Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019168471.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_70, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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File 3 of 4
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Indices: 71217--71252 Score: 56
Period size: 16 Copynumber: 2.1 Consensus size: 17
71207 AATCAGTTCA
71217 AATAATTATGGCTATTTC
1 AATAATTAT-GCTATTTC
71235 AATAATTAT-CTATTTC
1 AATAATTATGCTATTTC
71251 AA
1 AA
71253 ATTGTTCTTA
Statistics
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18 9 0.50
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AATAATTATGCTATTTC
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Indices: 71176--73825 Score: 947
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71166 CAAATTCAAA
* * * * * * * * ** *
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* * * * ** * * *
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* * *
71306 TTATTCAG-ATTAAAATAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAAAATAATAAG
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** * *
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1 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTAGAACAAT
* *
71422 TGTATACTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTGTTCATACAAGC
66 TATATATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTGTTCATACAAGC
* * * * * *
71487 TTATT-TGAAATAAAATAAAACTAATCTAATAATA-TTCTGAAAATTAATAAC
131 TTATTCAGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAG
* * * ** *
71538 TAAGAGATTTAAAAAATAAAAT-TGTTTGCCGAACTAGTTCAAATAGTTAAAACTA-TACGAATA
1 TAAGAGATTTAAAAAAT-AAATCTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTA-GAACA
* ** * ** *
71601 ATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAA-TATTTTCAATTCATACT
64 ATTATATATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTA-TTTCTGTTCATACA
* * *
71665 AGCTTATTTAG-AATAAAATAA-AATAAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAG
128 AGCTTATTCAGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
* * * * * *
71719 TAAGAGAATTAAAAAATAATTCTATTTACCTAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAAT
1 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTAGAACAAT
* * *
71784 TATATATTTCAAATTGTTATGACCTTTTTTTTTGTCATAAAACTAATGT-TTT-TGTTCATATAA
66 TATATATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AAT-TATTTCTGTTCATACAA
* * * ** * *
71847 GTTTGTTC-GAAATAAAATAATACTAATATATTAATATTTCAAACTGGTTCA-AAT
129 GCTTATTCAGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA--AATTAATAAG
* * * **** ** * * * *
71901 TTAGACTATTT-AAAAATTAATAAAATTAATAAA--A-TT--AATA---A-AAATTTTA-AAAAA
1 TAAGA-GATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTAGAACAA
* * ** * * ** ** * ***
71955 TTAATATGTTTATCAAACTGGTTCA-AA--TTAAGACTATT-TAAGCAATTATTTATTTCAAATC
65 TT-ATAT-ATT-TCAAA-TTGTT-ATAACCTTTTG--TTTTGTCATAAAACAATTATTTCTGTTC
* * * ** *
72016 ATTATAA-CTTTTTGTTCTGTTATAAGATAATAGTTTCT-ATTTATTCAAGCT-TATTCGGATTA
123 A-TACAAGC---TTATTCAGAAATAAAATAATA----CTAATTTATT-AA--TAT-TTC--A--A
* *
72078 AAATAATATAAATT
172 AAATTA-AT-AA-G
* ** * * ** ** ** ** *
72092 TATTA-ATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAAATGTAAAAAATT-AAATATGTTTACTGAACTAG
1 TA--AGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCA---AACCAGTTCAAATA-G-TTA-TG-ACT--
* * * * **** * ** * *
72155 ATCA-AACAATCATGACTATTT-GAATAGTTAT--CCATTTCAAATAGT--TATGAC-CTTTTCT
55 ATTAGAACAATTAT-A-TATTTCAAATTGTTATAACC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTAT-T
* ** *
72213 TCTG-TCATAAAAAAATTATTTCA-ATTCATATAAACTTATTCAAAATAAAATAATATTAAGTTA
116 TCTGTTCAT-ACAAGCTTA-TTCAGA---A-ATAAA---A-T---AAT--ACT-A-A-T---TTA
**
72276 TTAATATTTTGAAAATTAATAAG
160 TTAATATTTCAAAAATTAATAAG
* * ** * * * * * *
72299 TAAGAGATTTAAAAAATGAATTTGTTTACTGAACAAGTTTAAATAATTATAATTATTTGAACAAT
1 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTAGAACAAT
* ** * * ** * *
72364 TATTTATTGAAAATCT-CTATAACCTTTTGCTTTGTCAT-AAATGATTTTTTCTATTCATACAAG
66 TATATATTTCAAAT-TGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTGTTCATACAAG
** * *
72427 CTTATTTTG-AATAAAATAATACAAATTTTTTAA-A-TT-AAGACAATTAATAAG
130 CTTATTCAGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA-A-AATTAATAAG
* ** * * * *
72478 TAAAAGATTT-AAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATCGTTATGACTATTTGAATAAT
1 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTAGAACAAT
* * * * *
72542 TATTTATTTTAAATTGTTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTACCTT-TGTTCATACTAG
66 TATATATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTA-TTTCTGTTCATACAAG
* * * *
72605 CTTATTCAG-AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCGATAATTTATAAG
130 CTTATTCAGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
* * * * * * *
72657 TAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAAT
1 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTAGAACAAT
* * ** * * * * * * * *
72722 AATCTATTTCAAATCATCATGAGCTTTTGTTTTGTAATAAAATAATTACTTCAGTTCATATAAGC
66 TATATATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTGTTCATACAAGC
* * * *
72787 CTATT------T--GA-GATA--AA---A-TAATATTCCAAAAATTAA-AGAG
131 TTATTCAGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA-AG
* * * * * * *
72824 TAACAGAATTAAAAATATGAAT-TTTCTTATC-AATCATGTTGAAATAGTTATGACTATCTA-AA
1 TAAGAGATTTAAAAA-ATAAATCTGT-TTACCAAACCA-GTTCAAATAGTTATGACTAT-TAGAA
* *** * * ** *
72886 CAATTATCTATTTCAAAACATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTGTTCATGC
62 CAATTATATATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTGTTCATAC
* **
72951 AAGCATATTTTG-AATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
127 AAGCTTATTCAGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
* * * * * *
73006 TAA-A-ATTTTAGAAAATAAAGCTATTTTCTAAACACA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
1 TAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAAC-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTAGAACA
* ** * * * * * *
73068 ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCATTTGTTTTATCATAAACCAATTGTTTCTGTTCAAACAA
64 ATTATATATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTGTTCATACAA
** * * * * *
73133 GCTT-TTTTGGAATAAAATAATTCTAATTAATTAATA-TTCCAAAATTAGTAAG
129 GCTTATTCAGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
* * * *** * * *
73185 TAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAGTGAGTTCAAATAGTTATGATTGTTTGAACAAT
1 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTAGAACAAT
* * * * * * * ** *
73250 TATTTATTTCAAATTGTTATGATCTTTTGTTTTATTATAAAACAATTGTTTCTATTCATGTAAGT
66 TATATATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTGTTCATACAAGC
* * * *
73315 TTATT-TGGAATAAAATAATACTAATATATTAACA-TTCTAAAAATTAATAAG
131 TTATTCAGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAG
* * * * * * * * *
73366 T-TGAAGATTTAAAAAATTAAT-TAGTTTATCGAACCAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACT
1 TAAG-AGATTTAAAAAATAAATCT-GTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTAGAACA
* * * * * ** * *
73429 GTTATCTATTTCAAATTGTTATGACATTTTATTTTGTTGTAAAACAATTGTTTCTATTCATACAC
64 ATTATATATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTGTTCATACA-
* * * *
73494 A-ATTATTTA-TAATAAAATAATACTAATTTATTACTATTTCAAAAA-T--TAA-
128 AGCTTATTCAGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
* * ** * * *
73543 TAAGAGATTTAAAAATTAAATCTCTTTACTGAACGAGTTTAAATAGTTATAACTATTTA-AACAA
1 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTA-TTAGAACAA
* * ** * * * * * *
73607 TTATCTATCTCAAATCATTATGATC-TTTGTTTTGTCCTAAAACATTTTGTTTCTATTCATACAA
65 TTATATATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA-ATTATTTCTGTTCATACAA
* * * * * *
73671 ACTTATTCAG-AGTAAAATATTGCTAAGTTAATAATA-TTCTAAAAA-T--TAA-
129 GCTTATTCAGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAG
* ** * *
73720 TAAG-GATTTAAAAAATAAATGTGTTTACTGATCCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAAT
1 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTAGAACAAT
* ** * * * *
73784 TATCTATTTCAAATCATTCTATCTTTTTGTTTAGTCATAAAA
66 TATATATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
73826 TAATACTAAT
Statistics
Matches: 1872, Mismatches: 428, Indels: 342
0.71 0.16 0.13
Matches are distributed among these distances:
166 1 0.00
167 34 0.02
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169 1 0.00
171 2 0.00
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173 13 0.01
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Consensus pattern (182 bp):
TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTAGAACAAT
TATATATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTGTTCATACAAGC
TTATTCAGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
Found at i:71925 original size:9 final size:9
Alignment explanation
Indices: 71913--71943 Score: 62
Period size: 9 Copynumber: 3.4 Consensus size: 9
71903 AGACTATTTA
71913 AAAATTAAT
1 AAAATTAAT
71922 AAAATTAAT
1 AAAATTAAT
71931 AAAATTAAT
1 AAAATTAAT
71940 AAAA
1 AAAA
71944 ATTTTAAAAA
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
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AAAATTAAT
Found at i:71951 original size:18 final size:17
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Indices: 71908--71952 Score: 54
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71898 AATTTAGACT
*
71908 ATTTAAAAATTAATAAA
1 ATTTTAAAATTAATAAA
*
71925 ATTAATAAAATTAATAAAA
1 ATT-TTAAAATTAAT-AAA
71944 ATTTTAAAA
1 ATTTTAAAA
71953 AATTAATATG
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 3, Indels: 3
0.79 0.10 0.10
Matches are distributed among these distances:
17 3 0.13
18 14 0.61
19 6 0.26
ACGTcount: A:0.64, C:0.00, G:0.00, T:0.36
Consensus pattern (17 bp):
ATTTTAAAATTAATAAA
Found at i:72715 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 71986--73825 Score: 1430
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71976 TTCAAATTAA
* * * * * * * *
71986 GACTATTT-AAGCAATTATTTATTTCAAATCATTATAACTTTTTGTTCTGTTATAAGATAATAGT
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* * ** * * *
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* * * * * * *
72115 AGTAAAAAATGTAAAAAATTAAATATGTTTACTGAACTAGATCAAACAATCAT
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* * * * * * *
72168 GACTATTTGAATAGTTATCCATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTCTTCTGTCATAAAAAAATTAT
1 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT
* * * * * * *
72232 TTCAATTCATATAAACTTATTCAAAATAAAATAATATTAAGTTATTAATATTTTGAAAATTAATA
65 TTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCG-AAATTAATA
* * * * *
72297 AGTAAGAGATTTAAAAAATGAATTTGTTTACTGAACAAGTTTAAATAATTAT
129 AGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTAT
* * * ** * * ** *
72349 AATTATTTGAACAATTATTTATTGAAAATC-TCTATAACCTTTTGCTTTGTCAT-AAATGATTTT
1 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT-TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT
* ** * **
72412 TTCTATTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATACAAATTTTTTAA-ATTAAGACAATTAATA
