 original size:359 final size:359
Alignment explanation
Indices: 13296116--13297706 Score: 1170
Period size: 359 Copynumber: 4.4 Consensus size: 359
13296106 CTATTTGAAC
* * * * * * *
13296116 AATTGTTATAACCTTTTCTTTTGTCATAAAATAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGAAAT
1 AATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTAATCCAAAT
* * * * * *
13296181 AAAATAATACTAATCTAATAATATTCT-AAAAGTTAATAACTAAGGGAATT--AAAAATAAATTT
66 AAAATAATA-TAATTTATTAATATT-TGAAAAATTAATAAGTAA--AAATTAAAAAAATAAATCT
* ** * * * * *
13296243 GCTTGTTGAAC-CGGTTCAAATATTTA-AGACTATAAT-AACAATTATCTATTTCAAAAT-GTTA
127 GTTTACTGAACAC-ATTCAAATAATTATA-ACTAT-TTGAATAATTATCTATTTC-AAATCGCTA
* * * * *
13296304 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAAATTTTCAATTCATACTAGCTTATTCAGAATAAAATAAG
188 TGACCTTTTGTTTTATCATAAAAT-AATTTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAA-
* * *
13296369 T--TGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAATAAT-TACGTTTAC
251 TACTAAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAAATAATCTA--TTTA-
* *
13296431 CT-AACCAA-TTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA
312 CTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA
** * * * * * ** *
13296478 AATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAATACAAATGTTTTTATTCATATAAGTTTGTTCAAAAT
1 AATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTAATCCAAAT
* * * * * * * *
13296543 GAAGTAATACTAATCTATTAATATTTTG-AAAACTAATAAG--AGATTTTAAAAAATAAATCTAT
66 AAAATAATA-TAATTTATTAATA-TTTGAAAAATTAATAAGTAAAAATTAAAAAAATAAATCTGT
* * *
13296605 TTA-TCAAGC-CAATTCAAATAATTATGACTATTTG-ATAAATTATTTATTTCAAATCGCTATGA
129 TTACTGAA-CAC-ATTCAAATAATTATAACTATTTGAAT-AATTATCTATTTCAAATCGCTATGA
* * * * *
13296667 CTTTTTGTTTTATTATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCGAATTAAAATAATAC
191 CCTTTTGTTTTATCATAAAATAATT-TTTC-AGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAC
* * * * * *
13296731 T-AATTTATT-ATATTTTGACAATCAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATCTATTTACCGAAC
254 TAAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT-AATCTATTTACTGAAC
* * * * * * *
13296794 TAGATCAATTAGTCATGACTATATGAATAATTACCTATTTCA
318 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA
* * * * ** * * * **
13296836 AATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATTAAAGAATTGTTTCAATTCAAATAAG-TTTATTGAAAT
1 AATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTAATCCAAAT
* * * * * * * * *
13296900 AAAATAACACCAATTTATAAATAATCTG-AAAATTAATAACTAAGAGATTTAAGAAACT--ATTT
66 AAAATAATA-TAATTTATTAAT-ATTTGAAAAATTAATAAGTAA-A-AATTAAAAAAATAAATCT
* * * * * * * *
13296962 GTTTACCGGACA-AGTTTAAATAATTATGA-TAATTTGAATAATTATCTGTTTGAAATTGCTATA
127 GTTTACTGAACACA-TTCAAATAATTATAACT-ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGCTATG
* * * * * **** *
13297025 ACCTTTTGTCTTGTCATAAAATAATTTTTTTAGTTCATACAAGCCTCTTTTGTATAAAATAA-AA
190 ACCTTTTGTTTTATCATAAAATAA-TTTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAC
* * * *
13297089 TAAATTTATTAATA-TTAAAATAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAA-ATATGTT-TTAAA
254 TAAATTTATTAATATTTTAAA-AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAATCTAT-TTACTGAA
* * *
13297151 CAAGTTCAAATCA-TTATGACTATTTGAACTATTATTTATTTTA
317 CAAGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA
* * * * * * * *
13297194 AATTGTTATGACTTTTTATTTAGCCATAAAACAATTGTTTCTATTCGTAC-AGCTT-ATTCAGAT
1 AATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTAATCCA-AA
* * ** *
13297257 TAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATATG
65 TAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTGAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTAAAAAAATAAATCTG
** * * **
13297322 TTTACCAAACA-AGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
128 TTTACTGAACACA-TTCAAATAATTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGCTATGAC
* * *
13297386 CTTTTGTTTCAT-ATAAAATAATTTTATCAGTTCATA-TAGGTTATTCAAAATAAAATAATACT-
192 CTTTTGTTTTATCATAAAATAATTTT-TCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTA
* * * *
13297448 AATTTATTAATATTTTAAAAATTATTGAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTATTGAACAA
256 AATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT-AATCTATTTACTGAACAA
* * *
13297513 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGATCAATTTTCTATTTCC
320 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA
* * * * *
13297553 AATTGTTATGACATTTTTTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCAAACAAGCTTAATCCAAAT
1 AATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTAATCCAAAT
* *
13297618 AGAATAATATAAATTTATTAATATTTGAAAAATTAATAAGTAAAAATTAAAAAAATAAATCTATT
66 AAAATAATAT-AATTTATTAATATTTGAAAAATTAATAAGTAAAAATTAAAAAAATAAATCTGTT
** *
13297683 TTTTGAACACATTCAAATAGTTAT
130 TACTGAACACATTCAAATAATTAT
13297707 GACCTTTTGT
Statistics
Matches: 957, Mismatches: 220, Indels: 107
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
356 1 0.00
357 109 0.11
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360 187 0.20
361 15 0.02
362 81 0.08
363 2 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (359 bp):
AATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTAATCCAAAT
AAAATAATATAATTTATTAATATTTGAAAAATTAATAAGTAAAAATTAAAAAAATAAATCTGTTT
ACTGAACACATTCAAATAATTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGCTATGACCTTT
TGTTTTATCATAAAATAATTTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAATTT
ATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAATCTATTTACTGAACAAGTTCAA
ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA
Found at i:13297702 original size:180 final size:178
Alignment explanation
Indices: 13296116--13297709 Score: 1089
Period size: 180 Copynumber: 8.9 Consensus size: 178
13296106 CTATTTGAAC
* * * * * *
13296116 AATTGTTATAACCTTTTCTTTTGTCATAAAATAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGAAAT
1 AATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCCAAAT
* * * * * *
13296181 AAAATAATACTAATCTAATAATATTCT-AAAAGTTAATAACTAAGGGAA-TT-AAAAATAAATTT
66 AAAATAATA-TAATTTATTAATATT-TGAAAAATTAATAAGTAA--AAATTTAAAAAATAAATCT
** ** ** * * * *
13296243 GCTTGTTGAACCGGTTCAAATATTTAAGACTATAAT-AACAATTATCTATTTCA
127 ATTTACTGAA-CAATTCAAATAGTTATGACTAT-TTGATCAATTATCTATTTCA
* * * ** *
13296296 AAATGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAAAT-TTTCAATTCATACTAGCTTATT-CAGA
1 AATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-CAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCCA-A
* *
13296359 ATAAAATAAGT-TGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA-ATAAT
64 ATAAAATAA-TAT-AATTTATTAATATTTGAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATA-AAT
* * *
13296422 -TACGTTTACCT-AACCAATTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA
125 CTA--TTTA-CTGAA-CAATTCAAATAGTTATGACTATTTGATCAATTATCTATTTCA
** * * * * * * *
13296478 AATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAATACAAATGTTTTTATTCATATAAGTTTGTTCAAAAT
1 AATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCCAAAT
* * * * * *
13296543 GAAGTAATACTAATCTATTAATATTTTG-AAAACTAATAAG--AGATTTTAAAAAATAAATCTAT
66 AAAATAATA-TAATTTATTAATA-TTTGAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATCTAT
* * * *
13296605 TTA-TCAAGCCAATTCAAATAATTATGACTATTTGATAAATTATTTATTTCA
129 TTACTGAA--CAATTCAAATAGTTATGACTATTTGATCAATTATCTATTTCA
* * * * * * * *
13296656 AATCGCTATGACTTTTTGTTTTATTATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAATT
1 AATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCCAAAT
* * *
13296721 AAAATAATACTAATTTATT-ATATTTTG-ACAATCAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATCTA
66 AAAATAATA-TAATTTATTAATA-TTTGAAAAATTAATAAGT-AAAAATTTAAAAAATAAATCTA
* * * * *
13296784 TTTACCGAACTAGA-TCAATTAGTCATGACTATATGAAT-AATTACCTATTTCA
128 TTTACTGAAC-A-ATTCAAATAGTTATGACTATTTG-ATCAATTATCTATTTCA
* * * * ** * * * *
13296836 AATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATTAAAGAATTGTTTCAATTCAAATAAGTTTATT-GAAAT
1 AATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCCAAAT
* * * * * * * *
13296900 AAAATAACACCAATTTATAAATAATCTG-AAAATTAATAACTAAGAGATTTAAGAAACT--ATTT
66 AAAATAATA-TAATTTATTAAT-ATTTGAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAA-AAAATAAATCT
* * * * * * *
13296962 GTTTACCGGACAAGTTTAAATAATTATGA-TAATTTGAAT-AATTATCTGTTTGA
127 ATTTACTGAACAA-TTCAAATAGTTATGACT-ATTTG-ATCAATTATCTATTTCA
* * * * * * ****
13297015 AATTGCTATAACCTTTTGTCTTGTCATAAAATAATT-TTTTTAGTTCATACAAGCCTCTTTTGTA
1 AATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-TTCATACAAGCTTATTCCAAA
* * *
13297079 TAAAATAAAATAAATTTATTAATA-TTAAAATAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATAT
65 TAAAATAATAT-AATTTATTAATATTTGAAA-AATTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAATAAATCT
* * * * * *
13297143 GTTT--TAAACAAGTTCAAATCA-TTATGACTATTTGAACTATTATTTATTTTA
127 ATTTACTGAACAA-TTCAAAT-AGTTATGACTATTTGATCAATTATCTATTTCA
* * * * * * *
13297194 AATTGTTATGACTTTTTATTTAGCCATAAAACAATTGTTTCTATTCGTAC-AGCTTATT-CAGAT
1 AATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCCA-AA
* * * * *
13297257 TAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATATG
65 TAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTGAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAATAAATCTA
** * *
13297322 TTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAT-AATTATCTATTTCA
128 TTTACTGAACAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTG-ATCAATTATCTATTTCA
** ** * * * * * *
13297374 AATCATTATGACCTTTTGTTTCAT-ATAAAATAATT-TTATCAGTTCATA-TAGGTTATTCAAAA
1 AATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-TTCATACAAGCTTATTCCAAA
* * * * *
13297436 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTATTGAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTA
65 TAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTGAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATCTA
* * *
13297501 TTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGATCAATTTTCTATTTCC
128 TTTACTGAACAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGATCAATTATCTATTTCA
* * * * * *
13297553 AATTGTTATGACATTTTTTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCAAACAAGCTTAATCCAAAT
1 AATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCCAAAT
* *
13297618 AGAATAATATAAATTTATTAATATTTGAAAAATTAATAAGTAAAAATTAAAAAAATAAATCTATT
66 AAAATAATAT-AATTTATTAATATTTGAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATCTATT
**
13297683 TTTTGAACACATTCAAATAGTTATGAC
130 TACTGAACA-ATTCAAATAGTTATGAC
13297710 CTTTTGTTTT
Statistics
Matches: 1120, Mismatches: 230, Indels: 128
0.76 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
176 1 0.00
177 20 0.02
178 186 0.17
179 336 0.30
180 372 0.33
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183 6 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (178 bp):
AATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCCAAAT
AAAATAATATAATTTATTAATATTTGAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTT
ACTGAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGATCAATTATCTATTTCA
Found at i:13297762 original size:144 final size:146
Alignment explanation
Indices: 13297557--13297822 Score: 374
Period size: 144 Copynumber: 1.8 Consensus size: 146
13297547 ATTTCCAATT
* * * * *
13297557 GTTATGACATTTTTTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCAAACAAGCTTAATCCAAATAGAA
1 GTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCAAACAAGCATAATCCAAATAAAA
**
13297622 TAATATAAATTTATTAATATTTGAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTAAAAAAATAAATCTATTTTT
66 TAATATAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTAAAAAAATAAATCTATTTTT
13297686 TGAACACATTCAAATA
131 TGAACACATTCAAATA
* * * * * **
13297702 GTTATGACCTTTTGTTTTG-CATAAACCAATTGTTTCTATTCATACAAGCATATTTGAAATAAAA
1 GTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCAAACAAGCATAATCCAAATAAAA
* *
13297766 TAATATTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
66 TAATATAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTAAAAAAATAAAT
13297823 TTGTTTACCA
Statistics
Matches: 104, Mismatches: 16, Indels: 2
0.85 0.13 0.02
Matches are distributed among these distances:
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145 31 0.30
ACGTcount: A:0.45, C:0.09, G:0.07, T:0.39
Consensus pattern (146 bp):
GTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCAAACAAGCATAATCCAAATAAAA
TAATATAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTAAAAAAATAAATCTATTTTT
TGAACACATTCAAATA
Found at i:13298000 original size:181 final size:178
Alignment explanation
Indices: 13297694--13300472 Score: 1734
Period size: 180 Copynumber: 15.7 Consensus size: 178
13297684 TTTGAACACA
* * *
13297694 TTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTG-CATAAACCAATTGTTTCTATTCATACAAGCATATT-T
1 TTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA
* * *
13297757 GAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA
66 G-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAAT-AGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * *
13297822 TTTGTTTACCATACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATTTGT
129 TTTGTTTACCA-ACAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * *
13297874 TTTAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTCTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCA
1 TTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA
* * * * * *
13297939 GAATAAAATAATGCTAACTTATTAAAATTCTGAAAATGAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAAT
66 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATA-GTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * *
13298004 CTGTTTACTGAACAAGTTCGAATAATTATGTCAATTTGAACAATTATCTAT
130 TTGTTTAC-CAACAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * ** **
13298055 TTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-AAATGTTCCTATTCATGGAAAATTATTCA
1 TTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA
* * * * * * * * *
13298119 AAATAAAATAATATTGATCTATTAAT-TTTTTAAAA-TCA-A-TAAGAGATTTAAAAACTAAATA
66 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT
* * *
13298180 TGTTTATCGAAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTAT
131 TGTTTA-C-CAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
** * * * * * *
13298230 CACAAATAATTAAGATCTTTATTTTGTTGT-A-AAAAAAATTGTTTCT-TTCCATATAAGCTTAT
1 TTCAAATAGTTATGACCTTT-TGTT-TTGTCATAAAACAATTGTTTCTATT-CATACAAGCTTAT
* **
13298292 TCA-AATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAATCAAAAAGAGATTTAAAAAAT
63 TCAGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAAT-AGTAAGAGATTTAAAAAAT
* ** * *
13298356 AAA--TGTATT-------ATTC-GA-A-CCA-GACTATTAT-AATAATTATCTAA
126 AAATTTGT-TTACCAACAATTCAAATAGTTATGACTATT-TGAACAATTATCTAT
* * ** * * *
13298397 TTCAAATTGTTCTGACTGTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTT-TAGTTTATACAAGCTTATTC
1 TTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTC
* * * * ** * * * *
13298461 AAAATAAAAATAATATTAATTTATTCACATTAAAAAAATTAGTGAGCAAAAGATTT-TAAAA-AA
65 AGAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAAT-AGTAAGAGATTTAAAAAATAA
* * * * *
13298524 ATCTATTTACC-A-AACTCAAATAAATT-TGACTATTTGAATAATTATCTAT
128 ATTTGTTTACCAACAATTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * *
13298573 TTGAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTTTTTC-AGTTCATAAAAACTCT-TT
1 TTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCT-TATT
* * * *
13298636 -----T--GA-AATACTACTTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAACTA
64 CAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAAT-AGTAAGAGATTTAAAAAATA
** * * * * * * *
13298692 AAGCTGTTTTTCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTGTTTAAACAAATATCAAT
127 AATTTG-TTTACCAA-CAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * * * *
13298746 CTCAAATCA-TTATGATC-TTCGTTTTGT--TATAATAATTGTTTTTTATT-ATACAAACTCATT
1 TTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCTATTCATACAAGCTTATT
* * * *
13298806 TAG-ATAAAAATAATACTAATTTAATAAT-TTTTCAAAAATT-A-A-TAAGAGATTTAAAAAAGA
64 CAGAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAGTAAGAGATTTAAAAAATA
* * * * * * * *
13298866 AAATT-TTTGCCTGAGCGAGTTCAAATAGTTACGACTATTAGAATAATTATATAT
127 AATTTGTTTACC--AAC-AATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * * *
13298920 TTCAAATCGTTCTGACCTTTTGTTTAGTCATATAATAATTGTTTCAATTCATTCAAGCTTATTCA
1 TTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA
* * * *
13298985 AAATAAAATAATACTAATTTATTAACATT-TGAAAA--AATAATAAGAGATTTGAAAAAA-AAAT
66 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAAT
* *
13299046 TTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAACAATTATCAAT
130 TTGTTTACC-AACAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * * *
13299097 TTAAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTAT-TTTATAAAATCTGATCC
1 TTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC
* * * * * *
13299160 AAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTTGAAAGA-CAATAAGCAAGAGATTTAAAAAA-AA
65 AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAAT-AGTAAGAGATTTAAAAAATAA
* * * * * *
13299223 ATTAGTTCACCGAATCAACTCAAATAATTAT-AGCCATTTGAACAACTATCTAT
128 ATTTGTTTACC-AA-CAATTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTAT
* ** * *
13299276 TTCAAATCA-TTATTACCTTTTGTTTTGTTGTAAAACAATTGTTTTTCA-ACATACAAGCTTATT
1 TTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATT
* * * * *
13299339 -TGAAATAAAATAATACTAGTTTATTAATATTTTAAGAATT-A-A-TAAGAGATTTAAAAAGTAA
64 CAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
* * * *
13299400 ATCTGTTTACCATACTAGTTCAAATGGTTATGACTATTTAAACAATT-TCTAT
128 ATTTGTTTACCA-AC-AATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * *
13299452 TTCAAATTA-TTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTT
1 TTCAAA-TAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC
* * * * * * * **
13299516 GGAATAAAATAATGCTAATTTAGTAATATTCTAAAAATTAAAAACTAAAAGATCTAAAGCATAAA
65 AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATT-AATAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
** ** * * ** * * *
13299581 TCCGTTTGTCAA-ATAGTTCCAACAGTTAAAACTATATGAATAATTATTTAT
129 TTTGTTTACCAACA-A-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * *
13299632 TTCAAGTTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTC-AGTTCATACAAGGTTATT-
1 TTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTC
* * * * * * * *
13299695 TGAATAGAATAAAACTAATTTATAAATATT-TCAAAATTTTATAAGTAAGGGATTTTAGAAAAT-
65 AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAAT-AGTAAGAGA-TTTAAAAAATA
* * ** * *
13299758 AATTCTATTTACTGAACCAATTCAAATAACTATAACTATTTAAACAATTATCTAT
127 AATT-TGTTTAC-CAA-CAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * * * * *
13299813 TTCAAGTCGTTATTA-CTTTTTTTTTGGTCATAAAACAATTGCTTT-TGTTAATATAAGTTTGTT
1 TTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTT-GTCATAAAACAATTG-TTTCTATTCATACAAGCTTATT
* * *
13299876 C-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAAT-TACAAAATTAATCAATAAGAGATTTAAAAAGT
64 CAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTA-AAAATTAAT-AGTAAGAGATTTAAAAAAT
* * * * *
13299939 AAATTTGTTTACAAAACATTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATATTTATCTAT
126 AAATTTGTTTAC-CAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * * * * ** *
13299993 TTCAAATTGTTATAACCTTTTATTTTGTCATCAAATAATTGGTTGTACTT-ATACTATTTTATTT
1 TTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTC
* * * ** * *
13300057 GGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTGAAACA-TAATAACCAAGAAAATTAAAAAATAA
65 AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAAT-AGTAAGAGATTTAAAAAATAA
** * * *
13300121 ATTTAATTATCTAACCATTCAAATAG-T-T-A--A---G-ACGATTATCTAT
128 ATTTGTTTA-CCAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * *
13300164 TTCAAATTGTTATGACCTTTTCTTTTGTCGTAAAACAATTGTTT-TGTTCATGCAAGCTTATTC-
1 TTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA
* * *
13300227 TAATTAAATAATACTAATTTAATAATATT-TCAAAAATTAATATGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
66 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATA-GTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * * *
13300291 TTTGTTTACCGAATCAATTCAATTGGTTAAGATTATTAGAATAATTATCTAT
129 TTTGTTTACC-AA-CAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * *
13300343 TTCAAATCA-TTTTGAGCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTTTTTC-AGTTCATACAAGCTTATT
1 TTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATT
** * * * * *
13300406 CAGAATAAGTTAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGAAAGATATTAAAAAAATAA
64 CAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAAT-AGTAAGAGATTTAAAAAATAA
13300471 AT
128 AT
13300473 CTATTTATTG
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
165 3 0.00
166 8 0.00
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169 64 0.03
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171 59 0.03
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183 1 0.00
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Consensus pattern (178 bp):
TTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA
GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT
TGTTTACCAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
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Alignment explanation
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13297684 TTTGAACACA
* * * * **
13297694 TTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGCATAAACCAATTGTTTCTATTCATACAAGCATATTTGA
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* * *
13297759 AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATT
66 AATAAAATAATATTAATCTATTAATATTCCAAAAATCAATAAG---AAGATTTAAAAAATAAATA
* * *** * *
13297824 TGTTTACCATACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATTTGTTTTAAATAGTTATGA
128 TGTTTACCAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATTTATCACAAATAATTAAGA
* * *
13297889 TCTTTTGTTTTCTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCAGAATAAAATAATGCT
193 TCTTTTGTTTTCTCATAAAAAAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACT
* * ** *
13297954 AACTTATTAAAATTCTGAAAATGAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAA
258 AACTTAATAAAATTCTAAAAATGAATAGAAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAA
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323 GTTCGAATAATTATGTCAATTTGAACAATTATCTAT
* **
13298055 TTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA-AAAATGTTCCTATTCATGGAA-AATTATTC
1 TTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTG-CATAAACAAAATGTTCCTATTCATACAAGAA-TATTC
* *** *
13298118 AAAATAAAATAATATTGATCTATTAAT-TTTTTAAAATCAATAAG-AGATTTAAAAACTAAATAT
64 AAAATAAAATAATATTAATCTATTAATATTCCAAAAATCAATAAGAAGATTTAAAAAATAAATAT
* * *
13298181 GTTTATCGAAACAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATCACAAATAATTAAGA
129 GTTTA-CCAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATTTATCACAAATAATTAAGA
* * *
13298245 TCTTTATTTTGTTGT-A-AAAAAAATTGTTTCT-TTCCATATAAGCTTATTCA-AATTAAAATAA
193 TCTTT-TGTT-TTCTCATAAAAAAATTGTTTCTATT-CATACAAGCTTATTCAGAA-TAAAATAA
* * *
13298306 TACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAATCA-AAAAGAGATTTAAAAAATAAAT
254 TACTAACTTAATAAAATTCTAAAAATGAAT-AGAAAAGAGATTTAAAAAATAAAT
13298360 GTATTATTCG
Statistics
Matches: 256, Mismatches: 41, Indels: 21
0.81 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
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356 148 0.58
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358 3 0.01
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361 70 0.27
362 6 0.02
ACGTcount: A:0.43, C:0.09, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (358 bp):
TTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGCATAAACAAAATGTTCCTATTCATACAAGAATATTCAA
AATAAAATAATATTAATCTATTAATATTCCAAAAATCAATAAGAAGATTTAAAAAATAAATATGT
TTACCAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATTTATCACAAATAATTAAGATCT
TTTGTTTTCTCATAAAAAAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAAC
TTAATAAAATTCTAAAAATGAATAGAAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTT
CGAATAATTATGTCAATTTGAACAATTATCTAT
Found at i:13299635 original size:356 final size:351
Alignment explanation
Indices: 13298415--13300479 Score: 961
Period size: 356 Copynumber: 5.8 Consensus size: 351
13298405 GTTCTGACTG
* * * * * *
13298415 TTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTTAGTTTATACAAGCTTATTCAAAATAAAAATAATATTAA
1 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTG-TTATAAAAGCTTATTCGAAAT-AAAATAATACTAA
* * * * * * ** *
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* ** * * * * *
13298539 TCAAATAAATT-TGACTATTTGAATAATTATCTATTTGAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCA
127 TCAAA-CAATTAAAACCATATGAATAATTATATATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * *
13298603 TAAAACAATT-TTTTCAGTTCATAAAAACTCT-TTTG-------A-AATACTACTTTATTAATAT
191 TAAAATAATTGTTTTCA--ACATACAAGCT-TATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * *
13298658 TTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAACTAAAGCTGTTTTTCAAACCAGTTCAAATAGTTA
253 TTC-AAAATTAAT----AAGAGATTTAAAAA-TAAATCTG-TTTACCAACAAGTTCAAATAGTTA
* * * * * *
13298723 TGACTGTTTAAACAAATATCAATCTCAAATCATTATGATC-
311 TGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCT
* * * * * * *
13298763 TTCGTTTTGT--TATAATAATTGTTTTTTATTATACAAA-CTCATT-TAGATAAAAATAATACTA
1 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTTGTTATA-AAAGCTTATTCGAAAT-AAAATAATACTA
* * * * * ** ** *
13298824 ATTTAATAATTTTTCAAAAATTAAT----AAGAGATTTAAAAAAGAAA--ATTTTTGCCTGAGCG
63 ATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAACAAAAGATCTAAAAAA-AAATCA-GTTCACCAAATC-
** * * ** * * *
13298883 AGTTCAAATAGTTACGACTAT-TAGAATAATTATATATTTCAAATCGTTCTGACCTTTTGTTTAG
124 AACTCAAACAATTAAAACCATAT-GAATAATTATATATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
* * ** *
13298947 TCATATAATAATTG-TTTCAATTCATTCAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAC
188 TCATAAAATAATTGTTTTCAA--CATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * *
13299011 ATTTGAAAAAATAATAAGAGATTTGAAAAAAAAATTTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTTTG
251 ATTT-CAAAATTAATAAGAGATTT-AAAAATAAATCTGTTTACC-AACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * *
13299076 ACTATTTGAACAATTATCAATTTAAAATCATTATGACCT
313 ACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCT
* * * * *
13299115 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTATT-TTATAAAATCTGATCCAAAATAAAATAATACTACT
1 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TTGTTATAAAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAAT
* * * * * * *
13299179 TTATTAATATTTTGAAAGA-CAATAAGCAAGAGATTTAAAAAAAAATTAGTTCACCGAATCAACT
65 TTATTAATA-TTT-AAAAATTAATAAACAAAAGATCTAAAAAAAAATCAGTTCACCAAATCAACT
* * * * * * * * * **
13299243 CAAATAATTATAGCCATTTGAACAACTATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTTGTTTTGTTGTA
128 CAAACAATTAAAACCATATGAATAATTATATATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
* * *
13299308 AAACAATTGTTTTTCAACATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAGTTTATTAATATTTTA
193 AAATAATTG-TTTTCAACATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA
* *
13299373 AGAATTAATAAGAGATTTAAAAAGTAAATCTGTTTACCATACTAGTTCAAATGGTTATGACTATT
257 A-AATTAATAAGAGATTTAAAAA-TAAATCTGTTTACCA-ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATT
*
13299438 TAAACAATT-TCTATTTCAAATTATTATAACCT
319 TAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCT
* * * * *
13299470 TTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATGCTAAT
1 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTT-ATAAAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAAT
* * * * *** **
13299535 TTAGTAATATTCTAAAAATTAA-AAACTAAAAGATCTAAAGCATAAATCCGTTTGTCAAAT-AGT
65 TTATTAATATT-TAAAAATTAATAAAC-AAAAGATCTAAA-AAAAAATCAGTTCACCAAATCAAC
* * * * * *
13299598 TCCAACAGTTAAAACTATATGAATAATTATTTATTTCAAGTTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
127 TCAAACAATTAAAACCATATGAATAATTATATATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * * * * *
13299663 AAAATAATT-ATTTCAGTTCATACAAGGTTATTTG-AATAGAATAAAACTAATTTATAAATATTT
192 AAAATAATTGTTTTCA--ACATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * * * **
13299726 CAAAATTTTATAAGTAAGGGATTTTAGAAAATAATTCTATTTACTGAACCAA-TTCAAATAACTA
255 CAAAA---T-TAA-TAAGAGA-TTTA-AAAATAAATCTGTTTAC-CAA-CAAGTTCAAATAGTTA
* * * *
13299790 TAACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAGTCGTTATTA-CT
311 TGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCT
* * * * *
13299830 TTTTTTTTGGTCATAAAACAATTGCTTTTGTTAATATAAGTTTGTTCGAAATAAAATAATACTAA
1 TTTGTTTT-GTCATAAAACAATTGTTTTTGTT-ATAAAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAA
* * * * * * ** * * **
13299895 TTTATTAATAATTACAAAATTAATCAATAAGAGATTTAAAAAGTAAATTTGTTTA-CAAAACATT
64 TTTATTAATATTTA-AAAATTAATAAACAAAAGATCTAAAAA-AAAATCAGTTCACCAAATCAAC
* * *** * * * * * * *
13299959 TCAAATAGTTTTGACTATTTGAATATTTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTATTTTGTCAT
127 TCAAACAATTAAAACCATATGAATAATTATATATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * * ** * *
13300024 CAAATAATTGGTTGT--ACTTATACTATTTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATT
192 AAAATAATT-GTTTTCAAC--ATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * * * ** * *
13300087 CTGAAACATAATAACCAAGAAAATTAAAAAATAAATTTAATTATCTAACCA-TTCAAATAG---T
254 -TCAAA-AT--TAA-TAAG-AGATTTAAAAATAAATCTGTTTA-CCAACAAGTTCAAATAGTTAT
* * ** *
13300148 ---TA---AGACGATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCT
312 GACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCT
* * ** * *
13300182 TTTCTTTTGTCGTAAAACAATTG-TTTTGTTCATGCAAGCTTATTC-TAATTAAATAATACTAAT
1 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTT-ATAAAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAAT
* *** * * ** * * *
13300245 TTAATAATATTTCAAAAATTAATATGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAATCAATT
65 TTATTAATATTT-AAAAATTAATAAACAAAAGATCTAAAAAA-AAATCAGTTCACCAAATCAACT
**** * ** * * * * *
13300310 CAATTGGTTAAGATTAT-TAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTTTGAGCTTTTGTTTAGTCAT
128 CAAACAATTAAAACCATAT-GAATAATTATATATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * * ** *
13300374 AAAACAATT-TTTTCAGTTCATACAAGCTTA-TTCAGAATAAGTTAATACTAATTTATTAACA-T
192 AAAATAATTGTTTTCA--ACATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
*
13300436 TCAAAAAATTAATAAGAAAGATATTAAAAAAATAAATCTATTTA
254 TC--AAAATTAATAAG--AGAT-TT--AAAAATAAATCTGTTTA
13300480 TTGAACAAAT
Statistics
Matches: 1334, Mismatches: 286, Indels: 192
0.74 0.16 0.11
Matches are distributed among these distances:
340 1 0.00
341 6 0.00
342 10 0.01
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344 1 0.00
345 33 0.02
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347 86 0.06
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350 133 0.10
351 102 0.08
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364 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (351 bp):
TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTATAAAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATT
TATTAATATTTAAAAATTAATAAACAAAAGATCTAAAAAAAAATCAGTTCACCAAATCAACTCAA
ACAATTAAAACCATATGAATAATTATATATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
TAATTGTTTTCAACATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAT
TAATAAGAGATTTAAAAATAAATCTGTTTACCAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAA
TTATCTATTTCAAATCATTATAACCT
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* * * * *
13300352 TTTTGAGCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTTTTTCAGTTCATACA-AGCTTATTCAGAA-TAAG
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* *
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128 TTGAACAAATTTCAAGTTG
*
13300499 TTTTGACCTTTTGTTTAGTAATAAAATAATTGTATCAGTTCATACATACTTATTCAAACTAAAAT
1 TTTTGACCTTTTGTTTAGTAATAAAACAATTGTATCAGTTCATACATACTTATTCAAACTAAAAT
* * *
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AATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGAAAGAAATTAAAAAATAAATCTATTTATTG
AACAAATTTCAAGTTG
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13300152 ACGATTATCT
* ** ** *
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* * * * *
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66 AAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGAATTAAAAAATAAAT
** * * * * * * * * *
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* * * * **
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*
13300421 CTAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGAAAGATATTAAAAAAATAAATCTA-TTTATTGA
260 CTAATTTATTAACATTTC-AAAAATTAATAAGAAAGAGATTAAAAAAATAAATC-AGTTTATTGA
13300484 ACAA
323 ACAA
* * * *
13300488 ATTTCAAGTTGTTTTGACCTTTTGTTTAGTAATAAAATAATTGTATCAGTTCATACATA-CTTAT
1 ATTTCAAATTGTTATGACCTTTTCTTTAGTAATAAAACAATTGT-TCAGTTCATACA-AGCTTAT
* *
13300552 TCAAACTAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAAATTAATAAGCAATA-AATTAAAAAAT
64 TCAAA-TAAAATAATACTAATTTAATAATATTTC-AAAAATTAATAAGCAAGAGAATTAAAAAAT
* *
13300615 AAATCAGTATACTGAA-AAAGTTCAAATAGTTATGACTATTCA-AACAATTACCTATTTAAAATC
127 AAATCAGTATACCGAATAAA-TTCAAATAGTTAAGACTATT-AGAACAATTACCTATTTAAAATC
*
13300678 ATTATGA-CTTTTTATTTTA-TCATAAAACAATTATTTCAATTCATAAAAGCTTATCAAAAATAA
190 ATTATGAGC-TTTT-GTTTAGTCATAAAACAATTATTTCAATTCATAAAAGCTTATCAAAAATAA
* ** * * ** *
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AAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGAATTAAAAAATAAAT
CAGTATACCGAATAAATTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTACCTATTTAAAATCATTATG
AGCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCAATTCATAAAAGCTTATCAAAAATAAAATAATAC
TAATTTATTAACATTTCAAAAATTAATAAGAAAGAGATTAAAAAAATAAATCAGTTTATTGAACA
A
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13300537 TTCATACATA
* * * *
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* * ** *
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**
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* ** * **
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1 CTTATTC-AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAA
** * * * *
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* *
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* * ** *
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1 CTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAA
** ** * * * **
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* * * * *
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** * ** *** *
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* * *** * * * * * * ** *
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** * * * * * * * *
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* * * * * * *
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1 CTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT-AATAAGAAAGAGATTTAA
* * * *** ** * * * * *
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* ** * * * *
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* ** ** * * * *
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1 CTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGA-AAGAGATTT-A
** * * * * **
13301512 AAAAATAAATCTA-TTTGCT-AAACTAGTTCAATTACTTAT-AATA-TT-AATTTATTAAT--AT
64 AAAAATAAATC-AGTTTATTGAAA-AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-CAATT-ATCCA-
* * * * * * *
13301570 TTTAAAAAT-TAATAAATTTTTATTAATATTC-T-GAA-AATTA---A-T-AT-----
124 TTTCAAATTGTTATGAACTTTTATT-TTA-TCATAAAACAATTATTTATTCATAAAAG
* * * * *
13301614 CTTATTTAGAATAAAATAATGCTAATTTATTAATA-TTCTGAAAA-TAAT---AATG-GATTTAA
1 CTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAA
* *** ** * * * * *
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* * *
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128 AAATTGTTATGAACTTTTATTTTATCATAAAACAATTA-TT-TATTCATA-AAAG
* * * *
13301790 CTTATTCGAAATAACATAATTCTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAAT----AAGACATTTAA
1 CTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAA
* * * * * * * * *
13301850 AAAATAAATCTGCTTATCGAACAAGTTTAAGTAGTTATGACTAGTTGAACAGTTATCAATTTCAA
65 AAAATAAATCAGTTTATTGAAAAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCCATTTCAA
* * ** * * * * *
13301915 ATCGTTA-GAACCTTTTGTTTTGCCATAAAATATTTTTTTTCTATTTATACAAG
130 ATTGTTATGAA-CTTTTATTTTATCATAAAACA--ATTATT-TATTCATAAAAG
* * *
13301968 CTTATTTC-AAATAAAACAATA-AAATTTATTAATATTT-AGACAATTAATAAGCAAA-AGATTT
1 CTTA-TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAG-AAAGAGATTT
* * * * *
13302029 -TAAAATAAATCTGTTTA-TGAAATAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTA-CTTATT
63 AAAAAATAAATCAGTTTATTGAAA-AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC-CATT
*** * * * * * *
13302091 TCAAACCATTATG-ACTTTTTGTTTTGTCATGAAACAATTGTTTTTGTTCATATAAG
126 TCAAATTGTTATGAAC-TTTTATTTTATCATAAAACAA-T-TATTTATTCATAAAAG
* * * * * * ** * *
13302147 CTTATTTAGATTAAAATAATATTAATTTTTTCATATTTTGACAATTAATAAGTAAA-AGATTTTA
1 CTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-AAAGAGATTTAA
* * * * * * * * *
13302211 AAAATAAAT-ATATTTATCGAACAAGTTTAAATGGTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCA
65 AAAATAAATCA-GTTTATTGAAAAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCCATTTCA
* * * * * * * * * *
13302275 AATCGTTATGACCTTTTGTTTCATCATAAAATAATTGTATCAGCTCATATACG
129 AATTGTTATGAACTTTTATTTTATCATAAAACAATTAT-TTA-TTCATAAAAG
** * * * * *
13302328 CTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTACTA-TTCTGAAAATTATTGAGTAAGAGATTTAA
1 CTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAA
* * ** * *
13302392 AAAATGAATTTA-TTTA-CCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTAGTTT
65 AAAAT-AAATCAGTTTATTGAAA-AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCCA-TTT
* * * * *
13302455 -AAATTGTTATGACCTTTTTTTTTTTTTGTTATAAAACAACTGT-TTCTATTCATACAAG
127 CAAATTGTTATGAAC----TTTTATTTTATCATAAAACAA-T-TATT-TATTCATAAAAG
*** * *
13302513 CTTATTTTGAATAAAATAA-AATAAATTTATTAATATTGCAAAAATTAATAAGTAAA-A-ATTTA
1 CTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-AAAGAGATTTA
* * * *
13302575 ACAAATAAATCTA-TTT-TCT-AAACATGTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAACAATTATCTATT
64 AAAAATAAATC-AGTTTAT-TGAAA-AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCCATT
** * * * * * *
13302637 TCAAAAAGTTATGACCTTTTAATTTGTCATAAACCAATTGTTTCTATTCATACAAG
126 TCAAATTGTTATGAACTTTTATTTTATCATAAAACAATT-ATT-TATTCATAAAAG
*
13302693 CTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAA-AGATTTAA
1 CTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-AAAGAGATTTAA
** * * * *
13302757 AAAATAAAT-A--TT-TT-ACCAAGTTAGCATAAATAGTTATAATTGTTTGAACAATTAGT-TAT
65 AAAATAAATCAGTTTATTGAAAAAGTT--C--AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA-TCCAT
* * * * * *
13302816 TTCAAATAGTTAT-AATCTTTTGCTTTT-TTATAAAACGATTATTTCTTTTCATAGAAG
125 TTCAAATTGTTATGAA-CTTTT-ATTTTATCATAAAACAATTA-TT-TATTCATAAAAG
* ** * * * * *
13302873 TTTATTTGAAATAAAATAATACTAACTTATTAATA-TTCTGAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAA
1 CTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAA
* ** * * * * * * * *
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65 AAAATAAATCAGTTTATTGAAA-AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCCATTTCA
** * ** ** * * *
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129 AATTGTTATGAA-CTTTTATTTTATCATAAAACAATTATT--TATTCATAAAAG
* *
13303053 AATTATTCAAAATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AGAAAATTCAT----AAGAGATTT
1 -CTTATTCAAAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGAAAGAGATTT
* ** ** * *
13303113 AAAAAATAAATCTGTTTACCGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTC
63 AAAAAATAAATCAGTTTATTGAAAAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCCATTTC
* * * *
13303178 AAATTGTTATG-A-TTGTTATTTTGTCATAGAAA-AATTTGTTTCTTTTCATACAAG
128 AAATTGTTATGAACTT-TTATTTTATCATA-AAACAA-TT-ATT-TATTCATAAAAG
** * * * * * *
13303232 CTTATTCGGATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTAAAAAATTAATAGGTAAGAAATTTAAA
1 CTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAA
* ** * * * * * **
13303297 AAATATATGTGTTT-GTCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATTTGA-TTCA
66 AAATAAATCAGTTTATTGAAA-AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA-TCCATTTCA
** *
13303360 AATCATT-T-AACCTTTT-GTTTAGTCATAAAACAATTATTTTAGTTCATACAAA-
129 AATTGTTATGAA-CTTTTATTTTA-TCATAAAACAATTA-TTTA-TTCATA-AAAG
** * *
13303412 CTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTACT----AAGAGATTTGA
1 CTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGAAAGAGATTT-A
* * * * * *
13303472 AAAAATAAAT-ATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGATATGAATATTTGAACAATTATCAATTTA
64 AAAAATAAATCA-GTTTATTGAAAAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCCATTTC
* * * ** ** *
13303536 AAATTGTTTTGACCTTTTGTTTGGTTGTAAAACAATTGTTTAAGTTCATAAGAA-
128 AAATTGTTATGAACTTTTATTTTATCATAAAACAATTATTT-A-TTCATAA-AAG
** * *
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1 CTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTA
13303637 TTAACCTATC
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
160 22 0.01
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TTGTTATGAACTTTTATTTTATCATAAAACAATTATTTATTCATAAAAG
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13301735 CAAATAGTTA
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13300492 CAAGTTGTTT
* * * * *
13300502 TGACCTTTTGTTTAGTAATAAAATAATTGTATC-AGTTCATACATA-CTTATTCAAACTAAAATA
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*
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* * * ** * * *
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** ** * *** **
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187 TGCTTTT-TCATAAAACAATTATTTCTTTTCATAGAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAAC-
* * * * * *** **
13300753 TTATTAATATT-TCAAAAATTGATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATCA-GTTTATTGAATTAG
250 TTATTAATATTCT-GAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT-ATATTTACCAAACAAG
* * ** * * * ** * **
13300816 TTTAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTATCCATTTCAAATTGTTATGAA-CTTTTATTTTGTC
313 TTTAAATAGTAATAACCATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTAT-AACCTTTTGTTTCATC
** * * *
13300880 ATAAGAA-AATTGTTTTTCA-TCAAACAAG-CCTATTCAAA-ATAAATAATACTAATTTATTAAT
377 ATAA-AACAATTG-TTACCACTCATA-AAGACTTATTTAAATA-AAATAATACTAATTTATTAAT
* * *** *
13300941 ATATC--AAAA-ATTAATAAGAGGGAGGTTTAAAAAATAAATTTGTTTATTGAACCAGTTCAAAT
438 AT-TCTGAAAATATT-ATAAGA--GA--TTTAAAAAATGAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAAT
* * * * * * * * *
13301003 AGTTATTACTATTTGCATAATTATATATTTCAAATTGTTCTAATCTTTTGTTCTATCATAAAACA
497 AGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTT-AAATTGTTATGATTTTTTATTTTGTCATAAAACA
* * * * * * ** *
13301068 ATTATTTTTATCCATATAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACTAACGTAATAATATTCTAAAAA
561 ATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTC-GAATAAAATAA-AATAATTTATTAATATTC-AAAAA
** * * * * * * * * * *
13301132 AGAATAACTGAGACATTTAAAAAAAAAAAT-TGTTTGCCGAACCA-ATTCAAATAGTTAAGGCTA
623 TTAATAAGT-AAAAATTT-AAAAAATAAATCTATTT-TC-AAACATGTTCAAATAGTTATGACTA
* * * * * *
13301195 TATCAACAATTTTTTACTTCAAATCA-TTA
684 TTTGAACAATTATCTATTTCAAA-AAGTTA
* * * * * * *
13301224 TGACATTCTATTTTGTCGTAAAATAAATT-TTT-TGGTTCTTACTAAG-TTATTCAAAATGAAAT
1 TGACCTTTTA-TTTGTCATAAAA-CAATTATTTCT-ATTCATAC-AAGCTTATTC-AAATAAAAT
* * * * * * * * * * *
13301286 AAAACAAATTGATAAATATTTC--AAAATTCAATAAGTAAAGATTTGAAAATTAATTTTATTTGC
61 AATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAAATT-AATAAGAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAC
* * * * * * * * *
13301349 CGAACT-AGTTGAAATAATTATGACTATTTAAACAATTA-TCTATTTTATATCA-TTATAACCTT
124 C-AAATAAATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTACT-TATTTCA-AACAGTTATAATCTT
* * * * * ** * * * *
13301411 TTG-TTTTGTCATAAAACAAATGTTT-TGTTCATATAAGATTGCTCGTAATAAAATAATATTAAT
186 TTGCTTTT-TCATAAAACAATTATTTCTTTTCATAGAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAAC
* * * * * * * *
13301474 TTTTTAATATTTTAAAAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTGCTAAACTAGT
250 TTATTAATATTCTGAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGT
* * * * * * * * * * *
13301539 TCAATTACTTATAA-TATTA-ATTTATTA-ATATTTTAAA-AATTAATAA---ATT-TTT-AT--
314 TTAAATAGTAATAACCATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATT-ATAACCTTTTGTTTCATCA
* * * * * * *
13301593 T--AA-TATTCTGA-AAAT--TAATA-TCTTATTTAGAATAAAATAATGCTAATTTATTAATATT
378 TAAAACAATTGTTACCACTCATAA-AGACTTATTTA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* ** * * * * *
13301651 CTGAAAATA--ATAATG-GATTTAAAAAATGAAACTGTTGGCCTAACCAGTGCAAATAATTATAA
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* * * * *
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505 CTATTTGAATAATTATCTATTT-AAATTGTTATGATTTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * **
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* * * * * * * * *
13301842 ---ACATTTAAAAAATAAATCTGCTTATCGAACAAGTTTAAGTAGTTATGACTAGTTGAACAGTT
631 TAAAAATTTAAAAAATAAATCT-ATTTTCAAACATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
* **
13301904 ATCAATTTCAAATCGTTA
695 ATCTATTTCAAAAAGTTA
* * * * * * *
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1 TG-ACCTTTT-ATTTGTCATAAAACA-ATTATTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATA
* * * * * * **
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* * *
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* * * * * *
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189 CTTTT-TCATAAAACAATTATTTCTT-TTCATAGAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAACT
* * * * * * *
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* * * * * *
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* * * *
13302304 AATAATTG-TATCAGCTCATATACG-CTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTACTATTCT
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* *
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* * *
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505 CTATTTGAATAATTATCTA-TTTAAATTGTTATGA----TTTTTTATTTTGTCATAAAACAATTG
*
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* *
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* *
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*
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* * * * * *
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* * *
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* ** * *
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** * * ** *
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* * *
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* * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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*
13303354 GA-TTCAAATCA-TT-
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* * * *
13303367 TAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTT-TAGTTCATACAAACTTATTTGAAATAAAATAA
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* * **
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* * * * * ** * * *
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127 ATAAATTCAAATAGTTAT-AACTATTTGAACAATTACT-TATTTCAAACAGTTATAATCTTTTGC
* * ***
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*
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* *
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* * ** * ** *
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* * *
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ATTAACATTCAAAAAATTATTAACCTATCAGAT
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* * * * *
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* **** *
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* * * *
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* * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * *
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1 AAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TG
*
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* * * * *
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* * * * * * *
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1 AAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGT
* * * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * * * *
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* * *
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* ** * * * *
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*
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** * * * *
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* * * * ** * * * *
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* * * * * *
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*** * * *
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* * ** * *
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* * ** * * * *
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129 TTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACA
* * * * * * * * *
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* * * *
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* * * * ** * *
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* * *
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* * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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** * * * * *
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* * * * *
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* * * * *
13306355 ATTATTTTATTCTAGATATGCTTG-ATTG-ATCAAAAACAATTGTTATATGAC-
128 ATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTA-TGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACA
* * * * * * *
13306406 ---C--AA-A-C---A--ACTTGAAATAGATAATTGTTGACATAGCCATAATTATTTAAACTAAT
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* * ** * *
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*** *
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* * *
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* * *
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* * * * *
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* ** * * * *
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* *
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* * *
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**
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*
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* * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * **
13309132 TTCGATAAATAGCTTTATTTTTTAAAT--C-T-CTTATTAATTTTTG-----------AA--AG-
65 TTCAATAAAAAAATTTATTTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGT
* *
13309179 ATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGA-ATG-A-TAAAA-ACATTTTTTATATGACCAAACAAAAGG
130 ATTATTTTATTTTGAATAAGCTT-ATATGAACTAAAACA-ATTGTTT-TATGACAAAACAAAAGG
* * * ** * * *
13309240 TTAATAATGATTTGAAATAGATAATCATTGAAATAACCATAATTATTTGAA-ATGATTTGGTAAA
192 -TCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG--TTAGTAAA
* * * *
13309304 TAGATTCATTTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTGTATTATTTTA
254 CAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-
*
13309369 ATT-TGAAT-AGCTTGTATGAACT-G-AAACGATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC-A
318 ATTCTGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAA
* * * * ** * * * *
13309429 TTTGAAATAGGTAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTACTTCAGCAAGTAAATTTATTT
382 TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAA-TATTTGAACTTGTTTAGTAA-CAGATTTATTT
* * * * *
13309494 TTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTTTTTTTTATTTC-AAAT
445 TTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTA--TTATTTTA-TTCAAAAT
* * * * * *
13309558 AAGTTTATATGAACT-GAAACAATCATTTTATAATA
506 AAGCTTGTATGAA-TAGAAAAAATTATTTTATGACA
* * * * * * * * *
13309593 GAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGGTAATTATTAAAATAG---GAACTAGTTTG---GTA
1 AAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTA-TTTGAACTTA
* * *
13309652 ---AAT----AGATTTATTTTTTAAATC-TTCTACTTATTAATTTTTGAAATACTAATAAATTAG
65 TTCAATAAAAAAATTTATTTTTTAAATCACT-TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG
* * * * ** * * *
13309709 TATTATTTTATTTCGATTAGGCTTGTATGATAAAAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGTT
129 TATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGA-ACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
* * * * * * * *
13309774 CATAATGATTTGAAATATACAATTGTTGAAATGGCCATAATTATTTGAA-TTGATTCAATAAACA
193 CATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TT-AGTAAACA
* **
13309838 GATTCACATTTT-AA---C-TACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTA--ATT-TTTCTCA
256 GATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTT-T-A
* * * * * * **
13309895 TTTTAAATAGGCTTGTATGAATTG-AAACAATTGTTTTA-GTACAAAACAAAAGATCAAAATGAT
319 TTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAAACAATTGTTTTATG-ACAAAACAAAAGGTCATAACAAT
* * * * * * ** * * * *
13309958 TTTAACTAAACAATTGTTTAAATAGTTGTAACTATTTGAATTTATTCAG-AACATATATTTATTT
383 TTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAA-TATTTGAACTTGTTTAGTAAC--AGATTTA-TT
* ** * ***
13310022 TTTTAAATCTATTGGTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTATTCTGGATA
444 TTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTCAAAATA
* * * *
13310087 AGCTTTTATGAACTA-AAACAATCATTTTATGTCA
507 AGCTTGTATGAA-TAGAAAAAATTATTTTATGACA
* * ** * *
13310121 AAATAAAAGGTCATAACAATTTTAAATA-AGTAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
1 AAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGA-TAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTT-
* ** * * * * * * * * *
13310185 CTT-GGTAAATAGATTTTTTTTTTAAAATCTCTTGCCTATGAATTTTTTGAAA-GTTAATATATT
64 ATTCAATAAAAAAATTTATTTTTT-AAATCACTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATT
* * * * * * *
13310248 AAG-ATTATGTTATTTCGAATAAGCTTGTATGATA-TCAAACAAATATTTTATG-----AC--TA
127 -AGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGA-ACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
* * ** **
13310304 -GTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTTTTAACTATTTGAA-TTGGTTTAACAA
190 GGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-G-TTAGTAA
* ** * * *** * *
13310367 ACACAAATA-TTTTTAAATCTCTTATTTATTAATTGTCAAAATATTATTAAAATAGTATTATTTT
253 ACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
* ** * * * *
13310431 -TAACCAAATAAGC-TGCTA-CAATCAG-AAACAATTATTATAT-AGCAAAA-AAAAGATCATAA
318 AT-TCTGAATAAGCTTG-TATGAAT-AGAAAACAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAGGTCATAA
* ** * * * *
13310490 CAATTTGAGATTCATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTAGCAAACAAATTTA
379 CAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAA-TATTTGAACTTGTTTAG-TAACAGATTTA
* * **
13310555 TTTTTTAGATCTTTTATTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTATTAATTTTATTTC-AA
442 TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-TTTAAATATTAATAAATTAGTATT-ATTTTA-TTCAAA
* * * *
13310619 ATAAACTTGTATG-ATAAAAAACAATTGTTTTATAACA
504 ATAAGCTTGTATGAATAGAAAA-AATTATTTTATGACA
* ** * * * * *
13310656 AAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATGGCCATAATTATTTTAACTGAT
1 AAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTAT
* * * ** *
13310721 TCGATAAACAATTTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTAGAAATATTAATAAATTAGTA
66 TCAATAAAAAAATTTATTTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTA
* * * * * * * * *
13310786 TTGTTTTATTTCGTATATGCTTGTATTAACTAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCAA
131 TTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
** * * * * *
13310851 AACAATTT----TA-ATAATTGTTTAAATAGTAATAACTATTTGCA-TATGTTTAGTAAATAGA-
196 AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TG-TTAGTAAACAGAT
* * * * * *
13310909 TT-TTTTTTCAATCTCTTTCTTATTAATTTTT-CAGATGTTAATAAATTAGTATCAATTTATT-T
259 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGA-ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT
* * * * * * * **
13310971 CAAATGAGCTTGTATGAA-ATG-AAACAATTGTTTTATGGCTAAATAAAATGTCAGAATGATTTG
323 -GAATAAGCTTGTATGAATA-GAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTG
* * * ** * * * *
13311034 AAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACCGTTTGAACTGGTTCAATAAACAAATTTATTTTTTT
386 AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAA-TATTTGAACTTGTTTAGT-AACAGATTTA-TTTTTT
* * * **
13311099 AAATC--TTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTTGTATTATTTTAGTCTGAATAAGCTT
448 AAATCTTTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAAAATAAGCTT
* * **
13311162 GTA-CAA-ACAAAATAATTGCTTTATGACA
512 GTATGAATAGAAAA-AATTATTTTATGACA
* * ** * * *
13311190 AAA-TAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATCATTC-ATTGAGTCTTAACTATTTGAACTGT
1 AAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-AGTCATAATTATTTGAACT-T
* * * * * *
13311253 TTTGGCAAT---TAGATTTATTTTTT---T-A---AC----T--TTCTTG----GTTATTAAATT
64 ATT--CAATAAAAAAATTTATTTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT
* ** ** *
13311298 AGTATTATTTTATTCCT-AATAAAATCGTATGAA-TAGAATCAATT-TTTTGATGACAAAACAAA
127 AGTATTATTTTATT-TTGAATAAGCTTATATGAACTA-AAACAATTGTTTT-ATGACAAAACAAA
* ** * * ** * *
13311360 AGGTTATAACAATTTGAAATTGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTT-AAAATGATTTGATC
189 AGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTAG-TA
* * * ** * *
13311424 AACAAATTTACTTTTTAAATCTCTTACTGATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAATATTGTTT
252 AACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTT
* * * * * * ** * *
13311489 TACTTC-AAACAAACTTATATGGACA-AAAATTATTCTTTTATGACAAAACATAAA-GTAATAAC
317 TA-TTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAAACAATTGTTTTATGACAAAACA-AAAGGTCATAAC
* * * * * * *
13311551 AATTTGAAA-AAATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAACTAGTTTGGTAAATAGAATTAT
380 AATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAA-TATTTGAACTTGTTTAGT-AACAGATTTAT
* * * * **
13311615 TTTTTAAATCTCTTAC--A--AATTTTTGTAATATTAATAAATTAGTTTTATCTTATTCCGAATA
443 TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAAAATA
* * *
13311676 AACTTGTAT-AAGCTA-AAATAATT-GTTTATGACA
507 AGCTTGTATGAA--TAGAAAAAATTATTTTATGACA
* * * * * * * * **
13311709 AAATAAAAGGTCATAATAATTTGAAATATATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATGTGAACTGGT
1 AAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTAT
**** ** * * * *
13311774 TTGGCAAATGAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATGAATTTTT-AGAATATTATTAAATTAGT
66 TCAATAAAAAAATTTATTTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGT
** * * * * * * * *
13311838 ATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAACAAAAATAATTGCTTTATGATAGAACAAAAGGTTA
130 ATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
** * * * * *
13311903 TAACAATTTGAAATAGGTAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAATG-CAGGCAAATAG
195 TAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT--TGTTA-GTAAACAG
** * * * *
13311967 ATTTATTTTTTAAATC-C---CTTGCTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATCAATTTATT-
257 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
* * * * *
13312027 TCAAATAAGTTTGTAT--ATTGAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACAATTT
322 T-GAATAAGCTTGTATGAATAG-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTT
13312090 CTTTTCAAAG
Statistics
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AAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTAT
TCAATAAAAAAATTTATTTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTA
TTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTAGTAAACAGATTT
ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAA
TAAGCTTGTATGAATAGAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATA
GATAATTATTCAAATAGTCATAATATTTGAACTTGTTTAGTAACAGATTTATTTTTTAAATCTTT
TACTTATTAATTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTATGAATA
GAAAAAATTATTTTATGACA
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Period size: 168 Copynumber: 1.9 Consensus size: 167
13306258 AACTATTTAA
* ** ** *
13306268 ATAGTCATAACTATTTAAACTAATTTGGTAAACCGATTTATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
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* *
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*
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* *
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* * * **
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*
13306563 TGTTTTATGACAAAACAA
128 TGTTATATGACAAAACAA
13306581 AATGCTATAG
Statistics
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0.85 0.11 0.03
Matches are distributed among these distances:
167 38 0.30
168 88 0.70
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.08, T:0.42
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ATAGCCATAACTATTTAAACTAATTTAATAAACAAATTTATTTTTAAATCACTTACTTATTAATT
TTTGAAAGATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAGATAAGCTTGATTGAACAAAAACAATTGT
TATATGACAAAACAACTTGAAATAGATAATTGTTGAC
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Alignment explanation
Indices: 13307361--13312085 Score: 2209
Period size: 181 Copynumber: 26.6 Consensus size: 179
13307351 ATCGGCACTC
* * ** *
13307361 TTACTTATTAATTTTTAGAATATT-ATAACTTTGGCAATATTTTACTTTG-AATAAGCTTGTATG
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** * * * * * * * *
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* * * * * * *
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* *
13307539 CTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTATATTATTTTCTTTGAAATAAGCTTGCATGA
1 -TTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGA
* *** * * * *
13307604 ACATAACCAACCGTTTTATGATAAAACAAAATGTCATAATATTTTGAAATAGATAATTGTTTAGA
65 ACATAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* ** * *
13307669 TAGTTATAACTATTTGAACATGTTTGGTAAACAGATTCATTTTTTAATTCT
129 TAGTCATAACTATTTGAACATGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCT
* * * ** * *
13307720 CTCACTCATTAATTTTAGGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCCAAT-AGCATAT-TG
1 -TTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATG
* * * * *
13307782 AAC-TAAGACAATTGTTTTATTACAAGACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATTATTATTCA
64 AACATAA-ACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAAC-ATTTGAAATAGATAATTGTTCA
** * ** * * *
13307846 GTTAGTCATGACTATTTGAATTTGTTCGGTAAACATATTTATCTTTTAAATCAT
127 AATAGTCATAACTATTTGAACATGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATC-T
* * * * * * * * *
13307900 TTACTTACTAATTGTTGAAATATTAATAAACTAATATTATTTTAATATGAAA-AACCTTATTTGA
1 TTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTATATTATTTT-ATTTGAAATAAGCTTGTATGA
* * * * * *
13307964 ATAGAAACTGA-TATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAA
65 ACATAAAC-AATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAAC-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
* * * * * *
13308028 ATAGCCATAA-TGATTTGAACGTGTTCAATAAATAGATTTATCTTTTAAATATT
128 ATAGTCATAACT-ATTTGAACATGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAAT-CT
* * * *
13308081 TTATTTATTAATTGTCTT--AATATTAATAAATTTGTATTATTGTATTTGAAATTAGCTTGTATG
1 TTACTTATTAATT-T-TTGGAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATG
* * * * * * * *
13308144 AATAGAAAAAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTTATAGCAATTTCAAATAGATAATTGTTCAA
64 AACATAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAAC-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
* * * * ** *
13308209 ATAGTCATAATTATTTAAATATTTTTTGTAAACAGATTCATTTTTTAAATCT
128 ATAGTCATAACTATTTGAACATGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCT
* * ** * *
13308261 CTAAATTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTGGTATTATTTTAATTCG-AATAAGCTTATATG
1 -TTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTATATTATTTT-ATTTGAAATAAGCTTGTATG
* * * * * * *
13308325 AAC-TAAA-ATTATTCTTTTATGACAAAACACAAGGTCATAACAATTTGAAGTAAATAATTATTT
64 AACATAAACA--ATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAAC-ATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * * * ** *
13308388 AAATAGTCATGACTATTTGATC-TAGCTTC-GTAAATATATTTATTTTAAAAATTTT
126 AAATAGTCATAACTATTTGAACAT-G-TTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAA-TCT
* * * **
13308443 TTATTTATT-ATTTGTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATG
1 TTACTTATTAATTT-TTGGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATG
* * * * * * * *
13308506 AATAGAAAAAATCATTTTATAACAGAACAAAAAGTCATAACGATTTGAATTTA-ATAATT-TGTC
64 AACATAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAAC-ATTTGAA-ATAGATAATTGT-TC
* ** *
13308569 AAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGGTTTAACAAATAGATTTATTTTTTAAATC-
126 AAATAGTCATAACTATTTGAACAT-GTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCT
* * *
13308622 -T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGA-TTAGTATTATTTTATTTTGAACA-AA-CTTATAT
1 TTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTA-TTTGAA-ATAAGCTTGTAT
* * * * * * **
13308682 GAACA-AACACATTTGTTTAATGACAAAACAAAAGGTCATAATGACTTGACCTAGATAATTGTTC
63 GAACATAA-ACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAA-CATTTGAAATAGATAATTGTTC
* ** * * * * *
13308746 AAATTGGAATAATTATTTAAAC-TAGTT-AGGTAAAAAAAATTATTTTTTAAATCT
126 AAATAGTCATAACTATTTGAACAT-GTTCA-GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCT
* ** * *
13308800 CTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATACACT-TTATTTTATTCTG-ACTAAGCTAGTAT
1 -TTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATT-TGAAATAAGCTTGTAT
* * * * * *
13308863 GAA-TTGAAAAAAATTGTTTTATGAC-AAACGAAAGGTCATAACATTTTGAAATAGATAATTGCT
63 GAACAT--AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACA-TTTGAAATAGATAATTGTT
* * * * * * *
13308926 CATATAGTCTTAAATATTTGAAC-TAGTTC-GACAAACAAATTTATTTTTT-ATTTT
125 CAAATAGTCATAACTATTTGAACAT-GTTCAG-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCT
* * * *
13308980 CTTAGC-TATTAATTTTTGAAATATTATTAGA-TTACTATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTATA
1 -TTA-CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATT-TGAAATAAGCTTGTA
* * * * * ** * *
13309042 TGAACATAAACAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTTATTATGATTTGAAGA-ATACAATTGTT
62 TGAACATAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCA-TAACATTTGAA-ATAGATAATTGTT
* *
13309106 CAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGGTTC-GATAAATAGCTTTATTTTTTAAATC-
125 CAAATAGTCATAACTATTTGAACAT-GTTCAG-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCT
* * *
13309160 -T-CTTATTAATTTTT-G------AA-AGA--T-TATT-TTAT-TTTG-AATAAGCTTGAATGAT
1 TTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGA-
* * * * * ** *
13309209 A-A-AAAC-ATTTTTTATATGACCAAACAAAAGGTTAATAATGATTTGAAATAGATAATCATTGA
65 ACATAAACAATTATTT-TATGACAAAACAAAATG-TCATAA-CATTTGAAATAGATAATTGTTCA
** * ** * * *
13309271 AATAACCATAATTATTTGAA-ATGATTTGGTAAATAGATTCATTTTTTAAATCAC
127 AATAGTCATAACTATTTGAACATG-TTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATC-T
*
13309325 TTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTGTATTATTTTAATTTG-AAT-AGCTTGTATGA
1 TTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTATATTATTTT-ATTTGAAATAAGCTTGTATGA
* * * * *
13309388 AC-TGAAACGATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACATTTGAAATAGGTAATTGTTCATA
65 ACAT-AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * * ** *
13309452 TAGTCTTAACTATTTGAAC-TACTTCAGCAAGTAAATTTATTTTTTAAATCT
129 TAGTCATAACTATTTGAACAT-GTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCT
* * * * * * *
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1 -TTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATT--TATATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTAT
* * * * * * * * * *
13309568 GAAC-TGAAACAATCATTTTATAATAGAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGGTAATTATTA
63 GAACAT-AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAA-CATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * *
13309632 AAATAG---GAACTA---G----T-TT-GGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCT
126 AAATAGTCATAACTATTTGAACATGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCT
* * * *
13309674 TCTACTTATTAATTTTTGAAATACTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCG-ATTAGGCTTGTAT
1 T-TACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTT-GAAATAAGCTTGTAT
* * * * * *
13309737 GATAAAAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAA-GTTCATAATGATTTGAAATATACAATTGTT
63 GA-ACATAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATG-TCATAA-CATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * * * * * **
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* *
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1 TTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTATATTATTT-T-ATTTGAAATAAGCTTGTATG
* * * * * * * *
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* ** ** * * *
13309976 TAAATAGTTGTAACTATTTGAATTTATTCAG-AACATATATTTATTTTTTTAAATCT
125 CAAATAGTCATAACTATTTGAACATGTTCAGTAA-ACAGATTTA-TTTTTTAAATCT
** * * * *
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1 -TTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTA-TATTA-TTTTATT-TGAAATAAGCTTGTA
* * * * *
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62 TGAACAT-AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAAC-ATTTGAAATAGA-TAATTGT
* * * *
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* * * * * * * *
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1 -TTACTTATTAATTTTTGGAATA-TTAATAAATTTATATTATTTTATTT-GAAATAAGCTTGTAT
* * * ** * *
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63 GAACAT-AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACATTTGAAATAGATAATTGTTCA
** * * ** * **
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* * *** * * ***
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* * * * **
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* * * *
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* * *** * *
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* * * * *
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* * * * *
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127 AATAGTCATAACTATTTGAACATG-TTCAG-TAAACAGA-TTTATTTTTTAAATCT
* * * * *
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1 -TTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTT-GAAATAAGCTTGTAT
* * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* * ** * *
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* * * * **
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* ** * * * ** *
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* ** * ** *
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* *** ** *
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1 TTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGA
* * * * * * *
13311330 ATAGAATCAATT-TTTTGATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATTGATAATTATTCAA
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* * * * * *
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* ** * * * * * * * *
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1 -TTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGA
* ** * * *
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* * ** * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * ** * *
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125 CAAATAGTCATAACTATTTGAACAT-GTTCAGTAAACAG-ATTTATTTTTTAAATCT
* * * * * *
13311802 CTTAGTTATGAATTTTTAGAATATTATTAAA-TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATG
1 -TTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATG
* * ** * * * * *
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64 AACATAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAAC-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
* *
13311931 ATAGTCATAACTATTTGAACTAATG--CAGGCAAATAGATTTATTTTTTAAATC-
128 ATAGTCATAACTATTTGAAC--ATGTTCA-GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCT
* ** * * * * * *
13311983 --CCTTGCTAATTCTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATCAATTTATTTCAAATAAGTTTGTAT-A
1 TTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGA
** * * *
13312044 TTGAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACA
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GTCATAACTATTTGAACATGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCT
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* *
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* * * *
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* *
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* * *
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*** * * * *
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*** *
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* * *** * * **
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* * * * ** * ** *
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* ** * ** * *
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** * ** *
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* * * * * *
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* * * * * * ** * * *
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* * * * * * **
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* ** * ** *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* ** * * *
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* *
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* *
13310615 TCAAATAAACTTGTATGATAA-AAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTG
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* * * * *
13310679 AAATAGATAATTGTTTAAATGGCCATAATTATTTTAACTGATTCGATAAACAA
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* * *
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** * * * *
13310794 TTTCGTATATGCTTGTAT--TAACTAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCAAAACAAT
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* * * * *
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* * * * *
13310908 A-TT-TTTTTTCAATCTCTTT-CTTATTAATTTTTC-AGATGTTAATAAATTAGTATCAA-TTTA
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* ** * * * * **
13310968 TTTCAAATGAGCTTGTATGA-AATGAAACAATTGTTTTATGGCTAAATAAAATGTCAGAATGATT
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* ** *
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* ** * *
13311087 ATTTATTTTTTTAAATC--TTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTTGTATT-ATTTTA-
1 ATTTA-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTATTAATTTTAT
* * * * * * **
13311148 GTCTGAATAAGCTTGTA-CA-AACAAAATAATTGCTTTATGACAAAATAAAGGTCATAATGATTT
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** * * * * * ** ** *
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* ** ** * *
13311265 ATTTATTTTTTTAA-CTTTCTTGGTTATTAAATTAGT-ATTATTTTATTCCTAATAAAATCGTAT
1 ATTTATTTTTTAAATC-TT-TTACTTATT-AATT-GTCA--A-AATA-T--TAATAAATTAGTAT
* ** * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * ** * * *
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1 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTATTAATTTTATT
* * * * * *
13311493 TCAAACAAACTTATATG--GACAAAA-ATTATTCTTTTATGACAAAACATAAA-GTAATAACAAT
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* * * * * * * *
13311554 TTGAAA-AAATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAACTAGTTTGGTAAATAGA
127 TTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAACA-A
* ** * * *
13311610 A-TTATTTTTTAAATCTCTTACAAATT-TTTGT---AATATTAATAAATTAGT-TTTATCTTATT
1 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTATTAATTTTATT
* * * * * *
13311669 CCGAATAAACTTGTAT-A-AGCTAAAATAATTG-TTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATAATTT
66 TCAAATAAGCTTGTATGATAAC-AAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGGTCATAACAATTT
* * * * * * ** **
13311731 GAAATATATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATGTGAACTGGTTTGGCAAATGA
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* * * * * * *
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* * * * * *
13311849 TCAAATAAACTTGTATG--AACAAAAATAATTGCTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAACAATTT
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* * ** * ** * *
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** * * * *
13311967 ATTTATTTTTTAAATCCCTTGCTAATT-CTTG---AAATATTAATAAATTAGTATCAA-TTTATT
1 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTATTAATTTTATT
* * * *
13312027 TCAAATAAGTTTGTAT-ATTGA-AAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACAATTT
66 TCAAATAAGCTTGTATGA-TAACAAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGGTCATAACAATTT
13312090 CTTTTCAAAG
Statistics
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0.71 0.16 0.13
Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (182 bp):
ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTATTAATTTTATT
TCAAATAAGCTTGTATGATAACAAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAGGTCATAACAATTTGA
AATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAACAA
Found at i:13310998 original size:355 final size:356
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Period size: 356 Copynumber: 4.5 Consensus size: 356
13310493 TTTGAGATTC
* *
13310503 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTAGCAAACAAATTTATTTTTTAGATCTT
1 ATAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTGGTTTAGCAAACAAATTTATTTTTCAGATCTT
* *
13310568 TTATTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTATTAATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGA
66 TTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTATCAATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGA
*
13310633 TAAAAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT-TAA
131 TAAAAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCAGAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCT-A
* ** * * *
13310697 ATGGCCATAATTATTTTAACTGATTCGATAAACAATTTTA-TTTTTTAAATTTCTTACTTATTAA
195 ATAGCCATAACCATTTGAACTGATTCAATAAACAAATTTATTTTTTTAAA--TCTTACTTATTAA
* * * * **
13310761 TTTTAGAAATATTAATAAATTAGTATTGTTTTA-TTTCGTATATGCTTGTATTAACTAAAAAAAT
258 TTTTAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAGTCT-GAATAAGCTTGTACAAAC-AAAAAAAT
*
13310825 TGTTTTATGACAAAACAAAATGTCAAAACAATTTTA
321 TGCTTTATGACAAAACAAAATGTCAAAACAATTTTA
* * * *
13310861 ATAATTGTTTAAATAGTAATAACTATTTGCATA-T-GTTTAGTAAATAGATTT-TTTTTCA-ATC
1 ATAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTG-A-ACTGGTTTAGCAAACAAATTTATTTTTCAGATC
* * * * *
13310922 TCTTT-CTTATTAATTTTTC-AGATGTTAATAAATTAGTATCAA-TTTATTTCAAATGAGCTTGT
64 T-TTTACTTATTAA-TTGTCAAAATATTAATAAATTAGTATCAATTTTATTTCAAATAAACTTGT
* ** * * * **
13310984 ATGA-AATGAAACAATTGTTTTATGGCTAAATAAAATGTCAGAATGATTTGAAATAGATAATTGT
127 ATGATAA-AAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCAGAACAATTTGAAATAGATAATTGT
* * * *
13311048 TCTAATAGTCTTAACCGTTTGAACTGGTTCAATAAACAAATTTATTTTTTTAAATCTTACTTATT
191 TCTAATAGCCATAACCATTTGAACTGATTCAATAAACAAATTTATTTTTTTAAATCTTACTTATT
* * * *
13311113 AATTTTTGAAATATTATTAAATTTGTATTATTTTAGTCTGAATAAGCTTGTACAAACAAAATAAT
256 AATTTTAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAGTCTGAATAAGCTTGTACAAACAAAAAAAT
* * * **
13311178 TGCTTTATGACAAAA-TAAAGGTCATAATGATTTGAAATA
321 TGCTTTATGACAAAACAAAATGTCAAAACAATTT----TA
** * ** * * ** *
13311217 GATAATCATTC-ATTGAGTCTTAACTATTTGAACTGTTTTGGCAATTAGATTTA--TTT----T-
1 -ATAATTGTTCAAAT-AGTAATAACTATTTGAACTGGTTTAGCAAACAAATTTATTTTTCAGATC
* * * * * * *
13311274 TTTAACTT-TCT--TGGT-----TA-T--TAAATTAGTAT-TATTTTATTCCTAATAAAATCGTA
64 TTTTACTTAT-TAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTATCAATTTTATTTCAAATAAACTTGTA
* * * * * * * * *
13311327 TGAAT-AGAATCAATTTTTTGATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATTGATAATTATT
128 TG-ATAAAAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCAGAACAATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * * * * ** * * *
13311391 CAAATAGTCAAAACTATTTAAAATGATTTGATCAACAAATTTA-CTTTTTAAATCTCTTACTGAT
192 CTAATAGCCATAACCATTTGAACTGATTCAATAAACAAATTTATTTTTTTAAA--TCTTACTTAT
** * * * * * * * ***
13311455 TAATTTTTTAAATATTAATAAATTAATATTGTTTTACT-TCAAACAAACTTATATGGACAAAAAT
255 TAATTTTAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAGTCT-GAATAAGCTTGTACAAACAAAAA-
* *
13311519 TATT-CTTTTATGACAAAACATAAA-GT-AATAACAATTTGAAAAA
318 AATTGC-TTTATGACAAAACA-AAATGTCAA-AACAATTT----TA
* * * * * * * *
13311562 ATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAACTAGTTTGGTAAATAGAA-TTATTTTTTAAATCT
1 ATAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTGGTTTAGCAAACA-AATTTATTTTTCAGATCT
* ** * ** * * * *
13311626 CTTACAAATT-TTTGT---AATATTAATAAATTAGT-TTTATCTTATTCCGAATAAACTTGTATA
65 TTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTATCAATTTTATTTCAAATAAACTTGTATG
*** * * * * * *
13311686 AGCTAAAATAATTG-TTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATAATTTGAAATATATAATTGTTC-A
130 ATAAAAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCAGAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCTA
* * * * * **** ** * *
13311749 TATAGTCTTAACTATGTGAACTGGTTTGGCAAATGAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTAGTTATGA
195 -ATAGCCATAACCATTTGAACTGATTCAATAAACAAATTTATTTTTTTAAA--TCTTACTTATTA
* * * * **
13311813 ATTTTTAG-AATATTATTAAATTAGTATTATTTTA-TTTCAAATAAACTTGTATGAACAAAAATA
257 A-TTTTAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAGTCT-GAATAAGCTTGTACAAACAAAAA-A
* * * * *
13311876 ATTGCTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATA
319 ATTGCTTTATGACAAAACAAAATGTCAAAACAATTT----TA
* * ** ** * * * *
