Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019168470.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_7, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 26282861
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.15, T:0.35
Warning! 74000 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 67 of 133
Found at i:13383722 original size:180 final size:178
Alignment explanation
Indices: 13382605--13385663 Score: 2158
Period size: 181 Copynumber: 17.1 Consensus size: 178
13382595 CAAAACTAAA
* * * * *
13382605 AGTCATAAC-AATTGAACTTGTTCGCTAAATAGGTTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTA
1 AGTCATAACTATTTGAAC-TGTTCGATAAACAGATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-
* * * * * * *
13382669 TCTT-AATATTAATAAATTTGTACTATTTTA-TTTGAAATAAGCTTGGACGAATAGAAAAAATTA
63 T-TTGAAAATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG-AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTG
* * * ** *
13382732 TTTAATGTCAAAACAAAAGGTTATAACAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAAT
126 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * * * *
13382785 AGTCATAATTATTTAAACTCGTTCGGTAAACAAATTCTTTTTTTAAATCTCCTAATTATTAATTT
1 AGTCATAACTATTTGAACT-GTTCGATAAACAGATT-TATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * * *
13382850 TTGGAAAATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATGAACT-GAAACAAATCT
64 TT-GAAAATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGT
* * * *
13382914 TTTATGACAAAAGAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAG
127 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * * *
13382966 AGTCATGACTATTTGATCTAGTTCAATAAACAAATTTATATTTTAAAAT-TTTTATTTATTAATT
1 AGTCATAACTATTTGAACT-GTTCGATAAACAGATTTAT-TTTT-AAATCTCTTACTTATTAATT
* ** * * *** * * * *
13383030 GTCCAAATATTGATAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGTTTGTATGAACAGAAACAAATAT
63 TTTGAAA-ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGT
* * * * * *
13383095 TTTAT-AGCAAGATAGAAA-GTTAAAACGATTTGAAATAAATAATTTGTT-AAAT
127 TTTATGA-CAAAACA-AAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAA-TTGTTCAAAT
* * *
13383147 ATTCATAACTATTTGAACTGGTTTGATAAATAGATTTATTTTGTAAA--TC-TA-TTATTAATTT
1 AGTCATAACTATTTGAACT-GTTCGATAAACAGATTTATTTT-TAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * * * * * ** * * *
13383208 TTGAAATATTAATATATTAGTATTACTTTATCTCGAACAAACTCATATGAACAAAAACATTTGTT
64 TTGAAA-ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTT
* *
13383273 TTACGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
128 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * * * *
13383324 AGTCATAATTATTTGAATTGGTTAGGTAAACCAAAATATT-TTTTAAAATTTCTTACTTATTAAT
1 AGTCATAACTATTTGAACT-GTTCGATAAA-C-AGAT-TTATTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
** * * * *
13383388 TTTTGAAATATTAATAAATTTTTTTTATTTTATTTTGAATAAGCTAGTATGAATTGAAA-ATTTG
62 TTTTGAAA-ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTG
* * *
13383452 TTTTATGACAAAACGAAAA-GTCATAATGTTTTGAAATAGATAGTTGTTCATAT
126 TTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * * * *
13383505 AGTCTTAAATATTTAAACTAGTTCG-TCAAACAAATTTATTTTTAATTTTCTTAGTTATTAATTT
1 AGTCATAACTATTTGAACT-GTTCGAT-AAACAGATTTATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * *
13383569 TTGGAAAATTATTATATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTGTT
64 TT-GAAAATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTT
* * ** * * *
13383634 TTGTGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAGTATACAATTGTTCAAAT
128 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * *
13383685 AGTCATAATTATTTGAACTAGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCGCTTACTTATTAATTT
1 AGTCATAACTATTTGAACT-GTTCGATAAACAGATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
** * * * *
13383750 TTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTT-TTTCCAAATAAGATTGAATG-ATCAAAAACATTTG
64 TTGAAA-ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-TGAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTG
* * * * *
13383813 TTATATGACCAAACAAAAGGTAATAATGATTTAAAATAGATAATTGTTGAAAT
126 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * * *
13383866 -GGCTATAATTATTTCAAATGATTCGGTAAA-ACGA-TTACTTCTTAAA--TC--ACTTATTAAT
1 AGTC-ATAACTATTTGAACTG-TTCGATAAACA-GATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
* * * * ** * * *
13383924 TTTTGGAATATTAATAAATTTGTATAATTGTATTTCAAATAAGCTGGTAT-AATTTGAAACGATT
62 TTTT-GAAAATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATT
* * * **
13383988 GTTTTATGACGAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTCTTCATGT
125 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * ** * * *
13384042 AGTCTTAACTATATGAATTGCTTTAACAAACAGATTTATTTTTAAAATCTCTTAGTTATTAGTTT
1 AGTCATAACTATTTGAACTG-TTCGATAAACAGATTTATTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTT
* * * ** *
13384107 TTGGAATACTATTAAATT-GATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTA
64 TT-GAAAATTAATAAATTAG-TATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTG
* * * * * **
13384170 TTTTATAATAAAACAAAAGGTTATAA-GAATTTGAAATAGGTAACTACTCAAAT
126 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * *
13384223 AG---GAA--A--TG--CT-TT-GGTAAATAGATTTATTTTTTAA--TC-T-CTTATTAATTTTT
1 AGTCATAACTATTTGAACTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
* * * * *
13384273 CAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAGGCTTG--TGAGATGAAAAACAATTGCT
66 GAAA-ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGA-AT-AGAAACAATTGTT
* * *
13384336 TTATGACAAAACAAATGTTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTGAAAT
128 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * *
13384387 AG-CAATAATTATTTGAACTGATTTGGTAAATAGATTCACTTTTTAAA--TC--ACTTATTAATT
1 AGTC-ATAACTATTTGAACTG-TTCGATAAACAGATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
* * * *
13384447 TTTGGAATATTAATAAATTATTATTATTTTATTTTGAATAAGCATT-TTTGAATTGAAACAATTG
63 TTT-GAAAATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGC-TTGTATGAATAGAAACAATTG
* * * * * *
13384511 TTTTATAACAAAACAAAATGTCATAATAATTTTAAAT-GTACAATTGTTTAAAT
126 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAG-ATAATTGTTCAAAT
* * * * * * *
13384564 AGTCATAACTAGTTGAATTCATTCAAAAAACACATTTATTTTTAAAAATATC-TACTTATTAATT
1 AGTCATAACTATTTGAACT-GTTCGATAAACAGATTTATTTTT--AAATCTCTTACTTATTAATT
* * * * * *
13384628 TTTAAAATATTAACAAATTAATATTATTTTATTTTGGAA-AACCTTTTATGAACT-GAAGCAATT
63 TTTGAAA-ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTT-GAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATT
* * * *
13384691 GTTTTACGACAAAAC-AAAGTGTTATAGTGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAAT
125 GTTTTATGACAAAACAAAAG-GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * **
13384745 AGACATGACTATTTGAACCTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTT
1 AGTCATAACTATTTGAA-CTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * * * **
13384810 TAGAATATTAATAAATTGGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATAAATAGAAACAATTGGCT
65 T-GAAAATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTT
* * * * * * *
13384875 T-TGATAAAACAAAAGATCATAATGATTTAAAAGAAATAGTTGTTTAAAT
129 TATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * *
13384924 AGTTATAACTATTTGAACTCGCTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTT
1 AGTCATAACTATTTGAACT-GTTCGATAAACAGATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
*** * * * * * * *
13384989 TTGGATTTTTCATAAATTAATATTATTTTATTCTGAATAAGCTTTTATAAATAGAAAAAATTGGT
64 TT-GAAAATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTT
*
13385054 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTGCAAAT
128 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * *
13385105 AGTCATAACTTTTTGAATGTGTTCAGA-AAACAAATTTATTTTTAAAAT-TTTTACTTCTTAATT
1 AGTCATAACTATTTGAA-CTGTTC-GATAAACAGATTTATTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATT
* * * * *
13385168 TTTCAAATATTAGTAAATTTA-AATTATTTTA-TTTGAAATAAGCTTACT-TGAACA-AAACCAA
63 TTTGAAA-ATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTG-AATAAGCTT-GTATGAATAGAAA-CAA
* * * * * *
13385229 TTTTTTTATGACAAAA-AAATGATTATAATGTTTTG-AATGAGATAATTGTTCAGAT
123 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT-AGATAATTGTTCAAAT
* * * * * * *
13385284 AGTCATAACTATTTGAACTTATTCAATAAATAGATTGTTTTTTTAATTCTCTTACTCATTCATTT
1 AGTCATAACTATTTGAAC-TGTTCGATAAACAGATT-TATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* ** * * * *
13385349 TTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATATGCTTATATGAA-ATGAAATATTTGT
64 TT-GAAAATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATA-GAAACAATTGT
* * * * *
13385413 TTTATTACAGAA-AAAAGGTCATAATAATCTGAAATAGATAATTATTCAAAT
127 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * *
13385464 AGTCATGACTATATGAACTTATTC-AGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTATTTATTAA-T
1 AGTCATAACTATTTGAAC-TGTTCGA-TAAACAGATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
*** * * * * * * *
13385527 TCCCAAAATAATAATAAATTAATATTATTTTAATTTGAATAAACTTGGATGAATAGGAATAATTA
63 TTTGAAAAT--TAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTG
* * * * ** *
13385592 TTTTATGAAAAAATAAAAAGTCAAAACAATTTGAAATAAATAATTGCTT-AAAT
126 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTG-TTCAAAT
* *
13385645 AGTCATAACAATTTAAACT
1 AGTCATAACTATTTGAACT
13385664 TATTCAGTAA
Statistics
Matches: 2279, Mismatches: 470, Indels: 260
0.76 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
162 4 0.00
163 4 0.00
164 93 0.04
165 2 0.00
166 2 0.00
167 2 0.00
168 2 0.00
169 16 0.01
170 2 0.00
171 2 0.00
172 1 0.00
173 2 0.00
174 2 0.00
175 2 0.00
176 147 0.06
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178 31 0.01
179 239 0.10
180 539 0.24
181 843 0.37
182 87 0.04
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (178 bp):
AGTCATAACTATTTGAACTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
GAAAATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTA
TGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
Found at i:13385196 original size:360 final size:360
Alignment explanation
Indices: 13384237--13385674 Score: 1199
Period size: 360 Copynumber: 4.0 Consensus size: 360
13384227 AATGCTTTGG
* * *
13384237 TAAATAGATTTATTTTTT-AATC---T-CTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTAT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTAT
* * * * * *
13384297 TTTATTTCGAATAGGC--TTGTGAGATGAAAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAATGTTCATAA
66 TTTATTTCGAATAAGCTTTTATGAAATG-AAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * *
13384360 CT-ATTTGAAATAGATAATTGTTG-AAATAG-CAATAATTATTTGAACTGAT-TT-GGTAAATAG
129 -TGATTTGAAATAGATAATTG-TGCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTG-TGTTCAGTAAACAG
* ** *
13384420 ATTCACTTTTTAAA--TC--ACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTATTATTATTTTATTT
190 ATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAATTA-AATTATTTTATTT
* * * * *
13384481 TGAATAAGCATT-TTTGAATTGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAATG-TCATAATAATTTT
253 TGAATAAAC-TTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GATCATAATGA-TTT
* * *
13384544 AAATGTACA-ATTGTTTAAATAGTCATAACTAGTTGAATTCATTCAA
315 AAATG-AAATATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTCATTCAA
* * * * * *
13384590 AAAACACATTTATTTTTAAAAAT-ATCTACTTATTAATTTTTAAAATATTAACAAATTAATATTA
1 TAAACAGATTTATTTTT-TAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTA
* * * ** * *
13384654 TTTTATTTTGGAA-AACCTTTTATGAACTGAAGCAATTGTTTTACGACAAAAC-AAAGTGTTATA
65 TTTTA-TTTCGAATAAGCTTTTATGAAATGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-GTCATA
* * * * * * *
13384717 GTGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGACATGACTATTTGAAC-CTGTTCGGTAAACAGATT
128 ATGATTTGAAATAGATAATTGTGCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTGTTCAGTAAACAGATT
** **
13384781 TATTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTGGTATTATTTTATTTTGA
193 TATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTCA-AATATTAATAAATT-AAATTATTTTATTTTGA
* ** * *
13384845 ATAAACTTGTATAAATAGAAACAATTGGCTT-TGATAAAACAAAAGATCATAATGATTTAAAAGA
256 ATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTAAATGA
* ** **
13384909 AATAGTTGTTTAAATAGTTATAACTATTTGAACTCGCTCGG
321 AATA-TTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTCATTCAA
** * * *
13384950 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGATTTTTCATAAATTAATATTAT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTAT
*
13385015 TTTA-TTCTGAATAAGCTTTTAT-AAATAGAAAAAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
66 TTTATTTC-GAATAAGCTTTTATGAAAT-GAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * *
13385078 TGATTTGAAATAGATAATTGTGCAAATAGTCATAACTTTTTGAA-TGTGTTCAGAAAACAAATTT
129 TGATTTGAAATAGATAATTGTGCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTGTTCAGTAAACAGATTT
* * *
13385142 ATTTTTAAAAT-TTTTACTTCTTAATTTTTCAAATATTAGTAAATTTAAATTATTTTA-TTTGAA
194 ATTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAA-TTAAATTATTTTATTTTG-A
* * * * * * * *
13385205 ATAAGCTTACT-TGAACA-AAACCAATTTTTTTATGACAAAA-AAATGATTATAATGTTTTGAAT
256 ATAAACTT-GTATGAATAGAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTAAAT
* * * *
13385267 GAGATAATTGTTCAGATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAA
319 GAAAT-ATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTCATTCAA
* * * * * * *
13385310 TAAATAGATTGT-TTTTTTAATTCTCTTACTCATTCATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTA
1 TAAACAGATT-TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTA
* * * * * * *
13385374 TTTTATTTCAAATATGCTTATATGAAATGAAATATTTGTTTTATTACAGAA-AAAAGGTCATAAT
65 TTTTATTTCGAATAAGCTTTTATGAAATGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT
* * * * * * * *
13385438 AATCTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATATGAACT-TATTCAGTAAACATATTTA
130 GATTTGAAATAGATAATTGTGCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTGTTCAGTAAACAGATTTA
* ** * *
13385502 TTTTTTAAATCTCTTATTTATTAA-TTCCCAAAATAATAATAAATTAATATTATTTTAATTTGAA
195 -TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTC-AAATATTAATAAATTAA-ATTATTTTATTTTGAA
* * * * * * * **
13385566 TAAACTTGGATGAATAGGAATAATTATTTTATGAAAAAATAAAA-AGTCAAAACAATTTGAAAT-
257 TAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGA-TCATAATGATTT-AAATG
* * * * *
13385629 AAATAATTGCTTAAATAGTCATAACAATTTAAACTTATTCAG
320 AAAT-ATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTCATTCAA
13385671 TAAA
1 TAAA
13385675 TAGCTAAAAT
Statistics
Matches: 869, Mismatches: 163, Indels: 98
0.77 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
353 14 0.02
355 3 0.00
356 1 0.00
357 16 0.02
358 112 0.13
359 113 0.13
360 458 0.53
361 149 0.17
362 3 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (360 bp):
TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTAT
TTTATTTCGAATAAGCTTTTATGAAATGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
ATTTGAAATAGATAATTGTGCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTGTTCAGTAAACAGATTTAT
TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAATTAAATTATTTTATTTTGAATAAA
CTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTAAATGAAATAT
TGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTCATTCAA
Found at i:13386262 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 13385924--13386383 Score: 427
Period size: 181 Copynumber: 2.6 Consensus size: 180
13385914 ATAGAAATTG
* * * *
13385924 GTTCGATAAACAAATTTACTTTTT-AAATC-T---CGTATTAATATTTGAAATATTAATAAATTA
1 GTTCAATAAACAAATTTA-TTTTTCAAATCTTCAACTTATTAATTTTTGTAATATTAATAAATTA
* * * ** * * *
13385984 GTATTATTTTGTTTTGAACAATTTTGTATGAATATAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTC
65 GTATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAATAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTA
* *** * *
13386049 ATAGTGATTTAAAATAGCTAATAGCTCAAATAGACT-TGACTATTTGAACTT
130 ATAATGATTTAAAATAAAAAATAGCTCAAATAG-CTATAACTATTTAAACTT
* * * * * *
13386100 GTTTAATGAACAAATTTATTTTTCAAATTTTCAACTTATTATTTTTTAG-AATATCAATCAATTA
1 GTTCAATAAACAAATTTATTTTTCAAATCTTCAACTTATTAATTTTT-GTAATATTAATAAATTA
* * *
13386164 GTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAGATAAAA-GA
65 GTATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAATA-AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATG-
* * * *
13386228 TAATAATGATTTGAAATAAAAAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTAAACTT
128 TAATAATGATTTAAAATAAAAAATAGCTCAAATAGCTATAACTATTTAAACTT
* * * * * *
13386281 GTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTCTACTTATTAATTTTTGTAATTTTAATAAATTA-
1 GTTCAATAAACAAATTTATTTTTCAAATCTTCAACTTATTAATTTTTGTAATATTAATAAATTAG
* * * *
13386345 TCGTTATTTTATTTCGAATAAGCTTTTATG-ACAAAACAA
66 T-ATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAATAAAACAA
13386384 AAGATCATAA
Statistics
Matches: 226, Mismatches: 47, Indels: 19
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
175 5 0.02
176 19 0.08
177 1 0.00
179 6 0.03
180 57 0.25
181 138 0.61
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.09, T:0.43
Consensus pattern (180 bp):
GTTCAATAAACAAATTTATTTTTCAAATCTTCAACTTATTAATTTTTGTAATATTAATAAATTAG
TATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAATAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTAA
TAATGATTTAAAATAAAAAATAGCTCAAATAGCTATAACTATTTAAACTT
Found at i:13386388 original size:160 final size:158
Alignment explanation
Indices: 13386208--13386527 Score: 453
Period size: 160 Copynumber: 2.0 Consensus size: 158
13386198 GAAACAATTA
* *
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* * *
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* * *
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* ** *
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* * * *
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66 TTAAACGTGTTCAGAAAATAGATTTATTTTTTAAATTTCTACTTATTAATTTTTGTAATATTAAT
*
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* * *
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* * **
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* *
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* * ** *
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* *
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* * * * *** *
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* * * * * * * *
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* * *
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* * * * *
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** * *
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* * ** * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* *
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* * ** * * * *
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* * *
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* * * * * * *
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*
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* * * * * * *
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* * * *
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* **
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* * * ** * * * * *
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** * **
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* * * * * * * * *
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** * *
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* * * *
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* * * * *
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64 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-
* * * * *
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128 AAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGTTCAT
* * * * *
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* * * * * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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1 AACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGTTCAGTAAACAGATT
* * * * * ***
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* * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * *
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* * ** * *
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128 AAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC--AAAAGTTCAT
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* ** * ** **
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* **
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*
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* ** ** * * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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*
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176 TTCAT
* * * * *
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* ** ** **
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* * * * * * * * *
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* * *
13390767 TTATTTTTTAAAT-T-TTAGTTATTAATTTTTGTAATATTAATCAATTTA-TATTATTTTA-TTC
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* * * * *
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* * * **
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* * *
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* * * * * * *
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** * * *
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* * ** * * ** *
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* * * * *
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* * ** * *
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* * ** *
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* * * * * *
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* * *
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* * ** *
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* * * *
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*
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** * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* * *
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * *
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* *** * * * * * *
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* ** * * * **
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* * * * * * * * *
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* * *
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** * * * **
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* * * * * * *
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* * * * * *
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*
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* ** * *
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13393921 AT
179 AT
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* * * * *
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*** * * **
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* *
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192 TTTTTTAAATTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AATTTAGTATTATTTTATTTCG-AA
* * * *
13390832 TAAGCTTGCATGAACAGAACCAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGTTTTGAAATAG
255 TAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAG
* **
13390897 ATAATTGCTT-AGATAGTCATAACTATTTGGGCTTGTTCG
320 ATAATTG-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCG
* * *
13390936 ATAAACAGATTCATTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATT
1 ATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAG-ATT
** * * * *** * * * * *
13391000 ATTTTATTTCAAATAAGGTTATTTGAATTGAAACAGTTGTTTTATTATAAAACAAAAGGTTATAA
64 ATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * * * * *
13391065 TGATTTGAAATAGTTAATTATGT-AAATAATCATGAC-ATTTTAACTTGTTCAGTAAAT-GTATT
129 CGATTTGAAATAGATAATTAT-TCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTTA-AAAATAG-ATT
* * * ** * *
13391127 TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAAATGTAAAAATATTAATAA-TTAATATTATTTTAATAT-G
190 TATTTTTTAAAT-TCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAATTTAGTATTATTTT-ATTTCG
* * * * * * * * **
13391190 AATAA-CAATGTATGAATAAAAATAATTTTTTTATGA-AAAGCAAAAAGTCATTACAATTTGAAA
253 AATAAGC-TTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAA
* * *
13391253 TAGATAATTGCTCAAATAGTCAAAAC-ATATGAACTTGTTCG
317 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCG
* *
13391294 ATAAACAGATTTATTTTTTAAA-CTTTTACTTATTAATTATCTT--AATATTAATAAATTTATAT
1 ATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-T-TTGAAATATTAATAAA-TTAGAT
* * * *
13391356 TATTTTA-TTCGAAATAAGCTTGTATGAACAAAAAAAATTATTTTATGTC-AAACTAAAAGGTTA
63 TATTTTATTTTG-AATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCA
* * * ** * * ** * *
13391419 TAGCGATTTCAAATAGATAATTGTTTGAATAGTCATAATTATTTAAACTTGTTTGGTAAACAAAT
126 TAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTT-AAAAATAGAT
* * * *
13391484 TCT-TTTTTCAAATCTCTTAATTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAGTTAATATTATTTTATTT
189 T-TATTTTTTAAAT-TCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAATTTAGTATTATTTTATTT
* * * * * * * * *
13391547 TGAATAAACTTATATGAACTGAAACAAATCTTTTATGACAAAAGAAAAGGTTATAACGATTTGAA
251 CGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA
* * * * *
13391612 ATAGATAATTATTCAAATAGTAATGACTATTTGATA-TAGTTTG
316 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA-ACTTGTTCG
* * * * ** *
13391655 GTAAACATATTTATTTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTAAT
1 ATAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG-ATT
* * * * ** *
13391719 ATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAAATGT-TTTTAT--CATGGACAAAAAGTCA
64 ATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAAC-AAT-TATTTTATGACA-AAACAAAAGGTCA
* * * * *
13391781 GAACGGTTTAAAATAAATAAATT-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTTGATAAATAGA
126 TAACGATTTGAAATAGAT-AATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATT-GTTT-AAAAATAGA
* *
13391845 TTGATTTTTTAAA-TC-TA-TTATTAATTTTTGAAATATTAATAGA-TTAGTATTACTTTA-TTC
188 TTTATTTTTTAAATTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATA-ATTTAGTATTATTTTATTTC
* * * * * * *
13391905 TGAACAAACTTATAT-ATACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCAT-A-G-GTT--
252 -GAATAAGCTTGTATGA-ACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA
* *
13391964 --TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTG-A-TTGGTTAG
315 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCG
* * **
13392005 TTAAACAAAAATATT-TTTTTTAAATCTCTTAC-TA--AA-TTTTGAAATATTAATAAATTCATT
1 ATAAAC--AGAT-TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGA
* * *** *
13392065 TTATTTTATTTTGACTAAGCTAGTATGAATTGAAA-AATT-TTTTATAACAAAACAAAAGGTCAT
62 TTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * * * * * * * * * *
13392128 AACGTTTTGAAATCA-ATAATTGTTCATATTGTCTTAAATATTTGAACTAGTTCATCAAACAAAG
127 AACGATTTGAAAT-AGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTTA-AAAATAGAT
* *
13392192 TTA-TTTTT-AATTCTCTCAGTTATTAATTTTTTG-AATATTATTAGA--TAGGTATTATTTTAT
189 TTATTTTTTAAATTCT-T-ACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATA-ATTTA-GTATTATTTTAT
* * * * * * * * * **
13392252 TTCAAATAAACTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTGTGACAGAATAGAAGGTTATAACAATTT-
249 TTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
* * * *
13392316 AAAGTATACAATTTTTCAAATAGTCATAATTATTTGAA-TTGGTTCG
314 AAA-TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCG
* * * *
13392362 ATAAACATATTTA-TTTTTAAATCGT-TTACCTATTATTTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATT
1 ATAAACAGATTTATTTTTTAAATC-TCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG-ATT
* * * * * * * *
13392425 ATTTTATTTTGAATAAGCTTGAATGATCAAAAACATTTGTTATATGGCCAAACAAAAGGTAATAA
64 ATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * * * * * * * *
13392490 C-ATTTTGAAATAAATAATTGTTGAAATGGCCATAATTATTTGAAATGATTTAGTAAACAGATTC
129 CGA-TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTG-TTTA-AAAATAGATTT
* * * * * *
13392554 ACTTTTTAAA-GC--ACTTATTAATTTTTGGAGTATTAATAAATTT-GTGTTATTTTATTTCAAA
191 ATTTTTTAAATTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AATTTAGTATTATTTTATTTCGAA
* * * * * *
13392615 TAAGATTGTATAAACTGAAACGATTGTTTTAATG-TAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATA
255 TAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTT-ATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA
*** * * **
13392679 GATAATTGTTCATGCAGTCTTTACTATTTGAACTACTTC-
319 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCG
* * * * *
13392718 AGCAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATT
1 A-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG-ATT
* * * * * * *
13392783 ATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATAATAAAATAAAAGGTTATAA
64 ATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
** * * *
13392848 TTATTTGAAATCAG-TAATTATTCAAATA---AGAACTACCTCG-A--G-----AAATAGATTTA
129 CGATTTGAAAT-AGATAATTATTCAAATAGTCATAACTA-TTTGAATTGTTTAAAAATAGATTTA
* * *
13392901 TTTTTTAAGTCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAAT
192 TTTTTTAAAT-TCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAATTTAGTATTATTTTATTTCGAAT
* * ** * * * *
13392966 AGGTTTGTAAT-ATGAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAATGTTCATAATGATTTGAAATAG
256 AAGCTTGT-ATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAG
* * *
13393030 ATAATTGTTGAAATAGCCATAATTATTTGAAC-TGATTC-
320 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCG
* * * * * * *
13393068 AGTAAATAGATTCACTTTTTAAATCACTTATTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTATTATT
1 A-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA-GATT
* ** * * * * **
13393133 ATTTTATTTTGAATAAGCATACATGAACTAAAATAATTGTTTTATGATAAAACAAAACATCATAA
64 ATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * * * *
13393198 CAATTTTAAATATACAATTATTCAAATAGT-AGTAAC-ATTTGAATT-TATTCAGAAAACACATT
129 CGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA-TAACTATTTGAATTGT-TT-A-AAAATAGATT
* * * *
13393260 TATTTTTTAAAATCTCTTGCTTGTTAATTTTTGAAATATTAGTAAATTAGTATTATTTTATTT-G
190 TATTTTTT-AAAT-TCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAATTTAGTATTATTTTATTTCG
* * * * * * * *
13393324 GATAACCATT-TATGAACTGAAGCAATTGTTTTATTACAAAACAAAAGGACA-AAGTGGTTTTAA
253 AATAAGC-TTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAA
* * * *
13393387 ATA-ATTAATTGTTTAAATATTCATAACTATTTGAGCTTATTCG
316 ATAGA-TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCG
* * * * * *
13393430 GTAAATAGATTTATTTTTCAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTCAAATATTAATATATTAGGATTA
1 ATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA-GATTA
* * * * * *
13393495 ATTTATTTTGAATAAGCTTGTATGATATGAAATA-AA-TATTTTATGACTAAA-AAAAGGTTAGA
65 TTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGA-A-CAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* ** ** * * * *
13393557 ATGATTTGAAATAGATAATTATTCTTATAGTTTTAACTATTAGAATTGGTTAGACAAACACATTT
128 ACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGTTTA-A-AAATAGATTT
* * *
13393622 ATTTTTTAAATCTCTTACTTACTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTATTTCAAA
191 ATTTTTTAAAT-TCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAATTTAGTATTATTTTATTTCGAA
* * * *
13393686 TAAGCTTGTATGATCAAAAACAATTGTTTTATAACCAAAA-AAAAGGTCATAATGATTTAAAATA
255 TAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA
* * *
13393750 GATAATTGTTCAAATGATTTAAAATAGACAATTGCCATAATTGTTTAA-TTGATTTG
319 GATAATTGTTCAAAT-A-GT--CATA-AC---T---AT--TTG---AACTTG-TTCG
* * * *
13393806 GTAAACAAATTTATTTTTTAAA--T-TT-CTTA-T-ATTTTAGAAATATTAATAAATTAGTATTG
1 ATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG-ATTA
* * * * * ** * * * * * **
13393865 TTTTATTTCGTATAAACTTGAATTAACTGAAATAATTGTTTTAT---TAAA-AAAAGATAATAGT
65 TTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
* * * * ***
13393926 TATTTTAAATAGATAATTTTTCAAATAG-CTATAACTATTTAAACTTGTTCGGTAAATAGATTTA
130 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAA-TTGTT-TAAAAATAGATTTA
* ** * ** * *
13393990 TTTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTTG-AAGGTTAATAAATTAGTATTAGCTTATTCCAA
192 -TTTTTTAAAT-TCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAATTTAGTATTATTTTATTTCGA
* * * * **
13394054 ATAAGCTTGTAT--ACAATGAAACAATTGCTTTATGACTAAACAAAAGGTTAAAACAATTTGAAA
254 ATAAGCTTGTATGAAC-A-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAA
* * * ** * *
13394117 TAGATAACTATTCTAATAGT-ATTAA-TCACATAAACTGGTTCG
317 TAGATAATTGTTCAAATAGTCA-TAACT-ATTTGAACTTGTTCG
* * * * * * * *
13394159 GTAAATAAATTTATTTTTTAAA--TC--GCTTGTTAATTTTTAAAATATTATTAAATTTGTATTA
1 ATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG-ATTA
* * * * * * *
13394220 -TTCAATCTAAATAAGCTTATATGAATAAAAA-AATTATTTTATGACAAAACAAATGGTCATAAC
65 TTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
* * * * * ** *
13394283 AATTTGAAATAGATAATCATTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTTGGCAATTAGATTTAT
130 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTT-AAAAATAGATTTAT
* * ** * * * * *
13394348 CTTTTAATTTTCTTGGTTATTAAGTTTCGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATA
193 TTTTTAA-ATTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAATTTAGTATTATTTTATTTCGAATA
** ** * * * * **
13394413 AAATACTATGAACA-TAACTAATTGTTTGATGACAAAAC-TAAGAGTTATAAAAATTTGAAATAG
257 AGCTTGTATGAACAGAAAC-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-GTCATAATGATTTGAAATAG
* * * * * * *
13394476 ATAATTATTCATATAGTCAAAACTACTTGAAATGGTTTG