65 TTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCGA-AATTAATA
* *
72476 AGTAAAAGATTT-AAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATCGTTAT
129 AGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTAT
* * * ** **
72527 GACTATTTGAATAATTATTTATTTTAAATTGTTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTACC
1 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GT
* * * *
72591 TT-TGTTCATACTAGCTTATTCAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCGATAATTTATA
65 TTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCGA-AATTAATA
* *
72655 AGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTCAT
129 AGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTAT
* * * * * * **
72707 GACTATTTGAATAATAATCTATTTCAAATCATCATGAGCTTTTGTTTTGTAATAAAATAATTACT
1 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * *
72772 TC-AGTTCATATAAGCCTATTT-GAGATAAAATAATATTCCA---A--AA-A-TT----A--AA-
66 TCTA-TTCATACAAGCTTATTTAGA-ATAAAATAATATT-AATTTATTAATATTTCGAAATTAAT
* * * * * * * *
72821 GAGTAACAGAATTAAAAATATGAAT-TTTCTTA-TCAATCATGTTGAAATAGTTAT
128 AAGTAAAAGATTTAAAAA-ATAAATATGT-TTACTGAA-CAAGTTCAAATAGTTAT
* * * * *
72875 GACTATCTAAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGT
1 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * * * * *
72940 TCTGTTCATGCAAGCATATTTTGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
66 TCTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTC-GAAATTAATAA
* * *
73005 GTAAAA-TTTTAGAAAATAAAGCTAT-TTT-CTAAACACA-TTCAAATAGTTAT
130 GTAAAAGATTTAAAAAATAAA--TATGTTTACTGAACA-AGTTCAAATAGTTAT
* * *
73055 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCATTTGTTTTATCATAAACCAATTGTT
1 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * * * * * * *
73120 TCTGTTCAAACAAGCTTTTTTGGAATAAAATAAT-TCTAATTAATTAATATTCCAAAATTAGTAA
66 TCTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATAT-TAATTTATTAATATTTCGAAATTAATAA
* * ***
73184 GTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAGTGAGTTCAAATAGTTAT
130 GTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTAT
* * * ** * * *
73235 GATTGTTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGATCTTTTGTTTTATTATAAAACAATTGTT
1 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
** * * * * * **
73300 TCTATTCATGTAAGTTTATTTGGAATAAAATAATACTAATATATTAACATTCTAAAAATTAATAA
66 TCTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATT-TCGAAATTAATAA
** * * *
73365 GTTGAAGATTTAAAAAATTAAT-TAGTTTA-TCGAACCAGTTCAAATAGTCAT
130 GTAAAAGATTTAAAAAATAAATAT-GTTTACT-GAACAAGTTCAAATAGTTAT
* * ** ** * * **
73416 GTCCATTTGAACTGTTATCTATTTCAAATTGTTATGACATTTTATTTTGTTGTAAAACAATTGTT
1 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * * *
73481 TCTATTCATACACA-ATTATTTATAATAAAATAATACTAATTTATTACTATTTC-AAA--AATTA
66 TCTATTCATACA-AGCTTATTTAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCGAAATTAA-TA
* * * * * *
73542 A-TAAGAGATTTAAAAATTAAATCTCTTTACTGAACGAGTTTAAATAGTTAT
129 AGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTAT
* * * * * *
73593 AACTATTTAAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGATC-TTTGTTTTGTCCTAAAACATTTTGT
1 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA-ATTGT
* * * * ** * * *
73657 TTCTATTCATACAAACTTATTCAGAGTAAAATATTGCTAAGTTAATAATA-TTCTAAA--AATTA
65 TTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCGAAATTAA-TA
* * * * *
73719 A-T-AAGGATTTAAAAAATAAATGTGTTTACTGATCCAGTTCAAATAGTTAA
129 AGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTAT
* * * *
73769 GACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTCT-ATCTTTTTGTTTAGTCATAAAA
1 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CCTTTTGTTTTGTCATAAAA
73826 TAATACTAAT
Statistics
Matches: 1327, Mismatches: 272, Indels: 123
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
167 20 0.02
168 104 0.08
169 2 0.00
170 2 0.00
172 2 0.00
173 1 0.00
174 2 0.00
175 3 0.00
176 90 0.07
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183 4 0.00
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GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
TCTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCGAAATTAATAAG
TAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTAT
Found at i:73188 original size:528 final size:530
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* * * * * * *
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1 GACTATTTGAA-CAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC--TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT
* * * * * * * ** *
72050 TTCTATTTATTCAAGCTTATTCGGATTAAAATAATAT-AAATTTATTAATATTTTGACAATTAAT
63 TTCTGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAAT-TCTAATTAATTAATA-TTCCAAAATT-AT
* * * * * * * *
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125 AAGTAAAAGATTTAAAAAA-TAAATATGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA
* * * * * * * * * * * *
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* * *** * * * * * *
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253 TAAGCCTATTTGGAAT--AATAATACTAA--TA-TATTACTCTAAAAATTAATAAGTTAA-AGAA
* * * * * * ** * * *
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312 TTAAAAAATGAATTAGTTTATC-GAACCAGTTCAAATAGTCATGACCATCTAAACAATTATCTAT
* * * ** ** ** *
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* *
72433 TTGAATAAAATAATACAAATTTTTTAA-A-TT-AAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAATA
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* *
72495 AATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATCGTTAT
500 AATCTATTTACTGAACAA-TTCAAATAGTTAT
* * * ** **
72527 GACTATTTGAATAATTATTTATTTTAAATTGTTATGACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTACCT
1 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTT
* * * *
72592 T-TGTTCATACTAGCTTATTCAGAATAAAATAATAT-TAATTTATTAATATTTCGATAATTTATA
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* *
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* * *
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255 AGCCTATTTGGA-ATAATAATACTAATATATTACTCTAAAAATTAATA-AGTTAA-AGAATTAAA
* * * * *
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317 AA-ATGAATTAGT-TTATCGAACCA-GTTCAAATAGTCATGACCATCTAAACAATTATCTATTTC
* * *
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379 AAAACATTATGACATTTTATTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTATTCATACAAGCATATTTTGAA
*
72965 TAAAATAATATAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAATTTTAGAAAATAAAGCTAT
444 TAAAATAATATAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAA-TTTA-AAAATAAATCTAT
* *
73030 TTTCTAAACACATTCAAATAGTTAT
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* *
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1 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-C-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * **
73120 TCTGTTCAAACAAGCTTTTTTGGAATAAAATAATTCTAATTAATTAATATTCCAAAATTAGTAAG
64 TCTGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATTCTAATTAATTAATATTCCAAAATTA-TAAG
* *** * *
73185 TAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAGTGAGTTCAAATAGTTATGATTGTTTGAACAAT
128 TAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
* ** * * * ** * *
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193 TATCTATTTCAAATCATCATGAGCTTTTGTTTTATAATAAAACAATTACTTCTATTCATATAAGC
* * *
73315 TTATTTGGAATAAAATAATACTAATATATTAACATTCTAAAAATTAATAAGTTGAAGATTTAAAA
258 CTATTTGGAAT--AATAATACTAATATATT-AC--TCTAAAAATTAATAAGTTAAAGAATTAAAA
* * * * ** *
73380 AATTAATTAGTTTATCGAACCAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACTGTTATCTATTTCAAAT
318 AATGAATTAGTTTATCGAACCAGTTCAAATAGTCATGACCATCTAAACAATTATCTATTTCAAAA
** ** *
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383 CATTATGACATTTTATTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTATTCATACAAGC-A-TATTT-TGAAT
* * *
73507 AAAATAATACT-AATTTATTACTATTTCAAAAATTAATAAG--AGATTTAAAAATTAAATCTCTT
445 AAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAATTTAAAAA-TAAATCTATT
* *
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508 TACTGAAC-AATTCAAATAGTTAT
* * * * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * * * ****
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* * * *
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* * * *
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* * * * *
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1 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG-AC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* ** * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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189 CAATTATCTATTTCAAATCATCATGAGCTTTTGTT-TTATAATAAAACAATTACTTCTATTCATA
* **** * * * * * * *
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253 TAAGCCTATTTGGAAT-AATAATACTAATAT-AT--TACTCTAAAAATTAATAAGTTAA-AGA-A
* * * * * * * * ***
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* *** * * * * * * *
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375 TTTCAAAACATTATGACATTTTATTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTA-TTCATAC-AAGCATAT
** *
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* * * * *
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AAATAGTTAT
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* * * * *
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*
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* *
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CTTTTTATTTGATCATAAAACAATTGTTTTACATCATAAAAGCTTATCCCAA
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AAT
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*
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*
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*
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ATAATTATA
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* *
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*
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TAATTATAAAATAT
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*
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* *
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*
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* * *
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TATTATAATAATTATAATTTATCAAGTTATTATAC
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*
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*
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* *
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*
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*
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1 TTT
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*
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* *
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ATTTATTAATAATATATTTATATTTT
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*
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*
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84402 TTATTAACAA
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* *