13311918 GGTAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAATGCAGGCAAATAGATTTATTTTTTAAATC
1 -ATAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTGGTTTA-GCAAACAAATTTATTTTTCAGATC
** * * * **
13311983 CCTTGCTAATT-CTTG---AAATATTAATAAATTAGTATCAA-TTTATTTCAAATAAGTTTGTAT
64 TTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTATCAATTTTATTTCAAATAAACTTGTAT
* * * * *
13312043 -ATTGAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACAATTT
129 GA-TAAAAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCAGAACAATTT
13312090 CTTTTCAAAG
Statistics
Matches: 963, Mismatches: 205, Indels: 121
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
341 9 0.01
342 106 0.11
343 59 0.06
344 53 0.06
345 17 0.02
346 6 0.01
349 2 0.00
350 1 0.00
351 8 0.01
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353 22 0.02
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360 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (356 bp):
ATAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTGGTTTAGCAAACAAATTTATTTTTCAGATCTT
TTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTATCAATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGA
TAAAAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCAGAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCTAA
TAGCCATAACCATTTGAACTGATTCAATAAACAAATTTATTTTTTTAAATCTTACTTATTAATTT
TAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAGTCTGAATAAGCTTGTACAAACAAAAAAATTGCTT
TATGACAAAACAAAATGTCAAAACAATTTTA
Found at i:13312400 original size:26 final size:27
Alignment explanation
Indices: 13312349--13312400 Score: 63
Period size: 26 Copynumber: 1.9 Consensus size: 27
13312339 AAATAGATAA
*
13312349 TTGTTCACATAACCATAATTATTTTAAC
1 TTGTTCACATAA-CATAATTAATTTAAC
13312377 TTGTTCA-ATAA-ATAGATTAATTTA
1 TTGTTCACATAACATA-ATTAATTTA
13312401 TTCAAATCTT
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 1, Indels: 4
0.81 0.04 0.15
Matches are distributed among these distances:
25 3 0.14
26 8 0.36
27 4 0.18
28 7 0.32
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.06, T:0.44
Consensus pattern (27 bp):
TTGTTCACATAACATAATTAATTTAAC
Found at i:13312646 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 13312100--13313360 Score: 1084
Period size: 181 Copynumber: 7.0 Consensus size: 180
13312090 CTTTTCAAAG
** * * * *
13312100 AAGCTTGTATGCTAA-A-AAACAATTGCTTTATGACAAAA-ATAAAGATAATTACGATTTAAAAT
1 AAGCTTGTATG--AATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACA-AAAGGTCATAACGATTTGAAAT
* * * * * *
13312162 AGATAATTATTCAAGTGGCCATAATTATTTGAATTGATTCAGTAAACTAATTTATTTTTTAAACC
63 AGATAATTATTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAA-TAATTTATTTTTTAAACT
* * * * * *
13312227 TCTAACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTGTTATTTTATTTTGGAT
127 TCTTACTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAAT
* * * * * * * * * *
13312281 AAGCTTTTATTAACAAAAACAATTATTTTATTAGAAAACAAAAGTTTATGACGATTTTAAATAGA
1 AAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGA
* * * * * * * * *
13312346 TAATTGTTCACATAACCATAATTATTTTAACTTGTTCAATAAATAGATTAATTTATTCAAATCTT
66 TAATTATTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAATA-ATTTATTT-TTTAAA-CTT
* * *
13312411 C-TACTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAT
128 CTTACTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAAT
* * * * *
13312463 AAGCTTGTATGAATTGAAACAATTATTTTATGACTAAATAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGA
1 AAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGA
* * ** * * *
13312528 TAATTATTCTAATAGCCTTAACTATTTGAACTAATTCGGCAAACACATTTATTTTTTAAACTTCT
66 TAATTATTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAATA-ATTTATTTTTTAAACTTCT
* * * *
13312593 TACTTATTAATTTTTTAAAAATTATTAAATTAGTATTATTTT-TATCTAAAT
130 TACTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAAT
* * * * ** *
13312644 AAGCTTGTATG-ATCAGAATCAATTATTTTATGACAAAAC-AAAGATAATAACGATGTGAGCTTG
1 AAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAG
* * * ** *
13312707 ATATTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAAAAAATAACTTTAGTTTTTAAA-TCT
65 ATAATTATTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAATAA-TTTATTTTTTAAACT-T
* * * *
13312771 CTTACTTACTAATTTTTTGAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTCGGAT
128 CTTACTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAAT
* * * * * * * *
13312824 AAGTTTTTATGAATTGAAACAATTGTTTTTTGACAAAACAAAATGTCACAATGATTT-AAAGTAG
1 AAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA-TAG
* * * * *
13312888 ATAA-TAGTTCAAATGGACATGACTATTTGAACTTGTTC-GATAAACAAATTTATTTTTTAAA--
65 ATAATTA-TTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTGGTTCAG-TAAA-TAATTTATTTTTTAAACT
* *
13312949 TCTTAAACTTATTAA-TTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAC
127 TCTT--ACTTATTAATTTTTTA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAAT
* * * * * *
13313005 AAACTTGTATCAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAA
1 AAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGA
* * * * * *
13313070 TATTTATTTAAATAGTCATACCTATTTGAACTTGCTT-AGTAAATATATTTATTTTTTAAATCAT
66 TAATTATTCAAATAGCCATAACTATTTGAAC-TGGTTCAGTAAATA-ATTTATTTTTTAAA-CTT
* *
13313134 -TTACTTATTAATTTTTAAAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAAT
128 CTTACTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAAT
* * * * * ** * * *
13313186 AAACTTTTATTAACAAAAACAATTGGTTTATGATAAAACAAAAGGCCATAATGATTTGAAATAGA
1 AAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGA
* * * * *
13313251 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-AAATGTGCTCAGAAAATAGATTTATTTTTTAAACTT-
66 TAATTATTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTG-GTTCAGTAAATA-ATTTATTTTTTAAACTTC
* * *
13313314 TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAGTAAATTCA-TTTTATTTTATTT
129 TTACTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTT
13313361 TATTCATAAT
Statistics
Matches: 866, Mismatches: 181, Indels: 67
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
179 10 0.01
180 201 0.23
181 496 0.57
182 153 0.18
183 5 0.01
184 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
AAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGA
TAATTATTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAATAATTTATTTTTTAAACTTCTT
ACTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAAT
Found at i:13312915 original size:361 final size:359
Alignment explanation
Indices: 13312116--13313361 Score: 1250
Period size: 362 Copynumber: 3.4 Consensus size: 359
13312106 GTATGCTAAA
* * * * * * *
13312116 AAACAATTGCTTTATGACAAAA-ATAAAGAT-AATTACGATTTAAAATAGATAATTATTCAAGTG
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACA-AAAGGTCAA-AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* * * *
13312179 GCCATAATTATTTGAATTGATTCAGTAAACTAATTTATTTTTTAAACCTCTAACTTATTAATTTT
64 GCCATAACTATTTGAACT-ATTCAGTAAAC-AATTTATTTTTTAAACTTCTTACTTATTAATTTT
* * * * *
13312244 TGAAATATTAATAAAGTAGTGTTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATTAA-CAAAAACAATTATT
127 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTA-TAATCAGAAACAATTATT
* * * * * * * * ** *
13312308 TTATTAGAAAACAAAAGTTTATGACGATTTTAAATAGATAATTGTTCACATAACCATAATTATTT
191 TTATGACAAAACAAAAGATAATAACGATTTGAAATAGATATTTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * *
13312373 TAACTTGTTCAATAAATAGA-TTAATTTATTCAAATCTTCTACTTATTAATTTTTTGAATGTTAA
256 GAACTGGTTCAATAAATAGATTTAATTT-TT-AAATCTT-TACTTATTAATTTTTTGAATATTAA
* *
13312437 TAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATTG
318 TAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTTTATGAATTG
* * * *
13312479 AAACAATTATTTTATGACTAAATAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGC
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGC
* * * *
13312544 CTTAACTATTTGAACTAATTCGGCAAACACATTTATTTTTTAAACTTCTTACTTATTAATTTTTT
66 CATAACTATTTGAACT-ATTCAGTAAACA-ATTTATTTTTTAAACTTCTTACTTATTAATTTTTG
* * * * * *
13312609 AAAAATTATTAAATTAGTATTATTTT-TATCTAAATAAGCTTGTATGATCAGAATCAATTATTTT
129 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTTGAATAAGCTTGTATAATCAGAAACAATTATTTT
* ** *
13312673 ATGACAAAAC-AAAGATAATAACGATGTGAGCTTGATATTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
193 ATGACAAAACAAAAGATAATAACGATTTGAAATAGATATTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * *
13312737 ACTGGTTCAAAAAATA-ACTTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTACTAATTTTTTGAATATTAATAA
258 ACTGGTTCAATAAATAGA-TTTAATTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAA
* * *
13312801 AATAGTATTATTTTATTTCGGATAAGTTTTTATGAATTG
321 ATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTTTATGAATTG
* * * *
13312840 AAACAATTGTTTTTTGACAAAACAAAATGTCACAATGATTT-AAAGTAGATAA-TAGTTCAAATG
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAA-TAGATAATTA-TTCAAATA
* * *
13312903 GACATGACTATTTGAACTTGTTC-GATAAACAAATTTATTTTTTAAA--TCTTAAACTTATTAAT
64 GCCATAACTATTTGAAC-TATTCAG-TAAAC-AATTTATTTTTTAAACTTCTT--ACTTATTAAT
* *
13312965 TTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAACAAACTTGTATCAAT-AGAAACAAT
124 TTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTAT-AATCAGAAACAAT
* * * * * * *
13313028 TGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATATTTATTTAAATAGTCATACCT
187 TATTTTATGACAAAACAAAAGATAATAACGATTTGAAATAGATATTTGTTCAAATAGTCATAACT
* * * * ** *
13313093 ATTTGAACTTGCTT-AGTAAATATATTTATTTTTTAAATCATTTACTTATTAATTTTTAAAATTT
252 ATTTGAAC-TGGTTCAATAAATAGATTTAATTTTTAAATC-TTTACTTATTAATTTTTTGAATAT
* * ***
13313157 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTTTATTAACAA
315 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTTTATGAATTG
* * * * * *
13313202 AAACAATTGGTTTATGATAAAACAAAAGGCCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGC
* * * *
13313267 CATAACTATTT-AAATGTGCTCAGAAAATAGATTTATTTTTTAAACTT-TTACTTATTAATTTTT
66 CATAACTATTTGAACTAT--TCAGTAAACA-ATTTATTTTTTAAACTTCTTACTTATTAATTTTT
* *
13313330 GAAATATTAGTAAATTCA-TTTTATTTTATTTT
128 GAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTT
13313362 ATTCATAATA
Statistics
Matches: 732, Mismatches: 119, Indels: 66
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
359 4 0.01
360 10 0.01
361 266 0.36
362 269 0.37
363 179 0.24
364 4 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (359 bp):
AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGC
CATAACTATTTGAACTATTCAGTAAACAATTTATTTTTTAAACTTCTTACTTATTAATTTTTGAA
ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATAATCAGAAACAATTATTTTATG
ACAAAACAAAAGATAATAACGATTTGAAATAGATATTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
GGTTCAATAAATAGATTTAATTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAG
TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTTTATGAATTG
Found at i:13313166 original size:542 final size:542
Alignment explanation
Indices: 13312114--13313360 Score: 1320
Period size: 542 Copynumber: 2.3 Consensus size: 542
13312104 TTGTATGCTA
* * * * * *
13312114 AAAAACAATT-GCTTTATGACAAAA-ATAAAGATAATTACGATTTAAAATAGATAATTATTCAAG
1 AAAAACAATTAG-TTTATGACAAAACA-AAAGACAATAACGATGTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * * * * * * *
13312177 TGGCCATAATTATTTGAATTGATTCAGTAAACTAATTTATTTTTTAAACCTCTAACTTATTAATT
64 TAGTCATAACTATTTGAAATGGTTCA-AAAAATAATTTATTTTTTAAA-CTCTTACTTATTAATT
* * * *
13312242 TTTGAAATATTAATAAAGTAGTGTTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATTAACAAAAACAATTAT
127 TTTGAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTCGGATAAGCTTTTATGAACAAAAACAATTAT
* * ** * * *
13312307 TTTATTAGAAAACAAAAGTTTATGACGATTTTAAATAGATAATTGTTCACATAACCATAATTATT
192 TTTATTACAAAACAAAAGTTCACAACGATTTTAAATAGATAATAGTTCAAATAACCATAACTATT
* * * ** * *
13312372 TTAACTTGTTCAATAAATAGATTAATTTATTCAAATCTTCTACTTATTAATTTTTTGAATGTTAA
257 TGAACTTGTTCAATAAACAAATTAATTTATTCAAATCTTAAACTTATTAATTTTTAGAATATTAA
* * * * * *
13312437 TAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTATTTTATGACTAAAT
322 TAAATTAGTATTATTTTATTTCAAACAAACTTGTATCAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAAC
* ** * * *
13312502 AAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGCCTTAACTATTTGAACTAATTCGG
387 AAAAGATCAAAACAATTTGAAATAAATAATTATTCTAATAGCCATAACTATTTGAACTAATTCAG
* *
13312567 CAAACACATTTATTTTTTAAACTTCTTACTTATTAATTTTTTAAAAATTATTAAATTAGTATTAT
452 CAAACACATTTATTTTTTAAACATCTTACTTATTAATTTTTTAAAAATTAATAAATTAGTATTA-
* *
13312632 TTTTATCT-AAATAAGCTTGTATGATC
516 TTTTATCTCAAATAAACTTGTATGAAC
* * * * ** * *
13312658 AGAATCAATTATTTTATGACAAAAC-AAAGATAATAACGATGTGAGCTTGATATTTGTTCAAATA
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* * *
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66 GTCATAACTATTTGAAATGGTTCAAAAAATAA-TTTATTTTTTAAA-CTCTTACTTATTAA-TTT
* *** *
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128 TTGAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTCGGATAAGCTTTTATGAACAAAAACAATTATT
* * *
13312851 TT-TTGACAAAACAAAA-TGTCACAATGA-TTTAAAGTAGATAATAGTTCAAATGGA-CATGACT
193 TTATT-ACAAAACAAAAGT-TCACAACGATTTTAAA-TAGATAATAGTTCAAAT-AACCATAACT
* * *
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** *
13312976 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAACAAACTTGTATCAATAGAAACAATTGTTTTATGACAA
319 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAACAAACTTGTATCAATAGAAACAATTATTTTATGACAA
* * * * **
13313041 AACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATATTTATT-TAAATAGTCATACCTATTTGAACTTGC
384 AACAAAAGATCAAAACAATTTGAAATAAATAATTATTCT-AATAGCCATAACTATTTGAAC-TAA
* * * *
13313105 TT-AGTAAATATATTTATTTTTTAAATCAT-TTACTTATTAA-TTTTTAAAATTTTAATAAATTA
447 TTCAGCAAACACATTTATTTTTTAAA-CATCTTACTTATTAATTTTTTAAAA-ATTAATAAATTA
* * * *
13313167 GTATTATTTTATTTCGAATAAACTTTTATTAAC
510 GTATTATTTTATCTCAAATAAACTTGTATGAAC
* * * * * *
13313200 AAAAACAATTGGTTTATGATAAAACAAAAGGCCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
1 AAAAACAATTAGTTTATGACAAAACAAAAGACAATAACGATGTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * *
13313265 GTCATAACTATTT-AAATGTGCTCAGAAAATAGATTTATTTTTTAAACTTTTACTTATTAATTTT
66 GTCATAACTATTTGAAATG-GTTCAAAAAATA-ATTTATTTTTTAAACTCTTACTTATTAATTTT
* * *
13313329 TGAAATATTAGTAAATTCA-TTTTATTTTATTT
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13313361 TATTCATAAT
Statistics
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TTAGTATTATTTTATTTCAAACAAACTTGTATCAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAA
GATCAAAACAATTTGAAATAAATAATTATTCTAATAGCCATAACTATTTGAACTAATTCAGCAAA
CACATTTATTTTTTAAACATCTTACTTATTAATTTTTTAAAAATTAATAAATTAGTATTATTTTA
TCTCAAATAAACTTGTATGAAC
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* * ** * * * *
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* * *
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* * * * * *
13313614 AAATAATTGTTATATGACCAAACAAAAGGTAATATTGATTTTAAATCGATAA
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* * * * * ** *
13313666 TTGTTGAAATGACCATAATTATTTGAA-CTGATTCGGTAAACAAAATCATTTTTCAAA--TC--A
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* * *
13313726 CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCCTGTATGAACTA
64 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTAT-AATTA
** * *
13313791 AAACAATTGTTTTATGAGTAAACCAAATGTCATAATGATTTTAAATAGATAA
128 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAA
* *
13313843 TTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAATTTGTTCCATAAACAAATTAATTTTTTTAAA-CTCTTG
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* * * *
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* * *
13313972 AACAATTGTTTTATGTCAAAATAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAAATAA
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* * * * * * * * *
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** *
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65 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT
13314115 TGGACATAAT
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TTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAATTTGTTCCATAAACAAATTATTTTTCAAATCTCTTACT
TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATAATTAAAA
CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAA
Found at i:13315160 original size:181 final size:181
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13314134 AAACAATTTG
* * ** * * * * *
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* * * * **
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* * * * * * ** *
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* * * * * * * * * **
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* * *
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* * * * ** * ** * *
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* * ** * * * * ** * *
13314506 ATGGTCACAATGATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGTCTTAATTATTTGAACCGGTTTAACA
1 AAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAATA
* * * * * * ** * * * * *
13314571 ATTAAATTAAGTTTGT-AATTTCTTGGTTATTAA-GTTTCATAATATTATTAAATTAGTGTTTTT
66 AATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATT
* ** * * * * ** * *
13314634 TTATTTTGAATAAAATAGTATAAAC-AAAATCAATTGTTTGATGACAAAATAA
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* * ** * * * * ***
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1 AAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAATA
* * * * * * * *
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* * * * * * ** ** *
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** * *** * * * * **
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1 AAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAA-CTA-TTTGAACT-AGTTCA
* * * * *
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* * * * * * *
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* * * ** * * **
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* * * *
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** *** **
13315178 TA-TTCTGAATAAGCTTGTATGAGCAT-AAACAATTGTTTTATGATTGAACTT
131 TATTTC-GAATAAGCTTGTATGAGC-TGAAACAATCATTTTATGACAAAACAA
* * *
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* * *
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* * * *
13315354 TTATTTTGAATAAACTTGTA--AGTTGAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAA
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* * * * * * * *
13315406 AAGGTAATAACTATTTGAAATAGATAGTTATTTAAATGGCCATAATTATTTGAACT-GATTCAAT
1 AAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTCAAT
* * * *
13315470 ATACTA-ATTTATTTTTTAAATCTATTACTTATTAATTTTTGAAATATTACTAAAGTAGTATTAT
65 A-AATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * ** *
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129 TTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAGCTGAAACAATC-ATTTTATGACAAAACAA
* ** * *
13315587 ATGGTCATAATGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTA-TTCAAT
1 AAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TAGTTCAAT
* *
13315651 AAATAGATTTATTTTTTCAAATCT-TATGCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATT
65 AAATAGATTTATTTTTT-AAATCTCT-TACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * * ** * * * *
13315714 ATTTTCTTCCAAATAAGTTTGCATGAATTGAAACAATTATTATATGACTAAAGAA
127 ATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAGCTGAAACAATCATTTTATGACAAAACAA
* * ** ** * * ** * ** *
13315769 AAGGTTAGAATGATTTGAAATTGATAAGTATTCTAATAGTGTTAACTATTTGAACTGGTTTGACA
1 AAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAATA
* * * *
13315834 AATACATTTATTTTTTGAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTT
66 AATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TT
* * * * * *
13315895 TTACTT-GAATAAGCTTGTATGATCAGAAACAATTATTTTTTGAGAAAAC-A
130 TTATTTCGAATAAGCTTGTATGAGCTGAAACAATCATTTTATGACAAAACAA
* * * ** * * * * * ***
13315945 AAGATCAGAACAATTTTAAATTGATATTTATTCAAATAGTCATAGCCATTTGAATTGGTT-TGGA
1 AAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAATA
* * ** ** * * *
13316009 AATAGTTTTAGTTTTTAAAAATCTTGGTTATAAATTTTTGCAATATTAATAAAGTAGTATTATTT
66 AATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTT
* * * * * * * *
13316074 TATTTTGGATAAGTTTTTATTAACTAAAACAATTATTTTATGACAAAACAA
131 TATTTCGAATAAGCTTGTATGAGCTGAAACAATCATTTTATGACAAAACAA
* *** *
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Statistics
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* * **
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* * ** ** * *
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* * * * * * * ** * *
13314967 TTTTTGAAATATTAATAAATTAGT-TTCATTCTATTTCGAACAAGTTTGTATGAGCTG-AAATAA
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* * * * * * * * * * * **
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* * *
13315094 CTATTTGAATTAGTTCAGCAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTCATTTTTTAAATA
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*
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* *** * * *
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*** *
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* * * *
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* *
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* * * * * *
13315526 AGTATTA-TTTTATTTTGGATAAGTTTTTCTGAATT
315 AGTATTATTTTTA-CTTGAATAAGCTTGTATG-ATC
* * * *
13315561 AAAACAACTATTTTATGACAAAACAAATGGTCATAATGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAG
1 AAAACAATTATTTTATGACAAAACAAA-GGTCATAATAATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAG
13315626 TCATAACTATTTGAACTTA-TTCAATAAA-TAGATTTATTTTTTCAAATCTTATGCTTATTAATT
65 TCATAACTATTTGAAC-TAGTTCAATAAACT-GATTTATTTTTT-AAATC---T-CTTATTAA-T
* * * * **
13315689 TTTTGAATG-TTAATAAATTAGTATTATTTTCTTCCAAATAAGTTTGCATGAA-TTG-AAACAAT
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* * * * **
13315751 TATTATATGACTAAAGAAAAGGTTAGAA-TGATTTGAAATTGATAAG-TATTCT-AATAGTGTTA
184 TATTATATGACAAAACAAAAGGTAAGAACT-ATTTGAAATAGAT-AGTTATT-TAAATAGCCTTA
* *
13315813 ACTATTTGAACTGGTTTGACAAATACATTTATTTTTTGAATCTCTTATTAATTTTTGGAATATTA
246 ACTATTTGAACT-G-TT-ACAAATACATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTA
13315878 TTAAATTAGTATTATTTTTACTTGAATAAGCTTGTATGATC
308 TTAAATTAGTATTATTTTTACTTGAATAAGCTTGTATGATC
* * * * * * *
13315919 AGAAACAATTATTTTTTGAGAAAACAAAGATCAGAACAATTTTAAATTGATATTTATTCAAATAG
1 A-AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAGGTCATAATAATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAG
* *
13315984 TCATAGCCATTTGAA
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13315999 TTGGTTTGGA
Statistics
Matches: 649, Mismatches: 107, Indels: 86
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (348 bp):
AAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAGGTCATAATAATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGT
CATAACTATTTGAACTAGTTCAATAAACTGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTCTTGAAAG
ATTAATAAATTACTATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTAAGTTGAAAACAATTATTATATGACA
AAACAAAAGGTAAGAACTATTTGAAATAGATAGTTATTTAAATAGCCTTAACTATTTGAACTGTT
ACAAATACATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTT
TACTTGAATAAGCTTGTATGATC
Found at i:13316104 original size:538 final size:535
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Indices: 13314956--13316166 Score: 1299
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13314946 TCTAAATCTC
* * * * * * *
13314956 TTACTCATAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGT-TTCATTCTATTTCGAACAAGTTTGTATGA
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* * * * * * * * *
13315020 GCTGAAATAATCATGTTATGATAAAATAAAAGGTCACAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCATA
65 ACTAAAACAAT-ATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAAATAATTGTTCAAA
** * * *
13315085 TAAACTTAACTATTTGAATTAGTTCAGCAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTCATT
129 TAGTCATAACTATTTGAATTAGTTCAACAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATT
* ** * *
13315150 TTTTAAATATTATTAAATTAGTATTATTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAGCATAAACAATTGTT
194 TTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTATTCCAAATAAGCTTGCATGA-CATAAACAATTATT
* * * ** * *
13315215 TTATGATTGAACTTAAGGTTATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT
258 ATATGACTAAACAAAAGGTTAGAATAATTTGAAATAGATAAGTATTCAAATAGTCATAACTATTT
* *
13315280 GAACTAGTTCAATAAACTGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTCTTGAAAGATTAATAAATT
323 GAACTAGTTCAACAAACTCATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTCTTGAAAGATTAATAAATT
* * * *
13315345 ACTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTAAGTTGAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGG
388 ACTATTATTTTATCTTGAATAAACTTGTAAGATCAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGA
* * * * **
13315410 TAATAACTATTTGAAATAGATAGTTATTTAAATGGCCATAATTATTTGAACTGATTCAATATACT
453 TAAGAACAATTTGAAATAGATAGTTATTCAAATAGCCATAACCATTTGAACTGATTCAATATACT
* **
13315475 AATTTATTTTTTAAATCTA
518 -ATTTAGTTTTTAAAAATA
* * *
13315494 TTACTTATTAATTTTTGAAATATTACTAAAGTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGTTTTTCTGAA
1 TTACTTATAAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGTTTTTATGAA
* * **
13315559 TTAAAACAACTATTTTATGACAAAACAAATGGTCATAATGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAAT
66 CTAAAACAA-TATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAAATAATTGTTCAAAT
*
13315624 AGTCATAACTATTTGAACTTA-TTCAATAAATAGATTTATTTTTTCAAA--TCTTATGCTTATTA
130 AGTCATAACTATTTGAA-TTAGTTCAACAAATAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTA-G-TTATTA
* * * *
13315686 ATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTCTTCCAAATAAGTTTGCATGA-ATTGAAACAA
191 ATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTATTCCAAATAAGCTTGCATGACA-T-AAACAA
* * * * **
13315750 TTATTATATGACTAAAGAAAAGGTTAGAATGATTTGAAATTGATAAGTATTCTAATAGTGTTAAC
253 TTATTATATGACTAAACAAAAGGTTAGAATAATTTGAAATAGATAAGTATTCAAATAGTCATAAC
* ** * * * * *
13315815 TATTTGAACTGGTTTGACAAA-TACATTTATTTTTTGAATCTCTTATTAATTTTTGGAATATTAT
318 TATTTGAACTAGTTCAACAAACT-CATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTCTTGAAAGATTAA
* * * * * *
13315879 TAAATTAGTATTATTTT-TACTTGAATAAGCTTGTATGATCAGAAACAATTATTTTTTGAGAAAA
382 TAAATTACTATTATTTTAT-CTTGAATAAACTTGTAAGATCAAAAACAATTATTTTATGACAAAA
* * * * * * * *
13315943 C-AAAGATCAGAACAATTTTAAATTGATATTTATTCAAATAGTCATAGCCATTTGAATTGGTTTG
446 CAAAAGATAAGAACAATTTGAAATAGATAGTTATTCAAATAGCCATAACCATTTGAACT-GATT-
* * *
13316007 GAA-ATAGT-TTTAGTTTTTAAAAATC
509 CAATATACTATTTAGTTTTTAAAAATA
** * *
13316032 TTGGTTATAAATTTTTGCAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGTTTTTATTAA
1 TTACTTATAAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGTTTTTATGAA
* * ***
13316097 CTAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAACTTTAAATTGTTAATTGTTCAAAT
66 CTAAAACAA-TATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAAATAATTGTTCAAAT
13316162 AGTCA
130 AGTCA
13316167 AATCTAATGC
Statistics
Matches: 552, Mismatches: 108, Indels: 26
0.80 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
537 5 0.01
538 270 0.49
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540 189 0.34
541 2 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (535 bp):
TTACTTATAAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGTTTTTATGAA
CTAAAACAATATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATA
GTCATAACTATTTGAATTAGTTCAACAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTT
TTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTATTCCAAATAAGCTTGCATGACATAAACAATTATTATA
TGACTAAACAAAAGGTTAGAATAATTTGAAATAGATAAGTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
CTAGTTCAACAAACTCATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTCTTGAAAGATTAATAAATTACT
ATTATTTTATCTTGAATAAACTTGTAAGATCAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATAA
GAACAATTTGAAATAGATAGTTATTCAAATAGCCATAACCATTTGAACTGATTCAATATACTATT
TAGTTTTTAAAAATA
Found at i:13316306 original size:141 final size:141
Alignment explanation
Indices: 13316041--13316298 Score: 324
Period size: 141 Copynumber: 1.8 Consensus size: 141
13316031 CTTGGTTATA
* * * * *
13316041 AATTTTTGCAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGTTTTTATTAACTAAAACAA
1 AATTTTTGCAATATTAATAAAGTAGTATTATTGTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAA
* * * * *
13316106 TTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAACTTTAAATTGTTAATTGTTCAAATAGTCAAATC
66 TTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCAGAACAACTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAATC
13316171 TAATGCTTGTT
131 TAATGCTTGTT
* * *
13316182 AATTTTT-CAAATGTTAATAAATTAGTATTGA-TGTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAAT
1 AATTTTTGC-AATATTAATAAAGTAGTATT-ATTGTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAAC
* * *
13316245 AATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCAGAACAA-TCTGAAATAGATAATTATTC
64 AATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCAGAACAACT-TGAAATAGATAATTATTC
13316299 TATTAGTCTT
Statistics
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0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
140 2 0.02
141 95 0.97
142 1 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.11, T:0.40
Consensus pattern (141 bp):
AATTTTTGCAATATTAATAAAGTAGTATTATTGTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAA
TTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCAGAACAACTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAATC
TAATGCTTGTT
Found at i:13316631 original size:497 final size:495
Alignment explanation
Indices: 13315667--13316658 Score: 1107
Period size: 497 Copynumber: 2.0 Consensus size: 495
13315657 ATTTATTTTT
* ** *
13315667 TCAAATCTTATGCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTCTTCCAAATAAGT
1 TCAAATCTAATGCTTATTAATTTTTCAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTCTT-CAAATAAGC
* * * * ** * *
13315732 TTGCATGAATTGAAACAATTATTATATGACTAAAGAAAAGGTTAGAATGATTTGAAATTGATAAG
65 TTGCATGAACTAAAACAATTATTATATGACTAAACAAAAGGTCAGAACAATCTGAAATAGATAAG
* * * *
13315797 TATTCTAATAGTGTTAACTATTTGAACTGGTTTGACAAATACATTTATTTTTTGAATCTCTTATT
130 TATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCGACAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTATT
* **
13315862 AATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTACTTGAATAAGCTTGTATGATCAGAAACAA
195 AATTTTTGGAATATTATTAAATTAGCATTATTTTTACTTGAATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAA
* * * * *
13315927 TTATTTTTTGAGAAAACAAAGATCAGAACAATTTTAAATTGATATTTATTCAAATAGTCATAGCC
260 CTATTTTATGAGAAAACAAAGATCAGAAAAATTTGAAATAGATATTTATTCAAATAGTCATAGCC
* * * * * * ***
13315992 ATTTGAATTGGTTTGGAAATAGTTTTAGTTTTTAAAAATCTTGGTTATAAATTTTTGCAATATTA
325 ATTTGAACTGATTTCGAAATAGATTTAGTTTTT-AAAATCTTGCTTATAAAGTTTCAAAATATTA
* ** * * *
13316057 ATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGTTTTTATTAACTAAAACAATTATTTTATGACAAAA
389 ATAAAGTAGTATTATTTTATTCTCAATAAGTTTTCATAAACTAAAACAATTATTTTAGGACAAAA
* *
13316122 CAAAAAGTCATAACA-ACTTTAAATTGTTAATTGTTCAAATAG
454 CAAAAAGTCATAA-AGACTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* *
13316164 TCAAATCTAATGCTTGTTAATTTTTCAAATGTTAATAAATTAGTATTGATGTATT-TT-GAATAA
1 TCAAATCTAATGCTTATTAATTTTTCAAATGTTAATAAATTAGTATT-AT-T-TTCTTCAAATAA
* * * *
13316227 GCTTGTATGAACTAAAATAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCAGAACAATCTGAAATAGATA
63 GCTTGCATGAACTAAAACAATTATTATATGACTAAACAAAAGGTCAGAACAATCTGAAATAGATA
* * * *
13316292 ATTATTCTATTAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCGAGAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTA
128 AGTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCGACAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* *
13316357 CTTACTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGCATTA-TTTTATTATGAATAAGTTTGTATGAAAA
193 --T--TAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGCATTATTTTTACT-TGAATAAGCTTGTATGAAAA
* * * *
13316421 GAAACAACTGTTTTATGATG-AAATAAAGATCATAAAAATTTGATATAGATAGTTT-TTCAAATA
253 GAAACAACTATTTTATGA-GAAAACAAAGATCAGAAAAATTTGAAATAGATA-TTTATTCAAATA
* * *
13316484 GTCA-A-CTATTTGAACT-ATTTCGATAA-ACGGATTTAGTTTTT-GAATC-T-CTTATTAAGTT
316 GTCATAGCCATTTGAACTGATTTCGA-AATA--GATTTAGTTTTTAAAATCTTGCTTATAAAGTT
*
13316542 TCAAAATATTAATAGA-TCAGTATTATTTTATTCTCAATAA-TTTTGCATAAAC-AAAAGCAATT
378 TCAAAATATTAATAAAGT-AGTATTATTTTATTCTCAATAAGTTTT-CATAAACTAAAA-CAATT
* * * *
13316604 GTTTTAGGACAAAATAAAAAGGTCATAAAGATTTTAAATAGATAATTGTTGAAAT
440 ATTTTAGGACAAAACAAAAA-GTCATAAAGACTTTAAATAGATAATTGTTCAAAT
13316659 GGACATGATT
Statistics
Matches: 412, Mismatches: 65, Indels: 36
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
495 9 0.02
496 67 0.16
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500 20 0.05
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502 4 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.12, T:0.41
Consensus pattern (495 bp):
TCAAATCTAATGCTTATTAATTTTTCAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTCTTCAAATAAGCT
TGCATGAACTAAAACAATTATTATATGACTAAACAAAAGGTCAGAACAATCTGAAATAGATAAGT
ATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCGACAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTATTA
ATTTTTGGAATATTATTAAATTAGCATTATTTTTACTTGAATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAAC
TATTTTATGAGAAAACAAAGATCAGAAAAATTTGAAATAGATATTTATTCAAATAGTCATAGCCA
TTTGAACTGATTTCGAAATAGATTTAGTTTTTAAAATCTTGCTTATAAAGTTTCAAAATATTAAT
AAAGTAGTATTATTTTATTCTCAATAAGTTTTCATAAACTAAAACAATTATTTTAGGACAAAACA
AAAAGTCATAAAGACTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAG
Found at i:13317028 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 13316976--13317028 Score: 56
Period size: 18 Copynumber: 3.0 Consensus size: 18
13316966 TATGACAAAA
*
13316976 CAAAGGGTCATAACTATT
1 CAAAGAGTCATAACTATT
* *
13316994 CAAA-A-TAGATAATTATT
1 CAAAGAGT-CATAACTATT
13317011 CAAAGAGTCATAACTATT
1 CAAAGAGTCATAACTATT
13317029 TAAACGTGTT
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 5, Indels: 6
0.71 0.13 0.16
Matches are distributed among these distances:
16 1 0.04
17 12 0.44
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19 1 0.04
ACGTcount: A:0.45, C:0.13, G:0.11, T:0.30
Consensus pattern (18 bp):
CAAAGAGTCATAACTATT
Found at i:13317095 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 13316180--13317335 Score: 790
Period size: 180 Copynumber: 6.5 Consensus size: 180
13316170 CTAATGCTTG
* * *
13316180 TTAATTTTTCA-AATGTTAATAAATTAGTATTGA-TGTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTA-A
1 TTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATT-ATTTTATTTCGAATAAG-TTGTATGAA-TAGA
* * * * * * **
13316242 AATAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCAGAACA-ATCTGAAATAGATAATTATTCTATTAGT
62 AACAATAGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-ATATTTGAAATAGATAATTATTCAAAGAGT
* * * * * *
13316306 CTTAACTATTTGAACTGGTTCGAGAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
126 CATAACTATTTGAACTAGTTCGATAAACAGATTTATTTTTAAAATCTCCTACTTA
* * * * *
13316361 CTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGCATTATTTTATTAT-GAATAAGTTTGTATGAAAAGAAA
1 TTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCGAATAAG-TTGTATGAATAGAAA
** * * * * * * *
13316425 CAACT-GTTTTATGATGAAA-TAAAGATCATAAAAATTTGATATAGATAGTTTTTCAAATAGTC-
64 CAA-TAGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAATATTTGAAATAGATAATTATTCAAAGAGTCA
* * *
13316487 -AACTATTTGAACTATTTCGATAAACGGATTTAGTTTTT-GAA--T-CT-CTTA
128 TAACTATTTGAACTAGTTCGATAAACAGATTTA-TTTTTAAAATCTCCTACTTA
* * * * * * * * *
13316535 TTAAGTTTCAAAATATTAATAGATCAGTATTATTTTATTCTC-AATAATTTTGCATAAACA-AAA
1 TTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCGAATAA-GTTGTATGAATAGAAA
* * * * * * * *
13316598 GCAATTGTTTTAGGACAAAATAAAAAGGTCATAAAGATTTTAAATAGATAATTGTTGAAATG-GA
64 -CAATAGTTTTATGACAAAA-CAAAAGGTCATAAATATTTGAAATAGATAATTATTCAAA-GAGT
* * * * * * *
13316662 CATGATTATTTGAACTTGTTCAATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTA
126 CATAACTATTTGAACTAGTTCGATAAACAGATTTATTTTTAAAATCTCCTACTTA
* * * * *
13316717 CTAATTTTTAGAGTATTAATCAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAATAGAAAA
1 TTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAAT-AAGTTGTATGAATAGAAAC
* * * * * *
13316782 AATTA-TTTTAGGA-AAAA-AATA--TCATAATTATTTGAAATAAATAATTATTC-GACAGTCAT
65 AA-TAGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAATATTTGAAATAGATAATTATTCAAAGAGTCAT
* * * * * ** *
13316841 AA-TGATTTGAACTAGCTT-GGTAAACATATTTACTTCTAAAATTTTTTACTCA
129 AACT-ATTTGAACTAG-TTCGATAAACAGATTTATTTTTAAAATCTCCTACTTA
*
13316893 TTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATATAGTTGTATGAATAGAAAC
1 TTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATA-AGTTGTATGAATAGAAAC
* * * **
13316958 AATAGGTTTATGACAAAACAAAGGGTCATAACTATTCAAAATAGATAATTATTCAAAGAGTCATA
65 AATAGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAATATTTGAAATAGATAATTATTCAAAGAGTCATA
* * ** *
13317023 ACTATTTAAACGT-GTTC-AAAAACTAGATTTATTTTTAAAAT-TTTTACTTG
130 ACTATTTGAAC-TAGTTCGATAAAC-AGATTTATTTTTAAAATCTCCTACTTA
* * *
13317073 TTAATTTTTAGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTT-GAAATATGCTTGTTTTAATAGAA
1 TTAATTTTTAGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCG-AATAAG-TTGTATGAATAGAA
* *
13317136 ACAAT-TTTTTATGACAAAACAAAATGTCAT-AATGATTTGAAATAGATAA-TAGTTCAAATGGA
63 ACAATAGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAT-ATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAA--GA
* * * * * *
13317198 G--ATCACTATTTAAACTTA-TTCGATAAATAGATTT-TTTTAAAAATCTCCAACCTA
124 GTCATAACTATTTGAAC-TAGTTCGATAAACAGATTTATTTTTAAAATCTCCTACTTA
* * * *
13317252 TT-ATATTTTAAAATATTAAGT-GATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGACTAGAA
1 TTAAT-TTTTAGAATATTAA-TAAATTAGTATTATTTTATTTCGAAT-AAGTTGTATGAATAGAA
* *
13317315 AC-ATACGTCTTATGAAAAAAC
63 ACAATA-GTTTTATGACAAAAC
13317336 TTAATTGTTT
Statistics
Matches: 763, Mismatches: 156, Indels: 113
0.74 0.15 0.11
Matches are distributed among these distances:
173 4 0.01
174 62 0.08
175 5 0.01
176 136 0.18
177 34 0.04
178 78 0.10
179 123 0.16
180 148 0.19
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183 6 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.11, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
TTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGTTGTATGAATAGAAACA
ATAGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAATATTTGAAATAGATAATTATTCAAAGAGTCATAA
CTATTTGAACTAGTTCGATAAACAGATTTATTTTTAAAATCTCCTACTTA
Found at i:13317269 original size:179 final size:179
Alignment explanation
Indices: 13316533--13317335 Score: 454
Period size: 179 Copynumber: 4.5 Consensus size: 179
13316523 TTGAATCTCT
* * * * * * * *
13316533 TATTAAGTTTCAAAATATTAATAGATCAGTATTATTTTATTCTC-AATA-ATTTTGCATAAACA-
1 TATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCGAATATA-GTTGTATGAATAG
* * * * ** ** * *
13316595 AAAGCAATTGTTTTAGGACAAAATAAAAAGGTCATAAAGATTTTAAATAGATAATTGTTGAAATG
64 AAA-CAATAGGTTTATGACAAAA-CAAAAGGTCATAACTATTCAAAATAGATAATTATTCAAA-G
* * * * * ** *
13316660 -GACATGATTATTTGAACTTGTTCAATAAA-TAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACC
126 AG-CATAACTATTTAAACGTATTCAA-AAACTAGATTTATTTTAAAAAT-TCCAACC
* * * * * *
13316715 TACTAATTTTTAGAGTATTAATCAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAATAGAA
1 TATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATATAGTTGTATGAATAGAA
* * * * * ** * * *
13316780 AAAATTA-TTTTAGGA-AAAA-AATA--TCATAATTATTTGAAATAAATAATTATTCGACAG-TC
66 ACAA-TAGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTCAAAATAGATAATTATTC-AAAGAGC
* *** * * * ***
13316839 ATAA-TGATTTGAAC-TAGCTTGGTAAAC-ATATTTACTTCTAAAATTTTTTA-C
129 ATAACT-ATTTAAACGTA--TTCAAAAACTAGATTTA-TTTTAAAAATTCCAACC
**
13316890 TCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATATAGTTGTATGAATAGA
1 T-ATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATATAGTTGTATGAATAGA
*
13316955 AACAATAGGTTTATGACAAAACAAAGGGTCATAACTATTCAAAATAGATAATTATTCAAAGAGTC
65 AACAATAGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTCAAAATAGATAATTATTCAAAGAG-C
* * *** *
13317020 ATAACTATTTAAACGTGTTCAAAAACTAGATTTATTTTTAAAATTTTTACT
129 ATAACTATTTAAACGTATTCAAAAACTAGATTTATTTTAAAAATTCCAACC
* * * *
13317071 TGTTAATTTTTAGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTT-GAA-ATATGCTTGTTTTAATA
1 TATTAATTTTTAAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCGAATATA-G-TTGTATGAATA
** * **
13317133 GAAACAAT-TTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAA-TAGTTCAAAT
63 GAAACAATAGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTCAAAATAGATAATTA-TTCAAA-
* * *
13317195 GGAG-ATCACTATTTAAACTTATTCGATAAA-TAGATTT-TTTTAAAAATCTCCAACC
125 -GAGCATAACTATTTAAACGTATTC-AAAAACTAGATTTATTTTAAAAAT-TCCAACC
* * * *
13317250 TATT-ATATTTTAAAATATTAAGT-GATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGACTAG
1 TATTAAT-TTTTAAAATATTAA-TAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATATAGTTGTATGAATAG
* *
13317313 AAAC-ATACGTCTTATGAAAAAAC
64 AAACAATAGGT-TTATGACAAAAC
13317336 TTAATTGTTT
Statistics
Matches: 491, Mismatches: 92, Indels: 78
0.74 0.14 0.12
Matches are distributed among these distances:
175 6 0.01
176 91 0.19
177 36 0.07
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179 123 0.25
180 114 0.23
181 33 0.07
182 57 0.12
183 5 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (179 bp):
TATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATATAGTTGTATGAATAGAA
ACAATAGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTCAAAATAGATAATTATTCAAAGAGCAT
AACTATTTAAACGTATTCAAAAACTAGATTTATTTTAAAAATTCCAACC
Found at i:13318206 original size:179 final size:180
Alignment explanation
Indices: 13317343--13318398 Score: 884
Period size: 176 Copynumber: 5.9 Consensus size: 180
13317333 AACTTAATTG
* * *
13317343 TTTGAACTGGTTT-GACAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTACTAATTTTTAAAATATT
1 TTTGAACTTGTTTAGA-AAACATATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTAAAATATT
* * *
13317407 AGTAAATTAGTATTATTTTAATAT-GAATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTTATGAC-A
65 AATAAATTAGTATTATTTT-AT-TCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAA
* * * *
13317470 AACTAAAGATCATAACAATTTGATATCGATAATTATTCAAATAGTCATAACTA
128 AACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAAGAGTCATAACTA
* * * *
13317523 TTTGAAC-TGTTCAAGTAAACAAATTTAGTTTTTAAA--T-CT-CTTATTAATTTTTAAAATATT
1 TTTGAACTTGTT-TAGAAAACATATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTAAAATATT
* * * ** ** * * * * *
13317583 AATAGATCAATATTATTTTATTTTGAATAATTTTGCATGAACAGAAACAACTGTTTCATGAGAAA
65 AATAAATTAGTATTATTTTA-TTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAA
* * ** * * * *
13317648 ATAAAAAAGTCATAATGATTTG-GATAGATAATTATTCAAATAGACATGACTA
129 ACAAAAGA-TCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAAGAGTCATAACTA
* * * * * *
13317700 TTT-AACTTGCTCA-ATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTACTAATTTTTAGAGTA-T
1 TTTGAACTTGTTTAGA-AAACATATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTAAAATATT
* * * *
13317762 --T-AATTACTATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAATAGAAAAAATTGTTTTAGGACAAA
65 AATAAATTAGTATTATTTTATT-CAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAA
** * * * * ** * * *
13317824 ACAAAAGAAAATAACTATTGGAAATAAATACTTGCTCAAACAATCATAACGA
129 ACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAAGAGTCATAACTA
* * * * * * * * ** * *
13317876 TTTGAACTAGCTCAGTAAATAGATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTACTTTTTGAAATATTA
1 TTTGAACTTGTTTAGAAAACATATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTAAAATATTA
* *
13317941 ATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATATGCTTGTATGAATAGAAACAATTGGTTTATGACAAAA
66 ATAAATTAGTATTATTTTA-TTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA
* * * * *
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130 CAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAAGAGTCATAACTA
* ** **
13318057 TTTGAA-TGTGTTTAGAAAACATATTTATTTCTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGGAATATT
1 TTTGAACT-TGTTTAGAAAACATATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTAAAATATT
* * *
13318120 AATAAATTTA-TATTATTTTATTCAGATAAGCTTGTTTGAATAGAAACAATTGTTTTACGACAAA
65 AATAAA-TTAGTATTATTTTATTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAA
* * * * *
13318184 ACAAAATG-TCATAACGATTTGAAATAGATAA-TAGTTTGAATG-GACATGACTA
129 ACAAAA-GATCATAACAATTTGAAATAGATAATTA--TTCAAAGAGTCATAACTA
* * ** * *
13318236 TTTAAACTTG-TTCG-GTACATAATTT-TTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTTAGAATATT
1 TTTGAACTTGTTTAGAAAACAT-ATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTAAAATATT
** * * *
13318298 AATTGATTAGTACTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAATAGAAAC-ATACGTTTTATGACAA
65 AATAAATTAGTATTATTTTA-TTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAAT-TGTTTTATGACAA
* *
13318362 AACAAAAGATCATAATAATTTGAAATAAATAATTATT
128 AACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTATT
13318399 TAAATAGTAT
Statistics
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ATAAATTAGTATTATTTTATTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
AAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAAGAGTCATAACTA
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Alignment explanation
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* * *
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* * *
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* * * * * *
13318403 TAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTTTATGCACAAAAACAATTGGTTTATGATAAAACAAAAG
1 TAGTACTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAACAAAAACAATCGGTTTATGACAAAACAAAAG
* * *
13318468 GTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
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13318501 TAGT
1 TAGT
13318505 CATAACTATT
Statistics
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TAGTACTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAACAAAAACAATCGGTTTATGACAAAACAAAAG
ATAATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAA
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13318723 TTTAATTCTC
* * *
13318733 TTACTCATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTACTTCAAATAAGC-T-TATTAA
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* * * * * * *
13318796 AATTGAAATAATTCTTTTATTACAAAAGAAAATGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAA
64 AA-TGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTCAAATAGATAATTACTCAA
* * * * * ** * *
13318861 ATAGTCATGACTATTTGAAGTTATTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCT-TTTACTTAATAA
128 ACAATCATAACTATTTAAACTTATTCAGTAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTTA-TTAATAA
* *
13318925 -A-A-CATTAATAAATTAATATTATTCTAATCCAAATAAACTTGTATG-AATAGAAACAATTGTT
192 TAGATCATTAATAAATTAATATTATTCTAATCCAAATAAACTTATATGAAAT-GAAACAATTCTT
* *
13318986 TTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAAGTTGAAGTAAATAAATTGCTCAAATAGTCATAACAATT
256 TTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAAGTTGAAATAAAT-AATTACTCAAATAGTCATAACAATT
*
13319051 TG-TAC-ATGTTCT-TTAAACA-ACTTTATTTTTTAAA-TATT
320 TGAT-CTA-GTT-TGGTAAACATA-TTTA-TTTTTAAATTATT
* *
13319089 TTATTTATTAATTATATTAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTCGAAATAAGCTTGTATGA
1 TTACTTATTAATTAT-TGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTC-AAATAAGCTTGTATGA
* * * *
13319153 ACA-GAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGTAATTTCAAATAGATAATTGCTCAA
63 AAATGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTCAAATAGATAATTACTCAA
* * *
13319217 ACAATCATAATTATTTAAACTTGTTCAGTAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTTATTATTAAT
128 ACAATCATAACTATTTAAACTTATTCAGTAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTTATTAATAA-
* * * *** *
13319282 TTTGAGATTATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAAATGAAACAATTC
192 --T-AGATCATTAATAAATTAATATTATTCTAATCCAAATAAACTTATATGAAATGAAACAATTC
* * * * **
13319347 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTAT
254 TTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAAGTTGAAATAAATAATTACTCAAATAGTCATAACAAT
*
13319412 TTGATCTAGTTTGGTAAACATATTTATTTTTAAATTTTT
319 TTGATCTAGTTTGGTAAACATATTTATTTTTAAATTATT
* * *
13319451 TTACTTATTAATTATTGATATATTAATAAATTAGTATTAGTTTA-ACTAATAAGCTTGTATGAA
1 TTACTTATTAATTATTGA-ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAAATAAGCTTGTATGAA
13319514 TAGATTTTTT
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Consensus pattern (357 bp):
TTACTTATTAATTATTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAAATAAGCTTGTATGAAAA
TGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTCAAATAGATAATTACTCAAACA
ATCATAACTATTTAAACTTATTCAGTAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTTATTAATAATAGA
TCATTAATAAATTAATATTATTCTAATCCAAATAAACTTATATGAAATGAAACAATTCTTTTATG
ACAAAACAAAAAGTCATAACAAGTTGAAATAAATAATTACTCAAATAGTCATAACAATTTGATCT
AGTTTGGTAAACATATTTATTTTTAAATTATT
Found at i:13319298 original size:181 final size:179
Alignment explanation
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13318396 ATTTAAATAG
* * * ** * *
13318406 TATTATTTTATTTCAAATAAGCTTTTATGCACAAAAACAATTGGTTTATGATAAAACAAAAGGTA
1 TATTATTTTA-TTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* ** * *
13318471 ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACGTGTTCAAAAAATAGA
65 ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAA
* ** * * * **
13318536 TTTATTTTTGAAAT-GATTACCTATAAATTTTTG-GAATTTTAGCAAATTTA
130 TTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTGAG-ATATTAATAAATTTA
* * * * * * * * *
13318586 AATTATTTTATTCAAAATAAACTTGCATGAATACAATCAACTATTTTTTTGACAAAACATAAGGT
1 TATTATTTTATTC-AAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTA-TTTTATGACAAAACAAAAGGT
*** *** * * * ** * * *
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64 CATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAA
* * * *
13318716 A--TACTTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTAGAATATTAATAAA-TTA
129 ATTTA-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTGAG-ATATTAATAAATTTA
* * * * * * *
13318766 GTATTATTTTACTTCAAATAAGC-T-TATTAAAATTGAAATAATTCTTTTATTACAAAAGAAAAT
1 -TATTATTTTA-TTCAAATAAGCTTGTATGAACA--GAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * * **
13318829 GTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAAGTTATTTGGTAAAC
62 GTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAAC
* * * *
13318894 ATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTAATAA-----A-ACATTAATAAATTAA
127 AAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTGAGATATTAATAAATTTA
* * * * * *
13318941 TATTATTCTAATCCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTC
1 TATTATT-TTATTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * * * * * **
13319006 ATAACAAGTTGAAGTAAATAAATTGCTCAAATAGTCATAACAATTTGTACATGTTCTTTAAACAA
65 ATAACAATTTGAAATAGAT-AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAA
* * * *
13319071 CTTTATTTTTTAAATATTTTATTTATTAATTATATTA-ATATTAATAAATTTA
129 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-T-TGAGATATTAATAAATTTA
* *
13319123 TATTATTTTATTCGAAATAAGCTTGTATGAACAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTT
1 TATTATTTTATTC-AAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTC
** * * * * * *
13319188 ATAGTAATTTCAAATAGATAATTGCTCAAACAATCATAATTATTTAAACTTGTTCAGTAAACAAA
65 ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAA
* *
13319253 TTCATTTTTTAAATCTCTTTA-TTATTAATTTTGAGATTATTAATAAATTAA
130 TTTATTTTTTAAATCT-TTTACTTATTAATTTTGAGA-TATTAATAAATTTA
** * *
13319304 TATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAA-ATGAAACAATTCTTTTATGACAAAACAAAAGGT
1 TATTATTTTA-TTCAAATAAGCTTGTATGAACA-GAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGT
* * * * ** *
13319368 CATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGATCTAGTTTGGTAAACAT
64 CATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAA
* *
13319433 ATTTA-TTTTTAAATTTTTTTACTTATTAATTATTGATATATTAATAAA-TTA
129 ATTTATTTTTTAAA-TCTTTTACTTATTAATT-TTGAGATATTAATAAATTTA
* * * * ** * * *
13319484 GTATTAGTTTA-ACTAATAAGCTTGTATGAATAG-----ATT-TTTTATTTC--AA-ATAAGCTT
1 -TATTATTTTATTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * ** * * * * * *
13319539 ATATA-AA-CTGAAACA-ATTCTTTTATCACAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATA
65 ATA-ACAATTTGAAATAGATAATTGT-T--C---A-AATA-GTCATAACT-ATTTGAACTTGTTC
* * * * ** * * * * *
13319600 ATTAATCAAATAGTCATGATTATTTGATCCAATTCGATAAACATATTTATAGTTTAAAATTTTTA
120 AGTAAACAAAT--T--T-ATT-TTT--T--AAATC-TTTTACTTA-TTA-ATTTTGAGA-TATTA
*
13319665 CTTATTAATTGT-
171 ---ATAAATT-TA
* * * * * * ** ** *
13319677 TGA-TATATTAAT-AAATTAGCATTAGT-TTAATCCAAATAAGC-TTGTATGTGCAAAAATAATT
1 T-ATTATTTTATTCAAATAAGC-TT-GTATGAA--CAGA-AA-CAAT-TAT-TTTATG-A-CA--
* * * * * * *
13319738 GTTTTATAAAAAAAAGTCATAACAA-TTGAAATAAATAATTGCTGAAATAGTAATAACTATTTAA
53 -----A-AACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * * * * * *
13319802 ACTAGTT-TGATAAATAGATTTATTTTTT-AA--TTCT-CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAG
112 ACTTGTTCAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTGAGATATTAATAA
13319862 A-TTA
175 ATTTA
* * * * * * * *
13319866 GTATTACTTTATTCCTGAACAAACTTATATGAA-TGAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAG
1 -TATTATTTTATT-C-AAATAAGCTTGTATGAACAG-AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAG
** * * *
13319930 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTT-AGGTAAA
62 GTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCA-GTAAA
* * * **
13319994 CATAA-TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAGTTTTTGAAATATTAATAAATGCA
126 CA-AATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTA-ATTTTGAGATATTAATAAATTTA
* * * * * *
13320049 TTTTATTTTATTCCAAATAAGCTAGTATAAATTAAAAAAAAAACACTTATTTTATGACAAAACAA
1 TATTATTTTATT-CAAATAAGCT--TGT--A-T-GAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAA
* * * * * ** *
13320114 AAAGTCATAACCAA-TTGAAATAGATAATTGTTC--ATAGTCCTAAATATTCGAACTGGTTTGGC
59 AAGGTCATAA-CAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGT
* * * * * * * *
13320176 AAACAAATTTATTTTTTAATTCTCTTAGTTATTAATTTTCATAATATTATTAGATTAA
123 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTGA-GATATTAATAAATTTA
* * * * * * *
13320234 TATTGTTTTATTCCGAATAAGTTTGTATGAACAAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTT
1 TATTATTTTATT-CAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * ** * * *
13320299 ATAATAATTTGAAGTTTACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-AAATTAGTTCAGTAAACAG
65 ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCAGTAAACAA
* *
13320363 ATTTATTTTTTTAAATC--TT--TTATTAATTTT-AGAAGGATTAAGAAA-TTA
129 ATTTA-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTGAG-A-TATTAATAAATTTA
* * ** * * * *
13320411 GTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGAATGTTCAAAAACAATTGA-TATATGGCCAAGA-AAAAG
1 -TATTATTTTA-TTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATT-ATTTTAT-GACAAAACAAAAG
* * * * * * * * *
13320474 GTAATAACAATTTGAAATAGATAATTATTGACATGGCCATAATTA-TT-AAGTTGATTTAGTAAA
62 GTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCAGTAAA
* * * * ** * *
13320537 CAGATTCACTTTTTAAGTCACTTACTTTTTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTA
126 CAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTGAGATATTAATAAATTTA
** * ** * *
13320591 GTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTACGAACTTAAACAATTATTTTATGACAAAATAAAAGAT
1 -TATTATTTTA-TTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGT
** * * * * ** ** * * *
13320656 TGTAACAATTTGAAATAGATATTTGTTTATATAGTCTTAACCGTTTGAACTACTTTAGCAAATAA
64 CATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAA
* * *
13320721 ATTTATTTTTTAAAT-TTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAA-TTA
129 ATTTATTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAA-TTTTGAGATATTAATAAATTTA
* * * ** ** * *
13320772 GTATTATTTTATTCTGAATAAACTTATACAAACTCAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGAT
1 -TATTATTTTATTC-AAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGT
* * * * * * *
13320837 TATAGCAATTTGAAATAGATAATTG------T--TC--AA--ATTGGAACTGGTTTAGTAAATAG
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** *
13320890 ATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTA
129 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTGAGATATTAATAAATTTA
* * * *** * *
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1 -TATTATTTTA-TTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGT
* * * *
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64 CATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
13321057 AATTTGATAA
Statistics
Matches: 1870, Mismatches: 437, Indels: 327
0.71 0.17 0.12
Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (179 bp):
TATTATTTTATTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
TAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAAT
TTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTGAGATATTAATAAATTTA
Found at i:13319401 original size:16 final size:17
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Indices: 13319380--13319412 Score: 50
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
13319370 TAACAATTTG
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1 AAATAGCATAATTATTC
13319396 AAATAGTCATAATTATT
1 AAATAG-CATAATTATT
13319413 TGATCTAGTT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
18 9 0.60
ACGTcount: A:0.48, C:0.06, G:0.06, T:0.39
Consensus pattern (17 bp):
AAATAGCATAATTATTC
Found at i:13319673 original size:211 final size:212
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Indices: 13319309--13319724 Score: 640
Period size: 211 Copynumber: 2.0 Consensus size: 212
13319299 ATTAATATTA
** *
13319309 TTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAAATGAAACAATTCTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
1 TTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAAATGAAACAATTCTTTTATCACAAAACAAAAGGTCATAAC
* * * * *
13319374 AATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGATCTAGTTTGGTAAACATATTTAT
66 AATTTGAAATAGATAATTAATCAAATAGTCATAATTATTTGATCCAATTCGATAAACATATTTAT
* * * *
13319439 TTTTAAATTTTTTTACTTATTAATTATTGATATATTAATAAATTAGTATTAGTTTAA-CTAATAA
131 GTTTAAATATTTTTACTTATTAATTATTGATATATTAATAAATTAGCATTAGTTTAACCAAATAA
13319503 GCTTGTATGAATAGATT
196 GCTTGTATGAATAGATT
13319520 TTTTATTTCAAATAAGCTTATAT-AAACTGAAACAATTCTTTTATCACAAAACAAAAGGTCATAA
1 TTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAAA-TGAAACAATTCTTTTATCACAAAACAAAAGGTCATAA
** *
13319584 TGATTTGAAATAGATAATTAATCAAATAGTCATGATTATTTGATCCAATTCGATAAACATATTTA
65 CAATTTGAAATAGATAATTAATCAAATAGTCATAATTATTTGATCCAATTCGATAAACATATTTA
*
13319649 TAGTTTAAA-ATTTTTACTTATTAATTGTTGATATATTAATAAATTAGCATTAGTTTAATCCAAA
130 T-GTTTAAATATTTTTACTTATTAATTATTGATATATTAATAAATTAGCATTAGTTTAA-CCAAA
13319713 TAAGCTTGTATG
193 TAAGCTTGTATG
13319725 TGCAAAAATA
Statistics
Matches: 185, Mismatches: 16, Indels: 6
0.89 0.08 0.03
Matches are distributed among these distances:
210 3 0.02
211 161 0.87
212 6 0.03
213 15 0.08
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (212 bp):
TTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAAATGAAACAATTCTTTTATCACAAAACAAAAGGTCATAAC
AATTTGAAATAGATAATTAATCAAATAGTCATAATTATTTGATCCAATTCGATAAACATATTTAT
GTTTAAATATTTTTACTTATTAATTATTGATATATTAATAAATTAGCATTAGTTTAACCAAATAA
GCTTGTATGAATAGATT
Found at i:13321000 original size:169 final size:169
Alignment explanation
Indices: 13320709--13321033 Score: 456
Period size: 169 Copynumber: 1.9 Consensus size: 169
13320699 TTTGAACTAC
* * * *
13320709 TTTAGCAAATAAATTTATTTTTTAAATTTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGT
1 TTTAGCAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGT
**
13320774 ATTATTTTATTCTGAATAAACTTATACAAACTCAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGATT-
66 ATTATTTTATTCTGAATAAACTTATACAAACAAAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAG-TTC
*
13320838 ATAGCAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATTGGAACTGG
130 ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATTGGAACTGG
* *
13320878 TTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGT
1 TTTAGCAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGT
** * ***** *
13320943 ATTATTTTATT-TCGAATAGGCTTTTATGGTGAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGTTC
66 ATTATTTTATTCT-GAATAAACTTATACAAACAAAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGTTC
13321007 ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTC
130 ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTC
13321034 GAATGGCCAT
Statistics
Matches: 136, Mismatches: 18, Indels: 4
0.86 0.11 0.03
Matches are distributed among these distances:
168 3 0.02
169 133 0.98
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.43
Consensus pattern (169 bp):
TTTAGCAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGT
ATTATTTTATTCTGAATAAACTTATACAAACAAAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGTTCA
TAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATTGGAACTGG
Found at i:13321055 original size:350 final size:348
Alignment explanation
Indices: 13319812--13321132 Score: 1012
Period size: 350 Copynumber: 3.7 Consensus size: 348
13319802 ACTAGTTTGA
* * * *
13319812 TAAATAGATTTATTTTTT-AAT-T-CT-CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAGATTAGTATTAC
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * ** * * * *
13319873 TTTATTCCTGAACAAACTTATATGAATGAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT
66 TTTATTCC-GAATAAGCTTTTATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAA-GTTATAAC
* * *
13319938 GATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTAGGTAAACATAA-TTA
129 AATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTATTTA-GTAAACA-AATTTA
* * * **
13320002 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAGTTTTTGAAATATTAATAAATGCA-TTTTATTTTATTCCAAA
192 TTTTTTAAAT-TCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAT-TAGTATTATTTTATTCTGAA
** * *
13320066 TAAGCTAGTATAAATTAAAAAAAAAACACTTATTTTATGACAAAACAAAA-AGTCATAACCAA-T
255 TAAGC---T-T--A-TAAAAATCAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGA-TAATAA-CAATT
*
13320129 TGAAATAGATAATTGTTCATAGTCCTAAATATTCGAACTGGTTTGG
311 TGAAATAGATAATTG---AT-GT-C--AA-ATTCGAACTGGTTTAG
* * * * * * * * * *
13320175 CAAACAAATTTATTTTTTAATTCTCTTAGTTATTAA-TTTTCATAATATTATTAGATTAATATTG
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTA
*
13320239 TTTTATTCCGAATAAG-TTTGTATGAACAAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAA
65 TTTTATTCCGAATAAGCTTT-TATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAAGTTATAA
* * ** * * * *
13320303 TAATTTGAAGTTTACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTAGTTCAGTAAACAGATTTA
128 CAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTA-TTTAGTAAACAAATTTA
* ** *
13320368 TTTTTTTAAA-TCTT--TTATTAATTTTAGAAGGATTAAGAAATTAGTATTATTTTATT-TCGAA
192 -TTTTTTAAATTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAA
* *** * * * *
13320429 TAAGCTT-GAATGTTCAAAAACAATTGA-TATATGGCCAAGA-AAAAGGTAATAACAATTTGAAA
255 TAAGCTTATAAAAATC--AAACAATT-ATTTTAT-GACAAAACAAAAGATAATAACAATTTGAAA
* ** * *
13320491 TAGATAATTATTGACATGGCCATAATTATTAAGTTGATTTAG
316 TAGAT-A--ATTG--AT-GTCA-AATT-CGAA-CTGGTTTAG
* * * * * *
13320533 TAAACAGATTCACTTTTTAAGTCACTTACTTTTTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
** * * ** * *
13320598 TTTATTTTGAATAAGCTTGTACGAACTTAAACAATTATTTTATGACAAAATAAAAGATTGTAACA
66 TTTATTCCGAATAAGCTTTTATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAG-TTATAACA
* * * * ** * * *
13320663 ATTTGAAATAGATATTTGTTTATATAGTCTTAACCGTTTGAACTACTTTAGCAAATAAATTTATT
130 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTA-TTTAGTAAACAAATTTATT
* *
13320728 TTTTAAATTTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAA
194 TTTTAAA-TTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAA
* * * * *
13320793 ACTTATACAAACTCAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGATTATAGCAATTTGAAATAGATA
258 GCTTATA-AAAATCAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATAATAACAATTTGAAATAGATA
*
13320858 ATTG-T-TCAAATTGGAACTGGTTTAG
322 ATTGATGTCAAATTCGAACTGGTTTAG
*
13320883 TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * ***
13320948 TTTATTTCGAATAGGCTTTTATGGTGAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACA
66 TTTATTCCGAATAAGCTTTTATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGTT-ATAACA
* * * * * ***
13321013 ATTTGAAATAGATAATTGTTCGAATGGCCATAATTATTTGAACTAATTT-GATAAATTGATTTAT
130 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACT-ATTTAG-TAAACAAATTTAT
* * * * * * *
13321077 TTTTTAAATGTC-AACTTATCAATTTTTG-AATAATATTAAAGTAATGTTATTTTATT
193 TTTTTAAAT-TCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
13321133 TTGGATAATA
Statistics
Matches: 759, Mismatches: 159, Indels: 95
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
348 24 0.03
349 17 0.02
350 173 0.23
351 3 0.00
352 4 0.01
353 2 0.00
355 3 0.00
356 7 0.01
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364 2 0.00
365 8 0.01
366 94 0.12
367 48 0.06
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (348 bp):
TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
TTTATTCCGAATAAGCTTTTATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGTTATAACAA
TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTATTTAGTAAACAAATTTATTTT
TTAAATTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCT
TATAAAAATCAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATAATAACAATTTGAAATAGATAATTG
ATGTCAAATTCGAACTGGTTTAG
Found at i:13321596 original size:158 final size:156
Alignment explanation
Indices: 13321401--13321711 Score: 421
Period size: 158 Copynumber: 2.0 Consensus size: 156
13321391 AGTTATTTCT
* * *
13321401 ATTTGAACAATTGTCTATTAAAATCATTATGAACTTTTGTTTGGTCAAAAAATAATTGTTTCAAT
1 ATTTGAACAATTATCTATTAAAATCATTATGAACTTTTGTTTGATCAAAAAACAATTGTTT--AT
* * *
13321466 TA-ATACAAGCTTATACTAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCTAAAATTAATAAGTA-
64 TACATACAAGCTTATACCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAC
13321529 AGAGATTTAAAAAATAAATT-TGTTTGGTG
129 A-AGATTTAAAAAAT-AATTGTGTTTGGTG
* * * * * *
13321558 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATTATAAAACAATTGTTTTTT
1 ATTTGAACAATTATCTA-TTAAAATCATTATGAACTTTTGTTTGATCAAAAAACAATTGTTTATT
* *
13321623 ATCATACAAGCTTATTCCAAATAAAATAATGCTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAC
65 A-CATACAAGCTTATACCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAC
13321688 AAGATTTAAAAAATAATTGTGTTT
129 AAGATTTAAAAAATAATTGTGTTT
13321712 ATCAAATCAA
Statistics
Matches: 135, Mismatches: 14, Indels: 9
0.85 0.09 0.06
Matches are distributed among these distances:
156 3 0.02
157 20 0.15
158 111 0.82
159 1 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (156 bp):
ATTTGAACAATTATCTATTAAAATCATTATGAACTTTTGTTTGATCAAAAAACAATTGTTTATTA
CATACAAGCTTATACCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTACAA
GATTTAAAAAATAATTGTGTTTGGTG
Found at i:13322402 original size:181 final size:177
Alignment explanation
Indices: 13322113--13322453 Score: 389
Period size: 181 Copynumber: 1.9 Consensus size: 177
13322103 GTACAAACAA
* * * *
13322113 AAATAATTGTTTTGTAACAAAACAAAAGGTTATAATGCTTTGAAATAGATAATTGTTCAAACAAT
1 AAATAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTCAAATAAATAATTGTTCAAACAAT
*** *
13322178 TAAAACTATTTGTGTTGGTCAGGCCAACAGATTCATATTTTAAATCTGTTACTTATTAATTTTTA
66 TAAAACTATTTGAACTAGTCAGGCCAACAGATTCATATTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTTA
** *
13322243 GGATATTAACAAATTAGCATTACTTTATTTTGAATAAGACTGTACCAATAG
127 AAATATTAACAAATTAACATTACTTTATTTTGAATAAGACTGTACCAATAG
* ***
13322294 AAATAATTGTTTTATGACAAAA-AAAATGGTTATAATGATTTCAAATAAATAATTGTTCAAATTG
1 AAATAATTGTTTTATAACAAAACAAAA-GGTTATAATGATTTCAAATAAATAATTGTTCAAACAA
* ** ** * *
13322358 TTATAACTATTTGAACTAGTTTGGTTAATAGATTTACT-TTTTAAATCTCTTATTAATTTTTAAA
65 TTAAAACTATTTGAACTAGTCAGGCCAACAGATTCA-TATTTTAAATCTCTTATTAATTTTTAAA
* * *
13322422 ATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAA
129 ATATTAACAAATTAACATTACTTTATTTTGAA
13322454 CAAACTTATA
Statistics
Matches: 133, Mismatches: 25, Indels: 8
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
177 42 0.32
178 1 0.01
180 4 0.03
181 85 0.64
182 1 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.11, T:0.42
Consensus pattern (177 bp):
AAATAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTCAAATAAATAATTGTTCAAACAAT
TAAAACTATTTGAACTAGTCAGGCCAACAGATTCATATTTTAAATCTCTTATTAATTTTTAAAAT
ATTAACAAATTAACATTACTTTATTTTGAATAAGACTGTACCAATAG
Found at i:13322519 original size:177 final size:176
Alignment explanation
Indices: 13321945--13322849 Score: 585
Period size: 177 Copynumber: 5.2 Consensus size: 176
13321935 TAAAAAAATA
* ** * * * * * *
13321945 TTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGTGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAGAGTCATAACT-C
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAACTAT
* * * * * * ** *
13322009 TTGAAAATTGATCGATAAATAGATTTAGTTTTTAAATTTCTTATTAATTTTTGGATTATTAATAA
66 TTG-AACTAGTTTGGTAAATAGATTTA-TTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTAAAATATTAATAA
* ** ** * * ** * *
13322074 ATTAG-ATTTATGTTA-TTCCAAGTTAGCTTGTACAAACAAAAATAATTG
129 ATTAGTA-TTATTTTATTTTGAA-CAAACTTATATGAATAAAAATATTTG
* * * * * * * * * *
13322122 TTTTGTAACAAAACAAAAGGTTATAATGCTTTGAAATAGATAATTGTTCAAACAATTAAAACTAT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAACTAT
*** * ** ** * * **
13322187 TTGTGTTGGTCAGGCCAACAGATTCATATTTTAAATCTGTTACTTATTAATTTTTAGGATATTAA
66 TTGAACTAGTTTGGTAAATAGATTTAT-TTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTTAAAATATTAA
* * * * * ** * *
13322252 CAAATTAGCATTACTTTATTTTGAATAAGAC-TGTACCAATAGAAATAATTG
126 TAAATTAGTATTATTTTATTTTGAACAA-ACTTATATGAATAAAAATATTTG
* * * *
13322303 TTTTATGACAAAA-AAAATGGTTATAATGATTTCAAATAAATAATTGTTCAAATTGTTATAACTA
1 TTTTATGACAAAACAAAA-GGTCATAACGATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAACTA
*
13322367 TTTGAACTAGTTTGGTTAATAGATTTACTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTAAAATATTAATAA
65 TTTGAACTAGTTTGGTAAATAGATTTA-TTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTAAAATATTAATAA
* * *
13322432 ATTAATATTATTTTATTTTGAACAAACTTATATGAAGAAAAACATTTG
129 ATTAGTATTATTTTATTTTGAACAAACTTATATGAATAAAAATATTTG
* * * * * * ** * *
13322480 TTGTATGATAAAATAAAATGTCATAACGGTTTGAAATAAATAATTACTCATACAGCTT-TAACTA
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAG-TTATAACTA
* * * *
13322544 TTTGAA-TTGATTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTC---TT-A---TT--AAT-GT--TC
65 TTTGAACTAG-TTTGGTAAATAGATTTA-TTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTAAAATATTAATA
* *
13322596 AA--AGTATTATTTTATTCTGAACAAACTTATATGAACAAAAATATTTG
128 AATTAGTATTATTTTATTTTGAACAAACTTATATGAATAAAAATATTTG
* * *
13322643 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTAT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAACTAT
* * * * * * * * *
13322708 TTGAACTGGTTAGGCAAACAAAATTATTTTTTAATCTCTTTTTAATTTTTGAAATATTAATAAAT
66 TTGAACTAGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAAT
* * * * * * *
13322773 TTGTTTTATTTTATTTTGAATAAGCTAATATGAATTAAAAA-AGTTA
131 TAGTATTATTTTATTTTGAACAAACTTATATGAA-TAAAAATATTTG
13322819 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATT
13322850 AACTATTTGA
Statistics
Matches: 573, Mismatches: 123, Indels: 65
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
162 12 0.02
163 107 0.19
164 2 0.00
165 5 0.01
166 1 0.00
167 1 0.00
168 3 0.01
169 2 0.00
170 2 0.00
171 3 0.01
172 1 0.00
173 1 0.00
174 5 0.01
176 66 0.12
177 212 0.37
178 10 0.02
180 5 0.01
181 128 0.22
182 7 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.11, T:0.41
Consensus pattern (176 bp):
TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAACTAT
TTGAACTAGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAAT
TAGTATTATTTTATTTTGAACAAACTTATATGAATAAAAATATTTG
Found at i:13322737 original size:163 final size:162
Alignment explanation
Indices: 13322437--13322753 Score: 384
Period size: 163 Copynumber: 2.0 Consensus size: 162
13322427 AATAAATTAA
* * * * *
13322437 TATTATTTTATTTTGAACAAACTTATATGAAGAAAAACATTTGTTGTATGATAAAATAAAATGTC
1 TATTATTTTATTCTGAACAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTGTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * * * * * * *
13322502 ATAACGGTTTGAAATAAATAATTACTCATACAGCTTTAACTATTTGAATTGATTTGATAAATAGA
66 ATAACGATTTAAAATAAATAATTACTCAAACAGCTATAACTATTTGAACTGATTAGACAAACAAA
*
13322567 TTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATGTTCAAAG
131 ATTATTTTTT-AATCTCTTATTAATGTTCAAAG
* *
13322600 TATTATTTTATTCTGAACAAACTTATATGAACAAAAATATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
1 TATTATTTTATTCTGAACAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTGTATGACAAAACAAAAGGTC
* ** * * * *
13322665 ATAACGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAATTATTTGAACTGGTTAGGCAAACAA
66 ATAACGATTTAAAATAAATAATTACTCAAACAGCT-ATAACTATTTGAACTGATTAGACAAACAA
*
13322729 AATTATTTTTTAATCTCTTTTTAAT
130 AATTATTTTTTAATCTCTTATTAAT
13322754 TTTTGAAATA
Statistics
Matches: 128, Mismatches: 25, Indels: 3
0.82 0.16 0.02
Matches are distributed among these distances:
162 14 0.11
163 114 0.89
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (162 bp):
TATTATTTTATTCTGAACAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTGTATGACAAAACAAAAGGTC
ATAACGATTTAAAATAAATAATTACTCAAACAGCTATAACTATTTGAACTGATTAGACAAACAAA
ATTATTTTTTAATCTCTTATTAATGTTCAAAG
Found at i:13324168 original size:536 final size:534
Alignment explanation
Indices: 13323031--13325873 Score: 2088
Period size: 536 Copynumber: 5.3 Consensus size: 534
13323021 AAATCACTTT
* ** ** * * *
13323031 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTAT--ACTGAAAC
1 TTAATTTTTAAAATATTAATAAAGAAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTTTATGAACTAAAAC
* * * * * *
13323094 AATTGTTTTATGACAAAATAAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAGTCGT
66 AATTATTTTATGAC-AAA-AAAAATGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCAT
* * * * * * * * * *
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* * * ** * * * * *
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* * * * * * * *
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* ** * * * * *
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* * ** * *
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* * * * * * * ** * * * * * *
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* * * *
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* * * *
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* * *
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* * * *
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* * * *
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* * ** *
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*
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* * *
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* * * * * * * *
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*
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* *
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* * *
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* ** * * * *
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* * ** * ** *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * * * * *
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*
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* * **
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* * * * * * * *
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* * * *
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* *
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* ** * * * *
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* * * * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* * *
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** * *** * * *
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* *
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* * * *
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* * * * * * * * *
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* * * *
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*** * * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* *
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* * * *** * * * *
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* * * *** * *
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*
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* * * * * *
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** ** * * *
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** * * * **
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* * ** * * * *
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* * * * * * * *
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*
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* * * * ** * * ** *
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* * * *
13325520 ATATATATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTGTGAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * *
13325705 TTTATTTTTAAATCTTTTACTTATTAGTTGTCTG-AATATTAATAAATTTGTATCATTTTAGTTG
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* * *
13325769 AAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-TATATATTTTATGACAAAACAAAAGGTT
129 AAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAAT-TATTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * *
13325820 ATAGCAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTCAACTTGTT
1 ATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT
13325874 TGATGATAAA
Statistics
Matches: 2166, Mismatches: 474, Indels: 220
0.76 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
172 3 0.00
173 12 0.01
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* * * * * * * *
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* * * * * ** * *
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* * * * * *
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1 TTTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTATAAA
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** * * * *
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* * * ** *
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63 ATAAACTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAATAAAAGATCATAATGATTTAAAATA
* * * * * * * * * ** *
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* * * * * * * *
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* * * **
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126 TAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTA
* * * * * *
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1 TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTAT-AAA
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64 TAAACTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAAT-AAAAGATCATAATGATTTAAAATA
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* * ** * * ***** * * ** *
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* * * * * * * * * *
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* ** * ** * * * * ** * * * * *
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** *
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165 TCGA--T-AAAT-AGATT-TA
* *** * ** ** * **
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* * ** * * * *
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***** * * * * * * * *
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* ***** * ** * ** *
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* *
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* * * * **** * *
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* * * ** * * * * *
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* * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * ***
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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* * ** ** * *
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* * * * * * * * * * *
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* * * * *
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* * *
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* * * * * *
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* * * * * ** * * * **
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126 TAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTA
* * * * *
13330947 CTTTTTAAA----TTACTTATTAATTTTTGGACTATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAT
1 TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTATAAAT
* ** * * * * * * *
13331008 AAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAATG-TCATAACGATTTGAAATAGA
65 AAACTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAATAAAAGATCATAATGATTTAAAATAAA
* ** * * * * * * *
13331072 CAATTGTTTGAATACTCGTAACTATTTGAATTTATT-TAGTAAACAAATTTA
130 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA-TAAATAGATTTA
* * * * * **
13331123 TTTTTTAAAACTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTATTATTATTTTATTTTGGAT
1 TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTATAAAT
* * ** * * *
13331188 AAGCTTTTATGAACTGAAACAATTGTTTTAT-ATAAAA-ACAAAGGTCATAATGATTCT-AAATA
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** *
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128 AATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTA
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* * ** * * * *
13331430 TATATAATTATT-ATAATAGTTTTAACTATTTGACCTAGTTCGACAAACCA-ATTTA
126 TAAATAATTGTTCA-AATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAA-TAGATTTA
* * * * *
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13331545 TAAGCTTTTATGACCAAAAACAATTGCTTTATGACAAAA-CAAAGATCTTAATGATTTGAGATTG