320 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCG
* * *
13394515 GTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTAATTAATTTTCT-AAATA-T--TAAATTAGTATT
1 ATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAG-ATT
* * * * ** * ** *
13394576 ATTTTATTTTAAACAAACTTATATGAATGAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAATAATAA
64 ATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * * * * * *
13394641 CGATTTGAAA-AGATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAACTGGTTCAGTAAATAAAATTA
129 CGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTTA-AAAATAGATTTA
* * * * * * *
13394705 -TTTTTAACATCTCTTGCTTATAAAATTTTGAAATATTAACAAATTAGTTTTATTTTATTTTGAA
192 TTTTTTAA-AT-TCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAATTTAGTATTATTTTATTTCGAA
* * * * * * *
13394769 TAAACTTGTAT-AAGCTA-AAATAATTGTTCTACGACAAAACAAAAGATCATGA-CATTTGAAAT
255 TAAGCTTGTATGAA-C-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT
* * * * ** * *
13394831 AGAAAATTGTTCATATAGCCTTAACCGTTTGAACTGGTTCA
318 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCG
* * * * * *
13394872 ATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATGAATTTTAG-AATATTATTAAATTAGTATCA
1 ATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG-ATTA
* * * * * * * *
13394936 TTTT-TTTCTAAATAAACTTGTATGAATAGAAATAATTATTTTATGACAGAACAAAATGTTATAA
65 TTTTATTT-TGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * * * **
13395000 CAATTTAAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTAAACTAT-TTTGGTAAATAGATTT
129 CGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-T-TGTTT-AAAAATAGATTT
* * * * * * *
13395064 A-TTTTTATA-TC-T-CTTACTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTACTCCAAAT
191 ATTTTTTAAATTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAATTTAGTATTATTTTATTTCGAAT
*** * * * * * * *
13395125 AAGCTTGTATGTTGAAAAATAATTGTTTTACGATAAAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATATA
256 AAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGA
* * * *
13395190 TAATTATTCAAATGGTGATAATTATTTGAA-TTGATTCG
321 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCG
* ** * *
13395228 GTAAATTGATTTA-TTTTTAAATCTCTTATTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAAGTAGTATT
1 ATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AAATTAG-ATT
* * ** * * *
13395292 ATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAATTAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAA
64 ATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
** * * * * * * * *
13395357 TAATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAATAATAACTATTTGAACTTATTCAGTAAACATATTTA
129 CGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTTA-AAAATAGATTTA
* * * *
13395422 TTTTTTCAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGA
192 TTTTTT-AAAT-TCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAATTTAGTATTATTTTATTTCGA
* * * * * **
13395486 ATATGCTTGTATGAACTA-AAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTTAGAACAATTTGAAAT
254 ATAAGCTTGTATGAAC-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT
* * * * *
13395550 AGATAATTATTCTAATAGTCTTAACCATTTGAA-TTGATTTG
318 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCG
** * * ** *
13395591 GCAAACACATTTATTTTTTAAATCAT-TTACTTATTAATTTTTAAAATATTCTTAAATTCGTATT
1 ATAAACAGATTTATTTTTTAAATC-TCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG-ATT
** * * * *
13395655 ATTTT-TATCCGAATAAGCTTGTACGATCAAAAACAATT-TTTTATGACAAAA-TAAAGATCATA
64 ATTTTAT-TTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
** * * * * * *
13395717 GTGATTT-AAGATTGATATTTATTCAAAT-GATCATAACTATTTAAACTGATTCAGAAAACAGCA
128 ACGATTTGAA-ATAGATAATTATTCAAATAG-TCATAACTATTTGAATTG-TTTA-AAAATAG-A
* * * * * *
13395780 -TTAGTGTTTAAA-TCTTTGGCTTAATAATTTTTGAAATATTAATGAA-GTAGTAGTATTTTATT
188 TTTATTTTTTAAATTC-TT-ACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AATTTAGTATTATTTTATT
* * * * ** * *
13395842 TCAAATAAGTTTTTACGAATTGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTA
250 TCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA
* *
13395907 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATATCTATTTGAACTTGTTAG
315 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCG
* * * * * *
13395951 GTAAACATATTAATTTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTCG-AACACTAATAAATTAGTAT
1 ATAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTAG-AT
** * ** * * *
13396015 TATTTTATTTCAAATAAGTTTGTATGAACTGAAATAATTGTTTTATGA-ATAAACAAAAGGTCAA
63 TATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGACA-AAACAAAAGGTCAT
* * * * * ** * * *
13396079 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATGGTCTTAACTATTTGAATTAAATAAGCAAAACACAT
127 AACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATT-GTTTA--AAAATAGAT
* * * ** * *
13396144 TTATTTTTT--A---TTA-TTA--AA--TTAGTACTATCCA-AATCT-G-A--A--TAAGTTT--
189 TTATTTTTTAAATTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAATTTAGTATTATTTTA-TTTCG
* * * * *
13396190 -AT-A---TG-A--AA-AGAAACAATTGTTCTATGATAAAA-GAAAGATCATAATGATTTG-AGT
253 AATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT
* *
13396244 AGATAATTATTCAAGTAGTCATAACTATTTGAAC-TGATTC-
318 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCG
* * * *
13396284 AGTAAACAAATTTAGTTTTTAAA--T-GT-C---TT-A---TT--AATA--AATCAA-T-G-TTA
1 A-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGATTA
* * * * * * *
13396331 TTTTATTCTAAATAA-TTCTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTAATAA
65 TTTTATTTTGAATAAGCT-TGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * * *
13396395 CGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGACATGACTATTTAAATT-TGTT---AATACATTTAT
129 CGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGT-TTAAAAATAGATTTAT
** * *
13396456 TTTTTAAATCTCCAACCTT-TTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAA
193 TTTTTAAAT-TCTTA-CTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAATTTAGTATTATTTTATTTCGAA
* * * * * * *
13396519 TAAACATGTAAGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACT-ATTTAAAATA
255 TAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATA
* * * * *
13396583 AATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAGCATGCTTTG
319 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCG
** * * * *
13396624 GCAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATATATTAGTATTA
1 ATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG-ATTA
** ** * *
13396689 TTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAATGTCATAAT
65 TTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
* * * * * * *
13396754 TATTTGAAATAGATAATTATTCCAATAGTCTTAACTAATTGAATGTGTTTAGAAAACATATCTAT
130 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAT-TGTTTA-AAAATAGATTTAT
* *
13396819 TTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTA-TTCAGAAT
193 TTTTTAAATTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AATTTAGTATTATTTTATTTC-GAAT
* * *
13396882 AAGCTTGTAT-ATACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCAAAATGATTTTAAATAG
256 AAGCTTGTATGA-ACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAG
* * *
13396946 ATAATTGTCCAAATAGTAATAATTATTTGAACTTGTTCG
320 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCG
* * * *
13396985 GTAAATAGATTAATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
1 ATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG-ATTA
* * * * * ** **
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* * ** *
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* * ** * * *
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* * * * *
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* * *
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* * * *
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1 ATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG-ATTA
* * *
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* * * * * * * * *
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* * * ** * * *
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* * * ** *
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* * * * **
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* * * * *
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* * * *
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* * * * * * * * * *
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* * * * ** *
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189 TTA-TTTTTTAAAT-TCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAATTTAGTATTATTTTATTTC
* * * * * * * **
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252 -GAATAAGCTTGTATGAACAGAA-A-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
* * * *
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314 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCG
** * * * * * * ***
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* * ** * * * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * *
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* * * * * ** *
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252 GAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAA
* * *
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* * *
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** * * ** * * * *
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* * * * * * *
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129 CGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTG-TTT-A-AAAATAGATTT
* * ** *
13398602 ATTTTTTTAAATCTCTAACTTATCAATTTTTTG-AATATTAA-AAAGTAATATTATTTTATTTCG
191 A-TTTTTTAAAT-TCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAATTTAGTATTATTTTATTTCG
* * * ** * * *
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*
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* * ** * * * * **
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* * * * * * * *
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* * * *
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Statistics
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* * * * * * *
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* * *
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** ** * * * * *
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* * *
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* * *
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***
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* * **
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* * * * * *
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* * *
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* * *
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* * * *
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*
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* * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * ** **
13391622 ATTCAAATAGTAATGACTATTTGATA-TAGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAAAT-TTTTAC
322 ATT-AAATAGTCATGACTATTT-AAACTAGTTCAGTAAATGTATTTATTTTTT-AAATCTTTTAC
* *
13391685 TTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTAATATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAATAGA
384 TTATTAATTGTAAAAATATTAATAAATTAAT-ATATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAATA-A
* ** * * ** * * *
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* * * *
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* * * * * *
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** * * * * *
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* * * * * *
13391963 T----TAGATAATTGTTCA-AATAGTCATAATTATTT-GA-TTGGTTAGTTAAACAAAAATAT-T
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* * * * *
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* * * *
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* * * * * * * *** * *
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* * * * * * ** * * * **
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* * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * * * *
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* * * * * *
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* ** * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * **
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314 AGATAATTATTAAAT--AGTCATGACTATTTAAACTAGTTCAGTAAATGTATTTATTTTTTAAAT
* * * ** * * * *
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377 CTTTTACTTATTAATTGTAAAAATATTAATAAATTAATA-TATTTTAATCT-GAATAAGCTTGTA
* * * * * * ** * ** *
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63 TT-CGAAATAAGCTTG-CATGAACAAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGAT
* * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * ** * * * * *
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318 AATTATT-AAATAGTCA-TGACTATTT-AAACTAGTTCAGTAAATGTATTTATTTTTT-AAATCT
* * * * ** * * * * *
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13393400 TAAATATTCATAACTATTTGAGCT-TATTCGGTAA-AT
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* * * ** * * *
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* * *** ** * * * *
13393562 TTGAAATAGATAATTATTCTTATAGTTTTAACTA-TTAGAA-TTGGTTAGACAAACACATTTATT
126 TTCAAATAGATAATTGTTAGAATAGTCATAACTATTTA-AACTT-GTTCGATAAACAGATTCATT
* * *
13393625 TTTTAAATCTCTTACTTACTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTATTTCAAATA
189 TTTTAATTCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATA
* * ** * * * *
13393688 AGCTTGTATG-ATCAAAAACAATTGTTTTATAACCAAAA-AAAAGGTCATAATGATTTAAAATAG
253 AACTTATATGAAT-TGAAACAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAG
* * * * ** ***
13393751 ATAATTGTTCAAATGATTTAAAATAGACAATTGCCATAATTGTTTAA-TTGATTTGGTAAACAAA
316 ATAA----T----T-A-TT-AAATAGTC-A-TGAC-T-A-T-TTAAACTAG-TTCAGTAAATGTA
* * * * *
13393815 TTTATTTTTTAAA---TTT-CTTA-T-ATTTTAGAAATATTAATAAATTAGTAT-TGTTTTATTT
363 TTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTAAAAATATTAATAAATTAATATAT-TTTAATCT
* * * * * * * * * * *** *
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427 -GAATAAGCTTGTATGAA-TAAAAAAATTTTTTTATGACAAAACAAAAAATCATAACAATTTGAA
** * * * ** *
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490 ATAGATAATTACTCAAATAGTC-AAAACTATATGAA-TGTGTT-GAAAAGAC
* * ** **
13393983 AGATTTATTTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTT-TTTGAAGGTTAATAAA-TTAGTATTAGCT
1 AGATTTA-TTTTTTAAAT-T-TTACTTATTAATTTCTGT-AATATTAATAAATTTA-TATTATTT
* * * ** * * * *
13394046 TATTCCAAATAAGCTTGTAT--ACAATGAAACAATTGCTTTATGACTAAACAAAAGGTTAAAACA
61 TATTCGAAATAAGCTTGCATGAACAA--AAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * ** ** * * * * *
13394109 ATTTGAAATAGATAACTATTCTAATAGT-ATTAA-TCACATAAACTGGTTCGGTAAATAAATTTA
124 ATTTCAAATAGATAATTGTTAGAATAGTCA-TAACT-ATTTAAACTTGTTCGATAAACAGATTCA
* * * * * * ** * *
13394172 TTTTTTAA--ATC--GCTTGTTAATTTTTAAAATATTATTAAATTTGTATTATTCAATCT-AAAT
187 TTTTTTAATTCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAAT
* * * * * * *
13394232 AAGCTTATATGAA-TAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAATGGTCATAACAATTTGAAATAGA
252 AAACTTATATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGA
* * * * * * ** * * * *
13394296 TAATCATTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTTGGCAATTAG-ATTTATCTTTT-AATTTT
317 TAATTATT-AAATAGTCATGACTATTTAAACTAGTTCAGTAAAT-GTATTTATTTTTTAAATCTT
** ** * * * * ** **
13394359 CTTGGTTATTAAGTT-TCGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-ATTTCAAATAAAATACTAT
380 -TTACTTATTAA-TTGTAAAAATATTAATAAATTAATA-TATTTTAATCT-GAATAAGCTTGTAT
* ** * * * * * * * *
13394422 GAACATAACTAATTGTTTGATGACAAAACTAAGAGTTATAAAAATTTGAAATAGATAATTATTCA
441 GAATA-AAAAAATTTTTTTATGACAAAACAAAAAATCATAACAATTTGAAATAGATAATTACTCA
* **
13394487 TATAGTCAAAACTACT-TGAAATG-GTTTGGTAA-AC
505 AATAGTCAAAACTA-TATG-AATGTG-TTGAAAAGAC
* * * *
13394521 AAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTAATTAATTT-TCTAA-A-TATTAAA-TTAGTATTATTTTA
1 AGATTTATTTTTTAAAT-T-TTACTTATTAATTTCTGTAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTA
** * * ** ** * * ** *
13394582 TTTTAAACAAACTTATATGAATGAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAATAATAACGATTT
63 TTCGAAATAAGCTTGCATGAACAAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTT
* * * * * * *
13394647 GAAA-AGATAATTGTTCA-AATAGTTATAATTATTTGAACTGGTTC-AGTAAATAAAATT-A-TT
128 CAAATAGATAATTGTT-AGAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCGA-TAAA-CAGATTCATTT
* * * * * * *
13394707 TTTAACATCTCTTGCTTATAAAATTTT-GAAATATTAACAAATTAGTTTTATTTTATTTTGAATA
190 TTTAA-TTCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATA
* * * * * * * * *
13394771 AACTTGTAT-AAGCTAAAATAATTGTTCTACGACAAAACAAAAGATCATGAC-ATTTGAAATAGA
253 AACTTATATGAA-TTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGA
* * * * * * ** * * * *
13394834 AAATTGTTCATATAGCCTTAACCGTTTGAACTGGTTCAATAAATAG-ATTTATTTTTTAAATCTC
317 TAATTATT-AAATAGTCATGACTATTTAAACTAGTTCAGTAAAT-GTATTTATTTTTTAAATCTT
* * * * * * ** * *
13394898 TTAGTTATGAATT-TTAGAATATTATTAAATTAGTATCATTTTTTTCTAAATAAACTTGTATGAA
380 TTACTTATTAATTGTAAAAATATTAATAAATTAATAT-ATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAA
* * * ** * * ** *
13394962 TAGAAATAATTATTTTATGACAGAACAAAATGTTATAACAATTTAAAATAGATAATTGTTTAAAT
444 TA-AAAAAATTTTTTTATGACAAAACAAAAAATCATAACAATTTGAAATAGATAATTACTCAAAT
* * * * * ** *
13395027 AGTCATAACTATTTAAACTATTTTGGTAA-AT
508 AGTCAAAACTATATGAA-TGTGTTGAAAAGAC
* * * * *
13395058 AGATTTA-TTTTTATA-TCT-CTTACTAA-TTCTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTAC
1 AGATTTATTTTTTAAATTTTACTTATTAATTTC-TGTAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTAT
* * *** * * * * * *
13395118 TCCAAATAAGCTTGTATGTTGAAAAATAATTGTTTTACGATAAAACAAAAGGTAATAACGATTTG
64 TCGAAATAAGCTTGCATGAACAAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTC
* * * * * * * ** *
13395183 AAATATATAATTATTCA-AATGGTGATAATTATTTGAA-TTGATTCGGTAAATTGATTTA-TTTT
129 AAATAGATAATTGTT-AGAATAGTCATAACTATTTAAACTTG-TTCGATAAACAGATTCATTTTT
* * * * * *
13395245 TAAATCTCTTATTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAAAGTAGTATTATTTTATTTTGGATAAG
192 TAATTCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAA
* * * ** *
13395309 CTTTTATGAATTAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTTCATAATAATTTTAAATAGATA
255 CTTATATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTT-ATAACGATTTGAAATAGATA
* * * * ** *
13395373 ATTATTCAAATAATAATAACTATTTGAACTTA-TTCAGTAAACATATTTATTTTTTCAAATCTCT
319 ATTATT-AAATAGTCATGACTATTTAAAC-TAGTTCAGTAAATGTATTTATTTTTT-AAATCTTT
* * *** * * * * *
13395437 TGCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATATGCTTGTATGAAC
381 TACTTATTAATTGTAAAAATATTAATAAATTAATA-TATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAA-
* * * ** * * * *
13395502 TAAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTTAGAACAATTTGAAATAGATAATTATTCTAATA
444 TAAAAAAATTTTTTTATGACAAAACAAAAAATCATAACAATTTGAAATAGATAATTACTCAAATA
** * * **
13395567 GTCTTAACCATTTGAAT-TGATTTGGCAA-AC
509 GTCAAAACTATATGAATGTG--TTGAAAAGAC
* * ** ** **
13395597 ACATTTATTTTTTAAATCATTTACTTATTAATTTTTAAAATATTCTTAAATTCGTATTATTTTTA
1 AGATTTATTTTTTAAAT--TTTACTTATTAATTTCTGTAATATTAATAAATTTATATTA-TTTTA
* * * * * * * **
13395662 TCCG-AATAAGCTTGTACGATCAAAAACAATT-TTTTATGACAAAA-TAAAGATCATAGTGATTT
63 TTCGAAATAAGCTTGCATGAACAAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTT
* * *
13395724 -AAGATTGATATTTATTCA-AAT-GATCATAACTATTTAAAC-TGATTCAGA-AAACAGCATT-A
128 CAA-ATAGATAATTGTT-AGAATAG-TCATAACTATTTAAACTTG-TTC-GATAAACAG-ATTCA
* * * * * * * * *
13395783 GTGTTTAAATCT-TTGGCTTAATAATTTTT-GAAATATTAATGAAGTAGTAGTATTTTATTTCAA
187 TTTTTTAATTCTCTT-ACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGA
** * * * * * *
13395846 ATAAGTTTTTACGAATTGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATA
250 ATAAACTTATATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATA
* * * ** *
13395911 GATAATTGTTCAAATAGTCAT-ATCTATTTGAACTTGTT-AGGTAAACATATTAATTTTTTTAAA
315 GATAATTATT-AAATAGTCATGA-CTATTTAAACTAGTTCA-GTAAATGTATTTA-TTTTTTAAA
* * * *** * * * * * *
13395974 TCTCTTGCTTATTAATTTTTCGAACACTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTCAAATAAGTTTGT
376 TCTTTTACTTATTAATTGTAAAAATATTAATAAATTAATA-TATTTTAATCT-GAATAAGCTTGT
* * * ** * ** **
13396038 ATGAACTGAAATAATTGTTTTATGA-ATAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTGT
439 ATGAA-TAAAAAAATTTTTTTATGACA-AAACAAAAAATCATAACAATTTGAAATAGATAATTAC
* * ** * *
13396102 TCTAATGGTCTTAACTATTTGAA----TT--AAATA-
502 TCAAATAGTCAAAACTATATGAATGTGTTGAAAAGAC
* * * * * *** *
13396132 AG---CA------AAA---CAC--ATTTATTT-T-T--TATTATTAAA-TTAGTACTATCCAAAT
1 AGATTTATTTTTTAAATTTTACTTATTAATTTCTGTAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATT
* ** * * * * * * *
13396178 CTG-AATAAGTTTATATGAA-AAGAAACAATTGTTCTATGATAAAA-GAAAGATCATAATGATTT
65 C-GAAATAAGCTTGCATGAACAA-AAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTT
* * * * *
13396240 -GAGTAGATAATTATTCA-AGTAGTCATAACTATTTGAAC-TGATTC-AGTAAACA-A---A---
128 CAAATAGATAATTGTT-AGAATAGTCATAACTATTTAAACTTG-TTCGA-TAAACAGATTCATTT
* * * * * * *
13396294 TTT-A--GT-TT--TTA--AATGTCT----TATTAATAAATCAATGTTATTTTA-TTCTAA-ATA
190 TTTAATTCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATA-A
* * *** *
13396345 ATTCTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTTAATAACGATTTGAAATAGA
254 ACT-TATATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTT-ATAACGATTTGAAATAGA
* * * ** **
13396409 TAATTATTCAAATGGACATGACTATTTAAA-T--TT--GTTAATACATTTATTTTTTAAATCTCC
317 TAATTATT-AAATAGTCATGACTATTTAAACTAGTTCAGTAAATGTATTTATTTTTTAAATCTTT
* * * * * * * * * *
13396469 AACCTT-TTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAACATGTAAGAA
381 TA-CTTATTAATTGTAAAAATATTAATAAATTAATA-TATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAA
* * * * * * *
13396533 TAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACTATTTAAAATAAATAATTATTCAAAT
444 TA-AAAAAATTTTTTTATGACAAAACAAAAAATCATAACAATTTGAAATAGATAATTACTCAAAT
* * **
13396598 AGTCATAACTATTTGAGCATGCT-TTGGCAA-AC
508 AGTCAAAACTATATGA--ATG-TGTTGAAAAGAC
* * * *
13396630 ATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATATA-TTAGTATTATTTTA
1 AGATTTATTTTTTAAA--TTTTACTTATTAATTTCTGTAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTA
* * ** * **
13396694 TTTC-AAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATTATT
63 -TTCGAAATAAGCTTGCATGAACAAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATT
* * ** * * * * *
13396758 TGAAATAGATAATTATTCCAATAGTCTTAACTAATTGAA-TGTGTTTAGA-AAACATA-TCTATT
127 TCAAATAGATAATTGTTAGAATAGTCATAACTATTTAAACT-TG-TTCGATAAACAGATTC-ATT
*
13396820 TTTTAAATT-T-TTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTA-TTCAGAA
189 TTTT-AATTCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTC-GAA
* * ** * * * * *
13396881 TAAGCTTGTAT-ATACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCAAAATGATTTTAAATA
251 TAAACTTATATGA-ATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATA
* * * * * * * * *
13396945 GATAATTGTCCAAATAGTAATAATTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAG-ATTAATTTTTTAAATC
315 GATAATTAT-TAAATAGTCATGACTATTTAAACTAGTTCAGTAAAT-GTATTTATTTTTTAAATC
* * * ** * * *
13397009 TCTTACTCATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATATT-ATTTCGAATAAGTCTAT-T
378 TTTTACTTATTAATTGTAAAAATATTAATAAATTAATA-TATTTTAATCT-GAATAAG-CT-TGT
* * * ** ** ** * *
13397072 -TGAACTAATACAATTGTTTTAAAATGAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATT
439 ATGAA-TAAAAAAATTTTTTTATGACAAAACAAAAAATCATAACAATTTGAAATAGATAATTACT
* * * * **
13397136 CAAATAGTTATAACTATTTAGACT-TGTTCGGTAAG-C
503 CAAATAGTCAAAACTATAT-GAATGTGTT-GAAAAGAC
* * * * ** * *
13397172 ATACTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATT-ATTTGTCAAAATATTAATAACTTAATATTATTTTA
1 AGATTTATTTTTTAAA--TTTTACTTATTAATTTCT-GTAATATTAATAAATTTATATTATTTTA
* * * * * * *
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* * * * * *
13397294 TAAAATAAATAATTGTTCA-AATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGATAAATAG----A---T
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* *
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * ** * * * *
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* * * * * **
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * * ** * *
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* * * ** * ** * * * **
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* * * * * * * ** * * *
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* ** * * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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62 ATTC-GAAATAAGCTTGCATGAACAAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGAT
* * * * * * * *
13398362 TTGACATATG-TAATTGTTCA-AATAGTTATAACCATTTGAACTGGTTC-AGTAAATAGATTTA-
126 TTCAAATA-GATAATTGTT-AGAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCGA-TAAACAGATTCAT
* * * * *
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* * * * *
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252 A-AACTTATATGAATTG--AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAAT
* * * * * * * *
13398549 AGATAATTGTTCAAATGGCCATAAATATTTGAACTGATTTGA-TAAACTG-ATTTATTTTTTTAA
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* * * * *** * * *
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* * ** * * * ** *** * **
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* * * *
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* * * * * * * **
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*** * * * * * * * * *
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* * * ** *
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126 TTCAAATAGATAATTGTTAGAATAGTCA-TAACTATTTAAACT
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Statistics
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AGATTTATTTTTTAAATTTTACTTATTAATTTCTGTAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTC
GAAATAAGCTTGCATGAACAAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTCAA
ATAGATAATTGTTAGAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCGATAAACAGATTCATTTTTTAAT
TCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTATA
TGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTA
AATAGTCATGACTATTTAAACTAGTTCAGTAAATGTATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA
TTGTAAAAATATTAATAAATTAATATATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAATAAAAAAATTTT
TTTATGACAAAACAAAAAATCATAACAATTTGAAATAGATAATTACTCAAATAGTCAAAACTATA
TGAATGTGTTGAAAAGAC
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13392698 TTTACTATTT
* * *
13392708 GAACTACTTCAGCAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTATTA
1 GAACTACCTCAGCAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATA
* * *
13392773 AATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATAATAAAATAA
66 AATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAACTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATAACAAAA-AA
*
13392838 AAGGTT-ATAATTATTTGAAATCAG-TAATTATTCAAATAA
130 AAGGTTCATAATGATTTGAAAT-AGATAATTATTCAAATAA
* *
13392877 GAACTACCTCGAG-AAATAGATTTATTTTTTAAGTCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT
1 GAACTACCTC-AGCAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT
*** ** * *
13392941 AAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAGGTTTGTAAT-ATGAAAAACAATTATTTTATGACAAAAC
65 AAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAACTTGT-ATGAACAAAAACAATTATTTTATAACAAAAA
* * *
13393005 AAATGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATAGCCATAATTATTT
129 AAAGGTTCATAATGATTTGAAATAGATAA---TT---AT--TCA-AA-TA--A
* * * * * * * *
13393058 GAACTGA-TTCAGTAAATAGATTCACTTTTTAAATCACTTATTTATTAATTTTTGGAATATTAAT
1 GAACT-ACCTCAGCAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT
* ** * * ** * * * * *
13393122 AAATTATTATTATTTTATTTTGAATAAGCATACATGAACTAAAATAATTGTTTTATGATAAAACA
65 AAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAACTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATAACAAAA-A
** ** * * *
13393187 AAA-CATCATAACAATTTTAAATATACAATTATTCAAATAGTA
129 AAAGGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA--A
** * * * * *
13393229 GTAACATTTGAATTTATTCAGAAAACACATTTATTTTTTAAAATCTCTTGCTTGTTAATTTTTGA
1 G-AAC---T--A---CCTCAGCAAATAAATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA
* * * * ** * *
13393294 AATATTAGTAAATTAGTATTATTTTATT-TGGATAACCATT-TATGAACTGAAGCAATTGTTTTA
56 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAAC-TTGTATGAACAAAAACAATTATTTTA
* * * * * *
13393357 TTACAAAACAAAAGG-ACA-AAGTGGTTTTAAATA-ATTAATTGTTTAAATATTCA
120 TAACAAAA-AAAAGGTTCATAA-TGATTTGAAATAGA-TAATTATTCAAATA---A
* * * * * * * *
13393410 TAACTATTTGAGCTTATTCGGTAAATAGATTTATTTTTCAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTCAA
1 GAAC----T-A-C---CTCAGCAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAA
* * * ** * * *
13393475 ATATTAATATATTAGGATTAATTTATTTTGAATAAGCTTGTATGATATGAAATA-AA-TATTTTA
57 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAACTTGTATGA-A-CAAAAACAATTATTTTA
* * *
13393538 TGACTAAAAAAAGGTT-AGAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTTATAGTTTTAACTATTA
120 TAACAAAAAAAAGGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTC----A-----AA-TA--A
*** * * * *
13393599 GAA-TTGGTTAGACAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTACTAATTTTTGAAATATTAAT
1 GAACTACCTCAG-CAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT
* * * * *
13393663 AAATTAGTATTA-TTTATTTCAAATAAGCTTGTATGATCAAAAACAATTGTTTTATAACCAAAAA
65 AAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAACTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATAA-CAAAAA
* *
13393727 AAAGG-TCATAATGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAAT
129 AAAGGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
13393765 GATTTAAAAT
Statistics
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GAACTACCTCAGCAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATA
AATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAACTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATAACAAAAAAA
AGGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAA
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13393723 AAAAAAAGGT
* *
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1 CATAATGATTTAAAATAGACAATTGTC
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1 CATAATGATTTAAAATAGACAATTGTC
13393785 CATAAT
1 CATAAT
13393791 TGTTTAATTG
Statistics
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CATAATGATTTAAAATAGACAATTGTC
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13396339 TAAATAATTC
* * * *
13396349 TGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTTAATAACGATTTGAAATAGATAAT
1 TGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATG-TCATAATGATTTAAAATAGATAAT
* * * * * * ***
13396413 TATTCAAATGGACATGACTATTT-AA---ATTT-GTTAATACATTTATTTTTTAAATCTCCAACC
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* * *
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* * * * *
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1 TGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATG-TCATAA-TGATTTAAAATAGATAA
* * * * *
13396588 TTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAGCATGCTTTGGCAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTA
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* * *
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* * *
13396707 TGTATGAACAAAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATTATTTGAAATAGATAATT
1 TGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTAAAATAGATAATT
* * * * * * *
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*
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* * *
13396887 TGTAT-ATACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCAAAATGATTTTAAATAGATAAT
1 TGTATGA-ACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTAAAATAGATAAT
* * * * * *
13396951 TGTCCAAATAGTAATAATTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTAATTTTTTAAATCTCTTACT
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* *
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129 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAG-CT
* * ** ** * * *
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1 -TGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTAAAATAGATAAT
* * * *
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** * * * *
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127 CTTATTAATTT-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCT
* *
13397249 TGTATGAACAAAAATAATTGTTTTAT----AAA-AAAAT-TCATAATGATTTAAAATAAATAATT
1 TGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTAAAATAGATAATT
* * * * *
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* * ** * * * ** ** * **
13397373 -TTAATAAATTTGTGTTATTTTATTTGAAATAAGCT-TGTA-TGAATAGC-AAAAATTAT
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* ** * * ** *
13397429 TTTATG-AC-AAAACAAAAG-GTTAT-AGCGAATTAAAATAG--ATAAT--TGTTCAAATAG---
1 TGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAT-GTCATAATGAT-TTAAAATAGATA
* * ** * *
13397483 -----TC--ATA---ATTA---TTTGAACATGTTCAGTAAATAGATTCATTTTTTAATTCTCTTA
63 ATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATT-ATTTTTTAAATCTTTTA
* * ** * * * *
13397535 CTTACTAATTTTTGAAAAATTAATAAGCTAGAATTATGTTATTTTGAATAAACT
127 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCT
* * * **
13397589 TGTATGAATAGAAACAATTGATTTGTGATGAC-AAA-AAAA-GTTATAACAATTTAAAATAGATA
1 TGTATGAACAAAAACAATTG-TTT-T-ATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTAAAATAGATA
* * * * * *** *
13397651 ATTGTTCAAACAATCATAAATATTTGCA-TTGGACAGGCTAACT-GATTCATTTTTTAAAT-TTG
