Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019168471.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_70, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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File 4 of 4
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Indices: 116103--116147 Score: 56
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116093 AATATTTTAA
*
116103 TTTAAATATTTAAAATTTAAAATT
1 TTTAAATATTTAAAATTCAAAATT
* *
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1 TTTAAATATTTAAAATTCAAAA
116148 AATTAATAAG
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TTTAAATATTTAAAATTCAAAATT
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Indices: 116132--117187 Score: 880
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116122 AAATTTTTAA
* * * * * *
116132 TTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAAAGATATGAAAAAATAAATATGTTTACCGATCAAGT
1 TTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGCAAGAGAT-TTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAGT
* * * * **
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* * * *
116262 AAAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAAT
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* ** * * * ** *
116316 TTCTTAATATTTTAAAAATTAATAAGCAAGAGCTTAAAAAAATTAATTTGTTTATTGAACAAATT
1 TTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAGTT
*
116381 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
66 CAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
** *
116446 AAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAGTAAT
131 AAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAT
* * * * **
116497 TTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGTGATTTAAAAAAT-GATTCTGTTTATCGAATTAGT
1 TTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATT-TGTTTACCGAACAAGT
* ** * * * * *
116561 TCAGATAATTATGGTTATTTCAACAGTTATCTATTTAAAATCAATATTACCTTTTGTTTGGTCAT
65 TCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* *** *
116626 ATAACAATTGTTTTTTTATCATACAAGC---TTCAGAATAAAATAATACTAAT
130 AAAACAATTGTTTCAGT-TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAT
* * * * * * * * **
116676 TTATTAATCTTTCAAAAGTTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATTTATTTATCAAACTTGTT
1 TTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAGTT
* * * * * * * * *
116741 TAAATAGTTATGACTGTTTGAACAAATGTATAGTTTAAATCAGTTATTTAAAAAATAAATCTTTT
66 CAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTTAAA--A-TCA-TT-----AT-GA-C-CTT
* * *
116806 TTGTTCTGTCATAAAACAATTATTT-ATGTTCATACATGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAT
118 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCA-GTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAT
* * * ** * * *
116870 CTAATAATACTCTGAAAATTAATAA-CTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCTGAACTAGT
1 TTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGC-AAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAGT
* * * * * * *
116934 TTAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTTAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCAT
65 TCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * * * * *
116999 AAAATAATTTTTTCA-ATCATACTAG-TTAATTCAGAATAAAATAA-AATAAAT
130 AAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTT-ATTCAAAATAAAATAATACT-AAT
* * * * *
117050 TTATTAATATTTCAAAAATTAAT----AAGAGATTTAATAAAT-AATTCTGCTTACCTAACAAAT
1 TTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATT-TGTTTACCGAACAAGT
* * * * * *
117110 TCAAATAATTATGATTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATAATTATGACCCTTTGTTTTGTCAT
65 TCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
*
117175 AAAACAAATGTTT
130 AAAACAATTGTTT
117188 TTGTCCACAT
Statistics
Matches: 695, Mismatches: 152, Indels: 58
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (181 bp):
TTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAGTT
CAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
AAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAT
Found at i:117351 original size:27 final size:28
Alignment explanation
Indices: 117284--117351 Score: 68
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117274 TTAGATATCT
117284 ATTAATTAATAAAAATCAATAATTAAAATA
1 ATTAA-TAAT-AAAATCAATAATTAAAATA
* * * *
117314 TTTAA-ATTAAAATCAAT-ATTCATATA
1 ATTAATAATAAAATCAATAATTAAAATA
117340 ATTAATAATAAA
1 ATTAATAATAAA
117352 TTATAAGTAT
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 6, Indels: 5
0.74 0.14 0.12
Matches are distributed among these distances:
26 11 0.35
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Consensus pattern (28 bp):
ATTAATAATAAAATCAATAATTAAAATA
Found at i:117352 original size:26 final size:27
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Indices: 117286--117352 Score: 68
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117276 AGATATCTAT
117286 TAATTAATAA-AAATCAATAATTAAAA
1 TAATTAATAATAAATCAATAATTAAAA
* * * *
117312 TATTTAA-ATTAAAATCAAT-ATTCATA
1 TAATTAATAAT-AAATCAATAATTAAAA
117338 TAATTAATAATAAAT
1 TAATTAATAATAAAT
117353 TATAAGTATT
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 6, Indels: 6
0.73 0.14 0.14
Matches are distributed among these distances:
25 1 0.03
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TAATTAATAATAAATCAATAATTAAAA
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Indices: 117823--117863 Score: 59
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117813 TTACATAACA
*
117823 AATAGTTTATTTTT-ATT
1 AATAATTTATTTTTAATT
117840 -ATAATTTATTTTTAATT
1 AATAATTTATTTTTAATT
117857 AATAATT
1 AATAATT
117864 AATATTTGTG
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 1, Indels: 3
0.84 0.04 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 12 0.57
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Consensus pattern (18 bp):
AATAATTTATTTTTAATT
Found at i:117906 original size:18 final size:19
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Indices: 117865--117906 Score: 50
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117855 TTAATAATTA
* *
117865 ATATTTGTGTTAATTGTAT
1 ATATTTGTGTTAAATATAT
*
117884 CTATTT-TGTTAAATATAT
1 ATATTTGTGTTAAATATAT
117902 ATATT
1 ATATT
117907 ATTTGATTTA
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 4, Indels: 1
0.79 0.17 0.04
Matches are distributed among these distances:
18 14 0.74
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Consensus pattern (19 bp):
ATATTTGTGTTAAATATAT
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Indices: 118534--118866 Score: 390
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118524 TTGATAAACA
* * *
118534 GATTCATTTTTT-AAA-TCTT-TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAACTAGAATTA-TATTATT
1 GATTCATTTTTTAAAACTATTATTATTAA-TTTCAAAATATTAATAAACTAGAATTACT-TTATT
* * * * * *
118595 TCAAATTAG-CTAGTAT-AGACAGAAACAATTTTTTTGTGATAAAACAAAAAGTCATAATGATTT
64 CCAAATAAGACTA-TATGA-ACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTT
*
118658 GAAATAGATAATTATTCAAACAGTCATAACTATTTGCACTTGTCAGGCCAATT
127 GAAATAAATAATTATTCAAACAGTCATAACTATTTGCACTTGTCAGGCCAATT
* * *
118711 GATTCATTTTTTAAAACTATTACTTATTAATTTCAAAATATTGATAAATTAGTATTACTTTATTC
1 GATTCATTTTTTAAAACTATTA-TTATTAATTTCAAAATATTAATAAACTAGAATTACTTTATTC
* * * **
118776 CGAATAAGACTATATGAACAAAAATAATTATTTTATGACAATACAAATGGTCATAATGATTTGAA
65 CAAATAAGACTATATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAA
* * *
118841 ATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAA
130 ATAAATAATTATTCAAACAGTCATAA
118867 TAATTGAATT
Statistics
Matches: 128, Mismatches: 21, Indels: 11
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
177 12 0.09
178 3 0.02
179 3 0.02
180 98 0.77
181 12 0.09
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Consensus pattern (179 bp):
GATTCATTTTTTAAAACTATTATTATTAATTTCAAAATATTAATAAACTAGAATTACTTTATTCC
AAATAAGACTATATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAA
TAAATAATTATTCAAACAGTCATAACTATTTGCACTTGTCAGGCCAATT
Found at i:119837 original size:19 final size:20
Alignment explanation
Indices: 119797--119837 Score: 57
Period size: 20 Copynumber: 2.1 Consensus size: 20
119787 TAAATAGATT
* *
119797 TTTTTTAAATTTCTTATTAA
1 TTTTTTAAATTTCTAATAAA
119817 TTTTTTAAATTT-TAATAAA
1 TTTTTTAAATTTCTAATAAA
119836 TT
1 TT
119838 AGTATTACTA
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 2, Indels: 1
0.86 0.09 0.05
Matches are distributed among these distances:
19 7 0.37
20 12 0.63
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Consensus pattern (20 bp):