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AACTATATTAATTGTATATTATAATAAATTAATCT
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84925 CCAGAGTTAT
* * *
84935 CGAATCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCCAATCATTATAACCTTTTG
1 CGAACCAATTCAAATAGTTATGACTATATGAACAATTATATATTTCAAATCATTATAACCTTTTG
* **
85000 TTTTGTCATAAAACAATTATTTATCTTCATACGAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATCTAG
66 TTTTGTCATAAAACAATTATTTATCTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATCTAG
* * * * *
85065 TAATATTATGAAATTTAATTACTAATAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTAC
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* * * * *
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1 CGAACCAATTCAAATAGTTATGACTATATGAACAATTATATATTTCAAATCATTATAACCTTTTG
** * * ** * * * *
85181 TTTTGTTGTAAAACAATGT-TTTTTGTTCATGTAAGTTTGTTCAAAATAAAATAATATTAATTTA
66 TTTTGTCATAAAACAAT-TATTTATCTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATCTA
* *
85245 TTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAATAAATAAATCTATTTAC
130 GTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC
* * * * * * * *
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86028 TTAATTTAAA
* *
86038 TTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT-AATTGTTGGAATATTATTAAA-TTAGTATAATTTTATTT
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* * * *
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* * *
86166 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCAGATCTATTTGAACATGTTCAAAAA-AAAT
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*
86217 TTATTTTTTAAATTTTGACTTATTAAATTTTGGAATATTAATAAATTTAATTATTTTATTTGGAA
1 TTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAAATTTTGGAATATTAATAAATTTAATTATTTTATTTGGAA
*
86282 TAAGCTTGTATAGACAGAAACAATTGGTTTATTACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAA
66 TAAGCTTGTATAGACAGAAACAATTGGTTTATCACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAA
86347 ATAATTGTTCAAATAGTCAGAACTATTCGAACATGTTCAAAAACAAAT
131 ATAATTGTTCAAATAGTCAGAACTATTCGAACATGTTCAAAAACAAAT
* * *
86395 TTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAAATTTTGGAATATTAATTAATTTAATTATTTTATTCGAAA
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*
86460 TAAGCTTGTAT-GAACAGAAACAATTGTTTTA
66 TAAGCTTGTATAG-ACAGAAACAATTGGTTTA
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178 118 0.46
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86550 TTAATTTTTG
* * * * * * * *
86560 TTCA-ACAAGCTTATTC-AGAGTAAAATATTGCTAAATTAATAATATTCTAAACATTAAT-AAGT
1 TTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTATAAAAATTAATAAATT
* * ** * * * *
86622 AAGGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCGAATCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTA
65 AA-GATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAATCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* * * **
86687 TCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTTGTTTAATCATAAAATAATTGCTTCAAC
129 TCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTG-TTTTAC
*** * * * *
86740 -TCATACATTTTTATTTGAAATAAAATAATACTAA-TTATTAACATTCA-AAAAATT-ATTAAGT
1 TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-ATAAAAATTAATAAATT
* * * *
86801 AAGAAATTAAAAAA-AAATCTATTTATCGAA-CGAGTTCAAATATTTTTGACTATTTGAACAATT
65 AAG-ATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAATC-AATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
* * * * *
86864 ATCTATTTAAAATCGTTATGACCTTATATTTTATCATAAAACAATTGTTTTAG
128 ATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTAC
* * * *
86917 TTCATAAAAGCTTA-TCTGAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTATAAAAATTGATAAATT
1 TTCATACAAGCTTATTC-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTATAAAAATTAATAAATT
* * * * * *
86981 AGAGATTTAAAACACAAAT-GACTTTATCGAATCAATTCAAATAATTATGGCCATTT-AAGCAAT
65 A-AGATTTAAAAAATAAATCTA-TTTATCGAATCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-CAAT
* * *
87044 TATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTC
127 TATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTAC
* * * * * *
87098 ATCATACAATCCTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TGAAATATTAATAAGTA
1 TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTAT-AAAAATTAATAAAT-
* *
87162 AAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
64 TAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAATCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* * * * * * *
87227 TATATTTCCAATCGTTATAACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-ATTTATC
129 TCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTA-C
* * * * * * *
87279 TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTATGAAATTTAATAACTGA
1 TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTATAAAAATTAATAAATTA
* * * * * *
87344 TAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAATCAATTCAAATAGTTA-AAGCTATATGAATAATTA
66 -AGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAATCAATTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTA
*
87408 TCTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAAATGTTTT-C
129 TCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTAC
* * * *
87459 GTTCATATAAGTTTGTTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAAT-AA-
1 -TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTAT-AAAAATTAATAAAT
* * * * * * * * *
87521 -GAGATTTAATAAATAAATCTATTTA-C-CATACTAGTTCAATTAGTTATAACAATTTGAATATT
64 TAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAAT-C-AATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
*
87583 TATTTATTTCAAATCAT
127 TATCTATTTCAAATCAT
87600 ACTAAATTAA
Statistics
Matches: 698, Mismatches: 129, Indels: 69
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
175 2 0.00
176 2 0.00
177 62 0.09
178 110 0.16
179 50 0.07
180 47 0.07
181 414 0.59
182 11 0.02
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.07, T:0.40
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AGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAATCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTAC
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86586 ATTGCTAAAT
* * * * * ** * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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1 TAATAATATTATAAAAATTAATAAATGAGAGATTTAAAAAACAAATGACTTTACCGAATCAATTC
** * * *
87019 AAATAATTATGGCCAT-TTAAGCAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATA
66 AAATAATTAAAGCCATATGAA-CAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATA
* * *
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130 AAACAATTG-TTTTCAATCATACAAT-TTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTA
*
87147 AAATATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAATC-AGTTCAAATAGTTATG
193 AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAATCGAGTTCAAATAGTTATG
* * * *
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258 ACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCGTTATAACATTATATTTTATCATAAAACAATTATTT
*
87275 TATCTTCATACAAGCTTAT-TCAAAATAAAATAATACTAATC
323 TA-CTTCATAAAAGCTTATCT-AAAATAAAATAATACTAATC
* * * * * ***
87316 TAATAATATTATGAAATTTAATAACTGATAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAATCAATTC
1 TAATAATATTATAAAAATTAATAAATGAGAGATTTAAAAAACAAATGACTTTACCGAATCAATTC
* * *
87381 AAATAGTTAAAGCTATATGAATAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTATCATA
66 AAATAATTAAAGCCATATGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTATCATA
* ** * * * *
87445 AAACAAATGTTTTCGTTCATATAAGTTTGTTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCA
130 AAACAATTGTTTTCAATCATACAA-TTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAA
* * * * *
87510 AAAATTAATAAG----AGATTTAATAAATAAATCTATTTA-C-CATACTAGTTCAATTAGTTATA
194 AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAAT-CGAGTTCAAATAGTTATG
* * * *
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AACAATTGTTTTCAATCATACAATTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAA
AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAATCGAGTTCAAATAGTTATGACT
ATTTGAACAATTATATATTTCAAATCGTTATAACATTATATTTTATCATAAAACAATTATTTTAC
TTCATAAAAGCTTATCTAAAATAAAATAATACTAATC
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*
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*
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1 ATTAA-TTATTATAATATT
87914 AT
1 AT
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ATTAATTATTATAATATT
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*
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*
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87918 AAATAGTAAC
*
87928 AATTATTAATTATATTATT
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*
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AATTAATAATTAATTATT
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87923 GTAACAATTA
* *
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* ***
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* *
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1 TTAATTATT-AATTAAAATAAATAT
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1 T
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Consensus pattern (24 bp):
TTAATTATTAATTAAAATAAATAT
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* *
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TATTAATAATTATTTCAATAAAAAAT
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*
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*
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*
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*
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* *
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1 TAAT
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Statistics
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TAATTTATTTAATTATA
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** * ** * * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * * *
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1 TTGTTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTGAATTCGATAAACAAATTAATTTTTTAAATCTCTTA
* **
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66 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTTTT-G-ATAAGCTTGTATGAACTG
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* **
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* * *
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* * * *
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*
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*
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* *
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*
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TAATTAAAATATTTAATTTTCAATATT
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* *
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90619 ATTGTTTACT
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* *
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1 T