63 ATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTTGG-TAAATAGATT-ATTTTTTAAATCTT-
* * *
13397713 TTACTTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTTCGAATAGGAC-
124 TTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAG-CT
** *
13397770 TGTATGAA-AAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAATGGTCATAACAATTTAAAATAAATAA
1 TGTATGAACAA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAT-GTCATAATGATTTAAAATAGATAA
* * * * * * * * *
13397833 TTGTTCAAATAGTTA-AACTAATTGAACTGGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTTAACTCTCTTA
64 TTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGA-TTA-TTTTTTAAATCTTTTA
* * * * * * * *
13397897 CTTATTAATTGTTAAAACATTAATAAAATAATATT-TTTTA-TTCTAAACAAACT
127 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCT
* * * * * * ** * *
13397950 TATTTGAA-AAAGACCATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATTGATAAT
1 TGTATGAACAAA-AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTAAAATAGATAAT
* * * * * * *
13398014 TATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTCGGCAAATAAAATTATTTTTTGAATCTCTTACT
65 TATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAAT-AGATTATTTTTTAAATCTTTTACT
* * ** * *
13398079 AATTAATTTTTGAAATATTAACAAATTTTTTTTATTATA-TTCTGAATAAGCT
129 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCT
** * * * * * * * * * *
13398131 ACTAAGAACTGAAAA-AATTGTTTTACGACAAAATAAAAGGACACAATGATTTGAAATAAAGAA-
1 TGTATGAAC-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTAAAATAGATAAT
* * * * * * *
13398194 TAGTTCATATAGTCTTAACTATTT-AAATTCG-TTGGACAAATAAATTTATTGTTTAAATCTCTT
65 TA-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTTGG-TAAATAGA-TTATTTTTTAAATCTTTT
* * *
13398257 AGTTATTAATTTTT-AGAATATTATTACATTAGTATTATTTTA-TTCTGAATAAGCT
126 ACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCT
* * * * * ** * *
13398312 TGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAACAATTTGACATATG-TAAT
1 TGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTAAAATA-GATAAT
* * * * ** **
13398376 TGTTCAAATAGTTATAACCATTTGAACTGGTTCAGTAAATAGATT-TATTTTTAAATCTCCTACT
65 TATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTAT-TTTTTAAATCTTTTACT
* * * * *
13398440 TATTAACTTTTGAAATATTAATAAATTAGCATTATTTTATTTCAAATAGGAT
129 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCT
** * * *
13398492 TGTATGATGAAAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAA-GTTTATAACT-ATTTGAAATAGATAA
1 TGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATG-TCATAA-TGATTTAAAATAGATAA
* * * * * *
13398555 TTGTTCAAATGGCCATAAATATTTGAAC-TGATTTGATAAACT-GATTTATTTTTTTAAATCTCT
64 TTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTTGGTAAA-TAGA-TTA-TTTTTTAAATCTTT
* * * *
13398618 AACTTATCAATTTTTTG-AATATTAA-AAAGTAATATTATTTTATTTCGAATAAGCT
125 TACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCT
* * ** ** * * * *
13398673 TTTATGAGCTGAAATGATTGTTTTATGATAAAATAAAAGGTCATAATTG-TTTTAAATAGATAAT
1 TGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAA-TGATTTAAAATAGATAAT
* * * ** *
13398737 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGGAAACATA-TTTATTTTTTTTAT-TTCTTG
65 TATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTT-GGTAA-ATAGATTATTTTTTAAATCTT-TTA
* * ** ** *
13398800 CTTATTAATTTTTTG-AATGTTAACAAAAGAGTATTATTTTATATTTTAATAAGCA
127 CTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTCGAATAAGCT
* * * * * * * * ** * *
13398855 TGTATGAACTAAAATAACTATTTTATGACTAAACAAAAGGTTAGAACAATTTGAAATATATAATT
1 TGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTAAAATAGATAATT
* * * *
13398920 ATTCTAATAGT-ATTAACTATTTGAAC-TGTTTGGCAAACACGTTTATTTTTTA
66 ATTCAAATAGTCA-TAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATA-GATTATTTTTTA
13398972 CTCTGACAAG
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCT
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*
13397210 AATATTAATAACTTAATATTATTTTAATCTGAATAAACTTGTATG-A-A-CAAAAATAATTGTT-
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* * * *
13397271 TTA-TAAA-AAAA-TTCATAATGATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
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* *
13397333 CTTAT-TTGA-TAAATAGATTTATTTTTTAATTGTTTG
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** * * * *
13397369 AATATTAATAAATTTGTGTTATTTT-ATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGCAAAAATTATTTTA
1 AATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTG-AATAAACTTGTATGAATAGCAAAAATAATTTTA
* * *
13397433 TGACAAAACAAAAGGTTATAGCGAATTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAA
65 TGACAAAACAAAA-GTTATAACGAATTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
13397498 CATGTTCAGTAAATAGATTCATTTTTTAATT
129 CATGTTCAGTAAATAGATTCATTTTTTAATT
13397529 CTCTTACTTA
Statistics
Matches: 133, Mismatches: 16, Indels: 16
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (164 bp):
AATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTGAATAAACTTGTATGAATAGCAAAAATAATTTTAT
GACAAAACAAAAGTTATAACGAATTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACA
TGTTCAGTAAATAGATTCATTTTTTAATTGTTTG
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13396302 TTAAATGTCT
* * * * * *
13396312 TATTAATAAATCAATGTTATTTTATTCTAAATAA-TTCTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATG
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC-AAATAAGAT-TGTATG-ATAAAAACAATTGTTTTATG
* * * * * *
13396376 ACAAAACAAAAGTTAATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGACATGACTATTT-AA--
63 ACAAAACAAAAGTTTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACT
* * **
13396438 -ATTTG-TTAATACATTTATTTTTTAAATCTCCAACCTT-TTAATTTTT-AGAATATTAATAAAT
128 GATTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA-CTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAAT
* * * * * *
13396499 TAGTATTATTTTATTCCGAATAAAC-ATGTAAGAA-TAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAA
191 TAATATTATTATATTCTGAATAAGCTA-GTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA
* * *
13396562 AGATCATAACT-ATTTAAAATAAATAATTA-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAGCA-TGCTTTG
254 AGGTCATAA-TGATTTAAAATAGATAA-TAGTTCAAATAGTCATAACTATTT-A-AATTG--TTG
* * * *
13396624 GCAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATATATTAGTATTA
313 GCAAATATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * * *
13396689 TTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAATGTCATAAT
378 TTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGA-TAAACAAAAGGTTATAAC
* * * * * * * *
13396754 TATTTGAAATAGATAATTATTCCAATAGTCT-TAACTAATTGAA-TGTGTTTAGAAAACATATCT
441 AATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGT-TATAACTATTTGAACTG-GTTTAGTAAACAGATTT
* *
13396817 ATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTGGAA
504 ATTTTTTAAATTCTTACTTATTAA-TTTTGAAA
*
13396850 TATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTCAGAATAAGCTTGTAT-ATACAGAAACAATTGTTTTAT
1 TATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCA-AATAAGATTGTATGATA-A-AAACAATTGTTTTAT
* * * * * *
13396913 GACAAAACAAAA-TGTCAAAATGATTTTAAATAGATAATTGTCCAAATAGTAATAATTATTTGAA
62 GACAAAACAAAAGT-TTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAA
* * * *
13396977 CTTG-TTCGGTAAATAGATTAATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTGAAATATTAATAAA
126 C-TGATTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA
* * ** **
13397041 TTAGTATTA-TATTATT-TCGAATAAGTCTA-TTTGAACT-AATACAATTGTTTTAAAATGAAAC
190 TTAATATTATTA-TATTCT-GAATAAG-CTAGTATGAACTGAA-ACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * * *
13397102 AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAATAGTTATAACTATTTAGACTTGTTCG
251 AAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAA-TAGTTCAAATAGTCATAACTATTTA-AATTGTT-G
* ** * * * * * * *
13397166 GTAAGCATACTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATT-ATTTGTCAAAATATTAATAACTTAATATT
313 GCAAATATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT-TTAGAATATTAATAAATTAGTATT
* *
13397230 ATTTTAATCTGAATAAACTTGTATGAACAAAAATAATTG-TTT-T-ATAAA-AAAA--TTCATAA
377 ATTTT-ATTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGATAAACAAAAGGTT-ATAA
** * * ** *
13397289 TGATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTT-GATAAATAGATTT
440 CAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTGGTTTAG-TAAACAGATTT
*
13397353 A----TT---TT-TTA---ATT--GTTTG-AA
504 ATTTTTTAAATTCTTACTTATTAATTTTGAAA
* * * * * *
13397371 TATTAATAAATTTGTGTTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGCAAA-AATTATTTTATG
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCAAATAAGATTGTATG-ATA-AAAACAATTGTTTTATG
* * * *
13397435 ACAAAACAAAAGGTTATAGCGAATTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAAC-
63 ACAAAACAAAAGTTTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACT
* * * * * **
13397499 -ATGTTCAGTAAATAGATTCATTTTTTAATTCTCTTACTTACTAATTTTTGAAAAATTAATAAGC
128 GAT-TTGA-TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAT
* * *
13397563 TAGA-ATTATGT-TATTTTGAATAAACTTGTATGAA-TAGAAACAATTGATTTGTGATGAC-AAA
191 TA-ATATTAT-TATATTCTGAATAAGCTAGTATGAACT-GAAACAATTG-TTT-T-ATGACAAAA
* ** * * * * ** **
13397624 -AAAA-GTTATAACAATTTAAAATAGATAATTGTTCAAACAATCATAAATATTTGCATTGGACAG
250 CAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATT-G-TTG
* * * * * *
13397687 GCTAACT-GATTCATTTTTTAAATTTGTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGCATT
313 GC-AAATATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * * *
13397751 ACTTTATTTCGAATAGGAC-TGTATGAA-AAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAATGGTCAT
377 ATTTTATTT-GAATAAG-CTTGTATGAACAA-AAATAATTGTTTTATGATAAACAAAA-GGTTAT
* * *
13397814 AACAATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTA-AACTAATTGAACTGGTTTAGTAAACAAATT
438 AACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTGGTTTAGTAAACAGATT
* *
13397878 TATTTTTTTAACTCTCTTACTTATTAATTGTTAAAA
503 TA-TTTTTTAAAT-TCTTACTTATTAATT-TTGAAA
* * * * * * *
13397914 CATTAATAAAATAATATT-TTTTATTCTAAACAA-ACTTATTTGA-AAAAGACCATTTGTTTTAT
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC-AAATAAGA-TTGTATGATAAAA-A-CAATTGTTTTAT
* * * *
13397976 GACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATTGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAAC
62 GACAAAACAAAAGTTTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAAC
* * ** * * * * *
13398041 TGGTTCGGCAAATAAAATTATTTTTTGAATCTCTTACTAATTAATTTTTGAAATATTAACAAATT
127 TGATTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT
** * * * * * *
13398106 TTTTTTATTATATTCTGAATAAGCTACTAAGAACTGAAAAAATTGTTTTACGACAAAATAAAAGG
192 AATATTATTATATTCTGAATAAGCTAGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG
* * * * * * *
13398171 ACACAATGATTTGAAATAAAGAATAGTTCATATAGTCTTAACTATTTAAATTCGTTGGACAAATA
257 TCATAATGATTTAAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATT-GTTGG-CAAATA
* * * * *
13398236 AATTTATTGTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTAGAATATTATTACATTAGTATTATTTTATT
320 TATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
13398301 CTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAACAATTTGA
385 -TGAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGATA-AACAAAAGGTTATAACAATTTGA
* ** * * *
13398366 CATATGTAATTGTTCAAATAGTTATAACCATTTGAACTGGTTCAGTAAATAGATTTA-TTTTTAA
448 AATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTGGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAA
*
13398430 ATCTCCTACTTATTAACTTTTGAAA
513 AT-TCTTACTTATTAA-TTTTGAAA
* * *
13398455 TATTAATAAATTAGCATTATTTTATTTCAAATAGGATTGTATGATGAAAAACAATTGTTTTATAA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCAAATAAGATTGTATGAT-AAAAACAATTGTTTTATGA
* * * *
13398520 CAAAACAAAAGTTTATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCATAAATATTTGAACTG
64 CAAAACAAAAGTTTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTG
* * *
13398585 ATTTGATAAACT-GATTTATTTTTTTAAATCTCTAACTTATCAATTTTTTG-AATATTAA-AAAG
129 ATTTGATAAA-TAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAAT
* ** * ** * *
13398647 TAATATTATTTTATT-TCGAATAAGCTTTTATGAGCTGAAATGATTGTTTTATGATAAAATAAAA
191 TAATATTATTATATTCT-GAATAAGCTAGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
* * *
13398711 GGTCATAATTG-TTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGG-A
255 GGTCATAA-TGATTTAAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTT-AAATTG-TT-GGCA
* ** * * * * * **
13398774 AACATATTTATTTTTTTTATTTCTTGCTTATTAATTTTTTGAATGTTAACAAAAGAGTATTATTT
316 AATATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTA-TT
* * * * * *
13398839 TATATTTTAATAAGCATGTATGAACTAAAATAACTATTTTATGACTAAACAAAAGGTTAGAACAA
380 T-TATTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGA-TAAACAAAAGGTTATAACAA
* * * * *
13398904 TTTGAAATATATAATTATTCTAATAG-TATTAACTATTTGAACT-GTTTGGCAAACACG-TTTAT
443 TTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTA-TAACTATTTGAACTGGTTTAGTAAACA-GATTTAT
* * *
13398966 TTTTT--ACTCTGAC--A--AGCTTTT-ACGAA
506 TTTTTAAATTCTTACTTATTA-ATTTTGA--AA
** * ** * ** * * * * * * * * * *
13398992 TAGAAATAAA-T-GTTTTAGGATAAAACAAAGATCATATTAATTTCAGATAAATAATT-ATTCA-
1 TATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTC-AA-ATAAGATT-GTATGATAAAAACAATTGTTTTAT
* * * * * * * *
13399053 -A-AAAGTCATAACTATT-TGAACTGATTCAGTAAAGAGATTTAGTT-TTTAAAT-CTCATTAAT
62 GACAAA-ACAAAAGT-TTAT-AAC-GATT-TG-AAATAGA--TAATTGTTCAAATAGTCA-TAAT
* * * * * * * * *
13399113 T-TTTGAA-AGA----AT-AATA-AATTA-GTATT--AGCTTTTA-TGAATAATTTTGTTCAAAT
118 TATTTGAACTGATTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTT-TTGAAAT
** * ** * *** * **
13399166 AGAAAT-AATT-ATTTTACGACAAAAT-AA-AATG-TCA-TAACGATTTGAAACAGATAATAGTT
181 ATTAATAAATTAATATTATTATATTCTGAATAA-GCT-AGT-ATGAACTGAAACA-AT--T-GTT
** ** * ** * * * * ** *
13399225 CAAATAGACATGAC--TATTTGA-ACTTGTTTGGTAAACA-A-ATTAAT-TTTGTAA-A-TCCTC
239 -TTAT-GACAAAACAAAAGGTCATA-ATGATT--TAAA-ATAGA-TAATAGTTCAAATAGTCAT-
* * * *** * * * * *
13399282 AACT-TATT-AATT-TT--TAAA-ACATTAATAAATTAGAATTATTTTA-TTCCAAATAAACTTG
296 AACTAT-TTAAATTGTTGGCAAATATATTTATTTTTTA-AA-TCTCTTACTT----ATTAATTTT
* * *** **** * * *
13399340 TATGAATA-GAA-ACAATT-GTTTTATGACAAAACAA-AAGATCATAACGATTTGAA-ATAAATA
354 TA-GAATATTAATA-AATTAGTATTATTTTATTTGAATAAG--C-T--TG-TATGAACAAAAATA
* * ** * * ** * * *
13399400 ATTG-TTCA-AATAGTCATAACA-ATT-TGAACTCACTCGGTAAACAAATTTATT-TTTAAATTT
411 ATTGTTTTATGATAAACA-AA-AGGTTAT-AA--CAATTTG-AAATAAA-TAATTGTTCAAA--T
* * * * * * *
13399460 ACTTATTAA-T-TTTGGAA-T--ATTAATAAATTA-A--TATTATTTT--ATTCTGAATAAGCTT
467 AGTTA-TAACTATTT-GAACTGGTTTAGTAAA-CAGATTTATT-TTTTAAATTCTTACTTA--TT
*
13399515 --GTTTGAAA
526 AATTTTGAAA
* * *** ** * ** *
13399523 -A-GAA-ACAATTGGT-TTATAACAAAACAAAT--GGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTGTT
1 TATTAATA-AATTAGTATTAT-TTTATTCAAATAAGATTGT-ATGA--T-AAA-A-ACAATTGTT
** * * * * * * *
13399582 CGAATAGTCATAAC--TA-TTT-GAACGTATTTAGAAAATAGATACCGTTTTTAAAATTTTTAGT
58 -TTAT-GACAAAACAAAAGTTTATAACG-ATTT-G-AAATAGATA--ATTGTTCAAA----TAGT
* * * * ** ** * *
13399643 TATTAA-TCTTTGAAAT-A-TTAATAAATTTATATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGC--ATGAA
112 CA-TAATTATTTGAACTGATTTGATAAATAGAT-TTATTTT-TT--AAAT-CTCTTACTTATTAA
****** * * * * * * * * *
13399703 CAAAACAAATTATTTTATGACA--AATA--A-AATGTCCT-AAT--G-T--TTTAAAAT-AAATA
171 TTTTTGAAA-TA-TTAAT-AAATTAATATTATTATATTCTGAATAAGCTAGTATGAACTGAAACA
* * *
13399756 ATTG---T-T--C---A-AATA-GTCATAACT-ATTTAAACT---TATTCAG-T-AAATAGATTC
233 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTAAAATAGATAAT-AGTTCAAATAG--TC
* * * * * * * * * *
13399804 AT---TTTTTTAATT-CT--C--TTACTCTTTATTTTTTGAAA--TATTAATAAATCAA-TATT-
294 ATAACTATTTAAATTGTTGGCAAATA-TATTTATTTTTT-AAATCTCTTACT-TATTAATTTTTA
* * * * ** * * *
13399857 --ATTTTATATCAAATAAGT-TTATATGAACTGAAACAATTG-TTTTAT-TACAAAACA-AA---
356 GAATATTA-AT-AAATTAGTATTATTTTATTTG-AATAA--GCTTGTATGAACAAAA-ATAATTG
* * * * * * * * * * * *
13399913 ----A-GGT-CA-TAATGAT---------TTGAAATAGATAATTATTTAAATAATCATGATTATT
415 TTTTATGATAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATT
** * ** * *
13399962 TGAACTTCTTCTA-TAAACATATTTATTTTAAAAAATTTTTACTTACTAATTGTTGAAA
480 TGAACTGGTT-TAGTAAACAGATTTATTTT-TTAAATTCTTACTTATTAATT-TTGAAA
* * * * * *
13400020 TATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGCATGAATGAAAACAATTGTTTCATGA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC-AAATAAGATTGTATG-ATAAAAACAATTGTTTTATGA
* * * * * *
13400085 CAAAATAAAAAAG-TCATAACAATTTGAAATAAAAAATTGTTCAAATAGTCATAATAATTTGAAA
64 C-AAA-ACAAAAGTTTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTG-AA
* * * * * *
13400149 TTG-TTAGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCT-CAATATTAATAAA
126 CTGATTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTTGAAATATTAATAAA
** * ** * * * ** *
13400212 TTTGTATTATTTTA-TCCAAATAAGCTTGTATGAA-TAAAAAAATCATTTTATAACAAAACAAAA
190 TTAATATTATTATATTCTGAATAAGCTAGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
* * ** * * *
13400275 GGTTAT-AGGATTCCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTTGTTTGGTAAA
255 GGTCATAATGATTTAAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAA-TTG-TTGGCAAA
* * * * * *
13400339 CATATTCA-TTTTTGAATCTCTAAATTATTAATTTTTGGAATATTAATAACA-TAGTATTATTTT
318 TATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAA-ATTAGTATTATTTT
* * ** * * * * **
13400402 ATTTTGAATAAGTTTATATGAACTGACATAATT-TTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATGATT
382 A-TTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGA-TAAACAAAAGGTTATAACAATT
* * * * * * * *
13400466 TGAAGTAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGATCTAGTTT-GATAAACATATTTATTTT
445 TGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTGGTTTAG-TAAACAGATTTATTTT
* *
13400530 TAAAATTTTTTACTTATTAA-TTTGCAAA
509 TTAAA-TTCTTACTTATTAATTTTG-AAA
* * * * * * * **
13400558 CTATTAATAAATTAATAGTACTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACTTTTGTTTTAT-
1 -TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC-AAATAAGATTGTATG-ATAAAAACAATTGTTTTATG
* * * * *
13400622 AGCAAAACAAAAAG-TCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGAA
63 A-CAAAAC-AAAAGTTTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAA
* *
13400686 CT-AGTTTGATAAA-AGGATTTATTTTTTAAA--TC-TA-TTTTTAATTTTTGAAATATTAATAG
126 CTGA-TTTGATAAATA-GATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAA
* * * * * ** *
13400745 ATTAGTATTATTTTATTCTAAACAAACTTA-TATGAACAT-AAACCTTTGGTTTATGACAAAACA
189 ATTAATATTATTATATTCTGAATAAGC-TAGTATGAAC-TGAAACAATTGTTTTATGACAAAACA
* * * * *
13400808 AAAGTTTATAATGATTTAAAATAGATAATTA-TTCAAATAGTTATAATTATTTAAACTGGTTAGG
252 AAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAA-TAGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAA-TTGTT-GG
* * * * *
13400872 TAAATAGAATTATTTTTTTAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTTA-TTTT
314 CAAATATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAA-TTAGTATT
* * * * * *
13400935 ATTTTATTCTAAATAAGCTAGTATCAATTAAAAA-AATTATTTTATGACAAGACAAAAGGTTATA
377 ATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAA-CAAAAATAATTGTTTTATGATAA-ACAAAAGGTTATA
* ** * * * * * * *
13400999 ACGATTTGAAATAGGTAATTATT-AATATAATCT-TAACT-TTCTAAACTAG-TTCGACAAACAA
439 ACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAA-ATAGT-TATAACTATT-TGAACTGGTTTAG-TAAACAG
* * *
13401060 ATTTATTTTTTAAATATGTTAGTTATTAATTTTTGGAA
500 ATTTATTTTTTAAAT-TCTTACTTATTAA-TTTTGAAA
* * * *** * * * *
13401098 TATTATTAGATTAGTATTACTTTATTTTGATAGGCTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGAC
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAAATAAGATTGTATG-ATAAAAACAATTGTTTTATGAC
* * ** * * * * * * *
13401163 AGAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAGCATACAATTGTTCAAATAATCATAACTATTAGAATTGG
65 AAAACAAAAGTTTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGA
* * * **
13401228 TTCGATAAATAGATTTATTTTTGAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTGGT
130 TTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAAT
* * * * ** * * * *
13401293 ATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGATCAAAAATAATTGTTATATGACCAAACAAAAGGTAA
195 ATTATTATATTCTGAATAAGCTAGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
** * * * * * * * * ** ** * *
13401358 TAACAATTTGAAATAGACAATTGTTGAAATGGCCATAATTATTTGAACTAATTCTACAAACAGAT
260 TAATGATTTAAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTT-AAATTGTT-GGCAAATATAT
* * * * *
13401423 TCACTTTTTAAA--TC--ACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTTTG
323 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTG
* *** * * * * ** *
13401484 AATAAGCTTATATGAACTGGAACAATTGTTTTTATAACAAA-ATGAAAGGTCATAATGATTTTAA
387 AATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTG-TTTTATGATAAACA--AAAGGTTATAACAATTTGAA
* * * ** * * * * * *
13401548 ATAGACAATTATTCAAATAGTCGTAACTATATGAATTTG-CTCGATAAACAAATTTATTTGTTTA
449 ATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTGGTTTAG-TAAACAGATTTATTT-TTTA
* *
13401612 AACTCTTGCTTATTAATTTTTGAAA
512 AATTCTTACTTATTAA-TTTTGAAA
* ** * *
13401637 TATTAAGAAATTAGTATTATTTTAATT--TGTAAGCTT-TGATGA-ACTGAAACAATTGTTTTAT
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCAAATAAGATTGT-ATGATA--AAAACAATTGTTTTAT
** * * * * * * * * *
13401698 GTGAAAACAAATGGTCATAACAATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATTGTCATAACTATTTGAAT
62 GACAAAACAAAAGTTTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAAC
* * ** * * *
13401763 TTATTTGGTAAGCAGATTTATTTTTTCAAATCTTTTGCTTATTAATTTTATG-AATGTTAATAAA
127 TGATTTGATAAATAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAA
* * ** * * * * * *
13401827 TTTGA-ATTATTTTATTCCAAATAAGCTTA-TAAGATA-TGAAACAAATATTTTACGAAAAAATA
190 -TTAATATTATTATATTCTGAATAAGC-TAGTATGA-ACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACA
* * ** * * ** **
13401889 AAAGGTTAAAACAATTTGAAAA-AGATAATTA-TTCTAATAATTTTAACTATTTGGATTGGTTTG
252 AAAGGTCATAATGATTT-AAAATAGATAA-TAGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATT-G-TTG
* * * *
13401952 GCAAACACACTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GAAATATTATTAAATTAGTATT
313 GCAAATATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATT
** * * ** * * * *
13402016 ATTTTTAACTAAATAAGCTTCTATGATTAGAAACAATTGTTTTATGACAAA-ACAAAGGTTTTAA
377 A-TTTTATTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGATAAACA-AAAGGTTATAA
* ** * * * * * *
13402080 CAATTTGAGATTGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTTTTTGAACTTGTTT-GATAAACAAATCT
440 CAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTGGTTTAG-TAAACAGATTT
*
13402144 ATTGTTTAAATTCGTTACTTATTAATTTTTGAAA
504 ATTTTTTAAATTC-TTACTTATTAA-TTTTGAAA
* * * *
13402178 TATTAATCAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGATAAAAAATAATTGTTTTAGGA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCAAATAAGATTGTATGAT-AAAAACAATTGTTTTATGA
* * * * ** * * *
13402243 CAAAACAAAA-TGTCATAATGATTTGGAATAGATAGTCATTCAAATGGCCATAATTATTTTAACT
64 CAAAACAAAAGT-TTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACT
* * * * **
13402307 -AATTCAGTAAATAGGTTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTAGGAAATATTAATAAATT
128 GATTTGA-TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT
* * * * * * * *
13402371 AGTATTATT-TCATTC-CATCTAAGCTTGTATTAACTGCAACAATTATTTTATGACAAATCAAAA
192 AATATTATTAT-ATTCTGA-ATAAGCTAGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
* * * * * * *
13402434 GGTTATAATGATTTTAAATAGACAATTGTT-AAATAATAATAACTATTTGAACA-TGTTCAGCAA
255 GGTCATAATGATTTAAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTT-AA-ATTGTT-GGCAA
* * * ** * * * * * *
13402497 ACAGATATATTTTTTAAATCAATTTCCTATTAAATTTTT-TATTGTTAATAAATTAGTATTAATT
317 ATATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT-AATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTT
* * * * * *
13402561 TATTCTAAATAAACTTGT-TCGAACTAAAATAATTGTTTTATGACTCAACAAAAGGTTAGAACGA
381 TATT-TGAATAAGCTTGTAT-GAACAAAAATAATTGTTTTATGA-TAAACAAAAGGTTATAACAA
* * * * * * ** * * *
13402625 TTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGCCT-TAACCATTTAAACTAATTCAATAAACAAATTTATT
443 TTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG-TTATAACTATTTGAACTGGTTTAGTAAACAGATTTATT
* *
13402689 ATTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAA
507 TTTTAAAT-TCTTACTTATTAA-TTTTGAAA
* * * * * * *
13402720 TATTATTAAATTAGCATTATTTTAATT-AGAATAAGCTTGTA-CAAACAAAAAAATTATTTTAAT
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCA-AATAAGATTGTATGATA-AAAACAATTGTTTT-AT
* * * ** * * *
13402783 -ATAAAAGAAAAAAG-TCATAAC-ATTTTGAAATAGGCAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTG
62 GA-CAAA-ACAAAAGTTTATAACGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTG
* * * ** * * * * * ** * ** *
13402845 AATTGGTTGGGCAATTAGATTTATTTTTCAATTTTATTGGTTATTAACTTTCAAAATATTATTAA
124 AACTGATTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAA
* * ** * * * *
13402910 ATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAAATAGTATTAA-TAGAACCAATTGTTTGATGACAAAATAA
189 ATTAATATTATTATATTCTGAATAAGCTAGTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA
* * * * * *
13402974 AAGGTTATAATGATTTGAAATAAATAATTA-TTCAAATAGTCAAAACTATTTGAAATAGTTTGGT
253 AAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAA-TAGTTCAAATAGTCATAACTATTT-AAATTG-TTGGC
*** * * * *
13403038 AGGCAGATTTACTTTTTAAATCTCTTACTGATTAATTTTCTA-AA-ATTAATAAATTAATATTAT
315 AAATATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TAGAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * * * * *
13403101 TTT-TTTGAACAAACTTATATTAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAATAA
379 TTTATTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGA-TAAACAAAAGGTTATAACAA
* * * * * *
13403165 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAAAAGTTATAATTATTTGAAC-CG----GTAAATAGAATTATTT
443 TTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTGGTTTAGTAAACAGATTTATTT
* * *
13403225 TCTAAATCTCTAACTTATAAATTTTTGAAA
508 TTTAAAT-TCTTACTTATTAA-TTTTGAAA
* * * * * * * * * * *
13403255 TATTAATAAATTAATTTTATTCTATTTCAAATAAGCTTGTACGAGCT-GAAATAACTATTTGATA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCAAATAAGATTGTATGA--TAAAAACAATTGTTTTATG
* * * * * * * * *
13403319 ACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATTATTGTTCATATAGTCTTAACTGTTTGAACT
63 ACAAAACAAAAGTTTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACT
* * * * * ** ** *
13403384 GGTTTGACAAATGGATTCA--TTTTAAA--TCTTAGTTATTAATTTTCAAAATATTACCAAATTT
128 GATTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA
* * ** * * * *
13403445 GTATTATTTTATTCCAAATCAGCTTG-AGTGAA-TAGAAACAATT-TTTTATGATAGAACAAAAG
193 ATATTATTATATTCTGAATAAGCTAGTA-TGAACT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * * * * * **
13403507 AGTTATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTAAACTGGTTCAGTGAA
256 -GTCATAATGATTTAAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAA-TTGTT-GGCAAA
** * * *
13403572 TGGATTTATTTTTTAGA--T-GT-CTTATTAATTCTT-GAAATATTAATAAATT-GTATTATTTT
318 TATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTT
* * * ** * **
13403631 ATTTTGAAAAAGCTTGTATGTTGAA-AAAAA-AAAT-TTTTATAATAGAACAAAAAATCATAATG
382 A-TTTGAATAAGCTTGTA---TGAACAAAAATAATTGTTTTATGATA-AACAAAAGGTTATAACA
* * * * * * *
13403693 ATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAATTATTTGAATTAGTTT-GACAAATAGATTTAT
442 ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTGGTTTAG-TAAACAGATTTAT
13403757 TTTTTAAA-TC--ACTTATTAATTTTTGAAA
506 TTTTTAAATTCTTACTTATTAA-TTTTGAAA
* * * * * * * *
13403785 TGATGAA-AGATT-GTATTACCTTTATT-ATTGATCCAAAATTATATGAATTAAAACATTTGTTT
1 T-ATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTCA--AAT--AAGATTGTATG-ATAAAAACAATTGTTT
* *
13403847 TATTGAC-AAACAAAAGGTTCTAA-GATTTGAAAATAGATAATTGTTTCAAATAGTCATAATTA-
59 TA-TGACAAAACAAAAGTTTATAACGATTTG-AAATAGATAATTG-TTCAAATAGTCATAATTAT
* * * *
13403909 TTGAAACT-ATTAG-TAAACATTA-AATTATTTTTTAAATCTGCTCAATTATTAA--TTTG-AAT
121 TTG-AACTGATTTGAT-AA-A-TAGATTTATTTTTTAAATCT-CTTACTTATTAATTTTTGAAAT
* * ** * ** * *
13403968 ATT-ATAAATT--TTTTATTTTATTCCAAATTAGCTTTAG-ATGAAATCAAAAAAAAACTTATTT
181 ATTAATAAATTAATATTATTATATTCTGAATAAGC--TAGTATG-AA-C-TGAAACAA-TTGTTT
* * * *
13404029 TATGA-AAAAAAAAAGGTCATAA-GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTG
240 TATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTT-
* * * * * * *
13404092 AACTAGTTAGGTAAACATAATTATTTTTTAAATCTCTCAATTATTAATTTTT-GAAATATTAATA
304 AAATTGTT-GGCAAATATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATA
* * ** * * * * *
13404156 AATTATTTTTATTTTATTCCAAATTAGCTAGTATGAAATCAAAAAAAACTTATTTTATGAAAAAA
367 AATTAGTATTATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATG-AA-CAAAAATAA-TTGTTTTATG-ATAAA
* * * * * * *
13404221 CAAAAGGTCATAA-GATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGTCT-TAAATATTTGAATTGGTTT
427 CAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGT-TATAACTATTTGAACTGGTTT
* * * * * *
13404284 GGCAAAGAAATTTATTTTTTAATTCTCTTAGTTATTAATTTTGAAA
491 AGTAAACAGATTTATTTTTTAAAT-TCTTACTTATTAATTTTGAAA
* * * * * * * *
13404330 TATTATTAGATTAGTGTTATTTTATTCCAAATAA-ACTTGTTTGAAAAAAATAACTATTTTATGA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-CAAATAAGA-TTGTATGATAAAAACAATTGTTTTATGA
* * * * * * ** * * * * *
13404394 TAGAACAAAAGGTTATAACAATTTCAAGTTTACAACTATTTAAATAGTC-TAAACTATTT-AACT
64 CAAAACAAAAGTTTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT-AATTATTTGAACT
* * *
13404457 -AGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTCAAAGT-TTAATAAAT
128 GA-TTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAA-TATTAATAAAT
* * * * ** * * ** *
13404520 TAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGAATGTTC-AAATACAATTGTTATATGATGAAGCAAAA
191 TAATATTATTATATTCTGAATAAGCTAGTATGAACTGAA-ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
* * * * * * *
13404584 GGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTGACATGGCCAT-A--A-TT--A-T-TT-G-----A
255 GGTCATAATGATTTAAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTGTTGGCAAATA
* ** * *
13404635 -ATTGATTTGAT-AA------AC--A--AA--TTCAGAATATTAATAAATTAGTTTTATTTTATT
320 TATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-T
*** ** * * *
13404686 TTGAATAAGCTTGTATGAATTGAACCAATTGTTCTATAGCA-AAACAAAAGGTCATAACGATTTG
384 TTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTAT-G-ATAAACAAAAGGTTATAACAATTTG
* * * * ** * ** * *
13404750 AAACAGATAATTGTTCATATAGTCT-TAACTGTTTGAACTGCATCAACAAACAAATTTAGTTTTT
447 AAATAAATAATTGTTCAAATAGT-TATAACTATTTGAACTGGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTT
* * *
13404814 AAATCTCTTAGTTGTTAATTTTTAGAA
511 AAAT-TCTTACTTATTAATTTTGA-AA
* * * * * * *
13404841 TATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGA-ACTGAAACAATTATTTTATA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCAAATAAGATTGTATGATA--AAAACAATTGTTTTATG
* * * **
13404905 ACAGAACAATAGGTTATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG------------GAACT
63 ACAAAACAAAAGTTTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACT
* * * *
13404958 GGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCTATTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA
128 GATTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA
* * * * *
13405023 GTATTAATT-TATT-TCAAATAGGCTTGTATG-A-TGAAAACCAATTGTTTTATGATAAAA-AAA
193 ATATT-ATTATATTCT-GAATAAGCTAGTATGAACTG-AAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAA
* * ** * * *
13405083 ACGTTCATAACGATTTGGAATAGATAATAGTTCAAATGGCCATAATTATTT
254 A-GGTCATAATGATTTAAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTT
13405134 GAACCAATTC
Statistics
Matches: 6189, Mismatches: 1472, Indels: 1279
0.69 0.16 0.14
Matches are distributed among these distances:
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551 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (535 bp):
TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAAATAAGATTGTATGATAAAAACAATTGTTTTATGACA
AAACAAAAGTTTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGAT
TTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATA
TTATTATATTCTGAATAAGCTAGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
AATGATTTAAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTGTTGGCAAATATATTTA
TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAATA
AGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGATAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAAATA
ATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTGGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATTCTTAC
TTATTAATTTTGAAA
Found at i:13398747 original size:16 final size:17
Alignment explanation
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13398705 ATAAAAGGTC
*
13398715 ATAATTGTTTTAAATAG
1 ATAATTGTTTCAAATAG
13398732 ATAATTG-TTCAAATAG
1 ATAATTGTTTCAAATAG
13398748 TCATAACTAT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 1, Indels: 1
0.88 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
16 8 0.53
17 7 0.47
ACGTcount: A:0.42, C:0.03, G:0.12, T:0.42
Consensus pattern (17 bp):
ATAATTGTTTCAAATAG
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Indices: 13398979--13404654 Score: 3747
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13398969 TTACTCTGAC
* * * * * * * *** * * *
13398979 AAGCTTTTACGAATAGAAATAAATGTTTTAGGATAAAAC-AAAGATCATATTAATTTCAGATAAA
1 AAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGA
* * ** * * *
13399043 TAATTATTCAAAAAGTCATAACTATTTGAAC-TGATTCAGTAAAGAGATTTAGTTTTTAAA--TC
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* * ** * *
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** * * * * * * *
13399152 AATTTTGT-TCAAATAGAAATAATTATTTTACGACAAAATAAAATGTCATAACGATTTGAAACAG
1 AAGCTTGTAT-GAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAG
* * * * *
13399216 ATAATAGTTCAAATAGACATGACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTAATTTTGTAAATCCT
65 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAAT-CT
* * * * *
13399281 CAACTTATTAATTTTTAAAACATTAATAAATTAGAATTATTTTATTCCAAAT
129 CTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAAT
* * *
13399333 AAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAAA
1 AAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGA
* *** *
13399398 TAATTGTTCAAATAGTCATAACAATTTGAACTCACTCGGTAAACAAATTTA-TTTTTAAAT-T-T
66 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCT
* * *
13399460 ACTTATTAA-TTTTGGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAAT
131 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAAT
* * * * * * *
13399509 AAGCTTGTTTGAAAAGAAACAATTGGTTTATAACAAAACAAATGGTCATAATGATTTAAAATAGA
1 AAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGA
* * * * * * * *** * * *
13399574 TAATTGTTCGAATAGTCATAACTATTTGAACGTATTTAGAAAATAGATACCGTTTTTAAAATTTT
66 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAAT-TTATTTTTTAAATCTC
* * *
13399639 TAGTTATTAATCTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTCAAAAT
130 TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCTAAAT
* * * * * * * * * *
13399690 AAGCTTGCATGAACA-AAACAAATTATTTTATGAC-AAATAAAATGTCCTAATGTTTTAAAATAA
1 AAGCTTGTATGAATAGAAAC-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAG
* * ** * * * *
13399753 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTATTCAGTAAATAGATTCATTTTTTTAATTCT
65 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCT
* * *
13399818 CTTACTCT-TTATTTTTTGAAATATTAATAAATCAATATTATTTTATATC-AAAT
129 C-TACT-TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TCTAAAT
* * * *
13399871 AAGTTTATATGAACT-GAAACAATTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAG
1 AAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAG
* * * * * * * * ** *
13399935 ATAATTATTTAAATAATCATGATTATTTGAACTTCTTCT-ATAAACATATTTATTTTAAAAAATT
65 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT-TGGTAAACAAATTTATTTT-TTAAATC
* * * * *
13399999 TTTACTTACTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCTGAAT
128 TCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAAT
* * * * *
13400052 AAGCTTGCATGAAT-GAAAACAATTGTTTCATGACAAAATAAAAAAGTCATAACAATTTGAAATA
1 AAGCTTGTATGAATAG-AAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAAGGTCATAACGATTTGAAATA
* * * * * *
13400116 AAAAATTGTTCAAATAGTCATAA-TAATTTGAAATTGTTAGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATC
64 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATC
* * * * *
13400180 TTTTACTTATTAATTGTCT-CAATATTAATAAATTTGTATTATTTTA-TCCAAAT
128 -TCTACTTATTAATT-TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAAT
* ** * * * **
13400233 AAGCTTGTATGAATA-AAAAAATCATTTTATAACAAAACAAAAGGTTAT-AGGATTCCAAATAGA
1 AAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGA
* * * * *
13400296 TAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTTGTTTGGTAAACATATTCA-TTTTTGAATCTCT
66 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCT
* * * *
13400360 AAATTATTAATTTTTGGAATATTAATAACA-TAGTATTATTTTATTTTGAAT
131 -ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAA-ATTAGTATTATTTTATTCTAAAT
* * * * * * *
13400411 AAGTTTATATGAACT-GACATAATT-TTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAGTAG
1 AAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAG
* * * * * * * *
13400474 ATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGATCTAGTTTGATAAACATATTTATTTTTAAAATTTT
65 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAA-TCT
* * * * * *
13400539 TTACTTATTAA--TTTGCAAACTATTAATAAATTAATAGTACTTTAATCTGAAT
129 CTACTTATTAATTTTTG-AAA-TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAAT
** * *
13400591 AAGCTTGTATGAATAGAAACTTTTGTTTTAT-AGCAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAA
1 AAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAG
* * * * *
13400655 ATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAA-AGGATTTATTTTTTAAA--T
65 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACA-AATTTATTTTTTAAATCT
* * *
13400717 CTA-TTTTTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTCTAAAC
129 CTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAAT
* * * * ** * * * * *
13400768 AAACTTATATGAACATAAACCTTTGGTTTATGACAAAACAAAAGTTTATAATGATTTAAAATAGA
1 AAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGA
* * * * * * * *
13400833 TAATTATTCAAATAGTTATAATTATTTAAACTGGTTAGGTAAATAGAA-TTATTTTTTTAATCTC
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*
13400897 TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TTTTATTTTATTCTAAAT
130 -TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCTAAAT
* * * * * *
13400949 AAGCTAGTATCAATTA-AAAAAATTATTTTATGACAAGACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAG
1 AAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAG
* * * * * * * ** *
13401013 GTAATTATT-AATATAATCTTAACT-TTCTAAACTAGTTCGACAAACAAATTTATTTTTTAAATA
65 ATAATTGTTCAA-ATAGTCATAACTATT-TGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATC
* * * * * * **
13401076 TGTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTATTAGATTAGTATTACTTTATT-TTGAT
128 T-CTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAAT
* * * * ** *
13401129 AGGCTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAGAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAGCATA
1 AAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGA
* * * * * * * *
13401194 CAATTGTTCAAATAATCATAACTATTAGAA-TTGGTTCGATAAATAGATTTATTTTTGAAATCTC
66 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC
* * * *
13401258 TTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTGGTATTATTTTATTTTGAAT
130 -TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAAT
* * * * * *
13401310 AAGCTTGTATG-ATCAAAAATAATTGTTATATGACCAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAG
1 AAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAG
* * * * * ** ** * * *
13401374 ACAATTGTTGAAATGGCCATAATTATTTGAACTAATTCT-ACAAACAGATTCACTTTTTAAA--T
65 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT-TGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCT
* * * * *
13401436 C-ACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTTTGAAT
129 CTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAAT
* * * ** * *
13401487 AAGCTTATATGAACT-GGAACAATTGTTTTTATAACAAAATGAAAGGTCATAATGATTTTAAATA
1 AAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTG-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATA
* * * * * * * *
13401551 GACAATTATTCAAATAGTCGTAACTATATGAATTTGCTCGATAAACAAATTTATTTGTTTAAA-C
64 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTT-TTTAAATC
* * *
13401615 TCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTAATT-T--GT
128 TC-TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCTAAAT
** * * *
13401667 AAGCTT-TGATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGTGAAAACAAATGGTCATAACAATTTTAAATA
1 AAGCTTGT-ATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATA
* * * * * *
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* * * * *
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* * * * *** * * * *
13401664 -T--GTAAGCTT-TGATGAACTGAAACAATTGTTTTATGTGAAAACAAATGGTCATAACAATTTT
319 CTAAATAAGCTTGT-ATGAA-TAAAAAAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTA
* * ** * * * * * * *
13401725 AAATAAATAATTGTTCAAATTGTCATAACTATTTGAATTTATTTGGTAAGCAGATTTATTTTTTC
382 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT-TTT-AAACTAGTTAGAAAACAAATTCA-TTTTTA
* * * * * ***
13401790 AA-ATCTTTTGCTTATTAATTTTAT-GAATGTTAATAAATTTGAATTATTTTATTCCAAATAAGC
444 AATATC-TTAG-TTATTAATTTT-TGGAATATTAATAACTTAGTATTATTTTATT-TTGATAAGC
* * * * * * * * ** *
13401853 TTATAAG-ATATGAAACAAATATTTTACGAAAAAATAAAAGGTTAAAACAATTTGAA-AAAGATA
505 TTGTATGAATA-GAAA-TAATTTTTTATG-ACAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAGTAA-ATA
* * * ** * * * ** * * * * *
13401916 ATTATTCTAATAATTTTAACTATTTGGATTGGTTTGGCAAACACACTTATTTTTTAAATCTCTTA
566 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTAGAATT-GTTCGATAAATAGATTTATTTTTAAAATTTCTTA
* * * * *
13401981 CTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTAA-CTAAATAAGCTTCTATGATTA
630 CTTATTAA--TTTGAAATATTAATAAATTAATATTA-TTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAATA
*
13402045 GAAACAATTGTTTTAT-G
692 GAAACTATTGTTTTATAG
** * * * * * * *
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1 -CAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * * *
13402126 TGTT-TGATAAACAAATCTATTGTTTAAATTCGTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATCAATT
65 AGTTCT-ATAAACAGATTTATTTTTTAAA-TC--TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT
* * * * * *
13402190 AGTATTATTTTATT-TCAAATAAGCTTGTATGATA-AAAAATAATTGTTTTAGGACAAAACAAAA
126 AGTATTATTTTATTCT-AAATAAACTTATATGA-ACATAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAA
* * * * * * * ** * *
13402253 TGTCATAATGATTTGGAATAGATAGTCATTCAAATGGCCATAATTATTTTAACTAATTC-A-GTA
189 -GTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACAATTTAAACT--TGCTAGGTA
* ** * * **
13402316 AATAGGTTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTAGGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATT
251 AACA-AATTATTTTTTTAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATT
* * ** * ** * * * *
13402380 TCATTCCATCTAAGCTTGTATTAACTGCAACAATTATTTTATGACAAATCAAAAGGTTATAATGA
314 TTATTCTAAATAAGCTTGTATGAA-TAAAAAAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTTATAACGA
* * * * * * *
13402445 TTTTAAATAGACAATTGTT-AAATAATAATAACTATTTGAAC-ATGTTCAGCAAACAGATAT-AT
378 TTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT-TTTAAACTA-GTT-AGAAAACAAAT-TCA-
** * * * * * **
13402507 TTTTTAAATCAAT-TT-CCTATTAAATTTTT-TATTGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTCTAA
438 TTTTTAAAT--ATCTTAGTTATT-AATTTTTGGAATATTAATAACTTAGTATTATTTTATT-TTG
* * * * * * *
13402569 ATAAACTTGT-TCGAACTA-AAATAATTGTTTTATGACTCAACAAAAGGTTAGAACGATTTGAAA
499 ATAAGCTTGTAT-GAA-TAGAAATAATT-TTTTATGAC-AAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAG
* * * * * * ** * * *
13402632 TAGATAATTATTCTAATAGCCTTAACCATTTA-AACTAATTCAATAAACAAATTTATTATTT-AA
560 TAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA-TTAGAA-TTGTTCGATAAATAGATTTATT-TTTAAA
* * * **
13402695 ATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTATTAAATTAGCATTATTTTAAT-TAGAATAAGCTTG
622 ATTTCTTACTTATTAA--TTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCT-GAATAAGCTTG
** * ** *
13402759 TACAAACA-AAAAAATTATTTTAATA-
684 TATGAATAGAAACTATTGTTTT-ATAG
* * * ** * * * * *
13402784 TAAAAGAAAAAAGTCATAAC-ATTTTGAAATAGGCAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAAT
1 CAAAA-CAAAAGGTCATAACGA-TTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* **** ** * * * * * ** *
13402848 TGGTTGGGCAATTAGATTTATTTTTCAATTTTATTGGTTATTAACTTTCAAAATATTATTAAATT
64 TAGTTCTATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTA---CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT
* * * * * * *
13402913 AGTATTATTTTATTCTGAATAAA-ATAGTATTAATAGAACCAATT-GTTTGATGACAAAATAAAA
126 AGTATTATTTTATTCTAAATAAACTTA-TATGAACATAAACAATTGGTTT-ATGACAAAACAAAA
* * * * * * * *
13402976 GGTTATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAAA-TAGTTTGGTAG
189 -GTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACAATTT-AAACTTGCTAGGTAA
* * * * * *
13403040 GCAGATTTACTTTTTAAATCTCTTACTGATTAATTTTCT-AAA-ATTAATAAATTAATATTATTT
252 ACA-AATTATTTTTTTAATCTCTTACTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTTATATTATTT
* * * * * * * * * * **
13403103 T-TT-TGAACAAACTTATATTAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAATAAT
315 TATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAAAAA-AATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTTATAACGAT
* * * * * * * * *
13403166 TTGAAATAGATAATTGTTCAAAAAGTTATAATTATTTGAAC-CGGTA-AATA-GAATT-ATTTTC
379 TTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT-TTTAAACTAGTTAGAAAACAAATTCATTTT-
* * * * * * * * * **
13403227 TAAATCTCTAACTTATAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATTTTATTCTATTTCAAATAAGCT
442 TAAATATCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTAATAACTTAGTATTATTTTATTT-TGATAAGCT
* * * * * * ** * *
13403292 TGTACGAGCT-GAAATAACTATTTGATAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATTAT
506 TGTATGA-ATAGAAATAA-TTTTTTATGAC-AAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAGTAAATAAT
* * * * * * * * * *
13403356 TGTTCATATAGTCTTAACTGTTTGAACTGGTTTGACAAATGGATTCA-TTTT-AAA--TCTTAGT
568 TGTTCAAATAGTCATAACTATTAGAA-TTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTAAAATTTCTTACT
* ** ** * ** *
13403417 TATTAATTTTCAAAATATTACCAAATTTGTATTATTTTATTCCAAATCAGCTTG-AGTGAATAGA
632 TATTAA-TTT-GAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTA-TGAATAGA
*
13403481 AACAATT-TTTTAT-G
694 AACTATTGTTTTATAG
* ** * * * * *
13403495 -ATAGAACAAAAGAGTTATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTAAA
1 CA-A-AACAAAAG-GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * ** * * *
13403559 CTGGTTC-AGTGAATGGATTTATTTTTTAGATGT-CTTATTAATTCTTGAAATATTAATAAATT-
63 CTAGTTCTA-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA
* * * * * * * *
13403621 GTATTATTTTATTTTGAAA-AAGCTTGTATGTTGAA-AAAAAAAATT--TTTATAATAGAACAAA
127 GTATTATTTTATTCT-AAATAAAC-T-TAT-ATGAACATAAACAATTGGTTTATGACAAAAC-AA
* * ** ** * * * **
13403682 AAATCATAATGATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAATTATTTGAA-TTAGTTTGACA
187 AAGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACAATTTAAACTT-GCTAGGTA
* * * * * * *
13403746 AATAGATT-TATTTTTTAA-ATC--ACTTATTAATTTTTGAAATGATGAA-AGA-TTGTATTACC
251 AACAAATTAT-TTTTTTAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAT-ATTAATAAATTTATATTA-T
* ** ** * * * * * *
13403805 TTTATTATTGATCCAAAATTATATGAATTAAAACATTTGTTTTATTGAC-AAACAAAAGGTTCTA
313 TTTATTCTAAAT--AAGCTTGTATGAA-TAAAAAAATTATTTTA-TAACAAAACAAAAGGTTATA
*
13403869 A-GATTTGAAAATAGATAATTGTTTCAAATAGTCATAA-TTATTGAAACTA-TTAGTAAACATTA
374 ACGATTT-AAAATAGATAATTG-TTCAAATAGTCATAACTT-TT-AAACTAGTTAG-AAA-A-CA
* * * * *
13403931 AATT-ATTTTTTAAATCTGCTCAATTATTAA--TTT-GAATATT-ATAAATT--TTTTATTTTAT
432 AATTCA-TTTTTAAATAT-CTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTAATAACTTAGTATTATTTTAT
*** * * * * *
13403989 TCCAAATTAGCTT-TAGATGAAATCAAAAAAAAACTTATTTTATGAAAAAAAAAAGGTCATAA-G
495 T-TTGATAAGCTTGT--ATG-AAT--AGAAATAA-TT-TTTTATGACAAATAAAAGGTCATAATG
* * * * * * * * * *
13404052 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAGTTAGGTAAACATAATTATT
552 ATTTGAAGTAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTAGAA-TTGTTCGATAAATAGATTTATT
* * * * * * * ** *
13404117 TTTTAAATCTCTCAATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTATTTTTATTTTATTCCAAATTA
616 TTTAAAATTTCTTACTTATTAA--TTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTGAATAA
* * ** *
13404182 GCTAGTATGAAATCAAAAAAAACTTATTTTAT-G
679 GCTTGTATG-AAT-AGAAACTA-TTGTTTTATAG
* * * * * *
13404215 AAAAAACAAAAGGTCATAA-GATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGTCTTAAATATTTGAATT
1 -CAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* ** * * * * * *
13404279 GGTT-TGGCAAAGAAATTTATTTTTTAATTCT-CTTAGTTATTAATTTTGAAATATTATTAGATT
65 AGTTCT-ATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTACTTA-TTA--ATTTTTGAAATATTAATAAATT
* * * * * * * ** * *
13404342 AGTGTTATTTTATTCCAAATAAACTTGTTTGAA-AAAAATAACTATTTTATGATAGAACAAAAGG
126 AGTATTATTTTATTCTAAATAAACTTATATGAACATAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAA-G
* * * * ** * * * * * * * *
13404406 TTATAACAATTTCAAGTTTACAACTATTTAAATAGTC-TAAACTATTT-AACTAGTTTGATAAAC
190 TCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCAT-AACAATTTAAACTTGCTAGGTAAAC
* *
13404469 AAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTCAAAGT-TTAATAAA-TTAGTATTATTTT
254 AAA-TTATTTTTTTAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAA-TATTAATAAATTTA-TATTATTTT
* * * * * * * ** * * *
13404532 ATTCTGAATAAGCTTGAATG-TTCAAATACAATTGTTATATGATGAAGCAAAAGGTAATAATGAT
316 ATTCTAAATAAGCTTGTATGAAT-AAA-AAAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTTATAACGAT
* * * * * * *
13404596 TTGAAATAGATAATTGTTGACATGGCCATAA---TT--A-T--TT-G------AATTGA-TTTGA
379 TTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTTTTAAACTAGTTAGAAAACAAATTCATTTTTA
** * *
13404645 TAA-A-C------A--AA--TTCAGAATATTAATAAATTAGTTTTATTTTATTTTGAATAAGCTT
444 -AATATCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTAATAACTTAGTATTATTTTATTTTG-ATAAGCTT
* ** * * * ** *
13404698 GTATGAATTGAACCAATTGTTCTAT-AGCAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAACAGATAATT
507 GTATGAATAGAAATAATT-TTTTATGA-C-AAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAGTAAATAATT
* * * * * * * * * * * *
13404762 GTTCATATAGTCTTAACTGTTTGAACTGCATCAACAAACAAATTTAGTTTTT-AAATCTCTTAGT
569 GTTCAAATAGTCATAACTATTAGAATTG-TTCGATAAATAGATTTA-TTTTTAAAATTTCTTACT
* * * * * *
13404826 TGTTAATTTTTAGAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-ATTTCGAATAAGCTTATATGAACT-G
632 TATTAA-TTTGA-AATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCT-GAATAAGCTTGTATGAA-TAG
* * *
13404889 AAACAATTATTTTATAA
693 AAACTATTGTTTTATAG
* * * ** * * *
13404906 CAGAACAATAGGTTATAATAATTTGAAATAGAT-A--A-TT--GT--TCA-AA-TA--GGAACTG
1 CAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTA
* * *
13404959 GTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCTATTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG
66 GTTCTATAAACAGATTTATTTTTTAAA--T-CTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG
* ** * ** * *
13405024 TATTAATTTATT-TCAAATAGGCTTGTATGATGA-AAACCAATTGTTTTATGATAAAA-AAAACG
128 TATTATTTTATTCT-AAATAAACTTATATGAACATAAA-CAATTGGTTTATGACAAAACAAAA-G
* * * * ** * **** * *
13405086 TTCATAACGATTTGGAATAGATAA-TAGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAACCAATTCGATAAA
190 -TCATAACGATTTGAAATAAATAATTA-TTCAAATAGTCATAACAATTTAAACTTGCTAGGTAAA
* * * * * * * *
13405150 GTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTTTATGAACTGAAATAATTCTTTTATGATA-AAACAAA
253 -CAA-ATTA-TTT-TTTT-AAT---C-TCT-T--ACT-TATTAATT-TTTGA-AATATTAA-TAA
* * ** * * * ** * * * **
13405214 AGGTCATATTTATTTTA-AATAGATAA--TTGTTTAAATCATTATAACTATTTGAACTTGTTCGA
302 A-TTTATA-TTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAAT-AAAAAAATTATTT-TA--T-AAC-A
* ** * ** * ** * * * *
13405276 TAAAC-AGATTTTTTAAAAAATTTCATGTA-TTAA-TGTTCTACAT-GTTAATAAATTAGTATTA
359 -AAACAAAAGGTTAT-AACGATTTAAAATAGATAATTGTTC-AAATAG-TCAT-AACT--T-TTA
*** * * * ** * ** *
13405337 TTTTA-TGTATGAACTGTAA-AAATT-ATTTTATGACTAAACAAAATGTTA-GAACAATTTGCAA
416 AACTAGT-TA-GAA----AACAAATTCATTTT-TAAAT-ATC-TTA-GTTATTAA-TTTTTGGAA
* * ** * * * * * * * * * *
13405398 TA--GATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATG-TAA-ATGGTTTGGCAA-ACACATTTATTTTTT
470 TATTAATAACT-TAGTATTA-T-TTTATTTTGATAAGCTTGTAT-G-AATAGA-AATAATTTTTT
** ** * *** *** * * * * * *
13405458 AAATCTCTTATTAATTTTTGGAATG-TTATTAATTTAGCAATATTTTTCTCCGAATAAGCTGGTA
529 --ATGACAAATAAAAGGTCATAATGATT-TGAA-GTA--AATAATTGT-T-CAAAT-AG-T--CA
** * * * * *
13405522 TGAAC-AGAAATAATTGTTTTATGCCAAAACAAAGATCATAATAATTTGAGATAGATAATTGTTC
582 T-AACTA-TTAGAATTG---T-T-CGATAA-ATAGAT--T--T-ATTT---TTA-A-AA-T-TTC
* * * * * * * * * *
13405586 AAATACTCATAACTATTTGAATTGGTTCGATAAA-TAGATTTTGTTTCTAAATCTCTTATTAATT
627 --TTACTTATTA--ATTTGAAAT-ATT-AATAAATTA-ATATTATTT-T-AA--TCTGAATAA--
** * * * *
13405650 TTTTAAATATTAATACATTAGTATTATTTTGTTTTGAATAATTTTGTATGAG
679 GCTT--GTATGAATAGA--A--ACTA-------TTG------TTT-TAT-AG
* * * * * * *
13405702 TAAAAACAAATGTTTTGTGATAAAACAAAATGTCATAACTATTTGAAATAAATAATAGTTCAAAT
1 -CAAAACAAAAG----GTCAT--AAC--GATTTGA-AA-TA---G--AT-AAT--TA-TTTAAAT
* * * * * *
13405767 GGACATAACTATTTGAACTTGTTCGATGAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCAACATATTAATTT
46 AGTCATAACTATTTGAACTAGTTCTATAAACAGATTTATTTTTTAAATCT---ACTTATTAATTT
* * * *
13405832 TT-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAAATAAACTTGTATGAATAGAAATAATTG
108 TTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAACTTATATGAACATAAACAATTG
* * * *
13405895 TTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTG-AATAAATAATTGTTCAAATGGTCATAACTAT
171 GTTTATGACAAAACAAAAG-TCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACAAT
* * * * **
13405959 TTGAACTCTTCTA--TAAACAAATT-TTTTTTAAATCT-TTAACTTATTAAATTTTGGTAT-TTA
235 TTAAACT-TGCTAGGTAAACAAATTATTTTTTTAATCTCTT-ACTTATTAATTTTTGAAATATTA
* *
13406019 ATAAA-TTAGTATTATTTTATT-TCAAATAAGC-T-T-T---T------ATGA----ATAGC--A
298 ATAAATTTA-TATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAATAAAAAAATTATTTTATAACAAA
* * * *
13406064 ACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACGT-GTT
361 ACAAAAGGTTATAACGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT-TTTAAAC-TAG-T
* * * * *
13406128 TAGAAAACATATTTTATTTTTTAAAT-TTTTATTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTA-T
423 TAGAAAACA-AATTCA-TTTTTAAATATCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTAAT-AACTTAGT
* * * ** * * *
13406191 ATTATTTTATTCATAATAAGCTTGCATGAATAGAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGCCT
485 ATTATTTTATT-TTGATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATT-TTTTATGAC-AAATAAAAGGTCA
* * * * * * *
13406256 TAAT-ATTTTGAAATAGATAATTGTTCAGATAGTCATAACCTATTTGAATATGTTTGGTAAATAA
547 TAATGA-TTTGAAGTAAATAATTGTTCAAATAGTCATAA-CTATTAGAAT-TGTTCGATAAATAG
* * * * * * *
13406320 ATTCATTTTTTAATTTTCTTACTCT-TTAATTTTAAAATATTAATAAATTACTATTAGTTT-ATT
609 ATTTATTTTTAAAATTTCTTACT-TATTAA-TTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATC
* * * *
13406383 TTAGATAAGCTTATATGAATTGAAACAATTGTTTTATTA-
672 TGA-ATAAGCTTGTATGAATAGAAACTATTGTTTTA-TAG
* ** * *
13406422 CAAAACAAAAGGTCACAATAATTTGAAATAGATAATCATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
1 CAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGAAC-T
* * * * * * * **
13406487 A-TT-TAGAAAATATATTTATTTTATTAAA--T-CTT-TTACTTATT-AATTGTCTAA-ATGTTA
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* * * * * * * *
13406544 --ATCATTTTAATCTGAATAAGCTCATATAAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGT
127 GTATTATTTTATTCTAAATAAACTTATATGAACATAAACAATTGGTTTATGACAAAAC-AAAAGT
* * * * * * *
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191 CATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACAATTTAAACTTGCTAGGTAAACA-
* * * *
13406669 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTT--AATATTAATAAATTTGTATTATTTTAT
255 AATTATTTTTTTAATCTCTTACTTATTAATT-T-TTGAAATATTAATAAATTTATATTATTTTAT
** * * * * * ** * *
13406732 TAGAAATAAGCATGTATGAACAAAAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGCTTATGGCAATTTC
318 TCTAAATAAGCTTGTATGAA-TAAAAAAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTA
* * * * * * *
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382 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT-TTTAAACTAG-TTAGAAAACAAATTCA-TTTTTA
* * * * *
13406862 AATCTCTTAATTATTAATTTTTAGAATATTAATAACTTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGTTTA
444 AATATCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTAATAACTTAGTATTATTTTATTTTG-ATAAGCTTG
* * ** * * * *
13406927 TATGAACT-GAAATAAATTTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATATTTA
508 TATGAA-TAGAAAT-AATTTTTTATGA-CAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAGTAAATAATTG
* * * * * * *
13406991 TTCAAATAGTCATGACTATTTG-ATCTAGTTCGATAAACATATTTACTTTTGAAATTTTTTACTT
570 TTCAAATAGTCATAACTATTAGAAT-T-GTTCGATAAATAGATTTATTTTTAAAATTTCTTACTT
* * * * * * * *
13407055 ATTAATTGTCAAAATATTAAAAAAATAGTATTATTTTAAT-TCAAATAAGCTTGTGTGAACATAA
633 ATTAATT-T-GAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCT-GAATAAGCTTGTATGAATAGAA
*
13407119 ACTATTGTTTTATAA
695 ACTATTGTTTTATAG
* * * * * * **
13407134 TAGAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTACTTAAATAGTCATAGTTATTT-ACACT
1 CAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGA-ACT
** *
13407198 AGTT-TGATAAATGGATTTATTTTTTAAATCT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGT
65 AGTTCT-ATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGT
* * * * * * * *
13407261 -TTTTTTTATTCCT-AACAAACTTATGTGAACAAAAACATTTGTTTTATGAAAAAATAAAATGGT
129 ATTATTTTATT-CTAAATAAACTTATATGAACATAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAA--GT
* * * * * ** * * *
13407324 CATAATGATTTAAAATAGAT-AGTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTAGGTAAACAA
191 CATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACAATTTAAACTTGCTAGGTAAAC-A
* * * * * * *
13407388 AATTATTTTCTAAATCTTTTACATATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTCATTTTATTTTATTC
255 AATTATTTTTTTAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTC
* ** ** *
13407453 CAAATAAGCTTGTATGAATAGAAATATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAGCAGA
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* * * ** * ** * * *
13407518 AATAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAGT-ATACAATTGTTCAAA-TAA
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13407581 TCATAACTATTTAAACTGATTCGGTAAACATC-T-CTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTA
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* * * * * * * *
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* * *
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* * *
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* * * * * *
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*** * * * * * * *
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* * ** * * * ****
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** * * ** * * *
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*** * * * ** ** *
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626 CTTACTTATTAA-TTT-GAAATATTAAT-AAATTAATATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATG
* * * *
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688 AATAGAAACTATTGTTTTATAG
* * * * * * *
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Statistics
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* * * * *
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** * * * **
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* *
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196 -AAAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * * * * * *
13401388 GGCCATAATTATTTGAACTAATTCTACAAACAGATTCACTTTTT-AA-A-TCACTTATTAATTTT
259 AGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATATTTACTTATTAATTTT
* * * *
13401450 TGGAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTTTGAAT
324 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTAAAT
* * * ** *
13401487 AAGCTTATATGAACT-GGAACAATTGTTTTTATAACAAAATGAAAGGTCATAATGATTTTAAATA
1 AAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTG-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA
* * * * * *
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64 GATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTAGTTCGATAAACAGATTTATTT-TTTAAATC
* * *
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128 TCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTT-ATTCTAAATAAGCTTGT-
* * ** * * * *
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190 ATGAA-TAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * * * * *
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254 CAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTAGTTCGATAAACAGATTTATTTTTT-AAAT-ATTTACTTA
* * * *
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316 TTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TAAAT
* * * * * * * * * ** *
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1 AAGCTTGTATGAATA-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAG
* * ** * * * ** * *
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65 ATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTAGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTC
* * *
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130 TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTAT-TCTAAATAAGCTTGTATG
* * ** * * *
13402041 ATTAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGGTTTTAACAATTTGAGATTGATAATTGTTCAA
193 AATA-AAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
* * * * * * *
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257 ATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATAT--TTACTTATTAA
*
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320 TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-AAAT
* * * * *
13402210 AAGCTTGTATG-ATAAAAAATAATTGTTTTAGGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGGAATAG
1 AAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAG
* * * * * * * * * * *
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65 ATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTAGTTCGA-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCT
** * * ** *
13402338 CTTACTTATTAATTTAGGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTCATTCCATCTAAGCTTGTATT
129 CTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATG
** * * * * * * *
13402402 AACTGCAACAATTATTTTATGACAAATCAAAAGGTTATAATGATTTTAAATAGACAATTGTT-AA
193 AA-TAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
* * * * *
13402466 ATAATAATAACTATTTGAAC-ATGTTC-AGCAAACAGATATATTTTTTAAATCAATTT-CCTATT
257 ATAGTCATAACTATTTGAACTA-GTTCGA-TAAACAGATTTATTTTTTAAAT--ATTTACTTATT
* * * *
13402528 AAATTTTT-TATTGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTCTAAAT
318 -AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TAAAT
* * ** * * *
13402571 AAACTTGT-TCGAACTA-AAATAATTGTTTTATGACTCAACAAAAGGTTAGAACGATTTGAAATA
1 AAGCTTGTAT-GAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA
* * * * * * * * * *
13402634 GATAATTATTCTAATAGCCTTAACCATTTAAACTAATTCAATAAACAAATTTATTATTTAAATCT
64 GATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTAGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCT
* * * * *
13402699 CTTACTTATTAATTTTTAAAATATTATTAAA-TTAGCATTATTTTAAT-TAGAATAAGCTTGTAC
129 CTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTCTA-AATAAGCTTGTAT
* * * * * * **
13402762 AAACAAAAAAATTATTTTAAT-ATAAAAGAAAAAAGTCATAAC-ATTTTGAAATAGGCAATTGTT
192 GAATAAAAAAATTGTTTT-ATGACAAAA-CAAAAGGTCATAACGA-TTTGAAATAGATAATTGTT
* * * * * ** ** * * * **
13402825 CATATAGTCTTAACTATTTGAATTGGTTGGGCAATTAGATTTATTTTTCAATTTTATTGGTTATT
254 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATAT-TTACTTATT
* ** * *
13402890 AACTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCTGAAT
318 AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TAAAT
** * * * * * * *
13402933 AAAATAGTATTAATAGAACCAATTGTTTGATGACAAAATAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAAA
1 AAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGA
* * * * ** *
13402998 TAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAAATAGTTTGGTAGGCAGATTTACTTTTTAAATCTCT
66 TAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTAGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCT
* * * * * * *
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131 TACTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAA
* * * ** *
13403124 CAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAA
195 TAAAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * * * * * *
13403189 AGTTATAATTATTTGAAC-----CGGTAAATAGAATTATTTTCTAAATCTCTAACTTATAAATTT
259 AGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATAT-TTACTTATTAATTT
* * *
13403249 TTGAAATATTAATAAATTAATTTTATTCTATTTCAAAT
323 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-AAAT
* * * * * * * ** *
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1 AAGCTTGTATGA-ATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAG
* * * * * * * * * ** *
13403351 ATTATTGTTCATATAGTCTTAACTGTTTGAACTGGTTTGACAAATGGATTCA--TTTTAAA--TC
65 ATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTAGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTC
* ** ** * * *
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130 TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTA-TGA
* * * * ** *
13403476 ATAGAAACAATT-TTTTATGATAGAACAAAAGAGTTATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTCAA
194 ATA-AAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
* * * * ** * *
13403540 ATAGTTATAACTATTTAAACTGGTTC-AGTGAATGGATTTATTTTTT--AGATGT-CTTATTAAT
257 ATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGA-TAAACAGATTTATTTTTTAAATATTTACTTATTAAT
*
13403601 TCTTGAAATATTAATAAATT-GTATTATTTTATTTTGAAA-
321 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTT-AAAT
* * * * * **
13403640 AAGCTTGTATGTTGAA-A-AAAAAAAT-TTTTATAATAGAACAAAAAATCATAATGATTTGAAAT
1 AAGCTTGTA---TGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT
* ** * * * *
13403702 AAATAATTGCTCAAATAGTCATAATTATTTGAATTAGTTTGACAAATAGATTTATTTTTTAAA--
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* * * * * ** ** *
13403765 TC--ACTTATTAATTTTTGAAATGATGAA-AGA-TTGTATTACCTTTATTATTGATCCAAAATTA
128 TCTTACTTATTAATTTTTGAAAT-ATTAATAAATTTATATTA-TTTTATTCTAAAT--AAGCTTG
* *
13403826 TATGAATTAAAACATTTGTTTTATTGAC-AAACAAAAGGTTC-TAA-GATTTGAAAATAGATAAT
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* * * * *
13403888 TGTTTCAAATAGTCATAATTA-TTGAAACTA-TTAG-TAAACATTAAATTATTTTTTAAATCTGC
250 TG-TTCAAATAGTCATAACTATTTG-AACTAGTTCGATAAACA--GATTTATTTTTTAAATAT--
* * * *
13403950 TCAATTATTAA--TTTG-AATATT-ATAAATT--TTTTATTTTATTCCAAAT
309 TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TAAAT
* * * * *
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1 AAGCTTGT--ATG-AAT--AGAAACAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA
* * * * * * *