TTTTTTAAATTTCTAATAAA
Found at i:119854 original size:173 final size:171
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118287 AGTCATAACA
* * * * *
118297 ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTTATTCGATAAATAGATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAA-TTATTTGGTAAATAGATTT-TT
* * * *
118362 TTTAAAATTTTTTACTTATTAGTTGTCTG-AATATTAATAAATTTGTATAATTTTA-TTTGAAAT
64 TTT-AAA---TTT-CTTATTAATT-TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAA-
* * * * * ** * *
118425 AAGCTTGTATGAATAGAAA-ATTTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATA-G
122 AA-ATTTTATGAAT-GAAACA-ATTATTTTATGATAAAACAAAATATCAAATG
* * * * * * * * * * *
118476 CGTTAGAGATGGATAATTATTCAAATTGTCATAATTATTTGTACTTGTTTGATAAACAGATTCAT
1 -ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT-AAATTATTTGGTAAATAGATT--T
* * * *
118541 TTTTTAAATCTT-TTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAACTAGAATTATATTA-TTTCAAATTA
62 TTTTTAAAT-TTCTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAA--A
** ** * *
118603 GCTAGTATAGACA-GAAACAATTTTTTTGTGATAAAACAAAA-AGTCATAATG
123 AATTTTAT-GA-ATGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAATA-TCA-AATG
* * * * ** ** *
118654 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAACAGTCATAACTATTTGCACTTGTCAGGCCAATTGATTCATT
1 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT-AAATTATTTGGTAAATAGATT--TT
** * * **
118719 TTTTAAAACTATTACTTATTAA-TTTCAAAATATTGATAAATTAGTATTACTTTATTCCGAATAA
63 TTTT-AAA-T-TT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAA-AA
* * * ** * * * *
118783 GACTATATGAACAAAAATAATTATTTTATGACAATAC-AAATGGTCATAATG
123 AATTTTATGAA-TGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAT-ATCA-AATG
* * * * * * * *
118834 ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAA-TAATTGAATTGGTTTAGTAAACA-ATTTTAC
1 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAATT-ATTTGGTAAATAGATTTT--
** * * **
118897 TTTTAAATTTCTTACTTCTTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTGTTTTATTCCGAACAA
63 TTTTAAATTTCTTA----TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAA-AA
* * * * * * * * *
118962 ACTTATATG--TGCAAAAACATTTGTTTTATGACAAAATAAAAGAACATA-G
123 AATTTTATGAATG---AAACAATTATTTTATGATAAAACAAAATATCAAATG
* * ** * *
119011 CTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAAATGGTTAGGCAAACT-GAATT
1 --ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT-AAATTATTTGGTAAA-TAG-ATT
* * * * **
119075 GTTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAAGTTTTGAAATATTAATAAATTTGTTTTACTTTATTCCGAA
61 -TTTTTTAAA--T-TT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAA
* * * * * * * * ** *
119140 TAAGTTACTAAGAAATGAAAAAATTGTTTTACGACAAAACAAAAGGTCATAACG
121 AAAATT-TTATG-AATGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAATATCA-AATG
* * * * * * * * * * * *
119194 ATTTGAAATAAAGAATTGTTCATATAGCCTTAAATATTTGAACTAGTTTAGTAAACAAAATTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTA-TTTGGTAAA-TAGATT-TT
* ** * *
119259 TTTTAAATCTATTAGTTATTAA-TTTCCAGAATATTATTATATTAGTATTATTTTATTTCAAATT
63 TTTTAAA--T-TT-CTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA--T----TT
* * * * * * * ** * **
119323 TCAAATAAACTTGTGTGAATAGAAATAATTGTTTTATGAGATAACAAAAGGTTATAACA
117 TGAAA-AAA-TTTTATGAAT-GAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAATATCA-AATG
* * * ** *** *
119382 ATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAATAAATAGATTAACT
1 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT-AAATTATTTGGTAAATAGATT--TT
* ** **
119447 TTTTAAATCTT-TTATTAATTTTTGAAATATT-ATTAATTAGTATTATTTT-TTTCCAAATAGGC
63 TTTTAAAT-TTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAA-A-AA
* * **
119509 TTGTATG-ATGAAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGT-TCATAACA
125 TTTTATGAATG--AAACAATTATTTTATGATAAAACAAAA-TATCA-AATG
* * * * * *
119558 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGCCATAATTATTTGAATAATTTGCTAAACT-GATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTATTTGGTAAA-TAGA-TT-TT
** * ** *
119622 TTTTAAAACTCCAACTTCTTAATTTTTGAAATATTAATAAAGCAATATTATTTTATTTTGGAAAA
63 TTTT-AAA-T--TTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTT-GAAAA
* * * * **
119687 AATTTTATGTACTGAAATAGTTATTTTATGATAAAATAAAAGGTC-AATG
123 AATTTTATG-AATGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAATATCAAATG
*
119736 ATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTTATTTGGTAAATAGATTTTTT
1 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAA-TTATTTGGTAAATAGATTTTTT
* * * * * *
119801 TTAAATTTCTTATTAATTTTTTAAATTTTAATAAATTAGTATTACTATATTTTGAATAAGCA-TG
65 TTAAATTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAA-AA-AATTT
* * *
119865 TATGAATTGAAAGAATTATTTTTTGACT-AAACAAAATATCAGAATA
128 TATGAA-TGAAACAATTATTTTATGA-TAAAACAAAATATCA-AATG
* * * * ** * *
119911 ATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTC--AACTATTTGAACTACTTTGAAAAACACATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTA-TTTGGTAAATAGATTT-TT
* * * * * *
119974 TTTAAA-TCCTTATTAATTTTTGAAATAGTAATAAATTGGTATTATTTTATTCTGAATAATTTTG
64 TTTAAATTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAAAAATTT-
* *
120038 TATGAATAGAAACAATTATTTTATAATAAAACAAAATATCATAACG
128 TATGAAT-GAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAATATCA-AATG
* * * * * *
120084 ATTTGAAATAAATAA-CAGTTTAAATGGACATGACTATTTAAACTTATTTGGTAAATAGATTTAT
1 ATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAATAGTCATAACTATTTAAA-TTATTTGGTAAATAGA-TT-T
* * **
120148 TTTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTT-AGAATAATAATAAATTAGTATCATTTTA-TTCCAAA
62 TTTTTAAAT-T-T--CTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAA
* * * * * *
120211 TAAACTTGTGTGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAAAG
122 -AAA-TTTTATGAAT-GAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAATATCA-AATG
* * * ** ** *
120265 ATTTGAAATATATAATTATTCAAATAGT-AGTAACTATATGAACTTGCTCAGTAAATAAATTTAT
1 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA-TAACTAT-TTAAATTATTTGGTAAATAGATTT-T
* * *
120329 TATTTAAATTTTTTACTTATTAATTTTAGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATA
63 T-TTTAAA---TTT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAA-A
** * * ** * * * *
120394 AGCTTGTATGAATAGAAATAATTGGTTTATGACAAAACAAATTGTCATAACG
122 AAATTTTATGAAT-GAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAATATCA-AATG
* *
120446 A-TTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATT
120483 GAATGTGTTC
Statistics
Matches: 1538, Mismatches: 343, Indels: 251
0.72 0.16 0.12
Matches are distributed among these distances:
172 10 0.01
173 190 0.12
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Consensus pattern (171 bp):
ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTATTTGGTAAATAGATTTTTTT
TAAATTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAAAAATTTTAT
GAATGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAATATCAAATG
Found at i:120520 original size:526 final size:523
Alignment explanation
Indices: 119153--120520 Score: 1209
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119143 GTTACTAAGA
* * * * *
119153 AATGAAAAAATTGTTTTACGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAAGAATTGTTCATA
1 AATGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAAATAATTATTCAAA
* * * * * *
119218 TAGCCT-TAAATATTTGAACTAGTTTAGTAAACAAAATTATTTTTTAAATCTATTAGTTATTAAT
66 TAG--TATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAATAAATTTA-TTTTTAAAT-TTTTACTTATTAAT
* * * * * * *
119282 TTCCAGAATATTATTATATTAGTATT-ATTTTATTTCAAATTTCAAATAAACTTGTGTGAATAGA
127 TT-TAGAA-A-TATTA-A-TA-AATTAATATTATTT--TATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGA
* * * * *
119346 AATAATTGTTTTATGAGATAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTC
184 AATAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTC
*
119411 ATAACTATTTGAACTG-GTTCAATAAATAG-ATTAACTTTTTAAATCTTTTATTAATTTTTGAAA
249 ATAACTATTTGAACTGTGTTC-A-AAA-AGCA-T-A---TTT--AT-TTTT-TAAATTTTTGAAA
* * * * * *
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302 TATAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGATGAAAAACAATTATTTTATAAT
* * * * *
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* *
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* ** *
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* * * * * * * * *
119697 ACTGAAATAGTTATTTTATGATAAAATAAAAGGTC--AATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAA
1 AATGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAAATAATTATTCAAA
* * * * *