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** * * * * * *
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* * * * *
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Statistics
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TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTATAAATA
AACTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAATAAAAGATCATAATGATTTAAAATAAAT
AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTA
Found at i:13327931 original size:167 final size:169
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13327633 TTTTTAAATA
* * * * * **
13327643 TTTTACTTATTAATTTTTAGAATTTTAATAAATTATTATTTTTTTTATTCCAAATAAACTTTTAT
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* * * *
13327708 GGACAGAAACAATTGGTTTATGAAAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTA
66 GAACAGAAACAATAGGTTTATGAAAAAATAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTATTTA
* *
13327773 AATAGTTATAACTATTTAAACGTGTTTAGAAAACATATT
131 AATAGTCATAACTATTCAAACGTGTTTAGAAAACATATT
* * *
13327812 TTTTCCTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATT-TAAATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGGAT
1 TTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTATAAATTATTTTATTCAAAATAAACTTGGAT
* * * * * *
13327876 GAACA-AAACCAATAGTTTTGTGACAAAATGAATGG-CATAATGTTTTAAAATAGATAATTATTT
66 GAACAGAAA-CAATAGGTTTATGAAAAAATAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTATTT
* * * * * *
13327939 AGATAGTCATGACTATTCAAACTTATTCGATAAATAAATTCTTCTTTTAATTT
130 AAATAGTCATAACTATTCAAACGTGTT---TAGA-AAA-----C--AT-A-TT
* * * *
13327992 TTTTGCTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGT--ATTA-TTTACCTTC-AAATAAACTTA
1 TTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTA-TAAATTATTTTA--TTCAAAATAAACTTG
* * * * * * * *
13328053 TATGAACTGAAACAATTGTTTTATTATAAAA-AAAAGGTCATTATGATTTGAAATAGATAATTAT
63 GATGAACAGAAACAATAGGTTTATGAAAAAATAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTAT
* *
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128 TTAAATAGTCATAACTATT
13328136 TGAACTTGTT
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TTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTATAAATTATTTTATTCAAAATAAACTTGGAT
GAACAGAAACAATAGGTTTATGAAAAAATAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTATTTA
AATAGTCATAACTATTCAAACGTGTTTAGAAAACATATT
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13327800 AGAAAACATA
* * *
13327810 TTTTTTCCTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTAAATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGGA
1 TTTTTTCCTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTAAATTATTTTATTCAAAATAAACTTAGA
* * * * *
13327875 TGAACAAAACCAATAGTTTTGTGACAAAATGAATGGCATAATGTTTTAAAATAGATAATTATTTA
66 TGAACAAAACCAATAGTTTTATGACAAAATAAAAGGCATAATGATTTAAAATAGATAATTATTCA
*
13327940 GATAGTCATGACTATTCAAACTTATTCGATAAATAAATTCTTCTTTTAAT
131 AATAGTCATGACTATTCAAACTTATTCGATAAATAAATTCTTCTTTTAAT
* *
13327990 TTTTTTGCTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAA-TTAGTATTA-TTTACCTTC-AAATAAACTT
1 TTTTTTCCTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTA-AATTATTTTA--TTCAAAATAAACTT
* * * * * * *
13328052 ATATGAACTGAAA-CAATTGTTTTATTATAAAA-AAAAGGTCATTATGATTTGAAATAGATAATT
63 AGATGAAC-AAAACCAATAGTTTTATGACAAAATAAAAGG-CATAATGATTTAAAATAGATAATT
** * * * * * *
13328115 ATTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTTGTTCAATAAACATATT-TATTTTTTAAAA
126 ATTCAAATAGTCATGACTATTCAAACTTATTCGATAAATAAATTCT-TCTTTT-AAT
* * * * * * * * *
13328171 TCTTTTACTTATTAAATGTTGAAATATTAATAAA-TTAATATCATTTTAAT-ATGAATAAACTT-
1 TTTTTTCCTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTAA-ATTATTTTATTCA-AAATAAACTTA
* * * ** * *
13328233 GTATGAACAAAAACAATTA-TTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAAGTTAAAATAAATAATT
64 G-ATGAACAAAACCAA-TAGTTTTATGACAAAA-TAAAAGGCATAATGATTTAAAATAGATAATT
13328297 GGACAAATAA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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183 5 0.02
ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
TTTTTTCCTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTAAATTATTTTATTCAAAATAAACTTAGA
TGAACAAAACCAATAGTTTTATGACAAAATAAAAGGCATAATGATTTAAAATAGATAATTATTCA
AATAGTCATGACTATTCAAACTTATTCGATAAATAAATTCTTCTTTTAAT
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Period size: 91 Copynumber: 3.1 Consensus size: 91
13328239 ACAAAAACAA
13328249 TTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAAGTTAAAATAAATAATTGGACAAATAATCATAAT
1 TTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAAGTTAAAATAAATAATTGGACAAATAATCATAAT
*
13328314 GATTTGAACTTGTTGGGTAAACAGAT
66 GATTTGAACTTGTTGGGTAAAAAGAT
* * **** * * * * * * **
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1 TTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCA-TAACAAGTT-AAA-ATAAAT-AATTGGACAAATAATCA
* * *** * *
13328398 TAAT-ATGAATAAACTTGTATGAACAAAAACAA
62 TAATGAT--TTGAACTTGT-TGGGTAAAAAGAT
13328430 TTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAAGTTAAAATAAATAATTGGACAAATAATCATAAT
1 TTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAAGTTAAAATAAATAATTGGACAAATAATCATAAT
* *
13328495 GATTTGAACTTGTTGGGTAAATAGGT
66 GATTTGAACTTGTTGGGTAAAAAGAT
13328521 TTATTTT
1 TTATTTT
13328528 TTAAATCTTT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.45, C:0.07, G:0.11, T:0.37
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TTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAAGTTAAAATAAATAATTGGACAAATAATCATAAT
GATTTGAACTTGTTGGGTAAAAAGAT
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Period size: 180 Copynumber: 4.7 Consensus size: 179
13329190 AGATAATTGT
* * *
13329200 TTTA-TTTTTACAT-TTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCA
1 TTTATTTTTTAAATCTTCTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAA-TTATATTATTTTATTCA
* * * * *
13329263 AAATAAGCTTGCATGAA-TAGAACCAAATGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGTTTTGAT
65 AAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAA
* * *
13329327 ATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACATGTTCAATAAACAAA
129 ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAA-AAACAAA
* * * * *
13329379 TTCATTTTTTAATTC-TCTTACTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
1 TTTATTTTTTAAATCTTC-TACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTA-TATTATTTTA-TT
* * * *
13329443 C-AAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTGTGTTA-GTACAAAA-AAAATGTTACAATGATTTG
63 CAAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATG-ACAAAACAAAATGTCATAATGATTTG
* * * *
13329505 AAATAGATAATTATTCAAATAGTTATGACTAGTTGAACTTGTTCGAAAAACATA
127 AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC-AAAAACAAA
* *** *
13329559 TTTATTTTTTAAATCTTCTACTTATTAAATGTTGAAATACCGATAAATTAATATTATTTTAATCA
1 TTTATTTTTTAAATCTTCTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATT-ATATTATTTTATTCA
* * * *
13329624 AAATAAGCATGTATG-ACAT-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGCCATAA-CATTTTGA
65 AAATAAGCTTGTATGAAC-TGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGA-TTTGA
* * ** ** * * *
13329686 AATAAATAATTTTTCAAATAGTCATAAAAATTTGATTTTGTTCAGTAAATAGA
128 AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCA-AAAACAAA
* * * *
13329739 TTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTG-TCATAATATTAATAAATTTTTATTATTTTATTT
1 TTTATTTTTTAAATCTTCTACTTATTAATTGTTGA-AATATTAATAAA-TTATATTATTTTATTC
* * ** * * *** *
13329803 GAAATAAGCTTGTATGAAC--AAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGCAATTTCAA
64 AAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAA
* * * * *
13329866 ATAGATAATT-GTCGAAATAGTTA-AAAT-TTTAAAACTTGTTCAGCAAACAGATTCA
129 ATAGATAATTATTC-AAATAGTCATAACTATTT-GAACTTGTTCA-AAAACA-A---A
* * *
13329921 TTT-TTTTTTAAATC-TCTTAATTATTAATT-TTCATAATATTAATAACTTAGTATTATTTTATT
1 TTTATTTTTTAAATCTTC-TACTTATTAATTGTTGA-AATATTAATAAATTA-TATTATTTTATT
*** * * *
13329983 TTGAATAAGCTTATATGAATTGAAATAATT-TTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACT-ATTTG
63 CAAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAA-TGATTTG
13330046 A
127 A
13330047 TCTAGTTCGA
Statistics
Matches: 539, Mismatches: 97, Indels: 61
0.77 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
177 3 0.01
178 18 0.03
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180 252 0.47
181 144 0.27
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183 6 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (179 bp):
TTTATTTTTTAAATCTTCTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTATATTATTTTATTCAA
AATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAAT
AGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAAAAACAAA
Found at i:13330075 original size:145 final size:145
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Period size: 145 Copynumber: 1.8 Consensus size: 145
13329915 GATTCATTTT
* * * ***
13329925 TTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTCATAATATTAATAACTTAGTATTATTTTATTTTGAATA
1 TTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTATCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAACCTGAATA
* * * *
13329990 AGCTTATATGAATTGAAATAATT-TTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACT-ATTTGATCTAGT
66 AACTTATATGAA-TGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAA-TGATTTGATCTAGT
13330053 TCGATAAGCATATTTAC
129 TCGATAAGCATATTTAC
* * * *
13330070 TTTTTAAATTTTTTACTTATTAATTATCAAAATATTAGTAAATTAGTATTATTTTAACCTGAATA
1 TTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTATCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAACCTGAATA
* * *
13330135 AATTTGTATGAATGAAACAATTGTTTTATAACAGAACAAAAAGTCATAATGATTTGA
66 AACTTATATGAATGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGA
13330192 AATAAATAAT
Statistics
Matches: 103, Mismatches: 17, Indels: 4
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Matches are distributed among these distances:
144 10 0.10
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Consensus pattern (145 bp):
TTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTATCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAACCTGAATA
AACTTATATGAATGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGATCTAGTTC
GATAAGCATATTTAC
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Indices: 13330303--13337710 Score: 4532
Period size: 181 Copynumber: 41.3 Consensus size: 179
13330293 ATTATTTTAT
* * * * * *
13330303 TATGAACAAAAACATTTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAGTGATTTAAAATAGATAATTGT
1 TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA-CAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGT
* * * * * * * * *
13330368 TCAAATAGTAATAATTATTTGAATTGGTTAGGTAAATAGAATTATTTTTTAAATCTCTTACATAT
65 TCAAATAGTCATAACTATTTAAATT-GTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTAT
* * * * *
13330433 TAATTTTT-TAATATGAATAAATTCA-TTTTATTTTATTCCGAATAAGCTAG
129 TAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTG
* * *
13330483 TATGAATTGAAAAAAATT-TTTTATGACAAAACAAAA-G------TGATTTGAAATAGATAATAG
1 TATGAATAG-AAACAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTG
* * * * ** * * * *
13330540 TTCATATAGTCTTAATTATTTGAACTAATTT-AGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTT
64 TTCAAATAGTCATAACTATTT-AAATTGTTTGA-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTT
* ** **
13330604 ATTAATTTTTGGAATATTTTTATGTTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTG
127 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTG
* * * * * * * *
13330657 TATGAATAGAAATAATTATTTTATGATAGAATAAAAGGTTATAATGATTTGAAGTATACAATTGT
1 TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACA-AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGT
* * *
13330722 TCAAATAGTCATAACTACTTAAATTGGTTTGCTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTAT
65 TCAAATAGTCATAACTATTTAAATT-GTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTAT
* * * * *
13330787 TAATTTTTGAAAGATTAATAAATTACTATTATTTTATTCCTAATAAACTTG
129 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTG
* * * * *
13330838 TATAGTAA-A-AAAAAATTGTTATATGACTAAACAAAA-GACAGTAACGATTTGAAATAAATAAT
1 TAT-G-AATAGAAACAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAGGTCA-TAATGATTTGAAATAGATAAT
* * * * ** * ***
13330900 TATTGAAATGGTCATAATTATTTAAACTAATTTGGTAAACAGATTCGCTTTTTAAA----TTACT
62 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAA-TTGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACT
* * *
13330961 TATTAATTTTTGGACTATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTG
126 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTG
* * * *
13331015 TATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGATAAA-ACAAATGTCATAACGATTTGAAATAGACAATTG
1 TATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAACA-AAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTG
** * * * * * * *
13331078 TTTGAATACTCGTAACTATTTGAATT-TATTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAAACTCTTACTT
64 TTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTGT-TTGA-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTT
* * * * *
13331142 ATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTATTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTT
127 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTG
* * *
13331195 TATGAACT-GAAACAATTGTTTTAT-ATAAAAACAAAGGTCATAATGATTCT-AAATAAATAATT
1 TATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAACA-AAAGGTCATAATGATT-TGAAATAGATAATT
** * * *
13331257 GTTCAAATAGTCATCGCTATTTGAACTTGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTCAAATCTTTTCCT
63 GTTCAAATAGTCATAACTATTT-AAATTGTTTGATAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTTTTACT
* * * * *
13331322 TATTAATTTTTTG-AATGTAAATAAATTTGGATTATTTTATTTCGAATAAGATTG
126 TATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTG
* * * * * * * * * *
13331376 TAAG-ATATGAGACAAATATTTTCTGACTAAACAAAAGGTCAAAACGATTTAAAATATATAATTA
1 TATGAATA-GAAACAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTG
** ** * * *
13331440 TT-ATAATAGTTTTAACTATTTGACCTAGTTCGACAAACCA-ATTTATTTTTTAAATC---T-CT
64 TTCA-AATAGTCATAACTATTT-AAATTGTTTGATAAA-CAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACT
* * * ** * *
13331499 TATTAATTTTTGTAATGTTATTAAATTAGTATTATTTT-TAACCAAATAAGCTTT
126 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTCGAATAAGCTTG
** * * * * * * **
13331553 TATGACCAAAAACAATTGCTTTATGACAAA-ACAAAGATCTTAATGATTTGAGATTGATAATTAC
1 TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAACA-AAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGT
* * * * * * *
13331617 TCAACTAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTGCTTAT
65 TCAAATAGTCATAACTATTT-AAATTGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTAT
* **
13331682 TAAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTG
129 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTG
* * ** *
13331733 TATGATAAAAAACACAATTGTTTTATGACAAA-ACAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATC
1 TATGA-ATAGAA-ACAATTGTTTTATGACAAACA-AAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATT
* * * * * * *
13331797 ATTTAAA-AGGCCATAATTATTTTAATTGATTTTATAAACAAATTTATTTTTTAAAT-TTCTTAC
63 GTTCAAATA-GTCATAACTATTTAAATTG-TTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTT-TTAC
* * *
13331860 TTCTT-ATTTTAGGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCCAATTAAGCTTG
125 TTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAA-TAAGCTTG
* * * ** * *
13331915 TATTAACT-G-AACAATTGTTTTATGACAAATTAAAAGGTTATAACAATTTTAAATAGACAATTG
1 TATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAA-CAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTG
* * * * *
13331978 TTCAAATTGTAATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTGTTTTAAATCTCTTT-CT
64 TTCAAATAGTCATAACTATTT-AAATTGTTTGATAAACAGATTTATT-TTTTAAATCT-TTTACT
* * * * *
13332042 TATTATTTTTTCAAATGTTAATAAATTAATATTAATTTA-TTCTGAATAAGCTTG
126 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTG
* * * * * * *
13332096 TATAAACT-GTAACAATTGTTTTATGATTAAATAAAAGGTAAGAATGATTTCAAATAGATAATTG
1 TATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGA-CAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTG
* * * * * ** * * *
13332160 TTCTAATAGTCTTAACCAATTGAATTGATTCAATAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
64 TTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTG-TTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTA
* * * * *
13332225 TTAATTTTT-AGAATATTATTAAGTTAGTATTATTTTTAATTAGAATAAGCTTA
128 TTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTCGAATAAGCTTG
** * * ** ** **
13332278 TACAAACA-AAACAATAGTTTTATGACAAA-AGAAAGGTCCCAACT-ATTTGAAATAGGCAATCA
1 TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAACA-AAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTG
* * * ** **
13332340 TTCATATAGTCTTAACTATTT-GATCTGGTTTGATAATTAGATTTATTTTTTAAAT-TTCTTGGT
64 TTCAAATAGTCATAACTATTTAAAT-T-GTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTT-TTACT
* * ** *
13332403 TATTAAGTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAAATAG
126 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTG
** * * * * *
13332457 TATGAGCA-AAATCAATTGTTTGATGACAAAATAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAAATAATTA
1 TATGAATAGAAA-CAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTG
* * * * * *
13332521 TTCAAATAGTCAAAACTATTTGAAA-TGATTTGGTAAATAGTTTTACTTTTTAAATCTCTTA-TT
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* * * * * *
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127 -ATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTG
* * *
13332638 TATTAATA-AAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAAGT-AGTAATGATTTGAAATAGATAATTG
1 TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAGGTCA-TAATGATTTGAAATAGATAATTG
* * * * * * * *
13332701 TTC-AATAGTTATAATTATTTAAACTGGTTCGATAAATAAAATTATTTTCTAAATC---T-CTTA
64 TTCAAATAGTCATAACTATTTAAA-TTGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTA
* * * *
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128 TTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTG
* * * ** *
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1 T-ATGA-ATAGAAACAATTGTTTTATGAC-AAAC-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAAT
* * * * * * * * * *
13332876 TGTTCATATAGTCTTAACTGTTTGAATAGAGTCGACT-AACAGATTTATTTTTGAAATCTCTTAG
62 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTG-TTTGA-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTAC
* * * * * * * * *
13332940 TTCTTGA-CTTTCAGAATATTACTAAATTAGTATTGTTTTATTCCAAATAAGTTTG
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* * * * * * **
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1 TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACA-AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGT
* * * * * * *
13333060 TCAAATAATCATAACTTTTTAAAACTAG-TTCAGTAAATAGATTGACTTTTTAAATC---T-CTT
65 TCAAATAGTCATAACTATTT-AAA-TTGTTTGA-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTT
* * * * *
13333120 ATTAATTCTTGAAATATTAGTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGTTTT
127 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTG
* * * * ** * * * *
13333173 TATG-TTCA-AAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACAAATTGAAATAAATAGTTA
1 TATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTG
* * * ** * * **
13333236 TTCAAA-AGACCATAATTATTTAAAATTATTT-AGTAAATTGATTTACTTTTTAAAACTCATACT
64 TTCAAATAG-TCATAACTATTT-AAATTGTTTGA-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACT
* * ** * * * * *
13333299 TACTAACTTTTGAAATAAAAATTAAAGTAGCATTATTTT-TTTTGGATAAGCTTT
126 TATTAATTTTTGAAATATTAA-TAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTG
* ** * *
13333353 TATGAATTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTTAAATCA-ATAACT
1 TATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT-AGATAATT
* * * * * * ***
13333416 ATTCAAATAGTCATAACTATTTAACTTGTTCGATAAACAAATTTATGTTTTCAAATCTCTCGTTT
63 GTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTGTTTGATAAACAGATTTAT-TTTTTAAATCTTTTACTT
* * * *
13333481 ATTAATTTTTCAAATGTTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTG
127 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTG
* * * * * *
13333534 TATGAACT-GAAACAATTATTATA-GAACTAAACAAAA-GTTAGAATGATTTGAAAAAAATAATT
1 TATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATG-AC-AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATT
* * * * ** * *
13333596 ATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAATTGGTTTGGCAAATACATTTATTTTTTAAATC-TTT-C--
63 GTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATT-GTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTT
* * * *
13333657 ACTAATTTTTAAAATATTATTACATTAGTATTATTTT-TATTCGAATAAGCTTG
127 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTCGAATAAGCTTG
* * * * * * * *
13333710 TACGATTAGAAACAATTATTTTATGAGAATAC-AAAGATCATAATGATTTGAGATTGATATTTGT
1 TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAA-ACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGT
* * * * *
13333774 TCAAATAATCATAACTATTTGAACTAGTTTAGA-AAACA-ACTTTA-GTTTTAAATCTTTTGCTT
65 TCAAATAGTCATAACTATTT-AAATTGTTT-GATAAACAGA-TTTATTTTTTAAATCTTTTACTT
* * * * *
13333836 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTACTTTATTTCAAATAAGTTTT
127 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTG
*
13333889 TATGACATA-AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGACTTT-AAATAGATAATT
1 TATGA-ATAGAAACAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAGGTCATAATGA-TTTGAAATAGATAATT
* * * * * * *
13333952 GTTCAAATAATCA-AATTTATTTGAACTTGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTTAAATCTCTTGC
63 GTTCAAATAGTCATAA-CTATTT-AAATTGTTTGATAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTTTTAC
** * * * * *
13334016 CCATTCATTTTTTG-AATATTAATAAATTATTTTTATGTTA-TTCTAAATAAAGCTTG
125 TTATT-AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAAT-AAGCTTG
* * * *
13334072 TATAAACTA-AAATAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTG
1 TATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTG
* * * * ** * *
13334136 TTCTAATAATCTTAACTATTTGAACTAATTT-AGTAAACACATTTATGTTTTAAATC---T-CTT
64 TTCAAATAGTCATAACTATTT-AAATTGTTTGA-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTT
* * * * * * *
13334196 ATTAATTTTTGGAATATTATTAAACTAGTATTATTGTAATCCAAATAAGCTTG
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* ** ** *
13334249 TATGGAA-AGAAACAATTTTTTTATGACAAA-ATAAAATTCATAACAATTTGAGATAGATAATTG
1 TAT-GAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAACA-AAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTG
* * * * * *
13334312 TTCAAATAGTAATAGCTATTTAAACTATTTCGATAAACAAATTTAGTTTTTAAATC---T-CTTA
64 TTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTGTTT-GATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTA
** ** * * **
13334373 TTAATTTTCAAAATATTAATAAATCGGTATTGTTTTATTTTGAATAATTTTG
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* * * * *
13334425 CATAAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGT
1 TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGT
* * * * * * * * *
13334490 TCATTATGGACATGACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTCTACCTA
65 TCA-AATAGTCATAACTATTT-AAATTGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTA
* *
13334555 TTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTAAATAAACTT-
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* * * *
13334606 TAATGAATAGAAACAATTATTTTA-CAGCAAACAAAA-GTCATAACT-ATTTCAAATAAATAATT
1 T-ATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA-CAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATT
* * * * *
13334668 GTTCAAATAGGCATAACTATTTAAACTTGCTTGGTAAAAAGATTTATGTTTTAAATCTTTTACTT
63 GTTCAAATAGTCATAACTATTTAAA-TTGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTT
* * * *
13334733 ATTAATTTTTGGAATATTAATAAACTAGTATTA-TTTATTTCAAATATGCTTG
127 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTG
* * *
13334785 TATGAATAGAAACAATTGGTTTATGATAAGACAAAAGGTCATAACTG-TTTGAAATAAATAATTG
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* * *
13334849 GAT-AAATAGTCA-AACTATTTGAACA-TGTTCTTA-AAACATATTTATTTTTTAAAT-TTTTAC
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* *
13334909 TTATTAATTTTTGGAATATCAATAAATTTA-TATTATTTTATTT-GAAATAAGCTTG
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* * * * * ** * * *
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* * * * * *
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** * * * *
13335092 ATTAGGTTTTGAAATATTAATAAATGAGTATTATTATATTTTGAATAAGCCT-
127 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTG
* * * ** * *
13335144 TATGAATTGATATAATTGTTTTATGATGGAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGACAATTAT
1 TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA-CAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGT
* * ** * * * * * *
13335209 TCAAATAGTTATGACTATTTAAAATCATTCGGTAAATATATTTATTTTTAAAATCTTATACTTAT
65 TCAAATAGTCATAACTATTT-AAATTGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTAT
* ** * * *
13335274 TAATTGTCAAAATGTTAATAAATTA-T-TT-TTTTAATT-GAAATAAGCTTA
129 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTG
* ** * * ** *
13335322 TATGAATA-AAGACAAATACTTTATGGCAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTG
1 TATGAATAGAA-ACAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTG
* * * * *
13335386 TTCAAATAGTCATAACTATGTGAATT-TATTTAGTAAACATAGTTATTTTTTAAATCTTTTA-TC
64 TTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTGT-TTGA-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACT-
* * * * *
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126 TATTAATT-T-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTG
* * * * *** * *
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1 TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA-CAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGT
* * * * *
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* * * * *
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* * * *** *
13335684 TATGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGCAATTTGAAATAGGTAATTGT
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* * * * *
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* * * * *
13335813 TTAATTGTCTT--AATATTAACAAATTTGTATTATTTTAATT-GAAACAAGATTG
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* * * * *** *
13335865 TATGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAAAAAAGGTTATAGCAATTTGAAATAGGTAATTGTT
1 TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * * *
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66 CAAATAGTCATAACTATTT-AAATTGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT
* ** *
13335995 AATTTTT-AAATATTAATAAATTAGAATTATAATATTTTGAATAAGCTTG
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** * * * ** * **
13336044 TACAAACAGAAACAATTGTTTTGTGACAAAACAAATGGTCATAACAATTTGAAATAGAAAATTAC
1 TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGT
** * * * * ** *** * * *
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65 TCAAATAGTCATAACTATTTA-AATTGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTAT
* * * * * *
13336173 TAA-TTTTCAGAATATTGATAAATTAGCATTACTTTATTTCAAATATGAC-TG
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* * * * *
13336224 TATCAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAGCAAATGGTCATAATGATTTAAAATAAATAATTAT
1 TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAA-CAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGT
* * * * * * * * * *
13336289 TCAGATTA-TTATAACTAATTGAACTAGTTTGGTACATATATTTATATTTTAAATC---T-CTTA
65 TCA-AATAGTCATAACT-ATTTAAATTGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTA
* * * * * * * *
13336349 ATAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAACAAACTTA
128 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTG
* * * * * **
13336401 TATGAACA-AAATCATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACGATTTGGAATAGATAATAA
1 TATGAATAGAAA-CAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTG
** * * * * * *
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64 TTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTAT
* * * * * * *
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129 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTG
* * * * * **
13336568 TATGAACA-AAATCATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACGATTTGGAATAGATAATAA
1 TATGAATAGAAA-CAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTG
** * * * * ** * * *
13336632 TTCCTATAGCCTTAACCATTTGAATTGGTTTGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTA
64 TTCAAATAGTCATAACTATTTAAATT-GTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTA
* * ** * * * * *
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128 TTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTG
* * * * * *
13336749 TATGAACATAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAATGATTTGAAATATATAATTGT
1 TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGT
* ** * * ** * * **
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65 TCAAATAGTCATAACTATTT-AAATTGTTTGATAAACA-GATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTA
* * *
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128 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTG
* * * * ** *
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1 TATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTG
* * * * ** *** * ***
13336995 TTCAAATAGCCATAATTATTTGAATTGACTTGATAAATTGATTTATGGGATCAATATCTCCAACT
64 TTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTG-TTTGATAAACAGATTTAT-TTTTTAA-ATCTTTTACT
* * * * * * * *
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* * * *
13337118 TATGAACT-GAAACAATTGTTTTATTATAAAAAAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTG
1 TATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGA-CAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTG
* * * **
13337182 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAATT-TGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAAT-TTCTTGTT
64 TTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTGT-TTGA-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTT-TTACT
* * * *
13337245 TATTAATTTTTTAAATGTTAATAAAATAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCATG
126 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTG
* * * * * * **
13337299 TATGAACT-GAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGATCAAAACGACTAGAAATAGATAATCA
1 TATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTG
* * * ** * * *
13337363 TTTAAATAGTCTTAACTATTTAAGTTGATTTGGCAGAC--ATTTATTTTTTAAATCTATTGCTTA
64 TTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTG-TTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTA
* * ** * *
13337426 TTAATTTTAG-AATATTATTAGTTTAGCAATATTTTACTTT-GAATAAGCTTG
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* * * * ** * * *
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1 TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC-AAACAAA-AGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTG
* * * * *
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* **
13337601 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTAAATAATTTTG
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* * * ** ** *
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13337711 GGGTTGTAGC
Statistics
Matches: 5772, Mismatches: 1150, Indels: 616
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (179 bp):
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CAAATAGTCATAACTATTTAAATTGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTA
ATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTG
Found at i:13331492 original size:538 final size:535
Alignment explanation
Indices: 13330028--13337710 Score: 4850
Period size: 538 Copynumber: 14.3 Consensus size: 535
13330018 TGACAAAACA
* * * * * * ** *
13330028 AAAT-GTCATAACTATTTG-ATCTAGTTCGATAAGCATATTTACTTTTTAAATTTTTTACTTATT
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* ** * *** * *
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* * * * *
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129 ATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* * *
13330219 CTATTTGAACTCGTTTGATAAATAAATTTATTTTTTAAATC---T-CTCATTAA-TTTTTGAAAT
193 CTATTTGAACTTGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTTG-AAT
* * * *
13330279 ATTAATAGATTAGTATTATTTTA-TT---AT--GA----A-CAA--AAACATTTGTTTTATGA-T
257 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGATTGTATGAATGAAACAATTATTTTATGACT
** * * * * * *
13330330 AAAACAAAAGGTCATAGTGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAATTATTTGAATTGG
322 -AAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG
* * * * * *
13330395 TTAGGTAAATAGAATTATTTTTTAAATCTCTTACATATTAATTTTT-TAATATGAATAAATTCA-
386 TTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTC-T---TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AG
* ** * * *
13330458 TTTTATTTTATTCCGAATAAGCTAGTATGAATTGAAAAAAATT-TTTTATGACAAAACAAAAG--
446 TATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA-TG-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGGTC
* *
13330520 -T---GATTTGAAATAGATAATAGTTC
509 ATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTT
* * * * * * * *
13330543 ATATAGTCTTAATTATTTGAACTAATTTAGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTA
1 AAATAGTCATAACTATTTGAATTTATTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAAACTCTTACTTATTA
* ** ** * * *
13330608 ATTTTTGGAATATTTTTATGTTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAATAA
66 ATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTTTATGAACTA-AAACAA
* * * * * *
13330672 TTATTTTATGATAGAATA-AAAGGTTATAATGATTTGAAGTATACAATTGTTCAAATAGTCATAA
130 TTGTTTTATGACA-AA-ACAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* * * * *
13330736 CTACTT-AAATTGGTTTGCTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTTGAAA
193 CTATTTGAACTT-GTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTTG-AA
* * * * * * * *
13330799 GATTAATAAATTACTATTATTTTATTCCTAATAA-ACTTGTATAGTAA-AAAAAAATTGTTATAT
256 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGA-TTGTAT-G-AATGAAACAATTATTTTAT
* * * * * *
13330862 GACTAAACAAAA-GACAGTAACGATTTGAAATAAATAATTATTGAAATGGTCATAATTATTTAAA
318 GACTAAACAAAAGGTCA-TAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * *** * *
13330926 CTAATTTGGTAAACAGATTCGCTTTTTAAAT-TACTTATTAATTTTTGGACTATTAATAAATTAG
382 CTAGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG
* *
13330990 TATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAATGTCA
446 TATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA-TGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGGTCA
*
13331055 TAACGATTTGAAATAGACAATTGTTT
510 TAACGATTTGAAATAGATAATTGTTT
* * *
13331081 GAATACTCGTAACTATTTGAATTTATTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAAACTCTTACTTATTA
1 AAATAGTCATAACTATTTGAATTTATTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAAACTCTTACTTATTA
* * * *
13331146 ATTTTTGAAATATTAAGAAATTATTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACTGAAACAAT
66 ATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTTTATGAACTAAAACAAT
* * **
13331211 TGTTTTAT-ATAAAAACAAAGGTCATAATGATTCT-AAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATCGC
131 TGTTTTATGA-CAAAACAAAGGTCATAATGATT-TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * * *
13331274 TATTTGAACTTGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTCAAATCTTTTCCTTATTAATTTTTTGAATG
194 TATTTGAACTTGTTTGATAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATTTTTTGAATA
* * * * * * *
13331339 TAAATAAATTTGGATTATTTTATTTCGAATAAGATTGTAAGATATGAGACAAATATTTTCTGACT
258 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGATTGTATGA-ATGAAACAATTATTTTATGACT
* * * ** *
13331404 AAACAAAAGGTCAAAACGATTTAAAATATATAATTATT-ATAATAGTTTTAACTATTTGACCTAG
322 AAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCA-AATAGTCATAACTATTTGAACTAG
* * * *
13331468 TTCGACAAACCA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGTAATGTTATTAAATTAGTATT
386 TTCGATAAA-CAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
**** * * * * *
13331532 ATTTT-TAACCAAATAAGCTTTTATGACCA-AAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAGATCTTA
450 ATTTTAT-TTTGAATAAGCTTGTATGA--ATGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGGTCATA
* * * ** *
13331595 ATGATTTGAGATTGATAATTACTC
512 ACGATTTGAAATAGATAATTGTTT
* * * * *
13331619 AACTAGTCATAACTATTTGAA-CTAGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTGCTTATT
1 AAATAGTCATAACTATTTGAATTTA-TTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAAACTCTTACTTATT
* * * **
13331683 AAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGATAAAAAACAC
65 AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTTTATGA-ACTAAA-AC
** ** * *
13331748 AATTGTTTTATGACAAAACAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATCATTTAAA-AGGCCATA
128 AATTGTTTTATGACAAAACAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA-GTCATA
* * * * **
13331812 ATTATTTTAA-TTGATTTTATAAACAAATTTATTTTTTAAAT-TTCTTACTTCTT-ATTTTAGGA
192 ACTATTTGAACTTG-TTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAATTTTTTG-
* * * *
13331874 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCCAATTAAGCTTGTATTAACTG-AACAATTGTTTTA
254 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAA-TAAGATTGTATGAA-TGAAACAATTATTTTA
* * * * * * * *
13331937 TGAC-AAATTAAAAGGTTATAACAATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATTGTAATAACTATTTGA
317 TGACTAAA-CAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * * * * *
13332001 ACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTGTTTTAAATCTCTTTCTTATTATTTTTTCAAATGTTAATAA
381 ACTAGTTCGATAAACAGATTTATT-TTTTAAA--TC--TCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAA
* * * * * *
13332066 ATTAATATTAATTTATTCTGAATAAGCTTGTATAAACTGTAACAATTGTTTTATGATTAAATA-A
441 ATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA-TGAAACAATTGTTTTATGA-CAAA-ACA
* * * *
13332130 AAGGTAAGAATGATTTCAAATAGATAATTGTTCT
503 AAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTT-T
* * * * * * * *
13332164 -AATAGTCTTAACCAATTGAATTGATTCAATAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTA
1 AAATAGTCATAACTATTTGAATTTATTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAAACTCTTACTTATTA
* * * * * **
13332228 ATTTTT-AGAATATTATTAAGTTAGTATTATTTTTAATTAGAATAAGCTTATACAAAC-AAAACA
66 ATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTTGAATAAGCTTTTATGAACTAAAACA
* * ** ** ** * *
13332291 ATAGTTTTATGACAAAAGAAAGGTCCCAACT-ATTTGAAATAGGCAATCATTCATATAGTCTTAA
129 ATTGTTTTATGACAAAACAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* * ** * ** *
13332355 CTATTTGATCTGGTTTGATAATTAGATTTATTTTTTAAAT-TTCTTGGTTATTAA-GTTTTGAAA
193 CTATTTGAACTTGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAATTTTTTG-AA
* * * *** * *
13332418 TATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAAATAGTATGAGCAAAATCAATTGTTTGATGA
256 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGATTGTATGAATGAAA-CAATTATTTTATGA
* * * * * * *
13332483 CAAAATAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAAAT-
320 CTAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTA
* * * * *
13332547 GATTTGGTAAATAGTTTTACTTTTTAAATCTCTTATTGATTAATTTTCT-AAATATTAATAAATT
385 G-TTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTC---TT-ATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATT
* * * * * * * * *
13332611 AATATTATTTTATTTTGAACAAACCTATATTAATAAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAAGT
444 AGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAGGT
*
13332676 -AGTAATGATTTGAAATAGATAATTG-TT
508 CA-TAACGATTTGAAATAGATAATTGTTT
* * * ** ** * * * *
13332703 CAATAGTTATAATTATTT-AAACTGGTTCGATAAATAAAATTATTTTCT-AAA-TC-T-CTTA-T
1 AAATAGTCATAACTATTTGAATTTATTTAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAAACTCTTACTTATT
* * ** * * * *
13332762 AAGTTTTTGAAATATTAATAAATTAGTCTTATTCTATTCCGAAAAAGCTTGTAAT-AGCTAAAAT
65 AA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTT-TTATGAACTAAAAC
* ** * * *
13332826 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCATATAGTCTT
128 AATTGTTTTATGACAAAAC--AAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * * * * * * * * * **
13332891 AACTGTTTGAA-TAGAGTCGACT-AACAGATTTATTTTTGAAATCTCTTAGTTCTTGACTTTCAG
191 AACTATTTGAACTTG-TTTGA-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTTG
* * * * * ** * *
13332954 AATATTACTAAATTAGTATTGTTTTATTCCAAATAAGTTTGTATGAACAAAAAAAATTGTTTTAT
254 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGATTGTATGAA-TGAAACAATTATTTTAT
* * * * * * *
13333019 TA-TAGAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTTTTTAAA
318 GACTA-AACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT-GA
* * * * *
13333083 ACTAGTTC-AGTAAATAGATTGACTTTTTAAATCTCTTATTAATTCTTGAAATATTAGTAAATTA
381 ACTAGTTCGA-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA
* * * * * *
13333147 GTATTATTTTATTTTGAATAAGTTTTTATG-TTCAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGT
445 GTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGGT
* * * * * * *
13333211 AATAACAAATTGAAATAAATAGTTATTC
508 CATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTT
* * * * *** * * *
13333239 AAA-AGACCATAATTATTTAAAATTATTTAGTAAATTGATTTACTTTTTAAAACTCATACTTACT
1 AAATAG-TCATAACTATTTGAATTTATTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAAACTCTTACTTATT
* ** * * * *
13333303 AACTTTTGAAATAAAAATTAAAGTAGCATTATTTT-TTTTGGATAAGCTTTTATGAATTAAAACA
65 AATTTTTGAAATATTAA-TAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTTTATGAACTAAAACA
* ** * * *
13333367 ATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTTAAATCA-ATAACTATTCAAATAGTCATA
129 ATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGGTCATAATGATTTGAAAT-AGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * *** **
13333431 ACTATTT-AACTTGTTCGATAAACAAATTTATGTTTTCAAATCTCTCGTTTATTAATTTTTCAAA
192 ACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAAATTTAT-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTTGAA
* * * * *
13333495 TGTTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTATA-GA
256 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGATTGTATGAA-TGAAACAATTATTTTATG-
* * * * * * * *
13333559 ACTAAACAAAA-GTTAGAATGATTTGAAAAAAATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAATT
319 ACTAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * ** * * * * * *
13333623 GGTTTGGCAAATACATTTATTTTTTAAATCT-TTCACTAATTTTTAAAATATTATTACATTAGTA
384 AGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTT-ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTA
* * * * * * *
13333687 TTATTTT-TATTCGAATAAGCTTGTACGATTAGAAACAATTATTTTATGAGAATACAAAGATCAT
448 TTATTTTAT-TTTGAATAAGCTTGTATGAAT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGGTCAT
* * * * *
13333751 AATGATTTGAGATTGATATTTGTTC
511 AACGATTTGAAATAGATAATTGTTT
* * * * * * * *
13333776 AAATAATCATAACTATTTGAA-CTAGTTTAGAAAACAACTTTA-GTTTTAAATCTTTTGCTTATT
1 AAATAGTCATAACTATTTGAATTTA-TTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAAACTCTTACTTATT
* * ** *
13333839 AATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTACTTTATTTCAAATAAGTTTTTATG-ACATAAAACA
65 AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTTTATGAAC-TAAAACA
* *
13333903 ATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGACTTT-AAATAGATAATTGTTCAAATAATCA-A
129 ATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGGTCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * * * ** *
13333966 ATTTATTTGAACTTGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTTAAATCTCTTGCCCATTCATTTTTTGA
192 A-CTATTTGAACTTGTTTGATAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTTGA
* * * * * * * *
13334031 ATATTAATAAATTATTTTTATGTTA-TTCTAAATAAAGCTTGTATAAACTAAAATAATTATTTTA
255 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAAT-AAGATTGTATGAA-TGAAACAATTATTTTA
* * * * * *
13334095 TGACTAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAATCTTAACTATTTGAA
317 TGACTAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * * * * *
13334160 CTAATT-TAGTAAACACATTTATGTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAACTAG
382 CTAGTTCGA-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG
* * *** * * * **
13334224 TATTATTGTAATCCAAATAAGCTTGTATGGAAAGAAACAATTTTTTTATGACAAAATAAAATTCA
446 TATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTAT-GAATGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGGTCA
* * *
13334289 TAACAATTTGAGATAGATAATTGTTC
510 TAACGATTTGAAATAGATAATTGTTT
* * ** * *
13334315 AAATAGTAATAGCTATTT-AAACTATTTCGATAAACAAATTTAGTTTTT-AAA-TC-T-CTTATT
1 AAATAGTCATAACTATTTGAATTTATTTAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAAACTCTTACTTATT
** ** * * *
13334375 AATTTTCAAAATATTAATAAATCGGTATTGTTTTATTTTGAATAA--TTTTGCATAAACAAAAAC
65 AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTTT--ATGAACTAAAAC
* * * *
13334438 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCATTATGGACAT
128 AATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCA-AATAGTCAT
* * * * *
13334503 GACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTCTACCTATTAATTTTTAGAA
191 AACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTTGAA
*
13334568 TATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTAAATAA-ACTT-TAATGAATAGAAACAATTATTTTA
256 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGA-TTGT-ATGAAT-GAAACAATTATTTTA
* * * * * * *
13334630 -CAGC-AAACAAAA-GTCATAACTATTTCAAATAAATAATTGTTCAAATAGGCATAACTATTTAA
317 TGA-CTAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * * *
13334692 ACTTGCTT-GGTAAAAAGATTTATGTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAA
381 ACTAG-TTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAA
* ** * * * *
13334756 ACTAGTATTA-TTTATTTCAAATATGCTTGTATGAATAGAAACAATTGGTTTATGATAAGACAAA
441 ATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AA
* **
13334820 AGGTCATAACTG-TTTGAAATAAATAATTGGAT
504 AGGTCATAAC-GATTTGAAATAGATAATTGTTT
* * * *
13334852 AAATAGTCA-AACTATTTGAACATGTT-CTTA--AAACATATTTATTTTTT-AAATTTTTACTTA
1 AAATAGTCATAACTATTTG-A-AT-TTATTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAAACTCTTACTTA
* * * *
13334912 TTAATTTTTGGAATATCAATAAATTTA-TATTATTTTA-TTTGAAATAAGCTTGTAAGAAC-AGA
63 TTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTG-AATAAGCTTTTATGAACTA-A
* * * ** * * *
13334974 AACAATTATTTTATGATAAAATAAAATATCATAATGATGTGAAATAAAAAATTGTTCAAATAGTC
125 AACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * * * **
13335039 ATAACTATTTCAACTTGCTCT-ATAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGC-CATT-AGGTTT
189 ATAACTATTTGAACTTG-TTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTA-CTTATTAATTTTT
* * * ** * * *
13335101 TGAAATATTAATAAATGAGTATTATTATATTTTGAATAAGCCT-TATGAATTGATATAATTGTTT
252 TG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGATTGTATGAA-TGAAACAATTATTT
* * * * *
13335165 TATGA-TGGAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGACAATTATTCAAATAGTTATGACTATTT
315 TATGACT-AAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * * * * * ** *
13335229 AAAATCA-TTCGGTAAATATATTTATTTTTAAAATCTTATACTTATTAATTGTCAAAATGTTAAT
379 GAACT-AGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAAT
* * * * ** *
13335293 AAATTA-T-TT-TTTTA-ATTGAAATAAGCTTATATGAATAAAGACAAATACTTTATGGCAAAAC
439 AAATTAGTATTATTTTATTTTG-AATAAGCTTGTATGAATGAA-ACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * * *
13335354 AAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTC
502 -AAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTT
* * * * *
13335389 AAATAGTCATAACTATGTGAATTTATTTAGTAAACATAGTTATTTTTTAAATCTTTTA-TCTATT
1 AAATAGTCATAACTATTTGAATTTATTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAAACTCTTACT-TATT
* * * * * *
13335453 AATTGTCTT--AATATTAACAAATTTGTATTATTTTA-ATTGAAACAAGATTGTATGAA-TAGAA
65 AATT-T-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG-AATAAGCTTTTATGAACTA-AA
* * * * *** * * *
13335514 AAAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTTATAGCAATTTGAAATAGGTAATTTTTCATATAGTCA
126 ACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * * *
13335579 TAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTCAGTTTTTAAATCTTTTA-TCTATTAATTGTCTT
190 TAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACT-TATTAATT-TTTT
* * * * *
13335643 -AATATTAACAAATTTGTATTATTTTAATT-GAAACAAGATTGTATGAATAGAAAAAATTATTTT
253 GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG-AATAAGATTGTATGAAT-GAAACAATTATTTT
* * * * * * *
13335706 ATGACAAAACAAAAGGTTATAGCAATTTGAAATAGGTAATTGTTCATATAGTCATAACTATTTGA
316 ATGACTAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * * *
13335771 ACTTGTTCGATAAACAGATTCAGTTTTTAAATCTTTTATCTATTAATTGTCTT--AATATTAACA
381 ACTAGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATC---TCT-TATTAATT-T-TTGAAATATTAATA
* * * * * * *
13335834 AATTTGTATTATTTTA-ATTGAAACAAGATTGTATGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAAAA
440 AATTAGTATTATTTTATTTTG-AATAAGCTTGTATGAAT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACA
* * * * *
13335898 AAGGTTATAGCAATTTGAAATAGGTAATTGTTC
503 AAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTT
* * * * * * * * *
13335931 ATATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCGATAAACAGATTCAGTTTTTAAATCTTTTACTTATT
1 AAATAGTCATAACTATTTGAATTTATTTAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAAACTCTTACTTATT
* ** * **
13335995 AATTTTT-AAATATTAATAAATTAGAATTATAATATTTTGAATAAGCTTGTACAAAC-AGAAACA
65 AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTTTATGAACTA-AAACA
* ** * ** ** * *
13336058 ATTGTTTTGTGACAAAACAAATGGTCATAACAATTTGAAATAGAAAATTACTCAAGCAGTTACAA
129 ATTGTTTTATGACAAAACAAA-GGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* ** *** * * **
13336123 CTATTT-ACACTGGTCAGGCCAACAAATTTATTTTTT-AATCTGTTATTTATTAATTTTCAGAAT
193 CTATTTGA-ACTTGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTTGAAT
* * * * * * * *
13336186 ATTGATAAATTAGCATTACTTTATTTCAAATATGACTGTATCAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
257 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGATTGTATGAAT-GAAACAATTATTTTATGAC
* * * * * * *
13336251 -AAAGCAAATGGTCATAATGATTTAAAATAAATAATTATTCAGATTA-TTATAACTAATTGAACT
321 TAAA-CAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCA-AATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * * * * * * *
13336314 AGTTTGGTACATATATTTATATTTTAAATCTCTTAATAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATAT
384 AGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
*** * * * ** * *
13336379 TATTTTATTCCAAACAAACTTATATGAACAAAATCATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATA
449 TATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATGAAA-CAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGGTCATA
* ** *
13336444 ACGATTTGGAATAGATAATAATTC
512 ACGATTTGAAATAGATAATTGTTT
** * * * * * *
13336468 CTATAGCCTTAACTATTTG-A---A-TTGGT-----TATTTATATTTT-AAA-TC-T-CTTAATA
1 AAATAGTCATAACTATTTGAATTTATTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAAACTCTTACTTATTA
* * *** * * * *
13336519 ATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAACAAACTTATATGAAC-AAAATCAT
66 ATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTTTATGAACTAAAA-CAA
* * * ** ** * *
13336583 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACGATTTGGAATAGATAATAATTCCTATAGCCTTAAC
130 TTGTTTTATGACAAAAC-AAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* ** * * *
13336648 CATTTGAA-TTGGTTTGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTCAT-AAT
194 TATTTGAACTT-GTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT-TTGAAT
* ** * * * * * *
13336711 ATTATTTGATTAGTATCATTTTATTCCAAATAA-ACCTGTATGAACAT-AAATAATTGTTTTATG
257 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGA-TTGTATG-A-ATGAAACAATTATTTTATG
* * * * * *
13336774 ACAAAACAAAAAGTTATAATGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
319 ACTAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * ** * *
13336839 ACTTCGCTAAACATTTTTTTTTTTTTAAATCTCTTACACATTAATTTTTGAAATTTTAATAAATT
384 AGTTCGATAAACA-GATTTATTTTTTAAATCTCTT----ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT
* * *
13336904 AGTATTATTTTATTCTGAATAGGCTTATATG-ATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACCAAAG
444 AGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATG--AAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAG
* * * * *
13336968 TTTATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTC
506 GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTT
* * * * *** *** * * ** *
13336998 AAATAGCCATAATTATTTGAATTGACTT-GATAAATTGATTTATGGGATCAATATCTCCAACTTC
1 AAATAGTCATAACTATTTGAATTTATTTAG-TAAACAAATTTAT-TTTTTAA-AACTCTTACTTA
* * * * * *
13337062 TCAACTTTTGAAATATTAATAAAATAATATTATTTTATTTTGGATAAGCAAGCTTTTATGAACTG
63 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTT-G--AA-TAAGCTTTTATGAACTA
* * * *
13337127 AAACAATTGTTTTATTATAAAAAAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
124 AAACAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * **
13337192 CATAACTATTTGAATTTG-TTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAAT-TTCTTGTTTATTAATTTT
188 CATAACTATTTGAACTTGTTTGA-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAATTTT
* * *
13337255 TTAAATGTTAATAAAATAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCA-TGTATGAACTGAAACAATTATT
251 TTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAG-ATTGTATGAA-TGAAACAATTATT
* * * * * * *
13337319 TTATGACTAAACAAAAGATCAAAACGACTAGAAATAGATAATCATTTAAATAGTCTTAACTATTT
314 TTATGACTAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * ** * * *
13337384 -AAGTTGATTTGGCAGAC--ATTTATTTTTTAAATCTATTGCTTATTAATTTTAG-AATATTATT
379 GAACTAG-TTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAAT
** * * * * ** * *
13337445 AGTTTAGCAATATTTTACTTTGAATAAGCTTGTTTGAACAAAAATAATTGTTTTATGACTAAACA
439 AAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA-TGAAACAATTGTTTTATGACAAAACA
** * * * *
13337510 AATATCATAACAATTTGAGATGGATAGTTGTTT
503 AAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTT
* ** * * *
13337543 AAATAGTCATAACAATTTGAATTGGTTTGGTAAACAGATTTAGTTTTT-AAA-TC-T-CTTATTA
1 AAATAGTCATAACTATTTGAATTTATTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAAACTCTTACTTATTA
* * * *
13337604 ATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAA-TTTTGTATGAAC-AAAAAAA
66 ATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTT-TATGAACTAAAACAA
* ** ** *
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Statistics
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ATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTTTATGAACTAAAACAAT
TGTTTTATGACAAAACAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
TTTGAACTTGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTTGAATATTA
ATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGATTGTATGAATGAAACAATTATTTTATGACTAAAC
AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGA
TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
TTTTGAATAAGCTTGTATGAATGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGGTCATAACGATTTGA
AATAGATAATTGTTT
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13336317 TTGGTACATA
13336327 TATTTATATTTTAAATCTCTTAATAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAA
1 TATTTATATTTTAAATCTCTTAATAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAA
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66 ACAAACTTATATGAACAAAATCATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACGATTTGGAATA
*
13336457 GATAATAATTCCTATAGCCTTAACTATTTGAATTGG-T
131 GATAATAATTCCTATAGCCTTAACCATTTGAATTGGTT
13336494 TATTTATATTTTAAATCTCTTAATAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAA
1 TATTTATATTTTAAATCTCTTAATAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAA
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66 ACAAACTTATATGAACAAAATCATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACGATTTGGAATA
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131 GATAATAATTCCTATAGCCTTAACCATTTGAATTGGTT
* * * * ** *
13336662 TGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTCATAATATTATTTGATTAGTAT
1 T---------ATTTATATTTTAAATCTCTTA---A-TAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATAT
* * * * * * *
13336727 CATTTTATTCCAAATAAACCTGTATGAACATAAAT-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTTAT
53 TATTTTATTCCAAACAAACTTATATGAACA-AAATCATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAAT
* * *
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117 AACGATTTGGAATAGATAAT
13336811 TGTTCAAATA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TATTTATATTTTAAATCTCTTAATAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAA
ACAAACTTATATGAACAAAATCATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACGATTTGGAATA
GATAATAATTCCTATAGCCTTAACCATTTGAATTGGTT
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13338134 TAACAAATCG
13338144 AATAAAAAAAAG--TA
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* *
13338158 AA-AAAAATAAACATAA
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1 AATAAAAAAAAGATTA
13338190 AATAA
1 AATAA
13338195 GTAGGATAAA
Statistics
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AATAAAAAAAAGATTA
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13338343 GGCGTTTACA
* * * * * *
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* * *
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* * * *
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* * *
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1 TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTAT
* * * **
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* * * * * **
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* ** * * * * **
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*
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* * * * *
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* * * * * *
13338891 TATCTCAAATCATTATGATC-TTTGATTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTCATACATGCTTA-
1 TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTAT
** * * ** * * * *
13338954 TCTAGCATAAAATATTGCTAAACTAATAATACTTTAAAAATGAATAAGTGAGATATTTAAAAAAT
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* * * * *
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129 AAATCTGTTTATC-GAACAAGTTCAAATAGTT-ATGACTATTTGAACAATTATC
* * * * * * ** * * * *
13339071 TATTTTAGATCGTTCTAACCATTTGTTTTCACATAAAATAATTGTTT-TAGTTCACACATGCTAA
1 TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTA
* * * * *
13339135 TTCAAAATAAAATAATACTATTTTATTAACT-TTCAAAAAATTAATAAGCAAGAAATTAAAAAAA
65 TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAA-TATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATT-TAAAAA
* * * * *
13339199 ATAATTATGTTTACCAAACAAGTTTAAATTA-TTATGACTATTTGAACAATTATC
127 ATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAA-TAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * * * * *
13339253 TATTTAAAATCATTATGACCATTTGTCTTATCATAAATA-AATTATTTCTGTTCATAAAAGCTTA
1 TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA-ACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA
* * * * ** *
13339317 TCCAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAAATTGAGT-AGTTGGAGATGTAAAAAA
65 TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATT-AATAAGTAAGAGATTTAAAAAA
** *
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128 TAAATCTGTTTATCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATC
* ** * * * *
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1 TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTA
*** * * * * *
13339498 TTTGGAATAAAATAATAGTAATTTATTAATATTACAAAAACTACTAAGTAGGAGATTTAAAAAAT
65 TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* * * * * *
13339563 AAATATGCTTACCGAATC-AGTTTAAATAGTTAT-AGCTGTTTGAACAATTATA
129 AAATCTGTTTATCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATC
* * * * * * * *
13339615 TATTTCAAATCATTATAACTTTTTGTTTTGCCATAAAATAATTATTTATGTTCGTACAAGCTTAT
1 TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTAT
* * *
13339680 TCAAAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTATGAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATA
66 TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA
* * *** * * * * * *
13339745 AATTTGTTTATTGATTTAGTTGAAATGGTTAAGATTATTAGAATAATTATC
130 AATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * * * * * *
13339796 TATTTTAAAT-AGTTTTGACTTTTTGTTTAGTTACAAAACAATTGTTT-TAGTTGACACAAGCTT
1 TATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTT
* * *
13339859 ATTCACAAGCTTATTTAGAATAAATTAATACTAATTTATTAACATTTGGAAAATTAATAAGAAAG
64 ATTCA-AA----A--T---A-AAA-TAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAG
* ** * * * * * *
13339924 AGATTTAAAACAATAAATTTGTTTACTAAAAAAAGGTCAAATAGTTATTACTAGTTGAATAATTG
116 AGATTTAAAA-AATAAATCTGTTTA-TCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
13339989 TC
179 TC
* * * * * * * **
13339991 TATGT-AAAGTCGTTATAACCTTTTGATTTGCCATAAAACAATTTTTTCAATGAATACAAGCTTA
1 TATTTCAAA-TCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTT-
* * * ** * *
13340055 GATT--GAATAAAATAATAATAATATATTAATATTTCCTAAATTAATAAGTAAGAAATTTTAAAA
64 -ATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA
* * * * * * **
13340118 ATAAATCTATTTA-CTGAATCAA-TTAAAATAATTATGGCCAATTGAATGATTATC
127 ATAAATCTGTTTATC-GAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* *
13340172 TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTT-TTTATCATACAAGCTTA
1 TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAT-TCATACAAGCTTA
* * *
13340236 TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTTATAAATAAGATATTTAAAAAAT
65 TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* * * * * *
13340301 AAATTTGTTTA-CTGAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTCT-AATAATTATA
129 AAATCTGTTTATC-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATT-TGAACAATTATC
* * * * * * * * *
13340353 AATCTCAAACCATTAAGATCTTTTTTTTTTGTCATAAAACAATTATTT-TTTATCATAGAAGCTT
1 TATTTCAAATCATTATGA-CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAT-TCATACAAGCTT
* * *
13340417 ATT-AGATTAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA
64 ATTCAAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA
* * * ** * * **
13340481 ATAAATGTGTTTGT-GAAACTAGTTCAAATAGTTAAAACCATTAGAGTAATTATC
127 ATAAATCTGTTTATCG-AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * * * * * * * * *
13340535 TATTTCAGATCATTCTTACCTCTTGTTTAGTCCTAAAA-TATTCATTTC-ATAACTTACATGCTT
1 TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTCTAT-TCATACAAGCTT
* * * * * * * *
13340598 A-TCGAAATCAAATAATCCAAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAA
64 ATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT--AAAA
* *
13340662 AATAAATCTGTTTATTGAA-AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATT
126 AATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* ** * * * * * *
13340716 TATTTAAAATTGTTATAACCTTTTATTTTGACATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTGT
1 TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTAT
* * * *
13340781 CCAAAATAAAAT-ATACTAATTTTTTAATACTTTGAAAATTAATAAGCAAGAG-TTTAAAAAA-A
66 TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA
* * * *
13340843 AA--TGTTT-CCTGAACAAATTCAAATAGTTATGACTACTTAAACAATTATC
130 AATCTGTTTATC-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * *
13340892 TACTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGCCAT-AAACAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTA
1 TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTA
** * * * *
13340955 TTTTAGATAAAATAATACTAACTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGT----GATTT-AAAAGT
65 TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* * * * * * * * * *
13341015 GAATCTATTTACCAAATC-AGTTTAAATAATTATGGCCATTTCAATAATTATC
129 AAATCTGTTTATCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * * * *
13341067 TATTTCTAAT-AGTTATTACCTTTTGTTTGGTCATATAACGATTGTTTTTA-TCATACAAGCTTA
1 TATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA
* * * *
13341130 TTTAGAATAAAATAATAATAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
65 TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
** * * * *
13341195 AAATCAATTTATCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGATCAATTGTA
129 AAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * * * * * * * * *
13341247 TACTTTAAATTAATTATTTAAAAAATAAACCTTTTCTTCTATCATAAAATAATTTTTTATGTTTA
1 TA-TTT-CA--AATCA-TT-----AT-GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCA
* * * * * * *
13341312 TACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACAAATCTAATCATATTCTGAAAATTAAGAAGTAAGAGA
55 TACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGA
*
13341377 TTTAAAAAATAAATTTGTTT
119 TTTAAAAAATAAATCTGTTT
13341397 GCCAAACTGT
Statistics
Matches: 2236, Mismatches: 502, Indels: 239
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.39
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TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTAT
TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
ATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
Found at i:13340463 original size:363 final size:361
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Indices: 13339863--13341230 Score: 1027
Period size: 363 Copynumber: 3.8 Consensus size: 361
13339853 AAGCTTATTC
* * * * **
13339863 ACAAGCTTATTTAGAATAAATTAATACTAATTTATTAACATTTGGAAAATTAATAAGA-AAGAGA
1 ACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-ATAAGAGA
* * * * * * * *
13339927 TTTAAAACAATAAATTTGTTTACTAAAAAAAGGTCAAATAGTTATTACTAGTTGAATAATTGTCT
65 TTTAAAA-AATAAATCTGTTTAC-CAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * * * *
13339992 ATGT-AAAGTCGTTATA-ACCTTTTGATTTGCCATAAAACAATTTTTTCAATGAATACAAGCTTA
128 ATTTCAAA-TCATTA-AGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTAT-CATACAAGCTT-
* * ** * *
13340055 GATT-GAATAAAATAATAATAATATATTAATATTTCCTAAATTAATAAGTAAGAAATTTTAAAAA
189 -ATTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA
* * * *
13340119 TAAATCTATTTACTGAATCAATTAAAATAATTATGGCCAATT-GAATGATTATCTATTTCAAATC
253 TAAATCTATTTACTGAATCAATTCAAATAATTATGACCAATTAGAATAATTATCTATTTTAAATC
*
13340183 ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTTATCAT
318 ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTTATCAT
* *
13340227 ACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTTATAAATAAGATAT
1 ACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGAGAT
* ** * * * * **
13340292 TTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTCT-AATAATTATAAAT
66 TTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATT-TGAACAATTATCTAT
* * * * * *
13340356 CTCAAACCATTAAGATCTTTTTTTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTTATCATAGAAGCTTATTA
130 TTCAAATCATTAAGA-CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTCTATCATACAAGCTTATTA
* *
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193 GAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * * * ** * * *
13340486 TGTGTTT-GTGAAACTAGTTCAAATAGTTAAAACC-ATTAGAGTAATTATCTATTTCAGATCATT
257 TCTATTTACTGAATC-AATTCAAATAATTATGACCAATTAGAATAATTATCTATTTTAAATCATT
* * * * * * * ** * *
13340549 CTTACCTCTTGTTTAGTCCTAAAA-TATTCATTTCATAACTT
321 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTTTTATCAT
* * * * * * ** *
13340590 ACATGCTTA-TCGAAATCAAATAATCCAAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGCAAAAGA
1 ACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAATAAGAGA
*** *
13340653 TTTAAAAAAAATAAATCTGTTTATTGAA-AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTT
65 TTT--AAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* ** * * * * * *
13340717 ATTTAAAATTGTTATA-ACCTTTTATTTTGACATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTGT
128 ATTTCAAATCATTA-AGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTA-TCATACAAGCTTAT
* * * * *
13340781 CCAAAATAAAAT-ATACTAATTTTTTAATACTTT-GAAAATTAATAAGCAAGAG-TTTAAAAAA-
191 -TAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* * * * * * * *
13340842 AAA--TGTTTCCTGAA-CAAATTCAAATAGTTATGACTACTTA-AACAATTATCTACTTAAAATC
254 AAATCTATTTACTGAATC-AATTCAAATAATTATGACCAATTAGAATAATTATCTATTTTAAATC
* **
13340903 ATTATGACCTTTTGTTTTGCCAT-AAACAATTGTTTCAGT-TCAT
318 ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TTTATCAT
** * * * *
13340946 ACAAGCTTATTTTAGATAAAATAATACTAACTTATTAATATTCCAAAAA-T--T-AATAAGTGAT
1 ACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGAGAT
* * * * * * * * *
13341007 TT-AAAAGTGAATCTATTTACCAAATC-AGTTTAAATAATTATGGCCATTTCAATAATTATCTAT
66 TTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* ** * * *
13341070 TTCTAAT-AGTTATTACCTTTTGTTTGGTCATATAACGATTGTTTT-TATCATACAAGCTTATTT
130 TTCAAATCA-TTAAGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTCTATCATACAAGCTTA-TT
* *
13341133 AGAATAAAATAATAATAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
192 AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * *
13341198 TCAATTTA-TCGAACCAGTTCAAATAGTTATGAC
257 TCTATTTACT-GAATCAATTCAAATAATTATGAC
13341231 TATTTGATCA
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ACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGAGAT
TTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
TCAAATCATTAAGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTATCATACAAGCTTATTAGAA
TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA
TTTACTGAATCAATTCAAATAATTATGACCAATTAGAATAATTATCTATTTTAAATCATTATGAC
CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTTATCAT
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* * * * * *
13341865 TACTATTTTATTCCAAATAAGCTGGTATG-A-TGAAAAATAATTGTTTTATGATAAAATAAAAAG
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* ** ** * * * * **
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* * ** * *
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1 GTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTA-CTTATT-AATTTTTGAAATATTAATAAATTA
* * ** *
13342044 ATATTATTTTATTTCATATAAGCTTTTATGAACTGAAACAATAATTTTATGATAAAACAAAAGGT
64 ATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
* * *
13342109 -ATACTTCTTAT-AAATAGAAAATTATTCAAATAGCCATAACTATTTGAATTT
129 CATAATT-TT-TGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTT
* * ** *
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1 GTTCAGTAAACAGATTTA-TTTTTT-AAATCT-TTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAAT
* * * * *
13342224 CAATATTATTTTATTTCAAATAAGCATGTATGAA-TAGAAAAAATTATTTTATGACTAAACAAAA
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* ** * * * **
13342288 GGTCAAAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCTACTAGTCATAACTATTTGAA-CC
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* * * *
13342342 GATTCGGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATT-ATTAATCT
1 G-TTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAT-T
** * * * * * * *
13342406 AGCAATATTTTACTTCGAATAGGCTTGTATAAAACAGAAACAATTGTTTTATGACTAAAC-AAAG
63 AATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTAT-GAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* ** * * * * * *
13342470 ATCATAAAAATTTGAGATAGATAATTGTTGAAGTAGTTATAACTATTTGAATTG
127 GTCAT-AATTTTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTT
* * * * *
13342524 GTT-TGATAAATAGATTTAATTTTAAAATC--T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG
1 GTTCAG-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAA
*** * * * ** *
13342585 TATTATTTTA-TTCTAAATATTTTTTTTAT-AAATAGAAATAATTGTTTTACAACAAAACAAAAT
65 TATTATTTTATTTC-AAATA-AGCTTGTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* ** * * * * * *
13342648 GTTATAACCATTTGAAATAGATAA-TAGCTCAAAT-GAACATGAGTATTTAAACTT
127 GTCATAA-TTTTTGAAATAGATAATTA-TTCAAATAG-TCATAACTATTTGAATTT
* * * * * *
13342702 GTTCAATGAACATATTTATTTTTTAAATCTCTGACTTATTAACTTTT-AGAATATTAATAAACTA
1 GTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTA
* * **
13342766 GTATTATTTTTTTTTCAAATAAAATTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
64 ATATTA-TTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* ** * * * **
13342830 ATCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAAAAGTCATAACTATTTGAACTCA
127 GTCATAA-TTTTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTT
* * * * *
13342885 G-TCAATAAATAGATTAATTTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATTTTAATAAATTA
1 GTTCAGTAAACAGATTTA-TTTTTTAAATC-TTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA
** * ** * *
13342949 ATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTTTATGAACAAAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGAT
64 ATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
** * * * *
13343014 CATAATGACTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCACAAATATTTGAATGT
129 CATAAT-TTTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTT
* * * * *
13343066 GTTTAGAAAACATATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTAT
1 GTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAAT
* * * * * * *
13343131 ATTATCTTA-TTCGAAATAAGCTTGCATGAGC-AAAACCAATTATTTTGTGATAAAACAAAAGGT
66 ATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAACTGAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
* * * **
13343194 CAAAATATTTTGAAATAGATAATTATCCAGATAGTCATAACTATTTGAACAT
129 CATAAT-TTTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTT
* * * * * * * *
13343246 ATTTAGTAAACAAATTAATTTTTTAATTCTCTTAC-TCTTAATTTTT-AGAGTATTAATAAAGTA
1 GTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTA
* * * *
13343309 CTATTATTTTATTTCAAATTAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATTACAAAACAAAAGGT
64 ATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
* * *
13343374 CACAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA-AGACTATTTGAACTT
129 CATAAT-TTTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA-ACTATTTGAATTT
* * * * * * *
13343426 ATTCAGTAAGCATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT-TTTTGTTCAAATATTTATATATTA
1 GTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATC-TTTACTTATTAATTT-TTGAAATATTAATAAATTA
* * * * * *
13343490 ATATTATTTTAATGCGAATAGGCTTGTAT-AAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAG
64 ATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG
** * *
13343554 TCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAA
128 TCATAA-TTTTTGAAATAGATAATTATTCAA
13343585 TTTATTTATT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (179 bp):
GTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAAT
ATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
TAATTTTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTT
Found at i:13342492 original size:542 final size:536
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Period size: 542 Copynumber: 10.6 Consensus size: 536
13341454 TGGTAAACAA
* * * *
13341464 ATTTATTTTTTAAATCTCTTA-CTTATTAATTATTGAAAGATTAATACATTAGTATTATTTTATT
1 ATTTATTTTTTAAATCT-TTATCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-T
* * * * * * * ** * * *
13341528 TTG-AAT-AGGTTTAAATGATC-GAAAAAATTGTTATATGACCAAATAAAAGGCCATAATT-TTT
64 TCGAAATAAGCTTT-TATGAACTGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGG-TATACTTCTTT
* * * * * * * * *
13341589 GATAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAATTATTT-AAATTACTTC-GACAAATAGATTTATT
127 G--AAATAGATAATTATTCAAATAGACATAACTATTTGAACTT-GTTCAG-TAAACA-ATTTATT
* * * * * * * * *
13341652 TTTTAAATCTCTT-ATTTATCATTTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTGTTCCAAATA
187 TTTTAAATTTCTTGA-TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATCAATATTATTTTATTTCAAATA
* * * * * * * * * *
13341716 AGCTTATATGAACTA-AAACAATTATTTTATAATAGAACAAAAGGTTAAAATGATTTAAAATAAA
251 AGCATGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAACGATTTGAAATAGA
* * * * * *
13341780 TAATTGTTCAAATA---A-AA--A-CTG----GTTCAGTAAATAGATTTATTTGTTAATTCTCTT
315 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACCATTCAGTAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTT
* * * * * * ** *
13341834 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAAAAATTAGTACTATTTTATTCCAAATAAGCTGGTATGATGAA
380 ACTTATTAATTTTTGAAATATTATAAATTAATATTATTTTATT-CGAATAAGCTTGTATAAACAG
* * * * ** * *
13341899 AAATAATTGTTTTATGATAAAATAAAAAGTTTGTAACAATTTGAAATAGATAAAT-TT-AAATGG
444 AAACAATTGTTTTATGA-CAAA-ACAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * *
13341962 CCATAATTATTTGAAGCAATTTGAAAAATTG
507 TCATAAATATTTGAAG-AGTTTGAAAAATTG
* *
13341993 ACTTATTTTTTAAATCTTTATCTT-TTCAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATT
1 ATTTATTTTTTAAATCTTTATCTTATT-AATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-T
* *
13342057 TC-ATATAAGCTTTTATGAACTGAAACAATAATTTTATGATAAAACAAAAGGTATACTTCTTAT-
64 TCGAAATAAGCTTTTATGAACTGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTATACTTCTT-TG
* * * *
13342120 AAATAGAAAATTATTCAAATAGCCATAACTATTTGAATTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTT
128 AAATAGATAATTATTCAAATAGACATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACA-ATTTA-TTTTTT
* * *
13342185 GAAATTTCTTGTTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATCAATATTATTTTATTTCAAATAAGCA
191 -AAATTTCTTGATTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATCAATATTATTTTATTTCAAATAAGCA
* * * *
13342250 TGTATGAATAGAAAAAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAGATAATT
255 TGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAACGATTTGAAATAGATAATT
* * * *
13342315 GTTCTACTAGTCATAACTATTTGAACCGATTCGGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT
320 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACC-ATTCAGTAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT
* ** * *
13342380 ATTAATTTTTGAAATATTATTAATCTAGCAATATTTTACTTCGAATAGGCTTGTATAAAACAGAA
384 ATTAATTTTTGAAATATTATAAAT-TAATATTATTTTA-TTCGAATAAGCTTGTAT-AAACAGAA
* * * * * *
13342445 ACAATTGTTTTATGACTAAACAAAGATCATAAAAATTTGAGATAGATAATTGTTGAAGTAGTTAT
446 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * *
13342510 AACTATTTGAATTG-GTTTGATAAATAG
511 AAATATTTGAA--GAGTTTGAAAAATTG
* * *
13342537 ATTTAATTTTAAAATC----TCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
1 ATTTATTTTTTAAATCTTTATCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTC
* *** * * * ** * *
13342598 TAAATATTTTTTTTAT-AAATAGAAATAATTGTTTTACAACAAAACAAAATGTTATAAC--CATT
66 GAAATA-AGCTTTTATGAACT-GAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAA-GGTAT-ACTTC-TT
* * * * * *
13342660 TGAAATAGATAA-TAGCTCAAAT-GAACATGAGTATTTAAACTTGTTCAATGAACATATTTATTT
126 TGAAATAGATAATTA-TTCAAATAG-ACATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACA-ATTTATTT
* * * *
13342723 TTTAAATCTC-TGACTTATTAACTTTTAGAATATTAATAAA-CTAGTATTATTTTTTTTTCAAAT
188 TTTAAATTTCTTGA-TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATC-AATATTA-TTTTATTTCAAAT
* * * *
13342786 AA-AATTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAA
250 AAGCA-TGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAACGATTTGAAATAG
* * * * * *
13342850 ATAATTGTTCAAAAAGTCATAACTATTTGAACTCAGTCAATAAATAGATTAATTTTTTTAAATCT
314 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-CATTCAGTAAACACATTTA-TTTTTTAAATCT
* * * * * *
13342915 TTTACTTATTAATTTTTGGAATTTTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTTTATGA
377 CTTACTTATTAATTTTTGAAATATT-ATAAATTAATATTATTTTA-TTCGAATAAGCTTGTATAA
* * ** *
13342980 ACAAAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGACTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
440 ACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* *
13343045 TAGTCACAAATATTTGAATGTGTTTAGAAAACA-T-
504 TAGTCATAAATATTTGAA-GAGTTT-GAAAA-ATTG
* * *
13343079 ATTTATTTTTTAAATTTTTA-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTATATTATCTTATTC
1 ATTTATTTTTTAAATCTTTATCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTC
** * * * * *
13343143 GAAATAAGCTTGCATGAGC-AAAACCAATTATTTTGTGATAAAACAAAAGGTCAAAATAT-TTTG
66 GAAATAAGCTTTTATGAACTGAAA-CAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGT-ATACT-TCTTTG
* * * * * * *
13343206 AAATAGATAATTATCCAGATAGTCATAACTATTTGAACATATTTAGTAAACAAATTAATTTTTT-
128 AAATAGATAATTATTCAAATAGACATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAAC-AATTTATTTTTTA
* * * * * *
13343270 AATTCTCTT-ACTCTTAATTTTTAGAGTATTAATAAAGT-ACTATTATTTTATTTCAAATTAGCT
192 AATT-TCTTGATTATTAATTTTTAGAATATTAATAAA-TCAATATTATTTTATTTCAAATAAGCA
* * *
13343333 TGTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTCACAATGATTTGAAATAGATAAT
255 TGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAACGATTTGAAATAGATAAT
* * * * *
13343397 TATTCAAATAGTCA-AGACTATTTGAACTTATTCAGTAAGCATATTTATTTTTTAAATCTTTTAC
319 TGTTCAAATAGTCATA-ACTATTTGAAC-CATTCAGTAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
* * * * * *
13343461 TTATT-TTTTGTTCAAATATTTATATATTAATATTATTTTAATGCGAATAGGCTTGTATAAATAG
382 TTATTAATTT-TTGAAATA-TTATAAATTAATATTATTTT-ATTCGAATAAGCTTGTATAAACAG
* *
13343525 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTG------T--T
444 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGA-TCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
13343582 C------------A-A---T------TT-
508 CATAAATATTTGAAGAGTTTGAAAAATTG
* ** * * *
13343588 ATTTATTTTTTAAATCTCCTA-CCCATTAA-TTTTCATAATATCAATAAATTAGTATTATTTTAT
1 ATTTATTTTTTAAATCT-TTATCTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAATATTATTTTA-
* * * * * *
13343651 TTC-AAATAAAG-TTGTATGAA-TAGAAATAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGATCATAAC-TA
63 TTCGAAAT-AAGCTTTTATGAACT-GAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGT-AT-ACTTC
* * * * * * * *
13343712 TTTGAAACAAATAATTGTT-AAAGCAGTCATAACTATTTGAGCTTACTT-GGTAAACAAATTTAT
124 TTTGAAATAGATAATTATTCAAA-TAGACATAACTATTTGAACTT-GTTCAGTAAAC-AATTTAT
* * * * * **
13343775 TTTTTAACTCTT-TT-ACTTATCAATTTTTGGAATATTAATAAA-CTAGTACTATTTTATTTTGA
186 TTTTTAAAT-TTCTTGA-TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATC-AATATTATTTTATTTCAA
* * * * *