13404058 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAGTTAGGTAAACATAATTATTTTTTAA
60 AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTAGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAA
* * * * * *
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125 ATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTCTAAATAAGCTTG
* *
13404187 TATGAAATCAAAAAAAACTTATTTTATGAAAAAACAAAAGGTCATAA-GATTTGAAATAGATAAT
189 TATG-AAT--AAAAAAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAAT
* * * * * * * ** * * * * *
13404251 TATTCATATAGTCTTAAATATTTGAATTGGTTTGGCAAAGAAATTTATTTTTTAATTCTCTTAGT
250 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATAT-TTACT
* * * *
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314 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TAAAT
* * * * * * * * * ** * * **
13404362 AAACTTGTTTGAA-AAAAATAACTATTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAACAATTTCAAGTTTA
1 AAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGA
* * * * * *
13404426 CAACTATTTAAATAGTC-TAAACTATTT-AACTAGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC
66 TAATTATTCAAATAGTCAT-AACTATTTGAATTAGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTC
* * *
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130 TTACTTATTAATTTTTGAAA-TATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATG
* * * ** * * * *
13404552 -TTCAAATACAATTGTTATATGATGAAGCAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTGA
193 AAT-AAA-AAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * * * * * * * ** * * *
13404616 CATGGCCATAATTATTTGAA-TTGATTTGATAAACAAATTCAGAATATT-AATAAATTAGTT-TT
256 AATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTCGATAAACAGATTTA-TTTTTTAAAT-ATTTACTTATT
* * * * **
13404678 -A-TTTT---ATTTTGAATAAGCTT-GTATGA----ATTGAACC
318 AATTTTTGAAATATT-AATAA-ATTAGTATTATTTTATTTAAAT
** ** * * * **** * *
13404712 AA--TTGT-TCTATAGCAAAACAAAAG-GTCATAACGATTTGAAACA-G--ATAATTG--TTCAT
1 AAGCTTGTATGAATAG--AAACAATTGTTTTATGAC-AAAACAAA-AGGTCATAA-TGATTTGAA
* * * **** ** *
13404768 ATAGTCTTAACTGT-TTGAACT-G-CATCAAC-AAACAAATTTAGTT-TTTAAATCTCTTAGTTG
61 ATAG--ATAA-T-TATTCAAATAGTCAT-AACTATTTGAA-TTAGTTCGATAAA---C--AGAT-
* * * * * * ** * ** *
13404828 TTAATTTTTAGAATATTATTAAATTAGT-ATTATTT--TAT-TTCGAATAAGCTTATATGAACTG
114 TTATTTTTTA-AAT-CTCTT-ACTTATTAATT-TTTGAAATATT--AATAAATTTATATTATTTT
** * * * * * * * ** *
13404889 AAAC--AATTA--TTTTAT-AACAGAACAATAGGTTATAATAATTTGA-AATAGATAATTGTTCA
173 ATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAAAAAAAT-TGTT-T--T-A--TGACAA-A-ACAAAAGGTC-
* * * * * * * * *
13404948 AATAGGAACTGGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAAT-CTCCTATTTATTAATTTTTGAAATA
228 -AT---AAC-GATTTG--AAATAGA-TAATTGTTCAAATAGT-C-A--TA--ACTATTTGAACTA
* * * ** * *
13405012 -TT-AATAAATTAGTATTAATTTATTTCAAATAGGCTTGTA-TGATGAAAACCAATTGTTTTATG
279 GTTCGATAAA-CAG-ATTTATTT-TTT-AAATA---TT-TACT--T----ATTAATT-TTTGA-A
* * ** * * *
13405074 ATA-AAAAAAACGTTCA-TAACGATTTGGA-ATAGAT
328 ATATTAATAAA--TT-AGT-ATTATTT-TATTTAAAT
* * * ** * * * ** * * * **
13405108 AA--TAGT-TCAAATGGCCATAATTATTTGA--ACCAATTCGATAAA-GTAAT-ATTATTTTATT
1 AAGCTTGTAT-GAATAGAAACAATTGTTTTATGA-CAAAAC-A-AAAGGTCATAATGATTTGAAA
* * * * ** * * * * *** * * * *
13405166 TTGAATAAGCTTTTATGAACT-GAAATAATTCTTT-TATGA-TAAAACAAA-AG-GTCA-TATTT
62 TAG-ATAA--TTAT-TCAAATAGTCATAACTATTTGAATTAGTTCGATAAACAGATTTATTTTTT
** * * ** *
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123 AAATCTCTTACTTA-TTAATT-TTTGAAAT-ATTAATAAATTTATATT-ATTTTATTC--TAAAT
* * * * * * * *
13405280 CAGATT-T-T--TTAAAAAATTTCATGTATTAATGTTCTACATGTTAATAAATTA-GT-ATTATT
182 AAGCTTGTATGAATAAAAAA-AT--TGT-TTTATG----ACA---AAACAAA--AGGTCA-TA-A
** * * * * * ** * * * * * * *
13405339 TTATGTATGAACT-GTAAAAATTATTTTATGACTAAACA-AAATGTTAGAAC-AATTTG--CAAT
232 CGAT-T-TGAAATAG--ATAATT-GTTCA--AATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGATAAAC
* * * * * ***
13405399 AGA-TAATTGTTCT-AATAGTCTTAAC-TATGTAAATGGTTTGGCAAACACATTTATTTTTTA--
290 AGATTTATT-TTTTAAATA-T-TT-ACTTAT-T-AAT--TTTTG--AA-ATATTAATAAATTAGT
* * * *
13405459 AATCTCTTA-TTAATTTT
344 ATTATTTTATTTAA--AT
** ** * ** * * ** * * ** ***
13405476 TGGAATGTTATTAAT-TTAGCAATAT-TTTTCT--C-CGA-ATAAGCTGGT-ATGAACAGAAATA
1 AAGCTTG-TATGAATAGAAACAAT-TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA
** * * *
13405534 -ATTGTTTTATGCCAAAACAAAGATCATAA-TAATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATACTCATA
64 GA-T-AATTAT-TC--AA-ATAG-TCATAACT-ATTTGA-AT---T-A--GTTC-GATA---A-A
* * * * ** * * * **
13405597 -ACTATTTGAATTGGTTCGATAAATAGATTTTGTTTCTAAATCTCTTAT-TAAT-TTTTTAAATA
109 CA-GATTT--ATT--TT--TTAAAT--CTCTTACTTATTAAT-T-TT-TGAAATATTAATAAAT-
* *** ** * * * * *
13405659 TTAATACATTAGTATTATT-TTGTTTTGAATAATTTTGTATGAGTAAAAACAAATGTTTTGTGAT
161 TT-AT--ATTA-TTTTATTCTAAATAAG-CT-----TGTATGAATAAAAA-AATTGTTTTATGAC
* * * * * * *
13405723 AAAACAAAATGTCATAACTATTTGAAATAAATAATAGTTCAAATGGACATAACTATTTGAACTTG
215 AAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG
* * ** *
13405788 TTCGATGAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCAACATATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAG
280 TTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATAT-TTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAG
13405852 TATTATTTTATTTCAAAT
343 TATTATTTTATTT-AAAT
* * * * *
13405870 AAACTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTG-AATAAA
1 AAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGA
* * * * * *
13405934 TAATTGTTCAAATGGTCATAACTATTTGAACT-CTTCTATAAACA-AATT-TTTTTTAAATCT-T
66 TAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTAGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCT
* **
13405995 TAACTTATTAAATTTTGGTAT-TTAATAAA-TTAGTATTATTTTATT-TCAAATAAGCTT-T-T-
131 T-ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATG
* *
13406054 -AT----GAA------TA-G-C--AACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
193 AATAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * * *
13406104 TAGTCATAACTATTTGAACGT-GTTTAGA-AAACATATTTTATTTTTTAAATTTTTATTTATTAA
258 TAGTCATAACTATTTGAAC-TAG-TTCGATAAACAGA-TTTATTTTTTAAATATTTACTTATTAA
* *
13406167 TTTTTGGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTCATAAT
320 TTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTA-AAT
* * * *
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1 AAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA-TTTGAAATAG
* * * * * * * * *
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* * * * *
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128 TCTTACT-TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTA
* * * * ** **
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* * * * *
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* * * * *
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** * * * ** *
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1 AAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGA
* * * *
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66 TAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTAGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTC
* ** *
13406687 TTACTTATTAATTGTCTT--AATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTAGAAATAAGCATGTATG
130 TTACTTATTAATT-T-TTGAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATG
* ** * * ** * * *
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193 AA-TAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
* * * * * * * *
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257 ATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATAT-TTACTTATTAAT
* *
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321 TTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTAAAT
* * * * **
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1 AAGCTTGTATGAA-TAGAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA
* * * * * *
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64 GATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAT-TAGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATC
* * ** ** *
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128 TCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTT-ATTCTAAATAAGCTTGTA
* ** * * * * * * *
13407110 TGAACATAAACTATTGTTTTATAATAGAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTACTT
191 TGAATA-AAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATT-GTT
** * ** *
13407175 -AAATAGTCATAGTTATTT-ACACTAGTTTGATAAATGGATTTATTTTTT-AA-ATCT-CTTATT
254 CAAATAGTCATAACTATTTGA-ACTAGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATATTTACTTATT
* *
13407235 AATTTTTGAAATATTAATAGATTAGT-TTTTTTTATTCCTAACA-
318 AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT--TAA-AT
* * * * * * * *
13407278 AA-CTTATGTGAACAAAAACATTTGTTTTATGAAAAAATAAAATGGTCATAATGATTTAAAATAG
1 AAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GGTCATAATGATTTGAAATAG
* * * * * * * * * * *
13407342 AT-AGTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTAGGTAAACAAAATTATTTTCTAAATCTT
65 ATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTAGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTC
* * * * *
13407406 TTACATATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTCATTTTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAA
130 TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAA
* * * *** *** * * * * *** *
13407471 TAGAAATATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAG-CTTGTATGAGCAGAAATAATTGTTTTATGAT
195 TAAAAAAATT-GTTTTATGACAAAACAAA-AGGTCAT-AACGATTTGAAAT-A--G----ATAAT
* ** * * * * * *
13407535 AGAACAAA-AGGTTATAACGATTTGAAGTATACAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTAAACTG
250 TGTTCAAATA-GTCATAACTATTT---G-A-AC--TAGTTC-GATAA--A-CA-GATTT--A-T-
** * * * * * *
13407599 ATTCGGTAAACATCT-CTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAGT
298 -TT-TTTAAATATTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTAAAT
* * * * * * * *
13407663 AAACTT-TAT-AATAAAAAAAATTGTTATATGAC-TAACAAAAGGTTATAACGATTTGATATAGA
1 AAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGA
* * * * * * ** * * *
13407725 TAATTGTTGAAATGGCCATAATTATTTGAATT-GATTTGGCAAACATG-TTCACTTTTTAAATCA
66 TAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTAG-TTCGATAAACA-GATTTATTTTTTAAATCT
* * * * *
13407788 ATTACTTATTAATTTTTGGAATATGAATAAA-TTAGTATCATTTTATT-TCGAATAAGCTTGTAT
129 CTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTAT
* * * * * * ** * *
13407851 GAACTAAAACAATTTTTTTGTAATAAAACAAAAGGT-TTAACGATTTTCAATAGACAATTGCTCA
192 GAA-TAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCA
** * * * * * *
13407915 AATAGTTGTAACTATTTGAATTTGTTTGGTAAA-AAATTTTATTTTTTTAAACT-CTTACTTATT
256 AATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGATAAACAGA-TTTA-TTTTTTAAA-TATTTACTTATT
* * **
13407978 AATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTATTACTTTATTTTGGAT
318 AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTAAAT
* * * * * * *
13408021 AAGCTTTTATGAACTA-AAACAATTATTTTATGTCAAAACAAAATGTCATAATAATTTTAAATAA
1 AAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAG
* * * * * *
13408085 ATAATTATT-TAATAGTCATAACTGTTTGAA-CATGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTCAAATC
65 ATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTA-GTTCGATAAACAGATTTATTTTTT-AAATC
* * * * ** * * *
13408148 TTTTGCTTCTTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTTGGATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTAA
128 TCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTAT
* * * * *
13408212 GATATGAAACAAA-T-ATTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTATTC
192 GA-AT-AAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTC
* ** * ** ** * *
13408275 TAATAGTTTTAACTATTTGAACTAGTTTGGCAAACACTTTTATATTTTAAATCTTTTACTTATTA
255 AAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAAT-ATTTACTTATTA
* * * *
13408340 ATTTTTGGATTATTATTAAATTAGTATTATATTTAACTT-AAT
319 ATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT-TTT-ATTTAAAT
* * * * * * *
13408382 AACCTTTTATG-ATCAGAAATAATTATTTTATAACAAAACAAATA--TCTTAATGATTTGAGATT
1 AAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAATGATTTGA-AAT
* * * ** * *
13408444 A-ATAATTGTTCAAACAGTTATAACTATTCAAACT-GATTC-AGTAAACAAATTTATTTTTTAAA
63 AGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTAG-TTCGA-TAAACAGATTTATTTTTTAAA
* * * *
13408506 TCTCTTACTTATTAATTTTTCAAATATTAACAAA-TTAGTATTATTTTATT-TGAAATAAGTTTT
126 TCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTG
* * * *
13408569 TATG-ATCACAAACAATTGCTTTAT-AGCAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATC
189 TATGAAT-A-AAAAAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATT
* * * * * * ** * * * *
13408632 ATTCAAAT-GACCATAATTATTTTAACTAATTTGGCAAATAGTTTTACTTTTTAAATTTCTTACT
251 GTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTAGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATAT-TTACT
* * * ****
13408696 TATT-ATTTTAGGAAACATTAATAAATTAGTATTATTTAATTCCGTCT
314 TATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TAAAT
* * * * * *
13408743 AAGCTTATATTAACT-GAAATAATTGTTTTATGA-AAAATCAAAAAGTTATAATGATTTTAAATA
1 AAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA
* * * * *
13408806 GACAATTATTCAAATAGTAATAACTATTTGAATTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTTAAATC
64 GATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTAGTTCGATAAACAGATTTA-TTTTTTAAATC
* * * * *
13408871 ACTTTCCTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAA-TTAGTATTAATTTATTCTAAATAAGCTTGTA
128 TCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTA
* * * * * * *
13408934 TGAACTAAAACAATTGTTTTATAACTAAAA-AAAAAGTAAAAATGATTTTG-GATAGATAATTGT
191 TGAA-TAAAAAAATTGTTTTATGAC-AAAACAAAAGGTCATAACGA-TTTGAAATAGATAATTGT
* * * * * * * * * *
13408997 TCTAATAATCTTCACTATTTGAA-TTGATTCGATAAACAAATATATTTTTCAAATCTCTTATTTA
253 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATAT-TTACTTA
* * * **
13409061 TTAATTTTTAAAATATTATTAAATTAGTATTATTCTAGTCAAAAT
316 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTAAAT
* * * * * *
13409106 TAGCTTGTATGAACA-AAATAATTATTTTATGACAAAAGAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGA
1 AAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGA
* * *** * ** * *
13409170 TAATCATTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACCGGTTCGACAATTAGATTTATTTTTTAATTGTCT
66 TAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTAGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCT
*** * ** * ** *
13409235 GGGTTATTAAGTTTCAAAATATT-ATCAAA-TTAGTATTATTTTATTCCAAATAAAATAGTATGA
131 TACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AAATTTA-TATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGA
* ** * ** * * * *
13409298 ACAGAACCAATTGTTTGATGTTAAAATAAAAAGTTAT-A-GATTTGAAATAGATAATTATTCAAA
194 ATA-AAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * * * * * * * * *
13409361 TAGTCAAAACTATTTGAAATGGTTTGGTTAACAAATTCACTTTTTAAATCTCTTA-TTGATTAAT
258 TAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATAT-TTACTT-ATTAAT
* * *
13409425 TTTCT-AGATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAAC
321 TTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-AAAT
* * * ** * *
13409465 AAACTTATATTAGCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAA-GTAATAATGATTTGAAATAGA
1 AAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGA
* * * * * * * * *
13409528 TAATTATTTAAATAGTTATAATTATTTCAACT-GATTC-AGTAAATAGAATTAGTTTGTAAATCT
66 TAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTAG-TTCGA-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCT
*
13409591 CTTACTTATAAATTTTTGAAATATTAATAAATT
129 CTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT
13409624 ACTTTTATTA
Statistics
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Consensus pattern (359 bp):
AAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGA
TAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTAGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCT
TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAAT
AAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
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AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAAAT
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13403313 TTGATAACAA
* * * * *
13403323 AACAAAAG-GTCATAACAATTTGAAATAAATTATTGTTCATATAGTCT-TAACTGTTTGAACTGG
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* * * *
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* * * *
13403449 TATTTTA-TTCCAAATCAGCTTG-A-G-TGAATAGAAACAATTTTTTATGATAG
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*
13403499 AACAAAAGAGTTATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTAAACTGGT
1 AACAAAAGAGTCATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTAAACTGGT
** * * * *
13403564 TCAG-TGAATGGATTTATTTTTTAGATGTCTTATTAATTCTTGAAATATTAATAAATTGTATTAT
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**
13403628 TTTATTTTGAAAAAGCTTGTATGTTGAAAAAAAAAATTTTTATAATAG
129 TTTATTTCCAAAAAGCTTGTATGTTGAAAAAAAAAATTTTTATAATAG
* * * * * * * *
13403676 AACAAAA-AATCATAATGATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAATTATTTGAATTAGT
1 AACAAAAGAGTCATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTAAACTGGT
* * * **
13403740 TTGACAAATAGATTTATTTTTTAAATCACTTATTAATT
66 TAGACAAATGGATTCA-TTTTTAAATGTCTTATTAATT
13403778 TTTGAAATGA
Statistics
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Consensus pattern (176 bp):
AACAAAAGAGTCATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTAAACTGGT
TAGACAAATGGATTCATTTTTAAATGTCTTATTAATTCTTAAAATATTAACAAATTGTATTATTT
TATTTCCAAAAAGCTTGTATGTTGAAAAAAAAAATTTTTATAATAG
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Indices: 13404511--13404786 Score: 333
Period size: 151 Copynumber: 1.8 Consensus size: 150
13404501 TTTTCAAAGT
13404511 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGAATGTTCAAATACAATTGTTATATGATG
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGAATGTTCAAATACAATTGTTATATGA-G
* * * * * *
13404576 AAGCAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTGACATGGCCATAATTATTTGAATTGAT
65 AAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAACAGATAATTGTTCACATAGCCATAACTATTTGAATTGAT
13404641 TTGATAAACAAATTCAGAATA
130 TTGATAAACAAATTCAGAATA
* * * * * *
13404662 TTAATAAATTAGTTTTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATT-GAA-CCAATTGTTCTAT-A
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGAATG--TTCAAATACAATTGTTATATGA
* * * * *
13404724 GCAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAACAGATAATTGTTCATATAGTCTTAACTGTTTGAA
64 G--AAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAACAGATAATTGTTCACATAGCCATAACTATTTGAA
13404787 CTGCATCAAC
Statistics
Matches: 104, Mismatches: 17, Indels: 8
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (150 bp):
TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGAATGTTCAAATACAATTGTTATATGAGA
AACAAAAGGTAATAACGATTTGAAACAGATAATTGTTCACATAGCCATAACTATTTGAATTGATT
TGATAAACAAATTCAGAATA
Found at i:13405107 original size:169 final size:169
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Indices: 13404803--13405119 Score: 399
Period size: 169 Copynumber: 1.9 Consensus size: 169
13404793 CAACAAACAA
* * * *
13404803 ATTTAGTTTTTAAATCTCTTAGTTGTTAATTTTTAGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTT
1 ATTTAGTTTTTAAATCTCCTAGTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTAATTTATTT
* * * * *
13404868 CGAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTATTTTATAACAGAACAATAGGTTATAATAATTTGAA
66 CAAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTATTTTATAACAGAAAAAAACGTTATAACAATTTGAA
*
13404933 ATAGATAATTGTTCAAATAGGAACTGGTTCGATAAATAG
131 ATAGATAATAGTTCAAATAGGAACTGGTTCGATAAATAG
* *
13404972 ATTTATTTTTTAAATCTCCTATTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTAATTTATT
1 ATTTAGTTTTTAAATCTCCTAGTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTAATTTATT
* * * * * *
13405036 TCAAATAGGCTTGTATG-A-TGAAAACCAATTGTTTTATGATA-AAAAAAACGTTCATAACGATT
65 TCAAATAAGCTTATATGAACTG-AAA-CAATTATTTTATAACAGAAAAAAACGTT-ATAACAATT
*
13405098 TGGAATAGATAATAGTTCAAAT
127 TGAAATAGATAATAGTTCAAAT
13405120 GGCCATAATT
Statistics
Matches: 125, Mismatches: 19, Indels: 8
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Matches are distributed among these distances:
167 2 0.02
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ACGTcount: A:0.39, C:0.07, G:0.11, T:0.42
Consensus pattern (169 bp):
ATTTAGTTTTTAAATCTCCTAGTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTAATTTATTT
CAAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTATTTTATAACAGAAAAAAACGTTATAACAATTTGAA
ATAGATAATAGTTCAAATAGGAACTGGTTCGATAAATAG
Found at i:13405109 original size:501 final size:505
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Indices: 13404217--13405136 Score: 1126
Period size: 501 Copynumber: 1.8 Consensus size: 505
13404207 ATTTTATGAA
* * **
13404217 AAAACAAAAGGTCATAAGATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGTCTTAAATATTTGAATTGGT
1 AAAACAAAAGGTCATAAGATTTGAAACAGATAATTATTCATATAGTCTTAAATATTTGAACTGCA
*** * * * * *
13404282 TTGGCAAAGAAATTTATTTTTTAATTCTCTTAGTTATTAATTTTGAAATATTATTAGATTAGTGT
66 TCAACAAACAAATTTAGTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTGAAATATTATTAAATTAGTAT
* * * * *
13404347 TATTTTATTCCAAATAAACTTGTTTGAAAAAAATAACTATTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAA
131 TATTTTATTCCAAATAAACTTATATGAAAAAAACAACTATTTTATAACAGAACAAAAGGTTATAA
** ** *
13404412 CAATTTCAAGTTTACAACTATTTAAATAGTCTAAACTATTTAACTAGTTTGATAAACAAATTTAT
196 CAATTT--AG--TACAACTAGATAAATAGTCTAAACTATGGAACTAGTTCGATAAACAAATTTAT
* * *
13404477 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTCAAAGTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATA
257 TTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTCAAAGTTTAATAAATTAGTATTAATTTATTCTAAATA
* ** *
13404542 AGCTTGAATGTTCAAATACAATTGTTATATGATGAAGCAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGAT
322 AGCTTGAATGATCAAATACAATTGTTATATGATGAAAAAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGAT
* * *
13404607 AATTGTTGACATGGCCATAATTATTTGAATTGATTTGATAAACAAATTCAGAATATTAATAAATT
387 AATAGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAATTGATTTGATAAACAAATTCAGAATATTAATAAATT
13404672 AGTTTTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTGAACCAATTGTTCTATAGC
452 AGTTTTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTGAACCAATTGTTCTATAGC
* * *
13404726 AAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAACAGATAATTGTTCATATAGTCTTAACTGTTTGAACTGC
1 AAAACAAAAGGTCATAA-GATTTGAAACAGATAATTATTCATATAGTCTTAAATATTTGAACTGC
* *
13404791 ATCAACAAACAAATTTAGTTTTTAAATCTCTTAGTTGTTAATTTTTAGAATATTATTAAATTAGT
65 ATCAACAAACAAATTTAGTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTGA-AATATTATTAAATTAGT
* * * ** * *
13404856 ATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTATTTTATAACAGAACAATAGGTTA
129 ATTATTTTATTCCAAATAAACTTATATGAA-AAAAACAACTATTTTATAACAGAACAAAAGGTTA
* * * * *
13404921 TAATAATTT-G-A-AA-TAGAT-AATTGT-TCAAA-TA-GGAACTGGTTCGATAAATAGATTTAT
193 TAACAATTTAGTACAACTAGATAAATAGTCT-AAACTATGGAACTAGTTCGATAAACAAATTTAT
* *
13404978 TTTTTAAATCTCCTATTTATTAATTTTTGAAA-TATTAATAAATTAGTATTAATTTATT-TCAAA
257 TTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTCAAAGT-TTAATAAATTAGTATTAATTTATTCT-AAA
* * * * * * *
13405041 TAGGCTTGTATGATGAAA-ACCAATTGTTTTATGAT-AAAAAAAACGTTCATAACGATTTGGAAT
320 TAAGCTTGAATGATCAAATA-CAATTGTTATATGATGAAAAAAAA-GGTAATAACGATTTGAAAT
13405104 AGATAATAGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAA
383 AGATAATAGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAA
13405137 CCAATTCGAT
Statistics
Matches: 345, Mismatches: 58, Indels: 24
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Matches are distributed among these distances:
500 9 0.03
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Consensus pattern (505 bp):
AAAACAAAAGGTCATAAGATTTGAAACAGATAATTATTCATATAGTCTTAAATATTTGAACTGCA
TCAACAAACAAATTTAGTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTGAAATATTATTAAATTAGTAT
TATTTTATTCCAAATAAACTTATATGAAAAAAACAACTATTTTATAACAGAACAAAAGGTTATAA
CAATTTAGTACAACTAGATAAATAGTCTAAACTATGGAACTAGTTCGATAAACAAATTTATTTTT
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130 ATTTTTACTTATTAA-TTTTTGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTCAAAATAAGCATGC
** * * * * * * * *
13405697 ATGAGTAAAAACAAAT-GTTTTGTGATAAAACAAAATG-TCATAACTATTTGAAATAAATAATAG
193 ATGAACAAAAA-AAATCATTTTATGACAAAACAAAA-GCTTATGA--ATTTCAAATAGATAATTG
* * * * * * * * * * *
13405760 TTCAAATGGACATAACTATTTGAACTTGTTCGATGAACAGATTTATTTTTTAAATCTC-CAACAT
254 TTAAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTTGGTAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTAA-TT
* * * ** * *
13405824 ATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAA-TAGAA
318 ATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTACTATTAGTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACT-GAA
* * * * ** *
13405888 AT-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTG-AATAAATAATTGTTCAAATGGTC
382 ATAAATT-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCACAACAATTTGAAATAGATAATCATTCAAATAGTC
* ** * * * **
13405951 ATAACTATTTGAACT-CTTCTATAAACAAATTT--TTTTTAAATCTTTAACTTATTAAATT-TTG
446 ATAACTATTTGAACTAGTTAGATAAACATATTTACTTTTGAAATCTTTTACTTATT-AATTGTCA
**
13406012 GTAT-TTAAT-A----AAT-T
510 AAATATTAATCATTTTAATCT
* * ** ** * *
13406026 AGTATTA--TTTTAT-TTC--AAATAA--GCTTTTATGA-ATAGCAACAAAAGGTCATAACAATT
1 -GAATAAGCTCATATAAACAGAAACAATTG-TTTTATGACA-A--AACAAAAAGTCATAACAATT
* * *
13406083 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACGTGTTTAGAAAACATATTTTATTTT
61 TGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACGATTTGAACGTGTTTAGAAAACATATTTTATTTT
* * *
13406148 TTAAATTTTTATTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCATAATAAGCT
126 TTAAATTTTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCAAAATAAGCA
* * ** ** * *
13406213 TGCATGAATAGAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGCCTTAAT-ATTTTGAAATAGATAAT
190 TGCATGAACAAAAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAA-G-CTT-ATGAATTTCAAATAGATAAT
* * * * * *
13406277 TGTTCAGATAGTCATAACCTATTTGAA-TATGTTTGGTAAATAAATTCATTTTTTAATTTTCTTA
252 TGTTAAAATAGTCATAA-CTATTTAAACT-TGTTTGGTAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTA
* *
13406341 CTCT-TTAA-TTTTAAAATATTAATAAATTACTATTAGTTTATTTT-AGATAAGCTTATATGAAT
315 AT-TATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTACTATTAGTTTATTTTGA-ATAAGCTTATATGAAC
* * *
13406403 TGAAA-CAATTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTCACAATAATTTGAAATAGATAATCATTCAAAT
378 TGAAATAAATT-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCACAACAATTTGAAATAGATAATCATTCAAAT
* * * *
13406467 AGTCATAACTATTTGAACTTATTTAGA-AAATATATTTATTTTATTAAATCTTTTACTTATTAAT
442 AGTCATAACTATTTGAAC-TAGTTAGATAAACATATTTACTTT-TGAAATCTTTTACTTATTAAT
* *
13406531 TGTCTAAATGTTAATCATTTTAATCT
505 TGTCAAAATATTAATCATTTTAATCT
13406557 GAATAAGCTCATATAAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAA
1 GAATAAGCTCATATAAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAA
* * *
13406622 TAAATAATTATTCAAATAG-CA-AA-GATTTGAACTTG-TTCGATGAACATA-TTTATTTTTTAA
66 TAAATAATTATTCAAATAGTCATAACGATTTGAACGTGTTTAGA-AAACATATTTTATTTTTTAA
*
13406682 ATCTTTTACTTATTAATTGTCTT-AATATTAATAAATTTGTATTATTTTATT-AGAAATAAGCAT
130 AT-TTTTACTTATTAATT-T-TTGAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCA-AAATAAGCAT
*
13406745 GTATGAACAAAAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGCTTATGGCAATTTCAAATAGATAATTG
191 GCATGAACAAAAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGCTTAT-G-AATTTCAAATAGATAATTG
* * * *
13406810 TTAAAATAGTCATAATTGTTTAAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTA
254 TTAAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTTGGTAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTA
* * * * *
13406875 TTAATTTTTAGAATATTAATAACTTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGTTTATATGAACTGAAAT
319 TTAATTTTTAAAATATTAATAAATTACTATTAGTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACTGAAAT
* * * * *
13406940 AAATTTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATATTTATTCAAATAGTCATG
384 AAATTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCACAACAATTTGAAATAGATAATCATTCAAATAGTCATA
* * *
13407005 ACTATTTGATCTAGTTCGATAAACATATTTACTTTTGAAATTTTTTACTTATTAATTGTCAAAAT
449 ACTATTTGAACTAGTTAGATAAACATATTTACTTTTGAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAAT
*
13407070 ATTAAAAAAATAGTATTATTTTAAT-T
514 A-T-------TA--ATCATTTTAATCT
* ** * * * * * * *
13407096 CAAATAAGCTTGTGTGAACATAAACTATTGTTTTATAATAGAACAAAAAGTCATAACAATTTGAA
1 -GAATAAGCTCATATAAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAA
*** *
13407161 ATAAATAATTACTT-AAATAGTCATAGTTATTT-ACAC-TAGTTT-GATAA-ATGGA-TTTATTT
65 ATAAATAATTA-TTCAAATAGTCATAACGATTTGA-ACGT-GTTTAGAAAACAT--ATTTTATTT
* * * ** * *
13407220 TTTAAA--TCT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGA-TTAGT-TTTTTTTATTCCTAACAAA
125 TTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTCAAAATAAG
* * ** * * * *
13407280 CTTATG--TGAACAAAAACATTTGTTTTATGAAAAAATAAAATGGTCATAATG-ATTTAAAATAG
188 C--ATGCATGAACAAAAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAA--G-C-TTATGAATTTCAAATAG
* * * * * * *
13407342 AT-AGTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTAGGTAAACAAAATT-ATTTTCTAAATCT
247 ATAATTGTTAAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTTGGTAAAC-AAATTCATTTTTTAAATCT
* * * *** *
13407405 TTTACA-TATTAATTTTTAAAATATTAATAAATT-CATTTTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTAT
311 CTTA-ATTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAC-TATTAGTTTATTTTGAATAAGCTTATAT
** ** * * * ***
13407468 GAA-TAGAAATATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAG-CAGAA-ATAATTGTTTT
374 GAACT-GAAATA--A--ATT-TTTTATGAC-AA-AA-C--AAAAG-GTCACAACA-ATTTGAAAT
* * * * *
13407530 ATGATAGA--A--CAAA-AGGTTATAACGATTTGAAGTATACAATTGTTCAAATAATCATAACTA
426 A-GATA-ATCATTCAAATA-GTCATAACTATTT---G-A-AC--TAGTT-AGATAA--A-CA-TA
* * * ** *
13407590 TTTAAACTGATTCGGTAAACATCTCTTA-TTAATT-TTTGAAAGATTAATAAATTAATATTATTT
476 TTT--ACT--TT---TGAA-ATCTTTTACTT-ATTAATTGTCA-A--AAT--ATT-A-ATCATTT
* *
13407653 TATTTT
525 TAATCT
* * * * * * * * * *
13407659 GAGTAAACT-TTATAATA-A-AAAAAATTGTTATATGAC-TAACAAAAGGTTATAACGATTTGAT
1 GAATAAGCTCATATAA-ACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAA
* * * * * ** * * * * * *
13407720 ATAGATAATTGTTGAAATGGCCATAATTATTTGAA-TTGATTTGGCAAACAT-GTTCACTTTTTA
65 ATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACGATTTGAACGTG-TTTAGAAAACATATTTTATTTTTTA
** * * * *
13407783 AATCAATTACTTATTAATTTTTGGAATATGAATAAA-TTAGTATCATTTTATTTC-GAATAAGCT
129 AAT-TTTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTA-TTCAAAATAAGCA
* * * ** * * * * * * *
13407846 TGTATGAACTAAAACAATTTTTTTGTAATAAAACAAAAGGTTTAACGATTTTC-AATAGACAATT
190 TGCATGAACAAAAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAA-GCTT-ATGAATTTCAAATAGATAATT
* * ** * * * *
13407910 GCTCAAATAGTTGTAACTATTTGAATTTGTTTGGTAAA-AAATTTTATTTTTTTAAA-CTCTTAC
253 GTTAAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTTGGTAAACAAA-TTCA-TTTTTTAAATCTCTTAA
* * * * * *
13407973 TTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTATTACTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACT-A
316 TTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTACTATTAGTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACTGA
* * * * * * * *
13408037 AA-ACAATTATTTTATGTCAAAACAAAATGTCATAATAATTTTAAATAAATAATTATT-TAATAG
381 AATA-AATT-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCACAACAATTTGAAATAGATAATCATTCAAATAG
* * * * * * * * *
13408100 TCATAACTGTTTGAAC-ATGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTCAAATCTTTTGCTTCTTAATTT
444 TCATAACTATTTGAACTA-GTTAGATAAACATATTTA-CTTTTGAAATCTTTTACTTATTAA--T
* * * * * *
13408164 TTTGAATGTTAATAAATTTGGATTATTTTATTTT
505 TGTCAA----AAT--A-TT-AATCATTTTAATCT
* * * * * * * *
13408198 GAATAAGCT--TGTAAGATATGAAACAAAT-ATTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAACGATTTGA
1 GAATAAGCTCATATAA-ACA-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGA
* * ** * * * * *
13408260 AATAGATAATTATTCTAATAGTTTTAACTATTTGAAC-TAGTTTGGCAAACA-CTTTTATATTTT
64 AATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACGATTTGAACGT-GTTTAGAAAACATATTTTATTTTTT
* * * ** *
13408323 AAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGATTATTATTAAA-TTAGTATTATATTTA-ACTTAATAACC
128 AAAT-TTTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTTA-TATTAT-TTTATTCAAAATAAGC
* ** * * * * * * * *
13408386 TTTTATGATCAGAAATAATTATTTTATAACAAAACAAATATCTTAATG-ATTTGAGATTA-ATAA
189 ATGCATGAACAAAAAAAATCATTTTATGACAAAACAAA-AGCTT-ATGAATTTCA-AATAGATAA
* * * * ** *
13408449 TTGTTCAAACAGTTATAACTATTCAAAC-TGATTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA
251 TTGTTAAAATAGTCATAACTATTTAAACTTG-TTTGGTAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTA
* * * * * * * * *
13408513 CTTATTAATTTTTCAAATATTAACAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAAATAAGTTTTTATGATCA
315 ATTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTACTATTAGTTTATTTTG-AATAAGCTTATATGAACT
* * * *
13408577 CAAA-CAATTGCTTTAT-AGCAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATCATTCAAAT
379 GAAATAAATT-TTTTATGA-CAAAACAAAAGGTCACAACAATTTGAAATAGATAATCATTCAAAT
* * * * * ** * *
13408640 -GACCATAATTATTTTAACTAATTTGGCAAATAGT-TTTACTTTTTAAAT-TTCTTACTTATT-A
442 AG-TCATAACTATTTGAACTAGTTAGATAAACA-TATTTACTTTTGAAATCTT-TTACTTATTAA
* * * * *
13408701 TTTTAGGAAACATTAATAAATTAGTATTATTTAATTCC