119760 TAGTCATAACTATTTAAATTTATTTGGTAAATAGATTT-TTTTTAAA--TTT-CTTATTAATTTT
66 TAGT-ATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAATAAATTTATTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTT
** * * * * * * * * *
119821 TTAAATTTTAATAAATTAGTATTACTATATTTTGAATAAGCATGTATGAATTGAAAGAATTATTT
130 AGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTGTTT
* * * * * * *
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195 TATGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * * *
119949 AACTACT-TTGAAAAA-CACATTTATTTTTAAATCCTTATTAATTTTTGAAATAGTAATAAATTG
260 AACT-GTGTTCAAAAAGCATATTTA--TTT---T--TTA--AATTTTTGAAATA-TAATAAATTA
** ** *
120012 GTATTATTTTATTCTGAATAATTTTGTATGAAT-AGAAACAATTATTTTATAATAAAACAAAA-T
314 GTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATG-ATGAAAAACAATTATTTTATAATAAAACAAAAGT
* * * * *
120075 ATCATAACGATTTGAAATAAATAA-CAGTTTAAATGGACATGACTATTTAAACTTATTTGGTAAA
378 -TCATAACAATTTGAAATAAATAATCA-TTCAAATGGACATAACTATTTAAA-TAATTTGCTAAA
* * ** *
120139 -TAGATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTT-AGAATAATAATAAATTAGTATCATTT
440 CT-GATTTATTTTTTAAAACTCCAACTTATTAATTTTTGA-AATAATAATAAAGCAATATCATTT
*
120202 TA-TTCCAAATAAACTTGTGTG-
503 TATTTCCAAA-AAA-TTGTATGT
* * *
120223 AATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAAAGATTTGAAATATATAATTATTCAA
1 AAT-GAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAAATAATTATTCAA
* * *
120288 ATAGTAGTAACTATATGAACTTGCTCAGTAAATAAATTTATTATTTAAATTTTTTACTTATTAAT
65 ATAGTA-TAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAATAAATTTATT-TTTAAA-TTTTTACTTATTAAT
120353 TTTAGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTG
127 TTTAGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTG
* * *
120418 GTTTATGACAAAACAAATTGTCATAACGA-TTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA-
192 TTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
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AATGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAAATAATTATTCAAA
TAGTATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAATAAATTTATTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTA
GAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTT
ATGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
ACTGTGTTCAAAAAGCATATTTATTTTTTAAATTTTTGAAATATAATAAATTAGTATTATTTTAT
TCCAAATAAGCTTGTATGATGAAAAACAATTATTTTATAATAAAACAAAAGTTCATAACAATTTG
AAATAAATAATCATTCAAATGGACATAACTATTTAAATAATTTGCTAAACTGATTTATTTTTTAA
AACTCCAACTTATTAATTTTTGAAATAATAATAAAGCAATATCATTTTATTTCCAAAAAATTGTA
TGT
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120544 ATAAATTTAT
* * * * *
120554 ATTATTTTATGACAAAACAAATGGTCATAATGTTTTGAAGTAGATAATTATTTAGATAGTCATAC
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* * ****
120619 CTATTTGAACTTGCTCGGTAAACAGATTCATTTTTTAATTCTCTTACTCTTTAATTTTTGGTATA
66 CTATTTGAACTTGCTCGGTAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCTTTAATTGTCAAAATA
* * * * ** *
120684 TTAATAAATTAGAGC-TATTTTATTTCAAATAGGCTTATGTTTACTAAAACA
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* *
120735 ATTATTTTATTACAAAATAGAA-GGTCACAAT-TATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCTT
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* * * * *
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* *
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*
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CTATTTGAACTTGCTCGGTAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCTTTAATTGTCAAAATA
CTAATAAATTAACATATTTTAATTCAAATAAGCTTATATGAACAAAAACA
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*
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ACTATTTCAAATAATTAT
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Statistics
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AACAATTATACTATTTG
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120957 ACAAAACTAT
* * * *
120967 TTCAAATAATTATTACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTGTTTTGTCA
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* * * **
121032 TAAAACAAA-TGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTTGGAATAAAATAATAT-TAATTTATTAATAT
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* * * * *
121095 TTCAAAAATTAATACGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTGCCATACCAG
127 TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTACTAAACCAG
* * * * * * * * *
121148 TTTAATTAGTTATGACTATTTGATCAAATATTTATTTCAAATCATTATGACCATTTGTTTTATCA
1 TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * *
121213 TAAAACAATTGTTTCTGTTCATATAATCTTATTCGAAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATATTT
66 TAAAAAAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTC-AAATAAA-TAATTCTAATTTATTAATATTT
** * * **
121278 TGAAAATTAATAAGTAATG-GATTTAGAAAATGTATCT-TTTAGCTTGACCAG
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* * *
121329 TGCAAACAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTCTCA
1 TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * *
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66 TAAAAAAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCA-AATAA-ATAATTCTAATTTATTAATATTT
* *
121459 CAAAAATTAATAAGTGAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTACTAAACAAG
129 CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTACTAAACCAG
* * * * * * *
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1 TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATG-ACCTTTTGTTTTGTC
* * *
121574 ATAAAATAGTT-TTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAAT
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121614 CTGTTTACCG
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TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
TAAAAAAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAATAAATAATTCTAATTTATTAATATTTCA
AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTACTAAACCAG
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Period size: 481 Copynumber: 2.0 Consensus size: 482
121144 CCAGTTTAAT
* *
121154 TAGTTATGACTATTTGATCAAATATTTATTTCAAATCATTATGACCATTTGTTTTATCATAAAAC
1 TAGTTATGACTATTGGAACAAATATTTATTTCAAATCATTATGACCATTTGTTTTATCATAAAAC
* * *
121219 AATTGTTTCTGTTCATATAATCTTATTCGAAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATATTTTGAAAA
66 AATTATTTCTGTTCATATAATCTTATTCGAAATAAAGTAATACTAATTTATTAATATTTTCAAAA
* ** * * * * * * * *
121284 TTAATAAGTAATGGATTTAGAAAATGTATCTTTTAGCTTGACCAGTGCAAACAATTATGACTATT
131 TTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATATATCGTTTAGCTCGACAAGTGCAAACAATAATAACTATC
* ***
121349 TGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTCTCACAAAAAAATTGTTTTTGTTC
196 TGAACAATTATATATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTCTCACAAAAAAATTGTTTCAATTC
* * * * * *
121414 ATACAAGCTTATACATAATAACATAATTCTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTGAGAG
261 ATACAAGCTTATACAAAATAAAATAATACTAACTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAACAG
* * *
121479 ATTTAAAAAATGAATCTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAATTATGGCTATTTGAACAATTATCGA
326 ATTTAAAAAATGAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCGA
* * *
121544 GTCCAAATTGCTAGAACCTTTTGTATTGTCATAAAATAGTT-TTTTCTATTCATACAAGCTTATT
391 GTCCAAATTGCTAGAACCTTTTGTATTGCCATAAAACAATTGTTTT-TATTCATACAAGCTTATT
121608 TCAAATCTGTTTACCGAATAATTTTGAA
455 TCAAATCTGTTTACCGAATAATTTTGAA
* ** * *
121636 TAGTTATGACTATTGGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC
1 TAGTTATGACTATTGGAACAAATATTTATTTCAAATCATTATGACCATTTGTTTTATCATAAAAC
* * * *
121701 AATTATTTTTGTTCATATTAGT-TTATTTGGATAA-AAA-TAATATTAATTTATTAATA-TTTCA
66 AATTATTTCTGTTCATA-TAATCTTA-TTCGA-AATAAAGTAATACTAATTTATTAATATTTTCA
** * *
121762 ACAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAAATATAT-GTTTA-C-CGAACAAGTTTAAATAGTAATA
128 A-AATTAATAAATAAAAGATTT-AAAAAATATATCGTTTAGCTCG-ACAAGTGCAAACAATAATA
* * *
121824 ACTATCTGAATAATTATATATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGC-CATAAAACAATT-TT
190 ACTATCTGAACAATTATATATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTT-CTCACAAAAAAATTGTT
* * * * *
121887 ATCAATTCATATAGGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAACTTATTACTATTCCAAAAATTAATG
254 -TCAATTCATACAAGCTTATACAAAATAAAATAATACTAACTTATTAATATTCCAAAAATTAATA
*
121952 AGTAACAGATTTAAAAAATGAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
318 AGTAACAGATTTAAAAAATGAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACA
* * ** * * * *
122017 ATTATCTATTTGAAATTGTTATG-GCCTTTTGTTTTGCCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACA
383 ATTATCGAGTCCAAATTGCTA-GAACCTTTTGTATTGCCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACA
122081 AGCTTATTTCAAAT
447 AGCTTATTTCAAAT
122095 AAAATAATAT
Statistics
Matches: 387, Mismatches: 62, Indels: 21
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (482 bp):
TAGTTATGACTATTGGAACAAATATTTATTTCAAATCATTATGACCATTTGTTTTATCATAAAAC
AATTATTTCTGTTCATATAATCTTATTCGAAATAAAGTAATACTAATTTATTAATATTTTCAAAA
TTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATATATCGTTTAGCTCGACAAGTGCAAACAATAATAACTATC
TGAACAATTATATATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTCTCACAAAAAAATTGTTTCAATTC
ATACAAGCTTATACAAAATAAAATAATACTAACTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAACAG
ATTTAAAAAATGAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCGA
GTCCAAATTGCTAGAACCTTTTGTATTGCCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTT
CAAATCTGTTTACCGAATAATTTTGAA
Found at i:122064 original size:181 final size:181
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Period size: 181 Copynumber: 12.5 Consensus size: 181
121600 AGCTTATTTC
* * * ** * * *
121610 AAATCTGTTTACCGAATAATTTTGAATAGTTATGACTATTGGAACAATTATTTATTTCAAATTGT
1 AAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGT
* * * ** * ***
121675 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATATTAGTTTATT-TGGATAAAAAT
66 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAAT-AAAAT
* * * *
121739 AATATTAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAA-
130 AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* * * * * * * * *
121790 ATATATGTTTACCGAACAAGTTTAAATAGTAATAACTATCTGAATAATTATATATTTCAAATCGT
1 AAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGT
* * * *
121855 TATGACCTTTTGTTTTGCCATAAAACAATT-TTATCAATTCATATAGGCTTATTCAAAATAAAAT
66 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT-TCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAAT
* * * * *
121919 AATACTAACTTATTACTATTCCAAAAATTAATGAGTAACAGATTTAAAAAAT
130 AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* * * *
121971 GAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTGAAATTGT
1 AAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGT
* * * *
122036 TATGGCCTTTTGTTTTGCCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAAT
66 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAAT
* * * * * *
122100 AATA-TAAATTTACTAATATTCCAAAGATTAATAAGTAA-AAATATATAAAAT
130 AATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* * *** * * * * *
122151 AAATTTATTTTTTAAACACGTTCAAAATAATTATGACCATTTGAACAATTCTCTATTTCAAATTG
1 AAATCTGTTTACCAAACAAGTTC-AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCG
* * * **
122216 TTATGACC-TTT-TATTGTCATAAACCAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAAT
65 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAAT
* * * *
122279 AATACTTATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAAAT
130 AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* * *** * * * *
122331 AAATTTGTTTACCGAGTGAGTTCAAATAATTATGACTATTTAAATAATTATTTATTTCAAATCGT
1 AAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGT
* **
122396 TATGATCC-TTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTCAAAATAAAAT
66 TATGA-CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAAT
* **
122460 AATACTAATTTATTAATATTTTAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAACC
130 AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* * * * * *
122508 ATATCTATTTATCGAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATCTCAAATCG
1 AAATCTGTTTA-CCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCG
** * * * *** *
122572 GAATGA--TATTTGTTTTGTCATAAAACAGTTGTTTCTATCCATACAAACTTATTTGGAGTAAAA
65 TTATGACCT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAA
* * ** * *
122635 TATTGCTAAACTAATAATA-TTCTACAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
129 TAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* * * *
122688 --A-------A-C---C-AGTTCAAATAGTTAAGACTATTAT-AATAATTATCTATTTAAAATCA
1 AAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATT-TGAACAATTATCTATTTCAAATCG
* * * * * *
122738 TTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTG-TT-TAGTTCATACATGCTTACTCAAAATAAAA
65 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAA
* * * *
122801 TAATACTATTTTATTAACATTT-AGAAAATTAATAAGCAAG-GAATTAAAAAAT
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* * * * * * *
122853 AAATATGTTTACCAAATAAGTTTAAATATTTATGACTATTTAAACAATTATC-ATTTTAAAATGG
1 AAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATCG
* * * * *
122917 TTATGACCTTTGGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCGT-TTAATAAAAGCTTATCCAAAATAAAA
65 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-TATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAA
* * * * ** *
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129 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
*** ** * * *
123034 AAATCAT-TTTATTGAATTAGTTCAAATAGTTATGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
1 AAATC-TGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCG
* * * * *
123098 TTTTGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA-TCATACAAGCCTAATT-AGAATAAA
65 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAG-CTTATTCAAAATAAA
* * *
123161 ACAATAATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGGAGA-TT-----AT
128 ATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
** * * * * * *
123209 ---T-TGTTTACTGAACTAGTTTAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATATATTTCAAATCAT
1 AAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGT
* * * * ** *
123270 TATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTATGTTCATACAAGCTTATTTGAAAGAAAATA
66 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATA
* * * * *
123335 ATACTAATCTAATAATATTAT-GAAAATTAATAATTAAGAGATTTGAAAAAT
131 ATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* * *** * * * * *
123386 AAATTTTTTTGTTGAAAC-AGTTCAAATAGTTAAGGCTATATGAATAACTATCTATTTCAAATCG
1 AAATCTGTTT-ACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCG
* * * * * * *** * * *
123450 TTAT-ATTCTTTTATTTTGTCATAAAACAAATGCTTT-TGTTAATATATTTTTGTTTAGAATAAA
65 TTATGA-CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAA
* * **
123513 ATAATA-TGAATTAATTAATCTTTTGAAAATTAAT--G--AGAGATTTAAAAAAT
128 ATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* * * * * * * * *
123563 AAATTTTGTTTACCAAACTAGTTCAATTAGTTATAACAATTT-AACAATTATTTAGTTCATATTG
1 AAA-TCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCG
* * * * * * ** *
123627 TTATAACCCTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTGATA-TAGTCTTATTCGGAATAAAG
65 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG-CTTATTCAAAATAAAA
* * * * *
123691 TAATGCTAATTTATTAATA-TTCTAACAACTAATAAGTAACAAATTTAAAAAAT
129 TAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* ** * * * *
123744 GAATCTGTTGGCCTAACCA-TTGCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCA
1 AAATCTGTTTACCAAACAAGTT-CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCG
* * *
123808 TTATGACCTTTTTATTTTGTCACAAAACACTTGTTT
65 TTATGACC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
123844 TTGAATTACA
Statistics
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AAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGT
TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATA
ATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
Found at i:122410 original size:360 final size:355
Alignment explanation
Indices: 121634--123846 Score: 1594
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121624 AATAATTTTG
* * *
121634 AATAGTTATGACTATTGGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATG-ACCTTTTGTTTTGTCATAA
1 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAACCTTTTGTTTTGTCATAA
* ** * ***
121698 AACAATTATTTTTGTTCATATTAGTTTATTTGGATAAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAA
66 AACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAT-AAAATAATA-TAATTTATTAATATTTCAA
* * * * * *
121763 CAATTAATAAATAAAAGATT-TAAAA-AAATATATGTTTACCGAACAAGTTTAAATAGTAATAAC
129 AAATTAATAAGTAAAA-ATTATAAAATAAATATA--TTTATCAAACAAGTTTAAATAGTTATGAC
* * * *
121826 TATCTGAATAATTATATATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGCCATAAAACAATT-TTATC
191 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT-TC
* * * * * * *
121890 AATTCATATAGGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAACTTATTACTATTCCAAAAATTAATGAGT
254 TATTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
* * * *