13343837 ATACA-CTTGTATGAATAGAAATAAATG-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTTGAAA
248 ATA-AGCATGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAACGA-TTTGAAA
* * ** **
13343900 TAGATAATTATTCAAATAGCCATAACTATTTGAA-CATGTTCAAAAAACTTATTT-TTTTTT-AA
311 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACCA--TTCAGTAAACACATTTATTTTTTAAA
* * * * * * *
13343962 T-TTTTACTTATTCATTTTT-AGAATATTAAGAAATTTATATTATTTTATTCCAAATAAGTTTTT
374 TCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATT-ATAAATTAATATTATTTTATT-CGAATAAGCTTGT
* * * * * * * ** * *
13344025 ATGAATAGGAATAATTGTTTTATGATAAAATGAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAACTATT
436 ATAAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT
* ** *
13344090 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGAAAAA-TG
500 CAAATAGTCATAAATATTTGAA-GAGTTTGAAAAATTG
* * * *
13344127 GTTTCATTTTTTAAATCTCTTA-CTCATTATTTTTTGGAATATTAATAAATTAATATTATTTTAT
1 ATTT-ATTTTTTAAATCT-TTATCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-
* * * * * * * * * *
13344191 TTC-AAATAAGCCTATATGAATTGATACAATTGTTTTATAATGAAACCAAAGATCATAACAAT-T
63 TTCGAAATAAGCTTTTATGAACTGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGT-AT-AC-TTCT
* ** * * * *
13344254 TT-AAATAGATAATTACTCAAATAGTTATGACTATTTGAACTTGTTCGGTAAGCATATCTATTTT
125 TTGAAATAGATAATTATTCAAATAGACATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACA-ATTTATTTT
* * * * * * * *
13344318 TAAAATCTT-TT-ACTTATTAATTGTCAAAATATTAAAAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAA
189 TTAAAT-TTCTTGA-TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATCAATATTATTTTATTTCAAATAA
* * * * ** *
13344381 GCTTGTATGGAGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATATCATAACGATTTGAAATA-AGT
252 GCATGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAACGATTTGAAATAGA-T
* * * * * * *
13344445 AATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTACTT-GGTAAATAGATTTATTTTTTATATCTTT
316 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-CA-TTCAGTAAACACATTTATTTTTTAAATCTCT
* * ** * * * * *
13344509 TACTTATTAATAGTCT-AAATATTAATAAATTTTTATAAATTTATTTGAAATAAGCTTGCATGAA
379 TACTTATTAAT-TTTTGAAATATT-ATAAATTAATATTATTTTATTCG-AATAAGCTTGTATAAA
* * * ** * * ***
13344573 TAGAAAAAATTGTTTTATAATGAAACAAAAGGTTATAGTGATTTGAAATAGATAATTGTTC----
441 CAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* ** * ** *
13344634 -G---TAACTATTTGAACTTGTTCGTTAAATAG
505 AGTCATAAATATTTGAA-GAGTTTGAAAAATTG
* * *
13344663 ATTCATTTTTTAAATC--T-T-TTATTAA-TTTTAAGAATATTAATAAATTAGAT-TTATGTTAT
1 ATTTATTTTTTAAATCTTTATCTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTA-ATATTATTTTA-
** * ** * * * * *
13344722 TTCG-AATAAGCTTTTATGAACAAAAACAAATGCTTTGTGATAAAATAAAAGTTAATAATGAC-T
63 TTCGAAATAAGCTTTTATGAACTGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGT-ATACT-TCTT
* * * * ** * * *
13344785 TGAAATAGATAATTGTTCAAACAGTCATAACTATTT-ATACTAG-TCAAGCCAATAGGTTCATTT
126 TGAAATAGATAATTATTCAAATAGACATAACTATTTGA-ACTTGTTC-AGTAAACA-ATTTATTT
* * * ** ** *
13344848 TTTAAATTTGTT-ACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGCATTACCTTA-TTCTGAATA
188 TTTAAATTTCTTGA-TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATCAATATTATTTTATTTC-AAATA
* ** * *
13344911 AG-ATTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATCGTCATAACAATTTGAAAT-GA
251 AGCA-TGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAACGATTTGAAATAG-
* * * * * * **
13344974 AGAATTGTTCAAATAGTTATAACTGA-TTGAACTAGTTTAATAAGCTTATTTATTTTTTAAATCT
314 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAACCA-TTCAGTAAACACATTTATTTTTTAAATCT
* ** * * * * *
13345038 CTTACTTCTTAATTTTCAAAATATGAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAACAAACTTATATGA
377 CTTACTTATTAATTTTTGAAATAT-TATAAATTAATATTATTTTA-TTCGAATAAGCTTGTATAA
* * * * ** *
13345103 ACAAAAACATTTATTTTATG--AAAA-AAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
440 ACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* *
13345165 AGTCATAACTATTTGAACTGA-TTTGACAAA-T-
505 AGTCATAAATATTTGAA--GAGTTTGAAAAATTG
* ** *
13345196 A-TAATTTTTTTAAATCTCTTA-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTGTTTTATTTTAT
1 ATTTA-TTTTTTAAATCT-TTATCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-
* * * * * * * * **
13345259 TTTG-AATAAG-TTACTAAGAACTAAAAAAATTGTTTTATGACAAAAGAAAAGGTCATAAC-GAT
63 TTCGAAATAAGCTT-TTATGAACTGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGT-AT-ACTTCT
* * * * * * * ** *
13345321 TTGAAATAAAGAATTGTTCATATAGCCTTAGCTATTTGAA-TTGGTTCAACAAATAAATTTATTT
125 TTGAAATAGATAATTATTCAAATAGACATAACTATTTGAACTT-GTTCAGTAAA-CAATTTATTT
* * * * **
13345385 TTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTAGAATATTATTACAAT-AGTATTATTTTATTTTGAATAA
188 TTTAAATTTCTTGATTATTAATTTTTAGAATATTAATA-AATCAATATTATTTTATTTCAAATAA
* * * * * * * * *
13345449 ACCTGTATGAACAGATATAATTG---T-T---------AAAGGTTATAACAATTTGAAATATATA
252 GCATGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAACGATTTGAAATAGATA
* * * * *
13345501 GTTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAA--A---GGTAAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTA
317 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACCATTCAGT-AAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* * * * ** *
13345561 CTTATTAATTTTTGAAATATTACTAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAGGCTTGTATGATGAA
381 CTTATTAATTTTTGAAATATTA-TAAATTAATATTATTTTATT-CGAATAAGCTTGTATAAACAG
* * * ** * *
13345626 AAAAAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGC
444 AAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* *
13345691 CATAATTATTTGAACTGA-TTTGATAAATT-
508 CATAAATATTTGAA--GAGTTTGAAAAATTG
* * * * ** *
13345720 ATTTAATTTTTTAATTCTCTAACTTATCAATTTTTGAAATATTAAT-AGGTAAAATTATTTTATT
1 ATTT-ATTTTTTAAATCTTTATCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-T
* * * * * * * **
13345784 TC-CAATACA-CTTCTATGCACTGAAACAACTGTTTTATGATAAAATAAAAGGTCATAATGATTT
64 TCGAAATA-AGCTTTTATGAACTGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGT-ATACTTCTTT
* * * * * *
13345847 TAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT-TGATAAACTGATTTATTTTT
127 GAAATAGATAATTATTCAAATAGACATAACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAAC-AATTTATTTTT
* * * * *
13345911 TTAATTTCTT-ACTTATTAATTTTTTA-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATATG
190 TAAATTTCTTGA-TTATTAA-TTTTTAGAATATTAATAAATCAATATTATTTTATTTCAAATAAG
*** * ** * * *
13345974 CATGTATGAGCCGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAATCATAACGATTTGAAAAAAAATA
253 CATGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAACGATTTG-AAATAGATA
* * * * * * ** *
13346039 ATTATTCTAATAATCTTAAATATTTGAACAAGTTCAACAAATACATTTATTTTTTAAA--TC---
317 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACCA-TTCAGTAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* * ** * **
13346099 CTTATTGATTTTTGAAATAATAATAAATTGGTATTATTTTATTCTAAATAATTTTGTATGAATAC
381 CTTATTAATTTTTGAAAT-ATTATAAATTAATATTATTTTATTC-GAATAAGCTTGTAT-AA-A-
* * * * *
13346164 CAATTATTTTGAATAATTGGTATTATTTTACGACAAAATAAA-ATGTTATAA-AGATTTGAAATA
441 C-A-GA-----AACAATT-G-----TTTTATGACAAAACAAAGA--TCATAACA-ATTTGAAATA
* * * * * * * ** ** ***
13346227 GATAATAGCTCAAATGGACATGACTATATGAACTTGTTTGGTAAACAA
490 GATAATTGTTCAAATAGTCATAAATATTTGAA-GAGTTTGAAAAATTG
** *
13346275 ATTTATTTTTTAAATCTCCACCTTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATT
1 ATTTATTTTTTAAATCTTTATCTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATT
* * * * * * * **
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65 C-GAAATAAGCTTTTATGAACT-GAAACAATTATTTTATGA-TAAAACAAAAGGT-ATACTTCTT
* * * * * * * * * *
13346401 TGAAATAAATATTTGTTAAAATAGTCTTAACTATTTGAACTCGCTCGGTAAATAGATTTATTTTT
126 TGAAATAGATAATTATTCAAATAGACATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACA-ATTTATTTTT
* * * * * *
13346466 TAAATCTT-TT-ACTTATTAATTTTT-GAAATTTTAATAAATTAGTTTTATCTTATTTCGAATAA
190 TAAAT-TTCTTGA-TTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATCAATATTATTTTATTTCAAATAA
* * * * * * * * * * * * *
13346528 ACTTATATGAACA-AAAGCAATCGATTTGTCACAAAACAAATGATCATAACAATTTGAAATAAAT
252 GCATGTATGAATAGAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAACGATTTGAAATAGAT
* * * * * * * * * *
13346592 AATTATTTAAATAGTCATAACTATTTAAACATATTAAGAAAAATAAATTTATTGTTTAAAT-TAT
316 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-CATTCAG-TAAACACATTTATTTTTTAAATCTCT
* * * * *
13346656 TATTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTATGTTATTTTATTCGAAATAAGCTT-TCATGAA
379 TACTTATTAATTTTTGAAATATT-ATAAATTAATATTATTTTATTCG-AATAAGCTTGT-ATAAA
* ** * * * * * * *
13346720 TAGATTCAATTGCTTTCTGATAAAACAAAAAGTCATAATATTTTGAAATAGATAATTGTTCAGAT
441 CAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGA-TCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * *** * * *
13346785 AGTTATAACTATTTGAACTTTTTTGATACATAG
505 AGTCATAAATATTTGAA-GAGTTTGAAAAATTG
* * * *
13346818 ATTCTTTTTTTTAATTCTCTTA-CTCATT-ATTTTTGAAATATTAATAAATTACTATTATTTTAT
1 ATT-TATTTTTTAAATCT-TTATCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-
* * * * * * * **
13346881 TTC-AAATAAACTTATATTAACTGAAACAATTATTTTATTACAAAACAAAAAGGTCAAAATGATT
63 TTCGAAATAAGCTTTTATGAACTGAAACAATTATTTTATGATAAAAC-AAAAGGT-ATACTTCTT
* * * *
13346945 TGAAATTGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACATATTTATTTTT
126 TGAAATAGATAATTATTCAAATAGACATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACA-ATTTATTTTT
* * * * * * *
13347010 TAAATCTT-TT-ACTTATTAATTGTCAAAATATTTATAAATTAATATTATTTTAATTCGAATAAG
190 TAAAT-TTCTTGA-TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATCAATATTATTTTATTTCAAATAAG
* * * * *
13347073 CATGT-TGAAAAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTG
253 CATGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAACGATTTG
13347127 TTATTCAAAT
Statistics
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TCTTGATTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATCAATATTATTTTATTTCAAATAAGCATGTATG
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ATAGTCATAACTATTTGAACCATTCAGTAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
TTTGAAATATTATAAATTAATATTATTTTATTCGAATAAGCTTGTATAAACAGAAACAATTGTTT
TATGACAAAACAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAATATTTGA
AGAGTTTGAAAAATTG
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* * * * * * * *
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** * * ** * * * * * *
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* * * * * ** * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * *
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* *
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* * * * * * * *
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1 GTAAATAAATTAATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTA
* * ** * * * * **
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** * * * * ** *
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* *
13341995 TTATTTTTTAAATC-TTTATCTT-TTCAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTT
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* * * ** * * * *
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* * * *
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316 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTGTTCA
* * ** ** * *
13342165 GTAAATAGATTTATTTTTTTGAAAT-TTCTTGTTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATCAATA
1 GTAAATA-AATTAATTTTTT-AAATCTT-TTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATA
* * * *
13342229 TTATTTTATTTCAAATAAGCATGTATGAATAGAAAA-AATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCA
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* ** * * * ** * *
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* * * * *
13342357 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATT-ATTAATCTAGCAATATTTTACTT
191 TTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTA-TT
* * * * * *
13342421 CG-AATAGGCTTGTATAAAACAGAAACAATTGTTTTATGACTAAAC-AAAGATCATAAAAATTTG
254 CGAAATAAGCTTGTAT-GAATA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA-AAATATTTG
* * * * * *
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* * * *
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1 G-TAAATA-AATTAATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATAT
*** * * * * * ** * *
13342588 TATTTTA-TTCTAAATATTTTTTTTATAAATAGAAATAATTGTTTTACAACAAAACAAAATGTTA
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** * * * * * * * *
13342652 TAACCATTTGAAATAGATAATAGCTCAAAT-GAACATGAGTATTTAAACTTGTTCA-ATGAACAT
127 TAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTTGTTTAGA-AAACAT
* * * *
13342715 ATTTATTTTTTAAATCTCTGACTTATTAACTTTT-AGAATATTAATAAA-CTAGTATTATTTTTT
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* ** * **
13342778 TTTC-AAATAAAATTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATT
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* *
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* * ** *
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1 GTAAATAAATTAA-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATT
** * * *
13342954 ATTTTATTTTGAATAAGCTTTTATGAACAAAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGATCATAA
65 ATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * *
13343019 TGACTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCACAAATATTTGAA-TGTGTTTAGAAAACATATTT
130 TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTTAGAAAACATATTT
*
13343083 ATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTATATTATCTTATTCGAAA
194 ATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCGAAA
* ** * * *
13343147 TAAGCTTGCATGAGCAAAACCAATTATTTTGTGATAAAACAAAAGGTCAAAATATTTTGAAATAG
259 TAAGCTTGTATGAATAAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAATA-TTTGAAATAG
* * * * *
13343212 ATAATTATCCAGATAGTCATAACTATTTGAACATATTTA
322 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGTTCA
* * * * * * * *
13343251 GTAAACAAATTAATTTTTTAATTCTCTTAC-TCTTAATTTTTAGAGTATTAATAAAGTACTATTA
1 GTAAATAAATTAATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTA
* * * *
13343315 TTTTATTTCAAATTAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTCACAAT
66 TTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT
* * * * *
13343380 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA-AGACTATTTGAACTTATTCAGTAAGCATATTTA
131 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA-ACTATTTGAACTTGTTTAGAAAACATATTTA
* * * * * *
13343444 TTTTTTAAATCTTTTACTTATT-TTTTGTTCAAATATTTATATATTAATATTATTTTAATGCG-A
195 TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTT-TTGAAATATTAATAAATTTATATTATTTT-ATTCGAA
* * *
13343507 ATAGGCTTGTATAAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACA-ATTTGAAAT
258 ATAAGCTTGTATGAATA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA-AA-ATATTTGAAAT
*
13343571 AAATAATTGTTCAA
320 AGATAATTGTTCAA
13343585 TTTATTTATT
Statistics
Matches: 1399, Mismatches: 294, Indels: 161
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
345 1 0.00
346 3 0.00
347 28 0.02
348 104 0.07
349 44 0.03
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357 3 0.00
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TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCGAAATA
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** * *
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* * *
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* * * * ** *
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* *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * * ** * * *
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* * * *
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128 AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT-GGTAAACAA
* * *
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* * * * * * * * * * * * *
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* * * ** ** * *
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* * * * ** **
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* * * * * *
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* * * * ** * **
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* * * * * *
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1 ATTTATTTTTT-AATCTTTTACTTATCAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTT
* * * * * * * * * *
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*
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* * * ** *
13345194 ATATAATTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTTGTTTTATTTTA
1 AT-TTA-TTTTTT-AATCTTTTACTTATCAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAATATTATTTTA
** * * * * * *
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* * * * * * * *** *
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* * * * *
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1 ATTTATTTTTT-AATCTTTTACTTATCAATTTTTAGAATATTAATA-AATTAATATTATTTTATT
** * * * * * * *
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* * * * *
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** * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * **
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* * *** * * * *
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** * **
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** * * *
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* ** * * * * *
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** *
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* * ** *
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* * * * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * * *
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* * *
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* * * * * *
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1 ATTTATTTTTT-AATCTTTTACTTATCAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTT
* * * *
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* * *
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* **
13347170 ATTT-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTT--AATATTAATAAATTTGTATTATTTTA-
1 ATTTATTTTTT-AATCTTTTACTTATCAATT-T-TTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTAT
* * ** * * * *
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* ** * * * * *
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* * * * * ** * *
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1 ATTTATTTTTT-AATCTTTTACTTATCAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTT
* * * * *
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* * * * * * *
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** * *
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* * * ** * * * *
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* *
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* ** *
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*** * * * * * * * *
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* * * * *
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130 ATAATTACTCAAACAGTCATAACTATTTGAACTAGTTC-G-AAGCATATCTATTTTTTAAATCTT
* * * * * ** *
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193 TTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAA
* * *
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258 TAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAATGTCATAACAATTTGAAATAAG-AATTGTTCAAAT
*
13344457 AGTTATAACTATTTGAACTTACTTGGTAAATAG---ATTTATTTTTTATATCTTTTACTTATTAA
321 AGTTATAACTATTTGAAC-TAGTT--TAAA-AGCTTATTTATTTTTTA-ATCTTTTACTTATTAA
* * * * **
13344519 TAGTCTAAATATTAATAAATTTTTATAAATTTATTTGAAATAAGCTTGCATGAATAGAAAAAATT
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* * * *
13344584 GTTTTATAATGAAACAAAAGGTTATAGTGATTTGAAATAGATAATT-GT-TCGTAACTATTTGAA
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508 CTTGTTCGAAAAATAGATTC
*
13344667 ATTTTTTAAATCT-TT-T-ATTAATTTTAAGAATATTAATAAATTAGAT-TTATGTTATTTCGAA
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* * * * * * **
13344728 TAAGCTTTTATGAACAAAAACAAATGCTTTGTGATAAAATAAAAGTTAATAATGACTTGAAATAG
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* ** *
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* *
13344983 CAAATAGTTATAACTGA-TTGAACTAGTTTAATAAGCTTATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTCT
316 CAAATAGTTATAACT-ATTTGAACTAGTTTAA-AAGCTTATTTATTTTTT-AATCTTTTACTTAT
* * * *
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378 TAA-TTTCTAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTT-GAA-ATAAGCTTATATGAATAGAAA
*
13345109 ACATT-TATTT-TATGAAAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
440 AAATTGT-TTTATATGAAAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGAT-A--ATT--AATA-TCATA
* * * *
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* * ** * * **
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* * * * * * * * * * *
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* * ** * * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * ** **
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316 CAAATAGTTATAACTATTTGAACTAGTTTAAAAGCTTATTTATTTTTT-AATCTTTTACTTATTA
* * ** * * *
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380 ATTTCT-AAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTGAAATAAGCTTATATGAAT-AGAAAAA
** * *
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* * * * *
13345696 TTATTTGAAC-TGATTTGATAAATTA-TTTA
499 CTATTTGAACTTG-TTCGA-AAAATAGATTC
* * * * * ** * * *
13345725 ATTTTTTAATTCTCTAACTTATCAATTTT-TGAAATATTAAT-AGGTAAAATTATTTTATTTCCA
1 ATTTTTTAAATCTCTTA-TCATTAATTTTAAG-AATATTAATAAATTAATATTATGTTATTTCAA
* * * ** * * * * * * ** * *
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64 ATA-AGCCTATATGAACAAAAACAAATGCTTTATAATAAAACAAAAGATAATAACAACTTGAAAT
* ** * * * * * *
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128 AGATAATTACTCAAACAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGA-AGCA-T-ATCTATTTTTTAAAT
* * * * *
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190 CTT-TTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAATAAGCTTGT
**** * ** * * * *
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253 ATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAATGTCATAACAATTTG--AAATAAGAATTGT
* * * * * * * *
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315 TCAAATAGT-TATAACTATTTGAACTAGTTTAA-AAGCT-TATTTATTTTTT-AATCTTTTACTT
* * ** ** * *
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376 -ATTAATTTCTAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATT-TGAAATAAGCTTATATGAATA--G
* * * * *
13346166 ATTATTTTGAATAATTGGTATTATTTTACGACAAAATAAAATGTTATAAAGATTTGAAATAGATA
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* * * ** * * *
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486 AT---T-AATAT---CATAACTATTTGAACTTGTTCGAAAAATAGATTC
* * * * *
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* * * * * * * * * * ** *
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* * ** * * * * * ** * *
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127 TAGATAATTACTCAAACAGTCATAACTATTTGAACTAGTTC-G-AAGCATATCTATTTTTTAAAT
* * * * * *
13346471 CTTTTACTTATTAATTTTTGAAATTTTAATAAATTAGTTTTATCTTATT-TCGAATAAACTTATA
190 CTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAATAAGCTTGTA
* * * * * * * * *
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* * * ** * * * *
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* * * * ***
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* * * * *
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441 AATTGTTTTAT-ATGAAA-AAAAGGTCATAATGA-TTTGAAATAGATAA---TT-A-ATA-TCAT
* * * *
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* * * * * *
13346822 TTTTTTTTAATTCTCTTACTCATTATTTTTGA-AATATTAATAAATTACTATTATTTTATTTCAA
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* * * ** * ** * * * ** *
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64 ATAAGCCTATATGAACAAAAACAAATGCTTTATAATAAAAC-AAAAGAT-AATAACAACTTGAAA
* * * * * * *
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127 TAGATAATTACTCAAACAGTCATAACTATTTGAACTAGTTC-G-AAGCATATCTATTTTTTAAAT
* * * * *
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190 CTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCTGAATAAGCTTGTA
* * *
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254 TGAATAA-AAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAATGTCATAACAATTTGAAATAAGAATTGTTC
* * * ** * **
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317 AAATAG-TTATAACTATTTGAACTAGTTT--AAAAGCTTATTTATTTTTT-AATCTTTTACTTAT
* * ** * * * *
13347195 TAATTGTCTTAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTCAAAATAAACTTGTATGAGTAGAAGAA
378 TAATT-TCTAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTTGAAATAAGCTTATATGAATAGAAAAA
** ** * ** * **
13347260 ATCCTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGCGATTTCAAATAGGCAATTGTTGAAATAGTCATAA
442 ATTGTTTTAT-ATGAAA-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATA-G--ATAATT--AATA-TCATAA
* * ** *
13347325 TTATTTAAACTTGTTCGGTAAACAGATTC
499 CTATTTGAACTTGTTCGAAAAATAGATTC
* * ** * * * * *
13347354 ATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTCAGAATATTTGTAACTTAGTATTATTTTATTTCGAC
1 ATTTTTTAAATCTCTT-ATCATTAATTTTAAGAATATTAATAAATTAATATTATGTTATTTCAAA
*
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Statistics
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* * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * **
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*
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* * * * *
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* * * * * * **
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* * * * * * *
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* * **
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* ** * ** *
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* * * * *
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* **
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* * * * * * * * *
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* * * *
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* *
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* * *
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* ** * *
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* ***
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* * *
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384 TAAGAATATTAAGAAATT-GATATTATGTTATTCCAAATAAGCTTTTATGAACAAAAACAAATGC
* * * *
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* * * *
13344820 T-ATACTAG-TC-AAGCCAATAGG-TTCATTTTTTAAATTTGTTACTTATTAATTTTTAAAATAT
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* * * * *
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574 TAATAAATTAACATTACCTTATTTC-AAATAAGACTATATGAATAAAAACAATTGTTTTATAATC
**
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*
13345006 TAGTTTAATAAGC
699 TAGTTCAATAAGC
*
13345019 TTATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTCTTAATTTTCAAAATATGAATAAATTAATATTATTTTAT
1 TTATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTCTTAATTTTCAAAATATCAATAAATTAATATTATTTTAT
* * * * * * * *
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* * * ** *
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* * *
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* * * * *
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* * * *
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* ** * * *** * * * *
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* * * ** * * ** * *
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* * ** * *
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503 CATAACTATTTGAACTAGTTCGAAAA-ATGGTTTCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTT
* * ** ** * * * *
13345574 GAAATATTACTAAATTAGTATTATTTTATTCCAAAT-AGGCTTGTATG-ATGAAAAAAAATTGTT
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* * * ** * ** * ** *
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** *
13345701 TGAACT-GATTTGATAA-A
694 TGAACTAG-TTCAATAAGC
* * * * ** * ** *
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1 TTATTT-ATTTTTTAAATCTCTTACTTCTTAATTTTCAAAATATCAATAAATTAATATTATTTTA
* * * ** * * * *
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* ** * *
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* * ** ** *
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190 TTTTAATCTT-TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTTTA-TATTTTATTTTGAATAA
* * *** * * ** * * *
13345973 GCATGTATGAGCCGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAATCATAACGATTTGAAAAAAAAT
253 GCTTGCATGAATAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG-AAATAGAT
* * * *
13346038 AATTATTCTAATAATCTTAAATATTTGAACAAGTTCAACAAATAC--ATTTATTTTTTAAATCCT
317 AATTGTTC-----AGC-TAACTATTTGAACATGTTCAA-AAA-ACTGA-TTATTTTTTAAAT-CT
* * * * * * *
13346101 TATTGA-T--TTTTGA-AATAATAATAAATTGGTATTATTTTATTCTAAATAA-TTTTGTATGAA
372 TATT-ATTAATTTTAAGAATATTAAGAAATTGATATTATGTTATTCCAAATAAGCTTT-TATG-A
* * * * * * * *
13346161 TACCAATTATTTTGAATAATTGGTATTATTTTACGACAAAATAAAATGTTATAAAGATTTGAAAT
434 -A-CAA--A-----AACAAATGCT-TTA---T--GATAAAATAAAAGGTAATAATGACTTGAAAT
* ** * * * * * *
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484 AGATAACTA-TTCAAACAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTCG-AAA-AATGGTTTCATTTTTTA
* * * * ** *
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* * * * * ** * * *
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** * * * ** *
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13346453 TAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATTTTAATAAATTAGTTTTATCTTA
1 T-TATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTCTTAATTTTCAAAATATCAATAAATTAATATTATTTTA
* * * * * * * * * *
13346518 TTTCGAATAAACTTATATGAACAAAAGCAATCGATTTGTCACAAAACAAATGATCATAACAATTT
65 TTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGA-AAAACAAAAGATCATAACGATTT
* * * * * **
13346583 GAAATAAATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTAAACATA-TTAAGAAAAATAAATTTATTGT
129 GAAATAAGTAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTACTT--GGTAAATAAATTTATT-T
* * * * *
13346647 TTAAAT-TATTATTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTATGT-TATTTTA-TTCGAAATAA
191 TTTAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTT-T-TATATTTTATTTTG-AATAA
* *** * * * *
13346709 GCTTTCATGAATAGATTCAATTGCTTTCTGATAAAACAAAAAGTCATAAT-ATTTTGAAATAGAT
253 GCTTGCATGAATAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA-TTTGAAATAGAT
* * * ** * * * *
13346773 AATTGTTCAGATAGTTATAACTATTTGAACTTTTTTGATACA-TAGATTCTTTTTTTTAATTCTC
317 AATTGTTC----AG--CTAACTATTTGAACATGTTCAAAAAACT-GA-T-TATTTTTTAA--ATC
* * * * * * * * *
13346837 TTACTCATTATTTTTGA-AATATTAATAAATT-ACTATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATTA
371 TTA-TTATTAATTTTAAGAATATTAAGAAATTGA-TATTATGTTATTCCAAATAAGCTTTTATGA
** * ** * * * * * *
13346900 ACTGAAACAATTATTTTATTACAAAACAAAAAGGTCAA-AATGATTTGAAATTGATAATTATTCA
434 ACAAAAACAAATGCTTTATGATAAAA-TAAAAGGT-AATAATGACTTGAAATAGATAACTATTCA
* * * * * * *
13346964 AATAGTCATGACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAT-ATTT-ATTTTTTAAATCTTTTACTTATT
497 AACAGTCATAACTATTTGAACTAGTTC-G-AAAAATGGTTTCATTTTTTAAATCTCTTACTCATT
* * * * ** * * * *
13347027 AATTGTCAAAATATTTATAAATTAATATTATTTTAATTCGAATAAG-C-ATGTTGAA-AAGAAAT
560 AATTTTTAAAATATTAATAAATTAACATTACCTTATTTCAAATAAGACTAT-ATGAATAA-AAAC
* *
13347089 AATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAAGTCATAACAATTTG
623 AATTGTTTTATAATCAAAACAAAGA-TCATAACAATTTG
13347127 TTATTCAAAT
Statistics
Matches: 2219, Mismatches: 432, Indels: 335
0.74 0.14 0.11
Matches are distributed among these distances:
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700 170 0.08
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740 40 0.02
741 2 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (711 bp):
TTATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTCTTAATTTTCAAAATATCAATAAATTAATATTATTTTAT
TTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGAAAAACAAAAGATCATAACGATTTGA
AATAAGTAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTACTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAA
TCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTTTATATTTTATTTTGAATAAGCTTGCAT
GAATAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCA
GCTAACTATTTGAACATGTTCAAAAAACTGATTATTTTTTAAATCTTATTATTAATTTTAAGAAT
ATTAAGAAATTGATATTATGTTATTCCAAATAAGCTTTTATGAACAAAAACAAATGCTTTATGAT
AAAATAAAAGGTAATAATGACTTGAAATAGATAACTATTCAAACAGTCATAACTATTTGAACTAG
TTCGAAAAATGGTTTCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAAC
ATTACCTTATTTCAAATAAGACTATATGAATAAAAACAATTGTTTTATAATCAAAACAAAGATCA
TAACAATTTGAAATAGAGAATTACTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTAGTTCAATAAGC
Found at i:13347837 original size:177 final size:175
Alignment explanation
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Period size: 177 Copynumber: 6.3 Consensus size: 175
13347495 TAACATAGTC
* * * ** * *
13347505 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTGTAATT-CAAATAAGCTTGTATGAATATAAACTACTATTT
1 GAAATATTAATAAATTAGTATTATT-TTATTCCAAATAAGCTTATATGAACA-AAAAAATTGTTT
* * * ** * ** ** ** ** *
13347569 TATAATAGAACAAAAAATAATAACAATTTGAAATA-ACTAATTACTCAAATAGTCATGACAATTT
64 TATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGA-TAATTGTTCAAATAGTCAAAATTATTA
* * * * *
13347633 GAATTGGTTTGATAAAAAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTT
128 GAACTAGTTAG-TAAATAGAATTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTT
* * *
13347682 GAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTCCAAACAAACTTATATGAACAAAAAAATTTGTTTT
1 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAACAAAAAAA-TTGTTTT
*
13347747 ATGGCAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAAAATTATTAGA
65 ATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAAAATTATTAGA
* *
13347812 GCTAGTTAAGTAAATAGAATTATTTTTTAATTCTCTTATTAATTTTT
130 ACTAGTT-AGTAAATAGAATTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTT
* * * *** **
13347859 GAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTCTAAATAAAG--TAGTATTTATTGAAAATTTTGT
1 GAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTCCAAAT-AAGCTTA-TA-TGAACAAAAAAATTGT
* ** *
13347921 TTTATGACAAAAGAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCATGAA-A-TCTCAACTA
62 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCA--AATAGTCAAAATTA
** * * * *
13347984 TTTTAACTAGTTTGGCAAATAAAATTAATTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTT
125 TTAGAACTAG-TTAGTAAATAGAATTATTTTTTAAATCTC----TTATTAATTTTT
* * ** * * * * * *
13348040 AAAATATTATTATGTTACTATTATTTTAATT-CAGATAAGCTTGTATGAACCTAAATAATAGTTT
1 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCCAAATAAGCTTATATGAA-CAAAAAAATTGTTT
* * * * * * * * * * **
13348104 TATGATAGAATAAAAAGT-TTTAT-TTTTTAAATA-ATTAGTTGAAGTATACAATTA-TTTAAA-
64 TATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGA-TAATT---GT-T-CAAATAGTCAAAAT
* * * * * * *
13348164 TAGTCATAACTATTTGAACAGGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTGAATCTCTTACTTATTAATT
123 TA-TTAGAACTAGTT----A-G-T-A-AATAGA-A-TTATTTTTT-AA-ATCT--CTTATTAATT
*
13348229 TTG
173 TTT
* * * * * *
13348232 GAAATATTAATCAATTATTATTATTTTATTCCAAACAAGCTTGTATGATAAAAAAACAATTGTTA
1 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGA-ACAAAAA-AATTGTTT
* * * * * * * * * *
13348297 TATGACTAAACACAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTGAGATAGCCATAATTGTTTG
64 TATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAAAATTATTAG
* * * * *
13348362 AACTAATTTGCTAAATAG-ATTCACTTTTTAAATCACCTATTAATTTTT
129 AACTAGTTAG-TAAATAGAATT-ATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTT
* * *** *
13348410 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTTTATGGATTGAAACAATTGTTTT
1 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATAT-GAACAAAAAAATTGTTTT
* * * * * * *
13348475 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAGACAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGA
65 ATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAAAATTATTAGA
* * * * * *
13348540 ATTTGTTTGATAAACA-ATTTAATTTTTTAAA-CTCTTGTTAATCAATTATT
130 ACTAGTTAG-TAAATAGAATT-ATTTTTTAAATCTCTTATTAAT---TT-TT
* ** * *
13348590 GAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTAGATAAGCTTTTATGAAC
1 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAAC
13348640 TGAAACAGTT
Statistics
Matches: 721, Mismatches: 180, Indels: 112
0.71 0.18 0.11
Matches are distributed among these distances:
176 18 0.02
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178 70 0.10
179 20 0.03
180 56 0.08
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182 18 0.02
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186 2 0.00
187 1 0.00
189 1 0.00
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196 2 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (175 bp):
GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAACAAAAAAATTGTTTTA
TGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAAAATTATTAGAA
CTAGTTAGTAAATAGAATTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTT
Found at i:13348536 original size:551 final size:544
Alignment explanation
Indices: 13347645--13348639 Score: 1231
Period size: 551 Copynumber: 1.8 Consensus size: 544
13347635 ATTGGTTTGA
*
13347645 TAAAAAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTA
1 TAAAAAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTGGAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTA
* * * * *
13347710 TTCCAAACAAACTTATATGAACAAAAAAATTTGTTTTATGGCAAAACAAAAGGTCATAATGATTT
66 TTCCAAACAAACTTATATGAACAAAAAAAATTGTTATATGACAAAACAAAAGGTAATAACGATTT
* * * *
13347775 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAAAATTATTAGAGCTAGTTAAGTAAATAGAATTATTTTTT
131 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCAAAATTATTAGAACTAATTAAGTAAATAGAATTACTTTTT
* * * *
13347840 AATTCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCATTTTATTTTATTCTAAATAAAGTAGTAT
196 AAATCACCTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCATATTATTTTATTCTAAATAAAGTAGTAT
** * * * * *
13347905 TTATTGAAAATTTTGTTTTATGACAAAAGAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCA
261 GGATTGAAAATATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGACAATTATTCA
* * *
13347970 TGAAATCTCAACTATTTTAACTAGTTTGGCAAATAAAATTAA-TTTTTAAATCTCTTAGTT-ATT
326 -GAAATCTCAACTATTTGAACTAGTTTGACAAA-AAAATTAATTTTTTAAA-CTCTT-GTTAATC
* ** **
13348033 AATTTTTAAAATATTATTATGTTACTATTATTTTAATTCAGATAAGCTTGTATGAACCTAAATAA
387 AATTATTAAAATATTAAGAAATTACTATTATTTTAATTCAGATAAGCTTGTATGAACCTAAATAA
13348098 TAGTTTTATGATAGAATAAAAAGTTTTATTTTTTAAATAATTAGTTGAAGTATACAATTATTTAA
452 TAGTTTTATGATAGAATAAAAAGTTTTATTTTTTAAATAATTAGTTGAAGTATACAATTATTTAA
13348163 ATAGTCATAACTATTTGAACAGGTTCAG
517 ATAGTCATAACTATTTGAACAGGTTCAG
* * *
13348191 TAAATAGATTTATTTTTTGAATCTCTTACTTATTAATTTTGGAAATATTAATCA-ATTATTATTA
1 TAAAAAGATTTATTTTTT-AA-ATC-T-CTTATTAATTTTGGAAATATTAAT-AGATTAGTATTA
* * * *
13348255 TTTTATTCCAAACAAGCTTGTATGATA-AAAAAACAATTGTTATATGACTAAACACAAGGTAATA
61 TTTTATTCCAAACAAACTTATATGA-ACAAAAAA-AATTGTTATATGACAAAACAAAAGGTAATA
* * * * * *
13348319 ACGATTTGAAATAGATAATTGTTGAGATAGCCATAATTGTTTGAACTAATT-TGCTAAATAG-AT
124 ACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCAAAATTATTAGAACTAATTAAG-TAAATAGAAT
13348382 TCACTTTTTAAATCACCTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATT-TCAAA
188 T-ACTTTTTAAATCACCTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCA-TATTATTTTATTCT-AAA
** *
13348445 T-AAGCTTTTATGGATTGAAACA-ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAAT
250 TAAAG-TAGTATGGATTGAAA-ATATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAAT
* * * * *
13348508 AGACAATTATTCA-AATAGTCAT-AACTATTTGAATTTGTTTGATAAACAATTTAATTTTTTAAA
313 AGACAATTATTCAGAA-A-TC-TCAACTATTTGAACTAGTTTGACAAAAAAATTAATTTTTTAAA
* * * * *
13348571 CTCTTGTTAATCAATTATTGAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTAGATAAGCTTTTAT
375 CTCTTGTTAATCAATTATTAAAATATTAAGAAATTACTATTATTTTAATTCAGATAAGCTTGTAT
13348636 GAAC
440 GAAC
13348640 TGAAACAGTT
Statistics
Matches: 376, Mismatches: 55, Indels: 32
0.81 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
546 17 0.05
547 2 0.01
548 2 0.01
549 6 0.02
550 131 0.35
551 216 0.57
552 2 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (544 bp):
TAAAAAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTGGAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTA
TTCCAAACAAACTTATATGAACAAAAAAAATTGTTATATGACAAAACAAAAGGTAATAACGATTT
GAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCAAAATTATTAGAACTAATTAAGTAAATAGAATTACTTTTT
AAATCACCTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCATATTATTTTATTCTAAATAAAGTAGTAT
GGATTGAAAATATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGACAATTATTCA
GAAATCTCAACTATTTGAACTAGTTTGACAAAAAAATTAATTTTTTAAACTCTTGTTAATCAATT
ATTAAAATATTAAGAAATTACTATTATTTTAATTCAGATAAGCTTGTATGAACCTAAATAATAGT
TTTATGATAGAATAAAAAGTTTTATTTTTTAAATAATTAGTTGAAGTATACAATTATTTAAATAG
TCATAACTATTTGAACAGGTTCAG
Found at i:13349266 original size:183 final size:180
Alignment explanation
Indices: 13348658--13349469 Score: 520
Period size: 180 Copynumber: 4.5 Consensus size: 180
13348648 TTGCGAATGT
* * ** * *
13348658 TAAACAAATTTATTTTTTCAAACTT-TTGCTTATTAATTTTTTGAATGA-TAATAAATTTGAATT
1 TAAACAAATTTATTTTTT-AAATTTCTTACTTATTAA-TTTTAAAAT-ATTAATAAATTAGTATT
* * * * * * * *
13348721 ATTTTA-CTCTAAATAAGCTTGTAAGATATG-AAACAAATATTTTATGACT-AAACAAATGATCA
63 ATTTTATTTC-AAATAAGCTTATATGAT-CGAAAACAATTGTTTTATGA-TAAAACAAAAGGTCA
* *** * * * * *** * * * *
13348783 GAATGATCCAAAATAGATAATTATTCTAATGGTTTTAACTTTTTGAATTGGTTCTA
125 TAATGATTTGAAATTGATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTGAATCGATTCGA
* * * * *
13348839 TAAGCACATTTATTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAAATTTTGAAATATTATTAAATTAGAATTA
1 TAAACAAATTTATTTTTTAAAT-TTCTTACTTATT-AATTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTA
** * * * * * * *
13348903 TTTTTAAAT-GAATAGGCTTTTATGATCAAAAACAACTATTTTATGATAAAAC-AAAGAG-CTTA
64 -TTTTATTTCAAATAAGCTTATATGATCGAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAG-GTCATA
** * * * * *
13348965 ACAATTTGAGATTGATAATTGTTCCAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCGA
127 ATGATTTGAAATTGATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTGAATCGATTCGA
* *
13349019 TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTAT
1 TAAACAAATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAA-TTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTAT
13349084 TTTATTTCAAATAAGCTTATATGATCGAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATG
65 TTTATTTCAAATAAGCTTATATGATCGAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATG
*
13349149 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAA-TCATATT-AATCGATTC-A
130 ATTTGAAATTGATAATTGTTCAAATAGCCATAACT-AT-TTGAATCGATTCGA
* * *
13349199 GTAAACATATTTATTTTTTTAAAATTTCTTACTTATTAATTTCAAAAATATTAATAAACTAGTAT
1 -TAAACAAATTTA-TTTTTT-AAATTTCTTACTTATTAATTT-TAAAATATTAATAAATTAGTAT
* ** * * * * * * * *
13349264 TATTTTATTCCATCTAAAGCTTGTATTAATTG-AAATAATTGCTTTATGACAAATCAAAAGGTTA
62 TATTTTATTTCAAAT-AAGCTTATA-TGATCGAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCA
* * ** * * * *
13349328 TAATGATTTTAAATTGACAAATT-TTCAAATAGTAATAACTATTTAAAATTG-TTTGG
125 TAATGATTTGAAATTGA-TAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTT-GAATCGATTCGA
* * * ** ** ** *
13349384 TGAACAAATTTAGTTTTTTAAATATGTTTTTTATTAACTTTTCGAATGCTAATAAACTAGTATTA
1 TAAACAAATTTA-TTTTTTAAATTTCTTACTTATTAA-TTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * *
13349449 ATTTATTCCAAAGAAGCTTAT
64 TTTTATTTCAAATAAGCTTAT
13349470 TAATTTTCTG
Statistics
Matches: 506, Mismatches: 98, Indels: 53
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
179 9 0.02
180 143 0.28
181 137 0.27
182 25 0.05
183 93 0.18
184 86 0.17
185 13 0.03
ACGTcount: A:0.39, C:0.09, G:0.09, T:0.43
Consensus pattern (180 bp):
TAAACAAATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATT
TTATTTCAAATAAGCTTATATGATCGAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGA
TTTGAAATTGATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTGAATCGATTCGA
Found at i:13349498 original size:21 final size:22
Alignment explanation
Indices: 13349469--13349513 Score: 65
Period size: 21 Copynumber: 2.1 Consensus size: 22
13349459 AAGAAGCTTA
*
13349469 TTAATTTTCTGGCTTATT-ATT
1 TTAAATTTCTGGCTTATTAATT
*
13349490 TTAAATTTCTTGCTTATTAATT
1 TTAAATTTCTGGCTTATTAATT
13349512 TT
1 TT
13349514 TTGAATGTTA
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 2, Indels: 1
0.88 0.08 0.04
Matches are distributed among these distances:
21 16 0.76
22 5 0.24
ACGTcount: A:0.22, C:0.09, G:0.07, T:0.62
Consensus pattern (22 bp):
TTAAATTTCTGGCTTATTAATT
Found at i:13350270 original size:179 final size:177
Alignment explanation
Indices: 13349543--13350596 Score: 639
Period size: 179 Copynumber: 5.9 Consensus size: 177
13349533 TATTATTTTA
* * * * * *
13349543 AATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAATG-TCATAACGATTTGAAATAGATAATAGTTCG
1 AATAGAAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAA-GATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * * * * * * * * * *
13349607 AATGGACATGACTATTTGAACTTGTTCAGTGAACATATTTATTTTTTA-AATCTCCAACTTATTA
65 AATAGTCATAACTATTTGAA-ATATTC-G-AAAAAGATTTATTTTTCATTATCT--TACTTATTA
13349671 ATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAA-CTTGTATG
125 ATTTTT-GTAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAA-AAAGCTTGTATG
* * * * *
13349724 AATAGAAATAGTTGTTTTATGACAAGACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAA
1 AATAGAAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
* * * *
13349789 ATGGTCATAACTATTT--AA-ACTCGAAACAA-ATTTATTATTTCAATTTTC-TATTTATTAATT
66 ATAGTCATAACTATTTGAAATATTCGAAA-AAGATTTATT-TTTC-ATTATCTTACTTATTAATT
* * ** * *
13349849 TTTGAAATTTTAA-AAGATTAGTA-TATTTTATTTTGAATAAGCTTTTATG
128 TTTGTAATATTAATAA-ATTAGTATTATTTTATTTCAAAAAAGCTTGTATG
* * * * * *
13349898 AACAGAAACAATTAG-TTTATGAAAAAACAAAAGATCATAATGATTTCAAGTGGATTATTGTTGA
1 AATAGAAACAATT-GTTTTATGAAAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * * * ** ** *
13349962 AATAGTTATAACTATTTGAATGTGTTCAAAAAATAGATTTATTTTAAAAAATTTTACTTATTAAT
65 AATAGTCATAACTATTTGAA-ATATTC-GAAAA-AGATTTATTTTTCATTATCTTACTTATTAAT
* ** * *
13350027 TTTTGTAATATTAATCAATTTA-TATTATTTTA-TTCAAAATAAATTTGCAAG
127 TTTTGTAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTTCAAAA-AAGCTTGTATG
* *
13350078 AATAG-AACAATTGTTTTATGAAAAAACGAAAGGTCATAAT-ATTTTGAAATAGATAATTGTTCA
1 AATAGAAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGATCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * * *
13350141 TATAGTCATAA-TAATTTGAACATATTCGGTAAAAAGATTAATTTTTCATTCTCTTACTCATTAA
65 AATAGTCATAACT-ATTTGAA-ATATTC-G-AAAAAGATTTATTTTTCATTATCTTACTTATTAA
* *
13350205 TTTTT-TAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAAAAGCTTATTTG
126 TTTTTGTAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAAAAGCTTGTATG
* * * * * * *
13350256 AACTA-AAGCAATTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTCA-AATGAGTTGAAATAGTTAATTATTCA
1 AA-TAGAAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* ** * * * * * * * *
13350319 AATAATCATGGCTATTTTAACTTGTTCAGTAAATATATTTATTTTTAAATT-TTTTACCTATTAA
65 AATAGTCATAACTATTTGAA-ATATTC-G-AAAAAGATTTATTTTT-CATTATCTTACTTATTAA
* *** * * * * * * *
13350383 TTGTCAAAATATTAATAAATTAATGTTATTTTAATCCAAATAACCTTGTATT
126 TTTTTGTAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAAAAGCTTGTATG
* * * ** * * *
13350435 AATAGAAACAATTATTTTATTACAAAACAATAAG-TCATAAAAATTTGAAATAAATAATTATTCC
1 AATAGAAACAATTGTTTTATGAAAAAACAA-AAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * * * * * * *
13350499 AATAATCATAACGATTAGAACTTATTCAATAAATAGATTT-TTTTATACCTT-T-TTTCTTACTA
65 AATAGTCATAACTATTTGAA-ATATTCGA-AAA-AGATTTATTTT-T-CATTATCTTACTTATTA
* **
13350561 ATTGTCATAATATTAATAAACTTA-TATTATTTTATT
125 ATTTTTGTAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATT
13350597 CGAAATACGC
Statistics
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181 70 0.10
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Consensus pattern (177 bp):
AATAGAAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
ATAGTCATAACTATTTGAAATATTCGAAAAAGATTTATTTTTCATTATCTTACTTATTAATTTTT
GTAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAAAAGCTTGTATG
Found at i:13351398 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 13350625--13352666 Score: 1121
Period size: 181 Copynumber: 11.4 Consensus size: 180
13350615 TAGTTAGATT
* * * * * * *
13350625 TTTTTTAAATCTTTTAATTATTAA-TTTTCAAATATTAATAAAATGGT-TTACTTTATT-TCGAA
1 TTTTTTAATTCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAA
* * * ** * *
13350687 TAAACTTATAAGAACT-TAAACAATTCCTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATA
65 TAAGCTTATATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA
* * * * * *
13350751 GATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT-GATCTAGTTCAGCAAACATATTTA
129 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAAT-TGGTT-AGTAAACAAATCTA
* * *
13350804 TTTTTTAAAGTT-T-TTACTTACTAATTGTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCTGA
1 TTTTTT-AA-TTCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGA
* * * *** *
13350867 GTAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATAATGGACAAAAA-GTCATAAAT-ATTTGAAAT
64 ATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAAGGTCAT-AATGATTTGAAAT
* * * * *
13350930 AAATAATT-TGTCAAATAGTCAT-ACTATTTAAACTGGTTTGATAAATAGATCTA
128 AGATAATTGT-TCAAATAGTCATAACTATTTAAATTGGTTAG-TAAACAAATCTA
* * * * * *
13350983 TTTTTTAA--ATATT--TTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAATATTACTTTTATT-TCAA
1 TTTTTTAATTCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTCT-GA
* * * * * * * *
13351043 ACAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATCTGAAATA
64 ATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA
* **
13351108 GATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAATTGGTTAGGTAAACAAAAATA
129 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTGGTTA-GTAAACAAATCTA
** * *
13351161 TATTTTTAAAACTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TTTTATTTTATTCTGA
1 T-TTTTTAATTCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCTGA
* *
13351225 ATAAGC-TAGTATGAATTGAAA-AATTGTTTTATGACAAAAAAAAAAGGGTCATAATGTTTTGAA
64 ATAAGCTTA-TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC-AAAAAAAAA-GGTCATAATGATTTGAA
* * * * *
13351288 ATGGATAATTGTTCATATAGTCTTAAATATTTAGATTGGTTCAGTAAACAAATCTA
126 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTGGTT-AGTAAACAAATCTA
** * * * * * *
13351344 -TTTTTAATTCTCTTGGTTATTAATTATCAAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTAGTCCGAGT
1 TTTTTTAATTCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAAT
* * * * * * * ** * *
13351408 AAGCTTATATGAATAGAAATAATTG-TTTGTGATAGAACACAAGGTTATAACAATTTGAAGTATA
66 AAGCTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGA
* ** * * * *
13351472 CAATTGTTTGAATAGTGATAACTATTTAAATTGATTTAGTAAACAGATTTA
131 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTG-GTTAGTAAACAAATCTA
* * * * * *
13351523 TTTTTTAA--ATC-T-CTTGTTAA-TTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTAATTCTAAAT
1 TTTTTTAATTCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAAT
* * * * * * * *
13351583 AAGCTTAAATG-ATCAAAAACATTTGTTATATGACCAAAGAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAG
66 AAGCTTATATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAG
* * * * *
13351647 ---A-TGTTCAAATGGTCATAATTATTTGAAA-TGATTCTGTAAAC--TTC-A
130 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-AAATTGGTT-AGTAAACAAATCTA
* * * * * *
13351692 CTTTTTAA--ATC--ACATATTAATTTTTGAAATATTAATTAATTTGTATTATTTTATT-TCGAA
1 TTTTTTAATTCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAA
* * * * * * * * *
13351752 TAAGCTTGTATTAACT-GAAATAATTATTTTATGATAACACAAAAGGACATAATGATTTTAAATA
65 TAAGCTTATATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA
* * * * * * * *
13351816 GACAATTGTTCAAATAATAATAACTATTTGAACTT-GTTCGATAAATAGATTTA
129 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-AAATTGGTTAG-TAAACAAATCTA
* * ** * * *
13351869 TTTTTTAAATATCTTTTTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTAATTTATT-TCAAA
1 TTTTTTAATTCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAA
* * * ** * * * * * *
13351933 TAAACTTGTGTGAACTA-AAACAATTGTTTTATGATTAAACAAAAGGTAAAAACGATTTCAAATG
65 TAAGCTTATATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA
* ** * * * * * * * *
13351997 GATAATTATTTTAGTAGTCGTAACCATATAAACTGATTCAGAAAACAAATTTA
129 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTGGTT-AGTAAACAAATCTA
* * * * *
13352050 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTAAATATTATTAAATTTGTATT-TTTTAATCTGAAT
1 TTTTTTAATTCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAAT
* * * * * * * ** *
13352114 AAGCTTCTACGAACA-AAAAAATTATTTTAAGACCAAACAAAAAGGTCATAACAATTTCAAATAG
66 AAGCTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA-CAAAAAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAG
* * * * * * * * ** * * *
13352178 ATAATCGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTCGTTTGGCAATTAGATTTG
130 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-AAATTGGTTAGTAAACAAATCTA
* ** * * * * **
13352230 TTTTTTAATTTTCTTGGTTATTAAGTTTTGAAATGTTATTAAATTAGTATTATTTTATTCCAAAT
1 TTTTTTAATTCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAAT
** * * * * * * * *
13352295 AA-AATAGTATGAACAGAACCAATAGTTTGATGACAAAACAATAGGTTATAATGATTTAAAATAG
66 AAGCTTA-TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAG
* * * * * * *
13352359 ATAATTATTCAAATAGTGAAAACTATTTGAAATTGTTTAGTAAATAGATTTA
130 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-AAATTGGTTAGTAAACAAATCTA
* * * * ** * *
13352411 CTATTTAAATCTCTTACTAATTAATTTTCTCACCATA--AATAAATTAATATAATTTTATT-TCG
1 TTTTTTAATTCTCTTACTTATTAATTTT-T-AAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-G
* * * * * * ** *
13352473 AACAAACTTATATAAACAAAAACAATTATTTTATGGTAAAACAAAAA-GTAATAATGATTTGAAA
63 AATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAAGGTCATAATGATTTGAAA
* * * * * * *
13352537 TATAT-ATTTTTCAAATAGTTATAATTATTTGAATTGGTTCAATAAATAAAAT-TA
127 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTGGTT-AGTAAA-CAAATCTA
* * * * * * * * *
13352591 GTTTTTAAATCTCTTACCTATAAAATTTTGAAATATTAACAAATTAGTTTTATTTTATTTTGAAT
1 TTTTTTAATTCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAAT
* *
13352656 AAACTTGTATG
66 AAGCTTATATG
13352667 GGCTAAAAAA
Statistics
Matches: 1414, Mismatches: 373, Indels: 151
0.73 0.19 0.08
Matches are distributed among these distances:
169 18 0.01
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171 3 0.00
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173 6 0.00
174 30 0.02
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184 4 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
TTTTTTAATTCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAAT
AAGCTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGA
TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTGGTTAGTAAACAAATCTA
Found at i:13352420 original size:361 final size:362
Alignment explanation
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Period size: 361 Copynumber: 2.0 Consensus size: 362
13351696 TTAAATCACA
* * ** *
13351706 TATTAATTTTTGAAATATTAATTAATTTGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATTAACTGAA
1 TATTAATTTTTGAAATATTAATTAATTTGTATTATTTTATCTCGAATAAGCTTCTACGAACTAAA
* * * ** * *
13351771 ATAATTATTTTATGATAACACAAAAGGACATAATGATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAATAA
66 AAAATTATTTTAAGAAAACACAAAAGGACATAACAATTTCAAATAGACAATCGTTCAAATAATAA
* * ** *
13351836 TAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATATCTTTTTTATTAATTTTTAGA
131 TAACTATTTGAACTCGTTCGACAAATAGATTTATTTTTTAAATATCTTGGTTATTAATTTTGAGA
* * * * * *
13351901 ATATTAATAAATTAGTATTAATTTATTTCAAATAAACTTGTGTGAACTAAAACAATTGTTTTATG
196 ATATTAATAAATTAGTATTAATTTATTCCAAATAAAATAGTATGAACTAAAACAATAGTTTGATG
** * * ** * *
13351966 ATTAAACAAAAGGTAAAAACGATTTCAAATGGATAATTATTTTAGTAGTCGTAACCATATAAACT
261 ACAAAACAAAAGGTAAAAACGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCGAAACCATATAAACT
* *
13352031 GATTCAGAAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACT
326 GATTCAGAAAACAAATTTACTATTTAAATCTCTTACT
*
13352068 TATTAATTTTTTAAATATT-ATTAAATTTGTATT-TTTTAATCT-GAATAAGCTTCTACGAAC-A
1 TATTAATTTTTGAAATATTAATT-AATTTGTATTATTTT-ATCTCGAATAAGCTTCTACGAACTA
* * *
13352129 AAAAAATTATTTTAAGACCAAACA-AAAAGGTCATAACAATTTCAAATAGATAATCGTTCATATA
64 AAAAAATTATTTTAAGA--AAACACAAAAGGACATAACAATTTCAAATAGACAATCGTTCAAATA
* ** * * * * * *
13352193 GTCTTAACTATTTGAACTCGTTTGGCAATTAGATTTGTTTTTTAATTTTCTTGGTTATTAAGTTT
127 ATAATAACTATTTGAACTCGTTCGACAAATAGATTTATTTTTTAAATATCTTGGTTATTAA-TTT
* * * *
13352258 TGA-AATGTTATTAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAAATAGTATGAAC-AGAACCAATAGT
191 TGAGAATATTAATAAATTAGTATTAATTTATTCCAAATAAAATAGTATGAACTA-AAACAATAGT
* * * * *
13352321 TTGATGACAAAACAATAGGTTATAATGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGT-GAAAACTAT
255 TTGATGACAAAACAAAAGGTAAAAACGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCG-AAACCAT
* * * * * *
13352385 TTGAAATTG-TTTAGTAAATAGATTTACTATTTAAATCTCTTACT
319 AT-AAACTGATTCAGAAAACAAATTTACTATTTAAATCTCTTACT
*
13352429 AATTAATTTT
1 TATTAATTTT
13352439 CTCACCATAA
Statistics
Matches: 301, Mismatches: 62, Indels: 17
0.79 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
360 17 0.06
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ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (362 bp):
TATTAATTTTTGAAATATTAATTAATTTGTATTATTTTATCTCGAATAAGCTTCTACGAACTAAA
AAAATTATTTTAAGAAAACACAAAAGGACATAACAATTTCAAATAGACAATCGTTCAAATAATAA
TAACTATTTGAACTCGTTCGACAAATAGATTTATTTTTTAAATATCTTGGTTATTAATTTTGAGA
ATATTAATAAATTAGTATTAATTTATTCCAAATAAAATAGTATGAACTAAAACAATAGTTTGATG
ACAAAACAAAAGGTAAAAACGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCGAAACCATATAAACT
GATTCAGAAAACAAATTTACTATTTAAATCTCTTACT
Found at i:13352690 original size:153 final size:154
Alignment explanation
Indices: 13352526--13352820 Score: 337
Period size: 154 Copynumber: 1.9 Consensus size: 154
13352516 AAAAGTAATA
* * * * *
13352526 ATGATTTGAAATATAT-ATTTTTCA-AATAGT-TATAATTATTTGAATTGGTTCAATAAATAAAA
1 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCATAAT-GTCT-TAACTATTTGAACTGGTTCAAGAAATAAAA
* * * *
13352588 TTAGTTTTTAAATCTCTTACCTATAAAATTTTGA-AATATTAACAAATTAGTTTTATTTTATTTT
64 TTAGTTTTTAAATCTCTTACCTAT-AAATTTTCATAATATTAACAAATTACTATTATTTTATTTC
*
13352652 GAATAAACTTGTATGGGCTAAAAAAGT
128 AAATAAACTTGTATGGGCTAAAAAAGT
* ** *
13352679 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCATAATGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCAGGAAATGGATTT
1 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCATAATGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCAAGAAATAAAATT
* * ** * **
13352744 ATTTTTTAAATCTTTTAGTTATGAATTTTCATAATATTATTAAATTACTATTATTTTATTTCAAA
66 AGTTTTTAAATCTCTTACCTATAAATTTTCATAATATTAACAAATTACTATTATTTTATTTCAAA
*
13352809 TAAGCTTGTATG
131 TAAACTTGTATG
13352821 AACATAAAAA
Statistics
Matches: 116, Mismatches: 22, Indels: 7
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
153 22 0.19
154 90 0.78
155 4 0.03
ACGTcount: A:0.37, C:0.06, G:0.11, T:0.46
Consensus pattern (154 bp):
ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCATAATGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCAAGAAATAAAATT
AGTTTTTAAATCTCTTACCTATAAATTTTCATAATATTAACAAATTACTATTATTTTATTTCAAA
TAAACTTGTATGGGCTAAAAAAGT
Found at i:13353716 original size:539 final size:539
Alignment explanation
Indices: 13352923--13353983 Score: 1355
Period size: 539 Copynumber: 2.0 Consensus size: 539
13352913 GTAAATAGAT
*
13352923 TTATTGTTTAAATCTCTTACTAATTCGTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAATAA
1 TTATTGTTTAAATCTCTTACTAATTCGTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAATAA
* * * * ** *
13352988 GATTGTATGTTGAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAATGAAAGGTAATAATGATTTGAAATATATA
66 GATTGTATGATCAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAATCAAAGATAATAACAATTTGAAATAGATA
* ** * **
13353053 ATTATTCAAATGGCCATAATTATTTGAACTGATTTGATAAACTGATTTATTTTTTAAATCTCTTG
131 ATTATTCAAATGGCCATAACTATTTGAACTGATTTGATAAACCAATTTAATTTTTAAATCTCTCA
* * *
13353118 CTTATTAATTTTTGAATTATTAATAAAGTAGTACTATTTTATTTTGAATAAGCTTTTATGAACTG
196 CTTAATAATTTTTGAAATATTAATAAAGCAGTACTATTTTATTTTGAATAAGCTTTTATGAACTG
* * * *
13353183 AAACAATCATTTTATGACAAAACAAAAGTTTATAACAATTTTAAATAGAGAATTGTTCAAATAAT
261 AAACAATAATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGAGAATTATTCAAATAAT
* * * *
13353248 CATAACTGTTTGAA-CTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTCTTCAAATCTCTTACTTATTAATTTT
326 CATAACTATTT-AAGCTTGTTCGATAAACAGATTTATTTCTTCAAATCTATTACTTATTAATTTT
* * *
13353312 TTGAATGTTAATAAATTAGTGTTACTTTATTCTGAATA-AGCTTGTATGAACTGAAACACTTATT
390 TTGAATGTTAATAAATTAGTATTACTTTATTCTGAATAGA-CTTGTATGAACTAAAACAATTATT
*
13353376 TTACGACAAAGC-AAAATCTTAGAATGATTTGAAATAGATAACTATTCTAATAGTCTTAACCATT
454 TTACGACAAAGCAAAAAGCTTAGAATGATTTGAAATAGATAACTATTCTAATAGTCTTAACCATT
13353440 TGAACTAATTCAACAAACACA
519 TGAACTAATTCAACAAACACA
* ** * *
13353461 TTATTTTTTAAATCTCTTACTAATTTTTTAAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TATCCAAAT
1 TTATTGTTTAAATCTCTTACTAATTCGTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TCC-AAT
* * * * * * *
13353525 AAGCTTGTATGATCA-AAAATAATTTTTTTTATGGCAAAA-CAAAGATCATAGCAATTTGAGATG
64 AAGATTGTATGATCAGAAAA-AA-TTGTTTTATGACAAAATCAAAGATAATAACAATTTGAAATA
* * * * * *
13353588 GATATTTGTTCAAATGGTCTTAACTATTTGAATTGGTTTGA-AAACCAACTTTAATTTTTAAATC
127 GATAATTATTCAAATGGCCATAACTATTTGAACTGATTTGATAAACCAA-TTTAATTTTTAAATC
* * *
13353652 TCTCACTTAATAA-TTTTGAAAATATTAATAAAGCAGTATTATTTTATTTTGGATAAGTTTTTAT
191 TCTCACTTAATAATTTTTG-AAATATTAATAAAGCAGTACTATTTTATTTTGAATAAGCTTTTAT
* * * *
13353716 GAATTGAAACAATAATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAGATAATTATTTA
255 GAACTGAAACAATAATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGAGAATTATTCA
* * * * * *
13353781 AATAGTCATATCTATTTAAGCTTGTTCGATAAACATATTTATTTTTTTAAATCTATTGCTTATTA
320 AATAATCATAACTATTTAAGCTTGTTCGATAAACAGATTTATTTCTTCAAATCTATTACTTATTA
* * *
13353846 ATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAGACTTGTATGAACTAAAATAAT
385 ATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTACTTTATTCTGAATAGACTTGTATGAACTAAAACAAT
* * * * * * *
13353911 TGTTTTATGACTAAGCAAAAAGGTTAGAATGATTTGAAATTGATAATTGTTCTAATAGTCTTAAC
450 TATTTTACGACAAAGCAAAAAGCTTAGAATGATTTGAAATAGATAACTATTCTAATAGTCTTAAC
*
13353976 TATTTGAA
515 CATTTGAA
13353984 ATGGTTTGGC
Statistics
Matches: 443, Mismatches: 71, Indels: 16
0.84 0.13 0.03
Matches are distributed among these distances:
537 1 0.00
538 68 0.15
539 309 0.70
540 65 0.15
ACGTcount: A:0.38, C:0.09, G:0.11, T:0.42
Consensus pattern (539 bp):
TTATTGTTTAAATCTCTTACTAATTCGTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAATAA
GATTGTATGATCAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAATCAAAGATAATAACAATTTGAAATAGATA
ATTATTCAAATGGCCATAACTATTTGAACTGATTTGATAAACCAATTTAATTTTTAAATCTCTCA
CTTAATAATTTTTGAAATATTAATAAAGCAGTACTATTTTATTTTGAATAAGCTTTTATGAACTG
AAACAATAATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGAGAATTATTCAAATAAT
CATAACTATTTAAGCTTGTTCGATAAACAGATTTATTTCTTCAAATCTATTACTTATTAATTTTT
TGAATGTTAATAAATTAGTATTACTTTATTCTGAATAGACTTGTATGAACTAAAACAATTATTTT
ACGACAAAGCAAAAAGCTTAGAATGATTTGAAATAGATAACTATTCTAATAGTCTTAACCATTTG
AACTAATTCAACAAACACA
Found at i:13354538 original size:179 final size:176
Alignment explanation
Indices: 13354011--13354555 Score: 502
Period size: 179 Copynumber: 3.1 Consensus size: 176
13354001 ATTTATTTTT
* * * * * *
13354011 TATTATTAAATTAGTATTATCTTAA-TTTGAATAAGCTA-ATATGAA-AGGAAACAATTATTTTA
1 TATTAATAAATCAGTATTAT-TTAATTTTAAATAA-CTATGTATGAACA-AAAACAATT-GTTTA
* * * * *
13354073 TGACAAAAT-AAAGATCATAACGATTTGAGATAGATAATTATTCAAATACTCATAACTATTTGAA
62 TAACAAAATAAAAGATCATAACTATTTGA-ATAGATAATTATTCAAACAATCATAACTATTAGAA
* * * * * *
13354137 CTAGTTTGGTACACAACTTTAGTTTTTAAATC-T-CTTCTTAATTTTCAAAA
126 CTTGTTTGGTAAACAA-TTTATTTTTTAAATCTTACTTATTAATTTTTAGAA
* *
13354187 TATTAATAAATCAGTATTATTTAATTTTGAATAATTATGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATAA
1 TATTAATAAATCAGTATTATTTAATTTTAAATAACTATGTATGAACAAAAACAATTG-TTTATAA
** * ** *
13354252 CAAAGCAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGA-CATGACTATTTA-AA
65 CAAAATAAAAGATCATAACT-ATTTG-AATAGATAATTATTCAAA-CAATCATAACTA-TTAGAA
* *
13354314 CTTTTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTTAGAA
126 CTTGTTTGGTAAAC-AATTTATTTTTTAAATCT--TACTTATTAATTTTTAGAA
* * ** *
13354368 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAACT-TGTATG-AGTAAAACAATTGTTTATCA
1 TATTAATAAATCAGTATTATTTAATTTTAAAT-AACTATGTATGAACAAAAACAATTGTTTATAA
* *
13354431 CAAAATAAAAGATCATAACTATTTCGAATAAATAATTATTCAAACAATCATAACTATTAGAGCTT
65 CAAAATAAAAGATCATAACTATTT-GAATAGATAATTATTCAAACAATCATAACTATTAGAACTT
* *
13354496 GCTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCATTTACTTATTAATTTTT-GAAA
129 GTTTGGTAAACA-ATTTATTTTTTAAATC--TTACTTATTAATTTTTAG-AA
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1 TATTAATAA
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Statistics
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Consensus pattern (176 bp):
TATTAATAAATCAGTATTATTTAATTTTAAATAACTATGTATGAACAAAAACAATTGTTTATAAC
AAAATAAAAGATCATAACTATTTGAATAGATAATTATTCAAACAATCATAACTATTAGAACTTGT
TTGGTAAACAATTTATTTTTTAAATCTTACTTATTAATTTTTAGAA
Found at i:13354585 original size:21 final size:20
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13354546 ATATTAATAA
13354556 GTTTGTATGAACAGAAACAATT
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1 GTTTGTATGACAAAACAA
13354595 AAGGTCGAAA
Statistics
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Consensus pattern (20 bp):
GTTTGTATGACAAAACAATT
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Period size: 156 Copynumber: 1.9 Consensus size: 154
13354405 TGTATGAGTA
*
13354415 AAACAATTGTTTATCACAAAATAAAAGATCATAACTATTTCGAATAAATAATTATTCAAACAATC
1 AAACAATTGTTTATCACAAAACAAAAGATCATAACTATTTCGAATAAATAATTATTCAAACAATC
* * * * *
13354480 ATAACTA-TTAGAGCTTGCTT-GGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCAT-TTACTTATTAATTTT
66 ATAACTATTTA-AACTTG-TTCAGTAAACAGATTCA-TTTTTAAATC-TCTTACTCATTAATTTT
13354542 T-GAAATATTAATAAGTTTGTATGAACAG
127 TAG-AATATTAATAAGTTTGTATGAACAG
* * * * *
13354570 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCGA-AA-TGATTT-GAAATAGATAATTATTTAAAT
1 AAACAATTG-TTTATCACAAAACAAAAGATC-ATAACT-ATTTCG-AATAAATAATTATTCAAAC
* * *
13354632 AGTCATAATTATTTAAACTTGTTCAGTAAACATATTCATTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTT
62 AATCATAACTATTTAAACTTGTTCAGTAAACAGATTCATTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTT
13354697 TAGAATATTAATAA
127 TAGAATATTAATAA
13354711 ATTAGTATTA
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AAACAATTGTTTATCACAAAACAAAAGATCATAACTATTTCGAATAAATAATTATTCAAACAATC
ATAACTATTTAAACTTGTTCAGTAAACAGATTCATTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTAGA
ATATTAATAAGTTTGTATGAACAG
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Alignment explanation
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Period size: 335 Copynumber: 2.0 Consensus size: 334
13354206 TTTAATTTTG
*
13354216 AATAATTATGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATAACAAAGCAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT
1 AATAATTATGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT
* * * ** *
13354281 AGATAATTATTCAAATGGACATGACTATTTAAACTTTTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATC
66 AGATAATTATTCAAATAGACATAACTATTTAAACTTGTTCAGTAAACAAATTCATTTTTTAAATC
* * *
13354346 TCCTACCTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAACTTGTATG
131 TCCTACCTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACCTATATG
* * * ** *
13354411 AGTAAAACAATTGTTTATCACAAAATAAAAGATCATAACTATTTCGAATAAATAATTATTCAAAC
196 ACTAAAACAATTGTTTATCACAAAACAAAAGATCATAACGATTTAAAATAAATAACTATTCAAAC
* * * *
13354476 AATCATAACTATTAGAGCTTGCTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCATTTACTTATTAATTT
261 AATCATAACTATTAGAGCTTGCTTGATAAACAGATTTATTTTTAAAAT-ATTTACGTATT-ATTT
**
13354541 -TTGAAATATT
324 GTCAAAATATT
* *
13354551 AATAAGTT-TGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCGA-AATGATTTGAA
1 AATAA-TTATGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTC-ATAATGATTTGAA
* * * *
13354614 ATAGATAATTATTTAAATAGTCATAATTATTTAAACTTGTTCAGTAAACATATTCA-TTTTTAAA
64 ATAGATAATTATTCAAATAGACATAACTATTTAAACTTGTTCAGTAAACAAATTCATTTTTTAAA
* * *
13354678 TCTCTTA-CTCATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCCTAT
129 TCTCCTACCT-ATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACCTAT
* * * **
13354742 ATGAACTAATACAATTGTTTTATTACAAAACAAAATG-TTATAACGATTTAAAATAGTTAACTAT
193 ATG-ACTAAAACAATTG-TTTATCACAAAACAAAA-GATCATAACGATTTAAAATAAATAACTAT
* * * * * * *
13354806 TC-AATAGTTATGACTATTTAGA-CTTGTTTGATAACCATATTTATTTTTAAAATATTTACGTAT
255 TCAAACAATCATAACTA-TTAGAGCTTGCTTGATAAACAGATTTATTTTTAAAATATTTACGTAT
13354869 TATTTGTCAAAATATT
319 TATTTGTCAAAATATT
13354885 AATAA
1 AATAA
13354890 ATTAATATTA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (334 bp):
AATAATTATGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT
AGATAATTATTCAAATAGACATAACTATTTAAACTTGTTCAGTAAACAAATTCATTTTTTAAATC
TCCTACCTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACCTATATG
ACTAAAACAATTGTTTATCACAAAACAAAAGATCATAACGATTTAAAATAAATAACTATTCAAAC
AATCATAACTATTAGAGCTTGCTTGATAAACAGATTTATTTTTAAAATATTTACGTATTATTTGT
CAAAATATT
Found at i:13354893 original size:179 final size:180
Alignment explanation
Indices: 13354561--13355008 Score: 514
Period size: 179 Copynumber: 2.5 Consensus size: 180
13354551 AATAAGTTTG
* * * *
13354561 TATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCGA-AATGATTTGAAATAGATAATTA
1 TATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTC-ATAATGATTTAAAATAGATAACTA
* *
13354625 TTTAAATAGTCATAATTATTTAAACTTGTTCAGTAAACATATTCATTTTTAAATCTCTTACTCAT
65 TTTAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCAGTAAACATATTCATTTTTAAATATCTTACTCAT
* * * * *
13354690 TAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCCTA
130 TAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCGAATAAGCCTA
* * * * * * *
13354741 TATGAACTAATACAATTGTTTTATTACAAAACAAAATGTTATAACGATTTAAAATAGTTAACTA-
1 TATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTAAAATAGATAACTAT
* * * * * * *
13354805 TTCAATAGTTATGACTATTTAGACTTGTT-TGATAACCATATTTATTTTTAAAATAT-TTACGT-
66 TTAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCAG-TAAACATATTCATTTTT-AAATATCTTAC-TC
* *
13354867 ATT-ATTTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCGAATAAGCTTG
128 ATTAATTT-TCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCGAATAAGCCTA
* * *
13354920 TATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTAAAATAAATAATTGT
1 TATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTAAAATAGATAACTAT
* *
13354985 TCAAATAGTCA-AACTATTTGAACT
66 TTAAATAGTCATAACTATTTAAACT
13355009 AATTTGGTAA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTAAAATAGATAACTAT
TTAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCAGTAAACATATTCATTTTTAAATATCTTACTCATT
AATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCGAATAAGCCTA
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Period size: 181 Copynumber: 13.2 Consensus size: 180
13355355 AAATACGTTG
* * * ** *
13355365 CTTATT-AATTTTCAGAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTCCAAATAAGA-TTGTATGAAC
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* * * * ** * * *
13355428 ATAAATAATTGTTTTATGATAAAACGAATGGTCATAACAATTTGAAATAAAAAATTGTTTAAATA
63 AAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * * * *
13355493 GT-TTAACTAATTAAATTGGCT-AAGTAAATTGATTTATTTTTTAATTCTCTTA
128 GTCATAACTATTTGAACTGGTTCGA-TAAATAGATTTATTTTTTAATTCTTTTA
* * * * *
13355545 CTCATT-AATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAACAAACTTATGTGAACA
1 CTTATTAAATTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAATAAACTTATATGAACA
* * * * ** *
13355609 AAAATATTTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATACATAATTGTTCAAATAG
64 AAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* **
13355674 TCATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAATTGATTTATTTTTTAATTCTCCTA
129 TCATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAATTCTTTTA
* * ** * **
13355726 CTTATTAAACTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAGGCTTGTATGATGAA
1 CTTATTAAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAATAAACTTATATGAACAA
* * * * * *
13355791 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGTTAATAATGACTTGAAATGGATAATTGTTCAAAT-GA
65 AAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-
* ** * * * * *
13355855 TCATAATTATTTGAACTAATTTGATAAA-ATGATTTATGTTTTAAATCTCTAA
129 TCATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAATA-GATTTATTTTTTAATTCTTTTA
* * * * * * * * *
13355907 CTTA-TCAATTTTTATAATATGAATAAAGTAATATTATTTTATTTCAGATAAGCTTGTATGAACT
1 CTTATTAAATTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGA-ATAAACTTATATGAACA
* * *
13355971 GAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAG
64 AAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * *
13356036 TCAAAATTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTT-TTTTTTAATT-TTTTA
129 TCATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAATTCTTTTA
* * * * * * *
13356086 CTTATT-AATTTTCTAAAT-GTAGATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCATGTATCAGC
1 CTTATTAAATTTT-GAAATATTA-ATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAATAAACTTATATGAAC
* * * * * * *
13356149 TAAAGCAATTATTTTATGACT-AAACAAAAGGTTAGAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAAT
63 AAAAACAATTGTTTTATGA-TAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * * *
13356213 AGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCTACAAAAACATTTATTTTTTGAA-TC-CTTA
127 AGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAATAGATTTATTTTTT-AATTCTTTTA
* * * *** * * *
13356266 CTTATT-AATGTTT-AGAATATTATTAATTTAGCAACCTTTTACTTTGAATAAGCTTGTATGAAT
1 CTTATTAAAT-TTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAATAAACTTATATGAAC
* * * * * * *
13356329 AGAAATAAATGTTTTAGGATAAAAC-AAAGATCGTAATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATA
63 AAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * * * *
13356393 GTCATAACTA-TT-AACTAGTTTGGTAAAAAAAATTAGTTTTTAAATC----A
128 GTCATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAATTCTTTTA
* * * ** * * *
13356440 CTTATTAATTTTTCAAATAGTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AACTAATTTTGTATAAATA
1 CTTATTAAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAA-TAAACTTATATGAACA
* * * * ** *
13356504 GAAGCAATTGTTTTATGATAAAACAAAATGTCATAACGATTTTGAAATAGATAATAATTCAAATT
64 AAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * **
13356569 GAT-GTGACTATTTGAACTTGCTT-GAAAAATAGA-TTAGTTTTTTTAA-TCTTCAA
128 G-TCATAACTATTTGAAC-TGGTTCGATAAATAGATTTA--TTTTTTAATTCTTTTA
* * * * * *
13356622 CTTATTAATTTTTGTAATATTAATAAATTACTATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAATAG
1 CTTATTAAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAATAAACTTATATGAACAA
* * *
13356687 AAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAG
65 AAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGG-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
*** * * * * *
13356751 TCATAACTATTTGAACTCACTCAATAAACAGATTTTATTTTTAAAATCTTTTG
129 TCATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAATAGA-TTTATTTTTTAATTCTTTTA
* * ** ** * * *
13356804 CTTACT-AATTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAATGTTTTTTGAACAG
1 CTTATTAAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAATAAACTTATATGAACAA
* * *
13356868 AAACAATTAG-TTTATGACAAAACAAATGGTCATAAAGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
65 AAACAATT-GTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * *
13356932 TCATAACTATTTGAAC-GTGTTCAAAAAATAAATTTATCTTTTAAAT-TTTTG
129 TCATAACTATTTGAACTG-GTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAATTCTTTTA
* * * * *
13356983 CTTATTAATTTTTGGAACATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTGAA-AAAGCTTACATAAACA
1 CTTATTAAATTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTGAATAAA-CTTATATGAACA
* * * * * * *
13357046 GAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGTTTTGAATTAGATAATTGTCCAGATAG
64 AAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * *
13357111 TCATAACTATTTGAACTTGTTCG-TCAAACAGATTTATTTTTTTAAATTCTCTTA
129 TCATAACTATTTGAACTGGTTCGAT-AAATAGATTTA-TTTTTT-AATTCTTTTA
* * * * **
13357165 CTCT-TTAAATTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTACATGAATT
1 CT-TATTAAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAATAAACTTATATGAACA
* * * * * * * * *
13357228 GAATCAATTGTTTTATTACATAACAAAAGGTCACAATGATTTGAAGTAGACAATTATTCAAATAG
64 AAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * ** *
13357293 TCATGACTATTTAAACTTGTTTGGT-AA-ACCTTT-TTTTTTAAATCTTTTA
129 TCATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAATTCTTTTA
* * * * * * * * *
13357342 CTTATT-AATTGTAAAAGTATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTGAATAAGCTCATTTGGATA
1 CTTATTAAATTTTGAAA-TATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTGAATAAACTTATATGAACA
* * * * *
13357406 GAAACAGTTGTTTTATGATAAAACAAAAAGGTCCTAA-GAATTTGAAATAAATAATTATTCAAAT
64 AAAACAATTGTTTTATGATAAAAC-AAAAGGTCATAATG-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * ** *
13357470 AGTCATAACGATTTGAACTTGTTTAATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTA
127 AGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAATTCTTTTA
* * * *
13357524 -TTGATT-AATTGTCT-TAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTATGTGAA
1 CTT-ATTAAATT-T-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTG-AATAAACTTATATGAA
* ** * * ** ** ** * *
13357586 CAAAAAAAATCATTTTATGACAAACCAAAAGGTTGTAGCGATTCCAAATCGATAATTATTCAAAT
62 CAAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * * * ** *
13357651 GGTCATAATTATTTAAATTTGTTC-AGTAAATAGATTCATTTTAAAAATCTTTTA
127 AGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGA-TAAATAGATTTATTTTTTAATTCTTTTA
* *
13357705 ATTATT-AATTTTTAGAATATTAATAACA-TAGTATTAT
1 CTTATTAAATTTTGA-AATATTAATAA-ATTAGTATTAT
13357742 ATAATTATTT
Statistics
Matches: 1771, Mismatches: 340, Indels: 171
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
173 4 0.00
174 63 0.04
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177 43 0.02
178 77 0.04
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183 11 0.01
184 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
CTTATTAAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAATAAACTTATATGAACAAA
AACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
ATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAATTCTTTTA
Found at i:13356204 original size:360 final size:358
Alignment explanation
Indices: 13355365--13357730 Score: 1764
Period size: 360 Copynumber: 6.6 Consensus size: 358
13355355 AAATACGTTG
* * * * *** * *
13355365 CTTATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTCCAAATAAGATTGTATGAACAT
1 CTTATTAATTTTTA-AAT-GTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATA-
* * * * * ** * * * *
13355430 AAATAATTGTTTTATGATAAAACGAATGGTCATAACAATTTGAAATAAAAAATTGTTTAAATAGT
63 AAACAATTATTTTATGA-CAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
* * * ** * * * * *
13355495 -TTAACTAATT-AAATTGGCTAAGTAAATTGATTTATTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTC
127 CATAACTATTTGAACTTGTTTGA-TAAAATGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
* * * * * * * *
13355558 AAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TTCTGAACAAACTTATGTGAACAAAAATATTTGTTT
191 AAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAGAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTGTTT
* * ** *
13355622 TATGATAGAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATACATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
256 TATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * * **
13355687 AACTGGTTCGATAAATTGATTTATTTTTT-AATTCTCCTA
321 AACTTGTTTGATAAATAGATTT-TTTTTTAAATT-TTTTA
* * * * *
13355726 CTTATTAAACTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAGGCTTGTATG-ATGA
1 CTTATT-AATTTTTAAAT-GTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAT--
* * * * *
13355790 AAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGTTAATAATGACTTGAAATGGATAATTGTTCAAAT-G
62 AAAACAATTATTTTATGAC-AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
* ** * * *
13355854 ATCATAATTATTTGAACTAATTTGATAAAATGATTTATGTTTTAAATCTCTAACTTATCAATTTT
126 -TCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAAATGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * * * *
13355919 TATAATATGAATAAAGTAATATTATTTTATTTCAG-ATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTAT
190 TAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAGAATAAGCTTATATGAA-TAGAAACAATTGT
* * *
13355982 TTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAAAATTATT
254 TTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
*
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* * *
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1 CTTATTAATTTT-TAAATGTA-ATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGA-ATA
* * * *
13356151 AAGCAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTTAGAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGT
63 AAACAATTATTTTATGAC-AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
* * * ** * *
13356216 CTTAACTATTTGAACTGGTTCT-ACAAAAACATTTATTTTTTGAATC-CTTACTTATTAATGTTT
127 CATAACTATTTGAACTTGTT-TGATAAAATGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
* * * ** *** * * *