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*
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*
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*
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* *
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* *
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*
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ATAATTTAATTTAAATT
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*
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*
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1 ATA
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Statistics
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ATAATTA
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*
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*
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* *
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* *
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* *
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94200 TAATAGTTTA
* * * * *
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* * *
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*
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ATATT
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*
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*
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* * * *
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*
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*
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*
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*
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*
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* * *
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* *
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94321 ATATTAATTA
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94143 TATTAATATT
*
94153 TATTATAATTGATAGTTTAATATTAATAAATATTAATATTATTATATTAATAGTT--TAATATAA
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*
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*
94271 TATTATAATTTATAGTTTAATA-TAAT-AT-TT-ATATT-TT-TATT-ATA-TTAATAATATTAA
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* *
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94376 ATACTAAAAT
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94185 TTAATATTATTATATTAATAGTTTAATATAATATTATATTTTTATTATATTAATAATATTAA-TA
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*
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66 TATATATAATAATTGATAGT
*
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* *
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*
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*
94303 ATTTTTATT
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* *
94312 ATATTAATA
1 ATATTTATT
*
94321 ATATTAATT
1 ATATTTATT
94330 ATATTTATT
1 ATATTTATT
94339 ATA
1 ATA
94342 ATTGATAGTT
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* * * * * * *
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* * * * * ** *** * *
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* ** *** * * * **
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*
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* * * * * *
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* ** * * * * *
94708 CATAAAATAATTGTTTCCGTCCATACGAGCTTATTTGGATTAAAATAATATTGAT
126 CATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAAT
* * * * *
94763 TTATTAATATTTCAACAATTAATAATTAAAAGATTT-AAAA-AAATTTAAGTTTA-CTAA-ATAA
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* * * * *
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*** *
94889 ATAAAACAATTGTTTCAATTCATGTTAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAAT
127 ATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAAT
* * * * * *
94943 TTATTAATATTCCAAAAATTAAAAAGTAAGAGAATTAAAAAAATAAATCTGTTCATCGAACAAGT
1 TTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAG-ATT-TAAAAATAAATCTATTTATCGAACAAAT
* * * *
95008 TCAAATAGTTATGACTATCTT-AATAATTATCTATTTCAAAACATTACAACCTTTTGTTTTATCA
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* * * * *
95072 TAAAACAATTGGTTT-TATTCATTCAAGCTTTTTTCAAATAAAATAATATAAAT
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* * *
95125 TTATTAATGTTCCAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTTAAAATAAATTTATTTA
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95177 AAAATTAATG
Statistics
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Found at i:96150 original size:181 final size:180
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95181 TTAATGTTCC
* * ** * * * *
95191 AAAACCAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTCAGAATAAAAGAATACTATTTTATTACTATTT
1 AAAA-CAATTGTTTATCTTCATACAAGCTTATTCA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTA
* * * ** *
95256 TGAAAATTAAT-A--AG-AGATTTAAAAACTAAATCTCTTTACTAAACCAGTTCAAATAGTTATG
64 TAAAAATTAATAAGTAGAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAATCAGTTCAAATAGTTATG
* * * ** * *
95317 ACTATTTAAACAATTATCTATCTCCAATTGTTATGA-TTTTTGTTTTGTCCT
129 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * * * * * * *
95368 AAAACATTTAATTTCTGTTCA-ACAAGCTTATTCAGAGTAAAATATTGCTACA-TTAATAATATT
1 AAAACAATT-GTTTATCTTCATACAAGCTTATTCA-AATAAAATAATACTA-ATTTATTAATATT
* * * * * * * *
95431 CTAAACATTAATAAGTA-AGGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCTGAATCAGTTTAAATAGTTAA
63 ATAAAAATTAATAAGTAGAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAATCAGTTCAAATAGTTAT
* * *
95495 GACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTTGTTTAGTCAT
128 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * * * * *
95548 AAAATAATTGCTTCAAC-TCACACATGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTC
1 AAAACAATTG-TTTATCTTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-
* * * *
95612 A-AAAAATTATTAAGTAAGAA-A-TTAGAAAA-AAATCTATTTACCGAA-CAAGTTCAAATATTT
63 ATAAAAATTAATAAGT-AGAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAATC-AGTTCAAATAGTT
* * * * * *
95672 TTGACTATTGGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTATATTTTATCAT
126 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * * * *
95727 AAAACAATTGTTTCAGT-TT-ATAAAAGCGTATCTAAAATAAAATAATATTATTTTATTAATATT
1 AAAACAATTGTTT-A-TCTTCATACAAGCTTAT-TCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * * *
95790 ATAAAAATTGATAAGTTAG-AGATTTAAAACATAAATCAGTTTATCGAATCAGTTCAAATAATTA
63 ATAAAAATTAATAAG-TAGAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAATCAGTTCAAATAGTTA
* * *
95854 TGACCATTTAAACAATTATCTATTTCAAA-CATTATGAACTTTTGTTTTGTCAT
127 TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * * *
95907 GAAACAATTGTTTTTCATCATACAAGCCTATTCATAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-T
1 AAAACAATTGTTTATCTTCATACAAGCTTATTCA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTAT
* ** *
95971 GAAAAATTAATAAGTAGAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATTGAATCAGTTCAAATTGTTATG
65 -AAAAATTAATAAGTAGAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAATCAGTTCAAATAGTTATG
* * * *
96036 ACTATTTGAACAATTATATATTTCCAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCAT
129 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * * * *
96088 AAAACAGTTATTTATCTTCATACAAGCTTATTCTAAATAAAATACTACTAATCTAGTAATATTAT
1 AAAACAATTGTTTATCTTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTAT
* * * * * * *
96153 GAAATTTAATAACT-GATAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACCAATTCAAATAGTTAAG
65 AAAAATTAATAAGTAGA-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAATCAGTTCAAATAGTTATG
* * *
96217 ACTATATGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
129 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * * * * ** * *
96269 AAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGCTCGAGATAAAATAATATTAATTTATTAATATT-T
1 AAAACAATTGTTTATCTTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTAT
* *
96333 CAAAAATTAAT-A--AG-AGATTTAATAAAA-AAATCTATTTACC--ATACTAGTTCAATTAGTT
65 -AAAAATTAATAAGTAGAAGATTTAA-AAAATAAATCTGTTTACCGAAT-C-AGTTCAAATAGTT
* * * *
96391 ATAACAATTTGAACATTTATTTATTTCAAATCAT
126 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
96425 ACTAAATTAA
Statistics
Matches: 848, Mismatches: 170, Indels: 78
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
175 1 0.00
176 46 0.05
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180 229 0.27
181 281 0.33
182 4 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.11, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (180 bp):
AAAACAATTGTTTATCTTCATACAAGCTTATTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTATA
AAAATTAATAAGTAGAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAATCAGTTCAAATAGTTATGAC
TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
Found at i:96150 original size:361 final size:359
Alignment explanation
Indices: 95191--96422 Score: 1127
Period size: 361 Copynumber: 3.4 Consensus size: 359
95181 TTAATGTTCC
* ** * * *
95191 AAAACCAATTGTTTCT-ATTCATACAAAATTATTC-AGAATAAAAGAATACTATTTTATTACTAT
1 AAAA-CAATTGTTTTTCA-TCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-
* * * *
95254 TTTG-AAAATTAAT-A--AG-AGATTTAAAAACTAAATCTCTTTACTAAACCAGTTCAAATAGTT
62 TTTGAAAAATTAATAAGTAGAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAA-CAGTTCAAATTGTT
* * * * * *
95314 ATGACTATTTAAACAATTATCTATCTCCAATTGTTATGA-TTTTTGTTTTGTCCTAAAACATTTA
126 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCCAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-
* * * * * *
95378 ATTTCTGTTCA-ACAAGCTTATTC-AGAGTAAAATATTGCTACATTAATAATATTCTAAACATTA
190 ATTTAT-TTCATACAAGCTTATTCTA-AATAAAATAATACTA-ATTAATAATATTATAAAAATTA
* * * *
95441 ATAAGTAAG-GATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCTGAATCAGTTTAAATAGTTAAGACTA-TTAG
252 ATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAATCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTA-
* *
95504 AACAATTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTTGTTTAGTCAT
316 AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * * * *
95548 AAAATAATTG--CTTCAACTCACACATGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATT
1 AAAACAATTGTTTTTC-A-TCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
** * * *
95611 CAAAAAATTATTAAGTAAGAA-A-TTAGAAAA-AAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAT-TT
64 TGAAAAATTAATAAGT-AGAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAAC-AGTTCAAAT-TGTT
* * ** * * * * *
95672 TTGACTATTGGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTATATTTTATCATAAAACAATTG
126 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCCAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTA
* * * * * *
95737 TTTCAGTTT-ATAAAAGCGTA-TCTAAAATAAAATAATATTATTTTATTAATATTATAAAAATTG
191 TTT-A-TTTCATACAAGCTTATTCT-AAATAAAATAATACTA-ATTAATAATATTATAAAAATTA
* * * * * * *
95800 ATAAGTTAGAGATTTAAAACATAAATCAGTTTATCGAATCAGTTCAAATAATTATGACCATTTAA
252 ATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAATCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTAA
*
95865 ACAATTATCTATTTCAAA-CATTATGAACTTTTGTTTTGTCAT
317 ACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* *
95907 GAAACAATTGTTTTTCATCATACAAGCCTATTC-ATAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
1 AAAACAATTGTTTTTCATCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * *
95971 GAAAAATTAATAAGTAGAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATTGAATCAGTTCAAATTGTTATG
65 GAAAAATTAATAAGTAGAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAA-CAGTTCAAATTGTTATG
* * *
96036 ACTATTTGAACAATTATATATTTCCAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAGTTATTT
129 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCCAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT
* * * * *
96101 ATCTTCATACAAGCTTATTCTAAATAAAATACTACTAATCTAGTAATATTATGAAATTTAATAAC
194 AT-TTCATACAAGCTTATTCTAAATAAAATAATACTAAT-TAATAATATTATAAAAATTAATAAG
* * * * * * * *
96166 TGATAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATATGAATAAT
257 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAATCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTAAACAAT
*
96231 TATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
322 TATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* ** * * ** * * *
96269 AAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGCTCGAGATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTC
1 AAAACAATTGTTTTTCATCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTG
*
96334 AAAAATTAAT-A--AG-AGATTTAATAAAA-AAATCTATTTAC-CATACTAGTTC-AATTAGTTA
66 AAAAATTAATAAGTAGAAGATTTAA-AAAATAAATCTATTTACTGA-AC-AGTTCAAATT-GTTA
* * * * *
96392 TAACAATTTGAACATTTATTTATTTCAAATC
127 TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCCAATC
96423 ATACTAAATT
Statistics
Matches: 701, Mismatches: 137, Indels: 73
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
354 1 0.00
355 2 0.00
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363 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.11, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (359 bp):
AAAACAATTGTTTTTCATCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTG
AAAAATTAATAAGTAGAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAGTTCAAATTGTTATGAC
TATTTGAACAATTATCTATTTCCAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTAT
TTCATACAAGCTTATTCTAAATAAAATAATACTAATTAATAATATTATAAAAATTAATAAGTAAG
AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAATCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTAAACAATTATC
TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
Found at i:97013 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 96820--97307 Score: 458
Period size: 180 Copynumber: 2.7 Consensus size: 180
96810 ATGCTTACCA
* ** * *
96820 AACCATTTCAAATAGTTTTGACTATTTCAATAATTATTTATTTCAAATCATTATAACATTTTATT
1 AACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATATCAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACATTTTATT
* * * **
96885 TTATCATCAAACAATTGGTTTTGTTCATACTATTTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAATA
66 TTAACATAAAACAATT-GTTTTGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAATA
*
96950 ATATTTCGAAACTTAATAACCAAGAAAATTAAAAAATAAATTTAATTATTG
130 ATATTTCGAAAATTAATAACCAAGAAAATTAAAAAATAAATTTAATTATTG
* * * ** * * *
97001 AACCAGTTCAAATAGTTAAGACTCTATGAATGATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTCTT
1 AACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATATCAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACATTTTATT
* * * * * *
97066 TTAACGTAAAATAATTGTTTTGTTCGTACAAGCTTATTTGGATTGAAATAATACTAATTTAATAA
66 TTAACATAAAACAATTGTTTTGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAATAA
* ** * * ** * *
97131 TATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTTTTTACTA
131 TATTTCGAAAATTAATAACCAAGAAAATTAAAAAATAAATTTAATTATTG
** * * * * * * * * * *
97181 AATTAGATCAAATGGTTAAAATTAT-TAGAATAATTATCTATTTCATATCATTTTGATATTTT-G
1 AACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATAT-CAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACATTTTAT
* * * * * *
97244 TTTAGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGTTTATTCAGAATAAATTAATACTAATTTA
65 TTTA-ACATAAAACAATTGTTT-TGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTA
97308 TTAACATATG
Statistics
Matches: 243, Mismatches: 61, Indels: 6
0.78 0.20 0.02
Matches are distributed among these distances:
179 5 0.02
180 141 0.58
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ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
AACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATATCAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACATTTTATT
TTAACATAAAACAATTGTTTTGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAATAA
TATTTCGAAAATTAATAACCAAGAAAATTAAAAAATAAATTTAATTATTG
Found at i:97848 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 97614--98010 Score: 455
Period size: 181 Copynumber: 2.2 Consensus size: 181
97604 AGTTGTATAC
* ** *
97614 TTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATGAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGCTT-TTTT
1 TTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTAATTCATACAAGCTTATTTA
* * *
97678 GAAATAAAATAAAACT-AATCTAATAATATTCTGAAAA-TTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATA
66 G-AATAAAATAAAA-TAAATCTAATAAAATT-TCAAAATTTAATAACTAAAAGAATTAAAAAAT-
* * * *
97741 AAAT-TATTTGCCAAACTAGTTCAAATAGTTAAAACTATATGAAT-AATTATCTAT
127 AAATCTATTTACCAAACCAGTTCAAATAATTAAAACTATATG-ATCAATTATCCAT
** * *
97795 TTCAAATCATTATAACATTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TATTTTCAATTCATACTAGCTTATTT
1 TTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTT-AATTCATACAAGCTTATTT
* * * * *
97859 AGAATAAAATAAAATAAATTTATTAAAATTTCAAAATTTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAT
65 AGAATAAAATAAAATAAATCTAATAAAATTTCAAAATTTAATAACTAAAAGAATTAAAAAATAAA
* * ** *
97924 TCTGTTTACCTAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGATCAATTATCCAT
130 TCTATTTACCAAACCAGTTCAAATAATTAAAACTATATGATCAATTATCCAT
* *
97976 TTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGGCATAAAA
1 TTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
98011 TAAAATAATA
Statistics
Matches: 180, Mismatches: 30, Indels: 12
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
180 17 0.09
181 159 0.88
182 4 0.02
ACGTcount: A:0.42, C:0.11, G:0.07, T:0.40
Consensus pattern (181 bp):
TTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTAATTCATACAAGCTTATTTA
GAATAAAATAAAATAAATCTAATAAAATTTCAAAATTTAATAACTAAAAGAATTAAAAAATAAAT
CTATTTACCAAACCAGTTCAAATAATTAAAACTATATGATCAATTATCCAT
Found at i:98178 original size:322 final size:328
Alignment explanation
Indices: 97679--98318 Score: 771
Period size: 322 Copynumber: 2.0 Consensus size: 328
97669 AGCTTTTTTG
*
97679 AAATAAAATAAAACTAATCTAATAATATTCTGAAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAAA
1 AAATAAAATAAAACTAATCTAATAATATTCTAAAAATTAATAAC-AAAAGATTTAAAAAATAAAA
* *
97744 TTATTTGCCAAACTAGTTCAAATAGTTAAAACTATATGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATA
65 TTATTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTAAAACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATA
* * * * *
97809 ACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATATTTTCAATTCATACTAGCTTATTTAGAATAAAATAAAAT
130 ACATTTTGTTCTATCATAAAACAATAGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAAAAC
* * * *
97874 AAATTTATTAAAATTTCAA-AATTTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAA-TAATTCTGTTTACCT-A
195 AAATTTATTAAAATTTCAACAA-TTAATAAGTAA-AAAAATAAAAAATTAAATATGTTTA-CTGA
* * *
97936 ACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTG-ATCAATTATCCATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTT
257 ACCAGATCAAACAATCATGACTATTTGAAT-AATTATCCATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTT
98000 TTGGCATA
321 TTGGCATA
* * * * * *
98008 AAATAAAATAATACTACTCTATTAATATTTTAAAAATTAAT-A-AAAA-TTTTAAAAAATAAATT
1 AAATAAAATAAAACTAATCTAATAATATTCTAAAAATTAATAACAAAAGATTTAAAAAATAAAAT
* * * * * *
98070 TGTTTATCAAACTAGTTC-AA-A-TTAAGACTAT-TTAAGCAATTATTTATTTCAAATCATTATG
66 TATTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTAAAACTATATGAA-CAATTATCTATTTCAAATCATTATA
* * * * * * * * *
98131 ACTTTTTGTTCTATTATAAGATAATAGTTTCTATTTATTCAAGCTTATTTAGATTAAAATAATAC
130 ACATTTTGTTCTATCATAAAACAATAGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAAAAC
* * *
98196 AAATTTATTAATATTTTAACAATTAATAAGTAAAAAAATAAAAAATTAAATATGTTTACTGAACT
195 AAATTTATTAAAATTTCAACAATTAATAAGTAAAAAAATAAAAAATTAAATATGTTTACTGAACC
* * *
98261 AGATCAAACAATCATGATTATTTGAATAGTTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTT
260 AGATCAAACAATCATGACTATTTGAATAATTATCCATTTCAAATTGTTATGACCTTTT
98319 CTTCAGTCAT
Statistics
Matches: 264, Mismatches: 42, Indels: 17
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
321 15 0.06
322 172 0.65
323 5 0.02
324 2 0.01
325 29 0.11
326 4 0.02
328 1 0.00
329 36 0.14
ACGTcount: A:0.45, C:0.09, G:0.06, T:0.40
Consensus pattern (328 bp):
AAATAAAATAAAACTAATCTAATAATATTCTAAAAATTAATAACAAAAGATTTAAAAAATAAAAT
TATTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTAAAACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAA
CATTTTGTTCTATCATAAAACAATAGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAAAACA
AATTTATTAAAATTTCAACAATTAATAAGTAAAAAAATAAAAAATTAAATATGTTTACTGAACCA
GATCAAACAATCATGACTATTTGAATAATTATCCATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGGC
ATA
Found at i:98372 original size:181 final size:178
Alignment explanation
Indices: 98170--98624 Score: 440
Period size: 177 Copynumber: 2.5 Consensus size: 178
98160 TCTATTTATT
* *
98170 CAAGCTTATTTAGATTAAAATAATACAAATTTATTAATATTTTAACAATTAATAAGTAAAAAAAT
1 CAAGCTTATTTCGAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTTTAACAATTAATAAGTAAAAAAAT
* * * * * *
98235 AAAAAATTAAATATGTTTACTGAACTAGATCAAACAATCATGATTATTTGAATAGTTATCTATTT
66 -AAAAATTAAAT-TGTTTACTGAACAAGTTCAAACAATCA-AATTATTTGAACAATTATCTATTG
* * *
98300 CAAATTGTTATGACCTTTT-CTTCAGTCATAAAAAAATTATTTCAATTCATA
128 AAAATTGCTATAACCTTTTGCTT-AGTCATAAAAAAATTATTTCAATTCATA
* * * *
98351 TAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATATTAAA-TTATTAATATTTTGAA-AATTAATAA-TTAAGA
1 CAAGCTTATTTCG-AATAAAATAATA-CAAATTTATTAATATTTT-AACAATTAATAAGTAAAAA
* ** * * * * * * *
98412 GATTTAAATGAAGTTGTTTACTAAACAAGTTTAAATAATTAAATTATTTGAACAATTATTTATTG
63 AATAAAAATTAAATTGTTTACTGAACAAGTTCAAACAATCAAATTATTTGAACAATTATCTATTG
* ** * *
98477 AAAATTGCTATAACCTTTTGCTTTGTCATAAAATGATTTTTTCTATTCATA
128 AAAATTGCTATAACCTTTTGCTTAGTCATAAAAAAATTATTTCAATTCATA
* * * *
98528 CAAGTTTATTTTGAATAAAATAATACAAATTTATTAA-A-TTAAGACAATTAATAAGTAAAAGAT
1 CAAGCTTATTTCGAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTTTA-ACAATTAATAAGTAAAA-AA
* *
98591 TTAAAAA-TAAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAA
64 ATAAAAATTAAAT-TGTTTACTGAACAAGTTCAAA
98625 TTGTTATGCT
Statistics
Matches: 217, Mismatches: 46, Indels: 25
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
174 1 0.00
175 3 0.01
176 13 0.06
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178 50 0.23
179 7 0.03