121955 AACAGATTTAAAAAATGAATCTATTTACCAAACAAGTTCA
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* * * *
121995 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTGAAATTGTTATG-GCCTTTTGTTTTGCCATAA
1 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAACCTTTTGTTTTGTCATAA
* *
122059 AACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATATAAATTTACTAATATTCCAA
66 AACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATAT-AATTTATTAATATTTCAA
* * * * * * * *
122124 AGATTAATAAGTAAAAATATATAAAATAAATTTATTTTTTAAACACGTTCAAAATAATTATGACC
129 AAATTAATAAGTAAAAAT-TATAAAATAAATATATTTATCAAACAAGTT-TAAATAGTTATGACT
* * * *
122189 ATTTGAACAATTCTCTATTTCAAATTGTTATGACCTTT-TATTGTCATAAACCAATTGTTTCTAT
192 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAT
** * * *
122253 TCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTTATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGTAAA
257 TCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG
* *
122318 ATATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAGTGAGTTCA
322 AGATTTAAAAAATAAA-TT-TTTACCGAAT-AGTTCA
* * * * * *
122355 AATAATTATGACTATTTAAATAATTATTTATTTCAAATCGTTATGATCC-TTTGTTTTGTAATAA
1 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * ** *
122419 AACAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAA
66 AACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTCAA
* * * * * * *
122484 AAATTAATAAG--AGATTTA-AAAACCATATCTATTTATCGAACCAA-TTCAAATAGTTATGACT
129 AAATTAATAAGTAAAAATTATAAAA-TAAATATATTTATC-AAACAAGTTTAAATAGTTATGACT
* * ** ** *
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192 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAT
* *** * * * ** * *
122610 CCATACAAA-CTTATTTGGAGTAAAATATTGCTAAACTAATAATA-TTCTACAAATTAATAAGTA
257 TCATA-AAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTA
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320 AGAGATTTAAAAAATAAATTTTTACCGAATAGTTCA
* * * * * *
122698 AATAGTTAAGACTATTAT-AATAATTATCTATTTAAAATCATTCT-AACCTTTTGTTTAGTCATA
1 AATAGTTATGACTATT-TGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAACCTTTTGTTTTGTCATA
* * * * * *
122761 AAATAATTG-TTTAGTTCATACATGCTTACTCAAAATAAAATAATACTATTTTATTAACATTT-A
65 AAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTCA
* * * * * * *
122824 GAAAATTAATAAGCAAGGAATTAAAAAATAAATATGTTTACCAAATAAGTTTAAATATTTATGAC
128 -AAAATTAATAAGTAA-AAATTATAAAATAAATATATTTATCAAACAAGTTTAAATAGTTATGAC
* * * *
122889 TATTTAAACAATTATC-ATTTTAAAATGGTTATGACCTTTGGTTTTATCATAAAACAATTGTTTC
191 TATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATCGTTATGACCTTT-GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * * * * *
122953 GT-TTAATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAAATTTAGAAG
254 -TATTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
** * **
123017 TTGGAGATTTAAAACATAAATCATTTTATTGAATTAGTTCA
318 TAAGAGATTTAAAAAATAAAT--TTTTACCGAA-TAGTTCA
* * * *
123058 AATAGTTATGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTTTGAA-CTTTTGTTTTGTCATAA
1 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAACCTTTTGTTTTGTCATAA
** * *
123122 AACAATTGTTTTTCATCATACAAGCCTAATT-AGAATAAAACAATAATAATTTATTAATATTTCA
66 AACAATTGTTTTTGTTCATACAAG-CTTATTCA-AATAAAATAAT-ATAATTTATTAATATTTCA
* * * * * *
123186 AAAATTAATAAGTAGGAGA-T-T---AT---T-TGTTTA-CTGAACTAGTTTAAATAATTATGAC
128 AAAATTAATAAGTA-AAAATTATAAAATAAATATATTTATC-AAACAAGTTTAAATAGTTATGAC
* * * * * *
123241 TATTTAAACAATTATATATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTAT
191 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT
* * ** * * * * *
123306 GTTCATACAAGCTTATTTGAAAGAAAATAATACTAATCTAATAATATTAT-GAAAATTAATAATT
255 ATTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGT
* *** *
123370 AAGAGATTTGAAAAATAAATTTTTTTGTTGAAACAGTTCA
319 AAGAGATTTAAAAAATAAA--TTTTTACCG-AATAGTTCA
* * * * * ** *
123410 AATAGTTAAGGCTATATGAATAACTATCTATTTCAAATCGTTAT-ATTCTTTTATTTTGTCATAA
1 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * * *** * * * * **
123474 AACAAATGCTTTTGTTAATATATTTTTGTTTAGAATAAAATAATATGAATTAATTAATCTTTTGA
66 AACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCA-AATAAAATAATAT-AATTTATTAATATTTCAA
* * * * * * * * * * * *
123539 AAATTAATGAG--AGATTTAAAAAATAAATTTTGTTTACCAAACTAGTTCAATTAGTTATAACAA
129 AAATTAATAAGTAAAAATTATAAAATAAA-TATATTTATCAAACAAGTTTAAATAGTTATGACTA
* * * * * * *
123602 TTT-AACAATTATTTAGTTCATATTGTTATAACCCTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTCTAT
193 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-CCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAT
* * ** * * * *
123666 TGAT-ATAGTCTTATTCGGAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATA-TTCTAACAACTAATAAGTA
257 TCATAAAAG-CTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTA
* * * ** * *
123729 ACAAATTTAAAAAATGAATCTGTTGGCCTAACCA-TTGCA
320 AGAGATTTAAAAAATAAAT-T-TTTACCGAA-TAGTT-CA
* * * *
123768 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCATTATG-ACCTTTTTATTTTGTCACA
1 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAACC-TTTTGTTTTGTCATA
*
123832 AAACACTTGTTTTTG
65 AAACAATTGTTTTTG
123847 AATTACAAGG
Statistics
Matches: 1465, Mismatches: 303, Indels: 170
0.76 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
341 1 0.00
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345 59 0.04
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ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (355 bp):
AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAACCTTTTGTTTTGTCATAA
AACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAATAAAATAATATAATTTATTAATATTTCAAAA
ATTAATAAGTAAAAATTATAAAATAAATATATTTATCAAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTT
GAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT
AAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAT
TTAAAAAATAAATTTTTACCGAATAGTTCA
Found at i:122655 original size:176 final size:177
Alignment explanation
Indices: 122351--122670 Score: 435
Period size: 176 Copynumber: 1.8 Consensus size: 177
122341 ACCGAGTGAG
* * ** *
122351 TTCAAATAATTATGACTATTTAAATAATTATTTATTTCAAATCGTTATGATCCTTTGTTTTGTAA
1 TTCAAATAATTATGACTATTTAAATAATTATCTATCTCAAATCGGAATGATCATTTGTTTTGTAA
* ** * *
122416 TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
66 TAAAACAATTGTTTCTATCCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAAACTAATAATATTC
122481 TAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAACCATATCTATTTATCGAACCAA
131 TAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAACCATATCTATTTATCGAACCAA
* * *
122528 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATCTCAAATCGGAATGAT-ATTTGTTTTGTCA
1 TTCAAATAATTATGACTATTTAAATAATTATCTATCTCAAATCGGAATGATCATTTGTTTTGTAA
* * *** * * *
122592 TAAAACAGTTGTTTCTATCCATACAAACTTATTTGGAGTAAAATATTGCTAAACTAATAATATTC
66 TAAAACAATTGTTTCTATCCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAAACTAATAATATTC
*
122657 TACAAATTAATAAG
131 TAAAAATTAATAAG
122671 TAAGAGATTT
Statistics
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0.84 0.15 0.01
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.41, C:0.11, G:0.07, T:0.40
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TTCAAATAATTATGACTATTTAAATAATTATCTATCTCAAATCGGAATGATCATTTGTTTTGTAA
TAAAACAATTGTTTCTATCCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAAACTAATAATATTC
TAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAACCATATCTATTTATCGAACCAA
Found at i:123248 original size:18 final size:17
Alignment explanation
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Period size: 18 Copynumber: 3.1 Consensus size: 17
123210 TGTTTACTGA
123220 ACTAGTTTAAATAATTAT
1 ACTA-TTTAAATAATTAT
*
123238 GACTATTTAAACAATTAT
1 -ACTATTTAAATAATTAT
*
123256 A-TATTTCAAATCATTAT
1 ACTATTT-AAATAATTAT
123273 A
1 A
123274 ACCTTTTGTT
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 3, Indels: 4
0.82 0.08 0.11
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.44, C:0.09, G:0.04, T:0.43
Consensus pattern (17 bp):
ACTATTTAAATAATTAT
Found at i:123363 original size:171 final size:171
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Indices: 123041--123377 Score: 419
Period size: 171 Copynumber: 2.0 Consensus size: 171
123031 CATAAATCAT
* * * * * * *
123041 TTTATTGAATTAGTTCAAATAGTTATGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTTTGAAC
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* * *
123106 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATCATACAAGCCTAATTAGAATAAAACAATAATAA
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* * *
123171 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGGAGATTATTTG
131 TCTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTATTTG
* *
123212 TTTACTGAACTAGTTTAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATATATTTCAAATCATTAT-AAC
1 TTTACTGAACTAGTTCAAATAATTATGACCATTTAAACAATTATATATTTCAAATCATTATGAA-
** * * * *
123276 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTATGTTCATACAAG-CTTATTTGAAAGAAAATAATACT
65 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTATCATCATACAAGCCTAATTAG-AAGAAAACAATAAT
* *
123340 AATCTAATAATATTAT-GAAAATTAATAATTAAGAGATT
129 AATCTAATAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
123378 TGAAAAATAA
Statistics
Matches: 140, Mismatches: 23, Indels: 6
0.83 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
170 8 0.06
171 131 0.94
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ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (171 bp):
TTTACTGAACTAGTTCAAATAATTATGACCATTTAAACAATTATATATTTCAAATCATTATGAAC
TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTATCATCATACAAGCCTAATTAGAAGAAAACAATAATAA
TCTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTATTTG
Found at i:123509 original size:352 final size:352
Alignment explanation
Indices: 122871--123546 Score: 754
Period size: 352 Copynumber: 1.9 Consensus size: 352
122861 TTACCAAATA
* ** *
122871 AGTTTAAATATTTATGACTATTTAAACAATTATCATTTTAAAATGGTTATGACCTTTGGTTTTAT
1 AGTTTAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATCATTTTAAAATCATTATAACCTTTGGTTTTAT
* * * * * *
122936 CATAAAACAATTGTTTCGTTTAATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATAT
66 CATAAAACAATTATTTCGTTTAATAAAAGCTTATCCAAAAGAAAATAATACTAATCTAATAATAT
* * **
123001 TTCAAAAATTTAGAAGTTGGAGATTTAAAACATAAATCATTTTATTGAATTAGTTCAAATAGTTA
131 TTCAAAAATTAAGAAGTTAGAGATTTAAAACATAAATCATTTTATTGAAACAGTTCAAATAGTTA
* * * * * * *
123066 TGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTTTGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT
196 AGGCCATATGAACAACTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTATTTTGTCATAAAACAAATGC
* *
123131 TTTTCATCATACAAGCCTAATTAGAATAAAACAATAAT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
261 TTTTCATAATACAAGCCTAATTAGAATAAAACAAT-ATGAATTAATTAATATTTCAAAAATTAAT
123195 AAGTAGGAGATTATTTGTTTACTGAACT
325 AAGTAGGAGATTATTTGTTTACTGAACT
* * *
123223 AGTTTAAATAATTATGACTATTTAAACAATTAT-ATATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTG
1 AGTTTAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATCAT-TTTAAAATCATTATAACCTTTGGTTTTA
* * * ***
123287 TCATAAAACAATTATTT-ATGTTCATACAAGCTTATTTGAAAGAAAATAATACTAATCTAATAAT
65 TCATAAAACAATTATTTCGT-TTAATAAAAGCTTATCCAAAAGAAAATAATACTAATCTAATAAT
* * ** *
123351 ATTAT-GAAAATTAATAA-TTAAGAGATTTGAAAA-ATAAATTTTTTTGTTGAAACAGTTCAAAT
129 ATT-TCAAAAATTAAGAAGTT-AGAGATTT-AAAACATAAATCATTTTATTGAAACAGTTCAAAT
* * * *
123413 AGTTAAGGCTATATGAATAACTATCTATTTCAAATCGTTAT-ATTCTTTTATTTTGTCATAAAAC
191 AGTTAAGGCCATATGAACAACTATCTATTTCAAATCATTATGA-ACTTTTATTTTGTCATAAAAC
** * **** ** * * **
123477 AAATGCTTTTGTTAATATATTTTTGTTTAGAATAAAATAATATGAATTAATTAATCTTTTGAAAA
255 AAATGCTTTTCATAATACAAGCCTAATTAGAATAAAACAATATGAATTAATTAATATTTCAAAAA
123542 TTAAT
320 TTAAT
123547 GAGAGATTTA
Statistics
Matches: 263, Mismatches: 54, Indels: 14
0.79 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
351 8 0.03
352 250 0.95
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ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (352 bp):
AGTTTAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATCATTTTAAAATCATTATAACCTTTGGTTTTAT
CATAAAACAATTATTTCGTTTAATAAAAGCTTATCCAAAAGAAAATAATACTAATCTAATAATAT
TTCAAAAATTAAGAAGTTAGAGATTTAAAACATAAATCATTTTATTGAAACAGTTCAAATAGTTA
AGGCCATATGAACAACTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTATTTTGTCATAAAACAAATGC
TTTTCATAATACAAGCCTAATTAGAATAAAACAATATGAATTAATTAATATTTCAAAAATTAATA
AGTAGGAGATTATTTGTTTACTGAACT
Found at i:124635 original size:11 final size:11
Alignment explanation
Indices: 124619--124653 Score: 56
Period size: 10 Copynumber: 3.4 Consensus size: 11
124609 TAATAATTCG
124619 ATATTATTATA
1 ATATTATTATA
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1 ATATTATTATA
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1 ATAT
124654 ATAATAAGAA
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 0, Indels: 3
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Matches are distributed among these distances:
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ATATTATTATA
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124758 TTATTTAATT
124768 TTAATAATCAATTTAAAATATA
1 TTAATAATCAA-TT-AAATATA
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TTAATAATCAATTAAATATA
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124857 AAACTATTGC
*
124867 AATTATTTAAAT-TAAAAATAAAT
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* *
124890 AATTAAGTAAATATAAAACTAAAT
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AATTATGTAAATATAAAAATAAAT
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124864 TGCAATTATT
124874 TAAAT-TAAAAATAAATAATTAAG
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*
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TAAATATAAAAATAAATAATTAAG
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124902 ATAAAACTAA
*
124912 ATAATTATATTATT
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1 ATAAATATATTATT
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1 AT
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ATAAATATATTATT
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125320 TGGATTGTTA
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AATATTATTAATAATATTAATAT
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125668 ATCTCGAATA
* * * * *
125678 GAAAAAATTATTCTATGACAAA-AAACAGATCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAG
1 GAAACAATTATTTTATGACAAACAAA-AGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
* *
125742 TCATAACTATTTGAACTTGCT-TGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-T
65 TCATAACTATTTGATCTAG-TATGGTAAAC--A-TTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGT
** * * *** * * ** *
125805 TGGAATTTTAATAAATTAGTACTATTTTATTTATAAAAAAAAGCTTTTATGACCAGAAACAATTG
126 TAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA---ATTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTG
* * * *
125870 GTTTATGACAAA-ATAAAGGATCATAATGATTTGAAATAGATAATT-CTTCAAATAGTCATAACT
188 TTTTATGACAAACA-AAA-AATCATAATGATTTGAAATAAATAATTGC-TCAAATAGTTATAACT
* ** * * * *
125933 ATTTGAACGT-GTTCAGAAAACATAGTTATTTTTTAAAATTTTACTTATTAATTTTTGAAATATT
250 ATTAGAAC-TAGTTTGGTAAACAGATTTA-TTTTT-AAA-TCTACTTATTAATTTTT-AAATATT
* ** * * ***
125997 AATAGA-TTAAATTATTTTATTT-GAAATAAGC-TCGCA-TGA-ACAAAGCCAATTGTTTTATGA
310 AATAAATTTGTATTATTTTATTTCGAAATAAACTTAG-ATTGATA-AAAAAAAATTGTTTTATGA
* * * * * * *
126057 CAAAAC-AAAAGATCATAATGTTTTGAAATAGATAATTGCTCAGATAGTCATAACTATTTGAACT
373 CAAAACAAAAAG-TAATACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCA-AAAGTCCTAATTATTTGAA-T
* * * * * * * *
126121 TATTCAGTAAACATATTC-TTTTTTTATTCT-CTCACTCATTAATTTTTGGAATATTGATAAATT
434 TGTTTAGTAAACA-AATCATTTTTTAAATCTACTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATT
* * *
126184 AGTATTATCTTACTTCAAATAAGCTTATATGAATT
498 A-TATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACT
* * * *
126219 GAAACAAGTGTTTTATTAGA-AAAGAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTAAAATA
1 GAAACAATTATTTTA-T-GACAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* * * * * * *
126283 TTAATAACTATTAGAACTTGTTTGGTAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGT
64 GTCATAACTATTTGATCTAGTATGGT-AA-ACA-TTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGT
* * * * *
126348 TAAAATATTAATTAATTAATATTATTTTAATTCGAATAAACTCGTATGAATAGAAATAATTATTT
126 TAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTGTTT
* **
126413 TATGACAAACAAAAAATCATAA-CATGTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGCCATAA-TGATTA
191 TATGACAAACAAAAAATCATAATGAT-TTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTTATAACT-ATTA
*
126476 GAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTT-AATATTAATA
254 GAACTAGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTAAATC---TACTTATTAATT-T-TTAAATATTAATA
* * * * *
126540 AATTTGTATCATTTTA-TTCGAAATAAGCTTAGATTAATAGAAAAAAAATTCTTTTATTACAAAA
314 AATTTGTATTATTTTATTTCGAAATAAACTTAGATTGATA-AAAAAAAATTGTTTTATGACAAAA
* * * * *
126604 CAAAATGTTATAGCTATTTCAAATAGATAATTATTCAAACAGTCCTAATTATTTAAATTTGTTTA
378 CAAAAAGTAATA-CTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA-AGTCCTAATTATTTGAA-TTGTTTA