13356279 AGAATATTATTAATTTAGCAACCTTTTACTTT--GAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAAATGTT
191 AAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TTTCAGAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTGTT
* * * *
13356342 TTAGGATAAAAC-AAAGATCGTAATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA-TT
255 TTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * * ** *
13356405 -AACTAGTTTGGTAAAAAAAATTAGTTTTTAAA----TCA
320 GAACTTGTTTGAT-AAATAGATTTTTTTTTAAATTTTTTA
* ** *
13356440 CTTATTAATTTTTCAAATAGTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AACTAATTTTGTATAAATA
1 CTTATTAATTTTT-AAAT-GTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAA-TAAGCTTGTATGAATA
* * * * * * *
13356504 GAAGCAATTGTTTTATGATAAAACAAAATGTCATAACGATTTTGAAATAGATAATAATTCAAATT
63 -AAACAATTATTTTATGA-CAAACAAAAGGTCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* * * * *
13356569 GAT-GTGACTATTTGAACTTGCTTGA-AAAATAGA-TTAGTTTTTTTAATCT-TCAACTTATTAA
125 G-TCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAAAT-GATTTA-TTTTTTAAATCTCT-TACTTATTAA
** * * *
13356630 TTTTTGTAATATTAATAAATTACTATTATTTTATTTC-GAATAAACTTGTATGAATAGAAACAAT
186 TTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAGAATAAGCTTATATGAATAGAAACAAT
* * *
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251 TGTTTTATGATAAAACAAAAGG-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
*** ** * * *
13356758 TATTTGAACTCACTCAATAAACAGATTTTATTTTTAAAATCTTTTG
315 TATTTGAACTTGTTTGATAAATAGATTTT-TTTTT-AAATTTTTTA
* * *** * * *
13356804 CTTACTAATTTTGGAATAT-TAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAATG-TTTTTTGAACA
1 CTTATTAATTTT-TAA-ATGTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA-GCTTGTATGAATA
* * * *
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63 -AAACAATTATTTTATGAC-AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
* * * * * * *
13356932 TCATAACTATTTGAACGTG-TTCAAAAAATAAATTTATCTTTTAAAT-TTTTGCTTATTAATTTT
126 TCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAAAT-GATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
** * * * * * * *
13356995 TGGAACATTAATAAATTTATATTATTTTATTT--GAAAAAGCTTACATAAACAGAACCAATTGTT
190 TAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAGAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTGTT
* * * * *
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255 TTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * *
13357123 GAACTTGTTCG-TCAAACAGATTTATTTTTTTAAATTCTCTTA
320 GAACTTGTTTGAT-AAATAGA-TT-TTTTTTTAAATT-TTTTA
* * ** ** *
13357165 CTCT-TTAAATTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTACATGAATTG
1 CT-TATTAATTTTTAAATG-TAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA-TA
* * * * * *
13357229 AATCAATTGTTTTATTACATAACAAAAGGTCACAATGATTTGAAGTAGACAATTATTCAAATAGT
63 AAACAATTATTTTATGACA-AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
* * * ** * *
13357294 CATGACTATTTAAACTTGTTTGGT-AAA-CCTTT-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTGTA
127 CATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAAATGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA
* * * * * *
13357355 AAAGTATTAATAAATTAATATTATTTTA-ATCTGAATAAGCTCATTTGGATAGAAACAGTTGTTT
192 AAA-TATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAGAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTGTTT
* * * *
13357419 TATGATAAAACAAAAAGGTCCTAA-GAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACGATT
256 TATGATAAAAC-AAAAGGTCATAATG-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* *
13357483 TGAACTTGTTTAATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTA
319 TGAACTTGTTTGATAAATAGATTT-TTTTTTAAATTTTTTA
* * *
13357524 -TTGATTAATTGTCTTAATAT-TAATAAATTTGTATTATTTTA-TTTGAAATAAGCTTATGTGAA
1 CTT-ATTAATT-T-TTAA-ATGTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG-AATAAGCTTGTATGAA
* * * ** ** ** *
13357586 CAAAAAAAATCATTTTATGACAAACCAAAAGGTTGTAGCGATTCCAAATCGATAATTATTCAAAT
61 -TAAAACAATTATTTTATGACAAA-CAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
* * * * * * ** * *
13357651 GGTCATAATTATTTAAATTTG-TTCAGT-AAATAGATTCATTTTAAAAATCTTTTAATTATTAAT
124 AGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGA-TAAAAT-GATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
*
13357714 TTTTAGAATATTAATAA
187 TTTTAAAATATTAATAA
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Statistics
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CAATTATTTTATGACAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
ACTATTTGAACTTGTTTGATAAAATGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAAT
ATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAGAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA
TAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
GTTTGATAAATAGATTTTTTTTTAAATTTTTTA
Found at i:13357767 original size:87 final size:87
Alignment explanation
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* * *
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65 GAATATTAATAACATAGTATTAT
* * * *
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66 AATATTAATAACATAGTATTAT
13357829 TTTATTTTGA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ATAATTATTTAAAGTTGTTCAGTAAATAGATTCATTTTAAAAATTTCCTAAATATTAATTTTTAG
AATATTAATAACATAGTATTAT
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Alignment explanation
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* * * * * ** **
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* * * * * *
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* * * * *
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** * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * *
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131 ATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTA
* ** * ** * * *
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1 GTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTAAAATATTAATAAATTA
* * * * * * *
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128 GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTA
* * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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129 TCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTA
* * * * * *
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1 GTTCGATAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTA
* * * *
13358722 TTATTATTTT-ATTCTAAATAGGCTTTGTATG-ATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAGCAAAA
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* * * * *
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127 GGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTA
* ** * * * *** * *
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* * * * * * * * * * *
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* * * * * *
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129 TCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTA
* * * *
13359022 GTTCGATAAACA-AATT-TTTTTT--ATTTCTTACTTATTAATTTTTTGAAA-GTTAATAAATTA
1 GTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTAAAATATTAATAAATTA
* * * * *
13359082 GTATTATTTT-ATTTCAAATAAGCATGTATGAGCTA-AAGCAATTATTTTATGACTAAACAAAAG
65 GTATTATTTTAATTT-AAATAAGCTTGTATGA-ATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * *
13359145 GTCAAAACCATTTGAAATA-AGTAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGACCTA
128 GTCATAACGATTTGAAATAGA-TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTA
* * * * * * *
13359199 GTTCGGTAAATACATTTATTTTTTAAATC-CTTACTTATTAATGTTTAGAATATTATTAATTTAG
1 GTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAG
* * * * * * * * * * *
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66 TATTATTTTAATTTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * *
13359326 ATAATGATTTGAGATAGCTAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTA
131 ATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTA
* ** * * * *
13359377 GTTCGGTAATGAGATTTAGTTTTCAAATATCTTAC----TAATTTTTGAAAT-TGTAATAAATTA
1 GTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATAT-TAATAAATTA
* ** *
13359437 GTATCATTTT-ATTCTAAATAATTTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATG
65 GTATTATTTTAATT-TAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG
* * * * * * *
13359501 TCATAAC-------AATAGATAATAGTTTAAATGGACATGACTATTTGGACTT
129 TCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTA
* * * * *
13359547 GTTCGGTGAACAGATTAATTTTTTAAATCT-TCAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTA
1 GTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCT-TACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTA
* * * * ** *
13359611 GTATTATTTT-ATTCCAAATAAAACTTGTATAAATATAAACAATTGTTTTTATGATGAAAC-CAA
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* * * * * *
13359674 GGATTATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAATCATAATTATTTGAACTC
127 GG-TCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTA
* * * * * *
13359730 GCTCGATAAACAAATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAA-TTTT-GAATATTAATAAATTTG
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* * * * * * * **
13359793 TATTATTTT-ATTCCAAATAAGGTTTTTTGAACAGAAACAAATGGTTTATGACAAAACAAATTGT
66 TATTATTTTAATT-TAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
* * *
13359857 CATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATATGAA-TGT
130 CATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-A
* ** * * * * * *
13359909 GTTC-AAAAAGTTGATTTATTTTTAAAAT-TTTTACTTATTCATTTTTAGAACAGTAATAAATTT
1 GTTCGATAAA-CAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAA-TT
* * *
13359972 A-TATTATTTT-ATTTGAAATAAGCTTGCATGAATAGAACCAATTGTTTTATGACAAAGCAAAAA
64 AGTATTATTTTAATTT-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAA
* * * * * * * *
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127 GGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTA
* * * ** *
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* * * ** * * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* *** * * *
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* * * ** * * * * *
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* * * * **
13360451 GTTCGGTAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGGAATATTAATAACA-TA
1 GTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAA-ATTA
* * * * * * * **
13360515 ATATTATTTT-ATTTCGAATAACCTTATATGAATTGAAATAATTTTTTTATGACAAAACAAAAAA
65 GTATTATTTTAATTT-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG
* * * * *
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* * * * * * * * * * *
13360632 GTTTGGTAAACATATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAGTTGTCAAAATATTAACAAATTTG
1 GTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAG
* * * * * * * * *
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* * * * * * *
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131 ATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTC-AAATAGTCATAACTATTTGAACTA
* * * *
13360813 GTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAA--T-TT-CTTATTAATTTTCAAAATATTAATATATTAG
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* * * * * * * * * ** *
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* * * *
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130 CATAACGA-TTT--GA-A-AT-A--G----ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTA
* * * * * * * *
13361001 GTTCAACAAACATAATTATTTTTCAAATCTCTTAATGATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA
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* * * * *
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* * * * * * * * *
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** * ** * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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65 GTATTATTTTAATTTAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG
* * * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * **
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* ** * * *** * *
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* * *
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* * * *
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* * * **
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Statistics
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* * * *
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* * *
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* * * * *
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* * * * * *
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*
13358636 TAGTC
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* ** *
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* * * *
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* * * * * * *
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* * * * * ****
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* * * * * * * * * ** * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * * * ** *
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* * * * * * *
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** * * *
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* *
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875 ATTGTTCAAATGGTC
* ** * * * *
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* * *
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** * * * ** * * * *
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* * * * **
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* * * * * * * * * *
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** * * * *
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*** *
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* * *
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* * *
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* *
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* * * *
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* * *
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*** * *
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888 TC
* * * *
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* * * *
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* * * *
13360629 CTAGTTTGGTAAACATATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAGTTGTCAAAATATTAACAAAT
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* * * * *
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* * * *
13360759 GTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGCCTAAATATTCTTAACTATTTGAATTG-GTTTGATAAA
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* * ** * *
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388 CAAATTTA-TTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTT-TGAA-AGTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * * * ** *
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450 T-TGAAATAAGCTTGTAT-GA-ATAAAACAATTGTTTTATGACA-AACAAAAGGTCATAATGA-T
* * * * * * *
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* *
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* ** *
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* * * ** * ** *
13362406 T--TCTTTTACT-TTTTAA-T--TTT--TGGA-ATA-TTA---AT-AAAT-TAGTA-TTATTTTA
177 TAGTC-ATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAACATATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTA-TTAA
* * * * * * *
13362455 TT-TC-AAATAAGCTTACATGAATT-GAAATAACTTTTTAATTACAAAGCAAAAGGTTATAATGA
240 TTGTCAAAAT-A--TTA-ATAAATTAG-TATTA--TTTTAA-T-CTAA--ATAAGCTTGT-ATGA
*** * * * ** * * ** ** * **
13362517 TTTG-AAGTA--GATAATTAT-TCAAATA-ATGATGACTATTTGAACTTGTTTGGTCAT-CATTT
293 ACAGAAACTATTG-T-TTTATAACAAA-ACAAAAAGTC-A--T-AAC-AATTT-GAAATAAATAA
* * * * * * * * * *
13362576 TTTC-AAAT-CT-TTTACT-TATT-AATTGTTGAAAT-ATTAATAAA-TTAATATT--ATTTTAA
349 TTGCTAAATAGTCATAACTAT-TTGAACTG-TG--TTCATAAACAAATTTATTTTTAAATTTT--
* ** * * ** * *** **** * ** *
13362632 TCCAAATAAGATCGTACGAATAG-AA-ACAATT-GTTTTATGACAAAACAAAAAAG-TCATAAGA
408 TACTTATTA-AT-TTTTGAA-AGTAATA-AATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGA
* * * ** * * * *
13362693 ATTTGAAATAAAT-AATTAT-TC-AA-ATAA--TCATAATGATTTG----A-AT--TTATTCAAT
469 A--TAAAACAATTGTTTTATGACAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAT
* *** ** * * * * * *
13362745 A---A--AC-A---G-ATTA-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTTA-ATATTAATAAA
532 AGTCATTACTATTTGAACTAGTTCAATAAATAATTTATTTTTTAAATCTCTTACCT-TTAAT--T
* * ** * ** * * * ** **
13362798 TTT-G--TATT-AT--TTTATT-TGAAATAAGGT-CATATGTACA-AAT-AA-AGTCATTA-TA-
594 TTTAGAATATTAATAAATTATTATTATTTTATTTAAATAAG--CATAATGAATTGAAAAAATTAT
* * * * * ** * * * * * *
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657 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAGT-AGATAATTATTCAAATAGTCTTAACTAT
* * * * * ** * * *
13362910 TTAAACTTGTTTGGTAAATAGATTCATTT----TCTATTAATTATTAATTTTTAGAATATTTATA
721 TTGAACTAGTTCGGTAAACAAATTTTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATA
* * * * *
13362971 ACA-TAGTATTATTTTATT-TCG-AATAA-CATTATAGGAATTGAAATAAATT-TTTAATGACAA
785 A-ATTAGTATTATTTTATTAT-GAAATAAGC-TTGTATGAATAGAAA-CAATTGTTTTATGACAA
* * * * * * * * **
13363031 AACAAAAGGTCATAATAATTTGCAATAAATAATTATTCGAATAATC
846 ACCAAATGGTTATAACAA-TT-AAATCAATAATTGTTCAAATGGTC
* * * * * * * * * * ** * * ***
13363077 ATGACTATTTGATCTGGTTAGGTAAACATATTTATTTTTTTAATTTTTTACTTATTAATTGTCAA
1 ATAACTATTTAAACTTGTTCGGTAAATAGATTAATTTTTTAAATCTCCTAATTATTAATTTTTGG
* * * ** * *
13363142 AATATTAATAGATTAGTATTATTTTAATCCAAATAGGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTAT
66 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAACCTTGTATGAATTGAAACAATTTTTTTAT
* * * * * * ** * *
13363207 AATAGAACAAAA-AGTCATAACGATTTCAAATAAATAATTGCTCAAGTAGTCATAACTATTTAAA
131 GACAAAACAAAAGA-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * * * *
13363271 CTAGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAA-C---CACTTAATT--TT-T-GAAATATTAATAGA
195 CTAGTTTGATAAACATATTTATTTTTAAAATCTTTTACTT-ATTAATTGTCAAAATATTAATAAA
* * * * ** * * * *
13363328 TTCGTATTACTTT-ATTTCGAATAAATTTATATGAATA-AAAATATTTGTTTTATGACAAAACAA
259 TTAGTATTATTTTAATCT-AAATAAGCTTGTATGAACAGAAACTA-TTGTTTTATAACAAAACAA
* * * * ** * *
13363391 AAAGTAATAATATTTTGAAATATATAATTATTCAAATAGTCATAATTAATTGAACTG-GTT-AGG
322 AAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGCT-AAATAGTCATAACTATTTGAACTGTGTTCA--
* * * *
13363454 TAAATAGAA-TTATTTTTTAAA--TCT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TTTTA
384 TAAACA-AATTTA-TTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTG-AA-AGTAATAAA-TTAGTATTA
* * * *
13363514 TTTTATTCTG-AATAAGCTAGTATGAATTGAGA-AATTCTTTTATGACAAGACAAAAGGTCATAA
444 TTTTATT-TGAAATAAGCTTGTATGAA-TAAAACAATTGTTTTATGACAA-ACAAAAGGTCATAA
* * * * *** *
13363577 CGATTT-AAATTAGATAATTGTTCATATAATC-TTAACTATTTGGACTAGTTCGGCAAACAAATT
506 TGATTTGAAA-TAGATAATTGTTTA-ATAGTCATT-ACTATTTGAACTAGTTCAATAAA-TAATT
* ** * * * * * *
13363640 TATTTTATAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTATTACATTAGTATTGTTTTATTTCGA
567 TATTTTTTAAATCTCTTACCT-TTAATTTTTAGAATATTAATAAATTATTATTATTTTATTT-AA
* * ** * * *
13363705 ATAAGCTTGTATGAA-CAAAAATAATTGTTTTATGACATAACAAAAGGTTATAATGATTTGAA-T
630 ATAAGCAT-AATGAATTGAAAA-AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAGT
** * * *
13363768 ---T-GGT-TT-AAATAGTCATAACTATTTGAACTAGCTT-GGTAAACAGATTCATTTTTTAAAT
693 AGATAATTATTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTAG-TTCGGTAAACAAATT--TTTTTAAAAT
* * * * *
13363826 CTCTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTATTATTATTTTATTTTG-AATTAGCTTGTA
755 CTTTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTATGAAATAAGCTTGTA
* * * * * * *
13363890 TG-ATAAAAAAAAATTGTTATATGATCAAA-CAAAAGGTGATAACGATTTGAAATTAATAATTGT
819 TGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGA-CAAACCAAATGGTTATAAC-AATT-AAATCAATAATTGT
* **
13363953 TGAAATGACC
880 TCAAATGGTC
* * ** ** * * * * * *
13363963 ATAA-TTTTTGAACTAATTTAGCAAATAGATTCACTTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTTGG
1 ATAACTATTTAAACTTGTTCGGTAAATAGATTAATTTTTTAAATCTCCTAATTATTAATTTTTGG
* * ** * *
13364027 AATATTAACAAATTAGAATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTATTTTAT
66 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAACCTTGTATGAATTGAAACAATTTTTTTAT
* * * * * * * *
13364092 GACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGACAATTGTTTAAATAGTCATAATTATCTGAAT
131 GACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * * * * **
13364157 TTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTTAAA-CTCCTACTTATTAA-T-T-----T-TT--T--A-
196 TAGTTTGATAAACATATTTA-TTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAAT
* * ** * ** * * *
13364208 -A--A--A-TTT--T-T-GATAAGCTTTTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGTCATAATAAAAG
260 TAGTATTATTTTAATCTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACTATTGTTTTATAACAAAACAAAAA
* * ** * **
13364263 GTCATAAC-ATTTCATATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACT-TGTTTGGTAAA
325 GTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGCT-AAATAGTCATAACTATTTGAACTGTG-TTCATAAA
* ** * * *
13364326 CAAATTTATTTTTTCAAATCTTTTGCTTATTAATTTTCCAAATGTTTATAAATTTGGATTATTTT
388 CAAATTTA-TTTTT-AAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGAAA-G-TAATAAATTAGTATTATTTT
* * * * * * * **
13364391 ATTCTG-AATAAGTTTGTAGGACATGAATC-ATATATTTTATAACCAAACAAAAAGGT-TTGACC
448 ATT-TGAAATAAGCTTGTATGA-ATAAAACAAT-TGTTTTATGA-CAAAC-AAAAGGTCAT-AAT
* * * * * * *
13364453 AATTTGAAATAGATAATTATTCTAATTGT-TTTAACTATTTGAACTGGTT-AAGCAAACATATTT
507 GATTTGAAATAGATAATTGTT-TAATAGTCATT-ACTATTTGAACTAGTTCAA-TAAATA-ATTT
* * * * **
13364516 ATTTTTTAAATCTTTTA---TTAATTTTTAGAATATTATTAAATTAATATTATTTTTAATCGAAT
568 ATTTTTTAAATCTCTTACCTTTAATTTTTAGAATATTAATAAATTATTATTA-TTTTATTTAAAT
* * * * * * ** *
13364578 AGGCTTCTACG-ATTAGAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAGATTTTAATGATTTG-AGATT
632 AAGCAT-AATGAATT-GAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAG-TA
* ** * * * * *
13364640 GTTAATTGCTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAGTTTGGTAAACAGATTTATTGTTTAAAT-T
694 GATAATTATTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACAAATTT-TT-TTAAAATCT
* * * **
13364704 TGTTACCTATTAATTTTTGAAATATTAATCAATTTGTATTATTTTATT-TCTAATAAGCTTGTAT
757 T-TTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTATGAAATAAGCTTGTAT
* * ** * * * * **
13364768 G-ATAAAAAAAAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT-AGATAATCATT
820 GAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAACCAAATGGTTATAA-CAATT-AAATCA-ATAATTGTT
*
13364831 CAAATGGCC
881 CAAATGGTC
* * ** * * * * * * *
13364840 ATAATTATTTTAACTAATTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAA-TTTAGG
1 ATAACTATTTAAACTTGTTCGGTAAATAGATTAATTTTTTAAATCTCCTAATTATTAATTTTTGG
* * * * ** * * * * * *
13364904 AAACATTAATAAATTTGTATTATTTTCTTCCATCTAAGCTTGTATTAACTAAAAAAATTGTTTTA
66 -AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAACCTTGTATGAATTGAAACAATTTTTTTA
** * * * * ** * *
13364969 TGACAAATTAAAAGGTTATAATGATTTTAAATAGACAATTGCTCAAATAATAATAACTATTTGAA
130 TGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * * * * * * *
13365034 GTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTT-CTTATTAATTTTCTAAATGTTAATAAA
195 CTAGTTTGATAAACATATTTATTTTTAAAATCT-TTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAA
* * * ** * *
13365098 TTAGTATTAATTTATTCTAAATGTTAATAAAACTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATAA-AT
259 TTAGTATT-A--T-TT-T-AATCTAAAT-AAGCTTGTATGAACAGAAACTATTGTTTTATAACAA
* * * * * * * *
13365162 AA-AAAATGATGAAAACAATTTGAAGTATATAATTATT-CTGAA-AGTCTTAACCATTTGAAATG
317 AACAAAAAG-TCATAACAATTTGAA--ATA-AATAATTGCTAAATAGTCATAACTATTTGAACTG
** * ** * *
13365224 AT-TTGGTAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAGTTTTTTAAA-TATTATGAAATT
378 -TGTTCATAAACAAATTTA-TTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGAAAGTA--AT-AAATT
* ** * *
13365287 AGTATTATTTTAATATG-AATAAGCTTGTACAAAGAAAACAATTGTTTTATGACAAAAGAAAAGG
437 AGTATTATTTT-ATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAAAACAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAGG
* * * * * * * *
13365351 TCATAACGATTTGAAATAGATAATCATGTAT-ACAGT-TTTAACTATTTGAATTGGTTCAATGAT
500 TCATAATGATTTGAAATAGATAAT--TGTTTAATAGTCATT-ACTATTTGAACTAGTTCAATAAA
** * * * * * *
13365414 TAGATTTATTTTTT-AAT-T-TT--CTTGGA-TATTA-AGT-TTCA-GAA-TGTTATTA---GA-
562 TA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACCTTTAATTTTTAGAATATTAATAAATTATTATTATTTTAT
* * * **
13365465 TT---T--GCAT--T--ATT-------TTA-TTTATGATAGAAC-AAAGGTTATAACAATTTGAA
626 TTAAATAAGCATAATGAATTGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA
* * * * *** * *
13365512 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GAATCAACAAACAGATTTCTTTTTTAA
691 GTAGATAATTATTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTAG-TTCGGTAAACA-AATT-TTTTTAAA
* * * *
13365576 A-C---CAATTATTAATTATTGAAATATTAATAAATTAGCATTATTTTATT-TAGAAA-AAGCTT
753 ATCTTTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTAT-GAAATAAGCTT
* * * * * * *
13365635 GTATG-ATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTAAAAT-AGATAGT
816 GTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAACCAAATGGTTATAA-CAATT-AAATCA-ATAAT
*
13365698 TGTTTAAATGG-C
877 TGTTCAAATGGTC
* * * ** * * * **
13365710 TATGATTATTTGAA-TTGATTCATTAAACTA-ATTTATTTTTTAAATATCTTGTTTATTAATTTT
1 -ATAACTATTTAAACTTG-TTCGGTAAA-TAGATTAATTTTTTAAATCTCCTAATTATTAATTTT
* * *** * * * * *
13365773 TGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATTGTTT
63 TGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAACCTTGTATGAATTGAAACAATTTTTT
* * * ** * * * *
13365838 TATGACAAAACAAATGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATGGTTGAAATAGTCATAACAACTTA
128 TATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * * * * ** * * * *
13365903 AACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTTAAATCTCATGCTTTGTTAATT-TTATGAAT-TTCA
193 AACTAGTTTGATAAACATATTTA-TTTTTAAAATCTTTTAC-TTATTAATTGTCA-AAATATT-A
* * * * * *
13365966 ATAAATTAGTATTATTTTATTAC-AAATAAGCTTGTATGAACTGAAA-TAATTATTATATGACTA
254 ATAAATTAGTATTATTTTAAT-CTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACT-ATTGTTTTATAACAA
* * ** * *
13366029 AACAAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAGATATTTATT-CT-AATAGTGTTAACTATTTAAATTG
317 AACAAAAA-GTCATAACAATTTGAAATA-A-A-TAATTGCTAAATAGTCATAACTATTTGAACTG
* * ** * * * *
13366092 AT-TTGACAAACCTATTTATTTTTTAAA--TCT-CTTATT-ATTTATCAGAATATTATTAAATTA
378 -TGTTCATAAACAAATTTA-TTTTTAAATTTTTACTTATTAATTT-T-TGAA-AGTAATAAATTA
* * *
13366152 GTATTATTTTTATTCG-AATAAGCTTGTATGATAAAAAAACAATTGTTTTATGAGAAA-ACAAAG
438 GTATTA-TTTTATTTGAAATAAGCTTGTATG--AATAAAACAATTGTTTTATGACAAACA-AAAG
* ** * * * * * * * * * *
13366215 ATCATAACAATTTGAGATTGATATTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAAGTGGTTTAAGAAA-
499 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTT-TAATAGTCATTACTATTTGAACTAGTTCAATAAAT
* * * * *
13366279 ACAGCTTTAGTTTTTAAATCTCTTGCATATTAATTTTT-GAAATATTAATAAAATAATATTATTT
563 A-A--TTTATTTTTTAAATCTCTTACCT-TTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTATTATTATTT
** * * * *
13366343 TATTTCAAATAAGTTTTTATGAACT-AAAACAATTGTTTTATGGCAAAACAAAAGGTCATAATGA
623 TATTT-AAATAAG-CATAATGAATTGAAAA-AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA
* * * * * ** *
13366407 CTTT-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-AAATCTATTTCAACTTGTTTAGTAAATAAATTTAT
685 -TTTGAAGTAGATAATTATTCAAATAGTCTTAA-CTATTTGAACTAGTTCGGTAAACAAA-TT-T
* * * * * * *
13366470 TTTTTAAATCTCTTGCTCATTAGTTTTTCGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG-AAT
746 TTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTATGAAAT
* ** * * *
13366534 AAGCTTGTATGAACTA-AAATAATTGTTTTATGACTAAA-CAAAAAGTTAAAACGATTTGAAATT
810 AAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGAC-AAACCAAATGGTTATAAC-AATT-AAATC
* * * * *
13366597 GATAATTATCCTAATAGTC
871 AATAATTGTTCAAATGGTC
* * * * * * * * *
13366616 TTAACTATTTGAACTAGTTCGGCAAA-CGCATTTATATTTTTTTAAATCTCTTACTTACTATTTT
1 ATAACTATTTAAACTTGTTCGGTAAATAG-A-TTA-A-TTTTTTAAATCTCCTAATTATTAATTT
* * * * ** * *
13366680 TTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATT-AAATAAGCTTTTATGAAAAGAAACACTTGTT
62 TTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAACCTTGTATGAATTGAAACAATTTTT
* * * * * *
13366744 TTATGACAAAA-TAAAGATCTTAAAG-TTT-AAGATAGGTAATTGTTCAAATAGTCATAAATATT
127 TTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAA-ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATT
** * * * *
13366806 T-AACTA-TTTGGGCAAATAGATTT-TGTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTATCAAAATATTA
191 TGAACTAGTTT-GATAAACATATTTAT-TTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTA
* * * * * ** ** * * ** *
13366864 A-AAGATCAGCATTATTTTATTTTGAATAATTTTACATGAACA-AAGGCAATTGTTTTACGATAA
254 ATAA-ATTAGTATTATTTTAATCTAAATAAGCTTGTATGAACAGAA-ACTATTGTTTTATAACAA
* * * ** * * * * *
13366927 AACAAAATGTCGTTATGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAAT-GAACATGACTATTTGAACT-TG
317 AACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGCT-AAATAG-TCATAACTATTTGAACTGTG
** * * * *** * * *
13366990 TTTGGTAAACAATTTTTTTTTTTAAAGCTCGAACTTATGAATTTTTAAAACACTAATAAATTAGT
380 -TTCATAAACAA-ATTTATTTTTAAA-TTTTTACTTATTAATTTTT-GAA-AGTAATAAATTAGT
* ** * * * * * *
13367055 ATTATTTTATTTCAAATAAAATTATATGACTAGAAATAATTATTTTATGACAAAGCAAAAGATAA
440 ATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATA-AAACAATTGTTTTATGACAAA-CAAAAGGTCA
* ** * * * * * * ** * *
13367120 AAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTA-CTCGGTCAACAGA
503 TAATGATTTGAAATAGATAATTGTT-TAATAGTCATTACTATTTGAAC-TAGTTCAATAAATA-A
* * * * *
13367184 TTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATTTTAATAAATTAATATTATTTTATTTC
565 TTTATTTTTTAAATCTCTTACCT-TTAATTTTTAGAATATTAATAAATTATTATTATTTTATTT-
* * * * * * ** * *
13367249 AAAAAAGCTTTTATGAATAGAAACAACTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-CATTTGAAA
628 AAATAAGC-ATAATGAATTGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAG
* * * * *
13367313 TAGATAATTCTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-ATGTTCAGAAAACATATTTATTTTTAAAA
692 TAGATAATTATTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTA-GTTCGGTAAACA-AATT-TTTTTAAAA
* * * *
13367377 --TTTTACTAATTAATTATTGGAATATTAATAAATTTA-AATTATTTTATT-TAAAATAAGCTTG
754 TCTTTTACTTATTAATT-TTTGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTATGAAATAAGCTTG
* * * * * ***
13367438 CATGAATA-AAATCAATTATTTTATGAAAAAACTAAAT-GTCATAATGTTTTGAAAT-AGATAAT
817 TATGAATAGAAA-CAATTGTTTTATG-ACAAACCAAATGGTTATAA-CAATT-AAATCA-ATAAT
* *
13367500 TGTTCAGATAGTC
877 TGTTCAAATGGTC
* *
13367513 ATAACTATTTGAACTTATT-GG------G---------TT--A-CT-C-----ATTAATTTTTGG
1 ATAACTATTTAAACTTGTTCGGTAAATAGATTAATTTTTTAAATCTCCTAATTATTAATTTTTGG
* ** *
13367553 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATG-ATAAAAAACAATTATTTTA
66 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAACCTTGTATGAAT-TGAAACAATTTTTTTA
* * * * * * * *
13367617 TTACAAAACAAAATG-TCATAATGATTTGTAGTAGATAATCATTCAAATGGCCATAATTATTTTA
130 TGACAAAACAAAA-GATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * * * * * * ** *
13367681 ACTA-ATTCAGCAAACAAATTTATTTTTTAAAT-TTGTTAGTTCTTAATTTTCCGAATATTATTA
194 ACTAGTTTGA-TAAACATATTTATTTTTAAAATCTT-TTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATA
* * ** * * *
13367744 CATTAGTATTATTTTTATTCTGGATAAGCTTGTATGATA-A-AAAATAATTATTTTATGACAAAA
257 AATTAGTATTA-TTTTAATCTAAATAAGCTTGTATGA-ACAGAAACT-ATTGTTTTATAACAAAA
* * * * * * * * *
13367807 CAAAATGTCATAACGATTTGTAGTAGATAATCATTC-AAATGGCCATAATTATTTGAA-T-TAGT
319 CAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAAT--TGCTAAATAGTCATAACTATTTGAACTGT-GT
* * * * * * *
13367869 TCAGCAAACAAATTTATTTTTTAAATTTGTTAGTTCTTAATTTTCAGAATATTATTACATTAGTA
381 TCA-TAAACAAATTTA-TTTTTAAATTT-TTACTTATTAATTTT-TGAA-AGTAATAAATTAGTA
* * * * * *
13367934 TTATTTTATTCTG-GATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTATTTTATGACATAACAAATGGTTA
441 TTATTTTATT-TGAAATAAGCTTGTATGAA-TAAAACAATTGTTTTATGACA-AACAAAAGGTCA
** * * * * * *** *
13367998 TAAAAATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAACT-GCTTTGGTAAACAGA
503 TAATGATTTGAAATAGATAATTGTT-TAATAGTCATTACTATTTGAACTAG-TTCAATAAATA-A
* * * *
13368062 TTTATTTTTTAAATCTCCTACATATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC
565 TTTATTTTTTAAATCTCTTACCT-TTAATTTTTAGAATATTAATAAATTATTATTATTTTATTT-
* * * * *
13368127 GAATAAGCATTATGAACT-AAAACAATTATTTTATGACAAAACAAATA-GTCAAAATTATTTGAA
628 AAATAAGCATAATGAATTGAAAA-AATTATTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAATGATTTGAA
* * * * * * ** * *
13368190 ATATATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTTGACAAACACATTTGTTTTTTAAA
691 GTAGATAATTATTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACA-AATT-TTTTTAAAA
* * * * ** *
13368255 TC-----CTTATTAATTTTTAGAATATTATTAATTTAGCAATATTTGCTT-TG-AATAAGGTTGT
754 TCTTTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTATGAAATAAGCTTGT
* * * * * * * *
13368313 ATGCATAGAAACAAATGTTTAAGGACAAAACAAA-GGTCATAA-AGATTTGAGAT-AGATAATTA
818 ATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAACCAAATGGTTATAACA-A-TT-AAATCA-ATAATTG
* *
13368375 TTTAAATAGTC
879 TTCAAATGGTC
* * ** * * **
13368386 ATAACTATTTGAACTGGTTCAATAAAGAGATTTAA-TTTTTAAATCT-C---TTAATAA-TTTCA
1 ATAACTATTTAAACTTGTTCGGTAAATAGA-TTAATTTTTTAAATCTCCTAATTATTAATTTTTG
* * ** * *
13368445 AAATAGTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCTAAATAATTTTGTATGAATAGAAACAATTATTTT
65 GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAACCTTGTATGAATTGAAACAATTTTTTT
** * ** * * * * *
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129 ATGACAAAACAAAA-GATCATAATGATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * * * * * ** * *
13368573 GAACTTGTTCGGTAAATAGATTAATTTTTTAAATCTTCAACTTATTAATAT-TTAGAATATTAAT
192 GAACTAGTTTGATAAACATATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAAT-TGTCAAAATATTAAT
* * * * * * * * *
13368637 AAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA-ATTGGTATAAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAAC
256 AAATTAGTATTATTTTAATCTAAATAAGCTT-GTATGAACAGAAACTATTGTTTTATAACAAAAC
** * **
13368701 AAAATA-TCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-CATTC
320 AAAA-AGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGCT-AAATAGTCATAACTATTTGAACTGTGTTC
* *
13368764 GGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
383 -ATAAACAAATTTA-TTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTG-AA-AGTAATAAATTAGTATT
* * * * * * * * *
13368828 TTTTTATTTCG-ACTAAGCTGGTTTGAATAGAAACAACTGGTTTATAACAAAACCAATGGTCATA
443 ATTTTATTT-GAAATAAGCTTGTATGAATA-AAACAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAGGTCATA
** * * * * * *
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505 ATGATTTGAAATAGATAATTGTT-TAATAGTCATTACTATTTGAACTA-GTTCA-ATAAATA-AT
* * * *
13368955 TTATTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATT-TATAATATTTTATTT
566 TTATTTTTTAAATCTCTTACCT-TTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAT-TATTATTTTATTT
* * * ** * * * *
13369017 GAATTAAGCTTACATGAATAGAACCAATTGTTTTATGACAAACCAAAAAAGGTAATAATGTTTTA
628 -AAATAAGCATA-ATGAATTGAAAAAATTATTTTATGACAAA--ACAAAAGGTCATAATGATTT-
* * * * * * * *
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688 GAAGTAGATAATTATTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACAAA-T--TTTTTT
* * * * ** *
13369146 TAATTCTCTTACTCATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTG
750 AAAATCTTTTACTTATTAATTTT-TGAATATTAATAAA-----T--T--A-GTA-TTA--TTTT-
* * * * * *
13369211 AATCTTTTGTTTAATAATTG-TTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTACATAAGCTT
800 -A--TTATG--AAATAA--GCTTG---TATGAATAGA--AACA--A---T--TGT---T----TT
* * * *
13369275 GAATGAATAGAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTG
839 --ATG-ACA-AACCAA-------ATG-----------G-TTATAACAA-TT-AAATCAATAATTG
*
13369340 TTCAAATAGTC
879 TTCAAATGGTC
* * * * * * * ** **
13369351 ATAACGAGTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTATTTAAATCTTTTGCTTATTAATTGTCTT
1 ATAACTATTTAAACTTGTTCGGTAAATAGATTAATTTTTTAAATCTCCTAATTATTAATT-T-TT
* * * ** * ***
13369416 --AATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAA-CAAAATAAATCGATT
64 GGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAACCTTGTATGAATTGAAA-CAATTTTTT
* * * * * * * *
13369478 TATGAAAAAATAAAA-AGTTATAGTGATTTCAAATAGATAATTTTTCAAATATTCATAATTATTT
128 TATGACAAAACAAAAGA-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * * * * * * * * * * *
13369542 AAACTTGTTCGGTAAGC--ATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTGATTTTTAGAATATTAATA
192 GAACTAGTTTGATAAACATATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATA
* * * * ** * * *
13369605 GCA-TAGTATTATTTTATTTTGAACGAGCTTATATGAACTGAAA-TGATT-TTTTATGACAAAAC
257 -AATTAGTATTATTTTAATCTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACT-ATTGTTTTATAACAAAAC
* ** ** * * * * *
13369667 AAAAGGTCATAACAATTTGAAATGGATAATTATTCAAACAGTCATGATTATTTGATCT-AGTTCA
320 AAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGCT-AAATAGTCATAACTATTTGAACTGTGTTC-
* * * *** * *
13369731 ACAAACATATTTATTTTTAAAATTTTTTACTCATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTAATA
383 ATAAACAAATTTATTTTT-AAA-TTTTTACTTATTAATT-TTTGAA-AGTAATAAATTAGTATTA
* * * * * * * *
13369796 TTTTAATTTG-ATTAAGCTTGTGTGAACAAAAACTATTGTGTTATAATAGAACAAAAAGTCATAA
444 TTTT-ATTTGAAATAAGCTTGTATGAA-TAAAACAATTGTTTTATGACA-AACAAAAGGTCATAA
* * * * * **
13369860 -GATTTGAAATAAATAATTGCTTAAATTGTCA-TATCTATATGAACTAATTTGATAAATAGATTT
506 TGATTTGAAATAGATAATTG-TTTAATAGTCATTA-CTATTTGAACTAGTTCAATAAATA-ATTT
* * ** * * ** *
13369923 ATTTTTTAAATCTCTTA---TTAATTTTCAAAATATTAATAGGTTAGTATTAATTTATTCCGAAC
568 ATTTTTTAAATCTCTTACCTTTAATTTTTAGAATATTAATAAATTATTATTATTTTATT-TAAAT
* * * * * * *
13369985 AAAC-TTAT--ATTAACAAAAGCATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGATTATAATGATTTGAAAT
632 AAGCATAATGAATTGA-AAAA--A-TTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAGT
* * * * * * **
13370047 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAATTGGTTAGGTAAACAAAATTATTTTTTTAATC
693 AGATAATTATTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAAC-AAATT-TTTTTAAAATC
* * **
13370112 ---T-CTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAATTAGT-TTTTTTTATTCA-G-AATAAGCAAGTA
756 TTTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-ATGAAATAAGCTTGTA
* * * * * *
13370170 TGAATTGAAAAAATTATTTTATGACAAAGCAAAAGGTCATAACAATTTGAAAT-AGATAATTGTT
819 TGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAACCAAATGGTTATAACAA-TT-AAATCA-ATAATTGTT
* **
13370234 CATATAATC
881 CAAATGGTC
* * * * * * * * **
13370243 TTAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAACAAATCT-ATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTCA
1 ATAACTATTTAAACTTGTTCGGTAAATAGAT-TAATTTTTTAAATCTCCTAATTATTAATTTTTG
* * * * * * * * *** * *
13370307 AAATGTTATTAGATTAGTGTTATTTTATTTCGAATGAGCTTGTATGAACCAAAATAATTATTTTA
65 GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAACCTTGTATGAATTGAAACAATTTTTTTA
* * * * * * * * *
13370372 TGATAGAACAAAAGGTTATAATGATTT-AAAGTATACAATTGTTCAAATAGTCATTACTACTTGA
130 TGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAA-TAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * ** * * * * *** *
13370436 ACT-GGTTCAGTAAGTAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAAGATTAATAA
194 ACTAGTTTGA-TAAACATATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAA
* * * * * * * * * * *
13370500 ATTACTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGATA-AAAAACAATTGTTATATGACCAAACTA
258 ATTAGTATTATTTTAATCTAAATAAGCTTGTATGA-ACAGAAACTATTGTTTTATAACAAAACAA
* * * * * ** * * * * *
13370564 AAGGTAATAACAATTTAAAATAGACAATTATTAAAATGGCCATAATTATTTGAACTAAT-TCCAT
322 AAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGCT-AAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTGTTCAT
* * * *
13370628 AAACAAATTCATTTTTTAAA---TCACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTACTATTT
385 AAACAAATTTA-TTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTT-GAA-AGTAATAAATTAGTATTATTT
* * *
13370690 TATTTCG-AATAAGCTTGAATGAACT--AA-AA-TATTTTATGA-AAA-AAAAGGTCATAACGAT
447 TATTT-GAAATAAGCTTGTATGAA-TAAAACAATTGTTTTATGACAAACAAAAGGTCATAATGAT
* * * * * * * * * * **
13370748 TTTAAATAAACAATTGTTCAAATAGTTATAACTATCTAAATTTGTTCGGTAAGCA-AATTTATTT
510 TTGAAATAGATAATTGTT-TAATAGTCATTACTATTTGAACTAGTTCAATAA--ATAATTTA-TT
* * * * **
13370812 TTTTAAA-CTCTTGCTTTTTAATTTTT-GAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTGGATA
571 TTTTAAATCTCTTAC-CTTTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTATTATTATTTTA-TTTAAATA
* * * * * * * ** * * *
13370875 AGCTTTTATAAACTGAAACAATT-GTTTATGTCAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAATTAAAT
633 AGC-ATAATGAATTGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAGTAGAT
* * * * * * *
13370939 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTGTTTCAAATATTT
697 AATTATTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACA-AATT-TT-TTTAAAATCTTT
* * * * * *** ** *
13371004 TGCTTATTAATTTTTTTAATGTTAATAAATTTGGATTATTTTA-TCCCAAATTGGCTTGTAAG-A
759 TACTTATTAA-TTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTATGAAATAAGCTTGTATGAA
* * * * * * * * *
13371067 TATGAAACAAATATTTTATGACTAAA-TAAAAGGTTATAATGATTTAAAATAAATAATTATTCTA
823 TA-GAAACAATTGTTTTATGAC-AAACCAAATGGTTATAA-CAATT-AAATCAATAATTGTTCAA
* *
13371131 ATAGTT
884 ATGGTC
* * * * * * * * *
13371137 TTAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACACATTTACTTTTT-AATCT-C---TTATTAATTTTTGA
1 ATAACTATTTAAACTTGTTCGGTAAATAGATTAATTTTTTAAATCTCCTAATTATTAATTTTTGG
* * * * * * *
13371197 AATATTACTAAATAAGTATTATTTT-TAATCGAATAAGCTTATGTG-A--GAAACAATTTTTTTA
66 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTCAAATAACCTTGTATGAATTGAAACAATTTTTTTA
** * * * * * * ** *
13371258 TGACAAAAC-AAAGATTTTAATGATTTGAGATTGATATTTGTTTAATTAGTTGTAACTATTTTAA
130 TGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * * * ** *
13371322 CTAATTTGGTAAACAGATTTATTGTTT-AAATCTATTACTTATTAATTTTTTGAAATATTAATCA
195 CTAGTTTGATAAACATATTTATT-TTTAAAATCTTTTACTTATTAA-TTGTCAAAATATTAATAA
* * * * ** * *
13371386 ATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGATA-AAAAAGAATTGTTTTATTACAAAATAA
258 ATTAGTATTATTTTAATCTAAATAAGCTTGTATGA-ACAGAAACTATTGTTTTATAACAAAACAA
** * *** * * * * **
13371450 AAAGGTCATAATGATTTGAAATATATAATCAATCAAATGGCCATAATTATTTTAACT-AATTCGA
322 AAA-GTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGCT-AAATAGTCATAACTATTTGAACTGTGTTC-A
* * * ** *
13371514 TAAACAGATCTATTTTTAAATTTCTTTCTTATTAATTTAGGAAAAATTAATAAATTAGTATTATT
384 TAAACAAATTTATTTTTAAATTT-TTACTTATTAATTTTTG--AAAGTAATAAATTAGTATTATT
** ** * * ** * *
13371579 TTATTCCATCTAAGCTTGTATTAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAATCAAACTGTTATAACGA
446 TTATTTGAAATAAGCTTGTATGAA-TAAAACAATTGTTTTATGACAAA-CAAAAGGTCATAATGA
* * * * * * * * *
13371644 TTTTAAATAGACAAATT-TTCAAATAATAATAACTATTTGAACTTA-TTCGATAAACATATATAT
509 TTTGAAATAGA-TAATTGTT-TAATAGTCATTACTATTTGAAC-TAGTTCAATAAATA-ATTTA-
* * * *
13371707 TTTTTTAAATCTCTTTA--TTATAATTTGTT-TAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTCTAA
569 TTTTTTAAATCTC-TTACCTT-TAATTT-TTAGAATATTAATAAATTATTATTATTTTATT-TAA
* * * * * * * * * * * * *
13371769 AAAAACGTGTATGAACT-AAAACAATTGTTTTATAACTAAACAAGATGTTAGAATGATTTGAAAT
630 ATAAGCAT-AATGAATTGAAAA-AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAGT
* * * * * *
13371833 ATATAATTATTCTAATAGTTTTAACCATTTGAACT-GATTTGGTAAACAAATTTATTTTTGAAAT
693 AGATAATTATTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTAG-TTCGGTAAACAAA-TT-TTTTTAAAAT
* * * *
13371897 C----ACTTGTTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGGATTATTTTAATA-G-AATAAGCTTGTA
755 CTTTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTATGAAATAAGCTTGTA
** * * ** ** * * * * **
13371956 CAAACA-AAACAATTGTTTTACGACAAAAGAAAAAGTCATAATGATTTGAAAT-AGGTAATCATT
819 TGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAACCAAATGGTTATAA-CAATT-AAATCA-ATAATTGTT
** **
13372019 CATGTAATC
881 CAAATGGTC
* * * * * * * * * ** * **
13372028 -TGAACTATTTGAA-TCGGTTTGGCAATTAGATTTATTTTTTAATTTTCTTAGCTATTAAGTTCC
1 AT-AACTATTTAAACT-TGTTCGGTAAATAGATTAATTTTTTAAATCTCCTAATTATTAATTTTT
* * * * ** * * * * *
13372091 GAAATATTATTAAATTAGCATTATTTTATTTCAAACAAAATAGTATGAATAGAACCAATTGTTTG
64 GGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAACCTTGTATGAATTGAAACAATTTTTTT
* * * * *
13372156 ATGACAAAATAAAATG-TTATAATGATTTGAAATTGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTCG
129 ATGACAAAACAAAA-GATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * ** * * * * * * **
13372220 AAATGGTTTTG-TATGCAGATTTTTTTTTTAAATCTCTTACTGATTAATTCTTGAAATATTAATA
193 AACTAG-TTTGATAAACATATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATA
* * * * *
13372284 AATTAGTATTATTTTATTTTGAAA-AAGCTTATACATTGAAAAG-AA--ATTGTTTTATGACAAA
257 AATTAGTATTATTTTAATCT-AAATAAGCTTGT--A-TGAACAGAAACTATTGTTTTATAACAAA
* * * * * * * * * *
13372345 ATAATAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAGTTGTTTAAATGGCCATAATTATTTGAACTGATG-
318 ACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTG-CTAAATAGTCATAACTATTTGAACTG-TGT
** *** * * ** * * *
13372409 -GGTAAATTGATTTATTTTTTAAA--TCT-CTTATTAGTTTTCAAAATAATAATAAAGTAGTTTT
381 TCATAAACAAATTTA-TTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTT-TGAA-AGTAATAAATTAGTATT
* * * * * * * *
13372470 ATTTTATTTTG-GATAAACTTTTATAAACTAAAACATTTGTTTCATTACAAAACAAATGGTCATA
443 ATTTTA-TTTGAAATAAGCTTGTATGAA-TAAAACAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAGGTCATA
* * * * * * * * *
13372534 ATGATTTAAAATATATAATTGTTCAAATTGTCATAACTATTTAAACTTGTTCAGTAAACAAATTT
505 ATGATTTGAAATAGATAATTGTT-TAATAGTCATTACTATTTGAACTAGTTCAATAAA-TAATTT
* *
13372599 ATTTTTTTAAATCTC--ACGCTTATTAATTTTTCA-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
568 A-TTTTTTAAATCTCTTAC-C-T-TTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTATTATTATTTTATT-
* * * * * * * **
13372661 CAAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTATTATATGACTAAACAAAAGGTCAGAACAATTTGAA
627 TAAATAAGCAT-AATGAATTGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA
* ** * * ** * * *
13372726 ATAGATAATTATTTTAATAGTCTTAACTATTTGAGCTGGTTCGACAACCACATTTATTTTTTAAA
691 GTAGATAATTATTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACA-AATT-TTTTTAAAA
* * *
13372791 TC---T-CTTATTAATTTTCAGATTATTATTAAATTAGTATTA-TTT-TTATCCG-AATAAGCTT
754 TCTTTTACTTATTAATTTT-TGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTAT--GAAATAAGCTT
* * * * * * * * * ** *
13372849 GTATG-ATAAAAAATAATTGTTTTATGAGAAAACAAA-GATCATAATGATTTGAGATTGATAGTT
816 GTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAACCAAATGGTTATAA-CAATT-AAATCAATAATT
* * *
13372912 ATTCAAATAGTA
878 GTTCAAATGGTC
* * * *** * * * **
13372924 ATAA-TATATGAACTAGTTCAAAAAATAGCTGT-AGTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTG
1 ATAACTATTTAAACTTGTTCGGTAAATAGAT-TAATTTTTTAAATCTCCTAATTATTAATTTTTG
* * * * ** * * * *
13372987 AAATATTAATAAAATAGTATTATTTTGTTTCAGATAAATTTTTGTGAACT-ACAACAATTGTTTT
65 GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAACCTTGTATGAATTGA-AACAATTTTTTT
* ** *
13373051 ATAACAAAACAAAATG-TCATAACAACTTT-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA-AATCTATT
129 ATGACAAAACAAAA-GATCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAA-CTATT
* * * * * * * * * ***
13373113 TGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTTAAATCTCTTGCTCATTAAATTTTTTGAATGA-T
191 TGAACTAGTTTGATAAACATATTTA-TTTTTAAAATCTTTTACTTATT-AATTGTCAAAAT-ATT
* * * * * * * * *
13373177 AATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGTTTTTATTAACTA-AAA-TAATTGTTTAATGACT
253 AATAAATTAGTATTATTTTAATCTAAATAAGCTTGTATGAAC-AGAAACT-ATTGTTTTATAACA
* * * * * * * * *
13373240 AAGCAAAAGGTTAGAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCT-AATAGTCTTAACGATTTGAATTG-
316 AAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTG--CTAAATAGTCATAACTATTTGAACTGT
*** * * * * * *
13373303 GTTTGGCAAATACATTT-TTTTAAAAATCTTTTACTCACTAATTTTGGAAA-TATTATTAAATTA
379 G-TTCATAAACAAATTTATTTT-TAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGAAAGTA--A-TAAATTA
* * * * * *
13373366 GCATAATTTTAATCTG-AATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTTATGACAAAGAAAAGAT
438 GTATTATTTT-ATTTGAAATAAGCTTGTATGAATA-AAACAATTGTTTTATGACAAACAAAAGGT
* * * * * * * * *** *
13373430 CATAACGATTTCAGATAGAAAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTATTTTGGTAAACAG
501 CATAATGATTTGAAATAGATAATTGTT-TAATAGTCATTACTATTTGAACTAGTTCAATAAATA-
* * * * * *
13373495 ATTTAGTTTTTCAATCTCTTA---TT-ATTTTTAAAATATTAATAGATCAGTATTATTTTATTTT
564 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACCTTTAATTTTTAGAATATTAATAAATTATTATTATTTTA-TTT
* *** * ** * * * * *
13373556 GAATAATTTTGCATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGGTCATAACGATATGAAA
628 AAATAAGCAT-AATGAATTGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAG
* * * * * * * * * * * *
13373620 TAGATAGTTGTTCAAATGGACATGAGTATTTGAACT-TTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAAT
692 TAGATAATTATTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACA-AATT-TTTTTAAAAT
* * * * *
13373684 CTCTTACCTCTTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTATTCT-AAATAAACTTGTA
755 CTTTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTATGAAATAAGCTTGTA
* *** * * * **
13373747 TGAATA-AAGACAATTGTTTTATGACAAAACAAAACATCATAACTATTTGAAATAAATAATAATT
819 TGAATAGAA-ACAATTGTTTTATGACAAACCAAATGGTTATAAC-AATT-AAATCAATAATTGTT
***
13373811 CAAACAATC
881 CAAATGGTC
* * * * * * * * * * * * * * *
13373820 ATATCGATTTGAACTTGCTCGATAAACATATTTACTTGTTAAAATTTTC-ACTTATTAGTTTTTA
1 ATAACTATTTAAACTTGTTCGGTAAATAGA-TTAATTTTTTAAATCTCCTAATTATTAATTTTTG
* * *** **
13373884 GAATATTAAAAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATATGTTTGTATGAA-TGAAACAATTGGTTTA
65 GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAACCTTGTATGAATTGAAACAATTTTTTTA
* * * * *
13373948 TAACAAAACAAAAGGTCACAACT-ATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
130 TGACAAAACAAAAGATCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGA
** * * **
13374012 ACGT-GTTTAGA-AAACATATTTATTTTTAAAA-AATTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATA
194 AC-TAGTTT-GATAAACATATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATA
* ** * * * * * *
13374074 TATTTTTATTATTTT-ATTTGAAATAAGCTTGTAT-AAGCATAAACAATTATTTTATGAGAAAAC
257 AATTAGTATTATTTTAATCT-AAATAAGCTTGTATGAA-CAGAAACTATTGTTTTATAACAAAAC
* ** ** * *
13374137 AAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGGTAATTATTCAAATAGTAATAACTATTTGAACT-TGCTCA
320 AAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGCT-AAATAGTCATAACTATTTGAACTGTGTTCA
* * * * * * *
13374201 GT-AACAGACTCATTCTTTAAATCTCTTACTAATTATTTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTA
384 -TAAACAAATTTATT-TTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTT-GAA-AGTAATAAATTAGTATTA
* * * * *
13374265 TTTTATTCCG-AATAAACCTATATGAACTAATACAATTAG-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
444 TTTTATT-TGAAATAAGCTTGTATGAA-TAAAACAATT-GTTTTATGAC-AAACAAAAGGTCATA
* * * * * * * *
13374328 ATAATTTGAATTAGATAATTATTCAAGTAGTTATAACCATTTGAACTTGTTCAATGAACAT-ATT
505 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAA-TAGTCATTACTATTTGAACTAGTTCAAT-AA-ATAATT
* * * * * **
13374392 TATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTGTT-GAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCA
567 TATTTTTTAAATCTCTTACCT-TTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTATTATTATTTT-ATTTA
* * ** * * *** *
13374456 AATAAGCTTGTATGAA-CAAAAACAATT-GTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAGCAATTTGAAA
629 AATAAGCAT-AATGAATTGAAAA-AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAG
* * * * *
13374519 TAAAATAATTATTCAAATAG---T---TA--T-AACTCA-TTCAGTAAATAGATTTATTTTTAAA
692 T-AGATAATTATTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACT-AGTTCGGTAAACAAATTT-TTTTAAAA
* * * * *
13374574 TCTTTTACTTATTAGTTGTCTGAATATTAATAAATTTGTATTATTTTAAT-TGAAATAAGCTTCT
754 TCTTTTACTTATTAATT-TTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTATGAAATAAGCTTGT
* * * * * * *
13374638 ATGAATAGATA-TATAT-ATTTATGACAAAACAAAAT-GATATAGCGATTTGAAAT-AGATAATT
818 ATGAATAGAAACAAT-TGTTTTATGAC-AAACCAAATGGTTATAAC-AATT-AAATCA-ATAATT
* *
13374699 GTTCTAATAGTC
878 GTTCAAATGGTC
* * * * * * * *
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1 ATAACTATTTAAACTTGTTCGGTAAATAGATTAATTTTTTAAATCTCCTAATTATTAATTTTTGG
* * * * * * * * ** ** * *
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66 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAACCTTGTATGAATTGAAACAATTTTTTTAT
* * * * * * * * * *
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131 GACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* *** ** * * * *** * * *
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196 TAGTTTGATAAACATATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATT
* * ** ** * * * * *
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261 AGTATTATTTTAATCTAAATAAG-CTTGTATGAACAGAAACT-ATTGTTTTATAACAAAACAAAA
* * ** * * * * * **
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324 AGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGCT-AAATAGTCATAACTATTTGAACTGTG-TTCATAA
* * * ** * *
13375097 GCAGATTTTATTTTTTAAA--TCT-CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTT
387 ACA-AATTTA-TTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTT-TGAA-AGTAATAAATTAGTATTATTTT
** * * * * **
13375159 ATTCAAAACAAACTTATATGAACAAAA-AATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATT
448 ATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAAAACAA-TTGTTTTATGAC-AAACAAAAGGTCATAATGATT
* * * * * * *
13375223 TGAAATAGATAACTATTCATATAG-CCTTAACTATTTGAATTGGTTTGGCAA-ACA-AATTTATT
511 TGAAATAGATAATTGTTTA-ATAGTCATT-ACTATTTGAACTAG-TT--CAATAAATAATTTATT
** * * *
13375285 TTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTCATG-ATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTTCAAATA
571 TTTTAAATCTCTTACCT-TTAATTTTTA-GAATATTAATAAATTATTATTATTTTATTT-AAATA
* * * * * * * ** * * *
13375349 AACTTGTATG-ATCAT-AAATAATTATTTAATGACAAAAAAAAAGGTTATAACAAGTTGAAATAT
633 AGCAT-AATGAAT--TGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAGTAG
** * * * * * * *
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695 ATAATTATTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACA-AATT-TTTTTAAAATCTT
* * * *
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758 TTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTATGAAATAAG-CTTGTATG
* * * * * *
13375540 -ATGAAAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAA-AGTTCATAATGATTTGAAAT-AGATAATTGTT
821 AAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAACCAAATGGTT-ATAA-CAATT-AAATCA-ATAATTGTT
*
13375602 CAAATGGCC
881 CAAATGGTC
* * * * * * * *
13375611 ATAATTATTTGAA-TTGATTTGATAAACTA-ATTTATTTTTTAAAT-TTCTAACTTCTCAATTTT
1 ATAACTATTTAAACTTG-TTCGGTAAA-TAGATTAATTTTTTAAATCTCCTAA-TTATTAATTTT
** * * * *** * * * * *
13375673 TTAAATATTAATATAGTAATATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATTGTTT
63 TGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAACCTTGTATGAATTGAAACAATTTTTT
* * * * *
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128 TATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * * * * *
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193 AACTAGTTTGATAAACATATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAAT-A
* * * * * ****
13375834 AATT-GTATTATTTT-ATTTCAAATTAGCTTGCATGAACTGAAA-AAAAAATTTATAACAAAACA
257 AATTAGTATTATTTTAATCT-AAATAAGCTTGTATGAACAGAAACTATTGTTTTATAACAAAACA
* * ** *
13375896 AAAGGTCAGAACAATTTGAAATGGATAATTGTTCT-AATAGTCTTAACTATTAT-AACT-TGTTC
321 AAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTG--CTAAATAGTCATAACTATT-TGAACTGTGTTC
* * * * ** * *
13375958 AGCAAATACATTTATTTTTTAAA--TCT-CTTATT-ATTTTTGAGAA-TATTATTAGTTTAGCAA
383 A-TAAACAAATTTA-TTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTGA-AAGTA--A-TAAATTAGTAT
* ** * * * * *
13376018 TATTTTACTCCAAATCAGCTTGTATAAATAAAAATAATTGTTTTATGACAAA-ACAAAGATTATA
442 TATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAAT-AAAACAATTGTTTTATGACAAACA-AAAGGTCATA
* * * * * * * * * * * *
13376082 TTGATTTGAGATAGATAATTATTGAAATAGTTATAACTATTTAAACTGGTTTAGTAAACAGACTT
505 ATGATTTGAAATAGATAATTGTT-TAATAGTCATTACTATTTGAACTAGTTCAATAAATA-ATTT
* * * *
13376147 AGTTTTTAAATCTCTTA---TTAATTTTT-GAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGAA
568 ATTTTTTAAATCTCTTACCTTTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTATTATTATTTTA-TTTAAA
*** ** * ** * ** *
13376208 TAATTTTATATGAA-CAAAAACAATTGTTTTACCATAAAACAAAATATCATAATGATTTGAAATA
631 TAAGCATA-ATGAATTGAAAA-AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAGTA
* * * * * * * * *
13376272 GATAA-TAGTTCAAATGGACATGACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATACATTTATTTTTTAAATC
694 GATAATTA-TTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACA-AATT-TTTTTAAAATC
*** * * * *
13376336 TCCAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATCTTATT-TCAAATAAACTTTTAT
756 TTTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTATGAAATAAGCTTGTAT
* * * * * * * *
13376400 CAATAGAAGCAATTGTTTTATGATAAA--AAAAGGATCATAATGATTTCAAATAAATAATTGTTC
820 GAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAACCAAATGG-TTATAA-CAATT-AAATCAATAATTGTTC
*
13376463 AAATAGTC
882 AAATGGTC
* * ** * * * ** * * **
13376471 AAAACTATTT-AACTTGCTCATTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTCATTAATTTTTAA
1 ATAACTATTTAAACTTGTTCGGTAAATAGATTAATTTTTTAAATCTCCTAATTATTAATTTTTGG
* * * * * * * **
13376535 AAT-TTCAATAAATTAGTAATATTTT-TATTCTGAATAAGCTTTTATGAATAGAAATAACTGGTT
66 AATATT-AATAAATTAGTATTATTTTAT-TTC-AAATAACCTTGTATGAATTGAAACAATTTTTT
* * * * *
13376598 TATAACAAAACAAAATG-TCATAATTATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAATCATAACTATTT
128 TATGACAAAACAAAA-GATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT
*
13376662 GAACATA-TTTCGA-AAAC--A--T-TTTTT---A----TTA---ATT--TT-T-GAAATATTAA
192 GAAC-TAGTTT-GATAAACATATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAA
* * * * * * **
13376706 TAAATTTA-AATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGCATGAACA-AAACCAATTGTTTTGTGGCAAA
255 TAAA-TTAGTATTATTTTAATCTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAA-CTATTGTTTTATAACAAA
* * * * * * * *
13376769 ACAAAAGGTCATAACATTTTGAAATAGATAATTGTTTAGACAGTCATAACTATTTAAACT-TATT
318 ACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTG-CTAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTGTT
* * * * * * *
13376833 CGGTAAACAGATTCT-TTTTTTAGTTCTCTTACTAATTAATTTTGGGAATATTAATAAATTAGTA
382 C-ATAAACAAATT-TATTTTTAAATT-T-TTACTTATTAATTTT-TGAA-AGTAATAAATTAGTA
* * ** * * * *
13376897 TTATTTTACTTCAAATAAAATTATATGAGCTAAAACAATTGTTTTATTACAAAAGAAAAGGTCAT
441 TTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGA-ATAAAACAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAGGTCAT
* * * * * * * * ***
13376962 ATTTATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATACTCATAATTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAAATT
504 AATGATTTGAAATAGATAATTGTT-TAATAGTCATTACTATTTGAACTAGTTCAATAAAT-AATT
* *
13377027 TATTTTTTAAA------A----T--TTTTT-GAATGTTAATAAATTACTATTATTTTATTTCAAA
567 TATTTTTTAAATCTCTTACCTTTAATTTTTAGAATATTAATAAATTATTATTATTTTATTT-AAA
** * * * * * * * *
13377079 TAAGCATTTTG-ACT-AAAATATTATTTTATGACTAAACAAAATGTTAGAATGATTTGAAATACA
631 TAAGCATAATGAATTGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAGTAGA
* * * * * * * *
13377142 TAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTAAACTGGTTTGGCAAACACATTTATTTTTTAAATC---
696 TAATTATTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACA-AATT-TTTTTAAAATCTTT
* * * * * * *
13377204 T-CTTATTAATTTTTAGAATATTATTAATTTAGCAATATTTTATTCT-AAACAAGCTTGCATGAA
759 TACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTATGAAATAAGCTTGTATGAA
* * * * * * * *
13377267 CAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAT-ATCATAACAATTTGAGAT-AGATAATTATTTAAA
823 TAGAAACAATTGTTTTATGACAAACCAAATGGTTATAACAA-TT-AAATCA-ATAATTGTTCAAA
***
13377330 AAATC
885 TGGTC
* ** * * * * * * **
13377335 ATAATTATTTGTACTGGTTTGATATACAGATTTATTTTTTAAA--T-CT-ATTATTAATTTTTAA
1 ATAACTATTTAAACTTGTTCGGTAAATAGATTAATTTTTTAAATCTCCTAATTATTAATTTTTGG
* * * * *
13377396 AATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TTCTAAATAA-TTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTA
66 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAACCTTGTATGAATTGAAACAATTTTTTTA
* * * * * *
13377459 TGACAAAAGAAAAAATATCATAACGATTTGAAATAGATAA-TATTTCAAATGGACA-GACTATTT
130 TGAC-AAA-ACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * * * * *
13377522 GAGCT--TTTCAGTGAACAAATTTATTTTT-AAATC---T-CTTATTAATTTTTAGAATATTAAT
192 GAACTAGTTTGA-TAAACATATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAAT
* * * * * * * *
13377580 AAATTAGTATTATTTT-ATTTGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAA-T
256 AAATTAGTATTATTTTAATCTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACTATTGTTTTATAACAAAACA
** * * * * *
13377643 AAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTTAACT-TACTTG
321 AAAAG-TCATAACAATTTGAAATAAATAATTGCT-AAATAGTCATAACTATTTGAACTGT-GTTC
* * * * ** * *
13377707 GTAAATAGATTTATTTTTTACATCTTTTACTTAATTAATTTTTGGAATTTTAACAACTTAGTATT
383 ATAAACAAATTTA-TTTTTAAAT-TTTTACTT-ATTAATTTTT-GAA-AGTAATAAATTAGTATT
* * * * * * *
13377772 ATTATATTTCAAATAAACTTTTTATGAATGGAAACAACTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
443 ATTTTATTTGAAATAAGC-TTGTATGAAT-AAAACAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAGGTCATA
* * * *
13377837 ATGATTTGAAATATATAATTGTTAAAATAGTCATAACTATTTGAA-AATGTTCAGA-AAATATAT
505 ATGATTTGAAATAGATAATTGTT-TAATAGTCATTACTATTTGAACTA-GTTCA-ATAAATA-AT
* * ** *
13377900 TTA-CTTTTAAAT-TTTTAGTTATTGATTTTT-GAAATATTAATAAATCTA-TATTATTTTATTC
566 TTATTTTTTAAATCTCTTACCT-TTAATTTTTAG-AATATTAATAAAT-TATTATTATTTTATT-
* * * * * * * * *
13377961 AAAATAAGCTTGCATAAATAGAAACAAATGA-TTTATGACAAAACAAAATGTCAGAATGTTTTGA
627 TAAATAAGCAT-AATGAATTGAAA-AAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA
* * * * * *
13378025 AATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TGTGTTTGGTAAACAGATTCATTTTTTT
690 AGTAGATAATTATTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACT-AGTTCGGTAAACA-A---ATTTTTTT
* * **
13378089 -AATTCTCTTT-CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATCTTATT-CCAAATAAG
750 AAAATCT-TTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTATGAAATAAG
* * * * ** *
13378151 CTTATATGAACTGAAATAACTGTTTTATTAAAAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAAGTCAT
813 C---T-TGTA-TG-AAT-A--G----------AAACAATTGTTTTATGACAAACCAAATGGTTAT
* * *
13378216 AACAATTTGAAATAAATAATTTTTCAAATAGTC
859 AACAA-TT-AAATCAATAATTGTTCAAATGGTC
** * * * * ** * * *
13378249 ATAAAGATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAA-CTTTTACTTATTGATTATCT-
1 ATAACTATTTAAACTTGTTCGGTAAATAGATTAATTTTTTAAATCTCCTAATTATTAATT-TTTG
* * * * * * ***
13378312 AAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATAAATAGAAAAAAAAACATT
65 GAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCAAATAACCTTGTATGAATTG--AAACAATTTTT
* * * * * * * * * *
13378376 TTATGATAAAACAAAAGGTTATAGTGATTTCAAATTGATAATT-GTCAAAAAAGTCAAAATTATT
127 TTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTC-AAATAGTCATAACTATT
* * * ** * * * * * *
13378440 TAAATTTGTTTGGCAAACAGATTTATTTTTTAAAT-TTCTTAATTATTATTTTTCATAATATT-A
191 TGAACTAGTTTGATAAACATATTTATTTTTAAAATCTT-TTACTTATTAATTGTCAAAATATTAA
* * * * ** * *
13378503 TAACTTAGTATTATTTT-ATTTCAACTAAGCTTATATG-ATTGGAA-TAATT-TTTTATTACAAA
255 TAAATTAGTATTATTTTAATCT-AAATAAGCTTGTATGAACAGAAACT-ATTGTTTTATAACAAA
* ** * ** * ** * *
13378564 ACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGATTTATTTT
318 ACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGCT-AAATAGTCATAACTATTTGAACTGTGTT
** * * * * *
13378629 GGTAACCATATTTACTTTTTAAATTTTTTACTTATTAATTGTAGAAATATTAATAAATTAGTATT
382 CATAAACAAATTTA-TTTTTAAA-TTTTTACTTATTAATTTTTG-AA-AGTAATAAATTAGTATT
** * * *
13378694 ATTTTAACCTG-AATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTG-TTTATAACAGAACAAAAAGTCATA
443 ATTTT-ATTTGAAATAAGCTTGTATGAA-TAAAACAATTGTTTTATGACA-AACAAAAGGTCATA
* * * ** * * * **
13378757 ACGATTTAAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCGTAACTATTTGGACTCA-TTTGATAAATAGATT
505 ATGATTTGAAATAGATAATTG-TTTAATAGTCATTACTATTTGAACT-AGTTCAATAAATA-ATT
* * * *
13378821 TATTTTTTAAATCTCTTA---TTAATTTTT-GAATTATTAATAGATTAGTATTACTTTATTTCGA
567 TATTTTTTAAATCTCTTACCTTTAATTTTTAGAA-TATTAATAAATTATTATTATTTTATTT-AA
* * * * * * * *
13378882 ACAA-AATTATATGAA--CAAAATCATTTGTTTTATCACAAAACAAAAGGACATAACGATTTGAA
630 ATAAGCA-TA-ATGAATTGAAAA--AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA
* * * * * * * *
13378944 ATAGAAAATTATTCTAATAATAATT-ATTATTTGAACTGGTTAGGTAAACAAAATTGTTTTT-AA
691 GTAGATAATTATTCAAATAGT-CTTAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAAC-AAATT-TTTTTAAA
* ** * * * *
13379007 ATCTCTTACTTATTAATTTTTGAACTATTAATAAATTCCTTTTATTTTATT-TTAAATAAACTAG
753 ATCTTTTACTTATTAATTTTTGAA-TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTATGAAATAAGCTTG
* * * * ** * *
13379071 TATGAATTAAAAAAAATTTATTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAATGATTTGAAAT-AGATAAT
817 TATGAA-TAGAAACAA-TTGTTTTATGACAAACCAAATGGTTATAA-CAATT-AAATCA-ATAAT
* *
13379135 TGTTCATATAGTC
877 TGTTCAAATGGTC
* * * * * * * * * * * **
13379148 TTTAAATATTTGAACTGGTTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAATTCTCTTAGTTATTGATTTTCA
1 -ATAACTATTTAAACTTGTTCGGTAAATAGATTAATTTTTTAAATCTCCTAATTATTAATTTTTG
* * * * *** * *
13379213 GAATATTATTAGATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTA
65 GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAACCTTGTATGAATTGAAACAATTTTTTTA
* * ** ** * *
13379278 TGACAAAACAAAA-AGTTATGATGATTTGAGGTTTACAATTGTTCAAATAGTCAT-A-TATTTGA
130 TGACAAAACAAAAGA-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * * * * * ** * *
13379340 ACTCG-CTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAATT-TTGAAAGATTGATA
194 ACTAGTTTGA-TAAACATATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATT-AATTGTCAAAATATTAATA
* * * * * * *
13379403 AATTACTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGAATGATGAAAAG-AA--ATTGTTATATGACCAAA
257 AATTAGTATTATTTTAATCTAAATAAGCTTG--T-ATGAACAGAAACTATTGTTTTATAACAAAA
* * ** ** * * ** * *
13379465 CAAAATGCCATAA-TTTTTGGTAAACCAATAATTGTTCT-TATAGTCTTATTTGTTTGAACTAT-
319 CAAAAAGTCATAACAATTT-G-AAATAAATAATTG--CTAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTG
** * ** * * *
13379527 TTCGGCAAATAGGTTTATTTTTTAAATCTCATTA-TTATCAACTTTTGAAA-TATTATTAAATTA
380 TTC-ATAAACAAATTTA-TTTTTAAAT-T-TTTACTTATTAATTTTTGAAAGTA--A-TAAATTA
* * * * * * * *
13379590 GTATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTATATGAACTGAAACAACTATTTAATAATAGAACAAAATG
438 GTATTATTTTATT-TGAAATAAGCTTGTATGAA-TAAAACAATTGTTTTATGACA-AACAAAAGG
* ** * * * *
13379654 TTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG--A-AACTGGTTTG-----G-T-AA-ACA-
500 TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTT-TAATAGTCATTACT-ATTTGAACTAGTTCAATAAAT
* *
13379707 AATTTATTTTTTAAATCTCTT-GCTTATCAATTTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
563 AATTTATTTTTTAAATCTCTTACCTT-T-AATTTTTAG-AATATTAATAAATTATTATTATTTTA
** * * * ** * * * *
13379770 CTCCAAATAGGCTTGTAT-AATAAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCGTAA-CAGT
625 -TTTAAATAAGCAT-AATGAATTGAAAA-AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA-T
* * * * * * * * *
13379833 TTGAAATAGATAATTATTCAAATGGCCATAATTATTTGAACCAATTTC-ATAAACTAATTTATTT
686 TTGAAGTAGATAATTATTCAAATAGTCTTAACTATTTGAA-CTAGTTCGGTAAAC-AAATT-TTT
* * * * * * *
13379897 TTTAAATCTTTAACTTATTAATTTATGAAATATTAATAAAGTAATGTTATTTTATT-TCAAATAA
748 TTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTATGAAATAA
* * * * ** *
13379961 GCTTTTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGATTAAA-CAAAAGGTCATATTTATTCTAAAT-AG
812 GCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGA-CAAACCAAATGGTTATA-ACAAT-TAAATCA-
* *
13380023 ATAATTGGTCAAATAGTC
872 ATAATTGTTCAAATGGTC
* * * * * * *
13380041 ATGACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTCAAAATTTCTTATTTATTAATTTTT
1 ATAACTATTTAAACTTGTTCGGTAAATAGATTAATTTTTT--AAATCTCCTAATTATTAATTTTT
* * ** * * * * * *
13380106 TGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCATGTATGAACTAAAATAATTATTTT
64 GGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAACCTTGTATGAATTGAAACAATTTTTTT
* * * * * * ** * * *
13380171 ATGACTAAACAAAAGGTAAGAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCTGATAATCTTAACTATTTAA
129 ATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * * * * * * *
13380236 ACTGGTTTGGTAAACACATTTACTTTTT-AAATCTCTTT-CTTGTTATTTTTTAGAATATTATTA
194 ACTAGTTTGATAAACATATTTA-TTTTTAAAATCT-TTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATA
* * * * ** * * * *
13380299 ATTTAGCAATATTTTACTCCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAGCAATTATTTTATAACAAAACAA
257 AATTAGTATTATTTTAATCTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACTATTGTTTTATAACAAAACAA
* * * * * * *
13380364 AGA-TCATAACAATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAATCATAGCTATTTGAACTAT-TTCAAT
322 AAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGCT-AAATAGTCATAACTATTTGAACTGTGTTC-AT
* * * * *
13380427 AAATAGATTTAATTTTTAAA--TCT-CTTATTAATTTTTGAAATACTAATAAATAAGTATTATTT
385 AAACAAATTT-ATTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTG-AA-AGTAATAAATTAGTATTATTT
** * * ** *
13380489 TATTCTG-AATAATTTTATATAAATAAAAACAATCATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGA
447 TATT-TGAAATAAGCTTGTATGAAT-AAAACAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAGGTCATAATGA
* * * * *
13380553 TTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTCA-CTCAGTAAACATATTTATT
509 TTTGAAATAGATAATTGTTT-AATAGTCATTACTATTTGAACT-AGTTCAATAAATA-ATTTATT
* * * * *
13380617 TTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGACT-TTCATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAA
571 TTTTAAATCTCTTACCT-TTAATTTTTAGAATATTAATAAATTATTATTATTTTATT-TAAATAA
* * *** ** ** * *
13380681 GCTTTTAT-AAACAAAAATAATTGGTTTATGATC-AAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATCGA
634 GC-ATAATGAATTGAAAA-AATTATTTTATGA-CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAGTAGA
* * ** * * * * *
13380744 TAATTGTTTAAATAGTGATAACTTTTTGAA-TGTGTTC-ATAAAACAGATTTATTTTTAACAT-T
696 TAATTATTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACT-AGTTCGGT-AAACA-AATT-TTTTTAAAATCT
* * * * * *
13380806 TTTACTTCTTAACTTTTGGAATATTAGTAAATTTA-AATTGTTTTATT-TGAAATAAGCTTGCA-
757 TTTACTTATTAA-TTTTTGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTATGAAATAAGCTTGTAT
* * * * * * **** *
13380868 AAACA-AAACCAATTGTTTTATGGCAAA-AAAACGGTCATATTGTTTTGAAA-GAGATAATTGTT
820 GAATAGAAA-CAATTGTTTTATGACAAACCAAATGGTTATA-ACAATT-AAATCA-ATAATTGTT
*
13380930 CAAATAGTC
881 CAAATGGTC
* * * ** * * * *
13380939 ATAACTATTTTAAACTTATTCGTTAAACAGATTCTTTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTG
1 ATAACTA-TTTAAACTTGTTCGGTAAATAGATTAATTTTTTAAATCTCCTAATTATTAATTTTTG
* * * * * * *
13381004 GAATATTAATAAATTAGTATTATTGTACTTCAAATAAGCTTATATGAACTAAAACAATTGTTTTA
65 GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAACCTTGTATGAATTGAAACAATTTTTTTA
* ** * * *
13381069 TTACAAAGGAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAA
130 TGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * ** * * *
13381134 TTTGTTCCATTAACATA--AATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAAT
195 CTAGTTTGATAAACATATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAAT
* * * * ** * *
13381197 TAATATTATTTTAATCCAAATAAACTTGTATGAACCGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAA
260 TAGTATTATTTTAATCTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACTATTGTTTTATAACAAAACAAAAA
* * *
13381262 GTCAAAACAATTTGAAATAAATAATTGCTTTAATAGTCATAA-TAATTTGAACT-TATTCAGTAA
325 GTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGC-TAAATAGTCATAACT-ATTTGAACTGTGTTCA-TAA
* ** ** ** * *
13381325 ACAACTGAAATACTT--ATTTTATGACAAAAGATCATAATGATTTGGAAAAGATAATTGATCATA
387 ACAAAT-TTATTTTTAAATTTT-T-AC---TTAT--TAAT--TTTTG-AAAG-TAA-T-A-AAT-
* * * * ** * * * ***
13381388 TAGTCTTA-ATTGTTTGAACT-A-CTTTGGTA--AAT-AGTC--TTATTTT-TTA-AATCTCTTA
436 TAGTATTATTTTATTTGAAATAAGC-TT-GTATGAATAAAACAATTGTTTTATGACAAAC-AAAA
* * * * ** * * ** * *
13381443 -GTTATTAA--ATTT--CAGAGTATTATTAAATTAATA-TTATT-TTATTCCAAATAAGTTTATA
498 GGTCA-TAATGATTTGAAATAG-ATAATT-GTTTAATAGTCATTACTATTTGAACT-AGTTCA-A
* *** * *** *** * *
13381501 TGAACTGAAACAATTATTTTATAA---CATA--AAAAAAGGTTATAATGATT-TTAAATTGA-TA
558 T-AAAT-AATTTATT-TTTTA-AATCTCTTACCTTTAATTTTTAGAAT-ATTAATAAATT-ATTA
* * * * ** * * ** *
13381559 --A--TTATTGAAAT-GGGA-ACTGGTTTGATAAATAGATTTATTTT-T--TAAATC----TCTT
617 TTATTTTATTTAAATAAGCATAATGAATTGA-AAA-A-A-TTATTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * ** * * * *
13381611 ATTAAT-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATCATTTTATTCTGAA-TAATTTTGTA-T-GCAT-
678 A-TAATGATTTGAAGTA--GAT-AATTA-T-TCA-AATAGTCTTAACT-A-TTTGAACTAG-TTC
* ** ** * * * * *
13381671 AG-AAACAAATGTTTTACGACAAAATAAAATGT-CATAATGATTTGAAATAGCTAATAGTTCGAA
733 GGTAAACAAAT-TTTT---TTAAAAT--CTTTTACTTATTAATTT----TTG--AATA-TT--AA
* * * * ** * * * *** * *
13381734 TAAACTTGACTATTTGAACTTGTA-CAGTGAACAGATTCATTTTTTAAATCCCCAACTTATTAAT
783 TAAA-TT-AGTA-TT--A-TTTTATTA-TGAA-ATAAGC-TTGTATGAAT-AGAAAC-AATT-GT
* * * * * ** * ** * **
13381798 TTT-TAGAATATTAACCAATTAG-TAT--TATTTGATTTCGAATAAACATGTTTGAATAGAA
836 TTTAT-G-ACA--AACCAAATGGTTATAACAATT-AAATC-AAT-AA-TTGTTCAAATGGTC
* * * * * * ** * ***
13381856 ATAATTGTTT-TA--TG-ACAAGATAAAAAGATCATAACGATTTGAAAT-AAATAATTATTCAAA
1 ATAACTATTTAAACTTGTTC--GGTAAATAGAT--TAA-TTTTTTAAATCTCCTAATTATT--AA
*** *** * * * * * * * * *
13381916 CAGTCAAAACTATTTGAACTCACTCAGTATATAAATTTATTTTTTAAA-ATCTTTTACTTATTAA
59 TTTTTGGAA-TA-TT-AA-TAAATTAGTAT-T--ATTT-TATTTCAAATAAC-CTT--GTATGAA
*** ** * *** ** * * *
13381980 TTTTTGA-AATTTTAATAAATTA-ATATAACTCTATTTCA-AATAAGCTTTTATGGACAA-AAAC
113 -TTGAAACAATTTT--TTTATGACA-A-AACAAAAGATCATAAT--G--ATT-T-GA-AATAGAT
* * * * * * *
13382041 AATTGGTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATGAATAATTGTTTAAATAGTTATA
166 AA-----TTAT-TC---A-AATAG-TCATAACTATTTGAACT-AGT--TTG-AT-AA-A--CAT-
* * * * * ** ** * * *
13382106 ACTATCTGAATGTGTTCAGAAAACTGATTTATTTTTTAAAT-TTTATTTATTAAT--TTTTGTAA
211 A-T-T-T--AT-T-TTTA-AAATCT--TTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTAT
* * * * * * * *
13382168 TATTAATCAATTTATATTA--TTTTATTCAAAATAAGCTTGTAAGAATAGAACCGATTATTTTAT
266 TATT--TTAATCTAAATAAGCTTGTA-T--GA---A-C-----AG---A-AA-CTATTGTTTTAT
* * * * * * * **
13382231 GACAAAACAAAAGGTCATAATATTTTGAAATAGATAATTGTTTAGATAGTCATAACTATTTGGGC
312 AACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTG-CTAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * * * * *
13382296 T-TGTTCAATAAAATAAATTCATTTTTTAATTCTCTTGCTCATTAATTTTTAGAATATTAATAAA
376 TGTGTTC-AT-AAACAAATTTATTTTTAAATT-T-TTACTTATTAATTTTT-GAA-AGTAATAAA
* * * * * **
13382360 TTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTATTTGAATTGAAACAGTTGTTTTATTTCAAAACAAAA
435 TTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAA-TAAAACAATTGTTTTATGAC-AAACAAAA
* * * * * * * * * *
13382425 GGTTATAATGATTTGAAATAGTTAATTATTCAAATAATCATGACAATTTTAACTTGTTCAGTAAA
498 GGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTT-TAATAGTCATTACTATTTGAACTAGTTCAATAAA
* * * * * * * *
13382490 CATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTATCAAAATATTAAT-AACTAATATTATTTTA
562 TA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACCT-TTAATTTTTAGAATATTAATAAATTATTATTATTTT-
* * * * * ** * * *
13382554 ATCTGAATAACCTTGTACAAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACTAAAA-GTCAT-A--A--
624 ATTTAAATAAGCAT-AATGAATTGAAAAAATTATTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAATGATT
* * * * *
13382613 -CAA-TTGA-ACTTGTTC-----G-C-TAA--A--T--A--GGTT---T------A-TTTTTT-A
687 TGAAGTAGATAATTATTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACAAATTTTTTTAA
* *
13382649 AATCTTTTACTTATTAATTATCTT-AATATTAATAAATTTGTACTATTTTATT-TGAAATAAGCT
752 AATCTTTTACTTATTAATT-T-TTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTATGAAATAAGCT
* * * * * * * *
13382712 TGGACGAATAGAAAAAATTATTTAATGTCAAAACAAAAGGTTATAACAATTTCAAAT-AGATAAT
815 TGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAACCAAATGGTTATAACAA-TT-AAATCA-ATAAT
*
13382776 TGTTCAAATAGTC
877 TGTTCAAATGGTC
* * * * **
13382789 ATAATTATTTAAACTCGTTCGGTAAACAAATTCTTTTTTTAAATCTCCTAATTATTAATTTTTGG
1 ATAACTATTTAAACTTGTTCGGTAAATAGATTAATTTTTTAAATCTCCTAATTATTAATTTTTGG
* ** * * * * *
13382854 AAAATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATGAACTGAAACAAATCTTTTAT
66 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAACCTTGTATGAATTGAAACAATTTTTTTAT
* * * * * *
13382919 GACAAAAGAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAGAGTCATGACTATTTGATC
131 GACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
** * * * *
13382984 TAGTTCAATAAACAAATTTATATTTTAAAAT-TTTTATTTATTAATTGTCCAAATATTGATAAAT
196 TAGTTTGATAAACATATTTAT-TTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAAT
* * * * * * * * *
13383048 TAGTATTATTTTAATCCAAATAAGTTTGTATGAACAGAAACAAATATTTTATAGCAAGATAGAAA
260 TAGTATTATTTTAATCTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACTATTGTTTTATAACAAAACAAAAA
* * * * * *
13383113 GTTAAAACGATTTGAAATAAATAATTTGTTAAATATTCATAACTATTTGAACTG-GTTTGATAAA
325 GTCATAACAATTTGAAATAAATAA-TTGCTAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTG-TTCATAAA
* * * * * *
13383177 TAGATTTATTTTGTAAA--TCTA-TTATTAATTTTTGAAATATTAATATATTAGTATTACTTTAT
388 CAAATTTATTTT-TAAATTTTTACTTATTAATTTTTG-AA-AGTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* ** * * *
13383239 CTCGAACA-AA-CTCATATGAACAAAAACATTTGTTTTACGACAAAACAAAAGGTCATAATGATT
450 -TTGAA-ATAAGCTTGTATGAA-TAAAACAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAGGTCATAATGATT
* * * * * * * * **
13383302 TGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAATTGGTT-AGGTAAACCAAAATATTTT
511 TGAAATAGATAATTGTT-TAATAGTCATTACTATTTGAACTAGTTCA-ATAAA-TAATTTATTTT
* * * * *
13383366 TTAAAATTTCTTACTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTTTTTTTATTTTATTTTGAATAA
573 TT-AAATCTCTTACCT-TTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTATTATTATTTTA-TTTAAATAA
* * * *
13383430 GC-TAGTATGAATTG-AAAATTTGTTTTATGACAAAACGAAAA-GTCATAATGTTTTGAAATAGA
634 GCATA--ATGAATTGAAAAAATTATTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAATGATTTGAAGTAGA
* * * * * * *
13383492 TAGTTGTTCATATAGTCTTAAATATTTAAACTAGTTC-GTCAAACAAATTTATTTT-TAATTTTC
696 TAATTATTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCGGT-AAACAAATTT-TTTTAAAATCTT-
* * * * *
13383555 TTAGTTATTAATTTTTGGAAAATTATTATATTAGTATTATTTTATTTTG-AATAAGCTTGTATGA
758 TTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTATGAAATAAGCTTGTATGA
* * * * * *
13383619 ATAGAAATAATTGTTTTGTGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAGT-ATACAATTGTTCAA
822 ATAGAAACAATTGTTTTATGACAAACCAAATGGTTATAACAA-TT-AAATCA-ATAATTGTTCAA
*
13383683 ATAGTC
884 ATGGTC
* * * * * * * * * * * *
13383689 ATAATTATTTGAACTAGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCGCTTACTTATTAATTTTTGA
1 ATAACTATTTAAACTTGTTCGGTAAATAGATTAATTTTTTAAATCTCCTAATTATTAATTTTTGG
* ** * * * *
13383754 AAGATTAATAAATTAGTATTATTTT-TTTCCAAATAAGATTGAATG-A-TCAAAAACATTTGTTA
66 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-CAAATAACCTTGTATGAATTGAAACA-ATTT-TTT
* * * * * * * *
13383816 TATGACCAAACAAAAGGTAATAATGATTTAAAATAGATAATTGTTGAAAT-GGCTATAATTATTT
128 TATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC-ATAACTATTT
* * * * * * * ***
13383880 CAAAT-GATTCGGTAAA-ACGA-TTACTTCTT-AAATC----ACTTATTAATTTTTGGAATATTA
192 GAACTAG-TTTGATAAACA-TATTTA-TTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTA
* * * * * ** * * *
13383937 ATAAATTTGTATAATTGT-ATTTCAAATAAGCTGGTAT-AATTTGAAACGATTGTTTTATGACGA
254 ATAAATTAGTATTATTTTAATCT-AAATAAGCTTGTATGAA-CAGAAACTATTGTTTTATAACAA
** * ** * * *
13384000 AAC-AAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATT-CTTCATGTAGTCTTAACTATATGAATTGC
317 AACAAAAAG-TCATAACAATTTGAAATAAATAATTGC-T-AAATAGTCATAACTATTTGAACTG-
* * * * * * * *
13384063 T-TTAACAAACAGATTTATTTTTAAAATCTCTTAGTTATTAGTTTTTGGAATACTATTAAATT-G
378 TGTTCATAAACAAATTTATTTTT-AAAT-TTTTACTTATTAATTTTT-GAA-AGTAATAAATTAG
* * * *
13384126 ATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTATTTTATAATAAAACAAAAGGT
439 -TATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAA-TAAAACAATTGTTTTATGA-CAAACAAAAGGT
* * ** ** * **
13384191 TATAA-GAATTTGAAATAGGTAACTACTCAAATAG-GA--A--A--TG--CT--TT-GGTAAATA
501 CATAATG-ATTTGAAATAGATAA-TTGTTTAATAGTCATTACTATTTGAACTAGTTCAATAAATA
*
13384243 GATTTATTTTTT-AATCTCTTA---TTAATTTTTCA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
564 -ATTTATTTTTTAAATCTCTTACCTTTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTATTATTATTTTATT
* * ** ** * *
13384303 TCGAATAGGC-TTGTGAGA-TGAAAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAATGTTCATAACT-ATT
627 T-AAATAAGCATAATGA-ATTG-AAAA-AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TGATT
* * * * * * * *
13384365 TGAAATAGATAATTGTTGAAATAG-CAATAATTATTTGAACT-GATTTGGTAAATAGATTCACTT
687 TGAAGTAGATAATTATTCAAATAGTC-TTAACTATTTGAACTAG-TTCGGTAAACAAATT---TT
* *
13384428 TTT-AAATC----ACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTATTATTATTTTATTTTG-AATA
747 TTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTATGAAATA
* * * * * * **
13384487 AGCATT-TTTGAATTGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAT-GTCATAATAATTTTAAATGT
811 AGC-TTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC-AAACCAAATGGTTATAACAA--TTAAATCA
* * *
13384550 ACAATTGTTTAAATAGTC
872 ATAATTGTTCAAATGGTC
* * * *** * * * * * *
13384568 ATAACTAGTTGAA-TTCATTCAAAAAACACATTTATTTTTAAAAATAT-CTACTTATTAATTTTT
1 ATAACTATTTAAACTT-GTTCGGTAAATAGATTAATTTTT-TAAATCTCCTAATTATTAATTTTT