180 9 0.04
181 40 0.18
182 5 0.02
ACGTcount: A:0.45, C:0.08, G:0.07, T:0.39
Consensus pattern (178 bp):
CAAGCTTATTTCGAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTTTAACAATTAATAAGTAAAAAAAT
AAAAATTAAATTGTTTACTGAACAAGTTCAAACAATCAAATTATTTGAACAATTATCTATTGAAA
ATTGCTATAACCTTTTGCTTAGTCATAAAAAAATTATTTCAATTCATA
Found at i:98649 original size:143 final size:145
Alignment explanation
Indices: 98492--98770 Score: 348
Period size: 143 Copynumber: 1.9 Consensus size: 145
98482 TGCTATAACC
* ** * * **
98492 TTTTGCTTTGTCATAAAATGATT-TTTTCTATTCATACAAGTTTATTTTGAATAAAATAATACAA
1 TTTTGCTTTATCATAAAACAATTGCTTT-TATTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACAA
* *
98556 ATTTATTAA-ATTAAGACAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATCTATTTACTGAACAAG
65 ATTTATTAATATTAAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCGAACAAG
98619 TTCAAATTGTTATGCT
130 TTCAAATTGTTATGCT
* * * **
98635 TTTTGTTTTATCATAAAACAATTGCTTTTGTTCATACTAGCTTATTCGGAATAAAATAATATTAA
1 TTTTGCTTTATCATAAAACAATTGCTTTTATTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACAAA
** * * * *
98700 TTTATTAATATTTTGATAATTTATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAATAAGT
66 TTTATTAATATTAAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCGAACAAGT
98765 TCAAAT
131 TCAAAT
98771 AGTCATGACT
Statistics
Matches: 113, Mismatches: 20, Indels: 4
0.82 0.15 0.03
Matches are distributed among these distances:
143 57 0.50
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Consensus pattern (145 bp):
TTTTGCTTTATCATAAAACAATTGCTTTTATTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACAAA
TTTATTAATATTAAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCGAACAAGT
TCAAATTGTTATGCT
Found at i:99510 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 98872--100746 Score: 1448
Period size: 180 Copynumber: 10.5 Consensus size: 181
98862 TGAGATAAAA
* * * * *
98872 TAATATTCCAAAAATTAA-AGAGTAACAGAATTAAAAATATGAATTT-TCTTATCG-ATCATGTT
1 TAATATTCTAAAAATTAATA-AGTAAAAGATTTAAAAA-ATAAATTTGT-TTATCGAACCA-GTT
* * * * * *
98934 GAAATAGTTATGACTATCTAAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGACATTTTGTTTTGTCATA
62 CAAATAGTTATGACTATTTGAACTATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
* * * * * **
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127 AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCT-TATTCAGAATAAAATAATACT-AATTTAT
* * ** * * *
99054 TAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAA-TTTTAGAAAATAAAGCTATTTTTTGAACTCA-TTCAA
1 TAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAAC-CAGTTCAA
* * *
99117 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAC
65 ATAGTTATGACTATTTGAACTATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
* * * ** * *
99182 CAATTGTTTTTGTTCA-ACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATTTTAAATAAT
130 CAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * *** *
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1 TAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAACCAGTTCAAA
* * * * ** * *
99297 TAGTTATGATTGTTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGATCTTTTGTTTTGTTATAAAAC
66 TAGTTATGACTATTTGAACTATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC
* ** *
99362 AATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTGGAATAAAATAATACTAATATAT
131 AATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAT
* ** * * *
99413 TAACATTCTAAAAATTAATAAGTTGAATATTTAAAAAATTAATTAGTTTATCGAACCAGTTCAAA
1 TAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAACCAGTTCAAA
* * * ** * * **
99478 TAGTCATGTCCATTTGAACTATTATCTATTTCAAATTGTTATGACATTTTATTTTGTTGTAAAAC
66 TAGTTATGACTATTTGAACTATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC
* * *
99543 AATTGTTTCTATTCATACACA-ATTATTTATAATAAAATAATACTAATTTAT
131 AATTGTTTCTATTCATACA-AGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * * * *
99594 TACTATT-TCAAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAATTAAATCTCTTTA-CTAAACCAGTTTA
1 TAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATC-GAACCAGTTCA
* * * * * *
99653 AATAGTTATAACTATTTAAACAATTATCTATCTCAAATCGTTATGA--TATTTGTTTTGTCCTAA
64 AATAGTTATGACTATTTGAACTATTATCTATTTCAAATCATTATGACCT-TTTGTTTTGTCATAA
* * * * * *
99716 AACATTTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATATTGCTAAGTTAA
128 AACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAT
* * *
99770 TAATATTCTAAAAATTAATAAG-----GATTTAAAAAATAAATGTGTTT-GCTGATCCAGTTCAA
1 TAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATC-GAACCAGTTCAA
* * * * * *
99829 ATAGTTAAGACTATTAGAA-TAATTATCTATTTCAAATCATTTTAACTTTTTGTTTAGTCATAAA
65 ATAGTTATGACTATTTGAACT-ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * * *
99893 ATAATTATTTC-ATTTCATACATGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAT
129 ACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * * * *
99946 TAACACTCAAAAAATTAATAAGCAAAAAATTTTAAAAAATAAATTTGTTTA-CTGAACAAGTTCA
1 TAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGA-TTTAAAAAATAAATTTGTTTATC-GAACCAGTTCA
* * * *
100010 AATAGTTATGACTATTTGAA-TAATTATCTATCTAAAATCATTATGACCTTTTTATTTTATCATA
64 AATAGTTATGACTATTTGAACT-ATTATCTATTTCAAATCATTATGACC-TTTTGTTTTGTCATA
* * * * *
100074 AAACAATTGTTT-TAAATCATAAAAGCTTGTCCCA-AATAAAATAATA-TACTTTAT
127 AAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTAT-TCAGAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * * * * *
100128 TAATATTTTAAAAATTGATAAGTTAAAGATTTAAAATATAAATTAGTTTATCGAATCAGTTAAAA
1 TAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAACCAGTTCAAA
* * * * *
100193 TAATTATGGCCATTTGAA-TATTTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTT-TTTTGACATAAAA
66 TAGTTATGACTATTTGAACTA-TTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
* * *
100256 CAATTGTTTTTCA-TCATACTAGCTTATTC-GTAATAAAATAATATTAATTTAT
130 CAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTAT
** *
100308 TAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAACCAATTCAA
1 TAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAACCAGTTCAA
** * * * *
100372 ATAAATATGACTATTTG---TATT-TC-AATT----TC-TTATAACCTTTTGTTTTTTTATAAAA
65 ATAGTTATGACTATTTGAACTATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
* * * * * *
100427 CAATTATTTCTATTCATACAAGTTTATTCTGAATAAAA-AATAATAATGTAA
130 CAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * * * *
100478 TAATATTTTGAAAATTAATAACTAATAGATTTAAAAAATAAATTTGTTT-GCTGAACCAGTTTAA
1 TAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATC-GAACCAGTTCAA
* * ** * * * ** * * **
100542 ATAGTTAAGGCTATAGGAACAATCT-TTTATTTTAAATTGTTATGACATTTTGTTTTATTGTAAA
65 ATAGTTATGACTATTTGAACTAT-TATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * * * ** *
100606 ATAATT-TTTTTAGTTCTTACTAA-CTTATTCATAATAAAATAA-AAAAATTTAA
129 ACAATTGTTTCTA-TTCATAC-AAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * ** *
100658 TAATATT-TCAAAAATTAATCAA-TAAGAGATTTAATAAATAATTTTG-TTCGCTGAACCAGTTG
1 TAATATTCT-AAAAATTAAT-AAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATC-GAACCAGTTC
* *
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Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (181 bp):
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TAGTTATGACTATTTGAACTATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC
AATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAT
Found at i:100220 original size:715 final size:714
Alignment explanation
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* *
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* * ** * *
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* ** *
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* * * * * *
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** ** * * * * * *
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259 TCAACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAATAATTAACACTCAAAAATTAATAAGCAAAAA
*** * * * *
99260 ATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAGTGAGTTTAAATAGTTATGATTGTTTGAACAATTATTTA
324 ATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* * ** * * * * * * * **
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389 TCTAAAATCATTATGACCTTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTCTAATCATAAAAGCTTATCC
** * * *
99390 GGAATAAAATAATACTAATATATTAACATTCTAAAAATTAATAAGTTGAATATTTAAAAAATTAA
454 CAAATAAAATAATACTAATATATTAACATTCTAAAAATTAATAAGTTAAAGATTTAAAAAATAAA
* * * **
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519 TTAGTTTATCGAACCAGTTAAAATAATCATGGCCATTTGAACTATTATCTATTTCAAATCATTAT
*** *
99520 G-ACATTTTATTTTGTTGTAAAACAATTGTTTCT-ATTCATAC-A-CAATTATTTATAATAAAAT
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*
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99646 CAGTTT
709 CAGTTT
* * * * *
99652 AAATAGTTATAACTATTTAAACAATTATCTATCTCAAATCGTTATGATA-TTTGTTTTGTCCTAA
1 AAATAGTTATAACTATCTAAACAATTATCTATCTCAAAACATTATGACATTTTGTTTTGTCATAA
* * * * *
99716 AACATTTGTTTCTGTTCATACAAGCT-TATTCAGAATAAAATATTGCT-AAGTTAATAATATTCT
66 AACAATAGGTTCTGTTCATACAAG-TGTATTCAGAATAAAATAAT-ATAAAGTTAATAATATTCT
* * *
99779 AAAAATTAATAAG-GA-TTTAAAAAATAAATG-TGTTTGCTGATC-CAGTTCAAATAGTTAAGAC
129 AAAAATTAATAAGAAATTTTAAAAAATAAA-GCTATTTGCTGAACTCA-TTCAAATAGTTAAGAC
* * ** *
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192 TATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCATTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTT-A
* * *
99905 T-TTCATACATGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACACTCAAAAAATTAATAAGC
256 TGTTCA-ACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAATAATTAACACTC-AAAAATTAATAAGC
* *
99969 AAAAAATTTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAAT
319 AAAAAA-TTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
100034 TATCTATCTAAAATCATTATGACCTTTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTT-TAAATCATAAAA
383 TATCTATCTAAAATCATTATGACC-TTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTCT-AATCATAAAA
* * * * * *
100098 GCTTGTCCCAAATAAAATAATA-TACTTTATTAATATTTTAAAAATTGATAAGTTAAAGATTTAA
446 GCTTATCCCAAATAAAATAATACTAATATATTAACATTCTAAAAATTAATAAGTTAAAGATTTAA
* * *
100162 AATATAAATTAGTTTATCGAATCAGTTAAAATAATTATGGCCATTTGAA-TATTTATCTATTTCA
511 AAAATAAATTAGTTTATCGAACCAGTTAAAATAATCATGGCCATTTGAACTA-TTATCTATTTCA
* *
100226 AATCATTATGAACTTTTTTTTGACATAAAACAATTGTTTTTCATCATACTAGCTTATTCGTAATA
575 AATCATTATGAACTTTTTTTTGACATAAAACAATTGTTTCTCATCATACTAGCTTATTCATAATA
*
100291 AAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
640 AAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
100330 TAGGAGATTT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (714 bp):
AAATAGTTATAACTATCTAAACAATTATCTATCTCAAAACATTATGACATTTTGTTTTGTCATAA
AACAATAGGTTCTGTTCATACAAGTGTATTCAGAATAAAATAATATAAAGTTAATAATATTCTAA
AAATTAATAAGAAATTTTAAAAAATAAAGCTATTTGCTGAACTCATTCAAATAGTTAAGACTATT
AGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCATTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTATGTTC
AACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAATAATTAACACTCAAAAATTAATAAGCAAAAAAT
TTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATC
TAAAATCATTATGACCTTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTCTAATCATAAAAGCTTATCCCA
AATAAAATAATACTAATATATTAACATTCTAAAAATTAATAAGTTAAAGATTTAAAAAATAAATT
AGTTTATCGAACCAGTTAAAATAATCATGGCCATTTGAACTATTATCTATTTCAAATCATTATGA
ACTTTTTTTTGACATAAAACAATTGTTTCTCATCATACTAGCTTATTCATAATAAAATAATACTA
ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAATTAAATCTCTTTACTAAACCAGTTT
Found at i:100395 original size:533 final size:527
Alignment explanation
Indices: 98935--100746 Score: 1449
Period size: 533 Copynumber: 3.4 Consensus size: 527
98925 GATCATGTTG
* * * * * * *
98935 AAATAGTTATGACTATCTAAACAATTATCTATTTCAAAA-CATTATGACATTTTGTTTTGTCATA
1 AAATAGTTATGACCATTTGAACTATTATCTATCT-AAAATCATTATGACATTTTATTTTATCATA
* * ** * * * ** *
98999 AAACAATAGGTTCTGTTCATGC-GAGTGTAT-TTTGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTC
65 AAACAATTGTTTCTAATCATACACAAT-TATCCAT-AATAAAATAATAT-AATTTATTAATATTT
* * * *
99062 TAAAAATTAATAAGTAAA-ATTTTAGAAAATAAAGCTATTTTTTGAACTCA-TTCAAATAGTTAT
127 TAAAAATTAATAAGTAAAGA-TTTA-AAAATAAA-TTATTTATCGAA-TCAGTTAAAATAGTTAT
* *
99125 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTT
188 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAAC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * * *
99190 TTTGTTCA-ACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATTTTAAATAATTAATATTCGAAAATTAGTAAG
252 TTTGTTCATACAAGCTTATTC-GAATAAAATAATATTAAATTATTAATATTCAAAAATTAATAAG
* *** * * *
99254 TAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAGTGAGTTTAAATAGTTATGATTGTTTGAACAAT
316 T-AGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACCAGTTCAAATA---A-GA-T-TATG-ACTAT
* * * *
99319 TATTTATTTCAAATTGTTATGA-TCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG
373 TATCTATTTCAAA-TCTTATAACT-TTTTGTTTTGTTATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAG
** *** *
99383 TTTATTTGGAATAAAATAATACTAATATATTAACATTCTAAAAATTAATAAGTTGAATATTTAAA
436 TTTATTCAGAATAAAATAATACTAATATATTAACATTCTAAAAATTAATAAGCAAAAAATTTAAA
* *
99448 AAATTAATTAGTTTA-TCGAACCAGTTC
501 AAATAAATTTGTTTACT-GAACCAGTTC
* * * * ** * **
99475 AAATAGTCATGTCCATTTGAACTATTATCTATTTCAAATTGTTATGACATTTTATTTTGTTGTAA
1 AAATAGTTATGACCATTTGAACTATTATCTATCTAAAATCATTATGACATTTTATTTTATCATAA
* ** * *
99540 AACAATTGTTTCTATTCATACACAATTATTTATAATAAAATAATACTAATTTATTACTATTTCAA
66 AACAATTGTTTCTAATCATACACAATTATCCATAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTTAA
* * * * *
99605 AAATTAATAAG---AGATTTAAAAATTAAATCTCTTTA-CTAAACCAGTTTAAATAGTTATAACT
130 AAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAA-TAAAT-TATTTATC-GAATCAGTTAAAATAGTTATGACT
* * * * * *
99666 ATTTAAACAATTATCTATCTCAAATCGTTATGATA-TTTGTTTTGTCCTAAAACATTTGTTTCTG
192 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-ACTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTG
* ** * *
99730 TTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATATTGCTAAGTTAATAATATTCTAAAAATTAAT-A--AG
256 TTCATACAAGCTTATTC-GAATAAAATAATATTAAATTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAG
* * * * * *
99792 -GATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCTGATCCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATC
319 AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACCAGTTC-AA-A--TAAGATTA-T-GACT-ATTATC
* * * * * *
99856 TATTTCAAATCATTTTAACTTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTATTTC-ATTTCATACATGCTTA
377 TATTTCAAATC-TTATAACTTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTATTTCTA-TTCATACAAGTTTA
* * * *
99920 TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACACTCAAAAAATTAATAAGCAAAAAATTTTAAAAAA
440 TTCAGAATAAAATAATACTAATATATTAACATTCTAAAAATTAATAAGCAAAAAA-TTTAAAAAA
*
99985 TAAATTTGTTTACTGAACAAGTTC
504 TAAATTTGTTTACTGAACCAGTTC
* *
100009 AAATAGTTATGACTATTTGAA-TAATTATCTATCTAAAATCATTATGACCTTTTTATTTTATCAT
1 AAATAGTTATGACCATTTGAACT-ATTATCTATCTAAAATCATTATGA-CATTTTATTTTATCAT
* *
100073 AAAACAATTGTTT-TAAATCATA-A-AAGCTTGTCCCA-AATAAAATAATATACTTTATTAATAT
64 AAAACAATTGTTTCT-AATCATACACAA--TTAT-CCATAATAAAATAATATAATTTATTAATAT
* *
100134 TTTAAAAATTGATAAGTTAAAGATTTAAAATATAAATTAGTTTATCGAATCAGTTAAAATAATTA
125 TTTAAAAATTAATAAG-TAAAGATTTAAAA-ATAAATTA-TTTATCGAATCAGTTAAAATAGTTA
* * * * * *
100199 TGGCCATTTGAATATTTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTTTTTGACATAAAACAATTGTT
187 TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
** * *
100264 TTTCATCATACTAGCTTATTCGTAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
252 TTTGTTCATACAAGCTTATTCG-AATAAAATAATATTAAATTATTAATA-TTCAAAAATTAATAA
* * *
100329 GTAGGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAACCAATTCAAATAA-A-TATGACTATT-TGTA
315 GTA-GAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACCAGTTCAAATAAGATTATGACTATTATCTA
* * *
100391 TTTCAATTTCTTATAACCTTTTGTTTTTTTATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGTTTATTC
379 TTTCAA-ATCTTATAACTTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGTTTATTC
* * * * * * * * *
100456 TGAATAAAA-AATAATAATGTAATAATATTTTGAAAATTAATAA-CTAATAGATTTAAAAAATAA
443 AGAATAAAATAATACTAATATATTAACATTCTAAAAATTAATAAGC-AAAAAATTTAAAAAATAA
* *
100519 ATTTGTTTGCTGAACCAGTTT
507 ATTTGTTTACTGAACCAGTTC
* * * ** * * * * ** * **
100540 AAATAGTTAAGGCTATAGGAACAATCT-TTTATTTTAAATTGTTATGACATTTTGTTTTATTGTA
1 AAATAGTTATGACCATTTGAACTAT-TATCTATCTAAAATCATTATGACATTTTATTTTATCATA
* * * * * * * * * *
100604 AAATAATT-TTTTTAGTTCTTACTA-ACTTATTCATAATAAAATAAAAAAATTTAATAATATTTC
65 AAACAATTGTTTCTA-ATCATAC-ACAATTATCCATAATAAAATAATATAATTTATTAATATTTT
* ** * * *
100667 AAAAATTAATCAA-TAAGAGATTTAATAAAT-AATTTTGTTCGCTGAACCAGTTGAAATAATTAT
128 AAAAATTAAT-AAGTAA-AGATTTAA-AAATAAATTAT-TTATC-GAATCAGTTAAAATAGTTAT
100730 GACTATTTGAACAATTA
188 GACTATTTGAACAATTA
100747 AAATAAATTA
Statistics
Matches: 1018, Mismatches: 194, Indels: 130
0.76 0.14 0.10
Matches are distributed among these distances:
528 1 0.00
529 16 0.02
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531 70 0.07
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543 29 0.03
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (527 bp):
AAATAGTTATGACCATTTGAACTATTATCTATCTAAAATCATTATGACATTTTATTTTATCATAA
AACAATTGTTTCTAATCATACACAATTATCCATAATAAAATAATATAATTTATTAATATTTTAAA
AATTAATAAGTAAAGATTTAAAAATAAATTATTTATCGAATCAGTTAAAATAGTTATGACTATTT
GAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCAT
ACAAGCTTATTCGAATAAAATAATATTAAATTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAGAGATTTA
AAAAATAAATTTGTTTACCGAACCAGTTCAAATAAGATTATGACTATTATCTATTTCAAATCTTA
TAACTTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGTTTATTCAGAATAAAATAAT
ACTAATATATTAACATTCTAAAAATTAATAAGCAAAAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAA
CCAGTTC
Found at i:102556 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 102535--102566 Score: 64
Period size: 16 Copynumber: 2.0 Consensus size: 16
102525 ATAATATTTT
102535 AAAAATTAATAAGTAA
1 AAAAATTAATAAGTAA
102551 AAAAATTAATAAGTAA
1 AAAAATTAATAAGTAA
102567 TACTAATTTA
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (16 bp):
AAAAATTAATAAGTAA
Found at i:103027 original size:17 final size:17
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ATTTATTAATATTATTT
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103981 AAATAGCATG
* * * * * *
103991 AACAAAACCAATTGTTTAATGACAAAATAAAATGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCGA
1 AACAAAAACAATTGTTTAATGACAAAACAAAAAGTAATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAA
*
104056 ATAGTCAAAACTATTTGAAATGGTTTGGTAAACA-AATTTACTTTT-TAAATCTCTTACTAATTA
66 ATAGTCAAAACTATTTGAAATGGTTCGGTAAACAGAA-TTA-TTTTCTAAATCTCTTA-TAATT-
*
104119 ATTTTCTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAACAAACTTATCTT
127 -TTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAACAAACTTATCTT
* * * *
104172 AACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTTAA
1 AACAAAAACAATTGTTTAATGACAAAACAAAAAGTAATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAA
* * * * *
104237 ATAGTTATAATTATTTGAACTGGTTCGGTAAATAGAATTATTTTCTAAATCTCTTATAATTTTTT
66 ATAGTCAAAACTATTTGAAATGGTTCGGTAAACAGAATTATTTTCTAAATCTCTTATAATTTTTT
*
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AACAAAAACAATTGTTTAATGACAAAACAAAAAGTAATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAA
ATAGTCAAAACTATTTGAAATGGTTCGGTAAACAGAATTATTTTCTAAATCTCTTATAATTTTTT
GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAACAAACTTATCTT
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104758 CTGATATTGT
*
104768 TATTCATATATTA-ATAATTCATAAAA
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TATTATATATAATATAATTATAAAA
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ATTTATTAATATTATTT
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1 AATAATTAGATT
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AATAATTAGATTA
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108045 TATATTTTAATTAATTA
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*
108062 TATATTATAATTACATTA
1 TATATTTTAATTA-ATTA
* * *
108080 GAT-TATTATTTAATTA
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1 TA
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TATATTTTAATTAATTA
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108030 TTTAAATGTT
*
108040 TATATTATATTTTAATTA-ATTA
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108062 TATATTATAATTACATTAGATTA
1 TATATTATAATTA-ATTAGATTA
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1 TATATTATAATTA
108096 TAACAGTTAT
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TATATTATAATTAATTAGATTA
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108161 ATAACTAATA
*
108171 AAAATATATTT
1 AAAATATTTTT
*
108182 AATAATATTATT
1 AA-AATATTTTT
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1 AAAATATTT-TT
108206 -AAATATTTTT
1 AAAATATTTTT
108216 AAAAT
1 AAAAT
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AAAATATTTTT
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108694 TGCATGAACA
* *** * * *
108704 AAACTAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGTTTTAAAATAGATAATTGTTTAGATAG
1 AAACTAATTGTTTTATAACAAAACAAAATGTCATAACAATTTAAAATAGATAATAGTTCAAATAG
* *
108769 TCATAATTATTTCAACTTGATCGATATG
66 ACATAACTATTTCAACTTGATCGATATG
* *
108797 AAAC-AATTGTTTTA-AAC-AAA-AAAATGTCATAACAATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATGG
1 AAACTAATTGTTTTATAACAAAACAAAATGTCATAACAATTTAAAATAGATAATAGTTCAAATAG
* *
108858 ACATTACTATTTGAACT
66 ACATAACTATTTCAACT
108875 GGTTTGGTAA
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AAACTAATTGTTTTATAACAAAACAAAATGTCATAACAATTTAAAATAGATAATAGTTCAAATAG
ACATAACTATTTCAACTTGATCGATATG
Found at i:109104 original size:31 final size:31
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109057 AATCTTTTAC
*
109067 TTATTAATT-TTGGAATATTAATTAATTAGAA
1 TTATTAATTATTAGAAT-TTAATTAATTAGAA
* *
109098 TTATTAATTATTATAATTTAATTAATTATAA
1 TTATTAATTATTAGAATTTAATTAATTAGAA
109129 TTA
1 TTA
109132 AATATGAATT
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TTATTAATTATTAGAATTTAATTAATTAGAA
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109075 TTTGGAATAT
**
109085 TAATTAATTAGAA
1 TAATTAATTATTA
*
109098 TTATTAATTATTA