504 TTGT--CAAA-A-T-ATTAA-T--CA-T-TTTAA-TCT
** * * * * * ** *
13408739 GTCTAAGCTTATATTAACTGAAATAATTGTTTTATGA-AAAATCAAAAAGTTATAATGATTTTAA
1 GAATAAGCTCATATAAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAAAGTCATAACAATTTGAA
* * * * ** * * *
13408803 ATAGACAATTATTCAAATAGTAATAACTATTTGAATTTGTTTGGTAAACAGA-TTTATTTTTTTA
65 ATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACGATTTGAACGTGTTTAGAAAACATATTTTA-TTTTTTA
* * * * * *
13408867 AATCACTTT-CCTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAA-TTAGTATTAATTTATTCTAAATAAGCT
129 AAT--TTTTACTTATTAA-TTTTTGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTCAAAATAAGCA
* * * ** * * * ***
13408930 TGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATAACTAAAAAAAAAG-TAAAAATG-ATTTTGGATAGATAA
190 TGCATGAACAAAAAAAATCATTTTATGAC-AAAACAAAAGCT---TATGAATTTCAAATAGATAA
** * * * * * * *
13408993 TTGTTCTAATAATCTTCACTATTTGAA-TTGATTCGATAAACAAATAT-ATTTTTCAAATCTCTT
251 TTGTTAAAATAGTCATAACTATTTAAACTTG-TTTGGTAAACAAAT-TCATTTTTTAAATCTCTT
* * * * *** * *
13409056 ATTTATTAATTTTTAAAATATTATTAAATTAGTATTA-TTCTAGTCAAAATTAGCTTGTATGAAC
314 AATTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTACTATTAGTT-TATTTTGAATAAGCTTATATGAAC
* * * * **
13409120 -AAAAT-AATTATTTTATGACAAAAGAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATCATTCAAAT
378 TGAAATAAATT-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCACAACAATTTGAAATAGATAATCATTCAAAT
*
13409183 AGTCTTAACTATTTGAAC
442 AGTCATAACTATTTGAAC
13409201 CGGTTCGACA
Statistics
Matches: 2454, Mismatches: 487, Indels: 441
0.73 0.14 0.13
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570 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (530 bp):
GAATAAGCTCATATAAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAA
TAAATAATTATTCAAATAGTCATAACGATTTGAACGTGTTTAGAAAACATATTTTATTTTTTAAA
TTTTTACTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCAAAATAAGCATGCATG
AACAAAAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGCTTATGAATTTCAAATAGATAATTGTTAAAAT
AGTCATAACTATTTAAACTTGTTTGGTAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTT
TTAAAATATTAATAAATTACTATTAGTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACTGAAATAAATTTT
TTATGACAAAACAAAAGGTCACAACAATTTGAAATAGATAATCATTCAAATAGTCATAACTATTT
GAACTAGTTAGATAAACATATTTACTTTTGAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATC
ATTTTAATCT
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13406787 TGGCAATTTC
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1 AAATAG-CATAATTGTT
13406830 TAAACTTGTT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
18 9 0.60
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Consensus pattern (17 bp):
AAATAGCATAATTGTTA
Found at i:13407981 original size:180 final size:181
Alignment explanation
Indices: 13407614--13409662 Score: 1258
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13407604 GTAAACATCT
* * * * * *
13407614 CTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAGTAAACTT-TAT-AA-TA
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* * * * * * * * * * * *
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** * * ** * * **
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* *
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* * * * **
13407857 AAACAATTTTTTTGTAATAAAACAAAAGGT-TTAACGATTTTCAATAGACAATTGCTCAAATAGT
66 AAACAATTTTTTTGTAACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGT
* *
13407921 TGTAACTATTTGAATTTGTTTGGTAAA-AAATTTTATTTTTTTAAA-CTCTTA
131 TATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAA-TTTA-TTTTTTAAATCTCTTA
* * * * * *
13407972 CTTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTATTACTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACTA
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* ** * *
13408037 AAACAATTATTTTATGT--CAAAACAAAATGTCATAATAATTTTAAATAAATAATTATT-TAATA
66 AAACAATT-TTTT-TGTAACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATA
* * * * * * *
13408099 GTCATAACTGTTTGAACATGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTCAAATCTTTTG
129 GTTATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTCTTA
* * * * * * *
13408153 CTTCTTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTTGGATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTAAGATA-T
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* * * * * * *
13408217 GAAACAAATATTTATG--ACTAAACAAAAGGTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATA
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* * * ** * *
13408280 GTTTTAACTATTTGAACTAGTTTGGCAAACACTTTTATATTTTAAATCTTTTA
129 GTTATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* * * * * *
13408333 CTTATTAATTTTTGGATTATTATTAAATTAGTATTATATTTAACTT--AATAACCTTTTATGATC
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* * * * * * * *
13408396 -AGAAATAATTATTTTATAACAAAACAAATA--TCTTAATGATTTGAGATTA-ATAATTGTTCAA
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* ** **
13408457 ACAGTTATAACTATTCAAAC-TGATTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA
126 ATAGTTATAACTATTTGAACTTG-TTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA
** * * * *
13408513 CTTATTAATTTTTCAAATATTAACAAATTAGTATTATTTTATTT-GAAATAAGTTTTTATGATC-
1 CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTGTATGAACT
** * * * * *
13408576 ACAAACAATTGCTTTATAGCAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATCATTCAAAT-
65 A-AAACAATTTTTTTGTAACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATA
** * * ** * * ** * *
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129 G-TTATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* * * * ** * *
13408694 CTTATT-ATTTTAGGAAACATTAATAAATTAGTATTATTTAATTCCGTCTAAGCTTATATTAACT
1 CTTATTAATTTTTGG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACT
* * * * * * *
13408758 GAAATAATTGTTTTATG-AA-AAATCAAAAAGTTATAATGATTTTAAATAGACAATTATTCAAAT
65 AAAACAATT-TTTT-TGTAACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAGATAATTATTCAAAT
* * * * *
13408821 AGTAATAACTATTTGAATTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTTAAATCACTTT
128 AGTTATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTA
* * * * *
13408876 CCTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTA-TTCTAAATAAGCTTGTATGAACT
1 CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAACT
* * * * * * ** * *
13408940 AAAACAATTGTTTTATAACTAAAA-AAAAAGTAAAAATGATTTTGGATAGATAATTGTTCTAATA
65 AAAACAATTTTTTTGTAAC-AAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATA
* * * * * *
13409004 ATCT-TCACTATTTGAA-TTGATTCGATAAACAAATATATTTTTCAAATCTCTTA
129 GT-TATAACTATTTGAACTTG-TTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* ** * * * * *
13409057 TTTATTAATTTTTAAAATATTATTAAATTAGTATTATTCTA-GTCAAAATTAGCTTGTATGAAC-
1 CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAACT
* * * * * * * * *
13409120 AAAATAATTATTTTATGACAAAAGAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATCATTCAAATAG
65 AAAACAATTTTTTTGTAACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAG
** * ** ** * * * **
13409185 TCT-TAACTATTTGAACCGGTTCGACAATTAGATTTATTTTTTAATTGTCTGG
130 T-TATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* * *** * * ** *
13409237 GTTATTAAGTTTCAAAATATT-ATCAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAAATAGTATGAAC-
1 CTTATTAATTTTTGGAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACT
* * * * *
13409300 AGAACCAATTGTTTGATGTTAA-AATA-AAAA-GTTAT-A-GATTTGAAATAGATAATTATTCAA
65 A-AAACAATT-TTT-TTG-TAACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAGATAATTATTCAA
* * * * * * *
13409360 ATAGTCAAAACTATTTGAAATGGTTTGGTTAACAAATTCACTTTTTAAATCTCTTA
126 ATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* * * * * *
13409416 -TTGATTAATTTTCTAG-ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAACAAACTTATATTAGC
1 CTT-ATTAATTTT-TGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAC
* * * * * * * *
13409479 AAAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAA-GTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATA
64 TAAAACAATTTTTTTGTAACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATA
* * ** * * *
13409542 GTTATAATTATTTCAAC-TGATTCAGTAAATAGAA-TTAGTTTGTAAATCTCTTA
129 GTTATAACTATTTGAACTTG-TTTGGTAAACA-AATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* * * * * ** *
13409595 CTTATAAATTTTTGAAATATTAATAAATTACTTTTATTATATTTCGAATGTGCTTGTATGAGCTA
1 CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTA
13409660 AAA
66 AAA
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CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTA
AAACAATTTTTTTGTAACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGT
TATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA
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13409500 AAAAAAAGTA
*
13409510 ATAATGATTTGAAATAG
1 ATAATTATTTGAAATAG
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1 ATAATTATTTGAAATAG
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13409555 CAACTGATTC
Statistics
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ATAATTATTTGAAATAG
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13409737 TGAAATAAAT
* *
13409747 AAATGTTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTCTAATAAGCTTGTATGAACTGAAAAAGTTATTAT
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* * ** *
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* *
13409876 ACAAGTTCAGCAAACACATTTATTTTTTAAATC-T-CTTATTAATTTTTG
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* * * * *
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1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTATTTCTAATAAGCTTGGATGAACTGAAA-AAGTTATTA
* * * * * *
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** * * ** *
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129 GAACAAGTTCAGAAAACACATTTAGTTTTTAAATC--TTACTTATTAATTTTG
* * * * ** ** * *
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1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTATTTCTA-ATAAGCTTGGATGAACTGAAA-AAGTTATT
* * * ** * *
13410164 TTATGACAGAATAAAAGGTCACAAGGACTTT-ATATAGTCAGATCAATTATTCAAATAGTCA-AA
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** * * * * * * *
13410227 TCTATTTGAACTTGTTCAGCAAACAAATTAATTTTTTTAAATCTCTTGCTCATTAATTTTTC
123 -CTATTTGAACAAGTTCAGAAAACACATTTA-GTTTTTAAA--TCTTACTTATTAA-TTTTG
* * * * *
13410289 AAATGTTAATAAAGTAGTA-TAATTTTA-TTCTAAATAAGCTTGTG-TGAATTGAAATAA-TTGC
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTATTTCT-AATAAGCTTG-GATGAACTGAAA-AAGTT-A
** * ** * * * * *
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* * *
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* * * * * **
13410469 GAATATTATTAAATTAGTATTA-TTTTAATTC-ATATAAGCATGTATGAAAAGAAACAA-TTATT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTATTTCTA-ATAAGCTTGGATGAACTGAAA-AAGTTATT
* * * * * ** * * ** *
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* * * * *
13410595 GAACTATTTACA-AAAATAGATTTAGTTTTTAAATC-T-CTTATTAATTTTCA
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13410645 AAATATTA
1 AAATATTA
13410653 TTTTATTTTG
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTATTTCTAATAAGCTTGGATGAACTGAAAAAGTTATTAT
ATGACAAAACAAAATATCAAAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGA
ACAAGTTCAGAAAACACATTTAGTTTTTAAATCTTACTTATTAATTTTG
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13409737 TGAAATAAAT
* * * * * * * *
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1 AAATATTAATAAAGTAGTATAATTTTAATTCAAATAAGCATGTATGAATTGAAACAA-TTATTTT
* * * * * * ** *
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* * * * *
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* * * * * * * * *
13409924 AAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTATTCTATTAATCTTGGATG-ATCTGAAACAATTATTTT
1 AAATATTAATAAAGTAGTATAATTTTAATTCAAATAAGCATGTATGAAT-TGAAACAATTATTTT
* * * * * * * * *
13409988 ATGAGAAAACAAATA--TCATAATGATTTGGGATTA-ATATTTGTTCAAATAGTAT-AACTATTT
65 ATGACAAAATAAA-AGGTCACAAGGATTT-GAAGTAGATAATTATTCAAATAGTCTAAAC-ATTT
* ** * ** * * * ** *
13410049 GAACTGGTTCATAAAATAGTTTTAGTTTTTAAATCTTTTACTTGTTAA-TTTTG
127 GAACTGATTCAGCAAACAAATTAATTTTTTAAATCTTTCACTCATTAATTTTTC
* ** * * * *** * *
13410102 AAATATTAGTAAAGTAGTATTGTTTTATTTCAGATGATTTTCTATGAATTGAAACAATTTTTTTA
1 AAATATTAATAAAGTAGTATAATTTTAATTCAAATAAGCATGTATGAATTGAAACAATTATTTTA
* *
13410167 TGACAGAATAAAAGGTCACAAGGACTTTATATAGTCAGATCAATTATTCAAATAGTC-AAATCTA
66 TGACAAAATAAAAGGTCACAAGGA-TTT-GA-AGT-AGAT-AATTATTCAAATAGTCTAAA-C-A
*
13410231 TTTGAACTTG-TTCAGCAAACAAATTAATTTTTTTAAATCTCTT-GCTCATTAATTTTTC
124 TTTGAAC-TGATTCAGCAAACAAATTAA-TTTTTTAAATCT-TTCACTCATTAATTTTTC
* * * * **
13410289 AAATGTTAATAAAGTAGTATAATTTT-ATTCTAAATAAGCTTGTGTGAATTGAAATAATTGCTTT
1 AAATATTAATAAAGTAGTATAATTTTAATTC-AAATAAGCATGTATGAATTGAAACAATTATTTT
** * * * * *
13410353 ATGACTTAATAAAAGGTCAGAATGATTTGAAGTAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACATTTGAA
65 ATGACAAAATAAAAGGTCACAAGGATTTGAAGTAGATAATTATTCAAATAGTCTAAACATTTGAA
* * * *
13410418 CTGATTCAGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTTTCACTTATTAATTTTTG
130 CTGATTCAGCAAACAAATTAATTTTTTAAATCTTTCACTCATTAATTTTTC
* * * * * **
13410469 GAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATTCATATAAGCATGTATGAAAAGAAACAATTATTTTA
1 AAATATTAATAAAGTAGTATAATTTTAATTCAAATAAGCATGTATGAATTGAAACAATTATTTTA
*
13410534 TAACAAAATAAA
66 TGACAAAATAAA
13410546 GATCATAACA
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Matches are distributed among these distances:
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AAATATTAATAAAGTAGTATAATTTTAATTCAAATAAGCATGTATGAATTGAAACAATTATTTTA
TGACAAAATAAAAGGTCACAAGGATTTGAAGTAGATAATTATTCAAATAGTCTAAACATTTGAAC
TGATTCAGCAAACAAATTAATTTTTTAAATCTTTCACTCATTAATTTTTC
Found at i:13410582 original size:16 final size:17
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13410546 GATCATAACA
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*
13410573 TTTTGAATAGTCATAATT
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13410591 ATTTGAA
1 ATTTGAA
13410598 CTATTTACAA
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 2, Indels: 3
0.81 0.08 0.12
Matches are distributed among these distances:
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ATTTGAATAGCATAATT
Found at i:13410961 original size:182 final size:182
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13410638 ATTTTCAAAA
* ** * **
13410648 TATTATTTTATTTTGAATAATTTTGCATGAGCAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
1 TATTACTTTATTTTGAATAAACTTGCATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGACC
* ** * * * * *
13410713 ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGATATGATTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGA
66 ATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAACAGATATAAATATTTGAACTTGCTAGATAAACAGA
* *
13410778 TTTATTTTTTATATCTCCTACTTGTTAAATTTTCATAATATTAATAAATTAG
131 TTTATCTTTTAAATCTCCTACTTGTTAAATTTTCATAATATTAATAAATTAG
* *
13410830 TATTACTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGACC
1 TATTACTTTATTTTGAATAAACTTGCATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGACC
* * *
13410895 ATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAACCAG-TCATAAATATTTGGACTTGCTAGATAAACAG
66 ATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAACAGAT-ATAAATATTTGAACTTGCTAGATAAACAG
13410959 ATTTATCTTTTAAATCT
130 ATTTATCTTTTAAATCT
13410976 TTTACTTATT
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (182 bp):
TATTACTTTATTTTGAATAAACTTGCATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGACC
ATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAACAGATATAAATATTTGAACTTGCTAGATAAACAGA
TTTATCTTTTAAATCTCCTACTTGTTAAATTTTCATAATATTAATAAATTAG
Found at i:13412038 original size:360 final size:358
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Indices: 13410995--13414345 Score: 2319
Period size: 360 Copynumber: 9.4 Consensus size: 358
13410985 TAATTTTTGG
* * * * *
13410995 AATATTAGTTTATTAATATTTCTAAAGTTAATAAGTAAAAGATTTAAATAATA-AATCTATTTAC
1 AATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAA-AATATAA---ATTTAT
* * * * * * *
13411059 CCAGCAAGTTCAAATAGTT-TCGACTATTTGAACAATTATATATATAAAATCGTTATG-ATCATT
62 CAAACAAGTTCAAATAGTTAT-GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAACCTTT
* * ** * * ** * *
13411122 TGTTTAGTCATAAAACAATTGCTTCCATTGATACAAGTTTATTTGGAATAACATAATAATAATTT
126 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTT
* * * * *
13411187 ATTATTA-TTCTAAAAATTAATAAGTTAGAGATTT-AAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTC
191 ATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCTAACCAGTTC
* * * ** ** * * * **
13411250 AAAT-TTTCATGTCCATTTGAACTGTTATCTATTTCAAATTGTCATGACATTTTGTTTTGTTGTA
255 AAATAGTT-ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATA
** * ** *
13411314 AAATTATTGTTTCTATTCATACAAAATGATTCAAAATAAAAT
319 AAACAATTATTT-TATTCATACAAGTTTATT-AAAATAAAAT
** * ** * *
13411356 AATACCAATTTATTACTATTT-TGAAA--ACTAA-TAAG-GATTT-AAAAT-TAAATGTGTTTTC
1 AATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATATAAA--T-TTATC
* * * * * * * * *
13411414 TGAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTCCAAATTGTTTTG-ATCTTTT
63 -AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAACCTTTT
* * * * * * * * *
13411478 ATTTAGTTAAAAAATAATTGTTT-TAGTTCATACATGCTTATT-TGAAATATAATAATAATAATT
127 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-GTTCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATT
* * * ** * **
13411541 TATTAACATTT-AGAAAATTAATAAATAAGAAATTT-TTAAA-AAATCTATTTA-CTGAATAAGT
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* * * *
13411602 TGAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGAA-CTTTTATTTTATCA
253 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT-AACCTTTTGTTTTGTCA
* *
13411666 TAAAACAATTATTTTAGTACATAAAAGTTTATCTAAAATAAAAT
317 TAAAACAATTATTTTA-TTCATACAAGTTTAT-TAAAATAAAAT
* ** * * * *
13411710 ATTATTTCTTTATTAATATTTCAAAAATTGATAAGTTAGAGATTTAGAAAATTTCAATTTATCAA
1 AATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA-AAAATATAAATTTATCAA
** * * * * *
13411775 ATTAGTTCAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAACTTTTTTTT
65 ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAACCTTTTGTT
* * * * *
13411840 TTGTCATAAAGCAATTGTTTTTCTTCATACAAGCCTATTCAGAATAAAATAATACT-ATTTACTA
130 TTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTA
* * *
13411904 ATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAGTTACTCTGTTTACCTAACCAGTTCAAATA
195 ATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCTAACCAGTTCAAATA
* * * * *
13411969 GTTATGACTATTCGAATAATTATAC-ATTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTATCTCATAAAACA
260 GTTATGACTATTTGAACAATTAT-CTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA
*
13412033 ATTATTTCTATTCACACAAGTTTATTAAAA-AAAAT
324 ATTATTT-TATTCATACAAGTTTATTAAAATAAAAT
* * * * * * *
13412068 AATACTAATGTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAGATA-AATTTGTTTGC
1 AATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA-ATATAAATT-TAT-C
* * * * * * * *
13412132 TGAACTAGTTCAAATAGTTAAGGCTATATGAACAATTCTTTATTTCAAATCATTATG-ACCTTTT
63 -AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAACCTTTT
* * * * * * *
13412196 GTTTTGTCGTAAAACAATT-TTTTTAGTTCTTAGTAA-CTTATTTAGAATAAAATAAAACAAATT
127 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-GTTCATA-CAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATT
* * * * * * *
13412259 TATTAATATTCCAAAACTTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAACAATTTTGTTTGCCTAACCAATTC
190 TATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCTAACCAGTTC
* *
13412324 AAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAA-ATTTTGTTTTGTCATA
255 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT-AACCTTTTGTTTTGTCATA
* * * * *
13412388 AAACAAATGTTTTTTTAATATAAGTTTATTCAAAATAAAAT
319 AAACAATTATTTTATTCATACAAGTTTATT-AAAATAAAAT
** * * *
13412429 --TATTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAAGAAGTAAGAAATTTAAAAA-ATAAATTTGTTTAC
1 AATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATATAAA-TT-TAT-C
* * * * * *
13412491 TAAGCTAGTTCAATTAGTTAT-AGCTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATCATTATG-A-C---
63 -AAACAAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAACCTTT
** *** * *
13412550 T-AATTG------AACAATTGTTTCTGTTCAT-GTGGTCTTATTTAGAATAAAGTAATA-TAATT
126 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAG-CTTATTCAGAATAAAATAATACTAATT
* * * * * * *
13412606 TATTAATATTTTAAAAATTAATAAATAATG-GATTTAAAAAATGAATCTCTTTGCCTGACCAGTG
190 TATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-GAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCTAACCAGTT
* * * * * *
13412670 CAAATAATTATGACTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTACTTTTTGTTTTATCACA
254 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATA
* * * *
13412735 AAACAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAATAT
319 AAACAATTA-TTTTATTCATACAAGTTTA-TTAAAATAAAAT
* ** * *
13412777 AAT-TCTATTTTACAAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAAGAATCTATTTA
1 AATAT-TAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATATAA---ATTTA
* * * * *
13412840 TCAAACAAATACAAATAATTATGACTATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCGATAT-AACCTTT
61 TCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAACCTTT
* * * * * *
13412904 TGTTTTGTCATAAAACAAAAT-TTTCTATTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATTATACAAATT
126 TGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATT
* * * * * ** *
13412968 TATTAATA-TTCAAACAACTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAATAAGCT
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* * * * * *
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254 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATA
* * * ** *
13413097 ACACAATTGTTTTTCTTCATACAAGCCTATTCAAATTAAAAT
319 AAACAATT-ATTTTATTCATACAAGTTTATT-AAAATAAAAT
* * * * *
13413139 AATATTAATTTATTAATATTT-AAAAATCAATAAGTAAAAGATTTTAAATTA-AATATGCTTACC
1 AATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATATAA-AT--TTATC
* ** * * * * * * * *
13413202 GAGTAAGTTTAAATAGTCATAACTATTTGCATAATTATCTATTTCAAATTGTTACG-ACCTGTTG
63 AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAACCTTTTG
* * * ** * * *
13413266 TTTTATCATAAAACAACTGTATCAATTTATATAGGCTTATTC-GAAATAAAAT-ATCACTAATTT
128 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAAT-ACTAATTT
* * * * *
13413329 ATTAATA-TTCTAAAAATTAATGAGTAAGAGATTAAAAAAAAGAAATTTGTTTA-CTAAACAAGT
191 ATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATT-TAAAAAATAAATCTGTTTACCT-AACCAGT
* * *
13413392 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCAT
253 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCAT
* * * *
13413457 AAAATAATTTTTTCTATTCATACAAGTTTTTTTCAAATAAAAT
318 AAAACAATTATTT-TATTCATACAAG-TTTATTAAAATAAAAT
* * * * * *
13413500 AAGTA--AATTTATTAATATTCCAAAATTTAATAATTAA-AAATTTAAAAATA-AATTTGTTTTC
1 AA-TATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATATAA-AT-TTATC
* * **
13413561 TGAACACGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAATTAT-AACCTTTT
63 -AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAACCTTTT
* * * * * * * *
13413625 ATTTTGTGATAAACCAATTGTTTATGTCCATACAAGCTTATTCAAAAAAAAATAACACTAATTTA
127 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTA
* * * * *** *
13413690 TTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAGTAAGCTCAA
192 TTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCTAACCAGTTCAA
* * * * * * **
13413755 ATAGTTATGACTGTTTGAACAATTTTTTATTTCAAAT-AGTTATGATCTTTCGTTTCATCATAAA
257 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* *
13413819 ACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTAGAATAAAAT
321 ACAATTATTT-TATTCATACAAGTTTA-TTAAAATAAAAT
* * * *
13413859 AATACTATTTTATTAATA-TTCTACAAATTAATAGGT-AGACGATTTAAAAA-ATAAATCTATTT
1 AATATTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGA-GATTTAAAAATAT-AA---ATTT
* * * * * * * * *
13413921 ACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTTAATAATTATCTATTCCAAATTGTTACG-ACCTT
60 ATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAACCTT
** *
13413985 TTGTTTTGTTGTAAAACAATTGTTTCTGTTCAT---A-C-TATTCAAAATAAAATAATACTAATT
125 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATT
* *
13414045 TATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAACA-AAATATGTTTACCGAACCAGTT
190 TATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA-ATAAATCTGTTTACCTAACCAGTT
* * * * * * *
13414105 CAAATAGCTATGACTATTTGAATAATTATCTATCTCAAATCATAATGATC-TTTCTTTTGTCATA
254 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATA
* * * * ** *
13414169 CAACAATTGTTTCTTTTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAAT
319 AAACAATTATTT-TATTCATACAAGTTTA-TTAAAATAAAAT
* * * * * * ** **
13414211 GATACTAATTTAATAATA-GTCTGAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAAAATATGTTTGCCG
1 AATATTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATATAAATTTATC-
* * * *
13414271 AAGC-AGTTCAAATAGTTCA-GACTA-TTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTCT-AACCTTTT
63 AAACAAGTTCAAATAGTT-ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAACCTTTT
*
13414332 GTTTAGTCATAAAA
127 GTTTTGTCATAAAA
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TGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAA
TATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCTAACCAGTTCAAATAG
TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
TATTTTATTCATACAAGTTTATTAAAATAAAAT
Found at i:13412310 original size:181 final size:180
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13410993 GGAATATTAG
* * * * * * * ** * *
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* * * * * * *
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*** * * * * *
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* * * * * ** *
13411184 TTTATTATTATTCTAAAAATTAATAAGTTAGAGATTT-AAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGT
1 TTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACTAGT
* * * ** ** * * **
13411248 TCAAAT-TTTCATGTCCATTTGAACTGTTATCTATTTCAAATTGTCATGACATTTTGTTTTGTTG
66 TCAAATAGTT-ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
** * ** * * * *
13411312 TAAAATTATTGTTTCTATTCATACAAAATGATTCAAAATAAAATAATACCAA
130 TAAAACAATTGTTT-TTTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAA
* *** * * * *
13411364 TTTATTACTATT-TTGAAA--ACTAA-TAAG-GATTT-AAAATTAAATGTGTTTTCTGAACTAGT
1 TTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACTAGT
* * * * ** * * * * * *
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* * * * *
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* * * * ** * *
13411539 TTTATTAACATT-TAGAAAATTAATAAATAAGAAATTT-TTAAA-AAATCTATTTACTGAA-TAA
1 TTTATTAATATTCCA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACT-A
* * * * *
13411600 GTTGAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGAACTTTTATTTTATC
64 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * * * * * * * **
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129 ATAAAACAATTGTTTT-TTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAA
* * * * ** * *
13411718 TTTATTAATATTTCAAAAATTGATAAGTTAGAGATTTAGAAAAT---TTCAATTTA-TCAAATTA
1 TTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT-TGTTTACT-GAACTA
* * * * * *
13411779 GTTCAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAACTTTTTTTTTTGT
64 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG-ACCTTTTGTTTTGT
* * *
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128 CATAAAACAATTGTTTTT-TTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAA
* * * * * * *
13411897 TTTACTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAGTTACTCTGTTTACCT-AACCAG
1 TTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-CTGAACTAG
* * * * * *
13411961 TTCAAATAGTTATGACTATTCGAATAATTATAC-ATTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTATCTC
65 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT-CTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * * *
13412025 ATAAAACAATTATTTCTATTCACACAAGTTTA-TTA-AAAAAAATAATACTAA
129 ATAAAACAATTGTTT-TTTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAA
* * * * *
13412076 TGTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAGATAAATTTGTTTGCTGAACTAGT
1 TTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACTAGT
* * * * * *
13412141 TCAAATAGTTAAGGCTATATGAACAATTCTTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCGT
66 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * * *
13412206 AAAACAATT-TTTTTAGTTCTTAGTAA-CTTATTTAGAATAAAATAAAACAAA
131 AAAACAATTGTTTTT--TTCATA-CAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAA
* * * * * *
13412257 TTTATTAATATTCCAAAACTTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAACAATTTTGTTTGCCT-AACCAA
1 TTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTT-ACTGAACTAG
* **
13412321 TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAAATTTTGTTTTGTCA
65 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * * * *
13412386 TAAAACAAATGTTTTTTTAATATAAGTTTATTCAAAATAAAAT--TATTAA
130 TAAAACAATTGTTTTTTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAA
*** * *
13412435 TTTATTAATATTTTGAAAATTAAGAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTACT-AAGCTAG
1 TTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAA-CTAG
* * * **
13412499 TTCAATTAGTTAT-AGCTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGA-C---T-AATTG--
65 TTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * * ** * *
13412556 ----AACAATTGTTTCTGTTCATGTGGTCTTA-TTTAGAATA-AAGTAATATAATTTATTAA
129 ATAAAACAATTGTTT-TTTTCA--T--AC-AAGCTTA-TTTAGAA-TAAAATAA--TACTAA
* * * * * *
13412612 TATT-TTAA-A-------AATTAATAAATAATG-GATTTAAAAAATGAATCTCTTTGCCTG-ACC
1 T-TTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA-GAGATTTAAAAAATAAATTTGTTT-ACTGAACT
* * * * * *
13412666 AGTGCAAATAATTATGACTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTACTTTTTGTTTTAT
63 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * *
13412731 CACAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTT-GAAATAATATAATTCTAT
128 CATAAAACAATTGTTTTT-TTCATACAAGCTTATTTAG-AATAAAATAATACTAA
** * * * * *
13412785 TTTACAAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA-AGAATCTATTTA-TCAAACAA
1 TTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA-AATTTGTTTACT-GAACTA
* * * * *
13412848 ATACAAATAATTATGACTATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCGA-TATAACCTTTTGTTTTGT
64 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC-ATTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * *
13412912 CATAAAACAAAATT-TTCTATTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATTATACAAA
128 CATAAAAC--AATTGTTTTTTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAA
* * * *
13412966 TTTATTAATATT-CAAACAACTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-TCGAA-TA
1 TTTATTAATATTCCAAA-AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACT-GAACT-
* * * * *
13413028 AGCTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTATTTTGT
63 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * *
13413093 CATGACACAATTGTTTTTCTTCATACAAGCCTATTCA-AATTAAAATAATATTAA
128 CATAAAACAATTGTTTTT-TTCATACAAGCTTATTTAGAA-TAAAATAATACTAA
* * * * * * * * *
13413147 TTTATTAATATT-TAAAAATCAATAAGTAAAAGATTT-TAAATTAAATATGCTTACCG-AGTAAG
1 TTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACT-AG
* * * * * ** * * *
13413209 TTTAAATAGTCATAACTATTTGCATAATTATCTATTTCAAATTGTTACGACCTGTTGTTTTATCA
65 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* ** * * *
13413274 TAAAACAACTGTATCAATTT-ATATAGGCTTA-TTCGAAATAAAAT-ATCACTAA
130 TAAAACAATTGT-T-TTTTTCATACAAGCTTATTTAG-AATAAAATAAT-ACTAA
* * * * * *
13413326 TTTATTAATATTCTAAAAATTAATGAGTAAGAGATTAAAAAAAAGAAATTTGTTTACTAAACAAG
1 TTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATT-TAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACTAG
* *
13413391 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCA
65 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * *
13413456 TAAAATAATT-TTTTCTATTCATACAAGTTTTTTTCA-AATAAAATAAGTA--AA
130 TAAAACAATTGTTTT-T-TTCATACAAGCTTATTT-AGAATAAAATAA-TACTAA
* * * *
13413507 TTTATTAATATTCCAAAATTTAATAATTAA-AAATTT-AAAAATAAATTTGTTTTCTGAAC-ACG
1 TTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACTA-G
* * * *
13413569 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAATTATAACCTTTTATTTTGTGA
65 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * * * *
13413634 TAAACCAATTGTTTATGTCCATACAAGCTTATTCAAAAAAAAATAACACTAA
130 TAAAACAATTGTTT-TTTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAA
* * *
13413686 TTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-TCG-AGTAA
1 TTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACT-GAACT-A
* * * * * * **
13413749 GCTCAAATAGTTATGACTGTTTGAACAATTTTTTATTTCAAAT-AGTTATGATCTTTCGTTTCAT
64 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGT
* * *
13413813 CATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTAGAATAAAATAATACTAT
128 CATAAAACAATTGTTT-TTTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAA
* * * * * ** *
13413867 TTTATTAATATTCTACAAATTAATAGGT-AGACGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAG
1 TTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGA-GATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACTAG
* * * * * * ** * **
13413931 TTCAAATAGTCATGTCCATTTTAATAATTATCTATTCCAAATTGTTACGACCTTTTGTTTTGTTG
65 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * *
13413996 TAAAACAATTGTTTCTGTTCAT---A-C-TATTCAAAATAAAATAATACTAA
130 TAAAACAATTGTTT-TTTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAA
* * * *