** * * ** * * * *
13384631 AAAATATTAACAAATTAATATTATTTTATTTTGGAA-AACCTTTTATGAACTGAAGCAATTGTTT
64 GGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTCAAATAACCTTGTATGAATTGAAACAATTTTTT
* * * * * *
13384695 TACGACAAAAC-AAAGTGTTATAGTGATTTGAAATAGATAA-TAGTTCAAATAGACATGACTATT
128 TATGACAAAACAAAAG-ATCATAATGATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAATAGTCATAACTATT
* * * *** * * *
13384758 TGAACCT-GTTCGGTAAACAGATTTATTTTT-AAATCTCCAACTTATTAATTTTTAGAATATTAA
191 TGAA-CTAGTTTGATAAACATATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAA
* * * * * * * * ** * *
13384821 TAAATTGGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATAAATAGAAACAATTGGCTT-TGATAAAAC
255 TAAATTAGTATTATTTTAATCTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACTATTGTTTTATAACAAAAC
** * * * * * * *
13384885 -AAAAGATCATAATGATTTAAAAGAAATAGTTGTTTAAATAGTTATAACTATTTGAACT-CGCTC
320 AAAAAG-TCATAACAATTTGAAATAAATAATTG-CTAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTGTTC
* * *** * *
13384948 GGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGATTTTTCATAAATTAATATT
383 -ATAAACAAATTTA-TTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTT-GA-AAGTAATAAATTAGTATT
* * * *
13385013 ATTTTATTCTG-AATAAGCTTTTATAAATAGAAAAAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
443 ATTTTATT-TGAAATAAGCTTGTATGAATA-AAACAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAGGTCATA
** * * * *
13385077 ATGATTTGAAATAGATAATTGTGCAAATAGTCATAACTTTTTGAA-TGTGTTCAGA-AAACAAAT
505 ATGATTTGAAATAGATAATTGT-TTAATAGTCATTACTATTTGAACT-AGTTCA-ATAAA-TAAT
* * * * *
13385140 TTATTTTTAAAAT-TTTTACTTCTTAATTTTTCA-AATATTAGTAAATT-TAAATTATTTTATTT
566 TTATTTTTTAAATCTCTTACCT-TTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAT-TATTATTTTATTT
* * * * * * * *
13385202 GAAATAAGCTTACTTGAA--CAAAACCAATTTTTTTATGACAAAA-AAATGATTATAATGTTTTG
628 -AAATAAGCATA-ATGAATTGAAAA--AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
* * * ** * *
13385264 AA-TGAGATAATTGTTCAGATAGTCATAACTATTTGAACTTA-TTCAATAAATAGATTGTTTTTT
689 AAGT-AGATAATTATTCAAATAGTCTTAACTATTTGAAC-TAGTTCGGTAAACA-AAT-TTTTTT
* * * * * * *
13385327 TAATTCTCTTACTCATTCATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAAATATGC
750 AAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTATGAAATAAGC
* * * * * * *
13385391 TTATATGAA-ATGAAATATTTGTTTTATTACAGAA--AAAAGGTCATAATAATCTGAAAT-AGAT
814 TTGTATGAATA-GAAACAATTGTTTTATGACA-AACCAAATGGTTATAACAAT-T-AAATCA-AT
* *
13385452 AATTATTCAAATAGTC
874 AATTGTTCAAATGGTC
* * * * * * * * * * *****
13385468 ATGACTATATGAACTTATTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTATTTATTAATTCCCAA
1 ATAACTATTTAAACTTGTTCGGTAAATAGATTAATTTTTTAAATCTCCTAATTATTAATTTTTGG
* * * * * * * * *
13385533 AATAATAATAAATTAATATTATTTTAATTT-GAATAAACTTGGATGAATAGGAATAATTATTTTA
66 AATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTCAAATAACCTTGTATGAATTGAAACAATTTTTTTA
* * * ** * * * *
13385597 TGAAAAAATAAAA-AGTCAAAACAATTTGAAATAAATAATTGCTT-AAATAGTCATAACAATTTA
130 TGACAAAACAAAAGA-TCATAATGATTTGAAATAGATAATT-ATTCAAATAGTCATAACTATTTG
* ** *** * * ** ** ** *
13385660 AACT--TATTCAGT-AA-ATAGCTA-AAAT-AATTGTTTTA-AGACAAAAGGTCATAATGATTTG
193 AACTAGT-TTGA-TAAACATATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAAT-A-TT-
* * ** * * * *
13385718 AAAAACATAATTGTTCATATAGTTTTAA-CTATTTGA-CCTGCT-TTAGC--AAA-TA--GTTTT
253 AATAA-AT--TAG-T-AT-TA-TTTTAATCTAAATAAGCTTG-TATGAACAGAAACTATTGTTTT
*** * **** * ** * * * * * **
13385775 ATTTTTAAATCTCTTAGTTATTAA-TTTTTGGAGTATTATTAAAT--T-AATA-TTAT-TTTATT
310 A-TAACAAAACAAAAAGTCA-TAACAATTT-GA-AATAAATAATTGCTAAATAGTCATAACTATT
* * ***** * **
13385834 TAGAA-TAAGCCTATATGAACTGAAAC-AA-TTATTTTATAATAACAAAAGGTTA-TAACGATTT
371 T-GAACT--G--TGT-T-CA-T-AAACAAATTTATTTT-TAA-ATTTTTA-CTTATTAA-TTTTT
* ** * * * * * * *
13385895 G--A--AATAGA-T-G-ATTATTCAAATAGAAAT-TGGTTCG-AT-AA-ACAA-ATTTACTTTT-
423 GAAAGTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTT-GTATGAATAAAACAATT-GTTTTA
* ** * *** * * * *
13385947 T-A-AATC---TCGT-ATTAAT-ATTTGAAATA-TTAATAAATTAGTA-TTATT-TTGTTTTGAA
486 TGACAAACAAAAGGTCA-TAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAATAGTCATTACT-ATTTGAA
* * * * * ** * ** * * *
13386002 CAATTTTGTATGAATATAACAATTGT-TTTATGACAA-AAC-AAAATGTCATAGTGATTTAAAAT
549 C----TAGT-TCAATA-AATAATT-TATTTTTTA-AATCTCTTACCT-T--TAAT-TTTTAGAAT
* ** * * * * * * ** * ** * *
13386064 AGCTAATAGCTCA-AATAGACTTGA-CTATTTGAA-CTTGTTTAA-TGAACAAATTTATTTT-T-
602 A-TTAATAAATTATTAT-TATTTTATTTAAAT-AAGCATAATGAATTGAA-AAAATTATTTTATG
**** * * * ** * * * * **
13386123 -CAAATTTTCAA-CTTATTAT--TTTTTAG-A-AT-ATCAATCAATTAGTATTATTTTATTTCAA
663 ACAAA-ACAAAAGGTCATAATGATTTGAAGTAGATAATTATTCAAATAGTCTTA-ACTA-TT---
* * * * ** *** ** * *
13386181 ATAAACTTGTAT-GAATAGAA-ACAATTATTTTATGACAAGATAAAAGATAATAATGATTTGAA-
722 -TGAACTAGT-TCG-GTA-AACA-AATT-TTTT-T-AAAATCTTTTACTTATTAAT-TTTTGAAT
* * ** * * ***
13386243 A-TAAAAAATT-GT-TCA-AATAGTTAT-AACTATTTAAACTTGTTCAGTAAATAG-ATTTATT-
778 ATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTATGAA--A--TAAGCTTG-T-A-TGAATAGAAACAATTG
* ** * ** * * * ** * *
13386301 TTTTA-AATCTTCTACTTATTAATTTTTGTAATTTTAATAAATTATCGTTATTTTATTTCGAATA
835 TTTTATGA-C--AAAC-CA--AATGGTTATAA---CAATTAA--ATCAATA-ATT-GTTC-AA-A
* * *
13386365 AGCTTTT
885 TG--GTC
** *** * * * * * ** *
13386372 ATGACAAAACAAAAGATCATAATGATT-TG-AAATGGA-TAATTGTTCAAATAGTTATAACTATT
1 AT-A-ACTATTTAA-A-C-T--TG-TTCGGTAAATAGATTAATTTTTTAAAT-CTCCTAATTA-T
* * * *
13386434 TGAACGTGTTTAGAAAATAGATTTATTTTTTAAATTTTTAGTTATTAATTTT-TGT-AATATTAA
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* * * ** ** * ** * ** ***
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* * * * * * * * *
13386558 AACAAAATGTTATAATTGTTCAGATAGTCATAACTATTT-AGGCTTG-TTCAGTAAACAGATTCA
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* * * * * * * * * *
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216 TTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCT-AAA
* * ** * * * * * ** *
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* ** * * * * *
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345 ATAATTGCT-AAATAGTCATAACTATTTGAACTGTGTTC-ATAAACAAATTTA-TTTTTAAA-TT
* * * * * * * *
13386814 TTTACTTATTAA-TTGTCAAAATATTAATAATTAGTATTATTTGAATCTG-AATAACCTTGGATG
406 TTTACTTATTAATTTTTGAAAGTAAT-A-AATTAGTATTATTT-TATTTGAAATAAGCTTGTATG
* * * * * * * *
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468 AATA-AAACAATTGTTTTATGA-CAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTT-TA
* * * * * *
13386942 ATAGTTATAAC-ATTTGAATTTA-TTCAATATACAT-ATTTATTTTTTAAATCTTTTATTCATTA
530 ATAGTCATTACTATTTGAA-CTAGTTCAATA-A-ATAATTTATTTTTTAAATCTCTTA-CCTTTA
* * * * **
13387004 ATTATCTT--AATATTAATAAATT-TGTATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTATTAA-CAAAAA
591 ATT-T-TTAGAATATTAATAAATTAT-TATTATTTTATT-TAAATAAGCAT-AATGAATTGAAAA
* * * *** * * *
13387065 AAATATTTTATGTCAAAACAAAAGGTTATAGCAATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
651 AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAGTAGATAATTATTCAAATAGTCTTA
* * * * * * * * * *
13387130 ATTATTTAAACTTGTTCAGCAAATAGATTTTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATAT
716 ACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACAAATTTTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-GAATAT
* * * * * * *
13387195 TAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAAATAAACTTATATGAACT-GAAACAAATCTTATATGAT
780 TAATAAATTAGTATTATTTTATTATGAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * * *
13387258 AAA-AAAAT-GTCATAACGATTTGAAAT-AGATAATTATTCTAATAGTC
844 AAACCAAATGGTTATAAC-AATT-AAATCA-ATAATTGTTCAAATGGTC
* * * ** * *
13387304 ATGACTATTTTATCTAT-TTCGGTAAACCTA-ATT-ATTTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATTA
1 ATAACTATTTAAACT-TGTTCGGTAAA--TAGATTAATTTTTT-AAATCTCCTAATTATTAATTT
*** * * * * * * *
13387365 TCAAAATATTAATAAATTATTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAAATGTT
62 TTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAACCTTGTATGAATTGAAACAATTTTT
* * ** * * *
13387430 TTATAATAGGACAAAA-AGGCAAAATGATTTGAAATAAATAATT-TGTCAAATAGTCATAACTAT
127 TTATGACAAAACAAAAGA-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTAT-TCAAATAGTCATAACTAT
* * * * * * *
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190 TTGAACTAGTTTGATAAACATATTTATTTTTAAAATCTTTTACTT-ATTAATTGTCAAAATATTA
* * * *
13387553 ATAGATTA--A-TA--TT-A-CT---TTA--TT-T-GGAAC--AAAC-----TTATATGAAC---
254 ATAAATTAGTATTATTTTAATCTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACTATTGTTTTAT-AACAAA
* * * *
13387594 A-AAAACGT-TTAA-AA--T-AAATAAAT--TTTC-AAATAGTCATAATTATTT-AACT-TCGTT
318 ACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGCTAAATAGTCATAACTATTTGAACTGT-GTT
** * *
13387648 -AGGTAAACAAAAATATTTTCTTAAA--TCT-CTTATTAATTTTT-AAAATATTATTAAATTCA-
382 CA--TAAACAAATTTA-TTT-TTAAATTTTTACTTATTAATTTTTGAAAGTA--A-TAAATT-AG
* * * ** * **
13387707 TTTTATTTTATTTTG-AATAAGCTAGTATGAATTGAAA-TTTTGTTTTATGACAAAACAACATAT
439 TATTATTTTA-TTTGAAATAAGCTTGTATGAA-TAAAACAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAGGT
* * ** * **
13387770 CATAA-CATTTGAAAATAGATAATTGTTCATATAGTCAAAAATATTTGAAC-AGGTTCGTTAAAT
501 CATAATGATTTG-AAATAGATAATTGTTTA-ATAGTCATTACTATTTGAACTA-GTTCAATAAAT
* ** * * * *
13387833 AAATTTA-TTTTTAATTCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTATTATATTAGTATTATTTTAT
563 -AATTTATTTTTTAAATCTCTTACCT-TTAATTTTTAGAATATTAATAAATTATTATTATTTTAT
* * * * ** * * * * * **
13387897 TCCAAATAAGCTTTTATAAACAGAAATAATTGTTTTGAT-ACAAAACAAATGCTTATAACAATTT
626 T-TAAATAAGC-ATAATGAATTGAAAAAATTATTTT-ATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTT
* * * * * * * *
13387961 GCAGTATACAACTATCAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAAATAGTTCGATAAACAGATTT
688 GAAG--T---A-GAT-AATTATTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACA-AATT
* ** * * ** * *
13388026 ATTTTTCAAATCACTTACATATTAATTTTTGAAAGAAAAATAAATTAGTATTATTTCATTCTG-A
745 -TTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTATGAA
* * * * * * * * *
13388090 ATAAGCTTGAATG-ATCAAAAACATTTGTTATATAACCAAA-CAAAAGGTAAAAATAACTTGAAA
808 ATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGA-CAAACCAAATGGTTATAACAA-TT-AAA
* * *
13388153 --AGATAATTGCTAAAATGGCC
869 TCA-ATAATTGTTCAAATGGTC
* * * * * *
13388173 ACAATTATTTGAAA--TGATTCGGTAAACAGATTCACTTTTTAAA--T-C-ACTTATTAATTTTT
1 ATAACTATTT-AAACTTG-TTCGGTAAATAGATTAATTTTTTAAATCTCCTAATTATTAATTTTT
* * * ** *
13388232 GGAATATTAATAAATTTGTATTATTTTTATTTCAAATAAGCTTGTATAAACCGAAACAATTGTTT
64 GGAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTCAAATAACCTTGTATGAATTGAAACAATTTTTT
* ** * * ** * *
13388297 TATGACAAAACAAAAGTTCATAACAATTCGAAATAGATAATTGTTCATGTAGTCTTAACTGTTTG
128 TATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * * * * * * *** *
13388362 AACT-G-TTCAGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTATTA
193 AACTAGTTTGA-TAAACATATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATA
* * * * * *
13388425 AATTAGTATTATTTT-ATTTCAAAT-AGCTTGTATAAACTA-AAACAATTATTTTATAATAGAAC
257 AATTAGTATTATTTTAATCT-AAATAAGCTTGTATGAAC-AGAAACTATTGTTTTATAACAAAAC
* ** * * * * *
13388487 AAAAGGT--T-ACAA--TGATTTTAAAT-A--GGTAATTATTCA-AA-TA--GGAACTG-CTTCG
320 AAAAAGTCATAACAATTTGA-AATAAATAATTGCTAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTGTTC-
* * * * * *
13388539 GTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACATATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
383 ATAAACAAATTTA-TTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTG-AA-AGTAATAAATTAGTATTA
* * * * * *
13388604 TTTTATTCT-AAATAGGCTTGTAAGATGAA-AAAA-AATTATTTTATGGCAAAACAAATGTTTAT
444 TTTTATT-TGAAATAAGCTTGT---ATGAATAAAACAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAGGTCAT
* * * * * * *** *
13388666 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATAGGCATAATTAATTGAA-TTGATTTGGTAAACAGAT
504 AATGATTTGAAATAGATAATTGTT-TAATAGTCATTACTATTTGAACTAG-TTCAATAAATA-AT
* * * *
13388730 TCACTTTTTAAATCAT-TTACTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAA-TATTTTTATTTTATTT
566 TTATTTTTTAAATC-TCTTACCT-TTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTATTATTATTTTATTT
* * * * * ** ** *
13388792 CAAATAAGCTTTTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAACATCATAACAATTTTAA
628 -AAATAAGC-ATAATGAATTGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA
* * * * * * * ** *
13388857 ATATG-CAATTGTTCAAATAGT-TGTAGCTATTTCAATTTGTTC-AAAAACAAATTTATTTTTTT
691 GTA-GATAATTATTCAAATAGTCT-TAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACAAA--T-TTTTTTA
* * * * * * *
13388919 AAATCTCTTGCTTTTTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTG-GATAACGG
751 AAATCTTTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTATGAAATAA-GC
** * * **
13388983 TT-TATGAACT-GAAACAATTG-TTTATGACAAAATGAAAT-GTCATAACGATTTGAAATGGATA
814 TTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGAC-AAACCAAATGGTTATAAC-AATT-AAATCAATA
* * *
13389044 ATAGTTCAAATCGAC
875 ATTGTTCAAATGGTC
* * * * * *
13389059 ATGACTATTTGAACATATTCAGTGAACA-AAATT-ATTTTTTAAATCTCC-AACTTATTAATTTT
1 ATAACTATTTAAACTTGTTCGGT-AA-ATAGATTAATTTTTTAAATCTCCTAA-TTATTAATTTT
* * * * *
13389121 TAGAATATTAATAAAATTGGTATTATTTTATTTTAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTT
63 TGGAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAACCTTGTATGAATTGAAACAATT-TT
* * * * *
13389186 TTT-T-ACCAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATA-AGTATTTGTTTAATTAGTCATAACTAT
126 TTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGA-TAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
* * * * * ** * *** * * *
13389248 TTGAACTTGCTCGGTAAACAAATTTATTTTTTTAATC-TTTACTTATTAATTTTTGGATTTTTCA
190 TTGAACTAGTTTGATAAACATATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAA
* * * * *
13389312 TAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTTTATAAACAGAAA-TAATTGGTTTATGACAAAA
255 TAAATTAGTATTATTTTAATCTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACT-ATTGTTTTATAACAAAA
* * * *
13389376 CAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATT-TTCAAATAGTCATAACTTTTTGAA-TGTGTTC
319 CAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGCT-AAATAGTCATAACTATTTGAACTGTGTTC
* * * * *
13389439 AGAAAATAAATTTATTTTTAAAATTTTTACTTCTTAATTTTTG-GAGTATTAGTAAATTTA-AAT
383 A-TAAACAAATTTATTTTT-AAATTTTTACTTATTAATTTTTGAAAGTA--A-TAAA-TTAGTAT
* * * *
13389502 TATTTTATTTGAAACAAGCTTGCATGAACAAAACCAATTGTTTTATGACAAA-AAAAGGGTTATA
442 TATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAAAA-CAATTGTTTTATGACAAACAAAA-GGTCATA
* * * * ** *
13389566 ATGTTTTGAAAAAGATAATTGTTTAGATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTC
505 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTTA-ATAGTCATTACTATTTGAACTAGTTCAATAAATA-ATT-
* * * * * **
13389631 T-TTTCCTT-ATTCTCTTTCTCATTAATTTTT-GTAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-CGA
567 TATTT-TTTAAATCTCTTAC-CTTTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTATTATTATTTTATTTA
* * * * * * * **
13389692 CAAAAAGCTTATATGAACT-AAAACAATTGTTTTATTACTAAACAAAAGGTTATGCTGATTTGAA
629 -AATAAGCATA-ATGAATTGAAAA-AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA
* * * * * *
13389756 ATAGATAATTATTTAAATA--CTTATGACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATATATTTATTTTTTA
691 GTAGATAATTATTCAAATAGTCTTA--ACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACA-AATT-TTTTTAA
* * * ** * ** *
13389819 ATTCTTCTACTTATTAATTGTCAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA--ATCCCAATAAACTT
752 AATCTTTTACTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTAT-GAAATAAGCTT
* * * * ** * * * *
13389882 GTATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAAGTCAGAACAATTTGGAATAAATAATT
816 GTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC-AAACCAAATGGTTATAACAA-TT-AAATCAATAATT
13389947 GCTT-AAA-GAGTC
878 G-TTCAAATG-GTC
* * * * ** *
13389959 ATAA-TGATTTAAACATATTCAGTAAATAGTTGAAATAATTGTTTTTTGGCAAAAGGTCATAACG
1 ATAACT-ATTTAAACTTGTTCGGTAAATA---G-ATTAA---TTTTTT----AAATCTCCT-A--
** ** * * * *
13390023 ATT-TTAAAAACATAATTGCTCATA-TAATCTTAACT-GT-TTGA-ATTACTTTGGCAAAT-A-G
51 ATTATT----A-ATTTTTG-GAATATTAA--TAAATTAGTATT-ATTTTA-TTT--CAAATAACC
* * * *** * ** * * *
13390081 TTTTATTTAATTCAAAGTTTTATTAAATTAGTATGATTTTAATCCAAATA-AGCTTACATGAATT
104 TTGTA-TGAATTGAAACAATT-TT---TT--TATGA---CAAAACAAA-AGATCATA-ATGATTT
* * * * * * ** *
13390145 GAAA-AAATTATATTATAATAGAACAAAGGGCTATAACGATTTGAAATAGATAATTTTTAAATAG
157 GAAATAGA-TA-ATTAT--T-CAA-ATA-GTC-ATAACTATTTGAACTAG-T--TTGAT-AA-AC
* * * * * * * **
13390209 AAATTGATTCAATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTAATTTTTGAAATATTAATAAATT
209 ATATTTATT---T--TTA-A--AATCTTTT--A---CTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATT
* * ** * * ** * *
13390274 AGTATTATTTTATTCTTAATAATTTTGTATGAATAGAAA-TAATTATTTTACGATAAAACAAAAT
261 AGTATTATTTTAATCTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACT-ATTGTTTTATAACAAAACAAAAA
* * ** ** * * * * * * * *
13390338 GCCATAACGATTTGAAATAGCTAACAGTTCGAATAGACTTGACTATTTGCACT-TGTTTAGTGAA
325 GTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGCT-AAATAGTCATAACTATTTGAACTGTGTTCA-TAAA
* * * * *
13390402 CAGA-TTATTTTTAAATTTTCAACTTATTATTTTTTAGAATA-TCAATCAATTAGTATTACTTTA
388 CAAATTTATTTTTAAATTTT-TACTTATTAATTTTT-GAA-AGT-AATAAATTAGTATTATTTTA
* * * *
13390465 TTTCG-AATAAACTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAGACAAAAGATCATAACGATT
449 TTT-GAAATAAGCTTGTATGAATA-AAACAATTGTTTTATGACAA-ACAAAAGGTCATAATGATT
* * * * * *
13390529 TGAAATAAATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTAAACTCGCTCAGTAAATAGATTTATTTTT
511 TGAAATAGATAATTGTTT-AATAGTCATTACTATTTGAACTAGTTCAATAAATA-ATTTA-TTTT
* * * * * * *
13390594 TTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATTTTAATAAATTA-GAATATTTTATTCCAAATAAGC
573 TTAAATCTCTTACCT-TTAATTTTTAGAATATTAATAAATTATTATTATTTTATT-TAAATAAGC
* * ** * ** * *
13390658 TTTTATGAA-CAAAAACAATTACTTTATGACAAAACAAAAAATCATAATGATTTGAAATGGATAA
636 -ATAATGAATTGAAAA-AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAGTAGATAA
* * * *
13390722 TTATTTAAATAGT-TATAACTATTTGAA-T-G-T-GTTTAAAAGATAGATTTATTTTTTAAA--T
699 TTATTCAAATAGTCT-TAACTATTTGAACTAGTTCG-GT-AAACA-A-A-TT-TTTTTAAAATCT
* * * *
13390780 TTTAGTTATTAATTTTTGTAATATTAATCAATTTA-TATTATTTTATT-CGAAATAAGCTTGCAT
757 TTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTATGAAATAAGCTTGTAT
* * * * * * ***
13390843 GAACAGAACCAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGTTTTGAAAT-AGATAATTGCTT
820 GAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAACCAAATGGTTATAA-CAATT-AAATCA-ATAATTG-TT
* *
13390907 -AGATAGTC
881 CAAATGGTC
*** * * * * * * * *
13390915 ATAACTATTTGGGCTTGTTCGATAAACAGATTCATTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTAG
1 ATAACTATTTAAACTTGTTCGGTAAATAGATTAATTTTTTAAATCTCCTAATTATTAATTTTTGG
** * * * *
13390980 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGGTTATTTGAATTGAAACAGTTGTTTTAT
66 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAACCTTGTATGAATTGAAACAATTTTTTTAT
* * * * * * * *
13391045 TATAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGTTAATTATGT-AAATAATCATGAC-ATTTTAA
131 GACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTAT-TCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * ** * * *
13391108 CTTG-TTCAGTAAATGTATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAAATGTAAAAATATTAAT-AA
195 CTAGTTTGA-TAAACATATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAA
* * * * * * * * *
13391171 TTAATATTATTTTAATATGAATAA-CAATGTATGAATA-AAAATAATTTTTTTATGA-AAAGCAA
259 TTAGTATTATTTTAATCTAAATAAGC-TTGTATGAACAGAAACT-ATTGTTTTATAACAAAACAA
* * * *
13391233 AAAGTCATTACAATTTGAAATAGATAATTGCTCAAATAGTCAAAAC-ATATGAACT-TGTTCGAT
322 AAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGCT-AAATAGTCATAACTATTTGAACTGTGTTC-AT
* * *
13391296 AAACAGATTTATTTTTTAAACTTTTACTTATTAATTATCTT-AATATTAATAAATTTA-TATTAT
385 AAACAAATTTA-TTTTTAAATTTTTACTTATTAATT-T-TTGAA-AGTAATAAA-TTAGTATTAT
* * * * * * **
13391359 TTTATTCGAAATAAGCTTGTATGAACAAAAAAAATTATTTTATGTCAAACTAAAAGGTTATAGCG
445 TTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAA-TAAAACAATTGTTTTATGACAAAC-AAAAGGTCATAATG
* * * * * *** * * *
13391424 ATTTCAAATAGATAATTGTTTGAATAGTCATAATTATTTAAACTTGTTTGGTAAACAAATTCTTT
508 ATTTGAAATAGATAATTGTTT-AATAGTCATTACTATTTGAACTAGTTCAATAAATAATTTATTT
** * * * *
13391489 TTTCAAATCTCTTAATTATTAATTTTTTGAATATTAATAAGTTAATATTATTTTATTTTGAATAA
572 TTT-AAATCTCTTACCT-TTAATTTTTAGAATATTAATAAATTATTATTATTTTA-TTTAAATAA
* * * * * * * *
13391554 ACTTATATGAACTGAAACAAA-TCTTTTATGACAAAAGAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGAT
634 GCATA-ATGAATTGAAA-AAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAGTAGAT
** * * *
13391618 AATTATTCAAATAGTAATGACTATTTGATA-TAGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAAAT-TT
697 AATTATTCAAATAGTCTTAACTATTTGA-ACTAGTTCGGTAAACA-A-AT-TTTTTTAAAATCTT
*** * * *
13391681 TTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTAATATTTTAATCTG-AATAAGCTTGTATGA
758 TTACTTATTAATT-TTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTATGAAATAAGCTTGTATGA
* * *
13391745 ATAGAAACAAATGTTTTTATCATGGACAAAAAGTCAGAACGGTT-TAA-AA-TAAAT--A-AATT
822 ATAGAAAC-AAT-TGTTT-T-AT-GAC--AAA-CCA-AATGGTTATAACAATTAAATCAATAATT
*
13391804 -TTCAAATAGTC
878 GTTCAAATGGTC
* * * *
13391815 ATAACTATTTGAA-TTGGTTTGATAAATAGATTGATTTTTTAAA--T-CT-ATTATTAATTTTTG
1 ATAACTATTTAAACTT-GTTCGGTAAATAGATTAATTTTTTAAATCTCCTAATTATTAATTTTTG
* * * * * ** *
13391875 AAATATTAATAGATTAGTATTACTTTATTCTGAACA-AA-CTTATAT--ATACAAAAACATTTGT
65 GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAA-ATAACCTTGTATGAATTGAAACA-ATTT-T
* * *
13391936 TTTATGACAAAACAAAA-AGTCAT-A-G-GTT----TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTAT
126 TTTATGACAAAACAAAAGA-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
* * * * * **
13391993 TTG-ATTGGTTAGTTAAACAAAAATATTT-TTTTT-AAATCTCTTAC-TA--AATT-TTGAAATA
190 TTGAACTAGTTTGATAAAC----ATATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATA
* * * * * * ** *
13392051 TTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTTTGACTAAGCTAGTATGAATTGAAA-AATT-TTTTATAAC
251 TTAATAAATT-AGTATTATTTTAATCTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACTATTGTTTTATAAC
* ** * * * * * * *
13392113 AAAACAAAAGGTCATAACGTTTTGAAATCAATAATTGTTCATATTGTCTTAAATATTTGAACT-A
315 AAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGCT-AAATAGTCATAACTATTTGAACTGT
* * * * * *
13392177 GTTCATCAAACAAAGTTATTTTT-AATTCTCTCAGTTATTAATTTTTTGAATATTATTAGA-TAG
379 GTTCAT-AAACAAATTTATTTTTAAATT-T-TTACTTATTAA-TTTTTGAA-AGTAATAAATTA-
* * * * * *
13392240 GTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTGTGACAGAATAGAAGGT
438 GTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATA-AAACAATTGTTTTATGACA-AACAAAAGGT
* ** * * * * * * * *
13392305 TATAACAATTT-AAAGTATACAATT-TTTCAAATAGTCATAATTATTTGAATTGGTTCGATAAAC
501 CATAATGATTTGAAA-TAGATAATTGTTT--AATAGTCATTACTATTTGAACTAGTTCAATAAAT
* * *
13392368 ATATTTA-TTTTTAAATCGT-TTACCTATT-ATTTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTT
563 A-ATTTATTTTTTAAATC-TCTTACCT-TTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTATTATTATTTT
* * * * * * *
13392430 ATTTTGAATAAGCTTGAATG-A-TCAAAAACATT-TGTTATATGGCCAAACAAAAGGTAATAA-C
624 A-TTTAAATAAGCAT-AATGAATTGAAAAA-ATTAT-TT-TATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * * * * * * * ** *
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* * * * * *
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* ** * * ** * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * **
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* * * * * * *
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* * * * * * * *
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** * *
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* * ** * * * * * *
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1 ATAACTATTTA-AACTT-GTTCGGTAAATAGATTAATTTTTTAAATCTCCTAATTATTAATTTTT
* * ** *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * * * *
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* * * *
13393958 AACTATTTAAACT-TGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTTAAATCTCTTT-CTTATTAATTTTTT
364 AACTATTTGAACTGTGTTC-ATAAACAAATTTA--TTTTTAAAT-T-TTTACTTATTAA-TTTTT
* ** ** * * *
13394021 GAAGGTTAATAAATTAGTATTAGCTTATTCCAAATAAGCTTGTATACAATGAAACAATTGCTTTA
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* * ** * * * ** *
13394086 TGACTAAACAAAAGGTTAAAACAATTTGAAATAGATAACTATTCTAATAGT-ATTAATCACATAA
486 TGAC-AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTT-TAATAGTCATTACT-ATTTGA
* ** * * * *
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** * * * *
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675 GTCATAATGATTTGAAGTAGATAATTATTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAAC
* * * ** * * *
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* ** ** * * * * * *
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801 TTATGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAC-AATTGTTTTATGACAAACCAAATG-GTTATAACAA
* * *
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864 -TT-AAATCA-ATAATTGTTCAAATGGTC
* * * * * * * * * *
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1 ATAACTA-TTTAAACTTGTTCGGTAAATAGATTAATTTTTTAAATCTCCTAATTATTAATTTT-T
* * * * * *
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64 GGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAACCTTGTATGAATTG-AAACAATTTTTT
* * * * * *
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128 TATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * * * * * * * * ** *
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* * * * * * **
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256 AAATTAGTATTATTTTAATCTAAATAAGCTTGTATGAA-C-AGAAACT-ATTGTTTTATAACAAA
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* * * * * * * *
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380 TTC-ATAAACAAATTTA-TTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGAA-AGTAATAAATTAGTA
* * * * * * *
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441 TTATTTTATTT-GAAATAAGCTTGTATGAATA-AAACAATTGTTTTATGACA-AACAAAAGGTCA
** * * * * ***
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503 TAATGATTTGAAATAGATAATTGTTT-AATAGTCATTACTATTTGAACTAGTTCAATAAATA-AT
* * * **
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566 TTATTTTTTAAATCTCTTACCTTTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTATTATTATTTTA-TTTA
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13395122 AATAAGCTTGTATG--TTGAAAAATAATTGTTTTACGATAAAACAAAAGGTAATAACGATTTGAA
629 AATAAGCAT-AATGAATTG-AAAA-AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA
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* * * * * *
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754 TCTTTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTATGAAATAAGCTTG
* * * *
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817 TATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAACCAAATGGTT-ATAACAA--TTAAATCA-ATAAT
* ** *
13395375 TATTCAAATAATA
877 TGTTCAAATGGTC
* * * * * * * ** *
13395388 ATAACTATTTGAACTTATTCAGTAAACATATTTATTTTTTCAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTT
1 ATAACTATTTAAACTTGTTCGGTAAATAGATTAATTTTTT-AAATCTCCTAATTATTAATTTTTG
* ** ** * * *
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65 GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAACCTTGTATGAATTGAAACAATTTTTTTA
* * * * ** * * *
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195 CTAG-TTTGATAAACATATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAA
* * ** * * * * * * *
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259 TTAGTATTATTTTAATCTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACTATTGTTTTATAACAAAACAAAA
*** ** * ** * * *
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324 AGTCATAACAATTTGAA-ATAAATAATTGCT-AAATAG-TCATAACTATTTGAACTGTGTTCA-T
* * ** * * * * *
13395772 AAACAGCA-TTAGTGTTTAAATCTTTGGCTTAATAATTTTTGAAATATTAATGAAGTAGTAGTAT
385 AAACA-AATTTA-TTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTG-AA-AGTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * *
13395836 TTTATTTCAAATAAGTTTTTACGAATTGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATG
445 TTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAA-TAAAACAATTGTTTTATGA-CAAACAAAAGGTCATAATG
* * * * * *
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508 ATTTGAAATAGATAATTGTT-TAATAGTCATTA-CTATTTGAACTAGTTCA-ATAAATA-ATTTA
* * * * * *
13395964 TTTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTCGAACACTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAA
569 -TTTTTTAAATCTCTTACCT-TTAATTTTTAGAATATTAATAAATTATTATTATTTTATTT-AAA
** * * * * * *
13396029 TAAGTTTGTATGAACTGAAATAATTGTTTTATGA-ATAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATA
631 TAAGCAT-AATGAATTGAAAAAATTATTTTATGACA-AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAGTA
* * * * **
13396093 GATAATTGTTCTAATGGTCTTAACTATTTG-A--A--T---TAAA-TAA-----GCAAAA-C---
694 GATAATTATTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACAAATTTTTTTAAAATCTTT
* * * *** * * * * *
13396140 -AC--ATTTATTTTT---TATTATTAAATTAGTACTATCCAAATCTG-AATAAGTTTATATGAAA
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* * ** * * * * * * * * *
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824 AGAAACAATTGTTTTATGACAAACCAAATGGTTATAA-CAATTAAATCA-ATAATTGTTCAAATG
13396261 GTC
887 GTC
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1 ATAACTATTTAAACTTG-TTCGGTAAATAGATTAATTTTTTAAATCTCCTAATTATTAATTTTTG
* * *** * *
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* * * * * *
13396372 TATGACAAAACAAAAGTTAATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGACATGACTATTT-
128 TATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * *** * * *
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193 AACTAGTTTGATAA-ACATATTTATTTTTAAAATCTTTTA-CTTATTAATTGTCAAAATATTAAT
* ** * * * * * * *
13396495 AAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAACATGTAAGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAAC-
256 AAATTAGTATTATTTTAATCTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACTATTGTTTTATAACAAAACA
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321 AAAAG-TCATAACAATTTGAAATAAATAATTGCT-AAATAGTCATAACTATTTGAAC-TG-TGTT
*** * * *
13396623 GGCAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATATATTAGTATT
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* * * *
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443 ATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAA-TAAAACAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAGGTCATAA
* * * * * * *
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506 TGATTTGAAATAGATAATTGTT-TAATAGTCATT-ACTATTTGAACT-AGTTCA-ATAAATA-AT
* * * * *
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566 TTATTTTTTAAATCTCTTACCT-TTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAT-TATTATTTTATTTA
* * ** * * * * *
13396878 GAATAAGCTTGTAT-ATACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCAAAATGATTTTAA
629 -AATAAGCAT-AATGA-ATTGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA
* * * ** * * * * *
13396942 ATAGATAATTGTCCAAATAGTAATAATTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTAATTTTTTAAA
691 GTAGATAATTATTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACAAATT--TTTTTAAAA
* * *
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754 TCTTTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTAT-GAAATAAG-CT-
* ** * * * *
13397070 T-T-TGAACTA-ATACAATTGTTTTAAAATGAAA-CAAAAGGTCATAACGATTTGAAAT-AGATA
815 TGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGA-CAAACCAAATGGTTATAAC-AATT-AAATCA-ATA
* * *
13397130 ATTATTCAAATAGTT
875 ATTGTTCAAATGGTC
* * * ** *
13397145 ATAACTATTTAGACTTGTTCGGTAAGCATA-CTT-ATTTTTAAAATCTTTTACTTATT-ATTTGT
1 ATAACTATTTAAACTTGTTCGGTAA--ATAGATTAATTTTTTAAATCTCCTAATTATTAATTT-T
*** * * * * * *** * *
13397207 CAAAATATTAATAACTTAATATTATTTTA-ATCTGAATAAACTTGTATGAACAAAAATAATTGTT
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* * * *
13397271 TTAT----AAA-AAAA-TTCATAATGATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
127 TTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT
* ***
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192 GAAC-TAGTTTGATAAACATATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAAT
* * * * * * *
13397378 AAATTTGTGTTATTTT-ATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGCAAA-AATTATTTTATGACAAAA
256 AAATTAGTATTATTTTAATCT-AAATAAGCTTGTATGAACAG-AAACTATTGTTTTATAACAAAA
* * * * * * * *
13397441 CAAAAGGTTATAGCGAA-TTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAAC-ATGTT
319 CAAAAAGTCATAAC-AATTTGAAATAAATAATTGCT-AAATAGTCATAACTATTTGAACTGTGTT
* * * * * * ** *
13397504 CAGTAAATAGATTCATTTTTTAATTCTCTTACTTACTAATTTTTGAAAAATTAATAAGCTAGAAT
382 CA-TAAACAAATTTATTTTTAAATT-T-TTACTTATTAATTTTTG--AAAGTAATAAATTAGTAT
* * *
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502 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTT-TAATAGTCATTACTATTTGAACTAGTTCA--ATAAATA
* * * * ** *
13397695 ATTCATTTTTTAAATTTGTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTT
564 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACCT-TTAATTTTTAGAATATTAATAAATTATTATTATTTTATTT
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13397760 CGAAT-AGGACTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAATGGTCATAACAATTTA
628 -AAATAAGCA-T-AATGAATTGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAA-GGTCATAATGATTTG
* * * * * * ** *
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* * ** * * * * * *
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751 AAATCTTTTACTTATTAATT-TTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTATGAAATAAGCT
* * * * * **
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* *
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* * * * * * * * *
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1 ATAACTATTTAAACTTGTTCGGTAAAT-AGATTAATTTTTTAAATCTCCTAATTATTAATTTTTG
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13398091 AAATATTAACAAATTTTTTTTATTATA-TTCTGAATAAGCTACTAAGAACTGAAAAAATTGTTTT
65 GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAACCTTGTATGAATTGAAACAATTTTTTT
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13398155 ACGACAAAATAAAAGGA-CACAATGATTTGAAATAAAGAA-TAGTTCATATAGTCTTAACTATTT
129 ATGACAAAACAAAA-GATCATAATGATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAATAGTCATAACTATTT
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13398346 AAAAGGTTATAACAATTTGACATATGTAATTGTTCAAATAGTTATAACCATTTGAACTG-GTTCA
320 AAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGCT-AAATAGTCATAACTATTTGAACTGTGTTCA
* * ** * * *
13398410 GTAAATAGATTTATTTTTAAATCTCCTACTTATTAACTTTTGAAATATTAATAAATTAGCATTAT
384 -TAAACAAATTTATTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTG-AA-AGTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * *
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* * * * *
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754 TCTT-TTACTTATTAA-TTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTA-TGAAATAAGCTT
* * * * *
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* * *
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876 TTGTTCAAATGGTC
* * * * * * * *
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* * * * * * *
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181 CA-TAACTATTTGAACTAGTTTGATAA-ACATATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAA--TT
* * **
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242 G-TCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA--ATCTAAATAAGCTTGT-ATGAACAGAAACTA
* * * * * * * * * * *
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303 TTGTTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGCTAAATAGTCATAACT
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* ** *
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* * * * * * *
13399370 ACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACAATTTGAACTCA-CT
492 ACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTT-TAATAGTCATTACTATTTGAACT-AGTT
** * * * *
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555 CAATAAA-TAATTTATTTTTTAAATCTCTTACCT-TTAATTTTTAGAATATTAATAAATTATTAT
* * ** ** * ** * *
13399494 TATTTTATTCTGAATAAGCTTGTTTGAAAAGAAACAATTGGTTTATAACAAAACAAATGGTCATA
618 TATTTTATT-TAAATAAGCAT-AATGAATTGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * * ** * *
13399559 ATGATTTAAAATAGATAATTGTTCGAATAGTCATAACTATTTGAACGTA-TTTAGAAAATAGATA
681 ATGATTTGAAGTAGATAATTATTCAAATAGTCTTAACTATTTGAAC-TAGTTCGGTAAACA-A-A
** * *
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743 -TTTTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATT-A
* * * ** ** ***
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804 TGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAC-AATTGTTTTATGACAAACCAAATGGTTATAA-CAATT-
* *
13399747 AAATAAATAATTGTTCAAATAGTC
866 AAATCAATAATTGTTCAAATGGTC
* * * * * * *
13399771 ATAACTATTTAAACTTATTCAGTAAATAGATTCATTTTTTTAATTCTCTTACTCT-TTATTTTTT
1 ATAACTATTTAAACTTGTTCGGTAAATAGATT-AATTTTTTAAATCTCCTAAT-TATTAATTTTT
* * * * ** * * *
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* * * * * *
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129 ATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGA
** * * **
13399965 ACTTCTTCT-ATAAACATATTTATTTTAAAAAAT-TTTTACTTACTAATTGTTGAAATATTAATA
194 ACTAGTT-TGATAAACATATTTATTTT-TAAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATA
* * * * * * *
13400028 AATTAGTATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGCATGAA-TGAAAACAATTGTTTCATGACAAAATA
257 AATTAGTATTATTTTAATCTAAATAAGCTTGTATGAACAG-AAACTATTGTTTTATAACAAAA-C
* * *
13400092 AAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAAAAATTGTTCAAATAGTCATAA-TAATTTGAAAT-TGTT-
320 AAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGCT-AAATAGTCATAACT-ATTTGAACTGTGTTC
* * * * * *
13400154 AGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTCAATATTAATAAATTTGTAT
383 A--TAAACAAATTTA-TTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATT-TTTGAA-AGTAATAAATTAGTAT
** * ** * *
13400219 TATTTTA-TCCAAATAAGCTTGTATGAATAAAAAAATCATTTTATAACAAAACAAAAGGTTAT-A
442 TATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAAAACAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAGGTCATAA
* ** * * * * * *** * *
13400282 GGATTCCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTTGTTTGGTAAACATATTCA
506 TGATTTGAAATAGATAATTGTT-TAATAGTCATTACTATTTGAACTAGTTCAATAAATA-ATTTA
* * ** * * *
13400347 -TTTTTGAATCTCTAAATTATTAATTTTTGGAATATTAATAACA-TAGTATTATTTTATTTTGAA
569 TTTTTTAAATCTCTTACCT-TTAATTTTTAGAATATTAATAA-ATTATTATTATTTTA-TTTAAA
** * * * *
13400410 TAAGTTTATATGAACTGACATAATT-TTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAGTAG
631 TAAGCATA-ATGAATTGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAGTAG
* * * * * * *
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695 ATAATTATTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACA-AATT-TTTTTAAAATCTT
*** * * * * *
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758 TTACTTATTAATTTTTGAA-TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTATGAAATAAGCTTGTATGA
** * ** * * * * *
13400603 ATAGAAACTTTTGTTTTAT-AGCAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTTAA
822 ATAGAAACAATTGTTTTATGA-CAAACCAAATGGTTATAAC-AATT-AAATCAATAATTGTTCAA
*
13400667 ATAGTC
884 ATGGTC
* * * * * *
13400673 ATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAA-AGGATTTATTTTTTAAA--T-CT-ATTTTTAATTTTTG
1 ATAACTATTTAAACTTGTTCGGTAAATA-GATTAATTTTTTAAATCTCCTAATTATTAATTTTTG
* * * * * * * *
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* * * * *
13400795 TTATGACAAAACAAAAGTTTATAATGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAATTATTT
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* * * * * * * ** * * **
13400860 AAACTGGTTAGGTAAATAGAATTATTTTTTTAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATA
192 GAACTAGTTTGATAAACATATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATA
* * * * * ** * * *
13400925 AATTTA-TTTTATTTTATTCTAAATAAGCTAGTATCAATTA-AAAAAATTATTTTATGACAAGAC
257 AA-TTAGTATTATTTTAATCTAAATAAGCTTGTATGAA-CAGAAACTATTGTTTTATAACAAAAC
* * * ** ** * * * *
13400988 AAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGGTAATTATTAATATAATCTTAACT-TTCTAAACT-AGTTC
320 AAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGCTAA-ATAGTCATAACTATT-TGAACTGTGTTC
* * * * * *
13401051 GACAAACAAATTTATTTTTTAAATATGTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTATTAGATTAGTATT
383 -ATAAACAAATTTA-TTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTT-GAA-AGTAATAAATTAGTATT
* * * *
13401116 ACTTTATTTTG--ATAGGCTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAGAACAAAAGGTTATA
443 ATTTTA-TTTGAAATAAGCTTGTATGAATA-AAACAATTGTTTTATGACA-AACAAAAGGTCATA
* ** * * * * * * * * *
13401179 ACGATTTGAAGCATACAATTGTTCAAATAATCATAACTATTAGAATTGGTTCGATAAATAGATTT
505 ATGATTTGAAATAGATAATTGTT-TAATAGTCATTACTATTTGAACTAGTTCAATAAATA-ATTT
* * * ** *
13401244 ATTTTTGAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GAAAGATTAATAAATTGGTATTATTTTATTTTGA
568 ATTTTTTAAATCTCTTACCT-TTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTATTATTATTTTA-TTTAA
* * ** * * * * ** *
13401308 ATAAGCTTGTATG-ATCAAAAATAATTGTTATATGACCAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAAT
630 ATAAGCAT-AATGAATTGAAAA-AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAGT
* * * * * * * * *** *
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693 AGATAATTATTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACAAATT---TTTTTAAAAT
* * * *
13401436 C----ACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTTTG-AATAAGCTTATA
755 CTTTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTATGAAATAAGCTTGTA
* * ** * * * *
13401496 TGAACT-GGAACAATTGTTTTTATAACAAAATGAAA-GGTCATAATGATTTTAAAT-AGACAATT
819 TGAA-TAGAAACAATTG-TTTTATGAC-AAACCAAATGGTTATAA-CA-ATTAAATCA-ATAATT
* *
13401558 ATTCAAATAGTC
878 GTTCAAATGGTC
* * * * * * * * * * **
13401570 GTAACTATATGAATTTGCTCGATAAACAAATTTATTTGTTTAAA-CTCTTGCTTATTAATTTTTG
1 ATAACTATTTAAACTTGTTCGGTAAATAGATTAATTT-TTTAAATCTCCTAATTATTAATTTTTG
* * * * * *
13401634 AAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTAATTT---GTAAGCTT-TGATGAACTGAAACAATTGTTT
65 GAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTCAAATAACCTTGT-ATGAATTGAAACAATTTTTT
** * * ** * * * *
13401695 TATGTGAAAACAAATGGTCATAACAATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATTGTCATAACTATTTG
128 TATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * * * * * * * *
13401760 AATTTA-TTTGGTAAGCAGATTTATTTTTTCAAATCTTTTGCTTATTAATT-TTATGAATGTTAA
193 AA-CTAGTTTGATAAACATATTTA-TTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTGTCA-AAATATTAA
* * * * * * * * * * *
13401823 TAAATTTGAATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATAAGATA-TGAAACAAATATTTTACGAA-AAA
255 TAAATTAGTATTATTTTAATCTAAATAAGCTTGTATGA-ACAGAAACTATTGTTTTA-TAACAAA
* * * * * * ** * *
13401886 ATAAAAGGTTAAAACAATTTGAAA-AAGATAATTATTCT-AATAATTTTAACTATTTGGATTG-G
318 ACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAA-ATAA-T-TGCTAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTG
*** * * *
13401948 TTTGGCAAACACACTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAA-TATTATTAAATTAG
380 -TTCATAAACAAATTTA-TTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGAAAGTA--A-TAAATTAG
** * *
13402012 TATTATTTTTAACT-AAATAAGCTTCTATGATTAGAAACAATTGTTTTATGACAAA-ACAAAGGT
439 TATTA-TTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATA-AAACAATTGTTTTATGACAAACA-AAAGGT
** ** * * * * * * * ** *
13402075 TTTAACAATTTGAGATTGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTTTTTGAACTTGTTTGATAAACAA
501 CATAATGATTTGAAATAGATAATTGTT-TAATAGTCATTACTATTTGAACTAGTTCAATAAA-TA
* * * * *
13402140 ATCTATTGTTTAAAT-TCGTTACTTATTAATTTTT-GAAATATTAATCAATTAGTATTATTTTAT
564 ATTTATTTTTTAAATCTC-TTACCT-TTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTATTATTATTTTAT
* * ** * * *
13402203 TTCAAATAAGCTTGTATG-ATAAAAAATAATTGTTTTAGGACAAAACAAAATGTCATAATGATTT
626 TT-AAATAAGCAT-AATGAATTGAAAA-AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTT
* * * * * * * * * * **
13402267 GGAA-TAGATAGTCATTCAAATGGCCATAATTATTTTAACTAATTCAGTAAATAGGTTTATTTTT
688 -GAAGTAGATAATTATTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACA-AATT-TTTTT
* ** * ** **
13402331 TAAAT-TTCTTACTTATTAATTTAGGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTCATT-CCATCTAAG
750 AAAATCTT-TTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTATGAAATAAG
* * * * * * * *
13402394 CTTGTATTAACT-GCAACAATTATTTTATGACAAATCAAAAGGTTATAATGATTTTAAAT-AGAC
813 CTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAACCAAATGGTTATAA-CA-ATTAAATCA-AT
** *
13402457 AATTGTT-AAATAATA
874 AATTGTTCAAATGGTC
* * * * *
13402472 ATAACTATTTGAACATGTTCAGCAAACAGA-TATATTTTTTAAATCAATTTCCT-ATTA--AATT
1 ATAACTATTTAAACTTGTTCGGTAAATAGATTA-ATTTTTTAAATC----TCCTAATTATTAATT
* * * * * * * *
13402533 TTT-TATTGTTAATAAATTAGTATTAATTTA-TTCTAAATAAACTTGT-TCGAACTAAAATAATT
61 TTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAACCTTGTAT-GAATTGAAACAATT
* ** * * * * * * * *
13402595 GTTTTATGACTCAACAAAAGGTTAGAACGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGCCTTAACCA
124 TTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTA
* * ** * * * *
13402660 TTTAAACTAATTCAATAAACAAATTTATTATTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATT
189 TTTGAACTAGTTTGATAAACATATTTATT-TTTAAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATT
* * ** ** *
13402724 ATTAAATTAGCATTATTTTAAT-TAGAATAAGCTTGTACAAACA-AAAAAATTATTTTAATATA-
253 AATAAATTAGTATTATTTTAATCTA-AATAAGCTTGTATGAACAGAAACTATTGTTTT-ATA-AC
* *** * * * *
13402786 AAAGA-AAAAAGTCATAACATTTTGAAATAGGCAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAATTG
315 AAA-ACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGCT-AAATAGTCATAACTATTTGAACTG
*** ** * * ** * * *
13402850 -GTTGGGCAATTAGATTTATTTTTCAATTTTATTGGTTATTAA-CTTTCAAAATATTATTAAATT
378 TGTT-CATAAACAAATTTATTTTT-AAATTT-TTACTTATTAATTTTTGAAAGTA--A-TAAATT
** * * * * *
13402913 AGTATTATTTTATTCTG-AATAAAATAGTATTAATAGAACCAATTGTTTGATGACAAAATAAAAG
437 AGTATTATTTTATT-TGAAATAAGCTTGTATGAATA-AAACAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAG
* * * * ** * *** ***
13402977 GTTATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAAATAGTTTGGTAGGC
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* *
13403042 AGATTTACTTTTTAAATCTCTTA-CTGATTAATTTTCTA-AA-ATTAATAAATTAATATTATTTT
563 A-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACCT--TTAATTTT-TAGAATATTAATAAATTATTATTATTTT
* * * * * ** * * * *
13403104 -TTTGAACAAACTTATATTAA-CAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAATAATT
624 ATTTAAATAAGCATA-ATGAATTGAAAA-AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATT
* * * * *
13403167 TGAAATAGATAATTGTTCAAAAAGT-TATAATTATTTGAAC-----CGGTAAATAGAATTATTTT
687 TGAAGTAGATAATTATTCAAATAGTCT-TAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACA-AATT-TTTT
* * * * * * *
13403226 CT-AAATCTCTAACTTATAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATTTTATTCTATT-TCAAATAA
749 -TAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTATGAAATAA
* * * * * * * * * * *
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812 GCTTGTATGA-ATAGAAACAATTGTTTTATGACAAACCAAATGGTTATAACAA-TT-AAATCAAT
* * *
13403353 TATTGTTCATATAGTC
874 AATTGTTCAAATGGTC
* * * * * ** * * * ***
13403369 TTAACTGTTTGAACTGGTTTGACAAATGGATTCA--TTTTAAATCT--TAGTTATTAATTTTCAA
1 ATAACTATTTAAACTTGTTCGGTAAATAGATTAATTTTTTAAATCTCCTAATTATTAATTTTTGG
** * * * * *
13403430 AATATTACCAAATTTGTATTATTTTATTCCAAATCAGCTTG-AGTGAATAGAAACAA-TTTTTTA
66 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAACCTTGTA-TGAATTGAAACAATTTTTTTA
* * * * * * * *
13403493 TGATAGAACAAAAGAGTTATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTAA
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* * * *** * * * * **
13403558 ACT-GGTTCAGTGAATGGATTTATTTTTTAGA---TGT-CTTATTAATTCTTGAAATATTAATAA
194 ACTAGTTTGA-TAAACATATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAA
* * ** * * *
13403618 ATT-GTATTATTTTATTTTGAAA-AAGCTTGTATGTTGAA-A-AAAAAAAT-TTTTATAATAGAA
258 ATTAGTATTATTTTAATCT-AAATAAGCTTGTA---TGAACAGAAACTATTGTTTTATAACAAAA
* ** * *
13403678 CAAAAAATCATAATGATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAATTATTTGAATTAGT-TT
319 CAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGCT-AAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTGTT
* * * * * *
13403742 GACAAATAGATTTATTTTTTAAA---TCACTTATTAATTTTTGAAATGATGAA-AGATT-GTATT
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* *** ** * *
13403802 ACCTTTATTATTGATCCAAAATTATATGAATTAAAACATTTGTTTTATTGACAAACAAAAGGTTC
443 A-TTTTA-T-TTGAAATAAGCTTGTATGAA-TAAAACAATTGTTTTA-TGACAAACAAAAGG-TC
* * *
13403867 -TAA-GATTTGAAAATAGATAATTGTTTCAAATAGTCATAATTA-TTGAAACTA-TT-AGTAAAC
502 ATAATGATTTG-AAATAGATAATTGTTT--AATAGTCATTACTATTTG-AACTAGTTCAAT-AA-
* * **
13403927 ATTAAATTATTTTTTAAATCTGCTCAATTATTAA--TTT-GAATATT-ATAAATT-TT-TTATTT
561 A-TAATTTATTTTTTAAATCT-CTTACCT-TTAATTTTTAGAATATTAATAAATTATTATTATTT
* * * ** *
13403986 TATTCCAAATTAGCTTTAGATGAAATCAAAAAAAAACTTATTTTATGA-AAAAAAAAAGGTCATA
623 TATT-TAAATAAGC-ATA-ATG-AAT--TGAAAAAA-TTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * *
13404050 A-GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAGTTAGGTAAACATAATT
681 ATGATTTGAAGTAGATAATTATTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACA-AATT
* * * * * * **
13404114 ATTTTTTAAATCTCTCAATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTATTTTTATTTTATT-CCAA
745 -TTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTATGAA
* * * * * * * * * * *
13404178 ATTAGCTAGTATGAAATCAAAAAAAACTTATTTTATGAAAAAACAAAAGGTCATAAGATTTGAAA
808 ATAAGCTTGTATG-AAT-AGAAACAA-TTGTTTTATGACAAACCAAATGGTTATAACAATT-AAA
* * *
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869 TCA-ATAATTGTTCAAATGGTC
* * * * * * * * * * *
13404264 TTAAATATTTGAA-TTGGTTTGGCAAAGAAATTTATTTTTTAATTCTCTTAGTTATTAA-TTTTG
1 ATAACTATTTAAACTT-GTTCGGTAAATAGATTAATTTTTTAAATCTCCTAATTATTAATTTTTG
* * * * * * * ** * * *
13404327 AAATATTATTAGATTAGTGTTATTTTATTCCAAATAAACTTGTTTGAA-AAAAATAACTATTTTA
65 GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAACCTTGTATGAATTGAAACAATTTTTTTA
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13404391 TGATAGAACAAAAGGTTATAACAATTTCAAGTTTACAACTATTTAAATAGTC-TAAACTATTT-A
130 TGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT-AACTATTTGA
* * * * *
13404454 ACTAGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTCAAAGT-TTAATAA
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* * * ** * * * ** *
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* ** * *
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* * * *
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** * * *
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* * * * * * * * * *
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* *
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* * * ** *
13361204 TTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTAGAACATTATTGCATTAGTATTATTTTATTCCCAAT
184 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAAT
* * * * * *
13361269 AAGCTTGTATGAAGAGAATTAATTATTTTATGTCAAAACAAAAGGTTATAACAAGTTGAAATATA
249 AAGCTTGTATGAATAGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGA
*
13361334 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGACAAACA
314 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAACA
13361379 ATTT-TTTTTTAAATTTCCTACTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
1 ATTTATTTTTTAAATTT-CTACTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-
* * *
13361443 TGAATAGGCTTGTATGATGAAAAATAATTTTTTTATGACAAAATAAAAGTTCATAACGATTTGAA
64 TGAATAAGCTTGTATGATGAAAAATAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAA
* * * * * * *
13361508 ATAGATAATTATTTAAATGGCCATAATTATTTGAACTGATTCGATAAATTGATTTATGTTTTAAA
129 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTG-TTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAA
* * * * * * **** *
13361573 TCTCTAACTTATCAATTTTTATAACATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTA
193 TCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTA
* * * * * *
13361638 TGAACTA-AAATAATTGTTTTATGACAAAATATAAGGTCATAACGATTTTAAATAGATAATTATT
258 TGAA-TAGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT
* * ** *
13361702 TAAATAGT-A-AACAATATTTGAACTTGTTCAACAAACA
322 CAAATAGTCATAAC--TATTTGAACTAGTTTGATAAACA
* * *
13361739 GATTT-TTTTTCT-AATTTCTTACTTATTAATTTTCTCAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTAT
1 -ATTTATTTTT-TAAATTTC-TACTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* ** * * *
13361802 TTCGAATAAGCATGTATGAGTTG--AAGCAATTATTTTATGACTAAAA-AAAGGGTCAAAACGAT
63 TT-GAATAAGCTTGTATGA--TGAAAAATAATTTTTTTATGAC-AAAACAAAAGGTCATAACGAT
* * * * * *
13361864 TTAAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTAAACTGGTTCGGTAAACACG-TTTATTT
124 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTCGATAAATA-GATTTATTT
* * * ** * *
13361928 TTTAAA-CCCTTACTTATTAATGTTTAGAATATTATTACTTTAGTAATATTTTAATCCAAATAAG
187 TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAG
* ** * * * *
13361992 CTTGT-TGAACAGAAATAAACATTTTAGGACAAAAC-AAAGATCATAACAATTAGAGATAGATAA
252 CTTGTATGAATAGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAA
*
13362055 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTT-AGTAAAGA
317 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGA-TAAACA
* *
13362097 GATTTATTTTTTAAA--TCT-CTTATTAATTTTTGAAATAGTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
1 -ATTTATTTTTTAAATTTCTACTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
13362159 TGACTAATTT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (358 bp):
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AATAAGCTTGTATGATGAAAAATAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAAT
AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCT
CTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGA
ATAGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
TAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAACA
Found at i:13362295 original size:119 final size:116
Alignment explanation
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Period size: 119 Copynumber: 1.8 Consensus size: 116
13362088 TAGTAAAGAG
* * *
13362098 ATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATAGTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAC
1 ATTTATTTTTAAAATCTCTTATTAATTTTTGAAACAGTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAA
** *
13362163 TAATTTTGTATGAATAGAAACAATTGGTTTTGAAACATTAATTTTTAAATAA
66 TAAACTTGAATGAATAGAAACAATT-GTTTTGAAACATTAATTTTTAAATAA
* * * *
13362215 ATTTATTTTTAAAATTTTACTTATTAATTTTTGGAACATTAATAAAATTA-TATTGTTTTA-TTT
1 ATTTATTTTTAAAA-TCT-CTTATTAATTTTTGAAACAGTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTTT
*
13362278 GAAATAAACTTGAATGAATAGAATCAATTGTTTT
63 G-AATAAACTTGAATGAATAGAAACAATTGTTTT
13362312 ATGACAAAAT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TAAACTTGAATGAATAGAAACAATTGTTTTGAAACATTAATTTTTAAATAA
Found at i:13362531 original size:180 final size:179
Alignment explanation
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Period size: 180 Copynumber: 11.2 Consensus size: 179
13362205 TTTTAAATAA
* * * * *
13362215 ATTTATTTTTAAA-ATTTTACTTATTAATTTTTGGAACATTAATAAAATTA-TATTGTTTTATTT
1 ATTTTTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTT
* * *
13362278 -GAAATAAACTTGA-ATGAATAG-AATCAATTGTTTTATGACAAAATAAAATGGTC-TAATGTTT
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* *
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126 TGAAATAGATAATTATTAA-ATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAG
* * *
13362394 ATTTTTTTTTAATTCTTTTACTTTTTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC
1 ATTTTTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC
* * * * * * *
13362459 AAATAAGCTTACATGAATTGAAATAACTT-TTTAATTACAAAGCAAAAGGTTATAATGATTTGAA
66 GAATAAGCTTATATGAATAGAAATAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA
* * * * * * *
13362523 GTAGATAATTATTCAAATAATGATGACTATTTGAACTTGTTTGGTCATC--
130 ATAGATAATTATT-AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAG
* * * * *
13362572 A--TTTTTTCAAATCTTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCC
1 ATTTTTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC
* * ** * * *
13362635 AAATAAGATCGTACGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAAGTCATAA-GAATTTGA
66 GAATAAGCTTATATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAATG-ATTTGA
* * * * **
13362699 AATAAATAATTATTCAAATAATCATAA-TGATTTGAATTTATTCAATAAACAG
129 AATAGATAATTATT-AAATAGTCATAACT-ATTTGAACTTGTTCGGTAAACAG
* *
13362751 ATTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTT--AATATTAATAAATTTGTATTATTTTATT
1 ATTTTTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-T-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * * * * * *
13362814 T-GAAATAAGGTCATATG--TACAAATAA-AGTCATTATATCACAAACCCAAAGGTTATAGTGAT
64 TCG-AATAAGCTTATATGAATAGAAATAATTGT--TT-TATGACAAAACAAAAGGTCATAATGAT
** * * * * * * *
13362875 TCCAAATCA-ATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTAAACTTGTTTGGTAAATAG
125 TTGAAAT-AGATAATTATT-AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAG
** * * *
13362931 A--TTCATTT---TCTATTAATTATTAATTTTT-AGAATATTTATAACA-TAGTATTATTTTATT
1 ATTTTTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAA-ATTAGTATTATTTTATT
* * * *
13362989 TCGAATAA-CATTATAGGAATTGAAATAAATT-TTTAATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTT
64 TCGAATAAGC-TTATATGAATAGAAAT-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTT
* * * * * * * * *
13363052 GCAATAAATAATTATTCGAATAATCATGACTATTTGATCTGGTTAGGTAAACAT
127 GAAATAGATAATTATT-AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAG
* * * ** * * *
13363106 ATTTATTTTTTTAATTTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTAATC
1 ATTT-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * * * * * * * *
13363171 CAAATAGGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATAATAGAACAAAAAGTCATAACGATTTCAA
65 CGAATAAGCTTATATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA
* * * * * * * * *
13363236 ATAAATAATTGCTCAAGTAGTCATAACTATTTAAACTAGTTTGATAAATAG
130 ATAGATAATT-ATTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAG
* * * *
13363287 ATTTATTTTTTAAA-C---CAC---TTAATTTTTGAAATATTAATAGATTCGTATTACTTTATTT
1 ATTT-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
** * * * *
13363345 CGAATAAATTTATATGAATAAAAATATTTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAAT-ATTTTGA
65 CGAATAAGCTTATATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA-TTTGA
* * * * * *
13363409 AATATATAATTATTCAAATAGTCATAATTAATTGAACTGGTTAGGTAAATAG
129 AATAGATAATTATT-AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAG
* *
13363461 AATTATTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TTTTATTTTA-T
1 -ATTTTTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATT
* * * * *
13363520 TCTGAATAAGC-TAGTATGAATTGAGA-AATTCTTTTATGACAAGACAAAAGGTCATAACGATTT
64 TC-GAATAAGCTTA-TATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTT
* * * * * * * *
13363583 -AAATTAGATAATTGTTCATATAATCTTAACTATTTGGACTAGTTCGGCAAACAA
127 GAAA-TAGATAATTATT-AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAG
* * * * * * *
13363637 ATTTATTTTATAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTATTACATTAGTATTGTTTTATTT
1 ATTT-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * * *
13363702 CGAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACATAACAAAAGGTTATAATGATTTG-A
65 CGAATAAGCTTATATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA
** *
13363766 AT---T-GGT-TTAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGCTT-GGTAAACAG
130 ATAGATAATTATTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAACAG
* * * *
13363811 ATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTATTATTATTTTATTT
1 ATT-TTTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * * * * * *
13363876 TGAATTAGCTTGTATG-ATAAAAAAAAATTGTTATATGATC-AAACAAAAGGTGATAACGATTTG
65 CGAATAAGCTTATATGAAT-AGAAATAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
* * * ** ** * *
13363939 AAATTA-ATAATTGTTGAAAT-GACCATAA-TTTTTGAACTAATTTAGCAAATAG
128 AAA-TAGATAATTATT-AAATAG-TCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAG
** ** * * *
13363991 ATTCACTTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAACAAATTAGAATTATTTTATTT
1 ATT-TTTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * * * *
13364056 TGAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAA
65 CGAATAAGCTTATATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA
* * * * * *
13364121 ATAGACAATTGTTTAAATAGTCATAATTATCTGAATTTGTTCGGTAAACAA
130 ATAGATAATT-ATTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAG
**
13364172 ATTTATTTTTTTAAA-CTCCTACTTATTAATTTTT
1 A-TT-TTTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT
13364206 TAAAATTTTT
Statistics
Matches: 1413, Mismatches: 311, Indels: 174
0.74 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
173 5 0.00
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176 173 0.12
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183 2 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (179 bp):
ATTTTTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC
GAATAAGCTTATATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAA
TAGATAATTATTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAG
Found at i:13362897 original size:357 final size:352
Alignment explanation
Indices: 13362229--13364202 Score: 929
Period size: 356 Copynumber: 5.5 Consensus size: 352
13362219 ATTTTTAAAA
* * * * * *
13362229 TTTTACTTATTAATTTTTGGAACATTAATAAAATT-ATATTGTTTTATTTGAAATAAACTTGAAT
1 TTTTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAAT-AAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAA-TTGTAC
* * * * *
13362293 GAATAGAATCAATTGTTTTATGACAAAATAAAATGGTC-TAATG-TTTTGAAATAGATAATTATT
63 GAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGGTCATAA-GAATTTGAAATAAATAATTATT
* * * * * * *
13362356 -AAGATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTTTTTTTAATTCTTTTACTTTTT
127 CAA-ATAATCATAA-TATTTGAATTTGTTCAATAAACAGATTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT
* **
13362420 AATT-T-TTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTACATGAATTGAAAT
190 AATTGTCTT--AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTCACATG-ATACAAAT
** * * ** * ** *
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252 AACTCATTAATCACAAACCAAAAGGTTATAATGATTCCAAATAGATAATTATTCAAATAACCATA
* * ***
13362548 ACTATTTGAACTTGTTTGGTCATCATTTTTTCA-AATC
317 ACTATTTAAACTTGTTTGGT-A-AATAGATTCATAATC
* * *
13362585 TTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGATCGTACG
1 TTTTACTTATTAATT-TTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAA-ATTGTACG
*
13362650 AATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAAGTCATAAGAATTTGAAATAAATAATTATTCA
64 AATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGGTCATAAGAATTTGAAATAAATAATTATTCA
*
13362715 AATAATCATAATGATTTGAATTTATTCAATAAACAGATTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAAT
129 AATAATCATAAT-ATTTGAATTTGTTCAATAAACAGATTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAAT
* * * * *
13362780 TGTCTTAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTGAAATAAGGTCATATG-TACAAATAAAGTC
193 TGTCTTAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTCACATGATACAAAT-AACTC
* * * ** *
13362844 ATTATATCACAAACCCAAAGGTTATAGTGATTCCAAATCA-ATAATTGTTCAAATGGCCATAATT
257 ATTA-ATCACAAACCAAAAGGTTATAATGATTCCAAAT-AGATAATTATTCAAATAACCATAACT
**
13362908 ATTTAAACTTGTTTGGTAAATAGATTCATTTTC
320 ATTTAAACTTGTTTGGTAAATAGATTCATAATC
* * * * * * * *
13362941 TATTAATTATTAATTTTTAGAATATTTATAACA-TAGTATTATTTTATTTCGAATAACATTATAG
1 TTTTACTTATTAATTTTGA-AATATTAATAA-ATTAATATTATTTTATTTCAAATAA-ATTGTAC
* * * * *
13363005 GAATTGAAATAAATT-TTTAATGACAAAAC-AAAAGGTCATAATAATTTGCAATAAATAATTATT
63 GAATAGAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGGTCATAAGAATTTGAAATAAATAATTATT
* * * * * * *
13363068 CGAATAATCATGACTATTTG-ATCTGGTT-AGGTAAACATATTTATTTTTTTAATTTTTTACTTA
127 CAAATAATCAT-AATATTTGAAT-TTGTTCA-ATAAACAGA-TTATTTTTTAAATCTTTTACTTA
** * * * * *** * *
13363131 TTAATTGTCAAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTAATCCAAATAGGCTTGTATGAATAGAAAC
188 TTAATTGTCTTAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTCACATG-ATACAAAT
* ** * * * * * * * * ** * **
13363196 AATTGTTTTATAATAGAA-CAAAAAGTCATAACGATTTCAAATAAATAATTGCTCAAGTAGTCAT
252 AACTCATTAATCACA-AACCAAAAGGTTATAATGATTCCAAATAGATAATTATTCAAATAACCAT
* * *
13363260 AACTATTTAAACTAGTTTGATAAATAGATT--T-ATT
316 AACTATTTAAACTTGTTTGGTAAATAGATTCATAATC
* * ** * * *
13363294 TTTTAAAC-CACTTAATTTTTGAAATATTAATAGATTCGTATTACTTTATTTCGAATAAATTTAT
1 TTTT--ACTTA-TTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAA-TTGT
* * * * * * * *
13363358 ATGAATAAAAATATTTGTTTTATGACAAAACAAAAA-GTAATAATATTTTGAAATATATAATTAT
61 ACGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGGTCATAAGAATTTGAAATAAATAATTAT
* * * * * *
13363422 TCAAATAGTCATAATTAATTGAACTGGTT-AGGTAAATAGAATTATTTTTTAAATC---T-CTTA
126 TCAAATAATCATAA-TATTTGAATTTGTTCA-ATAAACAG-ATTATTTTTTAAATCTTTTACTTA
* * * *
13363482 TTAATT-T-TTGAAATATTAATAAATTTA-TTTTATTTTA-TTCTGAATAAGCT-AGTATGAATT
188 TTAATTGTCTT--AATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTCA-CATG-ATA
* * * * * * * * * * *
13363542 GAGA-AATTCTTTTATGACAAGA-CAAAAGGTCATAACGATT-TAAATTAGATAATTGTTCATAT
247 CAAATAACTCATTAATCACAA-ACCAAAAGGTTATAATGATTCCAAA-TAGATAATTATTCAAAT
* * ** * * * ** *
13363604 AATCTTAACTATTTGGACTAGTTCGGCAAACAAATTTATTTTATAAATC
310 AACCATAACTATTTAAACTTGTTTGG----TAAATAGA-TTCAT-AATC
* * * * * * * * * *
13363653 TCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTATTACATTAGTATTGTTTTATTTCGAATAAGCTTGTATG
1 TTTTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAA-ATTGTACG
* * * * * **
13363718 AACAAAAATAATTGTTTTATGACATAAC-AAAAGGTTATAATG-ATTTG-AAT---T-GGT-TT-
64 AATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGGTCATAA-GAATTTGAAATAAATAATTATTC
* * * ** *
13363774 AAATAGTCATAACTATTTGAACTAGCTT-GGTAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
128 AAATAATCATAA-TATTTGAATTTG-TTCAATAAACAGATT-ATTTTTTAAATCTTTTACTTATT
* * ** * *** * *
13363838 AATT-T-TTGAAAGATTAATAAATTATTATTATTTTATTTTGAATTAGCTTGTATGATAAAAAAA
190 AATTGTCTT--AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTCACATGATACAAATA
* ** * * * ** * * *
13363901 AATTGTTATATGATCAAA-CAAAAGGTGATAACGATTTGAAATTA-ATAATTGTTGAAATGACCA
253 ACTCATTA-ATCA-CAAACCAAAAGGTTATAATGATTCCAAA-TAGATAATTATTCAAATAACCA
* * ** * *
13363964 TAA-TTTTTGAACTAATTTAGCAAATAGATTCACTTTTTAAATC
315 TAACTATTTAAACTTGTTTGGTAAATAGATTCA-----T-AATC
** * * ** * *
13364007 ACTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAACAAATTAGA-ATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTAT
1 TTTTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTA-ATATTATTTTATTTCAAATAA-ATTGTAC
* * * * * *
13364071 GAATTGAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAATG-ATTTTAAATAGACAATTGTT
63 GAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGGTCATAA-GAATTTGAAATAAATAATTATT
* * * ** * **
13364134 TAAATAGTCATAATTATCTGAATTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTTAAA-CTCCTACTTAT
127 CAAATAATCATAA-TATTTGAATTTGTTCAATAAACAGA-TTA-TTTTTTAAATCTTTTACTTAT
13364198 TAATT
189 TAATT
13364203 TTTTAAAATT
Statistics
Matches: 1288, Mismatches: 246, Indels: 163
0.76 0.14 0.10
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ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (352 bp):
TTTTACTTATTAATTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAATTGTACGAA
TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGGTCATAAGAATTTGAAATAAATAATTATTCAAA
TAATCATAATATTTGAATTTGTTCAATAAACAGATTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGT
CTTAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTCACATGATACAAATAACTCATTA
ATCACAAACCAAAAGGTTATAATGATTCCAAATAGATAATTATTCAAATAACCATAACTATTTAA
ACTTGTTTGGTAAATAGATTCATAATC
Found at i:13363433 original size:174 final size:172
Alignment explanation
Indices: 13362237--13364882 Score: 813
Period size: 180 Copynumber: 15.0 Consensus size: 172
13362227 AATTTTACTT
* * * *
13362237 ATTAATTTTTGGAACATTAATAAAATTA-TATTGTTTTATTT-GAAATAAACTTGA-ATGAATAG
1 ATTAATTTTTGAAATATTAAT-AGATTAGTATTATTTTATTTCG-AATAAA-TT-ATATGAATAG
* * * *
13362299 -AATCAATTGTTTTATGACAAAATAAAATGGTC-TAATGTTTTGAAATAGATAATTATT-AAGAT
62 AAAT-AATTGTTTTATGACAAAACAAAA-AGTCATAAT-ATTTGAAATAAATAATTATTCAA-AT
* * * * * * *
13362361 AGTTATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTT-TTTTTTAATTCTTTTACTT
123 AGTCATAACTATTTAAACTGGTTAGGTAAATAGATTTATTTTTTAA-------ACTC
* * * * * * *
13362417 TTTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTACATGAATTGAAA
1 ATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTTCGAATAA-ATTATATGAATAGAAA
* * * * * * * * *
13362482 TAACTT-TTTAATTACAAAGCAAAAGGTTATAATGATTTGAAGTAGATAATTATTCAAATAATGA
65 TAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAAT-ATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCA
* * * * * * ** *
13362546 TGACTATTTGAACTTGTTTGGT-CAT-CATTT-TTTCAAATCTTTTACTT
128 TAACTATTTAAACTGGTTAGGTAAATAGATTTATTT----T-TTAAACTC
* * * * * * ** *
13362593 ATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGATCGTACGAATAGAAA
1 ATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTTCGAATAA-ATTATATGAATAGAAA
* * *
13362658 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAAGTCATAAGAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAATCA
65 TAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAAGTCATAA-TATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCA
* * ** * *
13362723 TAA-TGATTTGAATTTATTCA-ATAAACAGA-TTATTTTTTAAATCTTTTAC
128 TAACT-ATTTAAACTGGTT-AGGTAAATAGATTTATTTTTTAAA-C---T-C
* * * *
13362772 TTATTAATTGTCTT--AATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTT-GAAATAAGGTCATATG--T
1 --ATTAATT-T-TTGAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTTCG-AATAA-ATTATATGAAT
* * * * * * * * ** * *
13362832 ACAAATAA-AGTCATTATATCACAAACCCAAAGGTTATAGTGATTCCAAATCAATAATTGTTCAA
60 AGAAATAATTGT--TT-TATGACAAAACAAAAAGTCATAAT-ATTTGAAATAAATAATTATTCAA
* * * * * * * *
13362896 ATGGCCATAATTATTTAAACTTGTTTGGTAAATAGATTCATTTTCTATTAA-TT
121 ATAGTCATAACTATTTAAACTGGTTAGGTAAATAGATTTATTTT-T-TAAACTC
* * * *
13362949 ATTAATTTTT-AGAATATTTATA-ACATAGTATTATTTTATTTCGAATAACATTATAGGAATTGA
1 ATTAATTTTTGA-AATATTAATAGA-TTAGTATTATTTTATTTCGAATAA-ATTATATGAATAGA
* * * * *
13363012 AATAAATT-TTTAATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGCAATAAATAATTATTCGAATAAT
63 AAT-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAAT-ATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGT
* * * * * *
13363076 CATGACTATTTGATCTGGTTAGGTAAACATATTTATTTTTTTAATTTTTTACTT
126 CATAACTATTTAAACTGGTTAGGTAAATAGATTTA-TTTTTTAA------ACTC
* ** * * * ** *
13363130 ATTAATTGTCAAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTAATCCAAATAGGCTTGTATGAATAGAAA
1 ATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTTCGAATA-AATTATATGAATAGAAA
* * * * * * ** *
13363195 CAATTGTTTTATAATAGAACAAAAAGTCATAACGATTTCAAATAAATAATTGCTCAAGTAGTCAT
65 TAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAA-TATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCAT
* * *
13363260 AACTATTTAAACTAGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAAC-C
129 AACTATTTAAACTGGTTAGGTAAATAGATTTATTTTTTAAACTC
* * *
13363303 ACTTAATTTTTGAAATATTAATAGATTCGTATTACTTTATTTCGAATAAATTTATATGAATAAAA
1 A-TTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAA-TTATATGAATAGAA
* * *
13363368 ATATTTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAATATTTTGAAATATATAATTATTCAAATAGTCA
64 ATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATA-TTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCA
* * * *
13363433 TAATTAATTGAACTGGTTAGGTAAATAGAATTATTTTTTAAATCTC
128 TAACTATTTAAACTGGTTAGGTAAATAGATTTATTTTTTAAA-CTC
* * ** *
13363479 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TTTTATTTTA-TTCTGAATAAGCTAGTATGAATT
1 --ATTAATTTTTGAAATATTAATAGA-TTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAATTA-TATGAATA
* * * * * * * *
13363542 GAGA-AATTCTTTTATGACAAGACAAAAGGTCATAACGATTT-AAATTAGATAATTGTTCATATA
61 GAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAA-TATTTGAAA-TAAATAATTATTCAAATA
* * ** * * * * * *
13363605 ATCTTAACTATTTGGACTAGTTCGGCAAACAAATTTATTTTATAAATCTC
124 GTCATAACTATTTAAACTGGTTAGGTAAATAGATTTATTTTTTAAA-CTC
* * * * * *
13363655 TTAGTTATTAATTTTTGGAATATTATTACATTAGTATTGTTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA
1 ------ATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTTCGAATAA-ATTATATGAA
* * * * * **
13363720 CAAAAATAATTGTTTTATGACATAACAAAAGGTTATAATGATTTG-AAT---T-GGT-TT-AAAT
59 TAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAAT-ATTTGAAATAAATAATTATTCAAAT
* * * *
13363778 AGTCATAACTATTTGAACTAGCTT-GGTAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTAC
123 AGTCATAACTATTTAAACT-GGTTAGGTAAATAGATTTATTTTTTAAA---C-T-C
* * * * ** * *
13363833 TTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTATTATTATTTTATTTTGAATTAGCTTGTATG-ATAAA
1 --ATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTTCGAA-TAAATTATATGAAT-AG
* * * * * * * *
13363897 AAAAAATTGTTATATGATC-AAACAAAAGGTGATAACGATTTGAAATTAATAATTGTTGAAAT-G
62 AAATAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAAGTCATAA-TATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAG
* * * ** * * *
13363960 ACCATAA-TTTTTGAACTAATTTA-GCAAATAGATTCACTTTTTAAATCACTTAC
125 -TCATAACTATTTAAACT-GGTTAGGTAAATAGATTTA-TTTTTTAA--AC-T-C
* * * * * * * *
13364013 TTATTAATTTTTGGAATATTAACAAATTAGAATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTGA
1 --ATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTTCGAATAA-ATTATATGAATAGA
* * * * * * * *
13364078 AACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGACAATTGTTTAAATAGTC
63 AATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAAT-ATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTC
* * * * * * * *
13364143 ATAATTATCTGAATTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTTAAACTC
127 ATAACTATTTAAACTGGTTAGGTAAATAGATTTA-TTTTTTAAACTC
* * * * * * *
13364190 -CTACTTATT--AAT-TT--T---TTA--A--A-ATT-TTT-G-ATAAGCTTTTATGAATTGAAA
1 ATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTTCGAATAA-ATTATATGAATAGAAA
* * * * * * * *
13364238 CAATTGTTTTATGTCATAATAAAAGGTCATAACATTTCATATAAATAATTATTCAAATAGTCATA
65 TAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATA
* * * *
13364303 ACTATTTAAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTCAAATCTTTTGC
130 ACTATTTAAACTGGTTAGGTAAATAGATTTATTTTTT-AAA-C---T-C
** * * * * * * * *
13364352 TTATTAATTTTCCAAATGTTTATAAATTTGGATTATTTTA-TTCTGAATAAGTTTGTAGGACAT-
1 --ATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAA-ATTATATGA-ATA
* * * * * * *
13364415 G-AATCATATATTTTATAACCAAACAAAAAGGT-TTGACCA-ATTTGAAATAGATAATTATTCTA
61 GAAATAAT-TGTTTTATGACAAAACAAAAA-GTCAT-A--ATATTTGAAATAAATAATTATTCAA
* ** * * * * * *
13364477 ATTGTTTTAACTATTTGAACTGGTTAAGCAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTT
121 ATAGTCATAACTATTTAAACTGGTTAGGTAAATAGATTTATTTTTTAAA-C--TC
* * * * ** * * *
13364532 ATTAATTTTT-AGAATATTATTAAATTAATATTATTTT-TAATCGAATAGGCTTCTACGATTAGA
1 ATTAATTTTTGA-AATATTAATAGATTAGTATTATTTTAT-TTCGAATA-AATTATATGAATAGA
* * * ** * *** **
13364595 AACAATTATTTTATGACAAAACAAAGA-TTTTAATGATTTGAGATTGTTAATTGCTCAAATAGTC
63 AATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAAT-ATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTC
* * * * * * *
13364659 ATAATTATTTGAACTAGTTTGGTAAACAGATTTATTGTTTAAATTTGTTACC
127 ATAACTATTTAAACTGGTTAGGTAAATAGATTTATTTTTTAAA----CT--C
* * * * *
13364711 TATTAATTTTTGAAATATTAATCA-ATTTGTATTATTTTATTTCTAATAAGCTTGTATG-ATAAA
1 -ATTAATTTTTGAAATATTAAT-AGATTAGTATTATTTTATTTCGAATAA-ATTATATGAAT-AG
* * * * * * *
13364774 AAAAAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATCATTCAAATGGC
62 AAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAAT-ATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGT
* * ** * *
13364839 CATAATTATTTTAACTAATTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAA
126 CATAACTATTTAAACTGGTTAGGTAAATAGATTTATTTTTTAAA
13364883 TTTCTTACTT
Statistics
Matches: 1876, Mismatches: 426, Indels: 327
0.71 0.16 0.12
Matches are distributed among these distances:
156 6 0.00
157 55 0.03
158 49 0.03
159 1 0.00
160 3 0.00
161 3 0.00
162 2 0.00
164 1 0.00
165 5 0.00
166 3 0.00
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170 1 0.00
171 2 0.00
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174 274 0.15
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184 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (172 bp):
ATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAATTATATGAATAGAAAT
AATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAA
CTATTTAAACTGGTTAGGTAAATAGATTTATTTTTTAAACTC
Found at i:13363690 original size:531 final size:527
Alignment explanation
Indices: 13362411--13364211 Score: 1291
Period size: 531 Copynumber: 3.4 Consensus size: 527
13362401 TTTAATTCTT
* * * * * *
13362411 TTACTTTTTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAAATAAGCTTA-CATG
1 TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAACAAATTAGAATTATTTTATTCT-GAATAAGC-TAGTATG
* * * * * *
13362474 AATTGAAATAACTTTTTAATTACAAAGCAAAAGGTTATAATGATTTGAAGTAGATAATTATTCAA
64 AATTGAAA-AA-TTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTT-AAATAGATAATTGTTC-A
* * * * * * *
13362539 ATAATGATGACTATTTGAACTTGTTTGGT---C--A-TCATTTTTTCAAATCTTTTACTTATTAA
125 ATAATCATAACTATTTGGACTAGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAA
* * * * * * * * *
13362598 TTGTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGATCGTACGAATAGAAACAATT
189 TTTTTAAAATATTAATACATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATT
* * *
13362663 GTTTTATGACAAAACAAAAAAGTCATAA-GAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAATCATAA-
254 GTTTTATAACAGAAC-AAAAAGTCATAACG-ATTT-AAAT---TAA-T-TT-AAATAGTCATAAC
** * *
13362726 TGATTTGAATTTA--TTCAATAAACAGATT-ATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTT--
310 T-ATTT-AAACTAGCTT-GATAAACAGATTCATTTTTTAAATC-TCTAC-T-TTAATT-T-TTGA
* * * ** * * * **
13362786 AATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTT-GAAATAAGGTCATATG-TACAAATAAAGTCATTAT
367 AAGATTAATAAATTAGTATTACTTTATTTCG-AATAAACTTATATGATA-AAAAAAAATTGTTAT
* * * * ** ** * * * *
13362849 ATCA-CAAACCCAAAGGTTATAGTGATTCCAAATCAATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTA
430 ATGATCAAA-CAAAAAGTAATAACGATTTGAAATTAATAATTATTCAAATGACCATAATTA-TTG
* * * *
13362913 AACT-TGTTTGGTAAATAGATTCA--TTTT--CTA-
493 AACTAAG-TTAGCAAATAGATTCACTTTTTAAATAC
* * * *
13362943 TTAATTATTAATTTTT-AGAATATTTATAACA-TAGTATTATTTTATT-TCGAATAA-CATTA-T
1 TTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAACAA-ATTAGAATTATTTTATTCT-GAATAAGC--TAGT
* * * * * *
13363003 AGGAATTGAAATAAATTTTTAATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGCAATAAATAATTATT
61 ATGAATTG-AA-AAATTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTT-AAATAGATAATTGTT
* * * * * * *
13363068 CGAATAATCATGACTATTT-GATCTGGTTAGGTAAACATATTTATTTTTTTAATTTTTTACTTAT
123 C-AATAATCATAACTATTTGGA-CTAGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
* * * * * *
13363132 TAATTGTCAAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTAATCCAAATAGGCTTGTATGAATAGAAACA
186 TAATTTTTAAAATATTAATACATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACA
* *
13363197 ATTGTTTTATAATAGAACAAAAAGTCATAACGATTTCAAATAAATAATTGCTCAAGTAGTCATAA
251 ATTGTTTTATAACAGAACAAAAAGTCATAACGATTT-AAAT---TAATT--T-AAATAGTCATAA
* * * *
13363262 CTATTTAAACTAGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAA-C-C-AC-TTAATTTTTGAAATATTA
309 CTATTTAAACTAGCTTGATAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTACTTTAATTTTTGAAAGATTA
* * * * * *
13363323 ATAGATTCGTATTACTTTATTTCGAATAAATTTATATGA-ATAAAAATATTTGTTTTATGA-CAA
374 ATAAATTAGTATTACTTTATTTCGAATAAACTTATATGATA-AAAAAAAATTGTTATATGATC-A
* *
13363386 AACAAAAAGTAATAA-TATTTTGAAA-TATATAATTATTCAAAT-AGTCATAATTAATTGAACT-
437 AACAAAAAGTAATAACGA-TTTGAAATTA-ATAATTATTCAAATGA-CCATAATT-ATTGAACTA
* * *
13363447 GGTTAGGTAAATAGAATT-ATTTTTTAAAT-C
498 AGTTA-GCAAATAG-ATTCACTTTTTAAATAC
* **
13363477 -T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TTTTATTTTATTCTGAATAAGCTAGTATGA
1 TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAACAAA-TTAGAATTATTTTATTCTGAATAAGCTAGTATGA
* * *
13363539 ATTGAGAAATTCTTTTATGACAAGACAAAAGGTCATAACGATTTAAATTAGATAATTGTTCATAT
65 ATTGAAAAATT-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAA-TAGATAATTGTTCA-AT
* * * *
13363604 AATCTTAACTATTTGGACTAGTTCGGCAAACAAATTTATTTTATAAATCTCTTAGTTATTAATTT
127 AATCATAACTATTTGGACTAGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
** * * * * * *
13363669 TTGGAATATTATTACATTAGTATTGTTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTT
192 TTAAAATATTAATACATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTT
* * * * * * ** *
13363734 TTATGACATAACAAAAGGTTATAATGATTTGAATTGGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG
257 TTATAACAGAACAAAAAGTCATAACGATTTAAATTAATTTAAATAGTCATAACTATTTAAACTAG
* *
13363799 CTTGGTAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTATT
322 CTTGATAAACAGATTCATTTTTTAAATCTC-TAC-T-TTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGT
* * * * * * *
13363864 ATTATTTTATTTTGAATTAGCTTGTATGATAAAAAAAAATTGTTATATGATCAAACAAAAGGTGA
384 ATTACTTTATTTCGAATAAACTTATATGATAAAAAAAAATTGTTATATGATCAAACAAAAAGTAA
* * * *
13363929 TAACGATTTGAAATTAATAATTGTTGAAATGACCATAATTTTTGAACTAATTTAGCAAATAGATT
449 TAACGATTTGAAATTAATAATTATTCAAATGACCATAATTATTGAACTAAGTTAGCAAATAGATT
13363994 CACTTTTTAAATCAC
514 CACTTTTTAAAT-AC
* * *
13364009 TTACTTATTAATTTTTGGAATATTAACAAATTAGAATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA
1 TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAACAAATTAGAATTATTTTATTCTGAATAAGCTAGTATGAA