* *
126669 GTAAACAAAGTCATTTTTTAAATCTATTTA-TTATTAATTTTTGGATTATTAATAAATTAGTATT
440 GTAAACAAA-TCATTTTTTAAATCTACTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTA-TATT
** *
126733 ATTTTATTTTGAATAAGCTTATATAAACT
503 ATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACT
*
126762 GAAACAATTATTTTATGACAAATCAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATTG
1 GAAACAATTATTTTATGACAAA-CAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
* * * * * * * *
126827 TCATGATTATTTGATCTAGTGTGGTAAACA-TATTTTTAAAATTTTTTTCTTACTAATTGTCAAA
65 TCATAACTATTTGATCTAGTATGGTAAACATTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTTAAA
* * * * **
126891 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATGCAAATAAGTTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTACA
130 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATG
*
126956 ACAAA-ACAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTTATAACTA-TATGAAC
195 ACAAACA-AAAAATCATAATGATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTTATAACTATTA-GAAC
* * * * * *
127019 TAGTTTGATACATAGATTTATTGTCTAAATC-ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGT
258 TAGTTTGGTAAACAGATTTATT-TTTAAATCTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTTGT
* * * * *
127083 ATTACTTTATTTCG-AATAAACTTATA-TGA-ACAAAAACATTTGTTGTATGACAAAACAAAAAG
321 ATTATTTTATTTCGAAATAAACTTAGATTGATA-AAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAG
* * * * * * * *
127145 TAATAATGATTTGAAATATATAATTGTTTAAATAAT-ATAATTTTTTGAACTGGTTAGGTAAACA
385 TAATACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA-AGTCCTAATTATTTGAATTGTTTA-GTAAACA
* * * *
127209 GAATTATTTTTTAAATCT-CTTACTTATTATTTTTTGAAATATTAATAAATTCATTTTATTTTAT
447 -AATCATTTTTTAAATCTACTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATT-ATATTATTTTAT
*
127273 TTCAAATAAGC-TAGTATGAATT
510 TTCAAATAAGCTTA-TATGAACT
* * *
127295 GAGAA-AATTGTTTTATGATAAGACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCATATA
1 GA-AACAATTATTTTATGACAA-ACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* * * * ** * *
127359 GTCTTAACTATTTGAAT-TGGTACGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCCCTTAGTTATTAATTT
64 GTCATAACTATTTG-ATCTAGTATGGTAAAC--A-TTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTG
** * * * * *
127423 TTGGAATATTATTAGATTAGTATTGTTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTGTT
125 TTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTGTT
* * * * * * * * *
127488 TAATGACATAACAAAAGATTATAATGATTTGAAGTATAGAATTGTTCAAATAGTTACAACTATTT
190 TTATGACA-AACAAAAAATCATAATGATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTTATAACTATTA
* *
127553 GAACTAGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCT-CTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAAT
254 GAACTAGTTTGGTAAACAGATTTA-TTTTTAAATCTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAAT
* * *
127617 TAT-TATTATTTTATTTC-AAATAATCAT-G-TATGATAAAAAAACAATTGTTTTATGACCAAAC
317 T-TGTATTATTTTATTTCGAAATAAACTTAGAT-TGATAAAAAAA-AATTGTTTTATGACAAAAC
* * * * * * ** *
127678 AAAAGGTGATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATGACCATAATTATTTGAACTAATTTCG
379 AAAAAGTAAT-ACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAAGTCC-TAATTATTTGAA-TTGTTTAG
* * * * * *
127743 CAAATAGATTCA-CTTTTAAATC-ACTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAAATTAT
441 TAAACA-AATCATTTTTTAAATCTACTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTATATTAT
** *
127806 TTTATTTTGAATAAGCTTTGTATGAACT
505 TTTATTTCAAATAAGC-TTATATGAACT
* * * *
127834 GAAACAATTATTTTATGAC-AA-AACA--TCATAATGATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAGT
1 GAAACAATTATTTTATGACAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
127895 CATAACTAT
66 CATAACTAT
127904 CTGAATTTGC
Statistics
Matches: 1361, Mismatches: 254, Indels: 147
0.77 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
532 10 0.01
533 157 0.12
534 102 0.07
535 4 0.00
536 47 0.03
537 87 0.06
538 159 0.12
539 340 0.25
540 90 0.07
541 27 0.02
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543 169 0.12
544 3 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (531 bp):
GAAACAATTATTTTATGACAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
CATAACTATTTGATCTAGTATGGTAAACATTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTTAAAA
TATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGA
CAAACAAAAAATCATAATGATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTTATAACTATTAGAACTAG
TTTGGTAAACAGATTTATTTTTAAATCTACTTATTAATTTTTAAATATTAATAAATTTGTATTAT
TTTATTTCGAAATAAACTTAGATTGATAAAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAC
TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAAGTCCTAATTATTTGAATTGTTTAGTAAACAAATCATTTT
TTAAATCTACTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTATATTATTTTATTTCAAATAAGC
TTATATGAACT
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Indices: 125673--127953 Score: 1807
Period size: 181 Copynumber: 12.7 Consensus size: 181
125663 TTACTATCTC
* * * * * * *
125673 GAATAGAAAAAATTATTCTATGACAAAA-AACAGATCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCA
1 GAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * *
125737 AATAGTCATAACTATTTGAACTTGCTT-GGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTA
66 AATAGTCATAACTATTTGAA-TTGGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTA
* * * ** * *
125801 A-TTTTGGAATTTTAATAAATTAGTACTATTTTATTTATAAAAAAAAGCTTTTAT
130 ATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TT-T-CGAATAAGCTTGTAT
** * * * *
125855 GACCAGAAACAATTGGTTTATGACAAAATAAAGGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTCTTCA
1 GAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * * * *
125920 AATAGTCATAACTATTTGAA-CGTGTTCAGAAAACATAGTTATTTTTTAAAAT-T-TTACTTATT
66 AATAGTCATAACTATTTGAATTG-GTTCGGTAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATT
* * * *
125982 AATTTTTGAAATATTAATAGATTA-AATTATTTTATTT-GAAATAAGCTCGCAT
129 AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTGTAT
* * * *
126034 GAACA-AAGCCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGTTTTGAAATAGATAATTGCTC
1 GAATAGAA-ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * * * * * *
126098 AGATAGTCATAACTATTTGAACTT-ATTCAGTAAACATATTCT-TTTTTT-ATTCTCTCACTCAT
65 AAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGGTTCGGTAAACAAATT-TATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
* * * * * *
126160 TAATTTTTGGAATATTGATAAATTAGTATTATCTTACTTCAAATAAGCTTATAT
128 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTAT
* * * * * * * *
126214 GAATTGAAACAAGTGTTTTATTAGAAAAGAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTAA
1 GAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * * * * * *
126279 AATATTAATAACTATTAGAACTT-GTTTGGTAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTA
66 AATAGTCATAACTATTTGAA-TTGGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTA
* * * * * * *
126343 ATTGTTAAAATATTAATTAATTAATATTATTTTAATTCGAATAAACTCGTAT
130 ATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTAT
* * * * * *
126395 GAATAGAAATAATTATTTTATGAC-AAACAAAAAATCATAA-CATGTTGAAATAAATAATTGCTC
1 GAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGAT-TTGAAATAGATAATTGTTC
* * * * *
126458 AAATAGCCATAA-TGATTAGAACTT-GTTTGGTAAACAGATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTAT
65 AAATAGTCATAACT-ATTTGAA-TTGGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
* *
126520 TAATTGTCTT--AATATTAATAAATTTGTATCATTTTA-TTCGAAATAAGCTTAG-AT
128 TAATT-T-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG-AATAAGCTT-GTAT
* * * * * * * *
126574 TAATAGAAAAAAAATTCTTTTATTACAAAACAAAATG-TTATAGCT-ATTTCAAATAGATAATTA
1 GAATAG--AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GATCATA-ATGATTTGAAATAGATAATTG
* * * * * ** * * *
126637 TTCAAACAGTCCTAATTATTTAAATTTGTTTAGTAAACAAAGTCATTTTTTAAATCTATTTA-TT
62 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCT-CTTACTT
* * * *
126701 ATTAATTTTTGGATTATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATAT
126 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTAT
* * * * *
126757 AAACT-GAAACAATTATTTTATGACAAATCAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTC
1 GAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * * * * * * * *
126821 AAATTGTCATGATTATTTG-ATCTAGTGT-GGTAAAC--A--TATTTTTAAAATTTTTTTCTTAC
65 AAATAGTCATAACTATTTGAAT-TGGT-TCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
* ** * * * *
126880 TAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATGCAAATAAGTTTGTAT
128 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTAT
** * *
126934 GAATAGAAACAATTGTTTTACAACAAAACAAAAG-TCATAATGATTTGAAATAAATAATTGCTCA
1 GAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * * * * * * * * * *
126998 AATAGTTATAACTATATGAACTAGTTTGATACATAGATTTATTGTCTAAA--TC--ACTTATTAA
66 AATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA
* * * *
127059 TTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTACTTTATTTCGAATAAACTTATAT
131 TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTAT
* * * * * * *
127110 GAACAAAAACATTTGTTGTATGACAAAACAAAA-AGTAATAATGATTTGAAATATATAATTGTTT
1 GAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGA-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * * * *
127174 AAATAAT-ATAATTTTTTGAACTGGTTAGGTAAACAGAA-TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
65 AAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCGGTAAACA-AATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
* * * *
127237 ATTTTTTGAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTTCAAATAAGCTAGTAT
129 AATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTAT
* * * * *
127290 GAATTGAGAA-AATTGTTTTATGATAAGACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTC
1 GAATAGA-AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * * * * *
127354 ATATAGTCTTAACTATTTGAATTGGTACGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCCCTTAGTTATTA
65 AAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTA
* * * * *
127419 ATTTTTGGAATATTATTAGATTAGTATTGTTTTATTTTGAATAAGCTTGTAT
130 ATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTAT
* * * * * * *
127471 GAATAGAAATAATTGTTTAATGACATAACAAAAGATTATAATGATTTGAAGTATAGAATTGTTCA
1 GAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * * * *
127536 AATAGTTACAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAA
66 AATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA
* * * * *
127597 TTTTTGAAAGATTAATAAATTATTATTATTTTATTTCAAATAATCATGTAT
131 TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTAT
* * * * * ** *
127648 GATAAAAAAACAATTGTTTTATGACCAAACAAAAGGTGATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTG
1 GA-ATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * *** * * * * * *
127713 AAAT-GACCATAATTATTTGAACTAATTTC-GCAAATAGATTCA-CTTTTAAATCACTTACTTAT
65 AAATAG-TCATAACTATTTGAA-TTGGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
* *
127775 TAATTTTTTG-AATATTAATAAATTA-AATTATTTTATTTTGAATAAGCTTTGTAT
128 TAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGC-TTGTAT
* * *
127829 GAACT-GAAACAATTATTTTATGACAAAAC-----ATCATAATGATTTTAAATAGACAATTGTTC
1 GAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * * * *
127888 AAATAGTCATAACTATCTGAATTTGCTCGATAAACAAATTTATTTTTTTAAA-CTCTTGCTTATT
65 AAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCGGTAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATT
127952 AA
129 AA
127954 ATTCTTTTTA
Statistics
Matches: 1665, Mismatches: 356, Indels: 162
0.76 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
174 3 0.00
175 48 0.03
176 169 0.10
177 184 0.11
178 85 0.05
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180 334 0.20
181 376 0.23
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ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
GAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCA
AATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA
TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTAT
Found at i:128024 original size:123 final size:123
Alignment explanation
Indices: 127887--128145 Score: 468
Period size: 123 Copynumber: 2.1 Consensus size: 123
127877 GACAATTGTT
127887 CAAATAGTCATAACTATCTGAATTTGCTCGATAAACAAATTTATTT-TTTTAAACTCTTGCTTAT
1 CAAATAGTCATAACTATCTGAATTTGCTCGATAAACAAATTTATTTATTTT-AACTCTTGCTTAT
*
127951 TAAATTCTTTTTATTTTGGACAAGCTTTTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGTCAAAA
65 TAAATTCTTTTTATTTTGGACAAACTTTTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGTCAAAA
128010 CAAATAGTCATAACTATCTGAATTTGCTCGATAAACAAATTTATTTATTTTAACTCTTGCTTATT
1 CAAATAGTCATAACTATCTGAATTTGCTCGATAAACAAATTTATTTATTTTAACTCTTGCTTATT
*
128075 AAATTCTTTTTATTTTGGATAAACTTTTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGTCAAAA
66 AAATTCTTTTTATTTTGGACAAACTTTTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGTCAAAA
128133 CAAA-ATGTCATAA
1 CAAATA-GTCATAA
128146 TGATTTTATA
Statistics
Matches: 132, Mismatches: 2, Indels: 4
0.96 0.01 0.03
Matches are distributed among these distances:
122 1 0.01
123 127 0.96
124 4 0.03
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.09, T:0.43
Consensus pattern (123 bp):
CAAATAGTCATAACTATCTGAATTTGCTCGATAAACAAATTTATTTATTTTAACTCTTGCTTATT
AAATTCTTTTTATTTTGGACAAACTTTTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGTCAAAA
Found at i:128927 original size:176 final size:176
Alignment explanation
Indices: 128106--128935 Score: 623
Period size: 176 Copynumber: 4.7 Consensus size: 176
128096 AACTTTTATG
* * * * * * *
128106 AATTGAAACAATTGTTTTATGTCAAA-ACAAAATGTCATAATGATTTTATAA-AAATAATTGATC
1 AATTAAAACAATTGTTTTATGACAAATA-AAAAGGTTATAATGATTTGA-AATAGATAATTGTTC
* * * * *
128169 AAATAGTCGTAACTTTTTAAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTCAAATATTTTGCTTATT
64 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGCAAACAAATTTATTTTTT--AA-A-TTT-CTCATT
** * * * * * **
128234 AATTTTCCAAATGTTCATAAATTTGGATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATAAG
124 AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCC-AATAAGCTTGTATT
* * * * * *
128288 ACA-TGAAACAAATATTTTATGACTAAA-CAAAA-GTTTTGAACT-ATTTGAAATAGATAATTAT
1 A-ATTAAAACAATTGTTTTATGAC-AAATAAAAAGGTTAT-AA-TGATTTGAAATAGATAATTGT
* * ** * * * * * *
128349 TCTAATTGTTTTTACTATTTGAA-TTGGTTTAGCAAACATATTTAATTTTTAAATCTCTTATTAA
62 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTTGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATTTCTCATTAA
* * * * *
128413 TTTTTGAAATACTATTAAATTAGTATTATTTTCA-ACCGAATAGGCTTCTA-T
126 TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCC-AATAAGCTTGTATT
* * * * * * *
128464 GATTAGAAACAATTGTTTTATGACAAA-ACAAAA-ATTTTAACGATTTGAGATTGATAATTGTTT
1 AATTA-AAACAATTGTTTTATGACAAATA-AAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * * *
128527 AAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAAATTTATTGTTTAAATCTGT-TACCTATT
64 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGCAAACAAATTTATTTTTTAAAT-T-TCT--C-ATT
* **
128591 -ATTTTTGAAATATTAATCAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAT
124 AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCCAATAAGCTTGTAT--T
* *
128646 AA--AAAACAATTGTGTTATGACAAAATAAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCA
1 AATTAAAACAATTGTTTTATGAC-AAATAAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * * * *
128709 AATGGCCATAATTATTTTAAC-TGATTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATTTCTCATTAATTT
65 AATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTTGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATTTCTCATTAATTT
** *
128773 AGGAAATATTAATAAATTAGT-TTATTTTATTCCATCTAAGCTTGTATT
129 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCA-ATAAGCTTGTATT
* * * *
128821 AATTAAAACAATTGTTTTATGACAAATTAAAAGGTTATAATGCTTTAAAATAGACAATTGTTCAA
1 AATTAAAACAATTGTTTTATGACAAATAAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
* * * *
128886 ATAATAATAACTATTTGAACTTGTTCGGCAAACAGATTTATTTTTTAAAT
66 ATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGCAAACAAATTTATTTTTTAAAT
128936 CTCTTTCTTA
Statistics
Matches: 513, Mismatches: 103, Indels: 70
0.75 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
175 4 0.01
176 139 0.27
177 112 0.22
178 28 0.05
179 59 0.12
180 16 0.03
181 76 0.15
182 74 0.14
183 5 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (176 bp):
AATTAAAACAATTGTTTTATGACAAATAAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
ATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATTTCTCATTAATTTTT
GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAATAAGCTTGTATT
Found at i:129349 original size:14 final size:13
Alignment explanation
Indices: 129328--129362 Score: 52
Period size: 14 Copynumber: 2.6 Consensus size: 13
129318 ACAACAAATT
129328 TATAAATAATTAA
1 TATAAATAATTAA
*
129341 TATTAAATAATTAT
1 TA-TAAATAATTAA
129355 TATAAATA
1 TATAAATA
129363 TTTTATTAGT
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 1, Indels: 2
0.87 0.04 0.09
Matches are distributed among these distances:
13 8 0.40
14 12 0.60
ACGTcount: A:0.57, C:0.00, G:0.00, T:0.43
Consensus pattern (13 bp):
TATAAATAATTAA
Done.