13414043 TTTATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAACA-AAATATGTTTACCGAACCAG
1 TTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA-ATAAATTTGTTTACTGAACTAG
* * * * * *
13414103 TTCAAATAGCTATGACTATTTGAATAATTATCTATCTCAAATCATAATGATC-TTTCTTTTGTCA
65 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * *
13414167 TACAACAATTGTTTCTTTTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATGATACTAA
130 TAAAACAATTGTTT-TTTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAA
* * ** * * *
13414219 TTTAATAATAGTCTGAAAA-T--TAA-TAAGAGATTT-AAAAA-AAATATGTTTGCCGAAGC-AG
1 TTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAA-CTAG
* * * *
13414277 TTCAAATAGTTCA-GACTA-TTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTTTGTTTAGTC
65 TTCAAATAGTT-ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
13414340 ATAAAA
129 ATAAAA
13414346 TAGTTATTGC
Statistics
Matches: 2477, Mismatches: 544, Indels: 289
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
167 10 0.00
168 4 0.00
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184 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.11, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (180 bp):
TTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACTAGT
TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
AAAACAATTGTTTTTTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAA
Found at i:13417226 original size:438 final size:453
Alignment explanation
Indices: 13416029--13417541 Score: 1529
Period size: 465 Copynumber: 3.3 Consensus size: 453
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* ** * **
13416029 TATGAAAAACAACAAAAAATTAAAATCACGTG-AA-AATTGTTCGAATATTTTTTATGCCCAGAA
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* * * * * ** *
13416092 TT-TTCGAAAA-CAAAGTCTGATATGTTT-AGCTTCAAAATCCTTTCTAAGTTATGCTTAACATT
64 TTGTT-TAAAACCAAAGTCTGATGT-TTTAAGCTCCAAAATCCTTTATAACTTACACTTAACACT
* ** * ** *
13416154 GTGAAAAATTAAAAACCAATGCTAG-TTTTAC-CTTGTTTCAATGTTTGAGCAAGTTTAAAACAT
127 ATGAAAAATT-AAAACCAACACAAGTTTTTACAC--GTTTCTTTGTTTGAGCAAGTCTAAAACAT
* * * * * *
13416217 TCGATTCAATATATTCAAATTCATTTCCATTTAAAAACCTTCTAAAACAATTCTTTCATGTTTTT
189 TGGATTCAAGATATTCAAATTCATTTCCATTTAAAAACCTGCTAAAACAATGCTTTCATATTTTA
* * * * * *
13416282 AAGCTGGACTATAGAGAAAATCATATTCGAAGAAAAACATAAAATTTCAAAAGTATTAGGCTTTT
254 AAGCTTGACTCTAGAGAAAATCATTTTCAAAGAAAAACATAAAATTTC-AAA-CA-TAGGC-TTC
* * * * *
13416347 AGTGCTCCTTCTATAAACTGCTAAAACAAGTTAGCAGACAACTAATCACATCAAGCGCCAATAAC
315 AG-AC-CC-CCTATAAACAGCT-AGA-AA--T---AGAC-AC--AT----T-AAGC-ACAATAAC
* *
13416412 AACTTCACAAATAATATGCAAATATCAAGATCATTCATATGTAATTCCTC-AAC-TCCTTAGAGC
361 AACTTCACAAATAATATCCAAATATGAAGATCATTCATATGTAATTCC-CAAACATCCTTAGAGC
* ** * *
13416475 GCCTAAATTTGCATCTAAAAGAAAATAAG
425 ACCTAAAAATGTATCTAAAAGCAAATAAG
* * * *
13416504 TAT-AAACACAATGAAAAATTAAAATTGTGCAATAATTGTGAGAATGGTTTTTATGCCCAAAATC
1 TATGAAACACAATGAAAAATTAAAATCGTGCAATAATTGTGCGAATGGTTTTTATGCCCAGAATT
** *
13416568 GTTTAAAAAGAAAAGTTTGATGTTTTAAGCTCCAAAATCCTTTATAACTTACACTTAACACTATG
66 GTTT-AAAACCAAAGTCTGATGTTTTAAGCTCCAAAATCCTTTATAACTTACACTTAACACTATG
*** * *
13416633 AAAAATTAAAACCAATGGAAGTTTTTATACGTTTCTTTGTTTGAGCAAGTCTGAAACATTGGATT
130 AAAAATTAAAACCAACACAAGTTTTTACACGTTTCTTTGTTTGAGCAAGTCTAAAACATTGGATT
* * * *
13416698 CAAGATTTTCAAATTCGTTTCCATTTAAAAACCTTCTAAAACAATGCTTTCTTATTTTAAAGCTT
195 CAAGATATTCAAATTCATTTCCATTTAAAAACCTGCTAAAACAATGCTTTCATATTTTAAAGCTT
* * * *
13416763 TACTCTAGTGAAAATCGTTTTCAAAGAAAAATATAAAATTTC-AA-A-A-GC-T-A-A-CCCCTA
260 GACTCTAGAGAAAATCATTTTCAAAGAAAAACATAAAATTTCAAACATAGGCTTCAGACCCCCTA
* * *
13416820 TAAACTGGTAG-AA-AG-CACA-T-A--ACAATATCCAACTTCACAAATAATATCCAAATATGAA
325 TAAACAGCTAGAAATAGACACATTAAGCACAATA-ACAACTTCACAAATAATATCCAAATATGAA
**
13416878 TTTCATTCATATGTAATTCCCAAACATCCTTAGAGCACCTAAAAATGTATCTAAAAGCAAATAAG
389 GATCATTCATATGTAATTCCCAAACATCCTTAGAGCACCTAAAAATGTATCTAAAAGCAAATAAG
* *
13416943 TATGAAACACAACGAAATATTAAAATCGTGCAATAATTGTGCGAATGGTTTTTATGCCCAGAATT
1 TATGAAACACAATGAAAAATTAAAATCGTGCAATAATTGTGCGAATGGTTTTTATGCCCAGAATT
* *
13417008 GTTTAGAAA-CAAAGTCTGATGTTTTAAGCTGCAAAATCCTTTATAACTTTCACTTAACACTATG
66 GTTTA-AAACCAAAGTCTGATGTTTTAAGCTCCAAAATCCTTTATAACTTACACTTAACACTATG
* * ** *
13417072 AAAAATTAAAACCAACACAAG-TTTTAC-CATTTTTTTTGTTTGAGTGAGTTTAAAACATTGGAT
130 AAAAATTAAAACCAACACAAGTTTTTACAC-GTTTCTTTGTTTGAGCAAGTCTAAAACATTGGAT
* *
13417135 TCAAGATATTCAAATTTATTTCCATTTAAAAACCTGCTAAAACAATGCTTTCATATTTTAAAGGT
194 TCAAGATATTCAAATTCATTTCCATTTAAAAACCTGCTAAAACAATGCTTTCATATTTTAAAGCT
* *
13417200 TGACTAC-AGAGAAAATCATTTTCAAAGGAAAACATAAAGTTTCAAAAGCATTAGGCTTCGAGTA
259 TGACT-CTAGAGAAAATCATTTTCAAAGAAAAACATAAAATTTC-AAA-CA-TAGGCTTC-AG-A
* *
13417264 CTCCCCCTATAAACAGCTAGAACAATTTAGCACACATTAAGCACCAATAACACCTTCATAAATAA
318 --CCCCCTATAAACAGCTAG-A-AA--TAG-ACACATTAAGCA-CAATAACAACTTCACAAATAA
* *
13417329 TATCCAAATATGAAGATCATTCATATGTAATTCTTCAAA-ATCTTTAGAGCACCTAAAAATGTAT
375 TATCCAAATATGAAGATCATTCATATGTAATTC-CCAAACATCCTTAGAGCACCTAAAAATGTAT
13417393 CTAAAAGCAAATAAG
439 CTAAAAGCAAATAAG
* *
13417408 TATGAAACACAGTGAAAAATTAAAATCGTGTAATAATTGTGCGAATGGTTTTTATGCCCAGAATT
1 TATGAAACACAATGAAAAATTAAAATCGTGCAATAATTGTGCGAATGGTTTTTATGCCCAGAATT
* * * *
13417473 GTTCAAAACCAAAGTCTGATGTTGTAAACTTCAAAATCCTTTATAACTTACACTTAACACTATGA
66 GTTTAAAACCAAAGTCTGATGTTTTAAGCTCCAAAATCCTTTATAACTTACACTTAACACTATGA
13417538 AAAA
131 AAAA
13417542 CAACAAAAAA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.40, C:0.16, G:0.11, T:0.32
Consensus pattern (453 bp):
TATGAAACACAATGAAAAATTAAAATCGTGCAATAATTGTGCGAATGGTTTTTATGCCCAGAATT
GTTTAAAACCAAAGTCTGATGTTTTAAGCTCCAAAATCCTTTATAACTTACACTTAACACTATGA
AAAATTAAAACCAACACAAGTTTTTACACGTTTCTTTGTTTGAGCAAGTCTAAAACATTGGATTC
AAGATATTCAAATTCATTTCCATTTAAAAACCTGCTAAAACAATGCTTTCATATTTTAAAGCTTG
ACTCTAGAGAAAATCATTTTCAAAGAAAAACATAAAATTTCAAACATAGGCTTCAGACCCCCTAT
AAACAGCTAGAAATAGACACATTAAGCACAATAACAACTTCACAAATAATATCCAAATATGAAGA
TCATTCATATGTAATTCCCAAACATCCTTAGAGCACCTAAAAATGTATCTAAAAGCAAATAAG
Found at i:13417630 original size:125 final size:125
Alignment explanation
Indices: 13417442--13417666 Score: 344
Period size: 125 Copynumber: 1.8 Consensus size: 125
13417432 ATCGTGTAAT
*
13417442 AATTGTGCGAATGGTTTTTATGCCCAGAATTGTTCAAAACCAAAGTCTGATGTTGTAAACTTCAA
1 AATTGTGCGAATGGTTTTTATGCCCAGAATTGTTCAAAACCAAAGTCTGATATTGTAAACTTCAA
13417507 AATCCTTTATAACTTACACTTAACACTATGAAAAACAACAAAAAATTAAAATCACGCGAA
66 AATCCTTTATAACTTACACTTAACACTATGAAAAACAACAAAAAATTAAAATCACGCGAA
* * * * *
13417567 AATTGTTCGAATGTTTTTTATGCCCAGAATTGTTCGAAAA-CAAAGTCTGATATTTTGAGCTTCA
1 AATTGTGCGAATGGTTTTTATGCCCAGAATTGTTC-AAAACCAAAGTCTGATATTGTAAACTTCA
* * * *
13417631 AAATCCTTTCTAAGTTACGCTTAACACTGTGAAAAA
65 AAATCCTTTATAACTTACACTTAACACTATGAAAAA
13417667 TTAAAAACCA
Statistics
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0.88 0.10 0.02
Matches are distributed among these distances:
125 85 0.96
126 4 0.04
ACGTcount: A:0.38, C:0.17, G:0.13, T:0.32
Consensus pattern (125 bp):
AATTGTGCGAATGGTTTTTATGCCCAGAATTGTTCAAAACCAAAGTCTGATATTGTAAACTTCAA
AATCCTTTATAACTTACACTTAACACTATGAAAAACAACAAAAAATTAAAATCACGCGAA
Found at i:13418145 original size:592 final size:581
Alignment explanation
Indices: 13416977--13418149 Score: 1519
Period size: 592 Copynumber: 2.0 Consensus size: 581
13416967 ATCGTGCAAT
* *
13416977 AATTGTGCGAATGGTTTTTATGCCCAGAATTGTTTAGAAACAAAGTCTGATGTTTTAAGCTGCAA
1 AATTGTGCGAATGGTTTTTATGCCCAGAATTGTTGAGAAACAAAGTCTGATATTTTAAGCTGCAA
* *
13417042 AATCCTTTATAACTTTCACTTAACACTATGAAAAATTAAAACCAACACAAGTTTTACCATTTTTT
66 AATCCTTTATAACTTACACTTAACACTATGAAAAATTAAAACCAACACAAGTTTTACCATTTTTA
** * *
13417107 TTGTTTGAGTGAGTTTAAAACATTGGATTCAAGATATTCAAATTTATTTCCATTTAAAAACCTGC
131 TTGTTTGAGCAAGTTTAAAACATTCGATTCAAGATATTCAAATTCATTTCCATTTAAAAACCTGC
* * * *
13417172 TAAAACAATGCTTTCATATTTTAAAGGTTGACTACAGAGAAAATCATTTTCAAAGGAAAACATAA
196 TAAAACAATGCTTTCATATTTTAAAGCTGGACTACAGAGAAAATCATATTCAAAGAAAAACATAA
* * * *
13417237 AGTTTCAAAAGCATTAGGCTTCGAGTACTCCCCCTATAAACAGCTAGAACAATTTAGCACACATT
261 AATTTCAAAAGCATTAGGCTTCGAGCACTCCCCCTATAAACAGCTAAAACAAGTTAGCACACATT
* * * *
13417302 AAGCACCAATAACACCTTCATAAATAATATCCAAATATGAAGATCATTCATATGTAATTCTTCAA
326 AAGCACCAATAACAACTTCACAAATAATATCCAAATATCAAGATCATTCATATGTAATTCCTCAA
* * **
13417367 AATCTTTAGAGCACCTAAAAATGTATCTAAAAGCAAATAAGTATGAAACACAGTGAAAAATTAAA
391 AATCCTTAGAGCACCTAAAAATGCATCTAAAAGCAAATAAGTATGAAACACAACGAAAAATTAAA
* * * *
13417432 ATCGTGTAATAATTGTGCGAATGGTTTTTATGCCCAGAATTGTTCAAAACCAAAGTCTGATGTTG
456 ATCGTGCAATAATTGTGCGAATGGTTTTTATGCCCAAAATCGTTCAAAACAAAAGTCTGATGTTG
*
13417497 TAAACTTCAAAATCCTTTATAACTTACACTTAACACTATGAAAAACAACAAAAAATTAAAATCAC
521 TAAACTCCAAAATCCTTTATAACTTACACTTAACACTATG---------AAAAAATTAAAATCAC
13417562 GCGAA
577 GCGAA
* * * *
13417567 AATTGTTCGAATGTTTTTTATGCCCAGAATTGTTCGA-AAACAAAGTCTGATATTTTGAGCTTCA
1 AATTGTGCGAATGGTTTTTATGCCCAGAATTGTT-GAGAAACAAAGTCTGATATTTTAAGCTGCA
* * * * ** *
13417631 AAATCCTTTCTAAGTTACGCTTAACACTGTGAAAAATTAAAAACCAATGCTAGTTTTACC-TTGT
65 AAATCCTTTATAACTTACACTTAACACTATGAAAAATT-AAAACCAACACAAGTTTTACCATT-T
*
13417695 TTCATTGTTTGAGCAAGTTTAAAACATTCGATTCAATATATTCAAATTCATTTCCATTTAAAAAC
128 TT-ATTGTTTGAGCAAGTTTAAAACATTCGATTCAAGATATTCAAATTCATTTCCATTTAAAAAC
* * * * * *
13417760 CTTCTAAAACAATTCTTTCATGTTTTTAAGCTGGACTATAGAGAAAATCATATTCGAAGAAAAAC
192 CTGCTAAAACAATGCTTTCATATTTTAAAGCTGGACTACAGAGAAAATCATATTCAAAGAAAAAC
* * ** * ** *
13417825 ATAAAATTTCAAAAGCGTTGGGCTTTTAGCGCTCCTTCTATAAACTGCTAAAACAAGTTAGCAGA
257 ATAAAATTTCAAAAGCATTAGGCTTCGAGCACTCCCCCTATAAACAGCTAAAACAAGTTAGC--A
*
13417890 CAACTAATCACATCAAGCGCCAATAACAACTTCACAAATAATATCCAAATATCAAGATCATTCAT
320 C-AC--AT----T-AAGCACCAATAACAACTTCACAAATAATATCCAAATATCAAGATCATTCAT
* * *
13417955 ATGTAATTCCTC-AACTCCTTAGAGCGCCT-AAATTCGCATCTAAAAGCAAATAAGTATGAAACA
377 ATGTAATTCCTCAAAATCCTTAGAGCACCTAAAAAT-GCATCTAAAAGCAAATAAGTATGAAACA
*
13418018 CAACGAAATATTAAAATCGTGCAATAATTGTGCGAATGGTTTTTATGCCCAAAATCGTTCAGAAA
441 CAACGAAAAATTAAAATCGTGCAATAATTGTGCGAATGGTTTTTATGCCCAAAATCGTTCA-AAA
* * *
13418083 GAAAAGTCTGATGTTTTAAGCTCCAAAATCCTTTATAACTTACACTTAACACTATG-AAAAATTA
505 CAAAAGTCTGATGTTGTAAACTCCAAAATCCTTTATAACTTACACTTAACACTATGAAAAAATTA
13418147 AAA
570 AAA
13418150 CCAATGGAAG
Statistics
Matches: 504, Mismatches: 63, Indels: 30
0.84 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
590 91 0.18
591 22 0.04
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595 2 0.00
597 2 0.00
600 4 0.01
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602 112 0.22
ACGTcount: A:0.39, C:0.17, G:0.12, T:0.31
Consensus pattern (581 bp):
AATTGTGCGAATGGTTTTTATGCCCAGAATTGTTGAGAAACAAAGTCTGATATTTTAAGCTGCAA
AATCCTTTATAACTTACACTTAACACTATGAAAAATTAAAACCAACACAAGTTTTACCATTTTTA
TTGTTTGAGCAAGTTTAAAACATTCGATTCAAGATATTCAAATTCATTTCCATTTAAAAACCTGC
TAAAACAATGCTTTCATATTTTAAAGCTGGACTACAGAGAAAATCATATTCAAAGAAAAACATAA
AATTTCAAAAGCATTAGGCTTCGAGCACTCCCCCTATAAACAGCTAAAACAAGTTAGCACACATT
AAGCACCAATAACAACTTCACAAATAATATCCAAATATCAAGATCATTCATATGTAATTCCTCAA
AATCCTTAGAGCACCTAAAAATGCATCTAAAAGCAAATAAGTATGAAACACAACGAAAAATTAAA
ATCGTGCAATAATTGTGCGAATGGTTTTTATGCCCAAAATCGTTCAAAACAAAAGTCTGATGTTG
TAAACTCCAAAATCCTTTATAACTTACACTTAACACTATGAAAAAATTAAAATCACGCGAA
Found at i:13418735 original size:439 final size:442
Alignment explanation
Indices: 13417916--13418868 Score: 1645
Period size: 439 Copynumber: 2.2 Consensus size: 442
13417906 GCGCCAATAA
* **
13417916 CAACTTCACAAATAATATCCAAATATCAAGATCATTCATATGTAATTCCTC-AAC-TCCTTAGAG
1 CAACTTCACAAATAATATCCAAATATGAATTTCATTCATATGTAATTCCTCAAACATCCTTAGAG
* *
13417979 CGCCT-AAATTCGCATCTAAAAGCAAATAAGTATGAAACACAACGAAATATTAAAATCGTGCAAT
66 CACCTAAAAATCGCATCTAAAAGCAAATAAGTATGAAACACAACGAAATATTAAAATCGTGCAAT
*
13418043 AATTGTGCGAATGGTTTTTATGCCCAAAATCGTTCAGAAAGAAAAGTCTGATGTTTTAAGCTCCA
131 AATTGTGCGAATGGTTTTTATGCCCAAAATCGTTCAGAAAGAAAAGTCCGATGTTTTAAGCTCCA
13418108 AAATCCTTTATAACTTACACTTAACACTATGAAAAATTAAAACCAATGGAAGTTTTTATATGTTT
196 AAATCCTTTATAACTTACACTTAACACTATGAAAAATTAAAACCAATGGAAGTTTTTATATGTTT
*
13418173 CTTTGTTTGAGCAAGTTTGAAACATTGGATTCAAGATTTTCAAATTCGTTTCCATTTAAAAACCT
261 CTTTGTTTGAGCAAGTTTGAAACATTGGATTCAAGATTTTCAAATTCGTTTCCATTTAAAAAACT
*
13418238 TCTAAAACAATGCTTTCTTATTTTAAAGCTTTACTCTAGTGAAAATCGTTTTCAAAGCAAAACAT
326 TCTAAAACAATGCTTTCTTATTTTAAAGCTTTACTCTAGTGAAAATCGTTTCCAAAGCAAAACAT
13418303 AAAATTTCAAAAGCTAACCCCTATAAACTGGTAGAAAGCACATAACAATATC
391 AAAATTTCAAAAGCTAACCCCTATAAACTGGTAGAAAGCACATAACAATATC
13418355 CAACTTCACAAATAATATCCAAATATGAATTTCATTCATATGTAATTCC-CAAACATCCTTAGAG
1 CAACTTCACAAATAATATCCAAATATGAATTTCATTCATATGTAATTCCTCAAACATCCTTAGAG
*
13418419 CACCTAAAAAT-GTATCT-AAAGCAAATATA-TATGAAACACAACGAAATATTAAAATCGTGCAA
66 CACCTAAAAATCGCATCTAAAAGCAAATA-AGTATGAAACACAACGAAATATTAAAATCGTGCAA
* * * *
13418481 TAATTGTGCGAATGGTTTTTATGCCCAGAATTGTTCAGAAA-CAAAGTCCGATGTTTTAAGCTGC
130 TAATTGTGCGAATGGTTTTTATGCCCAAAATCGTTCAGAAAGAAAAGTCCGATGTTTTAAGCTCC
* *
13418545 AAAATCCTTTTGTAACTTTCACTTAACACTATGAAAAATTAAAACCAATGGAAGTTTTTATATGT
195 AAAATCC-TTTATAACTTACACTTAACACTATGAAAAATTAAAACCAATGGAAGTTTTTATATGT
* *
13418610 TTCTTTGTTTGAGCAGGTTTGAAACATTGGATTCAAGATTTTCAAATTTGTTTCCATTTAAAAAA
259 TTCTTTGTTTGAGCAAGTTTGAAACATTGGATTCAAGATTTTCAAATTCGTTTCCATTTAAAAAA
* *
13418675 CTTTTAAAACAATGCTTTCTTATTTTAAAGCTTTATTCTAGTGAAAATCGTTTCCAAAGCAAAAC
324 CTTCTAAAACAATGCTTTCTTATTTTAAAGCTTTACTCTAGTGAAAATCGTTTCCAAAGCAAAAC
*
13418740 ATAAAATTTCAAAAGCTAACCTCTATAAACTGGTAGAAAGCACATAACAATATC
389 ATAAAATTTCAAAAGCTAACCCCTATAAACTGGTAGAAAGCACATAACAATATC
13418794 CAACTTCACAAATAATATCCAAATATGAATTTCATTCATATGTAATTCCTCAAA-ATCCTTAGAG
1 CAACTTCACAAATAATATCCAAATATGAATTTCATTCATATGTAATTCCTCAAACATCCTTAGAG
13418858 CACCTAAAAAT
66 CACCTAAAAAT
13418869 AGATTCAAGA
Statistics
Matches: 488, Mismatches: 20, Indels: 12
0.94 0.04 0.02
Matches are distributed among these distances:
438 28 0.06
439 433 0.89
440 23 0.05
441 4 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.17, G:0.11, T:0.32
Consensus pattern (442 bp):
CAACTTCACAAATAATATCCAAATATGAATTTCATTCATATGTAATTCCTCAAACATCCTTAGAG
CACCTAAAAATCGCATCTAAAAGCAAATAAGTATGAAACACAACGAAATATTAAAATCGTGCAAT
AATTGTGCGAATGGTTTTTATGCCCAAAATCGTTCAGAAAGAAAAGTCCGATGTTTTAAGCTCCA
AAATCCTTTATAACTTACACTTAACACTATGAAAAATTAAAACCAATGGAAGTTTTTATATGTTT
CTTTGTTTGAGCAAGTTTGAAACATTGGATTCAAGATTTTCAAATTCGTTTCCATTTAAAAAACT
TCTAAAACAATGCTTTCTTATTTTAAAGCTTTACTCTAGTGAAAATCGTTTCCAAAGCAAAACAT
AAAATTTCAAAAGCTAACCCCTATAAACTGGTAGAAAGCACATAACAATATC
Found at i:13419377 original size:128 final size:125
Alignment explanation
Indices: 13419147--13419408 Score: 319
Period size: 128 Copynumber: 2.1 Consensus size: 125
13419137 AGCAAATAAG
* * * ** *
13419147 TATGAAACACAGCGAAAAATTAAAATCGTGCGATAATTGTGCGAATGGTTTCTATGCCCAGAATT
1 TATGAAAAACAACAAAAAATTAAAATCACGCGAAAATTGTGCGAATGGTTTCTATGCCCAGAATT
*
13419212 GTTCAAAACCAAAGCCTGATGTTGTGAACTTCAAAATCCTTTGTATAACTTACACTTAACAC
66 GTTCAAAACCAAAGCCTGATATTGTGAACTTCAAAATCC-TT-TATAACTTACACTTAACAC
* * *
13419274 TATGAAAAACAACAAAAAATTAAAATCACGCGAAAATTGTTCGAATGTTTTTTTATGCCCAGAAT
1 TATGAAAAACAACAAAAAATTAAAATCACGCGAAAATTGTGCGAATG-GTTTCTATGCCCAGAAT
* * * * * * *
13419339 TGTTCGAAAA-CGAAGTCTGATATTTTGAGCTTCAAAATCCTTTCTAAGTTACGCTTAACAC
65 TGTTC-AAAACCAAAGCCTGATATTGTGAACTTCAAAATCCTTTATAACTTACACTTAACAC
*
13419400 TGTGAAAAA
1 TATGAAAAA
13419409 TTAAAAACCA
Statistics
Matches: 115, Mismatches: 18, Indels: 5
0.83 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
126 24 0.21
127 42 0.37
128 45 0.39
129 4 0.03
ACGTcount: A:0.38, C:0.17, G:0.15, T:0.30
Consensus pattern (125 bp):
TATGAAAAACAACAAAAAATTAAAATCACGCGAAAATTGTGCGAATGGTTTCTATGCCCAGAATT
GTTCAAAACCAAAGCCTGATATTGTGAACTTCAAAATCCTTTATAACTTACACTTAACAC
Found at i:13420010 original size:604 final size:603
Alignment explanation
Indices: 13418870--13420488 Score: 2494
Period size: 604 Copynumber: 2.7 Consensus size: 603
13418860 CCTAAAAATA
* ** * *
13418870 GATTCAAGATATTCAAATTCATTTCCATTTAAAAACCAGCTAAAACAATGCTTTCATATTTTAAA
1 GATTCAATATATTCAAATTCATTTCCATTTAAAAACCTTCTAAAACAATTCTTTCATATTTTTAA
* * ** * * * * **
13418935 GCTTGAGTCCAGTGAAAATCATTTTC-AAGGGAAAACATAAAGTTTCAAAAGCATTAGGCTTCGA
66 GCTAGACTATAGAGAAAATCATATTCGAA-GAAAAACATAAAATTTCAAAAGCATTAGGCTTTTA
** * * * *
13418999 GTGCTCCCCCTATAAACTACTAAAACAATTTAGC--AC-AC--AT----T-AAGCACTAATAACA
130 GTGCTCCTTCTATAAACTGCTAAAACAAGTTAGCAGACAACTAATCACATCAAGCGCCAATAACA
* * * * * * * * * *
13419054 AGTTCATAAATAATATCTAATATTTGAAGATCATTCATACGTAATTCCTCAAAATCCTTAGAGCA
195 ACTTCACAAATAATATCCAA-ATATCAAGATCATTCATATGTATTTCCTTAACA-CCTTAGAGCG
** * *
13419119 CCTAAAAATGTATCTAAAAGCAAATAAGTATGAAACACAGCGAAAAATTAAAATCGTGCGATAAT
258 CCTAAATTTGCATCTAAAAGAAAATAAGTATGAAACA-AGCGAAAAATTAAAATCGTGCGATAAT
* * * ** * *
13419184 TGTGCGAATGGTTTCTATGCCCAGAATTGTTCA-AAACCAAAGCCTGATGTTGTGAACTTCAAAA
322 TGTGCGAATGGTTTTTATGCCCAAAATCGTTCAGAAAGAAAAGTCTGATGTTGTAAACTTCAAAA
13419248 TCCTTTGTATAACTTACACTTAACACTATGAAAAACAACAAAAAATTAAAATCACGCGAAAATTG
387 TCCTTT-TATAACTTACACTTAACACTATGAAAAACAACAAAAAATTAAAATCACGCGAAAATTG
* *
13419313 TTCGAATGTTTTTTTATGCCCAGAATTGTTCGAAAACGAAGTCTGATATTTTGAGCTTCAAAATC
451 TTCGAATGCTTTTTTATGCCCAGAATTGTTCGAAAACAAAGTCTGATATTTTGAGCTTCAAAATC
13419378 CTTTCTAAGTTACGCTTAACACTGTGAAAAATTAAAAACCAATGCTAGTTTTACCTTGTTTCATT
516 CTTTCTAAGTTACGCTTAACACTGTGAAAAATTAAAAACCAATGCTAGTTTTACCTTGTTTCATT
13419443 GTTTGAGCAAGTTTAAAACATTC
581 GTTTGAGCAAGTTTAAAACATTC
*
13419466 GATTCAATATATTCAAATTCATTTCCATGTAAAAACCTTCTAAAACAATTCTTTCATATTTTTAA
1 GATTCAATATATTCAAATTCATTTCCATTTAAAAACCTTCTAAAACAATTCTTTCATATTTTTAA
13419531 GCTAGACTATAGAGAAAATCATATTCGAAGAAAAACATAAAATTTCAAAAGCATTAGGCTTTTAG
66 GCTAGACTATAGAGAAAATCATATTCGAAGAAAAACATAAAATTTCAAAAGCATTAGGCTTTTAG
13419596 TGCTCCTTCTATAAACTGCTAAAACAAGTTAGCAGACAACTAATCACATCAAGCGCCAATAACAA
131 TGCTCCTTCTATAAACTGCTAAAACAAGTTAGCAGACAACTAATCACATCAAGCGCCAATAACAA
13419661 CTTCACAAATAATATCCAAATATCAAGATCATTCATATGTATTTCCTTAACACCTTAGAGCGCCT
196 CTTCACAAATAATATCCAAATATCAAGATCATTCATATGTATTTCCTTAACACCTTAGAGCGCCT
13419726 AAATTTGCATCTAAAAGAAAATAAGTATGAAACATAGCGAAAAATTAAAATCGTGCGATAATTGT
261 AAATTTGCATCTAAAAGAAAATAAGTATGAAACA-AGCGAAAAATTAAAATCGTGCGATAATTGT
* *
13419791 GCGAATGGTTTTTATGCCCAAAATCGTTCAGAAAGAAAAGTCTAATGTCGTAAACTTCAAAATCC
325 GCGAATGGTTTTTATGCCCAAAATCGTTCAGAAAGAAAAGTCTGATGTTGTAAACTTCAAAATCC
*
13419856 TTTATATAACTTACATTTAACACTATGAAAAACAACAAAAAATTAAAATCACGCGAAAATTGTTC
390 TTT-TATAACTTACACTTAACACTATGAAAAACAACAAAAAATTAAAATCACGCGAAAATTGTTC
* *
13419921 GAAT-CTTTTTTGTGCCCAGAATTGTTCGAAAACAAAGTCTGATATTTTTAGCTTCAAAATCCTT
454 GAATGCTTTTTTATGCCCAGAATTGTTCGAAAACAAAGTCTGATATTTTGAGCTTCAAAATCCTT
13419985 TCTAAGTTACGCTTAACACTGTGAAAAATTAAAAACCAATGCTAGTTTTACCTTGTTTCATTGTT
519 TCTAAGTTACGCTTAACACTGTGAAAAATTAAAAACCAATGCTAGTTTTACCTTGTTTCATTGTT
13420050 TGAGCAAGTTTAAAACATTC
584 TGAGCAAGTTTAAAACATTC
*
13420070 GATTCAATATATTCAAATTCATTTCCATTTAAAAACCTTCTAAAACAATTCTTTCATGTTTTTAA
1 GATTCAATATATTCAAATTCATTTCCATTTAAAAACCTTCTAAAACAATTCTTTCATATTTTTAA
* *
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66 GCTAGACTATAGAGAAAATCATATTCGAAGAAAAACATAAAATTTCAAAAGCATTAGGCTTTTAG
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* * * **
13420330 AAATTTGCATCTAAAAGAAAATAAGTACGAACACAA-CGAAAAATTAAAATCGTGCAACAATCAT
261 AAATTTGCATCTAAAAGAAAATAAGTATGAA-ACAAGCGAAAAATTAAAATCGTGCGATAATTGT
* * * *
13420394 GCGAATAGTTTTTATGCCCAAAATCGTTCAGAAAGAAAAGTCTGATGTTTTAAGCTCCAAAATCC
325 GCGAATGGTTTTTATGCCCAAAATCGTTCAGAAAGAAAAGTCTGATGTTGTAAACTTCAAAATCC
*
13420459 -TTTATAACTTGCACTTAACACTATGAAAAA
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13420489 TTAAAACCAA
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Consensus pattern (603 bp):
GATTCAATATATTCAAATTCATTTCCATTTAAAAACCTTCTAAAACAATTCTTTCATATTTTTAA
GCTAGACTATAGAGAAAATCATATTCGAAGAAAAACATAAAATTTCAAAAGCATTAGGCTTTTAG
TGCTCCTTCTATAAACTGCTAAAACAAGTTAGCAGACAACTAATCACATCAAGCGCCAATAACAA
CTTCACAAATAATATCCAAATATCAAGATCATTCATATGTATTTCCTTAACACCTTAGAGCGCCT
AAATTTGCATCTAAAAGAAAATAAGTATGAAACAAGCGAAAAATTAAAATCGTGCGATAATTGTG
CGAATGGTTTTTATGCCCAAAATCGTTCAGAAAGAAAAGTCTGATGTTGTAAACTTCAAAATCCT
TTTATAACTTACACTTAACACTATGAAAAACAACAAAAAATTAAAATCACGCGAAAATTGTTCGA
ATGCTTTTTTATGCCCAGAATTGTTCGAAAACAAAGTCTGATATTTTGAGCTTCAAAATCCTTTC
TAAGTTACGCTTAACACTGTGAAAAATTAAAAACCAATGCTAGTTTTACCTTGTTTCATTGTTTG
AGCAAGTTTAAAACATTC
Found at i:13421480 original size:128 final size:125
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13421240 AGCAAATAAG
* * * ** *
13421250 TATGAAACACAGCGAAAAATTAAAATCGTGCGATAATTGTGCGAATGGTTTCTATGCCCAGAATT
1 TATGAAAAACAACAAAAAATTAAAATCACGCGAAAATTGTGCGAATGGTTTCTATGCCCAGAATT
*
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* * *
13421377 TATGAAAAACAACAAAAAATTAAAATCACGCGAAAATTGTTCGAATGTTTTTTTATGCCCAGAAT
1 TATGAAAAACAACAAAAAATTAAAATCACGCGAAAATTGTGCGAATG-GTTTCTATGCCCAGAAT
* * * * * * *
13421442 TGTTCGAAAA-CGAAGTCTGATATTTTGAGCTTCAAAATCCTTTCTAAGTTACGCTTAACAC
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*
13421503 TGTGAAAAA
1 TATGAAAAA
13421512 TTAAAAACCA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TATGAAAAACAACAAAAAATTAAAATCACGCGAAAATTGTGCGAATGGTTTCTATGCCCAGAATT
GTTCAAAACCAAAGCCTGATATTGTGAACTTCAAAATCCTTTATAACTTACACTTAACAC
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13423950 CAGTATTGTA
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1 ATATTATATAAA-TAAATTATTTATACATT
*
13423990 ATATTAGTATAAA-AATTTATATTATACA
1 ATATTA-TATAAATAAATTAT-TTATACA
13424018 AATAATATTT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (29 bp):
ATATTATATAAATAAATTATTTATACATT
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13424110 TACTTATATT
* * ** **
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* * * *** * *
13424185 TCAAATGGTCATAATTATTTTGAACGTGTTCAAAAAATAAATTTATTTTATATAT-TTTCACTTA
66 TCAAATAGTCATAACTA-TTTGAACTTGTTCGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTTT-ACTTA
* * *
13424249 TTAATCTTTGGAATATTAGTAAATTTATATTATTTTATTTGAA-ACAGGCTTG
129 TTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTTGAATA-A-GCTTA
*
13424301 TATGAATAGAAACAATTATTTTATG-CAAAA-AAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGT
1 TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGT
* * * * *
13424364 CCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCAT
66 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCT-TTACTTAT
* * *
13424429 TAATTTTTGGAATAGTAAT-AAGTTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCCTA
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* * * * * * * * *
13424480 TATGAATTGATATAGTTGTTTTATGGCGAAACAAAAGGTCATAACAAATTGAAATAGATAATTAT
1 TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGT
* * * * * *
13424545 TCAGATAGTTATTACTATTTGAACTTGTTCGGTCAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTAT
66 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATC-TTTACTTAT
* * * ** *
13424610 TAATTGTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCGAATAAGCTAA
130 TAATTTTTGGAATATTAATAAATTTATATTATTTT-ATTTGAATAAGCTTA
* * * * *
13424661 TATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTAAAATAAAATAATTG
1 TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAAT-AAATAATTG
*
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65 TTCAAATAGTCATAACTATT
13424746 CAAAATTATT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.12, T:0.40
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TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGT
TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTTTACTTATT
AATTTTTGGAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTTGAATAAGCTTA
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Indices: 13424285--13425225 Score: 1120
Period size: 483 Copynumber: 2.0 Consensus size: 479
13424275 ATATTATTTT
* *
13424285 ATTTGAAACAGGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGCAAAAAAAAGGTCATAACAATTTG
1 ATTTGAAACAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTATTTTATGCAAAAAAAAGGTCATAACAATTTG
* * * *
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* * * * *
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131 AATCTCTTACTCATTAATTTTTGAAATAGTAATAAATTAGAATTATGTTATTTCAAATAAGCCTA
*** * * * * * * *
13424480 TATGAATTGATATAGTTGTTTTATGGCGAAACAAAAGGTCATAACAAATTGAAATAGATAATTAT
196 TATGAACAAAAACAATTATTTCATGGCAAAACAAAAGATCATAACAAATTGAAATAGATAATTAT
* * * * * * ** * **
13424545 TCAGATAGTTATTACTATTTGAACTTGTTC-GGTCAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTA
261 TCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGCTCAGG-CAAAAGATACATTTTCTAAATCCATTACTTA
* * * *
13424609 TTAATTGTT-GAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCGAATAAGCTAATATGAACAAAAA
324 TTAATT-TTCAAAATATTAATAAATTAACATTACTTTAATCCGAATAAGATAATATGAACAAAAA
* * * *
13424673 TAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTAAAATAAAATAATTGTTCTAATAGTCA
388 CAATTGTTTAATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTAAAAT-AAATAATTGGTCAAATAGTCA
13424738 TAACTATTCAAAATTATTCGGTAAAAAG
452 TAACTATTCAAAATTATTCGGTAAAAAG
* * * *
13424766 ATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAATACAAAAGGTTATAGCAATT
1 ATTTGAAACAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTATTTTATG-CAA-AAAAAAGGTCATAACAATT
* * * *
13424831 T-AAACTAGATAATTGTTCAAATAGCCATAATTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTT
64 TGAAA-TAAATAATTGTCCAAATAGCCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTCATTTT
* *
13424895 TTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGAATTATGTTA-TTCTAAATAAG
128 TTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTGAAATAGTAATAAATTAGAATTATGTTATTTC-AAATAAG
* * *
13424959 CTTGTATGAACAAAAACAATTATTTCATGAG-AAAACAAAAGATCATAAC-GATATGAAATAGAT
192 CCTATATGAACAAAAACAATTATTTCATG-GCAAAACAAAAGATCATAACAAAT-TGAAATAGAT
* * *
13425022 AATTATTCAAATAGTCATAATTGTTTGCACTGCTCAAGGCAAAAGATACATTTTCTAAATCCATT
255 AATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGCTC-AGGCAAAAGATACATTTTCTAAATCCATT
* * ** * *
13425087 ACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTTTGAATAAGATTATATGAATA
319 ACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAACATTACTTTAATCCGAATAAGATAATATGAACA
* * * * * *
13425152 GAAACAATTGTTTAATGATAAAACAAATGGTCATAATGATTTGAAATAAATATTTGGTCAAATAG
384 AAAACAATTGTTTAATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTAAAATAAATAATTGGTCAAATAG
*
13425217 TTATAACTA
449 TCATAACTA
13425226 ATTGAATTGG
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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484 3 0.01
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ATTTGAAACAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTATTTTATGCAAAAAAAAGGTCATAACAATTTG
AAATAAATAATTGTCCAAATAGCCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTCATTTTTTA
AATCTCTTACTCATTAATTTTTGAAATAGTAATAAATTAGAATTATGTTATTTCAAATAAGCCTA
TATGAACAAAAACAATTATTTCATGGCAAAACAAAAGATCATAACAAATTGAAATAGATAATTAT
TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGCTCAGGCAAAAGATACATTTTCTAAATCCATTACTTATT
AATTTTCAAAATATTAATAAATTAACATTACTTTAATCCGAATAAGATAATATGAACAAAAACAA
TTGTTTAATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTAAAATAAATAATTGGTCAAATAGTCATAAC
TATTCAAAATTATTCGGTAAAAAG
Found at i:13425091 original size:181 final size:180
Alignment explanation
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Period size: 181 Copynumber: 3.5 Consensus size: 180
13424761 AAAAGATTTG
* * * * * *
13424771 AAATAAGCTTGTATGAATAGAAAA-AATTATTTTATGACAATACAAAAGGTTATAGCAATTT-AA
1 AAATAAGATTATATGAACA-AAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAA
* * * **
13424834 ACTAGATAATTGTTCAAATAGCCATAATTATTTGAACTTGTTC-GATAAACAGATTTATTTTTTA
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* * * * * * *
13424952 AAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTCATGAGAAAACAAAAGATCATAACGATATGAAA
1 AAATAAGATTATATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAA
* * ** *
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** * *
13425081 TC-CATTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTTT
130 TCTC-TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGAATTA-TTTATTCT
* * * * * * * **
13425133 GAATAAGATTATATGAATAGAAACAATTGTTTAATGATAAAACAAATGGTCATAATGATTTGAAA
1 AAATAAGATTATATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAA
* * ** * * * * * *
13425198 TAAATATTTGGTCAAATAGTTATAACTAATTGAATTGGT-ATGGCAAACATATTTATTTTTTTAA
66 TAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGCTCA-GGCAAACAGATTTA-TTTTTTAA
* *
13425262 ATCTCTTACGTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA-ATATTATTTTATTCC
129 ATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGA-ATTA-TTTATTCT
* * * * * *
13425315 AAACAAAATTATTTGAACAAAAACATTTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAA
1 AAATAAGATTATATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAA
13425380 TAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAA
66 TAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAA
13425414 ATAGTTTTAT
Statistics
Matches: 373, Mismatches: 78, Indels: 21
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Matches are distributed among these distances:
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180 15 0.04
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ACGTcount: A:0.43, C:0.09, G:0.10, T:0.38
Consensus pattern (180 bp):
AAATAAGATTATATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAA
TAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGCTCAGGCAAACAGATTTATTTTTTAAAT
CTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGAATTATTTATTCT
Found at i:13425398 original size:16 final size:17
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Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
13425367 TAACAATTTG
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13425393 AAATAGTCATAATTATT
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13425410 TGAAATAGTT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
18 9 0.60
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AAATAGCATAATTATTC
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Indices: 13424120--13425409 Score: 1524
Period size: 664 Copynumber: 1.9 Consensus size: 662
13424110 TACTTATATT
* * ** *
13424120 TATGAATAGAAACAATTGGTATATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGGTAATTGT
1 TATGAATAGAAAAAATTAGTATATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGT
* * * *
13424185 TCAAATGGTCATAATTATTTTGAACGTGTTCAAAAAATAAATTTATTTTATATATTTTCACTTAT
66 TCAAATAGCCATAATTATTTTGAACGTGTTCAAAAAACAAATTTATTTTATAAATTTTCACTTAT
* * * * * * *
13424250 TAATCTTTGGAATATTAGTAAATTTATATTATTTTATTTGAAACAGGCTTGTATGAATAGAAACA
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* * * *
13424315 ATTATTTTATGCAAAAAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTCCAAATAGTCATAACT
196 ATTATTTCATGCAAAAAAAAGATCATAACAATATGAAATAAATAATTATCCAAATAGTCATAACT
** * * * ***
13424380 ATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTGGAATAGT
261 ATTTGAACTTGTAAGGCAAATAGATACATTTTCTAAATCTCTTACTCATTAATTTTCAAAATAGT
* * * * * * * * * * *
13424445 AATAAGTTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCCTATATGAATTGATATAGTTGTTTTATGGCGAA
326 AATAAATTAGCATTACTTTATTTCGAATAAGACTATATGAATAGAAACAATTGTTTAATGACAAA
* * * * *
13424510 ACAAAAGGTCATAACAAATTGAAATAGATAATTATTCAGATAGTTATTACTATTTGAACTTGTTC
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* *
13424575 GGTCAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAATATT
456 GGTCAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACGTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAATATT
* * ** * *
13424640 ATTTTAATCCGAATAAGCTAATATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
521 ATTTTAATCCAAACAAAATAATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAA
* * *
13424705 CGATTTAAAATAAAATAATTGTTCTAATAGTCATAACTATTCAAAATTATTCGGTAAAAAGATTT
586 CAATTTAAAATAAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTCAAAATTATTCGGTAAAAAGATTT
13424770 GAAATAAGCTTG
651 GAAATAAGCTTG
* * * * *
13424782 TATGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAATACAAAAGGTTATAGCAATTT-AAACTAGATAATTG
1 TATGAATAGAAAAAATTAGTATATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAA-TAGATAATTG
* * * * *
13424846 TTCAAATAGCCATAATTA-TTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTT-ACT
65 TTCAAATAGCCATAATTATTTTGAACGTGTTCAAAAAACAAATTTATTTTATAAAT-T-TTCACT
* *
13424909 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGAATTATGTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAACAA
128 TATTAATCTTTGAAATATTAATAAATTTA-AATTATGTTATT-TGAAACAAGCTTGTATGAACAA
* * * *
13424972 AAACAATTATTTCATGAGAAAACAAAAGATCATAACGATATGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
191 AAACAATTATTTCATG-CAAAA-AAAAGATCATAACAATATGAAATAAATAATTATCCAAATAGT
* * * *
13425037 CATAATTGTTTGCAC-TGCTCAAGGCAAA-AGATACATTTTCTAAATC-CATTACTTATTAATTT
254 CATAACTATTTGAACTTG-T-AAGGCAAATAGATACATTTTCTAAATCTC-TTACTCATTAATTT
* * *
13425099 TCAAAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTTTGAATAAGATTATATGAATAGAAACAATTGTT
316 TCAAAATAGTAATAAATTAGCATTACTTTATTTCGAATAAGACTATATGAATAGAAACAATTGTT
* * ** * * *
13425164 TAATGATAAAACAAATGGTCATAATGATTTGAAATAAATATTTGGTCAAATAGTTATAACTAATT
381 TAATGACAAAACAAAAGGTCATAACAAATTGAAATAAATAATTAGTCAAATAGTTATAACTAATT
*
13425229 GAA-TTGGTAT-GG-CAAACATATTTATTTTTTTAAATCTCTTACGTATTAATTTTTGAAATATT
446 GAACTT-GT-TCGGTC-AACATATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACGTATTAATTGTTGAAATATT
* * * * *
13425291 AATAAATTAATATTATTTTATTCCAAACAAAATTATTTGAACAAAAACATTTTTTTTATGACAAA
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* * *
13425356 ACAAAAGGTAATAACAATTTGAAAT-AGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATT
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13425410 TGAAATAGTT
Statistics
Matches: 520, Mismatches: 94, Indels: 26
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Matches are distributed among these distances:
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665 117 0.22