* *
13364074 TTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGACAATTGTTTAAAT
66 TTGAAA-AATT-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA-TTTAAATAGATAATTG-TTCAAT
* * * * * * *
13364139 AGTCATAATTATCTGAATTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTTAAA-CTCCTACTTATTAATT
127 AATCATAACTATTTGGACTAGTTCGGTAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-T
13364203 TTTTAAAAT
190 TTTTAAAAT
13364212 TTTTGATAAG
Statistics
Matches: 1029, Mismatches: 171, Indels: 134
0.77 0.13 0.10
Matches are distributed among these distances:
524 45 0.04
525 2 0.00
526 1 0.00
527 3 0.00
528 4 0.00
529 8 0.01
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534 60 0.06
535 90 0.09
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537 100 0.10
538 8 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (527 bp):
TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAACAAATTAGAATTATTTTATTCTGAATAAGCTAGTATGAA
TTGAAAAATTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAATAGATAATTGTTCAATAATC
ATAACTATTTGGACTAGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAA
AATATTAATACATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTAT
AACAGAACAAAAAGTCATAACGATTTAAATTAATTTAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGCTTG
ATAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTACTTTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTACTT
TATTTCGAATAAACTTATATGATAAAAAAAAATTGTTATATGATCAAACAAAAAGTAATAACGAT
TTGAAATTAATAATTATTCAAATGACCATAATTATTGAACTAAGTTAGCAAATAGATTCACTTTT
TAAATAC
Found at i:13364069 original size:354 final size:351
Alignment explanation
Indices: 13362231--13364205 Score: 975
Period size: 357 Copynumber: 5.5 Consensus size: 351
13362221 TTTTAAAATT
* * * *
13362231 TTACTTATTAATTTTTGGAACATTAATAAAATTA-TATTGTTTTATTT-GAAATAAACTTGAATG
1 TTACTTATTAATTTTTGGAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTGTATG
* * * *
13362294 AAT-AGAATCAATTGTTTTATGACAAAATAAAATGGT-CTAATG-TTTTGAAATAGATAATTATT
64 AATAAAAAT-AATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GGTAATAATGATTTTGAAAT---T--GT-TT
* * * * * * * *
13362356 AAGATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTTTTTTTAATTCTTTTACTTTTTA
121 AA-ATAGTCATAATTATTTGAAC-TGTTAGGTAAACAGATTATTTTTTAA-AC-TCTACTTATTA
* * * * * * *
13362421 ATTTTTGGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATT-TCAAATAAGCTTA-CATGAATTGAAAT
182 ATTTTTGAAAGATTAATAAATTTA-TTTTATTTTATTCT-GAATAAGC-TAGTATGAA--AAAAA
* * * * * * * * **
13362483 AACTTTTTA-ATTACAA-AGCAAAAGGTTATAATGATTTGAAGTAGATAATTATTCAAATAATGA
242 AAATTCTTATATGACAAGA-CAAAAGGTCATAACGATTTAAATTAGATAATTGTTCAAATAACCA
* ** ** * * **
13362546 TGACTATTTGAACTTGTTTGGTC-ATC--ATT--TTTT-CAAATCTT
306 TAACTATTTGAACTAATTCAG-CAAACAAATTCATTTTATAAATCAC
* * * * * * * * *
13362587 TTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGATCGTACGAA
1 TTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA
* * * * * *
13362652 TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAAGTCATAA-GAATTTGAAATAAATAATTATTCAA
66 TAAAAATAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTAATAATGATTTTGAAAT---T--GT-TT-AA
* * * * * *
13362716 ATAATCATAATGATTTGAATTTATTCA-ATAAACAGATTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAAT
123 ATAGTCATAATTATTTGAA-CTGTT-AGGTAAACAGATTATTTTTTAAA-C-TCTACTTATTAAT
* * * * * * *
13362780 TGTCTT--AATATTAATAAATTTGTATTATTTTATT-TGAAATAAGGTCA-TATGTACAAATAAA
184 T-T-TTGAAAGATTAATAAATTTATTTTATTTTATTCTG-AATAAGCT-AGTATGAAAAAAAAAA
* * * * ** * * **
13362841 GTCATTATATCACAA-ACCCAAAGGTTATAGTGATTCCAAATCA-ATAATTGTTCAAATGGCCAT
245 TTC-TTATATGACAAGA-CAAAAGGTCATAACGATT-TAAATTAGATAATTGTTCAAATAACCAT
* * ** ** * * * *
13362904 AATTATTTAAACTTGTTTGGTAAATAGATTCA-TTT-T--CT-A-
307 AACTATTTGAACTAATTCAGCAAACAAATTCATTTTATAAATCAC
* * * * *
13362943 TTAATTATTAATTTTTAGAATATTTATAACA-TAGTATTATTTTATTTCGAATAA-CATTATAGG
1 TTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAA-ATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGC-TTGTATG
** * * * * * **
13363006 AATTGAAATAAATT-TTTAATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGCAATAAATAATTATTCG
64 AATAAAAAT-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTT----T-GA-AATTGTTTA
* * * * * ** *
13363070 AATAATCATGACTATTTGATCTGGTTAGGTAAACATATTTATTTTTTTAATTTTTTACTTATTAA
122 AATAGTCATAATTATTTGAACT-GTTAGGTAAACAGA-TTA-TTTTTTAA-ACTCTACTTATTAA
* ** * * * * ** * * * *
13363135 TTGTCAAAATATTAATAGA-TTAGTATTATTTTAATCCAAATAGGCTTGTATGAATAGAAACAAT
183 TTTTTGAAAGATTAATAAATTTA-TTTTATTTTATTCTGAATAAGCTAGTATGAA-AAAAAAAAT
* * * * * * **
13363199 TGTTTTAT-A-ATAGAACAAAAAGTCATAACGATTTCAAA-TAAATAATTGCTCAAGTAGTCATA
246 TCTTATATGACA-AG-ACAAAAGGTCATAACGATTT-AAATTAGATAATTGTTCAAATAACCATA
* * * * * * * *
13363261 ACTATTTAAACTAGTT-TGATAAATAGATTTATTTTTTAAA-C-C
308 ACTATTTGAACTAATTCAG-CAAACAAATTCATTTTATAAATCAC
* * * * ** *
13363303 --AC---TTAATTTTTGAAATATTAATAGATTCGTATTACTTTATTTCGAATAAATTTATATGAA
1 TTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA
* * *
13363363 TAAAAATATTTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAAT-ATTTTGAAATATATAATTATTCAAA
66 TAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTTG-AA-AT-T--GT-TT-AAA
* *
13363427 TAGTCATAATTAATTGAACTGGTTAGGTAAATAGAATTATTTTTTAAA-TCT-CTTATTAATTTT
124 TAGTCATAATTATTTGAACT-GTTAGGTAAACAG-ATTATTTTTTAAACTCTACTTATTAATTTT
* *** * *
13363490 TGAAATATTAATAAATTTATTTTATTTTATTCTGAATAAGCTAGTATGAATTGAGAAATTCTTTT
187 TGAAAGATTAATAAATTTATTTTATTTTATTCTGAATAAGCTAGTATGAAAAAAAAAATTCTTAT
* * * *
13363555 ATGACAAGACAAAAGGTCATAACGATTTAAATTAGATAATTGTTCATATAATCTTAACTATTTGG
252 ATGACAAGACAAAAGGTCATAACGATTTAAATTAGATAATTGTTCAAATAACCATAACTATTTGA
* * * *
13363620 ACTAGTTCGGCAAACAAATTTATTTTATAAATCTC
317 ACTAATTCAGCAAACAAATTCATTTTATAAATCAC
* * * *
13363655 TTAGTTATTAATTTTTGGAATATTATTACATTAGTATTGTTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA
1 TTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA
* * *
13363720 CAAAAATAATTGTTTTATGACATAACAAAAGGTTATAATGA-TTTG-AATTGGTTTAAATAGTCA
66 TAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTTGAAATT-GTTTAAATAGTCA
*
13363783 TAACTATTTGAACTAGCTT-GGTAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA
130 TAATTATTTGAACT-G-TTAGGTAAACAGATT-ATTTTTTAAA-CTC-TACTTATTAATTTTTGA
* * * *
13363847 AAGATTAATAAA-TTATTATTATTTTATTTTGAATTAGCTTGTATGATAAAAAAAAATTGTTATA
190 AAGATTAATAAATTTATT-TTATTTTATTCTGAATAAGCTAGTATGA-AAAAAAAAATTCTTATA
* * * *
13363911 TGATCAA-ACAAAAGGTGATAACGATTTGAAATTA-ATAATTGTTGAAATGACCATAA-TTTTTG
253 TGA-CAAGACAAAAGGTCATAACGATTT-AAATTAGATAATTGTTCAAATAACCATAACTATTTG
* * *
13363973 AACTAATTTAGCAAATAGATTCACTTTT-TAAATCAC
316 AACTAATTCAGCAAACAAATTCA-TTTTATAAATCAC
* * *
13364009 TTACTTATTAATTTTTGGAATATTAACAAATTAGAATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA
1 TTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA
** * * *
13364074 TTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGACAATTGTTTAAAT
66 TAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAATGA-TTT---T-GA-AATTGTTTAAAT
* * * *
13364139 AGTCATAATTATCTGAATTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTTAAACTCCTACTTATTAATTT
125 AGTCATAATTATTTGAA-CTGTTAGGTAAACAGA-TTA-TTTTTTAAACT-CTACTTATTAATTT
13364204 TT
186 TT
13364206 TAAAATTTTT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (351 bp):
TTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA
TAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTTGAAATTGTTTAAATAGTCAT
AATTATTTGAACTGTTAGGTAAACAGATTATTTTTTAAACTCTACTTATTAATTTTTGAAAGATT
AATAAATTTATTTTATTTTATTCTGAATAAGCTAGTATGAAAAAAAAAATTCTTATATGACAAGA
CAAAAGGTCATAACGATTTAAATTAGATAATTGTTCAAATAACCATAACTATTTGAACTAATTCA
GCAAACAAATTCATTTTATAAATCAC
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Alignment explanation
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Period size: 158 Copynumber: 2.0 Consensus size: 159
13364043 AATTATTTTA
*
13364053 TTTTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTT
1 TTTTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-CATTT
* * * * * * *
13364118 TAAATAGACAATTGTTTAAATAGTCATAATTATCTGAATTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTT
65 CAAATAAACAATTATTCAAATAGTCATAACTATCTAAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTT
*
13364183 TAAA-CTCCTACTTATTAATTTTTTAAAAT
130 CAAATCTCCTACTTATTAATTTTTTAAAAT
* * * * *
13364212 TTTTG-ATAAGCTTTTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGTCATAATAAAAGGTCATAACATTTC
1 TTTTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACATTTC
* * * *
13364276 ATATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTC
66 AAATAAACAATTATTCAAATAGTCATAACTATCTAAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTC
** *
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131 AAATCTCCTACTTATTAATTTT
13364363 CCAAATGTTT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TTTTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACATTTC
AAATAAACAATTATTCAAATAGTCATAACTATCTAAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTC
AAATCTCCTACTTATTAATTTTTTAAAAT
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Alignment explanation
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Period size: 181 Copynumber: 6.3 Consensus size: 179
13364229 GAATTGAAAC
* * * * * * * **
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* * * * * *
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* * * * * * ** *
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* * * * *** * ** * *
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** * * ** * *
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62 CATAATTATTTGAACTAGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTA
* ** * * * * * * * *
13364543 GAATATTATTAAATTAATATTATTTTTAAT-CGAATAGGCTTCTACGATTAGAAAC
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* * * ** * * **
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1 AATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGACAATTGCTCAAATAGTCATA
* * *
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66 ATTATTTGAACTAGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTT-AAAT
* *
13364727 ATTAATCAATTTGTATTATTTTATTTCTAATAAGCTTGTATGATAAAAAAA
130 ATTAATAAATTTGTATTATTTTATTCCTAATAAGCTTGTAT-ATAAAAAAA
* *** * *
13364778 AATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATCATTCAAATGGCCATA
1 AATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGACAATTGCTCAAATAGTCATA
* * ** *
13364843 ATTATTTTAACTAATTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTAGGAAAC
66 ATTATTTGAACTAGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTT-TTAAAT
* *
13364908 ATTAATAAATTTGTATTATTTTCTTCC-ATCTAAGCTTGTAT-TAACTAAAAA
130 ATTAATAAATTTGTATTATTTTATTCCTA-ATAAGCTTGTATATAA--AAAAA
* * * * *
13364959 AATTGTTTTATGACAAATTAAAAGGTTATAATGATTTTAAATAGACAATTGCTCAAATAATAATA
1 AATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGACAATTGCTCAAATAGTCATA
* * * * * * *
13365024 ACTATTTGAAGTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTCTAAAT
66 ATTATTTGAACTAGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTT-TAAAT
* * * * * ** *
13365089 GTTAATAAATTAGTATTAATTTATTCTAAATGTTAATAAAACTTGTATGA-ATTGAAAC
130 ATTAATAAATTTGTATTATTTTATTC------CTAAT-AAGCTTGTAT-ATA-AAAAAA
* * * ** * * * ** *
13365147 AATTGTTTTAT-A-AATAA-AAAATGATGAAAACAATTTGAAGTATATAATTATTCTGAA-AGTC
1 AATTGTTTTATGACAA-AATAAAA-GGTCATAATGATTTGAAATAGACAATTGCTC-AAATAGTC
* ** * * * * * *
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63 ATAATTATTTGAACTAG-TTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTA-ATTTTT
* * * * *
13365272 AAATATT-ATGAAATTAGTATTATTTTAAT-ATGAATAAGCTTGTACA-AAGAAAAC
126 AAATATTAAT-AAATTTGTATTATTTTATTCCT-AATAAGCTTGTATATAA-AAAAA
* *
13365326 AATTGTTTTATGACAAAAGAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGA
1 AATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGA
13365371 TAATCATGTA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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189 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (179 bp):
AATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGACAATTGCTCAAATAGTCATA
ATTATTTGAACTAGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTAAATA
TTAATAAATTTGTATTATTTTATTCCTAATAAGCTTGTATATAAAAAAA
Found at i:13365831 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 13365479--13367528 Score: 1495
Period size: 181 Copynumber: 11.4 Consensus size: 181
13365469 CATTATTTTA
* * * **
13365479 TTTATGATAGAAC-AAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
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* * ** * ** *
13365543 TGAAC-TGAATCAACAAAC-AGATTTCTTTTTTAAA-C-C--AATTATTAATTATTGAAATATTA
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* * * ***
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* * * * * * *
13365655 TTTATGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTAAAATAGATAGTTGTTTAAAT-GGCTATGATTAT
1 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTAT
* * * *
13365719 TTGAA-TTGATTCATTAAACTAATTTATTTTTTAAATATCTTGTTTATTAATTTTTGAAATATTA
65 TTAAACTTG-TTCAGTAAACTAATTTATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTA
* * * *
13365783 ATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATTGT
129 ATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGT
* * * * * *
13365836 TTTATGACAAAACAAATGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATGGTTGAAATAGTCATAACAACT
1 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * * *
13365901 TAAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTTAAATCTCATGCTTTGTTAATTTTATG-AAT-TT
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* * * * *
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128 -AATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGT
* * * ** * * * **
13366019 TATATGACTAAACAAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAGATATTTATTCTAATAGTGTTAACTAT
1 TTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* * * *
13366084 TTAAA-TTGATT-TGACAAACCT-ATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATT-ATTTATCAGAATA
65 TTAAACTTG-TTCAG-TAAA-CTAATTTATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGA-AATA
* **
13366141 TTATTAAATTAGTATTATTTT-TATTCGAATAAGCTTGTATGATAAAAAAACAATTGT
126 TTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTCGAATAAGCTTGTATGA-ACTAAAACAATTGT
* * ** * * *
13366198 TTTATGAGAAAAC-AAAGATCATAACAATTTGAGATTGATATTTGTTCAAATAGTCATAACTATT
1 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * * * * * *
13366262 TAAAGTGGTTTAAGAAAAC-AGCTTTAGTTTTTAAATCTCTTGCATATTAATTTTTGAAATATTA
66 TAAACTTG-TTCAGTAAACTA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTA
* * * * *
13366326 ATAAAATAATATTATTTTATTTCAAATAAGTTTTTATGAACTAAAACAATTGT
129 ATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGT
*
13366379 TTTATGGCAAAACAAAAGGTCATAATGACTTT-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA-AATCTA
1 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA-CTA
* * * * *
13366442 TTTCAACTTGTTTAGTAAA-TAAATTTATTTTTTAAATCTCTTGCTCATTAGTTTTTCG-AATGT
64 TTTAAACTTGTTCAGTAAACT-AATTTATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTT-GAAATAT
* *
13366505 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAATAATTGT
127 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGT
* * * * * * * * * *
13366560 TTTATGACTAAACAAAAAGTTAAAACGATTTGAAATTGATAATTATCCTAATAGTCTTAACTATT
1 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * * * * * * * * *
13366625 TGAACTAGTTCGGCAAACGCATTTATATTTTTTTAAATCTCTTACTTACTATTTTTTGGAATATT
66 TAAACTTGTTCAGTAAAC-TAATT-TA-TTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATT
* * * * * *
13366690 ATTAAATTAGTATTATTTTAATT-AAATAAGCTTTTATGAA-AAGAAACACTTGT
128 AATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTGT
* * * * * *
13366743 TTTATGACAAAA-TAAAGATCTTAAAG-TTT-AAGATAGGTAATTGTTCAAATAGTCATAAATAT
1 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA-ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
** * * **
13366805 TT-AACTAT-TTGGGCAAA-TAGATTT-TGTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTATCAAAATAT
65 TTAAACT-TGTTCAGTAAACTA-ATTTAT-TTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATAT
* * * ** ** *
13366862 TAA-AAGATCAGCATTATTTTATTTTGAATAATTTTACATGAAC-AAAGGCAATTGT
127 TAATAA-ATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTAAA-ACAATTGT
* * * * * * * *
13366917 TTTACGATAAAACAAAATGTCGTTATGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAAT-GAACATGACTAT
1 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTAT
* ** * * *** * * * *
13366981 TTGAACTTGTTTGGTAAAC-AATTTTTTTTTTTAAAGCTCGAACTTATGAATTTTTAAAACACTA
65 TTAAACTTGTTCAGTAAACTAA-TTTATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTA
* ** * * *
13367045 ATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAAATTATATG-ACTAGAAATAATTAT
129 ATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTGT
* * * * ** * * *
13367098 TTTATGACAAAGCAAAAGATAAAAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAATCATAACTATT
1 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* ** * * * * * *
13367163 TGAACTTACTCGGTCAAC-AGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATTTTAA
66 TAAACTTGTTCAGTAAACTA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAA
* * * * * *
13367227 TAAATTAATATTATTTTATTTCAAAAAAGCTTTTATGAA-TAGAAACAACTGG
130 TAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTGT
* *
13367279 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-CATTTGAAATAGATAATTCTTCAAATAGTCATAACTATT
1 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * * * * * * *
13367343 TGAACATGTTCAGAAAAC-ATATTTATTTTTAAAAT-T-TTACTAATTAATTATTGGAATATTAA
66 TAAACTTGTTCAGTAAACTA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAA
* ** * *
13367405 TAAATTTA-AATTATTTTATTTAAAATAAGCTTGCATGAA-TAAAATCAATTAT
130 TAAA-TTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTAAAA-CAATTGT
* * * * *
13367457 TTTATGAAAAAACTAAATGTCATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTCAGATAGTCATAACTATT
1 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
*
13367522 TGAACTT
66 TAAACTT
13367529 ATTGGGTTAC
Statistics
Matches: 1484, Mismatches: 313, Indels: 151
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
172 2 0.00
173 33 0.02
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175 11 0.01
176 45 0.03
177 155 0.10
178 146 0.10
179 73 0.05
180 84 0.06
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182 128 0.09
183 129 0.09
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** * * * * *
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*
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168 T---TTTTAAATTT
* * *
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* * * * * *
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* **
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* * * * * * * * **
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* * * * *
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* * * * * ** *
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* * * * *
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127 AATAGTC-ATAACTATTTGAACT-GTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATT-T
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* * *
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* * * * ** *
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* * * * ** * *
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64 AT-AAAA-ACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAAAGATTT-G-AAA-TAGATAATTAT
** * ** * * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * * *
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** * *
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* *
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* * *
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* * * * * * *
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* *
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* ** * *
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* * * * * * * **
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* * * ** * *
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* * * * * * * **
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* * * * *
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* * * * *
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* * * **
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** * * * * *
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*
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* * * *
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* * * * * *
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* * ** * * * * *
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* * * * *
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** * ** *
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* * * * * * *
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** * * * ** **
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* ** * * * * * *
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* * * *
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* * * * *
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* ** ** * * * *
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* * * * * ** * * *
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* * * ** * * * *
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* * * * * *
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* * ** * * *
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* * ** * *
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* * * * * * * * *
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** ** * * *
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* * *
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* * * * * * *
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* * * *
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* * * * * ** *
13370969 TTGTTCGGTAAATAGATTTATTGTTTCAAATATTTTGCTTATTAATTTTTTTAATGTTAATAAAT
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* ** ** * * *
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1 TTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT
* * * * *
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127 AGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
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1 TTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT
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* * *** * *
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1 TTGTTCGGTAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAT
*** * * *
13372645 TAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTATTATATGACTAAACAAAAG
65 TAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTT-TATGACAAAACAAAAG
* * * ** * *
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129 GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* ** * * * * *
13372762 TGGTTCGACAACCACATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAA-TTTTCAGATTATTATTAAAT
1 TTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAAT
** ** * *
13372822 TAGTATTATTTT-TATCCGAATAAGCTTGTATGATA-AAAAATAATTGTTTTATGAGAAAAC-AA
65 TAGTATTATTTTAT-TTTGAATAAGCTTGTATGA-ACTGAAACAATTG-TTTATGACAAAACAAA
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* *** * * * * * *
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1 TTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT
* * ** * * *
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66 AGTATTATTTTATTTTGA-ATAAGCTTGTATGAACTGA-AACAATTG-TTTATGACAAAACAAAA
* *
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* * * *
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1 TTGTTCGGTAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATT-AA-TTTTTGAAAT-ATTAATA
* * * * * * *
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62 AATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTT-ATGACAAAACAA
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126 AAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
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13373300 TTGGTTTGGCAAATACATTT-TTTTAAAAATCTTTTACTCACTAATTTTGGAAATATTATTAAAT
1 TT-GTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAT
* * * * ** *
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* * * * *
13373428 ATCATAACGATTTCAGATAGAAAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAAC
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* * * * *
13373480 TAT-TTTGGTAAACAGATTTAGTTTTTCAA--TC-T-CTTATT-ATTTTTAAAATATTAATAGAT
1 T-TGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAT
* ** * *
13373539 CAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGCATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAG
65 TAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTG-TTTATGACAAAACAAAAG
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* * * *
13373655 TT-TTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACCTCTTAATTTTT-AGAATATTAATAAAT
1 TTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAAT
* * * *
13373718 TAGTATTA-TTTATTCTAAATAAACTTGTATGAA-TAAAGACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
65 TAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAA-ACAATTG-TTTATGACAAAACAAAA
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* * * * * * *
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* * * *
13373896 ATTAGTATTATTTTATTTCGAATATGTTTGTATGAA-TGAAACAATTGGTTTATAACAAAACAAA
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* * *
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127 AGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
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1 TTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT
** * *
13374078 TTTATTATTTTA-TTTGAAATAAGCTTGTAT-AAGCAT-AAACAATTATTTTATGAGAAAACAAA
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* * * *
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127 AGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
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1 TTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT
** * * *
13374258 AGTATTATTTTATTCCGAATAAACCTATATGAACT-AATACAATTAGTTTATGACAAAACAAAAG
66 AGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAA-ACAATT-GTTTATGACAAAACAAAAG
** * * * * *
13374322 GTCATAATAATTTGAATTAGATAATTATTCAAGTAGTTATAACCATTTGAAC
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** * * * * *
13374374 TTGTTCAATGAACATATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATT
1 TTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT
* * *** ** *
13374439 AATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTATGACAAAACAAAAAGT
66 AGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTATGACAAAACAAAAGGT
* * * *
13374504 CATAGCAATTTGAAATAAAATAATTATTCAAATAG---T---TA--T-AAC
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** * * * * *
13374546 TCATTCAGTAAATAGATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAGTTGTCTG-AATATTAATAAAT
1 TTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTTGAAATATTAATAAAT
* * * * * *
13374609 TTGTATTATTTTA-ATTGAAATAAGCTTCTATGAA-TAGATA-TATATATTTATGACAAAACAAA
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* * * * *
13374671 ATGAT-ATAGCGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCATAACCATTTCAAC
127 A-GGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * * * * *
13374725 TTGTTCGATAAACAGATTCAGTTTTTAAATCTCTTAATTCTTAATTTTTGGAATATTAATAAATT
1 TTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT
* * * * * * ** ** *
13374790 AGAATTATGTTGTTCCT-AATCAGCTTCTACAAAGAGAAACAATTGTTT-TGTAACAAAA-TAAA
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* * * * * * *
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* * ** ** * * * *
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1 TTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAT
* * * ** * * *
13374969 TAGCATTACTTTGTTCCGAATAAGAC-TGTATCAA-TAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAA
65 TAGTATTATTTTATTTTGAATAAG-CTTGTATGAACT-GAAACAATTG-TTTATGACAAAACAAA
* * * * * * *
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127 AGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * **
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1 TT-GTTCGGTAAACAGA-TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA
* *** * * * *
13375146 TTAATATTATTTTATTCAAAACAAACTTATATGAAC--AAAAAATTTGTTTTATGACAAAACAAA
64 TTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAA-TTG-TTTATGACAAAACAAA
* * * * * *
13375209 AGGTCATAACAATTTGAAATAGATAACTATTCATATAGCCTTAACTATTTGAA-
127 AGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * * * *
13375262 TTGGTTTGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTCATG--ATATTAATAG
1 TT-GTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT--TGAAATATTAATAA
** * * * * *
13375325 ATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGATCAT-AAATAATTATTTAATGACAAAAAAA
63 ATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAC-TGAAACAATTGTTT-ATGACAAAACAA
* * * * * * *
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* * * * * *
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1 TTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT
* * *
13375509 ATTATTATTTTATTCTGAAT-AGACTTGTATG-A-TGAAAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAA
66 AGTATTATTTTATTTTGAATAAG-CTTGTATGAACTG--AAACAATTG-TTTATGACAAAACAAA
* * * * *
13375571 AGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAA-
127 AGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * * * * * * *
13375624 TTGATTTGATAAACTA-ATTTATTTTTTAAATTTCTAACTTCTCAATTTTTTAAATATTAATATA
1 TTG-TTCGGTAAAC-AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA
* * * * * *
13375688 GTAATATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAA
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** * * * * * * *** * * *
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128 GGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA-TAGTCATAACTATTTGAAC
* * * * * * * * * *
13375801 TTTTTTGCT----A-ATTAATTTTCTAAA--TGTTA-ATA-AAATTGTATT---ATTTTATTTCA
1 TTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-T-TTGAAATATTA-AT-A
* ** * *** * ** * ** * * ** *
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* * *
13375911 ---------------TTGAAATGGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTAT-AAC
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* * * * * **
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1 TTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAAT
* * * *** * * * *
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* * ** * * * * *
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128 GGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* ** * * *
13376128 TGGTTTAGTAAACAGACTTAGTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGT
1 TTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT
** * ** ** * **
13376189 AGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTACCATAAAACAAAATA
66 AGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTG-TTTATGACAAAACAAAAGG
* * * * *
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130 TCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * * **
13376305 TTGTTTGGTAAATACATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAAT
1 TTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAAT
* ** * * * * *
13376369 TAGTATTATCTTATTTCAAATAAACTTTTATCAA-TAGAAGCAATTGTTTTATGA-TAAA-AAAA
65 TAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTG-TTTATGACAAAACAAAA
* * * *
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128 GG-TCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* ** * * * *
13376484 TTGCTCATTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTCATTAATTTTTAAAAT-TTCAATAAAT
1 TTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATT-AATAAAT
* * * * * *
13376548 TAGTAATATTTTTATTCTGAATAAGCTTTTATGAA-TAGAAATAACTGGTTTATAACAAAACAAA
65 TAGTATTA-TTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAA-TTGTTTATGACAAAACAAA
* ** * *
13376612 ATGTCATAATTATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAATCATAACTATTTGAAC
127 AGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * * *
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1 -T-TGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA
* *** * * * *
13376711 TTAAAT-T-ATTTTATTCAAAATAAGCTTGCATGAAC-AAAACCAATTGTTTTGTGGCAAAACAA
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* * * *
13376773 AAGGTCATAAC-ATTTTGAAATAGATAATTGTTTAGACAGTCATAACTATTTAAAC
126 AAGGTCATAACGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* ** * * *
13376828 TTATTCGGTAAACAGATTCT-TTTTTTAGTTCTCTTACTAATTAATTTTGGGAATATTAATAAAT
1 TTGTTCGGTAAACAGATT-TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAT
* ** ** * * * * *
13376892 TAGTATTATTTTACTTCAAATAAAATTATATGAGCTAAAACAATTGTTTTATTACAAAAGAAAAG
65 TAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTG-TTTATGACAAAACAAAAG
*** * * *
13376957 GTCATATTTATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATACTCATAATTATTTGAAC
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* * * *
13377009 TTGTTTGGTAAATAAATTTATTTTTT-AA------A---A-T--TTTTTG-AATGTTAATAAATT
1 TTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT
* ** * *
13377060 ACTATTATTTTATTTCAAATAAGCATT-T-TG-ACT-AAA-ATATTATTTTATGACTAAACAAAA
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* * * * * * * *
13377120 TGTTAGAATGATTTGAAATACATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTAAAC
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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** * * * *
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* * *
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* * * * *
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*** * * *
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* * * * *
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* *** * * * * * *
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* * * * *
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* *
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* * * * ** * * *
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* * *
13370170 TGAATTG-AAAA-AATTATTTTATGACAAAGCAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGT
446 -G-A-TGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGT
* * * *
13370233 TCATATAATCTTAACTATTTGAACTGG
507 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGA
* * * * * * * *
13370260 TTCAGTAAACAAATCTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTCAAAATGTTATTAGATTAGT
1 TT-GGTAAACAGATTTATTTTTTAAA--TC-TACTTATTAATTTTTAAAATATTAATA-AATAGT
* * * * * * * * * * *
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61 ATTATTTTATTTTGAATAAACTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
** * * * * * * ** *
13370390 TAATGATTT-AAAGTATACAATTGTTCAAATAGTCATTACTACTTGAACTGGTTCAGTAAGTAAA
126 TAACAATTTGAAA-TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGA
* * ** * * **
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190 TTTATTTTTTAAATCTCATGCTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCC
* * * ** * * * * *
13370519 GAATAAGCTTATATGATAAAAAACAATTGTTATATGACCAAACTAAAGGTAATAACAATTTAAAA
255 AAATAAACTTGTATGA-ACTAAACAATTATT-TATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAA
* * * * * ** **** * *
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318 TAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGCAAACATATTTATTTTTTAAAT
* * *
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383 CTCTTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTAG
* * * * *
13370708 ATGAACTAA-AA-TATTTTATGA-AAAA-AAAGGTCATAACGATTTTAAATAAACAATTGTTCAA
447 ATGAA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
* * * *
13370769 ATAGTTATAACTATCTAAATTTG-
511 ATAGTCATAACTATTTGAA-CTGA
* * * * * *
13370792 TTCGGTAAGCAAATTTATTTTTTTAAACTCTTGCTTTTTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGT
1 TT-GGTAAACAGATTTA-TTTTTTAAA-TC-TACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAA-TAGT
* * * * *
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61 ATTATTTTATTTTGAATAAACTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
* * * *
13370921 TAACAATTTTAATTAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGAT
126 TAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGAT
* * ** ** * * * *
13370986 TTATTGTTTCAAATATTTTGCTTATTAATTTTTTTAATGTTAATAAATTTGGATTATTTTATCCC
191 TTATT-TTTTAAATCTCATGCTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCC
*** * * * * * ** *
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255 AAATAAACTTGTATGA-ACT-AAACAATTA-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAA
* * ** * * *
13371115 ATAAATAATTATTCTAATAGTTTTAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACACATTTACTTTTT-AA
317 ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGCAAACATATTTATTTTTTAAA
* * * * *
13371179 TCTCTTA-TTA--ATTTTTGAAATATTACTAAATAAGTATTATTTTTAAT-CGAATAAGCTTAT-
382 TCTCTTACTTATTAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTCCGAATAAGCTTGTA
* * * ** * * * * *
13371239 G-TGAGAAACAATTTTTTTATGACAAAACAAAGATTTTAATGATTTGAGATTGATATTTGTTTAA
446 GATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
* ** * *
13371303 TTAGTTGTAACTATTTTAACTAA
511 ATAGTCATAACTATTTGAACTGA
* * *
13371326 TTTGGTAAACAGATTTATTGTTTAAATCTATTACTTATTAATTTTTTGAAATATTAATCAATTAG
1 -TTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATC---TACTTATTAA-TTTTTAAAATATTAAT-AAATAG
* * * * * *
13371391 TATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGATA-AAAAAGAATTGTTTTATTACAAAATAAAAAGG
60 TATTATTTTATTTTGAATAAACTTTTATGA-ACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAAGG
** * *** * * * * ** *
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123 TCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACA
* * * * *** *
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188 GATTTATTTTTTAAATCTCATGCTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
** * * * * ** * * *
13371584 CCATCTAAGCTTGTATTAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAATCAAACTGTTATAACGATTTTA
253 CCAAATAAACTTGTATGAACT-AAACAATT-ATTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGA
* * * ** * ** *
13371649 AATAGACAAATT-TTCAAATAATAATAACTATTTGAACTTATTCGATAAACATATATATTTTTTT
316 AATAGA-TAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGCAAACATATTTA-TTTTTT
** * * ** * * *
13371713 AAATCTCTTTA-TTA-TAATTTGTTTAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTCTAAAAAAACG
379 AAATCTC-TTACTTATTAATTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCT
*** * * * * * * *
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442 TGTA-GATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA-AGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATT
* * ** *
13371841 ATTCTAATAGTTTTAACCATTTGAACTGA
505 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGA
* * * * * *
13371870 TTTGGTAAACAAATTTATTTTTGAAATC-ACTTGTTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGGATT
1 -TTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAA-TAGTATT
* * * * ** * * *
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64 ATTTTATTTTGAATAAACTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
** * ** ** * * * * **
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129 CAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT-AACTATTTGAACT-TGTTCGGTAAACAGATT
* * * * * * * *
13372060 TATTTTTTAATTTTCTTAGC-TATTAA-GTTCCGAAATATTATTAAATTAGCATTATTTTATTTC
192 TATTTTTTAAATCTCAT-GCTTATTAATTTTTC-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCC
* * * * * * * **
13372123 AAACAAAATAGTATGAA-TAGAACCAATTGTTTGATGACAAAATAAAATGTTATAATGATTTGAA
255 AAATAAACTTGTATGAACTA-AA-CAATTATTT-ATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAA
* * * * * * ** * *
13372187 ATTGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTCGAAATGGTTTTGTATGCAGATTTTTTTTTTAAA
317 ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGCAAACATATTTATTTTTTAAA
* ** * *
13372252 TCTCTTACTGATTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAAAAGCTTATA
382 TCTCTTACTTATTAATT-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTA
* * * * *
13372317 CATTGAAAAGA-AATTGTTTTATGACAAAATAATAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAGTTGTT
446 GA-TGAAAA-ACAATTGTTTTATGACAAAACAA-AGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * *
13372381 TAAATGGCCATAATTATTTGAACTGA
508 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTGA
* ** * * * *
13372407 TGGGTAAATTGATTTATTTTTTAAATCT-CTTATTAGTTTTCAAAATAATAATAAAGTAGTTTTA
1 TTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAA-TAGTATTA
* * * * * * *
13372471 TTTTATTTTGGATAAACTTTTATAAACTAAAACATTTGTTTCATTACAAAACAAATGGTCATAAT
65 TTTTATTTTGAATAAACTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
* * * * * * *
13372536 GATTTAAAATATATAATTGTTCAAATTGTCATAACTATTTAAACTTGTTCAGTAAACAAATTTAT
130 AATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTA-
* *
13372601 TTTTTTAAATCTCACGCTTATTAATTTTTCAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAAT
194 TTTTTTAAATCTCATGCTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAAT
* * * *
13372666 AAGCTTGTATGAATTGAAACAATTATTATATGACTAAACAAAAGGTCAGAACAATTTGAAATAGA
259 AAACTTGTATGAACT-AAACAATTATT-TATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGA
** * * * * * *
13372731 TAATTATTTTAATAGTCTTAACTATTTGAGCTGGTTCGACAACCACATTTATTTTTTAAA--TC-
322 TAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGCAAACATATTTATTTTTTAAATCTCT
* * *
13372793 T-CTTATTAATTTTCAGATTATTATTAAATTAGTATTATTTT-TATCCGAATAAGCTTGTATGAT
387 TACTTATTAATTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TCCGAATAAGCTTGTA-GAT
* * * * * * * * *
13372856 AAAAAATAATTGTTTTATGAGAAAACAAAGATCATAATGATTTGAGATTGATAGTTATTCAAATA
449 GAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* *
13372921 GTAATAA-TATATGAACT-A
514 GTCATAACTATTTGAACTGA
*** * * * * * *
13372939 GTTCAAAAAATAGCTGTAGTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAATAG
1 -TT-GGTAAACAGATTTATTTTTTAAA--TC-TACTTATTAATTTTTAAAATATTAAT-AAATAG
* * * * * * *
13373004 TATTATTTT-GTTTCAGATAAATTTTTGTGAACTACAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAATGT
60 TATTATTTTATTTTGA-ATAAACTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
* *
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124 CATAACAA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAACTTGTTCGGTAAAC
* * **
13373131 AGATTTATTTTTTTAAATCTCTTGCTCATTAAATTTTTTGAATGA-TAATAAATTAGTATTATTT
187 AGATTTA-TTTTTTAAATCTCATGCTTATT-AATTTTTCAAAT-ATTAATAAATTAGTATTATTT
*** ** * * * * * * * * *
13373195 TATTTTGAATAAGTTTTTATTAACTAAAATAATTGTTTAATGACTAAGCAAAAGGTTAGAATAAT
249 TATTCCAAATAAACTTGTATGAACT-AAACAATTATTT-ATGACAAAACAAAAGGTCATAACAAT
* * * * * * *
13373260 TTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACGATTTGAATTGGTTTGGCAAATACATTT-TTTT
312 TTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGCAAACATATTTATTTT
** * * * * * * * *
13373324 AAAAATCTTTTACTCACTAATTTTGGAAATATTATTAAATTAGCATAATTTTAATCTGAATAAGC
377 TTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGC
* * * * *
13373389 TTGTATGA-AAAGAAACAATTGTTTTATGACAAAGA-AAAGATCATAACGATTTCAGATAGAAAA
441 TTGTA-GATGAA-AAACAATTGTTTTATGACAAA-ACAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAA
*
13373452 TTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACT-A
503 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGA
* * *
13373482 TTTTGGTAAACAGATTTAGTTTTTCAATCT-CTTATT-ATTTTTAAAATATTAATAGATCAGTAT
1 --TTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAAT-AGTAT
13373545 TATTTTATTTTGAAT-AA-TTTTGCATGAAC-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGGTC
63 TATTTTATTTTGAATAAACTTTT--ATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * * * * * * *
13373606 ATAACGATATGAAATAGATAGTTGTTCAAATGGACATGAGTATTTGAACTT-TTTGGTAAATAGA
125 ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGA
* * * *
13373670 TTTATTTTTTAAATCTCTTACCTCTTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTATTC
190 TTTATTTTTTAAATCTCATGCTTATTAATTTTTCA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
* * ** *
13373733 TAAATAAACTTGTATGAA-TAAAGACAATTGTTTTATGACAAAACAAAACATCATAACTATTTGA
254 CAAATAAACTTGTATGAACT-AA-ACAATT-ATTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGA
* * * * * * * * * ** * *
13373797 AATAAATAATAATTCAAACAATCATATCGATTTGAACTTGCTCGATAAACATATTTACTTGTTAA
316 AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGCAAACATATTTA-TTTTTTA
* * * * * *
13373862 AAT-T-TTCACTTATTAGTTTTTAGAATATTAAAAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATATGTTT
380 AATCTCTT-ACTTATTAATTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTT
* * * * *
13373925 GT--ATGAATGAAACAATTGGTTTATAACAAAACAAAAGGTCACAACTATTTAAAATAGATAATT
443 GTAGATGAA--AAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATT
*
13373988 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACGTGT
505 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGA
* * * * * * * * **
13374018 TTAGAAAACATATTTATTTTTAAAAAATTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATATATTTTTAT
1 TTGGTAAACAGATTTATTTTT--TAAATCTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATA-AATAGTAT
* * * *
13374083 TATTTTA-TTTGAAATAAGCTTGTAT-AAGC-ATAAACAATTATTTTATGAGAAAACAAAAGGTC
63 TATTTTATTTTG-AATAAACTTTTATGAA-CTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * * *
13374145 ATAACAATTTGAAATAGGTAATTATTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTTGCTCAGT-AACAGA
125 ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGA
* * * * * * * **
13374209 CTCATTCTTTAAATCTCTTACTAATTATTTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCC
190 TTTATTTTTTAAATCTCATGCTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCC
* * * * *
13374274 GAATAAACCTATATGAACTAATACAATTAGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAT
255 AAATAAACTTGTATGAACTAA-ACAATTA-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAA
* * * * ***** *
13374339 TAGATAATTATTCAAGTAGTTATAACCATTTGAACTTGTTCAATGAACATATTTATTTTTAAAAT
318 TAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGCAAACATATTTATTTTTTAAAT
* * * *
13374404 CTTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTAT
383 CTCTTACTTATTAATT-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTA-
** * * * * *
13374469 GAACAAAAACAATTG-TTTATGACAAAACAAAAAGTCATAGCAATTTGAAATAAAATAATTATTC
446 GATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGGTCATAACGATTTGAAAT-AGATAATTGTTC
*
13374533 AAATAGTTATAACTCA-TT---C--A
509 AAATAGTCATAACT-ATTTGAACTGA
* * * * *
13374553 ---GTAAATAGATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAGTTGTCT-GAATATTAATAAATTTGT
1 TTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATC---TACTTATTAATT-TTTAAAATATTAATAAA-TAGT
* * * * * *
13374613 ATTATTTTA-ATTGAAATAAGCTTCTATGAA-TAGATA-TATAT-ATTTATGACAAAACAAAATG
61 ATTATTTTATTTTG-AATAAACTTTTATGAACTA-AAACAAT-TGTTTTATGACAAAACAAAA-G
* * * * * * *
13374674 AT-ATAGCGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCATAACCATTTCAACTTGTTCGATAAAC
122 GTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAAC
* * * ** * ** * * *
13374738 AGATTCAGTTTTTAAATCTCTTAATTCTTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGAATTATGTTGT
187 AGATTTATTTTTTAAATCTCATGCTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * * ** ** * * ***
13374803 TCCTAATCAGCTTCTACAAAGAGAAACAATTGTTT-TGTAACAAAA-TAAAGGTCATAATGCTTT
252 TCCAAATAAACTTGTATGAA-CTAAACAATTATTTATG--ACAAAACAAAAGGTCATAACAATTT
* * * * * * * * * ** *
13374866 GAAATTGATAATTGTTCAAACAATTATAACTATTTGTACTAGTTAGGCCATTAGATTTATTTTTT
314 GAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGCAAACATATTTATTTTTT
* * * * * * *
13374931 AATTC-CACTACTTATTAATTTTTAAAATATCAATAAATTAGCATTACTTTGTTCCGAATAAGAC
379 AAATCTC-TTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAG-C
* * * * *
13374995 -TGTATCAAT-AAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGCCATAATGATTTGAAATAAATAA
441 TTGTA--GATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-GGTCATAACGATTTGAAATAGATAA
* * * * *
13375058 TTGTTCAAATTGTTATAACTATTTAAATTGGT
503 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GA
* * *
13375090 TTGGTAAGCAGATTTTATTTTTTAAATCT-CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATT
1 TTGGTAAACAGA-TTTATTTTTTAAATCTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAA-TAGTATT
*** * *
13375154 ATTTTATTCAAAACAAACTTATATGAAC-AAAA-AATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
64 ATTTTATTTTGAATAAACTTTTATGAACTAAAACAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * * * * *
13375217 ACAATTTGAAATAGATAACTATTCATATAGCCTTAACTATTTGAA-TTGGTTTGGCAAACAAATT
128 ACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCGGTAAACAGATT
* * * *
13375281 TATTTTTTAAATCTCTTAG-TTATTAA-TTTTCATGATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTTC
192 TATTTTTTAAATCTCAT-GCTTATTAATTTTTCA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCC
* * * * *
13375344 AAATAAACTTGTATGATCATAAATAATTATTTAATGACAAAAAAAAAGGTTATAACAAGTTGAAA
255 AAATAAACTTGTATGAAC-TAAACAATTATTT-ATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAA
* * * * *
13375409 TATATAATTATTCAAATAGTAATAACTATTTAAACTGGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAATT
318 TAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGCAAACATATTTATTTTTTAAAT
* * * *
13375474 CTCCTATTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTATTATTATTTTATTCTGAAT-AGACTTGTA
383 CTCTTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAG-CTTGTA
* * *
13375538 TGATGAAAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTC
446 -GATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * * *
13375603 AAATGGCCATAATTATTTGAATTGA
509 AAATAGTCATAACTATTTGAACTGA
* * * * * *
13375628 TTTGATAAACTA-ATTTATTTTTTAAATTTCTAACTTCTCAATTTTTTAAATATTAATATAGTAA
1 -TTGGTAAAC-AGATTTATTTTTTAAA--TCT-ACTTATTAATTTTTAAAATATTAATA-AATAG
* * *
13375692 TATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTC
60 TATTATTTTATTTTGAATAAACTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
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13375757 ATAATTATTTGGACTTGTTCAGTAAACAAATTTGT--T---T-TTTAAAATTTTTTGCT----A-
125 ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA-TAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAG
* * * * * * * * *
13375811 ATTAATTTTCT-AA----ATG-TTAATAAAATTGT-ATTATTTTATTTCAAATTAGCT-TGCA-T
189 ATTTATTTTTTAAATCTCATGCTT-ATTAATTTTTCA-AATATTA-AT-AAATTAG-TAT-TATT
** * ** * * * * * * *** *
13375867 GAACTGAAAAAAAAATT-TAT-AACAAAACAA-AAGGTCA-GAACAATTTGAAATGG--AT-A-A
248 TTATTCCAAATAAACTTGTATGAACTAAACAATTA-TTTATG-ACAA-AACAAAAGGTCATAACA
* ** * * * * * **
13375924 TTGTTCTAATAGTCTTAACTATT-ATAACTTGTTCAGCAAATACATTT--A-T--TTT-TTAAAT
310 AT-TTGAAATAG--ATAATTATTCA-AA-TAG-TCA-TAACT--ATTTGAACTGGTTTGGCAAA-
* * * * * * * *
13375982 C-TCTTATTATTTTTGAGAA-----TA-TTATTAGTTTAGCAATATTTTACTCCAAATCAG-CTT
365 CAT-AT-TTATTTTTTA-AATCTCTTACTTATTAATTTTG-AA-ATATTAAT--AAATTAGTATT
* * * * *** ** * *
13376039 GTATAAATAAAAATAA--TTGTTTTATGACAAAACAA-AG-ATTAT----------A--T--T--
423 ATTTTATTCCGAATAAGCTTG-TAGATGA-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGGTCATAA
* * * * * *
13376084 -GATTTGAGATAGATAATTATTGAAATAGTTATAACTATTTAAACTGGT
486 CGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GA
* * * *
13376132 TTAGTAAACAGACTTAGTTTTTAAATCT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTA
1 TTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAA-TAGTATTA
* * ** * **
13376196 TTTTATTTTGAAT-AATTTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTACCATAAAACAAAATATCATAA
65 TTTTATTTTGAATAAACTTT-TATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
** * * * * * * *
13376260 TGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATGGACATGACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATACATTTA
129 CAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTA
* * *
13376325 TTTTTTAAATCTCCA-ACTTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTATCTTATTTCAA
194 TTTTTTAAATCT-CATGCTTATTAATTTTTCA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAA
* * * * ** *
13376388 ATAAACTTTTATCAA-TAGAAGCAATTGTTTTATGA-TAAA-AAAAGGATCATAATGATTTCAAA
257 ATAAACTTGTATGAACTA-AA-CAATT-ATTTATGACAAAACAAAAGG-TCATAACAATTTGAAA
* * * * * **** *
13376450 TAAATAATTGTTCAAATAGTCAAAACTATTT-AACTTGCTCATTAAACAAATTTATTTTTTAAAT
318 TAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGCAAACATATTTATTTTTTAAAT
* * * * * *
13376514 CTTTTACTCATTAATTTTTAAA-ATTTCAATAAATTAGTAATATTTTTATTCTGAATAAGCTTTT
383 CTCTTACTTATTAATTTTGAAATA-TT-AATAAATTAGTATTA-TTTTATTCCGAATAAGCTTGT
* * * * * * **
13376578 ATGAAT-AGAAATAACTGGTTTATAACAAAACAAAATGTCATAATTATTTGAAATAGATAATTGT
445 A-G-ATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGT
* *
13376642 TTAAATAATCATAACTATTTGAACAT-A
507 TCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGA
** * *
13376669 TT--T---C-GA---A------AACAT-TTTTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-AAT
1 TTGGTAAACAGATTTATTTTTTAA-ATCTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAA--TAGTAT
*** * ** * *
13376717 TATTTTATTCAAAATAAGCTTGCATGAAC-AAAACCAATTGTTTTGTGGCAAAACAAAAGGTCAT
63 TATTTTATTTTGAATAAACTTTTATGAACTAAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * * * *
13376781 AACATTTTGAAATAGATAATTGTTTAGACAGTCATAACTATTTAAACTTATTCGGTAAACAGATT
127 AACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATT
** * * * ***
13376846 CT-TTTTTTAGTTCTCTTACTAATTAATTTTGGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTACTT-C
192 -TATTTTTTAAATCTCATGCTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCC
* * * * * * *** *
13376909 AAATAAAATTATATGAGCTAAAACAATTGTTTTATTACAAAAGAAAAGGTCATATTTATTTTAAA
255 AAATAAACTTGTATGAACT-AAACAATT-ATTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAA
* * * * * * *
13376974 TAGATAATTGTTCAAATACTCATAATTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAAATTTATTTTTT-AA-
318 TAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGCAAACATATTTATTTTTTAAAT
* * * * *
13377037 -----A---ATT--TTTTG-AATGTTAATAAATTACTATTATTTTATTTCAAATAAGCATT-TTG
383 CTCTTACTTATTAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGC-TTGTAG
* * * * * * * * *
13377090 ACT--AAAA-TATTATTTTATGACTAAACAAAATGTTAGAATGATTTGAAATACATAATTGTTCT
447 A-TGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * *
13377152 AATAGTCTTAACTATTTAAACTGGT
510 AATAGTCATAACTATTTGAACT-GA
* * * * * * *
13377177 TTGGCAAACACATTTATTTTTTAAATCT-CTTATTAATTTTTAGAATATTATTAATTTAGCAATA
1 TTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAA-ATAGTATTA
* * * * ** *
13377241 TTTTATTCTAAACAAGCTTGCATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATA--TCATAA
65 TTTTATTTTGAATAAACTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAA
* * * * * * * * * * *
13377304 CAATTTGAGATAGATAATTATTTAAAAAATCATAATTATTTGTACTGGTTTGATATACAGATTTA
129 CAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTA
* * *
13377369 TTTTTTAAATCT-A---TTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAAT
194 TTTTTTAAATCTCATGCTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAAT
* * * * ** *
13377430 -AATTTATATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAGAAAAAATATCATAACGATTTGAAAT
259 AAACTTGTATGAACT--AAACAATT-ATTTATGAC-AAA-ACAAAAGGTCATAACAATTTGAAAT
* * * * * ** *
13377493 AGATAA-TATTTCAAATGGACA-GACTATTTGAGCT--TTTCAGTGAACAAATTTA-TTTTTAAA
319 AGATAATTA-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTT-GGCAAACATATTTATTTTTTAAA
* * *
13377553 --TC-T-CTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAATAAACTTGTA
382 TCTCTTACTTATTAATTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTA
* * * * * *
13377613 TGAAT-AGAAACAATTATTTTATGACAAAATAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTT
446 -G-ATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTT
* * *
13377677 CAAATAGTAATAACTATTTTAACTTA
508 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTGA
* * ** * * *
13377703 CTTGGTAAATAGATTTATTTTTTACATCTTTTACTTAATTAATTTTTGGAATTTTAACAACTTAG
1 -TTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATC---TACTT-ATTAATTTTTAAAATATTAATAA-ATAG
* ** * * *
13377768 TATTATTATATTTCAAATAAACTTTTTATGAA-TGGAAACAACTGGTTTATGACAAAACAAAAGG
60 TATTATTTTATTTTGAATAAAC-TTTTATGAACT-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG
** * * ** * * *
13377832 TCATAATGATTTGAAATATATAATTGTTAAAATAGTCATAACTATTTGAAAATGTTCAGAAAATA
123 TCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACA
* * ** * *
13377897 TATTTA-CTTTTAAAT-TTTTAG-TTATTGATTTTTGAAATATTAATAAATCTA-TATTATTTTA
188 GATTTATTTTTTAAATCTCAT-GCTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAAT-TAGTATTATTTTA
* * * * * * * ***
13377958 TTCAAAATAAGCTTGCAT-AAATAGAAACAAATGATTTATGACAAAACAAAATGTCAGAATGTTT
251 TTCCAAATAAACTTGTATGAACT--AAAC-AATTATTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATT
* * * * *
13378022 TGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TGTGTTTGGTAAACAGATTCATTTT
313 TGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTG-GTTTGGCAAACATATTTA-TTT
* * * * *
13378086 TTTAATTCTCTTTCTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATCTTATTCCAAATAAG
376 TTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAG
* * * *
13378151 CTTATATGAACTGAAATAACTGTTTTATTAAAAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAAGTCAT
440 C-----T----TG---T-A--G----A-TGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGGTCAT
* * * **
13378216 AACAATTTGAAATAAATAATTTTTCAAATAGTCATAAAGATTTGAACTTG-
484 AACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGA
* * * *
13378266 TTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAACTTTTACTTATTGATTATCT-AAATATTAATAAATTTA-
1 TT-GGTAAACAGATTTATTTTTTAAA--TCTACTTATTAATT-TTTAAAATATTAATAAA--TAG
* * * * *** *
13378329 TATTATTTTA-TTTGAAATAAGCTTGTAT-AAATAGAAAAAAAAACATTTTATGATAAAACAAAA
60 TATTATTTTATTTTG-AATAAACTTTTATGAACT---AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
* *** * * * * * * * * *
13378392 GGTTATAGTGATTTCAAATTGATAATTG-TCAAAAAAGTCAAAATTATTTAAATTTGTTTGGCAA
121 GGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTC-AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAA
* * ** *
13378456 ACAGATTTATTTTTTAAATTTCTTAATTATT-ATTTTTCATAATATT-ATAACTTAGTATTATTT
185 ACAGATTTATTTTTTAAATCTCATGCTTATTAATTTTTCA-AATATTAATAAATTAGTATTATTT
* * * * * * * * * * **
13378519 TATTTCAACTAAGCTTATATG-ATTGGAATAATTTTTTATTACAAAACAAAATGTCATAATGATT
249 TATTCCAAATAAACTTGTATGAACT-AAACAATTATTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATT
* ** ** * * *
13378583 TGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGATTTATTTTGGTAACCATATTTACTTTT
313 TGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGCAAACATATTTATTTTT
* * * *
13378648 TAAATTTTTTACTTATTAATTGTAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-ACCTGAATAAGC
378 TAAATCTCTTACTTATTAATT-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCC-GAATAAGC
** * * * * *
13378712 TTGTATGAACAAAAACAATTG-TTTATAACAGAACAAAAAGTCATAACGATTTAAAATAAATAAT
441 TTGTA-GATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAAT
* * * *
13378776 TGCTCAAATAGTCGTAACTATTTGGACTCA
504 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGA
* * * * *
13378806 TTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCT-CTTATTAATTTTTGAATTATTAATAGATTAGTATT
1 -TTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATA-AATAGTATT
* * * * * * * *
13378870 ACTTTATTTCGAACAAAATTATATGAAC-AAAATCATTTGTTTTATCACAAAACAAAAGGACATA
64 ATTTTATTTTGAATAAACTTTTATGAACTAAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * * * * * * * * *
13378934 ACGATTTGAAATAGAAAATTATTCTAATAATAATTATTATTTGAACTGGTTAGGTAAACAAAATT
128 ACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTT
* * * * * ** * **
13378999 -GTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAACTATTAATAAATTCCTTTTATTTTATTTTAAA
193 ATTTTTTAAATCTCATGCTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAA
* * * * * **
13379063 TAAACTAGTATGAATTAAAAAAAATTTATTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAATGATTTGAAAT
258 TAAACTTGTATGAACT--AAACAA-TTA-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAAT
* * * * * * * *
13379128 AGATAATTGTTCATATAGTCTTTAAATATTTGAACTGGTTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAATT
319 AGATAATTATTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTGGTTTGGCAAACATATTTATTTTTTAAAT
* * * * * * *
13379193 CTCTTAGTTATTGATTTTCAGAATATTATTAGATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTAT
383 CTCTTACTTATTAATTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTA-
** * * * * * ** ** *
13379258 GAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTTATGATGATTTGAGGTTTACAATTGTTCA
446 GATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCA
*
13379323 AATAGTCAT-A-TATTTGAACTCGC
510 AATAGTCATAACTATTTGAACT-GA
** * * * * * *
13379346 TCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAATTTTGAAAGATTGATAAATTACTA
1 TTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAA--TC-TACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAA-TAGTA
*** * ** * * * * *
13379411 TTATTTTATTCCAAATAAGCTTGAATG-A-TGAAAAGAAATTGTTATATGACCAAACAAAATGCC
62 TTATTTTATTTTGAATAAACTTTTATGAACT-AAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
** * ** * ** * *
13379474 ATAA-TTTTTGGTAAACCA-ATAATTGTTCTTATAGTCTTATTTGTTTGAACTAT-TTCGGCAAA
125 ATAACAATTT-G-AAA-TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTCGGTAAA
* * ** * * * *
13379536 TAGGTTTATTTTTTAAATCTCATTATTATCAACTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTA
186 CAGATTTATTTTTTAAATCTCATGCTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * * * * * * * *
13379601 TTCTAAATAAGCTTATATGAACTGAAACAACTATTTAATAATAGAACAAAATGTTATAACAATTT
251 TTCCAAATAAACTTGTATGAACT-AAACAATTATTT-ATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTT
* * *
13379666 GAAATAGATAATTGTTCAAATAG--------A----AACTGGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTT
314 GAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGCAAACATATTTATTTTTT
* * * * *
13379719 AAATCTCTTGCTTATCAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTACTCCAAATAGGCTT
379 AAATCTCTTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTT
* * * *
13379784 GTATAATAAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCGTAAC-AGTTTGAAATAGATAATT
443 GTA-GATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGGTCATAACGA-TTTGAAATAGATAATT
* * * * **
13379848 ATTCAAATGGCCATAATTATTTGAACCAA
505 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGA
** * * *
13379877 TTTCATAAACTA-ATTTATTTTTTAAATCTTTAACTTATTAATTTATGAAATATTAATAAAGTAA
1 -TTGGTAAAC-AGATTTATTTTTTAAATC--T-ACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAA-TAG
* ** * * **
13379941 TGTTATTTTATTTCAAATAAGCTTTTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGATTAAACAAAAGGTC
60 TATTATTTTATTTTGAATAAACTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
*** * * * *
13380006 ATATTTATTCT-AAATAGATAATTGGTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAG
125 ATAACAATT-TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAG
* * ** ** *
13380070 ATTTATTTTTTCAAAATTTCTTATTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTAT
189 ATTTATTTTTT--AAATCTCATGCTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
*** * * * * * * *
13380135 TTTGAATAAGCATGTATGAACTAAAATAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTAAGAACGATTTG
252 TCCAAATAAACTTGTATGAACT-AAACAATTA-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTG
* ** * * * * * *
13380200 AAATAGATAATTGTTCTGATAATCTTAACTATTTAAACTGGTTTGGTAAACACATTTACTTTTTA
315 AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGCAAACATATTTATTTTTTA
* * * * * * * * *
13380265 AATCTCTTTCTTGTTATTTTTTAGAATATTATTAATTTAGCAATATTTTACTCCGAATAAGCTTG
380 AATCTCTTACTTATTAATTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTG
* * * * *
13380330 T--ATGAATAGAAGCAATTATTTTATAACAAAACAAAGATCATAACAATTTGAGATAGATAATTG
444 TAGATGAA-A-AA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTG
* *
13380393 TTCAAATAATCATAGCTATTTGAACT-A
506 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGA
** * * * *
13380420 TTTCAATAAATAGATTTAATTTTTAAATCT-CTTATTAATTTTTGAAATACTAATAAATAAGTAT
1 -TT-GGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAAT-AGTAT
* * * ** *
13380484 TATTTTATTCTGAAT-AA-TTTTATATAAATAAAAACAATCATTTTATGACAAAACAAAATGTCA
63 TATTTTATTTTGAATAAACTTTTAT-GAACT-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
** * * *** * *
13380547 TAATGATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTCACTCAGTAAACATAT
126 TAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGAT
** * * * *
13380612 TTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-AGACT-TTCATAAATTAGTATTATTTTATTCT
191 TTATTTTTTAAATCTCATGCTTATTAATTTTTCA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCC
* * * * * *
13380675 AAATAAGCTTTTATAAACAAAAATAATTGGTTTATGATC-AAACAAAAGGTCATAACAATTTGAA
255 AAATAAACTTGTATGAAC-TAAACAATT-ATTTATGA-CAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAA
* * * * * **** *
13380739 ATCGATAATTGTTTAAATAGTGATAACTTTTTGAA-TGTGTTCATAAAACAGATTTA-TTTTTAA
317 ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTG-GTTTGGCAAACATATTTATTTTTTAA
* * * * * * *
13380802 CAT-TTTTACTTCTTAACTTTTGGAATATTAGTAAATTTA-AATTGTTTTATT-TGAAATAAGCT
381 -ATCTCTTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCCG-AATAAGCT
* * ** * * ** * *
13380864 TGCAAAACAAAACCAATTGTTTTATGGCAAAA-AAACGGTCATATTGTTTTGAAAGAGATAATTG
442 TGTAGATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-GGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTG
* *
13380928 TTCAAATAGTCATAACTATTTTAAACTTA
506 TTCAAATAGTCATAACTA-TTTGAACTGA
* * * **
13380957 TTCGTTAAACAGATTCT-TTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAG
1 TT-GGTAAACAGATT-TATTTTTTAA--ATC-TACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAA-TAG
* * ** * * * **
13381021 TATTATTGTACTTCAAATAAGCTTATATGAACTAAAACAATTGTTTTATTACAAAGGAAAAGGTC
60 TATTATTTTATTTTGAATAAACTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
** * * * * ** *
13381086 ATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAATTTGTTCCATTAAC--A
125 ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGA
** ** * * * *
13381149 TAAATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATC
190 TTTATTTTTTAAATCTCATGCTTATTAATTTTTC-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
* * * *
13381213 CAAATAAACTTGTATGAACCGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCAAAACAATTTGAA
254 CAAATAAACTTGTATGAA-CTAAACAATTA-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAA
* * * ** ** *
13381278 ATAAATAATTGCTT-TAATAGTCATAA-TAATTTGAACTTATTCAGTAAACAACTGAAATACTTA
317 ATAGATAATT-ATTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAACTGGTTTGGCAAAC-A-T---AT--TTA
* **** * * * * * * * *
13381341 TTTTATGACAA-AAGAT-CATAATGATTTGGAAA-AGATAATTGATCATATAGTCTTAATTGT-T
373 TTTT-TTA-AATCTCTTACTTATTAATTTTGAAATA-TTAA-T-A-AAT-TAGTATT-ATTTTAT
* * *** * * ** ** *
13381402 T--GAACT-A-CTT-T-GGT-AAATAGTCTTATTTT-TTA-AATCTCTTA-GTTATTAA--ATTT
430 TCCGAA-TAAGCTTGTAGATGAAAAACAATTGTTTTATGACAA-AACAAAGGTCA-TAACGATTT
* * * * * ** *
13381455 CAGAGTATTATTAAATTAATATTATTTTATTCCA-AA-TAAGTTT-ATA-TGAA
492 GA-AATA-GA-T-AATT-GT-TCA-AATAGT-CATAACT-A-TTTGA-ACTG-A
* * * ** *** * * *
13381505 CT-G-AAACA-A-TTATTTTAT-AA-C-A-TAAAAAAAGGTTATAATGATT-TTAAATTG-A-TA
1 TTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTACTTATTAATTTTTAAAAT-ATTAATAAATAGTATTA
* * * * * * * *
13381559 -ATTA--TTGAAATGGGAACTGGTT-TG-A-TAAATAGATTTATTTT-T--TAAATC------TC
65 TTTTATTTTG-AAT--AAACT-TTTATGAACTAAA-ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* ** * ** * * *
13381609 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATCATTTTATTC-TGAA-TAATTTTGTA--TGCA
125 ATAACAA--TTTGAAATA--GAT-AATT-GT-TCA-AATAGTCAT-AACT-A-TTTGAACTTG-T
* * **** *** * * * * *
13381670 T-AG-AAACAAATGTT-TTACGACAAAATAAAATG-TCA-TAATGATTTGAAATAGCTAAT-AGT
178 TCGGTAAACAGAT-TTATT--TTTTAAATCTCATGCTTATTAAT-TTTTCAAATA-TTAATAAAT
* * * * * * ** * * * * * * ** **
13381729 TCGAATAAACTTGA--CTATTTGAACTTGTA--CAGTGAACAGATTCATTTTTTA-AATCCCCAA
238 TAGTAT-TATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAACTAAACA-ATT-ATTTATGACAAAACAAAA
* ** * ** * **
13381789 ---CTTATTAATTT---TTAGA-ATATTAACCAATTAGT-ATTATTTGATTTCGAATAAACAT-G
300 GGTCATAACAATTTGAAATAGATA-ATTATTCAAATAGTCA-TAACT-ATTT-G----AAC-TGG
* * * * * ** ** *** *
13381845 TTT-GAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAGAT-AAAAAGATCATAACGATTTGAAATA--AATA
356 TTTGGCA-A-ACATATTTATTTT-TTA-AATCTCTTACTTAT--TAA--TTTTGAAATATTAATA
** * *** * * * * * * *
13381906 ATTATTCAAACAGTCAAAACTATT-TGAACTCA-C-T-CAG-T-ATATA-AATT-TATTTTTTA-
413 A--ATT--AGTA-T-TATTTTATTCCGAA-TAAGCTTGTAGATGAAAAACAATTGT-TTTATGAC
* ** * * ** ** ** * ** **
13381962 AAATCTTTTA-CTTATTAA-TTTTTGAAAT-TTTAATAAATT-AATATAACTC-TATTTCAAAT-
470 AAAAC--AAAGGTCA-TAACGATTTGAAATAGATAAT-TGTTCAA-AT-AGTCATAACT-ATTTG
**
13382021 AAGCTTT
528 AA-CTGA
* ** * * * * * ** *
13382028 TATGGACAAAAACA-ATTGGTTTATGACAA--AAC--A-AAAGATCATAACAAT-TTGAAATGAA
1 T-TGG---TAAACAGATTTATTTTTTA-AATCTACTTATTAA-TTTTTAA-AATATT--AATAAA
* * * * *** * * * ****
13382086 TA--ATTGTTTAAATAGTT--AT-AACTATCTGAATGTGTTCAGAA-AACTGATTTATTTTTTAA
57 TAGTATTATTT-TAT-TTTGAATAAACT-T-T-TATGAACT-AAAACAATTGTTTTA-TGACAAA
**** * * ** * * ** * * ** * * **
13382145 ATTTTA-TTTATTAA-TTTTTGTAATA-TTAATCAATTTATATTA-TTTTATTCAAAAT-AAGCT
115 ACAAAAGGTCA-TAACAATTTGAAATAGATAAT-TGTTCA-AATAGTCATA-ACTATTTGAA-CT
** * * * * ** * * * * *
13382205 TGTAAGAATAGAACCGA-TTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCA-TAATATTTTGAAATAGATAA
175 TGTTCG-GTA-AACAGATTTATTTT-T--TAAATCTCATGCTTATTAAT-TTTTCAAATA-TTAA
*** * * * * ** *** * * ** *
13382268 TTGTTTAG-A-TA-GTCATAACTATTTGGGCTTGT-TCAA-TAAAATAAATTCATTT-T-TTAAT
233 TAAATTAGTATTATTTTAT-TCCAAATAAACTTGTATGAACT-AAA-CAATT-ATTTATGACAAA
* **** * * * * * * *
13382326 TCTCTTGCTCATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAG-CTTAT
294 ACAAAAGGTCA-T-A-----ACAAT-TT--GAAA-TAG-A-TA-ATTA-TTCAAAT-AGTCATAA
* * * ** * * * ** *
13382390 TTGAATTGAAACAGTTGTTTTATTTCAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAAT-AGTTAATTAT
343 CT-ATTTG-AAC---TG-GTT-TGGC-AAAC-ATA--TT-T-AT-TTTTTAAATCTCTTACTTAT
* * ** ** **** * * *
13382454 TCAAATAATCATGACAATTTTAACT-TGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTA-AATCTTTTACTT
394 T--AAT--T-TTGA-AATATTAA-TAAATT-AGT-ATTAT-TTTATTCCGAATAAGCTTGTA--G
* * * * * * * ** ** * * *
13382517 ATTAATTATCAAAAT-ATTAATAACTAATATTATTTTAATCTGAATAAC-CTTGTACAAATAGAA
447 ATGAA-AAACAAT-TGTTTTATGAC-AA-A--A--CAAAGGT-CATAACGATT-T-GAAATAG--
* *
13382580 ACAATTGTTTTATGACAAAACTAAAAGTCATAAC-AATTGAACTTG-
499 ATAATTG---T-T--C-AAA-T---AGTCATAACTATTTGAAC-TGA
* * * *
13382625 TTCGCTAAATAGGTTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTATCTT--AATATTAATAAATTT
1 TT-GGTAAACAGATTTATTTTTTAAATC---TACTTATTAATT-T-TTAAAATATTAATAAA-TA
* * ** * * * * *
13382688 GTACTATTTTA-TTTGAAATAAGCTTGGACGAA-TAGAAAAAATTATTTAATGTCAAAACAAAAG
59 GTATTATTTTATTTTG-AATAAACTTTTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * *
13382751 GTTATAACAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTCGTTCGGTAAAC
122 GTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAAC
* * ** *
13382816 AAATTCT-TTTTTTAAATCTCCTAATTATTAATTTTTGGAAA-ATTAATAAATTAGTATTATTTT
187 AGATT-TATTTTTTAAATCTCATGCTTATTAATTTTT-CAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
*** * * *
13382879 ATTTTGAATAAACTTATATGAACTGAAACAAATCT-TTTATGACAAAAGAAAAGGTCATAACGAT
250 ATTCCAAATAAACTTGTATGAACT-AAAC-AAT-TATTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAAT
* * * * **** *
13382943 TTGAAATAGATAATTATTCAAAGAGTCATGACTATTTGATCTAGTTCAATAAACAAATTTATATT
312 TTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGCAAACATATTTAT-TT
* * * ** * * *
13383008 TTAAAAT-TTTTATTTATTAATTGTCCAAATATTGATAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAG
376 TTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAG
* ** * * * * * * *
13383072 TTTGTATGAACAGAAACAAATATTTTAT-AGCAAGATAGAAA-GTTAAAACGATTTGAAATAAAT
440 CTTGTA-GATGAAAAACAATTGTTTTATGA-CAA-A-ACAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGAT
* *
13383135 AATTTGTT-AAATATTCATAACTATTTGAACTGGT
501 AA-TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GA
* * * * *
13383169 TTGATAAATAGATTTATTTTGTAAATCTA-TTATTAATTTTTGAAATATTAATATATTAGTATTA
1 TTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATA-AATAGTATTA
* * * * ** * * * *
13383233 CTTTATCTCGAACAAACTCATATGAACAAAAACATTTGTTTTACGACAAAACAAAAGGTCATAAT
65 TTTTATTTTGAATAAACTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
* * * * **
13383298 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAA-TTGGTTAGGTAAACCA-AAAT
130 AATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCGGTAAA-CAGATTT
* * * * ** * ***
13383361 ATTTTTTAAAATTTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTTTTTTATTTTATTTTGA
193 ATTTTTT-AAATCTCATGCTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAA
* * * * * ***
13383426 ATAAGCTAGTATGAATTGAAA-ATTTGTTTTATGACAAAACGAAAA-GTCATAATGTTTTGAAAT
257 ATAAACTTGTATGAACT-AAACAATT-ATTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAACAATTTGAAAT
* * * * * * * * * * * *
13383489 AGATAGTTGTTCATATAGTCTTAAATATTTAAACTAGTTCGTCAAACAAATTTA-TTTTTAATTT
319 AGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGCAAACATATTTATTTTTTAAATC
* * * **
13383553 TCTTAGTTATTAATTTTTGGAAA-ATTATTATATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTAT
384 TCTTACTTATTAA-TTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTA-
* * * * * * * *
13383617 GAAT-AGAAATAATTGTTTTGTGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAGTATACAATTGTTC
446 G-ATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTC
* *
13383681 AAATAGTCATAATTATTTGAACTAGT
509 AAATAGTCATAACTATTTGAACT-GA
* * * *
13383707 TTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCGCTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTA
1 TTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAAT--C-TACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAA-TAGTA
** ** * * * * * *
13383772 TTATTTT-TTTCCAAATAAGA-TTGAATGATCAAAAACATTTGTTATATGACCAAACAAAAGGTA
62 TTATTTTATTT-TGAATAA-ACTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
** * * * * * *
13383835 ATAATGATTTAAAATAGATAATTGTTGAAAT-GGCTATAATTATTTCAA-ATGATTCGGTAAA-A
125 ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAACA
* * ** * * *
13383897 CGA-TTACTTCTTAAA--TCA--CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTGTATAATTGTAT
188 -GATTTATTTTTTAAATCTCATGCTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * * * * * * **
13383957 TTCAAATAAGCTGGTAT-AATTTGAAACGATTGTTTTATGACGAAACAAAAGTTCATAATGATTT
252 TCCAAATAAACTTGTATGAA-CT-AAACAATT-ATTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTT
* ** * * * * ** * *
13384021 GAAATAGATAATTCTTCATGTAGTCTTAACTATATGAATTGCTTTAACAAACAGATTTATTTTTA
314 GAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGCAAACATATTTATTTTTT
* * * * * * *
13384086 AAATCTCTTAGTTATTAGTTTTTGGAATACTATTAAATT-GATATTATTTTATTTCAAATAAGCT
379 AAATCTCTTACTTATTA-ATTTTGAAATATTAATAAATTAG-TATTATTTTATTCCGAATAAGCT
*** * * * * * *
13384150 TGTATGAACTAAAACAATTATTTTATAATAAAACAAAAGGTTATAA-GAATTTGAAATAGGTAAC
442 TGTA-GATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGGTCATAACG-ATTTGAAATAGATAAT
** *
13384214 TACTCAAATAG---GAA--A--TG--CT--
504 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGA
* *
13384233 TTGGTAAATAGATTTATTTTTT-AATCT-CTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTA
1 TTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAA-TAGTATTA
* ** * *** * * *
13384296 TTTTATTTCGAATAGGCTTGTGA-GATGAAAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAATGTTCATAA
65 TTTTATTTTGAATAAACTT-TTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * * *
13384360 CTATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATAG-CAATAATTATTTGAAC-TGATTTGGTAAATAGATT
129 CAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAACAGATT
* * ** * ***
13384423 CACTTTTTAAA--TCA--CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTATTATTATTTTATTTTGA
192 TATTTTTTAAATCTCATGCTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAA
* * * * * * * *
13384484 ATAAGCATT-TTTGAATTGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAATGTCATAATAATTTTAAAT
257 ATAAAC-TTGTATGAACT-AAACAATT-ATTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAAT
* * * * * ** **** * *
13384548 -GTACAATTGTTTAAATAGTCATAACTAGTTGAATTCATTCAAAAAACACATTTATTTTTAAAAA
319 AG-ATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGCAAACATATTTATTTTT-TAAA
* * * * ** *
13384612 TATC-TACTTATTAATTTTTAAAATATTAACAAATTAATATTATTTTATTTTGGAA-AACCTT-T
382 TCTCTTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCCGAATAAGCTTGT
* * * * ** *
13384674 -TATGAACTGAAGCAATTGTTTTACGACAAAACAAAGTGTTATAGTGATTTGAAATAGATAATAG
445 AGATGAA---AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAG-GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTG
* *
13384738 TTCAAATAGACATGACTATTTGAACCTG-
506 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTGA
* *
13384766 TTCGGTAAACAGATTTA-TTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTGGT
1 TT-GGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCT---ACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAA-TAGT
* * ** * *
13384830 ATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTAT-AAATAGAAACAATTGGCTT-TGATAAAACAAAAGATC
61 ATTATTTTATTTTGAATAAACTTTTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
** * * * * * * * *
13384893 ATAATGATTTAAAAGAAATAGTTGTTTAAATAGTTATAACTATTTGAACTCGCTCGGTAAACAGA
125 ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGA
** * ** * * * * *
13384958 TTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGATTTTTCATAAATTAATATTATTTTATTCT
190 TTTATTTTTTAAATCTCATGCTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCC
* * * * * * **
13385023 GAATAAGCTTTTAT-AAATAGAAAAAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA
255 AAATAAACTTGTATGAACT--AAACAATT-ATTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAA
* * * ** * * *
13385087 ATAGATAATTGTGCAAATAGTCATAACTTTTTGAA-TGTGTTCAGAAAACAAATTTATTTTTAAA
317 ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTG-GTTTGGCAAACATATTTATTTTTTAA
* * * * * *
13385151 AT-TTTTACTTCTTAATTTTTCAAATATTAGTAAATTTA-AATTATTTTATT-TGAAATAAGCTT
381 ATCTCTTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCCG-AATAAGCTT
* * ** * * * * * *
13385213 ACTTGAACAAAACCAATTTTTTTATGACAAAA-AAATGATTATAATGTTTTG-AATGAGATAATT
443 -GTAGATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-GGTCATAACGATTTGAAAT-AGATAATT
* *
13385276 GTTCAGATAGTCATAACTATTTGAACTTA
505 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGA
** * * * * *
13385305 TTCAATAAATAGATTGT-TTTTTTAATTCTCTTACTCATTCATTTTTAGAATATTAATAAATTAG
1 TT-GGTAAACAGATT-TATTTTTTAA--ATC-TACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAA-TAG
** ** * * * * * * *
13385369 TATTATTTTATTTCAAATATGCTTATATGAAATGAAATATTTGTTTTATTACAGAA-AAAAGGTC
60 TATTATTTTATTTTGAATAAACTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * * * * * *
13385433 ATAATAATCTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATATGAACTTATTCAGTAAACATA
125 ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGA
* ** ** * *
13385498 TTTATTTTTTAAATCTCTTATTTATTAA-TTCCCAAAATAATAATAAATTAATATTATTTTAATT
190 TTTATTTTTTAAATCTCATGCTTATTAATTTTTC-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATT
** * * * * * *
13385562 -TGAATAAACTTGGATGAA-TAGGAATAATTATTTTATGAAAAAATAAAAAGTCAAAACAATTTG
253 CCAAATAAACTTGTATGAACTA--AACAATTA-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTG
* * * * ** * ** * * *
13385625 AAATAAATAATTGCTT-AAATAGTCATAACAATTTAAACTTATTCAGTAAATAGCTAAAATAATT
315 AAATAGATAATT-ATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTT-TGGCAA-A-C-ATATTTATT
*** * *
13385689 GTTTTAAGA-C-AAAAGGTCA-TAATGATTTGAAA-A--ACAT-AATT-GTTCATATAGTTTTAA
375 -TTTTAA-ATCTCTTA-CTTATTAAT--TTTGAAATATTA-ATAAATTAG-T-AT-TA-TTTT-A
** * * * *** * ** ** * **
13385746 CTATTTGACCT--GCTT-TAG--CAAATAGTTTTATTTT-T-A-AATCTCTTA-GTTATTAA-TT
429 -T-TCCGA-ATAAGCTTGTAGATGAAAAACAATTGTTTTATGACAA-AACAAAGGTCA-TAACGA
* * * ** * *
13385801 TTTGGAGTATTATTAAATTAATATTATTTTATTTAG-AATAAGCCTATATGAAC---
489 TTT-GA--A--A-TAGA-T-A-ATT-GTTCAAATAGTCATAA--CTATTTGAACTGA
* * * * * ** *
13385854 -T-G-AAACA-A-TTATTTTATAATAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATGATTATTCAA
1 TTGGTAAACAGATTTATTTTTTAA-ATC--TA-CTTATTA--ATTTTTAA-A-AT-ATTAAT-AA
* * ** **** ** * * * * *** *
13385914 ATAGAAATTGGTTCGATAAACAAATTTACTTTT-TAAATCTCGTATTAATATTTGAAATATTA-A
56 ATAG-TATT-ATTTTAT-TTTGAATAAACTTTTATGAA---C-TA-AAACAATTGTTTTATGACA
* ** ** * *
13385977 TAAATTAGTATTATTTTGTTTTGAACAATTTTGTATGAATATAACAATTGTTTTATGACAAAACA
113 -AAA-CA--A--A--AGGTCAT-AACAA-TTTG-A--AATA-GATAATTG---T-T--C---A-A
* * * *
13386042 AAATGTCAT-AGTGATTTAAAATAGCTAATAGCTCAAATAGACTTGACTATTTGAACTTGTTTAA
154 ATA-GTCATAACT-ATTT--GA-A-CT--T-G-T----T---C--G-GTA----AAC-------A
* * * * * *
13386106 TGAACAAATTTATTTTTCAAATTTTCA-ACTTATT-ATTTTTTAGAATATCAATCAATTAGTATT
188 -G-----ATTTATTTTTTAAA-TCTCATGCTTATTAATTTTTCA-AATATTAATAAATTAGTATT
* * * * *
13386169 ATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGACAAGATAAAAGATAATA
245 ATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAACT--AAACAATTA-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
** * * * * * * ** * * *
13386233 ATGATTTGAAATAAAAAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTAAACTTGTTCAGTAAATAGATTT
307 ACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGCAAACATATTT
* * * *
13386298 ATTTTTTAAATCT-TCTACTTATTAATTTTTGTAATTTTAATAAATTA-TCGTTATTTTATTTCG
372 ATTTTTTAAATCTCT-TACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGT-ATTATTTTATTCCG
* * * *
13386361 AATAAGCTT-T-TATG----ACAA-------A--AC---A-AAAGATCATAATGATTTGAAATGG
434 AATAAGCTTGTAGATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGGTCATAACGATTTGAAATAG
* *
13386407 ATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACGTGT
499 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGA
* * * * * ** *
13386443 TTAGAAAATAGATTTATTTTTTAAATTTTTAGTTATTAATTTTTGTAATATTAATCAATTTA-TA
1 TTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAA--TCTACTTATTAATTTTTAAAATATTAAT-AA-ATAGTA
* * ** *
13386507 TTAGTTTA-TTCGAA-AAAGCTTGCATGAA-TAGAAACAATTGTTTTGTG-----ACAAAA---C
62 TTATTTTATTTTGAATAAA-CTTTTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * *
13386561 --AA-AA--TG---T-TATAATTGTTCAGATAGTCATAACTATTT-AGGCTTGTTCAGTAAACAG
125 ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA-ACTTGTTCGGTAAACAG
* * * * *
13386616 ATTCATTTTTTAATTCTCTTAG-TCATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTGTTATTTTAT
189 ATTTATTTTTTAAATCTCAT-GCTTATTAATTTTTCA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * * * * * **
13386679 TTCAAATAAGCTTATTTGAATTGAAACAATTATTTTATTACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTG
252 TCCAAATAAACTTGTATGAACT-AAACAATTA-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTG
* * * * * * *
13386744 AAATAGTTAATTATTCAAATAATCATGACTATTTTAACTTGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTA
315 AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGCAAACATATTTATTTTTTA
* * ** * * * *
13386809 AATTTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAAT-AATTAGTATTATTTGAATCTGAATAACCTTG
380 AATCTCTTACTTATTAATT-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTG
* * * ** *
13386873 --GATGAATAGAAGCAATTGTTTAATGATAAAACAAAAAGTCATAATAATTTGAAATAAATAATT
444 TAGATGAA-A-AA-CAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATT
* * * *
13386936 ATTCAAATAGTTATAAC-ATTTGAATTTA
505 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGA
** * *
13386964 TTCAATATACATATTTATTTTTTAAATCTTTTA-TTCATTAATTATCTT--AATATTAATAAATT
1 TT-GGTAAACAGATTTATTTTTTAAATC---TACTT-ATTAATT-T-TTAAAATATTAATAAA-T
* *** * * * * * * *
13387026 TGTATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTATTAAC-AAAAAAAATATTTTATGTCAAAACAAAAGG
58 AGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG
* * * * * * * * *
13387090 TTATAGCAATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTTGTTCAGCAAATA
123 TCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACA
* **
13387155 GA-TT-TTTTTTAAATCTCTTAG-TTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
188 GATTTATTTTTTAAATCTCAT-GCTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * * * * *
13387217 TTCAAATAAACTTATATGAACTGAAACAAATCTTATATGA-TAAA-AAAATGTCATAACGATTTG
252 TCCAAATAAACTTGTATGAACT-AAACAATTATT-TATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTG
* * * * * * * *
13387280 AAATAGATAATTATTCTAATAGTCATGACTATTTTATCT-ATTTCGGTAAACCTAATTATTTTTT
315 AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTT-GGCAAACATATTTATTTTTT
* ** * * *
13387344 AAAAT-TTTTACTTATTAATTATCAAAATATTAATAAATTATTATTATTTTAATCCAAATAAGCT
379 -AAATCTCTTACTTATTAATT-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCT
* * * * * * *
13387408 TGTATGAAT-AGAAACAAATGTTTTATAATAGGACAA-AAAGG-CAAAATGATTTGAAATAAATA
442 TGTA-G-ATGAAAAACAATTGTTTTATGACA--A-AACAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATA
* *
13387470 ATT-TGTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGT
502 ATTGT-TCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GA
* * * * * *
13387503 TTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCT-GTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAATATTA
1 TTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATA-AATAGTATTA
* * * * * * * ***
13387567 CTTTATTTGGAACAAACTTATATGAAC--AAA-AA-CG-TTTA--AAATAAATAAATTTTCA-AA
65 TTTTATTTTGAATAAACTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACA-AAACAAAAGGTCATAA
* * * * ** ** ** * * ***
13387624 TAGTCAT-AATTATTTAACTTCGTT-AGGTAAACA-AA--A-AT--A-TT-TTC-TTAAATCTCT
129 CAAT-TTGAAATAGATAA-TT-GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAA-CAGA
* * * * * *
13387678 TATTAATTTTTAAA----AT-ATTATTAA--ATTC--AT-TT--T--ATT-TTA-T-TTTGAAT-
190 T-TTATTTTTTAAATCTCATGCTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
* * * ** * * **
13387725 -AAGCT--AGTATG----AATTGAAA-TTTTGTTTTATGACAAAACAACATATCATAAC-ATTTG
254 CAA-ATAAACT-TGTATGAACT-AAACAATT-ATTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTG
* * * * * * ** * *
13387781 AAAATAGATAATTGTTCATATAGTCAAAAATATTTGAACAGGTTCGTTAAATAAATTTA-TTTTT
315 -AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGCAAACATATTTATTTTTT
* * * * * *
13387845 AATTCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTATTATATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTT
379 AAATCTCTTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTT
* * * * * * * *
13387910 TTATA-AACAGAAATAATTGTTTTGAT-ACAAAACAAATGCTTATAACAATTTGCAGTATACAAC
443 GTAGATGA-A-AAACAATTGTTTT-ATGACAAAACAAA-GGTCATAACGATTTG-A--A-A-TA-
* * *
13387973 TATCAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAAAT-A
498 GAT-AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGA
* * * * * **
13388009 GTTCGATAAACAGATTTATTTTTCAAATCACTTACATATTAATTTTTGAAAGAAAAATAAATTAG
1 -TT-GGTAAACAGATTTATTTTTTAAAT--C-TACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAA-TAG
* * * ** * * * * * * *
13388074 TATTATTTCATTCTGAATAAGCTTGAATGATCAAAAACATTTGTTATATAACCAAACAAAAGGTA
60 TATTATTTTATTTTGAATAAACTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * * * * * * * *
13388139 AAAATAACTTGAAA-AGATAATTGCTAAAATGGCCACAATTATTTGAA-ATGATTCGGTAAACAG
125 ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAACAG
* * ** *
13388202 ATTCACTTTTTAAA--TCA--CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTGTATTATTTTTATT
189 ATTTATTTTTTAAATCTCATGCTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATT
* * * * * * *
13388263 TCAAATAAGCTTGTATAAACCGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACAATTCGA
253 CCAAATAAACTTGTATGAA-CTAAACAATT-ATTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGA
* ** * * ** *
13388328 AATAGATAATTGTTCATGTAGTCTTAACTGTTTGAACT-GTTCAGCAAACAAATTTATTTTTTAA
316 AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGCAAACATATTTATTTTTTAA
* * * * *
13388392 ATCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAT-AGCTTGT
381 ATCTCTTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGT
* * * * * * * * * * * *
13388456 ATA-AACTAAAACAATTATTTTATAATAGAACAAAAGGTTACAATGATTTTAAATAGGTAATTAT
445 AGATGA--AAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGT
*
13388520 TCAAATAG---GAAC----TG--CT--
507 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGA
* * * *
13388536 TCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACATATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTA
1 TTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAA--TC-TACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAA-TAGTA
* * ** * * *** * * * * * *
13388601 TTATTTTATTCTAAATAGGCTTGTAAGATGAAAAAAAATTATTTTATGGCAAAACAAATGTTTAT
62 TTATTTTATTTTGAATAAACTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
** * * * * *
13388666 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATAGGCATAATTAATTGAA-TTGATTTGGTAAACAGAT
127 AACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAACAGAT
* * * * * * * *
13388730 TCACTTTTTAAATCAT-TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TATTTTTATTTTATTTC
191 TTATTTTTTAAATC-TCATGCTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCC
* * * ** *
13388793 AAATAAGCTTTTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAACATCATAACAATTTTAAA
255 AAATAAACTTGTATGAACT-AAACAATT-ATTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAA
* * ** * * * * *** *
13388858 TATG-CAATTGTTCAAATAGTTGTAGCTATTTCAATTTG-TTCAAAAACAAATTTATTTTTTTAA
318 TA-GATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGCAAACATATTTA-TTTTTTAA
* * * ** * *
13388921 ATCTCTTGCTTTTTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGGATAACGGTT-
381 ATCTCTTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAA-GCTTG
* * * *
13388985 T--ATGAACTGAAACAATTG-TTTATGACAAAATGAAATGTCATAACGATTTGAAATGGATAATA
444 TAGATGAA---AAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATT
* * *
13389047 GTTCAAATCGACATGACTATTTGAACAT-A
505 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGA
* * * * * *
13389076 TTCAGTGAACAAAATTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAAATTGG
1 TT-GGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCT---ACTTATTAATTTTTAAAATATTAAT-AAA-TAG
* * * * *
13389141 TATTATTTTATTTTAAATAAACTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTT-TTACCAAACAAAAGAT
60 TATTATTTTATTTTGAATAAACTTTTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
** * * * *
13389204 CATAATGATTTGAAATA-AGTATTTGTTTAATTAGTCATAACTATTTGAACTTGCTCGGTAAACA
124 CATAACAATTTGAAATAGA-TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACA
* * * * ** * * *
13389268 AATTTATTTTTTTAATCT-TTACTTATTAATTTTTGGATTTTTCATAAATTAGTATTATTTTATT
188 GATTTATTTTTTAAATCTCATGCTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * * * * * *
13389332 CTAAATAAGCTTTTATAAACAGAAATAATTGGTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGA
253 CCAAATAAACTTGTATGAAC-TAAACAATT-ATTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGA
* ** * * * *
13389397 AATAGATAATT-TTCAAATAGTCATAACTTTTTGAA-TGTGTTCAGAAAATAAATTTATTTTTAA
316 AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTG-GTTTGGCAAACATATTTATTTTTTA
* * * * * * * *
13389460 AAT-TTTTACTTCTTAATTTTTGGAGTATTAGTAAATTTA-AATTATTTTATT-TGAAACAAGCT
380 AATCTCTTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCCG-AATAAGCT
* ** * * * * *
13389522 TGCATGAACAAAACCAATTGTTTTATGACAAAA-AAAGGGTTATAATGTTTTGAAAAAGATAATT
442 TGTA-GATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-GGTCATAACGATTTGAAATAGATAATT
* *
13389586 GTTTAGATAGTCATAACTATTTGAACTTG-
505 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGA
* ** * * **
13389615 TTCGGTAAACAGATTCT-TTTCCTTATTCTCTTTCTCATTAATTTTTGTAATATTAATAAATTAG
1 TT-GGTAAACAGATT-TATTT-TTTA-AATC-TACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAA-TAG
* * * * *
13389679 TATTATTTTA---CGACAAAAAGCTTATATGAACTAAAACAATTGTTTTATTACTAAACAAAAGG
60 TATTATTTTATTTTGA-ATAAA-CTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG
* * * * * * * * *
13389741 TTAT-GCTGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATACTTATGACTATTTGAACTTGTTCGGTAAAT
123 TCATAAC-AATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAAC
* * * * *
13389805 ATATTTATTTTTTAATTCTTC-TACTTATTAA-TTGTCAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA
187 AGATTTATTTTTTAAATC-TCATGCTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * * * *
13389868 ATCCCAATAAACTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAAGTCAGAACAATT
251 TTCCAAATAAACTTGTATGAAC-TAAACAATTA-TTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAACAATT
* * * * * * ** * *
13389933 TGGAATAAATAATTGCTT-AAAGAGTCATAA-TGATTTAAACAT-ATTCAGTAAATAGTTGAAAT
313 TGAAATAGATAATT-ATTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAAC-TGGTTTGGCAAACA--T---AT
* ** * * *** *
13389995 AATTGTTTTTTGGCAAAAGGTCATAAC-GATT--TTAAAAACATAATTGCTCATATAATCTTAAC
370 --TTATTTTTT----AAATCTC-TTACTTATTAATTTTGAA-AT-A-T--T-A-ATAA-ATT-A-
* ** * ** ** * * * **
13390057 TGT-TTGA-ATTACTTTGGCAA-ATAG-TT-T-TATTTAATTCAA-AGTTTTATTA-AATTAGTA
418 -GTATT-ATTTTA-TTCCG-AATA-AGCTTGTAGATGAAAAACAATTGTTTTATGACAA-AACAA
* * ** * ** * * *** * * * *
13390114 TGATTTTAATCCAAAT-AAGCTTACATGAATTGAAAAAATTA-T-ATTA-TAATAGAAC-AA
477 AGGTCATAA-CGATTTGAA--ATAGAT-AATTGTTCAAA-TAGTCATAACTATTTGAACTGA
** ** * *** **
13390171 AGGGCTATAAC-GATTTGAAATAGATAATTTTTAAATAGAAATTGATTCAATAAATAGATTTATT
1 TTGG-TA-AACAGA-TT----T--AT--TTTTTAAAT-CTACTT-ATT-AATTTTTA-AAATA-T
** ** * * * * * * *
13390235 TTTTAAATCTCTTACTAATTTTTGAAATATT-AATAAATTAGTATTATTTTATTCT-TAATAATT
50 TAATAAA--TAGTA-TTA-TTTT---ATTTTGAATAAACT--T-TTA--TGA-ACTAAAACAATT
* * * *** ** ** ** *
13390298 -TTGTATGAATAGAAATAATTATTTTACGATAAAACAAAATGCCATA-ACGA-T-TTGAAATAGC
102 GTTTTATG-ACA-AAACAA--AAGGT-C-AT--AACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-
* ** * *
13390359 TAACAGTTCGAA-TAGACTTGACTATTTGCACTTGTTTAGTGAACAGA-TTA-TTTTTAAATTTT
158 T--CA--T--AACT--ATTTGA--A------CTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAA-TCT
* * * * * * *
13390421 CA-ACTTATT-ATTTTTTAGAATATCAATCAATTAGTATTACTTTATTTCGAATAAACTTGTATG
206 CATGCTTATTAATTTTTCA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATG
* * * * * * * *
13390484 AA-TAGAAATAATTGTTTTATGACAAGACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTTA
270 AACT--AAACAATT-ATTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCA
* * * ** * * * *
13390548 AATAGTCATAACTATTTAAACTCGCTCAGTAAATAGATTTATTTTTTTAAATCTTTTACTTATTA
332 AATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGCAAACATATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTA
* * * * * **
13390613 ATTTTTGGAATTTTAATAAATTAG-AATATTTTATTCCAAATAAGCTTTTATGAACAAAAACAAT
396 A-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTA-GATGAAAAACAAT
** ** * * * * *
13390677 TACTTTATGACAAAACAAAAAATCATAATGATTTGAAATGGATAATTATTTAAATAGTTATAACT
459 TGTTTTATGACAAAAC-AAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
*
13390742 ATTTGAA-TGTG
523 ATTTGAACTG-A
*** * * * ** *
13390753 TTTAAAAGATAGATTTATTTTTTAAATTTTAGTTATTAATTTTTGTAATATTAATCAATTTA-TA
1 TTGGTAA-ACAGATTTATTTTTTAAA-TCTACTTATTAATTTTTAAAATATTAAT-AA-ATAGTA
* * ** * *
13390817 TTATTTTA-TTCGAAATAAGCTTGCATGAAC-AGAACCAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
62 TTATTTTATTTTG-AATAAACTTTTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
*** * ** *
13390880 ATAATGTTTTGAAATAGATAATTGCTT-AGATAGTCATAACTATTTGGGCTTGTTCGATAAACAG
125 ATAACAATTTGAAATAGATAATTG-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAG
* * * * *
13390944 ATTCATTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
189 ATTTATTTTTTAAATCTCATGCTTATTAATTTTTCA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* ** * * * * * * * * **
13391008 TCAAATAAGGTTATTTGAATTGAAACAGTTGTTTTATTATAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGA
253 CCAAATAAACTTGTATGAACT-AAACAATT-ATTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGA
* * * * * ** * **
13391073 AATAGTTAATTATGT-AAATAATCATGAC-ATTTTAACTTGTTCAGTAAATGTATTTATTTTTTA
316 AATAGATAATTAT-TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGCAAACATATTTATTTTTTA
* * ** * * ** *
13391136 AATCTTTTACTTATTAAATGTAAAAATATTAAT-AATTAATATTATTTTAATATGAATAA-CAAT
380 AATCTCTTACTTATT-AATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGC-TT
* * * * * *
13391199 GTATGAAT-AAAAATAATTTTTTTATGA-AAAGCAAAAAGTCATTACAATTTGAAATAGATAATT
443 GTA-G-ATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATT
* * *
13391262 GCTCAAATAGTCAAAAC-ATATGAACTTG-
505 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGA
* *
13391290 TTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAACTTTTACTTATTAATTATCTT--AATATTAATAAATTTA
1 TT-GGTAAACAGATTTATTTTTTAAA--TCTACTTATTAATT-T-TTAAAATATTAATAAA--TA
* * * * * * *
13391353 -TATTATTTTA-TTCGAAATAAGCTTGTATGAACAAAAAAAATTATTTTATGTC-AAACTAAAAG
59 GTATTATTTTATTTTG-AATAAACTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAG
* * * * ** * * *
13391415 GTTATAGCGATTTCAAATAGATAATTGTTTGAATAGTCATAATTATTTAAACTTGTTTGGTAAAC
122 GTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAAC
* * * ** ** * *
13391480 AAATTCT-TTTTTCAAATCTCTTAATTATTAATTTTTTGAATATTAATAAGTTAATATTATTTTA
187 AGATT-TATTTTTTAAATCTCATGCTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
*** * * * *
13391544 TTTTGAATAAACTTATATGAACTGAAACAAATCT-TTTATGACAAAAGAAAAGGTTATAACGATT
251 TTCCAAATAAACTTGTATGAACT-AAAC-AAT-TATTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATT
* * * *
13391608 TGAAATAGATAATTATTCAAATAGTAATGACTATTTGATA-TAGTTTGGTAAACATATTTATTTT
313 TGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGA-ACTGGTTTGGCAAACATATTTATTTT
* ** * * *
13391672 TTAAAAT-TTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTAATATTTTAATCTGAATAAG
377 TT-AAATCTCTTACTTATTAATT-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAG
* * ** * * * * *
13391736 CTTGTATGAAT-AGAAACAAATGTTTT-T-ATCATGGACAAAAAGTCAGAACGGTTTAAAATAAA
440 CTTGTA-G-ATGAAAAACAATTGTTTTATGA-CA-AAAC-AAAGGTCATAACGATTTGAAATAGA
* *
13391798 TAAATT-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGT
500 T-AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GA
* * * * *
13391833 TTGATAAATAGATTGATTTTTTAAATCTA-TTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTA
1 TTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATA-AATAGTATTA
* * * * * * *
13391897 CTTTATTCTGAACAAACTTATAT-ATACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCAT--
65 TTTTATTTTGAATAAACTTTTATGA-ACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
** * * * *
13391959 -AGGTT----TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTG-A-TTGGTTAGTTAAACAAAAAT
129 CAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCGGTAAAC--AGAT
* * * * *
13392017 ATT-TTTTTTAAA--TC-T-CTTACTAAATTTTGAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTT
191 -TTATTTTTTAAATCTCATGCTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTC
** * * * * * * **
13392076 TGACTAAGCTAGTATGAATTGAAA-AATTTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACGTTTTGAAA
254 CAAATAAACTTGTATGAACT-AAACAATTATTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAA
* * * * * * *** * * *
13392140 TCA-ATAATTGTTCATATTGTCTTAAATATTTGAACTAGTTCATCAAACAAAGTTA-TTTTTAAT
318 T-AGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGCAAACATATTTATTTTTTAAA
* * * * * * *
13392203 TCTCTCAGTTATTAATTTTTTG-AATATTATTAGA-TAGGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTG
382 TCTCTTACTTATTAA--TTTTGAAATATTAATAAATTA-GTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTG
* * * * * * * * *
13392266 TATGAAT-AGAAATAATTGTTTTGTGACAGAATAGAAGGTTATAACAATTT-AAAGTATACAATT
444 TA-G-ATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACA-AAGGTCATAACGATTTGAAA-TAGATAATT
* * * *
13392329 TTTCAAATAGTCATAATTATTTGAATTGG
505 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGA
* * * * * *
13392358 TTCGATAAACATATTTA-TTTTTAAATCGTTTACCTATTATTTTTTGAAAGATTAATAAATTAGT
1 TT-GGTAAACAGATTTATTTTTTAAATC---TACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAA-TAGT
* ** * * * * * * *
13392422 ATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGAATGATCAAAAACATTTGTTATATGGCCAAACAAAAGGTAA
61 ATTATTTTATTTTGAATAAACTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
* * * * * * * **
13392487 TAACATTTTGAAATAAATAATTGTTGAAATGGCCATAATTATTTGAA-ATGATTTAGTAAACAGA
126 TAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAACAGA
* * * ** * * * *
13392551 TTCACTTTTTAAA--GCA--CTTATTAATTTTTGGAGTATTAATAAATTTGTGTTATTTTATTTC
190 TTTATTTTTTAAATCTCATGCTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCC
* * * * * **
13392612 AAATAAGA-TTGTATAAACTGAAACGATTGTTTTAATG-TAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGA
255 AAATAA-ACTTGTATGAACT-AAACAATT-ATTT-ATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGA
* *** * * ** ** * *
13392675 AATAGATAATTGTTCATGCAGTCTTTACTATTTGAACTACTTCAGCAAATAAATTTATTTTTTAA
316 AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGCAAACATATTTATTTTTTAA
* * * *
13392740 ATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTGT
381 ATCTCTTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGT
** * * * * * * ** *
13392805 ATGAACAGAAACAATTATTTTATAATAAAATAAAAGGTTATAATTATTTGAAATCAG-TAATTAT
445 A-GATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAGGTCATAACGATTTGAAAT-AGATAATTGT
* **
13392869 TCAAATA---AGAACTACCT---C-GA
507 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGA
* * *
13392889 ---G-AAATAGATTTATTTTTTAAGTCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTA
1 TTGGTAAACAGATTTATTTTTTAA--ATC-TACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAA-TAGTA
** *** * * *
13392950 TTATTTTATTCCGAATAGGTTTGTAATATG-A--AAAACAATTATTTTATGACAAAACAAATGTT
62 TTATTTTATTTTGAATAAACTT-T--TATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
** * * * * *
13393012 CATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATAGCCATAATTATTTGAAC-TGATTCAGTAAATA
124 CATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAACA
* * * * ** ** *
13393076 GATTCACTTTTTAAATCACTTATTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTATTATTATTTTATT
188 GATTTATTTTTTAAATCTCATGCTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
*** * * ** * * * ** *
13393141 TTGAATAAGCATACATGAACTAAAATAATTGTTTTATGATAAAACAAAACATCATAACAATTTTA
253 CCAAATAAACTTGTATGAACT-AAACAATT-ATTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGA
* * * ** ** * *
13393206 AATATACAATTATTCAAATAGT-AGTAAC-ATTTGAATTTATTCAGAAAACACATTTATTTTTTA
316 AATAGATAATTATTCAAATAGTCA-TAACTATTTGAACTGGTTTGGCAAACATATTTATTTTTT-
* * * * * *
13393269 AAATCTCTTGCTTGTTAATTTTTGAAATATTAGTAAATTAGTATTATTTTATT-TGGATAACCAT
379 AAATCTCTTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGC-T
* * * * * *
13393333 T-T--ATGAACTGAAGCAATTGTTTTATTACAAAACAAAAGGACA-AAGTGGTTTTAAATA-ATT
442 TGTAGATGAA---AAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGGTCATAA-CGATTTGAAATAGA-T
* * * *
13393393 AATTGTTTAAATATTCATAACTATTTGAGCTTA
501 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGA
* * * * * *
13393426 TTCGGTAAATAGATTTATTTTTCAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTCAAATATTAATATATTAGG
1 TT-GGTAAACAGATTTATTTTTTAAA--TC-TACTTATTAATTTTTAAAATATTAATA-AATAGT
* * * * * * * * *
13393491 ATTAATTTATTTTGAATAAGCTTGTATGATA-TGAAATAAATATTTTATGACTAAA-AAAAGGTT
61 ATTATTTTATTTTGAATAAACTTTTATGA-ACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* ** * ** ** * * ** *
13393554 AGAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTTATAGTTTTAACTATTAGAA-TTGGTTAGACAAACAC
125 ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCGGTAAACAG
* * * * *
13393618 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTACTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTATTT
189 ATTTATTTTTTAAATCTCATGCTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
* * * * * ** *
13393682 CAAATAAGCTTGTATGATCAAAAACAATTGTTTTATAACCAAAA-AAAAGGTCATAATGATTTAA
254 CAAATAAACTTGTATGAAC-TAAACAATT-ATTTATGA-CAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGA
* * * * * *
13393746 AATAGATAATTGTTCAAATGATTTAAAATAGACAATTGCCATAATTGTTTAATTGATTTGGTAAA
316 AATAGATAATTATTCAAAT-A-GT--CATA-AC---T---AT--TTG---AACTGGTTTGGCAAA
* *
13393811 CAAATTTATTTTTTAAA--T-TT-CTTA-T-ATTTTAGAAATATTAATAAATTAGTATTGTTTTA
365 CATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * * * * * * * ***
13393870 TTTCGTATAAACTTG-A-ATTAACTGAAATAATTGTTTTAT--TAAAA-AAAGATAATAGTTATT
429 TTCCGAATAAGCTTGTAGATGAA---AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGGTCATAACGATT
* * *
13393930 TTAAATAGATAATTTTTCAAATAG-CTATAACTATTTAAACTTG-
491 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAAC-TGA
* * ** **
13393973 TTCGGTAAATAGATTTATTTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTTGAAGGTTAATAAATTAG
1 TT-GGTAAACAGATTTA-TTTTTTAAA--TC-TACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAA-TAG
** *** * * * * * *
13394038 TATTAGCTTATTCCAAATAAGCTTGTAT-ACAATGAAACAATTGCTTTATGACTAAACAAAAGGT
60 TATTATTTTATTTTGAATAAACTTTTATGA-ACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
* * * * * ** * * *
13394102 TAAAACAATTTGAAATAGATAACTATTCTAATAGT-ATTAA-TCACATAAACTGGTTCGGTAAAT
124 CATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA-TAACT-ATTTGAACTTGTTCGGTAAAC
* * * * * * *
13394165 AAATTTATTTTTTAAA--TC--GCTTGTTAATTTTTAAAATATTATTAAATTTGTATTA-TTCAA
187 AGATTTATTTTTTAAATCTCATGCTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * * *
13394225 TCTAAATAAGCTTATATGAA-TAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAATGGTCATAACAATTTG
252 TCCAAATAAACTTGTATGAACT-AAACAATTA-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTG
* * * ** * *
13394289 AAATAGATAATCATTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTTGGCAATTAGATTTATCTTTTA
315 AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGCAAACATATTTATTTTTTA
* * ** * * * * ** **
13394354 ATTTTCTTGGTTATTAAGTTTCGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAAATAC
380 AATCTCTTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTG
* * * **
13394419 T--ATGAACATAACTAATTGTTTGATGACAAAACTAAGAGTTATAAAAATTTGAAATAGATAATT
444 TAGATGAA-A-AAC-AATTGTTTTATGACAAAACAAAG-GTCATAACGATTTGAAATAGATAATT
* * * * * *
13394482 ATTCATATAGTCAAAACTACTTGAAATGGT
505 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GA
* * *
13394512 TTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTAATTAATTTTCT-AAATATT-A-AATTAGTA
1 TTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAA--TC-TACTTATTAATTTT-TAAAATATTAATAAATAGTA
* * * ** *
13394574 TTATTTTATTTTAAACAAACTTATATGAA-TGAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAATAA
62 TTATTTTATTTTGAATAAACTTTTATGAACT-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
* * * * * * * *
13394638 TAACGATTTGAAA-AGATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAACTGGTTCAGTAAATAAAA
126 TAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGAT
* * * * * * **
13394702 TTA-TTTTTAACATCTCTTGCTTATAAAATTTTGAAATATTAACAAATTAGTTTTATTTTATTTT
191 TTATTTTTTAA-ATCTCATGCTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCC
* * * * * *
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255 AAATAAACTTGTATGAA-CT-AAACAATTATT-TATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAA
* * * * * ** **** * *
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317 ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGCAAACATATTTATTTTTTAAA
* * * * * ** *
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382 TCTCTTACTTATTAATTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTA
* * * * * * * *
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446 -G-ATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTT
* *
13395022 TAAATAGTCATAACTATTTAAACT-A
508 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTGA
* * * * *
13395047 TTTTGGTAAATAGATTTA-TTTTTATATCT-CTTACTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
1 --TTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAA-TAGTAT
* *** * * **** * * * *
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63 TATTTTATTTTGAATAAACTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * * * **
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128 ACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAACAGATT
* ** * * ***
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192 TATTTTTTAAATCTCATGCTTATTAATTTTTCAAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTCCA
* * * * * * * * *
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256 AATAAACTTGTATGAACT-AAACAATT-ATTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAAT
* * ** ** *
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319 AGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGCAAACATATTTATTTTTT-AAAT
* * ** *
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383 CTCTTACTTATTAA--TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTA
*** * * * * * *
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446 -GATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * * *
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509 AAATAGTCATAACTATTTGAACTGA
* * ** *
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** * * * * * * *
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*** * * * * * *
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* * * * * * * *
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187 AG-ATTTATTTTTTAAATCTCAT-GCTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
* ** * * * * * **
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250 ATTCCAAATAAACTTGTATGAACT-AAACAATT-ATTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATT
* * * * * * *
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313 TGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGCAAACATATTTA-TTTT
* * * * *
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377 TTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAG
* * * *
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440 CTTGTAGATGAA---AAACAATTGTTTTATGACA-AAAC-AAAGGTCATAACGATTTGAAATAGA
* * *
13396095 TAATTGTTCTAATGGTCTTAACTATTTG-A---A
500 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGA
* ** * * *
13396125 -T--TAAATA-A-GCA------AAA-C-AC--ATTTATTTTT----TATTATTAAATTAGTACTA
1 TTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAA-TAGTATTA
*** * * * * * * * *
13396171 TCCAAATCTGAAT-AAGTTTATATGAA-AAGAAACAATTGTTCTATGATAAAA-GAAAGATCATA
65 TTTTATTTTGAATAAACTTT-TATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
** * * * * *
13396233 ATGATTTG-AGTAGATAATTATTCAAGTAGTCATAACTATTTGAAC-TGATTCAGTAAACAAATT
128 ACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAACAGATT
* * * *
13396296 TAGTTTTT-AA----ATG--TCTT-A---TT--AATA--AATCAA-T-G--TTATTTTATTCTAA
192 TATTTTTTAAATCTCATGCTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAA
* * * * * * *
13396342 AT-AATTCTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTAATAACGATTTGAAAT
257 ATAAACT-TGTATGAAC-TAAACAATT-ATTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAAT
* * * * **
13396406 AGATAATTATTCAAATGGACATGACTATTT-AA---ATTTGTTAATAC--ATTTATTTTTTAAAT
319 AGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGCAA-ACATATTTATTTTTTAAAT
** * * *
13396465 CTCCAACCTT-TTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAACATGTA
383 CTCTTA-CTTATTAATTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGT-
* * * * * * *
13396529 AGAAT-AGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACTATTTAAAATAAATAATTATT
445 AG-ATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTT
* *
13396593 CAAATAGTCATAACTATTTGAGCATGCT
508 CAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TG-A
* * ** *
13396621 TTGGCAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATATATTAGTA
1 TTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATC---TACTTATTAATTTTTAAAATATTAATA-AATAGTA
** * * * * *
13396686 TTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAATGTCAT
62 TTATTTTATTTTGAATAAACTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
** * * * * ** * *
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127 AACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTCGGTAAACAGAT
* ** * **
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191 TTATTTTTTAAATCTCATGCTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCC
* * * * * ** *
13396877 AGAATAAGCTTGTAT-ATACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCAAAATGATTTTA
255 A-AATAAACTTGTATGA-AC-TAAACAATT-ATTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGA
* * * * * * * * * *
13396941 AATAGATAATTGTCCAAATAGTAATAATTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTAATTTTTTAA
316 AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGCAAACATATTTATTTTTTAA
* * * *
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381 ATCTCTTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGT
** ** ** *
13397069 ATTTGAACTAATACAATTGTTTTAAAATGAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTA
445 AGATGAA--AA-ACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTG
*
13397134 TTCAAATAGTTATAACTATTT-AGACTTG-
506 TTCAAATAGTCATAACTATTTGA-AC-TGA
* * * * * * *
13397162 TTCGGTAAGCATACTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATT-ATTTGTCAAAATATTAATAACTTAA
1 TT-GGTAAACAGATTTATTTTTTAAATC---TACTTATTAATTT-TTAAAATATTAATAA-ATAG
* * * * * *
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60 TATTATTTTATTTTGAATAAACTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
** * * * * * *
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125 ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGA
* * * **
13397350 TTTATTTTTT-AA--T--TG----------TTT-GAATATTAATAAATTTGTGTTATTTTATTTG
190 TTTATTTTTTAAATCTCATGCTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCC
* * * * *
13397399 AAATAAGCTTGTATGAA-TAGCAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGCGAA-TTAA
255 AAATAAACTTGTATGAACTA--AACAATTA-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC-AATTTGA
* * ** * * * *
13397462 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACAT-GTTCAGTAAATAGATTCATTTTTTA
316 AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGGTTTGGCAAACATATTTATTTTTTA
* * * ** * * ** *
13397526 ATTCTCTTACTTACTAATTTTTGAAAAATTAATAAGCTAGAATTATGTTATTTTGAATAAACTTG
380 AATCTCTTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTG
* * * *
13397591 TATGAAT-AGAAACAATTGATTTGTGATGACAAAA-AAA-GTTATAACAATTTAAAATAGATAAT
444 TA-G-ATGAAAAACAATTG-TTT-T-ATGACAAAACAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAAT
* * * * *
13397653 TGTTCAAACAATCATAAATATTTGCATTGGA
504 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GA
** * * * * *
13397684 CAGGCT-AACTGATTCATTTTTTAAATTTGTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGC
1 TTGG-TAAACAGATTTATTTTTTAAA--T-CTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAA-TAGT
* * * * *
13397748 ATTACTTTATTTCGAATAGGAC-TGTATGAA-AAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAATGG
61 ATTATTTTATTTTGAATA-AACTTTTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GG
* * * * * **
13397810 TCATAACAATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTA-AACTAATTGAACTGGTTTAGTAAACA
123 TCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACA
* * * * * * * * *
13397874 AATTTATTTTTTTAACTCTCTTACTTATTAATTGTTAAAACATTAATAAAATAATATT-TTTTAT
188 GATTTA-TTTTTTAAATCTCATGCTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * * * * * *
13397938 TCTAAACAAACTTATTTGAA-AAAGACCATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTT
252 TCCAAATAAACTTGTATGAACTAA-A-CAATT-ATTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTT
* * * * * *
13398002 GAAATTGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTCGGCAAATAAAATTATTTTTT
314 GAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGCAAACATATTTATTTTTT
* * * ** * * * *
13398067 GAATCTCTTACTAATTAATTTTTGAAATATTAACAAATTTTTTTTATTATATTCTGAATAAGCTA
379 AAATCTCTTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTT
* * * * * * * *
13398132 CTAAGAACTG-AAAA-AATTGTTTTACGACAAAATAAAAGGACACAATGATTTGAAATAAAGAAT
443 GT-AG-A-TGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAAT
* * * * *
13398195 AGTTCATATAGTCTTAACTATTTAAATTCG-
504 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GA
* * * * * * * *
13398225 TTGGACAAATAAATTTATTGTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTAGAATATTATTACATTAGT
1 TTGG-TAAACAGATTTATTTTTTAAA--TC-TACTTATTAATTTTTAAAATATTAATA-AATAGT
* * * * * * * *
13398290 ATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTTA
61 ATTATTTTATTTTGAATAAACTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
* * * * * *
13398355 TAACAATTTGACATATG-TAATTGTTCAAATAGTTATAACCATTTGAACTGGTTCAGTAAATAGA
126 TAACAATTTGAAATA-GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGA
* * * * * *
13398419 TTTA-TTTTTAAATCTCCTACTTATTAACTTTTGAAATATTAATAAATTAGCATTATTTTATTTC
190 TTTATTTTTTAAATCTCATGCTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCC
* * * * * * *
13398483 AAATAGGA-TTGTATGATGA-AAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGTTTATAACTATTTGA
255 AAATA-AACTTGTATGA--ACTAAACAATT-ATTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGA
* * * * * **
13398546 AATAGATAATTGTTCAAATGGCCATAAATATTTGAACTGATTTGATAAAC-TGATTTATTTTTTT
316 AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGCAAACAT-ATTTA-TTTTTT
* * * * *
13398610 AAATCTCTAACTTATCAATTTTTTG-AATATTAA-AAAGTAATATTATTTTATTTCGAATAAGCT
379 AAATCTCTTACTTATTAA--TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCT
* ** * * * *
13398673 TTTATGAGCTG--AAATGATTGTTTTATGATAAAATAAAAGGTCATAATTG-TTTTAAATAGATA
442 TGTA-GA--TGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAGGTCATAA-CGATTTGAAATAGATA
*
13398735 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGT
502 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGA
* ** * ** * * *
13398768 TTAGG-AAACATATTTATTTTTTTTATTTCTTGCTTATTAATTTTTTGAATGTTAACAAAAGAGT
1 TT-GGTAAACAGATTTA--TTTTTTAAATC-TACTTATTAATTTTTAAAATATTAA-TAAATAGT
* * * * * * * * *
13398832 ATTATTTTATATTTTAATAAGCATGTATGAACTAAAATAACTATTTTATGACTAAACAAAAGGTT
61 ATTATTTTAT-TTTGAATAAACTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * * * *
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125 ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA-TAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACA-
* * * ** ***
13398960 G-TTTATTTTTT--A-CTC-TGAC--A--AGCTTTTACGAATAGAAATAAA-T-GT-TT-TAGGA
188 GATTTATTTTTTAAATCTCATG-CTTATTA-ATTTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * * ** * * * * * * * *
13399012 -T-AAAACAAAGATCATATTAATTTCAGATAAATAATTAT-TC---A-AAAA-GTCATAACTATT
251 TTCCAAATAAA-CTTGTATGAA-CT-AAACAATTATTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATT
* * * *** * ** * * *
13399069 TGAACT-GATTCAGTAAAGAGATTTAGTTTTTAAATCTCA-TT-AA-T--TTTTG-AAAGAATAA
313 TGAAATAGA-TAATTATTCA-A-ATAG-TCAT-AA-CT-ATTTGAACTGGTTTGGCAAA-CATAT
* * ** * * * * * * * **
13399127 TAAATTAGTATTAGCTTTTA-TGAATAATTTTG---T-TCAAATAGAAATA--ATTATTTTACGA
370 TTATTTTTTA-AATCTCTTACTTATTAATTTTGAAATAT-TAATA-AATTAGTATTATTTTA-TT
** ** * * * ** ** * *
13399185 CAAAATAAAATGTCATAACGATTTGAAACAGATAATAGTTCAAATAGACATGAC-TA--T-TTGA
431 CCGAATAAGCT-T-GT-A-GA--TGAAA-A-ACAATTGTT-TTAT-GACAAAACAAAGGTCAT-A
* * ** *
13399246 ACTTG-TTTGGTAAACAAATTAATT-TTGTAA-A-TCCTCAACT-TATT-AA-T--
485 AC--GATTT-G-AAATAGA-TAATTGTTCAAATAGTCAT-AACTAT-TTGAACTGA
* * * *** ** * * * *
13399293 TT-TTAAA-ACATTAATAAATTAGAAT-TA-TT-TT-A-TTCCAAATAAACTTGTATGAATAGAA
1 TTGGTAAACAGATTTATTTTTTA-AATCTACTTATTAATTTTTAAA-ATA-TT-AATAAATAG-T
** * ** * * * * ***
13399351 ACAATTGTT-TTATGACA-AAAC--AAAAGATC-ATAACGATT-TGAAAT-A-AATAATTGTTCA
61 ATTATT-TTATTTTGA-ATAAACTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAA-AA-----CA
* * *** *** * ** * *
13399408 AATA-GTCATAACAATTTGAACTCA-CTCGGTAAACAAATTTATTTTTAAATTTACTTATTAA-T
118 AA-AGGTCATAACAATTTGAAAT-AGATAATTGTTCAAA--TAGTCAT-AA-CTA-TT-TGAACT
* * * *
13399470 T-TT-GGAATATTAATAAATTAATATTATTTT--AT-TC-TG---AATAAGCTTGTTTGAAA-A-
175 TGTTCGG--TA--AACAGATT--TATT-TTTTAAATCTCATGCTTATTAA--TT-TTTCAAATAT
* * * * * * * * * * * *
13399524 GAA-ACAATTGGT-TTA---TA-ACAAAACAAA-TGGTCATAATGATTTAA-AA-TA--GATAAT
230 TAATA-AATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTGT-ATGA--ACTAAACAATTATTTATGAC
**** * * * * ** * * * *
13399578 TGTTCGAATA-GTCATAACTATTTG-AA-CG-TATTTA-GAAAATAG--ATACCGTTTTTAAAAT
291 AAAAC-AAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAC-TATTTGAACT
* ** * * ** *
13399636 -TTTTAGTTATTA-ATCTTTGAAATATTAATAAAT-T-TATA-TTATT--TTATTCAAAATAAGC
354 GGTTT-GGCA-AACATATTT---AT-TTTTTAAATCTCT-TACTTATTAATT-TT-GAAAT-A--
* ** ** ** * ** * **
13399694 TTGCATGAACAAAACAAATTATTTTATGACAAATAAAATGTCCTA-ATGTTTTAAAATA-AATAA
407 TT-AAT-AA-ATTA-GTATTATTTTATTCCGAATAAGCT-T-GTAGATG----AAAA-ACAATTG
* * *
13399757 TTGT-T--C--AA-ATA-GTCATAACTATTT-AAACT---T-ATTCAG-T-AAATAGATTCAT--
461 TTTTATGACAAAACAAAGGTCATAACGATTTGAAA-TAGATAATT--GTTCAAATAG--TCATAA
* *
13399806 -TTTTTTAA-T--
521 CTATTTGAACTGA
* * ** * *** ** *
13399815 TCT-CT-TAC-TCTTTATTTTTTGAAA--TA-TTAATAAATCAATATTATTTTATATCAAATAAG
1 T-TGGTAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTACTT-ATTAATTTTTAAAATATTA-AT-AAAT-AG
* * ** * ** * ** * * **** *
13399874 T-TTATATGA-ACTGAAACAATTGTTTTAT-TAC-AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA-AATA
60 TATTATTTTATTTTG-AATAA-ACTTTTATGAACTAAAAC-AATTGT-TTTATGACAAAACAAAA
** * * * **
13399934 -G--ATAATTATTT-AAATA-ATCATGATTATTTGAACTTCTTCTATAAACATATTT--A--T-T
121 GGTCATAACAATTTGAAATAGAT-A--ATT-GTTCAA-ATAGTC-AT-AAC-TATTTGAACTTGT
* * *
13399989 T---TAAA-A-A---A---TTT---T-T-A--CTTACTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAGTA
178 TCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCATGCTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAATTAGTA
* ** * * * * *
13400036 TTATTTTAATCTGAATAAGCTTGCATGAA-TGAAAACAATTGTTTCATGACAAAATAAAAAAGTC
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* * * * * * * * *
13400100 ATAACAATTTGAAATAAAAAATTGTTCAAATAGTCATAA-TAATTTGAAATTGTTAGGTAAATAG
304 ATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAACTGGTTTGGCAAACAT
* * *
13400164 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCT-CAATATTAATAAATTTGTATTATTTTA-T
368 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-T-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* ** * * * **
13400227 CCAAATAAGCTTGTATGAAT-AAAAA-AATCATTTTATAACAAAACAAAAGGTTAT-AGGATTCC
431 CCGAATAAGCTTGTA-G-ATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGGTCATAACGATTTG
* * *
13400289 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTTGT
493 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGA
* * * * * **
13400331 TTGGTAAACATATTCATTTTTGAATCTCTAAATTATTAATTTTTGGAATATTAATAACATAGTAT
1 TTGGTAAACAGATTTATTTTTTAA-ATCT-ACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAA-ATAGTAT
* * * * *
13400396 TATTTTATTTTGAAT-AAGTTTATATGAACTGACATAATT-TTTTATGACAAAATAAAAGGTCAT
63 TATTTTATTTTGAATAAACTTT-TATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
** * * * * * * * *
13400459 AATGATTTGAAGTAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGATCTAGTTTGATAAACATATT
127 AACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATT
* * ** * * * * * * **
13400524 TATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAA-TTTGCAAACTATTAATAAATTAATAGTACTTTAATCTG
192 TATTTTTTAAATCTCATGCTTATTAATTTTTCAAA-TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCA
* ** * * *
13400588 AATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACTTTTGTTTTAT-AGCAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAA
256 AATAAACTTGTATGAACT--AAACAATT-ATTTATGA-CAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAA
* * * ** *
13400651 ATAAATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAA-AGGATTTATTTTTTAA
317 ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGCAAACA-TATTTATTTTTTAA
* * ** * * *
13400715 A--TC-TA-TTTTTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTCTAAACAAACTTAT
381 ATCTCTTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGT
** * ** * * * * * *
13400776 ATGAACATAAACCTTTGGTTTATGACAAAACAAAAGTTTATAATGATTTAAAATAGATAATTATT
445 A-GATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * *
13400841 CAAATAGTTATAATTATTTAAACTGG
508 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTGA
* * * *
13400867 TTAGGTAAATAGAATTATTTTTTTAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-
1 TT-GGTAAACAGATTTA-TTTTTTAA-ATC-TACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAA--TAG
* * * * ** * * * * * *
13400931 TTTTATTTTATTCTAAATAAGCTAGTATCAATTAAAAAAATTATTTTATGACAAGACAAAAGGTT
60 TATTATTTTATTTTGAATAAACTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * * * * * **
13400996 ATAACGATTTGAAATAGGTAATTATT-AATATAATCTTAACT-TTCTAAACTAGTTCGACAAACA
125 ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAA-ATAGTCATAACTATT-TGAACTTGTTCGGTAAACA
* * ** ** * * *
13401059 AATTTATTTTTTAAATATGTTAG-TTATTAATTTTTGGAATATTATTAGATTAGTATTACTTTAT
188 GATTTATTTTTTAAATCTCAT-GCTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
*** ** * * * * *
13401123 T-TTGATAGGCTTGTATGAA-TAGAAATAATTGTTTTATGACAGAACAAAAGGTTATAACGATTT
252 TCCAAATAAACTTGTATGAACT--AAACAATT-ATTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTT
** * * * * * * * ** * * *
13401186 GAAGCATACAATTGTTCAAATAATCATAACTATTAGAATTGGTTCGATAAATAGATTTATTTTTG
314 GAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGCAAACATATTTATTTTTT
* * **
13401251 AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTGGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTT
379 AAATCTCTTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTT
* * * * * * *
13401316 GTATGATCAAAAATAATTGTTATATGACCAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGACAATTG
443 GTA-GATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTG
* * * * *
13401381 TTGAAATGGCCATAATTATTTGAACTAA
506 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGA
* * * ** *
13401409 TT-CTACAAACAGATTCACTTTTTAAATC-ACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGCAT
1 TTGGT--AAACAGATTTATTTTTTAAATCTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAA-TAGTAT
* * * ** * **
13401472 TACTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACTGGAACAATTGTTTTTATAACAAAATGAAAGGTCAT
63 TATTTTATTTTGAATAAACTTTTATGAACTAAAACAATTG-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
** * * * * * * * * *
13401537 AATGATTTTAAATAGACAATTATTCAAATAGTCGTAACTATATGAATTTGCTCGATAAACAAATT
127 AACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATT
* * *
13401602 TATTTGTTTAAA-CTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTAATT--
192 TATTT-TTTAAATCTCATGCTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCC
** * * ** * *
13401664 -TGTAAGCTT-TGATGAACTGAAACAATTGTTTTATGTGAAAACAAATGGTCATAACAATTTTAA
255 AAATAAACTTGT-ATGAACT-AAACAATT-ATTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAA
* * * * ** * * *
13401727 ATAAATAATTGTTCAAATTGTCATAACTATTTGAATTTATTTGGTAAGCAGATTTATTTTTTCAA
317 ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGCAAACATATTTATTTTTT-AA
* * * * * * *
13401792 ATCTTTTGCTTATTAATTTT-ATGAATGTTAATAAATTTGAATTATTTTATTCCAAATAAGCTTA
381 ATCTCTTACTTATTAATTTTGA--AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTG
* * * * * * * * * * *
13401856 TAAGAT-ATGAAACAAATATTTTACGAAAAAATAAAAGGTTAAAACAATTTGAAAAAGATAATTA
444 T-AGATGA-AAAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTG
* * ** * * *
13401920 TTCTAATAATTTTAACTATTTGGATTGGT
506 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GA
* * * * *
13401949 TTGGCAAACACACTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTA
1 TTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAA--TC-TACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAA-TAGTA
** * * * * *
13402014 TTATTTT-TAACTAAATAAGCTTCTATG-ATTAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGGTT
62 TTATTTTAT-TTTGAATAAACTTTTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * * * * * *
13402076 TTAACAATTTGAGATTGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTTTTTGAACTTGTTTGATAAACAAA
125 ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGA
* * * * * * *
13402141 TCTATTGTTTAAAT-TCGTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATCAATTAGTATTATTTTATTT
190 TTTATTTTTTAAATCTC-ATGCTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
* ** * * * * ** *
13402205 CAAATAAGCTTGTATGATAAAAAATAATTGTTTTAGGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGGA
254 CAAATAAACTTGTATGA-ACTAAACAATT-ATTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAA
* * * * * * ** ** * * **
13402270 ATAGATAGTCATTCAAATGGCCATAATTATTTTAACTAATTCAGTAAATAGGTTTATTTTTTAAA
317 ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGCAAACATATTTATTTTTTAAA
* * * *
13402335 TTTCTTACTTATTAATTTAGGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTCATTCC-ATCTAAGCTTGT
382 TCTCTTACTTATTAATTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGA-ATAAGCTTGT
* * * * * * * *
13402399 --ATTAACTGCAACAATTATTTTATGACAAATCAAAAGGTTATAATGATTTTAAATAGACAATTG
445 AGATGAA---AAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTG
* *
13402462 TT-AAATAATAATAACTATTTGAACATG-
506 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGA
* * * * * * * *
13402489 TTCAGCAAACAGATATATTTTTTAAATCAATTTCCTATTAAATTTTT-TATTGTTAATAAATTAG
1 TT-GGTAAACAGATTTATTTTTTAAATC---TACTTATT-AATTTTTAAAATATTAATAAA-TAG
* * * * * **
13402553 TATTAATTTATTCTAAATAAACTTGTT-CGAACTAAAATAATTGTTTTATGACTCAACAAAAGGT
60 TATTATTTTATTTTGAATAAACTT-TTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
* * * * * * * * * ** ** *
13402617 TAGAACGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGCCTTAACCATTTAAACTAATTCAATAAACAA
124 CATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAG
* * * * * *
13402682 ATTTATTATTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTATTAAATTAGCATTATTTTAATT
189 ATTTATTTTTTAAATCTCATGCTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATT
* ** * * * * * *
13402747 --AGAATAAGCTTGTACAAACAAAAAAATTATTTTAAT-ATAAAAGAAAAAAGTCATAACATTTT
253 CCA-AATAAACTTGTATGAACTAAACAATTA-TTT-ATGACAAAA-CAAAAGGTCATAACAATTT
** * * * * * ** * *
13402809 GAAATAGGCAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAATTGGTTGGGCAATTAGATTTATTTTTC
314 GAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGCAAACATATTTATTTTTT
* * * ** ** * * ** *
13402874 AATTTTATTGGTTATTAACTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAAATA
379 AAATCTCTTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTT
* * * * * *
13402939 GT--ATTAATAGAACCAATTGTTTGATGACAAAATAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAAATAAT
443 GTAGATGAA-A-AA-CAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAAT
* * * *
13403002 TATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAAATAGT
504 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GA
** * * *
13403033 TTGGTAGGCAGATTTACTTTTTAAATCTCTTACTGATTAATTTTCT-AAA-ATTAATAAATTAAT
1 TTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAA--TC-TACTTATTAATTTT-TAAAATATTAATAAA-TAGT
* * * * * *
13403096 ATTA-TTT-TTTTGAACAAACTTATATTAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTAA
61 ATTATTTTATTTTGAATAAACTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
* * * * * *
13403159 TAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAAAGTTATAATTATTTGAAC-----CGGTAAATAGAA
126 TAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGAT
* * * * * * * *
13403219 TTATTTTCTAAATCTC-TAACTTATAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATTTTATTCTATTTC
191 TTATTTTTTAAATCTCAT-GCTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCC
* * * * * *
13403283 AAATAAGCTTGTACGAGCTGAAATAACTATTTGATAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAA
255 AAATAAACTTGTATGAACT-AAACAATTATTT-ATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAA
* * * * * * * *** *
13403348 TAAATTATTGTTCATATAGTCTTAACTGTTTGAACTGGTTTGACAAATGGATTCA--TTTTAAA-
318 TAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGCAAACATATTTATTTTTTAAAT
* * ** * * *
13403410 -TCTTAGTTATTAATTTTCAAAATATTACCAAATTTGTATTATTTTATTCCAAATCAGCTTG-AG
383 CTCTTACTTATTAATTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTAG
* * * ** *
13403473 -TGAATAGAAACAATT-TTTTATGATAGAACAAAAGAGTTATAATAATTTGAAATAAATAATTGT
447 ATG-A-A-AAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAG-GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGT
* * *
13403536 TCAAATAGTTATAACTATTTAAACTGG
507 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGA
* * ** * * * * *
13403563 TTCAGTGAATGGATTTATTTTTTAGATGT-CTTATTAATTCTTGAAATATTAATAAATTGTATTA
1 TT-GGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATAGTATTA
* * * * * * **
13403627 TTTTATTTTGAA-AAAGCTTGTATGTTGAA--AAAAAAAAT-TTTTATAATAGAACAAAAAATCA
65 TTTTATTTTGAATAAA-CTT-T-T-ATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
** * * * * ** *
13403688 TAATGATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAATTATTTGAA-TTAGTTTGACAAATAGA
126 TAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCGGTAAACAGA
* * * *
13403752 TTTATTTTTTAAA--TCA--CTTATTAATTTTTGAAATGATGAA-AGATT-GTATTACCTTTATT
190 TTTATTTTTTAAATCTCATGCTTATTAATTTTTCAAAT-ATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATT
**** * * * * * *
13403811 ATTGATCCAAAATTATATGAATTAAAACATTTGTTTTATTGAC-AAACAAAAGGTTC-TAA-GAT
253 CCAAAT--AAACTTGTATGAACT-AAACAATT-ATTTA-TGACAAAACAAAAGG-TCATAACAAT
* * * * * *
13403873 TTGAAAATAGATAATTGTTTCAAATAGTCATAATTA-TTGAAACT--ATTAGTAAACATTAAATT
312 TTG-AAATAGATAATT-ATTCAAATAGTCATAACTATTTG-AACTGGTTTGGCAAACA-T-ATTT
* * * *
13403935 ATTTTTTAAATCTGCTCAATTATTAA-TTTG-AATATT-ATAAATT--TTTTATTTTATTCCAAA
372 ATTTTTTAAATCT-CTTACTTATTAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAA
* * * * *
13403995 TTAGCTT-TAGATGAAATCAAAAAAAAACTTATTTTATGAAAAAAAAAAGGTCATAA-GATTTGA
436 TAAGCTTGTAGATG------AAAAACAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAGGTCATAACGATTTGA
*
13404058 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACT-A
494 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGA
* * * * *
13404097 GTTAGGTAAACATAATTATTTTTTAAATCTCTCAATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAT
1 -TT-GGTAAACAGATTTATTTTTTAAA--TCT-ACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAA-TAG
* *** * * ** * * * *
13404162 TTTTATTTTATTCCAAATTAGCTAGTATGAAATCAAAAAAAACTTATTTTATGAAAAAACAAAAG
60 TATTATTTTATTTTGAATAAACTTTTATG-AA-CTAAAACAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * * * *
13404227 GTCATAA-GATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGTCTTAAATATTTGAA-TTGGTTTGGCAAA
122 GTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCGGTAAA
* * * * * * * *
13404290 GAAATTTATTTTTTAATTCTCTTAG-TTATTAA-TTTTGAAATATTATTAGATTAGTGTTATTTT
186 CAGATTTATTTTTTAAATCTCAT-GCTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
* ** * * * * *
13404353 ATTCCAAATAAACTTGTTTGAAAAAAATAACTATTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAACAATTT
250 ATTCCAAATAAACTTGTATGAACTAAACAATTA-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTT
* * ** * * * * ** *
13404418 CAAGTTTACAACTATTTAAATAGTC-TAAACTATTT-AACTAGTTTGATAAACAAATTTATTTTT
314 GAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT-AACTATTTGAACTGGTTTGGCAAACATATTTATTTTT
* *
13404481 TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTCAAAGT-TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGC
378 TAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTGAAA-TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGC
* * * * * ** * * *
13404545 TTGAATGTTCAAATACAATTGTTATATGATGAAGCAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAAT
441 TTGTA-GATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAAT
* * * * * *
13404610 TGTTGACATGGCCATAATTATTTGAATTGA
504 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGA
* * *
13404640 TT--T-----G----A-----T-AA---AC--A--AA--TTCAGAATATTAATAAATTAGTTTTA
1 TTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAA-TAGTATTA
* * * * * *
13404679 TTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTGAACCAATTGTTCTAT-AGCAAAACAAAAGGTCATAA
65 TTTTATTTTGAATAAACTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAGGTCATAA
* * * * * * *** *
13404743 CGATTTGAAACAGATAATTGTTCATATAGTCTTAACTGTTTGAAC-TGCATCAACAAACAAATTT
129 CAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAACAGATTT
* * * * * *
13404807 AGTTTTTAAATCTCTTAG-TTGTTAATTTTT-AGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTCG
193 ATTTTTTAAATCTCAT-GCTTATTAATTTTTCA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCA
* * * * * * *
13404870 AATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTATTTTATAACAGAACAATAGGTTATAATAATTTGAAAT
256 AATAAACTTGTATGAACT-AAACAATTA-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAAT
* * ** * *
13404935 AGATAATTGTTCAAATAG------------GAACTGGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATC
319 AGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGCAAACATATTTATTTTTTAAATC
* * * * * *
13404988 TCCTATTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAATTTATTTCAAATAGGCTTGTATG
384 TCTTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTA-G
* * * * * *
13405053 ATGAAAACCAATTGTTTTATGATAAAAAAAACGTTCATAACGATTTGGAATAGATAATAGTTCAA
447 ATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-GGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
* * * **
13405118 ATGGCCATAATTATTTGAACCAA
511 ATAGTCATAACTATTTGAACTGA
* * * * * **
13405141 TTCGATAAAGTA-ATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTTTATGAACTGAAATAATTCTTTTATGA
1 TT-GGTAAA-CAGAT-TTA--TT-TTTT--A-AA-----TCT--ACT-TATTAA-T-TTTTAAAA
* * * * * * *
13405205 TA-AAACAAA-AGGTCA-TA-TTTATTTTAAATAGATAATTGTT-TAAATCATTATAACTATTTG
47 TATTAATAAATA-GT-ATTATTTTATTTTGAATA-A-ACTT-TTATGAA-C--TAAAAC-AATTG
* * * ** ** * * ** * * *
13405265 AACTTGTT-CGA-TAAAC-AGATTTTTTAAAAAATTTCATGTA-TTAA-TGTTCTACAT-GTTAA
103 ---TT-TTATGACAAAACAAAAGGTCAT-AACAATTTGAAATAGATAATTGTTC-AAATAG-TCA
* ** * **
13405324 TAAATTAGTATT-ATTTTATGTATGAACTGTAAA-A-A-TTATTTTATGACTAAA-CAAAATG-T
161 T-AACTA-T-TTGA-ACT-TGT-T---CGGTAAACAGATTTATTTT-T---TAAATC-TCATGCT
** * * * * ** * * * * ** * * *
13405383 TAGAACAATTTGC-AATA--GATAATTGTTCTAATAGTCTTA-ACTATGTAAA-TGGTTTG-GC-
212 TATTA-ATTTTTCAAATATTAATAAAT-TAGTATTA-TTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAACT
** * * ** * * *
13405441 AAACACATTTATTT-T-TTAAATC------TCTTATTAATTTTTGGAAT-G-TTATTAATTTAGC
274 AAACA-A-TTATTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAA--TTTGAAATAGATAATT-ATTCA--
* ** ** * * * * * * * * ****
13405496 AATATTTTTCTCCGA-AT-AAGCTGGTATGAACAGAA-ATAATTGTTTTATGCCAAAACAAAGAT
332 AATAGTCAT-AACTATTTGAA-CTGGTTTG-GCA-AACATATTTATTTT-T--TAAATCTCTTA-
* * * ** * ** * * * *
13405558 CATAATAATTTGAGATAGATAATTGTTCAAA-TACTCA-TA-ACTATT-TGAAT-TG-GT-TCGA
389 CTTATTAATTT-TGA-A-AT-ATTAAT-AAATTAGT-ATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTAGA
* * * ** * ** * *
13405616 T-AAATA-GATT-TTGTT-T--CTAAATC---TCTTATTAA-TTTTTTAAATATTAATACATTAG
448 TGAAAAACAATTGTT-TTATGAC-AAAACAAAGGTCA-TAACGATTTGAAATA--GATA-ATT-G
* ** * ** *
13405671 TATTATTTTGTTTTGAA-TAATTTTGTA-TGA
506 T-TCAAATAGTCAT-AACT-A-TTTGAACTGA
* ** * ** * * * * * *
13405701 GT-AAAAACAAATGTT-TTGTGATAAAACAAAATGTCA-TAACTATTTGAAATAAATAATAGTTC
1 TTGGTAAACAGAT-TTATT-TTTTAAATC-TACT-T-ATTAA-T-TTT--TA-AAATATTA-AT-
* * * * * * **
13405763 AAATGGACATAACTATTTGAACTTGTTCG-ATGAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCAACATATT
54 AAAT--A-GT-ATTATTT-TA-TT-TT-GAAT--A-A-A---CTTTTATGAA-CTAAAACA-ATT
* * * * *
13405827 AATTTT-TAGA-ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAATAGAAAT
102 -GTTTTAT-GACA-A--AACAAA--AG-GTCA---TA--AC-AAT----TTG-A--AATAG--AT
* * *
13405890 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAATAAATAATTGTTCAAATGGTCATAA
144 AATTG---T-T--C---A-AATAG-TCATAACTATTTG-----A-ACTTGTTC----GGT-A-AA
* * * ***
13405955 CTATTTGAACTCTTCTATAAACAAATTTTTTTTAAATCT-TTAACTTATTAAATTTTGGTAT-TT
186 C-A---G-A----T-T-T------A--TTTTTTAAATCTCAT-GCTTATTAATTTTTCAAATATT
* * *
13406018 AATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTT-T-T--A-T----GA--A--TA-G-C--AAC
231 AATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAACTAAACAATTATTTATGACAAAAC
* *
13406066 AAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-GTGTTTA
296 AAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTG-GTTTG
* * * *
13406130 GAAAACATATTTTATTTTTTAAAT-TTTTATTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTA-TAT
360 GCAAACATA-TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTAT
** * * *
13406193 TATTTTATTCATAATAAGCTTG--CATGAATAGAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGCCT
422 TATTTTATTCCGAATAAGCTTGTAGATGAA-A-AA-CAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGGTCA
* * * *
13406256 TAA-TATTTTGAAATAGATAATTGTTCAGATAGTCATAACCTATTTGAATATGT
483 TAACGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAA-CTGA
* * * * *
13406309 TTGGTAAATAAATTCATTTTTTAATTTTCTTACTCT-TTAA-TTTTAAAATATTAATAAATTACT
1 TTGGTAAACAGATTTATTTTTTAA--ATC-TACT-TATTAATTTTTAAAATATTAATAAA-TAGT
* * * * * *
13406372 ATTAGTTTATTTT-AGATAAGCTTATATGAATTGAAACAATTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTC
61 ATTATTTTATTTTGA-ATAAACTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * ** * ** * * *
13406436 ACAATAATTTGAAATAGATAATCATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTAGAAAATATA
125 ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGA
** * * * * *
13406501 TTTATTTTATTAAATCTTTTACTTATTAA-TTGTC---TA--AAT--GTTA--ATCATTTTAATC
190 TTTATTTT-TTAAATCTCATGCTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
** * ** * * * *
13406556 TGAATAAGCTCATATAAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAA
254 CAAATAAACTTGTATGAAC-TAAACAATT-ATTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAA
* * * * ***
13406621 ATAAATAATTATTCAAATAG-CA-AA-GATTTGAACTTGTTCGATGAACATATTTATTTTTTAAA
317 ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGCAAACATATTTATTTTTTAAA
* * * * *
13406683 TCTTTTACTTATTAATTGTCT-TAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATT-AGAAATAAGCATG
382 TCTCTTACTTATTAATT-T-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCG-AATAAGCTTG
** * ** * * ** * *
13406746 TATGAACAAAAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGCTTATGGCAATTTCAAATAGATAATTGT
444 TA-GATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGT
* * * * *
13406811 TAAAATAGTCATAATTGTTTAAACTTGT
507 TCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGA
* * *
13406839 TTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTAGAATATTAATAACTTAGTA
1 TTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAA--TC-TACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAA-ATAGTA
* *
13406904 TTATTTTATTTTGAAT-AAGTTTATATGAACTGAAATA-AATT-TTTTATGATAAAACAAAAGGT
62 TTATTTTATTTTGAATAAACTTT-TATGAACT-AAA-ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
* * * * * * *
13406966 CATAACAATTTGAAATAGATATTTATTCAAATAGTCATGACTATTTGATCTAGTTCGATAAACAT
124 CATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAG
* * * ** * * * *
13407031 ATTTACTTTTGAAATTTTTTACTTATTAA-TTGTCAAAATATTAAAAAAATAGTATTATTTTAAT
189 ATTTATTTTTTAAATCTCATGCTTATTAATTTTTC-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-AT
* * * * * * * *
13407095 T-CAAATAAGCTTGTGTGAACATAAACTATTGTTTTATAATAGAACAAAAAGTCATAACAATTTG
252 TCCAAATAAACTTGTATGAAC-TAAACAATT-ATTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTG
* ** * ** ***
13407159 AAATAAATAATTACTT-AAATAGTCATAGTTATTT-ACACTAGTTTGATAAATGGATTTATTTTT
315 AAATAGATAATTA-TTCAAATAGTCATAACTATTTGA-ACTGGTTTGGCAAACATATTTATTTTT
* * * * * *
13407222 TAAATCTCTTA-TTA--ATTTTTGAAATATTAATAGATTAGT-TTTTTTTATTCCTAACAAACTT
378 TAAATCTCTTACTTATTAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGC-T
** * * * * * *
13407283 ATGT-GAACAAAAACATTTGTTTTATGAAAAAATAAAATGGTCATAATGATTTAAAATAGAT-AG
442 -TGTAGATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAA-GGTCATAACGATTTGAAATAGATAAT
* *
13407346 TGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGG
504 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGA
* * * *
13407376 TTAGGTAAACAAAATTATTTTCTAAATCTTTTACATATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTCA-
1 TT-GGTAAACAGATTTATTTTTTAAATC---TACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAA-T-AG
* *** * * * * **
13407440 TTTTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAATATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAG
60 TATTATTTTATTTTGAATAAACTTTTATGAACT--AAA-A-CA--ATTGTTTTATGAC-AA-AA-
** * * * *** ** * *
13407504 CTTGTATGAG-CAGAA-ATAATTGTTTTATGAT-A--GAACAAA-AGGTTATAACGATTTGAAGT
116 C--AAAAG-GTCATAACA-ATTTGAAATA-GATAATTGTTCAAATA-GTCATAACTATTT---G-
** * * ** ** * * * *
13407563 ATACAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTAAACTGATTCGGTAAACATCTCTTATTAATTTTTG
171 A-AC--TTGTTC-GGTAAACAGATTTATTT--TTTAAATC--T---CAT-GCTTATTAATTTTTC
* * *** * * *
13407628 AAAGATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAGTAAACTT-TAT-AA-TAAAAAAAATTGTTAT
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* * * * * * * * *
13407690 ATGAC-TAACAAAAGGTTATAACGATTTGATATAGATAATTGTTGAAATGGCCATAATTATTTGA
286 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * * * ** * *
13407754 ATTGATTTGGCAAACATGTTCACTTTTTAAATCAATTACTTATTAATTTTTGGAATATGAATAAA
351 ACTGGTTTGGCAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAA
* * *** * * * *
13407819 TTAGTATCATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTTTTTTGTAATAAAACAAAA
415 TTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTA-GATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAA
* ** * * ** * *
13407884 GGT-TTAACGATTTTCAATAGACAATTGCTCAAATAGTTGTAACTATTTGAATTTGT
478 GGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTGA
* * *
13407940 TTGGTAAA-AAATTTTATTTTTTTAAACTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGT
1 TTGGTAAACAGA-TTTA-TTTTTTAAA-TC-TACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAA-TAGT
* * * * * *
13408004 ATTACTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATTATTTTATGTCAAAACAAAATGTCA
61 ATTATTTTATTTTGAATAAACTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
* * * * * * * * *
13408069 TAATAATTTTAAATAAATAATTATT-TAATAGTCATAACTGTTTGAACATGTTTGGTAAATAGAT
126 TAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGAT
** * ** * * * **
13408133 TTATTTTTTCAAATCTTTTGCTTCTTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTTGGATTATTTTATTTT
191 TTATTTTTT-AAATCTCATGCTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCC
* * * * * * *
13408198 GAATAAGCTTGTAAGATA-TGAAACAAATATTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAACGATTTGAAA
255 AAATAAACTTGTATGA-ACT-AAACAATTATTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAA
* ** * *
13408262 TAGATAATTATTCTAATAGTTTTAACTATTTGAACTAGTTTGGCAAACACT-TTTATATTTTAAA
318 TAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGCAAACA-TATTTATTTTTTAAA
* * * * * ** * *
13408326 TCTTTTACTTATTAATTTTTGGATTATTATTAAATTAGTATTATATTTA-ACTTAATAACCTTTT
382 TCTCTTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT-TTTATTCCGAATAAGCTTGT
* * * * * ** * * *
13408390 ATGATCAGAAATAATTATTTTATAACAAAACAAATATCTTAATGATTTGAGATTA-ATAATTGTT
445 A-GATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGGTCATAACGATTTGA-AATAGATAATTGTT
* * **
13408454 CAAACAGTTATAACTATTCAAACTGA
508 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTGA
* * * *
13408480 TTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTCAAATATTAACAAATTAGT
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** * *
13408545 ATTATTTTA-TTTGAAATAAGTTTTTATGATC-ACAAACAATTGCTTTAT-AGCAAAACAAAAGG
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** * * * ** * * *
13408607 TCATAACAATTTGAAATAGATAATCATTCAAAT-GACCATAATTATTTTAACTAATTTGGCAAAT
123 TCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAAC
* * * * * ** * *
13408671 AGTTTTACTTTTTAAATTTCTTACTTATT-ATTTTAGGAAACATTAATAAATTAGTATTATTTAA
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*** * * * * * * * **
13408735 TTCCGTCTAAGCTTATATTAACTGAAATAATTGTTTTATGA-AAAATCAAAAAGTTATAATGATT
251 TTCCAAATAAACTTGTATGAACT-AAACAATT-ATTTATGACAAAA-CAAAAGGTCATAACAATT
* * * * * * *
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* * * * * **
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*** * * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * *** * * * * * * *
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** ** * ** ** **
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* * * *
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* * * ** * * * *
13409280 CCAAATAAAATAGTATGAAC-AGAACCAATTGTTTGATGTTAAAATAAAAAGTTAT-A-GATTTG
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* * ** * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * * * *
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* * *** *
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* * * * *
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* * *** * *
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* * * * * **
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** * ** ** *
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* * * * * *
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*** * * ** * * * *
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445 A-GATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGGTCATAACGATTT-GAAATAGATAATTGTT
*
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** * * * * * *
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1 TTGGT-AAACAGATTTATTTTTTAAATC---TACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAA-TAGT
* * * * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * ** * * *
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* * * * * * ** *
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* *
13410440 TTTTTAAATCT-TTCACTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATT-C-AT
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* * * * * * * *
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* ** *
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*** * * *
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1 -TT-GGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATAGTATT
*
13410652 ATTTTATTTTGAAT-AA-TTTTGCATGAGC-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
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* * * *
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* * * * * * *
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190 TTTATTTTTTAAATCTCATGCTTATTAATTTTTCA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
** * ** *
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254 CAAATAAACTTGTATGAACT--AAACAATT-ATTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGA
* * ** * * * * * ** * *
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316 AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGCAAACATATTTATTTTTTAA
* *
13410972 ATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTA
381 ATCTCTTACTTATTAA-TTTTGAAATATTA
13411002 GTTTATTAAT
Statistics
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TATTAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTAGATGAAAAAC
AATTGTTTTATGACAAAACAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
CTATTTGAACTGA
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* *
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*
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* **
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** * * * * * *
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* * *
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* * * * * * * * * * * *
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* * *
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* * * *
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* * * *
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** *
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*
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** *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* * *
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* * * * * * * * *
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* * ** * * *
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* * * * *
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1 AATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAA-CTTGTATGAA-TAGAAACA
* * * * * * * *
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* ** * * *
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* * *
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* *** * * ** * ** * * *
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60 AACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAATATCATAACGATTTGAAATAGATAATATTTCAAATAAA-
* * ** * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* ** * * *
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* ** * * *
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* * * * * * * *
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* * *
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* * * * * *
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* * ** * *
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* * * * * * *
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** * * * * *
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* * * *
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* * * ** * *
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* * * * * *
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* * * ** ** * *
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* *
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* * * * * *
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* * * * ** ** * **
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* * ** * * * * **
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* * *
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* * * * * * * * * * *
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* *
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* * * *
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* * ***
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* * ** *
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* * * * *
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** * ** *** * *
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* * *
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* * * * * *
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* * * ** * * ** *
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** ** * * *
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* * * * * * ** *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * * * *
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** * * * * * *
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* *** *
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* * * * *
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* * * * * * * *
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* *** ** * * *
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* * *
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* * *
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* ** ** * * * *
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* * *
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* * * * * * ** *
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* * * * *
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* * * * * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * * *
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** * ** * *
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**
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* * *
13377627 TATTTTATGACAAAATAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTAATAACT
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* ** * * * *
13377692 ATTTTAACTTACTTGGTAAATAGATTTATTTTTTACATCTTTTACTTAATTAA
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* * * * * * * *
13377745 TTTTTGGAATTTTAACAACTTAGTATTATTATATTTCAAATAAACTTTTTATGAATGGAAACAAC
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* * *
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* * * *
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* * *
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* *
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** ** * * * * * *
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* * * *
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* * * *
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* *
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* ** *
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AATTAT
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* * * * *
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* * * * * ** * * *
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* * * * * * * *
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* * * ** * * * *
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* * **
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* * * * * * ** *
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* * * * * * * *
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* * *
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* * * *
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* * * * *** *
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* * ** * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * *
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* * * * ** * ** *
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* * * *
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* * ** * *** * * * *
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** * * * * * ** * *
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* * * *
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* * **** * * * ** *
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* * * ** ** ** * * *
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379 TT-TAATAGTCATAACTATTTAAACTGGTTTCATAAACACATTTACTTTTTAAATCTCTTT-CTT
* * * * * * *
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* * * * *
13378724 AAACAATT-GTTTATAACAGAACAAAAAGTCATAACG
503 AACCAATTATTTTATAACAAAACAAAGA-TCATAACA
* * * * * * ** * *
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1 ATTTGAAAGAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTAAACT-ATTTCAATAAACAGATTTAT
* * * * *
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* * * * *
13378885 AA-ATTATATGAAC-AAAATCATTTGTTTTATCACAAAACAAAAGGACATAACGATTTGAAATAG
128 AATTTTATAT-AACTAAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA-
* * * * * * * * * *
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* ** * * * *
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** * * * * **
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318 -AAACAAAAATAA-TTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * * ** * * * * ** *
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381 TA-ATAGTC-ATAACTATTTAAACTGGTTTCATAAACACATTTACTTTTTAAATCTCTTTCTTCT
* * * * * * * * * *
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* * * * * * **
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* ** * * * *** * *
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* * * * * *
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* * * * * * * * * *
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* ** * ** * * * * **
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* * * * *
13379554 CTCATTA-TTATCAACTTTT-GAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTAT
253 CT-TTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGT
* ** * * * * * * * * *
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* ** * * * * *
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381 TAATAGTCATAACTATTTAAACTGGTTTCATAAACACATTTACTTTTTAAATCTCTTTCTTCTTA
* * * * * * *
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* * * *
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* * * *** * * *
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* *
13379894 TTTTTTAAATCT-TTAACTTATTAATTTATGAAATATTAATAAAGTAA-TGTTATTTTATT-TCA
64 TTTTTTAAATCTCTT-AC-TATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TAAGTATTATTTTATTCT-A
* * ** * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * **
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* ** * * * * * *
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* * * * * *
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* *
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* ** *
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* ***
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* * *
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** * *
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* * * *
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* * **
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* ** * ***
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* * **
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1 ATTTGAAAGAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTA-TTTAAACTAT-TTCAATAAACAGATT-T
* * * *
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** * **
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126 ATAATTTTATAT-AACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA
* * * * *
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190 AATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT-CAGTAAACATATTTATTTTTTAAATC
* * * * * * *
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* * * *
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Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TTTATATAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAAT
TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACT
TATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATAAACAAAA
ATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTAATAGTCAT
AACTATTTAAACTGGTTTCATAAACACATTTACTTTTTAAATCTCTTTCTTCTTAACTTTTAGAA
TATTATAAATTTACAATATTTTACTCCGAATAAGCTTGCATAAACAAAACCAATTATTTTATAAC
AAAACAAAGATCATAACA
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* * *
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* * * *
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*
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* *
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** * * * * * *
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CATTTTATTCCAAATAAGTTTATATGAACTGAAACAAATATTTTACAACATAAAAAAAGGTCATA
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* * * * * *
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* * * * *
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* * ***
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* * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * ** *
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* * * ** * *
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* ** * * * *
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* * * ** *
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* * * * **
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129 C
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** * ** *
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TGTTCGCTAAATAGG
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Alignment explanation
Indices: 13383304--13383336 Score: 50
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13383294 TAATGATTTG
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Done.