1 TAATTAATTATTA
109111 TAATTTAATTAATTA
1 TAA-TTAATT-ATTA
109126 TAATTAA
1 TAATTAA
109133 ATATGAATTA
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TAATTAATTATTA
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109607 TAAACCTAAG
109617 GTGCTTGTATAATAAACTTATTAAATTATTAATATTAAAATAAAAATTAAATAATTTTTAGATAT
1 GTGCTTGTATAATAAACTTATTAAATTATTAATATTAAAATAAAAATTAAATAATTTTTAGATAT
* * *
109682 AATATTATTTATTTAAACTTTTAACAGGCCCCTAATCACGTGTAGGTGAAAAGGAAAGAAGCCTT
66 AATATTAGTTATTTAAACTTTTAACAAGCCCATAATCACGTGTAGGTGAAAAGGAAAGAAGCCTT
* *
109747 CTATGAGACAAATTAGGAAAGGGCAACGAAAAGAAAGTCCTGGCTCTCATACCATGGGAAAAAAC
131 CTATCAGACAAATTAGGAAAGGGCAACGAAAAGAAAGTCCTGGCTCTCATAACATGGGAAAAAAC
* * *
109812 TAAGAAATAAAACTATATGGAAAACTAAAAGTGAAACTAAATGTATATTCAAAAAA-TGCTCATA
196 GAAGAAATAAAACTATATGAAAAACTAAAAGTAAAACTAAATGTATATT-AAAAAACTGCTCATA
109876 AAGAATTGTACAAGCAATTAT
260 AAGAATTGTACAAGCAATTAT
*
109897 GTGCTTGTATAATAAACTTATTAAATTATTAATATTAAAATAAAATTTAAATAATTTTTAGATAT
1 GTGCTTGTATAATAAACTTATTAAATTATTAATATTAAAATAAAAATTAAATAATTTTTAGATAT
* *
109962 AATATTAGTTATTTAAACTTTTAATAAGCCCAT-ATCACGTGTAGGTGAAGAGGAAAGAAGCCTT
66 AATATTAGTTATTTAAACTTTTAACAAGCCCATAATCACGTGTAGGTGAAAAGGAAAGAAGCCTT
* * *
110026 CTA-CATGACAAATTAGGAAAGGGCAATGGAAAGAAAGTCCTGGCTCTCATAATATGTGG-AAAA
131 CTATCA-GACAAATTAGGAAAGGGCAACGAAAAGAAAGTCCTGGCTCTCATAACATG-GGAAAAA
* * * *
110089 ACGAAGAAATAAAATTGTGTGAAAAACTAAGAGTAAAACTAAATGTATATTAAAAAACTGCTCAT
194 ACGAAGAAATAAAACTATATGAAAAACTAAAAGTAAAACTAAATGTATATTAAAAAACTGCTCAT
110154 AAAGAATT
259 AAAGAATT
110162 ATCAATATTA
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GTGCTTGTATAATAAACTTATTAAATTATTAATATTAAAATAAAAATTAAATAATTTTTAGATAT
AATATTAGTTATTTAAACTTTTAACAAGCCCATAATCACGTGTAGGTGAAAAGGAAAGAAGCCTT
CTATCAGACAAATTAGGAAAGGGCAACGAAAAGAAAGTCCTGGCTCTCATAACATGGGAAAAAAC
GAAGAAATAAAACTATATGAAAAACTAAAAGTAAAACTAAATGTATATTAAAAAACTGCTCATAA
AGAATTGTACAAGCAATTAT
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111624 TAATTGGTTT
111634 TTAAT-TAATTATTAA-TATTATAAA
1 TTAATATAA-TATTAATTATTATAAA
111658 TTAATATAATATTAATTA-TATAAA
1 TTAATATAATATTAATTATTATAAA
*
111682 -T-ATATAATAATAATTA
1 TTAATATAATATTAATTA
111698 AGTAAAATCT
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Matches: 37, Mismatches: 1, Indels: 6
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TTAATATAATATTAATTATTATAAA
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Indices: 111652--111697 Score: 65
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111642 TTATTAATAT
*
111652 TATAAATTAATATAATATTAATTA
1 TATAAA-T-ATATAATAATAATTA
111676 TATAAATATATAATAATAATTA
1 TATAAATATATAATAATAATTA
111698 AGTAAAATCT
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 1, Indels: 2
0.88 0.04 0.08
Matches are distributed among these distances:
22 14 0.67
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TATAAATATATAATAATAATTA
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Indices: 111825--111874 Score: 57
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111815 ATTATTAGTT
111825 TATTTAATTAA
1 TATTTAATT-A
111836 TATTTAATTA
1 TATTTAATTA
* *
111846 TAATTAAATA
1 TATTTAATTA
111856 TATTCTAATT-
1 TATT-TAATTA
111866 TATTTAATT
1 TATTTAATT
111875 TTTTAAATCT
Statistics
Matches: 34, Mismatches: 4, Indels: 4
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TATTTAATTA
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Indices: 111867--113614 Score: 1422
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111857 ATTCTAATTT
* * *
111867 ATTTAATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTT-AGAATATTATTACAA-TAGTATTATTTTA
1 ATTT-ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATA-AATTAATATTATTTTA
** * * * * *
111930 TTTTTAATAAACTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACATAACAAAAGGTTATAATAATTT
63 TTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTT
* *
111995 GAAATATATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAACAG
128 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAACAG
* * * * * *
112049 ATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAGTAAATTAGTTTTATTTTAATC
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTT
* * * * *
112114 CGAATAAGCTTATATG-ATAAAAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAATGATTCGA
66 CGAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA
* * * * * *
112178 AATAGATAATTATTTAAAT-GGCTATAATTATTTGAACTGATTTGATAAACTA-
130 AATAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAAC-AG
* * *
112230 ATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATCAATTTTTGAAATATTAAT-AAGTAATATTATTTTATTT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTT
* * * * * *
112294 CGAATAAGCTTTTATGCACT-GAAACAATTGTTATATGATAAAATAAAAGGTCATAATGATTTTA
66 CGAATAAGCTTGTATG-AATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA
* * * * * *
112358 AATATATAATTGTTCAAATAGTTATAACAATTTTAACTTGTTC-AGTAAACTG
130 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGA-TAAACAG
* * * * * * * * *
112410 ATTTATGTTTTTTAATTTCATGCTTATTCATTTTTTAAATGTTAATAAATTAGTATTATTATATT
1 ATTTAT-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATT
* ** * * * * * * * * *
112475 TCAAATTGGCATGTATGAGCT-GAAATAATTATTTTATGACTAAACAAAAAGTCAGAACGAGTTG
65 TCGAATAAGCTTGTATGA-ATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
* * * * * ** *
112539 AAACAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTAAACTGATTCGACGAACAC
129 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAACAG
* * *
112592 ATTTA-TTTTTAAA--TC---CTTATTAATTTTTGAAATAGTAATAAATTAGTATTATTTCATTT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTT
* ** * * * *
112651 TGAATAATTTTGTATGAATACCAATTATTCTAAATCATTGGTATTATTTTCCAACAAAACAAAAT
66 CGAATAAGCTTGTATGAATA-GAA--A--C---A--ATT-G--TT-TTAT--GACAAAACAAAAG
* * * * * * * * * *
112716 GTCATAACGATTTGAAATAGATAATAGATCAAATGGACATGACTATTTGAACTTGTTTGCTAAAT
115 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAAC
112781 AG
180 AG
**
112783 ATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATT
* * * * * *
112847 TCAAATAAACTTTTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACCAAAGAAAAGATCATAATGATTTGA
65 TCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA
* * ** *
112912 AATAAATATTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTCACTT-GGTAAACAG
130 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GGTTCGATAAACAG
* * *
112964 A-TT-TTTTTT-AATTTTTTACTTATTAATTTTTGAAATTTTAATAAATTAATATTATTTTA-TT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTT
* * ** * **
113025 CTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTAATTTATCACAAAACAAATA-GTCATAACAATTTG
66 C-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAATGATTTG
* * * * *
113089 AAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTAAAC-GTGTTCCGAAAAATAA
129 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTG-GTT-CGATAAACAG
* * * *
113143 ATTTATTGTTTAAAT-TATTATTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTTATATTATTTTA-T
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATT
* * ** * * * *
113205 TCAAAAAAGCTT-TCATGAATAGATCCAATTGCTTTCTAACAAAACAAAAAGTCATAATG-TGTT
65 TCGAATAAGCTTGT-ATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGAT-TT
* * ** *
113268 GAAATAGATAATTGTTTAGATAGTCATAACTATTTGAACTTTTTC-AGTAAACAA
128 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGA-TAAACAG
* * * *
113322 ATTCATTCTTTTAATTCTCTTACTCATTCATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATT
1 ATTTATT-TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATT
** * * * * *
113387 TTTAATAA-TTTATATTAACTA-AAACAATTATTTTATTACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
65 TCGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
* * ** * * *
113450 AAATAGATAATTATTCAAATAGTCA-GACTATTTGAACTTATT-TAGTAAATAT
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* * ** * *
113502 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTATCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATC
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTT
* *
113567 CGAACAAGCTTTGT-TGAATAGAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAA
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ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAACAG
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*
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* *
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1 AAATAGTCATAACTATTT
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1 AAA
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Statistics
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AAATAGTCATAACTATTT
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115126 AATTAGTATT
115136 ATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGTTGAAAAACAATTGTTTTATGACAGAAA-GAAAAGTAATA
1 ATTTTATTT-AAATAAGCTTGTATGTTGAAAAACAATTGTTTTATGA-A-AAACGAAAAGTAATA
115200 ACA
63 ACA
*
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115265 TGATTTGAAA
Statistics
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ATTTTATTTAAATAAGCTTGTATGTTGAAAAACAATTGTTTTATGAAAAACGAAAAGTAATAACA
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115332 TTAAATTTGA
* * * * * *
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* * *
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66 GAAAAAACAAAAAGTCATAACGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAAC
* * * * **
115470 TTATTTAGTAAATAGATTTATTTTTTCAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAG
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* ** * * *
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1 AATATTAATAAATTAGT-TTTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTA
* * * * *
115586 TGAAAAAATAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATGGA-CATGACTATTTGA
65 TGAAAAAACAAAAAGTCATAACGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAAT-AATCATAACTATTTGA
* *
115650 A-TTGATTT-GATAAACAAATTAACTTTTT-AAATCACTTAGTTATTGATTTTTAG
129 ACTT-ATTTAG-TAAACAAATTAACTTTTTCAAATCACTTACTTATTAATTTTTAG
115703 AATATTAATAAATTAGTTTTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTAT
1 AATATTAATAAATTAGTTTTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTAT
115768 -AACAAAACAAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATA
66 GAA-AAAACAAAAA-GTCATAACGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATA
115817 GTCGTAGCTA
Statistics
Matches: 248, Mismatches: 38, Indels: 17
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Matches are distributed among these distances:
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AATATTAATAAATTAGTTTTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTAT
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* *
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Indices: 116090--116133 Score: 54
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116080 ATAATAAAAA
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*
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Statistics
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Consensus pattern (14 bp):
TTAAATATTTTAAT
Done.