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (662 bp):
TATGAATAGAAAAAATTAGTATATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGT
TCAAATAGCCATAATTATTTTGAACGTGTTCAAAAAACAAATTTATTTTATAAATTTTCACTTAT
TAATCTTTGAAATATTAATAAATTTAAATTATGTTATTTGAAACAAGCTTGTATGAACAAAAACA
ATTATTTCATGCAAAAAAAAGATCATAACAATATGAAATAAATAATTATCCAAATAGTCATAACT
ATTTGAACTTGTAAGGCAAATAGATACATTTTCTAAATCTCTTACTCATTAATTTTCAAAATAGT
AATAAATTAGCATTACTTTATTTCGAATAAGACTATATGAATAGAAACAATTGTTTAATGACAAA
ACAAAAGGTCATAACAAATTGAAATAAATAATTAGTCAAATAGTTATAACTAATTGAACTTGTTC
GGTCAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACGTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAATATT
ATTTTAATCCAAACAAAATAATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAA
CAATTTAAAATAAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTCAAAATTATTCGGTAAAAAGATTT
GAAATAAGCTTG
Found at i:13425417 original size:19 final size:18
Alignment explanation
Indices: 13425372--13425418 Score: 62
Period size: 19 Copynumber: 2.7 Consensus size: 18
13425362 GGTAATAACA
13425372 ATTTGAAATAG-ATAATT
1 ATTTGAAATAGTATAATT
*
13425389 A-TTCAAATAGTCATAATT
1 ATTTGAAATAGT-ATAATT
13425407 ATTTGAAATAGT
1 ATTTGAAATAGT
13425419 TTTATAAACA
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 2, Indels: 4
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Matches are distributed among these distances:
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19 9 0.36
ACGTcount: A:0.45, C:0.04, G:0.11, T:0.40
Consensus pattern (18 bp):
ATTTGAAATAGTATAATT
Found at i:13426180 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 13425443--13428144 Score: 1807
Period size: 181 Copynumber: 15.1 Consensus size: 180
13425433 TGTTATGAAT
* * * * * * *
13425443 TTTTGTTTTATAATAAAACAATTGTTT-TGTTCATACAAGCTTATTCGGATTAAAATAATATTAA
1 TTTTGTTTTGTCATAAATCAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAA
* * * *
13425507 TTTATTAATATTT-TGACAATTAACAAGTGAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAG
66 TTTATTAATATTTCT-AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACC-AACAAG
* * * ** *
13425571 TTCAAATAGTCAAGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATAATTGTGACC
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* * * * *
13425623 TTCTATTTTGTAATAAAAT-AATTGTTTC-AGTTACCAT--AAGCTTATTTGAAATAAAAATAGC
1 TTTTGTTTTGTCAT-AAATCAATTGTTTCTA-TT--CATACAAGCTTATTCGAAAT-AAAATA-A
** * * * * * * *
13425684 T-CTAATTTATTAATATACCAAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAAATAAATTTTTTTATCG
60 TACTAATTTATTAATATTTCTAAAATTAATAAGTAAAAG-ATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CC
* * * * * *
13425748 AATAAGTTCAAATAGTTATGACTATCTAAATAATTATCTATTTCAAAACATTATGACC
123 AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCTTTATGACC
* * **
13425806 ATTTGTTTTGTCATAAAAT-AATTAGTTT-TGTTCATGGAAGCTTATTTCG-AATAAAATAATA-
1 TTTTGTTTTGTCAT-AAATCAATT-GTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATAC
* * * * * * * * *
13425867 TAAATTTATTAAAACTCCAAAAATTAATAAATAAAA-ATTAAAAAAATAAATATGTTTTTCGAAC
63 T-AATTTATTAATATTTCTAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTG-TTTACCAAC
* * * * *
13425931 ACA-TT-TAATAGTTATGATTATTTGAGCAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACA
126 A-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCTTTATGACC
* * *
13425985 ATTTGTTTTGTCATAAATCAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAA
1 TTTTGTTTTGTCATAAATCAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAA
* *
13426050 TTTATTAATATTTCTAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAATAATAAATTTGTTTACCAAGCAAGT
66 TTTATTAATATTTCTAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAA-CAAGT
* * * *
13426115 TTAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCTTTATGATC
130 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCTTTATGACC
* * * * *
13426166 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCACACAAGTTTATTTGGAATAAAATAATACTAA
1 TTTTGTTTTGTCATAAATCAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAA
* * * *
13426231 TTTATTATTATTAT-AAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAG
66 TTTATTAATATT-TCTAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACC-AACAAG
* * * * * * *
13426295 TTTAAATAGTCAT-ATCCATTTGAACTATTATTTATTTCAAATCATTATGACA
129 TTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCTTTATGACC
* * * ** * *
13426347 TTTTGTTTTATTATAAAAT-AATTGTTTCTATTTATACAAAATTATTC-AGAATAAAATAATGCC
1 TTTTGTTTTGTCAT-AAATCAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACT
* * * * * *
13426410 AATTTATTACTATTTCAAAAATTAATAAG----A-ATTT-AAAAATAAATGTGTTTTTCGTAGC-
64 AATTTATTAATATTTCTAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTG-TTTAC-CAACA
* * * *
13426468 AGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTCCAAAT-TATTCTGATC
127 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCT-TTATGACC
* * * * * * *
13426522 TTTTGTTTAGTTAAAAAAT-AATTGTTTC-AGTTCATACATGCTTATTCAAAATATAGTAATACT
1 TTTTGTTTTG-TCATAAATCAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACT
* * * * * *
13426585 AATTTATTAAAATTTATAAAATTAATAAG---AA-ATTT-TAAAA-AAATCTATTAACCAAATAA
64 AATTTATTAATATTTCTAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACC-AACAA
* * * *
13426644 GTTCAAATAGTTATGACTATTTAAAGAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACC
128 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCTTTATGACC
* * * * * * * * * * *
13426697 TTTTATTTTATCATAAAACAACTGTTTCAATACATAAAAG-TTTTTCCAAAATAAAATAATATTG
1 TTTTGTTTTGTCATAAATCAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATT-CGAAATAAAATAATACTA
* * *** * ** *
13426761 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAAGAAGTTGGAGTTTTAAAAAATAAATCAATTTATCAA-ATTA
65 ATTTATTAATATTTCTAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAACA--A
* * * *
13426825 -TTCAAATAATTATGCCTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTT-TGAAC
128 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC-TTTATGACC
* * * * * *
13426877 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTCA-TCA-ACAAGCCTATTTGGAATAAAATAATACTA
1 TTTTGTTTTGTCATAAATCAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTA
* * * * * *
13426940 ATTTACTAATATTTC-AAAA--ATTAA-TAAAAGATTTAAAAAGTTAATATGTTTACTAAACCAA
65 ATTTATTAATATTTCTAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC-CAA-CAA
* * * *
13427001 -TTCAAATAGTTATGACTATTTAAAGAATTATATATTTCAAAT-TATTATAACC
128 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCT-TTATGACC
* * * * * * *
13427053 TTTTGTTATCTCATAAAACAATTATTTCTATTCACACAAGTTTATTCGAAATAAAATAACACTAA
1 TTTTGTTTTGTCATAAATCAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAA
* * * * * * *
13427118 TATAATAATA-TTCTAAAAGTTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACTAG
66 TTTATTAATATTTCTAAAA-TTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC-CAACAAG
* * * * * *
13427182 TTCAAATATTTAAGGCTATATGAACAATTCTTTATTTCAAAT-TGTTATGACC
129 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCT-TTATGACC
** * * * * * * *
13427234 TTTTGTTTTGTTGTAAAAT-AACTTTTTTC-ATTTCTTAGTAA-CTTATTTGGAATAAAGTAAAA
1 TTTTGTTTTGTCAT-AAATCAA-TTGTTTCTA-TTCATA-CAAGCTTATTCGAAATAAAATAATA
* * * * * * * *
13427296 CAAATTTATTAAAATTTC-AAAACTTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAACAATTCAGTTTGCCTAA
62 CTAATTTATTAATATTTCTAAAA-TTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACC-AA
* * * * **
13427360 CTAGTTGAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGTTC
125 CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCTTTATGACC
* * * * * * * * * * *
13427416 TTTTATTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTATACATATAAGTTTTTTTGAAATAAAACAATATTAA
1 TTTTGTTTTGTCATAAATCAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAA
* * * *
13427481 TTTATTAATATTT-TGAAAATTAAGAAGTAAGAA-ATTTAAAAAGTAAAATC-GTTTACTAAACC
66 TTTATTAATATTTCT-AAAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAAT-AAATCTGTTTAC-CAACA
* * * *
13427543 AGTTCAATTAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACC
127 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCTTTATGACC
* * * * *
13427597 ATTTGTATTGTCATAAAAT-AATTATTTCTGTTCATAC-AGTCTTATTC-AGAATAAAGTAATAC
1 TTTTGTTTTGTCAT-AAATCAATTGTTTCTATTCATACAAG-CTTATTCGA-AATAAAATAATAC
* * * * ** ** * *
13427659 TAATTTA-TCA-A--T-TGAAATTAATAAGTAATAGATTTAAAAAATGAATCAATTGGCCTGACC
63 TAATTTATTAATATTTCTAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACC-AACA
* * * *
13427719 AGTGCAAATAGTTATGACTGA-TTGAATAATTGTCTATTTCAAATCATTATGACC
127 AGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCTTTATGACC
* * * * * * * *
13427773 TTTTGTTTTATCACAAAAT-AATTATTT-T-TCTCTATACTAGATTATTTGAAATAATATAATTC
1 TTTTGTTTTGTCA-TAAATCAATTGTTTCTAT-TC-ATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAC
* * * **
13427835 TATTTTATTAATATTT-TAAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAATGAATCTATTTATTGAAC
63 TAATTTATTAATATTTCT-AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CCAAC
* * * * * ** * *
13427895 AAGTACAAATAATTATGACTATTTTAATAATTATCTATTTCTAATCGCTGTAACC
126 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCTTTATGACC
* *
13427950 TTTTGTTTTGTCATAAAACAAAATT-TTT-TATTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATTATAC
1 TTTTGTTTTGTCATAAATC--AATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATAC
* * * * * *
13428012 AAATTTATTAATA-TTC-ACACAACTAATAAGTAAAATATTTAAAAATTAAATCTATTTATCAAA
63 TAATTTATTAATATTTCTA-A-AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CCAA
* * * * * *
13428075 TAAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAAT-TGTTATGACT
125 CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCT-TTATGACC
* *
13428131 TTTTATTTTCTCAT
1 TTTTGTTTTGTCAT
13428145 GACACAATTT
Statistics
Matches: 1988, Mismatches: 416, Indels: 235
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
174 16 0.01
175 262 0.13
176 231 0.12
177 164 0.08
178 26 0.01
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184 8 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
TTTTGTTTTGTCATAAATCAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAA
TTTATTAATATTTCTAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAACAAGTT
CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCTTTATGACC
Found at i:13426806 original size:356 final size:356
Alignment explanation
Indices: 13425443--13428153 Score: 1802
Period size: 356 Copynumber: 7.6 Consensus size: 356
13425433 TGTTATGAAT
* * * ** * * * *
13425443 TTTTGTTTTATAATAAAACAATTGTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGGATTAAAATAATATTAAT
1 TTTTGTTTTGTTATAAAATAATTGTTTCATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAGTAATACTAAT
* ** * * * * *
13425508 TTATTAATATTTTGACAATTAACAAGTGAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTT
66 TTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGT-AGAGATTTAAAAAAT-AATCTATTTACCAAACAAGTT
* * * * ** * * * * *
13425573 CAAATAGTCAAGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATAATTGTGACCTTCTATTTTGTAATA
129 CAAATAGTTATGACTATTTAAAGAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATA
*
13425638 AAATAATTGTTTC-AGTTACCAT--AAGCTTATTT-GAAAT-AAA-AATAGCTCTAATTTATTAA
194 AAACAATTGTTTCTA-TT--CATAAAAG-TT-TTTCGAAATAAAATAATA--T-TAATTTATTAA
** * * * * **
13425697 TATACCAAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAAATAAATTTTTTTATCGAATAAGTTCAAATA
251 TATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG-ATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-C-TAGCAGTTCAAATA
* * * * **
13425762 GTTATGACTATCTAAATAATTATCTATTTCAAAACATTATGACC
313 GTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACC
* * ** ** * *
13425806 ATTTGTTTTGTCATAAAATAATTAGTTTTGTTCATGGAAGCTTATTTCGAATAAAATAATA-TAA
1 TTTTGTTTTGTTATAAAATAATT-GTTTCATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAGTAATACT-A
* * * * * * * * ** *
13425870 ATTTATTAAAACTCCAAAAATTAATAAATAAAAATTAAAAAAATAAATATGTTTTTCGAACACA-
64 ATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGTAGAGATTTAAAAAAT-AATCTATTTACCAAACA-AG
* * * ** *
13425934 TT-TAATAGTTATGATTATTT-GAGCAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACAATTTGTTTTGTC
127 TTCAAATAGTTATGACTATTTAAAG-AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATC
* * * *
13425997 ATAAATCAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATT
191 ATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAG-TTTTTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATT
* * * * * *
13426062 TCTAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAATAATAAATTTGTTTACCAAGCAAGTTTAAATAGTTAT
255 TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-CTAGC-AGTTCAAATAGTTAA
* * *
13426127 TACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCT-TTATGATC
318 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-TATTATGACC
* * * * *
13426166 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCACACAAGTTTATTTGGAATAAAATAATACTAA
1 TTTTGTTTTGTTATAAAATAATTGTTTC-ATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAGTAATACTAA
** * *
13426231 TTTATTATTATTAT-AAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAG
65 TTTATTAAAATT-TCAAAAATTAATAAG-TAGAGATTTAAAAAAT-AATCTATTTACCAAACAAG
* * * * ** * * * *
13426295 TTTAAATAGTCAT-ATCCATTTGAACTATTATTTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTATT
127 TTCAAATAGTTATGA-CTATTTAAAGAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATC
* * * * *** *
13426359 ATAAAATAATTGTTTCTATTTATACAAAATTATTC-AGAATAAAATAATGCCAATTTATTACTAT
191 ATAAAACAATTGTTTCTATTCATA-AAAGTTTTTCGA-AATAAAATAATATTAATTTATTAATAT
* *
13426423 TTCAAAAA-T--TAA-TAAGA-ATTT-AAAAATAAATGTGTTTTTCGTAGCAGTTCAAATAGTTA
254 TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTG-TTTAC-TAGCAGTTCAAATAGTTA
* * *
13426482 AGACTATTTGAACAATTATCTATTCCAAATTATTCTGATC
317 AGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACC
* * * *** *
13426522 TTTTGTTTAGTTAAAAAATAATTGTTTCAGTTCATACATGCTTATTCAAAATATAGTAATACTAA
1 TTTTGTTTTGTTATAAAATAATTGTTTCA-TTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAGTAATACTAA
* * *
13426587 TTTATTAAAATTT-ATAAAATTAATAAG-A-A-ATTTTAAAAA-AATCTATTAACCAAATAAGTT
65 TTTATTAAAATTTCA-AAAATTAATAAGTAGAGATTTAAAAAATAATCTATTTACCAAACAAGTT
* *
13426647 CAAATAGTTATGACTATTTAAAGAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTATTTTATCATA
129 CAAATAGTTATGACTATTTAAAGAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATA
* * * * *
13426712 AAACAACTGTTTCAATACATAAAAGTTTTTCCAAAATAAAATAATATTGATTTATTAATATTTCA
194 AAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGTTTTT-CGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCA
* ** * *** * ** * * *
13426777 AAAATTAAGAAGTTGGAGTTTTAAAAAATAAATCAATTTATCAAATTA-TTCAAATAATTATGCC
258 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-C-TAGCAGTTCAAATAGTTAAGAC
* ** * *
13426841 TATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTTTGAAC
321 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACC
* * * * *
13426877 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT--TTCATCAACAAGCCTATTTGGAATAAAATAATACTA
1 TTTTGTTTTGTTATAAAATAATTGTTTCATTCAT--ACAAGCTTATTTGGAATAAAGTAATACTA
* * * * * *
13426940 ATTTACTAATATTTCAAAAATTAATAA--A-AGATTTAAAAAGTTAATATGTTTACTAAACCAA-
64 ATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGTAGAGATTTAAAAA-ATAATCTATTTACCAAA-CAAG
* ** * * *
13427001 TTCAAATAGTTATGACTATTTAAAGAATTATATATTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTATCTCA
127 TTCAAATAGTTATGACTATTTAAAGAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCA
* * * * * * *
13427066 TAAAACAATTATTTCTATTCACACAAGTTTATTCGAAATAAAATAACACTAATATAATAATA-TT
192 TAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGTTT-TTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTT
* * * *
13427130 CTAAAAGTTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACTAGTTCAAATATTTAA
256 C-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACT-AGC-AGTTCAAATAGTTAA
* * * * *
13427195 GGCTATATGAACAATTCTTTATTTCAAATTGTTATGACC
318 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACC
* * * * * *
13427234 TTTTGTTTTGTTGTAAAATAACTTTTTTCATTTCTTAGTAA-CTTATTTGGAATAAAGTAAAACA
1 TTTTGTTTTGTTATAAAATAA-TTGTTTCA-TTCATA-CAAGCTTATTTGGAATAAAGTAATACT
* * * * * *
13427298 AATTTATTAAAATTTCAAAACTTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAACAAT-TCAGTTTGCCTAACT
63 AATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAG-TAGAGATTTAAAAAATAATCT-A-TTTACCAAACA
* * * * ** * *
13427362 AGTTGAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGTTCTTTTATTTTGT
125 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAAGAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTAT
* * * * * *
13427427 CATAAAACAAATGTTTTTATACATATAAGTTTTTTTGAAATAAAACAATATTAATTTATTAATAT
190 CATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAG-TTTTTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATAT
** * * * * * * *
13427492 TTTGAAAATTAAGAAGTAAGAAATTTAAAAAGTAAAATCGTTTACTAAACCAGTTCAATTAGTTA
254 TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACT--AGCAGTTCAAATAGTTA
* *
13427557 TA-ACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACC
317 -AGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACC
* * * * * **
13427597 ATTTGTATTGTCATAAAATAATTATTTCTGTTCATAC-AGTCTTATTCAGAATAAAGTAATACTA
1 TTTTGTTTTGTTATAAAATAATTGTTTC-ATTCATACAAG-CTTATTTGGAATAAAGTAATACTA
* * * * ** ** *
13427661 ATTTA-T-CAA-TT--GAAATTAATAAGTAATAGATTTAAAAAATGAATCAATTGGCCTGACCAG
64 ATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGT-AGAGATTTAAAAAAT-AATCTATTTACCAAACAAG
* * * * *
13427721 TGCAAATAGTTATGACTGA-TTGAATAATTGTCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATC
127 TTCAAATAGTTATGACT-ATTTAAAGAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATC
* * * ** * *
13427785 ACAAAATAATTATTT-T-TCTCTATACTAGATTATTT-GAAATAATATAAT-TCTATTTTATTAA
191 ATAAAACAATTGTTTCTAT-TC-ATAAAAG-TT-TTTCGAAATAAAATAATAT-TAATTTATTAA
* * * * * * * *
13427846 TATTTTAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTATTGAACAAGTACAAATAA
251 TATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACT-AGC-AGTTCAAATAG
* * * * *** * *
13427907 TTATGACTATTTTAATAATTATCTATTTCTAATCGCTGTAACC
314 TTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACC
* * * ** * * *
13427950 TTTTGTTTTGTCATAAAACAAAATT-TTTTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATTATACAA
1 TTTTGTTTTGTTAT-AAA-ATAATTGTTTCATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAGTAATACTA
* * * * * * * *
13428014 ATTTATTAATA-TTCACACAACTAATAAGTAAAATATTTAAAAATTAAATCTATTTATCAAATAA
64 ATTTATTAAAATTTCA-AAAATTAATAAGT-AGAGATTTAAAAAAT-AATCTATTTACCAAACAA
* * * * * * * * *
13428078 GTTTAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTATTTTCTC
126 GTTCAAATAGTTATGACTATTTAAAGAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATC
* *
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ACAATTGTTTCTATTCATAAAAGTTTTTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAA
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GAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACC
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13425462 AATTGTTTTG
** * * * *
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* * * * *
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* ** * * * * * * *
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* * ** * * *
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*** * * * * *
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* * * * ** *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* * * *
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* * *
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1 TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTATAAAATTAATAAG---
** * *
13426080 AAGATTTAAATAATAAATTTGTTTACCAAGCAAGTTTAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTAT
63 AA-ATTTAAA-AATAAATTTGTTTACCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * * * *
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126 ATATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAACTGTTTCAATTCATAAAAG-TT-
*
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* * * * * *
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* * * * * * ** **
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316 CATTATGAAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTA-TCATACAAGCTTATTTGGAATAA
* * * * * *
13426401 AATAATGCCAATTTATTACTATTTCAAAAATTAATAAGA-ATTTAAAAA-TAAATGTGTTTTTCG
379 AATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAAAGATTTAAAAAGTAAATATG-TTTAC-
* * * * * * *
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*
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507 TTTAGTTAAAAAATAATTATTTCTA
* * * *
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1 -TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTATAAAATTAATAAGAA
* * * * * * *
13426616 ATTTTAAAA-AAATCTATTAACCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAAGAATTATCTAT
65 ATTTAAAAATAAATTTGTTTACCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATAT
* * * * *
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130 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAACTGTTTCAATTCATAAAAGTTTTT--G
* * * * * *
13426745 AAATAAAATAATATTGATTTATTAATATTTCAAAAATTAAGAAGTTGGAGTTTTAAAAAATAAAT
193 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * ** * * *
13426810 CAATTTATCAAATTA-TTCAAATAATTATGCCTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTTTG
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*
13426874 AACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTCATCA-ACAAGCCTATTTGGAATAAAATAATAC
323 AACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTT-ATCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATAC
* *
13426938 TAATTTACTAATATTTCAAAAATTAATAAAAGATTTAAAAAGTTAATATGTTTACTAAACCAATT
387 TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAAAGATTTAAAAAGTAAATATGTTTACTAAACCAATT
* * * * * * *
13427003 CAAATAGTTATGACTATTTAAAGAATTATATATTTCAAATTATTATAACCTTTTG-TTA-TCTCA
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* *
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515 AAAAATAATTATTTCTA
* * * * * * *
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1 TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TATAAA---ATTAA-TA
* * * * * * *
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* * * ** * * * * * *
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* * * * * **
13427276 TTATTTGGAATAAAGTAAAACAAATTTATTAAAATTTCAAAACTTAATAAGCAAGAGATTTAAAA
187 TT-TTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAA
* * * * * * *
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251 AATAAATCAGTTTACCGAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT
* ** * * * * * * *
13427406 CGTTATGTTCTTTTATTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTATACATATAAGTTTTTTTGAAATAAA
316 CATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTAT-CATACAAGCTTATTTGGAATAAA
* * ** *
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* * *
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* * *
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* * * *
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1 TTCATACAAG-CTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTATAAAATTAATAAG--
* *** ** ** ** * *
13427686 ATAGATTTAAAAAATGAATCAATTGGCCTGACCAGTGCAAATAGTTATGACTGA-TTGAATAATT
63 A-A-ATTT-AAAAATAAATTTGTTTACCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATT
* * * * * * * * * **
13427750 GTCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCACAAAATAATTATTT--TTCTCTATACTAG
124 ATATATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAACTGTTTCAAT-TC-ATAAAAG
* * * * *
13427813 ATTATTTGAAATAATATAATTCTATTTTATTAATATTTTAAAAATTAAT-A---AGAGATTTAAA
187 -TT-TTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAA
* ** * * *
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250 AAATAAATC-AGTTTACCGAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAA
** * * **
13427938 ATCGCTGT-AACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-AATTTTTTATTCATACAAGCTTATTTCAAA
314 ATCATTATGAA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTA-TTTTTA-TCATACAAGCTTATTTGGAA
* * * * * *
13428001 TAAAATTATACAAATTTATTAATA-TTCACACAACTAATAAGTAAAATATTTAAAAATTAAATCT
376 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-A-AA--ATTAA-TAAAAGATTTAAAAAGTAAATAT
* * * * * * * **
13428065 ATTTA-TCAAA-TAAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATG
436 GTTTACT-AAACCAA-TTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
13428128 AC
499 AC
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Matches are distributed among these distances:
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TCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAACTGTTTCAATTCATAAAAGTTTTTGGAA
TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATCAG
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AATTATTTCTA
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1 A
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* *
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* *
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**
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* * * ** * *
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* * *
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* * * *
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* * * * * *
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*
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1 A
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1 A
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Statistics
Matches: 26, Mismatches: 2, Indels: 3
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* * *
13430563 AACAAATTTAAATAG-CTATGACTATTTGAATAATTGTCTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTGT
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* **
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* * * * * *
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* * * *
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* * * *
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* * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * *
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*** *
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* * * * * *
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* * *
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* *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* * *
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* * * * * * * * *
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13434349 C
174 C
* * * * * * * * ** *
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* * * * *
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* * * *
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* ** * *
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* ** * * **
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* * * * * *
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** * * * * * * * *
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* * * ** *
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** * * * *
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* * * * *
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* *
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* * * *
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*
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*
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* *
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*
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*
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**
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* *
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*
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** *
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* *
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* * * *
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** * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * *** * *
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* * * * * *
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* * *
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* * * *
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* * ** * **
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* * * * * * * *
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* * * * * * * * *
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* *
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* * * * *
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*
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* * *
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* * *
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256 ATAACTTATCAAATTTCATAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATATTCA-ATAAAC-TTGTAT
* * * *
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* * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * ** * * *
13441854 AAATCCT-T-ACTTAT-TAATGTTTAGAATATT-ATTAAGTTAGCAATATTTTACT-CTAAATAA
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* * * * * * *
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* * * * * * * * * * *
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* * * * *
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AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
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* * * * *
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*
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* * * * * ** * *
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* ** * * *
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* *
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* * *
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* *
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* * *
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* *
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** * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * *
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* * * ** * ** *
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* * * *
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* * *
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* * *
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* * *
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* * * * ** * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* ** * * * *
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* * * * * * * *
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* * ** *
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* *
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* * * * *
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* * * * * * * *
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* *
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* ** * *
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** * * ** * *
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* * ** * * * * *
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** * * * * * **
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* *
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*
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*
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Statistics
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* *
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* * *
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*
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* * * *
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* ** * * * * *
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* *
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* * * * *
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* * * *
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*
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*
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* * *
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* *
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*
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* *
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* * *
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* * *
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**
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* *
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* *
13463768 AAATAAATTTAATTATTAT
1 TAATTAATTTAATTATTAT
13463787 TAATTAATTATAATTA-TAT
1 TAATTAATT-TAATTATTAT
13463806 TA
1 TA
13463808 TGTAATATTT
Statistics
Matches: 34, Mismatches: 4, Indels: 5
0.79 0.09 0.12
Matches are distributed among these distances:
19 16 0.47
20 15 0.44
21 3 0.09
ACGTcount: A:0.47, C:0.00, G:0.02, T:0.52
Consensus pattern (19 bp):
TAATTAATTTAATTATTAT
Found at i:13463819 original size:22 final size:23
Alignment explanation
Indices: 13463781--13463825 Score: 58
Period size: 22 Copynumber: 2.0 Consensus size: 23
13463771 TAAATTTAAT
13463781 TATTATTAATTAATTATA-ATTA
1 TATTATTAATTAATTATATATTA
*
13463803 TATTATGTAA-TATTTATATATTA
1 TATTAT-TAATTAATTATATATTA
13463826 AAGCTTATTA
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 1, Indels: 3
0.83 0.04 0.12
Matches are distributed among these distances:
22 13 0.65
23 7 0.35
ACGTcount: A:0.42, C:0.00, G:0.02, T:0.56
Consensus pattern (23 bp):
TATTATTAATTAATTATATATTA
Done.